MicrobesOnline Operon Predictions for Clostridium botulinum E3 str. Alaska E43

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5740844 5740845 CLH_0001 CLH_0002 dnaA dnaN TRUE 0.698 261.000 0.328 1.000 Y NA
 5740845 5740846 CLH_0002 CLH_0003 dnaN yaaA TRUE 0.896 39.000 0.103 1.000   NA
 5740846 5740847 CLH_0003 CLH_0004 yaaA   TRUE 0.871 72.000 0.209 1.000   NA
 5740847 5740848 CLH_0004 CLH_0005     TRUE 0.929 15.000 0.024 NA   NA
 5740848 5740849 CLH_0005 CLH_0006   gyrB TRUE 0.787 36.000 0.017 NA   NA
 5740849 5740850 CLH_0006 CLH_0007 gyrB gyrA TRUE 0.993 23.000 0.306 0.002 Y NA
 5740850 5740851 CLH_0007 CLH_0008 gyrA rrsI FALSE 0.005 519.000 0.000 NA   NA
 5740851 5740852 CLH_0008 CLH_0010 rrsI rrlI FALSE 0.029 229.000 0.000 NA   NA
 5740852 5740853 CLH_0010 CLH_0011 rrlI rrfI FALSE 0.258 60.000 0.000 NA   NA
 5740853 5740854 CLH_0011 CLH_0012 rrfI   TRUE 0.677 4.000 0.000 NA   NA
 5740854 5740855 CLH_0012 CLH_0013     TRUE 0.677 4.000 0.000 NA   NA
 5740855 5740856 CLH_0013 CLH_0014     FALSE 0.216 83.000 0.000 NA   NA
 5740856 5740857 CLH_0014 CLH_0015     FALSE 0.328 39.000 0.000 1.000   NA
 5740857 5740858 CLH_0015 CLH_0016     TRUE 0.927 13.000 0.021 1.000   NA
 5740858 5740859 CLH_0016 CLH_0017     TRUE 0.982 19.000 0.370 NA   NA
 5740859 5740860 CLH_0017 CLH_0018   serS FALSE 0.010 316.000 0.000 NA   NA
 5740860 5740861 CLH_0018 CLH_0019 serS   FALSE 0.020 252.000 0.000 NA   NA
 5740861 5740862 CLH_0019 CLH_0020     FALSE 0.414 34.000 0.000 NA   NA
 5740862 5740863 CLH_0020 CLH_0021     FALSE 0.016 272.000 0.000 NA   NA
 5740863 5740864 CLH_0021 CLH_0022     FALSE 0.414 34.000 0.000 NA   NA
 5740864 5740865 CLH_0022 CLH_0023     FALSE 0.008 354.000 0.000 NA   NA
 5740865 5740866 CLH_0023 CLH_0024   addB TRUE 0.792 39.000 0.029 1.000 N NA
 5740866 5740867 CLH_0024 CLH_0025 addB addA TRUE 0.993 26.000 0.408 0.005 Y NA
 5740871 5740872 CLH_0029 CLH_0030     FALSE 0.175 131.000 0.000 NA   NA
 5740872 5740873 CLH_0030 CLH_0031     FALSE 0.024 240.000 0.000 NA   NA
 5740875 5740876 CLH_0033 CLH_0034     FALSE 0.009 313.000 0.000 1.000   NA
 5740876 5740877 CLH_0034 CLH_0035     FALSE 0.013 277.000 0.000 1.000   NA
 5740879 5740880 CLH_0037 CLH_0038     FALSE 0.088 175.000 0.000 NA   NA
 5740880 5740881 CLH_0038 CLH_0039     FALSE 0.063 189.000 0.000 NA   NA
 5740883 5740884 CLH_0041 CLH_0042     TRUE 0.917 1.000 0.017 NA   NA
 5740884 5740885 CLH_0042 CLH_0043     FALSE 0.005 466.000 0.000 NA   NA
 5740887 5740888 CLH_0045 CLH_0046   proB FALSE 0.066 173.000 0.000 1.000 N NA
 5740888 5740889 CLH_0046 CLH_0047 proB proA TRUE 0.995 17.000 0.281 0.002 Y NA
 5740889 5740890 CLH_0047 CLH_0048 proA   FALSE 0.155 130.000 0.000 1.000   NA
 5740890 5740891 CLH_0048 CLH_0049     FALSE 0.008 346.000 0.000 NA   NA
 5740891 5740892 CLH_0049 CLH_0050     TRUE 0.936 -22.000 0.078 NA   NA
 5740892 5740893 CLH_0050 CLH_0051     FALSE 0.030 227.000 0.000 NA   NA
 5740893 5740894 CLH_0051 CLH_0052     FALSE 0.004 384.000 0.000 0.074   NA
 5740894 5740895 CLH_0052 CLH_0053     FALSE 0.183 96.000 0.000 1.000   NA
 5740895 5740896 CLH_0053 CLH_0054   carA FALSE 0.005 373.000 0.000 1.000 N NA
 5740896 5740897 CLH_0054 CLH_0055 carA carB TRUE 0.988 15.000 0.054 0.001 Y NA
 5740898 5740899 CLH_0056 CLH_0057     FALSE 0.010 283.000 0.000 1.000 N NA
 5740900 5740901 CLH_0058 CLH_0059 murI   FALSE 0.432 141.000 0.007 1.000 N NA
 5740901 5740902 CLH_0059 CLH_0060     FALSE 0.445 179.000 0.045 NA   NA
 5740902 5740903 CLH_0060 CLH_0061     TRUE 0.981 2.000 0.231 NA   NA
 5740903 5740904 CLH_0061 CLH_0062     TRUE 0.702 164.000 0.154 1.000   NA
 5740904 5740905 CLH_0062 CLH_0063     TRUE 0.888 90.000 0.286 1.000   NA
 5740906 5740907 CLH_0064 CLH_0065     TRUE 0.741 152.000 0.133 NA   NA
 5740908 5740909 CLH_0066 CLH_0067     TRUE 0.745 93.000 0.058 NA   NA
 5740909 5740910 CLH_0067 CLH_0068     TRUE 0.955 1.000 0.067 1.000   NA
 5740911 5740912 CLH_0069 CLH_0070     FALSE 0.004 548.000 0.000 NA   NA
 5740913 5740914 CLH_0071 CLH_0072     TRUE 0.998 6.000 0.606 1.000 Y NA
 5740914 5740915 CLH_0072 CLH_0073     FALSE 0.012 295.000 0.000 NA   NA
 5740915 5740916 CLH_0073 CLH_0074     TRUE 0.977 35.000 0.750 NA   NA
 5740916 5740917 CLH_0074 CLH_0075     TRUE 0.894 117.000 0.333 NA   NA
 5740917 5740918 CLH_0075 CLH_0076     FALSE 0.014 282.000 0.000 NA   NA
 5740918 5740919 CLH_0076 CLH_0077     FALSE 0.049 203.000 0.000 NA   NA
 5740919 5740920 CLH_0077 CLH_0078   ileS FALSE 0.005 478.000 0.000 NA   NA
 5740920 5740921 CLH_0078 CLH_0079 ileS   FALSE 0.518 107.000 0.009 1.000 N NA
 5740921 5740922 CLH_0079 CLH_0080     FALSE 0.012 295.000 0.000 NA   NA
 5740922 5740923 CLH_0080 CLH_0081     FALSE 0.186 126.000 0.000 NA   NA
 5740925 5740926 CLH_0083 CLH_0084     TRUE 0.991 16.000 0.655 NA   NA
 5740926 5740927 CLH_0084 CLH_0085     FALSE 0.202 105.000 0.000 NA   NA
 5740927 5740928 CLH_0085 CLH_0086     TRUE 0.707 174.000 0.205 NA   NA
 5740928 5740929 CLH_0086 CLH_0087     FALSE 0.004 561.000 0.000 NA   NA
 5740929 5740930 CLH_0087 CLH_0088     FALSE 0.005 411.000 0.000 NA N NA
 5740932 5740933 CLH_0090 CLH_0091     FALSE 0.155 127.000 0.000 NA N NA
 5740933 5740934 CLH_0091 CLH_0092     FALSE 0.004 457.000 0.000 NA N NA
 5740934 5740935 CLH_0092 CLH_0093   dhaK TRUE 0.902 113.000 0.026 1.000 Y NA
 5740935 5740936 CLH_0093 CLH_0094 dhaK   TRUE 0.989 28.000 0.226 0.001 Y NA
 5740936 5740937 CLH_0094 CLH_0095     TRUE 0.971 3.000 0.118 1.000   NA
 5740937 5740938 CLH_0095 CLH_0096   metG FALSE 0.004 584.000 0.000 1.000   NA
 5740938 5740939 CLH_0096 CLH_0097 metG   FALSE 0.212 304.000 0.221 NA N NA
 5740939 5740940 CLH_0097 CLH_0098     FALSE 0.014 283.000 0.000 NA   NA
 5740940 5740941 CLH_0098 CLH_0099     FALSE 0.365 168.000 0.013 1.000   NA
 5740941 5740942 CLH_0099 CLH_0100   ksgA TRUE 0.966 4.000 0.093 1.000 N NA
 5740942 5740943 CLH_0100 CLH_0101 ksgA   FALSE 0.214 193.000 0.006 NA   NA
 5740943 5740944 CLH_0101 CLH_0102     TRUE 0.986 11.000 0.312 NA   NA
 5740944 5740945 CLH_0102 CLH_0103   lgt FALSE 0.525 98.000 0.005 NA   NA
 5740945 5740946 CLH_0103 CLH_0104 lgt   TRUE 0.895 1.000 0.006 NA   NA
 5740946 5740947 CLH_0104 CLH_0105     TRUE 0.956 16.000 0.067 NA   NA
 5740947 5740948 CLH_0105 CLH_0106     TRUE 0.673 67.000 0.029 1.000 N NA
 5740949 5740950 CLH_0107 CLH_0108     FALSE 0.019 256.000 0.000 NA   NA
 5740950 5740951 CLH_0108 CLH_0109     FALSE 0.094 173.000 0.000 NA   NA
 5740951 5740952 CLH_0109 CLH_0110     TRUE 0.663 2.000 0.000 NA   NA
 5740953 5740954 CLH_0111 CLH_0112 nrdD nifV FALSE 0.004 428.000 0.000 1.000 N NA
 5740954 5740955 CLH_0112 CLH_0113 nifV   FALSE 0.512 178.000 0.074 1.000 N NA
 5740955 5740956 CLH_0113 CLH_0114     FALSE 0.024 220.000 0.000 1.000 N NA
 5740956 5740957 CLH_0114 CLH_0115   nrdG FALSE 0.022 224.000 0.000 1.000 N NA
 5740957 5740958 CLH_0115 CLH_0116 nrdG   FALSE 0.519 77.000 0.005 1.000 N NA
 5740958 5740959 CLH_0116 CLH_0117     FALSE 0.003 473.000 0.000 1.000 N NA
 5740959 5740960 CLH_0117 CLH_0118     TRUE 0.721 80.000 0.053 1.000 N NA
 5740960 5740961 CLH_0118 CLH_0119     TRUE 0.807 92.000 0.000 1.000 Y NA
 5740961 5740962 CLH_0119 CLH_0120     TRUE 0.995 25.000 0.650 0.032 Y NA
 5740962 5740963 CLH_0120 CLH_0121     TRUE 0.998 0.000 0.925 0.032 Y NA
 5740965 5740966 CLH_0123 CLH_0124     FALSE 0.004 1126.000 0.000 NA   NA
 5740966 5740967 CLH_0124 CLH_0125     TRUE 0.981 19.000 0.333 NA   NA
 5740967 5740968 CLH_0125 CLH_0126     FALSE 0.241 65.000 0.000 NA   NA
 5740968 5740969 CLH_0126 CLH_0127     TRUE 0.663 2.000 0.000 NA   NA
 5740971 5740972 CLH_0129 CLH_0130     TRUE 0.627 18.000 0.000 NA   NA
 5740972 5740973 CLH_0130 CLH_0131     FALSE 0.533 24.000 0.000 NA   NA
 5740973 5740974 CLH_0131 CLH_0132     FALSE 0.042 210.000 0.000 NA   NA
 5740974 5740975 CLH_0132 CLH_0133     FALSE 0.201 115.000 0.000 NA   NA
 5740976 5740977 CLH_0134 CLH_0135 asnS   FALSE 0.005 407.000 0.000 1.000   NA
 5740980 5740981 CLH_0138 CLH_0139 purR   TRUE 0.774 121.000 0.099 1.000 N NA
 5740981 5740982 CLH_0139 CLH_0140   glmU TRUE 0.676 188.000 0.011 1.000 Y NA
 5740982 5740983 CLH_0140 CLH_0141 glmU prs TRUE 0.845 46.000 0.069 1.000 N NA
 5740983 5740984 CLH_0141 CLH_0142 prs   TRUE 0.803 115.000 0.123 1.000 N NA
 5740984 5740985 CLH_0142 CLH_0143   pth FALSE 0.157 81.000 0.000 1.000 N NA
 5740985 5740986 CLH_0143 CLH_0144 pth mfd TRUE 0.971 15.000 0.137 1.000 N NA
 5740986 5740987 CLH_0144 CLH_0145 mfd   FALSE 0.406 136.000 0.002 1.000 N NA
 5740987 5740988 CLH_0145 CLH_0146   spoVT FALSE 0.049 192.000 0.000 NA N NA
 5740988 5740989 CLH_0146 CLH_0147 spoVT   TRUE 0.803 102.000 0.108 NA   NA
 5740989 5740990 CLH_0147 CLH_0148     TRUE 0.912 15.000 0.015 1.000   NA
 5740990 5740991 CLH_0148 CLH_0149   hup FALSE 0.216 202.000 0.014 1.000   NA
 5740991 5740992 CLH_0149 CLH_0150 hup   TRUE 0.718 52.000 0.024 1.000 N NA
 5740992 5740993 CLH_0150 CLH_0151   yabP TRUE 0.769 133.000 0.108 NA   NA
 5740993 5740994 CLH_0151 CLH_0152 yabP yabQ TRUE 0.963 54.000 0.774 NA   NA
 5740994 5740995 CLH_0152 CLH_0153 yabQ   TRUE 0.779 79.000 0.074 NA   NA
 5740995 5740996 CLH_0153 CLH_0154     TRUE 0.868 56.000 0.134 1.000 N NA
 5740996 5740997 CLH_0154 CLH_0155     FALSE 0.026 235.000 0.000 NA   NA
 5740997 5740998 CLH_0155 CLH_0156     TRUE 0.606 19.000 0.000 NA   NA
 5740998 5740999 CLH_0156 CLH_0157     TRUE 0.682 10.000 0.000 NA   NA
 5740999 5741000 CLH_0157 CLH_0158     TRUE 0.680 5.000 0.000 NA   NA
 5741000 5741001 CLH_0158 CLH_0159     TRUE 0.587 20.000 0.000 NA   NA
 5741001 5741002 CLH_0159 CLH_0160     TRUE 0.682 10.000 0.000 NA   NA
 5741002 5741003 CLH_0160 CLH_0161     TRUE 0.680 5.000 0.000 NA   NA
 5741003 5741004 CLH_0161 CLH_0162   spoIIE FALSE 0.004 584.000 0.000 NA   NA
 5741004 5741005 CLH_0162 CLH_0163 spoIIE   TRUE 0.610 139.000 0.041 1.000 N NA
 5741005 5741006 CLH_0163 CLH_0164   hpt TRUE 0.972 6.000 0.137 0.053 N NA
 5741006 5741007 CLH_0164 CLH_0165 hpt   TRUE 0.851 74.000 0.180 1.000 N NA
 5741007 5741008 CLH_0165 CLH_0166   fhs FALSE 0.023 222.000 0.000 1.000 N NA
 5741008 5741009 CLH_0166 CLH_0167 fhs   FALSE 0.523 122.000 0.011 1.000 N NA
 5741009 5741010 CLH_0167 CLH_0168     TRUE 0.953 6.000 0.054 1.000 N NA
 5741010 5741011 CLH_0168 CLH_0169     FALSE 0.233 188.000 0.005 NA   NA
 5741011 5741012 CLH_0169 CLH_0170   greA TRUE 0.626 115.000 0.023 NA   NA
 5741012 5741013 CLH_0170 CLH_0171 greA lysS TRUE 0.876 45.000 0.098 1.000 N NA
 5741013 5741014 CLH_0171 CLH_0172 lysS   FALSE 0.024 240.000 0.000 NA   NA
 5741014 5741015 CLH_0172 CLH_0173     FALSE 0.009 334.000 0.000 NA   NA
 5741015 5741016 CLH_0173 CLH_0174     FALSE 0.009 334.000 0.000 NA   NA
 5741018 5741019 CLH_0176 CLH_0177     FALSE 0.424 33.000 0.000 NA   NA
 5741019 5741020 CLH_0177 CLH_0178     FALSE 0.557 22.000 0.000 NA   NA
 5741020 5741021 CLH_0178 CLH_0179     FALSE 0.079 179.000 0.000 NA   NA
 5741021 5741022 CLH_0179 CLH_0180   glyS FALSE 0.234 67.000 0.000 NA   NA
 5741022 5741023 CLH_0180 CLH_0181 glyS murD FALSE 0.192 188.000 0.002 1.000 N NA
 5741025 5741026 CLH_0183 CLH_0184 rrsJ   FALSE 0.190 124.000 0.000 NA   NA
 5741026 5741027 CLH_0184 CLH_0185     TRUE 0.671 3.000 0.000 NA   NA
 5741027 5741028 CLH_0185 CLH_0187   rrlJ FALSE 0.201 108.000 0.000 NA   NA
 5741028 5741029 CLH_0187 CLH_0188 rrlJ rrfJ FALSE 0.261 59.000 0.000 NA   NA
 5741029 5741030 CLH_0188 CLH_0189 rrfJ   TRUE 0.682 6.000 0.000 NA   NA
 5741030 5741031 CLH_0189 CLH_0190     TRUE 0.654 1.000 0.000 NA   NA
 5741035 5741036 CLH_0194 CLH_0195     TRUE 0.575 -10.000 0.000 NA   NA
 5741036 5741037 CLH_0195 CLH_0196     FALSE 0.133 153.000 0.000 NA   NA
 5741037 5741038 CLH_0196 CLH_0197     TRUE 0.668 115.000 0.034 NA   NA
 5741038 5741039 CLH_0197 CLH_0198     TRUE 0.926 12.000 0.018 NA   NA
 5741039 5741040 CLH_0198 CLH_0199     TRUE 0.987 4.000 0.372 NA   NA
 5741040 5741041 CLH_0199 CLH_0200     FALSE 0.421 145.000 0.005 NA   NA
 5741043 5741044 CLH_0202 CLH_0203     TRUE 0.991 15.000 0.681 NA   NA
 5741044 5741045 CLH_0203 CLH_0204     TRUE 0.988 -16.000 0.848 1.000   NA
 5741045 5741046 CLH_0204 CLH_0205     TRUE 0.932 31.000 0.129 1.000 N NA
 5741046 5741047 CLH_0205 CLH_0206     FALSE 0.078 429.000 0.000 1.000 Y NA
 5741047 5741048 CLH_0206 CLH_0207     TRUE 0.986 2.000 0.027 1.000 Y NA
 5741049 5741050 CLH_0208 CLH_0209     FALSE 0.232 68.000 0.000 NA   NA
 5741051 5741052 CLH_0210 CLH_0211 radA   TRUE 0.968 18.000 0.126 NA   NA
 5741054 5741055 CLH_0213 CLH_0214   ispD TRUE 0.966 19.000 0.134 NA   NA
 5741055 5741056 CLH_0214 CLH_0215 ispD proS FALSE 0.032 323.000 0.002 1.000 N NA
 5741056 5741057 CLH_0215 CLH_0216 proS cysS TRUE 0.973 20.000 0.005 0.052 Y NA
 5741057 5741058 CLH_0216 CLH_0217 cysS   TRUE 0.886 50.000 0.129 1.000   NA
 5741058 5741059 CLH_0217 CLH_0218     TRUE 0.974 6.000 0.150 0.005   NA
 5741059 5741060 CLH_0218 CLH_0219     TRUE 0.950 23.000 0.109 NA   NA
 5741060 5741061 CLH_0219 CLH_0220   sigH TRUE 0.907 87.000 0.361 NA   NA
 5741061 5741062 CLH_0220 CLH_0221 sigH   FALSE 0.218 78.000 0.000 NA   NA
 5741062 5741063 CLH_0221 CLH_0222   tuf FALSE 0.261 59.000 0.000 NA   NA
 5741063 5741064 CLH_0222 CLH_0223 tuf rpmG TRUE 0.891 163.000 0.099 1.000 Y NA
 5741064 5741065 CLH_0223 CLH_0224 rpmG secE TRUE 0.867 50.000 0.100 1.000   NA
 5741065 5741066 CLH_0224 CLH_0225 secE nusG TRUE 0.976 38.000 0.843 1.000   NA
 5741066 5741067 CLH_0225 CLH_0226 nusG rplK TRUE 0.939 78.000 0.681 1.000 N NA
 5741067 5741068 CLH_0226 CLH_0227 rplK rplA TRUE 0.990 55.000 0.838 0.026 Y NA
 5741068 5741069 CLH_0227 CLH_0228 rplA rplJ TRUE 0.839 211.000 0.302 1.000 Y NA
 5741069 5741070 CLH_0228 CLH_0229 rplJ rplL TRUE 0.990 58.000 0.884 1.000 Y NA
 5741070 5741071 CLH_0229 CLH_0230 rplL rpoB FALSE 0.145 366.000 0.223 1.000 N NA
 5741071 5741072 CLH_0230 CLH_0231 rpoB rpoC TRUE 0.997 22.000 0.851 0.001 Y NA
 5741072 5741073 CLH_0231 CLH_0232 rpoC rpsL FALSE 0.082 297.000 0.035 1.000 N NA
 5741073 5741074 CLH_0232 CLH_0233 rpsL rpsG TRUE 0.940 146.000 0.224 0.004 Y NA
 5741074 5741075 CLH_0233 CLH_0234 rpsG fusA TRUE 0.981 79.000 0.579 1.000 Y NA
 5741075 5741076 CLH_0234 CLH_0235 fusA tuf TRUE 0.973 93.000 0.400 0.002 Y NA
 5741076 5741077 CLH_0235 CLH_0236 tuf rpsJ FALSE 0.377 482.000 0.318 1.000 Y NA
 5741077 5741078 CLH_0236 CLH_0237 rpsJ rplC TRUE 0.977 73.000 0.467 0.026 Y NA
 5741078 5741079 CLH_0237 CLH_0238 rplC rplD TRUE 0.994 26.000 0.544 0.020 Y NA
 5741079 5741080 CLH_0238 CLH_0239 rplD rplW TRUE 0.995 0.000 0.307 0.020 Y NA
 5741080 5741081 CLH_0239 CLH_0240 rplW rplB TRUE 0.988 60.000 0.849 0.026 Y NA
 5741081 5741082 CLH_0240 CLH_0241 rplB rpsS TRUE 0.986 68.000 0.820 0.026 Y NA
 5741082 5741083 CLH_0241 CLH_0242 rpsS rplV TRUE 0.997 21.000 0.769 0.026 Y NA
 5741083 5741084 CLH_0242 CLH_0243 rplV rpsC TRUE 0.997 19.000 0.719 0.026 Y NA
 5741084 5741085 CLH_0243 CLH_0244 rpsC rplP TRUE 0.998 18.000 0.828 0.026 Y NA
 5741085 5741086 CLH_0244 CLH_0245 rplP rpmC TRUE 0.998 0.000 0.802 0.020 Y NA
 5741086 5741087 CLH_0245 CLH_0246 rpmC rpsQ TRUE 0.996 24.000 0.828 0.020 Y NA
 5741087 5741088 CLH_0246 CLH_0247 rpsQ rplN TRUE 0.995 29.000 0.791 0.026 Y NA
 5741088 5741089 CLH_0247 CLH_0248 rplN rplX TRUE 0.998 16.000 0.810 0.026 Y NA
 5741089 5741090 CLH_0248 CLH_0249 rplX rplE TRUE 0.996 24.000 0.758 0.020 Y NA
 5741090 5741091 CLH_0249 CLH_0250 rplE rpsN TRUE 0.996 17.000 0.496 0.020 Y NA
 5741091 5741092 CLH_0250 CLH_0251 rpsN rpsH TRUE 0.992 31.000 0.473 0.020 Y NA
 5741092 5741093 CLH_0251 CLH_0252 rpsH   TRUE 0.985 73.000 0.808 0.020 Y NA
 5741093 5741094 CLH_0252 CLH_0253   rplR TRUE 0.997 19.000 0.815 0.020 Y NA
 5741094 5741095 CLH_0253 CLH_0254 rplR rpsE TRUE 0.997 20.000 0.814 0.026 Y NA
 5741095 5741096 CLH_0254 CLH_0255 rpsE rpmD TRUE 0.998 12.000 0.789 0.026 Y NA
 5741096 5741097 CLH_0255 CLH_0256 rpmD rplO TRUE 0.995 24.000 0.653 0.003 Y NA
 5741097 5741098 CLH_0256 CLH_0257 rplO   TRUE 0.991 2.000 0.730 1.000 N NA
 5741098 5741099 CLH_0257 CLH_0258   adk TRUE 0.965 25.000 0.241 1.000 N NA
 5741099 5741100 CLH_0258 CLH_0259 adk map TRUE 0.984 4.000 0.290 1.000 N NA
 5741100 5741101 CLH_0259 CLH_0260 map   TRUE 0.860 89.000 0.185 NA   NA
 5741101 5741102 CLH_0260 CLH_0261   infA TRUE 0.968 8.000 0.090 NA   NA
 5741102 5741103 CLH_0261 CLH_0262 infA rpmJ TRUE 0.916 54.000 0.257 1.000   NA
 5741103 5741104 CLH_0262 CLH_0263 rpmJ rpsM FALSE 0.503 206.000 0.194 0.020   NA
 5741104 5741105 CLH_0263 CLH_0264 rpsM rpsK TRUE 0.997 20.000 0.810 0.020 Y NA
 5741105 5741106 CLH_0264 CLH_0265 rpsK rpsD TRUE 0.994 28.000 0.509 0.026 Y NA
 5741106 5741107 CLH_0265 CLH_0266 rpsD rpoA TRUE 0.921 112.000 0.549 1.000 N NA
 5741107 5741108 CLH_0266 CLH_0267 rpoA rplQ TRUE 0.993 13.000 0.873 1.000 N NA
 5741108 5741109 CLH_0267 CLH_0268 rplQ   FALSE 0.192 253.000 0.074 1.000 N NA
 5741109 5741110 CLH_0268 CLH_0269     TRUE 0.996 -15.000 0.713 0.023 Y NA
 5741110 5741111 CLH_0269 CLH_0270     TRUE 0.970 92.000 0.304 1.000 Y NA
 5741111 5741112 CLH_0270 CLH_0271   truA TRUE 0.985 17.000 0.404 1.000 N NA
 5741112 5741113 CLH_0271 CLH_0272 truA rplM TRUE 0.839 160.000 0.031 1.000 Y NA
 5741113 5741114 CLH_0272 CLH_0273 rplM rpsI TRUE 0.994 28.000 0.601 0.020 Y NA
 5741114 5741115 CLH_0273 CLH_0274 rpsI   FALSE 0.006 332.000 0.000 1.000 N NA
 5741115 5741116 CLH_0274 CLH_0275   cwlD FALSE 0.029 423.000 0.018 1.000 N NA
 5741118 5741119 CLH_0277 CLH_0278   fumB FALSE 0.410 373.000 0.262 0.001 Y NA
 5741119 5741120 CLH_0278 CLH_0279 fumB   TRUE 0.674 13.000 0.000 NA   NA
 5741122 5741123 CLH_0281 CLH_0282     FALSE 0.192 78.000 0.000 1.000   NA
 5741123 5741124 CLH_0282 CLH_0283     TRUE 0.997 -28.000 0.857 1.000 Y NA
 5741124 5741125 CLH_0283 CLH_0284     FALSE 0.239 202.000 0.022 1.000 N NA
 5741125 5741126 CLH_0284 CLH_0285     TRUE 0.838 215.000 0.393 0.001 Y NA
 5741126 5741127 CLH_0285 CLH_0286   ptsP FALSE 0.043 190.000 0.000 1.000 N NA
 5741127 5741128 CLH_0286 CLH_0287 ptsP chrA FALSE 0.004 405.000 0.000 1.000 N NA
 5741128 5741129 CLH_0287 CLH_0288 chrA   TRUE 0.997 4.000 0.455 0.001 Y NA
 5741129 5741130 CLH_0288 CLH_0289     FALSE 0.098 163.000 0.000 1.000   NA
 5741130 5741131 CLH_0289 CLH_0290   iadA FALSE 0.303 44.000 0.000 1.000   NA
 5741132 5741133 CLH_0291 CLH_0292     TRUE 0.860 70.000 0.167 NA   NA
 5741134 5741135 CLH_0293 CLH_0294     TRUE 0.981 -30.000 0.502 NA   NA
 5741135 5741136 CLH_0294 CLH_0295     TRUE 0.777 104.000 0.083 NA   NA
 5741136 5741137 CLH_0295 CLH_0296   ptb FALSE 0.350 174.000 0.013 NA   NA
 5741137 5741138 CLH_0296 CLH_0297 ptb buk TRUE 0.992 24.000 0.275 1.000 Y NA
 5741138 5741139 CLH_0297 CLH_0298 buk   FALSE 0.006 386.000 0.000 NA   NA
 5741139 5741140 CLH_0298 CLH_0299     TRUE 0.654 83.000 0.025 NA   NA
 5741140 5741141 CLH_0299 CLH_0300   glmM FALSE 0.011 290.000 0.000 1.000   NA
 5741141 5741142 CLH_0300 CLH_0301 glmM   FALSE 0.008 356.000 0.000 NA   NA
 5741142 5741143 CLH_0301 CLH_0302   ilvN FALSE 0.004 535.000 0.000 NA   NA
 5741143 5741144 CLH_0302 CLH_0303 ilvN leuC TRUE 0.753 174.000 0.012 1.000 Y NA
 5741144 5741145 CLH_0303 CLH_0304 leuC leuD TRUE 0.997 16.000 0.615 0.001 Y NA
 5741145 5741146 CLH_0304 CLH_0305 leuD leuB TRUE 0.901 170.000 0.191 0.002 Y NA
 5741146 5741147 CLH_0305 CLH_0306 leuB ilvD TRUE 0.989 7.000 0.044 1.000 Y NA
 5741147 5741148 CLH_0306 CLH_0307 ilvD ilvB TRUE 0.963 40.000 0.062 0.003 Y NA
 5741148 5741149 CLH_0307 CLH_0308 ilvB ilvC TRUE 0.971 21.000 0.006 0.003 Y NA
 5741149 5741150 CLH_0308 CLH_0309 ilvC   FALSE 0.216 86.000 0.000 NA   NA
 5741151 5741152 CLH_0310 CLH_0311     TRUE 0.997 -7.000 0.784 0.005 Y NA
 5741152 5741153 CLH_0311 CLH_0312     TRUE 0.811 54.000 0.065 1.000 N NA
 5741154 5741155 CLH_0313 CLH_0314     FALSE 0.172 44.000 0.000 0.056 N NA
 5741155 5741156 CLH_0314 CLH_0315     FALSE 0.007 314.000 0.000 1.000 N NA
 5741156 5741157 CLH_0315 CLH_0316     TRUE 0.958 92.000 0.167 1.000 Y NA
 5741157 5741158 CLH_0316 CLH_0317     TRUE 0.991 5.000 0.610 NA   NA
 5741160 5741161 CLH_0319 CLH_0320     TRUE 0.986 5.000 0.333 NA N NA
 5741161 5741162 CLH_0320 CLH_0321     TRUE 0.955 27.000 0.182 NA N NA
 5741162 5741163 CLH_0321 CLH_0322     FALSE 0.005 511.000 0.000 NA   NA
 5741163 5741164 CLH_0322 CLH_3409     FALSE 0.005 508.000 0.000 NA   NA
 5741164 5741165 CLH_3409 CLH_0323   glmS FALSE 0.196 121.000 0.000 NA   NA
 5741165 5741166 CLH_0323 CLH_0324 glmS   FALSE 0.054 188.000 0.000 NA N NA
 5741166 5741167 CLH_0324 CLH_0325     FALSE 0.016 254.000 0.000 NA N NA
 5741167 5741168 CLH_0325 CLH_0326     FALSE 0.003 481.000 0.000 1.000 N NA
 5741168 5741169 CLH_0326 CLH_0327     FALSE 0.007 320.000 0.000 1.000 N NA
 5741169 5741170 CLH_0327 CLH_0328     FALSE 0.061 606.000 0.000 1.000 Y NA
 5741170 5741171 CLH_0328 CLH_0329     FALSE 0.122 159.000 0.000 NA   NA
 5741173 5741174 CLH_0331 CLH_0332     FALSE 0.006 330.000 0.000 1.000 N NA
 5741175 5741176 CLH_0333 CLH_0334 thrS   FALSE 0.006 395.000 0.000 NA   NA
 5741177 5741178 CLH_0335 CLH_0336     FALSE 0.145 112.000 0.000 1.000 N NA
 5741178 5741179 CLH_0336 CLH_0337     FALSE 0.005 430.000 0.000 NA   NA
 5741181 5741182 CLH_0339 CLH_0340     FALSE 0.371 38.000 0.000 NA   NA
 5741184 5741185 CLH_0342 CLH_0343     FALSE 0.234 67.000 0.000 NA   NA
 5741186 5741187 CLH_0344 CLH_0345     FALSE 0.146 108.000 0.000 1.000 N NA
 5741188 5741189 CLH_0346 CLH_0347   lctP FALSE 0.005 400.000 0.000 1.000   NA
 5741189 5741190 CLH_0347 CLH_0348 lctP   TRUE 0.682 166.000 0.148 1.000   NA
 5741190 5741191 CLH_0348 CLH_0349     TRUE 0.985 103.000 0.875 0.017 Y NA
 5741191 5741192 CLH_0349 CLH_0350     TRUE 0.998 5.000 0.875 0.012 Y NA
 5741192 5741193 CLH_0350 CLH_0351     FALSE 0.007 364.000 0.000 NA   NA
 5741193 5741194 CLH_0351 CLH_0353   lctP FALSE 0.203 100.000 0.000 NA   NA
 5741194 5741195 CLH_0353 CLH_0354 lctP   FALSE 0.022 237.000 0.000 1.000   NA
 5741195 5741196 CLH_0354 CLH_0355     FALSE 0.099 169.000 0.000 NA   NA
 5741196 5741197 CLH_0355 CLH_0356     FALSE 0.038 215.000 0.000 NA   NA
 5741197 5741198 CLH_0356 CLH_0357     FALSE 0.013 274.000 0.000 1.000   NA
 5741198 5741199 CLH_0357 CLH_0358     TRUE 0.850 125.000 0.222 1.000   NA
 5741199 5741200 CLH_0358 CLH_0359   cadA TRUE 0.983 18.000 0.364 1.000 N NA
 5741200 5741201 CLH_0359 CLH_0360 cadA   FALSE 0.005 433.000 0.000 1.000   NA
 5741201 5741202 CLH_0360 CLH_0361   crt FALSE 0.007 349.000 0.000 1.000   NA
 5741202 5741203 CLH_0361 CLH_0362 crt   TRUE 0.958 81.000 0.162 1.000 Y NA
 5741203 5741204 CLH_0362 CLH_0363     TRUE 0.986 18.000 0.545 0.045 N NA
 5741204 5741205 CLH_0363 CLH_0364   etfA TRUE 0.996 23.000 0.714 0.017 Y NA
 5741205 5741206 CLH_0364 CLH_0365 etfA   TRUE 0.853 104.000 0.216 1.000 N NA
 5741206 5741207 CLH_0365 CLH_0366     FALSE 0.119 160.000 0.000 NA   NA
 5741207 5741208 CLH_0366 CLH_0367     TRUE 0.587 90.000 0.012 NA   NA
 5741208 5741209 CLH_0367 CLH_0368     FALSE 0.458 162.000 0.024 1.000   NA
 5741209 5741210 CLH_0368 CLH_0369     FALSE 0.046 199.000 0.000 1.000   NA
 5741210 5741211 CLH_0369 CLH_0370     TRUE 0.970 4.000 0.000 1.000 Y NA
 5741211 5741212 CLH_0370 CLH_0371     FALSE 0.521 25.000 0.000 NA   NA
 5741212 5741213 CLH_0371 CLH_0372     TRUE 0.991 21.000 1.000 NA   NA
 5741213 5741214 CLH_0372 CLH_0373   groS FALSE 0.004 404.000 0.000 1.000 N NA
 5741214 5741215 CLH_0373 CLH_0374 groS groL TRUE 0.998 14.000 0.674 1.000 Y NA
 5741215 5741216 CLH_0374 CLH_0375 groL   FALSE 0.027 213.000 0.000 1.000 N NA
 5741216 5741217 CLH_0375 CLH_0376   guaB FALSE 0.006 335.000 0.000 1.000 N NA
 5741217 5741218 CLH_0376 CLH_0377 guaB guaA TRUE 0.958 87.000 0.190 0.001 Y NA
 5741218 5741219 CLH_0377 CLH_0378 guaA   FALSE 0.010 313.000 0.000 NA   NA
 5741219 5741220 CLH_0378 CLH_0379     FALSE 0.223 72.000 0.000 NA   NA
 5741220 5741221 CLH_0379 CLH_0380     FALSE 0.032 225.000 0.000 NA   NA
 5741221 5741222 CLH_0380 CLH_0381     FALSE 0.010 314.000 0.000 NA   NA
 5741222 5741223 CLH_0381 CLH_0382     TRUE 0.971 4.000 0.000 NA Y NA
 5741223 5741224 CLH_0382 CLH_0383     TRUE 0.926 32.000 0.116 NA N NA
 5741224 5741225 CLH_0383 CLH_0384     TRUE 0.737 97.000 0.070 0.011   NA
 5741225 5741226 CLH_0384 CLH_0385     TRUE 0.959 49.000 0.667 0.011   NA
 5741226 5741227 CLH_0385 CLH_0386     TRUE 0.927 47.000 0.286 0.011   NA
 5741227 5741228 CLH_0386 CLH_0387     FALSE 0.012 267.000 0.000 1.000 N NA
 5741228 5741229 CLH_0387 CLH_0388     FALSE 0.083 160.000 0.000 1.000 N NA
 5741229 5741230 CLH_0388 CLH_0389   pgi FALSE 0.451 202.000 0.000 1.000 Y NA
 5741230 5741231 CLH_0389 CLH_0390 pgi   TRUE 0.927 4.000 0.018 NA   NA
 5741231 5741232 CLH_0390 CLH_0391     FALSE 0.143 148.000 0.000 NA   NA
 5741232 5741233 CLH_0391 CLH_0392     FALSE 0.544 179.000 0.083 NA   NA
 5741233 5741234 CLH_0392 CLH_0393     FALSE 0.255 216.000 0.041 NA   NA
 5741234 5741235 CLH_0393 CLH_0394     FALSE 0.003 534.000 0.000 1.000 N NA
 5741235 5741236 CLH_0394 CLH_0395   ligA TRUE 0.915 83.000 0.039 0.016 Y NA
 5741236 5741237 CLH_0395 CLH_0396 ligA   FALSE 0.140 150.000 0.000 NA   NA
 5741237 5741238 CLH_0396 CLH_0397   gatC FALSE 0.205 98.000 0.000 NA   NA
 5741238 5741239 CLH_0397 CLH_0398 gatC   TRUE 0.997 19.000 0.643 0.001 Y NA
 5741239 5741240 CLH_0398 CLH_0399   gatB TRUE 0.995 21.000 0.492 0.001 Y NA
 5741244 5741245 CLH_0403 CLH_0404 rph rdgB TRUE 0.982 4.000 0.262 1.000 N NA
 5741245 5741246 CLH_0404 CLH_0405 rdgB   TRUE 0.966 12.000 0.085 1.000   NA
 5741246 5741247 CLH_0405 CLH_0406     FALSE 0.179 129.000 0.000 NA   NA
 5741247 5741248 CLH_0406 CLH_0407     TRUE 0.606 19.000 0.000 NA   NA
 5741248 5741249 CLH_0407 CLH_0408     FALSE 0.484 28.000 0.000 NA   NA
 5741249 5741250 CLH_0408 CLH_0409     FALSE 0.217 80.000 0.000 NA   NA
 5741250 5741251 CLH_0409 CLH_0410     TRUE 0.680 5.000 0.000 NA   NA
 5741251 5741252 CLH_0410 CLH_0411     FALSE 0.557 22.000 0.000 NA   NA
 5741252 5741253 CLH_0411 CLH_0412     TRUE 0.668 14.000 0.000 NA   NA
 5741253 5741254 CLH_0412 CLH_0413     TRUE 0.677 4.000 0.000 NA   NA
 5741254 5741255 CLH_0413 CLH_0414     TRUE 0.663 2.000 0.000 NA   NA
 5741255 5741256 CLH_0414 CLH_0415     TRUE 0.680 5.000 0.000 NA   NA
 5741256 5741257 CLH_0415 CLH_0416     TRUE 0.682 7.000 0.000 NA   NA
 5741257 5741258 CLH_0416 CLH_0417     TRUE 0.677 4.000 0.000 NA   NA
 5741258 5741259 CLH_0417 CLH_0418     TRUE 0.639 17.000 0.000 NA   NA
 5741259 5741260 CLH_0418 CLH_0419     TRUE 0.679 12.000 0.000 NA   NA
 5741260 5741261 CLH_0419 CLH_0420     TRUE 0.682 7.000 0.000 NA   NA
 5741261 5741262 CLH_0420 CLH_0421     TRUE 0.680 5.000 0.000 NA   NA
 5741262 5741263 CLH_0421 CLH_0422     TRUE 0.574 21.000 0.000 NA   NA
 5741263 5741264 CLH_0422 CLH_0423     TRUE 0.680 5.000 0.000 NA   NA
 5741264 5741265 CLH_0423 CLH_0424     TRUE 0.677 4.000 0.000 NA   NA
 5741265 5741266 CLH_0424 CLH_0425     TRUE 0.668 14.000 0.000 NA   NA
 5741266 5741267 CLH_0425 CLH_0426     FALSE 0.329 46.000 0.000 NA   NA
 5741267 5741268 CLH_0426 CLH_0427     FALSE 0.005 486.000 0.000 NA   NA
 5741268 5741269 CLH_0427 CLH_0428     FALSE 0.008 338.000 0.000 NA   NA
 5741269 5741270 CLH_0428 CLH_0429     FALSE 0.438 1.000 0.000 0.002   NA
 5741270 5741271 CLH_0429 CLH_0430   rrsK FALSE 0.006 415.000 0.000 NA   NA
 5741271 5741272 CLH_0430 CLH_0431 rrsK   FALSE 0.190 124.000 0.000 NA   NA
 5741272 5741273 CLH_0431 CLH_0433   rrlK FALSE 0.079 179.000 0.000 NA   NA
 5741273 5741274 CLH_0433 CLH_0434 rrlK   FALSE 0.258 60.000 0.000 NA   NA
 5741274 5741275 CLH_0434 CLH_0435     FALSE 0.069 185.000 0.000 NA   NA
 5741275 5741276 CLH_0435 CLH_0436     FALSE 0.146 102.000 0.000 1.000 N NA
 5741276 5741277 CLH_0436 CLH_0437     TRUE 0.997 5.000 0.472 1.000 Y NA
 5741277 5741278 CLH_0437 CLH_0438     TRUE 0.982 -3.000 0.323 NA   NA
 5741278 5741279 CLH_0438 CLH_0439     FALSE 0.013 288.000 0.000 NA   NA
 5741279 5741280 CLH_0439 CLH_0440     TRUE 0.972 4.000 0.114 NA   NA
 5741282 5741283 CLH_0442 CLH_0444   gidA FALSE 0.409 31.000 0.000 1.000   NA
 5741284 5741285 CLH_0443 CLH_0445     TRUE 0.576 14.000 0.000 1.000 N NA
 5741286 5741287 CLH_0446 CLH_0447     TRUE 0.894 3.000 0.004 NA   NA
 5741287 5741288 CLH_0447 CLH_0448     TRUE 0.741 164.000 0.200 NA   NA
 5741288 5741289 CLH_0448 CLH_0449     FALSE 0.094 164.000 0.000 1.000   NA
 5741289 5741290 CLH_0449 CLH_0450     FALSE 0.008 325.000 0.000 1.000   NA
 5741290 5741291 CLH_0450 CLH_0451     FALSE 0.291 26.000 0.000 0.042 N NA
 5741293 5741294 CLH_0453 CLH_0454     TRUE 0.975 -25.000 0.357 NA   NA
 5741294 5741295 CLH_0454 CLH_0455     TRUE 0.948 89.000 0.800 NA   NA
 5741297 5741298 CLH_0457 CLH_0458     FALSE 0.140 325.000 0.119 NA   NA
 5741298 5741299 CLH_0458 CLH_0459     FALSE 0.541 188.000 0.116 NA   NA
 5741299 5741300 CLH_0459 CLH_0460     FALSE 0.074 414.000 0.082 NA   NA
 5741300 5741301 CLH_0460 CLH_0461     TRUE 0.677 160.000 0.109 1.000   NA
 5741301 5741302 CLH_0461 CLH_0462   cphA TRUE 0.982 -28.000 0.605 1.000 N NA
 5741302 5741303 CLH_0462 CLH_0463 cphA ispE FALSE 0.300 180.000 0.016 1.000 N NA
 5741303 5741304 CLH_0463 CLH_0464 ispE spoIIR TRUE 0.620 62.000 0.009 NA   NA
 5741304 5741305 CLH_0464 CLH_0465 spoIIR   TRUE 0.713 38.000 0.005 NA   NA
 5741305 5741306 CLH_0465 CLH_0466     TRUE 0.597 70.000 0.011 NA   NA
 5741306 5741307 CLH_0466 CLH_0467     FALSE 0.186 235.000 0.039 NA   NA
 5741307 5741308 CLH_0467 CLH_0468   pyrG FALSE 0.242 184.000 0.004 NA   NA
 5741308 5741309 CLH_0468 CLH_0469 pyrG rho FALSE 0.004 379.000 0.000 1.000 N NA
 5741310 5741311 CLH_0470 CLH_0471   rpmE FALSE 0.395 142.000 0.004 1.000 N NA
 5741312 5741313 CLH_0472 CLH_0473 tdk   TRUE 0.856 30.000 0.026 NA   NA
 5741313 5741314 CLH_0473 CLH_0474   hemK TRUE 0.953 -10.000 0.098 NA   NA
 5741314 5741315 CLH_0474 CLH_0475 hemK prfA FALSE 0.500 269.000 0.081 1.000 Y NA
 5741315 5741316 CLH_0475 CLH_0476 prfA   TRUE 0.573 83.000 0.009 NA   NA
 5741316 5741317 CLH_0476 CLH_0477     TRUE 0.906 19.000 0.020 NA   NA
 5741317 5741318 CLH_0477 CLH_0478   rpiB TRUE 0.585 123.000 0.020 NA N NA
 5741318 5741319 CLH_0478 CLH_0479 rpiB upp TRUE 0.732 46.000 0.019 1.000 N NA
 5741319 5741320 CLH_0479 CLH_0480 upp   TRUE 0.915 110.000 0.041 1.000 Y NA
 5741320 5741321 CLH_0480 CLH_0481     FALSE 0.498 129.000 0.011 1.000 N NA
 5741321 5741322 CLH_0481 CLH_0482     TRUE 0.734 130.000 0.083 1.000 N NA
 5741322 5741323 CLH_0482 CLH_0483     FALSE 0.004 880.000 0.000 NA   NA
 5741323 5741324 CLH_0483 CLH_0484   atpB TRUE 0.893 2.000 0.005 NA   NA
 5741324 5741325 CLH_0484 CLH_0485 atpB atpE TRUE 0.891 32.000 0.069 0.009   NA
 5741325 5741326 CLH_0485 CLH_0486 atpE atpF TRUE 0.955 51.000 0.643 0.007   NA
 5741326 5741327 CLH_0486 CLH_0487 atpF atpH TRUE 0.988 3.000 0.040 0.007 Y NA
 5741327 5741328 CLH_0487 CLH_0488 atpH atpA TRUE 0.998 11.000 0.864 0.007 Y NA
 5741328 5741329 CLH_0488 CLH_0489 atpA atpG TRUE 0.992 41.000 0.846 0.007 Y NA
 5741329 5741330 CLH_0489 CLH_0490 atpG atpD TRUE 0.997 16.000 0.724 0.007 Y NA
 5741330 5741331 CLH_0490 CLH_0491 atpD atpC TRUE 0.998 14.000 0.837 0.007 Y NA
 5741331 5741332 CLH_0491 CLH_0492 atpC   FALSE 0.382 160.000 0.007 NA   NA
 5741332 5741333 CLH_0492 CLH_0493   murA TRUE 0.927 58.000 0.346 NA   NA
 5741333 5741334 CLH_0493 CLH_0494 murA spoIID TRUE 0.864 118.000 0.243 1.000 N NA
 5741334 5741335 CLH_0494 CLH_0495 spoIID   TRUE 0.664 159.000 0.090 NA   NA
 5741335 5741336 CLH_0495 CLH_0496   spoIIID TRUE 0.797 91.000 0.093 NA   NA
 5741336 5741337 CLH_0496 CLH_0497 spoIIID   TRUE 0.888 80.000 0.284 1.000   NA
 5741339 5741340 CLH_0499 CLH_0500     FALSE 0.116 162.000 0.000 NA   NA
 5741340 5741341 CLH_0500 CLH_0501     TRUE 0.680 5.000 0.000 NA   NA
 5741341 5741342 CLH_0501 CLH_0502     TRUE 0.587 20.000 0.000 NA   NA
 5741342 5741343 CLH_0502 CLH_0503     TRUE 0.682 9.000 0.000 NA   NA
 5741343 5741344 CLH_0503 CLH_0504     TRUE 0.682 7.000 0.000 NA   NA
 5741344 5741345 CLH_0504 CLH_0505     TRUE 0.574 21.000 0.000 NA   NA
 5741345 5741346 CLH_0505 CLH_0506     TRUE 0.682 7.000 0.000 NA   NA
 5741346 5741347 CLH_0506 CLH_0507   metK FALSE 0.007 364.000 0.000 NA   NA
 5741347 5741348 CLH_0507 CLH_0508 metK   FALSE 0.044 471.000 0.052 1.000 N NA
 5741348 5741349 CLH_0508 CLH_0509     TRUE 0.890 35.000 0.069 NA   NA
 5741349 5741350 CLH_0509 CLH_0510     TRUE 0.829 -24.000 0.005 NA   NA
 5741350 5741351 CLH_0510 CLH_0511     FALSE 0.076 396.000 0.080 NA   NA
 5741351 5741352 CLH_0511 CLH_0512   secA FALSE 0.076 333.000 0.050 NA N NA
 5741352 5741353 CLH_0512 CLH_0513 secA   FALSE 0.096 171.000 0.000 NA   NA
 5741353 5741354 CLH_0513 CLH_0514   prfB FALSE 0.557 -13.000 0.000 NA   NA
 5741358 5741359 CLH_0518 CLH_0519     FALSE 0.024 229.000 0.000 NA N NA
 5741359 5741360 CLH_0519 CLH_0520     FALSE 0.065 188.000 0.000 NA   NA
 5741360 5741361 CLH_0520 CLH_0521     TRUE 0.986 25.000 0.750 NA   NA
 5741361 5741362 CLH_0521 CLH_0522     FALSE 0.004 716.000 0.000 NA   NA
 5741363 5741364 CLH_0523 CLH_0524 rimI   TRUE 0.954 -16.000 0.127 1.000   NA
 5741364 5741365 CLH_0524 CLH_0525     TRUE 0.976 -3.000 0.217 NA   NA
 5741366 5741367 CLH_0526 CLH_0527     FALSE 0.299 51.000 0.000 NA   NA
 5741367 5741368 CLH_0527 CLH_0529     FALSE 0.006 424.000 0.000 NA   NA
 5741370 5741371 CLH_0531 CLH_0532     FALSE 0.018 248.000 0.000 1.000   NA
 5741371 5741372 CLH_0532 CLH_0533     FALSE 0.203 356.000 0.330 NA   NA
 5741372 5741373 CLH_0533 CLH_0534     TRUE 0.638 86.000 0.021 NA   NA
 5741373 5741374 CLH_0534 CLH_0535     FALSE 0.006 333.000 0.000 1.000 N NA
 5741374 5741375 CLH_0535 CLH_0536     TRUE 0.666 118.000 0.037 1.000   NA
 5741375 5741376 CLH_0536 CLH_0537     FALSE 0.189 89.000 0.000 1.000   NA
 5741377 5741378 CLH_0538 CLH_0539     TRUE 0.977 11.000 0.160 NA   NA
 5741378 5741379 CLH_0539 CLH_0540     TRUE 0.900 35.000 0.080 NA   NA
 5741382 5741383 CLH_0543 CLH_0544     FALSE 0.008 317.000 0.000 1.000   NA
 5741383 5741384 CLH_0544 CLH_0545     TRUE 0.894 124.000 0.364 NA   NA
 5741384 5741385 CLH_0545 CLH_0546   maf FALSE 0.025 237.000 0.000 NA   NA
 5741385 5741386 CLH_0546 CLH_0547 maf   TRUE 0.860 45.000 0.074 NA N NA
 5741386 5741387 CLH_0547 CLH_0548     TRUE 0.925 19.000 0.040 1.000 N NA
 5741387 5741388 CLH_0548 CLH_0549   mreC TRUE 0.992 4.000 0.689 1.000 N NA
 5741388 5741389 CLH_0549 CLH_0550 mreC mreD TRUE 0.990 11.000 0.550 0.003   NA
 5741389 5741390 CLH_0550 CLH_0551 mreD   TRUE 0.957 -3.000 0.089 1.000   NA
 5741390 5741391 CLH_0551 CLH_0552   minC FALSE 0.069 372.000 0.060 1.000   NA
 5741391 5741392 CLH_0552 CLH_0553 minC minD TRUE 0.995 19.000 0.368 1.000 Y NA
 5741392 5741393 CLH_0553 CLH_0554 minD minE TRUE 0.996 13.000 0.347 NA Y NA
 5741393 5741394 CLH_0554 CLH_0555 minE   TRUE 0.783 127.000 0.000 NA Y NA
 5741394 5741395 CLH_0555 CLH_0556   mgsA FALSE 0.253 45.000 0.000 1.000 N NA
 5741395 5741396 CLH_0556 CLH_0557 mgsA   FALSE 0.007 355.000 0.000 1.000   NA
 5741396 5741397 CLH_0557 CLH_0558     FALSE 0.289 29.000 0.000 0.005   NA
 5741397 5741398 CLH_0558 CLH_0559     FALSE 0.393 210.000 0.098 1.000   NA
 5741398 5741399 CLH_0559 CLH_0560     TRUE 0.980 -16.000 0.420 NA   NA
 5741399 5741400 CLH_0560 CLH_0561     TRUE 0.858 80.000 0.180 NA   NA
 5741400 5741401 CLH_0561 CLH_0562   rplU TRUE 0.650 195.000 0.018 0.026 Y NA
 5741401 5741402 CLH_0562 CLH_0563 rplU   TRUE 0.995 5.000 0.208 NA Y NA
 5741402 5741403 CLH_0563 CLH_0564   rpmA TRUE 0.995 5.000 0.203 NA Y NA
 5741403 5741404 CLH_0564 CLH_0565 rpmA   FALSE 0.136 497.000 0.335 1.000   NA
 5741404 5741405 CLH_0565 CLH_0566     TRUE 0.923 22.000 0.046 NA   NA
 5741405 5741406 CLH_0566 CLH_0567   nadD FALSE 0.111 381.000 0.150 NA N NA
 5741406 5741407 CLH_0567 CLH_0568 nadD   TRUE 0.995 5.000 0.199 1.000 Y NA
 5741407 5741408 CLH_0568 CLH_0569     TRUE 0.675 76.000 0.033 NA N NA
 5741408 5741409 CLH_0569 CLH_0570     TRUE 0.755 128.000 0.093 NA N NA
 5741411 5741412 CLH_0572 CLH_0573     FALSE 0.075 181.000 0.000 NA   NA
 5741412 5741413 CLH_0573 CLH_0574     FALSE 0.508 26.000 0.000 NA   NA
 5741413 5741414 CLH_0574 CLH_0575   rumA TRUE 0.639 17.000 0.000 NA   NA
 5741414 5741415 CLH_0575 CLH_0576 rumA   FALSE 0.003 643.000 0.000 1.000 N NA
 5741415 5741416 CLH_0576 CLH_0577     TRUE 0.995 23.000 0.500 1.000 Y NA
 5741416 5741417 CLH_0577 CLH_0578     TRUE 0.996 0.000 0.429 1.000 Y NA
 5741417 5741418 CLH_0578 CLH_0579     FALSE 0.015 245.000 0.000 1.000 N NA
 5741418 5741419 CLH_0579 CLH_0580     FALSE 0.007 316.000 0.000 1.000 N NA
 5741419 5741420 CLH_0580 CLH_0581     FALSE 0.213 91.000 0.000 NA   NA
 5741420 5741421 CLH_0581 CLH_0582     FALSE 0.342 43.000 0.000 NA   NA
 5741421 5741422 CLH_0582 CLH_0583     FALSE 0.004 381.000 0.000 1.000 N NA
 5741422 5741423 CLH_0583 CLH_0584   ygeW TRUE 0.981 51.000 0.312 1.000 Y NA
 5741423 5741424 CLH_0584 CLH_0585 ygeW arcC TRUE 0.772 200.000 0.088 1.000 Y NA
 5741424 5741425 CLH_0585 CLH_0586 arcC dpaL TRUE 0.771 129.000 0.000 1.000 Y NA
 5741425 5741426 CLH_0586 CLH_0587 dpaL   FALSE 0.388 28.000 0.000 1.000 N NA
 5741426 5741427 CLH_0587 CLH_0588     FALSE 0.043 209.000 0.000 NA   NA
 5741427 5741428 CLH_0588 CLH_0589     FALSE 0.218 78.000 0.000 NA   NA
 5741428 5741429 CLH_0589 CLH_0590     TRUE 0.899 39.000 0.000 1.000 Y NA
 5741429 5741430 CLH_0590 CLH_0591     FALSE 0.139 138.000 0.000 NA N NA
 5741430 5741431 CLH_0591 CLH_0592     FALSE 0.303 42.000 0.000 NA N NA
 5741431 5741432 CLH_0592 CLH_0593   hydA TRUE 0.844 60.000 0.000 1.000 Y NA
 5741432 5741433 CLH_0593 CLH_0594 hydA   FALSE 0.106 887.000 0.012 1.000 Y NA
 5741433 5741434 CLH_0594 CLH_0595     TRUE 0.725 106.000 0.062 1.000 N NA
 5741436 5741437 CLH_0597 CLH_0598     TRUE 0.996 18.000 0.500 0.001 Y NA
 5741437 5741438 CLH_0598 CLH_0599     TRUE 0.966 2.000 0.000 0.043 Y NA
 5741438 5741439 CLH_0599 CLH_0600     FALSE 0.010 278.000 0.000 1.000 N NA
 5741439 5741440 CLH_0600 CLH_0601     FALSE 0.018 234.000 0.000 1.000 N NA
 5741440 5741441 CLH_0601 CLH_0602     TRUE 0.995 -3.000 0.273 1.000 Y NA
 5741441 5741442 CLH_0602 CLH_0603     TRUE 0.998 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 5741442 5741443 CLH_0603 CLH_0604     FALSE 0.221 73.000 0.000 NA   NA
 5741443 5741444 CLH_0604 CLH_0605     FALSE 0.149 144.000 0.000 NA   NA
 5741444 5741445 CLH_0605 CLH_0606     TRUE 0.687 97.000 0.038 NA   NA
 5741445 5741446 CLH_0606 CLH_0607   selD TRUE 0.758 133.000 0.104 1.000   NA
 5741446 5741447 CLH_0607 CLH_0608 selD   FALSE 0.265 244.000 0.000 NA Y NA
 5741447 5741448 CLH_0608 CLH_0609   hgdC FALSE 0.287 46.000 0.000 NA N NA
 5741448 5741449 CLH_0609 CLH_0610 hgdC   FALSE 0.261 59.000 0.000 NA   NA
 5741449 5741450 CLH_0610 CLH_0611     TRUE 0.620 -3.000 0.000 NA   NA
 5741450 5741451 CLH_0611 CLH_0612   cbiQ FALSE 0.020 251.000 0.000 NA   NA
 5741451 5741452 CLH_0612 CLH_0613 cbiQ   TRUE 0.996 12.000 0.335 0.002 Y NA
 5741452 5741453 CLH_0613 CLH_0614   cbiM FALSE 0.078 427.000 0.000 1.000 Y NA
 5741453 5741454 CLH_0614 CLH_0615 cbiM   TRUE 0.998 3.000 0.861 0.015 Y NA
 5741454 5741455 CLH_0615 CLH_0616     FALSE 0.016 271.000 0.000 NA   NA
 5741455 5741456 CLH_0616 CLH_0617     FALSE 0.216 81.000 0.000 NA   NA
 5741456 5741457 CLH_0617 CLH_0618     FALSE 0.219 75.000 0.000 NA   NA
 5741459 5741460 CLH_0620 CLH_0621     FALSE 0.217 79.000 0.000 NA   NA
 5741460 5741461 CLH_0621 CLH_0622     TRUE 0.954 3.000 0.059 1.000 N NA
 5741461 5741462 CLH_0622 CLH_0623     FALSE 0.194 122.000 0.000 NA   NA
 5741462 5741463 CLH_0623 CLH_0624     FALSE 0.049 203.000 0.000 NA   NA
 5741463 5741464 CLH_0624 CLH_0625     FALSE 0.013 254.000 0.000 1.000 N NA
 5741464 5741465 CLH_0625 CLH_0626     FALSE 0.476 21.000 0.000 1.000 N NA
 5741465 5741466 CLH_0626 CLH_0627   gltA TRUE 0.990 3.000 0.667 0.043 N NA
 5741466 5741467 CLH_0627 CLH_0628 gltA   FALSE 0.006 338.000 0.000 1.000 N NA
 5741467 5741468 CLH_0628 CLH_0629     FALSE 0.032 206.000 0.000 1.000 N NA
 5741468 5741469 CLH_0629 CLH_0630     FALSE 0.216 82.000 0.000 NA   NA
 5741469 5741470 CLH_0630 CLH_0631     FALSE 0.010 314.000 0.000 NA   NA
 5741470 5741471 CLH_0631 CLH_0632     FALSE 0.021 203.000 0.000 0.067 N NA
 5741471 5741472 CLH_0632 CLH_0633     FALSE 0.010 302.000 0.000 1.000   NA
 5741472 5741473 CLH_0633 CLH_0634     FALSE 0.011 303.000 0.000 NA   NA
 5741473 5741474 CLH_0634 CLH_0635     FALSE 0.186 126.000 0.000 NA   NA
 5741475 5741476 CLH_0636 CLH_0637     FALSE 0.201 112.000 0.000 NA   NA
 5741478 5741479 CLH_0639 CLH_0640     FALSE 0.005 438.000 0.000 NA   NA
 5741481 5741482 CLH_0642 CLH_0643     TRUE 0.986 -6.000 0.471 NA   NA
 5741482 5741483 CLH_0643 CLH_0644     TRUE 0.985 0.000 0.412 1.000 N NA
 5741484 5741485 CLH_0645 CLH_0646     FALSE 0.009 303.000 0.000 NA N NA
 5741485 5741486 CLH_0646 CLH_0647     TRUE 0.980 -31.000 0.500 NA   NA
 5741486 5741487 CLH_0647 CLH_0648     TRUE 0.916 18.000 0.022 NA   NA
 5741487 5741488 CLH_0648 CLH_0649     TRUE 0.986 0.000 0.435 NA N NA
 5741488 5741489 CLH_0649 CLH_0650   dltC TRUE 0.913 78.000 0.387 NA   NA
 5741489 5741490 CLH_0650 CLH_0651 dltC ssrA FALSE 0.073 183.000 0.000 NA   NA
 5741490 5741491 CLH_0651 CLH_0652 ssrA   FALSE 0.015 275.000 0.000 NA   NA
 5741497 5741498 CLH_0659 CLH_0660   asrA FALSE 0.021 239.000 0.000 1.000   NA
 5741498 5741499 CLH_0660 CLH_0661 asrA asrB TRUE 0.982 1.000 0.318 0.033   NA
 5741499 5741500 CLH_0661 CLH_0662 asrB asrC TRUE 0.997 14.000 0.636 0.033 Y NA
 5741503 5741504 CLH_0665 CLH_0666     FALSE 0.041 192.000 0.000 1.000 N NA
 5741505 5741506 CLH_0667 CLH_0668 aroD aroE TRUE 0.911 136.000 0.061 1.000 Y NA
 5741506 5741507 CLH_0668 CLH_0669 aroE   TRUE 0.935 24.000 0.082 1.000 N NA
 5741507 5741508 CLH_0669 CLH_0670     FALSE 0.016 241.000 0.000 1.000 N NA
 5741508 5741509 CLH_0670 CLH_0671     FALSE 0.202 265.000 0.000 0.006 Y NA
 5741509 5741510 CLH_0671 CLH_0672     TRUE 0.954 11.000 0.048 NA   NA
 5741512 5741513 CLH_0674 CLH_0675     TRUE 0.574 21.000 0.000 NA   NA
 5741513 5741514 CLH_0675 CLH_0676     FALSE 0.031 226.000 0.000 NA   NA
 5741514 5741515 CLH_0676 CLH_0677     FALSE 0.009 293.000 0.000 1.000 N NA
 5741515 5741516 CLH_0677 CLH_0678     FALSE 0.007 376.000 0.000 NA   NA
 5741516 5741517 CLH_0678 CLH_0679     FALSE 0.013 291.000 0.000 NA   NA
 5741517 5741518 CLH_0679 CLH_0680   nagA TRUE 0.981 24.000 0.545 1.000 N NA
 5741518 5741519 CLH_0680 CLH_0681 nagA nagB TRUE 0.963 111.000 0.273 0.001 Y NA
 5741519 5741520 CLH_0681 CLH_0682 nagB nagE TRUE 0.880 47.000 0.000 1.000 Y NA
 5741520 5741521 CLH_0682 CLH_0683 nagE   FALSE 0.146 108.000 0.000 1.000 N NA
 5741521 5741522 CLH_0683 CLH_0684     FALSE 0.009 333.000 0.000 NA   NA
 5741522 5741523 CLH_0684 CLH_0685   bioB TRUE 0.879 -16.000 0.018 NA   NA
 5741523 5741524 CLH_0685 CLH_0686 bioB bioD TRUE 0.985 3.000 0.025 0.002 Y NA
 5741526 5741527 CLH_0688 CLH_0689     TRUE 0.998 0.000 0.846 0.005 Y NA
 5741527 5741528 CLH_0689 CLH_0690     FALSE 0.243 64.000 0.000 NA   NA
 5741529 5741530 CLH_0691 CLH_0692 ilvN ilvB TRUE 0.967 -7.000 0.189 0.002   NA
 5741531 5741532 CLH_0693 CLH_0694     FALSE 0.050 202.000 0.000 NA   NA
 5741533 5741534 CLH_0695 CLH_0696     TRUE 0.627 18.000 0.000 NA   NA
 5741535 5741536 CLH_0697 CLH_0698     FALSE 0.005 461.000 0.000 NA   NA
 5741536 5741537 CLH_0698 CLH_0699   brnQ FALSE 0.004 612.000 0.000 NA   NA
 5741537 5741538 CLH_0699 CLH_0700 brnQ   FALSE 0.030 209.000 0.000 1.000 N NA
 5741540 5741541 CLH_0702 CLH_0703 deoC   FALSE 0.231 310.000 0.009 1.000 Y NA
 5741541 5741542 CLH_0703 CLH_0704   hcp FALSE 0.004 427.000 0.000 1.000 N NA
 5741542 5741543 CLH_0704 CLH_0705 hcp   FALSE 0.158 141.000 0.000 NA   NA
 5741543 5741544 CLH_0705 CLH_0706     FALSE 0.048 204.000 0.000 NA   NA
 5741544 5741545 CLH_0706 CLH_0707     FALSE 0.020 254.000 0.000 NA   NA
 5741545 5741546 CLH_0707 CLH_0708     FALSE 0.329 46.000 0.000 NA   NA
 5741546 5741547 CLH_0708 CLH_0709     FALSE 0.484 28.000 0.000 NA   NA
 5741547 5741548 CLH_0709 CLH_0710     FALSE 0.202 104.000 0.000 NA   NA
 5741550 5741551 CLH_0712 CLH_0713     FALSE 0.387 36.000 0.000 NA   NA
 5741551 5741552 CLH_0713 CLH_0714     FALSE 0.210 94.000 0.000 NA   NA
 5741552 5741553 CLH_0714 CLH_0715     FALSE 0.015 279.000 0.000 NA   NA
 5741553 5741554 CLH_0715 CLH_0716     FALSE 0.185 50.000 0.000 0.017   NA
 5741554 5741555 CLH_0716 CLH_0717     FALSE 0.039 213.000 0.000 NA   NA
 5741555 5741556 CLH_0717 CLH_0718   clpB FALSE 0.137 151.000 0.000 NA   NA
 5741557 5741558 CLH_0719 CLH_0720     FALSE 0.071 184.000 0.000 NA   NA
 5741558 5741559 CLH_0720 CLH_0721     FALSE 0.441 179.000 0.044 NA   NA
 5741560 5741561 CLH_0722 CLH_0723     FALSE 0.171 134.000 0.000 NA   NA
 5741561 5741562 CLH_0723 CLH_0724     FALSE 0.062 190.000 0.000 NA   NA
 5741562 5741563 CLH_0724 CLH_0725     FALSE 0.005 454.000 0.000 NA   NA
 5741565 5741566 CLH_0727 CLH_0728     FALSE 0.099 127.000 0.000 0.010   NA
 5741566 5741567 CLH_0728 CLH_0729   dut FALSE 0.138 141.000 0.000 1.000   NA
 5741570 5741571 CLH_0732 CLH_0733     TRUE 0.955 11.000 0.050 NA   NA
 5741574 5741575 CLH_0736 CLH_0737     TRUE 0.723 63.000 0.034 NA   NA
 5741576 5741577 CLH_0738 CLH_0739     TRUE 0.987 33.000 0.231 1.000 Y NA
 5741577 5741578 CLH_0739 CLH_0740     TRUE 0.686 98.000 0.038 NA   NA
 5741579 5741580 CLH_0741 CLH_0742   pepF TRUE 0.858 46.000 0.070 NA   NA
 5741580 5741581 CLH_0742 CLH_0743 pepF   FALSE 0.048 363.000 0.028 1.000   NA
 5741581 5741582 CLH_0743 CLH_0744     TRUE 0.865 36.000 0.053 NA   NA
 5741582 5741583 CLH_0744 CLH_0745   gluD FALSE 0.465 174.000 0.039 NA   NA
 5741583 5741584 CLH_0745 CLH_0746 gluD   FALSE 0.004 550.000 0.000 NA N NA
 5741584 5741585 CLH_0746 CLH_0747     FALSE 0.005 414.000 0.000 NA N NA
 5741585 5741586 CLH_0747 CLH_0748     TRUE 0.996 21.000 0.552 0.002 Y NA
 5741586 5741587 CLH_0748 CLH_0749     TRUE 0.907 19.000 0.020 NA   NA
 5741587 5741588 CLH_0749 CLH_0750   recJ FALSE 0.478 127.000 0.004 NA   NA
 5741589 5741590 CLH_0751 CLH_0752     FALSE 0.459 30.000 0.000 NA   NA
 5741590 5741591 CLH_0752 CLH_0753     FALSE 0.004 491.000 0.000 1.000   NA
 5741592 5741593 CLH_0754 CLH_0755 murG   FALSE 0.223 187.000 0.006 1.000 N NA
 5741593 5741594 CLH_0755 CLH_0756   nifJ TRUE 0.878 127.000 0.016 1.000 Y NA
 5741594 5741595 CLH_0756 CLH_0757 nifJ   FALSE 0.035 500.000 0.032 NA   NA
 5741595 5741596 CLH_0757 CLH_0758     FALSE 0.011 304.000 0.000 NA   NA
 5741596 5741597 CLH_0758 CLH_0759     FALSE 0.325 227.000 0.000 1.000 Y NA
 5741597 5741598 CLH_0759 CLH_0760     TRUE 0.983 26.000 0.082 0.066 Y NA
 5741598 5741599 CLH_0760 CLH_0761     TRUE 0.735 81.000 0.056 NA N NA
 5741599 5741600 CLH_0761 CLH_0762     TRUE 0.969 15.000 0.115 NA N NA
 5741600 5741601 CLH_0762 CLH_0763     TRUE 0.991 9.000 0.063 1.000 Y NA
 5741601 5741602 CLH_0763 CLH_0764     TRUE 0.991 14.000 0.070 1.000 Y NA
 5741602 5741603 CLH_0764 CLH_0765   cheR TRUE 0.993 10.000 0.107 1.000 Y NA
 5741603 5741604 CLH_0765 CLH_0766 cheR   TRUE 0.992 12.000 0.081 1.000 Y NA
 5741604 5741605 CLH_0766 CLH_0767     TRUE 0.990 24.000 0.176 NA Y NA
 5741605 5741606 CLH_0767 CLH_0768     TRUE 0.989 19.000 0.082 NA Y NA
 5741606 5741607 CLH_0768 CLH_0769     TRUE 0.994 25.000 0.417 1.000 Y NA
 5741607 5741608 CLH_0769 CLH_0770   fliM TRUE 0.980 22.000 0.039 0.021 Y NA
 5741608 5741609 CLH_0770 CLH_0771 fliM fliN TRUE 0.996 -7.000 0.508 0.001 Y NA
 5741609 5741610 CLH_0771 CLH_0772 fliN   FALSE 0.104 359.000 0.000 1.000 Y NA
 5741610 5741611 CLH_0772 CLH_0773     TRUE 0.968 4.000 0.113 0.003   NA
 5741611 5741612 CLH_0773 CLH_0774   flgK TRUE 0.761 92.000 0.082 0.002   NA
 5741612 5741613 CLH_0774 CLH_0775 flgK flgL TRUE 0.961 46.000 0.071 0.001 Y NA
 5741613 5741614 CLH_0775 CLH_0776 flgL   TRUE 0.984 18.000 0.385 NA   NA
 5741614 5741615 CLH_0776 CLH_0777   csrA TRUE 0.969 5.000 0.096 NA   NA
 5741615 5741616 CLH_0777 CLH_0778 csrA   FALSE 0.335 187.000 0.028 NA N NA
 5741616 5741617 CLH_0778 CLH_0779     TRUE 0.907 21.000 0.028 NA   NA
 5741617 5741618 CLH_0779 CLH_0780   fliS TRUE 0.968 12.000 0.093 NA   NA
 5741618 5741619 CLH_0780 CLH_0781 fliS   TRUE 0.994 20.000 0.370 0.002 Y NA
 5741619 5741620 CLH_0781 CLH_0782     TRUE 0.680 5.000 0.000 NA   NA
 5741620 5741621 CLH_0782 CLH_0783     FALSE 0.201 109.000 0.000 NA   NA
 5741621 5741622 CLH_0783 CLH_0784     FALSE 0.006 417.000 0.000 NA   NA
 5741622 5741623 CLH_0784 CLH_0785     TRUE 0.724 145.000 0.105 1.000   NA
 5741623 5741624 CLH_0785 CLH_0786     FALSE 0.398 211.000 0.105 1.000   NA
 5741624 5741625 CLH_0786 CLH_0787     TRUE 0.741 164.000 0.200 NA   NA
 5741625 5741626 CLH_0787 CLH_0788     TRUE 0.979 29.000 0.600 NA   NA
 5741626 5741627 CLH_0788 CLH_0789     FALSE 0.224 71.000 0.000 NA   NA
 5741627 5741628 CLH_0789 CLH_0790     FALSE 0.188 125.000 0.000 NA   NA
 5741628 5741629 CLH_0790 CLH_0791     TRUE 0.986 -3.000 0.468 1.000   NA
 5741629 5741630 CLH_0791 CLH_0792     TRUE 0.814 57.000 0.069 1.000   NA
 5741630 5741631 CLH_0792 CLH_0793     FALSE 0.387 36.000 0.000 NA   NA
 5741631 5741632 CLH_0793 CLH_0794     FALSE 0.221 73.000 0.000 NA   NA
 5741632 5741633 CLH_0794 CLH_0795     FALSE 0.227 70.000 0.000 NA   NA
 5741633 5741634 CLH_0795 CLH_0796     FALSE 0.010 315.000 0.000 NA   NA
 5741634 5741635 CLH_0796 CLH_0797     FALSE 0.152 143.000 0.000 NA   NA
 5741635 5741636 CLH_0797 CLH_0798     TRUE 0.941 26.000 0.000 1.000 Y NA
 5741636 5741637 CLH_0798 CLH_0799     FALSE 0.375 34.000 0.000 1.000   NA
 5741637 5741638 CLH_0799 CLH_0800     FALSE 0.011 308.000 0.000 NA   NA
 5741638 5741639 CLH_0800 CLH_0801     FALSE 0.387 36.000 0.000 NA   NA
 5741639 5741640 CLH_0801 CLH_0802     FALSE 0.481 25.000 0.000 1.000   NA
 5741640 5741641 CLH_0802 CLH_0803     FALSE 0.004 466.000 0.000 1.000   NA
 5741641 5741642 CLH_0803 CLH_0804   flgB FALSE 0.053 788.000 0.000 0.005 Y NA
 5741642 5741643 CLH_0804 CLH_0805 flgB flgC TRUE 0.998 15.000 0.804 0.004 Y NA
 5741643 5741644 CLH_0805 CLH_0806 flgC fliE TRUE 0.992 14.000 0.095 0.004 Y NA
 5741644 5741645 CLH_0806 CLH_0807 fliE fliF TRUE 0.986 25.000 0.112 0.007 Y NA
 5741645 5741646 CLH_0807 CLH_0808 fliF fliG TRUE 0.997 7.000 0.477 0.007 Y NA
 5741646 5741647 CLH_0808 CLH_0809 fliG   TRUE 0.993 -16.000 0.308 NA Y NA
 5741647 5741648 CLH_0809 CLH_0810   fliI TRUE 0.997 12.000 0.379 NA Y NA
 5741648 5741649 CLH_0810 CLH_0811 fliI fliJ TRUE 0.986 35.000 0.241 1.000 Y NA
 5741649 5741650 CLH_0811 CLH_0812 fliJ   TRUE 0.985 7.000 0.019 0.006 Y NA
 5741650 5741651 CLH_0812 CLH_0813     TRUE 0.985 12.000 0.304 NA   NA
 5741651 5741652 CLH_0813 CLH_0814     TRUE 0.971 4.000 0.105 NA   NA
 5741652 5741653 CLH_0814 CLH_0815     TRUE 0.777 143.000 0.150 NA   NA
 5741653 5741654 CLH_0815 CLH_0816     TRUE 0.629 197.000 0.016 0.004 Y NA
 5741654 5741655 CLH_0816 CLH_0817     TRUE 0.980 96.000 0.545 NA Y NA
 5741655 5741656 CLH_0817 CLH_0818     TRUE 0.996 16.000 0.301 NA Y NA
 5741656 5741657 CLH_0818 CLH_0819     TRUE 0.996 3.000 0.350 1.000 Y NA
 5741657 5741658 CLH_0819 CLH_0820   fliL TRUE 0.996 6.000 0.314 1.000 Y NA
 5741658 5741659 CLH_0820 CLH_0821 fliL   TRUE 0.986 14.000 0.023 1.000 Y NA
 5741659 5741660 CLH_0821 CLH_0822   fliP TRUE 0.997 3.000 0.386 1.000 Y NA
 5741660 5741661 CLH_0822 CLH_0823 fliP fliQ TRUE 0.994 12.000 0.162 0.005 Y NA
 5741661 5741662 CLH_0823 CLH_0824 fliQ   TRUE 0.991 18.000 0.114 0.005 Y NA
 5741662 5741663 CLH_0824 CLH_0825   flhA TRUE 0.987 30.000 0.207 0.005 Y NA
 5741663 5741664 CLH_0825 CLH_0826 flhA flhF TRUE 0.996 0.000 0.440 1.000 Y NA
 5741664 5741665 CLH_0826 CLH_0827 flhF   TRUE 0.982 -6.000 0.382 1.000 N NA
 5741665 5741666 CLH_0827 CLH_0828     TRUE 0.968 11.000 0.094 NA N NA
 5741666 5741667 CLH_0828 CLH_0829     TRUE 0.730 108.000 0.062 NA N NA
 5741667 5741668 CLH_0829 CLH_0830     TRUE 0.939 13.000 0.029 NA   NA
 5741668 5741669 CLH_0830 CLH_0831     FALSE 0.218 78.000 0.000 NA   NA
 5741669 5741670 CLH_0831 CLH_0832     TRUE 0.654 1.000 0.000 NA   NA
 5741670 5741671 CLH_0832 CLH_0833     TRUE 0.992 14.000 0.088 1.000 Y NA
 5741675 5741676 CLH_0837 CLH_0838 botR   TRUE 0.597 -7.000 0.000 NA   NA
 5741676 5741677 CLH_0838 CLH_0839     FALSE 0.035 221.000 0.000 NA   NA
 5741677 5741678 CLH_0839 CLH_0840     FALSE 0.079 179.000 0.000 NA   NA
 5741678 5741679 CLH_0840 CLH_0841   spoIIAA FALSE 0.037 353.000 0.014 1.000 N NA
 5741679 5741680 CLH_0841 CLH_0842 spoIIAA spoIIAB TRUE 0.997 17.000 0.669 0.002 Y NA
 5741680 5741681 CLH_0842 CLH_0843 spoIIAB sigF TRUE 0.993 10.000 0.842 1.000 N NA
 5741681 5741682 CLH_0843 CLH_0844 sigF spoVAC FALSE 0.052 592.000 0.078 NA   NA
 5741682 5741683 CLH_0844 CLH_0845 spoVAC spoVAD TRUE 0.843 156.000 0.386 NA   NA
 5741683 5741684 CLH_0845 CLH_0846 spoVAD spoVAE TRUE 0.977 24.000 0.386 NA   NA
 5741684 5741685 CLH_0846 CLH_0847 spoVAE   FALSE 0.201 114.000 0.000 NA   NA
 5741685 5741686 CLH_0847 CLH_0848     TRUE 0.907 6.000 0.006 NA   NA
 5741686 5741687 CLH_0848 CLH_0849   holA TRUE 0.945 30.000 0.163 NA   NA
 5741689 5741690 CLH_0851 CLH_0852 gpr   FALSE 0.218 415.000 0.521 NA   NA
 5741690 5741691 CLH_0852 CLH_0853     TRUE 0.662 125.000 0.038 NA   NA
 5741691 5741692 CLH_0853 CLH_0854   lepA FALSE 0.401 144.000 0.002 NA   NA
 5741692 5741693 CLH_0854 CLH_0855 lepA   TRUE 0.763 111.000 0.083 1.000 N NA
 5741693 5741694 CLH_0855 CLH_0856   hrcA FALSE 0.436 185.000 0.062 1.000 N NA
 5741694 5741695 CLH_0856 CLH_0857 hrcA grpE TRUE 0.941 39.000 0.286 1.000 N NA
 5741695 5741696 CLH_0857 CLH_0858 grpE dnaK TRUE 0.963 80.000 0.224 0.006 Y NA
 5741696 5741697 CLH_0858 CLH_0859 dnaK dnaJ TRUE 0.956 104.000 0.196 0.003 Y NA
 5741697 5741698 CLH_0859 CLH_0860 dnaJ   FALSE 0.009 291.000 0.000 1.000 N NA
 5741698 5741699 CLH_0860 CLH_0861   trmB FALSE 0.016 260.000 0.000 1.000   NA
 5741699 5741700 CLH_0861 CLH_0862 trmB prmA FALSE 0.298 168.000 0.003 1.000   NA
 5741700 5741701 CLH_0862 CLH_0863 prmA   TRUE 0.874 93.000 0.227 NA   NA
 5741701 5741702 CLH_0863 CLH_0864     TRUE 0.973 0.000 0.163 NA   NA
 5741702 5741703 CLH_0864 CLH_0865     FALSE 0.303 203.000 0.051 0.036 N NA
 5741703 5741704 CLH_0865 CLH_0866   rpsU TRUE 0.704 137.000 0.071 1.000   NA
 5741704 5741705 CLH_0866 CLH_0867 rpsU   TRUE 0.937 30.000 0.150 0.029   NA
 5741705 5741706 CLH_0867 CLH_0868   yqfC FALSE 0.131 253.000 0.029 NA   NA
 5741706 5741707 CLH_0868 CLH_0869 yqfC yqfD TRUE 0.993 3.000 0.851 NA   NA
 5741707 5741708 CLH_0869 CLH_0870 yqfD   TRUE 0.838 35.000 0.032 NA   NA
 5741708 5741709 CLH_0870 CLH_0871     TRUE 0.979 13.000 0.182 NA   NA
 5741709 5741710 CLH_0871 CLH_0872     TRUE 0.879 25.000 0.023 NA   NA
 5741710 5741711 CLH_0872 CLH_0873   era FALSE 0.020 473.000 0.005 1.000   NA
 5741711 5741712 CLH_0873 CLH_0874 era recO TRUE 0.944 25.000 0.108 1.000   NA
 5741712 5741713 CLH_0874 CLH_0875 recO   TRUE 0.908 7.000 0.007 NA   NA
 5741713 5741714 CLH_0875 CLH_0876     TRUE 0.938 43.000 0.273 NA   NA
 5741714 5741715 CLH_0876 CLH_0877   ppdK TRUE 0.614 90.000 0.019 1.000   NA
 5741717 5741718 CLH_0879 CLH_0880     FALSE 0.172 249.000 0.056 1.000 N NA
 5741718 5741719 CLH_0880 CLH_0881   rpoD TRUE 0.980 6.000 0.209 1.000 N NA
 5741719 5741720 CLH_0881 CLH_0882 rpoD   TRUE 0.878 93.000 0.239 NA   NA
 5741720 5741721 CLH_0882 CLH_0883     TRUE 0.879 118.000 0.283 NA   NA
 5741721 5741722 CLH_0883 CLH_0884     FALSE 0.273 57.000 0.000 NA   NA
 5741722 5741723 CLH_0884 CLH_3420     FALSE 0.162 139.000 0.000 NA   NA
 5741724 5741725 CLH_0885 CLH_0886     TRUE 0.627 18.000 0.000 NA   NA
 5741726 5741727 CLH_0887 CLH_0888     FALSE 0.004 761.000 0.000 NA   NA
 5741727 5741728 CLH_0888 CLH_0889     TRUE 0.575 -10.000 0.000 NA   NA
 5741728 5741729 CLH_0889 CLH_0890     TRUE 0.654 1.000 0.000 NA   NA
 5741729 5741730 CLH_0890 CLH_0891     TRUE 0.992 19.000 1.000 NA   NA
 5741730 5741731 CLH_0891 CLH_0892     FALSE 0.351 300.000 0.500 NA   NA
 5741731 5741732 CLH_0892 CLH_0893     FALSE 0.055 196.000 0.000 NA   NA
 5741732 5741733 CLH_0893 CLH_0894     TRUE 0.640 0.000 0.000 NA   NA
 5741733 5741734 CLH_0894 CLH_0895     TRUE 0.679 12.000 0.000 NA   NA
 5741734 5741735 CLH_0895 CLH_0896     TRUE 0.990 4.000 0.500 NA   NA
 5741735 5741736 CLH_0896 CLH_0897     TRUE 0.968 -7.000 0.160 NA   NA
 5741736 5741737 CLH_0897 CLH_0898     TRUE 0.992 3.000 0.720 NA   NA
 5741737 5741738 CLH_0898 CLH_0899     TRUE 0.963 1.000 0.083 NA   NA
 5741738 5741739 CLH_0899 CLH_0900     TRUE 0.982 2.000 0.250 NA   NA
 5741739 5741740 CLH_0900 CLH_0901     TRUE 0.659 15.000 0.000 NA   NA
 5741740 5741741 CLH_0901 CLH_0902     TRUE 0.639 17.000 0.000 NA   NA
 5741741 5741742 CLH_0902 CLH_0903     TRUE 0.597 -7.000 0.000 NA   NA
 5741742 5741743 CLH_0903 CLH_0904     FALSE 0.201 114.000 0.000 NA   NA
 5741743 5741744 CLH_0904 CLH_0905     FALSE 0.162 139.000 0.000 NA   NA
 5741744 5741745 CLH_0905 CLH_0906     FALSE 0.143 148.000 0.000 NA   NA
 5741747 5741748 CLH_0908 CLH_0909     TRUE 0.606 19.000 0.000 NA   NA
 5741748 5741749 CLH_0909 CLH_0910     FALSE 0.140 150.000 0.000 NA   NA
 5741749 5741750 CLH_0910 CLH_0911     TRUE 0.956 22.000 0.122 NA   NA
 5741750 5741751 CLH_0911 CLH_0912     FALSE 0.116 162.000 0.000 NA   NA
 5741751 5741752 CLH_0912 CLH_0913   malQ TRUE 0.595 175.000 0.111 1.000 N NA
 5741752 5741753 CLH_0913 CLH_0914 malQ   TRUE 0.988 0.000 0.058 0.019 Y NA
 5741753 5741754 CLH_0914 CLH_0915   kdpA FALSE 0.003 517.000 0.000 1.000 N NA
 5741754 5741755 CLH_0915 CLH_0916 kdpA kdpB TRUE 0.992 16.000 0.112 0.001 Y NA
 5741755 5741756 CLH_0916 CLH_0917 kdpB kdpC TRUE 0.998 18.000 0.877 0.001 Y NA
 5741756 5741757 CLH_0917 CLH_0918 kdpC   FALSE 0.368 163.000 0.011 1.000 N NA
 5741757 5741758 CLH_0918 CLH_0919     TRUE 0.994 -7.000 0.243 1.000 Y NA
 5741762 5741763 CLH_0923 CLH_0924     FALSE 0.200 70.000 0.000 1.000   NA
 5741763 5741764 CLH_0924 CLH_0925     FALSE 0.004 506.000 0.000 1.000   NA
 5741767 5741768 CLH_0928 CLH_0929     TRUE 0.989 -13.000 0.131 0.028 Y NA
 5741768 5741769 CLH_0929 CLH_0930     TRUE 0.996 -6.000 0.492 0.028 Y NA
 5741769 5741770 CLH_0930 CLH_0931     TRUE 0.998 -7.000 0.928 1.000 Y NA
 5741770 5741771 CLH_0931 CLH_0932     TRUE 0.973 23.000 0.326 1.000 N NA
 5741772 5741773 CLH_0933 CLH_0934     FALSE 0.221 73.000 0.000 NA   NA
 5741774 5741775 CLH_0935 CLH_0936     FALSE 0.006 322.000 0.000 1.000 N NA
 5741778 5741779 CLH_0939 CLH_0940     FALSE 0.021 239.000 0.000 1.000   NA
 5741779 5741780 CLH_0940 CLH_0941     TRUE 0.966 21.000 0.176 1.000   NA
 5741780 5741781 CLH_0941 CLH_0942     TRUE 0.873 -12.000 0.015 1.000   NA
 5741781 5741782 CLH_0942 CLH_0943     FALSE 0.289 187.000 0.015 NA   NA
 5741784 5741785 CLH_0945 CLH_0946 speD   TRUE 0.991 16.000 0.091 1.000 Y NA
 5741785 5741786 CLH_0946 CLH_0947   speE TRUE 0.995 0.000 0.237 1.000 Y NA
 5741786 5741787 CLH_0947 CLH_0948 speE   TRUE 0.942 54.000 0.036 1.000 Y NA
 5741787 5741788 CLH_0948 CLH_0949   nspC TRUE 0.977 94.000 0.444 1.000 Y NA
 5741792 5741793 CLH_0953 CLH_0954     FALSE 0.036 210.000 0.000 1.000   NA
 5741793 5741794 CLH_0954 CLH_0955     FALSE 0.034 222.000 0.000 NA   NA
 5741794 5741795 CLH_0955 CLH_0956   ruvA FALSE 0.067 274.000 0.007 NA   NA
 5741795 5741796 CLH_0956 CLH_0957 ruvA ruvB TRUE 0.991 36.000 0.549 0.003 Y NA
 5741796 5741797 CLH_0957 CLH_0958 ruvB queA TRUE 0.945 19.000 0.069 1.000 N NA
 5741797 5741798 CLH_0958 CLH_0959 queA tgt TRUE 0.831 144.000 0.014 0.001 Y NA
 5741798 5741799 CLH_0959 CLH_0960 tgt yajC TRUE 0.658 109.000 0.035 NA N NA
 5741799 5741800 CLH_0960 CLH_0961 yajC   TRUE 0.777 62.000 0.055 NA   NA
 5741800 5741801 CLH_0961 CLH_0962     FALSE 0.021 247.000 0.000 NA   NA
 5741801 5741802 CLH_0962 CLH_0963     FALSE 0.138 141.000 0.000 1.000   NA
 5741802 5741803 CLH_0963 CLH_0964   apt TRUE 0.718 41.000 0.010 1.000   NA
 5741803 5741804 CLH_0964 CLH_0965 apt relA TRUE 0.735 107.000 0.068 1.000 N NA
 5741804 5741805 CLH_0965 CLH_0966 relA dtd TRUE 0.977 12.000 0.177 1.000 N NA
 5741805 5741806 CLH_0966 CLH_0967 dtd   TRUE 0.883 31.000 0.048 1.000   NA
 5741806 5741807 CLH_0967 CLH_0968     TRUE 0.944 10.000 0.035 1.000   NA
 5741807 5741808 CLH_0968 CLH_0969   hisS TRUE 0.826 66.000 0.111 1.000 N NA
 5741808 5741809 CLH_0969 CLH_0970 hisS aspS FALSE 0.525 226.000 0.028 0.047 Y NA
 5741811 5741812 CLH_0972 CLH_0973     FALSE 0.149 144.000 0.000 NA   NA
 5741812 5741813 CLH_0973 CLH_0974     FALSE 0.174 132.000 0.000 NA   NA
 5741813 5741814 CLH_0974 CLH_0975   hom FALSE 0.007 333.000 0.000 1.000   NA
 5741814 5741815 CLH_0975 CLH_0976 hom   FALSE 0.005 367.000 0.000 1.000 N NA
 5741815 5741816 CLH_0976 CLH_0977   glpK FALSE 0.480 99.000 0.004 1.000 N NA
 5741816 5741817 CLH_0977 CLH_0978 glpK   FALSE 0.373 156.000 0.006 1.000   NA
 5741817 5741818 CLH_0978 CLH_0979     TRUE 0.988 13.000 0.476 0.032   NA
 5741818 5741819 CLH_0979 CLH_0980     TRUE 0.988 2.000 0.417 NA   NA
 5741821 5741822 CLH_0982 CLH_0983 glnA   TRUE 0.947 23.000 0.103 NA N NA
 5741822 5741823 CLH_0983 CLH_0984     FALSE 0.547 129.000 0.017 NA N NA
 5741823 5741824 CLH_0984 CLH_0985     TRUE 0.995 12.000 0.222 0.001 Y NA
 5741824 5741825 CLH_0985 CLH_0986     FALSE 0.330 226.000 0.000 1.000 Y NA
 5741825 5741826 CLH_0986 CLH_0987     FALSE 0.197 120.000 0.000 NA   NA
 5741826 5741827 CLH_0987 CLH_0988     FALSE 0.007 363.000 0.000 NA   NA
 5741829 5741830 CLH_0990 CLH_0991     FALSE 0.162 139.000 0.000 NA   NA
 5741830 5741831 CLH_0991 CLH_0992   udk FALSE 0.006 344.000 0.000 1.000 N NA
 5741834 5741835 CLH_0995 CLH_0996   rnz FALSE 0.170 122.000 0.000 1.000   NA
 5741836 5741837 CLH_0997 CLH_0998     FALSE 0.108 164.000 0.000 NA   NA
 5741837 5741838 CLH_0998 CLH_0999     FALSE 0.209 95.000 0.000 NA   NA
 5741838 5741839 CLH_0999 CLH_1000     TRUE 0.987 -10.000 0.667 NA   NA
 5741839 5741840 CLH_1000 CLH_1001     TRUE 0.990 0.000 0.667 NA   NA
 5741840 5741841 CLH_1001 CLH_1002     TRUE 0.974 21.000 0.250 NA   NA
 5741841 5741842 CLH_1002 CLH_1003     TRUE 0.910 58.000 0.250 NA   NA
 5741842 5741843 CLH_1003 CLH_1004     FALSE 0.008 348.000 0.000 NA   NA
 5741843 5741844 CLH_1004 CLH_1005     FALSE 0.138 141.000 0.000 1.000   NA
 5741844 5741845 CLH_1005 CLH_1006     FALSE 0.016 271.000 0.000 NA   NA
 5741847 5741848 CLH_1008 CLH_1009     TRUE 0.980 1.000 0.231 NA   NA
 5741848 5741849 CLH_1009 CLH_1010     FALSE 0.022 244.000 0.000 NA   NA
 5741851 5741852 CLH_1012 CLH_1013   brnQ FALSE 0.006 376.000 0.000 1.000   NA
 5741854 5741855 CLH_1015 CLH_1016     FALSE 0.220 74.000 0.000 NA   NA
 5741857 5741858 CLH_1018 CLH_1019 glyA   FALSE 0.013 291.000 0.000 NA   NA
 5741858 5741859 CLH_1019 CLH_1020     TRUE 0.778 48.000 0.031 NA   NA
 5741859 5741860 CLH_1020 CLH_1021   fabG FALSE 0.004 392.000 0.000 1.000 N NA
 5741861 5741862 CLH_1022 CLH_1023 ilvE nadE TRUE 0.704 153.000 0.000 1.000 Y NA
 5741863 5741864 CLH_1024 CLH_1025     TRUE 0.995 -7.000 0.313 NA Y NA
 5741864 5741865 CLH_1025 CLH_1026     FALSE 0.004 426.000 0.000 NA N NA
 5741865 5741866 CLH_1026 CLH_1027     FALSE 0.014 281.000 0.000 NA   NA
 5741868 5741869 CLH_1029 CLH_1030     TRUE 0.620 -3.000 0.000 NA   NA
 5741869 5741870 CLH_1030 CLH_1031     FALSE 0.004 426.000 0.000 1.000 N NA
 5741870 5741871 CLH_1031 CLH_1032     TRUE 0.996 16.000 0.461 0.028 Y NA
 5741871 5741872 CLH_1032 CLH_1033     TRUE 0.987 17.000 0.039 1.000 Y NA
 5741872 5741873 CLH_1033 CLH_1034     FALSE 0.137 151.000 0.000 NA   NA
 5741873 5741874 CLH_1034 CLH_1035     FALSE 0.202 105.000 0.000 NA   NA
 5741874 5741875 CLH_1035 CLH_1036     FALSE 0.177 104.000 0.000 1.000   NA
 5741875 5741876 CLH_1036 CLH_1037     FALSE 0.016 260.000 0.000 1.000   NA
 5741876 5741877 CLH_1037 CLH_1038   purE FALSE 0.152 409.000 0.012 1.000 Y NA
 5741877 5741878 CLH_1038 CLH_1039 purE purC TRUE 0.986 0.000 0.035 1.000 Y NA
 5741878 5741879 CLH_1039 CLH_1040 purC purF TRUE 0.913 143.000 0.082 1.000 Y NA
 5741879 5741880 CLH_1040 CLH_1041 purF purM TRUE 0.996 10.000 0.248 1.000 Y NA
 5741880 5741881 CLH_1041 CLH_1042 purM purN TRUE 0.992 -12.000 0.238 0.001 Y NA
 5741881 5741882 CLH_1042 CLH_1043 purN purH TRUE 0.943 150.000 0.225 1.000 Y NA
 5741882 5741883 CLH_1043 CLH_1044 purH purD TRUE 0.683 252.000 0.238 1.000 Y NA
 5741884 5741885 CLH_1045 CLH_1046     FALSE 0.024 240.000 0.000 NA   NA
 5741885 5741886 CLH_1046 CLH_1047     FALSE 0.023 243.000 0.000 NA   NA
 5741887 5741888 CLH_1048 CLH_1049     FALSE 0.005 478.000 0.000 NA   NA
 5741888 5741889 CLH_1049 CLH_1050     TRUE 0.959 1.000 0.071 NA   NA
 5741889 5741890 CLH_1050 CLH_1051     FALSE 0.008 339.000 0.000 NA   NA
 5741890 5741891 CLH_1051 CLH_1052     TRUE 0.992 2.000 0.714 NA   NA
 5741894 5741895 CLH_1055 CLH_1056     TRUE 0.663 2.000 0.000 NA   NA
 5741895 5741896 CLH_1056 CLH_1057     FALSE 0.177 130.000 0.000 NA   NA
 5741896 5741897 CLH_1057 CLH_1058     TRUE 0.575 -10.000 0.000 NA   NA
 5741897 5741898 CLH_1058 CLH_1059     TRUE 0.592 10.000 0.000 1.000 N NA
 5741898 5741899 CLH_1059 CLH_1060     TRUE 0.962 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5741900 5741901 CLH_1061 CLH_1062     FALSE 0.012 294.000 0.000 NA   NA
 5741901 5741902 CLH_1062 CLH_1063     FALSE 0.047 205.000 0.000 NA   NA
 5741902 5741903 CLH_1063 CLH_1064     FALSE 0.007 369.000 0.000 NA   NA
 5741903 5741904 CLH_1064 CLH_1065     TRUE 0.951 100.000 0.133 1.000 Y NA
 5741904 5741905 CLH_1065 CLH_1066     TRUE 0.833 91.000 0.133 NA   NA
 5741905 5741906 CLH_1066 CLH_1067     TRUE 0.984 32.000 1.000 NA   NA
 5741906 5741907 CLH_1067 CLH_1068     FALSE 0.025 227.000 0.000 NA N NA
 5741907 5741908 CLH_1068 CLH_1069     FALSE 0.006 388.000 0.000 NA   NA
 5741908 5741909 CLH_1069 CLH_1070     FALSE 0.004 719.000 0.000 NA   NA
 5741909 5741910 CLH_1070 CLH_1071   panE TRUE 0.947 36.000 0.267 NA   NA
 5741910 5741911 CLH_1071 CLH_1072 panE   FALSE 0.023 222.000 0.000 1.000 N NA
 5741911 5741912 CLH_1072 CLH_1073     FALSE 0.180 278.000 0.000 0.052 Y NA
 5741912 5741913 CLH_1073 CLH_1074     TRUE 0.983 -7.000 0.400 NA   NA
 5741913 5741914 CLH_1074 CLH_1075     FALSE 0.006 411.000 0.000 NA   NA
 5741914 5741915 CLH_1075 CLH_1076     FALSE 0.122 159.000 0.000 NA   NA
 5741915 5741916 CLH_1076 CLH_1077     FALSE 0.061 184.000 0.000 1.000   NA
 5741918 5741919 CLH_1079 CLH_1080   fabH TRUE 0.964 15.000 0.098 1.000 N NA
 5741919 5741920 CLH_1080 CLH_1081 fabH   TRUE 0.960 115.000 0.235 0.005 Y NA
 5741920 5741921 CLH_1081 CLH_1082     TRUE 0.753 110.000 0.072 1.000   NA
 5741921 5741922 CLH_1082 CLH_1083   fabD TRUE 0.956 -7.000 0.099 1.000   NA
 5741922 5741923 CLH_1083 CLH_1084 fabD fabG TRUE 0.990 21.000 0.149 0.005 Y NA
 5741923 5741924 CLH_1084 CLH_1085 fabG fabF TRUE 0.994 18.000 0.236 1.000 Y NA
 5741924 5741925 CLH_1085 CLH_1086 fabF accB TRUE 0.992 12.000 0.074 1.000 Y NA
 5741925 5741926 CLH_1086 CLH_1087 accB fabZ TRUE 0.989 6.000 0.047 0.005 Y NA
 5741926 5741927 CLH_1087 CLH_1088 fabZ accC TRUE 0.990 10.000 0.045 1.000 Y NA
 5741927 5741928 CLH_1088 CLH_1089 accC accD TRUE 0.988 -7.000 0.090 0.002 Y NA
 5741928 5741929 CLH_1089 CLH_1090 accD accA TRUE 0.993 -7.000 0.234 0.001 Y NA
 5741929 5741930 CLH_1090 CLH_1091 accA   FALSE 0.074 182.000 0.000 NA   NA
 5741930 5741931 CLH_1091 CLH_1092     FALSE 0.414 34.000 0.000 NA   NA
 5741931 5741932 CLH_1092 CLH_1093     FALSE 0.006 421.000 0.000 NA   NA
 5741932 5741933 CLH_1093 CLH_1094     FALSE 0.006 391.000 0.000 NA   NA
 5741933 5741934 CLH_1094 CLH_1095     TRUE 0.993 3.000 0.857 NA   NA
 5741934 5741935 CLH_1095 CLH_1096     TRUE 0.964 -34.000 0.231 1.000   NA
 5741935 5741936 CLH_1096 CLH_1097     FALSE 0.005 388.000 0.000 1.000   NA
 5741936 5741937 CLH_1097 CLH_1098     TRUE 0.757 86.000 0.062 NA   NA
 5741937 5741938 CLH_1098 CLH_1099     TRUE 0.640 0.000 0.000 NA   NA
 5741938 5741939 CLH_1099 CLH_1100   moaC FALSE 0.461 13.000 0.000 0.002   NA
 5741939 5741940 CLH_1100 CLH_1101 moaC moaA TRUE 0.826 61.000 0.000 0.002 Y NA
 5741940 5741941 CLH_1101 CLH_1102 moaA   TRUE 0.943 3.000 0.042 0.035   NA
 5741941 5741942 CLH_1102 CLH_1103     FALSE 0.074 176.000 0.000 1.000   NA
 5741942 5741943 CLH_1103 CLH_1104     TRUE 0.898 109.000 0.400 0.011   NA
 5741943 5741944 CLH_1104 CLH_1105     TRUE 0.681 11.000 0.000 NA   NA
 5741944 5741945 CLH_1105 CLH_1106     FALSE 0.267 58.000 0.000 NA   NA
 5741945 5741946 CLH_1106 CLH_1107     TRUE 0.987 1.000 0.400 NA   NA
 5741946 5741947 CLH_1107 CLH_1108     TRUE 0.966 33.000 0.400 NA   NA
 5741948 5741949 CLH_1109 CLH_1110   boNT/E3 FALSE 0.003 1060.000 0.000 1.000   NA
 5741949 5741950 CLH_1110 CLH_1111 boNT/E3 ntnH TRUE 0.987 25.000 1.000 0.001   NA
 5741950 5741951 CLH_1111 CLH_1112 ntnH p47 TRUE 0.992 16.000 0.750 NA   NA
 5741952 5741953 CLH_1113 CLH_1114     TRUE 0.989 14.000 0.500 NA   NA
 5741953 5741954 CLH_1114 CLH_1115     TRUE 0.973 32.000 0.500 NA   NA
 5741954 5741955 CLH_1115 CLH_1116     FALSE 0.005 464.000 0.000 NA   NA
 5741955 5741956 CLH_1116 CLH_1117     TRUE 0.994 1.000 1.000 NA   NA
 5741956 5741957 CLH_1117 CLH_1118     FALSE 0.004 1223.000 0.000 NA   NA
 5741957 5741958 CLH_1118 CLH_1119     TRUE 0.807 37.000 0.025 NA   NA
 5741958 5741959 CLH_1119 CLH_1120   nifS TRUE 0.973 4.000 0.125 NA N NA
 5741959 5741960 CLH_1120 CLH_1121 nifS nifU TRUE 0.936 2.000 0.035 1.000 N NA
 5741960 5741961 CLH_1121 CLH_1122 nifU trmU TRUE 0.956 1.000 0.073 1.000 N NA
 5741961 5741962 CLH_1122 CLH_1123 trmU   FALSE 0.024 425.000 0.006 NA   NA
 5741962 5741963 CLH_1123 CLH_1124     TRUE 0.965 -22.000 0.209 NA   NA
 5741963 5741964 CLH_1124 CLH_1125   alaS FALSE 0.037 375.000 0.015 NA   NA
 5741964 5741965 CLH_1125 CLH_1126 alaS   FALSE 0.540 187.000 0.110 NA   NA
 5741965 5741966 CLH_1126 CLH_1127     TRUE 0.956 49.000 0.537 NA   NA
 5741966 5741967 CLH_1127 CLH_1128     FALSE 0.281 213.000 0.047 NA   NA
 5741967 5741968 CLH_1128 CLH_1129     TRUE 0.926 44.000 0.211 NA   NA
 5741968 5741969 CLH_1129 CLH_1130     TRUE 0.906 63.000 0.289 1.000   NA
 5741969 5741970 CLH_1130 CLH_1131   typA FALSE 0.191 195.000 0.004 1.000   NA
 5741970 5741971 CLH_1131 CLH_1132 typA   TRUE 0.577 97.000 0.012 NA   NA
 5741971 5741972 CLH_1132 CLH_1133     TRUE 0.944 20.000 0.067 NA   NA
 5741972 5741973 CLH_1133 CLH_1134     TRUE 0.976 7.000 0.146 1.000   NA
 5741973 5741974 CLH_1134 CLH_1135     FALSE 0.320 166.000 0.008 1.000 N NA
 5741974 5741975 CLH_1135 CLH_1136   sigK TRUE 0.781 83.000 0.087 1.000 N NA
 5741975 5741976 CLH_1136 CLH_1137 sigK   FALSE 0.408 169.000 0.025 1.000 N NA
 5741976 5741977 CLH_1137 CLH_1138   ftsA FALSE 0.454 93.000 0.004 0.007 N NA
 5741977 5741978 CLH_1138 CLH_1139 ftsA ftsZ TRUE 0.997 14.000 0.460 1.000 Y NA
 5741978 5741979 CLH_1139 CLH_1140 ftsZ spoIIGA FALSE 0.108 260.000 0.024 1.000   NA
 5741979 5741980 CLH_1140 CLH_1141 spoIIGA sigE TRUE 0.993 12.000 0.856 1.000   NA
 5741980 5741981 CLH_1141 CLH_1142 sigE sigG TRUE 0.981 82.000 0.602 0.009 Y NA
 5741981 5741982 CLH_1142 CLH_1143 sigG   FALSE 0.142 279.000 0.060 NA   NA
 5741982 5741983 CLH_1143 CLH_1144   nrdR TRUE 0.612 70.000 0.013 NA   NA
 5741983 5741984 CLH_1144 CLH_1145 nrdR   FALSE 0.127 233.000 0.013 NA   NA
 5741984 5741985 CLH_1145 CLH_1146     TRUE 0.927 12.000 0.018 NA   NA
 5741985 5741986 CLH_1146 CLH_1147     TRUE 0.985 27.000 0.110 0.071 Y NA
 5741986 5741987 CLH_1147 CLH_1148     FALSE 0.084 284.000 0.028 1.000 N NA
 5741987 5741988 CLH_1148 CLH_1149   pstC TRUE 0.991 23.000 0.206 1.000 Y NA
 5741988 5741989 CLH_1149 CLH_1150 pstC pstA TRUE 0.998 0.000 0.907 0.002 Y NA
 5741989 5741990 CLH_1150 CLH_1151 pstA pstB TRUE 0.992 14.000 0.112 0.002 Y NA
 5741990 5741991 CLH_1151 CLH_1152 pstB phoU TRUE 0.993 19.000 0.182 NA Y NA
 5741991 5741992 CLH_1152 CLH_1153 phoU   FALSE 0.194 222.000 0.028 NA N NA
 5741992 5741993 CLH_1153 CLH_1154   engA TRUE 0.950 0.000 0.061 1.000   NA
 5741993 5741994 CLH_1154 CLH_1155 engA   TRUE 0.959 3.000 0.068 1.000   NA
 5741994 5741995 CLH_1155 CLH_1156   spoIVA TRUE 0.645 149.000 0.060 NA   NA
 5741995 5741996 CLH_1156 CLH_1157 spoIVA   FALSE 0.119 160.000 0.000 NA   NA
 5741996 5741997 CLH_1157 CLH_1158   ansA FALSE 0.137 151.000 0.000 NA   NA
 5741997 5741998 CLH_1158 CLH_1159 ansA   FALSE 0.010 295.000 0.000 1.000   NA
 5741998 5741999 CLH_1159 CLH_1160     FALSE 0.006 402.000 0.000 NA   NA
 5741999 5742000 CLH_1160 CLH_1161     TRUE 0.979 14.000 0.189 NA   NA
 5742000 5742001 CLH_1161 CLH_1162   gmk TRUE 0.971 0.000 0.143 NA   NA
 5742001 5742002 CLH_1162 CLH_1163 gmk rpoZ TRUE 0.979 -19.000 0.471 1.000 N NA
 5742002 5742003 CLH_1163 CLH_1164 rpoZ coaBC TRUE 0.967 21.000 0.192 1.000 N NA
 5742003 5742004 CLH_1164 CLH_1165 coaBC priA TRUE 0.819 64.000 0.099 1.000 N NA
 5742004 5742005 CLH_1165 CLH_1166 priA def TRUE 0.902 13.000 0.010 1.000 N NA
 5742005 5742006 CLH_1166 CLH_1167 def fmt TRUE 0.982 14.000 0.009 0.028 Y NA
 5742006 5742007 CLH_1167 CLH_1168 fmt   TRUE 0.817 41.000 0.035 NA   NA
 5742007 5742008 CLH_1168 CLH_1169   sun TRUE 0.956 18.000 0.076 NA   NA
 5742008 5742009 CLH_1169 CLH_1170 sun   TRUE 0.972 15.000 0.135 1.000   NA
 5742009 5742010 CLH_1170 CLH_1171     TRUE 0.967 2.000 0.105 1.000   NA
 5742010 5742011 CLH_1171 CLH_1172     TRUE 0.998 2.000 0.704 1.000 Y NA
 5742011 5742012 CLH_1172 CLH_1173   rsgA TRUE 0.809 141.000 0.196 1.000   NA
 5742012 5742013 CLH_1173 CLH_1174 rsgA rpe TRUE 0.974 -6.000 0.213 1.000   NA
 5742013 5742014 CLH_1174 CLH_1175 rpe   TRUE 0.976 9.000 0.166 1.000 N NA
 5742016 5742017 CLH_1177 CLH_1178     TRUE 0.990 14.000 0.567 NA   NA
 5742017 5742018 CLH_1178 CLH_1179   recG TRUE 0.745 66.000 0.048 1.000   NA
 5742018 5742019 CLH_1179 CLH_1180 recG rsmD TRUE 0.912 63.000 0.016 1.000 Y NA
 5742019 5742020 CLH_1180 CLH_1181 rsmD coaD TRUE 0.986 3.000 0.367 1.000 N NA
 5742020 5742021 CLH_1181 CLH_1183 coaD   TRUE 0.956 12.000 0.055 NA   NA
 5742022 5742023 CLH_1182 CLH_1184 ylbJ   TRUE 0.663 123.000 0.036 NA   NA
 5742024 5742025 CLH_1185 CLH_1186 pta ackA TRUE 0.988 26.000 0.137 1.000 Y NA
 5742025 5742026 CLH_1186 CLH_1187 ackA   TRUE 0.703 131.000 0.061 NA   NA
 5742026 5742027 CLH_1187 CLH_1188   rpmF TRUE 0.991 3.000 0.599 NA   NA
 5742027 5742028 CLH_1188 CLH_1189 rpmF plsX TRUE 0.786 175.000 0.418 1.000 N NA
 5742028 5742029 CLH_1189 CLH_1190 plsX acpP TRUE 0.909 89.000 0.034 0.005 Y NA
 5742029 5742030 CLH_1190 CLH_1191 acpP rnc TRUE 0.730 119.000 0.068 1.000 N NA
 5742030 5742031 CLH_1191 CLH_1192 rnc   TRUE 0.987 -7.000 0.064 1.000 Y NA
 5742031 5742032 CLH_1192 CLH_1193   smc FALSE 0.079 288.000 0.027 1.000 N NA
 5742032 5742033 CLH_1193 CLH_1194 smc ftsY FALSE 0.511 196.000 0.165 0.018 N NA
 5742033 5742034 CLH_1194 CLH_1195 ftsY   FALSE 0.416 201.000 0.081 1.000   NA
 5742034 5742035 CLH_1195 CLH_1196   ffh TRUE 0.974 15.000 0.151 1.000   NA
 5742035 5742036 CLH_1196 CLH_1197 ffh rpsP TRUE 0.957 35.000 0.361 1.000 N NA
 5742036 5742037 CLH_1197 CLH_1198 rpsP   TRUE 0.941 50.000 0.385 1.000   NA
 5742037 5742038 CLH_1198 CLH_1199   rimM TRUE 0.899 76.000 0.324 1.000   NA
 5742038 5742039 CLH_1199 CLH_1200 rimM trmD TRUE 0.997 -10.000 0.672 1.000 Y NA
 5742039 5742040 CLH_1200 CLH_1201 trmD rplS TRUE 0.978 123.000 0.567 1.000 Y NA
 5742040 5742041 CLH_1201 CLH_1202 rplS   TRUE 0.633 114.000 0.027 1.000   NA
 5742041 5742042 CLH_1202 CLH_1203     TRUE 0.965 -7.000 0.148 1.000   NA
 5742044 5742045 CLH_1205 CLH_1206   dprA TRUE 0.927 21.000 0.053 1.000 N NA
 5742045 5742046 CLH_1206 CLH_1207 dprA topA TRUE 0.978 51.000 0.238 1.000 Y NA
 5742046 5742047 CLH_1207 CLH_1208 topA codY FALSE 0.290 191.000 0.025 1.000 N NA
 5742047 5742048 CLH_1208 CLH_1209 codY rpsB FALSE 0.098 232.000 0.006 1.000 N NA
 5742048 5742049 CLH_1209 CLH_1210 rpsB tsf TRUE 0.947 183.000 0.748 1.000 Y NA
 5742049 5742050 CLH_1210 CLH_1211 tsf pyrH TRUE 0.905 109.000 0.416 1.000 N NA
 5742050 5742051 CLH_1211 CLH_1212 pyrH frr TRUE 0.991 11.000 0.626 1.000 N NA
 5742051 5742052 CLH_1212 CLH_1213 frr uppS TRUE 0.905 99.000 0.409 1.000 N NA
 5742052 5742053 CLH_1213 CLH_1214 uppS cdsA TRUE 0.989 15.000 0.055 1.000 Y NA
 5742053 5742054 CLH_1214 CLH_1215 cdsA   TRUE 0.634 155.000 0.068 NA   NA
 5742054 5742055 CLH_1215 CLH_1216   dxr TRUE 0.668 51.000 0.008 NA   NA
 5742055 5742056 CLH_1216 CLH_1217 dxr rseP TRUE 0.935 7.000 0.029 1.000 N NA
 5742056 5742057 CLH_1217 CLH_1218 rseP ispG TRUE 0.935 12.000 0.029 1.000 N NA
 5742057 5742058 CLH_1218 CLH_1219 ispG polC TRUE 0.669 107.000 0.040 1.000 N NA
 5742058 5742059 CLH_1219 CLH_1220 polC   FALSE 0.129 286.000 0.059 NA   NA
 5742059 5742060 CLH_1220 CLH_1221   nusA TRUE 0.991 18.000 0.759 NA   NA
 5742060 5742061 CLH_1221 CLH_1222 nusA   TRUE 0.996 15.000 0.323 NA Y NA
 5742061 5742062 CLH_1222 CLH_1223     TRUE 0.983 -7.000 0.408 NA N NA
 5742062 5742063 CLH_1223 CLH_1224   infB TRUE 0.993 20.000 0.223 NA Y NA
 5742063 5742064 CLH_1224 CLH_1225 infB rbfA TRUE 0.997 14.000 0.530 1.000 Y NA
 5742064 5742065 CLH_1225 CLH_1226 rbfA   TRUE 0.973 0.000 0.173 1.000   NA
 5742065 5742066 CLH_1226 CLH_1227   truB TRUE 0.975 -3.000 0.221 1.000   NA
 5742066 5742067 CLH_1227 CLH_1228 truB ribF TRUE 0.982 17.000 0.308 1.000 N NA
 5742067 5742068 CLH_1228 CLH_1229 ribF rpsO TRUE 0.799 117.000 0.119 1.000 N NA
 5742068 5742069 CLH_1229 CLH_1230 rpsO   TRUE 0.973 81.000 0.335 1.000 Y NA
 5742069 5742070 CLH_1230 CLH_1231     FALSE 0.133 279.000 0.057 1.000   NA
 5742070 5742071 CLH_1231 CLH_1232     TRUE 0.818 71.000 0.104 NA   NA
 5742071 5742072 CLH_1232 CLH_1233     TRUE 0.820 123.000 0.148 NA   NA
 5742072 5742073 CLH_1233 CLH_1234   clpP TRUE 0.794 66.000 0.080 1.000 N NA
 5742073 5742074 CLH_1234 CLH_1235 clpP ftsK TRUE 0.671 119.000 0.042 1.000 N NA
 5742074 5742075 CLH_1235 CLH_1236 ftsK   TRUE 0.639 102.000 0.031 1.000 N NA
 5742075 5742076 CLH_1236 CLH_1237   pgsA TRUE 0.953 -16.000 0.132 1.000 N NA
 5742076 5742077 CLH_1237 CLH_1238 pgsA recA FALSE 0.443 160.000 0.022 1.000 N NA
 5742077 5742078 CLH_1238 CLH_1239 recA   FALSE 0.055 315.000 0.018 1.000   NA
 5742078 5742079 CLH_1239 CLH_1240   spoVS FALSE 0.035 389.000 0.016 NA   NA
 5742079 5742080 CLH_1240 CLH_1241 spoVS   TRUE 0.565 126.000 0.015 NA   NA
 5742084 5742085 CLH_1245 CLH_1246   ribD FALSE 0.004 467.000 0.000 1.000   NA
 5742085 5742086 CLH_1246 CLH_1247 ribD ribE TRUE 0.997 15.000 0.456 1.000 Y NA
 5742086 5742087 CLH_1247 CLH_1248 ribE   TRUE 0.841 167.000 0.051 1.000 Y NA
 5742087 5742088 CLH_1248 CLH_1249   ribH TRUE 0.922 92.000 0.054 0.002 Y NA
 5742090 5742091 CLH_1251 CLH_1252     TRUE 0.987 6.000 0.375 1.000 N NA
 5742091 5742092 CLH_1252 CLH_1253     TRUE 0.971 67.000 0.250 1.000 Y NA
 5742092 5742093 CLH_1253 CLH_1254     TRUE 0.995 16.000 0.241 1.000 Y NA
 5742093 5742094 CLH_1254 CLH_1255     TRUE 0.693 160.000 0.128 1.000 N NA
 5742094 5742095 CLH_1255 CLH_1256     TRUE 0.970 17.000 0.140 1.000   NA
 5742095 5742096 CLH_1256 CLH_1257     TRUE 0.818 96.000 0.125 1.000   NA
 5742096 5742097 CLH_1257 CLH_1258     TRUE 0.723 118.000 0.059 1.000   NA
 5742098 5742099 CLH_1259 CLH_1260     FALSE 0.105 165.000 0.000 NA   NA
 5742100 5742101 CLH_1261 CLH_1262     FALSE 0.215 87.000 0.000 NA   NA
 5742103 5742104 CLH_1264 CLH_1265     FALSE 0.183 127.000 0.000 NA   NA
 5742106 5742107 CLH_1267 CLH_1268     FALSE 0.216 86.000 0.000 NA   NA
 5742111 5742112 CLH_1272 CLH_1273     FALSE 0.172 121.000 0.000 1.000   NA
 5742112 5742113 CLH_1273 CLH_1274     FALSE 0.016 259.000 0.000 1.000   NA
 5742113 5742114 CLH_1274 CLH_1275     FALSE 0.008 344.000 0.000 NA   NA
 5742118 5742119 CLH_1279 CLH_1280     TRUE 0.972 15.000 0.132 NA   NA
 5742119 5742120 CLH_1280 CLH_1281     TRUE 0.882 71.000 0.227 NA   NA
 5742121 5742122 CLH_1282 CLH_1283     FALSE 0.006 384.000 0.000 NA   NA
 5742122 5742123 CLH_1283 CLH_1284     FALSE 0.175 131.000 0.000 NA   NA
 5742126 5742127 CLH_1287 CLH_1288   map FALSE 0.153 300.000 0.000 1.000 Y NA
 5742127 5742128 CLH_1288 CLH_1289 map   FALSE 0.019 255.000 0.000 NA   NA
 5742128 5742129 CLH_1289 CLH_1290     FALSE 0.091 174.000 0.000 NA   NA
 5742129 5742130 CLH_1290 CLH_1291     TRUE 0.988 -7.000 0.667 NA   NA
 5742130 5742131 CLH_1291 CLH_1292     TRUE 0.963 2.000 0.080 NA   NA
 5742131 5742132 CLH_1292 CLH_1293     FALSE 0.113 163.000 0.000 NA   NA
 5742132 5742133 CLH_1293 CLH_1294     FALSE 0.011 309.000 0.000 NA   NA
 5742133 5742134 CLH_1294 CLH_1295     FALSE 0.216 84.000 0.000 NA   NA
 5742134 5742135 CLH_1295 CLH_1296     FALSE 0.004 658.000 0.000 NA   NA
 5742135 5742136 CLH_1296 CLH_1297     FALSE 0.493 -21.000 0.000 1.000   NA
 5742136 5742137 CLH_1297 CLH_1298     TRUE 0.993 4.000 0.800 NA   NA
 5742137 5742138 CLH_1298 CLH_1299     TRUE 0.663 2.000 0.000 NA   NA
 5742138 5742139 CLH_1299 CLH_1300     FALSE 0.005 485.000 0.000 NA   NA
 5742139 5742140 CLH_1300 CLH_1301   moaF FALSE 0.006 421.000 0.000 NA   NA
 5742140 5742141 CLH_1301 CLH_1302 moaF   FALSE 0.086 176.000 0.000 NA   NA
 5742141 5742142 CLH_1302 CLH_1303     FALSE 0.174 132.000 0.000 NA   NA
 5742142 5742143 CLH_1303 CLH_1304     FALSE 0.009 328.000 0.000 NA   NA
 5742143 5742144 CLH_1304 CLH_1305     FALSE 0.201 115.000 0.000 NA   NA
 5742144 5742145 CLH_1305 CLH_1306     FALSE 0.162 139.000 0.000 NA   NA
 5742145 5742146 CLH_1306 CLH_1307     FALSE 0.004 822.000 0.000 NA   NA
 5742146 5742147 CLH_1307 CLH_1308     TRUE 0.995 22.000 0.429 0.015 Y NA
 5742147 5742148 CLH_1308 CLH_1309   lctP FALSE 0.181 283.000 0.000 1.000 Y NA
 5742148 5742149 CLH_1309 CLH_1310 lctP   TRUE 0.909 155.000 0.111 1.000 Y NA
 5742149 5742150 CLH_1310 CLH_1311     TRUE 0.649 175.000 0.182 0.010 N NA
 5742152 5742153 CLH_1313 CLH_1314 katG   FALSE 0.003 655.000 0.000 1.000 N NA
 5742153 5742154 CLH_1314 CLH_1315     TRUE 0.994 36.000 0.943 0.015 Y NA
 5742154 5742155 CLH_1315 CLH_1316     TRUE 0.997 -13.000 0.812 0.015 Y NA
 5742155 5742156 CLH_1316 CLH_1317     TRUE 0.707 207.000 0.583 NA   NA
 5742156 5742157 CLH_1317 CLH_1318   modA FALSE 0.005 461.000 0.000 NA   NA
 5742157 5742158 CLH_1318 CLH_1319 modA   TRUE 0.954 50.000 0.556 1.000 N NA
 5742158 5742159 CLH_1319 CLH_1320     FALSE 0.339 21.000 0.000 0.027 N NA
 5742159 5742160 CLH_1320 CLH_1321     FALSE 0.557 22.000 0.000 NA   NA
 5742160 5742161 CLH_1321 CLH_1322     FALSE 0.010 311.000 0.000 NA   NA
 5742161 5742162 CLH_1322 CLH_1323   ade FALSE 0.011 307.000 0.000 NA   NA
 5742163 5742164 CLH_1324 CLH_1325 asnB   FALSE 0.004 676.000 0.000 NA   NA
 5742165 5742166 CLH_1326 CLH_1327     FALSE 0.053 200.000 0.000 NA   NA
 5742166 5742167 CLH_1327 CLH_1328     FALSE 0.006 386.000 0.000 NA   NA
 5742167 5742168 CLH_1328 CLH_1329     FALSE 0.130 154.000 0.000 NA   NA
 5742168 5742169 CLH_1329 CLH_1330     FALSE 0.051 192.000 0.000 1.000   NA
 5742169 5742170 CLH_1330 CLH_1331     TRUE 0.986 0.000 0.429 1.000 N NA
 5742170 5742171 CLH_1331 CLH_1332     FALSE 0.004 402.000 0.000 1.000 N NA
 5742171 5742172 CLH_1332 CLH_1333     FALSE 0.018 260.000 0.000 NA   NA
 5742172 5742173 CLH_1333 CLH_1334     FALSE 0.016 272.000 0.000 NA   NA
 5742173 5742174 CLH_1334 CLH_1335     FALSE 0.071 184.000 0.000 NA   NA
 5742174 5742175 CLH_1335 CLH_1336     FALSE 0.009 322.000 0.000 NA   NA
 5742175 5742176 CLH_1336 CLH_1337     TRUE 0.894 -28.000 0.032 NA   NA
 5742176 5742177 CLH_1337 CLH_1338     FALSE 0.006 393.000 0.000 NA   NA
 5742177 5742178 CLH_1338 CLH_1339     FALSE 0.230 69.000 0.000 NA   NA
 5742178 5742179 CLH_1339 CLH_1340     FALSE 0.006 376.000 0.000 1.000   NA
 5742179 5742180 CLH_1340 CLH_1341     TRUE 0.772 120.000 0.000 0.001 Y NA
 5742180 5742181 CLH_1341 CLH_1342     FALSE 0.239 66.000 0.000 NA   NA
 5742181 5742182 CLH_1342 CLH_1344     FALSE 0.280 55.000 0.000 NA   NA
 5742182 5742183 CLH_1344 CLH_1345     FALSE 0.003 475.000 0.000 1.000 N NA
 5742183 5742184 CLH_1345 CLH_1346   mgtA FALSE 0.053 746.000 0.000 0.004 Y NA
 5742184 5742185 CLH_1346 CLH_1347 mgtA   FALSE 0.004 481.000 0.000 1.000   NA
 5742185 5742186 CLH_1347 CLH_1348     FALSE 0.219 75.000 0.000 NA   NA
 5742186 5742187 CLH_1348 CLH_1349     FALSE 0.004 556.000 0.000 NA   NA
 5742187 5742188 CLH_1349 CLH_1350     FALSE 0.009 284.000 0.000 1.000 N NA
 5742188 5742189 CLH_1350 CLH_1351   fprA TRUE 0.964 37.000 0.571 0.039 N NA
 5742189 5742190 CLH_1351 CLH_1352 fprA   FALSE 0.010 320.000 0.000 NA   NA
 5742190 5742191 CLH_1352 CLH_1353     TRUE 0.989 -22.000 1.000 NA   NA
 5742191 5742192 CLH_1353 CLH_1354     TRUE 0.990 3.000 0.556 NA   NA
 5742192 5742193 CLH_1354 CLH_1355     TRUE 0.969 36.000 0.556 NA   NA
 5742193 5742194 CLH_1355 CLH_1356     TRUE 0.892 56.000 0.179 NA   NA
 5742194 5742195 CLH_1356 CLH_1357     FALSE 0.004 438.000 0.000 1.000 N NA
 5742196 5742197 CLH_1358 CLH_1359     FALSE 0.188 125.000 0.000 NA   NA
 5742198 5742199 CLH_1360 CLH_1361     FALSE 0.120 123.000 0.000 0.061   NA
 5742199 5742200 CLH_1361 CLH_1362     FALSE 0.011 308.000 0.000 NA   NA
 5742200 5742201 CLH_1362 CLH_1363     FALSE 0.012 295.000 0.000 NA   NA
 5742201 5742202 CLH_1363 CLH_1364     FALSE 0.006 326.000 0.000 1.000 N NA
 5742202 5742203 CLH_1364 CLH_1365     TRUE 0.923 32.000 0.000 1.000 Y NA
 5742203 5742204 CLH_1365 CLH_1366     TRUE 0.970 61.000 0.200 1.000 Y NA
 5742204 5742205 CLH_1366 CLH_1367     FALSE 0.004 471.000 0.000 1.000   NA
 5742205 5742206 CLH_1367 CLH_1368     FALSE 0.005 411.000 0.000 1.000   NA
 5742206 5742207 CLH_1368 CLH_1369     FALSE 0.008 297.000 0.000 1.000 N NA
 5742207 5742208 CLH_1369 CLH_1370     FALSE 0.189 268.000 0.094 1.000 N NA
 5742208 5742209 CLH_1370 CLH_1371     FALSE 0.004 573.000 0.000 NA   NA
 5742209 5742210 CLH_1371 CLH_1372     TRUE 0.992 0.000 0.810 NA   NA
 5742210 5742211 CLH_1372 CLH_1373     TRUE 0.970 25.000 0.286 NA   NA
 5742211 5742212 CLH_1373 CLH_1374     TRUE 0.980 27.000 0.571 NA   NA
 5742212 5742213 CLH_1374 CLH_1375     TRUE 0.928 76.000 0.500 NA   NA
 5742213 5742214 CLH_1375 CLH_1376     TRUE 0.981 56.000 0.370 1.000 Y NA
 5742214 5742215 CLH_1376 CLH_1377     TRUE 0.870 168.000 0.815 0.003 N NA
 5742215 5742216 CLH_1377 CLH_1378     TRUE 0.951 40.000 0.375 1.000 N NA
 5742216 5742217 CLH_1378 CLH_1379     TRUE 0.977 -3.000 0.003 1.000 Y NA
 5742217 5742218 CLH_1379 CLH_1380     TRUE 0.964 18.000 0.000 NA Y NA
 5742218 5742219 CLH_1380 CLH_1381     TRUE 0.996 -18.000 0.615 NA Y NA
 5742219 5742220 CLH_1381 CLH_1382     TRUE 0.987 16.000 0.444 NA   NA
 5742220 5742221 CLH_1382 CLH_1383     TRUE 0.984 -3.000 0.389 NA   NA
 5742221 5742222 CLH_1383 CLH_1384     TRUE 0.997 18.000 0.500 NA Y NA
 5742222 5742223 CLH_1384 CLH_1385     TRUE 0.998 2.000 0.833 NA Y NA
 5742223 5742224 CLH_1385 CLH_1386     TRUE 0.938 58.000 0.455 NA N NA
 5742224 5742225 CLH_1386 CLH_1387     TRUE 0.986 23.000 0.750 NA N NA
 5742225 5742226 CLH_1387 CLH_1388     TRUE 0.992 39.000 0.692 NA Y NA
 5742226 5742227 CLH_1388 CLH_1389     TRUE 0.992 1.000 0.769 NA N NA
 5742227 5742228 CLH_1389 CLH_1390     TRUE 0.985 57.000 0.500 NA Y NA
 5742228 5742229 CLH_1390 CLH_1391     FALSE 0.005 386.000 0.000 NA N NA
 5742229 5742230 CLH_1391 CLH_1392     FALSE 0.004 502.000 0.000 1.000   NA
 5742230 5742231 CLH_1392 CLH_1393     FALSE 0.005 417.000 0.000 1.000   NA
 5742231 5742232 CLH_1393 CLH_1394     TRUE 0.965 0.000 0.000 1.000 Y NA
 5742232 5742233 CLH_1394 CLH_1395     TRUE 0.997 0.000 0.625 1.000 Y NA
 5742233 5742234 CLH_1395 CLH_1396     FALSE 0.214 90.000 0.000 NA   NA
 5742236 5742237 CLH_1398 CLH_1399     FALSE 0.164 138.000 0.000 NA   NA
 5742241 5742242 CLH_1403 CLH_1404     FALSE 0.018 260.000 0.000 NA   NA
 5742242 5742243 CLH_1404 CLH_1405     FALSE 0.005 515.000 0.000 NA   NA
 5742243 5742244 CLH_1405 CLH_1406     FALSE 0.011 307.000 0.000 NA   NA
 5742244 5742245 CLH_1406 CLH_1407     FALSE 0.065 188.000 0.000 NA   NA
 5742247 5742248 CLH_1409 CLH_1410     FALSE 0.011 301.000 0.000 NA   NA
 5742248 5742249 CLH_1410 CLH_1411     FALSE 0.280 55.000 0.000 NA   NA
 5742249 5742250 CLH_1411 CLH_1412     FALSE 0.214 90.000 0.000 NA   NA
 5742250 5742251 CLH_1412 CLH_1413     FALSE 0.312 49.000 0.000 NA   NA
 5742251 5742252 CLH_1413 CLH_1414     FALSE 0.167 137.000 0.000 NA   NA
 5742252 5742253 CLH_1414 CLH_1415     FALSE 0.007 319.000 0.000 1.000 N NA
 5742253 5742254 CLH_1415 CLH_1416     FALSE 0.259 287.000 0.286 0.014 N NA
 5742254 5742255 CLH_1416 CLH_1417     TRUE 0.995 23.000 0.600 0.008 Y NA
 5742255 5742256 CLH_1417 CLH_1418     TRUE 0.982 82.000 0.600 NA Y NA
 5742256 5742257 CLH_1418 CLH_1419     TRUE 0.879 141.000 0.400 NA   NA
 5742257 5742258 CLH_1419 CLH_1420     TRUE 0.851 47.000 0.071 1.000   NA
 5742258 5742259 CLH_1420 CLH_1421     FALSE 0.006 391.000 0.000 NA   NA
 5742259 5742260 CLH_1421 CLH_1422     FALSE 0.243 64.000 0.000 NA   NA
 5742260 5742261 CLH_1422 CLH_1423     TRUE 0.993 -10.000 0.256 1.000 Y NA
 5742261 5742262 CLH_1423 CLH_1424     FALSE 0.387 36.000 0.000 NA   NA
 5742262 5742263 CLH_1424 CLH_1425     FALSE 0.005 476.000 0.000 NA   NA
 5742263 5742264 CLH_1425 CLH_1426     FALSE 0.010 268.000 0.000 0.060   NA
 5742265 5742266 CLH_1427 CLH_1428     FALSE 0.007 364.000 0.000 NA   NA
 5742267 5742268 CLH_1429 CLH_1430     TRUE 0.809 89.000 0.000 1.000 Y NA
 5742268 5742269 CLH_1430 CLH_1431     FALSE 0.322 40.000 0.000 1.000   NA
 5742269 5742270 CLH_1431 CLH_1432     FALSE 0.005 481.000 0.000 NA   NA
 5742270 5742271 CLH_1432 CLH_1433     FALSE 0.096 171.000 0.000 NA   NA
 5742271 5742272 CLH_1433 CLH_1434     FALSE 0.011 291.000 0.000 1.000   NA
 5742272 5742273 CLH_1434 CLH_1435     FALSE 0.535 -19.000 0.000 NA   NA
 5742273 5742274 CLH_1435 CLH_1436     FALSE 0.018 261.000 0.000 NA   NA
 5742274 5742275 CLH_1436 CLH_1437     FALSE 0.009 304.000 0.000 1.000   NA
 5742277 5742278 CLH_1439 CLH_1440 rbsK   TRUE 0.986 6.000 0.020 1.000 Y NA
 5742278 5742279 CLH_1440 CLH_1441     TRUE 0.996 15.000 0.337 1.000 Y NA
 5742279 5742280 CLH_1441 CLH_1442     TRUE 0.997 17.000 0.504 1.000 Y NA
 5742280 5742281 CLH_1442 CLH_1443     TRUE 0.946 25.000 0.000 NA Y NA
 5742281 5742282 CLH_1443 CLH_1444     FALSE 0.253 52.000 0.000 NA N NA
 5742283 5742284 CLH_1445 CLH_1446   pcp TRUE 0.930 0.000 0.029 NA   NA
 5742284 5742285 CLH_1446 CLH_1447 pcp   FALSE 0.132 475.000 0.300 NA   NA
 5742285 5742286 CLH_1447 CLH_1448     TRUE 0.992 19.000 0.939 NA   NA
 5742287 5742288 CLH_1449 CLH_1450     TRUE 0.754 200.000 0.071 1.000 Y NA
 5742288 5742289 CLH_1450 CLH_1451     FALSE 0.213 267.000 0.000 1.000 Y NA
 5742289 5742290 CLH_1451 CLH_1452     TRUE 0.558 -7.000 0.000 1.000   NA
 5742290 5742291 CLH_1452 CLH_1453     FALSE 0.016 259.000 0.000 1.000   NA
 5742291 5742292 CLH_1453 CLH_1454     FALSE 0.167 137.000 0.000 NA   NA
 5742292 5742293 CLH_1454 CLH_1455     FALSE 0.044 208.000 0.000 NA   NA
 5742293 5742294 CLH_1455 CLH_1456     TRUE 0.954 99.000 1.000 NA   NA
 5742294 5742295 CLH_1456 CLH_1457     FALSE 0.215 89.000 0.000 NA   NA
 5742295 5742296 CLH_1457 CLH_1458     TRUE 0.679 12.000 0.000 NA   NA
 5742296 5742297 CLH_1458 CLH_1459     FALSE 0.371 19.000 0.000 0.001   NA
 5742297 5742298 CLH_1459 CLH_1460     FALSE 0.371 38.000 0.000 NA   NA
 5742298 5742299 CLH_1460 CLH_1461     FALSE 0.223 72.000 0.000 NA   NA
 5742301 5742302 CLH_1463 CLH_1464     TRUE 0.927 -10.000 0.046 NA   NA
 5742302 5742303 CLH_1464 CLH_1465     TRUE 0.674 13.000 0.000 NA   NA
 5742303 5742304 CLH_1465 CLH_1466     FALSE 0.364 39.000 0.000 NA   NA
 5742305 5742306 CLH_1467 CLH_1468     TRUE 0.983 19.000 0.386 NA   NA
 5742307 5742308 CLH_1469 CLH_1470     FALSE 0.014 284.000 0.000 NA   NA
 5742310 5742311 CLH_1472 CLH_1473     FALSE 0.457 27.000 0.000 1.000   NA
 5742311 5742312 CLH_1473 CLH_1474     FALSE 0.007 332.000 0.000 1.000   NA
 5742312 5742313 CLH_1474 CLH_1475     FALSE 0.009 331.000 0.000 NA   NA
 5742313 5742314 CLH_1475 CLH_1476     FALSE 0.053 199.000 0.000 NA   NA
 5742315 5742316 CLH_1477 CLH_1478     FALSE 0.210 94.000 0.000 NA   NA
 5742317 5742318 CLH_1479 CLH_1480     FALSE 0.230 69.000 0.000 NA   NA
 5742318 5742319 CLH_1480 CLH_1481     FALSE 0.153 131.000 0.000 1.000   NA
 5742319 5742320 CLH_1481 CLH_1482     FALSE 0.025 228.000 0.000 1.000   NA
 5742320 5742321 CLH_1482 CLH_1483     FALSE 0.015 246.000 0.000 1.000 N NA
 5742324 5742325 CLH_1486 CLH_1487 alr   TRUE 0.913 122.000 0.500 1.000 N NA
 5742326 5742327 CLH_1488 CLH_1489     FALSE 0.171 134.000 0.000 NA   NA
 5742327 5742328 CLH_1489 CLH_1490     TRUE 0.650 16.000 0.000 NA   NA
 5742328 5742329 CLH_1490 CLH_1491     FALSE 0.152 143.000 0.000 NA   NA
 5742331 5742332 CLH_1493 CLH_1494 udp   FALSE 0.534 186.000 0.000 1.000 Y NA
 5742332 5742333 CLH_1494 CLH_1495   deoB FALSE 0.515 183.000 0.093 1.000 N NA
 5742333 5742334 CLH_1495 CLH_1496 deoB   FALSE 0.336 225.000 0.000 1.000 Y NA
 5742334 5742335 CLH_1496 CLH_1497     TRUE 0.984 13.000 0.018 0.002 Y NA
 5742335 5742336 CLH_1497 CLH_1498   deoD FALSE 0.161 73.000 0.000 1.000 N NA
 5742336 5742337 CLH_1498 CLH_1499 deoD   FALSE 0.058 177.000 0.000 1.000 N NA
 5742337 5742338 CLH_1499 CLH_1500     FALSE 0.004 526.000 0.000 NA   NA
 5742338 5742339 CLH_1500 CLH_1501     FALSE 0.007 369.000 0.000 NA   NA
 5742341 5742342 CLH_1503 CLH_1504     FALSE 0.004 490.000 0.000 1.000   NA
 5742342 5742343 CLH_1504 CLH_1505     FALSE 0.484 28.000 0.000 NA   NA
 5742343 5742344 CLH_1505 CLH_1506     TRUE 0.993 7.000 0.750 NA   NA
 5742344 5742345 CLH_1506 CLH_1507     TRUE 0.810 37.000 0.036 0.010   NA
 5742345 5742346 CLH_1507 CLH_1508     FALSE 0.004 513.000 0.000 1.000   NA
 5742346 5742347 CLH_1508 CLH_1509     FALSE 0.032 610.000 0.039 1.000 N NA
 5742347 5742348 CLH_1509 CLH_1510     FALSE 0.058 193.000 0.000 NA   NA
 5742348 5742349 CLH_1510 CLH_1511     FALSE 0.201 115.000 0.000 NA   NA
 5742349 5742350 CLH_1511 CLH_1512     FALSE 0.054 198.000 0.000 NA   NA
 5742352 5742353 CLH_1514 CLH_1515     FALSE 0.341 -13.000 0.000 0.002   NA
 5742353 5742354 CLH_1515 CLH_1516     FALSE 0.100 162.000 0.000 1.000   NA
 5742354 5742355 CLH_1516 CLH_1517     FALSE 0.005 356.000 0.000 1.000 N NA
 5742355 5742356 CLH_1517 CLH_1518   gshAB TRUE 0.933 -16.000 0.074 1.000 N NA
 5742356 5742357 CLH_1518 CLH_1519 gshAB   FALSE 0.011 268.000 0.000 1.000 N NA
 5742358 5742359 CLH_1520 CLH_1521     FALSE 0.050 202.000 0.000 NA   NA
 5742360 5742361 CLH_1522 CLH_1523     FALSE 0.005 458.000 0.000 NA   NA
 5742361 5742362 CLH_1523 CLH_1524     TRUE 0.917 -13.000 0.041 NA   NA
 5742362 5742363 CLH_1524 CLH_1525     TRUE 0.978 -16.000 0.419 1.000 N NA
 5742363 5742364 CLH_1525 CLH_1526     TRUE 0.925 -19.000 0.058 NA   NA
 5742366 5742367 CLH_1528 CLH_1529   rluB FALSE 0.008 357.000 0.000 NA   NA
 5742367 5742368 CLH_1529 CLH_1530 rluB   FALSE 0.315 175.000 0.013 1.000 N NA
 5742368 5742369 CLH_1530 CLH_1531     FALSE 0.441 141.000 0.009 1.000 N NA
 5742369 5742370 CLH_1531 CLH_1532     TRUE 0.871 19.000 0.006 NA   NA
 5742370 5742371 CLH_1532 CLH_1533     FALSE 0.012 297.000 0.000 NA   NA
 5742371 5742372 CLH_1533 CLH_1534     FALSE 0.022 235.000 0.000 1.000   NA
 5742372 5742373 CLH_1534 CLH_1535     FALSE 0.221 73.000 0.000 NA   NA
 5742373 5742374 CLH_1535 CLH_1536     FALSE 0.016 270.000 0.000 NA   NA
 5742374 5742375 CLH_1536 CLH_1537     FALSE 0.017 266.000 0.000 NA   NA
 5742375 5742376 CLH_1537 CLH_1538   topB FALSE 0.009 331.000 0.000 NA   NA
 5742376 5742377 CLH_1538 CLH_1539 topB   FALSE 0.006 415.000 0.000 NA   NA
 5742377 5742378 CLH_1539 CLH_1540     FALSE 0.125 156.000 0.000 NA   NA
 5742378 5742379 CLH_1540 CLH_1541     FALSE 0.023 243.000 0.000 NA   NA
 5742379 5742380 CLH_1541 CLH_1542   mutT FALSE 0.200 117.000 0.000 NA   NA
 5742380 5742381 CLH_1542 CLH_1543 mutT   FALSE 0.006 361.000 0.000 NA N NA
 5742381 5742382 CLH_1543 CLH_1544     TRUE 0.986 67.000 0.733 NA Y NA
 5742382 5742383 CLH_1544 CLH_1545     TRUE 0.995 27.000 0.711 0.026 Y NA
 5742383 5742384 CLH_1545 CLH_1546     TRUE 0.970 14.000 0.000 NA Y NA
 5742384 5742385 CLH_1546 CLH_1547     FALSE 0.197 69.000 0.000 NA N NA
 5742385 5742386 CLH_1547 CLH_1548     TRUE 0.668 14.000 0.000 NA   NA
 5742386 5742387 CLH_1548 CLH_1549     TRUE 0.659 15.000 0.000 NA   NA
 5742387 5742388 CLH_1549 CLH_1550   manA TRUE 0.562 178.000 0.000 0.017 Y NA
 5742388 5742389 CLH_1550 CLH_1551 manA   TRUE 0.645 11.000 0.000 1.000   NA
 5742389 5742390 CLH_1551 CLH_1552     FALSE 0.177 105.000 0.000 1.000   NA
 5742390 5742391 CLH_1552 CLH_1553     FALSE 0.011 306.000 0.000 NA   NA
 5742391 5742392 CLH_1553 CLH_1554     TRUE 0.663 2.000 0.000 NA   NA
 5742392 5742393 CLH_1554 CLH_1555     FALSE 0.006 417.000 0.000 NA   NA
 5742393 5742394 CLH_1555 CLH_1556     FALSE 0.009 328.000 0.000 NA   NA
 5742394 5742395 CLH_1556 CLH_1557     TRUE 0.663 2.000 0.000 NA   NA
 5742395 5742396 CLH_1557 CLH_1558     FALSE 0.004 898.000 0.000 NA   NA
 11427499 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4535.000 0.000 NA   NA
 11569862 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4535.000 0.000 NA   NA
 11712254 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4535.000 0.000 NA   NA
 11427500 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4565.000 0.000 NA   NA
 11569863 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4565.000 0.000 NA   NA
 11712255 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4565.000 0.000 NA   NA
 11427501 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4599.000 0.000 NA   NA
 11569864 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4599.000 0.000 NA   NA
 11712256 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4599.000 0.000 NA   NA
 11427502 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4629.000 0.000 NA   NA
 11569865 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4629.000 0.000 NA   NA
 11712257 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4629.000 0.000 NA   NA
 11427503 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4664.000 0.000 NA   NA
 11569866 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4664.000 0.000 NA   NA
 11712258 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4664.000 0.000 NA   NA
 11427504 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4694.000 0.000 NA   NA
 11569867 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4694.000 0.000 NA   NA
 11712259 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4694.000 0.000 NA   NA
 11427505 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4729.000 0.000 NA   NA
 11569868 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4729.000 0.000 NA   NA
 11712260 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4729.000 0.000 NA   NA
 11427506 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4759.000 0.000 NA   NA
 11569869 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4759.000 0.000 NA   NA
 11712261 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4759.000 0.000 NA   NA
 11427507 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4794.000 0.000 NA   NA
 11569870 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4794.000 0.000 NA   NA
 11712262 5742388   CLH_1550   manA FALSE NA 4794.000 0.000 NA   NA
 5742396 5742397 CLH_1558 CLH_1559     FALSE 0.015 279.000 0.000 NA   NA
 5742397 5742398 CLH_1559 CLH_1560     TRUE 0.820 101.000 0.127 NA   NA
 5742398 5742399 CLH_1560 CLH_1561     FALSE 0.158 141.000 0.000 NA   NA
 5742399 5742400 CLH_1561 CLH_1562     FALSE 0.004 693.000 0.000 NA   NA
 11427508 5742400   CLH_1562     FALSE NA 305.000 0.000 NA   NA
 11569871 5742400   CLH_1562     FALSE NA 305.000 0.000 NA   NA
 11712263 5742400   CLH_1562     FALSE NA 305.000 0.000 NA   NA
 11427509 5742400   CLH_1562     FALSE NA 270.000 0.000 NA   NA
 11569872 5742400   CLH_1562     FALSE NA 270.000 0.000 NA   NA
 11712264 5742400   CLH_1562     FALSE NA 270.000 0.000 NA   NA
 11427510 5742400   CLH_1562     FALSE NA 239.000 0.000 NA   NA
 11569873 5742400   CLH_1562     FALSE NA 239.000 0.000 NA   NA
 11712265 5742400   CLH_1562     FALSE NA 239.000 0.000 NA   NA
 11427511 5742400   CLH_1562     FALSE NA 204.000 0.000 NA   NA
 11569874 5742400   CLH_1562     FALSE NA 204.000 0.000 NA   NA
 11712266 5742400   CLH_1562     FALSE NA 204.000 0.000 NA   NA
 11427512 5742400   CLH_1562     FALSE NA 173.000 0.000 NA   NA
 11569875 5742400   CLH_1562     FALSE NA 173.000 0.000 NA   NA
 11712267 5742400   CLH_1562     FALSE NA 173.000 0.000 NA   NA
 11427513 5742400   CLH_1562     FALSE NA 139.000 0.000 NA   NA
 11569876 5742400   CLH_1562     FALSE NA 139.000 0.000 NA   NA
 11712268 5742400   CLH_1562     FALSE NA 139.000 0.000 NA   NA
 11427514 5742400   CLH_1562     FALSE NA 108.000 0.000 NA   NA
 11569877 5742400   CLH_1562     FALSE NA 108.000 0.000 NA   NA
 11712269 5742400   CLH_1562     FALSE NA 108.000 0.000 NA   NA
 5742401 5742402 CLH_1563 CLH_1564     FALSE 0.526 -10.000 0.000 NA N NA
 5742402 5742403 CLH_1564 CLH_1565     FALSE 0.186 126.000 0.000 NA   NA
 5742404 5742405 CLH_1566 CLH_1567     FALSE 0.035 221.000 0.000 NA   NA
 5742405 5742406 CLH_1567 CLH_1568     FALSE 0.299 51.000 0.000 NA   NA
 5742406 5742407 CLH_1568 CLH_1569     FALSE 0.203 100.000 0.000 NA   NA
 5742407 5742408 CLH_1569 CLH_1570     TRUE 0.830 145.000 0.263 NA   NA
 5742408 5742409 CLH_1570 CLH_1571     TRUE 0.842 105.000 0.168 NA   NA
 5742409 5742410 CLH_1571 CLH_1572   mscL FALSE 0.004 461.000 0.000 1.000   NA
 5742410 5742411 CLH_1572 CLH_1573 mscL hypB FALSE 0.003 545.000 0.000 1.000 N NA
 5742411 5742412 CLH_1573 CLH_1574 hypB   TRUE 0.923 32.000 0.115 1.000 N NA
 5742412 5742413 CLH_1574 CLH_1575     TRUE 0.892 109.000 0.333 1.000   NA
 5742413 5742414 CLH_1575 CLH_1576     FALSE 0.017 251.000 0.000 1.000   NA
 5742414 5742415 CLH_1576 CLH_1577   cbiQ TRUE 0.992 22.000 0.236 0.013 Y NA
 5742415 5742416 CLH_1577 CLH_1578 cbiQ   TRUE 0.997 1.000 0.489 1.000 Y NA
 5742417 5742418 CLH_1579 CLH_1580     FALSE 0.004 582.000 0.000 NA   NA
 5742419 5742420 CLH_1581 CLH_1582     FALSE 0.370 20.000 0.000 0.002   NA
 5742420 5742421 CLH_1582 CLH_1583     FALSE 0.049 194.000 0.000 1.000   NA
 5742425 5742426 CLH_1587 CLH_1588     FALSE 0.179 129.000 0.000 NA   NA
 5742426 5742427 CLH_1588 CLH_1589     FALSE 0.014 284.000 0.000 NA   NA
 5742427 5742428 CLH_1589 CLH_1590     FALSE 0.004 533.000 0.000 NA   NA
 5742428 5742429 CLH_1590 CLH_1591     FALSE 0.016 271.000 0.000 NA   NA
 5742429 5742430 CLH_1591 CLH_1592     FALSE 0.024 240.000 0.000 NA   NA
 5742432 5742433 CLH_1594 CLH_1595   hupS FALSE 0.003 507.000 0.000 1.000 N NA
 5742433 5742434 CLH_1595 CLH_1596 hupS hupL TRUE 0.998 5.000 0.778 0.001 Y NA
 5742434 5742435 CLH_1596 CLH_1597 hupL   TRUE 0.989 -3.000 0.079 1.000 Y NA
 5742435 5742436 CLH_1597 CLH_1598     TRUE 0.588 116.000 0.018 1.000   NA
 5742436 5742437 CLH_1598 CLH_1599   hypF TRUE 0.873 15.000 0.005 0.013   NA
 5742437 5742438 CLH_1599 CLH_1600 hypF hypC TRUE 0.993 18.000 0.181 NA Y NA
 5742438 5742439 CLH_1600 CLH_1601 hypC hypE TRUE 0.810 165.000 0.024 NA Y NA
 5742439 5742440 CLH_1601 CLH_1602 hypE   TRUE 0.963 139.000 0.353 1.000 Y NA
 5742440 5742441 CLH_1602 CLH_1603     FALSE 0.050 202.000 0.000 NA   NA
 5742441 5742442 CLH_1603 CLH_1604     FALSE 0.013 288.000 0.000 NA   NA
 5742442 5742443 CLH_1604 CLH_1605     FALSE 0.010 314.000 0.000 NA   NA
 5742443 5742444 CLH_1605 CLH_1607     FALSE 0.005 469.000 0.000 NA   NA
 5742444 5742445 CLH_1607 CLH_1608     FALSE 0.004 854.000 0.000 NA   NA
 5742445 5742446 CLH_1608 CLH_1609     FALSE 0.014 282.000 0.000 NA   NA
 5742446 5742447 CLH_1609 CLH_1610     FALSE 0.010 270.000 0.000 0.092   NA
 5742447 5742448 CLH_1610 CLH_1611     FALSE 0.006 423.000 0.000 NA   NA
 5742448 5742449 CLH_1611 CLH_1612     FALSE 0.045 207.000 0.000 NA   NA
 5742449 5742450 CLH_1612 CLH_1613     FALSE 0.015 275.000 0.000 NA   NA
 5742450 5742451 CLH_1613 CLH_1614     TRUE 0.994 15.000 1.000 NA   NA
 5742451 5742452 CLH_1614 CLH_1615     TRUE 0.622 183.000 0.167 NA   NA
 5742452 5742453 CLH_1615 CLH_1616     TRUE 0.992 3.000 0.750 1.000   NA
 5742453 5742454 CLH_1616 CLH_1617     TRUE 0.969 29.000 0.364 1.000   NA
 5742454 5742455 CLH_1617 CLH_1618     TRUE 0.997 0.000 0.636 1.000 Y NA
 5742461 5742462 CLH_1624 CLH_1625     FALSE 0.032 225.000 0.000 NA   NA
 5742462 5742463 CLH_1625 CLH_1626     FALSE 0.009 327.000 0.000 NA   NA
 5742463 5742464 CLH_1626 CLH_1627     FALSE 0.039 214.000 0.000 NA   NA
 5742464 5742465 CLH_1627 CLH_1628     FALSE 0.113 163.000 0.000 NA   NA
 5742467 5742468 CLH_1630 CLH_1631   hcp FALSE 0.083 171.000 0.000 1.000   NA
 5742468 5742469 CLH_1631 CLH_1632 hcp   FALSE 0.011 294.000 0.000 1.000   NA
 5742469 5742470 CLH_1632 CLH_1633     FALSE 0.005 423.000 0.000 1.000   NA
 5742470 5742471 CLH_1633 CLH_1634     FALSE 0.031 207.000 0.000 1.000 N NA
 5742471 5742472 CLH_1634 CLH_1635     FALSE 0.306 50.000 0.000 NA   NA
 5742472 5742473 CLH_1635 CLH_1636     FALSE 0.004 890.000 0.000 NA   NA
 5742473 5742474 CLH_1636 CLH_1637     FALSE 0.004 597.000 0.000 NA   NA
 5742474 5742475 CLH_1637 CLH_1638   mch TRUE 0.620 -3.000 0.000 NA   NA
 5742475 5742476 CLH_1638 CLH_1639 mch   TRUE 0.663 63.000 0.023 1.000 N NA
 5742476 5742477 CLH_1639 CLH_1640     TRUE 0.956 27.000 0.200 1.000 N NA
 5742477 5742478 CLH_1640 CLH_1641     FALSE 0.216 81.000 0.000 NA   NA
 5742481 5742482 CLH_1644 CLH_1645     TRUE 0.978 -6.000 0.308 0.020   NA
 5742483 5742484 CLH_1646 CLH_1647     FALSE 0.094 173.000 0.000 NA   NA
 5742486 5742487 CLH_1649 CLH_1650     TRUE 0.798 80.000 0.000 0.012 Y NA
 5742487 5742488 CLH_1650 CLH_1651     TRUE 0.905 35.000 0.000 0.012 Y NA
 5742488 5742489 CLH_1651 CLH_1652     FALSE 0.095 172.000 0.000 NA   NA
 5742491 5742492 CLH_1654 CLH_1655     FALSE 0.006 382.000 0.000 1.000   NA
 5742492 5742493 CLH_1655 CLH_1656     FALSE 0.004 387.000 0.000 1.000 N NA
 5742493 5742494 CLH_1656 CLH_1657     FALSE 0.076 164.000 0.000 1.000 N NA
 5742494 5742495 CLH_1657 CLH_1658     FALSE 0.040 206.000 0.000 1.000   NA
 5742495 5742496 CLH_1658 CLH_1659     FALSE 0.011 294.000 0.000 1.000   NA
 5742496 5742497 CLH_1659 CLH_1660     TRUE 0.943 194.000 1.000 0.014 Y NA
 5742497 5742498 CLH_1660 CLH_1661     FALSE 0.015 244.000 0.000 1.000 N NA
 5742498 5742499 CLH_1661 CLH_1662     TRUE 0.958 64.000 1.000 0.003 N NA
 5742499 5742500 CLH_1662 CLH_1663     FALSE 0.181 128.000 0.000 NA   NA
 5742500 5742501 CLH_1663 CLH_1664     FALSE 0.010 320.000 0.000 NA   NA
 5742506 5742507 CLH_1669 CLH_1670     TRUE 0.949 29.000 0.167 NA   NA
 5742507 5742508 CLH_1670 CLH_1671     FALSE 0.011 307.000 0.000 NA   NA
 5742509 5742510 CLH_1672 CLH_1673     FALSE 0.019 258.000 0.000 NA   NA
 5742510 5742511 CLH_1673 CLH_1674     TRUE 0.904 14.000 0.008 NA   NA
 5742511 5742512 CLH_1674 CLH_1675     TRUE 0.982 21.000 0.429 NA   NA
 5742512 5742513 CLH_1675 CLH_1676     FALSE 0.147 272.000 0.061 1.000   NA
 5742513 5742514 CLH_1676 CLH_1677     FALSE 0.143 138.000 0.000 1.000   NA
 5742514 5742515 CLH_1677 CLH_1678     FALSE 0.126 146.000 0.000 1.000   NA
 5742515 5742516 CLH_1678 CLH_1679     FALSE 0.006 379.000 0.000 1.000   NA
 5742516 5742517 CLH_1679 CLH_1680   panB TRUE 0.947 0.000 0.055 1.000   NA
 5742517 5742518 CLH_1680 CLH_1681 panB panC TRUE 0.995 19.000 0.395 0.001 Y NA
 5742518 5742519 CLH_1681 CLH_1682 panC panD TRUE 0.957 146.000 0.342 1.000 Y NA
 5742519 5742520 CLH_1682 CLH_1683 panD   FALSE 0.004 401.000 0.000 1.000 N NA
 5742520 5742521 CLH_1683 CLH_1684   mutS FALSE 0.122 331.000 0.000 1.000 Y NA
 5742521 5742522 CLH_1684 CLH_1685 mutS   FALSE 0.521 25.000 0.000 NA   NA
 5742522 5742523 CLH_1685 CLH_1686   treP FALSE 0.012 294.000 0.000 NA   NA
 5742523 5742524 CLH_1686 CLH_1687 treP treC TRUE 0.993 35.000 0.650 1.000 Y NA
 5742524 5742525 CLH_1687 CLH_1688 treC treR TRUE 0.951 37.000 0.336 1.000 N NA
 5742525 5742526 CLH_1688 CLH_1689 treR   FALSE 0.016 240.000 0.000 1.000 N NA
 5742526 5742527 CLH_1689 CLH_1690   miaA TRUE 0.967 4.000 0.097 1.000 N NA
 5742527 5742528 CLH_1690 CLH_1691 miaA hfq TRUE 0.908 50.000 0.192 1.000   NA
 5742528 5742529 CLH_1691 CLH_1692 hfq   TRUE 0.757 76.000 0.064 1.000   NA
 5742531 5742532 CLH_1694 CLH_1695     FALSE 0.227 70.000 0.000 NA   NA
 5742532 5742533 CLH_1695 CLH_1696     FALSE 0.073 183.000 0.000 NA   NA
 5742536 5742537 CLH_1699 CLH_1700 miaB   FALSE 0.022 237.000 0.000 1.000   NA
 5742537 5742538 CLH_1700 CLH_1701     FALSE 0.004 510.000 0.000 1.000   NA
 5742538 5742539 CLH_1701 CLH_1702     FALSE 0.267 58.000 0.000 NA   NA
 5742539 5742540 CLH_1702 CLH_1703     TRUE 0.674 13.000 0.000 NA   NA
 5742540 5742541 CLH_1703 CLH_1704     FALSE 0.221 73.000 0.000 NA   NA
 5742541 5742542 CLH_1704 CLH_1705     FALSE 0.322 47.000 0.000 NA   NA
 5742542 5742543 CLH_1705 CLH_1706     FALSE 0.005 473.000 0.000 NA   NA
 5742543 5742544 CLH_1706 CLH_1707     TRUE 0.674 13.000 0.000 NA   NA
 5742544 5742545 CLH_1707 CLH_1708     TRUE 0.650 16.000 0.000 NA   NA
 5742545 5742546 CLH_1708 CLH_1709     TRUE 0.640 0.000 0.000 NA   NA
 5742546 5742547 CLH_1709 CLH_1710     TRUE 0.975 0.000 0.182 NA   NA
 5742547 5742548 CLH_1710 CLH_1711     TRUE 0.597 -7.000 0.000 NA   NA
 5742548 5742549 CLH_1711 CLH_1712     TRUE 0.980 3.000 0.200 NA   NA
 5742549 5742550 CLH_1712 CLH_1713     TRUE 0.680 5.000 0.000 NA   NA
 5742550 5742551 CLH_1713 CLH_1714     TRUE 0.640 0.000 0.000 NA   NA
 5742551 5742552 CLH_1714 CLH_1715     TRUE 0.984 16.000 0.333 NA   NA
 5742552 5742553 CLH_1715 CLH_1716     TRUE 0.597 -7.000 0.000 NA   NA
 5742553 5742554 CLH_1716 CLH_1717     FALSE 0.103 166.000 0.000 NA   NA
 5742554 5742555 CLH_1717 CLH_1718     FALSE 0.227 70.000 0.000 NA   NA
 5742555 5742556 CLH_1718 CLH_1719     TRUE 0.640 0.000 0.000 NA   NA
 5742556 5742557 CLH_1719 CLH_1720     TRUE 0.674 13.000 0.000 NA   NA
 5742557 5742558 CLH_1720 CLH_1721     TRUE 0.682 10.000 0.000 NA   NA
 5742558 5742559 CLH_1721 CLH_1722     TRUE 0.640 0.000 0.000 NA   NA
 5742559 5742560 CLH_1722 CLH_1723     TRUE 0.575 -10.000 0.000 NA   NA
 5742560 5742561 CLH_1723 CLH_1724     FALSE 0.448 31.000 0.000 NA   NA
 5742561 5742562 CLH_1724 CLH_1725     TRUE 0.650 16.000 0.000 NA   NA
 5742562 5742563 CLH_1725 CLH_1726     TRUE 0.602 0.000 0.000 1.000   NA
 5742563 5742564 CLH_1726 CLH_1727     FALSE 0.191 80.000 0.000 1.000   NA
 5742564 5742565 CLH_1727 CLH_1728     TRUE 0.681 11.000 0.000 NA   NA
 5742565 5742566 CLH_1728 CLH_1729     TRUE 0.650 16.000 0.000 NA   NA
 5742566 5742567 CLH_1729 CLH_1730     FALSE 0.050 202.000 0.000 NA   NA
 5742567 5742568 CLH_1730 CLH_1731     FALSE 0.529 -22.000 0.000 NA   NA
 5742568 5742569 CLH_1731 CLH_1732     FALSE 0.017 267.000 0.000 NA   NA
 5742569 5742570 CLH_1732 CLH_1733     FALSE 0.069 185.000 0.000 NA   NA
 5742570 5742571 CLH_1733 CLH_1734     TRUE 0.620 -3.000 0.000 NA   NA
 5742571 5742572 CLH_1734 CLH_1735     TRUE 0.815 55.000 0.062 NA   NA
 5742572 5742573 CLH_1735 CLH_1736     FALSE 0.181 128.000 0.000 NA   NA
 5742573 5742574 CLH_1736 CLH_1737     FALSE 0.227 70.000 0.000 NA   NA
 5742574 5742575 CLH_1737 CLH_1738     FALSE 0.024 240.000 0.000 NA   NA
 5742575 5742576 CLH_1738 CLH_1739     FALSE 0.033 224.000 0.000 NA   NA
 5742576 5742577 CLH_1739 CLH_1740     FALSE 0.137 151.000 0.000 NA   NA
 5742577 5742578 CLH_1740 CLH_1741     FALSE 0.017 269.000 0.000 NA   NA
 5742578 5742579 CLH_1741 CLH_1742     FALSE 0.010 321.000 0.000 NA   NA
 5742579 5742580 CLH_1742 CLH_1743     TRUE 0.993 13.000 0.828 NA   NA
 5742582 5742583 CLH_1746 CLH_1747     TRUE 0.587 20.000 0.000 NA   NA
 5742583 5742584 CLH_1747 CLH_1748     FALSE 0.198 119.000 0.000 NA   NA
 5742586 5742587 CLH_1750 CLH_1751     TRUE 0.620 -3.000 0.000 NA   NA
 5742587 5742588 CLH_1751 CLH_1752     TRUE 0.663 2.000 0.000 NA   NA
 5742588 5742589 CLH_1752 CLH_1753     FALSE 0.201 113.000 0.000 NA   NA
 5742589 5742590 CLH_1753 CLH_1754     TRUE 0.958 -15.000 0.154 1.000 N NA
 5742590 5742591 CLH_1754 CLH_1755     FALSE 0.039 213.000 0.000 NA   NA
 5742591 5742592 CLH_1755 CLH_1756     FALSE 0.470 29.000 0.000 NA   NA
 5742592 5742593 CLH_1756 CLH_1757     FALSE 0.194 122.000 0.000 NA   NA
 5742594 5742595 CLH_1758 CLH_1759     FALSE 0.183 127.000 0.000 NA   NA
 5742595 5742596 CLH_1759 CLH_1760     FALSE 0.201 114.000 0.000 NA   NA
 5742598 5742599 CLH_1762 CLH_1763     FALSE 0.194 51.000 0.000 0.043   NA
 5742600 5742601 CLH_1764 CLH_1765     FALSE 0.006 414.000 0.000 NA   NA
 5742601 5742602 CLH_1765 CLH_1766     FALSE 0.484 28.000 0.000 NA   NA
 5742602 5742603 CLH_1766 CLH_1767     FALSE 0.119 151.000 0.000 1.000   NA
 5742603 5742604 CLH_1767 CLH_1768   cmk TRUE 0.886 29.000 0.047 1.000 N NA
 5742604 5742605 CLH_1768 CLH_1769 cmk   TRUE 0.678 98.000 0.039 1.000   NA
 5742605 5742606 CLH_1769 CLH_1770     FALSE 0.152 143.000 0.000 NA   NA
 5742606 5742607 CLH_1770 CLH_1771     FALSE 0.258 60.000 0.000 NA   NA
 5742607 5742608 CLH_1771 CLH_1772   cytX FALSE 0.105 165.000 0.000 NA   NA
 5742608 5742609 CLH_1772 CLH_1773 cytX   FALSE 0.008 343.000 0.000 NA   NA
 5742609 5742610 CLH_1773 CLH_1774     FALSE 0.557 22.000 0.000 NA   NA
 5742610 5742611 CLH_1774 CLH_1775     FALSE 0.147 145.000 0.000 NA   NA
 5742611 5742612 CLH_1775 CLH_1776   adh FALSE 0.387 36.000 0.000 NA   NA
 5742612 5742613 CLH_1776 CLH_1778 adh   FALSE 0.006 397.000 0.000 NA   NA
 5742613 5742614 CLH_1778 CLH_1779     FALSE 0.004 457.000 0.000 1.000   NA
 5742614 5742615 CLH_1779 CLH_1780     FALSE 0.008 322.000 0.000 1.000   NA
 5742615 5742616 CLH_1780 CLH_1781     FALSE 0.023 242.000 0.000 NA   NA
 5742616 5742617 CLH_1781 CLH_1782     FALSE 0.215 87.000 0.000 NA   NA
 5742621 5742622 CLH_1786 CLH_1787     FALSE 0.039 213.000 0.000 NA   NA
 5742622 5742623 CLH_1787 CLH_1788     FALSE 0.026 236.000 0.000 NA   NA
 5742623 5742624 CLH_1788 CLH_1789     TRUE 0.985 4.000 0.300 NA   NA
 5742624 5742625 CLH_1789 CLH_1790     TRUE 0.984 6.000 0.300 1.000 N NA
 5742625 5742626 CLH_1790 CLH_1791     FALSE 0.055 197.000 0.000 NA   NA
 5742626 5742627 CLH_1791 CLH_1792     FALSE 0.036 217.000 0.000 NA   NA
 5742628 5742629 CLH_1793 CLH_1794     TRUE 0.928 75.000 0.050 1.000 Y NA
 5742629 5742630 CLH_1794 CLH_1795     FALSE 0.003 526.000 0.000 1.000 N NA
 5742631 5742632 CLH_1796 CLH_1797     TRUE 0.812 103.000 0.118 NA   NA
 5742632 5742633 CLH_1797 CLH_1798     TRUE 0.998 2.000 0.765 1.000 Y NA
 5742633 5742634 CLH_1798 CLH_1799     TRUE 0.840 96.000 0.154 NA   NA
 5742634 5742635 CLH_1799 CLH_1800     TRUE 0.993 6.000 0.833 NA   NA
 5742635 5742636 CLH_1800 CLH_1801     TRUE 0.992 16.000 0.833 NA   NA
 5742636 5742637 CLH_1801 CLH_1802     FALSE 0.014 282.000 0.000 NA   NA
 5742637 5742638 CLH_1802 CLH_1803     FALSE 0.021 250.000 0.000 NA   NA
 5742638 5742639 CLH_1803 CLH_1804     FALSE 0.004 637.000 0.000 NA   NA
 5742639 5742640 CLH_1804 CLH_1805   trpB FALSE 0.039 213.000 0.000 NA   NA
 5742640 5742641 CLH_1805 CLH_1806 trpB lexA FALSE 0.190 81.000 0.000 1.000   NA
 5742641 5742642 CLH_1806 CLH_1807 lexA phnA FALSE 0.020 241.000 0.000 1.000   NA
 5742642 5742643 CLH_1807 CLH_1808 phnA   FALSE 0.007 306.000 0.000 1.000 N NA
 5742645 5742646 CLH_1810 CLH_1811     TRUE 0.723 85.000 0.047 NA   NA
 5742646 5742647 CLH_1811 CLH_1812     FALSE 0.007 366.000 0.000 NA   NA
 5742647 5742648 CLH_1812 CLH_1813     FALSE 0.005 440.000 0.000 NA   NA
 5742648 5742649 CLH_1813 CLH_1814     FALSE 0.005 352.000 0.000 1.000 N NA
 5742649 5742650 CLH_1814 CLH_1815     TRUE 0.927 180.000 0.429 1.000 Y NA
 5742650 5742651 CLH_1815 CLH_1816     TRUE 0.983 71.000 0.667 0.054 Y NA
 5742651 5742652 CLH_1816 CLH_1817     FALSE 0.005 395.000 0.000 1.000   NA
 5742652 5742653 CLH_1817 CLH_1818     FALSE 0.005 424.000 0.000 1.000   NA
 5742653 5742654 CLH_1818 CLH_1819     FALSE 0.051 192.000 0.000 1.000   NA
 5742657 5742658 CLH_1822 CLH_1823     TRUE 0.766 67.000 0.058 NA   NA
 5742660 5742661 CLH_1825 CLH_1826     TRUE 0.899 77.000 0.021 0.024 Y NA
 5742661 5742662 CLH_1826 CLH_1827     TRUE 0.978 22.000 0.031 0.024 Y NA
 5742662 5742663 CLH_1827 CLH_1828     TRUE 0.966 16.000 0.000 1.000 Y NA
 5742663 5742664 CLH_1828 CLH_1829     TRUE 0.963 1.000 0.000 0.001 Y NA
 5742664 5742665 CLH_1829 CLH_1830     FALSE 0.050 202.000 0.000 NA   NA
 5742666 5742667 CLH_1831 CLH_1832     FALSE 0.119 160.000 0.000 NA   NA
 5742667 5742668 CLH_1832 CLH_1833     FALSE 0.017 267.000 0.000 NA   NA
 5742670