MicrobesOnline Operon Predictions for Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum)

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 7636599 7636600 HDEF_0002 HDEF_0003     TRUE 0.467 141.000 0.000 0.046 Y NA
 7636600 7636601 HDEF_0003 HDEF_0004     TRUE 0.999 2.000 0.692 0.018 Y NA
 7636602 7636603 HDEF_0005 HDEF_0006 lysA   FALSE 0.395 66.000 0.000 NA   NA
 7636603 7636604 HDEF_0006 HDEF_0007     TRUE 0.846 230.000 0.500 NA   NA
 7636604 7636605 HDEF_0007 HDEF_0008     FALSE 0.113 213.000 0.000 NA   NA
 7636605 7636606 HDEF_0008 HDEF_0009   lysU FALSE 0.023 681.000 0.000 NA   NA
 7636606 7636607 HDEF_0009 HDEF_0010 lysU prfB TRUE 0.992 10.000 0.162 0.063 Y NA
 7636607 7636608 HDEF_0010 HDEF_0011 prfB   FALSE 0.331 -25.000 0.000 NA   NA
 7636609 7636610 HDEF_0012 HDEF_0013 alaS csrA TRUE 0.428 193.000 0.020 1.000 N NA
 7636610 7636611 HDEF_0013 HDEF_0014 csrA   FALSE 0.101 231.000 0.000 NA   NA
 7636611 7636612 HDEF_0014 HDEF_0015     TRUE 0.835 10.000 0.000 NA   NA
 7636613 7636614 HDEF_0016 HDEF_0017 cvrA ftsK FALSE 0.125 198.000 0.000 NA   NA
 7636615 7636616 HDEF_0018 HDEF_0019 trxB   FALSE 0.237 109.000 0.000 NA   NA
 7636616 7636617 HDEF_0019 HDEF_0020   minC FALSE 0.420 -19.000 0.000 NA   NA
 7636617 7636618 HDEF_0020 HDEF_0021 minC minD TRUE 0.998 17.000 0.466 1.000 Y NA
 7636618 7636619 HDEF_0021 HDEF_0022 minD minE TRUE 0.999 4.000 0.618 NA Y NA
 7636620 7636621 HDEF_0023 HDEF_0024 gapA   FALSE 0.037 257.000 0.000 1.000   NA
 7636621 7636622 HDEF_0024 HDEF_0025   recA FALSE 0.206 68.000 0.000 1.000   NA
 7636624 7636625 HDEF_0027 HDEF_0028 ubiH pepP TRUE 0.890 -2.000 0.000 NA   NA
 7636627 7636628 HDEF_0030 HDEF_0031 ribD nrdR TRUE 0.994 13.000 0.277 NA N NA
 7636628 7636629 HDEF_0031 HDEF_0032 nrdR recD TRUE 0.851 31.000 0.000 NA N NA
 7636629 7636630 HDEF_0032 HDEF_0033 recD recB TRUE 0.999 3.000 0.688 0.003 Y NA
 7636630 7636631 HDEF_0033 HDEF_0034 recB recC TRUE 0.971 -34.000 0.542 0.003 Y NA
 7636631 7636632 HDEF_0034 HDEF_0035 recC   TRUE 0.904 59.000 0.076 NA N NA
 7636632 7636633 HDEF_0035 HDEF_0036     TRUE 0.989 42.000 0.538 NA   NA
 7636633 7636634 HDEF_0036 HDEF_0037   pulJ TRUE 0.995 -3.000 0.373 NA   NA
 7636634 7636635 HDEF_0037 HDEF_0038 pulJ   TRUE 0.997 -9.000 0.368 NA Y NA
 7636635 7636636 HDEF_0038 HDEF_0039     FALSE 0.202 -46.000 0.000 NA   NA
 7636636 7636637 HDEF_0039 HDEF_0040   gnd FALSE 0.327 74.000 0.000 NA   NA
 7636637 7636638 HDEF_0040 HDEF_0041 gnd galU TRUE 0.527 62.000 0.000 1.000 N NA
 7636638 7636639 HDEF_0041 HDEF_0042 galU asmA TRUE 0.438 236.000 0.000 NA Y NA
 7636639 7636640 HDEF_0042 HDEF_0043 asmA dcd TRUE 0.477 82.000 0.000 NA N NA
 7636640 7636641 HDEF_0043 HDEF_0044 dcd lnt TRUE 0.895 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7636643 7636644 HDEF_0046 HDEF_0047 corC   TRUE 0.843 73.000 0.150 NA   NA
 7636645 7636646 HDEF_0048 HDEF_0049 rfaD pgi TRUE 0.925 32.000 0.000 1.000 Y NA
 7636646 7636647 HDEF_0049 HDEF_0050 pgi cmrA TRUE 0.648 142.000 0.000 NA Y NA
 7636647 7636648 HDEF_0050 HDEF_0051 cmrA cmrB TRUE 0.910 47.000 0.000 NA Y NA
 7636648 7636649 HDEF_0051 HDEF_0052 cmrB sod TRUE 0.895 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7636650 7636651 HDEF_0053 HDEF_0054 tpiA fpr TRUE 0.640 80.000 0.008 1.000 N NA
 7636653 7636654 HDEF_0056 HDEF_0057 typA bolA FALSE 0.268 365.000 0.000 NA Y NA
 7636654 7636655 HDEF_0057 HDEF_0058 bolA rgdC TRUE 0.933 -3.000 0.000 NA N NA
 7636656 7636657 HDEF_0059 HDEF_0060 sufA sufB TRUE 0.854 51.000 0.041 NA   NA
 7636657 7636658 HDEF_0060 HDEF_0061 sufB sufC TRUE 0.975 103.000 0.466 1.000 Y NA
 7636658 7636659 HDEF_0061 HDEF_0062 sufC sufD TRUE 0.990 -19.000 0.482 1.000 Y NA
 7636659 7636660 HDEF_0062 HDEF_0063 sufD sufS TRUE 0.990 -3.000 0.193 1.000 N NA
 7636660 7636661 HDEF_0063 HDEF_0064 sufS sufE TRUE 0.966 36.000 0.183 NA   NA
 7636664 7636665 HDEF_0067 HDEF_0068 cyoD cyoC TRUE 0.999 1.000 0.485 0.025 Y NA
 7636665 7636666 HDEF_0068 HDEF_0069 cyoC cyoB_1 TRUE 0.999 8.000 0.697 0.025 Y NA
 7636666 7636667 HDEF_0069 HDEF_0070 cyoB_1 cyoA_1 TRUE 0.995 4.000 0.204 0.003 Y NA
 7636667 7636668 HDEF_0070 HDEF_0071 cyoA_1 ubiF FALSE 0.360 180.000 0.000 0.025 Y NA
 7636668 7636669 HDEF_0071 HDEF_0072 ubiF accC TRUE 0.811 23.000 0.000 1.000 N NA
 7636669 7636670 HDEF_0072 HDEF_0073 accC accB TRUE 0.995 12.000 0.275 0.002 Y NA
 7636670 7636671 HDEF_0073 HDEF_0074 accB aroQ TRUE 0.992 11.000 0.254 1.000 N NA
 7636671 7636672 HDEF_0074 HDEF_0075 aroQ aroH TRUE 0.454 103.000 0.000 0.004 Y NA
 7636672 7636673 HDEF_0075 HDEF_0076 aroH tusB FALSE 0.200 236.000 0.000 NA N NA
 7636673 7636674 HDEF_0076 HDEF_0077 tusB tusC TRUE 0.999 13.000 0.804 NA Y NA
 7636674 7636675 HDEF_0077 HDEF_0078 tusC tusD TRUE 0.999 14.000 0.790 NA Y NA
 7636675 7636676 HDEF_0078 HDEF_0079 tusD fkpA TRUE 0.867 57.000 0.020 NA N NA
 7636677 7636678 HDEF_0080 HDEF_0081 evgS   FALSE 0.235 117.000 0.000 NA   NA
 7636679 7636680 HDEF_0082 HDEF_0083 secF secD TRUE 0.987 25.000 0.206 0.002 Y NA
 7636680 7636681 HDEF_0083 HDEF_0084 secD yajC TRUE 0.843 146.000 0.045 NA Y NA
 7636681 7636682 HDEF_0084 HDEF_0085 yajC tgt TRUE 0.916 157.000 0.325 NA N NA
 7636682 7636683 HDEF_0085 HDEF_0086 tgt queA TRUE 0.992 39.000 0.360 0.002 Y NA
 7636684 7636685 HDEF_0087 HDEF_0088 ahpC vacJ FALSE 0.311 100.000 0.000 1.000 N NA
 7636685 7636686 HDEF_0088 HDEF_0089 vacJ plsB FALSE 0.251 151.000 0.000 1.000 N NA
 7636689 7636690 HDEF_0092 HDEF_0093 fabB grxA FALSE 0.258 146.000 0.000 1.000 N NA
 7636690 7636691 HDEF_0093 HDEF_0094 grxA dapE TRUE 0.552 59.000 0.000 1.000 N NA
 7636691 7636692 HDEF_0094 HDEF_0095 dapE   TRUE 0.995 -3.000 0.292 1.000 N NA
 7636694 7636695 HDEF_0097 HDEF_0099 engB   FALSE 0.047 368.000 0.000 NA   NA
 7636698 7636699 HDEF_0101 HDEF_0102 hinT   TRUE 0.950 9.000 0.010 NA   NA
 7636700 7636701 HDEF_0103 HDEF_0104 hrpA bcp TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7636701 7636702 HDEF_0104 HDEF_0105 bcp ribB TRUE 0.694 34.000 0.000 NA   NA
 7636702 7636703 HDEF_0105 HDEF_0106 ribB   FALSE 0.123 201.000 0.000 NA   NA
 7636704 7636705 HDEF_0107 HDEF_0108 carA carB TRUE 0.995 16.000 0.345 0.002 Y NA
 7636705 7636706 HDEF_0108 HDEF_0109 carB   FALSE 0.092 241.000 0.000 NA   NA
 7636706 7636707 HDEF_0109 HDEF_0110     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7636710 7636711 HDEF_0113 HDEF_0114 yciH pyrF TRUE 0.973 7.000 0.045 1.000 N NA
 7636711 7636712 HDEF_0114 HDEF_0115 pyrF   TRUE 0.830 78.000 0.125 1.000 N NA
 7636712 7636713 HDEF_0115 HDEF_0116     TRUE 0.998 1.000 0.576 NA   NA
 7636713 7636714 HDEF_0116 HDEF_0117   pgpB TRUE 0.929 50.000 0.143 NA   NA
 7636715 7636716 HDEF_0118 HDEF_0119 ribA   FALSE 0.319 92.000 0.000 1.000 N NA
 7636717 7636718 HDEF_0120 HDEF_0121 tpx mfd FALSE 0.109 266.000 0.000 1.000 N NA
 7636719 7636720 HDEF_0122 HDEF_0123 lolC lolD TRUE 0.965 -7.000 0.175 0.045 N NA
 7636720 7636721 HDEF_0123 HDEF_0124 lolD lolE TRUE 0.984 3.000 0.125 0.045 N NA
 7636722 7636723 HDEF_0125 HDEF_0126 ssaQ   TRUE 0.940 62.000 0.231 NA   NA
 7636723 7636724 HDEF_0126 HDEF_0127   ssaO TRUE 0.984 -19.000 1.000 NA   NA
 7636724 7636725 HDEF_0127 HDEF_0128 ssaO ssaN TRUE 0.987 -3.000 0.176 NA   NA
 7636725 7636726 HDEF_0128 HDEF_0129 ssaN ssaV TRUE 0.994 -13.000 0.647 0.019 Y NA
 7636726 7636727 HDEF_0129 HDEF_0130 ssaV ssaM TRUE 0.993 -9.000 0.636 NA   NA
 7636727 7636728 HDEF_0130 HDEF_0131 ssaM ssaL TRUE 0.994 11.000 0.364 NA   NA
 7636728 7636729 HDEF_0131 HDEF_0132 ssaL ssaK TRUE 0.996 -3.000 0.462 NA   NA
 7636729 7636730 HDEF_0132 HDEF_0133 ssaK   TRUE 0.997 -3.000 0.538 NA   NA
 7636730 7636731 HDEF_0133 HDEF_0134   ssaJ TRUE 0.998 -3.000 0.786 NA   NA
 7636731 7636732 HDEF_0134 HDEF_0135 ssaJ ssaI TRUE 0.992 -3.000 0.407 0.022   NA
 7636732 7636733 HDEF_0135 HDEF_0136 ssaI ssaH TRUE 0.980 51.000 0.407 NA   NA
 7636733 7636734 HDEF_0136 HDEF_0137 ssaH ssaG TRUE 0.997 -3.000 0.650 NA   NA
 7636734 7636735 HDEF_0137 HDEF_0138 ssaG   TRUE 0.966 16.000 0.150 1.000   NA
 7636737 7636738 HDEF_0140 HDEF_0141   sseD FALSE 0.181 155.000 0.000 NA   NA
 7636738 7636739 HDEF_0141 HDEF_0142 sseD sseC TRUE 0.586 46.000 0.000 NA   NA
 7636739 7636740 HDEF_0142 HDEF_0143 sseC   FALSE 0.235 117.000 0.000 NA   NA
 7636740 7636741 HDEF_0143 HDEF_0144   sseB FALSE 0.404 65.000 0.000 NA   NA
 7636741 7636742 HDEF_0144 HDEF_0145 sseB ssaE FALSE 0.197 144.000 0.000 NA   NA
 7636742 7636743 HDEF_0145 HDEF_0146 ssaE ssaD TRUE 0.963 31.000 0.146 NA   NA
 7636743 7636744 HDEF_0146 HDEF_0147 ssaD ssaC TRUE 0.994 4.000 0.268 NA   NA
 7636744 7636745 HDEF_0147 HDEF_0148 ssaC ssaB FALSE 0.208 140.000 0.000 NA   NA
 7636746 7636747 HDEF_0149 HDEF_0150     TRUE 0.985 72.000 0.688 0.010 Y NA
 7636747 7636748 HDEF_0150 HDEF_0151   map FALSE 0.234 158.000 0.000 1.000 N NA
 7636748 7636749 HDEF_0151 HDEF_0152 map dapD TRUE 0.853 52.000 0.021 1.000 N NA
 7636749 7636750 HDEF_0152 HDEF_0153 dapD   FALSE 0.353 -24.000 0.000 NA   NA
 7636750 7636751 HDEF_0153 HDEF_0154     FALSE 0.340 72.000 0.000 NA   NA
 7636751 7636752 HDEF_0154 HDEF_0155   recJ FALSE 0.023 720.000 0.000 NA   NA
 7636753 7636754 HDEF_0156 HDEF_0157   manZ TRUE 0.964 87.000 0.755 NA   NA
 7636754 7636755 HDEF_0157 HDEF_0158 manZ manY TRUE 0.998 15.000 0.939 0.008 Y NA
 7636755 7636756 HDEF_0158 HDEF_0159 manY manX TRUE 0.946 52.000 0.106 0.008 Y NA
 7636756 7636757 HDEF_0159 HDEF_0160 manX glyA FALSE 0.063 376.000 0.000 1.000 N NA
 7636757 7636758 HDEF_0160 HDEF_0161 glyA   FALSE 0.044 383.000 0.000 NA   NA
 7636758 7636759 HDEF_0161 HDEF_0163     TRUE 0.526 53.000 0.000 NA   NA
 7636760 7636761 HDEF_0162 HDEF_0164 tolQ tolR TRUE 0.996 35.000 0.556 0.044 Y NA
 7636761 7636762 HDEF_0164 HDEF_0165 tolR tolA TRUE 0.954 44.000 0.114 NA N NA
 7636762 7636763 HDEF_0165 HDEF_0166 tolA tolB TRUE 0.823 72.000 0.051 NA N NA
 7636763 7636764 HDEF_0166 HDEF_0167 tolB pal TRUE 0.993 40.000 0.592 1.000 N NA
 7636764 7636765 HDEF_0167 HDEF_0168 pal ybgF TRUE 0.942 18.000 0.088 1.000   NA
 7636765 7636766 HDEF_0168 HDEF_0169 ybgF   FALSE 0.028 529.000 0.000 NA   NA
 7636766 7636767 HDEF_0169 HDEF_0170   codB_1 FALSE 0.264 86.000 0.000 NA   NA
 7636767 7636768 HDEF_0170 HDEF_0171 codB_1   TRUE 0.814 12.000 0.000 NA   NA
 7636768 7636769 HDEF_0171 HDEF_0172     TRUE 0.999 0.000 1.000 NA   NA
 7636770 7636771 HDEF_0173 HDEF_0174     FALSE 0.021 1062.000 0.000 NA   NA
 7636775 7636776 HDEF_0178 HDEF_0179   galE_1 FALSE 0.302 78.000 0.000 NA   NA
 7636778 7636779 HDEF_0181 HDEF_0182     TRUE 0.854 7.000 0.000 NA   NA
 7636779 7636780 HDEF_0182 HDEF_0183     TRUE 0.894 0.000 0.000 NA   NA
 7636780 7636781 HDEF_0183 HDEF_0184   cpsB TRUE 0.886 3.000 0.000 NA   NA
 7636781 7636782 HDEF_0184 HDEF_0185 cpsB   TRUE 0.796 14.000 0.000 NA   NA
 7636782 7636783 HDEF_0185 HDEF_0186     FALSE 0.351 71.000 0.000 NA   NA
 7636783 7636784 HDEF_0186 HDEF_0187     TRUE 0.854 7.000 0.000 NA   NA
 7636784 7636785 HDEF_0187 HDEF_0188     TRUE 0.705 32.000 0.000 NA   NA
 7636785 7636786 HDEF_0188 HDEF_0189     TRUE 0.710 31.000 0.000 NA   NA
 7636786 7636787 HDEF_0189 HDEF_0190   galE_2 FALSE 0.342 172.000 0.000 0.005 Y NA
 7636787 7636788 HDEF_0190 HDEF_0191 galE_2   FALSE 0.029 497.000 0.000 NA   NA
 7636788 7636789 HDEF_0191 HDEF_0192     FALSE 0.175 158.000 0.000 NA   NA
 7636789 7636790 HDEF_0192 HDEF_0193     FALSE 0.041 392.000 0.000 NA   NA
 7636790 7636791 HDEF_0193 HDEF_0194     TRUE 0.898 1.000 0.000 NA   NA
 7636791 7636792 HDEF_0194 HDEF_0195     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7636792 7636793 HDEF_0195 HDEF_0196     TRUE 0.642 -10.000 0.000 NA   NA
 7636793 7636794 HDEF_0196 HDEF_0197     TRUE 0.973 4.000 0.000 1.000 Y NA
 7636794 7636795 HDEF_0197 HDEF_0198     TRUE 0.495 56.000 0.000 NA   NA
 7636795 7636796 HDEF_0198 HDEF_0199     FALSE 0.216 135.000 0.000 NA   NA
 7636796 7636797 HDEF_0199 HDEF_0200     FALSE 0.420 -19.000 0.000 NA   NA
 7636797 7636798 HDEF_0200 HDEF_0201     FALSE 0.098 19.000 0.000 0.032   NA
 7636798 7636799 HDEF_0201 HDEF_0202     TRUE 0.981 0.000 0.114 1.000   NA
 7636799 7636800 HDEF_0202 HDEF_0203     TRUE 0.997 -3.000 0.714 1.000   NA
 7636800 7636801 HDEF_0203 HDEF_0204     TRUE 0.998 0.000 0.412 NA N NA
 7636801 7636802 HDEF_0204 HDEF_0205     TRUE 0.586 46.000 0.000 NA   NA
 7636802 7636803 HDEF_0205 HDEF_0206     TRUE 0.898 1.000 0.000 NA   NA
 7636803 7636804 HDEF_0206 HDEF_0207   hemH TRUE 0.700 33.000 0.000 NA   NA
 7636804 7636805 HDEF_0207 HDEF_0208 hemH accA FALSE 0.241 155.000 0.000 1.000 N NA
 7636805 7636806 HDEF_0208 HDEF_0209 accA dnaE TRUE 0.978 13.000 0.122 1.000 N NA
 7636806 7636807 HDEF_0209 HDEF_0210 dnaE   TRUE 0.774 32.000 0.000 1.000 N NA
 7636809 7636810 HDEF_0212 HDEF_0213 nadE   FALSE 0.310 101.000 0.000 1.000 N NA
 7636810 7636811 HDEF_0213 HDEF_0214     FALSE 0.182 248.000 0.000 NA N NA
 7636811 7636812 HDEF_0214 HDEF_0215     TRUE 0.774 17.000 0.000 NA   NA
 7636814 7636815 HDEF_0217 HDEF_0218     FALSE 0.123 201.000 0.000 NA   NA
 7636815 7636816 HDEF_0218 HDEF_0219   valS FALSE 0.383 78.000 0.000 1.000 N NA
 7636816 7636817 HDEF_0219 HDEF_0220 valS holC TRUE 0.980 8.000 0.089 1.000 N NA
 7636817 7636818 HDEF_0220 HDEF_0221 holC pepA TRUE 0.993 28.000 0.494 1.000 N NA
 7636819 7636820 HDEF_0222 HDEF_0223     TRUE 0.997 0.000 0.631 0.076   NA
 7636820 7636821 HDEF_0223 HDEF_0224   ompA FALSE 0.003 251.000 0.000 0.076   NA
 7636822 7636823 HDEF_0225 HDEF_0226 glmS glmU TRUE 0.985 15.000 0.055 1.000 Y NA
 7636824 7636825 HDEF_0227 HDEF_0228     TRUE 0.585 18.000 0.000 1.000   NA
 7636827 7636828 HDEF_0229 HDEF_0231   lpxK FALSE 0.050 356.000 0.000 NA   NA
 7636830 7636831 HDEF_0233 HDEF_0234 cspE_1   FALSE 0.199 274.000 0.004 NA   NA
 7636831 7636832 HDEF_0234 HDEF_0235   kdsB TRUE 0.995 0.000 0.265 NA   NA
 7636832 7636833 HDEF_0235 HDEF_0236 kdsB yifB FALSE 0.073 347.000 0.000 1.000 N NA
 7636834 7636835 HDEF_0237 HDEF_0238     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7636835 7636836 HDEF_0238 HDEF_0239   gspE TRUE 0.739 51.000 0.000 NA N NA
 7636836 7636837 HDEF_0239 HDEF_0240 gspE   TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7636837 7636838 HDEF_0240 HDEF_0241   gspD TRUE 0.998 -3.000 0.776 NA   NA
 7636838 7636839 HDEF_0241 HDEF_0243 gspD   TRUE 0.971 69.000 0.575 NA   NA
 7636839 7636840 HDEF_0243 HDEF_0245     FALSE 0.039 409.000 0.000 NA   NA
 7636840 7636841 HDEF_0245 HDEF_0246     FALSE 0.041 394.000 0.000 NA   NA
 7636843 7636844 HDEF_0248 HDEF_0249     TRUE 0.723 28.000 0.000 NA   NA
 7636844 7636845 HDEF_0249 HDEF_0250     FALSE 0.046 373.000 0.000 NA   NA
 7636846 7636847 HDEF_0251 HDEF_0252     FALSE 0.205 141.000 0.000 NA   NA
 7636848 7636849 HDEF_0253 HDEF_0254     TRUE 0.705 32.000 0.000 NA   NA
 7636850 7636851 HDEF_0255 HDEF_0256     TRUE 0.995 -3.000 0.351 NA   NA
 7636851 7636852 HDEF_0256 HDEF_0257     FALSE 0.086 250.000 0.000 NA   NA
 7636853 7636854 HDEF_0258 HDEF_0259     TRUE 0.814 12.000 0.000 NA   NA
 7636855 7636856 HDEF_0260 HDEF_0261     TRUE 0.995 -3.000 0.318 NA   NA
 7636858 7636859 HDEF_0263 HDEF_0264 mobA_1 hupA_1 FALSE 0.221 131.000 0.000 NA   NA
 7636860 7636861 HDEF_0265 HDEF_2345     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7636861 7636862 HDEF_2345 HDEF_0266     FALSE 0.252 -35.000 0.000 NA   NA
 7636862 7636863 HDEF_0266 HDEF_0267   gpmA FALSE 0.238 101.000 0.000 NA   NA
 7636863 7636864 HDEF_0267 HDEF_0268 gpmA   FALSE 0.310 101.000 0.000 1.000 N NA
 7636864 7636865 HDEF_0268 HDEF_0269     FALSE 0.125 198.000 0.000 NA   NA
 7636866 7636867 HDEF_0270 HDEF_0271 seqA nuoA TRUE 0.574 57.000 0.000 1.000 N NA
 7636867 7636868 HDEF_0271 HDEF_0272 nuoA nuoB TRUE 0.998 6.000 0.377 0.005 Y NA
 7636868 7636869 HDEF_0272 HDEF_0273 nuoB nuoC TRUE 0.999 8.000 0.691 0.005 Y NA
 7636869 7636870 HDEF_0273 HDEF_0274 nuoC nuoE TRUE 0.998 3.000 0.407 0.010 Y NA
 7636870 7636871 HDEF_0274 HDEF_0275 nuoE nuoF TRUE 0.994 -3.000 0.186 0.010 Y NA
 7636872 7636873 HDEF_0276 HDEF_0277 rtxB_1 rtxD TRUE 0.997 2.000 0.255 0.015 Y NA
 7636873 7636874 HDEF_0277 HDEF_0278 rtxD rtxB_2 TRUE 0.993 -3.000 0.170 0.015 Y NA
 7636876 7636877 HDEF_0280 HDEF_0281     FALSE 0.115 211.000 0.000 NA   NA
 7636879 7636880 HDEF_0283 HDEF_0284     FALSE 0.237 113.000 0.000 NA   NA
 7636880 7636881 HDEF_0284 HDEF_0285     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7636881 7636882 HDEF_0285 HDEF_0286     FALSE 0.035 434.000 0.000 NA   NA
 7636882 7636883 HDEF_0286 HDEF_0287     FALSE 0.251 89.000 0.000 NA   NA
 7636883 7636884 HDEF_0287 HDEF_0288     FALSE 0.255 88.000 0.000 NA   NA
 7636885 7636886 HDEF_0289 HDEF_0290   serC FALSE 0.162 77.000 0.000 1.000   NA
 7636886 7636887 HDEF_0290 HDEF_0291 serC gltP TRUE 0.710 31.000 0.000 NA   NA
 7636887 7636888 HDEF_0291 HDEF_0292 gltP rhlE FALSE 0.239 100.000 0.000 NA   NA
 7636890 7636891 HDEF_0294 HDEF_0295 purE purK TRUE 0.990 -3.000 0.136 0.002 Y NA
 7636891 7636892 HDEF_0295 HDEF_0296 purK coaE FALSE 0.309 105.000 0.000 1.000 N NA
 7636892 7636893 HDEF_0296 HDEF_2346 coaE   TRUE 0.680 36.000 0.000 NA   NA
 7636893 7636894 HDEF_2346 HDEF_0297     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7636894 7636895 HDEF_0297 HDEF_0298     FALSE 0.021 886.000 0.000 NA   NA
 7636896 7636897 HDEF_0299 HDEF_0300     TRUE 0.446 61.000 0.000 NA   NA
 7636897 7636898 HDEF_0300 HDEF_0301   rnr TRUE 0.959 -7.000 0.147 0.050 N NA
 7636898 7636899 HDEF_0301 HDEF_0302 rnr purA TRUE 0.657 78.000 0.010 1.000 N NA
 7636900 7636901 HDEF_0303 HDEF_0304     FALSE 0.057 586.000 0.000 NA N NA
 7636902 7636903 HDEF_0305 HDEF_0306 tyrP nrdB TRUE 0.746 39.000 0.000 1.000 N NA
 7636903 7636904 HDEF_0306 HDEF_0307 nrdB nrdA TRUE 0.843 36.000 0.000 0.002 Y NA
 7636904 7636905 HDEF_0307 HDEF_0308 nrdA tadG FALSE 0.062 309.000 0.000 NA   NA
 7636905 7636906 HDEF_0308 HDEF_0309 tadG   TRUE 0.991 34.000 0.500 NA   NA
 7636906 7636907 HDEF_0309 HDEF_0310   tadE TRUE 0.881 -25.000 0.200 NA   NA
 7636907 7636908 HDEF_0310 HDEF_0311 tadE tadD TRUE 0.998 -3.000 0.667 NA   NA
 7636908 7636909 HDEF_0311 HDEF_0312 tadD tadC TRUE 0.998 -3.000 0.273 NA Y NA
 7636909 7636910 HDEF_0312 HDEF_0313 tadC tadB TRUE 1.000 2.000 0.909 NA Y NA
 7636910 7636911 HDEF_0313 HDEF_0314 tadB   FALSE 0.420 -19.000 0.000 NA   NA
 7636911 7636912 HDEF_0314 HDEF_0315     TRUE 0.814 12.000 0.000 NA   NA
 7636912 7636913 HDEF_0315 HDEF_0316     TRUE 0.866 5.000 0.000 NA   NA
 7636913 7636914 HDEF_0316 HDEF_0317   rcpA TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7636914 7636915 HDEF_0317 HDEF_0318 rcpA   TRUE 0.998 6.000 0.889 NA   NA
 7636915 7636916 HDEF_0318 HDEF_0319     TRUE 0.954 53.000 0.222 NA   NA
 7636916 7636917 HDEF_0319 HDEF_0320     FALSE 0.022 749.000 0.000 NA   NA
 7636919 7636920 HDEF_0322 HDEF_0323 crr ptsI TRUE 0.883 137.000 0.203 0.005 Y NA
 7636920 7636921 HDEF_0323 HDEF_0324 ptsI ptsH TRUE 0.967 52.000 0.187 0.005 Y NA
 7636921 7636922 HDEF_0324 HDEF_0325 ptsH deaD FALSE 0.214 172.000 0.000 1.000 N NA
 7636922 7636923 HDEF_0325 HDEF_0326 deaD   FALSE 0.211 138.000 0.000 NA   NA
 7636923 7636924 HDEF_0326 HDEF_0327   pnp FALSE 0.083 256.000 0.000 NA   NA
 7636924 7636925 HDEF_0327 HDEF_0328 pnp rpsO TRUE 0.953 158.000 0.335 1.000 Y NA
 7636925 7636926 HDEF_0328 HDEF_0329 rpsO truB TRUE 0.828 250.000 0.211 1.000 Y NA
 7636926 7636927 HDEF_0329 HDEF_0330 truB rbfA TRUE 0.994 -10.000 0.318 1.000 Y NA
 7636927 7636928 HDEF_0330 HDEF_0331 rbfA infB TRUE 0.988 71.000 0.530 1.000 Y NA
 7636928 7636929 HDEF_0331 HDEF_0332 infB nusA TRUE 0.925 110.000 0.342 1.000 N NA
 7636929 7636930 HDEF_0332 HDEF_0333 nusA   TRUE 0.996 24.000 0.759 NA   NA
 7636930 7636931 HDEF_0333 HDEF_0334     FALSE 0.276 83.000 0.000 NA   NA
 7636931 7636932 HDEF_0334 HDEF_0335     FALSE 0.385 67.000 0.000 NA   NA
 7636932 7636933 HDEF_0335 HDEF_0336     FALSE 0.369 69.000 0.000 NA   NA
 7636933 7636934 HDEF_0336 HDEF_0337   secG FALSE 0.321 75.000 0.000 NA   NA
 7636936 7636937 HDEF_0339 HDEF_0340 pabB pilD TRUE 0.625 52.000 0.000 1.000 N NA
 7636937 7636938 HDEF_0340 HDEF_0341 pilD   TRUE 0.894 0.000 0.000 NA   NA
 7636938 7636939 HDEF_0341 HDEF_0342   gspM FALSE 0.310 77.000 0.000 NA   NA
 7636939 7636940 HDEF_0342 HDEF_0343 gspM gspL TRUE 0.999 11.000 0.811 1.000 Y NA
 7636940 7636941 HDEF_0343 HDEF_0344 gspL gspK TRUE 0.998 -3.000 0.537 0.073 Y NA
 7636941 7636942 HDEF_0344 HDEF_0345 gspK   FALSE 0.303 -28.000 0.000 NA   NA
 7636942 7636943 HDEF_0345 HDEF_0346   gspJ TRUE 0.875 4.000 0.000 NA   NA
 7636943 7636944 HDEF_0346 HDEF_0347 gspJ gspI TRUE 0.994 -3.000 0.569 0.006   NA
 7636944 7636945 HDEF_0347 HDEF_0348 gspI gspH TRUE 0.978 44.000 0.605 0.006   NA
 7636945 7636946 HDEF_0348 HDEF_0349 gspH gspG TRUE 0.994 1.000 0.425 0.006   NA
 7636946 7636947 HDEF_0349 HDEF_0350 gspG gspF TRUE 0.767 18.000 0.000 NA   NA
 7636947 7636948 HDEF_0350 HDEF_2347 gspF   TRUE 0.628 42.000 0.000 NA   NA
 7636948 7636949 HDEF_2347 HDEF_0351     FALSE 0.102 -1763.000 0.000 NA   NA
 7636950 7636951 HDEF_0352 HDEF_0353 rne pyrC TRUE 0.559 -40.000 0.007 1.000 N NA
 7636951 7636952 HDEF_0353 HDEF_0354 pyrC erpA TRUE 0.473 58.000 0.000 NA   NA
 7636953 7636954 HDEF_0355 HDEF_0356 obgE mltC TRUE 0.875 4.000 0.000 NA   NA
 7636954 7636955 HDEF_0356 HDEF_0357 mltC   TRUE 0.973 33.000 0.128 NA N NA
 7636955 7636956 HDEF_0357 HDEF_0358   mutY TRUE 0.979 -7.000 0.150 NA N NA
 7636958 7636959 HDEF_0360 HDEF_0361     FALSE 0.226 126.000 0.000 NA   NA
 7636959 7636960 HDEF_0361 HDEF_0362     TRUE 0.875 4.000 0.000 NA   NA
 7636961 7636962 HDEF_0363 HDEF_0364     FALSE 0.237 105.000 0.000 NA   NA
 7636962 7636963 HDEF_0364 HDEF_0365     TRUE 0.676 38.000 0.000 NA   NA
 7636964 7636965 HDEF_0366 HDEF_0367 gltX fis FALSE 0.359 82.000 0.000 1.000 N NA
 7636966 7636967 HDEF_0368 HDEF_0369   rpsT FALSE 0.215 -43.000 0.000 NA   NA
 7636968 7636969 HDEF_0370 HDEF_0371 nhaA dnaJ TRUE 0.680 79.000 0.022 1.000 N NA
 7636969 7636970 HDEF_0371 HDEF_0372 dnaJ dnaK TRUE 0.917 125.000 0.236 0.005 Y NA
 7636970 7636971 HDEF_0372 HDEF_0373 dnaK ppa TRUE 0.614 78.000 0.002 1.000 N NA
 7636971 7636972 HDEF_0373 HDEF_0374 ppa sthA TRUE 0.517 113.000 0.000 0.056 Y NA
 7636973 7636974 HDEF_0375 HDEF_0376 fabR glnH FALSE 0.041 505.000 0.000 1.000 N NA
 7636974 7636975 HDEF_0376 HDEF_0377 glnH glnP TRUE 0.974 35.000 0.103 0.041 Y NA
 7636975 7636976 HDEF_0377 HDEF_0378 glnP glnQ TRUE 0.990 -3.000 0.051 1.000 Y NA
 7636976 7636977 HDEF_0378 HDEF_0379 glnQ   TRUE 0.723 28.000 0.000 NA   NA
 7636977 7636978 HDEF_0379 HDEF_0380     TRUE 0.759 -6.000 0.000 NA   NA
 7636978 7636979 HDEF_0380 HDEF_0381     TRUE 0.825 11.000 0.000 NA   NA
 7636979 7636980 HDEF_0381 HDEF_0382   pckA FALSE 0.088 247.000 0.000 NA   NA
 7636980 7636981 HDEF_0382 HDEF_0383 pckA   FALSE 0.255 88.000 0.000 NA   NA
 7636983 7636984 HDEF_0385 HDEF_0386   kdsA TRUE 0.965 9.000 0.089 1.000   NA
 7636984 7636985 HDEF_0386 HDEF_0387 kdsA metN FALSE 0.102 279.000 0.000 1.000 N NA
 7636985 7636986 HDEF_0387 HDEF_0388 metN metI TRUE 0.998 -7.000 0.584 1.000 Y NA
 7636986 7636987 HDEF_0388 HDEF_0389 metI metQ TRUE 0.805 70.000 0.000 NA Y NA
 7636989 7636990 HDEF_0391 HDEF_0392 proS   TRUE 0.845 9.000 0.000 NA   NA
 7636993 7636994 HDEF_0395 HDEF_0396     TRUE 0.898 1.000 0.000 NA   NA
 7636994 7636995 HDEF_0396 HDEF_0397     FALSE 0.251 89.000 0.000 NA   NA
 7636999 7637000 HDEF_0401 HDEF_0402 proY folE TRUE 0.893 7.000 0.000 1.000 N NA
 7637000 7637001 HDEF_0402 HDEF_0403 folE   FALSE 0.147 81.000 0.000 1.000   NA
 7637001 7637002 HDEF_0403 HDEF_0404     FALSE 0.054 342.000 0.000 NA   NA
 7637002 7637003 HDEF_0404 HDEF_0405     TRUE 0.612 43.000 0.000 NA   NA
 7637003 7637004 HDEF_0405 HDEF_0406     FALSE 0.292 80.000 0.000 NA   NA
 7637004 7637005 HDEF_0406 HDEF_0408     TRUE 0.721 -7.000 0.000 NA   NA
 7637007 7637008 HDEF_0409 HDEF_0410     FALSE 0.268 85.000 0.000 NA   NA
 7637008 7637009 HDEF_0410 HDEF_0411     FALSE 0.024 633.000 0.000 NA   NA
 7637010 7637011 HDEF_0412 HDEF_0413     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7637012 7637013 HDEF_0414 HDEF_0415 virD4   TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637013 7637014 HDEF_0415 HDEF_0416   virB11 TRUE 0.997 17.000 1.000 NA   NA
 7637014 7637015 HDEF_0416 HDEF_0417 virB11 virB10 TRUE 0.985 -10.000 0.500 1.000   NA
 7637015 7637016 HDEF_0417 HDEF_0418 virB10   TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637016 7637017 HDEF_0418 HDEF_0419   virB9 TRUE 0.550 -13.000 0.000 NA   NA
 7637017 7637018 HDEF_0419 HDEF_0420 virB9 mobB_1 TRUE 0.981 4.000 0.000 NA Y NA
 7637018 7637019 HDEF_0420 HDEF_0421 mobB_1 mobC_1 TRUE 0.983 -10.000 0.333 NA   NA
 7637020 7637021 HDEF_0422 HDEF_0423     FALSE 0.123 201.000 0.000 NA   NA
 7637021 7637022 HDEF_0423 HDEF_0424   stbB_1 TRUE 0.894 2.000 0.000 NA   NA
 7637022 7637023 HDEF_0424 HDEF_0425 stbB_1   TRUE 0.803 13.000 0.000 NA   NA
 7637023 7637024 HDEF_0425 HDEF_0426     FALSE 0.169 164.000 0.000 NA   NA
 7637024 7637025 HDEF_0426 HDEF_0427     TRUE 0.998 0.000 0.613 NA   NA
 7637026 7637027 HDEF_0428 HDEF_0429 virB6   TRUE 0.996 23.000 1.000 NA   NA
 7637027 7637028 HDEF_0429 HDEF_0430   vagD TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637028 7637029 HDEF_0430 HDEF_0431 vagD vagC TRUE 0.987 12.000 0.214 NA   NA
 7637029 7637030 HDEF_0431 HDEF_0432 vagC virB5 FALSE 0.327 74.000 0.000 NA   NA
 7637030 7637031 HDEF_0432 HDEF_0433 virB5 virB4 TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637031 7637032 HDEF_0433 HDEF_0434 virB4   FALSE 0.038 415.000 0.000 NA   NA
 7637032 7637033 HDEF_0434 HDEF_0435     FALSE 0.210 139.000 0.000 NA   NA
 7637033 7637034 HDEF_0435 HDEF_0436     FALSE 0.395 66.000 0.000 NA   NA
 7637034 7637035 HDEF_0436 HDEF_0437   rtxA_02 FALSE 0.067 296.000 0.000 NA   NA
 7637035 7637036 HDEF_0437 HDEF_0438 rtxA_02 rtxA_01 TRUE 0.835 10.000 0.000 NA   NA
 7637037 7637038 HDEF_0439 HDEF_0440 rtxA_03   FALSE 0.213 136.000 0.000 NA   NA
 7637038 7637039 HDEF_0440 HDEF_2348     FALSE 0.252 -35.000 0.000 NA   NA
 7637039 7637040 HDEF_2348 HDEF_0441     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7637040 7637041 HDEF_0441 HDEF_0442   rluC FALSE 0.036 348.000 0.000 0.047 N NA
 7637041 7637042 HDEF_0442 HDEF_0443 rluC   FALSE 0.361 70.000 0.000 NA   NA
 7637042 7637043 HDEF_0443 HDEF_0444   rpmF TRUE 0.995 17.000 0.599 NA   NA
 7637043 7637044 HDEF_0444 HDEF_0445 rpmF fabH FALSE 0.356 220.000 0.014 1.000 N NA
 7637044 7637045 HDEF_0445 HDEF_0446 fabH fabD TRUE 0.987 20.000 0.182 0.008 Y NA
 7637045 7637046 HDEF_0446 HDEF_0447 fabD fabG TRUE 0.993 -10.000 0.432 0.008 Y NA
 7637046 7637047 HDEF_0447 HDEF_0448 fabG acpP TRUE 0.741 366.000 0.321 0.008 Y NA
 7637047 7637048 HDEF_0448 HDEF_0449 acpP fabF TRUE 0.985 65.000 0.346 1.000 Y NA
 7637048 7637049 HDEF_0449 HDEF_0450 fabF   FALSE 0.347 203.000 0.019 NA   NA
 7637049 7637050 HDEF_0450 HDEF_0451   tmk TRUE 0.968 -10.000 0.209 NA   NA
 7637050 7637051 HDEF_0451 HDEF_0452 tmk holB TRUE 0.993 5.000 0.211 1.000 N NA
 7637051 7637052 HDEF_0452 HDEF_0453 holB   TRUE 0.988 30.000 0.110 NA Y NA
 7637052 7637053 HDEF_0453 HDEF_0454   ptsG FALSE 0.370 239.000 0.004 NA N NA
 7637054 7637055 HDEF_0455 HDEF_0456 ung srmB TRUE 0.655 -34.000 0.000 1.000 Y NA
 7637055 7637056 HDEF_0456 HDEF_0457 srmB   FALSE 0.064 303.000 0.000 NA   NA
 7637059 7637060 HDEF_0460 HDEF_0461 mdh clpS FALSE 0.237 105.000 0.000 NA   NA
 7637060 7637061 HDEF_0461 HDEF_0462 clpS clpA TRUE 0.994 28.000 0.596 NA   NA
 7637062 7637063 HDEF_0463 HDEF_0464 infA   FALSE 0.268 85.000 0.000 NA   NA
 7637064 7637065 HDEF_0465 HDEF_0466   rplY FALSE 0.412 121.000 0.000 NA N NA
 7637066 7637067 HDEF_0467 HDEF_0468 folB   TRUE 0.835 10.000 0.000 NA   NA
 7637068 7637069 HDEF_0469 HDEF_0470     FALSE 0.234 118.000 0.000 NA   NA
 7637072 7637073 HDEF_0473 HDEF_0474 uspA murI FALSE 0.351 84.000 0.000 1.000 N NA
 7637073 7637074 HDEF_0474 HDEF_0475 murI   FALSE 0.351 71.000 0.000 NA   NA
 7637074 7637075 HDEF_0475 HDEF_0476   orn FALSE 0.255 88.000 0.000 NA   NA
 7637076 7637077 HDEF_0477 HDEF_0478   psd TRUE 0.950 16.000 0.095 1.000   NA
 7637077 7637078 HDEF_0478 HDEF_0479 psd   TRUE 0.492 291.000 0.148 1.000 N NA
 7637079 7637080 HDEF_0480 HDEF_0481 lysS pilT_1 FALSE 0.180 192.000 0.000 1.000 N NA
 7637081 7637082 HDEF_0482 HDEF_0483   proC TRUE 0.918 -13.000 0.125 NA   NA
 7637085 7637086 HDEF_0486 HDEF_0487   manA TRUE 0.994 39.000 0.778 NA   NA
 7637089 7637090 HDEF_0489 HDEF_0491   amiB TRUE 0.980 -3.000 0.109 NA   NA
 7637090 7637091 HDEF_0491 HDEF_0492 amiB mutL_1 TRUE 0.924 48.000 0.092 1.000 N NA
 7637091 7637092 HDEF_0492 HDEF_0493 mutL_1 miaA TRUE 0.954 -13.000 0.188 1.000 N NA
 7637092 7637093 HDEF_0493 HDEF_0494 miaA hfq TRUE 0.897 153.000 0.531 1.000   NA
 7637094 7637095 HDEF_0495 HDEF_0496     FALSE 0.243 95.000 0.000 NA   NA
 7637096 7637097 HDEF_0497 HDEF_0498 hflK hflC TRUE 0.999 6.000 0.947 0.018 Y NA
 7637098 7637099 HDEF_0499 HDEF_0500 rimI holD TRUE 0.851 -16.000 0.121 1.000   NA
 7637100 7637101 HDEF_0501 HDEF_0502   nuoN FALSE 0.340 72.000 0.000 NA   NA
 7637103 7637104 HDEF_0504 HDEF_0505 priA mscL FALSE 0.200 180.000 0.000 1.000 N NA
 7637104 7637105 HDEF_0505 HDEF_0506 mscL metK FALSE 0.043 487.000 0.000 1.000 N NA
 7637105 7637106 HDEF_0506 HDEF_0507 metK   TRUE 0.705 32.000 0.000 NA   NA
 7637107 7637108 HDEF_0508 HDEF_0509 pyrE rph TRUE 0.955 35.000 0.108 1.000 N NA
 7637110 7637111 HDEF_0511 HDEF_0512 speD speE TRUE 0.944 74.000 0.162 1.000 Y NA
 7637112 7637113 HDEF_0513 HDEF_0514     TRUE 0.751 4.000 0.000 1.000   NA
 7637113 7637114 HDEF_0514 HDEF_0515   rnd TRUE 0.525 -7.000 0.000 1.000   NA
 7637116 7637117 HDEF_0517 HDEF_0518 sirA   FALSE 0.139 187.000 0.000 NA   NA
 7637117 7637118 HDEF_0518 HDEF_0519     TRUE 0.568 49.000 0.000 NA   NA
 7637118 7637119 HDEF_0519 HDEF_0520     FALSE 0.081 258.000 0.000 NA   NA
 7637121 7637122 HDEF_0522 HDEF_0523     FALSE 0.195 -52.000 0.000 NA   NA
 7637126 7637127 HDEF_0527 HDEF_0528 rpoE rseA TRUE 0.997 26.000 0.705 NA N NA
 7637127 7637128 HDEF_0528 HDEF_0529 rseA rseB TRUE 0.999 24.000 0.856 NA Y NA
 7637128 7637129 HDEF_0529 HDEF_0530 rseB lepA TRUE 0.933 -3.000 0.000 NA N NA
 7637129 7637130 HDEF_0530 HDEF_0531 lepA lepB TRUE 0.945 42.000 0.187 1.000   NA
 7637130 7637131 HDEF_0531 HDEF_0532 lepB rnc TRUE 0.716 80.000 0.117 1.000   NA
 7637131 7637132 HDEF_0532 HDEF_0533 rnc era TRUE 0.964 -3.000 0.127 0.045   NA
 7637132 7637133 HDEF_0533 HDEF_0534 era recO TRUE 0.959 13.000 0.109 1.000   NA
 7637133 7637134 HDEF_0534 HDEF_0535 recO mscS FALSE 0.312 98.000 0.000 1.000 N NA
 7637134 7637135 HDEF_0535 HDEF_0536 mscS   TRUE 0.628 42.000 0.000 NA   NA
 7637136 7637137 HDEF_0537 HDEF_0538 fepE ugd TRUE 0.836 56.000 0.000 1.000 Y NA
 7637137 7637138 HDEF_0538 HDEF_0539 ugd   FALSE 0.184 189.000 0.000 1.000 N NA
 7637138 7637139 HDEF_0539 HDEF_2349     FALSE 0.175 -63.000 0.000 NA   NA
 7637139 7637140 HDEF_2349 HDEF_0540     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7637140 7637141 HDEF_0540 HDEF_0541     FALSE 0.035 602.000 0.000 1.000 N NA
 7637141 7637142 HDEF_0541 HDEF_0542   iscS TRUE 0.694 43.000 0.000 1.000 N NA
 7637142 7637143 HDEF_0542 HDEF_0543 iscS mutT TRUE 0.681 44.000 0.000 1.000 N NA
 7637143 7637144 HDEF_0543 HDEF_0544 mutT   FALSE 0.292 80.000 0.000 NA   NA
 7637144 7637145 HDEF_0544 HDEF_0545   nfuA TRUE 0.548 51.000 0.000 NA   NA
 7637145 7637146 HDEF_0545 HDEF_0546 nfuA gntX TRUE 0.820 54.000 0.066 1.000   NA
 7637147 7637148 HDEF_0547 HDEF_0548 bioH   FALSE 0.131 194.000 0.000 NA   NA
 7637148 7637149 HDEF_0548 HDEF_0549     TRUE 0.845 9.000 0.000 NA   NA
 7637149 7637150 HDEF_0549 HDEF_0550     TRUE 0.700 33.000 0.000 NA   NA
 7637150 7637151 HDEF_0550 HDEF_0551     TRUE 0.756 21.000 0.000 NA   NA
 7637152 7637153 HDEF_0552 HDEF_0553   rluD FALSE 0.385 -21.000 0.000 NA   NA
 7637154 7637155 HDEF_0554 HDEF_0555 yfiO raiA TRUE 0.860 40.000 0.004 NA   NA
 7637155 7637156 HDEF_0555 HDEF_0556 raiA mnmA TRUE 0.878 56.000 0.000 NA Y NA
 7637156 7637157 HDEF_0556 HDEF_0557 mnmA purB TRUE 0.563 112.000 0.006 1.000 N NA
 7637158 7637159 HDEF_0558 HDEF_0559 pmbA   FALSE 0.241 97.000 0.000 NA   NA
 7637159 7637160 HDEF_0559 HDEF_0560     TRUE 0.813 -19.000 0.061 NA   NA
 7637160 7637161 HDEF_0560 HDEF_0561     FALSE 0.095 237.000 0.000 NA   NA
 7637161 7637162 HDEF_0561 HDEF_0562     FALSE 0.036 430.000 0.000 NA   NA
 7637162 7637163 HDEF_0562 HDEF_0563     TRUE 0.998 9.000 1.000 NA   NA
 7637163 7637164 HDEF_0563 HDEF_0564     TRUE 0.943 -43.000 0.600 NA   NA
 7637164 7637165 HDEF_0564 HDEF_0565     TRUE 0.963 -28.000 0.600 NA   NA
 7637165 7637166 HDEF_0565 HDEF_0566     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637166 7637167 HDEF_0566 HDEF_0567     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637167 7637168 HDEF_0567 HDEF_0568     TRUE 0.477 -16.000 0.000 NA   NA
 7637168 7637169 HDEF_0568 HDEF_0569     FALSE 0.027 548.000 0.000 NA   NA
 7637170 7637171 HDEF_0570 HDEF_0571     FALSE 0.040 401.000 0.000 NA   NA
 7637171 7637172 HDEF_0571 HDEF_0572     TRUE 0.782 16.000 0.000 NA   NA
 7637175 7637176 HDEF_0575 HDEF_0576     TRUE 0.859 6.000 0.000 NA   NA
 7637176 7637177 HDEF_0576 HDEF_0577     TRUE 0.894 0.000 0.000 NA   NA
 7637177 7637178 HDEF_0577 HDEF_0578     TRUE 0.559 50.000 0.000 NA   NA
 7637178 7637179 HDEF_0578 HDEF_0579   cox_1 FALSE 0.059 330.000 0.000 NA   NA
 7637181 7637182 HDEF_0581 HDEF_2350     FALSE 0.175 -63.000 0.000 NA   NA
 7637182 7637183 HDEF_2350 HDEF_0582     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7637183 7637184 HDEF_0582 HDEF_0583   rpsR FALSE 0.038 546.000 0.000 1.000 N NA
 7637184 7637185 HDEF_0583 HDEF_0584 rpsR priB TRUE 0.987 5.000 0.128 1.000 N NA
 7637185 7637186 HDEF_0584 HDEF_0585 priB rpsF TRUE 0.985 -3.000 0.122 1.000 N NA
 7637186 7637187 HDEF_0585 HDEF_0586 rpsF rnhB FALSE 0.211 173.000 0.000 1.000 N NA
 7637187 7637188 HDEF_0586 HDEF_0587 rnhB lpxB TRUE 0.993 0.000 0.186 1.000 N NA
 7637188 7637189 HDEF_0587 HDEF_0588 lpxB lpxA TRUE 0.998 2.000 0.289 1.000 Y NA
 7637189 7637190 HDEF_0588 HDEF_0589 lpxA fabZ TRUE 0.999 4.000 0.850 1.000 N NA
 7637190 7637191 HDEF_0589 HDEF_0590 fabZ lpxD TRUE 0.951 162.000 0.796 1.000 N NA
 7637191 7637192 HDEF_0590 HDEF_0591 lpxD hlpA TRUE 0.999 6.000 0.814 1.000 Y NA
 7637192 7637193 HDEF_0591 HDEF_0592 hlpA   TRUE 0.996 29.000 0.354 1.000 Y NA
 7637193 7637194 HDEF_0592 HDEF_0593   rseP TRUE 0.990 36.000 0.204 1.000 Y NA
 7637194 7637195 HDEF_0593 HDEF_0594 rseP cdsA TRUE 0.885 57.000 0.080 1.000 N NA
 7637195 7637196 HDEF_0594 HDEF_0595 cdsA ispU TRUE 0.998 10.000 0.400 1.000 Y NA
 7637197 7637198 HDEF_0596 HDEF_0597     TRUE 0.894 2.000 0.000 NA   NA
 7637198 7637199 HDEF_0597 HDEF_0598     FALSE 0.371 -22.000 0.000 NA   NA
 7637200 7637201 HDEF_0599 HDEF_0600 aguA aguB TRUE 0.978 0.000 0.095 1.000   NA
 7637201 7637202 HDEF_0600 HDEF_0601 aguB   TRUE 0.754 44.000 0.004 1.000   NA
 7637202 7637203 HDEF_0601 HDEF_0602     TRUE 0.997 0.000 0.263 NA N NA
 7637203 7637204 HDEF_0602 HDEF_0603   gshB TRUE 0.817 101.000 0.120 NA N NA
 7637204 7637205 HDEF_0603 HDEF_0604 gshB rsmE TRUE 0.977 17.000 0.173 NA   NA
 7637205 7637206 HDEF_0604 HDEF_0605 rsmE thiQ TRUE 0.774 17.000 0.000 NA   NA
 7637206 7637207 HDEF_0605 HDEF_0606 thiQ thiP TRUE 0.981 -13.000 0.522 0.023 N NA
 7637207 7637208 HDEF_0606 HDEF_0607 thiP tbpA TRUE 0.971 -24.000 0.697 0.038 N NA
 7637208 7637209 HDEF_0607 HDEF_0608 tbpA hofC TRUE 0.822 19.000 0.000 1.000 N NA
 7637209 7637210 HDEF_0608 HDEF_0609 hofC hofB TRUE 0.998 15.000 0.571 1.000 Y NA
 7637210 7637211 HDEF_0609 HDEF_0610 hofB pilA TRUE 0.999 0.000 0.556 NA Y NA
 7637212 7637213 HDEF_0611 HDEF_0612 glyQ glyS TRUE 0.997 24.000 0.651 0.001 Y NA
 7637215 7637216 HDEF_0614 HDEF_0615     TRUE 0.716 182.000 0.200 NA   NA
 7637217 7637218 HDEF_0616 HDEF_0617     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7637219 7637220 HDEF_0618 HDEF_2351     FALSE 0.205 -45.000 0.000 NA   NA
 7637220 7637221 HDEF_2351 HDEF_0619     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7637221 7637222 HDEF_0619 HDEF_0620     TRUE 0.762 19.000 0.000 NA   NA
 7637222 7637223 HDEF_0620 HDEF_0621   rtxA_04 TRUE 0.550 -13.000 0.000 NA   NA
 7637223 7637224 HDEF_0621 HDEF_0622 rtxA_04 rtxA_05 TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637226 7637227 HDEF_0624 HDEF_0625 gmk rpoZ TRUE 0.950 87.000 0.471 1.000 N NA
 7637227 7637228 HDEF_0625 HDEF_0626 rpoZ spoT TRUE 0.998 9.000 0.291 1.000 Y NA
 7637228 7637229 HDEF_0626 HDEF_0627 spoT recG TRUE 0.823 101.000 0.034 1.000 Y NA
 7637229 7637230 HDEF_0627 HDEF_0628 recG groES FALSE 0.142 226.000 0.000 1.000 N NA
 7637230 7637231 HDEF_0628 HDEF_0629 groES groEL TRUE 0.993 60.000 0.631 1.000 Y NA
 7637231 7637232 HDEF_0629 HDEF_0630 groEL   FALSE 0.039 404.000 0.000 NA   NA
 7637232 7637233 HDEF_0630 HDEF_0631     FALSE 0.065 302.000 0.000 NA   NA
 7637233 7637234 HDEF_0631 HDEF_0632     FALSE 0.067 297.000 0.000 NA   NA
 7637235 7637236 HDEF_0633 HDEF_0634     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637236 7637237 HDEF_0634 HDEF_0635     TRUE 0.550 -13.000 0.000 NA   NA
 7637237 7637238 HDEF_0635 HDEF_0636   rtxA_06 TRUE 0.759 -6.000 0.000 NA   NA
 7637243 7637244 HDEF_0641 HDEF_0642 xthA sppA TRUE 0.816 54.000 0.006 1.000 N NA
 7637244 7637245 HDEF_0642 HDEF_0643 sppA rpsU FALSE 0.097 293.000 0.000 1.000 N NA
 7637245 7637246 HDEF_0643 HDEF_0644 rpsU dnaG TRUE 0.533 194.000 0.067 1.000 N NA
 7637246 7637247 HDEF_0644 HDEF_0645 dnaG rpoD TRUE 0.881 155.000 0.299 1.000 N NA
 7637247 7637248 HDEF_0645 HDEF_0646 rpoD zwf FALSE 0.294 127.000 0.000 1.000 N NA
 7637249 7637250 HDEF_0647 HDEF_0648     TRUE 0.814 12.000 0.000 NA   NA
 7637250 7637251 HDEF_0648 HDEF_0649   znuB FALSE 0.063 515.000 0.000 NA N NA
 7637251 7637252 HDEF_0649 HDEF_0650 znuB znuC TRUE 0.998 -7.000 0.755 1.000 Y NA
 7637253 7637254 HDEF_0651 HDEF_0652 znuA   TRUE 0.817 83.000 0.131 1.000 N NA
 7637254 7637255 HDEF_0652 HDEF_0653   lpxM TRUE 0.995 33.000 0.299 1.000 Y NA
 7637255 7637256 HDEF_0653 HDEF_0654 lpxM rppH FALSE 0.224 165.000 0.000 1.000 N NA
 7637256 7637257 HDEF_0654 HDEF_0655 rppH pyrD TRUE 0.819 20.000 0.000 1.000 N NA
 7637259 7637260 HDEF_0657 HDEF_0658   uup TRUE 0.898 -9.000 0.061 1.000   NA
 7637263 7637264 HDEF_0661 HDEF_0662     TRUE 0.835 10.000 0.000 NA   NA
 7637265 7637266 HDEF_0663 HDEF_0664   slyA TRUE 0.756 21.000 0.000 NA   NA
 7637266 7637267 HDEF_0664 HDEF_0665 slyA   FALSE 0.169 164.000 0.000 NA   NA
 7637267 7637268 HDEF_0665 HDEF_0666     TRUE 0.769 -5.000 0.000 NA   NA
 7637269 7637270 HDEF_0667 HDEF_0668     FALSE 0.195 145.000 0.000 NA   NA
 7637270 7637271 HDEF_0668 HDEF_0669   slyB TRUE 0.731 26.000 0.000 NA   NA
 7637272 7637273 HDEF_0670 HDEF_0671 pdxH tyrS TRUE 0.688 90.000 0.054 1.000 N NA
 7637273 7637274 HDEF_0671 HDEF_0672 tyrS mrdA TRUE 0.854 13.000 0.000 1.000 N NA
 7637274 7637275 HDEF_0672 HDEF_0673 mrdA mrdB TRUE 0.975 6.000 0.046 1.000 N NA
 7637275 7637276 HDEF_0673 HDEF_0674 mrdB dacA TRUE 0.546 110.000 0.003 1.000 N NA
 7637276 7637277 HDEF_0674 HDEF_0675 dacA   TRUE 0.950 25.000 0.081 NA   NA
 7637277 7637278 HDEF_0675 HDEF_0676   lipB TRUE 0.987 13.000 0.219 NA   NA
 7637278 7637279 HDEF_0676 HDEF_0677 lipB lipA TRUE 0.991 36.000 0.319 0.001 Y NA
 7637279 7637280 HDEF_0677 HDEF_0678 lipA dnaB FALSE 0.194 182.000 0.000 1.000 N NA
 7637280 7637281 HDEF_0678 HDEF_0679 dnaB alr TRUE 0.991 19.000 0.317 1.000 N NA
 7637281 7637282 HDEF_0679 HDEF_0680 alr lysP FALSE 0.253 149.000 0.000 1.000 N NA
 7637282 7637283 HDEF_0680 HDEF_0681 lysP yeeF TRUE 0.523 79.000 0.000 0.003 Y NA
 7637285 7637286 HDEF_0683 HDEF_0684 dnaQ_1   FALSE 0.231 120.000 0.000 NA   NA
 7637287 7637288 HDEF_0685 HDEF_0686     TRUE 0.756 21.000 0.000 NA   NA
 7637288 7637289 HDEF_0686 HDEF_0687     TRUE 0.575 48.000 0.000 NA   NA
 7637289 7637290 HDEF_0687 HDEF_0688     TRUE 0.437 62.000 0.000 NA   NA
 7637291 7637292 HDEF_0689 HDEF_0690     TRUE 0.461 59.000 0.000 NA   NA
 7637292 7637293 HDEF_0690 HDEF_0691   purM FALSE 0.226 126.000 0.000 NA   NA
 7637293 7637294 HDEF_0691 HDEF_0692 purM purN TRUE 0.994 11.000 0.230 0.004 Y NA
 7637294 7637295 HDEF_0692 HDEF_0693 purN speG TRUE 0.880 -12.000 0.017 1.000 N NA
 7637295 7637296 HDEF_0693 HDEF_0694 speG aroA TRUE 0.681 44.000 0.000 1.000 N NA
 7637296 7637297 HDEF_0694 HDEF_0695 aroA cmk TRUE 0.978 35.000 0.209 1.000 N NA
 7637297 7637298 HDEF_0695 HDEF_0696 cmk rpsA TRUE 0.902 120.000 0.281 1.000 N NA
 7637298 7637299 HDEF_0696 HDEF_0697 rpsA ihfB TRUE 0.978 48.000 0.292 1.000 N NA
 7637299 7637300 HDEF_0697 HDEF_0698 ihfB   FALSE 0.056 336.000 0.000 NA   NA
 7637300 7637301 HDEF_0698 HDEF_0699   dapF TRUE 0.937 13.000 0.012 NA   NA
 7637301 7637302 HDEF_0699 HDEF_0700 dapF uvrD TRUE 0.646 50.000 0.000 1.000 N NA
 7637303 7637304 HDEF_0701 HDEF_0702   smpB FALSE 0.199 143.000 0.000 NA   NA
 7637305 7637306 HDEF_0703 HDEF_0704 hemC hemD TRUE 0.993 9.000 0.205 0.003 Y NA
 7637306 7637307 HDEF_0704 HDEF_0705 hemD hemX TRUE 0.997 34.000 0.600 1.000 Y NA
 7637307 7637308 HDEF_0705 HDEF_0706 hemX hemY TRUE 0.886 3.000 0.000 NA   NA
 7637310 7637311 HDEF_0708 HDEF_0709     FALSE 0.008 -55.000 0.000 0.017   NA
 7637312 7637313 HDEF_0710 HDEF_0711 rpoC rpoB TRUE 0.755 264.000 0.851 0.001   NA
 7637313 7637314 HDEF_0711 HDEF_0712 rpoB rplL FALSE 0.333 439.000 0.223 1.000   NA
 7637314 7637315 HDEF_0712 HDEF_0713 rplL rplJ TRUE 0.995 53.000 0.884 0.027 Y NA
 7637315 7637316 HDEF_0713 HDEF_0714 rplJ rplA TRUE 0.756 358.000 0.302 0.037 Y NA
 7637316 7637317 HDEF_0714 HDEF_0715 rplA rplK TRUE 0.999 5.000 0.838 0.037 Y NA
 7637317 7637318 HDEF_0715 HDEF_0716 rplK nusG TRUE 0.798 375.000 0.681 1.000 N NA
 7637318 7637319 HDEF_0716 HDEF_0717 nusG secE TRUE 0.980 2.000 0.037 1.000 N NA
 7637319 7637320 HDEF_0717 HDEF_0718 secE tufB TRUE 0.619 78.000 0.002 1.000 N NA
 7637320 7637321 HDEF_0718 HDEF_0719 tufB fusA TRUE 0.959 86.000 0.400 0.001 Y NA
 7637321 7637322 HDEF_0719 HDEF_0720 fusA rpsG TRUE 0.979 132.000 0.579 1.000 Y NA
 7637322 7637323 HDEF_0720 HDEF_0721 rpsG rpsL TRUE 0.973 98.000 0.620 0.006 Y NA
 7637325 7637326 HDEF_0724 HDEF_0725     FALSE 0.420 -19.000 0.000 NA   NA
 7637326 7637327 HDEF_0725 HDEF_2353     FALSE 0.175 -63.000 0.000 NA   NA
 7637327 7637328 HDEF_2353 HDEF_0726     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7637330 7637331 HDEF_0728 HDEF_0729 finO_1   TRUE 0.753 22.000 0.000 NA   NA
 7637331 7637332 HDEF_0729 HDEF_0731   hupA_2 FALSE 0.021 2629.000 0.000 NA   NA
 7637332 7637333 HDEF_0731 HDEF_0732 hupA_2 mobA_2 FALSE 0.221 131.000 0.000 NA   NA
 7637333 7637334 HDEF_0732 HDEF_0733 mobA_2 mobB_2 TRUE 0.898 1.000 0.000 NA   NA
 7637335 7637336 HDEF_0734 HDEF_0735 mobC_2   TRUE 0.850 8.000 0.000 NA   NA
 7637337 7637338 HDEF_0736 HDEF_0737     TRUE 0.721 -7.000 0.000 NA   NA
 7637339 7637340 HDEF_0738 HDEF_0739     TRUE 0.975 -3.000 0.077 NA   NA
 7637344 7637345 HDEF_0743 HDEF_0744     TRUE 0.886 3.000 0.000 NA   NA
 7637345 7637346 HDEF_0744 HDEF_0745     FALSE 0.024 617.000 0.000 NA   NA
 7637347 7637348 HDEF_2355 HDEF_0746     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7637349 7637350 HDEF_0747 HDEF_0748 ndk   FALSE 0.371 -22.000 0.000 NA   NA
 7637350 7637351 HDEF_0748 HDEF_0749     FALSE 0.168 -64.000 0.000 NA   NA
 7637351 7637352 HDEF_0749 HDEF_0750   pilF TRUE 0.576 98.000 0.067 1.000   NA
 7637352 7637353 HDEF_0750 HDEF_0751 pilF   TRUE 0.642 -10.000 0.000 NA   NA
 7637353 7637354 HDEF_0751 HDEF_0752   ispG FALSE 0.148 180.000 0.000 NA   NA
 7637354 7637355 HDEF_0752 HDEF_0753 ispG hisS TRUE 0.983 23.000 0.207 1.000 N NA
 7637355 7637356 HDEF_0753 HDEF_0754 hisS   TRUE 0.980 24.000 0.259 1.000   NA
 7637356 7637357 HDEF_0754 HDEF_0755   yfgL TRUE 0.994 12.000 0.492 1.000   NA
 7637357 7637358 HDEF_0755 HDEF_0756 yfgL engA TRUE 0.713 156.000 0.203 1.000   NA
 7637358 7637359 HDEF_0756 HDEF_0757 engA   FALSE 0.237 111.000 0.000 NA   NA
 7637360 7637361 HDEF_0758 HDEF_0759     FALSE 0.094 238.000 0.000 NA   NA
 7637361 7637362 HDEF_0759 HDEF_0760     TRUE 0.898 1.000 0.000 NA   NA
 7637362 7637363 HDEF_0760 HDEF_0761     FALSE 0.232 -40.000 0.000 NA   NA
 7637366 7637367 HDEF_0764 HDEF_0765 glnS pyrG TRUE 0.705 67.000 0.003 1.000 N NA
 7637367 7637368 HDEF_0765 HDEF_0766 pyrG eno TRUE 0.776 77.000 0.068 1.000 N NA
 7637368 7637369 HDEF_0766 HDEF_0767 eno queC FALSE 0.118 104.000 0.000 1.000   NA
 7637369 7637370 HDEF_0767 HDEF_0768 queC zipA FALSE 0.116 118.000 0.000 1.000   NA
 7637370 7637371 HDEF_0768 HDEF_0769 zipA ligA TRUE 0.983 -3.000 0.106 1.000 N NA
 7637372 7637373 HDEF_0770 HDEF_0771   cytR FALSE 0.167 165.000 0.000 NA   NA
 7637373 7637374 HDEF_0771 HDEF_0772 cytR   FALSE 0.046 370.000 0.000 NA   NA
 7637374 7637375 HDEF_0772 HDEF_0773     TRUE 0.997 -3.000 0.575 NA   NA
 7637375 7637376 HDEF_0773 HDEF_0774   apaH TRUE 0.625 52.000 0.000 1.000 N NA
 7637376 7637377 HDEF_0774 HDEF_0775 apaH ksgA TRUE 0.816 59.000 0.025 1.000 N NA
 7637377 7637378 HDEF_0775 HDEF_0776 ksgA pdxA TRUE 0.969 -10.000 0.197 1.000 N NA
 7637378 7637379 HDEF_0776 HDEF_0777 pdxA surA TRUE 0.992 -10.000 0.561 1.000 N NA
 7637379 7637380 HDEF_0777 HDEF_0778 surA imp TRUE 0.830 101.000 0.182 1.000 N NA
 7637381 7637382 HDEF_0779 HDEF_0780   pdxB FALSE 0.102 230.000 0.000 NA   NA
 7637382 7637383 HDEF_0780 HDEF_0781 pdxB   TRUE 0.853 82.000 0.097 0.010 Y NA
 7637383 7637384 HDEF_0781 HDEF_0782   truA TRUE 0.980 0.000 0.040 1.000 N NA
 7637384 7637385 HDEF_0782 HDEF_0783 truA dedA TRUE 0.788 61.000 0.038 NA   NA
 7637385 7637386 HDEF_0783 HDEF_0784 dedA accD TRUE 0.849 46.000 0.020 NA   NA
 7637386 7637387 HDEF_0784 HDEF_0785 accD folC TRUE 0.912 152.000 0.383 1.000 N NA
 7637387 7637388 HDEF_0785 HDEF_0786 folC   TRUE 0.970 -10.000 0.216 NA   NA
 7637388 7637389 HDEF_0786 HDEF_0787     TRUE 0.919 48.000 0.116 NA   NA
 7637389 7637390 HDEF_0787 HDEF_0788   purF TRUE 0.985 15.000 0.262 1.000   NA
 7637390 7637391 HDEF_0788 HDEF_0789 purF ubiX TRUE 0.961 16.000 0.056 1.000 N NA
 7637391 7637392 HDEF_0789 HDEF_0790 ubiX   TRUE 0.754 49.000 0.000 NA N NA
 7637392 7637393 HDEF_0790 HDEF_0791   secB TRUE 0.960 50.000 0.158 NA N NA
 7637393 7637394 HDEF_0791 HDEF_0792 secB   TRUE 0.994 2.000 0.206 1.000 N NA
 7637394 7637395 HDEF_0792 HDEF_0793     FALSE 0.134 190.000 0.000 NA   NA
 7637396 7637397 HDEF_0794 HDEF_0795 rfaE rplI FALSE 0.309 105.000 0.000 1.000 N NA
 7637397 7637398 HDEF_0795 HDEF_2356 rplI   TRUE 0.612 43.000 0.000 NA   NA
 7637398 7637399 HDEF_2356 HDEF_0796     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7637400 7637401 HDEF_0797 HDEF_0798   lolA FALSE 0.205 141.000 0.000 NA   NA
 7637401 7637402 HDEF_0798 HDEF_0799 lolA parE FALSE 0.219 169.000 0.000 1.000 N NA
 7637402 7637403 HDEF_0799 HDEF_0800 parE   TRUE 0.467 84.000 0.000 NA N NA
 7637403 7637404 HDEF_0800 HDEF_0801   parC FALSE 0.279 184.000 0.000 NA N NA
 7637404 7637405 HDEF_0801 HDEF_0802 parC plsC TRUE 0.831 61.000 0.043 1.000 N NA
 7637406 7637407 HDEF_0803 HDEF_0804 pykF   FALSE 0.060 314.000 0.000 NA   NA
 7637407 7637408 HDEF_0804 HDEF_0805     FALSE 0.255 88.000 0.000 NA   NA
 7637408 7637409 HDEF_0805 HDEF_0806     FALSE 0.415 148.000 0.033 1.000   NA
 7637409 7637410 HDEF_0806 HDEF_0807   lon TRUE 0.816 88.000 0.015 1.000 Y NA
 7637410 7637411 HDEF_0807 HDEF_0808 lon clpX TRUE 0.769 294.000 0.201 1.000 Y NA
 7637411 7637412 HDEF_0808 HDEF_0809 clpX clpP TRUE 0.994 43.000 0.352 1.000 Y NA
 7637412 7637413 HDEF_0809 HDEF_0810 clpP tig TRUE 0.959 148.000 0.351 1.000 Y NA
 7637413 7637414 HDEF_0810 HDEF_0811 tig   FALSE 0.061 313.000 0.000 NA   NA
 7637414 7637415 HDEF_0811 HDEF_0812     FALSE 0.080 262.000 0.000 NA   NA
 7637415 7637416 HDEF_0812 HDEF_0813     FALSE 0.327 74.000 0.000 NA   NA
 7637416 7637417 HDEF_0813 HDEF_0814     TRUE 0.717 29.000 0.000 NA   NA
 7637417 7637418 HDEF_0814 HDEF_0815     TRUE 0.886 3.000 0.000 NA   NA
 7637420 7637421 HDEF_0817 HDEF_0818 prmA panF TRUE 0.764 -24.000 0.041 1.000 N NA
 7637421 7637422 HDEF_0818 HDEF_0819 panF   TRUE 0.998 -3.000 0.682 NA   NA
 7637423 7637424 HDEF_0820 HDEF_0821     TRUE 0.453 60.000 0.000 NA   NA
 7637424 7637425 HDEF_0821 HDEF_0822   pabA FALSE 0.237 105.000 0.000 NA   NA
 7637425 7637426 HDEF_0822 HDEF_0823 pabA lpxL FALSE 0.261 144.000 0.000 1.000 N NA
 7637427 7637428 HDEF_0824 HDEF_0825     TRUE 0.721 -7.000 0.000 NA   NA
 7637431 7637432 HDEF_0828 HDEF_0829 recN smpA TRUE 0.864 56.000 0.049 1.000 N NA
 7637432 7637433 HDEF_0829 HDEF_0830 smpA ribF FALSE 0.345 85.000 0.000 1.000 N NA
 7637433 7637434 HDEF_0830 HDEF_0831 ribF ileS TRUE 0.986 28.000 0.254 1.000 N NA
 7637434 7637435 HDEF_0831 HDEF_0832 ileS lspA TRUE 0.982 1.000 0.045 1.000 N NA
 7637435 7637436 HDEF_0832 HDEF_0833 lspA fkbP TRUE 0.991 2.000 0.154 1.000 N NA
 7637436 7637437 HDEF_0833 HDEF_0834 fkbP ispH TRUE 0.982 -19.000 0.626 1.000 N NA
 7637437 7637438 HDEF_0834 HDEF_0835 ispH   FALSE 0.187 152.000 0.000 NA   NA
 7637439 7637440 HDEF_0836 HDEF_0837     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7637440 7637441 HDEF_0837 HDEF_0839     TRUE 0.774 17.000 0.000 NA   NA
 7637444 7637445 HDEF_0841 HDEF_0842 rfaF rfaC TRUE 0.993 10.000 0.205 0.002 Y NA
 7637446 7637447 HDEF_0843 HDEF_0844     TRUE 0.898 1.000 0.000 NA   NA
 7637448 7637449 HDEF_0845 HDEF_2357     FALSE 0.032 470.000 0.000 NA   NA
 7637449 7637450 HDEF_2357 HDEF_0847     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7637451 7637452 HDEF_0848 HDEF_0849 rtxA_09 rtxA_08 FALSE 0.140 -88.000 0.000 NA   NA
 7637452 7637453 HDEF_0849 HDEF_0850 rtxA_08   FALSE 0.161 171.000 0.000 NA   NA
 7637455 7637456 HDEF_0852 HDEF_0853     TRUE 0.988 -3.000 0.185 NA   NA
 7637456 7637457 HDEF_0853 HDEF_0854     TRUE 0.989 5.000 0.185 NA   NA
 7637457 7637458 HDEF_0854 HDEF_0855   yqjA FALSE 0.182 154.000 0.000 NA   NA
 7637459 7637460 HDEF_0856 HDEF_0857 arnC arnA TRUE 0.998 0.000 0.220 NA Y NA
 7637460 7637461 HDEF_0857 HDEF_0858 arnA arnD TRUE 0.999 -3.000 0.447 1.000 Y NA
 7637461 7637462 HDEF_0858 HDEF_0859 arnD arnT TRUE 0.979 5.000 0.061 1.000 N NA
 7637462 7637463 HDEF_0859 HDEF_0860 arnT arnE TRUE 0.983 -3.000 0.105 1.000 N NA
 7637463 7637464 HDEF_0860 HDEF_0861 arnE arnF TRUE 0.991 -3.000 0.226 NA   NA
 7637465 7637466 HDEF_0862 HDEF_0863 mrcB polA TRUE 0.605 54.000 0.000 1.000 N NA
 7637466 7637467 HDEF_0863 HDEF_0864 polA   FALSE 0.055 337.000 0.000 NA   NA
 7637467 7637468 HDEF_0864 HDEF_0865     FALSE 0.058 332.000 0.000 NA   NA
 7637468 7637469 HDEF_0865 HDEF_0866   pssA FALSE 0.076 273.000 0.000 NA   NA
 7637469 7637470 HDEF_0866 HDEF_0867 pssA   FALSE 0.184 153.000 0.000 NA   NA
 7637471 7637472 HDEF_0868 HDEF_0869 aspS   TRUE 0.849 51.000 0.039 NA   NA
 7637472 7637473 HDEF_0869 HDEF_0870   ruvC TRUE 0.993 6.000 0.277 NA   NA
 7637475 7637476 HDEF_0872 HDEF_0873   expI FALSE 0.033 451.000 0.000 NA   NA
 7637477 7637478 HDEF_0874 HDEF_0875 expR purL TRUE 0.474 67.000 0.000 1.000 N NA
 7637478 7637479 HDEF_0875 HDEF_0876 purL pepN FALSE 0.261 144.000 0.000 1.000 N NA
 7637480 7637481 HDEF_0877 HDEF_0878 asnS   TRUE 0.550 -13.000 0.000 NA   NA
 7637483 7637484 HDEF_0880 HDEF_0881     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637485 7637486 HDEF_0882 HDEF_0883     FALSE 0.237 109.000 0.000 NA   NA
 7637487 7637488 HDEF_0884 HDEF_0885   rus TRUE 0.886 3.000 0.000 NA   NA
 7637488 7637489 HDEF_0885 HDEF_0886 rus   TRUE 0.854 7.000 0.000 NA   NA
 7637489 7637490 HDEF_0886 HDEF_0887     FALSE 0.236 114.000 0.000 NA   NA
 7637492 7637493 HDEF_0889 HDEF_0890     FALSE 0.119 205.000 0.000 NA   NA
 7637493 7637494 HDEF_0890 HDEF_0891     TRUE 0.875 4.000 0.000 NA   NA
 7637494 7637495 HDEF_0891 HDEF_0892     TRUE 0.894 0.000 0.000 NA   NA
 7637495 7637496 HDEF_0892 HDEF_0893     FALSE 0.236 115.000 0.000 NA   NA
 7637496 7637497 HDEF_0893 HDEF_0894     TRUE 0.898 1.000 0.000 NA   NA
 7637497 7637498 HDEF_0894 HDEF_0895     TRUE 0.774 17.000 0.000 NA   NA
 7637498 7637499 HDEF_0895 HDEF_0896     FALSE 0.178 156.000 0.000 NA   NA
 7637499 7637500 HDEF_0896 HDEF_0897     TRUE 0.721 -7.000 0.000 NA   NA
 7637500 7637501 HDEF_0897 HDEF_0898     TRUE 0.980 3.000 0.074 NA   NA
 7637501 7637502 HDEF_0898 HDEF_0899     TRUE 0.803 13.000 0.000 NA   NA
 7637502 7637503 HDEF_0899 HDEF_0900     TRUE 0.590 45.000 0.000 NA   NA
 7637503 7637504 HDEF_0900 HDEF_0901     FALSE 0.136 189.000 0.000 NA   NA
 7637504 7637505 HDEF_0901 HDEF_0902     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637505 7637506 HDEF_0902 HDEF_0903     TRUE 0.537 52.000 0.000 NA   NA
 7637506 7637507 HDEF_0903 HDEF_0904     TRUE 0.866 5.000 0.000 NA   NA
 7637508 7637509 HDEF_0905 HDEF_0906     FALSE 0.107 219.000 0.000 NA   NA
 7637514 7637515 HDEF_0911 HDEF_0912     FALSE 0.302 78.000 0.000 NA   NA
 7637515 7637516 HDEF_0912 HDEF_0913     FALSE 0.369 69.000 0.000 NA   NA
 7637516 7637517 HDEF_0913 HDEF_0914     FALSE 0.236 115.000 0.000 NA   NA
 7637517 7637518 HDEF_0914 HDEF_0915     FALSE 0.245 93.000 0.000 NA   NA
 7637519 7637520 HDEF_0916 HDEF_0917   C_2 TRUE 0.581 47.000 0.000 NA   NA
 7637521 7637522 HDEF_0918 HDEF_0919 cox_2   FALSE 0.059 326.000 0.000 NA   NA
 7637524 7637525 HDEF_0921 HDEF_0922     FALSE 0.236 116.000 0.000 NA   NA
 7637525 7637526 HDEF_0922 HDEF_0923   O_1 FALSE 0.022 808.000 0.000 NA   NA
 7637526 7637527 HDEF_0923 HDEF_0924 O_1   FALSE 0.221 131.000 0.000 NA   NA
 7637528 7637529 HDEF_0925 HDEF_0926     FALSE 0.068 295.000 0.000 NA   NA
 7637531 7637532 HDEF_0928 HDEF_0929     FALSE 0.321 75.000 0.000 NA   NA
 7637532 7637533 HDEF_0929 HDEF_0930   aexT_1 FALSE 0.351 71.000 0.000 NA   NA
 7637534 7637535 HDEF_0931 HDEF_0932     FALSE 0.069 35.000 0.000 0.007   NA
 7637535 7637536 HDEF_0932 HDEF_0933     FALSE 0.081 260.000 0.000 NA   NA
 7637536 7637537 HDEF_0933 HDEF_0934     FALSE 0.027 539.000 0.000 NA   NA
 7637538 7637539 HDEF_0935 HDEF_0936     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7637542 7637543 HDEF_0939 HDEF_0940     FALSE 0.205 141.000 0.000 NA   NA
 7637543 7637544 HDEF_0940 HDEF_0941     FALSE 0.210 139.000 0.000 NA   NA
 7637544 7637545 HDEF_0941 HDEF_0942   pilL_1 TRUE 0.894 0.000 0.000 NA   NA
 7637545 7637546 HDEF_0942 HDEF_0943 pilL_1 pilN_1 TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637547 7637548 HDEF_0944 HDEF_0945     TRUE 0.960 -25.000 0.500 NA   NA
 7637549 7637550 HDEF_0946 HDEF_0947 pilO_1 pilP_1 TRUE 0.989 -13.000 0.750 NA   NA
 7637550 7637551 HDEF_0947 HDEF_0948 pilP_1 pilQ_1 TRUE 0.998 -3.000 0.750 NA   NA
 7637551 7637552 HDEF_0948 HDEF_0949 pilQ_1 pilR_1 TRUE 0.996 -13.000 0.600 NA Y NA
 7637552 7637553 HDEF_0949 HDEF_0950 pilR_1 pilS2_1 TRUE 0.997 11.000 0.600 NA   NA
 7637554 7637555 HDEF_0951 HDEF_0952     TRUE 0.987 -12.000 0.514 NA   NA
 7637556 7637557 HDEF_0953 HDEF_0954 pilV_1 pilM_1 TRUE 0.559 50.000 0.000 NA   NA
 7637557 7637558 HDEF_0954 HDEF_0955 pilM_1   TRUE 0.998 3.000 0.750 NA   NA
 7637558 7637559 HDEF_0955 HDEF_0956   pilT_2 FALSE 0.404 43.000 0.000 1.000   NA
 7637559 7637560 HDEF_0956 HDEF_0957 pilT_2 traH_1 FALSE 0.377 68.000 0.000 NA   NA
 7637560 7637561 HDEF_0957 HDEF_0958 traH_1 traI_1 TRUE 0.789 15.000 0.000 NA   NA
 7637561 7637562 HDEF_0958 HDEF_0959 traI_1 traJ_1 TRUE 0.550 -13.000 0.000 NA   NA
 7637563 7637564 HDEF_0960 HDEF_0961     TRUE 0.996 9.000 0.487 NA   NA
 7637565 7637566 HDEF_0962 HDEF_0963 traK_1 traC_1 TRUE 0.767 18.000 0.000 NA   NA
 7637566 7637567 HDEF_0963 HDEF_0964 traC_1   TRUE 0.898 1.000 0.000 NA   NA
 7637567 7637568 HDEF_0964 HDEF_0965   traL TRUE 0.814 12.000 0.000 NA   NA
 7637568 7637569 HDEF_0965 HDEF_0966 traL traM_1 TRUE 0.737 25.000 0.000 NA   NA
 7637569 7637570 HDEF_0966 HDEF_0967 traM_1 traN TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637570 7637571 HDEF_0967 HDEF_0968 traN traO TRUE 0.835 10.000 0.000 NA   NA
 7637571 7637572 HDEF_0968 HDEF_0969 traO   TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637572 7637573 HDEF_0969 HDEF_0970   traU TRUE 0.721 -7.000 0.000 NA   NA
 7637573 7637574 HDEF_0970 HDEF_0971 traU traW TRUE 0.473 58.000 0.000 NA   NA
 7637574 7637575 HDEF_0971 HDEF_0972 traW traX TRUE 0.721 -7.000 0.000 NA   NA
 7637575 7637576 HDEF_0972 HDEF_0973 traX traY FALSE 0.238 102.000 0.000 NA   NA
 7637576 7637577 HDEF_0973 HDEF_0974 traY   FALSE 0.351 71.000 0.000 NA   NA
 7637577 7637578 HDEF_0974 HDEF_0975     FALSE 0.310 77.000 0.000 NA   NA
 7637578 7637579 HDEF_0975 HDEF_0976     TRUE 0.998 10.000 1.000 NA   NA
 7637579 7637580 HDEF_0976 HDEF_0977     FALSE 0.327 74.000 0.000 NA   NA
 7637580 7637581 HDEF_0977 HDEF_0978   trbA FALSE 0.361 70.000 0.000 NA   NA
 7637581 7637582 HDEF_0978 HDEF_0979 trbA trbB FALSE 0.317 76.000 0.000 NA   NA
 7637582 7637583 HDEF_0979 HDEF_0980 trbB trbC_2 TRUE 0.721 -7.000 0.000 NA   NA
 7637584 7637585 HDEF_2358 HDEF_0981     FALSE 0.121 -502.000 0.000 NA   NA
 7637586 7637587 HDEF_2359 HDEF_0982     FALSE 0.102 -1763.000 0.000 NA   NA
 7637588 7637589 HDEF_0983 HDEF_2360     FALSE 0.114 -1178.000 0.000 NA   NA
 7637589 7637590 HDEF_2360 HDEF_0984   dnaC FALSE 0.252 -35.000 0.000 NA   NA
 7637590 7637591 HDEF_0984 HDEF_0985 dnaC O_2 TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637591 7637592 HDEF_0985 HDEF_0986 O_2   TRUE 0.721 -7.000 0.000 NA   NA
 7637592 7637593 HDEF_0986 HDEF_0987     TRUE 0.484 57.000 0.000 NA   NA
 7637593 7637594 HDEF_0987 HDEF_0988     FALSE 0.212 137.000 0.000 NA   NA
 7637594 7637595 HDEF_0988 HDEF_0989     FALSE 0.351 71.000 0.000 NA   NA
 7637598 7637599 HDEF_2361 HDEF_0992     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7637601 7637602 HDEF_0994 HDEF_0995     FALSE 0.165 167.000 0.000 NA   NA
 7637602 7637603 HDEF_0995 HDEF_0996     TRUE 0.679 -9.000 0.000 NA   NA
 7637605 7637606 HDEF_0998 HDEF_999     TRUE 0.642 -10.000 0.000 NA   NA
 7637607 7637608 HDEF_1000 HDEF_1001     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7637609 7637610 HDEF_1002 HDEF_1003     FALSE 0.193 147.000 0.000 NA   NA
 7637610 7637611 HDEF_1003 HDEF_1004     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637611 7637612 HDEF_1004 HDEF_1005     FALSE 0.268 85.000 0.000 NA   NA
 7637612 7637613 HDEF_1005 HDEF_1006     FALSE 0.351 71.000 0.000 NA   NA
 7637613 7637614 HDEF_1006 HDEF_1007     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637616 7637617 HDEF_1009 HDEF_1010     TRUE 0.700 33.000 0.000 NA   NA
 7637617 7637618 HDEF_1010 HDEF_1011     FALSE 0.237 -19.000 0.000 1.000   NA
 7637618 7637619 HDEF_1011 HDEF_1012     FALSE 0.130 -163.000 0.000 NA   NA
 7637620 7637621 HDEF_1013 HDEF_1014     TRUE 0.998 4.000 0.833 NA   NA
 7637623 7637624 HDEF_1016 HDEF_1017     FALSE 0.205 141.000 0.000 NA   NA
 7637624 7637625 HDEF_1017 HDEF_1018     FALSE 0.286 81.000 0.000 NA   NA
 7637625 7637626 HDEF_1018 HDEF_1019     TRUE 0.814 12.000 0.000 NA   NA
 7637626 7637627 HDEF_1019 HDEF_1020     FALSE 0.247 91.000 0.000 NA   NA
 7637627 7637628 HDEF_1020 HDEF_1021     FALSE 0.062 310.000 0.000 NA   NA
 7637629 7637630 HDEF_1022 HDEF_1023     FALSE 0.070 290.000 0.000 NA   NA
 7637630 7637631 HDEF_1023 HDEF_1024     TRUE 0.484 57.000 0.000 NA   NA
 7637632 7637633 HDEF_1025 HDEF_1026 pilN_2   FALSE 0.223 130.000 0.000 NA   NA
 7637633 7637634 HDEF_1026 HDEF_1027     FALSE 0.041 399.000 0.000 NA   NA
 7637636 7637637 HDEF_1029 HDEF_2362 repA_1   FALSE 0.225 127.000 0.000 NA   NA
 7637637 7637638 HDEF_2362 HDEF_1030   mobA_3 FALSE 0.317 76.000 0.000 NA   NA
 7637638 7637639 HDEF_1030 HDEF_1031 mobA_3 mobB_3 TRUE 0.898 1.000 0.000 NA   NA
 7637643 7637644 HDEF_1035 HDEF_1036     TRUE 0.774 17.000 0.000 NA   NA
 7637644 7637645 HDEF_1036 HDEF_1037     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637646 7637647 HDEF_1038 HDEF_1039     TRUE 0.991 -6.000 0.357 NA   NA
 7637648 7637649 HDEF_1040 HDEF_1041     FALSE 0.238 103.000 0.000 NA   NA
 7637650 7637651 HDEF_1042 HDEF_1043     TRUE 0.612 43.000 0.000 NA   NA
 7637651 7637652 HDEF_1043 HDEF_1044     TRUE 0.642 -10.000 0.000 NA   NA
 7637652 7637653 HDEF_1044 HDEF_1045   queF_1 TRUE 0.971 3.000 0.027 NA   NA
 7637654 7637655 HDEF_1046 HDEF_1047     TRUE 0.598 44.000 0.000 NA   NA
 7637655 7637656 HDEF_1047 HDEF_1048     TRUE 0.894 2.000 0.000 NA   NA
 7637656 7637657 HDEF_1048 HDEF_1049     TRUE 0.992 -3.000 0.242 NA   NA
 7637658 7637659 HDEF_1050 HDEF_1051     TRUE 0.835 10.000 0.000 NA   NA
 7637660 7637661 HDEF_1052 HDEF_1053     FALSE 0.013 -31.000 0.000 0.005   NA
 7637661 7637662 HDEF_1053 HDEF_1055     FALSE 0.298 190.000 0.000 0.005 Y NA
 7637663 7637664 HDEF_1054 HDEF_1056     FALSE 0.013 -31.000 0.000 0.005   NA
 7637665 7637666 HDEF_1057 HDEF_1058   repA_2 TRUE 0.495 -15.000 0.000 NA   NA
 7637668 7637669 HDEF_1060 HDEF_1061     FALSE 0.225 -42.000 0.000 NA   NA
 7637671 7637672 HDEF_1063 HDEF_1064     FALSE 0.094 238.000 0.000 NA   NA
 7637673 7637674 HDEF_1065 HDEF_1066     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637674 7637675 HDEF_1066 HDEF_1067     TRUE 0.898 1.000 0.000 NA   NA
 7637675 7637676 HDEF_1067 HDEF_1068     FALSE 0.241 96.000 0.000 NA   NA
 7637676 7637677 HDEF_1068 HDEF_1069   mobD TRUE 0.898 1.000 0.000 NA   NA
 7637677 7637678 HDEF_1069 HDEF_1070 mobD   FALSE 0.236 116.000 0.000 NA   NA
 7637678 7637679 HDEF_1070 HDEF_1071     TRUE 0.559 50.000 0.000 NA   NA
 7637679 7637680 HDEF_1071 HDEF_1072     TRUE 0.477 -16.000 0.000 NA   NA
 7637681 7637682 HDEF_1073 HDEF_1074     FALSE 0.146 181.000 0.000 NA   NA
 7637682 7637683 HDEF_1074 HDEF_1075     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637684 7637685 HDEF_1076 HDEF_1077     TRUE 0.977 -16.000 0.490 NA   NA
 7637685 7637686 HDEF_1077 HDEF_1078     FALSE 0.153 175.000 0.000 NA   NA
 7637687 7637688 HDEF_1079 HDEF_1080     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7637689 7637690 HDEF_1081 HDEF_1082     TRUE 0.835 10.000 0.000 NA   NA
 7637690 7637691 HDEF_1082 HDEF_1083     TRUE 0.568 49.000 0.000 NA   NA
 7637691 7637692 HDEF_1083 HDEF_1084     TRUE 0.890 90.000 0.471 0.068   NA
 7637693 7637694 HDEF_1085 HDEF_1086     TRUE 0.995 -3.000 0.366 NA   NA
 7637694 7637695 HDEF_1086 HDEF_1087     FALSE 0.237 105.000 0.000 NA   NA
 7637695 7637696 HDEF_1087 HDEF_1088     TRUE 0.774 17.000 0.000 NA   NA
 7637696 7637697 HDEF_1088 HDEF_1089     FALSE 0.146 181.000 0.000 NA   NA
 7637697 7637698 HDEF_1089 HDEF_1090     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637698 7637699 HDEF_1090 HDEF_1091     FALSE 0.232 -40.000 0.000 NA   NA
 7637703 7637704 HDEF_1095 HDEF_1096     TRUE 0.598 44.000 0.000 NA   NA
 7637704 7637705 HDEF_1096 HDEF_1097     FALSE 0.139 187.000 0.000 NA   NA
 7637705 7637706 HDEF_1097 HDEF_1098     TRUE 0.642 -10.000 0.000 NA   NA
 7637706 7637707 HDEF_1098 HDEF_1099     TRUE 0.992 -3.000 0.235 NA   NA
 7637711 7637712 HDEF_1103 HDEF_1104 yopT_1   FALSE 0.420 -19.000 0.000 NA   NA
 7637712 7637713 HDEF_1104 HDEF_1105     TRUE 0.537 52.000 0.000 NA   NA
 7637713 7637714 HDEF_1105 HDEF_1106     FALSE 0.315 -27.000 0.000 NA   NA
 7637714 7637715 HDEF_1106 HDEF_1107     TRUE 0.850 8.000 0.000 NA   NA
 7637715 7637716 HDEF_1107 HDEF_1108     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637716 7637717 HDEF_1108 HDEF_1109     FALSE 0.029 496.000 0.000 NA   NA
 7637717 7637718 HDEF_1109 HDEF_1110     TRUE 0.894 0.000 0.000 NA   NA
 7637718 7637719 HDEF_1110 HDEF_1111     FALSE 0.100 233.000 0.000 NA   NA
 7637719 7637720 HDEF_1111 HDEF_1112     FALSE 0.331 -25.000 0.000 NA   NA
 7637721 7637722 HDEF_1113 HDEF_1114     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637723 7637724 HDEF_1115 HDEF_1116 topB   FALSE 0.187 152.000 0.000 NA   NA
 7637724 7637725 HDEF_1116 HDEF_1117     FALSE 0.035 439.000 0.000 NA   NA
 7637726 7637727 HDEF_1118 HDEF_1119   nleD FALSE 0.035 433.000 0.000 NA   NA
 7637727 7637728 HDEF_1119 HDEF_1120 nleD   FALSE 0.051 350.000 0.000 NA   NA
 7637730 7637731 HDEF_1122 HDEF_1123 mpg_1   FALSE 0.043 385.000 0.000 NA   NA
 7637731 7637732 HDEF_1123 HDEF_1124     FALSE 0.053 344.000 0.000 NA   NA
 7637732 7637733 HDEF_1124 HDEF_1125     FALSE 0.074 277.000 0.000 NA   NA
 7637733 7637734 HDEF_1125 HDEF_1126     FALSE 0.038 415.000 0.000 NA   NA
 7637734 7637735 HDEF_1126 HDEF_1127     FALSE 0.416 64.000 0.000 NA   NA
 7637740 7637741 HDEF_1132 HDEF_1133     FALSE 0.088 245.000 0.000 NA   NA
 7637741 7637742 HDEF_1133 HDEF_1134     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637742 7637743 HDEF_1134 HDEF_1135     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637743 7637744 HDEF_1135 HDEF_1136     FALSE 0.128 196.000 0.000 NA   NA
 7637744 7637745 HDEF_1136 HDEF_1137     FALSE 0.237 107.000 0.000 NA   NA
 7637745 7637746 HDEF_1137 HDEF_1138     TRUE 0.994 2.000 0.229 NA   NA
 7637746 7637747 HDEF_1138 HDEF_1139     FALSE 0.057 334.000 0.000 NA   NA
 7637749 7637750 HDEF_1141 HDEF_1142 repA_3   FALSE 0.146 181.000 0.000 NA   NA
 7637753 7637754 HDEF_1145 HDEF_1146   exoY_1 FALSE 0.093 240.000 0.000 NA   NA
 7637755 7637756 HDEF_1147 HDEF_1148     TRUE 0.759 -6.000 0.000 NA   NA
 7637756 7637757 HDEF_1148 HDEF_1149     FALSE 0.056 336.000 0.000 NA   NA
 7637757 7637758 HDEF_1149 HDEF_1150     TRUE 0.427 63.000 0.000 NA   NA
 7637759 7637760 HDEF_1151 HDEF_1152     FALSE 0.109 217.000 0.000 NA   NA
 7637761 7637762 HDEF_1153 HDEF_1154     TRUE 0.705 32.000 0.000 NA   NA
 7637763 7637764 HDEF_1155 HDEF_2363 yopT_2   TRUE 0.642 -10.000 0.000 NA   NA
 7637764 7637765 HDEF_2363 HDEF_1156     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7637765 7637766 HDEF_1156 HDEF_1157   rtxA_10 FALSE 0.218 132.000 0.000 NA   NA
 7637766 7637767 HDEF_1157 HDEF_1158 rtxA_10 rtxA_11 TRUE 0.789 15.000 0.000 NA   NA
 7637767 7637768 HDEF_1158 HDEF_1159 rtxA_11 rtxA_12 FALSE 0.232 119.000 0.000 NA   NA
 7637770 7637771 HDEF_1161 HDEF_1162   hupB FALSE 0.027 313.000 0.000 1.000   NA
 7637772 7637773 HDEF_1163 HDEF_1164     FALSE 0.037 426.000 0.000 NA   NA
 7637773 7637774 HDEF_1164 HDEF_1165     TRUE 0.605 -12.000 0.000 NA   NA
 7637775 7637776 HDEF_1166 HDEF_1167 dcm_2 vsr TRUE 0.721 -7.000 0.000 NA   NA
 7637776 7637777 HDEF_1167 HDEF_1168 vsr   TRUE 0.932 -3.000 0.048 0.066   NA
 7637777 7637778 HDEF_1168 HDEF_1169     FALSE 0.066 299.000 0.000 NA   NA
 7637779 7637780 HDEF_1170 HDEF_1171     FALSE 0.044 377.000 0.000 NA   NA
 7637781 7637782 HDEF_1172 HDEF_1173     FALSE 0.161 171.000 0.000 NA   NA
 7637782 7637783 HDEF_1173 HDEF_1174     FALSE 0.048 361.000 0.000 NA   NA
 7637783 7637784 HDEF_1174 HDEF_1175     FALSE 0.217 134.000 0.000 NA   NA
 7637784 7637785 HDEF_1175 HDEF_1176     FALSE 0.107 219.000 0.000 NA   NA
 7637785 7637786 HDEF_1176 HDEF_1177     FALSE 0.034 441.000 0.000 NA   NA
 7637789 7637790 HDEF_1180 HDEF_1181     TRUE 0.998 0.000 0.605 NA   NA
 7637790 7637791 HDEF_1181 HDEF_1182     FALSE 0.058 569.000 0.000 NA N NA
 7637793 7637794 HDEF_1184 HDEF_1185 rtxA_13   FALSE 0.333 73.000 0.000 NA   NA
 7637794 7637795 HDEF_1185 HDEF_1186   rtxA_14 FALSE 0.021 1662.000 0.000 NA   NA
 7637796 7637797 HDEF_1187 HDEF_1188     FALSE 0.351 71.000 0.000 NA   NA
 7637798 7637799 HDEF_1189 HDEF_1190     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637799 7637800 HDEF_1190 HDEF_1191     FALSE 0.031 475.000 0.000 NA   NA
 7637803 7637804 HDEF_1194 HDEF_1195 rtxA_15   FALSE 0.302 78.000 0.000 NA   NA
 7637804 7637805 HDEF_1195 HDEF_1196     FALSE 0.327 74.000 0.000 NA   NA
 7637807 7637808 HDEF_1198 HDEF_1199     FALSE 0.237 110.000 0.000 NA   NA
 7637809 7637810 HDEF_1200 HDEF_1201 bioD bioC TRUE 0.854 -22.000 0.054 0.003 Y NA
 7637810 7637811 HDEF_1201 HDEF_1202 bioC bioF TRUE 0.994 -3.000 0.133 1.000 Y NA
 7637811 7637812 HDEF_1202 HDEF_1203 bioF bioB TRUE 0.997 1.000 0.168 1.000 Y NA
 7637812 7637813 HDEF_1203 HDEF_1204 bioB msbA FALSE 0.299 124.000 0.000 1.000 N NA
 7637813 7637814 HDEF_1204 HDEF_1205 msbA   TRUE 0.915 16.000 0.075 0.053   NA
 7637816 7637817 HDEF_1207 HDEF_1208   putA FALSE 0.385 67.000 0.000 NA   NA
 7637818 7637819 HDEF_1209 HDEF_1210   putP FALSE 0.156 -79.000 0.000 NA   NA
 7637820 7637821 HDEF_1211 HDEF_1212     TRUE 0.721 -7.000 0.000 NA   NA
 7637821 7637822 HDEF_1212 HDEF_1213     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637822 7637823 HDEF_1213 HDEF_1214   orgAb TRUE 0.990 -7.000 0.400 NA   NA
 7637823 7637824 HDEF_1214 HDEF_1215 orgAb orgA TRUE 0.959 -43.000 1.000 NA   NA
 7637824 7637825 HDEF_1215 HDEF_1216 orgA prgK TRUE 0.993 1.000 0.238 1.000   NA
 7637825 7637826 HDEF_1216 HDEF_1217 prgK prgJ TRUE 0.996 0.000 0.286 NA   NA
 7637826 7637827 HDEF_1217 HDEF_1218 prgJ   TRUE 0.982 62.000 0.667 NA   NA
 7637827 7637828 HDEF_1218 HDEF_1219   prgH TRUE 0.996 15.000 0.667 NA   NA
 7637828 7637829 HDEF_1219 HDEF_1220 prgH   TRUE 0.737 25.000 0.000 NA   NA
 7637830 7637831 HDEF_1221 HDEF_1222     FALSE 0.181 155.000 0.000 NA   NA
 7637831 7637832 HDEF_1222 HDEF_2364     FALSE 0.252 -35.000 0.000 NA   NA
 7637832 7637833 HDEF_2364 HDEF_1223     FALSE 0.067 -1765.000 0.000 NA   NA
 7637833 7637834 HDEF_1223 HDEF_1224   pilQ_2 FALSE 0.420 -19.000 0.000 NA   NA
 7637834 7637835 HDEF_1224 HDEF_1225 pilQ_2   TRUE 0.427 63.000 0.000 NA   NA
 7637837 7637838 HDEF_1227 HDEF_1228 pilR_2 pilS TRUE 0.998 3.000 0.667 NA   NA
 7637838 7637839 HDEF_1228 HDEF_1229 pilS   TRUE 0.694 34.000 0.000 NA   NA
 7637839 7637840 HDEF_1229 HDEF_1230   pilT_3 FALSE 0.190 -55.000 0.000 NA   NA
 7637840 7637841 HDEF_1230 HDEF_1231 pilT_3   TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637842 7637843 HDEF_1232 HDEF_1233     TRUE 0.886 3.000 0.000 NA   NA
 7637843 7637844 HDEF_1233 HDEF_1234     FALSE 0.155 174.000 0.000 NA   NA
 7637845 7637846 HDEF_1235 HDEF_1236     FALSE 0.068 295.000 0.000 NA   NA
 7637846 7637847 HDEF_1236 HDEF_1237     FALSE 0.416 64.000 0.000 NA   NA
 7637848 7637849 HDEF_1238 HDEF_1239     TRUE 0.859 6.000 0.000 NA   NA
 7637849 7637850 HDEF_1239 HDEF_1240     FALSE 0.054 338.000 0.000 NA   NA
 7637850 7637851 HDEF_1240 HDEF_1241     FALSE 0.205 141.000 0.000 NA   NA
 7637851 7637852 HDEF_1241 HDEF_1243     FALSE 0.079 265.000 0.000 NA   NA
 7637854 7637855 HDEF_1244 HDEF_1245 kup   FALSE 0.208 140.000 0.000 NA   NA
 7637857 7637858 HDEF_1247 HDEF_1248   fbp_1 FALSE 0.029 495.000 0.000 NA   NA
 7637858 7637859 HDEF_1248 HDEF_1249 fbp_1   FALSE 0.243 95.000 0.000 NA   NA
 7637859 7637860 HDEF_1249 HDEF_1250   rtxA_16 FALSE 0.032 472.000 0.000 NA   NA
 7637861 7637862 HDEF_2365 HDEF_1251     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7637862 7637863 HDEF_1251 HDEF_1252     FALSE 0.232 119.000 0.000 NA   NA
 7637863 7637864 HDEF_1252 HDEF_1253     FALSE 0.049 359.000 0.000 NA   NA
 7637865 7637866 HDEF_1254 HDEF_1255 aroE rsuA TRUE 0.924 0.000 0.000 1.000 N NA
 7637866 7637867 HDEF_1255 HDEF_1256 rsuA pgl TRUE 0.856 29.000 0.000 NA N NA
 7637867 7637868 HDEF_1256 HDEF_1257 pgl   TRUE 0.774 17.000 0.000 NA   NA
 7637869 7637870 HDEF_1258 HDEF_1259 hemF rplM FALSE 0.100 282.000 0.000 1.000 N NA
 7637870 7637871 HDEF_1259 HDEF_1260 rplM rpsI TRUE 0.998 15.000 0.601 0.022 Y NA
 7637871 7637872 HDEF_1260 HDEF_1261 rpsI sspA TRUE 0.489 196.000 0.014 NA N NA
 7637872 7637873 HDEF_1261 HDEF_1262 sspA sspB TRUE 0.974 77.000 0.831 NA   NA
 7637874 7637875 HDEF_1263 HDEF_1264 rtxA_17   FALSE 0.151 177.000 0.000 NA   NA
 7637875 7637876 HDEF_1264 HDEF_1265     FALSE 0.420 -19.000 0.000 NA   NA
 7637876 7637877 HDEF_1265 HDEF_1266     FALSE 0.283 -31.000 0.000 NA   NA
 7637877 7637878 HDEF_1266 HDEF_1267     TRUE 0.859 6.000 0.000 NA   NA
 7637879 7637880 HDEF_1268 HDEF_1269     FALSE 0.098 235.000 0.000 NA   NA
 7637881 7637882 HDEF_1270 HDEF_1271 hslU hslV TRUE 0.999 7.000 0.752 1.000 Y NA
 7637882 7637883 HDEF_1271 HDEF_1272 hslV ftsN TRUE 0.831 89.000 0.122 NA N NA
 7637884 7637885 HDEF_1273 HDEF_1274 aroP nadC FALSE 0.345 85.000 0.000 1.000 N NA
 7637887 7637888 HDEF_1276 HDEF_1277   phrB TRUE 0.737 25.000 0.000 NA   NA
 7637888 7637889 HDEF_1277 HDEF_1278 phrB   TRUE 0.882 -10.000 0.027 NA   NA
 7637889 7637890 HDEF_1278 HDEF_1279   serS FALSE 0.190 150.000 0.000 NA   NA
 7637890 7637891 HDEF_1279 HDEF_1280 serS   FALSE 0.129 195.000 0.000 NA   NA
 7637892 7637893 HDEF_1281 HDEF_1282   xseA FALSE 0.034 447.000 0.000 NA   NA
 7637893 7637894 HDEF_1282 HDEF_1283 xseA   FALSE 0.236 116.000 0.000 NA   NA
 7637894 7637895 HDEF_1283 HDEF_1284     FALSE 0.143 182.000 0.000 NA   NA
 7637895 7637896 HDEF_1284 HDEF_1285     TRUE 0.526 53.000 0.000 NA   NA
 7637897 7637898 HDEF_1286 HDEF_1287   mgtA TRUE 0.612 43.000 0.000 NA   NA
 7637898 7637899 HDEF_1287 HDEF_1288 mgtA cspE_2 FALSE 0.088 305.000 0.000 1.000 N NA
 7637900 7637901 HDEF_1289 HDEF_1290   pqiB TRUE 0.998 0.000 0.531 NA   NA
 7637901 7637902 HDEF_1290 HDEF_1291 pqiB pqiA TRUE 0.998 -3.000 0.819 NA   NA
 7637902 7637903 HDEF_1291 HDEF_1292 pqiA   FALSE 0.268 85.000 0.000 NA   NA
 7637903 7637904 HDEF_1292 HDEF_1293     TRUE 0.642 -10.000 0.000 NA   NA
 7637904 7637905 HDEF_1293 HDEF_1294     FALSE 0.273 84.000 0.000 NA   NA
 7637905 7637906 HDEF_1294 HDEF_1295     FALSE 0.121 95.000 0.000 1.000   NA
 7637906 7637907 HDEF_1295 HDEF_1296     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7637908 7637909 HDEF_2366 HDEF_1297     FALSE 0.107 -1429.000 0.000 NA   NA
 7637909 7637910 HDEF_1297 HDEF_1298     FALSE 0.047 367.000 0.000 NA   NA
 7637910 7637911 HDEF_1298 HDEF_1299     FALSE 0.230 1.000 0.000 0.014   NA
 7637911 7637912 HDEF_1299 HDEF_1300     TRUE 0.719 -3.000 0.000 1.000   NA
 7637913 7637914 HDEF_1301 HDEF_1302 radA   FALSE 0.157 173.000 0.000 NA   NA
 7637914 7637915 HDEF_1302 HDEF_1303     FALSE 0.213 136.000 0.000 NA   NA
 7637916 7637917 HDEF_1304 HDEF_1305     FALSE 0.361 70.000 0.000 NA   NA
 7637917 7637918 HDEF_1305 HDEF_1306     TRUE 0.995 4.000 0.315 NA   NA
 7637919 7637920 HDEF_1307 HDEF_1308 acnA dxr FALSE 0.034 629.000 0.000 1.000 N NA
 7637920 7637921 HDEF_1308 HDEF_1309 dxr frr TRUE 0.627 106.000 0.032 1.000 N NA
 7637921 7637922 HDEF_1309 HDEF_1310 frr pyrH TRUE 0.988 53.000 0.626 1.000 N NA
 7637922 7637923 HDEF_1310 HDEF_1311 pyrH tsf TRUE 0.997 5.000 0.416 1.000 N NA
 7637923 7637924 HDEF_1311 HDEF_1312 tsf rpsB TRUE 0.997 42.000 0.748 1.000 Y NA
 7637924 7637925 HDEF_1312 HDEF_1313 rpsB pldA FALSE 0.036 579.000 0.000 1.000 N NA
 7637927 7637928 HDEF_1315 HDEF_1316     FALSE 0.340 72.000 0.000 NA   NA
 7637928 7637929 HDEF_1316 HDEF_1317     TRUE 0.473 58.000 0.000 NA   NA
 7637929 7637930 HDEF_1317 HDEF_1318     FALSE 0.273 84.000 0.000 NA   NA
 7637930 7637931 HDEF_1318 HDEF_1319     TRUE 0.484 57.000 0.000 NA   NA
 7637931 7637932 HDEF_1319 HDEF_1320     FALSE 0.264 86.000 0.000 NA   NA
 7637933 7637934 HDEF_1321 HDEF_2367     FALSE 0.121 -502.000 0.000 NA   NA
 7637934 7637935 HDEF_2367 HDEF_1322     FALSE 0.175 -63.000 0.000 NA   NA
 7637935 7637936 HDEF_1322 HDEF_1323   mpg_2 TRUE 0.875 4.000 0.000 NA   NA
 7637938 7637939 HDEF_1324 HDEF_1326     FALSE 0.070 290.000 0.000 NA   NA
 7637941 7637942 HDEF_1328 HDEF_1329     TRUE 0.737 25.000 0.000 NA   NA
 7637942 7637943 HDEF_1329 HDEF_1330   triA TRUE 0.717 29.000 0.000 NA   NA
 7637943 7637944 HDEF_1330 HDEF_1331 triA triB TRUE 0.756 21.000 0.000 NA   NA
 7637944 7637945 HDEF_1331 HDEF_1332 triB triC TRUE 0.789 15.000 0.000 NA   NA
 7637945 7637946 HDEF_1332 HDEF_1333 triC triD TRUE 0.825 11.000 0.000 NA   NA
 7637946 7637947 HDEF_1333 HDEF_1334 triD   TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637947 7637948 HDEF_1334 HDEF_1335   triE TRUE 0.778 74.000 0.091 NA   NA
 7637949 7637950 HDEF_1336 HDEF_1337     FALSE 0.141 185.000 0.000 NA   NA
 7637951 7637952 HDEF_1338 HDEF_1339 triG triH TRUE 0.983 3.000 0.000 NA Y NA
 7637952 7637953 HDEF_1339 HDEF_1340 triH triI TRUE 0.594 165.000 0.000 NA Y NA
 7637953 7637954 HDEF_1340 HDEF_1341 triI triJ TRUE 0.969 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 7637954 7637955 HDEF_1341 HDEF_1342 triJ taxB TRUE 0.864 -13.000 0.000 1.000 Y NA
 7637955 7637956 HDEF_1342 HDEF_1343 taxB   TRUE 0.612 43.000 0.000 NA   NA
 7637956 7637957 HDEF_1343 HDEF_1344     FALSE 0.260 87.000 0.000 NA   NA
 7637957 7637958 HDEF_1344 HDEF_1345     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7637958 7637959 HDEF_1345 HDEF_1346   pilM_2 TRUE 0.737 25.000 0.000 NA   NA
 7637959 7637960 HDEF_1346 HDEF_1347 pilM_2 pilN_3 FALSE 0.239 99.000 0.000 NA   NA
 7637960 7637961 HDEF_1347 HDEF_1348 pilN_3 pilO_2 TRUE 0.999 0.000 1.000 NA   NA
 7637961 7637962 HDEF_1348 HDEF_1349 pilO_2   TRUE 0.989 -13.000 0.750 NA   NA
 7637962 7637963 HDEF_1349 HDEF_1350   pilQ_3 TRUE 0.996 18.000 0.750 NA   NA
 7637966 7637967 HDEF_1353 HDEF_1354 stbC_1 stbB_2 TRUE 0.894 2.000 0.000 NA   NA
 7637967 7637968 HDEF_1354 HDEF_1355 stbB_2 stbA TRUE 0.845 9.000 0.000 NA   NA
 7637971 7637972 HDEF_1358 HDEF_1359 repA_4   FALSE 0.074 278.000 0.000 NA   NA
 7637973 7637974 HDEF_1360 HDEF_1361     TRUE 0.854 7.000 0.000 NA   NA
 7637974 7637975 HDEF_1361 HDEF_1362   repA_5 TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7637975 7637976 HDEF_1362 HDEF_1363 repA_5   FALSE 0.033 468.000 0.000 NA   NA
 7637976 7637977 HDEF_1363 HDEF_1365   pilQ_4 FALSE 0.125 -214.000 0.000 NA   NA
 7637979 7637980 HDEF_1366 HDEF_1367     TRUE 0.996 2.000 0.300 NA   NA
 7637980 7637981 HDEF_1367 HDEF_1368     FALSE 0.022 780.000 0.000 NA   NA
 7637983 7637984 HDEF_1370 HDEF_1371     FALSE 0.031 484.000 0.000 NA   NA
 7637984 7637985 HDEF_1371 HDEF_1372     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7637988 7637989 HDEF_2368 HDEF_1375     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7637989 7637990 HDEF_1375 HDEF_1376   traM_2 FALSE 0.023 732.000 0.000 NA   NA
 7637991 7637992 HDEF_1377 HDEF_1378   cro_1 FALSE 0.234 118.000 0.000 NA   NA
 7637992 7637993 HDEF_1378 HDEF_1379 cro_1   TRUE 0.845 9.000 0.000 NA   NA
 7637995 7637996 HDEF_1381 HDEF_1382     FALSE 0.028 525.000 0.000 NA   NA
 7637996 7637997 HDEF_1382 HDEF_1383     TRUE 0.996 -3.000 0.533 1.000   NA
 7637997 7637998 HDEF_1383 HDEF_1384     FALSE 0.059 328.000 0.000 NA   NA
 7637999 7638000 HDEF_1385 HDEF_1386   mutL_2 FALSE 0.090 242.000 0.000 NA   NA
 7638000 7638001 HDEF_1386 HDEF_1387 mutL_2   TRUE 0.814 12.000 0.000 NA   NA
 7638002 7638003 HDEF_1388 HDEF_1389     FALSE 0.281 82.000 0.000 NA   NA
 7638004 7638005 HDEF_1390 HDEF_1391     TRUE 0.516 54.000 0.000 NA   NA
 7638005 7638006 HDEF_1391 HDEF_1392     FALSE 0.043 389.000 0.000 NA   NA
 7638007 7638008 HDEF_1393 HDEF_1394 chpB chpS TRUE 0.996 0.000 0.083 NA Y NA
 7638008 7638009 HDEF_1394 HDEF_1395 chpS   FALSE 0.096 385.000 0.000 NA N NA
 7638009 7638010 HDEF_1395 HDEF_1396     FALSE 0.229 124.000 0.000 NA   NA
 7638010 7638011 HDEF_1396 HDEF_1397     FALSE 0.223 130.000 0.000 NA   NA
 7638012 7638013 HDEF_1398 HDEF_1399     TRUE 0.948 40.000 0.176 1.000   NA
 7638013 7638014 HDEF_1399 HDEF_1400   msrB_1 FALSE 0.031 294.000 0.000 1.000   NA
 7638014 7638015 HDEF_1400 HDEF_1401 msrB_1   FALSE 0.051 355.000 0.000 NA   NA
 7638015 7638016 HDEF_1401 HDEF_1402     FALSE 0.213 136.000 0.000 NA   NA
 7638017 7638018 HDEF_1403 HDEF_1404 rtxA_20 rtxA_19 FALSE 0.215 -43.000 0.000 NA   NA
 7638018 7638019 HDEF_1404 HDEF_1405 rtxA_19 rtxA_18 FALSE 0.353 -24.000 0.000 NA   NA
 7638020 7638021 HDEF_1406 HDEF_1407   mobB_4 FALSE 0.040 401.000 0.000 NA   NA
 7638021 7638022 HDEF_1407 HDEF_1408 mobB_4 mobA_4 TRUE 0.898 1.000 0.000 NA   NA
 7638022 7638023 HDEF_1408 HDEF_1409 mobA_4 hu FALSE 0.221 131.000 0.000 NA   NA
 7638023 7638024 HDEF_1409 HDEF_1410 hu   FALSE 0.273 84.000 0.000 NA   NA
 7638024 7638025 HDEF_1410 HDEF_2369     FALSE 0.252 -35.000 0.000 NA   NA
 7638025 7638026 HDEF_2369 HDEF_1411     FALSE 0.105 -1760.000 0.000 NA   NA
 7638026 7638027 HDEF_1411 HDEF_1412     TRUE 0.598 44.000 0.000 NA   NA
 7638027 7638028 HDEF_1412 HDEF_1413   finO_2 TRUE 0.753 22.000 0.000 NA   NA
 7638030 7638031 HDEF_2370 HDEF_1415     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7638032 7638033 HDEF_1416 HDEF_1417 traC_2 traK_2 TRUE 0.789 15.000 0.000 NA   NA
 7638033 7638034 HDEF_1417 HDEF_1418 traK_2 traJ_2 TRUE 0.437 62.000 0.000 NA   NA
 7638034 7638035 HDEF_1418 HDEF_1419 traJ_2 traI_2 TRUE 0.550 -13.000 0.000 NA   NA
 7638035 7638036 HDEF_1419 HDEF_1420 traI_2 traH_2 TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7638036 7638037 HDEF_1420 HDEF_1421 traH_2 pilT_4 TRUE 0.516 54.000 0.000 NA   NA
 7638037 7638038 HDEF_1421 HDEF_1422 pilT_4   TRUE 0.612 43.000 0.000 NA   NA
 7638038 7638039 HDEF_1422 HDEF_1423   pilM_3 TRUE 0.998 6.000 0.750 NA   NA
 7638039 7638040 HDEF_1423 HDEF_1424 pilM_3 pilV_3 TRUE 0.559 50.000 0.000 NA   NA
 7638040 7638041 HDEF_1424 HDEF_1425 pilV_3 pilS2_2 FALSE 0.083 253.000 0.000 NA   NA
 7638041 7638042 HDEF_1425 HDEF_1426 pilS2_2 pilR_3 TRUE 0.825 11.000 0.000 NA   NA
 7638042 7638043 HDEF_1426 HDEF_1427 pilR_3 pilQ_5 TRUE 0.550 -13.000 0.000 NA   NA
 7638043 7638044 HDEF_1427 HDEF_1428 pilQ_5 pilP_2 TRUE 0.998 -3.000 0.750 NA   NA
 7638044 7638045 HDEF_1428 HDEF_1429 pilP_2 pilO_3 TRUE 0.989 -13.000 0.750 NA   NA
 7638046 7638047 HDEF_1430 HDEF_1431     FALSE 0.420 -19.000 0.000 NA   NA
 7638048 7638049 HDEF_1432 HDEF_1433 pilN_4 pilL_2 TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7638049 7638050 HDEF_1433 HDEF_1434 pilL_2   FALSE 0.075 274.000 0.000 NA   NA
 7638050 7638051 HDEF_1434 HDEF_1435     FALSE 0.128 196.000 0.000 NA   NA
 7638051 7638052 HDEF_1435 HDEF_1436     FALSE 0.184 153.000 0.000 NA   NA
 7638052 7638053 HDEF_1436 HDEF_1437     FALSE 0.120 204.000 0.000 NA   NA
 7638053 7638054 HDEF_1437 HDEF_1438     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7638054 7638055 HDEF_1438 HDEF_1439     TRUE 0.548 51.000 0.000 NA   NA
 7638055 7638056 HDEF_1439 HDEF_1440     TRUE 0.994 11.000 0.357 NA   NA
 7638056 7638057 HDEF_1440 HDEF_1441     TRUE 0.984 -7.000 0.262 NA   NA
 7638057 7638058 HDEF_1441 HDEF_1442     TRUE 0.642 -10.000 0.000 NA   NA
 7638059 7638060 HDEF_1443 HDEF_1444     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7638061 7638062 HDEF_1445 HDEF_1446     TRUE 0.984 0.000 0.094 NA   NA
 7638063 7638064 HDEF_1447 HDEF_1448     TRUE 0.550 -13.000 0.000 NA   NA
 7638064 7638065 HDEF_1448 HDEF_1449     TRUE 0.612 43.000 0.000 NA   NA
 7638066 7638067 HDEF_1450 HDEF_1451     TRUE 0.898 1.000 0.000 NA   NA
 7638067 7638068 HDEF_1451 HDEF_1452     FALSE 0.420 -19.000 0.000 NA   NA
 7638068 7638069 HDEF_1452 HDEF_1453     TRUE 0.774 17.000 0.000 NA   NA
 7638069 7638070 HDEF_1453 HDEF_1454     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7638070 7638071 HDEF_1454 HDEF_1455     TRUE 0.550 -13.000 0.000 NA   NA
 7638071 7638072 HDEF_1455 HDEF_1456     TRUE 0.894 0.000 0.000 NA   NA
 7638072 7638073 HDEF_1456 HDEF_1457     FALSE 0.051 352.000 0.000 NA   NA
 7638073 7638074 HDEF_1457 HDEF_1458     TRUE 0.753 22.000 0.000 NA   NA
 7638074 7638075 HDEF_1458 HDEF_1459     FALSE 0.153 175.000 0.000 NA   NA
 7638075 7638076 HDEF_1459 HDEF_1460     TRUE 0.721 -7.000 0.000 NA   NA
 7638076 7638077 HDEF_1460 HDEF_1461     FALSE 0.187 152.000 0.000 NA   NA
 7638077 7638078 HDEF_1461 HDEF_1462     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7638078 7638079 HDEF_1462 HDEF_1463     TRUE 0.506 55.000 0.000 NA   NA
 7638081 7638082 HDEF_1465 HDEF_1466     FALSE 0.112 214.000 0.000 NA   NA
 7638085 7638086 HDEF_1469 HDEF_1470   fbp_2 TRUE 0.803 13.000 0.000 NA   NA
 7638087 7638088 HDEF_1471 HDEF_1472     TRUE 0.803 13.000 0.000 NA   NA
 7638089 7638090 HDEF_1473 HDEF_1474     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7638090 7638091 HDEF_1474 HDEF_1475     TRUE 0.898 1.000 0.000 NA   NA
 7638093 7638094 HDEF_1477 HDEF_1478     FALSE 0.038 420.000 0.000 NA   NA
 7638094 7638095 HDEF_1478 HDEF_1479   degP_1 FALSE 0.134 190.000 0.000 NA   NA
 7638095 7638096 HDEF_1479 HDEF_1480 degP_1 proQ_1 FALSE 0.117 342.000 0.000 NA N NA
 7638096 7638097 HDEF_1480 HDEF_1481 proQ_1 prc_1 TRUE 0.997 0.000 0.304 NA N NA
 7638097 7638098 HDEF_1481 HDEF_1482 prc_1 htpX_1 TRUE 0.800 53.000 0.042 0.017 N NA
 7638098 7638099 HDEF_1482 HDEF_1483 htpX_1 amiD_1 FALSE 0.336 87.000 0.000 1.000 N NA
 7638100 7638101 HDEF_1484 HDEF_1485 amiD_2 htpX_2 FALSE 0.336 87.000 0.000 1.000 N NA
 7638101 7638102 HDEF_1485 HDEF_1486 htpX_2 prc_2 TRUE 0.800 53.000 0.042 0.017 N NA
 7638102 7638103 HDEF_1486 HDEF_1487 prc_2 proQ_2 TRUE 0.997 0.000 0.304 NA N NA
 7638103 7638104 HDEF_1487 HDEF_1488 proQ_2 degP_2 FALSE 0.117 342.000 0.000 NA N NA
 7638104 7638105 HDEF_1488 HDEF_1489 degP_2 dgt TRUE 0.714 138.000 0.101 1.000 N NA
 7638106 7638107 HDEF_1490 HDEF_1491 mtn   TRUE 0.494 65.000 0.000 1.000 N NA
 7638108 7638109 HDEF_1492 HDEF_1493 dnaQ_2 hilA FALSE 0.149 217.000 0.000 1.000 N NA
 7638109 7638110 HDEF_1493 HDEF_1494 hilA   FALSE 0.208 140.000 0.000 NA   NA
 7638111 7638112 HDEF_1495 HDEF_1496 orfC invF FALSE 0.115 211.000 0.000 NA   NA
 7638112 7638113 HDEF_1496 HDEF_1497 invF invG TRUE 0.822 19.000 0.000 1.000 N NA
 7638113 7638114 HDEF_1497 HDEF_1498 invG invE TRUE 0.994 -3.000 0.360 1.000   NA
 7638114 7638115 HDEF_1498 HDEF_1499 invE invA TRUE 0.987 18.000 0.320 1.000   NA
 7638115 7638116 HDEF_1499 HDEF_1500 invA invB TRUE 0.953 23.000 0.200 0.013   NA
 7638116 7638117 HDEF_1500 HDEF_1501 invB invC TRUE 0.989 0.000 0.200 1.000   NA
 7638117 7638118 HDEF_1501 HDEF_1502 invC spaM TRUE 0.963 -16.000 0.300 NA   NA
 7638118 7638119 HDEF_1502 HDEF_1503 spaM spaN TRUE 0.982 -15.000 0.571 NA   NA
 7638119 7638120 HDEF_1503 HDEF_1504 spaN   TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7638120 7638121 HDEF_1504 HDEF_1505   spaO FALSE 0.150 178.000 0.000 NA   NA
 7638121 7638122 HDEF_1505 HDEF_1506 spaO spaP TRUE 0.999 12.000 0.625 1.000 Y NA
 7638122 7638123 HDEF_1506 HDEF_1507 spaP spaQ TRUE 0.998 17.000 0.833 0.013 Y NA
 7638123 7638124 HDEF_1507 HDEF_1508 spaQ spaR TRUE 0.999 3.000 1.000 0.048 Y NA
 7638124 7638125 HDEF_1508 HDEF_1509 spaR spaS TRUE 0.963 176.000 0.682 0.048 Y NA
 7638125 7638126 HDEF_1509 HDEF_1510 spaS sicA FALSE 0.118 105.000 0.000 1.000   NA
 7638126 7638127 HDEF_1510 HDEF_1511 sicA sipB FALSE 0.056 202.000 0.000 1.000   NA
 7638127 7638128 HDEF_1511 HDEF_1512 sipB   TRUE 0.710 31.000 0.000 NA   NA
 7638128 7638129 HDEF_1512 HDEF_1513     FALSE 0.292 80.000 0.000 NA   NA
 7638129 7638130 HDEF_1513 HDEF_1514     FALSE 0.198 -48.000 0.000 NA   NA
 7638130 7638131 HDEF_1514 HDEF_1515     FALSE 0.112 214.000 0.000 NA   NA
 7638134 7638135 HDEF_1518 HDEF_1519 rffA arcB TRUE 0.895 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7638136 7638137 HDEF_1520 HDEF_1521 dsbB hupA_3 FALSE 0.101 281.000 0.000 1.000 N NA
 7638137 7638138 HDEF_1521 HDEF_1522 hupA_3 queF_2 FALSE 0.059 196.000 0.000 1.000   NA
 7638138 7638139 HDEF_1522 HDEF_1523 queF_2   TRUE 0.568 49.000 0.000 NA   NA
 7638139 7638140 HDEF_1523 HDEF_1524   speA TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7638140 7638141 HDEF_1524 HDEF_1525 speA tktB TRUE 0.563 58.000 0.000 1.000 N NA
 7638141 7638142 HDEF_1525 HDEF_1526 tktB   FALSE 0.116 209.000 0.000 NA   NA
 7638142 7638143 HDEF_1526 HDEF_1527     FALSE 0.057 333.000 0.000 NA   NA
 7638143 7638144 HDEF_1527 HDEF_1528   uvrY FALSE 0.162 170.000 0.000 NA   NA
 7638144 7638145 HDEF_1528 HDEF_1529 uvrY uvrC TRUE 0.987 1.000 0.086 1.000 N NA
 7638145 7638146 HDEF_1529 HDEF_1530 uvrC pgsA TRUE 0.745 214.000 0.227 1.000 N NA
 7638146 7638147 HDEF_1530 HDEF_1531 pgsA   FALSE 0.232 119.000 0.000 NA   NA
 7638147 7638148 HDEF_1531 HDEF_1532     TRUE 0.671 39.000 0.000 NA   NA
 7638148 7638149 HDEF_1532 HDEF_1533     TRUE 0.835 10.000 0.000 NA   NA
 7638149 7638150 HDEF_1533 HDEF_1534     FALSE 0.138 188.000 0.000 NA   NA
 7638151 7638152 HDEF_1535 HDEF_1536   ssb FALSE 0.244 94.000 0.000 NA   NA
 7638152 7638153 HDEF_1536 HDEF_1537 ssb   FALSE 0.177 157.000 0.000 NA   NA
 7638153 7638154 HDEF_1537 HDEF_1538   cca TRUE 0.705 32.000 0.000 NA   NA
 7638154 7638155 HDEF_1538 HDEF_1539 cca fbaA TRUE 0.926 1.000 0.000 1.000 N NA
 7638155 7638156 HDEF_1539 HDEF_1540 fbaA pgk TRUE 0.888 63.000 0.056 0.005 Y NA
 7638158 7638159 HDEF_1542 HDEF_1544 cysS   FALSE 0.251 89.000 0.000 NA   NA
 7638160 7638161 HDEF_1543 HDEF_1545 lpxH dsbA TRUE 0.467 39.000 0.000 1.000   NA
 7638162 7638163 HDEF_1546 HDEF_1547     TRUE 0.694 34.000 0.000 NA   NA
 7638163 7638164 HDEF_1547 HDEF_1548     FALSE 0.025 594.000 0.000 NA   NA
 7638167 7638168 HDEF_1551 HDEF_1552     FALSE 0.227 125.000 0.000 NA   NA
 7638168 7638169 HDEF_1552 HDEF_1553     FALSE 0.183 -58.000 0.000 NA   NA
 7638169 7638170 HDEF_1553 HDEF_1554     FALSE 0.151 177.000 0.000 NA   NA
 7638170 7638171 HDEF_1554 HDEF_1555     FALSE 0.148 180.000 0.000 NA   NA
 7638171 7638172 HDEF_1555 HDEF_1556     TRUE 0.894 0.000 0.000 NA   NA
 7638172 7638173 HDEF_1556 HDEF_1557     FALSE 0.129 195.000 0.000 NA   NA
 7638174 7638175 HDEF_1558 HDEF_1560     FALSE 0.163 -76.000 0.000 NA   NA
 7638178 7638179 HDEF_1562 HDEF_1563     TRUE 0.825 11.000 0.000 NA   NA
 7638182 7638183 HDEF_1566 HDEF_1567     TRUE 0.774 17.000 0.000 NA   NA
 7638183 7638184 HDEF_1567 HDEF_1568     FALSE 0.062 309.000 0.000 NA   NA
 7638185 7638186 HDEF_1569 HDEF_1570     TRUE 0.461 59.000 0.000 NA   NA
 7638186 7638187 HDEF_1570 HDEF_1571     TRUE 0.835 10.000 0.000 NA   NA
 7638187 7638188 HDEF_1571 HDEF_1572     FALSE 0.077 267.000 0.000 NA   NA
 7638189 7638190 HDEF_1573 HDEF_1574     TRUE 0.686 35.000 0.000 NA   NA
 7638191 7638192 HDEF_1575 HDEF_1576     FALSE 0.036 430.000 0.000 NA   NA
 7638193 7638194 HDEF_1577 HDEF_1578     FALSE 0.361 70.000 0.000 NA   NA
 7638195 7638196 HDEF_1579 HDEF_1580     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7638196 7638197 HDEF_1580 HDEF_1581     TRUE 0.628 42.000 0.000 NA   NA
 7638197 7638198 HDEF_1581 HDEF_1582     TRUE 0.894 0.000 0.000 NA   NA
 7638199 7638200 HDEF_1583 HDEF_1584     FALSE 0.416 64.000 0.000 NA   NA
 7638200 7638201 HDEF_1584 HDEF_1585     TRUE 0.690 118.000 0.000 NA Y NA
 7638201 7638202 HDEF_1585 HDEF_1586     FALSE 0.237 104.000 0.000 NA   NA
 7638202 7638203 HDEF_1586 HDEF_1587     FALSE 0.281 82.000 0.000 NA   NA
 7638203 7638204 HDEF_1587 HDEF_1588     FALSE 0.138 188.000 0.000 NA   NA
 7638204 7638205 HDEF_1588 HDEF_1589     FALSE 0.089 243.000 0.000 NA   NA
 7638205 7638206 HDEF_1589 HDEF_1590     TRUE 0.723 28.000 0.000 NA   NA
 7638206 7638207 HDEF_1590 HDEF_1591     TRUE 0.759 -6.000 0.000 NA   NA
 7638209 7638210 HDEF_1593 HDEF_1594     FALSE 0.243 95.000 0.000 NA   NA
 7638210 7638211 HDEF_1594 HDEF_1595   sdaC FALSE 0.098 235.000 0.000 NA   NA
 7638211 7638212 HDEF_1595 HDEF_1596 sdaC nth FALSE 0.090 304.000 0.000 1.000 N NA
 7638212 7638213 HDEF_1596 HDEF_1597 nth   FALSE 0.296 79.000 0.000 NA   NA
 7638213 7638214 HDEF_1597 HDEF_1598   birA TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7638214 7638215 HDEF_1598 HDEF_1599 birA murB TRUE 0.992 -3.000 0.211 1.000 N NA
 7638218 7638219 HDEF_1602 HDEF_1603     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7638219 7638220 HDEF_1603 HDEF_1604     FALSE 0.040 403.000 0.000 NA   NA
 7638222 7638223 HDEF_1606 HDEF_1607 xseB ispA TRUE 0.973 5.000 0.035 1.000 N NA
 7638223 7638224 HDEF_1607 HDEF_1608 ispA dxs TRUE 0.980 27.000 0.060 1.000 Y NA
 7638225 7638226 HDEF_1609 HDEF_1610   nuoM FALSE 0.041 394.000 0.000 NA   NA
 7638226 7638227 HDEF_1610 HDEF_1611 nuoM nuoL TRUE 0.995 42.000 0.713 0.002 Y NA
 7638227 7638228 HDEF_1611 HDEF_1612 nuoL nuoK TRUE 0.995 -3.000 0.211 0.006 Y NA
 7638228 7638229 HDEF_1612 HDEF_1613 nuoK nuoJ TRUE 0.912 144.000 0.269 0.003 Y NA
 7638229 7638230 HDEF_1613 HDEF_1614 nuoJ nuoI TRUE 0.958 123.000 0.428 0.006 Y NA
 7638230 7638231 HDEF_1614 HDEF_1615 nuoI nuoH TRUE 0.972 75.000 0.423 0.006 Y NA
 7638231 7638232 HDEF_1615 HDEF_1616 nuoH nuoG TRUE 0.999 -3.000 0.664 0.006 Y NA
 7638232 7638233 HDEF_1616 HDEF_1617 nuoG   FALSE 0.420 -19.000 0.000 NA   NA
 7638233 7638234 HDEF_1617 HDEF_1618   gltL FALSE 0.093 240.000 0.000 NA   NA
 7638234 7638235 HDEF_1618 HDEF_1619 gltL uvrB FALSE 0.327 66.000 0.000 0.079 N NA
 7638236 7638237 HDEF_1620 HDEF_1621 dksA pcnB FALSE 0.401 207.000 0.023 1.000 N NA
 7638237 7638238 HDEF_1621 HDEF_1622 pcnB folK TRUE 0.990 13.000 0.234 1.000 N NA
 7638238 7638239 HDEF_1622 HDEF_1623 folK   FALSE 0.143 225.000 0.000 1.000 N NA
 7638239 7638240 HDEF_1623 HDEF_1624     TRUE 0.976 64.000 0.500 1.000 N NA
 7638240 7638241 HDEF_1624 HDEF_1625   hha FALSE 0.030 487.000 0.000 NA   NA
 7638241 7638242 HDEF_1625 HDEF_1626 hha folA FALSE 0.024 608.000 0.000 NA   NA
 7638244 7638245 HDEF_1628 HDEF_1629 mutS barA TRUE 0.596 40.000 0.000 0.079 N NA
 7638245 7638246 HDEF_1629 HDEF_1630 barA metJ FALSE 0.198 82.000 0.000 0.029 N NA
 7638247 7638248 HDEF_1631 HDEF_1632 ubiA ubiC TRUE 0.995 -7.000 0.248 NA Y NA
 7638248 7638249 HDEF_1632 HDEF_1633 ubiC   FALSE 0.286 81.000 0.000 NA   NA
 7638249 7638250 HDEF_1633 HDEF_1634   trpS TRUE 0.710 31.000 0.000 NA   NA
 7638250 7638251 HDEF_1634 HDEF_1636 trpS   FALSE 0.241 96.000 0.000 NA   NA
 7638253 7638254 HDEF_1637 HDEF_1639 rpe dam TRUE 0.958 14.000 0.040 1.000 N NA
 7638256 7638257 HDEF_1640 HDEF_1641 aroB aroK TRUE 0.991 34.000 0.208 1.000 Y NA
 7638257 7638258 HDEF_1641 HDEF_1642 aroK   FALSE 0.188 103.000 0.000 0.079 N NA
 7638258 7638259 HDEF_1642 HDEF_1643   pta FALSE 0.118 109.000 0.000 1.000   NA
 7638259 7638260 HDEF_1643 HDEF_1644 pta ackA TRUE 0.964 71.000 0.634 1.000   NA
 7638260 7638261 HDEF_1644 HDEF_1645 ackA   FALSE 0.115 211.000 0.000 NA   NA
 7638263 7638264 HDEF_1648 HDEF_1649 P38_1 P40 FALSE 0.062 -144.000 0.000 1.000   NA
 7638264 7638265 HDEF_1649 HDEF_1650 P40 P41 FALSE 0.051 215.000 0.000 1.000   NA
 7638265 7638266 HDEF_1650 HDEF_1651 P41 P42 TRUE 0.759 20.000 0.000 NA   NA
 7638266 7638267 HDEF_1651 HDEF_1652 P42 P43 FALSE 0.395 66.000 0.000 NA   NA
 7638267 7638268 HDEF_1652 HDEF_1653 P43 G FALSE 0.063 305.000 0.000 NA   NA
 7638268 7638269 HDEF_1653 HDEF_1654 G P44 FALSE 0.039 412.000 0.000 NA   NA
 7638269 7638270 HDEF_1654 HDEF_1655 P44 P45 FALSE 0.004 235.000 0.000 0.056   NA
 7638270 7638271 HDEF_1655 HDEF_1656 P45 I TRUE 0.803 13.000 0.000 NA   NA
 7638272 7638273 HDEF_1657 HDEF_1658 P47   TRUE 0.850 8.000 0.000 NA   NA
 7638274 7638275 HDEF_1660 HDEF_1661 P50 P51 TRUE 0.997 16.000 0.875 NA   NA
 7638275 7638276 HDEF_1661 HDEF_1662 P51 P53 TRUE 0.961 -28.000 0.571 NA   NA
 7638276 7638277 HDEF_1662 HDEF_1663 P53 P1 FALSE 0.026 565.000 0.000 NA   NA
 7638278 7638279 HDEF_1664 HDEF_1665 P2 P3 TRUE 0.875 4.000 0.000 NA   NA
 7638279 7638280 HDEF_1665 HDEF_1666 P3 P4 FALSE 0.237 104.000 0.000 NA   NA
 7638280 7638281 HDEF_1666 HDEF_1667 P4 P5 FALSE 0.225 127.000 0.000 NA   NA
 7638281 7638282 HDEF_1667 HDEF_1668 P5   FALSE 0.046 371.000 0.000 NA   NA
 7638282 7638283 HDEF_1668 HDEF_1669   A FALSE 0.172 162.000 0.000 NA   NA
 7638283 7638284 HDEF_1669 HDEF_1670 A B FALSE 0.044 382.000 0.000 NA   NA
 7638284 7638285 HDEF_1670 HDEF_1671 B cdtB FALSE 0.084 252.000 0.000 NA   NA
 7638285 7638286 HDEF_1671 HDEF_1672 cdtB D FALSE 0.081 258.000 0.000 NA   NA
 7638286 7638287 HDEF_1672 HDEF_1673 D P11 FALSE 0.028 508.000 0.000 NA   NA
 7638287 7638288 HDEF_1673 HDEF_1674 P11 E FALSE 0.126 197.000 0.000 NA   NA
 7638288 7638289 HDEF_1674 HDEF_1675 E F FALSE 0.239 -37.000 0.000 NA   NA
 7638289 7638290 HDEF_1675 HDEF_1676 F P14 TRUE 0.866 5.000 0.000 NA   NA
 7638290 7638291 HDEF_1676 HDEF_1677 P14 P16 TRUE 0.877 -181.000 0.500 NA   NA
 7638291 7638292 HDEF_1677 HDEF_1678 P16 P17 FALSE 0.327 74.000 0.000 NA   NA
 7638292 7638293 HDEF_1678 HDEF_1679 P17 P18 TRUE 0.774 17.000 0.000 NA   NA
 7638293 7638294 HDEF_1679 HDEF_1680 P18 P19 TRUE 0.894 0.000 0.000 NA   NA
 7638294 7638295 HDEF_1680 HDEF_1681 P19 P23 TRUE 0.548 51.000 0.000 NA   NA
 7638295 7638296 HDEF_1681 HDEF_1682 P23 P24 TRUE 0.825 11.000 0.000 NA   NA
 7638296 7638297 HDEF_1682 HDEF_1683 P24 P27 FALSE 0.106 220.000 0.000 NA   NA
 7638297 7638298 HDEF_1683 HDEF_1684 P27 P28 TRUE 0.955 -28.000 0.500 NA   NA
 7638298 7638299 HDEF_1684 HDEF_1685 P28 P30 TRUE 0.996 0.000 0.286 NA   NA
 7638299 7638300 HDEF_1685 HDEF_1686 P30 P31 TRUE 0.998 0.000 0.500 NA   NA
 7638300 7638301 HDEF_1686 HDEF_1687 P31 P32 TRUE 0.958 -22.000 0.400 NA   NA
 7638301 7638302 HDEF_1687 HDEF_1688 P32 P33 TRUE 0.803 13.000 0.000 NA   NA
 7638302 7638303 HDEF_1688 HDEF_1689 P33 P35 TRUE 0.894 0.000 0.000 NA   NA
 7638303 7638304 HDEF_1689 HDEF_1690 P35 P36 TRUE 0.717 29.000 0.000 NA   NA
 7638304 7638305 HDEF_1690 HDEF_1691 P36 P37 TRUE 0.894 2.000 0.000 NA   NA
 7638306 7638307 HDEF_1693 HDEF_1694 P38_2   FALSE 0.106 220.000 0.000 NA   NA
 7638307 7638308 HDEF_1694 HDEF_1695     FALSE 0.310 77.000 0.000 NA   NA
 7638309 7638310 HDEF_1696 HDEF_1697     TRUE 0.605 -12.000 0.000 NA   NA
 7638310 7638311 HDEF_1697 HDEF_1698     FALSE 0.237 109.000 0.000 NA   NA
 7638311 7638312 HDEF_1698 HDEF_1699     FALSE 0.060 321.000 0.000 NA   NA
 7638312 7638313 HDEF_1699 HDEF_1700     FALSE 0.133 191.000 0.000 NA   NA
 7638313 7638314 HDEF_1700 HDEF_1701     FALSE 0.385 -21.000 0.000 NA   NA
 7638314 7638315 HDEF_1701 HDEF_1702     FALSE 0.172 162.000 0.000 NA   NA
 7638315 7638316 HDEF_1702 HDEF_1703     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7638316 7638317 HDEF_1703 HDEF_1704     TRUE 0.477 -16.000 0.000 NA   NA
 7638317 7638318 HDEF_1704 HDEF_1705     TRUE 0.886 3.000 0.000 NA   NA
 7638319 7638320 HDEF_1706 HDEF_1707     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7638321 7638322 HDEF_1708 HDEF_1709     FALSE 0.237 112.000 0.000 NA   NA
 7638322 7638323 HDEF_1709 HDEF_1710     FALSE 0.146 181.000 0.000 NA   NA
 7638323 7638324 HDEF_1710 HDEF_1711   rtxA_21 FALSE 0.066 301.000 0.000 NA   NA
 7638325 7638326 HDEF_1712 HDEF_1713 rpoS nlpD TRUE 0.927 55.000 0.142 1.000 N NA
 7638326 7638327 HDEF_1713 HDEF_1714 nlpD ispF TRUE 0.871 11.000 0.000 1.000 N NA
 7638327 7638328 HDEF_1714 HDEF_1715 ispF ispD TRUE 0.998 9.000 0.419 1.000 Y NA
 7638328 7638329 HDEF_1715 HDEF_1716 ispD ftsB TRUE 0.992 3.000 0.185 1.000 N NA
 7638331 7638332 HDEF_1718 HDEF_1719 rimN dprA TRUE 0.767 18.000 0.000 NA   NA
 7638333 7638334 HDEF_1720 HDEF_1721 def fmt TRUE 0.859 74.000 0.058 0.029 Y NA
 7638334 7638335 HDEF_1721 HDEF_1722 fmt sun TRUE 0.999 0.000 0.305 1.000 Y NA
 7638335 7638336 HDEF_1722 HDEF_1723 sun trkA TRUE 0.972 18.000 0.122 1.000 N NA
 7638336 7638337 HDEF_1723 HDEF_1724 trkA   TRUE 0.494 65.000 0.000 1.000 N NA
 7638337 7638338 HDEF_1724 HDEF_1725   hemL TRUE 0.822 19.000 0.000 1.000 N NA
 7638338 7638339 HDEF_1725 HDEF_1726 hemL mreB FALSE 0.092 301.000 0.000 1.000 N NA
 7638339 7638340 HDEF_1726 HDEF_1727 mreB mreC TRUE 0.998 10.000 0.689 1.000 N NA
 7638340 7638341 HDEF_1727 HDEF_1728 mreC mreD TRUE 0.962 135.000 0.550 0.003 Y NA
 7638341 7638342 HDEF_1728 HDEF_1729 mreD rng TRUE 0.765 34.000 0.000 1.000 N NA
 7638342 7638343 HDEF_1729 HDEF_1730 rng tldD TRUE 0.534 88.000 0.007 NA   NA
 7638343 7638344 HDEF_1730 HDEF_1731 tldD yabI FALSE 0.238 102.000 0.000 NA   NA
 7638344 7638345 HDEF_1731 HDEF_1732 yabI ubiE TRUE 0.782 16.000 0.000 NA   NA
 7638345 7638346 HDEF_1732 HDEF_1733 ubiE   TRUE 0.894 53.000 0.145 1.000   NA
 7638346 7638347 HDEF_1733 HDEF_1734   ubiB TRUE 0.995 -3.000 0.432 1.000   NA
 7638347 7638348 HDEF_1734 HDEF_1735 ubiB tatA TRUE 0.896 24.000 0.032 1.000   NA
 7638348 7638349 HDEF_1735 HDEF_1736 tatA   TRUE 0.875 4.000 0.000 NA   NA
 7638349 7638350 HDEF_1736 HDEF_1737   tatC TRUE 0.700 33.000 0.000 NA   NA
 7638352 7638353 HDEF_1739 HDEF_1740 dnaA dnaN TRUE 0.997 17.000 0.328 1.000 Y NA
 7638353 7638354 HDEF_1740 HDEF_1741 dnaN recF TRUE 0.762 19.000 0.000 NA   NA
 7638354 7638355 HDEF_1741 HDEF_1742 recF gyrB TRUE 0.737 25.000 0.000 NA   NA
 7638358 7638359 HDEF_1745 HDEF_1746 fumC nadA TRUE 0.807 24.000 0.000 1.000 N NA
 7638359 7638360 HDEF_1746 HDEF_1747 nadA   FALSE 0.086 250.000 0.000 NA   NA
 7638362 7638363 HDEF_1749 HDEF_1750     FALSE 0.340 72.000 0.000 NA   NA
 7638363 7638364 HDEF_1750 HDEF_1751     TRUE 0.473 58.000 0.000 NA   NA
 7638364 7638365 HDEF_1751 HDEF_1752     FALSE 0.236 114.000 0.000 NA   NA
 7638365 7638366 HDEF_1752 HDEF_1753     TRUE 0.427 63.000 0.000 NA   NA
 7638366 7638367 HDEF_1753 HDEF_1754   grpE FALSE 0.057 333.000 0.000 NA   NA
 7638368 7638369 HDEF_1755 HDEF_1756 nadK   FALSE 0.331 -25.000 0.000 NA   NA
 7638370 7638371 HDEF_1757 HDEF_1758 yfjB diaA TRUE 0.997 -3.000 0.613 NA   NA
 7638371 7638372 HDEF_1758 HDEF_1759 diaA   TRUE 0.957 49.000 0.187 1.000 N NA
 7638372 7638373 HDEF_1759 HDEF_1761     FALSE 0.023 680.000 0.000 NA   NA
 7638375 7638376 HDEF_1762 HDEF_1763     TRUE 0.737 25.000 0.000 NA   NA
 7638378 7638379 HDEF_1765 HDEF_1766 hemG cysB TRUE 0.615 53.000 0.000 1.000 N NA
 7638379 7638380 HDEF_1766 HDEF_1767 cysB topA TRUE 0.583 91.000 0.008 1.000 N NA
 7638380 7638381 HDEF_1767 HDEF_1768 topA sohB TRUE 0.509 142.000 0.006 1.000 N NA
 7638381 7638382 HDEF_1768 HDEF_1769 sohB   FALSE 0.289 180.000 0.000 NA N NA
 7638383 7638384 HDEF_1770 HDEF_1771 artP artI TRUE 0.966 105.000 0.323 1.000 Y NA
 7638384 7638385 HDEF_1771 HDEF_1772 artI artM TRUE 0.996 9.000 0.260 0.025 Y NA
 7638385 7638386 HDEF_1772 HDEF_1773 artM artQ TRUE 0.999 6.000 0.714 0.010 Y NA
 7638386 7638387 HDEF_1773 HDEF_1774 artQ   FALSE 0.238 103.000 0.000 NA   NA
 7638388 7638389 HDEF_1775 HDEF_1776 yadH yadG TRUE 0.997 -3.000 0.688 0.077 N NA
 7638389 7638390 HDEF_1776 HDEF_1777 yadG lpxC FALSE 0.073 347.000 0.000 1.000 N NA
 7638390 7638391 HDEF_1777 HDEF_1778 lpxC ftsZ TRUE 0.498 270.000 0.134 1.000 N NA
 7638391 7638392 HDEF_1778 HDEF_1779 ftsZ ftsA TRUE 0.966 152.000 0.460 1.000 Y NA
 7638392 7638393 HDEF_1779 HDEF_1780 ftsA ftsQ TRUE 0.994 28.000 0.389 NA N NA
 7638393 7638394 HDEF_1780 HDEF_1781 ftsQ ddlB TRUE 0.999 2.000 0.372 NA Y NA
 7638394 7638395 HDEF_1781 HDEF_1782 ddlB murC TRUE 0.981 -7.000 0.153 0.005 Y NA
 7638395 7638396 HDEF_1782 HDEF_1783 murC murG TRUE 0.998 9.000 0.283 1.000 Y NA
 7638396 7638397 HDEF_1783 HDEF_1784 murG ftsW TRUE 0.998 -3.000 0.647 1.000 N NA
 7638397 7638398 HDEF_1784 HDEF_1785 ftsW murD TRUE 0.991 -3.000 0.297 0.003 N NA
 7638398 7638399 HDEF_1785 HDEF_1786 murD mraY TRUE 0.999 0.000 0.647 0.005 Y NA
 7638399 7638400 HDEF_1786 HDEF_1787 mraY murF TRUE 0.994 -6.000 0.309 0.005 Y NA
 7638400 7638401 HDEF_1787 HDEF_1788 murF murE TRUE 0.999 2.000 0.569 0.003 Y NA
 7638401 7638402 HDEF_1788 HDEF_1789 murE ftsI TRUE 0.957 -13.000 0.059 1.000 Y NA
 7638402 7638403 HDEF_1789 HDEF_1790 ftsI ftsL TRUE 0.982 10.000 0.124 1.000 N NA
 7638403 7638404 HDEF_1790 HDEF_1791 ftsL mraW TRUE 0.995 0.000 0.227 1.000 N NA
 7638404 7638405 HDEF_1791 HDEF_1792 mraW mraZ TRUE 0.994 27.000 0.635 NA   NA
 7638405 7638406 HDEF_1792 HDEF_1793 mraZ leuO FALSE 0.078 266.000 0.000 NA   NA
 7638406 7638407 HDEF_1793 HDEF_1794 leuO   FALSE 0.136 189.000 0.000 NA   NA
 7638408 7638409 HDEF_1795 HDEF_1796     FALSE 0.152 -82.000 0.000 NA   NA
 7638410 7638411 HDEF_1797 HDEF_1798     TRUE 0.762 19.000 0.000 NA   NA
 7638411 7638412 HDEF_1798 HDEF_1799     TRUE 0.941 80.000 0.400 NA   NA
 7638413 7638414 HDEF_1800 HDEF_1801 yojN rcsB TRUE 0.981 -13.000 0.558 1.000   NA
 7638414 7638415 HDEF_1801 HDEF_1803 rcsB cpxR FALSE 0.055 2956.000 0.000 0.006 Y NA
 7638415 7638416 HDEF_1803 HDEF_1804 cpxR yibK TRUE 0.715 69.000 0.008 1.000 N NA
 7638417 7638418 HDEF_1805 HDEF_1806 sanA sfcA TRUE 0.477 174.000 0.045 NA   NA
 7638418 7638419 HDEF_1806 HDEF_1807 sfcA metG TRUE 0.794 27.000 0.000 1.000 N NA
 7638422 7638423 HDEF_1810 HDEF_1811 kdtA   TRUE 0.994 -3.000 0.083 NA Y NA
 7638423 7638424 HDEF_1811 HDEF_1812   coaD TRUE 0.973 10.000 0.023 NA N NA
 7638424 7638425 HDEF_1812 HDEF_1813 coaD   FALSE 0.030 494.000 0.000 NA   NA
 7638425 7638426 HDEF_1813 HDEF_1814     FALSE 0.042 391.000 0.000 NA   NA
 7638426 7638427 HDEF_1814 HDEF_1815   uvrA FALSE 0.037 429.000 0.000 NA   NA
 7638429 7638430 HDEF_1817 HDEF_1818 yhcB degS FALSE 0.404 65.000 0.000 NA   NA
 7638432 7638433 HDEF_1820 HDEF_1821 fruB fruK TRUE 0.993 -3.000 0.112 1.000 Y NA
 7638433 7638434 HDEF_1821 HDEF_1822 fruK fruA TRUE 0.999 12.000 0.562 1.000 Y NA
 7638434 7638435 HDEF_1822 HDEF_1823 fruA aspC_2 FALSE 0.372 80.000 0.000 1.000 N NA
 7638435 7638436 HDEF_1823 HDEF_1824 aspC_2 thrS FALSE 0.299 124.000 0.000 1.000 N NA
 7638436 7638437 HDEF_1824 HDEF_1825 thrS infC TRUE 0.993 17.000 0.186 1.000 Y NA
 7638437 7638438 HDEF_1825 HDEF_1826 infC rpmI TRUE 0.984 98.000 0.652 1.000 Y NA
 7638438 7638439 HDEF_1826 HDEF_1827 rpmI rplT TRUE 0.997 40.000 0.928 0.018 Y NA
 7638441 7638442 HDEF_1828 HDEF_1830 pheS pheT TRUE 0.997 15.000 0.574 0.001 Y NA
 7638442 7638443 HDEF_1830 HDEF_1831 pheT ihfA TRUE 0.992 6.000 0.208 1.000 N NA
 7638443 7638444 HDEF_1831 HDEF_1832 ihfA mukF TRUE 0.911 12.000 0.000 NA N NA
 7638444 7638445 HDEF_1832 HDEF_1833 mukF mukE TRUE 0.976 8.000 0.000 NA Y NA
 7638445 7638446 HDEF_1833 HDEF_1834 mukE mukB TRUE 0.936 -3.000 0.000 0.001 Y NA
 7638446 7638447 HDEF_1834 HDEF_1835 mukB   FALSE 0.234 64.000 0.000 1.000   NA
 7638448 7638449 HDEF_1836 HDEF_1837 prlC purC TRUE 0.552 59.000 0.000 1.000 N NA
 7638449 7638450 HDEF_1837 HDEF_1838 purC nlpB TRUE 0.920 42.000 0.019 NA N NA
 7638450 7638451 HDEF_1838 HDEF_1839 nlpB dapA TRUE 0.995 38.000 0.267 NA Y NA
 7638451 7638452 HDEF_1839 HDEF_1840 dapA rplQ FALSE 0.270 141.000 0.000 1.000 N NA
 7638452 7638453 HDEF_1840 HDEF_1841 rplQ rpoA TRUE 0.995 39.000 0.873 1.000 N NA
 7638453 7638454 HDEF_1841 HDEF_1842 rpoA rpsD TRUE 0.994 26.000 0.549 1.000 N NA
 7638454 7638455 HDEF_1842 HDEF_1843 rpsD rpsK TRUE 0.996 31.000 0.509 0.025 Y NA
 7638455 7638456 HDEF_1843 HDEF_1844 rpsK rpsM TRUE 0.998 16.000 0.810 0.018 Y NA
 7638456 7638457 HDEF_1844 HDEF_1845 rpsM rpmJ TRUE 0.795 136.000 0.086 0.018 Y NA
 7638457 7638458 HDEF_1845 HDEF_1846 rpmJ secY TRUE 0.928 34.000 0.036 1.000 N NA
 7638458 7638459 HDEF_1846 HDEF_1847 secY rplO TRUE 0.998 8.000 0.730 1.000 N NA
 7638459 7638460 HDEF_1847 HDEF_1848 rplO rpmD TRUE 0.996 -9.000 0.653 0.003 Y NA
 7638460 7638461 HDEF_1848 HDEF_1849 rpmD rpsE TRUE 0.999 5.000 0.789 0.025 Y NA
 7638461 7638462 HDEF_1849 HDEF_1850 rpsE rplR TRUE 0.998 20.000 0.814 0.025 Y NA
 7638462 7638463 HDEF_1850 HDEF_1851 rplR rplF TRUE 0.999 10.000 0.815 0.018 Y NA
 7638463 7638464 HDEF_1851 HDEF_1852 rplF rpsH TRUE 0.998 14.000 0.808 0.018 Y NA
 7638464 7638465 HDEF_1852 HDEF_1853 rpsH rpsN TRUE 0.995 35.000 0.473 0.018 Y NA
 7638465 7638466 HDEF_1853 HDEF_1854 rpsN rplE TRUE 0.997 16.000 0.496 0.018 Y NA
 7638466 7638467 HDEF_1854 HDEF_1855 rplE rplX TRUE 0.998 22.000 0.758 0.018 Y NA
 7638467 7638468 HDEF_1855 HDEF_1856 rplX rplN TRUE 0.999 11.000 0.810 0.025 Y NA
 7638468 7638469 HDEF_1856 HDEF_1857 rplN rpsQ TRUE 0.970 159.000 0.791 0.025 Y NA
 7638469 7638470 HDEF_1857 HDEF_1858 rpsQ rpmC TRUE 0.996 -3.000 0.828 0.018   NA
 7638470 7638471 HDEF_1858 HDEF_1859 rpmC rplP TRUE 0.985 42.000 0.802 0.018   NA
 7638471 7638472 HDEF_1859 HDEF_1860 rplP rpsC TRUE 0.999 0.000 0.828 0.025 Y NA
 7638472 7638473 HDEF_1860 HDEF_1861 rpsC rplV TRUE 0.999 0.000 0.719 0.025 Y NA
 7638473 7638474 HDEF_1861 HDEF_1862 rplV rpsS TRUE 0.998 14.000 0.769 0.025 Y NA
 7638474 7638475 HDEF_1862 HDEF_1863 rpsS rplB TRUE 0.998 17.000 0.820 0.025 Y NA
 7638475 7638476 HDEF_1863 HDEF_1864 rplB rplW TRUE 0.998 17.000 0.849 0.025 Y NA
 7638476 7638477 HDEF_1864 HDEF_1865 rplW rplD TRUE 0.998 -3.000 0.513 0.018 Y NA
 7638477 7638478 HDEF_1865 HDEF_1866 rplD rplC TRUE 0.997 17.000 0.486 0.018 Y NA
 7638478 7638479 HDEF_1866 HDEF_1867 rplC rpsJ TRUE 0.993 33.000 0.307 0.025 Y NA
 7638479 7638480 HDEF_1867 HDEF_1868 rpsJ fecE FALSE 0.086 250.000 0.000 NA   NA
 7638480 7638481 HDEF_1868 HDEF_1869 fecE fecD TRUE 0.759 -6.000 0.000 NA   NA
 7638481 7638482 HDEF_1869 HDEF_1870 fecD fecC TRUE 0.796 14.000 0.000 NA   NA
 7638482 7638483 HDEF_1870 HDEF_1871 fecC   TRUE 0.782 16.000 0.000 NA   NA
 7638483 7638484 HDEF_1871 HDEF_1872     FALSE 0.221 131.000 0.000 NA   NA
 7638484 7638485 HDEF_1872 HDEF_1873   cysK TRUE 0.719 -3.000 0.000 1.000   NA
 7638485 7638486 HDEF_1873 HDEF_1874 cysK   FALSE 0.145 -31.000 0.000 1.000   NA
 7638486 7638487 HDEF_1874 HDEF_1875     FALSE 0.138 -91.000 0.000 NA   NA
 7638488 7638489 HDEF_1876 HDEF_1877 feoA feoB TRUE 0.992 18.000 0.177 1.000 Y NA
 7638489 7638490 HDEF_1877 HDEF_1878 feoB   TRUE 0.996 -3.000 0.455 NA   NA
 7638491 7638492 HDEF_1879 HDEF_1880     TRUE 0.854 7.000 0.000 NA   NA
 7638492 7638493 HDEF_1880 HDEF_1881     TRUE 0.548 51.000 0.000 NA   NA
 7638493 7638494 HDEF_1881 HDEF_1882   gltA FALSE 0.241 97.000 0.000 NA   NA
 7638495 7638496 HDEF_1883 HDEF_1884 sdhC sdhD TRUE 0.995 -6.000 0.453 0.001 Y NA
 7638496 7638497 HDEF_1884 HDEF_1885 sdhD sdhA TRUE 0.999 1.000 0.705 0.002 Y NA
 7638497 7638498 HDEF_1885 HDEF_1886 sdhA sdhB TRUE 0.985 66.000 0.604 0.002 Y NA
 7638498 7638499 HDEF_1886 HDEF_1887 sdhB sucA TRUE 0.977 37.000 0.067 1.000 Y NA
 7638499 7638500 HDEF_1887 HDEF_1888 sucA sucB TRUE 0.997 42.000 0.667 1.000 Y NA
 7638500 7638501 HDEF_1888 HDEF_1889 sucB sucC TRUE 0.904 118.000 0.136 1.000 Y NA
 7638501 7638502 HDEF_1889 HDEF_1890 sucC sucD TRUE 0.999 0.000 0.806 0.001 Y NA
 7638502 7638503 HDEF_1890 HDEF_1891 sucD   FALSE 0.018 391.000 0.000 1.000   NA
 7638503 7638504 HDEF_1891 HDEF_1892     FALSE 0.031 57.000 0.000 0.001   NA
 7638504 7638505 HDEF_1892 HDEF_1893     FALSE 0.169 164.000 0.000 NA   NA
 7638506 7638507 HDEF_1894 HDEF_1895 pfkA efp FALSE 0.336 87.000 0.000 1.000 N NA
 7638509 7638510 HDEF_1897 HDEF_1898 folD thrC TRUE 0.708 42.000 0.000 1.000 N NA
 7638510 7638511 HDEF_1898 HDEF_1899 thrC thrB TRUE 0.997 8.000 0.233 1.000 Y NA
 7638511 7638512 HDEF_1899 HDEF_1900 thrB thrA TRUE 0.995 4.000 0.133 1.000 Y NA
 7638513 7638514 HDEF_1901 HDEF_1902 arcA   TRUE 0.423 99.000 0.000 NA N NA
 7638514 7638515 HDEF_1902 HDEF_1903     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7638515 7638516 HDEF_1903 HDEF_1904   mutH_1 TRUE 0.938 24.000 0.000 1.000 Y NA
 7638516 7638517 HDEF_1904 HDEF_1905 mutH_1 mutH_2 FALSE 0.255 88.000 0.000 NA   NA
 7638517 7638518 HDEF_1905 HDEF_1906 mutH_2   FALSE 0.230 123.000 0.000 NA   NA
 7638518 7638519 HDEF_1906 HDEF_1907     FALSE 0.141 185.000 0.000 NA   NA
 7638520 7638521 HDEF_1908 HDEF_1909 rhtA lpd_1 TRUE 0.723 6.000 0.000 1.000   NA
 7638521 7638522 HDEF_1909 HDEF_1910 lpd_1 hda FALSE 0.222 217.000 0.000 NA N NA
 7638522 7638523 HDEF_1910 HDEF_1911 hda   FALSE 0.103 229.000 0.000 NA   NA
 7638523 7638524 HDEF_1911 HDEF_1912     FALSE 0.027 549.000 0.000 NA   NA
 7638525 7638526 HDEF_1913 HDEF_1914 radC rpmB TRUE 0.476 147.000 0.002 1.000 N NA
 7638526 7638527 HDEF_1914 HDEF_1915 rpmB rpmG TRUE 0.996 12.000 0.332 0.018 Y NA
 7638527 7638528 HDEF_1915 HDEF_1916 rpmG lgt FALSE 0.116 253.000 0.000 1.000 N NA
 7638528 7638529 HDEF_1916 HDEF_1917 lgt thyA TRUE 0.973 30.000 0.164 1.000 N NA
 7638529 7638530 HDEF_1917 HDEF_1918 thyA tusE TRUE 0.948 3.000 0.000 NA N NA
 7638530 7638531 HDEF_1918 HDEF_1919 tusE   FALSE 0.246 92.000 0.000 NA   NA
 7638532 7638533 HDEF_1920 HDEF_1921 sbcB hemN FALSE 0.351 84.000 0.000 1.000 N NA
 7638533 7638534 HDEF_1921 HDEF_1922 hemN rdgB TRUE 0.982 -7.000 0.218 1.000 N NA
 7638534 7638535 HDEF_1922 HDEF_1924 rdgB   TRUE 0.852 26.000 0.005 1.000   NA
 7638536 7638537 HDEF_1923 HDEF_1925   guaB FALSE 0.175 158.000 0.000 NA   NA
 7638537 7638538 HDEF_1925 HDEF_1926 guaB guaA TRUE 0.856 144.000 0.190 0.001 Y NA
 7638539 7638540 HDEF_1927 HDEF_1928 pgpA thiL TRUE 0.993 3.000 0.206 1.000 N NA
 7638540 7638541 HDEF_1928 HDEF_1929 thiL nusB TRUE 0.969 48.000 0.225 1.000 N NA
 7638541 7638542 HDEF_1929 HDEF_1930 nusB ribE TRUE 0.994 12.000 0.347 1.000 N NA
 7638544 7638545 HDEF_1932 HDEF_1933   rtxA_23 TRUE 0.550 -13.000 0.000 NA   NA
 7638546 7638547 HDEF_1934 HDEF_1935     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7638549 7638550 HDEF_2372 HDEF_1937     FALSE 0.067 -1765.000 0.000 NA   NA
 7638551 7638552 HDEF_1938 HDEF_1939   ruvB FALSE 0.206 68.000 0.000 1.000   NA
 7638552 7638553 HDEF_1939 HDEF_1940 ruvB ruvA TRUE 0.995 34.000 0.549 0.002 Y NA
 7638553 7638554 HDEF_1940 HDEF_1941 ruvA pyrB TRUE 0.754 36.000 0.000 1.000 N NA
 7638554 7638555 HDEF_1941 HDEF_1942 pyrB   TRUE 0.648 67.000 0.002 NA   NA
 7638555 7638556 HDEF_1942 HDEF_1943   ptsN TRUE 0.812 98.000 0.186 NA   NA
 7638556 7638557 HDEF_1943 HDEF_1944 ptsN yhbG TRUE 0.504 81.000 0.017 1.000   NA
 7638557 7638558 HDEF_1944 HDEF_1945 yhbG   TRUE 0.998 0.000 0.543 NA   NA
 7638558 7638559 HDEF_1945 HDEF_1946     TRUE 0.955 -25.000 0.459 NA   NA
 7638559 7638560 HDEF_1946 HDEF_1947   kdsC TRUE 0.996 14.000 0.617 NA   NA
 7638560 7638561 HDEF_1947 HDEF_1948 kdsC kdsD TRUE 0.994 16.000 0.598 1.000   NA
 7638562 7638563 HDEF_1949 HDEF_1950   yrbF TRUE 0.782 16.000 0.000 NA   NA
 7638563 7638564 HDEF_1950 HDEF_1951 yrbF yrbE TRUE 0.998 28.000 0.530 NA Y NA
 7638564 7638565 HDEF_1951 HDEF_1952 yrbE yrbD TRUE 0.998 3.000 0.562 NA   NA
 7638565 7638566 HDEF_1952 HDEF_1953 yrbD   TRUE 0.981 16.000 0.188 NA   NA
 7638566 7638567 HDEF_1953 HDEF_1954   bolA_2 TRUE 0.905 13.000 0.000 NA N NA
 7638567 7638568 HDEF_1954 HDEF_1955 bolA_2 murA TRUE 0.988 35.000 0.258 NA N NA
 7638568 7638569 HDEF_1955 HDEF_1956 murA can FALSE 0.418 73.000 0.000 1.000 N NA
 7638571 7638572 HDEF_1958 HDEF_1959   siiB TRUE 0.796 14.000 0.000 NA   NA
 7638572 7638573 HDEF_1959 HDEF_1960 siiB siiC FALSE 0.371 -22.000 0.000 NA   NA
 7638573 7638574 HDEF_1960 HDEF_1961 siiC siiD TRUE 0.997 5.000 0.667 1.000   NA
 7638575 7638576 HDEF_1962 HDEF_1963 glmM folP TRUE 0.994 7.000 0.260 1.000 N NA
 7638576 7638577 HDEF_1963 HDEF_1964 folP hflB TRUE 0.801 237.000 0.325 1.000 N NA
 7638577 7638578 HDEF_1964 HDEF_1965 hflB rrmJ TRUE 0.937 60.000 0.152 NA N NA
 7638578 7638579 HDEF_1965 HDEF_1966 rrmJ greA TRUE 0.589 152.000 0.009 NA N NA
 7638581 7638582 HDEF_1968 HDEF_1969   exoY_2 FALSE 0.057 333.000 0.000 NA   NA
 7638582 7638583 HDEF_1969 HDEF_1970 exoY_2   FALSE 0.036 430.000 0.000 NA   NA
 7638583 7638584 HDEF_1970 HDEF_1971     TRUE 0.495 56.000 0.000 NA   NA
 7638584 7638585 HDEF_1971 HDEF_1972     FALSE 0.072 283.000 0.000 NA   NA
 7638585 7638586 HDEF_1972 HDEF_1973     TRUE 0.446 61.000 0.000 NA   NA
 7638586 7638587 HDEF_1973 HDEF_1974   cro_2 FALSE 0.056 336.000 0.000 NA   NA
 7638588 7638589 HDEF_1975 HDEF_1976     FALSE 0.026 557.000 0.000 NA   NA
 7638591 7638592 HDEF_1978 HDEF_1979     TRUE 0.457 -18.000 0.000 NA   NA
 7638592 7638593 HDEF_1979 HDEF_1980     TRUE 0.992 -3.000 0.250 NA   NA
 7638593 7638594 HDEF_1980 HDEF_1981     TRUE 0.767 18.000 0.000 NA   NA
 7638594 7638595 HDEF_1981 HDEF_1982     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7638595 7638596 HDEF_1982 HDEF_1983     TRUE 0.803 13.000 0.000 NA   NA
 7638596 7638597 HDEF_1983 HDEF_1984     FALSE 0.205 141.000 0.000 NA   NA
 7638597 7638598 HDEF_1984 HDEF_1985     FALSE 0.124 200.000 0.000 NA   NA
 7638599 7638600 HDEF_1986 HDEF_1987     FALSE 0.152 -82.000 0.000 NA   NA
 7638600 7638601 HDEF_1987 HDEF_1988     FALSE 0.140 186.000 0.000 NA   NA
 7638602 7638603 HDEF_1989 HDEF_1990     TRUE 0.744 24.000 0.000 NA   NA
 7638605 7638606 HDEF_1992 HDEF_1993 ldhA   FALSE 0.164 168.000 0.000 NA   NA
 7638608 7638609 HDEF_1995 HDEF_1996 cyoA_2 cyoB_2 TRUE 0.723 28.000 0.000 NA   NA
 7638609 7638610 HDEF_1996 HDEF_1997 cyoB_2   FALSE 0.042 390.000 0.000 NA   NA
 7638610 7638611 HDEF_1997 HDEF_1998     FALSE 0.173 160.000 0.000 NA   NA
 7638613 7638614 HDEF_2373 HDEF_2000     FALSE 0.111 -1179.000 0.000 NA   NA
 7638615 7638616 HDEF_2374 HDEF_2001     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7638617 7638618 HDEF_2375 HDEF_2002     FALSE 0.121 -502.000 0.000 NA   NA
 7638618 7638619 HDEF_2002 HDEF_2003     FALSE 0.264 86.000 0.000 NA   NA
 7638621 7638622 HDEF_2004 HDEF_2006     FALSE 0.340 72.000 0.000 NA   NA
 7638623 7638624 HDEF_2007 HDEF_2008   mnmE TRUE 0.808 -10.000 0.010 1.000   NA
 7638624 7638625 HDEF_2008 HDEF_2009 mnmE yidC TRUE 0.747 114.000 0.221 0.043   NA
 7638625 7638626 HDEF_2009 HDEF_2010 yidC   TRUE 0.997 3.000 0.461 NA   NA
 7638626 7638627 HDEF_2010 HDEF_2011   rnpA TRUE 0.994 24.000 0.540 NA   NA
 7638627 7638628 HDEF_2011 HDEF_2012 rnpA rpmH TRUE 0.995 15.000 0.787 1.000   NA
 7638628 7638629 HDEF_2012 HDEF_2013 rpmH   FALSE 0.215 -43.000 0.000 NA   NA
 7638630 7638631 HDEF_2014 HDEF_2015     TRUE 0.700 33.000 0.000 NA   NA
 7638631 7638632 HDEF_2015 HDEF_2016   rtxA_24 TRUE 0.550 -13.000 0.000 NA   NA
 7638632 7638633 HDEF_2016 HDEF_2017 rtxA_24 rtxA_25 FALSE 0.361 70.000 0.000 NA   NA
 7638638 7638639 HDEF_2376 HDEF_2022     FALSE 0.116 -532.000 0.000 NA   NA
 7638640 7638641 HDEF_2377 HDEF_2023     FALSE 0.083 -1764.000 0.000 NA   NA
 7638642 7638643 HDEF_2024 HDEF_2378     FALSE 0.111 -1179.000 0.000 NA   NA
 7638645 7638646 HDEF_2026 HDEF_2027 rfe rho FALSE 0.393 77.000 0.000 1.000 N NA
 7638648 7638649 HDEF_2029 HDEF_2030     FALSE 0.121 202.000 0.000 NA   NA
 7638649 7638650 HDEF_2030 HDEF_2031     FALSE 0.340 72.000 0.000 NA   NA
 7638650 7638651 HDEF_2031 HDEF_2032     TRUE 0.473 58.000 0.000 NA   NA
 7638651 7638652 HDEF_2032 HDEF_2033     FALSE 0.236 114.000 0.000 NA   NA
 7638652 7638653 HDEF_2033 HDEF_2034     TRUE 0.427 63.000 0.000 NA   NA
 7638654 7638655 HDEF_2035 HDEF_2036 purH purD TRUE 0.960 82.000 0.238 1.000 Y NA
 7638655 7638656 HDEF_2036 HDEF_2037 purD trkH FALSE 0.400 76.000 0.000 1.000 N NA
 7638656 7638657 HDEF_2037 HDEF_2038 trkH leuS FALSE 0.321 91.000 0.000 1.000 N NA
 7638657 7638658 HDEF_2038 HDEF_2039 leuS rlpB TRUE 0.982 -7.000 0.182 NA N NA
 7638658 7638659 HDEF_2039 HDEF_2040 rlpB holA TRUE 0.993 -3.000 0.199 NA N NA
 7638659 7638660 HDEF_2040 HDEF_2041 holA nadD TRUE 0.917 -10.000 0.045 1.000 N NA
 7638661 7638662 HDEF_2042 HDEF_2043 lpd_2 aceF TRUE 0.998 17.000 0.463 1.000 Y NA
 7638662 7638663 HDEF_2043 HDEF_2044 aceF aceE TRUE 0.993 27.000 0.220 1.000 Y NA
 7638663 7638664 HDEF_2044 HDEF_2045 aceE   FALSE 0.022 743.000 0.000 NA   NA
 7638664 7638665 HDEF_2045 HDEF_2046     TRUE 0.759 -6.000 0.000 NA   NA
 7638667 7638668 HDEF_2048 HDEF_2049     TRUE 0.737 25.000 0.000 NA   NA
 7638668 7638669 HDEF_2049 HDEF_2050     TRUE 0.931 41.000 0.000 NA Y NA
 7638669 7638670 HDEF_2050 HDEF_2051     TRUE 0.506 55.000 0.000 NA   NA
 7638670 7638671 HDEF_2051 HDEF_2052     FALSE 0.416 64.000 0.000 NA   NA
 7638671 7638672 HDEF_2052 HDEF_2053     TRUE 0.690 118.000 0.000 NA Y NA
 7638672 7638673 HDEF_2053 HDEF_2054     FALSE 0.237 104.000 0.000 NA   NA
 7638673 7638674 HDEF_2054 HDEF_2055     FALSE 0.281 82.000 0.000 NA   NA
 7638674 7638675 HDEF_2055 HDEF_2056     FALSE 0.138 188.000 0.000 NA   NA
 7638675 7638676 HDEF_2056 HDEF_2057     FALSE 0.089 243.000 0.000 NA   NA
 7638677 7638678 HDEF_2058 HDEF_2059     FALSE 0.157 173.000 0.000 NA   NA
 7638679 7638680 HDEF_2060 HDEF_2061   purU FALSE 0.314 96.000 0.000 1.000 N NA
 7638682 7638683 HDEF_2063 HDEF_2064 hns cls FALSE 0.013 490.000 0.000 1.000   NA
 7638684 7638685 HDEF_2065 HDEF_2066 ompX tonB TRUE 0.700 77.000 0.000 1.000 Y NA
 7638686 7638687 HDEF_2067 HDEF_2068 ispZ   TRUE 0.980 2.000 0.061 NA   NA
 7638687 7638688 HDEF_2068 HDEF_2069     FALSE 0.049 360.000 0.000 NA   NA
 7638689 7638690 HDEF_2070 HDEF_2071 asd   FALSE 0.237 105.000 0.000 NA   NA
 7638690 7638691 HDEF_2071 HDEF_2072     TRUE 0.959 29.000 0.125 NA   NA
 7638691 7638692 HDEF_2072 HDEF_2073   rpiA TRUE 0.705 55.000 0.000 NA N NA
 7638692 7638693 HDEF_2073 HDEF_2074 rpiA serA TRUE 0.969 7.000 0.029 1.000 N NA
 7638694 7638695 HDEF_2075 HDEF_2076   zapA FALSE 0.149 425.000 0.034 NA   NA
 7638695 7638696 HDEF_2076 HDEF_2078 zapA   FALSE 0.105 222.000 0.000 NA   NA
 7638697 7638698 HDEF_2077 HDEF_2079     TRUE 0.835 10.000 0.000 NA   NA
 7638702 7638703 HDEF_2083 HDEF_2084 prsA pth TRUE 0.905 38.000 0.011 1.000 N NA
 7638703 7638704 HDEF_2084 HDEF_2085 pth sxy FALSE 0.161 273.000 0.000 NA N NA
 7638704 7638705 HDEF_2085 HDEF_2086 sxy apt FALSE 0.355 149.000 0.000 NA N NA
 7638705 7638706 HDEF_2086 HDEF_2087 apt dnaX TRUE 0.927 44.000 0.088 1.000 N NA
 7638706 7638707 HDEF_2087 HDEF_2088 dnaX   TRUE 0.986 42.000 0.411 NA   NA
 7638707 7638708 HDEF_2088 HDEF_2089   recR TRUE 0.998 4.000 0.604 NA   NA
 7638708 7638709 HDEF_2089 HDEF_2090 recR   TRUE 0.686 35.000 0.000 NA   NA
 7638711 7638712 HDEF_2092 HDEF_2093   htpG FALSE 0.101 232.000 0.000 NA   NA
 7638712 7638713 HDEF_2093 HDEF_2094 htpG   TRUE 0.789 15.000 0.000 NA   NA
 7638713 7638714 HDEF_2094 HDEF_2095   adk TRUE 0.516 54.000 0.000 NA   NA
 7638717 7638718 HDEF_2098 HDEF_2099 asnB   TRUE 0.626 14.000 0.000 1.000   NA
 7638718 7638719 HDEF_2099 HDEF_2100   fabI FALSE 0.004 235.000 0.000 0.017   NA
 7638719 7638720 HDEF_2100 HDEF_2101 fabI sapF TRUE 0.724 95.000 0.078 1.000 N NA
 7638720 7638721 HDEF_2101 HDEF_2102 sapF sapD TRUE 0.999 0.000 0.684 0.009 Y NA
 7638721 7638722 HDEF_2102 HDEF_2103 sapD sapC TRUE 0.999 0.000 0.667 1.000 Y NA
 7638722 7638723 HDEF_2103 HDEF_2104 sapC sapB TRUE 0.983 -13.000 0.284 0.009 Y NA
 7638723 7638724 HDEF_2104 HDEF_2105 sapB   TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7638724 7638725 HDEF_2105 HDEF_2106   lpcA TRUE 0.721 -7.000 0.000 NA   NA
 7638727 7638728 HDEF_2108 HDEF_2109 fre ubiD TRUE 0.996 1.000 0.090 NA Y NA
 7638732 7638733 HDEF_2113 HDEF_2114     TRUE 0.731 26.000 0.000 NA   NA
 7638733 7638734 HDEF_2114 HDEF_2115     TRUE 0.995 21.000 0.632 NA   NA
 7638734 7638735 HDEF_2115 HDEF_2116   prmC FALSE 0.237 106.000 0.000 NA   NA
 7638735 7638736 HDEF_2116 HDEF_2117 prmC prfA TRUE 0.997 2.000 0.229 0.032 Y NA
 7638736 7638737 HDEF_2117 HDEF_2118 prfA hemA TRUE 0.590 45.000 0.000 NA   NA
 7638738 7638739 HDEF_2119 HDEF_2120 lolB ispE TRUE 0.988 -3.000 0.157 1.000 N NA
 7638740 7638741 HDEF_2121 HDEF_2122 ydjN ydjM TRUE 0.985 0.000 0.102 NA   NA
 7638741 7638742 HDEF_2122 HDEF_2123 ydjM yfeD TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   NA
 7638742 7638743 HDEF_2123 HDEF_2124 yfeD yfeC TRUE 0.999 0.000 0.525 0.004 Y NA
 7638743 7638744 HDEF_2124 HDEF_2125 yfeC yfeB TRUE 0.999 1.000 0.857 0.072 Y NA
 7638744 7638745 HDEF_2125 HDEF_2126 yfeB yfeA TRUE 0.999 -3.000 0.894 1.000 Y NA
 7638747 7638748 HDEF_2128 HDEF_2129   gloB TRUE 0.737 173.000 0.233 1.000   NA
 7638749 7638750 HDEF_2130 HDEF_2131 yafS hmuR FALSE 0.032 288.000 0.000 1.000   NA
 7638750 7638751 HDEF_2131 HDEF_2132 hmuR hmuS