MicrobesOnline Operon Predictions for Caulobacter crescentus NA1000

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5847217 5847218 CCNA_00001 CCNA_00002     TRUE 0.928 -3.000 0.135 NA   NA
 5847218 5847219 CCNA_00002 CCNA_00003     TRUE 0.946 -3.000 0.169 NA N NA
 5847219 5847220 CCNA_00003 CCNA_00004     TRUE 0.916 2.000 0.078 1.000 N NA
 5847220 5847221 CCNA_00004 CCNA_00005   dnaQ TRUE 0.660 32.000 0.092 1.000 N NA
 5847221 5847222 CCNA_00005 CCNA_00006 dnaQ   FALSE 0.172 119.000 0.000 1.000 N NA
 5847222 5847223 CCNA_00006 CCNA_00007     FALSE 0.237 135.000 0.016 1.000 N NA
 5847223 5847224 CCNA_00007 CCNA_00008   dnaA FALSE 0.003 401.000 0.000 1.000 N NA
 5847226 5847227 CCNA_00010 CCNA_00011 dnaK dnaJ TRUE 0.798 163.000 0.236 0.003 Y NA
 5847227 5847228 CCNA_00011 CCNA_00012 dnaJ mutS FALSE 0.171 87.000 0.003 1.000 N NA
 5847228 5847229 CCNA_00012 CCNA_00013 mutS   TRUE 0.564 21.000 0.021 1.000 N NA
 5847230 5847231 CCNA_00014 CCNA_00015 moaC moaB TRUE 0.989 -3.000 0.109 0.003 Y NA
 5847231 5847232 CCNA_00015 CCNA_00016 moaB moaE TRUE 0.977 1.000 0.018 0.003 Y NA
 5847232 5847233 CCNA_00016 CCNA_00017 moaE moaD TRUE 0.995 -3.000 0.501 0.003 Y NA
 5847233 5847234 CCNA_00017 CCNA_00018 moaD moaA TRUE 0.970 4.000 0.010 0.003 Y NA
 5847236 5847237 CCNA_00020 CCNA_00021     FALSE 0.199 172.000 0.100 NA   NA
 5847237 5847238 CCNA_00021 CCNA_00022     TRUE 0.990 -3.000 0.150 0.002 Y NA
 5847239 5847240 CCNA_00023 CCNA_00024     FALSE 0.232 17.000 0.000 NA   NA
 5847241 5847242 CCNA_00025 CCNA_00026     TRUE 0.706 58.000 0.400 1.000 N NA
 5847242 5847243 CCNA_00026 CCNA_00027     FALSE 0.433 99.000 0.073 1.000   NA
 5847243 5847244 CCNA_00027 CCNA_00028     FALSE 0.454 146.000 0.163 1.000   NA
 5847245 5847246 CCNA_00029 CCNA_00030     FALSE 0.302 49.000 0.018 1.000 N NA
 5847247 5847248 CCNA_00031 CCNA_00032 vapC vapB TRUE 0.977 1.000 0.750 NA   NA
 5847248 5847249 CCNA_00032 CCNA_00033 vapB   FALSE 0.001 883.000 0.000 NA   NA
 5847249 5847250 CCNA_00033 CCNA_00034     FALSE 0.330 249.000 0.335 1.000 Y NA
 5847250 5847251 CCNA_00034 CCNA_00035     TRUE 0.967 15.000 0.211 1.000 Y NA
 5847251 5847252 CCNA_00035 CCNA_00036     TRUE 0.989 3.000 0.318 1.000 Y NA
 5847252 5847253 CCNA_00036 CCNA_00037     FALSE 0.207 101.000 0.004 1.000 N NA
 5847253 5847254 CCNA_00037 CCNA_00038     FALSE 0.433 60.000 0.105 NA   NA
 5847254 5847255 CCNA_00038 CCNA_00039     TRUE 0.978 0.000 0.750 NA   NA
 5847255 5847256 CCNA_00039 CCNA_00040     FALSE 0.101 39.000 0.000 NA   NA
 5847256 5847257 CCNA_00040 CCNA_00041     FALSE 0.067 56.000 0.000 NA   NA
 5847257 5847258 CCNA_00041 CCNA_00042     FALSE 0.211 195.000 0.223 NA N NA
 5847258 5847259 CCNA_00042 CCNA_00043     TRUE 0.756 79.000 0.075 NA Y NA
 5847259 5847260 CCNA_00043 CCNA_00044     TRUE 0.975 3.000 0.759 NA   NA
 5847262 5847263 CCNA_00046 CCNA_00047     FALSE 0.074 101.000 0.000 NA   NA
 5847263 5847264 CCNA_00047 CCNA_00048   metK FALSE 0.487 90.000 0.112 1.000   NA
 5847264 5847265 CCNA_00048 CCNA_00049 metK hipB FALSE 0.335 120.000 0.028 1.000 N NA
 5847265 5847266 CCNA_00049 CCNA_00050 hipB   TRUE 0.552 28.000 0.037 1.000 N NA
 5847266 5847267 CCNA_00050 CCNA_00051   corC TRUE 0.946 -3.000 0.213 NA   NA
 5847267 5847268 CCNA_00051 CCNA_00052 corC   TRUE 0.918 9.000 0.222 NA   NA
 5847268 5847269 CCNA_00052 CCNA_00053   phoH TRUE 0.880 20.000 0.457 NA   NA
 5847269 5847270 CCNA_00053 CCNA_00054 phoH   TRUE 0.958 -3.000 0.220 1.000 N NA
 5847270 5847271 CCNA_00054 CCNA_00055     FALSE 0.054 190.000 0.010 1.000 N NA
 5847271 5847272 CCNA_00055 CCNA_00056     FALSE 0.437 46.000 0.061 1.000   NA
 5847272 5847273 CCNA_00056 CCNA_00057     TRUE 0.922 9.000 0.209 1.000   NA
 5847273 5847274 CCNA_00057 CCNA_00058     TRUE 0.514 4.000 0.003 NA   NA
 5847274 5847275 CCNA_00058 CCNA_00059     FALSE 0.323 148.000 0.091 NA   NA
 5847275 5847276 CCNA_00059 CCNA_00060     FALSE 0.217 70.000 0.011 1.000 N NA
 5847278 5847279 CCNA_00062 CCNA_00063 trpS mviN FALSE 0.216 168.000 0.078 1.000   NA
 5847279 5847280 CCNA_00063 CCNA_00064 mviN   FALSE 0.009 240.000 0.000 1.000   NA
 5847280 5847281 CCNA_00064 CCNA_00065     FALSE 0.031 162.000 0.000 NA   NA
 5847281 5847282 CCNA_00065 CCNA_00066     FALSE 0.065 58.000 0.000 NA   NA
 5847282 5847283 CCNA_00066 CCNA_00067     TRUE 0.819 5.000 0.049 NA   NA
 5847283 5847284 CCNA_00067 CCNA_00068   gpsA TRUE 0.880 20.000 0.456 NA   NA
 5847284 5847285 CCNA_00068 CCNA_00069 gpsA   TRUE 0.918 -3.000 0.070 1.000 N NA
 5847286 5847287 CCNA_00070 CCNA_00071     TRUE 0.980 5.000 0.056 0.002 Y NA
 5847287 5847288 CCNA_00071 CCNA_00072     TRUE 0.796 26.000 0.263 NA   NA
 5847288 5847289 CCNA_00072 CCNA_00073     TRUE 0.965 -3.000 0.408 NA   NA
 5847289 5847290 CCNA_00073 CCNA_R0001     FALSE 0.094 42.000 0.000 NA   NA
 5847291 5847292 CCNA_00074 CCNA_00075     TRUE 0.967 25.000 0.562 1.000 Y NA
 5847292 5847293 CCNA_00075 CCNA_00076     FALSE 0.191 67.000 0.022 NA   NA
 5847293 5847294 CCNA_00076 CCNA_00077     TRUE 0.924 -3.000 0.118 NA   NA
 5847294 5847295 CCNA_00077 CCNA_00078     TRUE 0.986 3.000 0.103 0.008 Y NA
 5847295 5847296 CCNA_00078 CCNA_00079     FALSE 0.372 88.000 0.046 1.000 N NA
 5847298 5847299 CCNA_00081 CCNA_00082   lysS FALSE 0.004 250.000 0.000 NA   NA
 5847299 5847300 CCNA_00082 CCNA_00083 lysS   FALSE 0.096 163.000 0.005 1.000 N NA
 5847301 5847302 CCNA_00084 CCNA_00085 purH   TRUE 0.592 13.000 0.004 1.000 N NA
 5847307 5847308 CCNA_00089 CCNA_00090     FALSE 0.147 65.000 0.000 1.000 N NA
 5847308 5847309 CCNA_00090 CCNA_00091     FALSE 0.017 206.000 0.000 NA N NA
 5847309 5847310 CCNA_00091 CCNA_00092     TRUE 0.912 -3.000 0.077 NA N NA
 5847310 5847311 CCNA_00092 CCNA_00093     FALSE 0.072 99.000 0.000 NA   NA
 5847311 5847312 CCNA_00093 CCNA_00094     FALSE 0.060 73.000 0.000 NA   NA
 5847312 5847313 CCNA_00094 CCNA_00095     FALSE 0.308 104.000 0.019 1.000 N NA
 5847314 5847315 CCNA_00096 CCNA_00097     FALSE 0.069 54.000 0.000 NA   NA
 5847316 5847317 CCNA_00098 CCNA_00099     TRUE 0.695 6.000 0.020 NA   NA
 5847317 5847318 CCNA_00099 CCNA_00100     TRUE 0.754 10.000 0.042 NA   NA
 5847318 5847319 CCNA_00100 CCNA_00101   rsmB FALSE 0.264 86.000 0.018 1.000 N NA
 5847320 5847321 CCNA_00102 CCNA_00103     FALSE 0.065 88.000 0.000 NA   NA
 5847323 5847324 CCNA_00105 CCNA_00106     FALSE 0.205 48.000 0.008 NA N NA
 5847325 5847326 CCNA_00107 CCNA_00108     TRUE 0.889 10.000 0.148 NA   NA
 5847326 5847327 CCNA_00108 CCNA_00109     TRUE 0.868 16.000 0.222 1.000   NA
 5847327 5847328 CCNA_00109 CCNA_00110     TRUE 0.618 110.000 0.245 NA   NA
 5847329 5847330 CCNA_00111 CCNA_00112     FALSE 0.420 5.000 0.000 NA   NA
 5847330 5847331 CCNA_00112 CCNA_00113     FALSE 0.062 80.000 0.000 NA   NA
 5847331 5847332 CCNA_00113 CCNA_00114     TRUE 0.949 3.000 0.286 NA   NA
 5847332 5847333 CCNA_00114 CCNA_00115     FALSE 0.096 69.000 0.000 1.000   NA
 5847335 5847336 CCNA_00117 CCNA_00118     TRUE 0.577 11.000 0.000 1.000 N NA
 5847336 5847337 CCNA_00118 CCNA_00119     FALSE 0.299 -12.000 0.000 NA   NA
 5847337 5847338 CCNA_00119 CCNA_00120     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5847339 5847340 CCNA_00121 CCNA_00122     TRUE 0.760 9.000 0.040 NA   NA
 5847342 5847343 CCNA_00124 CCNA_00125     TRUE 0.702 27.000 0.138 NA   NA
 5847343 5847344 CCNA_00125 CCNA_00126     TRUE 0.793 7.000 0.037 1.000   NA
 5847346 5847347 CCNA_00128 CCNA_00129     FALSE 0.093 83.000 0.004 NA   NA
 5847347 5847348 CCNA_00129 CCNA_00130     FALSE 0.440 4.000 0.000 NA   NA
 5847349 5847350 CCNA_00131 CCNA_00132   hetN FALSE 0.066 92.000 0.000 NA   NA
 5847350 5847351 CCNA_00132 CCNA_00133 hetN   FALSE 0.008 247.000 0.000 1.000   NA
 5847351 5847352 CCNA_00133 CCNA_00134     FALSE 0.132 95.000 0.003 1.000   NA
 5847352 5847353 CCNA_00134 CCNA_00135     TRUE 0.901 26.000 0.750 1.000   NA
 5847354 5847355 CCNA_00136 CCNA_00137   shkA TRUE 0.852 34.000 0.750 NA   NA
 5847357 5847358 CCNA_00139 CCNA_00140 chlI   FALSE 0.276 109.000 0.013 1.000 N NA
 5847358 5847359 CCNA_00140 CCNA_00141     FALSE 0.220 56.000 0.018 1.000   NA
 5847359 5847360 CCNA_00141 CCNA_00142     TRUE 0.693 2.000 0.006 1.000   NA
 5847360 5847361 CCNA_00142 CCNA_00143     TRUE 0.945 0.000 0.165 1.000   NA
 5847361 5847362 CCNA_00143 CCNA_00144     FALSE 0.235 35.000 0.006 1.000   NA
 5847362 5847363 CCNA_00144 CCNA_00145     TRUE 0.919 -7.000 0.218 1.000 N NA
 5847364 5847365 CCNA_00146 CCNA_00147     FALSE 0.403 144.000 0.133 NA   NA
 5847365 5847366 CCNA_00147 CCNA_00148     FALSE 0.483 76.000 0.154 NA   NA
 5847366 5847367 CCNA_00148 CCNA_00149     TRUE 0.920 17.000 0.615 NA   NA
 5847368 5847369 CCNA_00150 CCNA_00151     FALSE 0.079 167.000 0.003 1.000 N NA
 5847370 5847371 CCNA_00152 CCNA_00153 hrcA grpE TRUE 0.878 13.000 0.120 1.000 N NA
 5847373 5847374 CCNA_00155 CCNA_00156     FALSE 0.160 55.000 0.000 1.000 N NA
 5847374 5847375 CCNA_00156 CCNA_00157     FALSE 0.109 71.000 0.000 NA N NA
 5847375 5847376 CCNA_00157 CCNA_00158   recF FALSE 0.012 228.000 0.000 NA N NA
 5847376 5847377 CCNA_00158 CCNA_00159 recF gyrB TRUE 0.992 -3.000 0.249 0.004 Y NA
 5847377 5847378 CCNA_00159 CCNA_00160 gyrB   FALSE 0.083 141.000 0.000 1.000   NA
 5847378 5847379 CCNA_00160 CCNA_00161     FALSE 0.001 425.000 0.000 NA   NA
 5847379 5847380 CCNA_00161 CCNA_00162     TRUE 0.581 72.000 0.286 NA   NA
 5847380 5847381 CCNA_00162 CCNA_00163     TRUE 0.686 47.000 0.300 1.000   NA
 5847381 5847382 CCNA_00163 CCNA_00164     TRUE 0.960 -10.000 0.100 NA Y NA
 5847383 5847384 CCNA_00165 CCNA_00166 pssY   FALSE 0.001 357.000 0.000 NA   NA
 5847385 5847386 CCNA_00167 CCNA_00168     TRUE 0.586 70.000 0.250 1.000   NA
 5847386 5847387 CCNA_00168 CCNA_00169     FALSE 0.001 578.000 0.000 NA   NA
 5847387 5847388 CCNA_00169 CCNA_00170     TRUE 0.636 80.000 0.373 NA   NA
 5847388 5847389 CCNA_00170 CCNA_00171     FALSE 0.013 190.000 0.000 NA   NA
 5847389 5847390 CCNA_00171 CCNA_00172   pulD FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5847390 5847391 CCNA_00172 CCNA_00173 pulD pulE TRUE 0.996 -3.000 0.776 0.004 Y NA
 5847391 5847392 CCNA_00173 CCNA_00174 pulE pulF TRUE 0.990 -13.000 0.653 0.004 Y NA
 5847392 5847393 CCNA_00174 CCNA_00175 pulF   TRUE 0.990 12.000 0.599 0.004 Y NA
 5847393 5847394 CCNA_00175 CCNA_00176     TRUE 0.973 -85.000 0.425 0.004 Y NA
 5847394 5847395 CCNA_00176 CCNA_00177     TRUE 0.985 -31.000 0.605 0.004 Y NA
 5847395 5847396 CCNA_00177 CCNA_00178     TRUE 0.995 -3.000 0.569 0.004 Y NA
 5847396 5847397 CCNA_00178 CCNA_00179     TRUE 0.992 -3.000 0.461 1.000 Y NA
 5847397 5847398 CCNA_00179 CCNA_00180     TRUE 0.986 -18.000 0.537 0.050 Y NA
 5847398 5847399 CCNA_00180 CCNA_00181     TRUE 0.995 -3.000 0.811 1.000 Y NA
 5847399 5847400 CCNA_00181 CCNA_00182     TRUE 0.977 -3.000 0.649 1.000   NA
 5847401 5847402 CCNA_00183 CCNA_00184 pulO   FALSE 0.064 59.000 0.000 NA   NA
 5847402 5847403 CCNA_00184 CCNA_00185     FALSE 0.221 18.000 0.000 NA   NA
 5847403 5847404 CCNA_00185 CCNA_R0003     FALSE 0.002 315.000 0.000 NA   NA
 5847404 5847405 CCNA_R0003 CCNA_00186     FALSE 0.064 85.000 0.000 NA   NA
 5847405 5847406 CCNA_00186 CCNA_00187     TRUE 0.925 -3.000 0.125 NA   NA
 5847406 5847407 CCNA_00187 CCNA_00188     FALSE 0.325 40.000 0.019 NA N NA
 5847408 5847409 CCNA_00189 CCNA_00190     TRUE 0.859 2.000 0.055 NA   NA
 5847409 5847410 CCNA_00190 CCNA_00191     FALSE 0.108 126.000 0.000 1.000   NA
 5847411 5847412 CCNA_00192 CCNA_00193   leuB FALSE 0.044 196.000 0.007 1.000 N NA
 5847412 5847413 CCNA_00193 CCNA_00194 leuB   TRUE 0.858 2.000 0.015 0.040   NA
 5847413 5847414 CCNA_00194 CCNA_00195   leuD TRUE 0.531 142.000 0.231 1.000   NA
 5847414 5847415 CCNA_00195 CCNA_00196 leuD leuC TRUE 0.985 -3.000 0.054 0.001 Y NA
 5847417 5847418 CCNA_00197 CCNA_00198 rplS trmD TRUE 0.993 -3.000 0.567 1.000 Y NA
 5847421 5847422 CCNA_00201 CCNA_00202     FALSE 0.230 117.000 0.007 1.000 N NA
 5847422 5847423 CCNA_00202 CCNA_00203     TRUE 0.844 19.000 0.000 NA Y NA
 5847424 5847425 CCNA_00204 CCNA_00205 kefB   TRUE 0.975 4.000 0.750 1.000   NA
 5847426 5847427 CCNA_00206 CCNA_00207     TRUE 0.996 0.000 0.800 0.002 Y NA
 5847428 5847429 CCNA_00208 CCNA_00209     FALSE 0.063 81.000 0.000 NA   NA
 5847430 5847431 CCNA_00210 CCNA_00211     FALSE 0.415 55.000 0.057 1.000 N NA
 5847431 5847432 CCNA_00211 CCNA_00212     TRUE 0.944 0.000 0.158 1.000   NA
 5847432 5847433 CCNA_00212 CCNA_00213     TRUE 0.776 -3.000 0.014 1.000   NA
 5847433 5847434 CCNA_00213 CCNA_00214     FALSE 0.157 128.000 0.000 1.000 N NA
 5847434 5847435 CCNA_00214 CCNA_00215     FALSE 0.009 307.000 0.034 NA   NA
 5847439 5847440 CCNA_00219 CCNA_00220     FALSE 0.137 29.000 0.000 NA   NA
 5847442 5847443 CCNA_00222 CCNA_00223     FALSE 0.377 9.000 0.000 NA   NA
 5847445 5847446 CCNA_00225 CCNA_00226     FALSE 0.074 101.000 0.000 NA   NA
 5847447 5847448 CCNA_00227 CCNA_00228     TRUE 0.603 0.000 0.004 NA   NA
 5847453 5847454 CCNA_00233 CCNA_00234     TRUE 0.978 -3.000 0.678 1.000   NA
 5847455 5847456 CCNA_00235 CCNA_00236     FALSE 0.062 63.000 0.000 NA   NA
 5847457 5847458 CCNA_00237 CCNA_00238 chvI chvG TRUE 0.984 -25.000 0.829 1.000 Y NA
 5847458 5847459 CCNA_00238 CCNA_00239 chvG   TRUE 0.972 -3.000 0.304 0.021   NA
 5847459 5847460 CCNA_00239 CCNA_00240     FALSE 0.501 76.000 0.145 1.000   NA
 5847460 5847461 CCNA_00240 CCNA_00241     TRUE 0.994 -3.000 0.420 0.003 Y NA
 5847462 5847463 CCNA_00242 CCNA_00243     FALSE 0.079 48.000 0.000 NA   NA
 5847464 5847465 CCNA_00244 CCNA_00245     FALSE 0.372 29.000 0.016 1.000   NA
 5847465 5847466 CCNA_00245 CCNA_00246     FALSE 0.289 45.000 0.012 1.000 N NA
 5847467 5847468 CCNA_00247 CCNA_00248     TRUE 0.907 78.000 0.560 1.000 Y NA
 5847469 5847470 CCNA_00249 CCNA_00250     TRUE 0.572 60.000 0.250 NA   NA
 5847470 5847471 CCNA_00250 CCNA_00251     FALSE 0.167 49.000 0.011 NA   NA
 5847473 5847474 CCNA_00253 CCNA_00254     FALSE 0.123 137.000 0.011 NA   NA
 5847475 5847476 CCNA_00255 CCNA_00256     TRUE 0.842 19.000 0.179 1.000 N NA
 5847476 5847477 CCNA_00256 CCNA_00257     TRUE 0.663 119.000 0.004 1.000 Y NA
 5847479 5847480 CCNA_00259 CCNA_00260     FALSE 0.004 252.000 0.000 NA   NA
 5847481 5847482 CCNA_00261 CCNA_00262     FALSE 0.080 183.000 0.022 1.000 N NA
 5847483 5847484 CCNA_00263 CCNA_00264     FALSE 0.343 147.000 0.100 NA   NA
 5847486 5847487 CCNA_00266 CCNA_00267     FALSE 0.160 94.000 0.000 1.000 N NA
 5847488 5847489 CCNA_R0005 CCNA_00268     FALSE 0.096 41.000 0.000 NA   NA
 5847489 5847490 CCNA_00268 CCNA_00269     TRUE 0.586 146.000 0.411 NA   NA
 5847490 5847491 CCNA_00269 CCNA_00270   recR TRUE 0.732 127.000 0.604 NA   NA
 5847491 5847492 CCNA_00270 CCNA_00271 recR   FALSE 0.092 110.000 0.002 NA   NA
 5847492 5847493 CCNA_00271 CCNA_00272     FALSE 0.104 54.000 0.004 NA   NA
 5847493 5847494 CCNA_00272 CCNA_00273     TRUE 0.838 9.000 0.074 NA   NA
 5847494 5847495 CCNA_00273 CCNA_00274     FALSE 0.002 341.000 0.000 NA   NA
 5847496 5847497 CCNA_00275 CCNA_00276     FALSE 0.066 90.000 0.000 NA   NA
 5847498 5847499 CCNA_00277 CCNA_00278     TRUE 0.879 18.000 0.005 1.000 Y NA
 5847499 5847500 CCNA_00278 CCNA_00279     FALSE 0.223 52.000 0.016 1.000   NA
 5847501 5847502 CCNA_00280 CCNA_00281     TRUE 0.981 0.000 0.069 1.000 Y NA
 5847504 5847505 CCNA_00283 CCNA_00284     TRUE 0.904 -3.000 0.071 1.000   NA
 5847505 5847506 CCNA_00284 CCNA_00285     TRUE 0.901 -3.000 0.069 1.000   NA
 5847506 5847507 CCNA_00285 CCNA_00286   lovR FALSE 0.032 193.000 0.000 1.000 N NA
 5847507 5847508 CCNA_00286 CCNA_00287 lovR lovK TRUE 0.894 19.000 0.000 0.033 Y NA
 5847508 5847509 CCNA_00287 CCNA_00288 lovK   FALSE 0.069 167.000 0.000 1.000 N NA
 5847509 5847510 CCNA_00288 CCNA_00289     FALSE 0.258 15.000 0.000 NA   NA
 5847510 5847511 CCNA_00289 CCNA_00290     FALSE 0.010 203.000 0.000 NA   NA
 5847512 5847513 CCNA_00291 CCNA_00292 phoR pstC FALSE 0.182 145.000 0.012 1.000 N NA
 5847513 5847514 CCNA_00292 CCNA_00293 pstC pstA TRUE 0.990 -7.000 0.485 0.001 Y NA
 5847514 5847515 CCNA_00293 CCNA_00294 pstA pstB TRUE 0.991 9.000 0.402 0.001 Y NA
 5847515 5847516 CCNA_00294 CCNA_00295 pstB phoU TRUE 0.935 26.000 0.203 NA Y NA
 5847516 5847517 CCNA_00295 CCNA_00296 phoU phoB TRUE 0.766 22.000 0.128 NA N NA
 5847518 5847519 CCNA_00297 CCNA_00298     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5847522 5847523 CCNA_00301 CCNA_00302     TRUE 0.869 5.000 0.080 NA   NA
 5847524 5847525 CCNA_00303 CCNA_00304     TRUE 0.968 -3.000 0.017 1.000 Y NA
 5847525 5847526 CCNA_00304 CCNA_00305   czcD TRUE 0.903 -30.000 0.333 1.000 N NA
 5847526 5847527 CCNA_00305 CCNA_00306 czcD   TRUE 0.528 32.000 0.066 NA   NA
 5847527 5847528 CCNA_00306 CCNA_00307     TRUE 0.751 -3.000 0.017 NA   NA
 5847530 5847531 CCNA_00309 CCNA_00310     TRUE 0.888 21.000 0.515 NA   NA
 5847531 5847532 CCNA_00310 CCNA_00311   pmbA TRUE 0.940 -3.000 0.182 NA   NA
 5847532 5847533 CCNA_00311 CCNA_00312 pmbA   FALSE 0.185 56.000 0.018 NA   NA
 5847533 5847534 CCNA_00312 CCNA_00313     FALSE 0.168 85.000 0.016 NA   NA
 5847534 5847535 CCNA_00313 CCNA_00314     FALSE 0.289 43.000 0.027 NA   NA
 5847535 5847536 CCNA_00314 CCNA_00315     FALSE 0.247 26.000 0.006 NA   NA
 5847536 5847537 CCNA_00315 CCNA_00316     FALSE 0.360 24.000 0.006 NA N NA
 5847537 5847538 CCNA_00316 CCNA_00317   cgtA TRUE 0.916 -3.000 0.087 1.000   NA
 5847540 5847541 CCNA_00319 CCNA_00320     FALSE 0.297 183.000 0.011 1.000 Y NA
 5847541 5847542 CCNA_00320 CCNA_00321     TRUE 0.972 31.000 0.667 0.016 Y NA
 5847543 5847544 CCNA_00322 CCNA_00323     TRUE 0.768 43.000 0.500 NA   NA
 5847545 5847546 CCNA_00324 CCNA_00325     FALSE 0.262 -19.000 0.000 NA   NA
 5847549 5847550 CCNA_00328 CCNA_00329     TRUE 0.523 13.000 0.006 1.000   NA
 5847552 5847553 CCNA_00331 CCNA_00332     TRUE 0.995 3.000 0.660 0.001 Y NA
 5847555 5847556 CCNA_00334 CCNA_00335     FALSE 0.395 38.000 0.043 NA   NA
 5847556 5847557 CCNA_00335 CCNA_00336     TRUE 0.893 11.000 0.182 NA   NA
 5847557 5847558 CCNA_00336 CCNA_00337     TRUE 0.778 15.000 0.091 NA   NA
 5847558 5847559 CCNA_00337 CCNA_00338     TRUE 0.741 -60.000 0.103 1.000   NA
 5847559 5847560 CCNA_00338 CCNA_00339     TRUE 0.612 69.000 0.276 NA N NA
 5847560 5847561 CCNA_00339 CCNA_00340     FALSE 0.003 330.000 0.000 NA N NA
 5847561 5847562 CCNA_00340 CCNA_00341   sucD TRUE 0.992 1.000 0.256 0.001 Y NA
 5847562 5847563 CCNA_00341 CCNA_00342 sucD odhA FALSE 0.488 179.000 0.092 1.000 Y NA
 5847563 5847564 CCNA_00342 CCNA_00343 odhA odhB TRUE 0.920 60.000 0.667 1.000 Y NA
 5847564 5847565 CCNA_00343 CCNA_00344 odhB   FALSE 0.060 72.000 0.000 NA   NA
 5847567 5847568 CCNA_00346 CCNA_00347     FALSE 0.066 90.000 0.000 NA   NA
 5847569 5847570 CCNA_00348 CCNA_00349     FALSE 0.066 174.000 0.005 1.000 N NA
 5847570 5847571 CCNA_00349 CCNA_00350     TRUE 0.909 -3.000 0.093 NA   NA
 5847574 5847575 CCNA_00353 CCNA_00354     TRUE 0.560 71.000 0.250 NA   NA
 5847575 5847576 CCNA_00354 CCNA_00355     FALSE 0.024 171.000 0.000 NA   NA
 5847576 5847577 CCNA_00355 CCNA_00356     FALSE 0.060 71.000 0.000 NA   NA
 5847577 5847578 CCNA_00356 CCNA_00357     TRUE 0.674 109.000 0.333 NA   NA
 5847580 5847581 CCNA_00359 CCNA_00360     FALSE 0.018 200.000 0.000 1.000   NA
 5847582 5847583 CCNA_00361 CCNA_00362     FALSE 0.253 52.000 0.032 NA   NA
 5847583 5847584 CCNA_00362 CCNA_00363     FALSE 0.426 31.000 0.016 1.000 N NA
 5847584 5847585 CCNA_00363 CCNA_00364     FALSE 0.239 79.000 0.015 1.000 N NA
 5847585 5847586 CCNA_00364 CCNA_00365     FALSE 0.491 123.000 0.081 1.000 N NA
 5847587 5847588 CCNA_00366 CCNA_00367     TRUE 0.985 -3.000 0.059 0.001 Y NA
 5847588 5847589 CCNA_00367 CCNA_00368     TRUE 0.975 6.000 0.038 0.001 Y NA
 5847589 5847590 CCNA_00368 CCNA_00369     FALSE 0.042 150.000 0.000 NA   NA
 5847591 5847592 CCNA_00370 CCNA_00371     TRUE 0.993 11.000 0.863 0.004 Y NA
 5847592 5847593 CCNA_00371 CCNA_00372     TRUE 0.717 127.000 0.278 0.004   NA
 5847593 5847594 CCNA_00372 CCNA_00373     TRUE 0.830 50.000 0.628 0.004   NA
 5847594 5847595 CCNA_00373 CCNA_00374     TRUE 0.918 6.000 0.195 NA   NA
 5847596 5847597 CCNA_00375 CCNA_00376     FALSE 0.206 44.000 0.014 NA   NA
 5847598 5847599 CCNA_00377 CCNA_00378     FALSE 0.362 22.000 0.004 NA N NA
 5847599 5847600 CCNA_00378 CCNA_00379     TRUE 0.994 0.000 0.750 NA Y NA
 5847600 5847601 CCNA_00379 CCNA_00380     FALSE 0.021 239.000 0.025 NA   NA
 5847603 5847604 CCNA_00382 CCNA_00383 ccrM   TRUE 0.706 139.000 0.048 1.000 Y NA
 5847605 5847606 CCNA_00384 CCNA_00385     FALSE 0.079 48.000 0.000 NA   NA
 5847609 5847610 CCNA_00388 CCNA_00389     FALSE 0.071 98.000 0.000 NA   NA
 5847611 5847612 CCNA_00390 CCNA_00391     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5847612 5847613 CCNA_00391 CCNA_00392     FALSE 0.063 81.000 0.000 NA   NA
 5847614 5847615 CCNA_00393 CCNA_00394     TRUE 0.937 -3.000 0.167 NA   NA
 5847620 5847621 CCNA_00399 CCNA_00400     FALSE 0.363 45.000 0.039 1.000   NA
 5847621 5847622 CCNA_00400 CCNA_00401     TRUE 0.952 -3.000 0.172 1.000 N NA
 5847622 5847623 CCNA_00401 CCNA_00402     TRUE 0.935 4.000 0.222 NA   NA
 5847623 5847624 CCNA_00402 CCNA_00403     TRUE 0.686 37.000 0.222 NA   NA
 5847624 5847625 CCNA_00403 CCNA_00404     TRUE 0.957 0.000 0.286 NA   NA
 5847625 5847626 CCNA_00404 CCNA_00405     TRUE 0.881 -3.000 0.062 NA   NA
 5847630 5847631 CCNA_00409 CCNA_00410     FALSE 0.062 63.000 0.000 NA   NA
 5847631 5847632 CCNA_00410 CCNA_00411     TRUE 0.554 33.000 0.080 NA   NA
 5847632 5847633 CCNA_00411 CCNA_00412     TRUE 0.961 -3.000 0.346 NA   NA
 5847633 5847634 CCNA_00412 CCNA_00413     TRUE 0.582 93.000 0.163 1.000 N NA
 5847634 5847635 CCNA_00413 CCNA_00414     FALSE 0.476 21.000 0.009 1.000 N NA
 5847636 5847637 CCNA_00415 CCNA_00416     FALSE 0.210 102.000 0.019 NA   NA
 5847637 5847638 CCNA_00416 CCNA_00417     TRUE 0.764 4.000 0.028 NA   NA
 5847639 5847640 CCNA_00418 CCNA_00419     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5847641 5847642 CCNA_00420 CCNA_00421     TRUE 0.759 -3.000 0.018 NA   NA
 5847642 5847643 CCNA_00421 CCNA_00422     FALSE 0.436 50.000 0.055 1.000 N NA
 5847644 5847645 CCNA_00423 CCNA_00424     FALSE 0.012 247.000 0.000 1.000 N NA
 5847647 5847648 CCNA_00426 CCNA_00427     FALSE 0.061 69.000 0.000 NA   NA
 5847648 5847649 CCNA_00427 CCNA_00428     TRUE 0.966 0.000 0.400 NA   NA
 5847649 5847650 CCNA_00428 CCNA_00429     FALSE 0.068 55.000 0.000 NA   NA
 5847654 5847655 CCNA_00433 CCNA_00434     TRUE 0.686 63.000 0.500 NA   NA
 5847655 5847656 CCNA_00434 CCNA_00435     FALSE 0.459 102.000 0.095 NA   NA
 5847656 5847657 CCNA_00435 CCNA_00436     TRUE 0.538 110.000 0.095 1.000 N NA
 5847657 5847658 CCNA_00436 CCNA_00437     FALSE 0.029 199.000 0.000 1.000 N NA
 5847660 5847661 CCNA_00439 CCNA_00440     TRUE 0.890 -15.000 0.000 NA Y NA
 5847661 5847662 CCNA_00440 CCNA_00441   cheYI TRUE 0.987 -3.000 0.200 NA Y NA
 5847662 5847663 CCNA_00441 CCNA_00442 cheYI cheAI TRUE 0.920 70.000 0.711 1.000 Y NA
 5847663 5847664 CCNA_00442 CCNA_00443 cheAI   TRUE 0.988 4.000 0.156 0.012 Y NA
 5847664 5847665 CCNA_00443 CCNA_00444     TRUE 0.985 0.000 0.109 1.000 Y NA
 5847665 5847666 CCNA_00444 CCNA_00445     TRUE 0.992 0.000 0.439 1.000 Y NA
 5847666 5847667 CCNA_00445 CCNA_00446     TRUE 0.990 4.000 0.258 0.028 Y NA
 5847667 5847668 CCNA_00446 CCNA_00447   cheD TRUE 0.991 -3.000 0.320 1.000 Y NA
 5847668 5847669 CCNA_00447 CCNA_00448 cheD cheU TRUE 0.852 4.000 0.060 NA   NA
 5847669 5847670 CCNA_00448 CCNA_00449 cheU cheYIII TRUE 0.970 8.000 1.000 NA   NA
 5847670 5847671 CCNA_00449 CCNA_00450 cheYIII cheE TRUE 0.981 -3.000 1.000 NA   NA
 5847671 5847672 CCNA_00450 CCNA_00451 cheE   FALSE 0.003 270.000 0.000 NA   NA
 5847673 5847674 CCNA_00452 CCNA_00453     TRUE 0.728 0.000 0.000 1.000 N NA
 5847674 5847675 CCNA_00453 CCNA_00454     FALSE 0.295 29.000 0.000 1.000 N NA
 5847676 5847677 CCNA_00455 CCNA_R0006 nagA   FALSE 0.067 93.000 0.000 NA   NA
 5847677 5847678 CCNA_R0006 CCNA_00456     FALSE 0.244 -24.000 0.000 NA   NA
 5847678 5847679 CCNA_00456 CCNA_00457     TRUE 0.958 14.000 0.100 1.000 Y NA
 5847679 5847680 CCNA_00457 CCNA_00458     TRUE 0.993 -3.000 0.258 0.002 Y NA
 5847680 5847681 CCNA_00458 CCNA_00459   nhaA FALSE 0.281 127.000 0.000 0.048 N NA
 5847681 5847682 CCNA_00459 CCNA_00460 nhaA   FALSE 0.001 462.000 0.000 NA   NA
 5847682 5847683 CCNA_00460 CCNA_00461     FALSE 0.001 854.000 0.000 NA   NA
 5847683 10784558 CCNA_00461 CCNA_04006     FALSE 0.151 27.000 0.000 NA   NA
 5847685 5847686 CCNA_00464 CCNA_00465     FALSE 0.005 243.000 0.000 NA   NA
 5847686 5847687 CCNA_00465 CCNA_00466     FALSE 0.457 158.000 0.000 1.000 Y NA
 5847687 5847688 CCNA_00466 CCNA_00467     TRUE 0.564 4.000 0.000 1.000   NA
 5847689 5847690 CCNA_00468 CCNA_00469     FALSE 0.002 298.000 0.000 NA   NA
 5847691 5847692 CCNA_00470 CCNA_00471     FALSE 0.151 27.000 0.000 NA   NA
 5847692 5847693 CCNA_00471 CCNA_00472     TRUE 0.942 -34.000 0.050 0.009 Y NA
 5847693 5847694 CCNA_00472 CCNA_00473     FALSE 0.077 105.000 0.000 NA   NA
 5847694 5847695 CCNA_00473 CCNA_00474   trwC TRUE 0.504 0.000 0.000 NA   NA
 5847695 5847696 CCNA_00474 CCNA_00475 trwC trwB TRUE 0.820 -66.000 0.214 NA N NA
 5847696 5847697 CCNA_00475 CCNA_00476 trwB   FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5847697 5847698 CCNA_00476 CCNA_00477     FALSE 0.001 381.000 0.000 NA   NA
 5847698 5847699 CCNA_00477 CCNA_00478     FALSE 0.071 122.000 0.000 NA   NA
 5847702 5847703 CCNA_00481 CCNA_00482     TRUE 0.894 -13.000 0.261 NA   NA
 5847704 5847705 CCNA_R0007 CCNA_00483     FALSE 0.010 205.000 0.000 NA   NA
 5847705 5847706 CCNA_00483 CCNA_00484     TRUE 0.722 90.000 0.600 NA   NA
 5847706 5847707 CCNA_00484 CCNA_00485     FALSE 0.084 57.000 0.003 NA   NA
 5847708 5847709 CCNA_00486 CCNA_00487     FALSE 0.349 187.000 0.035 1.000 Y NA
 5847710 5847711 CCNA_00488 CCNA_00489     TRUE 0.909 -13.000 0.003 1.000 Y NA
 5847714 5847715 CCNA_00492 CCNA_00493     TRUE 0.558 3.000 0.004 NA   NA
 5847715 5847716 CCNA_00493 CCNA_00494     TRUE 0.539 7.000 0.006 NA   NA
 5847716 5847717 CCNA_00494 CCNA_00495     FALSE 0.284 53.000 0.041 NA   NA
 5847717 5847718 CCNA_00495 CCNA_00496     TRUE 0.777 -3.000 0.021 NA   NA
 5847718 5847719 CCNA_00496 CCNA_00497     TRUE 0.734 0.000 0.014 NA   NA
 5847720 5847721 CCNA_00498 CCNA_00499     FALSE 0.060 76.000 0.000 NA   NA
 5847721 5847722 CCNA_00499 CCNA_00500     TRUE 0.886 -3.000 0.067 NA   NA
 5847722 5847723 CCNA_00500 CCNA_00501     TRUE 0.955 -3.000 0.200 1.000 N NA
 5847724 5847725 CCNA_00502 CCNA_00503     TRUE 0.531 57.000 0.184 NA   NA
 5847727 5847728 CCNA_00505 CCNA_00506     TRUE 0.979 6.000 0.058 0.001 Y NA
 5847728 5847729 CCNA_00506 CCNA_00507     TRUE 0.994 6.000 0.630 0.001 Y NA
 5847730 5847731 CCNA_00508 CCNA_00509     FALSE 0.061 66.000 0.000 NA   NA
 5847731 5847732 CCNA_00509 CCNA_00510     TRUE 0.651 -3.000 0.000 NA N NA
 5847732 5847733 CCNA_00510 CCNA_00511     TRUE 0.996 0.000 0.600 0.002 Y NA
 5847733 5847734 CCNA_00511 CCNA_00512     FALSE 0.187 50.000 0.002 1.000 N NA
 5847734 5847735 CCNA_00512 CCNA_00513     FALSE 0.069 125.000 0.000 NA   NA
 5847736 5847737 CCNA_00514 CCNA_00515     FALSE 0.001 416.000 0.000 NA   NA
 5847738 5847739 CCNA_00516 CCNA_00517     TRUE 0.628 3.000 0.003 1.000   NA
 5847739 5847740 CCNA_00517 CCNA_00518     TRUE 0.927 88.000 0.496 0.024 Y NA
 5847740 5847741 CCNA_00518 CCNA_00519     FALSE 0.050 158.000 0.004 NA   NA
 5847741 5847742 CCNA_00519 CCNA_00520     FALSE 0.019 231.000 0.018 NA   NA
 5847742 5847743 CCNA_00520 CCNA_00521     FALSE 0.083 141.000 0.000 1.000   NA
 5847743 5847744 CCNA_00521 CCNA_00522     TRUE 0.925 -19.000 0.533 NA   NA
 5847744 5847745 CCNA_00522 CCNA_00523     FALSE 0.079 48.000 0.000 NA   NA
 5847745 5847746 CCNA_00523 CCNA_00524     TRUE 0.918 -3.000 0.107 NA   NA
 5847746 5847747 CCNA_00524 CCNA_00525     TRUE 0.863 -13.000 0.170 NA   NA
 5847748 5847749 CCNA_00526 CCNA_00527     FALSE 0.378 131.000 0.080 NA   NA
 5847749 5847750 CCNA_00527 CCNA_00528     FALSE 0.268 181.000 0.308 NA   NA
 5847750 5847751 CCNA_00528 CCNA_00529     FALSE 0.362 69.000 0.062 1.000   NA
 5847751 5847752 CCNA_00529 CCNA_00530     FALSE 0.002 350.000 0.000 1.000   NA
 5847752 5847753 CCNA_00530 CCNA_00531     TRUE 0.961 46.000 0.884 0.015 Y NA
 5847753 5847754 CCNA_00531 CCNA_00532     FALSE 0.001 424.000 0.000 NA   NA
 5847756 5847757 CCNA_00534 CCNA_00535     FALSE 0.091 43.000 0.000 NA   NA
 5847757 5847758 CCNA_00535 CCNA_00536     FALSE 0.002 294.000 0.000 NA   NA
 5847758 5847759 CCNA_00536 CCNA_00537     TRUE 0.868 114.000 0.851 0.001   NA
 5847759 5847760 CCNA_00537 CCNA_00538     FALSE 0.019 219.000 0.000 1.000 N NA
 5847761 5847762 CCNA_00539 CCNA_00540     FALSE 0.020 195.000 0.000 1.000   NA
 5847764 5847765 CCNA_00542 CCNA_00543     FALSE 0.246 49.000 0.026 NA   NA
 5847766 5847767 CCNA_00544 CCNA_00545     TRUE 0.723 71.000 0.044 1.000 Y NA
 5847767 5847768 CCNA_00545 CCNA_00546     FALSE 0.361 124.000 0.062 NA   NA
 5847768 5847769 CCNA_00546 CCNA_00547     FALSE 0.017 178.000 0.000 NA   NA
 5847769 5847770 CCNA_00547 CCNA_00548     FALSE 0.244 25.000 0.000 1.000   NA
 5847770 5847771 CCNA_00548 CCNA_00549     TRUE 0.887 -6.000 0.077 0.053   NA
 5847771 5847772 CCNA_00549 CCNA_00550     FALSE 0.349 -84.000 0.000 1.000 N NA
 5847773 5847774 CCNA_00551 CCNA_00552     FALSE 0.004 256.000 0.000 NA   NA
 5847774 5847775 CCNA_00552 CCNA_00553     TRUE 0.891 -3.000 0.071 NA   NA
 5847776 5847777 CCNA_00554 CCNA_00555     FALSE 0.268 73.000 0.036 1.000   NA
 5847777 5847778 CCNA_00555 CCNA_00556     TRUE 0.679 85.000 0.333 1.000 N NA
 5847779 5847780 CCNA_00557 CCNA_00558     TRUE 0.724 -3.000 0.014 NA   NA
 5847780 5847781 CCNA_00558 CCNA_00559     TRUE 0.709 128.000 0.509 NA   NA
 5847782 5847783 CCNA_00560 CCNA_00561 sixA   TRUE 0.795 -3.000 0.026 NA   NA
 5847783 5847784 CCNA_00561 CCNA_00562     TRUE 0.920 -3.000 0.108 NA   NA
 5847784 5847785 CCNA_00562 CCNA_00563     TRUE 0.616 -3.000 0.005 NA   NA
 5847785 5847786 CCNA_00563 CCNA_00564   cenK TRUE 0.843 10.000 0.082 NA   NA
 5847789 5847790 CCNA_00566 CCNA_00567 rspA   FALSE 0.302 123.000 0.000 0.028 N NA
 5847790 5847791 CCNA_00567 CCNA_00568     TRUE 0.985 -28.000 1.000 1.000 Y NA
 5847791 5847792 CCNA_00568 CCNA_00569     TRUE 0.985 0.000 1.000 1.000 N NA
 5847792 5847793 CCNA_00569 CCNA_00570     TRUE 0.881 38.000 1.000 1.000 N NA
 5847794 5847795 CCNA_00571 CCNA_00572     TRUE 0.993 -3.000 0.258 0.002 Y NA
 5847795 5847796 CCNA_00572 CCNA_00573     FALSE 0.008 247.000 0.000 1.000   NA
 5847796 5847797 CCNA_00573 CCNA_00574     FALSE 0.489 140.000 0.167 1.000   NA
 5847797 5847798 CCNA_00574 CCNA_00575     TRUE 0.960 -3.000 0.333 NA   NA
 5847798 5847799 CCNA_00575 CCNA_00576   oppA TRUE 0.843 9.000 0.077 NA   NA
 5847802 5847803 CCNA_00579 CCNA_00580     FALSE 0.377 9.000 0.000 NA   NA
 5847807 5847808 CCNA_00584 CCNA_00585     FALSE 0.065 88.000 0.000 NA   NA
 5847810 5847811 CCNA_00587 CCNA_00588     FALSE 0.020 174.000 0.000 NA   NA
 5847812 5847813 CCNA_00589 CCNA_00590     FALSE 0.079 48.000 0.000 NA   NA
 5847813 5847814 CCNA_00590 CCNA_00591     TRUE 0.955 4.000 0.333 1.000   NA
 5847814 5847815 CCNA_00591 CCNA_00592     TRUE 0.902 13.000 0.267 NA   NA
 5847815 5847816 CCNA_00592 CCNA_00593     FALSE 0.062 63.000 0.000 NA   NA
 5847816 5847817 CCNA_00593 CCNA_00594     TRUE 0.967 5.000 0.667 NA   NA
 5847817 5847818 CCNA_00594 CCNA_00595     FALSE 0.001 557.000 0.000 NA   NA
 5847818 5847819 CCNA_00595 CCNA_00596     FALSE 0.321 -42.000 0.000 NA N NA
 5847821 5847822 CCNA_00598 CCNA_00599     FALSE 0.073 51.000 0.000 NA   NA
 5847823 5847824 CCNA_00600 CCNA_00601     TRUE 0.818 -13.000 0.101 NA   NA
 5847824 5847825 CCNA_00601 CCNA_00602     TRUE 0.975 -3.000 0.648 NA   NA
 5847825 5847826 CCNA_00602 CCNA_00603     TRUE 0.946 -3.000 0.216 NA   NA
 5847826 5847827 CCNA_00603 CCNA_00604     TRUE 0.935 -22.000 0.708 NA   NA
 5847828 5847829 CCNA_00605 CCNA_00606     FALSE 0.066 90.000 0.000 NA   NA
 5847830 5847831 CCNA_00607 CCNA_00608     FALSE 0.147 132.000 0.000 1.000 N NA
 5847831 5847832 CCNA_00608 CCNA_00609     FALSE 0.152 84.000 0.000 1.000 N NA
 5847832 5847833 CCNA_00609 CCNA_00610     TRUE 0.536 13.000 0.000 1.000 N NA
 5847833 5847834 CCNA_00610 CCNA_00611     FALSE 0.007 288.000 0.000 1.000 N NA
 5847835 5847836 CCNA_00612 CCNA_00613     TRUE 0.720 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5847836 5847837 CCNA_00613 CCNA_00614     FALSE 0.156 -123.000 0.000 NA   NA
 5847837 5847838 CCNA_00614 CCNA_00615     TRUE 0.936 17.000 0.833 NA   NA
 5847838 5847839 CCNA_00615 CCNA_00616     FALSE 0.004 294.000 0.000 1.000   NA
 5847840 5847841 CCNA_00617 CCNA_00618     TRUE 0.518 -13.000 0.000 1.000 N NA
 5847841 5847842 CCNA_00618 CCNA_00619     TRUE 0.720 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5847842 5847843 CCNA_00619 CCNA_00620     TRUE 0.953 10.000 0.000 0.001 Y NA
 5847845 5847846 CCNA_00622 CCNA_00623     FALSE 0.055 138.000 0.000 NA   NA
 5847849 5847850 CCNA_00626 CCNA_00627     FALSE 0.062 79.000 0.000 NA   NA
 5847850 5847851 CCNA_00627 CCNA_00628   cheY FALSE 0.405 6.000 0.000 NA   NA
 5847852 5847853 CCNA_00629 CCNA_00630   cheAII TRUE 0.799 37.000 0.000 0.012 Y NA
 5847853 5847854 CCNA_00630 CCNA_00631 cheAII cheW TRUE 0.976 -3.000 0.014 0.012 Y NA
 5847854 5847855 CCNA_00631 CCNA_00632 cheW   TRUE 0.957 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5847855 5847856 CCNA_00632 CCNA_00633   cheBII TRUE 0.970 -3.000 0.000 0.027 Y NA
 5847856 5847857 CCNA_00633 CCNA_00634 cheBII   TRUE 0.975 -3.000 0.042 1.000 Y NA
 5847857 5847858 CCNA_00634 CCNA_00635     FALSE 0.001 537.000 0.000 NA   NA
 5847858 5847859 CCNA_00635 CCNA_00636     FALSE 0.405 6.000 0.000 NA   NA
 5847860 5847861 CCNA_00637 CCNA_00638     FALSE 0.218 -33.000 0.000 NA   NA
 5847861 5847862 CCNA_00638 CCNA_00639     TRUE 0.617 -3.000 0.000 1.000   NA
 5847862 5847863 CCNA_00639 CCNA_00640     FALSE 0.047 146.000 0.000 NA   NA
 5847863 5847864 CCNA_00640 CCNA_00641     FALSE 0.010 204.000 0.000 NA   NA
 5847864 5847865 CCNA_00641 CCNA_00642     FALSE 0.232 -30.000 0.000 NA   NA
 5847866 5847867 CCNA_00643 CCNA_00644     FALSE 0.001 490.000 0.000 NA   NA
 5847867 5847868 CCNA_00644 CCNA_00645   nrtA TRUE 0.772 13.000 0.064 NA   NA
 5847868 5847869 CCNA_00645 CCNA_00646 nrtA nrtB TRUE 0.989 12.000 0.915 NA Y NA
 5847869 5847870 CCNA_00646 CCNA_00647 nrtB nrtD TRUE 0.986 13.000 0.323 0.001 Y NA
 5847870 5847871 CCNA_00647 CCNA_00648 nrtD nasT TRUE 0.777 5.000 0.015 1.000 N NA
 5847871 5847872 CCNA_00648 CCNA_00649 nasT   TRUE 0.773 44.000 0.466 NA N NA
 5847872 5847873 CCNA_00649 CCNA_00650     TRUE 0.938 13.000 0.036 NA Y NA
 5847873 5847874 CCNA_00650 CCNA_00651     TRUE 0.624 29.000 0.074 NA N NA
 5847874 5847875 CCNA_00651 CCNA_00652   nasE TRUE 0.984 -3.000 0.539 0.001 N NA
 5847875 5847876 CCNA_00652 CCNA_00653 nasE nasC TRUE 0.964 1.000 0.294 1.000 N NA
 5847876 5847877 CCNA_00653 CCNA_00654 nasC   TRUE 0.718 -10.000 0.022 1.000 N NA
 5847877 5847878 CCNA_00654 CCNA_R0009     FALSE 0.016 179.000 0.000 NA   NA
 5847880 5847881 CCNA_00656 CCNA_00657     TRUE 0.978 -3.000 0.025 0.052 Y NA
 5847881 5847882 CCNA_00657 CCNA_00658     TRUE 0.800 -3.000 0.000 0.052   NA
 5847882 5847883 CCNA_00658 CCNA_00659     TRUE 0.681 11.000 0.000 0.052   NA
 5847884 5847885 CCNA_00660 CCNA_00661     TRUE 0.800 -3.000 0.000 0.052   NA
 5847885 5847886 CCNA_00661 CCNA_00662     FALSE 0.272 -16.000 0.000 NA   NA
 5847886 5847887 CCNA_00662 CCNA_00663     FALSE 0.232 17.000 0.000 NA   NA
 5847887 5847888 CCNA_00663 CCNA_R0010     FALSE 0.001 422.000 0.000 NA   NA
 5847889 5847890 CCNA_00664 CCNA_00665     FALSE 0.357 168.000 0.182 1.000 N NA
 5847890 5847891 CCNA_00665 CCNA_00666     TRUE 0.995 -3.000 0.750 1.000 Y NA
 5847892 5847893 CCNA_00667 CCNA_00668     TRUE 0.977 11.000 0.222 NA Y NA
 5847893 5847894 CCNA_00668 CCNA_00669     TRUE 0.929 -3.000 0.105 NA N NA
 5847894 5847895 CCNA_00669 CCNA_00670     TRUE 0.953 -3.000 0.000 NA Y NA
 5847895 5847896 CCNA_00670 CCNA_00671   tagG TRUE 0.984 10.000 0.375 NA Y NA
 5847896 5847897 CCNA_00671 CCNA_00672 tagG   FALSE 0.060 134.000 0.000 NA   NA
 5847899 5847900 CCNA_00674 CCNA_00675     FALSE 0.396 -34.000 0.011 NA   NA
 5847900 5847901 CCNA_00675 CCNA_00676     TRUE 0.949 0.000 0.222 NA   NA
 5847901 5847902 CCNA_00676 CCNA_00677     FALSE 0.052 148.000 0.002 NA   NA
 5847902 5847903 CCNA_00677 CCNA_00678     TRUE 0.995 5.000 0.838 0.020 Y NA
 5847904 5847905 CCNA_R0011 CCNA_00679     FALSE 0.279 14.000 0.000 NA   NA
 5847906 5847907 CCNA_00680 CCNA_00681     TRUE 0.943 -3.000 0.160 1.000   NA
 5847909 5847910 CCNA_00683 CCNA_00684     FALSE 0.306 13.000 0.000 NA   NA
 5847910 5847911 CCNA_00684 CCNA_00685     TRUE 0.982 -3.000 0.898 NA N NA
 5847913 5847914 CCNA_00687 CCNA_00688     FALSE 0.262 -19.000 0.000 NA   NA
 5847916 5847917 CCNA_00690 CCNA_00691     FALSE 0.006 299.000 0.000 1.000 N NA
 5847919 5847920 CCNA_00693 CCNA_00694     TRUE 0.984 -3.000 0.116 1.000 Y NA
 5847920 5847921 CCNA_00694 CCNA_00695     FALSE 0.036 172.000 0.000 1.000   NA
 5847923 5847924 CCNA_00697 CCNA_00698     FALSE 0.181 22.000 0.000 NA   NA
 5847925 5847926 CCNA_00699 CCNA_R0012     FALSE 0.003 283.000 0.000 NA   NA
 5847930 5847931 CCNA_00703 CCNA_00704     FALSE 0.091 43.000 0.000 NA   NA
 5847932 5847933 CCNA_00705 CCNA_00706     FALSE 0.044 149.000 0.000 NA   NA
 5847933 5847934 CCNA_00706 CCNA_00707     FALSE 0.073 100.000 0.000 NA   NA
 5847934 5847935 CCNA_00707 CCNA_00708     TRUE 0.953 -3.000 0.260 NA   NA
 5847946 5847947 CCNA_00719 CCNA_00720 hylD   FALSE 0.298 -39.000 0.000 1.000   NA
 5847948 5847949 CCNA_00721 CCNA_00722     TRUE 0.782 58.000 0.043 0.090 Y NA
 5847950 5847951 CCNA_00723 CCNA_00724     FALSE 0.207 19.000 0.000 NA   NA
 5847952 5847953 CCNA_00725 CCNA_00726     FALSE 0.476 51.000 0.071 1.000 N NA
 5847954 5847955 CCNA_00727 CCNA_00728     FALSE 0.480 73.000 0.154 NA   NA
 5847955 5847956 CCNA_00728 CCNA_00729     TRUE 0.896 23.000 0.667 NA   NA
 5847956 5847957 CCNA_00729 CCNA_00730   skgA TRUE 0.641 76.000 0.400 NA   NA
 5847959 5847960 CCNA_00732 CCNA_00733     TRUE 0.733 60.000 0.667 NA   NA
 5847960 5847961 CCNA_00733 CCNA_00734     FALSE 0.069 54.000 0.000 NA   NA
 5847962 5847963 CCNA_00735 CCNA_00736     TRUE 0.749 113.000 0.588 NA   NA
 5847963 5847964 CCNA_00736 CCNA_00737     FALSE 0.069 210.000 0.045 1.000 N NA
 5847964 5847965 CCNA_00737 CCNA_00738     FALSE 0.005 314.000 0.000 1.000 N NA
 5847965 5847966 CCNA_00738 CCNA_00739     FALSE 0.050 143.000 0.000 NA   NA
 5847966 5847967 CCNA_00739 CCNA_00740     FALSE 0.065 129.000 0.000 NA   NA
 5847967 5847968 CCNA_00740 CCNA_00741     TRUE 0.894 0.000 0.044 1.000 N NA
 5847968 5847969 CCNA_00741 CCNA_00742     TRUE 0.857 25.000 0.216 0.080 N NA
 5847970 5847971 CCNA_00743 CCNA_00744     FALSE 0.006 236.000 0.000 NA   NA
 5847972 5847973 CCNA_00745 CCNA_00746     TRUE 0.775 -3.000 0.021 NA   NA
 5847973 5847974 CCNA_00746 CCNA_00747   tipF FALSE 0.130 99.000 0.000 NA N NA
 5847975 5847976 CCNA_00748 CCNA_00749     TRUE 0.983 5.000 0.178 1.000 Y NA
 5847977 5847978 CCNA_00750 CCNA_00751     FALSE 0.064 59.000 0.000 NA   NA
 5847978 5847979 CCNA_00751 CCNA_00752     FALSE 0.060 76.000 0.000 NA   NA
 5847979 5847980 CCNA_00752 CCNA_00753     FALSE 0.180 138.000 0.007 1.000 N NA
 5847980 5847981 CCNA_00753 CCNA_00754     FALSE 0.073 119.000 0.000 NA   NA
 5847981 5847982 CCNA_00754 CCNA_00755   terB FALSE 0.190 124.000 0.018 NA   NA
 5847982 5847983 CCNA_00755 CCNA_00756 terB   TRUE 0.928 -42.000 1.000 NA   NA
 5847983 5847984 CCNA_00756 CCNA_00757     FALSE 0.058 136.000 0.000 NA   NA
 5847986 5847987 CCNA_00759 CCNA_00760     FALSE 0.142 135.000 0.000 1.000 N NA
 5847987 5847988 CCNA_00760 CCNA_00761     FALSE 0.049 145.000 0.000 NA   NA
 5847988 5847989 CCNA_00761 CCNA_00762     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5847989 5847990 CCNA_00762 CCNA_00763     FALSE 0.420 5.000 0.000 NA   NA
 5847990 5847991 CCNA_00763 CCNA_00764     TRUE 0.994 0.000 0.417 0.012 Y NA
 5847993 5847994 CCNA_00766 CCNA_00767     TRUE 0.631 38.000 0.156 NA   NA
 5847995 5847996 CCNA_00768 CCNA_00769     TRUE 0.966 -3.000 0.429 NA   NA
 5847996 5847997 CCNA_00769 CCNA_00770     TRUE 0.934 84.000 0.571 0.012 Y NA
 5847997 5847998 CCNA_00770 CCNA_00771     FALSE 0.170 24.000 0.000 NA   NA
 5847998 5847999 CCNA_00771 CCNA_R0013     FALSE 0.001 357.000 0.000 NA   NA
 5848001 5848002 CCNA_00773 CCNA_00774     FALSE 0.009 381.000 0.045 NA N NA
 5848003 5848004 CCNA_00775 CCNA_00776     FALSE 0.105 93.000 0.000 1.000   NA
 5848004 5848005 CCNA_00776 CCNA_00777     FALSE 0.119 114.000 0.000 1.000   NA
 5848005 5848006 CCNA_00777 CCNA_00778     TRUE 0.625 55.000 0.000 1.000 Y NA
 5848007 5848008 CCNA_R0014 CCNA_00779     FALSE 0.060 74.000 0.000 NA   NA
 5848010 5848011 CCNA_00781 CCNA_R0015 cpdR   FALSE 0.077 110.000 0.000 NA   NA
 10784561 5848018 CCNA_04003 CCNA_00787   motA FALSE 0.332 112.000 0.047 NA   NA
 5848022 5848023 CCNA_00791 CCNA_00792     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5848024 5848025 CCNA_00793 CCNA_00794     FALSE 0.121 110.000 0.000 1.000   NA
 5848026 5848027 CCNA_00795 CCNA_00796 fixJ fixL TRUE 0.987 -7.000 0.375 0.031 Y NA
 5848027 5848028 CCNA_00796 CCNA_00797 fixL   FALSE 0.420 5.000 0.000 NA   NA
 5848028 5848029 CCNA_00797 CCNA_00798   cydC FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5848029 5848030 CCNA_00798 CCNA_00799 cydC cydD TRUE 0.832 173.000 0.631 0.004 Y NA
 5848031 5848032 CCNA_00800 CCNA_00801 cydA cydB TRUE 0.989 15.000 0.953 0.052 Y NA
 5848032 5848033 CCNA_00801 CCNA_00802 cydB   TRUE 0.842 19.000 0.256 NA   NA
 5848033 5848034 CCNA_00802 CCNA_00803     FALSE 0.458 96.000 0.105 NA   NA
 5848035 5848036 CCNA_00804 CCNA_00805   engB FALSE 0.006 230.000 0.000 NA   NA
 5848036 5848037 CCNA_00805 CCNA_00806 engB yidC TRUE 0.941 0.000 0.082 0.046   NA
 5848037 5848038 CCNA_00806 CCNA_00807 yidC   TRUE 0.904 8.000 0.105 1.000 N NA
 5848038 5848039 CCNA_00807 CCNA_00808     TRUE 0.785 94.000 0.787 1.000   NA
 5848039 5848040 CCNA_00808 CCNA_00809     FALSE 0.005 280.000 0.000 1.000   NA
 5848040 5848041 CCNA_00809 CCNA_00810     FALSE 0.321 159.000 0.089 1.000 N NA
 5848041 5848042 CCNA_00810 CCNA_00811     TRUE 0.853 32.000 0.500 1.000 N NA
 5848042 5848043 CCNA_00811 CCNA_00812     FALSE 0.063 60.000 0.000 NA   NA
 5848043 5848044 CCNA_00812 CCNA_00813     TRUE 0.686 6.000 0.018 NA   NA
 5848044 5848045 CCNA_00813 CCNA_00814     FALSE 0.026 226.000 0.027 NA   NA
 5848045 5848046 CCNA_00814 CCNA_00815     FALSE 0.121 193.000 0.100 NA   NA
 5848046 5848047 CCNA_00815 CCNA_00816     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5848047 5848048 CCNA_00816 CCNA_00817     FALSE 0.088 44.000 0.000 NA   NA
 5848048 5848049 CCNA_00817 CCNA_00818     FALSE 0.082 161.000 0.000 1.000 N NA
 5848049 5848050 CCNA_00818 CCNA_00819     FALSE 0.163 -93.000 0.000 NA   NA
 5848050 5848051 CCNA_00819 CCNA_00820     FALSE 0.094 42.000 0.000 NA   NA
 5848051 5848052 CCNA_00820 CCNA_00821     FALSE 0.500 45.000 0.100 NA   NA
 5848052 5848053 CCNA_00821 CCNA_00822     TRUE 0.677 72.000 0.500 NA   NA
 5848053 5848054 CCNA_00822 CCNA_00823     TRUE 0.696 88.000 0.500 NA   NA
 5848054 5848055 CCNA_00823 CCNA_00824     TRUE 0.804 34.000 0.000 0.044 Y NA
 5848055 5848056 CCNA_00824 CCNA_00825     FALSE 0.075 163.000 0.000 1.000 N NA
 5848056 5848057 CCNA_00825 CCNA_00826     TRUE 0.993 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 5848058 5848059 CCNA_00827 CCNA_00828     TRUE 0.747 127.000 0.667 NA   NA
 5848061 5848062 CCNA_00830 CCNA_00831     TRUE 0.960 -99.000 0.250 0.017 Y NA
 5848064 5848065 CCNA_00833 CCNA_00834     FALSE 0.002 443.000 0.000 1.000   NA
 5848065 5848066 CCNA_00834 CCNA_R0017     FALSE 0.063 131.000 0.000 NA   NA
 5848066 5848067 CCNA_R0017 CCNA_00835     FALSE 0.002 330.000 0.000 NA   NA
 5848067 5848068 CCNA_00835 CCNA_00836     FALSE 0.054 336.000 0.000 0.003 Y NA
 5848069 5848070 CCNA_00837 CCNA_00838     FALSE 0.053 161.000 0.000 1.000   NA
 5848071 5848072 CCNA_00839 CCNA_00840     FALSE 0.004 293.000 0.000 1.000   NA
 5848073 5848074 CCNA_00841 CCNA_00842     FALSE 0.066 90.000 0.000 NA   NA
 5848074 5848075 CCNA_00842 CCNA_00843     FALSE 0.064 84.000 0.000 NA   NA
 5848075 5848076 CCNA_00843 CCNA_00844   relE-1 FALSE 0.060 76.000 0.000 NA   NA
 5848076 5848077 CCNA_00844 CCNA_00845 relE-1 relB-1 FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5848077 5848078 CCNA_00845 CCNA_00846 relB-1   FALSE 0.155 39.000 0.000 1.000   NA
 5848079 5848080 CCNA_R0018 CCNA_R0019     FALSE 0.167 -86.000 0.000 NA   NA
 5848080 5848081 CCNA_R0019 CCNA_00847     FALSE 0.064 84.000 0.000 NA   NA
 5848082 5848083 CCNA_00848 CCNA_00849     FALSE 0.066 57.000 0.000 NA   NA
 5848083 5848084 CCNA_00849 CCNA_00850   acrB2 TRUE 0.971 2.000 0.286 0.036 N NA
 5848084 5848085 CCNA_00850 CCNA_00851 acrB2   TRUE 0.957 13.000 0.667 1.000 N NA
 5848089 5848090 CCNA_00855 CCNA_00856     TRUE 0.603 141.000 0.286 1.000 N NA
 5848090 5848091 CCNA_00856 CCNA_00857     FALSE 0.036 172.000 0.000 1.000   NA
 5848093 5848094 CCNA_00859 CCNA_00860     FALSE 0.124 32.000 0.000 NA   NA
 5848094 5848095 CCNA_00860 CCNA_00861     FALSE 0.070 124.000 0.000 NA   NA
 5848095 5848096 CCNA_00861 CCNA_00862   xylD FALSE 0.075 115.000 0.000 NA   NA
 5848096 5848097 CCNA_00862 CCNA_00863 xylD xylC TRUE 0.967 -7.000 0.116 NA Y NA
 5848097 5848098 CCNA_00863 CCNA_00864 xylC xylB TRUE 0.709 125.000 0.417 NA N NA
 5848098 5848099 CCNA_00864 CCNA_00865 xylB xylA TRUE 0.931 6.000 0.091 0.037 N NA
 5848099 5848100 CCNA_00865 CCNA_00866 xylA xylX TRUE 0.667 17.000 0.017 0.079   NA
 5848103 5848104 CCNA_00869 CCNA_00870     FALSE 0.061 66.000 0.000 NA   NA
 5848104 5848105 CCNA_00870 CCNA_00871     TRUE 0.718 20.000 0.097 NA   NA
 5848105 5848106 CCNA_00871 CCNA_00872     TRUE 0.847 -3.000 0.035 1.000   NA
 5848106 5848107 CCNA_00872 CCNA_00873     FALSE 0.436 29.000 0.027 1.000   NA
 5848109 5848110 CCNA_00875 CCNA_00876     FALSE 0.397 -21.000 0.000 NA N NA
 5848110 5848111 CCNA_00876 CCNA_00877     FALSE 0.124 32.000 0.000 NA   NA
 5848112 5848113 CCNA_00878 CCNA_00879     FALSE 0.090 157.000 0.000 1.000 N NA
 5848114 5848115 CCNA_00880 CCNA_00881     TRUE 0.961 -3.000 0.346 NA   NA
 5848115 5848116 CCNA_00881 CCNA_00882     FALSE 0.037 156.000 0.000 NA   NA
 5848116 5848117 CCNA_00882 CCNA_00883     FALSE 0.013 192.000 0.000 NA   NA
 5848117 5848118 CCNA_00883 CCNA_00884     FALSE 0.460 3.000 0.000 NA   NA
 5848118 5848119 CCNA_00884 CCNA_00885     FALSE 0.308 -10.000 0.000 NA   NA
 5848120 5848121 CCNA_00886 CCNA_00887     FALSE 0.015 183.000 0.000 NA   NA
 5848121 5848122 CCNA_00887 CCNA_00888     FALSE 0.069 125.000 0.000 NA   NA
 5848123 5848124 CCNA_00889 CCNA_00890     FALSE 0.065 58.000 0.000 NA   NA
 5848125 5848126 CCNA_00891 CCNA_R0020     FALSE 0.006 228.000 0.000 NA   NA
 5848126 5848127 CCNA_R0020 CCNA_00892     FALSE 0.029 164.000 0.000 NA   NA
 5848127 5848128 CCNA_00892 CCNA_00893     FALSE 0.228 160.000 0.060 1.000   NA
 5848128 5848129 CCNA_00893 CCNA_00894     FALSE 0.246 182.000 0.233 1.000   NA
 5848129 5848130 CCNA_00894 CCNA_00895     FALSE 0.342 11.000 0.000 NA   NA
 5848133 5848134 CCNA_00898 CCNA_00899   prfA TRUE 0.949 4.000 0.002 1.000 Y NA
 5848137 5848138 CCNA_00902 CCNA_00903 ibpA iatA TRUE 0.815 23.000 0.000 NA Y NA
 5848138 5848139 CCNA_00903 CCNA_00904 iatA iatP TRUE 0.992 -3.000 0.444 1.000 Y NA
 5848140 5848141 CCNA_00905 CCNA_00906     FALSE 0.098 40.000 0.000 NA   NA
 5848141 5848142 CCNA_00906 CCNA_00907     TRUE 0.976 -3.000 0.667 NA   NA
 5848142 5848143 CCNA_00907 CCNA_00908     TRUE 0.883 -63.000 0.250 0.002   NA
 5848143 5848144 CCNA_00908 CCNA_00909     FALSE 0.164 25.000 0.000 NA   NA
 5848144 5848145 CCNA_00909 CCNA_00910     FALSE 0.243 16.000 0.000 NA   NA
 5848145 5848146 CCNA_00910 CCNA_00911     FALSE 0.098 63.000 0.000 1.000   NA
 5848146 5848147 CCNA_00911 CCNA_00912     TRUE 0.617 -3.000 0.000 1.000   NA
 5848147 5848148 CCNA_00912 CCNA_00913     FALSE 0.075 50.000 0.000 NA   NA
 5848148 5848149 CCNA_00913 CCNA_00914     FALSE 0.062 79.000 0.000 NA   NA
 5848151 5848152 CCNA_00916 CCNA_00917 parE-1 parD-1 TRUE 0.964 -3.000 0.385 NA   NA
 5848153 5848154 CCNA_00918 CCNA_00919     FALSE 0.103 38.000 0.000 NA   NA
 5848154 5848155 CCNA_00919 CCNA_00920     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5848155 5848156 CCNA_00920 CCNA_00921     FALSE 0.026 168.000 0.000 NA   NA
 5848156 5848157 CCNA_00921 CCNA_00922   clpB TRUE 0.652 99.000 0.003 1.000 Y NA
 5848157 5848158 CCNA_00922 CCNA_00923 clpB   FALSE 0.007 220.000 0.000 NA   NA
 5848159 5848160 CCNA_00924 CCNA_00925     FALSE 0.483 1.000 0.000 NA   NA
 5848160 5848161 CCNA_00925 CCNA_00926     FALSE 0.077 105.000 0.000 NA   NA
 5848161 5848162 CCNA_00926 CCNA_00927     FALSE 0.026 168.000 0.000 NA   NA
 5848162 5848163 CCNA_00927 CCNA_00928     FALSE 0.362 10.000 0.000 NA   NA
 5848164 5848165 CCNA_00929 CCNA_00930     TRUE 0.986 11.000 0.456 1.000 Y NA
 5848165 5848166 CCNA_00930 CCNA_00931     TRUE 0.897 -24.000 0.009 1.000 Y NA
 5848166 5848167 CCNA_00931 CCNA_00932   ribH TRUE 0.929 16.000 0.008 0.002 Y NA
 5848167 5848168 CCNA_00932 CCNA_00933 ribH   FALSE 0.095 73.000 0.000 1.000   NA
 5848168 5848169 CCNA_00933 CCNA_00934     FALSE 0.073 51.000 0.000 NA   NA
 5848172 5848173 CCNA_00937 CCNA_00938     FALSE 0.031 162.000 0.000 NA   NA
 5848174 5848175 CCNA_00939 CCNA_00940     FALSE 0.120 93.000 0.000 NA N NA
 5848176 5848177 CCNA_00941 CCNA_00942   flgL FALSE 0.261 45.000 0.008 1.000 N NA
 5848177 5848178 CCNA_00942 CCNA_00943 flgL flaN TRUE 0.995 4.000 0.800 0.005 Y NA
 5848179 5848180 CCNA_00944 CCNA_00945     FALSE 0.150 -147.000 0.000 NA   NA
 5848180 5848181 CCNA_00945 CCNA_00946   flgD TRUE 0.893 12.000 0.207 NA   NA
 5848181 5848182 CCNA_00946 CCNA_00947 flgD flgE TRUE 0.814 147.000 0.276 NA Y NA
 5848182 5848183 CCNA_00947 CCNA_00948 flgE sciP FALSE 0.202 169.000 0.072 1.000   NA
 5848183 5848184 CCNA_00948 CCNA_00949 sciP   FALSE 0.187 21.000 0.000 NA   NA
 5848184 5848185 CCNA_00949 CCNA_00950   fliF FALSE 0.207 19.000 0.000 NA   NA
 5848185 5848186 CCNA_00950 CCNA_00951 fliF fliG TRUE 0.996 0.000 0.762 0.005 Y NA
 5848186 5848187 CCNA_00951 CCNA_00952 fliG flbE TRUE 0.844 11.000 0.095 NA   NA
 5848187 5848188 CCNA_00952 CCNA_00953 flbE fliN TRUE 0.811 16.000 0.139 NA   NA
 5848188 5848189 CCNA_00953 CCNA_00954 fliN flbD TRUE 0.835 34.000 0.484 1.000 N NA
 5848191 5848192 CCNA_00956 CCNA_00957 flhA   FALSE 0.172 40.000 0.000 NA N NA
 5848194 5848195 CCNA_00959 CCNA_00960     FALSE 0.405 6.000 0.000 NA   NA
 5848195 5848196 CCNA_00960 CCNA_00961     FALSE 0.179 -69.000 0.000 NA   NA
 5848197 5848198 CCNA_00962 CCNA_00963     TRUE 0.827 11.000 0.052 1.000 N NA
 5848198 5848199 CCNA_00963 CCNA_00964     FALSE 0.002 295.000 0.000 NA   NA
 5848199 5848200 CCNA_00964 CCNA_00965     FALSE 0.019 175.000 0.000 NA   NA
 5848210 5848211 CCNA_00975 CCNA_00976   sppA FALSE 0.065 58.000 0.000 NA   NA
 5848211 5848212 CCNA_00976 CCNA_R0021 sppA   FALSE 0.020 174.000 0.000 NA   NA
 5848213 5848214 CCNA_R0022 CCNA_00977     FALSE 0.069 95.000 0.000 NA   NA
 5848214 5848215 CCNA_00977 CCNA_00978     TRUE 0.878 15.000 0.000 NA Y NA
 5848215 5848216 CCNA_00978 CCNA_00979     FALSE 0.101 152.000 0.000 1.000 N NA
 5848216 5848217 CCNA_00979 CCNA_00980   lolE TRUE 0.979 5.000 0.070 0.099 Y NA
 5848217 5848218 CCNA_00980 CCNA_00981 lolE lolD TRUE 0.979 -3.000 0.647 1.000 N NA
 5848218 5848219 CCNA_00981 CCNA_00982 lolD   FALSE 0.005 321.000 0.000 1.000 N NA
 5848220 5848221 CCNA_00983 CCNA_00984     TRUE 0.722 74.000 0.500 1.000 N NA
 5848221 5848222 CCNA_00984 CCNA_00985     TRUE 0.867 -3.000 0.030 1.000 N NA
 5848223 5848224 CCNA_00986 CCNA_00987     TRUE 0.641 61.000 0.375 NA   NA
 5848227 5848228 CCNA_00990 CCNA_00991     FALSE 0.149 62.000 0.000 1.000 N NA
 5848228 5848229 CCNA_00991 CCNA_00992     FALSE 0.061 65.000 0.000 NA   NA
 5848229 5848230 CCNA_00992 CCNA_00993     FALSE 0.060 72.000 0.000 NA   NA
 5848230 5848231 CCNA_00993 CCNA_00994     FALSE 0.378 161.000 0.143 1.000 N NA
 5848232 5848233 CCNA_00995 CCNA_00996     FALSE 0.015 231.000 0.000 1.000 N NA
 5848233 5848234 CCNA_00996 CCNA_00997     FALSE 0.007 224.000 0.000 NA   NA
 5848234 5848235 CCNA_00997 CCNA_00998     FALSE 0.006 229.000 0.000 NA   NA
 5848235 5848236 CCNA_00998 CCNA_00999     FALSE 0.229 162.000 0.080 NA   NA
 5848236 5848237 CCNA_00999 CCNA_01000     FALSE 0.067 56.000 0.000 NA   NA
 5848238 5848239 CCNA_01001 CCNA_01002   fliP TRUE 0.773 21.000 0.103 1.000 N NA
 5848239 5848240 CCNA_01002 CCNA_01003 fliP fliO TRUE 0.822 0.000 0.023 1.000   NA
 5848241 5848242 CCNA_01004 CCNA_01005 flgB flgC TRUE 0.987 13.000 0.804 NA Y NA
 5848242 5848243 CCNA_01005 CCNA_01006 flgC fliE TRUE 0.967 11.000 0.037 0.002 Y NA
 5848244 5848245 CCNA_01007 CCNA_01008     FALSE 0.111 35.000 0.000 NA   NA
 5848245 5848246 CCNA_01008 CCNA_01009     TRUE 0.777 125.000 0.061 1.000 Y NA
 5848246 5848247 CCNA_01009 CCNA_01010     TRUE 0.752 119.000 0.039 1.000 Y NA
 5848247 5848248 CCNA_01010 CCNA_01011     TRUE 0.920 -15.000 0.192 0.035 N NA
 5848249 5848250 CCNA_01012 CCNA_01013     TRUE 0.817 -3.000 0.013 1.000 N NA
 5848251 5848252 CCNA_R0023 CCNA_01014     FALSE 0.004 264.000 0.000 NA   NA
 5848253 5848254 CCNA_01015 CCNA_01016     TRUE 0.865 -3.000 0.000 0.002 N NA
 5848254 5848255 CCNA_01016 CCNA_01017     FALSE 0.008 276.000 0.000 1.000 N NA
 5848256 5848257 CCNA_01018 CCNA_01019     FALSE 0.038 171.000 0.000 1.000   NA
 5848257 5848258 CCNA_01019 CCNA_01020     TRUE 0.706 64.000 0.429 1.000 N NA
 5848259 5848260 CCNA_01021 CCNA_01022     FALSE 0.195 227.000 0.600 NA   NA
 5848260 5848261 CCNA_01022 CCNA_01023     TRUE 0.955 10.000 0.600 NA   NA
 5848262 5848263 CCNA_01024 CCNA_01025     FALSE 0.306 13.000 0.000 NA   NA
 5848263 5848264 CCNA_01025 CCNA_01026     FALSE 0.272 -16.000 0.000 NA   NA
 5848264 5848265 CCNA_01026 CCNA_01027     FALSE 0.012 198.000 0.000 NA   NA
 5848267 5848268 CCNA_01029 CCNA_01030     FALSE 0.096 68.000 0.000 1.000   NA
 5848269 5848270 CCNA_01031 CCNA_01032     FALSE 0.143 75.000 0.000 1.000 N NA
 5848270 5848271 CCNA_01032 CCNA_01033     TRUE 0.924 -36.000 0.667 NA N NA
 5848271 5848272 CCNA_01033 CCNA_01034     TRUE 0.796 78.000 0.118 NA Y NA
 5848272 5848273 CCNA_01034 CCNA_01035     TRUE 0.711 1.000 0.000 1.000 N NA
 5848274 5848275 CCNA_01036 CCNA_01037     FALSE 0.099 82.000 0.000 1.000   NA
 5848275 5848276 CCNA_01037 CCNA_01038     FALSE 0.063 83.000 0.000 NA   NA
 5848277 5848278 CCNA_01039 CCNA_01040     TRUE 0.986 -3.000 0.171 NA Y NA
 5848279 5848280 CCNA_01041 CCNA_01042     FALSE 0.001 563.000 0.000 NA   NA
 5848280 5848281 CCNA_01042 CCNA_01043     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5848283 5848284 CCNA_01045 CCNA_01046     TRUE 0.695 0.000 0.010 NA   NA
 5848285 5848286 CCNA_R0024 CCNA_01047     FALSE 0.005 247.000 0.000 NA   NA
 5848286 5848287 CCNA_01047 CCNA_01048     FALSE 0.035 158.000 0.000 NA   NA
 5848287 5848288 CCNA_01048 CCNA_01049     FALSE 0.002 303.000 0.000 NA   NA
 5848288 5848289 CCNA_01049 CCNA_01050     FALSE 0.065 129.000 0.000 NA   NA
 5848289 5848290 CCNA_01050 CCNA_01051     FALSE 0.002 446.000 0.000 1.000   NA
 5848290 5848291 CCNA_01051 CCNA_01052     TRUE 0.681 90.000 0.455 NA   NA
 5848291 5848292 CCNA_01052 CCNA_01053     TRUE 0.893 -75.000 0.647 NA   NA
 5848292 5848293 CCNA_01053 CCNA_01054     TRUE 0.889 24.000 0.647 NA   NA
 5848294 5848295 CCNA_01055 CCNA_01056     TRUE 0.849 11.000 0.100 NA   NA
 5848295 5848296 CCNA_01056 CCNA_01057     FALSE 0.130 31.000 0.000 NA   NA
 5848296 5848297 CCNA_01057 CCNA_01058     TRUE 0.637 83.000 0.364 NA   NA
 5848298 5848299 CCNA_01059 CCNA_01060 rsaA rsaD FALSE 0.008 243.000 0.000 1.000   NA
 5848299 5848300 CCNA_01060 CCNA_01061 rsaD rsaE TRUE 0.807 68.000 0.688 0.008   NA
 5848300 5848301 CCNA_01061 CCNA_01062 rsaE   FALSE 0.129 140.000 0.000 1.000 N NA
 5848301 5848302 CCNA_01062 CCNA_01063     TRUE 0.626 0.000 0.000 1.000   NA
 5848302 5848303 CCNA_01063 CCNA_01064     TRUE 0.878 -3.000 0.050 1.000   NA
 5848303 5848304 CCNA_01064 CCNA_01065     TRUE 0.977 4.000 0.080 1.000 Y NA
 5848304 5848305 CCNA_01065 CCNA_01066     TRUE 0.992 11.000 0.714 0.014 Y NA
 5848305 5848306 CCNA_01066 CCNA_01067   rsaFa TRUE 0.875 57.000 0.286 1.000 Y NA
 5848308 5848309 CCNA_01069 CCNA_R0025     FALSE 0.044 149.000 0.000 NA   NA
 5848310 5848311 CCNA_01070 CCNA_01071     TRUE 0.757 42.000 0.444 NA   NA
 5848311 5848312 CCNA_01071 CCNA_01072     FALSE 0.256 174.000 0.200 NA   NA
 5848312 5848313 CCNA_01072 CCNA_01073     TRUE 0.582 104.000 0.200 NA   NA
 5848313 5848314 CCNA_01073 CCNA_01074     FALSE 0.063 60.000 0.000 NA   NA
 5848314 5848315 CCNA_01074 CCNA_01075     TRUE 0.672 95.000 0.400 NA   NA
 5848315 5848316 CCNA_01075 CCNA_01076     FALSE 0.342 11.000 0.000 NA   NA
 5848316 5848317 CCNA_01076 CCNA_01077     FALSE 0.065 86.000 0.000 NA   NA
 5848320 5848321 CCNA_01080 CCNA_01081     FALSE 0.482 46.000 0.095 NA   NA
 5848323 5848324 CCNA_01083 CCNA_01084     TRUE 0.965 -3.000 0.400 NA   NA
 5848325 5848326 CCNA_01085 CCNA_01086   lepA FALSE 0.032 193.000 0.000 1.000 N NA
 5848328 5848329 CCNA_01088 CCNA_01089     FALSE 0.077 49.000 0.000 NA   NA
 5848329 5848330 CCNA_01089 CCNA_01090     TRUE 0.866 -6.000 0.116 NA   NA
 5848330 5848331 CCNA_01090 CCNA_01091     FALSE 0.060 76.000 0.000 NA   NA
 5848331 5848332 CCNA_01091 CCNA_01092     FALSE 0.290 54.000 0.043 NA   NA
 5848332 5848333 CCNA_01092 CCNA_01093     TRUE 0.945 -15.000 0.750 NA   NA
 5848333 5848334 CCNA_01093 CCNA_01094     TRUE 0.747 127.000 0.667 NA   NA
 5848334 5848335 CCNA_01094 CCNA_01095     FALSE 0.062 79.000 0.000 NA   NA
 5848335 5848336 CCNA_01095 CCNA_01096     TRUE 0.890 158.000 0.574 0.001 Y NA
 5848336 5848337 CCNA_01096 CCNA_01097     FALSE 0.266 249.000 0.202 1.000 Y NA
 5848337 5848338 CCNA_01097 CCNA_01098     TRUE 0.989 16.000 0.928 0.014 Y NA
 5848338 5848339 CCNA_01098 CCNA_01099     FALSE 0.181 122.000 0.002 1.000 N NA
 5848339 5848340 CCNA_01099 CCNA_01100     TRUE 0.749 67.000 0.600 1.000 N NA
 5848340 5848341 CCNA_01100 CCNA_01101     FALSE 0.156 133.000 0.002 1.000 N NA
 5848343 5848344 CCNA_01103 CCNA_01104     TRUE 0.985 -3.000 0.141 1.000 Y NA
 5848345 5848346 CCNA_01105 CCNA_01106   parD-2 FALSE 0.152 59.000 0.000 1.000 N NA
 5848346 5848347 CCNA_01106 CCNA_01107 parD-2 parE-2 FALSE 0.440 4.000 0.000 NA   NA
 5848349 5848350 CCNA_R0026 CCNA_R0027     FALSE 0.073 51.000 0.000 NA   NA
 5848350 5848351 CCNA_R0027 CCNA_01109     FALSE 0.072 99.000 0.000 NA   NA
 5848351 5848352 CCNA_01109 CCNA_01110     FALSE 0.460 3.000 0.000 NA   NA
 5848352 5848353 CCNA_01110 CCNA_01111     FALSE 0.003 328.000 0.000 1.000   NA
 5848353 5848354 CCNA_01111 CCNA_01112     TRUE 0.820 0.000 0.032 NA   NA
 5848355 5848356 CCNA_01113 CCNA_01114     FALSE 0.329 -7.000 0.000 NA   NA
 5848356 5848357 CCNA_01114 CCNA_01115     FALSE 0.228 43.000 0.016 NA   NA
 5848360 5848361 CCNA_01118 CCNA_01119     FALSE 0.308 129.000 0.051 NA   NA
 5848363 5848364 CCNA_01121 CCNA_01122     FALSE 0.228 134.000 0.000 0.013   NA
 5848364 5848365 CCNA_01122 CCNA_01123     FALSE 0.461 11.000 0.000 1.000   NA
 5848366 5848367 CCNA_01124 CCNA_01125     FALSE 0.002 365.000 0.000 1.000   NA
 5848367 5848368 CCNA_01125 CCNA_01126     FALSE 0.111 35.000 0.000 NA   NA
 5848368 5848369 CCNA_01126 CCNA_01127     FALSE 0.119 33.000 0.000 NA   NA
 5848370 5848371 CCNA_01128 CCNA_01129   fliQ FALSE 0.045 148.000 0.000 NA   NA
 5848371 5848372 CCNA_01129 CCNA_01130 fliQ fliR TRUE 0.990 15.000 0.929 0.002 Y NA
 5848372 5848373 CCNA_01130 CCNA_01131 fliR flhB TRUE 0.991 10.000 0.788 1.000 Y NA
 5848373 5848374 CCNA_01131 CCNA_01132 flhB cckA TRUE 0.703 103.000 0.200 0.097 N NA
 5848375 5848376 CCNA_01133 CCNA_01134     TRUE 0.639 122.000 0.308 NA   NA
 5848376 5848377 CCNA_01134 CCNA_01135     TRUE 0.757 39.000 0.400 NA   NA
 5848377 5848378 CCNA_01135 CCNA_01136     FALSE 0.085 45.000 0.000 NA   NA
 5848378 5848379 CCNA_01136 CCNA_01137     FALSE 0.066 57.000 0.000 NA   NA
 5848380 5848381 CCNA_01138 CCNA_01139     TRUE 0.622 104.000 0.250 NA   NA
 5848383 5848384 CCNA_01141 CCNA_01142 recA   FALSE 0.001 687.000 0.000 NA   NA
 5848385 5848386 CCNA_01143 CCNA_01144     TRUE 0.616 30.000 0.075 NA N NA
 5848386 5848387 CCNA_01144 CCNA_01145     TRUE 0.859 23.000 0.188 0.049 N NA
 5848388 5848389 CCNA_01146 CCNA_01147     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5848389 5848390 CCNA_01147 CCNA_01148     FALSE 0.066 90.000 0.000 NA   NA
 5848392 5848393 CCNA_01150 CCNA_01151     FALSE 0.377 9.000 0.000 NA   NA
 5848393 5848394 CCNA_01151 CCNA_01152     FALSE 0.492 11.000 0.007 NA   NA
 5848394 5848395 CCNA_01152 CCNA_01153     TRUE 0.674 2.000 0.010 NA   NA
 5848395 5848396 CCNA_01153 CCNA_01154     FALSE 0.357 40.000 0.029 1.000   NA
 5848396 5848397 CCNA_01154 CCNA_01155     FALSE 0.014 214.000 0.000 1.000   NA
 5848397 5848398 CCNA_01155 CCNA_01156     FALSE 0.483 76.000 0.154 NA   NA
 5848398 5848399 CCNA_01156 CCNA_01157     FALSE 0.024 171.000 0.000 NA   NA
 5848399 5848400 CCNA_01157 CCNA_01158     TRUE 0.692 -106.000 0.111 NA   NA
 5848400 5848401 CCNA_01158 CCNA_01159     FALSE 0.004 249.000 0.000 NA   NA
 5848403 5848404 CCNA_01161 CCNA_01162     FALSE 0.299 72.000 0.031 1.000 N NA
 5848404 5848405 CCNA_01162 CCNA_01163     FALSE 0.002 348.000 0.000 NA   NA
 5848405 5848406 CCNA_01163 CCNA_01164     FALSE 0.038 155.000 0.000 NA   NA
 5848406 5848407 CCNA_01164 CCNA_01165     FALSE 0.256 -21.000 0.000 NA   NA
 5848408 5848409 CCNA_01166 CCNA_01167     TRUE 0.504 0.000 0.000 NA   NA
 5848409 5848410 CCNA_01167 CCNA_01168     TRUE 0.959 0.000 0.000 1.000 Y NA
 5848410 5848411 CCNA_01168 CCNA_01169     FALSE 0.070 96.000 0.000 NA   NA
 5848411 5848412 CCNA_01169 CCNA_01170     FALSE 0.207 19.000 0.000 NA   NA
 5848412 5848413 CCNA_01170 CCNA_R0028     FALSE 0.005 238.000 0.000 NA   NA
 5848414 5848415 CCNA_01171 CCNA_01172 shpA   FALSE 0.159 111.000 0.010 NA   NA
 5848416 5848417 CCNA_01173 CCNA_01174     TRUE 0.674 24.000 0.060 1.000 N NA
 5848418 5848419 CCNA_01175 CCNA_01176     TRUE 0.948 -3.000 0.224 NA   NA
 5848419 5848420 CCNA_01176 CCNA_01177     TRUE 0.970 7.000 0.919 NA   NA
 5848420 5848421 CCNA_01177 CCNA_01178     TRUE 0.897 -16.000 0.309 NA   NA
 5848421 5848422 CCNA_01178 CCNA_01179     TRUE 0.931 0.000 0.139 NA   NA
 5848423 5848424 CCNA_01180 CCNA_01181     FALSE 0.105 93.000 0.000 1.000   NA
 5848425 5848426 CCNA_01182 CCNA_01183     TRUE 0.587 19.000 0.033 1.000   NA
 5848426 5848427 CCNA_01183 CCNA_01184     TRUE 0.753 8.000 0.026 1.000   NA
 5848429 5848430 CCNA_01186 CCNA_01187     FALSE 0.008 218.000 0.000 NA   NA
 5848430 5848431 CCNA_01187 CCNA_01188     TRUE 0.983 -3.000 1.000 NA N NA
 5848431 5848432 CCNA_01188 CCNA_01189     TRUE 0.893 76.000 0.500 NA Y NA
 5848432 5848433 CCNA_01189 CCNA_01190     FALSE 0.469 106.000 0.097 NA   NA
 5848434 5848435 CCNA_01191 CCNA_01192     TRUE 0.957 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5848435 5848436 CCNA_01192 CCNA_01193     TRUE 0.894 -18.000 0.000 1.000 Y NA
 5848436 5848437 CCNA_01193 CCNA_01194     FALSE 0.375 67.000 0.052 1.000 N NA
 5848437 5848438 CCNA_01194 CCNA_01195     FALSE 0.103 151.000 0.000 1.000 N NA
 5848441 5848442 CCNA_01198 CCNA_01199     TRUE 0.971 -3.000 0.000 0.004 Y NA
 5848443 5848444 CCNA_01200 CCNA_01201     TRUE 0.544 68.000 0.222 NA   NA
 5848444 5848445 CCNA_01201 CCNA_01202     TRUE 0.937 -3.000 0.167 NA   NA
 5848445 5848446 CCNA_01202 CCNA_01203     FALSE 0.155 88.000 0.000 1.000 N NA
 5848446 5848447 CCNA_01203 CCNA_01204     FALSE 0.501 75.000 0.111 1.000 N NA
 5848448 5848449 CCNA_01205 CCNA_01206     TRUE 0.988 2.000 0.286 NA Y NA
 5848449 5848450 CCNA_01206 CCNA_01207   yocF TRUE 0.931 -3.000 0.107 NA N NA
 5848450 5848451 CCNA_01207 CCNA_01208 yocF yocG TRUE 0.992 -3.000 0.270 0.029 Y NA
 5848451 5848452 CCNA_01208 CCNA_01209 yocG   TRUE 0.599 10.000 0.000 1.000 N NA
 5848452 5848453 CCNA_01209 CCNA_01210     FALSE 0.017 226.000 0.000 1.000 N NA
 5848454 5848455 CCNA_01211 CCNA_01212     TRUE 0.612 -96.000 0.069 NA   NA
 5848455 5848456 CCNA_01212 CCNA_01213     TRUE 0.635 0.000 0.005 NA   NA
 5848456 5848457 CCNA_01213 CCNA_01214     TRUE 0.982 -3.000 0.631 0.043   NA
 5848457 5848458 CCNA_01214 CCNA_01215     TRUE 0.718 -3.000 0.007 1.000   NA
 5848458 5848459 CCNA_01215 CCNA_01216     FALSE 0.290 106.000 0.027 1.000   NA
 5848460 5848461 CCNA_01217 CCNA_01218     TRUE 0.951 -81.000 0.250 1.000 Y NA
 5848461 5848462 CCNA_01218 CCNA_01219     TRUE 0.976 -3.000 0.694 NA   NA
 5848463 5848464 CCNA_01220 CCNA_01221     TRUE 0.943 4.000 0.191 1.000 N NA
 5848464 5848465 CCNA_01221 CCNA_01222     FALSE 0.331 68.000 0.038 1.000 N NA
 5848465 5848466 CCNA_01222 CCNA_01223     TRUE 0.862 -10.000 0.096 1.000 N NA
 5848466 5848467 CCNA_01223 CCNA_01224     TRUE 0.912 5.000 0.129 1.000   NA
 5848467 5848468 CCNA_01224 CCNA_01225     TRUE 0.970 -3.000 0.500 NA   NA
 5848468 5848469 CCNA_01225 CCNA_01226     TRUE 0.813 2.000 0.036 NA   NA
 5848470 5848471 CCNA_01227 CCNA_01228     TRUE 0.965 -3.000 0.333 NA N NA
 5848473 5848474 CCNA_01230 CCNA_01231     TRUE 0.857 -12.000 0.148 NA   NA
 5848475 5848476 CCNA_01232 CCNA_01233     FALSE 0.258 15.000 0.000 NA   NA
 5848477 5848478 CCNA_01234 CCNA_01235     FALSE 0.446 64.000 0.100 1.000   NA
 5848479 5848480 CCNA_01236 CCNA_01237     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5848480 5848481 CCNA_01237 CCNA_01238     FALSE 0.071 98.000 0.000 NA   NA
 5848481 5848482 CCNA_01238 CCNA_01239     TRUE 0.896 23.000 0.600 1.000   NA
 5848482 5848483 CCNA_01239 CCNA_01240     TRUE 0.990 -3.000 0.308 1.000 Y NA
 5848483 5848484 CCNA_01240 CCNA_01241     FALSE 0.164 91.000 0.008 1.000   NA
 5848484 5848485 CCNA_01241 CCNA_01242     FALSE 0.202 30.000 0.000 1.000   NA
 5848487 5848488 CCNA_01244 CCNA_01245     FALSE 0.002 310.000 0.000 NA   NA
 5848488 5848489 CCNA_01245 CCNA_01246     TRUE 0.924 6.000 0.213 NA   NA
 5848489 5848490 CCNA_01246 CCNA_01247     FALSE 0.494 18.000 0.021 NA   NA
 5848491 5848492 CCNA_01248 CCNA_01249     TRUE 0.973 5.000 0.667 1.000 N NA
 5848492 5848493 CCNA_01249 CCNA_01250     TRUE 0.979 -57.000 0.833 1.000 Y NA
 5848493 5848494 CCNA_01250 CCNA_01251     TRUE 0.995 -3.000 0.833 1.000 Y NA
 5848496 5848497 CCNA_01253 CCNA_01254 dapA smpB TRUE 0.910 0.000 0.058 1.000 N NA
 5848498 5848499 CCNA_01255 CCNA_01256     FALSE 0.001 438.000 0.000 NA   NA
 5848499 5848500 CCNA_01256 CCNA_01257     TRUE 0.944 -3.000 0.202 NA   NA
 5848500 5848501 CCNA_01257 CCNA_01258     TRUE 0.980 -3.000 0.939 NA   NA
 5848502 5848503 CCNA_01259 CCNA_01260     TRUE 0.714 39.000 0.294 NA   NA
 5848503 5848504 CCNA_01260 CCNA_01261     FALSE 0.419 119.000 0.080 NA   NA
 5848504 5848505 CCNA_01261 CCNA_01262   acrB3 TRUE 0.960 0.000 0.260 NA N NA
 5848505 5848506 CCNA_01262 CCNA_01263 acrB3   TRUE 0.845 16.000 0.154 NA N NA
 5848507 5848508 CCNA_01264 CCNA_01265     FALSE 0.075 115.000 0.000 NA   NA
 5848508 5848509 CCNA_01265 CCNA_01266     FALSE 0.072 99.000 0.000 NA   NA
 5848509 5848510 CCNA_01266 CCNA_01267     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5848510 5848511 CCNA_01267 CCNA_01268     FALSE 0.097 78.000 0.000 1.000   NA
 5848512 5848513 CCNA_01269 CCNA_01270     TRUE 0.651 57.000 0.375 NA   NA
 5848513 5848514 CCNA_01270 CCNA_01271     TRUE 0.650 149.000 0.667 NA   NA
 5848515 5848516 CCNA_01272 CCNA_01273     TRUE 0.572 5.000 0.007 NA   NA
 5848516 5848517 CCNA_01273 CCNA_R0029     FALSE 0.158 26.000 0.000 NA   NA
 5848517 5848518 CCNA_R0029 CCNA_01274     FALSE 0.061 77.000 0.000 NA   NA
 5848519 5848520 CCNA_01275 CCNA_01276     TRUE 0.906 0.000 0.054 1.000 N NA
 5848520 5848521 CCNA_01276 CCNA_01277     TRUE 0.957 17.000 0.155 1.000 Y NA
 5848522 5848523 CCNA_01278 CCNA_01279     FALSE 0.488 28.000 0.044 NA   NA
 5848523 5848524 CCNA_01279 CCNA_01280     FALSE 0.410 32.000 0.036 NA   NA
 5848525 5848526 CCNA_01281 CCNA_01282     FALSE 0.170 71.000 0.004 1.000 N NA
 5848526 5848527 CCNA_01282 CCNA_01283     TRUE 0.673 -93.000 0.081 1.000   NA
 5848527 5848528 CCNA_01283 CCNA_01284     TRUE 0.813 -114.000 0.273 1.000   NA
 5848534 5848535 CCNA_01290 CCNA_01291     TRUE 0.968 -3.000 0.455 NA   NA
 5848535 5848536 CCNA_01291 CCNA_01292     TRUE 0.976 -3.000 0.667 NA   NA
 5848539 5848540 CCNA_01295 CCNA_01296     FALSE 0.358 124.000 0.061 NA   NA
 5848540 5848541 CCNA_01296 CCNA_01297     FALSE 0.127 36.000 0.002 NA   NA
 5848542 5848543 CCNA_R0030 CCNA_R0031     FALSE 0.077 111.000 0.000 NA   NA
 5848543 5848544 CCNA_R0031 CCNA_01298     FALSE 0.068 55.000 0.000 NA   NA
 5848544 5848545 CCNA_01298 CCNA_01299     FALSE 0.067 93.000 0.000 NA   NA
 5848545 5848546 CCNA_01299 CCNA_01300   fdhD FALSE 0.031 162.000 0.000 NA   NA
 5848546 5848547 CCNA_01300 CCNA_01301 fdhD   TRUE 0.985 0.000 0.047 0.001 Y NA
 5848547 5848548 CCNA_01301 CCNA_01302     TRUE 0.565 6.000 0.000 NA N NA
 5848548 5848549 CCNA_01302 CCNA_01303     FALSE 0.076 113.000 0.000 NA   NA
 5848549 5848550 CCNA_01303 CCNA_01304     FALSE 0.070 97.000 0.000 NA   NA
 5848550 5848551 CCNA_01304 CCNA_01305   rpsJ FALSE 0.279 14.000 0.000 NA   NA
 5848551 5848552 CCNA_01305 CCNA_01306 rpsJ rplC TRUE 0.979 -22.000 0.307 0.018 Y NA
 5848552 5848553 CCNA_01306 CCNA_01307 rplC rplD TRUE 0.995 0.000 0.486 0.013 Y NA
 5848553 5848554 CCNA_01307 CCNA_01308 rplD rplW TRUE 0.995 0.000 0.513 0.013 Y NA
 5848554 5848555 CCNA_01308 CCNA_01309 rplW rplB TRUE 0.995 4.000 0.849 0.014 Y NA
 5848555 5848556 CCNA_01309 CCNA_01310 rplB rpsS TRUE 0.995 4.000 0.820 0.018 Y NA
 5848556 5848557 CCNA_01310 CCNA_01311 rpsS rplV TRUE 0.987 3.000 0.119 0.018 Y NA
 5848557 5848558 CCNA_01311 CCNA_01312 rplV rpsC TRUE 0.989 0.000 0.109 0.018 Y NA
 5848558 5848559 CCNA_01312 CCNA_01313 rpsC rplP TRUE 0.990 14.000 0.828 0.018 Y NA
 5848559 5848560 CCNA_01313 CCNA_01314 rplP rpmC TRUE 0.994 6.000 0.802 0.013 Y NA
 5848560 5848561 CCNA_01314 CCNA_01315 rpmC rpsQ TRUE 0.993 11.000 0.828 0.013 Y NA
 5848561 5848562 CCNA_01315 CCNA_01316 rpsQ rplN TRUE 0.986 18.000 0.791 0.018 Y NA
 5848562 5848563 CCNA_01316 CCNA_01317 rplN rplX TRUE 0.996 0.000 0.810 0.018 Y NA
 5848563 5848564 CCNA_01317 CCNA_01318 rplX rplE TRUE 0.992 -7.000 0.758 0.013 Y NA
 5848564 5848565 CCNA_01318 CCNA_01319 rplE rpsN TRUE 0.969 22.000 0.309 0.013 Y NA
 5848565 5848566 CCNA_01319 CCNA_01320 rpsN rpsH TRUE 0.969 -64.000 0.295 0.013 Y NA
 5848566 5848567 CCNA_01320 CCNA_01321 rpsH rplF TRUE 0.986 19.000 0.808 0.013 Y NA
 5848567 5848568 CCNA_01321 CCNA_01322 rplF rplR TRUE 0.995 4.000 0.815 0.013 Y NA
 5848568 5848569 CCNA_01322 CCNA_01323 rplR rpsE TRUE 0.993 11.000 0.814 0.018 Y NA
 5848569 5848570 CCNA_01323 CCNA_01324 rpsE rpmD TRUE 0.995 4.000 0.789 0.018 Y NA
 5848570 5848571 CCNA_01324 CCNA_01325 rpmD rplO TRUE 0.838 173.000 0.653 0.002 Y NA
 5848571 5848572 CCNA_01325 CCNA_01326 rplO secY FALSE 0.281 220.000 0.730 1.000 N NA
 5848572 5848573 CCNA_01326 CCNA_01327 secY adk FALSE 0.200 135.000 0.009 1.000 N NA
 5848573 5848574 CCNA_01327 CCNA_01328 adk rpsM FALSE 0.016 247.000 0.006 1.000 N NA
 5848574 5848575 CCNA_01328 CCNA_01329 rpsM rpsK TRUE 0.990 14.000 0.810 0.013 Y NA
 5848575 5848576 CCNA_01329 CCNA_01330 rpsK rpoA TRUE 0.654 78.000 0.308 1.000 N NA
 5848579 5848580 CCNA_01333 CCNA_01334     FALSE 0.027 167.000 0.000 NA   NA
 5848580 5848581 CCNA_01334 CCNA_01335     TRUE 0.978 0.000 0.750 NA   NA
 5848582 5848583 CCNA_01336 CCNA_01337     FALSE 0.096 70.000 0.000 1.000   NA
 5848583 5848584 CCNA_01337 CCNA_01338     FALSE 0.060 71.000 0.000 NA   NA
 5848584 5848585 CCNA_01338 CCNA_01339     TRUE 0.946 -3.000 0.217 NA   NA
 5848585 5848586 CCNA_01339 CCNA_01340     FALSE 0.355 -22.000 0.000 1.000   NA
 5848586 5848587 CCNA_01340 CCNA_01341     FALSE 0.345 93.000 0.037 1.000 N NA
 5848587 5848588 CCNA_01341 CCNA_01342     FALSE 0.419 119.000 0.051 1.000 N NA
 5848588 5848589 CCNA_01342 CCNA_01343     TRUE 0.742 -3.000 0.002 1.000 N NA
 5848589 5848590 CCNA_01343 CCNA_01344     TRUE 0.852 -13.000 0.148 NA   NA
 5848590 5848591 CCNA_01344 CCNA_01345     FALSE 0.033 161.000 0.000 NA   NA
 5848591 5848592 CCNA_01345 CCNA_01346     FALSE 0.037 187.000 0.000 1.000 N NA
 5848592 5848593 CCNA_01346 CCNA_01347     FALSE 0.209 -36.000 0.000 NA   NA
 5848593 5848594 CCNA_01347 CCNA_01348     FALSE 0.006 229.000 0.000 NA   NA
 5848594 5848595 CCNA_01348 CCNA_01349     FALSE 0.003 273.000 0.000 NA   NA
 5848595 5848596 CCNA_01349 CCNA_01350     TRUE 0.878 15.000 0.000 NA Y NA
 5848597 5848598 CCNA_01351 CCNA_01352     TRUE 0.992 1.000 0.464 1.000 Y NA
 5848598 5848599 CCNA_01352 CCNA_01353     FALSE 0.181 109.000 0.000 1.000 N NA
 5848599 5848600 CCNA_01353 CCNA_01354   idhA FALSE 0.003 311.000 0.000 1.000   NA
 5848601 5848602 CCNA_01355 CCNA_01356 iolR iolC FALSE 0.311 129.000 0.029 1.000 N NA
 5848602 5848603 CCNA_01356 CCNA_01357 iolC iolD TRUE 0.837 2.000 0.021 1.000 N NA
 5848603 5848604 CCNA_01357 CCNA_01358 iolD iolE TRUE 0.973 4.000 0.600 1.000 N NA
 5848604 5848605 CCNA_01358 CCNA_01359 iolE iolB TRUE 0.969 -3.000 0.019 1.000 Y NA
 5848605 5848606 CCNA_01359 CCNA_01360 iolB iolA FALSE 0.281 31.000 0.000 1.000 N NA
 5848606 5848607 CCNA_01360 CCNA_01361 iolA   FALSE 0.112 122.000 0.000 1.000   NA
 5848607 5848608 CCNA_01361 CCNA_01362   phoP TRUE 0.965 -3.000 0.344 1.000   NA
 5848608 5848609 CCNA_01362 CCNA_01363 phoP phoQ TRUE 0.995 -3.000 0.963 1.000 Y NA
 5848609 5848610 CCNA_01363 CCNA_01364 phoQ   FALSE 0.015 231.000 0.000 1.000 N NA
 5848611 5848612 CCNA_01365 CCNA_01366 perP   FALSE 0.007 306.000 0.021 NA   NA
 5848613 5848614 CCNA_01367 CCNA_01368     FALSE 0.203 152.000 0.024 1.000 N NA
 5848614 5848615 CCNA_01368 CCNA_01369     TRUE 0.908 61.000 0.323 0.007 Y NA
 5848615 5848616 CCNA_01369 CCNA_01370     FALSE 0.151 27.000 0.000 NA   NA
 5848617 5848618 CCNA_01371 CCNA_01372     FALSE 0.279 102.000 0.035 NA   NA
 5848619 5848620 CCNA_01373 CCNA_01374     TRUE 0.810 -72.000 0.250 NA   NA
 5848620 5848621 CCNA_01374 CCNA_01375     TRUE 0.800 4.000 0.017 1.000 N NA
 5848621 5848622 CCNA_01375 CCNA_01376     FALSE 0.253 34.000 0.000 1.000 N NA
 5848622 5848623 CCNA_01376 CCNA_R0032     FALSE 0.065 89.000 0.000 NA   NA
 5848623 5848624 CCNA_R0032 CCNA_R0033     FALSE 0.060 73.000 0.000 NA   NA
 5848624 5848625 CCNA_R0033 CCNA_R0034     FALSE 0.058 136.000 0.000 NA   NA
 5848627 5848628 CCNA_01378 CCNA_01379   rsaFb FALSE 0.310 110.000 0.019 1.000 N NA
 5848628 5848629 CCNA_01379 CCNA_01380 rsaFb popZ FALSE 0.300 129.000 0.049 NA   NA
 5848629 5848630 CCNA_01380 CCNA_01381 popZ   FALSE 0.250 127.000 0.033 NA   NA
 5848630 5848631 CCNA_01381 CCNA_01382     FALSE 0.006 295.000 0.000 1.000 N NA
 5848631 5848632 CCNA_01382 CCNA_01383     FALSE 0.420 5.000 0.000 NA   NA
 5848636 5848637 CCNA_01387 CCNA_01388     TRUE 0.655 7.000 0.007 NA N NA
 5848637 5848638 CCNA_01388 CCNA_01389     FALSE 0.179 49.000 0.000 1.000 N NA
 5848638 5848639 CCNA_01389 CCNA_01390     FALSE 0.144 76.000 0.000 1.000 N NA
 5848639 5848640 CCNA_01390 CCNA_01391     FALSE 0.246 35.000 0.000 1.000 N NA
 5848640 5848641 CCNA_01391 CCNA_01392     FALSE 0.037 156.000 0.000 NA   NA
 5848642 5848643 CCNA_01393 CCNA_01394     TRUE 0.518 37.000 0.051 1.000 N NA
 5848644 5848645 CCNA_01395 CCNA_01396     FALSE 0.421 75.000 0.091 1.000   NA
 5848645 5848646 CCNA_01396 CCNA_01397     TRUE 0.575 42.000 0.107 1.000   NA
 5848646 5848647 CCNA_01397 CCNA_01398     TRUE 0.653 8.000 0.003 1.000 N NA
 5848648 5848649 CCNA_01399 CCNA_01400     FALSE 0.496 27.000 0.020 1.000 N NA
 5848649 5848650 CCNA_01400 CCNA_01401     FALSE 0.064 130.000 0.000 NA   NA
 5848650 5848651 CCNA_01401 CCNA_01402     FALSE 0.177 -72.000 0.000 NA   NA
 5848652 5848653 CCNA_01403 CCNA_01404 glyQ glyS TRUE 0.994 7.000 0.651 0.001 Y NA
 5848654 5848655 CCNA_01405 CCNA_01406     FALSE 0.008 218.000 0.000 NA   NA
 5848657 5848658 CCNA_01408 CCNA_01409     TRUE 0.784 -3.000 0.007 1.000 N NA
 5848658 5848659 CCNA_01409 CCNA_01410     FALSE 0.188 59.000 0.005 1.000 N NA
 5848661 5848662 CCNA_01412 CCNA_01413     TRUE 0.741 8.000 0.013 1.000 N NA
 5848662 5848663 CCNA_01413 CCNA_01414     TRUE 0.877 9.000 0.041 0.073 N NA
 5848663 5848664 CCNA_01414 CCNA_01415     FALSE 0.337 59.000 0.061 NA   NA
 5848664 5848665 CCNA_01415 CCNA_01416     FALSE 0.466 72.000 0.143 NA   NA
 5848665 5848666 CCNA_01416 CCNA_01417     FALSE 0.208 176.000 0.096 1.000 N NA
 5848668 5848669 CCNA_01419 CCNA_01420     TRUE 0.521 33.000 0.052 NA N NA
 5848669 5848670 CCNA_01420 CCNA_01421     FALSE 0.129 66.000 0.003 NA N NA
 5848670 5848671 CCNA_01421 CCNA_01422   nusB TRUE 0.969 -3.000 0.347 1.000 N NA
 5848671 5848672 CCNA_01422 CCNA_01423 nusB   TRUE 0.859 -40.000 0.225 1.000 N NA
 5848672 5848673 CCNA_01423 CCNA_01424     FALSE 0.086 142.000 0.006 NA   NA
 5848673 5848674 CCNA_01424 CCNA_01425     FALSE 0.005 243.000 0.000 NA   NA
 5848675 5848676 CCNA_01426 CCNA_01427     FALSE 0.009 266.000 0.000 1.000 N NA
 5848677 5848678 CCNA_01428 CCNA_01429     FALSE 0.061 67.000 0.000 NA   NA
 5848678 5848679 CCNA_01429 CCNA_01430     TRUE 0.765 -15.000 0.071 NA   NA
 5848679 5848680 CCNA_01430 CCNA_01431     FALSE 0.097 176.000 0.044 NA   NA
 5848680 5848681 CCNA_01431 CCNA_01432     TRUE 0.994 -3.000 0.380 0.004 Y NA
 5848681 5848682 CCNA_01432 CCNA_01433     FALSE 0.155 215.000 0.207 1.000 N NA
 5848682 5848683 CCNA_01433 CCNA_01434     TRUE 0.950 13.000 0.535 1.000 N NA
 5848683 5848684 CCNA_01434 CCNA_R0035     FALSE 0.062 64.000 0.000 NA   NA
 5848690 5848691 CCNA_01440 CCNA_01441     TRUE 0.990 4.000 0.231 0.013 Y NA
 5848691 5848692 CCNA_01441 CCNA_01442     FALSE 0.383 92.000 0.049 1.000 N NA
 5848693 5848694 CCNA_01443 CCNA_01444     FALSE 0.065 88.000 0.000 NA   NA
 5848695 5848696 CCNA_01445 CCNA_01446     FALSE 0.210 109.000 0.018 NA   NA
 5848696 5848697 CCNA_01446 CCNA_01447     TRUE 0.908 37.000 0.202 1.000 Y NA
 5848697 5848698 CCNA_01447 CCNA_01448   glpX FALSE 0.502 75.000 0.112 1.000 N NA
 5848698 5848699 CCNA_01448 CCNA_01449 glpX   TRUE 0.882 28.000 0.013 0.001 Y NA
 5848699 5848700 CCNA_01449 CCNA_01450   recJ FALSE 0.161 68.000 0.002 1.000 N NA
 5848700 5848701 CCNA_01450 CCNA_R0036 recJ   FALSE 0.064 130.000 0.000 NA   NA
 5848701 5848702 CCNA_R0036 CCNA_R0037     FALSE 0.082 46.000 0.000 NA   NA
 5848702 5848703 CCNA_R0037 CCNA_01451   cspD FALSE 0.021 173.000 0.000 NA   NA
 5848703 5848704 CCNA_01451 CCNA_01452 cspD   TRUE 0.845 -31.000 0.226 NA   NA
 5848704 5848705 CCNA_01452 CCNA_R0038     FALSE 0.061 65.000 0.000 NA   NA
 5848705 5848706 CCNA_R0038 CCNA_01453     FALSE 0.151 27.000 0.000 NA   NA
 5848706 5848707 CCNA_01453 CCNA_R0039     FALSE 0.137 29.000 0.000 NA   NA
 5848708 5848709 CCNA_01454 CCNA_01455     FALSE 0.209 -36.000 0.000 NA   NA
 5848709 5848710 CCNA_01455 CCNA_01456     FALSE 0.011 200.000 0.000 NA   NA
 5848711 5848712 CCNA_01457 CCNA_01458     TRUE 0.978 3.000 1.000 NA   NA
 5848712 5848713 CCNA_01458 CCNA_01459     FALSE 0.483 1.000 0.000 NA   NA
 5848713 5848714 CCNA_01459 CCNA_01460     FALSE 0.060 73.000 0.000 NA   NA
 5848714 5848715 CCNA_01460 CCNA_01461     FALSE 0.074 118.000 0.000 NA   NA
 5848716 5848717 CCNA_01462 CCNA_01463     FALSE 0.030 198.000 0.000 1.000 N NA
 5848717 5848718 CCNA_01463 CCNA_01464     FALSE 0.002 290.000 0.000 NA   NA
 5848721 5848722 CCNA_01467 CCNA_01468 ccoN ccoO TRUE 0.941 9.000 0.135 0.004 N NA
 5848722 5848723 CCNA_01468 CCNA_01469 ccoO ccoQ TRUE 0.964 -3.000 0.143 0.004 N NA
 5848723 5848724 CCNA_01469 CCNA_01470 ccoQ ccoP TRUE 0.972 0.000 0.217 0.004 N NA
 5848724 5848725 CCNA_01470 CCNA_01471 ccoP fixG TRUE 0.978 6.000 0.116 1.000 Y NA
 5848725 5848726 CCNA_01471 CCNA_01472 fixG fixH TRUE 0.922 -3.000 0.092 NA N NA
 5848726 5848727 CCNA_01472 CCNA_01473 fixH fixI TRUE 0.987 -3.000 0.206 NA Y NA
 5848727 5848728 CCNA_01473 CCNA_01474 fixI ccoS TRUE 0.994 -3.000 0.713 NA Y NA
 5848728 5848729 CCNA_01474 CCNA_01475 ccoS ompW FALSE 0.159 131.000 0.007 NA N NA
 5848729 5848730 CCNA_01475 CCNA_01476 ompW ftrB FALSE 0.039 182.000 0.000 1.000 N NA
 5848730 5848731 CCNA_01476 CCNA_01477 ftrB hemN FALSE 0.195 45.000 0.000 1.000 N NA
 5848733 5848734 CCNA_01479 CCNA_01480     TRUE 0.981 -3.000 1.000 NA   NA
 5848734 5848735 CCNA_01480 CCNA_01481     TRUE 0.967 10.000 1.000 NA   NA
 5848737 5848738 CCNA_01483 CCNA_01484     FALSE 0.170 24.000 0.000 NA   NA
 5848739 5848740 CCNA_01485 CCNA_01486     FALSE 0.149 41.000 0.000 1.000   NA
 5848741 5848742 CCNA_01487 CCNA_01488     FALSE 0.062 170.000 0.000 1.000 N NA
 5848742 5848743 CCNA_01488 CCNA_01489     TRUE 0.731 95.000 0.035 1.000 Y NA
 5848743 5848744 CCNA_01489 CCNA_01490     FALSE 0.060 71.000 0.000 NA   NA
 5848745 5848746 CCNA_01491 CCNA_01492     TRUE 0.666 25.000 0.060 1.000 N NA
 5848746 5848747 CCNA_01492 CCNA_01493     FALSE 0.285 74.000 0.027 1.000 N NA
 5848747 5848748 CCNA_01493 CCNA_01494     FALSE 0.125 177.000 0.041 1.000 N NA
 5848748 5848749 CCNA_01494 CCNA_01495     FALSE 0.430 44.000 0.041 1.000 N NA
 5848750 5848751 CCNA_01496 CCNA_01497     TRUE 0.955 3.000 0.004 1.000 Y NA
 5848751 5848752 CCNA_01497 CCNA_01498     FALSE 0.184 102.000 0.006 NA N NA
 5848752 5848753 CCNA_01498 CCNA_01499     TRUE 0.958 11.000 0.065 NA Y NA
 5848753 5848754 CCNA_01499 CCNA_01500     TRUE 0.704 32.000 0.200 NA   NA
 5848755 5848756 CCNA_01501 CCNA_01503     TRUE 0.962 -3.000 0.367 NA   NA
 5848758 5848759 CCNA_01504 CCNA_01505 recG   FALSE 0.156 43.000 0.007 NA   NA
 5848759 5848760 CCNA_01505 CCNA_01506     FALSE 0.431 66.000 0.107 NA   NA
 5848760 5848761 CCNA_01506 CCNA_01507     TRUE 0.986 -3.000 0.150 1.000 Y NA
 5848761 5848762 CCNA_01507 CCNA_01508     TRUE 0.983 5.000 0.100 0.041 Y NA
 5848762 5848763 CCNA_01508 CCNA_01509     FALSE 0.248 84.000 0.015 1.000 N NA
 5848764 5848765 CCNA_01510 CCNA_01511     TRUE 0.880 0.000 0.060 NA   NA
 5848765 5848766 CCNA_01511 CCNA_01512     FALSE 0.113 131.000 0.000 NA N NA
 5848766 5848767 CCNA_01512 CCNA_01513     FALSE 0.007 279.000 0.000 1.000 N NA
 5848767 5848768 CCNA_01513 CCNA_01514     TRUE 0.994 -3.000 0.756 NA Y NA
 5848768 5848769 CCNA_01514 CCNA_01515     TRUE 0.905 -9.000 0.000 NA Y NA
 5848770 5848771 CCNA_01516 CCNA_01517     FALSE 0.092 136.000 0.000 1.000   NA
 5848771 10784564 CCNA_01517 CCNA_04008     TRUE 0.713 -37.000 0.070 1.000   NA
 10784564 5848772 CCNA_04008 CCNA_01518     FALSE 0.146 -505.000 0.000 NA   NA
 5848773 5848774 CCNA_01519 CCNA_01520     TRUE 0.674 32.000 0.154 NA   NA
 5848775 5848776 CCNA_01521 CCNA_01522     FALSE 0.211 99.000 0.020 NA   NA
 5848776 5848777 CCNA_01522 CCNA_01523   flmH FALSE 0.203 109.000 0.010 1.000   NA
 5848777 5848778 CCNA_01523 CCNA_01524 flmH flbA FALSE 0.306 152.000 0.061 1.000 N NA
 5848779 5848780 CCNA_01525 CCNA_01526 flbT flaF TRUE 0.971 -40.000 0.500 NA Y NA
 5848780 5848781 CCNA_01526 CCNA_01527 flaF fljL FALSE 0.086 248.000 0.000 NA Y NA
 5848781 5848782 CCNA_01527 CCNA_01528 fljL fljK FALSE 0.095 277.000 0.000 0.003 Y NA
 5848782 5848783 CCNA_01528 CCNA_01529 fljK   FALSE 0.076 113.000 0.000 NA   NA
 5848783 5848784 CCNA_01529 CCNA_01530     FALSE 0.042 180.000 0.014 NA   NA
 5848784 5848785 CCNA_01530 CCNA_01531     TRUE 0.657 66.000 0.375 1.000   NA
 5848785 5848786 CCNA_01531 CCNA_01532   flaY TRUE 0.639 80.000 0.375 NA   NA
 5848786 5848787 CCNA_01532 CCNA_01533 flaY   TRUE 0.718 62.000 0.625 NA   NA
 5848787 5848788 CCNA_01533 CCNA_01534     TRUE 0.932 18.000 0.833 NA   NA
 5848788 5848789 CCNA_01534 CCNA_01535     FALSE 0.105 257.000 0.429 NA   NA
 5848789 5848790 CCNA_01535 CCNA_01536     TRUE 0.630 51.000 0.286 NA   NA
 5848790 5848791 CCNA_01536 CCNA_R0040     FALSE 0.065 129.000 0.000 NA   NA
 5848795 5848796 CCNA_01540 CCNA_01541     FALSE 0.061 66.000 0.000 NA   NA
 5848797 5848798 CCNA_01542 CCNA_01543     FALSE 0.066 90.000 0.000 NA   NA
 5848799 5848800 CCNA_01544 CCNA_01545     FALSE 0.244 -24.000 0.000 NA   NA
 5848802 5848803 CCNA_01547 CCNA_01548     TRUE 0.710 2.000 0.008 1.000   NA
 5848804 5848805 CCNA_01549 CCNA_01550     TRUE 0.981 0.000 0.390 0.001 N NA
 5848806 5848807 CCNA_01551 CCNA_01552   tipN FALSE 0.302 173.000 0.250 NA   NA
 5848807 5848808 CCNA_01552 CCNA_01553 tipN   FALSE 0.499 15.000 0.015 NA   NA
 5848809 5848810 CCNA_01554 CCNA_01555     TRUE 0.759 87.000 0.057 1.000 Y NA
 5848811 5848812 CCNA_01556 CCNA_01557     FALSE 0.478 108.000 0.066 1.000 N NA
 5848812 5848813 CCNA_01557 CCNA_01558     TRUE 0.892 25.000 0.049 1.000 Y NA
 5848813 5848814 CCNA_01558 CCNA_01559     TRUE 0.655 157.000 0.667 1.000 N NA
 5848814 5848815 CCNA_01559 CCNA_01560     FALSE 0.037 187.000 0.000 1.000 N NA
 5848815 5848816 CCNA_01560 CCNA_01561     FALSE 0.038 155.000 0.000 NA   NA
 5848816 5848817 CCNA_01561 CCNA_01562     FALSE 0.344 -6.000 0.000 NA   NA
 5848817 5848818 CCNA_01562 CCNA_01563     TRUE 0.965 7.000 0.051 1.000 Y NA
 5848819 5848820 CCNA_01564 CCNA_01565     FALSE 0.174 -78.000 0.000 NA   NA
 5848820 5848821 CCNA_01565 CCNA_01566     FALSE 0.002 319.000 0.000 NA   NA
 5848822 5848823 CCNA_01567 CCNA_01568     FALSE 0.095 74.000 0.000 1.000   NA
 5848823 5848824 CCNA_01568 CCNA_01569     FALSE 0.179 112.000 0.000 1.000 N NA
 5848824 5848825 CCNA_01569 CCNA_01570     FALSE 0.145 77.000 0.000 1.000 N NA
 5848826 5848827 CCNA_01571 CCNA_01572     TRUE 0.903 -3.000 0.055 1.000 N NA
 5848827 5848828 CCNA_01572 CCNA_01573     TRUE 0.720 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5848830 5848831 CCNA_01575 CCNA_01576     TRUE 0.628 115.000 0.000 NA Y NA
 5848831 5848832 CCNA_01576 CCNA_01577     TRUE 0.792 28.000 0.250 NA N NA
 5848833 5848834 CCNA_01578 CCNA_01579     FALSE 0.006 262.000 0.000 1.000   NA
 5848834 5848835 CCNA_01579 CCNA_01580     FALSE 0.012 267.000 0.022 NA   NA
 5848835 5848836 CCNA_01580 CCNA_01581     FALSE 0.189 109.000 0.015 NA   NA
 5848836 5848837 CCNA_01581 CCNA_01582     FALSE 0.075 115.000 0.000 NA   NA
 5848838 5848839 CCNA_01583 CCNA_01584     FALSE 0.124 125.000 0.000 NA N NA
 5848839 5848840 CCNA_01584 CCNA_01585     FALSE 0.007 286.000 0.000 1.000 N NA
 5848841 5848842 CCNA_01586 CCNA_01587     TRUE 0.951 -3.000 0.250 NA   NA
 5848842 5848843 CCNA_01587 CCNA_01588     TRUE 0.967 -3.000 0.444 NA   NA
 5848845 5848846 CCNA_01590 CCNA_01591 ligA   TRUE 0.920 -24.000 0.006 0.040 Y NA
 5848846 5848847 CCNA_01591 CCNA_01592     FALSE 0.409 116.000 0.074 NA   NA
 5848848 5848849 CCNA_01593 CCNA_01594     FALSE 0.058 204.000 0.027 1.000 N NA
 5848849 5848850 CCNA_01594 CCNA_01595     FALSE 0.125 40.000 0.003 NA   NA
 5848850 5848851 CCNA_01595 CCNA_01596   uvrD FALSE 0.091 43.000 0.000 NA   NA
 5848851 5848852 CCNA_01596 CCNA_01597 uvrD   FALSE 0.061 70.000 0.000 NA   NA
 5848854 5848855 CCNA_01599 CCNA_01600     FALSE 0.405 6.000 0.000 NA   NA
 5848856 5848857 CCNA_01601 CCNA_01602     FALSE 0.390 127.000 0.077 NA   NA
 5848860 5848861 CCNA_01605 CCNA_01606     TRUE 0.609 11.000 0.017 NA   NA
 5848864 5848865 CCNA_01609 CCNA_01610     FALSE 0.013 242.000 0.000 1.000 N NA
 5848865 5848866 CCNA_01610 CCNA_01611     FALSE 0.129 127.000 0.003 1.000   NA
 5848866 5848867 CCNA_01611 CCNA_01612   mreB FALSE 0.002 354.000 0.000 1.000   NA
 5848867 5848868 CCNA_01612 CCNA_01613 mreB mreC TRUE 0.808 50.000 0.689 1.000 N NA
 5848868 5848869 CCNA_01613 CCNA_01614 mreC   TRUE 0.737 -3.000 0.015 NA   NA
 5848869 5848870 CCNA_01614 CCNA_01615     TRUE 0.915 5.000 0.156 NA   NA
 5848870 5848871 CCNA_01615 CCNA_01616   rodA TRUE 0.931 -3.000 0.094 1.000 N NA
 5848871 5848872 CCNA_01616 CCNA_01617 rodA   TRUE 0.728 0.000 0.000 1.000 N NA
 5848873 5848874 CCNA_01618 CCNA_01619     TRUE 0.936 3.000 0.204 NA   NA
 5848875 5848876 CCNA_01620 CCNA_01621     FALSE 0.379 129.000 0.049 1.000 N NA
 5848876 5848877 CCNA_01621 CCNA_01622   spoT TRUE 0.892 102.000 0.291 1.000 Y NA
 5848881 5848882 CCNA_01626 CCNA_01627   acpS TRUE 0.967 -3.000 0.326 1.000 N NA
 5848882 5848883 CCNA_01627 CCNA_01628 acpS   FALSE 0.325 12.000 0.000 NA   NA
 5848883 5848884 CCNA_01628 CCNA_01629     FALSE 0.070 124.000 0.000 NA   NA
 5848884 5848885 CCNA_01629 CCNA_01630     FALSE 0.433 22.000 0.005 1.000 N NA
 5848886 5848887 CCNA_01631 CCNA_01632     FALSE 0.081 47.000 0.000 NA   NA
 5848888 5848889 CCNA_01633 CCNA_01634 era   TRUE 0.631 -7.000 0.014 1.000   NA
 5848889 5848890 CCNA_01634 CCNA_01635     TRUE 0.725 3.000 0.003 1.000 N NA
 5848890 5848891 CCNA_01635 CCNA_01636     FALSE 0.177 54.000 0.002 1.000 N NA
 5848891 5848892 CCNA_01636 CCNA_01637     FALSE 0.149 62.000 0.000 1.000 N NA
 5848892 5848893 CCNA_01637 CCNA_01638     TRUE 0.754 -3.000 0.003 1.000 N NA
 5848893 5848894 CCNA_01638 CCNA_01639     TRUE 0.740 112.000 0.000 0.004 Y NA
 5848894 5848895 CCNA_01639 CCNA_01640     TRUE 0.736 38.000 0.231 1.000 N NA
 5848895 5848896 CCNA_01640 CCNA_01641     TRUE 0.861 9.000 0.039 0.034   NA
 5848896 5848897 CCNA_01641 CCNA_01642     TRUE 0.818 13.000 0.039 0.034   NA
 5848898 5848899 CCNA_01643 CCNA_01644     FALSE 0.270 101.000 0.014 1.000 N NA
 5848901 5848902 CCNA_01646 CCNA_01647     TRUE 0.981 -3.000 0.029 0.001 Y NA
 5848903 5848904 CCNA_01648 CCNA_01649     TRUE 0.692 -3.000 0.005 1.000   NA
 5848906 5848907 CCNA_01651 CCNA_01652     FALSE 0.437 27.000 0.012 1.000 N NA
 5848907 5848908 CCNA_01652 CCNA_01653     FALSE 0.150 158.000 0.015 1.000 N NA
 5848908 5848909 CCNA_01653 CCNA_01654     TRUE 0.996 -3.000 0.750 0.004 Y NA
 5848909 5848910 CCNA_01654 CCNA_01655     TRUE 0.878 92.000 0.150 0.004 Y NA
 5848911 5848912 CCNA_01656 CCNA_01657     FALSE 0.094 42.000 0.000 NA   NA
 5848913 5848914 CCNA_01658 CCNA_01659     TRUE 0.994 0.000 0.360 0.001 Y NA
 5848918 5848919 CCNA_01662 CCNA_01663     FALSE 0.227 102.000 0.022 NA   NA
 5848919 5848920 CCNA_01663 CCNA_01664     TRUE 0.983 12.000 0.201 0.001 Y NA
 5848920 5848921 CCNA_01664 CCNA_01665     TRUE 0.980 28.000 0.877 0.001 Y NA
 5848921 5848922 CCNA_01665 CCNA_01666     TRUE 0.955 0.000 0.106 0.091 N NA
 5848922 5848923 CCNA_01666 CCNA_01667     TRUE 0.991 8.000 0.695 1.000 Y NA
 5848923 5848924 CCNA_01667 CCNA_01668     FALSE 0.009 264.000 0.000 1.000 N NA
 5848924 5848925 CCNA_01668 CCNA_01669     TRUE 0.989 0.000 0.935 0.001 N NA
 5848925 5848926 CCNA_01669 CCNA_01670     TRUE 0.928 17.000 0.050 1.000 Y NA
 5848926 5848927 CCNA_01670 CCNA_01671     TRUE 0.583 105.000 0.200 NA   NA
 5848928 5848929 CCNA_01672 CCNA_01673     TRUE 0.823 12.000 0.085 NA   NA
 5848929 5848930 CCNA_01673 CCNA_01674     TRUE 0.979 -3.000 0.805 NA   NA
 5848931 5848932 CCNA_01675 CCNA_01676     TRUE 0.781 -3.000 0.023 NA   NA
 5848932 5848933 CCNA_01676 CCNA_01677     FALSE 0.075 102.000 0.000 NA   NA
 5848933 5848934 CCNA_01677 CCNA_01678     TRUE 0.982 1.000 0.097 1.000 Y NA
 5848934 5848935 CCNA_01678 CCNA_01679     TRUE 0.981 -3.000 0.727 1.000 N NA
 5848935 5848936 CCNA_01679 CCNA_01680     TRUE 0.891 -3.000 0.045 1.000 N NA
 5848936 5848937 CCNA_01680 CCNA_01681     TRUE 0.859 -3.000 0.027 1.000 N NA
 5848940 5848941 CCNA_01684 CCNA_01685     FALSE 0.090 165.000 0.020 NA   NA
 5848942 5848943 CCNA_01686 CCNA_01687     TRUE 0.963 -3.000 0.316 NA N NA
 5848943 5848944 CCNA_01687 CCNA_01688     TRUE 0.651 -3.000 0.000 NA N NA
 5848944 5848945 CCNA_01688 CCNA_01689     FALSE 0.158 93.000 0.000 1.000 N NA
 5848945 5848946 CCNA_01689 CCNA_01690     TRUE 0.551 4.000 0.004 NA   NA
 5848946 5848947 CCNA_01690 CCNA_01691     TRUE 0.752 0.000 0.016 NA   NA
 5848947 5848948 CCNA_01691 CCNA_01692     FALSE 0.330 33.000 0.013 NA N NA
 5848949 5848950 CCNA_01693 CCNA_01694     TRUE 0.863 14.000 0.154 1.000   NA
 5848950 5848951 CCNA_01694 CCNA_01695     TRUE 0.809 19.000 0.154 1.000   NA
 5848951 5848952 CCNA_01695 CCNA_01696     FALSE 0.010 205.000 0.000 NA   NA
 5848953 5848954 CCNA_01697 CCNA_01698     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5848956 5848957 CCNA_01700 CCNA_01701     TRUE 0.969 1.000 0.500 NA   NA
 5848957 5848958 CCNA_01701 CCNA_01702     TRUE 0.891 0.000 0.068 NA   NA
 5848958 5848959 CCNA_01702 CCNA_01703     TRUE 0.963 0.000 0.347 NA   NA
 5848959 5848960 CCNA_01703 CCNA_01704     TRUE 0.526 28.000 0.040 NA N NA
 5848962 5848963 CCNA_01706 CCNA_01707     TRUE 0.979 0.000 0.800 NA   NA
 5848963 5848964 CCNA_01707 CCNA_01708     FALSE 0.077 105.000 0.000 NA   NA
 5848965 5848966 CCNA_01709 CCNA_01710     TRUE 0.908 3.000 0.107 NA   NA
 5848966 5848967 CCNA_01710 CCNA_01711     FALSE 0.220 174.000 0.107 NA N NA
 5848967 5848968 CCNA_01711 CCNA_01712     TRUE 0.989 -10.000 1.000 NA Y NA
 5848969 5848970 CCNA_01713 CCNA_01714     FALSE 0.225 48.000 0.005 1.000 N NA
 5848970 5848971 CCNA_01714 CCNA_01715     FALSE 0.102 154.000 0.008 1.000   NA
 5848971 5848972 CCNA_01715 CCNA_01716     FALSE 0.253 37.000 0.015 NA   NA
 5848972 5848973 CCNA_01716 CCNA_01717     TRUE 0.925 13.000 0.400 NA   NA
 5848973 5848974 CCNA_01717 CCNA_01718     TRUE 0.975 0.000 0.625 NA   NA
 5848974 5848975 CCNA_01718 CCNA_01719     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 10784565 5848977 CCNA_04016 CCNA_01721     TRUE 0.890 23.000 0.625 NA   NA
 5848977 5848978 CCNA_01721 CCNA_01722     TRUE 0.905 -31.000 0.500 NA   NA
 5848978 5848979 CCNA_01722 CCNA_01723     FALSE 0.091 93.000 0.003 NA   NA
 5848979 5848980 CCNA_01723 CCNA_01724     FALSE 0.166 153.000 0.026 1.000   NA
 5848980 5848981 CCNA_01724 CCNA_01725     TRUE 0.935 -3.000 0.154 NA   NA
 5848981 5848982 CCNA_01725 CCNA_01726     TRUE 0.558 126.000 0.203 NA   NA
 5848983 5848984 CCNA_01727 CCNA_01728     FALSE 0.073 147.000 0.000 1.000   NA
 5848984 5848985 CCNA_01728 CCNA_01729     FALSE 0.217 49.000 0.013 1.000   NA
 5848985 5848986 CCNA_01729 CCNA_01730     FALSE 0.378 20.000 0.007 1.000   NA
 5848986 5848987 CCNA_01730 CCNA_01731     TRUE 0.924 -3.000 0.101 1.000   NA
 5848987 5848988 CCNA_01731 CCNA_01732     TRUE 0.919 -3.000 0.094 1.000   NA
 5848988 5848989 CCNA_01732 CCNA_01733     FALSE 0.163 74.000 0.003 1.000 N NA
 5848989 5848990 CCNA_01733 CCNA_01734     TRUE 0.506 40.000 0.065 NA N NA
 5848990 5848991 CCNA_01734 CCNA_01735     FALSE 0.116 58.000 0.000 NA N NA
 5848993 5848994 CCNA_01737 CCNA_01738     FALSE 0.023 210.000 0.000 1.000 N NA
 5848994 5848995 CCNA_01738 CCNA_01739     FALSE 0.027 205.000 0.002 1.000 N NA
 5848995 5848996 CCNA_01739 CCNA_01740     TRUE 0.986 14.000 0.499 0.013 Y NA
 5848996 5848997 CCNA_01740 CCNA_01741     TRUE 0.981 15.000 0.319 0.013 Y NA
 5848999 5849000 CCNA_01743 CCNA_01744     TRUE 0.684 74.000 0.444 NA N NA
 5849000 5849001 CCNA_01744 CCNA_01745     FALSE 0.257 72.000 0.019 1.000 N NA
 5849002 5849003 CCNA_01746 CCNA_01747     TRUE 0.979 19.000 0.432 0.004 Y NA
 5849003 5849004 CCNA_01747 CCNA_01748     FALSE 0.266 22.000 0.000 1.000   NA
 5849004 5849005 CCNA_01748 CCNA_01749     FALSE 0.046 165.000 0.000 1.000   NA
 5849005 5849006 CCNA_01749 CCNA_01750     TRUE 0.636 167.000 0.106 1.000 Y NA
 5849006 5849007 CCNA_01750 CCNA_01751     TRUE 0.928 -3.000 0.134 NA   NA
 5849007 5849008 CCNA_01751 CCNA_01752     TRUE 0.852 4.000 0.060 NA   NA
 5849008 5849009 CCNA_01752 CCNA_01753     TRUE 0.913 -7.000 0.276 NA   NA
 5849010 5849011 CCNA_01754 CCNA_01755     FALSE 0.120 113.000 0.000 1.000   NA
 5849011 5849012 CCNA_01755 CCNA_01756     FALSE 0.063 83.000 0.000 NA   NA
 5849012 5849013 CCNA_01756 CCNA_01757     FALSE 0.062 64.000 0.000 NA   NA
 5849013 5849014 CCNA_01757 CCNA_01758     TRUE 0.766 30.000 0.197 1.000 N NA
 5849014 5849015 CCNA_01758 CCNA_01759     TRUE 0.977 -3.000 0.561 1.000 N NA
 5849015 5849016 CCNA_01759 CCNA_01760     FALSE 0.309 167.000 0.112 1.000 N NA
 5849016 5849017 CCNA_01760 CCNA_01761     TRUE 0.887 -7.000 0.153 1.000   NA
 5849017 5849018 CCNA_01761 CCNA_01762     TRUE 0.982 -3.000 0.631 0.041   NA
 5849019 5849020 CCNA_01763 CCNA_01764     TRUE 0.650 121.000 0.230 1.000 N NA
 5849020 5849021 CCNA_01764 CCNA_01765     TRUE 0.712 -3.000 0.012 NA   NA
 5849024 5849025 CCNA_01768 CCNA_01769     FALSE 0.195 54.000 0.019 NA   NA
 5849029 5849030 CCNA_01773 CCNA_01774     FALSE 0.062 79.000 0.000 NA   NA
 5849030 5849031 CCNA_01774 CCNA_01775     TRUE 0.814 161.000 0.230 0.002 Y NA
 5849032 5849033 CCNA_01776 CCNA_01777     FALSE 0.027 202.000 0.000 1.000 N NA
 5849033 5849034 CCNA_01777 CCNA_01778     FALSE 0.180 105.000 0.000 1.000 N NA
 5849035 5849036 CCNA_01779 CCNA_01780     FALSE 0.156 72.000 0.015 NA   NA
 5849036 5849037 CCNA_01780 CCNA_01781     FALSE 0.169 91.000 0.015 NA   NA
 5849037 5849038 CCNA_01781 CCNA_01782     TRUE 0.588 -3.000 0.004 NA   NA
 5849038 5849039 CCNA_01782 CCNA_01783     FALSE 0.137 206.000 0.134 1.000 N NA
 5849039 5849040 CCNA_01783 CCNA_01784     FALSE 0.018 177.000 0.000 NA   NA
 5849040 5849041 CCNA_01784 CCNA_01785     FALSE 0.152 -133.000 0.000 NA   NA
 5849045 5849046 CCNA_01788 CCNA_01789     FALSE 0.016 179.000 0.000 NA   NA
 5849047 5849048 CCNA_01790 CCNA_01791     TRUE 0.509 116.000 0.083 1.000 N NA
 5849048 5849049 CCNA_01791 CCNA_01792     FALSE 0.213 115.000 0.004 1.000 N NA
 5849049 5849050 CCNA_01792 CCNA_01793     FALSE 0.131 124.000 0.003 1.000   NA
 5849052 5849053 CCNA_01795 CCNA_01796     FALSE 0.012 194.000 0.000 NA   NA
 5849053 5849054 CCNA_01796 CCNA_01797     FALSE 0.070 53.000 0.000 NA   NA
 5849056 5849057 CCNA_01799 CCNA_01800     TRUE 0.995 -3.000 0.456 0.001 Y NA
 5849057 5849058 CCNA_01800 CCNA_01801     FALSE 0.405 6.000 0.000 NA   NA
 5849058 5849059 CCNA_01801 CCNA_01802     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5849059 5849060 CCNA_01802 CCNA_01803     FALSE 0.306 13.000 0.000 NA   NA
 5849060 5849061 CCNA_01803 CCNA_01804     TRUE 0.542 19.000 0.013 1.000 N NA
 5849061 5849062 CCNA_01804 CCNA_01805     FALSE 0.241 83.000 0.014 1.000 N NA
 5849062 5849063 CCNA_01805 CCNA_01806     FALSE 0.310 20.000 0.007 NA   NA
 5849064 5849065 CCNA_01807 CCNA_01808     TRUE 0.663 89.000 0.011 1.000 Y NA
 5849066 5849067 CCNA_01809 CCNA_01810     TRUE 0.898 4.000 0.081 NA N NA
 5849068 5849069 CCNA_01811 CCNA_01812     FALSE 0.456 39.000 0.061 NA   NA
 5849070 5849071 CCNA_01813 CCNA_01814     TRUE 0.931 -3.000 0.094 1.000 N NA
 5849071 5849072 CCNA_01814 CCNA_01815     TRUE 0.992 -3.000 0.297 0.079 Y NA
 5849072 5849073 CCNA_01815 CCNA_01816     TRUE 0.875 65.000 0.205 0.079 Y NA
 5849073 5849074 CCNA_01816 CCNA_01817     TRUE 0.995 -3.000 0.533 0.079 Y NA
 5849074 5849075 CCNA_01817 CCNA_01818     TRUE 0.924 1.000 0.085 1.000 N NA
 5849075 5849076 CCNA_01818 CCNA_01819     FALSE 0.438 158.000 0.243 1.000   NA
 5849076 5849077 CCNA_01819 CCNA_01820     TRUE 0.858 13.000 0.115 1.000   NA
 5849078 5849079 CCNA_01821 CCNA_01822 mazG   FALSE 0.286 -37.000 0.004 NA   NA
 5849079 5849080 CCNA_01822 CCNA_01823     FALSE 0.003 278.000 0.000 NA   NA
 5849080 5849081 CCNA_01823 CCNA_01824     FALSE 0.060 76.000 0.000 NA   NA
 5849081 5849082 CCNA_01824 CCNA_01825     FALSE 0.004 264.000 0.000 NA   NA
 5849083 5849084 CCNA_01826 CCNA_01827     TRUE 0.616 66.000 0.003 1.000 Y NA
 5849086 5849087 CCNA_01829 CCNA_01830     TRUE 0.614 135.000 0.250 1.000 N NA
 5849087 5849088 CCNA_01830 CCNA_01831     TRUE 0.684 115.000 0.375 NA   NA
 5849088 5849089 CCNA_01831 CCNA_01832     FALSE 0.015 186.000 0.000 NA   NA
 5849089 5849090 CCNA_01832 CCNA_01833     TRUE 0.856 0.000 0.000 0.015 N NA
 5849091 5849092 CCNA_01834 CCNA_01835     TRUE 0.994 -3.000 0.626 1.000 Y NA
 5849094 5849095 CCNA_01837 CCNA_01838     FALSE 0.001 430.000 0.000 NA   NA
 5849098 5849099 CCNA_01841 CCNA_01842     FALSE 0.114 34.000 0.000 NA   NA
 5849099 5849100 CCNA_01842 CCNA_01843     FALSE 0.063 81.000 0.000 NA   NA
 5849101 5849102 CCNA_01844 CCNA_01845     FALSE 0.004 283.000 0.000 1.000   NA
 5849102 5849103 CCNA_01845 CCNA_01846     TRUE 0.988 -7.000 0.682 1.000 Y NA
 5849103 5849104 CCNA_01846 CCNA_01847     TRUE 0.941 -3.000 0.188 NA   NA
 5849104 5849105 CCNA_01847 CCNA_01848   qoxD TRUE 0.980 -3.000 0.849 NA   NA
 5849105 5849106 CCNA_01848 CCNA_01849 qoxD qoxC TRUE 0.996 -3.000 0.906 0.045 Y NA
 5849106 5849107 CCNA_01849 CCNA_01850 qoxC qoxB TRUE 0.996 3.000 0.847 0.003 Y NA
 5849107 5849108 CCNA_01850 CCNA_01851 qoxB qoxA TRUE 0.987 19.000 0.915 0.003 Y NA
 5849109 5849110 CCNA_01852 CCNA_01853     FALSE 0.067 93.000 0.000 NA   NA
 5849110 5849111 CCNA_01853 CCNA_01854     FALSE 0.049 145.000 0.000 NA   NA
 5849111 5849112 CCNA_01854 CCNA_01855     FALSE 0.152 130.000 0.000 1.000 N NA
 5849112 5849113 CCNA_01855 CCNA_01856     TRUE 0.843 -57.000 0.000 1.000 Y NA
 5849113 5849114 CCNA_01856 CCNA_01857     FALSE 0.253 27.000 0.000 NA N NA
 5849114 5849115 CCNA_01857 CCNA_01858     FALSE 0.199 -42.000 0.000 NA   NA
 5849115 5849116 CCNA_01858 CCNA_01859     FALSE 0.063 83.000 0.000 NA   NA
 5849116 5849117 CCNA_01859 CCNA_01860     TRUE 0.969 3.000 0.500 1.000   NA
 5849117 5849118 CCNA_01860 CCNA_01861     FALSE 0.004 258.000 0.000 NA   NA
 5849119 5849120 CCNA_01862 CCNA_01863     FALSE 0.362 10.000 0.000 NA   NA
 5849121 5849122 CCNA_01864 CCNA_01865     TRUE 0.741 89.000 0.500 1.000 N NA
 5849122 5849123 CCNA_01865 CCNA_01866   acrB4 TRUE 0.982 -3.000 0.857 NA N NA
 5849123 5849124 CCNA_01866 CCNA_01867 acrB4   FALSE 0.193 20.000 0.000 NA   NA
 5849125 5849126 CCNA_01868 CCNA_01869     TRUE 0.972 3.000 0.600 1.000   NA
 5849126 5849127 CCNA_01869 CCNA_01870     TRUE 0.832 109.000 1.000 NA N NA
 5849127 5849128 CCNA_01870 CCNA_01871     FALSE 0.325 12.000 0.000 NA   NA
 5849129 5849130 CCNA_01872 CCNA_01873     FALSE 0.420 5.000 0.000 NA   NA
 5849136 5849137 CCNA_01879 CCNA_01880     FALSE 0.252 77.000 0.000 0.069 N NA
 5849137 5849138 CCNA_01880 CCNA_01881     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5849138 5849139 CCNA_01881 CCNA_01882     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5849139 5849140 CCNA_01882 CCNA_01883     TRUE 0.923 14.000 0.333 1.000 N NA
 5849140 5849141 CCNA_01883 CCNA_01884     TRUE 0.990 8.000 0.333 0.006 Y NA
 5849142 5849143 CCNA_01885 CCNA_01886     FALSE 0.051 174.000 0.000 1.000 N NA
 5849144 5849145 CCNA_01887 CCNA_01888     FALSE 0.064 59.000 0.000 NA   NA
 5849149 5849150 CCNA_01892 CCNA_01893     FALSE 0.258 15.000 0.000 NA   NA
 5849153 5849154 CCNA_01896 CCNA_01897     FALSE 0.003 271.000 0.000 NA   NA
 5849154 5849155 CCNA_01897 CCNA_01898     TRUE 0.929 -3.000 0.139 NA   NA
 5849155 5849156 CCNA_01898 CCNA_01899     TRUE 0.974 -3.000 0.046 NA Y NA
 5849156 5849157 CCNA_01899 CCNA_01900     TRUE 0.971 -3.000 0.254 0.078 N NA
 5849157 5849158 CCNA_01900 CCNA_01901     FALSE 0.166 108.000 0.003 NA N NA
 5849159 5849160 CCNA_R0043 CCNA_01902     FALSE 0.001 369.000 0.000 NA   NA
 5849160 5849161 CCNA_01902 CCNA_01903     TRUE 0.853 -3.000 0.046 NA   NA
 5849161 5849162 CCNA_01903 CCNA_01904     TRUE 0.963 11.000 0.931 NA   NA
 5849162 5849163 CCNA_01904 CCNA_01905     TRUE 0.962 11.000 0.835 NA   NA
 5849163 5849164 CCNA_01905 CCNA_01906     TRUE 0.973 -3.000 0.437 1.000 N NA
 5849165 5849166 CCNA_01907 CCNA_01908     TRUE 0.995 0.000 0.797 1.000 Y NA
 5849166 5849167 CCNA_01908 CCNA_01909     TRUE 0.922 56.000 0.719 NA Y NA
 5849167 5849168 CCNA_01909 CCNA_01910     FALSE 0.007 222.000 0.000 NA   NA
 5849168 5849169 CCNA_01910 CCNA_01911     FALSE 0.058 136.000 0.000 NA   NA
 5849169 5849170 CCNA_01911 CCNA_01912     FALSE 0.012 196.000 0.000 NA   NA
 5849171 5849172 CCNA_01913 CCNA_01914     FALSE 0.123 95.000 0.000 NA N NA
 5849172 5849173 CCNA_01914 CCNA_01915     TRUE 0.982 -3.000 0.088 1.000 Y NA
 5849173 10784566 CCNA_01915 CCNA_04000     TRUE 0.690 -7.000 0.013 1.000 N NA
 5849177 5849178 CCNA_01918 CCNA_01919     FALSE 0.307 82.000 0.029 1.000 N NA
 5849179 5849180 CCNA_01920 CCNA_01921     TRUE 0.867 5.000 0.078 NA   NA
 5849180 5849181 CCNA_01921 CCNA_01922     FALSE 0.170 24.000 0.000 NA   NA
 5849183 5849184 CCNA_01924 CCNA_01925     TRUE 0.791 33.000 0.333 NA N NA
 5849185 5849186 CCNA_01926 CCNA_01927     TRUE 0.602 137.000 0.250 1.000 N NA
 5849187 5849188 CCNA_01928 CCNA_01929     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5849188 5849189 CCNA_01929 CCNA_01930     TRUE 0.969 1.000 0.500 NA   NA
 5849190 5849191 CCNA_01931 CCNA_01932     TRUE 0.970 -3.000 0.375 1.000 N NA
 5849192 5849193 CCNA_01933 CCNA_01934     TRUE 0.775 0.000 0.020 NA   NA
 5849193 5849194 CCNA_01934 CCNA_01935     TRUE 0.929 6.000 0.240 NA   NA
 5849194 5849195 CCNA_01935 CCNA_01936     TRUE 0.936 8.000 0.309 NA   NA
 5849195 5849196 CCNA_01936 CCNA_01937     TRUE 0.956 0.000 0.193 1.000 N NA
 5849196 5849197 CCNA_01937 CCNA_01938     TRUE 0.993 -3.000 0.482 1.000 Y NA
 5849197 5849198 CCNA_01938 CCNA_01939     FALSE 0.329 -7.000 0.000 NA   NA
 5849198 5849199 CCNA_01939 CCNA_01940     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5849199 5849200 CCNA_01940 CCNA_01941     TRUE 0.941 0.000 0.109 1.000 N NA
 5849200 5849201 CCNA_01941 CCNA_01942     TRUE 0.946 -3.000 0.168 NA N NA
 5849203 5849204 CCNA_01944 CCNA_01945     FALSE 0.167 98.000 0.000 1.000 N NA
 5849205 5849206 CCNA_01946 CCNA_01947     FALSE 0.217 128.000 0.008 1.000 N NA
 5849206 5849207 CCNA_01947 CCNA_01948     FALSE 0.018 234.000 0.004 1.000 N NA
 5849207 5849208 CCNA_01948 CCNA_01949     TRUE 0.935 -19.000 0.053 NA Y NA
 5849209 5849210 CCNA_01950 CCNA_01951     FALSE 0.342 79.000 0.041 1.000 N NA
 5849210 5849211 CCNA_01951 CCNA_01952     TRUE 0.806 161.000 0.396 1.000 Y NA
 5849211 5849212 CCNA_01952 CCNA_01953     FALSE 0.001 366.000 0.000 NA   NA
 5849213 5849214 CCNA_01954 CCNA_01955     FALSE 0.246 143.000 0.039 1.000   NA
 5849214 5849215 CCNA_01955 CCNA_01956     TRUE 0.669 25.000 0.079 1.000   NA
 5849216 5849217 CCNA_01957 CCNA_01958 thiG thiS TRUE 0.774 145.000 0.130 1.000 Y NA
 5849218 5849219 CCNA_01959 CCNA_01960     FALSE 0.349 61.000 0.042 1.000 N NA
 5849219 5849220 CCNA_01960 CCNA_01961     TRUE 0.986 6.000 0.153 0.002 Y NA
 5849220 5849221 CCNA_01961 CCNA_01962     TRUE 0.558 100.000 0.114 1.000 N NA
 5849222 5849223 CCNA_01963 CCNA_01964     TRUE 0.584 59.000 0.260 NA   NA
 5849223 5849224 CCNA_01964 CCNA_01965     TRUE 0.504 0.000 0.000 NA   NA
 5849225 5849226 CCNA_01966 CCNA_01967     FALSE 0.212 72.000 0.029 NA   NA
 5849226 5849227 CCNA_01967 CCNA_01968     FALSE 0.069 95.000 0.000 NA   NA
 5849228 5849229 CCNA_01969 CCNA_01970     FALSE 0.179 122.000 0.002 1.000 N NA
 5849230 5849231 CCNA_01971 CCNA_01972     TRUE 0.929 0.000 0.106 1.000   NA
 5849233 5849234 CCNA_01974 CCNA_01975     TRUE 0.950 9.000 0.019 1.000 Y NA
 5849234 5849235 CCNA_01975 CCNA_01976     TRUE 0.990 -3.000 0.293 1.000 Y NA
 5849235 5849236 CCNA_01976 CCNA_01977     FALSE 0.164 96.000 0.000 1.000 N NA
 5849236 5849237 CCNA_01977 CCNA_01978     FALSE 0.237 51.000 0.000 0.069   NA
 5849237 5849238 CCNA_01978 CCNA_01979     FALSE 0.155 138.000 0.011 1.000   NA
 5849239 5849240 CCNA_01980 CCNA_01981     FALSE 0.169 28.000 0.002 NA   NA
 5849241 5849242 CCNA_01982 CCNA_01983     TRUE 0.518 68.000 0.127 1.000 N NA
 5849243 5849244 CCNA_01984 CCNA_01985     TRUE 0.894 -3.000 0.061 1.000   NA
 5849244 5849245 CCNA_01985 CCNA_01986     FALSE 0.125 86.000 0.003 1.000   NA
 5849245 5849246 CCNA_01986 CCNA_01987     TRUE 0.939 -3.000 0.173 NA   NA
 5849246 5849247 CCNA_01987 CCNA_01988     TRUE 0.952 10.000 0.552 NA   NA
 5849247 5849248 CCNA_01988 CCNA_01989     TRUE 0.963 -3.000 0.264 1.000 N NA
 5849248 5849249 CCNA_01989 CCNA_01990     TRUE 0.951 3.000 0.212 1.000 N NA
 5849249 5849250 CCNA_01990 CCNA_01991     TRUE 0.773 54.000 0.060 1.000 Y NA
 5849250 5849251 CCNA_01991 CCNA_01992     TRUE 0.982 3.000 0.123 1.000 Y NA
 5849251 5849252 CCNA_01992 CCNA_01993   mmpA TRUE 0.959 18.000 0.204 1.000 Y NA
 5849252 5849253 CCNA_01993 CCNA_01994 mmpA   TRUE 0.910 -58.000 0.568 1.000 N NA
 5849253 5849254 CCNA_01994 CCNA_01995     TRUE 0.980 -12.000 0.372 1.000 Y NA
 5849254 5849255 CCNA_01995 CCNA_01996     TRUE 0.969 -40.000 0.400 1.000 Y NA
 5849255 5849256 CCNA_01996 CCNA_01997     TRUE 0.732 52.000 0.409 1.000 N NA
 5849256 5849257 CCNA_01997 CCNA_01998     TRUE 0.894 27.000 0.626 1.000 N NA
 5849257 5849258 CCNA_01998 CCNA_01999     FALSE 0.386 178.000 0.416 1.000 N NA
 5849258 5849259 CCNA_01999 CCNA_02000     TRUE 0.911 140.000 0.748 1.000 Y NA
 5849261 5849262 CCNA_02002 CCNA_02003     FALSE 0.049 168.000 0.002 1.000   NA
 5849262 5849263 CCNA_02003 CCNA_02004     FALSE 0.108 36.000 0.000 NA   NA
 5849265 5849266 CCNA_02006 CCNA_02007     TRUE 0.958 -7.000 0.620 1.000 N NA
 5849266 5849267 CCNA_02007 CCNA_02008     TRUE 0.924 0.000 0.076 1.000 N NA
 5849267 5849268 CCNA_02008 CCNA_02009     TRUE 0.504 0.000 0.000 NA   NA
 5849268 5849269 CCNA_02009 CCNA_02010     FALSE 0.207 19.000 0.000 NA   NA
 5849269 5849270 CCNA_02010 CCNA_02011     TRUE 0.941 0.000 0.172 NA   NA
 5849270 5849271 CCNA_02011 CCNA_02012     TRUE 0.518 109.000 0.105 1.000   NA
 5849271 5849272 CCNA_02012 CCNA_02013     TRUE 0.913 0.000 0.080 1.000   NA
 5849272 5849273 CCNA_02013 CCNA_02014     TRUE 0.919 -3.000 0.071 1.000 N NA
 5849273 5849274 CCNA_02014 CCNA_02015   nuoN TRUE 0.967 2.000 0.372 1.000 N NA
 5849274 5849275 CCNA_02015 CCNA_02016 nuoN nuoM TRUE 0.989 -7.000 0.453 0.005 Y NA
 5849275 5849276 CCNA_02016 CCNA_02017 nuoM nuoL TRUE 0.992 -3.000 0.251 0.005 Y NA
 5849276 5849277 CCNA_02017 CCNA_02018 nuoL nuoK TRUE 0.991 9.000 0.451 0.005 Y NA
 5849277 5849278 CCNA_02018 CCNA_02019 nuoK nuoJ TRUE 0.995 -3.000 0.484 0.002 Y NA
 5849278 5849279 CCNA_02019 CCNA_02020 nuoJ nuoI TRUE 0.940 47.000 0.442 0.005 Y NA
 5849279 5849280 CCNA_02020 CCNA_02021 nuoI   FALSE 0.079 142.000 0.004 NA   NA
 5849280 5849281 CCNA_02021 CCNA_02022   nuoH TRUE 0.666 0.000 0.008 NA   NA
 5849281 5849282 CCNA_02022 CCNA_02023 nuoH nuoG TRUE 0.993 5.000 0.515 0.005 Y NA
 5849282 5849283 CCNA_02023 CCNA_02024 nuoG nuoF TRUE 0.991 6.000 0.395 0.005 Y NA
 5849283 5849284 CCNA_02024 CCNA_02025 nuoF   TRUE 0.578 4.000 0.006 NA   NA
 5849284 5849285 CCNA_02025 CCNA_02026     TRUE 0.981 -3.000 1.000 NA   NA
 5849285 5849286 CCNA_02026 CCNA_02027   nuoE TRUE 0.599 2.000 0.005 NA   NA
 5849286 5849287 CCNA_02027 CCNA_02028 nuoE   TRUE 0.710 -3.000 0.012 NA   NA
 5849287 5849288 CCNA_02028 CCNA_02029   nuoD TRUE 0.776 -3.000 0.021 NA   NA
 5849288 5849289 CCNA_02029 CCNA_02030 nuoD   FALSE 0.460 3.000 0.000 NA   NA
 5849289 5849290 CCNA_02030 CCNA_02031   nuoC FALSE 0.181 22.000 0.000 NA   NA
 5849290 5849291 CCNA_02031 CCNA_02032 nuoC nuoB TRUE 0.993 -3.000 0.262 0.002 Y NA
 5849291 5849292 CCNA_02032 CCNA_02033 nuoB nuoA TRUE 0.981 -30.000 0.396 0.002 Y NA
 5849293 5849294 CCNA_R0045 CCNA_R0046     FALSE 0.061 65.000 0.000 NA   NA
 5849294 5849295 CCNA_R0046 CCNA_02034     FALSE 0.064 59.000 0.000 NA   NA
 5849296 5849297 CCNA_02035 CCNA_R0047     FALSE 0.002 303.000 0.000 NA   NA
 5849297 5849298 CCNA_R0047 CCNA_02036     FALSE 0.078 107.000 0.000 NA   NA
 5849298 5849299 CCNA_02036 CCNA_02037     FALSE 0.177 144.000 0.010 1.000 N NA
 5849303 5849304 CCNA_02041 CCNA_02042 clpP   TRUE 0.748 169.000 0.351 1.000 Y NA
 5849304 5849305 CCNA_02042 CCNA_R0048     FALSE 0.016 179.000 0.000 NA   NA
 5849305 5849306 CCNA_R0048 CCNA_02043     FALSE 0.085 45.000 0.000 NA   NA
 5849306 5849307 CCNA_02043 CCNA_02044     TRUE 0.932 10.000 0.008 NA Y NA
 5849307 5849308 CCNA_02044 CCNA_02045     TRUE 0.809 6.000 0.027 1.000 N NA
 5849309 5849310 CCNA_02046 CCNA_02047     TRUE 0.873 44.000 0.145 1.000 Y NA
 5849310 5849311 CCNA_02047 CCNA_02048     FALSE 0.152 130.000 0.000 1.000 N NA
 5849313 5849314 CCNA_02050 CCNA_02051     TRUE 0.997 0.000 0.874 0.001 Y NA
 5849314 5849315 CCNA_02051 CCNA_02052     FALSE 0.039 199.000 0.006 1.000 N NA
 5849315 5849316 CCNA_02052 CCNA_02053     FALSE 0.003 278.000 0.000 NA   NA
 5849317 5849318 CCNA_02054 CCNA_02055     FALSE 0.105 128.000 0.000 1.000   NA
 5849318 5849319 CCNA_02055 CCNA_02056     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5849320 5849321 CCNA_02057 CCNA_02058     TRUE 0.964 -3.000 0.378 NA   NA
 5849322 5849323 CCNA_02059 CCNA_02060     TRUE 0.926 -3.000 0.083 1.000 N NA
 5849325 5849326 CCNA_02062 CCNA_02063     FALSE 0.484 83.000 0.117 1.000   NA
 5849326 5849327 CCNA_02063 CCNA_02064     FALSE 0.417 101.000 0.064 1.000   NA
 5849329 5849330 CCNA_02066 CCNA_02067     FALSE 0.234 72.000 0.035 NA   NA
 5849330 5849331 CCNA_02067 CCNA_02068     FALSE 0.202 96.000 0.020 NA   NA
 5849331 5849332 CCNA_02068 CCNA_02069     TRUE 0.752 0.000 0.016 NA   NA
 5849332 5849333 CCNA_02069 CCNA_02070     TRUE 0.983 1.000 0.044 0.001 Y NA
 5849333 5849334 CCNA_02070 CCNA_02071     TRUE 0.664 158.000 0.099 NA Y NA
 5849335 5849336 CCNA_02072 CCNA_02073     FALSE 0.060 75.000 0.000 NA   NA
 5849336 5849337 CCNA_02073 CCNA_02074     TRUE 0.528 6.000 0.000 1.000   NA
 5849338 5849339 CCNA_02075 CCNA_02076     FALSE 0.487 93.000 0.089 1.000 N NA
 5849339 5849340 CCNA_02076 CCNA_02077     TRUE 0.939 -3.000 0.147 1.000   NA
 5849340 5849341 CCNA_02077 CCNA_02078   serS TRUE 0.889 -3.000 0.058 1.000   NA
 5849341 5849342 CCNA_02078 CCNA_02079 serS   FALSE 0.098 40.000 0.000 NA   NA
 5849342 5849343 CCNA_02079 CCNA_02080     FALSE 0.009 211.000 0.000 NA   NA
 5849343 5849344 CCNA_02080 CCNA_02081     TRUE 0.963 -3.000 0.014 NA Y NA
 5849344 5849345 CCNA_02081 CCNA_02082     TRUE 0.749 85.000 0.016 0.007 Y NA
 5849345 5849346 CCNA_02082 CCNA_02083   scpB FALSE 0.362 134.000 0.060 NA N NA
 5849346 5849347 CCNA_02083 CCNA_02084 scpB   TRUE 0.972 -3.000 0.570 NA   NA
 5849347 5849348 CCNA_02084 CCNA_02085     TRUE 0.916 -3.000 0.103 NA   NA
 5849348 5849349 CCNA_02085 CCNA_02086     TRUE 0.740 -3.000 0.016 NA   NA
 5849349 5849350 CCNA_02086 CCNA_02087     FALSE 0.072 170.000 0.018 NA   NA
 5849353 5849354 CCNA_02090 CCNA_02091     FALSE 0.390 40.000 0.046 NA   NA
 5849360 5849361 CCNA_02097 CCNA_02098     FALSE 0.308 89.000 0.051 NA   NA
 5849362 5849363 CCNA_02099 CCNA_02100     FALSE 0.073 119.000 0.000 NA   NA
 5849364 5849365 CCNA_02101 CCNA_02102     TRUE 0.739 8.000 0.033 NA   NA
 5849366 5849367 CCNA_02103 CCNA_02104     TRUE 0.929 0.000 0.130 NA   NA
 5849367 5849368 CCNA_02104 CCNA_02105     FALSE 0.248 62.000 0.037 NA   NA
 5849368 5849369 CCNA_02105 CCNA_02106     FALSE 0.003 275.000 0.000 NA   NA
 5849369 5849370 CCNA_02106 CCNA_02107     FALSE 0.074 117.000 0.000 NA   NA
 5849370 5849371 CCNA_02107 CCNA_02108     FALSE 0.070 53.000 0.000 NA   NA
 5849371 5849372 CCNA_02108 CCNA_02109   thiC FALSE 0.200 49.000 0.003 1.000 N NA
 5849372 5849373 CCNA_02109 CCNA_02110 thiC   FALSE 0.006 232.000 0.000 NA   NA
 5849373 5849374 CCNA_02110 CCNA_02111     TRUE 0.862 12.000 0.133 NA   NA
 5849375 5849376 CCNA_02112 CCNA_02113     TRUE 0.784 12.000 0.038 1.000 N NA
 5849379 5849380 CCNA_02116 CCNA_02117     FALSE 0.075 115.000 0.000 NA   NA
 5849380 5849381 CCNA_02117 CCNA_02118     FALSE 0.063 83.000 0.000 NA   NA
 5849381 5849382 CCNA_02118 CCNA_02119     FALSE 0.420 5.000 0.000 NA   NA
 5849382 5849383 CCNA_02119 CCNA_02120     FALSE 0.251 -22.000 0.000 NA   NA
 5849384 5849385 CCNA_02121 CCNA_02122     TRUE 0.968 -3.000 0.460 NA   NA
 5849385 5849386 CCNA_02122 CCNA_02123     FALSE 0.002 336.000 0.000 NA   NA
 5849387 5849388 CCNA_02124 CCNA_02125   podJ FALSE 0.005 244.000 0.000 NA   NA
 5849391 5849392 CCNA_02128 CCNA_02129     TRUE 0.682 73.000 0.000 0.006 Y NA
 5849393 5849394 CCNA_02130 CCNA_02131   celD TRUE 0.847 20.000 0.000 1.000 Y NA
 5849394 5849395 CCNA_02131 CCNA_02132 celD   FALSE 0.006 298.000 0.000 1.000 N NA
 5849395 5849396 CCNA_02132 CCNA_02133   glk FALSE 0.153 86.000 0.000 1.000 N NA
 5849396 5849397 CCNA_02133 CCNA_02134 glk edd TRUE 0.941 15.000 0.058 1.000 Y NA
 5849397 5849398 CCNA_02134 CCNA_02135 edd pgl TRUE 0.982 7.000 0.202 1.000 Y NA
 5849398 5849399 CCNA_02135 CCNA_02136 pgl zwf TRUE 0.985 3.000 0.163 1.000 Y NA
 5849399 5849400 CCNA_02136 CCNA_02137 zwf   FALSE 0.004 282.000 0.000 1.000   NA
 5849400 5849401 CCNA_02137 CCNA_02138     TRUE 0.952 10.000 0.556 NA   NA
 5849401 5849402 CCNA_02138 CCNA_02139   pflI TRUE 0.977 -3.000 0.714 NA   NA
 5849402 5849403 CCNA_02139 CCNA_02140 pflI fliM TRUE 0.786 -3.000 0.024 NA   NA
 5849403 5849404 CCNA_02140 CCNA_02141 fliM fliL TRUE 0.963 28.000 0.323 0.001 Y NA
 5849405 5849406 CCNA_02142 CCNA_02143 flgF flgG TRUE 0.981 14.000 0.235 0.001 Y NA
 5849406 5849407 CCNA_02143 CCNA_02144 flgG flgA TRUE 0.964 5.000 0.043 NA Y NA
 5849407 5849408 CCNA_02144 CCNA_02145 flgA flgH TRUE 0.937 13.000 0.035 NA Y NA
 5849408 5849409 CCNA_02145 CCNA_02146 flgH   FALSE 0.066 57.000 0.000 NA   NA
 5849409 5849410 CCNA_02146 CCNA_02147     FALSE 0.072 99.000 0.000 NA   NA
 5849410 5849411 CCNA_02147 CCNA_02148     FALSE 0.060 75.000 0.000 NA   NA
 5849412 5849413 CCNA_02149 CCNA_02150 dxs   TRUE 0.941 18.000 0.088 1.000 Y NA
 5849413 5849414 CCNA_02150 CCNA_02151     TRUE 0.549 38.000 0.062 1.000 N NA
 5849414 5849415 CCNA_02151 CCNA_02152     FALSE 0.071 98.000 0.000 NA   NA
 5849415 5849416 CCNA_02152 CCNA_02153     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5849417 5849418 CCNA_02154 CCNA_02155     FALSE 0.070 169.000 0.015 NA   NA
 5849419 5849420 CCNA_02156 CCNA_02157     TRUE 0.941 12.000 0.500 NA   NA
 5849421 5849422 CCNA_02158 CCNA_02159     FALSE 0.495 -3.000 0.000 NA   NA
 5849427 5849428 CCNA_02164 CCNA_02165     FALSE 0.322 63.000 0.044 NA N NA
 5849428 5849429 CCNA_02165 CCNA_02166     TRUE 0.796 -3.000 0.015 NA N NA
 5849429 5849430 CCNA_02166 CCNA_02167     FALSE 0.156 44.000 0.000 NA N NA
 5849433 5849434 CCNA_02170 CCNA_02171     FALSE 0.268 63.000 0.020 1.000 N NA
 5849435 5849436 CCNA_02172 CCNA_02173     TRUE 0.989 -3.000 0.250 1.000 Y NA
 5849436 5849437 CCNA_02173 CCNA_02174     TRUE 0.970 21.000 0.500 1.000 Y NA
 5849439 5849440 CCNA_02176 CCNA_02177     FALSE 0.062 79.000 0.000 NA   NA
 5849440 5849441 CCNA_02177 CCNA_02178     FALSE 0.062 64.000 0.000 NA   NA
 5849441 5849442 CCNA_02178 CCNA_02179     FALSE 0.120 231.000 0.000 1.000 Y NA
 5849443 5849444 CCNA_02180 CCNA_02181     FALSE 0.103 88.000 0.000 1.000   NA
 5849444 5849445 CCNA_02181 CCNA_02182     TRUE 0.714 -3.000 0.007 1.000   NA
 5849446 5849447 CCNA_02183 CCNA_02184     TRUE 0.729 -3.000 0.014 NA   NA
 5849447 5849448 CCNA_02184 CCNA_02185     FALSE 0.001 407.000 0.000 NA   NA
 5849448 5849449 CCNA_02185 CCNA_02186     TRUE 0.914 43.000 0.146 0.001 Y NA
 5849449 5849451 CCNA_02186 CCNA_R0049     FALSE 0.024 171.000 0.000 NA   NA
 5849450 5849452 CCNA_R0049 CCNA_02187     FALSE 0.001 406.000 0.000 NA   NA
 5849451 5849450 CCNA_R0049 CCNA_R0049     FALSE 0.171 -82.000 0.000 NA   NA
 5849452 5849453 CCNA_02187 CCNA_02188     TRUE 0.869 -3.000 0.055 NA   NA
 5849453 5849454 CCNA_02188 CCNA_02189     TRUE 0.881 8.000 0.108 NA   NA
 5849454 5849455 CCNA_02189 CCNA_02190     FALSE 0.465 79.000 0.108 1.000   NA
 5849455 5849456 CCNA_02190 CCNA_02191     TRUE 0.621 81.000 0.333 NA   NA
 5849457 5849458 CCNA_02192 CCNA_02193     FALSE 0.446 -42.000 0.018 NA   NA
 5849459 5849460 CCNA_02194 CCNA_02195     TRUE 0.569 8.000 0.003 1.000   NA
 5849461 5849462 CCNA_02196 CCNA_02197     FALSE 0.065 89.000 0.000 NA   NA
 5849462 5849463 CCNA_02197 CCNA_02198     TRUE 0.571 1.000 0.004 NA   NA
 5849465 5849466 CCNA_02200 CCNA_02201     FALSE 0.112 63.000 0.000 NA N NA
 5849468 5849469 CCNA_02203 CCNA_02204     FALSE 0.054 139.000 0.000 NA   NA
 5849469 5849470 CCNA_02204 CCNA_02205     FALSE 0.003 281.000 0.000 NA   NA
 5849471 5849472 CCNA_02206 CCNA_02207     FALSE 0.163 77.000 0.017 NA   NA
 5849472 5849473 CCNA_02207 CCNA_02208     FALSE 0.151 119.000 0.003 NA N NA
 5849475 5849476 CCNA_02210 CCNA_02211     FALSE 0.066 92.000 0.000 NA   NA
 5849476 5849477 CCNA_02211 CCNA_02212     FALSE 0.063 83.000 0.000 NA   NA
 5849480 5849481 CCNA_02215 CCNA_02216     TRUE 0.954 7.000 0.429 1.000   NA
 5849481 5849482 CCNA_02216 CCNA_02217     TRUE 0.512 122.000 0.143 NA   NA
 5849482 5849483 CCNA_02217 CCNA_02218     FALSE 0.177 99.000 0.015 NA   NA
 5849485 5849486 CCNA_02220 CCNA_02221     FALSE 0.018 223.000 0.000 1.000 N NA
 5849486 5849487 CCNA_02221 CCNA_02222     FALSE 0.419 178.000 0.008 0.001 Y NA
 5849487 5849488 CCNA_02222 CCNA_02223     TRUE 0.975 -3.000 0.571 1.000   NA
 5849488 5849489 CCNA_02223 CCNA_02224     TRUE 0.771 -3.000 0.014 1.000   NA
 5849489 5849490 CCNA_02224 CCNA_02225     TRUE 0.950 -3.000 0.160 1.000 N NA
 5849490 5849491 CCNA_02225 CCNA_02226     FALSE 0.165 44.000 0.008 NA   NA
 5849491 5849492 CCNA_02226 CCNA_02227     FALSE 0.124 32.000 0.000 NA   NA