MicrobesOnline Operon Predictions for Laribacter hongkongensis HLHK9

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 7586583 7586584 LHK_00001 LHK_00002 nadB   FALSE 0.200 101.000 0.000 NA   NA
 7586584 7586585 LHK_00002 LHK_00003     TRUE 0.727 8.000 0.000 NA   NA
 7586586 7586587 LHK_00004 LHK_00005 hslV hslU TRUE 0.697 75.000 0.000 1.000 Y NA
 7586587 7586588 LHK_00005 LHK_00006 hslU   FALSE 0.009 567.000 0.000 NA   NA
 7586591 7586592 LHK_00009 LHK_00010 pyrI pyrB TRUE 0.991 20.000 0.197 0.001 Y NA
 7586593 7586594 LHK_00011 LHK_00012 pcm2   TRUE 0.985 0.000 0.200 NA N NA
 7586594 7586595 LHK_00012 LHK_00013   ung FALSE 0.498 123.000 0.016 NA N NA
 7586595 7586596 LHK_00013 LHK_00014 ung rfaC FALSE 0.020 611.000 0.000 1.000 N NA
 7586596 7586597 LHK_00014 LHK_00015 rfaC   TRUE 0.984 -3.000 0.028 1.000 Y NA
 7586602 7586603 LHK_00020 LHK_00021   dcdA TRUE 0.666 -22.000 0.000 1.000 N NA
 7586603 7586604 LHK_00021 LHK_00022 dcdA   TRUE 0.962 -3.000 0.071 NA   NA
 7586605 7586606 LHK_00023 LHK_00024     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586606 7586607 LHK_00024 LHK_00025   ksgA FALSE 0.458 33.000 0.000 NA   NA
 7586607 7586608 LHK_00025 LHK_00026 ksgA   FALSE 0.356 136.000 0.002 1.000 N NA
 7586608 7586609 LHK_00026 LHK_00027   gltI FALSE 0.436 142.000 0.000 1.000 Y NA
 7586609 7586610 LHK_00027 LHK_00028 gltI gltJ TRUE 0.922 95.000 0.111 0.045 Y NA
 7586610 7586611 LHK_00028 LHK_00029 gltJ   TRUE 0.999 0.000 0.897 0.014 Y NA
 7586611 7586612 LHK_00029 LHK_00030   gltL TRUE 0.940 12.000 0.000 1.000 Y NA
 7586612 7586613 LHK_00030 LHK_00031 gltL   FALSE 0.240 79.000 0.000 NA   NA
 7586615 7586616 LHK_00033 LHK_00034   proC TRUE 0.970 25.000 0.357 NA   NA
 7586616 7586617 LHK_00034 LHK_00035 proC   TRUE 0.943 6.000 0.039 NA   NA
 7586617 7586618 LHK_00035 LHK_00036     FALSE 0.088 149.000 0.000 NA   NA
 7586618 7586619 LHK_00036 LHK_00037   dksA FALSE 0.056 256.000 0.000 1.000 N NA
 7586619 7586620 LHK_00037 LHK_00038 dksA aroG FALSE 0.382 145.000 0.010 1.000 N NA
 7586621 7586622 LHK_00039 LHK_00040     FALSE 0.262 381.000 0.013 0.005 Y NA
 7586622 7586623 LHK_00040 LHK_00041     TRUE 0.998 6.000 0.501 0.005 Y NA
 7586623 7586624 LHK_00041 LHK_00042     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7586624 7586625 LHK_00042 LHK_00043   agaY FALSE 0.159 118.000 0.000 NA   NA
 7586625 7586626 LHK_00043 LHK_00044 agaY   TRUE 0.742 62.000 0.021 1.000 N NA
 7586626 7586627 LHK_00044 LHK_00045   pgk FALSE 0.336 109.000 0.000 1.000 N NA
 7586627 7586628 LHK_00045 LHK_00046 pgk   TRUE 0.892 76.000 0.017 0.004 Y NA
 7586628 7586629 LHK_00046 LHK_00047   tktA TRUE 0.889 80.000 0.066 1.000 Y NA
 7586632 7586633 LHK_00050 LHK_00051     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586633 7586634 LHK_00051 LHK_00052     FALSE 0.255 72.000 0.000 NA   NA
 7586634 7586635 LHK_00052 LHK_00053   tolQ TRUE 0.673 53.000 0.006 NA N NA
 7586636 7586637 LHK_00054 LHK_00055   potF1 FALSE 0.282 121.000 0.000 1.000 N NA
 7586637 7586638 LHK_00055 LHK_00056 potF1 proB FALSE 0.125 304.000 0.000 1.000 Y NA
 7586638 7586639 LHK_00056 LHK_00057 proB moeB FALSE 0.331 110.000 0.000 1.000 N NA
 7586639 7586640 LHK_00057 LHK_00058 moeB   TRUE 0.727 54.000 0.010 1.000 N NA
 7586640 7586641 LHK_00058 LHK_00059   atoS TRUE 0.977 -21.000 0.171 1.000 Y NA
 7586641 7586642 LHK_00059 LHK_00060 atoS   TRUE 0.995 -3.000 0.810 NA   NA
 7586642 7586643 LHK_00060 LHK_00061     TRUE 0.818 -106.000 0.094 NA   NA
 7586643 7586644 LHK_00061 LHK_00062   htpX2 TRUE 0.798 75.000 0.075 1.000 N NA
 7586644 7586645 LHK_00062 LHK_00063 htpX2   FALSE 0.290 119.000 0.000 1.000 N NA
 7586645 7586646 LHK_00063 LHK_00064     TRUE 0.974 -12.000 0.028 0.018 Y NA
 7586646 7586647 LHK_00064 LHK_00065   uvrD TRUE 0.936 8.000 0.007 1.000 N NA
 7586648 7586649 LHK_00066 LHK_00067   rsuA FALSE 0.410 79.000 0.000 1.000 N NA
 7586650 7586651 LHK_00068 LHK_00069   hemY FALSE 0.053 213.000 0.000 1.000   NA
 7586651 7586652 LHK_00069 LHK_00070 hemY hemX TRUE 0.998 -3.000 0.765 1.000 Y NA
 7586652 7586653 LHK_00070 LHK_00071 hemX hemD TRUE 0.996 -7.000 0.600 1.000 Y NA
 7586653 7586654 LHK_00071 LHK_00072 hemD   TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7586654 7586655 LHK_00072 LHK_00073     FALSE 0.021 299.000 0.000 NA   NA
 7586655 7586656 LHK_00073 LHK_00074     FALSE 0.236 81.000 0.000 NA   NA
 7586656 7586657 LHK_00074 LHK_00075     FALSE 0.159 118.000 0.000 NA   NA
 7586658 7586659 LHK_00076 LHK_00077   cafA TRUE 0.992 2.000 0.417 NA N NA
 7586659 7586660 LHK_00077 LHK_00078 cafA   TRUE 0.970 -3.000 0.000 0.026 Y NA
 7586660 7586661 LHK_00078 LHK_00079     FALSE 0.011 500.000 0.000 NA   NA
 7586661 7586662 LHK_00079 LHK_00080     FALSE 0.206 96.000 0.000 NA   NA
 7586663 7586664 LHK_00081 LHK_00082     FALSE 0.311 96.000 0.000 NA N NA
 7586664 7586665 LHK_00082 LHK_00084     TRUE 0.996 -3.000 0.727 NA N NA
 7586666 7586667 LHK_00083 LHK_00085     FALSE 0.232 83.000 0.000 NA   NA
 7586667 7586668 LHK_00085 LHK_00086   ruvB FALSE 0.202 100.000 0.000 NA   NA
 7586669 7586670 LHK_00087 LHK_00088     FALSE 0.387 42.000 0.000 NA   NA
 7586674 7586675 LHK_00092 LHK_00094     FALSE 0.401 -40.000 0.000 NA   NA
 7586677 7586678 LHK_00095 LHK_00096     FALSE 0.297 57.000 0.000 NA   NA
 7586678 7586679 LHK_00096 LHK_00098     FALSE 0.458 33.000 0.000 NA   NA
 7586679 7586680 LHK_00098 LHK_00097   bioB TRUE 0.986 3.000 0.168 0.003   NA
 7586681 7586682 LHK_00099 LHK_00100 comF   TRUE 0.551 107.000 0.017 1.000   NA
 7586682 7586683 LHK_00100 LHK_00101   rlpA FALSE 0.127 157.000 0.000 NA N NA
 7586684 7586685 LHK_00102 LHK_00103   cysE TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586685 7586686 LHK_00103 LHK_00104 cysE   FALSE 0.259 126.000 0.000 1.000 N NA
 7586687 7586688 LHK_00105 LHK_00106     FALSE 0.277 64.000 0.000 NA   NA
 7586688 7586689 LHK_00106 LHK_00107   metH FALSE 0.190 108.000 0.000 NA   NA
 7586689 7586690 LHK_00107 LHK_00108 metH   TRUE 0.877 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7586692 7586693 LHK_00110 LHK_00111     FALSE 0.049 195.000 0.000 NA   NA
 7586695 7586696 LHK_00113 LHK_00114     FALSE 0.012 441.000 0.000 NA   NA
 7586697 7586698 LHK_00115 LHK_00116     FALSE 0.350 61.000 0.000 1.000   NA
 7586698 7586699 LHK_00116 LHK_00117   holA FALSE 0.285 87.000 0.000 1.000   NA
 7586699 7586700 LHK_00117 LHK_00118 holA rlpB TRUE 0.982 7.000 0.199 NA N NA
 7586700 7586701 LHK_00118 LHK_00119 rlpB syl TRUE 0.899 50.000 0.182 NA N NA
 7586701 7586702 LHK_00119 LHK_00120 syl   FALSE 0.234 82.000 0.000 NA   NA
 7586704 7586705 LHK_00122 LHK_00123     TRUE 0.871 50.000 0.100 1.000 N NA
 7586705 7586706 LHK_00123 LHK_00124   ampD FALSE 0.311 113.000 0.000 1.000 N NA
 7586708 7586709 LHK_00126 LHK_00127     FALSE 0.351 -85.000 0.000 NA   NA
 7586709 7586710 LHK_00127 LHK_00128   leu1 FALSE 0.044 302.000 0.000 1.000 N NA
 7586710 7586711 LHK_00128 LHK_00129 leu1   FALSE 0.231 133.000 0.000 1.000 N NA
 7586713 7586714 LHK_00131 LHK_00132 lpdA1 aceF TRUE 0.996 10.000 0.463 1.000 Y NA
 7586714 7586715 LHK_00132 LHK_00133 aceF aceE TRUE 0.886 60.000 0.031 1.000 Y NA
 7586719 7586720 LHK_00137 LHK_00138     FALSE 0.092 146.000 0.000 NA   NA
 7586720 7586721 LHK_00138 LHK_00139     TRUE 0.606 -9.000 0.000 NA   NA
 7586721 7586722 LHK_00139 LHK_00140     TRUE 0.957 -3.000 0.057 NA   NA
 7586722 7586723 LHK_00140 LHK_00141     TRUE 0.988 0.000 0.259 NA N NA
 7586723 7586724 LHK_00141 LHK_00142     FALSE 0.437 70.000 0.000 1.000 N NA
 7586725 7586726 LHK_00143 LHK_00144     FALSE 0.369 151.000 0.044 NA   NA
 7586726 7586727 LHK_00144 LHK_00145     TRUE 0.983 10.000 0.307 NA   NA
 7586727 7586728 LHK_00145 LHK_00146     FALSE 0.244 77.000 0.000 NA   NA
 7586728 7586729 LHK_00146 LHK_00147     TRUE 0.568 -60.000 0.000 1.000 N NA
 7586730 7586731 LHK_00148 LHK_00149     FALSE 0.194 106.000 0.000 NA   NA
 7586731 7586732 LHK_00149 LHK_00150     FALSE 0.355 59.000 0.000 1.000   NA
 7586733 7586734 LHK_00151 LHK_00152     FALSE 0.034 231.000 0.000 NA   NA
 7586735 7586736 LHK_00153 LHK_00154     TRUE 0.949 35.000 0.310 NA   NA
 7586736 7586737 LHK_00154 LHK_00155     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586738 7586739 LHK_00156 LHK_00157 ilvI ilvH TRUE 0.995 20.000 0.371 0.001 Y NA
 7586739 7586740 LHK_00157 LHK_00158 ilvH ilvC TRUE 0.947 65.000 0.092 0.002 Y NA
 7586740 7586741 LHK_00158 LHK_00159 ilvC   FALSE 0.150 135.000 0.000 1.000   NA
 7586742 7586743 LHK_00160 LHK_00161     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7586744 7586745 LHK_00162 LHK_00163   psd FALSE 0.086 151.000 0.000 NA   NA
 7586745 7586746 LHK_00163 LHK_00164 psd pssA TRUE 0.985 43.000 0.466 1.000 Y NA
 7586746 7586747 LHK_00164 LHK_00165 pssA phoB FALSE 0.249 129.000 0.000 1.000 N NA
 7586747 7586748 LHK_00165 LHK_00166 phoB phoR TRUE 0.997 4.000 0.453 1.000 Y NA
 7586748 7586749 LHK_00166 LHK_00167 phoR talA FALSE 0.351 103.000 0.000 1.000 N NA
 7586749 7586750 LHK_00167 LHK_00168 talA bioD FALSE 0.348 104.000 0.000 1.000 N NA
 7586750 7586751 LHK_00168 LHK_00169 bioD coxB FALSE 0.237 132.000 0.000 1.000 N NA
 7586751 7586752 LHK_00169 LHK_00170 coxB coxA TRUE 0.972 17.000 0.008 0.004 Y NA
 7586752 7586753 LHK_00170 LHK_00171 coxA coxG TRUE 0.885 98.000 0.268 1.000 N NA
 7586753 7586754 LHK_00171 LHK_00172 coxG   TRUE 0.912 3.000 0.007 NA   NA
 7586754 7586755 LHK_00172 LHK_00173     TRUE 0.880 13.000 0.007 NA   NA
 7586757 7586758 LHK_00175 LHK_00176     TRUE 0.995 -3.000 0.722 NA   NA
 7586758 7586759 LHK_00176 LHK_00177     TRUE 0.984 2.000 0.255 NA   NA
 7586761 7586762 LHK_00179 LHK_00180 ctaB   TRUE 0.565 30.000 0.000 1.000   NA
 7586762 7586763 LHK_00180 LHK_00181     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586763 7586764 LHK_00181 LHK_00182   his1 TRUE 0.895 12.000 0.002 NA N NA
 7586764 7586765 LHK_00182 LHK_00183 his1   TRUE 0.951 6.000 0.000 1.000 Y NA
 7586765 7586766 LHK_00183 LHK_00184   hisX TRUE 0.895 23.000 0.000 1.000 Y NA
 7586766 7586767 LHK_00184 LHK_00185 hisX his8-1 TRUE 0.995 3.000 0.165 0.006 Y NA
 7586767 7586768 LHK_00185 LHK_00186 his8-1 his7 TRUE 0.997 2.000 0.341 0.006 Y NA
 7586768 7586769 LHK_00186 LHK_00187 his7 hisH TRUE 0.994 -3.000 0.111 0.006 Y NA
 7586769 7586770 LHK_00187 LHK_00188 hisH his4 TRUE 0.898 123.000 0.120 0.006 Y NA
 7586770 7586771 LHK_00188 LHK_00189 his4   FALSE 0.347 -91.000 0.000 NA   NA
 7586771 7586772 LHK_00189 LHK_00190   hisF FALSE 0.448 34.000 0.000 NA   NA
 7586772 7586773 LHK_00190 LHK_00191 hisF his3 TRUE 0.998 -3.000 0.430 0.006 Y NA
 7586773 7586774 LHK_00191 LHK_00192 his3 his2 TRUE 0.951 76.000 0.152 0.006 Y NA
 7586774 7586775 LHK_00192 LHK_00193 his2   TRUE 0.908 34.000 0.079 1.000 N NA
 7586775 7586776 LHK_00193 LHK_00194   tatA TRUE 0.823 67.000 0.080 1.000 N NA
 7586776 7586777 LHK_00194 LHK_00195 tatA   TRUE 0.970 3.000 0.000 0.012 Y NA
 7586777 7586778 LHK_00195 LHK_00196   tatC TRUE 0.951 -3.000 0.000 NA Y NA
 7586778 7586779 LHK_00196 LHK_00197 tatC   TRUE 0.923 -3.000 0.010 NA   NA
 7586780 7586781 LHK_00198 LHK_00200     FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 7586781 7586782 LHK_00200 LHK_00199     TRUE 0.552 23.000 0.000 NA   NA
 7586782 7586783 LHK_00199 LHK_00201     FALSE 0.019 313.000 0.000 NA   NA
 7586783 7586784 LHK_00201 LHK_00202     TRUE 0.938 74.000 0.181 1.000 Y NA
 7586786 7586787 LHK_00204 LHK_00205     TRUE 0.982 -22.000 0.240 1.000 Y NA
 7586787 7586788 LHK_00205 LHK_00206     FALSE 0.455 65.000 0.000 1.000 N NA
 7586788 7586789 LHK_00206 LHK_00207     FALSE 0.454 66.000 0.000 1.000 N NA
 7586790 7586791 LHK_00208 LHK_00209   acs2 TRUE 0.537 124.000 0.000 1.000 Y NA
 7586791 7586792 LHK_00209 LHK_00210 acs2   TRUE 0.994 -3.000 0.474 1.000 N NA
 7586792 7586793 LHK_00210 LHK_00211     TRUE 0.983 13.000 0.074 1.000 Y NA
 7586793 7586794 LHK_00211 LHK_00212     TRUE 0.919 25.000 0.000 0.044 Y NA
 7586794 7586795 LHK_00212 LHK_00213     TRUE 0.696 64.000 0.000 NA Y NA
 7586795 7586796 LHK_00213 LHK_00214   livF-1 TRUE 0.930 58.000 0.125 NA Y NA
 7586796 7586797 LHK_00214 LHK_00215 livF-1   TRUE 0.972 39.000 0.479 1.000 N NA
 7586797 7586798 LHK_00215 LHK_00216   mmsA1 FALSE 0.429 72.000 0.000 1.000 N NA
 7586798 7586799 LHK_00216 LHK_00217 mmsA1 caiA TRUE 0.949 5.000 0.013 1.000 N NA
 7586799 7586800 LHK_00217 LHK_00218 caiA   TRUE 0.981 -3.000 0.013 1.000 Y NA
 7586800 7586801 LHK_00218 LHK_00219   paaG TRUE 0.989 -3.000 0.030 0.004 Y NA
 7586801 7586802 LHK_00219 LHK_00220 paaG   TRUE 0.998 -3.000 0.687 1.000 Y NA
 7586803 7586804 LHK_00221 LHK_00222     TRUE 0.990 4.000 0.303 1.000 N NA
 7586804 7586805 LHK_00222 LHK_00223     TRUE 0.997 4.000 0.439 1.000 Y NA
 7586805 7586806 LHK_00223 LHK_00224     FALSE 0.240 109.000 0.000 1.000   NA
 7586806 7586807 LHK_00224 LHK_00225   baeR FALSE 0.266 94.000 0.000 1.000   NA
 7586807 7586808 LHK_00225 LHK_00226 baeR baeS TRUE 0.998 -3.000 0.591 1.000 Y NA
 7586808 7586809 LHK_00226 LHK_00227 baeS   TRUE 0.542 47.000 0.000 1.000 N NA
 7586810 7586811 LHK_00228 LHK_r1     FALSE 0.010 521.000 0.000 NA   NA
 7586811 7586812 LHK_r1 LHK_t1   trnI-1 FALSE 0.266 69.000 0.000 NA   NA
 7586812 7586813 LHK_t1 LHK_t2 trnI-1 trnA-1 TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7586813 7586814 LHK_t2 LHK_r2 trnA-1   FALSE 0.030 243.000 0.000 NA   NA
 7586814 7586815 LHK_r2 LHK_r3     FALSE 0.176 112.000 0.000 NA   NA
 7586815 7586816 LHK_r3 LHK_00230     FALSE 0.010 531.000 0.000 NA   NA
 7586817 7586818 LHK_00231 LHK_00232 rpoH ftsX FALSE 0.235 184.000 0.011 NA N NA
 7586818 7586819 LHK_00232 LHK_00233 ftsX ftsE TRUE 0.983 -3.000 0.031 NA Y NA
 7586819 7586820 LHK_00233 LHK_00234 ftsE ftsY TRUE 0.936 30.000 0.117 1.000 N NA
 7586821 7586822 LHK_00235 LHK_00236     TRUE 0.991 -10.000 0.598 0.006   NA
 7586822 7586823 LHK_00236 LHK_00237     TRUE 0.833 -19.000 0.017 1.000   NA
 7586823 7586824 LHK_00237 LHK_00238   fdx1 TRUE 0.604 58.000 0.010 NA   NA
 7586824 7586825 LHK_00238 LHK_t3 fdx1 trnY-1 FALSE 0.091 147.000 0.000 NA   NA
 7586825 7586826 LHK_t3 LHK_t4 trnY-1 trnG-1 FALSE 0.412 39.000 0.000 NA   NA
 7586826 7586827 LHK_t4 LHK_t5 trnG-1 trnT-1 TRUE 0.727 8.000 0.000 NA   NA
 7586827 7586828 LHK_t5 LHK_00239 trnT-1   FALSE 0.427 37.000 0.000 NA   NA
 7586828 7586829 LHK_00239 LHK_t6   trnW-1 FALSE 0.395 41.000 0.000 NA   NA
 7586829 7586830 LHK_t6 LHK_00240 trnW-1 secE FALSE 0.260 70.000 0.000 NA   NA
 7586830 7586831 LHK_00240 LHK_00241 secE nusG TRUE 0.996 5.000 0.843 1.000 N NA
 7586831 7586832 LHK_00241 LHK_00242 nusG rplK TRUE 0.949 101.000 0.681 1.000 N NA
 7586832 7586833 LHK_00242 LHK_00243 rplK rplA TRUE 0.999 0.000 0.838 0.025 Y NA
 7586833 7586834 LHK_00243 LHK_00244 rplA rplJ TRUE 0.591 311.000 0.302 1.000 Y NA
 7586834 7586835 LHK_00244 LHK_00245 rplJ rplL TRUE 0.992 46.000 0.884 1.000 Y NA
 7586835 7586836 LHK_00245 LHK_00246 rplL rpoB TRUE 0.516 193.000 0.223 1.000   NA
 7586836 7586837 LHK_00246 LHK_00247 rpoB rpoC TRUE 0.978 69.000 0.851 0.001   NA
 7586837 7586838 LHK_00247 LHK_00248 rpoC rpsL TRUE 0.642 141.000 0.122 1.000 N NA
 7586838 7586839 LHK_00248 LHK_00249 rpsL rpsG TRUE 0.981 108.000 0.620 0.004 Y NA
 7586839 7586840 LHK_00249 LHK_00250 rpsG fusA TRUE 0.918 31.000 0.003 1.000 Y NA
 7586840 7586841 LHK_00250 LHK_00251 fusA   TRUE 0.993 64.000 1.000 0.001 Y NA
 7586841 7586842 LHK_00251 LHK_00252     TRUE 0.954 16.000 0.003 1.000 Y NA
 7586842 7586843 LHK_00252 LHK_00253   rplC TRUE 0.833 195.000 0.307 0.025 Y NA
 7586843 7586844 LHK_00253 LHK_00254 rplC rplD TRUE 0.998 0.000 0.486 0.018 Y NA
 7586844 7586845 LHK_00254 LHK_00255 rplD rplW TRUE 0.997 -3.000 0.513 1.000 Y NA
 7586845 7586846 LHK_00255 LHK_00256 rplW rplB TRUE 0.998 12.000 0.849 1.000 Y NA
 7586846 7586847 LHK_00256 LHK_00257 rplB rpsS TRUE 0.998 14.000 0.820 0.025 Y NA
 7586847 7586848 LHK_00257 LHK_00258 rpsS rplV TRUE 0.998 10.000 0.769 0.025 Y NA
 7586848 7586849 LHK_00258 LHK_00259 rplV rpsC TRUE 0.998 11.000 0.719 0.025 Y NA
 7586849 7586850 LHK_00259 LHK_00260 rpsC rplP TRUE 0.997 -16.000 0.828 0.025 Y NA
 7586850 7586851 LHK_00260 LHK_00261 rplP rpmC TRUE 0.999 1.000 0.802 0.018 Y NA
 7586851 7586852 LHK_00261 LHK_00262 rpmC rpsQ TRUE 0.999 2.000 0.828 0.018 Y NA
 7586852 7586853 LHK_00262 LHK_00263 rpsQ rplN TRUE 0.939 176.000 0.791 0.025 Y NA
 7586853 7586854 LHK_00263 LHK_00264 rplN rplX TRUE 0.987 13.000 0.071 0.025 Y NA
 7586854 7586855 LHK_00264 LHK_00265 rplX rplE TRUE 0.988 10.000 0.057 0.018 Y NA
 7586855 7586856 LHK_00265 LHK_00266 rplE rpsN TRUE 0.997 5.000 0.309 0.018 Y NA
 7586856 7586857 LHK_00266 LHK_00267 rpsN rpsH TRUE 0.994 15.000 0.295 0.018 Y NA
 7586857 7586858 LHK_00267 LHK_00268 rpsH rplF TRUE 0.998 13.000 0.808 0.018 Y NA
 7586858 7586859 LHK_00268 LHK_00269 rplF rplR TRUE 0.998 14.000 0.815 0.018 Y NA
 7586859 7586860 LHK_00269 LHK_00270 rplR rpsE TRUE 0.998 14.000 0.814 0.025 Y NA
 7586860 7586861 LHK_00270 LHK_00271 rpsE rpmD TRUE 0.999 0.000 0.789 0.025 Y NA
 7586861 7586862 LHK_00271 LHK_00272 rpmD rplO TRUE 0.999 2.000 0.653 0.003 Y NA
 7586862 7586863 LHK_00272 LHK_00273 rplO secY TRUE 0.989 26.000 0.730 1.000 N NA
 7586863 7586864 LHK_00273 LHK_00274 secY infA2 TRUE 0.947 19.000 0.083 1.000 N NA
 7586864 7586865 LHK_00274 LHK_00275 infA2 rpmJ TRUE 0.928 25.000 0.104 1.000   NA
 7586865 7586866 LHK_00275 LHK_00276 rpmJ rpsM TRUE 0.906 60.000 0.194 0.018   NA
 7586866 7586867 LHK_00276 LHK_00277 rpsM rpsK TRUE 0.998 14.000 0.810 0.018 Y NA
 7586867 7586868 LHK_00277 LHK_00278 rpsK rpsD TRUE 0.996 19.000 0.509 0.025 Y NA
 7586868 7586869 LHK_00278 LHK_00279 rpsD rpoA TRUE 0.987 23.000 0.549 1.000 N NA
 7586869 7586870 LHK_00279 LHK_00280 rpoA rplQ TRUE 0.989 31.000 0.873 1.000 N NA
 7586871 7586872 LHK_00281 LHK_00282     FALSE 0.401 -40.000 0.000 NA   NA
 7586874 7586875 LHK_00284 LHK_00285     TRUE 0.993 11.000 0.466 0.004   NA
 7586875 7586876 LHK_00285 LHK_00286     TRUE 0.993 -172.000 0.870 0.004 Y NA
 7586878 7586879 LHK_00288 LHK_00289 lnt   FALSE 0.026 450.000 0.000 1.000 N NA
 7586879 7586880 LHK_00289 LHK_00290     TRUE 0.968 10.000 0.150 NA   NA
 7586880 7586881 LHK_00290 LHK_00291     TRUE 0.991 -3.000 0.457 NA   NA
 7586881 7586882 LHK_00291 LHK_00292   miaB TRUE 0.974 18.000 0.220 1.000 N NA
 7586882 7586883 LHK_00292 LHK_00293 miaB   FALSE 0.278 122.000 0.000 1.000 N NA
 7586883 7586884 LHK_00293 LHK_00294   arcD-1 FALSE 0.307 114.000 0.000 1.000 N NA
 7586884 7586885 LHK_00294 LHK_00295 arcD-1   TRUE 0.796 41.000 0.000 NA Y NA
 7586889 7586890 LHK_00298 LHK_00299     FALSE 0.010 514.000 0.000 NA   NA
 7586891 7586892 LHK_00300 LHK_00301     FALSE 0.018 323.000 0.000 NA   NA
 7586895 7586896 LHK_00304 LHK_00305     TRUE 0.985 10.000 0.235 1.000 N NA
 7586896 7586897 LHK_00305 LHK_00306     TRUE 0.995 42.000 0.948 0.006 Y NA
 7586897 7586898 LHK_00306 LHK_00307     FALSE 0.307 77.000 0.000 1.000   NA
 7586898 7586899 LHK_00307 LHK_00308     FALSE 0.238 80.000 0.000 NA   NA
 7586901 7586902 LHK_00310 LHK_00311 pth ctc TRUE 0.980 78.000 0.496 0.030 Y NA
 7586902 7586903 LHK_00311 LHK_00312 ctc kprS TRUE 0.826 84.000 0.122 1.000 N NA
 7586903 7586904 LHK_00312 LHK_t8 kprS trnQ-1 FALSE 0.212 92.000 0.000 NA   NA
 7586904 7586905 LHK_t8 LHK_00313 trnQ-1 ispE TRUE 0.727 8.000 0.000 NA   NA
 7586905 7586906 LHK_00313 LHK_00314 ispE lolB TRUE 0.949 28.000 0.157 1.000 N NA
 7586906 7586907 LHK_00314 LHK_00315 lolB   TRUE 0.967 -3.000 0.072 1.000   NA
 7586910 7586911 LHK_00318 LHK_00319 rep   FALSE 0.238 80.000 0.000 NA   NA
 7586912 7586913 LHK_00320 LHK_00321     TRUE 0.575 20.000 0.000 NA   NA
 7586915 7586916 LHK_00323 LHK_00324 ubiA ubiC TRUE 0.726 199.000 0.248 NA Y NA
 7586917 7586918 LHK_00325 LHK_00326     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7586919 7586920 LHK_00327 LHK_00328   qseC-1 FALSE 0.026 260.000 0.000 NA   NA
 7586920 7586921 LHK_00328 LHK_00329 qseC-1 ompR TRUE 0.997 -3.000 0.526 1.000 Y NA
 7586921 7586922 LHK_00329 LHK_00330 ompR   FALSE 0.221 89.000 0.000 NA   NA
 7586924 7586925 LHK_00332 LHK_00333     TRUE 0.821 -25.000 0.021 1.000   NA
 7586925 7586926 LHK_00333 LHK_00334     TRUE 0.721 27.000 0.000 0.043   NA
 7586932 7586933 LHK_00340 LHK_00341     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586933 7586934 LHK_00341 LHK_00342     TRUE 0.906 6.000 0.007 NA   NA
 7586936 7586937 LHK_00344 LHK_00345   ychF FALSE 0.343 48.000 0.000 NA   NA
 7586937 7586938 LHK_00345 LHK_00346 ychF   FALSE 0.266 69.000 0.000 NA   NA
 7586940 7586941 LHK_00348 LHK_00349     TRUE 0.600 18.000 0.000 NA   NA
 7586945 7586946 LHK_00353 LHK_00354 rpoS   FALSE 0.077 484.000 0.047 1.000   NA
 7586946 7586947 LHK_00354 LHK_00355   pcm1 TRUE 0.682 90.000 0.025 1.000 N NA
 7586947 7586948 LHK_00355 LHK_00356 pcm1 surE TRUE 0.973 -15.000 0.353 1.000   NA
 7586948 7586949 LHK_00356 LHK_00357 surE nadA TRUE 0.808 22.000 0.003 1.000   NA
 7586949 7586950 LHK_00357 LHK_00358 nadA   FALSE 0.467 32.000 0.000 NA   NA
 7586951 7586952 LHK_00359 LHK_00360   rpsP TRUE 0.534 96.000 0.002 1.000 N NA
 7586952 7586953 LHK_00360 LHK_00361 rpsP rimM TRUE 0.982 51.000 0.342 0.018 Y NA
 7586953 7586954 LHK_00361 LHK_00362 rimM trmD TRUE 0.998 0.000 0.672 1.000 Y NA
 7586954 7586955 LHK_00362 LHK_00363 trmD rplS TRUE 0.998 -3.000 0.567 1.000 Y NA
 7586955 7586956 LHK_00363 LHK_00364 rplS   TRUE 0.630 90.000 0.011 1.000 N NA
 7586957 7586958 LHK_00365 LHK_00366 clpA   TRUE 0.993 -3.000 0.596 NA   NA
 7586961 7586962 LHK_00369 LHK_00370   aceK FALSE 0.021 301.000 0.000 NA   NA
 7586962 7586963 LHK_00370 LHK_00371 aceK   FALSE 0.451 67.000 0.000 1.000 N NA
 7586964 7586965 LHK_00372 LHK_00373   mutS FALSE 0.043 205.000 0.000 NA   NA
 7586967 7586968 LHK_00377 LHK_00378     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586968 7586969 LHK_00378 LHK_00379     TRUE 0.694 12.000 0.000 NA   NA
 7586969 7586970 LHK_00379 LHK_00380     TRUE 0.703 11.000 0.000 NA   NA
 7586970 7586971 LHK_00380 LHK_00381     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586971 7586972 LHK_00381 LHK_00382     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586972 7586973 LHK_00382 LHK_00383     FALSE 0.209 94.000 0.000 NA   NA
 7586973 7586974 LHK_00383 LHK_00384     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7586974 7586975 LHK_00384 LHK_00385     TRUE 0.552 23.000 0.000 NA   NA
 7586976 7586977 LHK_00386 LHK_00387     FALSE 0.018 324.000 0.000 NA   NA
 7586978 7586979 LHK_00388 LHK_00389     FALSE 0.014 389.000 0.000 NA   NA
 7586979 7586980 LHK_00389 LHK_00390     FALSE 0.014 410.000 0.000 NA   NA
 7586980 7586981 LHK_00390 LHK_00391     TRUE 0.508 -18.000 0.000 NA   NA
 7586981 7586982 LHK_00391 LHK_00392     TRUE 0.744 5.000 0.000 NA   NA
 7586982 7586983 LHK_00392 LHK_00393     TRUE 0.761 1.000 0.000 NA   NA
 7586983 7586984 LHK_00393 LHK_00394     TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7586984 7586985 LHK_00394 LHK_00395     TRUE 0.648 15.000 0.000 NA   NA
 7586985 7586986 LHK_00395 LHK_00396     TRUE 0.712 10.000 0.000 NA   NA
 7586986 7586987 LHK_00396 LHK_00397     FALSE 0.304 55.000 0.000 NA   NA
 7586987 7586988 LHK_00397 LHK_00398     FALSE 0.154 120.000 0.000 NA   NA
 7586988 7586989 LHK_00398 LHK_00399     TRUE 0.977 2.000 0.143 1.000   NA
 7586989 7586990 LHK_00399 LHK_00400     FALSE 0.062 169.000 0.000 NA   NA
 7586990 7586991 LHK_00400 LHK_00401     TRUE 0.663 14.000 0.000 NA   NA
 7586991 7586992 LHK_00401 LHK_00402     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7586992 7586993 LHK_00402 LHK_00403     TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7586993 7586994 LHK_00403 LHK_00404     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586994 7586995 LHK_00404 LHK_00405     TRUE 0.694 12.000 0.000 NA   NA
 7586995 7586996 LHK_00405 LHK_00406     TRUE 0.525 26.000 0.000 NA   NA
 7586996 7586997 LHK_00406 LHK_00407     FALSE 0.152 121.000 0.000 NA   NA
 7586997 7586998 LHK_00407 LHK_00408     TRUE 0.965 -3.000 0.087 NA   NA
 7586998 7586999 LHK_00408 LHK_00409     TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7586999 7587000 LHK_00409 LHK_00410     FALSE 0.234 82.000 0.000 NA   NA
 7587000 7587001 LHK_00410 LHK_00411     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587001 7587002 LHK_00411 LHK_00412     TRUE 0.896 -12.000 0.043 NA   NA
 7587002 7587003 LHK_00412 LHK_00413     TRUE 0.971 56.000 1.000 NA   NA
 7587003 7587004 LHK_00413 LHK_00414     TRUE 0.732 7.000 0.000 NA   NA
 7587004 7587005 LHK_00414 LHK_00415   gpl-1 TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7587005 7587006 LHK_00415 LHK_00416 gpl-1   FALSE 0.436 93.000 0.000 0.005   NA
 7587006 7587007 LHK_00416 LHK_00417     TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7587007 7587008 LHK_00417 LHK_00418     TRUE 0.745 13.000 0.000 1.000   NA
 7587009 7587010 LHK_00419 LHK_00420     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587015 7587016 LHK_00425 LHK_00426 trmB   TRUE 0.732 39.000 0.006 1.000   NA
 7587017 7587018 LHK_00427 LHK_00428 ubiB   FALSE 0.212 137.000 0.000 1.000 N NA
 7587019 7587020 LHK_00429 LHK_00430     FALSE 0.094 145.000 0.000 NA   NA
 7587020 7587021 LHK_00430 LHK_00431   lysP FALSE 0.073 159.000 0.000 NA   NA
 7587021 7587022 LHK_00431 LHK_00432 lysP apt FALSE 0.301 116.000 0.000 1.000 N NA
 7587022 7587023 LHK_00432 LHK_00433 apt clpB FALSE 0.129 168.000 0.000 1.000 N NA
 7587024 7587025 LHK_00434 LHK_00435     FALSE 0.228 85.000 0.000 NA   NA
 7587026 7587027 LHK_00436 LHK_00437 flgL flgK TRUE 0.984 10.000 0.011 0.002 Y NA
 7587027 7587028 LHK_00437 LHK_00438 flgK flgJ TRUE 0.989 68.000 0.705 0.003 Y NA
 7587028 7587029 LHK_00438 LHK_00439 flgJ flgI TRUE 0.975 16.000 0.012 0.009 Y NA
 7587029 7587030 LHK_00439 LHK_00440 flgI flgH1 TRUE 0.988 3.000 0.024 0.009 Y NA
 7587030 7587031 LHK_00440 LHK_00441 flgH1   TRUE 0.908 68.000 0.024 0.008 Y NA
 7587031 7587032 LHK_00441 LHK_00442   flgF1 TRUE 0.964 44.000 0.080 0.001 Y NA
 7587032 7587033 LHK_00442 LHK_00443 flgF1   TRUE 0.956 14.000 0.000 0.005 Y NA
 7587033 7587034 LHK_00443 LHK_00444     TRUE 0.922 40.000 0.031 NA Y NA
 7587034 7587035 LHK_00444 LHK_00445   flgC1 TRUE 0.976 17.000 0.081 NA Y NA
 7587035 7587036 LHK_00445 LHK_00446 flgC1 flgB TRUE 0.996 3.000 0.250 0.004 Y NA
 7587036 7587037 LHK_00446 LHK_00447 flgB   FALSE 0.152 158.000 0.000 1.000 N NA
 7587037 7587038 LHK_00447 LHK_00448     TRUE 0.943 11.000 0.000 1.000 Y NA
 7587038 7587039 LHK_00448 LHK_00449   cadA-1 TRUE 0.583 114.000 0.000 1.000 Y NA
 7587041 7587042 LHK_00451 LHK_00452     FALSE 0.154 120.000 0.000 NA   NA
 7587042 7587043 LHK_00452 LHK_00453     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587046 7587047 LHK_00456 LHK_00457 kguA rpoZ TRUE 0.555 45.000 0.000 1.000 N NA
 7587047 7587048 LHK_00457 LHK_00458 rpoZ spoT TRUE 0.980 38.000 0.291 1.000 Y NA
 7587048 7587049 LHK_00458 LHK_00459 spoT thiS TRUE 0.679 61.000 0.006 1.000 N NA
 7587049 7587050 LHK_00459 LHK_00460 thiS thiG TRUE 0.947 51.000 0.130 1.000 Y NA
 7587050 7587051 LHK_00460 LHK_00461 thiG rpsU FALSE 0.460 121.000 0.003 1.000 N NA
 7587051 7587052 LHK_00461 LHK_00462 rpsU   TRUE 0.831 110.000 0.173 0.029   NA
 7587052 7587053 LHK_00462 LHK_00463   dnaG TRUE 0.944 22.000 0.137 1.000   NA
 7587053 7587054 LHK_00463 LHK_00464 dnaG rpoD TRUE 0.928 60.000 0.299 1.000 N NA
 7587055 7587056 LHK_00465 LHK_00466     FALSE 0.303 -252.000 0.000 NA   NA
 7587060 7587061 LHK_00470 LHK_00471     FALSE 0.274 66.000 0.000 NA   NA
 7587063 7587064 LHK_00473 LHK_t9   trnS-1 FALSE 0.369 44.000 0.000 NA   NA
 7587066 7587067 LHK_00477 LHK_00480     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587067 7587068 LHK_00480 LHK_00478     FALSE 0.331 -117.000 0.000 NA   NA
 7587070 7587071 LHK_00481 LHK_00482     FALSE 0.236 81.000 0.000 NA   NA
 7587071 7587072 LHK_00482 LHK_00484     FALSE 0.131 129.000 0.000 NA   NA
 7587075 7587076 LHK_00486 LHK_00487     FALSE 0.435 36.000 0.000 NA   NA
 7587076 7587077 LHK_00487 LHK_00488     FALSE 0.212 92.000 0.000 NA   NA
 7587078 7587079 LHK_00489 LHK_00490     TRUE 0.721 67.000 0.040 1.000   NA
 7587079 7587080 LHK_00490 LHK_00491     FALSE 0.350 47.000 0.000 NA   NA
 7587081 7587082 LHK_00492 LHK_00493     FALSE 0.410 -37.000 0.000 NA   NA
 7587083 7587084 LHK_00494 LHK_00495     FALSE 0.092 202.000 0.000 1.000 N NA
 7587084 7587085 LHK_00495 LHK_00496     FALSE 0.489 39.000 0.000 1.000   NA
 7587085 7587086 LHK_00496 LHK_00497     TRUE 0.941 58.000 0.463 1.000   NA
 7587086 7587087 LHK_00497 LHK_00498   exbD2 FALSE 0.157 156.000 0.000 1.000 N NA
 7587087 7587088 LHK_00498 LHK_00499 exbD2   TRUE 0.977 -13.000 0.067 0.055 Y NA
 7587088 7587089 LHK_00499 LHK_00500     TRUE 0.993 7.000 0.333 0.010 N NA
 7587089 7587090 LHK_00500 LHK_00501   uraA-1 FALSE 0.274 123.000 0.000 1.000 N NA
 7587090 7587091 LHK_00501 LHK_00502 uraA-1 upp TRUE 0.893 95.000 0.101 1.000 Y NA
 7587091 7587092 LHK_00502 LHK_00503 upp   FALSE 0.444 125.000 0.004 1.000 N NA
 7587092 7587093 LHK_00503 LHK_00504     TRUE 0.718 64.000 0.015 1.000 N NA
 7587093 7587094 LHK_00504 LHK_00505     TRUE 0.595 83.000 0.008 NA N NA
 7587094 7587095 LHK_00505 LHK_00506     TRUE 0.890 -10.000 0.033 NA   NA
 7587095 7587096 LHK_00506 LHK_00507     TRUE 0.922 10.000 0.024 NA   NA
 7587096 7587097 LHK_00507 LHK_00508   pur5 TRUE 0.907 141.000 0.230 0.003 Y NA
 7587098 7587099 LHK_00509 LHK_00510     TRUE 0.973 13.000 0.217 NA   NA
 7587099 7587100 LHK_00510 LHK_00511     FALSE 0.090 376.000 0.045 NA   NA
 7587100 7587101 LHK_00511 LHK_00512     TRUE 0.525 26.000 0.000 NA   NA
 7587101 7587102 LHK_00512 LHK_00513     TRUE 0.951 43.000 0.432 NA   NA
 7587102 7587103 LHK_00513 LHK_00514   moaA1 FALSE 0.116 150.000 0.000 1.000   NA
 7587103 7587104 LHK_00514 LHK_00515 moaA1   TRUE 0.824 13.000 0.000 1.000 N NA
 7587104 7587105 LHK_00515 LHK_00516     FALSE 0.098 197.000 0.000 1.000 N NA
 7587107 7587108 LHK_00518 LHK_00519     TRUE 0.993 0.000 0.575 NA   NA
 7587108 7587109 LHK_00519 LHK_00520     FALSE 0.350 47.000 0.000 NA   NA
 7587110 7587111 LHK_00521 LHK_00522 pstB pstA TRUE 0.996 22.000 0.526 0.003 Y NA
 7587111 7587112 LHK_00522 LHK_00523 pstA pstC TRUE 0.997 15.000 0.537 0.003 Y NA
 7587112 7587113 LHK_00523 LHK_00524 pstC pstS TRUE 0.855 111.000 0.020 0.003 Y NA
 7587114 7587115 LHK_00525 LHK_00526 tpiS secG TRUE 0.940 8.000 0.009 1.000 N NA
 7587115 7587116 LHK_00526 LHK_t10 secG trnL-1 TRUE 0.632 16.000 0.000 NA   NA
 7587116 7587117 LHK_t10 LHK_00527 trnL-1   FALSE 0.248 75.000 0.000 NA   NA
 7587117 7587118 LHK_00527 LHK_00528   nuoB2 TRUE 0.996 -9.000 0.507 0.004 Y NA
 7587118 7587119 LHK_00528 LHK_00529 nuoB2   TRUE 0.996 13.000 0.328 0.004 Y NA
 7587119 7587120 LHK_00529 LHK_00530     TRUE 0.996 -7.000 0.483 0.008 Y NA
 7587120 7587121 LHK_00530 LHK_00531   nuoE-1 TRUE 0.997 0.000 0.355 0.008 Y NA
 7587121 7587122 LHK_00531 LHK_00532 nuoE-1 nuoF TRUE 0.997 0.000 0.343 0.008 Y NA
 7587122 7587123 LHK_00532 LHK_00533 nuoF nuoG TRUE 0.990 34.000 0.395 0.008 Y NA
 7587123 7587124 LHK_00533 LHK_00534 nuoG nuoH TRUE 0.998 4.000 0.515 0.008 Y NA
 7587124 7587125 LHK_00534 LHK_00535 nuoH nuoI TRUE 0.996 18.000 0.500 0.008 Y NA
 7587125 7587126 LHK_00535 LHK_00536 nuoI nuoJ TRUE 0.997 9.000 0.442 0.008 Y NA
 7587126 7587127 LHK_00536 LHK_00537 nuoJ nuoK TRUE 0.994 26.000 0.484 0.004 Y NA
 7587127 7587128 LHK_00537 LHK_00538 nuoK nuoL TRUE 0.995 22.000 0.451 0.008 Y NA
 7587128 7587129 LHK_00538 LHK_00539 nuoL nuoM TRUE 0.979 40.000 0.175 0.002 Y NA
 7587129 7587130 LHK_00539 LHK_00540 nuoM nuoN TRUE 0.991 31.000 0.340 0.002 Y NA
 7587130 7587131 LHK_00540 LHK_00541 nuoN metF FALSE 0.212 137.000 0.000 1.000 N NA
 7587131 7587132 LHK_00541 LHK_00542 metF   TRUE 0.796 25.000 0.007 NA   NA
 7587133 7587134 LHK_00543 LHK_00544 rpmG rpmB TRUE 0.980 54.000 0.332 0.017 Y NA
 7587135 7587136 LHK_00545 LHK_00546 pyrG kdsA TRUE 0.888 52.000 0.138 1.000 N NA
 7587136 7587137 LHK_00546 LHK_00547 kdsA eno TRUE 0.826 87.000 0.125 1.000 N NA
 7587137 7587138 LHK_00547 LHK_00548 eno   TRUE 0.938 46.000 0.241 1.000 N NA
 7587138 7587139 LHK_00548 LHK_00549     FALSE 0.388 88.000 0.000 1.000 N NA
 7587140 7587141 LHK_00550 LHK_00551     TRUE 0.972 -3.000 0.096 1.000   NA
 7587141 7587142 LHK_00551 LHK_00552     TRUE 0.984 -3.000 0.209 1.000   NA
 7587142 7587143 LHK_00552 LHK_00553     TRUE 0.517 89.000 0.002 NA N NA
 7587143 7587144 LHK_00553 LHK_00554     TRUE 0.785 89.000 0.009 NA Y NA
 7587144 7587145 LHK_00554 LHK_00555   cheZ-1 TRUE 0.934 37.000 0.028 1.000 Y NA
 7587145 7587146 LHK_00555 LHK_00556 cheZ-1 cheY3-1 TRUE 0.988 27.000 0.333 1.000 Y NA
 7587146 7587147 LHK_00556 LHK_00557 cheY3-1 cheV1-1 TRUE 0.961 78.000 0.222 0.017 Y NA
 7587147 7587148 LHK_00557 LHK_00558 cheV1-1 cheV2-1 TRUE 0.995 33.000 0.778 0.017 Y NA
 7587149 7587150 LHK_00559 LHK_00560     FALSE 0.132 183.000 0.000 0.029   NA
 7587150 7587151 LHK_00560 LHK_00561     FALSE 0.497 38.000 0.000 1.000   NA
 7587151 7587152 LHK_00561 LHK_00562   cheA TRUE 0.996 10.000 0.444 1.000 Y NA
 7587152 7587153 LHK_00562 LHK_00563 cheA   TRUE 0.998 3.000 0.421 0.021 Y NA
 7587153 7587154 LHK_00563 LHK_00564     TRUE 0.870 41.000 0.000 0.021 Y NA
 7587154 7587155 LHK_00564 LHK_00565   cheR1 TRUE 0.997 0.000 0.400 1.000 Y NA
 7587155 7587156 LHK_00565 LHK_00566 cheR1 cheB TRUE 0.957 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 7587156 7587157 LHK_00566 LHK_00567 cheB cheD TRUE 0.927 15.000 0.000 1.000 Y NA
 7587158 7587159 LHK_00568 LHK_00569   acpP TRUE 0.845 169.000 0.346 1.000 Y NA
 7587159 7587160 LHK_00569 LHK_00570 acpP fabG TRUE 0.914 149.000 0.321 0.005 Y NA
 7587160 7587161 LHK_00570 LHK_00571 fabG fabD TRUE 0.994 26.000 0.432 0.005 Y NA
 7587161 7587162 LHK_00571 LHK_00572 fabD fabH TRUE 0.948 91.000 0.182 0.005 Y NA
 7587162 7587163 LHK_00572 LHK_00573 fabH plsX TRUE 0.985 48.000 0.380 0.005 Y NA
 7587163 7587164 LHK_00573 LHK_00574 plsX rpmF TRUE 0.908 110.000 0.418 1.000 N NA
 7587164 7587165 LHK_00574 LHK_00575 rpmF   TRUE 0.981 26.000 0.599 NA   NA
 7587166 7587167 LHK_00576 LHK_00577 maf   TRUE 0.970 0.000 0.107 NA   NA
 7587168 7587169 LHK_00578 LHK_00579   metK TRUE 0.643 96.000 0.000 1.000 Y NA
 7587170 7587171 LHK_00580 LHK_00581     TRUE 0.997 5.000 0.255 0.001 Y NA
 7587171 7587172 LHK_00581 LHK_00582     TRUE 0.724 24.000 0.000 1.000 N NA
 7587173 7587174 LHK_00583 LHK_00584     FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 7587174 7587175 LHK_00584 LHK_00585   flgM TRUE 0.987 9.000 0.211 0.003   NA
 7587175 7587176 LHK_00585 LHK_00586 flgM   TRUE 0.863 100.000 0.330 NA   NA
 7587176 7587177 LHK_00586 LHK_00587   thrC FALSE 0.345 83.000 0.000 NA N NA
 7587177 7587178 LHK_00587 LHK_00588 thrC   TRUE 0.877 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7587178 7587179 LHK_00588 LHK_00589   metL TRUE 0.788 -7.000 0.000 1.000 N NA
 7587181 7587182 LHK_00591 LHK_00592     FALSE 0.024 275.000 0.000 NA   NA
 7587184 7587185 LHK_00594 LHK_00595   ubiE FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 7587185 7587186 LHK_00595 LHK_00596 ubiE   TRUE 0.961 3.000 0.074 NA   NA
 7587186 7587187 LHK_00596 LHK_00598   queA TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587188 7587189 LHK_00597 LHK_00599 aroQ accB TRUE 0.942 45.000 0.254 1.000 N NA
 7587189 7587190 LHK_00599 LHK_00600 accB accC TRUE 0.920 143.000 0.275 0.001 Y NA
 7587190 7587191 LHK_00600 LHK_00601 accC prmA TRUE 0.983 2.000 0.152 1.000 N NA
 7587191 7587192 LHK_00601 LHK_00602 prmA   TRUE 0.598 112.000 0.058 NA   NA
 7587192 7587193 LHK_00602 LHK_00603     FALSE 0.057 181.000 0.000 NA   NA
 7587193 7587194 LHK_00603 LHK_00604     FALSE 0.380 90.000 0.000 1.000 N NA
 7587194 7587195 LHK_00604 LHK_00605     TRUE 0.528 -16.000 0.000 NA   NA
 7587195 7587196 LHK_00605 LHK_00606   parE TRUE 0.663 14.000 0.000 NA   NA
 7587196 7587197 LHK_00606 LHK_00607 parE syy FALSE 0.418 76.000 0.000 1.000 N NA
 7587199 7587200 LHK_00609 LHK_00610 cysH cysI TRUE 0.916 12.000 0.003 1.000 N NA
 7587200 7587201 LHK_00610 LHK_00611 cysI   TRUE 0.823 -16.000 0.014 NA   NA
 7587201 7587202 LHK_00611 LHK_00612   rmpM FALSE 0.028 250.000 0.000 NA   NA
 7587202 7587203 LHK_00612 LHK_00613 rmpM   TRUE 0.736 51.000 0.009 1.000 N NA
 7587203 7587204 LHK_00613 LHK_00614   syi TRUE 0.977 18.000 0.254 1.000 N NA
 7587204 7587205 LHK_00614 LHK_00615 syi lspA TRUE 0.883 -43.000 0.071 1.000 N NA
 7587205 7587206 LHK_00615 LHK_00616 lspA ispH TRUE 0.982 -3.000 0.019 1.000 Y NA
 7587207 7587208 LHK_00617 LHK_00618   aer-1 TRUE 0.895 -3.000 0.000 0.021   NA
 7587209 7587210 LHK_00619 LHK_00620 purT   TRUE 0.946 -3.000 0.020 1.000   NA
 7587210 7587211 LHK_00620 LHK_00621     FALSE 0.190 108.000 0.000 NA   NA
 7587214 7587215 LHK_00624 LHK_00625     TRUE 0.958 -3.000 0.060 NA   NA
 7587215 7587216 LHK_00625 LHK_00626     TRUE 0.998 0.000 0.854 NA Y NA
 7587216 7587217 LHK_00626 LHK_00627     TRUE 0.961 135.000 0.875 NA Y NA
 7587217 7587218 LHK_00627 LHK_00628     FALSE 0.260 70.000 0.000 NA   NA
 7587218 7587219 LHK_00628 LHK_00629   mfd FALSE 0.242 78.000 0.000 NA   NA
 7587219 7587220 LHK_00629 LHK_00630 mfd   TRUE 0.808 3.000 0.000 1.000   NA
 7587220 7587221 LHK_00630 LHK_00631     TRUE 0.988 0.000 0.279 1.000   NA
 7587221 7587222 LHK_00631 LHK_00632     FALSE 0.215 91.000 0.000 NA   NA
 7587222 7587223 LHK_00632 LHK_00633     FALSE 0.287 59.000 0.000 NA   NA
 7587223 7587224 LHK_00633 LHK_00634     FALSE 0.206 96.000 0.000 NA   NA
 7587224 7587225 LHK_00634 LHK_00635     TRUE 0.536 25.000 0.000 NA   NA
 7587225 7587226 LHK_00635 LHK_00636     FALSE 0.466 60.000 0.000 1.000 N NA
 7587227 7587228 LHK_00637 LHK_00638     TRUE 0.663 14.000 0.000 NA   NA
 7587228 7587229 LHK_00638 LHK_00639   coaD FALSE 0.431 -31.000 0.000 NA   NA
 7587229 7587230 LHK_00639 LHK_00640 coaD   TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587234 7587235 LHK_00644 LHK_00645     FALSE 0.242 78.000 0.000 NA   NA
 7587237 7587238 LHK_00647 LHK_00648     TRUE 0.744 5.000 0.000 NA   NA
 7587242 7587243 LHK_00652 LHK_00653     FALSE 0.084 152.000 0.000 NA   NA
 7587243 7587244 LHK_00653 LHK_00654     FALSE 0.388 135.000 0.009 NA N NA
 7587244 7587245 LHK_00654 LHK_00655   ppk FALSE 0.081 374.000 0.013 NA N NA
 7587245 7587246 LHK_00655 LHK_00656 ppk   TRUE 0.907 0.000 0.004 NA   NA
 7587247 7587248 LHK_00657 LHK_00658 hda   FALSE 0.052 191.000 0.000 NA   NA
 7587249 7587250 LHK_00659 LHK_00660 groES-1 groEL1-1 TRUE 0.981 58.000 0.538 1.000 Y NA
 7587250 7587251 LHK_00660 LHK_00661 groEL1-1   FALSE 0.032 382.000 0.000 1.000 N NA
 7587251 7587252 LHK_00661 LHK_00662     FALSE 0.201 131.000 0.000 NA N NA
 7587252 7587253 LHK_00662 LHK_00663   lep4 FALSE 0.411 131.000 0.008 NA N NA
 7587253 7587254 LHK_00663 LHK_00664 lep4 coaE TRUE 0.587 153.000 0.122 1.000 N NA
 7587254 7587255 LHK_00664 LHK_00665 coaE   TRUE 0.908 29.000 0.110 NA   NA
 7587255 7587256 LHK_00665 LHK_00666     TRUE 0.944 43.000 0.356 NA   NA
 7587256 7587257 LHK_00666 LHK_00667     FALSE 0.137 140.000 0.000 1.000   NA
 7587258 7587259 LHK_00668 LHK_00669     TRUE 0.957 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 7587259 7587260 LHK_00669 LHK_00670     TRUE 0.953 5.000 0.000 1.000 Y NA
 7587260 7587261 LHK_00670 LHK_00671     FALSE 0.372 92.000 0.000 1.000 N NA
 7587261 7587262 LHK_00671 LHK_00672     TRUE 0.562 92.000 0.022 NA   NA
 7587263 7587264 LHK_00673 LHK_00674   sahH FALSE 0.190 144.000 0.000 1.000 N NA
 7587264 7587265 LHK_00674 LHK_00675 sahH   FALSE 0.435 36.000 0.000 NA   NA
 7587265 7587266 LHK_00675 LHK_00676   cstA2 FALSE 0.057 180.000 0.000 NA   NA
 7587266 7587267 LHK_00676 LHK_00677 cstA2   TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7587267 7587268 LHK_00677 LHK_00678     FALSE 0.102 141.000 0.000 NA   NA
 7587268 7587269 LHK_00678 LHK_00679   dapD TRUE 0.968 37.000 0.149 1.000 Y NA
 7587269 7587270 LHK_00679 LHK_00680 dapD   FALSE 0.143 124.000 0.000 NA   NA
 7587272 7587273 LHK_00682 LHK_00683 ndk   TRUE 0.839 69.000 0.156 1.000   NA
 7587273 7587274 LHK_00683 LHK_00684     FALSE 0.332 152.000 0.020 1.000   NA
 7587274 7587275 LHK_00684 LHK_00685   ispG TRUE 0.984 5.000 0.233 1.000   NA
 7587275 7587276 LHK_00685 LHK_00686 ispG syh TRUE 0.779 129.000 0.207 1.000 N NA
 7587276 7587277 LHK_00686 LHK_00687 syh   TRUE 0.980 10.000 0.259 NA   NA
 7587277 7587278 LHK_00687 LHK_00688     TRUE 0.991 1.000 0.492 NA   NA
 7587278 7587279 LHK_00688 LHK_00689     TRUE 0.666 136.000 0.203 NA   NA
 7587279 7587280 LHK_00689 LHK_00690   hfq TRUE 0.647 91.000 0.036 1.000   NA
 7587280 7587281 LHK_00690 LHK_00691 hfq   FALSE 0.023 277.000 0.000 NA   NA
 7587281 7587282 LHK_00691 LHK_00692   hflX FALSE 0.418 -34.000 0.000 NA   NA
 7587282 7587283 LHK_00692 LHK_00693 hflX   TRUE 0.944 35.000 0.184 0.066   NA
 7587283 7587284 LHK_00693 LHK_00694   hflC TRUE 0.999 0.000 0.947 0.012 Y NA
 7587284 7587285 LHK_00694 LHK_00695 hflC hisZ TRUE 0.779 68.000 0.045 1.000 N NA
 7587285 7587286 LHK_00695 LHK_00696 hisZ purA2 TRUE 0.947 30.000 0.161 1.000 N NA
 7587288 7587289 LHK_00698 LHK_00699   fabG2 FALSE 0.025 320.000 0.000 1.000   NA
 7587291 7587292 LHK_00701 LHK_00702 leu2   FALSE 0.319 72.000 0.000 1.000   NA
 7587292 7587293 LHK_00702 LHK_00703     TRUE 0.525 74.000 0.000 0.001   NA
 7587293 7587294 LHK_00703 LHK_00704   leuD2 TRUE 0.972 -3.000 0.096 1.000   NA
 7587294 7587295 LHK_00704 LHK_00705 leuD2   FALSE 0.143 161.000 0.000 1.000 N NA
 7587296 7587297 LHK_00706 LHK_00707 ybdK   TRUE 0.991 20.000 0.907 1.000   NA
 7587297 7587298 LHK_00707 LHK_00708   bcp FALSE 0.092 204.000 0.000 1.000 N NA
 7587299 7587300 LHK_00709 LHK_00710   efp TRUE 0.757 62.000 0.074 NA   NA
 7587302 7587303 LHK_00712 LHK_00713     FALSE 0.419 38.000 0.000 NA   NA
 7587304 7587305 LHK_00714 LHK_00715     FALSE 0.190 144.000 0.000 1.000 N NA
 7587306 7587307 LHK_00716 LHK_00717 metB hem6 TRUE 0.573 43.000 0.000 1.000 N NA
 7587307 7587308 LHK_00717 LHK_00718 hem6 gltB FALSE 0.060 248.000 0.000 1.000 N NA
 7587308 7587309 LHK_00718 LHK_00719 gltB gltD TRUE 0.954 103.000 0.214 0.001 Y NA
 7587311 7587312 LHK_00721 LHK_t11   trnP-1 FALSE 0.292 58.000 0.000 NA   NA
 7587312 7587313 LHK_t11 LHK_t12 trnP-1 trnP-2 TRUE 0.525 26.000 0.000 NA   NA
 7587313 7587314 LHK_t12 LHK_00722 trnP-2 rnh2 FALSE 0.277 64.000 0.000 NA   NA
 7587314 7587315 LHK_00722 LHK_00723 rnh2   TRUE 0.971 4.000 0.004 NA Y NA
 7587315 7587316 LHK_00723 LHK_00724     TRUE 0.600 18.000 0.000 NA   NA
 7587316 7587317 LHK_00724 LHK_00725     FALSE 0.232 83.000 0.000 NA   NA
 7587323 7587324 LHK_00731 LHK_00732   ribD TRUE 0.987 6.000 0.277 NA N NA
 7587324 7587325 LHK_00732 LHK_00733 ribD   TRUE 0.513 51.000 0.000 1.000 N NA
 7587325 7587326 LHK_00733 LHK_00734     FALSE 0.187 109.000 0.000 NA   NA
 7587328 7587329 LHK_00736 LHK_00737     TRUE 0.988 -13.000 0.840 NA   NA
 7587330 7587331 LHK_00738 LHK_00739     FALSE 0.238 80.000 0.000 NA   NA
 7587331 7587332 LHK_00739 LHK_00740     TRUE 0.975 -9.000 0.329 NA   NA
 7587332 7587333 LHK_00740 LHK_00741     FALSE 0.236 110.000 0.000 1.000   NA
 7587334 7587335 LHK_00742 LHK_00743     FALSE 0.159 118.000 0.000 NA   NA
 7587335 7587336 LHK_00743 LHK_00744   sym TRUE 0.725 83.000 0.036 1.000 N NA
 7587336 7587337 LHK_00744 LHK_00745 sym hdeA-1 FALSE 0.050 193.000 0.000 NA   NA
 7587338 7587339 LHK_t13 LHK_t14 trnA-2 trnA-3 FALSE 0.260 70.000 0.000 NA   NA
 7587340 7587341 LHK_00746 LHK_00747 sygA   TRUE 0.903 -3.000 0.003 NA   NA
 7587341 7587342 LHK_00747 LHK_00748   glyS TRUE 0.859 13.000 0.003 NA   NA
 7587342 7587343 LHK_00748 LHK_00749 glyS   TRUE 0.800 101.000 0.123 1.000 N NA
 7587343 7587344 LHK_00749 LHK_00750     TRUE 0.966 -24.000 0.310 1.000 N NA
 7587344 7587345 LHK_00750 LHK_00751     TRUE 0.837 -22.000 0.034 NA   NA
 7587345 7587346 LHK_00751 LHK_00752     TRUE 0.880 30.000 0.071 NA   NA
 7587346 7587347 LHK_00752 LHK_00753     FALSE 0.443 133.000 0.009 1.000 N NA
 7587347 7587348 LHK_00753 LHK_00754   mpl FALSE 0.454 66.000 0.000 1.000 N NA
 7587349 7587350 LHK_00755 LHK_00756 slt   FALSE 0.390 52.000 0.000 1.000   NA
 7587350 7587351 LHK_00756 LHK_00757     TRUE 0.994 4.000 0.533 1.000 N NA
 7587351 7587352 LHK_00757 LHK_00758   selB FALSE 0.491 55.000 0.000 1.000 N NA
 7587352 7587353 LHK_00758 LHK_00759 selB   TRUE 0.995 -6.000 0.569 0.001 N NA
 7587353 7587354 LHK_00759 LHK_00760     FALSE 0.257 100.000 0.000 1.000   NA
 7587354 7587355 LHK_00760 LHK_00761     TRUE 0.636 22.000 0.000 1.000   NA
 7587358 7587359 LHK_00764 LHK_00765     TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7587359 7587360 LHK_00765 LHK_00766     TRUE 0.798 24.000 0.000 0.001   NA
 7587360 7587361 LHK_00766 LHK_00767     FALSE 0.205 97.000 0.000 NA   NA
 7587362 7587363 LHK_00768 LHK_00769     FALSE 0.008 847.000 0.000 NA   NA
 7587364 7587365 LHK_00770 LHK_00771     TRUE 0.738 6.000 0.000 NA   NA
 7587365 7587366 LHK_00771 LHK_00772     FALSE 0.378 43.000 0.000 NA   NA
 7587366 7587367 LHK_00772 LHK_00773     FALSE 0.309 54.000 0.000 NA   NA
 7587367 7587368 LHK_00773 LHK_00774     TRUE 0.985 20.000 0.625 NA   NA
 7587368 7587369 LHK_00774 LHK_00775     TRUE 0.995 -3.000 0.740 NA   NA
 7587370 7587371 LHK_00776 LHK_00777   guaA FALSE 0.401 -40.000 0.000 NA   NA
 7587371 7587372 LHK_00777 LHK_00778 guaA smpB FALSE 0.413 78.000 0.000 1.000 N NA
 7587373 7587374 LHK_00779 LHK_00780     TRUE 0.856 -13.000 0.020 NA   NA
 7587375 7587376 LHK_00781 LHK_00782 fliA1 fleN TRUE 0.974 14.000 0.193 NA N NA
 7587376 7587377 LHK_00782 LHK_00783 fleN flhF TRUE 0.972 -3.000 0.083 NA N NA
 7587377 7587378 LHK_00783 LHK_00784 flhF flhA TRUE 0.808 78.000 0.005 1.000 Y NA
 7587378 7587379 LHK_00784 LHK_00785 flhA flhB1 TRUE 0.986 -3.000 0.012 0.011 Y NA
 7587380 7587381 LHK_00786 LHK_00787 tysY   TRUE 0.982 -3.000 0.134 1.000 N NA
 7587381 7587382 LHK_00787 LHK_00788   pcaD FALSE 0.029 412.000 0.000 1.000 N NA
 7587382 7587383 LHK_00788 LHK_00789 pcaD   TRUE 0.819 104.000 0.027 1.000 Y NA
 7587383 7587384 LHK_00789 LHK_00790     TRUE 0.502 53.000 0.000 1.000 N NA
 7587386 7587387 LHK_00791 LHK_00793   recA FALSE 0.312 75.000 0.000 1.000   NA
 7587387 7587388 LHK_00793 LHK_00794 recA oraA TRUE 0.905 67.000 0.296 1.000   NA
 7587388 7587389 LHK_00794 LHK_00795 oraA   TRUE 0.686 17.000 0.000 1.000   NA
 7587394 7587395 LHK_00800 LHK_00801 fdhE fdoI FALSE 0.355 79.000 0.000 NA N NA
 7587395 7587396 LHK_00801 LHK_00802 fdoI fdoH TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.001 Y NA
 7587396 7587397 LHK_00802 LHK_00803 fdoH   TRUE 0.997 11.000 1.000 0.001   NA
 7587397 7587398 LHK_00803 LHK_00804     TRUE 0.597 49.000 0.000 0.004   NA
 7587399 7587400 LHK_00805 LHK_00806 fdhD   FALSE 0.109 188.000 0.000 1.000 N NA
 7587400 7587401 LHK_00806 LHK_t15   trnS-2 FALSE 0.096 144.000 0.000 NA   NA
 7587402 7587403 LHK_00808 LHK_00807     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7587403 7587404 LHK_00807 LHK_00809     FALSE 0.054 187.000 0.000 NA   NA
 7587404 7587405 LHK_00809 LHK_00810     FALSE 0.128 130.000 0.000 NA   NA
 7587405 7587406 LHK_00810 LHK_00811     FALSE 0.162 117.000 0.000 NA   NA
 7587409 7587410 LHK_00814 LHK_00815     FALSE 0.403 40.000 0.000 NA   NA
 7587411 7587412 LHK_00816 LHK_00817     FALSE 0.273 538.000 0.333 0.062   NA
 7587412 7587413 LHK_00817 LHK_00818     FALSE 0.026 649.000 0.000 0.005   NA
 7587414 7587415 LHK_00819 LHK_00820     TRUE 0.904 20.000 0.000 1.000 Y NA
 7587415 7587416 LHK_00820 LHK_00821     TRUE 0.581 42.000 0.000 1.000 N NA
 7587416 7587417 LHK_00821 LHK_00822     TRUE 0.982 17.000 0.067 0.069 Y NA
 7587420 7587421 LHK_00825 LHK_00826     TRUE 0.663 14.000 0.000 NA   NA
 7587422 7587423 LHK_00827 LHK_00828     TRUE 0.957 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 7587423 7587424 LHK_00828 LHK_00829     TRUE 0.982 2.000 0.193 1.000   NA
 7587424 7587425 LHK_00829 LHK_00830     TRUE 0.953 -3.000 0.044 NA   NA
 7587425 7587426 LHK_00830 LHK_00831     FALSE 0.386 -48.000 0.000 NA   NA
 7587426 7587427 LHK_00831 LHK_00832     TRUE 0.947 12.000 0.054 1.000   NA
 7587427 7587428 LHK_00832 LHK_00833     TRUE 0.978 -7.000 0.023 0.015 Y NA
 7587434 7587435 LHK_00839 LHK_00840     TRUE 0.875 90.000 0.065 1.000 Y NA
 7587435 7587436 LHK_00840 LHK_t16   trnR-1 FALSE 0.012 465.000 0.000 NA   NA
 7587436 7587437 LHK_t16 LHK_t17 trnR-1 trnE-1 TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7587437 7587438 LHK_t17 LHK_t18 trnE-1 trnR-2 TRUE 0.568 21.000 0.000 NA   NA
 7587438 7587439 LHK_t18 LHK_t19 trnR-2 trnE-2 TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7587439 7587440 LHK_t19 LHK_t20 trnE-2 trnR-3 TRUE 0.568 21.000 0.000 NA   NA
 7587440 7587441 LHK_t20 LHK_t21 trnR-3 trnE-3 TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7587442 7587443 LHK_00841 LHK_00842 hypF   FALSE 0.033 234.000 0.000 NA   NA
 7587443 7587444 LHK_00842 LHK_00843     FALSE 0.301 56.000 0.000 NA   NA
 7587444 7587445 LHK_00843 LHK_00844     TRUE 0.868 4.000 0.000 1.000 N NA
 7587447 7587448 LHK_00846 LHK_00847     TRUE 0.694 12.000 0.000 NA   NA
 7587448 7587449 LHK_00847 LHK_00848     TRUE 0.706 71.000 0.000 1.000 Y NA
 7587449 7587450 LHK_00848 LHK_00849     TRUE 0.965 -3.000 0.087 NA   NA
 7587451 7587452 LHK_00850 LHK_00851     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587454 7587455 LHK_00853 LHK_00854     FALSE 0.134 141.000 0.000 1.000   NA
 7587456 7587457 LHK_t22 LHK_t23 trnD-1 trnV-1 TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7587457 7587458 LHK_t23 LHK_t24 trnV-1 trnD-2 TRUE 0.536 25.000 0.000 NA   NA
 7587458 7587459 LHK_t24 LHK_t25 trnD-2 trnV-2 TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7587459 7587460 LHK_t25 LHK_t26 trnV-2 trnD-3 TRUE 0.615 17.000 0.000 NA   NA
 7587460 7587461 LHK_t26 LHK_t27 trnD-3 trnD-4 TRUE 0.727 8.000 0.000 NA   NA
 7587461 7587462 LHK_t27 LHK_t28 trnD-4 trnV-3 TRUE 0.744 5.000 0.000 NA   NA
 7587463 7587464 LHK_00855 LHK_00856 accA mesJ TRUE 0.924 -31.000 0.123 1.000 N NA
 7587466 7587467 LHK_t29 LHK_00858 trnL-2   FALSE 0.403 40.000 0.000 NA   NA
 7587467 7587468 LHK_00858 LHK_00859     FALSE 0.449 -27.000 0.000 NA   NA
 7587468 7587469 LHK_00859 LHK_00860     TRUE 0.508 -18.000 0.000 NA   NA
 7587469 7587470 LHK_00860 LHK_00861     TRUE 0.584 -97.000 0.000 0.013   NA
 7587470 7587471 LHK_00861 LHK_00862   tig FALSE 0.048 225.000 0.000 1.000   NA
 7587471 7587472 LHK_00862 LHK_00863 tig   TRUE 0.996 5.000 0.351 1.000 Y NA
 7587472 7587473 LHK_00863 LHK_00864   clpX TRUE 0.996 8.000 0.352 1.000 Y NA
 7587474 7587475 LHK_00865 LHK_00866     FALSE 0.019 316.000 0.000 NA   NA
 7587475 7587476 LHK_00866 LHK_00867   aroA TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7587477 7587478 LHK_00868 LHK_00869 kcy rpsA TRUE 0.877 109.000 0.281 1.000 N NA
 7587478 7587479 LHK_00869 LHK_00870 rpsA   TRUE 0.986 12.000 0.292 1.000 N NA
 7587479 7587480 LHK_00870 LHK_00871     TRUE 0.644 126.000 0.129 NA   NA
 7587480 7587481 LHK_00871 LHK_00872     TRUE 0.871 68.000 0.229 NA   NA
 7587481 7587482 LHK_00872 LHK_00873   pyrF TRUE 0.935 12.000 0.012 1.000 N NA
 7587482 7587483 LHK_00873 LHK_00874 pyrF rfaE TRUE 0.926 10.000 0.005 1.000 N NA
 7587483 7587484 LHK_00874 LHK_00875 rfaE hldD TRUE 0.996 -3.000 0.191 0.007 Y NA
 7587484 7587485 LHK_00875 LHK_00876 hldD   FALSE 0.418 -96.000 0.000 1.000   NA
 7587486 7587487 LHK_00877 LHK_00878 mltD   TRUE 0.513 196.000 0.233 1.000   NA
 7587488 7587489 LHK_00879 LHK_00880   rnhA TRUE 0.928 -16.000 0.111 1.000   NA
 7587489 7587490 LHK_00880 LHK_00881 rnhA dnaQ TRUE 0.971 46.000 0.248 1.000 Y NA
 7587490 7587491 LHK_00881 LHK_00882 dnaQ ispD TRUE 0.942 -3.000 0.004 1.000 N NA
 7587491 7587492 LHK_00882 LHK_00883 ispD   TRUE 0.994 16.000 0.419 1.000 Y NA
 7587492 7587493 LHK_00883 LHK_00884   rpiA TRUE 0.628 74.000 0.005 1.000 N NA
 7587493 7587494 LHK_00884 LHK_00885 rpiA phoU FALSE 0.416 143.000 0.024 NA N NA
 7587494 7587495 LHK_00885 LHK_00886 phoU ppx TRUE 0.850 91.000 0.050 NA Y NA
 7587499 7587500 LHK_00890 LHK_00891     FALSE 0.325 -129.000 0.000 NA   NA
 7587501 7587502 LHK_00892 LHK_00893     FALSE 0.184 110.000 0.000 NA   NA
 7587502 7587503 LHK_00893 LHK_00894     FALSE 0.022 288.000 0.000 NA   NA
 7587503 7587504 LHK_00894 LHK_00895     FALSE 0.007 1227.000 0.000 NA   NA
 7587504 7587505 LHK_00895 LHK_00896     FALSE 0.403 40.000 0.000 NA   NA
 7587505 7587506 LHK_00896 LHK_00897     FALSE 0.092 146.000 0.000 NA   NA
 7587507 7587508 LHK_00898 LHK_00899     TRUE 0.552 23.000 0.000 NA   NA
 7587508 7587509 LHK_00899 LHK_00900     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7587509 7587510 LHK_00900 LHK_00901     FALSE 0.208 95.000 0.000 NA   NA
 7587510 7587511 LHK_00901 LHK_00902     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587511 7587512 LHK_00902 LHK_00903     FALSE 0.284 60.000 0.000 NA   NA
 7587512 7587513 LHK_00903 LHK_00904     TRUE 0.703 11.000 0.000 NA   NA
 7587513 7587514 LHK_00904 LHK_00905     TRUE 0.543 24.000 0.000 NA   NA
 7587514 7587515 LHK_00905 LHK_00906     TRUE 0.694 12.000 0.000 NA   NA
 7587515 7587516 LHK_00906 LHK_00907     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587516 7587517 LHK_00907 LHK_00908     FALSE 0.053 188.000 0.000 NA   NA
 7587521 7587522 LHK_00911 LHK_00912     FALSE 0.024 265.000 0.000 NA   NA
 7587522 7587523 LHK_00912 LHK_00913     FALSE 0.010 559.000 0.000 NA   NA
 7587523 7587524 LHK_00913 LHK_00914     FALSE 0.010 546.000 0.000 NA   NA
 7587524 7587525 LHK_00914 LHK_00915     FALSE 0.501 28.000 0.000 NA   NA
 7587527 7587528 LHK_00917 LHK_00918     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587530 7587531 LHK_00920 LHK_00921     TRUE 0.716 15.000 0.000 1.000   NA
 7587531 7587532 LHK_00921 LHK_00922     FALSE 0.458 99.000 0.000 0.001   NA
 7587532 7587533 LHK_00922 LHK_00924     FALSE 0.375 55.000 0.000 1.000   NA
 7587533 7587534 LHK_00924 LHK_00925     FALSE 0.147 164.000 0.000 0.051   NA
 7587534 7587535 LHK_00925 LHK_00926     FALSE 0.134 128.000 0.000 NA   NA
 7587535 7587536 LHK_00926 LHK_00927     FALSE 0.149 122.000 0.000 NA   NA
 7587536 7587537 LHK_00927 LHK_00928     FALSE 0.009 673.000 0.000 NA   NA
 7587537 7587538 LHK_00928 LHK_00929     FALSE 0.070 161.000 0.000 NA   NA
 7587540 7587541 LHK_00931 LHK_00932   cspA FALSE 0.023 279.000 0.000 NA   NA
 7587541 7587542 LHK_00932 LHK_00933 cspA   TRUE 0.842 90.000 0.167 1.000 N NA
 7587543 7587544 LHK_00934 LHK_00935   cheR3 TRUE 0.748 63.000 0.025 1.000 N NA
 7587544 7587545 LHK_00935 LHK_00936 cheR3   FALSE 0.407 108.000 0.003 NA   NA
 7587545 7587546 LHK_00936 LHK_00937   argC FALSE 0.161 227.000 0.031 NA   NA
 7587546 7587547 LHK_00937 LHK_00938 argC   FALSE 0.212 137.000 0.000 1.000 N NA
 7587548 7587549 LHK_00939 LHK_00940 dppB dppC TRUE 0.991 -129.000 0.779 0.039 Y NA
 7587549 7587550 LHK_00940 LHK_00941 dppC dppD TRUE 0.997 11.000 0.560 1.000 Y NA
 7587550 7587551 LHK_00941 LHK_00942 dppD dppF TRUE 0.998 -3.000 0.377 0.001 Y NA
 7587552 7587553 LHK_00943 LHK_00944   phbF FALSE 0.310 155.000 0.030 NA   NA
 7587554 7587555 LHK_00945 LHK_00946     FALSE 0.468 114.000 0.017 NA   NA
 7587560 7587561 LHK_00951 LHK_00952 ubiG   TRUE 0.893 44.000 0.104 1.000 N NA
 7587561 7587562 LHK_00952 LHK_00953     FALSE 0.027 254.000 0.000 NA   NA
 7587562 7587563 LHK_00953 LHK_00954     FALSE 0.238 80.000 0.000 NA   NA
 7587563 7587564 LHK_00954 LHK_00955     TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7587564 7587565 LHK_00955 LHK_00956     FALSE 0.064 167.000 0.000 NA   NA
 7587565 7587566 LHK_00956 LHK_00957     FALSE 0.206 118.000 0.000 1.000   NA
 7587567 7587568 LHK_00958 LHK_00959     FALSE 0.046 230.000 0.000 1.000   NA
 7587568 7587569 LHK_00959 LHK_00960     FALSE 0.149 162.000 0.000 0.060   NA
 7587570 7587571 LHK_00961 LHK_00962     FALSE 0.026 256.000 0.000 NA   NA
 7587572 7587573 LHK_00963 LHK_00964 dnaX   TRUE 0.989 4.000 0.411 NA   NA
 7587573 7587574 LHK_00964 LHK_00965   recR TRUE 0.941 74.000 0.604 NA   NA
 7587574 7587575 LHK_00965 LHK_00966 recR   FALSE 0.351 103.000 0.000 1.000 N NA
 7587575 7587576 LHK_00966 LHK_00967     FALSE 0.241 131.000 0.000 1.000 N NA
 7587577 7587578 LHK_00968 LHK_00969     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587578 7587579 LHK_00969 LHK_00970     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7587581 7587582 LHK_00972 LHK_00973 lipA lipB TRUE 0.997 -3.000 0.319 0.001 Y NA
 7587582 7587583 LHK_00973 LHK_00974 lipB   TRUE 0.870 63.000 0.219 NA   NA
 7587583 7587584 LHK_00974 LHK_00975   dacC TRUE 0.670 80.000 0.047 NA   NA
 7587587 7587588 LHK_00978 LHK_00979   fdrA TRUE 0.979 13.000 0.200 1.000 N NA
 7587588 7587589 LHK_00979 LHK_00980 fdrA ylbE TRUE 0.976 21.000 0.412 NA   NA
 7587589 7587590 LHK_00980 LHK_00981 ylbE ylbF TRUE 0.905 53.000 0.265 NA   NA
 7587590 7587591 LHK_00981 LHK_00982 ylbF ybbS TRUE 0.979 1.000 0.188 NA   NA
 7587591 7587592 LHK_00982 LHK_00983 ybbS   TRUE 0.688 28.000 0.000 1.000 N NA
 7587592 7587593 LHK_00983 LHK_00984     TRUE 0.983 3.000 0.042 NA Y NA
 7587593 7587594 LHK_00984 LHK_00985     TRUE 0.984 1.000 0.042 NA Y NA
 7587594 7587595 LHK_00985 LHK_00986     TRUE 0.632 16.000 0.000 NA   NA
 7587596 7587597 LHK_00987 LHK_00988   dcaF TRUE 0.688 28.000 0.000 1.000 N NA
 7587597 7587598 LHK_00988 LHK_00989 dcaF   TRUE 0.978 45.000 0.333 1.000 Y NA
 7587598 7587599 LHK_00989 LHK_00990     TRUE 0.996 3.000 0.333 1.000 Y NA
 7587600 7587601 LHK_00991 LHK_00992     TRUE 0.843 72.000 0.120 1.000 N NA
 7587601 7587602 LHK_00992 LHK_00993   mucK TRUE 0.667 125.000 0.080 1.000 N NA
 7587604 7587605 LHK_00995 LHK_00996     TRUE 0.991 23.000 0.525 0.003 N NA
 7587605 7587606 LHK_00996 LHK_00997   ccoQ TRUE 0.983 12.000 0.185 0.003   NA
 7587606 7587607 LHK_00997 LHK_00998 ccoQ   TRUE 0.995 -3.000 0.462 0.003   NA
 7587607 7587608 LHK_00998 LHK_00999     FALSE 0.218 215.000 0.000 1.000 Y NA
 7587608 7587609 LHK_00999 LHK_01000     FALSE 0.450 128.000 0.030 NA   NA
 7587609 7587610 LHK_01000 LHK_01001     TRUE 0.512 27.000 0.000 NA   NA
 7587611 7587612 LHK_01002 LHK_01003   syr FALSE 0.193 148.000 0.000 0.045   NA
 7587612 7587613 LHK_01003 LHK_01004 syr   FALSE 0.040 211.000 0.000 NA   NA
 7587613 7587614 LHK_01004 LHK_01006   tonB FALSE 0.467 32.000 0.000 NA   NA
 7587618 7587619 LHK_01009 LHK_01010     TRUE 0.995 0.000 0.588 1.000 N NA
 7587619 7587620 LHK_01010 LHK_01011   benE FALSE 0.077 223.000 0.000 1.000 N NA
 7587620 7587621 LHK_01011 LHK_01012 benE mutL FALSE 0.360 98.000 0.000 1.000 N NA
 7587621 7587622 LHK_01012 LHK_01013 mutL   TRUE 0.833 15.000 0.002 NA   NA
 7587622 7587623 LHK_01013 LHK_01014   secF FALSE 0.417 116.000 0.010 NA   NA
 7587625 7587626 LHK_01016 LHK_01017   purU TRUE 0.912 9.000 0.012 NA   NA
 7587626 7587627 LHK_01017 LHK_01018 purU folD TRUE 0.683 82.000 0.019 1.000 N NA
 7587628 7587629 LHK_t31 LHK_t32 trnP-3 trnR-4 TRUE 0.615 17.000 0.000 NA   NA
 7587629 7587630 LHK_t32 LHK_t33 trnR-4 trnH-1 FALSE 0.403 40.000 0.000 NA   NA
 7587631 7587632 LHK_01019 LHK_01020   nahY-1 FALSE 0.017 346.000 0.000 NA   NA
 7587633 7587634 LHK_01021 LHK_01022     TRUE 0.632 16.000 0.000 NA   NA
 7587635 7587636 LHK_01023 LHK_01024     FALSE 0.051 218.000 0.000 1.000   NA
 7587636 7587637 LHK_01024 LHK_01025     FALSE 0.412 -100.000 0.000 1.000   NA
 7587637 7587638 LHK_01025 LHK_01026     FALSE 0.027 477.000 0.000 0.059   NA
 7587638 7587639 LHK_01026 LHK_01027     FALSE 0.034 261.000 0.000 1.000   NA
 7587639 7587640 LHK_01027 LHK_01028     FALSE 0.025 263.000 0.000 NA   NA
 7587642 7587643 LHK_01030 LHK_01031     TRUE 0.622 107.000 0.000 1.000 Y NA
 7587643 7587644 LHK_01031 LHK_01032     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA N NA
 7587647 7587648 LHK_01035 LHK_01036     TRUE 0.980 52.000 0.267 0.001 Y NA
 7587648 7587649 LHK_01036 LHK_01037     TRUE 0.974 69.000 0.267 0.001 Y NA
 7587649 7587650 LHK_01037 LHK_01038   ccrB-1 TRUE 0.868 58.000 0.150 NA N NA
 7587650 7587651 LHK_01038 LHK_01039 ccrB-1 ccrB-2 TRUE 0.992 10.000 0.233 NA Y NA
 7587651 7587652 LHK_01039 LHK_01040 ccrB-2   TRUE 0.823 40.000 0.029 NA N NA
 7587652 7587653 LHK_01040 LHK_01041     TRUE 0.996 17.000 0.460 0.003 Y NA
 7587653 7587654 LHK_01041 LHK_01042   ureG TRUE 0.961 41.000 0.064 0.003 Y NA
 7587654 7587655 LHK_01042 LHK_01043 ureG   TRUE 0.993 -3.000 0.095 0.003 Y NA
 7587655 7587656 LHK_01043 LHK_01044     TRUE 0.841 51.000 0.065 1.000 N NA
 7587656 7587657 LHK_01044 LHK_01045     FALSE 0.403 158.000 0.010 0.063 N NA
 7587658 7587659 LHK_01046 LHK_01047 hdeA-2   FALSE 0.223 88.000 0.000 NA   NA
 7587659 7587660 LHK_01047 LHK_01048     FALSE 0.019 316.000 0.000 NA   NA
 7587660 7587661 LHK_01048 LHK_01049     FALSE 0.255 72.000 0.000 NA   NA
 7587661 7587662 LHK_01049 LHK_01050     FALSE 0.140 125.000 0.000 NA   NA
 7587662 7587663 LHK_01050 LHK_01051   serB FALSE 0.223 88.000 0.000 NA   NA
 7587663 7587664 LHK_01051 LHK_01052 serB   FALSE 0.297 57.000 0.000 NA   NA
 7587664 7587665 LHK_01052 LHK_01053     FALSE 0.493 -19.000 0.000 NA   NA
 7587665 7587666 LHK_01053 LHK_01054     TRUE 0.988 4.000 0.379 NA   NA
 7587666 7587667 LHK_01054 LHK_01055     TRUE 0.996 11.000 0.448 1.000 Y NA
 7587667 7587668 LHK_01055 LHK_01056     TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7587668 7587669 LHK_01056 LHK_01057     TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7587669 7587670 LHK_01057 LHK_01058     TRUE 0.996 4.000 0.389 1.000 Y NA
 7587671 7587672 LHK_01059 LHK_01060     TRUE 0.995 -7.000 0.530 NA Y NA
 7587672 7587673 LHK_01060 LHK_01061     TRUE 0.980 26.000 0.562 NA   NA
 7587673 7587674 LHK_01061 LHK_01062     TRUE 0.797 27.000 0.010 NA   NA
 7587674 7587675 LHK_01062 LHK_01063     TRUE 0.924 2.000 0.012 NA   NA
 7587675 7587676 LHK_01063 LHK_01064     TRUE 0.746 -31.000 0.012 NA   NA
 7587677 7587678 LHK_01065 LHK_01066   sohB FALSE 0.418 76.000 0.000 1.000 N NA
 7587678 7587679 LHK_01066 LHK_01067 sohB   TRUE 0.873 48.000 0.134 1.000   NA
 7587679 7587680 LHK_01067 LHK_01068   rluC TRUE 0.991 -3.000 0.389 1.000   NA
 7587681 7587682 LHK_01069 LHK_t34   trnN-2 FALSE 0.166 115.000 0.000 NA   NA
 7587682 7587683 LHK_t34 LHK_01070 trnN-2   FALSE 0.009 568.000 0.000 NA   NA
 7587683 7587684 LHK_01070 LHK_01071     TRUE 0.989 -13.000 0.895 NA   NA
 7587684 7587685 LHK_01071 LHK_01072     TRUE 0.995 -3.000 0.787 NA   NA
 7587685 7587686 LHK_01072 LHK_01073     TRUE 0.756 154.000 0.468 NA   NA
 7587686 7587687 LHK_01073 LHK_01074   csy4_1 TRUE 0.712 10.000 0.000 NA   NA
 7587687 7587688 LHK_01074 LHK_01075 csy4_1   FALSE 0.011 477.000 0.000 NA   NA
 7587688 7587689 LHK_01075 LHK_01076     FALSE 0.034 228.000 0.000 NA   NA
 7587689 7587690 LHK_01076 LHK_01077     FALSE 0.009 568.000 0.000 NA   NA
 7587690 7587691 LHK_01077 LHK_01078     TRUE 0.997 6.000 0.489 1.000 Y NA
 7587691 7587692 LHK_01078 LHK_01079   yadQ TRUE 0.912 18.000 0.000 1.000 Y NA
 7587692 7587693 LHK_01079 LHK_01080 yadQ   FALSE 0.212 92.000 0.000 NA   NA
 7587693 7587694 LHK_01080 LHK_01081     FALSE 0.149 122.000 0.000 NA   NA
 7587695 7587696 LHK_01082 LHK_01083     FALSE 0.218 90.000 0.000 NA   NA
 7587696 7587697 LHK_01083 LHK_01084     FALSE 0.334 49.000 0.000 NA   NA
 7587697 7587698 LHK_01084 LHK_01085     FALSE 0.427 37.000 0.000 NA   NA
 7587699 7587700 LHK_01086 LHK_01087     FALSE 0.171 223.000 0.032 NA   NA
 7587701 7587702 LHK_01088 LHK_01089     FALSE 0.497 38.000 0.000 1.000   NA
 7587702 7587703 LHK_01089 LHK_01090     FALSE 0.391 -45.000 0.000 NA   NA
 7587705 7587706 LHK_01092 LHK_01093   selD FALSE 0.395 41.000 0.000 NA   NA
 7587708 7587709 LHK_01095 LHK_01096 ybaT gadC TRUE 0.844 51.000 0.000 0.003 Y NA
 7587710 7587711 LHK_01097 LHK_01098     TRUE 0.772 10.000 0.000 1.000   NA
 7587711 7587712 LHK_01098 LHK_01099   dppC2 TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7587712 7587713 LHK_01099 LHK_01100 dppC2   TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7587715 7587716 LHK_01102 LHK_01103 lpxK   TRUE 0.952 -19.000 0.263 NA   NA
 7587716 7587717 LHK_01103 LHK_01104   kdsB TRUE 0.986 0.000 0.265 NA   NA
 7587717 7587718 LHK_01104 LHK_01105 kdsB kad TRUE 0.871 41.000 0.056 1.000 N NA
 7587718 7587719 LHK_01105 LHK_01106 kad   FALSE 0.063 197.000 0.000 1.000   NA
 7587719 7587720 LHK_01106 LHK_01107   prkA FALSE 0.048 196.000 0.000 NA   NA
 7587720 7587721 LHK_01107 LHK_01108 prkA   TRUE 0.961 53.000 0.683 NA   NA
 7587721 7587722 LHK_01108 LHK_01109     TRUE 0.988 19.000 0.761 NA   NA
 7587724 7587725 LHK_01111 LHK_01112 phaC thiL FALSE 0.118 319.000 0.000 1.000 Y NA
 7587728 7587729 LHK_01115 LHK_01116     FALSE 0.014 509.000 0.000 1.000   NA
 7587729 7587730 LHK_01116 LHK_01117     FALSE 0.039 213.000 0.000 NA   NA
 7587731 7587732 LHK_01118 LHK_01119     FALSE 0.381 -52.000 0.000 NA   NA
 7587732 7587733 LHK_01119 LHK_01120     FALSE 0.443 -28.000 0.000 NA   NA
 7587734 7587735 LHK_01121 LHK_01122     FALSE 0.437 -30.000 0.000 NA   NA
 7587735 7587736 LHK_01122 LHK_01123     TRUE 0.830 22.000 0.011 NA   NA
 7587736 7587737 LHK_01123 LHK_01124     TRUE 0.974 6.000 0.111 NA N NA
 7587737 7587738 LHK_01124 LHK_01125     TRUE 0.946 2.000 0.021 1.000   NA
 7587738 7587739 LHK_01125 LHK_01126     FALSE 0.070 161.000 0.000 NA   NA
 7587739 7587740 LHK_01126 LHK_01127     FALSE 0.277 64.000 0.000 NA   NA
 7587740 7587741 LHK_01127 LHK_01129     TRUE 0.738 6.000 0.000 NA   NA
 7587742 7587743 LHK_01128 LHK_01130     FALSE 0.253 73.000 0.000 NA   NA
 7587744 7587745 LHK_01132 LHK_01131     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7587746 7587747 LHK_01133 LHK_01134     FALSE 0.024 271.000 0.000 NA   NA
 7587747 7587748 LHK_01134 LHK_01135     FALSE 0.042 208.000 0.000 NA   NA
 7587749 7587750 LHK_01136 LHK_01137     FALSE 0.011 502.000 0.000 NA   NA
 7587754 7587755 LHK_01141 LHK_01142     TRUE 0.738 6.000 0.000 NA   NA
 7587755 7587756 LHK_01142 LHK_01143     TRUE 0.761 1.000 0.000 NA   NA
 7587756 7587757 LHK_01143 LHK_01145     TRUE 0.996 -3.000 1.000 NA   NA
 7587757 7587758 LHK_01145 LHK_01144     TRUE 0.984 0.000 0.231 NA   NA
 7587758 7587759 LHK_01144 LHK_01146     FALSE 0.343 48.000 0.000 NA   NA
 7587759 7587760 LHK_01146 LHK_01147     FALSE 0.013 411.000 0.000 NA   NA
 7587760 7587761 LHK_01147 LHK_01148     TRUE 0.988 -10.000 0.714 NA   NA
 7587761 7587762 LHK_01148 LHK_01149     TRUE 0.919 -60.000 0.238 NA   NA
 7587762 7587763 LHK_01149 LHK_01150     TRUE 0.758 2.000 0.000 NA   NA
 7587763 7587764 LHK_01150 LHK_01151     FALSE 0.073 159.000 0.000 NA   NA
 7587764 7587765 LHK_01151 LHK_01152     TRUE 0.945 82.000 0.714 NA   NA
 7587765 7587766 LHK_01152 LHK_01153     TRUE 0.699 93.000 0.088 NA   NA
 7587766 7587767 LHK_01153 LHK_01154     FALSE 0.028 247.000 0.000 NA   NA
 7587767 7587768 LHK_01154 LHK_01155     FALSE 0.045 201.000 0.000 NA   NA
 7587768 7587769 LHK_01155 LHK_01156     TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7587769 7587770 LHK_01156 LHK_01157     TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7587770 7587771 LHK_01157 LHK_01158     FALSE 0.023 279.000 0.000 NA   NA
 7587771 7587772 LHK_01158 LHK_01159     FALSE 0.324 51.000 0.000 NA   NA
 7587772 7587773 LHK_01159 LHK_01160     FALSE 0.060 174.000 0.000 NA   NA
 7587773 7587774 LHK_01160 LHK_01161     FALSE 0.013 425.000 0.000 NA   NA
 7587774 7587775 LHK_01161 LHK_01163     TRUE 0.936 26.000 0.167 NA   NA
 7587775 7587776 LHK_01163 LHK_01164   ner FALSE 0.268 128.000 0.000 0.058   NA
 7587777 7587778 LHK_01165 LHK_01166     FALSE 0.149 122.000 0.000 NA   NA
 7587778 7587779 LHK_01166 LHK_01167     FALSE 0.369 44.000 0.000 NA   NA
 7587779 7587780 LHK_01167 LHK_01168     FALSE 0.044 202.000 0.000 NA   NA
 7587780 7587781 LHK_01168 LHK_01169     TRUE 0.974 -34.000 0.667 NA   NA
 7587781 7587782 LHK_01169 LHK_01170     FALSE 0.041 209.000 0.000 NA   NA
 7587783 7587784 LHK_01171 LHK_01172     FALSE 0.412 -100.000 0.000 1.000   NA
 7587784 7587785 LHK_01172 LHK_01173     FALSE 0.027 477.000 0.000 0.057   NA
 7587785 7587786 LHK_01173 LHK_01174   hsdR-1 FALSE 0.054 211.000 0.000 1.000   NA
 7587786 7587787 LHK_01174 LHK_01175 hsdR-1 hsdR-2 TRUE 0.663 -49.000 0.000 0.002   NA
 7587788 7587789 LHK_01176 LHK_01177     FALSE 0.458 33.000 0.000 NA   NA
 7587789 7587790 LHK_01177 LHK_01178     TRUE 0.763 20.000 0.000 0.057   NA
 7587790 7587791 LHK_01178 LHK_01179     FALSE 0.017 335.000 0.000 NA   NA
 7587791 7587792 LHK_01179 LHK_01180     FALSE 0.476 31.000 0.000 NA   NA
 7587793 7587794 LHK_t35 LHK_01181 trnS-3   FALSE 0.260 70.000 0.000 NA   NA
 7587795 7587796 LHK_01182 LHK_01183     TRUE 0.998 8.000 0.520 0.037 Y NA
 7587796 7587797 LHK_01183 LHK_01184     TRUE 0.996 12.000 0.520 1.000 Y NA
 7587797 7587798 LHK_01184 LHK_01185     TRUE 0.959 24.000 0.115 0.100 N NA
 7587798 7587799 LHK_01185 LHK_01186     TRUE 0.974 3.000 0.077 1.000 N NA
 7587799 7587800 LHK_01186 LHK_01187     TRUE 0.956 -7.000 0.087 1.000 N NA
 7587801 7587802 LHK_01188 LHK_01189 fecE   TRUE 0.995 -7.000 0.500 1.000 Y NA
 7587802 7587803 LHK_01189 LHK_01190     TRUE 0.981 1.000 0.015 1.000 Y NA
 7587803 7587804 LHK_01190 LHK_01192     TRUE 0.993 -7.000 0.384 1.000 Y NA
 7587806 7587807 LHK_01193 LHK_01194     TRUE 0.731 57.000 0.046 NA   NA
 7587808 7587809 LHK_01195 LHK_01196 chuW   FALSE 0.165 355.000 0.135 NA   NA
 7587809 7587810 LHK_01196 LHK_01197     TRUE 0.855 -15.000 0.027 NA   NA
 7587810 7587811 LHK_01197 LHK_01198     FALSE 0.418 -34.000 0.000 NA   NA
 7587811 7587812 LHK_01198 LHK_01199   rpe FALSE 0.223 88.000 0.000 NA   NA
 7587812 7587813 LHK_01199 LHK_01200 rpe   FALSE 0.093 226.000 0.000 0.007   NA
 7587814 7587815 LHK_01201 LHK_01202   recB-1 TRUE 0.997 -13.000 0.688 0.001 Y NA
 7587815 7587816 LHK_01202 LHK_01203 recB-1 recC TRUE 0.998 -3.000 0.542 0.001 Y NA
 7587816 7587817 LHK_01203 LHK_01204 recC   TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587817 7587818 LHK_01204 LHK_01205   mltB TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587818 7587819 LHK_01205 LHK_01206 mltB hrcA TRUE 0.799 33.000 0.003 1.000 N NA
 7587820 7587821 LHK_01207 LHK_01208     TRUE 0.758 2.000 0.000 NA   NA
 7587821 7587822 LHK_01208 LHK_01209     FALSE 0.015 378.000 0.000 NA   NA
 7587823 7587824 LHK_01210 LHK_01211 recN ppnK TRUE 0.938 36.000 0.170 1.000 N NA
 7587824 7587825 LHK_01211 LHK_01212 ppnK   TRUE 0.535 48.000 0.000 1.000 N NA
 7587829 7587830 LHK_01216 LHK_01217 htrA   TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7587830 7587831 LHK_01217 LHK_01218     FALSE 0.462 -24.000 0.000 NA   NA
 7587831 7587832 LHK_01218 LHK_01219     TRUE 0.979 -3.000 0.109 1.000 N NA
 7587832 7587833 LHK_01219 LHK_01220     TRUE 0.999 6.000 0.908 0.052 Y NA
 7587833 7587834 LHK_01220 LHK_01221   rnfD TRUE 0.999 -3.000 0.924 0.052 Y NA
 7587834 7587835 LHK_01221 LHK_01222 rnfD   TRUE 0.999 6.000 0.814 0.052 Y NA
 7587835 7587836 LHK_01222 LHK_01223   rnfB2 TRUE 0.998 -3.000 0.537 0.052 Y NA
 7587836 7587837 LHK_01223 LHK_01224 rnfB2   TRUE 0.998 -3.000 0.564 0.052 Y NA
 7587837 7587838 LHK_01224 LHK_01225   acsA FALSE 0.107 191.000 0.000 1.000 N NA
 7587838 7587839 LHK_01225 LHK_01227 acsA actP FALSE 0.385 148.000 0.032 1.000   NA
 7587839 7587840 LHK_01227 LHK_01226 actP   TRUE 0.995 -3.000 0.826 NA   NA
 7587842 7587843 LHK_01229 LHK_01230 ybbF   TRUE 0.899 58.000 0.237 1.000   NA
 7587843 7587844 LHK_01230 LHK_01231   ppiA TRUE 0.938 43.000 0.015 0.004 Y NA
 7587846 7587847 LHK_01233 LHK_t36   trnG-2 FALSE 0.242 78.000 0.000 NA   NA
 7587848 7587849 LHK_01234 LHK_01235     FALSE 0.387 42.000 0.000 NA   NA
 7587851 7587852 LHK_01237 LHK_01238 purL   FALSE 0.123 132.000 0.000 NA   NA
 7587853 7587854 LHK_01239 LHK_01240 bfr   TRUE 0.889 56.000 0.039 NA Y NA
 7587854 7587855 LHK_01240 LHK_01241     FALSE 0.302 102.000 0.000 NA N NA
 7587856 7587857 LHK_01242 LHK_01243 leuB   TRUE 0.946 92.000 0.196 0.043 Y NA
 7587857 7587858 LHK_01243 LHK_01244     TRUE 0.893 90.000 0.025 0.001 Y NA
 7587860 7587861 LHK_01247 LHK_01248     FALSE 0.352 174.000 0.083 NA   NA
 7587861 7587862 LHK_01248 LHK_01249   truA TRUE 0.648 -78.000 0.006 NA   NA
 7587862 7587863 LHK_01249 LHK_01250 truA trpF TRUE 0.978 9.000 0.139 1.000 N NA
 7587863 7587864 LHK_01250 LHK_01251 trpF trpB TRUE 0.994 -13.000 0.375 0.002 Y NA
 7587864 7587865 LHK_01251 LHK_01252 trpB trpA TRUE 0.997 8.000 0.344 0.001 Y NA
 7587865 7587866 LHK_01252 LHK_01253 trpA accD TRUE 0.909 66.000 0.232 1.000 N NA
 7587868 7587869 LHK_01255 LHK_01256     FALSE 0.143 124.000 0.000 NA   NA
 7587869 7587870 LHK_01256 LHK_01257     TRUE 0.991 -3.000 0.223 0.060 N NA
 7587870 7587871 LHK_01257 LHK_01258     TRUE 0.993 2.000 0.455 1.000 N NA
 7587872 7587873 LHK_01259 LHK_01260     FALSE 0.154 120.000 0.000 NA   NA
 7587873 7587874 LHK_01260 LHK_01261     TRUE 0.992 -3.000 0.524 NA   NA
 7587876 7587877 LHK_01263 LHK_01264   catA FALSE 0.343 48.000 0.000 NA   NA
 7587877 7587878 LHK_01264 LHK_01265 catA   FALSE 0.103 140.000 0.000 NA   NA
 7587880 7587881 LHK_01267 LHK_01268     FALSE 0.236 81.000 0.000 NA   NA
 7587881 7587882 LHK_01268 LHK_01269   nadE TRUE 0.559 46.000 0.000 0.099   NA
 7587887 7587888 LHK_01273 LHK_01274     FALSE 0.195 104.000 0.000 NA   NA
 7587888 7587889 LHK_01274 LHK_01275     FALSE 0.021 292.000 0.000 NA   NA
 7587889 7587890 LHK_01275 LHK_01276     FALSE 0.017 349.000 0.000 NA   NA
 7587890 7587891 LHK_01276 LHK_01277     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7587891 7587892 LHK_01277 LHK_01278     FALSE 0.198 103.000 0.000 NA   NA
 7587892 7587893 LHK_01278 LHK_01279     FALSE 0.103 140.000 0.000 NA   NA
 7587894 7587895 LHK_01280 LHK_01281     FALSE 0.028 450.000 0.000 0.057   NA
 7587895 7587896 LHK_01281 LHK_01282     FALSE 0.128 130.000 0.000 NA   NA
 7587896 7587897 LHK_01282 LHK_01283     FALSE 0.077 157.000 0.000 NA   NA
 7587898 7587899 LHK_01284 LHK_01285     FALSE 0.092 146.000 0.000 NA   NA
 7587899 7587900 LHK_01285 LHK_01286     TRUE 0.959 10.000 0.100 NA   NA
 7587900 7587901 LHK_01286 LHK_01287     FALSE 0.347 -91.000 0.000 NA   NA
 7587901 7587902 LHK_01287 LHK_01288     FALSE 0.146 123.000 0.000 NA   NA
 7587902 7587903 LHK_01288 LHK_01289     TRUE 0.980 -3.000 0.143 NA N NA
 7587904 7587905 LHK_01290 LHK_01292     TRUE 0.649 -6.000 0.000 NA   NA
 7587905 7587906 LHK_01292 LHK_01293     TRUE 0.933 -13.000 0.103 1.000   NA
 7587906 7587907 LHK_01293 LHK_01294     TRUE 0.964 11.000 0.133 NA   NA
 7587907 7587908 LHK_01294 LHK_01295     TRUE 0.985 0.000 0.044 NA Y NA
 7587908 7587909 LHK_01295 LHK_01296     FALSE 0.087 209.000 0.000 1.000 N NA
 7587910 7587911 LHK_01297 LHK_01298     FALSE 0.010 521.000 0.000 NA   NA
 7587914 7587915 LHK_01301 LHK_01302     FALSE 0.198 103.000 0.000 NA   NA
 7587915 7587916 LHK_01302 LHK_01303     FALSE 0.427 37.000 0.000 NA   NA
 7587916 7587917 LHK_01303 LHK_01304     TRUE 0.943 24.000 0.176 NA   NA
 7587917 7587918 LHK_01304 LHK_01305     FALSE 0.244 77.000 0.000 NA   NA
 7587918 7587919 LHK_01305 LHK_01306     FALSE 0.166 115.000 0.000 NA   NA
 7587919 7587920 LHK_01306 LHK_01307     FALSE 0.086 151.000 0.000 NA   NA
 7587921 7587922 LHK_01308 LHK_01309     TRUE 0.632 16.000 0.000 NA   NA
 7587922 7587923 LHK_01309 LHK_01310     FALSE 0.025 263.000 0.000 NA   NA
 7587924 7587925 LHK_01311 LHK_01312     FALSE 0.176 112.000 0.000 NA   NA
 7587926 7587927 LHK_01313 LHK_01314     TRUE 0.600 18.000 0.000 NA   NA
 7587928 7587929 LHK_01315 LHK_01316     TRUE 0.663 14.000 0.000 NA   NA
 7587931 7587932 LHK_01318 LHK_01319     FALSE 0.072 160.000 0.000 NA   NA
 7587932 7587933 LHK_01319 LHK_01320     FALSE 0.202 100.000 0.000 NA   NA
 7587933 7587934 LHK_01320 LHK_01321     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587934 7587935 LHK_01321 LHK_01322     TRUE 0.959 -72.000 0.533 NA   NA
 7587935 7587936 LHK_01322 LHK_01323     TRUE 0.982 5.000 0.240 NA   NA
 7587936 7587937 LHK_01323 LHK_01324   cfa TRUE 0.933 -3.000 0.016 NA   NA
 7587937 7587938 LHK_01324 LHK_01325 cfa   TRUE 0.982 -3.000 0.213 NA   NA
 7587938 7587939 LHK_01325 LHK_01326     TRUE 0.995 -3.000 0.722 NA   NA
 7587941 7587942 LHK_01328 LHK_01329     FALSE 0.462 -24.000 0.000 NA   NA
 7587942 7587943 LHK_01329 LHK_01330     FALSE 0.351 -85.000 0.000 NA   NA
 7587947 7587948 LHK_01334 LHK_01335     FALSE 0.117 134.000 0.000 NA   NA
 7587950 7587951 LHK_01337 LHK_01338     FALSE 0.008 736.000 0.000 NA   NA
 7587951 7587952 LHK_01338 LHK_01339     TRUE 0.738 6.000 0.000 NA   NA
 7587952 7587953 LHK_01339 LHK_01340     FALSE 0.418 76.000 0.000 1.000 N NA
 7587955 7587956 LHK_01342 LHK_01343     FALSE 0.198 103.000 0.000 NA   NA
 7587957 7587958 LHK_01344 LHK_01345 zur   TRUE 0.969 -3.000 0.103 NA   NA
 7587958 7587959 LHK_01345 LHK_01346     TRUE 0.680 13.000 0.000 NA   NA
 7587959 7587960 LHK_01346 LHK_01347   znuC TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587960 7587961 LHK_01347 LHK_01348 znuC   TRUE 0.998 -3.000 0.465 0.097 Y NA
 7587961 7587962 LHK_01348 LHK_01349   znuA TRUE 0.994 16.000 0.400 1.000 Y NA
 7587962 7587963 LHK_01349 LHK_01350 znuA rarD TRUE 0.552 23.000 0.000 NA   NA
 7587964 7587965 LHK_01351 LHK_01352     FALSE 0.250 74.000 0.000 NA   NA
 7587965 7587966 LHK_01352 LHK_01353     FALSE 0.313 -169.000 0.000 NA   NA
 7587966 7587967 LHK_01353 LHK_01354     FALSE 0.236 81.000 0.000 NA   NA
 7587967 7587968 LHK_01354 LHK_01356     TRUE 0.744 5.000 0.000 NA   NA
 7587968 7587969 LHK_01356 LHK_01355     FALSE 0.270 68.000 0.000 NA   NA
 7587969 7587970 LHK_01355 LHK_01357     FALSE 0.128 130.000 0.000 NA   NA
 7587970 7587971 LHK_01357 LHK_01358     FALSE 0.163 116.000 0.000 NA   NA
 7587971 7587972 LHK_01358 LHK_01359   cheY3-2 FALSE 0.084 152.000 0.000 NA   NA
 7587972 7587973 LHK_01359 LHK_01360 cheY3-2 cheV1-2 TRUE 0.947 16.000 0.000 0.015 Y NA
 7587973 7587974 LHK_01360 LHK_01361 cheV1-2 nahY-2 FALSE 0.261 234.000 0.000 0.018 Y NA
 7587974 7587975 LHK_01361 LHK_01362 nahY-2   FALSE 0.033 235.000 0.000 NA   NA
 7587975 7587976 LHK_01362 LHK_01363     FALSE 0.443 -28.000 0.000 NA   NA
 7587976 7587977 LHK_01363 LHK_01364     TRUE 0.615 17.000 0.000 NA   NA
 7587977 7587978 LHK_01364 LHK_01365     FALSE 0.011 481.000 0.000 NA   NA
 7587978 7587979 LHK_01365 LHK_01366     FALSE 0.008 808.000 0.000 NA   NA
 7587979 7587980 LHK_01366 LHK_01367     FALSE 0.022 369.000 0.000 1.000   NA
 7587982 7587983 LHK_01369 LHK_01370 trh1   TRUE 0.598 40.000 0.000 1.000 N NA
 7587985 7587986 LHK_01372 LHK_01373     FALSE 0.285 87.000 0.000 1.000   NA
 7587986 7587987 LHK_01373 LHK_01374     TRUE 0.772 10.000 0.000 1.000   NA
 7587987 7587988 LHK_01374 LHK_01375     TRUE 0.790 16.000 0.000 1.000 N NA
 7587988 7587989 LHK_01375 LHK_01376   emrR TRUE 0.858 40.000 0.039 1.000 N NA
 7587990 7587991 LHK_01377 LHK_01378     FALSE 0.501 28.000 0.000 NA   NA
 7587992 7587993 LHK_01379 LHK_01380     FALSE 0.355 59.000 0.000 1.000   NA
 7587993 7587994 LHK_01380 LHK_01381   phs TRUE 0.955 -3.000 0.034 1.000   NA
 7587994 7587995 LHK_01381 LHK_01382 phs   TRUE 0.604 131.000 0.059 1.000 N NA
 7587997 7587998 LHK_01385 LHK_01384   ydgF TRUE 0.999 0.000 0.869 0.058 Y NA
 7588000 7588001 LHK_01387 LHK_01388     FALSE 0.232 83.000 0.000 NA   NA
 7588001 7588002 LHK_01388 LHK_01389     FALSE 0.061 201.000 0.000 1.000   NA
 7588002 7588003 LHK_01389 LHK_01390     FALSE 0.318 52.000 0.000 NA   NA
 7588003 7588004 LHK_01390 LHK_01391   maeB TRUE 0.681 71.000 0.043 NA   NA
 7588004 7588005 LHK_01391 LHK_01392 maeB   FALSE 0.328 165.000 0.019 1.000 N NA
 7588005 7588006 LHK_01392 LHK_01393   dctQ TRUE 0.998 4.000 0.882 NA Y NA
 7588006 7588007 LHK_01393 LHK_01394 dctQ   TRUE 0.764 134.000 0.076 NA Y NA
 7588008 7588009 LHK_01395 LHK_01396   pcnB FALSE 0.413 78.000 0.000 1.000 N NA
 7588009 7588010 LHK_01396 LHK_01397 pcnB   TRUE 0.989 -3.000 0.234 1.000 N NA
 7588010 7588011 LHK_01397 LHK_01398   panB TRUE 0.886 110.000 0.117 1.000 Y NA
 7588011 7588012 LHK_01398 LHK_01399 panB panC TRUE 0.994 26.000 0.395 0.001 Y NA
 7588012 7588013 LHK_01399 LHK_01400 panC panD TRUE 0.972 57.000 0.342 1.000 Y NA
 7588013 7588014 LHK_01400 LHK_01401 panD   FALSE 0.318 52.000 0.000 NA   NA
 7588016 7588017 LHK_01403 LHK_01404   syq FALSE 0.311 113.000 0.000 1.000 N NA
 7588017 7588018 LHK_01404 LHK_01405 syq syc TRUE 0.917 58.000 0.032 0.042 Y NA
 7588018 7588019 LHK_01405 LHK_01406 syc rpmE TRUE 0.728 111.000 0.003 1.000 Y NA
 7588022 7588023 LHK_01409 LHK_01410     FALSE 0.460 63.000 0.000 1.000 N NA
 7588023 7588024 LHK_01410 LHK_01411   glnD FALSE 0.074 477.000 0.000 1.000 Y NA
 7588024 7588025 LHK_01411 LHK_01412 glnD   TRUE 0.911 5.000 0.004 1.000   NA
 7588025 7588026 LHK_01412 LHK_01413     TRUE 0.996 -3.000 0.631 0.058   NA
 7588027 7588028 LHK_01414 LHK_01415 ampA holC TRUE 0.985 -13.000 0.494 1.000 N NA
 7588028 7588029 LHK_01415 LHK_01416 holC   TRUE 0.643 21.000 0.000 1.000   NA
 7588029 7588030 LHK_01416 LHK_01417     FALSE 0.361 58.000 0.000 1.000   NA
 7588031 7588032 LHK_01418 LHK_01419     TRUE 0.552 23.000 0.000 NA   NA
 7588032 7588033 LHK_01419 LHK_01420     TRUE 0.993 0.000 0.500 1.000   NA
 7588033 7588034 LHK_01420 LHK_01421     TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7588034 7588035 LHK_01421 LHK_01422   nfrB TRUE 0.988 -3.000 0.068 1.000 Y NA
 7588037 7588038 LHK_01424 LHK_01425     TRUE 0.997 -3.000 0.600 0.036 N NA
 7588038 7588039 LHK_01425 LHK_01426     TRUE 0.995 13.000 0.833 1.000 N NA
 7588039 7588040 LHK_01426 LHK_01427     FALSE 0.138 163.000 0.000 1.000 N NA
 7588040 7588041 LHK_01427 LHK_01428     TRUE 0.958 0.000 0.000 1.000 Y NA
 7588041 7588042 LHK_01428 LHK_01429   dapB TRUE 0.637 62.000 0.002 1.000 N NA
 7588042 7588043 LHK_01429 LHK_01430 dapB smpA TRUE 0.970 -3.000 0.049 1.000 N NA
 7588044 7588045 LHK_01431 LHK_01432 fur lftR TRUE 0.946 -3.000 0.006 1.000 N NA
 7588045 7588046 LHK_01432 LHK_01433 lftR ate TRUE 0.989 -13.000 0.285 1.000 Y NA
 7588046 7588047 LHK_01433 LHK_01434 ate   FALSE 0.210 93.000 0.000 NA   NA
 7588048 7588049 LHK_01435 LHK_01436     FALSE 0.287 59.000 0.000 NA   NA
 7588049 7588050 LHK_01436 LHK_01437     FALSE 0.419 38.000 0.000 NA   NA
 7588050 7588051 LHK_01437 LHK_01438     TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7588051 7588052 LHK_01438 LHK_01439     TRUE 0.983 -10.000 0.087 0.050 Y NA
 7588052 7588053 LHK_01439 LHK_01440     FALSE 0.186 665.000 0.029 0.050 Y NA
 7588053 7588054 LHK_01440 LHK_01441     TRUE 0.997 -3.000 0.284 0.050 Y NA
 7588054 7588055 LHK_01441 LHK_01443     TRUE 0.960 10.000 0.000 0.050 Y NA
 7588055 7588056 LHK_01443 LHK_01444     FALSE 0.443 81.000 0.000 0.028   NA
 7588056 7588057 LHK_01444 LHK_01445     FALSE 0.418 84.000 0.000 0.050   NA
 7588057 7588058 LHK_01445 LHK_01446   speA FALSE 0.036 354.000 0.000 1.000 N NA
 7588058 7588059 LHK_01446 LHK_01447 speA   FALSE 0.026 448.000 0.000 1.000 N NA
 7588059 7588060 LHK_01447 LHK_01448   trpC FALSE 0.410 79.000 0.000 1.000 N NA
 7588060 7588061 LHK_01448 LHK_01449 trpC   TRUE 0.805 21.000 0.005 NA   NA
 7588061 7588062 LHK_01449 LHK_01450   mogA TRUE 0.895 8.000 0.006 NA   NA
 7588062 7588063 LHK_01450 LHK_01451 mogA   TRUE 0.922 -16.000 0.117 NA   NA
 7588063 7588064 LHK_01451 LHK_01453     FALSE 0.431 -31.000 0.000 NA   NA
 7588067 7588068 LHK_01455 LHK_01456 fcbC2   TRUE 0.846 -22.000 0.042 NA   NA
 7588068 7588069 LHK_01456 LHK_01457     TRUE 0.582 67.000 0.010 NA   NA
 7588069 7588070 LHK_01457 LHK_01458   rpoE FALSE 0.102 157.000 0.000 1.000   NA
 7588070 7588071 LHK_01458 LHK_01459 rpoE   TRUE 0.990 -6.000 0.705 NA   NA
 7588071 7588072 LHK_01459 LHK_01460     TRUE 0.591 68.000 0.012 NA   NA
 7588072 7588073 LHK_01460 LHK_01461   mucD FALSE 0.476 48.000 0.000 NA N NA
 7588073 7588074 LHK_01461 LHK_01462 mucD   TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588074 7588075 LHK_01462 LHK_01463   lepA FALSE 0.279 63.000 0.000 NA   NA
 7588075 7588076 LHK_01463 LHK_01464 lepA lepB TRUE 0.928 43.000 0.187 1.000 N NA
 7588076 7588077 LHK_01464 LHK_01465 lepB rnc TRUE 0.632 142.000 0.117 1.000 N NA
 7588077 7588078 LHK_01465 LHK_01466 rnc   TRUE 0.974 -3.000 0.058 0.032   NA
 7588078 7588079 LHK_01466 LHK_01467   recO TRUE 0.948 11.000 0.049 1.000   NA
 7588079 7588080 LHK_01467 LHK_01468 recO pdxJ TRUE 0.905 49.000 0.166 1.000 N NA
 7588080 7588081 LHK_01468 LHK_01469 pdxJ acpS TRUE 0.991 -3.000 0.326 1.000 N NA
 7588082 7588083 LHK_01470 LHK_01471 nahY-3   FALSE 0.112 187.000 0.000 1.000 N NA
 7588083 7588084 LHK_01471 LHK_01472   menG TRUE 0.689 22.000 0.000 NA N NA
 7588084 7588085 LHK_01472 LHK_01473 menG   FALSE 0.380 70.000 0.000 NA N NA
 7588085 7588086 LHK_01473 LHK_01474   fixJ1 FALSE 0.028 302.000 0.000 1.000   NA
 7588086 7588087 LHK_01474 LHK_01475 fixJ1   FALSE 0.047 226.000 0.000 1.000   NA
 7588087 7588088 LHK_01475 LHK_01476     FALSE 0.423 74.000 0.000 1.000 N NA
 7588088 7588089 LHK_01476 LHK_01477     TRUE 0.986 -3.000 0.273 NA   NA
 7588089 7588090 LHK_01477 LHK_01478     TRUE 0.983 3.000 0.233 NA   NA
 7588092 7588093 LHK_01480 LHK_01481     FALSE 0.041 209.000 0.000 NA   NA
 7588093 7588094 LHK_01481 LHK_01482   trxB TRUE 0.872 10.000 0.003 NA   NA
 7588096 7588097 LHK_01484 LHK_01485   sya FALSE 0.260 70.000 0.000 NA   NA
 7588097 7588098 LHK_01485 LHK_01486 sya   FALSE 0.269 124.000 0.000 1.000 N NA
 7588098 7588099 LHK_01486 LHK_01487   sltY TRUE 0.979 19.000 0.110 1.000 Y NA
 7588099 7588100 LHK_01487 LHK_01488 sltY   TRUE 0.641 34.000 0.000 1.000 N NA
 7588100 7588101 LHK_01488 LHK_01490   trkA TRUE 0.975 0.000 0.000 0.002 Y NA
 7588101 7588102 LHK_01490 LHK_01489 trkA   TRUE 0.606 -9.000 0.000 NA   NA
 7588103 7588104 LHK_01491 LHK_01492     TRUE 0.713 164.000 0.204 0.004 N NA
 7588105 7588106 LHK_01493 LHK_01494 algC trpD FALSE 0.022 536.000 0.000 1.000 N NA
 7588106 7588107 LHK_01494 LHK_01495 trpD pabA TRUE 0.988 9.000 0.105 1.000 Y NA
 7588107 7588108 LHK_01495 LHK_01496 pabA   FALSE 0.028 429.000 0.000 1.000 N NA
 7588108 7588109 LHK_01496 LHK_01497     TRUE 0.819 0.000 0.000 1.000   NA
 7588109 7588110 LHK_01497 LHK_01498     TRUE 0.948 3.000 0.040 NA   NA
 7588110 7588111 LHK_01498 LHK_01499     FALSE 0.395 41.000 0.000 NA   NA
 7588111 7588112 LHK_01499 LHK_01500     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588112 7588113 LHK_01500 LHK_01501     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588113 7588114 LHK_01501 LHK_01502     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588114 7588115 LHK_01502 LHK_01503     FALSE 0.008 823.000 0.000 NA   NA
 7588116 7588117 LHK_01504 LHK_01505     FALSE 0.009 699.000 0.000 NA   NA
 7588117 7588118 LHK_01505 LHK_01506     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588118 7588119 LHK_01506 LHK_01507     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588119 7588120 LHK_01507 LHK_01508     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588120 7588121 LHK_01508 LHK_01509     FALSE 0.053 188.000 0.000 NA   NA
 7588121 7588122 LHK_01509 LHK_01510     FALSE 0.168 130.000 0.000 1.000   NA
 7588122 7588123 LHK_01510 LHK_01511     TRUE 0.814 1.000 0.000 1.000   NA
 7588123 7588124 LHK_01511 LHK_01512     TRUE 0.920 -7.000 0.051 NA   NA
 7588124 7588125 LHK_01512 LHK_01513     TRUE 0.703 11.000 0.000 NA   NA
 7588127 7588128 LHK_01515 LHK_01516   hsdM-1 FALSE 0.143 124.000 0.000 NA   NA
 7588128 7588129 LHK_01516 LHK_01517 hsdM-1   TRUE 0.992 -3.000 0.076 0.054 Y NA
 7588129 7588130 LHK_01517 LHK_01518     TRUE 0.947 -3.000 0.032 NA   NA
 7588130 7588131 LHK_01518 LHK_01519     FALSE 0.049 195.000 0.000 NA   NA
 7588131 7588132 LHK_01519 LHK_01520     TRUE 0.983 -13.000 0.583 NA   NA
 7588132 7588133 LHK_01520 LHK_01521   hsdR-3 TRUE 0.738 6.000 0.000 NA   NA
 7588133 7588134 LHK_01521 LHK_01522 hsdR-3   FALSE 0.019 319.000 0.000 NA   NA
 7588135 7588136 LHK_01523 LHK_01524     TRUE 0.560 -13.000 0.000 NA   NA
 7588136 7588137 LHK_01524 LHK_01525     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7588137 7588138 LHK_01525 LHK_01526     FALSE 0.423 82.000 0.000 0.054   NA
 7588138 7588139 LHK_01526 LHK_01527     TRUE 0.680 13.000 0.000 NA   NA
 7588139 7588140 LHK_01527 LHK_01528     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588140 7588141 LHK_01528 LHK_01529     FALSE 0.022 280.000 0.000 NA   NA
 7588141 7588142 LHK_01529 LHK_01530     FALSE 0.021 298.000 0.000 NA   NA
 7588142 7588143 LHK_01530 LHK_01531     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588143 7588144 LHK_01531 LHK_01532     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588144 7588145 LHK_01532 LHK_01533     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588145 7588146 LHK_01533 LHK_01534     FALSE 0.015 377.000 0.000 NA   NA
 7588147 7588148 LHK_01535 LHK_01537     FALSE 0.275 65.000 0.000 NA   NA
 7588148 7588149 LHK_01537 LHK_01538     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7588149 7588150 LHK_01538 LHK_01539     TRUE 0.974 2.000 0.143 NA   NA
 7588150 7588151 LHK_01539 LHK_01540     TRUE 0.960 42.000 0.500 NA   NA
 7588151 7588152 LHK_01540 LHK_01541     TRUE 0.978 -19.000 0.583 NA   NA
 7588152 7588153 LHK_01541 LHK_01542     TRUE 0.987 19.000 0.667 NA   NA
 7588153 7588154 LHK_01542 LHK_01543     TRUE 0.648 15.000 0.000 NA   NA
 7588154 7588155 LHK_01543 LHK_01544     TRUE 0.680 13.000 0.000 NA   NA
 7588155 7588156 LHK_01544 LHK_01545     FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 7588156 7588157 LHK_01545 LHK_01546     TRUE 0.990 0.000 0.400 NA   NA
 7588157 7588158 LHK_01546 LHK_01547     FALSE 0.200 101.000 0.000 NA   NA
 7588158 7588159 LHK_01547 LHK_01548     TRUE 0.994 -3.000 0.600 NA   NA
 7588160 7588161 LHK_01549 LHK_01550     TRUE 0.969 10.000 0.154 NA   NA
 7588162 7588163 LHK_01551 LHK_01552     TRUE 0.703 11.000 0.000 NA   NA
 7588163 7588164 LHK_01552 LHK_01553     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588164 7588165 LHK_01553 LHK_01554     FALSE 0.221 89.000 0.000 NA   NA
 7588165 7588166 LHK_01554 LHK_01555     FALSE 0.041 209.000 0.000 NA   NA
 7588166 7588167 LHK_01555 LHK_01556     TRUE 0.632 16.000 0.000 NA   NA
 7588167 7588168 LHK_01556 LHK_01557     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588168 7588169 LHK_01557 LHK_01558     TRUE 0.508 -18.000 0.000 NA   NA
 7588171 7588172 LHK_01560 LHK_01561 yfjL   TRUE 0.886 98.000 0.407 NA   NA
 7588173 7588174 LHK_01562 LHK_01563     FALSE 0.018 326.000 0.000 NA   NA
 7588175 7588176 LHK_01564 LHK_01565     FALSE 0.493 -19.000 0.000 NA   NA
 7588177 7588178 LHK_01566 LHK_01567     FALSE 0.010 538.000 0.000 NA   NA
 7588180 7588181 LHK_01569 LHK_01570     FALSE 0.476 -22.000 0.000 NA   NA
 7588182 7588183 LHK_01571 LHK_01572   atkA FALSE 0.215 91.000 0.000 NA   NA
 7588183 7588184 LHK_01572 LHK_01573 atkA   TRUE 0.993 16.000 0.201 0.001 Y NA
 7588184 7588185 LHK_01573 LHK_01574   atkC TRUE 0.999 13.000 0.877 0.001 Y NA
 7588185 7588186 LHK_01574 LHK_01575 atkC kdpD TRUE 0.929 30.000 0.100 1.000 N NA
 7588186 7588187 LHK_01575 LHK_01576 kdpD kdpE TRUE 0.990 -3.000 0.096 1.000 Y NA
 7588190 7588191 LHK_01581 LHK_01582 phnM phnL TRUE 0.982 -3.000 0.016 1.000 Y NA
 7588191 7588192 LHK_01582 LHK_01583 phnL phnK TRUE 0.999 5.000 0.859 0.016 Y NA
 7588192 7588193 LHK_01583 LHK_01584 phnK phnJ TRUE 0.999 -3.000 0.883 1.000 Y NA
 7588193 7588194 LHK_01584 LHK_01585 phnJ phnI TRUE 0.999 -3.000 0.880 1.000 Y NA
 7588194 7588195 LHK_01585 LHK_01586 phnI phnH TRUE 0.999 4.000 0.960 0.001 Y NA
 7588195 7588196 LHK_01586 LHK_01587 phnH phnG TRUE 0.999 0.000 0.967 0.001 Y NA
 7588197 7588198 LHK_01588 LHK_01589 phnF phnN TRUE 0.952 0.000 0.018 NA N NA
 7588198 7588199 LHK_01589 LHK_01590 phnN   TRUE 0.621 91.000 0.000 NA Y NA
 7588201 7588202 LHK_01591 LHK_01593 cysA2   TRUE 0.998 -3.000 0.857 0.035 N NA
 7588206 7588207 LHK_01596 LHK_01597 nrdE   FALSE 0.304 55.000 0.000 NA   NA
 7588211 7588212 LHK_01602 LHK_01603   dsbC FALSE 0.482 57.000 0.000 1.000 N NA
 7588214 7588215 LHK_01605 LHK_01606 uvrA   TRUE 0.914 6.000 0.002 NA N NA
 7588215 7588216 LHK_01606 LHK_01607     FALSE 0.170 139.000 0.000 NA N NA
 7588216 7588217 LHK_01607 LHK_01608     FALSE 0.081 215.000 0.000 1.000 N NA
 7588217 7588218 LHK_01608 LHK_01609   fadB FALSE 0.487 133.000 0.000 1.000 Y NA
 7588218 7588219 LHK_01609 LHK_01610 fadB fadA TRUE 0.978 78.000 0.588 1.000 Y NA
 7588220 7588221 LHK_01611 LHK_01612     FALSE 0.056 184.000 0.000 NA   NA
 7588221 7588222 LHK_01612 LHK_01613     TRUE 0.785 8.000 0.000 1.000   NA
 7588224 7588225 LHK_01615 LHK_01616     TRUE 0.984 82.000 0.625 0.035 Y NA
 7588226 7588227 LHK_01617 LHK_01618     FALSE 0.159 118.000 0.000 NA   NA
 7588230 7588231 LHK_01621 LHK_01622     TRUE 0.596 96.000 0.036 NA   NA
 7588232 7588233 LHK_01623 LHK_01624     FALSE 0.008 808.000 0.000 NA   NA
 7588233 7588234 LHK_01624 LHK_01625     TRUE 0.714 63.000 0.047 NA   NA
 7588235 7588236 LHK_01626 LHK_01627     TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7588236 7588237 LHK_01627 LHK_01628     TRUE 0.586 -18.000 0.000 1.000   NA
 7588237 7588238 LHK_01628 LHK_01629     FALSE 0.270 68.000 0.000 NA   NA
 7588238 7588239 LHK_01629 LHK_01630     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588239 7588240 LHK_01630 LHK_01631     FALSE 0.081 154.000 0.000 NA   NA
 7588240 7588241 LHK_01631 LHK_01632     TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7588241 7588242 LHK_01632 LHK_01633     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588242 7588243 LHK_01633 LHK_01634     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588243 7588244 LHK_01634 LHK_01635     TRUE 0.920 -16.000 0.111 NA   NA
 7588244 7588245 LHK_01635 LHK_01636     TRUE 0.560 -13.000 0.000 NA   NA
 7588245 7588246 LHK_01636 LHK_01637     TRUE 0.582 -12.000 0.000 NA   NA
 7588246 7588247 LHK_01637 LHK_01638     TRUE 0.971 4.000 0.125 NA   NA
 7588247 7588248 LHK_01638 LHK_01639     TRUE 0.712 10.000 0.000 NA   NA
 7588250 7588251 LHK_01641 LHK_01642     FALSE 0.367 -67.000 0.000 NA   NA
 7588251 7588252 LHK_01642 LHK_01644     FALSE 0.099 143.000 0.000 NA   NA
 7588252 7588253 LHK_01644 LHK_01643     FALSE 0.487 30.000 0.000 NA   NA
 7588253 7588254 LHK_01643 LHK_01645     TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7588254 7588255 LHK_01645 LHK_01646     TRUE 0.974 -3.000 0.133 NA   NA
 7588255 7588256 LHK_01646 LHK_01647     TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7588256 7588257 LHK_01647 LHK_01648     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7588257 7588258 LHK_01648 LHK_01649     FALSE 0.370 -64.000 0.000 NA   NA
 7588258 7588259 LHK_01649 LHK_01650     TRUE 0.528 -16.000 0.000 NA   NA
 7588259 7588260 LHK_01650 LHK_01651     TRUE 0.680 13.000 0.000 NA   NA
 7588260 7588261 LHK_01651 LHK_01652     TRUE 0.983 10.000 0.300 NA   NA
 7588261 7588262 LHK_01652 LHK_01653     TRUE 0.712 10.000 0.000 NA   NA
 7588262 7588263 LHK_01653 LHK_01654     TRUE 0.582 -12.000 0.000 NA   NA
 7588263 7588264 LHK_01654 LHK_01655     FALSE 0.206 96.000 0.000 NA   NA
 7588264 7588265 LHK_01655 LHK_01656     FALSE 0.458 33.000 0.000 NA   NA
 7588265 7588266 LHK_01656 LHK_01657     FALSE 0.077 157.000 0.000 NA   NA
 7588266 7588267 LHK_01657 LHK_01658     TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7588267 7588268 LHK_01658 LHK_01659     TRUE 0.986 12.000 0.350 1.000   NA
 7588268 7588269 LHK_01659 LHK_01661     TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7588269 7588270 LHK_01661 LHK_01662     FALSE 0.361 -76.000 0.000 NA   NA
 7588272 7588273 LHK_01664 LHK_01665     FALSE 0.215 91.000 0.000 NA   NA
 7588273 7588274 LHK_01665 LHK_01666     FALSE 0.246 76.000 0.000 NA   NA
 7588274 7588275 LHK_01666 LHK_01667     FALSE 0.007 1400.000 0.000 NA   NA
 7588275 7588276 LHK_01667 LHK_01669     FALSE 0.008 929.000 0.000 NA   NA
 7588278 7588279 LHK_01670 LHK_01671     TRUE 0.694 12.000 0.000 NA   NA
 7588279 7588280 LHK_01671 LHK_01672     TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7588280 7588281 LHK_01672 LHK_01673     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7588282 7588283 LHK_01674 LHK_01675     FALSE 0.014 398.000 0.000 NA   NA
 7588283 7588284 LHK_01675 LHK_01676     FALSE 0.033 235.000 0.000 NA   NA
 7588284 7588285 LHK_01676 LHK_01677     FALSE 0.202 100.000 0.000 NA   NA
 7588285 7588286 LHK_01677 LHK_01678     FALSE 0.257 71.000 0.000 NA   NA
 7588286 7588287 LHK_01678 LHK_01679     TRUE 0.703 11.000 0.000 NA   NA
 7588287 7588288 LHK_01679 LHK_01680     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588288 7588289 LHK_01680 LHK_01681     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588289 7588290 LHK_01681 LHK_01682     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588290 7588291 LHK_01682 LHK_01683     TRUE 0.595 -10.000 0.000 NA   NA
 7588291 7588292 LHK_01683 LHK_01684     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588293 7588294 LHK_01685 LHK_01686     TRUE 0.528 -16.000 0.000 NA   NA
 7588295 7588296 LHK_01687 LHK_01688   potF2 TRUE 0.543 110.000 0.006 1.000 N NA
 7588296 7588297 LHK_01688 LHK_01689 potF2 betT FALSE 0.056 367.000 0.000 0.034 N NA
 7588297 7588298 LHK_01689 LHK_01690 betT trxA FALSE 0.243 108.000 0.000 1.000   NA
 7588298 7588299 LHK_01690 LHK_01691 trxA rho TRUE 0.669 113.000 0.087 1.000   NA
 7588299 7588300 LHK_01691 LHK_01692 rho   FALSE 0.227 86.000 0.000 NA   NA
 7588300 7588301 LHK_01692 LHK_01693     TRUE 0.663 14.000 0.000 NA   NA
 7588301 7588302 LHK_01693 LHK_01694     FALSE 0.226 112.000 0.000 1.000   NA
 7588302 7588303 LHK_01694 LHK_01695   cysN TRUE 0.938 0.000 0.000 0.001 N NA
 7588304 7588305 LHK_01696 LHK_01697     FALSE 0.039 325.000 0.000 1.000 N NA
 7588305 7588306 LHK_01697 LHK_01698     TRUE 0.908 70.000 0.027 0.004 Y NA
 7588306 7588307 LHK_01698 LHK_01699   bolA TRUE 0.946 27.000 0.162 NA N NA
 7588307 7588308 LHK_01699 LHK_01700 bolA   TRUE 0.969 -3.000 0.103 NA   NA
 7588308 7588309 LHK_01700 LHK_01701   ispZ TRUE 0.983 1.000 0.224 NA   NA
 7588309 7588310 LHK_01701 LHK_01702 ispZ   FALSE 0.123 132.000 0.000 NA   NA
 7588310 7588311 LHK_01702 LHK_01703     FALSE 0.242 78.000 0.000 NA   NA
 7588311 7588312 LHK_01703 LHK_01704     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588313 7588314 LHK_01705 LHK_01706 aer-3   TRUE 0.879 7.000 0.000 0.018   NA
 7588314 7588315 LHK_01706 LHK_01707     FALSE 0.107 138.000 0.000 NA   NA
 7588315 7588316 LHK_01707 LHK_01708     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588318 7588319 LHK_01710 LHK_01711 rbsK rbsD TRUE 0.978 4.000 0.010 1.000 Y NA
 7588319 7588320 LHK_01711 LHK_01712 rbsD rbsA TRUE 0.993 10.000 0.243 1.000 Y NA
 7588320 7588321 LHK_01712 LHK_01713 rbsA rbsC TRUE 0.996 1.000 0.358 1.000 Y NA
 7588321 7588322 LHK_01713 LHK_01714 rbsC rbsB TRUE 0.982 83.000 0.847 NA Y NA
 7588323 7588324 LHK_01715 LHK_01716   sodB1 FALSE 0.052 191.000 0.000 NA   NA
 7588324 7588325 LHK_01716 LHK_01717 sodB1   FALSE 0.084 152.000 0.000 NA   NA
 7588325 7588326 LHK_01717 LHK_01718     TRUE 0.595 -10.000 0.000 NA   NA
 7588327 7588328 LHK_01719 LHK_01720   kup FALSE 0.019 406.000 0.000 1.000   NA
 7588328 7588329 LHK_01720 LHK_01721 kup   FALSE 0.121 175.000 0.000 1.000 N NA
 7588329 7588330 LHK_01721 LHK_01722     TRUE 0.761 1.000 0.000 NA   NA
 7588330 7588331 LHK_01722 LHK_01723     FALSE 0.140 125.000 0.000 NA   NA
 7588331 7588332 LHK_01723 LHK_01724     TRUE 0.560 -13.000 0.000 NA   NA
 7588332 7588333 LHK_01724 LHK_01725   darR TRUE 0.959 -3.000 0.062 NA   NA
 7588334 7588335 LHK_01726 LHK_01727     FALSE 0.008 1029.000 0.000 NA   NA
 7588335 7588336 LHK_01727 LHK_01728     TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7588336 7588337 LHK_01728 LHK_01729     FALSE 0.205 97.000 0.000 NA   NA
 7588337 7588338 LHK_01729 LHK_01730     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588338 7588339 LHK_01730 LHK_01731     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588339 7588340 LHK_01731 LHK_01732     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588340 7588341 LHK_01732 LHK_01733     FALSE 0.011 486.000 0.000 NA   NA
 7588341 7588342 LHK_01733 LHK_01734     TRUE 0.965 -3.000 0.087 NA   NA
 7588344 7588345 LHK_01736 LHK_01737     FALSE 0.010 521.000 0.000 NA   NA
 7588345 7588346 LHK_01737 LHK_t38   trnL-3 FALSE 0.011 495.000 0.000 NA   NA
 7588347 7588348 LHK_01738 LHK_01740 dnaB   TRUE 0.904 17.000 0.010 1.000 N NA
 7588348 7588349 LHK_01740 LHK_01741     TRUE 0.896 -58.000 0.179 NA   NA
 7588349 7588350 LHK_01741 LHK_01742   pmbA FALSE 0.018 329.000 0.000 NA   NA
 7588350 7588351 LHK_01742 LHK_01743 pmbA   TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588351 7588352 LHK_01743 LHK_01744     FALSE 0.454 66.000 0.000 1.000 N NA
 7588352 7588353 LHK_01744 LHK_01745   pepD TRUE 0.525 49.000 0.000 1.000 N NA
 7588353 7588354 LHK_01745 LHK_t39 pepD trnT-2 FALSE 0.137 126.000 0.000 NA   NA
 7588355 7588356 LHK_01746 LHK_01747     FALSE 0.369 44.000 0.000 NA   NA
 7588358 7588359 LHK_01749 LHK_01750     TRUE 0.758 2.000 0.000 NA   NA
 7588359 7588360 LHK_01750 LHK_01751     FALSE 0.054 187.000 0.000 NA   NA
 7588360 7588361 LHK_01751 LHK_01752     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588361 7588362 LHK_01752 LHK_01753     TRUE 0.508 -18.000 0.000 NA   NA
 7588362 7588363 LHK_01753 LHK_01754     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588363 7588364 LHK_01754 LHK_01755     TRUE 0.758 2.000 0.000 NA   NA
 7588364 7588365 LHK_01755 LHK_01756     FALSE 0.387 42.000 0.000 NA   NA
 7588365 7588366 LHK_01756 LHK_01757     FALSE 0.049 194.000 0.000 NA   NA
 7588366 7588367 LHK_01757 LHK_01758     TRUE 0.988 -18.000 1.000 NA   NA
 7588367 7588368 LHK_01758 LHK_01759     TRUE 0.990 0.000 0.400 NA   NA
 7588368 7588369 LHK_01759 LHK_01760     TRUE 0.970 40.000 0.600 NA   NA
 7588369 7588370 LHK_01760 LHK_01761     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588370 7588371 LHK_01761 LHK_01762     FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 7588371 7588372 LHK_01762 LHK_01763     TRUE 0.560 -13.000 0.000 NA   NA
 7588372 7588373 LHK_01763 LHK_01764     FALSE 0.111 136.000 0.000 NA   NA
 7588373 7588374 LHK_01764 LHK_01765     TRUE 0.739 165.000 0.531 NA   NA
 7588374 7588375 LHK_01765 LHK_01766     TRUE 0.970 15.000 0.222 NA   NA
 7588375 7588376 LHK_01766 LHK_01767     TRUE 0.695 61.000 0.038 NA   NA
 7588376 7588377 LHK_01767 LHK_01768     TRUE 0.985 -13.000 0.635 NA   NA
 7588377 7588378 LHK_01768 LHK_01769     TRUE 0.975 -3.000 0.146 NA   NA
 7588378 7588379 LHK_01769 LHK_01771     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588379 7588380 LHK_01771 LHK_01770     TRUE 0.694 12.000 0.000 NA   NA
 7588380 7588381 LHK_01770 LHK_01772     TRUE 0.811 46.000 0.071 NA   NA
 7588381 7588382 LHK_01772 LHK_01773     TRUE 0.866 66.000 0.214 NA   NA
 7588382 7588383 LHK_01773 LHK_01774     TRUE 0.965 -34.000 0.500 NA   NA
 7588383 7588384 LHK_01774 LHK_01775     TRUE 0.983 -3.000 0.227 NA   NA
 7588384 7588385 LHK_01775 LHK_01776     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588385 7588386 LHK_01776 LHK_01777     FALSE 0.015 382.000 0.000 NA   NA
 7588386 7588387 LHK_01777 LHK_01778     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588387 7588388 LHK_01778 LHK_01779     FALSE 0.395 41.000 0.000 NA   NA
 7588388 7588389 LHK_01779 LHK_01780     FALSE 0.034 231.000 0.000 NA   NA
 7588389 7588390 LHK_01780 LHK_01781     TRUE 0.951 4.000 0.048 NA   NA
 7588390 7588391 LHK_01781 LHK_01782     FALSE 0.131 129.000 0.000 NA   NA
 7588391 7588392 LHK_01782 LHK_01783     FALSE 0.016 372.000 0.000 NA   NA
 7588392 7588393 LHK_01783 LHK_01784     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588393 7588394 LHK_01784 LHK_01785     TRUE 0.699 -7.000 0.000 1.000   NA
 7588396 7588397 LHK_01787 LHK_01788     FALSE 0.370 -64.000 0.000 NA   NA
 7588397 7588398 LHK_01788 LHK_01789     TRUE 0.732 7.000 0.000 NA   NA
 7588399 7588400 LHK_01790 LHK_01791   recB-2 TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588400 7588401 LHK_01791 LHK_01792 recB-2   TRUE 0.985 18.000 0.571 NA   NA
 7588401 7588402 LHK_01792 LHK_01793     TRUE 0.971 6.000 0.143 NA   NA
 7588402 7588403 LHK_01793 LHK_01794     TRUE 0.680 13.000 0.000 NA   NA
 7588403 7588404 LHK_01794 LHK_01795     TRUE 0.586 19.000 0.000 NA   NA
 7588404 7588405 LHK_01795 LHK_01796     FALSE 0.318 52.000 0.000 NA   NA
 7588405 7588406 LHK_01796 LHK_01797     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588406 7588407 LHK_01797 LHK_01798   recF TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588410 7588411 LHK_01801 LHK_01802     FALSE 0.343 48.000 0.000 NA   NA
 7588411 7588412 LHK_01802 LHK_01803   nrdA FALSE 0.223 88.000 0.000 NA   NA
 7588412 7588413 LHK_01803 LHK_01804 nrdA   FALSE 0.170 113.000 0.000 NA   NA
 7588414 7588415 LHK_01805 LHK_01806     FALSE 0.176 112.000 0.000 NA   NA
 7588419 7588420 LHK_01810 LHK_01811     FALSE 0.223 88.000 0.000 NA   NA
 7588420 7588421 LHK_01811 LHK_01812     FALSE 0.418 76.000 0.000 1.000 N NA
 7588421 7588422 LHK_01812 LHK_01813   qseC-2 TRUE 0.957 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 7588423 7588424 LHK_01814 LHK_01815   lrgA TRUE 0.993 -3.000 0.500 1.000   NA
 7588425 7588426 LHK_01816 LHK_01817     TRUE 0.801 -19.000 0.014 NA   NA
 7588427 7588428 LHK_01818 LHK_01819 map1   FALSE 0.366 95.000 0.000 1.000 N NA
 7588430 7588431 LHK_01821 LHK_01822 trmU   TRUE 0.909 -3.000 0.005 NA   NA
 7588431 7588432 LHK_01822 LHK_01823     TRUE 0.770 -28.000 0.015 NA   NA
 7588432 7588433 LHK_01823 LHK_01824     FALSE 0.275 65.000 0.000 NA   NA
 7588433 7588434 LHK_01824 LHK_01825     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588435 7588436 LHK_01826 LHK_01827     TRUE 0.957 -3.000 0.057 NA   NA
 7588436 7588437 LHK_01827 LHK_01828   lolC TRUE 0.712 10.000 0.000 NA   NA
 7588437 7588438 LHK_01828 LHK_01829 lolC lolD TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA N NA
 7588438 7588439 LHK_01829 LHK_01830 lolD aefA TRUE 0.619 81.000 0.005 0.098   NA
 7588439 7588440 LHK_01830 LHK_01831 aefA   TRUE 0.946 -3.000 0.020 1.000   NA
 7588440 7588441 LHK_01831 LHK_01832   ntpA-1 TRUE 0.953 1.000 0.012 1.000 N NA
 7588441 7588442 LHK_01832 LHK_01833 ntpA-1   TRUE 0.854 18.000 0.000 0.012 N NA
 7588444 7588445 LHK_01835 LHK_01836   gyrA FALSE 0.085 210.000 0.000 1.000 N NA
 7588445 7588446 LHK_01836 LHK_01837 gyrA   TRUE 0.747 35.000 0.002 NA N NA
 7588446 7588447 LHK_01837 LHK_01838     TRUE 0.998 -3.000 0.845 NA Y NA
 7588447 7588448 LHK_01838 LHK_01839   serC TRUE 0.680 49.000 0.004 NA N NA
 7588448 7588449 LHK_01839 LHK_01840 serC pheA TRUE 0.973 28.000 0.121 1.000 Y NA
 7588449 7588450 LHK_01840 LHK_01841 pheA   FALSE 0.490 73.000 0.003 NA   NA
 7588450 7588451 LHK_01841 LHK_01842   his8-2 FALSE 0.232 83.000 0.000 NA   NA
 7588452 7588453 LHK_01843 LHK_01844 trpE gph TRUE 0.724 136.000 0.233 1.000   NA
 7588453 7588454 LHK_01844 LHK_01845 gph maoC FALSE 0.460 71.000 0.000 0.043   NA
 7588454 7588455 LHK_01845 LHK_01846 maoC nagZ FALSE 0.423 74.000 0.000 1.000 N NA
 7588455 7588456 LHK_01846 LHK_01847 nagZ   FALSE 0.225 87.000 0.000 NA   NA
 7588456 7588457 LHK_01847 LHK_01848     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588457 7588458 LHK_01848 LHK_01849   elaB TRUE 0.928 4.000 0.016 NA   NA
 7588458 7588459 LHK_01849 LHK_01850 elaB sye FALSE 0.061 172.000 0.000 NA   NA
 7588459 7588460 LHK_01850 LHK_01851 sye   FALSE 0.022 287.000 0.000 NA   NA
 7588462 7588463 LHK_01853 LHK_01854 fabI   FALSE 0.260 70.000 0.000 NA   NA
 7588463 7588464 LHK_01854 LHK_01855     TRUE 0.634 -171.000 0.011 NA   NA
 7588464 7588465 LHK_01855 LHK_01856   dapF TRUE 0.978 -3.000 0.175 NA   NA
 7588467 7588468 LHK_01858 LHK_01859     FALSE 0.137 126.000 0.000 NA   NA
 7588468 7588469 LHK_01859 LHK_01860     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588470 7588471 LHK_01861 LHK_01862 putA   TRUE 0.609 178.000 0.222 1.000 N NA
 7588472 7588473 LHK_01863 LHK_01864     TRUE 0.536 25.000 0.000 NA   NA
 7588474 7588475 LHK_01865 LHK_01866     FALSE 0.008 719.000 0.000 NA   NA
 7588476 7588477 LHK_01867 LHK_01868     FALSE 0.060 174.000 0.000 NA   NA
 7588477 7588478 LHK_01868 LHK_01869     FALSE 0.320 -151.000 0.000 NA   NA
 7588480 7588481 LHK_01871 LHK_01872   mtgA FALSE 0.046 199.000 0.000 NA   NA
 7588481 7588482 LHK_01872 LHK_01873 mtgA aroE TRUE 0.787 76.000 0.107 1.000   NA
 7588482 7588483 LHK_01873 LHK_01874 aroE   TRUE 0.817 33.000 0.011 NA N NA
 7588484 7588485 LHK_01875 LHK_01876   glnA FALSE 0.242 78.000 0.000 NA   NA
 7588486 7588487 LHK_01877 LHK_01878 groEL1-2 groES-2 TRUE 0.986 57.000 0.538 0.087 Y NA
 7588487 7588488 LHK_01878 LHK_01879 groES-2   FALSE 0.015 377.000 0.000 NA   NA
 7588488 7588489 LHK_01879 LHK_01880     FALSE 0.487 30.000 0.000 NA   NA
 7588491 7588492 LHK_01882 LHK_01883     FALSE 0.159 118.000 0.000 NA   NA
 7588492 7588493 LHK_01883 LHK_01884     FALSE 0.073 159.000 0.000 NA   NA
 7588495 7588496 LHK_01886 LHK_01887 gdhA-1 gdhA-2 FALSE 0.127 302.000 0.000 1.000 Y NA
 7588498 7588499 LHK_01889 LHK_01890     FALSE 0.212 92.000 0.000 NA   NA
 7588499 7588500 LHK_01890 LHK_01891     FALSE 0.049 195.000 0.000 NA   NA
 7588502 7588503 LHK_01893 LHK_01894 hemK1   TRUE 0.945 -3.000 0.006 1.000 N NA
 7588503 7588504 LHK_01894 LHK_01895     FALSE 0.158 256.000 0.000 1.000 Y NA
 7588504 7588505 LHK_01895 LHK_01896     FALSE 0.292 58.000 0.000 NA   NA
 7588507 7588508 LHK_01898 LHK_01899     FALSE 0.032 237.000 0.000 NA   NA
 7588508 7588509 LHK_01899 LHK_01900     FALSE 0.073 159.000 0.000 NA   NA
 7588509 7588510 LHK_01900 LHK_01901     FALSE 0.070 161.000 0.000 NA   NA
 7588510 7588511 LHK_01901 LHK_01902     TRUE 0.991 -3.000 0.400 1.000   NA
 7588511 7588512 LHK_01902 LHK_01903     FALSE 0.356 46.000 0.000 NA   NA
 7588513 7588514 LHK_01904 LHK_01905   ntrB FALSE 0.100 142.000 0.000 NA   NA
 7588514 7588515 LHK_01905 LHK_01906 ntrB glnG TRUE 0.998 -3.000 0.587 0.087 Y NA
 7588516 7588517 LHK_01907 LHK_01908 radC   FALSE 0.343 48.000 0.000 NA   NA
 7588518 7588519 LHK_01909 LHK_01910 dfp dut TRUE 0.932 43.000 0.201 1.000 N NA
 7588520 7588521 LHK_01911 LHK_01912 livF-2 livG TRUE 0.991 -3.000 0.061 0.015 Y NA
 7588521 7588522 LHK_01912 LHK_01913 livG livM TRUE 0.987 4.000 0.061 1.000 Y NA
 7588522 7588523 LHK_01913 LHK_01914 livM livH TRUE 0.994 17.000 0.333 0.033 Y NA
 7588523 7588524 LHK_01914 LHK_01915 livH   FALSE 0.014 394.000 0.000 NA   NA
 7588524 7588525 LHK_01915 LHK_01916   astA FALSE 0.329 -118.000 0.000 NA   NA
 7588525 7588526 LHK_01916 LHK_01917 astA aruF TRUE 0.994 -3.000 0.111 0.001 Y NA
 7588526 7588527 LHK_01917 LHK_01918 aruF argD TRUE 0.978 21.000 0.111 1.000 Y NA
 7588527 7588528 LHK_01918 LHK_01919 argD   FALSE 0.148 159.000 0.000 1.000 N NA
 7588528 7588529 LHK_01919 LHK_01920     TRUE 0.988 -3.000 0.062 1.000 Y NA
 7588529 7588530 LHK_01920 LHK_01921     FALSE 0.349 62.000 0.000 1.000   NA
 7588530 7588531 LHK_01921 LHK_01922     FALSE 0.467 32.000 0.000 NA   NA
 7588533 7588534 LHK_01924 LHK_01925 pnp rpsO TRUE 0.755 220.000 0.335 1.000 Y NA
 7588534 7588535 LHK_01925 LHK_01926 rpsO truB TRUE 0.937 89.000 0.211 1.000 Y NA
 7588535 7588536 LHK_01926 LHK_01927 truB rbfA TRUE 0.995 10.000 0.318 1.000 Y NA
 7588536 7588537 LHK_01927 LHK_01928 rbfA infB TRUE 0.979 64.000 0.530 1.000 Y NA
 7588537 7588538 LHK_01928 LHK_01929 infB nusA TRUE 0.959 42.000 0.342 1.000 N NA
 7588538 7588539 LHK_01929 LHK_01930 nusA   TRUE 0.952 72.000 0.759 NA   NA
 7588540 7588541 LHK_01931 LHK_01932 fadD2 arsC1 FALSE 0.140 162.000 0.000 1.000 N NA
 7588541 7588542 LHK_01932 LHK_01933 arsC1   TRUE 0.990 -3.000 0.292 1.000 N NA
 7588542 7588543 LHK_01933 LHK_01934     TRUE 0.754 39.000 0.005 NA N NA
 7588543 7588544 LHK_01934 LHK_01935     FALSE 0.170 139.000 0.000 NA N NA
 7588545 7588546 LHK_01936 LHK_01937     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588546 7588547 LHK_01937 LHK_01938     FALSE 0.309 54.000 0.000 NA   NA
 7588548 7588549 LHK_01939 LHK_01940 ntpA   TRUE 0.987 2.000 0.218 1.000 N NA
 7588549 7588550 LHK_01940 LHK_01941     TRUE 0.924 2.000 0.002 NA N NA
 7588550 7588551 LHK_01941 LHK_01942     FALSE 0.282 110.000 0.000 NA N NA
 7588552 7588553 LHK_01943 LHK_01944     FALSE 0.007 1804.000 0.000 NA   NA
 7588553 7588554 LHK_01944 LHK_01945     FALSE 0.078 156.000 0.000 NA   NA
 7588557 7588558 LHK_01947 LHK_01948     TRUE 0.648 15.000 0.000 NA   NA
 7588558 7588559 LHK_01948 LHK_01950     TRUE 0.995 3.000 0.805 NA   NA
 7588559 7588560 LHK_01950 LHK_01951     TRUE 0.989 -3.000 0.365 NA   NA
 7588560 7588561 LHK_01951 LHK_01952     TRUE 0.989 -3.000 0.383 NA   NA
 7588561 7588562 LHK_01952 LHK_01953     TRUE 0.641 34.000 0.000 1.000 N NA
 7588562 7588563 LHK_01953 LHK_01954     FALSE 0.082 153.000 0.000 NA   NA
 7588563 7588564 LHK_01954 LHK_01955     TRUE 0.969 -3.000 0.103 NA   NA
 7588564 7588565 LHK_01955 LHK_01956     TRUE 0.994 0.000 0.605 NA   NA
 7588565 7588566 LHK_01956 LHK_01957     TRUE 0.953 -9.000 0.093 1.000 N NA
 7588566 7588567 LHK_01957 LHK_01958   cysA FALSE 0.487 103.000 0.000 0.015 N NA
 7588567 7588568 LHK_01958 LHK_01959 cysA pyrD TRUE 0.682 29.000 0.000 1.000 N NA
 7588568 7588569 LHK_01959 LHK_01960 pyrD   TRUE 0.558 80.000 0.003 NA N NA
 7588571 7588572 LHK_01962 LHK_01963     FALSE 0.140 125.000 0.000 NA   NA
 7588572 7588573 LHK_01963 LHK_01964     FALSE 0.071 188.000 0.000 1.000   NA
 7588574 7588575 LHK_01965 LHK_01966     FALSE 0.403 40.000 0.000 NA   NA
 7588575 7588576 LHK_01966 LHK_01967     TRUE 0.992 15.000 0.848 NA   NA
 7588577 7588578 LHK_01968 LHK_01969     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588578 7588579 LHK_01969 LHK_01970     FALSE 0.187 109.000 0.000 NA   NA
 7588580 7588581 LHK_01971 LHK_01972     FALSE 0.094 201.000 0.000 1.000 N NA
 7588581 7588582 LHK_01972 LHK_01973     FALSE 0.285 87.000 0.000 1.000   NA
 7588582 7588583 LHK_01973 LHK_01974     FALSE 0.443 -28.000 0.000 NA   NA
 7588584 7588585 LHK_01975 LHK_01976     FALSE 0.062 169.000 0.000 NA   NA
 7588586 7588587 LHK_01977 LHK_01978     TRUE 0.727 8.000 0.000 NA   NA
 7588588 7588589 LHK_01979 LHK_01980     TRUE 0.987 6.000 0.091 NA Y NA
 7588589 7588590 LHK_01980 LHK_01981     FALSE 0.081 154.000 0.000 NA   NA
 7588590 7588591 LHK_01981 LHK_01982     FALSE 0.282 61.000 0.000 NA   NA
 7588591 7588592 LHK_01982 LHK_01983     TRUE 0.935 74.000 0.562 NA   NA
 7588592 7588593 LHK_01983 LHK_01984     TRUE 0.995 -3.000 0.771 1.000   NA
 7588593 7588594 LHK_01984 LHK_t40   trnT-3 FALSE 0.038 216.000 0.000 NA   NA
 7588595 7588596 LHK_01985 LHK_01986     TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7588596 7588597 LHK_01986 LHK_01987     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588597 7588598 LHK_01987 LHK_01988     TRUE 0.988 -3.000 0.333 NA   NA
 7588598 7588599 LHK_01988 LHK_01989     FALSE 0.067 164.000 0.000 NA   NA
 7588601 7588602 LHK_01991 LHK_01992     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588602 7588603 LHK_01992 LHK_01993     FALSE 0.009 707.000 0.000 NA   NA
 7588604 7588605 LHK_01994 LHK_01995     FALSE 0.012 467.000 0.000 NA   NA
 7588605 7588606 LHK_01995 LHK_01996     FALSE 0.008 718.000 0.000 NA   NA
 7588607 7588608 LHK_01997 LHK_01998     FALSE 0.356 46.000 0.000 NA   NA
 7588608 7588609 LHK_01998 LHK_01999     FALSE 0.170 113.000 0.000 NA   NA
 7588611 7588612 LHK_02001 LHK_02002     TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7588612 7588613 LHK_02002 LHK_02003     TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7588613 7588614 LHK_02003 LHK_02004     FALSE 0.120 133.000 0.000 NA   NA
 7588614 7588615 LHK_02004 LHK_02005     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588615 7588616 LHK_02005 LHK_02006     FALSE 0.021 301.000 0.000 NA   NA
 7588616 7588617 LHK_02006 LHK_02007     FALSE 0.309 54.000 0.000 NA   NA
 7588617 7588618 LHK_02007 LHK_02008     FALSE 0.287 59.000 0.000 NA   NA
 7588618 7588619 LHK_02008 LHK_02009     FALSE 0.016 361.000 0.000 NA   NA
 7588619 7588620 LHK_02009 LHK_02010   hsdM-2 FALSE 0.199 102.000 0.000 NA   NA
 7588620 7588621 LHK_02010 LHK_02011 hsdM-2   FALSE 0.037 222.000 0.000 NA   NA
 7588621 7588622 LHK_02011 LHK_02012     FALSE 0.008 777.000 0.000 NA   NA
 7588622 7588623 LHK_02012 LHK_02013     FALSE 0.008 1067.000 0.000 NA   NA
 7588623 7588624 LHK_02013 LHK_02014     FALSE 0.266 94.000 0.000 1.000   NA
 7588626 7588627 LHK_02016 LHK_02017   pdxH FALSE 0.369 44.000 0.000 NA   NA
 7588627 7588628 LHK_02017 LHK_02018 pdxH kefB TRUE 0.879 0.000 0.000 1.000 N NA
 7588629 7588630 LHK_02019 LHK_02020     TRUE 0.652 -76.000 0.000 0.001   NA
 7588630 7588631 LHK_02020 LHK_02021     TRUE 0.993 8.000 0.598 1.000   NA
 7588631 7588632 LHK_02021 LHK_02022     TRUE 0.993 7.000 0.617 NA   NA
 7588632 7588633 LHK_02022 LHK_02023     TRUE 0.977 -13.000 0.459 NA   NA
 7588633 7588634 LHK_02023 LHK_02024     TRUE 0.993 -3.000 0.543 NA   NA
 7588634 7588635 LHK_02024 LHK_02025   rpoN TRUE 0.961 8.000 0.075 1.000   NA
 7588635 7588636 LHK_02025 LHK_02026 rpoN   TRUE 0.946 80.000 0.574 NA N NA
 7588636 7588637 LHK_02026 LHK_02027     TRUE 0.792 135.000 0.309 NA N NA
 7588637 7588638 LHK_02027 LHK_02028     TRUE 0.984 -12.000 0.177 1.000 Y NA
 7588638 7588639 LHK_02028 LHK_02029     TRUE 0.936 -19.000 0.194 NA   NA
 7588639 7588640 LHK_02029 LHK_02030     TRUE 0.920 6.000 0.013 NA   NA
 7588640 7588641 LHK_02030 LHK_02031     TRUE 0.884 -34.000 0.118 NA   NA
 7588641 7588642 LHK_02031 LHK_02032     TRUE 0.861 -16.000 0.033 NA   NA
 7588642 7588643 LHK_02032 LHK_02033     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA N NA
 7588644 7588645 LHK_02034 LHK_02036     TRUE 0.940 -3.000 0.003 1.000 N NA
 7588646 7588647 LHK_02035 LHK_02037     FALSE 0.017 354.000 0.000 NA   NA
 7588648 7588649 LHK_02038 LHK_02039   radA FALSE 0.136 127.000 0.000 NA   NA
 7588649 7588650 LHK_02039 LHK_02040 radA   TRUE 0.898 0.000 0.002 NA   NA
 7588650 7588651 LHK_02040 LHK_02041     TRUE 0.777 27.000 0.006 NA   NA
 7588651 7588652 LHK_02041 LHK_02042     TRUE 0.963 -3.000 0.019 0.024   NA
 7588652 7588653 LHK_02042 LHK_02043     TRUE 0.802 -39.000 0.028 1.000   NA
 7588653 7588654 LHK_02043 LHK_02044     TRUE 0.947 42.000 0.020 0.001 Y NA
 7588655 7588656 LHK_t41 LHK_t42 trnA-4 trnE-4 FALSE 0.403 40.000 0.000 NA   NA
 7588656 7588657 LHK_t42 LHK_02045 trnE-4   FALSE 0.039 214.000 0.000 NA   NA
 7588657 7588658 LHK_02045 LHK_02046   draG2 FALSE 0.058 178.000 0.000 NA   NA
 7588660 7588661 LHK_02048 LHK_02049     TRUE 0.997 -3.000 0.469 1.000 Y NA
 7588661 7588662 LHK_02049 LHK_02050     TRUE 0.988 53.000 0.867 NA Y NA
 7588663 7588664 LHK_02051 LHK_02052     TRUE 0.992 -7.000 0.647 1.000 N NA
 7588664 7588665 LHK_02052 LHK_02053     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588665 7588666 LHK_02053 LHK_02054     FALSE 0.410 -37.000 0.000 NA   NA
 7588667 7588668 LHK_02055 LHK_02056     TRUE 0.972 52.000 0.316 1.000 Y NA
 7588668 7588669 LHK_02056 LHK_02057     FALSE 0.152 1173.000 0.158 0.001   NA
 7588669 7588670 LHK_02057 LHK_02058     TRUE 0.938 4.000 0.016 1.000   NA
 7588670 7588671 LHK_02058 LHK_02059     TRUE 0.972 0.000 0.024 0.041 N NA
 7588672 7588673 LHK_02060 LHK_02061     TRUE 0.877 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7588675 7588676 LHK_02063 LHK_02064 ykgJ   TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588680 7588681 LHK_02068 LHK_02069 dxr cdsA TRUE 0.974 55.000 0.372 1.000 Y NA
 7588681 7588682 LHK_02069 LHK_02070 cdsA uppS TRUE 0.996 5.000 0.400 1.000 Y NA
 7588682 7588683 LHK_02070 LHK_02071 uppS frr TRUE 0.993 2.000 0.409 1.000 N NA
 7588683 7588684 LHK_02071 LHK_02072 frr pyrH TRUE 0.739 92.000 0.058 1.000 N NA
 7588684 7588685 LHK_02072 LHK_02073 pyrH tsf TRUE 0.605 127.000 0.047 1.000 N NA
 7588685 7588686 LHK_02073 LHK_02074 tsf rpsB TRUE 0.964 128.000 0.748 1.000 Y NA
 7588686 7588687 LHK_02074 LHK_02075 rpsB   FALSE 0.117 134.000 0.000 NA   NA
 7588687 7588688 LHK_02075 LHK_02076   narL TRUE 0.649 -6.000 0.000 NA   NA
 7588688 7588689 LHK_02076 LHK_02078 narL narX TRUE 0.999 -3.000 0.686 0.017 Y NA
 7588690 7588691 LHK_02077 LHK_02079     FALSE 0.152 121.000 0.000 NA   NA
 7588691 7588692 LHK_02079 LHK_02080   napD TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588692 7588693 LHK_02080 LHK_02081 napD napA TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA N NA
 7588693 7588694 LHK_02081 LHK_02082 napA napG TRUE 0.972 17.000 0.243 1.000   NA
 7588694 7588695 LHK_02082 LHK_02083 napG napH TRUE 0.997 -3.000 0.795 0.045   NA
 7588695 7588696 LHK_02083 LHK_02084 napH   TRUE 0.995 -3.000 0.316 NA Y NA
 7588696 7588697 LHK_02084 LHK_02085   napC2 TRUE 0.992 24.000 0.490 NA Y NA
 7588697 7588698 LHK_02085 LHK_02086 napC2   FALSE 0.415 154.000 0.043 NA N NA
 7588698 7588699 LHK_02086 LHK_02087     TRUE 0.998 -3.000 0.503 0.002 Y NA
 7588699 7588700 LHK_02087 LHK_02088   ccmC TRUE 0.998 11.000 0.501 0.001 Y NA
 7588700 7588701 LHK_02088 LHK_02089 ccmC   TRUE 0.994 -3.000 0.501 1.000 N NA
 7588701 7588702 LHK_02089 LHK_02090     TRUE 0.977 -16.000 0.344 1.000 N NA
 7588702 7588703 LHK_02090 LHK_02091     TRUE 0.989 0.000 0.018 0.002 Y NA
 7588703 7588704 LHK_02091 LHK_02092     TRUE 0.974 -3.000 0.000 0.002 Y NA
 7588704 7588705 LHK_02092 LHK_02093     TRUE 0.951 -3.000 0.000 NA Y NA
 7588705 7588706 LHK_02093 LHK_02094     TRUE 0.951 -3.000 0.000 NA Y NA
 7588707 7588708 LHK_02095 LHK_02096     FALSE 0.026 256.000 0.000 NA   NA
 7588710 7588711 LHK_02098 LHK_02099     FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 7588713 7588714 LHK_02101 LHK_02102     TRUE 0.960 -3.000 0.065 NA   NA
 7588714 7588715 LHK_02102 LHK_02103     TRUE 0.930 31.000 0.158 1.000   NA
 7588715 7588716 LHK_02103 LHK_02104     TRUE 0.939 17.000 0.104 NA   NA
 7588716 7588717 LHK_02104 LHK_02105     TRUE 0.954 30.000 0.281 NA   NA
 7588717 7588718 LHK_02105 LHK_02106     TRUE 0.522 70.000 0.005 NA   NA
 7588718 7588719 LHK_02106 LHK_02107     TRUE 0.583 -177.000 0.005 NA   NA
 7588719 7588720 LHK_02107 LHK_02108   aspG1 FALSE 0.175 128.000 0.000 1.000   NA
 7588720 7588721 LHK_02108 LHK_02109 aspG1   TRUE 0.525