MicrobesOnline Operon Predictions for Candidatus Riesia pediculicola USDA

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 10281873 10281874 RIEPE_0003 RIEPE_0004 mreC1   TRUE 0.961 52.000 0.689 1.000 N NA
 10281875 10281876 RIEPE_0005 RIEPE_0006   aroQ1 FALSE 0.242 6.000 0.000 NA   NA
 10281876 10281877 RIEPE_0006 RIEPE_0007 aroQ1 accB1 TRUE 0.977 20.000 0.254 1.000 N NA
 10281877 10281878 RIEPE_0007 RIEPE_0008 accB1 accC1 TRUE 0.989 -7.000 0.275 0.014 Y NA
 10281879 10281880 RIEPE_0009 RIEPE_0010 rpoH1   FALSE 0.018 299.000 0.000 1.000 N NA
 10281881 10281882 RIEPE_0011 RIEPE_0012 ftsY rpoH2 FALSE 0.218 299.000 0.008 1.000 N NA
 10281883 10281884 RIEPE_0013 RIEPE_0014 accC2 accB2 TRUE 0.989 -7.000 0.275 0.014 Y NA
 10281884 10281885 RIEPE_0014 RIEPE_0015 accB2 aroQ2 TRUE 0.977 20.000 0.254 1.000 N NA
 10281885 10281886 RIEPE_0015 RIEPE_0016 aroQ2   FALSE 0.242 6.000 0.000 NA   NA
 10281887 10281888 RIEPE_0017 RIEPE_0018   mreC2 TRUE 0.961 52.000 0.689 1.000 N NA
 10281893 10281894 RIEPE_0024 RIEPE_0025     FALSE 0.013 391.000 0.000 NA   NA
 10281895 10281896 RIEPE_0026 RIEPE_0027 rplM rpsI TRUE 0.987 6.000 0.601 0.079 Y NA
 10281898 10281899 RIEPE_0029 RIEPE_0030     FALSE 0.014 532.000 0.000 NA   NA
 10281899 10281900 RIEPE_0030 RIEPE_0031   coaBC FALSE 0.012 379.000 0.000 NA   NA
 10281900 10281901 RIEPE_0031 RIEPE_0032 coaBC   TRUE 0.986 -22.000 0.201 1.000 N NA
 10281901 10281902 RIEPE_0032 RIEPE_0033     FALSE 0.013 420.000 0.000 NA   NA
 10281902 10281903 RIEPE_0033 RIEPE_0034   pfkA FALSE 0.013 255.000 0.000 NA   NA
 10281903 10281904 RIEPE_0034 RIEPE_0035 pfkA bioH FALSE 0.077 5.000 0.000 1.000   NA
 10281905 10281906 RIEPE_0036 RIEPE_0037 fumC   TRUE 0.656 58.000 0.000 NA Y NA
 10281906 10281907 RIEPE_0037 RIEPE_0038     TRUE 0.975 28.000 0.150 NA N NA
 10281907 10281908 RIEPE_0038 RIEPE_0039   ispF FALSE 0.027 168.000 0.000 1.000 N NA
 10281908 10281909 RIEPE_0039 RIEPE_0040 ispF ispD TRUE 0.987 17.000 0.419 1.000 Y NA
 10281909 10281910 RIEPE_0040 RIEPE_0041 ispD   FALSE 0.020 160.000 0.000 NA   NA
 10281910 10281911 RIEPE_0041 RIEPE_0042   rrfA FALSE 0.016 180.000 0.000 NA   NA
 10281911 10281912 RIEPE_0042 RIEPE_0044 rrfA rrlA FALSE 0.047 113.000 0.000 NA   NA
 10281912 10281913 RIEPE_0044 RIEPE_0045 rrlA   FALSE 0.023 152.000 0.000 NA   NA
 10281913 10281914 RIEPE_0045 RIEPE_0046     FALSE 0.172 23.000 0.000 NA   NA
 10281914 10281915 RIEPE_0046 RIEPE_0047   rrsA FALSE 0.130 45.000 0.000 NA   NA
 10281915 10281916 RIEPE_0047 RIEPE_0048 rrsA   FALSE 0.013 397.000 0.000 NA   NA
 10281918 10281919 RIEPE_0050 RIEPE_0051 rplS trmD TRUE 0.981 31.000 0.567 1.000 Y NA
 10281919 10281920 RIEPE_0051 RIEPE_0052 trmD rpsP TRUE 0.894 78.000 0.033 1.000 Y NA
 10281920 10281921 RIEPE_0052 RIEPE_0053 rpsP   TRUE 0.983 12.000 0.361 1.000 N NA
 10281921 10281922 RIEPE_0053 RIEPE_0054   gshA FALSE 0.129 184.000 0.002 1.000 N NA
 10281922 10281923 RIEPE_0054 RIEPE_0055 gshA   FALSE 0.111 56.000 0.000 NA   NA
 10281923 10281924 RIEPE_0055 RIEPE_0056     FALSE 0.207 15.000 0.000 NA   NA
 10281924 10281925 RIEPE_0056 RIEPE_0058   csrA FALSE 0.035 128.000 0.000 NA   NA
 10281927 10281928 RIEPE_0060 RIEPE_0061   recA TRUE 0.893 51.000 0.054 1.000   NA
 10281928 10281929 RIEPE_0061 RIEPE_0062 recA gmhA FALSE 0.018 365.000 0.000 1.000 N NA
 10281930 10281931 RIEPE_0063 RIEPE_0064     TRUE 0.915 106.000 0.120 NA N NA
 10281931 10281932 RIEPE_0064 RIEPE_0065     FALSE 0.014 659.000 0.000 NA   NA
 10281933 10281934 RIEPE_0066 RIEPE_0067 pabA   FALSE 0.026 145.000 0.000 NA   NA
 10281934 10281935 RIEPE_0067 RIEPE_0069     FALSE 0.169 24.000 0.000 NA   NA
 10281935 10281936 RIEPE_0069 RIEPE_0070     FALSE 0.012 289.000 0.000 NA   NA
 10281936 10281937 RIEPE_0070 RIEPE_0071     TRUE 0.976 3.000 0.069 1.000 N NA
 10281937 10281938 RIEPE_0071 RIEPE_0072     TRUE 0.986 12.000 0.571 0.004 Y NA
 10281938 10281939 RIEPE_0072 RIEPE_0073   ubiG FALSE 0.018 276.000 0.000 1.000 N NA
 10281940 10281941 RIEPE_0074 RIEPE_0075 gyrA   FALSE 0.014 214.000 0.000 NA   NA
 10281942 10281943 RIEPE_0076 RIEPE_0077     TRUE 0.317 98.000 0.000 NA N NA
 10281944 10281945 RIEPE_0078 RIEPE_0079 miaB   FALSE 0.208 221.000 0.007 NA   NA
 10281945 10281946 RIEPE_0079 RIEPE_0080     TRUE 0.933 67.000 0.150 NA   NA
 10281947 10281948 RIEPE_0081 RIEPE_0082     FALSE 0.013 474.000 0.000 NA   NA
 10281949 10281950 RIEPE_0083 RIEPE_0084 leuS   FALSE 0.256 317.000 0.012 1.000 N NA
 10281950 10281951 RIEPE_0084 RIEPE_0085     TRUE 0.970 -10.000 0.045 1.000 N NA
 10281951 10281952 RIEPE_0085 RIEPE_0086     TRUE 0.524 194.000 0.038 1.000 N NA
 10281952 10281953 RIEPE_0086 RIEPE_0088   mrdB TRUE 0.964 7.000 0.046 1.000 N NA
 10281955 10281956 RIEPE_0089 RIEPE_0090 lipB lipA TRUE 0.908 122.000 0.319 0.004 Y NA
 10281957 10281958 RIEPE_0091 RIEPE_0092     FALSE 0.050 111.000 0.000 NA   NA
 10281958 10281959 RIEPE_0092 RIEPE_0093     FALSE 0.013 238.000 0.000 NA   NA
 10281959 10281960 RIEPE_0093 RIEPE_0094     FALSE 0.067 97.000 0.000 NA   NA
 10281961 10281962 RIEPE_0095 RIEPE_0096 thrS infC TRUE 0.990 -10.000 0.186 1.000 Y NA
 10281962 10281963 RIEPE_0096 RIEPE_0097 infC rplT FALSE 0.089 314.000 0.000 1.000 Y NA
 10281963 10281964 RIEPE_0097 RIEPE_0098 rplT   TRUE 0.790 214.000 0.202 1.000 Y NA
 10281964 10281965 RIEPE_0098 RIEPE_0099   pheT TRUE 0.984 15.000 0.574 0.004 Y NA
 10281966 10281967 RIEPE_0100 RIEPE_0101     TRUE 0.974 21.000 0.939 0.009 Y NA
 10281967 10281968 RIEPE_0101 RIEPE_0102     TRUE 0.947 61.000 0.106 0.009 Y NA
 10281968 10281969 RIEPE_0102 RIEPE_0103   pabB FALSE 0.018 378.000 0.000 1.000 N NA
 10281969 10281970 RIEPE_0103 RIEPE_0104 pabB   FALSE 0.013 391.000 0.000 NA   NA
 10281972 10281973 RIEPE_0105 RIEPE_0107 glmS   TRUE 0.953 47.000 0.055 1.000 Y NA
 10281975 10281976 RIEPE_0109 RIEPE_0110   gidA1 FALSE 0.101 62.000 0.000 NA   NA
 10281976 10281977 RIEPE_0110 RIEPE_0111 gidA1   FALSE 0.020 233.000 0.000 1.000 N NA
 10281977 10281978 RIEPE_0111 RIEPE_0112     TRUE 0.986 13.000 0.190 1.000 Y NA
 10281979 10281980 RIEPE_0113 RIEPE_0114     TRUE 0.982 17.000 0.220 0.061 Y NA
 10281980 10281981 RIEPE_0114 RIEPE_0115     FALSE 0.233 10.000 0.000 NA   NA
 10281981 10281982 RIEPE_0115 RIEPE_0116   lpdA FALSE 0.195 17.000 0.000 NA   NA
 10281982 10281983 RIEPE_0116 RIEPE_0117 lpdA rpiA FALSE 0.018 364.000 0.000 1.000 N NA
 10281983 10281984 RIEPE_0117 RIEPE_0118 rpiA   FALSE 0.018 326.000 0.000 1.000 N NA
 10281984 10281985 RIEPE_0118 RIEPE_0119     FALSE 0.144 35.000 0.000 NA   NA
 10281985 10281986 RIEPE_0119 RIEPE_0120   recJ FALSE 0.012 331.000 0.000 NA   NA
 10281986 10281987 RIEPE_0120 RIEPE_0123 recJ prfB FALSE 0.106 60.000 0.000 NA   NA
 10281987 10281988 RIEPE_0123 RIEPE_0124 prfB lysS TRUE 0.968 42.000 0.162 0.095 Y NA
 10281988 10281989 RIEPE_0124 RIEPE_0125 lysS xth FALSE 0.066 114.000 0.000 1.000 N NA
 10281989 10281990 RIEPE_0125 RIEPE_0126 xth sppA TRUE 0.541 101.000 0.006 1.000 N NA
 10281990 10281991 RIEPE_0126 RIEPE_0127 sppA gap FALSE 0.151 282.000 0.004 1.000 N NA
 10281991 10281992 RIEPE_0127 RIEPE_0128 gap   FALSE 0.022 203.000 0.000 1.000 N NA
 10281996 10281997 RIEPE_0132 RIEPE_0133 pyk   FALSE 0.102 173.000 0.000 NA N NA
 10281998 10281999 RIEPE_0134 RIEPE_0135     TRUE 0.942 46.000 0.069 NA   NA
 10281999 10282000 RIEPE_0135 RIEPE_0136     TRUE 0.974 17.000 0.183 NA   NA
 10282000 10282001 RIEPE_0136 RIEPE_0137     TRUE 0.984 0.000 0.193 1.000 N NA
 10282001 10282002 RIEPE_0137 RIEPE_0138   sufC TRUE 0.992 -10.000 0.482 1.000 Y NA
 10282002 10282003 RIEPE_0138 RIEPE_0139 sufC sufB TRUE 0.978 45.000 0.466 1.000 Y NA
 10282003 10282004 RIEPE_0139 RIEPE_0140 sufB   TRUE 0.961 5.000 0.041 NA   NA
 10282005 10282006 RIEPE_0141 RIEPE_0142     FALSE 0.125 49.000 0.000 NA   NA
 10282007 10282008 RIEPE_0143 RIEPE_0144     FALSE 0.006 147.000 0.000 1.000   NA
 10282009 10282010 RIEPE_0145 RIEPE_0146 upp   FALSE 0.014 563.000 0.000 NA   NA
 10282010 10282011 RIEPE_0146 RIEPE_0147   dapA FALSE 0.109 58.000 0.000 NA   NA
 10282012 10282013 RIEPE_0148 RIEPE_0149     TRUE 0.798 20.000 0.013 1.000   NA
 10282013 10282014 RIEPE_0149 RIEPE_0150     FALSE 0.108 83.000 0.000 1.000 N NA
 10282015 10282016 RIEPE_0151 RIEPE_0152   asd FALSE 0.062 15.000 0.000 1.000   NA
 10282017 10282018 RIEPE_0153 RIEPE_0154 gyrB dnaN TRUE 0.704 357.000 0.114 1.000 Y NA
 10282019 10282020 RIEPE_0155 RIEPE_0156 rpmH rnpA TRUE 0.977 -3.000 0.787 1.000   NA
 10282020 10282021 RIEPE_0156 RIEPE_0157 rnpA   TRUE 0.987 -36.000 0.540 NA   NA
 10282021 10282022 RIEPE_0157 RIEPE_0158     TRUE 0.963 53.000 0.461 NA   NA
 10282022 10282023 RIEPE_0158 RIEPE_0159   trmE TRUE 0.920 63.000 0.221 0.062   NA
 10282024 10282025 RIEPE_0160 RIEPE_0161     FALSE 0.025 146.000 0.000 NA   NA
 10282025 10282026 RIEPE_0161 RIEPE_0162   lon TRUE 0.478 122.000 0.015 1.000   NA
 10282026 10282027 RIEPE_0162 RIEPE_0163 lon clpX TRUE 0.919 118.000 0.201 1.000 Y NA
 10282027 10282028 RIEPE_0163 RIEPE_0164 clpX clpP TRUE 0.961 82.000 0.352 1.000 Y NA
 10282029 10282030 RIEPE_0165 RIEPE_0166   cyoA FALSE 0.015 973.000 0.000 NA   NA
 10282030 10282031 RIEPE_0166 RIEPE_0167 cyoA cyoB TRUE 0.880 118.000 0.122 0.004 Y NA
 10282031 10282032 RIEPE_0167 RIEPE_0168 cyoB   TRUE 0.989 -10.000 0.697 0.035 Y NA
 10282032 10282033 RIEPE_0168 RIEPE_0169     FALSE 0.007 139.000 0.000 0.035   NA
 10282033 10282034 RIEPE_0169 RIEPE_0170     FALSE 0.091 -25.000 0.000 0.062   NA
 10282034 10282035 RIEPE_0170 RIEPE_0171     TRUE 0.959 40.000 0.061 NA N NA
 10282035 10282036 RIEPE_0171 RIEPE_0172     FALSE 0.302 259.000 0.007 NA N NA
 10282036 10282037 RIEPE_0172 RIEPE_0173   dxs TRUE 0.941 65.000 0.060 1.000 Y NA
 10282040 10282041 RIEPE_0176 RIEPE_0177 nusB ribH TRUE 0.977 22.000 0.347 1.000 N NA
 10282041 10282042 RIEPE_0177 RIEPE_0178 ribH ribD TRUE 0.871 85.000 0.034 0.010 Y NA
 10282044 10282045 RIEPE_0180 RIEPE_0181 yajC dapE FALSE 0.092 837.000 0.000 NA N NA
 10282046 10282047 RIEPE_0182 RIEPE_0183   trmU FALSE 0.018 380.000 0.000 1.000 N NA
 10282047 10282048 RIEPE_0183 RIEPE_0184 trmU purB TRUE 0.559 92.000 0.006 1.000 N NA
 10282048 10282049 RIEPE_0184 RIEPE_0185 purB   FALSE 0.015 2480.000 0.000 NA   NA
 10282050 10282051 RIEPE_0186 RIEPE_0187     FALSE 0.003 431.000 0.000 1.000   NA
 10282051 10282052 RIEPE_0187 RIEPE_0188   infA FALSE 0.003 419.000 0.000 1.000   NA
 10282052 10282053 RIEPE_0188 RIEPE_0189 infA gidA2 TRUE 0.676 125.000 0.028 1.000 N NA
 10282054 10282055 RIEPE_0190 RIEPE_0191   serS FALSE 0.012 334.000 0.000 NA   NA
 10282055 10282056 RIEPE_0191 RIEPE_0192 serS   TRUE 0.323 157.000 0.008 1.000 N NA
 10282056 10282057 RIEPE_0192 RIEPE_0193   aroA TRUE 0.929 49.000 0.033 1.000 Y NA
 10282057 10282058 RIEPE_0193 RIEPE_0194 aroA   FALSE 0.159 28.000 0.000 NA   NA
 10282058 10282059 RIEPE_0194 RIEPE_0195   rpsA FALSE 0.014 212.000 0.000 NA   NA
 10282062 10282063 RIEPE_0198 RIEPE_0199   asnS TRUE 0.303 156.000 0.007 1.000 N NA
 10282063 10282064 RIEPE_0199 RIEPE_0200 asnS pncB TRUE 0.807 104.000 0.034 1.000 N NA
 10282064 10282065 RIEPE_0200 RIEPE_0201 pncB   FALSE 0.019 402.000 0.000 1.000 N NA
 10282066 10282067 RIEPE_0202 RIEPE_0203   hpt FALSE 0.284 -43.000 0.000 NA   NA
 10282067 10282068 RIEPE_0203 RIEPE_0204 hpt   TRUE 0.381 238.000 0.023 1.000 N NA
 10282068 10282069 RIEPE_0204 RIEPE_0205     TRUE 0.979 15.000 0.688 1.000 N NA
 10282070 10282071 RIEPE_0206 RIEPE_0207 folK dksA FALSE 0.238 144.000 0.003 1.000 N NA
 10282073 10282074 RIEPE_0209 RIEPE_0210 mtnN   FALSE 0.133 41.000 0.000 NA   NA
 10282074 10282075 RIEPE_0210 RIEPE_0211     FALSE 0.095 65.000 0.000 NA   NA
 10282076 10282077 RIEPE_0212 RIEPE_0213 pyrG eno TRUE 0.968 14.000 0.068 1.000 N NA
 10282078 10282079 RIEPE_0214 RIEPE_0215   rnhA TRUE 0.315 137.000 0.009 1.000   NA
 10282080 10282081 RIEPE_0216 RIEPE_0217 dnaQ   FALSE 0.127 47.000 0.000 NA   NA
 10282081 10282082 RIEPE_0217 RIEPE_0218   tkt FALSE 0.044 115.000 0.000 NA   NA
 10282084 10282085 RIEPE_0220 RIEPE_0221 pgk fbaA TRUE 0.950 38.000 0.056 0.018 Y NA
 10282086 10282087 RIEPE_0222 RIEPE_0223     FALSE 0.258 3.000 0.000 NA   NA
 10282087 10282088 RIEPE_0223 RIEPE_0224     FALSE 0.164 25.000 0.000 NA   NA
 10282090 10282091 RIEPE_0226 RIEPE_0227     FALSE 0.014 524.000 0.000 NA   NA
 10282092 10282093 RIEPE_0228 RIEPE_0229 sdhC sdhD TRUE 0.977 -3.000 0.453 0.004   NA
 10282093 10282094 RIEPE_0229 RIEPE_0230 sdhD sdhA TRUE 0.984 13.000 0.705 0.008 Y NA
 10282094 10282095 RIEPE_0230 RIEPE_0231 sdhA   TRUE 0.987 5.000 0.604 0.008 Y NA
 10282095 10282096 RIEPE_0231 RIEPE_0232   sucA TRUE 0.970 25.000 0.067 1.000 Y NA
 10282096 10282097 RIEPE_0232 RIEPE_0233 sucA sucB TRUE 0.988 9.000 0.667 1.000 Y NA
 10282097 10282098 RIEPE_0233 RIEPE_0234 sucB   TRUE 0.971 39.000 0.136 1.000 Y NA
 10282098 10282099 RIEPE_0234 RIEPE_0235     TRUE 0.987 -19.000 0.806 0.004 Y NA
 10282099 10282100 RIEPE_0235 RIEPE_0236     FALSE 0.264 2.000 0.000 NA   NA
 10282101 10282102 RIEPE_0237 RIEPE_0238     FALSE 0.019 267.000 0.000 1.000 N NA
 10282102 10282103 RIEPE_0238 RIEPE_0239     FALSE 0.015 185.000 0.000 NA   NA
 10282104 10282105 RIEPE_0240 RIEPE_0241 trx rho FALSE 0.003 261.000 0.000 1.000   NA
 10282105 10282106 RIEPE_0241 RIEPE_0242 rho   FALSE 0.012 297.000 0.000 NA   NA
 10282106 10282107 RIEPE_0242 RIEPE_0243     FALSE 0.201 16.000 0.000 NA   NA
 10282107 10282108 RIEPE_0243 RIEPE_0245     FALSE 0.201 16.000 0.000 NA   NA
 10282108 10282109 RIEPE_0245 RIEPE_0246   dapF FALSE 0.013 259.000 0.000 NA   NA
 10282109 10282110 RIEPE_0246 RIEPE_0247 dapF   FALSE 0.060 119.000 0.000 1.000 N NA
 10282110 10282111 RIEPE_0247 RIEPE_0248     FALSE 0.003 283.000 0.000 1.000   NA
 10282113 10282114 RIEPE_0250 RIEPE_0251     FALSE 0.095 65.000 0.000 NA   NA
 10282114 10282115 RIEPE_0251 RIEPE_0252     FALSE 0.021 159.000 0.000 NA   NA
 10282115 10282116 RIEPE_0252 RIEPE_0253   miaA FALSE 0.028 140.000 0.000 NA   NA
 10282116 10282117 RIEPE_0253 RIEPE_0254 miaA   FALSE 0.018 380.000 0.000 1.000 N NA
 10282117 10282118 RIEPE_0254 RIEPE_0255   hflC TRUE 0.981 10.000 0.947 0.022 Y NA
 10282118 10282119 RIEPE_0255 RIEPE_0256 hflC purA TRUE 0.642 119.000 0.019 1.000 N NA
 10282119 10282120 RIEPE_0256 RIEPE_0257 purA   FALSE 0.186 155.000 0.002 1.000 N NA
 10282120 10282121 RIEPE_0257 RIEPE_0258     TRUE 0.908 41.000 0.017 1.000 Y NA
 10282121 10282122 RIEPE_0258 RIEPE_0259   rpsR TRUE 0.766 259.000 0.319 0.068 Y NA
 10282122 10282123 RIEPE_0259 RIEPE_0260 rpsR rplI TRUE 0.975 41.000 0.499 0.068 Y NA
 10282123 10282124 RIEPE_0260 RIEPE_0262 rplI   FALSE 0.037 146.000 0.000 1.000 N NA
 10282126 10282127 RIEPE_0263 RIEPE_0265   valS TRUE 0.586 61.000 0.005 0.088 N NA
 10282128 10282129 RIEPE_0264 RIEPE_0266   rpsO TRUE 0.966 68.000 0.335 1.000 Y NA
 10282129 10282130 RIEPE_0266 RIEPE_0267 rpsO rbfA FALSE 0.213 236.000 0.002 1.000 Y NA
 10282130 10282131 RIEPE_0267 RIEPE_0268 rbfA infB TRUE 0.981 31.000 0.530 1.000 Y NA
 10282131 10282132 RIEPE_0268 RIEPE_0269 infB   FALSE 0.020 160.000 0.000 NA   NA
 10282132 10282133 RIEPE_0269 RIEPE_0270   nusA FALSE 0.014 547.000 0.000 NA   NA
 10282133 10282134 RIEPE_0270 RIEPE_0271 nusA   FALSE 0.012 291.000 0.000 NA   NA
 10282134 10282135 RIEPE_0271 RIEPE_0272     FALSE 0.147 34.000 0.000 NA   NA
 10282135 10282136 RIEPE_0272 RIEPE_0273     FALSE 0.155 29.000 0.000 NA   NA
 10282136 10282137 RIEPE_0273 RIEPE_0274     TRUE 0.572 130.000 0.016 1.000 N NA
 10282137 10282138 RIEPE_0274 RIEPE_0275   folP TRUE 0.978 20.000 0.260 1.000 N NA
 10282138 10282139 RIEPE_0275 RIEPE_0276 folP hflB TRUE 0.959 61.000 0.325 1.000 N NA
 10282139 10282140 RIEPE_0276 RIEPE_0277 hflB rrmJ TRUE 0.967 50.000 0.152 NA N NA
 10282140 10282141 RIEPE_0277 RIEPE_0278 rrmJ   TRUE 0.332 415.000 0.009 NA N NA
 10282143 10282144 RIEPE_0280 RIEPE_0281     FALSE 0.014 221.000 0.000 NA   NA
 10282144 10282145 RIEPE_0281 RIEPE_0282   rpmA TRUE 0.960 34.000 0.335 1.000   NA
 10282145 10282146 RIEPE_0282 RIEPE_0283 rpmA rplU TRUE 0.983 16.000 0.667 0.068 Y NA
 10282147 10282148 RIEPE_0284 RIEPE_0285     FALSE 0.015 740.000 0.000 NA   NA
 10282148 10282149 RIEPE_0285 RIEPE_0286   ppa FALSE 0.053 108.000 0.000 NA   NA
 10282155 10282156 RIEPE_0292 RIEPE_0293     FALSE 0.013 503.000 0.000 NA   NA
 10282156 10282157 RIEPE_0293 RIEPE_0294     FALSE 0.100 63.000 0.000 NA   NA
 10282157 10282158 RIEPE_0294 RIEPE_0295     FALSE 0.129 46.000 0.000 NA   NA
 10282158 10282159 RIEPE_0295 RIEPE_0296     FALSE 0.095 65.000 0.000 NA   NA
 10282164 10282165 RIEPE_0301 RIEPE_0302 cysS   FALSE 0.012 348.000 0.000 NA   NA
 10282165 10282166 RIEPE_0302 RIEPE_0303     FALSE 0.033 132.000 0.000 NA   NA
 10282168 10282169 RIEPE_0305 RIEPE_0306     TRUE 0.895 59.000 0.035 1.000 N NA
 10282169 10282170 RIEPE_0306 RIEPE_0307   dnaX FALSE 0.021 635.000 0.000 1.000 N NA
 10282172 10282173 RIEPE_0309 RIEPE_0310 argS   FALSE 0.140 150.000 0.000 NA N NA
 10282173 10282174 RIEPE_0310 RIEPE_0311     TRUE 0.985 4.000 0.315 NA   NA
 10282175 10282176 RIEPE_0312 RIEPE_0313 aspS ruvC FALSE 0.264 321.000 0.015 0.017 N NA
 10282176 10282177 RIEPE_0313 RIEPE_0314 ruvC groS FALSE 0.018 352.000 0.000 1.000 N NA
 10282177 10282178 RIEPE_0314 RIEPE_0315 groS groL TRUE 0.976 49.000 0.631 1.000 Y NA
 10282178 10282179 RIEPE_0315 RIEPE_0316 groL   FALSE 0.026 172.000 0.000 1.000 N NA
 10282180 10282181 RIEPE_0317 RIEPE_0318 ssrA smpB FALSE 0.169 24.000 0.000 NA   NA
 10282181 10282182 RIEPE_0318 RIEPE_0319 smpB   FALSE 0.020 452.000 0.000 1.000 N NA
 10282185 10282186 RIEPE_0322 RIEPE_0323 lepA lepB TRUE 0.966 16.000 0.187 1.000   NA
 10282186 10282187 RIEPE_0323 RIEPE_0324 lepB rnc TRUE 0.779 124.000 0.117 1.000   NA
 10282187 10282188 RIEPE_0324 RIEPE_0325 rnc pdxJ FALSE 0.218 163.000 0.004 1.000 N NA
 10282188 10282189 RIEPE_0325 RIEPE_0326 pdxJ acpS TRUE 0.988 -43.000 0.326 1.000 N NA
 10282191 10282192 RIEPE_0328 RIEPE_0329     FALSE 0.155 29.000 0.000 NA   NA
 10282192 10282193 RIEPE_0329 RIEPE_0330     FALSE 0.280 -10.000 0.000 NA   NA
 10282193 10282194 RIEPE_0330 RIEPE_0331   glyA FALSE 0.005 158.000 0.000 1.000   NA
 10282194 10282195 RIEPE_0331 RIEPE_0332 glyA   TRUE 0.882 50.000 0.044 1.000   NA
 10282196 10282197 RIEPE_0333 RIEPE_0334     FALSE 0.068 92.000 0.000 NA   NA
 10282198 10282199 RIEPE_0335 RIEPE_0336     FALSE 0.280 -10.000 0.000 NA   NA
 10282199 10282200 RIEPE_0336 RIEPE_0337   ispG FALSE 0.042 317.000 0.004 0.023   NA
 10282200 10282201 RIEPE_0337 RIEPE_0338 ispG hisS TRUE 0.984 2.000 0.207 1.000 N NA
 10282201 10282202 RIEPE_0338 RIEPE_0339 hisS   TRUE 0.935 64.000 0.259 1.000   NA
 10282202 10282203 RIEPE_0339 RIEPE_0340     FALSE 0.215 165.000 0.009 1.000   NA
 10282204 10282205 RIEPE_0341 RIEPE_0342 coaE rrfB FALSE 0.225 12.000 0.000 NA   NA
 10282205 10282206 RIEPE_0342 RIEPE_0344 rrfB rrlB FALSE 0.047 113.000 0.000 NA   NA
 10282206 10282207 RIEPE_0344 RIEPE_0345 rrlB   FALSE 0.030 138.000 0.000 NA   NA
 10282207 10282208 RIEPE_0345 RIEPE_0346   rrsB FALSE 0.081 79.000 0.000 NA   NA
 10282210 10282211 RIEPE_0348 RIEPE_0349   accA TRUE 0.897 104.000 0.123 1.000 N NA
 10282211 10282212 RIEPE_0349 RIEPE_0350 accA   TRUE 0.977 7.000 0.122 1.000 N NA
 10282212 10282213 RIEPE_0350 RIEPE_0351   fabZ FALSE 0.115 916.000 0.003 0.084 N NA
 10282217 10282218 RIEPE_0354 RIEPE_0356 cdsA uppS TRUE 0.992 -25.000 0.400 1.000 Y NA
 10282218 10282219 RIEPE_0356 RIEPE_0357 uppS dxr TRUE 0.909 55.000 0.025 1.000 Y NA
 10282219 10282220 RIEPE_0357 RIEPE_0358 dxr frr TRUE 0.895 65.000 0.032 NA N NA
 10282220 10282221 RIEPE_0358 RIEPE_0359 frr pyrH TRUE 0.991 -28.000 0.626 NA N NA
 10282221 10282222 RIEPE_0359 RIEPE_0360 pyrH tsf TRUE 0.797 165.000 0.416 1.000 N NA
 10282222 10282223 RIEPE_0360 RIEPE_0361 tsf rpsB TRUE 0.961 68.000 0.748 1.000 Y NA
 10282224 10282225 RIEPE_0362 RIEPE_0363 map dapD TRUE 0.587 133.000 0.021 1.000 N NA
 10282228 10282229 RIEPE_0366 RIEPE_0367 thyA lgt TRUE 0.962 38.000 0.164 1.000 N NA
 10282230 10282231 RIEPE_0368 RIEPE_0369     FALSE 0.169 24.000 0.000 NA   NA
 10282231 10282232 RIEPE_0369 RIEPE_0370   thiP TRUE 0.983 -24.000 0.697 0.013 N NA
 10282232 10282233 RIEPE_0370 RIEPE_0371 thiP   TRUE 0.987 -7.000 0.522 1.000 N NA
 10282233 10282234 RIEPE_0371 RIEPE_0372     FALSE 0.284 -28.000 0.000 NA   NA
 10282236 10282237 RIEPE_0374 RIEPE_0375 pdxA ksgA TRUE 0.978 15.000 0.197 1.000 N NA
 10282237 10282238 RIEPE_0375 RIEPE_0376 ksgA   TRUE 0.689 90.000 0.025 1.000   NA
 10282239 10282240 RIEPE_0377 RIEPE_0378 folA   FALSE 0.055 124.000 0.000 1.000 N NA
 10282246 10282247 RIEPE_0383 RIEPE_0385     TRUE 0.310 108.000 0.000 1.000 Y NA
 10282247 10282248 RIEPE_0385 RIEPE_0386   hslU FALSE 0.019 260.000 0.000 1.000 N NA
 10282248 10282249 RIEPE_0386 RIEPE_0387 hslU   TRUE 0.920 12.000 0.008 1.000 Y NA
 10282249 10282250 RIEPE_0387 RIEPE_0388   priA FALSE 0.019 390.000 0.000 1.000 N NA
 10282250 10282251 RIEPE_0388 RIEPE_0389 priA   FALSE 0.077 81.000 0.000 NA   NA
 10282254 10282255 RIEPE_0392 RIEPE_0393   rpmF FALSE 0.237 288.000 0.004 1.000 Y NA
 10282255 10282256 RIEPE_0393 RIEPE_0394 rpmF   TRUE 0.317 535.000 0.014 1.000 N NA
 10282256 10282257 RIEPE_0394 RIEPE_0395   fabD TRUE 0.987 -27.000 0.182 0.020 Y NA
 10282257 10282258 RIEPE_0395 RIEPE_0396 fabD   TRUE 0.989 2.000 0.432 0.020 Y NA
 10282258 10282259 RIEPE_0396 RIEPE_0397   acpP FALSE 0.263 86.000 0.000 0.020 Y NA
 10282259 10282260 RIEPE_0397 RIEPE_0398 acpP   FALSE 0.022 197.000 0.000 1.000 N NA
 10282260 10282261 RIEPE_0398 RIEPE_0399   tmk FALSE 0.121 269.000 0.002 1.000 N NA
 10282261 10282262 RIEPE_0399 RIEPE_0400 tmk   TRUE 0.980 14.000 0.211 1.000 N NA
 10282262 10282263 RIEPE_0400 RIEPE_0401     TRUE 0.988 10.000 0.110 NA Y NA
 10282263 10282264 RIEPE_0401 RIEPE_0402     TRUE 0.932 8.000 0.013 NA N NA
 10282264 10282265 RIEPE_0402 RIEPE_0403     FALSE 0.023 186.000 0.000 1.000 N NA
 10282266 10282267 RIEPE_0404 RIEPE_0405 rpoC rpoB TRUE 0.870 80.000 0.851 0.004   NA
 10282267 10282268 RIEPE_0405 RIEPE_0406 rpoB rplL TRUE 0.677 178.000 0.223 1.000   NA
 10282268 10282269 RIEPE_0406 RIEPE_0407 rplL   TRUE 0.965 54.000 0.884 1.000 Y NA
 10282269 10282270 RIEPE_0407 RIEPE_0408   rplA TRUE 0.827 180.000 0.302 1.000 Y NA
 10282270 10282271 RIEPE_0408 RIEPE_0409 rplA rplK TRUE 0.986 -3.000 0.838 0.090 Y NA
 10282271 10282272 RIEPE_0409 RIEPE_0410 rplK nusG TRUE 0.987 -34.000 0.681 1.000 N NA
 10282272 10282273 RIEPE_0410 RIEPE_0411 nusG   TRUE 0.973 2.000 0.843 1.000   NA
 10282273 10282274 RIEPE_0411 RIEPE_0412   tuf FALSE 0.228 128.000 0.006 1.000   NA
 10282274 10282275 RIEPE_0412 RIEPE_0413 tuf   FALSE 0.104 61.000 0.000 NA   NA
 10282275 10282276 RIEPE_0413 RIEPE_0414     FALSE 0.247 5.000 0.000 NA   NA
 10282276 10282277 RIEPE_0414 RIEPE_0415     FALSE 0.072 87.000 0.000 NA   NA
 10282279 10282280 RIEPE_0417 RIEPE_0418   murB TRUE 0.938 81.000 0.211 1.000 N NA
 10282280 10282281 RIEPE_0418 RIEPE_0419 murB   FALSE 0.016 183.000 0.000 NA   NA
 10282281 10282282 RIEPE_0419 RIEPE_0420   aroE FALSE 0.109 58.000 0.000 NA   NA
 10282282 10282283 RIEPE_0420 RIEPE_0421 aroE   TRUE 0.983 4.000 0.087 NA N NA
 10282284 10282285 RIEPE_0422 RIEPE_0423 def fmt TRUE 0.963 32.000 0.058 1.000 Y NA
 10282285 10282286 RIEPE_0423 RIEPE_0425 fmt   FALSE 0.018 357.000 0.000 1.000 N NA
 10282287 10282288 RIEPE_0424 RIEPE_0426 rplQ rpoA TRUE 0.959 38.000 0.873 1.000 N NA
 10282288 10282289 RIEPE_0426 RIEPE_0427 rpoA rpsD TRUE 0.987 -22.000 0.549 1.000 N NA
 10282289 10282290 RIEPE_0427 RIEPE_0428 rpsD rpsK TRUE 0.979 29.000 0.509 0.089 Y NA
 10282290 10282291 RIEPE_0428 RIEPE_0429 rpsK rpsM TRUE 0.987 -43.000 0.810 0.063 Y NA
 10282291 10282292 RIEPE_0429 RIEPE_0430 rpsM   FALSE 0.276 215.000 0.011 1.000 N NA
 10282292 10282293 RIEPE_0430 RIEPE_0431   rplO TRUE 0.983 4.000 0.730 1.000 N NA
 10282293 10282294 RIEPE_0431 RIEPE_0432 rplO rpsE TRUE 0.934 88.000 0.148 0.089 Y NA
 10282294 10282295 RIEPE_0432 RIEPE_0433 rpsE rplR TRUE 0.986 3.000 0.814 0.089 Y NA
 10282295 10282296 RIEPE_0433 RIEPE_0434 rplR   TRUE 0.983 11.000 0.815 0.063 Y NA
 10282296 10282297 RIEPE_0434 RIEPE_0435   rpsH TRUE 0.972 34.000 0.808 0.063 Y NA
 10282297 10282298 RIEPE_0435 RIEPE_0436 rpsH   TRUE 0.970 55.000 0.473 0.063 Y NA
 10282298 10282299 RIEPE_0436 RIEPE_0437     TRUE 0.987 12.000 0.496 0.063 Y NA
 10282299 10282300 RIEPE_0437 RIEPE_0438   rplX TRUE 0.987 2.000 0.758 0.063 Y NA
 10282300 10282301 RIEPE_0438 RIEPE_0439 rplX rplN TRUE 0.977 22.000 0.810 0.089 Y NA
 10282301 10282302 RIEPE_0439 RIEPE_0440 rplN rpS TRUE 0.976 25.000 0.791 0.089 Y NA
 10282302 10282303 RIEPE_0440 RIEPE_0441 rpS rpmC TRUE 0.971 -13.000 0.828 0.063   NA
 10282303 10282304 RIEPE_0441 RIEPE_0442 rpmC rplP TRUE 0.971 2.000 0.802 0.063   NA
 10282304 10282305 RIEPE_0442 RIEPE_0443 rplP rpsC TRUE 0.983 10.000 0.828 0.089 Y NA
 10282305 10282306 RIEPE_0443 RIEPE_0444 rpsC rplV TRUE 0.981 20.000 0.719 0.089 Y NA
 10282306 10282307 RIEPE_0444 RIEPE_0445 rplV rpsS TRUE 0.984 13.000 0.769 0.089 Y NA
 10282307 10282308 RIEPE_0445 RIEPE_0446 rpsS rplB TRUE 0.981 14.000 0.820 0.089 Y NA
 10282308 10282309 RIEPE_0446 RIEPE_0447 rplB rplW TRUE 0.981 18.000 0.849 1.000 Y NA
 10282309 10282310 RIEPE_0447 RIEPE_0448 rplW rplD TRUE 0.991 2.000 0.513 1.000 Y NA
 10282310 10282311 RIEPE_0448 RIEPE_0449 rplD rplC TRUE 0.979 28.000 0.486 0.063 Y NA
 10282311 10282312 RIEPE_0449 RIEPE_0450 rplC rpsJ TRUE 0.982 22.000 0.307 0.089 Y NA
 10282312 10282313 RIEPE_0450 RIEPE_0451 rpsJ fusA TRUE 0.403 343.000 0.014 1.000 Y NA
 10282313 10282314 RIEPE_0451 RIEPE_0452 fusA rpsG TRUE 0.983 25.000 0.579 1.000 Y NA
 10282314 10282315 RIEPE_0452 RIEPE_0453 rpsG rpsL TRUE 0.956 69.000 0.620 0.014 Y NA
 10282315 10282316 RIEPE_0453 RIEPE_0454 rpsL   FALSE 0.064 100.000 0.000 NA   NA
 10282316 10282317 RIEPE_0454 RIEPE_0455     FALSE 0.012 330.000 0.000 NA   NA
 10282317 10282318 RIEPE_0455 RIEPE_0456   ribE FALSE 0.085 72.000 0.000 NA   NA
 10282320 10282321 RIEPE_0458 RIEPE_0459 mviN   FALSE 0.095 65.000 0.000 NA   NA
 10282323 10282324 RIEPE_0461 RIEPE_0462   prfA TRUE 0.776 271.000 0.229 1.000 Y NA
 10282324 10282325 RIEPE_0462 RIEPE_0463 prfA   FALSE 0.272 -3.000 0.000 NA   NA
 10282326 10282327 RIEPE_0464 RIEPE_0465 ispE   TRUE 0.970 0.000 0.053 1.000 N NA
 10282327 10282328 RIEPE_0465 RIEPE_0466   pth TRUE 0.741 65.000 0.011 1.000 N NA
 10282329 10282330 RIEPE_0467 RIEPE_0468 alr dnaB FALSE 0.295 13.000 0.000 1.000 N NA
 10282336 10282337 RIEPE_0475 RIEPE_0476 ftsZ ftsA TRUE 0.981 37.000 0.460 1.000 Y NA
 10282337 10282338 RIEPE_0476 RIEPE_0477 ftsA   FALSE 0.023 154.000 0.000 NA   NA
 10282338 10282339 RIEPE_0477 RIEPE_0478     FALSE 0.284 -30.000 0.000 NA   NA
 10282339 10282340 RIEPE_0478 RIEPE_0479     FALSE 0.104 61.000 0.000 NA   NA
 10282340 10282341 RIEPE_0479 RIEPE_0480   murC TRUE 0.986 -10.000 0.153 0.016 Y NA
 10282341 10282342 RIEPE_0480 RIEPE_0481 murC murG TRUE 0.979 38.000 0.283 1.000 Y NA
 10282342 10282343 RIEPE_0481 RIEPE_0482 murG   TRUE 0.984 5.000 0.647 1.000 N NA
 10282343 10282344 RIEPE_0482 RIEPE_0483   murD TRUE 0.971 22.000 0.297 0.009 N NA
 10282344 10282345 RIEPE_0483 RIEPE_0484 murD mraY TRUE 0.989 -6.000 0.647 0.016 Y NA
 10282345 10282346 RIEPE_0484 RIEPE_0485 mraY   TRUE 0.989 -3.000 0.309 0.016 Y NA
 10282346 10282347 RIEPE_0485 RIEPE_0486     TRUE 0.989 -18.000 0.569 0.009 Y NA
 10282347 10282348 RIEPE_0486 RIEPE_0487     TRUE 0.982 -3.000 0.059 1.000 Y NA
 10282348 10282349 RIEPE_0487 RIEPE_0488     FALSE 0.272 -3.000 0.000 NA   NA
 10282349 10282350 RIEPE_0488 RIEPE_0489   mraW FALSE 0.247 5.000 0.000 NA   NA
 10282353 10282354 RIEPE_0492 RIEPE_0493     FALSE 0.014 669.000 0.000 NA   NA
 10282354 10282355 RIEPE_0493 RIEPE_0494     TRUE 0.990 -10.000 0.789 1.000 Y NA
 10282355 10282356 RIEPE_0494 RIEPE_0495     TRUE 0.988 4.000 0.286 0.012 Y NA
 10282356 10282357 RIEPE_0495 RIEPE_0496     TRUE 0.484 126.000 0.007 0.012 Y NA
 10282359 10282360 RIEPE_0498 RIEPE_0499     FALSE 0.050 111.000 0.000 NA   NA
 10282360 10282361 RIEPE_0499 RIEPE_0500     FALSE 0.087 -3.000 0.000 1.000   NA
 10282361 10282362 RIEPE_0500 RIEPE_0501   aroC TRUE 0.918 52.000 0.081 1.000   NA
 10282362 10282363 RIEPE_0501 RIEPE_0502 aroC   FALSE 0.018 375.000 0.000 1.000 N NA
 10282363 10282364 RIEPE_0502 RIEPE_0503     TRUE 0.737 152.000 0.069 1.000 N NA
 10282366 10282367 RIEPE_0505 RIEPE_0506 truA accD TRUE 0.528 220.000 0.044 1.000 N NA
 10282367 10282368 RIEPE_0506 RIEPE_0507 accD folC TRUE 0.987 -3.000 0.383 1.000 N NA
 10282368 10282369 RIEPE_0507 RIEPE_0508 folC   TRUE 0.557 40.000 0.000 1.000 Y NA
 10282370 10282371 RIEPE_0509 RIEPE_0510   ackA TRUE 0.887 67.000 0.073 1.000   NA
 10282371 10282372 RIEPE_0510 RIEPE_0511 ackA   FALSE 0.013 246.000 0.000 NA   NA
 10282372 10282373 RIEPE_0511 RIEPE_0512     FALSE 0.015 704.000 0.000 NA   NA
 10282373 10282374 RIEPE_0512 RIEPE_0513     FALSE 0.044 115.000 0.000 NA   NA
 10282375 10282376 RIEPE_0514 RIEPE_0515     FALSE 0.015 764.000 0.000 NA   NA
 10282376 10282377 RIEPE_0515 RIEPE_0516     FALSE 0.122 53.000 0.002 0.003   NA
 10282378 10282379 RIEPE_0517 RIEPE_0518 rpmG rpmB TRUE 0.979 -28.000 0.332 0.061   NA
 10282380 10282381 RIEPE_0519 RIEPE_0520 murI pgi FALSE 0.029 163.000 0.000 1.000 N NA
 10282381 10282382 RIEPE_0520 RIEPE_0521 pgi ubiA FALSE 0.114 80.000 0.000 1.000 N NA
 10282383 10282384 RIEPE_0522 RIEPE_0523     FALSE 0.015 211.000 0.000 NA   NA
 10282384 10282385 RIEPE_0523 RIEPE_0525     FALSE 0.155 29.000 0.000 NA   NA
 10282385 10282386 RIEPE_0525 RIEPE_0526   pgsA FALSE 0.065 98.000 0.000 NA   NA
 10282386 10282387 RIEPE_0526 RIEPE_0527 pgsA   FALSE 0.020 516.000 0.000 1.000 N NA
 10282387 10282388 RIEPE_0527 RIEPE_0528     FALSE 0.073 174.000 0.000 0.038 Y NA
 10282388 10282389 RIEPE_0528 RIEPE_0529     FALSE 0.014 233.000 0.000 NA   NA
 10282389 10282390 RIEPE_0529 RIEPE_0530     FALSE 0.050 111.000 0.000 NA   NA
 10282390 10282391 RIEPE_0530 RIEPE_0531     FALSE 0.126 48.000 0.000 NA   NA
 10282391 10282392 RIEPE_0531 RIEPE_0532     FALSE 0.026 170.000 0.000 1.000 N NA
 10282393 10282394 RIEPE_0533 RIEPE_0534 aroK   TRUE 0.990 -3.000 0.208 1.000 Y NA
 10282396 10282397 RIEPE_0536 RIEPE_0537 rpe trpS TRUE 0.802 75.000 0.022 1.000 N NA
 10282398 10282399 RIEPE_0538 RIEPE_0539     FALSE 0.101 221.000 0.000 1.000 Y NA
 10282399 10282400 RIEPE_0539 RIEPE_0540     FALSE 0.079 397.000 0.000 NA N NA
 10282400 10282401 RIEPE_0540 RIEPE_0541     TRUE 0.433 111.000 0.005 NA   NA
 10282401 10282402 RIEPE_0541 RIEPE_0542     TRUE 0.917 79.000 0.115 NA   NA
 10282402 10282403 RIEPE_0542 RIEPE_0543     FALSE 0.012 377.000 0.000 NA   NA
 10282404 10282405 RIEPE_0544 RIEPE_0545     TRUE 0.868 27.000 0.034 0.003   NA
 10282405 10282406 RIEPE_0545 RIEPE_0546     FALSE 0.025 173.000 0.000 1.000 N NA
 10282408 10282409 RIEPE_0548 RIEPE_0549 dnaK dnaJ TRUE 0.937 101.000 0.236 0.007 Y NA
 10282409 10282410 RIEPE_0549 RIEPE_0550 dnaJ nhaA FALSE 0.018 280.000 0.000 1.000 N NA
 10282412 10282413 RIEPE_0552 RIEPE_0553 ribF ileS TRUE 0.985 4.000 0.254 1.000 N NA
 10282413 10282414 RIEPE_0553 RIEPE_0554 ileS lspA TRUE 0.971 -31.000 0.045 1.000 N NA
 10282414 10282415 RIEPE_0554 RIEPE_0555 lspA ispH TRUE 0.755 134.000 0.033 1.000 Y NA
 10282415 10282416 RIEPE_0555 RIEPE_0556 ispH dapB TRUE 0.705 66.000 0.009 1.000 N NA
 10282416 10282417 RIEPE_0556 RIEPE_0557 dapB   FALSE 0.019 264.000 0.000 1.000 N NA
 10282418 10282419 RIEPE_0558 RIEPE_0559 ptsI   TRUE 0.962 55.000 0.187 0.003 Y NA
 10282420 10282421 RIEPE_0560 RIEPE_0561   ligA FALSE 0.013 396.000 0.000 NA   NA
 10282423 10282424 RIEPE_0563 RIEPE_0564 bioB   TRUE 0.989 -13.000 0.168 1.000 Y NA
 10282424 10282425 RIEPE_0564 RIEPE_0565   bioC TRUE 0.982 -16.000 0.133 1.000 N NA
 10282425 10282426 RIEPE_0565 RIEPE_0566 bioC bioD TRUE 0.964 -7.000 0.054 0.009 N NA
 10282426 10282427 RIEPE_0566 RIEPE_0567 bioD   FALSE 0.015 193.000 0.000 NA   NA
 10282428 10282429 RIEPE_0568 RIEPE_0569     FALSE 0.013 239.000 0.000 NA   NA
 10282434 10282435 RIEPE_0574 RIEPE_0575 glyQ glyS TRUE 0.987 3.000 0.651 0.003 Y NA
 10282436 10282437 RIEPE_0576 RIEPE_0577     FALSE 0.140 38.000 0.000 NA   NA
 10282437 10282438 RIEPE_0577 RIEPE_0578     FALSE 0.247 5.000 0.000 NA   NA
 10282438 10282439 RIEPE_0578 RIEPE_0579   dnaG1 TRUE 0.922 105.000 0.299 1.000 N NA
 10282439 10282440 RIEPE_0579 RIEPE_0580 dnaG1 rpsU1 TRUE 0.949 34.000 0.067 1.000 N NA
 10282441 10282442 RIEPE_0581 RIEPE_0582   folB1 TRUE 0.799 55.000 0.014 1.000 N NA
 10282443 10282444 RIEPE_0583 RIEPE_0584     FALSE 0.012 275.000 0.000 NA   NA
 10282445 10282446 RIEPE_0585 RIEPE_0586     FALSE 0.026 170.000 0.000 1.000 N NA
 10282446 10282447 RIEPE_0586 RIEPE_0587     FALSE 0.059 104.000 0.000 NA   NA
 10282448 10282449 RIEPE_0588 RIEPE_0589     FALSE 0.026 170.000 0.000 1.000 N NA
 10282450 10282451 RIEPE_0590 RIEPE_0591     FALSE 0.012 275.000 0.000 NA   NA
 10282452 10282453 RIEPE_0592 RIEPE_0593 folB2   TRUE 0.799 55.000 0.014 1.000 N NA
 10282454 10282455 RIEPE_0594 RIEPE_0595 rpsU2 dnaG2 TRUE 0.949 34.000 0.067 1.000 N NA
 10282455 10282456 RIEPE_0595 RIEPE_0597 dnaG2   TRUE 0.922 105.000 0.299 1.000 N NA
 10281859 10281860 RIEPE_A0001 RIEPE_A0002 panB panC TRUE 0.989 2.000 0.395 0.003 Y NA
 10281863 10281864 RIEPE_A0005 RIEPE_A0006     FALSE 0.185 20.000 0.000 NA   NA
 10281864 10281865 RIEPE_A0006 RIEPE_A0007     FALSE 0.028 140.000 0.000 NA   NA
 10281865 10281866 RIEPE_A0007 RIEPE_A0008     FALSE 0.185 20.000 0.000 NA   NA
 10281866 10281867 RIEPE_A0008 RIEPE_A0009   panE FALSE 0.028 140.000 0.000 NA   NA
 10281867 10281868 RIEPE_A0009 RIEPE_A0010 panE   FALSE 0.107 59.000 0.000 NA   NA
 10281868 10281869 RIEPE_A0010 RIEPE_A0011     FALSE 0.013 510.000 0.000 NA   NA
 10281869 10281870 RIEPE_A0011 RIEPE_A0012     FALSE 0.013 416.000 0.000 NA   NA