MicrobesOnline Operon Predictions for Aminobacterium colombiense DSM 12261

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 10345749 10345750 Amico_0001 Amico_0002     TRUE 0.818 228.000 0.328 1.000 Y NA
 10345750 10345751 Amico_0002 Amico_0003     TRUE 0.993 39.000 0.318 1.000 Y NA
 10345751 10345752 Amico_0003 Amico_0004     TRUE 0.725 39.000 0.005 1.000 N NA
 10345752 10345753 Amico_0004 Amico_0005     TRUE 0.921 -22.000 0.005 NA   NA
 10345755 10345756 Amico_0007 Amico_0008     FALSE 0.302 43.000 0.000 NA   NA
 10345756 10345757 Amico_0008 Amico_0009     FALSE 0.367 34.000 0.000 NA   NA
 10345757 10345758 Amico_0009 Amico_0010     FALSE 0.005 445.000 0.000 1.000 N NA
 10345758 10345759 Amico_0010 Amico_0011     TRUE 0.985 15.000 0.008 1.000 Y NA
 10345759 10345760 Amico_0011 Amico_0012     TRUE 0.995 0.000 0.017 1.000 Y NA
 10345760 10345761 Amico_0012 Amico_0013     TRUE 0.992 -30.000 0.036 1.000 Y NA
 10345761 10345762 Amico_0013 Amico_0014     TRUE 0.987 18.000 0.012 1.000 Y NA
 10345763 10345764 Amico_0015 Amico_0016     TRUE 0.715 11.000 0.000 NA   NA
 10345764 10345765 Amico_0016 Amico_0017     TRUE 1.000 -3.000 0.838 0.004 Y NA
 10345765 10345766 Amico_0017 Amico_0018     TRUE 0.981 10.000 0.035 NA   NA
 10345766 10345767 Amico_0018 Amico_0019     TRUE 0.662 16.000 0.000 NA   NA
 10345768 10345769 Amico_0020 Amico_0021     FALSE 0.050 141.000 0.000 0.058   NA
 10345771 10345772 Amico_0023 Amico_0024     FALSE 0.017 222.000 0.000 1.000   NA
 10345773 10345774 Amico_0025 Amico_0026     FALSE 0.243 41.000 0.000 1.000 N NA
 10345774 10345775 Amico_0026 Amico_0027     TRUE 0.961 3.000 0.000 1.000 Y NA
 10345779 10345780 Amico_0031 Amico_0032     FALSE 0.149 87.000 0.000 1.000   NA
 10345780 10345781 Amico_0032 Amico_0033     TRUE 0.998 -19.000 0.200 0.091 Y NA
 10345781 10345782 Amico_0033 Amico_0034     TRUE 0.999 -3.000 0.375 1.000 Y NA
 10345782 10345783 Amico_0034 Amico_0035     FALSE 0.110 102.000 0.000 1.000   NA
 10345784 10345785 Amico_0036 Amico_0037     TRUE 0.564 22.000 0.000 NA   NA
 10345785 10345786 Amico_0037 Amico_0038     FALSE 0.031 141.000 0.000 1.000 N NA
 10345787 10345788 Amico_0039 Amico_0040     TRUE 0.593 21.000 0.000 NA   NA
 10345788 10345789 Amico_0040 Amico_0041     FALSE 0.035 159.000 0.000 NA   NA
 10345789 10345790 Amico_0041 Amico_0042     TRUE 0.999 2.000 0.270 0.091 Y NA
 10345790 10345791 Amico_0042 Amico_0043     TRUE 0.996 -6.000 0.040 1.000 Y NA
 10345791 10345792 Amico_0043 Amico_0044     TRUE 0.803 87.000 0.005 NA Y NA
 10345794 10345795 Amico_0046 Amico_0047     TRUE 0.999 -7.000 0.643 1.000 Y NA
 10345795 10345796 Amico_0047 Amico_0048     TRUE 0.999 3.000 0.600 1.000 Y NA
 10345796 10345797 Amico_0048 Amico_0049     TRUE 0.967 116.000 0.378 0.043 Y NA
 10345800 10345801 Amico_0052 Amico_0053     FALSE 0.054 118.000 0.000 1.000 N NA
 10345801 10345802 Amico_0053 Amico_0054     TRUE 0.997 11.000 0.081 1.000 Y NA
 10345802 10345803 Amico_0054 Amico_0055     TRUE 0.999 -3.000 0.640 0.060 Y NA
 10345805 10345806 Amico_0057 Amico_0058     TRUE 0.995 8.000 0.273 NA   NA
 10345807 10345808 Amico_0059 Amico_0060     FALSE 0.332 39.000 0.000 NA   NA
 10345808 10345809 Amico_0060 Amico_0061     FALSE 0.145 88.000 0.000 NA   NA
 10345809 10345810 Amico_0061 Amico_0062     TRUE 0.613 -40.000 0.000 NA   NA
 10345810 10345811 Amico_0062 Amico_0063     FALSE 0.177 57.000 0.000 1.000 N NA
 10345811 10345812 Amico_0063 Amico_0064     TRUE 0.999 -3.000 0.247 1.000 Y NA
 10345812 10345813 Amico_0064 Amico_0065     TRUE 0.972 -10.000 0.017 NA   NA
 10345813 10345814 Amico_0065 Amico_0066     TRUE 0.982 -9.000 0.037 NA   NA
 10345814 10345815 Amico_0066 Amico_0067     TRUE 0.999 0.000 0.388 NA Y NA
 10345817 10345818 Amico_0069 Amico_0070     TRUE 0.999 1.000 0.375 1.000 Y NA
 10345819 10345820 Amico_0071 Amico_0072     TRUE 0.897 24.000 0.000 0.002 Y NA
 10345820 10345821 Amico_0072 Amico_0073     FALSE 0.393 118.000 0.000 0.032 Y NA
 10345822 10345823 Amico_0074 Amico_0075     FALSE 0.060 129.000 0.000 NA   NA
 10345824 10345825 Amico_0076 Amico_0077     TRUE 0.542 19.000 0.000 1.000 N NA
 10345825 10345826 Amico_0077 Amico_0078     TRUE 0.998 -3.000 0.122 0.002 Y NA
 10345826 10345827 Amico_0078 Amico_0079     TRUE 0.764 4.000 0.000 NA   NA
 10345827 10345828 Amico_0079 Amico_0080     FALSE 0.264 51.000 0.000 NA   NA
 10345828 10345829 Amico_0080 Amico_0081     FALSE 0.202 50.000 0.000 1.000 N NA
 10345829 10345830 Amico_0081 Amico_0082     FALSE 0.117 98.000 0.000 NA   NA
 10345830 10345831 Amico_0082 Amico_0083     TRUE 0.654 17.000 0.000 NA   NA
 10345831 10345832 Amico_0083 Amico_0084     TRUE 0.998 0.000 0.682 NA   NA
 10345832 10345833 Amico_0084 Amico_0085     FALSE 0.011 228.000 0.000 1.000 N NA
 10345833 10345834 Amico_0085 Amico_0086     FALSE 0.173 58.000 0.000 1.000 N NA
 10345834 10345835 Amico_0086 Amico_0087     TRUE 0.986 22.000 0.019 1.000 Y NA
 10345835 10345836 Amico_0087 Amico_0088     TRUE 0.597 14.000 0.000 1.000 N NA
 10345836 10345837 Amico_0088 Amico_0089     TRUE 0.549 90.000 0.000 NA Y NA
 10345837 10345838 Amico_0089 Amico_0090     TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA Y NA
 10345838 10345839 Amico_0090 Amico_0091     FALSE 0.107 103.000 0.000 NA   NA
 10345839 10345840 Amico_0091 Amico_0092     FALSE 0.071 121.000 0.000 NA   NA
 10345840 10345841 Amico_0092 Amico_0093     FALSE 0.029 169.000 0.000 NA   NA
 10345844 10345845 Amico_0096 Amico_0097     TRUE 0.998 2.000 0.154 0.001 Y NA
 10345845 10345846 Amico_0097 Amico_0098     FALSE 0.067 342.000 0.000 1.000 Y NA
 10345846 10345847 Amico_0098 Amico_0099     TRUE 0.997 -3.000 0.045 1.000 Y NA
 10345847 10345848 Amico_0099 Amico_0100     TRUE 0.999 3.000 0.615 0.003 Y NA
 10345848 10345849 Amico_0100 Amico_0101     TRUE 0.996 -19.000 0.086 0.004 Y NA
 10345849 10345850 Amico_0101 Amico_0102     FALSE 0.100 107.000 0.000 NA   NA
 10345850 10345851 Amico_0102 Amico_0103     FALSE 0.142 90.000 0.000 NA   NA
 10345851 10345852 Amico_0103 Amico_0104     FALSE 0.222 62.000 0.000 NA   NA
 10345853 10345854 Amico_0105 Amico_0106     TRUE 0.999 9.000 0.431 0.045 Y NA
 10345854 10345855 Amico_0106 Amico_0107     TRUE 0.999 3.000 0.678 0.045 Y NA
 10345855 10345856 Amico_0107 Amico_0108     TRUE 0.998 0.000 0.091 0.045 Y NA
 10345856 10345857 Amico_0108 Amico_0109     TRUE 0.995 27.000 0.237 0.045 Y NA
 10345857 10345858 Amico_0109 Amico_0110     TRUE 0.998 15.000 0.221 0.045 Y NA
 10345859 10345860 Amico_0111 Amico_0112     TRUE 0.983 16.000 0.059 NA   NA
 10345860 10345861 Amico_0112 Amico_0113     TRUE 0.675 -16.000 0.000 NA   NA
 10345864 10345865 Amico_0116 Amico_0117     FALSE 0.057 132.000 0.000 NA   NA
 10345865 10345866 Amico_0117 Amico_0118     FALSE 0.045 141.000 0.000 NA   NA
 11437713 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2583.000 0.000 NA   NA
 11580076 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2583.000 0.000 NA   NA
 11722468 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2583.000 0.000 NA   NA
 11437714 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2548.000 0.000 NA   NA
 11580077 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2548.000 0.000 NA   NA
 11722469 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2548.000 0.000 NA   NA
 11437715 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2512.000 0.000 NA   NA
 11580078 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2512.000 0.000 NA   NA
 11722470 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2512.000 0.000 NA   NA
 11437716 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2478.000 0.000 NA   NA
 11580079 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2478.000 0.000 NA   NA
 11722471 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2478.000 0.000 NA   NA
 11437717 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2442.000 0.000 NA   NA
 11580080 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2442.000 0.000 NA   NA
 11722472 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2442.000 0.000 NA   NA
 11437718 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2406.000 0.000 NA   NA
 11580081 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2406.000 0.000 NA   NA
 11722473 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2406.000 0.000 NA   NA
 11437719 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2370.000 0.000 NA   NA
 11580082 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2370.000 0.000 NA   NA
 11722474 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2370.000 0.000 NA   NA
 11437720 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2335.000 0.000 NA   NA
 11580083 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2335.000 0.000 NA   NA
 11722475 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2335.000 0.000 NA   NA
 11437721 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2299.000 0.000 NA   NA
 11580084 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2299.000 0.000 NA   NA
 11722476 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2299.000 0.000 NA   NA
 11437722 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2265.000 0.000 NA   NA
 11580085 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2265.000 0.000 NA   NA
 11722477 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2265.000 0.000 NA   NA
 11437723 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2229.000 0.000 NA   NA
 11580086 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2229.000 0.000 NA   NA
 11722478 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2229.000 0.000 NA   NA
 11437724 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2193.000 0.000 NA   NA
 11580087 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2193.000 0.000 NA   NA
 11722479 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2193.000 0.000 NA   NA
 11437725 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2157.000 0.000 NA   NA
 11580088 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2157.000 0.000 NA   NA
 11722480 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2157.000 0.000 NA   NA
 11437726 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2122.000 0.000 NA   NA
 11580089 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2122.000 0.000 NA   NA
 11722481 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2122.000 0.000 NA   NA
 11437727 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2086.000 0.000 NA   NA
 11580090 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2086.000 0.000 NA   NA
 11722482 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2086.000 0.000 NA   NA
 11437728 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2052.000 0.000 NA   NA
 11580091 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2052.000 0.000 NA   NA
 11722483 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2052.000 0.000 NA   NA
 11437729 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2016.000 0.000 NA   NA
 11580092 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2016.000 0.000 NA   NA
 11722484 10345869   Amico_0121     FALSE NA 2016.000 0.000 NA   NA
 11437730 10345869   Amico_0121     FALSE NA 1982.000 0.000 NA   NA
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 10345878 10345879 Amico_0130 Amico_0131     FALSE 0.007 321.000 0.000 1.000 N NA
 10345879 10345880 Amico_0131 Amico_0132     FALSE 0.478 101.000 0.000 NA Y NA
 10345880 10345881 Amico_0132 Amico_0133     TRUE 0.957 -6.000 0.000 NA Y NA
 10345881 10345882 Amico_0133 Amico_0134     FALSE 0.099 91.000 0.000 1.000 N NA
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 10346997 10346998 Amico_1202 Amico_1203     TRUE 0.662 16.000 0.000 NA   NA
 10346998 10346999 Amico_1203 Amico_1204     TRUE 0.748 6.000 0.000 NA   NA
 10346999 10347000 Amico_1204 Amico_1205     TRUE 0.674 15.000 0.000 NA   NA
 10347000 10347001 Amico_1205 Amico_1206     FALSE 0.153 86.000 0.000 NA   NA
 10347001 10347002 Amico_1206 Amico_1207     TRUE 0.697 13.000 0.000 NA   NA
 10347002 10347003 Amico_1207 Amico_1208     FALSE 0.012 218.000 0.000 NA N NA
 10347003 10347004 Amico_1208 Amico_1209     TRUE 0.802 0.000 0.000 0.010   NA
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