MicrobesOnline Operon Predictions for Vibrio cholerae M66-2

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 7651619 7651620 VCM66_A0004 VCM66_A0005     TRUE 0.590 94.000 0.304 NA   NA
 7651620 7651621 VCM66_A0005 VCM66_A0006     FALSE 0.438 88.000 0.184 NA   NA
 7651621 7651622 VCM66_A0006 VCM66_A0007     FALSE 0.065 43.000 0.037 NA   NA
 7651626 7651627 VCM66_A0013 VCM66_A0014 malP malQ TRUE 0.914 86.000 0.314 0.017 Y NA
 7651627 7651628 VCM66_A0014 VCM66_A0015 malQ glgB FALSE 0.288 254.000 0.235 0.006 Y NA
 7651628 7651629 VCM66_A0015 VCM66_A0016 glgB hcp-2 FALSE 0.001 395.000 0.000 NA   NA
 7651629 7651630 VCM66_A0016 VCM66_A0017 hcp-2 vgrG-2 FALSE 0.052 128.000 0.000 NA   NA
 7651630 7651631 VCM66_A0017 VCM66_A0018 vgrG-2   TRUE 0.868 0.000 0.133 NA   NA
 7651631 7651632 VCM66_A0018 VCM66_A0019     TRUE 0.963 -3.000 0.467 NA   NA
 7651632 7651633 VCM66_A0019 VCM66_A0020     TRUE 0.961 1.000 0.357 NA   NA
 7651633 7651634 VCM66_A0020 VCM66_A0021     FALSE 0.019 103.000 0.024 NA   NA
 7651635 7651636 VCM66_A0022 VCM66_A0023     FALSE 0.150 116.000 0.066 1.000   NA
 7651639 7651640 VCM66_A0026 VCM66_A0028 chiA-2   FALSE 0.002 366.000 0.000 1.000 N NA
 7651640 7651641 VCM66_A0028 VCM66_A0029     TRUE 0.960 1.000 0.324 1.000   NA
 7651642 7651643 VCM66_A0030 VCM66_A0031     FALSE 0.400 98.000 0.174 NA   NA
 7651647 7651648 VCM66_A0035 VCM66_A0036     FALSE 0.002 342.000 0.000 NA   NA
 7651648 7651649 VCM66_A0036 VCM66_A0037     TRUE 0.800 14.000 0.194 NA   NA
 7651649 7651650 VCM66_A0037 VCM66_A0038     TRUE 0.972 -3.000 0.615 NA   NA
 7651650 7651651 VCM66_A0038 VCM66_A0039     FALSE 0.031 199.000 0.101 NA   NA
 7651654 7651655 VCM66_A0042 VCM66_A0043     FALSE 0.005 233.000 0.000 NA   NA
 7651656 7651657 VCM66_A0044 VCM66_A0045     FALSE 0.083 81.000 0.000 NA   NA
 7651657 7651658 VCM66_A0045 VCM66_A0046     TRUE 0.935 0.000 0.238 NA   NA
 7651658 7651659 VCM66_A0046 VCM66_A0047     FALSE 0.369 135.000 0.231 NA   NA
 7651659 7651660 VCM66_A0047 VCM66_A0048     TRUE 0.940 -46.000 0.385 0.013   NA
 7651660 7651661 VCM66_A0048 VCM66_A0049     FALSE 0.392 119.000 0.182 1.000   NA
 7651661 7651662 VCM66_A0049 VCM66_A0050   deoD-2 TRUE 0.943 -28.000 0.636 1.000   NA
 7651662 7651663 VCM66_A0050 VCM66_A0051 deoD-2   FALSE 0.312 59.000 0.111 NA   NA
 7651664 7651665 VCM66_A0052 VCM66_A0053     TRUE 0.745 -10.000 0.119 NA   NA
 7651665 7651666 VCM66_A0053 VCM66_A0054   phrB-2 FALSE 0.409 10.000 0.025 1.000 N NA
 7651666 7651667 VCM66_A0054 VCM66_A0055 phrB-2   FALSE 0.455 9.000 0.023 1.000   NA
 7651671 7651672 VCM66_A0060 VCM66_A0061 ptrB hutR TRUE 0.978 0.000 0.600 1.000 N NA
 7651672 7651673 VCM66_A0061 VCM66_A0062 hutR   TRUE 0.856 10.000 0.154 1.000 N NA
 7651673 7651674 VCM66_A0062 VCM66_A0063     TRUE 0.884 -3.000 0.173 NA   NA
 7651674 7651675 VCM66_A0063 VCM66_A0064     TRUE 0.977 -3.000 0.750 NA   NA
 7651677 7651678 VCM66_A0066 VCM66_A0067   pstS FALSE 0.097 48.000 0.000 NA   NA
 7651678 7651679 VCM66_A0067 VCM66_A0068 pstS pstC-2 TRUE 0.854 15.000 0.040 1.000 Y NA
 7651679 7651680 VCM66_A0068 VCM66_A0069 pstC-2 pstA-2 TRUE 0.991 0.000 0.219 0.003 Y NA
 7651680 7651681 VCM66_A0069 VCM66_A0070 pstA-2 pstB-2 TRUE 0.966 29.000 0.428 0.003 Y NA
 7651682 7651683 VCM66_A0071 VCM66_A0072 cdgA   FALSE 0.479 -3.000 0.000 NA   NA
 7651685 7651686 VCM66_A0074 VCM66_A0075     FALSE 0.002 435.000 0.000 1.000   NA
 7651687 7651688 VCM66_A0076 VCM66_A0077     FALSE 0.044 192.000 0.098 1.000   NA
 7651689 7651690 VCM66_A0078 VCM66_A0080     FALSE 0.037 223.000 0.130 1.000 N NA
 7651693 7651694 VCM66_A0083 VCM66_A0084     FALSE 0.226 101.000 0.100 NA   NA
 7651694 7651695 VCM66_A0084 VCM66_A0085     TRUE 0.728 74.000 0.471 NA   NA
 7651701 7651702 VCM66_A0091 VCM66_A0092     FALSE 0.005 228.000 0.000 NA   NA
 7651702 7651703 VCM66_A0092 VCM66_A0093     FALSE 0.003 269.000 0.000 NA   NA
 7651703 7651704 VCM66_A0093 VCM66_A0094     TRUE 0.833 43.000 0.700 NA   NA
 7651706 7651707 VCM66_A0096 VCM66_A0097 pncB   FALSE 0.124 31.000 0.021 1.000   NA
 7651708 7651709 VCM66_A0098 VCM66_A0099 pspE   TRUE 0.861 0.000 0.130 NA N NA
 7651709 7651710 VCM66_A0099 VCM66_A0100     FALSE 0.187 176.000 0.278 NA   NA
 7651713 7651714 VCM66_A0103 VCM66_A0104     TRUE 0.890 -55.000 0.545 NA   NA
 7651714 7651715 VCM66_A0104 VCM66_A0105     FALSE 0.001 432.000 0.000 NA   NA
 7651715 7651716 VCM66_A0105 VCM66_A0106     TRUE 0.861 41.000 0.821 NA   NA
 7651716 7651717 VCM66_A0106 VCM66_A0107     TRUE 0.978 3.000 0.627 NA   NA
 7651717 7651718 VCM66_A0107 VCM66_A0108     TRUE 0.970 6.000 0.552 NA   NA
 7651718 7651719 VCM66_A0108 VCM66_A0109     TRUE 0.947 -36.000 0.863 NA   NA
 7651719 7651720 VCM66_A0109 VCM66_A0110     TRUE 0.972 3.000 0.510 NA   NA
 7651720 7651721 VCM66_A0110 VCM66_A0111     TRUE 0.984 3.000 0.862 NA   NA
 7651721 7651722 VCM66_A0111 VCM66_A0112     TRUE 0.978 7.000 0.765 NA   NA
 7651722 7651723 VCM66_A0112 VCM66_A0113     TRUE 0.979 3.000 0.673 NA   NA
 7651723 7651724 VCM66_A0113 VCM66_A0114   clpB-2 TRUE 0.833 26.000 0.471 NA   NA
 7651724 7651725 VCM66_A0114 VCM66_A0115 clpB-2   TRUE 0.951 3.000 0.118 0.018 N NA
 7651725 7651726 VCM66_A0115 VCM66_A0116     TRUE 0.728 -30.000 0.158 NA   NA
 7651726 7651727 VCM66_A0116 VCM66_A0117     TRUE 0.970 10.000 0.711 NA   NA
 7651727 7651728 VCM66_A0117 VCM66_A0118     TRUE 0.940 16.000 0.750 NA   NA
 7651728 7651729 VCM66_A0118 VCM66_A0119     TRUE 0.630 48.000 0.281 NA   NA
 7651729 7651730 VCM66_A0119 VCM66_A0120     FALSE 0.096 51.000 0.000 NA   NA
 7651730 7651731 VCM66_A0120 VCM66_A0121   vgrG-3 FALSE 0.228 -40.000 0.000 NA   NA
 7651731 7651732 VCM66_A0121 VCM66_A0122 vgrG-3   TRUE 0.955 -3.000 0.375 NA   NA
 7651734 7651735 VCM66_A0124 VCM66_A0125   rbsD FALSE 0.096 49.000 0.000 NA   NA
 7651735 7651736 VCM66_A0125 VCM66_A0126 rbsD rbsA TRUE 0.920 27.000 0.337 1.000 Y NA
 7651736 7651737 VCM66_A0126 VCM66_A0127 rbsA rbsC TRUE 0.989 -3.000 0.504 1.000 Y NA
 7651737 7651738 VCM66_A0127 VCM66_A0128 rbsC rbsB TRUE 0.938 55.000 0.847 NA Y NA
 7651738 7651739 VCM66_A0128 VCM66_A0129 rbsB rbsK TRUE 0.724 139.000 0.347 NA Y NA
 7651739 7651740 VCM66_A0129 VCM66_A0130 rbsK rbsR TRUE 0.953 11.000 0.500 1.000 N NA
 7651740 7651741 VCM66_A0130 VCM66_A0131 rbsR pnuC FALSE 0.135 126.000 0.068 1.000 N NA
 7651741 7651742 VCM66_A0131 VCM66_A0132 pnuC udp-2 TRUE 0.927 -3.000 0.227 1.000 N NA
 7651742 7651743 VCM66_A0132 VCM66_A0133 udp-2   FALSE 0.395 140.000 0.294 NA N NA
 7651744 7651745 VCM66_A0134 VCM66_A0135 glpQ glpT TRUE 0.667 106.000 0.396 1.000 N NA
 7651745 7651746 VCM66_A0135 VCM66_A0136 glpT   FALSE 0.075 96.000 0.000 NA   NA
 7651746 7651747 VCM66_A0136 VCM66_A0137     FALSE 0.017 172.000 0.000 NA   NA
 7651750 7651751 VCM66_A0140 VCM66_A0141 dctD-2   FALSE 0.087 66.000 0.000 NA   NA
 7651751 7651752 VCM66_A0141 VCM66_A0142     FALSE 0.084 78.000 0.000 NA   NA
 7651754 7651755 VCM66_A0144 VCM66_A0145     TRUE 0.810 -3.000 0.114 NA   NA
 7651755 7651756 VCM66_A0145 VCM66_A0146     FALSE 0.429 109.000 0.200 NA   NA
 7651756 7651757 VCM66_A0146 VCM66_A0147     FALSE 0.155 25.000 0.000 NA   NA
 7651757 7651758 VCM66_A0147 VCM66_A0148   def-2 FALSE 0.249 16.000 0.000 NA   NA
 7651758 7651759 VCM66_A0148 VCM66_A0149 def-2   FALSE 0.399 129.000 0.071 0.015 N NA
 7651760 7651761 VCM66_A0150 VCM66_A0151     TRUE 0.992 0.000 0.614 1.000 Y NA
 7651761 7651762 VCM66_A0151 VCM66_A0152     TRUE 0.983 -40.000 0.644 0.075 Y NA
 7651762 7651763 VCM66_A0152 VCM66_A0153     TRUE 0.993 -3.000 0.810 1.000 Y NA
 7651763 7651764 VCM66_A0153 VCM66_A0154     TRUE 0.997 -3.000 0.896 0.002 Y NA
 7651764 7651765 VCM66_A0154 VCM66_A0155     TRUE 0.987 0.000 0.123 0.002 Y NA
 7651765 7651766 VCM66_A0155 VCM66_A0156     FALSE 0.063 147.000 0.068 NA   NA
 7651766 7651767 VCM66_A0156 VCM66_A0157     TRUE 0.690 72.000 0.385 NA   NA
 7651767 7651768 VCM66_A0157 VCM66_A0158   mtr FALSE 0.156 196.000 0.312 1.000 N NA
 7651768 7651769 VCM66_A0158 VCM66_A0159 mtr tnaA TRUE 0.849 79.000 0.308 1.000 Y NA
 7651769 7651770 VCM66_A0159 VCM66_A0160 tnaA   FALSE 0.001 566.000 0.000 NA   NA
 7651773 7651774 VCM66_A0163 VCM66_A0164   cspA FALSE 0.007 246.000 0.000 1.000 N NA
 7651775 7651776 VCM66_A0165 VCM66_A0166     FALSE 0.027 89.000 0.026 NA   NA
 7651776 7651777 VCM66_A0166 VCM66_A0167     TRUE 0.827 -6.000 0.143 NA   NA
 7651777 7651778 VCM66_A0167 VCM66_A0168     TRUE 0.748 2.000 0.082 NA   NA
 7651778 7651779 VCM66_A0168 VCM66_A0169     TRUE 0.923 -13.000 0.370 NA   NA
 7651779 7651780 VCM66_A0169 VCM66_A0170     TRUE 0.977 -3.000 0.738 NA   NA
 7651780 7651781 VCM66_A0170 VCM66_A0171     TRUE 0.970 4.000 0.500 NA   NA
 7651782 7651783 VCM66_A0172 VCM66_A0173     TRUE 0.623 57.000 0.286 NA   NA
 7651785 7651786 VCM66_A0175 VCM66_A0176   pepT FALSE 0.008 235.000 0.000 1.000 N NA
 7651786 7651787 VCM66_A0176 VCM66_A0177 pepT   FALSE 0.014 172.000 0.044 NA N NA
 7651791 7651792 VCM66_A0181 VCM66_A0182     FALSE 0.001 388.000 0.000 NA   NA
 7651794 7651795 VCM66_A0184 VCM66_A0185     FALSE 0.262 87.000 0.105 NA   NA
 7651795 7651796 VCM66_A0185 VCM66_A0186     TRUE 0.991 0.000 0.902 0.094   NA
 7651796 7651797 VCM66_A0186 VCM66_A0187     FALSE 0.093 38.000 0.013 1.000   NA
 7651800 7651801 VCM66_A0190 VCM66_A0191     TRUE 0.797 66.000 0.600 1.000   NA
 7651801 7651802 VCM66_A0191 VCM66_A0192     FALSE 0.061 116.000 0.000 NA   NA
 7651803 7651804 VCM66_A0193 VCM66_A0194 guaC   FALSE 0.003 324.000 0.000 1.000 N NA
 7651804 7651805 VCM66_A0194 VCM66_A0195     FALSE 0.412 124.000 0.222 NA   NA
 7651805 7651806 VCM66_A0195 VCM66_A0196     TRUE 0.919 -7.000 0.292 NA   NA
 7651806 7651807 VCM66_A0196 VCM66_A0197     TRUE 0.787 -3.000 0.104 NA   NA
 7651808 7651809 VCM66_A0198 VCM66_A0200 tnpA rhlE-2 FALSE 0.015 505.000 0.000 1.000 Y NA
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 7652570 7652571 VCM66_A0971 VCM66_A0972     TRUE 0.964 -3.000 0.159 0.002   NA
 7652571 7652572 VCM66_A0972 VCM66_A0973     FALSE 0.022 163.000 0.000 NA   NA
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 7653104 7653105 VCM66_0398 VCM66_0399     TRUE 0.815 -7.000 0.143 NA   NA
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 7653252 7653253 VCM66_0529 VCM66_0530 rpsI   FALSE 0.104 10.000 0.003 NA   NA
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 7653257 7653258 VCM66_0534 VCM66_0535 sspA sspB TRUE 0.983 0.000 0.831 NA   NA
 7653259 7653260 VCM66_0536 VCM66_0537     TRUE 0.977 3.000 0.613 NA   NA
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 7653261 7653262 VCM66_0538 VCM66_0539     TRUE 0.813 -13.000 0.172 NA   NA
 7653264 7653265 VCM66_0541 VCM66_0542 hapR   FALSE 0.006 215.000 0.000 NA   NA
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 7653270 7653271 VCM66_0547 VCM66_0548     TRUE 0.995 6.000 0.688 0.097 Y NA
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