MicrobesOnline Operon Predictions for Laribacter hongkongensis HLHK9

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 7586583 7586584 LHK_00001 LHK_00002 nadB   FALSE 0.200 101.000 0.000 NA   NA
 7586584 7586585 LHK_00002 LHK_00003     TRUE 0.727 8.000 0.000 NA   NA
 7586586 7586587 LHK_00004 LHK_00005 hslV hslU TRUE 0.697 75.000 0.000 1.000 Y NA
 7586587 7586588 LHK_00005 LHK_00006 hslU   FALSE 0.009 567.000 0.000 NA   NA
 7586591 7586592 LHK_00009 LHK_00010 pyrI pyrB TRUE 0.991 20.000 0.197 0.001 Y NA
 7586593 7586594 LHK_00011 LHK_00012 pcm2   TRUE 0.985 0.000 0.200 NA N NA
 7586594 7586595 LHK_00012 LHK_00013   ung FALSE 0.498 123.000 0.016 NA N NA
 7586595 7586596 LHK_00013 LHK_00014 ung rfaC FALSE 0.020 611.000 0.000 1.000 N NA
 7586596 7586597 LHK_00014 LHK_00015 rfaC   TRUE 0.984 -3.000 0.028 1.000 Y NA
 7586602 7586603 LHK_00020 LHK_00021   dcdA TRUE 0.666 -22.000 0.000 1.000 N NA
 7586603 7586604 LHK_00021 LHK_00022 dcdA   TRUE 0.962 -3.000 0.071 NA   NA
 7586605 7586606 LHK_00023 LHK_00024     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586606 7586607 LHK_00024 LHK_00025   ksgA FALSE 0.458 33.000 0.000 NA   NA
 7586607 7586608 LHK_00025 LHK_00026 ksgA   FALSE 0.356 136.000 0.002 1.000 N NA
 7586608 7586609 LHK_00026 LHK_00027   gltI FALSE 0.436 142.000 0.000 1.000 Y NA
 7586609 7586610 LHK_00027 LHK_00028 gltI gltJ TRUE 0.922 95.000 0.111 0.045 Y NA
 7586610 7586611 LHK_00028 LHK_00029 gltJ   TRUE 0.999 0.000 0.897 0.014 Y NA
 7586611 7586612 LHK_00029 LHK_00030   gltL TRUE 0.940 12.000 0.000 1.000 Y NA
 7586612 7586613 LHK_00030 LHK_00031 gltL   FALSE 0.240 79.000 0.000 NA   NA
 7586615 7586616 LHK_00033 LHK_00034   proC TRUE 0.970 25.000 0.357 NA   NA
 7586616 7586617 LHK_00034 LHK_00035 proC   TRUE 0.943 6.000 0.039 NA   NA
 7586617 7586618 LHK_00035 LHK_00036     FALSE 0.088 149.000 0.000 NA   NA
 7586618 7586619 LHK_00036 LHK_00037   dksA FALSE 0.056 256.000 0.000 1.000 N NA
 7586619 7586620 LHK_00037 LHK_00038 dksA aroG FALSE 0.382 145.000 0.010 1.000 N NA
 7586621 7586622 LHK_00039 LHK_00040     FALSE 0.262 381.000 0.013 0.005 Y NA
 7586622 7586623 LHK_00040 LHK_00041     TRUE 0.998 6.000 0.501 0.005 Y NA
 7586623 7586624 LHK_00041 LHK_00042     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7586624 7586625 LHK_00042 LHK_00043   agaY FALSE 0.159 118.000 0.000 NA   NA
 7586625 7586626 LHK_00043 LHK_00044 agaY   TRUE 0.742 62.000 0.021 1.000 N NA
 7586626 7586627 LHK_00044 LHK_00045   pgk FALSE 0.336 109.000 0.000 1.000 N NA
 7586627 7586628 LHK_00045 LHK_00046 pgk   TRUE 0.892 76.000 0.017 0.004 Y NA
 7586628 7586629 LHK_00046 LHK_00047   tktA TRUE 0.889 80.000 0.066 1.000 Y NA
 7586632 7586633 LHK_00050 LHK_00051     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586633 7586634 LHK_00051 LHK_00052     FALSE 0.255 72.000 0.000 NA   NA
 7586634 7586635 LHK_00052 LHK_00053   tolQ TRUE 0.673 53.000 0.006 NA N NA
 7586636 7586637 LHK_00054 LHK_00055   potF1 FALSE 0.282 121.000 0.000 1.000 N NA
 7586637 7586638 LHK_00055 LHK_00056 potF1 proB FALSE 0.125 304.000 0.000 1.000 Y NA
 7586638 7586639 LHK_00056 LHK_00057 proB moeB FALSE 0.331 110.000 0.000 1.000 N NA
 7586639 7586640 LHK_00057 LHK_00058 moeB   TRUE 0.727 54.000 0.010 1.000 N NA
 7586640 7586641 LHK_00058 LHK_00059   atoS TRUE 0.977 -21.000 0.171 1.000 Y NA
 7586641 7586642 LHK_00059 LHK_00060 atoS   TRUE 0.995 -3.000 0.810 NA   NA
 7586642 7586643 LHK_00060 LHK_00061     TRUE 0.818 -106.000 0.094 NA   NA
 7586643 7586644 LHK_00061 LHK_00062   htpX2 TRUE 0.798 75.000 0.075 1.000 N NA
 7586644 7586645 LHK_00062 LHK_00063 htpX2   FALSE 0.290 119.000 0.000 1.000 N NA
 7586645 7586646 LHK_00063 LHK_00064     TRUE 0.974 -12.000 0.028 0.018 Y NA
 7586646 7586647 LHK_00064 LHK_00065   uvrD TRUE 0.936 8.000 0.007 1.000 N NA
 7586648 7586649 LHK_00066 LHK_00067   rsuA FALSE 0.410 79.000 0.000 1.000 N NA
 7586650 7586651 LHK_00068 LHK_00069   hemY FALSE 0.053 213.000 0.000 1.000   NA
 7586651 7586652 LHK_00069 LHK_00070 hemY hemX TRUE 0.998 -3.000 0.765 1.000 Y NA
 7586652 7586653 LHK_00070 LHK_00071 hemX hemD TRUE 0.996 -7.000 0.600 1.000 Y NA
 7586653 7586654 LHK_00071 LHK_00072 hemD   TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7586654 7586655 LHK_00072 LHK_00073     FALSE 0.021 299.000 0.000 NA   NA
 7586655 7586656 LHK_00073 LHK_00074     FALSE 0.236 81.000 0.000 NA   NA
 7586656 7586657 LHK_00074 LHK_00075     FALSE 0.159 118.000 0.000 NA   NA
 7586658 7586659 LHK_00076 LHK_00077   cafA TRUE 0.992 2.000 0.417 NA N NA
 7586659 7586660 LHK_00077 LHK_00078 cafA   TRUE 0.970 -3.000 0.000 0.026 Y NA
 7586660 7586661 LHK_00078 LHK_00079     FALSE 0.011 500.000 0.000 NA   NA
 7586661 7586662 LHK_00079 LHK_00080     FALSE 0.206 96.000 0.000 NA   NA
 7586663 7586664 LHK_00081 LHK_00082     FALSE 0.311 96.000 0.000 NA N NA
 7586664 7586665 LHK_00082 LHK_00084     TRUE 0.996 -3.000 0.727 NA N NA
 7586666 7586667 LHK_00083 LHK_00085     FALSE 0.232 83.000 0.000 NA   NA
 7586667 7586668 LHK_00085 LHK_00086   ruvB FALSE 0.202 100.000 0.000 NA   NA
 7586669 7586670 LHK_00087 LHK_00088     FALSE 0.387 42.000 0.000 NA   NA
 7586674 7586675 LHK_00092 LHK_00094     FALSE 0.401 -40.000 0.000 NA   NA
 7586677 7586678 LHK_00095 LHK_00096     FALSE 0.297 57.000 0.000 NA   NA
 7586678 7586679 LHK_00096 LHK_00098     FALSE 0.458 33.000 0.000 NA   NA
 7586679 7586680 LHK_00098 LHK_00097   bioB TRUE 0.986 3.000 0.168 0.003   NA
 7586681 7586682 LHK_00099 LHK_00100 comF   TRUE 0.551 107.000 0.017 1.000   NA
 7586682 7586683 LHK_00100 LHK_00101   rlpA FALSE 0.127 157.000 0.000 NA N NA
 7586684 7586685 LHK_00102 LHK_00103   cysE TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586685 7586686 LHK_00103 LHK_00104 cysE   FALSE 0.259 126.000 0.000 1.000 N NA
 7586687 7586688 LHK_00105 LHK_00106     FALSE 0.277 64.000 0.000 NA   NA
 7586688 7586689 LHK_00106 LHK_00107   metH FALSE 0.190 108.000 0.000 NA   NA
 7586689 7586690 LHK_00107 LHK_00108 metH   TRUE 0.877 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7586692 7586693 LHK_00110 LHK_00111     FALSE 0.049 195.000 0.000 NA   NA
 7586695 7586696 LHK_00113 LHK_00114     FALSE 0.012 441.000 0.000 NA   NA
 7586697 7586698 LHK_00115 LHK_00116     FALSE 0.350 61.000 0.000 1.000   NA
 7586698 7586699 LHK_00116 LHK_00117   holA FALSE 0.285 87.000 0.000 1.000   NA
 7586699 7586700 LHK_00117 LHK_00118 holA rlpB TRUE 0.982 7.000 0.199 NA N NA
 7586700 7586701 LHK_00118 LHK_00119 rlpB syl TRUE 0.899 50.000 0.182 NA N NA
 7586701 7586702 LHK_00119 LHK_00120 syl   FALSE 0.234 82.000 0.000 NA   NA
 7586704 7586705 LHK_00122 LHK_00123     TRUE 0.871 50.000 0.100 1.000 N NA
 7586705 7586706 LHK_00123 LHK_00124   ampD FALSE 0.311 113.000 0.000 1.000 N NA
 7586708 7586709 LHK_00126 LHK_00127     FALSE 0.351 -85.000 0.000 NA   NA
 7586709 7586710 LHK_00127 LHK_00128   leu1 FALSE 0.044 302.000 0.000 1.000 N NA
 7586710 7586711 LHK_00128 LHK_00129 leu1   FALSE 0.231 133.000 0.000 1.000 N NA
 7586713 7586714 LHK_00131 LHK_00132 lpdA1 aceF TRUE 0.996 10.000 0.463 1.000 Y NA
 7586714 7586715 LHK_00132 LHK_00133 aceF aceE TRUE 0.886 60.000 0.031 1.000 Y NA
 7586719 7586720 LHK_00137 LHK_00138     FALSE 0.092 146.000 0.000 NA   NA
 7586720 7586721 LHK_00138 LHK_00139     TRUE 0.606 -9.000 0.000 NA   NA
 7586721 7586722 LHK_00139 LHK_00140     TRUE 0.957 -3.000 0.057 NA   NA
 7586722 7586723 LHK_00140 LHK_00141     TRUE 0.988 0.000 0.259 NA N NA
 7586723 7586724 LHK_00141 LHK_00142     FALSE 0.437 70.000 0.000 1.000 N NA
 7586725 7586726 LHK_00143 LHK_00144     FALSE 0.369 151.000 0.044 NA   NA
 7586726 7586727 LHK_00144 LHK_00145     TRUE 0.983 10.000 0.307 NA   NA
 7586727 7586728 LHK_00145 LHK_00146     FALSE 0.244 77.000 0.000 NA   NA
 7586728 7586729 LHK_00146 LHK_00147     TRUE 0.568 -60.000 0.000 1.000 N NA
 7586730 7586731 LHK_00148 LHK_00149     FALSE 0.194 106.000 0.000 NA   NA
 7586731 7586732 LHK_00149 LHK_00150     FALSE 0.355 59.000 0.000 1.000   NA
 7586733 7586734 LHK_00151 LHK_00152     FALSE 0.034 231.000 0.000 NA   NA
 7586735 7586736 LHK_00153 LHK_00154     TRUE 0.949 35.000 0.310 NA   NA
 7586736 7586737 LHK_00154 LHK_00155     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586738 7586739 LHK_00156 LHK_00157 ilvI ilvH TRUE 0.995 20.000 0.371 0.001 Y NA
 7586739 7586740 LHK_00157 LHK_00158 ilvH ilvC TRUE 0.947 65.000 0.092 0.002 Y NA
 7586740 7586741 LHK_00158 LHK_00159 ilvC   FALSE 0.150 135.000 0.000 1.000   NA
 7586742 7586743 LHK_00160 LHK_00161     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7586744 7586745 LHK_00162 LHK_00163   psd FALSE 0.086 151.000 0.000 NA   NA
 7586745 7586746 LHK_00163 LHK_00164 psd pssA TRUE 0.985 43.000 0.466 1.000 Y NA
 7586746 7586747 LHK_00164 LHK_00165 pssA phoB FALSE 0.249 129.000 0.000 1.000 N NA
 7586747 7586748 LHK_00165 LHK_00166 phoB phoR TRUE 0.997 4.000 0.453 1.000 Y NA
 7586748 7586749 LHK_00166 LHK_00167 phoR talA FALSE 0.351 103.000 0.000 1.000 N NA
 7586749 7586750 LHK_00167 LHK_00168 talA bioD FALSE 0.348 104.000 0.000 1.000 N NA
 7586750 7586751 LHK_00168 LHK_00169 bioD coxB FALSE 0.237 132.000 0.000 1.000 N NA
 7586751 7586752 LHK_00169 LHK_00170 coxB coxA TRUE 0.972 17.000 0.008 0.004 Y NA
 7586752 7586753 LHK_00170 LHK_00171 coxA coxG TRUE 0.885 98.000 0.268 1.000 N NA
 7586753 7586754 LHK_00171 LHK_00172 coxG   TRUE 0.912 3.000 0.007 NA   NA
 7586754 7586755 LHK_00172 LHK_00173     TRUE 0.880 13.000 0.007 NA   NA
 7586757 7586758 LHK_00175 LHK_00176     TRUE 0.995 -3.000 0.722 NA   NA
 7586758 7586759 LHK_00176 LHK_00177     TRUE 0.984 2.000 0.255 NA   NA
 7586761 7586762 LHK_00179 LHK_00180 ctaB   TRUE 0.565 30.000 0.000 1.000   NA
 7586762 7586763 LHK_00180 LHK_00181     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586763 7586764 LHK_00181 LHK_00182   his1 TRUE 0.895 12.000 0.002 NA N NA
 7586764 7586765 LHK_00182 LHK_00183 his1   TRUE 0.951 6.000 0.000 1.000 Y NA
 7586765 7586766 LHK_00183 LHK_00184   hisX TRUE 0.895 23.000 0.000 1.000 Y NA
 7586766 7586767 LHK_00184 LHK_00185 hisX his8-1 TRUE 0.995 3.000 0.165 0.006 Y NA
 7586767 7586768 LHK_00185 LHK_00186 his8-1 his7 TRUE 0.997 2.000 0.341 0.006 Y NA
 7586768 7586769 LHK_00186 LHK_00187 his7 hisH TRUE 0.994 -3.000 0.111 0.006 Y NA
 7586769 7586770 LHK_00187 LHK_00188 hisH his4 TRUE 0.898 123.000 0.120 0.006 Y NA
 7586770 7586771 LHK_00188 LHK_00189 his4   FALSE 0.347 -91.000 0.000 NA   NA
 7586771 7586772 LHK_00189 LHK_00190   hisF FALSE 0.448 34.000 0.000 NA   NA
 7586772 7586773 LHK_00190 LHK_00191 hisF his3 TRUE 0.998 -3.000 0.430 0.006 Y NA
 7586773 7586774 LHK_00191 LHK_00192 his3 his2 TRUE 0.951 76.000 0.152 0.006 Y NA
 7586774 7586775 LHK_00192 LHK_00193 his2   TRUE 0.908 34.000 0.079 1.000 N NA
 7586775 7586776 LHK_00193 LHK_00194   tatA TRUE 0.823 67.000 0.080 1.000 N NA
 7586776 7586777 LHK_00194 LHK_00195 tatA   TRUE 0.970 3.000 0.000 0.012 Y NA
 7586777 7586778 LHK_00195 LHK_00196   tatC TRUE 0.951 -3.000 0.000 NA Y NA
 7586778 7586779 LHK_00196 LHK_00197 tatC   TRUE 0.923 -3.000 0.010 NA   NA
 7586780 7586781 LHK_00198 LHK_00200     FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 7586781 7586782 LHK_00200 LHK_00199     TRUE 0.552 23.000 0.000 NA   NA
 7586782 7586783 LHK_00199 LHK_00201     FALSE 0.019 313.000 0.000 NA   NA
 7586783 7586784 LHK_00201 LHK_00202     TRUE 0.938 74.000 0.181 1.000 Y NA
 7586786 7586787 LHK_00204 LHK_00205     TRUE 0.982 -22.000 0.240 1.000 Y NA
 7586787 7586788 LHK_00205 LHK_00206     FALSE 0.455 65.000 0.000 1.000 N NA
 7586788 7586789 LHK_00206 LHK_00207     FALSE 0.454 66.000 0.000 1.000 N NA
 7586790 7586791 LHK_00208 LHK_00209   acs2 TRUE 0.537 124.000 0.000 1.000 Y NA
 7586791 7586792 LHK_00209 LHK_00210 acs2   TRUE 0.994 -3.000 0.474 1.000 N NA
 7586792 7586793 LHK_00210 LHK_00211     TRUE 0.983 13.000 0.074 1.000 Y NA
 7586793 7586794 LHK_00211 LHK_00212     TRUE 0.919 25.000 0.000 0.044 Y NA
 7586794 7586795 LHK_00212 LHK_00213     TRUE 0.696 64.000 0.000 NA Y NA
 7586795 7586796 LHK_00213 LHK_00214   livF-1 TRUE 0.930 58.000 0.125 NA Y NA
 7586796 7586797 LHK_00214 LHK_00215 livF-1   TRUE 0.972 39.000 0.479 1.000 N NA
 7586797 7586798 LHK_00215 LHK_00216   mmsA1 FALSE 0.429 72.000 0.000 1.000 N NA
 7586798 7586799 LHK_00216 LHK_00217 mmsA1 caiA TRUE 0.949 5.000 0.013 1.000 N NA
 7586799 7586800 LHK_00217 LHK_00218 caiA   TRUE 0.981 -3.000 0.013 1.000 Y NA
 7586800 7586801 LHK_00218 LHK_00219   paaG TRUE 0.989 -3.000 0.030 0.004 Y NA
 7586801 7586802 LHK_00219 LHK_00220 paaG   TRUE 0.998 -3.000 0.687 1.000 Y NA
 7586803 7586804 LHK_00221 LHK_00222     TRUE 0.990 4.000 0.303 1.000 N NA
 7586804 7586805 LHK_00222 LHK_00223     TRUE 0.997 4.000 0.439 1.000 Y NA
 7586805 7586806 LHK_00223 LHK_00224     FALSE 0.240 109.000 0.000 1.000   NA
 7586806 7586807 LHK_00224 LHK_00225   baeR FALSE 0.266 94.000 0.000 1.000   NA
 7586807 7586808 LHK_00225 LHK_00226 baeR baeS TRUE 0.998 -3.000 0.591 1.000 Y NA
 7586808 7586809 LHK_00226 LHK_00227 baeS   TRUE 0.542 47.000 0.000 1.000 N NA
 7586810 7586811 LHK_00228 LHK_r1     FALSE 0.010 521.000 0.000 NA   NA
 7586811 7586812 LHK_r1 LHK_t1   trnI-1 FALSE 0.266 69.000 0.000 NA   NA
 7586812 7586813 LHK_t1 LHK_t2 trnI-1 trnA-1 TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7586813 7586814 LHK_t2 LHK_r2 trnA-1   FALSE 0.030 243.000 0.000 NA   NA
 7586814 7586815 LHK_r2 LHK_r3     FALSE 0.176 112.000 0.000 NA   NA
 7586815 7586816 LHK_r3 LHK_00230     FALSE 0.010 531.000 0.000 NA   NA
 7586817 7586818 LHK_00231 LHK_00232 rpoH ftsX FALSE 0.235 184.000 0.011 NA N NA
 7586818 7586819 LHK_00232 LHK_00233 ftsX ftsE TRUE 0.983 -3.000 0.031 NA Y NA
 7586819 7586820 LHK_00233 LHK_00234 ftsE ftsY TRUE 0.936 30.000 0.117 1.000 N NA
 7586821 7586822 LHK_00235 LHK_00236     TRUE 0.991 -10.000 0.598 0.006   NA
 7586822 7586823 LHK_00236 LHK_00237     TRUE 0.833 -19.000 0.017 1.000   NA
 7586823 7586824 LHK_00237 LHK_00238   fdx1 TRUE 0.604 58.000 0.010 NA   NA
 7586824 7586825 LHK_00238 LHK_t3 fdx1 trnY-1 FALSE 0.091 147.000 0.000 NA   NA
 7586825 7586826 LHK_t3 LHK_t4 trnY-1 trnG-1 FALSE 0.412 39.000 0.000 NA   NA
 7586826 7586827 LHK_t4 LHK_t5 trnG-1 trnT-1 TRUE 0.727 8.000 0.000 NA   NA
 7586827 7586828 LHK_t5 LHK_00239 trnT-1   FALSE 0.427 37.000 0.000 NA   NA
 7586828 7586829 LHK_00239 LHK_t6   trnW-1 FALSE 0.395 41.000 0.000 NA   NA
 7586829 7586830 LHK_t6 LHK_00240 trnW-1 secE FALSE 0.260 70.000 0.000 NA   NA
 7586830 7586831 LHK_00240 LHK_00241 secE nusG TRUE 0.996 5.000 0.843 1.000 N NA
 7586831 7586832 LHK_00241 LHK_00242 nusG rplK TRUE 0.949 101.000 0.681 1.000 N NA
 7586832 7586833 LHK_00242 LHK_00243 rplK rplA TRUE 0.999 0.000 0.838 0.025 Y NA
 7586833 7586834 LHK_00243 LHK_00244 rplA rplJ TRUE 0.591 311.000 0.302 1.000 Y NA
 7586834 7586835 LHK_00244 LHK_00245 rplJ rplL TRUE 0.992 46.000 0.884 1.000 Y NA
 7586835 7586836 LHK_00245 LHK_00246 rplL rpoB TRUE 0.516 193.000 0.223 1.000   NA
 7586836 7586837 LHK_00246 LHK_00247 rpoB rpoC TRUE 0.978 69.000 0.851 0.001   NA
 7586837 7586838 LHK_00247 LHK_00248 rpoC rpsL TRUE 0.642 141.000 0.122 1.000 N NA
 7586838 7586839 LHK_00248 LHK_00249 rpsL rpsG TRUE 0.981 108.000 0.620 0.004 Y NA
 7586839 7586840 LHK_00249 LHK_00250 rpsG fusA TRUE 0.918 31.000 0.003 1.000 Y NA
 7586840 7586841 LHK_00250 LHK_00251 fusA   TRUE 0.993 64.000 1.000 0.001 Y NA
 7586841 7586842 LHK_00251 LHK_00252     TRUE 0.954 16.000 0.003 1.000 Y NA
 7586842 7586843 LHK_00252 LHK_00253   rplC TRUE 0.833 195.000 0.307 0.025 Y NA
 7586843 7586844 LHK_00253 LHK_00254 rplC rplD TRUE 0.998 0.000 0.486 0.018 Y NA
 7586844 7586845 LHK_00254 LHK_00255 rplD rplW TRUE 0.997 -3.000 0.513 1.000 Y NA
 7586845 7586846 LHK_00255 LHK_00256 rplW rplB TRUE 0.998 12.000 0.849 1.000 Y NA
 7586846 7586847 LHK_00256 LHK_00257 rplB rpsS TRUE 0.998 14.000 0.820 0.025 Y NA
 7586847 7586848 LHK_00257 LHK_00258 rpsS rplV TRUE 0.998 10.000 0.769 0.025 Y NA
 7586848 7586849 LHK_00258 LHK_00259 rplV rpsC TRUE 0.998 11.000 0.719 0.025 Y NA
 7586849 7586850 LHK_00259 LHK_00260 rpsC rplP TRUE 0.997 -16.000 0.828 0.025 Y NA
 7586850 7586851 LHK_00260 LHK_00261 rplP rpmC TRUE 0.999 1.000 0.802 0.018 Y NA
 7586851 7586852 LHK_00261 LHK_00262 rpmC rpsQ TRUE 0.999 2.000 0.828 0.018 Y NA
 7586852 7586853 LHK_00262 LHK_00263 rpsQ rplN TRUE 0.939 176.000 0.791 0.025 Y NA
 7586853 7586854 LHK_00263 LHK_00264 rplN rplX TRUE 0.987 13.000 0.071 0.025 Y NA
 7586854 7586855 LHK_00264 LHK_00265 rplX rplE TRUE 0.988 10.000 0.057 0.018 Y NA
 7586855 7586856 LHK_00265 LHK_00266 rplE rpsN TRUE 0.997 5.000 0.309 0.018 Y NA
 7586856 7586857 LHK_00266 LHK_00267 rpsN rpsH TRUE 0.994 15.000 0.295 0.018 Y NA
 7586857 7586858 LHK_00267 LHK_00268 rpsH rplF TRUE 0.998 13.000 0.808 0.018 Y NA
 7586858 7586859 LHK_00268 LHK_00269 rplF rplR TRUE 0.998 14.000 0.815 0.018 Y NA
 7586859 7586860 LHK_00269 LHK_00270 rplR rpsE TRUE 0.998 14.000 0.814 0.025 Y NA
 7586860 7586861 LHK_00270 LHK_00271 rpsE rpmD TRUE 0.999 0.000 0.789 0.025 Y NA
 7586861 7586862 LHK_00271 LHK_00272 rpmD rplO TRUE 0.999 2.000 0.653 0.003 Y NA
 7586862 7586863 LHK_00272 LHK_00273 rplO secY TRUE 0.989 26.000 0.730 1.000 N NA
 7586863 7586864 LHK_00273 LHK_00274 secY infA2 TRUE 0.947 19.000 0.083 1.000 N NA
 7586864 7586865 LHK_00274 LHK_00275 infA2 rpmJ TRUE 0.928 25.000 0.104 1.000   NA
 7586865 7586866 LHK_00275 LHK_00276 rpmJ rpsM TRUE 0.906 60.000 0.194 0.018   NA
 7586866 7586867 LHK_00276 LHK_00277 rpsM rpsK TRUE 0.998 14.000 0.810 0.018 Y NA
 7586867 7586868 LHK_00277 LHK_00278 rpsK rpsD TRUE 0.996 19.000 0.509 0.025 Y NA
 7586868 7586869 LHK_00278 LHK_00279 rpsD rpoA TRUE 0.987 23.000 0.549 1.000 N NA
 7586869 7586870 LHK_00279 LHK_00280 rpoA rplQ TRUE 0.989 31.000 0.873 1.000 N NA
 7586871 7586872 LHK_00281 LHK_00282     FALSE 0.401 -40.000 0.000 NA   NA
 7586874 7586875 LHK_00284 LHK_00285     TRUE 0.993 11.000 0.466 0.004   NA
 7586875 7586876 LHK_00285 LHK_00286     TRUE 0.993 -172.000 0.870 0.004 Y NA
 7586878 7586879 LHK_00288 LHK_00289 lnt   FALSE 0.026 450.000 0.000 1.000 N NA
 7586879 7586880 LHK_00289 LHK_00290     TRUE 0.968 10.000 0.150 NA   NA
 7586880 7586881 LHK_00290 LHK_00291     TRUE 0.991 -3.000 0.457 NA   NA
 7586881 7586882 LHK_00291 LHK_00292   miaB TRUE 0.974 18.000 0.220 1.000 N NA
 7586882 7586883 LHK_00292 LHK_00293 miaB   FALSE 0.278 122.000 0.000 1.000 N NA
 7586883 7586884 LHK_00293 LHK_00294   arcD-1 FALSE 0.307 114.000 0.000 1.000 N NA
 7586884 7586885 LHK_00294 LHK_00295 arcD-1   TRUE 0.796 41.000 0.000 NA Y NA
 7586889 7586890 LHK_00298 LHK_00299     FALSE 0.010 514.000 0.000 NA   NA
 7586891 7586892 LHK_00300 LHK_00301     FALSE 0.018 323.000 0.000 NA   NA
 7586895 7586896 LHK_00304 LHK_00305     TRUE 0.985 10.000 0.235 1.000 N NA
 7586896 7586897 LHK_00305 LHK_00306     TRUE 0.995 42.000 0.948 0.006 Y NA
 7586897 7586898 LHK_00306 LHK_00307     FALSE 0.307 77.000 0.000 1.000   NA
 7586898 7586899 LHK_00307 LHK_00308     FALSE 0.238 80.000 0.000 NA   NA
 7586901 7586902 LHK_00310 LHK_00311 pth ctc TRUE 0.980 78.000 0.496 0.030 Y NA
 7586902 7586903 LHK_00311 LHK_00312 ctc kprS TRUE 0.826 84.000 0.122 1.000 N NA
 7586903 7586904 LHK_00312 LHK_t8 kprS trnQ-1 FALSE 0.212 92.000 0.000 NA   NA
 7586904 7586905 LHK_t8 LHK_00313 trnQ-1 ispE TRUE 0.727 8.000 0.000 NA   NA
 7586905 7586906 LHK_00313 LHK_00314 ispE lolB TRUE 0.949 28.000 0.157 1.000 N NA
 7586906 7586907 LHK_00314 LHK_00315 lolB   TRUE 0.967 -3.000 0.072 1.000   NA
 7586910 7586911 LHK_00318 LHK_00319 rep   FALSE 0.238 80.000 0.000 NA   NA
 7586912 7586913 LHK_00320 LHK_00321     TRUE 0.575 20.000 0.000 NA   NA
 7586915 7586916 LHK_00323 LHK_00324 ubiA ubiC TRUE 0.726 199.000 0.248 NA Y NA
 7586917 7586918 LHK_00325 LHK_00326     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7586919 7586920 LHK_00327 LHK_00328   qseC-1 FALSE 0.026 260.000 0.000 NA   NA
 7586920 7586921 LHK_00328 LHK_00329 qseC-1 ompR TRUE 0.997 -3.000 0.526 1.000 Y NA
 7586921 7586922 LHK_00329 LHK_00330 ompR   FALSE 0.221 89.000 0.000 NA   NA
 7586924 7586925 LHK_00332 LHK_00333     TRUE 0.821 -25.000 0.021 1.000   NA
 7586925 7586926 LHK_00333 LHK_00334     TRUE 0.721 27.000 0.000 0.043   NA
 7586932 7586933 LHK_00340 LHK_00341     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586933 7586934 LHK_00341 LHK_00342     TRUE 0.906 6.000 0.007 NA   NA
 7586936 7586937 LHK_00344 LHK_00345   ychF FALSE 0.343 48.000 0.000 NA   NA
 7586937 7586938 LHK_00345 LHK_00346 ychF   FALSE 0.266 69.000 0.000 NA   NA
 7586940 7586941 LHK_00348 LHK_00349     TRUE 0.600 18.000 0.000 NA   NA
 7586945 7586946 LHK_00353 LHK_00354 rpoS   FALSE 0.077 484.000 0.047 1.000   NA
 7586946 7586947 LHK_00354 LHK_00355   pcm1 TRUE 0.682 90.000 0.025 1.000 N NA
 7586947 7586948 LHK_00355 LHK_00356 pcm1 surE TRUE 0.973 -15.000 0.353 1.000   NA
 7586948 7586949 LHK_00356 LHK_00357 surE nadA TRUE 0.808 22.000 0.003 1.000   NA
 7586949 7586950 LHK_00357 LHK_00358 nadA   FALSE 0.467 32.000 0.000 NA   NA
 7586951 7586952 LHK_00359 LHK_00360   rpsP TRUE 0.534 96.000 0.002 1.000 N NA
 7586952 7586953 LHK_00360 LHK_00361 rpsP rimM TRUE 0.982 51.000 0.342 0.018 Y NA
 7586953 7586954 LHK_00361 LHK_00362 rimM trmD TRUE 0.998 0.000 0.672 1.000 Y NA
 7586954 7586955 LHK_00362 LHK_00363 trmD rplS TRUE 0.998 -3.000 0.567 1.000 Y NA
 7586955 7586956 LHK_00363 LHK_00364 rplS   TRUE 0.630 90.000 0.011 1.000 N NA
 7586957 7586958 LHK_00365 LHK_00366 clpA   TRUE 0.993 -3.000 0.596 NA   NA
 7586961 7586962 LHK_00369 LHK_00370   aceK FALSE 0.021 301.000 0.000 NA   NA
 7586962 7586963 LHK_00370 LHK_00371 aceK   FALSE 0.451 67.000 0.000 1.000 N NA
 7586964 7586965 LHK_00372 LHK_00373   mutS FALSE 0.043 205.000 0.000 NA   NA
 7586967 7586968 LHK_00377 LHK_00378     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586968 7586969 LHK_00378 LHK_00379     TRUE 0.694 12.000 0.000 NA   NA
 7586969 7586970 LHK_00379 LHK_00380     TRUE 0.703 11.000 0.000 NA   NA
 7586970 7586971 LHK_00380 LHK_00381     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586971 7586972 LHK_00381 LHK_00382     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586972 7586973 LHK_00382 LHK_00383     FALSE 0.209 94.000 0.000 NA   NA
 7586973 7586974 LHK_00383 LHK_00384     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7586974 7586975 LHK_00384 LHK_00385     TRUE 0.552 23.000 0.000 NA   NA
 7586976 7586977 LHK_00386 LHK_00387     FALSE 0.018 324.000 0.000 NA   NA
 7586978 7586979 LHK_00388 LHK_00389     FALSE 0.014 389.000 0.000 NA   NA
 7586979 7586980 LHK_00389 LHK_00390     FALSE 0.014 410.000 0.000 NA   NA
 7586980 7586981 LHK_00390 LHK_00391     TRUE 0.508 -18.000 0.000 NA   NA
 7586981 7586982 LHK_00391 LHK_00392     TRUE 0.744 5.000 0.000 NA   NA
 7586982 7586983 LHK_00392 LHK_00393     TRUE 0.761 1.000 0.000 NA   NA
 7586983 7586984 LHK_00393 LHK_00394     TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7586984 7586985 LHK_00394 LHK_00395     TRUE 0.648 15.000 0.000 NA   NA
 7586985 7586986 LHK_00395 LHK_00396     TRUE 0.712 10.000 0.000 NA   NA
 7586986 7586987 LHK_00396 LHK_00397     FALSE 0.304 55.000 0.000 NA   NA
 7586987 7586988 LHK_00397 LHK_00398     FALSE 0.154 120.000 0.000 NA   NA
 7586988 7586989 LHK_00398 LHK_00399     TRUE 0.977 2.000 0.143 1.000   NA
 7586989 7586990 LHK_00399 LHK_00400     FALSE 0.062 169.000 0.000 NA   NA
 7586990 7586991 LHK_00400 LHK_00401     TRUE 0.663 14.000 0.000 NA   NA
 7586991 7586992 LHK_00401 LHK_00402     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7586992 7586993 LHK_00402 LHK_00403     TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7586993 7586994 LHK_00403 LHK_00404     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7586994 7586995 LHK_00404 LHK_00405     TRUE 0.694 12.000 0.000 NA   NA
 7586995 7586996 LHK_00405 LHK_00406     TRUE 0.525 26.000 0.000 NA   NA
 7586996 7586997 LHK_00406 LHK_00407     FALSE 0.152 121.000 0.000 NA   NA
 7586997 7586998 LHK_00407 LHK_00408     TRUE 0.965 -3.000 0.087 NA   NA
 7586998 7586999 LHK_00408 LHK_00409     TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7586999 7587000 LHK_00409 LHK_00410     FALSE 0.234 82.000 0.000 NA   NA
 7587000 7587001 LHK_00410 LHK_00411     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587001 7587002 LHK_00411 LHK_00412     TRUE 0.896 -12.000 0.043 NA   NA
 7587002 7587003 LHK_00412 LHK_00413     TRUE 0.971 56.000 1.000 NA   NA
 7587003 7587004 LHK_00413 LHK_00414     TRUE 0.732 7.000 0.000 NA   NA
 7587004 7587005 LHK_00414 LHK_00415   gpl-1 TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7587005 7587006 LHK_00415 LHK_00416 gpl-1   FALSE 0.436 93.000 0.000 0.005   NA
 7587006 7587007 LHK_00416 LHK_00417     TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7587007 7587008 LHK_00417 LHK_00418     TRUE 0.745 13.000 0.000 1.000   NA
 7587009 7587010 LHK_00419 LHK_00420     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587015 7587016 LHK_00425 LHK_00426 trmB   TRUE 0.732 39.000 0.006 1.000   NA
 7587017 7587018 LHK_00427 LHK_00428 ubiB   FALSE 0.212 137.000 0.000 1.000 N NA
 7587019 7587020 LHK_00429 LHK_00430     FALSE 0.094 145.000 0.000 NA   NA
 7587020 7587021 LHK_00430 LHK_00431   lysP FALSE 0.073 159.000 0.000 NA   NA
 7587021 7587022 LHK_00431 LHK_00432 lysP apt FALSE 0.301 116.000 0.000 1.000 N NA
 7587022 7587023 LHK_00432 LHK_00433 apt clpB FALSE 0.129 168.000 0.000 1.000 N NA
 7587024 7587025 LHK_00434 LHK_00435     FALSE 0.228 85.000 0.000 NA   NA
 7587026 7587027 LHK_00436 LHK_00437 flgL flgK TRUE 0.984 10.000 0.011 0.002 Y NA
 7587027 7587028 LHK_00437 LHK_00438 flgK flgJ TRUE 0.989 68.000 0.705 0.003 Y NA
 7587028 7587029 LHK_00438 LHK_00439 flgJ flgI TRUE 0.975 16.000 0.012 0.009 Y NA
 7587029 7587030 LHK_00439 LHK_00440 flgI flgH1 TRUE 0.988 3.000 0.024 0.009 Y NA
 7587030 7587031 LHK_00440 LHK_00441 flgH1   TRUE 0.908 68.000 0.024 0.008 Y NA
 7587031 7587032 LHK_00441 LHK_00442   flgF1 TRUE 0.964 44.000 0.080 0.001 Y NA
 7587032 7587033 LHK_00442 LHK_00443 flgF1   TRUE 0.956 14.000 0.000 0.005 Y NA
 7587033 7587034 LHK_00443 LHK_00444     TRUE 0.922 40.000 0.031 NA Y NA
 7587034 7587035 LHK_00444 LHK_00445   flgC1 TRUE 0.976 17.000 0.081 NA Y NA
 7587035 7587036 LHK_00445 LHK_00446 flgC1 flgB TRUE 0.996 3.000 0.250 0.004 Y NA
 7587036 7587037 LHK_00446 LHK_00447 flgB   FALSE 0.152 158.000 0.000 1.000 N NA
 7587037 7587038 LHK_00447 LHK_00448     TRUE 0.943 11.000 0.000 1.000 Y NA
 7587038 7587039 LHK_00448 LHK_00449   cadA-1 TRUE 0.583 114.000 0.000 1.000 Y NA
 7587041 7587042 LHK_00451 LHK_00452     FALSE 0.154 120.000 0.000 NA   NA
 7587042 7587043 LHK_00452 LHK_00453     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587046 7587047 LHK_00456 LHK_00457 kguA rpoZ TRUE 0.555 45.000 0.000 1.000 N NA
 7587047 7587048 LHK_00457 LHK_00458 rpoZ spoT TRUE 0.980 38.000 0.291 1.000 Y NA
 7587048 7587049 LHK_00458 LHK_00459 spoT thiS TRUE 0.679 61.000 0.006 1.000 N NA
 7587049 7587050 LHK_00459 LHK_00460 thiS thiG TRUE 0.947 51.000 0.130 1.000 Y NA
 7587050 7587051 LHK_00460 LHK_00461 thiG rpsU FALSE 0.460 121.000 0.003 1.000 N NA
 7587051 7587052 LHK_00461 LHK_00462 rpsU   TRUE 0.831 110.000 0.173 0.029   NA
 7587052 7587053 LHK_00462 LHK_00463   dnaG TRUE 0.944 22.000 0.137 1.000   NA
 7587053 7587054 LHK_00463 LHK_00464 dnaG rpoD TRUE 0.928 60.000 0.299 1.000 N NA
 7587055 7587056 LHK_00465 LHK_00466     FALSE 0.303 -252.000 0.000 NA   NA
 7587060 7587061 LHK_00470 LHK_00471     FALSE 0.274 66.000 0.000 NA   NA
 7587063 7587064 LHK_00473 LHK_t9   trnS-1 FALSE 0.369 44.000 0.000 NA   NA
 7587066 7587067 LHK_00477 LHK_00480     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587067 7587068 LHK_00480 LHK_00478     FALSE 0.331 -117.000 0.000 NA   NA
 7587070 7587071 LHK_00481 LHK_00482     FALSE 0.236 81.000 0.000 NA   NA
 7587071 7587072 LHK_00482 LHK_00484     FALSE 0.131 129.000 0.000 NA   NA
 7587075 7587076 LHK_00486 LHK_00487     FALSE 0.435 36.000 0.000 NA   NA
 7587076 7587077 LHK_00487 LHK_00488     FALSE 0.212 92.000 0.000 NA   NA
 7587078 7587079 LHK_00489 LHK_00490     TRUE 0.721 67.000 0.040 1.000   NA
 7587079 7587080 LHK_00490 LHK_00491     FALSE 0.350 47.000 0.000 NA   NA
 7587081 7587082 LHK_00492 LHK_00493     FALSE 0.410 -37.000 0.000 NA   NA
 7587083 7587084 LHK_00494 LHK_00495     FALSE 0.092 202.000 0.000 1.000 N NA
 7587084 7587085 LHK_00495 LHK_00496     FALSE 0.489 39.000 0.000 1.000   NA
 7587085 7587086 LHK_00496 LHK_00497     TRUE 0.941 58.000 0.463 1.000   NA
 7587086 7587087 LHK_00497 LHK_00498   exbD2 FALSE 0.157 156.000 0.000 1.000 N NA
 7587087 7587088 LHK_00498 LHK_00499 exbD2   TRUE 0.977 -13.000 0.067 0.055 Y NA
 7587088 7587089 LHK_00499 LHK_00500     TRUE 0.993 7.000 0.333 0.010 N NA
 7587089 7587090 LHK_00500 LHK_00501   uraA-1 FALSE 0.274 123.000 0.000 1.000 N NA
 7587090 7587091 LHK_00501 LHK_00502 uraA-1 upp TRUE 0.893 95.000 0.101 1.000 Y NA
 7587091 7587092 LHK_00502 LHK_00503 upp   FALSE 0.444 125.000 0.004 1.000 N NA
 7587092 7587093 LHK_00503 LHK_00504     TRUE 0.718 64.000 0.015 1.000 N NA
 7587093 7587094 LHK_00504 LHK_00505     TRUE 0.595 83.000 0.008 NA N NA
 7587094 7587095 LHK_00505 LHK_00506     TRUE 0.890 -10.000 0.033 NA   NA
 7587095 7587096 LHK_00506 LHK_00507     TRUE 0.922 10.000 0.024 NA   NA
 7587096 7587097 LHK_00507 LHK_00508   pur5 TRUE 0.907 141.000 0.230 0.003 Y NA
 7587098 7587099 LHK_00509 LHK_00510     TRUE 0.973 13.000 0.217 NA   NA
 7587099 7587100 LHK_00510 LHK_00511     FALSE 0.090 376.000 0.045 NA   NA
 7587100 7587101 LHK_00511 LHK_00512     TRUE 0.525 26.000 0.000 NA   NA
 7587101 7587102 LHK_00512 LHK_00513     TRUE 0.951 43.000 0.432 NA   NA
 7587102 7587103 LHK_00513 LHK_00514   moaA1 FALSE 0.116 150.000 0.000 1.000   NA
 7587103 7587104 LHK_00514 LHK_00515 moaA1   TRUE 0.824 13.000 0.000 1.000 N NA
 7587104 7587105 LHK_00515 LHK_00516     FALSE 0.098 197.000 0.000 1.000 N NA
 7587107 7587108 LHK_00518 LHK_00519     TRUE 0.993 0.000 0.575 NA   NA
 7587108 7587109 LHK_00519 LHK_00520     FALSE 0.350 47.000 0.000 NA   NA
 7587110 7587111 LHK_00521 LHK_00522 pstB pstA TRUE 0.996 22.000 0.526 0.003 Y NA
 7587111 7587112 LHK_00522 LHK_00523 pstA pstC TRUE 0.997 15.000 0.537 0.003 Y NA
 7587112 7587113 LHK_00523 LHK_00524 pstC pstS TRUE 0.855 111.000 0.020 0.003 Y NA
 7587114 7587115 LHK_00525 LHK_00526 tpiS secG TRUE 0.940 8.000 0.009 1.000 N NA
 7587115 7587116 LHK_00526 LHK_t10 secG trnL-1 TRUE 0.632 16.000 0.000 NA   NA
 7587116 7587117 LHK_t10 LHK_00527 trnL-1   FALSE 0.248 75.000 0.000 NA   NA
 7587117 7587118 LHK_00527 LHK_00528   nuoB2 TRUE 0.996 -9.000 0.507 0.004 Y NA
 7587118 7587119 LHK_00528 LHK_00529 nuoB2   TRUE 0.996 13.000 0.328 0.004 Y NA
 7587119 7587120 LHK_00529 LHK_00530     TRUE 0.996 -7.000 0.483 0.008 Y NA
 7587120 7587121 LHK_00530 LHK_00531   nuoE-1 TRUE 0.997 0.000 0.355 0.008 Y NA
 7587121 7587122 LHK_00531 LHK_00532 nuoE-1 nuoF TRUE 0.997 0.000 0.343 0.008 Y NA
 7587122 7587123 LHK_00532 LHK_00533 nuoF nuoG TRUE 0.990 34.000 0.395 0.008 Y NA
 7587123 7587124 LHK_00533 LHK_00534 nuoG nuoH TRUE 0.998 4.000 0.515 0.008 Y NA
 7587124 7587125 LHK_00534 LHK_00535 nuoH nuoI TRUE 0.996 18.000 0.500 0.008 Y NA
 7587125 7587126 LHK_00535 LHK_00536 nuoI nuoJ TRUE 0.997 9.000 0.442 0.008 Y NA
 7587126 7587127 LHK_00536 LHK_00537 nuoJ nuoK TRUE 0.994 26.000 0.484 0.004 Y NA
 7587127 7587128 LHK_00537 LHK_00538 nuoK nuoL TRUE 0.995 22.000 0.451 0.008 Y NA
 7587128 7587129 LHK_00538 LHK_00539 nuoL nuoM TRUE 0.979 40.000 0.175 0.002 Y NA
 7587129 7587130 LHK_00539 LHK_00540 nuoM nuoN TRUE 0.991 31.000 0.340 0.002 Y NA
 7587130 7587131 LHK_00540 LHK_00541 nuoN metF FALSE 0.212 137.000 0.000 1.000 N NA
 7587131 7587132 LHK_00541 LHK_00542 metF   TRUE 0.796 25.000 0.007 NA   NA
 7587133 7587134 LHK_00543 LHK_00544 rpmG rpmB TRUE 0.980 54.000 0.332 0.017 Y NA
 7587135 7587136 LHK_00545 LHK_00546 pyrG kdsA TRUE 0.888 52.000 0.138 1.000 N NA
 7587136 7587137 LHK_00546 LHK_00547 kdsA eno TRUE 0.826 87.000 0.125 1.000 N NA
 7587137 7587138 LHK_00547 LHK_00548 eno   TRUE 0.938 46.000 0.241 1.000 N NA
 7587138 7587139 LHK_00548 LHK_00549     FALSE 0.388 88.000 0.000 1.000 N NA
 7587140 7587141 LHK_00550 LHK_00551     TRUE 0.972 -3.000 0.096 1.000   NA
 7587141 7587142 LHK_00551 LHK_00552     TRUE 0.984 -3.000 0.209 1.000   NA
 7587142 7587143 LHK_00552 LHK_00553     TRUE 0.517 89.000 0.002 NA N NA
 7587143 7587144 LHK_00553 LHK_00554     TRUE 0.785 89.000 0.009 NA Y NA
 7587144 7587145 LHK_00554 LHK_00555   cheZ-1 TRUE 0.934 37.000 0.028 1.000 Y NA
 7587145 7587146 LHK_00555 LHK_00556 cheZ-1 cheY3-1 TRUE 0.988 27.000 0.333 1.000 Y NA
 7587146 7587147 LHK_00556 LHK_00557 cheY3-1 cheV1-1 TRUE 0.961 78.000 0.222 0.017 Y NA
 7587147 7587148 LHK_00557 LHK_00558 cheV1-1 cheV2-1 TRUE 0.995 33.000 0.778 0.017 Y NA
 7587149 7587150 LHK_00559 LHK_00560     FALSE 0.132 183.000 0.000 0.029   NA
 7587150 7587151 LHK_00560 LHK_00561     FALSE 0.497 38.000 0.000 1.000   NA
 7587151 7587152 LHK_00561 LHK_00562   cheA TRUE 0.996 10.000 0.444 1.000 Y NA
 7587152 7587153 LHK_00562 LHK_00563 cheA   TRUE 0.998 3.000 0.421 0.021 Y NA
 7587153 7587154 LHK_00563 LHK_00564     TRUE 0.870 41.000 0.000 0.021 Y NA
 7587154 7587155 LHK_00564 LHK_00565   cheR1 TRUE 0.997 0.000 0.400 1.000 Y NA
 7587155 7587156 LHK_00565 LHK_00566 cheR1 cheB TRUE 0.957 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 7587156 7587157 LHK_00566 LHK_00567 cheB cheD TRUE 0.927 15.000 0.000 1.000 Y NA
 7587158 7587159 LHK_00568 LHK_00569   acpP TRUE 0.845 169.000 0.346 1.000 Y NA
 7587159 7587160 LHK_00569 LHK_00570 acpP fabG TRUE 0.914 149.000 0.321 0.005 Y NA
 7587160 7587161 LHK_00570 LHK_00571 fabG fabD TRUE 0.994 26.000 0.432 0.005 Y NA
 7587161 7587162 LHK_00571 LHK_00572 fabD fabH TRUE 0.948 91.000 0.182 0.005 Y NA
 7587162 7587163 LHK_00572 LHK_00573 fabH plsX TRUE 0.985 48.000 0.380 0.005 Y NA
 7587163 7587164 LHK_00573 LHK_00574 plsX rpmF TRUE 0.908 110.000 0.418 1.000 N NA
 7587164 7587165 LHK_00574 LHK_00575 rpmF   TRUE 0.981 26.000 0.599 NA   NA
 7587166 7587167 LHK_00576 LHK_00577 maf   TRUE 0.970 0.000 0.107 NA   NA
 7587168 7587169 LHK_00578 LHK_00579   metK TRUE 0.643 96.000 0.000 1.000 Y NA
 7587170 7587171 LHK_00580 LHK_00581     TRUE 0.997 5.000 0.255 0.001 Y NA
 7587171 7587172 LHK_00581 LHK_00582     TRUE 0.724 24.000 0.000 1.000 N NA
 7587173 7587174 LHK_00583 LHK_00584     FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 7587174 7587175 LHK_00584 LHK_00585   flgM TRUE 0.987 9.000 0.211 0.003   NA
 7587175 7587176 LHK_00585 LHK_00586 flgM   TRUE 0.863 100.000 0.330 NA   NA
 7587176 7587177 LHK_00586 LHK_00587   thrC FALSE 0.345 83.000 0.000 NA N NA
 7587177 7587178 LHK_00587 LHK_00588 thrC   TRUE 0.877 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7587178 7587179 LHK_00588 LHK_00589   metL TRUE 0.788 -7.000 0.000 1.000 N NA
 7587181 7587182 LHK_00591 LHK_00592     FALSE 0.024 275.000 0.000 NA   NA
 7587184 7587185 LHK_00594 LHK_00595   ubiE FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 7587185 7587186 LHK_00595 LHK_00596 ubiE   TRUE 0.961 3.000 0.074 NA   NA
 7587186 7587187 LHK_00596 LHK_00598   queA TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587188 7587189 LHK_00597 LHK_00599 aroQ accB TRUE 0.942 45.000 0.254 1.000 N NA
 7587189 7587190 LHK_00599 LHK_00600 accB accC TRUE 0.920 143.000 0.275 0.001 Y NA
 7587190 7587191 LHK_00600 LHK_00601 accC prmA TRUE 0.983 2.000 0.152 1.000 N NA
 7587191 7587192 LHK_00601 LHK_00602 prmA   TRUE 0.598 112.000 0.058 NA   NA
 7587192 7587193 LHK_00602 LHK_00603     FALSE 0.057 181.000 0.000 NA   NA
 7587193 7587194 LHK_00603 LHK_00604     FALSE 0.380 90.000 0.000 1.000 N NA
 7587194 7587195 LHK_00604 LHK_00605     TRUE 0.528 -16.000 0.000 NA   NA
 7587195 7587196 LHK_00605 LHK_00606   parE TRUE 0.663 14.000 0.000 NA   NA
 7587196 7587197 LHK_00606 LHK_00607 parE syy FALSE 0.418 76.000 0.000 1.000 N NA
 7587199 7587200 LHK_00609 LHK_00610 cysH cysI TRUE 0.916 12.000 0.003 1.000 N NA
 7587200 7587201 LHK_00610 LHK_00611 cysI   TRUE 0.823 -16.000 0.014 NA   NA
 7587201 7587202 LHK_00611 LHK_00612   rmpM FALSE 0.028 250.000 0.000 NA   NA
 7587202 7587203 LHK_00612 LHK_00613 rmpM   TRUE 0.736 51.000 0.009 1.000 N NA
 7587203 7587204 LHK_00613 LHK_00614   syi TRUE 0.977 18.000 0.254 1.000 N NA
 7587204 7587205 LHK_00614 LHK_00615 syi lspA TRUE 0.883 -43.000 0.071 1.000 N NA
 7587205 7587206 LHK_00615 LHK_00616 lspA ispH TRUE 0.982 -3.000 0.019 1.000 Y NA
 7587207 7587208 LHK_00617 LHK_00618   aer-1 TRUE 0.895 -3.000 0.000 0.021   NA
 7587209 7587210 LHK_00619 LHK_00620 purT   TRUE 0.946 -3.000 0.020 1.000   NA
 7587210 7587211 LHK_00620 LHK_00621     FALSE 0.190 108.000 0.000 NA   NA
 7587214 7587215 LHK_00624 LHK_00625     TRUE 0.958 -3.000 0.060 NA   NA
 7587215 7587216 LHK_00625 LHK_00626     TRUE 0.998 0.000 0.854 NA Y NA
 7587216 7587217 LHK_00626 LHK_00627     TRUE 0.961 135.000 0.875 NA Y NA
 7587217 7587218 LHK_00627 LHK_00628     FALSE 0.260 70.000 0.000 NA   NA
 7587218 7587219 LHK_00628 LHK_00629   mfd FALSE 0.242 78.000 0.000 NA   NA
 7587219 7587220 LHK_00629 LHK_00630 mfd   TRUE 0.808 3.000 0.000 1.000   NA
 7587220 7587221 LHK_00630 LHK_00631     TRUE 0.988 0.000 0.279 1.000   NA
 7587221 7587222 LHK_00631 LHK_00632     FALSE 0.215 91.000 0.000 NA   NA
 7587222 7587223 LHK_00632 LHK_00633     FALSE 0.287 59.000 0.000 NA   NA
 7587223 7587224 LHK_00633 LHK_00634     FALSE 0.206 96.000 0.000 NA   NA
 7587224 7587225 LHK_00634 LHK_00635     TRUE 0.536 25.000 0.000 NA   NA
 7587225 7587226 LHK_00635 LHK_00636     FALSE 0.466 60.000 0.000 1.000 N NA
 7587227 7587228 LHK_00637 LHK_00638     TRUE 0.663 14.000 0.000 NA   NA
 7587228 7587229 LHK_00638 LHK_00639   coaD FALSE 0.431 -31.000 0.000 NA   NA
 7587229 7587230 LHK_00639 LHK_00640 coaD   TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587234 7587235 LHK_00644 LHK_00645     FALSE 0.242 78.000 0.000 NA   NA
 7587237 7587238 LHK_00647 LHK_00648     TRUE 0.744 5.000 0.000 NA   NA
 7587242 7587243 LHK_00652 LHK_00653     FALSE 0.084 152.000 0.000 NA   NA
 7587243 7587244 LHK_00653 LHK_00654     FALSE 0.388 135.000 0.009 NA N NA
 7587244 7587245 LHK_00654 LHK_00655   ppk FALSE 0.081 374.000 0.013 NA N NA
 7587245 7587246 LHK_00655 LHK_00656 ppk   TRUE 0.907 0.000 0.004 NA   NA
 7587247 7587248 LHK_00657 LHK_00658 hda   FALSE 0.052 191.000 0.000 NA   NA
 7587249 7587250 LHK_00659 LHK_00660 groES-1 groEL1-1 TRUE 0.981 58.000 0.538 1.000 Y NA
 7587250 7587251 LHK_00660 LHK_00661 groEL1-1   FALSE 0.032 382.000 0.000 1.000 N NA
 7587251 7587252 LHK_00661 LHK_00662     FALSE 0.201 131.000 0.000 NA N NA
 7587252 7587253 LHK_00662 LHK_00663   lep4 FALSE 0.411 131.000 0.008 NA N NA
 7587253 7587254 LHK_00663 LHK_00664 lep4 coaE TRUE 0.587 153.000 0.122 1.000 N NA
 7587254 7587255 LHK_00664 LHK_00665 coaE   TRUE 0.908 29.000 0.110 NA   NA
 7587255 7587256 LHK_00665 LHK_00666     TRUE 0.944 43.000 0.356 NA   NA
 7587256 7587257 LHK_00666 LHK_00667     FALSE 0.137 140.000 0.000 1.000   NA
 7587258 7587259 LHK_00668 LHK_00669     TRUE 0.957 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 7587259 7587260 LHK_00669 LHK_00670     TRUE 0.953 5.000 0.000 1.000 Y NA
 7587260 7587261 LHK_00670 LHK_00671     FALSE 0.372 92.000 0.000 1.000 N NA
 7587261 7587262 LHK_00671 LHK_00672     TRUE 0.562 92.000 0.022 NA   NA
 7587263 7587264 LHK_00673 LHK_00674   sahH FALSE 0.190 144.000 0.000 1.000 N NA
 7587264 7587265 LHK_00674 LHK_00675 sahH   FALSE 0.435 36.000 0.000 NA   NA
 7587265 7587266 LHK_00675 LHK_00676   cstA2 FALSE 0.057 180.000 0.000 NA   NA
 7587266 7587267 LHK_00676 LHK_00677 cstA2   TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7587267 7587268 LHK_00677 LHK_00678     FALSE 0.102 141.000 0.000 NA   NA
 7587268 7587269 LHK_00678 LHK_00679   dapD TRUE 0.968 37.000 0.149 1.000 Y NA
 7587269 7587270 LHK_00679 LHK_00680 dapD   FALSE 0.143 124.000 0.000 NA   NA
 7587272 7587273 LHK_00682 LHK_00683 ndk   TRUE 0.839 69.000 0.156 1.000   NA
 7587273 7587274 LHK_00683 LHK_00684     FALSE 0.332 152.000 0.020 1.000   NA
 7587274 7587275 LHK_00684 LHK_00685   ispG TRUE 0.984 5.000 0.233 1.000   NA
 7587275 7587276 LHK_00685 LHK_00686 ispG syh TRUE 0.779 129.000 0.207 1.000 N NA
 7587276 7587277 LHK_00686 LHK_00687 syh   TRUE 0.980 10.000 0.259 NA   NA
 7587277 7587278 LHK_00687 LHK_00688     TRUE 0.991 1.000 0.492 NA   NA
 7587278 7587279 LHK_00688 LHK_00689     TRUE 0.666 136.000 0.203 NA   NA
 7587279 7587280 LHK_00689 LHK_00690   hfq TRUE 0.647 91.000 0.036 1.000   NA
 7587280 7587281 LHK_00690 LHK_00691 hfq   FALSE 0.023 277.000 0.000 NA   NA
 7587281 7587282 LHK_00691 LHK_00692   hflX FALSE 0.418 -34.000 0.000 NA   NA
 7587282 7587283 LHK_00692 LHK_00693 hflX   TRUE 0.944 35.000 0.184 0.066   NA
 7587283 7587284 LHK_00693 LHK_00694   hflC TRUE 0.999 0.000 0.947 0.012 Y NA
 7587284 7587285 LHK_00694 LHK_00695 hflC hisZ TRUE 0.779 68.000 0.045 1.000 N NA
 7587285 7587286 LHK_00695 LHK_00696 hisZ purA2 TRUE 0.947 30.000 0.161 1.000 N NA
 7587288 7587289 LHK_00698 LHK_00699   fabG2 FALSE 0.025 320.000 0.000 1.000   NA
 7587291 7587292 LHK_00701 LHK_00702 leu2   FALSE 0.319 72.000 0.000 1.000   NA
 7587292 7587293 LHK_00702 LHK_00703     TRUE 0.525 74.000 0.000 0.001   NA
 7587293 7587294 LHK_00703 LHK_00704   leuD2 TRUE 0.972 -3.000 0.096 1.000   NA
 7587294 7587295 LHK_00704 LHK_00705 leuD2   FALSE 0.143 161.000 0.000 1.000 N NA
 7587296 7587297 LHK_00706 LHK_00707 ybdK   TRUE 0.991 20.000 0.907 1.000   NA
 7587297 7587298 LHK_00707 LHK_00708   bcp FALSE 0.092 204.000 0.000 1.000 N NA
 7587299 7587300 LHK_00709 LHK_00710   efp TRUE 0.757 62.000 0.074 NA   NA
 7587302 7587303 LHK_00712 LHK_00713     FALSE 0.419 38.000 0.000 NA   NA
 7587304 7587305 LHK_00714 LHK_00715     FALSE 0.190 144.000 0.000 1.000 N NA
 7587306 7587307 LHK_00716 LHK_00717 metB hem6 TRUE 0.573 43.000 0.000 1.000 N NA
 7587307 7587308 LHK_00717 LHK_00718 hem6 gltB FALSE 0.060 248.000 0.000 1.000 N NA
 7587308 7587309 LHK_00718 LHK_00719 gltB gltD TRUE 0.954 103.000 0.214 0.001 Y NA
 7587311 7587312 LHK_00721 LHK_t11   trnP-1 FALSE 0.292 58.000 0.000 NA   NA
 7587312 7587313 LHK_t11 LHK_t12 trnP-1 trnP-2 TRUE 0.525 26.000 0.000 NA   NA
 7587313 7587314 LHK_t12 LHK_00722 trnP-2 rnh2 FALSE 0.277 64.000 0.000 NA   NA
 7587314 7587315 LHK_00722 LHK_00723 rnh2   TRUE 0.971 4.000 0.004 NA Y NA
 7587315 7587316 LHK_00723 LHK_00724     TRUE 0.600 18.000 0.000 NA   NA
 7587316 7587317 LHK_00724 LHK_00725     FALSE 0.232 83.000 0.000 NA   NA
 7587323 7587324 LHK_00731 LHK_00732   ribD TRUE 0.987 6.000 0.277 NA N NA
 7587324 7587325 LHK_00732 LHK_00733 ribD   TRUE 0.513 51.000 0.000 1.000 N NA
 7587325 7587326 LHK_00733 LHK_00734     FALSE 0.187 109.000 0.000 NA   NA
 7587328 7587329 LHK_00736 LHK_00737     TRUE 0.988 -13.000 0.840 NA   NA
 7587330 7587331 LHK_00738 LHK_00739     FALSE 0.238 80.000 0.000 NA   NA
 7587331 7587332 LHK_00739 LHK_00740     TRUE 0.975 -9.000 0.329 NA   NA
 7587332 7587333 LHK_00740 LHK_00741     FALSE 0.236 110.000 0.000 1.000   NA
 7587334 7587335 LHK_00742 LHK_00743     FALSE 0.159 118.000 0.000 NA   NA
 7587335 7587336 LHK_00743 LHK_00744   sym TRUE 0.725 83.000 0.036 1.000 N NA
 7587336 7587337 LHK_00744 LHK_00745 sym hdeA-1 FALSE 0.050 193.000 0.000 NA   NA
 7587338 7587339 LHK_t13 LHK_t14 trnA-2 trnA-3 FALSE 0.260 70.000 0.000 NA   NA
 7587340 7587341 LHK_00746 LHK_00747 sygA   TRUE 0.903 -3.000 0.003 NA   NA
 7587341 7587342 LHK_00747 LHK_00748   glyS TRUE 0.859 13.000 0.003 NA   NA
 7587342 7587343 LHK_00748 LHK_00749 glyS   TRUE 0.800 101.000 0.123 1.000 N NA
 7587343 7587344 LHK_00749 LHK_00750     TRUE 0.966 -24.000 0.310 1.000 N NA
 7587344 7587345 LHK_00750 LHK_00751     TRUE 0.837 -22.000 0.034 NA   NA
 7587345 7587346 LHK_00751 LHK_00752     TRUE 0.880 30.000 0.071 NA   NA
 7587346 7587347 LHK_00752 LHK_00753     FALSE 0.443 133.000 0.009 1.000 N NA
 7587347 7587348 LHK_00753 LHK_00754   mpl FALSE 0.454 66.000 0.000 1.000 N NA
 7587349 7587350 LHK_00755 LHK_00756 slt   FALSE 0.390 52.000 0.000 1.000   NA
 7587350 7587351 LHK_00756 LHK_00757     TRUE 0.994 4.000 0.533 1.000 N NA
 7587351 7587352 LHK_00757 LHK_00758   selB FALSE 0.491 55.000 0.000 1.000 N NA
 7587352 7587353 LHK_00758 LHK_00759 selB   TRUE 0.995 -6.000 0.569 0.001 N NA
 7587353 7587354 LHK_00759 LHK_00760     FALSE 0.257 100.000 0.000 1.000   NA
 7587354 7587355 LHK_00760 LHK_00761     TRUE 0.636 22.000 0.000 1.000   NA
 7587358 7587359 LHK_00764 LHK_00765     TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7587359 7587360 LHK_00765 LHK_00766     TRUE 0.798 24.000 0.000 0.001   NA
 7587360 7587361 LHK_00766 LHK_00767     FALSE 0.205 97.000 0.000 NA   NA
 7587362 7587363 LHK_00768 LHK_00769     FALSE 0.008 847.000 0.000 NA   NA
 7587364 7587365 LHK_00770 LHK_00771     TRUE 0.738 6.000 0.000 NA   NA
 7587365 7587366 LHK_00771 LHK_00772     FALSE 0.378 43.000 0.000 NA   NA
 7587366 7587367 LHK_00772 LHK_00773     FALSE 0.309 54.000 0.000 NA   NA
 7587367 7587368 LHK_00773 LHK_00774     TRUE 0.985 20.000 0.625 NA   NA
 7587368 7587369 LHK_00774 LHK_00775     TRUE 0.995 -3.000 0.740 NA   NA
 7587370 7587371 LHK_00776 LHK_00777   guaA FALSE 0.401 -40.000 0.000 NA   NA
 7587371 7587372 LHK_00777 LHK_00778 guaA smpB FALSE 0.413 78.000 0.000 1.000 N NA
 7587373 7587374 LHK_00779 LHK_00780     TRUE 0.856 -13.000 0.020 NA   NA
 7587375 7587376 LHK_00781 LHK_00782 fliA1 fleN TRUE 0.974 14.000 0.193 NA N NA
 7587376 7587377 LHK_00782 LHK_00783 fleN flhF TRUE 0.972 -3.000 0.083 NA N NA
 7587377 7587378 LHK_00783 LHK_00784 flhF flhA TRUE 0.808 78.000 0.005 1.000 Y NA
 7587378 7587379 LHK_00784 LHK_00785 flhA flhB1 TRUE 0.986 -3.000 0.012 0.011 Y NA
 7587380 7587381 LHK_00786 LHK_00787 tysY   TRUE 0.982 -3.000 0.134 1.000 N NA
 7587381 7587382 LHK_00787 LHK_00788   pcaD FALSE 0.029 412.000 0.000 1.000 N NA
 7587382 7587383 LHK_00788 LHK_00789 pcaD   TRUE 0.819 104.000 0.027 1.000 Y NA
 7587383 7587384 LHK_00789 LHK_00790     TRUE 0.502 53.000 0.000 1.000 N NA
 7587386 7587387 LHK_00791 LHK_00793   recA FALSE 0.312 75.000 0.000 1.000   NA
 7587387 7587388 LHK_00793 LHK_00794 recA oraA TRUE 0.905 67.000 0.296 1.000   NA
 7587388 7587389 LHK_00794 LHK_00795 oraA   TRUE 0.686 17.000 0.000 1.000   NA
 7587394 7587395 LHK_00800 LHK_00801 fdhE fdoI FALSE 0.355 79.000 0.000 NA N NA
 7587395 7587396 LHK_00801 LHK_00802 fdoI fdoH TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.001 Y NA
 7587396 7587397 LHK_00802 LHK_00803 fdoH   TRUE 0.997 11.000 1.000 0.001   NA
 7587397 7587398 LHK_00803 LHK_00804     TRUE 0.597 49.000 0.000 0.004   NA
 7587399 7587400 LHK_00805 LHK_00806 fdhD   FALSE 0.109 188.000 0.000 1.000 N NA
 7587400 7587401 LHK_00806 LHK_t15   trnS-2 FALSE 0.096 144.000 0.000 NA   NA
 7587402 7587403 LHK_00808 LHK_00807     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7587403 7587404 LHK_00807 LHK_00809     FALSE 0.054 187.000 0.000 NA   NA
 7587404 7587405 LHK_00809 LHK_00810     FALSE 0.128 130.000 0.000 NA   NA
 7587405 7587406 LHK_00810 LHK_00811     FALSE 0.162 117.000 0.000 NA   NA
 7587409 7587410 LHK_00814 LHK_00815     FALSE 0.403 40.000 0.000 NA   NA
 7587411 7587412 LHK_00816 LHK_00817     FALSE 0.273 538.000 0.333 0.062   NA
 7587412 7587413 LHK_00817 LHK_00818     FALSE 0.026 649.000 0.000 0.005   NA
 7587414 7587415 LHK_00819 LHK_00820     TRUE 0.904 20.000 0.000 1.000 Y NA
 7587415 7587416 LHK_00820 LHK_00821     TRUE 0.581 42.000 0.000 1.000 N NA
 7587416 7587417 LHK_00821 LHK_00822     TRUE 0.982 17.000 0.067 0.069 Y NA
 7587420 7587421 LHK_00825 LHK_00826     TRUE 0.663 14.000 0.000 NA   NA
 7587422 7587423 LHK_00827 LHK_00828     TRUE 0.957 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 7587423 7587424 LHK_00828 LHK_00829     TRUE 0.982 2.000 0.193 1.000   NA
 7587424 7587425 LHK_00829 LHK_00830     TRUE 0.953 -3.000 0.044 NA   NA
 7587425 7587426 LHK_00830 LHK_00831     FALSE 0.386 -48.000 0.000 NA   NA
 7587426 7587427 LHK_00831 LHK_00832     TRUE 0.947 12.000 0.054 1.000   NA
 7587427 7587428 LHK_00832 LHK_00833     TRUE 0.978 -7.000 0.023 0.015 Y NA
 7587434 7587435 LHK_00839 LHK_00840     TRUE 0.875 90.000 0.065 1.000 Y NA
 7587435 7587436 LHK_00840 LHK_t16   trnR-1 FALSE 0.012 465.000 0.000 NA   NA
 7587436 7587437 LHK_t16 LHK_t17 trnR-1 trnE-1 TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7587437 7587438 LHK_t17 LHK_t18 trnE-1 trnR-2 TRUE 0.568 21.000 0.000 NA   NA
 7587438 7587439 LHK_t18 LHK_t19 trnR-2 trnE-2 TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7587439 7587440 LHK_t19 LHK_t20 trnE-2 trnR-3 TRUE 0.568 21.000 0.000 NA   NA
 7587440 7587441 LHK_t20 LHK_t21 trnR-3 trnE-3 TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7587442 7587443 LHK_00841 LHK_00842 hypF   FALSE 0.033 234.000 0.000 NA   NA
 7587443 7587444 LHK_00842 LHK_00843     FALSE 0.301 56.000 0.000 NA   NA
 7587444 7587445 LHK_00843 LHK_00844     TRUE 0.868 4.000 0.000 1.000 N NA
 7587447 7587448 LHK_00846 LHK_00847     TRUE 0.694 12.000 0.000 NA   NA
 7587448 7587449 LHK_00847 LHK_00848     TRUE 0.706 71.000 0.000 1.000 Y NA
 7587449 7587450 LHK_00848 LHK_00849     TRUE 0.965 -3.000 0.087 NA   NA
 7587451 7587452 LHK_00850 LHK_00851     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587454 7587455 LHK_00853 LHK_00854     FALSE 0.134 141.000 0.000 1.000   NA
 7587456 7587457 LHK_t22 LHK_t23 trnD-1 trnV-1 TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7587457 7587458 LHK_t23 LHK_t24 trnV-1 trnD-2 TRUE 0.536 25.000 0.000 NA   NA
 7587458 7587459 LHK_t24 LHK_t25 trnD-2 trnV-2 TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7587459 7587460 LHK_t25 LHK_t26 trnV-2 trnD-3 TRUE 0.615 17.000 0.000 NA   NA
 7587460 7587461 LHK_t26 LHK_t27 trnD-3 trnD-4 TRUE 0.727 8.000 0.000 NA   NA
 7587461 7587462 LHK_t27 LHK_t28 trnD-4 trnV-3 TRUE 0.744 5.000 0.000 NA   NA
 7587463 7587464 LHK_00855 LHK_00856 accA mesJ TRUE 0.924 -31.000 0.123 1.000 N NA
 7587466 7587467 LHK_t29 LHK_00858 trnL-2   FALSE 0.403 40.000 0.000 NA   NA
 7587467 7587468 LHK_00858 LHK_00859     FALSE 0.449 -27.000 0.000 NA   NA
 7587468 7587469 LHK_00859 LHK_00860     TRUE 0.508 -18.000 0.000 NA   NA
 7587469 7587470 LHK_00860 LHK_00861     TRUE 0.584 -97.000 0.000 0.013   NA
 7587470 7587471 LHK_00861 LHK_00862   tig FALSE 0.048 225.000 0.000 1.000   NA
 7587471 7587472 LHK_00862 LHK_00863 tig   TRUE 0.996 5.000 0.351 1.000 Y NA
 7587472 7587473 LHK_00863 LHK_00864   clpX TRUE 0.996 8.000 0.352 1.000 Y NA
 7587474 7587475 LHK_00865 LHK_00866     FALSE 0.019 316.000 0.000 NA   NA
 7587475 7587476 LHK_00866 LHK_00867   aroA TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7587477 7587478 LHK_00868 LHK_00869 kcy rpsA TRUE 0.877 109.000 0.281 1.000 N NA
 7587478 7587479 LHK_00869 LHK_00870 rpsA   TRUE 0.986 12.000 0.292 1.000 N NA
 7587479 7587480 LHK_00870 LHK_00871     TRUE 0.644 126.000 0.129 NA   NA
 7587480 7587481 LHK_00871 LHK_00872     TRUE 0.871 68.000 0.229 NA   NA
 7587481 7587482 LHK_00872 LHK_00873   pyrF TRUE 0.935 12.000 0.012 1.000 N NA
 7587482 7587483 LHK_00873 LHK_00874 pyrF rfaE TRUE 0.926 10.000 0.005 1.000 N NA
 7587483 7587484 LHK_00874 LHK_00875 rfaE hldD TRUE 0.996 -3.000 0.191 0.007 Y NA
 7587484 7587485 LHK_00875 LHK_00876 hldD   FALSE 0.418 -96.000 0.000 1.000   NA
 7587486 7587487 LHK_00877 LHK_00878 mltD   TRUE 0.513 196.000 0.233 1.000   NA
 7587488 7587489 LHK_00879 LHK_00880   rnhA TRUE 0.928 -16.000 0.111 1.000   NA
 7587489 7587490 LHK_00880 LHK_00881 rnhA dnaQ TRUE 0.971 46.000 0.248 1.000 Y NA
 7587490 7587491 LHK_00881 LHK_00882 dnaQ ispD TRUE 0.942 -3.000 0.004 1.000 N NA
 7587491 7587492 LHK_00882 LHK_00883 ispD   TRUE 0.994 16.000 0.419 1.000 Y NA
 7587492 7587493 LHK_00883 LHK_00884   rpiA TRUE 0.628 74.000 0.005 1.000 N NA
 7587493 7587494 LHK_00884 LHK_00885 rpiA phoU FALSE 0.416 143.000 0.024 NA N NA
 7587494 7587495 LHK_00885 LHK_00886 phoU ppx TRUE 0.850 91.000 0.050 NA Y NA
 7587499 7587500 LHK_00890 LHK_00891     FALSE 0.325 -129.000 0.000 NA   NA
 7587501 7587502 LHK_00892 LHK_00893     FALSE 0.184 110.000 0.000 NA   NA
 7587502 7587503 LHK_00893 LHK_00894     FALSE 0.022 288.000 0.000 NA   NA
 7587503 7587504 LHK_00894 LHK_00895     FALSE 0.007 1227.000 0.000 NA   NA
 7587504 7587505 LHK_00895 LHK_00896     FALSE 0.403 40.000 0.000 NA   NA
 7587505 7587506 LHK_00896 LHK_00897     FALSE 0.092 146.000 0.000 NA   NA
 7587507 7587508 LHK_00898 LHK_00899     TRUE 0.552 23.000 0.000 NA   NA
 7587508 7587509 LHK_00899 LHK_00900     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7587509 7587510 LHK_00900 LHK_00901     FALSE 0.208 95.000 0.000 NA   NA
 7587510 7587511 LHK_00901 LHK_00902     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587511 7587512 LHK_00902 LHK_00903     FALSE 0.284 60.000 0.000 NA   NA
 7587512 7587513 LHK_00903 LHK_00904     TRUE 0.703 11.000 0.000 NA   NA
 7587513 7587514 LHK_00904 LHK_00905     TRUE 0.543 24.000 0.000 NA   NA
 7587514 7587515 LHK_00905 LHK_00906     TRUE 0.694 12.000 0.000 NA   NA
 7587515 7587516 LHK_00906 LHK_00907     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587516 7587517 LHK_00907 LHK_00908     FALSE 0.053 188.000 0.000 NA   NA
 7587521 7587522 LHK_00911 LHK_00912     FALSE 0.024 265.000 0.000 NA   NA
 7587522 7587523 LHK_00912 LHK_00913     FALSE 0.010 559.000 0.000 NA   NA
 7587523 7587524 LHK_00913 LHK_00914     FALSE 0.010 546.000 0.000 NA   NA
 7587524 7587525 LHK_00914 LHK_00915     FALSE 0.501 28.000 0.000 NA   NA
 7587527 7587528 LHK_00917 LHK_00918     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587530 7587531 LHK_00920 LHK_00921     TRUE 0.716 15.000 0.000 1.000   NA
 7587531 7587532 LHK_00921 LHK_00922     FALSE 0.458 99.000 0.000 0.001   NA
 7587532 7587533 LHK_00922 LHK_00924     FALSE 0.375 55.000 0.000 1.000   NA
 7587533 7587534 LHK_00924 LHK_00925     FALSE 0.147 164.000 0.000 0.051   NA
 7587534 7587535 LHK_00925 LHK_00926     FALSE 0.134 128.000 0.000 NA   NA
 7587535 7587536 LHK_00926 LHK_00927     FALSE 0.149 122.000 0.000 NA   NA
 7587536 7587537 LHK_00927 LHK_00928     FALSE 0.009 673.000 0.000 NA   NA
 7587537 7587538 LHK_00928 LHK_00929     FALSE 0.070 161.000 0.000 NA   NA
 7587540 7587541 LHK_00931 LHK_00932   cspA FALSE 0.023 279.000 0.000 NA   NA
 7587541 7587542 LHK_00932 LHK_00933 cspA   TRUE 0.842 90.000 0.167 1.000 N NA
 7587543 7587544 LHK_00934 LHK_00935   cheR3 TRUE 0.748 63.000 0.025 1.000 N NA
 7587544 7587545 LHK_00935 LHK_00936 cheR3   FALSE 0.407 108.000 0.003 NA   NA
 7587545 7587546 LHK_00936 LHK_00937   argC FALSE 0.161 227.000 0.031 NA   NA
 7587546 7587547 LHK_00937 LHK_00938 argC   FALSE 0.212 137.000 0.000 1.000 N NA
 7587548 7587549 LHK_00939 LHK_00940 dppB dppC TRUE 0.991 -129.000 0.779 0.039 Y NA
 7587549 7587550 LHK_00940 LHK_00941 dppC dppD TRUE 0.997 11.000 0.560 1.000 Y NA
 7587550 7587551 LHK_00941 LHK_00942 dppD dppF TRUE 0.998 -3.000 0.377 0.001 Y NA
 7587552 7587553 LHK_00943 LHK_00944   phbF FALSE 0.310 155.000 0.030 NA   NA
 7587554 7587555 LHK_00945 LHK_00946     FALSE 0.468 114.000 0.017 NA   NA
 7587560 7587561 LHK_00951 LHK_00952 ubiG   TRUE 0.893 44.000 0.104 1.000 N NA
 7587561 7587562 LHK_00952 LHK_00953     FALSE 0.027 254.000 0.000 NA   NA
 7587562 7587563 LHK_00953 LHK_00954     FALSE 0.238 80.000 0.000 NA   NA
 7587563 7587564 LHK_00954 LHK_00955     TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7587564 7587565 LHK_00955 LHK_00956     FALSE 0.064 167.000 0.000 NA   NA
 7587565 7587566 LHK_00956 LHK_00957     FALSE 0.206 118.000 0.000 1.000   NA
 7587567 7587568 LHK_00958 LHK_00959     FALSE 0.046 230.000 0.000 1.000   NA
 7587568 7587569 LHK_00959 LHK_00960     FALSE 0.149 162.000 0.000 0.060   NA
 7587570 7587571 LHK_00961 LHK_00962     FALSE 0.026 256.000 0.000 NA   NA
 7587572 7587573 LHK_00963 LHK_00964 dnaX   TRUE 0.989 4.000 0.411 NA   NA
 7587573 7587574 LHK_00964 LHK_00965   recR TRUE 0.941 74.000 0.604 NA   NA
 7587574 7587575 LHK_00965 LHK_00966 recR   FALSE 0.351 103.000 0.000 1.000 N NA
 7587575 7587576 LHK_00966 LHK_00967     FALSE 0.241 131.000 0.000 1.000 N NA
 7587577 7587578 LHK_00968 LHK_00969     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587578 7587579 LHK_00969 LHK_00970     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7587581 7587582 LHK_00972 LHK_00973 lipA lipB TRUE 0.997 -3.000 0.319 0.001 Y NA
 7587582 7587583 LHK_00973 LHK_00974 lipB   TRUE 0.870 63.000 0.219 NA   NA
 7587583 7587584 LHK_00974 LHK_00975   dacC TRUE 0.670 80.000 0.047 NA   NA
 7587587 7587588 LHK_00978 LHK_00979   fdrA TRUE 0.979 13.000 0.200 1.000 N NA
 7587588 7587589 LHK_00979 LHK_00980 fdrA ylbE TRUE 0.976 21.000 0.412 NA   NA
 7587589 7587590 LHK_00980 LHK_00981 ylbE ylbF TRUE 0.905 53.000 0.265 NA   NA
 7587590 7587591 LHK_00981 LHK_00982 ylbF ybbS TRUE 0.979 1.000 0.188 NA   NA
 7587591 7587592 LHK_00982 LHK_00983 ybbS   TRUE 0.688 28.000 0.000 1.000 N NA
 7587592 7587593 LHK_00983 LHK_00984     TRUE 0.983 3.000 0.042 NA Y NA
 7587593 7587594 LHK_00984 LHK_00985     TRUE 0.984 1.000 0.042 NA Y NA
 7587594 7587595 LHK_00985 LHK_00986     TRUE 0.632 16.000 0.000 NA   NA
 7587596 7587597 LHK_00987 LHK_00988   dcaF TRUE 0.688 28.000 0.000 1.000 N NA
 7587597 7587598 LHK_00988 LHK_00989 dcaF   TRUE 0.978 45.000 0.333 1.000 Y NA
 7587598 7587599 LHK_00989 LHK_00990     TRUE 0.996 3.000 0.333 1.000 Y NA
 7587600 7587601 LHK_00991 LHK_00992     TRUE 0.843 72.000 0.120 1.000 N NA
 7587601 7587602 LHK_00992 LHK_00993   mucK TRUE 0.667 125.000 0.080 1.000 N NA
 7587604 7587605 LHK_00995 LHK_00996     TRUE 0.991 23.000 0.525 0.003 N NA
 7587605 7587606 LHK_00996 LHK_00997   ccoQ TRUE 0.983 12.000 0.185 0.003   NA
 7587606 7587607 LHK_00997 LHK_00998 ccoQ   TRUE 0.995 -3.000 0.462 0.003   NA
 7587607 7587608 LHK_00998 LHK_00999     FALSE 0.218 215.000 0.000 1.000 Y NA
 7587608 7587609 LHK_00999 LHK_01000     FALSE 0.450 128.000 0.030 NA   NA
 7587609 7587610 LHK_01000 LHK_01001     TRUE 0.512 27.000 0.000 NA   NA
 7587611 7587612 LHK_01002 LHK_01003   syr FALSE 0.193 148.000 0.000 0.045   NA
 7587612 7587613 LHK_01003 LHK_01004 syr   FALSE 0.040 211.000 0.000 NA   NA
 7587613 7587614 LHK_01004 LHK_01006   tonB FALSE 0.467 32.000 0.000 NA   NA
 7587618 7587619 LHK_01009 LHK_01010     TRUE 0.995 0.000 0.588 1.000 N NA
 7587619 7587620 LHK_01010 LHK_01011   benE FALSE 0.077 223.000 0.000 1.000 N NA
 7587620 7587621 LHK_01011 LHK_01012 benE mutL FALSE 0.360 98.000 0.000 1.000 N NA
 7587621 7587622 LHK_01012 LHK_01013 mutL   TRUE 0.833 15.000 0.002 NA   NA
 7587622 7587623 LHK_01013 LHK_01014   secF FALSE 0.417 116.000 0.010 NA   NA
 7587625 7587626 LHK_01016 LHK_01017   purU TRUE 0.912 9.000 0.012 NA   NA
 7587626 7587627 LHK_01017 LHK_01018 purU folD TRUE 0.683 82.000 0.019 1.000 N NA
 7587628 7587629 LHK_t31 LHK_t32 trnP-3 trnR-4 TRUE 0.615 17.000 0.000 NA   NA
 7587629 7587630 LHK_t32 LHK_t33 trnR-4 trnH-1 FALSE 0.403 40.000 0.000 NA   NA
 7587631 7587632 LHK_01019 LHK_01020   nahY-1 FALSE 0.017 346.000 0.000 NA   NA
 7587633 7587634 LHK_01021 LHK_01022     TRUE 0.632 16.000 0.000 NA   NA
 7587635 7587636 LHK_01023 LHK_01024     FALSE 0.051 218.000 0.000 1.000   NA
 7587636 7587637 LHK_01024 LHK_01025     FALSE 0.412 -100.000 0.000 1.000   NA
 7587637 7587638 LHK_01025 LHK_01026     FALSE 0.027 477.000 0.000 0.059   NA
 7587638 7587639 LHK_01026 LHK_01027     FALSE 0.034 261.000 0.000 1.000   NA
 7587639 7587640 LHK_01027 LHK_01028     FALSE 0.025 263.000 0.000 NA   NA
 7587642 7587643 LHK_01030 LHK_01031     TRUE 0.622 107.000 0.000 1.000 Y NA
 7587643 7587644 LHK_01031 LHK_01032     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA N NA
 7587647 7587648 LHK_01035 LHK_01036     TRUE 0.980 52.000 0.267 0.001 Y NA
 7587648 7587649 LHK_01036 LHK_01037     TRUE 0.974 69.000 0.267 0.001 Y NA
 7587649 7587650 LHK_01037 LHK_01038   ccrB-1 TRUE 0.868 58.000 0.150 NA N NA
 7587650 7587651 LHK_01038 LHK_01039 ccrB-1 ccrB-2 TRUE 0.992 10.000 0.233 NA Y NA
 7587651 7587652 LHK_01039 LHK_01040 ccrB-2   TRUE 0.823 40.000 0.029 NA N NA
 7587652 7587653 LHK_01040 LHK_01041     TRUE 0.996 17.000 0.460 0.003 Y NA
 7587653 7587654 LHK_01041 LHK_01042   ureG TRUE 0.961 41.000 0.064 0.003 Y NA
 7587654 7587655 LHK_01042 LHK_01043 ureG   TRUE 0.993 -3.000 0.095 0.003 Y NA
 7587655 7587656 LHK_01043 LHK_01044     TRUE 0.841 51.000 0.065 1.000 N NA
 7587656 7587657 LHK_01044 LHK_01045     FALSE 0.403 158.000 0.010 0.063 N NA
 7587658 7587659 LHK_01046 LHK_01047 hdeA-2   FALSE 0.223 88.000 0.000 NA   NA
 7587659 7587660 LHK_01047 LHK_01048     FALSE 0.019 316.000 0.000 NA   NA
 7587660 7587661 LHK_01048 LHK_01049     FALSE 0.255 72.000 0.000 NA   NA
 7587661 7587662 LHK_01049 LHK_01050     FALSE 0.140 125.000 0.000 NA   NA
 7587662 7587663 LHK_01050 LHK_01051   serB FALSE 0.223 88.000 0.000 NA   NA
 7587663 7587664 LHK_01051 LHK_01052 serB   FALSE 0.297 57.000 0.000 NA   NA
 7587664 7587665 LHK_01052 LHK_01053     FALSE 0.493 -19.000 0.000 NA   NA
 7587665 7587666 LHK_01053 LHK_01054     TRUE 0.988 4.000 0.379 NA   NA
 7587666 7587667 LHK_01054 LHK_01055     TRUE 0.996 11.000 0.448 1.000 Y NA
 7587667 7587668 LHK_01055 LHK_01056     TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7587668 7587669 LHK_01056 LHK_01057     TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7587669 7587670 LHK_01057 LHK_01058     TRUE 0.996 4.000 0.389 1.000 Y NA
 7587671 7587672 LHK_01059 LHK_01060     TRUE 0.995 -7.000 0.530 NA Y NA
 7587672 7587673 LHK_01060 LHK_01061     TRUE 0.980 26.000 0.562 NA   NA
 7587673 7587674 LHK_01061 LHK_01062     TRUE 0.797 27.000 0.010 NA   NA
 7587674 7587675 LHK_01062 LHK_01063     TRUE 0.924 2.000 0.012 NA   NA
 7587675 7587676 LHK_01063 LHK_01064     TRUE 0.746 -31.000 0.012 NA   NA
 7587677 7587678 LHK_01065 LHK_01066   sohB FALSE 0.418 76.000 0.000 1.000 N NA
 7587678 7587679 LHK_01066 LHK_01067 sohB   TRUE 0.873 48.000 0.134 1.000   NA
 7587679 7587680 LHK_01067 LHK_01068   rluC TRUE 0.991 -3.000 0.389 1.000   NA
 7587681 7587682 LHK_01069 LHK_t34   trnN-2 FALSE 0.166 115.000 0.000 NA   NA
 7587682 7587683 LHK_t34 LHK_01070 trnN-2   FALSE 0.009 568.000 0.000 NA   NA
 7587683 7587684 LHK_01070 LHK_01071     TRUE 0.989 -13.000 0.895 NA   NA
 7587684 7587685 LHK_01071 LHK_01072     TRUE 0.995 -3.000 0.787 NA   NA
 7587685 7587686 LHK_01072 LHK_01073     TRUE 0.756 154.000 0.468 NA   NA
 7587686 7587687 LHK_01073 LHK_01074   csy4_1 TRUE 0.712 10.000 0.000 NA   NA
 7587687 7587688 LHK_01074 LHK_01075 csy4_1   FALSE 0.011 477.000 0.000 NA   NA
 7587688 7587689 LHK_01075 LHK_01076     FALSE 0.034 228.000 0.000 NA   NA
 7587689 7587690 LHK_01076 LHK_01077     FALSE 0.009 568.000 0.000 NA   NA
 7587690 7587691 LHK_01077 LHK_01078     TRUE 0.997 6.000 0.489 1.000 Y NA
 7587691 7587692 LHK_01078 LHK_01079   yadQ TRUE 0.912 18.000 0.000 1.000 Y NA
 7587692 7587693 LHK_01079 LHK_01080 yadQ   FALSE 0.212 92.000 0.000 NA   NA
 7587693 7587694 LHK_01080 LHK_01081     FALSE 0.149 122.000 0.000 NA   NA
 7587695 7587696 LHK_01082 LHK_01083     FALSE 0.218 90.000 0.000 NA   NA
 7587696 7587697 LHK_01083 LHK_01084     FALSE 0.334 49.000 0.000 NA   NA
 7587697 7587698 LHK_01084 LHK_01085     FALSE 0.427 37.000 0.000 NA   NA
 7587699 7587700 LHK_01086 LHK_01087     FALSE 0.171 223.000 0.032 NA   NA
 7587701 7587702 LHK_01088 LHK_01089     FALSE 0.497 38.000 0.000 1.000   NA
 7587702 7587703 LHK_01089 LHK_01090     FALSE 0.391 -45.000 0.000 NA   NA
 7587705 7587706 LHK_01092 LHK_01093   selD FALSE 0.395 41.000 0.000 NA   NA
 7587708 7587709 LHK_01095 LHK_01096 ybaT gadC TRUE 0.844 51.000 0.000 0.003 Y NA
 7587710 7587711 LHK_01097 LHK_01098     TRUE 0.772 10.000 0.000 1.000   NA
 7587711 7587712 LHK_01098 LHK_01099   dppC2 TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7587712 7587713 LHK_01099 LHK_01100 dppC2   TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7587715 7587716 LHK_01102 LHK_01103 lpxK   TRUE 0.952 -19.000 0.263 NA   NA
 7587716 7587717 LHK_01103 LHK_01104   kdsB TRUE 0.986 0.000 0.265 NA   NA
 7587717 7587718 LHK_01104 LHK_01105 kdsB kad TRUE 0.871 41.000 0.056 1.000 N NA
 7587718 7587719 LHK_01105 LHK_01106 kad   FALSE 0.063 197.000 0.000 1.000   NA
 7587719 7587720 LHK_01106 LHK_01107   prkA FALSE 0.048 196.000 0.000 NA   NA
 7587720 7587721 LHK_01107 LHK_01108 prkA   TRUE 0.961 53.000 0.683 NA   NA
 7587721 7587722 LHK_01108 LHK_01109     TRUE 0.988 19.000 0.761 NA   NA
 7587724 7587725 LHK_01111 LHK_01112 phaC thiL FALSE 0.118 319.000 0.000 1.000 Y NA
 7587728 7587729 LHK_01115 LHK_01116     FALSE 0.014 509.000 0.000 1.000   NA
 7587729 7587730 LHK_01116 LHK_01117     FALSE 0.039 213.000 0.000 NA   NA
 7587731 7587732 LHK_01118 LHK_01119     FALSE 0.381 -52.000 0.000 NA   NA
 7587732 7587733 LHK_01119 LHK_01120     FALSE 0.443 -28.000 0.000 NA   NA
 7587734 7587735 LHK_01121 LHK_01122     FALSE 0.437 -30.000 0.000 NA   NA
 7587735 7587736 LHK_01122 LHK_01123     TRUE 0.830 22.000 0.011 NA   NA
 7587736 7587737 LHK_01123 LHK_01124     TRUE 0.974 6.000 0.111 NA N NA
 7587737 7587738 LHK_01124 LHK_01125     TRUE 0.946 2.000 0.021 1.000   NA
 7587738 7587739 LHK_01125 LHK_01126     FALSE 0.070 161.000 0.000 NA   NA
 7587739 7587740 LHK_01126 LHK_01127     FALSE 0.277 64.000 0.000 NA   NA
 7587740 7587741 LHK_01127 LHK_01129     TRUE 0.738 6.000 0.000 NA   NA
 7587742 7587743 LHK_01128 LHK_01130     FALSE 0.253 73.000 0.000 NA   NA
 7587744 7587745 LHK_01132 LHK_01131     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7587746 7587747 LHK_01133 LHK_01134     FALSE 0.024 271.000 0.000 NA   NA
 7587747 7587748 LHK_01134 LHK_01135     FALSE 0.042 208.000 0.000 NA   NA
 7587749 7587750 LHK_01136 LHK_01137     FALSE 0.011 502.000 0.000 NA   NA
 7587754 7587755 LHK_01141 LHK_01142     TRUE 0.738 6.000 0.000 NA   NA
 7587755 7587756 LHK_01142 LHK_01143     TRUE 0.761 1.000 0.000 NA   NA
 7587756 7587757 LHK_01143 LHK_01145     TRUE 0.996 -3.000 1.000 NA   NA
 7587757 7587758 LHK_01145 LHK_01144     TRUE 0.984 0.000 0.231 NA   NA
 7587758 7587759 LHK_01144 LHK_01146     FALSE 0.343 48.000 0.000 NA   NA
 7587759 7587760 LHK_01146 LHK_01147     FALSE 0.013 411.000 0.000 NA   NA
 7587760 7587761 LHK_01147 LHK_01148     TRUE 0.988 -10.000 0.714 NA   NA
 7587761 7587762 LHK_01148 LHK_01149     TRUE 0.919 -60.000 0.238 NA   NA
 7587762 7587763 LHK_01149 LHK_01150     TRUE 0.758 2.000 0.000 NA   NA
 7587763 7587764 LHK_01150 LHK_01151     FALSE 0.073 159.000 0.000 NA   NA
 7587764 7587765 LHK_01151 LHK_01152     TRUE 0.945 82.000 0.714 NA   NA
 7587765 7587766 LHK_01152 LHK_01153     TRUE 0.699 93.000 0.088 NA   NA
 7587766 7587767 LHK_01153 LHK_01154     FALSE 0.028 247.000 0.000 NA   NA
 7587767 7587768 LHK_01154 LHK_01155     FALSE 0.045 201.000 0.000 NA   NA
 7587768 7587769 LHK_01155 LHK_01156     TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7587769 7587770 LHK_01156 LHK_01157     TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7587770 7587771 LHK_01157 LHK_01158     FALSE 0.023 279.000 0.000 NA   NA
 7587771 7587772 LHK_01158 LHK_01159     FALSE 0.324 51.000 0.000 NA   NA
 7587772 7587773 LHK_01159 LHK_01160     FALSE 0.060 174.000 0.000 NA   NA
 7587773 7587774 LHK_01160 LHK_01161     FALSE 0.013 425.000 0.000 NA   NA
 7587774 7587775 LHK_01161 LHK_01163     TRUE 0.936 26.000 0.167 NA   NA
 7587775 7587776 LHK_01163 LHK_01164   ner FALSE 0.268 128.000 0.000 0.058   NA
 7587777 7587778 LHK_01165 LHK_01166     FALSE 0.149 122.000 0.000 NA   NA
 7587778 7587779 LHK_01166 LHK_01167     FALSE 0.369 44.000 0.000 NA   NA
 7587779 7587780 LHK_01167 LHK_01168     FALSE 0.044 202.000 0.000 NA   NA
 7587780 7587781 LHK_01168 LHK_01169     TRUE 0.974 -34.000 0.667 NA   NA
 7587781 7587782 LHK_01169 LHK_01170     FALSE 0.041 209.000 0.000 NA   NA
 7587783 7587784 LHK_01171 LHK_01172     FALSE 0.412 -100.000 0.000 1.000   NA
 7587784 7587785 LHK_01172 LHK_01173     FALSE 0.027 477.000 0.000 0.057   NA
 7587785 7587786 LHK_01173 LHK_01174   hsdR-1 FALSE 0.054 211.000 0.000 1.000   NA
 7587786 7587787 LHK_01174 LHK_01175 hsdR-1 hsdR-2 TRUE 0.663 -49.000 0.000 0.002   NA
 7587788 7587789 LHK_01176 LHK_01177     FALSE 0.458 33.000 0.000 NA   NA
 7587789 7587790 LHK_01177 LHK_01178     TRUE 0.763 20.000 0.000 0.057   NA
 7587790 7587791 LHK_01178 LHK_01179     FALSE 0.017 335.000 0.000 NA   NA
 7587791 7587792 LHK_01179 LHK_01180     FALSE 0.476 31.000 0.000 NA   NA
 7587793 7587794 LHK_t35 LHK_01181 trnS-3   FALSE 0.260 70.000 0.000 NA   NA
 7587795 7587796 LHK_01182 LHK_01183     TRUE 0.998 8.000 0.520 0.037 Y NA
 7587796 7587797 LHK_01183 LHK_01184     TRUE 0.996 12.000 0.520 1.000 Y NA
 7587797 7587798 LHK_01184 LHK_01185     TRUE 0.959 24.000 0.115 0.100 N NA
 7587798 7587799 LHK_01185 LHK_01186     TRUE 0.974 3.000 0.077 1.000 N NA
 7587799 7587800 LHK_01186 LHK_01187     TRUE 0.956 -7.000 0.087 1.000 N NA
 7587801 7587802 LHK_01188 LHK_01189 fecE   TRUE 0.995 -7.000 0.500 1.000 Y NA
 7587802 7587803 LHK_01189 LHK_01190     TRUE 0.981 1.000 0.015 1.000 Y NA
 7587803 7587804 LHK_01190 LHK_01192     TRUE 0.993 -7.000 0.384 1.000 Y NA
 7587806 7587807 LHK_01193 LHK_01194     TRUE 0.731 57.000 0.046 NA   NA
 7587808 7587809 LHK_01195 LHK_01196 chuW   FALSE 0.165 355.000 0.135 NA   NA
 7587809 7587810 LHK_01196 LHK_01197     TRUE 0.855 -15.000 0.027 NA   NA
 7587810 7587811 LHK_01197 LHK_01198     FALSE 0.418 -34.000 0.000 NA   NA
 7587811 7587812 LHK_01198 LHK_01199   rpe FALSE 0.223 88.000 0.000 NA   NA
 7587812 7587813 LHK_01199 LHK_01200 rpe   FALSE 0.093 226.000 0.000 0.007   NA
 7587814 7587815 LHK_01201 LHK_01202   recB-1 TRUE 0.997 -13.000 0.688 0.001 Y NA
 7587815 7587816 LHK_01202 LHK_01203 recB-1 recC TRUE 0.998 -3.000 0.542 0.001 Y NA
 7587816 7587817 LHK_01203 LHK_01204 recC   TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587817 7587818 LHK_01204 LHK_01205   mltB TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587818 7587819 LHK_01205 LHK_01206 mltB hrcA TRUE 0.799 33.000 0.003 1.000 N NA
 7587820 7587821 LHK_01207 LHK_01208     TRUE 0.758 2.000 0.000 NA   NA
 7587821 7587822 LHK_01208 LHK_01209     FALSE 0.015 378.000 0.000 NA   NA
 7587823 7587824 LHK_01210 LHK_01211 recN ppnK TRUE 0.938 36.000 0.170 1.000 N NA
 7587824 7587825 LHK_01211 LHK_01212 ppnK   TRUE 0.535 48.000 0.000 1.000 N NA
 7587829 7587830 LHK_01216 LHK_01217 htrA   TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7587830 7587831 LHK_01217 LHK_01218     FALSE 0.462 -24.000 0.000 NA   NA
 7587831 7587832 LHK_01218 LHK_01219     TRUE 0.979 -3.000 0.109 1.000 N NA
 7587832 7587833 LHK_01219 LHK_01220     TRUE 0.999 6.000 0.908 0.052 Y NA
 7587833 7587834 LHK_01220 LHK_01221   rnfD TRUE 0.999 -3.000 0.924 0.052 Y NA
 7587834 7587835 LHK_01221 LHK_01222 rnfD   TRUE 0.999 6.000 0.814 0.052 Y NA
 7587835 7587836 LHK_01222 LHK_01223   rnfB2 TRUE 0.998 -3.000 0.537 0.052 Y NA
 7587836 7587837 LHK_01223 LHK_01224 rnfB2   TRUE 0.998 -3.000 0.564 0.052 Y NA
 7587837 7587838 LHK_01224 LHK_01225   acsA FALSE 0.107 191.000 0.000 1.000 N NA
 7587838 7587839 LHK_01225 LHK_01227 acsA actP FALSE 0.385 148.000 0.032 1.000   NA
 7587839 7587840 LHK_01227 LHK_01226 actP   TRUE 0.995 -3.000 0.826 NA   NA
 7587842 7587843 LHK_01229 LHK_01230 ybbF   TRUE 0.899 58.000 0.237 1.000   NA
 7587843 7587844 LHK_01230 LHK_01231   ppiA TRUE 0.938 43.000 0.015 0.004 Y NA
 7587846 7587847 LHK_01233 LHK_t36   trnG-2 FALSE 0.242 78.000 0.000 NA   NA
 7587848 7587849 LHK_01234 LHK_01235     FALSE 0.387 42.000 0.000 NA   NA
 7587851 7587852 LHK_01237 LHK_01238 purL   FALSE 0.123 132.000 0.000 NA   NA
 7587853 7587854 LHK_01239 LHK_01240 bfr   TRUE 0.889 56.000 0.039 NA Y NA
 7587854 7587855 LHK_01240 LHK_01241     FALSE 0.302 102.000 0.000 NA N NA
 7587856 7587857 LHK_01242 LHK_01243 leuB   TRUE 0.946 92.000 0.196 0.043 Y NA
 7587857 7587858 LHK_01243 LHK_01244     TRUE 0.893 90.000 0.025 0.001 Y NA
 7587860 7587861 LHK_01247 LHK_01248     FALSE 0.352 174.000 0.083 NA   NA
 7587861 7587862 LHK_01248 LHK_01249   truA TRUE 0.648 -78.000 0.006 NA   NA
 7587862 7587863 LHK_01249 LHK_01250 truA trpF TRUE 0.978 9.000 0.139 1.000 N NA
 7587863 7587864 LHK_01250 LHK_01251 trpF trpB TRUE 0.994 -13.000 0.375 0.002 Y NA
 7587864 7587865 LHK_01251 LHK_01252 trpB trpA TRUE 0.997 8.000 0.344 0.001 Y NA
 7587865 7587866 LHK_01252 LHK_01253 trpA accD TRUE 0.909 66.000 0.232 1.000 N NA
 7587868 7587869 LHK_01255 LHK_01256     FALSE 0.143 124.000 0.000 NA   NA
 7587869 7587870 LHK_01256 LHK_01257     TRUE 0.991 -3.000 0.223 0.060 N NA
 7587870 7587871 LHK_01257 LHK_01258     TRUE 0.993 2.000 0.455 1.000 N NA
 7587872 7587873 LHK_01259 LHK_01260     FALSE 0.154 120.000 0.000 NA   NA
 7587873 7587874 LHK_01260 LHK_01261     TRUE 0.992 -3.000 0.524 NA   NA
 7587876 7587877 LHK_01263 LHK_01264   catA FALSE 0.343 48.000 0.000 NA   NA
 7587877 7587878 LHK_01264 LHK_01265 catA   FALSE 0.103 140.000 0.000 NA   NA
 7587880 7587881 LHK_01267 LHK_01268     FALSE 0.236 81.000 0.000 NA   NA
 7587881 7587882 LHK_01268 LHK_01269   nadE TRUE 0.559 46.000 0.000 0.099   NA
 7587887 7587888 LHK_01273 LHK_01274     FALSE 0.195 104.000 0.000 NA   NA
 7587888 7587889 LHK_01274 LHK_01275     FALSE 0.021 292.000 0.000 NA   NA
 7587889 7587890 LHK_01275 LHK_01276     FALSE 0.017 349.000 0.000 NA   NA
 7587890 7587891 LHK_01276 LHK_01277     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7587891 7587892 LHK_01277 LHK_01278     FALSE 0.198 103.000 0.000 NA   NA
 7587892 7587893 LHK_01278 LHK_01279     FALSE 0.103 140.000 0.000 NA   NA
 7587894 7587895 LHK_01280 LHK_01281     FALSE 0.028 450.000 0.000 0.057   NA
 7587895 7587896 LHK_01281 LHK_01282     FALSE 0.128 130.000 0.000 NA   NA
 7587896 7587897 LHK_01282 LHK_01283     FALSE 0.077 157.000 0.000 NA   NA
 7587898 7587899 LHK_01284 LHK_01285     FALSE 0.092 146.000 0.000 NA   NA
 7587899 7587900 LHK_01285 LHK_01286     TRUE 0.959 10.000 0.100 NA   NA
 7587900 7587901 LHK_01286 LHK_01287     FALSE 0.347 -91.000 0.000 NA   NA
 7587901 7587902 LHK_01287 LHK_01288     FALSE 0.146 123.000 0.000 NA   NA
 7587902 7587903 LHK_01288 LHK_01289     TRUE 0.980 -3.000 0.143 NA N NA
 7587904 7587905 LHK_01290 LHK_01292     TRUE 0.649 -6.000 0.000 NA   NA
 7587905 7587906 LHK_01292 LHK_01293     TRUE 0.933 -13.000 0.103 1.000   NA
 7587906 7587907 LHK_01293 LHK_01294     TRUE 0.964 11.000 0.133 NA   NA
 7587907 7587908 LHK_01294 LHK_01295     TRUE 0.985 0.000 0.044 NA Y NA
 7587908 7587909 LHK_01295 LHK_01296     FALSE 0.087 209.000 0.000 1.000 N NA
 7587910 7587911 LHK_01297 LHK_01298     FALSE 0.010 521.000 0.000 NA   NA
 7587914 7587915 LHK_01301 LHK_01302     FALSE 0.198 103.000 0.000 NA   NA
 7587915 7587916 LHK_01302 LHK_01303     FALSE 0.427 37.000 0.000 NA   NA
 7587916 7587917 LHK_01303 LHK_01304     TRUE 0.943 24.000 0.176 NA   NA
 7587917 7587918 LHK_01304 LHK_01305     FALSE 0.244 77.000 0.000 NA   NA
 7587918 7587919 LHK_01305 LHK_01306     FALSE 0.166 115.000 0.000 NA   NA
 7587919 7587920 LHK_01306 LHK_01307     FALSE 0.086 151.000 0.000 NA   NA
 7587921 7587922 LHK_01308 LHK_01309     TRUE 0.632 16.000 0.000 NA   NA
 7587922 7587923 LHK_01309 LHK_01310     FALSE 0.025 263.000 0.000 NA   NA
 7587924 7587925 LHK_01311 LHK_01312     FALSE 0.176 112.000 0.000 NA   NA
 7587926 7587927 LHK_01313 LHK_01314     TRUE 0.600 18.000 0.000 NA   NA
 7587928 7587929 LHK_01315 LHK_01316     TRUE 0.663 14.000 0.000 NA   NA
 7587931 7587932 LHK_01318 LHK_01319     FALSE 0.072 160.000 0.000 NA   NA
 7587932 7587933 LHK_01319 LHK_01320     FALSE 0.202 100.000 0.000 NA   NA
 7587933 7587934 LHK_01320 LHK_01321     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587934 7587935 LHK_01321 LHK_01322     TRUE 0.959 -72.000 0.533 NA   NA
 7587935 7587936 LHK_01322 LHK_01323     TRUE 0.982 5.000 0.240 NA   NA
 7587936 7587937 LHK_01323 LHK_01324   cfa TRUE 0.933 -3.000 0.016 NA   NA
 7587937 7587938 LHK_01324 LHK_01325 cfa   TRUE 0.982 -3.000 0.213 NA   NA
 7587938 7587939 LHK_01325 LHK_01326     TRUE 0.995 -3.000 0.722 NA   NA
 7587941 7587942 LHK_01328 LHK_01329     FALSE 0.462 -24.000 0.000 NA   NA
 7587942 7587943 LHK_01329 LHK_01330     FALSE 0.351 -85.000 0.000 NA   NA
 7587947 7587948 LHK_01334 LHK_01335     FALSE 0.117 134.000 0.000 NA   NA
 7587950 7587951 LHK_01337 LHK_01338     FALSE 0.008 736.000 0.000 NA   NA
 7587951 7587952 LHK_01338 LHK_01339     TRUE 0.738 6.000 0.000 NA   NA
 7587952 7587953 LHK_01339 LHK_01340     FALSE 0.418 76.000 0.000 1.000 N NA
 7587955 7587956 LHK_01342 LHK_01343     FALSE 0.198 103.000 0.000 NA   NA
 7587957 7587958 LHK_01344 LHK_01345 zur   TRUE 0.969 -3.000 0.103 NA   NA
 7587958 7587959 LHK_01345 LHK_01346     TRUE 0.680 13.000 0.000 NA   NA
 7587959 7587960 LHK_01346 LHK_01347   znuC TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7587960 7587961 LHK_01347 LHK_01348 znuC   TRUE 0.998 -3.000 0.465 0.097 Y NA
 7587961 7587962 LHK_01348 LHK_01349   znuA TRUE 0.994 16.000 0.400 1.000 Y NA
 7587962 7587963 LHK_01349 LHK_01350 znuA rarD TRUE 0.552 23.000 0.000 NA   NA
 7587964 7587965 LHK_01351 LHK_01352     FALSE 0.250 74.000 0.000 NA   NA
 7587965 7587966 LHK_01352 LHK_01353     FALSE 0.313 -169.000 0.000 NA   NA
 7587966 7587967 LHK_01353 LHK_01354     FALSE 0.236 81.000 0.000 NA   NA
 7587967 7587968 LHK_01354 LHK_01356     TRUE 0.744 5.000 0.000 NA   NA
 7587968 7587969 LHK_01356 LHK_01355     FALSE 0.270 68.000 0.000 NA   NA
 7587969 7587970 LHK_01355 LHK_01357     FALSE 0.128 130.000 0.000 NA   NA
 7587970 7587971 LHK_01357 LHK_01358     FALSE 0.163 116.000 0.000 NA   NA
 7587971 7587972 LHK_01358 LHK_01359   cheY3-2 FALSE 0.084 152.000 0.000 NA   NA
 7587972 7587973 LHK_01359 LHK_01360 cheY3-2 cheV1-2 TRUE 0.947 16.000 0.000 0.015 Y NA
 7587973 7587974 LHK_01360 LHK_01361 cheV1-2 nahY-2 FALSE 0.261 234.000 0.000 0.018 Y NA
 7587974 7587975 LHK_01361 LHK_01362 nahY-2   FALSE 0.033 235.000 0.000 NA   NA
 7587975 7587976 LHK_01362 LHK_01363     FALSE 0.443 -28.000 0.000 NA   NA
 7587976 7587977 LHK_01363 LHK_01364     TRUE 0.615 17.000 0.000 NA   NA
 7587977 7587978 LHK_01364 LHK_01365     FALSE 0.011 481.000 0.000 NA   NA
 7587978 7587979 LHK_01365 LHK_01366     FALSE 0.008 808.000 0.000 NA   NA
 7587979 7587980 LHK_01366 LHK_01367     FALSE 0.022 369.000 0.000 1.000   NA
 7587982 7587983 LHK_01369 LHK_01370 trh1   TRUE 0.598 40.000 0.000 1.000 N NA
 7587985 7587986 LHK_01372 LHK_01373     FALSE 0.285 87.000 0.000 1.000   NA
 7587986 7587987 LHK_01373 LHK_01374     TRUE 0.772 10.000 0.000 1.000   NA
 7587987 7587988 LHK_01374 LHK_01375     TRUE 0.790 16.000 0.000 1.000 N NA
 7587988 7587989 LHK_01375 LHK_01376   emrR TRUE 0.858 40.000 0.039 1.000 N NA
 7587990 7587991 LHK_01377 LHK_01378     FALSE 0.501 28.000 0.000 NA   NA
 7587992 7587993 LHK_01379 LHK_01380     FALSE 0.355 59.000 0.000 1.000   NA
 7587993 7587994 LHK_01380 LHK_01381   phs TRUE 0.955 -3.000 0.034 1.000   NA
 7587994 7587995 LHK_01381 LHK_01382 phs   TRUE 0.604 131.000 0.059 1.000 N NA
 7587997 7587998 LHK_01385 LHK_01384   ydgF TRUE 0.999 0.000 0.869 0.058 Y NA
 7588000 7588001 LHK_01387 LHK_01388     FALSE 0.232 83.000 0.000 NA   NA
 7588001 7588002 LHK_01388 LHK_01389     FALSE 0.061 201.000 0.000 1.000   NA
 7588002 7588003 LHK_01389 LHK_01390     FALSE 0.318 52.000 0.000 NA   NA
 7588003 7588004 LHK_01390 LHK_01391   maeB TRUE 0.681 71.000 0.043 NA   NA
 7588004 7588005 LHK_01391 LHK_01392 maeB   FALSE 0.328 165.000 0.019 1.000 N NA
 7588005 7588006 LHK_01392 LHK_01393   dctQ TRUE 0.998 4.000 0.882 NA Y NA
 7588006 7588007 LHK_01393 LHK_01394 dctQ   TRUE 0.764 134.000 0.076 NA Y NA
 7588008 7588009 LHK_01395 LHK_01396   pcnB FALSE 0.413 78.000 0.000 1.000 N NA
 7588009 7588010 LHK_01396 LHK_01397 pcnB   TRUE 0.989 -3.000 0.234 1.000 N NA
 7588010 7588011 LHK_01397 LHK_01398   panB TRUE 0.886 110.000 0.117 1.000 Y NA
 7588011 7588012 LHK_01398 LHK_01399 panB panC TRUE 0.994 26.000 0.395 0.001 Y NA
 7588012 7588013 LHK_01399 LHK_01400 panC panD TRUE 0.972 57.000 0.342 1.000 Y NA
 7588013 7588014 LHK_01400 LHK_01401 panD   FALSE 0.318 52.000 0.000 NA   NA
 7588016 7588017 LHK_01403 LHK_01404   syq FALSE 0.311 113.000 0.000 1.000 N NA
 7588017 7588018 LHK_01404 LHK_01405 syq syc TRUE 0.917 58.000 0.032 0.042 Y NA
 7588018 7588019 LHK_01405 LHK_01406 syc rpmE TRUE 0.728 111.000 0.003 1.000 Y NA
 7588022 7588023 LHK_01409 LHK_01410     FALSE 0.460 63.000 0.000 1.000 N NA
 7588023 7588024 LHK_01410 LHK_01411   glnD FALSE 0.074 477.000 0.000 1.000 Y NA
 7588024 7588025 LHK_01411 LHK_01412 glnD   TRUE 0.911 5.000 0.004 1.000   NA
 7588025 7588026 LHK_01412 LHK_01413     TRUE 0.996 -3.000 0.631 0.058   NA
 7588027 7588028 LHK_01414 LHK_01415 ampA holC TRUE 0.985 -13.000 0.494 1.000 N NA
 7588028 7588029 LHK_01415 LHK_01416 holC   TRUE 0.643 21.000 0.000 1.000   NA
 7588029 7588030 LHK_01416 LHK_01417     FALSE 0.361 58.000 0.000 1.000   NA
 7588031 7588032 LHK_01418 LHK_01419     TRUE 0.552 23.000 0.000 NA   NA
 7588032 7588033 LHK_01419 LHK_01420     TRUE 0.993 0.000 0.500 1.000   NA
 7588033 7588034 LHK_01420 LHK_01421     TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7588034 7588035 LHK_01421 LHK_01422   nfrB TRUE 0.988 -3.000 0.068 1.000 Y NA
 7588037 7588038 LHK_01424 LHK_01425     TRUE 0.997 -3.000 0.600 0.036 N NA
 7588038 7588039 LHK_01425 LHK_01426     TRUE 0.995 13.000 0.833 1.000 N NA
 7588039 7588040 LHK_01426 LHK_01427     FALSE 0.138 163.000 0.000 1.000 N NA
 7588040 7588041 LHK_01427 LHK_01428     TRUE 0.958 0.000 0.000 1.000 Y NA
 7588041 7588042 LHK_01428 LHK_01429   dapB TRUE 0.637 62.000 0.002 1.000 N NA
 7588042 7588043 LHK_01429 LHK_01430 dapB smpA TRUE 0.970 -3.000 0.049 1.000 N NA
 7588044 7588045 LHK_01431 LHK_01432 fur lftR TRUE 0.946 -3.000 0.006 1.000 N NA
 7588045 7588046 LHK_01432 LHK_01433 lftR ate TRUE 0.989 -13.000 0.285 1.000 Y NA
 7588046 7588047 LHK_01433 LHK_01434 ate   FALSE 0.210 93.000 0.000 NA   NA
 7588048 7588049 LHK_01435 LHK_01436     FALSE 0.287 59.000 0.000 NA   NA
 7588049 7588050 LHK_01436 LHK_01437     FALSE 0.419 38.000 0.000 NA   NA
 7588050 7588051 LHK_01437 LHK_01438     TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7588051 7588052 LHK_01438 LHK_01439     TRUE 0.983 -10.000 0.087 0.050 Y NA
 7588052 7588053 LHK_01439 LHK_01440     FALSE 0.186 665.000 0.029 0.050 Y NA
 7588053 7588054 LHK_01440 LHK_01441     TRUE 0.997 -3.000 0.284 0.050 Y NA
 7588054 7588055 LHK_01441 LHK_01443     TRUE 0.960 10.000 0.000 0.050 Y NA
 7588055 7588056 LHK_01443 LHK_01444     FALSE 0.443 81.000 0.000 0.028   NA
 7588056 7588057 LHK_01444 LHK_01445     FALSE 0.418 84.000 0.000 0.050   NA
 7588057 7588058 LHK_01445 LHK_01446   speA FALSE 0.036 354.000 0.000 1.000 N NA
 7588058 7588059 LHK_01446 LHK_01447 speA   FALSE 0.026 448.000 0.000 1.000 N NA
 7588059 7588060 LHK_01447 LHK_01448   trpC FALSE 0.410 79.000 0.000 1.000 N NA
 7588060 7588061 LHK_01448 LHK_01449 trpC   TRUE 0.805 21.000 0.005 NA   NA
 7588061 7588062 LHK_01449 LHK_01450   mogA TRUE 0.895 8.000 0.006 NA   NA
 7588062 7588063 LHK_01450 LHK_01451 mogA   TRUE 0.922 -16.000 0.117 NA   NA
 7588063 7588064 LHK_01451 LHK_01453     FALSE 0.431 -31.000 0.000 NA   NA
 7588067 7588068 LHK_01455 LHK_01456 fcbC2   TRUE 0.846 -22.000 0.042 NA   NA
 7588068 7588069 LHK_01456 LHK_01457     TRUE 0.582 67.000 0.010 NA   NA
 7588069 7588070 LHK_01457 LHK_01458   rpoE FALSE 0.102 157.000 0.000 1.000   NA
 7588070 7588071 LHK_01458 LHK_01459 rpoE   TRUE 0.990 -6.000 0.705 NA   NA
 7588071 7588072 LHK_01459 LHK_01460     TRUE 0.591 68.000 0.012 NA   NA
 7588072 7588073 LHK_01460 LHK_01461   mucD FALSE 0.476 48.000 0.000 NA N NA
 7588073 7588074 LHK_01461 LHK_01462 mucD   TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588074 7588075 LHK_01462 LHK_01463   lepA FALSE 0.279 63.000 0.000 NA   NA
 7588075 7588076 LHK_01463 LHK_01464 lepA lepB TRUE 0.928 43.000 0.187 1.000 N NA
 7588076 7588077 LHK_01464 LHK_01465 lepB rnc TRUE 0.632 142.000 0.117 1.000 N NA
 7588077 7588078 LHK_01465 LHK_01466 rnc   TRUE 0.974 -3.000 0.058 0.032   NA
 7588078 7588079 LHK_01466 LHK_01467   recO TRUE 0.948 11.000 0.049 1.000   NA
 7588079 7588080 LHK_01467 LHK_01468 recO pdxJ TRUE 0.905 49.000 0.166 1.000 N NA
 7588080 7588081 LHK_01468 LHK_01469 pdxJ acpS TRUE 0.991 -3.000 0.326 1.000 N NA
 7588082 7588083 LHK_01470 LHK_01471 nahY-3   FALSE 0.112 187.000 0.000 1.000 N NA
 7588083 7588084 LHK_01471 LHK_01472   menG TRUE 0.689 22.000 0.000 NA N NA
 7588084 7588085 LHK_01472 LHK_01473 menG   FALSE 0.380 70.000 0.000 NA N NA
 7588085 7588086 LHK_01473 LHK_01474   fixJ1 FALSE 0.028 302.000 0.000 1.000   NA
 7588086 7588087 LHK_01474 LHK_01475 fixJ1   FALSE 0.047 226.000 0.000 1.000   NA
 7588087 7588088 LHK_01475 LHK_01476     FALSE 0.423 74.000 0.000 1.000 N NA
 7588088 7588089 LHK_01476 LHK_01477     TRUE 0.986 -3.000 0.273 NA   NA
 7588089 7588090 LHK_01477 LHK_01478     TRUE 0.983 3.000 0.233 NA   NA
 7588092 7588093 LHK_01480 LHK_01481     FALSE 0.041 209.000 0.000 NA   NA
 7588093 7588094 LHK_01481 LHK_01482   trxB TRUE 0.872 10.000 0.003 NA   NA
 7588096 7588097 LHK_01484 LHK_01485   sya FALSE 0.260 70.000 0.000 NA   NA
 7588097 7588098 LHK_01485 LHK_01486 sya   FALSE 0.269 124.000 0.000 1.000 N NA
 7588098 7588099 LHK_01486 LHK_01487   sltY TRUE 0.979 19.000 0.110 1.000 Y NA
 7588099 7588100 LHK_01487 LHK_01488 sltY   TRUE 0.641 34.000 0.000 1.000 N NA
 7588100 7588101 LHK_01488 LHK_01490   trkA TRUE 0.975 0.000 0.000 0.002 Y NA
 7588101 7588102 LHK_01490 LHK_01489 trkA   TRUE 0.606 -9.000 0.000 NA   NA
 7588103 7588104 LHK_01491 LHK_01492     TRUE 0.713 164.000 0.204 0.004 N NA
 7588105 7588106 LHK_01493 LHK_01494 algC trpD FALSE 0.022 536.000 0.000 1.000 N NA
 7588106 7588107 LHK_01494 LHK_01495 trpD pabA TRUE 0.988 9.000 0.105 1.000 Y NA
 7588107 7588108 LHK_01495 LHK_01496 pabA   FALSE 0.028 429.000 0.000 1.000 N NA
 7588108 7588109 LHK_01496 LHK_01497     TRUE 0.819 0.000 0.000 1.000   NA
 7588109 7588110 LHK_01497 LHK_01498     TRUE 0.948 3.000 0.040 NA   NA
 7588110 7588111 LHK_01498 LHK_01499     FALSE 0.395 41.000 0.000 NA   NA
 7588111 7588112 LHK_01499 LHK_01500     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588112 7588113 LHK_01500 LHK_01501     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588113 7588114 LHK_01501 LHK_01502     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588114 7588115 LHK_01502 LHK_01503     FALSE 0.008 823.000 0.000 NA   NA
 7588116 7588117 LHK_01504 LHK_01505     FALSE 0.009 699.000 0.000 NA   NA
 7588117 7588118 LHK_01505 LHK_01506     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588118 7588119 LHK_01506 LHK_01507     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588119 7588120 LHK_01507 LHK_01508     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588120 7588121 LHK_01508 LHK_01509     FALSE 0.053 188.000 0.000 NA   NA
 7588121 7588122 LHK_01509 LHK_01510     FALSE 0.168 130.000 0.000 1.000   NA
 7588122 7588123 LHK_01510 LHK_01511     TRUE 0.814 1.000 0.000 1.000   NA
 7588123 7588124 LHK_01511 LHK_01512     TRUE 0.920 -7.000 0.051 NA   NA
 7588124 7588125 LHK_01512 LHK_01513     TRUE 0.703 11.000 0.000 NA   NA
 7588127 7588128 LHK_01515 LHK_01516   hsdM-1 FALSE 0.143 124.000 0.000 NA   NA
 7588128 7588129 LHK_01516 LHK_01517 hsdM-1   TRUE 0.992 -3.000 0.076 0.054 Y NA
 7588129 7588130 LHK_01517 LHK_01518     TRUE 0.947 -3.000 0.032 NA   NA
 7588130 7588131 LHK_01518 LHK_01519     FALSE 0.049 195.000 0.000 NA   NA
 7588131 7588132 LHK_01519 LHK_01520     TRUE 0.983 -13.000 0.583 NA   NA
 7588132 7588133 LHK_01520 LHK_01521   hsdR-3 TRUE 0.738 6.000 0.000 NA   NA
 7588133 7588134 LHK_01521 LHK_01522 hsdR-3   FALSE 0.019 319.000 0.000 NA   NA
 7588135 7588136 LHK_01523 LHK_01524     TRUE 0.560 -13.000 0.000 NA   NA
 7588136 7588137 LHK_01524 LHK_01525     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7588137 7588138 LHK_01525 LHK_01526     FALSE 0.423 82.000 0.000 0.054   NA
 7588138 7588139 LHK_01526 LHK_01527     TRUE 0.680 13.000 0.000 NA   NA
 7588139 7588140 LHK_01527 LHK_01528     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588140 7588141 LHK_01528 LHK_01529     FALSE 0.022 280.000 0.000 NA   NA
 7588141 7588142 LHK_01529 LHK_01530     FALSE 0.021 298.000 0.000 NA   NA
 7588142 7588143 LHK_01530 LHK_01531     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588143 7588144 LHK_01531 LHK_01532     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588144 7588145 LHK_01532 LHK_01533     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588145 7588146 LHK_01533 LHK_01534     FALSE 0.015 377.000 0.000 NA   NA
 7588147 7588148 LHK_01535 LHK_01537     FALSE 0.275 65.000 0.000 NA   NA
 7588148 7588149 LHK_01537 LHK_01538     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7588149 7588150 LHK_01538 LHK_01539     TRUE 0.974 2.000 0.143 NA   NA
 7588150 7588151 LHK_01539 LHK_01540     TRUE 0.960 42.000 0.500 NA   NA
 7588151 7588152 LHK_01540 LHK_01541     TRUE 0.978 -19.000 0.583 NA   NA
 7588152 7588153 LHK_01541 LHK_01542     TRUE 0.987 19.000 0.667 NA   NA
 7588153 7588154 LHK_01542 LHK_01543     TRUE 0.648 15.000 0.000 NA   NA
 7588154 7588155 LHK_01543 LHK_01544     TRUE 0.680 13.000 0.000 NA   NA
 7588155 7588156 LHK_01544 LHK_01545     FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 7588156 7588157 LHK_01545 LHK_01546     TRUE 0.990 0.000 0.400 NA   NA
 7588157 7588158 LHK_01546 LHK_01547     FALSE 0.200 101.000 0.000 NA   NA
 7588158 7588159 LHK_01547 LHK_01548     TRUE 0.994 -3.000 0.600 NA   NA
 7588160 7588161 LHK_01549 LHK_01550     TRUE 0.969 10.000 0.154 NA   NA
 7588162 7588163 LHK_01551 LHK_01552     TRUE 0.703 11.000 0.000 NA   NA
 7588163 7588164 LHK_01552 LHK_01553     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588164 7588165 LHK_01553 LHK_01554     FALSE 0.221 89.000 0.000 NA   NA
 7588165 7588166 LHK_01554 LHK_01555     FALSE 0.041 209.000 0.000 NA   NA
 7588166 7588167 LHK_01555 LHK_01556     TRUE 0.632 16.000 0.000 NA   NA
 7588167 7588168 LHK_01556 LHK_01557     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588168 7588169 LHK_01557 LHK_01558     TRUE 0.508 -18.000 0.000 NA   NA
 7588171 7588172 LHK_01560 LHK_01561 yfjL   TRUE 0.886 98.000 0.407 NA   NA
 7588173 7588174 LHK_01562 LHK_01563     FALSE 0.018 326.000 0.000 NA   NA
 7588175 7588176 LHK_01564 LHK_01565     FALSE 0.493 -19.000 0.000 NA   NA
 7588177 7588178 LHK_01566 LHK_01567     FALSE 0.010 538.000 0.000 NA   NA
 7588180 7588181 LHK_01569 LHK_01570     FALSE 0.476 -22.000 0.000 NA   NA
 7588182 7588183 LHK_01571 LHK_01572   atkA FALSE 0.215 91.000 0.000 NA   NA
 7588183 7588184 LHK_01572 LHK_01573 atkA   TRUE 0.993 16.000 0.201 0.001 Y NA
 7588184 7588185 LHK_01573 LHK_01574   atkC TRUE 0.999 13.000 0.877 0.001 Y NA
 7588185 7588186 LHK_01574 LHK_01575 atkC kdpD TRUE 0.929 30.000 0.100 1.000 N NA
 7588186 7588187 LHK_01575 LHK_01576 kdpD kdpE TRUE 0.990 -3.000 0.096 1.000 Y NA
 7588190 7588191 LHK_01581 LHK_01582 phnM phnL TRUE 0.982 -3.000 0.016 1.000 Y NA
 7588191 7588192 LHK_01582 LHK_01583 phnL phnK TRUE 0.999 5.000 0.859 0.016 Y NA
 7588192 7588193 LHK_01583 LHK_01584 phnK phnJ TRUE 0.999 -3.000 0.883 1.000 Y NA
 7588193 7588194 LHK_01584 LHK_01585 phnJ phnI TRUE 0.999 -3.000 0.880 1.000 Y NA
 7588194 7588195 LHK_01585 LHK_01586 phnI phnH TRUE 0.999 4.000 0.960 0.001 Y NA
 7588195 7588196 LHK_01586 LHK_01587 phnH phnG TRUE 0.999 0.000 0.967 0.001 Y NA
 7588197 7588198 LHK_01588 LHK_01589 phnF phnN TRUE 0.952 0.000 0.018 NA N NA
 7588198 7588199 LHK_01589 LHK_01590 phnN   TRUE 0.621 91.000 0.000 NA Y NA
 7588201 7588202 LHK_01591 LHK_01593 cysA2   TRUE 0.998 -3.000 0.857 0.035 N NA
 7588206 7588207 LHK_01596 LHK_01597 nrdE   FALSE 0.304 55.000 0.000 NA   NA
 7588211 7588212 LHK_01602 LHK_01603   dsbC FALSE 0.482 57.000 0.000 1.000 N NA
 7588214 7588215 LHK_01605 LHK_01606 uvrA   TRUE 0.914 6.000 0.002 NA N NA
 7588215 7588216 LHK_01606 LHK_01607     FALSE 0.170 139.000 0.000 NA N NA
 7588216 7588217 LHK_01607 LHK_01608     FALSE 0.081 215.000 0.000 1.000 N NA
 7588217 7588218 LHK_01608 LHK_01609   fadB FALSE 0.487 133.000 0.000 1.000 Y NA
 7588218 7588219 LHK_01609 LHK_01610 fadB fadA TRUE 0.978 78.000 0.588 1.000 Y NA
 7588220 7588221 LHK_01611 LHK_01612     FALSE 0.056 184.000 0.000 NA   NA
 7588221 7588222 LHK_01612 LHK_01613     TRUE 0.785 8.000 0.000 1.000   NA
 7588224 7588225 LHK_01615 LHK_01616     TRUE 0.984 82.000 0.625 0.035 Y NA
 7588226 7588227 LHK_01617 LHK_01618     FALSE 0.159 118.000 0.000 NA   NA
 7588230 7588231 LHK_01621 LHK_01622     TRUE 0.596 96.000 0.036 NA   NA
 7588232 7588233 LHK_01623 LHK_01624     FALSE 0.008 808.000 0.000 NA   NA
 7588233 7588234 LHK_01624 LHK_01625     TRUE 0.714 63.000 0.047 NA   NA
 7588235 7588236 LHK_01626 LHK_01627     TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7588236 7588237 LHK_01627 LHK_01628     TRUE 0.586 -18.000 0.000 1.000   NA
 7588237 7588238 LHK_01628 LHK_01629     FALSE 0.270 68.000 0.000 NA   NA
 7588238 7588239 LHK_01629 LHK_01630     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588239 7588240 LHK_01630 LHK_01631     FALSE 0.081 154.000 0.000 NA   NA
 7588240 7588241 LHK_01631 LHK_01632     TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7588241 7588242 LHK_01632 LHK_01633     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588242 7588243 LHK_01633 LHK_01634     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588243 7588244 LHK_01634 LHK_01635     TRUE 0.920 -16.000 0.111 NA   NA
 7588244 7588245 LHK_01635 LHK_01636     TRUE 0.560 -13.000 0.000 NA   NA
 7588245 7588246 LHK_01636 LHK_01637     TRUE 0.582 -12.000 0.000 NA   NA
 7588246 7588247 LHK_01637 LHK_01638     TRUE 0.971 4.000 0.125 NA   NA
 7588247 7588248 LHK_01638 LHK_01639     TRUE 0.712 10.000 0.000 NA   NA
 7588250 7588251 LHK_01641 LHK_01642     FALSE 0.367 -67.000 0.000 NA   NA
 7588251 7588252 LHK_01642 LHK_01644     FALSE 0.099 143.000 0.000 NA   NA
 7588252 7588253 LHK_01644 LHK_01643     FALSE 0.487 30.000 0.000 NA   NA
 7588253 7588254 LHK_01643 LHK_01645     TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7588254 7588255 LHK_01645 LHK_01646     TRUE 0.974 -3.000 0.133 NA   NA
 7588255 7588256 LHK_01646 LHK_01647     TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7588256 7588257 LHK_01647 LHK_01648     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7588257 7588258 LHK_01648 LHK_01649     FALSE 0.370 -64.000 0.000 NA   NA
 7588258 7588259 LHK_01649 LHK_01650     TRUE 0.528 -16.000 0.000 NA   NA
 7588259 7588260 LHK_01650 LHK_01651     TRUE 0.680 13.000 0.000 NA   NA
 7588260 7588261 LHK_01651 LHK_01652     TRUE 0.983 10.000 0.300 NA   NA
 7588261 7588262 LHK_01652 LHK_01653     TRUE 0.712 10.000 0.000 NA   NA
 7588262 7588263 LHK_01653 LHK_01654     TRUE 0.582 -12.000 0.000 NA   NA
 7588263 7588264 LHK_01654 LHK_01655     FALSE 0.206 96.000 0.000 NA   NA
 7588264 7588265 LHK_01655 LHK_01656     FALSE 0.458 33.000 0.000 NA   NA
 7588265 7588266 LHK_01656 LHK_01657     FALSE 0.077 157.000 0.000 NA   NA
 7588266 7588267 LHK_01657 LHK_01658     TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7588267 7588268 LHK_01658 LHK_01659     TRUE 0.986 12.000 0.350 1.000   NA
 7588268 7588269 LHK_01659 LHK_01661     TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7588269 7588270 LHK_01661 LHK_01662     FALSE 0.361 -76.000 0.000 NA   NA
 7588272 7588273 LHK_01664 LHK_01665     FALSE 0.215 91.000 0.000 NA   NA
 7588273 7588274 LHK_01665 LHK_01666     FALSE 0.246 76.000 0.000 NA   NA
 7588274 7588275 LHK_01666 LHK_01667     FALSE 0.007 1400.000 0.000 NA   NA
 7588275 7588276 LHK_01667 LHK_01669     FALSE 0.008 929.000 0.000 NA   NA
 7588278 7588279 LHK_01670 LHK_01671     TRUE 0.694 12.000 0.000 NA   NA
 7588279 7588280 LHK_01671 LHK_01672     TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7588280 7588281 LHK_01672 LHK_01673     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7588282 7588283 LHK_01674 LHK_01675     FALSE 0.014 398.000 0.000 NA   NA
 7588283 7588284 LHK_01675 LHK_01676     FALSE 0.033 235.000 0.000 NA   NA
 7588284 7588285 LHK_01676 LHK_01677     FALSE 0.202 100.000 0.000 NA   NA
 7588285 7588286 LHK_01677 LHK_01678     FALSE 0.257 71.000 0.000 NA   NA
 7588286 7588287 LHK_01678 LHK_01679     TRUE 0.703 11.000 0.000 NA   NA
 7588287 7588288 LHK_01679 LHK_01680     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588288 7588289 LHK_01680 LHK_01681     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588289 7588290 LHK_01681 LHK_01682     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588290 7588291 LHK_01682 LHK_01683     TRUE 0.595 -10.000 0.000 NA   NA
 7588291 7588292 LHK_01683 LHK_01684     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588293 7588294 LHK_01685 LHK_01686     TRUE 0.528 -16.000 0.000 NA   NA
 7588295 7588296 LHK_01687 LHK_01688   potF2 TRUE 0.543 110.000 0.006 1.000 N NA
 7588296 7588297 LHK_01688 LHK_01689 potF2 betT FALSE 0.056 367.000 0.000 0.034 N NA
 7588297 7588298 LHK_01689 LHK_01690 betT trxA FALSE 0.243 108.000 0.000 1.000   NA
 7588298 7588299 LHK_01690 LHK_01691 trxA rho TRUE 0.669 113.000 0.087 1.000   NA
 7588299 7588300 LHK_01691 LHK_01692 rho   FALSE 0.227 86.000 0.000 NA   NA
 7588300 7588301 LHK_01692 LHK_01693     TRUE 0.663 14.000 0.000 NA   NA
 7588301 7588302 LHK_01693 LHK_01694     FALSE 0.226 112.000 0.000 1.000   NA
 7588302 7588303 LHK_01694 LHK_01695   cysN TRUE 0.938 0.000 0.000 0.001 N NA
 7588304 7588305 LHK_01696 LHK_01697     FALSE 0.039 325.000 0.000 1.000 N NA
 7588305 7588306 LHK_01697 LHK_01698     TRUE 0.908 70.000 0.027 0.004 Y NA
 7588306 7588307 LHK_01698 LHK_01699   bolA TRUE 0.946 27.000 0.162 NA N NA
 7588307 7588308 LHK_01699 LHK_01700 bolA   TRUE 0.969 -3.000 0.103 NA   NA
 7588308 7588309 LHK_01700 LHK_01701   ispZ TRUE 0.983 1.000 0.224 NA   NA
 7588309 7588310 LHK_01701 LHK_01702 ispZ   FALSE 0.123 132.000 0.000 NA   NA
 7588310 7588311 LHK_01702 LHK_01703     FALSE 0.242 78.000 0.000 NA   NA
 7588311 7588312 LHK_01703 LHK_01704     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588313 7588314 LHK_01705 LHK_01706 aer-3   TRUE 0.879 7.000 0.000 0.018   NA
 7588314 7588315 LHK_01706 LHK_01707     FALSE 0.107 138.000 0.000 NA   NA
 7588315 7588316 LHK_01707 LHK_01708     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588318 7588319 LHK_01710 LHK_01711 rbsK rbsD TRUE 0.978 4.000 0.010 1.000 Y NA
 7588319 7588320 LHK_01711 LHK_01712 rbsD rbsA TRUE 0.993 10.000 0.243 1.000 Y NA
 7588320 7588321 LHK_01712 LHK_01713 rbsA rbsC TRUE 0.996 1.000 0.358 1.000 Y NA
 7588321 7588322 LHK_01713 LHK_01714 rbsC rbsB TRUE 0.982 83.000 0.847 NA Y NA
 7588323 7588324 LHK_01715 LHK_01716   sodB1 FALSE 0.052 191.000 0.000 NA   NA
 7588324 7588325 LHK_01716 LHK_01717 sodB1   FALSE 0.084 152.000 0.000 NA   NA
 7588325 7588326 LHK_01717 LHK_01718     TRUE 0.595 -10.000 0.000 NA   NA
 7588327 7588328 LHK_01719 LHK_01720   kup FALSE 0.019 406.000 0.000 1.000   NA
 7588328 7588329 LHK_01720 LHK_01721 kup   FALSE 0.121 175.000 0.000 1.000 N NA
 7588329 7588330 LHK_01721 LHK_01722     TRUE 0.761 1.000 0.000 NA   NA
 7588330 7588331 LHK_01722 LHK_01723     FALSE 0.140 125.000 0.000 NA   NA
 7588331 7588332 LHK_01723 LHK_01724     TRUE 0.560 -13.000 0.000 NA   NA
 7588332 7588333 LHK_01724 LHK_01725   darR TRUE 0.959 -3.000 0.062 NA   NA
 7588334 7588335 LHK_01726 LHK_01727     FALSE 0.008 1029.000 0.000 NA   NA
 7588335 7588336 LHK_01727 LHK_01728     TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7588336 7588337 LHK_01728 LHK_01729     FALSE 0.205 97.000 0.000 NA   NA
 7588337 7588338 LHK_01729 LHK_01730     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588338 7588339 LHK_01730 LHK_01731     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588339 7588340 LHK_01731 LHK_01732     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588340 7588341 LHK_01732 LHK_01733     FALSE 0.011 486.000 0.000 NA   NA
 7588341 7588342 LHK_01733 LHK_01734     TRUE 0.965 -3.000 0.087 NA   NA
 7588344 7588345 LHK_01736 LHK_01737     FALSE 0.010 521.000 0.000 NA   NA
 7588345 7588346 LHK_01737 LHK_t38   trnL-3 FALSE 0.011 495.000 0.000 NA   NA
 7588347 7588348 LHK_01738 LHK_01740 dnaB   TRUE 0.904 17.000 0.010 1.000 N NA
 7588348 7588349 LHK_01740 LHK_01741     TRUE 0.896 -58.000 0.179 NA   NA
 7588349 7588350 LHK_01741 LHK_01742   pmbA FALSE 0.018 329.000 0.000 NA   NA
 7588350 7588351 LHK_01742 LHK_01743 pmbA   TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588351 7588352 LHK_01743 LHK_01744     FALSE 0.454 66.000 0.000 1.000 N NA
 7588352 7588353 LHK_01744 LHK_01745   pepD TRUE 0.525 49.000 0.000 1.000 N NA
 7588353 7588354 LHK_01745 LHK_t39 pepD trnT-2 FALSE 0.137 126.000 0.000 NA   NA
 7588355 7588356 LHK_01746 LHK_01747     FALSE 0.369 44.000 0.000 NA   NA
 7588358 7588359 LHK_01749 LHK_01750     TRUE 0.758 2.000 0.000 NA   NA
 7588359 7588360 LHK_01750 LHK_01751     FALSE 0.054 187.000 0.000 NA   NA
 7588360 7588361 LHK_01751 LHK_01752     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588361 7588362 LHK_01752 LHK_01753     TRUE 0.508 -18.000 0.000 NA   NA
 7588362 7588363 LHK_01753 LHK_01754     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588363 7588364 LHK_01754 LHK_01755     TRUE 0.758 2.000 0.000 NA   NA
 7588364 7588365 LHK_01755 LHK_01756     FALSE 0.387 42.000 0.000 NA   NA
 7588365 7588366 LHK_01756 LHK_01757     FALSE 0.049 194.000 0.000 NA   NA
 7588366 7588367 LHK_01757 LHK_01758     TRUE 0.988 -18.000 1.000 NA   NA
 7588367 7588368 LHK_01758 LHK_01759     TRUE 0.990 0.000 0.400 NA   NA
 7588368 7588369 LHK_01759 LHK_01760     TRUE 0.970 40.000 0.600 NA   NA
 7588369 7588370 LHK_01760 LHK_01761     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588370 7588371 LHK_01761 LHK_01762     FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 7588371 7588372 LHK_01762 LHK_01763     TRUE 0.560 -13.000 0.000 NA   NA
 7588372 7588373 LHK_01763 LHK_01764     FALSE 0.111 136.000 0.000 NA   NA
 7588373 7588374 LHK_01764 LHK_01765     TRUE 0.739 165.000 0.531 NA   NA
 7588374 7588375 LHK_01765 LHK_01766     TRUE 0.970 15.000 0.222 NA   NA
 7588375 7588376 LHK_01766 LHK_01767     TRUE 0.695 61.000 0.038 NA   NA
 7588376 7588377 LHK_01767 LHK_01768     TRUE 0.985 -13.000 0.635 NA   NA
 7588377 7588378 LHK_01768 LHK_01769     TRUE 0.975 -3.000 0.146 NA   NA
 7588378 7588379 LHK_01769 LHK_01771     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588379 7588380 LHK_01771 LHK_01770     TRUE 0.694 12.000 0.000 NA   NA
 7588380 7588381 LHK_01770 LHK_01772     TRUE 0.811 46.000 0.071 NA   NA
 7588381 7588382 LHK_01772 LHK_01773     TRUE 0.866 66.000 0.214 NA   NA
 7588382 7588383 LHK_01773 LHK_01774     TRUE 0.965 -34.000 0.500 NA   NA
 7588383 7588384 LHK_01774 LHK_01775     TRUE 0.983 -3.000 0.227 NA   NA
 7588384 7588385 LHK_01775 LHK_01776     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588385 7588386 LHK_01776 LHK_01777     FALSE 0.015 382.000 0.000 NA   NA
 7588386 7588387 LHK_01777 LHK_01778     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588387 7588388 LHK_01778 LHK_01779     FALSE 0.395 41.000 0.000 NA   NA
 7588388 7588389 LHK_01779 LHK_01780     FALSE 0.034 231.000 0.000 NA   NA
 7588389 7588390 LHK_01780 LHK_01781     TRUE 0.951 4.000 0.048 NA   NA
 7588390 7588391 LHK_01781 LHK_01782     FALSE 0.131 129.000 0.000 NA   NA
 7588391 7588392 LHK_01782 LHK_01783     FALSE 0.016 372.000 0.000 NA   NA
 7588392 7588393 LHK_01783 LHK_01784     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588393 7588394 LHK_01784 LHK_01785     TRUE 0.699 -7.000 0.000 1.000   NA
 7588396 7588397 LHK_01787 LHK_01788     FALSE 0.370 -64.000 0.000 NA   NA
 7588397 7588398 LHK_01788 LHK_01789     TRUE 0.732 7.000 0.000 NA   NA
 7588399 7588400 LHK_01790 LHK_01791   recB-2 TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588400 7588401 LHK_01791 LHK_01792 recB-2   TRUE 0.985 18.000 0.571 NA   NA
 7588401 7588402 LHK_01792 LHK_01793     TRUE 0.971 6.000 0.143 NA   NA
 7588402 7588403 LHK_01793 LHK_01794     TRUE 0.680 13.000 0.000 NA   NA
 7588403 7588404 LHK_01794 LHK_01795     TRUE 0.586 19.000 0.000 NA   NA
 7588404 7588405 LHK_01795 LHK_01796     FALSE 0.318 52.000 0.000 NA   NA
 7588405 7588406 LHK_01796 LHK_01797     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588406 7588407 LHK_01797 LHK_01798   recF TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588410 7588411 LHK_01801 LHK_01802     FALSE 0.343 48.000 0.000 NA   NA
 7588411 7588412 LHK_01802 LHK_01803   nrdA FALSE 0.223 88.000 0.000 NA   NA
 7588412 7588413 LHK_01803 LHK_01804 nrdA   FALSE 0.170 113.000 0.000 NA   NA
 7588414 7588415 LHK_01805 LHK_01806     FALSE 0.176 112.000 0.000 NA   NA
 7588419 7588420 LHK_01810 LHK_01811     FALSE 0.223 88.000 0.000 NA   NA
 7588420 7588421 LHK_01811 LHK_01812     FALSE 0.418 76.000 0.000 1.000 N NA
 7588421 7588422 LHK_01812 LHK_01813   qseC-2 TRUE 0.957 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 7588423 7588424 LHK_01814 LHK_01815   lrgA TRUE 0.993 -3.000 0.500 1.000   NA
 7588425 7588426 LHK_01816 LHK_01817     TRUE 0.801 -19.000 0.014 NA   NA
 7588427 7588428 LHK_01818 LHK_01819 map1   FALSE 0.366 95.000 0.000 1.000 N NA
 7588430 7588431 LHK_01821 LHK_01822 trmU   TRUE 0.909 -3.000 0.005 NA   NA
 7588431 7588432 LHK_01822 LHK_01823     TRUE 0.770 -28.000 0.015 NA   NA
 7588432 7588433 LHK_01823 LHK_01824     FALSE 0.275 65.000 0.000 NA   NA
 7588433 7588434 LHK_01824 LHK_01825     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588435 7588436 LHK_01826 LHK_01827     TRUE 0.957 -3.000 0.057 NA   NA
 7588436 7588437 LHK_01827 LHK_01828   lolC TRUE 0.712 10.000 0.000 NA   NA
 7588437 7588438 LHK_01828 LHK_01829 lolC lolD TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA N NA
 7588438 7588439 LHK_01829 LHK_01830 lolD aefA TRUE 0.619 81.000 0.005 0.098   NA
 7588439 7588440 LHK_01830 LHK_01831 aefA   TRUE 0.946 -3.000 0.020 1.000   NA
 7588440 7588441 LHK_01831 LHK_01832   ntpA-1 TRUE 0.953 1.000 0.012 1.000 N NA
 7588441 7588442 LHK_01832 LHK_01833 ntpA-1   TRUE 0.854 18.000 0.000 0.012 N NA
 7588444 7588445 LHK_01835 LHK_01836   gyrA FALSE 0.085 210.000 0.000 1.000 N NA
 7588445 7588446 LHK_01836 LHK_01837 gyrA   TRUE 0.747 35.000 0.002 NA N NA
 7588446 7588447 LHK_01837 LHK_01838     TRUE 0.998 -3.000 0.845 NA Y NA
 7588447 7588448 LHK_01838 LHK_01839   serC TRUE 0.680 49.000 0.004 NA N NA
 7588448 7588449 LHK_01839 LHK_01840 serC pheA TRUE 0.973 28.000 0.121 1.000 Y NA
 7588449 7588450 LHK_01840 LHK_01841 pheA   FALSE 0.490 73.000 0.003 NA   NA
 7588450 7588451 LHK_01841 LHK_01842   his8-2 FALSE 0.232 83.000 0.000 NA   NA
 7588452 7588453 LHK_01843 LHK_01844 trpE gph TRUE 0.724 136.000 0.233 1.000   NA
 7588453 7588454 LHK_01844 LHK_01845 gph maoC FALSE 0.460 71.000 0.000 0.043   NA
 7588454 7588455 LHK_01845 LHK_01846 maoC nagZ FALSE 0.423 74.000 0.000 1.000 N NA
 7588455 7588456 LHK_01846 LHK_01847 nagZ   FALSE 0.225 87.000 0.000 NA   NA
 7588456 7588457 LHK_01847 LHK_01848     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588457 7588458 LHK_01848 LHK_01849   elaB TRUE 0.928 4.000 0.016 NA   NA
 7588458 7588459 LHK_01849 LHK_01850 elaB sye FALSE 0.061 172.000 0.000 NA   NA
 7588459 7588460 LHK_01850 LHK_01851 sye   FALSE 0.022 287.000 0.000 NA   NA
 7588462 7588463 LHK_01853 LHK_01854 fabI   FALSE 0.260 70.000 0.000 NA   NA
 7588463 7588464 LHK_01854 LHK_01855     TRUE 0.634 -171.000 0.011 NA   NA
 7588464 7588465 LHK_01855 LHK_01856   dapF TRUE 0.978 -3.000 0.175 NA   NA
 7588467 7588468 LHK_01858 LHK_01859     FALSE 0.137 126.000 0.000 NA   NA
 7588468 7588469 LHK_01859 LHK_01860     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588470 7588471 LHK_01861 LHK_01862 putA   TRUE 0.609 178.000 0.222 1.000 N NA
 7588472 7588473 LHK_01863 LHK_01864     TRUE 0.536 25.000 0.000 NA   NA
 7588474 7588475 LHK_01865 LHK_01866     FALSE 0.008 719.000 0.000 NA   NA
 7588476 7588477 LHK_01867 LHK_01868     FALSE 0.060 174.000 0.000 NA   NA
 7588477 7588478 LHK_01868 LHK_01869     FALSE 0.320 -151.000 0.000 NA   NA
 7588480 7588481 LHK_01871 LHK_01872   mtgA FALSE 0.046 199.000 0.000 NA   NA
 7588481 7588482 LHK_01872 LHK_01873 mtgA aroE TRUE 0.787 76.000 0.107 1.000   NA
 7588482 7588483 LHK_01873 LHK_01874 aroE   TRUE 0.817 33.000 0.011 NA N NA
 7588484 7588485 LHK_01875 LHK_01876   glnA FALSE 0.242 78.000 0.000 NA   NA
 7588486 7588487 LHK_01877 LHK_01878 groEL1-2 groES-2 TRUE 0.986 57.000 0.538 0.087 Y NA
 7588487 7588488 LHK_01878 LHK_01879 groES-2   FALSE 0.015 377.000 0.000 NA   NA
 7588488 7588489 LHK_01879 LHK_01880     FALSE 0.487 30.000 0.000 NA   NA
 7588491 7588492 LHK_01882 LHK_01883     FALSE 0.159 118.000 0.000 NA   NA
 7588492 7588493 LHK_01883 LHK_01884     FALSE 0.073 159.000 0.000 NA   NA
 7588495 7588496 LHK_01886 LHK_01887 gdhA-1 gdhA-2 FALSE 0.127 302.000 0.000 1.000 Y NA
 7588498 7588499 LHK_01889 LHK_01890     FALSE 0.212 92.000 0.000 NA   NA
 7588499 7588500 LHK_01890 LHK_01891     FALSE 0.049 195.000 0.000 NA   NA
 7588502 7588503 LHK_01893 LHK_01894 hemK1   TRUE 0.945 -3.000 0.006 1.000 N NA
 7588503 7588504 LHK_01894 LHK_01895     FALSE 0.158 256.000 0.000 1.000 Y NA
 7588504 7588505 LHK_01895 LHK_01896     FALSE 0.292 58.000 0.000 NA   NA
 7588507 7588508 LHK_01898 LHK_01899     FALSE 0.032 237.000 0.000 NA   NA
 7588508 7588509 LHK_01899 LHK_01900     FALSE 0.073 159.000 0.000 NA   NA
 7588509 7588510 LHK_01900 LHK_01901     FALSE 0.070 161.000 0.000 NA   NA
 7588510 7588511 LHK_01901 LHK_01902     TRUE 0.991 -3.000 0.400 1.000   NA
 7588511 7588512 LHK_01902 LHK_01903     FALSE 0.356 46.000 0.000 NA   NA
 7588513 7588514 LHK_01904 LHK_01905   ntrB FALSE 0.100 142.000 0.000 NA   NA
 7588514 7588515 LHK_01905 LHK_01906 ntrB glnG TRUE 0.998 -3.000 0.587 0.087 Y NA
 7588516 7588517 LHK_01907 LHK_01908 radC   FALSE 0.343 48.000 0.000 NA   NA
 7588518 7588519 LHK_01909 LHK_01910 dfp dut TRUE 0.932 43.000 0.201 1.000 N NA
 7588520 7588521 LHK_01911 LHK_01912 livF-2 livG TRUE 0.991 -3.000 0.061 0.015 Y NA
 7588521 7588522 LHK_01912 LHK_01913 livG livM TRUE 0.987 4.000 0.061 1.000 Y NA
 7588522 7588523 LHK_01913 LHK_01914 livM livH TRUE 0.994 17.000 0.333 0.033 Y NA
 7588523 7588524 LHK_01914 LHK_01915 livH   FALSE 0.014 394.000 0.000 NA   NA
 7588524 7588525 LHK_01915 LHK_01916   astA FALSE 0.329 -118.000 0.000 NA   NA
 7588525 7588526 LHK_01916 LHK_01917 astA aruF TRUE 0.994 -3.000 0.111 0.001 Y NA
 7588526 7588527 LHK_01917 LHK_01918 aruF argD TRUE 0.978 21.000 0.111 1.000 Y NA
 7588527 7588528 LHK_01918 LHK_01919 argD   FALSE 0.148 159.000 0.000 1.000 N NA
 7588528 7588529 LHK_01919 LHK_01920     TRUE 0.988 -3.000 0.062 1.000 Y NA
 7588529 7588530 LHK_01920 LHK_01921     FALSE 0.349 62.000 0.000 1.000   NA
 7588530 7588531 LHK_01921 LHK_01922     FALSE 0.467 32.000 0.000 NA   NA
 7588533 7588534 LHK_01924 LHK_01925 pnp rpsO TRUE 0.755 220.000 0.335 1.000 Y NA
 7588534 7588535 LHK_01925 LHK_01926 rpsO truB TRUE 0.937 89.000 0.211 1.000 Y NA
 7588535 7588536 LHK_01926 LHK_01927 truB rbfA TRUE 0.995 10.000 0.318 1.000 Y NA
 7588536 7588537 LHK_01927 LHK_01928 rbfA infB TRUE 0.979 64.000 0.530 1.000 Y NA
 7588537 7588538 LHK_01928 LHK_01929 infB nusA TRUE 0.959 42.000 0.342 1.000 N NA
 7588538 7588539 LHK_01929 LHK_01930 nusA   TRUE 0.952 72.000 0.759 NA   NA
 7588540 7588541 LHK_01931 LHK_01932 fadD2 arsC1 FALSE 0.140 162.000 0.000 1.000 N NA
 7588541 7588542 LHK_01932 LHK_01933 arsC1   TRUE 0.990 -3.000 0.292 1.000 N NA
 7588542 7588543 LHK_01933 LHK_01934     TRUE 0.754 39.000 0.005 NA N NA
 7588543 7588544 LHK_01934 LHK_01935     FALSE 0.170 139.000 0.000 NA N NA
 7588545 7588546 LHK_01936 LHK_01937     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588546 7588547 LHK_01937 LHK_01938     FALSE 0.309 54.000 0.000 NA   NA
 7588548 7588549 LHK_01939 LHK_01940 ntpA   TRUE 0.987 2.000 0.218 1.000 N NA
 7588549 7588550 LHK_01940 LHK_01941     TRUE 0.924 2.000 0.002 NA N NA
 7588550 7588551 LHK_01941 LHK_01942     FALSE 0.282 110.000 0.000 NA N NA
 7588552 7588553 LHK_01943 LHK_01944     FALSE 0.007 1804.000 0.000 NA   NA
 7588553 7588554 LHK_01944 LHK_01945     FALSE 0.078 156.000 0.000 NA   NA
 7588557 7588558 LHK_01947 LHK_01948     TRUE 0.648 15.000 0.000 NA   NA
 7588558 7588559 LHK_01948 LHK_01950     TRUE 0.995 3.000 0.805 NA   NA
 7588559 7588560 LHK_01950 LHK_01951     TRUE 0.989 -3.000 0.365 NA   NA
 7588560 7588561 LHK_01951 LHK_01952     TRUE 0.989 -3.000 0.383 NA   NA
 7588561 7588562 LHK_01952 LHK_01953     TRUE 0.641 34.000 0.000 1.000 N NA
 7588562 7588563 LHK_01953 LHK_01954     FALSE 0.082 153.000 0.000 NA   NA
 7588563 7588564 LHK_01954 LHK_01955     TRUE 0.969 -3.000 0.103 NA   NA
 7588564 7588565 LHK_01955 LHK_01956     TRUE 0.994 0.000 0.605 NA   NA
 7588565 7588566 LHK_01956 LHK_01957     TRUE 0.953 -9.000 0.093 1.000 N NA
 7588566 7588567 LHK_01957 LHK_01958   cysA FALSE 0.487 103.000 0.000 0.015 N NA
 7588567 7588568 LHK_01958 LHK_01959 cysA pyrD TRUE 0.682 29.000 0.000 1.000 N NA
 7588568 7588569 LHK_01959 LHK_01960 pyrD   TRUE 0.558 80.000 0.003 NA N NA
 7588571 7588572 LHK_01962 LHK_01963     FALSE 0.140 125.000 0.000 NA   NA
 7588572 7588573 LHK_01963 LHK_01964     FALSE 0.071 188.000 0.000 1.000   NA
 7588574 7588575 LHK_01965 LHK_01966     FALSE 0.403 40.000 0.000 NA   NA
 7588575 7588576 LHK_01966 LHK_01967     TRUE 0.992 15.000 0.848 NA   NA
 7588577 7588578 LHK_01968 LHK_01969     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588578 7588579 LHK_01969 LHK_01970     FALSE 0.187 109.000 0.000 NA   NA
 7588580 7588581 LHK_01971 LHK_01972     FALSE 0.094 201.000 0.000 1.000 N NA
 7588581 7588582 LHK_01972 LHK_01973     FALSE 0.285 87.000 0.000 1.000   NA
 7588582 7588583 LHK_01973 LHK_01974     FALSE 0.443 -28.000 0.000 NA   NA
 7588584 7588585 LHK_01975 LHK_01976     FALSE 0.062 169.000 0.000 NA   NA
 7588586 7588587 LHK_01977 LHK_01978     TRUE 0.727 8.000 0.000 NA   NA
 7588588 7588589 LHK_01979 LHK_01980     TRUE 0.987 6.000 0.091 NA Y NA
 7588589 7588590 LHK_01980 LHK_01981     FALSE 0.081 154.000 0.000 NA   NA
 7588590 7588591 LHK_01981 LHK_01982     FALSE 0.282 61.000 0.000 NA   NA
 7588591 7588592 LHK_01982 LHK_01983     TRUE 0.935 74.000 0.562 NA   NA
 7588592 7588593 LHK_01983 LHK_01984     TRUE 0.995 -3.000 0.771 1.000   NA
 7588593 7588594 LHK_01984 LHK_t40   trnT-3 FALSE 0.038 216.000 0.000 NA   NA
 7588595 7588596 LHK_01985 LHK_01986     TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7588596 7588597 LHK_01986 LHK_01987     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588597 7588598 LHK_01987 LHK_01988     TRUE 0.988 -3.000 0.333 NA   NA
 7588598 7588599 LHK_01988 LHK_01989     FALSE 0.067 164.000 0.000 NA   NA
 7588601 7588602 LHK_01991 LHK_01992     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588602 7588603 LHK_01992 LHK_01993     FALSE 0.009 707.000 0.000 NA   NA
 7588604 7588605 LHK_01994 LHK_01995     FALSE 0.012 467.000 0.000 NA   NA
 7588605 7588606 LHK_01995 LHK_01996     FALSE 0.008 718.000 0.000 NA   NA
 7588607 7588608 LHK_01997 LHK_01998     FALSE 0.356 46.000 0.000 NA   NA
 7588608 7588609 LHK_01998 LHK_01999     FALSE 0.170 113.000 0.000 NA   NA
 7588611 7588612 LHK_02001 LHK_02002     TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7588612 7588613 LHK_02002 LHK_02003     TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7588613 7588614 LHK_02003 LHK_02004     FALSE 0.120 133.000 0.000 NA   NA
 7588614 7588615 LHK_02004 LHK_02005     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7588615 7588616 LHK_02005 LHK_02006     FALSE 0.021 301.000 0.000 NA   NA
 7588616 7588617 LHK_02006 LHK_02007     FALSE 0.309 54.000 0.000 NA   NA
 7588617 7588618 LHK_02007 LHK_02008     FALSE 0.287 59.000 0.000 NA   NA
 7588618 7588619 LHK_02008 LHK_02009     FALSE 0.016 361.000 0.000 NA   NA
 7588619 7588620 LHK_02009 LHK_02010   hsdM-2 FALSE 0.199 102.000 0.000 NA   NA
 7588620 7588621 LHK_02010 LHK_02011 hsdM-2   FALSE 0.037 222.000 0.000 NA   NA
 7588621 7588622 LHK_02011 LHK_02012     FALSE 0.008 777.000 0.000 NA   NA
 7588622 7588623 LHK_02012 LHK_02013     FALSE 0.008 1067.000 0.000 NA   NA
 7588623 7588624 LHK_02013 LHK_02014     FALSE 0.266 94.000 0.000 1.000   NA
 7588626 7588627 LHK_02016 LHK_02017   pdxH FALSE 0.369 44.000 0.000 NA   NA
 7588627 7588628 LHK_02017 LHK_02018 pdxH kefB TRUE 0.879 0.000 0.000 1.000 N NA
 7588629 7588630 LHK_02019 LHK_02020     TRUE 0.652 -76.000 0.000 0.001   NA
 7588630 7588631 LHK_02020 LHK_02021     TRUE 0.993 8.000 0.598 1.000   NA
 7588631 7588632 LHK_02021 LHK_02022     TRUE 0.993 7.000 0.617 NA   NA
 7588632 7588633 LHK_02022 LHK_02023     TRUE 0.977 -13.000 0.459 NA   NA
 7588633 7588634 LHK_02023 LHK_02024     TRUE 0.993 -3.000 0.543 NA   NA
 7588634 7588635 LHK_02024 LHK_02025   rpoN TRUE 0.961 8.000 0.075 1.000   NA
 7588635 7588636 LHK_02025 LHK_02026 rpoN   TRUE 0.946 80.000 0.574 NA N NA
 7588636 7588637 LHK_02026 LHK_02027     TRUE 0.792 135.000 0.309 NA N NA
 7588637 7588638 LHK_02027 LHK_02028     TRUE 0.984 -12.000 0.177 1.000 Y NA
 7588638 7588639 LHK_02028 LHK_02029     TRUE 0.936 -19.000 0.194 NA   NA
 7588639 7588640 LHK_02029 LHK_02030     TRUE 0.920 6.000 0.013 NA   NA
 7588640 7588641 LHK_02030 LHK_02031     TRUE 0.884 -34.000 0.118 NA   NA
 7588641 7588642 LHK_02031 LHK_02032     TRUE 0.861 -16.000 0.033 NA   NA
 7588642 7588643 LHK_02032 LHK_02033     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA N NA
 7588644 7588645 LHK_02034 LHK_02036     TRUE 0.940 -3.000 0.003 1.000 N NA
 7588646 7588647 LHK_02035 LHK_02037     FALSE 0.017 354.000 0.000 NA   NA
 7588648 7588649 LHK_02038 LHK_02039   radA FALSE 0.136 127.000 0.000 NA   NA
 7588649 7588650 LHK_02039 LHK_02040 radA   TRUE 0.898 0.000 0.002 NA   NA
 7588650 7588651 LHK_02040 LHK_02041     TRUE 0.777 27.000 0.006 NA   NA
 7588651 7588652 LHK_02041 LHK_02042     TRUE 0.963 -3.000 0.019 0.024   NA
 7588652 7588653 LHK_02042 LHK_02043     TRUE 0.802 -39.000 0.028 1.000   NA
 7588653 7588654 LHK_02043 LHK_02044     TRUE 0.947 42.000 0.020 0.001 Y NA
 7588655 7588656 LHK_t41 LHK_t42 trnA-4 trnE-4 FALSE 0.403 40.000 0.000 NA   NA
 7588656 7588657 LHK_t42 LHK_02045 trnE-4   FALSE 0.039 214.000 0.000 NA   NA
 7588657 7588658 LHK_02045 LHK_02046   draG2 FALSE 0.058 178.000 0.000 NA   NA
 7588660 7588661 LHK_02048 LHK_02049     TRUE 0.997 -3.000 0.469 1.000 Y NA
 7588661 7588662 LHK_02049 LHK_02050     TRUE 0.988 53.000 0.867 NA Y NA
 7588663 7588664 LHK_02051 LHK_02052     TRUE 0.992 -7.000 0.647 1.000 N NA
 7588664 7588665 LHK_02052 LHK_02053     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588665 7588666 LHK_02053 LHK_02054     FALSE 0.410 -37.000 0.000 NA   NA
 7588667 7588668 LHK_02055 LHK_02056     TRUE 0.972 52.000 0.316 1.000 Y NA
 7588668 7588669 LHK_02056 LHK_02057     FALSE 0.152 1173.000 0.158 0.001   NA
 7588669 7588670 LHK_02057 LHK_02058     TRUE 0.938 4.000 0.016 1.000   NA
 7588670 7588671 LHK_02058 LHK_02059     TRUE 0.972 0.000 0.024 0.041 N NA
 7588672 7588673 LHK_02060 LHK_02061     TRUE 0.877 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7588675 7588676 LHK_02063 LHK_02064 ykgJ   TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588680 7588681 LHK_02068 LHK_02069 dxr cdsA TRUE 0.974 55.000 0.372 1.000 Y NA
 7588681 7588682 LHK_02069 LHK_02070 cdsA uppS TRUE 0.996 5.000 0.400 1.000 Y NA
 7588682 7588683 LHK_02070 LHK_02071 uppS frr TRUE 0.993 2.000 0.409 1.000 N NA
 7588683 7588684 LHK_02071 LHK_02072 frr pyrH TRUE 0.739 92.000 0.058 1.000 N NA
 7588684 7588685 LHK_02072 LHK_02073 pyrH tsf TRUE 0.605 127.000 0.047 1.000 N NA
 7588685 7588686 LHK_02073 LHK_02074 tsf rpsB TRUE 0.964 128.000 0.748 1.000 Y NA
 7588686 7588687 LHK_02074 LHK_02075 rpsB   FALSE 0.117 134.000 0.000 NA   NA
 7588687 7588688 LHK_02075 LHK_02076   narL TRUE 0.649 -6.000 0.000 NA   NA
 7588688 7588689 LHK_02076 LHK_02078 narL narX TRUE 0.999 -3.000 0.686 0.017 Y NA
 7588690 7588691 LHK_02077 LHK_02079     FALSE 0.152 121.000 0.000 NA   NA
 7588691 7588692 LHK_02079 LHK_02080   napD TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588692 7588693 LHK_02080 LHK_02081 napD napA TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA N NA
 7588693 7588694 LHK_02081 LHK_02082 napA napG TRUE 0.972 17.000 0.243 1.000   NA
 7588694 7588695 LHK_02082 LHK_02083 napG napH TRUE 0.997 -3.000 0.795 0.045   NA
 7588695 7588696 LHK_02083 LHK_02084 napH   TRUE 0.995 -3.000 0.316 NA Y NA
 7588696 7588697 LHK_02084 LHK_02085   napC2 TRUE 0.992 24.000 0.490 NA Y NA
 7588697 7588698 LHK_02085 LHK_02086 napC2   FALSE 0.415 154.000 0.043 NA N NA
 7588698 7588699 LHK_02086 LHK_02087     TRUE 0.998 -3.000 0.503 0.002 Y NA
 7588699 7588700 LHK_02087 LHK_02088   ccmC TRUE 0.998 11.000 0.501 0.001 Y NA
 7588700 7588701 LHK_02088 LHK_02089 ccmC   TRUE 0.994 -3.000 0.501 1.000 N NA
 7588701 7588702 LHK_02089 LHK_02090     TRUE 0.977 -16.000 0.344 1.000 N NA
 7588702 7588703 LHK_02090 LHK_02091     TRUE 0.989 0.000 0.018 0.002 Y NA
 7588703 7588704 LHK_02091 LHK_02092     TRUE 0.974 -3.000 0.000 0.002 Y NA
 7588704 7588705 LHK_02092 LHK_02093     TRUE 0.951 -3.000 0.000 NA Y NA
 7588705 7588706 LHK_02093 LHK_02094     TRUE 0.951 -3.000 0.000 NA Y NA
 7588707 7588708 LHK_02095 LHK_02096     FALSE 0.026 256.000 0.000 NA   NA
 7588710 7588711 LHK_02098 LHK_02099     FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 7588713 7588714 LHK_02101 LHK_02102     TRUE 0.960 -3.000 0.065 NA   NA
 7588714 7588715 LHK_02102 LHK_02103     TRUE 0.930 31.000 0.158 1.000   NA
 7588715 7588716 LHK_02103 LHK_02104     TRUE 0.939 17.000 0.104 NA   NA
 7588716 7588717 LHK_02104 LHK_02105     TRUE 0.954 30.000 0.281 NA   NA
 7588717 7588718 LHK_02105 LHK_02106     TRUE 0.522 70.000 0.005 NA   NA
 7588718 7588719 LHK_02106 LHK_02107     TRUE 0.583 -177.000 0.005 NA   NA
 7588719 7588720 LHK_02107 LHK_02108   aspG1 FALSE 0.175 128.000 0.000 1.000   NA
 7588720 7588721 LHK_02108 LHK_02109 aspG1   TRUE 0.525 49.000 0.000 1.000 N NA
 7588721 7588722 LHK_02109 LHK_02110   metZ FALSE 0.429 72.000 0.000 1.000 N NA
 7588722 7588723 LHK_02110 LHK_02111 metZ purF TRUE 0.827 95.000 0.153 1.000 N NA
 7588723 7588724 LHK_02111 LHK_02112 purF   TRUE 0.919 50.000 0.262 1.000   NA
 7588724 7588725 LHK_02112 LHK_02113   dedD TRUE 0.954 6.000 0.066 NA   NA
 7588725 7588726 LHK_02113 LHK_02114 dedD folC TRUE 0.909 27.000 0.100 NA   NA
 7588726 7588727 LHK_02114 LHK_02115 folC   TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588727 7588728 LHK_02115 LHK_02116     TRUE 0.732 7.000 0.000 NA   NA
 7588729 7588730 LHK_02117 LHK_02118 abcZ   TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588730 7588731 LHK_02118 LHK_02119     TRUE 0.712 10.000 0.000 NA   NA
 7588731 7588732 LHK_02119 LHK_02120   fbp FALSE 0.205 97.000 0.000 NA   NA
 7588732 7588733 LHK_02120 LHK_02121 fbp   FALSE 0.352 60.000 0.000 1.000   NA
 7588733 7588734 LHK_02121 LHK_02122     FALSE 0.253 73.000 0.000 NA   NA
 7588734 7588735 LHK_02122 LHK_02123     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588735 7588736 LHK_02123 LHK_02124     FALSE 0.133 165.000 0.000 1.000 N NA
 7588736 7588737 LHK_02124 LHK_02125     FALSE 0.031 239.000 0.000 NA   NA
 7588737 7588738 LHK_02125 LHK_02126     FALSE 0.013 412.000 0.000 NA   NA
 7588739 7588740 LHK_02127 LHK_02128     FALSE 0.395 -43.000 0.000 NA   NA
 7588741 7588742 LHK_02129 LHK_02130     TRUE 0.985 13.000 0.278 1.000 N NA
 7588742 7588743 LHK_02130 LHK_02131     TRUE 0.992 -3.000 0.263 0.031 N NA
 7588743 7588744 LHK_02131 LHK_02132     TRUE 0.816 69.000 0.079 1.000 N NA
 7588747 7588748 LHK_02135 LHK_02136     FALSE 0.071 208.000 0.000 NA N NA
 7588748 7588749 LHK_02136 LHK_02137   ubiH TRUE 0.944 48.000 0.031 0.001 Y NA
 7588749 7588750 LHK_02137 LHK_02138 ubiH pepP TRUE 0.992 3.000 0.396 1.000 N NA
 7588750 7588751 LHK_02138 LHK_02139 pepP   FALSE 0.287 59.000 0.000 NA   NA
 7588751 7588752 LHK_02139 LHK_02140     FALSE 0.284 60.000 0.000 NA   NA
 7588752 7588753 LHK_02140 LHK_02141     FALSE 0.032 238.000 0.000 NA   NA
 7588753 7588754 LHK_02141 LHK_02142     TRUE 0.957 26.000 0.259 NA   NA
 7588754 7588755 LHK_02142 LHK_02143     TRUE 0.989 -3.000 0.358 NA   NA
 7588756 7588757 LHK_02144 LHK_02145 glnE ilvE TRUE 0.545 148.000 0.078 1.000 N NA
 7588757 7588758 LHK_02145 LHK_02146 ilvE   TRUE 0.966 17.000 0.223 NA   NA
 7588758 7588759 LHK_02146 LHK_02147   rfaF TRUE 0.825 59.000 0.138 NA   NA
 7588759 7588760 LHK_02147 LHK_02148 rfaF   TRUE 0.949 -3.000 0.008 1.000 N NA
 7588764 7588765 LHK_02152 LHK_02153   acnA FALSE 0.427 37.000 0.000 NA   NA
 7588765 7588766 LHK_02153 LHK_02154 acnA   FALSE 0.426 73.000 0.000 1.000 N NA
 7588766 7588767 LHK_02154 LHK_02155     FALSE 0.147 136.000 0.000 1.000   NA
 7588767 7588768 LHK_02155 LHK_02156     FALSE 0.449 -27.000 0.000 NA   NA
 7588770 7588771 LHK_02158 LHK_02159     FALSE 0.419 38.000 0.000 NA   NA
 7588771 7588772 LHK_02159 LHK_02160     FALSE 0.068 163.000 0.000 NA   NA
 7588773 7588774 LHK_02161 LHK_02162     TRUE 0.773 57.000 0.075 NA   NA
 7588774 7588775 LHK_02162 LHK_02163     TRUE 0.909 26.000 0.094 NA   NA
 7588779 7588780 LHK_02167 LHK_02168   ordL TRUE 0.642 51.000 0.000 0.024 N NA
 7588781 7588782 LHK_02169 LHK_02170   aguB FALSE 0.309 54.000 0.000 NA   NA
 7588783 7588784 LHK_02171 LHK_02172   assY FALSE 0.037 219.000 0.000 NA   NA
 7588784 7588785 LHK_02172 LHK_02173 assY   FALSE 0.030 406.000 0.000 1.000 N NA
 7588787 7588788 LHK_02175 LHK_02176     FALSE 0.378 43.000 0.000 NA   NA
 7588790 7588791 LHK_02178 LHK_02179     TRUE 0.680 13.000 0.000 NA   NA
 7588791 7588792 LHK_02179 LHK_02180   hupB2 FALSE 0.240 79.000 0.000 NA   NA
 7588792 7588793 LHK_02180 LHK_02181 hupB2   FALSE 0.171 129.000 0.000 1.000   NA
 7588793 7588794 LHK_02181 LHK_02182     FALSE 0.316 73.000 0.000 1.000   NA
 7588795 7588796 LHK_02183 LHK_02184   hslO TRUE 0.863 27.000 0.000 NA Y NA
 7588799 7588800 LHK_02187 LHK_02188   greB TRUE 0.555 45.000 0.000 1.000 N NA
 7588800 7588801 LHK_02188 LHK_02189 greB cutF FALSE 0.370 73.000 0.000 NA N NA
 7588801 7588802 LHK_02189 LHK_02190 cutF   FALSE 0.311 96.000 0.000 NA N NA
 7588802 7588803 LHK_02190 LHK_02191     TRUE 0.817 -22.000 0.009 NA N NA
 7588803 7588804 LHK_02191 LHK_02192     TRUE 0.880 23.000 0.000 NA Y NA
 7588804 7588805 LHK_02192 LHK_02193     FALSE 0.460 63.000 0.000 1.000 N NA
 7588805 7588806 LHK_02193 LHK_02194     TRUE 0.688 28.000 0.000 1.000 N NA
 7588806 7588807 LHK_02194 LHK_02195     TRUE 0.998 -3.000 0.535 1.000 Y NA
 7588808 7588809 LHK_02196 LHK_02197 tesA   TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588809 7588810 LHK_02197 LHK_02198     FALSE 0.176 112.000 0.000 NA   NA
 7588811 7588812 LHK_02199 LHK_02200     TRUE 0.957 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 7588814 7588815 LHK_02202 LHK_02203     FALSE 0.277 64.000 0.000 NA   NA
 7588815 7588816 LHK_02203 LHK_02204     TRUE 0.739 31.000 0.005 NA   NA
 7588816 7588817 LHK_02204 LHK_02205     TRUE 0.968 -3.000 0.100 NA   NA
 7588817 7588818 LHK_02205 LHK_02206   motB FALSE 0.016 363.000 0.000 NA   NA
 7588818 7588819 LHK_02206 LHK_02207 motB motA1 TRUE 0.906 64.000 0.065 1.000 Y NA
 7588819 7588820 LHK_02207 LHK_02208 motA1   FALSE 0.063 243.000 0.000 1.000 N NA
 7588820 7588821 LHK_02208 LHK_02209     FALSE 0.307 77.000 0.000 1.000   NA
 7588821 7588822 LHK_02209 LHK_02210   ald TRUE 0.733 39.000 0.006 1.000   NA
 7588823 7588824 LHK_02211 LHK_02212     FALSE 0.096 144.000 0.000 NA   NA
 7588824 7588825 LHK_02212 LHK_02213     FALSE 0.107 138.000 0.000 NA   NA
 7588825 7588826 LHK_02213 LHK_02214     FALSE 0.396 66.000 0.000 NA N NA
 7588826 7588827 LHK_02214 LHK_02215     TRUE 0.595 33.000 0.000 NA N NA
 7588827 7588828 LHK_02215 LHK_02216     FALSE 0.275 65.000 0.000 NA   NA
 7588828 7588829 LHK_02216 LHK_02217     FALSE 0.192 107.000 0.000 NA   NA
 7588830 7588831 LHK_02218 LHK_02219   comL FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 7588832 7588833 LHK_02220 LHK_02221 rluD   TRUE 0.975 5.000 0.168 NA   NA
 7588833 7588834 LHK_02221 LHK_02222     TRUE 0.758 2.000 0.000 NA   NA
 7588834 7588835 LHK_02222 LHK_02223     FALSE 0.028 247.000 0.000 NA   NA
 7588836 7588837 LHK_02224 LHK_02225     TRUE 0.946 73.000 0.143 0.041 Y NA
 7588839 7588840 LHK_02227 LHK_02228     FALSE 0.020 312.000 0.000 NA   NA
 7588840 7588841 LHK_02228 LHK_02229     FALSE 0.260 70.000 0.000 NA   NA
 7588841 7588842 LHK_02229 LHK_02230     FALSE 0.159 118.000 0.000 NA   NA
 7588842 7588843 LHK_02230 LHK_02231     TRUE 0.744 76.000 0.091 NA   NA
 7588843 7588844 LHK_02231 LHK_02232     TRUE 0.738 6.000 0.000 NA   NA
 7588844 7588845 LHK_02232 LHK_02233     FALSE 0.240 79.000 0.000 NA   NA
 7588845 7588846 LHK_02233 LHK_02234     TRUE 0.993 -9.000 0.790 0.044   NA
 7588847 7588848 LHK_02235 LHK_02236   pepT1 TRUE 0.768 87.000 0.089 NA N NA
 7588849 7588850 LHK_02237 LHK_02238     FALSE 0.467 32.000 0.000 NA   NA
 7588850 7588851 LHK_02238 LHK_02239   yhiH TRUE 0.977 10.000 0.100 0.003   NA
 7588851 7588852 LHK_02239 LHK_02240 yhiH   TRUE 0.987 -3.000 0.200 0.093   NA
 7588852 7588853 LHK_02240 LHK_02241     TRUE 0.916 -3.000 0.000 0.093 N NA
 7588853 7588854 LHK_02241 LHK_02242     TRUE 0.615 17.000 0.000 NA   NA
 7588854 7588855 LHK_02242 LHK_02243     FALSE 0.038 218.000 0.000 NA   NA
 7588855 7588856 LHK_02243 LHK_02244   ilvD FALSE 0.075 184.000 0.000 1.000   NA
 7588857 7588858 LHK_02245 LHK_02246 lgt fixS TRUE 0.762 15.000 0.000 NA N NA
 7588858 7588859 LHK_02246 LHK_02247 fixS   FALSE 0.025 395.000 0.000 NA N NA
 7588860 7588861 LHK_02248 LHK_02249     TRUE 0.745 13.000 0.000 1.000   NA
 7588862 7588863 LHK_02250 LHK_02251     TRUE 0.586 19.000 0.000 NA   NA
 7588863 7588864 LHK_02251 LHK_02252   cydA TRUE 0.595 -10.000 0.000 NA   NA
 7588864 7588865 LHK_02252 LHK_02253 cydA cydB TRUE 0.998 10.000 0.667 0.043 Y NA
 7588865 7588866 LHK_02253 LHK_02254 cydB   TRUE 0.543 24.000 0.000 NA   NA
 7588866 7588867 LHK_02254 LHK_02255     TRUE 0.586 19.000 0.000 NA   NA
 7588867 7588868 LHK_02255 LHK_02256     TRUE 0.783 -58.000 0.040 NA   NA
 7588868 7588869 LHK_02256 LHK_02257     FALSE 0.387 42.000 0.000 NA   NA
 7588869 7588870 LHK_02257 LHK_02258   nrdD TRUE 0.525 26.000 0.000 NA   NA
 7588870 7588871 LHK_02258 LHK_02259 nrdD nrdG TRUE 0.987 17.000 0.464 1.000 N NA
 7588871 7588872 LHK_02259 LHK_02260 nrdG   FALSE 0.123 132.000 0.000 NA   NA
 7588873 7588874 LHK_02261 LHK_02262   mutT TRUE 0.780 24.000 0.004 NA   NA
 7588874 7588875 LHK_02262 LHK_02263 mutT   TRUE 0.713 -25.000 0.004 NA   NA
 7588877 7588878 LHK_02265 LHK_02266 sda-2   TRUE 0.525 49.000 0.000 1.000 N NA
 7588878 7588879 LHK_02266 LHK_02267     FALSE 0.140 151.000 0.000 NA N NA
 7588879 7588880 LHK_02267 LHK_02268     FALSE 0.257 115.000 0.000 NA N NA
 7588880 7588881 LHK_02268 LHK_02269     FALSE 0.350 81.000 0.000 NA N NA
 7588881 7588882 LHK_02269 LHK_02270     TRUE 0.995 22.000 0.556 0.040 Y NA
 7588882 7588883 LHK_02270 LHK_02271     TRUE 0.998 4.000 0.458 0.001 Y NA
 7588886 7588887 LHK_02274 LHK_02275     TRUE 0.947 -34.000 0.059 1.000 Y NA
 7588887 7588888 LHK_02275 LHK_02276   hrpA FALSE 0.476 58.000 0.000 1.000 N NA
 7588889 7588890 LHK_02277 LHK_02278 fhs lpxB FALSE 0.249 129.000 0.000 1.000 N NA
 7588890 7588891 LHK_02278 LHK_02279 lpxB lpxA TRUE 0.995 4.000 0.289 1.000 Y NA
 7588891 7588892 LHK_02279 LHK_02280 lpxA fabZ TRUE 0.997 3.000 0.850 1.000 N NA
 7588892 7588893 LHK_02280 LHK_02281 fabZ   TRUE 0.996 -3.000 0.796 1.000 N NA
 7588893 7588894 LHK_02281 LHK_02282   ompH TRUE 0.981 92.000 0.814 1.000 Y NA
 7588894 7588895 LHK_02282 LHK_02283 ompH   TRUE 0.992 18.000 0.354 1.000 Y NA
 7588895 7588896 LHK_02283 LHK_02284     TRUE 0.992 11.000 0.204 1.000 Y NA
 7588896 7588897 LHK_02284 LHK_02285     TRUE 0.755 3.000 0.000 NA   NA
 7588897 7588898 LHK_02285 LHK_02286     FALSE 0.412 39.000 0.000 NA   NA
 7588899 7588900 LHK_02287 LHK_02288     TRUE 0.793 44.000 0.048 NA   NA
 7588900 7588901 LHK_02288 LHK_02289     FALSE 0.057 207.000 0.000 1.000   NA
 7588901 7588902 LHK_02289 LHK_02290     TRUE 0.801 35.000 0.028 NA   NA
 7588902 7588903 LHK_02290 LHK_02291     FALSE 0.248 75.000 0.000 NA   NA
 7588903 7588904 LHK_02291 LHK_02292     FALSE 0.248 118.000 0.000 NA N NA
 7588904 7588905 LHK_02292 LHK_02293   cca TRUE 0.646 27.000 0.000 NA N NA
 7588905 7588906 LHK_02293 LHK_02294 cca   TRUE 0.506 37.000 0.000 1.000   NA
 7588906 7588907 LHK_02294 LHK_02295     FALSE 0.343 48.000 0.000 NA   NA
 7588908 7588909 LHK_02296 LHK_02297   moeA FALSE 0.140 162.000 0.000 1.000 N NA
 7588909 7588910 LHK_02297 LHK_02299 moeA   TRUE 0.973 -3.000 0.000 0.004 Y NA
 7588911 7588912 LHK_02298 LHK_02300     FALSE 0.140 125.000 0.000 NA   NA
 7588913 7588914 LHK_02301 LHK_02302     TRUE 0.995 7.000 0.886 NA   NA
 7588914 7588915 LHK_02302 LHK_02303     TRUE 0.864 -76.000 0.128 NA   NA
 7588918 7588919 LHK_02306 LHK_02307     TRUE 0.772 10.000 0.000 1.000   NA
 7588919 7588920 LHK_02307 LHK_02308     FALSE 0.445 44.000 0.000 1.000   NA
 7588920 7588921 LHK_02308 LHK_02309     TRUE 0.956 79.000 0.289 1.000 Y NA
 7588921 7588922 LHK_02309 LHK_02310     TRUE 0.944 85.000 0.733 NA   NA
 7588922 7588923 LHK_02310 LHK_02311     FALSE 0.020 311.000 0.000 NA   NA
 7588923 7588924 LHK_02311 LHK_02312     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7588927 7588928 LHK_02315 LHK_02316 cinA g6pI2 TRUE 0.980 -3.000 0.200 NA   NA
 7588928 7588929 LHK_02316 LHK_02317 g6pI2   TRUE 0.875 15.000 0.005 1.000   NA
 7588929 7588930 LHK_02317 LHK_r4     FALSE 0.013 432.000 0.000 NA   NA
 7588930 7588931 LHK_r4 LHK_r5     FALSE 0.176 112.000 0.000 NA   NA
 7588931 7588932 LHK_r5 LHK_t43   trnA-5 FALSE 0.030 243.000 0.000 NA   NA
 7588932 7588933 LHK_t43 LHK_t44 trnA-5 trnI-2 TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7588933 7588934 LHK_t44 LHK_r6 trnI-2   FALSE 0.266 69.000 0.000 NA   NA
 7588934 7588935 LHK_r6 LHK_02319     FALSE 0.018 321.000 0.000 NA   NA
 7588936 7588937 LHK_02320 LHK_02321   fadL FALSE 0.231 133.000 0.000 1.000 N NA
 7588937 7588938 LHK_02321 LHK_02322 fadL ex7S FALSE 0.278 122.000 0.000 1.000 N NA
 7588938 7588939 LHK_02322 LHK_02323 ex7S ispA TRUE 0.972 -7.000 0.177 1.000 N NA
 7588939 7588940 LHK_02323 LHK_02324 ispA dxs TRUE 0.991 15.000 0.246 1.000 Y NA
 7588940 7588941 LHK_02324 LHK_02325 dxs   TRUE 0.756 12.000 0.000 1.000   NA
 7588941 7588942 LHK_02325 LHK_02326     FALSE 0.026 316.000 0.000 1.000   NA
 7588943 7588944 LHK_02327 LHK_02328 thiH hydC FALSE 0.125 194.000 0.000 0.012   NA
 7588944 7588945 LHK_02328 LHK_02330 hydC   TRUE 0.981 13.000 0.185 0.006   NA
 7588945 7588946 LHK_02330 LHK_02331     TRUE 0.507 -154.000 0.000 1.000 N NA
 7588946 7588947 LHK_02331 LHK_02332     FALSE 0.126 131.000 0.000 NA   NA
 7588948 7588949 LHK_02333 LHK_02334     FALSE 0.170 113.000 0.000 NA   NA
 7588949 7588950 LHK_02334 LHK_02335     FALSE 0.246 76.000 0.000 NA   NA
 7588952 7588953 LHK_02337 LHK_02338 argB-1 argA-1 TRUE 0.768 86.000 0.000 0.003 Y NA
 7588955 7588956 LHK_02340 LHK_02341   frdA TRUE 0.974 -3.000 0.000 0.002 Y NA
 7588956 7588957 LHK_02341 LHK_02342 frdA   TRUE 0.985 3.000 0.006 0.002 Y NA
 7588957 7588958 LHK_02342 LHK_02343     FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 7588959 7588960 LHK_02344 LHK_t45   trnD-5 FALSE 0.210 93.000 0.000 NA   NA
 7588960 7588961 LHK_t45 LHK_t46 trnD-5 trnV-4 TRUE 0.732 7.000 0.000 NA   NA
 7588961 7588962 LHK_t46 LHK_02345 trnV-4 hupB1 FALSE 0.501 28.000 0.000 NA   NA
 7588962 7588963 LHK_02345 LHK_02346 hupB1 lon TRUE 0.669 107.000 0.033 1.000 N NA
 7588963 7588964 LHK_02346 LHK_02347 lon   FALSE 0.046 200.000 0.000 NA   NA
 7588964 7588965 LHK_02347 LHK_02348   fliR1 FALSE 0.432 89.000 0.002 NA   NA
 7588965 7588966 LHK_02348 LHK_02349 fliR1 fliQ1 TRUE 0.998 2.000 0.400 0.002 Y NA
 7588966 7588967 LHK_02349 LHK_02350 fliQ1   TRUE 0.808 3.000 0.000 1.000   NA
 7588967 7588968 LHK_02350 LHK_02351   fliP TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7588968 7588969 LHK_02351 LHK_02352 fliP   TRUE 0.994 -3.000 0.203 1.000 Y NA
 7588969 7588970 LHK_02352 LHK_02353   fliN TRUE 0.997 -3.000 0.443 1.000 Y NA
 7588970 7588971 LHK_02353 LHK_02354 fliN fliM TRUE 0.991 63.000 0.741 0.001 Y NA
 7588971 7588972 LHK_02354 LHK_02355 fliM fliL TRUE 0.982 13.000 0.012 0.001 Y NA
 7588972 7588973 LHK_02355 LHK_02356 fliL   TRUE 0.829 82.000 0.013 1.000 Y NA
 7588973 7588974 LHK_02356 LHK_02357     TRUE 0.967 91.000 0.317 0.006 Y NA
 7588974 7588975 LHK_02357 LHK_02358   fliI1 TRUE 0.978 7.000 0.016 1.000 Y NA
 7588975 7588976 LHK_02358 LHK_02359 fliI1   TRUE 0.947 -16.000 0.024 NA Y NA
 7588976 7588977 LHK_02359 LHK_02360   fliG1 TRUE 0.988 -13.000 0.320 NA Y NA
 7588977 7588978 LHK_02360 LHK_02361 fliG1 fliF1 TRUE 0.993 -7.000 0.220 0.006 Y NA
 7588978 7588979 LHK_02361 LHK_02362 fliF1 fliE TRUE 0.941 53.000 0.051 0.006 Y NA
 7588979 7588980 LHK_02362 LHK_02363 fliE   TRUE 0.979 -3.000 0.108 1.000 N NA
 7588980 7588981 LHK_02363 LHK_02364     TRUE 0.814 1.000 0.000 1.000   NA
 7588981 7588982 LHK_02364 LHK_02365     TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7588982 7588983 LHK_02365 LHK_02366     TRUE 0.957 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 7588986 7588987 LHK_02369 LHK_02370 gcp   TRUE 0.875 1.000 0.000 1.000 N NA
 7588987 7588988 LHK_02370 LHK_02371     FALSE 0.316 -160.000 0.000 NA   NA
 7588991 7588992 LHK_02374 LHK_02375     TRUE 0.963 23.000 0.267 NA   NA
 7588992 7588993 LHK_02375 LHK_02377     TRUE 0.966 59.000 0.875 NA   NA
 7588996 7588997 LHK_02379 LHK_02380 fdhG   TRUE 0.961 49.000 0.567 1.000   NA
 7588998 7588999 LHK_02381 LHK_02382     FALSE 0.279 63.000 0.000 NA   NA
 7588999 7589000 LHK_02382 LHK_02383     TRUE 0.632 16.000 0.000 NA   NA
 7589000 7589001 LHK_02383 LHK_02384     FALSE 0.152 158.000 0.000 1.000 N NA
 7589001 7589002 LHK_02384 LHK_02385     FALSE 0.329 50.000 0.000 NA   NA
 7589002 7589003 LHK_02385 LHK_02386   pgpA FALSE 0.205 97.000 0.000 NA   NA
 7589003 7589004 LHK_02386 LHK_02387 pgpA   TRUE 0.863 -16.000 0.008 1.000 N NA
 7589004 7589005 LHK_02387 LHK_02388   nusB FALSE 0.030 399.000 0.000 1.000 N NA
 7589005 7589006 LHK_02388 LHK_02389 nusB risB TRUE 0.992 0.000 0.347 1.000 N NA
 7589006 7589007 LHK_02389 LHK_02390 risB   TRUE 0.817 139.000 0.051 0.001 Y NA
 7589007 7589008 LHK_02390 LHK_02391     TRUE 0.941 6.000 0.034 NA   NA
 7589008 7589009 LHK_02391 LHK_02392   ribE TRUE 0.896 -3.000 0.002 NA   NA
 7589010 7589011 LHK_02393 LHK_02394 prfC   TRUE 0.913 3.000 0.003 1.000   NA
 7589011 7589012 LHK_02394 LHK_02395     TRUE 0.913 19.000 0.045 1.000   NA
 7589012 7589013 LHK_02395 LHK_02396     FALSE 0.010 547.000 0.000 NA   NA
 7589014 7589015 LHK_02397 LHK_02398 recJ   TRUE 0.809 30.000 0.018 NA   NA
 7589015 7589016 LHK_02398 LHK_02399     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589016 7589017 LHK_02399 LHK_02401     FALSE 0.198 103.000 0.000 NA   NA
 7589018 7589019 LHK_02400 LHK_02402     TRUE 0.670 55.000 0.006 NA N NA
 7589019 7589020 LHK_02402 LHK_02403   ftsK FALSE 0.489 110.000 0.004 NA N NA
 7589020 7589021 LHK_02403 LHK_02404 ftsK hemH TRUE 0.940 14.000 0.029 1.000 N NA
 7589021 7589022 LHK_02404 LHK_02405 hemH pepN FALSE 0.076 224.000 0.000 1.000 N NA
 7589024 7589025 LHK_02407 LHK_02408     TRUE 0.586 64.000 0.000 0.027 N NA
 7589026 7589027 LHK_02409 LHK_02410     FALSE 0.287 59.000 0.000 NA   NA
 7589027 7589028 LHK_02410 LHK_02411   sucD FALSE 0.117 134.000 0.000 NA   NA
 7589028 7589029 LHK_02411 LHK_02412 sucD sucC TRUE 0.997 28.000 0.806 0.001 Y NA
 7589029 7589030 LHK_02412 LHK_02413 sucC lpdA2 TRUE 0.879 90.000 0.069 1.000 Y NA
 7589030 7589031 LHK_02413 LHK_02414 lpdA2   TRUE 0.568 21.000 0.000 NA   NA
 7589031 7589032 LHK_02414 LHK_02415   sucB FALSE 0.279 63.000 0.000 NA   NA
 7589032 7589033 LHK_02415 LHK_02416 sucB kgd TRUE 0.976 97.000 0.667 1.000 Y NA
 7589033 7589034 LHK_02416 LHK_02417 kgd gltA TRUE 0.622 151.000 0.020 1.000 Y NA
 7589034 7589035 LHK_02417 LHK_02418 gltA sdhB TRUE 0.719 68.000 0.000 1.000 Y NA
 7589035 7589036 LHK_02418 LHK_02419 sdhB sdhA TRUE 0.998 12.000 0.604 0.002 Y NA
 7589036 7589037 LHK_02419 LHK_02420 sdhA sdhD TRUE 0.999 0.000 0.705 0.002 Y NA
 7589037 7589038 LHK_02420 LHK_02421 sdhD sdhC TRUE 0.998 -3.000 0.453 0.001 Y NA
 7589038 7589039 LHK_02421 LHK_02422 sdhC   FALSE 0.091 205.000 0.000 1.000 N NA
 7589040 7589041 LHK_02423 LHK_02424 mdh prfB FALSE 0.148 159.000 0.000 1.000 N NA
 7589041 7589042 LHK_02424 LHK_02425 prfB syk TRUE 0.918 115.000 0.162 0.035 Y NA
 7589042 7589043 LHK_02425 LHK_02426 syk   FALSE 0.008 836.000 0.000 NA   NA
 7589043 7589044 LHK_02426 LHK_02427     FALSE 0.067 164.000 0.000 NA   NA
 7589044 7589045 LHK_02427 LHK_02428     FALSE 0.079 155.000 0.000 NA   NA
 7589045 7589046 LHK_02428 LHK_02429   cheV2-2 FALSE 0.027 253.000 0.000 NA   NA
 7589046 7589047 LHK_02429 LHK_02430 cheV2-2 cheV1-3 TRUE 0.995 33.000 0.778 0.012 Y NA
 7589047 7589048 LHK_02430 LHK_02431 cheV1-3 cheY3-3 TRUE 0.992 18.000 0.222 0.012 Y NA
 7589048 7589049 LHK_02431 LHK_02432 cheY3-3 cheZ-2 TRUE 0.988 27.000 0.333 1.000 Y NA
 7589049 7589050 LHK_02432 LHK_02433 cheZ-2   TRUE 0.934 37.000 0.028 1.000 Y NA
 7589051 7589052 LHK_02434 LHK_02436     FALSE 0.026 259.000 0.000 NA   NA
 7589053 7589054 LHK_02435 LHK_02437     FALSE 0.335 -102.000 0.000 NA   NA
 7589054 7589055 LHK_02437 LHK_02438   ccp FALSE 0.026 257.000 0.000 NA   NA
 7589055 7589056 LHK_02438 LHK_02439 ccp   FALSE 0.161 167.000 0.000 0.008   NA
 7589056 7589057 LHK_02439 LHK_02440     TRUE 0.577 -121.000 0.000 0.008   NA
 7589057 7589058 LHK_02440 LHK_02441     FALSE 0.445 44.000 0.000 1.000   NA
 7589058 7589059 LHK_02441 LHK_02442     FALSE 0.030 286.000 0.000 1.000   NA
 7589061 7589062 LHK_02444 LHK_02445     FALSE 0.443 -28.000 0.000 NA   NA
 7589063 7589064 LHK_02446 LHK_02447   xthA FALSE 0.314 -168.000 0.000 NA   NA
 7589064 7589065 LHK_02447 LHK_02448 xthA syd FALSE 0.423 74.000 0.000 1.000 N NA
 7589065 7589066 LHK_02448 LHK_02449 syd   TRUE 0.884 26.000 0.057 NA   NA
 7589066 7589067 LHK_02449 LHK_02450     TRUE 0.974 10.000 0.190 NA   NA
 7589067 7589068 LHK_02450 LHK_02451     FALSE 0.275 65.000 0.000 NA   NA
 7589069 7589070 LHK_02452 LHK_02453 ptb   TRUE 0.997 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 7589070 7589071 LHK_02453 LHK_02454     FALSE 0.037 251.000 0.000 1.000   NA
 7589071 7589072 LHK_02454 LHK_02455     FALSE 0.226 112.000 0.000 1.000   NA
 7589072 7589073 LHK_02455 LHK_02456   modE FALSE 0.186 124.000 0.000 1.000   NA
 7589073 7589074 LHK_02456 LHK_02457 modE modA TRUE 0.809 22.000 0.000 0.001   NA
 7589074 7589075 LHK_02457 LHK_02458 modA   TRUE 0.937 -3.000 0.000 0.001 N NA
 7589075 7589076 LHK_02458 LHK_02459   modB TRUE 0.885 -13.000 0.011 1.000 N NA
 7589076 7589077 LHK_02459 LHK_02460 modB   TRUE 0.995 -3.000 0.286 1.000 Y NA
 7589077 7589078 LHK_02460 LHK_02461     FALSE 0.014 398.000 0.000 NA   NA
 7589078 7589079 LHK_02461 LHK_02462     FALSE 0.029 246.000 0.000 NA   NA
 7589079 7589080 LHK_02462 LHK_02463     FALSE 0.018 330.000 0.000 NA   NA
 7589080 7589081 LHK_02463 LHK_02464     FALSE 0.053 188.000 0.000 NA   NA
 7589081 7589082 LHK_02464 LHK_02465     FALSE 0.015 379.000 0.000 NA   NA
 7589082 7589083 LHK_02465 LHK_02466     FALSE 0.009 643.000 0.000 NA   NA
 7589083 7589084 LHK_02466 LHK_02467     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589084 7589085 LHK_02467 LHK_02468     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589085 7589086 LHK_02468 LHK_02469     TRUE 0.680 13.000 0.000 NA   NA
 7589086 7589087 LHK_02469 LHK_02470     TRUE 0.887 -3.000 0.000 0.046   NA
 7589087 7589088 LHK_02470 LHK_02471     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589088 7589089 LHK_02471 LHK_02472     TRUE 0.560 -13.000 0.000 NA   NA
 7589092 7589093 LHK_02475 LHK_02476     FALSE 0.427 37.000 0.000 NA   NA
 7589095 7589096 LHK_02478 LHK_02479     FALSE 0.431 -31.000 0.000 NA   NA
 7589097 7589098 LHK_02480 LHK_02481     FALSE 0.023 279.000 0.000 NA   NA
 7589100 7589101 LHK_02483 LHK_02484 ffh   FALSE 0.469 66.000 0.000 0.080   NA
 7589101 7589102 LHK_02484 LHK_02485   purB FALSE 0.273 91.000 0.000 1.000   NA
 7589102 7589103 LHK_02485 LHK_02486 purB   FALSE 0.252 103.000 0.000 1.000   NA
 7589106 7589107 LHK_02489 LHK_02490     FALSE 0.277 64.000 0.000 NA   NA
 7589109 7589110 LHK_02492 LHK_02493     FALSE 0.354 -79.000 0.000 NA   NA
 7589110 7589111 LHK_02493 LHK_02494     TRUE 0.951 -10.000 0.167 NA   NA
 7589111 7589112 LHK_02494 LHK_02495   mviN FALSE 0.194 106.000 0.000 NA   NA
 7589113 7589114 LHK_02496 LHK_02497 dmsA dmsB TRUE 0.994 7.000 0.310 NA Y NA
 7589114 7589115 LHK_02497 LHK_02498 dmsB dmsC TRUE 0.758 2.000 0.000 NA   NA
 7589115 7589116 LHK_02498 LHK_02499 dmsC ynfI TRUE 0.811 2.000 0.000 1.000   NA
 7589116 7589117 LHK_02499 LHK_02500 ynfI rpsT FALSE 0.190 123.000 0.000 1.000   NA
 7589117 7589118 LHK_02500 LHK_02501 rpsT   FALSE 0.190 144.000 0.000 1.000 N NA
 7589118 7589119 LHK_02501 LHK_02502   hydG TRUE 0.993 -22.000 0.682 1.000 Y NA
 7589120 7589121 LHK_02503 LHK_02504   murI FALSE 0.067 194.000 0.000 1.000   NA
 7589121 7589122 LHK_02504 LHK_02505 murI   TRUE 0.787 34.000 0.002 1.000 N NA
 7589123 7589124 LHK_02506 LHK_02507     TRUE 0.882 -18.000 0.063 NA   NA
 7589124 7589125 LHK_02507 LHK_02508     FALSE 0.039 325.000 0.000 1.000 N NA
 7589125 7589126 LHK_02508 LHK_02509     FALSE 0.292 58.000 0.000 NA   NA
 7589128 7589129 LHK_02511 LHK_02512   cybB FALSE 0.396 84.000 0.000 1.000 N NA
 7589129 7589130 LHK_02512 LHK_02513 cybB   TRUE 0.582 -12.000 0.000 NA   NA
 7589130 7589131 LHK_02513 LHK_02514   cumB FALSE 0.238 80.000 0.000 NA   NA
 7589131 7589132 LHK_02514 LHK_02515 cumB   TRUE 0.801 -46.000 0.045 NA   NA
 7589132 7589133 LHK_02515 LHK_02516     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589133 7589134 LHK_02516 LHK_02517     TRUE 0.734 44.000 0.021 NA   NA
 7589134 7589135 LHK_02517 LHK_02518     FALSE 0.023 277.000 0.000 NA   NA
 7589136 7589137 LHK_02519 LHK_02520 aroC   FALSE 0.476 58.000 0.000 1.000 N NA
 7589137 7589138 LHK_02520 LHK_02521     TRUE 0.560 22.000 0.000 NA   NA
 7589139 7589140 LHK_02522 LHK_02523     TRUE 0.871 121.000 0.500 NA   NA
 7589140 7589141 LHK_02523 LHK_02524     FALSE 0.158 434.000 0.188 NA   NA
 7589142 7589143 LHK_02525 LHK_02526     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589143 7589144 LHK_02526 LHK_02527     FALSE 0.065 165.000 0.000 NA   NA
 7589145 7589146 LHK_02528 LHK_02529 minC minD TRUE 0.976 64.000 0.466 1.000 Y NA
 7589146 7589147 LHK_02529 LHK_02530 minD minE TRUE 0.997 4.000 0.618 NA Y NA
 7589147 7589148 LHK_02530 LHK_02531 minE oxyR TRUE 0.939 -3.000 0.008 NA N NA
 7589148 7589149 LHK_02531 LHK_02532 oxyR   FALSE 0.054 187.000 0.000 NA   NA
 7589149 7589150 LHK_02532 LHK_02533     TRUE 0.531 79.000 0.009 NA   NA
 7589150 7589151 LHK_02533 LHK_02534   murB TRUE 0.949 -3.000 0.008 1.000 N NA
 7589151 7589152 LHK_02534 LHK_02535 murB   FALSE 0.356 46.000 0.000 NA   NA
 7589153 7589154 LHK_02536 LHK_02537     TRUE 0.663 102.000 0.074 NA   NA
 7589154 7589155 LHK_02537 LHK_02538   pitA FALSE 0.202 100.000 0.000 NA   NA
 7589156 7589157 LHK_02539 LHK_02540     FALSE 0.016 477.000 0.000 1.000   NA
 7589158 7589159 LHK_r7 LHK_r8     FALSE 0.176 112.000 0.000 NA   NA
 7589159 7589160 LHK_r8 LHK_t47   trnA-6 FALSE 0.030 243.000 0.000 NA   NA
 7589160 7589161 LHK_t47 LHK_t48 trnA-6 trnI-3 TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7589161 7589162 LHK_t48 LHK_r9 trnI-3   FALSE 0.266 69.000 0.000 NA   NA
 7589162 7589163 LHK_r9 LHK_02542   fumB FALSE 0.010 511.000 0.000 NA   NA
 7589163 7589164 LHK_02542 LHK_02543 fumB   FALSE 0.231 133.000 0.000 1.000 N NA
 7589166 7589167 LHK_02545 LHK_02546 sir2   FALSE 0.288 85.000 0.000 1.000   NA
 7589167 7589168 LHK_02546 LHK_02547   rhlE4 FALSE 0.049 223.000 0.000 1.000   NA
 7589168 7589169 LHK_02547 LHK_02548 rhlE4   TRUE 0.619 111.000 0.021 1.000 N NA
 7589169 7589170 LHK_02548 LHK_02549   murA FALSE 0.231 133.000 0.000 1.000 N NA
 7589170 7589171 LHK_02549 LHK_02550 murA   TRUE 0.954 19.000 0.129 NA N NA
 7589171 7589172 LHK_02550 LHK_02551     TRUE 0.967 7.000 0.077 NA N NA
 7589172 7589173 LHK_02551 LHK_02552     TRUE 0.977 2.000 0.170 NA   NA
 7589173 7589174 LHK_02552 LHK_02553     FALSE 0.009 686.000 0.000 NA   NA
 7589174 7589175 LHK_02553 LHK_02554   pabC FALSE 0.236 207.000 0.000 1.000 Y NA
 7589175 7589176 LHK_02554 LHK_02555 pabC   TRUE 0.808 3.000 0.000 1.000   NA
 7589176 7589177 LHK_02555 LHK_02556   metY FALSE 0.293 83.000 0.000 1.000   NA
 7589179 7589180 LHK_02558 LHK_02559   sys FALSE 0.109 137.000 0.000 NA   NA
 7589180 7589181 LHK_02559 LHK_02560 sys   FALSE 0.313 95.000 0.000 NA N NA
 7589181 7589182 LHK_02560 LHK_02561     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589182 7589183 LHK_02561 LHK_02562   mscL FALSE 0.171 153.000 0.000 0.089   NA
 7589183 7589184 LHK_02562 LHK_02563 mscL   FALSE 0.140 162.000 0.000 1.000 N NA
 7589186 7589187 LHK_02565 LHK_02566     TRUE 0.995 -3.000 0.727 NA   NA
 7589187 7589188 LHK_02566 LHK_02567     TRUE 0.995 -3.000 0.739 NA   NA
 7589188 7589189 LHK_02567 LHK_02568     FALSE 0.069 191.000 0.000 1.000   NA
 7589190 7589191 LHK_t49 LHK_t50 trnL-4 trnL-5 FALSE 0.301 56.000 0.000 NA   NA
 7589192 7589193 LHK_02569 LHK_02570     FALSE 0.214 115.000 0.000 1.000   NA
 7589193 7589194 LHK_02570 LHK_02572     FALSE 0.277 64.000 0.000 NA   NA
 7589197 7589198 LHK_02574 LHK_02575   mcpG FALSE 0.062 250.000 0.000 0.089   NA
 7589198 7589199 LHK_02575 LHK_02576 mcpG   FALSE 0.067 164.000 0.000 NA   NA
 7589202 7589203 LHK_02579 LHK_02580     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589206 7589207 LHK_02583 LHK_02584     TRUE 0.745 13.000 0.000 1.000   NA
 7589207 7589208 LHK_02584 LHK_02585     TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7589208 7589209 LHK_02585 LHK_02586   gpl-2 FALSE 0.447 93.000 0.000 0.003   NA
 7589209 7589210 LHK_02586 LHK_02587 gpl-2   TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7589210 7589211 LHK_02587 LHK_02588     TRUE 0.732 7.000 0.000 NA   NA
 7589211 7589212 LHK_02588 LHK_02589     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589212 7589213 LHK_02589 LHK_02590     TRUE 0.896 -12.000 0.043 NA   NA
 7589213 7589214 LHK_02590 LHK_02591     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589214 7589215 LHK_02591 LHK_02592     FALSE 0.234 82.000 0.000 NA   NA
 7589215 7589216 LHK_02592 LHK_02593     TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7589216 7589217 LHK_02593 LHK_02594     TRUE 0.965 -3.000 0.087 NA   NA
 7589217 7589218 LHK_02594 LHK_02595     FALSE 0.266 69.000 0.000 NA   NA
 7589218 7589219 LHK_02595 LHK_02596     TRUE 0.990 12.000 0.556 NA   NA
 7589219 7589220 LHK_02596 LHK_02597     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589220 7589221 LHK_02597 LHK_02598     TRUE 0.629 -7.000 0.000 NA   NA
 7589221 7589222 LHK_02598 LHK_02599     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7589222 7589223 LHK_02599 LHK_02600     TRUE 0.663 14.000 0.000 NA   NA
 7589223 7589224 LHK_02600 LHK_02601     FALSE 0.062 169.000 0.000 NA   NA
 7589224 7589225 LHK_02601 LHK_02602     TRUE 0.977 2.000 0.143 1.000   NA
 7589225 7589226 LHK_02602 LHK_02603     FALSE 0.154 120.000 0.000 NA   NA
 7589226 7589227 LHK_02603 LHK_02604     FALSE 0.170 113.000 0.000 NA   NA
 7589227 7589228 LHK_02604 LHK_02605     TRUE 0.712 10.000 0.000 NA   NA
 7589228 7589229 LHK_02605 LHK_02606     TRUE 0.648 15.000 0.000 NA   NA
 7589229 7589230 LHK_02606 LHK_02607     TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7589230 7589231 LHK_02607 LHK_02608     TRUE 0.761 1.000 0.000 NA   NA
 7589231 7589232 LHK_02608 LHK_02609     TRUE 0.744 5.000 0.000 NA   NA
 7589232 7589233 LHK_02609 LHK_02610     TRUE 0.508 -18.000 0.000 NA   NA
 7589234 7589235 LHK_02611 LHK_02612     TRUE 0.970 12.000 0.182 NA   NA
 7589236 7589237 LHK_02613 LHK_02614     FALSE 0.020 312.000 0.000 NA   NA
 7589237 7589238 LHK_02614 LHK_02615     TRUE 0.552 23.000 0.000 NA   NA
 7589238 7589239 LHK_02615 LHK_02616     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7589239 7589240 LHK_02616 LHK_02617     FALSE 0.208 95.000 0.000 NA   NA
 7589240 7589241 LHK_02617 LHK_02618     FALSE 0.055 185.000 0.000 NA   NA
 7589241 7589242 LHK_02618 LHK_02619     TRUE 0.703 11.000 0.000 NA   NA
 7589242 7589243 LHK_02619 LHK_02620     TRUE 0.543 24.000 0.000 NA   NA
 7589243 7589244 LHK_02620 LHK_02621     TRUE 0.575 20.000 0.000 NA   NA
 7589244 7589245 LHK_02621 LHK_02622     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589248 7589249 LHK_02625 LHK_t51   trnC-1 FALSE 0.011 506.000 0.000 NA   NA
 7589249 7589250 LHK_t51 LHK_t52 trnC-1 trnG-3 FALSE 0.435 36.000 0.000 NA   NA
 7589250 7589251 LHK_t52 LHK_t53 trnG-3 trnG-4 TRUE 0.703 11.000 0.000 NA   NA
 7589251 7589252 LHK_t53 LHK_t54 trnG-4 trnG-5 TRUE 0.536 25.000 0.000 NA   NA
 7589252 7589253 LHK_t54 LHK_02626 trnG-5 pgsA FALSE 0.232 83.000 0.000 NA   NA
 7589253 7589254 LHK_02626 LHK_02627 pgsA   TRUE 0.961 30.000 0.227 1.000 N NA
 7589255 7589256 LHK_02628 LHK_02629 guaB   FALSE 0.092 146.000 0.000 NA   NA
 7589257 7589258 LHK_02630 LHK_02631     FALSE 0.025 263.000 0.000 NA   NA
 7589261 7589262 LHK_02634 LHK_02635 fbpA fbpB TRUE 0.990 68.000 0.844 0.029 Y NA
 7589262 7589263 LHK_02635 LHK_02636 fbpB   TRUE 0.981 -3.000 0.070 0.029 N NA
 7589265 7589266 LHK_02638 LHK_02639     FALSE 0.257 71.000 0.000 NA   NA
 7589266 7589267 LHK_02639 LHK_02640     TRUE 0.988 12.000 0.500 NA   NA
 7589267 7589268 LHK_02640 LHK_02641     TRUE 0.913 17.000 0.048 NA   NA
 7589269 7589270 LHK_02642 LHK_02643   rnpH FALSE 0.087 150.000 0.000 NA   NA
 7589273 7589274 LHK_02646 LHK_02647 phrB   FALSE 0.443 69.000 0.000 1.000 N NA
 7589275 7589276 LHK_02648 LHK_02649     FALSE 0.012 436.000 0.000 NA   NA
 7589276 7589277 LHK_02649 LHK_02650     FALSE 0.016 371.000 0.000 NA   NA
 7589277 7589278 LHK_02650 LHK_02651     FALSE 0.392 86.000 0.000 1.000 N NA
 7589278 7589279 LHK_02651 LHK_02652     FALSE 0.418 76.000 0.000 1.000 N NA
 7589280 7589281 LHK_02653 LHK_02654     FALSE 0.344 -96.000 0.000 NA   NA
 7589281 7589282 LHK_02654 LHK_02655     FALSE 0.418 -34.000 0.000 NA   NA
 7589282 7589283 LHK_02655 LHK_02656     FALSE 0.063 168.000 0.000 NA   NA
 7589283 7589284 LHK_02656 LHK_02657     TRUE 0.987 19.000 0.667 NA   NA
 7589285 7589286 LHK_02658 LHK_02659   thiC FALSE 0.048 225.000 0.000 1.000   NA
 7589286 7589287 LHK_02659 LHK_02660 thiC   FALSE 0.428 169.000 0.000 0.003 Y NA
 7589287 7589288 LHK_02660 LHK_02661   thiE TRUE 0.989 -3.000 0.020 0.003 Y NA
 7589288 7589289 LHK_02661 LHK_02662 thiE thiM TRUE 0.995 -3.000 0.146 0.003 Y NA
 7589289 7589290 LHK_02662 LHK_02663 thiM   FALSE 0.043 206.000 0.000 NA   NA
 7589290 7589291 LHK_02663 LHK_02664     FALSE 0.458 33.000 0.000 NA   NA
 7589291 7589292 LHK_02664 LHK_02665   ppsA FALSE 0.465 136.000 0.000 1.000 Y NA
 7589297 7589298 LHK_02669 LHK_02671   trpS2 FALSE 0.046 200.000 0.000 NA   NA
 7589299 7589300 LHK_02672 LHK_02673   potD FALSE 0.117 181.000 0.000 1.000 N NA
 7589302 7589303 LHK_02675 LHK_02676 potC potB TRUE 0.980 -7.000 0.040 0.029 Y NA
 7589303 7589304 LHK_02676 LHK_02677 potB potA TRUE 0.997 5.000 0.440 0.029 Y NA
 7589304 7589305 LHK_02677 LHK_02678 potA   FALSE 0.080 436.000 0.000 1.000 Y NA
 7589305 7589306 LHK_02678 LHK_02679   ompW FALSE 0.118 180.000 0.000 1.000 N NA
 7589307 7589308 LHK_02680 LHK_02681     FALSE 0.159 118.000 0.000 NA   NA
 7589308 7589309 LHK_02681 LHK_02682   dapB-1 FALSE 0.203 99.000 0.000 NA   NA
 7589310 7589311 LHK_02683 LHK_02684 speE   TRUE 0.934 -3.000 0.005 NA N NA
 7589313 7589314 LHK_02686 LHK_02687     FALSE 0.007 2343.000 0.000 NA   NA
 7589314 7589315 LHK_02687 LHK_02688     FALSE 0.088 212.000 0.000 0.087   NA
 7589316 7589317 LHK_02689 LHK_02690     TRUE 0.979 -3.000 0.183 NA   NA
 7589317 7589318 LHK_02690 LHK_02691     TRUE 0.508 -18.000 0.000 NA   NA
 7589319 7589320 LHK_02693 LHK_02692     FALSE 0.431 -31.000 0.000 NA   NA
 7589320 7589321 LHK_02692 LHK_02694     FALSE 0.476 31.000 0.000 NA   NA
 7589321 7589322 LHK_02694 LHK_02695     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589322 7589323 LHK_02695 LHK_02696   holB TRUE 0.927 13.000 0.000 NA Y NA
 7589323 7589324 LHK_02696 LHK_02697 holB kthY TRUE 0.990 -3.000 0.211 0.078 N NA
 7589324 7589325 LHK_02697 LHK_02698 kthY   TRUE 0.982 -3.000 0.209 NA   NA
 7589325 7589326 LHK_02698 LHK_02699   rplI FALSE 0.134 128.000 0.000 NA   NA
 7589326 7589327 LHK_02699 LHK_02700 rplI rpsR TRUE 0.995 22.000 0.499 0.012 Y NA
 7589327 7589328 LHK_02700 LHK_02701 rpsR   TRUE 0.972 3.000 0.128 NA   NA
 7589328 7589329 LHK_02701 LHK_02702   rpsF TRUE 0.644 124.000 0.122 NA   NA
 7589329 7589330 LHK_02702 LHK_02703 rpsF   FALSE 0.016 1392.000 0.000 1.000 N NA
 7589330 7589331 LHK_02703 LHK_02704   flaG TRUE 0.621 91.000 0.000 NA Y NA
 7589331 7589332 LHK_02704 LHK_02705 flaG   TRUE 0.530 84.000 0.011 NA   NA
 7589332 7589333 LHK_02705 LHK_02706     FALSE 0.187 109.000 0.000 NA   NA
 7589333 7589334 LHK_02706 LHK_02707     FALSE 0.208 95.000 0.000 NA   NA
 7589334 7589335 LHK_02707 LHK_02708     FALSE 0.032 236.000 0.000 NA   NA
 7589335 7589336 LHK_02708 LHK_02709     FALSE 0.008 784.000 0.000 NA   NA
 7589336 7589337 LHK_02709 LHK_02711     FALSE 0.114 135.000 0.000 NA   NA
 7589339 7589340 LHK_02712 LHK_02713     FALSE 0.024 273.000 0.000 NA   NA
 7589341 7589342 LHK_02714 LHK_02715   rfbG TRUE 0.998 3.000 0.624 1.000 Y NA
 7589342 7589343 LHK_02715 LHK_02716 rfbG   TRUE 0.972 6.000 0.119 1.000   NA
 7589343 7589344 LHK_02716 LHK_02717     FALSE 0.013 545.000 0.000 1.000   NA
 7589344 7589345 LHK_02717 LHK_02718     TRUE 0.877 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7589345 7589346 LHK_02718 LHK_02719     FALSE 0.012 465.000 0.000 NA   NA
 7589347 7589348 LHK_02720 LHK_02721     TRUE 0.635 205.000 0.333 0.045   NA
 7589348 7589349 LHK_02721 LHK_02722   gcsP FALSE 0.081 174.000 0.000 1.000   NA
 7589349 7589350 LHK_02722 LHK_02723 gcsP gcvH TRUE 0.958 68.000 0.249 1.000 Y NA
 7589350 7589351 LHK_02723 LHK_02724 gcvH gcsT TRUE 0.967 100.000 0.317 0.001 Y NA
 7589351 7589352 LHK_02724 LHK_02725 gcsT   FALSE 0.049 244.000 0.000 NA N NA
 7589352 7589353 LHK_02725 LHK_02726   pbpG FALSE 0.160 143.000 0.000 NA N NA
 7589353 7589354 LHK_02726 LHK_02727 pbpG arcC-1 FALSE 0.033 377.000 0.000 1.000 N NA
 7589354 7589355 LHK_02727 LHK_02728 arcC-1 otcC-1 TRUE 0.894 160.000 0.483 1.000 Y NA
 7589355 7589356 LHK_02728 LHK_02729 otcC-1 arcA-1 TRUE 0.882 79.000 0.050 1.000 Y NA
 7589356 7589357 LHK_02729 LHK_02730 arcA-1 arcD-2 FALSE 0.453 138.000 0.000 1.000 Y NA
 7589357 7589358 LHK_02730 LHK_02731 arcD-2 arcD-3 FALSE 0.203 284.000 0.000 0.003 Y NA
 7589358 7589359 LHK_02731 LHK_02732 arcD-3 arcC-2 FALSE 0.184 238.000 0.000 1.000 Y NA
 7589359 7589360 LHK_02732 LHK_02733 arcC-2 otcC-2 TRUE 0.812 112.000 0.033 1.000 Y NA
 7589360 7589361 LHK_02733 LHK_02734 otcC-2 arcA-2 TRUE 0.844 93.000 0.033 1.000 Y NA
 7589365 7589366 LHK_02738 LHK_02739 dnaJ dnaK TRUE 0.952 111.000 0.236 0.002 Y NA
 7589366 7589367 LHK_02739 LHK_02740 dnaK grpE TRUE 0.840 119.000 0.030 0.007 Y NA
 7589367 7589368 LHK_02740 LHK_02741 grpE   FALSE 0.501 28.000 0.000 NA   NA
 7589372 7589373 LHK_02745 LHK_02746     TRUE 0.883 -3.000 0.000 0.086   NA
 7589373 7589374 LHK_02746 LHK_02747     TRUE 0.993 -16.000 0.432 0.029 Y NA
 7589374 7589375 LHK_02747 LHK_02748     TRUE 0.998 0.000 0.615 0.038 Y NA
 7589375 7589376 LHK_02748 LHK_02749     FALSE 0.024 265.000 0.000 NA   NA
 7589376 7589377 LHK_02749 LHK_t55   trnP-4 FALSE 0.028 250.000 0.000 NA   NA
 7589377 7589378 LHK_t55 LHK_02750 trnP-4   FALSE 0.467 32.000 0.000 NA   NA
 7589378 7589379 LHK_02750 LHK_02751   ihfA TRUE 0.977 -22.000 0.535 1.000   NA
 7589379 7589380 LHK_02751 LHK_02752 ihfA syfB TRUE 0.858 98.000 0.208 1.000 N NA
 7589380 7589381 LHK_02752 LHK_02753 syfB syfA TRUE 0.997 18.000 0.574 0.001 Y NA
 7589381 7589382 LHK_02753 LHK_02754 syfA rplT TRUE 0.902 120.000 0.202 1.000 Y NA
 7589382 7589383 LHK_02754 LHK_02755 rplT rpmI TRUE 0.999 11.000 0.928 0.012 Y NA
 7589383 7589384 LHK_02755 LHK_02756 rpmI infC TRUE 0.934 152.000 0.652 1.000 Y NA
 7589384 7589385 LHK_02756 LHK_02757 infC syt TRUE 0.633 225.000 0.186 1.000 Y NA
 7589385 7589386 LHK_02757 LHK_t56 syt trnV-5 FALSE 0.050 193.000 0.000 NA   NA
 7589387 7589388 LHK_02758 LHK_02759 tgt   TRUE 0.918 69.000 0.325 NA N NA
 7589388 7589389 LHK_02759 LHK_02760   secD TRUE 0.899 70.000 0.083 NA Y NA
 7589391 7589392 LHK_02762 LHK_02763 gpmI   TRUE 0.985 -3.000 0.170 1.000 N NA
 7589392 7589393 LHK_02763 LHK_02764   prc TRUE 0.949 82.000 0.408 0.015 N NA
 7589393 7589394 LHK_02764 LHK_02765 prc   TRUE 0.631 62.000 0.017 NA   NA
 7589394 7589395 LHK_02765 LHK_02766   argA-2 FALSE 0.257 71.000 0.000 NA   NA
 7589396 7589397 LHK_02767 LHK_r10     FALSE 0.033 232.000 0.000 NA   NA
 7589397 7589398 LHK_r10 LHK_r11     FALSE 0.176 112.000 0.000 NA   NA
 7589398 7589399 LHK_r11 LHK_t57   trnA-7 FALSE 0.030 243.000 0.000 NA   NA
 7589399 7589400 LHK_t57 LHK_t58 trnA-7 trnI-4 TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7589400 7589401 LHK_t58 LHK_r12 trnI-4   FALSE 0.266 69.000 0.000 NA   NA
 7589403 7589404 LHK_02770 LHK_02771 argJ recQ TRUE 0.626 69.000 0.003 1.000 N NA
 7589405 7589406 LHK_02772 LHK_02773     TRUE 0.918 14.000 0.036 NA   NA
 7589406 7589407 LHK_02773 LHK_02774     FALSE 0.123 132.000 0.000 NA   NA
 7589407 7589408 LHK_02774 LHK_02775     FALSE 0.117 134.000 0.000 NA   NA
 7589409 7589410 LHK_02776 LHK_02777 recG rpsI FALSE 0.120 147.000 0.000 1.000   NA
 7589410 7589411 LHK_02777 LHK_02778 rpsI rplM TRUE 0.992 17.000 0.601 0.012   NA
 7589413 7589414 LHK_02780 LHK_02781 relA mutY TRUE 0.574 84.000 0.002 1.000 N NA
 7589415 7589416 LHK_02782 LHK_02783     FALSE 0.016 561.000 0.000 NA N NA
 7589417 7589418 LHK_02784 LHK_02785     FALSE 0.050 1147.000 0.000 1.000 Y NA
 7589418 7589419 LHK_02785 LHK_02786     FALSE 0.120 943.000 0.020 1.000 Y NA
 7589419 7589420 LHK_02786 LHK_02787     TRUE 0.972 -3.000 0.000 0.011 Y NA
 7589420 7589421 LHK_02787 LHK_02788     TRUE 0.834 -133.000 0.000 0.011 Y NA
 7589421 7589422 LHK_02788 LHK_02789     FALSE 0.007 1528.000 0.000 NA   NA
 7589422 7589423 LHK_02789 LHK_02790     FALSE 0.192 107.000 0.000 NA   NA
 7589423 7589424 LHK_02790 LHK_02791     TRUE 0.907 34.000 0.000 0.001 Y NA
 7589424 7589425 LHK_02791 LHK_02792     TRUE 0.689 22.000 0.000 NA N NA
 7589425 7589426 LHK_02792 LHK_02793     TRUE 0.993 6.000 0.667 NA   NA
 7589426 7589427 LHK_02793 LHK_02794     FALSE 0.228 85.000 0.000 NA   NA
 7589427 7589428 LHK_02794 LHK_02795     TRUE 0.802 15.000 0.000 1.000 N NA
 7589428 7589429 LHK_02795 LHK_02796     TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7589429 7589430 LHK_02796 LHK_02797     TRUE 0.648 15.000 0.000 NA   NA
 7589430 7589431 LHK_02797 LHK_02798     TRUE 0.952 -22.000 0.286 NA   NA
 7589431 7589432 LHK_02798 LHK_02799   wbmF FALSE 0.007 1223.000 0.000 NA   NA
 7589432 7589433 LHK_02799 LHK_02800 wbmF wbmG TRUE 0.991 14.000 0.143 0.005 Y NA
 7589433 7589434 LHK_02800 LHK_02801 wbmG   TRUE 0.998 15.000 1.000 0.002 Y NA
 7589434 7589435 LHK_02801 LHK_02802     TRUE 0.802 44.000 0.000 1.000 Y NA
 7589435 7589436 LHK_02802 LHK_02803     TRUE 0.983 -3.000 0.024 1.000 Y NA
 7589438 7589439 LHK_02805 LHK_02806 wblB   TRUE 0.948 18.000 0.070 0.040   NA
 7589441 7589442 LHK_02808 LHK_t59   trnF-1 FALSE 0.016 363.000 0.000 NA   NA
 7589443 7589444 LHK_02809 LHK_02810     FALSE 0.418 76.000 0.000 1.000 N NA
 7589447 7589448 LHK_02813 LHK_02814 rfaH   FALSE 0.188 150.000 0.000 0.049   NA
 7589448 7589449 LHK_02814 LHK_02815     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589449 7589450 LHK_02815 LHK_02816     FALSE 0.075 158.000 0.000 NA   NA
 7589451 7589452 LHK_02817 LHK_02818   nolF TRUE 0.655 91.000 0.000 1.000 Y NA
 7589452 7589453 LHK_02818 LHK_02819 nolF nolG TRUE 0.994 13.000 0.824 NA N NA
 7589453 7589454 LHK_02819 LHK_02820 nolG dcuP TRUE 0.556 38.000 0.000 NA N NA
 7589454 7589455 LHK_02820 LHK_02821 dcuP priA FALSE 0.030 398.000 0.000 1.000 N NA
 7589456 7589457 LHK_02822 LHK_02823 gabD goaG TRUE 0.992 5.000 0.400 1.000 N NA
 7589459 7589460 LHK_02825 LHK_02826 natC   TRUE 0.952 13.000 0.061 NA N NA
 7589460 7589461 LHK_02826 LHK_02827     TRUE 0.994 1.000 0.583 NA N NA
 7589461 7589462 LHK_02827 LHK_02828     TRUE 0.958 10.000 0.042 1.000 N NA
 7589463 7589464 LHK_02829 LHK_02830 argB-2   TRUE 0.564 62.000 0.003 1.000   NA
 7589464 7589465 LHK_02830 LHK_02831   ssm TRUE 0.604 43.000 0.000 0.037   NA
 7589467 7589468 LHK_02833 LHK_02834     TRUE 0.744 5.000 0.000 NA   NA
 7589470 7589471 LHK_02836 LHK_02837 dacB grx3 TRUE 0.727 59.000 0.015 1.000 N NA
 7589471 7589472 LHK_02837 LHK_02838 grx3 secB TRUE 0.877 89.000 0.221 1.000 N NA
 7589472 7589473 LHK_02838 LHK_02839 secB   TRUE 0.891 -13.000 0.046 NA   NA
 7589473 7589474 LHK_02839 LHK_02840   gpdA TRUE 0.970 3.000 0.118 NA   NA
 7589475 7589476 LHK_02841 LHK_02842   pdhR FALSE 0.426 73.000 0.000 1.000 N NA
 7589477 7589478 LHK_02843 LHK_02844     FALSE 0.431 196.000 0.194 NA   NA
 7589478 7589479 LHK_02844 LHK_02845     TRUE 0.997 -3.000 0.639 0.001   NA
 7589479 7589480 LHK_02845 LHK_02846     TRUE 0.987 10.000 0.043 0.011 Y NA
 7589480 7589481 LHK_02846 LHK_02847     FALSE 0.476 -22.000 0.000 NA   NA
 7589482 7589483 LHK_02848 LHK_02849 kef   FALSE 0.361 97.000 0.000 1.000 N NA
 7589483 7589484 LHK_02849 LHK_02850     FALSE 0.058 179.000 0.000 NA   NA
 7589484 7589485 LHK_02850 LHK_02851     FALSE 0.292 58.000 0.000 NA   NA
 7589486 7589487 LHK_02852 LHK_02853 dcd   FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 7589487 7589488 LHK_02853 LHK_02854   dgt TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589489 7589490 LHK_r13 LHK_r14     FALSE 0.176 112.000 0.000 NA   NA
 7589490 7589491 LHK_r14 LHK_t60   trnA-8 FALSE 0.030 243.000 0.000 NA   NA
 7589491 7589492 LHK_t60 LHK_t61 trnA-8 trnI-5 TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7589492 7589493 LHK_t61 LHK_r15 trnI-5   FALSE 0.266 69.000 0.000 NA   NA
 7589493 7589494 LHK_r15 LHK_02856     FALSE 0.022 281.000 0.000 NA   NA
 7589494 7589495 LHK_02856 LHK_02857     TRUE 0.595 -10.000 0.000 NA   NA
 7589495 7589496 LHK_02857 LHK_02858     TRUE 0.732 7.000 0.000 NA   NA
 7589496 7589497 LHK_02858 LHK_02859     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589497 7589498 LHK_02859 LHK_02860   fdx2 FALSE 0.209 94.000 0.000 NA   NA
 7589498 7589499 LHK_02860 LHK_02861 fdx2 hscA TRUE 0.995 13.000 0.794 1.000 N NA
 7589499 7589500 LHK_02861 LHK_02862 hscA   TRUE 0.987 49.000 0.634 1.000 Y NA
 7589500 7589501 LHK_02862 LHK_02863     TRUE 0.939 69.000 0.500 1.000   NA
 7589501 7589502 LHK_02863 LHK_02864     TRUE 0.992 11.000 0.359 0.001   NA
 7589502 7589503 LHK_02864 LHK_02865   nifS TRUE 0.948 61.000 0.448 1.000 N NA
 7589503 7589504 LHK_02865 LHK_02866 nifS   TRUE 0.948 29.000 0.160 1.000 N NA
 7589504 7589505 LHK_02866 LHK_02867     FALSE 0.274 123.000 0.000 1.000 N NA
 7589505 7589506 LHK_02867 LHK_02868     FALSE 0.287 59.000 0.000 NA   NA
 7589506 7589507 LHK_02868 LHK_02869     FALSE 0.114 135.000 0.000 NA   NA
 7589507 7589508 LHK_02869 LHK_02870     TRUE 0.699 -7.000 0.000 1.000   NA
 7589514 7589515 LHK_02876 LHK_02877 galU dnlJ TRUE 0.641 34.000 0.000 1.000 N NA
 7589515 7589516 LHK_02877 LHK_02879 dnlJ   TRUE 0.917 5.000 0.005 1.000   NA
 7589516 7589517 LHK_02879 LHK_02880     TRUE 0.628 84.000 0.003 0.008   NA
 7589518 7589519 LHK_02881 LHK_02882     TRUE 0.989 0.000 0.263 NA N NA
 7589519 7589520 LHK_02882 LHK_02883     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 7589523 7589524 LHK_02886 LHK_02887 sspB sspA TRUE 0.995 0.000 0.831 NA   NA
 7589524 7589525 LHK_02887 LHK_02888 sspA petC TRUE 0.779 147.000 0.370 NA N NA
 7589525 7589526 LHK_02888 LHK_02889 petC petB TRUE 0.997 19.000 0.630 0.001 Y NA
 7589526 7589527 LHK_02889 LHK_02890 petB petA TRUE 0.980 17.000 0.029 0.001 Y NA
 7589527 7589528 LHK_02890 LHK_02891 petA   FALSE 0.295 146.000 0.013 NA   NA
 7589528 7589529 LHK_02891 LHK_02892     FALSE 0.096 144.000 0.000 NA   NA
 7589531 7589532 LHK_02894 LHK_02895   hemB FALSE 0.237 132.000 0.000 1.000 N NA
 7589532 7589533 LHK_02895 LHK_02896 hemB   FALSE 0.372 92.000 0.000 1.000 N NA
 7589533 7589534 LHK_02896 LHK_02897     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA N NA
 7589534 7589535 LHK_02897 LHK_02898   glmM FALSE 0.241 120.000 0.000 NA N NA
 7589535 7589536 LHK_02898 LHK_02899 glmM folP TRUE 0.936 49.000 0.260 1.000 N NA
 7589538 7589539 LHK_02901 LHK_02902 hflB ftsJ TRUE 0.791 77.000 0.095 NA N NA
 7589541 7589542 LHK_02904 LHK_02905   greA TRUE 0.643 113.000 0.089 NA   NA
 7589542 7589543 LHK_02905 LHK_02906 greA carB TRUE 0.704 155.000 0.241 1.000 N NA
 7589543 7589544 LHK_02906 LHK_02907 carB   TRUE 0.946 31.000 0.030 1.000 Y NA
 7589544 7589545 LHK_02907 LHK_02908   carA TRUE 0.828 96.000 0.026 1.000 Y NA
 7589545 7589546 LHK_02908 LHK_02909 carA   FALSE 0.106 192.000 0.000 1.000 N NA
 7589546 7589547 LHK_02909 LHK_02910     FALSE 0.298 117.000 0.000 1.000 N NA
 7589549 7589550 LHK_02912 LHK_02913     TRUE 0.998 4.000 0.429 0.013 Y NA
 7589553 7589554 LHK_02916 LHK_02917     TRUE 0.980 11.000 0.273 NA   NA
 7589555 7589556 LHK_02918 LHK_02919     FALSE 0.025 263.000 0.000 NA   NA
 7589556 7589557 LHK_02919 LHK_02920     TRUE 0.639 108.000 0.069 NA   NA
 7589557 7589558 LHK_02920 LHK_02921     TRUE 0.993 5.000 0.455 1.000 N NA
 7589558 7589559 LHK_02921 LHK_02922     TRUE 0.991 -3.000 0.223 0.046 N NA
 7589559 7589560 LHK_02922 LHK_02923   prlC FALSE 0.282 146.000 0.000 0.015 N NA
 7589561 7589562 LHK_02924 LHK_02925     FALSE 0.284 60.000 0.000 NA   NA
 7589562 7589563 LHK_02925 LHK_02926     TRUE 0.750 4.000 0.000 NA   NA
 7589565 7589566 LHK_02928 LHK_02929     FALSE 0.027 255.000 0.000 NA   NA
 7589566 7589567 LHK_02929 LHK_02930   acrD TRUE 0.996 10.000 0.945 1.000 N NA
 7589567 7589568 LHK_02930 LHK_02931 acrD oprM TRUE 0.990 -3.000 0.204 0.028 N NA
 7589568 7589569 LHK_02931 LHK_02932 oprM   FALSE 0.083 213.000 0.000 1.000 N NA
 7589570 7589571 LHK_02933 LHK_02934 amtB glnK TRUE 0.613 38.000 0.000 1.000 N NA
 7589572 7589573 LHK_02935 LHK_02936     FALSE 0.350 47.000 0.000 NA   NA
 7589573 7589574 LHK_02936 LHK_02937     TRUE 0.589 71.000 0.014 NA   NA
 7589574 7589575 LHK_02937 LHK_02938     FALSE 0.403 63.000 0.000 NA N NA
 7589575 7589576 LHK_02938 LHK_02939   dsbA TRUE 0.975 32.000 0.573 NA   NA
 7589576 7589577 LHK_02939 LHK_02940 dsbA uppP FALSE 0.309 76.000 0.000 1.000   NA
 7589577 7589578 LHK_02940 LHK_t62 uppP trnM-2 FALSE 0.279 63.000 0.000 NA   NA
 7589578 7589579 LHK_t62 LHK_t63 trnM-2 trnM-3 FALSE 0.356 46.000 0.000 NA   NA
 7589579 7589580 LHK_t63 LHK_02941 trnM-3   FALSE 0.301 56.000 0.000 NA   NA
 7589582 7589583 LHK_02942 LHK_02943   yeiH FALSE 0.046 200.000 0.000 NA   NA
 7589585 7589586 LHK_02945 LHK_02946 cobA2   FALSE 0.455 65.000 0.000 1.000 N NA
 7589586 7589587 LHK_02946 LHK_02947   ptsH TRUE 0.994 -7.000 0.261 0.001 Y NA
 7589587 7589588 LHK_02947 LHK_02948 ptsH   TRUE 0.968 68.000 0.205 0.001 Y NA
 7589588 7589589 LHK_02948 LHK_02949   msbA FALSE 0.159 155.000 0.000 1.000 N NA
 7589589 7589590 LHK_02949 LHK_02950 msbA   TRUE 0.959 -3.000 0.032 NA N NA
 7589590 7589591 LHK_02950 LHK_02951     FALSE 0.009 663.000 0.000 NA   NA
 7589591 7589592 LHK_02951 LHK_02952     FALSE 0.192 107.000 0.000 NA   NA
 7589592 7589593 LHK_02952 LHK_02953     TRUE 0.893 -7.000 0.025 NA   NA
 7589593 7589594 LHK_02953 LHK_02954     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589597 7589598 LHK_02957 LHK_02958 aroB aroK TRUE 0.994 -3.000 0.208 1.000 Y NA
 7589600 7589601 LHK_02960 LHK_02961   metX TRUE 0.992 -3.000 0.509 NA   NA
 7589602 7589603 LHK_02962 LHK_02963   yhcC TRUE 0.590 65.000 0.011 NA   NA
 7589606 7589607 LHK_t65 LHK_02966 trnR-6 ispB TRUE 0.648 15.000 0.000 NA   NA
 7589608 7589609 LHK_02967 LHK_02968 rplU rpmA TRUE 0.997 19.000 0.667 0.012 Y NA
 7589609 7589610 LHK_02968 LHK_02969 rpmA   FALSE 0.248 106.000 0.000 1.000   NA
 7589610 7589611 LHK_02969 LHK_02970     FALSE 0.262 96.000 0.000 1.000   NA
 7589611 7589612 LHK_02970 LHK_02971     FALSE 0.190 108.000 0.000 NA   NA
 7589614 7589615 LHK_02972 LHK_02973 ampG   FALSE 0.427 37.000 0.000 NA   NA
 7589620 7589621 LHK_02979 LHK_02980     TRUE 0.764 11.000 0.000 1.000   NA
 7589623 7589624 LHK_02982 LHK_02983   polA TRUE 0.563 44.000 0.000 1.000 N NA
 7589625 7589626 LHK_02984 LHK_02985     TRUE 0.928 19.000 0.095 NA   NA
 7589626 7589627 LHK_02985 LHK_02986     TRUE 0.973 12.000 0.204 NA   NA
 7589627 7589628 LHK_02986 LHK_02987     FALSE 0.020 302.000 0.000 NA   NA
 7589628 7589629 LHK_02987 LHK_02988     FALSE 0.384 145.000 0.000 NA Y NA
 7589629 7589630 LHK_02988 LHK_02989     TRUE 0.997 -3.000 0.465 NA Y NA
 7589630 7589631 LHK_02989 LHK_02990     FALSE 0.032 236.000 0.000 NA   NA
 7589631 7589632 LHK_02990 LHK_02991     TRUE 0.871 -76.000 0.143 NA   NA
 7589632 7589633 LHK_02991 LHK_02992     TRUE 0.703 11.000 0.000 NA   NA
 7589634 7589635 LHK_02993 LHK_02994 fpr rfbC FALSE 0.190 144.000 0.000 1.000 N NA
 7589635 7589636 LHK_02994 LHK_02995 rfbC rfbA TRUE 0.957 56.000 0.208 1.000 Y NA
 7589636 7589637 LHK_02995 LHK_02996 rfbA   TRUE 0.993 13.000 0.168 0.002 Y NA
 7589637 7589638 LHK_02996 LHK_02997     TRUE 0.997 -3.000 0.318 0.002 Y NA
 7589638 7589639 LHK_02997 LHK_02998   glmS TRUE 0.947 9.000 0.000 1.000 Y NA
 7589639 7589640 LHK_02998 LHK_02999 glmS glmU TRUE 0.823 95.000 0.021 1.000 Y NA
 7589640 7589641 LHK_02999 LHK_03000 glmU atpE TRUE 0.737 101.000 0.067 1.000 N NA
 7589641 7589642 LHK_03000 LHK_03001 atpE atpB TRUE 0.998 13.000 0.837 0.003 Y NA
 7589642 7589643 LHK_03001 LHK_03002 atpB atpG TRUE 0.995 38.000 0.724 0.003 Y NA
 7589643 7589644 LHK_03002 LHK_03003 atpG atpA TRUE 0.996 35.000 0.846 0.003 Y NA
 7589644 7589645 LHK_03003 LHK_03004 atpA atpH TRUE 0.999 9.000 0.864 0.003 Y NA
 7589645 7589646 LHK_03004 LHK_03005 atpH atpF TRUE 0.996 8.000 0.242 0.003 Y NA
 7589646 7589647 LHK_03005 LHK_03006 atpF atpE-1 TRUE 0.991 50.000 0.666 0.003 Y NA
 7589647 7589648 LHK_03006 LHK_03007 atpE-1 atpB-1 TRUE 0.980 99.000 0.557 0.003 Y NA
 7589648 7589649 LHK_03007 LHK_03008 atpB-1   TRUE 0.978 17.000 0.330 1.000   NA
 7589649 7589650 LHK_03008 LHK_03009     TRUE 0.559 100.000 0.016 1.000   NA
 7589650 7589651 LHK_03009 LHK_03010     TRUE 0.997 -3.000 0.827 1.000 N NA
 7589651 7589652 LHK_03010 LHK_03011   gidB TRUE 0.991 2.000 0.339 1.000 N NA
 7589652 7589653 LHK_03011 LHK_03012 gidB gidA TRUE 0.994 -3.000 0.466 1.000 N NA
 7589653 7589654 LHK_03012 LHK_03014 gidA   FALSE 0.476 -22.000 0.000 NA   NA
 7589656 7589657 LHK_03015 LHK_03016     FALSE 0.067 164.000 0.000 NA   NA
 7589658 7589659 LHK_03017 LHK_03018     FALSE 0.479 92.000 0.007 NA   NA
 7589659 7589660 LHK_03018 LHK_03019     FALSE 0.047 226.000 0.000 1.000   NA
 7589661 7589662 LHK_03020 LHK_03021     TRUE 0.730 -40.000 0.013 NA   NA
 7589662 7589663 LHK_03021 LHK_03022   gmhA TRUE 0.994 1.000 0.613 NA   NA
 7589663 7589664 LHK_03022 LHK_03023 gmhA   TRUE 0.945 34.000 0.187 1.000 N NA
 7589664 7589665 LHK_03023 LHK_03024     TRUE 0.978 -3.000 0.172 NA   NA
 7589666 7589667 LHK_03025 LHK_t66   trnL-6 FALSE 0.266 69.000 0.000 NA   NA
 7589668 7589669 LHK_03026 LHK_03027   ampR FALSE 0.018 711.000 0.000 1.000 N NA
 7589671 7589672 LHK_03029 LHK_03030     FALSE 0.031 240.000 0.000 NA   NA
 7589672 7589673 LHK_03030 LHK_03031     FALSE 0.279 63.000 0.000 NA   NA
 7589675 7589676 LHK_03033 LHK_03034     TRUE 0.912 -13.000 0.077 NA   NA
 7589676 7589677 LHK_03034 LHK_03035     TRUE 0.946 68.000 0.095 0.002 Y NA
 7589677 7589678 LHK_03035 LHK_03036   pdxA FALSE 0.069 235.000 0.000 1.000 N NA
 7589678 7589679 LHK_03036 LHK_03037 pdxA   TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589679 7589680 LHK_03037 LHK_03039   bioA TRUE 0.632 16.000 0.000 NA   NA
 7589681 7589682 LHK_03038 LHK_03040     FALSE 0.391 -45.000 0.000 NA   NA
 7589683 7589684 LHK_03041 LHK_03042     FALSE 0.269 92.000 0.000 1.000   NA
 7589685 7589686 LHK_03043 LHK_03044     FALSE 0.105 139.000 0.000 NA   NA
 7589686 7589687 LHK_03044 LHK_03045     TRUE 0.957 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 7589687 7589688 LHK_03045 LHK_03046     TRUE 0.976 -6.000 0.288 NA   NA
 7589689 7589690 LHK_03047 LHK_03048 moaC   TRUE 0.744 5.000 0.000 NA   NA
 7589690 7589691 LHK_03048 LHK_03049   lpxC TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7589691 7589692 LHK_03049 LHK_03050 lpxC ftsZ TRUE 0.801 106.000 0.134 1.000 N NA
 7589692 7589693 LHK_03050 LHK_03051 ftsZ ftsA TRUE 0.965 94.000 0.460 1.000 Y NA
 7589693 7589694 LHK_03051 LHK_03052 ftsA ftsQ TRUE 0.962 39.000 0.389 NA N NA
 7589694 7589695 LHK_03052 LHK_03053 ftsQ ddlB TRUE 0.991 -10.000 0.372 NA Y NA
 7589695 7589696 LHK_03053 LHK_03054 ddlB murC TRUE 0.995 -3.000 0.153 0.003 Y NA
 7589696 7589697 LHK_03054 LHK_03055 murC   TRUE 0.950 89.000 0.283 1.000 Y NA
 7589699 7589700 LHK_03057 LHK_03058 ftsW murD TRUE 0.994 -3.000 0.297 0.002 N NA
 7589700 7589701 LHK_03058 LHK_03059 murD mraY TRUE 0.998 7.000 0.647 0.003 Y NA
 7589701 7589702 LHK_03059 LHK_03060 mraY murF TRUE 0.978 58.000 0.309 0.003 Y NA
 7589702 7589703 LHK_03060 LHK_03061 murF murE TRUE 0.997 -6.000 0.569 0.002 Y NA
 7589703 7589704 LHK_03061 LHK_03062 murE ftsI TRUE 0.979 -3.000 0.008 1.000 Y NA
 7589704 7589705 LHK_03062 LHK_03063 ftsI ftsL TRUE 0.954 0.000 0.012 1.000 N NA
 7589705 7589706 LHK_03063 LHK_03064 ftsL mraW TRUE 0.988 -3.000 0.227 1.000 N NA
 7589706 7589707 LHK_03064 LHK_03065 mraW   TRUE 0.994 -3.000 0.635 NA   NA
 7589707 7589708 LHK_03065 LHK_03066     FALSE 0.382 -51.000 0.000 NA   NA
 7589708 7589709 LHK_03066 LHK_03067   gatB FALSE 0.114 135.000 0.000 NA   NA
 7589709 7589710 LHK_03067 LHK_03068 gatB gatA TRUE 0.981 83.000 0.492 0.001 Y NA
 7589710 7589711 LHK_03068 LHK_03069 gatA gatC TRUE 0.760 422.000 0.643 0.001 Y NA
 7589712 7589713 LHK_03070 LHK_03071 mreB mreC TRUE 0.965 69.000 0.689 1.000 N NA
 7589713 7589714 LHK_03071 LHK_03072 mreC mreD TRUE 0.998 4.000 0.550 0.002 Y NA
 7589714 7589715 LHK_03072 LHK_03073 mreD mrdA TRUE 0.986 13.000 0.108 1.000 Y NA
 7589715 7589716 LHK_03073 LHK_03074 mrdA mrdB TRUE 0.932 -15.000 0.073 1.000 N NA
 7589717 7589718 LHK_03075 LHK_03076     FALSE 0.360 105.000 0.000 0.083   NA
 7589718 7589719 LHK_03076 LHK_03077     FALSE 0.032 274.000 0.000 1.000   NA
 7589719 7589720 LHK_03077 LHK_03078     FALSE 0.059 175.000 0.000 NA   NA
 7589720 7589721 LHK_03078 LHK_03079   pur7 FALSE 0.229 84.000 0.000 NA   NA
 7589721 7589722 LHK_03079 LHK_03080 pur7   FALSE 0.380 54.000 0.000 1.000   NA
 7589722 7589723 LHK_03080 LHK_03081   purK FALSE 0.096 160.000 0.000 1.000   NA
 7589723 7589724 LHK_03081 LHK_03082 purK purE TRUE 0.996 -3.000 0.201 0.001 Y NA
 7589724 7589725 LHK_03082 LHK_03083 purE dsbE FALSE 0.280 89.000 0.000 1.000   NA
 7589726 7589727 LHK_03084 LHK_03085 pfkB   FALSE 0.355 59.000 0.000 1.000   NA
 7589728 7589729 LHK_03086 LHK_03087     TRUE 0.995 12.000 0.686 0.007   NA
 7589729 7589730 LHK_03087 LHK_03088     FALSE 0.425 47.000 0.000 1.000   NA
 7589730 7589731 LHK_03088 LHK_03089     TRUE 0.982 -3.000 0.083 0.001   NA
 7589733 7589734 LHK_03091 LHK_03092     FALSE 0.287 59.000 0.000 NA   NA
 7589735 7589736 LHK_03093 LHK_03094 gshB   TRUE 0.967 -12.000 0.038 1.000 Y NA
 7589738 7589739 LHK_03096 LHK_03097 cyc   FALSE 0.277 111.000 0.000 NA N NA
 7589739 7589740 LHK_03097 LHK_03098   nrfE TRUE 0.986 32.000 0.399 NA Y NA
 7589741 7589742 LHK_03099 LHK_03100   glpK2 FALSE 0.036 356.000 0.000 1.000 N NA
 7589748 7589749 LHK_03106 LHK_03107 prfA hem1 TRUE 0.988 4.000 0.171 0.032 N NA
 7589751 7589752 LHK_03109 LHK_03110     FALSE 0.229 84.000 0.000 NA   NA
 7589752 7589753 LHK_03110 LHK_03111   ruvA TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7589753 7589754 LHK_03111 LHK_03112 ruvA menA TRUE 0.928 8.000 0.003 1.000 N NA
 7589754 7589755 LHK_03112 LHK_03113 menA   TRUE 0.819 0.000 0.000 1.000   NA
 7589755 7589756 LHK_03113 LHK_03114   bioC TRUE 0.701 16.000 0.000 1.000   NA
 7589756 7589757 LHK_03114 LHK_03115 bioC bioH TRUE 0.806 73.000 0.046 0.002   NA
 7589757 7589758 LHK_03115 LHK_03116 bioH   TRUE 0.965 0.000 0.065 1.000   NA
 7589760 7589761 LHK_03118 LHK_03119     FALSE 0.200 101.000 0.000 NA   NA
 7589761 7589762 LHK_03119 LHK_03121     FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 7589765 7589766 LHK_03123 LHK_03124     FALSE 0.030 243.000 0.000 NA   NA
 7589767 7589768 LHK_03125 LHK_03126     FALSE 0.023 278.000 0.000 NA   NA
 7589768 7589769 LHK_03126 LHK_03128     TRUE 0.787 -18.000 0.009 NA   NA
 7589770 7589771 LHK_03127 LHK_03129     TRUE 0.848 26.000 0.004 1.000 N NA
 7589774 7589775 LHK_03132 LHK_03133 emrB   TRUE 0.799 5.000 0.000 1.000   NA
 7589775 7589776 LHK_03133 LHK_03134   tolC4 TRUE 0.763 30.000 0.000 0.083 N NA
 7589776 7589777 LHK_03134 LHK_03135 tolC4   TRUE 0.878 13.000 0.000 0.083 N NA
 7589777 7589778 LHK_03135 LHK_03136   hem3 FALSE 0.418 76.000 0.000 1.000 N NA
 7589779 7589780 LHK_03137 LHK_03138 capP   FALSE 0.202 140.000 0.000 1.000 N NA
 7589781 7589782 LHK_03139 LHK_03140     TRUE 0.983 -3.000 0.225 NA   NA
 7589782 7589783 LHK_03140 LHK_03141     FALSE 0.266 69.000 0.000 NA   NA
 7589785 7589786 LHK_03143 LHK_03144 topA smg FALSE 0.454 132.000 0.040 NA   NA
 7589786 7589787 LHK_03144 LHK_03146 smg   TRUE 0.859 46.000 0.124 NA   NA
 7589787 7589788 LHK_03146 LHK_03145     FALSE 0.401 -40.000 0.000 NA   NA
 7589789 7589790 LHK_03147 LHK_03148 def   TRUE 0.922 27.000 0.105 1.000   NA
 7589790 7589791 LHK_03148 LHK_03149   fmt TRUE 0.916 -3.000 0.003 1.000   NA
 7589792 7589793 LHK_03150 LHK_03151     FALSE 0.236 81.000 0.000 NA   NA
 7589798 7589799 LHK_03156 LHK_03157     FALSE 0.476 31.000 0.000 NA   NA
 7589801 7589802 LHK_03158 LHK_03159 cysP   TRUE 0.907 13.000 0.000 0.001 N NA
 7589802 7589803 LHK_03159 LHK_03161     TRUE 0.997 14.000 0.935 0.001 N NA
 7589803 7589804 LHK_03161 LHK_03162     TRUE 0.996 15.000 0.587 1.000 Y NA
 7589804 7589805 LHK_03162 LHK_03163     FALSE 0.355 101.000 0.000 1.000 N NA
 7589806 7589807 LHK_03164 LHK_03165 endA   FALSE 0.351 103.000 0.000 1.000 N NA
 7589808 7589809 LHK_03166 LHK_03167     TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7589809 7589810 LHK_03167 LHK_03168     TRUE 0.814 58.000 0.000 0.011 Y NA
 7589811 7589812 LHK_03169 LHK_03170   ybgF TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589812 7589813 LHK_03170 LHK_03171 ybgF pal FALSE 0.250 104.000 0.000 1.000   NA
 7589813 7589814 LHK_03171 LHK_03172 pal tolB TRUE 0.606 39.000 0.000 1.000 N NA
 7589814 7589815 LHK_03172 LHK_03173 tolB   FALSE 0.065 215.000 0.000 NA N NA
 7589815 7589816 LHK_03173 LHK_03174   tolR TRUE 0.852 0.000 0.000 NA N NA
 7589816 7589817 LHK_03174 LHK_03175 tolR   FALSE 0.102 157.000 0.000 1.000   NA
 7589817 7589818 LHK_03175 LHK_03176     TRUE 0.911 20.000 0.048 1.000   NA
 7589818 7589819 LHK_03176 LHK_03177     TRUE 0.745 63.000 0.069 NA   NA
 7589819 7589820 LHK_03177 LHK_03178     TRUE 0.823 27.000 0.018 NA   NA
 7589820 7589821 LHK_03178 LHK_03180     FALSE 0.496 54.000 0.000 1.000 N NA
 7589821 7589822 LHK_03180 LHK_03179     FALSE 0.221 135.000 0.000 1.000 N NA
 7589825 7589826 LHK_03183 LHK_03184   dipZ TRUE 0.647 -25.000 0.000 1.000 N NA
 7589826 7589827 LHK_03184 LHK_t67 dipZ trnK-1 FALSE 0.309 54.000 0.000 NA   NA
 7589827 7589828 LHK_t67 LHK_t68 trnK-1 trnK-2 FALSE 0.440 35.000 0.000 NA   NA
 7589828 7589829 LHK_t68 LHK_t69 trnK-2 trnK-3 FALSE 0.427 37.000 0.000 NA   NA
 7589829 7589830 LHK_t69 LHK_t70 trnK-3 trnK-4 FALSE 0.435 36.000 0.000 NA   NA
 7589830 7589831 LHK_t70 LHK_03185 trnK-4   TRUE 0.543 24.000 0.000 NA   NA
 7589831 7589832 LHK_03185 LHK_03186     FALSE 0.180 111.000 0.000 NA   NA
 7589832 7589833 LHK_03186 LHK_03187     TRUE 0.742 71.000 0.080 NA   NA
 7589833 7589834 LHK_03187 LHK_03188     FALSE 0.017 359.000 0.000 NA   NA
 7589835 7589836 LHK_03189 LHK_03190 syp ruvC FALSE 0.418 76.000 0.000 1.000 N NA
 7589836 7589837 LHK_03190 LHK_03191 ruvC   TRUE 0.876 -9.000 0.002 1.000 N NA
 7589837 7589838 LHK_03191 LHK_03192     TRUE 0.957 -207.000 0.642 NA   NA
 7589839 7589840 LHK_03193 LHK_03194   surA TRUE 0.980 -3.000 0.168 1.000   NA
 7589840 7589841 LHK_03194 LHK_03195 surA   FALSE 0.033 269.000 0.000 1.000   NA
 7589841 7589842 LHK_03195 LHK_03196     FALSE 0.380 90.000 0.000 1.000 N NA
 7589842 7589843 LHK_03196 LHK_03197     TRUE 0.942 9.000 0.044 NA   NA
 7589843 7589844 LHK_03197 LHK_03198     TRUE 0.993 15.000 0.911 NA   NA
 7589844 7589845 LHK_03198 LHK_03199     FALSE 0.060 174.000 0.000 NA   NA
 7589846 7589847 LHK_03200 LHK_03201   proA FALSE 0.013 418.000 0.000 NA   NA
 7589852 7589853 LHK_03206 LHK_03207 nifR3 fis TRUE 0.984 -3.000 0.161 1.000 N NA
 7589853 7589854 LHK_03207 LHK_03208 fis pur9 TRUE 0.790 92.000 0.101 1.000 N NA
 7589854 7589855 LHK_03208 LHK_03209 pur9   FALSE 0.342 65.000 0.000 1.000   NA
 7589855 7589856 LHK_03209 LHK_03210   purD FALSE 0.350 61.000 0.000 1.000   NA
 7589857 7589858 LHK_t71 LHK_t72 trnT-4 trnG-6 TRUE 0.663 14.000 0.000 NA   NA
 7589858 7589859 LHK_t72 LHK_t73 trnG-6 trnN-3 TRUE 0.732 7.000 0.000 NA   NA
 7589859 7589860 LHK_t73 LHK_03211 trnN-3   FALSE 0.109 137.000 0.000 NA   NA
 7589860 7589861 LHK_03211 LHK_03212   pyrE FALSE 0.212 137.000 0.000 1.000 N NA
 7589863 7589864 LHK_03214 LHK_03215     FALSE 0.387 42.000 0.000 NA   NA
 7589864 7589865 LHK_03215 LHK_03216   cobS FALSE 0.012 466.000 0.000 NA   NA
 7589865 7589866 LHK_03216 LHK_03217 cobS   TRUE 0.804 4.000 0.000 1.000   NA
 7589866 7589867 LHK_03217 LHK_03218     FALSE 0.331 69.000 0.000 1.000   NA
 7589867 7589868 LHK_03218 LHK_03219     FALSE 0.118 277.000 0.034 NA   NA
 7589868 7589869 LHK_03219 LHK_03220     TRUE 0.764 -3.000 0.000 NA   NA
 7589869 7589870 LHK_03220 LHK_03221     FALSE 0.395 41.000 0.000 NA   NA
 7589870 7589871 LHK_03221 LHK_03222   cobU TRUE 0.967 -3.000 0.041 1.000 N NA
 7589871 7589872 LHK_03222 LHK_03223 cobU   TRUE 0.881 55.000 0.018 1.000 Y NA
 7589873 7589874 LHK_03224 LHK_03225 cobT gpmA TRUE 0.994 -3.000 0.500 1.000 N NA
 7589874 7589875 LHK_03225 LHK_03226 gpmA   TRUE 0.537 33.000 0.000 1.000   NA
 7589876 7589877 LHK_r16 LHK_r17     FALSE 0.176 112.000 0.000 NA   NA
 7589877 7589878 LHK_r17 LHK_t74   trnA-9 FALSE 0.030 243.000 0.000 NA   NA
 7589878 7589879 LHK_t74 LHK_t75 trnA-9 trnI-6 TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7589879 7589880 LHK_t75 LHK_r18 trnI-6   FALSE 0.266 69.000 0.000 NA   NA
 7589880 7589881 LHK_r18 LHK_03228   pntB FALSE 0.017 332.000 0.000 NA   NA
 7589881 7589882 LHK_03228 LHK_03229 pntB   TRUE 0.959 14.000 0.040 0.001   NA
 7589882 7589883 LHK_03229 LHK_03230   pntA TRUE 0.996 11.000 0.829 0.001   NA
 7589883 7589884 LHK_03230 LHK_03231 pntA   TRUE 0.727 8.000 0.000 NA   NA
 7589884 7589885 LHK_03231 LHK_03232     TRUE 0.761 1.000 0.000 NA   NA
 7589887 7589888 LHK_03234 LHK_03235     FALSE 0.028 247.000 0.000 NA   NA
 7589888 7589889 LHK_03235 LHK_03236   yidC TRUE 0.866 104.000 0.221 0.045   NA
 7589889 7589890 LHK_03236 LHK_03237 yidC   TRUE 0.980 19.000 0.461 NA   NA
 7589890 7589891 LHK_03237 LHK_03238   rnpA TRUE 0.973 -24.000 0.540 NA   NA
 7589891 7589892 LHK_03238 LHK_03239 rnpA   TRUE 0.994 10.000 0.787 1.000   NA
 7589893 7589894 LHK_03240 LHK_03241 dnaA dnaN TRUE 0.975 48.000 0.328 1.000 Y NA
 7589894 7589895 LHK_03241 LHK_03242 dnaN gyrB TRUE 0.925 69.000 0.114 1.000 Y NA
 7589896 7589897 LHK_03243 LHK_03244     TRUE 0.986 12.000 0.048 0.042 Y NA
 7589897 7589898 LHK_03244 LHK_03245     TRUE 0.632 16.000 0.000 NA   NA
 7589898 7589899 LHK_03245 LHK_03246     FALSE 0.195 104.000 0.000 NA   NA
 7589900 7589901 LHK_03247 LHK_03248     FALSE 0.013 431.000 0.000 NA   NA
 7589903 7589904 LHK_03250 LHK_03251     TRUE 0.816 -3.000 0.000 1.000   NA
 7589904 7589905 LHK_03251 LHK_03252   birA TRUE 0.913 7.000 0.005 1.000   NA
 7589905 7589906 LHK_03252 LHK_03253 birA   TRUE 0.983 -3.000 0.147 1.000 N NA
 7589906 7589907 LHK_03253 LHK_03254     TRUE 0.855 -6.000 0.005 NA   NA
 7589908 7589909 LHK_03255 LHK_03256     FALSE 0.455 -25.000 0.000 NA   NA
 7589909 7589910 LHK_03256 LHK_03257     FALSE 0.009 592.000 0.000 NA   NA
 7589910 7589911 LHK_03257 LHK_r19     FALSE 0.163 116.000 0.000 NA   NA
 7589911 7589912 LHK_r19 LHK_r20     FALSE 0.176 112.000 0.000 NA   NA
 7589912 7589913 LHK_r20 LHK_t76   trnA-10 FALSE 0.030 243.000 0.000 NA   NA
 7589913 7589914 LHK_t76 LHK_t77 trnA-10 trnI-7 TRUE 0.721 9.000 0.000 NA   NA
 7589914 7589915 LHK_t77 LHK_r21 trnI-7   FALSE 0.266 69.000 0.000 NA   NA
 7589915 7586583 LHK_r21 LHK_00001   nadB FALSE 0.031 242.000 0.000 NA   NA