MicrobesOnline Operon Predictions for Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. E98-0664

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 6466395 6466396 SentesTyph_010100000005 SentesTyph_010100000010     FALSE 0.006 272.000 0.009 NA   NA
 6466398 6466399 SentesTyph_010100000030 SentesTyph_010100000035     TRUE 0.948 -3.000 0.385 1.000   NA
 6466400 6466401 SentesTyph_010100000040 SentesTyph_010100000045     FALSE 0.285 41.000 0.000 NA   NA
 6466402 6466403 SentesTyph_010100000050 SentesTyph_010100000055     TRUE 0.946 5.000 0.400 NA   NA
 6466408 6466409 SentesTyph_010100000080 SentesTyph_010100000085     TRUE 0.966 -3.000 0.676 NA   NA
 6466409 6466410 SentesTyph_010100000085 SentesTyph_010100000090     FALSE 0.004 431.000 0.000 NA   NA
 6466410 6466411 SentesTyph_010100000090 SentesTyph_010100000095   solA TRUE 0.751 41.000 0.269 NA   NA
 6466411 6466412 SentesTyph_010100000095 SentesTyph_010100000100 solA bssS TRUE 0.761 113.000 0.423 NA   NA
 6466412 6466413 SentesTyph_010100000100 SentesTyph_010100000105 bssS   FALSE 0.013 290.000 0.000 NA   NA
 6466413 6466414 SentesTyph_010100000105 SentesTyph_010100000110     FALSE 0.160 74.000 0.031 NA   NA
 6466416 6466417 SentesTyph_010100000120 SentesTyph_010100000125     FALSE 0.013 285.000 0.000 NA   NA
 6466417 6466418 SentesTyph_010100000125 SentesTyph_010100000130     FALSE 0.470 -9.000 0.000 NA   NA
 6466418 6466419 SentesTyph_010100000130 SentesTyph_010100000135   pphA FALSE 0.427 21.000 0.000 NA   NA
 6466420 6466421 SentesTyph_010100000150 SentesTyph_010100000155     TRUE 0.801 -28.000 0.214 NA   NA
 6466421 6466422 SentesTyph_010100000155 SentesTyph_010100000160     FALSE 0.082 198.000 0.071 NA   NA
 6466422 6466423 SentesTyph_010100000160 SentesTyph_010100000165     FALSE 0.537 -3.000 0.000 NA   NA
 6466426 6466427 SentesTyph_010100000180 SentesTyph_010100000185     FALSE 0.017 264.000 0.000 NA   NA
 6466427 6466428 SentesTyph_010100000185 SentesTyph_010100000190     TRUE 0.888 16.000 0.273 NA   NA
 6466428 6466429 SentesTyph_010100000190 SentesTyph_010100000195     FALSE 0.028 229.000 0.000 NA   NA
 6466430 6466431 SentesTyph_010100000200 SentesTyph_010100000205     TRUE 0.963 7.000 0.543 NA   NA
 6466431 6466432 SentesTyph_010100000205 SentesTyph_010100000210     TRUE 0.678 48.000 0.163 1.000   NA
 6466434 6466435 SentesTyph_010100000220 SentesTyph_010100000225 rph pyrE FALSE 0.063 79.000 0.022 1.000 N NA
 6466436 6466437 SentesTyph_010100000230 SentesTyph_010100000235 slmA dut FALSE 0.206 108.000 0.060 1.000 N NA
 6466437 6466438 SentesTyph_010100000235 SentesTyph_010100000240 dut   TRUE 0.847 -22.000 0.201 1.000   NA
 6466441 6466442 SentesTyph_010100000255 SentesTyph_010100000260     TRUE 0.715 104.000 0.099 NA Y NA
 6466443 6466444 SentesTyph_010100000265 SentesTyph_010100000280     FALSE 0.003 1684.000 0.000 1.000   NA
 6466444 6466445 SentesTyph_010100000280 SentesTyph_010100000285     TRUE 0.892 25.000 0.320 1.000   NA
 6466446 6466447 SentesTyph_010100000290 SentesTyph_010100000295     TRUE 0.856 97.000 0.667 NA   NA
 6466447 6466448 SentesTyph_010100000295 SentesTyph_010100000300     TRUE 0.878 0.000 0.208 NA   NA
 6466453 6466454 SentesTyph_010100000335 SentesTyph_010100000340 lpxC   FALSE 0.417 101.000 0.134 1.000 N NA
 6466454 6466455 SentesTyph_010100000340 SentesTyph_010100000345   ftsA TRUE 0.930 61.000 0.460 1.000 Y NA
 6466458 6466459 SentesTyph_010100000370 SentesTyph_010100000375 rpmE2 rpmJ TRUE 0.947 6.000 0.083 0.011   NA
 6466460 6466461 SentesTyph_010100000380 SentesTyph_010100000385     FALSE 0.361 118.000 0.101 NA   NA
 6466461 6466462 SentesTyph_010100000385 SentesTyph_010100000390     FALSE 0.120 179.000 0.076 NA   NA
 6466462 6466463 SentesTyph_010100000390 SentesTyph_010100000395     FALSE 0.360 28.000 0.000 NA   NA
 6466463 6466464 SentesTyph_010100000395 SentesTyph_010100000400     FALSE 0.003 496.000 0.000 NA   NA
 6466466 6466467 SentesTyph_010100000410 SentesTyph_010100000415     TRUE 0.984 17.000 0.409 0.000   NA
 6466467 6466468 SentesTyph_010100000415 SentesTyph_010100000420     FALSE 0.427 50.000 0.000 1.000   NA
 6466468 6466469 SentesTyph_010100000420 SentesTyph_010100000425     FALSE 0.364 68.000 0.000 1.000   NA
 6466469 6466470 SentesTyph_010100000425 SentesTyph_010100000430     FALSE 0.199 93.000 0.000 NA   NA
 6466471 6466472 SentesTyph_010100000435 SentesTyph_010100000440   rihA FALSE 0.330 32.000 0.000 NA   NA
 6466474 6466475 SentesTyph_010100000450 SentesTyph_010100000455     TRUE 0.876 103.000 0.778 NA   NA
 6466475 6466476 SentesTyph_010100000455 SentesTyph_010100000460     FALSE 0.057 190.000 0.000 NA   NA
 6466478 6466479 SentesTyph_010100000480 SentesTyph_010100000485     TRUE 0.879 -48.000 0.023 0.002   NA
 6466485 6466486 SentesTyph_010100000515 SentesTyph_010100000520     FALSE 0.157 179.000 0.053 1.000   NA
 6466487 6466488 SentesTyph_010100000525 SentesTyph_010100000530     FALSE 0.197 88.000 0.000 NA   NA
 6466490 6466491 SentesTyph_010100000555 SentesTyph_010100000560   gidB FALSE 0.003 614.000 0.005 1.000   NA
 6466491 6466492 SentesTyph_010100000560 SentesTyph_010100000565 gidB   TRUE 0.772 97.000 0.466 1.000 N NA
 6466493 6466494 SentesTyph_010100000570 SentesTyph_010100000575     TRUE 0.927 0.000 0.000 0.011   NA
 6466503 6466504 SentesTyph_010100000617 SentesTyph_010100000622     TRUE 0.972 0.000 0.727 NA   NA
 6466505 6466506 SentesTyph_010100000627 SentesTyph_010100000632     FALSE 0.537 -3.000 0.000 NA   NA
 6466506 6466507 SentesTyph_010100000632 SentesTyph_010100000637     FALSE 0.240 54.000 0.000 NA   NA
 6466507 6466508 SentesTyph_010100000637 SentesTyph_010100000642     FALSE 0.455 19.000 0.000 NA   NA
 6466509 6466510 SentesTyph_010100000647 SentesTyph_010100000652     TRUE 0.807 102.000 0.500 NA   NA
 6466511 6466512 SentesTyph_010100000657 SentesTyph_010100000662     TRUE 0.674 69.000 0.000 0.050   NA
 6466512 6466513 SentesTyph_010100000662 SentesTyph_010100000667     FALSE 0.198 91.000 0.000 NA   NA
 6466515 6466516 SentesTyph_010100000677 SentesTyph_010100000682     FALSE 0.099 160.000 0.000 NA   NA
 6466523 6466524 SentesTyph_010100000727 SentesTyph_010100000732     TRUE 0.572 0.000 0.000 NA   NA
 6466524 6466525 SentesTyph_010100000732 SentesTyph_010100000737     FALSE 0.531 15.000 0.000 NA   NA
 6466525 6466526 SentesTyph_010100000737 SentesTyph_010100000742     FALSE 0.003 585.000 0.000 NA   NA
 6466527 6466528 SentesTyph_010100000747 SentesTyph_010100000752     FALSE 0.010 313.000 0.000 NA   NA
 6466532 6466533 SentesTyph_010100000772 SentesTyph_010100000777     TRUE 0.849 -6.000 0.214 NA   NA
 6466537 6466538 SentesTyph_010100000797 SentesTyph_010100000802     FALSE 0.384 26.000 0.000 NA   NA
 6466538 6466539 SentesTyph_010100000802 SentesTyph_010100000807     FALSE 0.398 -102.000 0.000 NA   NA
 6466539 6466540 SentesTyph_010100000807 SentesTyph_010100000812     FALSE 0.537 -3.000 0.000 NA   NA
 6466544 6466545 SentesTyph_010100000832 SentesTyph_010100000837 thyA   TRUE 0.897 7.000 0.164 1.000   NA
 6466546 6466547 SentesTyph_010100000842 SentesTyph_010100000847   ansB FALSE 0.455 19.000 0.000 NA   NA
 6466548 6466549 SentesTyph_010100000852 SentesTyph_010100000857     FALSE 0.010 314.000 0.000 NA   NA
 6466555 6466556 SentesTyph_010100000887 SentesTyph_010100000892     FALSE 0.247 52.000 0.000 NA   NA
 6466556 6466557 SentesTyph_010100000892 SentesTyph_010100000897     FALSE 0.537 -3.000 0.000 NA   NA
 6466557 6466558 SentesTyph_010100000897 SentesTyph_010100000902     FALSE 0.005 407.000 0.000 NA   NA
 6466567 6466568 SentesTyph_010100000947 SentesTyph_010100000952   sifB FALSE 0.015 274.000 0.000 NA   NA
 6466568 6466569 SentesTyph_010100000952 SentesTyph_010100000957 sifB   FALSE 0.537 -3.000 0.000 NA   NA
 6466572 6466573 SentesTyph_010100000972 SentesTyph_010100000977     TRUE 0.547 45.000 0.080 1.000   NA
 6466575 6466576 SentesTyph_010100000987 SentesTyph_010100000992   cysN TRUE 0.992 10.000 0.574 0.001   NA
 6466577 6466578 SentesTyph_010100000997 SentesTyph_010100001002     FALSE 0.015 281.000 0.000 NA   NA
 6466581 6466582 SentesTyph_010100001017 SentesTyph_010100001022     TRUE 0.916 62.000 0.385 1.000 Y NA
 6466582 6466583 SentesTyph_010100001022 SentesTyph_010100001027     TRUE 0.988 -16.000 1.000 1.000 Y NA
 6466583 6466584 SentesTyph_010100001027 SentesTyph_010100001032     TRUE 0.759 5.000 0.000 1.000   NA
 6466584 6466585 SentesTyph_010100001032 SentesTyph_010100001037     TRUE 0.600 -34.000 0.000 1.000   NA
 6466586 6466587 SentesTyph_010100001042 SentesTyph_010100t01054     FALSE 0.030 224.000 0.000 NA   NA
 6466587 6466588 SentesTyph_010100t01054 SentesTyph_010100001047   proA FALSE 0.191 116.000 0.000 NA   NA
 6466589 6466590 SentesTyph_010100001054 SentesTyph_010100001059     TRUE 0.946 0.000 0.427 NA   NA
 6466590 6466591 SentesTyph_010100001059 SentesTyph_010100001064     TRUE 0.767 28.000 0.217 NA   NA
 6466594 6466595 SentesTyph_010100001079 SentesTyph_010100001084   astD TRUE 0.819 -3.000 0.179 1.000 N NA
 6466595 6466596 SentesTyph_010100001084 SentesTyph_010100001089 astD   FALSE 0.285 41.000 0.000 NA   NA
 6466596 6466597 SentesTyph_010100001089 SentesTyph_010100001094   astD FALSE 0.417 -27.000 0.000 NA   NA
 6466598 6466599 SentesTyph_010100001099 SentesTyph_010100001104 cadB   FALSE 0.015 349.000 0.000 1.000   NA
 6466600 6466601 SentesTyph_010100001109 SentesTyph_010100001114     FALSE 0.004 422.000 0.000 NA   NA
 6466604 6466605 SentesTyph_010100001129 SentesTyph_010100001134     FALSE 0.099 144.000 0.000 1.000 N NA
 6466605 6466606 SentesTyph_010100001134 SentesTyph_010100001139     TRUE 0.812 64.000 0.500 NA   NA
 6466607 6466608 SentesTyph_010100001144 SentesTyph_010100001149     FALSE 0.010 410.000 0.000 1.000   NA
 6466608 6466609 SentesTyph_010100001149 SentesTyph_010100001154     TRUE 0.965 110.000 1.000 1.000 Y NA
 6466611 6466612 SentesTyph_010100001174 SentesTyph_010100001179   nirD TRUE 0.993 -3.000 0.829 0.001   NA
 6466612 6466613 SentesTyph_010100001179 SentesTyph_010100001184 nirD   TRUE 0.683 182.000 0.283 1.000 Y NA
 6466613 6466614 SentesTyph_010100001184 SentesTyph_010100001189   cysG TRUE 0.678 12.000 0.087 1.000 N NA
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 6466618 6466619 SentesTyph_010100001209 SentesTyph_010100001214   murG TRUE 0.971 -3.000 0.647 1.000   NA
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