MicrobesOnline Operon Predictions for Clostridium botulinum B1 str. Okra

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5711953 5711954 CLD_0825 CLD_0824 dnaA dnaN TRUE 0.519 263.000 0.328 1.000 Y NA
 5711954 5711955 CLD_0824 CLD_0823 dnaN   TRUE 0.969 19.000 0.103 1.000   NA
 5711955 5711956 CLD_0823 CLD_0822   recF TRUE 0.825 69.000 0.209 1.000   NA
 5711956 5711957 CLD_0822 CLD_0821 recF   TRUE 0.934 21.000 0.024 NA   NA
 5711957 5711958 CLD_0821 CLD_0820   gyrB TRUE 0.939 18.000 0.017 NA   NA
 5711958 5711959 CLD_0820 CLD_0819 gyrB gyrA TRUE 0.993 26.000 0.306 0.002 Y NA
 5711959 5711960 CLD_0819 CLD_3805 gyrA rrs FALSE 0.006 416.000 0.000 NA   NA
 5711960 5711961 CLD_3805 CLD_3806 rrs rrl FALSE 0.235 160.000 0.000 NA   NA
 5711961 5711962 CLD_3806 CLD_0816 rrl rrf FALSE 0.339 93.000 0.000 NA   NA
 5711962 5711963 CLD_0816 CLD_0815 rrf   TRUE 0.931 -101.000 0.000 NA   NA
 5711963 5711964 CLD_0815 CLD_0814     TRUE 0.926 -10.000 0.000 NA   NA
 5711964 5711965 CLD_0814 CLD_0813     TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 5711965 5711966 CLD_0813 CLD_0812     FALSE 0.212 164.000 0.000 NA   NA
 5711966 5711967 CLD_0812 CLD_0811     TRUE 0.954 16.000 0.029 NA   NA
 5711967 5711968 CLD_0811 CLD_0810     TRUE 0.963 2.000 0.014 NA   NA
 5711968 5711969 CLD_0810 CLD_0809     TRUE 0.956 5.000 0.011 NA   NA
 5711969 5711970 CLD_0809 CLD_0808     TRUE 0.565 137.000 0.016 NA   NA
 5711970 5711971 CLD_0808 CLD_0807     TRUE 0.967 25.000 0.214 NA   NA
 5711971 5711972 CLD_0807 CLD_0806     TRUE 0.985 17.000 0.370 NA   NA
 5711972 5711973 CLD_0806 CLD_0805   serS FALSE 0.009 370.000 0.000 NA   NA
 5711973 5711974 CLD_0805 CLD_0804 serS   FALSE 0.026 276.000 0.000 NA   NA
 5711974 5711975 CLD_0804 CLD_0803     TRUE 0.841 19.000 0.000 NA   NA
 5711975 5711976 CLD_0803 CLD_0802     FALSE 0.017 304.000 0.000 NA   NA
 5711976 5711977 CLD_0802 CLD_0801     TRUE 0.841 19.000 0.000 NA   NA
 5711977 5711978 CLD_0801 CLD_0800     FALSE 0.350 83.000 0.000 NA   NA
 5711980 5711981 CLD_0798 CLD_0797     TRUE 0.992 9.000 0.667 NA   NA
 5711981 5711982 CLD_0797 CLD_0796     TRUE 0.884 12.000 0.000 NA   NA
 5711982 5711983 CLD_0796 CLD_0795     TRUE 0.857 17.000 0.000 NA   NA
 5711984 5711985 CLD_0794 CLD_0793 psd   TRUE 0.624 103.000 0.026 NA   NA
 5711985 5711986 CLD_0793 CLD_0792     FALSE 0.353 76.000 0.000 NA   NA
 5711987 5711988 CLD_0791 CLD_0790     FALSE 0.333 133.000 0.000 NA   NA
 5711988 5711989 CLD_0790 CLD_0789   megL TRUE 0.614 144.000 0.034 1.000 N NA
 5711989 5711990 CLD_0789 CLD_0788 megL   FALSE 0.388 124.000 0.000 1.000 N NA
 5711990 5711991 CLD_0788 CLD_0787     FALSE 0.206 165.000 0.000 NA   NA
 5711991 10253774 CLD_0787 CLD_3824   srpB FALSE 0.355 123.000 0.000 NA   NA
 10253774 5711992 CLD_3824 CLD_0786 srpB dnaX FALSE 0.212 164.000 0.000 NA   NA
 5711992 5711993 CLD_0786 CLD_0785 dnaX   TRUE 0.769 65.000 0.100 NA   NA
 5711993 5711994 CLD_0785 CLD_0784   recR TRUE 0.970 33.000 0.604 NA   NA
 5711994 5711995 CLD_0784 CLD_0783 recR   TRUE 0.779 57.000 0.071 NA   NA
 5711995 5711996 CLD_0783 CLD_0782   bofA TRUE 0.821 150.000 0.417 NA   NA
 5711996 5711997 CLD_0782 CLD_0781 bofA sfsA FALSE 0.451 151.000 0.005 NA   NA
 5711997 5711998 CLD_0781 CLD_0780 sfsA   TRUE 0.677 56.000 0.015 NA   NA
 5711998 5711999 CLD_0780 CLD_0779     FALSE 0.400 118.000 0.000 1.000   NA
 5711999 5712000 CLD_0779 CLD_0778     FALSE 0.363 134.000 0.000 1.000   NA
 5712000 5712001 CLD_0778 CLD_0777     TRUE 0.977 19.000 0.222 NA   NA
 5712001 5712002 CLD_0777 CLD_0776     FALSE 0.008 383.000 0.000 NA   NA
 5712002 5712003 CLD_0776 CLD_0775     TRUE 0.552 83.000 0.007 NA N NA
 5712003 5712004 CLD_0775 CLD_0774     TRUE 0.911 29.000 0.035 NA N NA
 5712004 5712005 CLD_0774 CLD_3807   rrs FALSE 0.008 387.000 0.000 NA   NA
 5712005 5712006 CLD_3807 CLD_3808 rrs rrl FALSE 0.061 224.000 0.000 NA   NA
 5712006 5712007 CLD_3808 CLD_0770 rrl rrf FALSE 0.352 106.000 0.000 NA   NA
 5712007 5712008 CLD_0770 CLD_0769 rrf   TRUE 0.897 6.000 0.000 NA   NA
 5712010 5712011 CLD_3809 CLD_3810 rrs rrl FALSE 0.061 224.000 0.000 NA   NA
 5712011 5712012 CLD_3810 CLD_0764 rrl rrf FALSE 0.352 106.000 0.000 NA   NA
 5712012 5712013 CLD_0764 CLD_0763 rrf   TRUE 0.897 6.000 0.000 NA   NA
 5712013 5712014 CLD_0763 CLD_0762     FALSE 0.011 342.000 0.000 NA   NA
 5712014 5712015 CLD_0762 CLD_0761     TRUE 0.995 -3.000 0.800 NA   NA
 5712015 5712016 CLD_0761 CLD_3811   rrs FALSE 0.004 646.000 0.000 NA   NA
 5712016 5712017 CLD_3811 CLD_3812 rrs rrl FALSE 0.235 160.000 0.000 NA   NA
 5712017 5712018 CLD_3812 CLD_0757 rrl rrf FALSE 0.490 51.000 0.000 NA   NA
 5712018 5712019 CLD_0757 CLD_0755 rrf   TRUE 0.895 7.000 0.000 NA   NA
 5712019 5712020 CLD_0755 CLD_0754     FALSE 0.034 259.000 0.000 NA   NA
 5712020 5712021 CLD_0754 CLD_0753     FALSE 0.036 255.000 0.000 NA   NA
 5712021 5712022 CLD_0753 CLD_0752     FALSE 0.328 136.000 0.000 NA   NA
 5712022 5712023 CLD_0752 CLD_0751     FALSE 0.352 77.000 0.000 NA   NA
 5712023 5712024 CLD_0751 CLD_3813   rrs FALSE 0.003 719.000 0.000 NA   NA
 5712024 5712025 CLD_3813 CLD_3814 rrs rrl FALSE 0.061 224.000 0.000 NA   NA
 5712025 5712026 CLD_3814 CLD_0747 rrl rrf FALSE 0.490 51.000 0.000 NA   NA
 5712026 5712027 CLD_0747 CLD_0745 rrf   TRUE 0.895 7.000 0.000 NA   NA
 5712027 5712028 CLD_0745 CLD_0744     FALSE 0.313 140.000 0.000 NA   NA
 5712028 5712029 CLD_0744 CLD_3815   rrs FALSE 0.004 522.000 0.000 NA   NA
 5712029 5712030 CLD_3815 CLD_3816 rrs rrl FALSE 0.235 160.000 0.000 NA   NA
 5712030 5712031 CLD_3816 CLD_0740 rrl rrf FALSE 0.490 51.000 0.000 NA   NA
 5712031 5712032 CLD_0740 CLD_0739 rrf   FALSE 0.009 368.000 0.000 NA   NA
 5712032 5712033 CLD_0739 CLD_0738     FALSE 0.350 82.000 0.000 NA   NA
 5712034 5712035 CLD_0737 CLD_0736     TRUE 0.865 36.000 0.039 NA N NA
 5712038 5712039 CLD_0733 CLD_0732     TRUE 0.988 -21.000 0.120 NA   NA
 5712039 5712040 CLD_0732 CLD_0731     TRUE 0.938 24.000 0.034 1.000 N NA
 5712040 5712041 CLD_0731 CLD_0730     TRUE 0.654 81.000 0.034 NA   NA
 5712041 5712042 CLD_0730 CLD_0729     TRUE 0.940 18.000 0.018 NA   NA
 5712042 5712043 CLD_0729 CLD_0728     TRUE 0.991 2.000 0.372 NA   NA
 5712043 5712044 CLD_0728 CLD_0727     TRUE 0.949 12.000 0.011 NA   NA
 5712044 5712045 CLD_0727 CLD_0726     TRUE 0.851 82.000 0.333 1.000   NA
 5712045 5712046 CLD_0726 CLD_0725     TRUE 0.581 121.000 0.006 1.000   NA
 5712046 5712047 CLD_0725 CLD_0724     TRUE 0.973 20.000 0.078 0.007   NA
 5712047 5712048 CLD_0724 CLD_0723     FALSE 0.402 156.000 0.002 NA   NA
 5712050 5712051 CLD_0721 CLD_0720   arcA FALSE 0.007 422.000 0.000 1.000   NA
 5712055 5712056 CLD_0716 CLD_0715 spmA   TRUE 0.994 13.000 0.655 0.003   NA
 5712058 5712059 CLD_0713 CLD_0712 udgA   TRUE 0.894 29.000 0.016 1.000 N NA
 5712059 5712060 CLD_0712 CLD_0711   metG FALSE 0.009 382.000 0.000 1.000 N NA
 5712060 5712061 CLD_0711 CLD_0710 metG   FALSE 0.039 295.000 0.003 NA   NA
 5712061 5712062 CLD_0710 CLD_0709     FALSE 0.444 151.000 0.004 NA   NA
 5712062 5712063 CLD_0709 CLD_0708     FALSE 0.055 228.000 0.000 NA   NA
 5712063 5712064 CLD_0708 CLD_0707     TRUE 0.634 73.000 0.020 1.000   NA
 5712064 5712065 CLD_0707 CLD_0706   ksgA TRUE 0.982 2.000 0.093 1.000 N NA
 5712065 5712066 CLD_0706 CLD_0705 ksgA   TRUE 0.567 79.000 0.010 NA   NA
 5712066 5712067 CLD_0705 CLD_0704     TRUE 0.753 157.000 0.278 NA   NA
 5712067 5712068 CLD_0704 CLD_0703     TRUE 0.658 165.000 0.188 NA   NA
 5712068 5712069 CLD_0703 CLD_0702     TRUE 0.628 168.000 0.167 NA   NA
 5712069 5712070 CLD_0702 CLD_0701     TRUE 0.989 11.000 0.350 1.000 N NA
 5712070 5712071 CLD_0701 CLD_0700     TRUE 0.997 -3.000 0.349 NA Y NA
 5712071 5712072 CLD_0700 CLD_0699     TRUE 0.607 82.000 0.019 NA N NA
 5712072 5712073 CLD_0699 CLD_0698     FALSE 0.344 140.000 0.000 1.000   NA
 5712073 5712074 CLD_0698 CLD_0697     TRUE 0.869 15.000 0.000 NA   NA
 5712076 5712077 CLD_0695 CLD_0694     TRUE 0.732 57.000 0.037 NA   NA
 5712077 5712078 CLD_0694 CLD_0693   nrdD FALSE 0.021 290.000 0.000 NA   NA
 5712078 5712079 CLD_0693 CLD_0692 nrdD nrdG TRUE 0.989 17.000 0.315 0.001 N NA
 5712080 5712081 CLD_0691 CLD_0690     FALSE 0.338 99.000 0.000 NA   NA
 5712081 5712082 CLD_0690 CLD_0689     TRUE 0.983 2.000 0.111 NA   NA
 5712082 5712083 CLD_0689 CLD_0688     FALSE 0.361 121.000 0.000 NA   NA
 5712084 5712085 CLD_0687 CLD_0686 ileS   FALSE 0.495 151.000 0.009 1.000 N NA
 5712085 5712086 CLD_0686 CLD_0685     FALSE 0.189 216.000 0.017 1.000 N NA
 5712086 5712087 CLD_0685 CLD_0684     TRUE 0.800 75.000 0.160 1.000 N NA
 5712087 5712088 CLD_0684 CLD_0683     FALSE 0.012 336.000 0.000 NA   NA
 5712088 5712089 CLD_0683 CLD_0682     TRUE 0.976 5.000 0.066 NA   NA
 5712089 5712090 CLD_0682 CLD_0681     TRUE 0.976 20.000 0.210 1.000   NA
 5712090 5712091 CLD_0681 CLD_0680     FALSE 0.066 225.000 0.000 1.000   NA
 5712091 5712092 CLD_0680 CLD_0679     TRUE 0.613 187.000 0.333 1.000   NA
 5712094 5712095 CLD_0677 CLD_0676     TRUE 0.977 15.000 0.143 NA   NA
 5712095 5712096 CLD_0676 CLD_0675     TRUE 0.966 27.000 0.250 NA   NA
 5712096 5712097 CLD_0675 CLD_0674     TRUE 0.992 13.000 0.800 NA   NA
 5712099 5712100 CLD_0672 CLD_0671 cotS   TRUE 0.766 124.000 0.119 NA   NA
 5712100 5712101 CLD_0671 CLD_0670     FALSE 0.426 196.000 0.116 NA   NA
 5712101 5712102 CLD_0670 CLD_0669     TRUE 0.721 102.000 0.082 NA   NA
 5712102 5712103 CLD_0669 CLD_0668     FALSE 0.019 297.000 0.000 NA   NA
 5712103 5712104 CLD_0668 CLD_0667   cphB TRUE 0.930 -30.000 0.000 NA   NA
 5712104 5712105 CLD_0667 CLD_0666 cphB cphA TRUE 0.948 44.000 0.605 1.000 N NA
 5712105 5712106 CLD_0666 CLD_0665 cphA ispE TRUE 0.603 93.000 0.016 1.000 N NA
 5712106 5712107 CLD_0665 CLD_0664 ispE   FALSE 0.020 362.000 0.005 NA   NA
 5712107 5712108 CLD_0664 CLD_0663     TRUE 0.809 61.000 0.133 NA   NA
 5712108 5712109 CLD_0663 CLD_0662     TRUE 0.986 20.000 0.333 0.008   NA
 5712109 5712110 CLD_0662 CLD_0661     TRUE 0.948 50.000 0.500 0.008   NA
 5712110 5712111 CLD_0661 CLD_0660     TRUE 0.760 73.000 0.109 NA   NA
 5712113 5712114 CLD_0658 CLD_0657 ypeB   TRUE 0.539 102.000 0.003 1.000   NA
 5712114 5712115 CLD_0657 CLD_0656     TRUE 0.902 25.000 0.011 NA   NA
 5712115 5712116 CLD_0656 CLD_0655     TRUE 0.646 132.000 0.039 NA   NA
 5712116 5712117 CLD_0655 CLD_0654   pyrG FALSE 0.097 234.000 0.004 NA   NA
 5712117 5712118 CLD_0654 CLD_0653 pyrG   FALSE 0.004 500.000 0.000 NA   NA
 5712118 5712119 CLD_0653 CLD_0652   rho FALSE 0.328 172.000 0.006 NA   NA
 5712121 5712122 CLD_0650 CLD_0649 tdk   TRUE 0.935 17.000 0.010 NA   NA
 5712122 5712123 CLD_0649 CLD_0648     TRUE 0.978 8.000 0.098 NA   NA
 5712123 5712124 CLD_0648 CLD_0647   prfA TRUE 0.909 82.000 0.081 1.000 Y NA
 5712124 5712125 CLD_0647 CLD_0646 prfA   TRUE 0.881 28.000 0.009 NA   NA
 5712125 5712126 CLD_0646 CLD_0645     TRUE 0.807 59.000 0.116 NA   NA
 5712126 5712127 CLD_0645 CLD_0644     TRUE 0.951 21.000 0.052 NA N NA
 5712127 5712128 CLD_0644 CLD_0643     TRUE 0.972 9.000 0.056 NA N NA
 5712128 5712129 CLD_0643 CLD_0642   rpiB TRUE 0.769 60.000 0.065 1.000 N NA
 5712129 5712130 CLD_0642 CLD_0641 rpiB upp TRUE 0.892 30.000 0.019 1.000 N NA
 5712132 5712133 CLD_0639 CLD_0638   tagO TRUE 0.662 108.000 0.029 1.000 N NA
 5712133 5712134 CLD_0638 CLD_0637 tagO mnaA TRUE 0.996 14.000 0.346 1.000 Y NA
 5712134 5712135 CLD_0637 CLD_0636 mnaA   FALSE 0.005 492.000 0.000 1.000   NA
 5712135 5712136 CLD_0636 CLD_0635   atpB TRUE 0.986 15.000 0.330 1.000   NA
 5712136 5712137 CLD_0635 CLD_0634 atpB atpE TRUE 0.840 40.000 0.009 0.007   NA
 5712137 5712138 CLD_0634 CLD_0633 atpE atpF TRUE 0.810 76.000 0.095 0.007   NA
 5712138 5712139 CLD_0633 CLD_0632 atpF atpH TRUE 0.995 3.000 0.040 0.007 Y NA
 5712139 5712140 CLD_0632 CLD_0631 atpH atpA TRUE 0.998 11.000 0.864 0.007 Y NA
 5712140 5712141 CLD_0631 CLD_0630 atpA atpG TRUE 0.997 22.000 0.846 0.007 Y NA
 5712141 5712142 CLD_0630 CLD_0629 atpG atpD TRUE 0.998 14.000 0.724 0.007 Y NA
 5712142 5712143 CLD_0629 CLD_0628 atpD atpC TRUE 0.996 25.000 0.837 0.007 Y NA
 5712143 5712144 CLD_0628 CLD_0627 atpC   FALSE 0.231 194.000 0.007 NA   NA
 5712144 5712145 CLD_0627 CLD_0626   murA TRUE 0.976 24.000 0.346 NA   NA
 5712145 5712146 CLD_0626 CLD_0625 murA spoIID FALSE 0.210 270.000 0.243 1.000 N NA
 5712146 5712147 CLD_0625 CLD_0624 spoIID   FALSE 0.021 593.000 0.090 1.000 N NA
 5712147 5712148 CLD_0624 CLD_0623   spoIIID TRUE 0.754 108.000 0.093 1.000   NA
 5712148 5712149 CLD_0623 CLD_0622 spoIIID   TRUE 0.834 100.000 0.284 1.000   NA
 5712150 5712151 CLD_0621 CLD_0620     TRUE 0.714 49.000 0.010 NA   NA
 5712152 5712153 CLD_0619 CLD_0618     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5712153 5712154 CLD_0618 CLD_0616     TRUE 0.884 12.000 0.000 NA   NA
 5712154 5712155 CLD_0616 CLD_0615     TRUE 0.857 17.000 0.000 NA   NA
 5712155 5712156 CLD_0615 CLD_0614     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5712156 5712157 CLD_0614 CLD_0613     FALSE 0.342 101.000 0.000 NA   NA
 5712157 5712158 CLD_0613 CLD_0612   metK FALSE 0.350 83.000 0.000 NA   NA
 5712158 5712159 CLD_0612 CLD_0611 metK   FALSE 0.377 191.000 0.052 1.000 N NA
 5712159 5712160 CLD_0611 CLD_0610     TRUE 0.934 26.000 0.051 NA   NA
 5712160 5712161 CLD_0610 CLD_0609     TRUE 0.988 -27.000 0.130 NA   NA
 5712161 5712162 CLD_0609 CLD_0608   yfiA FALSE 0.029 425.000 0.080 NA   NA
 5712162 5712163 CLD_0608 CLD_0607 yfiA secA FALSE 0.190 228.000 0.050 NA N NA
 5712163 5712164 CLD_0607 CLD_0606 secA prfB FALSE 0.041 355.000 0.048 1.000 N NA
 5712166 5712167 CLD_0604 CLD_0603     FALSE 0.023 284.000 0.000 NA   NA
 5712167 5712168 CLD_0603 CLD_0602     FALSE 0.018 411.000 0.016 NA   NA
 5712168 5712169 CLD_0602 CLD_0601     TRUE 0.984 21.000 0.500 NA   NA
 5712169 5712170 CLD_0601 CLD_0600     TRUE 0.972 14.000 0.077 1.000   NA
 5712170 5712171 CLD_0600 CLD_0599     TRUE 0.630 84.000 0.022 1.000   NA
 5712171 5712172 CLD_0599 CLD_0598     TRUE 0.891 40.000 0.109 1.000   NA
 5712174 5712175 CLD_0596 CLD_0595     FALSE 0.275 151.000 0.000 NA   NA
 5712176 5712177 CLD_0594 CLD_0593 leuS   FALSE 0.008 377.000 0.000 NA N NA
 5712177 5712178 CLD_0593 CLD_0592     FALSE 0.136 185.000 0.000 NA   NA
 5712178 5712179 CLD_0592 CLD_0591     FALSE 0.472 53.000 0.000 NA   NA
 5712179 5712180 CLD_0591 CLD_0590     TRUE 0.960 25.000 0.138 NA   NA
 5712180 5712181 CLD_0590 CLD_0589     TRUE 0.986 -13.000 0.098 NA   NA
 5712181 5712182 CLD_0589 CLD_0588     TRUE 0.980 4.000 0.098 NA   NA
 5712184 5712185 CLD_0586 CLD_0585 fba   FALSE 0.057 226.000 0.000 NA   NA
 5712185 5712186 CLD_0585 CLD_0584     TRUE 0.741 117.000 0.082 NA   NA
 5712187 5712188 CLD_0583 CLD_0582     FALSE 0.007 398.000 0.000 NA   NA
 5712188 5712189 CLD_0582 CLD_0581     FALSE 0.012 337.000 0.000 NA   NA
 5712189 5712190 CLD_0581 CLD_0580     TRUE 0.816 22.000 0.000 NA   NA
 5712190 5712191 CLD_0580 CLD_0579     FALSE 0.003 713.000 0.000 NA   NA
 5712191 5712192 CLD_0579 CLD_0578     FALSE 0.335 132.000 0.000 NA   NA
 5712194 5712195 CLD_0576 CLD_0575     TRUE 0.753 106.000 0.094 1.000   NA
 5712195 5712196 CLD_0575 CLD_0574     TRUE 0.835 74.000 0.281 NA   NA
 5712198 5712199 CLD_0572 CLD_0571   sleB FALSE 0.227 229.000 0.041 0.063   NA
 5712199 5712200 CLD_0571 CLD_0570 sleB cysK FALSE 0.010 364.000 0.000 1.000   NA
 5712200 5712201 CLD_0570 CLD_0569 cysK cysE TRUE 0.995 15.000 0.101 0.002 Y NA
 5712201 5712202 CLD_0569 CLD_0568 cysE   TRUE 0.955 22.000 0.064 1.000 N NA
 5712202 5712203 CLD_0568 CLD_0567     TRUE 0.656 148.000 0.064 1.000 N NA
 5712203 5712204 CLD_0567 CLD_0566   nth TRUE 0.579 93.000 0.011 1.000 N NA
 5712204 5712205 CLD_0566 CLD_0565 nth   FALSE 0.014 333.000 0.000 1.000 N NA
 5712206 5712207 CLD_0564 CLD_0563     TRUE 0.889 26.000 0.004 1.000   NA
 5712207 5712208 CLD_0563 CLD_0562     TRUE 0.608 110.000 0.018 NA   NA
 5712209 5712210 CLD_0561 CLD_0560     FALSE 0.404 205.000 0.000 NA Y NA
 5712210 5712211 CLD_0560 CLD_0559   splB TRUE 0.586 147.000 0.027 1.000 N NA
 5712211 5712212 CLD_0559 CLD_0558 splB   TRUE 0.572 128.000 0.008 1.000 N NA
 5712212 5712213 CLD_0558 CLD_0557     TRUE 0.951 13.000 0.016 NA   NA
 5712213 5712214 CLD_0557 CLD_0556     FALSE 0.020 294.000 0.000 NA   NA
 5712214 5712215 CLD_0556 CLD_0555     FALSE 0.487 183.000 0.097 1.000   NA
 5712215 5712216 CLD_0555 CLD_0554     TRUE 0.992 2.000 0.438 1.000   NA
 5712216 5712217 CLD_0554 CLD_0553     TRUE 0.996 -7.000 0.720 0.033   NA
 5712217 5712218 CLD_0553 CLD_0552     TRUE 0.585 112.000 0.007 1.000   NA
 5712218 5712219 CLD_0552 CLD_0551   rpoN FALSE 0.071 337.000 0.125 1.000 N NA
 5712219 5712220 CLD_0551 CLD_0550 rpoN cggR FALSE 0.240 288.000 0.034 1.000 Y NA
 5712220 5712221 CLD_0550 CLD_0549 cggR gap TRUE 0.856 78.000 0.348 1.000 N NA
 5712221 5712222 CLD_0549 CLD_0548 gap pgk FALSE 0.119 428.000 0.063 0.004 Y NA
 5712222 5712223 CLD_0548 CLD_0547 pgk tpiA TRUE 0.938 62.000 0.141 1.000 Y NA
 5712223 5712224 CLD_0547 CLD_0546 tpiA gpmI TRUE 0.922 92.000 0.138 1.000 Y NA
 5712224 5712225 CLD_0546 CLD_0545 gpmI eno TRUE 0.907 56.000 0.016 1.000 Y NA
 5712225 5712226 CLD_0545 CLD_0544 eno secG FALSE 0.137 224.000 0.006 1.000 N NA
 5712226 5712227 CLD_0544 CLD_0543 secG rnr FALSE 0.309 207.000 0.064 1.000 N NA
 5712227 5712228 CLD_0543 CLD_0542 rnr surE FALSE 0.008 409.000 0.000 1.000   NA
 5712228 5712229 CLD_0542 CLD_0541 surE smpB FALSE 0.040 257.000 0.000 1.000   NA
 5712233 5712234 CLD_0537 CLD_0536     FALSE 0.005 497.000 0.000 1.000   NA
 5712234 5712235 CLD_0536 CLD_0535     TRUE 0.617 37.000 0.000 NA   NA
 5712235 5712236 CLD_0535 CLD_0534     FALSE 0.269 152.000 0.000 NA   NA
 5712236 5712237 CLD_0534 CLD_0533     TRUE 0.960 -70.000 0.000 0.063   NA
 5712237 5712238 CLD_0533 CLD_0532     FALSE 0.153 185.000 0.000 1.000   NA
 5712238 5712239 CLD_0532 CLD_0531     FALSE 0.144 188.000 0.000 1.000   NA
 5712239 5712240 CLD_0531 CLD_0530     FALSE 0.011 355.000 0.000 1.000   NA
 5712240 5712241 CLD_0530 CLD_0529     FALSE 0.026 284.000 0.000 1.000   NA
 5712241 5712242 CLD_0529 CLD_0528     TRUE 0.920 128.000 1.000 1.000 N NA
 5712242 5712243 CLD_0528 CLD_0527     TRUE 0.995 -7.000 0.667 NA   NA
 5712243 5712244 CLD_0527 CLD_0526     TRUE 0.893 88.000 0.667 NA   NA
 5712244 5712245 CLD_0526 CLD_0525     FALSE 0.161 178.000 0.000 NA N NA
 5712245 5712246 CLD_0525 CLD_0524     FALSE 0.045 238.000 0.000 NA   NA
 5712246 5712247 CLD_0524 CLD_0523     TRUE 0.793 108.000 0.167 NA   NA
 5712247 5712248 CLD_0523 CLD_0522     FALSE 0.348 126.000 0.000 NA   NA
 5712248 5712249 CLD_0522 CLD_0521     FALSE 0.003 737.000 0.000 NA   NA
 5712249 5712250 CLD_0521 CLD_0520     FALSE 0.333 133.000 0.000 NA   NA
 5712250 5712251 CLD_0520 CLD_0519     FALSE 0.006 441.000 0.000 NA   NA
 5712251 5712252 CLD_0519 CLD_0518     FALSE 0.004 502.000 0.000 NA   NA
 5712252 5712253 CLD_0518 CLD_0517   kdgT FALSE 0.088 213.000 0.000 1.000   NA
 5712253 5712254 CLD_0517 CLD_0516 kdgT   FALSE 0.085 214.000 0.000 1.000   NA
 5712254 5712255 CLD_0516 CLD_0515     TRUE 0.999 -22.000 1.000 1.000 Y NA
 5712255 5712256 CLD_0515 CLD_0514   lysP FALSE 0.005 556.000 0.000 1.000 N NA
 5712256 5712257 CLD_0514 CLD_0513 lysP   FALSE 0.005 544.000 0.000 1.000   NA
 5712257 5712258 CLD_0513 CLD_0512     FALSE 0.340 141.000 0.000 1.000   NA
 5712258 5712259 CLD_0512 CLD_0511     TRUE 0.620 39.000 0.000 1.000   NA
 5712259 5712260 CLD_0511 CLD_0510     TRUE 0.802 26.000 0.000 1.000   NA
 5712260 5712261 CLD_0510 CLD_0509     FALSE 0.211 170.000 0.000 1.000   NA
 5712261 5712262 CLD_0509 CLD_0508     TRUE 0.938 26.000 0.050 1.000   NA
 5712262 5712263 CLD_0508 CLD_0507     TRUE 0.784 63.000 0.095 1.000 N NA
 5712263 5712264 CLD_0507 CLD_0506     FALSE 0.511 116.000 0.000 0.066 N NA
 5712264 5712265 CLD_0506 CLD_0505     TRUE 0.989 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 5712265 5712266 CLD_0505 CLD_0504     FALSE 0.375 100.000 0.000 1.000 N NA
 5712266 5712267 CLD_0504 CLD_0503     TRUE 0.986 3.000 0.182 NA   NA
 5712267 5712268 CLD_0503 CLD_0502     TRUE 0.992 8.000 0.667 NA   NA
 5712270 5712271 CLD_0500 CLD_0499     TRUE 0.999 0.000 0.800 0.039 Y NA
 5712271 5712272 CLD_0499 CLD_0498     TRUE 0.990 -3.000 0.000 0.051 Y NA
 5712272 5712273 CLD_0498 CLD_0497     FALSE 0.010 357.000 0.000 NA   NA
 5712273 5712274 CLD_0497 CLD_0496     TRUE 0.982 11.000 0.167 NA   NA
 5712274 5712275 CLD_0496 CLD_0495     TRUE 0.993 22.000 0.318 1.000 Y NA
 5712275 5712276 CLD_0495 CLD_0494     TRUE 0.954 25.000 0.091 1.000 N NA
 5712276 5712277 CLD_0494 CLD_0493     TRUE 0.937 137.000 0.278 1.000 Y NA
 5712278 5712279 CLD_0491 CLD_0490     FALSE 0.341 92.000 0.000 NA   NA
 5712280 5712281 CLD_0489 CLD_0488     TRUE 0.878 74.000 0.455 1.000 N NA
 5712281 5712282 CLD_0488 CLD_0487     TRUE 0.928 158.000 0.455 1.000 Y NA
 5712284 5712285 CLD_0485 CLD_0484 glvA   TRUE 0.885 168.000 0.294 1.000 Y NA
 5712286 5712287 CLD_0483 CLD_0482     TRUE 0.997 16.000 0.500 0.004 Y NA
 5712288 5712289 CLD_0481 CLD_0480     TRUE 0.907 8.000 0.000 1.000 N NA
 5712289 5712290 CLD_0480 CLD_0479     TRUE 0.996 10.000 0.235 1.000 Y NA
 5712290 5712291 CLD_0479 CLD_0478     TRUE 0.864 120.000 0.353 1.000 N NA
 5712291 5712292 CLD_0478 CLD_0477     TRUE 0.985 14.000 0.286 NA   NA
 5712292 5712293 CLD_0477 CLD_0476   alr FALSE 0.044 239.000 0.000 NA   NA
 5712293 5712294 CLD_0476 CLD_0475 alr   FALSE 0.005 520.000 0.000 1.000 N NA
 5712294 5712295 CLD_0475 CLD_0474     FALSE 0.414 59.000 0.000 NA   NA
 5712295 5712296 CLD_0474 CLD_0473   glvA FALSE 0.367 117.000 0.000 NA   NA
 5712296 5712297 CLD_0473 CLD_0472 glvA   TRUE 0.775 138.000 0.000 1.000 Y NA
 5712297 5712298 CLD_0472 CLD_0471     FALSE 0.027 283.000 0.000 1.000 N NA
 5712300 5712301 CLD_0469 CLD_0468     FALSE 0.011 342.000 0.000 NA   NA
 5712301 5712302 CLD_0468 CLD_0467     FALSE 0.021 290.000 0.000 NA   NA
 5712302 5712303 CLD_0467 CLD_0466     TRUE 0.698 32.000 0.000 NA   NA
 5712303 5712304 CLD_0466 CLD_0465     TRUE 0.716 152.000 0.158 NA N NA
 5712304 5712305 CLD_0465 CLD_0464     TRUE 0.926 27.000 0.035 1.000   NA
 5712305 5712306 CLD_0464 CLD_0463     FALSE 0.006 438.000 0.000 1.000   NA
 5712306 5712307 CLD_0463 CLD_0462     TRUE 0.869 119.000 0.385 1.000 N NA
 5712307 5712308 CLD_0462 CLD_0461   glvA TRUE 0.523 266.000 0.385 1.000 Y NA
 5712308 5712309 CLD_0461 CLD_0460 glvA   TRUE 0.996 13.000 0.375 1.000 Y NA
 5712309 5712310 CLD_0460 CLD_0459   ilvD TRUE 0.937 138.000 0.286 1.000 Y NA
 5712310 5712311 CLD_0459 CLD_0458 ilvD eda TRUE 0.956 52.000 0.091 0.062 Y NA
 5712311 5712312 CLD_0458 CLD_0457 eda   TRUE 0.995 2.000 0.091 1.000 Y NA
 5712312 5712313 CLD_0457 CLD_0456   ade FALSE 0.114 201.000 0.000 1.000 N NA
 5712313 5712314 CLD_0456 CLD_0455 ade   FALSE 0.008 402.000 0.000 1.000 N NA
 5712314 5712315 CLD_0455 CLD_0454     TRUE 0.999 -3.000 0.889 1.000 Y NA
 5712315 5712316 CLD_0454 CLD_0453     FALSE 0.017 526.000 0.049 NA N NA
 5712316 5712317 CLD_0453 CLD_0452     TRUE 0.993 -16.000 0.400 NA   NA
 5712317 5712318 CLD_0452 CLD_0451     TRUE 0.908 119.000 0.750 NA   NA
 5712318 5712319 CLD_0451 CLD_0450     FALSE 0.010 356.000 0.000 NA   NA
 5712319 5712320 CLD_0450 CLD_0449     FALSE 0.036 265.000 0.000 1.000 N NA
 5712320 5712321 CLD_0449 CLD_0448     TRUE 0.996 3.000 0.167 1.000 Y NA
 5712321 5712322 CLD_0448 CLD_0447     TRUE 0.998 2.000 0.750 1.000 Y NA
 5712322 5712323 CLD_0447 CLD_0446     TRUE 0.703 34.000 0.000 1.000 N NA
 5712325 5712326 CLD_0444 CLD_0443     TRUE 0.838 95.000 0.000 0.003 Y NA
 5712326 5712327 CLD_0443 CLD_0442     TRUE 0.960 27.000 0.000 1.000 Y NA
 5712327 5712328 CLD_0442 CLD_0441     TRUE 0.991 -3.000 0.000 0.032 Y NA
 5712328 5712329 CLD_0441 CLD_0440     TRUE 0.983 11.000 0.000 1.000 Y NA
 5712329 5712330 CLD_0440 CLD_0439     TRUE 0.930 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5712332 5712333 CLD_0437 CLD_0436   xpt TRUE 0.983 23.000 0.032 1.000 Y NA
 5712333 5712334 CLD_0436 CLD_0435 xpt   FALSE 0.006 450.000 0.000 1.000 N NA
 5712334 5712335 CLD_0435 CLD_0434     TRUE 0.998 13.000 1.000 1.000 Y NA
 5712335 5712336 CLD_0434 CLD_0433     TRUE 0.624 177.000 0.222 1.000 N NA
 5712336 5712337 CLD_0433 CLD_0432     TRUE 0.995 15.000 0.333 1.000 Y NA
 5712337 5712338 CLD_0432 CLD_0431     TRUE 0.995 0.000 0.750 NA   NA
 5712338 5712339 CLD_0431 CLD_0430     FALSE 0.350 125.000 0.000 NA   NA
 5712339 5712340 CLD_0430 CLD_0429     TRUE 0.994 -7.000 0.614 NA   NA
 5712340 5712341 CLD_0429 CLD_0428     FALSE 0.015 316.000 0.000 NA   NA
 5712341 5712342 CLD_0428 CLD_0427     TRUE 0.994 3.000 0.869 NA   NA
 5712342 5712343 CLD_0427 CLD_0426     FALSE 0.019 296.000 0.000 NA   NA
 5712343 5712344 CLD_0426 CLD_0425     FALSE 0.009 369.000 0.000 NA   NA
 5712344 5712345 CLD_0425 CLD_0424     TRUE 0.524 135.000 0.006 NA   NA
 5712345 5712346 CLD_0424 CLD_0423     FALSE 0.061 224.000 0.000 NA   NA
 5712346 5712347 CLD_0423 CLD_0422     TRUE 0.792 179.000 1.000 NA   NA
 5712347 5712348 CLD_0422 CLD_0421     TRUE 0.994 -7.000 0.556 NA   NA
 5712348 5712349 CLD_0421 CLD_0420     TRUE 0.994 -16.000 0.556 NA   NA
 5712349 5712350 CLD_0420 CLD_0419     TRUE 0.801 72.000 0.179 NA   NA
 5712350 5712351 CLD_0419 CLD_0418     FALSE 0.067 225.000 0.000 1.000 N NA
 5712351 5712352 CLD_0418 CLD_0417     FALSE 0.007 397.000 0.000 NA   NA
 5712352 5712353 CLD_0417 CLD_0416     TRUE 0.981 27.000 0.667 NA   NA
 5712353 5712354 CLD_0416 CLD_0415     FALSE 0.054 229.000 0.000 NA   NA
 5712354 5712355 CLD_0415 CLD_0414     TRUE 0.996 -13.000 1.000 NA   NA
 5712355 5712356 CLD_0414 CLD_0413     TRUE 0.975 35.000 1.000 NA   NA
 5712356 5712357 CLD_0413 CLD_0412     TRUE 0.918 82.000 1.000 NA   NA
 5712357 5712358 CLD_0412 CLD_0411     FALSE 0.051 232.000 0.000 NA N NA
 5712360 5712361 CLD_0409 CLD_0408     TRUE 0.966 116.000 0.667 1.000 Y NA
 5712361 5712362 CLD_0408 CLD_0407   adhE FALSE 0.005 538.000 0.000 1.000 N NA
 5712362 5712363 CLD_0407 CLD_0406 adhE   FALSE 0.014 319.000 0.000 NA   NA
 5712363 5712364 CLD_0406 CLD_0405     TRUE 0.643 63.000 0.019 NA   NA
 5712364 5712365 CLD_0405 CLD_0404     TRUE 0.617 37.000 0.000 NA   NA
 5712366 5712367 CLD_0403 CLD_0402     FALSE 0.011 343.000 0.000 NA   NA
 5712368 5712369 CLD_0401 CLD_0400     FALSE 0.008 396.000 0.000 1.000   NA
 5712369 5712370 CLD_0400 CLD_0399     TRUE 0.682 108.000 0.038 1.000 N NA
 5712370 5712371 CLD_0399 CLD_0398     TRUE 0.992 10.000 0.038 1.000 Y NA
 5712371 5712372 CLD_0398 CLD_0397     TRUE 0.768 63.000 0.091 NA   NA
 5712372 5712373 CLD_0397 CLD_0396     TRUE 0.855 44.000 0.087 NA   NA
 5712373 5712374 CLD_0396 CLD_0395     TRUE 0.947 26.000 0.087 NA   NA
 5712375 5712376 CLD_0394 CLD_0393     FALSE 0.102 200.000 0.000 NA   NA
 5712377 5712378 CLD_0392 CLD_0391     FALSE 0.135 193.000 0.000 1.000   NA
 5712378 5712379 CLD_0391 CLD_0390     FALSE 0.018 308.000 0.000 1.000   NA
 5712381 5712382 CLD_0388 CLD_0387     TRUE 0.563 131.000 0.013 NA   NA
 5712382 5712383 CLD_0387 CLD_0386     TRUE 0.988 -54.000 0.105 1.000   NA
 5712383 5712384 CLD_0386 CLD_0385     TRUE 0.998 -10.000 0.429 1.000 Y NA
 5712384 5712385 CLD_0385 CLD_0384     FALSE 0.391 108.000 0.000 1.000 N NA
 5712385 5712386 CLD_0384 CLD_0383     FALSE 0.004 1231.000 0.000 1.000 N NA
 5712386 5712387 CLD_0383 CLD_0382     TRUE 0.995 23.000 0.431 0.051 Y NA
 5712387 5712388 CLD_0382 CLD_0381     TRUE 0.999 0.000 0.678 0.051 Y NA
 5712388 5712389 CLD_0381 CLD_0380     TRUE 0.995 11.000 0.091 0.051 Y NA
 5712389 5712390 CLD_0380 CLD_0379     TRUE 0.969 53.000 0.237 0.051 Y NA
 5712390 5712391 CLD_0379 CLD_0378     TRUE 0.996 14.000 0.221 0.051 Y NA
 5712391 5712392 CLD_0378 CLD_0377     FALSE 0.010 348.000 0.000 NA   NA
 5712393 5712394 CLD_0376 CLD_0375     TRUE 0.961 18.000 0.059 NA   NA
 5712394 5712395 CLD_0375 CLD_0374     TRUE 0.827 114.000 0.231 NA   NA
 5712396 5712397 CLD_0373 CLD_0372     FALSE 0.005 490.000 0.000 NA   NA
 5712397 5712398 CLD_0372 CLD_0371     TRUE 0.890 93.000 0.667 NA   NA
 5712398 5712399 CLD_0371 CLD_0370     FALSE 0.026 276.000 0.000 NA   NA
 5712403 5712404 CLD_0366 CLD_0365     FALSE 0.007 396.000 0.000 NA   NA
 5712404 5712405 CLD_0365 CLD_0364     TRUE 0.590 195.000 0.014 NA Y NA
 5712405 5712406 CLD_0364 CLD_0363     TRUE 0.973 36.000 0.040 0.002 Y NA
 5712406 5712407 CLD_0363 CLD_0362     TRUE 0.998 2.000 0.270 0.002 Y NA
 5712407 5712408 CLD_0362 CLD_0361     TRUE 0.850 121.000 0.294 1.000   NA
 5712408 5712409 CLD_0361 CLD_0360     FALSE 0.004 605.000 0.000 1.000   NA
 5712411 5712412 CLD_0358 CLD_0357     TRUE 0.835 78.000 0.286 NA   NA
 5712412 5712413 CLD_0357 CLD_0356     TRUE 0.823 87.000 0.250 NA   NA
 5712413 5712414 CLD_0356 CLD_0355     FALSE 0.036 254.000 0.000 NA   NA
 5712414 5712415 CLD_0355 CLD_0353     TRUE 0.683 64.000 0.034 NA   NA
 5712417 5712418 CLD_0352 CLD_0351     TRUE 0.715 137.000 0.079 1.000   NA
 5712419 5712420 CLD_0350 CLD_0349     FALSE 0.004 873.000 0.000 1.000 N NA
 5712421 5712422 CLD_0348 CLD_0347   rnhA TRUE 0.964 -25.000 0.003 NA   NA
 5712422 5712423 CLD_0347 CLD_0346 rnhA   TRUE 0.566 63.000 0.003 NA   NA
 5712423 5712424 CLD_0346 CLD_0345     FALSE 0.147 181.000 0.000 NA   NA
 5712424 5712425 CLD_0345 CLD_0344     TRUE 0.815 32.000 0.000 0.028   NA
 5712425 5712426 CLD_0344 CLD_0343     FALSE 0.004 653.000 0.000 NA   NA
 5712426 5712427 CLD_0343 CLD_0342     FALSE 0.035 258.000 0.000 NA   NA
 5712427 5712428 CLD_0342 CLD_0341   clpB FALSE 0.009 364.000 0.000 NA   NA
 5712429 5712430 CLD_0340 CLD_0339     TRUE 0.932 58.000 0.796 1.000   NA
 5712431 5712432 CLD_0338 CLD_0337 manA   FALSE 0.010 349.000 0.000 NA   NA
 5712432 5712433 CLD_0337 CLD_0336     TRUE 0.878 108.000 0.500 NA   NA
 5712433 5712434 CLD_0336 CLD_3817   rrs FALSE 0.007 410.000 0.000 NA   NA
 5712434 5712435 CLD_3817 CLD_0335 rrs   FALSE 0.302 143.000 0.000 NA   NA
 5712435 5712436 CLD_0335 CLD_0334     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5712436 5712437 CLD_0334 CLD_3818   rrl FALSE 0.358 73.000 0.000 NA   NA
 5712437 5712438 CLD_3818 CLD_0331 rrl rrf FALSE 0.338 94.000 0.000 NA   NA
 5712438 5712439 CLD_0331 CLD_0329 rrf   TRUE 0.893 8.000 0.000 NA   NA
 5712441 5712442 CLD_0327 CLD_0326     FALSE 0.004 746.000 0.000 1.000 N NA
 5712442 5712443 CLD_0326 CLD_0325     TRUE 0.659 144.000 0.027 0.061 N NA
 5712443 5712444 CLD_0325 CLD_0324     TRUE 0.972 36.000 0.054 0.061 Y NA
 5712444 5712445 CLD_0324 CLD_0323     FALSE 0.227 248.000 0.000 1.000 Y NA
 5712445 5712446 CLD_0323 CLD_0322     FALSE 0.004 524.000 0.000 NA N NA
 5712447 5712448 CLD_0321 CLD_0320   panD TRUE 0.525 88.000 0.004 NA   NA
 5712448 5712449 CLD_0320 CLD_0319 panD panC FALSE 0.348 310.000 0.342 1.000 Y NA
 5712449 5712450 CLD_0319 CLD_0318 panC panB TRUE 0.976 55.000 0.395 0.001 Y NA
 5712453 5712454 CLD_0315 CLD_0314     TRUE 0.993 3.000 0.667 NA   NA
 5712456 5712457 CLD_0312 CLD_0311 hypB   FALSE 0.046 236.000 0.000 NA   NA
 5712457 5712458 CLD_0311 CLD_0310     TRUE 0.573 40.000 0.000 NA   NA
 5712458 5712459 CLD_0310 CLD_0309     FALSE 0.397 62.000 0.000 NA   NA
 5712461 5712462 CLD_0307 CLD_0306   addA FALSE 0.458 158.000 0.010 1.000   NA
 5712462 5712463 CLD_0306 CLD_0305 addA   TRUE 0.546 140.000 0.010 1.000 N NA
 5712463 5712464 CLD_0305 CLD_0304   pepT TRUE 0.712 77.000 0.056 1.000 N NA
 5712466 5712467 CLD_0302 CLD_0301     FALSE 0.089 206.000 0.000 NA   NA
 5712467 5712468 CLD_0301 CLD_0300     TRUE 0.838 140.000 0.400 NA   NA
 5712468 5712469 CLD_0300 CLD_0299     FALSE 0.127 188.000 0.000 NA   NA
 5712469 5712470 CLD_0299 CLD_0298     TRUE 0.841 19.000 0.000 NA   NA
 5712471 5712472 CLD_0297 CLD_0296     TRUE 0.997 13.000 0.461 0.043 Y NA
 5712474 5712475 CLD_0294 CLD_0293   thiE FALSE 0.031 265.000 0.000 NA N NA
 5712475 5712476 CLD_0293 CLD_0292 thiE thiM TRUE 0.998 -9.000 0.190 0.005 Y NA
 5712476 5712477 CLD_0292 CLD_0291 thiM thiD FALSE 0.510 232.000 0.039 0.005 Y NA
 5712478 5712479 CLD_0290 CLD_0289 ddlB   FALSE 0.438 156.000 0.004 1.000 N NA
 5712479 5712480 CLD_0289 CLD_0288     TRUE 0.996 4.000 0.182 1.000 Y NA
 5712480 5712481 CLD_0288 CLD_0287     TRUE 0.997 1.000 0.241 0.032 Y NA
 5712481 5712482 CLD_0287 CLD_0286     TRUE 0.995 12.000 0.167 1.000 Y NA
 5712482 5712483 CLD_0286 CLD_0285     TRUE 0.995 2.000 0.048 0.034 Y NA
 5712483 5712484 CLD_0285 CLD_0284     TRUE 0.959 29.000 0.222 NA   NA
 5712484 5712485 CLD_0284 CLD_0283     FALSE 0.007 402.000 0.000 NA   NA
 5712485 5712486 CLD_0283 CLD_0282     TRUE 0.993 -3.000 0.500 NA   NA
 5712486 5712487 CLD_0282 CLD_0281     FALSE 0.018 299.000 0.000 NA   NA
 5712487 5712488 CLD_0281 CLD_0280     TRUE 0.603 61.000 0.007 NA   NA
 5712488 5712489 CLD_0280 CLD_0279     TRUE 0.948 10.000 0.007 NA   NA
 5712489 5712490 CLD_0279 CLD_0278     FALSE 0.393 164.000 0.010 NA   NA
 5712490 5712491 CLD_0278 CLD_0277     TRUE 0.543 134.000 0.010 NA   NA
 5712491 5712492 CLD_0277 CLD_0276     FALSE 0.443 176.000 0.050 NA   NA
 5712492 5712493 CLD_0276 CLD_0275     TRUE 0.969 2.000 0.025 NA   NA
 5712494 5712495 CLD_0274 CLD_0273     TRUE 0.825 21.000 0.000 NA   NA
 5712496 5712497 CLD_0272 CLD_0271   sbcC TRUE 0.995 -25.000 0.669 NA N NA
 5712497 5712498 CLD_0271 CLD_0270 sbcC   TRUE 0.869 28.000 0.005 NA   NA
 5712498 5712499 CLD_0270 CLD_0269     FALSE 0.003 829.000 0.000 NA   NA
 5712499 5712500 CLD_0269 CLD_0268     FALSE 0.005 471.000 0.000 NA   NA
 5712500 5712501 CLD_0268 CLD_0267   cadA TRUE 0.708 76.000 0.053 1.000 N NA
 5712501 5712502 CLD_0267 CLD_0266 cadA   FALSE 0.006 421.000 0.000 NA   NA
 5712502 5712503 CLD_0266 CLD_0265     FALSE 0.003 835.000 0.000 NA   NA
 5712503 5712504 CLD_0265 CLD_0264     FALSE 0.030 268.000 0.000 NA N NA
 5712504 5712505 CLD_0264 CLD_0263     TRUE 0.992 10.000 0.667 NA   NA
 5712505 5712506 CLD_0263 CLD_0262     FALSE 0.014 322.000 0.000 NA   NA
 5712506 5712507 CLD_0262 CLD_0261   sagB TRUE 0.677 165.000 0.222 NA   NA
 5712507 5712508 CLD_0261 CLD_0260 sagB sagC TRUE 0.987 4.000 0.222 NA   NA
 5712508 5712509 CLD_0260 CLD_0259 sagC sagD TRUE 0.984 16.000 0.318 NA   NA
 5712509 5712510 CLD_0259 CLD_0258 sagD   TRUE 0.986 -25.000 0.091 NA   NA
 5712510 5712511 CLD_0258 CLD_0257     TRUE 0.994 8.000 1.000 NA   NA
 5712511 5712512 CLD_0257 CLD_0256   sagG FALSE 0.015 310.000 0.000 NA   NA
 5712512 5712513 CLD_0256 CLD_0255 sagG sagH TRUE 0.990 12.000 0.500 NA N NA
 5712513 5712514 CLD_0255 CLD_0254 sagH sagI TRUE 0.986 2.000 0.160 NA N NA
 5712514 5712515 CLD_0254 CLD_0253 sagI   FALSE 0.047 244.000 0.000 1.000   NA
 5712516 5712517 CLD_0252 CLD_0251     TRUE 0.871 118.000 0.409 NA   NA
 5712517 5712518 CLD_0251 CLD_0250     TRUE 0.732 127.000 0.091 NA   NA
 5712519 5712520 CLD_0249 CLD_0248 trmB   FALSE 0.077 213.000 0.000 NA   NA
 5712522 5712523 CLD_0246 CLD_0245 fabG   TRUE 0.701 63.000 0.032 1.000 N NA
 5712525 5712526 CLD_0243 CLD_0242     FALSE 0.033 262.000 0.000 NA N NA
 5712526 5712527 CLD_0242 CLD_0241     FALSE 0.022 297.000 0.000 1.000   NA
 5712527 5712528 CLD_0241 CLD_0240     TRUE 0.954 36.000 0.400 1.000   NA
 5712528 5712529 CLD_0240 CLD_0239     FALSE 0.079 336.000 0.000 1.000 Y NA
 5712529 5712530 CLD_0239 CLD_0238   serS FALSE 0.006 482.000 0.000 1.000 N NA
 5712530 5712531 CLD_0238 CLD_0237 serS   FALSE 0.004 755.000 0.000 1.000 N NA
 5712532 5712533 CLD_0236 CLD_0235     FALSE 0.005 493.000 0.000 1.000   NA
 5712536 5712537 CLD_0232 CLD_0231     FALSE 0.165 176.000 0.000 NA   NA
 5712542 5712543 CLD_0226 CLD_0225     FALSE 0.286 148.000 0.000 NA   NA
 5712546 5712547 CLD_0222 CLD_0221     FALSE 0.004 624.000 0.000 NA   NA
 5712547 5712548 CLD_0221 CLD_0220     FALSE 0.053 438.000 0.000 0.005 Y NA
 5712548 5712549 CLD_0220 CLD_0219     FALSE 0.012 348.000 0.000 1.000   NA
 5712549 5712550 CLD_0219 CLD_0218     TRUE 0.741 45.000 0.008 1.000   NA
 5712551 5712552 CLD_0217 CLD_0216     FALSE 0.129 294.000 0.000 1.000 Y NA
 5712552 5712553 CLD_0216 CLD_0215     TRUE 0.998 0.000 0.455 0.001 Y NA
 5712554 5712555 CLD_0214 CLD_0213     FALSE 0.005 447.000 0.000 NA   NA
 5712557 5712558 CLD_0211 CLD_0210     TRUE 0.997 3.000 0.313 NA Y NA
 5712558 5712559 CLD_0210 CLD_0209     FALSE 0.009 362.000 0.000 NA   NA
 5712559 5712560 CLD_0209 CLD_0208     TRUE 0.915 0.000 0.000 NA   NA
 5712560 5712561 CLD_0208 CLD_0207   pepP FALSE 0.066 220.000 0.000 NA   NA
 5712562 5712563 CLD_0206 CLD_0205     FALSE 0.370 68.000 0.000 NA   NA
 5712563 5712564 CLD_0205 CLD_0204     TRUE 0.543 67.000 0.000 0.013   NA
 5712565 5712566 CLD_0203 CLD_0202     FALSE 0.003 963.000 0.000 NA   NA
 5712566 5712567 CLD_0202 CLD_0201     FALSE 0.029 269.000 0.000 NA   NA
 5712567 5712568 CLD_0201 CLD_0200     TRUE 0.982 12.000 0.184 NA   NA
 5712568 5712569 CLD_0200 CLD_0199     FALSE 0.005 465.000 0.000 NA   NA
 5712569 5712570 CLD_0199 CLD_0198     FALSE 0.003 919.000 0.000 NA   NA
 5712572 5712573 CLD_0196 CLD_0195 mscL   FALSE 0.012 330.000 0.000 NA   NA
 5712575 5712576 CLD_0193 CLD_0192     FALSE 0.005 484.000 0.000 NA   NA
 5712576 5712577 CLD_0192 CLD_0191     TRUE 0.989 -7.000 0.165 1.000 N NA
 5712577 5712578 CLD_0191 CLD_0190     TRUE 0.975 0.000 0.035 NA   NA
 5712578 5712579 CLD_0190 CLD_0189   potA FALSE 0.003 862.000 0.000 NA   NA
 5712579 5712580 CLD_0189 CLD_0188 potA potB TRUE 0.998 0.000 0.789 1.000 Y NA
 5712580 5712581 CLD_0188 CLD_0187 potB   TRUE 0.994 0.000 0.022 0.031 Y NA
 5712583 5712584 CLD_0185 CLD_0184     FALSE 0.365 133.000 0.000 1.000   NA
 5712586 5712587 CLD_0182 CLD_0181     FALSE 0.366 115.000 0.000 NA   NA
 5712587 5712588 CLD_0181 CLD_0180     FALSE 0.096 202.000 0.000 NA   NA
 5712588 5712589 CLD_0180 CLD_0179     TRUE 0.990 -10.000 0.208 NA   NA
 5712589 5712590 CLD_0179 CLD_0178   lepB TRUE 0.855 68.000 0.333 NA   NA
 5712590 5712591 CLD_0178 CLD_0177 lepB   FALSE 0.004 821.000 0.000 1.000 N NA
 5712591 5712592 CLD_0177 CLD_0176     FALSE 0.004 602.000 0.000 NA   NA
 5712592 5712593 CLD_0176 CLD_0175     TRUE 0.965 40.000 1.000 NA   NA
 5712593 5712594 CLD_0175 CLD_0174     FALSE 0.004 696.000 0.000 NA   NA
 5712594 5712595 CLD_0174 CLD_0173     FALSE 0.004 607.000 0.000 NA   NA
 5712595 5712596 CLD_0173 CLD_0172     TRUE 0.983 -7.000 0.080 NA   NA
 5712596 5712597 CLD_0172 CLD_0171     TRUE 0.971 37.000 1.000 NA   NA
 5712597 5712598 CLD_0171 CLD_0170     TRUE 0.939 35.000 0.222 NA   NA
 5712598 5712599 CLD_0170 CLD_0169     TRUE 0.604 178.000 0.222 NA   NA
 5712599 5712600 CLD_0169 CLD_0168     TRUE 0.979 23.000 0.400 NA   NA
 5712600 5712601 CLD_0168 CLD_0167     TRUE 0.984 -3.000 0.095 NA   NA
 5712601 5712602 CLD_0167 CLD_0166     TRUE 0.983 15.000 0.238 NA N NA
 5712602 5712603 CLD_0166 CLD_0165     FALSE 0.004 682.000 0.000 NA   NA
 5712603 5712604 CLD_0165 CLD_0164     FALSE 0.013 328.000 0.000 NA   NA
 5712604 5712605 CLD_0164 CLD_0163     FALSE 0.007 398.000 0.000 NA   NA
 5712605 5712606 CLD_0163 CLD_0162     FALSE 0.005 487.000 0.000 NA   NA
 5712607 5712608 CLD_0161 CLD_0160     FALSE 0.014 335.000 0.000 1.000 N NA
 5712609 5712610 CLD_0159 CLD_0158 asnS   FALSE 0.020 294.000 0.000 NA N NA
 5712610 5712611 CLD_0158 CLD_0157     TRUE 0.988 17.000 0.571 NA   NA
 5712611 5712612 CLD_0157 CLD_0156     FALSE 0.093 203.000 0.000 NA   NA
 5712612 5712613 CLD_0156 CLD_0155     TRUE 0.994 2.000 0.714 NA   NA
 5712613 5712614 CLD_0155 CLD_0154     FALSE 0.006 422.000 0.000 NA   NA
 5712614 5712615 CLD_0154 CLD_0153     FALSE 0.006 429.000 0.000 NA   NA
 5712615 5712616 CLD_0153 CLD_0152     TRUE 0.991 13.000 0.667 NA   NA
 5712616 5712617 CLD_0152 CLD_0151     FALSE 0.004 584.000 0.000 1.000   NA
 5712617 5712618 CLD_0151 CLD_0150     FALSE 0.510 98.000 0.000 0.010   NA
 5712618 5712619 CLD_0150 CLD_0149     FALSE 0.190 175.000 0.000 1.000   NA
 5712619 5712620 CLD_0149 CLD_0148     TRUE 0.998 5.000 0.692 1.000 Y NA
 5712620 5712621 CLD_0148 CLD_0147     FALSE 0.014 337.000 0.000 1.000 N NA
 5712621 5712622 CLD_0147 CLD_0146     TRUE 0.962 21.000 0.085 1.000 N NA
 5712622 5712623 CLD_0146 CLD_0145     TRUE 0.994 29.000 0.932 1.000 Y NA
 5712624 5712625 CLD_0144 CLD_0143     FALSE 0.312 141.000 0.000 NA N NA
 5712625 5712626 CLD_0143 CLD_0142     TRUE 0.929 -3.000 0.000 1.000   NA
 5712627 5712628 CLD_0141 CLD_0140 rodA   FALSE 0.007 391.000 0.000 NA   NA
 5712630 5712631 CLD_0138 CLD_0137     TRUE 0.697 170.000 0.286 1.000 N NA
 5712632 5712633 CLD_0136 CLD_0135 csaA   FALSE 0.226 208.000 0.023 1.000   NA
 5712633 5712634 CLD_0135 CLD_0134     FALSE 0.035 298.000 0.000 0.027 N NA
 5712635 5712636 CLD_0133 CLD_0132     FALSE 0.009 367.000 0.000 NA   NA
 5712636 5712637 CLD_0132 CLD_0131     FALSE 0.325 383.000 0.667 0.033 Y NA
 5712637 5712638 CLD_0131 CLD_0130     TRUE 0.915 0.000 0.000 NA   NA
 5712638 5712639 CLD_0130 CLD_0129     TRUE 0.895 7.000 0.000 NA   NA
 5712641 5712642 CLD_0127 CLD_0126     FALSE 0.190 175.000 0.000 1.000   NA
 5712643 5712644 CLD_0125 CLD_0124     TRUE 0.917 23.000 0.015 NA   NA
 5712646 5712647 CLD_0122 CLD_0121     TRUE 0.978 -3.000 0.014 0.016 N NA
 5712647 5712648 CLD_0121 CLD_0120     TRUE 0.930 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5712648 5712649 CLD_0120 CLD_0119     TRUE 0.534 139.000 0.006 1.000 N NA
 5712650 5712651 CLD_0118 CLD_0117 rhlE   FALSE 0.004 589.000 0.000 1.000   NA
 5712651 5712652 CLD_0117 CLD_0116     TRUE 0.686 172.000 0.286 1.000   NA
 5712652 5712653 CLD_0116 CLD_0115     TRUE 0.967 28.000 0.250 1.000 N NA
 5712655 5712656 CLD_0113 CLD_0112     TRUE 0.995 -3.000 0.713 1.000 N NA
 5712656 5712657 CLD_0112 CLD_0111     FALSE 0.366 116.000 0.000 NA   NA
 5712659 5712660 CLD_0109 CLD_0108     FALSE 0.355 123.000 0.000 NA   NA
 5712660 5712661 CLD_0108 CLD_0107     FALSE 0.367 117.000 0.000 NA   NA
 5712663 5712664 CLD_0105 CLD_0104     TRUE 0.991 -3.000 0.333 NA   NA
 5712664 5712665 CLD_0104 CLD_0103     FALSE 0.014 322.000 0.000 NA   NA
 5712665 5712666 CLD_0103 CLD_0102     TRUE 0.552 205.000 0.409 1.000   NA
 5712666 5712667 CLD_0102 CLD_0101     TRUE 0.974 12.000 0.074 1.000   NA
 5712667 5712668 CLD_0101 CLD_0100     FALSE 0.007 424.000 0.000 1.000   NA
 5712668 5712669 CLD_0100 CLD_0099     TRUE 0.719 158.000 0.190 1.000 N NA
 5712669 5712670 CLD_0099 CLD_0098     FALSE 0.095 293.000 0.071 1.000 N NA
 5712670 5712671 CLD_0098 CLD_0097     TRUE 0.947 26.000 0.089 NA   NA
 5712671 5712672 CLD_0097 CLD_0096     FALSE 0.015 312.000 0.000 NA   NA
 5712674 5712675 CLD_0094 CLD_0093     TRUE 0.979 7.000 0.100 NA   NA
 5712675 5712676 CLD_0093 CLD_0092     FALSE 0.029 269.000 0.000 NA   NA
 5712676 5712677 CLD_0092 CLD_0091     FALSE 0.275 151.000 0.000 NA   NA
 5712677 5712678 CLD_0091 CLD_0090     FALSE 0.433 57.000 0.000 NA   NA
 5712678 5712679 CLD_0090 CLD_0089     TRUE 0.988 -13.000 0.118 1.000   NA
 5712679 5712680 CLD_0089 CLD_0088     TRUE 0.981 31.000 1.000 NA   NA
 5712680 5712681 CLD_0088 CLD_0087   blaI FALSE 0.004 547.000 0.000 NA   NA
 5712681 5712682 CLD_0087 CLD_0086 blaI   TRUE 0.970 40.000 0.182 NA Y NA
 5712682 5712683 CLD_0086 CLD_0085     FALSE 0.035 258.000 0.000 NA   NA
 5712683 5712684 CLD_0085 CLD_0084     FALSE 0.016 309.000 0.000 NA   NA
 5712684 5712685 CLD_0084 CLD_0083   greA FALSE 0.462 157.000 0.008 1.000 N NA
 5712685 5712686 CLD_0083 CLD_0082 greA   FALSE 0.453 167.000 0.031 NA   NA
 5712686 5712687 CLD_0082 CLD_0081     FALSE 0.005 489.000 0.000 NA   NA
 5712687 5712688 CLD_0081 CLD_0080     FALSE 0.005 537.000 0.000 1.000 N NA
 5712688 5712689 CLD_0080 CLD_0079   fhuB TRUE 0.955 96.000 0.500 1.000 Y NA
 5712689 5712690 CLD_0079 CLD_0078 fhuB fhuG TRUE 0.999 0.000 0.750 0.031 Y NA
 5712690 5712691 CLD_0078 CLD_0077 fhuG fhuC FALSE 0.232 317.000 0.100 1.000 Y NA
 5712691 5712692 CLD_0077 CLD_0076 fhuC nifH TRUE 0.984 30.000 0.150 1.000 Y NA
 5712692 5712693 CLD_0076 CLD_0075 nifH   TRUE 0.994 3.000 0.571 0.048   NA
 5712693 5712694 CLD_0075 CLD_0074     TRUE 0.973 40.000 1.000 0.037   NA
 5712694 5712695 CLD_0074 CLD_0073     FALSE 0.006 474.000 0.000 1.000 N NA
 5712695 5712696 CLD_0073 CLD_0072     FALSE 0.402 61.000 0.000 NA   NA
 5712698 5712699 CLD_0070 CLD_0069 gcvT gcvH FALSE 0.246 266.000 0.000 0.001 Y NA
 5712699 5712700 CLD_0069 CLD_0068 gcvH gcvPA TRUE 0.990 3.000 0.005 1.000 Y NA
 5712700 5712701 CLD_0068 CLD_0067 gcvPA gcvPB TRUE 0.998 0.000 0.316 0.001 Y NA
 5712701 5712702 CLD_0067 CLD_0066 gcvPB   FALSE 0.034 325.000 0.010 1.000 N NA
 5712702 5712703 CLD_0066 CLD_0065     FALSE 0.456 194.000 0.118 1.000 N NA
 5712703 5712704 CLD_0065 CLD_0064     FALSE 0.009 360.000 0.000 NA   NA
 5712704 5712705 CLD_0064 CLD_0063     FALSE 0.402 61.000 0.000 NA   NA
 5712705 5712706 CLD_0063 CLD_0062     FALSE 0.361 121.000 0.000 NA   NA
 5712706 5712707 CLD_0062 CLD_0061     TRUE 0.545 43.000 0.000 NA   NA
 5712707 5712708 CLD_0061 CLD_0060     FALSE 0.390 63.000 0.000 NA   NA
 5712708 5712709 CLD_0060 CLD_0059     FALSE 0.065 221.000 0.000 NA   NA
 5712709 5712710 CLD_0059 CLD_0058     FALSE 0.130 187.000 0.000 NA   NA
 5712710 5712711 CLD_0058 CLD_0057     TRUE 0.999 -3.000 0.875 1.000 Y NA
 5712711 5712712 CLD_0057 CLD_0056     TRUE 0.920 73.000 0.875 1.000 N NA
 5712712 5712713 CLD_0056 CLD_0055     TRUE 0.996 -3.000 0.875 NA   NA
 5712713 5712714 CLD_0055 CLD_0054     FALSE 0.003 756.000 0.000 NA   NA
 5712714 5712715 CLD_0054 CLD_0053     FALSE 0.057 232.000 0.000 1.000   NA
 5712715 5712716 CLD_0053 CLD_0052     FALSE 0.009 363.000 0.000 NA   NA
 5712716 5712717 CLD_0052 CLD_0051     FALSE 0.455 55.000 0.000 NA   NA
 5712717 5712718 CLD_0051 CLD_0050     TRUE 0.889 10.000 0.000 NA   NA
 5712718 5712719 CLD_0050 CLD_0049     FALSE 0.044 239.000 0.000 NA   NA
 5712721 5712722 CLD_0047 CLD_0046     FALSE 0.053 230.000 0.000 NA   NA
 5712722 5712723 CLD_0046 CLD_0045     FALSE 0.337 97.000 0.000 NA   NA
 5712723 5712724 CLD_0045 CLD_0044     FALSE 0.348 87.000 0.000 NA   NA
 5712726 5712727 CLD_0042 CLD_0041     TRUE 0.517 52.000 0.000 1.000   NA
 5712727 5712728 CLD_0041 CLD_0040     TRUE 0.996 -13.000 0.094 1.000 Y NA
 5712730 5712731 CLD_0038 CLD_0037     FALSE 0.028 1114.000 0.000 0.026 Y NA
 5712731 5712732 CLD_0037 CLD_0036     TRUE 0.713 86.000 0.071 NA   NA
 5712734 5712735 CLD_0034 CLD_0033     FALSE 0.004 558.000 0.000 NA   NA
 5712735 5712736 CLD_0033 CLD_0032     FALSE 0.217 210.000 0.027 NA   NA
 5712736 5712737 CLD_0032 CLD_0031     TRUE 0.923 -7.000 0.000 NA   NA
 5712737 5712738 CLD_0031 CLD_0030     TRUE 0.713 31.000 0.000 NA   NA
 5712738 5712739 CLD_0030 CLD_0029     TRUE 0.626 105.000 0.025 NA   NA
 5712740 5712741 CLD_0028 CLD_0027   luxS TRUE 0.971 -16.000 0.010 1.000 N NA
 5712741 5712742 CLD_0027 CLD_0026 luxS metC TRUE 0.977 2.000 0.048 1.000 N NA
 5712742 5712743 CLD_0026 CLD_0025 metC   TRUE 0.621 101.000 0.021 1.000 N NA
 5712744 5712745 CLD_0024 CLD_0023     FALSE 0.044 251.000 0.000 1.000 N NA
 5712745 5712746 CLD_0023 CLD_0022     TRUE 0.670 34.000 0.000 NA   NA
 5712746 5712747 CLD_0022 CLD_0021     FALSE 0.038 251.000 0.000 NA   NA
 5712747 5712748 CLD_0021 CLD_0020     FALSE 0.013 338.000 0.000 1.000 N NA
 5712749 5712750 CLD_0019 CLD_0018     TRUE 0.698 88.000 0.061 NA   NA
 5712750 5712751 CLD_0018 CLD_0017     FALSE 0.004 533.000 0.000 NA   NA
 5712751 5712752 CLD_0017 CLD_0016     FALSE 0.339 93.000 0.000 NA   NA
 5712753 5712754 CLD_0015 CLD_0014     FALSE 0.130 187.000 0.000 NA   NA
 5712754 5712755 CLD_0014 CLD_0013     TRUE 0.838 167.000 1.000 NA   NA
 5712755 5712756 CLD_0013 CLD_0012     FALSE 0.043 240.000 0.000 NA   NA
 5712756 5712757 CLD_0012 CLD_0011     FALSE 0.302 143.000 0.000 NA   NA
 5712757 5712758 CLD_0011 CLD_0010     FALSE 0.365 114.000 0.000 NA   NA
 5712758 5712759 CLD_0010 CLD_0009     FALSE 0.145 182.000 0.000 NA   NA
 5712759 5712760 CLD_0009 CLD_0008     FALSE 0.009 369.000 0.000 NA   NA
 5712760 5712761 CLD_0008 CLD_0007     TRUE 0.833 20.000 0.000 NA   NA
 5712763 5712764 CLD_0005 CLD_0004     FALSE 0.009 363.000 0.000 NA   NA
 5712764 5712765 CLD_0004 CLD_0003     FALSE 0.235 160.000 0.000 NA   NA
 5712765 5712766 CLD_0003 CLD_0002     FALSE 0.003 872.000 0.000 NA   NA
 5712766 5712767 CLD_0002 CLD_0001     FALSE 0.313 140.000 0.000 NA   NA
 5712767 5712768 CLD_0001 CLD_3804     FALSE 0.355 123.000 0.000 NA   NA
 5712770 5712771 CLD_3802 CLD_3801 arsC   FALSE 0.010 366.000 0.000 1.000   NA
 5712771 5712772 CLD_3801 CLD_3800     TRUE 0.652 144.000 0.053 1.000   NA
 5712772 5712773 CLD_3800 CLD_3799     FALSE 0.014 335.000 0.000 1.000   NA
 5712773 5712774 CLD_3799 CLD_3798     TRUE 0.993 -7.000 0.400 NA   NA
 5712774 5712775 CLD_3798 CLD_3797     FALSE 0.005 456.000 0.000 NA   NA
 5712775 5712776 CLD_3797 CLD_3796   thyA TRUE 0.972 -10.000 0.017 NA   NA
 5712776 5712777 CLD_3796 CLD_3795 thyA   TRUE 0.958 12.000 0.017 1.000 N NA
 5712777 5712778 CLD_3795 CLD_3794     TRUE 0.823 46.000 0.047 1.000 N NA
 5712778 5712779 CLD_3794 CLD_3793   thiD TRUE 0.690 78.000 0.043 1.000 N NA
 5712779 5712780 CLD_3793 CLD_3792 thiD   FALSE 0.418 178.000 0.043 NA   NA
 5712782 5712783 CLD_3790 CLD_3787     TRUE 0.521 47.000 0.000 NA   NA
 5712783 5712784 CLD_3787 CLD_3786     FALSE 0.365 114.000 0.000 NA   NA
 5712784 5712785 CLD_3786 CLD_3785     FALSE 0.003 718.000 0.000 NA   NA
 5712785 5712786 CLD_3785 CLD_3784     FALSE 0.024 279.000 0.000 NA   NA
 5712786 5712787 CLD_3784 CLD_3783     FALSE 0.473 184.000 0.100 NA   NA
 5712787 5712788 CLD_3783 CLD_3782     TRUE 0.998 -13.000 0.750 NA Y NA
 5712788 5712789 CLD_3782 CLD_3781     FALSE 0.004 508.000 0.000 NA   NA
 5712789 5712790 CLD_3781 CLD_3780     FALSE 0.055 228.000 0.000 NA   NA
 5712790 5712791 CLD_3780 CLD_3779     TRUE 0.945 153.000 0.636 1.000 Y NA
 5712791 5712792 CLD_3779 CLD_3778     FALSE 0.141 189.000 0.000 1.000   NA
 5712794 5712795 CLD_3776 CLD_3775     FALSE 0.004 566.000 0.000 NA   NA
 5712795 5712796 CLD_3775 CLD_3774   hypB FALSE 0.164 219.000 0.015 NA   NA
 5712796 5712797 CLD_3774 CLD_3773 hypB   TRUE 0.904 38.000 0.115 1.000 N NA
 5712797 5712798 CLD_3773 CLD_3772     TRUE 0.851 83.000 0.333 1.000   NA
 5712798 5712799 CLD_3772 CLD_3770     FALSE 0.018 298.000 0.000 NA   NA
 5712799 5712800 CLD_3770 CLD_3769   dapB FALSE 0.014 321.000 0.000 NA   NA
 5712800 5712801 CLD_3769 CLD_3768 dapB   FALSE 0.015 319.000 0.000 NA N NA
 5712801 5712802 CLD_3768 CLD_3767     TRUE 0.678 53.000 0.008 NA N NA
 5712802 5712803 CLD_3767 CLD_3766     FALSE 0.081 218.000 0.000 1.000 N NA
 5712803 5712804 CLD_3766 CLD_3765     FALSE 0.136 193.000 0.000 1.000 N NA
 5712804 5712805 CLD_3765 CLD_3764     FALSE 0.041 243.000 0.000 NA   NA
 5712805 5712806 CLD_3764 CLD_3763     FALSE 0.366 116.000 0.000 NA   NA
 5712806 5712807 CLD_3763 CLD_3762     FALSE 0.482 52.000 0.000 NA   NA
 5712807 5712808 CLD_3762 CLD_3761     FALSE 0.010 348.000 0.000 NA   NA
 5712808 5712809 CLD_3761 CLD_3760     FALSE 0.011 338.000 0.000 NA   NA
 5712809 5712810 CLD_3760 CLD_3759   brnQ FALSE 0.005 565.000 0.000 1.000 N NA
 5712810 5712811 CLD_3759 CLD_3758 brnQ brnQ TRUE 0.729 166.000 0.000 0.001 Y NA
 5712813 5712814 CLD_3756 CLD_3755 feoA   TRUE 0.634 139.000 0.033 1.000   NA
 5712814 5712815 CLD_3755 CLD_3754   feoB TRUE 0.988 2.000 0.105 0.005   NA
 5712815 5712816 CLD_3754 CLD_3753 feoB cobC FALSE 0.004 733.000 0.000 1.000 N NA
 5712816 5712817 CLD_3753 CLD_3752 cobC   FALSE 0.024 291.000 0.000 1.000 N NA
 5712817 5712818 CLD_3752 CLD_3751   cobS FALSE 0.032 272.000 0.000 1.000 N NA
 5712818 5712819 CLD_3751 CLD_3750 cobS   FALSE 0.222 162.000 0.000 NA   NA
 5712819 5712820 CLD_3750 CLD_3749     FALSE 0.042 242.000 0.000 NA   NA
 5712820 5712821 CLD_3749 CLD_3748     TRUE 0.672 133.000 0.053 NA   NA
 5712821 5712822 CLD_3748 CLD_3747     TRUE 0.990 18.000 0.828 NA   NA
 5712822 5712823 CLD_3747 CLD_3746     FALSE 0.004 569.000 0.000 NA   NA
 5712823 5712824 CLD_3746 CLD_3745     FALSE 0.030 267.000 0.000 NA   NA
 5712824 5712825 CLD_3745 CLD_3744   folP TRUE 0.845 104.000 0.003 1.000 Y NA
 5712825 5712826 CLD_3744 CLD_3743 folP   FALSE 0.426 153.000 0.003 NA   NA
 5712826 5712827 CLD_3743 CLD_3742   folK FALSE 0.509 100.000 0.003 NA   NA
 5712827 5712828 CLD_3742 CLD_3741 folK   FALSE 0.369 119.000 0.000 NA N NA
 5712828 5712829 CLD_3741 CLD_3740     FALSE 0.007 405.000 0.000 NA N NA
 5712829 5712830 CLD_3740 CLD_3739     TRUE 0.767 55.000 0.039 1.000 N NA
 5712830 5712831 CLD_3739 CLD_3738     FALSE 0.159 329.000 0.012 0.019 Y NA
 5712831 5712832 CLD_3738 CLD_3737     FALSE 0.003 815.000 0.000 NA   NA
 5712832 5712833 CLD_3737 CLD_3736     FALSE 0.005 443.000 0.000 NA   NA
 5712833 5712834 CLD_3736 CLD_3735     TRUE 0.991 5.000 0.500 NA   NA
 5712834 5712835 CLD_3735 CLD_3734     FALSE 0.009 370.000 0.000 NA   NA
 5712837 5712838 CLD_3732 CLD_3731 nimA   FALSE 0.052 231.000 0.000 NA   NA
 5712840 5712841 CLD_3729 CLD_3728     FALSE 0.006 438.000 0.000 1.000   NA
 5712842 5712843 CLD_3727 CLD_3726     TRUE 0.976 19.000 0.200 NA   NA
 5712843 5712844 CLD_3726 CLD_3725     TRUE 0.987 -28.000 0.100 1.000   NA
 5712845 5712846 CLD_3724 CLD_3723     FALSE 0.244 158.000 0.000 NA   NA
 5712848 5712849 CLD_3721 CLD_3720     FALSE 0.261 154.000 0.000 NA   NA
 5712850 5712851 CLD_3719 CLD_3718     TRUE 0.924 18.000 0.000 0.005   NA
 5712851 5712852 CLD_3718 CLD_3717     FALSE 0.382 105.000 0.000 1.000   NA
 5712852 5712853 CLD_3717 CLD_3716     FALSE 0.089 344.000 0.000 0.063 Y NA
 5712854 5712855 CLD_3715 CLD_3714     TRUE 0.923 -7.000 0.000 NA   NA
 5712855 5712856 CLD_3714 CLD_3713     FALSE 0.422 58.000 0.000 NA   NA
 5712856 5712857 CLD_3713 CLD_3712     FALSE 0.390 63.000 0.000 NA   NA
 5712858 5712859 CLD_3711 CLD_3710     FALSE 0.025 277.000 0.000 NA   NA
 5712860 5712861 CLD_3709 CLD_3708     FALSE 0.009 364.000 0.000 NA   NA
 5712862 5712863 CLD_3707 CLD_3706 oxdD   FALSE 0.009 363.000 0.000 NA   NA
 5712863 5712864 CLD_3706 CLD_3705     TRUE 0.639 58.000 0.010 NA   NA
 5712865 5712866 CLD_3704 CLD_3703     FALSE 0.031 273.000 0.000 1.000   NA
 5712867 5712868 CLD_3702 CLD_3701     TRUE 0.713 31.000 0.000 NA   NA
 5712868 5712869 CLD_3701 CLD_3700     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5712870 5712871 CLD_3699 CLD_3698     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5712874 5712875 CLD_3695 CLD_3694     TRUE 0.992 0.000 0.400 NA   NA
 5712875 5712876 CLD_3694 CLD_3693     FALSE 0.004 654.000 0.000 NA   NA
 5712878 5712879 CLD_3691 CLD_3690     FALSE 0.042 242.000 0.000 NA   NA
 5712880 5712881 CLD_3689 CLD_3688     FALSE 0.052 231.000 0.000 NA   NA
 5712881 5712882 CLD_3688 CLD_3687     FALSE 0.352 77.000 0.000 NA   NA
 5712882 5712883 CLD_3687 CLD_3686     FALSE 0.006 667.000 0.000 0.090   NA
 5712883 5712884 CLD_3686 CLD_3685     FALSE 0.383 125.000 0.000 1.000   NA
 5712884 5712885 CLD_3685 CLD_3684     FALSE 0.086 328.000 0.000 1.000 Y NA
 5712885 5712886 CLD_3684 CLD_3683     FALSE 0.339 130.000 0.000 NA   NA
 5712888 5712889 CLD_3681 CLD_3680     FALSE 0.011 351.000 0.000 1.000   NA
 5712889 5712890 CLD_3680 CLD_3679     FALSE 0.031 274.000 0.000 1.000   NA
 5712890 5712891 CLD_3679 CLD_3678     TRUE 0.959 25.000 0.111 1.000   NA
 5712892 5712893 CLD_3677 CLD_3676     TRUE 0.922 112.000 1.000 NA   NA
 5712894 5712895 CLD_3675 CLD_3674     FALSE 0.005 521.000 0.000 1.000   NA
 5712895 5712896 CLD_3674 CLD_3673     FALSE 0.006 419.000 0.000 NA   NA
 5712897 5712898 CLD_3672 CLD_3671     FALSE 0.237 164.000 0.000 1.000   NA
 5712901 5712902 CLD_3668 CLD_3667     TRUE 0.727 30.000 0.000 NA   NA
 5712902 5712903 CLD_3667 CLD_3666     FALSE 0.010 357.000 0.000 NA   NA
 5712904 5712905 CLD_3665 CLD_3664     FALSE 0.170 175.000 0.000 NA   NA
 5712905 5712906 CLD_3664 CLD_3663     FALSE 0.031 264.000 0.000 NA   NA
 5712906 5712907 CLD_3663 CLD_3662     FALSE 0.071 218.000 0.000 NA   NA
 5712907 5712908 CLD_3662 CLD_3661     TRUE 0.864 16.000 0.000 NA   NA
 5712909 5712910 CLD_3660 CLD_3659     TRUE 0.928 64.000 1.000 NA   NA
 5712910 5712911 CLD_3659 CLD_3658     FALSE 0.006 439.000 0.000 NA   NA
 5712911 5712912 CLD_3658 CLD_3657     FALSE 0.004 538.000 0.000 NA   NA
 5712914 5712915 CLD_3655 CLD_3654     TRUE 0.997 0.000 0.333 1.000 Y NA
 5712915 5712916 CLD_3654 CLD_3653     FALSE 0.021 292.000 0.000 NA   NA
 5712916 5712917 CLD_3653 CLD_3652     FALSE 0.065 221.000 0.000 NA   NA
 5712917 5712918 CLD_3652 CLD_3651     FALSE 0.013 343.000 0.000 1.000   NA
 5712918 5712919 CLD_3651 CLD_3650     TRUE 0.762 79.000 0.100 1.000 N NA
 5712919 5712920 CLD_3650 CLD_3649   cobU FALSE 0.028 279.000 0.000 1.000 N NA
 11465117 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 435.000 0.000 NA   NA
 11607480 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 435.000 0.000 NA   NA
 11749872 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 435.000 0.000 NA   NA
 11465118 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 463.000 0.000 NA   NA
 11607481 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 463.000 0.000 NA   NA
 11749873 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 463.000 0.000 NA   NA
 11465119 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 499.000 0.000 NA   NA
 11607482 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 499.000 0.000 NA   NA
 11749874 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 499.000 0.000 NA   NA
 11465120 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 527.000 0.000 NA   NA
 11607483 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 527.000 0.000 NA   NA
 11749875 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 527.000 0.000 NA   NA
 11465121 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 566.000 0.000 NA   NA
 11607484 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 566.000 0.000 NA   NA
 11749876 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 566.000 0.000 NA   NA
 11465122 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 594.000 0.000 NA   NA
 11607485 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 594.000 0.000 NA   NA
 11749877 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 594.000 0.000 NA   NA
 11465123 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 634.000 0.000 NA   NA
 11607486 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 634.000 0.000 NA   NA
 11749878 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 634.000 0.000 NA   NA
 11465124 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 662.000 0.000 NA   NA
 11607487 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 662.000 0.000 NA   NA
 11749879 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 662.000 0.000 NA   NA
 11465125 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 699.000 0.000 NA   NA
 11607488 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 699.000 0.000 NA   NA
 11749880 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 699.000 0.000 NA   NA
 11465126 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 727.000 0.000 NA   NA
 11607489 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 727.000 0.000 NA   NA
 11749881 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 727.000 0.000 NA   NA
 11465127 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 765.000 0.000 NA   NA
 11607490 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 765.000 0.000 NA   NA
 11749882 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 765.000 0.000 NA   NA
 11465128 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 793.000 0.000 NA   NA
 11607491 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 793.000 0.000 NA   NA
 11749883 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 793.000 0.000 NA   NA
 11465129 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 830.000 0.000 NA   NA
 11607492 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 830.000 0.000 NA   NA
 11749884 5712920   CLD_3649   cobU FALSE NA 830.000 0.000 NA   NA
 5712922 5712923 CLD_3647 CLD_3646   cobQ TRUE 0.588 60.000 0.003 NA   NA
 5712923 5712924 CLD_3646 CLD_3645 cobQ cobD TRUE 0.996 2.000 0.092 0.010 Y NA
 5712924 5712925 CLD_3645 CLD_3644 cobD   FALSE 0.026 385.000 0.026 1.000 N NA
 5712925 5712926 CLD_3644 CLD_3643   cbiM FALSE 0.302 185.000 0.013 1.000 N NA
 5712926 5712927 CLD_3643 CLD_3642 cbiM cbiN TRUE 0.999 4.000 0.861 0.010 Y NA
 5712927 5712928 CLD_3642 CLD_3641 cbiN cbiQ TRUE 0.999 -37.000 0.804 0.001 Y NA
 5712928 5712929 CLD_3641 CLD_3640 cbiQ   FALSE 0.006 445.000 0.000 NA N NA
 5712929 5712930 CLD_3640 CLD_3639   hemC TRUE 0.993 -31.000 0.009 NA Y NA
 5712930 5712931 CLD_3639 CLD_3638 hemC   TRUE 0.872 136.000 0.031 1.000 Y NA
 5712931 5712932 CLD_3638 CLD_3637     FALSE 0.292 146.000 0.000 NA   NA
 5712932 5712933 CLD_3637 CLD_3636   hemB FALSE 0.033 262.000 0.000 NA   NA
 5712933 5712934 CLD_3636 CLD_3635 hemB cobB FALSE 0.304 247.000 0.005 1.000 Y NA
 5712934 5712935 CLD_3635 CLD_3634 cobB cobH TRUE 0.990 25.000 0.097 0.010 Y NA
 5712935 5712936 CLD_3634 CLD_3633 cobH   FALSE 0.077 213.000 0.000 NA   NA
 5712936 5712937 CLD_3633 CLD_3632     FALSE 0.174 174.000 0.000 NA   NA
 5712937 5712938 CLD_3632 CLD_3631     FALSE 0.511 49.000 0.000 NA   NA
 5712938 5712939 CLD_3631 CLD_3630     FALSE 0.022 288.000 0.000 NA   NA
 5712939 5712940 CLD_3630 CLD_3629     FALSE 0.195 168.000 0.000 NA   NA
 5712940 5712941 CLD_3629 CLD_3628     TRUE 0.517 52.000 0.000 1.000   NA
 5712941 5712942 CLD_3628 CLD_3627     FALSE 0.044 250.000 0.000 1.000   NA
 5712942 5712943 CLD_3627 CLD_3626     FALSE 0.061 224.000 0.000 NA   NA
 5712943 5712944 CLD_3626 CLD_3625   cbiD TRUE 0.878 13.000 0.000 NA   NA
 5712944 5712945 CLD_3625 CLD_3624 cbiD cbiE TRUE 0.757 201.000 0.126 0.010 Y NA
 5712945 5712946 CLD_3624 CLD_3623 cbiE   FALSE 0.140 184.000 0.000 NA   NA
 5712946 5712947 CLD_3623 CLD_3622   cbiT FALSE 0.383 64.000 0.000 NA   NA
 5712947 5712948 CLD_3622 CLD_3621 cbiT   TRUE 0.996 0.000 1.000 NA   NA
 5712948 5712949 CLD_3621 CLD_3620     TRUE 0.906 36.000 0.100 NA   NA
 5712949 5712950 CLD_3620 CLD_3619     FALSE 0.005 475.000 0.000 NA   NA
 5712950 5712951 CLD_3619 CLD_3618     TRUE 0.785 158.000 0.400 NA   NA
 5712951 5712952 CLD_3618 CLD_3617     FALSE 0.433 57.000 0.000 NA   NA
 5712952 5712953 CLD_3617 CLD_3616     FALSE 0.399 69.000 0.000 1.000   NA
 5712953 5712954 CLD_3616 CLD_3615     FALSE 0.501 50.000 0.000 NA   NA
 5712954 5712955 CLD_3615 CLD_3614   cobI FALSE 0.343 91.000 0.000 NA   NA
 5712955 5712956 CLD_3614 CLD_3613 cobI cobM FALSE 0.472 288.000 0.291 0.010 Y NA
 5712956 5712957 CLD_3613 CLD_3612 cobM cbiG TRUE 0.998 5.000 0.397 0.010 Y NA
 5712957 5712958 CLD_3612 CLD_3611 cbiG cobJ TRUE 0.516 281.000 0.352 0.010 Y NA
 5712958 5712959 CLD_3611 CLD_3610 cobJ cobK TRUE 0.961 134.000 0.423 0.010 Y NA
 5712959 5712960 CLD_3610 CLD_3609 cobK   TRUE 0.548 80.000 0.006 NA   NA
 5712960 5712961 CLD_3609 CLD_3608   cbiK FALSE 0.455 176.000 0.056 NA   NA
 5712961 5712962 CLD_3608 CLD_3607 cbiK   TRUE 0.966 13.000 0.040 1.000 N NA
 5712962 5712963 CLD_3607 CLD_3606   cobO FALSE 0.026 286.000 0.000 1.000 N NA
 5712963 5712964 CLD_3606 CLD_3605 cobO   FALSE 0.043 253.000 0.000 1.000 N NA
 5712964 5712965 CLD_3605 CLD_3604     TRUE 0.789 90.000 0.152 1.000 N NA
 5712965 5712966 CLD_3604 CLD_3603   asrA TRUE 0.986 4.000 0.174 1.000   NA
 5712966 5712967 CLD_3603 CLD_3602 asrA asrB TRUE 0.996 -13.000 0.750 0.035   NA
 5712967 5712968 CLD_3602 CLD_3601 asrB arsC TRUE 0.998 13.000 0.720 0.035 Y NA
 5712968 5712969 CLD_3601 CLD_3600 arsC   FALSE 0.011 356.000 0.000 1.000   NA
 5712971 5712972 CLD_3598 CLD_3597     TRUE 0.989 21.000 0.833 NA   NA
 5712972 5712973 CLD_3597 CLD_3596     TRUE 0.994 4.000 0.833 NA   NA
 5712973 5712974 CLD_3596 CLD_3595     FALSE 0.024 650.000 0.154 NA   NA
 5712974 5712975 CLD_3595 CLD_3594     TRUE 0.999 -10.000 0.765 1.000 Y NA
 5712976 5712977 CLD_3593 CLD_3592     TRUE 0.998 1.000 0.625 1.000 Y NA
 5712977 5712978 CLD_3592 CLD_3591     TRUE 0.996 13.000 0.375 1.000 Y NA
 5712978 5712979 CLD_3591 CLD_3590   dhaKL FALSE 0.005 558.000 0.000 1.000 N NA
 5712979 5712980 CLD_3590 CLD_3589 dhaKL dhaD TRUE 0.972 11.000 0.053 1.000 N NA
 5712980 5712981 CLD_3589 CLD_3588 dhaD   FALSE 0.122 317.000 0.250 1.000 N NA
 5712982 5712983 CLD_3587 CLD_3586     FALSE 0.511 102.000 0.000 0.012   NA
 5712983 5712984 CLD_3586 CLD_3585     FALSE 0.266 153.000 0.000 NA   NA
 5712984 5712985 CLD_3585 CLD_3584     TRUE 0.720 118.000 0.065 NA   NA
 5712985 5712986 CLD_3584 CLD_3583     FALSE 0.358 122.000 0.000 NA   NA
 5712986 5712987 CLD_3583 CLD_3582     TRUE 0.798 101.000 0.200 NA   NA
 5712987 5712988 CLD_3582 CLD_3581     TRUE 0.828 46.000 0.061 NA   NA
 5712988 5712989 CLD_3581 CLD_3580     FALSE 0.065 221.000 0.000 NA   NA
 5712989 5712990 CLD_3580 CLD_3579     TRUE 0.987 17.000 0.486 NA   NA
 5712990 5712991 CLD_3579 CLD_3578     TRUE 0.711 142.000 0.105 NA   NA
 5712991 5712992 CLD_3578 CLD_3577     FALSE 0.444 56.000 0.000 NA   NA
 5712992 5712993 CLD_3577 CLD_3576     TRUE 0.667 36.000 0.000 1.000   NA
 5712995 5712996 CLD_3574 CLD_3573     TRUE 0.984 27.000 0.833 NA   NA
 5712998 5712999 CLD_3571 CLD_3570 recQ   FALSE 0.205 172.000 0.000 1.000 N NA
 5713001 5713002 CLD_3568 CLD_3567     TRUE 0.765 160.000 0.333 1.000   NA
 5713002 5713003 CLD_3567 CLD_3566     FALSE 0.005 448.000 0.000 NA   NA
 5713003 5713004 CLD_3566 CLD_3565     TRUE 0.992 2.000 0.444 NA   NA
 5713004 5713005 CLD_3565 CLD_3564     TRUE 0.987 0.000 0.167 NA   NA
 5713005 5713006 CLD_3564 CLD_3563     TRUE 0.995 2.000 0.077 1.000 Y NA
 5713006 5713007 CLD_3563 CLD_3562     TRUE 0.977 15.000 0.135 NA   NA
 5713007 5713008 CLD_3562 CLD_3561   lctP FALSE 0.005 481.000 0.000 NA   NA
 5713008 5713009 CLD_3561 CLD_3560 lctP   TRUE 0.939 29.000 0.098 NA   NA
 5713009 5713010 CLD_3560 CLD_3559     TRUE 0.866 43.000 0.098 NA   NA
 5713010 5713011 CLD_3559 CLD_3558     TRUE 0.994 32.000 0.875 0.012 Y NA
 5713011 5713012 CLD_3558 CLD_3557     TRUE 0.981 61.000 0.875 0.009 Y NA
 5713012 5713013 CLD_3557 CLD_3556     FALSE 0.029 269.000 0.000 NA   NA
 5713013 5713014 CLD_3556 CLD_3555     FALSE 0.346 127.000 0.000 NA   NA
 5713014 5713015 CLD_3555 CLD_3554     FALSE 0.116 194.000 0.000 NA   NA
 5713015 5713016 CLD_3554 CLD_3553     TRUE 0.976 2.000 0.051 NA   NA
 5713017 5713018 CLD_3552 CLD_3551     FALSE 0.003 949.000 0.000 NA   NA
 5713019 5713020 CLD_3550 CLD_3549     FALSE 0.135 303.000 0.000 0.061 Y NA
 5713020 5713021 CLD_3549 CLD_3548     FALSE 0.073 215.000 0.000 NA   NA
 5713023 5713024 CLD_3546 CLD_3545     TRUE 0.982 4.000 0.111 1.000   NA
 5713024 5713025 CLD_3545 CLD_3544     FALSE 0.159 184.000 0.000 1.000 N NA
 5713025 5713026 CLD_3544 CLD_3543     TRUE 0.881 16.000 0.000 1.000 N NA
 5713030 5713031 CLD_3539 CLD_3538     TRUE 0.886 54.000 0.000 0.061 Y NA
 5713031 5713032 CLD_3538 CLD_3537     FALSE 0.339 93.000 0.000 NA   NA
 5713034 5713035 CLD_3535 CLD_3534     FALSE 0.004 636.000 0.000 NA   NA
 5713035 5713036 CLD_3534 CLD_3533     TRUE 0.998 17.000 0.791 0.009 Y NA
 5713036 5713037 CLD_3533 CLD_3532   feoB TRUE 0.993 32.000 0.871 1.000 Y NA
 5713037 5713038 CLD_3532 CLD_3531 feoB   TRUE 0.939 21.000 0.029 NA   NA
 5713038 5713039 CLD_3531 CLD_3530     FALSE 0.050 232.000 0.000 NA   NA
 5713041 5713042 CLD_3528 CLD_3527   tlp FALSE 0.018 298.000 0.000 NA   NA
 5713043 5713044 CLD_3526 CLD_3525     TRUE 0.931 -31.000 0.000 NA   NA
 5713045 5713046 CLD_3524 CLD_3523     FALSE 0.014 337.000 0.000 1.000 N NA
 5713046 5713047 CLD_3523 CLD_3522     TRUE 0.998 1.000 0.462 1.000 Y NA
 5713047 5713048 CLD_3522 CLD_3521     FALSE 0.346 103.000 0.000 NA   NA
 5713048 5713049 CLD_3521 CLD_3520     FALSE 0.019 297.000 0.000 NA   NA
 5713051 5713052 CLD_3518 CLD_3517     FALSE 0.006 412.000 0.000 NA   NA
 5713052 5713053 CLD_3517 CLD_3516     FALSE 0.028 270.000 0.000 NA   NA
 5713053 5713054 CLD_3516 CLD_3515     TRUE 0.998 0.000 0.833 1.000 Y NA
 5713055 5713056 CLD_3514 CLD_3513     FALSE 0.047 236.000 0.000 NA N NA
 5713057 5713058 CLD_3512 CLD_3511     TRUE 0.999 -10.000 0.870 0.029 Y NA
 5713058 5713059 CLD_3511 CLD_3510     TRUE 0.999 -3.000 0.870 1.000 Y NA
 5713059 5713060 CLD_3510 CLD_3509     TRUE 0.935 74.000 0.196 1.000 Y NA
 5713060 5713061 CLD_3509 CLD_3508     FALSE 0.110 202.000 0.000 1.000 N NA
 5713061 5713062 CLD_3508 CLD_3507     FALSE 0.005 513.000 0.000 1.000 N NA
 5713062 5713063 CLD_3507 CLD_3506     TRUE 0.998 2.000 0.389 0.007 Y NA
 5713064 5713065 CLD_3505 CLD_3504     TRUE 0.998 3.000 1.000 NA Y NA
 5713065 5713066 CLD_3504 CLD_3503     FALSE 0.347 88.000 0.000 NA   NA
 5713067 5713068 CLD_3502 CLD_3501     FALSE 0.238 188.000 0.000 0.005   NA
 5713068 5713069 CLD_3501 CLD_3500     FALSE 0.015 326.000 0.000 1.000 N NA
 5713069 5713070 CLD_3500 CLD_3499     FALSE 0.039 323.000 0.023 NA   NA
 5713070 5713071 CLD_3499 CLD_3498     FALSE 0.436 165.000 0.023 NA   NA
 5713072 5713073 CLD_3497 CLD_3496     TRUE 0.605 116.000 0.015 NA   NA
 5713073 5713074 CLD_3496 CLD_3495     FALSE 0.009 384.000 0.000 1.000   NA
 5713075 5713076 CLD_3494 CLD_3493     FALSE 0.010 374.000 0.000 1.000   NA
 5713076 5713077 CLD_3493 CLD_3492     FALSE 0.079 219.000 0.000 1.000   NA
 5713077 5713078 CLD_3492 CLD_3491     FALSE 0.095 208.000 0.000 1.000   NA
 5713078 5713079 CLD_3491 CLD_3490     TRUE 0.855 57.000 0.107 0.035   NA
 5713079 5713080 CLD_3490 CLD_3489     TRUE 0.992 3.000 0.300 0.035   NA
 5713080 5713081 CLD_3489 CLD_3488   glpT TRUE 0.624 89.000 0.021 1.000   NA
 5713081 5713082 CLD_3488 CLD_3487 glpT argS FALSE 0.005 582.000 0.000 1.000 N NA
 5713082 5713083 CLD_3487 CLD_3486 argS   FALSE 0.007 403.000 0.000 NA   NA
 5713083 5713084 CLD_3486 CLD_3485     TRUE 0.926 -10.000 0.000 NA   NA
 5713084 5713085 CLD_3485 CLD_3484     FALSE 0.350 139.000 0.000 1.000   NA
 5713086 5713087 CLD_3483 CLD_3482   feoB TRUE 0.925 26.000 0.034 NA   NA
 5713087 5713088 CLD_3482 CLD_3481 feoB feoA TRUE 0.995 15.000 0.308 1.000 Y NA
 5713089 5713090 CLD_3480 CLD_3479     FALSE 0.075 214.000 0.000 NA   NA
 5713090 5713091 CLD_3479 CLD_3478     FALSE 0.007 436.000 0.000 1.000   NA
 5713091 5713092 CLD_3478 CLD_3477     FALSE 0.008 411.000 0.000 1.000   NA
 5713092 5713093 CLD_3477 CLD_3476     FALSE 0.029 278.000 0.000 1.000   NA
 5713093 5713094 CLD_3476 CLD_3475     TRUE 0.998 2.000 0.511 1.000 Y NA
 5713094 5713095 CLD_3475 CLD_3474     TRUE 0.950 55.000 0.154 NA Y NA
 5713095 5713096 CLD_3474 CLD_3473     TRUE 0.909 154.000 0.250 NA Y NA
 5713096 5713097 CLD_3473 CLD_3472     FALSE 0.055 228.000 0.000 NA   NA
 5713097 5713098 CLD_3472 CLD_3471     FALSE 0.031 265.000 0.000 NA   NA
 5713098 5713099 CLD_3471 CLD_3470     FALSE 0.014 321.000 0.000 NA   NA
 5713099 5713100 CLD_3470 CLD_3469     FALSE 0.005 506.000 0.000 1.000   NA
 5713100 5713101 CLD_3469 CLD_3468     FALSE 0.041 245.000 0.000 NA   NA
 5713101 5713102 CLD_3468 CLD_3467     FALSE 0.082 209.000 0.000 NA   NA
 5713106 5713107 CLD_3463 CLD_3462     FALSE 0.498 143.000 0.008 NA   NA
 5713107 5713108 CLD_3462 CLD_3461     TRUE 0.667 56.000 0.008 1.000   NA
 5713109 5713110 CLD_3460 CLD_3459     FALSE 0.037 597.000 0.000 0.003 Y NA
 5713111 5713112 CLD_3458 CLD_3457     TRUE 0.984 18.000 0.333 1.000 N NA
 5713112 5713113 CLD_3457 CLD_3456     FALSE 0.007 420.000 0.000 1.000   NA
 5713113 5713114 CLD_3456 CLD_3455     FALSE 0.338 99.000 0.000 NA   NA
 5713114 5713115 CLD_3455 CLD_3454     FALSE 0.003 822.000 0.000 NA   NA
 5713115 5713116 CLD_3454 CLD_3453     TRUE 0.987 2.000 0.217 NA   NA
 5713116 5713117 CLD_3453 CLD_3452     TRUE 0.988 26.000 0.084 0.029 Y NA
 5713117 5713118 CLD_3452 CLD_3451     TRUE 0.990 12.000 0.308 0.029 N NA
 5713118 5713119 CLD_3451 CLD_3450     FALSE 0.017 302.000 0.000 NA   NA
 5713119 5713120 CLD_3450 CLD_3449     TRUE 0.603 104.000 0.020 NA   NA
 5713120 5713121 CLD_3449 CLD_3448     TRUE 0.903 10.000 0.000 1.000   NA
 5713121 5713122 CLD_3448 CLD_3447     FALSE 0.353 76.000 0.000 NA   NA
 5713122 5713123 CLD_3447 CLD_3446     TRUE 0.976 1.000 0.050 NA   NA
 5713123 5713124 CLD_3446 CLD_3445   maa FALSE 0.021 289.000 0.000 NA   NA
 5713126 5713127 CLD_3443 CLD_3442     FALSE 0.030 276.000 0.000 1.000   NA
 5713127 5713128 CLD_3442 CLD_3441     FALSE 0.478 160.000 0.017 1.000   NA
 5713130 5713131 CLD_3439 CLD_3438   mgtE FALSE 0.004 501.000 0.000 NA   NA
 5713131 5713132 CLD_3438 CLD_3437 mgtE   FALSE 0.006 1003.000 0.000 0.055 N NA
 5713132 5713133 CLD_3437 CLD_3436   serA TRUE 0.608 225.000 0.110 0.055 Y NA
 5713133 5713134 CLD_3436 CLD_3435 serA   TRUE 0.984 -22.000 0.072 NA   NA
 5713134 5713135 CLD_3435 CLD_3434     FALSE 0.004 601.000 0.000 NA   NA
 5713135 5713136 CLD_3434 CLD_3433     TRUE 0.593 158.000 0.056 1.000   NA
 5713138 5713139 CLD_3431 CLD_3430     TRUE 0.781 111.000 0.118 1.000   NA
 5713139 5713140 CLD_3430 CLD_3429     FALSE 0.021 299.000 0.000 1.000   NA
 5713140 5713141 CLD_3429 CLD_3428     FALSE 0.404 158.000 0.004 NA N NA
 5713141 5713142 CLD_3428 CLD_3427     FALSE 0.355 75.000 0.000 NA   NA
 5713142 5713143 CLD_3427 CLD_3426     FALSE 0.025 277.000 0.000 NA   NA
 5713143 5713144 CLD_3426 CLD_3425     FALSE 0.501 177.000 0.091 NA   NA
 5713144 5713145 CLD_3425 CLD_3424   xpt FALSE 0.435 161.000 0.009 1.000 N NA
 5713145 5713146 CLD_3424 CLD_3423 xpt   FALSE 0.018 298.000 0.000 NA   NA
 5713146 5713147 CLD_3423 CLD_3422     FALSE 0.019 296.000 0.000 NA   NA
 5713147 5713148 CLD_3422 CLD_3421     TRUE 0.666 196.000 0.667 NA   NA
 5713148 5713149 CLD_3421 CLD_3420     FALSE 0.011 344.000 0.000 NA   NA
 5713149 5713150 CLD_3420 CLD_3419     FALSE 0.150 180.000 0.000 NA   NA
 5713150 5713151 CLD_3419 CLD_3418     TRUE 0.683 137.000 0.065 NA   NA
 5713151 5713152 CLD_3418 CLD_3417     FALSE 0.003 763.000 0.000 NA   NA
 5713152 5713153 CLD_3417 CLD_3416     TRUE 0.778 182.000 1.000 NA   NA
 5713153 5713154 CLD_3416 CLD_3415     FALSE 0.007 392.000 0.000 NA   NA
 5713154 5713155 CLD_3415 CLD_3414     TRUE 0.998 2.000 0.667 0.028 Y NA
 5713155 5713156 CLD_3414 CLD_3413     TRUE 0.997 -37.000 0.900 0.028 N NA
 5713158 5713159 CLD_3411 CLD_3410   rpsA FALSE 0.007 398.000 0.000 NA   NA
 5713159 5713160 CLD_3410 CLD_3409 rpsA   FALSE 0.294 183.000 0.008 1.000   NA
 5713160 5713161 CLD_3409 CLD_3408     FALSE 0.499 172.000 0.067 NA   NA
 5713161 5713162 CLD_3408 CLD_3407     FALSE 0.003 870.000 0.000 NA   NA
 5713162 5713163 CLD_3407 CLD_3406     TRUE 0.995 0.000 0.857 NA   NA
 5713163 5713164 CLD_3406 CLD_3405     TRUE 0.992 -37.000 0.231 1.000   NA
 5713164 5713165 CLD_3405 CLD_3404     FALSE 0.012 330.000 0.000 NA   NA
 5713165 5713166 CLD_3404 CLD_3403   asdA FALSE 0.006 433.000 0.000 NA   NA
 5713168 5713169 CLD_3401 CLD_3400     TRUE 0.967 -6.000 0.012 NA N NA
 5713169 5713170 CLD_3400 CLD_3399   panE FALSE 0.005 492.000 0.000 NA N NA
 5713170 5713171 CLD_3399 CLD_3398 panE fchA FALSE 0.018 310.000 0.000 1.000 N NA
 5713171 5713172 CLD_3398 CLD_3397 fchA folD TRUE 0.989 0.000 0.082 0.001 N NA
 5713172 5713173 CLD_3397 CLD_3396 folD   FALSE 0.016 320.000 0.000 1.000   NA
 5713175 5713176 CLD_3394 CLD_3393     TRUE 0.844 116.000 0.286 NA   NA
 5713176 5713177 CLD_3393 CLD_3392     TRUE 0.588 120.000 0.012 NA   NA
 5713177 5713178 CLD_3392 CLD_3391     FALSE 0.004 672.000 0.000 NA N NA
 5713178 5713179 CLD_3391 CLD_3390   cysK FALSE 0.060 329.000 0.083 NA N NA
 5713179 5713180 CLD_3390 CLD_3389 cysK   TRUE 0.977 45.000 0.400 1.000 Y NA
 5713180 5713181 CLD_3389 CLD_3388     TRUE 0.989 35.000 0.400 0.028 Y NA
 5713181 5713182 CLD_3388 CLD_3387     TRUE 0.943 104.000 0.286 1.000 Y NA
 5713182 5713183 CLD_3387 CLD_3386     FALSE 0.399 115.000 0.000 1.000   NA
 5713183 5713184 CLD_3386 CLD_3385     FALSE 0.027 336.000 0.008 NA   NA
 5713184 5713185 CLD_3385 CLD_3384   trmU TRUE 0.549 117.000 0.004 NA   NA
 5713187 5713188 CLD_3382 CLD_3380     TRUE 0.998 -3.000 0.875 NA Y NA
 5713190 5713191 CLD_3379 CLD_3378 bcrA   TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 5713191 5713192 CLD_3378 CLD_3377     FALSE 0.004 603.000 0.000 NA   NA
 5713192 5713193 CLD_3377 CLD_3376     FALSE 0.228 161.000 0.000 NA   NA
 5713195 5713196 CLD_3374 CLD_3373     TRUE 0.992 6.000 0.556 1.000 N NA
 5713196 5713197 CLD_3373 CLD_3372     FALSE 0.006 428.000 0.000 NA   NA
 5713197 5713198 CLD_3372 CLD_3371     FALSE 0.004 511.000 0.000 NA   NA
 5713200 5713201 CLD_3369 CLD_3368     TRUE 0.889 14.000 0.000 1.000 N NA
 5713201 5713202 CLD_3368 CLD_3367     FALSE 0.393 63.000 0.000 NA N NA
 5713202 5713203 CLD_3367 CLD_3366     TRUE 0.985 3.000 0.000 NA Y NA
 5713203 5713204 CLD_3366 CLD_3365   amyB FALSE 0.008 622.000 0.000 0.005   NA
 5713204 5713205 CLD_3365 CLD_3364 amyB tyrS FALSE 0.004 773.000 0.000 1.000   NA
 5713205 5713206 CLD_3364 CLD_3363 tyrS   FALSE 0.027 284.000 0.000 1.000 N NA
 5713206 5713207 CLD_3363 CLD_3362     TRUE 0.996 -7.000 0.833 1.000 N NA
 5713207 5713208 CLD_3362 CLD_3361     TRUE 0.990 1.000 0.278 NA   NA
 5713210 5713211 CLD_3359 CLD_3358     FALSE 0.250 157.000 0.000 NA   NA
 5713211 5713212 CLD_3358 CLD_3357     FALSE 0.127 188.000 0.000 NA   NA
 5713212 5713213 CLD_3357 CLD_3356     FALSE 0.352 78.000 0.000 NA   NA
 5713213 5713214 CLD_3356 CLD_3355     TRUE 0.545 174.000 0.095 1.000   NA
 5713214 5713215 CLD_3355 CLD_3354   sdhB FALSE 0.008 401.000 0.000 1.000 N NA
 5713215 5713216 CLD_3354 CLD_3353 sdhB sdhA TRUE 0.996 13.000 0.146 0.001 Y NA
 5713216 5713217 CLD_3353 CLD_3352 sdhA   FALSE 0.006 424.000 0.000 NA   NA
 5713220 5713221 CLD_3349 CLD_3348     FALSE 0.015 313.000 0.000 NA   NA
 5713221 5713222 CLD_3348 CLD_3347     FALSE 0.009 370.000 0.000 NA   NA
 5713222 5713223 CLD_3347 CLD_3346     TRUE 0.777 101.000 0.154 NA   NA
 5713223 5713224 CLD_3346 CLD_3345     TRUE 0.988 2.000 0.231 NA   NA
 5713224 5713225 CLD_3345 CLD_3344     TRUE 0.938 37.000 0.286 NA   NA
 5713225 5713226 CLD_3344 CLD_3343     TRUE 0.639 154.000 0.071 1.000 N NA
 5713226 5713227 CLD_3343 CLD_3342     TRUE 0.998 6.000 0.786 0.028 Y NA
 5713230 5713231 CLD_3339 CLD_3338   cotJB TRUE 0.926 34.000 0.125 NA   NA
 5713231 5713232 CLD_3338 CLD_3337 cotJB cotJC TRUE 0.907 31.000 0.047 NA   NA
 5713232 5713233 CLD_3337 CLD_3336 cotJC   FALSE 0.053 230.000 0.000 NA N NA
 5713233 5713234 CLD_3336 CLD_3335     TRUE 0.990 17.000 0.667 NA   NA
 5713234 5713235 CLD_3335 CLD_3334     FALSE 0.004 595.000 0.000 NA   NA
 5713238 5713239 CLD_3331 CLD_3330     FALSE 0.004 514.000 0.000 NA   NA
 5713242 5713243 CLD_3327 CLD_3326     FALSE 0.006 423.000 0.000 NA N NA
 5713243 5713244 CLD_3326 CLD_3325     TRUE 0.988 13.000 0.400 NA   NA
 5713244 5713245 CLD_3325 CLD_3324     TRUE 0.994 -3.000 0.667 NA   NA
 5713245 5713246 CLD_3324 CLD_3323     TRUE 0.994 -3.000 0.667 NA   NA
 5713246 5713247 CLD_3323 CLD_3322     TRUE 0.990 20.000 1.000 NA   NA
 5713247 5713248 CLD_3322 CLD_3321     TRUE 0.994 12.000 1.000 NA   NA
 5713250 5713251 CLD_3319 CLD_3318     FALSE 0.004 663.000 0.000 NA   NA
 5713251 5713252 CLD_3318 CLD_3317     FALSE 0.004 895.000 0.000 1.000   NA
 5713252 5713253 CLD_3317 CLD_3316     FALSE 0.028 270.000 0.000 NA   NA
 5713253 5713254 CLD_3316 CLD_3315     FALSE 0.014 319.000 0.000 NA   NA
 5713255 5713256 CLD_3314 CLD_3313     TRUE 0.790 40.000 0.014 1.000 N NA
 5713257 5713258 CLD_3312 CLD_3311 grdX grdE TRUE 0.855 91.000 0.400 NA   NA
 5713258 5713259 CLD_3311 CLD_3309 grdE grdB TRUE 0.963 33.000 0.222 0.003   NA
 5713259 5713260 CLD_3309 CLD_3308 grdB trxB FALSE 0.231 165.000 0.000 1.000   NA
 5713260 5713261 CLD_3308 CLD_3307 trxB   TRUE 0.983 34.000 0.226 1.000 Y NA
 5713261 5713262 CLD_3307 CLD_3306     TRUE 0.718 86.000 0.065 1.000   NA
 5713262 5713263 CLD_3306 CLD_3305   grdA TRUE 0.995 16.000 1.000 0.002   NA
 5713263 5713264 CLD_3305 CLD_3304 grdA grdC TRUE 0.770 95.000 0.054 0.003   NA
 5713264 5713265 CLD_3304 CLD_3303 grdC grdD TRUE 0.993 16.000 0.622 0.003   NA
 5713265 5713266 CLD_3303 CLD_3302 grdD   FALSE 0.007 427.000 0.000 1.000 N NA
 5713266 5713267 CLD_3302 CLD_3301     TRUE 0.664 66.000 0.005 0.057   NA
 5713267 5713268 CLD_3301 CLD_3300   mtnK FALSE 0.007 437.000 0.000 1.000   NA
 5713268 5713269 CLD_3300 CLD_3299 mtnK mtnA TRUE 0.731 140.000 0.104 1.000   NA
 5713269 5713270 CLD_3299 CLD_3298 mtnA   FALSE 0.306 151.000 0.000 1.000 N NA
 5713270 5713271 CLD_3298 CLD_3297     TRUE 0.887 174.000 0.400 1.000 Y NA
 5713271 5713272 CLD_3297 CLD_3296     FALSE 0.016 307.000 0.000 NA   NA
 5713274 5713275 CLD_3294 CLD_3293     TRUE 0.567 163.000 0.074 NA   NA
 5713275 5713276 CLD_3293 CLD_3292     TRUE 0.613 142.000 0.038 NA   NA
 5713276 5713277 CLD_3292 CLD_3291     TRUE 0.986 -3.000 0.135 NA   NA
 5713277 5713278 CLD_3291 CLD_3290     FALSE 0.340 100.000 0.000 NA   NA
 5713278 5713279 CLD_3290 CLD_3289     FALSE 0.005 460.000 0.000 NA   NA
 5713279 5713280 CLD_3289 CLD_3288     TRUE 0.839 48.000 0.080 NA   NA
 5713281 5713282 CLD_3287 CLD_3286     FALSE 0.008 381.000 0.000 NA   NA
 5713283 5713284 CLD_3285 CLD_3284     TRUE 0.980 28.000 0.667 NA   NA
 5713284 5713285 CLD_3284 CLD_3283     TRUE 0.853 57.000 0.200 NA   NA
 5713285 5713286 CLD_3283 CLD_3282     TRUE 0.997 14.000 0.500 0.001 Y NA
 5713286 5713287 CLD_3282 CLD_3281     TRUE 0.993 32.000 0.667 0.044 Y NA
 5713287 5713288 CLD_3281 CLD_3280     TRUE 0.774 116.000 0.100 1.000 N NA
 5713288 5713289 CLD_3280 CLD_3279   topB FALSE 0.005 542.000 0.000 1.000 N NA
 5713289 5713290 CLD_3279 CLD_3278 topB   FALSE 0.004 544.000 0.000 NA   NA
 5713290 5713291 CLD_3278 CLD_3277     FALSE 0.379 65.000 0.000 NA   NA
 5713293 5713294 CLD_3275 CLD_3274     FALSE 0.008 399.000 0.000 1.000   NA
 5713294 5713295 CLD_3274 CLD_3273     FALSE 0.019 305.000 0.000 1.000   NA
 5713295 5713296 CLD_3273 CLD_3272     FALSE 0.007 423.000 0.000 1.000 N NA
 5713296 5713297 CLD_3272 CLD_3271     TRUE 0.983 -7.000 0.067 1.000   NA
 5713297 5713298 CLD_3271 CLD_3270     TRUE 0.967 6.000 0.033 NA   NA
 5713298 5713299 CLD_3270 CLD_3269     FALSE 0.168 281.000 0.230 NA   NA
 5713299 5713300 CLD_3269 CLD_3268     FALSE 0.006 417.000 0.000 NA   NA
 5713300 5713301 CLD_3268 CLD_3267     FALSE 0.055 228.000 0.000 NA   NA
 5713301 5713302 CLD_3267 CLD_3266     FALSE 0.012 335.000 0.000 NA   NA
 5713302 5713303 CLD_3266 CLD_3265     FALSE 0.026 276.000 0.000 NA   NA
 5713303 5713304 CLD_3265 CLD_3264     TRUE 0.938 37.000 0.287 NA   NA
 5713304 5713305 CLD_3264 CLD_3263   copZ TRUE 0.910 123.000 0.024 0.001 Y NA
 5713305 5713306 CLD_3263 CLD_3262 copZ   FALSE 0.040 433.000 0.000 1.000 Y NA
 5713306 5713307 CLD_3262 CLD_3261     FALSE 0.027 283.000 0.000 1.000 N NA
 5713307 5713308 CLD_3261 CLD_3260     FALSE 0.011 339.000 0.000 NA   NA
 5713308 5713309 CLD_3260 CLD_3259     FALSE 0.498 164.000 0.040 NA   NA
 5713309 5713310 CLD_3259 CLD_3258     FALSE 0.028 271.000 0.000 NA   NA
 5713310 5713311 CLD_3258 CLD_3257     FALSE 0.319 147.000 0.000 1.000   NA
 5713311 5713312 CLD_3257 CLD_3256     FALSE 0.010 349.000 0.000 NA   NA
 5713314 5713315 CLD_3254 CLD_3253     TRUE 0.878 13.000 0.000 NA   NA
 5713315 5713316 CLD_3253 CLD_3252     FALSE 0.025 277.000 0.000 NA   NA
 5713316 5713317 CLD_3252 CLD_3251     FALSE 0.026 276.000 0.000 NA   NA
 5713317 5713318 CLD_3251 CLD_3250     FALSE 0.026 276.000 0.000 NA   NA
 5713318 5713319 CLD_3250 CLD_3249     FALSE 0.348 126.000 0.000 NA   NA
 5713319 5713320 CLD_3249 CLD_3248     TRUE 0.869 15.000 0.000 NA   NA
 5713320 5713321 CLD_3248 CLD_3247     TRUE 0.929 -21.000 0.000 NA   NA
 5713321 5713322 CLD_3247 CLD_3246     FALSE 0.005 454.000 0.000 NA   NA
 5713322 5713323 CLD_3246 CLD_3245     TRUE 0.835 38.000 0.032 NA   NA
 5713325 5713326 CLD_3243 CLD_3242     FALSE 0.004 600.000 0.000 NA   NA
 5713326 5713327 CLD_3242 CLD_3241   trkA FALSE 0.003 782.000 0.000 NA   NA
 5713327 5713328 CLD_3241 CLD_3240 trkA trkH TRUE 0.997 -3.000 0.163 0.004 Y NA
 5713328 5713329 CLD_3240 CLD_3239 trkH   FALSE 0.005 472.000 0.000 NA   NA
 5713329 5713330 CLD_3239 CLD_3238     FALSE 0.422 58.000 0.000 NA   NA
 5713331 5713332 CLD_3237 CLD_3236     TRUE 0.978 15.000 0.158 NA   NA
 5713332 5713333 CLD_3236 CLD_3235     FALSE 0.006 454.000 0.000 1.000   NA
 5713334 5713335 CLD_3234 CLD_3233   rbr FALSE 0.013 324.000 0.000 NA   NA
 5713335 5713336 CLD_3233 CLD_3232 rbr   FALSE 0.020 295.000 0.000 NA N NA
 5713338 5713339 CLD_3230 CLD_3229     FALSE 0.295 145.000 0.000 NA   NA
 5713339 5713340 CLD_3229 CLD_3228     FALSE 0.337 97.000 0.000 NA   NA
 5713340 5713341 CLD_3228 CLD_3227     FALSE 0.020 295.000 0.000 NA   NA
 5713341 5713342 CLD_3227 CLD_3226     FALSE 0.466 209.000 0.312 NA N NA
 5713342 5713343 CLD_3226 CLD_3225     TRUE 0.877 146.000 0.077 NA Y NA
 5713343 5713344 CLD_3225 CLD_3224   noxA FALSE 0.404 199.000 0.111 NA   NA
 5713344 5713345 CLD_3224 CLD_3223 noxA   FALSE 0.211 170.000 0.000 1.000   NA
 5713345 5713346 CLD_3223 CLD_3222     TRUE 0.989 -12.000 0.000 1.000 Y NA
 5713346 5713347 CLD_3222 CLD_3221     FALSE 0.409 66.000 0.000 1.000   NA
 5713347 5713348 CLD_3221 CLD_3220     TRUE 0.993 6.000 0.600 1.000   NA
 5713349 5713350 CLD_3219 CLD_3218     FALSE 0.005 489.000 0.000 1.000 N NA
 5713351 5713352 CLD_3217 CLD_3216     FALSE 0.020 303.000 0.000 1.000 N NA
 5713352 5713353 CLD_3216 CLD_3215     TRUE 0.992 22.000 0.214 1.000 Y NA
 5713353 5713354 CLD_3215 CLD_3214     TRUE 0.996 3.000 0.255 1.000 Y NA
 5713356 5713357 CLD_3212 CLD_3211     TRUE 0.895 7.000 0.000 NA   NA
 5713357 5713358 CLD_3211 CLD_3210     FALSE 0.004 640.000 0.000 NA   NA
 5713360 5713361 CLD_3208 CLD_3207     FALSE 0.275 151.000 0.000 NA   NA
 5713361 5713362 CLD_3207 CLD_3206     FALSE 0.353 76.000 0.000 NA   NA
 5713362 5713363 CLD_3206 CLD_3205     FALSE 0.358 122.000 0.000 NA   NA
 5713363 5713364 CLD_3205 CLD_3204   luxS TRUE 0.745 29.000 0.000 NA N NA
 5713364 5713365 CLD_3204 CLD_3203 luxS   FALSE 0.003 891.000 0.000 NA   NA
 5713365 5713366 CLD_3203 CLD_3202     FALSE 0.355 75.000 0.000 NA   NA
 5713366 5713367 CLD_3202 CLD_3201   ribB FALSE 0.004 518.000 0.000 NA   NA
 5713367 5713368 CLD_3201 CLD_3200 ribB   FALSE 0.013 326.000 0.000 NA   NA
 5713368 5713369 CLD_3200 CLD_3199     FALSE 0.370 68.000 0.000 NA   NA
 5713369 5713370 CLD_3199 CLD_3198     TRUE 0.864 16.000 0.000 NA   NA
 5713370 5713371 CLD_3198 CLD_3197     TRUE 0.952 8.000 0.000 0.001   NA
 5713372 5713373 CLD_3196 CLD_3195     TRUE 0.778 73.000 0.133 NA   NA
 5713374 5713375 CLD_3194 CLD_3193     FALSE 0.066 220.000 0.000 NA   NA
 5713375 5713376 CLD_3193 CLD_3192     FALSE 0.052 280.000 0.000 0.003   NA
 5713376 5713377 CLD_3192 CLD_3191     TRUE 0.774 113.000 0.107 1.000   NA
 5713377 5713378 CLD_3191 CLD_3190     FALSE 0.032 424.000 0.089 1.000   NA
 5713378 5713379 CLD_3190 CLD_3189     FALSE 0.012 332.000 0.000 NA   NA
 5713379 5713380 CLD_3189 CLD_3188     FALSE 0.023 283.000 0.000 NA   NA
 5713380 5713381 CLD_3188 CLD_3187     FALSE 0.016 306.000 0.000 NA   NA
 5713381 5713382 CLD_3187 CLD_3186     TRUE 0.921 53.000 0.500 NA   NA
 5713382 5713383 CLD_3186 CLD_3185     TRUE 0.990 0.000 0.250 NA   NA
 5713385 5713386 CLD_3183 CLD_3182     FALSE 0.008 407.000 0.000 1.000 N NA
 5713386 5713387 CLD_3182 CLD_3181     TRUE 0.998 -3.000 0.235 0.027 Y NA
 5713387 5713388 CLD_3181 CLD_3180     TRUE 0.997 9.000 0.353 0.027 Y NA
 5713388 5713389 CLD_3180 CLD_3179     TRUE 0.917 99.000 0.118 1.000 Y NA
 5713389 5713390 CLD_3179 CLD_3178     TRUE 0.986 -6.000 0.059 0.029   NA
 5713390 5713391 CLD_3178 CLD_3177     FALSE 0.005 444.000 0.000 NA   NA
 5713392 5713393 CLD_3176 CLD_3175     TRUE 0.997 0.000 0.231 1.000 Y NA
 5713396 5713397 CLD_3172 CLD_3171     TRUE 0.622 135.000 0.025 1.000 N NA
 5713397 5713398 CLD_3171 CLD_3170     FALSE 0.003 868.000 0.000 NA N NA
 5713398 5713399 CLD_3170 CLD_3169     TRUE 0.998 -28.000 0.646 NA Y NA
 5713399 5713400 CLD_3169 CLD_3168     TRUE 0.933 140.000 0.270 1.000 Y NA
 5713400 5713401 CLD_3168 CLD_3167     FALSE 0.366 115.000 0.000 NA   NA
 5713401 5713402 CLD_3167 CLD_3166     TRUE 0.850 18.000 0.000 NA   NA
 5713402 5713403 CLD_3166 CLD_3165     TRUE 0.985 -30.000 0.035 0.058   NA
 5713403 5713404 CLD_3165 CLD_3164     TRUE 0.668 127.000 0.035 1.000   NA
 5713404 5713405 CLD_3164 CLD_3163   rnz FALSE 0.018 310.000 0.000 1.000   NA
 5713405 5713406 CLD_3163 CLD_3162 rnz   FALSE 0.012 346.000 0.000 1.000   NA
 5713406 5713407 CLD_3162 CLD_3161     FALSE 0.295 145.000 0.000 NA   NA
 5713407 5713408 CLD_3161 CLD_3160     FALSE 0.376 171.000 0.015 NA   NA
 5713408 5713409 CLD_3160 CLD_3159     TRUE 0.984 54.000 0.800 0.019 Y NA
 5713409 5713410 CLD_3159 CLD_3158     TRUE 0.778 171.000 0.600 1.000 N NA
 5713410 5713411 CLD_3158 CLD_3157     TRUE 0.971 106.000 1.000 NA Y NA
 5713411 5713412 CLD_3157 CLD_3156     TRUE 0.993 2.000 0.600 NA   NA
 5713412 5713413 CLD_3156 CLD_3155     TRUE 0.986 19.000 0.500 NA   NA
 5713414 5713415 CLD_3154 CLD_3153     FALSE 0.004 558.000 0.000 NA   NA
 5713415 5713416 CLD_3153 CLD_3152     TRUE 0.679 168.000 0.250 NA   NA
 5713417 5713418 CLD_3151 CLD_3150 pepD   FALSE 0.457 58.000 0.000 1.000   NA
 5713418 5713419 CLD_3150 CLD_3149   pdxK FALSE 0.006 448.000 0.000 1.000   NA
 5713421 5713422 CLD_3147 CLD_3146     TRUE 0.994 -13.000 0.500 1.000   NA
 5713422 5713423 CLD_3146 CLD_3145     TRUE 0.717 177.000 0.500 NA   NA
 5713423 5713424 CLD_3145 CLD_3144     FALSE 0.005 443.000 0.000 NA   NA
 5713424 5713425 CLD_3144 CLD_3143     TRUE 0.998 2.000 1.000 1.000 Y NA
 5713425 5713426 CLD_3143 CLD_3142     TRUE 0.685 185.000 0.500 1.000 N NA
 5713426 5713427 CLD_3142 CLD_3141     TRUE 0.991 -10.000 0.222 1.000   NA
 5713427 5713428 CLD_3141 CLD_3140     FALSE 0.365 69.000 0.000 NA   NA
 5713428 5713429 CLD_3140 CLD_3139     FALSE 0.010 347.000 0.000 NA   NA
 5713429 5713430 CLD_3139 CLD_3138     FALSE 0.008 383.000 0.000 NA   NA
 5713430 5713431 CLD_3138 CLD_3137     TRUE 0.655 188.000 0.024 1.000 Y NA
 5713431 5713432 CLD_3137 CLD_3136     TRUE 0.998 13.000 0.833 0.027 Y NA
 5713432 5713433 CLD_3136 CLD_3135     TRUE 0.995 19.000 0.400 1.000 Y NA
 5713433 5713434 CLD_3135 CLD_3134     FALSE 0.007 426.000 0.000 1.000   NA
 5713438 5713439 CLD_3130 CLD_3129     FALSE 0.008 384.000 0.000 NA   NA
 5713439 5713440 CLD_3129 CLD_3128     TRUE 0.739 173.000 0.500 NA   NA
 5713442 5713443 CLD_3126 CLD_3125     TRUE 0.998 2.000 0.643 0.027 Y NA
 5713443 5713444 CLD_3125 CLD_3124     TRUE 0.657 130.000 0.041 NA   NA
 5713444 5713445 CLD_3124 CLD_3123     FALSE 0.337 95.000 0.000 NA   NA
 5713445 5713446 CLD_3123 CLD_3122     FALSE 0.010 351.000 0.000 NA   NA
 5713446 5713447 CLD_3122 CLD_3121     FALSE 0.093 203.000 0.000 NA   NA
 5713447 5713448 CLD_3121 CLD_3120     TRUE 0.733 89.000 0.079 1.000   NA
 5713448 5713449 CLD_3120 CLD_3119     FALSE 0.480 56.000 0.000 1.000   NA
 5713449 5713450 CLD_3119 CLD_3118     FALSE 0.006 480.000 0.000 1.000 N NA
 5713450 5713451 CLD_3118 CLD_3117   spoVB TRUE 0.940 32.000 0.137 1.000   NA
 5713455 5713456 CLD_3113 CLD_3112     FALSE 0.011 360.000 0.000 1.000 N NA
 5713457 5713458 CLD_3109 CLD_3108   npr FALSE 0.191 169.000 0.000 NA   NA
 5713458 5713459 CLD_3108 CLD_3107 npr npr TRUE 0.977 129.000 1.000 0.004 Y NA
 5713459 5713460 CLD_3107 CLD_3106 npr npr TRUE 0.853 116.000 0.000 0.004 Y NA
 5713460 5713461 CLD_3106 CLD_3105 npr npr TRUE 0.980 120.000 1.000 0.004 Y NA
 5713461 5713462 CLD_3105 CLD_3104 npr   TRUE 0.850 121.000 0.000 0.004 Y NA
 5713462 5713463 CLD_3104 CLD_3103   nadC FALSE 0.004 605.000 0.000 1.000 N NA
 5713463 5713464 CLD_3103 CLD_3102 nadC nadB TRUE 0.995 -19.000 0.046 1.000 Y NA
 5713464 5713465 CLD_3102 CLD_3101 nadB nadA TRUE 0.993 3.000 0.042 1.000 Y NA
 5713467 5713468 CLD_3099 CLD_3098 hlyIII ychF TRUE 0.632 121.000 0.002 0.044   NA
 5713469 5713470 CLD_3097 CLD_3096 mraZ mraW TRUE 0.890 80.000 0.635 NA   NA
 5713470 5713471 CLD_3096 CLD_3095 mraW   TRUE 0.577 82.000 0.008 1.000   NA
 5713471 5713472 CLD_3095 CLD_3094     TRUE 0.973 16.000 0.096 1.000   NA
 5713472 5713473 CLD_3094 CLD_3093   murE TRUE 0.615 232.000 0.265 1.000 Y NA
 5713473 5713474 CLD_3093 CLD_3092 murE murF TRUE 0.994 26.000 0.328 0.003 Y NA
 5713474 5713475 CLD_3092 CLD_3091 murF mraY TRUE 0.968 36.000 0.024 0.004 Y NA
 5713475 5713476 CLD_3091 CLD_3090 mraY   TRUE 0.700 79.000 0.014 0.004 N NA
 5713476 5713477 CLD_3090 CLD_3089     FALSE 0.033 328.000 0.015 NA N NA
 5713477 5713478 CLD_3089 CLD_3088     TRUE 0.953 11.000 0.014 NA   NA
 5713478 5713479 CLD_3088 CLD_3087   sbp TRUE 0.893 34.000 0.053 NA   NA
 5713479 5713480 CLD_3087 CLD_3086 sbp   TRUE 0.977 1.000 0.053 NA   NA
 5713480 5713481 CLD_3086 CLD_3085     TRUE 0.586 93.000 0.017 NA   NA
 5713481 5713482 CLD_3085 CLD_3084     TRUE 0.941 21.000 0.032 NA   NA
 5713482 5713483 CLD_3084 CLD_3083     TRUE 0.981 17.000 0.246 NA   NA
 5713483 5713484 CLD_3083 CLD_3082     TRUE 0.985 1.000 0.118 1.000   NA
 5713484 5713485 CLD_3082 CLD_3081   divIVA TRUE 0.989 16.000 0.579 NA   NA
 5713485 5713486 CLD_3081 CLD_3080 divIVA aroB FALSE 0.015 408.000 0.006 NA N NA
 5713486 5713487 CLD_3080 CLD_3079 aroB mtnN TRUE 0.960 1.000 0.003 1.000 N NA
 5713487 5713488 CLD_3079 CLD_3078 mtnN aroF TRUE 0.702 121.000 0.046 1.000 N NA
 5713488 5713489 CLD_3078 CLD_3077 aroF aroA TRUE 0.718 167.000 0.003 1.000 Y NA
 5713489 5713490 CLD_3077 CLD_3076 aroA   FALSE 0.083 217.000 0.000 1.000 N NA
 5713490 5713491 CLD_3076 CLD_3075   lspA FALSE 0.021 456.000 0.050 1.000 N NA
 5713491 5713492 CLD_3075 CLD_3074 lspA   TRUE 0.980 4.000 0.082 1.000 N NA
 5713492 5713493 CLD_3074 CLD_3073   pyrR FALSE 0.019 497.000 0.048 1.000 N NA
 5713493 5713494 CLD_3073 CLD_3072 pyrR   TRUE 0.964 44.000 0.140 1.000 Y NA
 5713494 5713495 CLD_3072 CLD_3071   xth FALSE 0.005 563.000 0.000 1.000 N NA
 5713495 5713496 CLD_3071 CLD_3070 xth   FALSE 0.318 224.000 0.000 1.000 Y NA
 5713496 5713497 CLD_3070 CLD_3069     FALSE 0.059 231.000 0.000 1.000   NA
 5713497 5713498 CLD_3069 CLD_3068   modA FALSE 0.349 178.000 0.015 1.000   NA
 5713498 5713499 CLD_3068 CLD_3067 modA modB TRUE 0.998 10.000 0.430 0.001 Y NA
 5713499 5713500 CLD_3067 CLD_3066 modB   FALSE 0.307 328.000 0.342 1.000 Y NA
 5713500 5713501 CLD_3066 CLD_3065     TRUE 0.687 54.000 0.013 NA   NA
 5713501 5713502 CLD_3065 CLD_3064     FALSE 0.010 348.000 0.000 NA   NA
 5713502 5713503 CLD_3064 CLD_3063     FALSE 0.018 300.000 0.000 NA   NA
 5713503 5713504 CLD_3063 CLD_3062     FALSE 0.021 291.000 0.000 NA   NA
 5713504 5713505 CLD_3062 CLD_3061     TRUE 0.912 48.000 0.308 NA N NA
 5713505 5713506 CLD_3061 CLD_3060     FALSE 0.305 142.000 0.000 NA   NA
 5713506 5713507 CLD_3060 CLD_3059     TRUE 0.778 88.000 0.147 NA   NA
 5713507 5713508 CLD_3059 CLD_3058     TRUE 0.972 23.000 0.235 NA   NA
 5713508 5713509 CLD_3058 CLD_3057   mtbC TRUE 0.957 26.000 0.118 1.000   NA
 5713509 5713510 CLD_3057 CLD_3056 mtbC   TRUE 0.773 85.000 0.118 1.000   NA
 5713510 5713511 CLD_3056 CLD_3055     FALSE 0.032 947.000 0.000 0.002 Y NA
 5713511 5713512 CLD_3055 CLD_3054     TRUE 0.945 23.000 0.044 1.000 N NA
 5713512 5713513 CLD_3054 CLD_3053     TRUE 0.996 2.000 0.178 1.000 Y NA
 5713513 5713514 CLD_3053 CLD_3052     TRUE 0.941 144.000 0.444 NA Y NA
 5713516 5713517 CLD_3050 CLD_3049   asnA FALSE 0.015 329.000 0.000 1.000 N NA
 5713519 5713520 CLD_3047 CLD_3046     TRUE 0.977 27.000 0.024 1.000 Y NA
 5713520 5713521 CLD_3046 CLD_3045     FALSE 0.017 317.000 0.000 1.000   NA
 5713523 5713524 CLD_3043 CLD_3042     TRUE 0.994 1.000 0.636 1.000 N NA
 5713524 5713525 CLD_3042 CLD_3041     TRUE 0.983 12.000 0.182 1.000   NA
 5713525 5713526 CLD_3041 CLD_3040     FALSE 0.009 361.000 0.000 NA   NA
 5713526 5713527 CLD_3040 CLD_3039     TRUE 0.964 13.000 0.041 NA   NA
 5713527 5713528 CLD_3039 CLD_3038     TRUE 0.996 -7.000 0.611 0.027 N NA
 5713528 5713529 CLD_3038 CLD_3037     TRUE 0.986 35.000 0.278 0.027 Y NA
 5713529 5713530 CLD_3037 CLD_3036     TRUE 0.968 46.000 0.121 0.027 Y NA
 5713536 5713537 CLD_3030 CLD_3029     TRUE 0.800 108.000 0.182 NA   NA
 5713537 5713538 CLD_3029 CLD_3028     FALSE 0.009 368.000 0.000 NA   NA
 5713538 5713539 CLD_3028 CLD_3027     FALSE 0.099 207.000 0.000 1.000 N NA
 5713539 5713540 CLD_3027 CLD_3026     TRUE 0.950 26.000 0.087 1.000 N NA
 5713542 5713543 CLD_3024 CLD_3023   ogt TRUE 0.880 29.000 0.014 NA   NA
 5713543 5713544 CLD_3023 CLD_3022 ogt   TRUE 0.901 27.000 0.014 1.000   NA
 5713544 5713545 CLD_3022 CLD_3021     TRUE 0.699 165.000 0.263 NA   NA
 5713545 5713546 CLD_3021 CLD_3020     TRUE 0.964 25.000 0.168 NA   NA
 5713546 5713547 CLD_3020 CLD_3019     FALSE 0.009 390.000 0.000 1.000   NA
 5713547 5713548 CLD_3019 CLD_3018     FALSE 0.010 373.000 0.000 1.000   NA
 5713548 5713549 CLD_3018 CLD_3017     TRUE 0.872 57.000 0.000 0.092 Y NA
 5713549 5713550 CLD_3017 CLD_3016     FALSE 0.008 486.000 0.000 0.092 N NA
 5713550 5713551 CLD_3016 CLD_3015     FALSE 0.007 437.000 0.000 1.000 N NA
 5713551 5713552 CLD_3015 CLD_3014     FALSE 0.337 95.000 0.000 NA   NA
 5713552 5713553 CLD_3014 CLD_3013     FALSE 0.066 381.000 0.250 NA   NA
 5713553 5713554 CLD_3013 CLD_3012     FALSE 0.358 110.000 0.000 NA   NA
 5713557 5713558 CLD_3009 CLD_3008     TRUE 0.987 14.000 0.386 NA   NA
 5713559 5713560 CLD_3007 CLD_3006     TRUE 0.799 120.000 0.143 1.000 N NA
 5713560 5713561 CLD_3006 CLD_3005     TRUE 0.993 11.000 0.750 1.000   NA
 5713561 5713562 CLD_3005 CLD_3004     TRUE 0.994 0.000 0.667 NA   NA
 5713562 5713563 CLD_3004 CLD_3003     TRUE 0.869 132.000 0.500 NA N NA
 5713564 5713565 CLD_3002 CLD_3001     TRUE 0.747 58.000 0.051 NA   NA
 5713566 5713567 CLD_3000 CLD_2999   hgdC TRUE 0.907 117.000 0.722 NA N NA
 5713567 5713568 CLD_2999 CLD_2998 hgdC   TRUE 0.973 18.000 0.135 NA N NA
 5713568 5713569 CLD_2998 CLD_2997     TRUE 0.992 2.000 0.405 1.000 N NA
 5713569 5713570 CLD_2997 CLD_2996   folE TRUE 0.991 4.000 0.429 1.000 N NA
 5713570 5713571 CLD_2996 CLD_2995 folE   FALSE 0.315 184.000 0.015 1.000   NA
 5713571 5713572 CLD_2995 CLD_2994     FALSE 0.020 294.000 0.000 NA   NA
 5713572 5713573 CLD_2994 CLD_2993     FALSE 0.286 148.000 0.000 NA   NA
 5713573 5713574 CLD_2993 CLD_2992     FALSE 0.170 175.000 0.000 NA   NA
 5713574 5713575 CLD_2992 CLD_2991     FALSE 0.014 322.000 0.000 NA   NA
 5713575 5713576 CLD_2991 CLD_2990     TRUE 0.943 22.000 0.040 NA   NA
 5713576 5713577 CLD_2990 CLD_2989   deoC FALSE 0.098 292.000 0.077 1.000 N NA
 5713577 5713578 CLD_2989 CLD_2988 deoC rbsK FALSE 0.036 343.000 0.026 1.000 N NA
 5713578 5713579 CLD_2988 CLD_2987 rbsK hisZ FALSE 0.006 457.000 0.000 1.000 N NA
 5713579 5713580 CLD_2987 CLD_2986 hisZ hisG TRUE 0.993 25.000 0.239 0.004 Y NA
 5713580 5713581 CLD_2986 CLD_2985 hisG hisD TRUE 0.955 78.000 0.254 0.004 Y NA
 5713581 5713582 CLD_2985 CLD_2984 hisD hisB TRUE 0.911 150.000 0.096 0.004 Y NA
 5713582 5713583 CLD_2984 CLD_2983 hisB hisH TRUE 0.938 128.000 0.125 0.004 Y NA
 5713583 5713584 CLD_2983 CLD_2982 hisH hisA TRUE 0.997 -3.000 0.124 0.004 Y NA
 5713584 5713585 CLD_2982 CLD_2981 hisA hisC TRUE 0.994 -3.000 0.004 0.004 Y NA
 5713585 5713586 CLD_2981 CLD_2980 hisC hisF TRUE 0.635 196.000 0.002 0.004 Y NA
 5713586 5713587 CLD_2980 CLD_2979 hisF hisI TRUE 0.955 146.000 0.430 0.004 Y NA
 5713587 5713588 CLD_2979 CLD_2978 hisI hisE TRUE 0.942 128.000 0.152 0.004 Y NA
 5713588 5713589 CLD_2978 CLD_2977 hisE   TRUE 0.520 132.000 0.005 NA   NA
 5713589 5713590 CLD_2977 CLD_2976     TRUE 0.983 14.000 0.231 NA   NA
 5713590 5713591 CLD_2976 CLD_2975     TRUE 0.981 18.000 0.267 NA   NA
 5713593 5713594 CLD_2973 CLD_2972     TRUE 0.726 81.000 0.070 1.000   NA
 5713594 5713595 CLD_2972 CLD_2971     TRUE 0.584 153.000 0.047 NA   NA
 5713595 5713596 CLD_2971 CLD_2970     FALSE 0.016 307.000 0.000 NA   NA
 5713596 5713597 CLD_2970 CLD_2969     TRUE 0.972 3.000 0.041 NA   NA
 5713597 5713598 CLD_2969 CLD_2968     TRUE 0.992 3.000 0.490 NA   NA
 5713598 5713599 CLD_2968 CLD_2967     TRUE 0.857 117.000 0.352 NA   NA
 5713599 5713600 CLD_2967 CLD_2966     TRUE 0.999 -9.000 0.741 0.019 Y NA
 5713600 5713601 CLD_2966 CLD_2965   arcA FALSE 0.005 564.000 0.000 1.000 N NA
 5713601 5713602 CLD_2965 CLD_2964 arcA arcD TRUE 0.871 103.000 0.022 1.000 Y NA
 5713604 5713605 CLD_2962 CLD_2961     FALSE 0.009 369.000 0.000 NA   NA
 5713605 5713606 CLD_2961 CLD_2960     TRUE 0.573 40.000 0.000 NA   NA
 5713608 5713609 CLD_2958 CLD_2957     FALSE 0.404 190.000 0.067 1.000   NA
 5713609 5713610 CLD_2957 CLD_2956     FALSE 0.007 419.000 0.000 1.000   NA
 5713610 5713611 CLD_2956 CLD_2955     FALSE 0.046 247.000 0.000 1.000   NA
 5713611 5713612 CLD_2955 CLD_2954     TRUE 0.771 149.000 0.222 1.000 N NA
 5713612 5713613 CLD_2954 CLD_2953     TRUE 0.999 -6.000 0.900 0.006 Y NA
 5713613 5713614 CLD_2953 CLD_2952     FALSE 0.009 392.000 0.000 1.000 N NA
 5713614 5713615 CLD_2952 CLD_2951     FALSE 0.129 294.000 0.000 1.000 Y NA
 5713615 5713616 CLD_2951 CLD_2950     FALSE 0.224 250.000 0.000 1.000 Y NA
 5713616 5713617 CLD_2950 CLD_2949     TRUE 0.968 42.000 0.167 1.000 Y NA
 5713617 5713618 CLD_2949 CLD_2948     TRUE 0.993 4.000 0.610 NA   NA
 5713618 5713619 CLD_2948 CLD_2947     FALSE 0.057 226.000 0.000 NA   NA
 5713621 5713622 CLD_2945 CLD_2944     TRUE 0.884 102.000 0.600 NA   NA
 5713623 5713624 CLD_2943 CLD_2942     TRUE 0.978 38.000 0.261 1.000 Y NA
 5713626 5713627 CLD_2940 CLD_2939     TRUE 0.983 12.000 0.171 1.000   NA
 5713628 5713629 CLD_2938 CLD_2937     TRUE 0.745 190.000 1.000 NA   NA
 5713631 5713632 CLD_2935 CLD_2934 metF   TRUE 0.647 161.000 0.045 0.002   NA
 5713632 5713633 CLD_2934 CLD_2933     TRUE 0.990 -10.000 0.075 0.001   NA
 5713634 5713635 CLD_2932 CLD_2931     FALSE 0.414 59.000 0.000 NA   NA
 5713636 5713637 CLD_2930 CLD_2929     FALSE 0.004 601.000 0.000 NA   NA
 5713637 5713638 CLD_2929 CLD_2928     TRUE 0.995 -7.000 0.667 NA   NA
 5713638 5713639 CLD_2928 CLD_2927   acoR FALSE 0.010 350.000 0.000 NA   NA
 5713639 5713640 CLD_2927 CLD_2926 acoR   TRUE 0.633 169.000 0.182 NA   NA
 5713640 5713641 CLD_2926 CLD_2925   acoA TRUE 0.955 21.000 0.065 NA   NA
 5713641 5713642 CLD_2925 CLD_2924 acoA acoB TRUE 0.996 3.000 0.076 0.001 Y NA
 5713642 5713643 CLD_2924 CLD_2923 acoB acoX TRUE 0.890 53.000 0.162 0.051   NA
 5713643 5713644 CLD_2923 CLD_2922 acoX acoC TRUE 0.921 36.000 0.081 0.051   NA
 5713644 5713645 CLD_2922 CLD_2921 acoC acoL TRUE 0.994 13.000 0.148 1.000 Y NA
 5713645 5713646 CLD_2921 CLD_2920 acoL   TRUE 0.950 25.000 0.074 1.000 N NA
 5713646 5713647 CLD_2920 CLD_2919     FALSE 0.009 388.000 0.000 1.000 N NA
 5713647 5713648 CLD_2919 CLD_2918     TRUE 0.996 -7.000 0.793 0.091 N NA
 5713648 5713649 CLD_2918 CLD_2917   thrC FALSE 0.025 290.000 0.000 1.000 N NA
 5713649 5713650 CLD_2917 CLD_2916 thrC thrB TRUE 0.996 10.000 0.233 1.000 Y NA
 5713650 5713651 CLD_2916 CLD_2915 thrB   TRUE 0.853 127.000 0.008 1.000 Y NA
 5713651 5713652 CLD_2915 CLD_2914   hom FALSE 0.514 223.000 0.010 0.002 Y NA
 5713652 5713653 CLD_2914 CLD_2913 hom   FALSE 0.004 657.000 0.000 1.000 N NA
 5713653 5713654 CLD_2913 CLD_2912     FALSE 0.005 510.000 0.000 1.000 N NA
 5713654 5713655 CLD_2912 CLD_2911     FALSE 0.072 345.000 0.000 1.000 Y NA
 5713655 5713656 CLD_2911 CLD_2910   gltA TRUE 0.995 0.000 0.667 0.042 N NA
 5713656 5713657 CLD_2910 CLD_2909 gltA   FALSE 0.062 229.000 0.000 1.000 N NA
 5713657 5713658 CLD_2909 CLD_2908     TRUE 0.895 7.000 0.000 NA   NA
 5713658 5713659 CLD_2908 CLD_2907     FALSE 0.004 569.000 0.000 NA   NA
 5713659 5713660 CLD_2907 CLD_2906     FALSE 0.006 440.000 0.000 NA   NA
 5713660 5713661 CLD_2906 CLD_2905     FALSE 0.337 95.000 0.000 NA   NA
 5713661 5713662 CLD_2905 CLD_2904     FALSE 0.150 180.000 0.000 NA   NA
 5713662 5713663 CLD_2904 CLD_2903     FALSE 0.010 357.000 0.000 NA   NA
 5713663 5713664 CLD_2903 CLD_2902     FALSE 0.022 285.000 0.000 NA   NA
 5713664 5713665 CLD_2902 CLD_2901     FALSE 0.007 408.000 0.000 NA   NA
 5713665 5713666 CLD_2901 CLD_2900     FALSE 0.003 999.000 0.000 NA   NA
 5713666 5713667 CLD_2900 CLD_2899     TRUE 0.959 33.000 0.379 NA   NA
 5713667 5713668 CLD_2899 CLD_2898   alr FALSE 0.005 451.000 0.000 NA   NA
 5713668 5713669 CLD_2898 CLD_2897 alr   FALSE 0.006 459.000 0.000 1.000 N NA
 5713669 5713670 CLD_2897 CLD_2896     TRUE 0.672 88.000 0.016 0.091   NA
 5713670 5713671 CLD_2896 CLD_2895     FALSE 0.043 240.000 0.000 NA   NA
 5713673 5713674 CLD_2893 CLD_2892     FALSE 0.003 911.000 0.000 NA   NA
 5713675 5713676 CLD_2891 CLD_2890     FALSE 0.302 143.000 0.000 NA   NA
 5713679 5713680 CLD_2887 CLD_2886     TRUE 0.625 137.000 0.027 1.000 N NA
 5713680 5713681 CLD_2886 CLD_2885     TRUE 0.998 14.000 0.667 0.027 Y NA
 5713681 5713682 CLD_2885 CLD_2884     TRUE 0.999 4.000 1.000 0.027 Y NA
 5713682 5713683 CLD_2884 CLD_2883     TRUE 0.959 31.000 0.265 1.000   NA
 5713685 5713686 CLD_2881 CLD_2880     FALSE 0.028 270.000 0.000 NA   NA
 5713686 5713687 CLD_2880 CLD_2879     FALSE 0.004 646.000 0.000 1.000   NA
 5713687 5713688 CLD_2879 CLD_2878     FALSE 0.506 151.000 0.011 1.000 N NA
 5713688 5713689 CLD_2878 CLD_2877     TRUE 0.970 -7.000 0.016 NA   NA
 5713689 5713690 CLD_2877 CLD_2876   fruK TRUE 0.983 26.000 0.721 NA   NA
 5713692 5713693 CLD_2874 CLD_2873     TRUE 0.853 152.000 0.667 NA   NA
 5713695 5713696 CLD_2871 CLD_2870     TRUE 0.617 37.000 0.000 NA   NA
 5713697 5713698 CLD_2869 CLD_2868 safA   FALSE 0.007 403.000 0.000 NA   NA
 5713699 5713700 CLD_2867 CLD_2866     FALSE 0.010 376.000 0.000 1.000 N NA
 5713702 5713703 CLD_2864 CLD_2863     FALSE 0.004 571.000 0.000 NA   NA
 5713703 5713704 CLD_2863 CLD_2862     TRUE 0.930 -28.000 0.000 NA   NA
 5713706 5713707 CLD_2860 CLD_2859     FALSE 0.016 323.000 0.000 1.000   NA
 5713707 5713708 CLD_2859 CLD_2858   deaD FALSE 0.309 179.000 0.006 1.000   NA
 5713708 5713709 CLD_2858 CLD_2857 deaD   TRUE 0.520 154.000 0.025 NA   NA
 5713709 5713710 CLD_2857 CLD_2856     FALSE 0.007 394.000 0.000 NA   NA
 5713710 5713711 CLD_2856 CLD_2855     FALSE 0.008 406.000 0.000 1.000   NA
 5713713 5713714 CLD_2853 CLD_2852     FALSE 0.402 61.000 0.000 NA   NA
 5713714 5713715 CLD_2852 CLD_2851   cheX TRUE 0.984 0.000 0.100 NA N NA
 5713717 5713718 CLD_2849 CLD_2848     TRUE 0.605 61.000 0.000 0.002   NA
 5713718 5713719 CLD_2848 CLD_2847     FALSE 0.004 1401.000 0.000 1.000   NA
 5713722 5713723 CLD_2844 CLD_2843   hfq TRUE 0.711 101.000 0.064 1.000   NA
 5713723 5713724 CLD_2843 CLD_2842 hfq miaA TRUE 0.809 86.000 0.192 1.000   NA
 5713724 5713725 CLD_2842 CLD_2841 miaA   TRUE 0.973 16.000 0.097 1.000 N NA
 5713725 5713726 CLD_2841 CLD_2840   mutS TRUE 0.937 146.000 0.220 0.003 Y NA
 5713726 5713727 CLD_2840 CLD_2839 mutS miaB TRUE 0.688 80.000 0.041 1.000 N NA
 5713728 5713729 CLD_2838 CLD_2837     TRUE 0.731 85.000 0.087 NA   NA
 5713729 5713730 CLD_2837 CLD_2836   aspB TRUE 0.650 56.000 0.008 NA   NA
 5713731 5713732 CLD_2835 CLD_2834     TRUE 0.884 82.000 0.571 NA   NA
 5713732 5713733 CLD_2834 CLD_2833     FALSE 0.039 248.000 0.000 NA   NA
 5713733 5713734 CLD_2833 CLD_2832   cmk TRUE 0.723 64.000 0.047 1.000 N NA
 5713734 5713735 CLD_2832 CLD_2831 cmk aroH TRUE 0.630 76.000 0.020 1.000 N NA
 5713735 5713736 CLD_2831 CLD_2830 aroH   TRUE 0.973 0.000 0.024 1.000   NA
 5713736 5713737 CLD_2830 CLD_2829   gluD FALSE 0.023 294.000 0.000 1.000   NA
 5713737 5713738 CLD_2829 CLD_2828 gluD   FALSE 0.194 235.000 0.068 1.000 N NA
 5713738 5713739 CLD_2828 CLD_2827   rluB FALSE 0.022 382.000 0.013 1.000 N NA
 5713739 5713740 CLD_2827 CLD_2826 rluB   FALSE 0.006 416.000 0.000 NA   NA
 5713740 5713741 CLD_2826 CLD_2825     FALSE 0.338 98.000 0.000 NA   NA
 5713741 5713742 CLD_2825 CLD_2824     FALSE 0.020 294.000 0.000 NA   NA
 5713743 5713744 CLD_2823 CLD_2822     FALSE 0.010 375.000 0.000 1.000   NA
 5713745 5713746 CLD_2821 CLD_2820     TRUE 0.974 2.000 0.034 1.000   NA
 5713746 5713747 CLD_2820 CLD_2819     TRUE 0.780 115.000 0.111 1.000   NA
 5713747 5713748 CLD_2819 CLD_2818     TRUE 0.746 131.000 0.111 NA   NA
 5713750 5713751 CLD_2816 CLD_2815 pcaC   FALSE 0.354 138.000 0.000 1.000   NA
 5713751 5713752 CLD_2815 CLD_2814     FALSE 0.136 185.000 0.000 NA   NA
 5713752 5713753 CLD_2814 CLD_2813     FALSE 0.049 233.000 0.000 NA   NA
 5713753 5713754 CLD_2813 CLD_2812     TRUE 0.974 -19.000 0.019 NA   NA
 5713755 5713756 CLD_2811 CLD_2810     TRUE 0.987 3.000 0.200 1.000   NA
 5713756 5713757 CLD_2810 CLD_2809     TRUE 0.986 -3.000 0.111 1.000   NA
 5713757 5713758 CLD_2809 CLD_2808     TRUE 0.644 148.000 0.056 1.000   NA
 5713759 5713760 CLD_2807 CLD_2806 hypE hypD TRUE 0.893 168.000 0.353 1.000 Y NA
 5713760 5713761 CLD_2806 CLD_2805 hypD   TRUE 0.997 -7.000 0.363 NA Y NA
 5713761 5713762 CLD_2805 CLD_2804   hypF TRUE 0.997 -37.000 0.181 NA Y NA
 5713762 5713763 CLD_2804 CLD_2803 hypF   TRUE 0.967 -16.000 0.008 NA   NA
 5713763 5713764 CLD_2803 CLD_2802     FALSE 0.036 255.000 0.000 NA   NA
 5713764 5713765 CLD_2802 CLD_2801     FALSE 0.494 160.000 0.022 1.000   NA
 5713765 5713766 CLD_2801 CLD_2800   hupL TRUE 0.975 33.000 0.079 1.000 Y NA
 5713766 5713767 CLD_2800 CLD_2799 hupL hupS TRUE 0.975 102.000 0.778 0.001 Y NA
 5713768 5713769 CLD_2798 CLD_2797     FALSE 0.005 453.000 0.000 NA   NA
 5713769 5713770 CLD_2797 CLD_2796     FALSE 0.089 206.000 0.000 NA   NA
 5713770 5713771 CLD_2796 CLD_2795     FALSE 0.003 892.000 0.000 NA   NA
 5713772 5713773 CLD_2794 CLD_2793     FALSE 0.011 361.000 0.000 1.000   NA
 5713773 5713774 CLD_2793 CLD_2792     TRUE 0.970 20.000 0.048 0.001   NA
 5713774 5713775 CLD_2792 CLD_2791     TRUE 0.996 12.000 0.154 0.001 Y NA
 5713775 5713776 CLD_2791 CLD_2790     FALSE 0.005 498.000 0.000 1.000 N NA
 5713776 5713777 CLD_2790 CLD_2789     FALSE 0.035 259.000 0.000 NA N NA
 5713780 5713781 CLD_2786 CLD_2785   ytfJ FALSE 0.370 68.000 0.000 NA   NA
 5713782 5713783 CLD_2784 CLD_2783 scpB scpA TRUE 0.994 -7.000 0.570 NA   NA
 5713783 5713784 CLD_2783 CLD_2782 scpA   TRUE 0.968 -25.000 0.006 NA   NA
 5713784 5713785 CLD_2782 CLD_2781   dacF FALSE 0.151 225.000 0.021 NA   NA
 5713785 5713786 CLD_2781 CLD_2780 dacF   TRUE 0.605 123.000 0.018 NA   NA
 5713786 5713787 CLD_2780 CLD_2779     FALSE 0.239 159.000 0.000 NA   NA
 5713787 5713788 CLD_2779 CLD_2778     TRUE 0.569 142.000 0.024 NA   NA
 5713788 5713789 CLD_2778 CLD_2777   pdp TRUE 0.703 107.000 0.061 NA   NA
 5713789 5713790 CLD_2777 CLD_2776 pdp punA FALSE 0.141 286.000 0.000 1.000 Y NA
 5713790 5713791 CLD_2776 CLD_2775 punA xerD TRUE 0.779 38.000 0.004 1.000 N NA
 5713791 5713792 CLD_2775 CLD_2774 xerD   TRUE 0.663 52.000 0.004 NA   NA
 5713792 5713793 CLD_2774 CLD_2773     TRUE 0.977 -9.000 0.034 NA   NA
 5713795 5713796 CLD_2771 CLD_2770     FALSE 0.005 484.000 0.000 1.000 N NA
 5713796 5713797 CLD_2770 CLD_2769     FALSE 0.003 815.000 0.000 NA   NA
 5713797 5713798 CLD_2769 CLD_2768     FALSE 0.005 474.000 0.000 NA   NA
 5713798 5713799 CLD_2768 CLD_2767     FALSE 0.003 1445.000 0.000 NA   NA
 5713799 5713800 CLD_2767 CLD_2766     FALSE 0.037 253.000 0.000 NA   NA
 5713800 5713801 CLD_2766 CLD_2765   spo0A FALSE 0.104 262.000 0.027 1.000   NA
 5713801 5713802 CLD_2765 CLD_2764 spo0A spoIVB FALSE 0.063 430.000 0.393 1.000   NA
 5713802 5713803 CLD_2764 CLD_2763 spoIVB metA FALSE 0.007 423.000 0.000 1.000   NA
 5713803 5713804 CLD_2763 CLD_2762 metA hom TRUE 0.972 27.000 0.005 1.000 Y NA
 5713804 5713805 CLD_2762 CLD_2761 hom   TRUE 0.943 40.000 0.017 1.000 Y NA
 5713805 5713806 CLD_2761 CLD_2760   recN FALSE 0.021 299.000 0.000 1.000 N NA
 5713806 5713807 CLD_2760 CLD_2759 recN argR TRUE 0.975 13.000 0.086 1.000 N NA
 5713807 5713808 CLD_2759 CLD_2758 argR ppnK TRUE 0.984 2.000 0.117 1.000 N NA
 5713808 5713809 CLD_2758 CLD_2757 ppnK   TRUE 0.986 0.000 0.120 1.000 N NA
 5713809 5713810 CLD_2757 CLD_2756   dxs TRUE 0.972 22.000 0.189 1.000 N NA
 5713810 5713811 CLD_2756 CLD_2755 dxs   TRUE 0.974 1.000 0.037 NA   NA
 5713811 5713812 CLD_2755 CLD_2754   ispA FALSE 0.003 803.000 0.000 NA   NA
 5713812 5713813 CLD_2754 CLD_2753 ispA xseB TRUE 0.706 125.000 0.053 1.000 N NA
 5713813 5713814 CLD_2753 CLD_2752 xseB xseA TRUE 0.968 117.000 0.412 0.001 Y NA
 5713814 5713815 CLD_2752 CLD_2751 xseA nusB TRUE 0.699 71.000 0.043 1.000 N NA
 5713815 5713816 CLD_2751 CLD_2750 nusB asp TRUE 0.793 139.000 0.223 NA   NA
 5713816 5713817 CLD_2750 CLD_2749 asp   TRUE 0.754 82.000 0.108 NA   NA
 5713817 5713818 CLD_2749 CLD_2748     TRUE 0.885 62.000 0.407 NA   NA
 5713818 5713819 CLD_2748 CLD_2747   spoIIIAF TRUE 0.902 139.000 0.907 NA   NA
 5713819 5713820 CLD_2747 CLD_2746 spoIIIAF   TRUE 0.972 36.000 0.918 NA   NA
 5713820 5713821 CLD_2746 CLD_2745     TRUE 0.994 9.000 0.864 NA   NA
 5713821 5713822 CLD_2745 CLD_2744     TRUE 0.985 27.000 0.895 NA   NA
 5713822 5713823 CLD_2744 CLD_2743     TRUE 0.961 42.000 0.926 NA   NA
 5713823 5713824 CLD_2743 CLD_2742     TRUE 0.960 37.000 0.604 NA   NA
 5713824 5713825 CLD_2742 CLD_2741     FALSE 0.425 196.000 0.112 NA   NA
 5713825 5713826 CLD_2741 CLD_2740   efp TRUE 0.821 41.000 0.037 NA   NA
 5713826 5713827 CLD_2740 CLD_2739 efp aroQ TRUE 0.586 89.000 0.010 1.000 N NA
 5713827 5713828 CLD_2739 CLD_2738 aroQ aroK TRUE 0.806 155.000 0.015 1.000 Y NA
 5713828 5713829 CLD_2738 CLD_2737 aroK   TRUE 0.571 139.000 0.020 NA   NA
 5713829 5713830 CLD_2737 CLD_2736     TRUE 0.994 6.000 1.000 NA   NA
 5713830 5713831 CLD_2736 CLD_2735     TRUE 0.985 16.000 0.333 NA   NA
 5713831 5713832 CLD_2735 CLD_2734     TRUE 0.976 28.000 0.500 NA   NA
 5713832 5713833 CLD_2734 CLD_2733     TRUE 0.994 -21.000 0.500 NA   NA
 5713833 5713834 CLD_2733 CLD_2732     TRUE 0.993 -3.000 0.500 NA   NA
 5713834 5713835 CLD_2732 CLD_2731     TRUE 0.995 -19.000 0.667 NA   NA
 5713835 5713836 CLD_2731 CLD_2730     FALSE 0.056 404.000 0.250 NA   NA
 5713836 5713837 CLD_2730 CLD_2729     FALSE 0.132 186.000 0.000 NA   NA
 5713837 5713838 CLD_2729 CLD_2728     FALSE 0.014 319.000 0.000 NA   NA
 5713838 5713839 CLD_2728 CLD_2727     FALSE 0.390 63.000 0.000 NA   NA
 5713839 5713840 CLD_2727 CLD_2726     TRUE 0.684 33.000 0.000 NA   NA
 5713840 5713841 CLD_2726 CLD_2725     TRUE 0.904 3.000 0.000 NA   NA
 5713841 5713842 CLD_2725 CLD_2724     TRUE 0.899 5.000 0.000 NA   NA
 5713842 5713843 CLD_2724 CLD_2723     TRUE 0.790 25.000 0.000 NA   NA
 5713843 5713844 CLD_2723 CLD_2722     FALSE 0.350 125.000 0.000 NA   NA
 5713844 5713845 CLD_2722 CLD_2721     TRUE 0.994 0.000 0.714 NA   NA
 5713845 5713846 CLD_2721 CLD_2720     TRUE 0.991 0.000 0.000 0.004 Y NA
 5713846 5713847 CLD_2720 CLD_2719     FALSE 0.266 153.000 0.000 NA   NA
 5713847 5713848 CLD_2719 CLD_2718     TRUE 0.727 145.000 0.135 NA   NA
 5713848 5713849 CLD_2718 CLD_2717     FALSE 0.282 149.000 0.000 NA   NA
 5713849 5713850 CLD_2717 CLD_2716     FALSE 0.337 96.000 0.000 NA   NA
 5713850 5713851 CLD_2716 CLD_2715   dapF TRUE 0.955 1.000 0.003 NA   NA
 5713852 5713853 CLD_2714 CLD_2713   truA TRUE 0.558 69.000 0.005 NA N NA
 5713854 5713855 CLD_2712 CLD_2711     TRUE 0.635 36.000 0.000 NA   NA
 5713857 5713858 CLD_2709 CLD_2708     FALSE 0.004 505.000 0.000 NA   NA
 5713858 5713859 CLD_2708 CLD_2707   cloSI FALSE 0.006 470.000 0.000 1.000   NA
 5713860 5713861 CLD_2706 CLD_2705     TRUE 0.990 2.000 0.333 NA   NA
 5713861 5713862 CLD_2705 CLD_2704     TRUE 0.999 -10.000 0.857 1.000 Y NA
 5713865 5713866 CLD_2701 CLD_2700     TRUE 0.998 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 5713866 5713867 CLD_2700 CLD_2699     FALSE 0.343 91.000 0.000 NA   NA
 5713867 5713868 CLD_2699 CLD_2698     FALSE 0.063 223.000 0.000 NA   NA
 5713868 5713869 CLD_2698 CLD_2697     TRUE 0.826 162.000 0.714 NA   NA
 5713869 5713870 CLD_2697 CLD_2696     TRUE 0.994 0.000 0.625 NA   NA
 5713872 5713873 CLD_2694 CLD_2693     TRUE 0.999 -3.000 0.933 0.006 Y NA
 5713874 5713875 CLD_2692 CLD_2691   bltD FALSE 0.397 113.000 0.000 1.000   NA
 5713876 5713877 CLD_2690 CLD_2689 moeB moaD TRUE 0.993 2.000 0.571 1.000   NA
 5713877 5713878 CLD_2689 CLD_2688 moaD aor FALSE 0.081 283.000 0.033 1.000   NA
 5713878 5713879 CLD_2688 CLD_2687 aor aorR FALSE 0.007 419.000 0.000 1.000 N NA
 5713879 5713880 CLD_2687 CLD_2686 aorR   TRUE 0.933 50.000 0.500 1.000   NA
 5713880 5713881 CLD_2686 CLD_2685   moaC TRUE 0.960 2.000 0.006 1.000   NA
 5713881 5713882 CLD_2685 CLD_2684 moaC moaA TRUE 0.995 4.000 0.071 0.002 Y NA
 5713882 5713883 CLD_2684 CLD_2683 moaA   TRUE 0.940 59.000 0.053 0.002 Y NA
 5713883 5713884 CLD_2683 CLD_2682   moeA TRUE 0.998 12.000 0.481 0.002 Y NA
 5713884 5713885 CLD_2682 CLD_2681 moeA mog TRUE 0.985 24.000 0.017 0.002 Y NA
 5713885 5713886 CLD_2681 CLD_2680 mog tupC FALSE 0.205 202.000 0.006 1.000 N