MicrobesOnline Operon Predictions for Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. E98-2068

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 6473761 6473762 SentesTyp_010100000005 SentesTyp_010100000010     FALSE 0.247 213.000 0.000 1.000 Y NA
 6473767 6473768 SentesTyp_010100000032 SentesTyp_010100000037     TRUE 0.938 -3.000 0.457 NA   NA
 6473768 6473769 SentesTyp_010100000037 SentesTyp_010100000042     FALSE 0.258 158.000 0.150 NA   NA
 6473769 6473770 SentesTyp_010100000042 SentesTyp_010100000047   lnt TRUE 0.925 -31.000 0.557 1.000 N NA
 6473770 6473771 SentesTyp_010100000047 SentesTyp_010100000052 lnt   FALSE 0.005 418.000 0.000 NA   NA
 6473774 6473775 SentesTyp_010100000067 SentesTyp_010100000072     TRUE 0.968 2.000 0.667 NA   NA
 6473775 6473776 SentesTyp_010100000072 SentesTyp_010100000077     FALSE 0.449 -3.000 0.000 NA   NA
 6473778 6473779 SentesTyp_010100000087 SentesTyp_010100000102     FALSE 0.004 520.000 0.000 NA   NA
 6473780 6473781 SentesTyp_010100000107 SentesTyp_010100000112     FALSE 0.058 120.000 0.013 NA   NA
 6473782 6473783 SentesTyp_010100000117 SentesTyp_010100000122     FALSE 0.235 70.000 0.000 NA   NA
 6473787 6473788 SentesTyp_010100000152 SentesTyp_010100000157     TRUE 0.905 -13.000 0.400 NA   NA
 6473792 6473793 SentesTyp_010100000187 SentesTyp_010100000192     FALSE 0.158 46.000 0.015 NA   NA
 6473794 6473795 SentesTyp_010100000197 SentesTyp_010100000202     TRUE 0.588 10.000 0.007 1.000   NA
 6473795 6473796 SentesTyp_010100000202 SentesTyp_010100000207     TRUE 0.801 96.000 0.370 1.000   NA
 6473798 6473799 SentesTyp_010100000217 SentesTyp_010100000222     FALSE 0.129 277.000 0.310 NA   NA
 6473799 6473800 SentesTyp_010100000222 SentesTyp_010100000227     TRUE 0.867 0.000 0.220 NA   NA
 6473800 6473801 SentesTyp_010100000227 SentesTyp_010100000232     TRUE 0.973 0.000 0.790 NA   NA
 6473802 6473803 SentesTyp_010100000237 SentesTyp_010100000242     FALSE 0.378 25.000 0.000 NA   NA
 6473804 6473805 SentesTyp_010100000247 SentesTyp_010100000252   ompL FALSE 0.006 372.000 0.000 NA   NA
 6473805 6473806 SentesTyp_010100000252 SentesTyp_010100000257 ompL   TRUE 0.891 72.000 0.625 NA   NA
 6473807 6473808 SentesTyp_010100000262 SentesTyp_010100000267   psd TRUE 0.496 92.000 0.095 1.000   NA
 6473808 6473809 SentesTyp_010100000267 SentesTyp_010100000272 psd   TRUE 0.581 19.000 0.148 NA N NA
 6473810 6473811 SentesTyp_010100000277 SentesTyp_010100000282     TRUE 0.835 65.000 0.400 NA   NA
 6473811 6473812 SentesTyp_010100000282 SentesTyp_010100000287     FALSE 0.002 226.000 0.009 1.000 N NA
 6473813 6473814 SentesTyp_010100000292 SentesTyp_010100000297     FALSE 0.449 -3.000 0.000 NA   NA
 6473817 6473818 SentesTyp_010100000312 SentesTyp_010100000317     FALSE 0.012 406.000 0.000 1.000   NA
 6473818 6473819 SentesTyp_010100000317 SentesTyp_010100000322     FALSE 0.092 199.000 0.000 1.000   NA
 6473820 6473821 SentesTyp_010100000327 SentesTyp_010100000332     TRUE 0.737 -3.000 0.123 NA   NA
 6473822 6473823 SentesTyp_010100000337 SentesTyp_010100000342     FALSE 0.358 55.000 0.057 NA   NA
 6473825 6473826 SentesTyp_010100000352 SentesTyp_010100000357     TRUE 0.800 58.000 0.311 NA   NA
 6473828 6473829 SentesTyp_010100000367 SentesTyp_010100000372     TRUE 0.698 33.000 0.154 NA   NA
 6473830 6473831 SentesTyp_010100000377 SentesTyp_010100000382     TRUE 0.960 16.000 0.667 NA   NA
 6473831 6473832 SentesTyp_010100000382 SentesTyp_010100000387     FALSE 0.158 261.000 0.333 NA   NA
 6473834 6473835 SentesTyp_010100000397 SentesTyp_010100000402     TRUE 0.893 82.000 0.714 NA   NA
 6473836 6473837 SentesTyp_010100000407 SentesTyp_010100000412     FALSE 0.049 1087.000 0.000 0.059 Y NA
 6473840 6473841 SentesTyp_010100000427 SentesTyp_010100000432     FALSE 0.483 0.000 0.000 NA   NA
 6473841 6473842 SentesTyp_010100000432 SentesTyp_010100000437     FALSE 0.064 169.000 0.000 NA   NA
 6473843 6473844 SentesTyp_010100000442 SentesTyp_010100000447     FALSE 0.055 179.000 0.000 NA   NA
 6473845 6473846 SentesTyp_010100000452 SentesTyp_010100000457     FALSE 0.449 -3.000 0.000 NA   NA
 6473846 6473847 SentesTyp_010100000457 SentesTyp_010100000462     TRUE 0.974 0.000 0.800 NA   NA
 6473848 6473849 SentesTyp_010100000467 SentesTyp_010100000472 ihfB   FALSE 0.006 230.000 0.003 NA   NA
 6473850 6473851 SentesTyp_010100000477 SentesTyp_010100000482     TRUE 0.972 -3.000 0.909 1.000 N NA
 6473851 6473852 SentesTyp_010100000482 SentesTyp_010100000487     TRUE 0.990 -10.000 0.500 0.097 Y NA
 6473852 6473853 SentesTyp_010100000487 SentesTyp_010100000492     FALSE 0.034 268.000 0.000 1.000   NA
 6473857 6473858 SentesTyp_010100000522 SentesTyp_010100000527   pgk TRUE 0.765 102.000 0.056 0.006   NA
 6473859 6473860 SentesTyp_010100000532 SentesTyp_010100000537     FALSE 0.014 269.000 0.000 NA   NA
 6473861 6473862 SentesTyp_010100000542 SentesTyp_010100000547   ansB FALSE 0.413 19.000 0.000 NA   NA
 6473862 6473863 SentesTyp_010100000547 SentesTyp_010100000552 ansB   FALSE 0.059 133.000 0.018 NA   NA
 6473864 6473865 SentesTyp_010100000557 SentesTyp_010100000562     TRUE 0.811 -7.000 0.218 1.000 N NA
 6473865 6473866 SentesTyp_010100000562 SentesTyp_010100000567     FALSE 0.296 8.000 0.016 NA   NA
 6473866 6473867 SentesTyp_010100000567 SentesTyp_010100000572     TRUE 0.634 -3.000 0.081 NA   NA
 6473869 6473870 SentesTyp_010100000582 SentesTyp_010100t00594     FALSE 0.132 123.000 0.000 NA   NA
 6473870 6473871 SentesTyp_010100t00594 SentesTyp_010100000587     FALSE 0.117 134.000 0.000 NA   NA
 6473876 6473877 SentesTyp_010100000614 SentesTyp_010100000619     FALSE 0.293 52.000 0.000 NA   NA
 6473877 6473878 SentesTyp_010100000619 SentesTyp_010100000624     TRUE 0.803 81.000 0.000 0.003   NA
 6473878 6473879 SentesTyp_010100000624 SentesTyp_010100000629     FALSE 0.449 -3.000 0.000 NA   NA
 6473881 6473882 SentesTyp_010100000639 SentesTyp_010100000644 glyS glyQ TRUE 0.994 10.000 0.651 0.001   NA
 6473886 6473887 SentesTyp_010100000664 SentesTyp_010100000669     FALSE 0.074 160.000 0.000 NA   NA
 6473888 6473889 SentesTyp_010100000674 SentesTyp_010100000679     FALSE 0.008 336.000 0.000 NA   NA
 6473893 6473894 SentesTyp_010100000696 SentesTyp_010100000701 hemG   TRUE 0.938 12.000 0.455 1.000 N NA
 6473910 6473911 SentesTyp_010100000778 SentesTyp_010100000783     FALSE 0.310 69.000 0.057 NA   NA
 6473912 6473913 SentesTyp_010100000788 SentesTyp_010100000793     FALSE 0.045 119.000 0.007 NA   NA
 6473919 6473920 SentesTyp_010100000843 SentesTyp_010100000848     FALSE 0.020 244.000 0.000 NA   NA
 6473920 6473921 SentesTyp_010100000848 SentesTyp_010100000853     TRUE 0.495 3.000 0.000 NA   NA
 6473923 6473924 SentesTyp_010100000863 SentesTyp_010100000868   ruvA FALSE 0.007 360.000 0.000 NA   NA
 6473924 6473925 SentesTyp_010100000868 SentesTyp_010100000873 ruvA ruvB TRUE 0.996 9.000 0.549 0.002 Y NA
 6473929 6473930 SentesTyp_010100000893 SentesTyp_010100000898   nrdB TRUE 0.664 0.000 0.034 1.000   NA
 6473931 6473932 SentesTyp_010100000903 SentesTyp_010100000908     FALSE 0.179 93.000 0.000 NA   NA
 6473933 6473934 SentesTyp_010100000913 SentesTyp_010100000918     TRUE 0.964 10.000 0.613 NA   NA
 6473934 6473935 SentesTyp_010100000918 SentesTyp_010100000923     TRUE 0.690 78.000 0.187 1.000   NA
 6473936 6473937 SentesTyp_010100000928 SentesTyp_010100000933     FALSE 0.291 66.000 0.051 NA   NA
 6473938 6473939 SentesTyp_010100000938 SentesTyp_010100000943 gyrB recF TRUE 0.961 29.000 0.249 0.005   NA
 6473939 6473940 SentesTyp_010100000943 SentesTyp_010100000948 recF   FALSE 0.401 198.000 0.318 1.000   NA
 6473943 6473944 SentesTyp_010100000963 SentesTyp_010100000968     TRUE 0.498 4.000 0.000 NA   NA
 6473945 6473946 SentesTyp_010100000973 SentesTyp_010100000978     FALSE 0.139 119.000 0.000 NA   NA
 6473949 6473950 SentesTyp_010100000993 SentesTyp_010100000998     TRUE 0.699 145.000 0.500 NA   NA
 6473950 6473951 SentesTyp_010100000998 SentesTyp_010100001003     TRUE 0.929 -13.000 0.500 NA   NA
 6473953 6473954 SentesTyp_010100001018 SentesTyp_010100001028     FALSE 0.005 395.000 0.000 NA   NA
 6473958 6473959 SentesTyp_010100001068 SentesTyp_010100001073   fadE FALSE 0.307 109.000 0.000 1.000   NA
 6473961 6473962 SentesTyp_010100001083 SentesTyp_010100001088     TRUE 0.932 0.000 0.000 0.006   NA
 6473962 6473963 SentesTyp_010100001088 SentesTyp_010100001093     TRUE 0.841 18.000 0.226 NA   NA
 6473964 6473965 SentesTyp_010100001098 SentesTyp_010100001103     TRUE 0.806 8.000 0.146 NA   NA
 6473969 6473970 SentesTyp_010100001123 SentesTyp_010100001128     FALSE 0.108 140.000 0.000 NA   NA
 6473971 6473972 SentesTyp_010100001133 SentesTyp_010100001138     FALSE 0.036 206.000 0.000 NA   NA
 6473975 6473976 SentesTyp_010100001163 SentesTyp_010100001168     FALSE 0.010 307.000 0.000 NA   NA
 6473977 6473978 SentesTyp_010100001173 SentesTyp_010100001178     FALSE 0.483 0.000 0.000 NA   NA
 6473980 6473981 SentesTyp_010100001188 SentesTyp_010100001193     TRUE 0.826 16.000 0.200 NA   NA
 6473981 6473982 SentesTyp_010100001193 SentesTyp_010100001198     FALSE 0.051 106.000 0.006 NA   NA
 6473982 6473983 SentesTyp_010100001198 SentesTyp_010100001203     FALSE 0.358 100.000 0.099 NA   NA
 6473983 6473984 SentesTyp_010100001203 SentesTyp_010100001208     FALSE 0.258 62.000 0.000 NA   NA
 6473985 6473986 SentesTyp_010100001213 SentesTyp_010100001218   glk FALSE 0.006 723.000 0.000 1.000   NA
 6473986 6473987 SentesTyp_010100001218 SentesTyp_010100001223 glk glk TRUE 0.897 50.000 0.000 0.001   NA
 6473988 6473989 SentesTyp_010100001228 SentesTyp_010100001233     TRUE 0.918 0.000 0.333 NA   NA
 6473990 6473991 SentesTyp_010100001238 SentesTyp_010100001243 adk hemH FALSE 0.037 230.000 0.013 1.000   NA
 6473997 6473998 SentesTyp_010100001273 SentesTyp_010100001278     FALSE 0.018 251.000 0.000 NA   NA
 6473998 6473999 SentesTyp_010100001278 SentesTyp_010100001283   aroL FALSE 0.367 27.000 0.000 NA   NA
 6473999 6474000 SentesTyp_010100001283 SentesTyp_010100001288 aroL   FALSE 0.045 121.000 0.007 NA   NA
 6474001 6474002 SentesTyp_010100001293 SentesTyp_010100001298     TRUE 0.832 95.000 0.531 NA   NA
 6474002 6474003 SentesTyp_010100001298 SentesTyp_010100001303     TRUE 0.861 11.000 0.212 NA   NA
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