MicrobesOnline Operon Predictions for Staphylococcus capitis SK14

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 6430613 6430614 STACA0001_0873 STACA0001_0874 betB betA FALSE 0.246 167.000 0.072 1.000 N NA
 6430614 6430615 STACA0001_0874 STACA0001_0875 betA   FALSE 0.055 245.000 0.000 1.000   NA
 6430615 6430616 STACA0001_0875 STACA0001_0876     TRUE 0.920 19.000 0.500 1.000   NA
 6430616 6430617 STACA0001_0876 STACA0001_0877     FALSE 0.048 200.000 0.000 NA   NA
 6430617 6430618 STACA0001_0877 STACA0001_0878     TRUE 0.840 36.000 0.600 NA   NA
 6430618 6430619 STACA0001_0878 STACA0001_0879     FALSE 0.004 664.000 0.000 NA   NA
 6430619 6430620 STACA0001_0879 STACA0001_0880     FALSE 0.020 271.000 0.000 NA   NA
 6430620 6430621 STACA0001_0880 STACA0001_0881   ppdK FALSE 0.059 240.000 0.000 1.000 N NA
 6430621 6430622 STACA0001_0881 STACA0001_0882 ppdK   TRUE 0.829 2.000 0.065 NA   NA
 6430622 6430623 STACA0001_0882 STACA0001_0883   mqo FALSE 0.010 345.000 0.000 NA   NA
 6430623 6430624 STACA0001_0883 STACA0001_0884 mqo   FALSE 0.177 155.000 0.000 1.000   NA
 6430624 6430625 STACA0001_0884 STACA0001_0885     FALSE 0.089 158.000 0.000 NA   NA
 6430625 6430626 STACA0001_0885 STACA0001_0886     TRUE 0.704 24.000 0.022 NA N NA
 6430627 6430628 STACA0001_0887 STACA0001_0888     FALSE 0.019 357.000 0.000 1.000   NA
 6430628 6430629 STACA0001_0888 STACA0001_0889     FALSE 0.074 220.000 0.000 1.000   NA
 6430634 6430635 STACA0001_0894 STACA0001_0895     FALSE 0.495 30.000 0.000 NA   NA
 6430635 6430636 STACA0001_0895 STACA0001_0896     FALSE 0.014 411.000 0.000 1.000 N NA
 6430636 6430637 STACA0001_0896 STACA0001_0897   alsS TRUE 0.612 60.000 0.022 1.000 N NA
 6430637 6430638 STACA0001_0897 STACA0001_0898 alsS budA FALSE 0.309 133.000 0.022 1.000 N NA
 6430640 6430641 STACA0001_0900 STACA0001_0901 panB panC TRUE 0.998 -7.000 0.395 0.001 Y NA
 6430641 6430642 STACA0001_0901 STACA0001_0902 panC panD TRUE 0.989 0.000 0.342 1.000 Y NA
 6430642 6430643 STACA0001_0902 STACA0001_0903 panD   FALSE 0.057 189.000 0.000 NA   NA
 6430643 6430644 STACA0001_0903 STACA0001_0904     TRUE 0.711 1.000 0.000 NA   NA
 6430644 6430645 STACA0001_0904 STACA0001_0905     FALSE 0.004 694.000 0.000 NA   NA
 6430645 6430646 STACA0001_0905 STACA0001_0906     TRUE 0.952 0.000 0.600 NA   NA
 6430650 6430651 STACA0001_0910 STACA0001_0911     FALSE 0.128 161.000 0.007 NA   NA
 6430652 6430653 STACA0001_0912 STACA0001_0913   pyrD FALSE 0.167 139.000 0.006 NA   NA
 6430655 6430656 STACA0001_0915 STACA0001_0916     FALSE 0.098 151.000 0.000 NA   NA
 6430656 6430657 STACA0001_0916 STACA0001_0917     TRUE 0.657 34.000 0.067 NA   NA
 6430657 6430658 STACA0001_0917 STACA0001_0918     FALSE 0.494 69.000 0.100 NA   NA
 6430658 6430659 STACA0001_0918 STACA0001_0919     FALSE 0.521 107.000 0.250 1.000   NA
 6430659 6430660 STACA0001_0919 STACA0001_0920     TRUE 0.897 16.000 0.333 1.000 N NA
 6430661 6430662 STACA0001_0921 STACA0001_0922     TRUE 0.775 12.000 0.111 NA   NA
 6430662 6430663 STACA0001_0922 STACA0001_0923     TRUE 0.799 42.000 0.500 NA   NA
 6430663 6430664 STACA0001_0923 STACA0001_0924     FALSE 0.006 444.000 0.000 NA   NA
 6430666 6430667 STACA0001_0926 STACA0001_0927     FALSE 0.273 105.000 0.022 NA   NA
 6430667 6430668 STACA0001_0927 STACA0001_0928     FALSE 0.006 445.000 0.000 NA   NA
 6430668 6430669 STACA0001_0928 STACA0001_0929     FALSE 0.055 191.000 0.000 NA   NA
 6430669 6430670 STACA0001_0929 STACA0001_0930     TRUE 0.882 2.000 0.211 NA   NA
 6430670 6430671 STACA0001_0930 STACA0001_0931     TRUE 0.847 7.000 0.263 NA N NA
 6430671 6430672 STACA0001_0931 STACA0001_0932     TRUE 0.700 38.000 0.160 NA N NA
 6430672 6430673 STACA0001_0932 STACA0001_0933     TRUE 0.933 13.000 0.800 1.000 N NA
 6430673 6430674 STACA0001_0933 STACA0001_0934     FALSE 0.051 251.000 0.000 1.000 N NA
 6430674 6430675 STACA0001_0934 STACA0001_0935     TRUE 0.822 27.000 0.100 1.000 N NA
 6430675 6430676 STACA0001_0935 STACA0001_0936     TRUE 0.642 34.000 0.000 1.000 N NA
 6430677 6430678 STACA0001_0937 STACA0001_0938     TRUE 0.923 88.000 0.035 0.001 Y NA
 6430678 6430679 STACA0001_0938 STACA0001_0939     FALSE 0.031 235.000 0.000 NA   NA
 6430680 6430681 STACA0001_0940 STACA0001_0941   maa FALSE 0.499 83.000 0.047 1.000   NA
 6430685 6430686 STACA0001_0945 STACA0001_0946   feoB TRUE 0.975 6.000 0.308 1.000 Y NA
 6430686 6430687 STACA0001_0946 STACA0001_0947 feoB   FALSE 0.009 372.000 0.000 NA   NA
 6430692 6430693 STACA0001_0952 STACA0001_0953     FALSE 0.024 253.000 0.000 NA   NA
 6430694 6430695 STACA0001_0954 STACA0001_0955     FALSE 0.030 301.000 0.000 1.000   NA
 6430695 6430696 STACA0001_0955 STACA0001_0956     TRUE 0.941 -3.000 0.070 1.000   NA
 6430696 6430697 STACA0001_0956 STACA0001_0957     TRUE 0.791 47.000 0.300 1.000 N NA
 6430697 6430698 STACA0001_0957 STACA0001_0958   ptsG FALSE 0.051 251.000 0.000 1.000 N NA
 6430698 6430699 STACA0001_0958 STACA0001_0959 ptsG   FALSE 0.110 142.000 0.000 NA   NA
 6430701 6430702 STACA0001_0961 STACA0001_0962     FALSE 0.472 67.000 0.047 NA   NA
 6430702 6430703 STACA0001_0962 STACA0001_0963     FALSE 0.157 155.000 0.019 NA   NA
 6430703 6430704 STACA0001_0963 STACA0001_0964     FALSE 0.468 106.000 0.333 NA   NA
 6430708 6430709 STACA0001_0968 STACA0001_0969     TRUE 0.979 5.000 0.833 0.001   NA
 6430709 6430710 STACA0001_0969 STACA0001_0970     TRUE 0.911 24.000 0.833 NA   NA
 6430710 6430711 STACA0001_0970 STACA0001_0971     TRUE 0.984 -10.000 0.833 NA   NA
 6430711 6430712 STACA0001_0971 STACA0001_0972     TRUE 0.939 3.000 0.833 NA   NA
 6430712 6430713 STACA0001_0972 STACA0001_0973     FALSE 0.042 271.000 0.000 1.000 N NA
 6430713 6430714 STACA0001_0973 STACA0001_0974     TRUE 0.982 22.000 0.045 0.003 Y NA
 6430714 6430715 STACA0001_0974 STACA0001_0975   rbsK TRUE 0.913 49.000 0.030 1.000 Y NA
 6430715 6430716 STACA0001_0975 STACA0001_0976 rbsK xylB FALSE 0.386 206.000 0.000 1.000 Y NA
 6430716 6430717 STACA0001_0976 STACA0001_0977 xylB   FALSE 0.019 275.000 0.000 NA   NA
 6430717 6430718 STACA0001_0977 STACA0001_0978     FALSE 0.005 537.000 0.000 NA   NA
 6430718 6430719 STACA0001_0978 STACA0001_0979   sdaAB TRUE 0.889 3.000 0.304 NA N NA
 6430719 6430720 STACA0001_0979 STACA0001_0980 sdaAB sdaAA TRUE 0.988 14.000 0.324 0.001 Y NA
 6430722 6430723 STACA0001_0982 STACA0001_0983     FALSE 0.033 228.000 0.000 NA   NA
 6430725 6430726 STACA0001_0985 STACA0001_0986     FALSE 0.202 280.000 0.000 1.000 Y NA
 6430727 6430728 STACA0001_0987 STACA0001_0988     FALSE 0.098 151.000 0.000 NA   NA
 6430730 6430731 STACA0001_0990 STACA0001_0991     FALSE 0.087 159.000 0.000 NA   NA
 6430733 6430734 STACA0001_0993 STACA0001_0994     TRUE 0.567 11.000 0.000 NA   NA
 6430734 6430735 STACA0001_0994 STACA0001_0995     FALSE 0.025 251.000 0.000 NA   NA
 6430735 6430736 STACA0001_0995 STACA0001_0996     FALSE 0.232 172.000 0.083 1.000   NA
 6430736 6430737 STACA0001_0996 STACA0001_0997     FALSE 0.389 118.000 0.083 1.000   NA
 6430737 6430738 STACA0001_0997 STACA0001_0998   thiG TRUE 0.989 0.000 0.011 0.038 Y NA
 6430738 6430739 STACA0001_0998 STACA0001_0999 thiG thiS TRUE 0.682 2.000 0.000 NA   NA
 6430739 6430740 STACA0001_0999 STACA0001_1000 thiS   TRUE 0.896 -16.000 0.000 NA   NA
 6430740 6430741 STACA0001_1000 STACA0001_1001     TRUE 0.955 -7.000 0.037 1.000 N NA
 6430742 6430743 STACA0001_1003 STACA0001_1004     FALSE 0.298 147.000 0.235 NA   NA
 6430743 6430744 STACA0001_1004 STACA0001_1005     FALSE 0.133 184.000 0.079 NA   NA
 6430744 6430745 STACA0001_1005 STACA0001_1006     FALSE 0.420 76.000 0.062 NA   NA
 6430745 6430746 STACA0001_1006 STACA0001_1007     FALSE 0.177 145.000 0.021 NA   NA
 6430746 6430747 STACA0001_1007 STACA0001_1008     FALSE 0.221 157.000 0.136 NA   NA
 6430747 6430748 STACA0001_1008 STACA0001_1009     FALSE 0.038 218.000 0.000 NA   NA
 6430748 6430749 STACA0001_1009 STACA0001_1010   gntK TRUE 0.922 26.000 0.680 1.000 N NA
 6430749 6430750 STACA0001_1010 STACA0001_1011 gntK   TRUE 0.946 65.000 0.696 1.000 Y NA
 6430750 6430751 STACA0001_1011 STACA0001_1012   galU FALSE 0.303 150.000 0.087 1.000 N NA
 6430752 6430753 STACA0001_1013 STACA0001_1014     FALSE 0.495 30.000 0.000 NA   NA
 6430756 6430757 STACA0001_1017 STACA0001_1018     FALSE 0.477 105.000 0.148 1.000   NA
 6430758 6430759 STACA0001_1019 STACA0001_1020 ppk   TRUE 0.892 65.000 0.056 1.000 Y NA
 6430759 6430760 STACA0001_1020 STACA0001_1021     FALSE 0.004 648.000 0.000 NA N NA
 6430762 6430763 STACA0001_1023 STACA0001_1024     TRUE 0.799 23.000 0.167 NA   NA
 6430766 6430767 STACA0001_1027 STACA0001_1028     TRUE 0.888 25.000 0.600 NA   NA
 6430767 6430768 STACA0001_1028 STACA0001_1029     FALSE 0.272 152.000 0.045 1.000   NA
 6430768 6430769 STACA0001_1029 STACA0001_1030     TRUE 0.943 -7.000 0.127 NA   NA
 6430769 6430770 STACA0001_1030 STACA0001_1031     FALSE 0.172 140.000 0.009 NA   NA
 6430771 6430772 STACA0001_1032 STACA0001_1033     FALSE 0.203 89.000 0.000 NA   NA
 6430775 6430776 STACA0001_1036 STACA0001_1037     TRUE 0.992 0.000 0.200 0.088 Y NA
 6430776 6430777 STACA0001_1037 STACA0001_1038     TRUE 0.936 22.000 0.200 0.030 N NA
 6430777 6430778 STACA0001_1038 STACA0001_1039     TRUE 0.971 0.000 0.190 0.030 N NA
 6430779 6430780 STACA0001_1040 STACA0001_1041     TRUE 0.951 4.000 0.869 1.000   NA
 6430781 6430782 STACA0001_1042 STACA0001_1043   panE FALSE 0.384 144.000 0.429 NA   NA
 6430782 6430783 STACA0001_1043 STACA0001_1044 panE   FALSE 0.115 137.000 0.000 NA   NA
 6430783 6430784 STACA0001_1044 STACA0001_1045     FALSE 0.539 56.000 0.067 NA   NA
 6430785 6430786 STACA0001_1046 STACA0001_1047     FALSE 0.378 181.000 0.571 1.000 N NA
 6430788 6430789 STACA0001_1049 STACA0001_1050     FALSE 0.149 249.000 0.333 1.000 N NA
 6430793 6430794 STACA0001_1054 STACA0001_1055     FALSE 0.412 145.000 0.286 1.000   NA
 6430794 6430795 STACA0001_1055 STACA0001_1056     TRUE 0.856 34.000 0.400 1.000   NA
 6430796 6430797 STACA0001_1057 STACA0001_1058     FALSE 0.042 263.000 0.034 NA   NA
 6430797 6430798 STACA0001_1058 STACA0001_1059     FALSE 0.100 233.000 0.034 1.000   NA
 6430800 6430801 STACA0001_1061 STACA0001_1062     FALSE 0.011 486.000 0.000 1.000   NA
 6430801 6430802 STACA0001_1062 STACA0001_1063     FALSE 0.311 130.000 0.024 1.000   NA
 6430802 6430803 STACA0001_1063 STACA0001_1064     TRUE 0.998 -19.000 0.594 0.039 Y NA
 6430803 6430804 STACA0001_1064 STACA0001_1065     TRUE 0.993 -3.000 0.481 1.000 Y NA
 6430804 6430805 STACA0001_1065 STACA0001_1066     FALSE 0.167 105.000 0.000 NA   NA
 6430807 6430808 STACA0001_1068 STACA0001_1069     TRUE 0.716 29.000 0.092 NA   NA
 6430808 6430809 STACA0001_1069 STACA0001_1070     FALSE 0.047 257.000 0.000 1.000 N NA
 6430809 6430810 STACA0001_1070 STACA0001_1071     FALSE 0.287 153.000 0.250 NA   NA
 6430810 6430811 STACA0001_1071 STACA0001_1072     FALSE 0.007 408.000 0.000 NA   NA
 6430811 6430812 STACA0001_1072 STACA0001_1073     FALSE 0.144 171.000 0.000 1.000   NA
 6430813 6430814 STACA0001_1074 STACA0001_1075     FALSE 0.391 45.000 0.000 NA   NA
 6430815 6430816 STACA0001_1076 STACA0001_1077   nirB FALSE 0.490 97.000 0.125 1.000   NA
 6430816 6430817 STACA0001_1077 STACA0001_1078 nirB nirD TRUE 0.957 4.000 0.091 0.001 N NA
 6430817 6430818 STACA0001_1078 STACA0001_1079 nirD cobA TRUE 0.961 -9.000 0.042 1.000 N NA
 6430818 6430819 STACA0001_1079 STACA0001_1080 cobA   FALSE 0.080 217.000 0.000 1.000 N NA
 6430819 6430820 STACA0001_1080 STACA0001_1081   narH TRUE 0.998 -10.000 0.429 0.001 Y NA
 6430820 6430821 STACA0001_1081 STACA0001_1082 narH narJ TRUE 0.998 -7.000 0.933 0.003 Y NA
 6430821 6430822 STACA0001_1082 STACA0001_1083 narJ narI TRUE 0.997 -7.000 0.206 0.003 Y NA
 6430822 6430823 STACA0001_1083 STACA0001_1084 narI   TRUE 0.769 20.000 0.088 NA   NA
 6430823 6430824 STACA0001_1084 STACA0001_1085     TRUE 0.856 10.000 0.333 NA   NA
 6430824 6430825 STACA0001_1085 STACA0001_1086     TRUE 0.991 19.000 0.800 0.013 Y NA
 6430825 6430826 STACA0001_1086 STACA0001_1087     FALSE 0.024 322.000 0.029 NA N NA
 6430827 6430828 STACA0001_1088 STACA0001_1089     FALSE 0.017 291.000 0.000 NA N NA
 6430829 6430830 STACA0001_1090 STACA0001_1091     FALSE 0.301 110.000 0.077 NA   NA
 6430830 6430831 STACA0001_1091 STACA0001_1092   dctA FALSE 0.207 181.000 0.250 NA   NA
 6430832 6430833 STACA0001_1093 STACA0001_1094     FALSE 0.010 343.000 0.000 NA   NA
 6430833 6430834 STACA0001_1094 STACA0001_1095     TRUE 0.601 69.000 0.093 1.000   NA
 6430834 6430835 STACA0001_1095 STACA0001_1096     FALSE 0.008 1018.000 0.000 1.000   NA
 6430837 6430838 STACA0001_1098 STACA0001_1099     TRUE 0.760 71.000 0.556 1.000 N NA
 6430839 6430840 STACA0001_1100 STACA0001_1101     FALSE 0.027 248.000 0.000 NA   NA
 6430840 6430841 STACA0001_1101 STACA0001_1102     TRUE 0.906 -25.000 0.000 NA   NA
 6430841 6430842 STACA0001_1102 STACA0001_1103     TRUE 0.564 12.000 0.000 NA   NA
 6430842 6430843 STACA0001_1103 STACA0001_1104     FALSE 0.120 134.000 0.000 NA   NA
 6430843 6430844 STACA0001_1104 STACA0001_1105     FALSE 0.313 165.000 0.429 NA   NA
 6430844 6430845 STACA0001_1105 STACA0001_1106     TRUE 0.825 25.000 0.091 1.000   NA
 6430847 6430848 STACA0001_1108 STACA0001_1109     TRUE 0.993 -3.000 0.812 NA Y NA
 6430848 6430849 STACA0001_1109 STACA0001_1110     TRUE 0.900 -19.000 0.000 NA   NA
 6430849 6430850 STACA0001_1110 STACA0001_1111     FALSE 0.060 187.000 0.000 NA   NA
 6430851 6430852 STACA0001_1112 STACA0001_1113     TRUE 0.574 191.000 0.393 NA Y NA
 6430853 6430854 STACA0001_1114 STACA0001_1115     FALSE 0.299 66.000 0.000 NA   NA
 6430854 6430855 STACA0001_1115 STACA0001_1116     FALSE 0.007 400.000 0.000 NA   NA
 6430855 6430856 STACA0001_1116 STACA0001_1117     FALSE 0.012 324.000 0.000 NA   NA
 6430861 6430862 STACA0001_1122 STACA0001_1123     TRUE 0.996 -7.000 0.833 1.000 Y NA
 6430863 6430864 STACA0001_1124 STACA0001_1125     TRUE 0.953 0.000 0.364 1.000   NA
 6430866 6430867 STACA0001_1127 STACA0001_1128     FALSE 0.006 454.000 0.000 NA   NA
 6430867 6430868 STACA0001_1128 STACA0001_1129     TRUE 0.566 120.000 0.500 1.000   NA
 6430870 6430871 STACA0001_1131 STACA0001_1132     TRUE 0.867 13.000 0.206 1.000   NA
 6430874 6430875 STACA0001_1135 STACA0001_1136     TRUE 0.945 3.000 1.000 NA   NA
 6430876 6430877 STACA0001_1137 STACA0001_1138 corA fni TRUE 0.663 46.000 0.018 1.000 N NA
 6430879 6430880 STACA0001_1140 STACA0001_1141     TRUE 0.972 -7.000 0.500 NA   NA
 6430880 6430881 STACA0001_1141 STACA0001_1142     TRUE 0.961 -3.000 0.500 NA   NA
 6430883 6430884 STACA0001_1144 STACA0001_1145     FALSE 0.012 318.000 0.000 NA   NA
 6430884 6430885 STACA0001_1145 STACA0001_1146     TRUE 0.810 -3.000 0.000 NA   NA
 6430887 6430888 STACA0001_1148 STACA0001_1149     TRUE 0.967 -7.000 0.382 NA   NA
 6430888 6430889 STACA0001_1149 STACA0001_1150     FALSE 0.027 245.000 0.000 NA   NA
 6430889 6430890 STACA0001_1150 STACA0001_1151     TRUE 0.796 30.000 0.095 1.000   NA
 6430890 6430891 STACA0001_1151 STACA0001_1152   rpiA FALSE 0.332 225.000 0.000 1.000 Y NA
 6430895 6430896 STACA0001_1156 STACA0001_1157 hutU hutI TRUE 0.928 0.000 0.110 1.000 N NA
 6430896 6430897 STACA0001_1157 STACA0001_1158 hutI   FALSE 0.068 228.000 0.000 1.000 N NA
 6430897 6430898 STACA0001_1158 STACA0001_1159     TRUE 0.775 4.000 0.000 1.000   NA
 6430898 6430899 STACA0001_1159 STACA0001_1160     FALSE 0.379 132.000 0.137 1.000   NA
 6430899 6430900 STACA0001_1160 STACA0001_1161     FALSE 0.008 380.000 0.000 NA   NA
 6430900 6430901 STACA0001_1161 STACA0001_1163     FALSE 0.009 364.000 0.000 NA   NA
 6430901 6430902 STACA0001_1163 STACA0001_1164     FALSE 0.251 128.000 0.077 NA   NA
 6430907 6430908 STACA0001_1169 STACA0001_1170     TRUE 0.933 3.000 0.714 NA   NA
 6430910 6430911 STACA0001_1172 STACA0001_1173     TRUE 0.969 -7.000 0.200 1.000 N NA
 6430911 6430912 STACA0001_1173 STACA0001_1174   murQ TRUE 0.878 13.000 0.250 1.000   NA
 6430912 6430913 STACA0001_1174 STACA0001_1175 murQ   TRUE 0.982 -28.000 0.234 1.000   NA
 6430913 6430914 STACA0001_1175 STACA0001_1176     FALSE 0.107 192.000 0.038 NA   NA
 6430917 6430918 STACA0001_1179 STACA0001_1180     FALSE 0.079 237.000 0.125 NA N NA
 6430918 6430919 STACA0001_1180 STACA0001_1181     FALSE 0.016 291.000 0.000 NA   NA
 6430919 6430920 STACA0001_1181 STACA0001_1182     FALSE 0.034 226.000 0.000 NA   NA
 6430920 6430921 STACA0001_1182 STACA0001_1183     TRUE 0.751 0.000 0.000 NA   NA
 6430921 6430922 STACA0001_1183 STACA0001_1184     FALSE 0.207 169.000 0.167 NA   NA
 6430922 6430923 STACA0001_1184 STACA0001_1185     TRUE 0.906 22.000 0.714 NA   NA
 6430923 6430924 STACA0001_1185 STACA0001_1186     FALSE 0.341 144.000 0.118 1.000 N NA
 6430925 6430926 STACA0001_1187 STACA0001_1188     FALSE 0.326 139.000 0.068 1.000 N NA
 6430926 6430927 STACA0001_1188 STACA0001_1189     TRUE 0.989 3.000 0.320 0.070 Y NA
 6430927 6430928 STACA0001_1189 STACA0001_1190     FALSE 0.183 191.000 0.080 1.000   NA
 6430928 6430929 STACA0001_1190 STACA0001_1191     FALSE 0.011 328.000 0.000 NA   NA
 6430930 6430931 STACA0001_1192 STACA0001_1193   nhaC TRUE 0.549 65.000 0.004 1.000   NA
 6430933 6430934 STACA0001_1195 STACA0001_1196     TRUE 0.921 36.000 0.429 0.041   NA
 6430934 6430935 STACA0001_1196 STACA0001_1197     TRUE 0.817 37.000 0.500 NA   NA
 6430935 6430936 STACA0001_1197 STACA0001_1198     FALSE 0.008 388.000 0.000 NA   NA
 6430937 6430938 STACA0001_1199 STACA0001_1200 ureD ureG TRUE 0.995 0.000 0.337 0.003 Y NA
 6430938 6430939 STACA0001_1200 STACA0001_1201 ureG   TRUE 0.989 13.000 0.439 0.003 Y NA
 6430939 6430940 STACA0001_1201 STACA0001_1202     TRUE 0.998 -7.000 0.460 0.003 Y NA
 6430940 6430941 STACA0001_1202 STACA0001_1203     TRUE 0.564 12.000 0.000 NA   NA
 6430941 6430942 STACA0001_1203 STACA0001_1204   ureC TRUE 0.574 8.000 0.000 NA   NA
 6430942 6430943 STACA0001_1204 STACA0001_1205 ureC ureB TRUE 0.751 0.000 0.000 NA   NA
 6430943 6430944 STACA0001_1205 STACA0001_1206 ureB ureA TRUE 0.552 14.000 0.000 NA   NA
 6430945 6430946 STACA0001_1207 STACA0001_1208 yut   FALSE 0.055 248.000 0.000 1.000 N NA
 6430946 6430947 STACA0001_1208 STACA0001_1209     FALSE 0.283 153.000 0.065 1.000 N NA
 6430947 6430948 STACA0001_1209 STACA0001_1210     FALSE 0.245 129.000 0.059 NA N NA
 6430948 6430949 STACA0001_1210 STACA0001_1211     FALSE 0.321 95.000 0.033 NA   NA
 6430949 6430950 STACA0001_1211 STACA0001_1212     TRUE 0.610 37.000 0.033 NA   NA
 6430952 6430953 STACA0001_1214 STACA0001_1215 modA modB TRUE 0.552 14.000 0.000 NA   NA
 6430953 6430954 STACA0001_1215 STACA0001_1216 modB   TRUE 0.711 1.000 0.000 NA   NA
 6430954 6430955 STACA0001_1216 STACA0001_1217     FALSE 0.348 114.000 0.017 1.000   NA
 6430955 6430956 STACA0001_1217 STACA0001_1218     TRUE 0.961 18.000 0.023 1.000 Y NA
 6430958 6430959 STACA0001_1220 STACA0001_1221   mobB TRUE 0.995 -3.000 0.200 0.005 Y NA
 6430959 6430960 STACA0001_1221 STACA0001_1222 mobB moaE TRUE 0.992 0.000 0.040 0.005 Y NA
 6430960 6430961 STACA0001_1222 STACA0001_1223 moaE moaD TRUE 0.997 -3.000 0.501 0.005 Y NA
 6430961 6430962 STACA0001_1223 STACA0001_1224 moaD   TRUE 0.982 6.000 0.027 0.005 Y NA
 6430962 6430963 STACA0001_1224 STACA0001_1225   moaA TRUE 0.979 13.000 0.016 0.005 Y NA
 6430963 6430964 STACA0001_1225 STACA0001_1226 moaA   FALSE 0.007 401.000 0.000 NA   NA
 6430965 6430966 STACA0001_1227 STACA0001_1228     TRUE 0.936 0.000 0.370 NA N NA
 6430969 6430970 STACA0001_1231 STACA0001_1232     TRUE 0.806 92.000 0.167 NA Y NA
 6430971 6430972 STACA0001_1233 STACA0001_1234     FALSE 0.181 195.000 0.286 NA   NA
 6430974 6430975 STACA0001_1236 STACA0001_1237     TRUE 0.591 6.000 0.000 NA   NA
 6430975 6430976 STACA0001_1237 STACA0001_1238     TRUE 0.577 20.000 0.000 NA   NA
 6430976 6430977 STACA0001_1238 STACA0001_1239     FALSE 0.078 249.000 0.022 1.000   NA
 6430978 6430979 STACA0001_1240 STACA0001_1241 topB   FALSE 0.396 112.000 0.060 1.000   NA
 6430981 6430982 STACA0001_1243 STACA0001_1244 rpsJ rplC TRUE 0.984 28.000 0.467 0.033 Y NA
 6430982 6430983 STACA0001_1244 STACA0001_1245 rplC rplD TRUE 0.985 30.000 0.544 0.024 Y NA
 6430983 6430984 STACA0001_1245 STACA0001_1246 rplD rplW TRUE 0.988 0.000 0.307 1.000 Y NA
 6430984 6430985 STACA0001_1246 STACA0001_1247 rplW rplB TRUE 0.975 32.000 0.849 1.000 Y NA
 6430985 6430986 STACA0001_1247 STACA0001_1248 rplB rpsS TRUE 0.968 68.000 0.820 0.033 Y NA
 6430986 6430987 STACA0001_1248 STACA0001_1249 rpsS rplV TRUE 0.987 28.000 0.769 0.033 Y NA
 6430987 6430988 STACA0001_1249 STACA0001_1250 rplV rpsC TRUE 0.989 24.000 0.719 0.033 Y NA
 6430988 6430989 STACA0001_1250 STACA0001_1251 rpsC rplP TRUE 0.993 3.000 0.828 0.033 Y NA
 6430989 6430990 STACA0001_1251 STACA0001_1252 rplP rpmC TRUE 0.998 -10.000 0.802 0.024 Y NA
 6430990 6430991 STACA0001_1252 STACA0001_1253 rpmC rpsQ TRUE 0.990 25.000 0.828 0.024 Y NA
 6430991 6430992 STACA0001_1253 STACA0001_1254 rpsQ rplN TRUE 0.986 31.000 0.791 0.033 Y NA
 6430992 6430993 STACA0001_1254 STACA0001_1255 rplN rplX TRUE 0.981 41.000 0.810 0.033 Y NA
 6430993 6430994 STACA0001_1255 STACA0001_1256 rplX   TRUE 0.989 26.000 0.758 0.024 Y NA
 6430994 6430995 STACA0001_1256 STACA0001_1257   rpsN TRUE 0.987 24.000 0.496 0.024 Y NA
 6430995 6430996 STACA0001_1257 STACA0001_1258 rpsN rpsH TRUE 0.982 32.000 0.473 0.024 Y NA
 6430996 6430997 STACA0001_1258 STACA0001_1259 rpsH   TRUE 0.989 26.000 0.808 0.024 Y NA
 6430997 6430998 STACA0001_1259 STACA0001_1260   rplR TRUE 0.986 32.000 0.815 0.024 Y NA
 6430998 6430999 STACA0001_1260 STACA0001_1261 rplR rpsE TRUE 0.990 21.000 0.814 0.033 Y NA
 6430999 6431000 STACA0001_1261 STACA0001_1262 rpsE rpmD TRUE 0.990 17.000 0.789 0.033 Y NA
 6431000 6431001 STACA0001_1262 STACA0001_1263 rpmD rplO TRUE 0.991 17.000 0.653 0.004 Y NA
 6431001 6431002 STACA0001_1263 STACA0001_1264 rplO secY TRUE 0.969 0.000 0.730 1.000 N NA
 6431002 6431003 STACA0001_1264 STACA0001_1265 secY   TRUE 0.889 18.000 0.241 1.000 N NA
 6431003 6431004 STACA0001_1265 STACA0001_1266   infA FALSE 0.184 189.000 0.059 1.000 N NA
 6431004 6431005 STACA0001_1266 STACA0001_1267 infA rpmJ TRUE 0.838 32.000 0.257 1.000   NA
 6431005 6431006 STACA0001_1267 STACA0001_1268 rpmJ rpsM TRUE 0.936 23.000 0.194 0.024   NA
 6431006 6431007 STACA0001_1268 STACA0001_1269 rpsM rpsK TRUE 0.990 23.000 0.810 0.024 Y NA
 6431007 6431008 STACA0001_1269 STACA0001_1270 rpsK rpoA TRUE 0.662 77.000 0.308 1.000 N NA
 6431008 6431009 STACA0001_1270 STACA0001_1271 rpoA rplQ TRUE 0.943 17.000 0.873 1.000 N NA
 6431009 6431010 STACA0001_1271 STACA0001_1272 rplQ   FALSE 0.020 491.000 0.074 1.000 N NA
 6431010 6431011 STACA0001_1272 STACA0001_1273     TRUE 0.997 -3.000 0.713 0.025 Y NA
 6431011 6431012 STACA0001_1273 STACA0001_1274     TRUE 0.994 -10.000 0.139 1.000 Y NA
 6431012 6431013 STACA0001_1274 STACA0001_1275   truA TRUE 0.890 4.000 0.170 1.000 N NA
 6431013 6431014 STACA0001_1275 STACA0001_1277 truA rplM FALSE 0.296 260.000 0.052 1.000 Y NA
 6431014 6431015 STACA0001_1277 STACA0001_1278 rplM rpsI TRUE 0.977 20.000 0.006 0.024 Y NA
 6431017 6431018 STACA0001_1280 STACA0001_1281   lacA FALSE 0.188 286.000 0.000 1.000 Y NA
 6431018 6431019 STACA0001_1281 STACA0001_1282 lacA lacB TRUE 0.992 15.000 0.750 0.001 Y NA
 6431019 6431020 STACA0001_1282 STACA0001_1283 lacB lacC TRUE 0.980 12.000 0.667 1.000 Y NA
 6431020 6431021 STACA0001_1283 STACA0001_1284 lacC lacD TRUE 0.993 4.000 0.556 0.001 Y NA
 6431021 6431022 STACA0001_1284 STACA0001_1285 lacD   TRUE 0.974 25.000 0.417 1.000 Y NA
 6431022 6431023 STACA0001_1285 STACA0001_1286     TRUE 0.991 6.000 0.600 0.007 Y NA
 6431023 6431024 STACA0001_1286 STACA0001_1287   lacG TRUE 0.973 16.000 0.300 1.000 Y NA
 6431024 6431025 STACA0001_1287 STACA0001_1288 lacG   FALSE 0.113 139.000 0.000 NA   NA
 6431027 6431028 STACA0001_1290 STACA0001_1291     TRUE 0.706 90.000 0.079 0.019   NA
 6431028 6431029 STACA0001_1291 STACA0001_1292     FALSE 0.130 212.000 0.032 1.000 N NA
 6431029 6431030 STACA0001_1292 STACA0001_1293     FALSE 0.261 183.000 0.455 NA   NA
 6431030 6431031 STACA0001_1293 STACA0001_1294     TRUE 0.769 13.000 0.107 NA   NA
 6431031 6431032 STACA0001_1294 STACA0001_1295     FALSE 0.454 74.000 0.083 NA   NA
 6431034 6431035 STACA0001_1297 STACA0001_1298     TRUE 0.975 -10.000 0.429 NA   NA
 6431035 6431036 STACA0001_1298 STACA0001_1299     TRUE 0.888 4.000 0.368 NA N NA
 6431036 6431037 STACA0001_1299 STACA0001_1300     FALSE 0.043 289.000 0.105 NA N NA
 6431037 6431038 STACA0001_1300 STACA0001_1301     TRUE 0.977 12.000 0.500 1.000 Y NA
 6431038 6431039 STACA0001_1301 STACA0001_1302     TRUE 0.995 -3.000 0.280 0.028 Y NA
 6431039 6431040 STACA0001_1302 STACA0001_1303     FALSE 0.067 227.000 0.000 1.000   NA
 6431041 6431042 STACA0001_1304 STACA0001_1305     FALSE 0.333 149.000 0.333 NA   NA
 6431043 6431044 STACA0001_1306 STACA0001_1307     TRUE 0.636 35.000 0.044 NA   NA
 6431044 6431045 STACA0001_1307 STACA0001_1308     TRUE 0.830 20.000 0.051 1.000   NA
 6431045 6431046 STACA0001_1308 STACA0001_1309     FALSE 0.540 144.000 0.162 0.069   NA
 6431046 6431047 STACA0001_1309 STACA0001_1310     TRUE 0.592 118.000 0.875 NA   NA
 6431047 6431048 STACA0001_1310 STACA0001_1311     TRUE 0.616 84.000 0.500 NA   NA
 6431048 6431049 STACA0001_1311 STACA0001_1312     FALSE 0.360 144.000 0.162 1.000   NA
 6431050 6431051 STACA0001_0105 STACA0001_0106   comK FALSE 0.061 185.000 0.000 NA   NA
 6431054 6431055 STACA0001_0109 STACA0001_0110     TRUE 0.819 6.000 0.167 NA   NA
 6431056 6431057 STACA0001_0111 STACA0001_0112     FALSE 0.212 179.000 0.068 1.000 N NA
 6431057 6431058 STACA0001_0112 STACA0001_0113     TRUE 0.852 18.000 0.096 1.000 N NA
 6431058 6431059 STACA0001_0113 STACA0001_0114     FALSE 0.144 216.000 0.095 1.000 N NA
 6431059 6431060 STACA0001_0114 STACA0001_0116   prfC FALSE 0.026 318.000 0.000 1.000 N NA
 6431060 6431061 STACA0001_0116 STACA0001_0117 prfC   TRUE 0.672 15.000 0.009 NA   NA
 6431061 6431062 STACA0001_0117 STACA0001_0118     FALSE 0.429 65.000 0.012 NA   NA
 6431063 6431064 STACA0001_0119 STACA0001_0120     TRUE 0.973 -22.000 0.239 NA N NA
 6431065 6431066 STACA0001_0121 STACA0001_0122     FALSE 0.282 160.000 0.287 NA N NA
 6431068 6431069 STACA0001_0124 STACA0001_0125     FALSE 0.028 355.000 0.016 1.000 N NA
 6431069 6431070 STACA0001_0125 STACA0001_0126   mgtE TRUE 0.964 9.000 0.094 1.000 Y NA
 6431070 6431071 STACA0001_0126 STACA0001_0127 mgtE   TRUE 0.848 26.000 0.163 1.000 N NA
 6431071 6431072 STACA0001_0127 STACA0001_0128     TRUE 0.971 -3.000 0.480 1.000 N NA
 6431072 6431073 STACA0001_0128 STACA0001_0129     TRUE 0.927 14.000 0.725 1.000   NA
 6431073 6431074 STACA0001_0129 STACA0001_0130     TRUE 0.849 17.000 0.283 NA   NA
 6431075 6431076 STACA0001_0131 STACA0001_0132     TRUE 0.603 67.000 0.063 1.000   NA
 6431076 6431077 STACA0001_0132 STACA0001_0133     TRUE 0.798 17.000 0.138 NA   NA
 6431078 6431079 STACA0001_0134 STACA0001_0135 pepF   TRUE 0.600 45.000 0.075 NA   NA
 6431079 6431080 STACA0001_0135 STACA0001_0136     FALSE 0.346 103.000 0.098 NA   NA
 6431080 6431081 STACA0001_0136 STACA0001_0137     FALSE 0.052 255.000 0.063 NA N NA
 6431083 6431084 STACA0001_0139 STACA0001_0140     FALSE 0.251 75.000 0.000 NA   NA
 6431084 6431085 STACA0001_0140 STACA0001_0141     TRUE 0.555 15.000 0.000 NA   NA
 6431087 6431088 STACA0001_0143 STACA0001_0144     FALSE 0.230 79.000 0.000 NA   NA
 6431088 6431089 STACA0001_0144 STACA0001_0145     TRUE 0.555 15.000 0.000 NA   NA
 6431089 6431090 STACA0001_0145 STACA0001_0146     TRUE 0.988 1.000 0.021 0.028 Y NA
 6431092 6431093 STACA0001_0148 STACA0001_0149 fabF   TRUE 0.983 12.000 0.076 0.002 Y NA
 6431095 6431096 STACA0001_0151 STACA0001_0152   clpB FALSE 0.004 603.000 0.000 NA   NA
 6431096 6431097 STACA0001_0152 STACA0001_0153 clpB   FALSE 0.065 233.000 0.000 1.000 N NA
 6431097 6431098 STACA0001_0153 STACA0001_0154     FALSE 0.006 464.000 0.000 NA   NA
 6431099 6431100 STACA0001_0155 STACA0001_0156   cdr TRUE 0.580 82.000 0.171 1.000   NA
 6431101 6431102 STACA0001_0157 STACA0001_0158     FALSE 0.074 217.000 0.028 NA   NA
 6431102 6431103 STACA0001_0158 STACA0001_0159   addA FALSE 0.165 199.000 0.075 1.000 N NA
 6431103 6431104 STACA0001_0159 STACA0001_0160 addA addB TRUE 0.995 0.000 0.408 0.003 Y NA
 6431104 6431105 STACA0001_0160 STACA0001_0161 addB lepB FALSE 0.342 130.000 0.057 1.000 N NA
 6431105 6431106 STACA0001_0161 STACA0001_0162 lepB lepB TRUE 0.989 4.000 0.184 0.002 Y NA
 6431106 6431107 STACA0001_0162 STACA0001_0163 lepB   TRUE 0.804 5.000 0.115 NA   NA
 6431107 6431108 STACA0001_0163 STACA0001_0164   pgi FALSE 0.041 247.000 0.005 NA   NA
 6431109 6431110 STACA0001_0165 STACA0001_0166 argG argH TRUE 0.995 -10.000 0.278 1.000 Y NA
 6431110 6431111 STACA0001_0166 STACA0001_0167 argH   FALSE 0.166 179.000 0.003 1.000 N NA
 6431112 6431113 STACA0001_0168 STACA0001_0169   rocD TRUE 0.761 109.000 0.019 1.000 Y NA
 6431113 6431114 STACA0001_0169 STACA0001_0170 rocD   FALSE 0.024 329.000 0.000 1.000 N NA
 6431114 6431115 STACA0001_0170 STACA0001_0171     FALSE 0.035 333.000 0.027 1.000 N NA
 6431115 6431116 STACA0001_0171 STACA0001_0172     FALSE 0.124 229.000 0.110 1.000 N NA
 6431117 6431118 STACA0001_0173 STACA0001_0174     FALSE 0.017 537.000 0.206 NA   NA
 6431118 6431119 STACA0001_0174 STACA0001_0175     TRUE 0.995 -13.000 0.439 NA Y NA
 6431119 6431120 STACA0001_0175 STACA0001_0176     TRUE 0.982 0.000 0.195 NA Y NA
 6431120 6431121 STACA0001_0176 STACA0001_0177     TRUE 0.998 -13.000 0.211 0.004 Y NA
 6431121 6431122 STACA0001_0177 STACA0001_0178     TRUE 0.995 2.000 0.842 0.005 Y NA
 6431122 6431123 STACA0001_0178 STACA0001_0179     TRUE 0.997 -3.000 0.829 0.068 Y NA
 6431123 6431124 STACA0001_0179 STACA0001_0180     TRUE 0.996 -22.000 0.244 1.000 Y NA
 6431124 6431125 STACA0001_0180 STACA0001_0181     FALSE 0.313 158.000 0.364 NA   NA
 6431126 6431127 STACA0001_0182 STACA0001_0183     TRUE 0.725 25.000 0.052 NA   NA
 6431127 6431128 STACA0001_0183 STACA0001_0184     FALSE 0.020 334.000 0.025 NA   NA
 6431128 6431129 STACA0001_0184 STACA0001_0185     FALSE 0.450 105.000 0.097 1.000 N NA
 6431129 6431130 STACA0001_0185 STACA0001_0186     FALSE 0.044 205.000 0.000 NA   NA
 6431130 6431131 STACA0001_0186 STACA0001_0187     FALSE 0.517 28.000 0.000 NA   NA
 6431131 6431132 STACA0001_0187 STACA0001_0188     FALSE 0.372 74.000 0.012 NA   NA
 6431136 6431137 STACA0001_0192 STACA0001_0193   dltC TRUE 0.906 -3.000 0.064 NA   NA
 6431137 6431138 STACA0001_0193 STACA0001_0194 dltC   TRUE 0.874 18.000 0.387 NA   NA
 6431138 6431139 STACA0001_0194 STACA0001_0195   dltA TRUE 0.958 -3.000 0.435 NA N NA
 6431139 6431140 STACA0001_0195 STACA0001_0196 dltA   TRUE 0.890 16.000 0.549 NA   NA
 6431140 6431141 STACA0001_0196 STACA0001_0197     FALSE 0.006 414.000 0.000 NA   NA
 6431141 6431142 STACA0001_0197 STACA0001_0198     TRUE 0.745 74.000 0.082 0.074 N NA
 6431142 6431143 STACA0001_0198 STACA0001_0199     TRUE 0.918 0.000 0.237 NA   NA
 6431145 6431146 STACA0001_0201 STACA0001_0202   lipA FALSE 0.357 78.000 0.021 NA   NA
 6431146 6431147 STACA0001_0202 STACA0001_0203 lipA   FALSE 0.455 84.000 0.012 1.000 N NA
 6431147 6431148 STACA0001_0203 STACA0001_0204     TRUE 0.588 94.000 0.299 1.000   NA
 6431148 6431149 STACA0001_0204 STACA0001_0205     TRUE 0.843 13.000 0.303 NA   NA
 6431149 6431150 STACA0001_0205 STACA0001_0206     FALSE 0.166 168.000 0.079 NA   NA
 6431150 6431151 STACA0001_0206 STACA0001_0207     TRUE 0.744 25.000 0.085 NA   NA
 6431151 6431152 STACA0001_0207 STACA0001_0208   sufB FALSE 0.061 188.000 0.000 NA N NA
 6431152 6431153 STACA0001_0208 STACA0001_0209 sufB   FALSE 0.365 216.000 0.152 0.002 N NA
 6431153 6431154 STACA0001_0209 STACA0001_0210     TRUE 0.978 -10.000 0.292 1.000 N NA
 6431154 6431155 STACA0001_0210 STACA0001_0211   sufD TRUE 0.750 76.000 0.606 1.000 N NA
 6431155 6431156 STACA0001_0211 STACA0001_0212 sufD sufC TRUE 0.823 100.000 0.139 1.000 Y NA
 6431160 6431161 STACA0001_0216 STACA0001_0217     TRUE 0.952 21.000 0.085 NA Y NA
 6431161 6431162 STACA0001_0217 STACA0001_0218     TRUE 0.996 -7.000 0.642 1.000 Y NA
 6431162 6431163 STACA0001_0218 STACA0001_0220     FALSE 0.025 250.000 0.000 NA   NA
 6431163 6431164 STACA0001_0220 STACA0001_0221     TRUE 0.969 -7.000 0.443 NA   NA
 6431164 6431165 STACA0001_0221 STACA0001_0222   gcvH FALSE 0.107 229.000 0.043 1.000 N NA
 6431165 6431166 STACA0001_0222 STACA0001_0223 gcvH   FALSE 0.278 172.000 0.170 1.000 N NA
 6431168 6431169 STACA0001_0225 STACA0001_0226   aroD FALSE 0.483 82.000 0.022 1.000 N NA
 6431170 6431171 STACA0001_0227 STACA0001_0228     FALSE 0.014 409.000 0.000 1.000   NA
 6431171 6431172 STACA0001_0228 STACA0001_0229     FALSE 0.245 181.000 0.167 1.000   NA
 6431176 6431177 STACA0001_0233 STACA0001_0234     FALSE 0.229 193.000 0.444 NA   NA
 6431178 6431179 STACA0001_0235 STACA0001_0236     FALSE 0.120 134.000 0.000 NA   NA
 6431180 6431181 STACA0001_0237 STACA0001_0238     FALSE 0.532 120.000 0.667 NA   NA
 6431181 6431182 STACA0001_0238 STACA0001_0239     TRUE 0.898 24.000 0.667 NA   NA
 6431183 6431184 STACA0001_0240 STACA0001_0241     FALSE 0.241 123.000 0.000 1.000   NA
 6431186 6431187 STACA0001_0243 STACA0001_0244     FALSE 0.195 92.000 0.000 NA   NA
 6431187 6431188 STACA0001_0244 STACA0001_0246   smpB FALSE 0.138 120.000 0.000 NA   NA
 6431188 6431189 STACA0001_0246 STACA0001_0247 smpB rnr TRUE 0.927 25.000 0.143 0.026 N NA
 6431189 6431190 STACA0001_0247 STACA0001_0248 rnr   TRUE 0.775 31.000 0.060 1.000   NA
 6431190 6431191 STACA0001_0248 STACA0001_0249   secG FALSE 0.042 315.000 0.032 1.000   NA
 6431191 6431192 STACA0001_0249 STACA0001_0250 secG   FALSE 0.379 69.000 0.007 NA   NA
 6431192 6431193 STACA0001_0250 STACA0001_0251   eno FALSE 0.085 190.000 0.005 NA   NA
 6431193 6431194 STACA0001_0251 STACA0001_0252 eno gpmI TRUE 0.739 136.000 0.136 1.000 Y NA
 6431194 6431195 STACA0001_0252 STACA0001_0253 gpmI tpiA TRUE 0.975 3.000 0.138 1.000 Y NA
 6431195 6431196 STACA0001_0253 STACA0001_0254 tpiA pgk TRUE 0.639 170.000 0.141 1.000 Y NA
 6431196 6431197 STACA0001_0254 STACA0001_0255 pgk gap TRUE 0.625 201.000 0.006 0.008 Y NA
 6431197 6431198 STACA0001_0255 STACA0001_0256 gap   TRUE 0.679 53.000 0.076 1.000 N NA
 6431201 6431202 STACA0001_0259 STACA0001_0260     FALSE 0.008 395.000 0.000 NA   NA
 6431202 6431203 STACA0001_0260 STACA0001_0261     TRUE 0.669 32.000 0.060 NA   NA
 6431206 6431207 STACA0001_0264 STACA0001_0265     FALSE 0.448 126.000 0.470 NA   NA
 6431207 6431208 STACA0001_0265 STACA0001_0266     TRUE 0.937 -3.000 0.214 NA   NA
 6431208 6431209 STACA0001_0266 STACA0001_0267   trxB FALSE 0.152 170.000 0.050 NA   NA
 6431209 6431210 STACA0001_0267 STACA0001_0268 trxB   TRUE 0.574 65.000 0.017 1.000   NA
 6431210 6431211 STACA0001_0268 STACA0001_0269     TRUE 0.908 0.000 0.026 1.000   NA
 6431211 6431212 STACA0001_0269 STACA0001_0270   lgt FALSE 0.211 174.000 0.045 1.000   NA
 6431212 6431213 STACA0001_0270 STACA0001_0271 lgt hprK TRUE 0.917 7.000 0.494 1.000 N NA
 6431213 6431214 STACA0001_0271 STACA0001_0272 hprK uvrA FALSE 0.015 467.000 0.002 1.000 N NA
 6431214 6431215 STACA0001_0272 STACA0001_0273 uvrA uvrB TRUE 0.986 8.000 0.154 0.002 Y NA
 6431215 6431216 STACA0001_0273 STACA0001_0274 uvrB   FALSE 0.029 278.000 0.007 NA   NA
 6431216 6431217 STACA0001_0274 STACA0001_0275     TRUE 0.782 6.000 0.093 NA   NA
 6431217 6431218 STACA0001_0275 STACA0001_0276     FALSE 0.038 313.000 0.010 1.000   NA
 6431218 6431219 STACA0001_0276 STACA0001_0277   prfB FALSE 0.011 333.000 0.000 NA   NA
 6431219 6431220 STACA0001_0277 STACA0001_0278 prfB secA FALSE 0.012 322.000 0.000 NA   NA
 6431220 6431221 STACA0001_0278 STACA0001_0279 secA   FALSE 0.010 522.000 0.000 1.000   NA
 6431221 6431222 STACA0001_0279 STACA0001_0280     FALSE 0.013 314.000 0.000 NA   NA
 6431222 6431223 STACA0001_0280 STACA0001_0281     FALSE 0.524 62.000 0.080 NA   NA
 6431223 6431224 STACA0001_0281 STACA0001_0282     TRUE 0.943 -7.000 0.130 NA   NA
 6431224 6431225 STACA0001_0282 STACA0001_0283     FALSE 0.333 128.000 0.214 NA   NA
 6431228 6431229 STACA0001_0286 STACA0001_0287     FALSE 0.057 249.000 0.067 NA   NA
 6431229 6431230 STACA0001_0287 STACA0001_0288     TRUE 0.920 16.000 0.875 NA   NA
 6431230 6431231 STACA0001_0288 STACA0001_0289   pepT TRUE 0.791 20.000 0.127 NA   NA
 6431232 6431233 STACA0001_0290 STACA0001_0291     FALSE 0.015 293.000 0.000 NA   NA
 6431233 6431234 STACA0001_0291 STACA0001_0292     FALSE 0.206 148.000 0.069 NA   NA
 6431235 6431236 STACA0001_0293 STACA0001_0294   murB FALSE 0.193 132.000 0.014 NA   NA
 6431236 6431237 STACA0001_0294 STACA0001_0295 murB   TRUE 0.783 25.000 0.014 1.000   NA
 6431238 6431239 STACA0001_0296 STACA0001_0297     TRUE 0.951 113.000 0.875 0.001 Y NA
 6431239 6431240 STACA0001_0297 STACA0001_0298   nrdI TRUE 0.996 -37.000 0.533 NA Y NA
 6431241 6431242 STACA0001_0299 STACA0001_0300     TRUE 0.784 15.000 0.010 1.000   NA
 6431242 6431243 STACA0001_0300 STACA0001_0301     FALSE 0.025 319.000 0.000 1.000   NA
 6431243 6431244 STACA0001_0301 STACA0001_0302     FALSE 0.308 144.000 0.057 1.000 N NA
 6431245 6431246 STACA0001_0303 STACA0001_0304   hisC FALSE 0.232 145.000 0.102 NA   NA
 6431246 6431247 STACA0001_0304 STACA0001_0305 hisC   FALSE 0.277 147.000 0.027 1.000 N NA
 6431247 6431248 STACA0001_0305 STACA0001_0306     TRUE 0.977 -7.000 0.382 1.000 N NA
 6431248 6431249 STACA0001_0306 STACA0001_0307   recQ FALSE 0.061 275.000 0.029 1.000 N NA
 6431249 6431250 STACA0001_0307 STACA0001_0308 recQ   TRUE 0.797 14.000 0.022 1.000   NA
 6431252 6431253 STACA0001_0310 STACA0001_0311     FALSE 0.005 588.000 0.000 NA N NA
 6431253 6431254 STACA0001_0311 STACA0001_0312     TRUE 0.994 -16.000 0.194 NA Y NA
 6431254 6431255 STACA0001_0312 STACA0001_0313     FALSE 0.222 271.000 0.000 1.000 Y NA
 6431255 6431256 STACA0001_0313 STACA0001_0314     TRUE 0.919 2.000 0.219 1.000   NA
 6431256 6431257 STACA0001_0314 STACA0001_0315     TRUE 0.985 -10.000 0.027 0.016   NA
 6431258 6431259 STACA0001_0317 STACA0001_0318     TRUE 0.882 2.000 0.041 1.000   NA
 6431259 6431260 STACA0001_0318 STACA0001_0319   queE TRUE 0.912 4.000 0.307 1.000 N NA
 6431260 6431261 STACA0001_0319 STACA0001_0320 queE   FALSE 0.340 100.000 0.080 NA   NA
 6431261 6431262 STACA0001_0320 STACA0001_0321     FALSE 0.018 281.000 0.000 NA   NA
 6431262 6431263 STACA0001_0321 STACA0001_0322     FALSE 0.526 52.000 0.030 NA   NA
 6431263 6431264 STACA0001_0322 STACA0001_0323     TRUE 0.974 -25.000 0.250 NA   NA
 6431264 6431265 STACA0001_0323 STACA0001_0324     TRUE 0.984 3.000 0.500 1.000 Y NA
 6431266 6431267 STACA0001_0325 STACA0001_0326     FALSE 0.095 216.000 0.100 NA   NA
 6431267 6431268 STACA0001_0326 STACA0001_0327     FALSE 0.171 200.000 0.100 1.000   NA
 6431268 6431269 STACA0001_0327 STACA0001_0328   nagA FALSE 0.060 237.000 0.000 1.000   NA
 6431269 6431270 STACA0001_0328 STACA0001_0329 nagA   FALSE 0.407 201.000 0.000 1.000 Y NA
 6431270 6431271 STACA0001_0329 STACA0001_0330   pfkB TRUE 0.985 6.000 0.889 1.000 Y NA
 6431271 6431272 STACA0001_0330 STACA0001_0331 pfkB   TRUE 0.988 -3.000 0.063 1.000 Y NA
 6431272 6431273 STACA0001_0331 STACA0001_0332   ybaK FALSE 0.205 220.000 0.004 0.054   NA
 6431273 6431274 STACA0001_0332 STACA0001_0333 ybaK   FALSE 0.173 140.000 0.010 NA   NA
 6431274 6431275 STACA0001_0333 STACA0001_0334     FALSE 0.022 260.000 0.000 NA   NA
 6431276 6431277 STACA0001_0335 STACA0001_0336     FALSE 0.006 418.000 0.000 NA   NA
 6431277 6431278 STACA0001_0336 STACA0001_0337     TRUE 0.907 -3.000 0.069 NA   NA
 6431279 6431280 STACA0001_0338 STACA0001_0339     FALSE 0.269 142.000 0.010 1.000 N NA
 6431280 6431281 STACA0001_0339 STACA0001_0340   mdh FALSE 0.120 203.000 0.005 1.000 N NA
 6431281 6431282 STACA0001_0340 STACA0001_0341 mdh   FALSE 0.160 143.000 0.005 NA   NA
 6431282 6431283 STACA0001_0341 STACA0001_0342     TRUE 0.872 18.000 0.375 NA   NA
 6431285 6431286 STACA0001_0344 STACA0001_0345     TRUE 0.985 3.000 0.012 0.005 Y NA
 6431287 6431288 STACA0001_0346 STACA0001_0347 uppP   FALSE 0.019 276.000 0.000 NA   NA
 6431288 6431289 STACA0001_0347 STACA0001_0348     TRUE 0.701 7.000 0.012 NA   NA
 6431289 6431290 STACA0001_0348 STACA0001_0349     TRUE 0.700 11.000 0.017 NA   NA
 6431291 6431292 STACA0001_0350 STACA0001_0351     FALSE 0.245 123.000 0.043 NA   NA
 6431292 6431293 STACA0001_0351 STACA0001_0352     FALSE 0.109 143.000 0.000 NA   NA
 6431293 6431294 STACA0001_0352 STACA0001_0353     FALSE 0.330 58.000 0.000 NA   NA
 6431296 6431297 STACA0001_0355 STACA0001_0356     TRUE 0.738 7.000 0.034 NA   NA
 6431297 6431298 STACA0001_0356 STACA0001_0357     FALSE 0.530 71.000 0.159 NA N NA
 6431298 6431299 STACA0001_0357 STACA0001_0358     FALSE 0.389 93.000 0.114 NA   NA
 6431299 6431300 STACA0001_0358 STACA0001_0359     FALSE 0.006 412.000 0.000 NA   NA
 6431300 6431301 STACA0001_0359 STACA0001_0360     TRUE 0.833 0.000 0.009 NA   NA
 6431301 6431302 STACA0001_0360 STACA0001_0361     FALSE 0.022 304.000 0.002 NA   NA
 6431302 6431303 STACA0001_0361 STACA0001_0362     TRUE 0.565 126.000 0.875 NA   NA
 6431303 6431304 STACA0001_0362 STACA0001_0363     FALSE 0.008 379.000 0.000 NA   NA
 6431306 6431307 STACA0001_0365 STACA0001_0366     TRUE 0.944 15.000 0.033 NA Y NA
 6431307 6431308 STACA0001_0366 STACA0001_0367     FALSE 0.005 602.000 0.000 NA   NA
 6431308 6431309 STACA0001_0367 STACA0001_0368     TRUE 0.987 -10.000 0.714 1.000   NA
 6431309 6431310 STACA0001_0368 STACA0001_0369     FALSE 0.403 145.000 0.250 1.000 N NA
 6431310 6431311 STACA0001_0369 STACA0001_0370     TRUE 0.942 74.000 0.958 1.000 Y NA
 6431311 6431312 STACA0001_0370 STACA0001_0371     TRUE 0.827 17.000 0.208 NA   NA
 6431314 6431315 STACA0001_0373 STACA0001_0374     FALSE 0.171 177.000 0.135 NA   NA
 6431315 6431316 STACA0001_0374 STACA0001_0375     FALSE 0.070 175.000 0.000 NA   NA
 6431316 6431317 STACA0001_0375 STACA0001_0376     TRUE 0.689 64.000 0.385 NA   NA
 6431317 6431318 STACA0001_0376 STACA0001_0377     TRUE 0.896 3.000 0.155 1.000   NA
 6431318 6431319 STACA0001_0377 STACA0001_0378   dhaK TRUE 0.923 42.000 0.316 0.002   NA
 6431319 6431320 STACA0001_0378 STACA0001_0379 dhaK   FALSE 0.043 264.000 0.000 1.000 N NA
 6431320 6431321 STACA0001_0379 STACA0001_0380     TRUE 0.997 -3.000 0.857 0.027 Y NA
 6431321 6431322 STACA0001_0380 STACA0001_0381     TRUE 0.960 28.000 0.179 1.000 Y NA
 6431322 6431323 STACA0001_0381 STACA0001_0382     FALSE 0.026 249.000 0.000 NA   NA
 6431323 6431324 STACA0001_0382 STACA0001_0383     FALSE 0.004 874.000 0.000 NA   NA
 6431324 6431325 STACA0001_0383 STACA0001_0384     FALSE 0.081 300.000 0.000 0.035 N NA
 6431325 6431326 STACA0001_0384 STACA0001_0385   tagD FALSE 0.019 357.000 0.000 1.000 N NA
 6431326 6431327 STACA0001_0385 STACA0001_0386 tagD   FALSE 0.304 126.000 0.146 NA   NA
 6431327 6431328 STACA0001_0386 STACA0001_0387     TRUE 0.931 -3.000 0.172 NA   NA
 6431328 6431329 STACA0001_0387 STACA0001_0388     TRUE 0.753 170.000 0.138 0.079 Y NA
 6431330 6431331 STACA0001_0389 STACA0001_0390     FALSE 0.070 175.000 0.000 NA   NA
 6431331 6431332 STACA0001_0390 STACA0001_0391     FALSE 0.038 218.000 0.000 NA   NA
 6431336 6431337 STACA0001_0395 STACA0001_0396     TRUE 0.985 1.000 0.286 1.000 Y NA
 6431337 6431338 STACA0001_0396 STACA0001_0397     TRUE 0.989 -3.000 0.154 1.000 Y NA
 6431339 6431340 STACA0001_0398 STACA0001_0399     FALSE 0.068 489.000 0.000 1.000 Y NA
 6431340 6431341 STACA0001_0399 STACA0001_0400     TRUE 0.996 -25.000 0.273 1.000 Y NA
 6431341 6431342 STACA0001_0400 STACA0001_0401     TRUE 0.996 -3.000 0.429 0.065 Y NA
 6431342 6431343 STACA0001_0401 STACA0001_0402     TRUE 0.988 1.000 0.500 1.000 Y NA
 6431343 6431344 STACA0001_0402 STACA0001_0403     TRUE 0.998 -7.000 1.000 0.004 Y NA
 6431344 6431345 STACA0001_0403 STACA0001_0404     TRUE 0.992 -3.000 0.636 NA Y NA
 6431345 6431346 STACA0001_0404 STACA0001_0405     TRUE 0.996 -13.000 0.636 NA Y NA
 6431346 6431347 STACA0001_0405 STACA0001_0406     TRUE 0.929 27.000 0.857 1.000   NA
 6431348 6431349 STACA0001_0407 STACA0001_0408     TRUE 0.820 15.000 0.233 NA   NA
 6431349 6431350 STACA0001_0408 STACA0001_0409     FALSE 0.036 221.000 0.000 NA   NA
 6431350 6431351 STACA0001_0409 STACA0001_0410     FALSE 0.075 233.000 0.091 NA   NA
 6431351 6431352 STACA0001_0410 STACA0001_0411     FALSE 0.007 402.000 0.000 NA   NA
 6431353 6431354 STACA0001_0412 STACA0001_0413     FALSE 0.093 251.000 0.286 NA   NA
 6431354 6431355 STACA0001_0413 STACA0001_0414     FALSE 0.096 286.000 0.571 NA   NA
 6431355 6431356 STACA0001_0414 STACA0001_0415     FALSE 0.223 205.000 0.556 NA   NA
 6431356 6431357 STACA0001_0415 STACA0001_0416     TRUE 0.979 -22.000 0.412 NA   NA
 6431357 6431358 STACA0001_0416 STACA0001_0417     TRUE 0.796 54.000 0.412 1.000   NA
 6431358 6431359 STACA0001_0417 STACA0001_0418     TRUE 0.815 93.000 0.046 1.000 Y NA
 6431359 6431360 STACA0001_0418 STACA0001_0419     FALSE 0.156 189.000 0.015 1.000   NA
 6431360 6431361 STACA0001_0419 STACA0001_0420     FALSE 0.149 197.000 0.030 1.000   NA
 6431361 6431362 STACA0001_0420 STACA0001_0421     TRUE 0.630 55.000 0.021 1.000 N NA
 6431362 6431363 STACA0001_0421 STACA0001_0422   argS FALSE 0.402 93.000 0.004 1.000 N NA
 6431363 6431364 STACA0001_0422 STACA0001_0423 argS   TRUE 0.909 -3.000 0.079 NA   NA
 6431367 6431368 STACA0001_0426 STACA0001_0427     TRUE 0.713 19.000 0.017 NA   NA
 6431368 6431369 STACA0001_0427 STACA0001_0428     TRUE 0.868 13.000 0.210 1.000   NA
 6431369 6431370 STACA0001_0428 STACA0001_0429     TRUE 0.832 15.000 0.269 NA   NA
 6431370 6431371 STACA0001_0429 STACA0001_0430     TRUE 0.553 24.000 0.000 NA   NA
 6431372 6431373 STACA0001_0431 STACA0001_0432     FALSE 0.351 84.000 0.028 NA   NA
 6431373 6431374 STACA0001_0432 STACA0001_0433     FALSE 0.349 118.000 0.025 1.000   NA
 6431374 6431375 STACA0001_0433 STACA0001_0434     FALSE 0.052 251.000 0.051 NA   NA
 6431375 6431376 STACA0001_0434 STACA0001_0435     FALSE 0.169 165.000 0.071 NA   NA
 6431377 6431378 STACA0001_0436 STACA0001_0437     TRUE 0.919 -3.000 0.103 NA N NA
 6431379 6431380 STACA0001_0438 STACA0001_0439     FALSE 0.166 157.000 0.030 NA   NA
 6431380 6431381 STACA0001_0439 STACA0001_0440   mvaD TRUE 0.986 13.000 0.312 0.005 Y NA
 6431381 6431382 STACA0001_0440 STACA0001_0441 mvaD mvk TRUE 0.988 5.000 0.281 0.005 Y NA
 6431382 6431383 STACA0001_0441 STACA0001_0442 mvk   FALSE 0.011 522.000 0.000 1.000 N NA
 6431383 6431384 STACA0001_0442 STACA0001_0443   pta TRUE 0.606 72.000 0.123 1.000 N NA
 6431385 6431386 STACA0001_0444 STACA0001_0445     FALSE 0.006 431.000 0.000 NA   NA
 6431386 6431387 STACA0001_0445 STACA0001_0446     TRUE 0.920 15.000 1.000 NA   NA
 6431388 6431389 STACA0001_0447 STACA0001_0448     FALSE 0.243 114.000 0.021 NA   NA
 6431389 6431390 STACA0001_0448 STACA0001_0449     TRUE 0.712 22.000 0.024 NA   NA
 6431390 6431391 STACA0001_0449 STACA0001_0450   ung TRUE 0.911 12.000 0.800 NA   NA
 6431392 6431393 STACA0001_0451 STACA0001_0452   thiD FALSE 0.293 108.000 0.043 NA N NA
 6431393 6431394 STACA0001_0452 STACA0001_0453 thiD   FALSE 0.107 372.000 0.000 1.000 Y NA
 6431395 6431396 STACA0001_0454 STACA0001_0455     FALSE 0.208 191.000 0.333 NA   NA
 6431396 6431397 STACA0001_0455 STACA0001_0456     TRUE 0.926 2.000 0.500 NA   NA
 6431397 6431398 STACA0001_0456 STACA0001_0457     TRUE 0.961 -25.000 0.101 NA   NA
 6431398 6431399 STACA0001_0457 STACA0001_0458     TRUE 0.985 3.000 0.576 1.000 Y NA
 6431399 6431400 STACA0001_0458 STACA0001_0459     TRUE 0.574 113.000 0.020 0.033   NA
 6431400 6431401 STACA0001_0459 STACA0001_0460   hxlB TRUE 0.560 121.000 0.500 1.000   NA
 6431401 6431402 STACA0001_0460 STACA0001_0461 hxlB hxlA TRUE 0.947 2.000 0.500 1.000 N NA
 6431402 6431403 STACA0001_0461 STACA0001_0462 hxlA nagB TRUE 0.867 100.000 0.400 1.000 Y NA
 6431404 6431405 STACA0001_0463 STACA0001_0464     TRUE 0.901 16.000 0.644 NA   NA
 6431405 6431406 STACA0001_0464 STACA0001_0465     TRUE 0.705 14.000 0.026 NA   NA
 6431409 6431410 STACA0001_0468 STACA0001_0469     TRUE 0.809 17.000 0.159 NA   NA
 6431410 6431411 STACA0001_0469 STACA0001_0470     TRUE 0.611 107.000 0.013 0.021   NA
 6431412 6431413 STACA0001_0471 STACA0001_0472     TRUE 0.997 -7.000 0.255 0.002 Y NA
 6431413 6431414 STACA0001_0472 STACA0001_0474     FALSE 0.041 272.000 0.000 1.000 N NA
 6431415 6431416 STACA0001_0475 STACA0001_0476   ilvE FALSE 0.169 158.000 0.000 1.000   NA
 6431416 6431417 STACA0001_0476 STACA0001_0477 ilvE   FALSE 0.036 283.000 0.000 1.000 N NA
 6431418 6431419 STACA0001_0478 STACA0001_0479     FALSE 0.006 426.000 0.000 NA   NA
 6431420 6431421 STACA0001_0480 STACA0001_0481     FALSE 0.243 76.000 0.000 NA   NA
 6431421 6431422 STACA0001_0481 STACA0001_0482     FALSE 0.014 304.000 0.000 NA   NA
 6431422 6431423 STACA0001_0482 STACA0001_0483     FALSE 0.221 134.000 0.000 1.000   NA
 6431425 6431426 STACA0001_0485 STACA0001_0486 tuf fusA TRUE 0.731 219.000 0.400 0.002 Y NA
 6431426 6431427 STACA0001_0486 STACA0001_0487 fusA rpsG TRUE 0.857 118.000 0.579 1.000 Y NA
 6431427 6431428 STACA0001_0487 STACA0001_0488 rpsG rpsL TRUE 0.950 71.000 0.224 0.004 Y NA
 6431428 6431429 STACA0001_0488 STACA0001_0489 rpsL   TRUE 0.824 91.000 0.239 NA Y NA
 6431429 6431430 STACA0001_0489 STACA0001_0490   rpoC FALSE 0.222 143.000 0.065 NA N NA
 6431430 6431431 STACA0001_0490 STACA0001_0491 rpoC rpoB TRUE 0.930 136.000 0.851 0.002 Y NA
 6431431 6431432 STACA0001_0491 STACA0001_0492 rpoB   FALSE 0.108 216.000 0.008 1.000 N NA
 6431432 6431433 STACA0001_0492 STACA0001_0493   rplL FALSE 0.458 207.000 0.050 1.000 Y NA
 6431433 6431434 STACA0001_0493 STACA0001_0494 rplL   TRUE 0.984 40.000 0.884 0.022 Y NA
 6431434 6431435 STACA0001_0494 STACA0001_0496   rplA FALSE 0.469 281.000 0.302 0.030 Y NA
 6431435 6431436 STACA0001_0496 STACA0001_0497 rplA rplK TRUE 0.742 222.000 0.838 0.030 Y NA
 6431436 6431437 STACA0001_0497 STACA0001_0498 rplK nusG FALSE 0.359 194.000 0.681 1.000 N NA
 6431437 6431438 STACA0001_0498 STACA0001_0499 nusG secE TRUE 0.938 11.000 0.843 1.000 N NA
 6431438 6431439 STACA0001_0499 STACA0001_0500 secE   FALSE 0.026 318.000 0.000 1.000 N NA
 6431439 6431440 STACA0001_0500 STACA0001_0501     FALSE 0.409 75.000 0.036 NA   NA
 6431440 6431441 STACA0001_0501 STACA0001_0502     TRUE 0.810 -3.000 0.000 NA   NA
 6431441 6431442 STACA0001_0502 STACA0001_0503     FALSE 0.465 33.000 0.000 NA   NA
 6431442 6431443 STACA0001_0503 STACA0001_0504   cysS TRUE 0.881 -10.000 0.000 NA   NA
 6431443 6431444 STACA0001_0504 STACA0001_0505 cysS cysS TRUE 0.877 4.000 0.129 1.000   NA
 6431444 6431445 STACA0001_0505 STACA0001_0506 cysS cysE TRUE 0.986 -16.000 0.039 0.052 N NA
 6431445 6431446 STACA0001_0506 STACA0001_0507 cysE gltX FALSE 0.019 410.000 0.008 1.000 N NA
 6431446 6431447 STACA0001_0507 STACA0001_0508 gltX   FALSE 0.012 410.000 0.021 NA   NA
 6431447 6431448 STACA0001_0508 STACA0001_0509   radA FALSE 0.218 140.000 0.056 NA   NA
 6431448 6431449 STACA0001_0509 STACA0001_0510 radA   FALSE 0.276 343.000 0.062 0.012 Y NA
 6431449 6431450 STACA0001_0510 STACA0001_0511     TRUE 0.902 15.000 0.425 1.000 N NA
 6431450 6431451 STACA0001_0511 STACA0001_0512     TRUE 0.986 -7.000 0.848 1.000   NA
 6431451 6431452 STACA0001_0512 STACA0001_0513     TRUE 0.909 20.000 0.681 NA   NA
 6431454 6431455 STACA0001_0515 STACA0001_0516     TRUE 0.976 4.000 0.488 NA Y NA
 6431457 6431458 STACA0001_1541 STACA0001_1542     TRUE 0.569 16.000 0.000 NA   NA
 6431458 6431459 STACA0001_1542 STACA0001_1543     TRUE 0.797 14.000 0.020 1.000 N NA
 6431459 6431460 STACA0001_1543 STACA0001_1544     FALSE 0.054 304.000 0.083 1.000 N NA
 6431460 6431461 STACA0001_1544 STACA0001_1545   glpK FALSE 0.292 149.000 0.057 1.000 N NA
 6431461 6431462 STACA0001_1545 STACA0001_1546 glpK   FALSE 0.066 179.000 0.000 NA   NA
 6431462 6431463 STACA0001_1546 STACA0001_1547     FALSE 0.022 261.000 0.000 NA   NA
 6431463 6431464 STACA0001_1547 STACA0001_1548   miaA TRUE 0.751 5.000 0.025 NA N NA
 6431464 6431465 STACA0001_1548 STACA0001_1549 miaA hfq TRUE 0.968 -46.000 0.016 1.000   NA
 6431467 6431468 STACA0001_1551 STACA0001_1552 hflX   TRUE 0.836 17.000 0.065 1.000   NA
 6431468 6431469 STACA0001_1552 STACA0001_1553     FALSE 0.074 261.000 0.046 1.000 N NA
 6431469 6431470 STACA0001_1553 STACA0001_1554   glnA TRUE 0.850 20.000 0.103 1.000 N NA
 6431470 6431471 STACA0001_1554 STACA0001_1555 glnA   FALSE 0.079 166.000 0.000 NA   NA
 6431471 6431472 STACA0001_1555 STACA0001_1556     TRUE 0.751 0.000 0.000 NA   NA
 6431472 6431473 STACA0001_1556 STACA0001_1557     FALSE 0.112 140.000 0.000 NA   NA
 6431475 6431476 STACA0001_1559 STACA0001_1560     TRUE 0.750 61.000 0.571 NA   NA
 6431476 6431477 STACA0001_1560 STACA0001_1561     FALSE 0.201 181.000 0.057 1.000 N NA
 6431477 6431478 STACA0001_1561 STACA0001_1562     TRUE 0.986 0.000 0.193 1.000 Y NA
 6431478 6431479 STACA0001_1562 STACA0001_1563     FALSE 0.123 229.000 0.107 1.000 N NA
 6431479 6431480 STACA0001_1563 STACA0001_1564     TRUE 0.997 -3.000 0.857 0.012 Y NA
 6431481 6431482 STACA0001_1565 STACA0001_1566     FALSE 0.006 420.000 0.000 NA   NA
 6431487 6431488 STACA0001_1571 STACA0001_1572   thrC TRUE 0.961 6.000 0.021 1.000 Y NA
 6431488 6431489 STACA0001_1572 STACA0001_1573 thrC thrB TRUE 0.981 2.000 0.221 1.000 Y NA
 6431489 6431490 STACA0001_1573 STACA0001_1574 thrB   TRUE 0.568 65.000 0.013 1.000   NA
 6431491 6431492 STACA0001_1575 STACA0001_1576     FALSE 0.354 173.000 0.667 NA   NA
 6431493 6431494 STACA0001_1577 STACA0001_1578   rpmG FALSE 0.398 95.000 0.006 1.000 N NA
 6431494 6431495 STACA0001_1578 STACA0001_1579 rpmG   TRUE 0.697 188.000 0.052 0.022 Y NA
 6431495 6431496 STACA0001_1579 STACA0001_1580   guaC FALSE 0.221 162.000 0.015 1.000 N NA
 6431496 6431497 STACA0001_1580 STACA0001_1581 guaC   FALSE 0.075 221.000 0.049 NA   NA
 6431499 6431500 STACA0001_1583 STACA0001_1584     FALSE 0.231 164.000 0.200 NA   NA
 6431500 6431501 STACA0001_1584 STACA0001_1585   tkt FALSE 0.342 132.000 0.240 NA   NA
 6431501 6431502 STACA0001_1585 STACA0001_1586 tkt   FALSE 0.088 205.000 0.000 1.000   NA
 6431502 6431503 STACA0001_1586 STACA0001_1587     FALSE 0.004 636.000 0.000 NA   NA
 6431503 6431504 STACA0001_1587 STACA0001_1588     FALSE 0.427 38.000 0.000 NA   NA
 6431504 6431505 STACA0001_1588 STACA0001_1589     FALSE 0.007 396.000 0.000 NA   NA
 6431505 6431506 STACA0001_1589 STACA0001_1590     FALSE 0.140 119.000 0.000 NA   NA
 6431506 6431507 STACA0001_1590 STACA0001_1591     FALSE 0.366 50.000 0.000 NA   NA
 6431507 6431508 STACA0001_1591 STACA0001_1592     FALSE 0.004 866.000 0.000 NA   NA
 6431508 6431509 STACA0001_1592 STACA0001_1593     FALSE 0.235 112.000 0.010 NA N NA
 6431509 6431510 STACA0001_1593 STACA0001_1594     TRUE 0.981 4.000 0.669 NA Y NA
 6431512 6431513 STACA0001_1596 STACA0001_1597   acnA FALSE 0.038 278.000 0.000 1.000 N NA
 6431513 6431514 STACA0001_1597 STACA0001_1598 acnA   FALSE 0.287 136.000 0.015 1.000   NA
 6431515 6431516 STACA0001_1599 STACA0001_1600     FALSE 0.101 180.000 0.008 NA   NA
 6431517 6431518 STACA0001_1601 STACA0001_1602 parE parC TRUE 0.997 -3.000 0.552 0.002 Y NA
 6431518 6431519 STACA0001_1602 STACA0001_1603 parC   FALSE 0.083 215.000 0.000 1.000 N NA
 6431519 6431520 STACA0001_1603 STACA0001_1604     FALSE 0.250 172.000 0.119 1.000   NA
 6431520 6431521 STACA0001_1604 STACA0001_1605     FALSE 0.185 163.000 0.095 NA   NA
 6431521 6431522 STACA0001_1605 STACA0001_1606     FALSE 0.042 253.000 0.018 NA   NA
 6431528 6431529 STACA0001_1612 STACA0001_1613     FALSE 0.011 486.000 0.000 1.000 N NA
 6431529 6431530 STACA0001_1613 STACA0001_1614     TRUE 0.995 -3.000 0.021 0.001 Y NA
 6431530 6431531 STACA0001_1614 STACA0001_1615   trpD TRUE 0.964 4.000 0.006 1.000 Y NA
 6431531 6431532 STACA0001_1615 STACA0001_1616 trpD trpC TRUE 0.978 3.000 0.216 1.000 Y NA
 6431532 6431533 STACA0001_1616 STACA0001_1617 trpC trpF TRUE 0.996 -3.000 0.264 0.002 Y NA
 6431533 6431534 STACA0001_1617 STACA0001_1618 trpF trpB TRUE 0.998 -22.000 0.375 0.002 Y NA
 6431534 6431535 STACA0001_1618 STACA0001_1619 trpB trpA TRUE 0.997 -7.000 0.248 0.001 Y NA
 6431535 6431536 STACA0001_1619 STACA0001_1620 trpA   FALSE 0.159 144.000 0.007 NA   NA
 6431536 6431537 STACA0001_1620 STACA0001_1621     FALSE 0.019 274.000 0.000 NA   NA
 6431537 6431538 STACA0001_1621 STACA0001_1622     TRUE 0.990 28.000 1.000 0.009 Y NA
 6431538 6431539 STACA0001_1622 STACA0001_1623     FALSE 0.008 1131.000 0.000 1.000   NA
 6431540 6431541 STACA0001_1624 STACA0001_1625     TRUE 0.988 0.000 0.000 0.023 Y NA
 6431541 6431542 STACA0001_1625 STACA0001_1626     TRUE 0.995 -19.000 0.118 1.000 Y NA
 6431542 6431543 STACA0001_1626 STACA0001_1627     TRUE 0.998 -10.000 0.647 0.026 Y NA
 6431543 6431544 STACA0001_1627 STACA0001_1628     FALSE 0.177 182.000 0.182 NA   NA
 6431546 6431547 STACA0001_1630 STACA0001_1631 phoU pstB TRUE 0.960 7.000 0.182 NA Y NA
 6431547 6431548 STACA0001_1631 STACA0001_1632 pstB pstA TRUE 0.930 85.000 0.125 0.002 Y NA
 6431548 6431549 STACA0001_1632 STACA0001_1633 pstA pstC TRUE 0.994 2.000 0.485 0.002 Y NA
 6431549 6431550 STACA0001_1633 STACA0001_1634 pstC   FALSE 0.044 205.000 0.000 NA   NA
 6431550 6431551 STACA0001_1634 STACA0001_1635     FALSE 0.031 234.000 0.000 NA   NA
 6431551 6431552 STACA0001_1635 STACA0001_1636     FALSE 0.005 475.000 0.000 NA   NA
 6431553 6431554 STACA0001_1637 STACA0001_1639     FALSE 0.011 475.000 0.000 1.000   NA
 6431554 6431555 STACA0001_1639 STACA0001_1640   asd TRUE 0.888 69.000 0.119 1.000 Y NA
 6431555 6431556 STACA0001_1640 STACA0001_1641 asd dapA TRUE 0.973 2.000 0.015 1.000 Y NA
 6431556 6431557 STACA0001_1641 STACA0001_1642 dapA dapB TRUE 0.981 0.000 0.014 1.000 Y NA
 6431557 6431558 STACA0001_1642 STACA0001_1643 dapB dapD TRUE 0.953 27.000 0.036 1.000 Y NA
 6431558 6431559 STACA0001_1643 STACA0001_1644 dapD   FALSE 0.321 180.000 0.372 1.000   NA
 6431559 6431560 STACA0001_1644 STACA0001_1645     TRUE 0.840 6.000 0.058 1.000   NA
 6431560 6431561 STACA0001_1645 STACA0001_1646   lysA TRUE 0.878 1.000 0.008 1.000 N NA
 6431562 6431563 STACA0001_1647 STACA0001_1648     FALSE 0.147 183.000 0.105 NA   NA
 6431564 6431565 STACA0001_1649 STACA0001_1650     TRUE 0.727 26.000 0.067 NA   NA
 6431565 6431566 STACA0001_1650 STACA0001_1651     TRUE 0.858 23.000 0.373 NA   NA
 6431567 6431568 STACA0001_1652 STACA0001_1653 brnQ   FALSE 0.135 195.000 0.136 NA N NA
 6431568 6431569 STACA0001_1653 STACA0001_1654     TRUE 0.912 13.000 0.822 NA   NA
 6431569 6431570 STACA0001_1654 STACA0001_1655     FALSE 0.352 112.000 0.156 NA   NA
 6431570 6431571 STACA0001_1655 STACA0001_1656     TRUE 0.798 30.000 0.280 NA   NA
 6431573 6431574 STACA0001_1658 STACA0001_1659     TRUE 0.936 -3.000 0.208 NA   NA
 6431574 6431575 STACA0001_1659 STACA0001_1660     FALSE 0.188 149.000 0.000 1.000   NA
 6431575 6431576 STACA0001_1660 STACA0001_1661   sucB FALSE 0.098 197.000 0.000 1.000   NA
 6431576 6431577 STACA0001_1661 STACA0001_1662 sucB sucA TRUE 0.982 18.000 0.667 1.000 Y NA
 6431577 6431578 STACA0001_1662 STACA0001_1663 sucA   FALSE 0.083 235.000 0.006 1.000 N NA
 6431578 6431579 STACA0001_1663 STACA0001_1664     TRUE 0.993 -3.000 0.438 1.000 Y NA
 6431579 6431580 STACA0001_1664 STACA0001_1665     FALSE 0.104 597.000 0.000 0.051 Y NA
 6431580 6431581 STACA0001_1665 STACA0001_1666     TRUE 0.820 7.000 0.026 1.000 N NA
 6431581 6431582 STACA0001_1666 STACA0001_1667     TRUE 0.964 -13.000 0.026 1.000   NA
 6431582 6431583 STACA0001_1667 STACA0001_1668     TRUE 0.919 15.000 0.600 1.000   NA
 6431583 6431584 STACA0001_1668 STACA0001_1669     TRUE 0.990 16.000 0.750 0.025 Y NA
 6431584 6431585 STACA0001_1669 STACA0001_1670     TRUE 0.991 12.000 1.000 0.025 Y NA
 6431585 6431586 STACA0001_1670 STACA0001_1671     TRUE 0.996 -3.000 0.500 0.025 Y NA
 6431586 6431587 STACA0001_1671 STACA0001_1672     FALSE 0.023 330.000 0.000 1.000 N NA
 6431587 6431588 STACA0001_1672 STACA0001_1673   murG TRUE 0.798 13.000 0.016 1.000 N NA
 6431588 6431589 STACA0001_1673 STACA0001_1674 murG   TRUE 0.810 18.000 0.014 1.000   NA
 6431589 6431590 STACA0001_1674 STACA0001_1675     FALSE 0.123 218.000 0.046 1.000   NA
 6431590 6431591 STACA0001_1675 STACA0001_1676     FALSE 0.019 359.000 0.045 NA   NA
 6431591 6431592 STACA0001_1676 STACA0001_1677     TRUE 0.877 0.000 0.080 NA   NA
 6431592 6431593 STACA0001_1677 STACA0001_1678   msrB TRUE 0.856 13.000 0.154 1.000 N NA
 6431593 6431594 STACA0001_1678 STACA0001_1679 msrB msrA TRUE 0.998 -7.000 0.615 0.002 Y NA
 6431594 6431595 STACA0001_1679 STACA0001_1680 msrA   FALSE 0.164 106.000 0.000 NA   NA
 6431595 6431596 STACA0001_1680 STACA0001_1681   folA TRUE 0.567 11.000 0.000 NA   NA
 6431596 6431597 STACA0001_1681 STACA0001_1682 folA thyA TRUE 0.710 68.000 0.295 1.000 N NA
 6431597 6431598 STACA0001_1682 STACA0001_1683 thyA   FALSE 0.087 188.000 0.003 NA   NA
 6431598 6431599 STACA0001_1683 STACA0001_1684     FALSE 0.355 53.000 0.000 NA   NA
 6431599 6431600 STACA0001_1684 STACA0001_1685     TRUE 0.850 34.000 0.000 0.009   NA
 6431601 6431602 STACA0001_1686 STACA0001_1687     FALSE 0.029 238.000 0.000 NA   NA
 6431603 6431604 STACA0001_1688 STACA0001_1689     FALSE 0.017 387.000 0.000 1.000 N NA
 6431604 6431605 STACA0001_1689 STACA0001_1690     TRUE 0.839 21.000 0.089 1.000   NA
 6431605 6431606 STACA0001_1690 STACA0001_1691     FALSE 0.084 211.000 0.000 1.000   NA
 6431606 6431607 STACA0001_1691 STACA0001_1692     FALSE 0.137 158.000 0.008 NA   NA
 6431607 6431608 STACA0001_1692 STACA0001_1693     FALSE 0.059 188.000 0.000 NA   NA
 6431608 6431609 STACA0001_1693 STACA0001_1694     FALSE 0.358 52.000 0.000 NA   NA
 6431609 6431610 STACA0001_1694 STACA0001_1695     TRUE 0.891 13.000 0.579 NA   NA
 6431610 6431611 STACA0001_1695 STACA0001_1696     TRUE 0.801 12.000 0.165 NA   NA
 6431612 6431613 STACA0001_1697 STACA0001_1698 recU   TRUE 0.964 -3.000 0.319 1.000   NA
 6431614 6431615 STACA0001_1699 STACA0001_1700   nth TRUE 0.692 7.000 0.009 NA   NA
 6431615 6431616 STACA0001_1700 STACA0001_1701 nth   TRUE 0.991 -10.000 0.075 NA Y NA
 6431616 6431617 STACA0001_1701 STACA0001_1702   asnS FALSE 0.462 96.000 0.234 NA N NA
 6431617 6431618 STACA0001_1702 STACA0001_1703 asnS   FALSE 0.330 127.000 0.030 1.000 N NA
 6431618 6431619 STACA0001_1703 STACA0001_1704     TRUE 0.804 28.000 0.074 1.000 N NA
 6431619 6431620 STACA0001_1704 STACA0001_1705     TRUE 0.964 -13.000 0.023 1.000 N NA
 6431620 6431621 STACA0001_1705 STACA0001_1706     TRUE 0.904 2.000 0.126 1.000 N NA
 6431621 6431622 STACA0001_1706 STACA0001_1707     TRUE 0.726 23.000 0.038 NA   NA
 6431622 6431623 STACA0001_1707 STACA0001_1708     FALSE 0.123 171.000 0.013 NA   NA
 6431623 6431624 STACA0001_1708 STACA0001_1709     TRUE 0.606 45.000 0.083 NA   NA
 6431624 6431625 STACA0001_1709 STACA0001_1710     TRUE 0.922 -3.000 0.127 NA   NA
 6431625 6431626 STACA0001_1710 STACA0001_1711     TRUE 0.852 15.000 0.353 NA   NA
 6431626 6431627 STACA0001_1711 STACA0001_1712   aroA TRUE 0.826 4.000 0.007 1.000 N NA
 6431627 6431628 STACA0001_1712 STACA0001_1713 aroA aroB TRUE 0.961 10.000 0.051 1.000 Y NA
 6431628 6431629 STACA0001_1713 STACA0001_1714 aroB aroC TRUE 0.982 27.000 0.110 0.002 Y NA
 6431629 6431630 STACA0001_1714 STACA0001_1715 aroC   FALSE 0.135 193.000 0.002 1.000 N NA
 6431630 6431631 STACA0001_1715 STACA0001_1716     FALSE 0.302 145.000 0.054 1.000 N NA
 6431631 6431632 STACA0001_1716 STACA0001_1717     TRUE 0.973 2.000 0.020 1.000 Y NA
 6431632 6431633 STACA0001_1717 STACA0001_1718     TRUE 0.776 2.000 0.008 NA   NA
 6431633 6431634 STACA0001_1718 STACA0001_1719     FALSE 0.005 500.000 0.000 NA   NA
 6431634 6431635 STACA0001_1719 STACA0001_1720     FALSE 0.211 171.000 0.025 1.000 N NA
 6431635 6431636 STACA0001_1720 STACA0001_1721   engA TRUE 0.831 21.000 0.068 1.000   NA
 6431636 6431637 STACA0001_1721 STACA0001_1722 engA   FALSE 0.126 213.000 0.032 1.000   NA
 6431637 6431638 STACA0001_1722 STACA0001_1723   cmk FALSE 0.025 407.000 0.047 1.000 N NA
 6431640 6431641 STACA0001_1725 STACA0001_1726     FALSE 0.166 188.000 0.022 1.000   NA
 6431641 6431642 STACA0001_1726 STACA0001_1727     FALSE 0.098 244.000 0.079 1.000   NA
 6431642 6431643 STACA0001_1727 STACA0001_1728     TRUE 0.980 -13.000 0.508 NA   NA
 6431645 6431646 STACA0001_1730 STACA0001_1732     FALSE 0.005 528.000 0.000 NA   NA
 6431646 6431647 STACA0001_1732 STACA0001_1733     TRUE 0.994 -16.000 0.056 1.000 Y NA
 6431647 6431648 STACA0001_1733 STACA0001_1734   rluB FALSE 0.324 136.000 0.046 1.000 N NA
 6431648 6431649 STACA0001_1734 STACA0001_1735 rluB scpB TRUE 0.957 -7.000 0.224 NA N NA
 6431649 6431650 STACA0001_1735 STACA0001_1736 scpB   TRUE 0.974 -7.000 0.570 NA   NA
 6431652 6431653 STACA0001_1738 STACA0001_1739 xerD   FALSE 0.462 89.000 0.029 1.000 N NA
 6431653 6431654 STACA0001_1739 STACA0001_1740     FALSE 0.393 105.000 0.021 1.000 N NA
 6431656 6431657 STACA0001_1742 STACA0001_1743     FALSE 0.486 55.000 0.017 NA   NA
 6431660 6431661 STACA0001_1746 STACA0001_1747 zwf   FALSE 0.070 256.000 0.021 1.000 N NA
 6431662 6431663 STACA0001_1748 STACA0001_1749   gnd FALSE 0.372 213.000 0.000 1.000 Y NA
 6431663 6431664 STACA0001_1749 STACA0001_1750 gnd   FALSE 0.510 79.000 0.035 1.000 N NA
 6431664 6431665 STACA0001_1750 STACA0001_1751     FALSE 0.012 318.000 0.000 NA   NA
 6431665 6431666 STACA0001_1751 STACA0001_1752     TRUE 0.759 15.000 0.097 NA   NA
 6431666 6431667 STACA0001_1752 STACA0001_1753     FALSE 0.145 174.000 0.058 NA   NA
 6431667 6431668 STACA0001_1753 STACA0001_1754     TRUE 0.990 13.000 0.882 0.067 Y NA
 6431668 6431669 STACA0001_1754 STACA0001_1755     TRUE 0.998 -7.000 0.897 0.001 Y NA
 6431669 6431670 STACA0001_1755 STACA0001_1756   lpdA TRUE 0.974 15.000 0.414 1.000 Y NA
 6431670 6431671 STACA0001_1756 STACA0001_1757 lpdA recN FALSE 0.050 277.000 0.002 1.000 N NA
 6431671 6431672 STACA0001_1757 STACA0001_1758 recN argR TRUE 0.830 16.000 0.056 1.000 N NA
 6431672 6431673 STACA0001_1758 STACA0001_1759 argR   FALSE 0.019 355.000 0.000 1.000 N NA
 6431673 6431674 STACA0001_1759 STACA0001_1760   xseB TRUE 0.960 -7.000 0.100 1.000   NA
 6431674 6431675 STACA0001_1760 STACA0001_1761 xseB xseA TRUE 0.992 -7.000 0.412 0.001   NA
 6431675 6431676 STACA0001_1761 STACA0001_1762 xseA nusB TRUE 0.790 15.000 0.011 1.000 N NA
 6431676 6431677 STACA0001_1762 STACA0001_1763 nusB   FALSE 0.106 238.000 0.265 NA   NA
 6431677 6431678 STACA0001_1763 STACA0001_1764   accC TRUE 0.861 12.000 0.373 NA   NA
 6431678 6431679 STACA0001_1764 STACA0001_1765 accC accB TRUE 0.993 0.000 0.086 0.003 Y NA
 6431679 6431680 STACA0001_1765 STACA0001_1766 accB efp FALSE 0.023 468.000 0.120 1.000 N NA
 6431680 6431681 STACA0001_1766 STACA0001_1767 efp   TRUE 0.843 27.000 0.160 1.000 N NA
 6431682 6431683 STACA0001_1768 STACA0001_1769     TRUE 0.919 14.000 1.000 NA   NA
 6431686 6431687 STACA0001_1772 STACA0001_1773     TRUE 0.998 -7.000 0.316 0.001 Y NA
 6431687 6431688 STACA0001_1773 STACA0001_1774   gcvT TRUE 0.985 19.000 0.092 0.002 Y NA
 6431688 6431689 STACA0001_1774 STACA0001_1776 gcvT aroK FALSE 0.433 209.000 0.019 1.000 Y NA
 6431689 6431690 STACA0001_1776 STACA0001_1777 aroK   FALSE 0.148 167.000 0.029 NA N NA
 6431690 6431691 STACA0001_1777 STACA0001_1778     TRUE 0.942 -10.000 0.054 NA   NA
 6431691 6431692 STACA0001_1778 STACA0001_1779     TRUE 0.890 -13.000 0.000 NA   NA
 6431692 6431693 STACA0001_1779 STACA0001_1780     FALSE 0.195 92.000 0.000 NA   NA
 6431693 6431694 STACA0001_1780 STACA0001_1781     TRUE 0.978 13.000 0.861 NA Y NA
 6431694 6431695 STACA0001_1781 STACA0001_1782     TRUE 0.985 -28.000 0.639 NA   NA
 6431695 6431696 STACA0001_1782 STACA0001_1783     TRUE 0.601 57.000 0.015 1.000   NA
 6431696 6431697 STACA0001_1783 STACA0001_1784     TRUE 0.840 0.000 0.015 NA   NA
 6431697 6431698 STACA0001_1784 STACA0001_1785     TRUE 0.852 0.000 0.024 NA   NA
 6431698 6431699 STACA0001_1785 STACA0001_1786     TRUE 0.960 -3.000 0.496 NA   NA
 6431699 6431700 STACA0001_1786 STACA0001_1787     TRUE 0.944 -19.000 0.023 NA   NA
 6431700 6431701 STACA0001_1787 STACA0001_1788     TRUE 0.870 1.000 0.002 1.000   NA
 6431701 6431702 STACA0001_1788 STACA0001_1789   rpmG FALSE 0.312 140.000 0.045 1.000 N NA
 6431702 6431703 STACA0001_1789 STACA0001_1790 rpmG   FALSE 0.412 98.000 0.019 1.000 N NA
 6431703 6431704 STACA0001_1790 STACA0001_1791     FALSE 0.387 120.000 0.085 1.000 N NA
 6431704 6431705 STACA0001_1791 STACA0001_1792     FALSE 0.210 275.000 0.000 1.000 Y NA
 6431705 6431706 STACA0001_1792 STACA0001_1793     TRUE 0.996 -13.000 0.480 1.000 Y NA
 6431706 6431707 STACA0001_1793 STACA0001_1794     TRUE 0.954 31.000 0.148 1.000 Y NA
 6431707 6431708 STACA0001_1794 STACA0001_1795     FALSE 0.243 152.000 0.012 1.000 N NA
 6431708 6431709 STACA0001_1795 STACA0001_1796     TRUE 0.964 10.000 0.104 1.000 Y NA
 6431709 6431710 STACA0001_1796 STACA0001_1797     FALSE 0.443 36.000 0.000 NA   NA
 6431711 6431712 STACA0001_1313 STACA0001_1314 hsdM   FALSE 0.102 148.000 0.000 NA   NA
 6431712 6431713 STACA0001_1314 STACA0001_1315     FALSE 0.015 297.000 0.000 NA   NA
 6431713 6431714 STACA0001_1315 STACA0001_1316     FALSE 0.005 552.000 0.000 NA   NA
 6431714 6431715 STACA0001_1316 STACA0001_1317     TRUE 0.776 18.000 0.087 NA   NA
 6431716 6431717 STACA0001_1318 STACA0001_1319     TRUE 0.962 0.000 0.500 1.000 N NA
 6431717 6431718 STACA0001_1319 STACA0001_1320   arsC TRUE 0.922 18.000 0.500 1.000 N NA
 6431719 6431720 STACA0001_1321 STACA0001_1322     TRUE 0.876 19.000 0.400 NA N NA
 6431720 6431721 STACA0001_1322 STACA0001_1323     FALSE 0.005 538.000 0.000 NA   NA
 6431721 6431722 STACA0001_1323 STACA0001_1324     TRUE 0.738 9.000 0.039 NA   NA
 6431722 6431723 STACA0001_1324 STACA0001_1325     TRUE 0.857 4.000 0.059 1.000   NA
 6431723 6431724 STACA0001_1325 STACA0001_1326     TRUE 0.778 22.000 0.115 NA   NA
 6431727 6431728 STACA0001_1329 STACA0001_1330     FALSE 0.157 109.000 0.000 NA   NA
 6431728 6431729 STACA0001_1330 STACA0001_1331     FALSE 0.062 183.000 0.000 NA   NA
 6431729 6431730 STACA0001_1331 STACA0001_1332     TRUE 0.959 0.000 0.750 NA   NA
 6431730 6431731 STACA0001_1332 STACA0001_1333     TRUE 0.719 65.000 0.500 NA   NA
 6431731 6431732 STACA0001_1333 STACA0001_1334     FALSE 0.297 178.000 0.500 NA   NA
 6431732 6431733 STACA0001_1334 STACA0001_1335     TRUE 0.990 31.000 1.000 0.003 Y NA
 6431735 6431736 STACA0001_1337 STACA0001_1338     FALSE 0.005 551.000 0.000 NA   NA
 6431736 6431737 STACA0001_1338 STACA0001_1339     TRUE 0.606 87.000 0.500 NA   NA
 6431737 6431738 STACA0001_1339 STACA0001_1340     TRUE 0.721 15.000 0.036 NA   NA
 6431738 6431739 STACA0001_1340 STACA0001_1341     TRUE 0.708 15.000 0.027 NA   NA
 6431739 6431740 STACA0001_1341 STACA0001_1342     FALSE 0.016 292.000 0.000 NA   NA
 6431740 6431741 STACA0001_1342 STACA0001_1343     FALSE 0.135 121.000 0.000 NA   NA
 6431742 6431743 STACA0001_1344 STACA0001_1345     TRUE 0.957 -7.000 0.071 1.000   NA
 6431744 6431745 STACA0001_1346 STACA0001_1347     FALSE 0.004 803.000 0.000 NA   NA
 6431745 6431746 STACA0001_1347 STACA0001_1348     FALSE 0.035 225.000 0.000 NA   NA
 6431747 6431748 STACA0001_1349 STACA0001_1350     FALSE 0.048 200.000 0.000 NA   NA
 6431748 6431749 STACA0001_1350 STACA0001_1351     FALSE 0.012 410.000 0.021 NA   NA
 6431749 6431750 STACA0001_1351 STACA0001_1352     FALSE 0.014 613.000 0.176 NA   NA
 6431750 6431751 STACA0001_1352 STACA0001_1353     TRUE 0.956 1.000 0.890 NA   NA
 6431751 6431752 STACA0001_1353 STACA0001_1354     TRUE 0.975 -7.000 0.575 NA   NA
 6431752 6431753 STACA0001_1354 STACA0001_1355     TRUE 0.989 13.000 0.597 0.011 Y NA
 6431753 6431754 STACA0001_1355 STACA0001_1356     FALSE 0.005 511.000 0.000 NA   NA
 6431754 6431755 STACA0001_1356 STACA0001_1357     TRUE 0.591 6.000 0.000 NA   NA
 6431755 6431756 STACA0001_1357 STACA0001_1358   purA FALSE 0.020 272.000 0.000 NA   NA
 6431756 6431757 STACA0001_1358 STACA0001_1359 purA dnaB FALSE 0.054 280.000 0.018 1.000 N NA
 6431757 6431758 STACA0001_1359 STACA0001_1360 dnaB rplI TRUE 0.689 49.000 0.064 1.000 N NA
 6431758 6431759 STACA0001_1360 STACA0001_1361 rplI   TRUE 0.926 -3.000 0.008 1.000 N NA
 6431759 6431760 STACA0001_1361 STACA0001_1362     FALSE 0.495 30.000 0.000 NA   NA
 6431760 6431761 STACA0001_1362 STACA0001_1363     FALSE 0.031 235.000 0.000 NA   NA
 6431761 6431762 STACA0001_1363 STACA0001_1365     FALSE 0.016 292.000 0.000 NA   NA
 6431762 6431763 STACA0001_1365 STACA0001_1366     TRUE 0.951 -3.000 0.338 NA   NA
 6431763 6431764 STACA0001_1366 STACA0001_1367   serS FALSE 0.011 337.000 0.000 NA N NA
 6431764 6431765 STACA0001_1367 STACA0001_1368 serS hutH FALSE 0.047 374.000 0.000 0.049 N NA
 6431767 6431768 STACA0001_1370 STACA0001_1371 gyrA gyrB TRUE 0.980 37.000 0.306 0.002 Y NA
 6431768 6431769 STACA0001_1371 STACA0001_1372 gyrB   TRUE 0.985 23.000 0.249 0.005 Y NA
 6431769 6431770 STACA0001_1372 STACA0001_1373   yaaA TRUE 0.957 -3.000 0.209 1.000   NA
 6431770 6431771 STACA0001_1373 STACA0001_1374 yaaA dnaN FALSE 0.032 384.000 0.103 1.000   NA
 6431771 6431772 STACA0001_1374 STACA0001_1375 dnaN dnaA FALSE 0.270 313.000 0.328 1.000 Y NA
 6431773 6431774 STACA0001_1376 STACA0001_1377 rpmH rnpA TRUE 0.666 109.000 0.787 1.000   NA
 6431774 6431775 STACA0001_1377 STACA0001_1378 rnpA trmE FALSE 0.217 158.000 0.007 1.000   NA
 6431775 6431776 STACA0001_1378 STACA0001_1379 trmE gidA TRUE 0.620 83.000 0.266 1.000   NA
 6431776 6431777 STACA0001_1379 STACA0001_1380 gidA gidB TRUE 0.959 0.000 0.466 1.000 N NA
 6431777 6431778 STACA0001_1380 STACA0001_1381 gidB   TRUE 0.707 48.000 0.089 1.000 N NA
 6431779 6431780 STACA0001_1382 STACA0001_1383     TRUE 0.696 67.000 0.000 0.066   NA
 6431781 6431782 STACA0001_1384 STACA0001_1385     TRUE 0.910 20.000 0.714 NA   NA
 6431782 6431783 STACA0001_1385 STACA0001_1386     TRUE 0.983 -34.000 0.500 NA   NA
 6431784 6431785 STACA0001_1387 STACA0001_1388     FALSE 0.008 387.000 0.000 NA   NA
 6431786 6431787 STACA0001_1389 STACA0001_1390     FALSE 0.004 609.000 0.000 NA   NA
 6431788 6431789 STACA0001_1391 STACA0001_1392     TRUE 0.803 45.000 0.571 NA   NA
 6431789 6431790 STACA0001_1392 STACA0001_1393     TRUE 0.988 -10.000 0.857 1.000   NA
 6431790 6431791 STACA0001_1393 STACA0001_1394     FALSE 0.289 163.000 0.333 NA   NA
 6431791 6431792 STACA0001_1394 STACA0001_1395     TRUE 0.552 14.000 0.000 NA   NA
 6431793 6431794 STACA0001_1396 STACA0001_1397     FALSE 0.038 218.000 0.000 NA   NA
 6431794 6431795 STACA0001_1397 STACA0001_1398     TRUE 0.899 15.000 0.667 NA   NA
 6431795 6431796 STACA0001_1398 STACA0001_1399     FALSE 0.538 26.000 0.000 NA   NA
 6431796 6431797 STACA0001_1399 STACA0001_1400   lepB FALSE 0.538 26.000 0.000 NA   NA
 6431798 6431799 STACA0001_1401 STACA0001_1402     FALSE 0.007 411.000 0.000 NA   NA
 6431799 6431800 STACA0001_1402 STACA0001_1403     TRUE 0.935 0.000 0.371 NA   NA
 6431800 6431801 STACA0001_1403 STACA0001_1404     TRUE 0.691 37.000 0.143 NA   NA
 6431801 6431802 STACA0001_1404 STACA0001_1405     TRUE 0.952 -3.000 0.362 NA   NA
 6431803 6431804 STACA0001_1406 STACA0001_1407     FALSE 0.026 249.000 0.000 NA   NA
 6431806 6431807 STACA0001_1409 STACA0001_1410     TRUE 0.958 4.000 0.000 1.000 Y NA
 6431807 6431808 STACA0001_1410 STACA0001_1411     TRUE 0.604 5.000 0.000 NA   NA
 6431809 6431810 STACA0001_1412 STACA0001_1413   metE TRUE 0.688 22.000 0.011 NA   NA
 6431810 6431811 STACA0001_1413 STACA0001_1414 metE   TRUE 0.987 -3.000 0.030 1.000 Y NA
 6431811 6431812 STACA0001_1414 STACA0001_1415     TRUE 0.996 -46.000 0.162 1.000 Y NA
 6431812 6431813 STACA0001_1415 STACA0001_1416     TRUE 0.997 -3.000 0.600 0.007 Y NA
 6431814 6431815 STACA0001_1417 STACA0001_1418     FALSE 0.368 105.000 0.007 1.000 N NA
 6431815 6431816 STACA0001_1418 STACA0001_1419     TRUE 0.808 21.000 0.171 NA   NA
 6431816 6431817 STACA0001_1419 STACA0001_1420   ychF TRUE 0.746 12.000 0.064 NA   NA
 6431818 6431819 STACA0001_1421 STACA0001_1422     TRUE 0.654 79.000 0.571 NA   NA
 6431819 6431820 STACA0001_1422 STACA0001_1423     FALSE 0.120 134.000 0.000 NA   NA
 6431821 6431822 STACA0001_1424 STACA0001_1425     TRUE 0.633 4.000 0.000 NA N NA
 6431822 6431823 STACA0001_1425 STACA0001_1426     TRUE 0.714 13.000 0.024 NA N NA
 6431823 6431824 STACA0001_1426 STACA0001_1427     TRUE 0.907 0.000 0.024 1.000   NA
 6431824 6431825 STACA0001_1427 STACA0001_1428     TRUE 0.794 3.000 0.000 1.000   NA
 6431825 6431826 STACA0001_1428 STACA0001_1429     TRUE 0.775 4.000 0.000 1.000   NA
 6431826 6431827 STACA0001_1429 STACA0001_1430     FALSE 0.146 116.000 0.000 NA   NA
 6431827 6431828 STACA0001_1430 STACA0001_1431   rpsF FALSE 0.084 162.000 0.000 NA   NA
 6431828 6431829 STACA0001_1431 STACA0001_1432 rpsF   TRUE 0.790 22.000 0.007 1.000 N NA
 6431829 6431830 STACA0001_1432 STACA0001_1433   rpsR TRUE 0.639 47.000 0.007 1.000 N NA
 6431830 6431831 STACA0001_1433 STACA0001_1434 rpsR   FALSE 0.011 328.000 0.000 NA   NA
 6431831 6431832 STACA0001_1434 STACA0001_1435     FALSE 0.115 137.000 0.000 NA   NA
 6431832 6431833 STACA0001_1435 STACA0001_1436     FALSE 0.216 84.000 0.000 NA   NA
 6431837 6431838 STACA0001_1440 STACA0001_1441     FALSE 0.158 163.000 0.000 1.000   NA
 6431838 6431839 STACA0001_1441 STACA0001_1442     FALSE 0.021 342.000 0.000 1.000   NA
 6431839 6431840 STACA0001_1442 STACA0001_1443     TRUE 0.840 28.000 0.176 1.000 N NA
 6431841 6431842 STACA0001_1444 STACA0001_1445     FALSE 0.086 160.000 0.000 NA   NA
 6431842 6431843 STACA0001_1445 STACA0001_1446   ahpF FALSE 0.012 322.000 0.000 NA   NA
 6431843 6431844 STACA0001_1446 STACA0001_1447 ahpF ahpC TRUE 0.977 15.000 0.551 1.000 Y NA
 6431844 6431845 STACA0001_1447 STACA0001_1448 ahpC   FALSE 0.012 447.000 0.000 1.000 N NA
 6431847 6431848 STACA0001_1450 STACA0001_1451     FALSE 0.021 262.000 0.000 NA   NA
 6431848 6431849 STACA0001_1451 STACA0001_1452     TRUE 0.591 117.000 0.857 NA   NA
 6431849 6431850 STACA0001_1452 STACA0001_1453     FALSE 0.442 161.000 0.857 NA   NA
 6431851 6431852 STACA0001_1455 STACA0001_1456 xpt   TRUE 0.982 0.000 0.037 1.000 Y NA
 6431852 6431853 STACA0001_1456 STACA0001_1457   guaB TRUE 0.972 39.000 1.000 1.000 Y NA
 6431853 6431854 STACA0001_1457 STACA0001_1458 guaB   TRUE 0.747 179.000 0.007 0.001 Y NA
 6431854 6431855 STACA0001_1458 STACA0001_1459     FALSE 0.010 587.000 0.000 1.000 N NA
 6431855 6431856 STACA0001_1459 STACA0001_1460     TRUE 0.591 6.000 0.000 NA   NA
 6431856 6431857 STACA0001_1460 STACA0001_1461     TRUE 0.817 4.000 0.118 NA   NA
 6431857 6431858 STACA0001_1461 STACA0001_1462     TRUE 0.899 -3.000 0.000 1.000   NA
 6431858 6431859 STACA0001_1462 STACA0001_1463     TRUE 0.896 -16.000 0.000 NA   NA
 6431859 6431860 STACA0001_1463 STACA0001_1464     FALSE 0.007 409.000 0.000 NA   NA
 6431860 6431861 STACA0001_1464 STACA0001_1465     FALSE 0.167 172.000 0.100 NA   NA
 6431862 6431863 STACA0001_1466 STACA0001_1467     FALSE 0.416 40.000 0.000 NA   NA
 6431864 6431865 STACA0001_1468 STACA0001_1469     TRUE 0.857 18.000 0.303 NA   NA
 6431865 6431866 STACA0001_1469 STACA0001_1470     FALSE 0.310 107.000 0.076 NA   NA
 6431868 6431869 STACA0001_1472 STACA0001_1473     TRUE 0.550 70.000 0.029 1.000   NA
 6431869 6431870 STACA0001_1473 STACA0001_1474     TRUE 0.878 25.000 0.286 1.000   NA
 6431870 6431871 STACA0001_1474 STACA0001_1475     FALSE 0.398 134.000 0.182 1.000   NA
 6431871 6431872 STACA0001_1475 STACA0001_1476     TRUE 0.797 34.000 0.364 NA   NA
 6431872 6431873 STACA0001_1476 STACA0001_1477     FALSE 0.401 131.000 0.375 NA   NA
 6431874 6431875 STACA0001_1478 STACA0001_1479     TRUE 0.635 79.000 0.500 NA   NA
 6431876 6431877 STACA0001_1480 STACA0001_1481     TRUE 0.998 -7.000 0.690 0.015 Y NA
 6431879 6431880 STACA0001_1483 STACA0001_1484     TRUE 0.984 3.000 0.487 1.000 Y NA
 6431880 6431881 STACA0001_1484 STACA0001_1485     TRUE 0.912 50.000 0.200 NA Y NA
 6431881 6431882 STACA0001_1485 STACA0001_1486     FALSE 0.006 437.000 0.000 NA   NA
 6431883 6431884 STACA0001_1487 STACA0001_1488     FALSE 0.062 183.000 0.000 NA   NA
 6431885 6431886 STACA0001_1489 STACA0001_1490     TRUE 0.858 10.000 0.150 1.000   NA
 6431887 6431888 STACA0001_1491 STACA0001_1492     TRUE 0.975 -3.000 0.957 NA   NA
 6431888 6431889 STACA0001_1492 STACA0001_1493     FALSE 0.054 262.000 0.106 NA   NA
 6431890 6431891 STACA0001_1494 STACA0001_1495     TRUE 0.988 18.000 0.222 0.002 Y NA
 6431891 6431892 STACA0001_1495 STACA0001_1496     FALSE 0.322 61.000 0.000 NA   NA
 6431892 6431893 STACA0001_1496 STACA0001_1497   srpB FALSE 0.008 391.000 0.000 NA   NA
 6431893 6431894 STACA0001_1497 STACA0001_1498 srpB   FALSE 0.006 419.000 0.000 NA   NA
 6431894 6431895 STACA0001_1498 STACA0001_1499     TRUE 0.609 69.000 0.103 1.000   NA
 6431895 6431896 STACA0001_1499 STACA0001_1500     FALSE 0.370 89.000 0.071 NA   NA
 6431896 6431897 STACA0001_1500 STACA0001_1501   recR TRUE 0.902 7.000 0.604 NA   NA
 6431898 6431899 STACA0001_0586 STACA0001_0587     TRUE 0.985 0.000 0.159 1.000 Y NA
 6431899 6431900 STACA0001_0587 STACA0001_0588   icd FALSE 0.036 283.000 0.000 1.000 N NA
 6431900 6431901 STACA0001_0588 STACA0001_0589 icd   TRUE 0.919 55.000 0.140 1.000 Y NA
 6431903 6431904 STACA0001_0591 STACA0001_0592 pyk pfkA TRUE 0.986 20.000 0.261 0.007 Y NA
 6431904 6431905 STACA0001_0592 STACA0001_0593 pfkA accA FALSE 0.205 179.000 0.047 1.000 N NA
 6431905 6431906 STACA0001_0593 STACA0001_0594 accA accD TRUE 0.994 0.000 0.234 0.002 Y NA
 6431906 6431907 STACA0001_0594 STACA0001_0595 accD   FALSE 0.365 107.000 0.010 1.000 N NA
 6431907 6431908 STACA0001_0595 STACA0001_0596   dnaE FALSE 0.047 330.000 0.127 1.000 N NA
 6431908 6431909 STACA0001_0596 STACA0001_0597 dnaE   TRUE 0.864 20.000 0.159 1.000   NA
 6431909 6431910 STACA0001_0597 STACA0001_0598     TRUE 0.774 35.000 0.113 1.000   NA
 6431916 6431917 STACA0001_0604 STACA0001_0605 ackA   TRUE 0.571 90.000 0.217 1.000 N NA
 6431917 6431918 STACA0001_0605 STACA0001_0606     FALSE 0.372 126.000 0.089 1.000 N NA
 6431918 6431919 STACA0001_0606 STACA0001_0607     FALSE 0.139 193.000 0.009 1.000   NA
 6431919 6431920 STACA0001_0607 STACA0001_0608   thiI TRUE 0.617 55.000 0.016 1.000   NA
 6431920 6431921 STACA0001_0608 STACA0001_0609 thiI   TRUE 0.953 0.000 0.349 1.000 N NA
 6431921 6431922 STACA0001_0609 STACA0001_0610   ezrA FALSE 0.256 183.000 0.201 1.000 N NA
 6431923 6431924 STACA0001_0611 STACA0001_0612   rpsD FALSE 0.056 221.000 0.005 NA N NA
 6431926 6431927 STACA0001_0614 STACA0001_0615     FALSE 0.327 127.000 0.027 1.000 N NA
 6431927 6431928 STACA0001_0615 STACA0001_0616   serA TRUE 0.993 -10.000 0.113 1.000 Y NA
 6431929 6431930 STACA0001_0617 STACA0001_0618   nagE FALSE 0.397 112.000 0.062 1.000   NA
 6431930 6431931 STACA0001_0618 STACA0001_0619 nagE   FALSE 0.075 253.000 0.025 1.000 N NA
 6431933 6431934 STACA0001_0621 STACA0001_0622     FALSE 0.319 137.000 0.051 1.000   NA
 6431934 6431935 STACA0001_0622 STACA0001_0623   tyrS FALSE 0.531 77.000 0.051 1.000 N NA
 6431937 6431938 STACA0001_0625 STACA0001_0626 fhs   FALSE 0.092 204.000 0.000 1.000 N NA
 6431939 6431940 STACA0001_0627 STACA0001_0628     FALSE 0.328 103.000 0.075 NA   NA
 6431941 6431942 STACA0001_0629 STACA0001_0630 ccpA aroF FALSE 0.048 291.000 0.017 1.000 N NA
 6431942 6431943 STACA0001_0630 STACA0001_0631 aroF   FALSE 0.004 870.000 0.000 NA   NA
 6431943 6431944 STACA0001_0631 STACA0001_0632     FALSE 0.243 76.000 0.000 NA   NA
 6431944 6431945 STACA0001_0632 STACA0001_0633   murC FALSE 0.367 75.000 0.014 NA   NA
 6431945 6431946 STACA0001_0633 STACA0001_0634 murC   TRUE 0.925 21.000 0.017 0.005 N NA
 6431946 6431947 STACA0001_0634 STACA0001_0635     TRUE 0.857 21.000 0.143 1.000   NA
 6431947 6431948 STACA0001_0635 STACA0001_0636     TRUE 0.893 17.000 0.511 NA   NA
 6431948 6431949 STACA0001_0636 STACA0001_0637     FALSE 0.499 116.000 0.500 NA   NA
 6431949 6431950 STACA0001_0637 STACA0001_0638     TRUE 0.829 15.000 0.081 1.000 N NA
 6431952 6431953 STACA0001_0640 STACA0001_0641   trmB FALSE 0.075 275.000 0.117 1.000   NA
 6431953 6431954 STACA0001_0641 STACA0001_0642 trmB   TRUE 0.787 14.000 0.154 NA   NA
 6431954 6431955 STACA0001_0642 STACA0001_0643   dat FALSE 0.008 400.000 0.000 NA N NA
 6431955 6431956 STACA0001_0643 STACA0001_0644 dat   TRUE 0.973 4.000 0.143 1.000 Y NA
 6431956 6431957 STACA0001_0644 STACA0001_0645     FALSE 0.019 273.000 0.000 NA   NA
 6431957 6431958 STACA0001_0645 STACA0001_0646     TRUE 0.827 22.000 0.233 NA   NA
 6431958 6431959 STACA0001_0646 STACA0001_0647     TRUE 0.959 -3.000 0.233 1.000   NA
 6431961 6431962 STACA0001_0649 STACA0001_0650     FALSE 0.017 282.000 0.000 NA   NA
 6431962 6431963 STACA0001_0650 STACA0001_0651     FALSE 0.014 307.000 0.000 NA   NA
 6431963 6431964 STACA0001_0651 STACA0001_0652   leuS TRUE 0.685 21.000 0.007 NA N NA
 6431964 6431965 STACA0001_0652 STACA0001_0653 leuS   FALSE 0.016 295.000 0.000 NA N NA
 6431966 6431967 STACA0001_0654 STACA0001_0655     TRUE 0.968 -3.000 0.408 1.000   NA
 6431968 6431969 STACA0001_0656 STACA0001_0657 rot   FALSE 0.006 413.000 0.000 NA   NA
 6431971 6431972 STACA0001_0659 STACA0001_0660 ribH   TRUE 0.964 43.000 0.022 0.003 Y NA
 6431972 6431973 STACA0001_0660 STACA0001_0661   ribE TRUE 0.958 12.000 0.026 1.000 Y NA
 6431973 6431974 STACA0001_0661 STACA0001_0662 ribE ribD TRUE 0.977 7.000 0.456 1.000 Y NA
 6431974 6431975 STACA0001_0662 STACA0001_0664 ribD   FALSE 0.007 409.000 0.000 NA   NA
 6431975 6431976 STACA0001_0664 STACA0001_0665     FALSE 0.013 315.000 0.000 NA   NA
 6431976 6431977 STACA0001_0665 STACA0001_0666     FALSE 0.013 315.000 0.000 NA   NA
 6431978 6431979 STACA0001_0667 STACA0001_0669     TRUE 0.802 20.000 0.150 NA   NA
 6431980 6431981 STACA0001_0668 STACA0001_0670     FALSE 0.212 156.000 0.108 NA   NA
 6431982 6431983 STACA0001_0671 STACA0001_0672     FALSE 0.513 56.000 0.034 NA   NA
 6431983 6431984 STACA0001_0672 STACA0001_0673     TRUE 0.993 -3.000 0.069 0.070 Y NA
 6431985 6431986 STACA0001_0674 STACA0001_0675     FALSE 0.268 156.000 0.222 NA   NA
 6431986 6431987 STACA0001_0675 STACA0001_0676   metK FALSE 0.278 114.000 0.054 NA   NA
 6431989 6431990 STACA0001_0679 STACA0001_0680   ytkD TRUE 0.978 -19.000 0.182 1.000   NA
 6431992 6431993 STACA0001_0681 STACA0001_0683 menC menE TRUE 0.935 -3.000 0.029 1.000 N NA
 6431993 6431994 STACA0001_0683 STACA0001_0684 menE   FALSE 0.005 602.000 0.000 NA   NA
 6431994 6431995 STACA0001_0684 STACA0001_0685     FALSE 0.346 55.000 0.000 NA   NA
 6431995 6431996 STACA0001_0685 STACA0001_0686     TRUE 0.711 1.000 0.000 NA   NA
 6431996 6431997 STACA0001_0686 STACA0001_0687     TRUE 0.570 10.000 0.000 NA   NA
 6431997 6431998 STACA0001_0687 STACA0001_0688     TRUE 0.581 17.000 0.000 NA   NA
 6431998 6431999 STACA0001_0688 STACA0001_0689     TRUE 0.573 9.000 0.000 NA   NA
 6431999 6432000 STACA0001_0689 STACA0001_0690     TRUE 0.570 10.000 0.000 NA   NA
 6432000 6432001 STACA0001_0690 STACA0001_0691     TRUE 0.559 13.000 0.000 NA   NA
 6432001 6432002 STACA0001_0691 STACA0001_0692     FALSE 0.013 311.000 0.000 NA   NA
 6432002 6432003 STACA0001_0692 STACA0001_0693   hemG FALSE 0.198 149.000 0.057 NA   NA
 6432003 6432004 STACA0001_0693 STACA0001_0694 hemG hemH TRUE 0.703 142.000 0.069 1.000 Y NA
 6432004 6432005 STACA0001_0694 STACA0001_0695 hemH hemE TRUE 0.871 76.000 0.131 1.000 Y NA
 6432007 6432008 STACA0001_0697 STACA0001_0698     TRUE 0.936 -7.000 0.083 NA N NA
 6432009 6432010 STACA0001_0699 STACA0001_0700     FALSE 0.463 78.000 0.137 NA   NA
 6432010 6432011 STACA0001_0700 STACA0001_0701     FALSE 0.158 192.000 0.190 NA   NA
 6432011 6432012 STACA0001_0701 STACA0001_0702     FALSE 0.046 202.000 0.000 NA   NA
 6432013 6432014 STACA0001_0703 STACA0001_0704     FALSE 0.079 166.000 0.000 NA   NA
 6432014 6432015 STACA0001_0704 STACA0001_0705     TRUE 0.946 -3.000 0.291 NA   NA
 6432015 6432016 STACA0001_0705 STACA0001_0706     TRUE 0.970 -10.000 0.330 NA   NA
 6432016 6432017 STACA0001_0706 STACA0001_0707     FALSE 0.018 405.000 0.093 NA   NA
 6432017 6432018 STACA0001_0707 STACA0001_0708     TRUE 0.607 72.000 0.321 NA   NA
 6432018 6432019 STACA0001_0708 STACA0001_0709     FALSE 0.069 221.000 0.029 NA   NA
 6432019 6432020 STACA0001_0709 STACA0001_0710     FALSE 0.431 249.000 0.000 0.012 Y NA
 6432020 6432021 STACA0001_0710 STACA0001_0711     TRUE 0.990 19.000 0.536 0.010 Y NA
 6432023 6432024 STACA0001_0713 STACA0001_0714 fumC   FALSE 0.146 154.000 0.009 NA   NA
 6432024 6432025 STACA0001_0714 STACA0001_0715     FALSE 0.357 165.000 0.571 NA   NA
 6432025 6432026 STACA0001_0715 STACA0001_0716     TRUE 0.665 28.000 0.021 NA   NA
 6432026 6432027 STACA0001_0716 STACA0001_0717     FALSE 0.183 180.000 0.021 1.000 N NA
 6432027 6432028 STACA0001_0717 STACA0001_0718     TRUE 0.877 3.000 0.077 1.000 N NA
 6432028 6432029 STACA0001_0718 STACA0001_0719     FALSE 0.254 159.000 0.044 1.000 N NA
 6432029 6432030 STACA0001_0719 STACA0001_0720     TRUE 0.992 -7.000 0.154 1.000 Y NA
 6432030 6432031 STACA0001_0720 STACA0001_0721     FALSE 0.220 144.000 0.077 NA   NA
 6432031 6432032 STACA0001_0721 STACA0001_0722     FALSE 0.028 244.000 0.000 NA   NA
 6432032 6432033 STACA0001_0722 STACA0001_0723     FALSE 0.416 40.000 0.000 NA   NA
 6432033 6432034 STACA0001_0723 STACA0001_0723     TRUE 0.911 -76.000 0.000 NA   NA
 6432034 6432035 STACA0001_0723 STACA0001_0724     TRUE 0.569 16.000 0.000 NA   NA
 6432035 6432036 STACA0001_0724 STACA0001_0725     TRUE 0.559 13.000 0.000 NA   NA
 6432036 6432037 STACA0001_0725 STACA0001_0726     TRUE 0.579 7.000 0.000 NA   NA
 6432037 6432038 STACA0001_0726 STACA0001_0727     TRUE 0.650 3.000 0.000 NA   NA
 6432038 6432039 STACA0001_0727 STACA0001_0728     TRUE 0.574 8.000 0.000 NA   NA
 6432039 6432040 STACA0001_0728 STACA0001_0729     TRUE 0.711 1.000 0.000 NA   NA
 6432040 6432041 STACA0001_0729 STACA0001_0730     TRUE 0.591 6.000 0.000 NA   NA
 6432041 6432042 STACA0001_0730 STACA0001_0731     TRUE 0.591 6.000 0.000 NA   NA
 6432042 6432043 STACA0001_0731 STACA0001_0732     TRUE 0.604 5.000 0.000 NA   NA
 6432043 6432044 STACA0001_0732 STACA0001_0733     TRUE 0.586 18.000 0.000 NA   NA
 6432044 6432045 STACA0001_0733 STACA0001_0734     TRUE 0.570 10.000 0.000 NA   NA
 6432045 6432046 STACA0001_0734 STACA0001_0735     TRUE 0.573 9.000 0.000 NA   NA
 6432046 6432047 STACA0001_0735 STACA0001_0736     FALSE 0.435 37.000 0.000 NA   NA
 6432047 6432048 STACA0001_0736 STACA0001_0737     TRUE 0.591 6.000 0.000 NA   NA
 6432048 6432049 STACA0001_0737 STACA0001_0738     TRUE 0.591 6.000 0.000 NA   NA
 6432049 6432050 STACA0001_0738 STACA0001_0739     FALSE 0.538 26.000 0.000 NA   NA
 6432050 6432051 STACA0001_0739 STACA0001_0740     TRUE 0.553 24.000 0.000 NA   NA
 6432051 6432052 STACA0001_0740 STACA0001_0741     TRUE 0.552 14.000 0.000 NA   NA
 6432052 6432053 STACA0001_0741 STACA0001_0742     TRUE 0.591 6.000 0.000 NA   NA
 6432053 6432054 STACA0001_0742 STACA0001_0743     TRUE 0.552 14.000 0.000 NA   NA
 6432054 6432055 STACA0001_0743 STACA0001_0744     TRUE 0.570 10.000 0.000 NA   NA
 6432055 6432056 STACA0001_0744 STACA0001_0745     TRUE 0.711 1.000 0.000 NA   NA
 6432056 6432057 STACA0001_0745 STACA0001_0746     TRUE 0.573 9.000 0.000 NA   NA
 6432057 6432058 STACA0001_0746 STACA0001_0747     TRUE 0.591 6.000 0.000 NA   NA
 6432058 6432059 STACA0001_0747 STACA0001_0748     TRUE 0.581 17.000 0.000 NA   NA
 6432060 6432061 STACA0001_0011 STACA0001_0012 hsdM   TRUE 0.857 -7.000 0.000 NA   NA
 6432063 6432064 STACA0001_0014 STACA0001_0015     TRUE 0.683 68.000 0.467 NA   NA
 6432064 6432065 STACA0001_0015 STACA0001_0016     FALSE 0.007 408.000 0.000 NA   NA
 6432065 6432066 STACA0001_0016 STACA0001_0017     FALSE 0.292 67.000 0.000 NA   NA
 6432066 6432067 STACA0001_0017 STACA0001_0018     TRUE 0.751 0.000 0.000 NA   NA
 6432067 6432068 STACA0001_0018 STACA0001_0019   sph FALSE 0.040 272.000 0.000 1.000   NA
 6432068 6432069 STACA0001_0019 STACA0001_0020 sph   FALSE 0.045 258.000 0.000 1.000   NA
 6432070 6432071 STACA0001_0021 STACA0001_0022     FALSE 0.074 220.000 0.000 1.000   NA
 6432072 6432073 STACA0001_0023 STACA0001_0024   brnQ FALSE 0.103 147.000 0.000 NA   NA
 6432074 6432075 STACA0001_0025 STACA0001_0026   arcC FALSE 0.042 212.000 0.000 NA   NA
 6432075 6432076 STACA0001_0026 STACA0001_0027 arcC argF TRUE 0.984 22.000 1.000 1.000 Y NA
 6432077 6432078 STACA0001_0028 STACA0001_0029     TRUE 0.560 23.000 0.000 NA   NA
 6432078 6432079 STACA0001_0029 STACA0001_0030     FALSE 0.133 122.000 0.000 NA   NA
 6432079 6432080 STACA0001_0030 STACA0001_0031     FALSE 0.150 117.000 0.000 NA N NA
 6432080 6432081 STACA0001_0031 STACA0001_0032     TRUE 0.953 -7.000 0.034 1.000   NA
 6432081 6432082 STACA0001_0032 STACA0001_0033     FALSE 0.427 38.000 0.000 NA   NA
 6432082 6432083 STACA0001_0033 STACA0001_0034   bioB FALSE 0.022 261.000 0.000 NA   NA
 6432083 6432084 STACA0001_0034 STACA0001_0035 bioB   FALSE 0.113 139.000 0.000 NA   NA
 6432084 6432085 STACA0001_0035 STACA0001_0036     FALSE 0.009 372.000 0.000 NA   NA
 6432085 6432086 STACA0001_0036 STACA0001_0037     FALSE 0.119 135.000 0.000 NA   NA
 6432086 6432087 STACA0001_0037 STACA0001_0038     FALSE 0.014 307.000 0.000 NA   NA
 6432087 6432088 STACA0001_0038 STACA0001_0039     FALSE 0.186 96.000 0.000 NA   NA
 6432088 6432089 STACA0001_0039 STACA0001_0040     FALSE 0.161 107.000 0.000 NA   NA
 6432089 6432090 STACA0001_0040 STACA0001_0041     FALSE 0.384 46.000 0.000 NA   NA
 6432092 6432093 STACA0001_0043 STACA0001_0044     FALSE 0.186 96.000 0.000 NA   NA
 6432093 6432094 STACA0001_0044 STACA0001_0045     FALSE 0.111 192.000 0.049 NA   NA
 6432094 6432095 STACA0001_0045 STACA0001_0046     TRUE 0.966 -3.000 0.333 1.000 N NA
 6432095 6432096 STACA0001_0046 STACA0001_0047     FALSE 0.018 365.000 0.000 1.000   NA
 6432096 6432097 STACA0001_0047 STACA0001_0048     FALSE 0.060 237.000 0.000 1.000   NA
 6432097 6432098 STACA0001_0048 STACA0001_0049     FALSE 0.123 172.000 0.017 NA   NA
 6432100 6432101 STACA0001_0051 STACA0001_0052     FALSE 0.401 43.000 0.000 NA   NA
 6432103 6432104 STACA0001_0054 STACA0001_0055     FALSE 0.093 156.000 0.000 NA   NA
 6432104 6432105 STACA0001_0055 STACA0001_0056     FALSE 0.042 210.000 0.000 NA   NA
 6432107 6432108 STACA0001_0058 STACA0001_0059   rarD FALSE 0.069 176.000 0.000 NA   NA
 6432109 6432110 STACA0001_0060 STACA0001_0061     FALSE 0.140 121.000 0.000 NA N NA
 6432111 6432112 STACA0001_0062 STACA0001_0063     TRUE 0.926 -3.000 0.011 1.000   NA
 6432113 6432114 STACA0001_0064 STACA0001_0065     FALSE 0.023 255.000 0.000 NA   NA
 6432115 6432116 STACA0001_0066 STACA0001_0067   fabH FALSE 0.212 85.000 0.000 NA   NA
 6432117 6432118 STACA0001_0068 STACA0001_0069 pcp   FALSE 0.203 126.000 0.013 NA   NA
 6432122 6432123 STACA0001_0073 STACA0001_0074 mqo   FALSE 0.010 345.000 0.000 NA   NA
 6432124 6432125 STACA0001_0075 STACA0001_0076     FALSE 0.046 257.000 0.000 1.000   NA
 6432126 6432127 STACA0001_0077 STACA0001_0078     TRUE 0.581 17.000 0.000 NA   NA
 6432129 6432130 STACA0001_0080 STACA0001_0081     FALSE 0.229 343.000 0.000 0.006 Y NA
 6432130 6432131 STACA0001_0081 STACA0001_0082     FALSE 0.009 673.000 0.000 1.000 N NA
 6432131 6432132 STACA0001_0082 STACA0001_0083     TRUE 0.778 50.000 0.286 1.000 N NA
 6432134 6432135 STACA0001_0085 STACA0001_0086     TRUE 0.992 -7.000 0.156 1.000 Y NA
 6432135 6432136 STACA0001_0086 STACA0001_0087     TRUE 0.972 -3.000 0.833 NA   NA
 6432136 6432137 STACA0001_0087 STACA0001_0088     FALSE 0.507 123.000 0.625 NA   NA
 6432138 6432139 STACA0001_0089 STACA0001_0090     FALSE 0.005 537.000 0.000 NA   NA
 6432139 6432140 STACA0001_0090 STACA0001_0091     TRUE 0.906 -25.000 0.000 NA   NA
 6432143 6432144 STACA0001_0094 STACA0001_0095     TRUE 0.559 13.000 0.000 NA   NA
 6432144 6432145 STACA0001_0095 STACA0001_0096     FALSE 0.171 169.000 0.091 NA   NA
 6432146 6432147 STACA0001_0097 STACA0001_0098   phnC TRUE 0.909 120.000 0.308 0.002 Y NA
 6432147 6432148 STACA0001_0098 STACA0001_0099 phnC phnE TRUE 0.995 2.000 0.654 0.002 Y NA
 6432148 6432149 STACA0001_0099 STACA0001_0100 phnE phnE TRUE 0.998 -3.000 0.689 0.001 Y NA
 6432149 6432150 STACA0001_0100 STACA0001_0101 phnE   FALSE 0.057 190.000 0.000 NA   NA
 6432150 6432151 STACA0001_0101 STACA0001_0102     TRUE 0.908 -27.000 0.000 NA   NA
 6432151 6432152 STACA0001_0102 STACA0001_0103     FALSE 0.010 340.000 0.000 NA   NA
 6432152 6432153 STACA0001_0103 STACA0001_0104     FALSE 0.004 616.000 0.000 NA   NA
 6432154 6432155 STACA0001_2138 STACA0001_2139     FALSE 0.071 174.000 0.000 NA   NA
 6432155 6432156 STACA0001_2139 STACA0001_2140     FALSE 0.365 173.000 0.000 0.004   NA
 6432157 6432158 STACA0001_2141 STACA0001_2142     TRUE 0.749 21.000 0.061 NA   NA
 6432158 6432159 STACA0001_2142 STACA0001_2143     TRUE 0.898 -3.000 0.036 NA   NA
 6432159 6432160 STACA0001_2143 STACA0001_2144     TRUE 0.983 12.000 0.877 1.000 Y NA
 6432160 6432161 STACA0001_2144 STACA0001_2145     TRUE 0.996 -10.000 0.657 1.000 Y NA
 6432161 6432162 STACA0001_2145 STACA0001_2146   srtB TRUE 0.966 -7.000 0.373 NA   NA
 6432162 6432163 STACA0001_2146 STACA0001_2147 srtB   TRUE 0.753 20.000 0.058 NA   NA
 6432163 6432164 STACA0001_2147 STACA0001_2148     FALSE 0.055 246.000 0.000 1.000   NA
 6432164 6432165 STACA0001_2148 STACA0001_2149     FALSE 0.474 32.000 0.000 NA   NA
 6432165 6432166 STACA0001_2149 STACA0001_2150   pheS FALSE 0.029 240.000 0.000 NA   NA
 6432166 6432167 STACA0001_2150 STACA0001_2151 pheS pheT TRUE 0.996 0.000 0.574 0.001 Y NA
 6432169 6432170 STACA0001_2153 STACA0001_2154   cvpA TRUE 0.859 1.000 0.091 NA   NA
 6432170 6432171 STACA0001_2154 STACA0001_2155 cvpA   TRUE 0.552 75.000 0.066 1.000   NA
 6432171 6432172 STACA0001_2155 STACA0001_2156     TRUE 0.965 10.000 0.114 1.000 Y NA
 6432172 6432173 STACA0001_2156 STACA0001_2157   trxA FALSE 0.161 188.000 0.018 1.000   NA
 6432173 6432174 STACA0001_2157 STACA0001_2158 trxA uvrC FALSE 0.400 103.000 0.023 1.000   NA
 6432174 6432175 STACA0001_2158 STACA0001_2159 uvrC   FALSE 0.017 384.000 0.000 1.000 N NA
 6432175 6432176 STACA0001_2159 STACA0001_2160   sdhA TRUE 0.966 57.000 0.184 0.001 Y NA
 6432176 6432177 STACA0001_2160 STACA0001_2161 sdhA   TRUE 0.995 0.000 0.231 0.001 Y NA
 6432177 6432178 STACA0001_2161 STACA0001_2162   murI FALSE 0.112 208.000 0.002 1.000 N NA
 6432178 6432179 STACA0001_2162 STACA0001_2163 murI rdgB TRUE 0.819 22.000 0.034 1.000 N NA
 6432179 6432180 STACA0001_2163 STACA0001_2164 rdgB   TRUE 0.900 -7.000 0.002 NA   NA
 6432182 6432183 STACA0001_2166 STACA0001_2167     TRUE 0.938 44.000 0.667 0.004   NA
 6432183 6432184 STACA0001_2167 STACA0001_2168     TRUE 0.922 56.000 0.667 0.004   NA
 6432184 6432185 STACA0001_2168 STACA0001_2169     TRUE 0.929 51.000 0.667 0.004   NA
 6432185 6432186 STACA0001_2169 STACA0001_2170     TRUE 0.922 56.000 0.667 0.004   NA
 6432186 6432187 STACA0001_2170 STACA0001_2171     FALSE 0.387 116.000 0.065 1.000   NA
 6432189 6432190 STACA0001_2173 STACA0001_2174   mraZ FALSE 0.190 143.000 0.025 NA   NA
 6432190 6432191 STACA0001_2174 STACA0001_2175 mraZ mraW TRUE 0.894 15.000 0.635 NA   NA
 6432191 6432192 STACA0001_2175 STACA0001_2176 mraW   TRUE 0.830 13.000 0.077 1.000 N NA
 6432192 6432193 STACA0001_2176 STACA0001_2177     TRUE 0.986 -19.000 0.456 1.000 N NA
 6432193 6432194 STACA0001_2177 STACA0001_2178   mraY TRUE 0.564 179.000 0.038 1.000 Y NA
 6432194 6432195 STACA0001_2178 STACA0001_2179 mraY murD TRUE 0.994 2.000 0.647 0.008 Y NA
 6432195 6432196 STACA0001_2179 STACA0001_2180 murD   TRUE 0.942 16.000 0.008 NA Y NA
 6432196 6432197 STACA0001_2180 STACA0001_2181   ftsA FALSE 0.506 104.000 0.389 NA N NA
 6432197 6432198 STACA0001_2181 STACA0001_2182 ftsA ftsZ TRUE 0.965 33.000 0.460 1.000 Y NA
 6432198 6432199 STACA0001_2182 STACA0001_2183 ftsZ   FALSE 0.054 254.000 0.082 NA   NA
 6432199 6432200 STACA0001_2183 STACA0001_2184     TRUE 0.761 18.000 0.061 NA   NA
 6432200 6432201 STACA0001_2184 STACA0001_2185     TRUE 0.827 6.000 0.194 NA   NA
 6432201 6432202 STACA0001_2185 STACA0001_2186     TRUE 0.860 12.000 0.370 NA   NA
 6432202 6432203 STACA0001_2186 STACA0001_2187     FALSE 0.484 121.000 0.287 1.000   NA
 6432203 6432204 STACA0001_2187 STACA0001_2188     TRUE 0.889 24.000 0.579 NA   NA
 6432204 6432205 STACA0001_2188 STACA0001_2189   ileS FALSE 0.020 326.000 0.012 NA N NA
 6432205 6432206 STACA0001_2189 STACA0001_2190 ileS   FALSE 0.016 292.000 0.000 NA   NA
 6432206 6432207 STACA0001_2190 STACA0001_2191   lspA FALSE 0.197 187.000 0.250 NA   NA
 6432207 6432208 STACA0001_2191 STACA0001_2192 lspA   TRUE 0.788 13.000 0.008 1.000 N NA
 6432208 6432209 STACA0001_2192 STACA0001_2193     FALSE 0.034 345.000 0.048 1.000 N NA
 6432209 6432210 STACA0001_2193 STACA0001_2194     FALSE 0.387 240.000 0.140 1.000 Y NA
 6432210 6432211 STACA0001_2194 STACA0001_2195   pyrB TRUE 0.955 27.000 0.064 1.000 Y NA
 6432211 6432212 STACA0001_2195 STACA0001_2196 pyrB   TRUE 0.978 18.000 0.452 1.000 Y NA
 6432212 6432213 STACA0001_2196 STACA0001_2197   carA TRUE 0.982 1.000 0.155 1.000 Y NA
 6432213 6432214 STACA0001_2197 STACA0001_2198 carA carB TRUE 0.997 -7.000 0.117 0.001 Y NA
 6432214 6432215 STACA0001_2198 STACA0001_2199 carB pyrF TRUE 0.937 33.000 0.018 1.000 Y NA
 6432215 6432216 STACA0001_2199 STACA0001_2200 pyrF pyrE TRUE 0.985 0.000 0.133 1.000 Y NA
 6432216 6432217 STACA0001_2200 STACA0001_2201 pyrE   TRUE 0.657 27.000 0.012 NA   NA
 6432217 6432218 STACA0001_2201 STACA0001_2202     FALSE 0.008 374.000 0.000 NA   NA
 6432220 6432221 STACA0001_2204 STACA0001_2205 gmk rpoZ TRUE 0.960 0.000 0.471 1.000 N NA
 6432221 6432222 STACA0001_2205 STACA0001_2206 rpoZ coaBC FALSE 0.156 223.000 0.192 1.000 N NA
 6432222 6432223 STACA0001_2206 STACA0001_2207 coaBC   TRUE 0.925 0.000 0.099 1.000 N NA
 6432225 6432226 STACA0001_2209 STACA0001_2210 def fmt TRUE 0.995 -7.000 0.031 0.030 Y NA
 6432226 6432227 STACA0001_2210 STACA0001_2211 fmt sun TRUE 0.991 -3.000 0.305 1.000 Y NA
 6432227 6432228 STACA0001_2211 STACA0001_2212 sun   TRUE 0.890 3.000 0.135 1.000   NA
 6432228 6432229 STACA0001_2212 STACA0001_2213     TRUE 0.849 7.000 0.105 1.000   NA
 6432229 6432230 STACA0001_2213 STACA0001_2214     TRUE 0.994 -3.000 0.704 1.000 Y NA
 6432232 6432233 STACA0001_2216 STACA0001_2217 rsgA rpe TRUE 0.901 0.000 0.013 1.000   NA
 6432233 6432234 STACA0001_2217 STACA0001_2218 rpe   TRUE 0.693 40.000 0.019 1.000 N NA
 6432236 6432237 STACA0001_2220 STACA0001_2221     TRUE 0.886 15.000 0.567 NA   NA
 6432237 6432238 STACA0001_2221 STACA0001_2222     FALSE 0.068 226.000 0.000 1.000   NA
 6432238 6432239 STACA0001_2222 STACA0001_2223     FALSE 0.033 293.000 0.000 1.000 N NA
 6432239 6432240 STACA0001_2223 STACA0001_2224   recG FALSE 0.090 407.000 0.000 1.000 Y NA
 6432240 6432241 STACA0001_2224 STACA0001_2225 recG   FALSE 0.049 313.000 0.078 1.000 N NA
 6432241 6432242 STACA0001_2225 STACA0001_2226   plsX TRUE 0.950 -7.000 0.020 1.000 N NA
 6432242 6432243 STACA0001_2226 STACA0001_2227 plsX fabD TRUE 0.996 -7.000 0.106 0.006 Y NA
 6432243 6432244 STACA0001_2227 STACA0001_2228 fabD fabG TRUE 0.996 -7.000 0.149 0.006 Y NA
 6432244 6432245 STACA0001_2228 STACA0001_2229 fabG acpP FALSE 0.192 460.000 0.100 0.006 Y NA
 6432245 6432246 STACA0001_2229 STACA0001_2230 acpP rnc FALSE 0.390 117.000 0.068 1.000 N NA
 6432246 6432247 STACA0001_2230 STACA0001_2231 rnc smc FALSE 0.386 127.000 0.120 1.000 N NA
 6432247 6432248 STACA0001_2231 STACA0001_2232 smc   TRUE 0.981 -3.000 0.165 0.010 N NA
 6432248 6432249 STACA0001_2232 STACA0001_2233     TRUE 0.969 -13.000 0.081 1.000   NA
 6432249 6432250 STACA0001_2233 STACA0001_2234   ffh TRUE 0.818 30.000 0.151 1.000   NA
 6432252 6432253 STACA0001_2236 STACA0001_2237 rpmF   TRUE 0.668 77.000 0.599 NA   NA
 6432255 6432256 STACA0001_2239 STACA0001_2240 coaD rsmD TRUE 0.936 2.000 0.367 1.000 N NA
 6432260 6432261 STACA0001_2244 STACA0001_2245     TRUE 0.852 20.000 0.301 NA   NA
 6432261 6432262 STACA0001_2245 STACA0001_2246     FALSE 0.114 191.000 0.052 NA   NA
 6432262 6432263 STACA0001_2246 STACA0001_2247   cyoE TRUE 0.792 26.000 0.027 1.000   NA
 6432265 6432266 STACA0001_2249 STACA0001_2250 pyc   FALSE 0.019 359.000 0.000 1.000 N NA
 6432266 6432267 STACA0001_2250 STACA0001_2251     FALSE 0.011 336.000 0.000 NA   NA
 6432268 6432269 STACA0001_2252 STACA0001_2253     TRUE 0.872 2.000 0.173 NA   NA
 6432273 6432274 STACA0001_2257 STACA0001_2258     FALSE 0.216 137.000 0.041 NA   NA
 6432275 6432276 STACA0001_2259 STACA0001_2260     FALSE 0.138 120.000 0.000 NA   NA
 6432276 6432277 STACA0001_2260 STACA0001_2261     FALSE 0.440 76.000 0.089 NA   NA
 6432277 6432278 STACA0001_2261 STACA0001_2262     TRUE 0.995 -3.000 0.253 0.022 Y NA
 6432278 6432279 STACA0001_2262 STACA0001_2263     TRUE 0.989 6.000 0.492 0.022 Y NA
 6432279 6432280 STACA0001_2263 STACA0001_2264     TRUE 0.998 -7.000 0.928 0.022 Y NA
 6432280 6432281 STACA0001_2264 STACA0001_2265     TRUE 0.890 13.000 0.326 1.000   NA
 6432281 6432282 STACA0001_2265 STACA0001_2266     FALSE 0.149 167.000 0.034 NA   NA
 6432282 6432283 STACA0001_2266 STACA0001_2267   lpdA FALSE 0.181 165.000 0.096 NA   NA
 6432283 6432284 STACA0001_2267 STACA0001_2268 lpdA   TRUE 0.986 5.000 0.948 1.000 Y NA
 6432284 6432285 STACA0001_2268 STACA0001_2269     TRUE 0.896 150.000 0.883 0.059 Y NA
 6432285 6432286 STACA0001_2269 STACA0001_2270   pdhA TRUE 0.992 4.000 0.484 0.001 Y NA
 6432286 6432287 STACA0001_2270 STACA0001_2271 pdhA   FALSE 0.145 172.000 0.046 NA   NA
 6432288 6432289 STACA0001_2272 STACA0001_2273 def   FALSE 0.011 433.000 0.025 NA   NA
 6432289 6432290 STACA0001_2273 STACA0001_2274     TRUE 0.951 0.000 0.576 NA   NA
 6432291 6432292 STACA0001_2275 STACA0001_2276     FALSE 0.011 331.000 0.000 NA N NA
 6432292 6432293 STACA0001_2276 STACA0001_2277     TRUE 0.561 86.000 0.163 1.000 N NA
 6432293 6432294 STACA0001_2277 STACA0001_2278     TRUE 0.997 -3.000 0.778 0.025 Y NA
 6432296 6432297 STACA0001_2280 STACA0001_2281 ptsP   TRUE 0.986 3.000 0.054 0.008 Y NA
 6432297 6432298 STACA0001_2281 STACA0001_2282     FALSE 0.174 158.000 0.047 NA   NA
 6432298 6432299 STACA0001_2282 STACA0001_2283     TRUE 0.553 60.000 0.100 NA   NA
 6432299 6432300 STACA0001_2283 STACA0001_2284     FALSE 0.188 152.000 0.050 NA   NA
 6432301 6432302 STACA0001_2285 STACA0001_2287     FALSE 0.010 346.000 0.000 NA   NA
 6432302 6432303 STACA0001_2287 STACA0001_2288     TRUE 0.823 14.000 0.241 NA   NA
 6432303 6432304 STACA0001_2288 STACA0001_2289     TRUE 0.979 -7.000 0.469 1.000   NA
 6432305 6432306 STACA0001_2290 STACA0001_2291 purD purH TRUE 0.964 28.000 0.238 1.000 Y NA
 6432306 6432307 STACA0001_2291 STACA0001_2292 purH purN TRUE 0.970 16.000 0.225 1.000 Y NA
 6432307 6432308 STACA0001_2292 STACA0001_2293 purN purM TRUE 0.996 -3.000 0.238 0.003 Y NA
 6432308 6432309 STACA0001_2293 STACA0001_2294 purM purF TRUE 0.993 -7.000 0.248 1.000 Y NA
 6432309 6432310 STACA0001_2294 STACA0001_2295 purF purL TRUE 0.996 -21.000 0.223 1.000 Y NA
 6432310 6432311 STACA0001_2295 STACA0001_2296 purL purQ TRUE 0.998 -7.000 0.346 0.001 Y NA
 6432311 6432312 STACA0001_2296 STACA0001_2297 purQ purS TRUE 0.995 2.000 0.656 0.001 Y NA
 6432312 6432313 STACA0001_2297 STACA0001_2298 purS purC TRUE 0.990 0.000 0.460 1.000 Y NA
 6432313 6432314 STACA0001_2298 STACA0001_2299 purC purK TRUE 0.986 1.000 0.015 0.095 Y NA
 6432314 6432315 STACA0001_2299 STACA0001_2300 purK purE TRUE 0.997 -13.000 0.008 0.001 Y NA
 6432318 6432319 STACA0001_2303 STACA0001_2304     FALSE 0.014 305.000 0.000 NA   NA
 6432319 6432320 STACA0001_2304 STACA0001_2305   qoxB TRUE 0.995 0.000 0.489 0.003 Y NA
 6432320 6432321 STACA0001_2305 STACA0001_2306 qoxB qoxC TRUE 0.998 -10.000 0.957 0.025 Y NA
 6432321 6432322 STACA0001_2306 STACA0001_2307 qoxC qoxD TRUE 0.995 -3.000 0.959 1.000 Y NA
 6432322 6432323 STACA0001_2307 STACA0001_2308 qoxD   FALSE 0.222 151.000 0.102 NA N NA
 6432324 6432325 STACA0001_2309 STACA0001_2310     TRUE 0.856 32.000 0.333 1.000 N NA
 6432326 6432327 STACA0001_2311 STACA0001_2312     TRUE 0.799 57.000 0.800 NA   NA
 6432327 6432328 STACA0001_2312 STACA0001_2313     FALSE 0.189 201.000 0.364 NA   NA
 6432328 6432329 STACA0001_2313 STACA0001_2314     FALSE 0.055 246.000 0.000 1.000   NA
 6432331 6432332 STACA0001_2316 STACA0001_2317     FALSE 0.345 149.000 0.158 1.000 N NA
 6432333 6432334 STACA0001_2318 STACA0001_2319 menB   TRUE 0.972 -7.000 0.280 1.000   NA
 6432334 6432335 STACA0001_2319 STACA0001_2320   menD TRUE 0.982 -13.000 0.355 1.000   NA
 6432335 6432336 STACA0001_2320 STACA0001_2321 menD   TRUE 0.994 -13.000 0.142 1.000 Y NA
 6432339 6432340 STACA0001_2324 STACA0001_2325     FALSE 0.005 471.000 0.000 NA   NA
 6432341 6432342 STACA0001_2326 STACA0001_2327     TRUE 0.819 14.000 0.231 NA   NA
 6432343 6432344 STACA0001_2328 STACA0001_2329     TRUE 0.921 13.000 1.000 NA   NA
 6432345 6432346 STACA0001_2330 STACA0001_2331     FALSE 0.050 196.000 0.000 NA   NA
 6432346 6432347 STACA0001_2331 STACA0001_2332     FALSE 0.096 152.000 0.000 NA   NA
 6432348 6432349 STACA0001_0770 STACA0001_0771     TRUE 0.560 23.000 0.000 NA   NA
 6432349 6432350 STACA0001_0771 STACA0001_0772     FALSE 0.019 276.000 0.000 NA   NA
 6432350 6432351 STACA0001_0772 STACA0001_0773     TRUE 0.968 -16.000 0.215 NA   NA
 6432351 6432352 STACA0001_0773 STACA0001_0774   sigB TRUE 0.616 166.000 0.049 1.000 Y NA
 6432352 6432353 STACA0001_0774 STACA0001_0775 sigB rsbW TRUE 0.991 -25.000 0.838 1.000 N NA
 6432353 6432354 STACA0001_0775 STACA0001_0776 rsbW   TRUE 0.988 2.000 0.714 1.000 Y NA
 6432354 6432355 STACA0001_0776 STACA0001_0777     TRUE 0.869 102.000 0.440 1.000 Y NA
 6432355 6432356 STACA0001_0777 STACA0001_0778     FALSE 0.104 379.000 0.000 1.000 Y NA
 6432356 6432357 STACA0001_0778 STACA0001_0779     TRUE 0.899 -3.000 0.039 NA   NA
 6432357 6432358 STACA0001_0779 STACA0001_0780   alr FALSE 0.366 89.000 0.065 NA   NA
 6432358 6432359 STACA0001_0780 STACA0001_0781 alr acpS TRUE 0.626 67.000 0.093 1.000 N NA
 6432359 6432360 STACA0001_0781 STACA0001_0782 acpS   FALSE 0.502 49.000 0.012 NA   NA
 6432360 6432361 STACA0001_0782 STACA0001_0783     TRUE 0.944 -7.000 0.137 NA   NA
 6432361 6432362 STACA0001_0783 STACA0001_0784     TRUE 0.857 -7.000 0.000 NA   NA
 6432362 6432363 STACA0001_0784 STACA0001_0785     FALSE 0.006 430.000 0.000 NA   NA
 6432363 6432364 STACA0001_0785 STACA0001_0786     FALSE 0.067 313.000 0.000 0.094 N NA
 6432364 6432365 STACA0001_0786 STACA0001_0787     TRUE 0.980 16.000 0.035 0.007 Y NA
 6432367 6432368 STACA0001_0789 STACA0001_0790     FALSE 0.115 137.000 0.000 NA   NA
 6432368 6432369 STACA0001_0790 STACA0001_0791     TRUE 0.555 15.000 0.000 NA   NA
 6432370 6432371 STACA0001_0792 STACA0001_0793     TRUE 0.808 57.000 0.036 0.027   NA
 6432372 6432373 STACA0001_0794 STACA0001_0795   thiE FALSE 0.484 89.000 0.055 1.000 N NA
 6432373 6432374 STACA0001_0795 STACA0001_0796 thiE thiM TRUE 0.982 7.000 0.061 0.005 Y NA
 6432374 6432375 STACA0001_0796 STACA0001_0797 thiM thiD TRUE 0.996 -7.000 0.032 0.005 Y NA
 6432375 6432376 STACA0001_0797 STACA0001_0798 thiD   TRUE 0.979 -7.000 0.478 1.000 N NA
 6432376 6432377 STACA0001_0798 STACA0001_0800     FALSE 0.031 297.000 0.000 1.000   NA
 6432377 6432378 STACA0001_0800 STACA0001_0801     FALSE 0.015 396.000 0.000 1.000   NA
 6432380 6432381 STACA0001_0803 STACA0001_0804 fabZ murA TRUE 0.698 45.000 0.044 1.000 N NA
 6432381 6432382 STACA0001_0804 STACA0001_0805 murA   FALSE 0.424 110.000 0.279 NA   NA
 6432382 6432383 STACA0001_0805 STACA0001_0806   atpC FALSE 0.207 141.000 0.039 NA   NA
 6432383 6432384 STACA0001_0806 STACA0001_0807 atpC atpD TRUE 0.992 20.000 0.837 0.004 Y NA
 6432384 6432385 STACA0001_0807 STACA0001_0808 atpD atpG TRUE 0.991 22.000 0.724 0.004 Y NA
 6432385 6432386 STACA0001_0808 STACA0001_0809 atpG atpA TRUE 0.964 82.000 0.846 0.004 Y NA
 6432386 6432387 STACA0001_0809 STACA0001_0810 atpA atpH TRUE 0.992 23.000 0.864 0.004 Y NA
 6432387 6432388 STACA0001_0810 STACA0001_0811 atpH atpF TRUE 0.994 0.000 0.222 0.004 Y NA
 6432388 6432389 STACA0001_0811 STACA0001_0812 atpF atpE TRUE 0.805 95.000 0.402 0.004   NA
 6432389 6432390 STACA0001_0812 STACA0001_0813 atpE atpB TRUE 0.895 45.000 0.189 0.004   NA
 6432390 6432391 STACA0001_0813 STACA0001_0814 atpB   TRUE 0.878 27.000 0.330 1.000   NA
 6432391 6432392 STACA0001_0814 STACA0001_0815     FALSE 0.226 165.000 0.030 1.000   NA
 6432392 6432393 STACA0001_0815 STACA0001_0816   upp TRUE 0.785 24.000 0.008 1.000 N NA
 6432393 6432394 STACA0001_0816 STACA0001_0817 upp glyA TRUE 0.788 29.000 0.051 1.000 N NA
 6432394 6432395 STACA0001_0817 STACA0001_0818 glyA   TRUE 0.962 -16.000 0.145 NA   NA
 6432395 6432396 STACA0001_0818 STACA0001_0819     FALSE 0.283 112.000 0.052 NA   NA
 6432396 6432397 STACA0001_0819 STACA0001_0820     TRUE 0.906 -3.000 0.052 NA N NA
 6432397 6432398 STACA0001_0820 STACA0001_0821   hemK FALSE 0.518 176.000 0.072 NA Y NA
 6432398 6432399 STACA0001_0821 STACA0001_0822 hemK prfA TRUE 0.997 -13.000 0.084 0.044 Y NA
 6432399 6432400 STACA0001_0822 STACA0001_0823 prfA tdk TRUE 0.919 0.000 0.062 1.000 N NA
 6432400 6432401 STACA0001_0823 STACA0001_0824 tdk rpmE FALSE 0.114 220.000 0.028 1.000 N NA
 6432401 6432402 STACA0001_0824 STACA0001_0825 rpmE rho FALSE 0.372 119.000 0.049 1.000 N NA
 6432402 6432403 STACA0001_0825 STACA0001_0826 rho   FALSE 0.030 303.000 0.000 1.000 N NA
 6432403 6432404 STACA0001_0826 STACA0001_0827     FALSE 0.165 192.000 0.200 NA N NA
 6432404 6432405 STACA0001_0827 STACA0001_0828   murA FALSE 0.354 90.000 0.046 NA N NA
 6432405 6432406 STACA0001_0828 STACA0001_0829 murA fba FALSE 0.010 548.000 0.000 1.000 N NA
 6432408 6432409 STACA0001_0831 STACA0001_0832 pyrG rpoE FALSE 0.050 296.000 0.029 1.000 N NA
 6432409 6432410 STACA0001_0832 STACA0001_0833 rpoE   FALSE 0.292 148.000 0.060 1.000   NA
 6432412 6432413 STACA0001_0835 STACA0001_0836     FALSE 0.055 191.000 0.000 NA   NA
 6432413 6432414 STACA0001_0836 STACA0001_0837     TRUE 0.863 0.000 0.000 1.000   NA
 6432416 6432417 STACA0001_0839 STACA0001_0840     FALSE 0.157 109.000 0.000 NA   NA
 6432417 6432418 STACA0001_0840 STACA0001_0841   deoB TRUE 0.935 -3.000 0.200 NA   NA
 6432418 6432419 STACA0001_0841 STACA0001_0842 deoB   TRUE 0.884 13.000 0.280 1.000 N NA
 6432419 6432420 STACA0001_0842 STACA0001_0843   deoC TRUE 0.952 27.000 0.026 1.000 Y NA
 6432422 6432423 STACA0001_0845 STACA0001_0846     FALSE 0.038 254.000 0.009 NA   NA
 6432423 6432424 STACA0001_0846 STACA0001_0847     FALSE 0.032 268.000 0.007 NA   NA
 6432424 6432425 STACA0001_0847 STACA0001_0848     FALSE 0.029 238.000 0.000 NA   NA
 6432425 6432426 STACA0001_0848 STACA0001_0849   manA TRUE 0.810 63.000 1.000 NA   NA
 6432426 6432427 STACA0001_0849 STACA0001_0850 manA   FALSE 0.072 462.000 0.000 1.000 Y NA
 6432428 6432429 STACA0001_0851 STACA0001_0852     TRUE 0.907 2.000 0.139 1.000 N NA
 6432432 6432433 STACA0001_0855 STACA0001_0856   glmS FALSE 0.040 272.000 0.000 1.000   NA
 6432433 6432434 STACA0001_0856 STACA0001_0857 glmS   FALSE 0.075 171.000 0.000 NA   NA
 6432435 6432436 STACA0001_0858 STACA0001_0859     TRUE 0.932 33.000 0.336 0.006 N NA
 6432436 6432437 STACA0001_0859 STACA0001_0860     TRUE 0.933 12.000 0.098 0.006 N NA
 6432437 6432438 STACA0001_0860 STACA0001_0861     TRUE 0.983 0.000 0.062 1.000 Y NA
 6432439 6432440 STACA0001_0862 STACA0001_0863 glmM   TRUE 0.761 28.000 0.150 NA   NA
 6432440 6432441 STACA0001_0863 STACA0001_0864     TRUE 0.928 2.000 0.502 NA   NA
 6432441 6432442 STACA0001_0864 STACA0001_0865   rocF FALSE 0.172 137.000 0.007 NA   NA
 6432442 6432443 STACA0001_0865 STACA0001_0866 rocF   FALSE 0.127 127.000 0.000 NA   NA
 6432443 6432444 STACA0001_0866 STACA0001_0867     TRUE 0.650 3.000 0.000 NA   NA
 6432444 6432445 STACA0001_0867 STACA0001_0868     TRUE 0.591 6.000 0.000 NA   NA
 6432445 6432446 STACA0001_0868 STACA0001_0869     TRUE 0.586 18.000 0.000 NA   NA
 6432446 6432447 STACA0001_0869 STACA0001_0870     TRUE 0.623 4.000 0.000 NA   NA
 6432447 6432448 STACA0001_0870 STACA0001_0871     TRUE 0.682 2.000 0.000 NA   NA
 6432449 6432450 STACA0001_1914 STACA0001_1915     FALSE 0.513 96.000 0.146 1.000 N NA
 6432450 6432451 STACA0001_1915 STACA0001_1916     TRUE 0.818 6.000 0.017 1.000 N NA
 6432452 6432453 STACA0001_1917 STACA0001_1918 hemL   FALSE 0.162 175.000 0.102 NA   NA
 6432454 6432455 STACA0001_1919 STACA0001_1920     FALSE 0.042 281.000 0.077 NA N NA
 6432455 6432456 STACA0001_1920 STACA0001_1921   mutY FALSE 0.268 103.000 0.011 NA N NA
 6432458 6432459 STACA0001_1923 STACA0001_1924     TRUE 0.977 9.000 0.727 NA Y NA
 6432459 6432460 STACA0001_1924 STACA0001_1925     TRUE 0.811 16.000 0.186 NA   NA
 6432460 6432461 STACA0001_1925 STACA0001_1926     TRUE 0.821 2.000 0.045 NA   NA
 6432461 6432462 STACA0001_1926 STACA0001_1927     FALSE 0.183 171.000 0.004 1.000   NA
 6432462 6432463 STACA0001_1927 STACA0001_1928     FALSE 0.067 227.000 0.000 1.000   NA
 6432463 6432464 STACA0001_1928 STACA0001_1929     FALSE 0.113 194.000 0.074 NA   NA
 6432466 6432467 STACA0001_1931 STACA0001_1932     TRUE 0.569 102.000 0.545 NA N NA
 6432467 6432468 STACA0001_1932 STACA0001_1933     TRUE 0.772 14.000 0.125 NA   NA
 6432469 6432470 STACA0001_1934 STACA0001_1935     TRUE 0.695 7.000 0.010 NA   NA
 6432470 6432471 STACA0001_1935 STACA0001_1936     FALSE 0.010 337.000 0.000 NA   NA
 6432472 6432473 STACA0001_1937 STACA0001_1938     TRUE 0.998 -10.000 0.853 0.010 Y NA
 6432473 6432474 STACA0001_1938 STACA0001_1939     TRUE 0.969 -3.000 0.679 NA   NA
 6432474 6432475 STACA0001_1939 STACA0001_1940     TRUE 0.752 15.000 0.086 NA   NA
 6432475 6432476 STACA0001_1940 STACA0001_1941   map FALSE 0.204 145.000 0.051 NA   NA
 6432478 6432479 STACA0001_1943 STACA0001_1944     FALSE 0.032 229.000 0.000 NA   NA
 6432479 6432480 STACA0001_1944 STACA0001_1945     TRUE 0.964 1.000 0.796 1.000   NA
 6432481 6432482 STACA0001_1946 STACA0001_1947     FALSE 0.038 310.000 0.007 1.000 N NA
 6432483 6432484 STACA0001_1948 STACA0001_1949     FALSE 0.142 159.000 0.015 NA   NA
 6432484 6432485 STACA0001_1949 STACA0001_1950   rumA FALSE 0.187 152.000 0.047 NA   NA
 6432485 6432486 STACA0001_1950 STACA0001_1951 rumA   TRUE 0.618 88.000 0.299 1.000 N NA
 6432486 6432487 STACA0001_1951 STACA0001_1952     FALSE 0.091 241.000 0.034 1.000 N NA
 6432487 6432488 STACA0001_1952 STACA0001_1953   gatA TRUE 0.990 13.000 0.492 0.001 Y NA
 6432488 6432489 STACA0001_1953 STACA0001_1954 gatA gatC TRUE 0.995 2.000 0.643 0.001 Y NA
 6432491 6432492 STACA0001_1956 STACA0001_1957   ligA TRUE 0.717 13.000 0.030 NA   NA
 6432492 6432493 STACA0001_1957 STACA0001_1958 ligA pcrA TRUE 0.982 8.000 0.103 0.012 Y NA
 6432493 6432494 STACA0001_1958 STACA0001_1959 pcrA   TRUE 0.870 0.000 0.054 NA   NA
 6432494 6432495 STACA0001_1959 STACA0001_1960     FALSE 0.028 306.000 0.031 NA   NA
 6432495 6432496 STACA0001_1960 STACA0001_1961   purB FALSE 0.298 124.000 0.006 1.000   NA
 6432496 6432497 STACA0001_1961 STACA0001_1962 purB   FALSE 0.017 282.000 0.000 NA   NA
 6432497 6432498 STACA0001_1962 STACA0001_1963     FALSE 0.416 40.000 0.000 NA   NA
 6432498 6432499 STACA0001_1963 STACA0001_1964   nadE FALSE 0.335 86.000 0.023 NA   NA
 6432499 6432500 STACA0001_1964 STACA0001_1965 nadE pncB TRUE 0.997 -7.000 0.194 0.002 Y NA
 6432501 6432502 STACA0001_1966 STACA0001_1967     TRUE 0.961 18.000 0.022 1.000 Y NA
 6432503 6432504 STACA0001_1968 STACA0001_1969     TRUE 0.810 -3.000 0.000 NA   NA
 6432505 6432506 STACA0001_1970 STACA0001_1971     TRUE 0.628 55.000 0.020 1.000 N NA
 6432506 6432507 STACA0001_1971 STACA0001_1972     FALSE 0.472 194.000 0.008 1.000 Y NA
 6432509 6432510 STACA0001_1974 STACA0001_1975     FALSE 0.142 118.000 0.000 NA   NA
 6432513 6432514 STACA0001_1978 STACA0001_1979     TRUE 0.963 -3.000 0.545 NA   NA
 6432514 6432515 STACA0001_1979 STACA0001_1980     TRUE 0.794 51.000 0.636 NA   NA
 6432517 6432518 STACA0001_1982 STACA0001_1983     TRUE 0.953 0.000 0.615 NA   NA
 6432518 6432519 STACA0001_1983 STACA0001_1984     TRUE 0.881 20.000 0.462 NA   NA
 6432519 6432520 STACA0001_1984 STACA0001_1985     TRUE 0.966 -3.000 0.625 NA   NA
 6432520 6432521 STACA0001_1985 STACA0001_1986     TRUE 0.949 0.000 0.292 1.000 N NA
 6432521 6432522 STACA0001_1986 STACA0001_1987     FALSE 0.166 178.000 0.125 NA   NA
 6432522 6432523 STACA0001_1987 STACA0001_1988     FALSE 0.126 234.000 0.333 NA   NA
 6432525 6432526 STACA0001_1990 STACA0001_1991     FALSE 0.232 198.000 0.500 NA   NA
 6432526 6432527 STACA0001_1991 STACA0001_1992   groL FALSE 0.023 255.000 0.000 NA   NA
 6432527 6432528 STACA0001_1992 STACA0001_1993 groL groS TRUE 0.960 70.000 0.674 0.092 Y NA
 6432531 6432532 STACA0001_2336 STACA0001_2337 polA mutM TRUE 0.569 16.000 0.000 NA   NA
 6432532 6432533 STACA0001_2337 STACA0001_2338 mutM coaE TRUE 0.833 16.000 0.066 1.000 N NA
 6432533 6432534 STACA0001_2338 STACA0001_2339 coaE gap FALSE 0.143 197.000 0.020 1.000 N NA
 6432534 6432535 STACA0001_2339 STACA0001_2340 gap nrdR FALSE 0.014 356.000 0.004 NA N NA
 6432535 6432536 STACA0001_2340 STACA0001_2341 nrdR   TRUE 0.870 1.000 0.109 NA N NA
 6432536 6432537 STACA0001_2341 STACA0001_2342     TRUE 0.990 0.000 0.817 NA Y NA
 6432537 6432538 STACA0001_2342 STACA0001_2343   thrS FALSE 0.049 348.000 0.000 0.091 N NA
 6432538 6432539 STACA0001_2343 STACA0001_2345 thrS   FALSE 0.012 446.000 0.000 1.000 N NA
 6432539 6432540 STACA0001_2345 STACA0001_2347   infC FALSE 0.110 212.000 0.004 1.000 N NA
 6432540 6432541 STACA0001_2347 STACA0001_2348 infC rpmI TRUE 0.976 28.000 0.652 1.000 Y NA
 6432541 6432542 STACA0001_2348 STACA0001_2349 rpmI rplT TRUE 0.981 49.000 0.928 0.018 Y NA
 6432542 6432543 STACA0001_2349 STACA0001_2350 rplT   FALSE 0.158 181.000 0.004 1.000   NA
 6432543 6432544 STACA0001_2350 STACA0001_2351     TRUE 0.819 20.000 0.195 NA   NA
 6432544 6432545 STACA0001_2351 STACA0001_2352   tig FALSE 0.133 164.000 0.012 NA   NA
 6432545 6432546 STACA0001_2352 STACA0001_2353 tig clpX FALSE 0.252 390.000 0.033 0.002 Y NA
 6432546 6432547 STACA0001_2353 STACA0001_2354 clpX ysxC FALSE 0.288 146.000 0.043 1.000   NA
 6432547 6432548 STACA0001_2354 STACA0001_2355 ysxC hemA FALSE 0.129 204.000 0.020 1.000   NA
 6432548 6432549 STACA0001_2355 STACA0001_2356 hemA   TRUE 0.924 22.000 0.613 1.000 N NA
 6432549 6432550 STACA0001_2356 STACA0001_2357   hemC TRUE 0.594 67.000 0.040 1.000 N NA
 6432550 6432551 STACA0001_2357 STACA0001_2358 hemC hemD TRUE 0.973 32.000 0.020 0.003 Y NA
 6432551 6432552 STACA0001_2358 STACA0001_2359 hemD hemB TRUE 0.997 -10.000 0.042 0.003 Y NA
 6432552 6432553 STACA0001_2359 STACA0001_2360 hemB hemL TRUE 0.980 29.000 0.126 0.003 Y NA
 6432553 6432554 STACA0001_2360 STACA0001_2361 hemL   FALSE 0.317 98.000 0.039 NA   NA
 6432556 6432557 STACA0001_2363 STACA0001_2364   valS TRUE 0.553 24.000 0.000 NA   NA
 6432557 6432558 STACA0001_2364 STACA0001_2365 valS   TRUE 0.567 11.000 0.000 NA   NA
 6432558 6432559 STACA0001_2365 STACA0001_2366     FALSE 0.273 186.000 0.278 1.000   NA
 6432559 6432560 STACA0001_2366 STACA0001_2367     TRUE 0.939 -3.000 0.056 1.000   NA
 6432560 6432561 STACA0001_2367 STACA0001_2368     FALSE 0.462 67.000 0.037 NA   NA
 6432561 6432562 STACA0001_2368 STACA0001_2369     FALSE 0.006 416.000 0.000 NA   NA
 6432562 6432563 STACA0001_2369 STACA0001_2370     TRUE 0.661 89.000 0.750 NA   NA
 6432563 6432564 STACA0001_2370 STACA0001_2371   mreC FALSE 0.075 196.000 0.004 NA   NA
 6432564 6432565 STACA0001_2371 STACA0001_2372 mreC mreD TRUE 0.996 0.000 0.550 0.003 Y NA
 6432565 6432566 STACA0001_2372 STACA0001_2373 mreD rplU FALSE 0.178 176.000 0.008 1.000 N NA
 6432566 6432567 STACA0001_2373 STACA0001_2374 rplU   TRUE 0.965 5.000 0.208 NA Y NA
 6432567 6432568 STACA0001_2374 STACA0001_2375   rpmA TRUE 0.959 12.000 0.203 NA Y NA
 6432568 6432569 STACA0001_2375 STACA0001_2376 rpmA cgtA FALSE 0.441 144.000 0.335 1.000   NA
 6432569 6432570 STACA0001_2376 STACA0001_2377 cgtA   TRUE 0.806 12.000 0.024 1.000   NA
 6432570 6432571 STACA0001_2377 STACA0001_2378   ruvA TRUE 0.781 14.000 0.009 1.000   NA
 6432571 6432572 STACA0001_2378 STACA0001_2379 ruvA ruvB TRUE 0.985 34.000 0.549 0.002 Y NA
 6432572 6432573 STACA0001_2379 STACA0001_2380 ruvB queA TRUE 0.891 2.000 0.069 1.000 N NA
 6432573 6432574 STACA0001_2380 STACA0001_2381 queA tgt TRUE 0.989 23.000 0.360 0.001 Y NA
 6432574 6432575 STACA0001_2381 STACA0001_2382 tgt yajC TRUE 0.855 16.000 0.325 NA N NA
 6432575 6432576 STACA0001_2382 STACA0001_2383 yajC   FALSE 0.273 236.000 0.005 NA Y NA
 6432576 6432577 STACA0001_2383 STACA0001_2384   recJ FALSE 0.271 139.000 0.007 1.000 N NA
 6432577 6432578 STACA0001_2384 STACA0001_2385 recJ apt TRUE 0.861 19.000 0.128 1.000 N NA
 6432578 6432579 STACA0001_2385 STACA0001_2386 apt   FALSE 0.024 411.000 0.068 1.000 N NA
 6432579 6432580 STACA0001_2386 STACA0001_2387   dtd TRUE 0.859 14.000 0.177 1.000 N NA
 6432580 6432581 STACA0001_2387 STACA0001_2388 dtd lytH TRUE 0.927 -3.000 0.010 1.000 N NA
 6432581 6432582 STACA0001_2388 STACA0001_2389 lytH hisS FALSE 0.017 388.000 0.000 1.000 N NA
 6432582 6432583 STACA0001_2389 STACA0001_2390 hisS aspS TRUE 0.981 16.000 0.161 0.043 Y NA
 6432583 6432584 STACA0001_2390 STACA0001_2391 aspS   FALSE 0.017 286.000 0.000 NA   NA
 6432584 6432585 STACA0001_2391 STACA0001_2392     FALSE 0.154 111.000 0.000 NA   NA
 6432587 6432588 STACA0001_2394 STACA0001_2395     FALSE 0.009 348.000 0.000 NA   NA
 6432590 6432591 STACA0001_2397 STACA0001_2398   trmU TRUE 0.920 0.000 0.072 1.000 N NA
 6432591 6432592 STACA0001_2398 STACA0001_2399 trmU   FALSE 0.434 100.000 0.038 1.000 N NA
 6432592 6432593 STACA0001_2399 STACA0001_2400     TRUE 0.928 2.000 0.281 1.000 N NA
 6432593 6432594 STACA0001_2400 STACA0001_2401   alaS FALSE 0.022 337.000 0.000 1.000 N NA
 6432594 6432595 STACA0001_2401 STACA0001_2402 alaS   TRUE 0.546 64.000 0.110 NA   NA
 6432595 6432596 STACA0001_2402 STACA0001_2403     TRUE 0.929 2.000 0.537 NA   NA
 6432596 6432597 STACA0001_2403 STACA0001_2404     TRUE 0.895 14.000 0.651 NA   NA
 6432597 6432598 STACA0001_2404 STACA0001_2405     FALSE 0.007 405.000 0.000 NA   NA
 6432598 6432599 STACA0001_2405 STACA0001_2406     TRUE 0.950 -3.000 0.142 1.000   NA
 6432599 6432600 STACA0001_2406 STACA0001_2407     TRUE 0.987 20.000 0.156 0.001 Y NA
 6432600 6432601 STACA0001_2407 STACA0001_2408   udk TRUE 0.926 0.000 0.100 1.000 N NA
 6432601 6432602 STACA0001_2408 STACA0001_2409 udk   TRUE 0.813 28.000 0.095 1.000 N NA
 6432602 6432603 STACA0001_2409 STACA0001_2410     FALSE 0.007 407.000 0.000 NA   NA
 6432604 6432605 STACA0001_1798 STACA0001_1799     FALSE 0.008 386.000 0.000 NA   NA
 6432605 6432606 STACA0001_1799 STACA0001_1800   nrdG FALSE 0.081 215.000 0.000 1.000   NA
 6432606 6432607 STACA0001_1800 STACA0001_1801 nrdG nrdD TRUE 0.901 -3.000 0.000 1.000 N NA
 6432607 6432608 STACA0001_1801 STACA0001_1802 nrdD   FALSE 0.038 219.000 0.000 NA   NA
 6432608 6432609 STACA0001_1802 STACA0001_1803     FALSE 0.274 196.000 0.667 NA   NA
 6432609 6432610 STACA0001_1803 STACA0001_1804     FALSE 0.016 390.000 0.000 1.000   NA
 6432610 6432611 STACA0001_1804 STACA0001_1805   cysC FALSE 0.055 248.000 0.000 1.000 N NA
 6432611 6432612 STACA0001_1805 STACA0001_1806 cysC sat TRUE 0.985 22.000 0.101 0.001 Y NA
 6432612 6432613 STACA0001_1806 STACA0001_1807 sat   TRUE 0.797 24.000 0.021 1.000   NA
 6432613 6432614 STACA0001_1807 STACA0001_1808     TRUE 0.814 24.000 0.045 1.000   NA
 6432614 6432615 STACA0001_1808 STACA0001_1809   cobA TRUE 0.941 75.000 0.125 0.003 Y NA
 6432615 6432616 STACA0001_1809 STACA0001_1810 cobA cysI TRUE 0.825 22.000 0.047 1.000 N NA
 6432616 6432617 STACA0001_1810 STACA0001_1811 cysI   TRUE 0.993 20.000 0.791 0.001 Y NA
 6432617 6432618 STACA0001_1811 STACA0001_1812     FALSE 0.183 272.000 0.011 0.001 N NA
 6432618 6432619 STACA0001_1812 STACA0001_1813     FALSE 0.087 209.000 0.000 1.000 N NA
 6432619 6432620 STACA0001_1813 STACA0001_1814     FALSE 0.004 719.000 0.000 NA   NA
 6432620 6432621 STACA0001_1814 STACA0001_1815     FALSE 0.025 251.000 0.000 NA   NA
 6432621 6432622 STACA0001_1815 STACA0001_1816     TRUE 0.938 0.000 0.400 NA   NA
 6432622 6432623 STACA0001_1816 STACA0001_1817     FALSE 0.117 136.000 0.000 NA   NA
 6432623 6432624 STACA0001_1817 STACA0001_1818     FALSE 0.014 308.000 0.000 NA   NA
 6432624 6432625 STACA0001_1818 STACA0001_1819     FALSE 0.034 226.000 0.000 NA   NA
 6432625 6432626 STACA0001_1819 STACA0001_1820     TRUE 0.961 2.000 0.855 1.000   NA
 6432626 6432627 STACA0001_1820 STACA0001_1821     TRUE 0.733 110.000 0.492 0.091 N NA
 6432627 6432628 STACA0001_1821 STACA0001_1822     TRUE 0.984 6.000 0.812 1.000 Y NA
 6432628 6432629 STACA0001_1822 STACA0001_1823     TRUE 0.672 31.000 0.047 NA   NA
 6432633 6432634 STACA0001_1827 STACA0001_1828     FALSE 0.041 213.000 0.000 NA   NA
 6432635 6432636 STACA0001_1829 STACA0001_1830     FALSE 0.517 28.000 0.000 NA   NA
 6432637 6432638 STACA0001_1831 STACA0001_1832     TRUE 0.579 7.000 0.000 NA   NA
 6432641 6432642 STACA0001_1835 STACA0001_1836     TRUE 0.936 -7.000 0.087 NA   NA
 6432642 6432643 STACA0001_1836 STACA0001_1837     FALSE 0.105 145.000 0.000 NA   NA
 6432644 6432645 STACA0001_1838 STACA0001_1839     FALSE 0.005 550.000 0.000 NA   NA
 6432645 6432646 STACA0001_1839 STACA0001_1840     FALSE 0.148 114.000 0.000 NA   NA
 6432646 6432647 STACA0001_1840 STACA0001_1841     FALSE 0.029 305.000 0.000 1.000   NA
 6432647 6432648 STACA0001_1841 STACA0001_1842   arcC FALSE 0.166 161.000 0.000 1.000 N NA
 6432648 6432649 STACA0001_1842 STACA0001_1843 arcC   TRUE 0.970 19.000 0.182 1.000 Y NA
 6432649 6432650 STACA0001_1843 STACA0001_1844   argF FALSE 0.105 376.000 0.000 1.000 Y NA
 6432650 6432651 STACA0001_1844 STACA0001_1845 argF arcA TRUE 0.740 125.000 0.062 1.000 Y NA
 6432651 6432652 STACA0001_1845 STACA0001_1846 arcA   FALSE 0.022 338.000 0.000 1.000 N NA
 6432652 6432653 STACA0001_1846 STACA0001_1847     FALSE 0.046 202.000 0.000 NA   NA
 6432653 6432654 STACA0001_1847 STACA0001_1848     FALSE 0.529 27.000 0.000 NA   NA
 6432654 6432655 STACA0001_1848 STACA0001_1849     FALSE 0.051 195.000 0.000 NA   NA
 6432655 6432656 STACA0001_1849 STACA0001_1850     FALSE 0.010 344.000 0.000 NA   NA
 6432656 6432657 STACA0001_1850 STACA0001_1851     FALSE 0.078 329.000 0.000 0.004   NA
 6432657 6432658 STACA0001_1851 STACA0001_1852     FALSE 0.232 205.000 0.000 0.020   NA
 6432658 6432659 STACA0001_1852 STACA0001_1853     FALSE 0.006 443.000 0.000 NA   NA
 6432659 6432660 STACA0001_1853 STACA0001_1854     FALSE 0.315 63.000 0.000 NA   NA
 6432665 6432666 STACA0001_1859 STACA0001_1860     TRUE 0.896 5.000 0.250 1.000   NA
 6432666 6432667 STACA0001_1860 STACA0001_1861     FALSE 0.398 44.000 0.000 NA   NA
 6432667 6432668 STACA0001_1861 STACA0001_1862     FALSE 0.140 119.000 0.000 NA   NA
 6432669 6432670 STACA0001_1863 STACA0001_1864     TRUE 0.857 -7.000 0.000 NA   NA
 6432671 6432672 STACA0001_0535 STACA0001_0537   pgsA FALSE 0.109 143.000 0.000 NA   NA
 6432672 6432673 STACA0001_0537 STACA0001_0538 pgsA   TRUE 0.756 28.000 0.009 1.000   NA
 6432673 6432674 STACA0001_0538 STACA0001_0539     TRUE 0.869 19.000 0.163 1.000   NA
 6432674 6432675 STACA0001_0539 STACA0001_0540     FALSE 0.471 158.000 0.114 0.056   NA
 6432675 6432676 STACA0001_0540 STACA0001_0541     TRUE 0.955 0.000 0.397 1.000   NA
 6432676 6432677 STACA0001_0541 STACA0001_0542     TRUE 0.988 0.000 0.872 0.004   NA
 6432677 6432678 STACA0001_0542 STACA0001_0543     TRUE 0.731 42.000 0.093 1.000   NA
 6432678 6432679 STACA0001_0543 STACA0001_0544     TRUE 0.947 3.000 0.115 0.034 N NA
 6432679 6432680 STACA0001_0544 STACA0001_0545     FALSE 0.069 258.000 0.026 1.000   NA
 6432680 6432681 STACA0001_0545 STACA0001_0546   pnp FALSE 0.120 201.000 0.002 1.000   NA
 6432681 6432682 STACA0001_0546 STACA0001_0547 pnp rpsO FALSE 0.260 318.000 0.335 1.000 Y NA
 6432682 6432683 STACA0001_0547 STACA0001_0548 rpsO ribF FALSE 0.400 122.000 0.119 1.000 N NA
 6432683 6432684 STACA0001_0548 STACA0001_0549 ribF truB TRUE 0.893 16.000 0.308 1.000 N NA
 6432684 6432685 STACA0001_0549 STACA0001_0550 truB rbfA TRUE 0.696 149.000 0.111 1.000 Y NA
 6432685 6432686 STACA0001_0550 STACA0001_0551 rbfA infB TRUE 0.775 157.000 0.530 1.000 Y NA
 6432686 6432687 STACA0001_0551 STACA0001_0552 infB   TRUE 0.966 5.000 0.223 NA Y NA
 6432687 6432688 STACA0001_0552 STACA0001_0553     TRUE 0.956 -3.000 0.408 NA N NA
 6432688 6432689 STACA0001_0553 STACA0001_0554   nusA TRUE 0.967 17.000 0.323 NA Y NA
 6432689 6432690 STACA0001_0554 STACA0001_0555 nusA   TRUE 0.912 21.000 0.759 NA   NA
 6432690 6432691 STACA0001_0555 STACA0001_0556   polC FALSE 0.074 225.000 0.059 NA   NA
 6432691 6432692