MicrobesOnline Operon Predictions for Clostridium botulinum B str. Eklund 17B

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5737197 5737198 CLL_A0001 CLL_A0002 dnaA dnaN TRUE 0.651 261.000 0.328 1.000 Y NA
 5737198 5737199 CLL_A0002 CLL_A0003 dnaN yaaA TRUE 0.862 39.000 0.103 1.000   NA
 5737199 5737200 CLL_A0003 CLL_A0004 yaaA   TRUE 0.831 72.000 0.209 1.000   NA
 5737200 5737201 CLL_A0004 CLL_A0005     TRUE 0.908 15.000 0.024 NA   NA
 5737201 5737202 CLL_A0005 CLL_A0006   gyrB TRUE 0.755 36.000 0.017 NA   NA
 5737202 5737203 CLL_A0006 CLL_A0007 gyrB gyrA TRUE 0.990 23.000 0.306 0.002 Y NA
 5737203 5737204 CLL_A0007 CLL_A0008 gyrA rrsA FALSE 0.006 520.000 0.000 NA   NA
 5737204 5737205 CLL_A0008 CLL_A0010 rrsA rrlA FALSE 0.047 230.000 0.000 NA   NA
 5737205 5737206 CLL_A0010 CLL_A0011 rrlA rrfA FALSE 0.288 60.000 0.000 NA   NA
 5737206 5737207 CLL_A0011 CLL_A0012 rrfA   TRUE 0.760 4.000 0.000 NA   NA
 5737207 5737208 CLL_A0012 CLL_A0013     TRUE 0.760 4.000 0.000 NA   NA
 5737208 5737209 CLL_A0013 CLL_A0014     FALSE 0.268 81.000 0.000 NA   NA
 5737209 5737210 CLL_A0014 CLL_A0015     FALSE 0.413 41.000 0.000 1.000   NA
 5737210 5737211 CLL_A0015 CLL_A0016     TRUE 0.910 14.000 0.021 1.000   NA
 5737211 5737212 CLL_A0016 CLL_A0017     TRUE 0.973 19.000 0.370 NA   NA
 5737212 5737213 CLL_A0017 CLL_A0018   serS FALSE 0.016 315.000 0.000 NA   NA
 5737213 5737214 CLL_A0018 CLL_A0019 serS   FALSE 0.050 226.000 0.000 NA   NA
 5737214 5737215 CLL_A0019 CLL_A0020     FALSE 0.461 34.000 0.000 NA   NA
 5737215 5737216 CLL_A0020 CLL_A0021     FALSE 0.022 287.000 0.000 NA   NA
 5737216 5737217 CLL_A0021 CLL_A0022     FALSE 0.461 34.000 0.000 NA   NA
 5737217 5737218 CLL_A0022 CLL_A0023     FALSE 0.017 308.000 0.000 NA   NA
 5737218 5737219 CLL_A0023 CLL_A0024   addB TRUE 0.824 29.000 0.029 1.000 N NA
 5737219 5737220 CLL_A0024 CLL_A0025 addB addA TRUE 0.991 26.000 0.408 0.005 Y NA
 5737224 5737225 CLL_A0029 CLL_A0030     FALSE 0.244 130.000 0.000 NA   NA
 5737226 5737227 CLL_A0031 CLL_A0032     TRUE 0.724 1.000 0.000 1.000 N NA
 5737228 5737229 CLL_A0033 CLL_A0034     FALSE 0.019 296.000 0.000 NA   NA
 5737229 5737230 CLL_A0034 CLL_A0035     FALSE 0.030 258.000 0.000 NA   NA
 5737230 5737231 CLL_A0035 CLL_A0036     FALSE 0.258 123.000 0.000 NA   NA
 5737231 5737232 CLL_A0036 CLL_A0037     TRUE 0.681 16.000 0.000 NA   NA
 5737232 5737233 CLL_A0037 CLL_A0038     FALSE 0.098 190.000 0.000 NA   NA
 5737233 5737234 CLL_A0038 CLL_A0039     TRUE 0.985 -37.000 0.154 NA   NA
 5737234 5737235 CLL_A0039 CLL_A0040     TRUE 0.989 2.000 0.533 NA   NA
 5737235 5737236 CLL_A0040 CLL_A0041     FALSE 0.127 176.000 0.000 NA   NA
 5737236 5737237 CLL_A0041 CLL_A0042     TRUE 0.752 5.000 0.000 NA   NA
 5737237 5737238 CLL_A0042 CLL_A0043     FALSE 0.145 170.000 0.000 NA   NA
 5737238 5737239 CLL_A0043 CLL_A0044     FALSE 0.265 100.000 0.000 NA   NA
 5737239 5737240 CLL_A0044 CLL_A0045     TRUE 0.795 0.000 0.000 NA   NA
 5737240 5737241 CLL_A0045 CLL_A0046     FALSE 0.387 43.000 0.000 NA   NA
 5737241 5737242 CLL_A0046 CLL_A0047     TRUE 0.661 18.000 0.000 NA   NA
 5737242 5737243 CLL_A0047 CLL_A0048     TRUE 0.837 1.000 0.000 0.014   NA
 5737243 5737244 CLL_A0048 CLL_A0049     FALSE 0.008 431.000 0.000 1.000   NA
 5737246 5737247 CLL_A0051 CLL_A0052     FALSE 0.018 312.000 0.000 1.000   NA
 5737247 5737248 CLL_A0052 CLL_A0053     FALSE 0.032 260.000 0.000 1.000   NA
 5737252 5737253 CLL_A0057 CLL_A0058     TRUE 0.936 1.000 0.017 NA   NA
 5737253 5737254 CLL_A0058 CLL_A0059     FALSE 0.264 89.000 0.000 NA   NA
 5737256 5737257 CLL_A0061 CLL_A0062   proB FALSE 0.008 361.000 0.000 1.000 N NA
 5737257 5737258 CLL_A0062 CLL_A0063 proB proA TRUE 0.993 15.000 0.281 0.002 Y NA
 5737258 5737259 CLL_A0063 CLL_A0064 proA   FALSE 0.283 102.000 0.000 1.000   NA
 5737259 5737260 CLL_A0064 CLL_A0065     FALSE 0.104 186.000 0.000 NA   NA
 5737260 5737261 CLL_A0065 CLL_A0066     FALSE 0.445 191.000 0.078 NA   NA
 5737261 5737262 CLL_A0066 CLL_A0067     FALSE 0.049 227.000 0.000 NA   NA
 5737262 5737263 CLL_A0067 CLL_A0068     FALSE 0.232 157.000 0.000 0.068   NA
 5737263 5737264 CLL_A0068 CLL_A0069     FALSE 0.280 99.000 0.000 1.000   NA
 5737264 5737265 CLL_A0069 CLL_A0070   carA FALSE 0.008 368.000 0.000 1.000 N NA
 5737265 5737266 CLL_A0070 CLL_A0071 carA carB TRUE 0.984 15.000 0.054 0.001 Y NA
 5737267 5737268 CLL_A0072 CLL_A0073     FALSE 0.014 293.000 0.000 1.000 N NA
 5737269 5737270 CLL_A0074 CLL_A0075 murI   FALSE 0.465 139.000 0.007 1.000 N NA
 5737270 5737271 CLL_A0075 CLL_A0076     FALSE 0.428 181.000 0.045 NA   NA
 5737271 5737272 CLL_A0076 CLL_A0077     TRUE 0.980 2.000 0.231 NA   NA
 5737272 5737273 CLL_A0077 CLL_A0078     TRUE 0.805 100.000 0.154 1.000   NA
 5737273 5737274 CLL_A0078 CLL_A0079     TRUE 0.859 70.000 0.286 1.000   NA
 5737275 5737276 CLL_A0080 CLL_A0081     TRUE 0.727 150.000 0.133 NA   NA
 5737277 5737278 CLL_A0082 CLL_A0083     TRUE 0.695 93.000 0.058 NA   NA
 5737278 5737279 CLL_A0083 CLL_A0084     TRUE 0.963 1.000 0.067 1.000   NA
 5737280 5737281 CLL_A0085 CLL_A0086     FALSE 0.007 438.000 0.000 NA   NA
 5737282 5737283 CLL_A0087 CLL_A0088     TRUE 0.996 6.000 0.606 1.000 Y NA
 5737283 5737284 CLL_A0088 CLL_A0089     FALSE 0.019 298.000 0.000 NA   NA
 5737284 5737285 CLL_A0089 CLL_A0090     TRUE 0.965 35.000 0.750 NA   NA
 5737285 5737286 CLL_A0090 CLL_A0091     TRUE 0.871 117.000 0.333 NA   NA
 5737286 5737287 CLL_A0091 CLL_A0092     FALSE 0.013 293.000 0.000 NA N NA
 5737287 5737288 CLL_A0092 CLL_A0093   ileS FALSE 0.003 803.000 0.000 1.000 N NA
 5737288 5737289 CLL_A0093 CLL_A0094 ileS   FALSE 0.530 107.000 0.009 1.000 N NA
 5737289 5737290 CLL_A0094 CLL_A0095     FALSE 0.023 282.000 0.000 NA   NA
 5737290 5737291 CLL_A0095 CLL_A0096     FALSE 0.254 125.000 0.000 NA   NA
 5737293 5737294 CLL_A0098 CLL_A0099     TRUE 0.985 16.000 0.655 NA   NA
 5737294 5737295 CLL_A0099 CLL_A0100     FALSE 0.269 104.000 0.000 NA   NA
 5737295 5737296 CLL_A0100 CLL_A0101     TRUE 0.604 186.000 0.205 NA   NA
 5737296 5737297 CLL_A0101 CLL_A0102     FALSE 0.005 601.000 0.000 NA   NA
 5737297 5737298 CLL_A0102 CLL_A0103     FALSE 0.031 228.000 0.000 NA N NA
 5737300 5737301 CLL_A0105 CLL_A0106     FALSE 0.066 207.000 0.000 NA   NA
 5737301 5737302 CLL_A0106 CLL_A0107     FALSE 0.176 127.000 0.000 NA N NA
 5737302 5737303 CLL_A0107 CLL_A0108     FALSE 0.004 466.000 0.000 NA N NA
 5737303 5737304 CLL_A0108 CLL_A0109   dhaK TRUE 0.882 94.000 0.026 1.000 Y NA
 5737304 5737305 CLL_A0109 CLL_A0110 dhaK   TRUE 0.951 91.000 0.226 0.002 Y NA
 5737305 5737306 CLL_A0110 CLL_A0111     TRUE 0.971 3.000 0.118 1.000   NA
 5737306 5737307 CLL_A0111 CLL_A0112   metG FALSE 0.006 511.000 0.000 1.000   NA
 5737307 5737308 CLL_A0112 CLL_A0113 metG   FALSE 0.515 197.000 0.221 NA N NA
 5737308 5737309 CLL_A0113 CLL_A0114     FALSE 0.023 283.000 0.000 NA   NA
 5737309 5737310 CLL_A0114 CLL_A0115     TRUE 0.589 118.000 0.013 1.000   NA
 5737310 5737311 CLL_A0115 CLL_A0116   ksgA TRUE 0.965 1.000 0.093 1.000 N NA
 5737311 5737312 CLL_A0116 CLL_A0117 ksgA   FALSE 0.083 268.000 0.006 NA   NA
 5737312 5737313 CLL_A0117 CLL_A0118     TRUE 0.978 11.000 0.312 NA   NA
 5737313 5737314 CLL_A0118 CLL_A0119   lgt FALSE 0.533 98.000 0.005 NA   NA
 5737314 5737315 CLL_A0119 CLL_A0120 lgt   TRUE 0.635 50.000 0.006 NA   NA
 5737315 5737316 CLL_A0120 CLL_A0121     TRUE 0.939 15.000 0.067 NA   NA
 5737316 5737317 CLL_A0121 CLL_A0122     FALSE 0.210 67.000 0.000 1.000 N NA
 5737318 5737319 CLL_A0123 CLL_A0124     FALSE 0.032 255.000 0.000 NA   NA
 5737319 5737320 CLL_A0124 CLL_A0125     FALSE 0.057 216.000 0.000 NA   NA
 5737320 5737321 CLL_A0125 CLL_A0126     TRUE 0.779 2.000 0.000 NA   NA
 5737322 5737323 CLL_A0127 CLL_A0128 nrdD nifV FALSE 0.006 428.000 0.000 1.000 N NA
 5737323 5737324 CLL_A0128 CLL_A0129 nifV   TRUE 0.721 63.000 0.074 1.000 N NA
 5737324 5737325 CLL_A0129 CLL_A0130     FALSE 0.039 223.000 0.000 1.000 N NA
 5737325 5737326 CLL_A0130 CLL_A0131   nrdG FALSE 0.021 262.000 0.000 1.000 N NA
 5737326 5737327 CLL_A0131 CLL_A0132 nrdG   FALSE 0.504 77.000 0.005 1.000 N NA
 5737327 5737328 CLL_A0132 CLL_A0133     FALSE 0.248 128.000 0.000 NA   NA
 5737328 5737329 CLL_A0133 CLL_A0134     FALSE 0.233 137.000 0.000 NA   NA
 5737329 5737330 CLL_A0134 CLL_A0135     TRUE 0.667 80.000 0.053 1.000 N NA
 5737330 5737331 CLL_A0135 CLL_A0136     TRUE 0.767 128.000 0.000 1.000 Y NA
 5737331 5737332 CLL_A0136 CLL_A0137     TRUE 0.993 25.000 0.650 0.029 Y NA
 5737332 5737333 CLL_A0137 CLL_A0138     TRUE 0.998 0.000 0.925 0.029 Y NA
 5737335 5737336 CLL_A0140 CLL_A0141   gufA FALSE 0.004 607.000 0.000 1.000 N NA
 5737337 5737338 CLL_A0142 CLL_A0143 asnS   FALSE 0.009 407.000 0.000 1.000   NA
 5737341 5737342 CLL_A0146 CLL_A0147 purR   TRUE 0.737 121.000 0.099 1.000 N NA
 5737342 5737343 CLL_A0147 CLL_A0148   glmU TRUE 0.684 185.000 0.011 1.000 Y NA
 5737343 5737344 CLL_A0148 CLL_A0149 glmU prsA TRUE 0.782 47.000 0.069 1.000 N NA
 5737344 5737345 CLL_A0149 CLL_A0150 prsA   TRUE 0.772 112.000 0.123 1.000 N NA
 5737345 5737346 CLL_A0150 CLL_A0151   pth FALSE 0.207 79.000 0.000 1.000 N NA
 5737346 5737347 CLL_A0151 CLL_A0152 pth mfd TRUE 0.955 15.000 0.137 1.000 N NA
 5737347 5737348 CLL_A0152 CLL_A0153 mfd   FALSE 0.439 136.000 0.002 1.000 N NA
 5737348 5737349 CLL_A0153 CLL_A0154   spoVT FALSE 0.061 192.000 0.000 NA N NA
 5737349 5737350 CLL_A0154 CLL_A0155 spoVT   TRUE 0.769 102.000 0.108 NA   NA
 5737350 5737351 CLL_A0155 CLL_A0156     TRUE 0.900 15.000 0.015 1.000   NA
 5737351 5737352 CLL_A0156 CLL_A0157   hup FALSE 0.238 202.000 0.014 1.000   NA
 5737352 5737353 CLL_A0157 CLL_A0158 hup   TRUE 0.669 51.000 0.024 1.000 N NA
 5737353 5737354 CLL_A0158 CLL_A0159   yabP TRUE 0.741 133.000 0.108 NA   NA
 5737354 5737355 CLL_A0159 CLL_A0160 yabP   FALSE 0.005 567.000 0.000 NA   NA
 5737355 5737356 CLL_A0160 CLL_A0161     TRUE 0.843 57.000 0.179 1.000   NA
 5737356 5737357 CLL_A0161 CLL_A0162     FALSE 0.043 235.000 0.000 NA   NA
 5737357 5737358 CLL_A0162 CLL_A0163     TRUE 0.635 20.000 0.000 NA   NA
 5737358 5737359 CLL_A0163 CLL_A0164     TRUE 0.728 10.000 0.000 NA   NA
 5737359 5737360 CLL_A0164 CLL_A0165     TRUE 0.752 5.000 0.000 NA   NA
 5737360 5737361 CLL_A0165 CLL_A0166     TRUE 0.647 19.000 0.000 NA   NA
 5737361 5737362 CLL_A0166 CLL_A0167     TRUE 0.728 10.000 0.000 NA   NA
 5737362 5737363 CLL_A0167 CLL_A0168     TRUE 0.752 5.000 0.000 NA   NA
 5737363 5737364 CLL_A0168 CLL_A0169   spoIIE FALSE 0.006 510.000 0.000 NA   NA
 5737364 5737365 CLL_A0169 CLL_A0170 spoIIE   TRUE 0.591 139.000 0.041 1.000 N NA
 5737365 5737366 CLL_A0170 CLL_A0171   hpt TRUE 0.968 6.000 0.137 0.051 N NA
 5737366 5737367 CLL_A0171 CLL_A0172 hpt ftsH TRUE 0.799 74.000 0.180 1.000 N NA
 5737367 5737368 CLL_A0172 CLL_A0173 ftsH fhs FALSE 0.039 222.000 0.000 1.000 N NA
 5737368 5737369 CLL_A0173 CLL_A0174 fhs coaX FALSE 0.511 128.000 0.011 1.000 N NA
 5737369 5737370 CLL_A0174 CLL_A0175 coaX nifR TRUE 0.942 6.000 0.054 1.000 N NA
 5737370 5737371 CLL_A0175 CLL_A0176 nifR   FALSE 0.543 68.000 0.005 NA   NA
 5737371 5737372 CLL_A0176 CLL_A0177   greA TRUE 0.622 115.000 0.023 NA   NA
 5737372 5737373 CLL_A0177 CLL_A0178 greA lysS TRUE 0.826 45.000 0.098 1.000 N NA
 5737373 5737374 CLL_A0178 CLL_A0179 lysS   FALSE 0.038 243.000 0.000 NA   NA
 5737374 5737375 CLL_A0179 CLL_A0180     FALSE 0.016 317.000 0.000 NA   NA
 5737375 5737376 CLL_A0180 CLL_A0181     FALSE 0.018 304.000 0.000 NA   NA
 5737376 5737377 CLL_A0181 CLL_A0182   glyS FALSE 0.008 434.000 0.000 NA   NA
 5737377 5737378 CLL_A0182 CLL_A0183 glyS murD FALSE 0.225 187.000 0.002 1.000 N NA
 5737380 5737381 CLL_A0185 CLL_A0186   rrsB FALSE 0.011 364.000 0.000 NA   NA
 5737381 5737382 CLL_A0186 CLL_A0187 rrsB   FALSE 0.254 125.000 0.000 NA   NA
 5737382 5737383 CLL_A0187 CLL_A0188     TRUE 0.769 3.000 0.000 NA   NA
 5737383 5737384 CLL_A0188 CLL_A0190   rrlB FALSE 0.272 109.000 0.000 NA   NA
 5737384 5737385 CLL_A0190 CLL_A0191 rrlB rrfB FALSE 0.293 59.000 0.000 NA   NA
 5737385 5737386 CLL_A0191 CLL_A0192 rrfB   TRUE 0.744 6.000 0.000 NA   NA
 5737386 5737387 CLL_A0192 CLL_A0193     TRUE 0.786 1.000 0.000 NA   NA
 5737391 5737392 CLL_A0197 CLL_A0198     FALSE 0.197 153.000 0.000 NA   NA
 5737392 5737393 CLL_A0198 CLL_A0199     TRUE 0.653 115.000 0.034 NA   NA
 5737393 5737394 CLL_A0199 CLL_A0200     TRUE 0.910 12.000 0.018 NA   NA
 5737394 5737395 CLL_A0200 CLL_A0201     TRUE 0.984 4.000 0.372 NA   NA
 5737395 5737396 CLL_A0201 CLL_A0202     FALSE 0.467 144.000 0.005 NA   NA
 5737398 5737399 CLL_A0204 CLL_A0205     TRUE 0.986 15.000 0.681 NA   NA
 5737399 5737400 CLL_A0205 CLL_A0206     TRUE 0.995 -16.000 0.848 1.000   NA
 5737400 5737401 CLL_A0206 CLL_A0207     TRUE 0.929 25.000 0.129 1.000 N NA
 5737401 5737402 CLL_A0207 CLL_A0208     FALSE 0.172 292.000 0.000 1.000 Y NA
 5737402 5737403 CLL_A0208 CLL_A0209     TRUE 0.985 5.000 0.027 1.000 Y NA
 5737404 5737405 CLL_A0210 CLL_A0211     FALSE 0.269 68.000 0.000 NA   NA
 5737406 5737407 CLL_A0212 CLL_A0213 radA   TRUE 0.951 18.000 0.126 NA   NA
 5737409 5737410 CLL_A0215 CLL_A0216   ispD TRUE 0.950 19.000 0.134 NA   NA
 5737410 5737411 CLL_A0216 CLL_A0217 ispD proS FALSE 0.038 323.000 0.002 1.000 N NA
 5737411 5737412 CLL_A0217 CLL_A0218 proS cysS TRUE 0.969 20.000 0.005 0.051 Y NA
 5737412 5737413 CLL_A0218 CLL_A0219 cysS   TRUE 0.846 50.000 0.129 1.000   NA
 5737413 5737414 CLL_A0219 CLL_A0220     TRUE 0.974 5.000 0.150 0.005   NA
 5737414 5737415 CLL_A0220 CLL_A0221     TRUE 0.934 23.000 0.109 NA   NA
 5737415 5737416 CLL_A0221 CLL_A0222   sigH TRUE 0.874 87.000 0.361 NA   NA
 5737416 5737417 CLL_A0222 CLL_A0223 sigH   FALSE 0.267 78.000 0.000 NA   NA
 5737417 5737418 CLL_A0223 CLL_A0224   tuf FALSE 0.293 59.000 0.000 NA   NA
 5737418 5737419 CLL_A0224 CLL_A0225 tuf secE FALSE 0.038 363.000 0.009 1.000   NA
 5737419 5737420 CLL_A0225 CLL_A0226 secE nusG TRUE 0.965 38.000 0.843 1.000   NA
 5737420 5737421 CLL_A0226 CLL_A0227 nusG rplK TRUE 0.916 79.000 0.681 1.000 N NA
 5737421 5737422 CLL_A0227 CLL_A0228 rplK rplA TRUE 0.984 55.000 0.838 0.026 Y NA
 5737422 5737423 CLL_A0228 CLL_A0229 rplA   TRUE 0.800 211.000 0.302 1.000 Y NA
 5737423 5737424 CLL_A0229 CLL_A0230   rplL TRUE 0.983 58.000 0.884 1.000 Y NA
 5737424 5737425 CLL_A0230 CLL_A0231 rplL rpoB FALSE 0.122 365.000 0.223 1.000 N NA
 5737425 5737426 CLL_A0231 CLL_A0232 rpoB rpoC TRUE 0.996 22.000 0.851 0.001 Y NA
 5737426 5737427 CLL_A0232 CLL_A0233 rpoC rpsL FALSE 0.080 298.000 0.035 1.000 N NA
 5737427 5737428 CLL_A0233 CLL_A0234 rpsL rpsG TRUE 0.936 146.000 0.224 0.004 Y NA
 5737428 5737429 CLL_A0234 CLL_A0235 rpsG fusA TRUE 0.971 79.000 0.579 1.000 Y NA
 5737429 5737430 CLL_A0235 CLL_A0236 fusA tuf TRUE 0.965 94.000 0.400 0.002 Y NA
 5737430 5737431 CLL_A0236 CLL_A0237 tuf rpsJ FALSE 0.289 478.000 0.318 1.000 Y NA
 5737431 5737432 CLL_A0237 CLL_A0238 rpsJ rplC TRUE 0.968 73.000 0.467 0.026 Y NA
 5737432 5737433 CLL_A0238 CLL_A0239 rplC rplD TRUE 0.992 26.000 0.544 0.019 Y NA
 5737433 5737434 CLL_A0239 CLL_A0240 rplD rplW TRUE 0.996 0.000 0.307 0.019 Y NA
 5737434 5737435 CLL_A0240 CLL_A0241 rplW rplB TRUE 0.982 60.000 0.849 0.026 Y NA
 5737435 5737436 CLL_A0241 CLL_A0242 rplB rpsS TRUE 0.980 68.000 0.820 0.026 Y NA
 5737436 5737437 CLL_A0242 CLL_A0243 rpsS rplV TRUE 0.995 21.000 0.769 0.026 Y NA
 5737437 5737438 CLL_A0243 CLL_A0244 rplV rpsC TRUE 0.995 19.000 0.719 0.026 Y NA
 5737438 5737439 CLL_A0244 CLL_A0245 rpsC rplP TRUE 0.996 18.000 0.828 0.026 Y NA
 5737439 5737440 CLL_A0245 CLL_A0246 rplP rpmC TRUE 0.998 0.000 0.802 0.019 Y NA
 5737440 5737441 CLL_A0246 CLL_A0247 rpmC rpsQ TRUE 0.995 24.000 0.828 0.019 Y NA
 5737441 5737442 CLL_A0247 CLL_A0248 rpsQ rplN TRUE 0.993 29.000 0.791 0.026 Y NA
 5737442 5737443 CLL_A0248 CLL_A0249 rplN rplX TRUE 0.996 16.000 0.810 0.026 Y NA
 5737443 5737444 CLL_A0249 CLL_A0250 rplX rplE TRUE 0.995 24.000 0.758 0.019 Y NA
 5737444 5737445 CLL_A0250 CLL_A0251 rplE rpsN TRUE 0.994 17.000 0.496 0.019 Y NA
 5737445 5737446 CLL_A0251 CLL_A0252 rpsN rpsH TRUE 0.988 31.000 0.473 0.019 Y NA
 5737446 5737447 CLL_A0252 CLL_A0253 rpsH   TRUE 0.979 73.000 0.808 0.019 Y NA
 5737447 5737448 CLL_A0253 CLL_A0254   rplR TRUE 0.996 19.000 0.815 0.019 Y NA
 5737448 5737449 CLL_A0254 CLL_A0255 rplR rpsE TRUE 0.996 20.000 0.814 0.026 Y NA
 5737449 5737450 CLL_A0255 CLL_A0256 rpsE rpmD TRUE 0.997 12.000 0.789 0.026 Y NA
 5737450 5737451 CLL_A0256 CLL_A0257 rpmD rplO TRUE 0.994 24.000 0.653 0.003 Y NA
 5737451 5737452 CLL_A0257 CLL_A0258 rplO   TRUE 0.991 2.000 0.730 1.000 N NA
 5737452 5737453 CLL_A0258 CLL_A0259   adk TRUE 0.950 25.000 0.241 1.000 N NA
 5737453 5737454 CLL_A0259 CLL_A0260 adk map TRUE 0.980 4.000 0.290 1.000 N NA
 5737454 5737455 CLL_A0260 CLL_A0261 map   TRUE 0.815 89.000 0.185 NA   NA
 5737455 5737456 CLL_A0261 CLL_A0262   infA TRUE 0.958 8.000 0.090 NA   NA
 5737456 5737457 CLL_A0262 CLL_A0263 infA rpmJ TRUE 0.879 54.000 0.257 1.000   NA
 5737457 5737458 CLL_A0263 CLL_A0264 rpmJ rpsM FALSE 0.504 206.000 0.194 0.019   NA
 5737458 5737459 CLL_A0264 CLL_A0265 rpsM rpsK TRUE 0.996 20.000 0.810 0.019 Y NA
 5737459 5737460 CLL_A0265 CLL_A0266 rpsK rpsD TRUE 0.991 28.000 0.509 0.026 Y NA
 5737460 5737461 CLL_A0266 CLL_A0267 rpsD rpoA TRUE 0.902 112.000 0.549 1.000 N NA
 5737461 5737462 CLL_A0267 CLL_A0268 rpoA rplQ TRUE 0.989 13.000 0.873 1.000 N NA
 5737462 5737463 CLL_A0268 CLL_A0269 rplQ   FALSE 0.185 253.000 0.074 1.000 N NA
 5737463 5737464 CLL_A0269 CLL_A0270     TRUE 0.998 -15.000 0.713 0.024 Y NA
 5737464 5737465 CLL_A0270 CLL_A0271     TRUE 0.955 96.000 0.304 1.000 Y NA
 5737465 5737466 CLL_A0271 CLL_A0272   truA TRUE 0.976 16.000 0.404 1.000 N NA
 5737466 5737467 CLL_A0272 CLL_A0273 truA rplM TRUE 0.828 159.000 0.031 1.000 Y NA
 5737467 5737468 CLL_A0273 CLL_A0274 rplM rpsI TRUE 0.992 28.000 0.601 0.019 Y NA
 5737468 5737469 CLL_A0274 CLL_A0275 rpsI   FALSE 0.011 319.000 0.000 1.000 N NA
 5737469 5737470 CLL_A0275 CLL_A0276   cwlD FALSE 0.056 313.000 0.018 1.000 N NA
 5737472 5737473 CLL_A0278 CLL_A0279   fumB TRUE 0.655 257.000 0.262 0.001 Y NA
 5737475 5737476 CLL_A0281 CLL_A0282     FALSE 0.283 79.000 0.000 1.000   NA
 5737476 5737477 CLL_A0282 CLL_A0283     TRUE 0.999 -28.000 0.857 1.000 Y NA
 5737477 5737478 CLL_A0283 CLL_A0284     FALSE 0.229 203.000 0.022 1.000 N NA
 5737478 5737479 CLL_A0284 CLL_A0285     TRUE 0.597 297.000 0.393 0.001 Y NA
 5737479 5737480 CLL_A0285 CLL_A0286   ptsP FALSE 0.067 193.000 0.000 1.000 N NA
 5737480 5737481 CLL_A0286 CLL_A0287 ptsP chrA FALSE 0.028 242.000 0.000 1.000 N NA
 5737481 5737482 CLL_A0287 CLL_A0288 chrA   TRUE 0.996 4.000 0.455 0.001 Y NA
 5737482 5737483 CLL_A0288 CLL_A0289     FALSE 0.171 165.000 0.000 1.000   NA
 5737483 5737484 CLL_A0289 CLL_A0290   iadA FALSE 0.388 46.000 0.000 1.000   NA
 5737485 5737486 CLL_A0291 CLL_A0292     TRUE 0.809 70.000 0.167 NA   NA
 5737487 5737488 CLL_A0293 CLL_A0294     TRUE 0.993 -30.000 0.502 NA   NA
 5737488 5737489 CLL_A0294 CLL_A0295     TRUE 0.746 104.000 0.083 NA   NA
 5737489 5737490 CLL_A0295 CLL_A0296   ptb FALSE 0.364 174.000 0.013 NA   NA
 5737490 5737491 CLL_A0296 CLL_A0297 ptb buk TRUE 0.988 24.000 0.275 1.000 Y NA
 5737491 5737492 CLL_A0297 CLL_A0298 buk   FALSE 0.014 327.000 0.000 NA   NA
 5737492 5737493 CLL_A0298 CLL_A0299     TRUE 0.622 83.000 0.025 NA   NA
 5737493 5737494 CLL_A0299 CLL_A0300   glmM FALSE 0.023 290.000 0.000 1.000   NA
 5737494 5737495 CLL_A0300 CLL_A0301 glmM   FALSE 0.023 284.000 0.000 NA   NA
 5737495 5737496 CLL_A0301 CLL_A0302     TRUE 0.696 14.000 0.000 NA   NA
 5737496 5737497 CLL_A0302 CLL_A0303     TRUE 0.661 18.000 0.000 NA   NA
 5737497 5737498 CLL_A0303 CLL_A0304     FALSE 0.496 31.000 0.000 NA   NA
 5737498 5737499 CLL_A0304 CLL_A0305     TRUE 0.769 3.000 0.000 NA   NA
 5737499 5737500 CLL_A0305 CLL_A0306     TRUE 0.752 5.000 0.000 NA   NA
 5737500 5737501 CLL_A0306 CLL_A0307     FALSE 0.382 44.000 0.000 NA   NA
 5737501 5737502 CLL_A0307 CLL_A0308     TRUE 0.961 19.000 0.214 NA   NA
 5737502 5737503 CLL_A0308 CLL_A0309     FALSE 0.005 762.000 0.000 NA   NA
 5737503 5737504 CLL_A0309 CLL_A0310     TRUE 0.704 13.000 0.000 NA   NA
 5737504 5737505 CLL_A0310 CLL_A0311     TRUE 0.626 21.000 0.000 NA   NA
 5737507 5737508 CLL_A0313 CLL_A0314     TRUE 0.689 15.000 0.000 NA   NA
 5737508 5737509 CLL_A0314 CLL_A0315     FALSE 0.120 179.000 0.000 NA   NA
 5737509 5737510 CLL_A0315 CLL_A0316     FALSE 0.309 56.000 0.000 NA   NA
 5737510 5737511 CLL_A0316 CLL_A0317     TRUE 0.681 16.000 0.000 NA   NA
 5737511 5737512 CLL_A0317 CLL_A0318     FALSE 0.028 266.000 0.000 NA   NA
 5737512 5737513 CLL_A0318 CLL_A0319     FALSE 0.238 133.000 0.000 NA   NA
 5737513 5737514 CLL_A0319 CLL_A0320     FALSE 0.023 283.000 0.000 NA   NA
 5737514 5737515 CLL_A0320 CLL_A0321   ilvN FALSE 0.010 375.000 0.000 NA   NA
 5737515 5737516 CLL_A0321 CLL_A0322 ilvN leuC TRUE 0.736 174.000 0.012 1.000 Y NA
 5737516 5737517 CLL_A0322 CLL_A0323 leuC leuD TRUE 0.996 15.000 0.615 0.001 Y NA
 5737517 5737518 CLL_A0323 CLL_A0324 leuD leuB TRUE 0.888 172.000 0.191 0.002 Y NA
 5737518 5737519 CLL_A0324 CLL_A0325 leuB ilvD TRUE 0.986 7.000 0.044 1.000 Y NA
 5737519 5737520 CLL_A0325 CLL_A0326 ilvD ilvB TRUE 0.916 87.000 0.062 0.003 Y NA
 5737520 5737521 CLL_A0326 CLL_A0327 ilvB ilvC TRUE 0.968 22.000 0.006 0.003 Y NA
 5737521 5737522 CLL_A0327 CLL_A0328 ilvC   FALSE 0.003 850.000 0.000 1.000 N NA
 5737522 5737523 CLL_A0328 CLL_A0329     FALSE 0.366 44.000 0.000 0.056 N NA
 5737523 5737524 CLL_A0329 CLL_A0330     FALSE 0.012 311.000 0.000 1.000 N NA
 5737524 5737525 CLL_A0330 CLL_A0331     TRUE 0.944 62.000 0.167 1.000 Y NA
 5737525 5737526 CLL_A0331 CLL_A0332     TRUE 0.989 5.000 0.610 NA   NA
 5737528 5737529 CLL_A0334 CLL_A0335     TRUE 0.980 5.000 0.333 NA N NA
 5737529 5737530 CLL_A0335 CLL_A0336     TRUE 0.932 27.000 0.182 NA N NA
 5737530 5737531 CLL_A0336 CLL_A0337     FALSE 0.006 512.000 0.000 NA   NA
 5737531 5737532 CLL_A0337 CLL_A3607     FALSE 0.009 389.000 0.000 NA   NA
 5737532 5737533 CLL_A3607 CLL_A0338   glmS FALSE 0.264 120.000 0.000 NA   NA
 5737533 5737534 CLL_A0338 CLL_A0339 glmS   FALSE 0.180 124.000 0.000 NA N NA
 5737534 5737535 CLL_A0339 CLL_A0340     FALSE 0.021 253.000 0.000 NA N NA
 5737535 5737536 CLL_A0340 CLL_A0341     FALSE 0.004 558.000 0.000 1.000 N NA
 5737536 5737537 CLL_A0341 CLL_A0342     FALSE 0.007 381.000 0.000 1.000 N NA
 5737537 5737538 CLL_A0342 CLL_A0343     FALSE 0.050 589.000 0.000 1.000 Y NA
 5737538 5737539 CLL_A0343 CLL_A0344     FALSE 0.183 158.000 0.000 NA   NA
 5737541 5737542 CLL_A0346 CLL_A0347     FALSE 0.011 320.000 0.000 1.000 N NA
 5737543 5737544 CLL_A0348 CLL_A0349 thrS   FALSE 0.009 394.000 0.000 NA   NA
 5737545 5737546 CLL_A0350 CLL_A0351   glpT FALSE 0.212 112.000 0.000 1.000 N NA
 5737546 5737547 CLL_A0351 CLL_A0352 glpT   FALSE 0.008 429.000 0.000 NA   NA
 5737551 5737552 CLL_A0356 CLL_A0357     FALSE 0.271 67.000 0.000 NA   NA
 5737553 5737554 CLL_A0358 CLL_A0359     FALSE 0.177 138.000 0.000 1.000 N NA
 5737557 5737558 CLL_A0362 CLL_A0363     TRUE 0.931 27.000 0.148 NA   NA
 5737558 5737559 CLL_A0363 CLL_A0364     TRUE 0.981 103.000 0.875 0.017 Y NA
 5737559 5737560 CLL_A0364 CLL_A0365     TRUE 0.998 5.000 0.875 0.012 Y NA
 5737560 5737561 CLL_A0365 CLL_A0366     FALSE 0.006 582.000 0.000 1.000   NA
 5737561 5737562 CLL_A0366 CLL_A0367     FALSE 0.148 169.000 0.000 NA   NA
 5737562 5737563 CLL_A0367 CLL_A0368     FALSE 0.060 214.000 0.000 NA   NA
 5737563 5737564 CLL_A0368 CLL_A0369     FALSE 0.027 274.000 0.000 1.000   NA
 5737564 5737565 CLL_A0369 CLL_A0370     TRUE 0.821 129.000 0.222 1.000   NA
 5737565 5737566 CLL_A0370 CLL_A0371   cadA TRUE 0.972 18.000 0.364 1.000 N NA
 5737566 5737567 CLL_A0371 CLL_A0372 cadA   FALSE 0.010 392.000 0.000 1.000   NA
 5737567 5737568 CLL_A0372 CLL_A0373   crt FALSE 0.014 347.000 0.000 1.000   NA
 5737568 5737569 CLL_A0373 CLL_A0374 crt   TRUE 0.938 80.000 0.162 1.000 Y NA
 5737569 5737570 CLL_A0374 CLL_A0375     TRUE 0.978 20.000 0.545 0.047 N NA
 5737570 5737571 CLL_A0375 CLL_A0376     TRUE 0.994 23.000 0.714 0.017 Y NA
 5737571 5737572 CLL_A0376 CLL_A0377     TRUE 0.819 103.000 0.216 1.000 N NA
 5737572 5737573 CLL_A0377 CLL_A0378     FALSE 0.165 164.000 0.000 NA   NA
 5737573 5737574 CLL_A0378 CLL_A0379     TRUE 0.573 75.000 0.012 NA   NA
 5737574 5737575 CLL_A0379 CLL_A0380     FALSE 0.502 159.000 0.024 1.000   NA
 5737575 5737576 CLL_A0380 CLL_A0381     FALSE 0.085 198.000 0.000 1.000   NA
 5737576 5737577 CLL_A0381 CLL_A0382     TRUE 0.969 4.000 0.000 1.000 Y NA
 5737577 5737578 CLL_A0382 CLL_A0383     TRUE 0.586 25.000 0.000 NA   NA
 5737578 5737579 CLL_A0383 CLL_A0384     TRUE 0.987 21.000 1.000 NA   NA
 5737579 5737580 CLL_A0384 CLL_A0385   groS FALSE 0.006 393.000 0.000 1.000 N NA
 5737580 5737581 CLL_A0385 CLL_A0386 groS groL TRUE 0.996 14.000 0.674 1.000 Y NA
 5737581 5737582 CLL_A0386 CLL_A0387 groL   FALSE 0.038 215.000 0.000 NA N NA
 5737582 5737583 CLL_A0387 CLL_A0388   guaB FALSE 0.009 336.000 0.000 NA N NA
 5737583 5737584 CLL_A0388 CLL_A0389 guaB guaA TRUE 0.948 87.000 0.190 0.001 Y NA
 5737586 5737587 CLL_A0391 CLL_A0392     FALSE 0.008 407.000 0.000 NA   NA
 5737587 5737588 CLL_A0392 CLL_A0393     FALSE 0.265 88.000 0.000 NA   NA
 5737588 5737589 CLL_A0393 CLL_A0394     FALSE 0.052 224.000 0.000 NA   NA
 5737589 5737590 CLL_A0394 CLL_A0395     FALSE 0.016 314.000 0.000 NA   NA
 5737590 5737591 CLL_A0395 CLL_A0396     TRUE 0.969 4.000 0.000 NA Y NA
 5737591 5737592 CLL_A0396 CLL_A0397     TRUE 0.889 32.000 0.116 NA N NA
 5737592 5737593 CLL_A0397 CLL_A0398     TRUE 0.747 83.000 0.070 0.012   NA
 5737593 5737594 CLL_A0398 CLL_A0399     TRUE 0.853 -371.000 0.000 NA   NA
 5737594 5737595 CLL_A0399 CLL_A0400     FALSE 0.362 47.000 0.000 NA   NA
 5737595 5737596 CLL_A0400 CLL_A0401     FALSE 0.019 270.000 0.000 1.000 N NA
 5737596 5737597 CLL_A0401 CLL_A0402     FALSE 0.133 160.000 0.000 1.000 N NA
 5737597 5737598 CLL_A0402 CLL_A0403   pgi FALSE 0.520 190.000 0.000 1.000 Y NA
 5737598 5737599 CLL_A0403 CLL_A0404 pgi   TRUE 0.928 4.000 0.018 NA   NA
 5737599 5737600 CLL_A0404 CLL_A0405     FALSE 0.201 152.000 0.000 NA   NA
 5737600 5737601 CLL_A0405 CLL_A0406     TRUE 0.625 162.000 0.083 NA   NA
 5737601 5737602 CLL_A0406 CLL_A0407   rluB FALSE 0.255 215.000 0.041 NA   NA
 5737602 5737603 CLL_A0407 CLL_A0408 rluB   FALSE 0.004 539.000 0.000 1.000 N NA
 5737603 5737604 CLL_A0408 CLL_A0409   ligA TRUE 0.901 88.000 0.039 0.017 Y NA
 5737604 5737605 CLL_A0409 CLL_A0410 ligA gatC FALSE 0.029 371.000 0.006 1.000 N NA
 5737605 5737606 CLL_A0410 CLL_A0411 gatC   TRUE 0.995 19.000 0.643 0.001 Y NA
 5737606 5737607 CLL_A0411 CLL_A0412   gatB TRUE 0.993 21.000 0.492 0.001 Y NA
 5737611 5737612 CLL_A0416 CLL_A0417   rph FALSE 0.016 316.000 0.000 NA   NA
 5737612 5737613 CLL_A0417 CLL_A0418 rph rdgB TRUE 0.978 4.000 0.262 1.000 N NA
 5737613 5737614 CLL_A0418 CLL_A0419 rdgB   TRUE 0.954 12.000 0.085 1.000   NA
 5737614 5737615 CLL_A0419 CLL_A0420     FALSE 0.246 129.000 0.000 NA   NA
 5737615 5737616 CLL_A0420 CLL_A0421     TRUE 0.606 23.000 0.000 NA   NA
 5737616 5737617 CLL_A0421 CLL_A0422     TRUE 0.696 14.000 0.000 NA   NA
 5737617 5737618 CLL_A0422 CLL_A0423     TRUE 0.760 4.000 0.000 NA   NA
 5737618 5737619 CLL_A0423 CLL_A0424     TRUE 0.779 2.000 0.000 NA   NA
 5737619 5737620 CLL_A0424 CLL_A0425     TRUE 0.752 5.000 0.000 NA   NA
 5737620 5737621 CLL_A0425 CLL_A0426     TRUE 0.735 8.000 0.000 NA   NA
 5737621 5737622 CLL_A0426 CLL_A0427     TRUE 0.760 4.000 0.000 NA   NA
 5737622 5737623 CLL_A0427 CLL_A0428     TRUE 0.689 15.000 0.000 NA   NA
 5737623 5737624 CLL_A0428 CLL_A0429     TRUE 0.713 12.000 0.000 NA   NA
 5737624 5737625 CLL_A0429 CLL_A0430     TRUE 0.735 8.000 0.000 NA   NA
 5737625 5737626 CLL_A0430 CLL_A0431     TRUE 0.752 5.000 0.000 NA   NA
 5737626 5737627 CLL_A0431 CLL_A0432     TRUE 0.626 21.000 0.000 NA   NA
 5737627 5737628 CLL_A0432 CLL_A0433     TRUE 0.752 5.000 0.000 NA   NA
 5737628 5737629 CLL_A0433 CLL_A0434     TRUE 0.760 4.000 0.000 NA   NA
 5737629 5737630 CLL_A0434 CLL_A0435     TRUE 0.713 12.000 0.000 NA   NA
 5737630 5737631 CLL_A0435 CLL_A0436     FALSE 0.369 46.000 0.000 NA   NA
 5737631 5737632 CLL_A0436 CLL_A0437     FALSE 0.020 292.000 0.000 NA   NA
 5737632 5737633 CLL_A0437 CLL_A0438   rrsC FALSE 0.005 677.000 0.000 NA   NA
 5737633 5737634 CLL_A0438 CLL_A0439 rrsC   FALSE 0.256 124.000 0.000 NA   NA
 5737634 5737635 CLL_A0439 CLL_A0441   rrlC FALSE 0.009 387.000 0.000 NA   NA
 5737635 5737636 CLL_A0441 CLL_A0442 rrlC   FALSE 0.288 60.000 0.000 NA   NA
 5737636 5737637 CLL_A0442 CLL_A0443     FALSE 0.014 326.000 0.000 NA   NA
 5737637 5737638 CLL_A0443 CLL_A0444     FALSE 0.206 102.000 0.000 1.000 N NA
 5737638 5737639 CLL_A0444 CLL_A0445     TRUE 0.996 5.000 0.472 1.000 Y NA
 5737639 5737640 CLL_A0445 CLL_A0446     TRUE 0.987 -3.000 0.323 NA   NA
 5737640 5737641 CLL_A0446 CLL_A0447     FALSE 0.098 190.000 0.000 NA   NA
 5737641 5737642 CLL_A0447 CLL_A0448     TRUE 0.968 4.000 0.114 NA   NA
 5737644 5737645 CLL_A0450 CLL_A0452   gidA TRUE 0.817 31.000 0.023 1.000   NA
 5737646 5737647 CLL_A0451 CLL_A0453     TRUE 0.604 16.000 0.000 1.000 N NA
 5737648 5737649 CLL_A0454 CLL_A0455     TRUE 0.911 3.000 0.004 NA   NA
 5737649 5737650 CLL_A0455 CLL_A0456     TRUE 0.711 165.000 0.200 NA   NA
 5737650 5737651 CLL_A0456 CLL_A0457     FALSE 0.184 162.000 0.000 1.000   NA
 5737651 5737652 CLL_A0457 CLL_A0458     FALSE 0.015 327.000 0.000 1.000   NA
 5737652 5737653 CLL_A0458 CLL_A0459     FALSE 0.557 26.000 0.000 0.036 N NA
 5737655 5737656 CLL_A0461 CLL_A0462     TRUE 0.971 20.000 0.357 NA   NA
 5737656 5737657 CLL_A0462 CLL_A0463     TRUE 0.928 94.000 0.800 NA   NA
 5737659 5737660 CLL_A0465 CLL_A0466     FALSE 0.443 201.000 0.119 NA   NA
 5737660 5737661 CLL_A0466 CLL_A0467     FALSE 0.515 189.000 0.116 NA   NA
 5737661 5737662 CLL_A0467 CLL_A0468     FALSE 0.062 414.000 0.082 NA   NA
 5737662 5737663 CLL_A0468 CLL_A0469     FALSE 0.336 225.000 0.109 1.000   NA
 5737663 5737664 CLL_A0469 CLL_A0470   cphA TRUE 0.993 -28.000 0.605 1.000 N NA
 5737664 5737665 CLL_A0470 CLL_A0471 cphA ispE FALSE 0.316 181.000 0.016 1.000 N NA
 5737665 5737666 CLL_A0471 CLL_A0472 ispE spoIIR TRUE 0.580 62.000 0.009 NA   NA
 5737666 5737667 CLL_A0472 CLL_A0473 spoIIR   TRUE 0.690 38.000 0.005 NA   NA
 5737667 5737668 CLL_A0473 CLL_A0474     TRUE 0.577 65.000 0.011 NA   NA
 5737668 5737669 CLL_A0474 CLL_A0475     TRUE 0.640 126.000 0.039 NA   NA
 5737669 5737670 CLL_A0475 CLL_A0476   pyrG FALSE 0.267 186.000 0.004 NA   NA
 5737670 5737671 CLL_A0476 CLL_A0477 pyrG rho FALSE 0.007 383.000 0.000 1.000 N NA
 5737672 5737673 CLL_A0478 CLL_A0479   rpmE FALSE 0.430 142.000 0.004 1.000 N NA
 5737674 5737675 CLL_A0480 CLL_A0481 tdk   TRUE 0.826 30.000 0.026 NA   NA
 5737675 5737676 CLL_A0481 CLL_A0482   hemK TRUE 0.975 -7.000 0.098 NA   NA
 5737676 5737677 CLL_A0482 CLL_A0483 hemK prfA FALSE 0.470 266.000 0.081 1.000 Y NA
 5737677 5737678 CLL_A0483 CLL_A0484 prfA   FALSE 0.501 142.000 0.009 NA   NA
 5737678 5737679 CLL_A0484 CLL_A0485     TRUE 0.885 19.000 0.020 NA   NA
 5737679 5737680 CLL_A0485 CLL_A0486   rpiB FALSE 0.551 124.000 0.020 NA N NA
 5737680 5737681 CLL_A0486 CLL_A0487 rpiB upp TRUE 0.681 46.000 0.019 1.000 N NA
 5737681 5737682 CLL_A0487 CLL_A0488 upp   TRUE 0.898 115.000 0.041 1.000 Y NA
 5737682 5737683 CLL_A0488 CLL_A0489     FALSE 0.512 128.000 0.011 1.000 N NA
 5737683 5737684 CLL_A0489 CLL_A0490     TRUE 0.701 130.000 0.083 1.000 N NA
 5737684 5737685 CLL_A0490 CLL_A0491     FALSE 0.004 1044.000 0.000 NA   NA
 5737685 5737686 CLL_A0491 CLL_A0492   atpB TRUE 0.918 2.000 0.005 NA   NA
 5737686 5737687 CLL_A0492 CLL_A0493 atpB atpE TRUE 0.878 33.000 0.069 0.008   NA
 5737687 5737688 CLL_A0493 CLL_A0494 atpE atpF TRUE 0.944 51.000 0.643 0.007   NA
 5737688 5737689 CLL_A0494 CLL_A0495 atpF atpH TRUE 0.988 3.000 0.040 0.007 Y NA
 5737689 5737690 CLL_A0495 CLL_A0496 atpH atpA TRUE 0.997 11.000 0.864 0.007 Y NA
 5737690 5737691 CLL_A0496 CLL_A0497 atpA atpG TRUE 0.989 41.000 0.846 0.007 Y NA
 5737691 5737692 CLL_A0497 CLL_A0498 atpG atpD TRUE 0.996 16.000 0.724 0.007 Y NA
 5737692 5737693 CLL_A0498 CLL_A0499 atpD atpC TRUE 0.997 14.000 0.837 0.007 Y NA
 5737693 5737694 CLL_A0499 CLL_A0500 atpC   FALSE 0.430 158.000 0.007 NA   NA
 5737694 5737695 CLL_A0500 CLL_A0501   murA TRUE 0.881 62.000 0.346 NA   NA
 5737695 5737696 CLL_A0501 CLL_A0502 murA spoIID TRUE 0.832 118.000 0.243 1.000 N NA
 5737696 5737697 CLL_A0502 CLL_A0503 spoIID   FALSE 0.561 173.000 0.090 NA   NA
 5737697 5737698 CLL_A0503 CLL_A0504   spoIIID TRUE 0.748 91.000 0.093 NA   NA
 5737698 5737699 CLL_A0504 CLL_A0505 spoIIID   TRUE 0.857 80.000 0.284 1.000   NA
 5737701 5737702 CLL_A0507 CLL_A0508     FALSE 0.176 161.000 0.000 NA   NA
 5737702 5737703 CLL_A0508 CLL_A0509     TRUE 0.752 5.000 0.000 NA   NA
 5737703 5737704 CLL_A0509 CLL_A0510     TRUE 0.635 20.000 0.000 NA   NA
 5737704 5737705 CLL_A0510 CLL_A0511     TRUE 0.735 8.000 0.000 NA   NA
 5737705 5737706 CLL_A0511 CLL_A0512     TRUE 0.744 6.000 0.000 NA   NA
 5737706 5737707 CLL_A0512 CLL_A0513     TRUE 0.626 21.000 0.000 NA   NA
 5737707 5737708 CLL_A0513 CLL_A0514     TRUE 0.738 7.000 0.000 NA   NA
 5737708 5737709 CLL_A0514 CLL_A0515   metK FALSE 0.011 363.000 0.000 NA   NA
 5737709 5737710 CLL_A0515 CLL_A0516 metK   FALSE 0.044 409.000 0.052 1.000 N NA
 5737710 5737711 CLL_A0516 CLL_A0517     TRUE 0.850 35.000 0.069 NA   NA
 5737711 5737712 CLL_A0517 CLL_A0518     TRUE 0.947 -24.000 0.005 NA   NA
 5737712 5737713 CLL_A0518 CLL_A0519     FALSE 0.065 396.000 0.080 NA   NA
 5737713 5737714 CLL_A0519 CLL_A0520   secA FALSE 0.066 333.000 0.050 NA N NA
 5737714 5737715 CLL_A0520 CLL_A0521 secA   FALSE 0.190 156.000 0.000 NA   NA
 5737715 5737716 CLL_A0521 CLL_A0522   prfB FALSE 0.382 44.000 0.000 NA   NA
 5737720 5737721 CLL_A0526 CLL_A0527     FALSE 0.107 189.000 0.000 1.000   NA
 5737721 5737722 CLL_A0527 CLL_A0528     TRUE 0.741 37.000 0.013 1.000   NA
 5737722 5737723 CLL_A0528 CLL_A0529     FALSE 0.005 588.000 0.000 NA   NA
 5737724 5737725 CLL_A0530 CLL_A0531 rimI   TRUE 0.982 -16.000 0.127 1.000   NA
 5737725 5737726 CLL_A0531 CLL_A0532     TRUE 0.983 -3.000 0.217 NA   NA
 5737727 5737728 CLL_A0533 CLL_A0534     FALSE 0.337 51.000 0.000 NA   NA
 5737728 5737729 CLL_A0534 CLL_A0535     FALSE 0.208 149.000 0.000 NA   NA
 5737729 5737730 CLL_A0535 CLL_A0536     FALSE 0.009 396.000 0.000 NA   NA
 5737730 5737731 CLL_A0536 CLL_A0537     FALSE 0.351 243.000 0.250 1.000 N NA
 5737731 5737732 CLL_A0537 CLL_A0538     TRUE 0.955 0.000 0.053 1.000 N NA
 5737734 5737735 CLL_A0540 CLL_A0541     TRUE 0.882 -13.000 0.000 0.004   NA
 5737735 5737736 CLL_A0541 CLL_A0542     FALSE 0.005 733.000 0.000 NA   NA
 5737738 5737739 CLL_A0544 CLL_A0545     FALSE 0.011 370.000 0.000 1.000   NA
 5737739 5737740 CLL_A0545 CLL_A0546     TRUE 0.606 23.000 0.000 NA   NA
 5737740 5737741 CLL_A0546 CLL_A0547     FALSE 0.018 306.000 0.000 NA   NA
 5737741 5737742 CLL_A0547 CLL_A0548     FALSE 0.339 413.000 0.330 NA Y NA
 5737742 5737743 CLL_A0548 CLL_A0549     TRUE 0.570 86.000 0.021 NA N NA
 5737743 5737744 CLL_A0549 CLL_A0550     FALSE 0.018 275.000 0.000 1.000 N NA
 5737744 5737745 CLL_A0550 CLL_A0551     TRUE 0.651 123.000 0.037 1.000   NA
 5737745 5737746 CLL_A0551 CLL_A0552     FALSE 0.277 95.000 0.000 1.000   NA
 5737747 5737748 CLL_A0553 CLL_A0554     TRUE 0.967 11.000 0.160 NA   NA
 5737748 5737749 CLL_A0554 CLL_A0555     TRUE 0.846 38.000 0.080 NA   NA
 5737752 5737753 CLL_A0558 CLL_A0559     FALSE 0.038 248.000 0.000 1.000   NA
 5737753 5737754 CLL_A0559 CLL_A0560     TRUE 0.869 124.000 0.364 NA   NA
 5737754 5737755 CLL_A0560 CLL_A0561   maf FALSE 0.042 238.000 0.000 NA   NA
 5737755 5737756 CLL_A0561 CLL_A0562 maf   TRUE 0.801 44.000 0.074 NA N NA
 5737756 5737757 CLL_A0562 CLL_A0563     TRUE 0.898 19.000 0.040 1.000 N NA
 5737757 5737758 CLL_A0563 CLL_A0564   mreC TRUE 0.990 4.000 0.689 1.000 N NA
 5737758 5737759 CLL_A0564 CLL_A0565 mreC mreD TRUE 0.987 11.000 0.550 0.003   NA
 5737759 5737760 CLL_A0565 CLL_A0566 mreD   TRUE 0.972 -3.000 0.089 1.000   NA
 5737760 5737761 CLL_A0566 CLL_A0567   minC FALSE 0.065 373.000 0.060 1.000   NA
 5737761 5737762 CLL_A0567 CLL_A0568 minC minD TRUE 0.992 19.000 0.368 1.000 Y NA
 5737762 5737763 CLL_A0568 CLL_A0569 minD minE TRUE 0.993 13.000 0.347 NA Y NA
 5737763 5737764 CLL_A0569 CLL_A0570 minE   TRUE 0.773 122.000 0.000 NA Y NA
 5737764 5737765 CLL_A0570 CLL_A0571   mgsA FALSE 0.277 49.000 0.000 1.000 N NA
 5737765 5737766 CLL_A0571 CLL_A0572 mgsA   TRUE 0.647 19.000 0.000 NA   NA
 5737766 5737767 CLL_A0572 CLL_A0573     FALSE 0.008 419.000 0.000 NA   NA
 5737767 5737768 CLL_A0573 CLL_A0574     TRUE 0.615 29.000 0.000 0.005   NA
 5737768 5737769 CLL_A0574 CLL_A0575     FALSE 0.372 212.000 0.098 1.000   NA
 5737769 5737770 CLL_A0575 CLL_A0576     TRUE 0.992 -16.000 0.420 NA   NA
 5737770 5737771 CLL_A0576 CLL_A0577     TRUE 0.814 79.000 0.180 NA   NA
 5737771 5737772 CLL_A0577 CLL_A0578   rplU TRUE 0.661 195.000 0.018 0.026 Y NA
 5737772 5737773 CLL_A0578 CLL_A0579 rplU   TRUE 0.993 5.000 0.208 NA Y NA
 5737773 5737774 CLL_A0579 CLL_A0580   rpmA TRUE 0.993 5.000 0.203 NA Y NA
 5737774 5737775 CLL_A0580 CLL_A0581 rpmA   FALSE 0.106 503.000 0.335 1.000   NA
 5737775 5737776 CLL_A0581 CLL_A0582     TRUE 0.902 22.000 0.046 NA   NA
 5737776 5737777 CLL_A0582 CLL_A0583   nadD FALSE 0.144 310.000 0.150 NA N NA
 5737777 5737778 CLL_A0583 CLL_A0584 nadD   TRUE 0.993 5.000 0.199 1.000 Y NA
 5737778 5737779 CLL_A0584 CLL_A0585     TRUE 0.609 70.000 0.033 NA N NA
 5737779 5737780 CLL_A0585 CLL_A0586     TRUE 0.913 25.000 0.093 NA N NA
 5737782 5737783 CLL_A0588 CLL_A0589     FALSE 0.236 135.000 0.000 NA   NA
 5737783 5737784 CLL_A0589 CLL_A0590     FALSE 0.111 183.000 0.000 NA   NA
 5737784 5737785 CLL_A0590 CLL_A0591     TRUE 0.947 26.000 0.214 NA   NA
 5737785 5737786 CLL_A0591 CLL_A0592   rumA TRUE 0.924 17.000 0.051 NA   NA
 5737787 5737788 CLL_A0593 CLL_A0594     TRUE 0.843 -16.000 0.000 NA   NA
 5737788 5737789 CLL_A0594 CLL_A0595     FALSE 0.106 185.000 0.000 NA   NA
 5737790 5737791 CLL_A0596 CLL_A0597     FALSE 0.400 52.000 0.000 0.024   NA
 5737791 5737792 CLL_A0597 CLL_A0598     TRUE 0.689 17.000 0.000 1.000   NA
 5737792 5737793 CLL_A0598 CLL_A0599     FALSE 0.267 78.000 0.000 NA   NA
 5737793 5737794 CLL_A0599 CLL_A0600     FALSE 0.222 142.000 0.000 NA   NA
 5737794 5737795 CLL_A0600 CLL_A0601     FALSE 0.111 183.000 0.000 NA   NA
 5737795 5737796 CLL_A0601 CLL_A0602     FALSE 0.004 1665.000 0.000 NA   NA
 5737797 5737798 CLL_A0603 CLL_A0604     FALSE 0.007 441.000 0.000 NA   NA
 5737799 5737800 CLL_A0605 CLL_A0606     FALSE 0.004 990.000 0.000 NA   NA
 5737800 5737801 CLL_A0606 CLL_A0607     TRUE 0.586 25.000 0.000 NA   NA
 5737801 5737802 CLL_A0607 CLL_A0608     FALSE 0.077 199.000 0.000 NA   NA
 5737802 5737803 CLL_A0608 CLL_A0609     FALSE 0.089 194.000 0.000 NA   NA
 5737803 5737804 CLL_A0609 CLL_A0610     TRUE 0.681 16.000 0.000 NA   NA
 5737804 5737805 CLL_A0610 CLL_A0611     FALSE 0.273 111.000 0.000 NA   NA
 5737807 5737808 CLL_A0613 CLL_A0614     FALSE 0.015 324.000 0.000 NA   NA
 5737808 5737809 CLL_A0614 CLL_A0615     FALSE 0.542 28.000 0.000 NA   NA
 5737810 5737811 CLL_A0616 CLL_A0617     TRUE 0.884 44.000 0.188 NA   NA
 5737812 5737813 CLL_A0618 CLL_A0619     FALSE 0.021 262.000 0.000 1.000 N NA
 5737813 5737814 CLL_A0619 CLL_A0620     FALSE 0.005 449.000 0.000 1.000 N NA
 5737814 5737815 CLL_A0620 CLL_A0621     FALSE 0.008 363.000 0.000 1.000 N NA
 5737815 5737816 CLL_A0621 CLL_A0622     FALSE 0.007 381.000 0.000 1.000 N NA
 5737816 5737817 CLL_A0622 CLL_A0623   ygeW TRUE 0.964 57.000 0.312 1.000 Y NA
 5737817 5737818 CLL_A0623 CLL_A0624 ygeW arcC FALSE 0.345 314.000 0.088 1.000 Y NA
 5737818 5737819 CLL_A0624 CLL_A0625 arcC dpaL TRUE 0.872 39.000 0.000 1.000 Y NA
 5737819 5737820 CLL_A0625 CLL_A0626 dpaL   FALSE 0.473 27.000 0.000 1.000 N NA
 5737820 5737821 CLL_A0626 CLL_A0627     TRUE 0.696 14.000 0.000 NA   NA
 5737821 5737822 CLL_A0627 CLL_A0628     FALSE 0.266 72.000 0.000 NA   NA
 5737822 5737823 CLL_A0628 CLL_A0629     TRUE 0.876 38.000 0.000 1.000 Y NA
 5737823 5737824 CLL_A0629 CLL_A0630     FALSE 0.056 195.000 0.000 NA N NA
 5737824 5737825 CLL_A0630 CLL_A0631     FALSE 0.189 81.000 0.000 NA N NA
 5737825 5737826 CLL_A0631 CLL_A0632     FALSE 0.004 541.000 0.000 1.000 N NA
 5737826 5737827 CLL_A0632 CLL_A0633     TRUE 0.744 6.000 0.000 NA   NA
 5737827 5737828 CLL_A0633 CLL_A0634   hydA FALSE 0.484 32.000 0.000 NA   NA
 5737830 5737831 CLL_A0636 CLL_A0637     TRUE 0.994 18.000 0.500 0.001 Y NA
 5737831 5737832 CLL_A0637 CLL_A0638     TRUE 0.997 2.000 0.667 0.044 Y NA
 5737832 5737833 CLL_A0638 CLL_A0639     FALSE 0.016 287.000 0.000 1.000 N NA
 5737833 5737834 CLL_A0639 CLL_A0640     FALSE 0.032 234.000 0.000 1.000 N NA
 5737834 5737835 CLL_A0640 CLL_A0641     TRUE 0.996 -3.000 0.273 1.000 Y NA
 5737835 5737836 CLL_A0641 CLL_A0642     TRUE 0.998 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 5737836 5737837 CLL_A0642 CLL_A0643     FALSE 0.282 74.000 0.000 1.000   NA
 5737837 5737838 CLL_A0643 CLL_A0644     FALSE 0.233 137.000 0.000 NA   NA
 5737838 5737839 CLL_A0644 CLL_A0645     TRUE 0.651 97.000 0.038 NA   NA
 5737839 5737840 CLL_A0645 CLL_A0646   selD TRUE 0.729 140.000 0.104 1.000   NA
 5737840 5737841 CLL_A0646 CLL_A0647 selD   FALSE 0.038 243.000 0.000 NA   NA
 5737841 5737842 CLL_A0647 CLL_A0649   hgdC FALSE 0.369 46.000 0.000 NA   NA
 5737842 5737843 CLL_A0649 CLL_A0650 hgdC   FALSE 0.012 348.000 0.000 NA   NA
 5737843 5737844 CLL_A0650 CLL_A0651     TRUE 0.752 5.000 0.000 NA   NA
 5737844 5737845 CLL_A0651 CLL_A0652   cbiQ FALSE 0.033 252.000 0.000 NA   NA
 5737845 5737846 CLL_A0652 CLL_A0653 cbiQ   TRUE 0.995 9.000 0.335 0.002 Y NA
 5737846 5737847 CLL_A0653 CLL_A0654   cbiM FALSE 0.073 428.000 0.000 1.000 Y NA
 5737847 5737848 CLL_A0654 CLL_A0655 cbiM   TRUE 0.998 3.000 0.861 0.013 Y NA
 5737848 5737849 CLL_A0655 CLL_A0656     FALSE 0.024 275.000 0.000 NA   NA
 5737849 5737850 CLL_A0656 CLL_A0657     FALSE 0.266 72.000 0.000 NA   NA
 5737852 5737853 CLL_A0659 CLL_A0660     FALSE 0.267 79.000 0.000 NA   NA
 5737853 5737854 CLL_A0660 CLL_A0661     TRUE 0.951 3.000 0.059 1.000 N NA
 5737854 5737855 CLL_A0661 CLL_A0662     FALSE 0.236 135.000 0.000 NA   NA
 5737855 5737856 CLL_A0662 CLL_A0663     FALSE 0.072 203.000 0.000 NA   NA
 5737856 5737857 CLL_A0663 CLL_A0664     FALSE 0.023 254.000 0.000 1.000 N NA
 5737857 5737858 CLL_A0664 CLL_A0665     FALSE 0.545 21.000 0.000 1.000 N NA
 5737858 5737859 CLL_A0665 CLL_A0666   gltA TRUE 0.990 3.000 0.667 0.044 N NA
 5737859 5737860 CLL_A0666 CLL_A0667 gltA   FALSE 0.009 337.000 0.000 1.000 N NA
 5737860 5737861 CLL_A0667 CLL_A0668     FALSE 0.049 206.000 0.000 1.000 N NA
 5737861 5737862 CLL_A0668 CLL_A0669     FALSE 0.268 83.000 0.000 NA   NA
 5737862 5737863 CLL_A0669 CLL_A0670     FALSE 0.018 304.000 0.000 NA   NA
 5737863 5737864 CLL_A0670 CLL_A0671     FALSE 0.096 187.000 0.000 0.062 N NA
 5737864 5737865 CLL_A0671 CLL_A0672     FALSE 0.165 164.000 0.000 NA   NA
 5737865 5737866 CLL_A0672 CLL_A0673     FALSE 0.020 292.000 0.000 NA   NA
 5737866 5737867 CLL_A0673 CLL_A0674     FALSE 0.252 126.000 0.000 NA   NA
 5737868 5737869 CLL_A0675 CLL_A0676     FALSE 0.273 110.000 0.000 NA   NA
 5737873 5737874 CLL_A0680 CLL_A0681     TRUE 0.990 -6.000 0.471 NA   NA
 5737874 5737875 CLL_A0681 CLL_A0682     TRUE 0.987 0.000 0.412 1.000 N NA
 5737878 5737879 CLL_A0685 CLL_A0686     TRUE 0.993 -31.000 0.500 NA   NA
 5737879 5737880 CLL_A0686 CLL_A0687     TRUE 0.894 18.000 0.022 NA   NA
 5737880 5737881 CLL_A0687 CLL_A0688     TRUE 0.987 0.000 0.435 NA N NA
 5737881 5737882 CLL_A0688 CLL_A0689   dltC TRUE 0.881 79.000 0.387 NA   NA
 5737882 5737883 CLL_A0689 CLL_A0690 dltC ssrA FALSE 0.108 184.000 0.000 NA   NA
 5737885 5737886 CLL_A0692 CLL_A0693     FALSE 0.261 121.000 0.000 NA   NA
 5737888 5737889 CLL_A0695 CLL_A0696     FALSE 0.004 1039.000 0.000 NA   NA
 5737891 5737892 CLL_A0698 CLL_A0699     TRUE 0.997 13.000 0.909 0.061 Y NA
 5737894 5737895 CLL_A0701 CLL_A0702     FALSE 0.187 157.000 0.000 NA   NA
 5737895 5737896 CLL_A0702 CLL_A0703     FALSE 0.268 103.000 0.000 NA   NA
 5737897 5737898 CLL_A0704 CLL_A0705     FALSE 0.073 202.000 0.000 NA   NA
 5737899 5737900 CLL_A0706 CLL_A0707     FALSE 0.048 208.000 0.000 1.000 N NA
 5737900 5737901 CLL_A0707 CLL_A0708     TRUE 0.928 15.000 0.048 NA   NA
 5737903 5737904 CLL_A0710 CLL_A0711     FALSE 0.089 194.000 0.000 NA   NA
 5737904 5737905 CLL_A0711 CLL_A0712     FALSE 0.037 250.000 0.000 1.000   NA
 5737905 5737906 CLL_A0712 CLL_A0713     FALSE 0.014 293.000 0.000 1.000 N NA
 5737906 5737907 CLL_A0713 CLL_A0714     FALSE 0.012 351.000 0.000 NA   NA
 5737907 5737908 CLL_A0714 CLL_A0715     FALSE 0.021 289.000 0.000 NA   NA
 5737908 5737909 CLL_A0715 CLL_A0716   nagA TRUE 0.972 25.000 0.545 1.000 N NA
 5737909 5737910 CLL_A0716 CLL_A0717 nagA nagB TRUE 0.958 110.000 0.273 0.001 Y NA
 5737910 5737911 CLL_A0717 CLL_A0718 nagB nagE TRUE 0.850 47.000 0.000 1.000 Y NA
 5737911 5737912 CLL_A0718 CLL_A0719 nagE   FALSE 0.203 97.000 0.000 1.000 N NA
 5737912 5737913 CLL_A0719 CLL_A0720     FALSE 0.012 351.000 0.000 NA   NA
 5737913 5737914 CLL_A0720 CLL_A0721   bioB TRUE 0.957 -16.000 0.018 NA   NA
 5737914 5737915 CLL_A0721 CLL_A0722 bioB bioD TRUE 0.987 3.000 0.025 0.002 Y NA
 5737917 5737918 CLL_A0724 CLL_A0725     TRUE 0.998 0.000 0.846 0.003 Y NA
 5737919 5737920 CLL_A0726 CLL_A0727 ilvN ilvB TRUE 0.985 -7.000 0.189 0.003   NA
 5737921 5737922 CLL_A0728 CLL_A0729     FALSE 0.075 201.000 0.000 NA   NA
 5737922 5737923 CLL_A0729 CLL_A0730     FALSE 0.005 610.000 0.000 NA   NA
 5737923 5737924 CLL_A0730 CLL_A0731   brnQ FALSE 0.005 611.000 0.000 NA   NA
 5737924 5737925 CLL_A0731 CLL_A0732 brnQ   FALSE 0.047 210.000 0.000 1.000 N NA
 5737927 5737928 CLL_A0734 CLL_A0735 deoC   FALSE 0.114 444.000 0.009 1.000 Y NA
 5737928 5737929 CLL_A0735 CLL_A0736   hcp FALSE 0.005 432.000 0.000 1.000 N NA
 5737929 5737930 CLL_A0736 CLL_A0737 hcp   FALSE 0.225 141.000 0.000 NA   NA
 5737930 5737931 CLL_A0737 CLL_A0738     FALSE 0.070 205.000 0.000 NA   NA
 5737931 5737932 CLL_A0738 CLL_A0739     FALSE 0.036 245.000 0.000 NA   NA
 5737932 5737933 CLL_A0739 CLL_A0740     FALSE 0.393 41.000 0.000 NA   NA
 5737933 5737934 CLL_A0740 CLL_A0741     FALSE 0.542 28.000 0.000 NA   NA
 5737934 5737935 CLL_A0741 CLL_A0742     FALSE 0.268 103.000 0.000 NA   NA
 5737935 5737936 CLL_A0742 CLL_A0743     FALSE 0.007 462.000 0.000 NA   NA
 5737936 5737937 CLL_A0743 CLL_A0744     TRUE 0.997 0.000 0.511 1.000 Y NA
 5737937 5737938 CLL_A0744 CLL_A0745     TRUE 0.950 49.000 0.115 NA Y NA
 5737938 5737939 CLL_A0745 CLL_A0746     FALSE 0.027 268.000 0.000 NA   NA
 5737939 5737940 CLL_A0746 CLL_A0747     FALSE 0.447 35.000 0.000 NA   NA
 5737940 5737941 CLL_A0747 CLL_A0748     FALSE 0.264 89.000 0.000 NA   NA
 5737941 5737942 CLL_A0748 CLL_A0749     FALSE 0.012 357.000 0.000 NA   NA
 5737942 5737943 CLL_A0749 CLL_A0750     FALSE 0.410 51.000 0.000 0.023   NA
 5737943 5737944 CLL_A0750 CLL_A0751     FALSE 0.060 214.000 0.000 NA   NA
 5737944 5737945 CLL_A0751 CLL_A0752   clpB FALSE 0.201 152.000 0.000 NA   NA
 5737946 5737947 CLL_A0753 CLL_A0754     FALSE 0.114 182.000 0.000 NA   NA
 5737947 5737948 CLL_A0754 CLL_A0755     FALSE 0.538 162.000 0.044 NA   NA
 5737949 5737950 CLL_A0756 CLL_A0757     FALSE 0.233 137.000 0.000 NA   NA
 5737950 5737951 CLL_A0757 CLL_A0758     FALSE 0.096 191.000 0.000 NA   NA
 5737951 5737952 CLL_A0758 CLL_A0759     FALSE 0.007 483.000 0.000 NA   NA
 5737954 5737955 CLL_A0761 CLL_A0762     FALSE 0.307 132.000 0.000 0.011   NA
 5737955 5737956 CLL_A0762 CLL_A0763   dut FALSE 0.239 141.000 0.000 1.000   NA
 5737959 5737960 CLL_A0766 CLL_A0767     TRUE 0.939 11.000 0.050 NA   NA
 5737963 5737964 CLL_A0770 CLL_A0771     TRUE 0.661 63.000 0.034 NA   NA
 5737965 5737966 CLL_A0772 CLL_A0773     TRUE 0.978 33.000 0.231 1.000 Y NA
 5737966 5737967 CLL_A0773 CLL_A0774     TRUE 0.652 98.000 0.038 NA   NA
 5737968 5737969 CLL_A0775 CLL_A0776   pepF TRUE 0.807 46.000 0.070 NA   NA
 5737969 5737970 CLL_A0776 CLL_A0777 pepF   FALSE 0.101 284.000 0.028 1.000   NA
 5737970 5737971 CLL_A0777 CLL_A0778     FALSE 0.348 197.000 0.053 NA   NA
 5737971 5737972 CLL_A0778 CLL_A0779   gluD FALSE 0.448 174.000 0.039 NA   NA
 5737972 5737973 CLL_A0779 CLL_A0780 gluD   FALSE 0.003 573.000 0.000 NA N NA
 5737973 5737974 CLL_A0780 CLL_A0781     FALSE 0.005 414.000 0.000 NA N NA
 5737974 5737975 CLL_A0781 CLL_A0782     TRUE 0.994 21.000 0.552 0.002 Y NA
 5737975 5737976 CLL_A0782 CLL_A0783     TRUE 0.886 19.000 0.020 NA   NA
 5737976 5737977 CLL_A0783 CLL_A0784   recJ FALSE 0.507 127.000 0.004 NA   NA
 5737978 5737979 CLL_A0785 CLL_A0786     FALSE 0.510 30.000 0.000 NA   NA
 5737979 5737980 CLL_A0786 CLL_A0787     FALSE 0.007 487.000 0.000 1.000   NA
 5737981 5737982 CLL_A0788 CLL_A0789 murG   FALSE 0.231 191.000 0.006 1.000 N NA
 5737982 5737983 CLL_A0789 CLL_A0790   nifJ TRUE 0.868 124.000 0.016 1.000 Y NA
 5737983 5737984 CLL_A0790 CLL_A0791 nifJ   FALSE 0.065 331.000 0.032 NA   NA
 5737984 5737985 CLL_A0791 CLL_A0792     FALSE 0.006 492.000 0.000 NA   NA
 5737985 5737986 CLL_A0792 CLL_A0793     FALSE 0.361 222.000 0.000 1.000 Y NA
 5737986 5737987 CLL_A0793 CLL_A0794     TRUE 0.974 29.000 0.082 0.061 Y NA
 5737987 5737988 CLL_A0794 CLL_A0795     TRUE 0.666 79.000 0.056 NA N NA
 5737988 5737989 CLL_A0795 CLL_A0796     TRUE 0.949 15.000 0.115 NA N NA
 5737989 5737990 CLL_A0796 CLL_A0797     TRUE 0.987 9.000 0.063 1.000 Y NA
 5737990 5737991 CLL_A0797 CLL_A0798     TRUE 0.993 -13.000 0.070 1.000 Y NA
 5737991 5737992 CLL_A0798 CLL_A0799   cheR TRUE 0.989 10.000 0.107 1.000 Y NA
 5737992 5737993 CLL_A0799 CLL_A0800 cheR   TRUE 0.987 12.000 0.081 1.000 Y NA
 5737993 5737994 CLL_A0800 CLL_A0801     TRUE 0.984 24.000 0.176 NA Y NA
 5737994 5737995 CLL_A0801 CLL_A0802     TRUE 0.982 19.000 0.082 NA Y NA
 5737995 5737996 CLL_A0802 CLL_A0803     TRUE 0.990 25.000 0.417 1.000 Y NA
 5737996 5737997 CLL_A0803 CLL_A0804   fliM TRUE 0.976 22.000 0.039 0.015 Y NA
 5737997 5737998 CLL_A0804 CLL_A0805 fliM   TRUE 0.998 -7.000 0.508 0.002 Y NA
 5737998 5737999 CLL_A0805 CLL_A0806     FALSE 0.012 359.000 0.000 1.000   NA
 5737999 5738000 CLL_A0806 CLL_A0807     TRUE 0.940 4.000 0.019 0.003   NA
 5738000 5738001 CLL_A0807 CLL_A0808   flgK FALSE 0.259 244.000 0.082 0.002   NA
 5738001 5738002 CLL_A0808 CLL_A0809 flgK flgL TRUE 0.845 170.000 0.071 0.001 Y NA
 5738002 5738003 CLL_A0809 CLL_A0810 flgL   TRUE 0.975 18.000 0.385 NA   NA
 5738003 5738004 CLL_A0810 CLL_A0811   csrA TRUE 0.963 5.000 0.096 NA   NA
 5738004 5738005 CLL_A0811 CLL_A0812 csrA   FALSE 0.325 185.000 0.028 NA N NA
 5738005 5738006 CLL_A0812 CLL_A0813     TRUE 0.883 22.000 0.028 NA   NA
 5738006 5738007 CLL_A0813 CLL_A0814   fliS TRUE 0.954 12.000 0.093 NA   NA
 5738007 5738008 CLL_A0814 CLL_A0815 fliS   TRUE 0.992 21.000 0.370 0.002 Y NA
 5738008 5738009 CLL_A0815 CLL_A0816     TRUE 0.760 4.000 0.000 NA   NA
 5738009 5738010 CLL_A0816 CLL_A0817     FALSE 0.272 109.000 0.000 NA   NA
 5738010 5738011 CLL_A0817 CLL_A0818     FALSE 0.008 416.000 0.000 NA   NA
 5738011 5738012 CLL_A0818 CLL_A0819     TRUE 0.690 146.000 0.105 1.000 N NA
 5738012 5738013 CLL_A0819 CLL_A0820     FALSE 0.355 211.000 0.105 1.000 N NA
 5738013 5738014 CLL_A0820 CLL_A0821     TRUE 0.717 164.000 0.200 NA   NA
 5738014 5738015 CLL_A0821 CLL_A0822     TRUE 0.971 28.000 0.600 NA   NA
 5738015 5738016 CLL_A0822 CLL_A0823     FALSE 0.267 71.000 0.000 NA   NA
 5738016 5738017 CLL_A0823 CLL_A0824     FALSE 0.261 92.000 0.000 NA   NA
 5738017 5738018 CLL_A0824 CLL_A0825     TRUE 0.990 -3.000 0.468 1.000   NA
 5738018 5738019 CLL_A0825 CLL_A0826     FALSE 0.382 44.000 0.000 NA   NA
 5738019 5738020 CLL_A0826 CLL_A0827     FALSE 0.266 74.000 0.000 NA   NA
 5738020 5738021 CLL_A0827 CLL_A0828     FALSE 0.335 54.000 0.000 1.000   NA
 5738021 5738022 CLL_A0828 CLL_A0829     FALSE 0.028 288.000 0.000 0.060   NA
 5738022 5738023 CLL_A0829 CLL_A0830     TRUE 0.984 -3.000 0.267 1.000 N NA
 5738023 5738024 CLL_A0830 CLL_A0831     FALSE 0.383 214.000 0.000 NA Y NA
 5738024 5738025 CLL_A0831 CLL_A0832     TRUE 0.952 62.000 0.236 NA Y NA
 5738025 5738026 CLL_A0832 CLL_A0833     FALSE 0.481 34.000 0.000 1.000   NA
 5738026 5738027 CLL_A0833 CLL_A0834     FALSE 0.017 307.000 0.000 NA   NA
 5738027 5738028 CLL_A0834 CLL_A0835     FALSE 0.434 36.000 0.000 NA   NA
 5738028 5738029 CLL_A0835 CLL_A0836     FALSE 0.013 303.000 0.000 1.000 N NA
 5738029 5738030 CLL_A0836 CLL_A0837   flgB FALSE 0.048 800.000 0.000 0.005 Y NA
 5738030 5738031 CLL_A0837 CLL_A0838 flgB flgC TRUE 0.996 15.000 0.804 1.000 Y NA
 5738031 5738032 CLL_A0838 CLL_A0839 flgC fliE TRUE 0.987 14.000 0.095 1.000 Y NA
 5738032 5738033 CLL_A0839 CLL_A0840 fliE fliF TRUE 0.982 25.000 0.112 0.006 Y NA
 5738033 5738034 CLL_A0840 CLL_A0841 fliF fliG TRUE 0.996 7.000 0.477 0.006 Y NA
 5738034 5738035 CLL_A0841 CLL_A0842 fliG   TRUE 0.997 -16.000 0.308 NA Y NA
 5738035 5738036 CLL_A0842 CLL_A0843   fliI TRUE 0.992 18.000 0.379 NA Y NA
 5738036 5738037 CLL_A0843 CLL_A0844 fliI fliJ TRUE 0.977 35.000 0.241 1.000 Y NA
 5738037 5738038 CLL_A0844 CLL_A0845 fliJ   TRUE 0.984 7.000 0.019 0.006 Y NA
 5738038 5738039 CLL_A0845 CLL_A0846     TRUE 0.977 12.000 0.304 NA   NA
 5738039 5738040 CLL_A0846 CLL_A0847     TRUE 0.966 4.000 0.105 NA   NA
 5738040 5738041 CLL_A0847 CLL_A0848     TRUE 0.754 143.000 0.150 NA   NA
 5738041 5738042 CLL_A0848 CLL_A0849     TRUE 0.647 197.000 0.016 0.004 Y NA
 5738042 5738043 CLL_A0849 CLL_A0850     TRUE 0.968 94.000 0.545 NA Y NA
 5738043 5738044 CLL_A0850 CLL_A0851     TRUE 0.992 16.000 0.301 NA Y NA
 5738044 5738045 CLL_A0851 CLL_A0852     TRUE 0.995 3.000 0.350 1.000 Y NA
 5738045 5738046 CLL_A0852 CLL_A0853   fliL TRUE 0.994 6.000 0.314 1.000 Y NA
 5738046 5738047 CLL_A0853 CLL_A0854 fliL   TRUE 0.624 81.000 0.023 1.000   NA
 5738047 5738048 CLL_A0854 CLL_A0855   fliP TRUE 0.986 3.000 0.386 1.000   NA
 5738048 5738049 CLL_A0855 CLL_A0856 fliP fliQ TRUE 0.991 12.000 0.162 0.004 Y NA
 5738049 5738050 CLL_A0856 CLL_A0857 fliQ   TRUE 0.987 18.000 0.114 0.004 Y NA
 5738050 5738051 CLL_A0857 CLL_A0858   flhA TRUE 0.982 30.000 0.207 0.004 Y NA
 5738051 5738052 CLL_A0858 CLL_A0859 flhA flhF TRUE 0.997 0.000 0.440 1.000 Y NA
 5738052 5738053 CLL_A0859 CLL_A0860 flhF   TRUE 0.988 -6.000 0.382 1.000 N NA
 5738053 5738054 CLL_A0860 CLL_A0861     TRUE 0.951 11.000 0.094 NA N NA
 5738054 5738055 CLL_A0861 CLL_A0862     TRUE 0.680 103.000 0.062 NA N NA
 5738055 5738056 CLL_A0862 CLL_A0863     TRUE 0.919 13.000 0.029 NA   NA
 5738056 5738057 CLL_A0863 CLL_A0864     FALSE 0.267 78.000 0.000 NA   NA
 5738057 5738058 CLL_A0864 CLL_A0865     TRUE 0.808 -3.000 0.000 NA   NA
 5738058 5738059 CLL_A0865 CLL_A0866     TRUE 0.987 14.000 0.088 1.000 Y NA
 5738063 5738064 CLL_A0870 CLL_A0871     TRUE 0.821 -7.000 0.000 NA   NA
 5738064 5738065 CLL_A0871 CLL_A0872     FALSE 0.054 221.000 0.000 NA   NA
 5738065 5738066 CLL_A0872 CLL_A0873     FALSE 0.120 179.000 0.000 NA   NA
 5738066 5738067 CLL_A0873 CLL_A0874   spoIIAA FALSE 0.039 353.000 0.014 1.000 N NA
 5738067 5738068 CLL_A0874 CLL_A0875 spoIIAA spoIIAB TRUE 0.996 17.000 0.669 0.002 Y NA
 5738068 5738069 CLL_A0875 CLL_A0876 spoIIAB sigF TRUE 0.990 10.000 0.842 1.000 N NA
 5738069 5738070 CLL_A0876 CLL_A0877 sigF spoVAC FALSE 0.043 511.000 0.078 NA   NA
 5738070 5738071 CLL_A0877 CLL_A0878 spoVAC spoVAD TRUE 0.823 157.000 0.386 NA   NA
 5738071 5738072 CLL_A0878 CLL_A0879 spoVAD spoVAE TRUE 0.968 24.000 0.386 NA   NA
 5738072 5738073 CLL_A0879 CLL_A0880 spoVAE   FALSE 0.272 114.000 0.000 NA   NA
 5738073 5738074 CLL_A0880 CLL_A0881     TRUE 0.906 6.000 0.006 NA   NA
 5738074 5738075 CLL_A0881 CLL_A0882   holA TRUE 0.922 30.000 0.163 NA   NA
 5738077 5738078 CLL_A0884 CLL_A0885 gpr   FALSE 0.122 571.000 0.521 NA   NA
 5738078 5738079 CLL_A0885 CLL_A0886     TRUE 0.585 147.000 0.038 NA   NA
 5738079 5738080 CLL_A0886 CLL_A0887   lepA FALSE 0.449 144.000 0.002 NA   NA
 5738080 5738081 CLL_A0887 CLL_A0888 lepA   TRUE 0.728 105.000 0.083 1.000 N NA
 5738081 5738082 CLL_A0888 CLL_A0889   hrcA FALSE 0.418 185.000 0.062 1.000 N NA
 5738082 5738083 CLL_A0889 CLL_A0890 hrcA grpE TRUE 0.910 39.000 0.286 1.000 N NA
 5738083 5738084 CLL_A0890 CLL_A0891 grpE dnaK TRUE 0.952 80.000 0.224 0.007 Y NA
 5738084 5738085 CLL_A0891 CLL_A0892 dnaK dnaJ TRUE 0.948 104.000 0.196 0.003 Y NA
 5738085 5738086 CLL_A0892 CLL_A0893 dnaJ   FALSE 0.018 272.000 0.000 1.000 N NA
 5738086 5738087 CLL_A0893 CLL_A0894   trmB FALSE 0.025 280.000 0.000 1.000   NA
 5738087 5738088 CLL_A0894 CLL_A0895 trmB prmA FALSE 0.365 167.000 0.003 1.000   NA
 5738088 5738089 CLL_A0895 CLL_A0896 prmA   TRUE 0.832 93.000 0.227 NA   NA
 5738089 5738090 CLL_A0896 CLL_A0897     TRUE 0.978 0.000 0.163 NA   NA
 5738090 5738091 CLL_A0897 CLL_A0898     FALSE 0.262 217.000 0.051 0.035 N NA
 5738091 5738092 CLL_A0898 CLL_A0899   rpsU TRUE 0.692 137.000 0.071 1.000   NA
 5738092 5738093 CLL_A0899 CLL_A0900 rpsU   TRUE 0.926 30.000 0.150 0.028   NA
 5738093 5738094 CLL_A0900 CLL_A0901   yqfC FALSE 0.140 253.000 0.029 NA   NA
 5738094 5738095 CLL_A0901 CLL_A0902 yqfC yqfD TRUE 0.992 3.000 0.851 NA   NA
 5738095 5738096 CLL_A0902 CLL_A0903 yqfD   TRUE 0.798 35.000 0.032 NA   NA
 5738096 5738097 CLL_A0903 CLL_A0904     TRUE 0.967 13.000 0.182 NA   NA
 5738097 5738098 CLL_A0904 CLL_A0905     TRUE 0.862 25.000 0.023 NA   NA
 5738098 5738099 CLL_A0905 CLL_A0906   era FALSE 0.018 551.000 0.005 1.000   NA
 5738099 5738100 CLL_A0906 CLL_A0907 era recO TRUE 0.930 25.000 0.108 1.000   NA
 5738100 5738101 CLL_A0907 CLL_A0908 recO   TRUE 0.905 7.000 0.007 NA   NA
 5738101 5738102 CLL_A0908 CLL_A0909     TRUE 0.908 43.000 0.273 NA   NA
 5738102 5738103 CLL_A0909 CLL_A0910   ppdK TRUE 0.605 89.000 0.019 1.000   NA
 5738105 5738106 CLL_A0912 CLL_A0913     FALSE 0.169 249.000 0.056 1.000 N NA
 5738106 5738107 CLL_A0913 CLL_A0914   rpoD TRUE 0.972 6.000 0.209 1.000 N NA
 5738107 5738108 CLL_A0914 CLL_A0915 rpoD   TRUE 0.837 93.000 0.239 NA   NA
 5738108 5738109 CLL_A0915 CLL_A0916     TRUE 0.900 47.000 0.283 NA   NA
 5738109 5738110 CLL_A0916 CLL_A0917     FALSE 0.305 57.000 0.000 NA   NA
 5738110 5738111 CLL_A0917 CLL_A3606     FALSE 0.215 145.000 0.000 NA   NA
 5738112 5738113 CLL_A0918 CLL_A0919     TRUE 0.881 40.000 0.154 NA   NA
 5738113 5738114 CLL_A0919 CLL_A0920     TRUE 0.681 16.000 0.000 NA   NA
 5738115 5738116 CLL_A0921 CLL_A0922     TRUE 0.704 13.000 0.000 NA   NA
 5738116 5738117 CLL_A0922 CLL_A0923     TRUE 0.769 3.000 0.000 NA   NA
 5738117 5738118 CLL_A0923 CLL_A0924     FALSE 0.244 130.000 0.000 NA   NA
 5738118 5738119 CLL_A0924 CLL_A0925     TRUE 0.795 0.000 0.000 NA   NA
 5738119 5738120 CLL_A0925 CLL_A0926     FALSE 0.148 169.000 0.000 NA   NA
 5738120 5738121 CLL_A0926 CLL_A0927     FALSE 0.266 87.000 0.000 NA   NA
 5738121 5738122 CLL_A0927 CLL_A0928     TRUE 0.696 14.000 0.000 NA   NA
 5738122 5738123 CLL_A0928 CLL_A0929     FALSE 0.323 100.000 0.000 0.058   NA
 5738123 5738124 CLL_A0929 CLL_A0930     TRUE 0.847 -22.000 0.000 NA   NA
 5738124 5738125 CLL_A0930 CLL_A0931     FALSE 0.272 114.000 0.000 NA   NA
 5738125 5738126 CLL_A0931 CLL_A0932     FALSE 0.085 195.000 0.000 NA   NA
 5738126 5738127 CLL_A0932 CLL_A0933     FALSE 0.510 30.000 0.000 NA   NA
 5738127 5738128 CLL_A0933 CLL_A0934     TRUE 0.735 8.000 0.000 NA   NA
 5738128 5738129 CLL_A0934 CLL_A0935     FALSE 0.266 72.000 0.000 NA   NA
 5738129 5738130 CLL_A0935 CLL_A0936     TRUE 0.744 6.000 0.000 NA   NA
 5738130 5738131 CLL_A0936 CLL_A0937     FALSE 0.205 150.000 0.000 NA   NA
 5738131 5738132 CLL_A0937 CLL_A0938     TRUE 0.752 5.000 0.000 NA   NA
 5738132 5738133 CLL_A0938 CLL_A0939     FALSE 0.021 296.000 0.000 1.000   NA
 5738133 5738134 CLL_A0939 CLL_A0940     TRUE 0.728 10.000 0.000 NA   NA
 5738134 5738135 CLL_A0940 CLL_A0941     FALSE 0.264 89.000 0.000 NA   NA
 5738135 5738136 CLL_A0941 CLL_A0942     TRUE 0.769 3.000 0.000 NA   NA
 5738136 5738137 CLL_A0942 CLL_A0943     TRUE 0.722 11.000 0.000 NA   NA
 5738137 5738138 CLL_A0943 CLL_A0944     TRUE 0.735 8.000 0.000 NA   NA
 5738138 5738139 CLL_A0944 CLL_A0945     TRUE 0.979 1.000 0.200 NA   NA
 5738139 5738140 CLL_A0945 CLL_A0946     TRUE 0.874 49.000 0.200 NA   NA
 5738140 5738141 CLL_A0946 CLL_A0947     FALSE 0.354 48.000 0.000 NA   NA
 5738141 5738142 CLL_A0947 CLL_A0948     TRUE 0.821 -7.000 0.000 NA   NA
 5738142 5738143 CLL_A0948 CLL_A0949     TRUE 0.942 84.000 1.000 NA   NA
 5738143 5738144 CLL_A0949 CLL_A0950     TRUE 0.991 5.000 0.750 NA   NA
 5738144 5738145 CLL_A0950 CLL_A0951     TRUE 0.954 37.000 0.600 NA   NA
 5738145 5738146 CLL_A0951 CLL_A0952     TRUE 0.939 48.000 0.600 NA   NA
 5738146 5738147 CLL_A0952 CLL_A0953     TRUE 0.942 75.000 1.000 NA   NA
 5738147 5738148 CLL_A0953 CLL_A0954     FALSE 0.267 71.000 0.000 NA   NA
 5738148 5738149 CLL_A0954 CLL_A0955     TRUE 0.752 5.000 0.000 NA   NA
 5738149 5738150 CLL_A0955 CLL_A0956     TRUE 0.988 -3.000 0.375 NA   NA
 5738150 5738151 CLL_A0956 CLL_A0957     TRUE 0.704 13.000 0.000 NA   NA
 5738151 5738152 CLL_A0957 CLL_A0958     TRUE 0.769 3.000 0.000 NA   NA
 5738152 5738153 CLL_A0958 CLL_A0959     TRUE 0.795 0.000 0.000 NA   NA
 5738153 5738154 CLL_A0959 CLL_A0960     FALSE 0.265 88.000 0.000 NA   NA
 5738154 5738155 CLL_A0960 CLL_A0961     FALSE 0.414 38.000 0.000 NA   NA
 5738155 5738156 CLL_A0961 CLL_A0963     FALSE 0.151 168.000 0.000 NA   NA
 5738158 5738159 CLL_A0964 CLL_A0965     TRUE 0.696 14.000 0.000 NA   NA
 5738159 5738160 CLL_A0965 CLL_A0966     FALSE 0.369 46.000 0.000 NA   NA
 5738160 5738161 CLL_A0966 CLL_A0967     FALSE 0.093 192.000 0.000 NA   NA
 5738161 5738162 CLL_A0967 CLL_A0968     FALSE 0.005 599.000 0.000 NA   NA
 5738162 5738163 CLL_A0968 CLL_A0969     FALSE 0.014 334.000 0.000 NA   NA
 5738165 5738166 CLL_A0971 CLL_A0972     TRUE 0.647 19.000 0.000 NA   NA
 5738166 5738167 CLL_A0972 CLL_A0973     FALSE 0.197 153.000 0.000 NA   NA
 5738167 5738168 CLL_A0973 CLL_A0974     TRUE 0.941 22.000 0.122 NA   NA
 5738168 5738169 CLL_A0974 CLL_A0975     FALSE 0.172 162.000 0.000 NA   NA
 5738169 5738170 CLL_A0975 CLL_A0976   malQ TRUE 0.693 148.000 0.111 1.000 N NA
 5738170 5738171 CLL_A0976 CLL_A0977 malQ   TRUE 0.991 0.000 0.058 0.022 Y NA
 5738171 5738172 CLL_A0977 CLL_A0978   kdpA FALSE 0.004 517.000 0.000 1.000 N NA
 5738172 5738173 CLL_A0978 CLL_A0979 kdpA kdpB TRUE 0.988 16.000 0.112 0.001 Y NA
 5738173 5738174 CLL_A0979 CLL_A0980 kdpB kdpC TRUE 0.996 18.000 0.877 0.001 Y NA
 5738174 5738175 CLL_A0980 CLL_A0981 kdpC   FALSE 0.415 163.000 0.011 0.090 N NA
 5738175 5738176 CLL_A0981 CLL_A0982     TRUE 0.996 -7.000 0.243 1.000 Y NA
 5738179 5738180 CLL_A0985 CLL_A0986     FALSE 0.127 176.000 0.000 NA   NA
 5738180 5738181 CLL_A0986 CLL_A0987     FALSE 0.013 338.000 0.000 NA   NA
 5738182 5738183 CLL_A0988 CLL_A0989     FALSE 0.284 70.000 0.000 1.000   NA
 5738183 5738184 CLL_A0989 CLL_A0990     FALSE 0.006 510.000 0.000 NA   NA
 5738184 5738185 CLL_A0990 CLL_A0992     FALSE 0.010 372.000 0.000 NA   NA
 5738186 5738187 CLL_A0993 CLL_A0994     TRUE 0.995 -13.000 0.131 0.025 Y NA
 5738187 5738188 CLL_A0994 CLL_A0995     TRUE 0.997 -6.000 0.492 0.025 Y NA
 5738188 5738189 CLL_A0995 CLL_A0996     TRUE 0.998 -7.000 0.928 1.000 Y NA
 5738189 5738190 CLL_A0996 CLL_A0997     TRUE 0.959 25.000 0.326 1.000 N NA
 5738191 5738192 CLL_A0998 CLL_A0999     FALSE 0.266 74.000 0.000 NA   NA
 5738193 5738194 CLL_A1000 CLL_A1001     FALSE 0.011 321.000 0.000 1.000 N NA
 5738197 5738198 CLL_A1004 CLL_A1005     FALSE 0.047 235.000 0.000 1.000   NA
 5738198 5738199 CLL_A1005 CLL_A1006     TRUE 0.953 21.000 0.176 1.000   NA
 5738199 5738200 CLL_A1006 CLL_A1007     TRUE 0.954 -12.000 0.015 1.000   NA
 5738200 5738201 CLL_A1007 CLL_A1008     FALSE 0.307 187.000 0.015 NA   NA
 5738203 5738204 CLL_A1010 CLL_A1011   speD FALSE 0.151 168.000 0.000 NA   NA
 5738204 5738205 CLL_A1011 CLL_A1012 speD   TRUE 0.985 17.000 0.091 1.000 Y NA
 5738205 5738206 CLL_A1012 CLL_A1013   speE TRUE 0.995 0.000 0.237 1.000 Y NA
 5738206 5738207 CLL_A1013 CLL_A1014 speE   TRUE 0.914 54.000 0.036 1.000 Y NA
 5738207 5738208 CLL_A1014 CLL_A1015   nspC FALSE 0.508 336.000 0.444 1.000 Y NA
 5738212 5738213 CLL_A1019 CLL_A1020     FALSE 0.025 283.000 0.000 1.000   NA
 5738213 5738214 CLL_A1020 CLL_A1021     FALSE 0.261 94.000 0.000 NA   NA
 5738214 5738215 CLL_A1021 CLL_A1022   ruvA FALSE 0.099 255.000 0.007 NA   NA
 5738215 5738216 CLL_A1022 CLL_A1023 ruvA ruvB TRUE 0.987 36.000 0.549 0.002 Y NA
 5738216 5738217 CLL_A1023 CLL_A1024 ruvB queA TRUE 0.921 19.000 0.069 1.000 N NA
 5738217 5738218 CLL_A1024 CLL_A1025 queA tgt TRUE 0.855 142.000 0.014 0.001 Y NA
 5738218 5738219 CLL_A1025 CLL_A1026 tgt yajC TRUE 0.619 108.000 0.035 NA N NA
 5738219 5738220 CLL_A1026 CLL_A1027 yajC   TRUE 0.711 62.000 0.055 NA   NA
 5738220 5738221 CLL_A1027 CLL_A1028     FALSE 0.035 248.000 0.000 NA   NA
 5738221 5738222 CLL_A1028 CLL_A1029     FALSE 0.019 309.000 0.000 1.000   NA
 5738222 5738223 CLL_A1029 CLL_A1030   apt TRUE 0.705 41.000 0.010 1.000   NA
 5738223 5738224 CLL_A1030 CLL_A1031 apt relA TRUE 0.701 107.000 0.068 1.000 N NA
 5738224 5738225 CLL_A1031 CLL_A1032 relA dtd TRUE 0.964 12.000 0.177 1.000 N NA
 5738225 5738226 CLL_A1032 CLL_A1033 dtd   TRUE 0.849 32.000 0.048 1.000   NA
 5738226 5738227 CLL_A1033 CLL_A1034     TRUE 0.934 10.000 0.035 1.000   NA
 5738227 5738228 CLL_A1034 CLL_A1035   hisS TRUE 0.762 65.000 0.111 1.000 N NA
 5738228 5738229 CLL_A1035 CLL_A1036 hisS aspS FALSE 0.543 226.000 0.028 0.044 Y NA
 5738231 5738232 CLL_A1038 CLL_A1039     FALSE 0.201 152.000 0.000 NA   NA
 5738232 5738233 CLL_A1039 CLL_A1040     FALSE 0.240 132.000 0.000 NA   NA
 5738233 5738234 CLL_A1040 CLL_A1041   hom FALSE 0.014 343.000 0.000 1.000   NA
 5738234 5738235 CLL_A1041 CLL_A1042 hom   FALSE 0.008 360.000 0.000 1.000 N NA
 5738235 5738236 CLL_A1042 CLL_A1043   glpK FALSE 0.486 96.000 0.004 1.000 N NA
 5738236 5738237 CLL_A1043 CLL_A1044 glpK   FALSE 0.442 156.000 0.006 1.000   NA
 5738237 5738238 CLL_A1044 CLL_A1045     TRUE 0.984 13.000 0.476 0.031   NA
 5738238 5738239 CLL_A1045 CLL_A1046     TRUE 0.987 2.000 0.417 NA   NA
 5738241 5738242 CLL_A1048 CLL_A1049     TRUE 0.993 12.000 0.222 0.001 Y NA
 5738242 5738243 CLL_A1049 CLL_A1050     FALSE 0.343 226.000 0.000 1.000 Y NA
 5738243 5738244 CLL_A1050 CLL_A1051     FALSE 0.260 122.000 0.000 NA   NA
 5738244 5738245 CLL_A1051 CLL_A1052     FALSE 0.039 242.000 0.000 NA   NA
 5738247 5738248 CLL_A1054 CLL_A1055     FALSE 0.227 140.000 0.000 NA   NA
 5738248 5738249 CLL_A1055 CLL_A1056   udk FALSE 0.007 383.000 0.000 1.000 N NA
 5738250 5738251 CLL_A1057 CLL_A1058     FALSE 0.250 127.000 0.000 NA   NA
 5738251 5738252 CLL_A1058 CLL_A1059   rnz FALSE 0.277 121.000 0.000 1.000   NA
 5738253 5738254 CLL_A1060 CLL_A1061     FALSE 0.156 166.000 0.000 NA   NA
 5738254 5738255 CLL_A1061 CLL_A1062     FALSE 0.261 95.000 0.000 NA   NA
 5738255 5738256 CLL_A1062 CLL_A1063     TRUE 0.989 6.000 0.667 NA   NA
 5738256 5738257 CLL_A1063 CLL_A1064     TRUE 0.992 0.000 0.667 NA   NA
 5738257 5738258 CLL_A1064 CLL_A1065     TRUE 0.962 21.000 0.250 NA   NA
 5738258 5738259 CLL_A1065 CLL_A1066     TRUE 0.924 35.000 0.250 NA   NA
 5738259 5738260 CLL_A1066 CLL_A1067     FALSE 0.014 328.000 0.000 NA   NA
 5738260 5738261 CLL_A1067 CLL_A1068     FALSE 0.239 141.000 0.000 1.000   NA
 5738261 5738262 CLL_A1068 CLL_A1069     FALSE 0.026 272.000 0.000 NA   NA
 5738264 5738265 CLL_A1071 CLL_A1072     TRUE 0.981 1.000 0.231 NA   NA
 5738265 5738266 CLL_A1072 CLL_A1073     FALSE 0.039 242.000 0.000 NA   NA
 5738267 5738268 CLL_A1074 CLL_A1075     TRUE 0.808 -3.000 0.000 NA   NA
 5738269 5738270 CLL_A1076 CLL_A1077   brnQ FALSE 0.011 376.000 0.000 1.000   NA
 5738272 5738273 CLL_A1079 CLL_A1080     FALSE 0.137 172.000 0.000 NA   NA
 5738273 5738274 CLL_A1080 CLL_A1081     FALSE 0.012 356.000 0.000 NA   NA
 5738276 5738277 CLL_A1083 CLL_A1084   glyA FALSE 0.261 121.000 0.000 NA   NA
 5738277 5738278 CLL_A1084 CLL_A1085 glyA   FALSE 0.011 360.000 0.000 NA   NA
 5738278 5738279 CLL_A1085 CLL_A1086     TRUE 0.727 48.000 0.031 NA   NA
 5738279 5738280 CLL_A1086 CLL_A1087   fabG FALSE 0.035 229.000 0.000 1.000 N NA
 5738281 5738282 CLL_A1088 CLL_A1089 ilvE nadE TRUE 0.710 153.000 0.000 1.000 Y NA
 5738283 5738284 CLL_A1090 CLL_A1091     TRUE 0.996 -7.000 0.313 NA Y NA
 5738284 5738285 CLL_A1091 CLL_A1092     FALSE 0.008 407.000 0.000 0.089 N NA
 5738285 5738286 CLL_A1092 CLL_A1093     FALSE 0.021 289.000 0.000 NA   NA
 5738288 5738289 CLL_A1095 CLL_A1096     TRUE 0.843 -16.000 0.000 NA   NA
 5738289 5738290 CLL_A1096 CLL_A1097     FALSE 0.005 433.000 0.000 1.000 N NA
 5738290 5738291 CLL_A1097 CLL_A1098     TRUE 0.994 16.000 0.461 0.024 Y NA
 5738291 5738292 CLL_A1098 CLL_A1099     TRUE 0.979 17.000 0.039 1.000 Y NA
 5738292 5738293 CLL_A1099 CLL_A1100     FALSE 0.203 151.000 0.000 NA   NA
 5738293 5738294 CLL_A1100 CLL_A1101     FALSE 0.261 92.000 0.000 NA   NA
 5738294 5738295 CLL_A1101 CLL_A1102     FALSE 0.007 389.000 0.000 1.000 N NA
 5738295 5738296 CLL_A1102 CLL_A1103   purE FALSE 0.104 492.000 0.012 1.000 Y NA
 5738296 5738297 CLL_A1103 CLL_A1104 purE purC TRUE 0.989 0.000 0.035 1.000 Y NA
 5738297 5738298 CLL_A1104 CLL_A1105 purC purF TRUE 0.920 116.000 0.082 1.000 Y NA
 5738298 5738299 CLL_A1105 CLL_A1106 purF purM TRUE 0.993 10.000 0.248 1.000 Y NA
 5738299 5738300 CLL_A1106 CLL_A1107 purM purN TRUE 0.997 -12.000 0.238 0.001 Y NA
 5738300 5738301 CLL_A1107 CLL_A1108 purN purH TRUE 0.929 149.000 0.225 1.000 Y NA
 5738301 5738302 CLL_A1108 CLL_A1109 purH purD TRUE 0.640 252.000 0.238 1.000 Y NA
 5738303 5738304 CLL_A1110 CLL_A1111     FALSE 0.039 242.000 0.000 NA   NA
 5738304 5738305 CLL_A1111 CLL_A1112     FALSE 0.038 243.000 0.000 NA   NA
 5738306 5738307 CLL_A1113 CLL_A1114     TRUE 0.964 1.000 0.071 NA   NA
 5738307 5738308 CLL_A1114 CLL_A1115     FALSE 0.014 288.000 0.000 NA N NA
 5738308 5738309 CLL_A1115 CLL_A1116     FALSE 0.007 391.000 0.000 1.000 N NA
 5738309 5738310 CLL_A1116 CLL_A1117     FALSE 0.011 363.000 0.000 NA   NA
 5738310 5738311 CLL_A1117 CLL_A1118     TRUE 0.992 2.000 0.714 NA   NA
 5738314 5738315 CLL_A1121 CLL_A1122     TRUE 0.793 2.000 0.000 1.000   NA
 5738315 5738316 CLL_A1122 CLL_A1123     FALSE 0.259 130.000 0.000 1.000   NA
 5738316 5738317 CLL_A1123 CLL_A1124     TRUE 0.843 -10.000 0.000 1.000   NA
 5738317 5738318 CLL_A1124 CLL_A1125     TRUE 0.650 11.000 0.000 1.000 N NA
 5738318 5738319 CLL_A1125 CLL_A1126     TRUE 0.977 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5738320 5738321 CLL_A1127 CLL_A1128     FALSE 0.022 286.000 0.000 NA   NA
 5738321 5738322 CLL_A1128 CLL_A1129     FALSE 0.070 205.000 0.000 NA   NA
 5738322 5738323 CLL_A1129 CLL_A1130     FALSE 0.011 369.000 0.000 NA   NA
 5738323 5738324 CLL_A1130 CLL_A1131     TRUE 0.966 37.000 0.133 1.000 Y NA
 5738324 5738325 CLL_A1131 CLL_A1132     TRUE 0.790 84.000 0.133 NA   NA
 5738325 5738326 CLL_A1132 CLL_A1133     TRUE 0.977 32.000 1.000 NA   NA
 5738326 5738327 CLL_A1133 CLL_A1134     FALSE 0.034 224.000 0.000 NA N NA
 5738327 5738328 CLL_A1134 CLL_A1135     FALSE 0.069 224.000 0.000 0.045   NA
 5738328 5738329 CLL_A1135 CLL_A1136     TRUE 0.852 -43.000 0.000 NA   NA
 5738329 5738330 CLL_A1136 CLL_A1137     FALSE 0.006 562.000 0.000 NA   NA
 5738330 5738331 CLL_A1137 CLL_A1138   panE TRUE 0.922 36.000 0.267 NA   NA
 5738331 5738332 CLL_A1138 CLL_A1139 panE   FALSE 0.040 219.000 0.000 1.000 N NA
 5738332 5738333 CLL_A1139 CLL_A1140     FALSE 0.013 345.000 0.000 NA   NA
 5738333 5738334 CLL_A1140 CLL_A1141     FALSE 0.240 132.000 0.000 NA   NA
 5738334 5738335 CLL_A1141 CLL_A1142     FALSE 0.194 154.000 0.000 NA   NA
 5738335 5738336 CLL_A1142 CLL_A1143     FALSE 0.100 192.000 0.000 1.000   NA
 5738338 5738339 CLL_A1145 CLL_A1146   fabH TRUE 0.946 15.000 0.098 1.000 N NA
 5738339 5738340 CLL_A1146 CLL_A1147 fabH   TRUE 0.952 72.000 0.235 0.005 Y NA
 5738340 5738341 CLL_A1147 CLL_A1148     TRUE 0.738 110.000 0.072 1.000   NA
 5738341 5738342 CLL_A1148 CLL_A1149   fabD TRUE 0.976 -7.000 0.099 1.000   NA
 5738342 5738343 CLL_A1149 CLL_A1150 fabD fabG TRUE 0.987 21.000 0.149 0.005 Y NA
 5738343 5738344 CLL_A1150 CLL_A1151 fabG fabF TRUE 0.990 18.000 0.236 1.000 Y NA
 5738344 5738345 CLL_A1151 CLL_A1152 fabF accB TRUE 0.987 12.000 0.074 1.000 Y NA
 5738345 5738346 CLL_A1152 CLL_A1153 accB fabZ TRUE 0.987 6.000 0.047 0.005 Y NA
 5738346 5738347 CLL_A1153 CLL_A1154 fabZ accC TRUE 0.985 10.000 0.045 1.000 Y NA
 5738347 5738348 CLL_A1154 CLL_A1155 accC accD TRUE 0.994 -7.000 0.090 0.002 Y NA
 5738348 5738349 CLL_A1155 CLL_A1156 accD accA TRUE 0.996 -7.000 0.234 0.001 Y NA
 5738349 5738350 CLL_A1156 CLL_A1157 accA   FALSE 0.116 181.000 0.000 NA   NA
 5738350 5738351 CLL_A1157 CLL_A1158     FALSE 0.461 34.000 0.000 NA   NA
 5738351 5738352 CLL_A1158 CLL_A1159     FALSE 0.022 285.000 0.000 NA   NA
 5738352 5738353 CLL_A1159 CLL_A1160     TRUE 0.808 -3.000 0.000 NA   NA
 5738353 5738354 CLL_A1160 CLL_A1161     FALSE 0.006 414.000 0.000 1.000 N NA
 5738354 5738355 CLL_A1161 CLL_A1162     TRUE 0.710 86.000 0.062 NA   NA
 5738355 5738356 CLL_A1162 CLL_A1163     TRUE 0.795 0.000 0.000 NA   NA
 5738356 5738357 CLL_A1163 CLL_A1164   moaC TRUE 0.771 14.000 0.000 0.002   NA
 5738357 5738358 CLL_A1164 CLL_A1165 moaC moaA TRUE 0.816 61.000 0.000 0.002 Y NA
 5738358 5738359 CLL_A1165 CLL_A1166 moaA   TRUE 0.954 3.000 0.042 0.033   NA
 5738359 5738360 CLL_A1166 CLL_A1167     FALSE 0.147 172.000 0.000 1.000   NA
 5738360 5738361 CLL_A1167 CLL_A1168     TRUE 0.740 37.000 0.025 NA N NA
 5738361 5738362 CLL_A1168 CLL_A1169   nifS TRUE 0.966 4.000 0.125 NA N NA
 5738362 5738363 CLL_A1169 CLL_A1170 nifS nifU TRUE 0.942 2.000 0.035 1.000 N NA
 5738363 5738364 CLL_A1170 CLL_A1171 nifU trmU TRUE 0.961 1.000 0.073 1.000 N NA
 5738364 5738365 CLL_A1171 CLL_A1172 trmU   FALSE 0.023 444.000 0.006 NA   NA
 5738365 5738366 CLL_A1172 CLL_A1173     TRUE 0.987 -22.000 0.209 NA   NA
 5738366 5738367 CLL_A1173 CLL_A1174   alaS FALSE 0.040 370.000 0.015 NA   NA
 5738367 5738368 CLL_A1174 CLL_A1175 alaS   FALSE 0.461 195.000 0.110 NA   NA
 5738368 5738369 CLL_A1175 CLL_A1176     TRUE 0.927 52.000 0.537 NA   NA
 5738369 5738370 CLL_A1176 CLL_A1177     FALSE 0.282 210.000 0.047 NA   NA
 5738370 5738371 CLL_A1177 CLL_A1178     TRUE 0.892 44.000 0.211 NA   NA
 5738371 5738372 CLL_A1178 CLL_A1179     TRUE 0.867 64.000 0.289 1.000   NA
 5738372 5738373 CLL_A1179 CLL_A1180   typA FALSE 0.233 195.000 0.004 1.000   NA
 5738373 5738374 CLL_A1180 CLL_A1181 typA   TRUE 0.569 97.000 0.012 NA   NA
 5738374 5738375 CLL_A1181 CLL_A1182     TRUE 0.923 20.000 0.067 NA   NA
 5738375 5738376 CLL_A1182 CLL_A1183     TRUE 0.969 7.000 0.146 1.000   NA
 5738376 5738377 CLL_A1183 CLL_A1184     FALSE 0.353 166.000 0.008 1.000 N NA
 5738377 5738378 CLL_A1184 CLL_A1185   sigK TRUE 0.729 83.000 0.087 1.000 N NA
 5738378 5738379 CLL_A1185 CLL_A1186 sigK pilT FALSE 0.434 165.000 0.025 1.000 N NA
 5738379 5738380 CLL_A1186 CLL_A1187 pilT ftsA FALSE 0.527 92.000 0.004 0.007 N NA
 5738380 5738381 CLL_A1187 CLL_A1188 ftsA ftsZ TRUE 0.994 14.000 0.460 1.000 Y NA
 5738381 5738382 CLL_A1188 CLL_A1189 ftsZ spoIIGA FALSE 0.077 304.000 0.024 1.000   NA
 5738382 5738383 CLL_A1189 CLL_A1190 spoIIGA sigE TRUE 0.990 13.000 0.856 1.000   NA
 5738383 5738384 CLL_A1190 CLL_A1191 sigE sigG TRUE 0.974 82.000 0.602 0.011 Y NA
 5738384 5738385 CLL_A1191 CLL_A1192 sigG   FALSE 0.137 280.000 0.060 NA   NA
 5738385 5738386 CLL_A1192 CLL_A1193   nrdR TRUE 0.579 70.000 0.013 NA   NA
 5738386 5738387 CLL_A1193 CLL_A1194 nrdR   FALSE 0.318 183.000 0.013 NA   NA
 5738387 5738388 CLL_A1194 CLL_A1195     TRUE 0.910 12.000 0.018 NA   NA
 5738388 5738389 CLL_A1195 CLL_A1196     TRUE 0.993 0.000 0.110 1.000 Y NA
 5738389 5738390 CLL_A1196 CLL_A1197     FALSE 0.151 239.000 0.028 1.000 N NA
 5738390 5738391 CLL_A1197 CLL_A1198   pstC TRUE 0.987 22.000 0.206 1.000 Y NA
 5738391 5738392 CLL_A1198 CLL_A1199 pstC pstA TRUE 0.998 0.000 0.907 0.002 Y NA
 5738392 5738393 CLL_A1199 CLL_A1200 pstA pstB TRUE 0.989 14.000 0.112 0.002 Y NA
 5738393 5738394 CLL_A1200 CLL_A1201 pstB phoU TRUE 0.988 19.000 0.182 NA Y NA
 5738394 5738395 CLL_A1201 CLL_A1202 phoU   FALSE 0.281 194.000 0.028 NA N NA
 5738395 5738396 CLL_A1202 CLL_A1203   engA TRUE 0.964 0.000 0.061 1.000   NA
 5738396 5738397 CLL_A1203 CLL_A1204 engA   TRUE 0.960 3.000 0.068 1.000   NA
 5738397 5738398 CLL_A1204 CLL_A1205   spoIVA TRUE 0.631 149.000 0.060 NA   NA
 5738398 5738399 CLL_A1205 CLL_A1206 spoIVA   FALSE 0.177 160.000 0.000 NA   NA
 5738399 5738400 CLL_A1206 CLL_A1207   ansA FALSE 0.197 153.000 0.000 NA   NA
 5738400 5738401 CLL_A1207 CLL_A1208 ansA   FALSE 0.021 294.000 0.000 1.000   NA
 5738401 5738402 CLL_A1208 CLL_A1209     FALSE 0.008 429.000 0.000 NA   NA
 5738402 5738403 CLL_A1209 CLL_A1210     TRUE 0.966 14.000 0.189 NA   NA
 5738403 5738404 CLL_A1210 CLL_A1211   gmk TRUE 0.977 0.000 0.143 NA   NA
 5738404 5738405 CLL_A1211 CLL_A1212 gmk rpoZ TRUE 0.992 -19.000 0.471 1.000 N NA
 5738405 5738406 CLL_A1212 CLL_A1213 rpoZ coaBC TRUE 0.951 21.000 0.192 1.000 N NA
 5738406 5738407 CLL_A1213 CLL_A1214 coaBC priA TRUE 0.753 64.000 0.099 1.000 N NA
 5738407 5738408 CLL_A1214 CLL_A1215 priA def TRUE 0.881 13.000 0.010 1.000 N NA
 5738408 5738409 CLL_A1215 CLL_A1216 def fmt TRUE 0.977 14.000 0.009 0.027 Y NA
 5738409 5738410 CLL_A1216 CLL_A1217 fmt   TRUE 0.769 41.000 0.035 NA   NA
 5738410 5738411 CLL_A1217 CLL_A1218   sun TRUE 0.935 18.000 0.076 NA   NA
 5738411 5738412 CLL_A1218 CLL_A1219 sun   TRUE 0.959 15.000 0.135 1.000   NA
 5738412 5738413 CLL_A1219 CLL_A1220     TRUE 0.970 2.000 0.105 1.000   NA
 5738413 5738414 CLL_A1220 CLL_A1221     TRUE 0.997 2.000 0.704 1.000 Y NA
 5738414 5738415 CLL_A1221 CLL_A1222   rsgA TRUE 0.792 140.000 0.196 1.000   NA
 5738415 5738416 CLL_A1222 CLL_A1223 rsgA rpe TRUE 0.984 -6.000 0.213 1.000   NA
 5738416 5738417 CLL_A1223 CLL_A1224 rpe   TRUE 0.966 9.000 0.166 1.000 N NA
 5738419 5738420 CLL_A1226 CLL_A1227     TRUE 0.984 14.000 0.567 NA   NA
 5738420 5738421 CLL_A1227 CLL_A1228   recG TRUE 0.691 67.000 0.048 1.000   NA
 5738421 5738422 CLL_A1228 CLL_A1229 recG rsmD TRUE 0.881 63.000 0.016 1.000 Y NA
 5738422 5738423 CLL_A1229 CLL_A1230 rsmD coaD TRUE 0.983 3.000 0.367 1.000 N NA
 5738423 5738424 CLL_A1230 CLL_A1232 coaD   TRUE 0.939 12.000 0.055 NA   NA
 5738425 5738426 CLL_A1231 CLL_A1233 ylbJ   FALSE 0.273 206.000 0.036 NA   NA
 5738427 5738428 CLL_A1234 CLL_A1235 pta ackA TRUE 0.981 26.000 0.137 1.000 Y NA
 5738428 5738429 CLL_A1235 CLL_A1236 ackA   TRUE 0.681 130.000 0.061 NA   NA
 5738429 5738430 CLL_A1236 CLL_A1237   rpmF TRUE 0.989 3.000 0.599 NA   NA
 5738430 5738431 CLL_A1237 CLL_A1238 rpmF plsX TRUE 0.739 177.000 0.418 1.000 N NA
 5738431 5738432 CLL_A1238 CLL_A1239 plsX acpP TRUE 0.898 89.000 0.034 0.005 Y NA
 5738432 5738433 CLL_A1239 CLL_A1240 acpP rnc TRUE 0.696 119.000 0.068 1.000 N NA
 5738433 5738434 CLL_A1240 CLL_A1241 rnc   TRUE 0.992 -7.000 0.064 1.000 Y NA
 5738434 5738435 CLL_A1241 CLL_A1242   smc FALSE 0.082 289.000 0.027 1.000 N NA
 5738435 5738436 CLL_A1242 CLL_A1243 smc ftsY FALSE 0.525 194.000 0.165 0.017 N NA
 5738436 5738437 CLL_A1243 CLL_A1244 ftsY   FALSE 0.389 202.000 0.081 1.000   NA
 5738437 5738438 CLL_A1244 CLL_A1245   ffh TRUE 0.961 15.000 0.151 1.000   NA
 5738438 5738439 CLL_A1245 CLL_A1246 ffh rpsP TRUE 0.934 35.000 0.361 1.000 N NA
 5738439 5738440 CLL_A1246 CLL_A1247 rpsP   TRUE 0.915 50.000 0.385 1.000   NA
 5738440 5738441 CLL_A1247 CLL_A1248   rimM TRUE 0.868 76.000 0.324 1.000   NA
 5738441 5738442 CLL_A1248 CLL_A1249 rimM trmD TRUE 0.998 -10.000 0.672 1.000 Y NA
 5738442 5738443 CLL_A1249 CLL_A1250 trmD rplS TRUE 0.969 124.000 0.567 1.000 Y NA
 5738443 5738444 CLL_A1250 CLL_A1251 rplS   TRUE 0.642 114.000 0.027 1.000   NA
 5738444 5738445 CLL_A1251 CLL_A1252     TRUE 0.981 -7.000 0.148 1.000   NA
 5738447 5738448 CLL_A1254 CLL_A1255   dprA TRUE 0.906 20.000 0.053 1.000 N NA
 5738448 5738449 CLL_A1255 CLL_A1256 dprA topA TRUE 0.962 52.000 0.238 1.000 Y NA
 5738449 5738450 CLL_A1256 CLL_A1257 topA codY FALSE 0.282 194.000 0.025 1.000 N NA
 5738450 5738451 CLL_A1257 CLL_A1258 codY rpsB FALSE 0.118 232.000 0.006 1.000 N NA
 5738451 5738452 CLL_A1258 CLL_A1259 rpsB tsf TRUE 0.933 183.000 0.748 1.000 Y NA
 5738452 5738453 CLL_A1259 CLL_A1260 tsf pyrH TRUE 0.881 109.000 0.416 1.000 N NA
 5738453 5738454 CLL_A1260 CLL_A1261 pyrH frr TRUE 0.986 11.000 0.626 1.000 N NA
 5738454 5738455 CLL_A1261 CLL_A1262 frr uppS TRUE 0.877 101.000 0.409 1.000 N NA
 5738455 5738456 CLL_A1262 CLL_A1263 uppS cdsA TRUE 0.983 15.000 0.055 1.000 Y NA
 5738456 5738457 CLL_A1263 CLL_A1264 cdsA   FALSE 0.292 218.000 0.068 NA   NA
 5738457 5738458 CLL_A1264 CLL_A1265   dxr TRUE 0.637 51.000 0.008 NA   NA
 5738458 5738459 CLL_A1265 CLL_A1266 dxr rseP TRUE 0.923 7.000 0.029 1.000 N NA
 5738459 5738460 CLL_A1266 CLL_A1267 rseP ispG TRUE 0.914 12.000 0.029 1.000 N NA
 5738460 5738461 CLL_A1267 CLL_A1268 ispG polC TRUE 0.641 105.000 0.040 1.000 N NA
 5738461 5738462 CLL_A1268 CLL_A1269 polC   FALSE 0.131 284.000 0.059 NA   NA
 5738462 5738463 CLL_A1269 CLL_A1270   nusA TRUE 0.986 18.000 0.759 NA   NA
 5738463 5738464 CLL_A1270 CLL_A1271 nusA   TRUE 0.993 15.000 0.323 NA Y NA
 5738464 5738465 CLL_A1271 CLL_A1272     TRUE 0.989 -7.000 0.408 NA N NA
 5738465 5738466 CLL_A1272 CLL_A1273   infB TRUE 0.988 20.000 0.223 NA Y NA
 5738466 5738467 CLL_A1273 CLL_A1274 infB rbfA TRUE 0.995 14.000 0.530 1.000 Y NA
 5738467 5738468 CLL_A1274 CLL_A1275 rbfA   TRUE 0.979 0.000 0.173 1.000   NA
 5738468 5738469 CLL_A1275 CLL_A1276   truB TRUE 0.983 -3.000 0.221 1.000   NA
 5738469 5738470 CLL_A1276 CLL_A1277 truB ribF TRUE 0.970 17.000 0.308 1.000 N NA
 5738470 5738471 CLL_A1277 CLL_A1278 ribF rpsO TRUE 0.766 117.000 0.119 1.000 N NA
 5738471 5738472 CLL_A1278 CLL_A1279 rpsO   TRUE 0.959 81.000 0.335 1.000 Y NA
 5738472 5738473 CLL_A1279 CLL_A1280     FALSE 0.143 274.000 0.057 1.000   NA
 5738473 5738474 CLL_A1280 CLL_A1281     TRUE 0.766 69.000 0.104 NA   NA
 5738474 5738475 CLL_A1281 CLL_A1282     TRUE 0.789 123.000 0.148 NA   NA
 5738475 5738476 CLL_A1282 CLL_A1283   clpP TRUE 0.726 65.000 0.080 1.000 N NA
 5738476 5738477 CLL_A1283 CLL_A1284 clpP ftsK TRUE 0.640 120.000 0.042 1.000 N NA
 5738477 5738478 CLL_A1284 CLL_A1285 ftsK   TRUE 0.613 102.000 0.031 1.000 N NA
 5738478 5738479 CLL_A1285 CLL_A1286   pgsA TRUE 0.980 -16.000 0.132 1.000 N NA
 5738479 5738480 CLL_A1286 CLL_A1287 pgsA recA FALSE 0.399 169.000 0.022 1.000 N NA
 5738480 5738481 CLL_A1287 CLL_A1288 recA   FALSE 0.053 338.000 0.018 1.000   NA
 5738481 5738482 CLL_A1288 CLL_A1289     FALSE 0.514 148.000 0.016 NA   NA
 5738482 5738483 CLL_A1289 CLL_A1290     FALSE 0.568 127.000 0.015 NA   NA
 5738487 5738488 CLL_A1294 CLL_A1295   ribD FALSE 0.006 567.000 0.000 1.000   NA
 5738488 5738489 CLL_A1295 CLL_A1296 ribD ribE TRUE 0.994 15.000 0.456 1.000 Y NA
 5738489 5738490 CLL_A1296 CLL_A1297 ribE   FALSE 0.432 262.000 0.051 1.000 Y NA
 5738490 5738491 CLL_A1297 CLL_A1298   ribH TRUE 0.911 89.000 0.054 0.002 Y NA
 5738493 5738494 CLL_A1300 CLL_A1301     TRUE 0.981 6.000 0.375 1.000 N NA
 5738494 5738495 CLL_A1301 CLL_A1302     TRUE 0.951 78.000 0.250 1.000 Y NA
 5738495 5738496 CLL_A1302 CLL_A1303     TRUE 0.991 16.000 0.241 1.000 Y NA
 5738496 5738497 CLL_A1303 CLL_A1304     TRUE 0.657 162.000 0.128 1.000 N NA
 5738497 5738498 CLL_A1304 CLL_A1305     TRUE 0.957 17.000 0.140 1.000   NA
 5738498 5738499 CLL_A1305 CLL_A1306     TRUE 0.784 96.000 0.125 1.000   NA
 5738499 5738500 CLL_A1306 CLL_A1307     TRUE 0.709 118.000 0.059 1.000   NA
 5738502 5738503 CLL_A1309 CLL_A1310   gntK FALSE 0.010 335.000 0.000 1.000 N NA
 5738503 5738504 CLL_A1310 CLL_A1311 gntK   TRUE 0.934 25.000 0.000 1.000 Y NA
 5738504 5738505 CLL_A1311 CLL_A1312   gnd TRUE 0.830 52.000 0.000 1.000 Y NA
 5738505 5738506 CLL_A1312 CLL_A1313 gnd   FALSE 0.172 162.000 0.000 NA   NA
 5738506 5738507 CLL_A1313 CLL_A1314     FALSE 0.266 87.000 0.000 NA   NA
 5738509 5738510 CLL_A1316 CLL_A1317     FALSE 0.252 126.000 0.000 NA   NA
 5738510 5738511 CLL_A1317 CLL_A1318     FALSE 0.005 673.000 0.000 NA   NA
 5738511 5738512 CLL_A1318 CLL_A1319     FALSE 0.267 85.000 0.000 NA   NA
 5738512 5738513 CLL_A1319 CLL_A1320     FALSE 0.060 214.000 0.000 NA   NA
 5738517 5738518 CLL_A1324 CLL_A1325     FALSE 0.277 121.000 0.000 1.000   NA
 5738518 5738519 CLL_A1325 CLL_A1326     FALSE 0.041 243.000 0.000 1.000   NA
 5738519 5738520 CLL_A1326 CLL_A1327     FALSE 0.013 344.000 0.000 NA   NA
 5738524 5738525 CLL_A1331 CLL_A1333     TRUE 0.958 15.000 0.132 NA   NA
 5738528 5738529 CLL_A1335 CLL_A1336     FALSE 0.051 225.000 0.000 NA   NA
 5738529 5738530 CLL_A1336 CLL_A1337     FALSE 0.240 132.000 0.000 NA   NA
 5738533 5738534 CLL_A1340 CLL_A1341   map FALSE 0.052 568.000 0.000 1.000 Y NA
 5738534 5738535 CLL_A1341 CLL_A1342 map   FALSE 0.032 255.000 0.000 NA   NA
 5738535 5738536 CLL_A1342 CLL_A1343     FALSE 0.004 1528.000 0.000 NA   NA
 5738536 5738537 CLL_A1343 CLL_A1344     FALSE 0.264 120.000 0.000 NA   NA
 5738537 5738538 CLL_A1344 CLL_A1345     TRUE 0.991 11.000 0.900 NA   NA
 5738538 5738539 CLL_A1345 CLL_A1346     TRUE 0.738 7.000 0.000 NA   NA
 5738539 5738540 CLL_A1346 CLL_A1347     TRUE 0.833 -7.000 0.000 1.000   NA
 5738540 5738541 CLL_A1347 CLL_A1348     TRUE 0.808 -3.000 0.000 NA   NA
 5738541 5738542 CLL_A1348 CLL_A1349   thyA TRUE 0.917 1.000 0.003 NA   NA
 5738542 5738543 CLL_A1349 CLL_A1350 thyA   FALSE 0.414 38.000 0.000 NA   NA
 5738543 5738544 CLL_A1350 CLL_A1351     TRUE 0.914 18.000 0.041 NA   NA
 5738544 5738545 CLL_A1351 CLL_A1352     FALSE 0.322 130.000 0.000 0.002   NA
 5738545 5738546 CLL_A1352 CLL_A1353     TRUE 0.686 24.000 0.000 0.002   NA
 5738546 5738547 CLL_A1353 CLL_A1354     FALSE 0.148 169.000 0.000 NA   NA
 5738547 5738548 CLL_A1354 CLL_A1355     TRUE 0.689 15.000 0.000 NA   NA
 5738548 5738549 CLL_A1355 CLL_A1356     FALSE 0.013 338.000 0.000 NA   NA
 5738550 5738551 CLL_A1357 CLL_A1358     FALSE 0.026 269.000 0.000 NA   NA
 5738552 5738553 CLL_A1359 CLL_A1360     FALSE 0.006 571.000 0.000 1.000   NA
 5738553 5738554 CLL_A1360 CLL_A1361     FALSE 0.006 529.000 0.000 1.000   NA
 5738554 5738555 CLL_A1361 CLL_A1362     TRUE 0.992 22.000 0.429 0.014 Y NA
 5738555 5738556 CLL_A1362 CLL_A1363   lctP FALSE 0.208 272.000 0.000 1.000 Y NA
 5738556 5738557 CLL_A1363 CLL_A1364 lctP   TRUE 0.894 155.000 0.111 1.000 Y NA
 5738557 5738558 CLL_A1364 CLL_A1365     TRUE 0.650 174.000 0.182 0.010 N NA
 5738561 5738562 CLL_A1368 CLL_A1369     FALSE 0.388 46.000 0.000 1.000   NA
 5738562 5738563 CLL_A1369 CLL_A1370     TRUE 0.996 19.000 1.000 0.040 Y NA
 5738563 5738564 CLL_A1370 CLL_A1371     FALSE 0.024 251.000 0.000 1.000 N NA
 5738564 5738565 CLL_A1371 CLL_A1372     FALSE 0.289 110.000 0.000 1.000   NA
 5738566 5738567 CLL_A1373 CLL_A1374     TRUE 0.993 33.000 0.943 0.017 Y NA
 5738567 5738568 CLL_A1374 CLL_A1375     TRUE 0.996 20.000 0.812 0.017 Y NA
 5738568 5738569 CLL_A1375 CLL_A1376     TRUE 0.678 204.000 0.583 NA   NA
 5738569 5738570 CLL_A1376 CLL_A1377     FALSE 0.013 347.000 0.000 NA   NA
 5738570 5738571 CLL_A1377 CLL_A1378     FALSE 0.273 66.000 0.000 NA   NA
 5738571 5738572 CLL_A1378 CLL_A1379     FALSE 0.072 190.000 0.000 1.000 N NA
 5738572 5738573 CLL_A1379 CLL_A1380     TRUE 0.994 -15.000 0.079 1.000 Y NA
 5738573 5738574 CLL_A1380 CLL_A1381     TRUE 0.889 53.000 0.333 1.000 N NA
 5738574 5738575 CLL_A1381 CLL_A1382     TRUE 0.987 7.000 0.600 1.000 N NA
 5738575 5738576 CLL_A1382 CLL_A1383     TRUE 0.752 5.000 0.000 NA   NA
 5738576 5738577 CLL_A1383 CLL_A1384     TRUE 0.586 25.000 0.000 NA   NA
 5738579 5738580 CLL_A1386 CLL_A1387     TRUE 0.854 144.000 0.455 1.000 N NA
 5738580 5738581 CLL_A1387 CLL_A1388     TRUE 0.997 -10.000 0.455 1.000 Y NA
 5738581 5738582 CLL_A1388 CLL_A1389   modA FALSE 0.016 286.000 0.000 1.000 N NA
 5738582 5738583 CLL_A1389 CLL_A1390 modA   TRUE 0.940 43.000 0.556 1.000 N NA
 5738583 5738584 CLL_A1390 CLL_A1391     TRUE 0.619 21.000 0.000 0.024 N NA
 5738584 5738585 CLL_A1391 CLL_A1392     TRUE 0.616 22.000 0.000 NA   NA
 5738585 5738586 CLL_A1392 CLL_A1393     FALSE 0.019 298.000 0.000 NA   NA
 5738586 5738587 CLL_A1393 CLL_A1394   ade FALSE 0.014 330.000 0.000 NA   NA
 5738588 5738589 CLL_A1395 CLL_A1396 asnB   FALSE 0.005 689.000 0.000 NA   NA
 5738590 5738591 CLL_A1397 CLL_A1398     FALSE 0.246 129.000 0.000 NA   NA
 5738591 5738592 CLL_A1398 CLL_A1399     FALSE 0.004 953.000 0.000 NA   NA
 5738593 5738594 CLL_A1400 CLL_A1401     FALSE 0.007 467.000 0.000 NA   NA
 5738595 5738596 CLL_A1402 CLL_A1403     TRUE 0.993 -19.000 0.061 1.000 Y NA
 5738596 5738597 CLL_A1403 CLL_A1404     TRUE 0.987 16.000 0.119 1.000 Y NA
 5738597 5738598 CLL_A1404 CLL_A1405     TRUE 0.679 57.000 0.030 NA   NA
 5738598 5738599 CLL_A1405 CLL_A1406     FALSE 0.025 274.000 0.000 NA   NA
 5738599 5738600 CLL_A1406 CLL_A1407     TRUE 0.910 109.000 0.625 1.000 N NA
 5738600 5738601 CLL_A1407 CLL_A1408     TRUE 0.994 -7.000 0.778 NA   NA
 5738601 5738602 CLL_A1408 CLL_A1409     TRUE 0.905 97.000 0.556 NA   NA
 5738602 5738603 CLL_A1409 CLL_A1410     TRUE 0.650 25.000 0.000 0.086   NA
 5738603 5738604 CLL_A1410 CLL_A1411     FALSE 0.008 449.000 0.000 1.000   NA
 5738604 5738605 CLL_A1411 CLL_A1412     TRUE 0.967 20.000 0.333 1.000 N NA
 5738605 5738606 CLL_A1412 CLL_A1413     FALSE 0.005 785.000 0.000 NA   NA
 5738606 5738607 CLL_A1413 CLL_A1414     FALSE 0.165 164.000 0.000 NA   NA
 5738607 5738608 CLL_A1414 CLL_A1415     FALSE 0.104 186.000 0.000 NA   NA
 5738608 5738609 CLL_A1415 CLL_A1416     FALSE 0.015 324.000 0.000 NA   NA
 5738609 5738610 CLL_A1416 CLL_A1417     TRUE 0.965 -28.000 0.032 NA   NA
 5738610 5738611 CLL_A1417 CLL_A1418     FALSE 0.009 395.000 0.000 NA   NA
 5738611 5738612 CLL_A1418 CLL_A1419     FALSE 0.349 49.000 0.000 NA   NA
 5738612 5738613 CLL_A1419 CLL_A1420     FALSE 0.019 296.000 0.000 NA   NA
 5738613 5738614 CLL_A1420 CLL_A1421     TRUE 0.777 120.000 0.000 NA Y NA
 5738614 5738615 CLL_A1421 CLL_A1422     FALSE 0.273 66.000 0.000 NA   NA
 5738615 5738616 CLL_A1422 CLL_A1424     FALSE 0.313 55.000 0.000 NA   NA
 5738616 5738617 CLL_A1424 CLL_A1425     TRUE 0.735 8.000 0.000 NA   NA
 5738617 5738618 CLL_A1425 CLL_A1426     FALSE 0.006 491.000 0.000 NA   NA
 5738618 5738619 CLL_A1426 CLL_A1427   mgtA FALSE 0.048 861.000 0.000 0.003 Y NA
 5738619 5738620 CLL_A1427 CLL_A1428 mgtA   FALSE 0.009 401.000 0.000 1.000   NA
 5738620 5738621 CLL_A1428 CLL_A1429     FALSE 0.013 340.000 0.000 NA   NA
 5738621 5738622 CLL_A1429 CLL_A1430     TRUE 0.795 0.000 0.000 NA   NA
 5738622 5738623 CLL_A1430 CLL_A1431     FALSE 0.076 200.000 0.000 NA   NA
 5738623 5738624 CLL_A1431 CLL_A1432     FALSE 0.244 130.000 0.000 NA   NA
 5738624 5738625 CLL_A1432 CLL_A1433     FALSE 0.006 547.000 0.000 1.000   NA
 5738625 5738626 CLL_A1433 CLL_A1434     FALSE 0.006 395.000 0.000 1.000 N NA
 5738626 5738627 CLL_A1434 CLL_A1435   fprA TRUE 0.952 37.000 0.571 0.040 N NA
 5738627 5738628 CLL_A1435 CLL_A1436 fprA   FALSE 0.007 387.000 0.000 1.000 N NA
 5738628 5738629 CLL_A1436 CLL_A1437     TRUE 0.722 11.000 0.000 NA   NA
 5738630 5738631 CLL_A1439 CLL_A1440     FALSE 0.254 125.000 0.000 NA   NA
 5738632 5738633 CLL_A1441 CLL_A1442     FALSE 0.313 124.000 0.000 0.055   NA
 5738633 5738634 CLL_A1442 CLL_A1443     FALSE 0.014 329.000 0.000 NA   NA
 5738634 5738635 CLL_A1443 CLL_A1444     FALSE 0.044 234.000 0.000 NA   NA
 5738635 5738636 CLL_A1444 CLL_A1445     FALSE 0.009 421.000 0.000 1.000   NA
 5738636 5738637 CLL_A1445 CLL_A1446     FALSE 0.086 181.000 0.000 1.000 N NA
 5738637 5738638 CLL_A1446 CLL_A1447     FALSE 0.046 498.000 0.094 1.000 N NA
 5738638 5738639 CLL_A1447 CLL_A1448     FALSE 0.005 580.000 0.000 NA   NA
 5738639 5738640 CLL_A1448 CLL_A1449     TRUE 0.993 0.000 0.810 NA   NA
 5738640 5738641 CLL_A1449 CLL_A1450     TRUE 0.958 25.000 0.286 NA   NA
 5738641 5738642 CLL_A1450 CLL_A1451     TRUE 0.972 27.000 0.571 NA   NA
 5738642 5738643 CLL_A1451 CLL_A1452     TRUE 0.900 76.000 0.500 NA   NA
 5738643 5738644 CLL_A1452 CLL_A1453     TRUE 0.968 56.000 0.370 1.000 Y NA
 5738644 5738645 CLL_A1453 CLL_A1454     TRUE 0.871 168.000 0.815 0.004 N NA
 5738645 5738646 CLL_A1454 CLL_A1455     TRUE 0.924 40.000 0.375 1.000 N NA
 5738646 5738647 CLL_A1455 CLL_A1456     TRUE 0.986 -3.000 0.003 1.000 Y NA
 5738647 5738648 CLL_A1456 CLL_A1457     TRUE 0.974 0.000 0.000 NA Y NA
 5738648 5738649 CLL_A1457 CLL_A1458     TRUE 0.998 -18.000 0.615 NA Y NA
 5738649 5738650 CLL_A1458 CLL_A1459     TRUE 0.980 16.000 0.444 NA   NA
 5738650 5738651 CLL_A1459 CLL_A1460     TRUE 0.988 -3.000 0.389 NA   NA
 5738651 5738652 CLL_A1460 CLL_A1461     TRUE 0.994 18.000 0.500 NA Y NA
 5738652 5738653 CLL_A1461 CLL_A1462     TRUE 0.998 2.000 0.833 NA Y NA
 5738653 5738654 CLL_A1462 CLL_A1463     TRUE 0.897 58.000 0.455 NA N NA
 5738654 5738655 CLL_A1463 CLL_A1464     TRUE 0.980 23.000 0.750 NA N NA
 5738655 5738656 CLL_A1464 CLL_A1465     TRUE 0.986 39.000 0.692 NA Y NA
 5738656 5738657 CLL_A1465 CLL_A1466     TRUE 0.992 1.000 0.769 NA N NA
 5738657 5738658 CLL_A1466 CLL_A1467     TRUE 0.915 57.000 0.500 NA   NA
 5738658 5738659 CLL_A1467 CLL_A1468     FALSE 0.026 269.000 0.000 NA   NA
 5738659 5738660 CLL_A1468 CLL_A1469     FALSE 0.007 502.000 0.000 1.000   NA
 5738660 5738661 CLL_A1469 CLL_A1470   hypB FALSE 0.009 423.000 0.000 1.000   NA
 5738661 5738662 CLL_A1470 CLL_A1471 hypB   TRUE 0.933 22.000 0.115 1.000 N NA
 5738662 5738663 CLL_A1471 CLL_A1472     TRUE 0.875 109.000 0.333 1.000   NA
 5738663 5738664 CLL_A1472 CLL_A1473     FALSE 0.356 51.000 0.000 1.000   NA
 5738664 5738665 CLL_A1473 CLL_A1474     TRUE 0.975 0.000 0.000 1.000 Y NA
 5738665 5738666 CLL_A1474 CLL_A1475     TRUE 0.997 0.000 0.625 1.000 Y NA
 5738666 5738667 CLL_A1475 CLL_A1476     FALSE 0.101 188.000 0.000 NA   NA
 5738669 5738670 CLL_A1478 CLL_A1479     FALSE 0.172 162.000 0.000 NA   NA
 5738672 5738673 CLL_A1481 CLL_A1482     TRUE 0.921 22.000 0.085 1.000 N NA
 5738673 5738674 CLL_A1482 CLL_A1483     TRUE 0.977 137.000 0.932 1.000 Y NA
 5738678 5738679 CLL_A1487 CLL_A1488     FALSE 0.031 257.000 0.000 NA   NA
 5738679 5738680 CLL_A1488 CLL_A1489     FALSE 0.268 82.000 0.000 NA   NA
 5738680 5738681 CLL_A1489 CLL_A1490     FALSE 0.168 163.000 0.000 NA   NA
 5738681 5738682 CLL_A1490 CLL_A1491     FALSE 0.008 412.000 0.000 NA   NA
 5738686 5738687 CLL_A1495 CLL_A1496     FALSE 0.317 54.000 0.000 NA   NA
 5738687 5738688 CLL_A1496 CLL_A1497     FALSE 0.229 139.000 0.000 NA   NA
 5738688 5738689 CLL_A1497 CLL_A1498     FALSE 0.011 319.000 0.000 1.000 N NA
 5738689 5738690 CLL_A1498 CLL_A1499     FALSE 0.265 287.000 0.286 0.016 N NA
 5738690 5738691 CLL_A1499 CLL_A1500     TRUE 0.994 23.000 0.600 0.009 Y NA
 5738691 5738692 CLL_A1500 CLL_A1501     TRUE 0.971 83.000 0.600 NA Y NA
 5738692 5738693 CLL_A1501 CLL_A1502     TRUE 0.989 -3.000 0.400 NA   NA
 5738693 5738694 CLL_A1502 CLL_A1503     TRUE 0.809 47.000 0.071 1.000   NA
 5738694 5738695 CLL_A1503 CLL_A1504     FALSE 0.009 401.000 0.000 NA   NA
 5738695 5738696 CLL_A1504 CLL_A1505     FALSE 0.273 66.000 0.000 NA   NA
 5738696 5738697 CLL_A1505 CLL_A1506     TRUE 0.996 -10.000 0.256 1.000 Y NA
 5738697 5738698 CLL_A1506 CLL_A1507     FALSE 0.434 36.000 0.000 NA   NA
 5738700 5738701 CLL_A1509 CLL_A1510     FALSE 0.004 566.000 0.000 1.000 N NA
 5738703 5738704 CLL_A1512 CLL_A1513     TRUE 0.959 5.000 0.079 0.004 N NA
 5738704 5738705 CLL_A1513 CLL_A1514     TRUE 0.629 13.000 0.000 1.000 N NA
 5738706 5738707 CLL_A1515 CLL_A1516     FALSE 0.204 120.000 0.000 1.000 N NA
 5738707 5738708 CLL_A1516 CLL_A1517     FALSE 0.013 342.000 0.000 NA   NA
 5738709 5738710 CLL_A1518 CLL_A1519     TRUE 0.783 88.000 0.000 1.000 Y NA
 5738710 5738711 CLL_A1519 CLL_A1520     FALSE 0.419 40.000 0.000 1.000   NA
 5738711 5738712 CLL_A1520 CLL_A1521     FALSE 0.007 456.000 0.000 NA   NA
 5738712 5738713 CLL_A1521 CLL_A1522     FALSE 0.273 110.000 0.000 NA   NA
 5738713 5738714 CLL_A1522 CLL_A1523     FALSE 0.006 491.000 0.000 NA   NA
 5738714 5738715 CLL_A1523 CLL_A1524     FALSE 0.225 141.000 0.000 NA   NA
 5738715 5738716 CLL_A1524 CLL_A1525     FALSE 0.015 322.000 0.000 NA   NA
 5738718 5738719 CLL_A1527 CLL_A1528 rbsK   TRUE 0.983 6.000 0.020 1.000 Y NA
 5738719 5738720 CLL_A1528 CLL_A1529     TRUE 0.993 15.000 0.337 1.000 Y NA
 5738720 5738721 CLL_A1529 CLL_A1530     TRUE 0.994 17.000 0.504 1.000 Y NA
 5738721 5738722 CLL_A1530 CLL_A1531     TRUE 0.932 25.000 0.000 NA Y NA
 5738722 5738723 CLL_A1531 CLL_A1532     FALSE 0.238 52.000 0.000 NA N NA
 5738724 5738725 CLL_A1533 CLL_A1534   pcp TRUE 0.949 0.000 0.029 NA   NA
 5738725 5738726 CLL_A1534 CLL_A1535 pcp   FALSE 0.102 475.000 0.300 NA   NA
 5738726 5738727 CLL_A1535 CLL_A1536     TRUE 0.987 19.000 0.939 NA   NA
 5738728 5738729 CLL_A1537 CLL_A1538     TRUE 0.914 78.000 0.071 1.000 Y NA
 5738729 5738730 CLL_A1538 CLL_A1539     FALSE 0.216 268.000 0.000 1.000 Y NA
 5738730 5738731 CLL_A1539 CLL_A1540     TRUE 0.979 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 5738731 5738732 CLL_A1540 CLL_A1541     FALSE 0.114 185.000 0.000 1.000   NA
 5738732 5738733 CLL_A1541 CLL_A1542     FALSE 0.261 121.000 0.000 NA   NA
 5738733 5738734 CLL_A1542 CLL_A1543     FALSE 0.040 241.000 0.000 NA   NA
 5738736 5738737 CLL_A1545 CLL_A1546     TRUE 0.940 94.000 1.000 NA   NA
 5738737 5738738 CLL_A1546 CLL_A1547     FALSE 0.309 56.000 0.000 NA   NA
 5738738 5738739 CLL_A1547 CLL_A1548     FALSE 0.262 96.000 0.000 NA   NA
 5738739 5738740 CLL_A1548 CLL_A1549     TRUE 0.754 17.000 0.000 0.001   NA
 5738740 5738741 CLL_A1549 CLL_A1550     FALSE 0.447 35.000 0.000 NA   NA
 5738741 5738742 CLL_A1550 CLL_A1551     FALSE 0.268 83.000 0.000 NA   NA
 5738744 5738745 CLL_A1553 CLL_A1554     TRUE 0.966 -10.000 0.046 NA   NA
 5738745 5738746 CLL_A1554 CLL_A1555     TRUE 0.696 14.000 0.000 NA   NA
 5738746 5738747 CLL_A1555 CLL_A1556     FALSE 0.154 167.000 0.000 NA   NA
 5738748 5738749 CLL_A1557 CLL_A1558     TRUE 0.974 19.000 0.386 NA   NA
 5738750 5738751 CLL_A1559 CLL_A1560     FALSE 0.057 216.000 0.000 NA   NA
 5738753 5738754 CLL_A1562 CLL_A1563     FALSE 0.210 153.000 0.000 1.000   NA
 5738754 5738755 CLL_A1563 CLL_A1564     FALSE 0.014 326.000 0.000 NA   NA
 5738755 5738756 CLL_A1564 CLL_A1565     FALSE 0.102 187.000 0.000 NA   NA
 5738757 5738758 CLL_A1566 CLL_A1567     FALSE 0.264 99.000 0.000 NA   NA
 5738759 5738760 CLL_A1568 CLL_A1569     FALSE 0.232 144.000 0.000 1.000   NA
 5738760 5738761 CLL_A1569 CLL_A1570     FALSE 0.058 222.000 0.000 1.000   NA
 5738764 5738765 CLL_A1573 CLL_A1574 alr   TRUE 0.884 127.000 0.500 1.000 N NA
 5738766 5738767 CLL_A1575 CLL_A1576     FALSE 0.218 144.000 0.000 NA   NA
 5738767 5738768 CLL_A1576 CLL_A1577     TRUE 0.681 16.000 0.000 NA   NA
 5738768 5738769 CLL_A1577 CLL_A1578     FALSE 0.137 172.000 0.000 NA   NA
 5738771 5738772 CLL_A1580 CLL_A1581 udp   TRUE 0.585 177.000 0.000 1.000 Y NA
 5738772 5738773 CLL_A1581 CLL_A1582   deoB FALSE 0.488 183.000 0.093 1.000 N NA
 5738773 5738774 CLL_A1582 CLL_A1583 deoB   TRUE 0.789 111.000 0.000 1.000 Y NA
 5738774 5738775 CLL_A1583 CLL_A1584     TRUE 0.964 13.000 0.000 0.002 Y NA
 5738775 5738776 CLL_A1584 CLL_A1585   deoD FALSE 0.206 73.000 0.000 1.000 N NA
 5738776 5738777 CLL_A1585 CLL_A1586 deoD   FALSE 0.092 177.000 0.000 1.000 N NA
 5738777 5738778 CLL_A1586 CLL_A1587     FALSE 0.006 535.000 0.000 NA   NA
 5738778 5738779 CLL_A1587 CLL_A1588     FALSE 0.011 359.000 0.000 NA   NA
 5738781 5738782 CLL_A1590 CLL_A1591     FALSE 0.007 488.000 0.000 1.000   NA
 5738782 5738783 CLL_A1591 CLL_A1592     FALSE 0.542 28.000 0.000 NA   NA
 5738783 5738784 CLL_A1592 CLL_A1593     TRUE 0.990 7.000 0.750 NA   NA
 5738784 5738785 CLL_A1593 CLL_A1594     TRUE 0.814 37.000 0.036 0.009   NA
 5738785 5738786 CLL_A1594 CLL_A1595     FALSE 0.006 512.000 0.000 1.000   NA
 5738786 5738787 CLL_A1595 CLL_A1596     FALSE 0.024 595.000 0.039 1.000 N NA
 5738787 5738788 CLL_A1596 CLL_A1597     FALSE 0.268 83.000 0.000 NA   NA
 5738788 5738789 CLL_A1597 CLL_A1598     FALSE 0.010 375.000 0.000 NA   NA
 5738789 5738790 CLL_A1598 CLL_A1599     TRUE 0.827 67.000 0.200 NA   NA
 5738790 5738791 CLL_A1599 CLL_A1600     TRUE 0.977 14.000 0.333 NA   NA
 5738791 5738792 CLL_A1600 CLL_A1601     FALSE 0.012 357.000 0.000 NA   NA
 5738792 5738793 CLL_A1601 CLL_A1602     TRUE 0.690 49.000 0.019 NA   NA
 5738793 5738794 CLL_A1602 CLL_A1603     TRUE 0.986 14.000 0.667 NA   NA
 5738794 5738795 CLL_A1603 CLL_A1604     TRUE 0.985 6.000 0.429 NA   NA
 5738795 5738796 CLL_A1604 CLL_A1605     TRUE 0.987 30.000 0.429 1.000 Y NA
 5738796 5738797 CLL_A1605 CLL_A1606     TRUE 0.992 -7.000 0.556 NA   NA
 5738797 5738798 CLL_A1606 CLL_A1607     TRUE 0.992 -3.000 0.625 NA   NA
 5738798 5738799 CLL_A1607 CLL_A1608     TRUE 0.863 108.000 0.300 NA   NA
 5738799 5738800 CLL_A1608 CLL_A1609     FALSE 0.006 528.000 0.000 NA   NA
 5738800 5738801 CLL_A1609 CLL_A1610     TRUE 0.661 18.000 0.000 NA   NA
 5738801 5738802 CLL_A1610 CLL_A1611     TRUE 0.972 29.000 0.667 NA   NA
 5738802 5738803 CLL_A1611 CLL_A1612     TRUE 0.984 25.000 1.000 NA   NA
 5738803 5738804 CLL_A1612 CLL_A1613     TRUE 0.988 19.000 1.000 NA   NA
 5738804 5738805 CLL_A1613 CLL_A1614     TRUE 0.994 0.000 1.000 NA   NA
 5738805 5738806 CLL_A1614 CLL_A1615     TRUE 0.991 2.000 0.667 NA   NA
 5738806 5738807 CLL_A1615 CLL_A1616     TRUE 0.948 29.000 0.286 NA   NA
 5738807 5738808 CLL_A1616 CLL_A1617     TRUE 0.635 20.000 0.000 NA   NA
 5738808 5738809 CLL_A1617 CLL_A1618     TRUE 0.769 3.000 0.000 NA   NA
 5738809 5738810 CLL_A1618 CLL_A1619     FALSE 0.005 710.000 0.000 NA   NA
 5738810 5738811 CLL_A1619 CLL_A1620     FALSE 0.298 58.000 0.000 NA   NA
 5738811 5738812 CLL_A1620 CLL_A1621     TRUE 0.647 19.000 0.000 NA   NA
 5738812 5738813 CLL_A1621 CLL_A1622     FALSE 0.007 473.000 0.000 NA   NA
 5738813 5738814 CLL_A1622 CLL_A1623     TRUE 0.744 6.000 0.000 NA   NA
 5738814 5738815 CLL_A1623 CLL_A1624     FALSE 0.005 653.000 0.000 NA   NA
 5738815 5738816 CLL_A1624 CLL_A1625     FALSE 0.183 158.000 0.000 NA   NA
 5738816 5738817 CLL_A1625 CLL_A1626     FALSE 0.248 128.000 0.000 NA   NA
 5738817 5738818 CLL_A1626 CLL_A1627     FALSE 0.022 285.000 0.000 NA   NA
 5738818 5738819 CLL_A1627 CLL_A1628     TRUE 0.958 27.000 0.333 NA   NA
 5738819 5738820 CLL_A1628 CLL_A1629     FALSE 0.082 196.000 0.000 NA   NA
 5738820 5738821 CLL_A1629 CLL_A1630     FALSE 0.266 87.000 0.000 NA   NA
 5738821 5738822 CLL_A1630 CLL_A1631     FALSE 0.007 458.000 0.000 NA   NA
 5738822 5738823 CLL_A1631 CLL_A1632     TRUE 0.808 -3.000 0.000 NA   NA
 5738823 5738824 CLL_A1632 CLL_A1633     FALSE 0.192 155.000 0.000 NA   NA
 5738824 5738825 CLL_A1633 CLL_A1634     FALSE 0.006 491.000 0.000 NA   NA
 5738825 5738826 CLL_A1634 CLL_A1635     FALSE 0.266 74.000 0.000 NA   NA
 5738826 5738827 CLL_A1635 CLL_A1636     FALSE 0.015 325.000 0.000 NA   NA
 5738827 5738828 CLL_A1636 CLL_A1637     FALSE 0.004 1021.000 0.000 NA   NA
 5738828 5738829 CLL_A1637 CLL_A1638     FALSE 0.068 206.000 0.000 NA   NA
 5738829 5738830 CLL_A1638 CLL_A1639     FALSE 0.148 169.000 0.000 NA   NA
 5738830 5738831 CLL_A1639 CLL_A1640     TRUE 0.586 25.000 0.000 NA   NA
 5738831 5738832 CLL_A1640 CLL_A1641     FALSE 0.011 363.000 0.000 NA   NA
 5738832 5738833 CLL_A1641 CLL_A1642     FALSE 0.266 72.000 0.000 NA   NA
 5738833 5738834 CLL_A1642 CLL_A1643     TRUE 0.752 5.000 0.000 NA   NA
 5738834 5738835 CLL_A1643 CLL_A1644     FALSE 0.005 689.000 0.000 NA   NA
 5738835 5738836 CLL_A1644 CLL_A1645     FALSE 0.244 130.000 0.000 NA   NA
 5738836 5738837 CLL_A1645 CLL_A1646     FALSE 0.322 53.000 0.000 NA   NA
 5738837 5738838 CLL_A1646 CLL_A1647     FALSE 0.484 32.000 0.000 NA   NA
 5738838 5738839 CLL_A1647 CLL_A1648     FALSE 0.027 267.000 0.000 NA   NA
 5738839 5738840 CLL_A1648 CLL_A1649     FALSE 0.005 577.000 0.000 NA   NA
 5738840 5738841 CLL_A1649 CLL_A1650     TRUE 0.713 12.000 0.000 NA   NA
 5738841 5738842 CLL_A1650 CLL_A1651     TRUE 0.571 26.000 0.000 NA   NA
 5738842 5738843 CLL_A1651 CLL_A1653     FALSE 0.270 117.000 0.000 NA   NA
 5738845 5738846 CLL_A1654 CLL_A1655     TRUE 0.851 -37.000 0.000 NA   NA
 5738846 5738847 CLL_A1655 CLL_A1656     FALSE 0.009 398.000 0.000 NA   NA
 5738847 5738848 CLL_A1656 CLL_A1657     TRUE 0.656 10.000 0.000 1.000 N NA
 5738848 5738849 CLL_A1657 CLL_A1658     FALSE 0.133 177.000 0.000 1.000   NA
 5738849 5738850 CLL_A1658 CLL_A1659     TRUE 0.645 172.000 0.154 1.000   NA
 5738850 5738851 CLL_A1659 CLL_A1660     TRUE 0.715 104.000 0.078 1.000 N NA
 5738851 5738852 CLL_A1660 CLL_A1661     FALSE 0.375 45.000 0.000 NA   NA
 5738854 5738855 CLL_A1663 CLL_A1664     TRUE 0.883 -13.000 0.000 0.003   NA
 5738855 5738856 CLL_A1664 CLL_A1665     FALSE 0.192 159.000 0.000 1.000   NA
 5738856 5738857 CLL_A1665 CLL_A1666   gshAB FALSE 0.012 310.000 0.000 1.000 N NA
 5738857 5738858 CLL_A1666 CLL_A1667 gshAB   FALSE 0.019 268.000 0.000 1.000 N NA
 5738859 5738860 CLL_A1668 CLL_A1669     FALSE 0.073 202.000 0.000 NA   NA
 5738861 5738862 CLL_A1670 CLL_A1671     FALSE 0.008 426.000 0.000 NA   NA
 5738862 5738863 CLL_A1671 CLL_A1672     TRUE 0.966 -13.000 0.041 NA   NA
 5738863 5738864 CLL_A1672 CLL_A1673     TRUE 0.991 -16.000 0.419 1.000 N NA
 5738864 5738865 CLL_A1673 CLL_A1674     TRUE 0.972 -19.000 0.058 NA   NA
 5738867 5738868 CLL_A1676 CLL_A1677   rluB FALSE 0.011 359.000 0.000 NA   NA
 5738868 5738869 CLL_A1677 CLL_A1678 rluB   FALSE 0.332 174.000 0.013 1.000 N NA
 5738869 5738870 CLL_A1678 CLL_A1679     FALSE 0.491 130.000 0.009 1.000 N NA
 5738870 5738871 CLL_A1679 CLL_A1680     TRUE 0.857 19.000 0.006 NA   NA
 5738871 5738872 CLL_A1680 CLL_A1681     FALSE 0.017 309.000 0.000 NA   NA
 5738872 5738873 CLL_A1681 CLL_A1682     TRUE 0.982 -22.000 0.000 1.000 Y NA
 5738873 5738874 CLL_A1682 CLL_A1683     FALSE 0.227 146.000 0.000 1.000   NA
 5738874 5738875 CLL_A1683 CLL_A1684     FALSE 0.344 50.000 0.000 NA   NA
 5738875 5738876 CLL_A1684 CLL_A1685     FALSE 0.266 75.000 0.000 NA   NA
 5738876 5738877 CLL_A1685 CLL_A1686     FALSE 0.028 265.000 0.000 NA   NA
 5738877 5738878 CLL_A1686 CLL_A1687     FALSE 0.093 192.000 0.000 NA   NA
 5738878 5738879 CLL_A1687 CLL_A1688   topB FALSE 0.026 271.000 0.000 NA   NA
 5738879 5738880 CLL_A1688 CLL_A1689 topB   FALSE 0.011 359.000 0.000 NA   NA
 5738880 5738881 CLL_A1689 CLL_A1690     FALSE 0.349 49.000 0.000 NA   NA
 5738881 5738882 CLL_A1690 CLL_A1691     FALSE 0.261 95.000 0.000 NA   NA
 5738882 5738883 CLL_A1691 CLL_A1692     FALSE 0.012 348.000 0.000 NA   NA
 5738883 5738884 CLL_A1692 CLL_A1693     TRUE 0.728 10.000 0.000 NA   NA
 5738884 5738885 CLL_A1693 CLL_A1694     FALSE 0.189 129.000 0.000 1.000 N NA
 5738885 5738886 CLL_A1694 CLL_A1695     FALSE 0.013 304.000 0.000 1.000 N NA
 5738886 5738887 CLL_A1695 CLL_A1696     FALSE 0.010 335.000 0.000 1.000 N NA
 5738887 5738888 CLL_A1696 CLL_A1697   xpt TRUE 0.987 3.000 0.032 1.000 Y NA
 5738888 5738889 CLL_A1697 CLL_A1698 xpt   FALSE 0.006 410.000 0.000 1.000 N NA
 5738889 5738890 CLL_A1698 CLL_A1699   pyc FALSE 0.003 704.000 0.000 1.000 N NA
 5738890 5738891 CLL_A1699 CLL_A1700 pyc amyX FALSE 0.179 137.000 0.000 1.000 N NA
 5738891 5738892 CLL_A1700 CLL_A1701 amyX   FALSE 0.009 342.000 0.000 1.000 N NA
 5738892 5738893 CLL_A1701 CLL_A1702   tyrS FALSE 0.003 1051.000 0.000 1.000 N NA
 5738893 5738894 CLL_A1702 CLL_A1703 tyrS   FALSE 0.207 71.000 0.000 1.000 N NA
 5738894 5738895 CLL_A1703 CLL_A1704     FALSE 0.354 36.000 0.000 1.000 N NA
 5738896 5738897 CLL_A1705 CLL_A1706     FALSE 0.012 353.000 0.000 NA   NA
 5738898 5738899 CLL_A1707 CLL_A1708   galE FALSE 0.200 157.000 0.000 1.000   NA
 5738899 5738900 CLL_A1708 CLL_A1709 galE   FALSE 0.006 500.000 0.000 NA   NA
 5738900 5738901 CLL_A1709 CLL_A1710     FALSE 0.244 130.000 0.000 NA   NA
 5738901 5738902 CLL_A1710 CLL_A1711     FALSE 0.268 83.000 0.000 NA   NA
 5738902 5738903 CLL_A1711 CLL_A1712     FALSE 0.007 445.000 0.000 NA   NA
 5738903 5738904 CLL_A1712 CLL_A1713     FALSE 0.197 153.000 0.000 NA   NA
 5738904 5738905 CLL_A1713 CLL_A1714     TRUE 0.843 -16.000 0.000 NA   NA
 5738905 5738906 CLL_A1714 CLL_A1715     TRUE 0.713 12.000 0.000 NA   NA
 5738906 5738907 CLL_A1715 CLL_A1716     TRUE 0.957 22.000 0.230 NA   NA
 5738907 5738908 CLL_A1716 CLL_A1717     FALSE 0.194 154.000 0.000 NA   NA
 5738908 5738909 CLL_A1717 CLL_A1718     TRUE 0.983 16.000 0.569 NA   NA
 5738909 5738910 CLL_A1718 CLL_A1719     FALSE 0.022 286.000 0.000 NA   NA
 5738910 5738911 CLL_A1719 CLL_A1720     FALSE 0.066 456.000 0.000 1.000 Y NA
 5738911 5738912 CLL_A1720 CLL_A1721     TRUE 0.963 11.000 0.000 1.000 Y NA
 5738912 5738913 CLL_A1721 CLL_A1722     TRUE 0.917 29.000 0.000 1.000 Y NA
 5738913 5738914 CLL_A1722 CLL_A1723     FALSE 0.008 355.000 0.000 1.000 N NA
 5738914 5738915 CLL_A1723 CLL_A1724     TRUE 0.983 7.000 0.400 NA   NA
 5738915 5738916 CLL_A1724 CLL_A1725     TRUE 0.804 152.000 0.286 NA   NA
 5738916 5738917 CLL_A1725 CLL_A1726     FALSE 0.298 40.000 0.000 NA N NA
 5738917 5738918 CLL_A1726 CLL_A1727     FALSE 0.006 512.000 0.000 NA   NA
 5738918 5738919 CLL_A1727 CLL_A1728     FALSE 0.019 299.000 0.000 NA   NA
 5738919 5738920 CLL_A1728 CLL_A1729     FALSE 0.273 111.000 0.000 NA   NA
 5738920 5738921 CLL_A1729 CLL_A1730     FALSE 0.020 267.000 0.000 1.000 N NA
 5738921 5738922 CLL_A1730 CLL_A1731     FALSE 0.015 325.000 0.000 NA   NA
 5738922 5738923 CLL_A1731 CLL_A1732   xth FALSE 0.006 490.000 0.000 NA   NA
 5738923 5738924 CLL_A1732 CLL_A1733 xth   FALSE 0.472 33.000 0.000 NA   NA
 5738924 5738925 CLL_A1733 CLL_A1734     FALSE 0.337 51.000 0.000 NA   NA
 5738925 5738926 CLL_A1734 CLL_A1735     FALSE 0.018 264.000 0.000 NA N NA
 5738926 5738927 CLL_A1735 CLL_A1736     FALSE 0.016 316.000 0.000 NA   NA
 5738927 5738928 CLL_A1736 CLL_A1737     FALSE 0.007 444.000 0.000 NA   NA
 5738928 5738929 CLL_A1737 CLL_A1738     FALSE 0.009 386.000 0.000 NA   NA
 5738929 5738930 CLL_A1738 CLL_A1739     FALSE 0.006 557.000 0.000 NA   NA
 5738930 5738931 CLL_A1739 CLL_A1740     FALSE 0.009 354.000 0.000 1.000 N NA
 5738931 5738932 CLL_A1740 CLL_A1741     FALSE 0.196 64.000 0.000 NA N NA
 5738932 5738933 CLL_A1741 CLL_A1742     TRUE 0.681 16.000 0.000 NA   NA
 5738933 5738934 CLL_A1742 CLL_A1743     FALSE 0.270 105.000 0.000 NA   NA
 5738934 5738935 CLL_A1743 CLL_A1744     TRUE 0.928 26.000 0.000 NA Y NA
 5738935 5738936 CLL_A1744 CLL_A1745     TRUE 0.975 3.000 0.200 NA N NA
 5738936 5738937 CLL_A1745 CLL_A1746     TRUE 0.963 11.000 0.120 1.000   NA
 5738937 5738938 CLL_A1746 CLL_A1747     TRUE 0.980 10.000 0.333 NA   NA
 5738938 5738939 CLL_A1747 CLL_A1748     TRUE 0.947 19.000 0.000 NA Y NA
 5738939 5738940 CLL_A1748 CLL_A1749     TRUE 0.951 18.000 0.000 1.000 Y NA
 5738940 5738941 CLL_A1749 CLL_A1750     TRUE 0.980 25.000 0.105 NA Y NA
 5738945 5738946 CLL_A1754 CLL_A1755     FALSE 0.261 94.000 0.000 NA   NA
 5738946 5738947 CLL_A1755 CLL_A1756     FALSE 0.006 544.000 0.000 NA   NA
 5738947 5738948 CLL_A1756 CLL_A1757     TRUE 0.996 -16.000 0.200 1.000 Y NA
 5738948 5738949 CLL_A1757 CLL_A1758     FALSE 0.003 799.000 0.000 NA N NA
 5738949 5738950 CLL_A1758 CLL_A1759     FALSE 0.006 490.000 0.000 NA   NA
 5738952 5738953 CLL_A1761 CLL_A1762     TRUE 0.713 14.000 0.000 1.000   NA
 5738953 5738954 CLL_A1762 CLL_A1763     FALSE 0.273 112.000 0.000 NA   NA
 5738954 5738955 CLL_A1763 CLL_A1764     FALSE 0.225 141.000 0.000 NA   NA
 5738955 5738956 CLL_A1764 CLL_A1765     FALSE 0.089 194.000 0.000 NA   NA
 5738956 5738957 CLL_A1765 CLL_A1766     FALSE 0.006 503.000 0.000 NA   NA
 5738959 5738960 CLL_A1768 CLL_A1769     FALSE 0.039 242.000 0.000 NA   NA
 5738962 5738963 CLL_A1771 CLL_A1772     FALSE 0.156 166.000 0.000 NA   NA
 5738963 5738964 CLL_A1772 CLL_A1773     FALSE 0.044 234.000 0.000 NA   NA
 5738964 5738965 CLL_A1773 CLL_A1774     FALSE 0.028 265.000 0.000 NA   NA
 5738965 5738966 CLL_A1774 CLL_A1775     TRUE 0.988 16.000 0.833 NA   NA
 5738966 5738967 CLL_A1775 CLL_A1776     TRUE 0.991 6.000 0.833 NA   NA
 5738967 5738968 CLL_A1776 CLL_A1777     TRUE 0.798 96.000 0.154 NA   NA
 5738968 5738969 CLL_A1777 CLL_A1778     TRUE 0.998 2.000 0.765 1.000 Y NA
 5738969 5738970 CLL_A1778 CLL_A1779     TRUE 0.781 104.000 0.118 NA   NA
 5738971 5738972 CLL_A1780 CLL_A1781     FALSE 0.225 141.000 0.000 NA   NA
 5738972 5738973 CLL_A1781 CLL_A1782     TRUE 0.901 75.000 0.050 1.000 Y NA
 5738974 5738975 CLL_A1783 CLL_A1784     FALSE 0.236 135.000 0.000 NA   NA
 5738975 5738976 CLL_A1784 CLL_A1785     FALSE 0.009 399.000 0.000 NA   NA
 5738978 5738979 CLL_A1787 CLL_A1788   amyB FALSE 0.007 477.000 0.000 NA   NA
 5738983 5738984 CLL_A1792 CLL_A1793     FALSE 0.267 86.000 0.000 NA   NA
 5738984 5738985 CLL_A1793 CLL_A1794     FALSE 0.042 238.000 0.000 NA   NA
 5738985 5738986 CLL_A1794 CLL_A1795     FALSE 0.016 322.000 0.000 1.000   NA
 5738986 5738987 CLL_A1795 CLL_A1796     FALSE 0.008 458.000 0.000 1.000   NA
 5738987 5738988 CLL_A1796 CLL_A1797   adh FALSE 0.007 378.000 0.000 1.000 N NA
 5738988 5738989 CLL_A1797 CLL_A1798 adh   FALSE 0.183 158.000 0.000 NA   NA
 5738989 5738990 CLL_A1798 CLL_A1799     FALSE 0.215 145.000 0.000 NA   NA
 5738990 5738991 CLL_A1799 CLL_A1800   cytX FALSE 0.081 197.000 0.000 NA   NA
 5738991 5738992 CLL_A1800 CLL_A1801 cytX   FALSE 0.160 165.000 0.000 NA   NA
 5738992 5738993 CLL_A1801 CLL_A1802     FALSE 0.288 60.000 0.000 NA   NA
 5738993 5738994 CLL_A1802 CLL_A1803     FALSE 0.220 143.000 0.000 NA   NA
 5738994 5738995 CLL_A1803 CLL_A1804   cmk TRUE 0.659 97.000 0.039 1.000   NA
 5738995 5738996 CLL_A1804 CLL_A1805 cmk   TRUE 0.852 29.000 0.047 1.000 N NA
 5738996 5738997 CLL_A1805 CLL_A1806     FALSE 0.227 146.000 0.000 1.000   NA
 5738997 5738998 CLL_A1806 CLL_A1807     FALSE 0.375 45.000 0.000 NA   NA
 5738998 5738999 CLL_A1807 CLL_A1808   miaB FALSE 0.007 446.000 0.000 NA   NA
 5739002 5739003 CLL_A1811 CLL_A1812     FALSE 0.137 172.000 0.000 NA   NA
 5739003 5739004 CLL_A1812 CLL_A1813     FALSE 0.268 70.000 0.000 NA   NA
 5739006 5739007 CLL_A1815 CLL_A1816   hfq TRUE 0.718 76.000 0.064 1.000   NA
 5739007 5739008 CLL_A1816 CLL_A1817 hfq miaA TRUE 0.871 50.000 0.192 1.000   NA
 5739008 5739009 CLL_A1817 CLL_A1818 miaA   TRUE 0.963 3.000 0.097 1.000 N NA
 5739009 5739010 CLL_A1818 CLL_A1819   treR FALSE 0.031 237.000 0.000 1.000 N NA
 5739010 5739011 CLL_A1819 CLL_A1820 treR treC TRUE 0.927 37.000 0.336 1.000 N NA
 5739011 5739012 CLL_A1820 CLL_A1821 treC treP TRUE 0.986 37.000 0.650 1.000 Y NA
 5739012 5739013 CLL_A1821 CLL_A1822 treP   FALSE 0.019 297.000 0.000 NA   NA
 5739013 5739014 CLL_A1822 CLL_A1823   mutS TRUE 0.586 25.000 0.000 NA   NA
 5739014 5739015 CLL_A1823 CLL_A1824 mutS   FALSE 0.473 196.000 0.000 1.000 Y NA
 5739015 5739016 CLL_A1824 CLL_A1825     FALSE 0.006 551.000 0.000 1.000   NA
 5739016 5739017 CLL_A1825 CLL_A1826     FALSE 0.257 131.000 0.000 1.000   NA
 5739017 5739018 CLL_A1826 CLL_A1827     FALSE 0.030 267.000 0.000 1.000   NA
 5739018 5739019 CLL_A1827 CLL_A1828     FALSE 0.153 270.000 0.061 1.000   NA
 5739019 5739020 CLL_A1828 CLL_A1829     TRUE 0.974 21.000 0.429 NA   NA
 5739020 5739021 CLL_A1829 CLL_A1830     TRUE 0.887 14.000 0.008 NA   NA
 5739021 5739022 CLL_A1830 CLL_A1831     FALSE 0.032 254.000 0.000 NA   NA
 5739023 5739024 CLL_A1832 CLL_A1833     FALSE 0.203 151.000 0.000 NA   NA
 5739024 5739025 CLL_A1833 CLL_A1834     TRUE 0.928 29.000 0.167 NA   NA
 5739026 5739027 CLL_A1835 CLL_A1836     FALSE 0.084 182.000 0.000 1.000 N NA
 5739027 5739028 CLL_A1836 CLL_A1837     TRUE 0.752 15.000 0.000 0.020   NA
 5739028 5739029 CLL_A1837 CLL_A1838     FALSE 0.012 402.000 0.000 0.020   NA
 5739029 5739030 CLL_A1838 CLL_A1839     FALSE 0.014 328.000 0.000 NA   NA
 5739030 5739031 CLL_A1839 CLL_A1840     FALSE 0.250 127.000 0.000 NA   NA
 5739031 5739032 CLL_A1840 CLL_A1841     TRUE 0.949 59.000 1.000 0.004 N NA
 5739032 5739033 CLL_A1841 CLL_A1842     FALSE 0.027 244.000 0.000 1.000 N NA
 5739033 5739034 CLL_A1842 CLL_A1843     TRUE 0.952 182.000 1.000 0.016 Y NA
 5739034 5739035 CLL_A1843 CLL_A1844     FALSE 0.054 226.000 0.000 1.000   NA
 5739035 5739036 CLL_A1844 CLL_A1845     FALSE 0.059 221.000 0.000 1.000   NA
 5739036 5739037 CLL_A1845 CLL_A1846     FALSE 0.042 216.000 0.000 1.000 N NA
 5739041 5739042 CLL_A1850 CLL_A1851     FALSE 0.142 171.000 0.000 NA   NA
 5739042 5739043 CLL_A1851 CLL_A1852     FALSE 0.130 334.000 0.000 0.014 Y NA
 5739047 5739048 CLL_A1856 CLL_A1857     FALSE 0.035 249.000 0.000 NA   NA
 5739048 5739049 CLL_A1857 CLL_A1858     FALSE 0.114 185.000 0.000 1.000   NA
 5739050 5739051 CLL_A1859 CLL_A1860     TRUE 0.783 101.000 0.000 1.000 Y NA
 5739051 5739052 CLL_A1860 CLL_A1861   fliL FALSE 0.041 218.000 0.000 1.000 N NA
 5739052 5739053 CLL_A1861 CLL_A1862 fliL   FALSE 0.426 30.000 0.000 1.000 N NA
 5739053 5739054 CLL_A1862 CLL_A1863     FALSE 0.279 97.000 0.000 1.000   NA
 5739055 5739056 CLL_A1864 CLL_A1865     FALSE 0.155 311.000 0.000 0.014 Y NA
 5739056 5739057 CLL_A1865 CLL_A1866     TRUE 0.969 47.000 0.278 1.000 Y NA
 5739057 5739058 CLL_A1866 CLL_A1867   mgtE FALSE 0.317 41.000 0.000 1.000 N NA
 5739058 5739059 CLL_A1867 CLL_A1868 mgtE   FALSE 0.007 642.000 0.000 0.051   NA
 5739059 5739060 CLL_A1868 CLL_A1869   hcp FALSE 0.022 293.000 0.000 1.000   NA
 5739060 5739061 CLL_A1869 CLL_A1870 hcp   FALSE 0.155 170.000 0.000 1.000   NA
 5739063 5739064 CLL_A1872 CLL_A1873     FALSE 0.043 237.000 0.000 NA   NA
 5739064 5739065 CLL_A1873 CLL_A1874     FALSE 0.015 320.000 0.000 NA   NA
 5739065 5739066 CLL_A1874 CLL_A1875     FALSE 0.049 227.000 0.000 NA   NA
 5739069 5739070 CLL_A1878 CLL_A1879     TRUE 0.617 24.000 0.000 1.000   NA
 5739070 5739071 CLL_A1879 CLL_A1880     FALSE 0.272 115.000 0.000 NA   NA
 5739073 5739074 CLL_A1882 CLL_A1883     FALSE 0.447 35.000 0.000 NA   NA
 5739075 5739076 CLL_A1884 CLL_A1885     FALSE 0.542 28.000 0.000 NA   NA
 5739076 5739077 CLL_A1885 CLL_A1886     FALSE 0.293 59.000 0.000 NA   NA
 5739077 5739078 CLL_A1886 CLL_A1887     FALSE 0.015 320.000 0.000 NA   NA
 5739078 5739079 CLL_A1887 CLL_A1888     FALSE 0.006 544.000 0.000 NA   NA
 5739079 5739080 CLL_A1888 CLL_A1889     FALSE 0.309 56.000 0.000 NA   NA
 5739080 5739081 CLL_A1889 CLL_A1890     TRUE 0.704 13.000 0.000 NA   NA
 5739081 5739082 CLL_A1890 CLL_A1891     FALSE 0.275 65.000 0.000 NA   NA
 5739082 5739083 CLL_A1891 CLL_A1892     FALSE 0.051 225.000 0.000 NA   NA
 5739083 5739084 CLL_A1892 CLL_A1893     FALSE 0.268 82.000 0.000 NA   NA
 5739084 5739085 CLL_A1893 CLL_A1894     FALSE 0.262 96.000 0.000 NA   NA
 5739085