MicrobesOnline Operon Predictions for Clostridium botulinum B1 str. Okra

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5711953 5711954 CLD_0825 CLD_0824 dnaA dnaN TRUE 0.519 263.000 0.328 1.000 Y NA
 5711954 5711955 CLD_0824 CLD_0823 dnaN   TRUE 0.969 19.000 0.103 1.000   NA
 5711955 5711956 CLD_0823 CLD_0822   recF TRUE 0.825 69.000 0.209 1.000   NA
 5711956 5711957 CLD_0822 CLD_0821 recF   TRUE 0.934 21.000 0.024 NA   NA
 5711957 5711958 CLD_0821 CLD_0820   gyrB TRUE 0.939 18.000 0.017 NA   NA
 5711958 5711959 CLD_0820 CLD_0819 gyrB gyrA TRUE 0.993 26.000 0.306 0.002 Y NA
 5711959 5711960 CLD_0819 CLD_3805 gyrA rrs FALSE 0.006 416.000 0.000 NA   NA
 5711960 5711961 CLD_3805 CLD_3806 rrs rrl FALSE 0.235 160.000 0.000 NA   NA
 5711961 5711962 CLD_3806 CLD_0816 rrl rrf FALSE 0.339 93.000 0.000 NA   NA
 5711962 5711963 CLD_0816 CLD_0815 rrf   TRUE 0.931 -101.000 0.000 NA   NA
 5711963 5711964 CLD_0815 CLD_0814     TRUE 0.926 -10.000 0.000 NA   NA
 5711964 5711965 CLD_0814 CLD_0813     TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 5711965 5711966 CLD_0813 CLD_0812     FALSE 0.212 164.000 0.000 NA   NA
 5711966 5711967 CLD_0812 CLD_0811     TRUE 0.954 16.000 0.029 NA   NA
 5711967 5711968 CLD_0811 CLD_0810     TRUE 0.963 2.000 0.014 NA   NA
 5711968 5711969 CLD_0810 CLD_0809     TRUE 0.956 5.000 0.011 NA   NA
 5711969 5711970 CLD_0809 CLD_0808     TRUE 0.565 137.000 0.016 NA   NA
 5711970 5711971 CLD_0808 CLD_0807     TRUE 0.967 25.000 0.214 NA   NA
 5711971 5711972 CLD_0807 CLD_0806     TRUE 0.985 17.000 0.370 NA   NA
 5711972 5711973 CLD_0806 CLD_0805   serS FALSE 0.009 370.000 0.000 NA   NA
 5711973 5711974 CLD_0805 CLD_0804 serS   FALSE 0.026 276.000 0.000 NA   NA
 5711974 5711975 CLD_0804 CLD_0803     TRUE 0.841 19.000 0.000 NA   NA
 5711975 5711976 CLD_0803 CLD_0802     FALSE 0.017 304.000 0.000 NA   NA
 5711976 5711977 CLD_0802 CLD_0801     TRUE 0.841 19.000 0.000 NA   NA
 5711977 5711978 CLD_0801 CLD_0800     FALSE 0.350 83.000 0.000 NA   NA
 5711980 5711981 CLD_0798 CLD_0797     TRUE 0.992 9.000 0.667 NA   NA
 5711981 5711982 CLD_0797 CLD_0796     TRUE 0.884 12.000 0.000 NA   NA
 5711982 5711983 CLD_0796 CLD_0795     TRUE 0.857 17.000 0.000 NA   NA
 5711984 5711985 CLD_0794 CLD_0793 psd   TRUE 0.624 103.000 0.026 NA   NA
 5711985 5711986 CLD_0793 CLD_0792     FALSE 0.353 76.000 0.000 NA   NA
 5711987 5711988 CLD_0791 CLD_0790     FALSE 0.333 133.000 0.000 NA   NA
 5711988 5711989 CLD_0790 CLD_0789   megL TRUE 0.614 144.000 0.034 1.000 N NA
 5711989 5711990 CLD_0789 CLD_0788 megL   FALSE 0.388 124.000 0.000 1.000 N NA
 5711990 5711991 CLD_0788 CLD_0787     FALSE 0.206 165.000 0.000 NA   NA
 5711991 10253774 CLD_0787 CLD_3824   srpB FALSE 0.355 123.000 0.000 NA   NA
 10253774 5711992 CLD_3824 CLD_0786 srpB dnaX FALSE 0.212 164.000 0.000 NA   NA
 5711992 5711993 CLD_0786 CLD_0785 dnaX   TRUE 0.769 65.000 0.100 NA   NA
 5711993 5711994 CLD_0785 CLD_0784   recR TRUE 0.970 33.000 0.604 NA   NA
 5711994 5711995 CLD_0784 CLD_0783 recR   TRUE 0.779 57.000 0.071 NA   NA
 5711995 5711996 CLD_0783 CLD_0782   bofA TRUE 0.821 150.000 0.417 NA   NA
 5711996 5711997 CLD_0782 CLD_0781 bofA sfsA FALSE 0.451 151.000 0.005 NA   NA
 5711997 5711998 CLD_0781 CLD_0780 sfsA   TRUE 0.677 56.000 0.015 NA   NA
 5711998 5711999 CLD_0780 CLD_0779     FALSE 0.400 118.000 0.000 1.000   NA
 5711999 5712000 CLD_0779 CLD_0778     FALSE 0.363 134.000 0.000 1.000   NA
 5712000 5712001 CLD_0778 CLD_0777     TRUE 0.977 19.000 0.222 NA   NA
 5712001 5712002 CLD_0777 CLD_0776     FALSE 0.008 383.000 0.000 NA   NA
 5712002 5712003 CLD_0776 CLD_0775     TRUE 0.552 83.000 0.007 NA N NA
 5712003 5712004 CLD_0775 CLD_0774     TRUE 0.911 29.000 0.035 NA N NA
 5712004 5712005 CLD_0774 CLD_3807   rrs FALSE 0.008 387.000 0.000 NA   NA
 5712005 5712006 CLD_3807 CLD_3808 rrs rrl FALSE 0.061 224.000 0.000 NA   NA
 5712006 5712007 CLD_3808 CLD_0770 rrl rrf FALSE 0.352 106.000 0.000 NA   NA
 5712007 5712008 CLD_0770 CLD_0769 rrf   TRUE 0.897 6.000 0.000 NA   NA
 5712010 5712011 CLD_3809 CLD_3810 rrs rrl FALSE 0.061 224.000 0.000 NA   NA
 5712011 5712012 CLD_3810 CLD_0764 rrl rrf FALSE 0.352 106.000 0.000 NA   NA
 5712012 5712013 CLD_0764 CLD_0763 rrf   TRUE 0.897 6.000 0.000 NA   NA
 5712013 5712014 CLD_0763 CLD_0762     FALSE 0.011 342.000 0.000 NA   NA
 5712014 5712015 CLD_0762 CLD_0761     TRUE 0.995 -3.000 0.800 NA   NA
 5712015 5712016 CLD_0761 CLD_3811   rrs FALSE 0.004 646.000 0.000 NA   NA
 5712016 5712017 CLD_3811 CLD_3812 rrs rrl FALSE 0.235 160.000 0.000 NA   NA
 5712017 5712018 CLD_3812 CLD_0757 rrl rrf FALSE 0.490 51.000 0.000 NA   NA
 5712018 5712019 CLD_0757 CLD_0755 rrf   TRUE 0.895 7.000 0.000 NA   NA
 5712019 5712020 CLD_0755 CLD_0754     FALSE 0.034 259.000 0.000 NA   NA
 5712020 5712021 CLD_0754 CLD_0753     FALSE 0.036 255.000 0.000 NA   NA
 5712021 5712022 CLD_0753 CLD_0752     FALSE 0.328 136.000 0.000 NA   NA
 5712022 5712023 CLD_0752 CLD_0751     FALSE 0.352 77.000 0.000 NA   NA
 5712023 5712024 CLD_0751 CLD_3813   rrs FALSE 0.003 719.000 0.000 NA   NA
 5712024 5712025 CLD_3813 CLD_3814 rrs rrl FALSE 0.061 224.000 0.000 NA   NA
 5712025 5712026 CLD_3814 CLD_0747 rrl rrf FALSE 0.490 51.000 0.000 NA   NA
 5712026 5712027 CLD_0747 CLD_0745 rrf   TRUE 0.895 7.000 0.000 NA   NA
 5712027 5712028 CLD_0745 CLD_0744     FALSE 0.313 140.000 0.000 NA   NA
 5712028 5712029 CLD_0744 CLD_3815   rrs FALSE 0.004 522.000 0.000 NA   NA
 5712029 5712030 CLD_3815 CLD_3816 rrs rrl FALSE 0.235 160.000 0.000 NA   NA
 5712030 5712031 CLD_3816 CLD_0740 rrl rrf FALSE 0.490 51.000 0.000 NA   NA
 5712031 5712032 CLD_0740 CLD_0739 rrf   FALSE 0.009 368.000 0.000 NA   NA
 5712032 5712033 CLD_0739 CLD_0738     FALSE 0.350 82.000 0.000 NA   NA
 5712034 5712035 CLD_0737 CLD_0736     TRUE 0.865 36.000 0.039 NA N NA
 5712038 5712039 CLD_0733 CLD_0732     TRUE 0.988 -21.000 0.120 NA   NA
 5712039 5712040 CLD_0732 CLD_0731     TRUE 0.938 24.000 0.034 1.000 N NA
 5712040 5712041 CLD_0731 CLD_0730     TRUE 0.654 81.000 0.034 NA   NA
 5712041 5712042 CLD_0730 CLD_0729     TRUE 0.940 18.000 0.018 NA   NA
 5712042 5712043 CLD_0729 CLD_0728     TRUE 0.991 2.000 0.372 NA   NA
 5712043 5712044 CLD_0728 CLD_0727     TRUE 0.949 12.000 0.011 NA   NA
 5712044 5712045 CLD_0727 CLD_0726     TRUE 0.851 82.000 0.333 1.000   NA
 5712045 5712046 CLD_0726 CLD_0725     TRUE 0.581 121.000 0.006 1.000   NA
 5712046 5712047 CLD_0725 CLD_0724     TRUE 0.973 20.000 0.078 0.007   NA
 5712047 5712048 CLD_0724 CLD_0723     FALSE 0.402 156.000 0.002 NA   NA
 5712050 5712051 CLD_0721 CLD_0720   arcA FALSE 0.007 422.000 0.000 1.000   NA
 5712055 5712056 CLD_0716 CLD_0715 spmA   TRUE 0.994 13.000 0.655 0.003   NA
 5712058 5712059 CLD_0713 CLD_0712 udgA   TRUE 0.894 29.000 0.016 1.000 N NA
 5712059 5712060 CLD_0712 CLD_0711   metG FALSE 0.009 382.000 0.000 1.000 N NA
 5712060 5712061 CLD_0711 CLD_0710 metG   FALSE 0.039 295.000 0.003 NA   NA
 5712061 5712062 CLD_0710 CLD_0709     FALSE 0.444 151.000 0.004 NA   NA
 5712062 5712063 CLD_0709 CLD_0708     FALSE 0.055 228.000 0.000 NA   NA
 5712063 5712064 CLD_0708 CLD_0707     TRUE 0.634 73.000 0.020 1.000   NA
 5712064 5712065 CLD_0707 CLD_0706   ksgA TRUE 0.982 2.000 0.093 1.000 N NA
 5712065 5712066 CLD_0706 CLD_0705 ksgA   TRUE 0.567 79.000 0.010 NA   NA
 5712066 5712067 CLD_0705 CLD_0704     TRUE 0.753 157.000 0.278 NA   NA
 5712067 5712068 CLD_0704 CLD_0703     TRUE 0.658 165.000 0.188 NA   NA
 5712068 5712069 CLD_0703 CLD_0702     TRUE 0.628 168.000 0.167 NA   NA
 5712069 5712070 CLD_0702 CLD_0701     TRUE 0.989 11.000 0.350 1.000 N NA
 5712070 5712071 CLD_0701 CLD_0700     TRUE 0.997 -3.000 0.349 NA Y NA
 5712071 5712072 CLD_0700 CLD_0699     TRUE 0.607 82.000 0.019 NA N NA
 5712072 5712073 CLD_0699 CLD_0698     FALSE 0.344 140.000 0.000 1.000   NA
 5712073 5712074 CLD_0698 CLD_0697     TRUE 0.869 15.000 0.000 NA   NA
 5712076 5712077 CLD_0695 CLD_0694     TRUE 0.732 57.000 0.037 NA   NA
 5712077 5712078 CLD_0694 CLD_0693   nrdD FALSE 0.021 290.000 0.000 NA   NA
 5712078 5712079 CLD_0693 CLD_0692 nrdD nrdG TRUE 0.989 17.000 0.315 0.001 N NA
 5712080 5712081 CLD_0691 CLD_0690     FALSE 0.338 99.000 0.000 NA   NA
 5712081 5712082 CLD_0690 CLD_0689     TRUE 0.983 2.000 0.111 NA   NA
 5712082 5712083 CLD_0689 CLD_0688     FALSE 0.361 121.000 0.000 NA   NA
 5712084 5712085 CLD_0687 CLD_0686 ileS   FALSE 0.495 151.000 0.009 1.000 N NA
 5712085 5712086 CLD_0686 CLD_0685     FALSE 0.189 216.000 0.017 1.000 N NA
 5712086 5712087 CLD_0685 CLD_0684     TRUE 0.800 75.000 0.160 1.000 N NA
 5712087 5712088 CLD_0684 CLD_0683     FALSE 0.012 336.000 0.000 NA   NA
 5712088 5712089 CLD_0683 CLD_0682     TRUE 0.976 5.000 0.066 NA   NA
 5712089 5712090 CLD_0682 CLD_0681     TRUE 0.976 20.000 0.210 1.000   NA
 5712090 5712091 CLD_0681 CLD_0680     FALSE 0.066 225.000 0.000 1.000   NA
 5712091 5712092 CLD_0680 CLD_0679     TRUE 0.613 187.000 0.333 1.000   NA
 5712094 5712095 CLD_0677 CLD_0676     TRUE 0.977 15.000 0.143 NA   NA
 5712095 5712096 CLD_0676 CLD_0675     TRUE 0.966 27.000 0.250 NA   NA
 5712096 5712097 CLD_0675 CLD_0674     TRUE 0.992 13.000 0.800 NA   NA
 5712099 5712100 CLD_0672 CLD_0671 cotS   TRUE 0.766 124.000 0.119 NA   NA
 5712100 5712101 CLD_0671 CLD_0670     FALSE 0.426 196.000 0.116 NA   NA
 5712101 5712102 CLD_0670 CLD_0669     TRUE 0.721 102.000 0.082 NA   NA
 5712102 5712103 CLD_0669 CLD_0668     FALSE 0.019 297.000 0.000 NA   NA
 5712103 5712104 CLD_0668 CLD_0667   cphB TRUE 0.930 -30.000 0.000 NA   NA
 5712104 5712105 CLD_0667 CLD_0666 cphB cphA TRUE 0.948 44.000 0.605 1.000 N NA
 5712105 5712106 CLD_0666 CLD_0665 cphA ispE TRUE 0.603 93.000 0.016 1.000 N NA
 5712106 5712107 CLD_0665 CLD_0664 ispE   FALSE 0.020 362.000 0.005 NA   NA
 5712107 5712108 CLD_0664 CLD_0663     TRUE 0.809 61.000 0.133 NA   NA
 5712108 5712109 CLD_0663 CLD_0662     TRUE 0.986 20.000 0.333 0.008   NA
 5712109 5712110 CLD_0662 CLD_0661     TRUE 0.948 50.000 0.500 0.008   NA
 5712110 5712111 CLD_0661 CLD_0660     TRUE 0.760 73.000 0.109 NA   NA
 5712113 5712114 CLD_0658 CLD_0657 ypeB   TRUE 0.539 102.000 0.003 1.000   NA
 5712114 5712115 CLD_0657 CLD_0656     TRUE 0.902 25.000 0.011 NA   NA
 5712115 5712116 CLD_0656 CLD_0655     TRUE 0.646 132.000 0.039 NA   NA
 5712116 5712117 CLD_0655 CLD_0654   pyrG FALSE 0.097 234.000 0.004 NA   NA
 5712117 5712118 CLD_0654 CLD_0653 pyrG   FALSE 0.004 500.000 0.000 NA   NA
 5712118 5712119 CLD_0653 CLD_0652   rho FALSE 0.328 172.000 0.006 NA   NA
 5712121 5712122 CLD_0650 CLD_0649 tdk   TRUE 0.935 17.000 0.010 NA   NA
 5712122 5712123 CLD_0649 CLD_0648     TRUE 0.978 8.000 0.098 NA   NA
 5712123 5712124 CLD_0648 CLD_0647   prfA TRUE 0.909 82.000 0.081 1.000 Y NA
 5712124 5712125 CLD_0647 CLD_0646 prfA   TRUE 0.881 28.000 0.009 NA   NA
 5712125 5712126 CLD_0646 CLD_0645     TRUE 0.807 59.000 0.116 NA   NA
 5712126 5712127 CLD_0645 CLD_0644     TRUE 0.951 21.000 0.052 NA N NA
 5712127 5712128 CLD_0644 CLD_0643     TRUE 0.972 9.000 0.056 NA N NA
 5712128 5712129 CLD_0643 CLD_0642   rpiB TRUE 0.769 60.000 0.065 1.000 N NA
 5712129 5712130 CLD_0642 CLD_0641 rpiB upp TRUE 0.892 30.000 0.019 1.000 N NA
 5712132 5712133 CLD_0639 CLD_0638   tagO TRUE 0.662 108.000 0.029 1.000 N NA
 5712133 5712134 CLD_0638 CLD_0637 tagO mnaA TRUE 0.996 14.000 0.346 1.000 Y NA
 5712134 5712135 CLD_0637 CLD_0636 mnaA   FALSE 0.005 492.000 0.000 1.000   NA
 5712135 5712136 CLD_0636 CLD_0635   atpB TRUE 0.986 15.000 0.330 1.000   NA
 5712136 5712137 CLD_0635 CLD_0634 atpB atpE TRUE 0.840 40.000 0.009 0.007   NA
 5712137 5712138 CLD_0634 CLD_0633 atpE atpF TRUE 0.810 76.000 0.095 0.007   NA
 5712138 5712139 CLD_0633 CLD_0632 atpF atpH TRUE 0.995 3.000 0.040 0.007 Y NA
 5712139 5712140 CLD_0632 CLD_0631 atpH atpA TRUE 0.998 11.000 0.864 0.007 Y NA
 5712140 5712141 CLD_0631 CLD_0630 atpA atpG TRUE 0.997 22.000 0.846 0.007 Y NA
 5712141 5712142 CLD_0630 CLD_0629 atpG atpD TRUE 0.998 14.000 0.724 0.007 Y NA
 5712142 5712143 CLD_0629 CLD_0628 atpD atpC TRUE 0.996 25.000 0.837 0.007 Y NA
 5712143 5712144 CLD_0628 CLD_0627 atpC   FALSE 0.231 194.000 0.007 NA   NA
 5712144 5712145 CLD_0627 CLD_0626   murA TRUE 0.976 24.000 0.346 NA   NA
 5712145 5712146 CLD_0626 CLD_0625 murA spoIID FALSE 0.210 270.000 0.243 1.000 N NA
 5712146 5712147 CLD_0625 CLD_0624 spoIID   FALSE 0.021 593.000 0.090 1.000 N NA
 5712147 5712148 CLD_0624 CLD_0623   spoIIID TRUE 0.754 108.000 0.093 1.000   NA
 5712148 5712149 CLD_0623 CLD_0622 spoIIID   TRUE 0.834 100.000 0.284 1.000   NA
 5712150 5712151 CLD_0621 CLD_0620     TRUE 0.714 49.000 0.010 NA   NA
 5712152 5712153 CLD_0619 CLD_0618     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5712153 5712154 CLD_0618 CLD_0616     TRUE 0.884 12.000 0.000 NA   NA
 5712154 5712155 CLD_0616 CLD_0615     TRUE 0.857 17.000 0.000 NA   NA
 5712155 5712156 CLD_0615 CLD_0614     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5712156 5712157 CLD_0614 CLD_0613     FALSE 0.342 101.000 0.000 NA   NA
 5712157 5712158 CLD_0613 CLD_0612   metK FALSE 0.350 83.000 0.000 NA   NA
 5712158 5712159 CLD_0612 CLD_0611 metK   FALSE 0.377 191.000 0.052 1.000 N NA
 5712159 5712160 CLD_0611 CLD_0610     TRUE 0.934 26.000 0.051 NA   NA
 5712160 5712161 CLD_0610 CLD_0609     TRUE 0.988 -27.000 0.130 NA   NA
 5712161 5712162 CLD_0609 CLD_0608   yfiA FALSE 0.029 425.000 0.080 NA   NA
 5712162 5712163 CLD_0608 CLD_0607 yfiA secA FALSE 0.190 228.000 0.050 NA N NA
 5712163 5712164 CLD_0607 CLD_0606 secA prfB FALSE 0.041 355.000 0.048 1.000 N NA
 5712166 5712167 CLD_0604 CLD_0603     FALSE 0.023 284.000 0.000 NA   NA
 5712167 5712168 CLD_0603 CLD_0602     FALSE 0.018 411.000 0.016 NA   NA
 5712168 5712169 CLD_0602 CLD_0601     TRUE 0.984 21.000 0.500 NA   NA
 5712169 5712170 CLD_0601 CLD_0600     TRUE 0.972 14.000 0.077 1.000   NA
 5712170 5712171 CLD_0600 CLD_0599     TRUE 0.630 84.000 0.022 1.000   NA
 5712171 5712172 CLD_0599 CLD_0598     TRUE 0.891 40.000 0.109 1.000   NA
 5712174 5712175 CLD_0596 CLD_0595     FALSE 0.275 151.000 0.000 NA   NA
 5712176 5712177 CLD_0594 CLD_0593 leuS   FALSE 0.008 377.000 0.000 NA N NA
 5712177 5712178 CLD_0593 CLD_0592     FALSE 0.136 185.000 0.000 NA   NA
 5712178 5712179 CLD_0592 CLD_0591     FALSE 0.472 53.000 0.000 NA   NA
 5712179 5712180 CLD_0591 CLD_0590     TRUE 0.960 25.000 0.138 NA   NA
 5712180 5712181 CLD_0590 CLD_0589     TRUE 0.986 -13.000 0.098 NA   NA
 5712181 5712182 CLD_0589 CLD_0588     TRUE 0.980 4.000 0.098 NA   NA
 5712184 5712185 CLD_0586 CLD_0585 fba   FALSE 0.057 226.000 0.000 NA   NA
 5712185 5712186 CLD_0585 CLD_0584     TRUE 0.741 117.000 0.082 NA   NA
 5712187 5712188 CLD_0583 CLD_0582     FALSE 0.007 398.000 0.000 NA   NA
 5712188 5712189 CLD_0582 CLD_0581     FALSE 0.012 337.000 0.000 NA   NA
 5712189 5712190 CLD_0581 CLD_0580     TRUE 0.816 22.000 0.000 NA   NA
 5712190 5712191 CLD_0580 CLD_0579     FALSE 0.003 713.000 0.000 NA   NA
 5712191 5712192 CLD_0579 CLD_0578     FALSE 0.335 132.000 0.000 NA   NA
 5712194 5712195 CLD_0576 CLD_0575     TRUE 0.753 106.000 0.094 1.000   NA
 5712195 5712196 CLD_0575 CLD_0574     TRUE 0.835 74.000 0.281 NA   NA
 5712198 5712199 CLD_0572 CLD_0571   sleB FALSE 0.227 229.000 0.041 0.063   NA
 5712199 5712200 CLD_0571 CLD_0570 sleB cysK FALSE 0.010 364.000 0.000 1.000   NA
 5712200 5712201 CLD_0570 CLD_0569 cysK cysE TRUE 0.995 15.000 0.101 0.002 Y NA
 5712201 5712202 CLD_0569 CLD_0568 cysE   TRUE 0.955 22.000 0.064 1.000 N NA
 5712202 5712203 CLD_0568 CLD_0567     TRUE 0.656 148.000 0.064 1.000 N NA
 5712203 5712204 CLD_0567 CLD_0566   nth TRUE 0.579 93.000 0.011 1.000 N NA
 5712204 5712205 CLD_0566 CLD_0565 nth   FALSE 0.014 333.000 0.000 1.000 N NA
 5712206 5712207 CLD_0564 CLD_0563     TRUE 0.889 26.000 0.004 1.000   NA
 5712207 5712208 CLD_0563 CLD_0562     TRUE 0.608 110.000 0.018 NA   NA
 5712209 5712210 CLD_0561 CLD_0560     FALSE 0.404 205.000 0.000 NA Y NA
 5712210 5712211 CLD_0560 CLD_0559   splB TRUE 0.586 147.000 0.027 1.000 N NA
 5712211 5712212 CLD_0559 CLD_0558 splB   TRUE 0.572 128.000 0.008 1.000 N NA
 5712212 5712213 CLD_0558 CLD_0557     TRUE 0.951 13.000 0.016 NA   NA
 5712213 5712214 CLD_0557 CLD_0556     FALSE 0.020 294.000 0.000 NA   NA
 5712214 5712215 CLD_0556 CLD_0555     FALSE 0.487 183.000 0.097 1.000   NA
 5712215 5712216 CLD_0555 CLD_0554     TRUE 0.992 2.000 0.438 1.000   NA
 5712216 5712217 CLD_0554 CLD_0553     TRUE 0.996 -7.000 0.720 0.033   NA
 5712217 5712218 CLD_0553 CLD_0552     TRUE 0.585 112.000 0.007 1.000   NA
 5712218 5712219 CLD_0552 CLD_0551   rpoN FALSE 0.071 337.000 0.125 1.000 N NA
 5712219 5712220 CLD_0551 CLD_0550 rpoN cggR FALSE 0.240 288.000 0.034 1.000 Y NA
 5712220 5712221 CLD_0550 CLD_0549 cggR gap TRUE 0.856 78.000 0.348 1.000 N NA
 5712221 5712222 CLD_0549 CLD_0548 gap pgk FALSE 0.119 428.000 0.063 0.004 Y NA
 5712222 5712223 CLD_0548 CLD_0547 pgk tpiA TRUE 0.938 62.000 0.141 1.000 Y NA
 5712223 5712224 CLD_0547 CLD_0546 tpiA gpmI TRUE 0.922 92.000 0.138 1.000 Y NA
 5712224 5712225 CLD_0546 CLD_0545 gpmI eno TRUE 0.907 56.000 0.016 1.000 Y NA
 5712225 5712226 CLD_0545 CLD_0544 eno secG FALSE 0.137 224.000 0.006 1.000 N NA
 5712226 5712227 CLD_0544 CLD_0543 secG rnr FALSE 0.309 207.000 0.064 1.000 N NA
 5712227 5712228 CLD_0543 CLD_0542 rnr surE FALSE 0.008 409.000 0.000 1.000   NA
 5712228 5712229 CLD_0542 CLD_0541 surE smpB FALSE 0.040 257.000 0.000 1.000   NA
 5712233 5712234 CLD_0537 CLD_0536     FALSE 0.005 497.000 0.000 1.000   NA
 5712234 5712235 CLD_0536 CLD_0535     TRUE 0.617 37.000 0.000 NA   NA
 5712235 5712236 CLD_0535 CLD_0534     FALSE 0.269 152.000 0.000 NA   NA
 5712236 5712237 CLD_0534 CLD_0533     TRUE 0.960 -70.000 0.000 0.063   NA
 5712237 5712238 CLD_0533 CLD_0532     FALSE 0.153 185.000 0.000 1.000   NA
 5712238 5712239 CLD_0532 CLD_0531     FALSE 0.144 188.000 0.000 1.000   NA
 5712239 5712240 CLD_0531 CLD_0530     FALSE 0.011 355.000 0.000 1.000   NA
 5712240 5712241 CLD_0530 CLD_0529     FALSE 0.026 284.000 0.000 1.000   NA
 5712241 5712242 CLD_0529 CLD_0528     TRUE 0.920 128.000 1.000 1.000 N NA
 5712242 5712243 CLD_0528 CLD_0527     TRUE 0.995 -7.000 0.667 NA   NA
 5712243 5712244 CLD_0527 CLD_0526     TRUE 0.893 88.000 0.667 NA   NA
 5712244 5712245 CLD_0526 CLD_0525     FALSE 0.161 178.000 0.000 NA N NA
 5712245 5712246 CLD_0525 CLD_0524     FALSE 0.045 238.000 0.000 NA   NA
 5712246 5712247 CLD_0524 CLD_0523     TRUE 0.793 108.000 0.167 NA   NA
 5712247 5712248 CLD_0523 CLD_0522     FALSE 0.348 126.000 0.000 NA   NA
 5712248 5712249 CLD_0522 CLD_0521     FALSE 0.003 737.000 0.000 NA   NA
 5712249 5712250 CLD_0521 CLD_0520     FALSE 0.333 133.000 0.000 NA   NA
 5712250 5712251 CLD_0520 CLD_0519     FALSE 0.006 441.000 0.000 NA   NA
 5712251 5712252 CLD_0519 CLD_0518     FALSE 0.004 502.000 0.000 NA   NA
 5712252 5712253 CLD_0518 CLD_0517   kdgT FALSE 0.088 213.000 0.000 1.000   NA
 5712253 5712254 CLD_0517 CLD_0516 kdgT   FALSE 0.085 214.000 0.000 1.000   NA
 5712254 5712255 CLD_0516 CLD_0515     TRUE 0.999 -22.000 1.000 1.000 Y NA
 5712255 5712256 CLD_0515 CLD_0514   lysP FALSE 0.005 556.000 0.000 1.000 N NA
 5712256 5712257 CLD_0514 CLD_0513 lysP   FALSE 0.005 544.000 0.000 1.000   NA
 5712257 5712258 CLD_0513 CLD_0512     FALSE 0.340 141.000 0.000 1.000   NA
 5712258 5712259 CLD_0512 CLD_0511     TRUE 0.620 39.000 0.000 1.000   NA
 5712259 5712260 CLD_0511 CLD_0510     TRUE 0.802 26.000 0.000 1.000   NA
 5712260 5712261 CLD_0510 CLD_0509     FALSE 0.211 170.000 0.000 1.000   NA
 5712261 5712262 CLD_0509 CLD_0508     TRUE 0.938 26.000 0.050 1.000   NA
 5712262 5712263 CLD_0508 CLD_0507     TRUE 0.784 63.000 0.095 1.000 N NA
 5712263 5712264 CLD_0507 CLD_0506     FALSE 0.511 116.000 0.000 0.066 N NA
 5712264 5712265 CLD_0506 CLD_0505     TRUE 0.989 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 5712265 5712266 CLD_0505 CLD_0504     FALSE 0.375 100.000 0.000 1.000 N NA
 5712266 5712267 CLD_0504 CLD_0503     TRUE 0.986 3.000 0.182 NA   NA
 5712267 5712268 CLD_0503 CLD_0502     TRUE 0.992 8.000 0.667 NA   NA
 5712270 5712271 CLD_0500 CLD_0499     TRUE 0.999 0.000 0.800 0.039 Y NA
 5712271 5712272 CLD_0499 CLD_0498     TRUE 0.990 -3.000 0.000 0.051 Y NA
 5712272 5712273 CLD_0498 CLD_0497     FALSE 0.010 357.000 0.000 NA   NA
 5712273 5712274 CLD_0497 CLD_0496     TRUE 0.982 11.000 0.167 NA   NA
 5712274 5712275 CLD_0496 CLD_0495     TRUE 0.993 22.000 0.318 1.000 Y NA
 5712275 5712276 CLD_0495 CLD_0494     TRUE 0.954 25.000 0.091 1.000 N NA
 5712276 5712277 CLD_0494 CLD_0493     TRUE 0.937 137.000 0.278 1.000 Y NA
 5712278 5712279 CLD_0491 CLD_0490     FALSE 0.341 92.000 0.000 NA   NA
 5712280 5712281 CLD_0489 CLD_0488     TRUE 0.878 74.000 0.455 1.000 N NA
 5712281 5712282 CLD_0488 CLD_0487     TRUE 0.928 158.000 0.455 1.000 Y NA
 5712284 5712285 CLD_0485 CLD_0484 glvA   TRUE 0.885 168.000 0.294 1.000 Y NA
 5712286 5712287 CLD_0483 CLD_0482     TRUE 0.997 16.000 0.500 0.004 Y NA
 5712288 5712289 CLD_0481 CLD_0480     TRUE 0.907 8.000 0.000 1.000 N NA
 5712289 5712290 CLD_0480 CLD_0479     TRUE 0.996 10.000 0.235 1.000 Y NA
 5712290 5712291 CLD_0479 CLD_0478     TRUE 0.864 120.000 0.353 1.000 N NA
 5712291 5712292 CLD_0478 CLD_0477     TRUE 0.985 14.000 0.286 NA   NA
 5712292 5712293 CLD_0477 CLD_0476   alr FALSE 0.044 239.000 0.000 NA   NA
 5712293 5712294 CLD_0476 CLD_0475 alr   FALSE 0.005 520.000 0.000 1.000 N NA
 5712294 5712295 CLD_0475 CLD_0474     FALSE 0.414 59.000 0.000 NA   NA
 5712295 5712296 CLD_0474 CLD_0473   glvA FALSE 0.367 117.000 0.000 NA   NA
 5712296 5712297 CLD_0473 CLD_0472 glvA   TRUE 0.775 138.000 0.000 1.000 Y NA
 5712297 5712298 CLD_0472 CLD_0471     FALSE 0.027 283.000 0.000 1.000 N NA
 5712300 5712301 CLD_0469 CLD_0468     FALSE 0.011 342.000 0.000 NA   NA
 5712301 5712302 CLD_0468 CLD_0467     FALSE 0.021 290.000 0.000 NA   NA
 5712302 5712303 CLD_0467 CLD_0466     TRUE 0.698 32.000 0.000 NA   NA
 5712303 5712304 CLD_0466 CLD_0465     TRUE 0.716 152.000 0.158 NA N NA
 5712304 5712305 CLD_0465 CLD_0464     TRUE 0.926 27.000 0.035 1.000   NA
 5712305 5712306 CLD_0464 CLD_0463     FALSE 0.006 438.000 0.000 1.000   NA
 5712306 5712307 CLD_0463 CLD_0462     TRUE 0.869 119.000 0.385 1.000 N NA
 5712307 5712308 CLD_0462 CLD_0461   glvA TRUE 0.523 266.000 0.385 1.000 Y NA
 5712308 5712309 CLD_0461 CLD_0460 glvA   TRUE 0.996 13.000 0.375 1.000 Y NA
 5712309 5712310 CLD_0460 CLD_0459   ilvD TRUE 0.937 138.000 0.286 1.000 Y NA
 5712310 5712311 CLD_0459 CLD_0458 ilvD eda TRUE 0.956 52.000 0.091 0.062 Y NA
 5712311 5712312 CLD_0458 CLD_0457 eda   TRUE 0.995 2.000 0.091 1.000 Y NA
 5712312 5712313 CLD_0457 CLD_0456   ade FALSE 0.114 201.000 0.000 1.000 N NA
 5712313 5712314 CLD_0456 CLD_0455 ade   FALSE 0.008 402.000 0.000 1.000 N NA
 5712314 5712315 CLD_0455 CLD_0454     TRUE 0.999 -3.000 0.889 1.000 Y NA
 5712315 5712316 CLD_0454 CLD_0453     FALSE 0.017 526.000 0.049 NA N NA
 5712316 5712317 CLD_0453 CLD_0452     TRUE 0.993 -16.000 0.400 NA   NA
 5712317 5712318 CLD_0452 CLD_0451     TRUE 0.908 119.000 0.750 NA   NA
 5712318 5712319 CLD_0451 CLD_0450     FALSE 0.010 356.000 0.000 NA   NA
 5712319 5712320 CLD_0450 CLD_0449     FALSE 0.036 265.000 0.000 1.000 N NA
 5712320 5712321 CLD_0449 CLD_0448     TRUE 0.996 3.000 0.167 1.000 Y NA
 5712321 5712322 CLD_0448 CLD_0447     TRUE 0.998 2.000 0.750 1.000 Y NA
 5712322 5712323 CLD_0447 CLD_0446     TRUE 0.703 34.000 0.000 1.000 N NA
 5712325 5712326 CLD_0444 CLD_0443     TRUE 0.838 95.000 0.000 0.003 Y NA
 5712326 5712327 CLD_0443 CLD_0442     TRUE 0.960 27.000 0.000 1.000 Y NA
 5712327 5712328 CLD_0442 CLD_0441     TRUE 0.991 -3.000 0.000 0.032 Y NA
 5712328 5712329 CLD_0441 CLD_0440     TRUE 0.983 11.000 0.000 1.000 Y NA
 5712329 5712330 CLD_0440 CLD_0439     TRUE 0.930 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5712332 5712333 CLD_0437 CLD_0436   xpt TRUE 0.983 23.000 0.032 1.000 Y NA
 5712333 5712334 CLD_0436 CLD_0435 xpt   FALSE 0.006 450.000 0.000 1.000 N NA
 5712334 5712335 CLD_0435 CLD_0434     TRUE 0.998 13.000 1.000 1.000 Y NA
 5712335 5712336 CLD_0434 CLD_0433     TRUE 0.624 177.000 0.222 1.000 N NA
 5712336 5712337 CLD_0433 CLD_0432     TRUE 0.995 15.000 0.333 1.000 Y NA
 5712337 5712338 CLD_0432 CLD_0431     TRUE 0.995 0.000 0.750 NA   NA
 5712338 5712339 CLD_0431 CLD_0430     FALSE 0.350 125.000 0.000 NA   NA
 5712339 5712340 CLD_0430 CLD_0429     TRUE 0.994 -7.000 0.614 NA   NA
 5712340 5712341 CLD_0429 CLD_0428     FALSE 0.015 316.000 0.000 NA   NA
 5712341 5712342 CLD_0428 CLD_0427     TRUE 0.994 3.000 0.869 NA   NA
 5712342 5712343 CLD_0427 CLD_0426     FALSE 0.019 296.000 0.000 NA   NA
 5712343 5712344 CLD_0426 CLD_0425     FALSE 0.009 369.000 0.000 NA   NA
 5712344 5712345 CLD_0425 CLD_0424     TRUE 0.524 135.000 0.006 NA   NA
 5712345 5712346 CLD_0424 CLD_0423     FALSE 0.061 224.000 0.000 NA   NA
 5712346 5712347 CLD_0423 CLD_0422     TRUE 0.792 179.000 1.000 NA   NA
 5712347 5712348 CLD_0422 CLD_0421     TRUE 0.994 -7.000 0.556 NA   NA
 5712348 5712349 CLD_0421 CLD_0420     TRUE 0.994 -16.000 0.556 NA   NA
 5712349 5712350 CLD_0420 CLD_0419     TRUE 0.801 72.000 0.179 NA   NA
 5712350 5712351 CLD_0419 CLD_0418     FALSE 0.067 225.000 0.000 1.000 N NA
 5712351 5712352 CLD_0418 CLD_0417     FALSE 0.007 397.000 0.000 NA   NA
 5712352 5712353 CLD_0417 CLD_0416     TRUE 0.981 27.000 0.667 NA   NA
 5712353 5712354 CLD_0416 CLD_0415     FALSE 0.054 229.000 0.000 NA   NA
 5712354 5712355 CLD_0415 CLD_0414     TRUE 0.996 -13.000 1.000 NA   NA
 5712355 5712356 CLD_0414 CLD_0413     TRUE 0.975 35.000 1.000 NA   NA
 5712356 5712357 CLD_0413 CLD_0412     TRUE 0.918 82.000 1.000 NA   NA
 5712357 5712358 CLD_0412 CLD_0411     FALSE 0.051 232.000 0.000 NA N NA
 5712360 5712361 CLD_0409 CLD_0408     TRUE 0.966 116.000 0.667 1.000 Y NA
 5712361 5712362 CLD_0408 CLD_0407   adhE FALSE 0.005 538.000 0.000 1.000 N NA
 5712362 5712363 CLD_0407 CLD_0406 adhE   FALSE 0.014 319.000 0.000 NA   NA
 5712363 5712364 CLD_0406 CLD_0405     TRUE 0.643 63.000 0.019 NA   NA
 5712364 5712365 CLD_0405 CLD_0404     TRUE 0.617 37.000 0.000 NA   NA
 5712366 5712367 CLD_0403 CLD_0402     FALSE 0.011 343.000 0.000 NA   NA
 5712368 5712369 CLD_0401 CLD_0400     FALSE 0.008 396.000 0.000 1.000   NA
 5712369 5712370 CLD_0400 CLD_0399     TRUE 0.682 108.000 0.038 1.000 N NA
 5712370 5712371 CLD_0399 CLD_0398     TRUE 0.992 10.000 0.038 1.000 Y NA
 5712371 5712372 CLD_0398 CLD_0397     TRUE 0.768 63.000 0.091 NA   NA
 5712372 5712373 CLD_0397 CLD_0396     TRUE 0.855 44.000 0.087 NA   NA
 5712373 5712374 CLD_0396 CLD_0395     TRUE 0.947 26.000 0.087 NA   NA
 5712375 5712376 CLD_0394 CLD_0393     FALSE 0.102 200.000 0.000 NA   NA
 5712377 5712378 CLD_0392 CLD_0391     FALSE 0.135 193.000 0.000 1.000   NA
 5712378 5712379 CLD_0391 CLD_0390     FALSE 0.018 308.000 0.000 1.000   NA
 5712381 5712382 CLD_0388 CLD_0387     TRUE 0.563 131.000 0.013 NA   NA
 5712382 5712383 CLD_0387 CLD_0386     TRUE 0.988 -54.000 0.105 1.000   NA
 5712383 5712384 CLD_0386 CLD_0385     TRUE 0.998 -10.000 0.429 1.000 Y NA
 5712384 5712385 CLD_0385 CLD_0384     FALSE 0.391 108.000 0.000 1.000 N NA
 5712385 5712386 CLD_0384 CLD_0383     FALSE 0.004 1231.000 0.000 1.000 N NA
 5712386 5712387 CLD_0383 CLD_0382     TRUE 0.995 23.000 0.431 0.051 Y NA
 5712387 5712388 CLD_0382 CLD_0381     TRUE 0.999 0.000 0.678 0.051 Y NA
 5712388 5712389 CLD_0381 CLD_0380     TRUE 0.995 11.000 0.091 0.051 Y NA
 5712389 5712390 CLD_0380 CLD_0379     TRUE 0.969 53.000 0.237 0.051 Y NA
 5712390 5712391 CLD_0379 CLD_0378     TRUE 0.996 14.000 0.221 0.051 Y NA
 5712391 5712392 CLD_0378 CLD_0377     FALSE 0.010 348.000 0.000 NA   NA
 5712393 5712394 CLD_0376 CLD_0375     TRUE 0.961 18.000 0.059 NA   NA
 5712394 5712395 CLD_0375 CLD_0374     TRUE 0.827 114.000 0.231 NA   NA
 5712396 5712397 CLD_0373 CLD_0372     FALSE 0.005 490.000 0.000 NA   NA
 5712397 5712398 CLD_0372 CLD_0371     TRUE 0.890 93.000 0.667 NA   NA
 5712398 5712399 CLD_0371 CLD_0370     FALSE 0.026 276.000 0.000 NA   NA
 5712403 5712404 CLD_0366 CLD_0365     FALSE 0.007 396.000 0.000 NA   NA
 5712404 5712405 CLD_0365 CLD_0364     TRUE 0.590 195.000 0.014 NA Y NA
 5712405 5712406 CLD_0364 CLD_0363     TRUE 0.973 36.000 0.040 0.002 Y NA
 5712406 5712407 CLD_0363 CLD_0362     TRUE 0.998 2.000 0.270 0.002 Y NA
 5712407 5712408 CLD_0362 CLD_0361     TRUE 0.850 121.000 0.294 1.000   NA
 5712408 5712409 CLD_0361 CLD_0360     FALSE 0.004 605.000 0.000 1.000   NA
 5712411 5712412 CLD_0358 CLD_0357     TRUE 0.835 78.000 0.286 NA   NA
 5712412 5712413 CLD_0357 CLD_0356     TRUE 0.823 87.000 0.250 NA   NA
 5712413 5712414 CLD_0356 CLD_0355     FALSE 0.036 254.000 0.000 NA   NA
 5712414 5712415 CLD_0355 CLD_0353     TRUE 0.683 64.000 0.034 NA   NA
 5712417 5712418 CLD_0352 CLD_0351     TRUE 0.715 137.000 0.079 1.000   NA
 5712419 5712420 CLD_0350 CLD_0349     FALSE 0.004 873.000 0.000 1.000 N NA
 5712421 5712422 CLD_0348 CLD_0347   rnhA TRUE 0.964 -25.000 0.003 NA   NA
 5712422 5712423 CLD_0347 CLD_0346 rnhA   TRUE 0.566 63.000 0.003 NA   NA
 5712423 5712424 CLD_0346 CLD_0345     FALSE 0.147 181.000 0.000 NA   NA
 5712424 5712425 CLD_0345 CLD_0344     TRUE 0.815 32.000 0.000 0.028   NA
 5712425 5712426 CLD_0344 CLD_0343     FALSE 0.004 653.000 0.000 NA   NA
 5712426 5712427 CLD_0343 CLD_0342     FALSE 0.035 258.000 0.000 NA   NA
 5712427 5712428 CLD_0342 CLD_0341   clpB FALSE 0.009 364.000 0.000 NA   NA
 5712429 5712430 CLD_0340 CLD_0339     TRUE 0.932 58.000 0.796 1.000   NA
 5712431 5712432 CLD_0338 CLD_0337 manA   FALSE 0.010 349.000 0.000 NA   NA
 5712432 5712433 CLD_0337 CLD_0336     TRUE 0.878 108.000 0.500 NA   NA
 5712433 5712434 CLD_0336 CLD_3817   rrs FALSE 0.007 410.000 0.000 NA   NA
 5712434 5712435 CLD_3817 CLD_0335 rrs   FALSE 0.302 143.000 0.000 NA   NA
 5712435 5712436 CLD_0335 CLD_0334     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5712436 5712437 CLD_0334 CLD_3818   rrl FALSE 0.358 73.000 0.000 NA   NA
 5712437 5712438 CLD_3818 CLD_0331 rrl rrf FALSE 0.338 94.000 0.000 NA   NA
 5712438 5712439 CLD_0331 CLD_0329 rrf   TRUE 0.893 8.000 0.000 NA   NA
 5712441 5712442 CLD_0327 CLD_0326     FALSE 0.004 746.000 0.000 1.000 N NA
 5712442 5712443 CLD_0326 CLD_0325     TRUE 0.659 144.000 0.027 0.061 N NA
 5712443 5712444 CLD_0325 CLD_0324     TRUE 0.972 36.000 0.054 0.061 Y NA
 5712444 5712445 CLD_0324 CLD_0323     FALSE 0.227 248.000 0.000 1.000 Y NA
 5712445 5712446 CLD_0323 CLD_0322     FALSE 0.004 524.000 0.000 NA N NA
 5712447 5712448 CLD_0321 CLD_0320   panD TRUE 0.525 88.000 0.004 NA   NA
 5712448 5712449 CLD_0320 CLD_0319 panD panC FALSE 0.348 310.000 0.342 1.000 Y NA
 5712449 5712450 CLD_0319 CLD_0318 panC panB TRUE 0.976 55.000 0.395 0.001 Y NA
 5712453 5712454 CLD_0315 CLD_0314     TRUE 0.993 3.000 0.667 NA   NA
 5712456 5712457 CLD_0312 CLD_0311 hypB   FALSE 0.046 236.000 0.000 NA   NA
 5712457 5712458 CLD_0311 CLD_0310     TRUE 0.573 40.000 0.000 NA   NA
 5712458 5712459 CLD_0310 CLD_0309     FALSE 0.397 62.000 0.000 NA   NA
 5712461 5712462 CLD_0307 CLD_0306   addA FALSE 0.458 158.000 0.010 1.000   NA
 5712462 5712463 CLD_0306 CLD_0305 addA   TRUE 0.546 140.000 0.010 1.000 N NA
 5712463 5712464 CLD_0305 CLD_0304   pepT TRUE 0.712 77.000 0.056 1.000 N NA
 5712466 5712467 CLD_0302 CLD_0301     FALSE 0.089 206.000 0.000 NA   NA
 5712467 5712468 CLD_0301 CLD_0300     TRUE 0.838 140.000 0.400 NA   NA
 5712468 5712469 CLD_0300 CLD_0299     FALSE 0.127 188.000 0.000 NA   NA
 5712469 5712470 CLD_0299 CLD_0298     TRUE 0.841 19.000 0.000 NA   NA
 5712471 5712472 CLD_0297 CLD_0296     TRUE 0.997 13.000 0.461 0.043 Y NA
 5712474 5712475 CLD_0294 CLD_0293   thiE FALSE 0.031 265.000 0.000 NA N NA
 5712475 5712476 CLD_0293 CLD_0292 thiE thiM TRUE 0.998 -9.000 0.190 0.005 Y NA
 5712476 5712477 CLD_0292 CLD_0291 thiM thiD FALSE 0.510 232.000 0.039 0.005 Y NA
 5712478 5712479 CLD_0290 CLD_0289 ddlB   FALSE 0.438 156.000 0.004 1.000 N NA
 5712479 5712480 CLD_0289 CLD_0288     TRUE 0.996 4.000 0.182 1.000 Y NA
 5712480 5712481 CLD_0288 CLD_0287     TRUE 0.997 1.000 0.241 0.032 Y NA
 5712481 5712482 CLD_0287 CLD_0286     TRUE 0.995 12.000 0.167 1.000 Y NA
 5712482 5712483 CLD_0286 CLD_0285     TRUE 0.995 2.000 0.048 0.034 Y NA
 5712483 5712484 CLD_0285 CLD_0284     TRUE 0.959 29.000 0.222 NA   NA
 5712484 5712485 CLD_0284 CLD_0283     FALSE 0.007 402.000 0.000 NA   NA
 5712485 5712486 CLD_0283 CLD_0282     TRUE 0.993 -3.000 0.500 NA   NA
 5712486 5712487 CLD_0282 CLD_0281     FALSE 0.018 299.000 0.000 NA   NA
 5712487 5712488 CLD_0281 CLD_0280     TRUE 0.603 61.000 0.007 NA   NA
 5712488 5712489 CLD_0280 CLD_0279     TRUE 0.948 10.000 0.007 NA   NA
 5712489 5712490 CLD_0279 CLD_0278     FALSE 0.393 164.000 0.010 NA   NA
 5712490 5712491 CLD_0278 CLD_0277     TRUE 0.543 134.000 0.010 NA   NA
 5712491 5712492 CLD_0277 CLD_0276     FALSE 0.443 176.000 0.050 NA   NA
 5712492 5712493 CLD_0276 CLD_0275     TRUE 0.969 2.000 0.025 NA   NA
 5712494 5712495 CLD_0274 CLD_0273     TRUE 0.825 21.000 0.000 NA   NA
 5712496 5712497 CLD_0272 CLD_0271   sbcC TRUE 0.995 -25.000 0.669 NA N NA
 5712497 5712498 CLD_0271 CLD_0270 sbcC   TRUE 0.869 28.000 0.005 NA   NA
 5712498 5712499 CLD_0270 CLD_0269     FALSE 0.003 829.000 0.000 NA   NA
 5712499 5712500 CLD_0269 CLD_0268     FALSE 0.005 471.000 0.000 NA   NA
 5712500 5712501 CLD_0268 CLD_0267   cadA TRUE 0.708 76.000 0.053 1.000 N NA
 5712501 5712502 CLD_0267 CLD_0266 cadA   FALSE 0.006 421.000 0.000 NA   NA
 5712502 5712503 CLD_0266 CLD_0265     FALSE 0.003 835.000 0.000 NA   NA
 5712503 5712504 CLD_0265 CLD_0264     FALSE 0.030 268.000 0.000 NA N NA
 5712504 5712505 CLD_0264 CLD_0263     TRUE 0.992 10.000 0.667 NA   NA
 5712505 5712506 CLD_0263 CLD_0262     FALSE 0.014 322.000 0.000 NA   NA
 5712506 5712507 CLD_0262 CLD_0261   sagB TRUE 0.677 165.000 0.222 NA   NA
 5712507 5712508 CLD_0261 CLD_0260 sagB sagC TRUE 0.987 4.000 0.222 NA   NA
 5712508 5712509 CLD_0260 CLD_0259 sagC sagD TRUE 0.984 16.000 0.318 NA   NA
 5712509 5712510 CLD_0259 CLD_0258 sagD   TRUE 0.986 -25.000 0.091 NA   NA
 5712510 5712511 CLD_0258 CLD_0257     TRUE 0.994 8.000 1.000 NA   NA
 5712511 5712512 CLD_0257 CLD_0256   sagG FALSE 0.015 310.000 0.000 NA   NA
 5712512 5712513 CLD_0256 CLD_0255 sagG sagH TRUE 0.990 12.000 0.500 NA N NA
 5712513 5712514 CLD_0255 CLD_0254 sagH sagI TRUE 0.986 2.000 0.160 NA N NA
 5712514 5712515 CLD_0254 CLD_0253 sagI   FALSE 0.047 244.000 0.000 1.000   NA
 5712516 5712517 CLD_0252 CLD_0251     TRUE 0.871 118.000 0.409 NA   NA
 5712517 5712518 CLD_0251 CLD_0250     TRUE 0.732 127.000 0.091 NA   NA
 5712519 5712520 CLD_0249 CLD_0248 trmB   FALSE 0.077 213.000 0.000 NA   NA
 5712522 5712523 CLD_0246 CLD_0245 fabG   TRUE 0.701 63.000 0.032 1.000 N NA
 5712525 5712526 CLD_0243 CLD_0242     FALSE 0.033 262.000 0.000 NA N NA
 5712526 5712527 CLD_0242 CLD_0241     FALSE 0.022 297.000 0.000 1.000   NA
 5712527 5712528 CLD_0241 CLD_0240     TRUE 0.954 36.000 0.400 1.000   NA
 5712528 5712529 CLD_0240 CLD_0239     FALSE 0.079 336.000 0.000 1.000 Y NA
 5712529 5712530 CLD_0239 CLD_0238   serS FALSE 0.006 482.000 0.000 1.000 N NA
 5712530 5712531 CLD_0238 CLD_0237 serS   FALSE 0.004 755.000 0.000 1.000 N NA
 5712532 5712533 CLD_0236 CLD_0235     FALSE 0.005 493.000 0.000 1.000   NA
 5712536 5712537 CLD_0232 CLD_0231     FALSE 0.165 176.000 0.000 NA   NA
 5712542 5712543 CLD_0226 CLD_0225     FALSE 0.286 148.000 0.000 NA   NA
 5712546 5712547 CLD_0222 CLD_0221     FALSE 0.004 624.000 0.000 NA   NA
 5712547 5712548 CLD_0221 CLD_0220     FALSE 0.053 438.000 0.000 0.005 Y NA
 5712548 5712549 CLD_0220 CLD_0219     FALSE 0.012 348.000 0.000 1.000   NA
 5712549 5712550 CLD_0219 CLD_0218     TRUE 0.741 45.000 0.008 1.000   NA
 5712551 5712552 CLD_0217 CLD_0216     FALSE 0.129 294.000 0.000 1.000 Y NA
 5712552 5712553 CLD_0216 CLD_0215     TRUE 0.998 0.000 0.455 0.001 Y NA
 5712554 5712555 CLD_0214 CLD_0213     FALSE 0.005 447.000 0.000 NA   NA
 5712557 5712558 CLD_0211 CLD_0210     TRUE 0.997 3.000 0.313 NA Y NA
 5712558 5712559 CLD_0210 CLD_0209     FALSE 0.009 362.000 0.000 NA   NA
 5712559 5712560 CLD_0209 CLD_0208     TRUE 0.915 0.000 0.000 NA   NA
 5712560 5712561 CLD_0208 CLD_0207   pepP FALSE 0.066 220.000 0.000 NA   NA
 5712562 5712563 CLD_0206 CLD_0205     FALSE 0.370 68.000 0.000 NA   NA
 5712563 5712564 CLD_0205 CLD_0204     TRUE 0.543 67.000 0.000 0.013   NA
 5712565 5712566 CLD_0203 CLD_0202     FALSE 0.003 963.000 0.000 NA   NA
 5712566 5712567 CLD_0202 CLD_0201     FALSE 0.029 269.000 0.000 NA   NA
 5712567 5712568 CLD_0201 CLD_0200     TRUE 0.982 12.000 0.184 NA   NA
 5712568 5712569 CLD_0200 CLD_0199     FALSE 0.005 465.000 0.000 NA   NA
 5712569 5712570 CLD_0199 CLD_0198     FALSE 0.003 919.000 0.000 NA   NA
 5712572 5712573 CLD_0196 CLD_0195 mscL   FALSE 0.012 330.000 0.000 NA   NA
 5712575 5712576 CLD_0193 CLD_0192     FALSE 0.005 484.000 0.000 NA   NA
 5712576 5712577 CLD_0192 CLD_0191     TRUE 0.989 -7.000 0.165 1.000 N NA
 5712577 5712578 CLD_0191 CLD_0190     TRUE 0.975 0.000 0.035 NA   NA
 5712578 5712579 CLD_0190 CLD_0189   potA FALSE 0.003 862.000 0.000 NA   NA
 5712579 5712580 CLD_0189 CLD_0188 potA potB TRUE 0.998 0.000 0.789 1.000 Y NA
 5712580 5712581 CLD_0188 CLD_0187 potB   TRUE 0.994 0.000 0.022 0.031 Y NA
 5712583 5712584 CLD_0185 CLD_0184     FALSE 0.365 133.000 0.000 1.000   NA
 5712586 5712587 CLD_0182 CLD_0181     FALSE 0.366 115.000 0.000 NA   NA
 5712587 5712588 CLD_0181 CLD_0180     FALSE 0.096 202.000 0.000 NA   NA
 5712588 5712589 CLD_0180 CLD_0179     TRUE 0.990 -10.000 0.208 NA   NA
 5712589 5712590 CLD_0179 CLD_0178   lepB TRUE 0.855 68.000 0.333 NA   NA
 5712590 5712591 CLD_0178 CLD_0177 lepB   FALSE 0.004 821.000 0.000 1.000 N NA
 5712591 5712592 CLD_0177 CLD_0176     FALSE 0.004 602.000 0.000 NA   NA
 5712592 5712593 CLD_0176 CLD_0175     TRUE 0.965 40.000 1.000 NA   NA
 5712593 5712594 CLD_0175 CLD_0174     FALSE 0.004 696.000 0.000 NA   NA
 5712594 5712595 CLD_0174 CLD_0173     FALSE 0.004 607.000 0.000 NA   NA
 5712595 5712596 CLD_0173 CLD_0172     TRUE 0.983 -7.000 0.080 NA   NA
 5712596 5712597 CLD_0172 CLD_0171     TRUE 0.971 37.000 1.000 NA   NA
 5712597 5712598 CLD_0171 CLD_0170     TRUE 0.939 35.000 0.222 NA   NA
 5712598 5712599 CLD_0170 CLD_0169     TRUE 0.604 178.000 0.222 NA   NA
 5712599 5712600 CLD_0169 CLD_0168     TRUE 0.979 23.000 0.400 NA   NA
 5712600 5712601 CLD_0168 CLD_0167     TRUE 0.984 -3.000 0.095 NA   NA
 5712601 5712602 CLD_0167 CLD_0166     TRUE 0.983 15.000 0.238 NA N NA
 5712602 5712603 CLD_0166 CLD_0165     FALSE 0.004 682.000 0.000 NA   NA
 5712603 5712604 CLD_0165 CLD_0164     FALSE 0.013 328.000 0.000 NA   NA
 5712604 5712605 CLD_0164 CLD_0163     FALSE 0.007 398.000 0.000 NA   NA
 5712605 5712606 CLD_0163 CLD_0162     FALSE 0.005 487.000 0.000 NA   NA
 5712607 5712608 CLD_0161 CLD_0160     FALSE 0.014 335.000 0.000 1.000 N NA
 5712609 5712610 CLD_0159 CLD_0158 asnS   FALSE 0.020 294.000 0.000 NA N NA
 5712610 5712611 CLD_0158 CLD_0157     TRUE 0.988 17.000 0.571 NA   NA
 5712611 5712612 CLD_0157 CLD_0156     FALSE 0.093 203.000 0.000 NA   NA
 5712612 5712613 CLD_0156 CLD_0155     TRUE 0.994 2.000 0.714 NA   NA
 5712613 5712614 CLD_0155 CLD_0154     FALSE 0.006 422.000 0.000 NA   NA
 5712614 5712615 CLD_0154 CLD_0153     FALSE 0.006 429.000 0.000 NA   NA
 5712615 5712616 CLD_0153 CLD_0152     TRUE 0.991 13.000 0.667 NA   NA
 5712616 5712617 CLD_0152 CLD_0151     FALSE 0.004 584.000 0.000 1.000   NA
 5712617 5712618 CLD_0151 CLD_0150     FALSE 0.510 98.000 0.000 0.010   NA
 5712618 5712619 CLD_0150 CLD_0149     FALSE 0.190 175.000 0.000 1.000   NA
 5712619 5712620 CLD_0149 CLD_0148     TRUE 0.998 5.000 0.692 1.000 Y NA
 5712620 5712621 CLD_0148 CLD_0147     FALSE 0.014 337.000 0.000 1.000 N NA
 5712621 5712622 CLD_0147 CLD_0146     TRUE 0.962 21.000 0.085 1.000 N NA
 5712622 5712623 CLD_0146 CLD_0145     TRUE 0.994 29.000 0.932 1.000 Y NA
 5712624 5712625 CLD_0144 CLD_0143     FALSE 0.312 141.000 0.000 NA N NA
 5712625 5712626 CLD_0143 CLD_0142     TRUE 0.929 -3.000 0.000 1.000   NA
 5712627 5712628 CLD_0141 CLD_0140 rodA   FALSE 0.007 391.000 0.000 NA   NA
 5712630 5712631 CLD_0138 CLD_0137     TRUE 0.697 170.000 0.286 1.000 N NA
 5712632 5712633 CLD_0136 CLD_0135 csaA   FALSE 0.226 208.000 0.023 1.000   NA
 5712633 5712634 CLD_0135 CLD_0134     FALSE 0.035 298.000 0.000 0.027 N NA
 5712635 5712636 CLD_0133 CLD_0132     FALSE 0.009 367.000 0.000 NA   NA
 5712636 5712637 CLD_0132 CLD_0131     FALSE 0.325 383.000 0.667 0.033 Y NA
 5712637 5712638 CLD_0131 CLD_0130     TRUE 0.915 0.000 0.000 NA   NA
 5712638 5712639 CLD_0130 CLD_0129     TRUE 0.895 7.000 0.000 NA   NA
 5712641 5712642 CLD_0127 CLD_0126     FALSE 0.190 175.000 0.000 1.000   NA
 5712643 5712644 CLD_0125 CLD_0124     TRUE 0.917 23.000 0.015 NA   NA
 5712646 5712647 CLD_0122 CLD_0121     TRUE 0.978 -3.000 0.014 0.016 N NA
 5712647 5712648 CLD_0121 CLD_0120     TRUE 0.930 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5712648 5712649 CLD_0120 CLD_0119     TRUE 0.534 139.000 0.006 1.000 N NA
 5712650 5712651 CLD_0118 CLD_0117 rhlE   FALSE 0.004 589.000 0.000 1.000   NA
 5712651 5712652 CLD_0117 CLD_0116     TRUE 0.686 172.000 0.286 1.000   NA
 5712652 5712653 CLD_0116 CLD_0115     TRUE 0.967 28.000 0.250 1.000 N NA
 5712655 5712656 CLD_0113 CLD_0112     TRUE 0.995 -3.000 0.713 1.000 N NA
 5712656 5712657 CLD_0112 CLD_0111     FALSE 0.366 116.000 0.000 NA   NA
 5712659 5712660 CLD_0109 CLD_0108     FALSE 0.355 123.000 0.000 NA   NA
 5712660 5712661 CLD_0108 CLD_0107     FALSE 0.367 117.000 0.000 NA   NA
 5712663 5712664 CLD_0105 CLD_0104     TRUE 0.991 -3.000 0.333 NA   NA
 5712664 5712665 CLD_0104 CLD_0103     FALSE 0.014 322.000 0.000 NA   NA
 5712665 5712666 CLD_0103 CLD_0102     TRUE 0.552 205.000 0.409 1.000   NA
 5712666 5712667 CLD_0102 CLD_0101     TRUE 0.974 12.000 0.074 1.000   NA
 5712667 5712668 CLD_0101 CLD_0100     FALSE 0.007 424.000 0.000 1.000   NA
 5712668 5712669 CLD_0100 CLD_0099     TRUE 0.719 158.000 0.190 1.000 N NA
 5712669 5712670 CLD_0099 CLD_0098     FALSE 0.095 293.000 0.071 1.000 N NA
 5712670 5712671 CLD_0098 CLD_0097     TRUE 0.947 26.000 0.089 NA   NA
 5712671 5712672 CLD_0097 CLD_0096     FALSE 0.015 312.000 0.000 NA   NA
 5712674 5712675 CLD_0094 CLD_0093     TRUE 0.979 7.000 0.100 NA   NA
 5712675 5712676 CLD_0093 CLD_0092     FALSE 0.029 269.000 0.000 NA   NA
 5712676 5712677 CLD_0092 CLD_0091     FALSE 0.275 151.000 0.000 NA   NA
 5712677 5712678 CLD_0091 CLD_0090     FALSE 0.433 57.000 0.000 NA   NA
 5712678 5712679 CLD_0090 CLD_0089     TRUE 0.988 -13.000 0.118 1.000   NA
 5712679 5712680 CLD_0089 CLD_0088     TRUE 0.981 31.000 1.000 NA   NA
 5712680 5712681 CLD_0088 CLD_0087   blaI FALSE 0.004 547.000 0.000 NA   NA
 5712681 5712682 CLD_0087 CLD_0086 blaI   TRUE 0.970 40.000 0.182 NA Y NA
 5712682 5712683 CLD_0086 CLD_0085     FALSE 0.035 258.000 0.000 NA   NA
 5712683 5712684 CLD_0085 CLD_0084     FALSE 0.016 309.000 0.000 NA   NA
 5712684 5712685 CLD_0084 CLD_0083   greA FALSE 0.462 157.000 0.008 1.000 N NA
 5712685 5712686 CLD_0083 CLD_0082 greA   FALSE 0.453 167.000 0.031 NA   NA
 5712686 5712687 CLD_0082 CLD_0081     FALSE 0.005 489.000 0.000 NA   NA
 5712687 5712688 CLD_0081 CLD_0080     FALSE 0.005 537.000 0.000 1.000 N NA
 5712688 5712689 CLD_0080 CLD_0079   fhuB TRUE 0.955 96.000 0.500 1.000 Y NA
 5712689 5712690 CLD_0079 CLD_0078 fhuB fhuG TRUE 0.999 0.000 0.750 0.031 Y NA
 5712690 5712691 CLD_0078 CLD_0077 fhuG fhuC FALSE 0.232 317.000 0.100 1.000 Y NA
 5712691 5712692 CLD_0077 CLD_0076 fhuC nifH TRUE 0.984 30.000 0.150 1.000 Y NA
 5712692 5712693 CLD_0076 CLD_0075 nifH   TRUE 0.994 3.000 0.571 0.048   NA
 5712693 5712694 CLD_0075 CLD_0074     TRUE 0.973 40.000 1.000 0.037   NA
 5712694 5712695 CLD_0074 CLD_0073     FALSE 0.006 474.000 0.000 1.000 N NA
 5712695 5712696 CLD_0073 CLD_0072     FALSE 0.402 61.000 0.000 NA   NA
 5712698 5712699 CLD_0070 CLD_0069 gcvT gcvH FALSE 0.246 266.000 0.000 0.001 Y NA
 5712699 5712700 CLD_0069 CLD_0068 gcvH gcvPA TRUE 0.990 3.000 0.005 1.000 Y NA
 5712700 5712701 CLD_0068 CLD_0067 gcvPA gcvPB TRUE 0.998 0.000 0.316 0.001 Y NA
 5712701 5712702 CLD_0067 CLD_0066 gcvPB   FALSE 0.034 325.000 0.010 1.000 N NA
 5712702 5712703 CLD_0066 CLD_0065     FALSE 0.456 194.000 0.118 1.000 N NA
 5712703 5712704 CLD_0065 CLD_0064     FALSE 0.009 360.000 0.000 NA   NA
 5712704 5712705 CLD_0064 CLD_0063     FALSE 0.402 61.000 0.000 NA   NA
 5712705 5712706 CLD_0063 CLD_0062     FALSE 0.361 121.000 0.000 NA   NA
 5712706 5712707 CLD_0062 CLD_0061     TRUE 0.545 43.000 0.000 NA   NA
 5712707 5712708 CLD_0061 CLD_0060     FALSE 0.390 63.000 0.000 NA   NA
 5712708 5712709 CLD_0060 CLD_0059     FALSE 0.065 221.000 0.000 NA   NA
 5712709 5712710 CLD_0059 CLD_0058     FALSE 0.130 187.000 0.000 NA   NA
 5712710 5712711 CLD_0058 CLD_0057     TRUE 0.999 -3.000 0.875 1.000 Y NA
 5712711 5712712 CLD_0057 CLD_0056     TRUE 0.920 73.000 0.875 1.000 N NA
 5712712 5712713 CLD_0056 CLD_0055     TRUE 0.996 -3.000 0.875 NA   NA
 5712713 5712714 CLD_0055 CLD_0054     FALSE 0.003 756.000 0.000 NA   NA
 5712714 5712715 CLD_0054 CLD_0053     FALSE 0.057 232.000 0.000 1.000   NA
 5712715 5712716 CLD_0053 CLD_0052     FALSE 0.009 363.000 0.000 NA   NA
 5712716 5712717 CLD_0052 CLD_0051     FALSE 0.455 55.000 0.000 NA   NA
 5712717 5712718 CLD_0051 CLD_0050     TRUE 0.889 10.000 0.000 NA   NA
 5712718 5712719 CLD_0050 CLD_0049     FALSE 0.044 239.000 0.000 NA   NA
 5712721 5712722 CLD_0047 CLD_0046     FALSE 0.053 230.000 0.000 NA   NA
 5712722 5712723 CLD_0046 CLD_0045     FALSE 0.337 97.000 0.000 NA   NA
 5712723 5712724 CLD_0045 CLD_0044     FALSE 0.348 87.000 0.000 NA   NA
 5712726 5712727 CLD_0042 CLD_0041     TRUE 0.517 52.000 0.000 1.000   NA
 5712727 5712728 CLD_0041 CLD_0040     TRUE 0.996 -13.000 0.094 1.000 Y NA
 5712730 5712731 CLD_0038 CLD_0037     FALSE 0.028 1114.000 0.000 0.026 Y NA
 5712731 5712732 CLD_0037 CLD_0036     TRUE 0.713 86.000 0.071 NA   NA
 5712734 5712735 CLD_0034 CLD_0033     FALSE 0.004 558.000 0.000 NA   NA
 5712735 5712736 CLD_0033 CLD_0032     FALSE 0.217 210.000 0.027 NA   NA
 5712736 5712737 CLD_0032 CLD_0031     TRUE 0.923 -7.000 0.000 NA   NA
 5712737 5712738 CLD_0031 CLD_0030     TRUE 0.713 31.000 0.000 NA   NA
 5712738 5712739 CLD_0030 CLD_0029     TRUE 0.626 105.000 0.025 NA   NA
 5712740 5712741 CLD_0028 CLD_0027   luxS TRUE 0.971 -16.000 0.010 1.000 N NA
 5712741 5712742 CLD_0027 CLD_0026 luxS metC TRUE 0.977 2.000 0.048 1.000 N NA
 5712742 5712743 CLD_0026 CLD_0025 metC   TRUE 0.621 101.000 0.021 1.000 N NA
 5712744 5712745 CLD_0024 CLD_0023     FALSE 0.044 251.000 0.000 1.000 N NA
 5712745 5712746 CLD_0023 CLD_0022     TRUE 0.670 34.000 0.000 NA   NA
 5712746 5712747 CLD_0022 CLD_0021     FALSE 0.038 251.000 0.000 NA   NA
 5712747 5712748 CLD_0021 CLD_0020     FALSE 0.013 338.000 0.000 1.000 N NA
 5712749 5712750 CLD_0019 CLD_0018     TRUE 0.698 88.000 0.061 NA   NA
 5712750 5712751 CLD_0018 CLD_0017     FALSE 0.004 533.000 0.000 NA   NA
 5712751 5712752 CLD_0017 CLD_0016     FALSE 0.339 93.000 0.000 NA   NA
 5712753 5712754 CLD_0015 CLD_0014     FALSE 0.130 187.000 0.000 NA   NA
 5712754 5712755 CLD_0014 CLD_0013     TRUE 0.838 167.000 1.000 NA   NA
 5712755 5712756 CLD_0013 CLD_0012     FALSE 0.043 240.000 0.000 NA   NA
 5712756 5712757 CLD_0012 CLD_0011     FALSE 0.302 143.000 0.000 NA   NA
 5712757 5712758 CLD_0011 CLD_0010     FALSE 0.365 114.000 0.000 NA   NA
 5712758 5712759 CLD_0010 CLD_0009     FALSE 0.145 182.000 0.000 NA   NA
 5712759 5712760 CLD_0009 CLD_0008     FALSE 0.009 369.000 0.000 NA   NA
 5712760 5712761 CLD_0008 CLD_0007     TRUE 0.833 20.000 0.000 NA   NA
 5712763 5712764 CLD_0005 CLD_0004     FALSE 0.009 363.000 0.000 NA   NA
 5712764 5712765 CLD_0004 CLD_0003     FALSE 0.235 160.000 0.000 NA   NA
 5712765 5712766 CLD_0003 CLD_0002     FALSE 0.003 872.000 0.000 NA   NA
 5712766 5712767 CLD_0002 CLD_0001     FALSE 0.313 140.000 0.000 NA   NA
 5712767 5712768 CLD_0001 CLD_3804     FALSE 0.355 123.000 0.000 NA   NA
 5712770 5712771 CLD_3802 CLD_3801 arsC   FALSE 0.010 366.000 0.000 1.000   NA
 5712771 5712772 CLD_3801 CLD_3800     TRUE 0.652 144.000 0.053 1.000   NA
 5712772 5712773 CLD_3800 CLD_3799     FALSE 0.014 335.000 0.000 1.000   NA
 5712773 5712774 CLD_3799 CLD_3798     TRUE 0.993 -7.000 0.400 NA   NA
 5712774 5712775 CLD_3798 CLD_3797     FALSE 0.005 456.000 0.000 NA   NA
 5712775 5712776 CLD_3797 CLD_3796   thyA TRUE 0.972 -10.000 0.017 NA   NA
 5712776 5712777 CLD_3796 CLD_3795 thyA   TRUE 0.958 12.000 0.017 1.000 N NA
 5712777 5712778 CLD_3795 CLD_3794     TRUE 0.823 46.000 0.047 1.000 N NA
 5712778 5712779 CLD_3794 CLD_3793   thiD TRUE 0.690 78.000 0.043 1.000 N NA
 5712779 5712780 CLD_3793 CLD_3792 thiD   FALSE 0.418 178.000 0.043 NA   NA
 5712782 5712783 CLD_3790 CLD_3787     TRUE 0.521 47.000 0.000 NA   NA
 5712783 5712784 CLD_3787 CLD_3786     FALSE 0.365 114.000 0.000 NA   NA
 5712784 5712785 CLD_3786 CLD_3785     FALSE 0.003 718.000 0.000 NA   NA
 5712785 5712786 CLD_3785 CLD_3784     FALSE 0.024 279.000 0.000 NA   NA
 5712786 5712787 CLD_3784 CLD_3783     FALSE 0.473 184.000 0.100 NA   NA
 5712787 5712788 CLD_3783 CLD_3782     TRUE 0.998 -13.000 0.750 NA Y NA
 5712788 5712789 CLD_3782 CLD_3781     FALSE 0.004 508.000 0.000 NA   NA
 5712789 5712790 CLD_3781 CLD_3780     FALSE 0.055 228.000 0.000 NA   NA
 5712790 5712791 CLD_3780 CLD_3779     TRUE 0.945 153.000 0.636 1.000 Y NA
 5712791 5712792 CLD_3779 CLD_3778     FALSE 0.141 189.000 0.000 1.000   NA
 5712794 5712795 CLD_3776 CLD_3775     FALSE 0.004 566.000 0.000 NA   NA
 5712795 5712796 CLD_3775 CLD_3774   hypB FALSE 0.164 219.000 0.015 NA   NA
 5712796 5712797 CLD_3774 CLD_3773 hypB   TRUE 0.904 38.000 0.115 1.000 N NA
 5712797 5712798 CLD_3773 CLD_3772     TRUE 0.851 83.000 0.333 1.000   NA
 5712798 5712799 CLD_3772 CLD_3770     FALSE 0.018 298.000 0.000 NA   NA
 5712799 5712800 CLD_3770 CLD_3769   dapB FALSE 0.014 321.000 0.000 NA   NA
 5712800 5712801 CLD_3769 CLD_3768 dapB   FALSE 0.015 319.000 0.000 NA N NA
 5712801 5712802 CLD_3768 CLD_3767     TRUE 0.678 53.000 0.008 NA N NA
 5712802 5712803 CLD_3767 CLD_3766     FALSE 0.081 218.000 0.000 1.000 N NA
 5712803 5712804 CLD_3766 CLD_3765     FALSE 0.136 193.000 0.000 1.000 N NA
 5712804 5712805 CLD_3765 CLD_3764     FALSE 0.041 243.000 0.000 NA   NA
 5712805 5712806 CLD_3764 CLD_3763     FALSE 0.366 116.000 0.000 NA   NA
 5712806 5712807 CLD_3763 CLD_3762     FALSE 0.482 52.000 0.000 NA   NA
 5712807 5712808 CLD_3762 CLD_3761     FALSE 0.010 348.000 0.000 NA   NA
 5712808 5712809 CLD_3761 CLD_3760     FALSE 0.011 338.000 0.000 NA   NA
 5712809 5712810 CLD_3760 CLD_3759   brnQ FALSE 0.005 565.000 0.000 1.000 N NA
 5712810 5712811 CLD_3759 CLD_3758 brnQ brnQ TRUE 0.729 166.000 0.000 0.001 Y NA
 5712813 5712814 CLD_3756 CLD_3755 feoA   TRUE 0.634 139.000 0.033 1.000   NA
 5712814 5712815 CLD_3755 CLD_3754   feoB TRUE 0.988 2.000 0.105 0.005   NA
 5712815 5712816 CLD_3754 CLD_3753 feoB cobC FALSE 0.004 733.000 0.000 1.000 N NA
 5712816 5712817 CLD_3753 CLD_3752 cobC   FALSE 0.024 291.000 0.000 1.000 N NA
 5712817 5712818 CLD_3752 CLD_3751   cobS FALSE 0.032 272.000 0.000 1.000 N NA
 5712818 5712819 CLD_3751 CLD_3750 cobS   FALSE 0.222 162.000 0.000 NA   NA
 5712819 5712820 CLD_3750 CLD_3749     FALSE 0.042 242.000 0.000 NA   NA
 5712820 5712821 CLD_3749 CLD_3748     TRUE 0.672 133.000 0.053 NA   NA
 5712821 5712822 CLD_3748 CLD_3747     TRUE 0.990 18.000 0.828 NA   NA
 5712822 5712823 CLD_3747 CLD_3746     FALSE 0.004 569.000 0.000 NA   NA
 5712823 5712824 CLD_3746 CLD_3745     FALSE 0.030 267.000 0.000 NA   NA
 5712824 5712825 CLD_3745 CLD_3744   folP TRUE 0.845 104.000 0.003 1.000 Y NA
 5712825 5712826 CLD_3744 CLD_3743 folP   FALSE 0.426 153.000 0.003 NA   NA
 5712826 5712827 CLD_3743 CLD_3742   folK FALSE 0.509 100.000 0.003 NA   NA
 5712827 5712828 CLD_3742 CLD_3741 folK   FALSE 0.369 119.000 0.000 NA N NA
 5712828 5712829 CLD_3741 CLD_3740     FALSE 0.007 405.000 0.000 NA N NA
 5712829 5712830 CLD_3740 CLD_3739     TRUE 0.767 55.000 0.039 1.000 N NA
 5712830 5712831 CLD_3739 CLD_3738     FALSE 0.159 329.000 0.012 0.019 Y NA
 5712831 5712832 CLD_3738 CLD_3737     FALSE 0.003 815.000 0.000 NA   NA
 5712832 5712833 CLD_3737 CLD_3736     FALSE 0.005 443.000 0.000 NA   NA
 5712833 5712834 CLD_3736 CLD_3735     TRUE 0.991 5.000 0.500 NA   NA
 5712834 5712835 CLD_3735 CLD_3734     FALSE 0.009 370.000 0.000 NA   NA
 5712837 5712838 CLD_3732 CLD_3731 nimA   FALSE 0.052 231.000 0.000 NA   NA
 5712840 5712841 CLD_3729 CLD_3728     FALSE 0.006 438.000 0.000 1.000   NA
 5712842 5712843 CLD_3727 CLD_3726     TRUE 0.976 19.000 0.200 NA   NA
 5712843 5712844 CLD_3726 CLD_3725     TRUE 0.987 -28.000 0.100 1.000   NA
 5712845 5712846 CLD_3724 CLD_3723     FALSE 0.244 158.000 0.000 NA   NA
 5712848 5712849 CLD_3721 CLD_3720     FALSE 0.261 154.000 0.000 NA   NA
 5712850 5712851 CLD_3719 CLD_3718     TRUE 0.924 18.000 0.000 0.005   NA
 5712851 5712852 CLD_3718 CLD_3717     FALSE 0.382 105.000 0.000 1.000   NA
 5712852 5712853 CLD_3717 CLD_3716     FALSE 0.089 344.000 0.000 0.063 Y NA
 5712854 5712855 CLD_3715 CLD_3714     TRUE 0.923 -7.000 0.000 NA   NA
 5712855 5712856 CLD_3714 CLD_3713     FALSE 0.422 58.000 0.000 NA   NA
 5712856 5712857 CLD_3713 CLD_3712     FALSE 0.390 63.000 0.000 NA   NA
 5712858 5712859 CLD_3711 CLD_3710     FALSE 0.025 277.000 0.000 NA   NA
 5712860 5712861 CLD_3709 CLD_3708     FALSE 0.009 364.000 0.000 NA   NA
 5712862 5712863 CLD_3707 CLD_3706 oxdD   FALSE 0.009 363.000 0.000 NA   NA
 5712863 5712864 CLD_3706 CLD_3705     TRUE 0.639 58.000 0.010 NA   NA
 5712865 5712866 CLD_3704 CLD_3703     FALSE 0.031 273.000 0.000 1.000   NA
 5712867 5712868 CLD_3702 CLD_3701     TRUE 0.713 31.000 0.000 NA   NA
 5712868 5712869 CLD_3701 CLD_3700     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5712870 5712871 CLD_3699 CLD_3698     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5712874 5712875 CLD_3695 CLD_3694     TRUE 0.992 0.000 0.400 NA   NA
 5712875 5712876 CLD_3694 CLD_3693     FALSE 0.004 654.000 0.000 NA   NA
 5712878 5712879 CLD_3691 CLD_3690     FALSE 0.042 242.000 0.000 NA   NA
 5712880 5712881 CLD_3689 CLD_3688     FALSE 0.052 231.000 0.000 NA   NA
 5712881 5712882 CLD_3688 CLD_3687     FALSE 0.352 77.000 0.000 NA   NA
 5712882 5712883 CLD_3687 CLD_3686     FALSE 0.006 667.000 0.000 0.090   NA
 5712883 5712884 CLD_3686 CLD_3685     FALSE 0.383 125.000 0.000 1.000   NA
 5712884 5712885 CLD_3685 CLD_3684     FALSE 0.086 328.000 0.000 1.000 Y NA
 5712885 5712886 CLD_3684 CLD_3683     FALSE 0.339 130.000 0.000 NA   NA
 5712888 5712889 CLD_3681 CLD_3680     FALSE 0.011 351.000 0.000 1.000   NA
 5712889 5712890 CLD_3680 CLD_3679     FALSE 0.031 274.000 0.000 1.000   NA
 5712890 5712891 CLD_3679 CLD_3678     TRUE 0.959 25.000 0.111 1.000   NA
 5712892 5712893 CLD_3677 CLD_3676     TRUE 0.922 112.000 1.000 NA   NA
 5712894 5712895 CLD_3675 CLD_3674     FALSE 0.005 521.000 0.000 1.000   NA
 5712895 5712896 CLD_3674 CLD_3673     FALSE 0.006 419.000 0.000 NA   NA
 5712897 5712898 CLD_3672 CLD_3671     FALSE 0.237 164.000 0.000 1.000   NA
 5712901 5712902 CLD_3668 CLD_3667     TRUE 0.727 30.000 0.000 NA   NA
 5712902 5712903 CLD_3667 CLD_3666     FALSE 0.010 357.000 0.000 NA   NA
 5712904 5712905 CLD_3665 CLD_3664     FALSE 0.170 175.000 0.000 NA   NA
 5712905 5712906 CLD_3664 CLD_3663     FALSE 0.031 264.000 0.000 NA   NA
 5712906 5712907 CLD_3663 CLD_3662     FALSE 0.071 218.000 0.000 NA   NA
 5712907 5712908 CLD_3662 CLD_3661     TRUE 0.864 16.000 0.000 NA   NA
 5712909 5712910 CLD_3660 CLD_3659     TRUE 0.928 64.000 1.000 NA   NA
 5712910 5712911 CLD_3659 CLD_3658     FALSE 0.006 439.000 0.000 NA   NA
 5712911 5712912 CLD_3658 CLD_3657     FALSE 0.004 538.000 0.000 NA   NA
 5712914 5712915 CLD_3655 CLD_3654     TRUE 0.997 0.000 0.333 1.000 Y NA
 5712915 5712916 CLD_3654 CLD_3653     FALSE 0.021 292.000 0.000 NA   NA
 5712916 5712917 CLD_3653 CLD_3652     FALSE 0.065 221.000 0.000 NA   NA
 5712917 5712918 CLD_3652 CLD_3651     FALSE 0.013 343.000 0.000 1.000   NA
 5712918 5712919 CLD_3651 CLD_3650     TRUE 0.762 79.000 0.100 1.000 N NA
 5712919 5712920 CLD_3650 CLD_3649   cobU FALSE 0.028 279.000 0.000 1.000 N NA
 11465117 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 435.000 0.000 NA   NA
 11607480 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 435.000 0.000 NA   NA
 11749872 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 435.000 0.000 NA   NA
 11465118 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 463.000 0.000 NA   NA
 11607481 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 463.000 0.000 NA   NA
 11749873 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 463.000 0.000 NA   NA
 11465119 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 499.000 0.000 NA   NA
 11607482 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 499.000 0.000 NA   NA
 11749874 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 499.000 0.000 NA   NA
 11465120 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 527.000 0.000 NA   NA
 11607483 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 527.000 0.000 NA   NA
 11749875 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 527.000 0.000 NA   NA
 11465121 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 566.000 0.000 NA   NA
 11607484 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 566.000 0.000 NA   NA
 11749876 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 566.000 0.000 NA   NA
 11465122 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 594.000 0.000 NA   NA
 11607485 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 594.000 0.000 NA   NA
 11749877 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 594.000 0.000 NA   NA
 11465123 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 634.000 0.000 NA   NA
 11607486 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 634.000 0.000 NA   NA
 11749878 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 634.000 0.000 NA   NA
 11465124 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 662.000 0.000 NA   NA
 11607487 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 662.000 0.000 NA   NA
 11749879 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 662.000 0.000 NA   NA
 11465125 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 699.000 0.000 NA   NA
 11607488 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 699.000 0.000 NA   NA
 11749880 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 699.000 0.000 NA   NA
 11465126 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 727.000 0.000 NA   NA
 11607489 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 727.000 0.000 NA   NA
 11749881 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 727.000 0.000 NA   NA
 11465127 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 765.000 0.000 NA   NA
 11607490 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 765.000 0.000 NA   NA
 11749882 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 765.000 0.000 NA   NA
 11465128 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 793.000 0.000 NA   NA
 11607491 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 793.000 0.000 NA   NA
 11749883 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 793.000 0.000 NA   NA
 11465129 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 830.000 0.000 NA   NA
 11607492 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 830.000 0.000 NA   NA
 11749884 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 830.000 0.000 NA   NA
 5712922 5712923 CLD_3647 CLD_3646   cobQ TRUE 0.588 60.000 0.003 NA   NA
 5712923 5712924 CLD_3646 CLD_3645 cobQ cobD TRUE 0.996 2.000 0.092 0.010 Y NA
 5712924 5712925 CLD_3645 CLD_3644 cobD   FALSE 0.026 385.000 0.026 1.000 N NA
 5712925 5712926 CLD_3644 CLD_3643   cbiM FALSE 0.302 185.000 0.013 1.000 N NA
 5712926 5712927 CLD_3643 CLD_3642 cbiM cbiN TRUE 0.999 4.000 0.861 0.010 Y NA
 5712927 5712928 CLD_3642 CLD_3641 cbiN cbiQ TRUE 0.999 -37.000 0.804 0.001 Y NA
 5712928 5712929 CLD_3641 CLD_3640 cbiQ   FALSE 0.006 445.000 0.000 NA N NA
 5712929 5712930 CLD_3640 CLD_3639   hemC TRUE 0.993 -31.000 0.009 NA Y NA
 5712930 5712931 CLD_3639 CLD_3638 hemC   TRUE 0.872 136.000 0.031 1.000 Y NA
 5712931 5712932 CLD_3638 CLD_3637     FALSE 0.292 146.000 0.000 NA   NA
 5712932 5712933 CLD_3637 CLD_3636   hemB FALSE 0.033 262.000 0.000 NA   NA
 5712933 5712934 CLD_3636 CLD_3635 hemB cobB FALSE 0.304 247.000 0.005 1.000 Y NA
 5712934 5712935 CLD_3635 CLD_3634 cobB cobH TRUE 0.990 25.000 0.097 0.010 Y NA
 5712935 5712936 CLD_3634 CLD_3633 cobH   FALSE 0.077 213.000 0.000 NA   NA
 5712936 5712937 CLD_3633 CLD_3632     FALSE 0.174 174.000 0.000 NA   NA
 5712937 5712938 CLD_3632 CLD_3631     FALSE 0.511 49.000 0.000 NA   NA
 5712938 5712939 CLD_3631 CLD_3630     FALSE 0.022 288.000 0.000 NA   NA
 5712939 5712940 CLD_3630 CLD_3629     FALSE 0.195 168.000 0.000 NA   NA
 5712940 5712941 CLD_3629 CLD_3628     TRUE 0.517 52.000 0.000 1.000   NA
 5712941 5712942 CLD_3628 CLD_3627     FALSE 0.044 250.000 0.000 1.000   NA
 5712942 5712943 CLD_3627 CLD_3626     FALSE 0.061 224.000 0.000 NA   NA
 5712943 5712944 CLD_3626 CLD_3625   cbiD TRUE 0.878 13.000 0.000 NA   NA
 5712944 5712945 CLD_3625 CLD_3624 cbiD cbiE TRUE 0.757 201.000 0.126 0.010 Y NA
 5712945 5712946 CLD_3624 CLD_3623 cbiE   FALSE 0.140 184.000 0.000 NA   NA
 5712946 5712947 CLD_3623 CLD_3622   cbiT FALSE 0.383 64.000 0.000 NA   NA
 5712947 5712948 CLD_3622 CLD_3621 cbiT   TRUE 0.996 0.000 1.000 NA   NA
 5712948 5712949 CLD_3621 CLD_3620     TRUE 0.906 36.000 0.100 NA   NA
 5712949 5712950 CLD_3620 CLD_3619     FALSE 0.005 475.000 0.000 NA   NA
 5712950 5712951 CLD_3619 CLD_3618     TRUE 0.785 158.000 0.400 NA   NA
 5712951 5712952 CLD_3618 CLD_3617     FALSE 0.433 57.000 0.000 NA   NA
 5712952 5712953 CLD_3617 CLD_3616     FALSE 0.399 69.000 0.000 1.000   NA
 5712953 5712954 CLD_3616 CLD_3615     FALSE 0.501 50.000 0.000 NA   NA
 5712954 5712955 CLD_3615 CLD_3614   cobI FALSE 0.343 91.000 0.000 NA   NA
 5712955 5712956 CLD_3614 CLD_3613 cobI cobM FALSE 0.472 288.000 0.291 0.010 Y NA
 5712956 5712957 CLD_3613 CLD_3612 cobM cbiG TRUE 0.998 5.000 0.397 0.010 Y NA
 5712957 5712958 CLD_3612 CLD_3611 cbiG cobJ TRUE 0.516 281.000 0.352 0.010 Y NA
 5712958 5712959 CLD_3611 CLD_3610 cobJ cobK TRUE 0.961 134.000 0.423 0.010 Y NA
 5712959 5712960 CLD_3610 CLD_3609 cobK   TRUE 0.548 80.000 0.006 NA   NA
 5712960 5712961 CLD_3609 CLD_3608   cbiK FALSE 0.455 176.000 0.056 NA   NA
 5712961 5712962 CLD_3608 CLD_3607 cbiK   TRUE 0.966 13.000 0.040 1.000 N NA
 5712962 5712963 CLD_3607 CLD_3606   cobO FALSE 0.026 286.000 0.000 1.000 N NA
 5712963 5712964 CLD_3606 CLD_3605 cobO   FALSE 0.043 253.000 0.000 1.000 N NA
 5712964 5712965 CLD_3605 CLD_3604     TRUE 0.789 90.000 0.152 1.000 N NA
 5712965 5712966 CLD_3604 CLD_3603   asrA TRUE 0.986 4.000 0.174 1.000   NA
 5712966 5712967 CLD_3603 CLD_3602 asrA asrB TRUE 0.996 -13.000 0.750 0.035   NA
 5712967 5712968 CLD_3602 CLD_3601 asrB arsC TRUE 0.998 13.000 0.720 0.035 Y NA
 5712968 5712969 CLD_3601 CLD_3600 arsC   FALSE 0.011 356.000 0.000 1.000   NA
 5712971 5712972 CLD_3598 CLD_3597     TRUE 0.989 21.000 0.833 NA   NA
 5712972 5712973 CLD_3597 CLD_3596     TRUE 0.994 4.000 0.833 NA   NA
 5712973 5712974 CLD_3596 CLD_3595     FALSE 0.024 650.000 0.154 NA   NA
 5712974 5712975 CLD_3595 CLD_3594     TRUE 0.999 -10.000 0.765 1.000 Y NA
 5712976 5712977 CLD_3593 CLD_3592     TRUE 0.998 1.000 0.625 1.000 Y NA
 5712977 5712978 CLD_3592 CLD_3591     TRUE 0.996 13.000 0.375 1.000 Y NA
 5712978 5712979 CLD_3591 CLD_3590   dhaKL FALSE 0.005 558.000 0.000 1.000 N NA
 5712979 5712980 CLD_3590 CLD_3589 dhaKL dhaD TRUE 0.972 11.000 0.053 1.000 N NA
 5712980 5712981 CLD_3589 CLD_3588 dhaD   FALSE 0.122 317.000 0.250 1.000 N NA
 5712982 5712983 CLD_3587 CLD_3586     FALSE 0.511 102.000 0.000 0.012   NA
 5712983 5712984 CLD_3586 CLD_3585     FALSE 0.266 153.000 0.000 NA   NA
 5712984 5712985 CLD_3585 CLD_3584     TRUE 0.720 118.000 0.065 NA   NA
 5712985 5712986 CLD_3584 CLD_3583     FALSE 0.358 122.000 0.000 NA   NA
 5712986 5712987 CLD_3583 CLD_3582     TRUE 0.798 101.000 0.200 NA   NA
 5712987 5712988 CLD_3582 CLD_3581     TRUE 0.828 46.000 0.061 NA   NA
 5712988 5712989 CLD_3581 CLD_3580     FALSE 0.065 221.000 0.000 NA   NA
 5712989 5712990 CLD_3580 CLD_3579     TRUE 0.987 17.000 0.486 NA   NA
 5712990 5712991 CLD_3579 CLD_3578     TRUE 0.711 142.000 0.105 NA   NA
 5712991 5712992 CLD_3578 CLD_3577     FALSE 0.444 56.000 0.000 NA   NA
 5712992 5712993 CLD_3577 CLD_3576     TRUE 0.667 36.000 0.000 1.000   NA
 5712995 5712996 CLD_3574 CLD_3573     TRUE 0.984 27.000 0.833 NA   NA
 5712998 5712999 CLD_3571 CLD_3570 recQ   FALSE 0.205 172.000 0.000 1.000 N NA
 5713001 5713002 CLD_3568 CLD_3567     TRUE 0.765 160.000 0.333 1.000   NA
 5713002 5713003 CLD_3567 CLD_3566     FALSE 0.005 448.000 0.000 NA   NA
 5713003 5713004 CLD_3566 CLD_3565     TRUE 0.992 2.000 0.444 NA   NA
 5713004 5713005 CLD_3565 CLD_3564     TRUE 0.987 0.000 0.167 NA   NA
 5713005 5713006 CLD_3564 CLD_3563     TRUE 0.995 2.000 0.077 1.000 Y NA
 5713006 5713007 CLD_3563 CLD_3562     TRUE 0.977 15.000 0.135 NA   NA
 5713007 5713008 CLD_3562 CLD_3561   lctP FALSE 0.005 481.000 0.000 NA   NA
 5713008 5713009 CLD_3561 CLD_3560 lctP   TRUE 0.939 29.000 0.098 NA   NA
 5713009 5713010 CLD_3560 CLD_3559     TRUE 0.866 43.000 0.098 NA   NA
 5713010 5713011 CLD_3559 CLD_3558     TRUE 0.994 32.000 0.875 0.012 Y NA
 5713011 5713012 CLD_3558 CLD_3557     TRUE 0.981 61.000 0.875 0.009 Y NA
 5713012 5713013 CLD_3557 CLD_3556     FALSE 0.029 269.000 0.000 NA   NA
 5713013 5713014 CLD_3556 CLD_3555     FALSE 0.346 127.000 0.000 NA   NA
 5713014 5713015 CLD_3555 CLD_3554     FALSE 0.116 194.000 0.000 NA   NA
 5713015 5713016 CLD_3554 CLD_3553     TRUE 0.976 2.000 0.051 NA   NA
 5713017 5713018 CLD_3552 CLD_3551     FALSE 0.003 949.000 0.000 NA   NA
 5713019 5713020 CLD_3550 CLD_3549     FALSE 0.135 303.000 0.000 0.061 Y NA
 5713020 5713021 CLD_3549 CLD_3548     FALSE 0.073 215.000 0.000 NA   NA
 5713023 5713024 CLD_3546 CLD_3545     TRUE 0.982 4.000 0.111 1.000   NA
 5713024 5713025 CLD_3545 CLD_3544     FALSE 0.159 184.000 0.000 1.000 N NA
 5713025 5713026 CLD_3544 CLD_3543     TRUE 0.881 16.000 0.000 1.000 N NA
 5713030 5713031 CLD_3539 CLD_3538     TRUE 0.886 54.000 0.000 0.061 Y NA
 5713031 5713032 CLD_3538 CLD_3537     FALSE 0.339 93.000 0.000 NA   NA
 5713034 5713035 CLD_3535 CLD_3534     FALSE 0.004 636.000 0.000 NA   NA
 5713035 5713036 CLD_3534 CLD_3533     TRUE 0.998 17.000 0.791 0.009 Y NA
 5713036 5713037 CLD_3533 CLD_3532   feoB TRUE 0.993 32.000 0.871 1.000 Y NA
 5713037 5713038 CLD_3532 CLD_3531 feoB   TRUE 0.939 21.000 0.029 NA   NA
 5713038 5713039 CLD_3531 CLD_3530     FALSE 0.050 232.000 0.000 NA   NA
 5713041 5713042 CLD_3528 CLD_3527   tlp FALSE 0.018 298.000 0.000 NA   NA
 5713043 5713044 CLD_3526 CLD_3525     TRUE 0.931 -31.000 0.000 NA   NA
 5713045 5713046 CLD_3524 CLD_3523     FALSE 0.014 337.000 0.000 1.000 N NA
 5713046 5713047 CLD_3523 CLD_3522     TRUE 0.998 1.000 0.462 1.000 Y NA
 5713047 5713048 CLD_3522 CLD_3521     FALSE 0.346 103.000 0.000 NA   NA
 5713048 5713049 CLD_3521 CLD_3520     FALSE 0.019 297.000 0.000 NA   NA
 5713051 5713052 CLD_3518 CLD_3517     FALSE 0.006 412.000 0.000 NA   NA
 5713052 5713053 CLD_3517 CLD_3516     FALSE 0.028 270.000 0.000 NA   NA
 5713053 5713054 CLD_3516 CLD_3515     TRUE 0.998 0.000 0.833 1.000 Y NA
 5713055 5713056 CLD_3514 CLD_3513     FALSE 0.047 236.000 0.000 NA N NA
 5713057 5713058 CLD_3512 CLD_3511     TRUE 0.999 -10.000 0.870 0.029 Y NA
 5713058 5713059 CLD_3511 CLD_3510     TRUE 0.999 -3.000 0.870 1.000 Y NA
 5713059 5713060 CLD_3510 CLD_3509     TRUE 0.935 74.000 0.196 1.000 Y NA
 5713060 5713061 CLD_3509 CLD_3508     FALSE 0.110 202.000 0.000 1.000 N NA
 5713061 5713062 CLD_3508 CLD_3507     FALSE 0.005 513.000 0.000 1.000 N NA
 5713062 5713063 CLD_3507 CLD_3506     TRUE 0.998 2.000 0.389 0.007 Y NA
 5713064 5713065 CLD_3505 CLD_3504     TRUE 0.998 3.000 1.000 NA Y NA
 5713065 5713066 CLD_3504 CLD_3503     FALSE 0.347 88.000 0.000 NA   NA
 5713067 5713068 CLD_3502 CLD_3501     FALSE 0.238 188.000 0.000 0.005   NA
 5713068 5713069 CLD_3501 CLD_3500     FALSE 0.015 326.000 0.000 1.000 N NA
 5713069 5713070 CLD_3500 CLD_3499     FALSE 0.039 323.000 0.023 NA   NA
 5713070 5713071 CLD_3499 CLD_3498     FALSE 0.436 165.000 0.023 NA   NA
 5713072 5713073 CLD_3497 CLD_3496     TRUE 0.605 116.000 0.015 NA   NA
 5713073 5713074 CLD_3496 CLD_3495     FALSE 0.009 384.000 0.000 1.000   NA
 5713075 5713076 CLD_3494 CLD_3493     FALSE 0.010 374.000 0.000 1.000   NA
 5713076 5713077 CLD_3493 CLD_3492     FALSE 0.079 219.000 0.000 1.000   NA
 5713077 5713078 CLD_3492 CLD_3491     FALSE 0.095 208.000 0.000 1.000   NA
 5713078 5713079 CLD_3491 CLD_3490     TRUE 0.855 57.000 0.107 0.035   NA
 5713079 5713080 CLD_3490 CLD_3489     TRUE 0.992 3.000 0.300 0.035   NA
 5713080 5713081 CLD_3489 CLD_3488   glpT TRUE 0.624 89.000 0.021 1.000   NA
 5713081 5713082 CLD_3488 CLD_3487 glpT argS FALSE 0.005 582.000 0.000 1.000 N NA
 5713082 5713083 CLD_3487 CLD_3486 argS   FALSE 0.007 403.000 0.000 NA   NA
 5713083 5713084 CLD_3486 CLD_3485     TRUE 0.926 -10.000 0.000 NA   NA
 5713084 5713085 CLD_3485 CLD_3484     FALSE 0.350 139.000 0.000 1.000   NA
 5713086 5713087 CLD_3483 CLD_3482   feoB TRUE 0.925 26.000 0.034 NA   NA
 5713087 5713088 CLD_3482 CLD_3481 feoB feoA TRUE 0.995 15.000 0.308 1.000 Y NA
 5713089 5713090 CLD_3480 CLD_3479     FALSE 0.075 214.000 0.000 NA   NA
 5713090 5713091 CLD_3479 CLD_3478     FALSE 0.007 436.000 0.000 1.000   NA
 5713091 5713092 CLD_3478 CLD_3477     FALSE 0.008 411.000 0.000 1.000   NA
 5713092 5713093 CLD_3477 CLD_3476     FALSE 0.029 278.000 0.000 1.000   NA
 5713093 5713094 CLD_3476 CLD_3475     TRUE 0.998 2.000 0.511 1.000 Y NA
 5713094 5713095 CLD_3475 CLD_3474     TRUE 0.950 55.000 0.154 NA Y NA
 5713095 5713096 CLD_3474 CLD_3473     TRUE 0.909 154.000 0.250 NA Y NA
 5713096 5713097 CLD_3473 CLD_3472     FALSE 0.055 228.000 0.000 NA   NA
 5713097 5713098 CLD_3472 CLD_3471     FALSE 0.031 265.000 0.000 NA   NA
 5713098 5713099 CLD_3471 CLD_3470     FALSE 0.014 321.000 0.000 NA   NA
 5713099 5713100 CLD_3470 CLD_3469     FALSE 0.005 506.000 0.000 1.000   NA
 5713100 5713101 CLD_3469 CLD_3468     FALSE 0.041 245.000 0.000 NA   NA
 5713101 5713102 CLD_3468 CLD_3467     FALSE 0.082 209.000 0.000 NA   NA
 5713106 5713107 CLD_3463 CLD_3462     FALSE 0.498 143.000 0.008 NA   NA
 5713107 5713108 CLD_3462 CLD_3461     TRUE 0.667 56.000 0.008 1.000   NA
 5713109 5713110 CLD_3460 CLD_3459     FALSE 0.037 597.000 0.000 0.003 Y NA
 5713111 5713112 CLD_3458 CLD_3457     TRUE 0.984 18.000 0.333 1.000 N NA
 5713112 5713113 CLD_3457 CLD_3456     FALSE 0.007 420.000 0.000 1.000   NA
 5713113 5713114 CLD_3456 CLD_3455     FALSE 0.338 99.000 0.000 NA   NA
 5713114 5713115 CLD_3455 CLD_3454     FALSE 0.003 822.000 0.000 NA   NA
 5713115 5713116 CLD_3454 CLD_3453     TRUE 0.987 2.000 0.217 NA   NA
 5713116 5713117 CLD_3453 CLD_3452     TRUE 0.988 26.000 0.084 0.029 Y NA
 5713117 5713118 CLD_3452 CLD_3451     TRUE 0.990 12.000 0.308 0.029 N NA
 5713118 5713119 CLD_3451 CLD_3450     FALSE 0.017 302.000 0.000 NA   NA
 5713119 5713120 CLD_3450 CLD_3449     TRUE 0.603 104.000 0.020 NA   NA
 5713120 5713121 CLD_3449 CLD_3448     TRUE 0.903 10.000 0.000 1.000   NA
 5713121 5713122 CLD_3448 CLD_3447     FALSE 0.353 76.000 0.000 NA   NA
 5713122 5713123 CLD_3447 CLD_3446     TRUE 0.976 1.000 0.050 NA   NA
 5713123 5713124 CLD_3446 CLD_3445   maa FALSE 0.021 289.000 0.000 NA   NA
 5713126 5713127 CLD_3443 CLD_3442     FALSE 0.030 276.000 0.000 1.000   NA
 5713127 5713128 CLD_3442 CLD_3441     FALSE 0.478 160.000 0.017 1.000   NA
 5713130 5713131 CLD_3439 CLD_3438   mgtE FALSE 0.004 501.000 0.000 NA   NA
 5713131 5713132 CLD_3438 CLD_3437 mgtE   FALSE 0.006 1003.000 0.000 0.055 N NA
 5713132 5713133 CLD_3437 CLD_3436   serA TRUE 0.608 225.000 0.110 0.055 Y NA
 5713133 5713134 CLD_3436 CLD_3435 serA   TRUE 0.984 -22.000 0.072 NA   NA
 5713134 5713135 CLD_3435 CLD_3434     FALSE 0.004 601.000 0.000 NA   NA
 5713135 5713136 CLD_3434 CLD_3433     TRUE 0.593 158.000 0.056 1.000   NA
 5713138 5713139 CLD_3431 CLD_3430     TRUE 0.781 111.000 0.118 1.000   NA
 5713139 5713140 CLD_3430 CLD_3429     FALSE 0.021 299.000 0.000 1.000   NA
 5713140 5713141 CLD_3429 CLD_3428     FALSE 0.404 158.000 0.004 NA N NA
 5713141 5713142 CLD_3428 CLD_3427     FALSE 0.355 75.000 0.000 NA   NA
 5713142 5713143 CLD_3427 CLD_3426     FALSE 0.025 277.000 0.000 NA   NA
 5713143 5713144 CLD_3426 CLD_3425     FALSE 0.501 177.000 0.091 NA   NA
 5713144 5713145 CLD_3425 CLD_3424   xpt FALSE 0.435 161.000 0.009 1.000 N NA
 5713145 5713146 CLD_3424 CLD_3423 xpt   FALSE 0.018 298.000 0.000 NA   NA
 5713146 5713147 CLD_3423 CLD_3422     FALSE 0.019 296.000 0.000 NA   NA
 5713147 5713148 CLD_3422 CLD_3421     TRUE 0.666 196.000 0.667 NA   NA
 5713148 5713149 CLD_3421 CLD_3420     FALSE 0.011 344.000 0.000 NA   NA
 5713149 5713150 CLD_3420 CLD_3419     FALSE 0.150 180.000 0.000 NA   NA
 5713150 5713151 CLD_3419 CLD_3418     TRUE 0.683 137.000 0.065 NA   NA
 5713151 5713152 CLD_3418 CLD_3417     FALSE 0.003 763.000 0.000 NA   NA
 5713152 5713153 CLD_3417 CLD_3416     TRUE 0.778 182.000 1.000 NA   NA
 5713153 5713154 CLD_3416 CLD_3415     FALSE 0.007 392.000 0.000 NA   NA
 5713154 5713155 CLD_3415 CLD_3414     TRUE 0.998 2.000 0.667 0.028 Y NA
 5713155 5713156 CLD_3414 CLD_3413     TRUE 0.997 -37.000 0.900 0.028 N NA
 5713158 5713159 CLD_3411 CLD_3410   rpsA FALSE 0.007 398.000 0.000 NA   NA
 5713159 5713160 CLD_3410 CLD_3409 rpsA   FALSE 0.294 183.000 0.008 1.000   NA
 5713160 5713161 CLD_3409 CLD_3408     FALSE 0.499 172.000 0.067 NA   NA
 5713161 5713162 CLD_3408 CLD_3407     FALSE 0.003 870.000 0.000 NA   NA
 5713162 5713163 CLD_3407 CLD_3406     TRUE 0.995 0.000 0.857 NA   NA
 5713163 5713164 CLD_3406 CLD_3405     TRUE 0.992 -37.000 0.231 1.000   NA
 5713164 5713165 CLD_3405 CLD_3404     FALSE 0.012 330.000 0.000 NA   NA
 5713165 5713166 CLD_3404 CLD_3403   asdA FALSE 0.006 433.000 0.000 NA   NA
 5713168 5713169 CLD_3401 CLD_3400     TRUE 0.967 -6.000 0.012 NA N NA
 5713169 5713170 CLD_3400 CLD_3399   panE FALSE 0.005 492.000 0.000 NA N NA
 5713170 5713171 CLD_3399 CLD_3398 panE fchA FALSE 0.018 310.000 0.000 1.000 N NA
 5713171 5713172 CLD_3398 CLD_3397 fchA folD TRUE 0.989 0.000 0.082 0.001 N NA
 5713172 5713173 CLD_3397 CLD_3396 folD   FALSE 0.016 320.000 0.000 1.000   NA
 5713175 5713176 CLD_3394 CLD_3393     TRUE 0.844 116.000 0.286 NA   NA
 5713176 5713177 CLD_3393 CLD_3392     TRUE 0.588 120.000 0.012 NA   NA
 5713177 5713178 CLD_3392 CLD_3391     FALSE 0.004 672.000 0.000 NA N NA
 5713178 5713179 CLD_3391 CLD_3390   cysK FALSE 0.060 329.000 0.083 NA N NA
 5713179 5713180 CLD_3390 CLD_3389 cysK   TRUE 0.977 45.000 0.400 1.000 Y NA
 5713180 5713181 CLD_3389 CLD_3388     TRUE 0.989 35.000 0.400 0.028 Y NA
 5713181 5713182 CLD_3388 CLD_3387     TRUE 0.943 104.000 0.286 1.000 Y NA
 5713182 5713183 CLD_3387 CLD_3386     FALSE 0.399 115.000 0.000 1.000   NA
 5713183 5713184 CLD_3386 CLD_3385     FALSE 0.027 336.000 0.008 NA   NA
 5713184 5713185 CLD_3385 CLD_3384   trmU TRUE 0.549 117.000 0.004 NA   NA
 5713187 5713188 CLD_3382 CLD_3380     TRUE 0.998 -3.000 0.875 NA Y NA
 5713190 5713191 CLD_3379 CLD_3378 bcrA   TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 5713191 5713192 CLD_3378 CLD_3377     FALSE 0.004 603.000 0.000 NA   NA
 5713192 5713193 CLD_3377 CLD_3376     FALSE 0.228 161.000 0.000 NA   NA
 5713195 5713196 CLD_3374 CLD_3373     TRUE 0.992 6.000 0.556 1.000 N NA
 5713196 5713197 CLD_3373 CLD_3372     FALSE 0.006 428.000 0.000 NA   NA
 5713197 5713198 CLD_3372 CLD_3371     FALSE 0.004 511.000 0.000 NA   NA
 5713200 5713201 CLD_3369 CLD_3368     TRUE 0.889 14.000 0.000 1.000 N NA
 5713201 5713202 CLD_3368 CLD_3367     FALSE 0.393 63.000 0.000 NA N NA
 5713202 5713203 CLD_3367 CLD_3366     TRUE 0.985 3.000 0.000 NA Y NA
 5713203 5713204 CLD_3366 CLD_3365   amyB FALSE 0.008 622.000 0.000 0.005   NA
 5713204 5713205 CLD_3365 CLD_3364 amyB tyrS FALSE 0.004 773.000 0.000 1.000   NA
 5713205 5713206 CLD_3364 CLD_3363 tyrS   FALSE 0.027 284.000 0.000 1.000 N NA
 5713206 5713207 CLD_3363 CLD_3362     TRUE 0.996 -7.000 0.833 1.000 N NA
 5713207 5713208 CLD_3362 CLD_3361     TRUE 0.990 1.000 0.278 NA   NA
 5713210 5713211 CLD_3359 CLD_3358     FALSE 0.250 157.000 0.000 NA   NA
 5713211 5713212 CLD_3358 CLD_3357     FALSE 0.127 188.000 0.000 NA   NA
 5713212 5713213 CLD_3357 CLD_3356     FALSE 0.352 78.000 0.000 NA   NA
 5713213 5713214 CLD_3356 CLD_3355     TRUE 0.545 174.000 0.095 1.000   NA
 5713214 5713215 CLD_3355 CLD_3354   sdhB FALSE 0.008 401.000 0.000 1.000 N NA
 5713215 5713216 CLD_3354 CLD_3353 sdhB sdhA TRUE 0.996 13.000 0.146 0.001 Y NA
 5713216 5713217 CLD_3353 CLD_3352 sdhA   FALSE 0.006 424.000 0.000 NA   NA
 5713220 5713221 CLD_3349 CLD_3348     FALSE 0.015 313.000 0.000 NA   NA
 5713221 5713222 CLD_3348 CLD_3347     FALSE 0.009 370.000 0.000 NA   NA
 5713222 5713223 CLD_3347 CLD_3346     TRUE 0.777 101.000 0.154 NA   NA
 5713223 5713224 CLD_3346 CLD_3345     TRUE 0.988 2.000 0.231 NA   NA
 5713224 5713225 CLD_3345 CLD_3344     TRUE 0.938 37.000 0.286 NA   NA
 5713225 5713226 CLD_3344 CLD_3343     TRUE 0.639 154.000 0.071 1.000 N NA
 5713226 5713227 CLD_3343 CLD_3342     TRUE 0.998 6.000 0.786 0.028 Y NA
 5713230 5713231 CLD_3339 CLD_3338   cotJB TRUE 0.926 34.000 0.125 NA   NA
 5713231 5713232 CLD_3338 CLD_3337 cotJB cotJC TRUE 0.907 31.000 0.047 NA   NA
 5713232 5713233 CLD_3337 CLD_3336 cotJC   FALSE 0.053 230.000 0.000 NA N NA
 5713233 5713234 CLD_3336 CLD_3335     TRUE 0.990 17.000 0.667 NA   NA
 5713234 5713235 CLD_3335 CLD_3334     FALSE 0.004 595.000 0.000 NA   NA
 5713238 5713239 CLD_3331 CLD_3330     FALSE 0.004 514.000 0.000 NA   NA
 5713242 5713243 CLD_3327 CLD_3326     FALSE 0.006 423.000 0.000 NA N NA
 5713243 5713244 CLD_3326 CLD_3325     TRUE 0.988 13.000 0.400 NA   NA
 5713244 5713245 CLD_3325 CLD_3324     TRUE 0.994 -3.000 0.667 NA   NA
 5713245 5713246 CLD_3324 CLD_3323     TRUE 0.994 -3.000 0.667 NA   NA
 5713246 5713247 CLD_3323 CLD_3322     TRUE 0.990 20.000 1.000 NA   NA
 5713247 5713248 CLD_3322 CLD_3321     TRUE 0.994 12.000 1.000 NA   NA
 5713250 5713251 CLD_3319 CLD_3318     FALSE 0.004 663.000 0.000 NA   NA
 5713251 5713252 CLD_3318 CLD_3317     FALSE 0.004 895.000 0.000 1.000   NA
 5713252 5713253 CLD_3317 CLD_3316     FALSE 0.028 270.000 0.000 NA   NA
 5713253 5713254 CLD_3316 CLD_3315     FALSE 0.014 319.000 0.000 NA   NA
 5713255 5713256 CLD_3314 CLD_3313     TRUE 0.790 40.000 0.014 1.000 N NA
 5713257 5713258 CLD_3312 CLD_3311 grdX grdE TRUE 0.855 91.000 0.400 NA   NA
 5713258 5713259 CLD_3311 CLD_3309 grdE grdB TRUE 0.963 33.000 0.222 0.003   NA
 5713259 5713260 CLD_3309 CLD_3308 grdB trxB FALSE 0.231 165.000 0.000 1.000   NA
 5713260 5713261 CLD_3308 CLD_3307 trxB   TRUE 0.983 34.000 0.226 1.000 Y NA
 5713261 5713262 CLD_3307 CLD_3306     TRUE 0.718 86.000 0.065 1.000   NA
 5713262 5713263 CLD_3306 CLD_3305   grdA TRUE 0.995 16.000 1.000 0.002   NA
 5713263 5713264 CLD_3305 CLD_3304 grdA grdC TRUE 0.770 95.000 0.054 0.003   NA
 5713264 5713265 CLD_3304 CLD_3303 grdC grdD TRUE 0.993 16.000 0.622 0.003   NA
 5713265 5713266 CLD_3303 CLD_3302 grdD   FALSE 0.007 427.000 0.000 1.000 N NA
 5713266 5713267 CLD_3302 CLD_3301     TRUE 0.664 66.000 0.005 0.057   NA
 5713267 5713268 CLD_3301 CLD_3300   mtnK FALSE 0.007 437.000 0.000 1.000   NA
 5713268 5713269 CLD_3300 CLD_3299 mtnK mtnA TRUE 0.731 140.000 0.104 1.000   NA
 5713269 5713270 CLD_3299 CLD_3298 mtnA   FALSE 0.306 151.000 0.000 1.000 N NA
 5713270 5713271 CLD_3298 CLD_3297     TRUE 0.887 174.000 0.400 1.000 Y NA
 5713271 5713272 CLD_3297 CLD_3296     FALSE 0.016 307.000 0.000 NA   NA
 5713274 5713275 CLD_3294 CLD_3293     TRUE 0.567 163.000 0.074 NA   NA
 5713275 5713276 CLD_3293 CLD_3292     TRUE 0.613 142.000 0.038 NA   NA
 5713276 5713277 CLD_3292 CLD_3291     TRUE 0.986 -3.000 0.135 NA   NA
 5713277 5713278 CLD_3291 CLD_3290     FALSE 0.340 100.000 0.000 NA   NA
 5713278 5713279 CLD_3290 CLD_3289     FALSE 0.005 460.000 0.000 NA   NA
 5713279 5713280 CLD_3289 CLD_3288     TRUE 0.839 48.000 0.080 NA   NA
 5713281 5713282 CLD_3287 CLD_3286     FALSE 0.008 381.000 0.000 NA   NA
 5713283 5713284 CLD_3285 CLD_3284     TRUE 0.980 28.000 0.667 NA   NA
 5713284 5713285 CLD_3284 CLD_3283     TRUE 0.853 57.000 0.200 NA   NA
 5713285 5713286 CLD_3283 CLD_3282     TRUE 0.997 14.000 0.500 0.001 Y NA
 5713286 5713287 CLD_3282 CLD_3281     TRUE 0.993 32.000 0.667 0.044 Y NA
 5713287 5713288 CLD_3281 CLD_3280     TRUE 0.774 116.000 0.100 1.000 N NA
 5713288 5713289 CLD_3280 CLD_3279   topB FALSE 0.005 542.000 0.000 1.000 N NA
 5713289 5713290 CLD_3279 CLD_3278 topB   FALSE 0.004 544.000 0.000 NA   NA
 5713290 5713291 CLD_3278 CLD_3277     FALSE 0.379 65.000 0.000 NA   NA
 5713293 5713294 CLD_3275 CLD_3274     FALSE 0.008 399.000 0.000 1.000   NA
 5713294 5713295 CLD_3274 CLD_3273     FALSE 0.019 305.000 0.000 1.000   NA
 5713295 5713296 CLD_3273 CLD_3272     FALSE 0.007 423.000 0.000 1.000 N NA
 5713296 5713297 CLD_3272 CLD_3271     TRUE 0.983 -7.000 0.067 1.000   NA
 5713297 5713298 CLD_3271 CLD_3270     TRUE 0.967 6.000 0.033 NA   NA
 5713298 5713299 CLD_3270 CLD_3269     FALSE 0.168 281.000 0.230 NA   NA
 5713299 5713300 CLD_3269 CLD_3268     FALSE 0.006 417.000 0.000 NA   NA
 5713300 5713301 CLD_3268 CLD_3267     FALSE 0.055 228.000 0.000 NA   NA
 5713301 5713302 CLD_3267 CLD_3266     FALSE 0.012 335.000 0.000 NA   NA
 5713302 5713303 CLD_3266 CLD_3265     FALSE 0.026 276.000 0.000 NA   NA
 5713303 5713304 CLD_3265 CLD_3264     TRUE 0.938 37.000 0.287 NA   NA
 5713304 5713305 CLD_3264 CLD_3263   copZ TRUE 0.910 123.000 0.024 0.001 Y NA
 5713305 5713306 CLD_3263 CLD_3262 copZ   FALSE 0.040 433.000 0.000 1.000 Y NA
 5713306 5713307 CLD_3262 CLD_3261     FALSE 0.027 283.000 0.000 1.000 N NA
 5713307 5713308 CLD_3261 CLD_3260     FALSE 0.011 339.000 0.000 NA   NA
 5713308 5713309 CLD_3260 CLD_3259     FALSE 0.498 164.000 0.040 NA   NA
 5713309 5713310 CLD_3259 CLD_3258     FALSE 0.028 271.000 0.000 NA   NA
 5713310 5713311 CLD_3258 CLD_3257     FALSE 0.319 147.000 0.000 1.000   NA
 5713311 5713312 CLD_3257 CLD_3256     FALSE 0.010 349.000 0.000 NA   NA
 5713314 5713315 CLD_3254 CLD_3253     TRUE 0.878 13.000 0.000 NA   NA
 5713315 5713316 CLD_3253 CLD_3252     FALSE 0.025 277.000 0.000 NA   NA
 5713316 5713317 CLD_3252 CLD_3251     FALSE 0.026 276.000 0.000 NA   NA
 5713317 5713318 CLD_3251 CLD_3250     FALSE 0.026 276.000 0.000 NA   NA
 5713318 5713319 CLD_3250 CLD_3249     FALSE 0.348 126.000 0.000 NA   NA
 5713319 5713320 CLD_3249 CLD_3248     TRUE 0.869 15.000 0.000 NA   NA
 5713320 5713321 CLD_3248 CLD_3247     TRUE 0.929 -21.000 0.000 NA   NA
 5713321 5713322 CLD_3247 CLD_3246     FALSE 0.005 454.000 0.000 NA   NA
 5713322 5713323 CLD_3246 CLD_3245     TRUE 0.835 38.000 0.032 NA   NA
 5713325 5713326 CLD_3243 CLD_3242     FALSE 0.004 600.000 0.000 NA   NA
 5713326 5713327 CLD_3242 CLD_3241   trkA FALSE 0.003 782.000 0.000 NA   NA
 5713327 5713328 CLD_3241 CLD_3240 trkA trkH TRUE 0.997 -3.000 0.163 0.004 Y NA
 5713328 5713329 CLD_3240 CLD_3239 trkH   FALSE 0.005 472.000 0.000 NA   NA
 5713329 5713330 CLD_3239 CLD_3238     FALSE 0.422 58.000 0.000 NA   NA
 5713331 5713332 CLD_3237 CLD_3236     TRUE 0.978 15.000 0.158 NA   NA
 5713332 5713333 CLD_3236 CLD_3235     FALSE 0.006 454.000 0.000 1.000   NA
 5713334 5713335 CLD_3234 CLD_3233   rbr FALSE 0.013 324.000 0.000 NA   NA
 5713335 5713336 CLD_3233 CLD_3232 rbr   FALSE 0.020 295.000 0.000 NA N NA
 5713338 5713339 CLD_3230 CLD_3229     FALSE 0.295 145.000 0.000 NA   NA
 5713339 5713340 CLD_3229 CLD_3228     FALSE 0.337 97.000 0.000 NA   NA
 5713340 5713341 CLD_3228 CLD_3227     FALSE 0.020 295.000 0.000 NA   NA
 5713341 5713342 CLD_3227 CLD_3226     FALSE 0.466 209.000 0.312 NA N NA
 5713342 5713343 CLD_3226 CLD_3225     TRUE 0.877 146.000 0.077 NA Y NA
 5713343 5713344 CLD_3225 CLD_3224   noxA FALSE 0.404 199.000 0.111 NA   NA
 5713344 5713345 CLD_3224 CLD_3223 noxA   FALSE 0.211 170.000 0.000 1.000   NA
 5713345 5713346 CLD_3223 CLD_3222     TRUE 0.989 -12.000 0.000 1.000 Y NA
 5713346 5713347 CLD_3222 CLD_3221     FALSE 0.409 66.000 0.000 1.000   NA
 5713347 5713348 CLD_3221 CLD_3220     TRUE 0.993 6.000 0.600 1.000   NA
 5713349 5713350 CLD_3219 CLD_3218     FALSE 0.005 489.000 0.000 1.000 N NA
 5713351 5713352 CLD_3217 CLD_3216     FALSE 0.020 303.000 0.000 1.000 N NA
 5713352 5713353 CLD_3216 CLD_3215     TRUE 0.992 22.000 0.214 1.000 Y NA
 5713353 5713354 CLD_3215 CLD_3214     TRUE 0.996 3.000 0.255 1.000 Y NA
 5713356 5713357 CLD_3212 CLD_3211     TRUE 0.895 7.000 0.000 NA   NA
 5713357 5713358 CLD_3211 CLD_3210     FALSE 0.004 640.000 0.000 NA   NA
 5713360 5713361 CLD_3208 CLD_3207     FALSE 0.275 151.000 0.000 NA   NA
 5713361 5713362 CLD_3207 CLD_3206     FALSE 0.353 76.000 0.000 NA   NA
 5713362 5713363 CLD_3206 CLD_3205     FALSE 0.358 122.000 0.000 NA   NA
 5713363 5713364 CLD_3205 CLD_3204   luxS TRUE 0.745 29.000 0.000 NA N NA
 5713364 5713365 CLD_3204 CLD_3203 luxS   FALSE 0.003 891.000 0.000 NA   NA
 5713365 5713366 CLD_3203 CLD_3202     FALSE 0.355 75.000 0.000 NA   NA
 5713366 5713367 CLD_3202 CLD_3201   ribB FALSE 0.004 518.000 0.000 NA   NA
 5713367 5713368 CLD_3201 CLD_3200 ribB   FALSE 0.013 326.000 0.000 NA   NA
 5713368 5713369 CLD_3200 CLD_3199     FALSE 0.370 68.000 0.000 NA   NA
 5713369 5713370 CLD_3199 CLD_3198     TRUE 0.864 16.000 0.000 NA   NA
 5713370 5713371 CLD_3198 CLD_3197     TRUE 0.952 8.000 0.000 0.001   NA
 5713372 5713373 CLD_3196 CLD_3195     TRUE 0.778 73.000 0.133 NA   NA
 5713374 5713375 CLD_3194 CLD_3193     FALSE 0.066 220.000 0.000 NA   NA
 5713375 5713376 CLD_3193 CLD_3192     FALSE 0.052 280.000 0.000 0.003   NA
 5713376 5713377 CLD_3192 CLD_3191     TRUE 0.774 113.000 0.107 1.000   NA
 5713377 5713378 CLD_3191 CLD_3190     FALSE 0.032 424.000 0.089 1.000   NA
 5713378 5713379 CLD_3190 CLD_3189     FALSE 0.012 332.000 0.000 NA   NA
 5713379 5713380 CLD_3189 CLD_3188     FALSE 0.023 283.000 0.000 NA   NA
 5713380 5713381 CLD_3188 CLD_3187     FALSE 0.016 306.000 0.000 NA   NA
 5713381 5713382 CLD_3187 CLD_3186     TRUE 0.921 53.000 0.500 NA   NA
 5713382 5713383 CLD_3186 CLD_3185     TRUE 0.990 0.000 0.250 NA   NA
 5713385 5713386 CLD_3183 CLD_3182     FALSE 0.008 407.000 0.000 1.000 N NA
 5713386 5713387 CLD_3182 CLD_3181     TRUE 0.998 -3.000 0.235 0.027 Y NA
 5713387 5713388 CLD_3181 CLD_3180     TRUE 0.997 9.000 0.353 0.027 Y NA
 5713388 5713389 CLD_3180 CLD_3179     TRUE 0.917 99.000 0.118 1.000 Y NA
 5713389 5713390 CLD_3179 CLD_3178     TRUE 0.986 -6.000 0.059 0.029   NA
 5713390 5713391 CLD_3178 CLD_3177     FALSE 0.005 444.000 0.000 NA   NA
 5713392 5713393 CLD_3176 CLD_3175     TRUE 0.997 0.000 0.231 1.000 Y NA
 5713396 5713397 CLD_3172 CLD_3171     TRUE 0.622 135.000 0.025 1.000 N NA
 5713397 5713398 CLD_3171 CLD_3170     FALSE 0.003 868.000 0.000 NA N NA
 5713398 5713399 CLD_3170 CLD_3169     TRUE 0.998 -28.000 0.646 NA Y NA
 5713399 5713400 CLD_3169 CLD_3168     TRUE 0.933 140.000 0.270 1.000 Y NA
 5713400 5713401 CLD_3168 CLD_3167     FALSE 0.366 115.000 0.000 NA   NA
 5713401 5713402 CLD_3167 CLD_3166     TRUE 0.850 18.000 0.000 NA   NA
 5713402 5713403 CLD_3166 CLD_3165     TRUE 0.985 -30.000 0.035 0.058   NA
 5713403 5713404 CLD_3165 CLD_3164     TRUE 0.668 127.000 0.035 1.000   NA
 5713404 5713405 CLD_3164 CLD_3163   rnz FALSE 0.018 310.000 0.000 1.000   NA
 5713405 5713406 CLD_3163 CLD_3162 rnz   FALSE 0.012 346.000 0.000 1.000   NA
 5713406 5713407 CLD_3162 CLD_3161     FALSE 0.295 145.000 0.000 NA   NA
 5713407 5713408 CLD_3161 CLD_3160     FALSE 0.376 171.000 0.015 NA   NA
 5713408 5713409 CLD_3160 CLD_3159     TRUE 0.984 54.000 0.800 0.019 Y NA
 5713409 5713410 CLD_3159 CLD_3158     TRUE 0.778 171.000 0.600 1.000 N NA
 5713410 5713411 CLD_3158 CLD_3157     TRUE 0.971 106.000 1.000 NA Y NA
 5713411 5713412 CLD_3157 CLD_3156     TRUE 0.993 2.000 0.600 NA   NA
 5713412 5713413 CLD_3156 CLD_3155     TRUE 0.986 19.000 0.500 NA   NA
 5713414 5713415 CLD_3154 CLD_3153     FALSE 0.004 558.000 0.000 NA   NA
 5713415 5713416 CLD_3153 CLD_3152     TRUE 0.679 168.000 0.250 NA   NA
 5713417 5713418 CLD_3151 CLD_3150 pepD   FALSE 0.457 58.000 0.000 1.000   NA
 5713418 5713419 CLD_3150 CLD_3149   pdxK FALSE 0.006 448.000 0.000 1.000   NA
 5713421 5713422 CLD_3147 CLD_3146     TRUE 0.994 -13.000 0.500 1.000   NA
 5713422 5713423 CLD_3146 CLD_3145     TRUE 0.717 177.000 0.500 NA   NA
 5713423 5713424 CLD_3145 CLD_3144     FALSE 0.005 443.000 0.000 NA   NA
 5713424 5713425 CLD_3144 CLD_3143     TRUE 0.998 2.000 1.000 1.000 Y NA
 5713425 5713426 CLD_3143 CLD_3142     TRUE 0.685 185.000 0.500 1.000 N NA
 5713426 5713427 CLD_3142 CLD_3141     TRUE 0.991 -10.000 0.222 1.000   NA
 5713427 5713428 CLD_3141 CLD_3140     FALSE 0.365 69.000 0.000 NA   NA
 5713428 5713429 CLD_3140 CLD_3139     FALSE 0.010 347.000 0.000 NA   NA
 5713429 5713430 CLD_3139 CLD_3138     FALSE 0.008 383.000 0.000 NA   NA
 5713430 5713431 CLD_3138 CLD_3137     TRUE 0.655 188.000 0.024 1.000 Y NA
 5713431 5713432 CLD_3137 CLD_3136     TRUE 0.998 13.000 0.833 0.027 Y NA
 5713432 5713433 CLD_3136 CLD_3135     TRUE 0.995 19.000 0.400 1.000 Y NA
 5713433 5713434 CLD_3135 CLD_3134     FALSE 0.007 426.000 0.000 1.000   NA
 5713438 5713439 CLD_3130 CLD_3129     FALSE 0.008 384.000 0.000 NA   NA
 5713439 5713440 CLD_3129 CLD_3128     TRUE 0.739 173.000 0.500 NA   NA
 5713442 5713443 CLD_3126 CLD_3125     TRUE 0.998 2.000 0.643 0.027 Y NA
 5713443 5713444 CLD_3125 CLD_3124     TRUE 0.657 130.000 0.041 NA   NA
 5713444 5713445 CLD_3124 CLD_3123     FALSE 0.337 95.000 0.000 NA   NA
 5713445 5713446 CLD_3123 CLD_3122     FALSE 0.010 351.000 0.000 NA   NA
 5713446 5713447 CLD_3122 CLD_3121     FALSE 0.093 203.000 0.000 NA   NA
 5713447 5713448 CLD_3121 CLD_3120     TRUE 0.733 89.000 0.079 1.000   NA
 5713448 5713449 CLD_3120 CLD_3119     FALSE 0.480 56.000 0.000 1.000   NA
 5713449 5713450 CLD_3119 CLD_3118     FALSE 0.006 480.000 0.000 1.000 N NA
 5713450 5713451 CLD_3118 CLD_3117   spoVB TRUE 0.940 32.000 0.137 1.000   NA
 5713455 5713456 CLD_3113 CLD_3112     FALSE 0.011 360.000 0.000 1.000 N NA
 5713457 5713458 CLD_3109 CLD_3108   npr FALSE 0.191 169.000 0.000 NA   NA
 5713458 5713459 CLD_3108 CLD_3107 npr npr TRUE 0.977 129.000 1.000 0.004 Y NA
 5713459 5713460 CLD_3107 CLD_3106 npr npr TRUE 0.853 116.000 0.000 0.004 Y NA
 5713460 5713461 CLD_3106 CLD_3105 npr npr TRUE 0.980 120.000 1.000 0.004 Y NA
 5713461 5713462 CLD_3105 CLD_3104 npr   TRUE 0.850 121.000 0.000 0.004 Y NA
 5713462 5713463 CLD_3104 CLD_3103   nadC FALSE 0.004 605.000 0.000 1.000 N NA
 5713463 5713464 CLD_3103 CLD_3102 nadC nadB TRUE 0.995 -19.000 0.046 1.000 Y NA
 5713464 5713465 CLD_3102 CLD_3101 nadB nadA TRUE 0.993 3.000 0.042 1.000 Y NA
 5713467 5713468 CLD_3099 CLD_3098 hlyIII ychF TRUE 0.632 121.000 0.002 0.044   NA
 5713469 5713470 CLD_3097 CLD_3096 mraZ mraW TRUE 0.890 80.000 0.635 NA   NA
 5713470 5713471 CLD_3096 CLD_3095 mraW   TRUE 0.577 82.000 0.008 1.000   NA
 5713471 5713472 CLD_3095 CLD_3094     TRUE 0.973 16.000 0.096 1.000   NA
 5713472 5713473 CLD_3094 CLD_3093   murE TRUE 0.615 232.000 0.265 1.000 Y NA
 5713473 5713474 CLD_3093 CLD_3092 murE murF TRUE 0.994 26.000 0.328 0.003 Y NA
 5713474 5713475 CLD_3092 CLD_3091 murF mraY TRUE 0.968 36.000 0.024 0.004 Y NA
 5713475 5713476 CLD_3091 CLD_3090 mraY   TRUE 0.700 79.000 0.014 0.004 N NA
 5713476 5713477 CLD_3090 CLD_3089     FALSE 0.033 328.000 0.015 NA N NA
 5713477 5713478 CLD_3089 CLD_3088     TRUE 0.953 11.000 0.014 NA   NA
 5713478 5713479 CLD_3088 CLD_3087   sbp TRUE 0.893 34.000 0.053 NA   NA
 5713479 5713480 CLD_3087 CLD_3086 sbp   TRUE 0.977 1.000 0.053 NA   NA
 5713480 5713481 CLD_3086 CLD_3085     TRUE 0.586 93.000 0.017 NA   NA
 5713481 5713482 CLD_3085 CLD_3084     TRUE 0.941 21.000 0.032 NA   NA
 5713482 5713483 CLD_3084 CLD_3083     TRUE 0.981 17.000 0.246 NA   NA
 5713483 5713484 CLD_3083 CLD_3082     TRUE 0.985 1.000 0.118 1.000   NA
 5713484 5713485 CLD_3082 CLD_3081   divIVA TRUE 0.989 16.000 0.579 NA   NA
 5713485 5713486 CLD_3081 CLD_3080 divIVA aroB FALSE 0.015 408.000 0.006 NA N NA
 5713486 5713487 CLD_3080 CLD_3079 aroB mtnN TRUE 0.960 1.000 0.003 1.000 N NA
 5713487 5713488 CLD_3079 CLD_3078 mtnN aroF TRUE 0.702 121.000 0.046 1.000 N NA
 5713488 5713489 CLD_3078 CLD_3077 aroF aroA TRUE 0.718 167.000 0.003 1.000 Y NA
 5713489 5713490 CLD_3077 CLD_3076 aroA   FALSE 0.083 217.000 0.000 1.000 N NA
 5713490 5713491 CLD_3076 CLD_3075   lspA FALSE 0.021 456.000 0.050 1.000 N NA
 5713491 5713492 CLD_3075 CLD_3074 lspA   TRUE 0.980 4.000 0.082 1.000 N NA
 5713492 5713493 CLD_3074 CLD_3073   pyrR FALSE 0.019 497.000 0.048 1.000 N NA
 5713493 5713494 CLD_3073 CLD_3072 pyrR   TRUE 0.964 44.000 0.140 1.000 Y NA
 5713494 5713495 CLD_3072 CLD_3071   xth FALSE 0.005 563.000 0.000 1.000 N NA
 5713495 5713496 CLD_3071 CLD_3070 xth   FALSE 0.318 224.000 0.000 1.000 Y NA
 5713496 5713497 CLD_3070 CLD_3069     FALSE 0.059 231.000 0.000 1.000   NA
 5713497 5713498 CLD_3069 CLD_3068   modA FALSE 0.349 178.000 0.015 1.000   NA
 5713498 5713499 CLD_3068 CLD_3067 modA modB TRUE 0.998 10.000 0.430 0.001 Y NA
 5713499 5713500 CLD_3067 CLD_3066 modB   FALSE 0.307 328.000 0.342 1.000 Y NA
 5713500 5713501 CLD_3066 CLD_3065     TRUE 0.687 54.000 0.013 NA   NA
 5713501 5713502 CLD_3065 CLD_3064     FALSE 0.010 348.000 0.000 NA   NA
 5713502 5713503 CLD_3064 CLD_3063     FALSE 0.018 300.000 0.000 NA   NA
 5713503 5713504 CLD_3063 CLD_3062     FALSE 0.021 291.000 0.000 NA   NA
 5713504 5713505 CLD_3062 CLD_3061     TRUE 0.912 48.000 0.308 NA N NA
 5713505 5713506 CLD_3061 CLD_3060     FALSE 0.305 142.000 0.000 NA   NA
 5713506 5713507 CLD_3060 CLD_3059     TRUE 0.778 88.000 0.147 NA   NA
 5713507 5713508 CLD_3059 CLD_3058     TRUE 0.972 23.000 0.235 NA   NA
 5713508 5713509 CLD_3058 CLD_3057   mtbC TRUE 0.957 26.000 0.118 1.000   NA
 5713509 5713510 CLD_3057 CLD_3056 mtbC   TRUE 0.773 85.000 0.118 1.000   NA
 5713510 5713511 CLD_3056 CLD_3055     FALSE 0.032 947.000 0.000 0.002 Y NA
 5713511 5713512 CLD_3055 CLD_3054     TRUE 0.945 23.000 0.044 1.000 N NA
 5713512 5713513 CLD_3054 CLD_3053     TRUE 0.996 2.000 0.178 1.000 Y NA
 5713513 5713514 CLD_3053 CLD_3052     TRUE 0.941 144.000 0.444 NA Y NA
 5713516 5713517 CLD_3050 CLD_3049   asnA FALSE 0.015 329.000 0.000 1.000 N NA
 5713519 5713520 CLD_3047 CLD_3046     TRUE 0.977 27.000 0.024 1.000 Y NA
 5713520 5713521 CLD_3046 CLD_3045     FALSE 0.017 317.000 0.000 1.000   NA
 5713523 5713524 CLD_3043 CLD_3042     TRUE 0.994 1.000 0.636 1.000 N NA
 5713524 5713525 CLD_3042 CLD_3041     TRUE 0.983 12.000 0.182 1.000   NA
 5713525 5713526 CLD_3041 CLD_3040     FALSE 0.009 361.000 0.000 NA   NA
 5713526 5713527 CLD_3040 CLD_3039     TRUE 0.964 13.000 0.041 NA   NA
 5713527 5713528 CLD_3039 CLD_3038     TRUE 0.996 -7.000 0.611 0.027 N NA
 5713528 5713529 CLD_3038 CLD_3037     TRUE 0.986 35.000 0.278 0.027 Y NA
 5713529 5713530 CLD_3037 CLD_3036     TRUE 0.968 46.000 0.121 0.027 Y NA
 5713536 5713537 CLD_3030 CLD_3029     TRUE 0.800 108.000 0.182 NA   NA
 5713537 5713538 CLD_3029 CLD_3028     FALSE 0.009 368.000 0.000 NA   NA
 5713538 5713539 CLD_3028 CLD_3027     FALSE 0.099 207.000 0.000 1.000 N NA
 5713539 5713540 CLD_3027 CLD_3026     TRUE 0.950 26.000 0.087 1.000 N NA
 5713542 5713543 CLD_3024 CLD_3023   ogt TRUE 0.880 29.000 0.014 NA   NA
 5713543 5713544 CLD_3023 CLD_3022 ogt   TRUE 0.901 27.000 0.014 1.000   NA
 5713544 5713545 CLD_3022 CLD_3021     TRUE 0.699 165.000 0.263 NA   NA
 5713545 5713546 CLD_3021 CLD_3020     TRUE 0.964 25.000 0.168 NA   NA
 5713546 5713547 CLD_3020 CLD_3019     FALSE 0.009 390.000 0.000 1.000   NA
 5713547 5713548 CLD_3019 CLD_3018     FALSE 0.010 373.000 0.000 1.000   NA
 5713548 5713549 CLD_3018 CLD_3017     TRUE 0.872 57.000 0.000 0.092 Y NA
 5713549 5713550 CLD_3017 CLD_3016     FALSE 0.008 486.000 0.000 0.092 N NA
 5713550 5713551 CLD_3016 CLD_3015     FALSE 0.007 437.000 0.000 1.000 N NA
 5713551 5713552 CLD_3015 CLD_3014     FALSE 0.337 95.000 0.000 NA   NA
 5713552 5713553 CLD_3014 CLD_3013     FALSE 0.066 381.000 0.250 NA   NA
 5713553 5713554 CLD_3013 CLD_3012     FALSE 0.358 110.000 0.000 NA   NA
 5713557 5713558 CLD_3009 CLD_3008     TRUE 0.987 14.000 0.386 NA   NA
 5713559 5713560 CLD_3007 CLD_3006     TRUE 0.799 120.000 0.143 1.000 N NA
 5713560 5713561 CLD_3006 CLD_3005     TRUE 0.993 11.000 0.750 1.000   NA
 5713561 5713562 CLD_3005 CLD_3004     TRUE 0.994 0.000 0.667 NA   NA
 5713562 5713563 CLD_3004 CLD_3003     TRUE 0.869 132.000 0.500 NA N NA
 5713564 5713565 CLD_3002 CLD_3001     TRUE 0.747 58.000 0.051 NA   NA
 5713566 5713567 CLD_3000 CLD_2999   hgdC TRUE 0.907 117.000 0.722 NA N NA
 5713567 5713568 CLD_2999 CLD_2998 hgdC   TRUE 0.973 18.000 0.135 NA N NA
 5713568 5713569 CLD_2998 CLD_2997     TRUE 0.992 2.000 0.405 1.000 N NA
 5713569 5713570 CLD_2997 CLD_2996   folE TRUE 0.991 4.000 0.429 1.000 N NA
 5713570 5713571 CLD_2996 CLD_2995 folE   FALSE 0.315 184.000 0.015 1.000   NA
 5713571 5713572 CLD_2995 CLD_2994     FALSE 0.020 294.000 0.000 NA   NA
 5713572 5713573 CLD_2994 CLD_2993     FALSE 0.286 148.000 0.000 NA   NA
 5713573 5713574 CLD_2993 CLD_2992     FALSE 0.170 175.000 0.000 NA   NA
 5713574 5713575 CLD_2992 CLD_2991     FALSE 0.014 322.000 0.000 NA   NA
 5713575 5713576 CLD_2991 CLD_2990     TRUE 0.943 22.000 0.040 NA   NA
 5713576 5713577 CLD_2990 CLD_2989   deoC FALSE 0.098 292.000 0.077 1.000 N NA
 5713577 5713578 CLD_2989 CLD_2988 deoC rbsK FALSE 0.036 343.000 0.026 1.000 N NA
 5713578 5713579 CLD_2988 CLD_2987 rbsK hisZ FALSE 0.006 457.000 0.000 1.000 N NA
 5713579 5713580 CLD_2987 CLD_2986 hisZ hisG TRUE 0.993 25.000 0.239 0.004 Y NA
 5713580 5713581 CLD_2986 CLD_2985 hisG hisD TRUE 0.955 78.000 0.254 0.004 Y NA
 5713581 5713582 CLD_2985 CLD_2984 hisD hisB TRUE 0.911 150.000 0.096 0.004 Y NA
 5713582 5713583 CLD_2984 CLD_2983 hisB hisH TRUE 0.938 128.000 0.125 0.004 Y NA
 5713583 5713584 CLD_2983 CLD_2982 hisH hisA TRUE 0.997 -3.000 0.124 0.004 Y NA
 5713584 5713585 CLD_2982 CLD_2981 hisA hisC TRUE 0.994 -3.000 0.004 0.004 Y NA
 5713585 5713586 CLD_2981 CLD_2980 hisC hisF TRUE 0.635 196.000 0.002 0.004 Y NA
 5713586 5713587 CLD_2980 CLD_2979 hisF hisI TRUE 0.955 146.000 0.430 0.004 Y NA
 5713587 5713588 CLD_2979 CLD_2978 hisI hisE TRUE 0.942 128.000 0.152 0.004 Y NA
 5713588 5713589 CLD_2978 CLD_2977 hisE   TRUE 0.520 132.000 0.005 NA   NA
 5713589 5713590 CLD_2977 CLD_2976     TRUE 0.983 14.000 0.231 NA   NA
 5713590 5713591 CLD_2976 CLD_2975     TRUE 0.981 18.000 0.267 NA   NA
 5713593 5713594 CLD_2973 CLD_2972     TRUE 0.726 81.000 0.070 1.000   NA
 5713594 5713595 CLD_2972 CLD_2971     TRUE 0.584 153.000 0.047 NA   NA
 5713595 5713596 CLD_2971 CLD_2970     FALSE 0.016 307.000 0.000 NA   NA
 5713596 5713597 CLD_2970 CLD_2969     TRUE 0.972 3.000 0.041 NA   NA
 5713597 5713598 CLD_2969 CLD_2968     TRUE 0.992 3.000 0.490 NA   NA
 5713598 5713599 CLD_2968 CLD_2967     TRUE 0.857 117.000 0.352 NA   NA
 5713599 5713600 CLD_2967 CLD_2966     TRUE 0.999 -9.000 0.741 0.019 Y NA
 5713600 5713601 CLD_2966 CLD_2965   arcA FALSE 0.005 564.000 0.000 1.000 N NA
 5713601 5713602 CLD_2965 CLD_2964 arcA arcD TRUE 0.871 103.000 0.022 1.000 Y NA
 5713604 5713605 CLD_2962 CLD_2961     FALSE 0.009 369.000 0.000 NA   NA
 5713605 5713606 CLD_2961 CLD_2960     TRUE 0.573 40.000 0.000 NA   NA
 5713608 5713609 CLD_2958 CLD_2957     FALSE 0.404 190.000 0.067 1.000   NA
 5713609 5713610 CLD_2957 CLD_2956     FALSE 0.007 419.000 0.000 1.000   NA
 5713610 5713611 CLD_2956 CLD_2955     FALSE 0.046 247.000 0.000 1.000   NA
 5713611 5713612 CLD_2955 CLD_2954     TRUE 0.771 149.000 0.222 1.000 N NA
 5713612 5713613 CLD_2954 CLD_2953     TRUE 0.999 -6.000 0.900 0.006 Y NA
 5713613 5713614 CLD_2953 CLD_2952     FALSE 0.009 392.000 0.000 1.000 N NA
 5713614 5713615 CLD_2952 CLD_2951     FALSE 0.129 294.000 0.000 1.000 Y NA
 5713615 5713616 CLD_2951 CLD_2950     FALSE 0.224 250.000 0.000 1.000 Y NA
 5713616 5713617 CLD_2950 CLD_2949     TRUE 0.968 42.000 0.167 1.000 Y NA
 5713617 5713618 CLD_2949 CLD_2948     TRUE 0.993 4.000 0.610 NA   NA
 5713618 5713619 CLD_2948 CLD_2947     FALSE 0.057 226.000 0.000 NA   NA
 5713621 5713622 CLD_2945 CLD_2944     TRUE 0.884 102.000 0.600 NA   NA
 5713623 5713624 CLD_2943 CLD_2942     TRUE 0.978 38.000 0.261 1.000 Y NA
 5713626 5713627 CLD_2940 CLD_2939     TRUE 0.983 12.000 0.171 1.000   NA
 5713628 5713629 CLD_2938 CLD_2937     TRUE 0.745 190.000 1.000 NA   NA
 5713631 5713632 CLD_2935 CLD_2934 metF   TRUE 0.647 161.000 0.045 0.002   NA
 5713632 5713633 CLD_2934 CLD_2933     TRUE 0.990 -10.000 0.075 0.001   NA
 5713634 5713635 CLD_2932 CLD_2931     FALSE 0.414 59.000 0.000 NA   NA
 5713636 5713637 CLD_2930 CLD_2929     FALSE 0.004 601.000 0.000 NA   NA
 5713637 5713638 CLD_2929 CLD_2928     TRUE 0.995 -7.000 0.667 NA   NA
 5713638 5713639 CLD_2928 CLD_2927   acoR FALSE 0.010 350.000 0.000 NA   NA
 5713639 5713640 CLD_2927 CLD_2926 acoR   TRUE 0.633 169.000 0.182 NA   NA
 5713640 5713641 CLD_2926 CLD_2925   acoA TRUE 0.955 21.000 0.065 NA   NA
 5713641 5713642 CLD_2925 CLD_2924 acoA acoB TRUE 0.996 3.000 0.076 0.001 Y NA
 5713642 5713643 CLD_2924 CLD_2923 acoB acoX TRUE 0.890 53.000 0.162 0.051   NA
 5713643 5713644 CLD_2923 CLD_2922 acoX acoC TRUE 0.921 36.000 0.081 0.051   NA
 5713644 5713645 CLD_2922 CLD_2921 acoC acoL TRUE 0.994 13.000 0.148 1.000 Y NA
 5713645 5713646 CLD_2921 CLD_2920 acoL   TRUE 0.950 25.000 0.074 1.000 N NA
 5713646 5713647 CLD_2920 CLD_2919     FALSE 0.009 388.000 0.000 1.000 N NA
 5713647 5713648 CLD_2919 CLD_2918     TRUE 0.996 -7.000 0.793 0.091 N NA
 5713648 5713649 CLD_2918 CLD_2917   thrC FALSE 0.025 290.000 0.000 1.000 N NA
 5713649 5713650 CLD_2917 CLD_2916 thrC thrB TRUE 0.996 10.000 0.233 1.000 Y NA
 5713650 5713651 CLD_2916 CLD_2915 thrB   TRUE 0.853 127.000 0.008 1.000 Y NA
 5713651 5713652 CLD_2915 CLD_2914   hom FALSE 0.514 223.000 0.010 0.002 Y NA
 5713652 5713653 CLD_2914 CLD_2913 hom   FALSE 0.004 657.000 0.000 1.000 N NA
 5713653 5713654 CLD_2913 CLD_2912     FALSE 0.005 510.000 0.000 1.000 N NA
 5713654 5713655 CLD_2912 CLD_2911     FALSE 0.072 345.000 0.000 1.000 Y NA
 5713655 5713656 CLD_2911 CLD_2910   gltA TRUE 0.995 0.000 0.667 0.042 N NA
 5713656 5713657 CLD_2910 CLD_2909 gltA   FALSE 0.062 229.000 0.000 1.000 N NA
 5713657 5713658 CLD_2909 CLD_2908     TRUE 0.895 7.000 0.000 NA   NA
 5713658 5713659 CLD_2908 CLD_2907     FALSE 0.004 569.000 0.000 NA   NA
 5713659 5713660 CLD_2907 CLD_2906     FALSE 0.006 440.000 0.000 NA   NA
 5713660 5713661 CLD_2906 CLD_2905     FALSE 0.337 95.000 0.000 NA   NA
 5713661 5713662 CLD_2905 CLD_2904     FALSE 0.150 180.000 0.000 NA   NA
 5713662 5713663 CLD_2904 CLD_2903     FALSE 0.010 357.000 0.000 NA   NA
 5713663 5713664 CLD_2903 CLD_2902     FALSE 0.022 285.000 0.000 NA   NA
 5713664 5713665 CLD_2902 CLD_2901     FALSE 0.007 408.000 0.000 NA   NA
 5713665 5713666 CLD_2901 CLD_2900     FALSE 0.003 999.000 0.000 NA   NA
 5713666 5713667 CLD_2900 CLD_2899     TRUE 0.959 33.000 0.379 NA   NA
 5713667 5713668 CLD_2899 CLD_2898   alr FALSE 0.005 451.000 0.000 NA   NA
 5713668 5713669 CLD_2898 CLD_2897 alr   FALSE 0.006 459.000 0.000 1.000 N NA
 5713669 5713670 CLD_2897 CLD_2896     TRUE 0.672 88.000 0.016 0.091   NA
 5713670 5713671 CLD_2896 CLD_2895     FALSE 0.043 240.000 0.000 NA   NA
 5713673 5713674 CLD_2893 CLD_2892     FALSE 0.003 911.000 0.000 NA   NA
 5713675 5713676 CLD_2891 CLD_2890     FALSE 0.302 143.000 0.000 NA   NA
 5713679 5713680 CLD_2887 CLD_2886     TRUE 0.625 137.000 0.027 1.000 N NA
 5713680 5713681 CLD_2886 CLD_2885     TRUE 0.998 14.000 0.667 0.027 Y NA
 5713681 5713682 CLD_2885 CLD_2884     TRUE 0.999 4.000 1.000 0.027 Y NA
 5713682 5713683 CLD_2884 CLD_2883     TRUE 0.959 31.000 0.265 1.000   NA
 5713685 5713686 CLD_2881 CLD_2880     FALSE 0.028 270.000 0.000 NA   NA
 5713686 5713687 CLD_2880 CLD_2879     FALSE 0.004 646.000 0.000 1.000   NA
 5713687 5713688 CLD_2879 CLD_2878     FALSE 0.506 151.000 0.011 1.000 N NA
 5713688 5713689 CLD_2878 CLD_2877     TRUE 0.970 -7.000 0.016 NA   NA
 5713689 5713690 CLD_2877 CLD_2876   fruK TRUE 0.983 26.000 0.721 NA   NA
 5713692 5713693 CLD_2874 CLD_2873     TRUE 0.853 152.000 0.667 NA   NA
 5713695 5713696 CLD_2871 CLD_2870     TRUE 0.617 37.000 0.000 NA   NA
 5713697 5713698 CLD_2869 CLD_2868 safA   FALSE 0.007 403.000 0.000 NA   NA
 5713699 5713700 CLD_2867 CLD_2866     FALSE 0.010 376.000 0.000 1.000 N NA
 5713702 5713703 CLD_2864 CLD_2863     FALSE 0.004 571.000 0.000 NA   NA
 5713703 5713704 CLD_2863 CLD_2862     TRUE 0.930 -28.000 0.000 NA   NA
 5713706 5713707 CLD_2860 CLD_2859     FALSE 0.016 323.000 0.000 1.000   NA
 5713707 5713708 CLD_2859 CLD_2858   deaD FALSE 0.309 179.000 0.006 1.000   NA
 5713708 5713709 CLD_2858 CLD_2857 deaD   TRUE 0.520 154.000 0.025 NA   NA
 5713709 5713710 CLD_2857 CLD_2856     FALSE 0.007 394.000 0.000 NA   NA
 5713710 5713711 CLD_2856 CLD_2855     FALSE 0.008 406.000 0.000 1.000   NA
 5713713 5713714 CLD_2853 CLD_2852     FALSE 0.402 61.000 0.000 NA   NA
 5713714 5713715 CLD_2852 CLD_2851   cheX TRUE 0.984 0.000 0.100 NA N NA
 5713717 5713718 CLD_2849 CLD_2848     TRUE 0.605 61.000 0.000 0.002   NA
 5713718 5713719 CLD_2848 CLD_2847     FALSE 0.004 1401.000 0.000 1.000   NA
 5713722 5713723 CLD_2844 CLD_2843   hfq TRUE 0.711 101.000 0.064 1.000   NA
 5713723 5713724 CLD_2843 CLD_2842 hfq miaA TRUE 0.809 86.000 0.192 1.000   NA
 5713724 5713725 CLD_2842 CLD_2841 miaA   TRUE 0.973 16.000 0.097 1.000 N NA
 5713725 5713726 CLD_2841 CLD_2840   mutS TRUE 0.937 146.000 0.220 0.003 Y NA
 5713726 5713727 CLD_2840 CLD_2839 mutS miaB TRUE 0.688 80.000 0.041 1.000 N NA
 5713728 5713729 CLD_2838 CLD_2837     TRUE 0.731 85.000 0.087 NA   NA
 5713729 5713730 CLD_2837 CLD_2836   aspB TRUE 0.650 56.000 0.008 NA   NA
 5713731 5713732 CLD_2835 CLD_2834     TRUE 0.884 82.000 0.571 NA   NA
 5713732 5713733 CLD_2834 CLD_2833     FALSE 0.039 248.000 0.000 NA   NA
 5713733 5713734 CLD_2833 CLD_2832   cmk TRUE 0.723 64.000 0.047 1.000 N NA
 5713734 5713735 CLD_2832 CLD_2831 cmk aroH TRUE 0.630 76.000 0.020 1.000 N NA
 5713735 5713736 CLD_2831 CLD_2830 aroH   TRUE 0.973 0.000 0.024 1.000   NA
 5713736 5713737 CLD_2830 CLD_2829   gluD FALSE 0.023 294.000 0.000 1.000   NA
 5713737 5713738 CLD_2829 CLD_2828 gluD   FALSE 0.194 235.000 0.068 1.000 N NA
 5713738 5713739 CLD_2828 CLD_2827   rluB FALSE 0.022 382.000 0.013 1.000 N NA
 5713739 5713740 CLD_2827 CLD_2826 rluB   FALSE 0.006 416.000 0.000 NA   NA
 5713740 5713741 CLD_2826 CLD_2825     FALSE 0.338 98.000 0.000 NA   NA
 5713741 5713742 CLD_2825 CLD_2824     FALSE 0.020 294.000 0.000 NA   NA
 5713743 5713744 CLD_2823 CLD_2822     FALSE 0.010 375.000 0.000 1.000   NA
 5713745 5713746 CLD_2821 CLD_2820     TRUE 0.974 2.000 0.034 1.000   NA
 5713746 5713747 CLD_2820 CLD_2819     TRUE 0.780 115.000 0.111 1.000   NA
 5713747 5713748 CLD_2819 CLD_2818     TRUE 0.746 131.000 0.111 NA   NA
 5713750 5713751 CLD_2816 CLD_2815 pcaC   FALSE 0.354 138.000 0.000 1.000   NA
 5713751 5713752 CLD_2815 CLD_2814     FALSE 0.136 185.000 0.000 NA   NA
 5713752 5713753 CLD_2814 CLD_2813     FALSE 0.049 233.000 0.000 NA   NA
 5713753 5713754 CLD_2813 CLD_2812     TRUE 0.974 -19.000 0.019 NA   NA
 5713755 5713756 CLD_2811 CLD_2810     TRUE 0.987 3.000 0.200 1.000   NA
 5713756 5713757 CLD_2810 CLD_2809     TRUE 0.986 -3.000 0.111 1.000   NA
 5713757 5713758 CLD_2809 CLD_2808     TRUE 0.644 148.000 0.056 1.000   NA
 5713759 5713760 CLD_2807 CLD_2806 hypE hypD TRUE 0.893 168.000 0.353 1.000 Y NA
 5713760 5713761 CLD_2806 CLD_2805 hypD   TRUE 0.997 -7.000 0.363 NA Y NA
 5713761 5713762 CLD_2805 CLD_2804   hypF TRUE 0.997 -37.000 0.181 NA Y NA
 5713762 5713763 CLD_2804 CLD_2803 hypF   TRUE 0.967 -16.000 0.008 NA   NA
 5713763 5713764 CLD_2803 CLD_2802     FALSE 0.036 255.000 0.000 NA   NA
 5713764 5713765 CLD_2802 CLD_2801     FALSE 0.494 160.000 0.022 1.000   NA
 5713765 5713766 CLD_2801 CLD_2800   hupL TRUE 0.975 33.000 0.079 1.000 Y NA
 5713766 5713767 CLD_2800 CLD_2799 hupL hupS TRUE 0.975 102.000 0.778 0.001 Y NA
 5713768 5713769 CLD_2798 CLD_2797     FALSE 0.005 453.000 0.000 NA   NA
 5713769 5713770 CLD_2797 CLD_2796     FALSE 0.089 206.000 0.000 NA   NA
 5713770 5713771 CLD_2796 CLD_2795     FALSE 0.003 892.000 0.000 NA   NA
 5713772 5713773 CLD_2794 CLD_2793     FALSE 0.011 361.000 0.000 1.000   NA
 5713773 5713774 CLD_2793 CLD_2792     TRUE 0.970 20.000 0.048 0.001   NA
 5713774 5713775 CLD_2792 CLD_2791     TRUE 0.996 12.000 0.154 0.001 Y NA
 5713775 5713776 CLD_2791 CLD_2790     FALSE 0.005 498.000 0.000 1.000 N NA
 5713776 5713777 CLD_2790 CLD_2789     FALSE 0.035 259.000 0.000 NA N NA
 5713780 5713781 CLD_2786 CLD_2785   ytfJ FALSE 0.370 68.000 0.000 NA   NA
 5713782 5713783 CLD_2784 CLD_2783 scpB scpA TRUE 0.994 -7.000 0.570 NA   NA
 5713783 5713784 CLD_2783 CLD_2782 scpA   TRUE 0.968 -25.000 0.006 NA   NA
 5713784 5713785 CLD_2782 CLD_2781   dacF FALSE 0.151 225.000 0.021 NA   NA
 5713785 5713786 CLD_2781 CLD_2780 dacF   TRUE 0.605 123.000 0.018 NA   NA
 5713786 5713787 CLD_2780 CLD_2779     FALSE 0.239 159.000 0.000 NA   NA
 5713787 5713788 CLD_2779 CLD_2778     TRUE 0.569 142.000 0.024 NA   NA
 5713788 5713789 CLD_2778 CLD_2777   pdp TRUE 0.703 107.000 0.061 NA   NA
 5713789 5713790 CLD_2777 CLD_2776 pdp punA FALSE 0.141 286.000 0.000 1.000 Y NA
 5713790 5713791 CLD_2776 CLD_2775 punA xerD TRUE 0.779 38.000 0.004 1.000 N NA
 5713791 5713792 CLD_2775 CLD_2774 xerD   TRUE 0.663 52.000 0.004 NA   NA
 5713792 5713793 CLD_2774 CLD_2773     TRUE 0.977 -9.000 0.034 NA   NA
 5713795 5713796 CLD_2771 CLD_2770     FALSE 0.005 484.000 0.000 1.000 N NA
 5713796 5713797 CLD_2770 CLD_2769     FALSE 0.003 815.000 0.000 NA   NA
 5713797 5713798 CLD_2769 CLD_2768     FALSE 0.005 474.000 0.000 NA   NA
 5713798 5713799 CLD_2768 CLD_2767     FALSE 0.003 1445.000 0.000 NA   NA
 5713799 5713800 CLD_2767 CLD_2766     FALSE 0.037 253.000 0.000 NA   NA
 5713800 5713801 CLD_2766 CLD_2765   spo0A FALSE 0.104 262.000 0.027 1.000   NA
 5713801 5713802 CLD_2765 CLD_2764 spo0A spoIVB FALSE 0.063 430.000 0.393 1.000   NA
 5713802 5713803 CLD_2764 CLD_2763 spoIVB metA FALSE 0.007 423.000 0.000 1.000   NA
 5713803 5713804 CLD_2763 CLD_2762 metA hom TRUE 0.972 27.000 0.005 1.000 Y NA
 5713804 5713805 CLD_2762 CLD_2761 hom   TRUE 0.943 40.000 0.017 1.000 Y NA
 5713805 5713806 CLD_2761 CLD_2760   recN FALSE 0.021 299.000 0.000 1.000 N NA
 5713806 5713807 CLD_2760 CLD_2759 recN argR TRUE 0.975 13.000 0.086 1.000 N NA
 5713807 5713808 CLD_2759 CLD_2758 argR ppnK TRUE 0.984 2.000 0.117 1.000 N NA
 5713808 5713809 CLD_2758 CLD_2757 ppnK   TRUE 0.986 0.000 0.120 1.000 N NA
 5713809 5713810 CLD_2757 CLD_2756   dxs TRUE 0.972 22.000 0.189 1.000 N NA
 5713810 5713811 CLD_2756 CLD_2755 dxs   TRUE 0.974 1.000 0.037 NA   NA
 5713811 5713812 CLD_2755 CLD_2754   ispA FALSE 0.003 803.000 0.000 NA   NA
 5713812 5713813 CLD_2754 CLD_2753 ispA xseB TRUE 0.706 125.000 0.053 1.000 N NA
 5713813 5713814 CLD_2753 CLD_2752 xseB xseA TRUE 0.968 117.000 0.412 0.001 Y NA
 5713814 5713815 CLD_2752 CLD_2751 xseA nusB TRUE 0.699 71.000 0.043 1.000 N NA
 5713815 5713816 CLD_2751 CLD_2750 nusB asp TRUE 0.793 139.000 0.223 NA   NA
 5713816 5713817 CLD_2750 CLD_2749 asp   TRUE 0.754 82.000 0.108 NA   NA
 5713817 5713818 CLD_2749 CLD_2748     TRUE 0.885 62.000 0.407 NA   NA
 5713818 5713819 CLD_2748 CLD_2747   spoIIIAF TRUE 0.902 139.000 0.907 NA   NA
 5713819 5713820 CLD_2747 CLD_2746 spoIIIAF   TRUE 0.972 36.000 0.918 NA   NA
 5713820 5713821 CLD_2746 CLD_2745     TRUE 0.994 9.000 0.864 NA   NA
 5713821 5713822 CLD_2745 CLD_2744     TRUE 0.985 27.000 0.895 NA   NA
 5713822 5713823 CLD_2744 CLD_2743     TRUE 0.961 42.000 0.926 NA   NA
 5713823 5713824 CLD_2743 CLD_2742     TRUE 0.960 37.000 0.604 NA   NA
 5713824 5713825 CLD_2742 CLD_2741     FALSE 0.425 196.000 0.112 NA   NA
 5713825 5713826 CLD_2741 CLD_2740   efp TRUE 0.821 41.000 0.037 NA   NA
 5713826 5713827 CLD_2740 CLD_2739 efp aroQ TRUE 0.586 89.000 0.010 1.000 N NA
 5713827 5713828 CLD_2739 CLD_2738 aroQ aroK TRUE 0.806 155.000 0.015 1.000 Y NA
 5713828 5713829 CLD_2738 CLD_2737 aroK   TRUE 0.571 139.000 0.020 NA   NA
 5713829 5713830 CLD_2737 CLD_2736     TRUE 0.994 6.000 1.000 NA   NA
 5713830 5713831 CLD_2736 CLD_2735     TRUE 0.985 16.000 0.333 NA   NA
 5713831 5713832 CLD_2735 CLD_2734     TRUE 0.976 28.000 0.500 NA   NA
 5713832 5713833 CLD_2734 CLD_2733     TRUE 0.994 -21.000 0.500 NA   NA
 5713833 5713834 CLD_2733 CLD_2732     TRUE 0.993 -3.000 0.500 NA   NA
 5713834 5713835 CLD_2732 CLD_2731     TRUE 0.995 -19.000 0.667 NA   NA
 5713835 5713836 CLD_2731 CLD_2730     FALSE 0.056 404.000 0.250 NA   NA
 5713836 5713837 CLD_2730 CLD_2729     FALSE 0.132 186.000 0.000 NA   NA
 5713837 5713838 CLD_2729 CLD_2728     FALSE 0.014 319.000 0.000 NA   NA
 5713838 5713839 CLD_2728 CLD_2727     FALSE 0.390 63.000 0.000 NA   NA
 5713839 5713840 CLD_2727 CLD_2726     TRUE 0.684 33.000 0.000 NA   NA
 5713840 5713841 CLD_2726 CLD_2725     TRUE 0.904 3.000 0.000 NA   NA
 5713841 5713842 CLD_2725 CLD_2724     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5713842 5713843 CLD_2724 CLD_2723     TRUE 0.790 25.000 0.000 NA   NA
 5713843 5713844 CLD_2723 CLD_2722     FALSE 0.350 125.000 0.000 NA   NA
 5713844 5713845 CLD_2722 CLD_2721     TRUE 0.994 0.000 0.714 NA   NA
 5713845 5713846 CLD_2721 CLD_2720     TRUE 0.991 0.000 0.000 0.004 Y NA
 5713846 5713847 CLD_2720 CLD_2719     FALSE 0.266 153.000 0.000 NA   NA
 5713847 5713848 CLD_2719 CLD_2718     TRUE 0.727 145.000 0.135 NA   NA
 5713848 5713849 CLD_2718 CLD_2717     FALSE 0.282 149.000 0.000 NA   NA
 5713849 5713850 CLD_2717 CLD_2716     FALSE 0.337 96.000 0.000 NA   NA
 5713850 5713851 CLD_2716 CLD_2715   dapF TRUE 0.955 1.000 0.003 NA   NA
 5713852 5713853 CLD_2714 CLD_2713   truA TRUE 0.558 69.000 0.005 NA N NA
 5713854 5713855 CLD_2712 CLD_2711     TRUE 0.635 36.000 0.000 NA   NA
 5713857 5713858 CLD_2709 CLD_2708     FALSE 0.004 505.000 0.000 NA   NA
 5713858 5713859 CLD_2708 CLD_2707   cloSI FALSE 0.006 470.000 0.000 1.000   NA
 5713860 5713861 CLD_2706 CLD_2705     TRUE 0.990 2.000 0.333 NA   NA
 5713861 5713862 CLD_2705 CLD_2704     TRUE 0.999 -10.000 0.857 1.000 Y NA
 5713865 5713866 CLD_2701 CLD_2700     TRUE 0.998 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 5713866 5713867 CLD_2700 CLD_2699     FALSE 0.343 91.000 0.000 NA   NA
 5713867 5713868 CLD_2699 CLD_2698     FALSE 0.063 223.000 0.000 NA   NA
 5713868 5713869 CLD_2698 CLD_2697     TRUE 0.826 162.000 0.714 NA   NA
 5713869 5713870 CLD_2697 CLD_2696     TRUE 0.994 0.000 0.625 NA   NA
 5713872 5713873 CLD_2694 CLD_2693     TRUE 0.999 -3.000 0.933 0.006 Y NA
 5713874 5713875 CLD_2692 CLD_2691   bltD FALSE 0.397 113.000 0.000 1.000   NA
 5713876 5713877 CLD_2690 CLD_2689 moeB moaD TRUE 0.993 2.000 0.571 1.000   NA
 5713877 5713878 CLD_2689 CLD_2688 moaD aor FALSE 0.081 283.000 0.033 1.000   NA
 5713878 5713879 CLD_2688 CLD_2687 aor aorR FALSE 0.007 419.000 0.000 1.000 N NA
 5713879 5713880 CLD_2687 CLD_2686 aorR   TRUE 0.933 50.000 0.500 1.000   NA
 5713880 5713881 CLD_2686 CLD_2685   moaC TRUE 0.960 2.000 0.006 1.000   NA
 5713881 5713882 CLD_2685 CLD_2684 moaC moaA TRUE 0.995 4.000 0.071 0.002 Y NA
 5713882 5713883 CLD_2684 CLD_2683 moaA   TRUE 0.940 59.000 0.053 0.002 Y NA
 5713883 5713884 CLD_2683 CLD_2682   moeA TRUE 0.998 12.000 0.481 0.002 Y NA
 5713884 5713885 CLD_2682 CLD_2681 moeA mog TRUE 0.985 24.000 0.017 0.002 Y NA
 5713885 5713886 CLD_2681 CLD_2680 mog tupC FALSE 0.205 202.000 0.006 1.000 N NA
 5713886 5713887 CLD_2680 CLD_2679 tupC tupB TRUE 0.993 -3.000 0.389 1.000 N NA
 5713887 5713888 CLD_2679 CLD_2678 tupB   TRUE 0.997 9.000 0.524 NA Y NA
 5713888 5713889 CLD_2678 CLD_2677     FALSE 0.067 220.000 0.000 NA N NA
 5713889 5713890 CLD_2677 CLD_2676     TRUE 0.980 0.000 0.071 NA   NA
 5713890 5713891 CLD_2676 CLD_2675     FALSE 0.042 242.000 0.000 NA   NA
 5713891 5713892 CLD_2675 CLD_2674     FALSE 0.014 322.000 0.000 NA   NA
 5713892 5713893 CLD_2674 CLD_2673     TRUE 0.991 15.000 0.667 1.000   NA
 5713895 5713896 CLD_2671 CLD_2670     TRUE 0.999 -3.000 0.846 0.006 Y NA
 5713897 5713898 CLD_2669 CLD_2668     FALSE 0.006 419.000 0.000 NA   NA
 5713898 5713899 CLD_2668 CLD_2667     FALSE 0.003 1166.000 0.000 NA   NA
 5713899 5713900 CLD_2667 CLD_2666     TRUE 0.990 22.000 1.000 1.000   NA
 5713901 5713902 CLD_2665 CLD_2664     FALSE 0.009 364.000 0.000 NA N NA
 5713902 5713903 CLD_2664 CLD_2663     TRUE 0.879 13.000 0.000 NA N NA
 5713903 5713904 CLD_2663 CLD_2662     TRUE 0.556 42.000 0.000 NA N NA
 5713904 5713905 CLD_2662 CLD_2661     TRUE 0.988 22.000 0.800 1.000 N NA
 5713906 5713907 CLD_2660 CLD_2659     FALSE 0.011 340.000 0.000 NA   NA
 5713907 5713908 CLD_2659 CLD_2658     TRUE 0.990 21.000 1.000 1.000   NA
 5713909 5713910 CLD_2657 CLD_2656     TRUE 0.999 -10.000 0.750 0.018 Y NA
 5713910 5713911 CLD_2656 CLD_2655     FALSE 0.015 314.000 0.000 NA   NA
 5713911 5713912 CLD_2655 CLD_2654     TRUE 0.939 26.000 0.061 NA   NA
 5713912 5713913 CLD_2654 CLD_2653     TRUE 0.988 16.000 0.469 1.000   NA
 5713913 5713914 CLD_2653 CLD_2652     TRUE 0.981 3.000 0.103 NA   NA
 5713914 5713915 CLD_2652 CLD_2651     TRUE 0.721 161.000 0.250 NA   NA
 5713916 5713917 CLD_2650 CLD_2649     TRUE 0.532 82.000 0.000 0.006   NA
 5713917 5713918 CLD_2649 CLD_2648     TRUE 0.996 -13.000 0.500 0.006   NA
 5713918 5713919 CLD_2648 CLD_2647     TRUE 0.995 -10.000 0.400 0.006   NA
 5713919 5713920 CLD_2647 CLD_2646     TRUE 0.951 42.000 0.400 0.006   NA
 5713922 5713923 CLD_2644 CLD_2643 pcaC   TRUE 0.980 13.000 0.144 1.000   NA
 5713923 5713924 CLD_2643 CLD_2642     FALSE 0.165 181.000 0.000 1.000   NA
 5713925 5713926 CLD_2641 CLD_2640   hsp90 FALSE 0.004 587.000 0.000 1.000 N NA
 5713927 5713928 CLD_2639 CLD_2638   treP FALSE 0.006 482.000 0.000 1.000 N NA
 5713928 5713929 CLD_2638 CLD_2637 treP treC TRUE 0.962 103.000 0.650 1.000 Y NA
 5713929 5713930 CLD_2637 CLD_2636 treC treR TRUE 0.959 33.000 0.336 1.000 N NA
 5713930 5713931 CLD_2636 CLD_2635 treR   TRUE 0.928 -16.000 0.000 NA   NA
 5713932 5713933 CLD_2634 CLD_2633     FALSE 0.278 280.000 0.015 0.008 Y NA
 5713933 5713934 CLD_2633 CLD_2632     TRUE 0.996 1.000 0.217 1.000 Y NA
 5713934 5713935 CLD_2632 CLD_2631     TRUE 0.995 20.000 0.400 1.000 Y NA
 5713935 5713936 CLD_2631 CLD_2630     FALSE 0.494 200.000 0.222 1.000 N NA
 5713936 5713937 CLD_2630 CLD_2629     FALSE 0.350 82.000 0.000 NA   NA
 5713939 5713940 CLD_2627 CLD_2626     FALSE 0.012 407.000 0.000 0.049 N NA
 5713942 5713943 CLD_2624 CLD_2623     TRUE 0.921 -6.000 0.000 NA   NA
 5713943 5713944 CLD_2623 CLD_2622     FALSE 0.379 65.000 0.000 NA   NA
 5713944 5713945 CLD_2622 CLD_2621     FALSE 0.010 357.000 0.000 NA   NA
 5713947 5713948 CLD_2619 CLD_2618     TRUE 0.984 16.000 0.273 1.000   NA
 5713948 5713949 CLD_2618 CLD_2617     FALSE 0.006 443.000 0.000 1.000   NA
 5713949 5713950 CLD_2617 CLD_2616     FALSE 0.048 234.000 0.000 NA   NA
 5713950 5713951 CLD_2616 CLD_2615     FALSE 0.034 260.000 0.000 NA   NA
 5713952 5713953 CLD_2614 CLD_2613     FALSE 0.013 326.000 0.000 NA   NA
 5713956 5713957 CLD_2610 CLD_2609 aspB   TRUE 0.990 20.000 0.088 1.000 Y NA
 5713957 5713958 CLD_2609 CLD_2608     TRUE 0.998 -13.000 0.640 1.000 Y NA
 5713958 5713959 CLD_2608 CLD_2607     TRUE 0.925 70.000 0.066 0.026 Y NA
 5713959 5713960 CLD_2607 CLD_2606     TRUE 0.789 86.000 0.167 NA   NA
 5713960 5713961 CLD_2606 CLD_2605     FALSE 0.009 366.000 0.000 NA   NA
 5713961 5713962 CLD_2605 CLD_2604   cat FALSE 0.400 113.000 0.000 1.000 N NA
 5713962 5713963 CLD_2604 CLD_2603 cat   FALSE 0.005 494.000 0.000 NA   NA
 5713963 5713964 CLD_2603 CLD_2602     FALSE 0.019 296.000 0.000 NA   NA
 5713964 5713965 CLD_2602 CLD_2601     FALSE 0.003 746.000 0.000 NA   NA
 5713965 5713966 CLD_2601 CLD_2600     FALSE 0.018 299.000 0.000 NA   NA
 5713966 5713967 CLD_2600 CLD_2599     FALSE 0.142 183.000 0.000 NA   NA
 5713967 5713968 CLD_2599 CLD_2598     FALSE 0.345 90.000 0.000 NA   NA
 5713968 5713969 CLD_2598 CLD_2597     FALSE 0.092 317.000 0.000 NA Y NA
 5713970 5713971 CLD_2596 CLD_2595 pepQ pepIP TRUE 0.762 81.000 0.054 0.028   NA
 5713972 5713973 CLD_2594 CLD_2593     TRUE 0.945 17.000 0.019 NA   NA
 5713973 5713974 CLD_2593 CLD_2592     FALSE 0.007 400.000 0.000 NA   NA
 5713974 5713975 CLD_2592 CLD_2591     FALSE 0.337 97.000 0.000 NA   NA
 5713976 5713977 CLD_2590 CLD_2589     TRUE 0.978 20.000 0.273 NA   NA
 5713978 5713979 CLD_2588 CLD_2587     FALSE 0.048 234.000 0.000 NA   NA
 5713979 5713980 CLD_2587 CLD_2586     FALSE 0.006 416.000 0.000 NA   NA
 5713980 5713981 CLD_2586 CLD_2585     FALSE 0.350 105.000 0.000 NA   NA
 5713981 5713982 CLD_2585 CLD_2584     TRUE 0.990 15.000 0.600 NA   NA
 5713982 5713983 CLD_2584 CLD_2583     TRUE 0.994 -3.000 0.600 NA   NA
 5713983 5713984 CLD_2583 CLD_2582     TRUE 0.879 122.000 0.500 NA   NA
 5713984 5713985 CLD_2582 CLD_2581     FALSE 0.124 305.000 0.231 NA   NA
 5713985 5713986 CLD_2581 CLD_2580     FALSE 0.222 162.000 0.000 NA   NA
 5713986 5713987 CLD_2580 CLD_2579     TRUE 0.779 26.000 0.000 NA   NA
 5713987 5713988 CLD_2579 CLD_2578     FALSE 0.024 279.000 0.000 NA   NA
 5713990 5713991 CLD_2576 CLD_2575     TRUE 0.788 44.000 0.027 NA   NA
 5713991 5713992 CLD_2575 CLD_2574     TRUE 0.642 92.000 0.027 1.000   NA
 5713992 5713993 CLD_2574 CLD_2573     TRUE 0.526 46.000 0.000 NA   NA
 5713994 5713995 CLD_2572 CLD_2571   rfbB TRUE 0.959 42.000 0.087 1.000 Y NA
 5713995 5713996 CLD_2571 CLD_2570 rfbB   FALSE 0.026 276.000 0.000 NA   NA
 5713996 5713997 CLD_2570 CLD_2569     FALSE 0.038 251.000 0.000 NA   NA
 5713998 5713999 CLD_2568 CLD_2567     FALSE 0.003 703.000 0.000 NA   NA
 5713999 5714000 CLD_2567 CLD_2566     FALSE 0.003 856.000 0.000 NA   NA
 5714000 5714001 CLD_2566 CLD_2565   codA FALSE 0.010 356.000 0.000 NA N NA
 5714001 5714002 CLD_2565 CLD_2564 codA   TRUE 0.972 44.000 0.250 1.000 Y NA
 5714002 5714003 CLD_2564 CLD_2563     FALSE 0.011 345.000 0.000 NA   NA
 5714003 5714004 CLD_2563 CLD_2562     FALSE 0.411 167.000 0.018 NA   NA
 5714004 5714005 CLD_2562 CLD_2561     FALSE 0.013 328.000 0.000 NA   NA
 5714005 5714006 CLD_2561 CLD_2560     FALSE 0.018 299.000 0.000 NA   NA
 5714006 5714007 CLD_2560 CLD_2559     FALSE 0.257 155.000 0.000 NA   NA
 5714007 5714008 CLD_2559 CLD_2558     TRUE 0.929 -21.000 0.000 NA   NA
 5714008 5714009 CLD_2558 CLD_2557     FALSE 0.365 69.000 0.000 NA   NA
 5714009 5714010 CLD_2557 CLD_2556     FALSE 0.010 348.000 0.000 NA   NA
 5714010 5714011 CLD_2556 CLD_2555     FALSE 0.275 151.000 0.000 NA   NA
 5714011 5714012 CLD_2555 CLD_2554     FALSE 0.343 91.000 0.000 NA   NA
 5714012 5714013 CLD_2554 CLD_2553     TRUE 0.683 153.000 0.118 NA   NA
 5714013 5714014 CLD_2553 CLD_2552     TRUE 0.552 42.000 0.000 NA   NA
 5714014 5714015 CLD_2552 CLD_2551     FALSE 0.261 154.000 0.000 NA   NA
 5714015 5714016 CLD_2551 CLD_2550     FALSE 0.132 186.000 0.000 NA   NA
 5714016 5714017 CLD_2550 CLD_2549     FALSE 0.309 141.000 0.000 NA   NA
 5714017 5714018 CLD_2549 CLD_2548     TRUE 0.852 69.000 0.200 0.052   NA
 5714018 5714019 CLD_2548 CLD_2547     FALSE 0.003 1005.000 0.000 NA   NA
 5714019 5714020 CLD_2547 CLD_2546     FALSE 0.360 111.000 0.000 NA   NA
 5714020 5714021 CLD_2546 CLD_2545     FALSE 0.239 159.000 0.000 NA   NA
 5714021 5714022 CLD_2545 CLD_2544     TRUE 0.994 -7.000 0.600 NA   NA
 5714022 5714023 CLD_2544 CLD_2543     FALSE 0.014 319.000 0.000 NA   NA
 5714023 5714024 CLD_2543 CLD_2542     FALSE 0.358 110.000 0.000 NA   NA
 5714024 5714025 CLD_2542 CLD_2541     FALSE 0.003 828.000 0.000 NA   NA
 5714025 5714026 CLD_2541 CLD_2540     FALSE 0.022 287.000 0.000 NA   NA
 5714027 5714028 CLD_2539 CLD_2538     TRUE 0.757 28.000 0.000 NA   NA
 5714029 5714030 CLD_2537 CLD_2536     FALSE 0.005 516.000 0.000 1.000   NA
 5714030 5714031 CLD_2536 CLD_2535     FALSE 0.006 436.000 0.000 NA   NA
 5714031 5714032 CLD_2535 CLD_2534     TRUE 0.957 75.000 0.500 NA Y NA
 5714032 5714033 CLD_2534 CLD_2533   eutE TRUE 0.995 0.000 0.769 NA N NA
 5714033 5714034 CLD_2533 CLD_2532 eutE   TRUE 0.928 35.000 0.000 NA Y NA
 5714034 5714035 CLD_2532 CLD_2531     TRUE 0.827 21.000 0.000 NA N NA
 5714035 5714036 CLD_2531 CLD_2530     TRUE 0.517 199.000 0.273 NA N NA
 5714036 5714037 CLD_2530 CLD_2529     TRUE 0.992 -3.000 0.389 NA   NA
 5714037 5714038 CLD_2529 CLD_2528     TRUE 0.868 78.000 0.444 NA   NA
 5714038 5714039 CLD_2528 CLD_2527     TRUE 0.998 -18.000 0.615 NA Y NA
 5714039 5714040 CLD_2527 CLD_2526     TRUE 0.996 7.000 0.222 NA Y NA
 5714040 5714041 CLD_2526 CLD_2525     TRUE 0.996 -3.000 0.118 1.000 Y NA
 5714041 5714042 CLD_2525 CLD_2524     TRUE 0.938 40.000 0.375 1.000 N NA
 5714042 5714043 CLD_2524 CLD_2523     TRUE 0.915 146.000 0.815 0.002 N NA
 5714043 5714044 CLD_2523 CLD_2522     TRUE 0.972 50.000 0.370 1.000 Y NA
 5714044 5714045 CLD_2522 CLD_2521     TRUE 0.952 38.000 0.500 NA   NA
 5714045 5714046 CLD_2521 CLD_2520     TRUE 0.983 24.000 0.571 NA   NA
 5714046 5714047 CLD_2520 CLD_2519     FALSE 0.358 73.000 0.000 NA   NA
 5714047 5714048 CLD_2519 CLD_2518     FALSE 0.351 79.000 0.000 NA   NA
 5714048 5714049 CLD_2518 CLD_2517     TRUE 0.996 -13.000 0.810 NA   NA
 5714049 5714050 CLD_2517 CLD_2516     FALSE 0.005 486.000 0.000 NA   NA
 5714050 5714051 CLD_2516 CLD_2515     TRUE 0.766 117.000 0.094 1.000 N NA
 5714057 5714058 CLD_2509 CLD_2508     FALSE 0.135 240.000 0.033 NA   NA
 5714058 5714059 CLD_2508 CLD_2507     FALSE 0.004 672.000 0.000 NA   NA
 5714059 5714060 CLD_2507 CLD_2506     TRUE 0.967 13.000 0.053 NA   NA
 5714060 5714061 CLD_2506 CLD_2505     FALSE 0.006 428.000 0.000 NA   NA
 5714061 5714062 CLD_2505 CLD_2504     TRUE 0.931 -31.000 0.000 NA   NA
 5714062 5714063 CLD_2504 CLD_2503     FALSE 0.018 309.000 0.000 1.000   NA
 5714063 5714064 CLD_2503 CLD_2502     TRUE 0.998 -3.000 0.700 1.000 Y NA
 5714064 5714065 CLD_2502 CLD_2501     FALSE 0.106 199.000 0.000 NA N NA
 5714065 5714066 CLD_2501 CLD_2500     FALSE 0.008 375.000 0.000 NA   NA
 5714066 5714067 CLD_2500 CLD_2499     TRUE 0.994 -7.000 0.500 NA   NA
 5714067 5714068 CLD_2499 CLD_2498     TRUE 0.883 75.000 0.500 1.000   NA
 5714068 5714069 CLD_2498 CLD_2497     FALSE 0.443 60.000 0.000 1.000   NA
 5714069 5714070 CLD_2497 CLD_2496     FALSE 0.018 308.000 0.000 1.000   NA
 5714070 5714071 CLD_2496 CLD_2495     TRUE 0.993 -7.000 0.400 1.000 N NA
 5714071 5714072 CLD_2495 CLD_2494     TRUE 0.985 17.000 0.375 NA   NA
 5714072 5714073 CLD_2494 CLD_2493     FALSE 0.004 522.000 0.000 NA   NA
 5714073 5714074 CLD_2493 CLD_2492     TRUE 0.737 85.000 0.091 NA N NA
 5714074 5714075 CLD_2492 CLD_2491     TRUE 0.813 84.000 0.222 NA N NA
 5714075 5714076 CLD_2491 CLD_2490     FALSE 0.005 566.000 0.000 1.000   NA
 5714076 5714077 CLD_2490 CLD_2489     TRUE 0.994 -10.000 0.429 1.000   NA
 5714077 5714078 CLD_2489 CLD_2488     FALSE 0.003 788.000 0.000 NA   NA
 5714080 5714081 CLD_2486 CLD_2485     FALSE 0.149 211.000 0.000 0.010   NA
 5714081 5714082 CLD_2485 CLD_2484     TRUE 0.989 13.000 0.241 0.010   NA
 5714082 5714083 CLD_2484 CLD_2483     TRUE 0.988 29.000 0.119 0.008 Y NA
 5714083 5714084 CLD_2483 CLD_2482     TRUE 0.987 24.000 0.081 1.000 Y NA
 5714084 5714085 CLD_2482 CLD_2481     FALSE 0.048 234.000 0.000 NA   NA
 5714085 5714086 CLD_2481 CLD_2480     FALSE 0.012 337.000 0.000 NA   NA
 5714086 5714087 CLD_2480 CLD_2479     FALSE 0.004 677.000 0.000 NA   NA
 5714087 5714088 CLD_2479 CLD_2478     TRUE 0.842 43.000 0.065 NA   NA
 5714089 5714090 CLD_2477 CLD_2476     FALSE 0.349 84.000 0.000 NA   NA
 5714090 5714091 CLD_2476 CLD_2475     FALSE 0.356 74.000 0.000 NA   NA
 5714092 5714093 CLD_2474 CLD_2473     TRUE 0.545 43.000 0.000 NA   NA
 5714093 5714094 CLD_2473 CLD_2472     TRUE 0.986 7.000 0.222 1.000   NA
 5714096 5714097 CLD_2470 CLD_2469     FALSE 0.007 410.000 0.000 NA   NA
 5714097 5714098 CLD_2469 CLD_2468     TRUE 0.537 44.000 0.000 NA   NA
 5714098 5714099 CLD_2468 CLD_2467     TRUE 0.857 17.000 0.000 NA   NA
 5714101 5714102 CLD_2465 CLD_2464     TRUE 0.996 -7.000 1.000 NA   NA
 5714102 5714103 CLD_2464 CLD_2463     TRUE 0.878 13.000 0.000 NA   NA
 5714103 5714104 CLD_2463 CLD_2462     TRUE 0.895 7.000 0.000 NA   NA
 5714104 5714105 CLD_2462 CLD_2461     FALSE 0.112 196.000 0.000 NA   NA
 5714105 5714106 CLD_2461 CLD_2460     TRUE 0.926 -10.000 0.000 NA   NA
 5714106 5714107 CLD_2460 CLD_2459     FALSE 0.490 51.000 0.000 NA   NA
 5714107 5714108 CLD_2459 CLD_2458     TRUE 0.684 33.000 0.000 NA   NA
 5714108 5714109 CLD_2458 CLD_2457     TRUE 0.857 47.000 0.100 NA   NA
 5714109 5714110 CLD_2457 CLD_2456     TRUE 0.990 0.000 0.300 NA   NA
 5714112 5714113 CLD_2454 CLD_2453     TRUE 0.901 4.000 0.000 NA   NA
 5714113 5714114 CLD_2453 CLD_2452     TRUE 0.994 1.000 0.750 NA   NA
 5714114 5714115 CLD_2452 CLD_2451     TRUE 0.919 -3.000 0.000 NA   NA
 5714115 5714116 CLD_2451 CLD_2450     TRUE 0.994 0.000 0.667 NA   NA
 5714116 5714117 CLD_2450 CLD_2449     TRUE 0.994 2.000 0.667 NA   NA
 5714117 5714118 CLD_2449 CLD_2448     TRUE 0.926 -10.000 0.000 NA   NA
 5714118 5714119 CLD_2448 CLD_2447     FALSE 0.501 50.000 0.000 NA   NA
 5714119 5714120 CLD_2447 CLD_2446     TRUE 0.798 24.000 0.000 NA   NA
 5714120 5714121 CLD_2446 CLD_2445     FALSE 0.029 269.000 0.000 NA   NA
 5714121 5714122 CLD_2445 CLD_2444     FALSE 0.082 209.000 0.000 NA   NA
 5714122 5714123 CLD_2444 CLD_2443     TRUE 0.991 0.000 0.333 NA   NA
 5714123 5714124 CLD_2443 CLD_2442     TRUE 0.901 4.000 0.000 NA   NA
 5714124 5714125 CLD_2442 CLD_2441     TRUE 0.807 23.000 0.000 NA   NA
 5714125 5714126 CLD_2441 CLD_2440     FALSE 0.472 53.000 0.000 NA   NA
 5714126 5714127 CLD_2440 CLD_2439     FALSE 0.032 263.000 0.000 NA   NA
 5714127 5714128 CLD_2439 CLD_2438     FALSE 0.398 120.000 0.000 1.000   NA
 5714128 5714129 CLD_2438 CLD_2437     FALSE 0.016 307.000 0.000 NA   NA
 5714129 5714130 CLD_2437 CLD_2436     TRUE 0.727 30.000 0.000 NA   NA
 5714130 5714131 CLD_2436 CLD_2435     TRUE 0.767 27.000 0.000 NA   NA
 5714131 5714132 CLD_2435 CLD_2434     TRUE 0.550 105.000 0.000 0.002   NA
 5714132 5714133 CLD_2434 CLD_2433     TRUE 0.887 11.000 0.000 NA   NA
 5714133 5714134 CLD_2433 CLD_2432     FALSE 0.472 53.000 0.000 NA   NA
 5714134 5714135 CLD_2432 CLD_2431     TRUE 0.904 3.000 0.000 NA   NA
 5714135 5714136 CLD_2431 CLD_2430     TRUE 0.915 0.000 0.000 NA   NA
 5714136 5714137 CLD_2430 CLD_2429     TRUE 0.884 12.000 0.000 NA   NA
 5714137 5714138 CLD_2429 CLD_2428     TRUE 0.897 6.000 0.000 NA   NA
 5714138 5714139 CLD_2428 CLD_2427     TRUE 0.923 -7.000 0.000 NA   NA
 5714139 5714140 CLD_2427 CLD_2426     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5714140 5714141 CLD_2426 CLD_2425     TRUE 0.915 0.000 0.000 NA   NA
 5714141 5714142 CLD_2425 CLD_2424     TRUE 0.923 -7.000 0.000 NA   NA
 5714142 5714143 CLD_2424 CLD_2423     TRUE 0.901 4.000 0.000 NA   NA
 5714143 5714144 CLD_2423 CLD_2422     FALSE 0.472 53.000 0.000 NA   NA
 5714144 5714145 CLD_2422 CLD_2421     TRUE 0.925 -9.000 0.000 NA   NA
 5714145 5714146 CLD_2421 CLD_2420     TRUE 0.869 15.000 0.000 NA   NA
 5714146 5714147 CLD_2420 CLD_2419     TRUE 0.833 20.000 0.000 NA   NA
 5714147 5714148 CLD_2419 CLD_2418     TRUE 0.857 17.000 0.000 NA   NA
 5714148 5714149 CLD_2418 CLD_2417     TRUE 0.807 23.000 0.000 NA   NA
 5714150 5714151 CLD_2416 CLD_2415     FALSE 0.501 50.000 0.000 NA   NA
 5714151 5714152 CLD_2415 CLD_2414     FALSE 0.011 341.000 0.000 NA   NA
 5714152 5714153 CLD_2414 CLD_2413     FALSE 0.350 105.000 0.000 NA   NA
 5714154 5714155 CLD_2412 CLD_2411 enr   TRUE 0.701 97.000 0.059 1.000   NA
 5714155 5714156 CLD_2411 CLD_2410     TRUE 0.957 48.000 1.000 NA   NA
 5714156 5714157 CLD_2410 CLD_2409     FALSE 0.040 247.000 0.000 NA   NA
 5714157 5714158 CLD_2409 CLD_2408     TRUE 0.889 10.000 0.000 NA   NA
 5714158 5714159 CLD_2408 CLD_2407     FALSE 0.348 87.000 0.000 NA   NA
 5714159 5714160 CLD_2407 CLD_2406     TRUE 0.930 -22.000 0.000 NA   NA
 5714160 5714161 CLD_2406 CLD_2405     TRUE 0.850 18.000 0.000 NA   NA
 5714161 5714162 CLD_2405 CLD_2404     TRUE 0.988 -7.000 0.167 NA   NA
 5714162 5714163 CLD_2404 CLD_2403     TRUE 0.989 2.000 0.290 NA   NA
 5714163 5714164 CLD_2403 CLD_2402     TRUE 0.635 36.000 0.000 NA   NA
 5714164 5714165 CLD_2402 CLD_2401   cas6 TRUE 0.833 20.000 0.000 NA   NA
 5714165 5714166 CLD_2401 CLD_2400 cas6   FALSE 0.003 805.000 0.000 NA   NA
 5714166 5714167 CLD_2400 CLD_2399     FALSE 0.041 291.000 0.000 0.014   NA
 5714169 5714170 CLD_2397 CLD_2396     FALSE 0.358 73.000 0.000 NA   NA
 5714170 5714171 CLD_2396 CLD_2395     TRUE 0.830 23.000 0.000 1.000 N NA
 5714174 5714175 CLD_2392 CLD_2391     FALSE 0.015 318.000 0.000 NA   NA
 5714175 5714176 CLD_2391 CLD_2390     FALSE 0.011 341.000 0.000 NA   NA
 5714177 5714178 CLD_2389 CLD_2388   hgdC FALSE 0.004 503.000 0.000 NA   NA
 5714178 5714179 CLD_2388 CLD_2387 hgdC   TRUE 0.841 90.000 0.333 NA   NA
 5714179 5714180 CLD_2387 CLD_2386     FALSE 0.017 301.000 0.000 NA   NA
 5714180 5714181 CLD_2386 CLD_2385     TRUE 0.997 19.000 0.750 0.010 Y NA
 5714181 5714182 CLD_2385 CLD_2384     TRUE 0.969 39.000 0.750 0.038 N NA
 5714182 5714183 CLD_2384 CLD_2383     FALSE 0.005 499.000 0.000 NA N NA
 5714183 5714184 CLD_2383 CLD_2382     TRUE 0.998 0.000 0.750 NA Y NA
 5714184 5714185 CLD_2382 CLD_2381     TRUE 0.910 63.000 0.667 NA N NA
 5714188 5714189 CLD_2378 CLD_2377     TRUE 0.998 3.000 0.759 NA Y NA
 5714190 5714191 CLD_2376 CLD_2375     FALSE 0.004 602.000 0.000 1.000   NA
 5714191 5714192 CLD_2375 CLD_2374     FALSE 0.009 390.000 0.000 1.000   NA
 5714192 5714193 CLD_2374 CLD_2373     FALSE 0.034 267.000 0.000 1.000   NA
 5714195 5714196 CLD_2371 CLD_2370 gntP   FALSE 0.490 51.000 0.000 NA   NA
 5714196 5714197 CLD_2370 CLD_2369   pdxA FALSE 0.433 57.000 0.000 NA   NA
 5714197 5714198 CLD_2369 CLD_2368 pdxA   TRUE 0.985 13.000 0.283 NA   NA
 5714198 5714199 CLD_2368 CLD_2367     TRUE 0.816 65.000 0.182 NA   NA
 5714204 5714205 CLD_2362 CLD_2361     TRUE 0.687 142.000 0.083 NA   NA
 5714205 5714206 CLD_2361 CLD_2360     FALSE 0.030 266.000 0.000 NA   NA
 5714207 5714208 CLD_2359 CLD_2358     FALSE 0.006 450.000 0.000 1.000 N NA
 5714208 5714209 CLD_2358 CLD_2357     FALSE 0.130 187.000 0.000 NA   NA
 5714210 5714211 CLD_2356 CLD_2355 hypA hypB TRUE 0.991 3.000 0.215 0.002   NA
 5714212 5714213 CLD_2354 CLD_2353     TRUE 0.698 96.000 0.068 NA   NA
 5714213 5714214 CLD_2353 CLD_2352     TRUE 0.999 -9.000 0.838 0.003 Y NA
 5714214 5714215 CLD_2352 CLD_2351     TRUE 0.966 25.000 0.193 NA   NA
 5714215 5714216 CLD_2351 CLD_2350     FALSE 0.004 589.000 0.000 NA   NA
 5714216 5714217 CLD_2350 CLD_2349   motB FALSE 0.020 295.000 0.000 NA   NA
 5714217 5714218 CLD_2349 CLD_2348 motB motA TRUE 0.994 18.000 0.257 1.000 Y NA
 5714218 5714219 CLD_2348 CLD_2347 motA   FALSE 0.003 722.000 0.000 NA N NA
 5714219 5714220 CLD_2347 CLD_2346     FALSE 0.020 295.000 0.000 NA   NA
 5714220 5714221 CLD_2346 CLD_2345     FALSE 0.024 280.000 0.000 NA   NA
 5714221 5714222 CLD_2345 CLD_2344     TRUE 0.983 6.000 0.153 NA   NA
 5714222 5714223 CLD_2344 CLD_2343   pepD FALSE 0.366 118.000 0.000 NA   NA
 5714223 5714224 CLD_2343 CLD_2342 pepD   FALSE 0.029 556.000 0.000 1.000 Y NA
 5714228 5714229 CLD_2338 CLD_2337     TRUE 0.996 14.000 0.448 NA Y NA
 5714229 5714230 CLD_2337 CLD_2336     FALSE 0.006 474.000 0.000 1.000   NA
 5714230 5714231 CLD_2336 CLD_2335     TRUE 0.888 14.000 0.000 1.000   NA
 5714233 5714234 CLD_2333 CLD_2332     FALSE 0.006 436.000 0.000 NA   NA
 5714234 5714235 CLD_2332 CLD_2331     FALSE 0.005 491.000 0.000 1.000   NA
 5714237 5714238 CLD_2329 CLD_2328     FALSE 0.006 436.000 0.000 NA   NA
 5714238 5714239 CLD_2328 CLD_2327     FALSE 0.008 377.000 0.000 NA   NA
 5714240 5714241 CLD_2326 CLD_2325     TRUE 0.841 19.000 0.000 NA   NA
 5714241 5714242 CLD_2325 CLD_2324     TRUE 0.984 3.000 0.148 NA   NA
 5714243 5714244 CLD_2323 CLD_2322   thiM FALSE 0.125 189.000 0.000 NA   NA
 5714244 5714245 CLD_2322 CLD_2321 thiM thiW TRUE 0.983 -22.000 0.059 NA   NA
 5714245 5714246 CLD_2321 CLD_2320 thiW   FALSE 0.005 443.000 0.000 NA   NA
 5714246 5714247 CLD_2320 CLD_2319     TRUE 0.747 128.000 0.095 1.000   NA
 5714247 5714248 CLD_2319 CLD_2318     FALSE 0.455 185.000 0.095 NA   NA
 5714248 5714249 CLD_2318 CLD_2317   bioD FALSE 0.022 285.000 0.000 NA   NA
 5714249 5714250 CLD_2317 CLD_2316 bioD bioB TRUE 0.994 3.000 0.025 0.001 Y NA
 5714250 5714251 CLD_2316 CLD_2315 bioB   TRUE 0.971 -7.000 0.018 NA   NA
 5714251 5714252 CLD_2315 CLD_2314     FALSE 0.313 140.000 0.000 NA   NA
 5714252 5714253 CLD_2314 CLD_2313     TRUE 0.927 -12.000 0.000 NA   NA
 5714253 5714254 CLD_2313 CLD_2312     FALSE 0.305 142.000 0.000 NA   NA
 5714255 5714256 CLD_2311 CLD_2310     TRUE 0.967 31.000 0.015 1.000 Y NA
 5714257 5714258 CLD_2309 CLD_2308     FALSE 0.014 321.000 0.000 NA   NA
 5714260 5714261 CLD_2306 CLD_2305     FALSE 0.122 198.000 0.000 1.000   NA
 5714261 5714262 CLD_2305 CLD_2304     FALSE 0.005 451.000 0.000 NA   NA
 5714262 5714263 CLD_2304 CLD_2303     FALSE 0.005 455.000 0.000 NA   NA
 5714264 5714265 CLD_2302 CLD_2301     FALSE 0.011 339.000 0.000 NA   NA
 5714266 5714267 CLD_2300 CLD_2299     FALSE 0.017 301.000 0.000 NA   NA
 5714267 5714268 CLD_2299 CLD_2298     FALSE 0.351 81.000 0.000 NA   NA
 5714268 5714269 CLD_2298 CLD_2297   msrB TRUE 0.616 174.000 0.200 NA   NA
 5714269 5714270 CLD_2297 CLD_2296 msrB sodF FALSE 0.058 232.000 0.000 1.000 N NA
 5714270 5714271 CLD_2296 CLD_2295 sodF   FALSE 0.395 112.000 0.000 1.000   NA
 5714271 5714272 CLD_2295 CLD_2294     TRUE 0.996 -3.000 0.867 1.000   NA
 5714272 5714273 CLD_2294 CLD_2293     FALSE 0.251 278.000 0.462 1.000 N NA
 5714273 5714274 CLD_2293 CLD_2292     FALSE 0.004 535.000 0.000 NA   NA
 5714274 5714275 CLD_2292 CLD_2291     FALSE 0.102 200.000 0.000 NA   NA
 5714275 5714276 CLD_2291 CLD_2290     TRUE 0.958 36.000 0.500 NA   NA
 5714276 5714277 CLD_2290 CLD_2289     TRUE 0.988 -7.000 0.167 NA   NA
 5714277 5714278 CLD_2289 CLD_2288     TRUE 0.611 202.000 0.556 1.000 N NA
 5714278 5714279 CLD_2288 CLD_2287     TRUE 0.996 0.000 0.125 1.000 Y NA
 5714281 5714282 CLD_2285 CLD_2284     FALSE 0.108 198.000 0.000 NA   NA
 5714282 5714283 CLD_2284 CLD_2283     TRUE 0.798 24.000 0.000 NA   NA
 5714283 5714284 CLD_2283 CLD_2282   def FALSE 0.017 303.000 0.000 NA   NA
 5714284 5714285 CLD_2282 CLD_2280 def   TRUE 0.912 1.000 0.000 NA   NA
 5714285 5714286 CLD_2280 CLD_2279     FALSE 0.050 240.000 0.000 1.000   NA
 5714286 5714287 CLD_2279 CLD_2278     TRUE 0.982 -3.000 0.077 NA   NA
 5714287 5714288 CLD_2278 CLD_2277     FALSE 0.010 349.000 0.000 NA   NA
 5714288 5714289 CLD_2277 CLD_2276     FALSE 0.012 330.000 0.000 NA   NA
 5714289 5714290 CLD_2276 CLD_2275     FALSE 0.036 255.000 0.000 NA   NA
 5714290 5714291 CLD_2275 CLD_2274     FALSE 0.013 323.000 0.000 NA   NA
 5714291 5714292 CLD_2274 CLD_2273   gapN TRUE 0.986 22.000 0.021 0.029 Y NA
 5714292 5714293 CLD_2273 CLD_2272 gapN   TRUE 0.764 166.000 0.021 1.000 Y NA
 5714293 5714294 CLD_2272 CLD_2271     FALSE 0.065 226.000 0.000 1.000 N NA
 5714294 5714295 CLD_2271 CLD_2270     FALSE 0.009 390.000 0.000 1.000   NA
 5714295 5714296 CLD_2270 CLD_2269     FALSE 0.206 165.000 0.000 NA   NA
 5714296 5714297 CLD_2269 CLD_2268     TRUE 0.921 -6.000 0.000 NA   NA
 5714299 5714300 CLD_2266 CLD_2265     TRUE 0.988 -7.000 0.179 NA   NA
 5714300 5714301 CLD_2265 CLD_2264     TRUE 0.988 -19.000 0.143 NA   NA
 5714301 5714302 CLD_2264 CLD_2263     TRUE 0.988 -3.000 0.182 NA   NA
 5714302 5714303 CLD_2263 CLD_2262     FALSE 0.006 451.000 0.000 1.000   NA
 5714303 5714304 CLD_2262 CLD_2261     FALSE 0.337 96.000 0.000 NA   NA
 5714304 5714305 CLD_2261 CLD_2260     FALSE 0.038 250.000 0.000 NA   NA
 5714305 5714306 CLD_2260 CLD_2259     FALSE 0.006 439.000 0.000 NA   NA
 5714306 5714307 CLD_2259 CLD_2258     FALSE 0.003 805.000 0.000 NA   NA
 5714307 5714308 CLD_2258 CLD_2257     FALSE 0.010 357.000 0.000 NA   NA
 5714308 5714309 CLD_2257 CLD_2256     FALSE 0.110 197.000 0.000 NA   NA
 5714309 5714310 CLD_2256 CLD_2255     TRUE 0.923 -7.000 0.000 NA   NA
 5714311 5714312 CLD_2254 CLD_2253     FALSE 0.338 98.000 0.000 NA   NA
 5714312 5714313 CLD_2253 CLD_2252     TRUE 0.915 0.000 0.000 NA   NA
 5714314 5714315 CLD_2251 CLD_2250     TRUE 0.996 -7.000 0.138 1.000 Y NA
 5714315 5714316 CLD_2250 CLD_2249     TRUE 0.973 -7.000 0.023 NA   NA
 5714316 5714317 CLD_2249 CLD_2248     FALSE 0.024 279.000 0.000 NA   NA
 5714317 5714318 CLD_2248 CLD_2247     FALSE 0.009 359.000 0.000 NA   NA
 5714322 5714323 CLD_2243 CLD_2242 ptsH aspB TRUE 0.702 111.000 0.047 1.000 N NA
 5714323 5714324 CLD_2242 CLD_2241 aspB   FALSE 0.325 145.000 0.000 1.000   NA
 5714324 5714325 CLD_2241 CLD_2240     TRUE 0.919 -3.000 0.000 NA   NA
 5714325 5714326 CLD_2240 CLD_2239     TRUE 0.938 19.000 0.020 NA   NA
 5714326 5714327 CLD_2239 CLD_2238   spoVS FALSE 0.445 163.000 0.020 NA   NA
 5714327 5714328 CLD_2238 CLD_2237 spoVS   TRUE 0.558 139.000 0.016 NA   NA
 5714328 5714329 CLD_2237 CLD_2236   recA FALSE 0.130 235.000 0.018 1.000   NA
 5714329 5714330 CLD_2236 CLD_2235 recA pgsA TRUE 0.599 139.000 0.022 1.000 N NA
 5714330 5714331 CLD_2235 CLD_2234 pgsA   TRUE 0.989 -16.000 0.132 1.000 N NA
 5714331 5714332 CLD_2234 CLD_2233   ftsK TRUE 0.650 95.000 0.031 1.000 N NA
 5714332 5714333 CLD_2233 CLD_2232 ftsK clpP FALSE 0.020 482.000 0.047 1.000 N NA
 5714333 5714334 CLD_2232 CLD_2231 clpP dapG FALSE 0.144 248.000 0.045 1.000 N NA
 5714334 5714335 CLD_2231 CLD_2230 dapG   TRUE 0.977 16.000 0.148 NA   NA
 5714335 5714336 CLD_2230 CLD_2229     TRUE 0.752 77.000 0.104 NA   NA
 5714336 5714337 CLD_2229 CLD_2228   pnpA FALSE 0.482 175.000 0.057 1.000   NA
 5714337 5714338 CLD_2228 CLD_2227 pnpA rpsO TRUE 0.522 264.000 0.335 1.000 Y NA
 5714338 5714339 CLD_2227 CLD_2226 rpsO ribF TRUE 0.776 82.000 0.119 1.000 N NA
 5714339 5714340 CLD_2226 CLD_2225 ribF truB TRUE 0.987 13.000 0.308 1.000 N NA
 5714340 5714341 CLD_2225 CLD_2224 truB   TRUE 0.989 1.000 0.221 1.000   NA
 5714341 5714342 CLD_2224 CLD_2223   rbfA TRUE 0.989 -10.000 0.173 1.000   NA
 5714342 5714343 CLD_2223 CLD_2222 rbfA infB TRUE 0.991 31.000 0.530 1.000 Y NA
 5714343 5714344 CLD_2222 CLD_2221 infB   TRUE 0.993 18.000 0.223 NA Y NA
 5714344 5714345 CLD_2221 CLD_2220     TRUE 0.993 -13.000 0.408 NA N NA
 5714345 5714346 CLD_2220 CLD_2219   nusA TRUE 0.956 60.000 0.323 NA Y NA
 5714346 5714347 CLD_2219 CLD_2218 nusA   TRUE 0.990 17.000 0.759 NA   NA
 5714347 5714348 CLD_2218 CLD_2217   polC FALSE 0.068 305.000 0.059 NA   NA
 5714348 5714349 CLD_2217 CLD_2216 polC gcpE FALSE 0.092 278.000 0.040 1.000 N NA
 5714349 5714350 CLD_2216 CLD_2215 gcpE   TRUE 0.715 141.000 0.092 1.000 N NA
 5714350 5714351 CLD_2215 CLD_2214   dxr TRUE 0.944 45.000 0.568 1.000 N NA
 5714351 5714352 CLD_2214 CLD_2213 dxr   TRUE 0.862 30.000 0.008 NA   NA
 5714352 5714353 CLD_2213 CLD_2212     TRUE 0.818 100.000 0.250 NA   NA
 5714353 5714354 CLD_2212 CLD_2211     FALSE 0.414 59.000 0.000 NA   NA
 5714354 5714355 CLD_2211 CLD_2210   cdsA FALSE 0.136 185.000 0.000 NA   NA
 5714355 5714356 CLD_2210 CLD_2209 cdsA uppS TRUE 0.984 25.000 0.055 1.000 Y NA
 5714356 5714357 CLD_2209 CLD_2208 uppS frr TRUE 0.882 66.000 0.409 1.000 N NA
 5714357 5714358 CLD_2208 CLD_2207 frr pyrH TRUE 0.990 16.000 0.626 1.000 N NA
 5714358 5714359 CLD_2207 CLD_2206 pyrH tsf FALSE 0.095 375.000 0.416 1.000 N NA
 5714359 5714360 CLD_2206 CLD_2205 tsf rpsB TRUE 0.966 88.000 0.748 1.000 Y NA
 5714360 5714361 CLD_2205 CLD_2204 rpsB codY FALSE 0.104 237.000 0.006 1.000 N NA
 5714361 5714362 CLD_2204 CLD_2203 codY topA FALSE 0.242 207.000 0.025 1.000 N NA
 5714362 5714363 CLD_2203 CLD_2202 topA dprA FALSE 0.198 372.000 0.238 1.000 Y NA
 5714364 5714365 CLD_2201 CLD_2200     TRUE 0.952 16.000 0.003 0.048 N NA
 5714366 5714367 CLD_2199 CLD_2198 rnhB   FALSE 0.119 297.000 0.148 1.000   NA
 5714367 5714368 CLD_2198 CLD_2197   lepB FALSE 0.040 305.000 0.007 1.000   NA
 5714368 5714369 CLD_2197 CLD_2196 lepB rplS TRUE 0.633 59.000 0.006 1.000 N NA
 5714369 5714370 CLD_2196 CLD_2195 rplS trmD TRUE 0.944 151.000 0.567 1.000 Y NA
 5714370 5714371 CLD_2195 CLD_2194 trmD rimM TRUE 0.998 -9.000 0.672 1.000 Y NA
 5714371 5714372 CLD_2194 CLD_2193 rimM   TRUE 0.856 113.000 0.324 1.000   NA
 5714372 5714373 CLD_2193 CLD_2192   rpsP TRUE 0.982 21.000 0.385 1.000   NA
 5714373 5714374 CLD_2192 CLD_2191 rpsP ffh TRUE 0.965 31.000 0.361 1.000 N NA
 5714374 5714375 CLD_2191 CLD_2190 ffh   TRUE 0.981 13.000 0.151 1.000   NA
 5714375 5714376 CLD_2190 CLD_2189   ftsY FALSE 0.252 224.000 0.081 1.000   NA
 5714376 5714377 CLD_2189 CLD_2188 ftsY smc TRUE 0.728 163.000 0.165 0.016 N NA
 5714377 5714378 CLD_2188 CLD_2187 smc   FALSE 0.105 262.000 0.027 1.000 N NA
 5714378 5714379 CLD_2187 CLD_2186   rnc TRUE 0.995 -7.000 0.064 1.000 Y NA
 5714379 5714380 CLD_2186 CLD_2185 rnc acpP TRUE 0.724 125.000 0.068 1.000 N NA
 5714380 5714381 CLD_2185 CLD_2184 acpP plsX TRUE 0.913 78.000 0.034 0.004 Y NA
 5714381 5714382 CLD_2184 CLD_2183 plsX rpmF TRUE 0.868 90.000 0.418 1.000 N NA
 5714382 5714383 CLD_2183 CLD_2182 rpmF   TRUE 0.990 14.000 0.599 NA   NA
 5714383 5714384 CLD_2182 CLD_2181   ackA TRUE 0.716 118.000 0.061 NA   NA
 5714384 5714385 CLD_2181 CLD_2180 ackA pta TRUE 0.912 140.000 0.137 1.000 Y NA
 5714385 5714386 CLD_2180 CLD_2179 pta   FALSE 0.014 335.000 0.000 1.000   NA
 5714386 5714387 CLD_2179 CLD_2177     FALSE 0.010 367.000 0.000 1.000   NA
 5714387 5714388 CLD_2177 CLD_2176     TRUE 0.727 30.000 0.000 NA   NA
 5714388 5714389 CLD_2176 CLD_2175     TRUE 0.994 9.000 1.000 NA   NA
 5714389 5714390 CLD_2175 CLD_2174     TRUE 0.980 32.000 1.000 NA   NA
 5714390 5714391 CLD_2174 CLD_2173     TRUE 0.986 22.000 0.667 NA   NA
 5714391 5714392 CLD_2173 CLD_2172     FALSE 0.004 944.000 0.000 1.000   NA
 5714392 5714393 CLD_2172 CLD_2171     FALSE 0.018 309.000 0.000 1.000   NA
 5714393 5714394 CLD_2171 CLD_2170     FALSE 0.007 391.000 0.000 NA   NA
 5714394 5714395 CLD_2170 CLD_2169     FALSE 0.005 446.000 0.000 NA   NA
 5714395 5714396 CLD_2169 CLD_2168     FALSE 0.352 77.000 0.000 NA   NA
 5714396 5714397 CLD_2168 CLD_2167     FALSE 0.089 206.000 0.000 NA   NA
 5714399 5714400 CLD_2165 CLD_2164     FALSE 0.005 570.000 0.000 1.000   NA
 5714400 5714401 CLD_2164 CLD_2163   prdE TRUE 0.980 14.000 0.154 1.000   NA
 5714401 5714402 CLD_2163 CLD_2162 prdE prdD TRUE 0.995 14.000 1.000 0.002   NA
 5714402 5714403 CLD_2162 CLD_2160 prdD prdB FALSE 0.025 341.000 0.000 0.002   NA
 5714403 5714404 CLD_2160 CLD_2159 prdB   FALSE 0.353 76.000 0.000 NA   NA
 5714404 5714405 CLD_2159 CLD_2158     TRUE 0.891 9.000 0.000 NA   NA
 5714405 5714406 CLD_2158 CLD_2157     TRUE 0.987 25.000 1.000 NA   NA
 5714406 5714407 CLD_2157 CLD_2156     TRUE 0.989 22.000 1.000 NA   NA
 5714407 5714408 CLD_2156 CLD_2155     FALSE 0.004 641.000 0.000 NA   NA
 5714408 5714409 CLD_2155 CLD_2154     TRUE 0.965 40.000 1.000 NA   NA
 5714411 5714412 CLD_2152 CLD_2151     TRUE 0.981 5.000 0.118 NA   NA
 5714412 5714413 CLD_2151 CLD_2150     FALSE 0.005 477.000 0.000 NA   NA
 5714413 5714414 CLD_2150 CLD_2149     TRUE 0.959 31.000 0.286 NA   NA
 5714414 5714415 CLD_2149 CLD_2148     FALSE 0.188 176.000 0.000 1.000 N NA
 5714416 5714417 CLD_2147 CLD_2146     TRUE 0.711 60.000 0.036 NA   NA
 5714418 5714419 CLD_2145 CLD_2144   coaD TRUE 0.968 13.000 0.055 NA   NA
 5714419 5714420 CLD_2144 CLD_2143 coaD   TRUE 0.991 2.000 0.367 1.000 N NA
 5714420 5714421 CLD_2143 CLD_2142   recG FALSE 0.294 261.000 0.016 1.000 Y NA
 5714421 5714422 CLD_2142 CLD_2141 recG   FALSE 0.032 385.000 0.048 1.000   NA
 5714422 5714423 CLD_2141 CLD_2140     TRUE 0.989 15.000 0.567 NA   NA
 5714425 5714426 CLD_2138 CLD_2137     TRUE 0.860 78.000 0.400 NA   NA
 5714426 5714427 CLD_2137 CLD_2136     FALSE 0.012 429.000 0.005 NA   NA
 5714427 5714428 CLD_2136 CLD_2135   rpe TRUE 0.987 2.000 0.166 1.000 N NA
 5714428 5714429 CLD_2135 CLD_2134 rpe rsgA TRUE 0.990 -6.000 0.213 1.000   NA
 5714429 5714430 CLD_2134 CLD_2133 rsgA   FALSE 0.428 207.000 0.196 1.000   NA
 5714430 5714431 CLD_2133 CLD_2132     TRUE 0.999 -22.000 0.704 1.000 Y NA
 5714431 5714432 CLD_2132 CLD_2131     TRUE 0.969 19.000 0.105 1.000   NA
 5714432 5714433 CLD_2131 CLD_2130   sun TRUE 0.981 12.000 0.135 1.000   NA
 5714433 5714434 CLD_2130 CLD_2129 sun   TRUE 0.957 21.000 0.076 NA   NA
 5714434 5714435 CLD_2129 CLD_2128   fmt FALSE 0.050 318.000 0.035 NA   NA
 5714435 5714436 CLD_2128 CLD_2127 fmt def TRUE 0.988 17.000 0.009 0.021 Y NA
 5714436 5714437 CLD_2127 CLD_2126 def priA TRUE 0.892 28.000 0.010 1.000 N NA
 5714437 5714438 CLD_2126 CLD_2125 priA coaBC TRUE 0.732 139.000 0.099 1.000 N NA
 5714438 5714439 CLD_2125 CLD_2124 coaBC rpoZ TRUE 0.965 2.000 0.013 1.000 N NA
 5714439 5714440 CLD_2124 CLD_2123 rpoZ gmk TRUE 0.980 -19.000 0.035 1.000 N NA
 5714440 5714441 CLD_2123 CLD_2122 gmk   TRUE 0.986 0.000 0.143 NA   NA
 5714441 5714442 CLD_2122 CLD_2121     TRUE 0.979 16.000 0.189 NA   NA
 5714442 5714443 CLD_2121 CLD_2120   ansA FALSE 0.213 194.000 0.003 NA   NA
 5714443 5714444 CLD_2120 CLD_2119 ansA spoIVA FALSE 0.003 981.000 0.000 NA   NA
 5714446 5714447 CLD_2117 CLD_2116     TRUE 0.523 171.000 0.068 1.000   NA
 5714447 5714448 CLD_2116 CLD_2115     TRUE 0.978 3.000 0.061 1.000   NA
 5714448 5714449 CLD_2115 CLD_2114   phoU FALSE 0.017 451.000 0.028 NA N NA
 5714449 5714450 CLD_2114 CLD_2113 phoU pstB TRUE 0.985 30.000 0.182 NA Y NA
 5714450 5714451 CLD_2113 CLD_2112 pstB pstA TRUE 0.995 13.000 0.112 0.002 Y NA
 5714451 5714452 CLD_2112 CLD_2111 pstA pstC TRUE 0.999 0.000 0.907 0.002 Y NA
 5714452 5714453 CLD_2111 CLD_2110 pstC pstS TRUE 0.707 208.000 0.206 1.000 Y NA
 5714453 5714454 CLD_2110 CLD_2109 pstS   FALSE 0.127 247.000 0.028 1.000 N NA
 5714454 5714455 CLD_2109 CLD_2108     TRUE 0.994 12.000 0.110 1.000 Y NA
 5714455 5714456 CLD_2108 CLD_2107     TRUE 0.956 11.000 0.018 NA   NA
 5714456 5714457 CLD_2107 CLD_2106   nrdR FALSE 0.031 331.000 0.013 NA   NA
 5714457 5714458 CLD_2106 CLD_2105 nrdR   TRUE 0.527 131.000 0.005 NA   NA
 5714458 5714459 CLD_2105 CLD_2104   sigG TRUE 0.556 148.000 0.026 NA   NA
 5714459 5714460 CLD_2104 CLD_2103 sigG sigE TRUE 0.971 75.000 0.602 0.006 Y NA
 5714460 5714461 CLD_2103 CLD_2102 sigE spoIIGA TRUE 0.993 12.000 0.856 1.000   NA
 5714461 5714462 CLD_2102 CLD_2101 spoIIGA ftsZ FALSE 0.048 313.000 0.024 1.000   NA
 5714462 5714463 CLD_2101 CLD_2100 ftsZ ftsA TRUE 0.994 23.000 0.460 1.000 Y NA
 5714463 5714464 CLD_2100 CLD_2099 ftsA   FALSE 0.439 157.000 0.008 NA N NA
 5714466 5714467 CLD_2097 CLD_2096 pilT aroE TRUE 0.972 2.000 0.028 1.000 N NA
 5714467 5714468 CLD_2096 CLD_2095 aroE   FALSE 0.350 139.000 0.000 1.000   NA
 5714468 5714469 CLD_2095 CLD_2094     FALSE 0.482 52.000 0.000 NA   NA
 5714470 5714471 CLD_2093 CLD_2092     FALSE 0.181 200.000 0.000 0.020   NA
 5714471 5714472 CLD_2092 CLD_2091     TRUE 0.926 -10.000 0.000 NA   NA
 5714473 5714474 CLD_2090 CLD_2089     FALSE 0.370 68.000 0.000 NA   NA
 5714474 5714475 CLD_2089 CLD_2088     TRUE 0.930 -22.000 0.000 NA   NA
 5714477 5714478 CLD_2087 CLD_2085     FALSE 0.007 437.000 0.000 1.000 N NA
 5714478 5714479 CLD_2085 CLD_2084     FALSE 0.050 240.000 0.000 1.000   NA
 5714479 5714480 CLD_2084 CLD_2083     TRUE 0.526 46.000 0.000 NA   NA
 5714480 5714481 CLD_2083 CLD_2082     TRUE 0.850 18.000 0.000 NA   NA
 5714481 5714482 CLD_2082 CLD_2081     FALSE 0.006 427.000 0.000 NA   NA
 5714482 5714483 CLD_2081 CLD_2080     FALSE 0.360 111.000 0.000 NA   NA
 5714483 5714484 CLD_2080 CLD_2079     TRUE 0.552 42.000 0.000 NA   NA
 5714484 5714485 CLD_2079 CLD_2078     TRUE 0.930 -28.000 0.000 NA   NA
 5714485 5714486 CLD_2078 CLD_2077     FALSE 0.356 74.000 0.000 NA   NA
 5714486 5714487 CLD_2077 CLD_2076     FALSE 0.027 272.000 0.000 NA   NA
 5714487 5714488 CLD_2076 CLD_2075     TRUE 0.985 20.000 0.500 NA   NA
 5714488 5714489 CLD_2075 CLD_2074     TRUE 0.923 -7.000 0.000 NA   NA
 5714489 5714490 CLD_2074 CLD_2073     FALSE 0.069 219.000 0.000 NA   NA
 5714490 5714491 CLD_2073 CLD_2072     TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 5714491 5714492 CLD_2072 CLD_2071     TRUE 0.757 28.000 0.000 NA   NA
 5714492 5714493 CLD_2071 CLD_2070     TRUE 0.895 7.000 0.000 NA   NA
 5714493 5714494 CLD_2070 CLD_2069     FALSE 0.119 193.000 0.000 NA   NA
 5714494 5714495 CLD_2069 CLD_2068     TRUE 0.857 17.000 0.000 NA   NA
 5714495 5714496 CLD_2068 CLD_2067     FALSE 0.033 262.000 0.000 NA   NA
 5714496 5714497 CLD_2067 CLD_2066     TRUE 0.635 36.000 0.000 NA   NA
 5714497 5714498 CLD_2066 CLD_2065     TRUE 0.904 3.000 0.000 NA   NA
 5714498 5714499 CLD_2065 CLD_2064     TRUE 0.992 -3.000 0.400 NA   NA
 5714499 5714500 CLD_2064 CLD_2063     TRUE 0.987 -7.000 0.143 NA   NA
 5714500 5714501 CLD_2063 CLD_2062     TRUE 0.984 -19.000 0.071 NA   NA
 5714501 5714502 CLD_2062 CLD_2061     FALSE 0.077 213.000 0.000 NA   NA
 5714502 5714503 CLD_2061 CLD_2060     TRUE 0.996 -7.000 0.846 NA   NA
 5714503 5714504 CLD_2060 CLD_2059     TRUE 0.996 -10.000 0.846 NA   NA
 5714504 5714505 CLD_2059 CLD_2058     TRUE 0.977 16.000 0.154 NA   NA
 5714505 5714506 CLD_2058 CLD_2057     TRUE 0.994 -3.000 0.600 NA   NA
 5714506 5714507 CLD_2057 CLD_2056     FALSE 0.027 272.000 0.000 NA   NA
 5714507 5714508 CLD_2056 CLD_2055     FALSE 0.343 91.000 0.000 NA   NA
 5714508 5714509 CLD_2055 CLD_2054     TRUE 0.915 0.000 0.000 NA   NA
 5714509 5714510 CLD_2054 CLD_2053     TRUE 0.531 45.000 0.000 NA   NA
 5714510 5714511 CLD_2053 CLD_2052     FALSE 0.228 161.000 0.000 NA   NA
 5714511 5714512 CLD_2052 CLD_2051     TRUE 0.919 -3.000 0.000 NA   NA
 5714512 5714513 CLD_2051 CLD_2050     FALSE 0.142 183.000 0.000 NA   NA
 5714513 5714514 CLD_2050 CLD_2049     TRUE 0.928 -16.000 0.000 NA   NA
 5714514 5714515 CLD_2049 CLD_2048     TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 5714515 5714516 CLD_2048 CLD_2047     FALSE 0.250 157.000 0.000 NA   NA
 5714516 5714517 CLD_2047 CLD_2046     FALSE 0.305 142.000 0.000 NA   NA
 5714517 5714518 CLD_2046 CLD_2045     FALSE 0.341 92.000 0.000 NA   NA
 5714518 5714519 CLD_2045 CLD_2044     TRUE 0.767 27.000 0.000 NA   NA
 5714519 5714520 CLD_2044 CLD_2043     TRUE 0.873 14.000 0.000 NA   NA
 5714520 5714521 CLD_2043 CLD_2042     TRUE 0.600 38.000 0.000 NA   NA
 5714521 5714522 CLD_2042 CLD_2041     TRUE 0.600 38.000 0.000 NA   NA
 5714522 5714523 CLD_2041 CLD_2040     TRUE 0.670 34.000 0.000 NA   NA
 5714523 5714524 CLD_2040 CLD_2039     FALSE 0.501 50.000 0.000 NA   NA
 5714524 5714525 CLD_2039 CLD_2038     TRUE 0.560 41.000 0.000 NA   NA
 5714525 5714526 CLD_2038 CLD_2037     TRUE 0.698 32.000 0.000 NA   NA
 5714526 5714527 CLD_2037 CLD_2036     TRUE 0.779 26.000 0.000 NA   NA
 5714527 5714528 CLD_2036 CLD_2035     TRUE 0.878 13.000 0.000 NA   NA
 5714528 5714529 CLD_2035 CLD_2034     TRUE 0.807 23.000 0.000 NA   NA
 5714529 5714530 CLD_2034 CLD_2033     TRUE 0.926 -10.000 0.000 NA   NA
 5714530 5714531 CLD_2033 CLD_2032     TRUE 0.600 38.000 0.000 NA   NA
 5714531 5714532 CLD_2032 CLD_2031     TRUE 0.857 17.000 0.000 NA   NA
 5714532 5714533 CLD_2031 CLD_2030     TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 5714533 5714534 CLD_2030 CLD_2029     TRUE 0.884 12.000 0.000 NA   NA
 5714534 5714535 CLD_2029 CLD_2028     FALSE 0.340 100.000 0.000 NA   NA
 5714535 5714536 CLD_2028 CLD_2027     TRUE 0.600 38.000 0.000 NA   NA
 5714536 5714537 CLD_2027 CLD_2026     TRUE 0.930 -22.000 0.000 NA   NA
 5714538 5714539 CLD_2025 CLD_2024     TRUE 0.897 12.000 0.000 1.000   NA
 5714540 5714541 CLD_2023 CLD_2022     FALSE 0.006 426.000 0.000 NA   NA
 5714541 5714542 CLD_2022 CLD_2021     FALSE 0.005 445.000 0.000 NA   NA
 5714542 5714543 CLD_2021 CLD_2020     FALSE 0.003 852.000 0.000 NA   NA
 5714543 5714544 CLD_2020 CLD_2019     FALSE 0.003 772.000 0.000 NA   NA
 5714544 5714545 CLD_2019 CLD_2018     TRUE 0.845 79.000 0.333 NA   NA
 5714545 5714546 CLD_2018 CLD_2017     FALSE 0.346 127.000 0.000 NA   NA
 5714546 5714547 CLD_2017 CLD_2016     FALSE 0.003 728.000 0.000 NA   NA
 5714547 5714548 CLD_2016 CLD_2015     TRUE 0.887 11.000 0.000 NA   NA
 5714548 5714549 CLD_2015 CLD_2014     TRUE 0.994 -19.000 0.500 NA   NA
 5714551 5714552 CLD_2012 CLD_2011   udk TRUE 0.596 86.000 0.012 1.000 N NA
 5714552 5714553 CLD_2011 CLD_2010 udk   TRUE 0.708 146.000 0.100 1.000 N NA
 5714553 5714554 CLD_2010 CLD_2009     TRUE 0.988 -7.000 0.146 1.000   NA
 5714554 5714555 CLD_2009 CLD_2008     TRUE 0.709 83.000 0.067 NA   NA
 5714555 5714556 CLD_2008 CLD_2007   typA TRUE 0.577 78.000 0.012 NA   NA
 5714556 5714557 CLD_2007 CLD_2006 typA   FALSE 0.008 641.000 0.004 1.000   NA
 5714557 5714558 CLD_2006 CLD_2005     TRUE 0.914 48.000 0.289 1.000   NA
 5714558 5714559 CLD_2005 CLD_2004     TRUE 0.812 122.000 0.211 NA   NA
 5714559 5714560 CLD_2004 CLD_2003     TRUE 0.964 14.000 0.047 NA   NA
 5714560 5714561 CLD_2003 CLD_2002     TRUE 0.563 207.000 0.537 NA   NA
 5714561 5714562 CLD_2002 CLD_2001   alaS TRUE 0.767 115.000 0.110 NA   NA
 5714562 5714563 CLD_2001 CLD_2000 alaS   FALSE 0.012 496.000 0.015 NA   NA
 5714563 5714564 CLD_2000 CLD_1999     TRUE 0.982 13.000 0.209 NA   NA
 5714564 5714565 CLD_1999 CLD_1998     FALSE 0.280 182.000 0.008 NA   NA
 5714565 5714566 CLD_1998 CLD_1997   iscS TRUE 0.975 2.000 0.035 1.000 N NA
 5714566 5714567 CLD_1997 CLD_1996 iscS   TRUE 0.987 -7.000 0.125 NA N NA
 5714567 5714568 CLD_1996 CLD_1995     FALSE 0.181 220.000 0.025 NA N NA
 5714568 5714569 CLD_1995 CLD_1994   hisK FALSE 0.039 398.000 0.041 0.008 N NA
 5714569 5714570 CLD_1994 CLD_1993 hisK   FALSE 0.051 326.000 0.041 1.000   NA
 5714570 5714571 CLD_1993 CLD_1992     TRUE 0.781 108.000 0.143 NA   NA
 5714573 5714574 CLD_1990 CLD_1989     TRUE 0.886 122.000 0.031 1.000 Y NA
 5714574 5714575 CLD_1989 CLD_1988     FALSE 0.035 715.000 0.000 0.002 Y NA
 5714577 5714578 CLD_1986 CLD_1985     FALSE 0.009 365.000 0.000 NA   NA
 5714578 5714579 CLD_1985 CLD_1984     FALSE 0.124 198.000 0.000 1.000 N NA
 5714579 5714580 CLD_1984 CLD_1983     TRUE 0.989 -3.000 0.182 1.000 N NA
 5714580 5714581 CLD_1983 CLD_1982     TRUE 0.991 5.000 0.400 1.000   NA
 5714581 5714582 CLD_1982 CLD_1981     TRUE 0.959 6.000 0.011 1.000   NA
 5714582 5714583 CLD_1981 CLD_1980     TRUE 0.985 17.000 0.011 NA Y NA
 5714583 5714584 CLD_1980 CLD_1979     TRUE 0.963 9.000 0.026 NA N NA
 5714584 5714585 CLD_1979 CLD_1978     TRUE 0.974 41.000 0.250 1.000 Y NA
 5714585 5714586 CLD_1978 CLD_1977     TRUE 0.925 39.000 0.143 0.044   NA
 5714586 5714587 CLD_1977 CLD_1976     TRUE 0.984 4.000 0.143 1.000   NA
 5714587 5714588 CLD_1976 CLD_1975     TRUE 0.971 9.000 0.044 1.000   NA
 5714588 5714589 CLD_1975 CLD_1974     TRUE 0.968 -3.000 0.011 1.000   NA
 5714589 5714590 CLD_1974 CLD_1973     TRUE 0.934 19.000 0.011 1.000   NA
 5714590 5714591 CLD_1973 CLD_1972   argF FALSE 0.006 466.000 0.000 1.000 N NA
 5714591 5714592 CLD_1972 CLD_1971 argF arcC TRUE 0.955 95.000 0.500 1.000 Y NA
 5714592 5714593 CLD_1971 CLD_1970 arcC glyA FALSE 0.028 564.000 0.000 1.000 Y NA
 5714594 5714595 CLD_1969 CLD_1968     TRUE 0.987 -3.000 0.154 NA   NA
 5714596 5714597 CLD_1967 CLD_1966     FALSE 0.369 201.000 0.095 NA   NA
 5714598 5714599 CLD_1965 CLD_1964     FALSE 0.007 411.000 0.000 NA   NA
 5714599 5714600 CLD_1964 CLD_1963     TRUE 0.811 77.000 0.185 1.000 N NA
 5714600 5714601 CLD_1963 CLD_1962     TRUE 0.671 154.000 0.111 NA   NA
 5714601 5714602 CLD_1962 CLD_1961     FALSE 0.011 339.000 0.000 NA   NA
 5714603 5714604 CLD_1960 CLD_1959     TRUE 0.979 -9.000 0.034 1.000 N NA
 5714604 5714605 CLD_1959 CLD_1958     FALSE 0.007 427.000 0.000 1.000 N NA
 5714605 5714606 CLD_1958 CLD_1957   hprK TRUE 0.975 -7.000 0.006 0.100 N NA
 5714606 5714607 CLD_1957 CLD_1956 hprK   TRUE 0.865 32.000 0.018 NA   NA
 5714607 5714608 CLD_1956 CLD_1955     FALSE 0.185 171.000 0.000 NA   NA
 5714608 5714609 CLD_1955 CLD_1954     TRUE 0.988 -34.000 0.130 NA   NA
 5714609 5714610 CLD_1954 CLD_1953     TRUE 0.817 109.000 0.222 NA   NA
 5714610 5714611 CLD_1953 CLD_1952     TRUE 0.977 0.000 0.049 NA   NA
 5714611 5714612 CLD_1952 CLD_1951     TRUE 0.984 -22.000 0.073 NA   NA
 5714612 5714613 CLD_1951 CLD_1950     TRUE 0.990 0.000 0.273 NA   NA
 5714613 5714614 CLD_1950 CLD_1949   glpX FALSE 0.007 402.000 0.000 NA   NA
 5714616 5714617 CLD_1947 CLD_1946     FALSE 0.005 455.000 0.000 NA   NA
 5714617 5714618 CLD_1946 CLD_1945     FALSE 0.005 495.000 0.000 NA   NA
 5714618 5714619 CLD_1945 CLD_1944     FALSE 0.003 1052.000 0.000 NA   NA
 5714619 5714620 CLD_1944 CLD_1943   def TRUE 0.965 18.000 0.065 1.000 N NA
 5714620 5714621 CLD_1943 CLD_1942 def   FALSE 0.083 217.000 0.000 1.000 N NA
 5714621 5714622 CLD_1942 CLD_1941     TRUE 0.991 29.000 0.238 0.005 Y NA
 5714622 5714623 CLD_1941 CLD_1940     TRUE 0.999 -7.000 0.776 0.005 Y NA
 5714623 5714624 CLD_1940 CLD_1939     TRUE 0.997 14.000 0.462 0.005 Y NA
 5714624 5714625 CLD_1939 CLD_1938     TRUE 0.998 -7.000 0.487 0.005 Y NA
 5714625 5714626 CLD_1938 CLD_1937     TRUE 0.996 15.000 0.258 0.005 Y NA
 5714626 5714627 CLD_1937 CLD_1936     TRUE 0.962 39.000 0.489 0.005   NA
 5714627 5714628 CLD_1936 CLD_1935     TRUE 0.995 13.000 0.848 0.005   NA
 5714628 5714629 CLD_1935 CLD_1934     TRUE 0.989 2.000 0.132 0.005   NA
 5714629 5714630 CLD_1934 CLD_1933     FALSE 0.016 323.000 0.000 1.000   NA
 5714630 5714631 CLD_1933 CLD_1932     TRUE 0.964 -25.000 0.002 NA   NA
 5714631 5714632 CLD_1932 CLD_1931     FALSE 0.482 139.000 0.002 NA   NA
 5714632 5714633 CLD_1931 CLD_1930     TRUE 0.979 22.000 0.312 1.000   NA
 5714633 5714634 CLD_1930 CLD_1929     TRUE 0.828 39.000 0.026 1.000   NA
 5714636 5714637 CLD_1927 CLD_1926     FALSE 0.008 386.000 0.000 NA   NA
 5714637 5714638 CLD_1926 CLD_1925     TRUE 0.957 54.000 0.088 0.003 Y NA
 5714638 5714639 CLD_1925 CLD_1924     TRUE 0.655 66.000 0.027 NA   NA
 5714639 5714640 CLD_1924 CLD_1923     TRUE 0.837 63.000 0.222 NA   NA
 5714640 5714641 CLD_1923 CLD_1922   fliA TRUE 0.910 29.000 0.029 1.000   NA
 5714641 5714642 CLD_1922 CLD_1921 fliA   TRUE 0.968 14.000 0.062 NA N NA
 5714642 5714643 CLD_1921 CLD_1920   flhG TRUE 0.972 15.000 0.094 NA N NA
 5714643 5714644 CLD_1920 CLD_1919 flhG flhF TRUE 0.993 -6.000 0.382 1.000 N NA
 5714644 5714645 CLD_1919 CLD_1918 flhF flhA TRUE 0.998 -3.000 0.440 1.000 Y NA
 5714645 5714646 CLD_1918 CLD_1917 flhA   TRUE 0.991 28.000 0.207 0.002 Y NA
 5714646 5714647 CLD_1917 CLD_1916   fliQ TRUE 0.983 34.000 0.114 0.002 Y NA
 5714647 5714648 CLD_1916 CLD_1915 fliQ fliP TRUE 0.996 12.000 0.162 0.003 Y NA
 5714648 5714649 CLD_1915 CLD_1914 fliP   TRUE 0.998 -16.000 0.386 1.000 Y NA
 5714649 5714650 CLD_1914 CLD_1913   fliL TRUE 0.878 73.000 0.023 1.000 Y NA
 5714650 5714651 CLD_1913 CLD_1912 fliL motB TRUE 0.997 -3.000 0.314 1.000 Y NA
 5714651 5714652 CLD_1912 CLD_1911 motB motA TRUE 0.998 -7.000 0.350 1.000 Y NA
 5714652 5714653 CLD_1911 CLD_1910 motA   TRUE 0.997 -3.000 0.301 NA Y NA
 5714653 5714654 CLD_1910 CLD_1909   flgE FALSE 0.465 234.000 0.077 NA Y NA
 5714654 5714655 CLD_1909 CLD_1908 flgE   TRUE 0.748 82.000 0.100 NA   NA
 5714655 5714656 CLD_1908 CLD_1907   flgD TRUE 0.967 15.000 0.064 NA   NA
 5714656 5714657 CLD_1907 CLD_1906 flgD fliK TRUE 0.869 30.000 0.012 NA   NA
 5714657 5714658 CLD_1906 CLD_1905 fliK   TRUE 0.971 6.000 0.006 0.004   NA
 5714658 5714659 CLD_1905 CLD_1904   fliI TRUE 0.939 104.000 0.241 1.000 Y NA
 5714659 5714660 CLD_1904 CLD_1903 fliI fliH TRUE 0.978 40.000 0.379 NA Y NA
 5714660 5714661 CLD_1903 CLD_1902 fliH fliG TRUE 0.997 -16.000 0.308 NA Y NA
 5714661 5714662 CLD_1902 CLD_1901 fliG fliF TRUE 0.998 7.000 0.477 0.004 Y NA
 5714662 5714663 CLD_1901 CLD_1900 fliF fliE TRUE 0.994 16.000 0.112 0.004 Y NA
 5714663 5714664 CLD_1900 CLD_1899 fliE flgC TRUE 0.995 12.000 0.095 0.003 Y NA
 5714664 5714665 CLD_1899 CLD_1898 flgC flgB TRUE 0.974 98.000 0.804 0.003 Y NA
 5714665 5714666 CLD_1898 CLD_1897 flgB   FALSE 0.008 573.000 0.000 0.004   NA
 5714666 5714667 CLD_1897 CLD_1896     TRUE 0.756 144.000 0.182 NA   NA
 5714667 5714668 CLD_1896 CLD_1895   argH FALSE 0.004 541.000 0.000 NA   NA
 5714668 5714669 CLD_1895 CLD_1894 argH argG TRUE 0.993 22.000 0.278 1.000 Y NA
 5714669 5714670 CLD_1894 CLD_1893 argG   FALSE 0.020 294.000 0.000 NA   NA
 5714670 5714671 CLD_1893 CLD_1892     TRUE 0.985 23.000 0.667 NA   NA
 5714671 5714672 CLD_1892 CLD_1891   cls FALSE 0.150 180.000 0.000 NA   NA
 5714674 5714675 CLD_1889 CLD_1888     FALSE 0.023 284.000 0.000 NA   NA
 5714675 5714676 CLD_1888 CLD_1887     FALSE 0.038 251.000 0.000 NA   NA
 5714676 5714677 CLD_1887 CLD_1886     TRUE 0.607 40.000 0.000 1.000   NA
 5714677 5714678 CLD_1886 CLD_1885     TRUE 0.954 29.000 0.000 1.000 Y NA
 5714678 5714679 CLD_1885 CLD_1884     TRUE 0.974 32.000 0.051 1.000 Y NA
 5714679 5714680 CLD_1884 CLD_1883     TRUE 0.972 15.000 0.091 NA   NA
 5714680 5714681 CLD_1883 CLD_1882     TRUE 0.670 34.000 0.000 NA   NA
 5714681 5714682 CLD_1882 CLD_1881     TRUE 0.767 27.000 0.000 NA   NA
 5714682 5714683 CLD_1881 CLD_1880   glf TRUE 0.964 0.000 0.012 NA   NA
 5714683 5714684 CLD_1880 CLD_1879 glf   TRUE 0.855 105.000 0.012 NA Y NA
 5714684 5714685 CLD_1879 CLD_1878     FALSE 0.080 211.000 0.000 NA N NA
 5714685 5714686 CLD_1878 CLD_1877     TRUE 0.861 19.000 0.000 1.000 N NA
 5714686 5714687 CLD_1877 CLD_1876     TRUE 0.988 16.000 0.027 1.000 Y NA
 5714687 5714688 CLD_1876 CLD_1875     TRUE 0.956 35.000 0.400 NA N NA
 5714688 5714689 CLD_1875 CLD_1874     FALSE 0.005 449.000 0.000 NA   NA
 5714689 5714690 CLD_1874 CLD_1873     TRUE 0.790 129.000 0.182 NA   NA
 5714690 5714691 CLD_1873 CLD_1872     TRUE 0.920 122.000 1.000 NA   NA
 5714691 5714692 CLD_1872 CLD_1871     FALSE 0.005 484.000 0.000 NA   NA
 5714692 5714693 CLD_1871 CLD_1870     TRUE 0.917 43.000 0.250 1.000   NA
 5714693 5714694 CLD_1870 CLD_1869     TRUE 0.834 115.000 0.250 NA   NA
 5714694 5714695 CLD_1869 CLD_1868     FALSE 0.069 219.000 0.000 NA   NA
 5714695 5714696 CLD_1868 CLD_1867     FALSE 0.352 77.000 0.000 NA   NA
 5714696 5714697 CLD_1867 CLD_1866     TRUE 0.878 13.000 0.000 NA   NA
 5714697 5714698 CLD_1866 CLD_1865     TRUE 0.767 27.000 0.000 NA   NA
 5714698 5714699 CLD_1865 CLD_1864   rfbC FALSE 0.038 251.000 0.000 NA   NA
 5714699 5714700 CLD_1864 CLD_1863 rfbC rfbB TRUE 0.993 12.000 0.099 1.000 Y NA
 5714700 5714701 CLD_1863 CLD_1862 rfbB rfbD TRUE 0.993 19.000 0.088 0.002 Y NA
 5714701 5714702 CLD_1862 CLD_1861 rfbD rfbA TRUE 0.995 2.000 0.040 0.003 Y NA
 5714702 5714703 CLD_1861 CLD_1860 rfbA   FALSE 0.036 451.000 0.000 1.000 Y NA
 5714703 5714704 CLD_1860 CLD_1859     TRUE 0.984 26.000 0.071 1.000 Y NA
 5714704 5714705 CLD_1859 CLD_1858     FALSE 0.483 56.000 0.000 1.000 N NA
 5714705 5714706 CLD_1858 CLD_1857     TRUE 0.782 28.000 0.000 1.000   NA
 5714706 5714707 CLD_1857 CLD_1856     FALSE 0.009 526.000 0.000 0.004   NA
 5714707 5714708 CLD_1856 CLD_1855     TRUE 0.867 18.000 0.000 1.000   NA
 5714708 5714709 CLD_1855 CLD_1854     TRUE 0.929 -3.000 0.000 1.000   NA
 5714709 5714710 CLD_1854 CLD_1853     TRUE 0.997 5.000 0.549 1.000 Y NA
 5714710 5714711 CLD_1853 CLD_1852     TRUE 0.964 14.000 0.046 NA   NA
 5714711 5714712 CLD_1852 CLD_1851     TRUE 0.990 0.000 0.286 NA   NA
 5714712 5714713 CLD_1851 CLD_1850     TRUE 0.930 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5714713 5714714 CLD_1850 CLD_1849     TRUE 0.997 -10.000 0.235 1.000 Y NA
 5714714 5714715 CLD_1849 CLD_1848     TRUE 0.790 25.000 0.000 NA   NA
 5714715 5714716 CLD_1848 CLD_1847     TRUE 0.923 -7.000 0.000 NA   NA
 5714716 5714717 CLD_1847 CLD_1846     TRUE 0.742 29.000 0.000 NA   NA
 5714717 5714718 CLD_1846 CLD_1845     FALSE 0.348 87.000 0.000 NA   NA
 5714718 5714719 CLD_1845 CLD_1844     TRUE 0.925 41.000 0.000 0.008 Y NA
 5714719 5714720 CLD_1844 CLD_1843     FALSE 0.069 332.000 0.105 1.000   NA
 5714720 5714721 CLD_1843 CLD_1842     FALSE 0.018 299.000 0.000 NA   NA
 5714721 5714722 CLD_1842 CLD_1841     TRUE 0.958 9.000 0.019 NA   NA
 5714722 5714723 CLD_1841 CLD_1840   fliS TRUE 0.995 22.000 0.370 0.001 Y NA
 5714723 5714724 CLD_1840 CLD_1839 fliS   TRUE 0.894 37.000 0.093 NA   NA
 5714724 5714725 CLD_1839 CLD_1838     TRUE 0.704 58.000 0.028 NA   NA
 5714725 5714726 CLD_1838 CLD_1837   csrA TRUE 0.954 16.000 0.028 NA N NA
 5714726 5714727 CLD_1837 CLD_1836 csrA   TRUE 0.983 0.000 0.096 NA   NA
 5714727 5714728 CLD_1836 CLD_1835   flgL TRUE 0.864 68.000 0.385 NA   NA
 5714728 5714729 CLD_1835 CLD_1834 flgL flgK TRUE 0.993 18.000 0.071 0.001 Y NA
 5714729 5714730 CLD_1834 CLD_1833 flgK   FALSE 0.161 282.000 0.082 0.001   NA
 5714730 5714731 CLD_1833 CLD_1832     TRUE 0.995 0.000 0.421 0.002   NA
 5714731 5714732 CLD_1832 CLD_1831   fliN FALSE 0.004 590.000 0.000 1.000   NA
 5714732 5714733 CLD_1831 CLD_1830 fliN fliM TRUE 0.999 -7.000 0.508 0.001 Y NA
 5714733 5714734 CLD_1830 CLD_1829 fliM   TRUE 0.984 28.000 0.039 0.010 Y NA
 5714734 5714735 CLD_1829 CLD_1828   cheY TRUE 0.952 100.000 0.417 1.000 Y NA
 5714735 5714736 CLD_1828 CLD_1827 cheY cheC TRUE 0.982 28.000 0.082 NA Y NA
 5714736 5714737 CLD_1827 CLD_1826 cheC cheA TRUE 0.569 230.000 0.176 NA Y NA
 5714737 5714738 CLD_1826 CLD_1825 cheA cheR TRUE 0.993 13.000 0.081 1.000 Y NA
 5714738 5714739 CLD_1825 CLD_1824 cheR cheB TRUE 0.993 15.000 0.107 1.000 Y NA
 5714739 5714740 CLD_1824 CLD_1823 cheB cheD TRUE 0.987 23.000 0.070 1.000 Y NA
 5714740 5714741 CLD_1823 CLD_1822 cheD cheW TRUE 0.990 17.000 0.063 1.000 Y NA
 5714741 5714742 CLD_1822 CLD_1821 cheW   TRUE 0.982 16.000 0.231 NA N NA
 5714742 5714743 CLD_1821 CLD_1820     FALSE 0.037 253.000 0.000 NA N NA
 5714743 5714744 CLD_1820 CLD_1819     TRUE 0.838 83.000 0.273 1.000   NA
 5714744 5714745 CLD_1819 CLD_1818     FALSE 0.044 249.000 0.000 1.000   NA
 5714745 5714746 CLD_1818 CLD_1817     TRUE 0.923 127.000 0.082 0.043 Y NA
 5714746 5714747 CLD_1817 CLD_1816     FALSE 0.035 257.000 0.000 NA   NA
 5714747 5714748 CLD_1816 CLD_1815     FALSE 0.034 261.000 0.000 NA   NA
 5714748 5714749 CLD_1815 CLD_1814     FALSE 0.030 267.000 0.000 NA   NA
 5714749 5714750 CLD_1814 CLD_1813   murG FALSE 0.004 633.000 0.000 1.000 N NA
 5714752 5714753 CLD_1811 CLD_1810   recJ FALSE 0.004 1150.000 0.000 1.000 N NA
 5714755 5714756 CLD_1808 CLD_1807     FALSE 0.004 994.000 0.000 1.000   NA
 5714757 5714758 CLD_1806 CLD_1805     TRUE 0.598 68.000 0.008 1.000   NA
 5714759 5714760 CLD_1804 CLD_1803 glpP   TRUE 0.760 49.000 0.018 1.000 N NA
 5714760 5714761 CLD_1803 CLD_1802     TRUE 0.971 74.000 0.552 0.001 Y NA
 5714761 5714762 CLD_1802 CLD_1801     FALSE 0.009 367.000 0.000 NA   NA
 5714763 5714764 CLD_1800 CLD_1799     TRUE 0.986 13.000 0.333 NA   NA
 5714764 5714765 CLD_1799 CLD_1798     FALSE 0.005 462.000 0.000 NA   NA
 5714765 5714766 CLD_1798 CLD_1797     TRUE 0.980 20.000 0.333 NA   NA
 5714767 5714768 CLD_1796 CLD_1795   galE TRUE 0.600 38.000 0.000 NA   NA
 5714768 5714769 CLD_1795 CLD_1794 galE   FALSE 0.012 347.000 0.000 1.000 N NA
 5714769 5714770 CLD_1794 CLD_1793     FALSE 0.034 268.000 0.000 1.000 N NA
 5714770 5714771 CLD_1793 CLD_1792     FALSE 0.004 610.000 0.000 1.000 N NA
 5714772 5714773 CLD_1791 CLD_1790     FALSE 0.136 185.000 0.000 NA   NA
 5714774 5714775 CLD_1789 CLD_1788 glpK   FALSE 0.204 252.000 0.131 1.000 N NA
 5714777 5714778 CLD_1786 CLD_1785     FALSE 0.277 262.000 0.400 NA   NA
 5714778 5714779 CLD_1785 CLD_1784     TRUE 0.979 -16.000 0.038 NA   NA
 5714779 5714780 CLD_1784 CLD_1783     TRUE 0.991 6.000 0.419 1.000 N NA
 5714780 5714781 CLD_1783 CLD_1782     FALSE 0.404 174.000 0.027 NA N NA
 5714782 5714783 CLD_1781 CLD_1780     FALSE 0.005 481.000 0.000 NA   NA
 5714783 5714784 CLD_1780 CLD_1779     FALSE 0.041 244.000 0.000 NA   NA
 5714785 5714786 CLD_1778 CLD_1777 gerAC   TRUE 0.966 -46.000 0.000 0.006   NA
 5714786 5714787 CLD_1777 CLD_1776   gerAA TRUE 0.963 -10.000 0.000 0.006   NA
 5714787 5714788 CLD_1776 CLD_1775 gerAA   FALSE 0.035 257.000 0.000 NA   NA
 5714788 5714789 CLD_1775 CLD_1774     FALSE 0.079 211.000 0.000 NA   NA
 5714789 5714790 CLD_1774 CLD_1773     FALSE 0.012 347.000 0.000 1.000   NA
 5714790 5714791 CLD_1773 CLD_1772     FALSE 0.077 220.000 0.000 1.000 N NA
 5714791 5714792 CLD_1772 CLD_1771     TRUE 0.533 77.000 0.004 NA   NA
 5714794 5714795 CLD_1769 CLD_1768     FALSE 0.471 197.000 0.000 1.000 Y NA
 5714797 5714798 CLD_1766 CLD_1765     FALSE 0.008 394.000 0.000 1.000   NA
 5714798 5714799 CLD_1765 CLD_1764     FALSE 0.031 264.000 0.000 NA   NA
 5714799 5714800 CLD_1764 CLD_1763     TRUE 0.869 131.000 0.500 NA   NA
 5714800 5714801 CLD_1763 CLD_1762     FALSE 0.004 518.000 0.000 NA   NA
 5714801 5714802 CLD_1762 CLD_1761   nrdB FALSE 0.011 344.000 0.000 NA   NA
 5714802 5714803 CLD_1761 CLD_1760 nrdB nrdA TRUE 0.862 196.000 0.393 0.001 Y NA
 5714804 5714805 CLD_1759 CLD_1758     FALSE 0.253 236.000 0.167 NA   NA
 5714806 5714807 CLD_1757 CLD_1756 dinB   FALSE 0.006 465.000 0.000 1.000 N NA
 5714807 5714808 CLD_1756 CLD_1755     TRUE 0.981 0.000 0.062 1.000 N NA
 5714808 5714809 CLD_1755 CLD_1754   pyrR FALSE 0.006 449.000 0.000 1.000 N NA
 5714809 5714810 CLD_1754 CLD_1753 pyrR   FALSE 0.013 329.000 0.000 NA   NA
 5714810 5714811 CLD_1753 CLD_1752     FALSE 0.004 516.000 0.000 NA   NA
 5714811 5714812 CLD_1752 CLD_1751     FALSE 0.244 158.000 0.000 NA   NA
 5714812 5714813 CLD_1751 CLD_1750     TRUE 0.988 18.000 0.571 1.000 N NA
 5714815 5714816 CLD_1748 CLD_1747 ligT   FALSE 0.354 185.000 0.034 NA   NA
 5714816 5714817 CLD_1747 CLD_1746     FALSE 0.004 575.000 0.000 NA   NA
 5714817 5714818 CLD_1746 CLD_1745     FALSE 0.004 713.000 0.000 1.000 N NA
 5714819 5714820 CLD_1744 CLD_1743     TRUE 0.887 133.000 0.667 NA   NA
 5714821 5714822 CLD_1742 CLD_1741   nagB FALSE 0.296 228.000 0.000 1.000 Y NA
 5714822 5714823 CLD_1741 CLD_1740 nagB nagA TRUE 0.958 83.000 0.273 0.001 Y NA
 5714823 5714824 CLD_1740 CLD_1739 nagA   TRUE 0.812 161.000 0.545 1.000 N NA
 5714824 5714825 CLD_1739 CLD_1738     FALSE 0.021 292.000 0.000 NA   NA
 5714825 5714826 CLD_1738 CLD_1737     FALSE 0.004 519.000 0.000 NA   NA
 5714826 5714827 CLD_1737 CLD_1736     FALSE 0.004 576.000 0.000 NA   NA
 5714830 5714831 CLD_1733 CLD_1732 nagE   FALSE 0.005 543.000 0.000 1.000 N NA
 5714832 5714833 CLD_1731 CLD_1730     TRUE 0.998 2.000 0.465 1.000 Y NA
 5714833 5714834 CLD_1730 CLD_1729     TRUE 0.649 90.000 0.028 1.000 N NA
 5714836 5714837 CLD_1727 CLD_1726     FALSE 0.054 236.000 0.000 1.000 N NA
 5714837 5714838 CLD_1726 CLD_1725     TRUE 0.929 59.000 0.571 0.035 N NA
 5714838 5714839 CLD_1725 CLD_1724     FALSE 0.011 357.000 0.000 1.000 N NA
 5714840 5714841 CLD_1723 CLD_1722     TRUE 0.998 9.000 0.909 0.043 Y NA
 5714842 5714843 CLD_1721 CLD_1720     FALSE 0.079 219.000 0.000 1.000   NA
 5714843 5714844 CLD_1720 CLD_1719     TRUE 0.998 5.000 0.800 0.035 Y NA
 5714844 5714845 CLD_1719 CLD_1718     TRUE 0.999 -3.000 0.800 0.027 Y NA
 5714846 5714847 CLD_1717 CLD_1716     TRUE 0.946 57.000 0.143 1.000 Y NA
 5714847 5714848 CLD_1716 CLD_1715     TRUE 0.924 39.000 0.222 1.000   NA
 5714849 5714850 CLD_1714 CLD_1713     FALSE 0.004 1006.000 0.000 1.000   NA
 5714850 5714851 CLD_1713 CLD_1712     FALSE 0.104 204.000 0.000 1.000   NA
 5714851 5714852 CLD_1712 CLD_1711     FALSE 0.319 139.000 0.000 NA   NA
 5714852 5714853 CLD_1711 CLD_1710     FALSE 0.006 414.000 0.000 NA   NA
 5714853 5714854 CLD_1710 CLD_1709     FALSE 0.386 163.000 0.003 1.000   NA
 5714854 5714855 CLD_1709 CLD_1708     FALSE 0.004 959.000 0.000 1.000   NA
 5714857 5714858 CLD_1706 CLD_1705     FALSE 0.003 1072.000 0.000 NA   NA
 5714858 5714859 CLD_1705 CLD_1704     FALSE 0.357 109.000 0.000 NA   NA
 5714861 5714862 CLD_1702 CLD_1701     FALSE 0.006 450.000 0.000 1.000 N NA
 5714864 5714865 CLD_1699 CLD_1698     TRUE 0.825 21.000 0.000 NA   NA
 5714865 5714866 CLD_1698 CLD_1697     FALSE 0.091 205.000 0.000 NA   NA
 5714866 5714867 CLD_1697 CLD_1696     TRUE 0.798 24.000 0.000 NA   NA
 5714867 5714868 CLD_1696 CLD_1695     FALSE 0.006 424.000 0.000 NA   NA
 5714869 5714870 CLD_1694 CLD_1693     FALSE 0.394 111.000 0.000 1.000   NA
 5714870 5714871 CLD_1693 CLD_1692     FALSE 0.344 102.000 0.000 NA   NA
 5714872 5714873 CLD_1691 CLD_1690     FALSE 0.119 193.000 0.000 NA   NA
 5714873 5714874 CLD_1690 CLD_1689     FALSE 0.326 137.000 0.000 NA   NA
 5714874 5714875 CLD_1689 CLD_1688     FALSE 0.422 58.000 0.000 NA   NA
 5714875 5714876 CLD_1688 CLD_1687     FALSE 0.339 130.000 0.000 NA   NA
 5714876 5714877 CLD_1687 CLD_1686     TRUE 0.864 16.000 0.000 NA   NA
 5714879 5714880 CLD_1684 CLD_1683   rumA FALSE 0.010 368.000 0.000 1.000   NA
 5714880 5714881 CLD_1683 CLD_1682 rumA   FALSE 0.027 272.000 0.000 NA   NA
 5714882 5714883 CLD_1681 CLD_1680     TRUE 0.967 26.000 0.214 1.000   NA
 5714884 5714885 CLD_1679 CLD_1678 ribH ribAB TRUE 0.981 32.000 0.054 0.002 Y NA
 5714885 5714886 CLD_1678 CLD_1677 ribAB ribE FALSE 0.207 308.000 0.051 1.000 Y NA
 5714886 5714887 CLD_1677 CLD_1676 ribE ribD TRUE 0.998 -19.000 0.456 1.000 Y NA
 5714887 5714888 CLD_1676 CLD_1675 ribD pepD FALSE 0.008 404.000 0.000 1.000 N NA
 5714890 5714891 CLD_1673 CLD_1672 mgtA   FALSE 0.003 873.000 0.000 NA   NA
 5714891 5714892 CLD_1672 CLD_1671     TRUE 0.810 103.000 0.222 NA   NA
 5714893 5714894 CLD_1670 CLD_1669     TRUE 0.939 78.000 1.000 0.006   NA
 5714895 5714896 CLD_1668 CLD_1667 purD purH TRUE 0.919 149.000 0.238 1.000 Y NA
 5714896 5714897 CLD_1667 CLD_1666 purH purN TRUE 0.695 214.000 0.225 1.000 Y NA
 5714897 5714898 CLD_1666 CLD_1665 purN purM TRUE 0.955 127.000 0.238 0.001 Y NA
 5714898 5714899 CLD_1665 CLD_1664 purM purF TRUE 0.866 172.000 0.248 1.000 Y NA
 5714899 5714900 CLD_1664 CLD_1663 purF purC TRUE 0.906 92.000 0.082 1.000 Y NA
 5714900 5714901 CLD_1663 CLD_1662 purC purE TRUE 0.994 0.000 0.035 1.000 Y NA
 5714901 5714902 CLD_1662 CLD_1661 purE   FALSE 0.004 632.000 0.000 1.000 N NA
 5714902 5714903 CLD_1661 CLD_1660     FALSE 0.010 375.000 0.000 1.000 N NA
 5714903 5714904 CLD_1660 CLD_1659     TRUE 0.929 26.000 0.033 1.000 N NA
 5714904 5714905 CLD_1659 CLD_1658     TRUE 0.970 31.000 0.443 1.000 N NA
 5714905 5714906 CLD_1658 CLD_1657     TRUE 0.968 35.000 0.049 1.000 Y NA
 5714906 5714907 CLD_1657 CLD_1656   hydA FALSE 0.013 342.000 0.000 1.000 N NA
 5714907 5714908 CLD_1656 CLD_1655 hydA   TRUE 0.921 50.000 0.012 1.000 Y NA
 5714908 5714909 CLD_1655 CLD_1654   dpaL TRUE 0.968 22.000 0.133 1.000 N NA
 5714909 5714910 CLD_1654 CLD_1653 dpaL   FALSE 0.027 284.000 0.000 1.000 N NA
 5714911 5714912 CLD_1652 CLD_1651     TRUE 0.974 15.000 0.104 NA   NA
 5714912 5714913 CLD_1651 CLD_1650     TRUE 0.987 -19.000 0.109 NA   NA
 5714913 5714914 CLD_1650 CLD_1649     TRUE 0.987 -18.000 0.109 NA   NA
 5714914 5714915 CLD_1649 CLD_1648     TRUE 0.923 26.000 0.032 NA N NA
 5714915 5714916 CLD_1648 CLD_1647     TRUE 0.980 -3.000 0.047 1.000 N NA
 5714916 5714917 CLD_1647 CLD_1646     TRUE 0.999 -3.000 0.862 1.000 Y NA
 5714917 5714918 CLD_1646 CLD_1645     TRUE 0.719 179.000 0.031 1.000 Y NA
 5714918 5714919 CLD_1645 CLD_1644     TRUE 0.862 138.000 0.500 NA   NA
 5714919 5714920 CLD_1644 CLD_1643     TRUE 0.682 128.000 0.053 NA   NA
 5714921 5714922 CLD_1642 CLD_1641     FALSE 0.004 581.000 0.000 NA   NA
 5714922 5714923 CLD_1641 CLD_1640     FALSE 0.007 589.000 0.000 0.076   NA
 5714923 5714924 CLD_1640 CLD_1639     FALSE 0.004 950.000 0.000 1.000   NA
 5714924 5714925 CLD_1639 CLD_1638   adh FALSE 0.020 300.000 0.000 1.000   NA
 5714925 5714926 CLD_1638 CLD_1637 adh   FALSE 0.070 224.000 0.000 1.000 N NA
 5714926 5714927 CLD_1637 CLD_1636   trmU FALSE 0.025 287.000 0.000 1.000 N NA
 5714927 5714928 CLD_1636 CLD_1635 trmU   FALSE 0.004 622.000 0.000 1.000 N NA
 5714928 5714929 CLD_1635 CLD_1634     TRUE 0.959 0.000 0.005 NA N NA
 5714931 5714932 CLD_1632 CLD_1631   thiC TRUE 0.915 19.000 0.003 NA   NA
 5714932 5714933 CLD_1631 CLD_1630 thiC purF FALSE 0.162 211.000 0.003 1.000 N NA
 5714933 5714934 CLD_1630 CLD_1629 purF   FALSE 0.032 263.000 0.000 NA   NA
 5714934 5714935 CLD_1629 CLD_1628     TRUE 0.653 56.000 0.008 NA   NA
 5714935 5714936 CLD_1628 CLD_1627     TRUE 0.985 2.000 0.154 NA   NA
 5714936 5714937 CLD_1627 CLD_1626     TRUE 0.977 7.000 0.083 NA   NA
 5714937 5714938 CLD_1626 CLD_1625     FALSE 0.516 207.000 0.375 1.000 N NA
 5714939 5714940 CLD_1624 CLD_1623   ribB FALSE 0.004 696.000 0.000 NA   NA
 5714942 5714943 CLD_1621 CLD_1620     FALSE 0.379 89.000 0.000 1.000   NA
 5714943 5714944 CLD_1620 CLD_1619     TRUE 0.988 23.000 0.917 NA   NA
 5714945 5714946 CLD_1618 CLD_1617     TRUE 0.802 117.000 0.167 NA   NA
 5714946 5714947 CLD_1617 CLD_1616     FALSE 0.016 309.000 0.000 NA   NA
 5714947 5714948 CLD_1616 CLD_1615     FALSE 0.009 380.000 0.000 1.000   NA
 5714950 10253775 CLD_1613 CLD_3862     FALSE 0.045 238.000 0.000 NA   NA
 10253775 5714951 CLD_3862 CLD_1612     FALSE 0.358 110.000 0.000 NA   NA
 5714951 5714952 CLD_1612 CLD_1611     TRUE 0.828 139.000 0.342 NA   NA
 5714952 5714953 CLD_1611 CLD_1610     TRUE 0.991 -9.000 0.283 NA   NA
 5714953 5714954 CLD_1610 CLD_1609     TRUE 0.640 76.000 0.028 NA   NA
 5714954 5714955 CLD_1609 CLD_1608   rpoD TRUE 0.634 75.000 0.026 NA   NA
 5714955 5714956 CLD_1608 CLD_1607 rpoD dnaG TRUE 0.969 25.000 0.209 1.000 N NA
 5714956 5714957 CLD_1607 CLD_1606 dnaG   FALSE 0.098 283.000 0.056 1.000 N NA
 5714959 5714960 CLD_1604 CLD_1603 ppdK   TRUE 0.622 81.000 0.019 1.000   NA
 5714960 5714961 CLD_1603 CLD_1602     FALSE 0.004 507.000 0.000 NA   NA
 5714961 5714962 CLD_1602 CLD_1601     TRUE 0.904 3.000 0.000 NA   NA
 5714962 5714963 CLD_1601 CLD_1600   era FALSE 0.007 399.000 0.000 NA   NA
 5714963 5714964 CLD_1600 CLD_1599 era cdd TRUE 0.970 16.000 0.077 1.000   NA
 5714964 5714965 CLD_1599 CLD_1598 cdd   TRUE 0.683 84.000 0.040 1.000 N NA
 5714965 5714966 CLD_1598 CLD_1597     TRUE 0.792 41.000 0.023 NA   NA
 5714966 5714967 CLD_1597 CLD_1596     TRUE 0.988 -3.000 0.182 NA   NA
 5714967 5714968 CLD_1596 CLD_1595     TRUE 0.934 23.000 0.032 NA   NA
 5714968 5714969 CLD_1595 CLD_1594   yqfC TRUE 0.996 -10.000 0.851 NA   NA
 5714969 5714970 CLD_1594 CLD_1593 yqfC   TRUE 0.654 114.000 0.029 NA   NA
 5714970 5714971 CLD_1593 CLD_1592   rpsU TRUE 0.916 43.000 0.150 0.020   NA
 5714971 5714972 CLD_1592 CLD_1591 rpsU   TRUE 0.704 137.000 0.071 1.000   NA
 5714972 5714973 CLD_1591 CLD_1590     TRUE 0.818 57.000 0.051 0.026 N NA
 5714973 5714974 CLD_1590 CLD_1589     TRUE 0.987 0.000 0.163 NA   NA
 5714974 5714975 CLD_1589 CLD_1588   prmA TRUE 0.809 98.000 0.227 NA   NA
 5714975 5714976 CLD_1588 CLD_1587 prmA dnaJ FALSE 0.098 308.000 0.133 1.000 N NA
 5714976 5714977 CLD_1587 CLD_1586 dnaJ dnaK TRUE 0.938 143.000 0.196 0.002 Y NA
 5714977 5714978 CLD_1586 CLD_1585 dnaK grpE TRUE 0.969 55.000 0.224 0.004 Y NA
 5714978 5714979 CLD_1585 CLD_1584 grpE hrcA TRUE 0.970 27.000 0.286 1.000 N NA
 5714979 5714980 CLD_1584 CLD_1583 hrcA   FALSE 0.341 201.000 0.062 1.000 N NA
 5714980 5714981 CLD_1583 CLD_1582   lepA TRUE 0.946 27.000 0.083 1.000 N NA
 5714981 5714982 CLD_1582 CLD_1581 lepA   FALSE 0.484 141.000 0.004 NA   NA
 5714982 5714983 CLD_1581 CLD_1580     TRUE 0.731 70.000 0.077 NA   NA
 5714983 5714984 CLD_1580 CLD_1579   gpr TRUE 0.742 174.000 0.521 NA   NA
 5714986 5714987 CLD_1577 CLD_1576 holA   TRUE 0.952 29.000 0.163 NA   NA
 5714987 5714988 CLD_1576 CLD_1575     TRUE 0.531 45.000 0.000 NA   NA
 5714988 5714989 CLD_1575 CLD_1574     TRUE 0.884 12.000 0.000 NA   NA
 5714989 5714990 CLD_1574 CLD_1573     TRUE 0.720 105.000 0.077 NA   NA
 5714990 5714991 CLD_1573 CLD_1572     FALSE 0.004 508.000 0.000 NA   NA
 5714993 5714994 CLD_1570 CLD_1569   selB FALSE 0.004 563.000 0.000 NA   NA
 5714994 5714995 CLD_1569 CLD_1568 selB selA TRUE 0.991 19.000 0.569 0.001 N NA
 5714995 5714996 CLD_1568 CLD_1567 selA selD TRUE 0.907 67.000 0.055 1.000 Y NA
 5714996 5714997 CLD_1567 CLD_1566 selD   FALSE 0.077 220.000 0.000 1.000 N NA
 5714999 5715000 CLD_1564 CLD_1563     FALSE 0.164 326.000 0.047 NA Y NA
 5715000 5715001 CLD_1563 CLD_1562     TRUE 0.982 16.000 0.231 NA N NA
 5715001 5715002 CLD_1562 CLD_1561     TRUE 0.964 11.000 0.033 NA N NA
 5715002 5715003 CLD_1561 CLD_1560   nadD TRUE 0.933 83.000 0.199 1.000 Y NA
 5715003 5715004 CLD_1560 CLD_1559 nadD   FALSE 0.224 243.000 0.150 NA N NA
 5715004 5715005 CLD_1559 CLD_1558   obg TRUE 0.927 27.000 0.046 NA   NA
 5715005 5715006 CLD_1558 CLD_1557 obg rpmA FALSE 0.081 379.000 0.335 1.000   NA
 5715006 5715007 CLD_1557 CLD_1556 rpmA   TRUE 0.996 3.000 0.203 NA Y NA
 5715007 5715008 CLD_1556 CLD_1555   rplU TRUE 0.996 3.000 0.208 NA Y NA
 5715008 5715009 CLD_1555 CLD_1554 rplU   TRUE 0.896 124.000 0.018 0.017 Y NA
 5715009 5715010 CLD_1554 CLD_1553     TRUE 0.630 169.000 0.180 NA   NA
 5715010 5715011 CLD_1553 CLD_1552     TRUE 0.994 -22.000 0.420 NA   NA
 5715011 5715012 CLD_1552 CLD_1551     TRUE 0.767 113.000 0.098 1.000   NA
 5715012 5715013 CLD_1551 CLD_1550     TRUE 0.886 55.000 0.135 0.005   NA
 5715013 5715014 CLD_1550 CLD_1549   rodA FALSE 0.016 320.000 0.000 1.000 N NA
 5715014 5715015 CLD_1549 CLD_1548 rodA minE TRUE 0.841 99.000 0.008 NA Y NA
 5715015 5715016 CLD_1548 CLD_1547 minE minD TRUE 0.996 14.000 0.347 NA Y NA
 5715016 5715017 CLD_1547 CLD_1546 minD minC TRUE 0.995 18.000 0.368 1.000 Y NA
 5715017 5715018 CLD_1546 CLD_1545 minC   FALSE 0.486 175.000 0.060 1.000   NA
 5715018 5715019 CLD_1545 CLD_1544   mreD TRUE 0.964 20.000 0.089 1.000   NA
 5715019 5715020 CLD_1544 CLD_1543 mreD mreC TRUE 0.994 11.000 0.550 0.002   NA
 5715020 5715021 CLD_1543 CLD_1542 mreC   TRUE 0.993 7.000 0.689 1.000 N NA
 5715021 5715022 CLD_1542 CLD_1541     TRUE 0.919 29.000 0.040 1.000 N NA
 5715022 5715023 CLD_1541 CLD_1540   maf TRUE 0.969 15.000 0.074 NA N NA
 5715023 5715024 CLD_1540 CLD_1539 maf   TRUE 0.952 16.000 0.026 NA   NA
 5715024 5715025 CLD_1539 CLD_1538     TRUE 0.854 110.000 0.357 NA   NA
 5715025 5715026 CLD_1538 CLD_1537     FALSE 0.387 226.000 0.364 NA   NA
 5715028 5715029 CLD_1535 CLD_1534 pheB   FALSE 0.003 734.000 0.000 NA   NA
 5715029 5715030 CLD_1534 CLD_1533     FALSE 0.337 95.000 0.000 NA   NA
 5715030 5715031 CLD_1533 CLD_1532   coaE TRUE 0.960 18.000 0.058 NA   NA
 5715031 5715032 CLD_1532 CLD_1531 coaE polA TRUE 0.974 12.000 0.068 1.000 N NA
 5715032 5715033 CLD_1531 CLD_1530 polA aroC TRUE 0.927 18.000 0.003 1.000 N NA
 5715033 5715034 CLD_1530 CLD_1529 aroC   FALSE 0.492 141.000 0.002 1.000 N NA
 5715034 5715035 CLD_1529 CLD_1528     TRUE 0.894 147.000 1.000 NA   NA
 5715035 5715036 CLD_1528 CLD_1527     TRUE 0.991 19.000 1.000 NA   NA
 5715036 5715037 CLD_1527 CLD_1526     TRUE 0.807 152.000 0.400 NA   NA
 5715037 5715038 CLD_1526 CLD_1525     FALSE 0.365 69.000 0.000 NA   NA
 5715038 5715039 CLD_1525 CLD_1524     TRUE 0.873 14.000 0.000 NA   NA
 5715039 5715040 CLD_1524 CLD_1523     TRUE 0.904 3.000 0.000 NA   NA
 5715040 5715041 CLD_1523 CLD_1522     TRUE 0.684 33.000 0.000 NA   NA
 5715041 5715042 CLD_1522 CLD_1521     TRUE 0.990 12.000 0.500 NA   NA
 5715042 5715043 CLD_1521 CLD_1520     TRUE 0.990 12.000 0.500 NA   NA
 5715043 5715044 CLD_1520 CLD_1519     TRUE 0.992 3.000 0.500 NA   NA
 5715044 5715045 CLD_1519 CLD_1518     TRUE 0.991 12.000 0.600 NA   NA
 5715045 5715046 CLD_1518 CLD_1517     TRUE 0.991 12.000 0.600 NA   NA
 5715046 5715047 CLD_1517 CLD_1516     TRUE 0.992 2.000 0.500 NA   NA
 5715047 5715048 CLD_1516 CLD_1515     TRUE 0.989 15.000 0.500 NA   NA
 5715048 5715049 CLD_1515 CLD_1514     TRUE 0.991 13.000 0.600 NA   NA
 5715049 5715050 CLD_1514 CLD_1513     TRUE 0.993 -13.000 0.400 NA   NA
 5715050 5715051 CLD_1513 CLD_1512     TRUE 0.878 13.000 0.000 NA   NA
 5715051 5715052 CLD_1512 CLD_1511     TRUE 0.850 18.000 0.000 NA   NA
 5715052 5715053 CLD_1511 CLD_1510     FALSE 0.136 185.000 0.000 NA   NA
 5715053 5715054 CLD_1510 CLD_1509     TRUE 0.994 -22.000 0.500 NA   NA
 5715054 5715055 CLD_1509 CLD_1508     TRUE 0.991 15.000 0.750 NA   NA
 5715055 5715056 CLD_1508 CLD_1507     TRUE 0.993 5.000 0.750 NA   NA
 5715056 5715057 CLD_1507 CLD_1506     TRUE 0.993 6.000 0.750 NA   NA
 5715057 5715058 CLD_1506 CLD_1505     TRUE 0.993 5.000 0.750 NA   NA
 5715058 5715059 CLD_1505 CLD_1504     TRUE 0.993 0.000 0.500 NA   NA
 5715059 5715060 CLD_1504 CLD_1503     FALSE 0.004 505.000 0.000 NA   NA
 5715060 5715061 CLD_1503 CLD_1502     TRUE 0.866 113.000 0.400 NA   NA
 5715061 5715062 CLD_1502 CLD_1501     TRUE 0.941 57.000 1.000 NA   NA
 5715062 5715063 CLD_1501 CLD_1500     TRUE 0.996 -10.000 1.000 NA   NA
 5715063 5715064 CLD_1500 CLD_1499     TRUE 0.889 94.000 0.667 NA   NA
 5715064 5715065 CLD_1499 CLD_1498     TRUE 0.932 62.000 0.667 0.019   NA
 5715066 5715067 CLD_1497 CLD_1496     FALSE 0.018 300.000 0.000 NA   NA
 5715069 5715070 CLD_1494 CLD_1493     TRUE 0.982 13.000 0.200 NA   NA
 5715071 5715072 CLD_1492 CLD_1491     TRUE 0.765 185.000 1.000 NA   NA
 5715072 5715073 CLD_1491 CLD_1490     FALSE 0.043 240.000 0.000 NA   NA
 5715073 5715074 CLD_1490 CLD_1489     TRUE 0.896 57.000 0.400 NA   NA
 5715074 5715075 CLD_1489 CLD_1488     TRUE 0.815 142.000 0.333 NA   NA
 5715077 5715078 CLD_1486 CLD_1485 aspS hisS TRUE 0.956 41.000 0.028 0.029 Y NA
 5715078 5715079 CLD_1485 CLD_1484 hisS   TRUE 0.970 19.000 0.111 1.000 N NA
 5715079 5715080 CLD_1484 CLD_1483     TRUE 0.851 38.000 0.035 1.000   NA
 5715080 5715081 CLD_1483 CLD_1482   dtd TRUE 0.736 62.000 0.048 1.000   NA
 5715081 5715082 CLD_1482 CLD_1481 dtd relA TRUE 0.901 43.000 0.177 1.000 N NA
 5715082 5715083 CLD_1481 CLD_1480 relA apt TRUE 0.727 124.000 0.068 1.000 N NA
 5715083 5715084 CLD_1480 CLD_1479 apt   TRUE 0.590 109.000 0.010 1.000   NA
 5715084 5715085 CLD_1479 CLD_1478   secF FALSE 0.165 229.000 0.028 1.000   NA
 5715085 5715086 CLD_1478 CLD_1477 secF secD TRUE 0.998 2.000 0.516 0.001 Y NA
 5715086 5715087 CLD_1477 CLD_1476 secD   TRUE 0.683 94.000 0.048 1.000   NA
 5715087 5715088 CLD_1476 CLD_1475     TRUE 0.821 157.000 0.540 NA   NA
 5715088 5715089 CLD_1475 CLD_1474     TRUE 0.804 90.000 0.212 NA   NA
 5715089 5715090 CLD_1474 CLD_1473   yajC TRUE 0.778 55.000 0.055 NA   NA
 5715090 5715091 CLD_1473 CLD_1472 yajC tgt FALSE 0.385 180.000 0.035 NA N NA
 5715091 5715092 CLD_1472 CLD_1471 tgt queA TRUE 0.930 56.000 0.014 0.001 Y NA
 5715092 5715093 CLD_1471 CLD_1470 queA ruvB TRUE 0.909 34.000 0.069 1.000 N NA
 5715093 5715094 CLD_1470 CLD_1469 ruvB ruvA TRUE 0.997 20.000 0.549 0.002 Y NA
 5715094 5715095 CLD_1469 CLD_1468 ruvA   FALSE 0.285 180.000 0.007 NA   NA
 5715095 5715096 CLD_1468 CLD_1467     FALSE 0.017 378.000 0.003 NA   NA
 5715096 5715097 CLD_1467 CLD_1466     FALSE 0.498 151.000 0.015 NA   NA
 5715097 5715098 CLD_1466 CLD_1465     TRUE 0.880 16.000 0.000 1.000   NA
 5715098 5715099 CLD_1465 CLD_1464     FALSE 0.079 219.000 0.000 1.000   NA
 5715099 5715100 CLD_1464 CLD_1463     FALSE 0.145 287.000 0.176 1.000   NA
 5715100 5715101 CLD_1463 CLD_1462     TRUE 0.643 150.000 0.071 NA   NA
 5715101 5715102 CLD_1462 CLD_1461     FALSE 0.478 171.000 0.051 NA   NA
 5715102 5715103 CLD_1461 CLD_1460     TRUE 0.532 129.000 0.002 1.000   NA
 5715107 5715108 CLD_1456 CLD_1455     TRUE 0.986 16.000 0.386 NA   NA
 5715108 5715109 CLD_1455 CLD_1454     TRUE 0.978 23.000 0.386 NA   NA
 5715109 5715110 CLD_1454 CLD_1453   sigF FALSE 0.339 202.000 0.078 NA   NA
 5715110 5715111 CLD_1453 CLD_1452 sigF spoIIAB TRUE 0.991 19.000 0.842 1.000 N NA
 5715111 5715112 CLD_1452 CLD_1451 spoIIAB spoIIAA TRUE 0.998 17.000 0.669 0.001 Y NA
 5715112 5715113 CLD_1451 CLD_1450 spoIIAA   FALSE 0.012 345.000 0.000 1.000   NA
 5715115 5715116 CLD_1448 CLD_1447     TRUE 0.601 198.000 0.024 NA Y NA
 5715116 5715117 CLD_1447 CLD_1446     TRUE 0.958 21.000 0.079 NA   NA
 5715117 5715118 CLD_1446 CLD_1445   mviN FALSE 0.046 394.000 0.053 0.003   NA
 5715118 5715119 CLD_1445 CLD_1444 mviN   TRUE 0.964 19.000 0.075 1.000   NA
 5715119 5715120 CLD_1444 CLD_1443     TRUE 0.842 110.000 0.000 0.013 Y NA
 5715120 5715121 CLD_1443 CLD_1442     TRUE 0.797 115.000 0.000 NA Y NA
 5715121 5715122 CLD_1442 CLD_1441     TRUE 0.862 78.000 0.016 NA Y NA
 5715122 5715123 CLD_1441 CLD_1440     TRUE 0.992 19.000 0.146 1.000 Y NA
 5715123 5715124 CLD_1440 CLD_1439     TRUE 0.995 0.000 0.077 1.000 Y NA
 5715124 5715125 CLD_1439 CLD_1438     TRUE 0.977 23.000 0.176 0.013   NA
 5715125 5715126 CLD_1438 CLD_1437     TRUE 0.993 -10.000 0.375 NA   NA
 5715126 5715127 CLD_1437 CLD_1436     TRUE 0.869 15.000 0.000 NA   NA
 5715127 5715128 CLD_1436 CLD_1435     TRUE 0.650 37.000 0.000 1.000   NA
 5715128 5715129 CLD_1435 CLD_1434     TRUE 0.741 31.000 0.000 1.000   NA
 5715129 5715130 CLD_1434 CLD_1433     TRUE 0.616 100.000 0.020 1.000   NA
 5715130 5715131 CLD_1433 CLD_1432     TRUE 0.854 63.000 0.154 0.034   NA
 5715131 5715132 CLD_1432 CLD_1431     TRUE 0.881 130.000 0.035 1.000 Y NA
 5715132 5715133 CLD_1431 CLD_1430     TRUE 0.735 178.000 0.037 1.000 Y NA
 5715133 5715134 CLD_1430 CLD_1429     TRUE 0.938 180.000 1.000 0.003 Y NA
 5715134 5715135 CLD_1429 CLD_1428     FALSE 0.239 190.000 0.000 0.003 N NA
 5715135 5715136 CLD_1428 CLD_1427   galU FALSE 0.374 99.000 0.000 1.000 N NA
 5715136 5715137 CLD_1427 CLD_1426 galU   TRUE 0.933 50.000 0.500 1.000   NA
 5715137 5715138 CLD_1426 CLD_1425     TRUE 0.839 145.000 0.417 1.000   NA
 5715138 5715139 CLD_1425 CLD_1424     FALSE 0.007 987.000 0.002 1.000 N NA
 5715141 5715142 CLD_1422 CLD_1421     FALSE 0.110 197.000 0.000 NA   NA
 5715142 5715143 CLD_1421 CLD_1420     FALSE 0.036 451.000 0.000 1.000 Y NA
 5715143 5715144 CLD_1420 CLD_1419     FALSE 0.046 236.000 0.000 NA   NA
 5715144 5715145 CLD_1419 CLD_1418     FALSE 0.327 188.000 0.031 NA   NA
 5715145 5715146 CLD_1418 CLD_1417     TRUE 0.721 133.000 0.078 1.000 N NA
 5715146 5715147 CLD_1417 CLD_1416     FALSE 0.003 722.000 0.000 NA   NA
 5715151 5715152 CLD_1412 CLD_1411   pheT FALSE 0.264 205.000 0.038 NA   NA
 5715152 5715153 CLD_1411 CLD_1410 pheT pheS TRUE 0.949 161.000 0.574 0.001 Y NA
 5715153 5715154 CLD_1410 CLD_1409 pheS   FALSE 0.100 348.000 0.006 1.000 Y NA
 5715154 5715155 CLD_1409 CLD_1408     TRUE 0.627 91.000 0.022 1.000 N NA
 5715155 5715156 CLD_1408 CLD_1407     TRUE 0.996 11.000 0.137 0.003 Y NA
 5715156 5715157 CLD_1407 CLD_1406   rplT TRUE 0.560 124.000 0.004 1.000 N NA
 5715157 5715158 CLD_1406 CLD_1405 rplT rpmI TRUE 0.995 30.000 0.928 0.012 Y NA
 5715158 5715159 CLD_1405 CLD_1404 rpmI infC TRUE 0.995 22.000 0.652 1.000 Y NA
 5715159 5715160 CLD_1404 CLD_1403 infC thrS FALSE 0.288 255.000 0.007 1.000 Y NA
 5715160 5715161 CLD_1403 CLD_1402 thrS   FALSE 0.010 348.000 0.000 NA   NA
 5715163 5715164 CLD_1400 CLD_1399     TRUE 0.995 2.000 0.952 NA   NA
 5715164 5715165 CLD_1399 CLD_1398     FALSE 0.015 315.000 0.000 NA   NA
 5715165 5715166 CLD_1398 CLD_1397     TRUE 0.889 10.000 0.000 NA   NA
 5715166 5715167 CLD_1397 CLD_1396     TRUE 0.901 4.000 0.000 NA   NA
 5715167 5715168 CLD_1396 CLD_1395     TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 5715168 5715169 CLD_1395 CLD_1394     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5715169 5715170 CLD_1394 CLD_1393   hsp33 FALSE 0.379 65.000 0.000 NA   NA
 5715170 5715171 CLD_1393 CLD_1392 hsp33   TRUE 0.877 38.000 0.063 1.000 N NA
 5715171 5715172 CLD_1392 CLD_1391     TRUE 0.708 86.000 0.056 1.000   NA
 5715172 5715173 CLD_1391 CLD_1390     FALSE 0.020 300.000 0.000 1.000   NA
 5715173 5715174 CLD_1390 CLD_1389     TRUE 0.998 0.000 0.444 0.001 Y NA
 5715174 5715175 CLD_1389 CLD_1388     TRUE 0.997 14.000 0.571 1.000 Y NA
 5715175 5715176 CLD_1388 CLD_1387     TRUE 0.994 16.000 0.124 0.022 Y NA
 5715176 5715177 CLD_1387 CLD_1386     TRUE 0.929 81.000 0.093 0.022 Y NA
 5715177 5715178 CLD_1386 CLD_1385     FALSE 0.044 239.000 0.000 NA   NA
 5715179 5715180 CLD_1384 CLD_1383 asd dapA TRUE 0.983 23.000 0.029 1.000 Y NA
 5715180 5715181 CLD_1383 CLD_1382 dapA dapB-2 FALSE 0.464 223.000 0.022 1.000 Y NA
 5715184 5715185 CLD_1379 CLD_1378     TRUE 0.716 78.000 0.071 NA   NA
 5715185 5715186 CLD_1378 CLD_1377     FALSE 0.289 199.000 0.034 NA   NA
 5715190 5715191 CLD_1373 CLD_1372 folC valS FALSE 0.018 446.000 0.006 0.094 N NA
 5715191 5715192 CLD_1372 CLD_1371 valS   TRUE 0.978 22.000 0.002 1.000 Y NA
 5715192 5715193 CLD_1371 CLD_1370     FALSE 0.004 587.000 0.000 1.000   NA
 5715193 5715194 CLD_1370 CLD_1369     TRUE 0.915 0.000 0.000 NA   NA
 5715194 5715195 CLD_1369 CLD_1368     FALSE 0.003 781.000 0.000 NA   NA
 5715195 5715196 CLD_1368 CLD_1367     TRUE 0.560 41.000 0.000 NA   NA
 5715196 5715197 CLD_1367 CLD_1366     FALSE 0.345 90.000 0.000 NA   NA
 5715197 5715198 CLD_1366 CLD_1365     FALSE 0.361 121.000 0.000 NA   NA
 5715198 5715199 CLD_1365 CLD_1364     FALSE 0.032 621.000 0.000 0.094 Y NA
 5715199 5715200 CLD_1364 CLD_1363     TRUE 0.881 16.000 0.000 1.000 N NA
 5715203 5715204 CLD_1360 CLD_1359     TRUE 0.999 -3.000 0.876 1.000 Y NA
 5715204 5715205 CLD_1359 CLD_1358     TRUE 0.613 144.000 0.034 1.000   NA
 5715206 5715207 CLD_1357 CLD_1356   recX TRUE 0.940 16.000 0.012 NA   NA
 5715207 5715208 CLD_1356 CLD_1355 recX   TRUE 0.926 22.000 0.015 1.000   NA
 5715209 5715210 CLD_1354 CLD_1353     TRUE 0.831 38.000 0.029 NA   NA
 5715210 5715211 CLD_1353 CLD_1352     TRUE 0.721 58.000 0.029 1.000   NA
 5715212 5715213 CLD_1351 CLD_1350     TRUE 0.751 42.000 0.011 NA   NA
 5715213 5715214 CLD_1350 CLD_1349   proC TRUE 0.559 129.000 0.011 NA   NA
 5715214 5715215 CLD_1349 CLD_1348 proC   TRUE 0.849 112.000 0.286 1.000 N NA
 5715215 5715216 CLD_1348 CLD_1347     TRUE 0.994 7.000 0.583 0.002 N NA
 5715216 5715217 CLD_1347 CLD_1346     TRUE 0.881 50.000 0.167 1.000   NA
 5715217 5715218 CLD_1346 CLD_1345     FALSE 0.004 634.000 0.000 1.000   NA
 5715218 5715219 CLD_1345 CLD_1344     TRUE 0.762 37.000 0.002 NA   NA
 5715219 5715220 CLD_1344 CLD_1343     TRUE 0.982 12.000 0.182 NA   NA
 5715220 5715221 CLD_1343 CLD_1342     TRUE 0.968 23.000 0.182 NA   NA
 5715222 5715223 CLD_1341 CLD_1340     FALSE 0.352 77.000 0.000 NA   NA
 5715225 5715226 CLD_1338 CLD_1337     TRUE 0.993 3.000 0.583 NA   NA
 5715226 5715227 CLD_1337 CLD_1336     TRUE 0.995 -19.000 0.600 NA   NA
 5715228 5715229 CLD_1335 CLD_1334     FALSE 0.011 358.000 0.000 1.000 N NA
 5715229 5715230 CLD_1334 CLD_1333     TRUE 0.998 13.000 0.714 0.009 Y NA
 5715230 5715231 CLD_1333 CLD_1332   bcd TRUE 0.990 13.000 0.364 0.034 N NA
 5715231 5715232 CLD_1332 CLD_1331 bcd   TRUE 0.847 194.000 0.500 1.000 Y NA
 5715232 5715233 CLD_1331 CLD_1330   hbd TRUE 0.984 25.000 0.054 1.000 Y NA
 5715233 5715234 CLD_1330 CLD_1329 hbd   TRUE 0.995 20.000 0.486 1.000 Y NA
 5715234 5715235 CLD_1329 CLD_1328     FALSE 0.006 415.000 0.000 NA   NA
 5715235 5715236 CLD_1328 CLD_1327     TRUE 0.887 44.000 0.154 NA   NA
 5715236 5715237 CLD_1327 CLD_1326     FALSE 0.030 276.000 0.000 1.000   NA
 5715237 5715238 CLD_1326 CLD_1325     FALSE 0.008 403.000 0.000 1.000   NA
 5715238 5715239 CLD_1325 CLD_1324     TRUE 0.772 69.000 0.100 1.000   NA
 5715239 5715240 CLD_1324 CLD_1323   lgt FALSE 0.009 388.000 0.000 1.000   NA
 5715240 5715241 CLD_1323 CLD_1322 lgt   FALSE 0.093 209.000 0.000 1.000   NA
 5715241 5715242 CLD_1322 CLD_1321     TRUE 0.750 43.000 0.012 NA   NA
 5715244 5715245 CLD_1319 CLD_1318     FALSE 0.399 196.000 0.080 1.000 N NA
 5715245 5715246 CLD_1318 CLD_1317   pflA FALSE 0.004 642.000 0.000 1.000 N NA
 5715246 5715247 CLD_1317 CLD_1316 pflA pfl TRUE 0.565 180.000 0.163 1.000 N NA
 5715247 5715248 CLD_1316 CLD_1315 pfl   FALSE 0.004 512.000 0.000 NA   NA
 5715248 5715249 CLD_1315 CLD_1314     FALSE 0.006 428.000 0.000 NA   NA
 5715249 5715250 CLD_1314 CLD_1313     FALSE 0.334 167.000 0.002 NA   NA
 5715254 5715255 CLD_1309 CLD_1308     FALSE 0.073 215.000 0.000 NA   NA
 5715255 5715256 CLD_1308 CLD_1307     FALSE 0.455 55.000 0.000 NA   NA
 5715256 5715257 CLD_1307 CLD_1306     FALSE 0.482 52.000 0.000 NA   NA
 5715257 5715258 CLD_1306 CLD_1305     FALSE 0.007 399.000 0.000 NA   NA
 5715258 5715259 CLD_1305 CLD_1304     TRUE 0.895 24.000 0.005 NA   NA
 5715259 5715260 CLD_1304 CLD_1303   lon TRUE 0.966 15.000 0.048 1.000   NA
 5715260 5715261 CLD_1303 CLD_1302 lon lonB TRUE 0.922 138.000 0.072 0.001 Y NA
 5715261 5715262 CLD_1302 CLD_1301 lonB clpX TRUE 0.916 128.000 0.042 0.002 Y NA
 5715262 5715263 CLD_1301 CLD_1300 clpX clpP TRUE 0.984 20.000 0.022 1.000 Y NA
 5715263 5715264 CLD_1300 CLD_1299 clpP tig TRUE 0.874 126.000 0.024 1.000 Y NA
 5715264 5715265 CLD_1299 CLD_1298 tig   FALSE 0.293 178.000 0.005 NA N NA
 5715265 5715266 CLD_1298 CLD_1297     TRUE 0.809 107.000 0.211 NA   NA
 5715266 5715267 CLD_1297 CLD_1296   pyrE FALSE 0.075 214.000 0.000 NA   NA
 5715267 5715268 CLD_1296 CLD_1295 pyrE pyrD TRUE 0.972 34.000 0.060 1.000 Y NA
 5715268 5715269 CLD_1295 CLD_1294 pyrD pyrK TRUE 0.994 0.000 0.592 1.000 N NA
 5715269 5715270 CLD_1294 CLD_1293 pyrK pyrF TRUE 0.822 130.000 0.112 0.002 N NA
 5715270 5715271 CLD_1293 CLD_1292 pyrF pyrC TRUE 0.985 24.000 0.064 1.000 Y NA
 5715271 5715272 CLD_1292 CLD_1291 pyrC pyrI TRUE 0.984 22.000 0.032 1.000 Y NA
 5715272 5715273 CLD_1291 CLD_1290 pyrI pyrB TRUE 0.997 2.000 0.197 0.002 Y NA
 5715273 5715274 CLD_1290 CLD_1289 pyrB   FALSE 0.036 255.000 0.000 NA N NA
 5715274 5715275 CLD_1289 CLD_1288     TRUE 0.938 23.000 0.039 NA   NA
 5715275 5715276 CLD_1288 CLD_1287     FALSE 0.009 366.000 0.000 NA   NA
 5715276 5715277 CLD_1287 CLD_1286     FALSE 0.008 387.000 0.000 NA   NA
 5715277 5715278 CLD_1286 CLD_1285     TRUE 0.779 26.000 0.000 NA   NA
 5715278 5715279 CLD_1285 CLD_1284     TRUE 0.742 29.000 0.000 NA   NA
 5715279 5715280 CLD_1284 CLD_1283     TRUE 0.779 26.000 0.000 NA   NA
 5715280 5715281 CLD_1283 CLD_1282     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5715281 5715282 CLD_1282 CLD_1281     TRUE 0.897 6.000 0.000 NA   NA
 5715282 5715283 CLD_1281 CLD_1280     TRUE 0.891 9.000 0.000 NA   NA
 5715283 5715284 CLD_1280 CLD_1278     FALSE 0.379 65.000 0.000 NA   NA
 5715284 5715285 CLD_1278 CLD_1277     TRUE 0.873 14.000 0.000 NA   NA
 5715285 5715286 CLD_1277 CLD_1276     TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 5715286 5715287 CLD_1276 CLD_1275     TRUE 0.904 3.000 0.000 NA   NA
 5715287 5715288 CLD_1275 CLD_1274     TRUE 0.869 15.000 0.000 NA   NA
 5715288 5715289 CLD_1274 CLD_1273     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5715289 5715290 CLD_1273 CLD_1272     TRUE 0.897 6.000 0.000 NA   NA
 5715290 5715291 CLD_1272 CLD_1271     TRUE 0.891 9.000 0.000 NA   NA
 5715291 5715292 CLD_1271 CLD_1269     FALSE 0.379 65.000 0.000 NA   NA
 5715292 5715293 CLD_1269 CLD_1268     TRUE 0.873 14.000 0.000 NA   NA
 5715293 5715294 CLD_1268 CLD_1267     TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 5715294 5715295 CLD_1267 CLD_1266     TRUE 0.904 3.000 0.000 NA   NA
 5715295 5715296 CLD_1266 CLD_1265     TRUE 0.897 6.000 0.000 NA   NA
 5715296 5715297 CLD_1265 CLD_1264     TRUE 0.897 6.000 0.000 NA   NA
 5715297 5715298 CLD_1264 CLD_1263     TRUE 0.895 7.000 0.000 NA   NA
 5715298 5715299 CLD_1263 CLD_1262     FALSE 0.295 145.000 0.000 NA   NA
 5715299 5715300 CLD_1262 CLD_1261     TRUE 0.970 17.000 0.085 1.000   NA
 5715301 5715302 CLD_1260 CLD_1259     TRUE 0.845 113.000 0.300 NA   NA
 5715303 5715304 CLD_1258 CLD_1257   gatB FALSE 0.048 285.000 0.002 1.000 N NA
 5715304 5715305 CLD_1257 CLD_1256 gatB gatA TRUE 0.990 36.000 0.492 0.001 Y NA
 5715305 5715306 CLD_1256 CLD_1255 gatA gatC TRUE 0.991 37.000 0.643 0.001 Y NA
 5715306 5715307 CLD_1255 CLD_1254 gatC   TRUE 0.522 135.000 0.002 1.000 N NA
 5715307 5715308 CLD_1254 CLD_1253     FALSE 0.008 383.000 0.000 NA   NA
 5715308 5715309 CLD_1253 CLD_1252   ligA TRUE 0.791 101.000 0.182 NA   NA
 5715309 5715310 CLD_1252 CLD_1251 ligA pcrA TRUE 0.993 12.000 0.039 0.011 Y NA
 5715310 5715311 CLD_1251 CLD_1250 pcrA   TRUE 0.636 127.000 0.025 1.000   NA
 5715311 5715312 CLD_1250 CLD_1249     FALSE 0.021 298.000 0.000 1.000   NA
 5715312 5715313 CLD_1249 CLD_1248     TRUE 0.668 84.000 0.041 NA   NA
 5715313 5715314 CLD_1248 CLD_1247     TRUE 0.904 35.000 0.083 NA   NA
 5715316 5715317 CLD_1245 CLD_1244   pgi TRUE 0.957 11.000 0.018 NA   NA
 5715317 5715318 CLD_1244 CLD_1243 pgi   TRUE 0.534 84.000 0.005 NA   NA
 5715318 5715319 CLD_1243 CLD_1242     FALSE 0.012 331.000 0.000 NA   NA
 5715320 5715321 CLD_1241 CLD_1240   ldhA FALSE 0.032 301.000 0.000 0.041 N NA
 5715322 5715323 CLD_1239 CLD_1238 ldhA   FALSE 0.003 815.000 0.000 NA   NA
 5715323 5715324 CLD_1238 CLD_1237     FALSE 0.073 216.000 0.000 NA   NA
 5715324 5715325 CLD_1237 CLD_1236     TRUE 0.996 18.000 0.400 0.009 Y NA
 5715325 5715326 CLD_1236 CLD_1235     TRUE 0.994 13.000 0.800 0.034 N NA
 5715326 5715327 CLD_1235 CLD_1234   fldC TRUE 0.739 167.000 0.400 NA N NA
 5715327 5715328 CLD_1234 CLD_1233 fldC fldB TRUE 0.998 2.000 0.500 NA Y NA
 5715328 5715329 CLD_1233 CLD_1232 fldB fldI TRUE 0.994 5.000 0.875 NA N NA
 5715329 5715330 CLD_1232 CLD_1231 fldI fldA TRUE 0.992 0.000 0.429 NA N NA
 5715330 5715331 CLD_1231 CLD_1230 fldA   TRUE 0.935 55.000 0.500 0.041 N NA
 5715331 5715332 CLD_1230 CLD_1229     FALSE 0.006 466.000 0.000 1.000 N NA
 5715332 5715333 CLD_1229 CLD_1228   guaA FALSE 0.006 459.000 0.000 1.000 N NA
 5715333 5715334 CLD_1228 CLD_1227 guaA guaB TRUE 0.996 13.000 0.190 0.001 Y NA
 5715336 5715337 CLD_1225 CLD_1224 groL groES TRUE 0.994 30.000 0.674 0.093 Y NA
 5715339 5715340 CLD_1223 CLD_1221     FALSE 0.005 453.000 0.000 NA   NA
 5715340 5715341 CLD_1221 CLD_1220     FALSE 0.414 173.000 0.024 1.000   NA
 5715341 5715342 CLD_1220 CLD_1219   gltA TRUE 0.541 150.000 0.018 1.000 N NA
 5715342 5715343 CLD_1219 CLD_1218 gltA   TRUE 0.996 0.000 0.667 0.033 N NA
 5715343 5715344 CLD_1218 CLD_1217     FALSE 0.059 231.000 0.000 1.000   NA
 5715346 5715347 CLD_1215 CLD_1214     TRUE 0.998 1.000 0.444 0.015 Y NA
 5715349 5715350 CLD_1212 CLD_1211   pyc FALSE 0.009 381.000 0.000 1.000   NA
 5715350 5715351 CLD_1211 CLD_1210 pyc   FALSE 0.006 460.000 0.000 1.000 N NA
 5715352 5715353 CLD_1209 CLD_1208     FALSE 0.046 236.000 0.000 NA   NA
 5715354 5715355 CLD_1207 CLD_1206     FALSE 0.043 240.000 0.000 NA   NA
 5715355 5715356 CLD_1206 CLD_1205     FALSE 0.490 51.000 0.000 NA   NA
 5715356 5715357 CLD_1205 CLD_1204     TRUE 0.712 63.000 0.047 NA   NA
 5715357 5715358 CLD_1204 CLD_1203     TRUE 0.960 16.000 0.041 NA   NA
 5715359 5715360 CLD_1202 CLD_1201     TRUE 0.519 138.000 0.007 NA   NA
 5715360 5715361 CLD_1201 CLD_1200     TRUE 0.989 -3.000 0.217 NA   NA
 5715361 5715362 CLD_1200 CLD_1199   rimI TRUE 0.987 -7.000 0.127 1.000   NA
 5715363 5715364 CLD_1198 CLD_1197 tyrS   FALSE 0.049 233.000 0.000 NA   NA
 5715364 5715365 CLD_1197 CLD_1196     TRUE 0.682 136.000 0.062 NA   NA
 5715365 5715366 CLD_1196 CLD_1195     TRUE 0.553 148.000 0.025 NA   NA
 5715366 5715367 CLD_1195 CLD_1194     FALSE 0.351 81.000 0.000 NA   NA
 5715371 5715372 CLD_1190 CLD_1189 trpS   FALSE 0.155 179.000 0.000 NA   NA
 5715372 5715373 CLD_1189 CLD_1188     FALSE 0.019 297.000 0.000 NA   NA
 5715375 5715376 CLD_1186 CLD_1185 cgs lysA FALSE 0.067 265.000 0.003 1.000 N NA
 5715376 5715377 CLD_1185 CLD_1184 lysA lysC TRUE 0.987 16.000 0.016 1.000 Y NA
 5715377 5715378 CLD_1184 CLD_1183 lysC   FALSE 0.355 123.000 0.000 NA   NA
 5715378 5715379 CLD_1183 CLD_1182     FALSE 0.319 139.000 0.000 NA   NA
 5715380 5715381 CLD_1181 CLD_1180     TRUE 0.702 137.000 0.069 1.000   NA
 5715382 5715383 CLD_1179 CLD_1178   ftsH TRUE 0.988 21.000 0.583 0.092   NA
 5715383 5715384 CLD_1178 CLD_1177 ftsH   FALSE 0.012 427.000 0.000 0.012 N NA
 5715384 5715385 CLD_1177 CLD_1176   proS FALSE 0.114 201.000 0.000 1.000 N NA
 5715385 5715386 CLD_1176 CLD_1175 proS   FALSE 0.008 412.000 0.000 1.000 N NA
 5715386 5715387 CLD_1175 CLD_1174     TRUE 0.850 18.000 0.000 NA   NA
 5715387 5715388 CLD_1174 CLD_1173     FALSE 0.008 379.000 0.000 NA   NA
 5715388 5715389 CLD_1173 CLD_1172     FALSE 0.006 456.000 0.000 1.000 N NA
 5715389 5715390 CLD_1172 CLD_1171     TRUE 0.996 23.000 1.000 1.000 Y NA
 5715390 5715391 CLD_1171 CLD_1170     FALSE 0.332 265.000 0.667 NA   NA
 5715391 5715392 CLD_1170 CLD_1169     TRUE 0.993 5.000 0.667 NA   NA
 5715394 5715395 CLD_1167 CLD_1166     FALSE 0.009 367.000 0.000 NA   NA
 5715395 5715396 CLD_1166 CLD_1165     FALSE 0.155 308.000 0.400 NA   NA
 5715396 5715397 CLD_1165 CLD_1164     TRUE 0.961 60.000 0.400 NA Y NA
 5715397 5715398 CLD_1164 CLD_1163     FALSE 0.301 242.000 0.000 0.007 Y NA
 5715398 5715399 CLD_1163 CLD_1162     TRUE 0.905 120.000 0.429 0.008 N NA
 5715399 5715400 CLD_1162 CLD_1161     TRUE 0.788 125.000 0.071 0.008 N NA
 5715400 5715401 CLD_1161 CLD_1160     TRUE 0.905 82.000 0.071 1.000 Y NA
 5715401 5715402 CLD_1160 CLD_1159     FALSE 0.012 353.000 0.000 1.000 N NA
 5715404 5715405 CLD_1157 CLD_1156 speD   FALSE 0.261 154.000 0.000 NA   NA
 5715405 5715406 CLD_1156 CLD_1155     FALSE 0.004 524.000 0.000 NA   NA
 5715406 5715407 CLD_1155 CLD_1154     FALSE 0.004 606.000 0.000 NA   NA
 5715407 5715408 CLD_1154 CLD_1153     FALSE 0.007 411.000 0.000 NA   NA
 5715410 5715411 CLD_1151 CLD_1150     FALSE 0.006 472.000 0.000 1.000   NA
 5715411 5715412 CLD_1150 CLD_1149     TRUE 0.958 24.000 0.111 NA   NA
 5715414 5715415 CLD_1147 CLD_1146     FALSE 0.306 151.000 0.000 1.000 N NA
 5715415 5715416 CLD_1146 CLD_1145     FALSE 0.005 537.000 0.000 1.000 N NA
 5715416 5715417 CLD_1145 CLD_1144     FALSE 0.006 412.000 0.000 NA   NA
 5715417 5715418 CLD_1144 CLD_1143     FALSE 0.345 90.000 0.000 NA   NA
 5715418 5715419 CLD_1143 CLD_1142     FALSE 0.041 245.000 0.000 NA   NA
 5715419 5715420 CLD_1142 CLD_1141     FALSE 0.057 232.000 0.000 1.000   NA
 5715420 5715421 CLD_1141 CLD_1140   rumA FALSE 0.007 427.000 0.000 1.000   NA
 5715421 5715422 CLD_1140 CLD_1139 rumA   FALSE 0.049 233.000 0.000 NA   NA
 5715422 5715423 CLD_1139 CLD_1138     TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 5715423 5715424 CLD_1138 CLD_1137     FALSE 0.077 213.000 0.000 NA   NA
 5715424 5715425 CLD_1137 CLD_1136   pykA TRUE 0.660 144.000 0.057 1.000   NA
 5715425 5715426 CLD_1136 CLD_1135 pykA pfkA TRUE 0.971 34.000 0.015 0.002 Y NA
 5715426 5715427 CLD_1135 CLD_1134 pfkA dnaE FALSE 0.135 242.000 0.029 1.000 N NA
 5715427 5715428 CLD_1134 CLD_1133 dnaE   FALSE 0.423 163.000 0.010 1.000   NA
 5715428 5715429 CLD_1133 CLD_1132     TRUE 0.991 7.000 0.470 NA   NA
 5715429 5715430 CLD_1132 CLD_1131     TRUE 0.990 -3.000 0.259 NA   NA
 5715430 5715431 CLD_1131 CLD_1130   murB TRUE 0.737 120.000 0.080 NA   NA
 5715431 5715432 CLD_1130 CLD_1129 murB   TRUE 0.600 69.000 0.009 1.000 N NA
 5715432 5715433 CLD_1129 CLD_1128   uvrC TRUE 0.773 49.000 0.004 0.043 N NA
 5715433 5715434 CLD_1128 CLD_1127 uvrC   TRUE 0.937 14.000 0.005 NA   NA
 5715434 5715435 CLD_1127 CLD_1126     FALSE 0.291 187.000 0.017 NA   NA
 5715435 5715436 CLD_1126 CLD_1125     TRUE 0.932 28.000 0.053 1.000   NA
 5715436 5715437 CLD_1125 CLD_1124     TRUE 0.989 5.000 0.285 1.000 N NA
 5715437 5715438 CLD_1124 CLD_1123     TRUE 0.968 11.000 0.047 NA   NA
 5715438 5715439 CLD_1123 CLD_1122   uvrA TRUE 0.525 99.000 0.005 NA   NA
 5715439 5715440 CLD_1122 CLD_1121 uvrA uvrB TRUE 0.994 19.000 0.154 0.001 Y NA
 5715440 5715441 CLD_1121 CLD_1120 uvrB   TRUE 0.965 2.000 0.013 1.000   NA
 5715441 5715442 CLD_1120 CLD_1119     TRUE 0.775 89.000 0.060 0.007   NA
 5715442 5715443 CLD_1119 CLD_1118     FALSE 0.200 210.000 0.015 1.000 N NA
 5715443 5715444 CLD_1118 CLD_1117     TRUE 0.998 -10.000 0.431 1.000 Y NA
 5715444 5715445 CLD_1117 CLD_1116     FALSE 0.449 156.000 0.010 NA   NA
 5715445 5715446 CLD_1116 CLD_1115     TRUE 0.803 132.000 0.222 NA   NA
 5715446 5715447 CLD_1115 CLD_1114     FALSE 0.361 214.000 0.167 NA   NA
 5715447 5715448 CLD_1114 CLD_1113     TRUE 0.997 0.000 0.180 0.001 Y NA
 5715448 5715449 CLD_1113 CLD_1112     FALSE 0.093 263.000 0.019 1.000 N NA
 5715449 5715450 CLD_1112 CLD_1111     TRUE 0.981 -43.000 0.039 1.000 N NA
 5715450 5715451 CLD_1111 CLD_1110   alr TRUE 0.875 139.000 0.571 1.000 N NA
 5715451 5715452 CLD_1110 CLD_1109 alr   TRUE 0.981 28.000 0.068 NA Y NA
 5715452 5715453 CLD_1109 CLD_1108     FALSE 0.335 200.000 0.064 NA N NA
 5715453 5715454 CLD_1108 CLD_1107   acpS TRUE 0.971 -3.000 0.020 NA N NA
 5715454 5715455 CLD_1107 CLD_1106 acpS   TRUE 0.623 115.000 0.020 NA   NA
 5715455 5715456 CLD_1106 CLD_1105     FALSE 0.007 396.000 0.000 NA   NA
 5715456 5715457 CLD_1105 CLD_1104     FALSE 0.019 305.000 0.000 1.000   NA
 5715457 5715458 CLD_1104 CLD_1103     FALSE 0.235 160.000 0.000 NA   NA
 5715458 5715459 CLD_1103 CLD_1102   rpsD FALSE 0.068 255.000 0.002 NA   NA
 5715461 5715462 CLD_1100 CLD_1099     TRUE 0.926 16.000 0.000 0.015   NA
 5715462 5715463 CLD_1099 CLD_1098     TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 5715465 10253776 CLD_1096 CLD_3871 glmS   TRUE 0.560 41.000 0.000 NA   NA
 10253776 5715466 CLD_3871 CLD_1095     FALSE 0.058 225.000 0.000 NA   NA
 5715466 5715467 CLD_1095 CLD_1094     TRUE 0.926 19.000 0.005 1.000   NA
 5715467 5715468 CLD_1094 CLD_1093   srlD TRUE 0.954 24.000 0.040 0.040   NA
 5715468 5715469 CLD_1093 CLD_1092 srlD   TRUE 0.963 20.000 0.080 1.000 N NA
 5715469 5715470 CLD_1092 CLD_1091     TRUE 0.692 217.000 0.133 0.007 Y NA
 5715470 5715471 CLD_1091 CLD_1090     TRUE 0.997 13.000 0.349 0.007 Y NA
 5715471 5715472 CLD_1090 CLD_1089   gutM TRUE 0.876 43.000 0.116 NA N NA
 5715472 5715473 CLD_1089 CLD_1088 gutM   TRUE 0.986 14.000 0.333 NA N NA
 5715473 5715474 CLD_1088 CLD_1087     TRUE 0.913 35.000 0.091 1.000 N NA
 5715474 5715475 CLD_1087 CLD_1086   glmM FALSE 0.011 356.000 0.000 1.000 N NA
 5715475 5715476 CLD_1086 CLD_1085 glmM   TRUE 0.534 135.000 0.004 1.000 N NA
 5715476 5715477 CLD_1085 CLD_1084     TRUE 0.999 2.000 0.797 0.001 Y NA
 5715477 5715478 CLD_1084 CLD_1083     TRUE 0.999 0.000 0.822 0.001 Y NA
 5715478 5715479 CLD_1083 CLD_1082     TRUE 0.980 16.000 0.075 0.001   NA
 5715479 5715480 CLD_1082 CLD_1081     TRUE 0.808 102.000 0.200 1.000   NA
 5715480 5715481 CLD_1081 CLD_1080   buk FALSE 0.194 263.000 0.163 1.000   NA
 5715481 5715482 CLD_1080 CLD_1079 buk ptb TRUE 0.989 29.000 0.275 1.000 Y NA
 5715482 5715483 CLD_1079 CLD_1078 ptb buk TRUE 0.996 -7.000 0.118 1.000 Y NA
 5715483 5715484 CLD_1078 CLD_1077 buk   TRUE 0.540 101.000 0.007 NA   NA
 5715484 5715485 CLD_1077 CLD_1076     TRUE 0.980 2.000 0.083 NA   NA
 5715485 5715486 CLD_1076 CLD_1075     TRUE 0.995 -30.000 0.502 NA   NA
 5715487 5715488 CLD_1074 CLD_1073     TRUE 0.930 -22.000 0.000 NA   NA
 5715489 5715490 CLD_1072 CLD_1071   trx TRUE 0.883 66.000 0.429 1.000   NA
 5715490 5715491 CLD_1071 CLD_1070 trx iadA TRUE 0.649 109.000 0.025 1.000   NA
 5715491 5715492 CLD_1070 CLD_1069 iadA   TRUE 0.647 75.000 0.025 1.000   NA
 5715492 5715493 CLD_1069 CLD_1068     TRUE 0.969 28.000 0.333 NA   NA
 5715493 5715494 CLD_1068 CLD_1067   ptsI TRUE 0.712 106.000 0.069 NA   NA
 5715496 5715497 CLD_1065 CLD_1064     TRUE 0.580 70.000 0.006 1.000   NA
 5715497 5715498 CLD_1064 CLD_1063     TRUE 0.955 92.000 0.262 0.001 Y NA
 5715498 5715499 CLD_1063 CLD_1062   cwlD TRUE 0.605 141.000 0.026 1.000 N NA
 5715499 5715500 CLD_1062 CLD_1061 cwlD   FALSE 0.039 260.000 0.000 1.000 N NA
 5715500 5715501 CLD_1061 CLD_1060   rpsI FALSE 0.019 306.000 0.000 1.000 N NA
 5715501 5715502 CLD_1060 CLD_1059 rpsI rplM TRUE 0.995 26.000 0.601 0.011 Y NA
 5715502 5715503 CLD_1059 CLD_1058 rplM truA TRUE 0.888 121.000 0.031 1.000 Y NA
 5715503 5715504 CLD_1058 CLD_1057 truA   TRUE 0.993 0.000 0.404 1.000 N NA
 5715504 5715505 CLD_1057 CLD_1056     TRUE 0.997 -3.000 0.304 1.000 Y NA
 5715505 5715506 CLD_1056 CLD_1055     TRUE 0.999 -15.000 0.713 0.023 Y NA
 5715506 5715507 CLD_1055 CLD_1054   rplQ TRUE 0.726 91.000 0.074 1.000 N NA
 5715507 5715508 CLD_1054 CLD_1053 rplQ rpoA TRUE 0.960 44.000 0.873 1.000 N NA
 5715508 5715509 CLD_1053 CLD_1052 rpoA rpsD TRUE 0.896 68.000 0.549 1.000 N NA
 5715509 5715510 CLD_1052 CLD_1051 rpsD rpsK TRUE 0.990 35.000 0.509 0.015 Y NA
 5715510 5715511 CLD_1051 CLD_1050 rpsK rpsM TRUE 0.998 18.000 0.810 0.011 Y NA
 5715511 5715512 CLD_1050 CLD_1049 rpsM rpmJ TRUE 0.857 113.000 0.194 0.011   NA
 5715512 5715513 CLD_1049 CLD_1048 rpmJ infA TRUE 0.983 17.000 0.257 1.000   NA
 5715513 5715514 CLD_1048 CLD_1047 infA   TRUE 0.977 8.000 0.090 NA   NA
 5715514 5715515 CLD_1047 CLD_1046   map TRUE 0.980 15.000 0.185 NA   NA
 5715515 5715516 CLD_1046 CLD_1045 map adk TRUE 0.991 0.000 0.290 1.000 N NA
 5715516 5715517 CLD_1045 CLD_1044 adk secY TRUE 0.973 24.000 0.241 1.000 N NA
 5715517 5715518 CLD_1044 CLD_1043 secY rplO TRUE 0.995 1.000 0.730 1.000 N NA
 5715518 5715519 CLD_1043 CLD_1042 rplO rpmD TRUE 0.997 20.000 0.653 0.002 Y NA
 5715519 5715520 CLD_1042 CLD_1041 rpmD rpsE TRUE 0.998 14.000 0.789 0.015 Y NA
 5715520 5715521 CLD_1041 CLD_1040 rpsE rplR TRUE 0.998 18.000 0.814 0.015 Y NA
 5715521 5715522 CLD_1040 CLD_1039 rplR rplF TRUE 0.997 19.000 0.815 0.011 Y NA
 5715522 5715523 CLD_1039 CLD_1038 rplF rpsH TRUE 0.996 24.000 0.808 0.011 Y NA
 5715523 5715524 CLD_1038 CLD_1037 rpsH rpsN TRUE 0.993 30.000 0.473 0.011 Y NA
 5715524 5715525 CLD_1037 CLD_1036 rpsN rplE TRUE 0.997 17.000 0.496 0.011 Y NA
 5715525 5715526 CLD_1036 CLD_1035 rplE rplX TRUE 0.989 23.000 0.057 0.011 Y NA
 5715526 5715527 CLD_1035 CLD_1034 rplX rplN TRUE 0.989 24.000 0.071 0.015 Y NA
 5715527 5715528 CLD_1034 CLD_1033 rplN rpsQ TRUE 0.992 35.000 0.791 0.015 Y NA
 5715528 5715529 CLD_1033 CLD_1032 rpsQ rpmC TRUE 0.997 22.000 0.828 0.011 Y NA
 5715529 5715530 CLD_1032 CLD_1031 rpmC rplP TRUE 0.999 -10.000 0.802 0.011 Y NA
 5715530 5715531 CLD_1031 CLD_1030 rplP rpsC TRUE 0.998 18.000 0.828 0.015 Y NA
 5715531 5715532 CLD_1030 CLD_1029 rpsC rplV TRUE 0.997 18.000 0.719 0.015 Y NA
 5715532 5715533 CLD_1029 CLD_1028 rplV rpsS TRUE 0.997 22.000 0.769 0.015 Y NA
 5715533 5715534 CLD_1028 CLD_1027 rpsS rplB TRUE 0.976 70.000 0.820 0.015 Y NA
 5715534 5715535 CLD_1027 CLD_1026 rplB rplW TRUE 0.984 55.000 0.849 0.015 Y NA
 5715535 5715536 CLD_1026 CLD_1025 rplW rplD TRUE 0.998 0.000 0.307 0.011 Y NA
 5715536 5715537 CLD_1025 CLD_1024 rplD rplC TRUE 0.995 25.000 0.544 0.011 Y NA
 5715537 5715538 CLD_1024 CLD_1023 rplC rpsJ TRUE 0.964 90.000 0.467 0.015 Y NA
 5715538 5715539 CLD_1023 CLD_1022 rpsJ tuf-1 FALSE 0.198 390.000 0.318 1.000 Y NA
 5715539 5715540 CLD_1022 CLD_1021 tuf-1 fusA TRUE 0.986 40.000 0.400 0.001 Y NA
 5715540 5715541 CLD_1021 CLD_1020 fusA rpsG TRUE 0.963 72.000 0.579 1.000 Y NA
 5715541 5715542 CLD_1020 CLD_1019 rpsG rpsL TRUE 0.918 161.000 0.224 0.002 Y NA
 5715542 5715543 CLD_1019 CLD_1018 rpsL   TRUE 0.952 76.000 0.239 0.015 Y NA
 5715543 5715544 CLD_1018 CLD_1017   rpoC TRUE 0.728 122.000 0.065 1.000 N NA
 5715544 5715545 CLD_1017 CLD_1016 rpoC rpoB TRUE 0.997 21.000 0.851 0.001 Y NA
 5715545 5715546 CLD_1016 CLD_1015 rpoB rplL FALSE 0.216 265.000 0.223 1.000 N NA
 5715546 5715547 CLD_1015 CLD_1014 rplL rplJ TRUE 0.985 47.000 0.884 1.000 Y NA
 5715547 5715548 CLD_1014 CLD_1013 rplJ rplA TRUE 0.773 202.000 0.302 1.000 Y NA
 5715548 5715549 CLD_1013 CLD_1012 rplA rplK TRUE 0.982 57.000 0.838 0.015 Y NA
 5715549 5715550 CLD_1012 CLD_1011 rplK nusG TRUE 0.907 71.000 0.681 1.000 N NA
 5715550 5715551 CLD_1011 CLD_1010 nusG secE TRUE 0.956 47.000 0.843 1.000 N NA
 5715551 5715552 CLD_1010 CLD_1009 secE rpmG TRUE 0.854 50.000 0.100 1.000 N NA
 5715552 5715553 CLD_1009 CLD_1008 rpmG tuf TRUE 0.680 202.000 0.099 1.000 Y NA
 5715553 5715554 CLD_1008 CLD_1007 tuf   FALSE 0.350 83.000 0.000 NA   NA
 5715554 5715555 CLD_1007 CLD_1006     TRUE 0.850 18.000 0.000 NA   NA
 5715555 5715556 CLD_1006 CLD_1005   sigH FALSE 0.383 64.000 0.000 NA   NA
 5715556 5715557 CLD_1005 CLD_1004 sigH   TRUE 0.853 74.000 0.361 NA   NA
 5715557 5715558 CLD_1004 CLD_1003     TRUE 0.982 3.000 0.109 NA   NA
 5715558 5715559 CLD_1003 CLD_1002   thyX TRUE 0.972 3.000 0.032 1.000 N NA
 5715559 5715560 CLD_1002 CLD_1001 thyX   TRUE 0.983 -10.000 0.055 1.000   NA
 5715560 5715561 CLD_1001 CLD_1000   cysS TRUE 0.873 49.000 0.129 1.000   NA
 5715561 5715562 CLD_1000 CLD_0999 cysS ilvA TRUE 0.866 29.000 0.003 1.000 N NA
 5715562 5715563 CLD_0999 CLD_0998 ilvA   TRUE 0.565 72.000 0.004 1.000 N NA
 5715563 5715564 CLD_0998 CLD_0997   ispD TRUE 0.557 111.000 0.002 1.000 N NA
 5715564 5715565 CLD_0997 CLD_0996 ispD   TRUE 0.984 2.000 0.134 NA   NA
 5715567 5715568 CLD_0994 CLD_0993   radA TRUE 0.970 19.000 0.126 NA   NA
 5715568 5715569 CLD_0993 CLD_0992 radA clpC TRUE 0.891 121.000 0.009 0.014 Y NA
 5715569 5715570 CLD_0992 CLD_0991 clpC   TRUE 0.985 2.000 0.129 1.000 N NA
 5715570 5715571 CLD_0991 CLD_0990     TRUE 0.994 5.000 0.848 1.000   NA
 5715571 5715572 CLD_0990 CLD_0989   ctsR TRUE 0.986 23.000 0.681 NA   NA
 5715572 5715573 CLD_0989 CLD_0988 ctsR   FALSE 0.007 396.000 0.000 NA   NA
 5715573 5715574 CLD_0988 CLD_0987   fusA FALSE 0.030 347.000 0.021 NA   NA
 5715574 5715575 CLD_0987 CLD_0986 fusA   FALSE 0.132 186.000 0.000 NA   NA
 5715575 5715576 CLD_0986 CLD_0985     TRUE 0.779 26.000 0.000 NA   NA
 5715576 5715577 CLD_0985 CLD_0984   rrf TRUE 0.893 8.000 0.000 NA   NA
 5715577 5715578 CLD_0984 CLD_3819 rrf rrl FALSE 0.341 92.000 0.000 NA   NA
 5715578 5715579 CLD_3819 CLD_0981 rrl   FALSE 0.356 74.000 0.000 NA   NA
 5715579 5715580 CLD_0981 CLD_3820   rrs FALSE 0.348 87.000 0.000 NA   NA
 5715580 5715581 CLD_3820 CLD_0980 rrs   FALSE 0.061 224.000 0.000 NA   NA
 5715581 5715582 CLD_0980 CLD_0979     TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 5715582 5715583 CLD_0979 CLD_0977   rrf TRUE 0.895 7.000 0.000 NA   NA
 5715583 5715584 CLD_0977 CLD_3821 rrf rrl FALSE 0.338 94.000 0.000 NA   NA
 5715584 5715585 CLD_3821 CLD_3822 rrl rrs FALSE 0.061 224.000 0.000 NA   NA
 5715585 5715586 CLD_3822 CLD_0974 rrs murD FALSE 0.004 571.000 0.000 NA   NA
 5715586 5715587 CLD_0974 CLD_0973 murD glyS FALSE 0.010 835.000 0.002 0.091 N NA
 5715587 5715588 CLD_0973 CLD_0972 glyS lysS FALSE 0.113 320.000 0.000 0.091 Y NA
 5715588 5715589 CLD_0972 CLD_0971 lysS greA TRUE 0.969 19.000 0.098 1.000 N NA
 5715589 5715590 CLD_0971 CLD_0970 greA   TRUE 0.603 131.000 0.023 NA   NA
 5715590 5715591 CLD_0970 CLD_0969     TRUE 0.686 50.000 0.005 NA   NA
 5715591 5715592 CLD_0969 CLD_0968     TRUE 0.973 10.000 0.054 1.000 N NA
 5715592 5715593 CLD_0968 CLD_0967   fhs FALSE 0.483 155.000 0.011 1.000 N NA
 5715593 5715594 CLD_0967 CLD_0966 fhs ftsH FALSE 0.155 203.000 0.000 0.091 N NA
 5715594 5715595 CLD_0966 CLD_0965 ftsH hpt TRUE 0.805 82.000 0.180 1.000 N NA
 5715595 5715596 CLD_0965 CLD_0964 hpt tilS TRUE 0.991 -16.000 0.137 0.028 N NA
 5715596 5715597 CLD_0964 CLD_0963 tilS spoIIE TRUE 0.612 149.000 0.041 1.000 N NA
 5715597 5715598 CLD_0963 CLD_0962 spoIIE   FALSE 0.013 329.000 0.000 NA   NA
 5715598 5715599 CLD_0962 CLD_0961     TRUE 0.893 8.000 0.000 NA   NA
 5715599 5715600 CLD_0961 CLD_0960     FALSE 0.482 52.000 0.000 NA   NA
 5715600 5715601 CLD_0960 CLD_0959     FALSE 0.482 52.000 0.000 NA   NA
 5715601 5715602 CLD_0959 CLD_0958     TRUE 0.904 3.000 0.000 NA   NA
 5715602 5715603 CLD_0958 CLD_0957     TRUE 0.727 30.000 0.000 NA   NA
 5715603 5715604 CLD_0957 CLD_0956     TRUE 0.904 3.000 0.000 NA   NA
 5715604 5715605 CLD_0956 CLD_0955     TRUE 0.904 3.000 0.000 NA   NA
 5715605 5715606 CLD_0955 CLD_0954     FALSE 0.309 141.000 0.000 NA   NA
 5715606 5715607 CLD_0954 CLD_0953     TRUE 0.834 62.000 0.179 1.000   NA
 5715607 5715608 CLD_0953 CLD_0952     TRUE 0.830 95.000 0.303 NA   NA
 5715608 5715609 CLD_0952 CLD_0951   yabP TRUE 0.991 15.000 0.774 NA   NA
 5715609 5715610 CLD_0951 CLD_0950 yabP   TRUE 0.764 120.000 0.108 NA   NA
 5715610 5715611 CLD_0950 CLD_0949   hup TRUE 0.647 74.000 0.024 1.000 N NA
 5715611 5715612 CLD_0949 CLD_0948 hup   TRUE 0.593 128.000 0.014 1.000   NA
 5715612 5715613 CLD_0948 CLD_0947   spoVB TRUE 0.950 15.000 0.015 1.000   NA
 5715613 5715614 CLD_0947 CLD_0946 spoVB   TRUE 0.739 133.000 0.108 NA   NA
 5715614 5715615 CLD_0946 CLD_0945     FALSE 0.375 199.000 0.088 NA N NA
 5715615 5715616 CLD_0945 CLD_0944   mfd TRUE 0.612 84.000 0.016 1.000 N NA
 5715616 5715617 CLD_0944 CLD_0943 mfd pth TRUE 0.688 158.000 0.137 1.000 N NA
 5715617 5715618 CLD_0943 CLD_0942 pth   TRUE 0.591 110.000 0.009 1.000 N NA
 5715618 5715619 CLD_0942 CLD_0941     TRUE 0.915 35.000 0.095 1.000 N NA
 5715619 5715620 CLD_0941 CLD_0940     TRUE 0.998 1.000 0.653 1.000 Y NA
 5715620 5715621 CLD_0940 CLD_0939   prsA TRUE 0.535 180.000 0.123 1.000 N NA
 5715621 5715622 CLD_0939 CLD_0938 prsA glmU TRUE 0.959 21.000 0.069 1.000 N NA
 5715622 5715623 CLD_0938 CLD_0937 glmU spoVG TRUE 0.767 162.000 0.011 1.000 Y NA
 5715623 5715624 CLD_0937 CLD_0936 spoVG purR TRUE 0.755 103.000 0.099 1.000 N NA
 5715625 5715626 CLD_0935 CLD_0934 murC   FALSE 0.005 451.000 0.000 NA   NA
 5715626 5715627 CLD_0934 CLD_0933     FALSE 0.341 92.000 0.000 NA   NA
 5715627 5715628 CLD_0933 CLD_0932     TRUE 0.794 86.000 0.156 1.000   NA
 5715628 5715629 CLD_0932 CLD_0931     FALSE 0.095 275.000 0.044 NA   NA
 5715630 5715631 CLD_0930 CLD_0929     TRUE 0.845 45.000 0.067 1.000   NA
 5715631 5715632 CLD_0929 CLD_0928     TRUE 0.716 68.000 0.058 NA   NA
 5715633 5715634 CLD_0927 CLD_0926     TRUE 0.932 33.000 0.133 NA   NA
 5715635 5715636 CLD_0925 CLD_0924     FALSE 0.020 303.000 0.000 1.000   NA
 5715636 5715637 CLD_0924 CLD_0923     TRUE 0.955 15.000 0.028 NA   NA
 5715637 5715638 CLD_0923 CLD_0922     TRUE 0.949 18.000 0.030 NA   NA
 5715638 5715639 CLD_0922 CLD_0921   murI FALSE 0.504 147.000 0.007 1.000 N NA
 5715642 5715643 CLD_0918 CLD_0917 murA   TRUE 0.941 26.000 0.058 1.000   NA
 5715643 5715644 CLD_0917 CLD_0916     TRUE 0.942 17.000 0.016 NA   NA
 5715644 5715645 CLD_0916 CLD_0915     TRUE 0.986 15.000 0.357 NA   NA
 5715645 5715646 CLD_0915 CLD_0914     FALSE 0.287 179.000 0.005 NA   NA
 5715647 5715648 CLD_0913 CLD_0912     TRUE 0.958 36.000 0.500 NA   NA
 5715649 5715650 CLD_0911 CLD_0910     FALSE 0.274 247.000 0.000 0.044 Y NA
 5715650 5715651 CLD_0910 CLD_0909   map TRUE 0.915 32.000 0.059 1.000 N NA
 5715653 5715654 CLD_0907 CLD_0906     TRUE 0.995 -7.000 0.810 NA   NA
 5715654 5715655 CLD_0906 CLD_0905     FALSE 0.006 416.000 0.000 NA   NA
 5715655 5715656 CLD_0905 CLD_0904     TRUE 0.975 3.000 0.053 NA   NA
 5715656 5715657 CLD_0904 CLD_0903     TRUE 0.998 1.000 0.237 0.001 Y NA
 5715657 5715658 CLD_0903 CLD_0902     TRUE 0.987 9.000 0.260 1.000   NA
 5715658 5715659 CLD_0902 CLD_0901     FALSE 0.383 125.000 0.000 1.000   NA
 5715659 5715660 CLD_0901 CLD_0900     FALSE 0.021 300.000 0.000 1.000 N NA
 5715662 5715663 CLD_0898 CLD_0897     TRUE 0.812 107.000 0.220 NA   NA
 5715663 5715664 CLD_0897 CLD_0896     FALSE 0.363 181.000 0.031 NA   NA
 5715664 5715665 CLD_0896 CLD_0895     TRUE 0.655 88.000 0.031 1.000   NA
 5715666 5715667 CLD_0894 CLD_0893     TRUE 0.907 29.000 0.025 1.000 N NA
 5715667 5715668 CLD_0893 CLD_0892   accA FALSE 0.203 200.000 0.003 1.000 N NA
 5715668 5715669 CLD_0892 CLD_0891 accA accD TRUE 0.977 47.000 0.234 0.001 Y NA
 5715669 5715670 CLD_0891 CLD_0890 accD accC TRUE 0.990 20.000 0.090 1.000 Y NA
 5715670 5715671 CLD_0890 CLD_0889 accC fabZ TRUE 0.975 33.000 0.077 1.000 Y NA
 5715671 5715672 CLD_0889 CLD_0888 fabZ accB TRUE 0.991 20.000 0.058 0.003 Y NA
 5715672 5715673 CLD_0888 CLD_0887 accB fabF TRUE 0.994 4.000 0.074 1.000 Y NA
 5715673 5715674 CLD_0887 CLD_0886 fabF fabG TRUE 0.993 20.000 0.236 1.000 Y NA
 5715674 5715675 CLD_0886 CLD_0885 fabG fabD TRUE 0.994 18.000 0.149 0.003 Y NA
 5715675 5715676 CLD_0885 CLD_0884 fabD   TRUE 0.965 21.000 0.099 1.000   NA
 5715676 5715677 CLD_0884 CLD_0883   acpP TRUE 0.825 121.000 0.216 1.000   NA
 5715677 5715678 CLD_0883 CLD_0882 acpP fabH TRUE 0.925 40.000 0.121 0.003   NA
 5715678 5715679 CLD_0882 CLD_0881 fabH   TRUE 0.986 -7.000 0.098 1.000 N NA
 5715679 5715680 CLD_0881 CLD_0880     TRUE 0.959 16.000 0.032 1.000   NA
 5715680 5715681 CLD_0880 CLD_0879     TRUE 0.559 97.000 0.007 1.000   NA
 5715682 5715683 CLD_0878 CLD_0877     TRUE 0.995 -7.000 0.083 NA Y NA
 5715684 5715685 CLD_0875 CLD_0874     TRUE 0.901 4.000 0.000 NA   NA
 5715685 5715686 CLD_0874 CLD_0872     TRUE 0.893 8.000 0.000 NA   NA
 5715686 5715687 CLD_0872 CLD_0871     TRUE 0.864 16.000 0.000 NA   NA
 5715687 5715688 CLD_0871 CLD_0870     FALSE 0.444 56.000 0.000 NA   NA
 5715688 5715689 CLD_0870 CLD_0869     TRUE 0.897 6.000 0.000 NA   NA
 5715689 5715690 CLD_0869 CLD_0868     TRUE 0.857 17.000 0.000 NA   NA
 5715690 5715691 CLD_0868 CLD_0867     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5715691 5715692 CLD_0867 CLD_0866     TRUE 0.901 4.000 0.000 NA   NA
 5715692 5715693 CLD_0866 CLD_0865     TRUE 0.893 8.000 0.000 NA   NA
 5715693 5715694 CLD_0865 CLD_0864     TRUE 0.857 17.000 0.000 NA   NA
 5715694 5715695 CLD_0864 CLD_0863     FALSE 0.178 173.000 0.000 NA   NA
 5715695 5715696 CLD_0863 CLD_0862     TRUE 0.941 13.000 0.006 NA   NA
 5715698 5715699 CLD_0860 CLD_0859     TRUE 0.810 103.000 0.222 NA   NA
 5715699 5715700 CLD_0859 CLD_0858   purA FALSE 0.515 126.000 0.002 NA   NA
 5715700 5715701 CLD_0858 CLD_0857 purA   FALSE 0.154 232.000 0.033 NA   NA
 5715701 5715702 CLD_0857 CLD_0856     FALSE 0.358 170.000 0.010 NA   NA
 5715702 5715703 CLD_0856 CLD_0855     FALSE 0.439 193.000 0.111 NA   NA
 5715703 5715704 CLD_0855 CLD_0854   dnaB FALSE 0.049 242.000 0.000 1.000 N NA
 5715704 5715705 CLD_0854 CLD_0853 dnaB   TRUE 0.934 31.000 0.053 0.090 N NA
 5715705 5715706 CLD_0853 CLD_0852   rplI TRUE 0.963 11.000 0.024 1.000 N NA
 5715706 5715707 CLD_0852 CLD_0851 rplI   TRUE 0.986 0.000 0.119 1.000 N NA
 5715707 5715708 CLD_0851 CLD_0850     TRUE 0.988 1.000 0.210 NA   NA
 5715708 5715709 CLD_0850 CLD_0849     TRUE 0.978 12.000 0.116 NA   NA
 5715709 5715710 CLD_0849 CLD_0848   rpsR FALSE 0.511 148.000 0.015 NA   NA
 5715710 5715711 CLD_0848 CLD_0847 rpsR ssb TRUE 0.920 19.000 0.002 1.000 N NA
 5715711 5715712 CLD_0847 CLD_0846 ssb rpsF TRUE 0.932 16.000 0.002 1.000 N NA
 5715712 5715713 CLD_0846 CLD_0845 rpsF   TRUE 0.518 106.000 0.002 NA N NA
 5715713 5715714 CLD_0845 CLD_0844     FALSE 0.027 275.000 0.000 NA   NA
 5715714 5715715 CLD_0844 CLD_0843     TRUE 0.975 16.000 0.121 NA   NA
 5715715 5715716 CLD_0843 CLD_0842     TRUE 0.979 7.000 0.105 NA   NA
 5715717 5715718 CLD_0841 CLD_0840   ytvI TRUE 0.975 14.000 0.111 NA   NA
 5715718 5715719 CLD_0840 CLD_0839 ytvI   TRUE 0.758 58.000 0.058 NA   NA
 5715720 5715721 CLD_0838 CLD_0837     TRUE 0.728 53.000 0.024 NA   NA
 5715721 5715722 CLD_0837 CLD_0836     TRUE 0.855 38.000 0.047 NA   NA
 5715722 5715723 CLD_0836 CLD_0835   soj TRUE 0.992 16.000 0.827 1.000 N NA
 5715723 5715724 CLD_0835 CLD_0834 soj   TRUE 0.727 124.000 0.069 1.000 N NA
 5715724 5715725 CLD_0834 CLD_0833   gidB TRUE 0.738 100.000 0.089 1.000 N NA
 5715725 5715726 CLD_0833 CLD_0832 gidB gidA TRUE 0.981 24.000 0.466 1.000 N NA
 5715726 5715727 CLD_0832 CLD_0831 gidA trmE TRUE 0.987 9.000 0.266 1.000   NA
 5715727 5715728 CLD_0831 CLD_0830 trmE jag TRUE 0.870 48.000 0.116 1.000   NA
 5715728 5715729 CLD_0830 CLD_0829 jag oxaA TRUE 0.981 18.000 0.254 1.000   NA
 5715729 5715730 CLD_0829 CLD_0828 oxaA   TRUE 0.977 26.000 0.461 NA   NA
 5715730 5715731 CLD_0828 CLD_0827   rnpA TRUE 0.994 -3.000 0.540 NA   NA
 5715731 5715732 CLD_0827 CLD_0826 rnpA rpmH TRUE 0.939 55.000 0.787 1.000   NA
 5711758 5711759 CLD_A0001 CLD_A0002     TRUE 0.727 30.000 0.000 NA   NA
 5711761 5711762 CLD_A0004 CLD_A0005     TRUE 0.841 19.000 0.000 NA   NA
 5711762 5711763 CLD_A0005 CLD_A0006   ssb FALSE 0.328 136.000 0.000 NA   NA
 5711763 5711764 CLD_A0006 CLD_A0007 ssb   FALSE 0.472 194.000 0.000 NA Y NA
 5711764 5711765 CLD_A0007 CLD_A0008     FALSE 0.239 159.000 0.000 NA   NA
 5711767 5711768 CLD_A0010 CLD_A0011     TRUE 0.816 22.000 0.000 NA   NA
 5711768 5711769 CLD_A0011 CLD_A0012     FALSE 0.345 90.000 0.000 NA   NA
 5711771 5711772 CLD_A0014 CLD_A0015 dnaX   FALSE 0.349 84.000 0.000 NA   NA
 5711772 5711773 CLD_A0015 CLD_A0016     TRUE 0.869 15.000 0.000 NA   NA
 5711773 5711774 CLD_A0016 CLD_A0017     FALSE 0.501 50.000 0.000 NA   NA
 5711774 5711775 CLD_A0017 CLD_A0018     TRUE 0.841 19.000 0.000 NA   NA
 5711775 5711776 CLD_A0018 CLD_A0019     FALSE 0.335 132.000 0.000 NA   NA
 5711776 5711777 CLD_A0019 CLD_A0020     FALSE 0.165 176.000 0.000 NA   NA
 5711777 5711778 CLD_A0020 CLD_A0021     FALSE 0.341 129.000 0.000 NA   NA
 5711778 5711779 CLD_A0021 CLD_A0022     FALSE 0.360 111.000 0.000 NA   NA
 5711779 5711780 CLD_A0022 CLD_A0023     FALSE 0.346 89.000 0.000 NA   NA
 5711780 5711781 CLD_A0023 CLD_A0024     FALSE 0.501 50.000 0.000 NA   NA
 5711781 5711782 CLD_A0024 CLD_A0025     FALSE 0.121 191.000 0.000 NA   NA
 5711782 5711783 CLD_A0025 CLD_A0026     FALSE 0.360 72.000 0.000 NA   NA
 5711783 5711784 CLD_A0026 CLD_A0027     FALSE 0.365 69.000 0.000 NA   NA
 5711784 5711785 CLD_A0027 CLD_A0028     FALSE 0.365 114.000 0.000 NA   NA
 5711785 5711786 CLD_A0028 CLD_A0029     FALSE 0.105 199.000 0.000 NA   NA
 5711786 5711787 CLD_A0029 CLD_A0030     FALSE 0.472 53.000 0.000 NA   NA
 5711787 5711788 CLD_A0030 CLD_A0031     TRUE 0.833 20.000 0.000 NA   NA
 5711788 5711789 CLD_A0031 CLD_A0032     FALSE 0.012 332.000 0.000 NA   NA
 5711789 5711790 CLD_A0032 CLD_A0033     FALSE 0.377 90.000 0.000 1.000   NA
 5711790 5711791 CLD_A0033 CLD_A0034     FALSE 0.013 343.000 0.000 1.000   NA
 5711791 5711792 CLD_A0034 CLD_A0035     TRUE 0.825 21.000 0.000 NA   NA
 5711792 5711793 CLD_A0035 CLD_A0036     FALSE 0.004 503.000 0.000 NA   NA
 5711793 5711794 CLD_A0036 CLD_A0037     FALSE 0.165 176.000 0.000 NA   NA
 5711794 5711795 CLD_A0037 CLD_A0038     FALSE 0.034 261.000 0.000 NA   NA
 5711795 5711796 CLD_A0038 CLD_A0039     FALSE 0.366 118.000 0.000 NA   NA
 5711797 5711798 CLD_A0040 CLD_A0041     TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 5711799 5711800 CLD_A0042 CLD_A0043     FALSE 0.034 261.000 0.000 NA   NA
 5711800 5711801 CLD_A0043 CLD_A0044     FALSE 0.365 69.000 0.000 NA   NA
 5711801 5711802 CLD_A0044 CLD_A0045     TRUE 0.742 29.000 0.000 NA   NA
 5711802 5711803 CLD_A0045 CLD_A0046     FALSE 0.350 83.000 0.000 NA   NA
 5711803 5711804 CLD_A0046 CLD_A0047     FALSE 0.351 79.000 0.000 NA   NA
 5711804 5711805 CLD_A0047 CLD_A0048     FALSE 0.089 206.000 0.000 NA   NA
 5711805 5711806 CLD_A0048 CLD_A0049     FALSE 0.004 514.000 0.000 NA   NA
 5711806 5711807 CLD_A0049 CLD_A0050     FALSE 0.361 121.000 0.000 NA   NA
 5711807 5711808 CLD_A0050 CLD_A0051     TRUE 0.825 21.000 0.000 NA   NA
 5711808 5711809 CLD_A0051 CLD_A0052     FALSE 0.433 57.000 0.000 NA   NA
 5711809 5711810 CLD_A0052 CLD_A0053     FALSE 0.348 87.000 0.000 NA   NA
 5711810 5711811 CLD_A0053 CLD_A0054     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5711811 5711812 CLD_A0054 CLD_A0055     FALSE 0.028 270.000 0.000 NA   NA
 5711812 5711813 CLD_A0055 CLD_A0056     FALSE 0.349 86.000 0.000 NA   NA
 5711813 5711814 CLD_A0056 CLD_A0057     FALSE 0.282 149.000 0.000 NA   NA
 5711814 5711815 CLD_A0057 CLD_A0058     FALSE 0.093 203.000 0.000 NA   NA
 5711815 5711816 CLD_A0058 CLD_A0059     FALSE 0.348 87.000 0.000 NA   NA
 5711816 5711817 CLD_A0059 CLD_A0060     TRUE 0.757 28.000 0.000 NA   NA
 5711817 5711818 CLD_A0060 CLD_A0061     TRUE 0.887 11.000 0.000 NA   NA
 5711818 5711819 CLD_A0061 CLD_A0062     FALSE 0.422 58.000 0.000 NA   NA
 5711819 5711820 CLD_A0062 CLD_A0063     TRUE 0.713 31.000 0.000 NA   NA
 5711820 5711821 CLD_A0063 CLD_A0064     FALSE 0.360 72.000 0.000 NA   NA
 5711821 5711822 CLD_A0064 CLD_A0065     FALSE 0.402 61.000 0.000 NA   NA
 5711822 5711823 CLD_A0065 CLD_A0066     TRUE 0.857 17.000 0.000 NA   NA
 5711823 5711824 CLD_A0066 CLD_A0067     TRUE 0.635 36.000 0.000 NA   NA
 5711824 5711825 CLD_A0067 CLD_A0068   boNT/B FALSE 0.003 1674.000 0.000 NA   NA
 5711825 5711826 CLD_A0068 CLD_A0069 boNT/B ntnh TRUE 0.988 26.000 0.667 0.000   NA
 5711826 5711827 CLD_A0069 CLD_A0070 ntnh botR TRUE 0.826 162.000 0.667 1.000   NA
 5711828 5711829 CLD_A0071 CLD_A0072 ha33 ha17 TRUE 0.856 63.000 0.286 NA   NA
 5711829 5711830 CLD_A0072 CLD_A0073 ha17 ha70 TRUE 0.988 14.000 0.429 NA   NA
 5711832 5711833 CLD_A0075 CLD_A0076     FALSE 0.004 673.000 0.000 NA   NA
 5711834 5711835 CLD_A0077 CLD_A0078     TRUE 0.904 3.000 0.000 NA   NA
 5711835 5711836 CLD_A0078 CLD_A0079   spoIIID TRUE 0.897 21.000 0.000 0.041   NA
 5711836 5711837 CLD_A0079 CLD_A0080 spoIIID   FALSE 0.360 111.000 0.000 NA   NA
 5711839 5711840 CLD_A0082 CLD_A0083     TRUE 0.930 -22.000 0.000 NA   NA
 5711840 5711841 CLD_A0083 CLD_A0084     FALSE 0.008 385.000 0.000 NA   NA
 5711841 5711842 CLD_A0084 CLD_A0085     FALSE 0.006 439.000 0.000 NA   NA
 5711842 5711843 CLD_A0085 CLD_A0086     FALSE 0.250 157.000 0.000 NA   NA
 5711843 5711844 CLD_A0086 CLD_A0087     FALSE 0.352 77.000 0.000 NA   NA
 5711844 5711845 CLD_A0087 CLD_A0088     FALSE 0.355 123.000 0.000 NA   NA
 5711845 5711846 CLD_A0088 CLD_A0089     FALSE 0.015 317.000 0.000 NA   NA
 5711846 5711847 CLD_A0089 CLD_A0090     FALSE 0.511 49.000 0.000 NA   NA
 5711847 5711848 CLD_A0090 CLD_A0091     FALSE 0.257 155.000 0.000 NA   NA
 5711848 5711849 CLD_A0091 CLD_A0092     FALSE 0.309 141.000 0.000 NA   NA
 5711851 5711852 CLD_A0094 CLD_A0095     FALSE 0.482 52.000 0.000 NA   NA
 5711852 5711853 CLD_A0095 CLD_A0096     FALSE 0.007 398.000 0.000 NA   NA
 5711853 5711854 CLD_A0096 CLD_A0097     FALSE 0.025 277.000 0.000 NA   NA
 5711854 5711855 CLD_A0097 CLD_A0098     TRUE 0.698 32.000 0.000 NA   NA
 5711855 5711856 CLD_A0098 CLD_A0099     FALSE 0.063 223.000 0.000 NA   NA
 5711856 5711857 CLD_A0099 CLD_A0100     FALSE 0.298 144.000 0.000 NA   NA
 5711857 5711858 CLD_A0100 CLD_A0101     FALSE 0.370 68.000 0.000 NA   NA
 5711858 5711859 CLD_A0101 CLD_A0102     TRUE 0.790 25.000 0.000 NA   NA
 5711859 5711860 CLD_A0102 CLD_A0103     TRUE 0.757 28.000 0.000 NA   NA
 5711860 5711861 CLD_A0103 CLD_A0104     TRUE 0.915 0.000 0.000 NA   NA
 5711861 5711862 CLD_A0104 CLD_A0105     TRUE 0.833 20.000 0.000 NA   NA
 5711862 5711863 CLD_A0105 CLD_A0106     FALSE 0.360 111.000 0.000 NA   NA
 5711863 5711864 CLD_A0106 CLD_A0107     FALSE 0.125 189.000 0.000 NA   NA
 5711864 5711865 CLD_A0107 CLD_A0108     FALSE 0.375 66.000 0.000 NA   NA
 5711865 5711866 CLD_A0108 CLD_A0109     TRUE 0.921 -6.000 0.000 NA   NA
 5711866 5711867 CLD_A0109 CLD_A0110     FALSE 0.155 179.000 0.000 NA   NA
 5711867 5711868 CLD_A0110 CLD_A0111     FALSE 0.121 191.000 0.000 NA   NA
 5711868 5711869 CLD_A0111 CLD_A0112     FALSE 0.408 60.000 0.000 NA   NA
 5711869 5711870 CLD_A0112 CLD_A0113     FALSE 0.313 140.000 0.000 NA   NA
 5711870 5711871 CLD_A0113 CLD_A0114     FALSE 0.341 92.000 0.000 NA   NA
 5711871 5711872 CLD_A0114 CLD_A0115     FALSE 0.041 245.000 0.000 NA   NA
 5711872 5711873 CLD_A0115 CLD_A0116     FALSE 0.348 104.000 0.000 NA   NA
 5711873 5711874 CLD_A0116 CLD_A0117     FALSE 0.212 164.000 0.000 NA   NA
 5711874 5711875 CLD_A0117 CLD_A0118     FALSE 0.362 70.000 0.000 NA   NA
 5711875 5711876 CLD_A0118 CLD_A0119     FALSE 0.356 74.000 0.000 NA   NA
 5711876 5711877 CLD_A0119 CLD_A0120     FALSE 0.455 55.000 0.000 NA   NA
 5711877 5711878 CLD_A0120 CLD_A0121     FALSE 0.464 54.000 0.000 NA   NA
 5711878 5711879 CLD_A0121 CLD_A0122     FALSE 0.217 163.000 0.000 NA   NA
 5711879 5711880 CLD_A0122 CLD_A0123     TRUE 0.869 15.000 0.000 NA   NA
 5711880 5711881 CLD_A0123 CLD_A0124     FALSE 0.360 72.000 0.000 NA   NA
 5711881 5711882 CLD_A0124 CLD_A0125     FALSE 0.257 155.000 0.000 NA   NA
 5711882 5711883 CLD_A0125 CLD_A0126     FALSE 0.150 180.000 0.000 NA   NA
 5711883 5711884 CLD_A0126 CLD_A0127     FALSE 0.337 96.000 0.000 NA   NA
 5711884 5711885 CLD_A0127 CLD_A0128     TRUE 0.635 36.000 0.000 NA   NA
 5711885 5711886 CLD_A0128 CLD_A0129     FALSE 0.195 168.000 0.000 NA   NA
 5711886 5711887 CLD_A0129 CLD_A0130     TRUE 0.919 -3.000 0.000 NA   NA
 5711887 5711888 CLD_A0130 CLD_A0131     FALSE 0.008 376.000 0.000 NA   NA
 5711888 5711889 CLD_A0131 CLD_A0132     FALSE 0.355 123.000 0.000 NA   NA
 5711889 5711890 CLD_A0132 CLD_A0133     FALSE 0.008 382.000 0.000 NA   NA
 5711890 5711891 CLD_A0133 CLD_A0134     FALSE 0.490 51.000 0.000 NA   NA
 5711891 5711892 CLD_A0134 CLD_A0135     FALSE 0.013 323.000 0.000 NA   NA
 5711892 5711893 CLD_A0135 CLD_A0136     FALSE 0.066 220.000 0.000 NA   NA
 5711893 5711894 CLD_A0136 CLD_A0137     TRUE 0.807 23.000 0.000 NA   NA
 5711894 5711895 CLD_A0137 CLD_A0138     FALSE 0.358 122.000 0.000 NA   NA
 5711895 5711896 CLD_A0138 CLD_A0139     FALSE 0.348 104.000 0.000 NA   NA
 5711896 5711897 CLD_A0139 CLD_A0140     FALSE 0.017 301.000 0.000 NA   NA
 5711897 5711898 CLD_A0140 CLD_A0141     FALSE 0.020 294.000 0.000 NA   NA
 5711898 5711899 CLD_A0141 CLD_A0142     FALSE 0.364 120.000 0.000 NA   NA
 5711899 5711900 CLD_A0142 CLD_A0143     TRUE 0.526 46.000 0.000 NA   NA
 5711900 5711901 CLD_A0143 CLD_A0144     TRUE 0.552 42.000 0.000 NA   NA
 5711901 5711902 CLD_A0144 CLD_A0145     FALSE 0.511 49.000 0.000 NA   NA
 5711902 5711903 CLD_A0145 CLD_A0146     FALSE 0.360 72.000 0.000 NA   NA
 5711903 5711904 CLD_A0146 CLD_A0147     TRUE 0.573 40.000 0.000 NA   NA
 5711904 5711905 CLD_A0147 CLD_A0148     FALSE 0.365 114.000 0.000 NA   NA
 5711905 5711906 CLD_A0148 CLD_A0149     TRUE 0.857 17.000 0.000 NA   NA
 5711906 5711907 CLD_A0149 CLD_A0150     FALSE 0.086 207.000 0.000 NA   NA
 5711907 5711908 CLD_A0150 CLD_A0151     FALSE 0.351 79.000 0.000 NA   NA
 5711908 5711909 CLD_A0151 CLD_A0152     FALSE 0.365 69.000 0.000 NA   NA
 5711909 5711910 CLD_A0152 CLD_A0153     TRUE 0.670 34.000 0.000 NA   NA
 5711910 5711911 CLD_A0153 CLD_A0154     FALSE 0.383 64.000 0.000 NA   NA
 5711911 5711912 CLD_A0154 CLD_A0155     FALSE 0.342 101.000 0.000 NA   NA
 5711912 5711913 CLD_A0155 CLD_A0156     TRUE 0.587 39.000 0.000 NA   NA
 5711913 5711914 CLD_A0156 CLD_A0157     FALSE 0.340 100.000 0.000 NA   NA
 5711915 5711916 CLD_A0158 CLD_A0160   dnaN TRUE 0.837 102.000 0.000 0.007 Y NA
 5711917 5711918 CLD_A0159 CLD_A0161     FALSE 0.015 316.000 0.000 NA   NA
 5711920 5711921 CLD_A0163 CLD_A0164     TRUE 0.904 3.000 0.000 NA   NA
 5711921 5711922 CLD_A0164 CLD_A0165     FALSE 0.025 278.000 0.000 NA   NA
 5711922 5711923 CLD_A0165 CLD_A0166     FALSE 0.027 273.000 0.000 NA   NA
 5711923 5711924 CLD_A0166 CLD_A0167     FALSE 0.174 174.000 0.000 NA   NA
 5711924 5711925 CLD_A0167 CLD_A0168     FALSE 0.337 96.000 0.000 NA   NA
 5711925 5711926 CLD_A0168 CLD_A0169     TRUE 0.600 38.000 0.000 NA   NA
 5711927 5711928 CLD_A0170 CLD_A0171     FALSE 0.008 389.000 0.000 NA   NA
 5711928 5711929 CLD_A0171 CLD_A0172     TRUE 0.919 -3.000 0.000 NA   NA
 5711929 5711930 CLD_A0172 CLD_A0173     FALSE 0.145 182.000 0.000 NA   NA
 5711931 5711932 CLD_A0174 CLD_A0175     FALSE 0.222 162.000 0.000 NA   NA
 5711932 5711933 CLD_A0175 CLD_A0176     FALSE 0.358 122.000 0.000 NA   NA
 5711933 5711934 CLD_A0176 CLD_A0177     TRUE 0.915 0.000 0.000 NA   NA
 5711934 5711935 CLD_A0177 CLD_A0178     TRUE 0.857 17.000 0.000 NA   NA
 5711935 5711936 CLD_A0178 CLD_A0179     TRUE 0.790 25.000 0.000 NA   NA
 5711936 5711937 CLD_A0179 CLD_A0180     TRUE 0.919 -3.000 0.000 NA   NA
 5711937 5711938 CLD_A0180 CLD_A0181     FALSE 0.012 334.000 0.000 NA   NA
 5711938 5711939 CLD_A0181 CLD_A0182     FALSE 0.015 311.000 0.000 NA   NA
 5711939 5711940 CLD_A0182 CLD_A0183     FALSE 0.123 190.000 0.000 NA   NA
 5711940 5711941 CLD_A0183 CLD_A0184     FALSE 0.215 164.000 0.000 NA N NA
 5711941 5711942 CLD_A0184 CLD_A0185     FALSE 0.350 125.000 0.000 NA   NA
 5711942 5711943 CLD_A0185 CLD_A0186     FALSE 0.045 238.000 0.000 NA   NA
 5711943 5711944 CLD_A0186 CLD_A0187     FALSE 0.464 54.000 0.000 NA   NA
 5711944 5711945 CLD_A0187 CLD_A0188     FALSE 0.326 137.000 0.000 NA   NA
 5711945 5711946 CLD_A0188 CLD_A0189     FALSE 0.365 114.000 0.000 NA   NA
 5711946 5711947 CLD_A0189 CLD_A0190     FALSE 0.366 118.000 0.000 NA   NA
 5711947 5711948 CLD_A0190 CLD_A0191     FALSE 0.353 76.000 0.000 NA   NA
 5711949 5711950 CLD_A0192 CLD_A0193 cas   TRUE 0.767 27.000 0.000 NA   NA
 5711950 5711951 CLD_A0193 CLD_A0194     TRUE 0.946 50.000 0.778 NA   NA
 5711951 5711952 CLD_A0194 CLD_A0195   cas5h TRUE 0.832 91.000 0.295 NA   NA
 5711952 11540115 CLD_A0195   cas5h   FALSE NA 991.000 0.000 NA   NA