MicrobesOnline Operon Predictions for Mycobacterium bovis BCG str. Tokyo 172

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 7603398 7603399 JTY_0001 JTY_0002 dnaA dnaN FALSE 0.086 528.000 0.328 1.000 Y NA
 7603399 7603400 JTY_0002 JTY_0003 dnaN recF TRUE 0.933 20.000 0.318 1.000 Y NA
 7603400 7603401 JTY_0003 JTY_0004 recF   TRUE 0.956 -3.000 0.099 NA   NA
 7603401 7603402 JTY_0004 JTY_0005   gyrB FALSE 0.114 126.000 0.022 NA   NA
 7603402 7603403 JTY_0005 JTY_0006 gyrB gyrA TRUE 0.951 35.000 0.306 0.001 Y NA
 7603403 7603404 JTY_0006 JTY_0007 gyrA   FALSE 0.171 96.000 0.009 NA   NA
 7603404 7603405 JTY_0007 JTY_t0001   ileT FALSE 0.153 59.000 0.000 NA   NA
 7603405 7603406 JTY_t0001 JTY_t0002 ileT alaT FALSE 0.041 152.000 0.000 NA   NA
 7603409 7603410 JTY_0010 JTY_0011     FALSE 0.124 156.000 0.181 NA   NA
 7603411 7603412 JTY_0012 JTY_0013   trpG FALSE 0.372 37.000 0.098 NA   NA
 7603413 7603414 JTY_0014 JTY_0015 pknB pknA TRUE 0.999 -3.000 0.426 0.005 Y NA
 7603414 7603415 JTY_0015 JTY_0016 pknA pbpA TRUE 0.989 -3.000 0.574 1.000 N NA
 7603415 7603416 JTY_0016 JTY_0017 pbpA rodA TRUE 0.970 -3.000 0.250 1.000 N NA
 7603416 7603417 JTY_0017 JTY_0018 rodA ppp TRUE 0.951 -3.000 0.145 1.000 N NA
 7603417 7603418 JTY_0018 JTY_0019 ppp   TRUE 0.747 89.000 0.216 NA Y NA
 7603418 7603419 JTY_0019 JTY_0020   TB39.8 FALSE 0.154 124.000 0.069 NA   NA
 7603421 7603422 JTY_0021 JTY_0022   whiB5 FALSE 0.082 142.000 0.000 1.000   NA
 7603423 7603424 JTY_0023 JTY_0024     TRUE 0.991 -3.000 0.600 NA   NA
 7603424 7603425 JTY_0024 JTY_0025     FALSE 0.181 -258.000 0.000 NA   NA
 7603425 7603426 JTY_0025 JTY_0026     FALSE 0.179 38.000 0.000 NA   NA
 7603426 7603427 JTY_0026 JTY_0027     TRUE 0.680 115.000 1.000 NA   NA
 7603427 7603428 JTY_0027 JTY_0028     TRUE 0.737 38.000 0.600 NA   NA
 7603428 7603429 JTY_0028 JTY_0029     TRUE 0.973 8.000 0.800 NA   NA
 7603429 7603430 JTY_0029 JTY_0030     FALSE 0.012 238.000 0.000 NA   NA
 7603430 7603431 JTY_0030 JTY_0031     TRUE 0.801 70.000 1.000 NA   NA
 7603431 7603432 JTY_0031 JTY_0032     FALSE 0.211 29.000 0.000 NA   NA
 7603432 7603433 JTY_0032 JTY_0033   bioF2 FALSE 0.003 501.000 0.000 NA   NA
 7603433 7603434 JTY_0033 JTY_0034 bioF2 acpA TRUE 0.807 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7603434 7603435 JTY_0034 JTY_0035 acpA   TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7603435 7603436 JTY_0035 JTY_0036   fadD34 TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7603437 7603438 JTY_0037 JTY_0038     FALSE 0.396 48.000 0.174 NA   NA
 7603440 7603441 JTY_0040 JTY_0041   mtc28 TRUE 0.769 82.000 0.875 NA   NA
 7603443 7603444 JTY_0043 JTY_0044     FALSE 0.487 159.000 0.000 0.036 Y NA
 7603444 7603445 JTY_0044 JTY_0045     FALSE 0.264 133.000 0.412 NA N NA
 7603445 7603446 JTY_0045 JTY_0046     TRUE 0.728 16.000 0.235 NA   NA
 7603446 7603447 JTY_0046 JTY_0047   ino1 FALSE 0.259 82.000 0.059 NA   NA
 7603447 7603448 JTY_0047 JTY_0048 ino1   TRUE 0.623 61.000 0.608 NA N NA
 7603448 7603449 JTY_0048 JTY_0049     FALSE 0.264 101.000 0.122 NA   NA
 7603450 7603451 JTY_0050 JTY_0051   ponA1 FALSE 0.014 419.000 0.200 NA   NA
 7603451 7603452 JTY_0051 JTY_0052 ponA1   TRUE 0.970 -3.000 0.204 NA   NA
 7603452 7603453 JTY_0052 JTY_0053     FALSE 0.357 32.000 0.061 NA   NA
 7603453 7603454 JTY_0053 JTY_0054   rpsF FALSE 0.021 219.000 0.002 NA   NA
 7603454 7603455 JTY_0054 JTY_0055 rpsF ssb FALSE 0.131 104.000 0.029 1.000 N NA
 7603455 7603456 JTY_0055 JTY_0056 ssb rpsR1 FALSE 0.207 42.000 0.030 1.000 N NA
 7603456 7603457 JTY_0056 JTY_0057 rpsR1 rplI TRUE 0.955 33.000 0.499 0.018 Y NA
 7603457 7603458 JTY_0057 JTY_0058 rplI   FALSE 0.211 29.000 0.000 NA   NA
 7603458 7603459 JTY_0058 JTY_0059   dnaB FALSE 0.302 -21.000 0.000 NA   NA
 7603459 7603460 JTY_0059 JTY_0060 dnaB   FALSE 0.027 180.000 0.000 NA   NA
 7603460 7603461 JTY_0060 JTY_0061     TRUE 0.768 17.000 0.317 NA   NA
 7603461 7603462 JTY_0061 JTY_0062     FALSE 0.254 24.000 0.000 NA   NA
 7603462 7603463 JTY_0062 JTY_0063   celA1 FALSE 0.055 136.000 0.000 NA   NA
 7603463 7603464 JTY_0063 JTY_0064 celA1   FALSE 0.007 229.000 0.000 1.000 N NA
 7603464 7603465 JTY_0064 JTY_0065     FALSE 0.017 258.000 0.000 1.000   NA
 7603465 7603466 JTY_0065 JTY_0066     FALSE 0.228 67.000 0.000 1.000   NA
 7603466 7603467 JTY_0066 JTY_0067     FALSE 0.483 -7.000 0.000 NA   NA
 7603468 7603469 JTY_0068 JTY_0069 icd2   FALSE 0.041 118.000 0.000 1.000 N NA
 7603471 7603472 JTY_0071 JTY_0072 sdaA glyA2 TRUE 0.994 -3.000 0.118 1.000 Y NA
 7603473 7603474 JTY_0073 JTY_0074     FALSE 0.002 431.000 0.000 1.000 N NA
 7603474 7603475 JTY_0074 JTY_0075     TRUE 0.989 3.000 1.000 1.000 N NA
 7603475 7603476 JTY_0075 JTY_0076     FALSE 0.076 80.000 0.000 1.000 N NA
 7603476 7603477 JTY_0076 JTY_0077     FALSE 0.287 13.000 0.000 1.000 N NA
 7603478 7603479 JTY_0078 JTY_0079     FALSE 0.147 64.000 0.000 NA   NA
 7603481 7603482 JTY_0081 JTY_0082     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7603483 7603484 JTY_0083 JTY_0084     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7603484 7603485 JTY_0084 JTY_0085     FALSE 0.194 95.000 0.000 1.000   NA
 7603485 7603486 JTY_0085 JTY_0086     TRUE 0.815 5.000 0.043 1.000 N NA
 7603486 7603487 JTY_0086 JTY_0087     TRUE 0.997 -3.000 0.085 0.008 Y NA
 7603487 7603488 JTY_0087 JTY_0088   hycD TRUE 0.996 0.000 0.398 1.000 Y NA
 7603488 7603489 JTY_0088 JTY_0089 hycD hycP TRUE 0.985 11.000 0.679 NA Y NA
 7603489 7603490 JTY_0089 JTY_0090 hycP hycQ TRUE 0.998 0.000 0.864 NA Y NA
 7603490 7603491 JTY_0090 JTY_0091 hycQ hycE TRUE 0.999 -3.000 0.659 0.008 Y NA
 7603491 7603492 JTY_0091 JTY_0092 hycE   FALSE 0.186 35.000 0.000 NA   NA
 7603492 7603493 JTY_0092 JTY_0093     FALSE 0.038 157.000 0.000 NA   NA
 7603493 7603494 JTY_0093 JTY_0094     FALSE 0.066 129.000 0.000 NA   NA
 7603494 7603495 JTY_0094 JTY_0095   mtn FALSE 0.003 434.000 0.000 NA   NA
 7603495 7603496 JTY_0095 JTY_0096 mtn ctpA FALSE 0.033 132.000 0.000 1.000 N NA
 7603497 7603498 JTY_0097 JTY_0098     FALSE 0.162 47.000 0.000 NA   NA
 7603498 7603499 JTY_0098 JTY_0099     FALSE 0.187 -229.000 0.000 NA   NA
 7603500 7603501 JTY_0100 JTY_0101 PPE1   FALSE 0.436 19.000 0.167 NA N NA
 7603501 7603502 JTY_0101 JTY_0102     TRUE 0.989 -3.000 0.500 NA   NA
 7603502 7603503 JTY_0102 JTY_0103   fadD10 TRUE 0.966 5.000 0.444 NA   NA
 7603503 7603504 JTY_0103 JTY_0104 fadD10   TRUE 0.986 5.000 0.800 1.000   NA
 7603504 7603505 JTY_0104 JTY_0105   nrp TRUE 0.817 -18.000 0.364 1.000   NA
 7603505 7603506 JTY_0105 JTY_0106 nrp   FALSE 0.029 175.000 0.000 NA   NA
 7603511 7603512 JTY_0111 JTY_0112 ctpI   FALSE 0.005 354.000 0.000 NA   NA
 7603513 7603514 JTY_0113 JTY_0114 PE_PGRS1   FALSE 0.106 148.000 0.091 NA   NA
 7603514 7603515 JTY_0114 JTY_0115     FALSE 0.045 181.000 0.000 1.000   NA
 7603515 7603516 JTY_0115 JTY_0116   gca FALSE 0.004 282.000 0.000 1.000 N NA
 7603516 7603517 JTY_0116 JTY_0117 gca gmhA FALSE 0.078 74.000 0.000 1.000 N NA
 7603517 7603518 JTY_0117 JTY_0118 gmhA   FALSE 0.111 32.000 0.000 1.000 N NA
 7603518 7603519 JTY_0118 JTY_0119     TRUE 0.927 0.000 0.000 1.000   NA
 7603524 7603525 JTY_0124 JTY_0125 fusA2b   FALSE 0.121 136.000 0.009 1.000   NA
 7603526 7603527 JTY_0126 JTY_0127     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7603527 7603528 JTY_0127 JTY_0128   PE_PGRS2 FALSE 0.006 309.000 0.000 NA   NA
 7603528 7603529 JTY_0128 JTY_0129 PE_PGRS2 pepA FALSE 0.041 152.000 0.000 NA   NA
 7603529 7603530 JTY_0129 JTY_0130 pepA treS FALSE 0.096 109.000 0.013 1.000 N NA
 7603530 7603531 JTY_0130 JTY_0131 treS   TRUE 0.645 103.000 0.071 NA Y NA
 7603531 7603532 JTY_0131 JTY_0132     FALSE 0.333 68.000 0.136 NA   NA
 7603535 7603536 JTY_0135 JTY_0136 fadE1 fgd2 FALSE 0.416 42.000 0.286 NA N NA
 7603537 7603538 JTY_0137 JTY_0138     FALSE 0.004 420.000 0.000 NA   NA
 7603538 7603539 JTY_0138 JTY_0139     TRUE 0.880 0.000 0.000 NA   NA
 7603539 7603540 JTY_0139 JTY_0140     TRUE 0.836 2.000 0.000 NA   NA
 7603544 7603545 JTY_0144 JTY_0145     TRUE 0.985 1.000 0.538 NA   NA
 7603545 7603546 JTY_0145 JTY_0146     FALSE 0.253 61.000 0.034 NA   NA
 7603550 7603551 JTY_0150 JTY_0151     FALSE 0.550 89.000 0.571 NA N NA
 7603551 7603552 JTY_0151 JTY_0152     TRUE 0.901 43.000 0.556 NA Y NA
 7603552 7603553 JTY_0152 JTY_0153     FALSE 0.463 95.000 0.444 NA N NA
 7603553 7603554 JTY_0153 JTY_0154     TRUE 0.755 75.000 0.875 1.000 N NA
 7603554 7603555 JTY_0154 JTY_0155     TRUE 0.968 7.000 0.700 1.000 N NA
 7603556 7603557 JTY_0156 JTY_0157   PE1 FALSE 0.003 591.000 0.000 NA   NA
 7603557 7603558 JTY_0157 JTY_0158 PE1 PE2 TRUE 0.599 10.000 0.000 NA   NA
 7603558 7603559 JTY_0158 JTY_0159 PE2 ptbB FALSE 0.010 259.000 0.000 NA   NA
 7603559 7603560 JTY_0159 JTY_0160 ptbB fadE2 TRUE 0.948 2.000 0.226 1.000 N NA
 7603561 7603562 JTY_0161 JTY_0162 pntAa pntAb TRUE 0.997 1.000 0.829 0.001   NA
 7603562 7603563 JTY_0162 JTY_0163 pntAb pntB TRUE 0.995 -3.000 0.321 0.001   NA
 7603563 7603564 JTY_0163 JTY_0164 pntB   FALSE 0.003 306.000 0.000 1.000 N NA
 7603565 7603566 JTY_0165 JTY_0166 PE3 PE4 FALSE 0.124 92.000 0.000 NA   NA
 7603569 7603570 JTY_0169 JTY_0170   TB18.5 FALSE 0.240 54.000 0.020 NA   NA
 7603572 7603573 JTY_0172 JTY_0173 fadD5 yrbE1A FALSE 0.166 204.000 0.000 NA Y NA
 7603573 7603574 JTY_0173 JTY_0174 yrbE1A yrbE1B TRUE 0.998 2.000 1.000 NA Y NA
 7603574 7603575 JTY_0174 JTY_0175 yrbE1B mce1A TRUE 0.996 5.000 1.000 NA Y NA
 7603575 7603576 JTY_0175 JTY_0176 mce1A mce1B TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.008 Y NA
 7603576 7603577 JTY_0176 JTY_0177 mce1B mce1C TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.008 Y NA
 7603577 7603578 JTY_0177 JTY_0178 mce1C mce1D TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.008 Y NA
 7603578 7603579 JTY_0178 JTY_0179 mce1D lprK TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.008 Y NA
 7603579 7603580 JTY_0179 JTY_0180 lprK mce1F TRUE 0.995 -6.000 0.800 0.008 Y NA
 7603580 7603581 JTY_0180 JTY_0181 mce1F   FALSE 0.560 36.000 0.286 NA   NA
 7603581 7603582 JTY_0181 JTY_0182     TRUE 0.993 -3.000 0.750 NA   NA
 7603582 7603583 JTY_0182 JTY_0183     TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 7603583 7603584 JTY_0183 JTY_0184     TRUE 0.885 -33.000 1.000 NA   NA
 7603585 7603586 JTY_0185 JTY_0186 lprO   FALSE 0.520 80.000 0.333 NA   NA
 7603586 7603587 JTY_0186 JTY_0187     FALSE 0.221 27.000 0.000 NA   NA
 7603587 7603588 JTY_0187 JTY_0188   sigG FALSE 0.343 17.000 0.000 NA   NA
 7603589 7603590 JTY_0189 JTY_0190     FALSE 0.327 42.000 0.068 NA   NA
 7603590 7603591 JTY_0190 JTY_0191     TRUE 0.991 -3.000 0.600 NA   NA
 7603591 7603592 JTY_0191 JTY_0192   bglS FALSE 0.510 45.000 0.273 NA   NA
 7603592 7603593 JTY_0192 JTY_0193 bglS   FALSE 0.008 361.000 0.000 1.000   NA
 7603593 7603594 JTY_0193 JTY_0194     FALSE 0.075 119.000 0.000 NA   NA
 7603596 7603597 JTY_0196 JTY_0197     FALSE 0.172 128.000 0.125 NA   NA
 7603597 7603598 JTY_0197 JTY_0198     FALSE 0.556 77.000 0.375 NA   NA
 7603600 7603601 JTY_0200 JTY_0201     FALSE 0.002 438.000 0.000 1.000 N NA
 7603601 7603602 JTY_0201 JTY_0202     FALSE 0.328 113.000 0.000 0.058   NA
 7603602 7603603 JTY_0202 JTY_0203     TRUE 0.981 0.000 0.276 1.000   NA
 7603605 7603606 JTY_0205 JTY_0206     TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 7603607 7603608 JTY_0207 JTY_0208   mmpL11 TRUE 0.994 -3.000 0.750 1.000   NA
 7603612 7603613 JTY_0212 JTY_0213 mmpL3   FALSE 0.416 66.000 0.217 NA   NA
 7603613 7603614 JTY_0213 JTY_0214     TRUE 0.897 3.000 0.040 NA   NA
 7603615 7603616 JTY_0215 JTY_0216     TRUE 0.989 -3.000 0.529 NA   NA
 7603616 7603617 JTY_0216 JTY_0217   pckA FALSE 0.044 184.000 0.026 NA   NA
 7603618 7603619 JTY_0218 JTY_0219 nadR   TRUE 0.807 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7603624 7603625 JTY_0224 JTY_0225     TRUE 0.965 2.000 0.273 NA   NA
 7603625 7603626 JTY_0225 JTY_0226   lipC TRUE 0.841 10.000 0.182 NA   NA
 7603626 7603627 JTY_0226 JTY_0227 lipC   TRUE 0.944 14.000 1.000 NA   NA
 7603628 7603629 JTY_0228 JTY_0229     TRUE 0.978 -3.000 0.000 0.051   NA
 7603629 7603630 JTY_0229 JTY_0230     FALSE 0.328 99.000 0.104 1.000   NA
 7603632 7603633 JTY_0232 JTY_0233     TRUE 0.885 10.000 0.265 NA   NA
 7603635 7603636 JTY_0235 JTY_0236   php TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7603637 7603638 JTY_0237 JTY_0238 fadE4   FALSE 0.195 135.000 0.250 1.000 N NA
 7603638 7603639 JTY_0238 JTY_0239   nrdB TRUE 0.980 -3.000 0.357 1.000 N NA
 7603640 7603641 JTY_0240 JTY_0241 gabD1   FALSE 0.231 26.000 0.000 NA   NA
 7603641 7603642 JTY_0241 JTY_0242     FALSE 0.329 35.000 0.053 NA   NA
 7603642 7603643 JTY_0242 JTY_0243     TRUE 0.686 47.000 0.526 NA   NA
 7603644 7603645 JTY_0244 JTY_0245 lpqI   FALSE 0.318 76.000 0.185 1.000 N NA
 7603645 7603646 JTY_0245 JTY_0246     FALSE 0.150 62.000 0.000 NA   NA
 7603646 7603647 JTY_0246 JTY_0247     TRUE 0.658 8.000 0.000 NA   NA
 7603648 7603649 JTY_0248 JTY_0249   fabG4 TRUE 0.979 11.000 0.412 1.000 Y NA
 7603652 7603653 JTY_0252 JTY_0253     FALSE 0.006 316.000 0.000 NA   NA
 7603654 7603655 JTY_0254 JTY_0255   sdhA TRUE 0.999 1.000 0.826 0.006 Y NA
 7603655 7603656 JTY_0255 JTY_0256 sdhA   TRUE 0.841 31.000 0.860 NA   NA
 7603656 7603657 JTY_0256 JTY_0257     FALSE 0.353 80.000 0.171 NA   NA
 7603657 7603658 JTY_0257 JTY_0258   hsp FALSE 0.112 145.000 0.091 NA   NA
 7603659 7603660 JTY_0259 JTY_0260 nirB nirD TRUE 0.832 26.000 0.286 0.001 N NA
 7603661 7603662 JTY_0261 JTY_0262 cobU cobQ1 TRUE 0.837 25.000 0.031 1.000 Y NA
 7603662 7603663 JTY_0262 JTY_0263 cobQ1 PPE2 FALSE 0.029 19.000 0.000 NA N NA
 7603665 7603666 JTY_0265 JTY_0266     FALSE 0.522 25.000 0.071 1.000   NA
 7603666 7603667 JTY_0266 JTY_0267     TRUE 0.974 -3.000 0.173 1.000   NA
 7603667 7603668 JTY_0267 JTY_0268   narK3 FALSE 0.008 100.000 0.000 NA N NA
 7603668 7603669 JTY_0268 JTY_0269 narK3 aac FALSE 0.050 141.000 0.000 NA   NA
 7603669 7603670 JTY_0269 JTY_0270 aac   TRUE 0.800 10.000 0.101 NA   NA
 7603670 7603671 JTY_0270 JTY_0271     TRUE 0.959 17.000 0.551 NA Y NA
 7603671 7603672 JTY_0271 JTY_0272     FALSE 0.169 96.000 0.050 1.000 N NA
 7603672 7603673 JTY_0272 JTY_0273   oplA FALSE 0.165 22.000 0.000 1.000 N NA
 7603675 7603676 JTY_0275 JTY_0276     FALSE 0.011 65.000 0.000 NA N NA
 7603678 7603679 JTY_0278 JTY_0279 fadE6   FALSE 0.083 114.000 0.000 NA   NA
 7603679 7603680 JTY_0279 JTY_0280     TRUE 0.982 -3.000 0.333 NA   NA
 7603684 7603685 JTY_0284 JTY_0285     FALSE 0.254 24.000 0.000 NA   NA
 7603685 7603686 JTY_0285 JTY_0286   PE_PGRS3b FALSE 0.300 20.000 0.000 NA   NA
 7603686 7603687 JTY_0286 JTY_0287 PE_PGRS3b PE_PGRS3a FALSE 0.196 -177.000 0.000 NA   NA
 7603687 7603688 JTY_0287 JTY_0288 PE_PGRS3a PE_PGRS3 FALSE 0.010 264.000 0.000 NA   NA
 7603688 7603689 JTY_0288 JTY_0289 PE_PGRS3 PE_PGRS4 FALSE 0.011 250.000 0.000 NA   NA
 7603690 7603691 JTY_0290 JTY_0291 PPE3   TRUE 0.783 24.000 0.667 NA N NA
 7603691 7603692 JTY_0291 JTY_0292     FALSE 0.015 224.000 0.000 NA   NA
 7603692 7603693 JTY_0292 JTY_0293     TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 7603693 7603694 JTY_0293 JTY_0294     TRUE 0.993 -3.000 0.750 NA   NA
 7603694 7603695 JTY_0294 JTY_0295   PE5 TRUE 0.982 -3.000 0.333 NA   NA
 7603695 7603696 JTY_0295 JTY_0296 PE5 PPE4 TRUE 0.979 3.000 0.500 NA   NA
 7603696 7603697 JTY_0296 JTY_0297 PPE4 esxG FALSE 0.159 49.000 0.000 NA   NA
 7603697 7603698 JTY_0297 JTY_0298 esxG esxH FALSE 0.207 30.000 0.000 NA   NA
 7603698 7603699 JTY_0298 JTY_0299 esxH   FALSE 0.542 11.000 0.000 NA   NA
 7603699 7603700 JTY_0299 JTY_0300     TRUE 0.792 47.000 0.818 NA   NA
 7603700 7603701 JTY_0300 JTY_0301     TRUE 0.990 -3.000 0.556 NA   NA
 7603701 7603702 JTY_0301 JTY_0302     TRUE 0.990 -3.000 0.556 NA   NA
 7603705 7603706 JTY_0305 JTY_0306     TRUE 0.807 10.000 0.118 NA   NA
 7603707 7603708 JTY_0307 JTY_0308 PE_PGRS5   FALSE 0.048 143.000 0.000 NA   NA
 7603708 7603709 JTY_0308 JTY_0309     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7603709 7603710 JTY_0309 JTY_0310     FALSE 0.161 48.000 0.000 NA   NA
 7603710 7603711 JTY_0310 JTY_0311     TRUE 0.987 -3.000 0.444 NA   NA
 7603711 7603712 JTY_0311 JTY_0312     FALSE 0.054 137.000 0.000 NA   NA
 7603712 7603713 JTY_0312 JTY_0313     TRUE 0.807 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7603714 7603715 JTY_0314 JTY_0315 PPE5 PPE6 FALSE 0.340 144.000 0.000 NA Y NA
 7603718 7603719 JTY_0318 JTY_0319     FALSE 0.226 102.000 0.067 NA   NA
 7603721 7603722 JTY_0321 JTY_0322     FALSE 0.217 155.000 0.333 NA   NA
 7603722 7603723 JTY_0322 JTY_0323     FALSE 0.143 72.000 0.000 NA   NA
 7603725 7603726 JTY_0325 JTY_0326     FALSE 0.468 49.000 0.286 1.000 N NA
 7603727 7603728 JTY_0327 JTY_t0004 glpQ2 glyU FALSE 0.010 261.000 0.000 NA   NA
 7603728 7603729 JTY_t0004 JTY_0328 glyU   FALSE 0.201 31.000 0.000 NA   NA
 7603730 7603731 JTY_0329 JTY_0330 pcp   FALSE 0.143 72.000 0.000 NA   NA
 7603731 7603732 JTY_0330 JTY_0331   dcd FALSE 0.267 32.000 0.007 NA   NA
 7603732 7603733 JTY_0331 JTY_0332 dcd udgA FALSE 0.054 106.000 0.000 1.000 N NA
 7603735 7603736 JTY_0334 JTY_0335     TRUE 0.792 7.000 0.000 1.000   NA
 7603739 7603740 JTY_0338 JTY_0339     FALSE 0.331 27.000 0.000 1.000   NA
 7603741 7603742 JTY_0340 JTY_0341     FALSE 0.142 75.000 0.000 NA   NA
 7603742 7603743 JTY_0341 JTY_0342     TRUE 0.680 27.000 0.368 NA   NA
 7603743 7603744 JTY_0342 JTY_0343   rmlA TRUE 0.581 30.000 0.273 NA   NA
 7603747 7603748 JTY_0346 JTY_0347 aspC   FALSE 0.227 31.000 0.023 1.000 N NA
 7603748 7603749 JTY_0347 JTY_0348     FALSE 0.140 109.000 0.057 1.000 N NA
 7603750 7603751 JTY_0349 JTY_0350   iniB FALSE 0.118 189.000 0.286 NA   NA
 7603751 7603752 JTY_0350 JTY_0351 iniB iniA TRUE 0.703 37.000 0.500 NA   NA
 7603752 7603753 JTY_0351 JTY_0352 iniA iniC TRUE 0.996 -3.000 0.583 0.007   NA
 7603757 7603758 JTY_0356 JTY_0357     TRUE 0.815 3.000 0.000 NA   NA
 7603758 7603759 JTY_0357 JTY_0358     TRUE 0.815 3.000 0.000 NA   NA
 7603759 7603760 JTY_0358 JTY_0359   dnaK FALSE 0.014 227.000 0.000 NA   NA
 7603760 7603761 JTY_0359 JTY_0360 dnaK grpE TRUE 0.997 -3.000 0.074 0.004 Y NA
 7603761 7603762 JTY_0360 JTY_0361 grpE dnaJ1 TRUE 0.905 36.000 0.068 0.004 Y NA
 7603762 7603763 JTY_0361 JTY_0362 dnaJ1 hspR TRUE 0.930 0.000 0.074 1.000 N NA
 7603764 7603765 JTY_0363 JTY_0364 PPE8   FALSE 0.042 151.000 0.000 NA   NA
 7603765 7603766 JTY_0364 JTY_0365   purA TRUE 0.946 -3.000 0.052 NA   NA
 7603767 7603768 JTY_0366 JTY_0367     TRUE 0.668 11.000 0.020 NA   NA
 7603770 7603771 JTY_0369 JTY_0370   mgtE FALSE 0.015 222.000 0.000 NA   NA
 7603774 7603775 JTY_0373 JTY_0374     FALSE 0.358 25.000 0.000 1.000   NA
 7603775 7603776 JTY_0374 JTY_0375     FALSE 0.211 29.000 0.000 NA   NA
 7603776 7603777 JTY_0375 JTY_0376     FALSE 0.137 81.000 0.000 NA   NA
 7603777 7603778 JTY_0376 JTY_0377     TRUE 0.911 6.000 0.208 NA   NA
 7603778 7603779 JTY_0377 JTY_0378     FALSE 0.382 101.000 0.250 NA   NA
 7603779 7603780 JTY_0378 JTY_0379     TRUE 0.969 -3.000 0.200 NA   NA
 7603780 7603781 JTY_0379 JTY_0380     TRUE 0.982 -3.000 0.333 NA   NA
 7603781 7603782 JTY_0380 JTY_0381     TRUE 0.849 19.000 0.750 NA N NA
 7603782 7603783 JTY_0381 JTY_0382     TRUE 0.999 -3.000 0.818 0.001 Y NA
 7603783 7603784 JTY_0382 JTY_0383     TRUE 0.993 15.000 0.909 0.001 Y NA
 7603784 7603785 JTY_0383 JTY_0384     FALSE 0.324 76.000 0.250 NA N NA
 7603786 7603787 JTY_0385 JTY_0386     FALSE 0.011 251.000 0.000 NA   NA
 7603787 7603788 JTY_0386 JTY_0387   secE2 FALSE 0.075 119.000 0.000 NA   NA
 7603789 7603790 JTY_0388 JTY_0389     FALSE 0.230 96.000 0.055 NA   NA
 7603790 7603791 JTY_0389 JTY_0390   pyrE FALSE 0.429 18.000 0.012 NA   NA
 7603791 7603792 JTY_0390 JTY_0391 pyrE   FALSE 0.189 81.000 0.006 NA   NA
 7603792 7603793 JTY_0391 JTY_0392   clpB FALSE 0.074 141.000 0.009 NA   NA
 7603794 7603795 JTY_0393 JTY_0394     FALSE 0.058 104.000 0.000 1.000 N NA
 7603797 7603798 JTY_0396 JTY_0397 purT   TRUE 0.796 -3.000 0.019 NA N NA
 7603798 7603799 JTY_0397 JTY_0398   metZ TRUE 0.906 -3.000 0.092 NA N NA
 7603803 7603804 JTY_0402 JTY_0403     TRUE 0.718 6.000 0.000 NA   NA
 7603804 7603805 JTY_0403 JTY_0404     FALSE 0.142 74.000 0.000 NA   NA
 7603806 7603807 JTY_0405 JTY_0406   lpqK TRUE 0.915 7.000 0.250 NA   NA
 7603807 7603808 JTY_0406 JTY_0407 lpqK fadE7 FALSE 0.433 10.000 0.000 1.000 N NA
 7603810 7603811 JTY_0409 JTY_0410 mmpL1b mmpL1a TRUE 0.978 -3.000 0.000 0.048   NA
 7603811 7603812 JTY_0410 JTY_0411 mmpL1a mmpS1 TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 7603813 7603814 JTY_0412 JTY_0413 fadD30 pks6a TRUE 0.998 -3.000 1.000 0.049   NA
 7603814 7603815 JTY_0413 JTY_0414 pks6a pks6b TRUE 0.789 -13.000 0.000 0.010   NA
 7603817 7603818 JTY_0416 JTY_0417 fgd1 pta TRUE 0.615 -7.000 0.021 NA   NA
 7603818 7603819 JTY_0417 JTY_0418 pta ackA TRUE 0.817 -7.000 0.185 1.000   NA
 7603820 7603821 JTY_0419 JTY_0420 pknG glnH TRUE 0.998 0.000 0.622 1.000 Y NA
 7603821 7603822 JTY_0420 JTY_0421 glnH   TRUE 0.994 0.000 0.895 NA   NA
 7603825 7603826 JTY_0424 JTY_0425 thiO thiS TRUE 0.990 -3.000 0.625 1.000 N NA
 7603826 7603827 JTY_0425 JTY_0426 thiS thiG TRUE 0.947 -7.000 0.104 1.000 Y NA
 7603827 7603828 JTY_0426 JTY_0427 thiG lpqL FALSE 0.008 372.000 0.000 1.000   NA
 7603828 7603829 JTY_0427 JTY_0428 lpqL lpqM FALSE 0.127 88.000 0.000 NA   NA
 7603830 7603831 JTY_0429 JTY_0430     FALSE 0.035 161.000 0.000 NA   NA
 7603831 7603832 JTY_0430 JTY_0431   thiD TRUE 0.948 -3.000 0.059 NA   NA
 7603832 7603833 JTY_0431 JTY_0432 thiD thiC TRUE 0.907 27.000 0.015 0.006 Y NA
 7603833 7603834 JTY_0432 JTY_0433 thiC   FALSE 0.041 152.000 0.000 NA   NA
 7603834 7603835 JTY_0433 JTY_0434   ctpH TRUE 0.667 50.000 0.500 NA   NA
 7603835 7603836 JTY_0434 JTY_0435 ctpH   FALSE 0.477 52.000 0.250 NA   NA
 7603836 7603837 JTY_0435 JTY_0436   xthA FALSE 0.032 201.000 0.015 NA   NA
 7603837 7603838 JTY_0436 JTY_0437 xthA   TRUE 0.919 3.000 0.088 NA   NA
 7603838 7603839 JTY_0437 JTY_0438   def TRUE 0.987 0.000 0.488 NA   NA
 7603840 7603841 JTY_0439 JTY_0440     FALSE 0.457 32.000 0.176 NA   NA
 7603841 7603842 JTY_0440 JTY_0441   sodC TRUE 0.716 33.000 0.500 NA   NA
 7603842 7603843 JTY_0441 JTY_0442 sodC   TRUE 0.953 2.000 0.128 1.000   NA
 7603843 7603844 JTY_0442 JTY_0443     FALSE 0.298 60.000 0.010 1.000   NA
 7603845 7603846 JTY_0444 JTY_0445   pssA TRUE 0.908 -3.000 0.025 1.000 N NA
 7603846 7603847 JTY_0445 JTY_0446 pssA psd TRUE 0.997 -3.000 0.466 1.000 Y NA
 7603847 7603848 JTY_0446 JTY_0447 psd moeA2 FALSE 0.165 61.000 0.018 1.000 N NA
 7603848 7603849 JTY_0447 JTY_0448 moeA2   TRUE 0.686 19.000 0.188 1.000   NA
 7603851 7603852 JTY_0450 JTY_0451   PPE10 FALSE 0.221 27.000 0.000 NA   NA
 7603854 7603855 JTY_0453 JTY_0454   sigK TRUE 0.784 44.000 0.778 NA   NA
 7603855 7603856 JTY_0454 JTY_0455 sigK   FALSE 0.384 49.000 0.065 1.000   NA
 7603856 7603857 JTY_0455 JTY_0456   ufaA1 TRUE 0.858 9.000 0.081 1.000   NA
 7603857 7603858 JTY_0456 JTY_0457 ufaA1   TRUE 0.951 -3.000 0.067 NA   NA
 7603858 7603859 JTY_0457 JTY_0458     TRUE 0.746 60.000 0.722 NA   NA
 7603859 7603860 JTY_0458 JTY_0459   mmpL4 FALSE 0.327 40.000 0.007 1.000   NA
 7603860 7603861 JTY_0459 JTY_0460 mmpL4 mmpS4 TRUE 0.992 -3.000 0.667 NA   NA
 7603862 7603863 JTY_0461 JTY_0462   PPE11 FALSE 0.006 322.000 0.000 NA   NA
 7603863 7603864 JTY_0462 JTY_0463 PPE11   FALSE 0.104 105.000 0.000 NA   NA
 7603865 7603866 JTY_0464 JTY_0465   echA2 FALSE 0.249 68.000 0.039 NA   NA
 7603866 7603867 JTY_0465 JTY_0466 echA2   FALSE 0.015 273.000 0.000 1.000   NA
 7603867 7603868 JTY_0466 JTY_0467     FALSE 0.024 229.000 0.000 1.000   NA
 7603869 7603870 JTY_0468 JTY_0469     TRUE 0.926 0.000 0.021 NA   NA
 7603870 7603871 JTY_0469 JTY_0470     FALSE 0.264 60.000 0.042 NA   NA
 7603871 7603872 JTY_0470 JTY_0471     TRUE 0.840 38.000 1.000 NA   NA
 7603872 7603873 JTY_0471 JTY_0472   lpd FALSE 0.224 64.000 0.017 NA   NA
 7603873 7603874 JTY_0472 JTY_0473 lpd   TRUE 0.778 8.000 0.028 NA   NA
 7603875 7603876 JTY_0474 JTY_0475     TRUE 0.979 -3.000 0.286 NA   NA
 7603877 7603878 JTY_0476 JTY_0477   icl FALSE 0.005 275.000 0.000 1.000 N NA
 7603878 7603879 JTY_0477 JTY_0478 icl fadB2 FALSE 0.172 82.000 0.036 1.000 N NA
 7603879 7603880 JTY_0478 JTY_0479 fadB2 umaA1 FALSE 0.123 133.000 0.130 1.000 N NA
 7603881 7603882 JTY_0480 JTY_0481 pcaA   FALSE 0.080 143.000 0.000 1.000   NA
 7603882 7603883 JTY_0481 JTY_0482     FALSE 0.214 -69.000 0.000 NA   NA
 7603883 7603884 JTY_0482 JTY_0483     TRUE 0.599 10.000 0.000 NA   NA
 7603885 7603886 JTY_0484 JTY_0485     FALSE 0.233 87.000 0.047 NA   NA
 7603886 7603887 JTY_0485 JTY_0486   hbhA FALSE 0.026 354.000 0.282 NA   NA
 7603887 7603888 JTY_0486 JTY_0487 hbhA   FALSE 0.329 112.000 0.270 NA   NA
 7603888 7603889 JTY_0487 JTY_0488     TRUE 0.904 5.000 0.143 NA   NA
 7603889 7603890 JTY_0488 JTY_0489   deoC TRUE 0.931 0.000 0.030 NA   NA
 7603891 7603892 JTY_0490 JTY_0491     TRUE 0.955 -3.000 0.091 NA   NA
 7603892 7603893 JTY_0491 JTY_0492     FALSE 0.349 33.000 0.061 NA   NA
 7603894 7603895 JTY_0493 JTY_0494 murB lprQ FALSE 0.252 62.000 0.036 NA   NA
 7603897 7603898 JTY_0496 JTY_0497     FALSE 0.176 48.000 0.082 NA N NA
 7603898 7603899 JTY_0497 JTY_0498     TRUE 0.990 -3.000 0.541 NA   NA
 7603899 7603900 JTY_0498 JTY_0499     FALSE 0.004 384.000 0.000 NA   NA
 7603900 7603901 JTY_0499 JTY_0500   gpm1 FALSE 0.064 157.000 0.000 1.000   NA
 7603901 7603902 JTY_0500 JTY_0501 gpm1 senX3 FALSE 0.082 174.000 0.196 1.000 N NA
 7603902 7603903 JTY_0501 JTY_0502 senX3 regX3 FALSE 0.376 228.000 0.437 1.000 Y NA
 7603904 7603905 JTY_0503 JTY_0504     TRUE 0.980 -3.000 0.300 NA   NA
 7603905 7603906 JTY_0504 JTY_0505     TRUE 0.969 -3.000 0.200 NA   NA
 7603909 7603910 JTY_0508 JTY_0509     TRUE 0.979 -3.000 0.286 NA   NA
 7603910 7603911 JTY_0509 JTY_0510     TRUE 0.627 16.000 0.127 NA   NA
 7603911 7603912 JTY_0510 JTY_0511     TRUE 0.592 16.000 0.076 NA   NA
 7603912 7603913 JTY_0511 JTY_0512   proC TRUE 0.568 25.000 0.143 1.000   NA
 7603913 7603914 JTY_0512 JTY_0513 proC   FALSE 0.202 141.000 0.186 1.000   NA
 7603914 7603915 JTY_0513 JTY_0514   galE2 FALSE 0.011 307.000 0.000 1.000   NA
 7603915 7603916 JTY_0514 JTY_0515 galE2   TRUE 0.972 7.000 0.796 1.000 N NA
 7603917 7603918 JTY_0516 JTY_0517 cmaA2   TRUE 0.785 23.000 0.400 1.000   NA
 7603918 7603919 JTY_0517 JTY_0518   serB1 FALSE 0.129 162.000 0.145 1.000   NA
 7603920 7603921 JTY_0519 JTY_0520 mmpS2 mmpL2 TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 7603921 7603922 JTY_0520 JTY_0521 mmpL2   TRUE 0.581 -7.000 0.007 NA   NA
 7603922 7603923 JTY_0521 JTY_0522   hemA FALSE 0.229 50.000 0.012 NA   NA
 7603923 7603924 JTY_0522 JTY_0523 hemA hemC TRUE 0.988 10.000 0.178 0.002 Y NA
 7603924 7603925 JTY_0523 JTY_0524 hemC hemD TRUE 0.911 33.000 0.044 0.002 Y NA
 7603925 7603926 JTY_0524 JTY_0525 hemD hemB TRUE 0.938 86.000 0.429 0.002 Y NA
 7603926 7603927 JTY_0525 JTY_0526 hemB   TRUE 0.606 13.000 0.039 NA   NA
 7603927 7603928 JTY_0526 JTY_0527     TRUE 0.985 -3.000 0.389 NA   NA
 7603928 7603929 JTY_0527 JTY_0528     FALSE 0.109 103.000 0.000 NA   NA
 7603931 7603932 JTY_0530 JTY_0531     FALSE 0.270 132.000 0.333 1.000 N NA
 7603934 7603935 JTY_0533 JTY_0534     FALSE 0.483 -7.000 0.000 NA   NA
 7603935 7603936 JTY_0534 JTY_0535   gabP FALSE 0.057 135.000 0.000 NA   NA
 7603938 7603939 JTY_0537 JTY_0538 hemL   TRUE 0.941 0.000 0.204 NA N NA
 7603939 7603940 JTY_0538 JTY_0539     FALSE 0.293 15.000 0.035 NA N NA
 7603940 7603941 JTY_0539 JTY_0540   ccdA TRUE 0.997 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 7603941 7603942 JTY_0540 JTY_0541 ccdA   TRUE 0.797 33.000 0.131 NA Y NA
 7603942 7603943 JTY_0541 JTY_0542   ccsA TRUE 0.992 -3.000 0.082 NA Y NA
 7603943 7603944 JTY_0542 JTY_0543 ccsA   FALSE 0.514 42.000 0.308 1.000 N NA
 7603944 7603945 JTY_0543 JTY_0544     FALSE 0.018 205.000 0.000 NA   NA
 7603945 7603946 JTY_0544 JTY_0545   PE_PGRS6a FALSE 0.045 147.000 0.000 NA   NA
 7603946 7603947 JTY_0545 JTY_0546 PE_PGRS6a PE_PGRS6b FALSE 0.210 -94.000 0.000 NA   NA
 7603948 7603949 JTY_0547 JTY_0548 fabH menA FALSE 0.135 82.000 0.011 1.000 N NA
 7603950 7603951 JTY_0549 JTY_0550 pnp galE3 TRUE 0.886 -3.000 0.008 1.000 N NA
 7603953 7603954 JTY_0552 JTY_0553     FALSE 0.276 57.000 0.048 NA   NA
 7603954 7603955 JTY_0553 JTY_0554     TRUE 0.957 -3.000 0.109 NA   NA
 7603956 7603957 JTY_0555 JTY_0556   menE TRUE 0.581 12.000 0.008 NA   NA
 7603957 7603958 JTY_0556 JTY_0557 menE   FALSE 0.229 69.000 0.024 NA   NA
 7603958 7603959 JTY_0557 JTY_0558     FALSE 0.152 60.000 0.000 NA   NA
 7603959 7603960 JTY_0558 JTY_0559   pitA TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7603960 7603961 JTY_0559 JTY_0560 pitA   FALSE 0.208 120.000 0.167 NA   NA
 7603961 7603962 JTY_0560 JTY_0561     FALSE 0.294 63.000 0.069 NA   NA
 7603962 7603963 JTY_0561 JTY_0562   menB FALSE 0.241 96.000 0.008 1.000   NA
 7603963 7603964 JTY_0562 JTY_0563 menB   FALSE 0.009 272.000 0.000 NA   NA
 7603964 7603965 JTY_0563 JTY_0564     FALSE 0.244 -33.000 0.000 NA   NA
 7603965 7603966 JTY_0564 JTY_0565     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7603966 7603967 JTY_0565 JTY_0566   fadD8 FALSE 0.022 192.000 0.000 NA   NA
 7603968 7603969 JTY_0567 JTY_0568   menC TRUE 0.957 -3.000 0.028 1.000   NA
 7603969 7603970 JTY_0568 JTY_0569 menC bpoC TRUE 0.984 -3.000 0.038 0.047   NA
 7603970 7603971 JTY_0569 JTY_0570 bpoC menD FALSE 0.343 43.000 0.022 1.000   NA
 7603971 7603972 JTY_0570 JTY_0571 menD   TRUE 0.947 -3.000 0.055 NA   NA
 7603972 7603973 JTY_0571 JTY_0572   pimB FALSE 0.474 62.000 0.259 NA   NA
 7603973 7603974 JTY_0572 JTY_0573 pimB ubiE FALSE 0.354 17.000 0.013 1.000 N NA
 7603975 7603976 JTY_0574 JTY_0575     FALSE 0.501 34.000 0.222 NA   NA
 7603976 7603977 JTY_0575 JTY_0576     FALSE 0.287 25.000 0.029 1.000 N NA
 7603978 7603979 JTY_0577 JTY_0578 grcC1 htpX FALSE 0.150 101.000 0.042 1.000 N NA
 7603980 7603981 JTY_0579 JTY_0580 gpdA1   FALSE 0.284 61.000 0.133 1.000 N NA
 7603981 7603982 JTY_0580 JTY_0581     FALSE 0.190 78.000 0.005 NA   NA
 7603983 7603984 JTY_t0005 JTY_0582 tyrT   FALSE 0.062 132.000 0.000 NA   NA
 7603984 7603985 JTY_0582 JTY_0583   cyp135B1 FALSE 0.048 110.000 0.000 1.000 N NA
 7603985 7603986 JTY_0583 JTY_0584 cyp135B1   FALSE 0.057 135.000 0.000 NA   NA
 7603986 7603987 JTY_0584 JTY_0585   nrdZ TRUE 0.628 26.000 0.286 NA   NA
 7603988 7603989 JTY_0586 JTY_0587     FALSE 0.015 224.000 0.000 NA   NA
 7603989 7603990 JTY_0587 JTY_0588     FALSE 0.003 468.000 0.000 NA   NA
 7603990 7603991 JTY_0588 JTY_0589     FALSE 0.089 10.000 0.000 NA N NA
 7603991 7603992 JTY_0589 JTY_0590     FALSE 0.001 216.000 0.000 NA N NA
 7603993 7603994 JTY_0591 JTY_0592   TB27.3 TRUE 0.640 14.000 0.080 NA   NA
 7603998 7603999 JTY_0596 JTY_0597     TRUE 0.967 -3.000 0.182 NA   NA
 7604003 7604004 JTY_0601 JTY_0602   yrbE2A TRUE 0.796 -3.000 0.019 NA N NA
 7604004 7604005 JTY_0602 JTY_0603 yrbE2A yrbE2B TRUE 0.993 2.000 0.333 NA Y NA
 7604005 7604006 JTY_0603 JTY_0604 yrbE2B mce2A TRUE 0.995 6.000 1.000 NA Y NA
 7604006 7604007 JTY_0604 JTY_0605 mce2A mce2B TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.007 Y NA
 7604007 7604008 JTY_0605 JTY_0606 mce2B mce2C TRUE 0.999 -3.000 0.667 0.007 Y NA
 7604008 7604009 JTY_0606 JTY_0607 mce2C mce2Da TRUE 0.999 -3.000 0.667 0.007 Y NA
 7604009 7604010 JTY_0607 JTY_0608 mce2Da lprL TRUE 0.963 -25.000 0.333 0.007 Y NA
 7604010 7604011 JTY_0608 JTY_0609 lprL mce2F TRUE 0.997 5.000 0.500 0.007 Y NA
 7604012 7604013 JTY_0610 JTY_0611     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604013 7604014 JTY_0611 JTY_0612     FALSE 0.025 183.000 0.000 NA   NA
 7604014 7604015 JTY_0612 JTY_0613     FALSE 0.011 251.000 0.000 NA   NA
 7604015 7604016 JTY_0613 JTY_0614     TRUE 0.985 -3.000 0.400 NA   NA
 7604016 7604017 JTY_0614 JTY_0615     FALSE 0.107 104.000 0.000 NA   NA
 7604017 7604018 JTY_0615 JTY_0616     FALSE 0.135 114.000 0.000 1.000   NA
 7604018 7604019 JTY_0616 JTY_0617   tcrA FALSE 0.257 44.000 0.000 1.000   NA
 7604020 7604021 JTY_0618 JTY_0619   lpqO FALSE 0.143 72.000 0.000 NA   NA
 7604021 7604022 JTY_0619 JTY_0620 lpqO   FALSE 0.016 217.000 0.000 NA   NA
 7604022 7604023 JTY_0620 JTY_0621     TRUE 0.836 2.000 0.000 NA   NA
 7604023 7604024 JTY_0621 JTY_0622     FALSE 0.156 54.000 0.000 NA   NA
 7604024 7604025 JTY_0622 JTY_0623     FALSE 0.164 45.000 0.000 NA   NA
 7604025 7604026 JTY_0623 JTY_0624     TRUE 0.978 -3.000 0.273 NA   NA
 7604026 7604027 JTY_0624 JTY_0625     FALSE 0.224 -57.000 0.000 NA   NA
 7604028 7604029 JTY_0626 JTY_0627     FALSE 0.157 52.000 0.000 NA   NA
 7604032 7604033 JTY_0630 JTY_0631     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604035 7604036 JTY_0633 JTY_0634     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604036 7604037 JTY_0634 JTY_0635   galT FALSE 0.066 129.000 0.000 NA   NA
 7604037 7604038 JTY_0635 JTY_0636 galT galK TRUE 0.994 -3.000 0.370 0.001 N NA
 7604038 7604039 JTY_0636 JTY_0637 galK   FALSE 0.004 395.000 0.000 NA   NA
 7604039 7604040 JTY_0637 JTY_0638     TRUE 0.889 11.000 0.333 NA   NA
 7604040 7604041 JTY_0638 JTY_0639     FALSE 0.123 93.000 0.000 NA   NA
 7604041 7604042 JTY_0639 JTY_0640     TRUE 0.966 0.000 0.200 NA   NA
 7604044 7604045 JTY_0642 JTY_0643     TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 7604046 7604047 JTY_0644 JTY_0645   recD FALSE 0.123 93.000 0.000 NA   NA
 7604047 7604048 JTY_0645 JTY_0646 recD recBb TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604048 7604049 JTY_0646 JTY_0647 recBb recBa FALSE 0.203 -114.000 0.000 NA   NA
 7604049 7604050 JTY_0647 JTY_0648 recBa recC TRUE 0.999 0.000 0.542 0.001 Y NA
 7604050 7604051 JTY_0648 JTY_0649 recC echA3 FALSE 0.004 277.000 0.000 1.000 N NA
 7604051 7604052 JTY_0649 JTY_0650 echA3   FALSE 0.308 49.000 0.067 NA   NA
 7604052 7604053 JTY_0650 JTY_0651     FALSE 0.058 154.000 0.006 NA   NA
 7604054 7604055 JTY_0652 JTY_t0006   thrT FALSE 0.065 130.000 0.000 NA   NA
 7604055 7604056 JTY_t0006 JTY_t0007 thrT metT FALSE 0.182 37.000 0.000 NA   NA
 7604056 7604057 JTY_t0007 JTY_0653 metT rpmG2 FALSE 0.184 36.000 0.000 NA   NA
 7604057 7604058 JTY_0653 JTY_0654 rpmG2   FALSE 0.319 51.000 0.079 NA   NA
 7604058 7604059 JTY_0654 JTY_0655     TRUE 0.919 -13.000 0.818 NA   NA
 7604059 7604060 JTY_0655 JTY_0656     TRUE 0.996 4.000 0.818 NA Y NA
 7604060 7604061 JTY_0656 JTY_t0008   trpT FALSE 0.020 199.000 0.000 NA   NA
 7604061 7604062 JTY_t0008 JTY_0657 trpT secE FALSE 0.050 141.000 0.000 NA   NA
 7604062 7604063 JTY_0657 JTY_0658 secE nusG FALSE 0.186 32.000 0.006 1.000 N NA
 7604063 7604064 JTY_0658 JTY_0659 nusG rplK TRUE 0.716 52.000 0.681 1.000 N NA
 7604064 7604065 JTY_0659 JTY_0660 rplK rplA TRUE 0.964 67.000 0.838 0.021 Y NA
 7604066 7604067 JTY_0661 JTY_0662 mmaA4 mmaA3 TRUE 0.921 65.000 0.286 0.004 Y NA
 7604067 7604068 JTY_0662 JTY_0663 mmaA3 mmaA2 TRUE 0.866 148.000 0.667 0.004 Y NA
 7604068 7604069 JTY_0663 JTY_0664 mmaA2 mmaA1 TRUE 0.740 167.000 0.400 0.004 Y NA
 7604069 7604070 JTY_0664 JTY_0665 mmaA1 lipG TRUE 0.641 47.000 0.444 NA   NA
 7604070 7604071 JTY_0665 JTY_0666 lipG   TRUE 0.814 12.000 0.243 NA   NA
 7604072 7604073 JTY_0667 JTY_0668   fabD2 TRUE 0.995 -3.000 0.857 1.000   NA
 7604073 7604074 JTY_0668 JTY_0669 fabD2   TRUE 0.927 0.000 0.000 1.000   NA
 7604074 7604075 JTY_0669 JTY_0670   rplJ FALSE 0.003 331.000 0.000 1.000 N NA
 7604075 7604076 JTY_0670 JTY_0671 rplJ rplL TRUE 0.974 37.000 0.884 0.016 Y NA
 7604078 7604079 JTY_0673 JTY_0674   mkl FALSE 0.383 12.000 0.038 NA N NA
 7604080 7604081 JTY_0675 JTY_0676     FALSE 0.122 95.000 0.000 NA   NA
 7604081 7604082 JTY_0676 JTY_0677     FALSE 0.141 76.000 0.000 NA   NA
 7604082 7604083 JTY_0677 JTY_0678     FALSE 0.009 276.000 0.000 NA   NA
 7604083 7604084 JTY_0678 JTY_0679     FALSE 0.501 -13.000 0.000 1.000   NA
 7604084 7604085 JTY_0679 JTY_0680     FALSE 0.090 110.000 0.000 NA   NA
 7604085 7604086 JTY_0680 JTY_0681     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604087 7604088 JTY_0682 JTY_0683 atsD   FALSE 0.196 32.000 0.000 NA   NA
 7604088 7604089 JTY_0683 JTY_0684     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604089 7604090 JTY_0684 JTY_0685     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604090 7604091 JTY_0685 JTY_0686   rpoB FALSE 0.003 498.000 0.000 NA   NA
 7604091 7604092 JTY_0686 JTY_0687 rpoB rpoC TRUE 0.977 45.000 0.851 0.001 Y NA
 7604094 7604095 JTY_0689 JTY_0690 end lpqP FALSE 0.178 32.000 0.004 1.000 N NA
 7604095 7604096 JTY_0690 JTY_0691 lpqP fadE8 FALSE 0.243 60.000 0.071 1.000 N NA
 7604096 7604097 JTY_0691 JTY_0692 fadE8 echA4 TRUE 0.973 11.000 0.286 1.000 Y NA
 7604097 7604098 JTY_0692 JTY_0693 echA4   TRUE 0.941 3.000 0.292 NA N NA
 7604098 7604099 JTY_0693 JTY_0694   echA5 TRUE 0.902 -3.000 0.083 NA N NA
 7604100 7604101 JTY_0695 JTY_0696 mmpL5 mmpS5 TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 7604103 7604104 JTY_0698 JTY_0699     TRUE 0.989 2.000 0.778 NA   NA
 7604105 7604106 JTY_0700 JTY_0701   rpsL FALSE 0.006 249.000 0.000 1.000 N NA
 7604106 7604107 JTY_0701 JTY_0702 rpsL rpsG TRUE 0.999 0.000 0.620 0.003 Y NA
 7604107 7604108 JTY_0702 JTY_0703 rpsG fusA1 TRUE 0.897 81.000 0.579 1.000 Y NA
 7604108 7604109 JTY_0703 JTY_0704 fusA1 tuf TRUE 0.588 231.000 0.400 0.001 Y NA
 7604109 7604110 JTY_0704 JTY_0705 tuf   FALSE 0.053 138.000 0.000 NA   NA
 7604110 7604111 JTY_0705 JTY_0706   fabG FALSE 0.222 153.000 0.333 NA   NA
 7604111 7604112 JTY_0706 JTY_0707 fabG   TRUE 0.893 14.000 0.214 0.045   NA
 7604113 7604114 JTY_0708 JTY_0709     FALSE 0.003 613.000 0.000 NA   NA
 7604114 7604115 JTY_0709 JTY_0710     TRUE 0.955 -3.000 0.088 NA   NA
 7604116 7604117 JTY_0711 JTY_0712   pqqE TRUE 0.988 -3.000 0.484 NA   NA
 7604117 7604118 JTY_0712 JTY_0713 pqqE lldD1 TRUE 0.984 3.000 0.548 1.000   NA
 7604118 7604119 JTY_0713 JTY_0714 lldD1   FALSE 0.182 190.000 0.464 NA   NA
 7604119 7604120 JTY_0714 JTY_0715     TRUE 0.633 49.000 0.440 NA   NA
 7604120 7604121 JTY_0715 JTY_0716     TRUE 0.987 2.000 0.667 NA   NA
 7604121 7604122 JTY_0716 JTY_0717     FALSE 0.003 461.000 0.000 NA   NA
 7604122 7604123 JTY_0717 JTY_0718     FALSE 0.161 48.000 0.000 NA   NA
 7604123 7604124 JTY_0718 JTY_0719     FALSE 0.024 185.000 0.000 NA   NA
 7604124 7604125 JTY_0719 JTY_0720   rpsJ FALSE 0.002 637.000 0.000 NA   NA
 7604125 7604126 JTY_0720 JTY_0721 rpsJ rplC TRUE 0.978 17.000 0.467 0.021 Y NA
 7604126 7604127 JTY_0721 JTY_0722 rplC rplD TRUE 0.998 0.000 0.361 0.016 Y NA
 7604127 7604128 JTY_0722 JTY_0723 rplD rplW TRUE 0.999 0.000 0.513 0.016 Y NA
 7604128 7604129 JTY_0723 JTY_0724 rplW rplB TRUE 0.884 147.000 0.849 0.015 Y NA
 7604129 7604130 JTY_0724 JTY_0725 rplB rpsS TRUE 0.969 41.000 0.820 0.021 Y NA
 7604130 7604131 JTY_0725 JTY_0726 rpsS rplV TRUE 0.999 -3.000 0.769 0.021 Y NA
 7604131 7604132 JTY_0726 JTY_0727 rplV rpsC TRUE 0.999 0.000 0.719 0.021 Y NA
 7604132 7604133 JTY_0727 JTY_0728 rpsC rplP TRUE 0.998 4.000 0.828 0.021 Y NA
 7604133 7604134 JTY_0728 JTY_0729 rplP rpmC TRUE 0.999 0.000 0.802 0.016 Y NA
 7604134 7604135 JTY_0729 JTY_0730 rpmC rpsQ TRUE 0.999 -3.000 0.828 0.016 Y NA
 7604135 7604136 JTY_0730 JTY_0731 rpsQ atsA FALSE 0.028 169.000 0.005 1.000 N NA
 7604136 7604137 JTY_0731 JTY_0732 atsA   FALSE 0.484 48.000 0.250 NA   NA
 7604137 7604138 JTY_0732 JTY_0733     FALSE 0.083 301.000 0.600 NA   NA
 7604138 7604139 JTY_0733 JTY_0734   rplN FALSE 0.003 486.000 0.000 NA   NA
 7604139 7604140 JTY_0734 JTY_0735 rplN rplX TRUE 0.999 1.000 0.810 0.021 Y NA
 7604140 7604141 JTY_0735 JTY_0736 rplX rplE TRUE 0.999 0.000 0.758 0.016 Y NA
 7604141 7604142 JTY_0736 JTY_0737 rplE rpsN1 TRUE 0.996 5.000 0.496 0.016 Y NA
 7604142 7604143 JTY_0737 JTY_0738 rpsN1 rpsH TRUE 0.745 164.000 0.473 0.016 Y NA
 7604143 7604144 JTY_0738 JTY_0739 rpsH rplF TRUE 0.981 24.000 0.808 0.016 Y NA
 7604144 7604145 JTY_0739 JTY_0740 rplF rplR TRUE 0.999 3.000 0.815 0.016 Y NA
 7604145 7604146 JTY_0740 JTY_0741 rplR rpsE TRUE 0.985 20.000 0.814 0.021 Y NA
 7604146 7604147 JTY_0741 JTY_0742 rpsE rpmD TRUE 0.998 3.000 0.789 0.021 Y NA
 7604147 7604148 JTY_0742 JTY_0743 rpmD rplO TRUE 0.999 0.000 0.653 0.003 Y NA
 7604148 7604149 JTY_0743 JTY_0744 rplO sppA FALSE 0.108 33.000 0.000 1.000 N NA
 7604150 7604151 JTY_0745 JTY_0746     TRUE 0.596 93.000 0.000 NA Y NA
 7604151 7604152 JTY_0746 JTY_0747   fucA FALSE 0.001 203.000 0.000 NA N NA
 7604152 7604153 JTY_0747 JTY_0748 fucA serA2 TRUE 0.929 -3.000 0.058 1.000 N NA
 7604154 7604155 JTY_0749 JTY_0750 xylB   TRUE 0.665 13.000 0.018 1.000   NA
 7604157 7604158 JTY_0752 JTY_0753 secY adk TRUE 0.929 -3.000 0.057 1.000 N NA
 7604158 7604159 JTY_0753 JTY_0754 adk mapA TRUE 0.980 3.000 0.606 1.000 N NA
 7604159 7604160 JTY_0754 JTY_0755 mapA sigL FALSE 0.248 73.000 0.099 1.000 N NA
 7604160 7604161 JTY_0755 JTY_0756 sigL   TRUE 0.909 64.000 0.697 NA Y NA
 7604161 7604162 JTY_0756 JTY_0757     FALSE 0.084 315.000 0.065 NA Y NA
 7604162 7604163 JTY_0757 JTY_0758     FALSE 0.005 358.000 0.000 NA   NA
 7604163 7604164 JTY_0758 JTY_0759     FALSE 0.018 205.000 0.000 NA   NA
 7604164 7604165 JTY_0759 JTY_0760     FALSE 0.081 115.000 0.000 NA   NA
 7604165 7604166 JTY_0760 JTY_0761     FALSE 0.014 231.000 0.000 NA   NA
 7604166 7604167 JTY_0761 JTY_0762   PE_PGRS8 FALSE 0.049 142.000 0.000 NA   NA
 7604168 7604169 JTY_0763 JTY_0764     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604170 7604171 JTY_0765 JTY_0766   PE_PGRS9 FALSE 0.300 20.000 0.000 NA   NA
 7604171 7604172 JTY_0766 JTY_0767 PE_PGRS9 PE_PGRS10 FALSE 0.004 399.000 0.000 NA   NA
 7604172 7604173 JTY_0767 JTY_0768 PE_PGRS10   FALSE 0.125 91.000 0.000 NA   NA
 7604173 7604174 JTY_0768 JTY_0769     FALSE 0.254 24.000 0.000 NA   NA
 7604177 7604178 JTY_0772 JTY_0773 mmsB fadE9 TRUE 0.953 11.000 0.051 1.000 Y NA
 7604178 7604179 JTY_0773 JTY_0774 fadE9 mmsA TRUE 0.866 7.000 0.197 1.000 N NA
 7604181 7604182 JTY_0776 JTY_0777 PPE12   FALSE 0.007 302.000 0.000 NA   NA
 7604182 7604183 JTY_0777 JTY_t0009   thrV FALSE 0.081 115.000 0.000 NA   NA
 7604183 7604184 JTY_t0009 JTY_0778 thrV   FALSE 0.216 28.000 0.000 NA   NA
 7604185 7604186 JTY_0779 JTY_0780 phoP phoR TRUE 0.942 45.000 0.824 1.000 Y NA
 7604187 7604188 JTY_0781 JTY_0782     FALSE 0.200 109.000 0.014 1.000   NA
 7604188 7604189 JTY_0782 JTY_0783   adhB TRUE 0.943 13.000 0.750 1.000   NA
 7604189 7604190 JTY_0783 JTY_0784 adhB   FALSE 0.516 99.000 0.400 NA   NA
 7604190 7604191 JTY_0784 JTY_0785     TRUE 0.988 3.000 0.800 NA   NA
 7604191 7604192 JTY_0785 JTY_0786   cyp51 TRUE 0.982 3.000 0.733 NA N NA
 7604192 7604193 JTY_0786 JTY_0787 cyp51   TRUE 0.975 0.000 0.212 1.000   NA
 7604193 7604194 JTY_0787 JTY_0788   cyp123 FALSE 0.545 -418.000 0.231 1.000   NA
 7604194 7604195 JTY_0788 JTY_0789 cyp123   TRUE 0.988 -3.000 0.571 1.000 N NA
 7604196 7604197 JTY_0790 JTY_0791 aldA   TRUE 0.809 31.000 0.812 1.000 N NA
 7604197 7604198 JTY_0791 JTY_0792     TRUE 0.858 98.000 0.480 1.000 Y NA
 7604198 7604199 JTY_0792 JTY_0793     TRUE 0.992 -3.000 0.560 1.000   NA
 7604199 7604200 JTY_0793 JTY_0794   purD TRUE 0.670 12.000 0.003 1.000   NA
 7604201 7604202 JTY_0795 JTY_0796 ggtA   FALSE 0.315 51.000 0.073 NA   NA
 7604205 7604206 JTY_0799 JTY_0800 purB cyp126 TRUE 0.740 5.000 0.006 1.000 N NA
 7604208 7604209 JTY_0802 JTY_0803 purC ptrB TRUE 0.915 -3.000 0.035 1.000 N NA
 7604211 7604212 JTY_0805 JTY_0806     TRUE 0.638 16.000 0.048 1.000   NA
 7604212 7604213 JTY_0806 JTY_0807     TRUE 0.769 18.000 0.024 0.045   NA
 7604215 7604216 JTY_0809 JTY_0810     FALSE 0.101 106.000 0.000 NA   NA
 7604216 7604217 JTY_0810 JTY_0811   purQ TRUE 0.999 -3.000 0.656 0.001 Y NA
 7604218 7604219 JTY_0812 JTY_0813     FALSE 0.278 22.000 0.000 NA   NA
 7604219 7604220 JTY_0813 JTY_0814     TRUE 0.951 -3.000 0.070 NA   NA
 7604220 7604221 JTY_0814 JTY_0815     TRUE 0.960 -3.000 0.250 NA N NA
 7604223 7604224 JTY_0817 JTY_0818     FALSE 0.521 -12.000 0.000 1.000   NA
 7604224 7604225 JTY_0818 JTY_0820   cfp29 FALSE 0.002 1476.000 0.000 NA   NA
 7604225 7604226 JTY_0820 JTY_0821 cfp29   TRUE 0.977 -3.000 0.267 NA   NA
 7604227 7604228 JTY_0822 JTY_0823 pepC   TRUE 0.644 12.000 0.038 NA   NA
 7604230 7604231 JTY_0825 JTY_0826 purL   TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604231 7604232 JTY_0826 JTY_0827     FALSE 0.073 121.000 0.000 NA   NA
 7604234 7604235 JTY_0829 JTY_0830   purF FALSE 0.218 87.000 0.034 NA   NA
 7604235 7604236 JTY_0830 JTY_0831 purF purM TRUE 0.870 31.000 0.248 1.000 Y NA
 7604237 7604238 JTY_0832 JTY_0833     FALSE 0.072 147.000 0.017 NA   NA
 7604240 7604241 JTY_0835 JTY_0836   sseC2 FALSE 0.065 163.000 0.043 NA   NA
 7604241 7604242 JTY_0836 JTY_0837 sseC2 cysA2 TRUE 0.987 2.000 0.557 1.000   NA
 7604242 7604243 JTY_0837 JTY_0838 cysA2 thiX FALSE 0.013 293.000 0.000 1.000   NA
 7604243 7604244 JTY_0838 JTY_0839 thiX   TRUE 0.984 -3.000 0.371 NA   NA
 7604245 7604246 JTY_0840 JTY_0841     TRUE 0.976 -3.000 0.196 1.000   NA
 7604246 7604247 JTY_0841 JTY_0842   phoTa FALSE 0.336 43.000 0.016 1.000   NA
 7604247 7604248 JTY_0842 JTY_0843 phoTa phoTb FALSE 0.219 -60.000 0.000 NA   NA
 7604249 7604250 JTY_0844 JTY_0845 phoY2   TRUE 0.611 58.000 0.579 NA N NA
 7604250 7604251 JTY_0845 JTY_0846     FALSE 0.009 166.000 0.005 NA N NA
 7604251 7604252 JTY_0846 JTY_0847   desA1 FALSE 0.246 88.000 0.004 1.000   NA
 7604252 7604253 JTY_0847 JTY_0848 desA1   FALSE 0.252 162.000 0.375 1.000   NA
 7604255 7604256 JTY_0850 JTY_0851     FALSE 0.086 58.000 0.000 1.000 N NA
 7604257 7604258 JTY_0852 JTY_0853     FALSE 0.104 105.000 0.000 NA   NA
 7604259 7604260 JTY_0854 JTY_t0010   lysT FALSE 0.122 94.000 0.000 NA   NA
 7604261 7604262 JTY_t0011 JTY_t0012 gluT aspT FALSE 0.179 38.000 0.000 NA   NA
 7604262 7604263 JTY_t0012 JTY_t0013 aspT pheU FALSE 0.207 30.000 0.000 NA   NA
 7604263 7604264 JTY_t0013 JTY_0855 pheU PE_PGRS13 FALSE 0.002 665.000 0.000 NA   NA
 7604267 7604268 JTY_0858 JTY_0859     FALSE 0.143 71.000 0.000 NA   NA
 7604269 7604270 JTY_0860 JTY_0861 lpqR   FALSE 0.160 87.000 0.033 1.000 N NA
 7604272 7604273 JTY_0863 JTY_0864     FALSE 0.008 277.000 0.000 NA   NA
 7604273 7604274 JTY_0864 JTY_0865     FALSE 0.335 -16.000 0.000 NA   NA
 7604278 7604279 JTY_0869 JTY_0870 lpqS cysK2 FALSE 0.019 203.000 0.000 NA   NA
 7604279 7604280 JTY_0870 JTY_0871 cysK2   TRUE 0.987 0.000 0.500 NA   NA
 7604280 7604281 JTY_0871 JTY_0872     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604285 7604286 JTY_0876 JTY_0877   far TRUE 0.945 6.000 0.333 NA   NA
 7604286 7604287 JTY_0877 JTY_0878 far   FALSE 0.084 113.000 0.000 NA   NA
 7604287 7604288 JTY_0878 JTY_0879     FALSE 0.216 28.000 0.000 NA   NA
 7604290 7604291 JTY_0881 JTY_0882 fadA fadB TRUE 0.996 5.000 0.750 1.000 Y NA
 7604292 7604293 JTY_0883 JTY_0884     FALSE 0.182 138.000 0.206 NA   NA
 7604294 7604295 JTY_0885 JTY_0886   moaC2 FALSE 0.191 84.000 0.012 NA   NA
 7604295 7604296 JTY_0886 JTY_0887 moaC2 mog TRUE 0.997 -3.000 0.016 0.005 Y NA
 7604296 7604297 JTY_0887 JTY_0888 mog moaE2 TRUE 0.997 -3.000 0.015 0.005 Y NA
 7604298 7604299 JTY_0889 JTY_0890 rpfA moaD2 FALSE 0.006 448.000 0.000 1.000   NA
 7604299 7604300 JTY_0890 JTY_0891 moaD2 moaA TRUE 0.993 4.000 0.410 1.000 Y NA
 7604300 7604301 JTY_0891 JTY_0892 moaA   TRUE 0.936 -3.000 0.026 NA   NA
 7604305 7604306 JTY_0896 JTY_0897     FALSE 0.114 100.000 0.000 NA   NA
 7604306 7604307 JTY_0897 JTY_0898     TRUE 0.987 -3.000 0.432 NA   NA
 7604309 7604310 JTY_0900 JTY_0901 PPE13   FALSE 0.008 278.000 0.000 NA   NA
 7604311 7604312 JTY_0902 JTY_0903     TRUE 0.912 -3.000 0.029 1.000 N NA
 7604312 7604313 JTY_0903 JTY_0904     TRUE 0.953 -3.000 0.075 NA   NA
 7604314 7604315 JTY_0905 JTY_0906   serC FALSE 0.139 157.000 0.214 NA   NA
 7604316 7604317 JTY_0907 JTY_0908   fprB TRUE 0.918 19.000 0.846 1.000   NA
 7604320 7604321 JTY_0911 JTY_0912 citA   FALSE 0.204 87.000 0.000 1.000   NA
 7604321 7604322 JTY_0912 JTY_0913     TRUE 0.899 2.000 0.000 1.000   NA
 7604325 7604326 JTY_0916 JTY_0917     FALSE 0.141 77.000 0.000 NA   NA
 7604326 7604327 JTY_0917 JTY_0918   gltA FALSE 0.023 190.000 0.000 NA   NA
 7604328 7604329 JTY_0919 JTY_0920     FALSE 0.438 26.000 0.091 NA   NA
 7604330 7604331 JTY_0921 JTY_0922 ompA   TRUE 0.816 13.000 0.286 NA   NA
 7604331 7604332 JTY_0922 JTY_0923     TRUE 0.991 0.000 0.667 NA   NA
 7604333 7604334 JTY_0924 JTY_0925 prrB prrA TRUE 0.976 11.000 0.333 1.000 Y NA
 7604334 7604335 JTY_0925 JTY_0926 prrA accD3 FALSE 0.033 131.000 0.000 1.000 N NA
 7604336 7604337 JTY_0927 JTY_0928 echA6   TRUE 0.941 6.000 0.314 NA   NA
 7604337 7604338 JTY_0928 JTY_0929     FALSE 0.324 93.000 0.171 NA   NA
 7604338 7604339 JTY_0929 JTY_0930   ctpE TRUE 0.946 -3.000 0.119 1.000 N NA
 7604339 7604340 JTY_0930 JTY_0931 ctpE   FALSE 0.003 557.000 0.000 NA   NA
 7604340 7604341 JTY_0931 JTY_0932     TRUE 0.900 6.000 0.182 NA   NA
 7604341 7604342 JTY_0932 JTY_0933     FALSE 0.117 98.000 0.000 NA   NA
 7604342 7604343 JTY_0933 JTY_0934     FALSE 0.294 65.000 0.071 NA   NA
 7604344 7604345 JTY_0935 JTY_0936     TRUE 0.967 2.000 0.417 NA N NA
 7604345 7604346 JTY_0936 JTY_0937   PPE14 FALSE 0.009 93.000 0.000 NA N NA
 7604346 7604347 JTY_0937 JTY_0938 PPE14 PE7 FALSE 0.392 15.000 0.000 NA   NA
 7604348 7604349 JTY_0939 JTY_0940 betP   FALSE 0.009 343.000 0.000 1.000   NA
 7604349 7604350 JTY_0940 JTY_0941     TRUE 0.967 -3.000 0.091 1.000   NA
 7604351 7604352 JTY_t0014 JTY_0942 argT   FALSE 0.107 104.000 0.000 NA   NA
 7604353 7604354 JTY_0943 JTY_0944     TRUE 0.987 0.000 0.000 NA Y NA
 7604355 7604356 JTY_0945 JTY_0946   mntH TRUE 0.913 1.000 0.029 NA   NA
 7604356 7604357 JTY_0946 JTY_0947 mntH   FALSE 0.283 32.000 0.014 NA   NA
 7604357 7604358 JTY_0947 JTY_0948     FALSE 0.216 77.000 0.018 NA   NA
 7604358 7604359 JTY_0948 JTY_0949     TRUE 0.706 54.000 0.500 1.000   NA
 7604360 7604361 JTY_0950 JTY_0951 pstS3 pstC2 TRUE 0.977 13.000 0.200 0.004 Y NA
 7604361 7604362 JTY_0951 JTY_0952 pstC2 pstA1 TRUE 0.997 -3.000 0.037 0.004 Y NA
 7604363 7604364 JTY_0953 JTY_0954 pknDb pknDa TRUE 0.900 11.000 0.000 0.004   NA
 7604364 7604365 JTY_0954 JTY_0955 pknDa pstS2 TRUE 0.833 22.000 0.667 1.000 N NA
 7604366 7604367 JTY_0956 JTY_0957 pstBa pstBb FALSE 0.268 -25.000 0.000 NA   NA
 7604367 7604368 JTY_0957 JTY_0958 pstBb pstS1 TRUE 0.927 21.000 0.000 0.004 Y NA
 7604368 7604369 JTY_0958 JTY_0959 pstS1 pstC1 TRUE 0.975 60.000 1.000 0.004 Y NA
 7604369 7604370 JTY_0959 JTY_0960 pstC1 pstA2 TRUE 0.999 2.000 0.636 0.004 Y NA
 7604372 7604373 JTY_0962 JTY_0963     TRUE 0.921 -3.000 0.043 1.000 N NA
 7604374 7604375 JTY_0964 JTY_0965     FALSE 0.347 85.000 0.182 NA   NA
 7604378 7604379 JTY_0968 JTY_0969     TRUE 0.900 6.000 0.082 1.000   NA
 7604380 7604381 JTY_0970 JTY_0971 pgi   FALSE 0.002 615.000 0.000 NA   NA
 7604381 7604382 JTY_0971 JTY_0972     FALSE 0.080 116.000 0.000 NA   NA
 7604385 7604386 JTY_0975 JTY_0976 sucC sucD TRUE 0.987 13.000 0.382 0.001 Y NA
 7604388 7604389 JTY_0978 JTY_0979     FALSE 0.468 40.000 0.218 NA   NA
 7604389 7604390 JTY_0979 JTY_0980   purN FALSE 0.149 116.000 0.044 NA   NA
 7604390 7604391 JTY_0980 JTY_0981 purN purH TRUE 0.995 -3.000 0.225 1.000 Y NA
 7604391 7604392 JTY_0981 JTY_0982 purH   FALSE 0.085 107.000 0.002 1.000 N NA
 7604392 7604393 JTY_0982 JTY_0983     TRUE 0.929 -7.000 0.645 NA   NA
 7604393 7604394 JTY_0983 JTY_0984     FALSE 0.156 54.000 0.000 NA   NA
 7604394 7604395 JTY_0984 JTY_0985     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604395 7604396 JTY_0985 JTY_0986     FALSE 0.045 146.000 0.000 NA   NA
 7604397 7604398 JTY_0987 JTY_0988 lprP   FALSE 0.025 183.000 0.000 NA   NA
 7604398 7604399 JTY_0988 JTY_0989     FALSE 0.116 99.000 0.000 NA   NA
 7604399 7604400 JTY_0989 JTY_0990     FALSE 0.114 100.000 0.000 NA   NA
 7604400 7604401 JTY_0990 JTY_0991     FALSE 0.184 36.000 0.000 NA   NA
 7604402 7604403 JTY_0992 JTY_0993     FALSE 0.224 57.000 0.012 NA   NA
 7604403 7604404 JTY_0993 JTY_0994   ctpV TRUE 0.662 56.000 0.500 NA   NA
 7604404 7604405 JTY_0994 JTY_0995 ctpV   TRUE 0.992 -3.000 0.667 NA   NA
 7604406 7604407 JTY_0996 JTY_0997 echA7 fadE12 TRUE 0.994 0.000 0.203 1.000 Y NA
 7604407 7604408 JTY_0997 JTY_0998 fadE12 accA2 TRUE 0.998 -3.000 0.812 1.000 Y NA
 7604408 7604409 JTY_0998 JTY_0999 accA2 accD2 TRUE 0.996 6.000 0.875 1.000 Y NA
 7604409 7604410 JTY_0999 JTY_1000 accD2 fadE13 TRUE 0.996 3.000 0.548 1.000 Y NA
 7604410 7604411 JTY_1000 JTY_1001 fadE13   TRUE 0.990 -3.000 0.562 NA   NA
 7604412 7604413 JTY_1002 JTY_1003 PE_PGRS16 PE_PGRS16 FALSE 0.231 -43.000 0.000 NA   NA
 7604414 7604415 JTY_1004 JTY_1005 PE_PGRS17   FALSE 0.006 314.000 0.000 NA   NA
 7604418 7604419 JTY_1008 JTY_1009 mprA mprB TRUE 0.999 0.000 0.655 0.008 Y NA
 7604419 7604420 JTY_1009 JTY_1010 mprB   TRUE 0.593 44.000 0.424 1.000 N NA
 7604420 7604421 JTY_1010 JTY_1011   moaB2 TRUE 0.982 0.000 0.423 1.000 N NA
 7604423 7604424 JTY_1013 JTY_1014     TRUE 0.957 -7.000 0.210 1.000 Y NA
 7604424 7604425 JTY_1014 JTY_1015     TRUE 0.903 7.000 0.152 1.000   NA
 7604426 7604427 JTY_1016 JTY_1017 grcC2   FALSE 0.151 61.000 0.000 NA   NA
 7604427 7604428 JTY_1017 JTY_1018     FALSE 0.223 73.000 0.022 NA   NA
 7604428 7604429 JTY_1018 JTY_1019     FALSE 0.248 74.000 0.041 NA   NA
 7604430 7604431 JTY_1020 JTY_1021 galU moeA1 FALSE 0.326 77.000 0.196 1.000 N NA
 7604431 7604432 JTY_1021 JTY_1022 moeA1 rimJ FALSE 0.562 63.000 0.427 1.000 N NA
 7604432 7604433 JTY_1022 JTY_1023 rimJ   FALSE 0.116 161.000 0.183 NA   NA
 7604433 7604434 JTY_1023 JTY_t0015   alaV FALSE 0.158 51.000 0.000 NA   NA
 7604434 7604435 JTY_t0015 JTY_1024 alaV   FALSE 0.158 51.000 0.000 NA   NA
 7604435 7604436 JTY_1024 JTY_1025     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604436 7604437 JTY_1025 JTY_1026     FALSE 0.026 181.000 0.000 NA   NA
 7604437 7604438 JTY_1026 JTY_1027     FALSE 0.254 24.000 0.000 NA   NA
 7604438 7604439 JTY_1027 JTY_1028     FALSE 0.322 18.000 0.000 NA   NA
 7604444 7604445 JTY_1033 JTY_1034   pabB FALSE 0.195 74.000 0.006 NA   NA
 7604448 7604449 JTY_1037 JTY_1038 tatD rpfB FALSE 0.027 208.000 0.008 NA   NA
 7604449 7604450 JTY_1038 JTY_1039 rpfB ksgA FALSE 0.451 -27.000 0.008 1.000   NA
 7604450 7604451 JTY_1039 JTY_1040 ksgA ispE FALSE 0.204 86.000 0.068 1.000 N NA
 7604451 7604452 JTY_1040 JTY_1041 ispE   TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604452 7604453 JTY_1041 JTY_1042   pks16 FALSE 0.019 204.000 0.000 NA   NA
 7604454 7604455 JTY_1043 JTY_1044 pth rplY TRUE 0.986 13.000 0.496 0.023 Y NA
 7604455 7604456 JTY_1044 JTY_1045 rplY lpqT FALSE 0.059 134.000 0.000 NA   NA
 7604456 7604457 JTY_1045 JTY_1046 lpqT prsA FALSE 0.184 36.000 0.000 NA   NA
 7604457 7604458 JTY_1046 JTY_1047 prsA glmU FALSE 0.148 92.000 0.026 1.000 N NA
 7604458 7604459 JTY_1047 JTY_t0016 glmU glnT FALSE 0.369 16.000 0.000 NA   NA
 7604460 7604461 JTY_1048 JTY_1049   mfd TRUE 0.836 59.000 0.013 0.048 Y NA
 7604461 7604462 JTY_1049 JTY_1050 mfd   TRUE 0.951 0.000 0.026 1.000   NA
 7604462 7604463 JTY_1050 JTY_1051   lpqU FALSE 0.127 88.000 0.000 NA   NA
 7604463 7604464 JTY_1051 JTY_1052 lpqU eno FALSE 0.049 97.000 0.012 NA N NA
 7604464 7604465 JTY_1052 JTY_1053 eno   TRUE 0.816 5.000 0.043 1.000 N NA
 7604465 7604466 JTY_1053 JTY_1054     TRUE 0.724 17.000 0.252 NA   NA
 7604466 7604467 JTY_1054 JTY_1055     TRUE 0.781 -9.000 0.243 NA   NA
 7604468 7604469 JTY_1056 JTY_1057 kdpE kdpD TRUE 0.997 -3.000 0.429 1.000 Y NA
 7604470 7604471 JTY_1058 JTY_1059 kdpF kdpA TRUE 0.991 0.000 0.152 0.001   NA
 7604471 7604472 JTY_1059 JTY_1060 kdpA kdpB TRUE 0.998 -3.000 0.124 0.001 Y NA
 7604472 7604473 JTY_1060 JTY_1061 kdpB kdpC TRUE 0.997 0.000 0.015 0.001 Y NA
 7604474 7604475 JTY_1062 JTY_1063 trcS trcR TRUE 0.990 8.000 0.556 1.000 Y NA
 7604475 7604476 JTY_1063 JTY_1064 trcR   FALSE 0.002 182.000 0.000 NA N NA
 7604476 7604477 JTY_1064 JTY_1065     FALSE 0.144 68.000 0.000 NA   NA
 7604477 7604478 JTY_1065 JTY_1066     FALSE 0.189 34.000 0.000 NA   NA
 7604478 7604479 JTY_1066 JTY_1067   esxI FALSE 0.087 111.000 0.000 NA   NA
 7604479 7604480 JTY_1067 JTY_1068 esxI esxJ FALSE 0.221 27.000 0.000 NA   NA
 7604480 7604481 JTY_1068 JTY_1069 esxJ PPE15 FALSE 0.045 146.000 0.000 NA   NA
 7604481 7604482 JTY_1069 JTY_1070 PPE15 PE8 TRUE 0.711 77.000 0.667 NA   NA
 7604482 7604483 JTY_1070 JTY_1071 PE8   FALSE 0.002 1196.000 0.000 NA   NA
 7604483 7604484 JTY_1071 JTY_1072     FALSE 0.250 -31.000 0.000 NA   NA
 7604484 7604485 JTY_1072 JTY_1073     FALSE 0.008 283.000 0.000 NA   NA
 7604486 7604487 JTY_1074 JTY_1075     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604491 7604492 JTY_1079 JTY_1080     FALSE 0.250 48.000 0.000 1.000   NA
 7604496 7604497 JTY_1084 JTY_1085     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604497 7604498 JTY_1085 JTY_t0017   leuX FALSE 0.266 23.000 0.000 NA   NA
 7604498 7604499 JTY_t0017 JTY_1086 leuX   FALSE 0.036 159.000 0.000 NA   NA
 7604499 7604500 JTY_1086 JTY_1087     FALSE 0.002 1004.000 0.000 NA   NA
 7604500 7604501 JTY_1087 JTY_1088   fadD14 FALSE 0.238 107.000 0.125 NA   NA
 7604501 7604502 JTY_1088 JTY_1089 fadD14   FALSE 0.541 76.000 0.286 1.000   NA
 7604502 7604503 JTY_1089 JTY_1090     FALSE 0.512 53.000 0.286 NA   NA
 7604503 7604504 JTY_1090 JTY_1091     TRUE 0.611 34.000 0.333 NA   NA
 7604504 7604505 JTY_1091 JTY_1092     TRUE 0.952 5.000 0.250 1.000   NA
 7604506 7604507 JTY_1093 JTY_1094   lpqV FALSE 0.207 81.000 0.016 NA   NA
 7604508 7604509 JTY_1095 JTY_1096     TRUE 0.986 -3.000 0.429 NA   NA
 7604510 7604511 JTY_1097 JTY_1098 PE_PGRS19 PE_PGRS20.1 FALSE 0.006 333.000 0.000 NA   NA
 7604511 7604512 JTY_1098 JTY_1099 PE_PGRS20.1 PE_PGRS20.2 FALSE 0.266 23.000 0.000 NA   NA
 7604512 7604513 JTY_1099 JTY_1100 PE_PGRS20.2   FALSE 0.004 389.000 0.000 NA   NA
 7604513 7604514 JTY_1100 JTY_1101   echA8 TRUE 0.977 -3.000 0.259 NA   NA
 7604514 7604515 JTY_1101 JTY_1102 echA8 echA9 TRUE 0.976 12.000 0.128 0.007 Y NA
 7604516 7604517 JTY_1103 JTY_1104     FALSE 0.080 116.000 0.000 NA   NA
 7604518 7604519 JTY_1105 JTY_1106 fadA3   FALSE 0.087 53.000 0.000 1.000 N NA
 7604520 7604521 JTY_1107 JTY_1108 lipU cbs FALSE 0.169 57.000 0.017 1.000 N NA
 7604521 7604522 JTY_1108 JTY_1109 cbs pra FALSE 0.036 202.000 0.034 NA   NA
 7604522 7604523 JTY_1109 JTY_1110 pra metB FALSE 0.307 32.000 0.028 NA   NA
 7604524 7604525 JTY_1111 JTY_1112 greA   FALSE 0.107 186.000 0.250 NA   NA
 7604526 7604527 JTY_1113 JTY_1114 mca   TRUE 0.956 -3.000 0.099 NA   NA
 7604527 7604528 JTY_1114 JTY_1115     FALSE 0.473 -13.000 0.011 NA   NA
 7604530 7604531 JTY_1117 JTY_1118   PE_PGRS21 FALSE 0.028 177.000 0.000 NA   NA
 7604531 7604532 JTY_1118 JTY_1119 PE_PGRS21   FALSE 0.028 177.000 0.000 NA   NA
 7604532 7604533 JTY_1119 JTY_1120   PE9 FALSE 0.040 153.000 0.000 NA   NA
 7604533 7604534 JTY_1120 JTY_1121 PE9 PE10 FALSE 0.201 -121.000 0.000 NA   NA
 7604534 7604535 JTY_1121 JTY_1122 PE10 celA2a FALSE 0.007 386.000 0.000 1.000   NA
 7604535 7604536 JTY_1122 JTY_1123 celA2a celA2b TRUE 0.788 -22.000 0.000 0.001   NA
 7604536 7604537 JTY_1123 JTY_1124 celA2b PE_PGRS22 FALSE 0.004 415.000 0.000 NA   NA
 7604539 7604540 JTY_1126 JTY_1127 glyA desA2 FALSE 0.322 105.000 0.143 1.000   NA
 7604540 7604541 JTY_1127 JTY_1128 desA2 phoH2 FALSE 0.050 211.000 0.046 1.000   NA
 7604541 7604542 JTY_1128 JTY_1129 phoH2   FALSE 0.230 87.000 0.108 1.000 N NA
 7604543 7604544 JTY_1130 JTY_1131   fumC TRUE 0.930 -3.000 0.014 NA   NA
 7604544 7604545 JTY_1131 JTY_1132 fumC glpX FALSE 0.310 31.000 0.071 1.000 N NA
 7604547 7604548 JTY_1134 JTY_1135     FALSE 0.012 240.000 0.000 NA   NA
 7604548 7604549 JTY_1135 JTY_1136     TRUE 0.976 0.000 0.286 NA   NA
 7604550 7604551 JTY_1137 JTY_1138     FALSE 0.006 321.000 0.000 NA   NA
 7604552 7604553 JTY_1139 JTY_1140   xseB TRUE 0.593 10.000 0.009 1.000 N NA
 7604553 7604554 JTY_1140 JTY_1141 xseB xseA TRUE 0.986 -10.000 0.412 0.001 Y NA
 7604554 7604555 JTY_1141 JTY_1142 xseA   TRUE 0.935 -3.000 0.024 NA   NA
 7604558 7604559 JTY_1145 JTY_1146 ychF   FALSE 0.127 88.000 0.000 NA   NA
 7604559 7604560 JTY_1146 JTY_1147     TRUE 0.992 -3.000 0.689 NA   NA
 7604560 7604561 JTY_1147 JTY_1148     FALSE 0.019 203.000 0.000 NA   NA
 7604561 7604562 JTY_1148 JTY_1149     FALSE 0.077 118.000 0.000 NA   NA
 7604565 7604566 JTY_1152 JTY_1153     FALSE 0.192 33.000 0.000 NA   NA
 7604566 7604567 JTY_1153 JTY_1154     TRUE 0.983 -3.000 0.000 0.005   NA
 7604568 7604569 JTY_1155 JTY_1156 zwf1 gnd2 TRUE 0.872 22.000 0.062 1.000 Y NA
 7604571 7604572 JTY_1158 JTY_1159 ephC   TRUE 0.882 5.000 0.070 NA   NA
 7604573 7604574 JTY_1160 JTY_1161   ppdK TRUE 0.993 -3.000 0.750 NA   NA
 7604574 7604575 JTY_1161 JTY_1162 ppdK   FALSE 0.017 213.000 0.000 NA   NA
 7604575 7604576 JTY_1162 JTY_1163     FALSE 0.110 102.000 0.000 NA   NA
 7604577 7604578 JTY_1164 JTY_1165   gltA1 TRUE 0.978 -3.000 0.216 1.000   NA
 7604578 7604579 JTY_1165 JTY_1166 gltA1   FALSE 0.480 12.000 0.000 NA   NA
 7604583 7604584 JTY_1170 JTY_1171     FALSE 0.247 50.000 0.000 1.000   NA
 7604585 7604586 JTY_1172 JTY_1173     FALSE 0.343 17.000 0.000 NA   NA
 7604586 7604587 JTY_1173 JTY_1174     TRUE 0.974 -3.000 0.176 1.000   NA
 7604589 7604590 JTY_1176 JTY_1177 echA11 echA10 TRUE 0.594 143.000 0.000 0.007 Y NA
 7604591 7604592 JTY_1178 JTY_1179 mcr   TRUE 0.953 12.000 0.636 0.098 N NA
 7604592 7604593 JTY_1179 JTY_1180   mmpL13 FALSE 0.005 515.000 0.000 1.000   NA
 7604593 7604594 JTY_1180 JTY_1181 mmpL13   FALSE 0.183 133.000 0.080 1.000   NA
 7604596 7604597 JTY_1183 JTY_1184     FALSE 0.250 -31.000 0.000 NA   NA
 7604600 7604601 JTY_1187 JTY_1188 omt   TRUE 0.955 -3.000 0.091 NA   NA
 7604602 7604603 JTY_1189 JTY_1190     FALSE 0.006 434.000 0.000 1.000   NA
 7604604 7604605 JTY_1191 JTY_1192     TRUE 0.893 8.000 0.222 NA   NA
 7604608 7604609 JTY_1195 JTY_1196 mutT2 narG FALSE 0.003 308.000 0.000 1.000 N NA
 7604609 7604610 JTY_1196 JTY_1197 narG narH TRUE 0.936 39.000 0.227 0.001 Y NA
 7604610 7604611 JTY_1197 JTY_1198 narH narJ TRUE 0.912 57.000 0.182 0.002 Y NA
 7604611 7604612 JTY_1198 JTY_1199 narJ narI TRUE 0.995 3.000 0.059 0.002 Y NA
 7604612 7604613 JTY_1199 JTY_1200 narI typA FALSE 0.247 22.000 0.002 1.000 N NA
 7604613 7604614 JTY_1200 JTY_1201 typA lpqW FALSE 0.138 98.000 0.025 1.000 N NA
 7604615 7604616 JTY_1202 JTY_1203   PPE17b FALSE 0.143 72.000 0.000 NA   NA
 7604616 7604617 JTY_1203 JTY_1204 PPE17b PPE17a FALSE 0.228 -46.000 0.000 NA   NA
 7604617 7604618 JTY_1204 JTY_1205 PPE17a PE11 FALSE 0.322 18.000 0.000 NA   NA
 7604619 7604620 JTY_1206 JTY_1207 mshB   FALSE 0.526 92.000 0.387 NA   NA
 7604623 7604624 JTY_1210 JTY_1211   fadH FALSE 0.020 201.000 0.000 NA   NA
 7604624 7604625 JTY_1211 JTY_1212 fadH   TRUE 0.906 -3.000 0.093 NA N NA
 7604626 7604627 JTY_1213 JTY_1214 fdxC   FALSE 0.231 33.000 0.029 1.000 N NA
 7604629 7604630 JTY_1216 JTY_1217 pks3 papA3 FALSE 0.476 53.000 0.250 NA   NA
 7604630 7604631 JTY_1217 JTY_1218 papA3 mmpL10 TRUE 0.803 67.000 1.000 NA   NA
 7604632 7604633 JTY_1219 JTY_1220   fadD21 FALSE 0.032 165.000 0.000 NA   NA
 7604633 7604634 JTY_1220 JTY_1221 fadD21   FALSE 0.231 177.000 0.000 NA Y NA
 7604635 7604636 JTY_1222 JTY_1223 rocA   TRUE 0.953 0.000 0.181 1.000 N NA
 7604636 7604637 JTY_1223 JTY_1224   sigI FALSE 0.074 82.000 0.000 1.000 N NA
 7604637 7604638 JTY_1224 JTY_1225 sigI   FALSE 0.369 16.000 0.000 NA   NA
 7604638 7604639 JTY_1225 JTY_1226     FALSE 0.143 73.000 0.000 NA   NA
 7604639 7604640 JTY_1226 JTY_1227     FALSE 0.135 82.000 0.000 NA   NA
 7604640 7604641 JTY_1227 JTY_1228     FALSE 0.174 40.000 0.000 NA   NA
 7604643 7604644 JTY_1230 JTY_1231 PE13 PPE18 FALSE 0.162 47.000 0.000 NA   NA
 7604644 7604645 JTY_1231 JTY_1232 PPE18 esxK FALSE 0.057 135.000 0.000 NA   NA
 7604645 7604646 JTY_1232 JTY_1233 esxK esxL FALSE 0.158 51.000 0.000 NA   NA
 7604651 7604652 JTY_1238 JTY_1239     FALSE 0.305 31.000 0.000 1.000   NA
 7604653 7604654 JTY_1240 JTY_1241   fadD6 FALSE 0.549 50.000 0.324 NA   NA
 7604654 7604655 JTY_1241 JTY_1242 fadD6 folP2 FALSE 0.312 66.000 0.172 1.000 N NA
 7604655 7604656 JTY_1242 JTY_1243 folP2   TRUE 0.960 -3.000 0.136 NA   NA
 7604656 7604657 JTY_1243 JTY_1244     FALSE 0.305 39.000 0.045 NA   NA
 7604657 7604658 JTY_1244 JTY_1245   tagA TRUE 0.929 -3.000 0.013 NA   NA
 7604658 7604659 JTY_1245 JTY_1246 tagA   FALSE 0.157 107.000 0.021 NA   NA
 7604662 7604663 JTY_1249 JTY_1250 PE14   FALSE 0.059 134.000 0.000 NA   NA
 7604663 7604664 JTY_1250 JTY_1251     FALSE 0.491 28.000 0.080 1.000   NA
 7604664 7604665 JTY_1251 JTY_1252     TRUE 0.687 9.000 0.111 NA N NA
 7604665 7604666 JTY_1252 JTY_1253     TRUE 0.940 -3.000 0.185 NA N NA
 7604666 7604667 JTY_1253 JTY_1254     FALSE 0.545 -10.000 0.000 1.000   NA
 7604667 7604668 JTY_1254 JTY_1255     FALSE 0.082 142.000 0.000 1.000   NA
 7604669 7604670 JTY_1256 JTY_1257 sigE   FALSE 0.144 158.000 0.224 NA   NA
 7604670 7604671 JTY_1257 JTY_1258   htrA TRUE 0.689 69.000 0.607 NA   NA
 7604671 7604672 JTY_1258 JTY_1259 htrA tatB TRUE 0.951 2.000 0.242 1.000 N NA
 7604673 7604674 JTY_1260 JTY_1261     FALSE 0.171 111.000 0.054 NA   NA
 7604674 7604675 JTY_1261 JTY_1262     TRUE 0.990 -3.000 0.542 NA   NA
 7604677 7604678 JTY_1264 JTY_1265 mrp   TRUE 0.601 13.000 0.089 1.000 N NA
 7604678 7604679 JTY_1265 JTY_1266     FALSE 0.184 125.000 0.139 NA   NA
 7604679 7604680 JTY_1266 JTY_1267     TRUE 0.994 -3.000 0.806 NA   NA
 7604680 7604681 JTY_1267 JTY_1268     FALSE 0.150 62.000 0.000 NA   NA
 7604682 7604683 JTY_1269 JTY_1270   lpqY TRUE 0.623 21.000 0.211 NA   NA
 7604683 7604684 JTY_1270 JTY_1271 lpqY sugA TRUE 0.998 -3.000 0.252 0.012 Y NA
 7604684 7604685 JTY_1271 JTY_1272 sugA sugB TRUE 0.998 5.000 0.723 0.012 Y NA
 7604685 7604686 JTY_1272 JTY_1273 sugB sugC TRUE 0.993 5.000 0.191 0.012 Y NA
 7604688 7604689 JTY_1275 JTY_1276 mdh   FALSE 0.141 76.000 0.000 NA   NA
 7604689 7604690 JTY_1276 JTY_1277     TRUE 0.994 -3.000 0.800 NA   NA
 7604693 7604694 JTY_1280 JTY_1281     FALSE 0.155 57.000 0.000 NA   NA
 7604694 7604695 JTY_1281 JTY_1282     TRUE 0.988 -3.000 0.000 NA Y NA
 7604695 7604696 JTY_1282 JTY_1283   kgd FALSE 0.006 113.000 0.000 NA N NA
 7604696 7604697 JTY_1283 JTY_1284 kgd   FALSE 0.034 193.000 0.013 NA   NA
 7604699 7604700 JTY_1286 JTY_1287   lprE FALSE 0.350 56.000 0.133 NA   NA
 7604701 7604702 JTY_1288 JTY_1289 deaD   TRUE 0.882 -3.000 0.006 1.000 N NA
 7604703 7604704 JTY_1290 JTY_1291     TRUE 0.961 -3.000 0.143 NA   NA
 7604705 7604706 JTY_1292 JTY_1293     TRUE 0.690 2.000 0.016 NA N NA
 7604706 7604707 JTY_1293 JTY_1294     TRUE 0.790 -15.000 0.000 0.006   NA
 7604708 7604709 JTY_1295 JTY_1296     TRUE 0.902 5.000 0.136 NA   NA
 7604710 7604711 JTY_1297 JTY_1298 amiB2   FALSE 0.078 75.000 0.000 1.000 N NA
 7604711 7604712 JTY_1298 JTY_1299     FALSE 0.030 173.000 0.000 NA   NA
 7604713 7604714 JTY_1300 JTY_1301 pknH embR FALSE 0.064 341.000 0.000 1.000 Y NA
 7604714 7604715 JTY_1301 JTY_1302 embR   FALSE 0.011 311.000 0.000 1.000   NA
 7604715 7604716 JTY_1302 JTY_1303     FALSE 0.015 223.000 0.000 NA   NA
 7604716 7604717 JTY_1303 JTY_1304   lprA TRUE 0.727 61.000 0.667 NA   NA
 7604717 7604718 JTY_1304 JTY_1305 lprA   FALSE 0.017 213.000 0.000 NA   NA
 7604718 7604719 JTY_1305 JTY_1306     FALSE 0.096 108.000 0.000 NA   NA
 7604719 7604720 JTY_1306 JTY_1307     TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.003 Y NA
 7604721 7604722 JTY_1308 JTY_1309 lprB lprC TRUE 0.992 -3.000 0.692 NA   NA
 7604724 7604725 JTY_1311 JTY_1312     TRUE 0.996 -3.000 0.312 NA Y NA
 7604725 7604726 JTY_1312 JTY_1313     FALSE 0.155 21.000 0.017 NA N NA
 7604727 7604728 JTY_1314 JTY_1315 oppA oppD TRUE 0.961 -7.000 0.242 1.000 Y NA
 7604728 7604729 JTY_1315 JTY_1316 oppD oppC TRUE 0.996 -3.000 0.303 1.000 Y NA
 7604729 7604730 JTY_1316 JTY_1317 oppC oppB TRUE 0.999 -3.000 0.846 0.012 Y NA
 7604731 7604732 JTY_1318 JTY_1319 canA cysD FALSE 0.240 94.000 0.136 1.000 N NA
 7604732 7604733 JTY_1319 JTY_1320 cysD cysN TRUE 0.995 0.000 0.483 0.001 N NA
 7604733 7604734 JTY_1320 JTY_1321 cysN   FALSE 0.164 54.000 0.073 NA N NA
 7604734 7604735 JTY_1321 JTY_1322     FALSE 0.154 58.000 0.000 NA   NA
 7604735 7604736 JTY_1322 JTY_1323     FALSE 0.159 49.000 0.000 NA   NA
 7604739 7604740 JTY_1326 JTY_t0018   argV FALSE 0.005 359.000 0.000 NA   NA
 7604741 7604742 JTY_1327 JTY_1328 argS lysA TRUE 0.935 -3.000 0.071 1.000 N NA
 7604742 7604743 JTY_1328 JTY_1329 lysA thrA TRUE 0.985 4.000 0.071 1.000 Y NA
 7604743 7604744 JTY_1329 JTY_1330 thrA thrC TRUE 0.995 -3.000 0.194 1.000 Y NA
 7604744 7604745 JTY_1330 JTY_1331 thrC thrB FALSE 0.283 218.000 0.221 1.000 Y NA
 7604745 7604746 JTY_1331 JTY_1332 thrB rho FALSE 0.031 257.000 0.000 0.078 N NA
 7604746 7604747 JTY_1332 JTY_1333 rho rpmE FALSE 0.084 151.000 0.115 1.000 N NA
 7604747 7604748 JTY_1333 JTY_1334 rpmE prfA TRUE 0.734 90.000 0.110 1.000 Y NA
 7604748 7604749 JTY_1334 JTY_1335 prfA hemK TRUE 0.993 -3.000 0.069 1.000 Y NA
 7604749 7604750 JTY_1335 JTY_1336 hemK   TRUE 0.965 16.000 0.583 NA Y NA
 7604750 7604751 JTY_1336 JTY_1337   rfe FALSE 0.299 84.000 0.248 NA N NA
 7604751 7604752 JTY_1337 JTY_1338 rfe   FALSE 0.018 257.000 0.000 1.000   NA
 7604752 7604753 JTY_1338 JTY_1339   atpB TRUE 0.706 -7.000 0.021 1.000   NA
 7604753 7604754 JTY_1339 JTY_1340 atpB atpE TRUE 0.959 49.000 0.557 0.003 Y NA
 7604754 7604755 JTY_1340 JTY_1341 atpE atpF TRUE 0.905 31.000 0.012 0.003 Y NA
 7604755 7604756 JTY_1341 JTY_1342 atpF atpH TRUE 0.988 7.000 0.008 0.003 Y NA
 7604756 7604757 JTY_1342 JTY_1343 atpH atpA TRUE 0.975 45.000 0.864 0.003 Y NA
 7604757 7604758 JTY_1343 JTY_1344 atpA atpG TRUE 0.998 7.000 0.846 0.003 Y NA
 7604758 7604759 JTY_1344 JTY_1345 atpG atpD TRUE 0.971 40.000 0.724 0.003 Y NA
 7604759 7604760 JTY_1345 JTY_1346 atpD atpC TRUE 0.993 14.000 0.837 0.003 Y NA
 7604760 7604761 JTY_1346 JTY_1347 atpC   TRUE 0.806 8.000 0.054 NA   NA
 7604762 7604763 JTY_1348 JTY_1349     FALSE 0.054 166.000 0.000 1.000   NA
 7604764 7604765 JTY_1350 JTY_r0001 murA 16S_rRNA FALSE 0.009 269.000 0.000 NA   NA
 7604765 7604766 JTY_r0001 JTY_r0002 16S_rRNA 23S_rRNA FALSE 0.009 276.000 0.000 NA   NA
 7604766 7604767 JTY_r0002 JTY_r0003 23S_rRNA 5S_rRNA FALSE 0.107 104.000 0.000 NA   NA
 7604768 7604769 JTY_1351 JTY_1352 ogt alkA TRUE 0.998 -3.000 0.093 0.001 Y NA
 7604769 7604770 JTY_1352 JTY_1353 alkA   FALSE 0.075 81.000 0.000 1.000 N NA
 7604770 7604771 JTY_1353 JTY_1354     TRUE 0.852 70.000 0.000 0.002 Y NA
 7604771 7604772 JTY_1354 JTY_1355     TRUE 0.964 13.000 0.000 0.002 Y NA
 7604773 7604774 JTY_1356 JTY_1357     FALSE 0.521 23.000 0.141 NA   NA
 7604776 7604777 JTY_1359 JTY_1360 fadA4   FALSE 0.084 130.000 0.035 1.000 N NA
 7604778 7604779 JTY_1361 JTY_1362 PE_PGRS24 glgB FALSE 0.041 152.000 0.000 NA   NA
 7604779 7604780 JTY_1362 JTY_1363 glgB glgE TRUE 0.989 8.000 0.159 0.004 Y NA
 7604782 7604783 JTY_1365 JTY_1366 dinG   FALSE 0.388 24.000 0.080 1.000 N NA
 7604784 7604785 JTY_1367 JTY_1368 clpS   TRUE 0.859 -40.000 0.823 NA   NA
 7604785 7604786 JTY_1368 JTY_1369     TRUE 0.578 17.000 0.093 NA   NA
 7604786 7604787 JTY_1369 JTY_1370     TRUE 0.796 8.000 0.044 NA   NA
 7604787 7604788 JTY_1370 JTY_1371     FALSE 0.502 22.000 0.093 NA   NA
 7604788 7604789 JTY_1371 JTY_1372   cysM TRUE 0.694 10.000 0.052 1.000 N NA
 7604789 7604790 JTY_1372 JTY_1373 cysM   TRUE 0.678 -9.000 0.032 1.000   NA
 7604790 7604791 JTY_1373 JTY_1374   murI TRUE 0.955 -3.000 0.024 1.000   NA
 7604791 7604792 JTY_1374 JTY_1375 murI   FALSE 0.469 27.000 0.054 1.000   NA
 7604792 7604793 JTY_1375 JTY_1376   rph TRUE 0.617 17.000 0.053 1.000   NA
 7604793 7604794 JTY_1376 JTY_1377 rph   FALSE 0.474 39.000 0.262 1.000 N NA
 7604795 7604796 JTY_1378 JTY_1379   lprD TRUE 0.979 -3.000 0.286 NA   NA
 7604797 7604798 JTY_1380 JTY_1381   fadD33 TRUE 0.965 -7.000 0.286 1.000 Y NA
 7604798 7604799 JTY_1381 JTY_1382 fadD33 fadE14 TRUE 0.994 0.000 0.200 1.000 Y NA
 7604801 7604802 JTY_t0019 JTY_1384 leuW   FALSE 0.013 236.000 0.000 NA   NA
 7604802 7604803 JTY_1384 JTY_1385     TRUE 0.999 -3.000 0.686 0.003 Y NA
 7604803 7604804 JTY_1385 JTY_1386   fabG FALSE 0.035 129.000 0.000 1.000 N NA
 7604804 7604805 JTY_1386 JTY_1387 fabG   TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604805 7604806 JTY_1387 JTY_1388     FALSE 0.019 203.000 0.000 NA   NA
 7604807 7604808 JTY_1389 JTY_1390     FALSE 0.180 20.000 0.000 1.000 N NA
 7604808 7604809 JTY_1390 JTY_1391   moeY FALSE 0.468 9.000 0.000 1.000 N NA
 7604809 7604810 JTY_1391 JTY_1392 moeY   TRUE 0.969 -3.000 0.200 NA   NA
 7604810 7604811 JTY_1392 JTY_1393     FALSE 0.003 473.000 0.000 NA   NA
 7604812 7604813 JTY_1394 JTY_1395     FALSE 0.530 82.000 0.000 0.005   NA
 7604813 7604814 JTY_1395 JTY_1396     FALSE 0.000 423.000 0.000 NA N NA
 7604815 7604816 JTY_1397 JTY_1398 PPE19   FALSE 0.006 315.000 0.000 NA   NA
 7604816 7604817 JTY_1398 JTY_1399     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604817 7604818 JTY_1399 JTY_1400     FALSE 0.007 291.000 0.000 NA   NA
 7604818 7604819 JTY_1400 JTY_1401     FALSE 0.415 139.000 0.000 1.000 Y NA
 7604822 7604823 JTY_1404 JTY_1405 lprF   FALSE 0.021 196.000 0.000 NA   NA
 7604823 7604824 JTY_1405 JTY_1406     FALSE 0.261 -478.000 0.000 1.000   NA
 7604824 7604825 JTY_1406 JTY_1407     TRUE 0.910 -3.000 0.028 1.000 N NA
 7604825 7604826 JTY_1407 JTY_1408     TRUE 0.816 6.000 0.000 1.000   NA
 7604826 7604827 JTY_1408 JTY_1409     TRUE 0.750 -33.000 0.000 0.001   NA
 7604829 7604830 JTY_1411 JTY_1412     TRUE 0.978 -3.000 0.282 NA   NA
 7604831 7604832 JTY_1413 JTY_1414     FALSE 0.542 11.000 0.000 NA   NA
 7604833 7604834 JTY_1415 JTY_1416 pyrR pyrB TRUE 0.995 -3.000 0.247 1.000 Y NA
 7604834 7604835 JTY_1416 JTY_1417 pyrB pyrC TRUE 0.997 -3.000 0.452 1.000 Y NA
 7604835 7604836 JTY_1417 JTY_1418 pyrC   TRUE 0.947 -3.000 0.057 NA   NA
 7604836 7604837 JTY_1418 JTY_1419   carA TRUE 0.945 -3.000 0.050 NA   NA
 7604837 7604838 JTY_1419 JTY_1420 carA carB TRUE 0.999 0.000 0.345 0.001 Y NA
 7604838 7604839 JTY_1420 JTY_1421 carB pyrF TRUE 0.993 -3.000 0.075 1.000 Y NA
 7604839 7604840 JTY_1421 JTY_1422 pyrF PE15 FALSE 0.021 195.000 0.000 NA   NA
 7604840 7604841 JTY_1422 JTY_1423 PE15 PPE20 TRUE 0.992 -3.000 0.667 NA   NA
 7604841 7604842 JTY_1423 JTY_1424 PPE20 mihF FALSE 0.007 306.000 0.000 NA   NA
 7604842 7604843 JTY_1424 JTY_1425 mihF gmk FALSE 0.159 135.000 0.054 1.000   NA
 7604843 7604844 JTY_1425 JTY_1426 gmk rpoZ TRUE 0.588 66.000 0.471 1.000 N NA
 7604844 7604845 JTY_1426 JTY_1427 rpoZ dfp TRUE 0.631 16.000 0.192 1.000 N NA
 7604845 7604846 JTY_1427 JTY_1428 dfp metK FALSE 0.557 128.000 0.059 1.000 Y NA
 7604847 7604848 JTY_1429 JTY_1430   cyp132 TRUE 0.807 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7604850 7604851 JTY_1432 JTY_1433 PE_PGRS25   FALSE 0.011 255.000 0.000 NA   NA
 7604851 7604852 JTY_1433 JTY_1434     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604852 7604853 JTY_1434 JTY_1435   lipH FALSE 0.210 83.000 0.000 1.000   NA
 7604853 7604854 JTY_1435 JTY_1436 lipH lipI TRUE 0.944 25.000 0.250 0.019 Y NA
 7604855 7604856 JTY_1437 JTY_1438   priA FALSE 0.250 81.000 0.050 NA   NA
 7604860 7604861 JTY_1442 JTY_1443 fmt fmu TRUE 0.996 -3.000 0.305 1.000 Y NA
 7604861 7604862 JTY_1443 JTY_1444 fmu rpe FALSE 0.336 25.000 0.056 1.000 N NA
 7604862 7604863 JTY_1444 JTY_1445 rpe ribG TRUE 0.910 -3.000 0.028 1.000 N NA
 7604864 7604865 JTY_1446 JTY_1447   lprG TRUE 0.935 6.000 0.286 NA   NA
 7604866 7604867 JTY_1448 JTY_1449 ribC   FALSE 0.017 214.000 0.000 NA   NA
 7604867 7604868 JTY_1449 JTY_1450     FALSE 0.408 -10.000 0.000 NA   NA
 7604868 7604869 JTY_1450 JTY_1451   ribA2 FALSE 0.104 105.000 0.000 NA   NA
 7604869 7604870 JTY_1451 JTY_1452 ribA2 ribH TRUE 0.965 15.000 0.041 0.002 Y NA
 7604870 7604871 JTY_1452 JTY_1453 ribH   TRUE 0.929 -3.000 0.014 NA   NA
 7604871 7604872 JTY_1453 JTY_1454   lprH FALSE 0.492 25.000 0.143 NA   NA
 7604872 7604873 JTY_1454 JTY_1455 lprH   FALSE 0.027 180.000 0.000 NA   NA
 7604873 7604874 JTY_1455 JTY_1456   uvrC FALSE 0.147 64.000 0.000 NA   NA
 7604874 7604875 JTY_1456 JTY_1457 uvrC   TRUE 0.952 -3.000 0.073 NA   NA
 7604875 7604876 JTY_1457 JTY_1458     TRUE 0.977 -3.000 0.259 NA   NA
 7604876 7604877 JTY_1458 JTY_1459   whiA TRUE 0.988 -3.000 0.470 NA   NA
 7604880 7604881 JTY_1462 JTY_1463 lipO fadD12 TRUE 0.998 0.000 0.857 1.000 Y NA
 7604881 7604882 JTY_1463 JTY_1464 fadD12   TRUE 0.996 4.000 0.429 0.095 Y NA
 7604883 7604884 JTY_1465 JTY_1466   PE16 FALSE 0.012 240.000 0.000 NA   NA
 7604884 7604885 JTY_1466 JTY_1467 PE16   FALSE 0.087 111.000 0.000 NA   NA
 7604885 7604886 JTY_1467 JTY_1468     TRUE 0.989 -3.000 0.500 NA   NA
 7604886 7604887 JTY_1468 JTY_1469     FALSE 0.033 164.000 0.000 NA   NA
 7604887 7604888 JTY_1469 JTY_1470     TRUE 0.880 0.000 0.000 NA   NA
 7604890 7604891 JTY_1472 JTY_1473 gap pgk TRUE 0.995 3.000 0.055 0.003 Y NA
 7604891 7604892 JTY_1473 JTY_1474 pgk tpiA TRUE 0.993 -3.000 0.075 1.000 Y NA
 7604897 7604898 JTY_1479 JTY_1480     FALSE 0.003 607.000 0.000 NA   NA
 7604898 7604899 JTY_1480 JTY_1481   devB FALSE 0.504 17.000 0.038 NA   NA
 7604899 7604900 JTY_1481 JTY_1482 devB opcA TRUE 0.993 -3.000 0.179 NA Y NA
 7604900 7604901 JTY_1482 JTY_1483 opcA zwf2 TRUE 0.746 53.000 0.104 NA Y NA
 7604901 7604902 JTY_1483 JTY_1484 zwf2 tal TRUE 0.993 -3.000 0.067 1.000 Y NA
 7604902 7604903 JTY_1484 JTY_1485 tal tkt TRUE 0.907 17.000 0.090 1.000 Y NA
 7604903 7604904 JTY_1485 JTY_1486 tkt PE_PGRS27 FALSE 0.003 439.000 0.000 NA   NA
 7604910 7604911 JTY_1492 JTY_1493     FALSE 0.397 112.000 0.022 0.041   NA
 7604911 7604912 JTY_1493 JTY_1494     TRUE 0.975 -3.000 0.186 1.000   NA
 7604912 7604913 JTY_1494 JTY_1495     FALSE 0.227 156.000 0.357 NA   NA
 7604914 7604915 JTY_1496 JTY_1497     TRUE 0.942 -3.000 0.100 1.000 N NA
 7604915 7604916 JTY_1497 JTY_1498     TRUE 0.992 -3.000 0.266 0.001 N NA
 7604916 7604917 JTY_1498 JTY_1499     TRUE 0.997 -3.000 0.482 1.000 Y NA
 7604917 7604918 JTY_1499 JTY_1500   csd TRUE 0.909 2.000 0.093 1.000 N NA
 7604918 7604919 JTY_1500 JTY_1501 csd   TRUE 0.969 -3.000 0.249 1.000 N NA
 7604919 7604920 JTY_1501 JTY_1502     FALSE 0.534 -25.000 0.152 NA   NA
 7604921 7604922 JTY_1503 JTY_1504 fadE15 PE_PGRS29 FALSE 0.320 107.000 0.222 NA   NA
 7604923 7604924 JTY_1505 JTY_1506 ctpD trxA FALSE 0.181 44.000 0.018 1.000 N NA
 7604924 7604925 JTY_1506 JTY_1507 trxA trxB1 TRUE 0.973 16.000 0.222 0.003 Y NA
 7604925 7604926 JTY_1507 JTY_1508 trxB1 echA12 TRUE 0.822 22.000 0.636 1.000 N NA
 7604926 7604927 JTY_1508 JTY_1509 echA12   FALSE 0.448 36.000 0.090 1.000   NA
 7604927 7604928 JTY_1509 JTY_1510     FALSE 0.333 97.000 0.191 NA   NA
 7604929 7604930 JTY_1511 JTY_1512   acn TRUE 0.830 11.000 0.256 1.000 N NA
 7604931 7604932 JTY_1513 JTY_1514     FALSE 0.014 226.000 0.000 NA   NA
 7604932 7604933 JTY_1514 JTY_1515     TRUE 0.853 11.000 0.250 NA   NA
 7604933 7604934 JTY_1515 JTY_1516   moxR1 FALSE 0.135 139.000 0.120 NA   NA
 7604934 7604935 JTY_1516 JTY_1517 moxR1   TRUE 0.995 -3.000 0.920 NA   NA
 7604935 7604936 JTY_1517 JTY_1518     TRUE 0.955 11.000 0.760 NA   NA
 7604938 7604939 JTY_1520 JTY_1521 fabG1 inhA TRUE 0.936 19.000 0.078 0.094 Y NA
 7604939 7604940 JTY_1521 JTY_1522 inhA hemZ TRUE 0.776 6.000 0.038 1.000 N NA
 7604942 7604943 JTY_1524 JTY_1525     TRUE 0.900 22.000 0.259 NA Y NA
 7604943 7604944 JTY_1525 JTY_1526     TRUE 0.757 10.000 0.049 NA   NA
 7604944 7604945 JTY_1526 JTY_1527     FALSE 0.189 34.000 0.000 NA   NA
 7604945 7604946 JTY_1527 JTY_1528     FALSE 0.043 150.000 0.000 NA   NA
 7604948 7604949 JTY_1530 JTY_1531 mutA mutB TRUE 0.997 1.000 0.115 0.001 Y NA
 7604949 7604950 JTY_1531 JTY_1532 mutB   FALSE 0.415 14.000 0.000 NA   NA
 7604950 7604951 JTY_1532 JTY_1533     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7604951 7604952 JTY_1533 JTY_1534     TRUE 0.807 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7604952 7604953 JTY_1534 JTY_1535   lipL FALSE 0.158 53.000 0.011 1.000 N NA
 7604954 7604955 JTY_1536 JTY_1537     FALSE 0.017 214.000 0.000 NA   NA
 7604956 7604957 JTY_1538 JTY_1539     FALSE 0.164 45.000 0.000 NA   NA
 7604957 7604958 JTY_1539 JTY_1540     TRUE 0.612 12.000 0.167 NA N NA
 7604958 7604959 JTY_1540 JTY_1541     FALSE 0.044 213.000 0.105 NA   NA
 7604960 7604961 JTY_1542 JTY_1543     FALSE 0.133 137.000 0.027 1.000   NA
 7604962 7604963 JTY_1544 JTY_1545     TRUE 0.631 9.000 0.000 NA   NA
 7604963 7604964 JTY_1545 JTY_1546     FALSE 0.065 130.000 0.000 NA   NA
 7604964 7604965 JTY_1546 JTY_1547     FALSE 0.231 26.000 0.000 NA   NA
 7604965 7604966 JTY_1547 JTY_1548   fadD25 FALSE 0.001 234.000 0.000 NA N NA
 7604968 7604969 JTY_1550 JTY_1551     FALSE 0.118 30.000 0.000 1.000 N NA
 7604969 7604970 JTY_1551 JTY_1552   wbbL2 FALSE 0.162 47.000 0.000 NA   NA
 7604971 7604972 JTY_1553 JTY_1554   pks5 FALSE 0.157 23.000 0.000 1.000 N NA
 7604972 7604973 JTY_1554 JTY_1555 pks5 papA4 FALSE 0.003 544.000 0.000 NA   NA
 7604974 7604975 JTY_1556 JTY_1557 fadD24 adh FALSE 0.042 117.000 0.000 1.000 N NA
 7604975 7604976 JTY_1557 JTY_1558 adh   TRUE 0.980 -3.000 0.300 NA   NA
 7604978 7604979 JTY_1560 JTY_1561     TRUE 0.934 -3.000 0.000 1.000   NA
 7604979 7604980 JTY_1561 JTY_1562     FALSE 0.003 565.000 0.000 NA   NA
 7604980 7604981 JTY_1562 JTY_1563   ileS FALSE 0.007 307.000 0.000 NA   NA
 7604981 7604982 JTY_1563 JTY_1564 ileS dinX FALSE 0.018 212.000 0.014 1.000 N NA
 7604984 7604985 JTY_1566 JTY_1567 lspA   TRUE 0.627 -7.000 0.073 1.000 N NA
 7604986 7604987 JTY_1568 JTY_1569 lprI glbN FALSE 0.279 55.000 0.050 NA   NA
 7604988 7604989 JTY_1570 JTY_1571     TRUE 0.992 5.000 0.750 0.040   NA
 7604989 7604990 JTY_1571 JTY_1572     FALSE 0.278 22.000 0.000 NA   NA
 7604990 7604991 JTY_1572 JTY_1573     FALSE 0.159 49.000 0.000 NA   NA
 7604991 7604992 JTY_1573 JTY_1574   dnaE FALSE 0.192 68.000 0.003 NA   NA
 7604994 7604995 JTY_1576 JTY_1577 fadD11 plsB1 TRUE 0.976 14.000 0.333 0.093 Y NA
 7604995 7604996 JTY_1577 JTY_1578 plsB1 frdA FALSE 0.002 370.000 0.000 1.000 N NA
 7604996 7604997 JTY_1578 JTY_1579 frdA frdB TRUE 0.998 3.000 0.470 0.005 Y NA
 7604997 7604998 JTY_1579 JTY_1580 frdB frdC TRUE 0.943 63.000 0.454 0.005 Y NA
 7604998 7604999 JTY_1580 JTY_1581 frdC frdD TRUE 0.999 -3.000 0.787 0.005 Y NA
 7604999 7605000 JTY_1581 JTY_1582 frdD   FALSE 0.080 68.000 0.000 1.000 N NA
 7605000 7605001 JTY_1582 JTY_1583   mmpS6 FALSE 0.327 139.000 0.429 NA   NA
 7605001 7605002 JTY_1583 JTY_1584 mmpS6 mmpL6 TRUE 0.993 -3.000 0.750 NA   NA
 7605002 7605003 JTY_1584 JTY_1585 mmpL6   TRUE 0.599 10.000 0.000 NA   NA
 7605003 7605004 JTY_1585 JTY_1586   ilvA FALSE 0.302 35.000 0.033 NA   NA
 7605004 7605005 JTY_1586 JTY_1587 ilvA   FALSE 0.014 38.000 0.000 NA N NA
 7605005 7605006 JTY_1587 JTY_1588     TRUE 0.718 6.000 0.000 NA   NA
 7605007 7605008 JTY_1589 JTY_1590 treZb treZa TRUE 0.984 -3.000 0.000 0.004   NA
 7605008 7605009 JTY_1590 JTY_1591 treZa treY TRUE 0.877 -7.000 0.000 0.004   NA
 7605009 7605010 JTY_1591 JTY_1592 treY treX TRUE 0.994 4.000 0.061 0.004 Y NA
 7605010 7605011 JTY_1592 JTY_1593 treX   FALSE 0.279 39.000 0.073 1.000 N NA
 7605011 7605012 JTY_1593 JTY_1594     FALSE 0.414 99.000 0.400 NA N NA
 7605012 7605013 JTY_1594 JTY_1595     FALSE 0.012 240.000 0.000 NA   NA
 7605014 7605015 JTY_1596 JTY_1597 bioA bioF1 TRUE 0.997 -3.000 0.033 0.001 Y NA
 7605015 7605016 JTY_1597 JTY_1598 bioF1 bioD TRUE 0.998 -3.000 0.214 0.001 Y NA
 7605016 7605017 JTY_1598 JTY_1599 bioD   TRUE 0.954 0.000 0.036 1.000   NA
 7605018 7605019 JTY_1600 JTY_1601     FALSE 0.187 -229.000 0.000 NA   NA
 7605020 7605021 JTY_1602 JTY_1603 bioB   TRUE 0.919 1.000 0.041 NA   NA
 7605021 7605022 JTY_1603 JTY_1604     TRUE 0.984 -3.000 0.361 NA   NA
 7605023 7605024 JTY_1605 JTY_1606     FALSE 0.052 257.000 0.273 NA   NA
 7605025 7605026 JTY_1607 JTY_1608 nadA nadB TRUE 0.998 0.000 0.210 0.003 Y NA
 7605026 7605027 JTY_1608 JTY_1609 nadB nadC TRUE 0.998 0.000 0.223 0.003 Y NA
 7605027 7605028 JTY_1609 JTY_1610 nadC   FALSE 0.248 49.000 0.000 1.000   NA
 7605030 7605031 JTY_1612 JTY_1613 hisD hisC1 TRUE 0.997 -3.000 0.112 0.004 Y NA
 7605031 7605032 JTY_1613 JTY_1614 hisC1 hisB TRUE 0.998 -3.000 0.341 0.004 Y NA
 7605032 7605033 JTY_1614 JTY_1615 hisB hisH TRUE 0.997 -3.000 0.046 0.004 Y NA
 7605033 7605034 JTY_1615 JTY_1616 hisH hisA TRUE 0.994 10.000 0.491 0.004 Y NA
 7605034 7605035 JTY_1616 JTY_1617 hisA impA TRUE 0.891 8.000 0.266 1.000 N NA
 7605035 7605036 JTY_1617 JTY_1618 impA hisF TRUE 0.855 2.000 0.021 1.000 N NA
 7605036 7605037 JTY_1618 JTY_1619 hisF hisI TRUE 0.999 -3.000 0.430 0.004 Y NA
 7605037 7605038 JTY_1619 JTY_1620 hisI chaA FALSE 0.022 181.000 0.002 1.000 N NA
 7605040 7605041 JTY_1622 JTY_1623 trpE   TRUE 0.916 -10.000 0.690 NA   NA
 7605041 7605042 JTY_1623 JTY_1624   trpC FALSE 0.256 90.000 0.070 NA   NA
 7605042 7605043 JTY_1624 JTY_1625 trpC trpB TRUE 0.893 69.000 0.070 0.001 Y NA
 7605043 7605044 JTY_1625 JTY_1626 trpB trpA TRUE 0.998 0.000 0.153 0.001 Y NA
 7605044 7605045 JTY_1626 JTY_1627 trpA lgt TRUE 0.880 0.000 0.011 1.000 N NA
 7605045 7605046 JTY_1627 JTY_1628 lgt   FALSE 0.002 676.000 0.000 NA   NA
 7605046 7605047 JTY_1628 JTY_1629     TRUE 0.654 -10.000 0.111 NA   NA
 7605047 7605048 JTY_1629 JTY_1630   pykA FALSE 0.212 108.000 0.083 NA   NA
 7605048 7605049 JTY_1630 JTY_1631 pykA tesB1 TRUE 0.922 8.000 0.361 1.000 N NA
 7605049 7605050 JTY_1631 JTY_1632 tesB1   FALSE 0.429 58.000 0.214 NA   NA
 7605051 7605052 JTY_1633 JTY_1634 cydC cydD TRUE 0.999 -3.000 0.631 0.003 Y NA
 7605052 7605053 JTY_1634 JTY_1635 cydD cydB TRUE 0.751 87.000 0.151 1.000 Y NA
 7605053 7605054 JTY_1635 JTY_1636 cydB cydA TRUE 0.977 30.000 0.925 0.040 Y NA
 7605054 7605055 JTY_1636 JTY_1637 cydA   FALSE 0.205 111.000 0.104 NA   NA
 7605055 7605056 JTY_1637 JTY_1638   cya FALSE 0.481 29.000 0.176 NA   NA
 7605056 7605057 JTY_1638 JTY_t0020 cya leuV FALSE 0.046 145.000 0.000 NA   NA
 7605059 7605060 JTY_1640 JTY_1641     TRUE 0.994 -3.000 0.850 NA   NA
 7605061 7605062 JTY_1642 JTY_1643 polA rpsA FALSE 0.030 163.000 0.005 1.000 N NA
 7605062 7605063 JTY_1643 JTY_1644 rpsA coaE FALSE 0.261 26.000 0.024 1.000 N NA
 7605065 7605066 JTY_1646 JTY_1647 uvrB   TRUE 0.923 -3.000 0.006 NA   NA
 7605071 7605072 JTY_1652 JTY_1653     FALSE 0.369 16.000 0.000 NA   NA
 7605072 7605073 JTY_1653 JTY_1654   lysS FALSE 0.287 59.000 0.057 NA   NA
 7605074 7605075 JTY_1655 JTY_1656 infC rpmI TRUE 0.920 50.000 0.652 1.000 Y NA
 7605075 7605076 JTY_1656 JTY_1657 rpmI rplT TRUE 0.968 62.000 0.928 0.014 Y NA
 7605076 7605077 JTY_1657 JTY_1658 rplT tsnR TRUE 0.894 33.000 0.057 0.013 Y NA
 7605079 7605080 JTY_1660 JTY_1661 PE17   FALSE 0.331 78.000 0.143 NA   NA
 7605080 7605081 JTY_1661 JTY_1662     TRUE 0.900 7.000 0.214 NA   NA
 7605081 7605082 JTY_1662 JTY_1663   pheS FALSE 0.029 196.000 0.002 NA   NA
 7605082 7605083 JTY_1663 JTY_1664 pheS pheT TRUE 0.999 0.000 0.574 0.001 Y NA
 7605085 7605086 JTY_1666 JTY_1667 argC argJ TRUE 0.998 -3.000 0.303 0.002 Y NA
 7605086 7605087 JTY_1667 JTY_1668 argJ argB TRUE 0.998 -3.000 0.239 0.002 Y NA
 7605087 7605088 JTY_1668 JTY_1669 argB argD TRUE 0.994 -3.000 0.105 1.000 Y NA
 7605088 7605089 JTY_1669 JTY_1670 argD argF TRUE 0.994 -3.000 0.091 1.000 Y NA
 7605089 7605090 JTY_1670 JTY_1671 argF argR TRUE 0.940 -3.000 0.088 1.000 N NA
 7605090 7605091 JTY_1671 JTY_1672 argR argG TRUE 0.726 9.000 0.054 1.000 N NA
 7605091 7605092 JTY_1672 JTY_1673 argG argH TRUE 0.824 80.000 0.278 1.000 Y NA
 7605092 7605093 JTY_1673 JTY_1674 argH pks10 FALSE 0.082 109.000 0.003 1.000 N NA
 7605093 7605094 JTY_1674 JTY_1675 pks10 pks7 TRUE 0.965 83.000 1.000 0.018 Y NA
 7605094 7605095 JTY_1675 JTY_1676 pks7 pks8 TRUE 0.988 20.000 1.000 0.008 Y NA
 7605095 7605096 JTY_1676 JTY_1677 pks8 pks17 TRUE 0.995 0.000 0.000 0.009 Y NA
 7605096 7605097 JTY_1677 JTY_1678 pks17 pks9 TRUE 0.987 6.000 0.000 0.005 Y NA
 7605097 7605098 JTY_1678 JTY_1679 pks9 pks11 TRUE 0.865 147.000 0.750 0.018 Y NA
 7605099 7605100 JTY_1680 JTY_1681 cyp139   TRUE 0.600 15.000 0.008 1.000   NA
 7605101 7605102 JTY_1682 JTY_1683     FALSE 0.192 33.000 0.000 NA   NA
 7605102 7605103 JTY_1683 JTY_1684     TRUE 0.658 8.000 0.000 NA   NA
 7605104 7605105 JTY_1685 JTY_1686     FALSE 0.009 93.000 0.000 NA N NA
 7605105 7605106 JTY_1686 JTY_1687     FALSE 0.018 28.000 0.000 NA N NA
 7605106 7605107 JTY_1687 JTY_1688     FALSE 0.021 325.000 0.000 0.027 N NA
 7605108 7605109 JTY_1689 JTY_1690   dsbF TRUE 0.986 -3.000 0.000 0.002   NA
 7605109 7605110 JTY_1690 JTY_1691 dsbF   FALSE 0.112 101.000 0.000 NA   NA
 7605110 7605111 JTY_1691 JTY_1692   fadE16 TRUE 0.934 0.000 0.037 NA   NA
 7605111 7605112 JTY_1692 JTY_1693 fadE16   TRUE 0.809 9.000 0.222 NA N NA
 7605112 7605113 JTY_1693 JTY_1694   moeX TRUE 0.944 -3.000 0.047 NA   NA
 7605113 7605114 JTY_1694 JTY_1695 moeX   FALSE 0.035 161.000 0.000 NA   NA
 7605114 7605115 JTY_1695 JTY_1696     FALSE 0.010 263.000 0.000 NA   NA
 7605115 7605116 JTY_1696 JTY_1697     TRUE 0.597 -7.000 0.013 NA   NA
 7605117 7605118 JTY_1698 JTY_1699     TRUE 0.981 2.000 0.400 1.000   NA
 7605118 7605119 JTY_1699 JTY_1700     TRUE 0.848 72.000 0.089 0.075 Y NA
 7605120 7605121 JTY_1701 JTY_1702   tyrS TRUE 0.614 12.000 0.067 1.000 N NA
 7605121 7605122 JTY_1702 JTY_1703 tyrS lprJ FALSE 0.002 651.000 0.000 NA   NA
 7605122 7605123 JTY_1703 JTY_1704 lprJ   FALSE 0.176 39.000 0.000 NA   NA
 7605123 7605124 JTY_1704 JTY_1705     TRUE 0.991 -3.000 0.500 1.000   NA
 7605124 7605125 JTY_1705 JTY_1706     TRUE 0.954 -3.000 0.083 NA   NA
 7605125 7605126 JTY_1706 JTY_1707   tlyA TRUE 0.757 8.000 0.014 NA   NA
 7605126 7605127 JTY_1707 JTY_1708 tlyA ppnK TRUE 0.940 0.000 0.120 1.000 N NA
 7605127 7605128 JTY_1708 JTY_1709 ppnK recN TRUE 0.582 14.000 0.094 1.000 N NA
 7605128 7605129 JTY_1709 JTY_1710 recN   FALSE 0.499 96.000 0.049 0.075   NA
 7605129 7605130 JTY_1710 JTY_1711     TRUE 0.878 22.000 0.798 NA   NA
 7605130 7605131 JTY_1711 JTY_1712   pyrG FALSE 0.080 140.000 0.014 NA   NA
 7605131 7605132 JTY_1712 JTY_1713 pyrG   TRUE 0.745 -7.000 0.055 1.000   NA
 7605132 7605133 JTY_1713 JTY_1714   xerD TRUE 0.964 -3.000 0.063 1.000   NA
 7605134 7605135 JTY_1715 JTY_1716     FALSE 0.003 555.000 0.000 NA   NA
 7605135 7605136 JTY_1716 JTY_1717   cycA FALSE 0.230 65.000 0.000 1.000   NA
 7605136 7605137 JTY_1717 JTY_1718 cycA PPE22 FALSE 0.013 41.000 0.000 NA N NA
 7605137 7605138 JTY_1718 JTY_1719 PPE22 PPE23 TRUE 0.689 40.000 0.000 NA Y NA
 7605138 7605139 JTY_1719 JTY_1720 PPE23   FALSE 0.003 604.000 0.000 NA   NA
 7605140 7605141 JTY_1721 JTY_1722     FALSE 0.196 18.000 0.000 1.000 N NA
 7605141 7605142 JTY_1722 JTY_1723     TRUE 0.950 -3.000 0.065 NA   NA
 7605142 7605143 JTY_1723 JTY_1724     TRUE 0.990 -3.000 0.570 NA   NA
 7605143 7605144 JTY_1724 JTY_1725     TRUE 0.954 -3.000 0.224 NA N NA
 7605144 7605145 JTY_1725 JTY_1726   cmk TRUE 0.920 -3.000 0.042 1.000 N NA
 7605145 7605146 JTY_1726 JTY_1727 cmk engA TRUE 0.963 -3.000 0.060 1.000   NA
 7605146 7605147 JTY_1727 JTY_1728 engA   FALSE 0.050 174.000 0.000 1.000   NA
 7605147 7605148 JTY_1728 JTY_1729   fadB3 TRUE 0.938 -6.000 0.000 1.000 Y NA
 7605148 7605149 JTY_1729 JTY_1730 fadB3   TRUE 0.923 3.000 0.105 NA   NA
 7605149 7605150 JTY_1730 JTY_1731     TRUE 0.880 0.000 0.000 NA   NA
 7605150 7605151 JTY_1731 JTY_1732     FALSE 0.157 53.000 0.000 NA   NA
 7605151 7605152 JTY_1732 JTY_1733     FALSE 0.031 208.000 0.000 1.000   NA
 7605152 7605153 JTY_1733 JTY_t0021   proT FALSE 0.022 193.000 0.000 NA   NA
 7605154 7605155 JTY_1734 JTY_1735     TRUE 0.964 -3.000 0.167 NA   NA
 7605156 7605157 JTY_1736 JTY_1737     TRUE 0.946 -3.000 0.121 1.000 N NA
 7605158 7605159 JTY_1738 JTY_1739     FALSE 0.408 -10.000 0.000 NA   NA
 7605160 7605161 JTY_1740 JTY_1741     FALSE 0.192 33.000 0.000 NA   NA
 7605162 7605163 JTY_1742 JTY_1743     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7605163 7605164 JTY_1743 JTY_1744     FALSE 0.011 66.000 0.000 NA N NA
 7605166 7605167 JTY_1746 JTY_1747     FALSE 0.147 64.000 0.000 NA   NA
 7605167 7605168 JTY_1747 JTY_1748     FALSE 0.008 287.000 0.000 NA   NA
 7605168 7605169 JTY_1748 JTY_1749     FALSE 0.015 275.000 0.000 1.000   NA
 7605169 7605170 JTY_1749 JTY_1750   narX FALSE 0.006 440.000 0.000 1.000   NA
 7605170 7605171 JTY_1750 JTY_1751 narX narK2 FALSE 0.348 -3.000 0.000 NA N NA
 7605174 7605175 JTY_1754 JTY_1755     TRUE 0.880 0.000 0.000 NA   NA
 7605175 7605176 JTY_1755 JTY_1756     FALSE 0.137 81.000 0.000 NA   NA
 7605176 7605177 JTY_1756 JTY_1757   pknE FALSE 0.122 94.000 0.000 NA   NA
 7605178 7605179 JTY_1758 JTY_1759   idi FALSE 0.143 71.000 0.000 NA   NA
 7605180 7605181 JTY_1760 JTY_1761 pknF   FALSE 0.357 62.000 0.000 0.074 N NA
 7605181 7605182 JTY_1761 JTY_1762     FALSE 0.004 373.000 0.000 NA   NA
 7605183 7605184 JTY_1763 JTY_1764   fadD1 FALSE 0.131 84.000 0.000 NA   NA
 7605185 7605186 JTY_1765 JTY_1766     FALSE 0.068 127.000 0.000 NA   NA
 7605187 7605188 JTY_1767 JTY_1768 PPE24   FALSE 0.019 204.000 0.000 NA   NA
 7605188 7605189 JTY_1768 JTY_1769   plcD FALSE 0.025 184.000 0.000 NA   NA
 7605189 7605190 JTY_1769 JTY_1770 plcD   FALSE 0.477 129.000 0.000 1.000 Y NA
 7605191 7605192 JTY_1771 JTY_1772   mmpL14 FALSE 0.034 201.000 0.000 1.000   NA
 7605192 7605193 JTY_1772 JTY_1773 mmpL14 cut1 FALSE 0.010 321.000 0.000 1.000   NA
 7605194 7605195 JTY_1774 JTY_1775 wag22b wag22a TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7605197 7605198 JTY_1777 JTY_1778     TRUE 0.994 0.000 1.000 NA   NA
 7605198 7605199 JTY_1778 JTY_1779     FALSE 0.051 140.000 0.000 NA   NA
 7605199 7605200 JTY_1779 JTY_1780     FALSE 0.117 98.000 0.000 NA   NA
 7605200 7605201 JTY_1780 JTY_1781     FALSE 0.035 161.000 0.000 NA   NA
 7605201 7605202 JTY_1781 JTY_1782     FALSE 0.004 627.000 0.000 1.000   NA
 7605203 7605204 JTY_1783 JTY_1784     FALSE 0.144 68.000 0.000 NA   NA
 7605204 7605205 JTY_1784 JTY_1785   PE_PGRS31 FALSE 0.064 181.000 0.087 NA   NA
 7605205 7605206 JTY_1785 JTY_1786 PE_PGRS31   FALSE 0.067 156.000 0.025 NA   NA
 7605206 7605207 JTY_1786 JTY_1787     TRUE 0.761 8.000 0.016 NA   NA
 7605207 7605208 JTY_1787 JTY_1788     TRUE 0.953 -3.000 0.016 1.000   NA
 7605208 7605209 JTY_1788 JTY_1789     FALSE 0.023 189.000 0.000 NA   NA
 7605211 7605212 JTY_1791 JTY_1792     TRUE 0.948 0.000 0.080 NA   NA
 7605215 7605216 JTY_1795 JTY_1796     FALSE 0.039 156.000 0.000 NA   NA
 7605219 7605220 JTY_1799 JTY_1800     TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 7605222 7605223 JTY_1802 JTY_1803   PPE25 FALSE 0.001 270.000 0.000 NA N NA
 7605223 7605224 JTY_1803 JTY_1804 PPE25 PE18 FALSE 0.140 79.000 0.000 NA   NA
 7605224 7605225 JTY_1804 JTY_1805 PE18 PPE26 TRUE 0.914 14.000 0.667 NA   NA
 7605225 7605226 JTY_1805 JTY_1806 PPE26 PPE27 FALSE 0.033 454.000 0.000 NA Y NA
 7605226 7605227 JTY_1806 JTY_1807 PPE27 PE19 FALSE 0.004 427.000 0.000 NA   NA
 7605227 7605228 JTY_1807 JTY_1808 PE19 esxM FALSE 0.047 144.000 0.000 NA   NA
 7605228 7605229 JTY_1808 JTY_1809 esxM esxN TRUE 0.737 51.000 0.667 NA   NA
 7605229 7605230 JTY_1809 JTY_1810 esxN   FALSE 0.562 88.000 0.429 NA   NA
 7605230 7605231 JTY_1810 JTY_1811     FALSE 0.009 272.000 0.000 NA   NA
 7605231 7605232 JTY_1811 JTY_1812     TRUE 0.905 -22.000 1.000 NA   NA
 7605232 7605233 JTY_1812 JTY_1813     TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 7605233 7605234 JTY_1813 JTY_1814     TRUE 0.992 -3.000 0.667 NA   NA
 7605234 7605235 JTY_1814 JTY_1815   lppT FALSE 0.002 627.000 0.000 NA   NA
 7605235 7605236 JTY_1815 JTY_1816 lppT PPE28 FALSE 0.109 103.000 0.000 NA   NA
 7605236 7605237 JTY_1816 JTY_1817 PPE28 PPE29 FALSE 0.027 581.000 0.000 NA Y NA
 7605237 7605238 JTY_1817 JTY_1818 PPE29 PPE30 FALSE 0.494 112.000 0.000 NA Y NA
 7605239 7605240 JTY_1819 JTY_1820 PE_PGRS32b PE_PGRS32a FALSE 0.189 34.000 0.000 NA   NA
 7605240 7605241 JTY_1820 JTY_1821 PE_PGRS32a   FALSE 0.026 181.000 0.000 NA   NA
 7605241 7605242 JTY_1821 JTY_1822     FALSE 0.005 338.000 0.000 NA   NA
 7605243 7605244 JTY_1823 JTY_1824 PE20 PPE31 FALSE 0.392 15.000 0.000 NA   NA
 7605244 7605245 JTY_1824 JTY_1825 PPE31 PPE32 FALSE 0.058 324.000 0.000 NA Y NA
 7605245 7605246 JTY_1825 JTY_1826 PPE32 PPE33a FALSE 0.497 132.000 0.667 NA   NA
 7605246 7605247 JTY_1826 JTY_1827 PPE33a PPE33b TRUE 0.851 1.000 0.000 NA   NA
 7605247 7605248 JTY_1827 JTY_1828 PPE33b   FALSE 0.012 239.000 0.000 NA   NA
 7605248 7605249 JTY_1828 JTY_1829     FALSE 0.063 154.000 0.014 NA   NA
 7605250 7605251 JTY_1830 JTY_1831     FALSE 0.006 322.000 0.000 NA   NA
 7605252 7605253 JTY_1832 JTY_1833 erg3   FALSE 0.191 105.000 0.045 NA   NA
 7605253 7605254 JTY_1833 JTY_1834     FALSE 0.233 63.000 0.000 1.000   NA
 7605254 7605255 JTY_1834 JTY_1835     FALSE 0.003 481.000 0.000 NA   NA
 7605255 7605256 JTY_1835 JTY_1836     FALSE 0.142 74.000 0.000 NA   NA
 7605257 7605258 JTY_1837 JTY_1838 PE_PGRS33   FALSE 0.057 135.000 0.000 NA   NA
 7605259 7605260 JTY_1839 JTY_1840 ilvG secA2 FALSE 0.547 15.000 0.082 1.000 N NA
 7605260 7605261 JTY_1840 JTY_1841 secA2 pgsA2 FALSE 0.028 197.000 0.038 1.000 N NA
 7605261 7605262 JTY_1841 JTY_1842 pgsA2   TRUE 0.721 -7.000 0.114 NA   NA
 7605262 7605263 JTY_1842 JTY_1843     TRUE 0.691 29.000 0.409 NA   NA
 7605263 7605264 JTY_1843 JTY_1844     TRUE 0.813 17.000 0.409 NA   NA
 7605264 7605265 JTY_1844 JTY_1845   gcvH TRUE 0.663 38.000 0.434 NA   NA
 7605265 7605266 JTY_1845 JTY_1846 gcvH cfp17 FALSE 0.032 240.000 0.242 NA N NA
 7605266 7605267 JTY_1846 JTY_1847 cfp17   TRUE 0.989 -3.000 0.707 NA N NA
 7605267 7605268 JTY_1847 JTY_1848     FALSE 0.191 119.000 0.133 NA   NA
 7605268 7605269 JTY_1848 JTY_1849     FALSE 0.010 348.000 0.043 NA   NA
 7605269 7605270 JTY_1849 JTY_1850     FALSE 0.253 53.000 0.028 NA   NA
 7605270 7605271 JTY_1850 JTY_1851   gcvB FALSE 0.208 49.000 0.002 NA   NA
 7605274 7605275 JTY_1854 JTY_1855     FALSE 0.369 16.000 0.000 NA   NA
 7605275 7605276 JTY_1855 JTY_1856   glcB FALSE 0.170 120.000 0.089 NA   NA
 7605276 7605277 JTY_1856 JTY_1857 glcB   FALSE 0.009 276.000 0.000 NA   NA
 7605277 7605278 JTY_1857 JTY_1858     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7605278 7605279 JTY_1858 JTY_1859   PE_PGRS34b FALSE 0.153 59.000 0.000 NA   NA
 7605279 7605280 JTY_1859 JTY_1860 PE_PGRS34b PE_PGRS34a FALSE 0.177 -318.000 0.000 NA   NA
 11493287 7605278   JTY_1858     FALSE NA 369.000 0.000 NA   NA
 11635650 7605278   JTY_1858     FALSE NA 369.000 0.000 NA   NA
 11778042 7605278   JTY_1858     FALSE NA 369.000 0.000 NA   NA
 11493288 7605278   JTY_1858     FALSE NA 389.000 0.000 NA   NA
 11635651 7605278   JTY_1858     FALSE NA 389.000 0.000 NA   NA
 11778043 7605278   JTY_1858     FALSE NA 389.000 0.000 NA   NA
 11493289 7605278   JTY_1858     FALSE NA 438.000 0.000 NA   NA
 11635652 7605278   JTY_1858     FALSE NA 438.000 0.000 NA   NA
 11778044 7605278   JTY_1858     FALSE NA 438.000 0.000 NA   NA
 11493290 7605278   JTY_1858     FALSE NA 458.000 0.000 NA   NA
 11635653 7605278   JTY_1858     FALSE NA 458.000 0.000 NA   NA
 11778045 7605278   JTY_1858     FALSE NA 458.000 0.000 NA   NA
 11493291 7605278   JTY_1858     FALSE NA 477.000 0.000 NA   NA
 11635654 7605278   JTY_1858     FALSE NA 477.000 0.000 NA   NA
 11778046 7605278   JTY_1858     FALSE NA 477.000 0.000 NA   NA
 11493292 7605278   JTY_1858     FALSE NA 497.000 0.000 NA   NA
 11635655 7605278   JTY_1858     FALSE NA 497.000 0.000 NA   NA
 11778047 7605278   JTY_1858     FALSE NA 497.000 0.000 NA   NA
 11493293 7605278   JTY_1858     FALSE NA 528.000 0.000 NA   NA
 11635656 7605278   JTY_1858     FALSE NA 528.000 0.000 NA   NA
 11778048 7605278   JTY_1858     FALSE NA 528.000 0.000 NA   NA
 11493294 7605278   JTY_1858     FALSE NA 548.000 0.000 NA   NA
 11635657 7605278   JTY_1858     FALSE NA 548.000 0.000 NA   NA
 11778049 7605278   JTY_1858     FALSE NA 548.000 0.000 NA   NA
 11493295 7605278   JTY_1858     FALSE NA 567.000 0.000 NA   NA
 11635658 7605278   JTY_1858     FALSE NA 567.000 0.000 NA   NA
 11778050 7605278   JTY_1858     FALSE NA 567.000 0.000 NA   NA
 11493296 7605278   JTY_1858     FALSE NA 587.000 0.000 NA   NA
 11635659 7605278   JTY_1858     FALSE NA 587.000 0.000 NA   NA
 11778051 7605278   JTY_1858     FALSE NA 587.000 0.000 NA   NA
 11493297 7605278   JTY_1858     FALSE NA 612.000 0.000 NA   NA
 11635660 7605278   JTY_1858     FALSE NA 612.000 0.000 NA   NA
 11778052 7605278   JTY_1858     FALSE NA 612.000 0.000 NA   NA
 7605280 7605281 JTY_1860 JTY_1861 PE_PGRS34a   FALSE 0.033 163.000 0.000 NA   NA
 7605281 7605282 JTY_1861 JTY_1862     TRUE 0.997 0.000 0.815 0.039   NA
 7605282 7605283 JTY_1862 JTY_1863   guaB1 FALSE 0.173 174.000 0.038 0.089   NA
 7605283 7605284 JTY_1863 JTY_1864 guaB1 gnd1 FALSE 0.188 -634.000 0.023 1.000 N NA
 7605284 7605285 JTY_1864 JTY_1865 gnd1   FALSE 0.144 90.000 0.023 1.000 N NA
 7605285 7605286 JTY_1865 JTY_1866     TRUE 0.921 15.000 0.850 1.000 N NA
 7605287 7605288 JTY_1867 JTY_1868   ureA FALSE 0.319 49.000 0.222 NA N NA
 7605288 7605289 JTY_1868 JTY_1869 ureA ureB TRUE 0.997 -3.000 0.052 0.001 Y NA
 7605289 7605290 JTY_1869 JTY_1870 ureB ureC TRUE 0.999 0.000 0.486 0.001 Y NA
 7605290 7605291 JTY_1870 JTY_1871 ureC ureF TRUE 0.984 0.000 0.061 0.002 N NA
 7605291 7605292 JTY_1871 JTY_1872 ureF ureG TRUE 0.992 11.000 0.439 0.002 Y NA
 7605292 7605293 JTY_1872 JTY_1873 ureG ureD TRUE 0.955 8.000 0.032 0.002   NA
 7605294 7605295 JTY_1874 JTY_1875 ndh   TRUE 0.683 141.000 0.500 NA Y NA
 7605295 7605296 JTY_1875 JTY_1876     TRUE 0.645 39.000 0.571 NA N NA
 7605297 7605298 JTY_1877 JTY_1878 modA modB TRUE 0.998 3.000 0.578 0.001 Y NA
 7605298 7605299 JTY_1878 JTY_1879 modB modC TRUE 0.971 7.000 0.018 1.000 Y NA
 7605299 7605300 JTY_1879 JTY_1880 modC apa FALSE 0.363 53.000 0.052 1.000   NA
 7605300 7605301 JTY_1880 JTY_1881 apa   FALSE 0.019 452.000 0.238 1.000   NA
 7605301 7605302 JTY_1881 JTY_1882   adhA FALSE 0.446 75.000 0.189 1.000   NA
 7605303 7605304 JTY_1883 JTY_1884     FALSE 0.483 -7.000 0.000 NA   NA
 7605304 7605305 JTY_1884 JTY_1885     TRUE 0.934 -3.000 0.000 1.000   NA
 7605306 7605307 JTY_1886 JTY_1887     FALSE 0.017 288.000 0.143 1.000 N NA
 7605307 7605308 JTY_1887 JTY_1888     FALSE 0.233 99.000 0.214 NA N NA
 7605309 7605310 JTY_1889 JTY_1890     FALSE 0.228 67.000 0.000 1.000   NA
 7605310 7605311 JTY_1890 JTY_1891     FALSE 0.146 65.000 0.000 NA   NA
 7605311 7605312 JTY_1891 JTY_1892   lldD2 FALSE 0.266 23.000 0.000 NA   NA
 7605313 7605314 JTY_1893 JTY_1894     FALSE 0.143 73.000 0.000 NA   NA
 7605314 7605315 JTY_1894 JTY_1895     TRUE 0.812 11.000 0.188 NA   NA
 7605315 7605316 JTY_1895 JTY_1896   bfrA FALSE 0.005 516.000 0.000 1.000   NA
 7605316 7605317 JTY_1896 JTY_1897 bfrA   FALSE 0.375 85.000 0.135 1.000   NA
 7605317 7605318 JTY_1897 JTY_1898     FALSE 0.163 -685.000 0.000 NA   NA
 7605318 7605319 JTY_1898 JTY_1899   glnA3 FALSE 0.156 55.000 0.000 NA   NA
 7605319 7605320 JTY_1899 JTY_1900 glnA3   TRUE 0.976 3.000 0.364 1.000   NA
 7605321 7605322 JTY_1901 JTY_1902 cyp140 lppE FALSE 0.500 50.000 0.273 NA   NA
 7605322 7605323 JTY_1902 JTY_1903 lppE   FALSE 0.332 41.000 0.070 NA   NA
 7605323 7605324 JTY_1903 JTY_1904     FALSE 0.419 28.000 0.093 NA   NA
 7605324 7605325 JTY_1904 JTY_1905   rpfC TRUE 0.620 39.000 0.375 NA   NA
 7605325 7605326 JTY_1905 JTY_1906 rpfC   TRUE 0.700 12.000 0.018 1.000   NA
 7605326 7605327 JTY_1906 JTY_1907   fbpB FALSE 0.443 18.000 0.018 NA   NA
 7605329 7605330 JTY_1909 JTY_1910     FALSE 0.005 365.000 0.000 NA   NA
 7605330 7605331 JTY_1910 JTY_1911     FALSE 0.166 44.000 0.000 NA   NA
 7605331 7605332 JTY_1911 JTY_1912     FALSE 0.153 59.000 0.000 NA   NA
 7605333 7605334 JTY_1913 JTY_1914     TRUE 0.779 17.000 0.333 NA   NA
 7605334 7605335 JTY_1914 JTY_1915     TRUE 0.919 10.000 0.375 NA   NA
 7605337 7605338 JTY_1917 JTY_1918     TRUE 0.981 -3.000 0.000 0.013   NA
 7605339 7605340 JTY_1919 JTY_1920     FALSE 0.457 5.000 0.004 NA N NA
 7605342 7605343 JTY_1922 JTY_1923 lppD lipJ TRUE 0.880 0.000 0.000 NA   NA
 7605346 7605347 JTY_1926 JTY_1927     FALSE 0.024 186.000 0.000 NA   NA
 7605348 7605349 JTY_1928 JTY_1929 aao   FALSE 0.441 30.000 0.143 NA   NA
 7605349 7605350 JTY_1929 JTY_1930     FALSE 0.005 340.000 0.000 NA   NA
 7605350 7605351 JTY_1930 JTY_1931   katG TRUE 0.687 7.000 0.000 NA   NA
 7605351 7605352 JTY_1931 JTY_1932 katG furA TRUE 0.791 38.000 0.057 1.000 Y NA
 7605352 7605353 JTY_1932 JTY_1933 furA   FALSE 0.104 105.000 0.000 NA   NA
 7605353 7605354 JTY_1933 JTY_1934   lppC FALSE 0.133 83.000 0.000 NA   NA
 7605354 7605355 JTY_1934 JTY_1935 lppC fadB5 FALSE 0.114 100.000 0.000 NA   NA
 7605359 7605360 JTY_1939 JTY_1940 PPE34 PPE35b FALSE 0.005 338.000 0.000 NA   NA
 7605360 7605361 JTY_1940 JTY_1941 PPE35b PPE35a FALSE 0.133 83.000 0.000 NA   NA
 7605361 7605362 JTY_1941 JTY_1942 PPE35a   FALSE 0.003 449.000 0.000 NA   NA
 7605365 7605366 JTY_1945 JTY_1946   lipD TRUE 0.983 -9.000 0.333 0.004 Y NA
 7605371 7605372 JTY_1951 JTY_1952     FALSE 0.164 45.000 0.000 NA   NA
 7605372 7605373 JTY_1952 JTY_1953     FALSE 0.480 12.000 0.000 NA   NA
 7605373 7605374 JTY_1953 JTY_1954     FALSE 0.322 18.000 0.000 NA   NA
 7605376 7605377 JTY_1956 JTY_1957 fadE18 fadE17 TRUE 0.999 2.000 0.800 0.011 Y NA
 7605377 7605378 JTY_1957 JTY_1958 fadE17 echA13 TRUE 0.973 15.000 0.600 1.000 Y NA
 7605379 7605380 JTY_1959 JTY_1960     TRUE 0.994 3.000 0.500 NA Y NA
 7605380 7605381 JTY_1960 JTY_1961   ephB TRUE 0.963 12.000 1.000 1.000   NA
 7605381 7605382 JTY_1961 JTY_1962 ephB   TRUE 0.986 -3.000 0.333 1.000   NA
 7605382 7605383 JTY_1962 JTY_1963   ribA1 TRUE 0.958 -3.000 0.036 1.000   NA
 7605383 7605384 JTY_1963 JTY_1964 ribA1   TRUE 0.916 -3.000 0.036 1.000 N NA
 7605385 7605386 JTY_1965 JTY_1966     TRUE 0.993 -3.000 0.750 NA   NA
 7605386 7605387 JTY_1966 JTY_1967     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7605391 7605392 JTY_1971 JTY_1972     FALSE 0.542 11.000 0.000 NA   NA
 7605392 7605393 JTY_1972 JTY_1973     FALSE 0.289 21.000 0.000 NA   NA
 7605393 7605394 JTY_1973 JTY_1974     TRUE 0.851 1.000 0.000 NA   NA
 7605395 7605396 JTY_1975 JTY_1976     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7605398 7605399 JTY_1978 JTY_1979     FALSE 0.170 42.000 0.000 NA   NA
 7605399 7605400 JTY_1979 JTY_1980     TRUE 0.934 -3.000 0.000 1.000   NA
 7605401 7605402 JTY_1981 JTY_1982     FALSE 0.159 49.000 0.000 NA   NA
 7605402 7605403 JTY_1982 JTY_1983     TRUE 0.984 -3.000 0.385 NA   NA
 7605405 7605406 JTY_1985 JTY_1986     TRUE 0.955 4.000 0.286 NA   NA
 7605406 7605407 JTY_1986 JTY_1987     FALSE 0.192 33.000 0.000 NA   NA
 7605408 7605409 JTY_1988 JTY_1989 yrbE3A   FALSE 0.130 85.000 0.000 NA   NA
 7605410 7605411 JTY_1990 JTY_1991   mpt64 FALSE 0.027 179.000 0.000 NA   NA
 7605411 7605412 JTY_1991 JTY_1992 mpt64 nrdF FALSE 0.022 191.000 0.000 NA   NA
 7605412 7605413 JTY_1992 JTY_1993 nrdF   FALSE 0.015 225.000 0.000 NA   NA
 7605415 7605416 JTY_1995 JTY_1996 cfp21   FALSE 0.006 430.000 0.000 1.000   NA
 7605417 7605418 JTY_1997 JTY_1998     FALSE 0.007 416.000 0.000 1.000   NA
 7605418 7605419 JTY_1998 JTY_1999     FALSE 0.025 226.000 0.000 1.000   NA
 7605420 7605421 JTY_2000 JTY_2001     TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 7605421 7605422 JTY_2001 JTY_2002     FALSE 0.011 244.000 0.000 NA   NA
 7605422 7605423 JTY_2002 JTY_2003     FALSE 0.126 89.000 0.000 NA   NA
 7605423 7605424 JTY_2003 JTY_2004   ctpG FALSE 0.003 342.000 0.000 1.000 N NA
 7605424 7605425 JTY_2004 JTY_2005 ctpG   TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7605425 7605426 JTY_2005 JTY_2006     FALSE 0.157 53.000 0.000 NA   NA
 7605427 7605428 JTY_2007 JTY_2008     FALSE 0.120 96.000 0.000 NA   NA
 7605428 7605429 JTY_2008 JTY_2009   ctpF FALSE 0.010 202.000 0.000 1.000 N NA
 7605430 7605431 JTY_2010 JTY_2011     FALSE 0.066 95.000 0.000 1.000 N NA
 7605432 7605433 JTY_2012 JTY_2013     TRUE 0.807 10.000 0.118 NA   NA
 7605433 7605434 JTY_2013 JTY_2014   fabG3 TRUE 0.679 76.000 0.000 1.000 Y NA
 7605435 7605436 JTY_2015 JTY_2016     FALSE 0.241 58.000 0.000 1.000   NA
 7605436 7605437 JTY_2016 JTY_2017     FALSE 0.401 22.000 0.000 1.000   NA
 7605439 7605440 JTY_2019 JTY_2020 fdxA   FALSE 0.023 189.000 0.000 NA   NA
 7605441 7605442 JTY_2021 JTY_2022     TRUE 0.851 1.000 0.000 NA   NA
 7605444 7605445 JTY_2024 JTY_2025     FALSE 0.002 704.000 0.000 NA   NA
 7605445 7605446 JTY_2025 JTY_2026     TRUE 0.671 -46.000 0.000 0.007   NA
 7605448 7605449 JTY_2028 JTY_2029     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7605449 7605450 JTY_2029 JTY_2030     FALSE 0.012 242.000 0.000 NA   NA
 7605450 7605451 JTY_2030 JTY_2031     TRUE 0.801 -10.000 0.294 NA   NA
 7605452 7605453 JTY_2032 JTY_2033     FALSE 0.130 85.000 0.000 NA   NA
 7605453 7605454 JTY_2033 JTY_2034     TRUE 0.929 9.000 0.375 NA   NA
 7605454 7605455 JTY_2034 JTY_2035     FALSE 0.243 25.000 0.000 NA   NA
 7605455 7605456 JTY_2035 JTY_2036     FALSE 0.036 160.000 0.000 NA   NA
 7605456 7605457 JTY_2036 JTY_2037     FALSE 0.004 395.000 0.000 NA   NA
 7605457 7605458 JTY_2037 JTY_2038     FALSE 0.025 184.000 0.000 NA   NA
 7605458 7605459 JTY_2038 JTY_2039     FALSE 0.005 510.000 0.000 1.000   NA
 7605459 7605460 JTY_2039 JTY_2040     FALSE 0.043 115.000 0.000 1.000 N NA
 7605460 7605461 JTY_2040 JTY_2041     TRUE 0.730 40.000 0.000 1.000 Y NA
 7605461 7605462 JTY_2041 JTY_2042     TRUE 0.696 61.000 0.000 1.000 Y NA
 7605462 7605463 JTY_2042 JTY_2043   pfkB TRUE 0.807 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7605463 7605464 JTY_2043 JTY_2044 pfkB   TRUE 0.612 17.000 0.050 1.000   NA
 7605464 7605465 JTY_2044 JTY_2045   hspX TRUE 0.847 12.000 0.300 NA   NA
 7605468 7605469 JTY_2048 JTY_2049     TRUE 0.969 -3.000 0.200 NA   NA
 7605469 7605470 JTY_2049 JTY_2050     TRUE 0.962 -3.000 0.150 NA   NA
 7605471 7605472 JTY_2051 JTY_2052     TRUE 0.983 2.000 0.444 1.000   NA
 7605472 7605473 JTY_2052 JTY_2053     TRUE 0.995 3.000 0.211 0.011 Y NA
 7605473 7605474 JTY_2053 JTY_2054     TRUE 0.966 -13.000 0.211 0.011 Y NA
 7605474 7605475 JTY_2054 JTY_2055     TRUE 0.998 -3.000 0.235 0.011 Y NA
 7605475 7605476 JTY_2055 JTY_2056     TRUE 0.684 38.000 0.118 0.018   NA
 7605476 7605477 JTY_2056 JTY_2057   pncA TRUE 0.943 0.000 0.005 1.000   NA
 7605477 7605478 JTY_2057 JTY_2058 pncA   FALSE 0.172 41.000 0.000 NA   NA
 7605478 7605479 JTY_2058 JTY_2059   lipT FALSE 0.129 86.000 0.000 NA   NA
 7605481 7605482 JTY_2061 JTY_2062   pks12 TRUE 0.985 5.000 1.000 1.000 N NA
 7605482 7605483 JTY_2062 JTY_2063 pks12   FALSE 0.007 307.000 0.000 NA   NA
 7605485 7605486 JTY_2065 JTY_2066 ppm1   FALSE 0.291 158.000 0.041 0.003   NA
 7605486 7605487 JTY_2066 JTY_2067   fxsA TRUE 0.898 5.000 0.037 1.000   NA
 7605489 7605490 JTY_2069 JTY_2070 rpsR2 rpsN2 TRUE 0.995 1.000 0.024 0.013 Y NA
 7605490 7605491 JTY_2070 JTY_2071 rpsN2 rpmG1 TRUE 0.994 2.000 0.052 0.013 Y NA
 7605491 7605492 JTY_2071 JTY_2072 rpmG1 rpmB2 TRUE 0.998 0.000 0.332 0.013 Y NA
 7605494 7605495 JTY_2074 JTY_2075   cobN FALSE 0.309 84.000 0.045 1.000   NA
 7605496 7605497 JTY_2076 JTY_2077   cobG FALSE 0.007 387.000 0.000 1.000   NA
 7605497 7605498 JTY_2077 JTY_2078 cobG cobH TRUE 0.860 10.000 0.255 1.000 N NA
 7605498 7605499 JTY_2078 JTY_2079 cobH cobI TRUE 0.997 -3.000 0.096 0.007 Y NA
 7605500 7605501 JTY_2080 JTY_2081   blaC FALSE 0.505 16.000 0.000 1.000   NA
 7605503 7605504 JTY_2083 JTY_2084 cobK cobM TRUE 0.899 37.000 0.076 0.007 Y NA
 7605504 7605505 JTY_2084 JTY_2085 cobM cobLb TRUE 0.997 -3.000 0.065 0.007 Y NA
 7605505 7605506 JTY_2085 JTY_2086 cobLb cobLa TRUE 0.727 -58.000 0.000 0.001   NA
 7605506 7605507 JTY_2086 JTY_2087 cobLa   FALSE 0.223 75.000 0.000 1.000   NA
 7605507 7605508 JTY_2087 JTY_2088     FALSE 0.037 158.000 0.000 NA   NA
 7605508 7605509 JTY_2088 JTY_2089     FALSE 0.186 35.000 0.000 NA   NA
 7605509 7605510 JTY_2089 JTY_2090     TRUE 0.851 1.000 0.000 NA   NA
 7605511 7605512 JTY_2091 JTY_2092     TRUE 0.838 -18.000 0.500 NA   NA
 7605512 7605513 JTY_2092 JTY_2093   lppJ FALSE 0.314 -19.000 0.000 NA   NA
 7605515 7605516 JTY_2095 JTY_2096     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7605516 7605517 JTY_2096 JTY_2097     FALSE 0.483 -7.000 0.000 NA   NA
 7605517 7605518 JTY_2097 JTY_2098     FALSE 0.194 -180.000 0.000 NA   NA
 7605518 7605519 JTY_2098 JTY_2099     FALSE 0.133 83.000 0.000 NA   NA
 7605519 7605520 JTY_2099 JTY_2100     FALSE 0.302 -21.000 0.000 NA   NA
 7605520 7605521 JTY_2100 JTY_2101     FALSE 0.140 78.000 0.000 NA   NA
 7605521 7605522 JTY_2101 JTY_2102   pknJ FALSE 0.024 187.000 0.000 NA   NA
 7605525 7605526 JTY_2105 JTY_2106   helY FALSE 0.356 42.000 0.105 NA   NA
 7605526 7605527 JTY_2106 JTY_2107 helY tatC FALSE 0.241 49.000 0.166 NA N NA
 7605527 7605528 JTY_2107 JTY_2108 tatC tatA TRUE 0.874 17.000 0.031 NA Y NA
 7605528 7605529 JTY_2108 JTY_2109 tatA   FALSE 0.176 68.000 0.110 NA N NA
 7605529 7605530 JTY_2109 JTY_2110     TRUE 0.998 -3.000 0.767 NA Y NA
 7605530 7605531 JTY_2110 JTY_2111     TRUE 0.863 9.000 0.188 NA   NA
 7605531 7605532 JTY_2111 JTY_2112   PE_PGRS36 FALSE 0.157 52.000 0.000 NA   NA
 7605533 7605534 JTY_2113 JTY_2114   helZ FALSE 0.020 199.000 0.000 NA   NA
 7605534 7605535 JTY_2114 JTY_2115 helZ   FALSE 0.356 110.000 0.222 1.000   NA
 7605536 7605537 JTY_2116 JTY_2117     TRUE 0.970 7.000 0.667 NA   NA
 7605538 7605539 JTY_2118 JTY_2119 PE22 PPE36 TRUE 0.815 56.000 1.000 NA   NA
 7605540 7605541 JTY_2120 JTY_2121 prcA prcB TRUE 0.999 -3.000 0.797 0.001 Y NA
 7605541 7605542 JTY_2121 JTY_2122 prcB   TRUE 0.989 -3.000 0.512 NA   NA
 7605542 7605543 JTY_2122 JTY_2123     TRUE 0.596 113.000 0.706 NA   NA
 7605544 7605545 JTY_2124 JTY_2125     TRUE 0.820 11.000 0.200 NA   NA
 7605547 7605548 JTY_2127 JTY_2128 lppK   TRUE 0.781 8.000 0.030 NA   NA
 7605551 7605552 JTY_2131 JTY_2132   hisG FALSE 0.193 79.000 0.006 NA   NA
 7605552 7605553 JTY_2132 JTY_2133 hisG hisE TRUE 0.995 3.000 0.081 0.003 Y NA
 7605558 7605559 JTY_2138 JTY_2139 ansP1   TRUE 0.880 0.000 0.000 NA   NA
 7605560 7605561 JTY_2140 JTY_2141   cysS2 FALSE 0.524 26.000 0.096 1.000   NA
 7605561 7605562 JTY_2141 JTY_2142 cysS2 cysQ FALSE 0.255 58.000 0.082 1.000 N NA
 7605564 7605565 JTY_2144 JTY_2145     TRUE 0.958 11.000 0.810 NA   NA
 7605565 7605566 JTY_2145 JTY_2146     TRUE 0.696 64.000 0.608 NA   NA
 7605566 7605567 JTY_2146 JTY_2147     TRUE 0.893 -3.000 0.071 NA N NA
 7605567 7605568 JTY_2147 JTY_2148     FALSE 0.237 64.000 0.026 NA   NA
 7605569 7605570 JTY_2149 JTY_2150 lppL pyrD FALSE 0.006 314.000 0.000 NA   NA
 7605571 7605572 JTY_2151 JTY_2152 TB18.6   FALSE 0.457 48.000 0.224 NA   NA
 7605576 7605577 JTY_2155 JTY_2156   wag31 FALSE 0.300 95.000 0.149 NA   NA
 7605577 7605578 JTY_2156 JTY_2157 wag31   FALSE 0.025 268.000 0.114 NA   NA
 7605578 7605579 JTY_2157 JTY_2158     FALSE 0.104 162.000 0.165 NA   NA
 7605579 7605580 JTY_2158 JTY_2159     TRUE 0.990 -3.000 0.581 NA   NA
 7605580 7605581 JTY_2159 JTY_2160   yfiH TRUE 0.853 6.000 0.061 NA   NA
 7605581 7605582 JTY_2160 JTY_2161 yfiH ftsZ TRUE 0.750 11.000 0.082 NA   NA
 7605582 7605583 JTY_2161 JTY_2162 ftsZ ftsQ FALSE 0.029 173.000 0.067 NA N NA
 7605583 7605584 JTY_2162 JTY_2163 ftsQ murC TRUE 0.993 -3.000 0.134 NA Y NA
 7605584 7605585 JTY_2163 JTY_2164 murC murG TRUE 0.996 -3.000 0.270 1.000 Y NA
 7605585 7605586 JTY_2164 JTY_2165 murG ftsW FALSE 0.402 -100.000 0.167 1.000 N NA
 7605586 7605587 JTY_2165 JTY_2166 ftsW murD TRUE 0.879 12.000 0.081 0.004 N NA
 7605587 7605588 JTY_2166 JTY_2167 murD mraY TRUE 0.999 2.000 0.647 0.004 Y NA
 7605588 7605589 JTY_2167 JTY_2168 mraY murF TRUE 0.997 -3.000 0.071 0.004 Y NA
 7605589 7605590 JTY_2168 JTY_2169 murF murE TRUE 0.999 -3.000 0.367 0.001 Y NA
 7605590 7605591 JTY_2169 JTY_2170 murE   FALSE 0.266 23.000 0.000 NA   NA
 7605591 7605592 JTY_2170 JTY_2171     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 7605592 7605593 JTY_2171 JTY_2172     FALSE 0.483 -7.000 0.000 NA   NA
 7605593 7605594 JTY_2172 JTY_2173   PE_PGRS38 FALSE 0.109 103.000 0.000 NA   NA
 7605594 7605595 JTY_2173 JTY_2174 PE_PGRS38 pbpB FALSE 0.018 210.000 0.000 NA   NA
 7605595 7605596 JTY_2174 JTY_2175 pbpB   TRUE 0.962 -3.000 0.144 NA   NA
 7605596 7605597 JTY_2175 JTY_2176   mraW TRUE 0.937 -3.000 0.028 NA   NA
 7605597 7605598 JTY_2176 JTY_2177 mraW   TRUE 0.986 2.000 0.635 NA   NA
 7605598 7605599 JTY_2177 JTY_2178     FALSE 0.005 349.000 0.000 NA   NA
 7605600 7605601 JTY_2179 JTY_2180   lppM FALSE 0.401 96.000 0.250 NA   NA
 7605603 7605604 JTY_2182 JTY_2183 idsA2   TRUE 0.957 4.000 0.298 NA   NA
 7605607 7605608 JTY_2186 JTY_2187   aroG FALSE 0.007 385.000 0.000 1.000   NA
 7605608 7605609 JTY_2187 JTY_2188 aroG   FALSE 0.522 91.000 0.301 1.000   NA
 7605609 7605610 JTY_2188 JTY_2189     TRUE 0.813 10.000 0.132 NA   NA
 7605612 7605613 JTY_2191 JTY_2192     FALSE 0.558 86.000 0.417 NA   NA
 7605613 7605614 JTY_2192 JTY_2193     TRUE 0.989 -3.000 0.500 NA   NA
 7605614 7605615 JTY_2193 JTY_2194   TB16.3 FALSE 0.222 120.000 0.184 NA   NA
 7605615 7605616 JTY_2194 JTY_2195 TB16.3   FALSE 0.273 105.000 0.164 NA   NA
 7605617 7605618 JTY_2196 JTY_2197   fadD15 TRUE 0.677 -237.000 0.000 0.001   NA
 7605619 7605620 JTY_2198 JTY_2199     FALSE 0.406 97.000 0.258 NA   NA
 7605620 7605621 JTY_2199 JTY_2200     TRUE 0.575 95.000 0.471 NA   NA
 7605624 7605625 JTY_2203 JTY_2204 ctaE qcrC TRUE 0.876 41.000 0.088 0.053 Y NA
 7605625 7605626 JTY_2204 JTY_2205 qcrC qcrA TRUE 0.996 -3.000 0.421 NA Y NA
 7605626 7605627 JTY_2205 JTY_2206 qcrA qcrB TRUE 0.998 -3.000 0.660 NA Y NA
 7605628 7605629 JTY_2207 JTY_2208   mmpS3 TRUE 0.994 0.000 0.900 NA   NA
 7605629 7605630 JTY_2208 JTY_2209 mmpS3   FALSE 0.060 186.000 0.092 NA   NA
 7605630 7605631 JTY_2209 JTY_2210   ctaC TRUE 0.932 8.000 0.342 NA   NA
 7605635 7605636 JTY_2214 JTY_2215     FALSE 0.174 100.000 0.016 NA   NA
 7605637 7605638 JTY_2216 JTY_2217   cobT FALSE 0.300 79.000 0.095 NA   NA
 7605638 7605639 JTY_2217 JTY_2218 cobT cobS TRUE 0.997 -3.000 0.039 0.007 Y NA
 7605639 7605640 JTY_2218 JTY_2219 cobS   FALSE 0.051 158.000 0.003 NA   NA
 7605641 7605642 JTY_2220 JTY_2221 ilvE gcvT TRUE 0.724 72.000 0.025 1.000 Y NA
 7605643 7605644 JTY_2222 JTY_2223   pepB FALSE 0.562 12.000 0.041 1.000 N NA
 7605646 7605647 JTY_2225 JTY_2226 dlaT   TRUE 0.984 0.000 0.333 1.000   NA
 7605647 7605648 JTY_2226 JTY_2227   lipB TRUE 0.569 53.000 0.019 0.037   NA
 7605648 7605649 JTY_2227 JTY_2228 lipB lipA TRUE 0.999 -3.000 0.319 0.001 Y NA
 7605649 7605650 JTY_2228 JTY_2229 lipA   F