MicrobesOnline Operon Predictions for Cellvibrio japonicus Ueda107

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5707942 5707943 CJA_0001 CJA_0002 dnaA dnaN TRUE 0.971 71.000 0.328 1.000 Y NA
 5707943 5707944 CJA_0002 CJA_0003 dnaN recF TRUE 0.982 34.000 0.318 1.000 Y NA
 5707944 5707945 CJA_0003 CJA_0004 recF gyrB TRUE 0.978 70.000 0.249 0.004 Y NA
 5707945 5707946 CJA_0004 CJA_0005 gyrB   FALSE 0.120 130.000 0.000 NA   NA
 5707950 5707951 CJA_0009 CJA_0010 nrtA   TRUE 0.999 3.000 0.703 NA Y NA
 5707951 5707952 CJA_0010 CJA_0011   nrtC TRUE 1.000 5.000 0.730 0.002 Y NA
 5707952 5707953 CJA_0011 CJA_0012 nrtC cynS TRUE 0.988 12.000 0.128 1.000 Y NA
 5707953 5707954 CJA_0012 CJA_0013 cynS   TRUE 0.917 9.000 0.011 NA   NA
 5707954 5707955 CJA_0013 CJA_0014     FALSE 0.038 202.000 0.000 NA   NA
 5707955 5707956 CJA_0014 CJA_0015     TRUE 0.871 -13.000 0.015 NA   NA
 5707956 5707957 CJA_0015 CJA_0016     TRUE 0.734 12.000 0.000 NA   NA
 5707957 5707958 CJA_0016 CJA_0017     FALSE 0.301 69.000 0.000 NA   NA
 5707958 5707959 CJA_0017 CJA_0018     FALSE 0.005 700.000 0.000 NA   NA
 5707959 5707960 CJA_0018 CJA_0020   cbp35A FALSE 0.006 558.000 0.000 NA   NA
 5707961 5707962 CJA_0019 CJA_0021     TRUE 0.587 -28.000 0.000 NA   NA
 5707962 5707963 CJA_0021 CJA_0022     TRUE 0.998 0.000 0.763 NA   NA
 5707963 5707964 CJA_0022 CJA_0023     TRUE 0.626 62.000 0.000 0.021   NA
 5707965 5707966 CJA_0024 CJA_0025 leuA   FALSE 0.010 515.000 0.000 1.000 N NA
 5707968 5707969 CJA_0027 CJA_0028     TRUE 0.998 12.000 0.800 NA Y NA
 5707969 5707970 CJA_0028 CJA_0029     FALSE 0.036 425.000 0.000 NA Y NA
 5707970 5707971 CJA_0029 CJA_0030     TRUE 0.985 7.000 0.059 NA Y NA
 5707971 5707972 CJA_0030 CJA_0031     TRUE 0.999 -3.000 0.800 NA Y NA
 5707972 5707973 CJA_0031 CJA_0032     TRUE 0.780 52.000 0.069 NA N NA
 5707974 5707975 CJA_0033 CJA_0034     TRUE 0.828 -3.000 0.000 NA   NA
 5707976 5707977 CJA_0035 CJA_0036     TRUE 0.908 92.000 0.353 NA   NA
 5707977 5707978 CJA_0036 CJA_0037   rstA TRUE 0.876 25.000 0.072 NA   NA
 5707978 5707979 CJA_0037 CJA_0038 rstA   TRUE 0.983 10.000 0.048 1.000 Y NA
 5707979 5707980 CJA_0038 CJA_0039     FALSE 0.007 619.000 0.000 1.000   NA
 5707980 5707981 CJA_0039 CJA_0040     TRUE 0.986 51.000 1.000 NA   NA
 5707981 5707982 CJA_0040 CJA_0041   pme8A FALSE 0.212 97.000 0.000 NA   NA
 5707982 5707983 CJA_0041 CJA_0042 pme8A pel1D FALSE 0.089 386.000 0.000 0.006 Y NA
 5707983 5707984 CJA_0042 CJA_0043 pel1D   FALSE 0.070 165.000 0.000 NA   NA
 5707984 5707985 CJA_0043 CJA_0044   pel1C FALSE 0.219 95.000 0.000 NA   NA
 5707985 5707986 CJA_0044 CJA_0045 pel1C pel1F FALSE 0.033 367.000 0.000 0.006   NA
 5707986 5707987 CJA_0045 CJA_0046 pel1F   FALSE 0.007 835.000 0.000 1.000 N NA
 5707987 5707988 CJA_0046 CJA_0047     TRUE 1.000 0.000 0.881 0.001 Y NA
 5707988 5707989 CJA_0047 CJA_0048     TRUE 1.000 -3.000 0.976 0.001 Y NA
 5707989 5707990 CJA_0048 CJA_0049     TRUE 0.996 34.000 0.944 1.000 Y NA
 5707990 5707991 CJA_0049 CJA_0050     TRUE 0.999 -18.000 0.937 0.066 Y NA
 5707991 5707992 CJA_0050 CJA_0051     TRUE 0.999 10.000 0.937 1.000 Y NA
 5707995 5707996 CJA_0054 CJA_0055 uvs118 uvs117 TRUE 0.753 16.000 0.000 1.000 N NA
 5707996 5707997 CJA_0055 CJA_0056 uvs117 glyS TRUE 0.864 52.000 0.123 1.000 N NA
 5707997 5707998 CJA_0056 CJA_0057 glyS glyQ TRUE 1.000 0.000 0.651 0.001 Y NA
 5708001 5708002 CJA_0060 CJA_0061 uvs111 uvs110 FALSE 0.081 184.000 0.000 1.000 N NA
 5708002 5708003 CJA_0061 CJA_0062 uvs110   TRUE 0.851 33.000 0.090 NA   NA
 5708003 5708004 CJA_0062 CJA_0063     TRUE 0.998 -3.000 0.923 NA   NA
 5708004 5708005 CJA_0063 CJA_0064     FALSE 0.223 110.000 0.000 1.000   NA
 5708005 5708006 CJA_0064 CJA_0065     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 5708006 5708007 CJA_0065 CJA_0066   gt4G FALSE 0.278 78.000 0.000 NA   NA
 5708007 5708008 CJA_0066 CJA_0067 gt4G   TRUE 0.960 -13.000 0.106 1.000 N NA
 5708008 5708009 CJA_0067 CJA_0068     TRUE 0.977 -3.000 0.085 1.000   NA
 5708009 5708010 CJA_0068 CJA_0070     TRUE 0.854 3.000 0.000 NA   NA
 5708011 5708012 CJA_0069 CJA_0071     FALSE 0.264 82.000 0.000 NA   NA
 5708012 5708013 CJA_0071 CJA_0072     FALSE 0.384 38.000 0.000 NA   NA
 5708013 5708014 CJA_0072 CJA_0073   cheB TRUE 0.958 22.000 0.103 0.015   NA
 5708014 5708015 CJA_0073 CJA_0074 cheB pilL TRUE 0.981 20.000 0.217 0.015   NA
 5708015 5708016 CJA_0074 CJA_0075 pilL pilK TRUE 0.994 10.000 0.217 1.000 Y NA
 5708016 5708017 CJA_0075 CJA_0076 pilK pilJ TRUE 0.965 54.000 0.241 1.000 Y NA
 5708017 5708018 CJA_0076 CJA_0077 pilJ pilI TRUE 0.990 106.000 0.795 0.015 Y NA
 5708018 5708019 CJA_0077 CJA_0078 pilI pilH TRUE 0.799 90.000 0.025 1.000 Y NA
 5708019 5708020 CJA_0078 CJA_0079 pilH   TRUE 0.662 -15.000 0.000 NA   NA
 5708020 5708021 CJA_0079 CJA_0080   pilG TRUE 0.796 8.000 0.000 NA   NA
 5708022 5708023 CJA_0081 CJA_0082 gshB   TRUE 0.920 23.000 0.089 1.000 N NA
 5708023 5708024 CJA_0082 CJA_0083     TRUE 0.915 18.000 0.064 NA N NA
 5708024 5708025 CJA_0083 CJA_0084     TRUE 0.993 4.000 0.263 NA N NA
 5708026 5708027 CJA_0085 CJA_0086   pilU FALSE 0.422 33.000 0.000 NA   NA
 5708027 5708028 CJA_0086 CJA_0087 pilU pilT TRUE 0.995 22.000 0.436 0.020 Y NA
 5708029 5708030 CJA_0088 CJA_0089   proC TRUE 0.864 50.000 0.158 NA   NA
 5708030 5708031 CJA_0089 CJA_0090 proC   TRUE 0.930 24.000 0.152 NA   NA
 5708031 5708032 CJA_0090 CJA_0091     TRUE 0.991 1.000 0.220 NA   NA
 5708032 5708033 CJA_0091 CJA_0092     FALSE 0.164 168.000 0.010 NA   NA
 5708034 5708035 CJA_0093 CJA_0094     FALSE 0.228 92.000 0.000 NA   NA
 5708035 5708036 CJA_0094 CJA_0095     FALSE 0.345 47.000 0.000 NA   NA
 5708036 5708037 CJA_0095 CJA_0096     TRUE 0.988 -3.000 0.206 NA   NA
 5708037 5708038 CJA_0096 CJA_0097     TRUE 0.994 0.000 0.303 NA   NA
 5708038 5708039 CJA_0097 CJA_0098     TRUE 0.810 -37.000 0.014 1.000   NA
 5708039 5708040 CJA_0098 CJA_0099   pigH FALSE 0.116 294.000 0.094 1.000   NA
 5708040 5708041 CJA_0099 CJA_0100 pigH   TRUE 0.996 12.000 0.758 NA   NA
 5708041 5708042 CJA_0100 CJA_0101   acpC TRUE 0.974 -7.000 0.158 NA   NA
 5708042 5708043 CJA_0101 CJA_0102 acpC   TRUE 0.525 79.000 0.002 1.000   NA
 5708044 5708045 CJA_0103 CJA_0104   fkbO TRUE 0.805 7.000 0.000 NA   NA
 5708045 5708046 CJA_0104 CJA_0105 fkbO   TRUE 0.908 -18.000 0.057 NA   NA
 5708048 5708049 CJA_0107 CJA_0108     FALSE 0.283 102.000 0.000 1.000 N NA
 5708049 5708050 CJA_0108 CJA_0109     TRUE 0.761 27.000 0.019 NA   NA
 5708050 5708051 CJA_0109 CJA_0110   gt2J TRUE 0.940 11.000 0.045 NA   NA
 5708051 5708052 CJA_0110 CJA_0111 gt2J   TRUE 0.816 21.000 0.018 NA   NA
 5708052 5708053 CJA_0111 CJA_0112     TRUE 0.997 2.000 0.532 1.000   NA
 5708053 5708054 CJA_0112 CJA_0113     TRUE 0.994 17.000 0.732 NA   NA
 5708054 5708055 CJA_0113 CJA_0114     TRUE 0.988 -7.000 0.305 NA   NA
 5708055 5708056 CJA_0114 CJA_0115     TRUE 0.796 8.000 0.000 NA   NA
 5708056 5708057 CJA_0115 CJA_0116     TRUE 0.998 3.000 0.397 NA Y NA
 5708057 5708058 CJA_0116 CJA_0117   fabF-2 TRUE 0.999 0.000 0.486 1.000 Y NA
 5708058 5708059 CJA_0117 CJA_0118 fabF-2   TRUE 0.486 36.000 0.000 1.000   NA
 5708059 5708060 CJA_0118 CJA_0119   metX FALSE 0.136 142.000 0.000 1.000   NA
 5708060 5708061 CJA_0119 CJA_0120 metX metW TRUE 0.996 5.000 0.509 NA N NA
 5708061 5708062 CJA_0120 CJA_0121 metW   TRUE 0.947 14.000 0.100 NA   NA
 5708062 5708063 CJA_0121 CJA_0122   rdgB TRUE 0.969 3.000 0.050 NA   NA
 5708063 5708064 CJA_0122 CJA_0123 rdgB   TRUE 0.993 0.000 0.218 1.000 N NA
 5708064 5708065 CJA_0123 CJA_0124     FALSE 0.295 72.000 0.000 NA   NA
 5708065 5708066 CJA_0124 CJA_0125   recQ TRUE 0.681 -13.000 0.000 NA   NA
 5708066 5708067 CJA_0125 CJA_0126 recQ   FALSE 0.015 281.000 0.000 NA   NA
 5708067 5708068 CJA_0126 CJA_0127     FALSE 0.152 115.000 0.000 NA   NA
 5708070 5708071 CJA_0129 CJA_0130     FALSE 0.301 69.000 0.000 NA   NA
 5708071 5708072 CJA_0130 CJA_0131     TRUE 0.997 -3.000 0.600 NA   NA
 5708072 5708073 CJA_0131 CJA_0132     FALSE 0.422 33.000 0.000 NA   NA
 5708073 5708074 CJA_0132 CJA_0133     FALSE 0.329 55.000 0.000 NA   NA
 5708074 5708075 CJA_0133 CJA_0134     TRUE 0.787 9.000 0.000 NA   NA
 5708076 5708077 CJA_0135 CJA_0136     FALSE 0.004 976.000 0.000 NA   NA
 5708078 5708079 CJA_0137 CJA_0138     TRUE 0.995 21.000 0.619 0.002   NA
 5708079 5708080 CJA_0138 CJA_0139     TRUE 0.999 0.000 0.762 1.000   NA
 5708080 5708081 CJA_0139 CJA_0140     TRUE 0.999 -3.000 0.882 1.000 Y NA
 5708081 5708082 CJA_0140 CJA_0141     TRUE 0.508 38.000 0.000 1.000 N NA
 5708083 5708084 CJA_0142 CJA_0143     FALSE 0.440 59.000 0.000 1.000 N NA
 5708086 5708087 CJA_0145 CJA_0146     TRUE 0.811 31.000 0.053 NA   NA
 5708087 5708088 CJA_0146 CJA_0147     FALSE 0.028 220.000 0.000 NA   NA
 5708088 5708089 CJA_0147 CJA_0148     FALSE 0.005 679.000 0.000 NA   NA
 5708089 5708090 CJA_0148 CJA_0149     FALSE 0.010 327.000 0.000 NA   NA
 5708090 5708091 CJA_0149 CJA_0150   phoB TRUE 0.991 37.000 0.453 0.033 Y NA
 5708091 5708092 CJA_0150 CJA_0151 phoB ubiA TRUE 0.677 86.000 0.043 1.000 N NA
 5708092 5708093 CJA_0151 CJA_0152 ubiA ubiC TRUE 0.986 21.000 0.248 NA Y NA
 5708094 5708095 CJA_0153 CJA_0154 hup   FALSE 0.469 46.000 0.000 1.000 N NA
 5708097 5708098 CJA_0156 CJA_0157 hisB hisH TRUE 0.984 22.000 0.111 0.005 Y NA
 5708098 5708099 CJA_0157 CJA_0158 hisH hisA TRUE 0.960 58.000 0.120 0.005 Y NA
 5708099 5708100 CJA_0158 CJA_0159 hisA hisF TRUE 0.997 14.000 0.433 0.005 Y NA
 5708103 5708104 CJA_0162 CJA_0163 algQ dsbH TRUE 0.787 96.000 0.133 1.000 N NA
 5708106 5708107 CJA_0164 CJA_0166 gshA   TRUE 0.507 85.000 0.012 NA   NA
 5708107 5708108 CJA_0166 CJA_0167     FALSE 0.422 33.000 0.000 NA   NA
 5708108 5708109 CJA_0167 CJA_0168     FALSE 0.087 161.000 0.000 NA N NA
 5708109 5708110 CJA_0168 CJA_0169     TRUE 0.983 13.000 0.231 1.000 N NA
 5708110 5708111 CJA_0169 CJA_0170   urh105A TRUE 0.607 128.000 0.115 1.000   NA
 5708111 5708112 CJA_0170 CJA_0171 urh105A   TRUE 0.967 96.000 0.750 1.000   NA
 5708112 5708113 CJA_0171 CJA_0172   pga28A FALSE 0.034 243.000 0.000 1.000 N NA
 5708113 5708114 CJA_0172 CJA_0173 pga28A   FALSE 0.071 163.000 0.000 NA   NA
 5708115 5708116 CJA_0174 CJA_0175     FALSE 0.155 187.000 0.007 1.000 N NA
 5708116 5708117 CJA_0175 CJA_0176   pntA TRUE 0.998 15.000 0.829 0.001   NA
 5708117 5708118 CJA_0176 CJA_0177 pntA   TRUE 0.966 16.000 0.058 0.001   NA
 5708118 5708119 CJA_0177 CJA_0178     FALSE 0.278 78.000 0.000 NA   NA
 5708121 5708122 CJA_0180 CJA_0181   pme8C TRUE 0.664 87.000 0.000 1.000 Y NA
 5708122 5708123 CJA_0181 CJA_0182 pme8C   FALSE 0.130 153.000 0.000 1.000 N NA
 5708124 5708125 CJA_0183 CJA_0184 fbp fbaA TRUE 0.954 16.000 0.014 1.000 Y NA
 5708125 5708126 CJA_0184 CJA_0185 fbaA   TRUE 0.564 106.000 0.000 1.000 Y NA
 5708126 5708127 CJA_0185 CJA_0186     TRUE 0.681 -13.000 0.000 NA   NA
 5708127 5708128 CJA_0186 CJA_0187     FALSE 0.013 299.000 0.000 NA   NA
 5708128 5708129 CJA_0187 CJA_0188     TRUE 0.854 3.000 0.000 NA   NA
 5708129 5708130 CJA_0188 CJA_0189     FALSE 0.397 36.000 0.000 NA   NA
 5708130 5708131 CJA_0189 CJA_0190     FALSE 0.119 131.000 0.000 NA   NA
 5708131 5708132 CJA_0190 CJA_0191     TRUE 0.495 79.000 0.007 NA   NA
 5708132 5708133 CJA_0191 CJA_0192     TRUE 0.555 52.000 0.004 NA   NA
 5708134 5708135 CJA_0193 CJA_0194     FALSE 0.484 27.000 0.000 NA   NA
 5708135 5708136 CJA_0194 CJA_0195     FALSE 0.060 171.000 0.000 NA   NA
 5708136 5708137 CJA_0195 CJA_0196     TRUE 0.997 -6.000 0.524 NA Y NA
 5708137 5708138 CJA_0196 CJA_0197     TRUE 0.748 78.000 0.080 NA N NA
 5708138 5708139 CJA_0197 CJA_0198     FALSE 0.053 192.000 0.000 NA N NA
 5708139 5708140 CJA_0198 CJA_0199   ycel3 TRUE 0.971 72.000 0.676 NA   NA
 5708140 5708141 CJA_0199 CJA_0200 ycel3   FALSE 0.010 333.000 0.000 NA   NA
 5708141 5708142 CJA_0200 CJA_0201     TRUE 0.989 -3.000 0.230 NA   NA
 5708144 5708145 CJA_0203 CJA_0204 rph cel3A FALSE 0.025 274.000 0.000 1.000 N NA
 5708146 5708147 CJA_0205 CJA_0206 metF ahcY TRUE 0.736 81.000 0.061 1.000 N NA
 5708147 5708148 CJA_0206 CJA_0207 ahcY metK TRUE 0.914 111.000 0.114 0.001 Y NA
 5708148 5708149 CJA_0207 CJA_0208 metK   TRUE 0.703 72.000 0.036 1.000 N NA
 5708149 5708150 CJA_0208 CJA_0209     FALSE 0.208 98.000 0.000 NA   NA
 5708151 5708152 CJA_0210 CJA_0211 tkt pgk TRUE 0.522 138.000 0.002 1.000 Y NA
 5708152 5708153 CJA_0211 CJA_0212 pgk pel3A FALSE 0.010 436.000 0.000 1.000   NA
 5708155 5708156 CJA_0214 CJA_0215 glu81A   FALSE 0.015 351.000 0.000 1.000 N NA
 5708156 5708157 CJA_0215 CJA_0216     FALSE 0.219 95.000 0.000 NA   NA
 5708157 5708158 CJA_0216 CJA_0217     TRUE 0.705 13.000 0.000 NA   NA
 5708158 5708159 CJA_0217 CJA_0218     FALSE 0.390 37.000 0.000 NA   NA
 5708163 5708164 CJA_0222 CJA_0223   cel3C FALSE 0.015 282.000 0.000 NA   NA
 5708164 5708165 CJA_0223 CJA_0224 cel3C glu16B TRUE 0.819 71.000 0.000 0.027 Y NA
 5708165 5708166 CJA_0224 CJA_0225 glu16B glu16A TRUE 0.841 53.000 0.000 0.027 Y NA
 5708167 5708168 CJA_0226 CJA_0227     TRUE 0.662 -15.000 0.000 NA   NA
 5708168 5708169 CJA_0227 CJA_0228     TRUE 0.947 18.000 0.133 NA   NA
 5708169 5708170 CJA_0228 CJA_0229     FALSE 0.010 334.000 0.000 NA   NA
 5708171 5708172 CJA_0230 CJA_0231     FALSE 0.292 73.000 0.000 NA   NA
 5708175 5708176 CJA_0234 CJA_0235     TRUE 0.587 20.000 0.000 NA   NA
 5708177 5708178 CJA_0236 CJA_0237 man26C   FALSE 0.015 280.000 0.000 NA   NA
 5708182 5708183 CJA_0241 CJA_0242   unk1 TRUE 0.711 173.000 0.400 NA N NA
 5708183 5708184 CJA_0242 CJA_0243 unk1 unk2 TRUE 0.991 3.000 0.077 NA Y NA
 5708184 5708185 CJA_0243 CJA_0244 unk2 man5D TRUE 0.977 11.000 0.031 1.000 Y NA
 5708188 5708189 CJA_0247 CJA_0248 plt103B   FALSE 0.004 1671.000 0.000 NA N NA
 5708189 5708190 CJA_0248 CJA_0249   algR TRUE 0.878 20.000 0.000 NA Y NA
 5708190 5708191 CJA_0249 CJA_0250 algR algZ TRUE 0.999 7.000 0.775 0.033 Y NA
 5708192 5708193 CJA_0251 CJA_0252 argH   FALSE 0.032 213.000 0.000 NA   NA
 5708193 5708194 CJA_0252 CJA_0253     FALSE 0.121 129.000 0.000 NA   NA
 5708194 5708195 CJA_0253 CJA_0254     TRUE 0.731 18.000 0.000 1.000 N NA
 5708195 5708196 CJA_0254 CJA_0255     FALSE 0.370 74.000 0.000 1.000   NA
 5708196 5708197 CJA_0255 CJA_0256     TRUE 0.787 9.000 0.000 NA   NA
 5708198 5708199 CJA_0257 CJA_0258 glc13A   FALSE 0.007 424.000 0.000 NA   NA
 5708199 5708200 CJA_0258 CJA_0259     FALSE 0.366 41.000 0.000 NA   NA
 5708200 5708201 CJA_0259 CJA_0260   phnL TRUE 0.750 -7.000 0.000 NA   NA
 5708201 5708202 CJA_0260 CJA_0261 phnL   TRUE 0.857 1.000 0.000 NA   NA
 5708202 5708203 CJA_0261 CJA_0262     TRUE 0.857 2.000 0.000 NA   NA
 5708203 5708204 CJA_0262 CJA_0263     FALSE 0.035 207.000 0.000 NA   NA
 5708204 5708205 CJA_0263 CJA_0264     FALSE 0.338 50.000 0.000 NA   NA
 5708206 5708207 CJA_0265 CJA_0266     TRUE 0.937 -3.000 0.000 0.061   NA
 5708208 5708209 CJA_0267 CJA_0268     TRUE 0.677 14.000 0.000 NA   NA
 5708213 5708214 CJA_0272 CJA_0273 gt1B   FALSE 0.265 100.000 0.000 1.000   NA
 5708214 5708215 CJA_0273 CJA_0274     FALSE 0.013 935.000 0.000 0.064   NA
 5708215 5708216 CJA_0274 CJA_0275     TRUE 0.973 0.000 0.000 1.000 Y NA
 5708217 5708218 CJA_0276 CJA_0277 cbp6B   TRUE 0.998 1.000 0.667 NA   NA
 5708219 5708220 CJA_0278 CJA_0279     FALSE 0.152 115.000 0.000 NA   NA
 5708220 5708221 CJA_0279 CJA_0280   cebR FALSE 0.185 104.000 0.000 NA   NA
 5708221 5708222 CJA_0280 CJA_0281 cebR   TRUE 0.946 25.000 0.190 NA N NA
 5708222 5708223 CJA_0281 CJA_0282     FALSE 0.067 167.000 0.000 NA   NA
 5708224 5708225 CJA_0283 CJA_0284   tre37A FALSE 0.128 154.000 0.000 1.000 N NA
 5708226 5708227 CJA_0285 CJA_0286   cbbY TRUE 0.677 14.000 0.000 NA   NA
 5708228 5708229 CJA_0287 CJA_0288 hex20B   FALSE 0.012 304.000 0.000 NA   NA
 5708232 5708233 CJA_0291 CJA_0292     TRUE 0.932 -10.000 0.053 NA   NA
 5708234 5708235 CJA_0293 CJA_0294   pepP TRUE 0.959 32.000 0.329 NA   NA
 5708235 5708236 CJA_0294 CJA_0295 pepP ubiF TRUE 0.944 7.000 0.012 1.000 N NA
 5708236 5708237 CJA_0295 CJA_0296 ubiF   TRUE 0.528 24.000 0.000 NA   NA
 5708237 5708238 CJA_0296 CJA_0297     FALSE 0.338 50.000 0.000 NA   NA
 5708238 5708239 CJA_0297 CJA_0298     FALSE 0.016 269.000 0.000 NA   NA
 5708239 5708240 CJA_0298 CJA_0299     FALSE 0.044 193.000 0.000 NA   NA
 5708240 5708241 CJA_0299 CJA_0300     TRUE 0.854 3.000 0.000 NA   NA
 5708241 5708242 CJA_0300 CJA_0301     TRUE 0.896 0.000 0.000 1.000   NA
 5708243 5708244 CJA_0302 CJA_0303     FALSE 0.206 115.000 0.000 1.000   NA
 5708248 5708249 CJA_0307 CJA_0308 hslO   TRUE 0.699 -12.000 0.000 NA   NA
 5708249 5708250 CJA_0308 CJA_0309   hslR TRUE 0.622 18.000 0.000 NA   NA
 5708250 5708251 CJA_0309 CJA_0310 hslR   TRUE 0.929 -15.000 0.056 1.000   NA
 5708252 5708253 CJA_0311 CJA_0312 nudE cysQ TRUE 0.965 35.000 0.373 1.000   NA
 5708253 5708254 CJA_0312 CJA_0313 cysQ   FALSE 0.067 167.000 0.000 NA   NA
 5708256 5708257 CJA_0315 CJA_0316   modA FALSE 0.037 203.000 0.000 NA   NA
 5708257 5708258 CJA_0316 CJA_0317 modA modB TRUE 0.997 27.000 0.627 0.001 Y NA
 5708258 5708259 CJA_0317 CJA_0318 modB modC TRUE 0.924 -7.000 0.018 1.000   NA
 5708260 5708261 CJA_0319 CJA_0320 modE moaB1 TRUE 0.626 -36.000 0.000 1.000   NA
 5708261 5708262 CJA_0320 CJA_0321 moaB1 moaA TRUE 0.840 72.000 0.000 0.003 Y NA
 5708263 5708264 CJA_0322 CJA_0323     FALSE 0.097 143.000 0.000 NA   NA
 5708264 5708265 CJA_0323 CJA_0324   nirB TRUE 0.953 55.000 0.364 1.000 N NA
 5708265 5708266 CJA_0324 CJA_0325 nirB nirD TRUE 0.988 22.000 0.294 0.001 N NA
 5708267 5708268 CJA_0326 CJA_0327     TRUE 0.832 -7.000 0.000 1.000 N NA
 5708268 5708269 CJA_0327 CJA_0328     FALSE 0.086 180.000 0.000 1.000 N NA
 5708269 5708270 CJA_0328 CJA_0329     TRUE 0.656 89.000 0.000 1.000 Y NA
 5708270 5708271 CJA_0329 CJA_0330     TRUE 0.991 17.000 0.600 NA   NA
 5708274 5708275 CJA_0333 CJA_0334     FALSE 0.228 178.000 0.000 NA Y NA
 5708275 5708276 CJA_0334 CJA_0335     TRUE 0.998 -3.000 0.286 0.061 Y NA
 5708277 5708278 CJA_0336 CJA_0337     FALSE 0.422 33.000 0.000 NA   NA
 5708278 5708279 CJA_0337 CJA_0338     TRUE 0.997 -3.000 0.600 NA   NA
 5708279 5708280 CJA_0338 CJA_0339     FALSE 0.060 171.000 0.000 NA   NA
 5708280 5708281 CJA_0339 CJA_0340     TRUE 0.510 -45.000 0.000 NA   NA
 5708281 5708282 CJA_0340 CJA_0341     TRUE 0.513 25.000 0.000 NA   NA
 5708282 5708283 CJA_0341 CJA_0342     TRUE 0.604 19.000 0.000 NA   NA
 5708283 5708284 CJA_0342 CJA_0343     TRUE 0.513 25.000 0.000 NA   NA
 5708285 5708286 CJA_0344 CJA_0345   dsd FALSE 0.022 254.000 0.000 NA N NA
 5708286 5708287 CJA_0345 CJA_0346 dsd   TRUE 0.957 9.000 0.000 1.000 Y NA
 5708287 5708288 CJA_0346 CJA_0347     TRUE 0.980 -3.000 0.093 1.000 N NA
 5708288 5708289 CJA_0347 CJA_0348   ndeD TRUE 0.986 -43.000 0.558 1.000 N NA
 5708289 5708290 CJA_0348 CJA_0349 ndeD   TRUE 0.997 9.000 0.654 NA N NA
 5708290 5708291 CJA_0349 CJA_0350   hex20A TRUE 0.851 -3.000 0.000 NA N NA
 5708291 5708292 CJA_0350 CJA_0351 hex20A   FALSE 0.459 29.000 0.000 NA   NA
 5708292 5708293 CJA_0351 CJA_0352     FALSE 0.459 29.000 0.000 NA   NA
 5708293 5708294 CJA_0352 CJA_0353     FALSE 0.026 273.000 0.000 1.000 N NA
 5708294 5708295 CJA_0353 CJA_0354     FALSE 0.390 37.000 0.000 NA   NA
 5708295 5708296 CJA_0354 CJA_0355     FALSE 0.404 35.000 0.000 NA   NA
 5708296 5708297 CJA_0355 CJA_0356     TRUE 0.705 13.000 0.000 NA   NA
 5708298 5708299 CJA_0357 CJA_0358 gt2K mdoG TRUE 0.986 -25.000 0.469 NA N NA
 5708300 5708301 CJA_0359 CJA_0360 mmoS trx TRUE 0.501 34.000 0.000 1.000   NA
 5708301 5708302 CJA_0360 CJA_0361 trx rho FALSE 0.076 355.000 0.087 1.000   NA
 5708302 5708303 CJA_0361 CJA_0362 rho ubiD FALSE 0.296 144.000 0.025 NA N NA
 5708306 5708307 CJA_0364 CJA_0366     FALSE 0.010 456.000 0.000 1.000   NA
 5708307 5708308 CJA_0366 CJA_0367     FALSE 0.005 692.000 0.000 NA   NA
 5708309 5708310 CJA_0368 CJA_0369     TRUE 0.856 7.000 0.000 1.000   NA
 5708311 5708312 CJA_0370 CJA_0371     FALSE 0.185 104.000 0.000 NA   NA
 5708312 5708313 CJA_0371 CJA_0372     TRUE 0.999 -3.000 0.741 NA Y NA
 5708313 5708314 CJA_0372 CJA_0373     TRUE 0.976 16.000 0.238 NA N NA
 5708315 5708316 CJA_0374 CJA_0375 cel45A ahpC FALSE 0.024 264.000 0.000 1.000   NA
 5708316 5708317 CJA_0375 CJA_0376 ahpC ahpF TRUE 0.974 98.000 0.551 1.000 Y NA
 5708318 5708319 CJA_0377 CJA_0378     FALSE 0.021 240.000 0.000 NA   NA
 5708319 5708320 CJA_0378 CJA_0379     FALSE 0.078 157.000 0.000 NA   NA
 5708323 5708324 CJA_0382 CJA_0383     FALSE 0.378 39.000 0.000 NA   NA
 5708325 5708326 CJA_0384 CJA_0385 pel10C panB FALSE 0.076 180.000 0.000 1.000   NA
 5708326 5708327 CJA_0385 CJA_0386 panB   TRUE 0.878 26.000 0.055 1.000 N NA
 5708327 5708328 CJA_0386 CJA_0387   folK TRUE 0.942 14.000 0.063 1.000 N NA
 5708328 5708329 CJA_0387 CJA_0388 folK pcnB TRUE 0.992 -3.000 0.234 1.000 N NA
 5708329 5708330 CJA_0388 CJA_0389 pcnB   FALSE 0.007 837.000 0.000 1.000 N NA
 5708330 5708331 CJA_0389 CJA_0390   galS TRUE 0.901 115.000 0.453 1.000 N NA
 5708331 5708332 CJA_0390 CJA_0391 galS   TRUE 0.939 46.000 0.312 NA   NA
 5708332 5708333 CJA_0391 CJA_0392     TRUE 0.791 31.000 0.042 NA   NA
 5708333 5708334 CJA_0392 CJA_0393     TRUE 0.933 42.000 0.231 1.000 N NA
 5708336 5708337 CJA_0394 CJA_0396     FALSE 0.261 83.000 0.000 NA   NA
 5708338 5708339 CJA_0397 CJA_0398 uppP amy13F FALSE 0.240 112.000 0.000 1.000 N NA
 5708339 5708340 CJA_0398 CJA_0399 amy13F   FALSE 0.027 223.000 0.000 NA   NA
 5708340 5708341 CJA_0399 CJA_0400     TRUE 0.997 0.000 0.562 NA   NA
 5708342 5708343 CJA_0401 CJA_0402     FALSE 0.019 249.000 0.000 NA   NA
 5708345 5708346 CJA_0404 CJA_0405 hslU   TRUE 0.992 50.000 0.752 1.000 Y NA
 5708346 5708347 CJA_0405 CJA_0406     TRUE 0.756 90.000 0.122 NA   NA
 5708347 5708348 CJA_0406 CJA_0407   priA TRUE 0.609 60.000 0.018 NA   NA
 5708349 5708350 CJA_0408 CJA_0409 hip rpmE FALSE 0.223 110.000 0.000 1.000   NA
 5708350 5708351 CJA_0409 CJA_0410 rpmE   TRUE 0.958 5.000 0.023 1.000 N NA
 5708353 5708354 CJA_0412 CJA_0413 pilM pilN TRUE 0.999 0.000 0.616 NA Y NA
 5708354 5708355 CJA_0413 CJA_0414 pilN pilO TRUE 0.999 0.000 0.770 NA Y NA
 5708355 5708356 CJA_0414 CJA_0415 pilO pilP TRUE 0.999 -3.000 0.680 NA Y NA
 5708356 5708357 CJA_0415 CJA_0416 pilP   TRUE 0.991 37.000 0.668 NA Y NA
 5708357 5708358 CJA_0416 CJA_0417     TRUE 0.995 1.000 0.319 1.000 N NA
 5708358 5708359 CJA_0417 CJA_0418   aroB TRUE 0.832 144.000 0.208 1.000 Y NA
 5708359 5708360 CJA_0418 CJA_0419 aroB   FALSE 0.236 144.000 0.007 NA N NA
 5708361 5708362 CJA_0420 CJA_0421 gcvH gcvT TRUE 0.988 43.000 0.317 0.001 Y NA
 5708362 5708363 CJA_0421 CJA_0422 gcvT   FALSE 0.141 120.000 0.000 NA   NA
 5708363 5708364 CJA_0422 CJA_0423     FALSE 0.468 28.000 0.000 NA   NA
 5708364 5708365 CJA_0423 CJA_0424     TRUE 0.994 -3.000 0.400 NA   NA
 5708365 5708366 CJA_0424 CJA_0425     FALSE 0.291 94.000 0.000 1.000   NA
 5708367 5708368 CJA_0426 CJA_0427 bioB bioF TRUE 0.981 33.000 0.168 0.002 Y NA
 5708368 5708369 CJA_0427 CJA_0428 bioF bioC TRUE 0.983 -7.000 0.092 0.002   NA
 5708369 5708370 CJA_0428 CJA_0429 bioC bioD TRUE 0.919 20.000 0.007 0.002   NA
 5708370 5708371 CJA_0429 CJA_0430 bioD   TRUE 0.854 3.000 0.000 NA   NA
 5708371 5708372 CJA_0430 CJA_0431     FALSE 0.059 173.000 0.000 NA   NA
 5708372 5708373 CJA_0431 CJA_0432     TRUE 0.932 14.000 0.069 NA   NA
 5708373 5708374 CJA_0432 CJA_3844     FALSE 0.177 106.000 0.000 NA   NA
 5708374 5708375 CJA_3844 CJA_0434     FALSE 0.092 146.000 0.000 NA   NA
 5708375 5708376 CJA_0434 CJA_0435   nusA TRUE 0.960 101.000 0.759 NA   NA
 5708376 5708377 CJA_0435 CJA_0436 nusA infB TRUE 0.951 54.000 0.342 1.000 N NA
 5708377 5708378 CJA_0436 CJA_0437 infB rbfA TRUE 0.970 102.000 0.530 1.000 Y NA
 5708378 5708379 CJA_0437 CJA_0438 rbfA truB TRUE 0.998 0.000 0.318 1.000 Y NA
 5708379 5708380 CJA_0438 CJA_0439 truB rpsO TRUE 0.809 155.000 0.211 1.000 Y NA
 5708380 5708381 CJA_0439 CJA_0440 rpsO   TRUE 0.658 237.000 0.335 1.000 Y NA
 5708382 5708383 CJA_0441 CJA_0442     FALSE 0.237 90.000 0.000 NA   NA
 5708383 5708384 CJA_0442 CJA_0443   ppa FALSE 0.014 302.000 0.000 NA N NA
 5708384 5708385 CJA_0443 CJA_0444 ppa   FALSE 0.224 93.000 0.000 NA   NA
 5708386 5708387 CJA_0445 CJA_0446     FALSE 0.133 143.000 0.000 1.000   NA
 5708388 5708389 CJA_0447 CJA_0448     FALSE 0.112 134.000 0.000 NA   NA
 5708391 5708392 CJA_0450 CJA_0451 axe2C   TRUE 0.638 71.000 0.000 0.005   NA
 5708392 5708393 CJA_0451 CJA_0452   holA FALSE 0.027 265.000 0.000 1.000 N NA
 5708393 5708394 CJA_0452 CJA_0453 holA   TRUE 0.987 6.000 0.199 NA N NA
 5708394 5708395 CJA_0453 CJA_0454   leuS TRUE 0.893 45.000 0.182 NA N NA
 5708396 5708397 CJA_0455 CJA_0456     FALSE 0.056 177.000 0.000 NA   NA
 5708399 5708400 CJA_0458 CJA_0459 rplU rpmA TRUE 0.998 15.000 0.667 0.016 Y NA
 5708400 5708401 CJA_0459 CJA_0460 rpmA   TRUE 0.808 138.000 0.335 1.000   NA
 5708401 5708402 CJA_0460 CJA_0461   proB TRUE 0.961 22.000 0.206 1.000   NA
 5708406 5708407 CJA_0465 CJA_0466     TRUE 0.860 40.000 0.097 1.000 N NA
 5708407 5708408 CJA_0466 CJA_0467   lgt TRUE 0.639 67.000 0.011 1.000 N NA
 5708408 5708409 CJA_0467 CJA_0468 lgt thyA TRUE 0.911 36.000 0.164 1.000 N NA
 5708409 5708410 CJA_0468 CJA_0469 thyA folA TRUE 0.945 22.000 0.134 1.000 N NA
 5708410 5708411 CJA_0469 CJA_0470 folA   FALSE 0.022 237.000 0.000 NA   NA
 5708411 5708412 CJA_0470 CJA_0471     TRUE 0.796 8.000 0.000 NA   NA
 5708412 5708413 CJA_0471 CJA_0472     TRUE 0.998 -3.000 0.933 NA   NA
 5708413 5708414 CJA_0472 CJA_0473     TRUE 0.998 13.000 0.455 0.020 Y NA
 5708414 5708415 CJA_0473 CJA_0474     TRUE 0.950 45.000 0.091 0.070 Y NA
 5708415 5708416 CJA_0474 CJA_0475     TRUE 0.989 6.000 0.214 1.000   NA
 5708416 5708417 CJA_0475 CJA_0476     TRUE 0.799 12.000 0.000 1.000   NA
 5708418 5708419 CJA_0477 CJA_0478 ilvD   FALSE 0.157 133.000 0.000 1.000   NA
 5708419 5708420 CJA_0478 CJA_0479   argA TRUE 0.874 -3.000 0.000 1.000   NA
 5708420 5708421 CJA_0479 CJA_0480 argA argE TRUE 0.975 27.000 0.087 0.003 Y NA
 5708421 5708422 CJA_0480 CJA_0481 argE   FALSE 0.438 138.000 0.048 1.000 N NA
 5708422 5708423 CJA_0481 CJA_0482     TRUE 0.997 26.000 0.937 NA Y NA
 5708424 5708425 CJA_0483 CJA_0484     FALSE 0.348 88.000 0.000 1.000 N NA
 5708425 5708426 CJA_0484 CJA_0485     FALSE 0.429 63.000 0.000 1.000 N NA
 5708427 5708428 CJA_0486 CJA_0487     FALSE 0.484 27.000 0.000 NA   NA
 5708428 5708429 CJA_0487 CJA_0488     FALSE 0.296 125.000 0.009 NA   NA
 5708429 5708430 CJA_0488 CJA_0489     TRUE 0.998 5.000 0.535 NA Y NA
 5708430 5708431 CJA_0489 CJA_0490     FALSE 0.381 70.000 0.000 1.000   NA
 5708432 5708433 CJA_0491 CJA_0492 gal53A-1 gal53B TRUE 0.962 34.000 0.056 0.001 Y NA
 5708433 5708434 CJA_0492 CJA_0493 gal53B   TRUE 0.648 16.000 0.000 NA   NA
 5708434 5708435 CJA_0493 CJA_0494   cbp35C FALSE 0.125 127.000 0.000 NA   NA
 5708436 5708437 CJA_0495 CJA_0496   bgl2A FALSE 0.037 226.000 0.000 1.000   NA
 5708437 5708438 CJA_0496 CJA_0497 bgl2A gal53A-2 TRUE 0.938 55.000 0.200 0.023   NA
 5708438 5708439 CJA_0497 CJA_0498 gal53A-2   TRUE 0.939 96.000 0.500 1.000   NA
 5708440 5708441 CJA_0499 CJA_0500   glnE FALSE 0.327 56.000 0.000 NA   NA
 5708441 5708442 CJA_0500 CJA_0501 glnE ilvE TRUE 0.894 27.000 0.078 1.000 N NA
 5708442 5708443 CJA_0501 CJA_0502 ilvE gt9A TRUE 0.668 81.000 0.034 1.000 N NA
 5708443 5708444 CJA_0502 CJA_0503 gt9A waaP TRUE 0.848 21.000 0.000 0.005   NA
 5708444 5708445 CJA_0503 CJA_0504 waaP gt4E TRUE 0.984 -3.000 0.138 1.000   NA
 5708445 5708446 CJA_0504 CJA_0505 gt4E   TRUE 0.774 10.000 0.000 NA   NA
 5708446 5708447 CJA_0505 CJA_0506   gt4D TRUE 0.662 -15.000 0.000 NA   NA
 5708447 5708448 CJA_0506 CJA_0507 gt4D   TRUE 0.750 -7.000 0.000 NA   NA
 5708448 5708449 CJA_0507 CJA_0508   msbA TRUE 0.715 -10.000 0.000 NA   NA
 5708449 5708450 CJA_0508 CJA_0509 msbA rfaE TRUE 0.697 56.000 0.023 1.000 N NA
 5708450 5708451 CJA_0509 CJA_0510 rfaE   TRUE 0.527 -37.000 0.000 NA   NA
 5708451 5708452 CJA_0510 CJA_0511     TRUE 0.818 6.000 0.000 NA   NA
 5708452 5708453 CJA_0511 CJA_0512     TRUE 0.488 -69.000 0.000 NA   NA
 5708454 5708455 CJA_0513 CJA_0514     TRUE 0.566 -31.000 0.000 NA   NA
 5708455 5708456 CJA_0514 CJA_0515     TRUE 0.587 20.000 0.000 NA   NA
 5708456 5708457 CJA_0515 CJA_0516     TRUE 0.851 -3.000 0.000 NA N NA
 5708457 5708458 CJA_0516 CJA_0517   htpX TRUE 0.890 32.000 0.000 0.029 Y NA
 5708458 5708459 CJA_0517 CJA_0518 htpX   FALSE 0.012 413.000 0.000 1.000 N NA
 5708459 5708460 CJA_0518 CJA_0519     FALSE 0.155 114.000 0.000 NA   NA
 5708461 5708462 CJA_0520 CJA_0521     TRUE 0.556 22.000 0.000 NA   NA
 5708462 5708463 CJA_0521 CJA_0522     TRUE 0.818 6.000 0.000 NA   NA
 5708465 5708466 CJA_0524 CJA_0525     FALSE 0.378 39.000 0.000 NA   NA
 5708466 5708467 CJA_0525 CJA_0527     FALSE 0.212 97.000 0.000 NA   NA
 5708468 5708469 CJA_0526 CJA_0528     FALSE 0.004 1082.000 0.000 NA   NA
 5708469 5708470 CJA_0528 CJA_0529     TRUE 0.999 13.000 0.915 NA Y NA
 5708471 5708472 CJA_0530 CJA_0531 mutY   TRUE 0.986 4.000 0.150 NA N NA
 5708472 5708473 CJA_0531 CJA_0532   bgl2B FALSE 0.134 123.000 0.000 NA   NA
 5708473 5708474 CJA_0532 CJA_0533 bgl2B pel1B FALSE 0.027 252.000 0.000 1.000   NA
 5708476 5708477 CJA_0535 CJA_0536     TRUE 0.779 -13.000 0.000 1.000 N NA
 5708478 5708479 CJA_0537 CJA_0538 choB   FALSE 0.171 108.000 0.000 NA   NA
 5708481 5708482 CJA_0540 CJA_0541     TRUE 0.978 -3.000 0.081 1.000 N NA
 5708482 5708483 CJA_0541 CJA_0542     FALSE 0.123 149.000 0.000 1.000   NA
 5708483 5708484 CJA_0542 CJA_0543     TRUE 0.933 27.000 0.167 1.000   NA
 5708484 5708485 CJA_0543 CJA_0544     TRUE 0.992 4.000 0.154 0.052   NA
 5708485 5708486 CJA_0544 CJA_0545     TRUE 0.994 -10.000 0.590 1.000   NA
 5708487 5708488 CJA_0546 CJA_0547 xdhA xdhB TRUE 0.990 -7.000 0.045 0.001 Y NA
 5708488 5708489 CJA_0547 CJA_0548 xdhB   TRUE 0.982 -34.000 0.463 NA N NA
 5708489 5708490 CJA_0548 CJA_0549     TRUE 0.734 46.000 0.047 NA   NA
 5708490 5708491 CJA_0549 CJA_0550     TRUE 0.953 12.000 0.083 NA   NA
 5708491 5708492 CJA_0550 CJA_0551     TRUE 0.819 27.000 0.029 1.000   NA
 5708492 5708493 CJA_0551 CJA_0552     TRUE 0.932 -12.000 0.044 1.000   NA
 5708493 5708494 CJA_0552 CJA_0553     TRUE 0.857 2.000 0.000 NA   NA
 5708494 5708495 CJA_0553 CJA_0554     FALSE 0.070 165.000 0.000 NA   NA
 5708496 5708497 CJA_0555 CJA_0556     TRUE 0.997 -3.000 0.500 0.059   NA
 5708497 5708498 CJA_0556 CJA_0557     FALSE 0.006 478.000 0.000 NA   NA
 5708498 5708499 CJA_0557 CJA_0558     FALSE 0.004 1379.000 0.000 NA   NA
 5708499 5708500 CJA_0558 CJA_0559   cbp35B TRUE 0.805 7.000 0.000 NA   NA
 5708500 5708501 CJA_0559 CJA_0560 cbp35B   FALSE 0.022 293.000 0.000 1.000 N NA
 5708501 5708502 CJA_0560 CJA_0561   pda4B FALSE 0.034 242.000 0.000 1.000 N NA
 5708502 5708503 CJA_0561 CJA_0562 pda4B   TRUE 0.774 10.000 0.000 NA   NA
 5708504 5708505 CJA_0563 CJA_0564     TRUE 0.756 11.000 0.000 NA   NA
 5708505 5708506 CJA_0564 CJA_0565     FALSE 0.130 125.000 0.000 NA   NA
 5708506 5708507 CJA_0565 CJA_0566     TRUE 0.841 73.000 0.167 NA   NA
 5708507 5708508 CJA_0566 CJA_0567     TRUE 0.968 13.000 0.167 NA   NA
 5708508 5708509 CJA_0567 CJA_0568     TRUE 0.998 18.000 0.667 0.020 Y NA
 5708509 5708510 CJA_0568 CJA_0569     TRUE 0.990 84.000 0.667 0.069 Y NA
 5708510 5708511 CJA_0569 CJA_0570     TRUE 0.985 0.000 0.118 1.000   NA
 5708511 5708512 CJA_0570 CJA_0571     TRUE 0.952 36.000 0.294 1.000   NA
 5708512 5708513 CJA_0571 CJA_0572     TRUE 0.494 35.000 0.000 1.000   NA
 5708513 5708514 CJA_0572 CJA_0573     TRUE 0.968 0.000 0.000 NA Y NA
 5708514 5708515 CJA_0573 CJA_0574     FALSE 0.321 76.000 0.000 NA N NA
 5708515 5708516 CJA_0574 CJA_0575     TRUE 0.980 0.000 0.069 1.000 N NA
 5708516 5708517 CJA_0575 CJA_0576     TRUE 0.979 -7.000 0.172 1.000   NA
 5708517 5708518 CJA_0576 CJA_0577   pucG TRUE 0.795 40.000 0.054 1.000   NA
 5708518 5708519 CJA_0577 CJA_0578 pucG   TRUE 0.820 12.000 0.000 1.000 N NA
 5708519 5708520 CJA_0578 CJA_0579   amaB FALSE 0.365 84.000 0.000 1.000 N NA
 5708520 5708521 CJA_0579 CJA_0580 amaB hpt-1 TRUE 0.644 22.000 0.000 1.000   NA
 5708522 5708523 CJA_0581 CJA_0582     FALSE 0.204 99.000 0.000 NA   NA
 5708523 5708524 CJA_0582 CJA_0583     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 5708524 5708525 CJA_0583 CJA_0584     FALSE 0.312 153.000 0.000 NA Y NA
 5708526 5708527 CJA_0585 CJA_3849     FALSE 0.021 243.000 0.000 NA   NA
 5708527 5708528 CJA_3849 CJA_0587     FALSE 0.032 213.000 0.000 NA   NA
 5708528 5708529 CJA_0587 CJA_0588     FALSE 0.018 254.000 0.000 NA   NA
 5708530 5708531 CJA_0589 CJA_0590     TRUE 0.897 1.000 0.000 1.000   NA
 5708533 5708534 CJA_0592 CJA_0593     TRUE 0.994 11.000 0.571 NA   NA
 5708534 5708535 CJA_0593 CJA_0594     TRUE 0.945 13.000 0.081 NA   NA
 5708535 5708536 CJA_0594 CJA_0595     FALSE 0.481 -127.000 0.000 NA   NA
 5708536 5708537 CJA_0595 CJA_0596     FALSE 0.026 225.000 0.000 NA   NA
 5708538 5708539 CJA_0597 CJA_0598     FALSE 0.029 217.000 0.000 NA   NA
 5708539 5708540 CJA_0598 CJA_0599     TRUE 0.587 20.000 0.000 NA   NA
 5708540 5708541 CJA_0599 CJA_0600     TRUE 0.828 -3.000 0.000 NA   NA
 5708541 5708542 CJA_0600 CJA_0601     TRUE 0.854 3.000 0.000 NA   NA
 5708542 5708543 CJA_0601 CJA_0602     TRUE 0.722 107.000 0.130 1.000   NA
 5708543 5708544 CJA_0602 CJA_0603   natA TRUE 0.993 -3.000 0.292 1.000   NA
 5708544 5708545 CJA_0603 CJA_0604 natA   TRUE 0.992 -13.000 0.271 NA Y NA
 5708546 5708547 CJA_0605 CJA_0606     FALSE 0.484 27.000 0.000 NA   NA
 5708548 5708549 CJA_0607 CJA_0608     FALSE 0.273 79.000 0.000 NA   NA
 5708551 5708552 CJA_0610 CJA_0611 cpsA   FALSE 0.360 43.000 0.000 NA   NA
 5708552 5708553 CJA_0611 CJA_0612     FALSE 0.334 52.000 0.000 NA   NA
 5708553 5708554 CJA_0612 CJA_0613     FALSE 0.216 96.000 0.000 NA   NA
 5708554 5708555 CJA_0613 CJA_0614   gt25A FALSE 0.332 53.000 0.000 NA   NA
 5708556 5708557 CJA_0615 CJA_0616   gt4J-1 TRUE 0.574 -102.000 0.000 1.000   NA
 5708557 5708558 CJA_0616 CJA_0617 gt4J-1 gt26A TRUE 0.985 3.000 0.000 0.019 Y NA
 5708558 5708559 CJA_0617 CJA_0618 gt26A gt70A TRUE 0.985 -3.000 0.043 NA Y NA
 5708559 5708560 CJA_0618 CJA_0619 gt70A cel5H TRUE 0.921 32.000 0.182 NA N NA
 5708560 5708561 CJA_0619 CJA_0620 cel5H gt4J-2 TRUE 0.982 -3.000 0.111 1.000 N NA
 5708561 5708562 CJA_0620 CJA_0621 gt4J-2   TRUE 0.982 3.000 0.111 NA   NA
 5708562 5708563 CJA_0621 CJA_0622   epsG TRUE 0.501 26.000 0.000 NA   NA
 5708563 5708564 CJA_0622 CJA_0623 epsG   FALSE 0.412 40.000 0.000 NA N NA
 5708564 5708565 CJA_0623 CJA_0624   epsE TRUE 0.763 46.000 0.000 1.000 Y NA
 5708568 5708569 CJA_0627 CJA_0628 aroA   TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 5708569 5708570 CJA_0628 CJA_0629     FALSE 0.013 294.000 0.000 NA   NA
 5708571 5708572 CJA_0630 CJA_0631     FALSE 0.097 153.000 0.000 NA N NA
 5708573 5708574 CJA_0632 CJA_0634     FALSE 0.013 976.000 0.000 0.058   NA
 5708575 5708576 CJA_0633 CJA_0635     TRUE 0.990 -3.000 0.237 NA   NA
 5708576 5708577 CJA_0635 CJA_0636     FALSE 0.329 55.000 0.000 NA   NA
 5708577 5708578 CJA_0636 CJA_0637   rhuM TRUE 0.925 -7.000 0.032 NA   NA
 5708578 5708579 CJA_0637 CJA_0638 rhuM hsdM TRUE 0.944 -3.000 0.023 NA   NA
 5708579 5708580 CJA_0638 CJA_0639 hsdM   TRUE 0.998 13.000 0.564 0.058 Y NA
 5708580 5708581 CJA_0639 CJA_0640     FALSE 0.373 73.000 0.000 1.000   NA
 5708581 5708582 CJA_0640 CJA_0641   ychF FALSE 0.056 199.000 0.000 1.000   NA
 5708582 5708583 CJA_0641 CJA_0642 ychF pth TRUE 0.946 68.000 0.184 1.000 Y NA
 5708583 5708584 CJA_0642 CJA_0643 pth   TRUE 0.997 -25.000 0.496 0.024 Y NA
 5708584 5708585 CJA_0643 CJA_0644   prs TRUE 0.763 99.000 0.122 1.000 N NA
 5708585 5708586 CJA_0644 CJA_3857 prs   FALSE 0.030 216.000 0.000 NA   NA
 5708586 5708587 CJA_3857 CJA_0646   ispE FALSE 0.371 40.000 0.000 NA   NA
 5708587 5708588 CJA_0646 CJA_0647 ispE lolB TRUE 0.958 3.000 0.010 1.000 N NA
 5708588 5708589 CJA_0647 CJA_0648 lolB   TRUE 0.981 0.000 0.072 1.000 N NA
 5708592 5708593 CJA_0651 CJA_0652 hemA prfA TRUE 0.992 -3.000 0.171 0.040 N NA
 5708593 5708594 CJA_0652 CJA_0653 prfA   TRUE 0.962 57.000 0.229 1.000 Y NA
 5708594 5708595 CJA_0653 CJA_0654   moeB TRUE 0.979 3.000 0.068 1.000 N NA
 5708595 5708596 CJA_0654 CJA_0655 moeB   FALSE 0.085 151.000 0.000 NA   NA
 5708596 5708597 CJA_0655 CJA_0656     TRUE 0.987 25.000 0.637 NA   NA
 5708599 5708600 CJA_0658 CJA_0659   gt51C TRUE 0.541 23.000 0.000 NA   NA
 5708600 5708601 CJA_0659 CJA_0660 gt51C   FALSE 0.062 170.000 0.000 NA   NA
 5708601 5708602 CJA_0660 CJA_0661   algT TRUE 0.830 5.000 0.000 NA   NA
 5708602 5708603 CJA_0661 CJA_0662 algT   TRUE 0.993 27.000 1.000 NA   NA
 5708605 5708606 CJA_0664 CJA_0665 ilvB ilvN TRUE 0.999 2.000 0.371 0.001 Y NA
 5708606 5708607 CJA_0665 CJA_0666 ilvN   FALSE 0.426 64.000 0.000 1.000 N NA
 5708609 5708610 CJA_0668 CJA_0669 ilvC pssA TRUE 0.689 82.000 0.041 1.000 N NA
 5708610 5708611 CJA_0669 CJA_3859 pssA rrsA FALSE 0.006 501.000 0.000 NA   NA
 5708611 5708612 CJA_3859 CJA_3860 rrsA   FALSE 0.087 150.000 0.000 NA   NA
 5708612 5708613 CJA_3860 CJA_3861     FALSE 0.378 39.000 0.000 NA   NA
 5708613 5708614 CJA_3861 CJA_3862     TRUE 0.604 19.000 0.000 NA   NA
 5708614 5708615 CJA_3862 CJA_3863   rrlA FALSE 0.017 260.000 0.000 NA   NA
 5708615 5708616 CJA_3863 CJA_3864 rrlA rrfA FALSE 0.067 167.000 0.000 NA   NA
 5708616 5708617 CJA_3864 CJA_0676 rrfA alr FALSE 0.087 150.000 0.000 NA   NA
 5708617 5708618 CJA_0676 CJA_0677 alr   TRUE 0.953 4.000 0.008 1.000 N NA
 5708618 5708619 CJA_0677 CJA_0678     TRUE 0.986 -3.000 0.147 1.000 N NA
 5708619 5708620 CJA_0678 CJA_0679     TRUE 0.923 6.000 0.007 NA   NA
 5708620 5708621 CJA_0679 CJA_3865     FALSE 0.348 46.000 0.000 NA   NA
 5708621 5708622 CJA_3865 CJA_3866     FALSE 0.219 95.000 0.000 NA   NA
 5708622 5708623 CJA_3866 CJA_3867     FALSE 0.267 81.000 0.000 NA   NA
 5708623 5708624 CJA_3867 CJA_3868     TRUE 0.635 17.000 0.000 NA   NA
 5708624 5708625 CJA_3868 CJA_0684     FALSE 0.285 76.000 0.000 NA   NA
 5708625 5708626 CJA_0684 CJA_3870     FALSE 0.355 44.000 0.000 NA   NA
 5708626 5708627 CJA_3870 CJA_0686   secE TRUE 0.587 20.000 0.000 NA   NA
 5708627 5708628 CJA_0686 CJA_0687 secE nusG TRUE 0.998 8.000 0.843 1.000 N NA
 5708628 5708629 CJA_0687 CJA_0688 nusG rplK TRUE 0.892 157.000 0.681 1.000 N NA
 5708629 5708630 CJA_0688 CJA_0689 rplK rplA TRUE 1.000 3.000 0.838 0.021 Y NA
 5708630 5708631 CJA_0689 CJA_0690 rplA   TRUE 0.761 224.000 0.302 0.021 Y NA
 5708631 5708632 CJA_0690 CJA_0691   rplL TRUE 0.996 67.000 0.884 0.015 Y NA
 5708632 5708633 CJA_0691 CJA_0692 rplL rpoB FALSE 0.287 256.000 0.223 1.000   NA
 5708633 5708634 CJA_0692 CJA_0693 rpoB rpoC TRUE 0.996 27.000 0.851 0.001   NA
 5708634 5708635 CJA_0693 CJA_0694 rpoC rpsL FALSE 0.169 268.000 0.122 1.000 N NA
 5708635 5708636 CJA_0694 CJA_0695 rpsL rpsG TRUE 0.979 125.000 0.620 0.003 Y NA
 5708636 5708637 CJA_0695 CJA_0696 rpsG   TRUE 0.792 78.000 0.005 1.000 Y NA
 5708637 5708638 CJA_0696 CJA_0697     TRUE 0.928 37.000 0.005 0.002 Y NA
 5708638 5708639 CJA_0697 CJA_0698   rpsJ TRUE 0.693 219.000 0.318 1.000 Y NA
 5708639 5708640 CJA_0698 CJA_0699 rpsJ rplC TRUE 0.968 99.000 0.307 0.021 Y NA
 5708640 5708641 CJA_0699 CJA_0700 rplC rplD TRUE 0.996 21.000 0.486 0.015 Y NA
 5708641 5708642 CJA_0700 CJA_0701 rplD rplW TRUE 0.998 -3.000 0.513 1.000 Y NA
 5708642 5708643 CJA_0701 CJA_0702 rplW rplB TRUE 0.998 14.000 0.849 1.000 Y NA
 5708643 5708644 CJA_0702 CJA_0703 rplB rpsS TRUE 0.997 35.000 0.820 0.021 Y NA
 5708644 5708645 CJA_0703 CJA_0704 rpsS rplV TRUE 0.999 13.000 0.769 0.021 Y NA
 5708645 5708646 CJA_0704 CJA_0705 rplV rpsC TRUE 0.999 12.000 0.719 0.021 Y NA
 5708646 5708647 CJA_0705 CJA_0706 rpsC rplP TRUE 0.999 13.000 0.828 0.021 Y NA
 5708647 5708648 CJA_0706 CJA_0707 rplP rpmC TRUE 1.000 -3.000 0.802 0.015 Y NA
 5708648 5708649 CJA_0707 CJA_0708 rpmC rpsQ TRUE 1.000 2.000 0.828 0.015 Y NA
 5708649 5708650 CJA_0708 CJA_0709 rpsQ rplN TRUE 0.996 38.000 0.791 0.021 Y NA
 5708650 5708651 CJA_0709 CJA_0710 rplN rplX TRUE 0.997 35.000 0.810 0.021 Y NA
 5708651 5708652 CJA_0710 CJA_0711 rplX rplE TRUE 0.999 7.000 0.758 0.015 Y NA
 5708652 5708653 CJA_0711 CJA_0712 rplE rpsN TRUE 0.997 11.000 0.309 0.015 Y NA
 5708653 5708654 CJA_0712 CJA_0713 rpsN rpsH TRUE 0.989 31.000 0.295 0.015 Y NA
 5708654 5708655 CJA_0713 CJA_0714 rpsH rplF TRUE 0.999 14.000 0.808 0.015 Y NA
 5708655 5708656 CJA_0714 CJA_0715 rplF rplR TRUE 0.999 10.000 0.815 0.015 Y NA
 5708656 5708657 CJA_0715 CJA_0716 rplR rpsE TRUE 0.999 10.000 0.814 0.021 Y NA
 5708657 5708658 CJA_0716 CJA_0717 rpsE rpmD TRUE 0.997 30.000 0.789 0.021 Y NA
 5708658 5708659 CJA_0717 CJA_0718 rpmD rplO TRUE 1.000 2.000 0.653 0.003 Y NA
 5708659 5708660 CJA_0718 CJA_0719 rplO   TRUE 0.997 11.000 0.730 1.000 N NA
 5708660 5708661 CJA_0719 CJA_0720     TRUE 0.915 23.000 0.089 1.000   NA
 5708661 5708662 CJA_0720 CJA_0721   rpsM FALSE 0.465 222.000 0.194 0.015   NA
 5708662 5708663 CJA_0721 CJA_0722 rpsM rpsK TRUE 0.996 52.000 0.810 0.015 Y NA
 5708663 5708664 CJA_0722 CJA_0723 rpsK rpsD TRUE 0.997 16.000 0.509 0.021 Y NA
 5708664 5708665 CJA_0723 CJA_0724 rpsD rpoA TRUE 0.984 27.000 0.549 1.000 N NA
 5708665 5708666 CJA_0724 CJA_0725 rpoA rplQ TRUE 0.976 97.000 0.873 1.000 N NA
 5708668 5708669 CJA_0727 CJA_0728   ssb TRUE 0.925 18.000 0.075 NA N NA
 5708669 5708670 CJA_0728 CJA_0729 ssb   FALSE 0.073 191.000 0.000 1.000 N NA
 5708671 5708672 CJA_0730 CJA_0731   gla15 TRUE 0.724 48.000 0.000 NA Y NA
 5708673 5708674 CJA_0732 CJA_0733 glu13A   FALSE 0.013 406.000 0.000 1.000 N NA
 5708674 5708675 CJA_0733 CJA_0734     TRUE 0.829 76.000 0.154 NA   NA
 5708675 5708676 CJA_0734 CJA_0735   amy13E TRUE 0.967 24.000 0.296 NA   NA
 5708676 5708677 CJA_0735 CJA_0736 amy13E adg97B FALSE 0.396 63.000 0.000 1.000   NA
 5708677 5708678 CJA_0736 CJA_0737 adg97B amy13D FALSE 0.304 91.000 0.000 1.000   NA
 5708678 5708679 CJA_0737 CJA_0738 amy13D   FALSE 0.060 171.000 0.000 NA   NA
 5708679 5708680 CJA_0738 CJA_0739     FALSE 0.295 72.000 0.000 NA   NA
 5708680 5708681 CJA_0739 CJA_0740     FALSE 0.295 72.000 0.000 NA   NA
 5708682 5708683 CJA_0741 CJA_0742     TRUE 0.997 -3.000 0.314 NA Y NA
 5708683 5708684 CJA_0742 CJA_0743     TRUE 0.978 14.000 0.020 0.012 Y NA
 5708684 5708685 CJA_0743 CJA_0744     TRUE 0.803 23.000 0.005 1.000 N NA
 5708685 5708686 CJA_0744 CJA_0745   hisIE TRUE 0.997 3.000 0.152 0.001 Y NA
 5708686 5708687 CJA_0745 CJA_0746 hisIE   TRUE 0.636 25.000 0.000 1.000 N NA
 5708687 5708688 CJA_0746 CJA_0747     TRUE 0.999 0.000 0.441 0.028 Y NA
 5708690 5708691 CJA_0749 CJA_0750 fabB fabA TRUE 0.948 119.000 0.451 1.000 Y NA
 5708691 5708692 CJA_0750 CJA_0751 fabA ispB FALSE 0.248 110.000 0.000 1.000 N NA
 5708692 5708693 CJA_0751 CJA_0752 ispB mtaA FALSE 0.210 196.000 0.000 1.000 Y NA
 5708694 5708695 CJA_0753 CJA_0754     FALSE 0.136 150.000 0.000 1.000 N NA
 5708695 5708696 CJA_0754 CJA_0755     TRUE 0.764 -15.000 0.000 1.000 N NA
 5708696 5708697 CJA_0755 CJA_0756     FALSE 0.090 168.000 0.000 1.000   NA
 5708697 5708698 CJA_0756 CJA_0758     TRUE 0.911 14.000 0.000 0.001   NA
 5708699 5708700 CJA_0757 CJA_0759     FALSE 0.303 98.000 0.000 1.000 N NA
 5708701 5708702 CJA_0760 CJA_0761     FALSE 0.126 155.000 0.000 1.000 N NA
 5708703 5708704 CJA_0762 CJA_3872     FALSE 0.337 51.000 0.000 NA   NA
 5708704 5708705 CJA_3872 CJA_0764   rpoD FALSE 0.067 167.000 0.000 NA   NA
 5708705 5708706 CJA_0764 CJA_0765 rpoD dnaG TRUE 0.935 66.000 0.299 1.000 N NA
 5708706 5708707 CJA_0765 CJA_0766 dnaG   TRUE 0.848 68.000 0.137 1.000   NA
 5708707 5708708 CJA_0766 CJA_0767   rpsU TRUE 0.921 65.000 0.173 0.024   NA
 5708709 5708710 CJA_0768 CJA_0769 gcp folB TRUE 0.928 11.000 0.014 1.000 N NA
 5708710 5708711 CJA_0769 CJA_0770 folB folK-2 TRUE 0.998 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 5708712 5708713 CJA_0771 CJA_0772     TRUE 0.742 17.000 0.000 1.000 N NA
 5708713 5708714 CJA_0772 CJA_0773   cca TRUE 0.871 23.000 0.038 1.000 N NA
 5708715 5708716 CJA_0774 CJA_0775     FALSE 0.024 230.000 0.000 NA   NA
 5708716 5708717 CJA_0775 CJA_0776     FALSE 0.222 94.000 0.000 NA   NA
 5708717 5708718 CJA_0776 CJA_0777     FALSE 0.005 769.000 0.000 NA   NA
 5708718 5708719 CJA_0777 CJA_0778   cbp32A FALSE 0.013 398.000 0.000 1.000 N NA
 5708722 5708723 CJA_0781 CJA_0782 phoQ phoP TRUE 0.995 3.000 0.143 1.000 Y NA
 5708723 5708724 CJA_0782 CJA_0783 phoP   TRUE 0.853 24.000 0.048 NA   NA
 5708724 5708725 CJA_0783 CJA_0784     FALSE 0.298 71.000 0.000 NA   NA
 5708726 5708727 CJA_0785 CJA_0786 proA nadD TRUE 0.961 19.000 0.170 1.000 N NA
 5708727 5708728 CJA_0786 CJA_0787 nadD   TRUE 0.942 28.000 0.221 NA   NA
 5708728 5708729 CJA_0787 CJA_0788     TRUE 0.900 88.000 0.307 NA   NA
 5708729 5708730 CJA_0788 CJA_0789   mrdA-2 TRUE 0.692 36.000 0.020 NA   NA
 5708730 5708731 CJA_0789 CJA_0790 mrdA-2 rodA TRUE 0.959 -3.000 0.026 1.000 N NA
 5708731 5708732 CJA_0790 CJA_0791 rodA plt103A TRUE 0.913 23.000 0.096 NA N NA
 5708732 5708733 CJA_0791 CJA_0792 plt103A   TRUE 0.975 38.000 0.298 NA Y NA
 5708733 5708734 CJA_0792 CJA_0793     TRUE 0.919 104.000 0.241 NA Y NA
 5708736 5708737 CJA_0795 CJA_0796   lipB TRUE 0.991 1.000 0.219 NA   NA
 5708737 5708738 CJA_0796 CJA_0797 lipB lipA TRUE 0.986 61.000 0.319 0.001 Y NA
 5708738 5708739 CJA_0797 CJA_0798 lipA   FALSE 0.136 142.000 0.000 1.000   NA
 5708739 5708740 CJA_0798 CJA_0799   gly43E FALSE 0.012 386.000 0.000 1.000   NA
 5708740 5708741 CJA_0799 CJA_0800 gly43E   TRUE 0.800 133.000 0.286 1.000 N NA
 5708741 5708742 CJA_0800 CJA_0801     FALSE 0.018 321.000 0.000 1.000 N NA
 5708742 5708743 CJA_0801 CJA_0802     TRUE 0.604 19.000 0.000 NA   NA
 5708743 5708744 CJA_0802 CJA_0803     FALSE 0.009 354.000 0.000 NA   NA
 5708745 5708746 CJA_0804 CJA_0805   arb43A FALSE 0.177 106.000 0.000 NA   NA
 5708747 5708748 CJA_0806 CJA_0807 abf43L   TRUE 0.995 -3.000 0.250 0.051   NA
 5708749 5708750 CJA_0808 CJA_0809     FALSE 0.004 2162.000 0.000 NA   NA
 5708750 5708751 CJA_0809 CJA_0810     FALSE 0.004 1053.000 0.000 NA   NA
 5708753 5708754 CJA_0812 CJA_0813     FALSE 0.005 668.000 0.000 NA   NA
 5708754 5708755 CJA_0813 CJA_0814     FALSE 0.005 752.000 0.000 NA   NA
 5708755 5708756 CJA_0814 CJA_0815     FALSE 0.130 125.000 0.000 NA   NA
 5708757 5708758 CJA_0816 CJA_0817 gly43C agd97A FALSE 0.242 105.000 0.000 1.000   NA
 5708758 5708759 CJA_0817 CJA_0818 agd97A gly43D TRUE 0.942 63.000 0.333 1.000   NA
 5708759 5708760 CJA_0818 CJA_0819 gly43D abf43M TRUE 0.712 197.000 0.333 0.024   NA
 5708760 5708761 CJA_0819 CJA_0820 abf43M   FALSE 0.378 39.000 0.000 NA   NA
 5708761 5708762 CJA_0820 CJA_0821     TRUE 0.948 18.000 0.136 NA   NA
 5708763 5708764 CJA_0822 CJA_0823     TRUE 0.997 -3.000 0.500 0.057   NA
 5708764 5708765 CJA_0823 CJA_0824     FALSE 0.006 513.000 0.000 NA   NA
 5708765 5708766 CJA_0824 CJA_0825     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 5708766 5708767 CJA_0825 CJA_0826     FALSE 0.008 398.000 0.000 NA   NA
 5708767 5708768 CJA_0826 CJA_0827     FALSE 0.011 320.000 0.000 NA   NA
 5708768 5708769 CJA_0827 CJA_0828     FALSE 0.005 756.000 0.000 NA   NA
 5708769 5708770 CJA_0828 CJA_0829     TRUE 0.677 14.000 0.000 NA   NA
 5708770 5708771 CJA_0829 CJA_0830     FALSE 0.322 59.000 0.000 NA   NA
 5708772 5708773 CJA_0831 CJA_0832     FALSE 0.018 254.000 0.000 NA   NA
 5708774 5708775 CJA_0833 CJA_0834     FALSE 0.155 182.000 0.000 0.075 N NA
 5708775 5708776 CJA_0834 CJA_0835   ndh FALSE 0.019 309.000 0.000 1.000 N NA
 5708776 5708777 CJA_0835 CJA_0836 ndh   FALSE 0.393 64.000 0.000 1.000   NA
 5708777 5708778 CJA_0836 CJA_0837     TRUE 0.778 27.000 0.000 0.017   NA
 5708778 5708779 CJA_0837 CJA_0838     FALSE 0.399 62.000 0.000 1.000   NA
 5708779 5708780 CJA_0838 CJA_0839     FALSE 0.468 100.000 0.000 0.028   NA
 5708780 5708781 CJA_0839 CJA_0840   oruR FALSE 0.084 171.000 0.000 1.000   NA
 5708781 5708782 CJA_0840 CJA_0841 oruR   TRUE 0.776 14.000 0.000 1.000 N NA
 5708783 5708784 CJA_0842 CJA_0843 cirA   TRUE 0.993 0.000 0.220 1.000 N NA
 5708784 5708785 CJA_0843 CJA_0844     FALSE 0.141 120.000 0.000 NA   NA
 5708786 5708787 CJA_0845 CJA_0846   idnK FALSE 0.241 89.000 0.000 NA   NA
 5708788 5708789 CJA_0847 CJA_0848     TRUE 0.939 28.000 0.182 1.000 N NA
 5708789 5708790 CJA_0848 CJA_0849   cgs94A TRUE 0.905 141.000 0.344 1.000 Y NA
 5708791 5708792 CJA_0850 CJA_0851     FALSE 0.031 214.000 0.000 NA   NA
 5708792 5708793 CJA_0851 CJA_0852   rpsT FALSE 0.009 361.000 0.000 NA   NA
 5708793 5708794 CJA_0852 CJA_0853 rpsT   TRUE 0.750 -7.000 0.000 NA   NA
 5708795 5708796 CJA_0854 CJA_0855     FALSE 0.371 40.000 0.000 NA   NA
 5708797 5708798 CJA_0856 CJA_0857     TRUE 0.997 -3.000 0.642 NA   NA
 5708799 5708800 CJA_0858 CJA_0859   surA TRUE 0.946 14.000 0.070 1.000 N NA
 5708800 5708801 CJA_0859 CJA_0860 surA pdxA TRUE 0.956 88.000 0.561 1.000 N NA
 5708801 5708802 CJA_0860 CJA_0861 pdxA ksgA TRUE 0.991 1.000 0.197 1.000 N NA
 5708802 5708803 CJA_0861 CJA_0862 ksgA   TRUE 0.973 -3.000 0.078 NA N NA
 5708803 5708804 CJA_0862 CJA_0863     TRUE 0.989 9.000 0.267 NA   NA
 5708806 5708807 CJA_0865 CJA_0866     TRUE 1.000 0.000 0.741 0.003 Y NA
 5708807 5708808 CJA_0866 CJA_0867   coxG TRUE 0.976 20.000 0.268 1.000 N NA
 5708808 5708809 CJA_0867 CJA_0868 coxG   TRUE 0.987 23.000 0.536 1.000 N NA
 5708811 5708812 CJA_0870 CJA_0871     TRUE 0.966 86.000 0.722 NA   NA
 5708812 5708813 CJA_0871 CJA_0872     TRUE 0.993 3.000 0.255 NA   NA
 5708813 5708814 CJA_0872 CJA_0873   cyoE TRUE 0.995 -10.000 0.321 1.000 Y NA
 5708814 5708815 CJA_0873 CJA_0874 cyoE   TRUE 0.527 -37.000 0.000 NA   NA
 5708815 5708816 CJA_0874 CJA_0875     TRUE 0.854 3.000 0.000 NA   NA
 5708816 5708817 CJA_0875 CJA_0876     FALSE 0.022 238.000 0.000 NA   NA
 5708817 5708818 CJA_0876 CJA_0877     FALSE 0.222 94.000 0.000 NA   NA
 5708818 5708819 CJA_0877 CJA_0878     FALSE 0.185 104.000 0.000 NA   NA
 5708819 5708820 CJA_0878 CJA_0879     FALSE 0.154 134.000 0.000 1.000   NA
 5708821 5708822 CJA_0880 CJA_0881 hemL thiE TRUE 0.969 30.000 0.173 1.000 Y NA
 5708822 5708823 CJA_0881 CJA_0882 thiE   TRUE 0.566 -31.000 0.000 NA   NA
 5708823 5708824 CJA_0882 CJA_0883     TRUE 0.854 3.000 0.000 NA   NA
 5708824 5708825 CJA_0883 CJA_0884     FALSE 0.385 68.000 0.000 1.000   NA
 5708826 5708827 CJA_0885 CJA_0886 argC   FALSE 0.291 125.000 0.008 NA   NA
 5708827 5708828 CJA_0886 CJA_0887     TRUE 0.910 23.000 0.103 NA   NA
 5708828 5708829 CJA_0887 CJA_0888     TRUE 0.754 69.000 0.079 NA   NA
 5708830 5708831 CJA_0889 CJA_0890   trg3 TRUE 0.983 9.000 0.184 NA N NA
 5708832 5708833 CJA_0891 CJA_0893 tyrS   TRUE 0.681 -13.000 0.000 NA   NA
 5708833 5708834 CJA_0893 CJA_3881   rrsB FALSE 0.012 302.000 0.000 NA   NA
 5708834 5708835 CJA_3881 CJA_3882 rrsB   FALSE 0.087 150.000 0.000 NA   NA
 5708835 5708836 CJA_3882 CJA_3883     FALSE 0.378 39.000 0.000 NA   NA
 5708836 5708837 CJA_3883 CJA_3884     TRUE 0.604 19.000 0.000 NA   NA
 5708837 5708838 CJA_3884 CJA_3885   rrlB FALSE 0.017 260.000 0.000 NA   NA
 5708838 5708839 CJA_3885 CJA_3886 rrlB rrfB FALSE 0.067 167.000 0.000 NA   NA
 5708839 5708840 CJA_3886 CJA_3888 rrfB rrsC FALSE 0.008 411.000 0.000 NA   NA
 5708840 5708841 CJA_3888 CJA_3889 rrsC   FALSE 0.090 148.000 0.000 NA   NA
 5708841 5708842 CJA_3889 CJA_3890     TRUE 0.604 19.000 0.000 NA   NA
 5708842 5708843 CJA_3890 CJA_3891   rrlC FALSE 0.017 260.000 0.000 NA   NA
 5708843 5708844 CJA_3891 CJA_3892 rrlC rrfC FALSE 0.067 167.000 0.000 NA   NA
 5708844 5708845 CJA_3892 CJA_0905 rrfC   FALSE 0.051 184.000 0.000 NA   NA
 5708845 5708846 CJA_0905 CJA_0906   rimI TRUE 0.922 11.000 0.027 NA   NA
 5708847 5708848 CJA_0907 CJA_0908     TRUE 0.998 -7.000 0.682 1.000 Y NA
 5708849 5708850 CJA_0909 CJA_0910   prfC FALSE 0.403 74.000 0.000 1.000 N NA
 5708850 5708851 CJA_0910 CJA_0911 prfC   TRUE 0.844 4.000 0.000 NA   NA
 5708851 5708852 CJA_0911 CJA_0912     FALSE 0.241 89.000 0.000 NA   NA
 5708854 5708855 CJA_0914 CJA_0915     FALSE 0.278 78.000 0.000 NA   NA
 5708856 5708857 CJA_0916 CJA_0917     FALSE 0.251 86.000 0.000 NA   NA
 5708858 5708859 CJA_0918 CJA_0919     FALSE 0.004 960.000 0.000 NA   NA
 5708860 5708861 CJA_0920 CJA_0921   aspC FALSE 0.020 247.000 0.000 NA   NA
 5708861 5708862 CJA_0921 CJA_0922 aspC   FALSE 0.423 66.000 0.000 1.000 N NA
 5708862 5708863 CJA_0922 CJA_0923     TRUE 0.948 36.000 0.307 NA   NA
 5708863 5708864 CJA_0923 CJA_0924     FALSE 0.302 122.000 0.008 NA   NA
 5708864 5708865 CJA_0924 CJA_0925   gmhA TRUE 0.997 0.000 0.613 NA   NA
 5708865 5708866 CJA_0925 CJA_0926 gmhA   TRUE 0.780 112.000 0.187 1.000 N NA
 5708866 5708867 CJA_0926 CJA_0927     TRUE 0.988 3.000 0.172 NA   NA
 5708871 5708872 CJA_0931 CJA_0932     TRUE 0.857 83.000 0.206 NA   NA
 5708872 5708873 CJA_0932 CJA_0933     TRUE 0.828 -3.000 0.000 NA   NA
 5708874 5708875 CJA_0934 CJA_0935     FALSE 0.107 137.000 0.000 NA   NA
 5708875 5708876 CJA_0935 CJA_0936     FALSE 0.366 41.000 0.000 NA   NA
 5708876 5708877 CJA_0936 CJA_0937     TRUE 0.542 30.000 0.000 1.000   NA
 5708877 5708878 CJA_0937 CJA_0938     FALSE 0.054 202.000 0.000 1.000   NA
 5708880 5708881 CJA_0940 CJA_0941     FALSE 0.012 304.000 0.000 NA   NA
 5708881 5708882 CJA_0941 CJA_0942     FALSE 0.019 251.000 0.000 NA   NA
 5708882 5708883 CJA_0942 CJA_0943     FALSE 0.334 52.000 0.000 NA   NA
 5708883 5708884 CJA_0943 CJA_0944     TRUE 0.524 32.000 0.000 1.000   NA
 5708884 5708885 CJA_0944 CJA_0945     FALSE 0.420 52.000 0.000 1.000   NA
 5708885 5708886 CJA_0945 CJA_0946     TRUE 0.755 -13.000 0.000 1.000   NA
 5708887 5708888 CJA_0947 CJA_0948     TRUE 0.836 53.000 0.125 NA   NA
 5708888 5708889 CJA_0948 CJA_0949     FALSE 0.261 83.000 0.000 NA   NA
 5708889 5708890 CJA_0949 CJA_0950     FALSE 0.029 218.000 0.000 NA   NA
 5708892 5708893 CJA_0951 CJA_0953 lpxO   FALSE 0.328 92.000 0.000 1.000 N NA
 5708893 5708894 CJA_0953 CJA_0954     TRUE 0.996 -3.000 0.310 0.025 N NA
 5708894 5708895 CJA_0954 CJA_0955     FALSE 0.069 166.000 0.000 NA   NA
 5708896 5708897 CJA_0956 CJA_0957     TRUE 0.938 119.000 0.367 1.000 Y NA
 5708897 5708898 CJA_0957 CJA_0958   fmdF TRUE 0.999 17.000 0.888 0.049 Y NA
 5708898 5708899 CJA_0958 CJA_0959 fmdF   TRUE 0.994 -13.000 0.639 1.000   NA
 5708899 5708900 CJA_0959 CJA_0960     TRUE 0.993 23.000 0.600 0.015   NA
 5708902 5708903 CJA_0962 CJA_0963   fmdA FALSE 0.404 35.000 0.000 NA   NA
 5708903 5708904 CJA_0963 CJA_0964 fmdA   TRUE 0.893 114.000 0.478 NA   NA
 5708907 5708908 CJA_0967 CJA_0968     FALSE 0.054 179.000 0.000 NA   NA
 5708909 5708910 CJA_0969 CJA_0970     FALSE 0.345 47.000 0.000 NA   NA
 5708910 5708911 CJA_0970 CJA_0971     FALSE 0.484 27.000 0.000 NA   NA
 5708911 5708912 CJA_0971 CJA_0973   rrpX FALSE 0.387 67.000 0.000 1.000   NA
 5708913 5708914 CJA_0972 CJA_0974     TRUE 0.896 12.000 0.000 0.058   NA
 5708915 5708916 CJA_0975 CJA_0976     TRUE 0.906 67.000 0.250 NA   NA
 5708916 5708917 CJA_0976 CJA_0977     FALSE 0.039 201.000 0.000 NA   NA
 5708917 5708918 CJA_0977 CJA_0978     FALSE 0.004 882.000 0.000 NA   NA
 5708918 5708919 CJA_0978 CJA_0979     FALSE 0.004 2524.000 0.000 NA   NA
 5708919 5708920 CJA_0979 CJA_0980     FALSE 0.013 296.000 0.000 NA   NA
 5708920 5708921 CJA_0980 CJA_0981     TRUE 0.988 28.000 0.375 1.000 Y NA
 5708921 5708922 CJA_0981 CJA_0982     FALSE 0.458 114.000 0.000 0.004 N NA
 5708922 5708923 CJA_0982 CJA_0983     FALSE 0.189 103.000 0.000 NA   NA
 5708925 5708926 CJA_0985 CJA_0986     FALSE 0.208 98.000 0.000 NA   NA
 5708926 5708927 CJA_0986 CJA_0987     TRUE 0.998 2.000 0.805 NA   NA
 5708927 5708928 CJA_0987 CJA_0988   chi18B FALSE 0.005 598.000 0.000 NA   NA
 5708929 5708930 CJA_0989 CJA_0990     TRUE 0.715 -10.000 0.000 NA   NA
 5708930 5708931 CJA_0990 CJA_0991     FALSE 0.422 33.000 0.000 NA   NA
 5708931 5708932 CJA_0991 CJA_0992     FALSE 0.360 43.000 0.000 NA   NA
 5708934 5708935 CJA_0994 CJA_0995     TRUE 0.998 -3.000 0.734 NA   NA
 5708941 5708942 CJA_1001 CJA_1002     FALSE 0.131 134.000 0.000 NA N NA
 5708942 5708943 CJA_1002 CJA_1003     TRUE 0.527 27.000 0.000 NA N NA
 5708943 5708944 CJA_1003 CJA_1004     TRUE 1.000 -3.000 0.908 0.043 Y NA
 5708944 5708945 CJA_1004 CJA_1005     TRUE 0.999 15.000 0.924 0.043 Y NA
 5708945 5708946 CJA_1005 CJA_1006     TRUE 1.000 1.000 0.814 0.043 Y NA
 5708946 5708947 CJA_1006 CJA_1007     TRUE 0.999 1.000 0.537 0.043 Y NA
 5708947 5708948 CJA_1007 CJA_1008     TRUE 0.996 25.000 0.564 0.043 Y NA
 5708948 5708949 CJA_1008 CJA_1009   metG FALSE 0.291 179.000 0.055 1.000 N NA
 5708950 5708951 CJA_1010 CJA_1011   greB FALSE 0.237 90.000 0.000 NA   NA
 5708951 5708952 CJA_1011 CJA_1012 greB   FALSE 0.083 164.000 0.000 NA N NA
 5708952 5708953 CJA_1012 CJA_1013     TRUE 0.995 -19.000 0.875 NA   NA
 5708954 5708955 CJA_1014 CJA_1015     FALSE 0.009 358.000 0.000 NA   NA
 5708957 5708958 CJA_1017 CJA_1018     FALSE 0.015 280.000 0.000 NA   NA
 5708960 5708961 CJA_1019 CJA_1021     FALSE 0.013 300.000 0.000 NA   NA
 5708961 5708962 CJA_1021 CJA_1022     TRUE 0.648 16.000 0.000 NA   NA
 5708963 5708964 CJA_1023 CJA_1024     FALSE 0.484 27.000 0.000 NA   NA
 5708964 5708965 CJA_1024 CJA_1025   gt51A TRUE 0.610 -22.000 0.000 NA   NA
 5708965 5708966 CJA_1025 CJA_1026 gt51A   FALSE 0.085 151.000 0.000 NA   NA
 5708966 5708967 CJA_1026 CJA_1027   aspS TRUE 0.667 40.000 0.020 NA   NA
 5708967 5708968 CJA_1027 CJA_1028 aspS   TRUE 0.519 102.000 0.039 NA   NA
 5708968 5708969 CJA_1028 CJA_1029   ruvC TRUE 0.938 38.000 0.277 NA   NA
 5708969 5708970 CJA_1029 CJA_1030 ruvC ruvA TRUE 0.996 23.000 0.451 0.007 Y NA
 5708970 5708971 CJA_1030 CJA_1031 ruvA ruvB TRUE 0.993 52.000 0.549 0.002 Y NA
 5708971 5708972 CJA_1031 CJA_1032 ruvB tolQ-2 FALSE 0.036 337.000 0.007 1.000 N NA
 5708972 5708973 CJA_1032 CJA_1033 tolQ-2 tolR TRUE 0.994 32.000 0.556 0.065 Y NA
 5708973 5708974 CJA_1033 CJA_1034 tolR   TRUE 0.855 18.000 0.010 1.000   NA
 5708974 5708975 CJA_1034 CJA_1035   tolB TRUE 0.970 -3.000 0.005 0.012   NA
 5708975 5708976 CJA_1035 CJA_1036 tolB   TRUE 0.973 52.000 0.592 1.000 N NA
 5708976 5708977 CJA_1036 CJA_1037     TRUE 0.981 16.000 0.278 1.000   NA
 5708977 5708978 CJA_1037 CJA_1038     FALSE 0.005 620.000 0.000 NA   NA
 5708979 5708980 CJA_1039 CJA_1040     FALSE 0.079 156.000 0.000 NA   NA
 5708980 5708981 CJA_1040 CJA_1041   ndpA FALSE 0.185 104.000 0.000 NA   NA
 5708982 5708983 CJA_1042 CJA_1044     FALSE 0.143 128.000 0.000 NA N NA
 5708985 5708986 CJA_1045 CJA_1046     FALSE 0.370 74.000 0.000 1.000   NA
 5708986 5708987 CJA_1046 CJA_1047     FALSE 0.228 92.000 0.000 NA   NA
 5708987 5708988 CJA_1047 CJA_1048     FALSE 0.340 49.000 0.000 NA   NA
 5708989 5708990 CJA_1049 CJA_1050 rebH   TRUE 0.966 95.000 0.750 NA N NA
 5708990 5708991 CJA_1050 CJA_1051     FALSE 0.023 284.000 0.000 1.000 N NA
 5708991 5708992 CJA_1051 CJA_1052     FALSE 0.016 313.000 0.000 1.000   NA
 5708992 5708993 CJA_1052 CJA_1053     FALSE 0.028 221.000 0.000 NA   NA
 5708994 5708995 CJA_1054 CJA_1055     TRUE 0.995 -28.000 1.000 NA   NA
 5708995 5708996 CJA_1055 CJA_1056     FALSE 0.285 76.000 0.000 NA   NA
 5708996 5708997 CJA_1056 CJA_1057   cycP TRUE 0.828 -3.000 0.000 NA   NA
 5708997 5708998 CJA_1057 CJA_1058 cycP cybP TRUE 0.995 4.000 0.093 0.042 Y NA
 5708998 5708999 CJA_1058 CJA_1059 cybP   TRUE 0.753 16.000 0.000 1.000 N NA
 5709000 5709001 CJA_1060 CJA_1061   gcvP FALSE 0.036 238.000 0.000 1.000 N NA
 5709002 5709003 CJA_1062 CJA_1063   gspA FALSE 0.384 38.000 0.000 NA   NA
 5709003 5709004 CJA_1063 CJA_1064 gspA   TRUE 0.985 0.000 0.133 NA   NA
 5709005 5709006 CJA_1065 CJA_1066 bfr   TRUE 0.633 154.000 0.086 NA Y NA
 5709007 5709008 CJA_1067 CJA_1068   ung FALSE 0.085 181.000 0.000 1.000 N NA
 5709008 5709009 CJA_1068 CJA_1069 ung   FALSE 0.018 321.000 0.000 1.000 N NA
 5709009 5709010 CJA_1069 CJA_1070     FALSE 0.251 86.000 0.000 NA   NA
 5709010 5709011 CJA_1070 CJA_1071     FALSE 0.006 499.000 0.000 NA   NA
 5709011 5709012 CJA_1071 CJA_1072     TRUE 0.686 106.000 0.007 1.000 Y NA
 5709012 5709013 CJA_1072 CJA_1073     TRUE 0.830 5.000 0.000 NA   NA
 5709013 5709014 CJA_1073 CJA_1074     TRUE 0.587 -28.000 0.000 NA   NA
 5709014 5709015 CJA_1074 CJA_1075   fadD1 FALSE 0.015 331.000 0.000 1.000   NA
 5709015 5709016 CJA_1075 CJA_1076 fadD1   FALSE 0.285 86.000 0.000 NA N NA
 5709016 5709017 CJA_1076 CJA_1077     TRUE 0.975 9.000 0.023 NA Y NA
 5709017 5709018 CJA_1077 CJA_1078   uvs083 TRUE 0.705 13.000 0.000 NA   NA
 5709019 5709020 CJA_1079 CJA_1080   cysI TRUE 0.958 -16.000 0.165 NA   NA
 5709021 5709022 CJA_1081 CJA_1082     FALSE 0.352 45.000 0.000 NA   NA
 5709022 5709023 CJA_1082 CJA_1083     FALSE 0.315 62.000 0.000 NA   NA
 5709024 5709025 CJA_1084 CJA_1085     FALSE 0.023 233.000 0.000 NA   NA
 5709025 5709026 CJA_1085 CJA_1086     TRUE 0.979 0.000 0.087 NA   NA
 5709026 5709027 CJA_1086 CJA_1087     FALSE 0.051 184.000 0.000 NA   NA
 5709027 5709028 CJA_1087 CJA_1088     TRUE 0.998 10.000 0.378 0.029 Y NA
 5709030 5709031 CJA_1090 CJA_1091   dapE FALSE 0.055 201.000 0.000 1.000   NA
 5709031 5709032 CJA_1091 CJA_1092 dapE hspC2 FALSE 0.107 146.000 0.000 NA N NA
 5709032 5709033 CJA_1092 CJA_1093 hspC2   TRUE 0.853 100.000 0.111 NA Y NA
 5709034 5709035 CJA_1094 CJA_1095     TRUE 0.984 -10.000 0.279 NA   NA
 5709035 5709036 CJA_1095 CJA_1096     TRUE 0.906 16.000 0.048 NA   NA
 5709037 5709038 CJA_1097 CJA_1098     TRUE 0.993 -3.000 0.333 NA   NA
 5709038 5709039 CJA_1098 CJA_1099     FALSE 0.049 185.000 0.000 NA   NA
 5709039 5709040 CJA_1099 CJA_1100   dapD FALSE 0.308 65.000 0.000 NA   NA
 5709040 5709041 CJA_1100 CJA_1101 dapD   TRUE 0.833 39.000 0.069 1.000 N NA
 5709041 5709042 CJA_1101 CJA_1102     TRUE 0.943 -3.000 0.004 1.000 N NA
 5709042 5709043 CJA_1102 CJA_1103     TRUE 0.770 -48.000 0.004 1.000 N NA
 5709043 5709044 CJA_1103 CJA_1104   glnD TRUE 0.956 31.000 0.257 1.000 N NA
 5709044 5709045 CJA_1104 CJA_1105 glnD map TRUE 0.974 73.000 0.651 1.000 N NA
 5709046 5709047 CJA_1106 CJA_1107     FALSE 0.420 52.000 0.000 1.000   NA
 5709047 5709048 CJA_1107 CJA_1108     TRUE 0.999 0.000 0.464 1.000 Y NA
 5709050 5709051 CJA_1110 CJA_1111 rpsB tsf TRUE 0.973 125.000 0.748 1.000 Y NA
 5709051 5709052 CJA_1111 CJA_1112 tsf   FALSE 0.110 135.000 0.000 NA   NA
 5709052 5709053 CJA_1112 CJA_1113     FALSE 0.325 57.000 0.000 NA   NA
 5709053 5709054 CJA_1113 CJA_1114   pyrH FALSE 0.134 123.000 0.000 NA   NA
 5709054 5709055 CJA_1114 CJA_1115 pyrH frr TRUE 0.538 105.000 0.030 1.000 N NA
 5709055 5709056 CJA_1115 CJA_1116 frr uppS TRUE 0.886 119.000 0.409 1.000 N NA
 5709056 5709057 CJA_1116 CJA_1117 uppS cdsA TRUE 0.997 -7.000 0.400 1.000 Y NA
 5709057 5709058 CJA_1117 CJA_1118 cdsA dxr TRUE 0.997 9.000 0.372 1.000 Y NA
 5709058 5709059 CJA_1118 CJA_1119 dxr   TRUE 0.985 27.000 0.568 1.000 N NA
 5709059 5709060 CJA_1119 CJA_1120     TRUE 0.951 71.000 0.204 1.000 Y NA
 5709060 5709061 CJA_1120 CJA_1121     TRUE 0.939 117.000 0.354 1.000 Y NA
 5709061 5709062 CJA_1121 CJA_1122   lpxD TRUE 0.998 19.000 0.814 1.000 Y NA
 5709062 5709063 CJA_1122 CJA_1123 lpxD fabZ TRUE 0.988 35.000 0.796 1.000 N NA
 5709063 5709064 CJA_1123 CJA_1124 fabZ lpxA TRUE 0.983 75.000 0.850 1.000 N NA
 5709064 5709065 CJA_1124 CJA_1125 lpxA lpx19A TRUE 0.967 68.000 0.289 1.000 Y NA
 5709065 5709066 CJA_1125 CJA_1126 lpx19A rnhB TRUE 0.989 -3.000 0.186 1.000 N NA
 5709066 5709067 CJA_1126 CJA_1127 rnhB dnaE TRUE 0.960 27.000 0.104 1.000 Y NA
 5709067 5709068 CJA_1127 CJA_1128 dnaE   FALSE 0.102 168.000 0.000 1.000 N NA
 5709068 5709069 CJA_1128 CJA_1129   accA FALSE 0.014 367.000 0.000 1.000 N NA
 5709069 5709070 CJA_1129 CJA_1130 accA   FALSE 0.023 234.000 0.000 NA   NA
 5709072 5709073 CJA_1132 CJA_1133 fucP   TRUE 0.984 -3.000 0.167 NA   NA
 5709073 5709074 CJA_1133 CJA_1134   kdgR TRUE 0.894 98.000 0.308 1.000   NA
 5709074 5709075 CJA_1134 CJA_1135 kdgR   TRUE 0.659 196.000 0.385 1.000 N NA
 5709075 5709076 CJA_1135 CJA_1136     TRUE 0.874 -3.000 0.000 1.000   NA
 5709076 5709077 CJA_1136 CJA_1137   uxaA TRUE 0.959 -3.000 0.000 0.001   NA
 5709077 5709078 CJA_1137 CJA_1138 uxaA   TRUE 0.857 74.000 0.152 1.000 N NA
 5709078 5709079 CJA_1138 CJA_1139     TRUE 0.968 25.000 0.061 0.043 Y NA
 5709079 5709080 CJA_1139 CJA_1140   cel3D FALSE 0.469 46.000 0.000 1.000 N NA
 5709080 5709081 CJA_1140 CJA_1141 cel3D   FALSE 0.014 284.000 0.000 NA   NA
 5709081 5709082 CJA_1141 CJA_1142     FALSE 0.100 141.000 0.000 NA   NA
 5709083 5709084 CJA_1143 CJA_1144   purK FALSE 0.371 40.000 0.000 NA   NA
 5709084 5709085 CJA_1144 CJA_1145 purK purE TRUE 0.983 27.000 0.136 0.001 Y NA
 5709085 5709086 CJA_1145 CJA_1146 purE   FALSE 0.125 182.000 0.006 NA   NA
 5709090 5709091 CJA_1150 CJA_1151 rdgC fklB FALSE 0.381 139.000 0.033 1.000 N NA
 5709091 5709092 CJA_1151 CJA_1152 fklB   FALSE 0.318 61.000 0.000 NA   NA
 5709094 5709095 CJA_1154 CJA_1155 feoB   TRUE 0.985 49.000 0.500 1.000 Y NA
 5709096 5709097 CJA_1156 CJA_1157     FALSE 0.010 338.000 0.000 NA   NA
 5709097 5709098 CJA_1157 CJA_1159     TRUE 0.981 80.000 1.000 NA   NA
 5709100 5709101 CJA_1160 CJA_1161   gluP TRUE 0.747 102.000 0.035 NA Y NA
 5709101 5709102 CJA_1161 CJA_1162 gluP   TRUE 0.880 -37.000 0.070 NA   NA
 5709102 5709103 CJA_1162 CJA_1163   nag9A TRUE 0.801 31.000 0.046 NA   NA
 5709103 5709104 CJA_1163 CJA_1164 nag9A nagB TRUE 0.903 35.000 0.000 0.001 Y NA
 5709107 5709108 CJA_1167 CJA_1168     TRUE 0.622 18.000 0.000 NA   NA
 5709108 5709109 CJA_1168 CJA_1169   hscC TRUE 0.997 1.000 0.500 1.000   NA
 5709110 5709111 CJA_1170 CJA_1171 motA1 motB TRUE 0.978 14.000 0.077 1.000 Y NA
 5709111 5709112 CJA_1171 CJA_1172 motB   FALSE 0.110 135.000 0.000 NA   NA
 5709113 5709114 CJA_1173 CJA_1174     FALSE 0.025 228.000 0.000 NA   NA
 5709114 5709115 CJA_1174 CJA_1175     TRUE 0.983 -3.000 0.147 NA   NA
 5709115 5709116 CJA_1175 CJA_1176     FALSE 0.302 81.000 0.000 NA N NA
 5709116 5709117 CJA_1176 CJA_1177     TRUE 0.998 -3.000 0.727 NA   NA
 5709117 5709118 CJA_1177 CJA_1178     TRUE 0.998 5.000 0.739 NA   NA
 5709118 5709119 CJA_1178 CJA_1179     FALSE 0.420 52.000 0.000 1.000   NA
 5709119 5709120 CJA_1179 CJA_1180     FALSE 0.201 124.000 0.000 1.000 N NA
 5709120 5709121 CJA_1180 CJA_3894     FALSE 0.019 249.000 0.000 NA   NA
 5709126 5709127 CJA_1186 CJA_1187     FALSE 0.069 302.000 0.000 1.000 Y NA
 5709127 5709128 CJA_1187 CJA_1188     TRUE 0.769 44.000 0.000 1.000 Y NA
 5709128 5709129 CJA_1188 CJA_1189     TRUE 0.927 14.000 0.000 1.000 Y NA
 5709129 5709130 CJA_1189 CJA_1190     TRUE 0.918 -45.000 0.000 0.024 Y NA
 5709131 5709132 CJA_1191 CJA_1192 cbp6A   FALSE 0.015 326.000 0.000 1.000   NA
 5709135 5709136 CJA_1195 CJA_1196     TRUE 0.844 4.000 0.000 NA   NA
 5709136 5709137 CJA_1196 CJA_1197   hupA FALSE 0.081 174.000 0.000 1.000   NA
 5709138 5709139 CJA_1198 CJA_1199 azu   FALSE 0.027 364.000 0.000 0.042   NA
 5709139 5709140 CJA_1199 CJA_1200     TRUE 0.774 10.000 0.000 NA   NA
 5709141 5709142 CJA_1201 CJA_1202     FALSE 0.047 189.000 0.000 NA   NA
 5709142 5709143 CJA_1202 CJA_1203     FALSE 0.089 149.000 0.000 NA   NA
 5709143 5709144 CJA_1203 CJA_1204     FALSE 0.012 302.000 0.000 NA   NA
 5709144 5709145 CJA_1204 CJA_1205     TRUE 0.787 9.000 0.000 NA   NA
 5709145 5709146 CJA_1205 CJA_1206     TRUE 0.899 102.000 0.400 NA   NA
 5709147 5709148 CJA_1207 CJA_1208   sinR TRUE 0.989 -18.000 0.520 NA N NA
 5709148 5709149 CJA_1208 CJA_1209 sinR   FALSE 0.005 713.000 0.000 NA   NA
 5709149 5709150 CJA_1209 CJA_1210     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 5709150 5709151 CJA_1210 CJA_1211     FALSE 0.006 542.000 0.000 NA   NA
 5709151 5709152 CJA_1211 CJA_1212     TRUE 0.993 0.000 0.250 1.000   NA
 5709153 5709154 CJA_1213 CJA_1214     TRUE 0.996 -3.000 0.500 NA   NA
 5709154 5709155 CJA_1214 CJA_1216     FALSE 0.265 100.000 0.000 1.000   NA
 5709156 5709157 CJA_1215 CJA_1217     FALSE 0.004 1564.000 0.000 NA   NA
 5709158 5709159 CJA_1218 CJA_1221     FALSE 0.125 127.000 0.000 NA   NA
 5709159 5709160 CJA_1221 CJA_1222     FALSE 0.004 1924.000 0.000 NA   NA
 5709161 5709162 CJA_1223 CJA_1224     TRUE 0.978 60.000 0.750 NA   NA
 5709162 5709163 CJA_1224 CJA_1225     FALSE 0.025 228.000 0.000 NA   NA
 5709166 5709167 CJA_1228 CJA_1229     FALSE 0.009 352.000 0.000 NA   NA
 5709168 5709169 CJA_1230 CJA_1231     FALSE 0.237 90.000 0.000 NA   NA
 5709170 5709171 CJA_1232 CJA_1233     TRUE 0.648 16.000 0.000 NA   NA
 5709171 5709172 CJA_1233 CJA_1234     FALSE 0.049 186.000 0.000 NA   NA
 5709172 5709173 CJA_1234 CJA_1236   ccrB TRUE 0.992 -3.000 0.300 NA   NA
 5709174 5709175 CJA_3895 CJA_1237     FALSE 0.108 136.000 0.000 NA   NA
 5709175 5709176 CJA_1237 CJA_1238     TRUE 0.999 4.000 0.731 0.014   NA
 5709176 5709177 CJA_1238 CJA_1239     TRUE 0.999 4.000 0.823 1.000   NA
 5709177 5709178 CJA_1239 CJA_1240     TRUE 0.998 21.000 0.758 0.047 Y NA
 5709178 5709179 CJA_1240 CJA_1241     TRUE 0.981 91.000 0.654 NA Y NA
 5709179 5709180 CJA_1241 CJA_1242   gntR FALSE 0.227 167.000 0.026 NA N NA
 5709180 5709181 CJA_1242 CJA_1243 gntR   TRUE 0.906 30.000 0.114 1.000 N NA
 5709181 5709182 CJA_1243 CJA_1244     TRUE 0.869 118.000 0.343 1.000 N NA
 5709183 5709184 CJA_1245 CJA_1246     TRUE 0.703 18.000 0.000 1.000   NA
 5709184 5709185 CJA_1246 CJA_1248     FALSE 0.267 81.000 0.000 NA   NA
 5709187 5709188 CJA_1250 CJA_1251     TRUE 0.784 32.000 0.023 1.000 N NA
 5709188 5709189 CJA_1251 CJA_1252     FALSE 0.008 373.000 0.000 NA   NA
 5709189 5709190 CJA_1252 CJA_1253     FALSE 0.459 29.000 0.000 NA   NA
 5709190 5709191 CJA_1253 CJA_1254     FALSE 0.422 33.000 0.000 NA   NA
 5709191 5709192 CJA_1254 CJA_1255     TRUE 0.501 26.000 0.000 NA   NA
 5709192 5709193 CJA_1255 CJA_1256     TRUE 0.939 -3.000 0.000 0.053   NA
 5709193 5709194 CJA_1256 CJA_1257     TRUE 0.750 -7.000 0.000 NA   NA
 5709195 5709196 CJA_1258 CJA_1259     FALSE 0.009 358.000 0.000 NA   NA
 5709196 5709197 CJA_1259 CJA_1260     FALSE 0.038 202.000 0.000 NA   NA
 5709197 5709198 CJA_1260 CJA_1261     FALSE 0.422 33.000 0.000 NA   NA
 5709198 5709199 CJA_1261 CJA_1262     TRUE 0.997 -3.000 0.600 NA   NA
 5709199 5709200 CJA_1262 CJA_1263     FALSE 0.442 31.000 0.000 NA   NA
 5709200 5709201 CJA_1263 CJA_1264     TRUE 0.635 17.000 0.000 NA   NA
 5709201 5709202 CJA_1264 CJA_1265     FALSE 0.004 994.000 0.000 NA   NA
 5709203 5709204 CJA_1266 CJA_1267     FALSE 0.208 98.000 0.000 NA   NA
 5709204 5709205 CJA_1267 CJA_1269   radA TRUE 0.828 -3.000 0.000 NA   NA
 5709206 5709207 CJA_1268 CJA_1270     TRUE 0.677 14.000 0.000 NA   NA
 5709207 5709208 CJA_1270 CJA_1271     TRUE 0.648 16.000 0.000 NA   NA
 5709209 5709210 CJA_1272 CJA_1273     FALSE 0.302 68.000 0.000 NA   NA
 5709210 5709211 CJA_1273 CJA_1274     TRUE 0.771 -6.000 0.000 NA   NA
 5709211 5709212 CJA_1274 CJA_1276     FALSE 0.281 77.000 0.000 NA   NA
 5709213 5709214 CJA_1275 CJA_1277   pelC TRUE 0.805 7.000 0.000 NA   NA
 5709215 5709216 CJA_1278 CJA_1279     FALSE 0.051 292.000 0.000 0.026 N NA
 5709216 5709217 CJA_1279 CJA_1280     FALSE 0.216 96.000 0.000 NA   NA
 5709217 5709218 CJA_1280 CJA_1281     FALSE 0.119 131.000 0.000 NA   NA
 5709218 5709219 CJA_1281 CJA_1282     TRUE 0.648 16.000 0.000 NA   NA
 5709219 5709220 CJA_1282 CJA_1283     FALSE 0.062 170.000 0.000 NA   NA
 5709220 5709221 CJA_1283 CJA_1284     FALSE 0.011 315.000 0.000 NA   NA
 5709221 5709222 CJA_1284 CJA_1285     TRUE 0.886 24.000 0.077 NA   NA
 5709222 5709223 CJA_1285 CJA_1286   fimC TRUE 0.930 33.000 0.219 NA   NA
 5709223 5709224 CJA_1286 CJA_1287 fimC fimD TRUE 0.998 -13.000 0.879 NA Y NA
 5709224 5709225 CJA_1287 CJA_1288 fimD   TRUE 0.996 14.000 0.848 NA   NA
 5709227 5709228 CJA_1290 CJA_1291   uvs045 FALSE 0.134 123.000 0.000 NA   NA
 5709229 5709230 CJA_1292 CJA_1293   ompA TRUE 0.559 28.000 0.000 1.000   NA
 5709230 5709231 CJA_1293 CJA_1294 ompA   FALSE 0.009 497.000 0.000 1.000   NA
 5709231 5709232 CJA_1294 CJA_1295     FALSE 0.005 722.000 0.000 NA   NA
 5709232 5709233 CJA_1295 CJA_1296     TRUE 0.828 -3.000 0.000 NA   NA
 5709233 5709234 CJA_1296 CJA_1297     TRUE 0.828 -3.000 0.000 NA   NA
 5709234 5709235 CJA_1297 CJA_1298     FALSE 0.056 177.000 0.000 NA   NA
 5709235 5709236 CJA_1298 CJA_1299   exbD FALSE 0.044 222.000 0.000 1.000 N NA
 5709236 5709237 CJA_1299 CJA_1300 exbD exbB TRUE 0.997 4.000 0.200 0.062 Y NA
 5709237 5709238 CJA_1300 CJA_1301 exbB uvs044 TRUE 0.866 37.000 0.033 0.018 N NA
 5709240 5709241 CJA_1303 CJA_1304     FALSE 0.134 123.000 0.000 NA   NA
 5709241 5709242 CJA_1304 CJA_1305     FALSE 0.011 320.000 0.000 NA   NA
 5709242 5709243 CJA_1305 CJA_1306     TRUE 0.787 9.000 0.000 NA   NA
 5709243 5709244 CJA_1306 CJA_1307   chrA FALSE 0.220 192.000 0.000 1.000 Y NA
 5709244 5709245 CJA_1307 CJA_1308 chrA   FALSE 0.406 139.000 0.000 1.000 Y NA
 5709245 5709246 CJA_1308 CJA_1309     FALSE 0.044 193.000 0.000 NA   NA
 5709247 5709248 CJA_1310 CJA_1311     FALSE 0.281 77.000 0.000 NA   NA
 5709248 5709249 CJA_1311 CJA_1312     TRUE 0.997 -3.000 0.600 NA   NA
 5709249 5709250 CJA_1312 CJA_1313     FALSE 0.378 39.000 0.000 NA   NA
 5709252 5709253 CJA_1315 CJA_1316   gly43F TRUE 0.970 36.000 0.455 1.000   NA
 5709255 5709256 CJA_1318 CJA_1319 minC minD TRUE 0.989 32.000 0.466 1.000 Y NA
 5709256 5709257 CJA_1319 CJA_1320 minD minE TRUE 0.999 0.000 0.618 NA Y NA
 5709257 5709258 CJA_1320 CJA_1321 minE ycel4 TRUE 0.818 6.000 0.000 NA   NA
 5709258 5709259 CJA_1321 CJA_1322 ycel4   TRUE 0.604 19.000 0.000 NA   NA
 5709260 5709261 CJA_1323 CJA_1324     FALSE 0.200 100.000 0.000 NA   NA
 5709261 5709262 CJA_1324 CJA_1325     TRUE 0.828 -3.000 0.000 NA   NA
 5709262 5709263 CJA_1325 CJA_1326     FALSE 0.237 90.000 0.000 NA   NA
 5709263 5709264 CJA_1326 CJA_1327     FALSE 0.014 285.000 0.000 NA   NA
 5709264 5709265 CJA_1327 CJA_1328     TRUE 0.950 3.000 0.017 NA   NA
 5709266 5709267 CJA_1329 CJA_1330     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 5709267 5709268 CJA_1330 CJA_1331     FALSE 0.045 192.000 0.000 NA   NA
 5709270 5709271 CJA_1333 CJA_1334     TRUE 0.618 97.000 0.000 1.000 Y NA
 5709271 5709272 CJA_1334 CJA_1335     TRUE 0.541 23.000 0.000 NA   NA
 5709272 5709273 CJA_1335 CJA_1336   aceE FALSE 0.014 283.000 0.000 NA   NA
 5709273 5709274 CJA_1336 CJA_1337 aceE gt4H TRUE 0.923 87.000 0.167 1.000 Y NA
 5709275 5709276 CJA_1338 CJA_1339     TRUE 0.501 26.000 0.000 NA   NA
 5709276 5709277 CJA_1339 CJA_1340   mobA FALSE 0.301 69.000 0.000 NA   NA
 5709278 5709279 CJA_1341 CJA_1342 pdxH   TRUE 0.850 10.000 0.000 1.000 N NA
 5709279 5709280 CJA_1342 CJA_1343     TRUE 0.967 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5709280 5709281 CJA_1343 CJA_1344     TRUE 0.828 -3.000 0.000 NA   NA
 5709281 5709282 CJA_1344 CJA_1345     TRUE 0.646 -16.000 0.000 NA   NA
 5709283 5709284 CJA_1346 CJA_1347   hyl84 FALSE 0.102 139.000 0.000 NA   NA
 5709285 5709286 CJA_1348 CJA_1349 pgi edd FALSE 0.444 132.000 0.000 1.000 Y NA
 5709286 5709287 CJA_1349 CJA_1350 edd zwf TRUE 0.684 108.000 0.008 1.000 Y NA
 5709287 5709288 CJA_1350 CJA_1351 zwf pgl TRUE 0.974 -6.000 0.014 1.000 Y NA
 5709288 5709289 CJA_1351 CJA_1352 pgl kdgA TRUE 0.937 31.000 0.064 1.000 Y NA
 5709289 5709290 CJA_1352 CJA_1353 kdgA gap TRUE 0.796 86.000 0.017 1.000 Y NA
 5709290 5709291 CJA_1353 CJA_1354 gap pyk TRUE 0.980 18.000 0.044 0.004 Y NA
 5709291 5709292 CJA_1354 CJA_1355 pyk   TRUE 0.646 -16.000 0.000 NA   NA
 5709292 5709293 CJA_1355 CJA_1356     TRUE 0.705 13.000 0.000 NA   NA
 5709293 5709294 CJA_1356 CJA_1357     FALSE 0.459 29.000 0.000 NA   NA
 5709294 5709295 CJA_1357 CJA_1358     FALSE 0.285 76.000 0.000 NA   NA
 5709295 5709296 CJA_1358 CJA_1359   alaS FALSE 0.247 87.000 0.000 NA   NA
 5709296 5709297 CJA_1359 CJA_1360 alaS lysC FALSE 0.409 154.000 0.065 1.000 N NA
 5709297 5709298 CJA_1360 CJA_1361 lysC csrA FALSE 0.211 218.000 0.079 1.000 N NA
 5709298 5709299 CJA_1361 CJA_3902 csrA   FALSE 0.026 226.000 0.000 NA   NA
 5709302 5709303 CJA_1365 CJA_1366   gt4F FALSE 0.270 99.000 0.000 1.000   NA
 5709303 5709304 CJA_1366 CJA_1367 gt4F gt2F FALSE 0.484 27.000 0.000 NA   NA
 5709304 5709305 CJA_1367 CJA_1368 gt2F   TRUE 0.546 -34.000 0.000 NA   NA
 5709305 5709306 CJA_1368 CJA_1369   gt9B TRUE 0.644 22.000 0.000 1.000   NA
 5709306 5709307 CJA_1369 CJA_1370 gt9B   TRUE 0.566 -31.000 0.000 NA   NA
 5709307 5709308 CJA_1370 CJA_1371     FALSE 0.067 167.000 0.000 NA   NA
 5709308 5709309 CJA_1371 CJA_1372     TRUE 0.610 83.000 0.025 1.000   NA
 5709309 5709310 CJA_1372 CJA_1373     TRUE 0.975 19.000 0.286 NA   NA
 5709310 5709311 CJA_1373 CJA_1374     TRUE 0.587 20.000 0.000 NA   NA
 5709312 5709313 CJA_1375 CJA_1376     FALSE 0.212 97.000 0.000 NA   NA
 5709313 5709314 CJA_1376 CJA_1377     FALSE 0.228 92.000 0.000 NA   NA
 5709314 5709315 CJA_1377 CJA_1378     FALSE 0.345 47.000 0.000 NA   NA
 5709315 5709316 CJA_1378 CJA_1379   gltX FALSE 0.265 100.000 0.000 1.000   NA
 5709316 5709317 CJA_1379 CJA_3903 gltX   FALSE 0.160 112.000 0.000 NA   NA
 5709318 5709319 CJA_1381 CJA_1382     FALSE 0.152 115.000 0.000 NA   NA
 5709320 5709321 CJA_1383 CJA_1384     FALSE 0.150 116.000 0.000 NA   NA
 5709321 5709322 CJA_1384 CJA_1385     FALSE 0.329 55.000 0.000 NA   NA
 5709324 5709325 CJA_1387 CJA_1388     FALSE 0.011 311.000 0.000 NA   NA
 5709325 5709326 CJA_1388 CJA_1389   phoH TRUE 0.587 -28.000 0.000 NA   NA
 5709326 5709327 CJA_1389 CJA_1390 phoH   TRUE 0.646 -16.000 0.000 NA   NA
 5709327 5709328 CJA_1390 CJA_1391   rrmA FALSE 0.334 52.000 0.000 NA   NA
 5709328 5709329 CJA_1391 CJA_1392 rrmA   FALSE 0.032 249.000 0.000 1.000 N NA
 5709329 5709330 CJA_1392 CJA_1393     TRUE 0.693 110.000 0.053 0.054 N NA
 5709330 5709331 CJA_1393 CJA_1394     TRUE 0.995 0.000 0.223 0.054 N NA
 5709331 5709332 CJA_1394 CJA_1395     TRUE 0.996 -3.000 0.455 1.000 N NA
 5709332 5709333 CJA_1395 CJA_1396     FALSE 0.044 214.000 0.000 1.000   NA
 5709333 5709334 CJA_1396 CJA_1397     TRUE 0.604 19.000 0.000 NA   NA
 5709335 5709336 CJA_1398 CJA_1399     TRUE 0.993 3.000 0.273 NA   NA
 5709336 5709337 CJA_1399 CJA_1400     FALSE 0.130 125.000 0.000 NA   NA
 5709337 5709338 CJA_1400 CJA_1401     TRUE 0.927 23.000 0.103 1.000 N NA
 5709339 5709340 CJA_1402 CJA_1403 amy13C   FALSE 0.177 133.000 0.000 1.000 N NA
 5709342 5709343 CJA_1405 CJA_1406     FALSE 0.295 72.000 0.000 NA   NA
 5709343 5709344 CJA_1406 CJA_1407   creC TRUE 0.999 -3.000 0.776 1.000 Y NA
 5709344 5709345 CJA_1407 CJA_1408 creC creD TRUE 0.924 75.000 0.311 NA N NA
 5709346 5709347 CJA_1409 CJA_1410     FALSE 0.196 101.000 0.000 NA   NA
 5709348 5709349 CJA_1411 CJA_1412     FALSE 0.308 65.000 0.000 NA   NA
 5709349 5709350 CJA_1412 CJA_1413     FALSE 0.163 111.000 0.000 NA   NA
 5709350 5709351 CJA_1413 CJA_1414     FALSE 0.025 227.000 0.000 NA   NA
 5709351 5709352 CJA_1414 CJA_1415     TRUE 0.670 75.000 0.000 NA Y NA
 5709354 5709355 CJA_1417 CJA_1418     FALSE 0.312 63.000 0.000 NA   NA
 5709355 5709356 CJA_1418 CJA_1419     FALSE 0.422 33.000 0.000 NA   NA
 5709356 5709357 CJA_1419 CJA_1420     FALSE 0.063 169.000 0.000 NA   NA
 5709358 5709359 CJA_1421 CJA_1422     FALSE 0.028 260.000 0.000 1.000 N NA
 5709359 5709360 CJA_1422 CJA_1423     TRUE 0.705 13.000 0.000 NA   NA
 5709361 5709362 CJA_1424 CJA_1425     TRUE 0.818 6.000 0.000 NA   NA
 5709363 5709364 CJA_1426 CJA_1427     FALSE 0.033 211.000 0.000 NA   NA
 5709364 5709365 CJA_1427 CJA_1428     TRUE 0.998 -3.000 0.286 0.052 Y NA
 5709366 5709367 CJA_1429 CJA_1430     FALSE 0.090 148.000 0.000 NA   NA
 5709369 5709370 CJA_1432 CJA_1433   rpsP FALSE 0.173 134.000 0.000 1.000 N NA
 5709370 5709371 CJA_1433 CJA_1434 rpsP rimM TRUE 0.996 15.000 0.342 0.014 Y NA
 5709371 5709372 CJA_1434 CJA_1435 rimM trmD TRUE 0.999 -3.000 0.672 1.000 Y NA
 5709372 5709373 CJA_1435 CJA_1436 trmD rplS TRUE 0.991 33.000 0.567 1.000 Y NA
 5709373 5709374 CJA_1436 CJA_1437 rplS xerD TRUE 0.627 76.000 0.015 1.000 N NA
 5709374 5709375 CJA_1437 CJA_1438 xerD dsbC TRUE 0.856 36.000 0.079 1.000 N NA
 5709375 5709376 CJA_1438 CJA_1439 dsbC hom FALSE 0.136 150.000 0.000 1.000 N NA
 5709376 5709377 CJA_1439 CJA_1440 hom thrC TRUE 0.974 22.000 0.125 1.000 Y NA
 5709377 5709378 CJA_1440 CJA_1441 thrC   FALSE 0.357 86.000 0.000 1.000 N NA
 5709378 5709379 CJA_1441 CJA_1442     FALSE 0.015 278.000 0.000 NA   NA
 5709380 5709381 CJA_1443 CJA_1444     TRUE 0.805 7.000 0.000 NA   NA
 5709383 5709384 CJA_1445 CJA_1447   holC TRUE 0.810 18.000 0.006 NA   NA
 5709384 5709385 CJA_1447 CJA_1448 holC   TRUE 0.985 24.000 0.494 1.000 N NA
 5709386 5709387 CJA_1449 CJA_1450     TRUE 0.997 -7.000 0.631 0.054   NA
 5709388 5709389 CJA_1451 CJA_1452     TRUE 0.648 16.000 0.000 NA   NA
 5709389 5709390 CJA_1452 CJA_1453     TRUE 0.828 -3.000 0.000 NA   NA
 5709390 5709391 CJA_1453 CJA_3912     FALSE 0.340 49.000 0.000 NA   NA
 5709392 5709393 CJA_1456 CJA_1457 queA tgt TRUE 0.990 43.000 0.360 0.001 Y NA
 5709393 5709394 CJA_1457 CJA_1458 tgt secD FALSE 0.149 185.000 0.004 1.000 N NA
 5709394 5709395 CJA_1458 CJA_1459 secD secF TRUE 0.994 13.000 0.171 0.001 Y NA
 5709395 5709396 CJA_1459 CJA_1460 secF   TRUE 0.681 -13.000 0.000 NA   NA
 5709396 5709397 CJA_1460 CJA_1461     TRUE 0.604 19.000 0.000 NA   NA
 5709397 5709398 CJA_1461 CJA_1462   cel5A FALSE 0.012 435.000 0.000 1.000 N NA
 5709400 5709401 CJA_1464 CJA_1465   iscR FALSE 0.347 199.000 0.126 1.000 N NA
 5709401 5709402 CJA_1465 CJA_1466 iscR   TRUE 0.985 21.000 0.424 1.000 N NA
 5709402 5709403 CJA_1466 CJA_1467   sufB TRUE 0.766 28.000 0.007 1.000 N NA
 5709403 5709404 CJA_1467 CJA_1468 sufB sufC TRUE 0.983 52.000 0.466 1.000 Y NA
 5709404 5709405 CJA_1468 CJA_1469 sufC sufD TRUE 0.998 4.000 0.482 1.000 Y NA
 5709405 5709406 CJA_1469 CJA_1470 sufD   TRUE 0.968 -3.000 0.041 1.000 N NA
 5709406 5709407 CJA_1470 CJA_1471     TRUE 0.969 15.000 0.200 NA   NA
 5709407 5709408 CJA_1471 CJA_1472     TRUE 0.894 73.000 0.235 NA   NA
 5709409 5709410 CJA_1473 CJA_1474   acrB FALSE 0.237 113.000 0.000 1.000 N NA
 5709410 5709411 CJA_1474 CJA_1475 acrB acrA TRUE 0.986 4.000 0.130 1.000 N NA
 5709412 5709413 CJA_1476 CJA_1477   ndk FALSE 0.031 214.000 0.000 NA   NA
 5709413 5709414 CJA_1477 CJA_1478 ndk   TRUE 0.896 39.000 0.156 1.000   NA
 5709414 5709415 CJA_1478 CJA_1479   pilF TRUE 0.886 28.000 0.086 1.000   NA
 5709415 5709416 CJA_1479 CJA_1480 pilF   TRUE 0.903 56.000 0.204 1.000   NA
 5709416 5709417 CJA_1480 CJA_1481   ispG TRUE 0.906 72.000 0.233 1.000   NA
 5709417 5709418 CJA_1481 CJA_1482 ispG hisS TRUE 0.961 23.000 0.207 1.000 N NA
 5709418 5709419 CJA_1482 CJA_1483 hisS   TRUE 0.921 66.000 0.259 1.000   NA
 5709419 5709420 CJA_1483 CJA_1484     TRUE 0.996 -3.000 0.492 1.000   NA
 5709420 5709421 CJA_1484 CJA_1485     TRUE 0.735 126.000 0.203 1.000   NA
 5709421 5709422 CJA_1485 CJA_1486     FALSE 0.304 91.000 0.000 1.000   NA
 5709422 5709423 CJA_1486 CJA_1487     TRUE 0.961 -3.000 0.048 NA   NA
 5709424 5709425 CJA_1488 CJA_1489   tal TRUE 0.925 -10.000 0.043 NA   NA
 5709425 5709426 CJA_1489 CJA_1490 tal   FALSE 0.287 169.000 0.039 1.000 N NA
 5709427 5709428 CJA_1491 CJA_1492 moaC moaDE TRUE 0.997 -3.000 0.175 0.002 Y NA
 5709428 5709429 CJA_1492 CJA_1493 moaDE   TRUE 0.999 3.000 0.501 0.002 Y NA
 5709433 5709434 CJA_1497 CJA_1498 cel3B   FALSE 0.007 456.000 0.000 NA   NA
 5709436 5709437 CJA_1500 CJA_1501     FALSE 0.016 270.000 0.000 NA   NA
 5709437 5709438 CJA_1501 CJA_1502     TRUE 0.999 -6.000 0.453 0.001 Y NA
 5709438 5709439 CJA_1502 CJA_1503   sdhA TRUE 1.000 0.000 0.705 0.001 Y NA
 5709439 5709440 CJA_1503 CJA_1504 sdhA sdhB TRUE 0.998 15.000 0.604 0.001 Y NA
 5709440 5709441 CJA_1504 CJA_1505 sdhB sucA FALSE 0.444 199.000 0.067 1.000 Y NA
 5709441 5709442 CJA_1505 CJA_1506 sucA sucB TRUE 0.989 60.000 0.667 1.000 Y NA
 5709442 5709443 CJA_1506 CJA_1507 sucB   TRUE 0.932 104.000 0.253 1.000 Y NA
 5709443 5709444 CJA_1507 CJA_1508   sucC TRUE 0.890 75.000 0.069 1.000 Y NA
 5709444 5709445 CJA_1508 CJA_1510 sucC   TRUE 0.999 11.000 0.806 0.001 Y NA
 5709447 5709448 CJA_1511 CJA_1512 speA   TRUE 0.926 33.000 0.052 1.000 Y NA
 5709448 5709449 CJA_1512 CJA_1513   nspC TRUE 0.994 -22.000 0.444 1.000 Y NA
 5709451 5709452 CJA_1515 CJA_1516     TRUE 0.908 0.000 0.000 1.000 N NA
 5709452 5709453 CJA_1516 CJA_1517     FALSE 0.045 192.000 0.000 NA   NA
 5709453 5709454 CJA_1517 CJA_1518     FALSE 0.273 79.000 0.000 NA   NA
 5709454 5709455 CJA_1518 CJA_1519     TRUE 0.694 48.000 0.000 0.003   NA
 5709455 5709456 CJA_1519 CJA_1520     TRUE 0.694 48.000 0.000 0.003   NA
 5709456 5709457 CJA_1520 CJA_1521     TRUE 0.546 -34.000 0.000 NA   NA
 5709457 5709458 CJA_1521 CJA_1522   amy13B FALSE 0.006 476.000 0.000 NA   NA
 5709460 5709461 CJA_1524 CJA_1525     TRUE 0.734 12.000 0.000 NA   NA
 5709462 5709463 CJA_1526 CJA_1527     TRUE 0.897 111.000 0.471 NA   NA
 5709468 5709469 CJA_3913 CJA_3914     TRUE 0.844 4.000 0.000 NA   NA
 5709469 5709470 CJA_3914 CJA_3915     FALSE 0.181 105.000 0.000 NA   NA
 5709470 5709471 CJA_3915 CJA_3916     TRUE 0.830 5.000 0.000 NA   NA
 5709472 5709473 CJA_1536 CJA_1537     TRUE 0.556 22.000 0.000 NA   NA
 5709473 5709474 CJA_1537 CJA_1538     FALSE 0.366 41.000 0.000 NA   NA
 5709474 5709475 CJA_1538 CJA_1539     TRUE 0.756 11.000 0.000 NA   NA
 5709475 5709476 CJA_1539 CJA_1540     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 5709476 5709477 CJA_1540 CJA_1541     FALSE 0.163 111.000 0.000 NA   NA
 5709477 5709478 CJA_1541 CJA_1542     TRUE 0.978 -3.000 0.111 NA   NA
 5709478 5709479 CJA_1542 CJA_1543     FALSE 0.007 448.000 0.000 NA   NA
 5709479 5709480 CJA_1543 CJA_1544     TRUE 0.513 25.000 0.000 NA   NA
 5709483 5709484 CJA_1547 CJA_1548     FALSE 0.299 70.000 0.000 NA   NA
 5709484 5709485 CJA_1548 CJA_1549     TRUE 0.921 -16.000 0.061 NA N NA
 5709486 5709487 CJA_1550 CJA_1551     TRUE 0.815 -9.000 0.000 1.000 N NA
 5709488 5709489 CJA_1552 CJA_1553     TRUE 0.999 -3.000 0.688 0.096 Y NA
 5709489 5709490 CJA_1553 CJA_1554     TRUE 0.877 35.000 0.110 1.000   NA
 5709493 5709494 CJA_1556 CJA_1558     FALSE 0.384 38.000 0.000 NA   NA
 5709495 5709496 CJA_1559 CJA_3917     FALSE 0.052 183.000 0.000 NA   NA
 5709496 5709497 CJA_3917 CJA_3918     FALSE 0.062 170.000 0.000 NA   NA
 5709498 5709499 CJA_1562 CJA_1563     FALSE 0.320 60.000 0.000 NA   NA
 5709499 5709500 CJA_1563 CJA_1564     FALSE 0.047 189.000 0.000 NA   NA
 5709502 5709503 CJA_1566 CJA_1567     FALSE 0.043 195.000 0.000 NA   NA
 5709503 5709504 CJA_1567 CJA_1568   nrdB FALSE 0.023 265.000 0.000 1.000   NA
 5709504 5709505 CJA_1568 CJA_1569 nrdB nrdA TRUE 0.964 152.000 0.564 0.001 Y NA
 5709505 5709506 CJA_1569 CJA_1570 nrdA   FALSE 0.004 841.000 0.000 NA   NA
 5709507 5709508 CJA_1571 CJA_1572     FALSE 0.009 360.000 0.000 NA   NA
 5709508 5709509 CJA_1572 CJA_1573     FALSE 0.379 71.000 0.000 1.000   NA
 5709509 5709510 CJA_1573 CJA_1574     FALSE 0.147 137.000 0.000 1.000   NA
 5709512 5709513 CJA_1576 CJA_1577     FALSE 0.110 135.000 0.000 NA   NA
 5709513 5709514 CJA_1577 CJA_1578     FALSE 0.035 207.000 0.000 NA   NA
 5709514 5709515 CJA_1578 CJA_1579     TRUE 0.976 -3.000 0.091 NA N NA
 5709515 5709516 CJA_1579 CJA_1580     FALSE 0.011 404.000 0.000 1.000   NA
 5709516 5709517 CJA_1580 CJA_1581   mod FALSE 0.333 189.000 0.025 0.002   NA
 5709517 5709518 CJA_1581 CJA_1582 mod res TRUE 0.997 0.000 0.418 0.051   NA
 5709519 5709520 CJA_1583 CJA_1584 csm2 rloA TRUE 0.972 13.000 0.184 NA   NA
 5709521 5709522 CJA_1585 CJA_1586     TRUE 0.980 3.000 0.098 NA   NA
 5709522 5709523 CJA_1586 CJA_1587     TRUE 0.996 -3.000 0.500 NA   NA
 5709523 5709524 CJA_1587 CJA_1588     TRUE 0.920 -16.000 0.068 NA   NA
 5709524 5709525 CJA_1588 CJA_1589     FALSE 0.247 87.000 0.000 NA   NA
 5709526 5709527 CJA_1590 CJA_1591 afuB_2   TRUE 0.994 67.000 0.750 0.045 Y NA
 5709527 5709528 CJA_1591 CJA_1592     FALSE 0.193 334.000 0.226 1.000 N NA
 5709528 5709529 CJA_1592 CJA_1593     FALSE 0.108 136.000 0.000 NA   NA
 5709531 5709532 CJA_1595 CJA_1596     FALSE 0.196 101.000 0.000 NA   NA
 5709532 5709533 CJA_1596 CJA_1597     TRUE 0.648 16.000 0.000 NA   NA
 5709536 5709537 CJA_1600 CJA_1601     TRUE 0.898 45.000 0.200 NA   NA
 5709537 5709538 CJA_1601 CJA_1602   purU FALSE 0.013 294.000 0.000 NA   NA
 5709541 5709542 CJA_1605 CJA_1606 gt35A   FALSE 0.435 61.000 0.000 1.000 N NA
 5709542 5709543 CJA_1606 CJA_1607     FALSE 0.192 102.000 0.000 NA   NA
 5709543 5709544 CJA_1607 CJA_1608     TRUE 0.934 -31.000 0.133 NA   NA
 5709544 5709545 CJA_1608 CJA_1609     TRUE 0.999 12.000 0.854 NA Y NA
 5709545 5709546 CJA_1609 CJA_1610     TRUE 0.999 3.000 0.875 NA Y NA
 5709549 5709550 CJA_1613 CJA_1614   recJ TRUE 0.840 -28.000 0.011 1.000   NA
 5709552 5709553 CJA_1616 CJA_1617     TRUE 0.998 4.000 0.535 NA Y NA
 5709553 5709554 CJA_1617 CJA_1618     TRUE 0.739 13.000 0.000 NA N NA
 5709554 5709555 CJA_1618 CJA_1619     FALSE 0.010 455.000 0.000 1.000   NA
 5709555 5709556 CJA_1619 CJA_1620     TRUE 0.575 27.000 0.000 1.000   NA
 5709556 5709557 CJA_1620 CJA_1621     TRUE 0.502 119.000 0.062 NA   NA
 5709558 5709559 CJA_1622 CJA_1623 gt2H   FALSE 0.006 528.000 0.000 NA   NA
 5709560 5709561 CJA_1624 CJA_1625 hmrR dcd FALSE 0.201 124.000 0.000 1.000 N NA
 5709561 5709562 CJA_1625 CJA_1626 dcd   TRUE 0.818 6.000 0.000 NA   NA
 5709563 5709564 CJA_1627 CJA_1628     FALSE 0.325 57.000 0.000 NA   NA
 5709564 5709565 CJA_1628 CJA_1629   purN TRUE 0.792 38.000 0.065 NA   NA
 5709565 5709566 CJA_1629 CJA_1630 purN purM TRUE 0.998 4.000 0.230 0.002 Y NA
 5709567 5709568 CJA_1631 CJA_1632     TRUE 0.981 9.000 0.174 NA   NA
 5709568 5709569 CJA_1632 CJA_1633   cel9B FALSE 0.023 233.000 0.000 NA   NA
 5709570 5709571 CJA_1634 CJA_1635   cutE FALSE 0.262 106.000 0.000 1.000 N NA
 5709571 5709572 CJA_1635 CJA_1636 cutE   TRUE 0.963 67.000 0.557 NA N NA
 5709572 5709573 CJA_1636 CJA_1637     TRUE 0.944 20.000 0.150 NA   NA
 5709573 5709574 CJA_1637 CJA_1638     TRUE 0.992 12.000 0.457 NA   NA
 5709574 5709575 CJA_1638 CJA_1639     FALSE 0.092 146.000 0.000 NA   NA
 5709575 5709576 CJA_1639 CJA_1640   miaB FALSE 0.338 50.000 0.000 NA   NA
 5709576 5709577 CJA_1640 CJA_1641 miaB   FALSE 0.094 262.000 0.000 1.000 Y NA
 5709577 5709578 CJA_1641 CJA_1642     FALSE 0.390 37.000 0.000 NA   NA
 5709579 5709580 CJA_1643 CJA_1644     FALSE 0.136 122.000 0.000 NA   NA
 5709581 5709582 CJA_1645 CJA_1646 ppkA   TRUE 0.775 42.000 0.000 1.000 Y NA
 5709582 5709583 CJA_1646 CJA_1647     FALSE 0.378 39.000 0.000 NA   NA
 5709583 5709584 CJA_1647 CJA_1648     FALSE 0.355 44.000 0.000 NA   NA
 5709584 5709585 CJA_1648 CJA_1649     TRUE 0.502 -46.000 0.000 NA   NA
 5709585 5709586 CJA_1649 CJA_1650     TRUE 0.828 -3.000 0.000 NA   NA
 5709589 5709590 CJA_1653 CJA_1654     TRUE 0.774 10.000 0.000 NA   NA
 5709590 5709591 CJA_1654 CJA_1655     FALSE 0.062 170.000 0.000 NA   NA
 5709591 5709592 CJA_1655 CJA_1656     TRUE 0.987 -13.000 0.364 NA   NA
 5709592 5709593 CJA_1656 CJA_1657     FALSE 0.160 132.000 0.000 1.000   NA
 5709593 5709594 CJA_1657 CJA_1658   bcp FALSE 0.423 66.000 0.000 1.000 N NA
 5709594 5709595 CJA_1658 CJA_1659 bcp   FALSE 0.046 219.000 0.000 1.000 N NA
 5709595 5709596 CJA_1659 CJA_1660     FALSE 0.229 100.000 0.000 NA N NA
 5709597 5709598 CJA_1661 CJA_1662   dsrH TRUE 0.954 -31.000 0.060 NA Y NA
 5709598 5709599 CJA_1662 CJA_1663 dsrH   TRUE 0.991 2.000 0.077 NA Y NA
 5709599 5709600 CJA_1663 CJA_1664   dsrE TRUE 0.999 10.000 0.790 NA Y NA
 5709600 5709601 CJA_1664 CJA_1665 dsrE   TRUE 0.850 68.000 0.167 NA   NA
 5709601 5709602 CJA_1665 CJA_3919     FALSE 0.032 213.000 0.000 NA   NA
 5709602 5709603 CJA_3919 CJA_1667     FALSE 0.064 168.000 0.000 NA   NA
 5709604 5709605 CJA_1668 CJA_1669     FALSE 0.264 82.000 0.000 NA   NA
 5709605 5709606 CJA_1669 CJA_1670     TRUE 0.982 21.000 0.389 1.000   NA
 5709608 5709609 CJA_1672 CJA_1673   rpmF TRUE 0.971 44.000 0.599 NA   NA
 5709609 5709610 CJA_1673 CJA_1674 rpmF plsX TRUE 0.981 24.000 0.418 1.000 N NA
 5709610 5709611 CJA_1674 CJA_1675 plsX fabD TRUE 0.983 22.000 0.106 0.004 Y NA
 5709611 5709612 CJA_1675 CJA_1676 fabD fabG TRUE 0.995 25.000 0.432 0.004 Y NA
 5709612 5709613 CJA_1676 CJA_1677 fabG acpP TRUE 0.876 187.000 0.321 0.004 Y NA
 5709613 5709614 CJA_1677 CJA_1678 acpP   TRUE 0.782 199.000 0.346 1.000 Y NA
 5709614 5709615 CJA_1678 CJA_1679   pabC TRUE 0.865 84.000 0.187 1.000 N NA
 5709615 5709616 CJA_1679 CJA_1680 pabC   TRUE 0.976 13.000 0.204 NA   NA
 5709616 5709617 CJA_1680 CJA_1681   glnS FALSE 0.259 126.000 0.003 NA   NA
 5709617 5709618 CJA_1681 CJA_1682 glnS cysS TRUE 0.990 6.000 0.032 0.035 Y NA
 5709618 5709619 CJA_1682 CJA_1683 cysS   TRUE 0.677 14.000 0.000 NA   NA
 5709622 5709623 CJA_1686 CJA_1687     FALSE 0.010 336.000 0.000 NA   NA
 5709624 5709625 CJA_1688 CJA_1689 sfcA1   TRUE 0.734 12.000 0.000 NA   NA
 5709625 5709626 CJA_1689 CJA_1690     FALSE 0.051 184.000 0.000 NA   NA
 5709626 5709627 CJA_1690 CJA_1691     FALSE 0.177 106.000 0.000 NA   NA
 5709627 5709628 CJA_1691 CJA_1693   fadA FALSE 0.006 2357.000 0.000 1.000 N NA
 5709628 5709629 CJA_1693 CJA_1694 fadA   FALSE 0.139 121.000 0.000 NA   NA
 5709629 5709630 CJA_1694 CJA_1695     FALSE 0.295 72.000 0.000 NA   NA
 5709631 5709632 CJA_1696 CJA_1697   lexA TRUE 0.968 -7.000 0.122 NA   NA
 5709634 5709635 CJA_1698 CJA_1700     FALSE 0.163 111.000 0.000 NA   NA
 5709636 5709637 CJA_1701 CJA_1702     TRUE 0.994 10.000 0.478 NA   NA
 5709637 5709638 CJA_1702 CJA_1703     TRUE 0.876 123.000 0.478 NA   NA
 5709638 5709639 CJA_1703 CJA_1704   fleQ FALSE 0.029 258.000 0.000 1.000 N NA
 5709639 5709640 CJA_1704 CJA_1705 fleQ   FALSE 0.131 144.000 0.000 1.000   NA
 5709641 5709642 CJA_1706 CJA_1707     FALSE 0.091 175.000 0.000 1.000 N NA
 5709643 5709644 CJA_1708 CJA_1709 fleS fleR TRUE 0.998 16.000 0.679 0.066 Y NA
 5709645 5709646 CJA_1710 CJA_1711     TRUE 0.796 8.000 0.000 NA   NA
 5709647 5709648 CJA_1712 CJA_1713 fliE fliF TRUE 0.995 79.000 0.910 0.006 Y NA
 5709648 5709649 CJA_1713 CJA_1714 fliF fliG TRUE 0.984 29.000 0.189 0.006 Y NA
 5709649 5709650 CJA_1714 CJA_1715 fliG fliH TRUE 0.995 19.000 0.320 0.004 Y NA
 5709650 5709651 CJA_1715 CJA_1716 fliH fliI TRUE 0.968 -37.000 0.115 1.000 Y NA
 5709651 5709652 CJA_1716 CJA_1717 fliI   TRUE 0.987 9.000 0.070 1.000 Y NA
 5709652 5709653 CJA_1717 CJA_1718     FALSE 0.106 216.000 0.022 NA N NA
 5709653 5709654 CJA_1718 CJA_1719     TRUE 0.968 62.000 0.308 NA Y NA
 5709654 5709655 CJA_1719 CJA_1720     TRUE 0.993 16.000 0.381 NA Y NA
 5709655 5709656 CJA_1720 CJA_1721     FALSE 0.288 173.000 0.069 NA   NA
 5709656 5709657 CJA_1721 CJA_1722     FALSE 0.282 191.000 0.075 1.000   NA
 5709657 5709658 CJA_1722 CJA_1723   fliM TRUE 0.995 12.000 0.171 0.001 Y NA
 5709658 5709659 CJA_1723 CJA_1724 fliM fliN TRUE 0.999 -10.000 0.741 0.001 Y NA
 5709659 5709660 CJA_1724 CJA_1725 fliN   TRUE 0.758 48.000 0.000 1.000 Y NA
 5709660 5709661 CJA_1725 CJA_1726   fliP TRUE 0.949 11.000 0.000 1.000 Y NA
 5709661 5709662 CJA_1726 CJA_1727 fliP fliQ TRUE 0.999 13.000 1.000 0.009 Y NA
 5709662 5709663 CJA_1727 CJA_1728 fliQ fliR TRUE 1.000 8.000 1.000 0.003 Y NA
 5709663 5709664 CJA_1728 CJA_1729 fliR flhB TRUE 0.994 0.000 0.129 1.000 Y NA
 5709664 5709665 CJA_1729 CJA_1730 flhB   FALSE 0.181 105.000 0.000 NA   NA
 5709667 5709668 CJA_1732 CJA_1733     FALSE 0.343 48.000 0.000 NA   NA
 5709669 5709670 CJA_1734 CJA_1735 xth prc TRUE 0.636 70.000 0.013 1.000 N NA
 5709670 5709671 CJA_1735 CJA_1736 prc   FALSE 0.028 248.000 0.000 1.000   NA
 5709671 5709672 CJA_1736 CJA_1737     FALSE 0.158 113.000 0.000 NA   NA
 5709674 5709675 CJA_1739 CJA_1740     FALSE 0.433 32.000 0.000 NA   NA
 5709677 5709678 CJA_1742 CJA_1743     TRUE 0.674 44.000 0.026 NA   NA
 5709679 5709680 CJA_1744 CJA_1745 leuC leuD TRUE 0.998 13.000 0.463 0.001 Y NA
 5709680 5709681 CJA_1745 CJA_1746 leuD leuB TRUE 0.987 24.000 0.159 0.001 Y NA
 5709681 5709682 CJA_1746 CJA_1747 leuB asd TRUE 0.980 33.000 0.196 0.034 Y NA
 5709682 5709683 CJA_1747 CJA_1748 asd   FALSE 0.033 362.000 0.010 1.000 N NA
 5709683 5709684 CJA_1748 CJA_1749   truA TRUE 0.689 76.000 0.035 1.000 N NA
 5709684 5709685 CJA_1749 CJA_1750 truA trpF TRUE 0.827 85.000 0.139 1.000 N NA
 5709685 5709686 CJA_1750 CJA_1751 trpF trpB TRUE 0.999 4.000 0.375 0.001 Y NA
 5709686 5709687 CJA_1751 CJA_1752 trpB trpA TRUE 0.987 67.000 0.344 0.001 Y NA
 5709687 5709688 CJA_1752 CJA_1753 trpA accD TRUE 0.833 109.000 0.232 1.000 N NA
 5709688 5709689 CJA_1753 CJA_1754 accD folC TRUE 0.994 9.000 0.383 1.000 N NA
 5709689 5709690 CJA_1754 CJA_1755 folC   TRUE 0.967 18.000 0.216 NA   NA
 5709690 5709691 CJA_1755 CJA_1756   cvpA TRUE 0.562 131.000 0.116 NA   NA
 5709691 5709692 CJA_1756 CJA_1757 cvpA purF TRUE 0.930 52.000 0.262 1.000   NA
 5709692 5709693 CJA_1757 CJA_1758 purF metZ TRUE 0.892 44.000 0.153 1.000 N NA
 5709693 5709694 CJA_1758 CJA_3922 metZ   FALSE 0.112 134.000 0.000 NA   NA
 5709694 5709695 CJA_3922 CJA_1760     FALSE 0.030 216.000 0.000 NA   NA
 5709695 5709696 CJA_1760 CJA_1761   mgsA FALSE 0.223 117.000 0.000 1.000 N NA
 5709696 5709697 CJA_1761 CJA_1762 mgsA   FALSE 0.020 303.000 0.000 1.000 N NA
 5709698 5709699 CJA_1763 CJA_1764   mfd TRUE 0.758 60.000 0.071 NA   NA
 5709700 5709701 CJA_1765 CJA_1766 nqrA nqrB TRUE 0.999 4.000 0.618 0.002 Y NA
 5709701 5709702 CJA_1766 CJA_1767 nqrB nqrC TRUE 0.999 -7.000 0.538 0.002 Y NA
 5709702 5709703 CJA_1767 CJA_1768 nqrC nqrD TRUE 0.998 3.000 0.188 0.002 Y NA
 5709703 5709704 CJA_1768 CJA_1769 nqrD nqrE TRUE 0.998 0.000 0.240 0.002 Y NA
 5709704 5709705 CJA_1769 CJA_1770 nqrE nqrF TRUE 0.998 22.000 0.700 0.002 Y NA
 5709705 5709706 CJA_1770 CJA_1771 nqrF   TRUE 0.580 91.000 0.039 NA   NA
 5709706 5709707 CJA_1771 CJA_1772     TRUE 0.653 112.000 0.121 NA   NA
 5709708 5709709 CJA_1773 CJA_1774     TRUE 0.587 20.000 0.000 NA   NA
 5709710 5709711 CJA_1775 CJA_1776     TRUE 0.998 10.000 0.620 0.059 N NA
 5709711 5709712 CJA_1776 CJA_1777     TRUE 0.998 -3.000 0.620 0.059 N NA
 5709712 5709713 CJA_1777 CJA_1778     TRUE 0.675 78.000 0.002 0.052   NA
 5709713 5709714 CJA_1778 CJA_1779     TRUE 0.669 86.000 0.045 1.000   NA
 5709714 5709715 CJA_1779 CJA_1780     TRUE 0.999 13.000 0.746 0.059 Y NA
 5709715 5709716 CJA_1780 CJA_1781     TRUE 0.977 7.000 0.096 1.000 N NA
 5709716 5709717 CJA_1781 CJA_1782   kdsB TRUE 0.907 43.000 0.054 1.000 Y NA
 5709717 5709718 CJA_1782 CJA_1783 kdsB   TRUE 0.971 -3.000 0.050 1.000 N NA
 5709718 5709719 CJA_1783 CJA_1784   murB TRUE 0.950 12.000 0.050 1.000 N NA
 5709719 5709720 CJA_1784 CJA_1785 murB gacA FALSE 0.033 246.000 0.000 1.000 N NA
 5709720 5709721 CJA_1785 CJA_1786 gacA uvrC TRUE 0.922 34.000 0.086 0.016 N NA
 5709721 5709722 CJA_1786 CJA_1787 uvrC pgsA TRUE 0.880 90.000 0.227 1.000 N NA
 5709722 5709723 CJA_1787 CJA_3923 pgsA   FALSE 0.123 128.000 0.000 NA   NA
 5709723 5709724 CJA_3923 CJA_3924     FALSE 0.442 31.000 0.000 NA   NA
 5709725 5709726 CJA_1790 CJA_1791   pdxJ TRUE 0.936 6.000 0.002 1.000 N NA
 5709726 5709727 CJA_1791 CJA_1792 pdxJ   TRUE 0.947 -3.000 0.007 1.000 N NA
 5709727 5709728 CJA_1792 CJA_1793     TRUE 0.786 28.000 0.027 NA N NA
 5709728 5709729 CJA_1793 CJA_1794     TRUE 0.806 27.000 0.038 NA   NA
 5709729 5709730 CJA_1794 CJA_1795     TRUE 0.813 -34.000 0.024 NA   NA
 5709731 5709732 CJA_1796 CJA_1797     TRUE 0.974 19.000 0.281 NA   NA
 5709732 5709733 CJA_1797 CJA_1798   scpA FALSE 0.116 222.000 0.040 NA   NA
 5709733 5709734 CJA_1798 CJA_1799 scpA   TRUE 0.696 90.000 0.083 NA   NA
 5709734 5709735 CJA_1799 CJA_1800     TRUE 0.970 17.000 0.210 NA N NA
 5709736 5709737 CJA_1801 CJA_1802 abfX abfS FALSE 0.072 299.000 0.000 1.000 Y NA
 5709737 5709738 CJA_1802 CJA_1803 abfS abfR TRUE 0.970 4.000 0.000 1.000 Y NA
 5709739 5709740 CJA_1804 CJA_1806     FALSE 0.110 144.000 0.000 NA N NA
 5709741 5709742 CJA_1805 CJA_1807     TRUE 0.968 25.000 0.315 NA   NA
 5709743 5709744 CJA_1808 CJA_1809     TRUE 0.640 92.000 0.000 1.000 Y NA
 5709744 5709745 CJA_1809 CJA_1810     TRUE 0.961 12.000 0.087 1.000   NA
 5709745 5709746 CJA_1810 CJA_1811     FALSE 0.034 208.000 0.000 NA   NA
 5709746 5709747 CJA_1811 CJA_1812     FALSE 0.216 96.000 0.000 NA   NA
 5709747 5709748 CJA_1812 CJA_1813     FALSE 0.324 126.000 0.018 NA   NA
 5709750 5709751 CJA_1815 CJA_1816     FALSE 0.076 159.000 0.000 NA   NA
 5709752 5709753 CJA_1817 CJA_1818     FALSE 0.278 78.000 0.000 NA   NA
 5709753 5709754 CJA_1818 CJA_1819     FALSE 0.451 30.000 0.000 NA   NA
 5709754 5709755 CJA_1819 CJA_1820     FALSE 0.270 80.000 0.000 NA   NA
 5709755 5709756 CJA_1820 CJA_1821     TRUE 0.960 28.000 0.300 NA   NA
 5709756 5709757 CJA_1821 CJA_1822   tnpT FALSE 0.298 71.000 0.000 NA   NA
 5709758 5709759 CJA_1823 CJA_1824     FALSE 0.155 114.000 0.000 NA   NA
 5709759 5709760 CJA_1824 CJA_1825     TRUE 0.983 13.000 0.273 NA   NA
 5709760 5709761 CJA_1825 CJA_1826   copB TRUE 0.999 11.000 0.800 0.003 N NA
 5709761 5709762 CJA_1826 CJA_1827 copB   FALSE 0.390 37.000 0.000 NA   NA
 5709762 5709763 CJA_1827 CJA_1828     TRUE 0.970 58.000 0.625 NA   NA
 5709763 5709764 CJA_1828 CJA_1829   copF FALSE 0.274 98.000 0.000 1.000   NA
 5709764 5709765 CJA_1829 CJA_1830 copF   FALSE 0.010 522.000 0.000 1.000 N NA
 5709765 5709766 CJA_1830 CJA_1831     TRUE 0.997 -7.000 0.750 1.000 N NA
 5709768 5709769 CJA_1833 CJA_1834     FALSE 0.101 140.000 0.000 NA   NA
 5709771 5709772 CJA_1836 CJA_1837 cueA cueR TRUE 0.936 11.000 0.000 0.003 N NA
 5709774 5709775 CJA_1839 CJA_1840     FALSE 0.257 84.000 0.000 NA   NA
 5709775 5709776 CJA_1840 CJA_1841   czcC FALSE 0.254 85.000 0.000 NA   NA
 5709776 5709777 CJA_1841 CJA_1842 czcC   TRUE 0.960 -3.000 0.000 NA Y NA
 5709777 5709778 CJA_1842 CJA_1843     TRUE 0.982 46.000 0.750 NA N NA
 5709778 5709779 CJA_1843 CJA_1844     TRUE 0.947 88.000 0.500 1.000   NA
 5709779 5709780 CJA_1844 CJA_1845   pbrT FALSE 0.166 129.000 0.000 1.000   NA
 5709782 5709783 CJA_1847 CJA_1848     TRUE 0.983 -3.000 0.157 NA   NA
 5709783 5709784 CJA_1848 CJA_1849   tnpS TRUE 0.717 52.000 0.000 NA Y NA
 5709784 5709785 CJA_1849 CJA_1850 tnpS mpr FALSE 0.014 288.000 0.000 NA   NA
 5709785 5709786 CJA_1850 CJA_1851 mpr   TRUE 0.885 74.000 0.222 NA   NA
 5709786 5709787 CJA_1851 CJA_1852     FALSE 0.329 55.000 0.000 NA   NA
 5709787 5709788 CJA_1852 CJA_1853   cheV-2 FALSE 0.039 201.000 0.000 NA   NA
 5709788 5709789 CJA_1853 CJA_1854 cheV-2   FALSE 0.102 139.000 0.000 NA   NA
 5709790 5709791 CJA_1855 CJA_1856 kdpE kdpD TRUE 0.972 63.000 0.621 1.000   NA
 5709791 5709792 CJA_1856 CJA_1857 kdpD trkH-2 TRUE 0.874 -3.000 0.000 1.000   NA
 5709792 5709793 CJA_1857 CJA_1858 trkH-2   FALSE 0.229 108.000 0.000 1.000   NA
 5709793 5709794 CJA_1858 CJA_1859     FALSE 0.005 606.000 0.000 NA   NA
 5709794 5709795 CJA_1859 CJA_1860     TRUE 0.828 -3.000 0.000 NA   NA
 5709799 5709800 CJA_1864 CJA_1865     FALSE 0.063 169.000 0.000 NA   NA
 5709801 5709802 CJA_1866 CJA_1867   pvdE TRUE 0.850 10.000 0.000 1.000 N NA
 5709802 5709803 CJA_1867 CJA_1868 pvdE   FALSE 0.341 156.000 0.000 1.000 Y NA
 5709804 5709805 CJA_1869 CJA_1870     FALSE 0.451 53.000 0.000 1.000 N NA
 5709805 5709806 CJA_1870 CJA_1871     TRUE 0.999 3.000 0.286 0.002 Y NA
 5709806 5709807 CJA_1871 CJA_1872     FALSE 0.025 259.000 0.000 1.000   NA
 5709807 5709808 CJA_1872 CJA_1873     TRUE 0.644 22.000 0.000 1.000   NA
 5709808 5709809 CJA_1873 CJA_1874     TRUE 0.787 9.000 0.000 NA   NA
 5709809 5709810 CJA_1874 CJA_1875     TRUE 0.828 87.000 0.184 NA   NA
 5709810 5709811 CJA_1875 CJA_1876     FALSE 0.422 33.000 0.000 NA   NA
 5709813 5709814 CJA_1878 CJA_1879     FALSE 0.024 231.000 0.000 NA   NA
 5709816 5709817 CJA_1881 CJA_1882   mal77Q TRUE 0.761 41.000 0.054 NA   NA
 5709817 5709818 CJA_1882 CJA_1883 mal77Q gly57A TRUE 0.958 55.000 0.130 0.044 Y NA
 5709818 5709819 CJA_1883 CJA_1884 gly57A glgC TRUE 0.992 -7.000 0.181 1.000 Y NA
 5709820 5709821 CJA_1885 CJA_1886 gbe13A gt5A TRUE 0.934 84.000 0.185 1.000 Y NA
 5709821 5709822 CJA_1886 CJA_1887 gt5A pgm FALSE 0.317 163.000 0.000 1.000 Y NA
 5709823 5709824 CJA_1888 CJA_1889 uvs037   FALSE 0.325 57.000 0.000 NA   NA
 5709824 5709825 CJA_1889 CJA_1890     FALSE 0.307 66.000 0.000 NA   NA
 5709825 5709826 CJA_1890 CJA_1891     TRUE 0.959 8.000 0.000 1.000 Y NA
 5709826 5709827 CJA_1891 CJA_1892     TRUE 0.770 -12.000 0.000 1.000   NA
 5709827 5709828 CJA_1892 CJA_1893     TRUE 0.693 -22.000 0.000 1.000   NA
 5709828 5709829 CJA_1893 CJA_1894     TRUE 0.600 64.000 0.000 0.039   NA
 5709829 5709830 CJA_1894 CJA_1895     FALSE 0.169 109.000 0.000 NA   NA
 5709830 5709831 CJA_1895 CJA_1896   patB FALSE 0.049 186.000 0.000 NA   NA
 5709831 5709832 CJA_1896 CJA_1897 patB   FALSE 0.440 59.000 0.000 1.000 N NA
 5709832 5709833 CJA_1897 CJA_1898     TRUE 1.000 0.000 0.833 0.022 Y NA
 5709833 5709834 CJA_1898 CJA_1899     FALSE 0.279 97.000 0.000 1.000   NA
 5709834 5709835 CJA_1899 CJA_1900     FALSE 0.454 41.000 0.000 1.000   NA
 5709837 5709838 CJA_1902 CJA_1903     TRUE 0.990 3.000 0.200 NA   NA
 5709838 5709839 CJA_1903 CJA_1904     TRUE 0.997 -3.000 0.600 NA   NA
 5709839 5709840 CJA_1904 CJA_1905     FALSE 0.228 92.000 0.000 NA   NA
 5709840 5709841 CJA_1905 CJA_1906   hemB TRUE 0.727 -9.000 0.000 NA   NA
 5709841 5709842 CJA_1906 CJA_1907 hemB   TRUE 0.587 20.000 0.000 NA   NA
 5709842 5709843 CJA_1907 CJA_1908   slt23E TRUE 0.878 19.000 0.041 NA   NA
 5709843 5709844 CJA_1908 CJA_1909 slt23E ligA TRUE 0.931 -3.000 0.009 NA   NA
 5709844 5709845 CJA_1909 CJA_1910 ligA zipA TRUE 0.820 74.000 0.106 1.000 N NA
 5709845 5709846 CJA_1910 CJA_1911 zipA smc TRUE 0.978 27.000 0.115 0.010 Y NA
 5709846 5709847 CJA_1911 CJA_1912 smc ccmI FALSE 0.028 363.000 0.003 1.000 N NA
 5709847 5709848 CJA_1912 CJA_1913 ccmI   TRUE 0.968 0.000 0.000 NA Y NA
 5709849 5709850 CJA_3931 CJA_3932     FALSE 0.384 38.000 0.000 NA   NA
 5709851 5709852 CJA_1916 CJA_1917 fliD flaA FALSE 0.147 220.000 0.000 1.000 Y NA
 5709852 5709853 CJA_1917 CJA_1918 flaA   FALSE 0.019 445.000 0.007 NA   NA
 5709853 5709854 CJA_1918 CJA_1919     TRUE 0.553 62.000 0.007 NA   NA
 5709854 5709855 CJA_1919 CJA_1920     FALSE 0.042 217.000 0.000 1.000   NA
 5709855 5709856 CJA_1920 CJA_1921   flgL TRUE 0.630 23.000 0.000 1.000   NA
 5709856 5709857 CJA_1921 CJA_1922 flgL flgK TRUE 0.904 97.000 0.051 0.001 Y NA
 5709857 5709858 CJA_1922 CJA_1923 flgK acm73B TRUE 0.999 5.000 0.705 0.003 Y NA
 5709858 5709859 CJA_1923 CJA_1924 acm73B flgI TRUE 0.999 1.000 0.405 0.008 Y NA
 5709859 5709860 CJA_1924 CJA_1925 flgI flgH TRUE 0.966 13.000 0.000 0.008 Y NA
 5709860 5709861 CJA_1925 CJA_1926 flgH flgG TRUE 0.985 15.000 0.059 0.006 Y NA
 5709861 5709862 CJA_1926 CJA_1927 flgG flgF TRUE 0.980 45.000 0.207 0.001 Y NA
 5709862 5709863 CJA_1927 CJA_1928 flgF flgE TRUE 0.977 97.000 0.594 1.000 Y NA
 5709863 5709864 CJA_1928 CJA_1929 flgE flgD TRUE 0.994 37.000 0.875 NA Y NA
 5709864 5709865 CJA_1929 CJA_1930 flgD flgC TRUE 0.986 17.000 0.207 NA Y NA
 5709865 5709866 CJA_1930 CJA_1931 flgC flgB TRUE 0.997 35.000 0.800 0.004 Y NA
 5709868 5709869 CJA_1933 CJA_1934     TRUE 0.992 75.000 0.838 1.000 Y NA
 5709870 5709871 CJA_1935 CJA_1936     TRUE 0.677 175.000 0.371 NA   NA
 5709871 5709872 CJA_1936 CJA_1937     TRUE 0.962 83.000 0.361 0.003   NA
 5709872 5709873 CJA_1937 CJA_3933     FALSE 0.136 122.000 0.000 NA   NA
 5709873 5709874 CJA_3933 CJA_1939     FALSE 0.343 48.000 0.000 NA   NA
 5709874 5709875 CJA_1939 CJA_1940     FALSE 0.148 117.000 0.000 NA   NA
 5709876 5709877 CJA_1941 CJA_1942   phrB FALSE 0.035 207.000 0.000 NA   NA
 5709877 5709878 CJA_1942 CJA_1943 phrB   FALSE 0.200 185.000 0.042 NA   NA
 5709880 5709881 CJA_1945 CJA_1946 cysB ushA FALSE 0.022 274.000 0.000 1.000   NA
 5709881 5709882 CJA_1946 CJA_1947 ushA   FALSE 0.459 40.000 0.000 1.000   NA
 5709882 5709883 CJA_1947 CJA_1948     TRUE 0.812 -7.000 0.000 1.000   NA
 5709883 5709884 CJA_1948 CJA_1949   aroC TRUE 0.748 64.000 0.055 1.000   NA
 5709884 5709885 CJA_1949 CJA_1950 aroC   TRUE 0.685 102.000 0.081 1.000 N NA
 5709887 5709888 CJA_1952 CJA_1953     FALSE 0.406 59.000 0.000 1.000   NA
 5709888 5709889 CJA_1953 CJA_1954     TRUE 0.973 9.000 0.118 NA   NA
 5709889 5709890 CJA_1954 CJA_1955   sixA TRUE 0.690 43.000 0.029 NA   NA
 5709890 5709891 CJA_1955 CJA_1956 sixA   TRUE 0.962 0.000 0.034 NA   NA
 5709891 5709892 CJA_1956 CJA_1957     TRUE 0.840 30.000 0.068 NA   NA
 5709892 5709893 CJA_1957 CJA_1958     FALSE 0.008 536.000 0.000 1.000   NA
 5709894 5709895 CJA_3934 CJA_3935     FALSE 0.411 34.000 0.000 NA   NA
 5709895 5709896 CJA_3935 CJA_3936     FALSE 0.325 57.000 0.000 NA   NA
 5709896 5709897 CJA_3936 CJA_1963     FALSE 0.041 197.000 0.000 NA   NA
 5709897 5709898 CJA_1963 CJA_1964   folD FALSE 0.098 170.000 0.000 1.000 N NA
 5709898 5709899 CJA_1964 CJA_1965 folD   TRUE 0.529 35.000 0.000 1.000 N NA
 5709899 5709900 CJA_1965 CJA_1966   rsuA1 TRUE 0.984 -3.000 0.000 0.003 Y NA
 5709900 5709901 CJA_1966 CJA_1967 rsuA1   TRUE 0.949 -19.000 0.013 1.000 Y NA
 5709901 5709902 CJA_1967 CJA_3937     FALSE 0.029 217.000 0.000 NA   NA
 5709902 5709903 CJA_3937 CJA_1969     FALSE 0.029 218.000 0.000 NA   NA
 5709904 5709905 CJA_1970 CJA_1971     FALSE 0.484 27.000 0.000 NA   NA
 5709906 5709907 CJA_1972 CJA_1973 lacA   TRUE 0.536 34.000 0.000 1.000 N NA
 5709907 5709908 CJA_1973 CJA_1974     FALSE 0.468 28.000 0.000 NA   NA
 5709908 5709909 CJA_1974 CJA_1975     FALSE 0.023 235.000 0.000 NA   NA
 5709910 5709911 CJA_1976 CJA_1977   mal77A TRUE 0.575 27.000 0.000 1.000   NA
 5709912 5709913 CJA_1978 CJA_1979   deaD-1 FALSE 0.008 364.000 0.000 NA   NA
 5709914 5709915 CJA_1980 CJA_1981   hepA TRUE 0.677 14.000 0.000 NA   NA
 5709919 5709920 CJA_1984 CJA_1986 dut   TRUE 0.587 39.000 0.003 NA   NA
 5709920 5709921 CJA_1986 CJA_1987     TRUE 0.830 5.000 0.000 NA   NA
 5709921 5709922 CJA_1987 CJA_1988   pilZ TRUE 0.572 21.000 0.000 NA   NA
 5709922 5709923 CJA_1988 CJA_1989 pilZ holB TRUE 0.835 132.000 0.382 NA N NA
 5709923 5709924 CJA_1989 CJA_1990 holB   TRUE 0.844 4.000 0.000 NA   NA
 5709925 5709926 CJA_1991 CJA_1992     FALSE 0.053 181.000 0.000 NA   NA
 5709928 5709929 CJA_1994 CJA_1995 ppiB-1 lpxH TRUE 0.992 4.000 0.237 1.000   NA
 5709930 5709931 CJA_1996 CJA_1997   miaE FALSE 0.304 67.000 0.000 NA   NA
 5709931 5709932 CJA_1997 CJA_1998 miaE   TRUE 0.916 12.000 0.029 NA   NA
 5709932 5709933 CJA_1998 CJA_1999   tre37B TRUE 0.805 7.000 0.000 NA   NA
 5709933 5709934 CJA_1999 CJA_2000 tre37B gnl TRUE 0.949 11.000 0.000 1.000 Y NA
 5709936 5709937 CJA_2002 CJA_2003     FALSE 0.090 231.000 0.017 1.000   NA
 5709937 5709938 CJA_2003 CJA_2004   lon FALSE 0.112 245.000 0.040 1.000 N NA
 5709938 5709939 CJA_2004 CJA_2005 lon clpX TRUE 0.881 139.000 0.201 0.091 Y NA
 5709939 5709940 CJA_2005 CJA_2006 clpX clpP TRUE 0.929 125.000 0.352 1.000 Y NA
 5709940 5709941 CJA_2006 CJA_2007 clpP tig TRUE 0.853 170.000 0.351 1.000 Y NA
 5709941 5709942 CJA_2007 CJA_3938 tig   FALSE 0.290 74.000 0.000 NA   NA
 5709942 5709943 CJA_3938 CJA_2009     FALSE 0.097 143.000 0.000 NA   NA
 5709943 5709944 CJA_2009 CJA_2010     TRUE 0.757 23.000 0.007 NA   NA
 5709946 5709947 CJA_2011 CJA_2012     FALSE 0.005 593.000 0.000 NA   NA
 5709949 5709950 CJA_2015 CJA_2016     FALSE 0.237 90.000 0.000 NA   NA
 5709952 5709953 CJA_2018 CJA_2019     FALSE 0.098 142.000 0.000 NA   NA
 5709953 5709954 CJA_2019 CJA_2020     FALSE 0.292 73.000 0.000 NA   NA
 5709954 5709955 CJA_2020 CJA_2021     FALSE 0.363 42.000 0.000 NA   NA
 5709956 5709957 CJA_2022 CJA_2023     FALSE 0.312 63.000 0.000 NA   NA
 5709957 5709958 CJA_2023 CJA_2024     TRUE 0.947 -28.000 0.000 0.003 Y NA
 5709958 5709959 CJA_2024 CJA_2025   hmrR2 TRUE 0.776 14.000 0.000 1.000 N NA
 5709959 5709960 CJA_2025 CJA_2026 hmrR2   FALSE 0.010 524.000 0.000 1.000 N NA
 5709960 5709961 CJA_2026 CJA_2027     TRUE 0.812 -7.000 0.000 1.000   NA
 5709962 5709963 CJA_2028 CJA_2029     FALSE 0.468 28.000 0.000 NA   NA
 5709964 5709965 CJA_2030 CJA_2031 narB prrA FALSE 0.410 57.000 0.000 1.000   NA
 5709965 5709966 CJA_2031 CJA_2032 prrA   TRUE 0.984 10.000 0.111 0.042 N NA
 5709966 5709967 CJA_2032 CJA_2033     TRUE 0.998 -3.000 0.778 1.000 N NA
 5709967 5709968 CJA_2033 CJA_2034     FALSE 0.345 47.000 0.000 NA   NA
 5709969 5709970 CJA_2035 CJA_2036     TRUE 0.993 0.000 0.283 NA   NA
 5709970 5709971 CJA_2036 CJA_2037     FALSE 0.371 40.000 0.000 NA   NA
 5709972 5709973 CJA_2038 CJA_2039 pabB   FALSE 0.426 64.000 0.000 1.000 N NA
 5709974 5709975 CJA_2040 CJA_2041 pel10B   FALSE 0.065 191.000 0.000 1.000   NA
 5709977 5709978 CJA_2043 CJA_2044     TRUE 0.727 66.000 0.000 1.000 Y NA
 5709978 5709979 CJA_2044 CJA_2045     TRUE 0.746 35.000 0.036 NA   NA
 5709979 5709980 CJA_2045 CJA_2046     TRUE 0.650 50.000 0.025 NA   NA
 5709980 5709981 CJA_2046 CJA_2047     TRUE 0.705 30.000 0.010 NA   NA
 5709981 5709982 CJA_2047 CJA_2048   dnaQ FALSE 0.022 237.000 0.000 NA   NA
 5709982 5709983 CJA_2048 CJA_2049 dnaQ rnhA TRUE 0.959 75.000 0.248 1.000 Y NA
 5709983 5709984 CJA_2049 CJA_2050 rnhA   TRUE 0.683 -25.000 0.000 1.000   NA
 5709984 5709985 CJA_2050 CJA_2051     FALSE 0.244 88.000 0.000 NA   NA
 5709986 5709987 CJA_2052 CJA_2053   lmt23B FALSE 0.444 210.000 0.233 1.000   NA
 5709988 5709989 CJA_2054 CJA_2055   oppC TRUE 0.959 5.000 0.029 1.000   NA
 5709989 5709990 CJA_2055 CJA_2056 oppC oppB TRUE 1.000 0.000 0.870 0.042 Y NA
 5709990 5709991 CJA_2056 CJA_2057 oppB   TRUE 0.949 12.000 0.014 0.042   NA
 5709991 5709992 CJA_2057 CJA_2058     TRUE 0.817 -30.000 0.000 0.042   NA
 5709992 5709993 CJA_2058 CJA_2059     FALSE 0.345 81.000 0.000 1.000   NA
 5709994 5709995 CJA_2060 CJA_2061     TRUE 0.998 14.000 0.902 NA Y NA
 5709996 5709997 CJA_2062 CJA_2063   uvs015 FALSE 0.292 73.000 0.000 NA   NA
 5709997 5709998 CJA_2063 CJA_2064 uvs015 ccmF TRUE 0.999 -7.000 0.804 0.003 Y NA
 5709998 5709999 CJA_2064 CJA_2065 ccmF   TRUE 0.995 -10.000 0.211 0.003 Y NA
 5709999 5710000 CJA_2065 CJA_2066   ccmD TRUE 0.946 66.000 0.344 1.000 N NA
 5710000 5710001 CJA_2066 CJA_2067 ccmD   TRUE 0.997 4.000 0.501 1.000 N NA
 5710001 5710002 CJA_2067 CJA_2068   ccmB TRUE 0.921 72.000 0.028 0.001 Y NA
 5710002 5710003 CJA_2068 CJA_2069 ccmB ccmA TRUE 0.994 0.000 0.039 0.003 Y NA
 5710004 5710005 CJA_2070 CJA_2071     TRUE 0.931 13.000 0.041 1.000   NA
 5710006 5710007 CJA_2072 CJA_2073   ald FALSE 0.442 58.000 0.000 1.000 N NA
 5710010 5710011 CJA_2076 CJA_2077     FALSE 0.132 124.000 0.000 NA   NA
 5710011 5710012 CJA_2077 CJA_2078   aer-2 FALSE 0.097 153.000 0.000 NA N NA
 5710012 5710013 CJA_2078 CJA_2079 aer-2 bioA TRUE 0.567 76.000 0.003 1.000 N NA
 5710014 5710015 CJA_2080 CJA_2081 trpS   FALSE 0.334 91.000 0.000 1.000 N NA
 5710015 5710016 CJA_2081 CJA_2082     FALSE 0.068 196.000 0.000 1.000 N NA
 5710016 5710017 CJA_2082 CJA_2083     TRUE 0.654 57.000 0.000 0.023 N NA
 5710017 5710018 CJA_2083 CJA_2084   adk TRUE 0.683 57.000 0.019 1.000 N NA
 5710020 5710021 CJA_2086 CJA_2087   gabD FALSE 0.423 66.000 0.000 1.000 N NA
 5710021 5710022 CJA_2087 CJA_2088 gabD   TRUE 0.900 4.000 0.000 1.000 N NA
 5710023 5710024 CJA_2089 CJA_2090 rnb   TRUE 0.513 25.000 0.000 NA   NA
 5710025 5710026 CJA_2091 CJA_2092     TRUE 0.715 -10.000 0.000 NA   NA
 5710026 5710027 CJA_2092 CJA_2093     FALSE 0.006 535.000 0.000 NA   NA
 5710028 5710029 CJA_2094 CJA_2095     TRUE 0.997 -3.000 0.600 NA   NA
 5710029 5710030 CJA_2095 CJA_2097     FALSE 0.422 33.000 0.000 NA   NA
 5710031 5710032 CJA_2096 CJA_2098     TRUE 0.490 -64.000 0.000 NA   NA
 5710032 5710033 CJA_2098 CJA_2099     FALSE 0.378 39.000 0.000 NA   NA
 5710033 5710034 CJA_2099 CJA_2100     TRUE 0.997 -3.000 0.600 NA   NA
 5710034 5710035 CJA_2100 CJA_2101     FALSE 0.301 69.000 0.000 NA   NA
 5710035 5710036 CJA_2101 CJA_2102     FALSE 0.005 662.000 0.000 NA   NA
 5710036 5710037 CJA_2102 CJA_2103   guaA FALSE 0.373 73.000 0.000 1.000   NA
 5710037 5710038 CJA_2103 CJA_2104 guaA guaB TRUE 0.915 92.000 0.190 0.001   NA
 5710039 5710040 CJA_2105 CJA_2106 xseA thiO FALSE 0.188 128.000 0.000 1.000 N NA
 5710040 5710041 CJA_2106 CJA_2107 thiO thiS TRUE 0.915 13.000 0.019 1.000 N NA
 5710041 5710042 CJA_2107 CJA_2108 thiS thiG TRUE 0.983 2.000 0.005 1.000 Y NA
 5710043 5710044 CJA_2109 CJA_2110     FALSE 0.442 31.000 0.000 NA   NA
 5710044 5710045 CJA_2110 CJA_2111     FALSE 0.459 40.000 0.000 1.000   NA
 5710045 5710046 CJA_2111 CJA_2112     FALSE 0.071 184.000 0.000 1.000   NA
 5710046 5710047 CJA_2112 CJA_2113   himD FALSE 0.011 449.000 0.000 1.000 N NA
 5710047 5710048 CJA_2113 CJA_2114 himD rpsA TRUE 0.916 84.000 0.292 1.000 N NA
 5710048 5710049 CJA_2114 CJA_2115 rpsA   FALSE 0.03