MicrobesOnline Operon Predictions for Ralstonia solanacearum IPO1609

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 10335784 10335785 RSIPO_04519 RSIPO_04520     TRUE 0.640 56.000 0.154 NA   NA
 10335785 10335786 RSIPO_04520 RSIPO_04521   repA FALSE 0.031 821.000 0.000 0.062   NA
 10335788 10335789 RSIPO_04523 RSIPO_04524     TRUE 0.705 21.000 0.000 NA   NA
 10335789 10335790 RSIPO_04524 RSIPO_04525     TRUE 0.830 60.000 0.727 NA   NA
 10335790 10335791 RSIPO_04525 RSIPO_04526     FALSE 0.080 542.000 0.434 NA   NA
 10335792 10335793 RSIPO_04527 RSIPO_04527a     FALSE 0.198 82.000 0.000 NA   NA
 10335793 10335794 RSIPO_04527a RSIPO_04529     FALSE 0.108 197.000 0.000 NA   NA
 10335797 10335798 RSIPO_04533 RSIPO_04534 rplC rplD TRUE 0.997 12.000 0.486 0.011 Y NA
 10335798 10335799 RSIPO_04534 RSIPO_04535 rplD rplW TRUE 0.997 -3.000 0.513 1.000 Y NA
 10335799 10335800 RSIPO_04535 RSIPO_04536 rplW rplB TRUE 0.997 3.000 0.849 1.000 Y NA
 10335800 10335801 RSIPO_04536 RSIPO_04537 rplB rpsS TRUE 0.996 23.000 0.820 0.015 Y NA
 10335801 10335802 RSIPO_04537 RSIPO_04538 rpsS rplV TRUE 0.998 10.000 0.769 0.015 Y NA
 10335802 10335803 RSIPO_04538 RSIPO_04539 rplV rpsC TRUE 0.998 10.000 0.719 0.015 Y NA
 10335806 10335807 RSIPO_04543 RSIPO_04544 kefC   TRUE 0.962 -61.000 0.240 1.000   NA
 10335808 10335809 RSIPO_04545 RSIPO_04546     FALSE 0.087 212.000 0.000 NA   NA
 10335809 10335810 RSIPO_04546 RSIPO_04547     FALSE 0.350 151.000 0.069 NA   NA
 10335811 10335812 RSIPO_04548 RSIPO_04550     TRUE 0.802 -126.000 0.000 NA   NA
 10335812 10335813 RSIPO_04550 RSIPO_04551     TRUE 0.805 -91.000 0.000 NA   NA
 10335821 10335822 RSIPO_03105 RSIPO_03106     FALSE 0.005 1522.000 0.000 NA   NA
 10335823 10335824 RSIPO_03107 RSIPO_03108     TRUE 0.996 25.000 0.667 0.005 Y NA
 10335824 10335825 RSIPO_03108 RSIPO_03109     TRUE 0.998 -3.000 0.750 1.000 Y NA
 10335825 10335826 RSIPO_03109 RSIPO_03110     TRUE 0.990 -3.000 0.500 NA   NA
 10335826 10335827 RSIPO_03110 RSIPO_03111     TRUE 0.993 0.000 1.000 NA   NA
 10335827 10335828 RSIPO_03111 RSIPO_03112     TRUE 0.990 -3.000 0.500 NA   NA
 10335828 10335829 RSIPO_03112 RSIPO_03113     TRUE 0.914 -3.000 0.000 NA   NA
 10335829 10335830 RSIPO_03113 RSIPO_03114     TRUE 0.914 -3.000 0.000 NA   NA
 10335830 10335831 RSIPO_03114 RSIPO_03115   pme FALSE 0.006 881.000 0.000 1.000 N NA
 10335833 10335834 RSIPO_03117 RSIPO_03118     FALSE 0.018 427.000 0.000 NA   NA
 10335834 10335835 RSIPO_03118 RSIPO_03119     FALSE 0.192 142.000 0.000 NA   NA
 10335835 10335836 RSIPO_03119 RSIPO_03120     FALSE 0.059 255.000 0.000 NA   NA
 10335839 10335840 RSIPO_03125 RSIPO_03126     FALSE 0.058 257.000 0.000 NA   NA
 10335840 10335841 RSIPO_03126 RSIPO_03127     TRUE 0.797 -172.000 0.000 NA   NA
 10335841 10335842 RSIPO_03127 RSIPO_03128     FALSE 0.005 1150.000 0.000 NA   NA
 10335842 10335843 RSIPO_03128 RSIPO_03129     TRUE 0.974 -25.000 0.000 0.008   NA
 10335843 10335844 RSIPO_03129 RSIPO_03130     TRUE 0.966 -361.000 0.000 0.008   NA
 10335846 10335847 RSIPO_03132 RSIPO_03133     FALSE 0.061 442.000 0.154 NA   NA
 10335847 10335848 RSIPO_03133 RSIPO_03134     FALSE 0.168 160.000 0.000 NA   NA
 10335848 10335849 RSIPO_03134 RSIPO_03136     FALSE 0.024 375.000 0.000 NA   NA
 10335854 10335855 RSIPO_03142 RSIPO_03143     TRUE 0.929 -55.000 0.100 NA   NA
 10335856 10335857 RSIPO_03144 RSIPO_03145     TRUE 0.991 -3.000 0.600 NA   NA
 10335857 10335858 RSIPO_03145 RSIPO_03146   prpR FALSE 0.365 51.000 0.000 NA   NA
 10335859 10335860 RSIPO_03147 RSIPO_03148 prpB2 prpC TRUE 0.559 38.000 0.013 1.000 N NA
 10335860 10335861 RSIPO_03148 RSIPO_03149 prpC acnA2 TRUE 0.836 110.000 0.289 1.000 Y NA
 10335861 10335862 RSIPO_03149 RSIPO_03150 acnA2   TRUE 0.993 -3.000 0.733 NA   NA
 10335863 10335864 RSIPO_03151 RSIPO_03152     FALSE 0.009 613.000 0.000 NA   NA
 10335864 10335865 RSIPO_03152 RSIPO_03153     FALSE 0.126 296.000 0.118 NA   NA
 10335865 10335866 RSIPO_03153 RSIPO_03154     FALSE 0.038 307.000 0.000 NA   NA
 10335866 10335867 RSIPO_03154 RSIPO_03155     TRUE 0.889 129.000 0.500 1.000 Y NA
 10335867 10335868 RSIPO_03155 RSIPO_03156     FALSE 0.013 490.000 0.000 NA   NA
 10335868 10335869 RSIPO_03156 RSIPO_03157     FALSE 0.017 434.000 0.000 NA   NA
 10335869 10335870 RSIPO_03157 RSIPO_03158     TRUE 0.992 -3.000 0.727 NA   NA
 10335870 10335871 RSIPO_03158 RSIPO_03159     TRUE 0.987 8.000 0.739 NA   NA
 10335871 10335872 RSIPO_03159 RSIPO_03160     FALSE 0.396 60.000 0.019 1.000   NA
 10335874 10335875 RSIPO_03162 RSIPO_03163 modA   FALSE 0.056 260.000 0.000 NA   NA
 10335876 10335877 RSIPO_03164 RSIPO_03165     TRUE 0.987 5.000 0.667 NA   NA
 10335877 10335878 RSIPO_03165 RSIPO_03166     FALSE 0.013 489.000 0.000 NA   NA
 10335881 10335882 RSIPO_03169 RSIPO_03170 ripA   FALSE 0.060 254.000 0.000 NA   NA
 10335882 10335883 RSIPO_03170 RSIPO_03171     FALSE 0.223 222.000 0.118 NA   NA
 10335883 10335884 RSIPO_03171 RSIPO_03172     FALSE 0.052 266.000 0.000 NA   NA
 10335885 10335886 RSIPO_03173 RSIPO_03174     TRUE 0.692 170.000 0.115 NA Y NA
 10335886 10335887 RSIPO_03174 RSIPO_03175     FALSE 0.384 128.000 0.088 NA N NA
 10335887 10335888 RSIPO_03175 RSIPO_03176     TRUE 0.450 62.000 0.059 NA   NA
 10335888 10335889 RSIPO_03176 RSIPO_03177     TRUE 0.990 -3.000 0.545 NA   NA
 10335889 10335890 RSIPO_03177 RSIPO_03178   kgtP1 FALSE 0.061 247.000 0.000 1.000 N NA
 10335891 10335892 RSIPO_03179 RSIPO_03180     FALSE 0.028 348.000 0.000 NA   NA
 10335892 10335893 RSIPO_03180 RSIPO_03181     TRUE 0.756 30.000 0.054 NA   NA
 10335893 10335894 RSIPO_03181 RSIPO_03182     TRUE 0.960 -3.000 0.049 1.000   NA
 10335894 10335895 RSIPO_03182 RSIPO_03183     TRUE 0.978 27.000 0.378 1.000 Y NA
 10335895 10335896 RSIPO_03183 RSIPO_03184     TRUE 0.997 2.000 0.742 1.000 Y NA
 10335896 10335897 RSIPO_03184 RSIPO_03187     TRUE 0.989 -3.000 0.484 1.000 N NA
 10335897 10335898 RSIPO_03187 RSIPO_03185     TRUE 0.983 -3.000 0.220 1.000   NA
 10335898 10335899 RSIPO_03185 RSIPO_03188     TRUE 0.562 151.000 0.000 0.047   NA
 10335899 10335900 RSIPO_03188 RSIPO_03189     TRUE 0.965 2.000 0.087 1.000   NA
 10335902 10335903 RSIPO_03191 RSIPO_03192     FALSE 0.229 134.000 0.000 1.000   NA
 10335903 10335904 RSIPO_03192 RSIPO_03193     TRUE 0.989 -3.000 0.483 NA   NA
 10335904 10335905 RSIPO_03193 RSIPO_03194     TRUE 0.903 24.000 0.194 NA   NA
 10335906 10335907 RSIPO_03195 RSIPO_03196   norB TRUE 0.930 -27.000 0.083 NA   NA
 10335907 10335908 RSIPO_03196 RSIPO_03197 norB   FALSE 0.015 454.000 0.000 NA   NA
 10335908 10335909 RSIPO_03197 RSIPO_03198     FALSE 0.022 389.000 0.000 NA   NA
 10335909 10335910 RSIPO_03198 RSIPO_03199     FALSE 0.201 133.000 0.000 NA   NA
 10335910 10335911 RSIPO_03199 RSIPO_03200   cheY2 FALSE 0.015 508.000 0.000 1.000   NA
 10335911 10335912 RSIPO_03200 RSIPO_03201 cheY2 cheZ2 TRUE 0.996 6.000 0.667 1.000 Y NA
 10335913 10335914 RSIPO_03202 RSIPO_03203     FALSE 0.081 239.000 0.000 1.000   NA
 10335915 10335916 RSIPO_03204 RSIPO_03205     TRUE 0.649 57.000 0.182 1.000 N NA
 10335919 10335920 RSIPO_03208 RSIPO_03209 mntH1   TRUE 0.639 55.000 0.143 NA   NA
 10335920 10335921 RSIPO_03209 RSIPO_03210     TRUE 0.492 169.000 0.250 NA   NA
 10335925 10335926 RSIPO_03213 RSIPO_03214     TRUE 0.466 53.000 0.033 NA   NA
 10335928 10335929 RSIPO_03216 RSIPO_03217     TRUE 0.998 -3.000 0.154 0.023 Y NA
 10335929 10335930 RSIPO_03217 RSIPO_03218     TRUE 0.986 8.000 0.085 1.000 Y NA
 10335930 10335931 RSIPO_03218 RSIPO_03219     TRUE 0.997 11.000 0.617 0.061 Y NA
 10335931 10335932 RSIPO_03219 RSIPO_03220     TRUE 0.888 97.000 0.558 1.000 Y NA
 10335932 10335933 RSIPO_03220 RSIPO_03221     FALSE 0.018 426.000 0.000 1.000 N NA
 10335933 10335934 RSIPO_03221 RSIPO_03222     TRUE 0.678 167.000 0.667 NA   NA
 10335936 10335937 RSIPO_03224 RSIPO_03225 dctD1 dctB1 TRUE 0.997 -7.000 0.269 0.099 Y NA
 10335937 10335938 RSIPO_03225 RSIPO_03226 dctB1 kgtP2 TRUE 0.927 13.000 0.115 1.000 N NA
 10335938 10335939 RSIPO_03226 RSIPO_03227 kgtP2 galU2 FALSE 0.046 279.000 0.000 1.000 N NA
 10335939 10335940 RSIPO_03227 RSIPO_03228 galU2   FALSE 0.063 248.000 0.000 NA   NA
 10335940 10335941 RSIPO_03228 RSIPO_03229   parB FALSE 0.042 296.000 0.000 NA   NA
 10335941 10335942 RSIPO_03229 RSIPO_03230 parB parA TRUE 0.994 -3.000 0.917 1.000 N NA
 10335943 10335944 RSIPO_03231 RSIPO_03232     FALSE 0.005 2480.000 0.000 1.000   NA
 10335946 10335947 RSIPO_03235 RSIPO_03236     FALSE 0.032 335.000 0.000 NA   NA
 10335947 10335948 RSIPO_03236 RSIPO_03237     FALSE 0.014 473.000 0.000 NA   NA
 10335949 10335950 RSIPO_03238 RSIPO_03239   rpoN2 FALSE 0.290 139.000 0.020 1.000   NA
 10335951 10335952 RSIPO_03240 RSIPO_03241     TRUE 0.712 76.000 0.500 NA   NA
 10335954 10335955 RSIPO_03243 RSIPO_03244     FALSE 0.035 319.000 0.000 NA   NA
 10335955 10335956 RSIPO_03244 RSIPO_03245     TRUE 0.446 110.000 0.125 NA   NA
 10335957 10335958 RSIPO_03246 RSIPO_03247     TRUE 0.734 114.000 0.667 NA   NA
 10335960 10335961 RSIPO_04884 RSIPO_03250     TRUE 0.989 -3.000 0.000 0.004   NA
 10335961 10335962 RSIPO_03250 RSIPO_03251     TRUE 0.991 5.000 1.000 NA   NA
 10335964 10335965 RSIPO_03253 RSIPO_03254     TRUE 0.977 3.000 0.205 1.000   NA
 10335966 10335967 RSIPO_03255 RSIPO_03256     FALSE 0.099 203.000 0.000 NA   NA
 10335967 10335968 RSIPO_03256 RSIPO_03257     FALSE 0.353 52.000 0.000 NA   NA
 10335968 10335969 RSIPO_03257 RSIPO_03259     TRUE 0.977 -189.000 0.000 0.001   NA
 10335972 10335973 RSIPO_03262 RSIPO_03263     TRUE 0.612 50.000 0.081 NA   NA
 10335973 10335974 RSIPO_03263 RSIPO_03264     TRUE 0.695 53.000 0.162 1.000   NA
 10335974 10335975 RSIPO_03264 RSIPO_04907     FALSE 0.027 356.000 0.000 NA   NA
 10335975 10335976 RSIPO_04907 RSIPO_03265     FALSE 0.013 495.000 0.000 NA   NA
 10335976 10335977 RSIPO_03265 RSIPO_03266     TRUE 0.940 14.000 0.176 NA   NA
 10335977 10335978 RSIPO_03266 RSIPO_03267     TRUE 0.990 -3.000 0.500 NA   NA
 10335978 10335979 RSIPO_03267 RSIPO_03268     FALSE 0.245 67.000 0.000 NA   NA
 10335979 10335980 RSIPO_03268 RSIPO_03269     TRUE 0.991 -3.000 0.600 NA   NA
 10335980 10335981 RSIPO_03269 RSIPO_03270     TRUE 0.991 -3.000 0.600 1.000 N NA
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