MicrobesOnline Operon Predictions for Bacteroides coprophilus DSM 18228

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 6355682 6355683 BACCOPRO_00001 BACCOPRO_00002     TRUE 0.907 -19.000 0.467 NA   NA
 6355684 6355685 BACCOPRO_00003 BACCOPRO_00004     FALSE 0.271 -10.000 0.000 NA   NA
 6355685 6355686 BACCOPRO_00004 BACCOPRO_00005     FALSE 0.002 325.000 0.000 NA   NA
 6355686 6355687 BACCOPRO_00005 BACCOPRO_00006     TRUE 0.948 25.000 0.000 NA Y NA
 6355687 6355688 BACCOPRO_00006 BACCOPRO_00007     TRUE 0.924 -6.000 0.330 NA   NA
 6355688 6355689 BACCOPRO_00007 BACCOPRO_00008     TRUE 0.819 -15.000 0.075 NA   NA
 6355689 6355690 BACCOPRO_00008 BACCOPRO_00009     TRUE 0.664 75.000 0.073 NA   NA
 6355691 6355692 BACCOPRO_00010 BACCOPRO_00011     FALSE 0.383 3.000 0.000 NA   NA
 6355692 6355693 BACCOPRO_00011 BACCOPRO_00012     TRUE 0.783 4.000 0.020 NA   NA
 6355693 6355694 BACCOPRO_00012 BACCOPRO_00013     FALSE 0.321 15.000 0.000 NA   NA
 6355694 6355695 BACCOPRO_00013 BACCOPRO_00014     FALSE 0.339 -3.000 0.000 NA   NA
 6355695 6355696 BACCOPRO_00014 BACCOPRO_00015     FALSE 0.168 45.000 0.000 NA   NA
 6355696 6355697 BACCOPRO_00015 BACCOPRO_00016     FALSE 0.386 4.000 0.000 NA   NA
 6355697 6355698 BACCOPRO_00016 BACCOPRO_00017     FALSE 0.256 -13.000 0.000 NA   NA
 6355698 6355699 BACCOPRO_00017 BACCOPRO_00018     FALSE 0.371 0.000 0.000 NA   NA
 6355699 6355700 BACCOPRO_00018 BACCOPRO_00019     FALSE 0.367 8.000 0.000 NA   NA
 6355700 6355701 BACCOPRO_00019 BACCOPRO_00020     FALSE 0.131 81.000 0.000 NA   NA
 6355704 6355705 BACCOPRO_00023 BACCOPRO_00024     FALSE 0.310 20.000 0.000 NA   NA
 6355705 6355706 BACCOPRO_00024 BACCOPRO_00025     TRUE 0.836 92.000 0.750 NA   NA
 6355706 6355707 BACCOPRO_00025 BACCOPRO_00026     FALSE 0.047 139.000 0.000 NA   NA
 6355707 6355708 BACCOPRO_00026 BACCOPRO_00027     FALSE 0.040 147.000 0.000 NA   NA
 6355712 6355713 BACCOPRO_00031 BACCOPRO_00032     FALSE 0.000 262.000 0.000 NA N NA
 6355713 6355714 BACCOPRO_00032 BACCOPRO_00033     TRUE 0.508 -3.000 0.000 1.000   NA
 6355714 6355715 BACCOPRO_00033 BACCOPRO_00034     FALSE 0.010 210.000 0.000 NA   NA
 6355715 6355716 BACCOPRO_00034 BACCOPRO_00035     TRUE 0.949 20.000 1.000 NA   NA
 6355718 6355719 BACCOPRO_00037 BACCOPRO_00038     TRUE 0.931 -7.000 0.500 NA   NA
 6355719 6355720 BACCOPRO_00038 BACCOPRO_00039     FALSE 0.005 257.000 0.000 NA   NA
 6355721 6355722 BACCOPRO_00040 BACCOPRO_00041     TRUE 0.661 -6.000 0.000 0.008   NA
 6355724 6355725 BACCOPRO_00043 BACCOPRO_00044     TRUE 0.978 95.000 0.145 0.002 Y NA
 6355725 6355726 BACCOPRO_00044 BACCOPRO_00045     TRUE 0.997 19.000 0.877 0.002 Y NA
 6355726 6355727 BACCOPRO_00045 BACCOPRO_00046     FALSE 0.028 160.000 0.000 NA   NA
 6355727 6355728 BACCOPRO_00046 BACCOPRO_00047     FALSE 0.012 201.000 0.000 NA   NA
 6355728 6355729 BACCOPRO_00047 BACCOPRO_00048     TRUE 0.627 68.000 0.041 1.000   NA
 6355729 6355730 BACCOPRO_00048 BACCOPRO_00049     TRUE 0.920 12.000 0.061 0.007   NA
 6355732 6355733 BACCOPRO_00051 BACCOPRO_00052     FALSE 0.002 351.000 0.000 NA   NA
 6355735 6355736 BACCOPRO_00054 BACCOPRO_00055     FALSE 0.005 318.000 0.000 1.000   NA
 6355737 6355738 BACCOPRO_00056 BACCOPRO_00057     FALSE 0.001 578.000 0.000 NA   NA
 6355738 6355739 BACCOPRO_00057 BACCOPRO_00058     FALSE 0.206 -28.000 0.000 NA   NA
 6355739 6355740 BACCOPRO_00058 BACCOPRO_00059     FALSE 0.088 108.000 0.000 NA   NA
 6355744 6355745 BACCOPRO_00063 BACCOPRO_00064     FALSE 0.231 65.000 0.000 1.000   NA
 6355745 6355746 BACCOPRO_00064 BACCOPRO_00065     FALSE 0.059 158.000 0.000 1.000   NA
 6355746 6355747 BACCOPRO_00065 BACCOPRO_00066     TRUE 0.815 21.000 0.064 1.000 N NA
 6355748 6355749 BACCOPRO_00067 BACCOPRO_00068     FALSE 0.238 -18.000 0.000 NA   NA
 6355749 6355750 BACCOPRO_00068 BACCOPRO_00069     TRUE 0.706 37.000 0.041 NA   NA
 6355751 6355752 BACCOPRO_00070 BACCOPRO_00071     TRUE 0.412 38.000 0.011 1.000 N NA
 6355752 6355753 BACCOPRO_00071 BACCOPRO_00072     TRUE 0.783 43.000 0.109 NA   NA
 6355753 6355754 BACCOPRO_00072 BACCOPRO_00073     TRUE 0.926 11.000 0.217 NA   NA
 6355755 6355756 BACCOPRO_00074 BACCOPRO_00075     TRUE 0.911 5.000 0.072 1.000   NA
 6355756 6355757 BACCOPRO_00075 BACCOPRO_00076     TRUE 0.994 23.000 0.197 0.003 Y NA
 6355757 6355758 BACCOPRO_00076 BACCOPRO_00077     FALSE 0.002 324.000 0.000 NA   NA
 6355759 6355760 BACCOPRO_00078 BACCOPRO_00079     FALSE 0.001 870.000 0.000 NA   NA
 6355760 6355761 BACCOPRO_00079 BACCOPRO_00080     TRUE 0.990 24.000 0.086 0.098 Y NA
 6355761 6355762 BACCOPRO_00080 BACCOPRO_00081     FALSE 0.367 8.000 0.000 NA   NA
 6355762 6355763 BACCOPRO_00081 BACCOPRO_00082     FALSE 0.294 25.000 0.000 NA   NA
 6355763 6355764 BACCOPRO_00082 BACCOPRO_00083     FALSE 0.243 -16.000 0.000 NA   NA
 6355764 6355765 BACCOPRO_00083 BACCOPRO_00084     FALSE 0.157 49.000 0.000 NA   NA
 6355765 6355766 BACCOPRO_00084 BACCOPRO_00085     TRUE 0.919 3.000 0.130 NA   NA
 6355766 6355767 BACCOPRO_00085 BACCOPRO_00086     FALSE 0.232 34.000 0.000 NA   NA
 6355767 6355768 BACCOPRO_00086 BACCOPRO_00087     FALSE 0.001 528.000 0.000 NA   NA
 6355768 6355769 BACCOPRO_00087 BACCOPRO_00088     FALSE 0.177 43.000 0.000 NA   NA
 6355771 6355772 BACCOPRO_00090 BACCOPRO_00091     FALSE 0.316 16.000 0.000 NA   NA
 6355772 6355773 BACCOPRO_00091 BACCOPRO_00092     FALSE 0.016 185.000 0.000 NA   NA
 6355773 6355774 BACCOPRO_00092 BACCOPRO_00093     FALSE 0.129 83.000 0.000 NA   NA
 6355774 6355775 BACCOPRO_00093 BACCOPRO_00094     FALSE 0.127 68.000 0.000 NA   NA
 6355775 6355776 BACCOPRO_00094 BACCOPRO_00095     FALSE 0.081 112.000 0.000 NA   NA
 6355778 6355779 BACCOPRO_00097 BACCOPRO_00098     TRUE 0.478 17.000 0.000 1.000   NA
 6355779 6355780 BACCOPRO_00098 BACCOPRO_00099     FALSE 0.279 -9.000 0.000 NA   NA
 6355780 6355781 BACCOPRO_00099 BACCOPRO_00100     FALSE 0.313 17.000 0.000 NA   NA
 6355782 6355783 BACCOPRO_00104 BACCOPRO_00105     FALSE 0.137 60.000 0.000 NA   NA
 6355783 6355784 BACCOPRO_00105 BACCOPRO_00101     FALSE 0.105 100.000 0.000 NA   NA
 6355784 6355785 BACCOPRO_00101 BACCOPRO_00102     FALSE 0.131 81.000 0.000 NA   NA
 6355785 6355786 BACCOPRO_00102 BACCOPRO_00106     FALSE 0.069 121.000 0.000 NA   NA
 6355788 6355789 BACCOPRO_00107 BACCOPRO_00108     FALSE 0.005 256.000 0.000 NA   NA
 6355791 6355792 BACCOPRO_00110 BACCOPRO_00111     TRUE 0.996 6.000 0.200 0.014 Y NA
 6355792 6355793 BACCOPRO_00111 BACCOPRO_00112     TRUE 0.752 64.000 0.222 1.000 N NA
 6355793 6355794 BACCOPRO_00112 BACCOPRO_00113     TRUE 0.938 3.000 0.222 NA   NA
 6355795 6355796 BACCOPRO_00114 BACCOPRO_00115     FALSE 0.013 196.000 0.000 NA   NA
 6355798 6355799 BACCOPRO_00116 BACCOPRO_00118     TRUE 0.826 11.000 0.040 NA   NA
 6355799 6355800 BACCOPRO_00118 BACCOPRO_00119     TRUE 0.670 94.000 0.101 NA   NA
 6355801 6355802 BACCOPRO_00120 BACCOPRO_00121     FALSE 0.371 0.000 0.000 NA   NA
 6355805 6355806 BACCOPRO_00124 BACCOPRO_00125     FALSE 0.037 268.000 0.046 NA   NA
 6355808 6355809 BACCOPRO_00127 BACCOPRO_00128     FALSE 0.030 193.000 0.006 1.000 N NA
 6355809 6355810 BACCOPRO_00128 BACCOPRO_00129     FALSE 0.007 235.000 0.000 NA   NA
 6355810 6355811 BACCOPRO_00129 BACCOPRO_00130     FALSE 0.002 378.000 0.000 NA   NA
 6355811 6355812 BACCOPRO_00130 BACCOPRO_00131     FALSE 0.301 24.000 0.000 NA   NA
 6355814 6355815 BACCOPRO_00133 BACCOPRO_00134     TRUE 0.867 53.000 0.667 NA   NA
 6355815 6355816 BACCOPRO_00134 BACCOPRO_00135     FALSE 0.005 261.000 0.000 NA   NA
 6355816 6355817 BACCOPRO_00135 BACCOPRO_00136     TRUE 0.940 -7.000 0.714 NA   NA
 6355817 6355818 BACCOPRO_00136 BACCOPRO_00137     FALSE 0.339 -3.000 0.000 NA   NA
 6355818 6355819 BACCOPRO_00137 BACCOPRO_00138     FALSE 0.015 189.000 0.000 NA   NA
 6355819 6355820 BACCOPRO_00138 BACCOPRO_00139     TRUE 0.572 151.000 0.625 NA   NA
 6355822 6355823 BACCOPRO_00141 BACCOPRO_00142     FALSE 0.264 -12.000 0.000 NA   NA
 6355823 6355824 BACCOPRO_00142 BACCOPRO_00143     FALSE 0.045 168.000 0.000 1.000   NA
 6355824 6355825 BACCOPRO_00143 BACCOPRO_00144     TRUE 0.887 2.000 0.061 0.096 N NA
 6355825 6355826 BACCOPRO_00144 BACCOPRO_00145     TRUE 0.508 -3.000 0.000 1.000   NA
 6355827 6355828 BACCOPRO_00146 BACCOPRO_00147     FALSE 0.379 2.000 0.000 NA   NA
 6355828 6355829 BACCOPRO_00147 BACCOPRO_00148     FALSE 0.386 4.000 0.000 NA   NA
 6355830 6355831 BACCOPRO_00149 BACCOPRO_00150     FALSE 0.191 -67.000 0.000 NA   NA
 6355831 6355832 BACCOPRO_00150 BACCOPRO_00151     FALSE 0.379 2.000 0.000 NA   NA
 6355832 6355833 BACCOPRO_00151 BACCOPRO_00152     FALSE 0.131 77.000 0.000 NA   NA
 6355834 6355835 BACCOPRO_00153 BACCOPRO_00154     TRUE 0.914 9.000 0.137 NA   NA
 6355835 6355836 BACCOPRO_00154 BACCOPRO_00155     TRUE 0.870 -16.000 0.065 0.039   NA
 6355837 6355838 BACCOPRO_00156 BACCOPRO_00157     TRUE 0.994 -9.000 0.692 1.000 Y NA
 6355839 6355840 BACCOPRO_00158 BACCOPRO_00159     FALSE 0.102 102.000 0.000 NA   NA
 6355840 6355841 BACCOPRO_00159 BACCOPRO_00160     TRUE 0.919 3.000 0.133 NA   NA
 6355843 6355844 BACCOPRO_00162 BACCOPRO_00163     FALSE 0.057 131.000 0.000 NA   NA
 6355844 6355845 BACCOPRO_00163 BACCOPRO_00164     TRUE 0.926 -10.000 0.500 NA   NA
 6355849 6355850 BACCOPRO_00168 BACCOPRO_00169     FALSE 0.311 19.000 0.000 NA   NA
 6355850 6355851 BACCOPRO_00169 BACCOPRO_00170     FALSE 0.339 -3.000 0.000 NA   NA
 6355851 6355852 BACCOPRO_00170 BACCOPRO_00171     FALSE 0.007 274.000 0.000 1.000   NA
 6355852 6355853 BACCOPRO_00171 BACCOPRO_00172     FALSE 0.099 -3.000 0.000 1.000 N NA
 6355853 6355854 BACCOPRO_00172 BACCOPRO_00173     FALSE 0.153 51.000 0.000 NA   NA
 6355856 6355857 BACCOPRO_00175 BACCOPRO_00177     TRUE 0.803 98.000 0.500 NA   NA
 6355861 6355862 BACCOPRO_00180 BACCOPRO_00181     FALSE 0.326 94.000 0.027 NA N NA
 6355862 6355863 BACCOPRO_00181 BACCOPRO_00182     TRUE 0.682 16.000 0.014 NA   NA
 6355863 6355864 BACCOPRO_00182 BACCOPRO_00183     TRUE 0.947 -3.000 0.540 NA   NA
 6355866 6355867 BACCOPRO_00185 BACCOPRO_00186     TRUE 0.924 5.000 0.151 NA   NA
 6355867 6355868 BACCOPRO_00186 BACCOPRO_00187     TRUE 0.949 -3.000 0.652 NA   NA
 6355868 6355869 BACCOPRO_00187 BACCOPRO_00188     FALSE 0.357 10.000 0.000 NA   NA
 6355869 6355870 BACCOPRO_00188 BACCOPRO_00189     FALSE 0.155 50.000 0.000 NA   NA
 6355872 6355873 BACCOPRO_00191 BACCOPRO_00192     TRUE 0.717 11.000 0.023 1.000 N NA
 6355873 6355874 BACCOPRO_00192 BACCOPRO_00193     TRUE 0.982 18.000 0.033 1.000 Y NA
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 6356398 6356399 BACCOPRO_00717 BACCOPRO_00718     TRUE 0.969 22.000 0.000 0.018 Y NA
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 6356939 6356940 BACCOPRO_01258 BACCOPRO_01259     TRUE 0.651 87.000 0.071 NA   NA
 6356941 6356942 BACCOPRO_01260 BACCOPRO_01261     FALSE 0.339 -3.000 0.000 NA   NA
 6356942 6356943 BACCOPRO_01261 BACCOPRO_01262     FALSE 0.136 107.000 0.002 1.000 N NA
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 6356944 6356945 BACCOPRO_01263 BACCOPRO_01264     FALSE 0.080 113.000 0.000 NA   NA
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 6356946 6356947 BACCOPRO_01265 BACCOPRO_01266     FALSE 0.329 13.000 0.000 NA   NA
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 6357117 6357118 BACCOPRO_01436 BACCOPRO_01437     FALSE 0.336 12.000 0.000 NA   NA
 6357119 6357120 BACCOPRO_01438 BACCOPRO_01439     FALSE 0.294 25.000 0.000 NA   NA
 6357120 6357121 BACCOPRO_01439 BACCOPRO_01440     FALSE 0.202 -34.000 0.000 NA   NA
 6357121 6357122 BACCOPRO_01440 BACCOPRO_01441     FALSE 0.213 -25.000 0.000 NA   NA
 6357122 6357123 BACCOPRO_01441 BACCOPRO_01442     FALSE 0.131 81.000 0.000 NA   NA
 6357124 6357125 BACCOPRO_01443 BACCOPRO_01444     FALSE 0.002 428.000 0.000 NA   NA
 6357127 6357128 BACCOPRO_01446 BACCOPRO_01447     FALSE 0.285 26.000 0.000 NA   NA
 6357128 6357129 BACCOPRO_01447 BACCOPRO_01448     FALSE 0.057 131.000 0.000 NA   NA
 6357129 6357130 BACCOPRO_01448 BACCOPRO_01449     FALSE 0.371 0.000 0.000 NA   NA
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 6357142 6357143 BACCOPRO_01461 BACCOPRO_01462     FALSE 0.310 20.000 0.000 NA   NA
 6357144 6357145 BACCOPRO_01463 BACCOPRO_01464     TRUE 0.945 13.000 0.571 NA   NA
 6357145 6357146 BACCOPRO_01464 BACCOPRO_01465     FALSE 0.004 267.000 0.000 NA   NA
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 6357148 6357149 BACCOPRO_01467 BACCOPRO_01468     FALSE 0.339 -3.000 0.000 NA   NA
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 6357305 6357306 BACCOPRO_01624 BACCOPRO_01625     FALSE 0.264 -12.000 0.000 NA   NA
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 6357308 6357309 BACCOPRO_01627 BACCOPRO_01628     FALSE 0.321 15.000 0.000 NA   NA
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 6357482 6357483 BACCOPRO_01801 BACCOPRO_01802     FALSE 0.063 421.000 0.000 NA Y NA
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 6357843 6357844 BACCOPRO_02162 BACCOPRO_02163     FALSE 0.305 23.000 0.000 NA   NA
 6357844 6357845 BACCOPRO_02163 BACCOPRO_02164     FALSE 0.324 14.000 0.000 NA   NA
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