MicrobesOnline Operon Predictions for Clostridium perfringens D str. JGS1721

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 6088824 6088825 CJD_2803 CJD_2802 tdk   FALSE 0.446 26.000 0.000 NA   NA
 6088825 6088826 CJD_2802 CJD_2801   prfA TRUE 0.792 57.000 0.060 1.000   NA
 6088826 6088827 CJD_2801 CJD_2800 prfA   TRUE 0.632 79.000 0.009 NA   NA
 6088827 6088828 CJD_2800 CJD_2799     TRUE 0.860 23.000 0.020 NA   NA
 6088828 6088829 CJD_2799 CJD_2798   rpiB FALSE 0.190 264.000 0.020 NA N NA
 6088829 6088830 CJD_2798 CJD_2797 rpiB upp TRUE 0.692 45.000 0.019 1.000 N NA
 6088830 6088831 CJD_2797 CJD_2796 upp mnaA FALSE 0.116 64.000 0.000 1.000 N NA
 6088831 6088832 CJD_2796 CJD_2795 mnaA   FALSE 0.305 268.000 0.083 1.000 N NA
 6088832 6088833 CJD_2795 CJD_2794     FALSE 0.005 682.000 0.000 NA   NA
 6088833 6088834 CJD_2794 CJD_2793   atpB FALSE 0.257 66.000 0.000 NA   NA
 6088834 6088835 CJD_2793 CJD_2792 atpB atpE TRUE 0.747 61.000 0.069 0.009   NA
 6088835 6088836 CJD_2792 CJD_2791 atpE atpF TRUE 0.880 100.000 0.643 0.008   NA
 6088836 6088837 CJD_2791 CJD_2790 atpF atpH TRUE 0.985 3.000 0.040 0.008 Y NA
 6088837 6088838 CJD_2790 CJD_2789 atpH atpA TRUE 0.996 11.000 0.864 0.008 Y NA
 6088838 6088839 CJD_2789 CJD_2788 atpA atpG TRUE 0.978 65.000 0.846 0.008 Y NA
 6088839 6088840 CJD_2788 CJD_2787 atpG atpD TRUE 0.995 14.000 0.724 0.008 Y NA
 6088840 6088841 CJD_2787 CJD_2786 atpD atpC TRUE 0.995 16.000 0.837 0.008 Y NA
 6088841 6088842 CJD_2786 CJD_2785 atpC   FALSE 0.122 182.000 0.000 NA   NA
 6088842 6088843 CJD_2785 CJD_2784   murA FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6088843 6088844 CJD_2784 CJD_2783 murA spoIID TRUE 0.856 112.000 0.243 1.000 N NA
 6088844 6088845 CJD_2783 CJD_2782 spoIID   FALSE 0.103 111.000 0.000 1.000 N NA
 6088845 6088846 CJD_2782 CJD_2781   spoIIID FALSE 0.188 77.000 0.000 1.000   NA
 6088846 6088847 CJD_2781 CJD_2780 spoIIID mbl TRUE 0.879 91.000 0.284 1.000   NA
 6088849 6088850 CJD_2778 CJD_2777     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6088850 6088851 CJD_2777 CJD_2776     FALSE 0.146 165.000 0.000 NA   NA
 6088851 6088852 CJD_2776 CJD_2775     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6088852 6088853 CJD_2775 CJD_2774     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6088853 6088854 CJD_2774 CJD_2773     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6088854 6088855 CJD_2773 CJD_2772     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6088855 6088856 CJD_2772 CJD_2771     FALSE 0.460 25.000 0.000 NA   NA
 6088856 6088857 CJD_2771 CJD_2770     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6088857 6088858 CJD_2770 CJD_2769   metK FALSE 0.010 430.000 0.000 NA   NA
 6088860 6088861 CJD_2767 CJD_2766     TRUE 0.941 18.000 0.069 NA   NA
 6088861 6088862 CJD_2766 CJD_2765     TRUE 0.875 -24.000 0.005 NA   NA
 6088862 6088863 CJD_2765 CJD_2764   yfiA FALSE 0.111 452.000 0.080 NA   NA
 6088863 6088864 CJD_2764 CJD_2763 yfiA secA FALSE 0.371 235.000 0.050 NA N NA
 6088864 6088865 CJD_2763 CJD_2762 secA prfB FALSE 0.094 377.000 0.048 1.000 N NA
 6088867 6088868 CJD_2760 CJD_2759     FALSE 0.017 346.000 0.000 NA   NA
 6088869 6088870 CJD_2758 CJD_2757 rimI   TRUE 0.965 0.000 0.127 1.000   NA
 6088870 6088871 CJD_2757 CJD_2756     TRUE 0.974 -6.000 0.217 NA   NA
 6088872 6088873 CJD_2755 CJD_2754     FALSE 0.039 262.000 0.000 NA   NA
 6088873 6088874 CJD_2754 CJD_2753     FALSE 0.431 27.000 0.000 NA   NA
 6088874 6088875 CJD_2753 CJD_2752     FALSE 0.158 157.000 0.000 NA   NA
 6088875 6088876 CJD_2752 CJD_2751     FALSE 0.134 140.000 0.000 1.000   NA
 6088876 6088877 CJD_2751 CJD_2750     FALSE 0.024 278.000 0.000 1.000   NA
 6088877 6088878 CJD_2750 CJD_2749     TRUE 0.977 -10.000 0.330 NA   NA
 6088878 6088879 CJD_2749 CJD_2748     FALSE 0.382 212.000 0.021 NA   NA
 6088879 6088880 CJD_2748 CJD_2747   ptsG FALSE 0.056 171.000 0.000 1.000 N NA
 6088880 6088881 CJD_2747 CJD_2746 ptsG   FALSE 0.008 324.000 0.000 1.000 N NA
 6088881 6088882 CJD_2746 CJD_2745     FALSE 0.122 182.000 0.000 NA   NA
 6088882 6088883 CJD_2745 CJD_2744     FALSE 0.044 255.000 0.000 NA   NA
 6088883 6088884 CJD_2744 CJD_2743     TRUE 0.640 86.000 0.017 1.000   NA
 6088884 6088885 CJD_2743 CJD_2742     FALSE 0.144 166.000 0.000 NA   NA
 6088885 6088886 CJD_2742 CJD_2741     FALSE 0.238 105.000 0.000 NA   NA
 6088886 6088887 CJD_2741 CJD_2740     FALSE 0.127 146.000 0.000 1.000   NA
 6088889 6088890 CJD_2738 CJD_2737 pepD   FALSE 0.015 314.000 0.000 1.000   NA
 6088890 6088891 CJD_2737 CJD_2736     FALSE 0.039 262.000 0.000 NA   NA
 6088891 6088892 CJD_2736 CJD_2735   maf FALSE 0.069 226.000 0.000 NA   NA
 6088892 6088893 CJD_2735 CJD_2734 maf   TRUE 0.836 47.000 0.074 NA N NA
 6088893 6088894 CJD_2734 CJD_2733   mreB TRUE 0.887 20.000 0.040 1.000 N NA
 6088894 6088895 CJD_2733 CJD_2732 mreB mreC TRUE 0.981 4.000 0.689 1.000 N NA
 6088895 6088896 CJD_2732 CJD_2731 mreC mreD TRUE 0.970 16.000 0.550 0.004   NA
 6088896 6088897 CJD_2731 CJD_2730 mreD   TRUE 0.958 9.000 0.089 1.000   NA
 6088897 6088898 CJD_2730 CJD_2729   minC FALSE 0.319 247.000 0.060 1.000 N NA
 6088898 6088899 CJD_2729 CJD_2728 minC minD TRUE 0.989 29.000 0.368 1.000 Y NA
 6088899 6088900 CJD_2728 CJD_2727 minD minE TRUE 0.996 11.000 0.347 NA Y NA
 6088900 6088901 CJD_2727 CJD_2726 minE   TRUE 0.768 148.000 0.000 NA Y NA
 6088901 6088902 CJD_2726 CJD_2725     FALSE 0.161 153.000 0.000 NA   NA
 6088902 6088903 CJD_2725 CJD_2724     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6088903 6088904 CJD_2724 CJD_2723     TRUE 0.769 132.000 0.098 1.000   NA
 6088904 6088905 CJD_2723 CJD_2722     TRUE 0.978 -16.000 0.420 NA   NA
 6088905 6088906 CJD_2722 CJD_2721     TRUE 0.967 17.000 0.180 NA   NA
 6088906 6088907 CJD_2721 CJD_2720   rplU TRUE 0.891 126.000 0.018 0.027 Y NA
 6088907 6088908 CJD_2720 CJD_2719 rplU   TRUE 0.882 76.000 0.208 NA   NA
 6088908 6088909 CJD_2719 CJD_2718   rpmA TRUE 0.975 4.000 0.203 NA   NA
 6088909 6088910 CJD_2718 CJD_2717 rpmA obg TRUE 0.802 168.000 0.335 1.000   NA
 6088910 6088911 CJD_2717 CJD_2716 obg   TRUE 0.925 18.000 0.046 NA   NA
 6088911 6088912 CJD_2716 CJD_2715   nadD TRUE 0.969 2.000 0.150 NA N NA
 6088912 6088913 CJD_2715 CJD_2714 nadD   TRUE 0.995 3.000 0.199 1.000 Y NA
 6088913 6088914 CJD_2714 CJD_2713     TRUE 0.855 23.000 0.033 1.000 N NA
 6088914 6088915 CJD_2713 CJD_2712     TRUE 0.953 -3.000 0.093 1.000 N NA
 6088917 6088918 CJD_2710 CJD_2709   selD FALSE 0.177 144.000 0.000 NA   NA
 6088918 6088919 CJD_2709 CJD_2708 selD selA TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6088919 6088920 CJD_2708 CJD_2707 selA selB TRUE 0.972 1.000 0.569 0.001 N NA
 6088920 6088921 CJD_2707 CJD_2706 selB   FALSE 0.114 187.000 0.000 NA   NA
 6088921 6088922 CJD_2706 CJD_2705   rumA FALSE 0.419 28.000 0.000 NA   NA
 6088922 6088923 CJD_2705 CJD_2704 rumA   FALSE 0.006 458.000 0.000 1.000   NA
 6088923 6088924 CJD_2704 CJD_2703     FALSE 0.087 2.000 0.000 0.004   NA
 6088926 6088927 CJD_2701 CJD_2700     FALSE 0.096 202.000 0.000 NA   NA
 6088927 6088928 CJD_2700 CJD_2699     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6088928 6088929 CJD_2699 CJD_2698     FALSE 0.136 172.000 0.000 NA   NA
 6088929 6088930 CJD_2698 CJD_2697     TRUE 0.640 1.000 0.000 NA   NA
 6088930 6088931 CJD_2697 CJD_2696     TRUE 0.959 18.000 0.131 NA   NA
 6088933 6088934 CJD_2694 CJD_2693     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6088934 6088935 CJD_2693 CJD_2692     FALSE 0.193 133.000 0.000 NA   NA
 6088935 6088936 CJD_2692 CJD_2691   virI FALSE 0.095 203.000 0.000 NA   NA
 6088936 6088937 CJD_2691 CJD_2690 virI virJ TRUE 0.996 -10.000 0.692 1.000 Y NA
 6088937 6088938 CJD_2690 CJD_2689 virJ   FALSE 0.221 117.000 0.000 NA   NA
 6088938 6088939 CJD_2689 CJD_2688     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6088939 6088940 CJD_2688 CJD_2687     FALSE 0.007 507.000 0.000 NA   NA
 6088942 6088943 CJD_2685 CJD_2684     TRUE 0.946 19.000 0.000 1.000 Y NA
 6088946 6088947 CJD_2682 CJD_2680     FALSE 0.038 267.000 0.000 NA   NA
 6088948 6088949 CJD_2679 CJD_2678     TRUE 0.953 5.000 0.000 0.019 Y NA
 6088949 6088950 CJD_2678 CJD_2677     FALSE 0.007 341.000 0.000 1.000 N NA
 6088950 6088951 CJD_2677 CJD_2676   modA FALSE 0.371 -15.000 0.000 1.000 N NA
 6088951 6088952 CJD_2676 CJD_2675 modA modB TRUE 0.995 4.000 0.430 0.001 Y NA
 6088952 6088953 CJD_2675 CJD_2674 modB moaC FALSE 0.159 39.000 0.000 1.000 N NA
 6088953 6088954 CJD_2674 CJD_2673 moaC   FALSE 0.179 94.000 0.000 1.000   NA
 6088954 6088955 CJD_2673 CJD_2672     TRUE 0.978 -3.000 0.667 0.090   NA
 6088955 6088956 CJD_2672 CJD_2671     FALSE 0.012 285.000 0.000 1.000 N NA
 6088956 6088957 CJD_2671 CJD_2670     TRUE 0.938 18.000 0.000 0.031 Y NA
 6088957 6088958 CJD_2670 CJD_2669     FALSE 0.241 319.000 0.000 1.000 Y NA
 6088960 6088961 CJD_2667 CJD_2666     TRUE 0.781 141.000 0.000 NA Y NA
 6088961 6088962 CJD_2666 CJD_2665     TRUE 0.873 49.000 0.000 NA Y NA
 6088962 6088963 CJD_2665 CJD_2664     FALSE 0.006 349.000 0.000 1.000 N NA
 6088963 6088964 CJD_2664 CJD_2663     FALSE 0.056 238.000 0.000 NA   NA
 6088965 6088966 CJD_2662 CJD_2661 ytaF uvdE FALSE 0.245 85.000 0.000 NA   NA
 6088967 6088968 CJD_2660 CJD_2659   ybbB FALSE 0.050 246.000 0.000 NA   NA
 6088968 6088969 CJD_2659 CJD_2658 ybbB   TRUE 0.618 -10.000 0.000 NA   NA
 6088969 6088970 CJD_2658 CJD_2657   gyrA TRUE 0.995 14.000 0.552 0.003 Y NA
 6088970 6088971 CJD_2657 CJD_2656 gyrA   TRUE 0.918 12.000 0.020 NA   NA
 6088971 6088972 CJD_2656 CJD_2655     FALSE 0.321 214.000 0.012 NA   NA
 6088972 6088973 CJD_2655 CJD_2654   recJ TRUE 0.860 12.000 0.002 1.000   NA
 6088975 6088976 CJD_2652 CJD_2651 murG   FALSE 0.257 207.000 0.006 1.000 N NA
 6088976 6088977 CJD_2651 CJD_2650   nifJ TRUE 0.905 105.000 0.016 0.035 Y NA
 6088977 6088978 CJD_2650 CJD_2649 nifJ   FALSE 0.002 727.000 0.000 1.000 N NA
 6088978 6088979 CJD_2649 CJD_2648     FALSE 0.215 120.000 0.000 NA   NA
 6088979 6088980 CJD_2648 CJD_2647     FALSE 0.006 586.000 0.000 NA   NA
 6088980 6088981 CJD_2647 CJD_2646     FALSE 0.087 210.000 0.000 NA   NA
 6088981 6088982 CJD_2646 CJD_2645     TRUE 0.777 84.000 0.055 NA   NA
 6088986 6088987 CJD_2641 CJD_2640 deoC   FALSE 0.039 201.000 0.000 1.000 N NA
 6088987 6088988 CJD_2640 CJD_2639   spoIIAA FALSE 0.502 134.000 0.014 1.000 N NA
 6088988 6088989 CJD_2639 CJD_2638 spoIIAA spoIIAB TRUE 0.995 14.000 0.669 0.002 Y NA
 6088989 6088990 CJD_2638 CJD_2637 spoIIAB sigF TRUE 0.975 18.000 0.842 1.000 N NA
 6088990 6088991 CJD_2637 CJD_2636 sigF spoVAC TRUE 0.753 138.000 0.078 NA   NA
 6088991 6088992 CJD_2636 CJD_2635 spoVAC spoVAD TRUE 0.980 6.000 0.386 NA   NA
 6088992 6088993 CJD_2635 CJD_2634 spoVAD spoVAE TRUE 0.906 65.000 0.386 NA   NA
 6088993 6088994 CJD_2634 CJD_2633 spoVAE   FALSE 0.285 52.000 0.000 NA   NA
 6088994 6088995 CJD_2633 CJD_2632   holA TRUE 0.901 44.000 0.163 NA   NA
 6088997 6088998 CJD_0916 CJD_0915     FALSE 0.001 401.000 0.000 0.032   NA
 6088998 6088999 CJD_0915 CJD_0914     FALSE 0.100 170.000 0.000 1.000   NA
 6088999 6089000 CJD_0914 CJD_0913   def FALSE 0.011 292.000 0.000 1.000 N NA
 6089000 6089001 CJD_0913 CJD_0912 def   FALSE 0.042 235.000 0.000 NA N NA
 6089003 6089004 CJD_0910 CJD_0909     TRUE 0.773 49.000 0.040 1.000   NA
 6089006 6089007 CJD_0907 CJD_0906     FALSE 0.101 169.000 0.000 1.000   NA
 6089009 6089010 CJD_0904 CJD_0903     FALSE 0.285 52.000 0.000 NA   NA
 6089010 6089011 CJD_0903 CJD_0902     FALSE 0.048 249.000 0.000 NA   NA
 6089011 6089012 CJD_0902 CJD_0901     FALSE 0.023 237.000 0.000 1.000 N NA
 6089012 6089013 CJD_0901 CJD_0900     FALSE 0.345 17.000 0.000 1.000 N NA
 6089015 6089016 CJD_0898 CJD_0897     FALSE 0.094 204.000 0.000 NA   NA
 6089016 6089017 CJD_0897 CJD_0896   cstA FALSE 0.197 131.000 0.000 NA   NA
 6089017 6089018 CJD_0896 CJD_0895 cstA   FALSE 0.003 457.000 0.000 1.000 N NA
 6089018 6089019 CJD_0895 CJD_0894     FALSE 0.003 527.000 0.000 1.000 N NA
 6089019 6089020 CJD_0894 CJD_0893     TRUE 0.960 26.000 0.600 NA N NA
 6089020 6089021 CJD_0893 CJD_0892   trx FALSE 0.016 308.000 0.000 NA N NA
 6089021 6089022 CJD_0892 CJD_0891 trx   FALSE 0.009 309.000 0.000 1.000 N NA
 6089022 6089023 CJD_0891 CJD_0890     TRUE 0.874 89.000 0.200 NA   NA
 6089023 6089024 CJD_0890 CJD_0889     TRUE 0.795 106.000 0.070 NA   NA
 6089026 6089027 CJD_0887 CJD_0886     FALSE 0.203 128.000 0.000 NA   NA
 6089027 6089028 CJD_0886 CJD_0885     FALSE 0.009 374.000 0.000 1.000   NA
 6089028 6089029 CJD_0885 CJD_0884     FALSE 0.032 104.000 0.000 0.061   NA
 6089029 6089030 CJD_0884 CJD_0883     FALSE 0.010 426.000 0.000 NA   NA
 6089030 6089031 CJD_0883 CJD_0882     FALSE 0.302 48.000 0.000 NA   NA
 6089031 6089032 CJD_0882 CJD_0881   splB FALSE 0.002 666.000 0.000 1.000 N NA
 6089032 6089033 CJD_0881 CJD_0880 splB   FALSE 0.066 204.000 0.000 1.000   NA
 6089033 6089034 CJD_0880 CJD_0879     FALSE 0.144 131.000 0.000 1.000   NA
 6089034 6089035 CJD_0879 CJD_0878     FALSE 0.045 188.000 0.000 1.000 N NA
 6089035 6089036 CJD_0878 CJD_0877     FALSE 0.009 455.000 0.000 NA   NA
 6089036 6089037 CJD_0877 CJD_0876     FALSE 0.163 152.000 0.000 NA   NA
 6089037 6089038 CJD_0876 CJD_0875     FALSE 0.278 55.000 0.000 NA   NA
 6089038 6089039 CJD_0875 CJD_0874     FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6089039 6089040 CJD_0874 CJD_0873     FALSE 0.073 221.000 0.000 NA   NA
 6089040 6089041 CJD_0873 CJD_0872     FALSE 0.252 77.000 0.000 NA   NA
 6089041 6089042 CJD_0872 CJD_0871     FALSE 0.041 259.000 0.000 NA   NA
 6089043 6089044 CJD_0870 CJD_0869     FALSE 0.270 59.000 0.000 NA   NA
 6089045 6089046 CJD_0868 CJD_0867     FALSE 0.167 115.000 0.000 1.000   NA
 6089046 6089047 CJD_0867 CJD_0866     TRUE 0.983 -3.000 0.894 NA N NA
 6089047 6089048 CJD_0866 CJD_0865     FALSE 0.004 574.000 0.000 NA N NA
 6089048 6089049 CJD_0865 CJD_0864     FALSE 0.162 115.000 0.000 NA N NA
 6089049 6089050 CJD_0864 CJD_0863     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6089050 6089051 CJD_0863 CJD_0862     FALSE 0.207 126.000 0.000 NA   NA
 6089051 6089052 CJD_0862 CJD_0861     FALSE 0.084 212.000 0.000 NA   NA
 6089052 6089053 CJD_0861 CJD_0860     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6089053 6089054 CJD_0860 CJD_0859     FALSE 0.209 125.000 0.000 NA   NA
 6089054 6089055 CJD_0859 CJD_0858     FALSE 0.004 736.000 0.000 NA   NA
 6089057 6089058 CJD_0856 CJD_0855 aroQ aroK TRUE 0.834 67.000 0.000 1.000 Y NA
 6089058 6089059 CJD_0855 CJD_0854 aroK aroE TRUE 0.557 255.000 0.002 1.000 Y NA
 6089059 6089060 CJD_0854 CJD_0853 aroE   FALSE 0.058 824.000 0.000 1.000 Y NA
 6089060 6089061 CJD_0853 CJD_0852   aroC TRUE 0.776 170.000 0.004 0.003 Y NA
 6089061 6089062 CJD_0852 CJD_0851 aroC aroA TRUE 0.953 64.000 0.057 1.000 Y NA
 6089062 6089063 CJD_0851 CJD_0850 aroA aroB TRUE 0.732 249.000 0.051 1.000 Y NA
 6089063 6089064 CJD_0850 CJD_0849 aroB aroF TRUE 0.865 121.000 0.008 0.003 Y NA
 6089064 6089065 CJD_0849 CJD_0848 aroF   FALSE 0.144 166.000 0.000 NA   NA
 6089065 6089066 CJD_0848 CJD_0847     FALSE 0.131 175.000 0.000 NA   NA
 6089066 6089067 CJD_0847 CJD_0846     FALSE 0.011 400.000 0.000 NA   NA
 6089068 6089069 CJD_0845 CJD_0844 argG argH TRUE 0.974 94.000 0.278 1.000 Y NA
 6089070 6089071 CJD_0843 CJD_0842     FALSE 0.007 534.000 0.000 NA   NA
 6089073 6089074 CJD_0840 CJD_0839 purD purH TRUE 0.970 116.000 0.238 1.000 Y NA
 6089074 6089075 CJD_0839 CJD_0838 purH purN TRUE 0.960 13.000 0.000 1.000 Y NA
 6089075 6089076 CJD_0838 CJD_0837 purN purM TRUE 0.943 -12.000 0.000 0.002 Y NA
 6089076 6089077 CJD_0837 CJD_0836 purM purF TRUE 0.995 1.000 0.248 1.000 Y NA
 6089077 6089078 CJD_0836 CJD_0835 purF purC TRUE 0.776 250.000 0.082 1.000 Y NA
 6089078 6089079 CJD_0835 CJD_0834 purC purE TRUE 0.988 0.000 0.035 1.000 Y NA
 6089079 6089080 CJD_0834 CJD_0833 purE   FALSE 0.438 311.000 0.012 1.000 Y NA
 6089080 6089081 CJD_0833 CJD_0832   thiC FALSE 0.022 238.000 0.000 1.000 N NA
 6089081 6089082 CJD_0832 CJD_0831 thiC dut FALSE 0.003 502.000 0.000 1.000 N NA
 6089082 6089083 CJD_0831 CJD_0830 dut   FALSE 0.060 236.000 0.000 NA   NA
 6089083 6089084 CJD_0830 CJD_0829     FALSE 0.110 190.000 0.000 NA   NA
 6089084 6089085 CJD_0829 CJD_0828     FALSE 0.037 270.000 0.000 NA   NA
 6089085 6089086 CJD_0828 CJD_0827     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6089086 6089087 CJD_0827 CJD_0826   birA FALSE 0.160 155.000 0.000 NA   NA
 6089087 6089088 CJD_0826 CJD_0825 birA   FALSE 0.101 198.000 0.000 NA   NA
 6089090 6089091 CJD_0823 CJD_0822     FALSE 0.323 42.000 0.000 NA   NA
 6089091 6089092 CJD_0822 CJD_0821     FALSE 0.354 35.000 0.000 NA   NA
 6089092 6089093 CJD_0821 CJD_0820     FALSE 0.119 185.000 0.000 NA   NA
 6089095 6089096 CJD_0818 CJD_0817     FALSE 0.007 511.000 0.000 NA   NA
 6089097 6089098 CJD_0816 CJD_0815     FALSE 0.005 719.000 0.000 NA   NA
 6089098 6089099 CJD_0815 CJD_0814     FALSE 0.014 322.000 0.000 1.000   NA
 6089100 6089101 CJD_0813 CJD_0812     TRUE 0.993 19.000 0.308 1.000 Y NA
 6089101 6089102 CJD_0812 CJD_0811     TRUE 0.816 139.000 0.154 NA   NA
 6089102 6089103 CJD_0811 CJD_0810     TRUE 0.835 108.000 0.115 NA   NA
 6089103 6089104 CJD_0810 CJD_0809     TRUE 0.870 97.000 0.431 0.015   NA
 6089104 6089105 CJD_0809 CJD_0808     TRUE 0.691 185.000 0.235 0.015   NA
 6089105 6089106 CJD_0808 CJD_0807     TRUE 0.946 25.000 0.214 1.000   NA
 6089108 6089109 CJD_0805 CJD_0804     TRUE 0.983 9.000 0.810 NA N NA
 6089109 6089110 CJD_0804 CJD_0803     FALSE 0.016 349.000 0.000 NA   NA
 6089110 6089111 CJD_0803 CJD_0802     FALSE 0.158 157.000 0.000 NA   NA
 6089111 6089112 CJD_0802 CJD_0801     TRUE 0.943 14.000 0.052 NA   NA
 6089112 6089113 CJD_0801 CJD_0800     TRUE 0.722 118.000 0.043 NA   NA
 6089113 6089114 CJD_0800 CJD_0799     FALSE 0.024 308.000 0.000 NA   NA
 6089115 6089116 CJD_1651 CJD_1652     FALSE 0.243 88.000 0.000 NA   NA
 6089116 6089117 CJD_1652 CJD_1653   cobK FALSE 0.383 13.000 0.000 1.000 N NA
 6089117 6089118 CJD_1653 CJD_1654 cobK cobJ TRUE 0.992 19.000 0.423 0.016 Y NA
 6089118 6089119 CJD_1654 CJD_1655 cobJ cbiG TRUE 0.951 155.000 0.352 0.016 Y NA
 6089119 6089120 CJD_1655 CJD_1656 cbiG cobM TRUE 0.995 3.000 0.397 0.016 Y NA
 6089120 6089121 CJD_1656 CJD_1657 cobM cobI TRUE 0.975 51.000 0.291 0.016 Y NA
 6089121 6089122 CJD_1657 CJD_1658 cobI cbiT TRUE 0.952 0.000 0.000 0.016 Y NA
 6089122 6089123 CJD_1658 CJD_1659 cbiT cbiE TRUE 0.919 20.000 0.000 0.001 Y NA
 6089123 6089124 CJD_1659 CJD_1660 cbiE cbiD TRUE 0.948 28.000 0.008 0.016 Y NA
 6089124 6089125 CJD_1660 CJD_1661 cbiD cobH TRUE 0.990 18.000 0.168 0.016 Y NA
 6089125 6089126 CJD_1661 CJD_1662 cobH cbiK TRUE 0.962 0.000 0.000 1.000 Y NA
 6089128 6089129 CJD_1664 CJD_1665   entD FALSE 0.035 276.000 0.000 NA   NA
 6089129 6089130 CJD_1665 CJD_1666 entD   FALSE 0.013 382.000 0.000 NA   NA
 6089130 6089131 CJD_1666 CJD_1667     TRUE 0.954 34.000 0.933 NA   NA
 6089131 6089132 CJD_1667 CJD_1668     FALSE 0.005 508.000 0.000 1.000   NA
 6089132 6089133 CJD_1668 CJD_1669     FALSE 0.012 135.000 0.000 0.010   NA
 6089133 6089134 CJD_1669 CJD_1670   sodF FALSE 0.043 235.000 0.000 1.000   NA
 6089134 6089135 CJD_1670 CJD_1671 sodF   FALSE 0.261 63.000 0.000 NA   NA
 6089137 6089138 CJD_1673 CJD_1674   mgtE FALSE 0.390 31.000 0.000 NA   NA
 6089138 6089139 CJD_1674 CJD_1675 mgtE   TRUE 0.603 -28.000 0.000 NA   NA
 6089139 6089140 CJD_1675 CJD_1676     FALSE 0.006 561.000 0.000 NA   NA
 6089142 6089143 CJD_1678 CJD_1679     FALSE 0.305 47.000 0.000 NA   NA
 6089143 6089144 CJD_1679 CJD_1680     FALSE 0.217 119.000 0.000 NA   NA
 6089144 6089145 CJD_1680 CJD_1681     FALSE 0.111 189.000 0.000 NA   NA
 6089145 6089146 CJD_1681 CJD_1682     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6089146 6089147 CJD_1682 CJD_1683     FALSE 0.006 576.000 0.000 NA   NA
 6089147 6089148 CJD_1683 CJD_1684     FALSE 0.032 284.000 0.000 NA   NA
 6089148 6089149 CJD_1684 CJD_1685     FALSE 0.241 92.000 0.000 NA   NA
 6089149 6089150 CJD_1685 CJD_1686     FALSE 0.079 215.000 0.000 NA   NA
 6089150 6089151 CJD_1686 CJD_1687     TRUE 0.635 10.000 0.000 NA   NA
 6089151 6089152 CJD_1687 CJD_1688     FALSE 0.007 524.000 0.000 NA   NA
 6089152 6089153 CJD_1688 CJD_1689     FALSE 0.125 180.000 0.000 NA   NA
 6089153 6089154 CJD_1689 CJD_1690   gltA FALSE 0.471 24.000 0.000 NA   NA
 6089154 6089155 CJD_1690 CJD_1691 gltA   FALSE 0.081 -7.000 0.000 0.034 N NA
 6089155 6089156 CJD_1691 CJD_1692   adh1 TRUE 0.745 150.000 0.000 1.000 Y NA
 6089156 6089157 CJD_1692 CJD_1693 adh1   FALSE 0.007 329.000 0.000 1.000 N NA
 6089158 6089159 CJD_1694 CJD_1696     FALSE 0.264 62.000 0.000 NA   NA
 6089160 6089161 CJD_1697 CJD_1698     TRUE 0.903 115.000 0.564 NA   NA
 6089163 6089164 CJD_1700 CJD_1701 cas csn TRUE 0.983 1.000 0.546 NA   NA
 6089164 6089165 CJD_1701 CJD_1702 csn   FALSE 0.040 261.000 0.000 NA   NA
 6089165 6089166 CJD_1702 CJD_1703     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6089166 6089167 CJD_1703 CJD_1704     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6089167 6089168 CJD_1704 CJD_1705     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6089168 6089169 CJD_1705 CJD_1706     TRUE 0.633 11.000 0.000 NA   NA
 6089169 6089170 CJD_1706 CJD_1707     FALSE 0.211 122.000 0.000 NA   NA
 6089170 6089171 CJD_1707 CJD_1708     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6089171 6089172 CJD_1708 CJD_1709     FALSE 0.446 26.000 0.000 NA   NA
 6089172 6089173 CJD_1709 CJD_1710     TRUE 0.777 76.000 0.052 NA   NA
 6089173 6089174 CJD_1710 CJD_1711     TRUE 0.835 178.000 0.740 NA   NA
 6089174 6089175 CJD_1711 CJD_1712     FALSE 0.122 182.000 0.000 NA   NA
 6089175 6089176 CJD_1712 CJD_1713     FALSE 0.026 298.000 0.000 NA   NA
 6089176 6089177 CJD_1713 CJD_1714     FALSE 0.045 253.000 0.000 NA   NA
 6089181 6089182 CJD_1718 CJD_1719 lacZ   FALSE 0.011 413.000 0.000 NA   NA
 6089182 6089183 CJD_1719 CJD_1720     FALSE 0.010 437.000 0.000 NA   NA
 6089183 6089184 CJD_1720 CJD_1721     FALSE 0.105 104.000 0.000 1.000 N NA
 6089184 6089185 CJD_1721 CJD_1722     FALSE 0.009 383.000 0.000 1.000   NA
 6089185 6089186 CJD_1722 CJD_1723     TRUE 0.962 12.000 0.094 NA   NA
 6089186 6089187 CJD_1723 CJD_1724     FALSE 0.005 647.000 0.000 NA   NA
 6089187 6089188 CJD_1724 CJD_1725     FALSE 0.063 232.000 0.000 NA   NA
 6089188 6089189 CJD_1725 CJD_1726     FALSE 0.038 267.000 0.000 NA   NA
 6089189 6089190 CJD_1726 CJD_1727     FALSE 0.006 558.000 0.000 NA   NA
 6089192 6089193 CJD_1729 CJD_1730     FALSE 0.012 387.000 0.000 NA   NA
 6089193 6089194 CJD_1730 CJD_1731     FALSE 0.308 46.000 0.000 NA   NA
 6089194 6089195 CJD_1731 CJD_1732     FALSE 0.017 302.000 0.000 1.000   NA
 6089197 6089198 CJD_1734 CJD_1735     FALSE 0.507 16.000 0.000 1.000   NA
 6089198 6089199 CJD_1735 CJD_1736     FALSE 0.343 27.000 0.000 1.000   NA
 6089201 6089202 CJD_1738 CJD_1739     TRUE 0.928 26.000 0.000 NA Y NA
 6089202 6089203 CJD_1739 CJD_1740     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6089203 6089204 CJD_1740 CJD_3339     FALSE 0.256 68.000 0.000 NA   NA
 6089204 6089205 CJD_3339 CJD_1741   xpt FALSE 0.019 328.000 0.000 NA   NA
 6089207 6089208 CJD_1743 CJD_1744   smpB FALSE 0.009 444.000 0.000 NA   NA
 6089208 6089209 CJD_1744 CJD_1745 smpB rnr FALSE 0.005 659.000 0.000 NA   NA
 6089211 6089212 CJD_3229 CJD_3228     FALSE 0.241 91.000 0.000 NA   NA
 6089213 6089214 CJD_3227 CJD_3226     FALSE 0.022 64.000 0.000 0.028   NA
 6089214 6089215 CJD_3226 CJD_3225   proB FALSE 0.108 87.000 0.000 1.000 N NA
 6089215 6089216 CJD_3225 CJD_3224 proB proA TRUE 0.994 3.000 0.281 0.002 Y NA
 6089216 6089217 CJD_3224 CJD_3223 proA   FALSE 0.106 102.000 0.000 1.000 N NA
 6089217 6089218 CJD_3223 CJD_3222     FALSE 0.008 313.000 0.000 1.000 N NA
 6089218 6089219 CJD_3222 CJD_3221     FALSE 0.191 69.000 0.000 1.000   NA
 6089221 6089222 CJD_3219 CJD_3218   carA FALSE 0.203 128.000 0.000 NA   NA
 6089222 6089223 CJD_3218 CJD_3217 carA carB TRUE 0.986 13.000 0.054 0.001 Y NA
 6089223 6089224 CJD_3217 CJD_3216 carB   FALSE 0.005 611.000 0.000 NA   NA
 6089224 6089225 CJD_3216 CJD_3215     FALSE 0.054 240.000 0.000 NA   NA
 6089227 6089228 CJD_3213 CJD_3212 murI   FALSE 0.060 236.000 0.000 NA   NA
 6089228 6089229 CJD_3212 CJD_3211     FALSE 0.053 241.000 0.000 NA   NA
 6089229 6089230 CJD_3211 CJD_3210     FALSE 0.410 29.000 0.000 NA   NA
 6089230 6089231 CJD_3210 CJD_3209     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6089232 6089233 CJD_3208 CJD_3207     TRUE 0.978 -3.000 0.667 0.079   NA
 6089234 6089235 CJD_3206 CJD_3205 cspA cspB FALSE 0.074 16.000 0.000 0.003   NA
 6089235 6089236 CJD_3205 CJD_3204 cspB cspC FALSE 0.088 3.000 0.000 0.003   NA
 6089236 6089237 CJD_3204 CJD_3203 cspC sleC FALSE 0.155 123.000 0.000 1.000   NA
 6089239 6089240 CJD_3201 CJD_3200     TRUE 0.778 93.000 0.058 NA   NA
 6089240 6089241 CJD_3200 CJD_3199   comB TRUE 0.891 27.000 0.067 1.000   NA
 6089241 6089242 CJD_3199 CJD_3198 comB   FALSE 0.040 261.000 0.000 NA   NA
 6089242 6089243 CJD_3198 CJD_3197     FALSE 0.253 75.000 0.000 NA   NA
 6089243 6089244 CJD_3197 CJD_3196   glpF FALSE 0.253 76.000 0.000 NA   NA
 6089244 6089245 CJD_3196 CJD_3195 glpF glpP FALSE 0.152 42.000 0.000 1.000 N NA
 6089245 6089246 CJD_3195 CJD_3194 glpP glpK FALSE 0.294 20.000 0.000 1.000 N NA
 6089246 6089247 CJD_3194 CJD_3193 glpK   FALSE 0.404 166.000 0.006 1.000   NA
 6089247 6089248 CJD_3193 CJD_3192     TRUE 0.947 13.000 0.095 0.028   NA
 6089248 6089249 CJD_3192 CJD_3191     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6089251 6089252 CJD_3189 CJD_3188   tenA FALSE 0.010 425.000 0.000 NA   NA
 6089252 6089253 CJD_3188 CJD_3187 tenA   TRUE 0.933 0.000 0.032 NA   NA
 6089253 6089254 CJD_3187 CJD_3186     FALSE 0.197 131.000 0.000 NA   NA
 6089254 6089255 CJD_3186 CJD_3185     FALSE 0.148 164.000 0.000 NA   NA
 6089259 6089260 CJD_3181 CJD_3180     FALSE 0.105 105.000 0.000 1.000 N NA
 6089260 6089261 CJD_3180 CJD_3179     TRUE 0.963 4.000 0.000 1.000 Y NA
 6089261 6089262 CJD_3179 CJD_3178     FALSE 0.230 113.000 0.000 NA   NA
 6089262 6089263 CJD_3178 CJD_3177     FALSE 0.111 189.000 0.000 NA   NA
 6089265 6089266 CJD_3175 CJD_3174     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6089266 6089267 CJD_3174 CJD_3173   adhE FALSE 0.010 429.000 0.000 NA   NA
 6089267 6089268 CJD_3173 CJD_3172 adhE pepP FALSE 0.073 147.000 0.000 1.000 N NA
 6089268 6089269 CJD_3172 CJD_3171 pepP   FALSE 0.236 108.000 0.000 NA   NA
 6089269 6089270 CJD_3171 CJD_3170     TRUE 0.842 132.000 0.205 NA   NA
 6089270 6089271 CJD_3170 CJD_3169     FALSE 0.010 427.000 0.000 NA   NA
 6089272 6089273 CJD_3168 CJD_3167     FALSE 0.354 35.000 0.000 NA   NA
 6089274 6089275 CJD_3166 CJD_3165 metG metG TRUE 0.871 101.000 0.005 0.001 Y NA
 6089277 6089278 CJD_3163 CJD_3162     TRUE 0.837 19.000 0.004 NA   NA
 6089278 6089279 CJD_3162 CJD_3161     FALSE 0.051 244.000 0.000 NA   NA
 6089279 6089280 CJD_3161 CJD_3160     FALSE 0.132 141.000 0.000 1.000   NA
 6089280 6089281 CJD_3160 CJD_3159   ksgA TRUE 0.953 12.000 0.093 1.000 N NA
 6089281 6089282 CJD_3159 CJD_3158 ksgA   TRUE 0.595 100.000 0.006 NA   NA
 6089282 6089283 CJD_3158 CJD_3157     TRUE 0.840 149.000 0.312 NA   NA
 6089283 6089284 CJD_3157 CJD_3156   lgt TRUE 0.585 94.000 0.005 NA   NA
 6089284 6089285 CJD_3156 CJD_3155 lgt   TRUE 0.885 -10.000 0.006 NA   NA
 6089285 6089286 CJD_3155 CJD_3154     TRUE 0.926 21.000 0.067 NA   NA
 6089286 6089287 CJD_3154 CJD_3153     TRUE 0.558 147.000 0.029 1.000 N NA
 6089288 6089289 CJD_3152 CJD_3151     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6089289 6089290 CJD_3151 CJD_3150     FALSE 0.041 260.000 0.000 NA   NA
 6089291 6089292 CJD_3149 CJD_3148 nrdD add FALSE 0.150 391.000 0.000 1.000 Y NA
 6089292 6089293 CJD_3148 CJD_3147 add   FALSE 0.005 383.000 0.000 1.000 N NA
 6089295 6089296 CJD_3145 CJD_3144 nrdG   FALSE 0.199 130.000 0.000 NA   NA
 6089296 6089297 CJD_3144 CJD_3143     FALSE 0.168 149.000 0.000 NA   NA
 6089302 6089303 CJD_3138 CJD_3137   punA TRUE 0.831 80.000 0.000 1.000 Y NA
 6089303 6089304 CJD_3137 CJD_3136 punA   FALSE 0.098 116.000 0.000 1.000 N NA
 6089304 6089305 CJD_3136 CJD_3135   murC FALSE 0.033 212.000 0.000 1.000 N NA
 6089306 6089307 CJD_3134 CJD_3133 purR   TRUE 0.791 111.000 0.099 1.000 N NA
 6089307 6089308 CJD_3133 CJD_3132   glmU TRUE 0.760 210.000 0.011 1.000 Y NA
 6089308 6089309 CJD_3132 CJD_3131 glmU prsA TRUE 0.789 57.000 0.069 1.000 N NA
 6089309 6089310 CJD_3131 CJD_3130 prsA   FALSE 0.344 272.000 0.123 1.000 N NA
 6089310 6089311 CJD_3130 CJD_3129     TRUE 0.996 0.000 0.653 1.000 Y NA
 6089311 6089312 CJD_3129 CJD_3128     FALSE 0.282 21.000 0.000 1.000 N NA
 6089312 6089313 CJD_3128 CJD_3127   pth FALSE 0.089 126.000 0.000 1.000 N NA
 6089313 6089314 CJD_3127 CJD_3126 pth mfd TRUE 0.906 31.000 0.137 1.000 N NA
 6089314 6089315 CJD_3126 CJD_3125 mfd   FALSE 0.484 149.000 0.016 1.000 N NA
 6089315 6089316 CJD_3125 CJD_3124   spoVT TRUE 0.600 195.000 0.088 NA N NA
 6089316 6089317 CJD_3124 CJD_3123 spoVT spoVB TRUE 0.685 183.000 0.108 NA   NA
 6089317 6089318 CJD_3123 CJD_3122 spoVB   TRUE 0.778 30.000 0.015 1.000   NA
 6089318 6089319 CJD_3122 CJD_3121     FALSE 0.077 217.000 0.000 NA   NA
 6089323 6089324 CJD_2500 CJD_2501   folC FALSE 0.103 111.000 0.000 1.000 N NA
 6089324 6089325 CJD_2501 CJD_2502 folC valS FALSE 0.088 297.000 0.006 1.000 N NA
 6089327 6089328 CJD_2504 CJD_2505   recX TRUE 0.549 6.000 0.000 1.000   NA
 6089328 6089329 CJD_2505 CJD_2506 recX   TRUE 0.899 6.000 0.015 1.000   NA
 6089330 6089331 CJD_2507 CJD_2508     TRUE 0.996 0.000 0.750 1.000 Y NA
 6089332 6089333 CJD_2509 CJD_2510 fabG   FALSE 0.105 106.000 0.000 1.000 N NA
 6089333 6089334 CJD_2510 CJD_2511   glyA FALSE 0.419 250.000 0.000 1.000 Y NA
 6089335 6089336 CJD_2512 CJD_2513     TRUE 0.640 1.000 0.000 NA   NA
 6089337 6089338 CJD_2514 CJD_2515   aspS FALSE 0.113 286.000 0.002 NA   NA
 6089338 6089339 CJD_2515 CJD_2516 aspS hisS TRUE 0.974 21.000 0.028 0.039 Y NA
 6089339 6089340 CJD_2516 CJD_2517 hisS   TRUE 0.889 32.000 0.111 1.000 N NA
 6089340 6089341 CJD_2517 CJD_2518     TRUE 0.924 -10.000 0.035 1.000   NA
 6089341 6089342 CJD_2518 CJD_2519   dtd TRUE 0.616 160.000 0.048 1.000   NA
 6089342 6089343 CJD_2519 CJD_2520 dtd relA TRUE 0.964 15.000 0.177 1.000 N NA
 6089343 6089344 CJD_2520 CJD_2521 relA apt TRUE 0.658 152.000 0.068 1.000 N NA
 6089344 6089345 CJD_2521 CJD_2522 apt   TRUE 0.678 44.000 0.010 1.000   NA
 6089345 6089346 CJD_2522 CJD_2523   secF FALSE 0.425 200.000 0.028 1.000   NA
 6089346 6089347 CJD_2523 CJD_2524 secF secD TRUE 0.995 -7.000 0.516 0.002 Y NA
 6089347 6089348 CJD_2524 CJD_2525 secD   TRUE 0.736 98.000 0.048 1.000   NA
 6089348 6089349 CJD_2525 CJD_2526     TRUE 0.915 70.000 0.540 NA   NA
 6089349 6089350 CJD_2526 CJD_2527   yajC FALSE 0.320 196.000 0.002 NA   NA
 6089350 6089351 CJD_2527 CJD_2528 yajC tgt TRUE 0.788 39.000 0.035 NA N NA
 6089351 6089352 CJD_2528 CJD_2529 tgt queA TRUE 0.958 24.000 0.014 0.001 Y NA
 6089352 6089353 CJD_2529 CJD_2530 queA ruvB TRUE 0.908 22.000 0.069 1.000 N NA
 6089353 6089354 CJD_2530 CJD_2531 ruvB ruvA TRUE 0.995 14.000 0.549 0.003 Y NA
 6089354 6089355 CJD_2531 CJD_2532 ruvA   FALSE 0.255 228.000 0.007 NA   NA
 6089355 6089356 CJD_2532 CJD_2533     FALSE 0.026 299.000 0.000 NA   NA
 6089356 6089357 CJD_2533 CJD_2534     FALSE 0.339 249.000 0.000 0.001 Y NA
 6089357 6089358 CJD_2534 CJD_2535     FALSE 0.018 249.000 0.000 1.000 N NA
 6089358 6089359 CJD_2535 CJD_2536   vhb FALSE 0.003 476.000 0.000 1.000 N NA
 6089359 6089360 CJD_2536 CJD_2537 vhb   FALSE 0.010 425.000 0.000 NA   NA
 6089360 6089361 CJD_2537 CJD_2538     TRUE 0.603 126.000 0.015 NA   NA
 6089361 6089362 CJD_2538 CJD_2539     TRUE 0.901 6.000 0.015 1.000   NA
 6089362 6089363 CJD_2539 CJD_2540     TRUE 0.967 15.000 0.176 1.000   NA
 6089363 6089364 CJD_2540 CJD_2541     FALSE 0.323 42.000 0.000 NA   NA
 6089364 6089365 CJD_2541 CJD_2542     FALSE 0.499 132.000 0.002 NA   NA
 6089368 6089369 CJD_2545 CJD_2546     FALSE 0.127 178.000 0.000 NA   NA
 6089369 6089370 CJD_2546 CJD_2547     FALSE 0.028 294.000 0.000 NA   NA
 6089371 6089372 CJD_2548 CJD_2549     FALSE 0.302 48.000 0.000 NA   NA
 6089373 6089374 CJD_2550 CJD_2551   potA TRUE 0.930 32.000 0.326 1.000 N NA
 6089374 6089375 CJD_2551 CJD_2552 potA potB TRUE 0.997 3.000 0.928 1.000 Y NA
 6089375 6089376 CJD_2552 CJD_2553 potB potC TRUE 0.995 -6.000 0.492 0.027 Y NA
 6089376 6089377 CJD_2553 CJD_2554 potC potD TRUE 0.992 2.000 0.131 0.027 Y NA
 6089380 6089381 CJD_2557 CJD_2558     FALSE 0.142 168.000 0.000 NA   NA
 6089384 6089385 CJD_2561 CJD_2562 asnA   FALSE 0.152 126.000 0.000 1.000   NA
 6089385 6089386 CJD_2562 CJD_2563     FALSE 0.172 112.000 0.000 1.000   NA
 6089386 6089387 CJD_2563 CJD_2564     TRUE 0.982 -7.000 0.869 1.000   NA
 6089387 6089388 CJD_2564 CJD_2565     FALSE 0.240 98.000 0.000 NA   NA
 6089389 6089390 CJD_2566 CJD_2567     FALSE 0.026 228.000 0.000 1.000 N NA
 6089390 6089391 CJD_2567 CJD_2568     FALSE 0.062 163.000 0.000 1.000 N NA
 6089391 6089392 CJD_2568 CJD_2569     TRUE 0.950 46.000 0.027 1.000 Y NA
 6089392 6089393 CJD_2569 CJD_2570     TRUE 0.995 -10.000 0.500 0.010 Y NA
 6089393 6089394 CJD_2570 CJD_2571     FALSE 0.092 121.000 0.000 1.000 N NA
 6089394 6089395 CJD_2571 CJD_2572     FALSE 0.152 121.000 0.000 NA N NA
 6089395 6089396 CJD_2572 CJD_2573     FALSE 0.210 123.000 0.000 NA   NA
 6089396 6089397 CJD_2573 CJD_2574     FALSE 0.183 140.000 0.000 NA   NA
 6089397 6089398 CJD_2574 CJD_2575     FALSE 0.270 59.000 0.000 NA   NA
 6089398 6089399 CJD_2575 CJD_2576     FALSE 0.285 52.000 0.000 NA   NA
 6089399 6089400 CJD_2576 CJD_2577   coaE TRUE 0.950 10.000 0.058 NA   NA
 6089400 6089401 CJD_2577 CJD_2578 coaE polA TRUE 0.932 17.000 0.068 1.000 N NA
 6089401 6089402 CJD_2578 CJD_2579 polA   FALSE 0.076 142.000 0.000 1.000 N NA
 6089403 6089404 CJD_2580 CJD_2581     FALSE 0.248 83.000 0.000 NA   NA
 6089405 6089406 CJD_2582 CJD_2583     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6089406 6089407 CJD_2583 CJD_2584     FALSE 0.088 209.000 0.000 NA   NA
 6089407 6089408 CJD_2584 CJD_3352     FALSE 0.084 212.000 0.000 NA   NA
 6089408 6089409 CJD_3352 CJD_2585     FALSE 0.243 88.000 0.000 NA   NA
 6089409 6089410 CJD_2585 CJD_2586     FALSE 0.150 163.000 0.000 NA   NA
 6089410 6089411 CJD_2586 CJD_2587     TRUE 0.951 18.000 0.095 NA   NA
 6089411 6089412 CJD_2587 CJD_2588     TRUE 0.967 19.000 0.262 NA   NA
 6089412 6089413 CJD_2588 CJD_2589     FALSE 0.007 511.000 0.000 NA   NA
 6089413 6089414 CJD_2589 CJD_2590     TRUE 0.978 0.000 0.283 NA   NA
 6089414 6089415 CJD_2590 CJD_2591     TRUE 0.925 14.000 0.028 NA   NA
 6089415 6089416 CJD_2591 CJD_2592   rpoD FALSE 0.316 237.000 0.026 NA   NA
 6089416 6089417 CJD_2592 CJD_2593 rpoD dnaG TRUE 0.933 27.000 0.209 1.000 N NA
 6089417 6089418 CJD_2593 CJD_2594 dnaG   TRUE 0.586 169.000 0.056 1.000 N NA
 6089419 6089420 CJD_2595 CJD_2596     FALSE 0.316 44.000 0.000 NA   NA
 6089421 6089422 CJD_2597 CJD_2598 ppdK   TRUE 0.642 101.000 0.019 1.000   NA
 6089422 6089423 CJD_2598 CJD_2599     TRUE 0.714 205.000 0.273 NA   NA
 6089423 6089424 CJD_2599 CJD_2600   recO TRUE 0.895 6.000 0.007 NA   NA
 6089424 6089425 CJD_2600 CJD_2601 recO era TRUE 0.829 76.000 0.108 1.000   NA
 6089425 6089426 CJD_2601 CJD_2602 era cdd TRUE 0.954 9.000 0.077 1.000   NA
 6089426 6089427 CJD_2602 CJD_2603 cdd   TRUE 0.634 44.000 0.008 1.000 N NA
 6089427 6089428 CJD_2603 CJD_2604     TRUE 0.783 28.000 0.009 NA   NA
 6089428 6089429 CJD_2604 CJD_2605     TRUE 0.974 2.000 0.182 NA   NA
 6089429 6089430 CJD_2605 CJD_2606     FALSE 0.342 37.000 0.000 NA   NA
 6089431 6089432 CJD_0463 CJD_0462     FALSE 0.126 179.000 0.000 NA   NA
 6089432 6089433 CJD_0462 CJD_0461     FALSE 0.372 33.000 0.000 NA   NA
 6089433 6089434 CJD_0461 CJD_0460     FALSE 0.187 138.000 0.000 NA   NA
 6089434 6089435 CJD_0460 CJD_0459     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6089435 6089436 CJD_0459 CJD_0458     FALSE 0.045 254.000 0.000 NA   NA
 6089436 6089437 CJD_0458 CJD_0456     FALSE 0.042 258.000 0.000 NA   NA
 6089437 6089438 CJD_0456 CJD_0455     FALSE 0.028 225.000 0.000 1.000 N NA
 6089438 6089439 CJD_0455 CJD_0454     TRUE 0.978 -3.000 0.667 0.077   NA
 6089441 6089442 CJD_0452 CJD_0451     TRUE 0.995 -7.000 0.846 0.007 Y NA
 6089442 6089443 CJD_0451 CJD_0450     FALSE 0.012 393.000 0.000 NA   NA
 6089443 6089444 CJD_0450 CJD_0449     FALSE 0.277 350.000 0.231 NA   NA
 6089444 6089445 CJD_0449 CJD_0448     FALSE 0.007 520.000 0.000 NA   NA
 6089445 6089446 CJD_0448 CJD_0446     FALSE 0.005 666.000 0.000 NA   NA
 6089446 6089447 CJD_0446 CJD_0445     FALSE 0.014 369.000 0.000 NA   NA
 6089447 6089448 CJD_0445 CJD_0444     TRUE 0.601 -31.000 0.000 NA   NA
 6089448 6089449 CJD_0444 CJD_0443     FALSE 0.004 779.000 0.000 NA   NA
 6089449 6089450 CJD_0443 CJD_0442     FALSE 0.255 69.000 0.000 NA   NA
 6089450 6089451 CJD_0442 CJD_0441     FALSE 0.005 620.000 0.000 NA   NA
 6089451 6089452 CJD_0441 CJD_0440     FALSE 0.254 71.000 0.000 NA   NA
 6089452 6089453 CJD_0440 CJD_0439     TRUE 0.996 -22.000 0.704 NA Y NA
 6089453 6089454 CJD_0439 CJD_0438     TRUE 0.618 -10.000 0.000 NA   NA
 6089454 6089455 CJD_0438 CJD_0437     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6089455 6089456 CJD_0437 CJD_0436     TRUE 0.983 0.000 0.667 NA   NA
 6089456 6089457 CJD_0436 CJD_0435     TRUE 0.633 11.000 0.000 NA   NA
 6089457 6089458 CJD_0435 CJD_0434     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6089458 6089459 CJD_0434 CJD_0433     FALSE 0.241 91.000 0.000 NA   NA
 6089459 6089460 CJD_0433 CJD_0432     FALSE 0.076 193.000 0.000 1.000   NA
 6089460 6089461 CJD_0432 CJD_0431     FALSE 0.016 310.000 0.000 1.000   NA
 6089461 6089462 CJD_0431 CJD_0430     FALSE 0.256 68.000 0.000 NA   NA
 6089462 6089463 CJD_0430 CJD_0429     FALSE 0.230 113.000 0.000 NA   NA
 6089463 6089464 CJD_0429 CJD_0428     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6089464 6089465 CJD_0428 CJD_0427     FALSE 0.137 171.000 0.000 NA   NA
 6089465 6089466 CJD_0427 CJD_0426     FALSE 0.241 94.000 0.000 NA   NA
 6089466 6089467 CJD_0426 CJD_0425     FALSE 0.013 375.000 0.000 NA   NA
 6089467 6089468 CJD_0425 CJD_0424   rumA FALSE 0.005 731.000 0.000 NA   NA
 6089468 6089469 CJD_0424 CJD_0423 rumA   FALSE 0.010 300.000 0.000 1.000 N NA
 6089469 6089470 CJD_0423 CJD_0422   cls FALSE 0.002 627.000 0.000 1.000 N NA
 6089470 6089471 CJD_0422 CJD_0421 cls   FALSE 0.014 175.000 0.000 0.053   NA
 6089471 6089472 CJD_0421 CJD_0420     FALSE 0.024 307.000 0.000 NA   NA
 6089472 6089473 CJD_0420 CJD_0419   pyk FALSE 0.006 581.000 0.000 NA   NA
 6089473 6089474 CJD_0419 CJD_0418 pyk pfkA TRUE 0.889 94.000 0.011 0.006 Y NA
 6089474 6089475 CJD_0418 CJD_0417 pfkA   FALSE 0.027 711.000 0.029 1.000 N NA
 6089476 6089477 CJD_0416 CJD_0415     TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6089478 6089479 CJD_0414 CJD_0413     FALSE 0.135 173.000 0.000 NA   NA
 6089479 6089480 CJD_0413 CJD_0412     TRUE 0.979 -21.000 0.470 NA   NA
 6089480 6089481 CJD_0412 CJD_0411     TRUE 0.977 -3.000 0.259 NA   NA
 6089481 6089482 CJD_0411 CJD_0410   murB FALSE 0.439 240.000 0.080 NA   NA
 6089482 6089483 CJD_0410 CJD_0409 murB uvrC FALSE 0.384 149.000 0.003 1.000 N NA
 6089483 6089484 CJD_0409 CJD_0408 uvrC   FALSE 0.385 157.000 0.005 1.000 N NA
 6089484 6089485 CJD_0408 CJD_0407     TRUE 0.974 1.000 0.285 1.000 N NA
 6089485 6089486 CJD_0407 CJD_0406     TRUE 0.953 14.000 0.070 NA   NA
 6089486 6089487 CJD_0406 CJD_0405   uvrA FALSE 0.070 335.000 0.002 NA   NA
 6089489 6089490 CJD_0403 CJD_0402     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6089490 6089491 CJD_0402 CJD_0401     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6089491 6089492 CJD_0401 CJD_0400     TRUE 0.942 15.000 0.053 NA   NA
 6089492 6089493 CJD_0400 CJD_0399     FALSE 0.176 145.000 0.000 NA   NA
 6089493 6089494 CJD_0399 CJD_0398     FALSE 0.059 166.000 0.000 1.000 N NA
 6089494 6089495 CJD_0398 CJD_0397     FALSE 0.083 132.000 0.000 1.000 N NA
 6089495 6089496 CJD_0397 CJD_0396     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6089496 6089497 CJD_0396 CJD_0395   recQ FALSE 0.248 83.000 0.000 NA   NA
 6089497 6089498 CJD_0395 CJD_0394 recQ ogt TRUE 0.862 49.000 0.000 1.000 Y NA
 6089498 6089499 CJD_0394 CJD_0393 ogt   FALSE 0.009 306.000 0.000 1.000 N NA
 6089499 6089500 CJD_0393 CJD_0392     FALSE 0.023 311.000 0.000 NA   NA
 6089500 6089501 CJD_0392 CJD_0391     TRUE 0.960 16.000 0.114 NA   NA
 6089503 6089504 CJD_0389 CJD_0388     TRUE 0.594 191.000 0.000 0.079 Y NA
 6089506 6089507 CJD_0386 CJD_0385 xpt   FALSE 0.006 557.000 0.000 NA   NA
 6089508 6089509 CJD_0384 CJD_0383     FALSE 0.240 97.000 0.000 NA   NA
 6089512 6089513 CJD_0379 CJD_0378     FALSE 0.471 24.000 0.000 NA   NA
 6089515 6089516 CJD_0376 CJD_0375     TRUE 0.996 2.000 0.875 0.008 Y NA
 6089516 6089517 CJD_0375 CJD_0374     TRUE 0.995 13.000 0.875 0.010 Y NA
 6089517 6089518 CJD_0374 CJD_0373   lctP TRUE 0.967 95.000 0.148 1.000 Y NA
 6089518 6089519 CJD_0373 CJD_0372 lctP   FALSE 0.023 237.000 0.000 1.000 N NA
 6089519 6089520 CJD_0372 CJD_0371     FALSE 0.369 15.000 0.000 1.000 N NA
 6089520 6089521 CJD_0371 CJD_0370     FALSE 0.069 151.000 0.000 1.000 N NA
 6089521 6089522 CJD_0370 CJD_0369     FALSE 0.073 221.000 0.000 NA   NA
 6089522 6089523 CJD_0369 CJD_0368     TRUE 0.980 -7.000 0.426 NA   NA
 6089523 6089524 CJD_0368 CJD_0367     FALSE 0.056 238.000 0.000 NA   NA
 6089524 6089525 CJD_0367 CJD_0366   uvrB FALSE 0.038 266.000 0.000 NA   NA
 6089525 6089526 CJD_0366 CJD_0365 uvrB   FALSE 0.243 88.000 0.000 NA   NA
 6089527 6089528 CJD_0586 CJD_0585     FALSE 0.248 83.000 0.000 NA   NA
 6089528 6089529 CJD_0585 CJD_0584     FALSE 0.241 94.000 0.000 NA   NA
 6089529 6089530 CJD_0584 CJD_0583     FALSE 0.144 166.000 0.000 NA   NA
 6089530 6089531 CJD_0583 CJD_0582     TRUE 0.603 -28.000 0.000 NA   NA
 6089531 6089532 CJD_0582 CJD_0581     FALSE 0.163 152.000 0.000 NA   NA
 6089532 6089533 CJD_0581 CJD_0580     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6089533 6089534 CJD_0580 CJD_0579     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6089534 6089535 CJD_0579 CJD_0578     FALSE 0.348 36.000 0.000 NA   NA
 6089535 6089536 CJD_0578 CJD_0577     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6089536 6089537 CJD_0577 CJD_0576     FALSE 0.004 944.000 0.000 NA   NA
 6089537 6089538 CJD_0576 CJD_0575     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6089538 6089539 CJD_0575 CJD_0574     FALSE 0.491 17.000 0.000 1.000   NA
 6089539 6089540 CJD_0574 CJD_0573     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6089540 6089541 CJD_0573 CJD_0572     TRUE 0.635 10.000 0.000 NA   NA
 6089541 6089542 CJD_0572 CJD_0571     TRUE 0.993 21.000 0.667 0.017 Y NA
 6089542 6089543 CJD_0571 CJD_0570     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6089543 6089544 CJD_0570 CJD_0569     FALSE 0.023 310.000 0.000 NA   NA
 6089544 6089545 CJD_0569 CJD_0568     TRUE 0.838 63.000 0.000 1.000 Y NA
 6089545 6089546 CJD_0568 CJD_0567     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6089546 6089547 CJD_0567 CJD_0566     FALSE 0.272 58.000 0.000 NA   NA
 6089547 6089548 CJD_0566 CJD_0565     TRUE 0.982 18.000 0.047 0.017 Y NA
 6089548 6089549 CJD_0565 CJD_0564     TRUE 0.957 19.000 0.140 NA   NA
 6089549 6089550 CJD_0564 CJD_0563     TRUE 0.921 26.000 0.091 NA   NA
 6089550 6089551 CJD_0563 CJD_0562     TRUE 0.526 20.000 0.000 NA   NA
 6089551 6089552 CJD_0562 CJD_0561     TRUE 0.945 -34.000 0.000 0.017 Y NA
 6089552 6089553 CJD_0561 CJD_0560     FALSE 0.418 21.000 0.000 1.000   NA
 6089553 6089554 CJD_0560 CJD_0559     TRUE 0.966 3.000 0.104 NA   NA
 6089556 6089557 CJD_0557 CJD_0556     FALSE 0.213 121.000 0.000 NA   NA
 6089557 6089558 CJD_0556 CJD_0555     FALSE 0.197 131.000 0.000 NA   NA
 6089558 6089559 CJD_0555 CJD_0554     TRUE 0.605 -25.000 0.000 NA   NA
 6089559 6089560 CJD_0554 CJD_0553     FALSE 0.316 30.000 0.000 1.000   NA
 6089560 6089561 CJD_0553 CJD_0552     FALSE 0.261 63.000 0.000 NA   NA
 6089561 6089562 CJD_0552 CJD_0551     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6089562 6089563 CJD_0551 CJD_0550     FALSE 0.342 37.000 0.000 NA   NA
 6089563 6089564 CJD_0550 CJD_0549     TRUE 0.909 131.000 0.023 1.000 Y NA
 6089564 6089565 CJD_0549 CJD_0548     FALSE 0.242 25.000 0.000 1.000 N NA
 6089565 6089566 CJD_0548 CJD_0547     FALSE 0.327 18.000 0.000 1.000 N NA
 6089566 6089567 CJD_0547 CJD_0546     FALSE 0.005 671.000 0.000 NA   NA
 6089569 6089570 CJD_0544 CJD_0543     TRUE 0.994 -25.000 0.200 1.000 Y NA
 6089570 6089571 CJD_0543 CJD_0542     FALSE 0.064 230.000 0.000 NA   NA
 6089571 6089572 CJD_0542 CJD_0541     FALSE 0.272 58.000 0.000 NA   NA
 6089572 6089573 CJD_0541 CJD_0540     FALSE 0.025 306.000 0.000 NA   NA
 6089575 6089576 CJD_0538 CJD_0537     FALSE 0.019 331.000 0.000 NA   NA
 6089576 6089577 CJD_0537 CJD_0536     FALSE 0.230 113.000 0.000 NA   NA
 6089577 6089578 CJD_0536 CJD_0535     FALSE 0.136 172.000 0.000 NA   NA
 6089580 6089581 CJD_0533 CJD_0532     FALSE 0.056 238.000 0.000 NA   NA
 6089581 6089582 CJD_0532 CJD_0531     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6089582 6089583 CJD_0531 CJD_0530     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6089583 6089584 CJD_0530 CJD_0529     FALSE 0.176 34.000 0.000 1.000 N NA
 6089584 6089585 CJD_0529 CJD_0528     FALSE 0.037 268.000 0.000 NA   NA
 6089585 6089586 CJD_0528 CJD_0527     FALSE 0.110 190.000 0.000 NA   NA
 6089586 6089587 CJD_0527 CJD_0526     FALSE 0.020 290.000 0.000 1.000   NA
 6089587 6089588 CJD_0526 CJD_0525     TRUE 0.979 3.000 0.529 1.000 N NA
 6089588 6089589 CJD_0525 CJD_0524     TRUE 0.996 0.000 0.618 0.026 Y NA
 6089589 6089590 CJD_0524 CJD_0523     FALSE 0.035 277.000 0.000 NA   NA
 6089591 6089592 CJD_0522 CJD_0521     TRUE 0.639 6.000 0.000 NA   NA
 6089593 6089594 CJD_0520 CJD_0519     FALSE 0.013 377.000 0.000 NA   NA
 6089594 6089595 CJD_0519 CJD_0518     FALSE 0.246 84.000 0.000 NA   NA
 6089595 6089596 CJD_0518 CJD_0517     FALSE 0.032 283.000 0.000 NA   NA
 6089598 6089599 CJD_0515 CJD_0514     FALSE 0.012 393.000 0.000 NA   NA
 6089599 6089600 CJD_0514 CJD_0513     FALSE 0.085 211.000 0.000 NA   NA
 6089600 6089601 CJD_0513 CJD_0512     FALSE 0.008 466.000 0.000 NA   NA
 6089603 6089604 CJD_0510 CJD_0509 trmB   FALSE 0.178 103.000 0.000 1.000   NA
 6089604 6089605 CJD_0509 CJD_0508     FALSE 0.054 215.000 0.000 NA N NA
 6089605 6089606 CJD_0508 CJD_0507     FALSE 0.173 97.000 0.000 NA N NA
 6089606 6089607 CJD_0507 CJD_0506     FALSE 0.005 647.000 0.000 NA   NA
 6089607 6089608 CJD_0506 CJD_0505     TRUE 0.983 11.000 0.610 NA   NA
 6089608 6089609 CJD_0505 CJD_0504     TRUE 0.809 259.000 0.167 1.000 Y NA
 6089609 6089610 CJD_0504 CJD_0503     FALSE 0.004 436.000 0.000 1.000 N NA
 6089610 6089611 CJD_0503 CJD_0502   hsp90 FALSE 0.061 164.000 0.000 1.000 N NA
 6089611 6089612 CJD_0502 CJD_0501 hsp90   FALSE 0.018 334.000 0.000 NA   NA
 6089612 6089613 CJD_0501 CJD_0500     FALSE 0.460 25.000 0.000 NA   NA
 6089613 6089614 CJD_0500 CJD_0499     FALSE 0.177 144.000 0.000 NA   NA
 6089614 6089615 CJD_0499 CJD_0498     FALSE 0.078 216.000 0.000 NA   NA
 6089615 6089616 CJD_0498 CJD_0497     FALSE 0.053 241.000 0.000 NA   NA
 6089616 6089617 CJD_0497 CJD_0496     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6089617 6089618 CJD_0496 CJD_0495     FALSE 0.124 148.000 0.000 1.000   NA
 6089618 6089619 CJD_0495 CJD_0494     FALSE 0.105 195.000 0.000 NA   NA
 6089619 6089620 CJD_0494 CJD_0493     FALSE 0.026 300.000 0.000 NA   NA
 6089620 6089621 CJD_0493 CJD_0492     FALSE 0.195 132.000 0.000 NA   NA
 6089621 6089622 CJD_0492 CJD_0491   brnQ FALSE 0.043 256.000 0.000 NA   NA
 6089622 6089623 CJD_0491 CJD_0490 brnQ   FALSE 0.005 734.000 0.000 NA   NA
 6089623 6089624 CJD_0490 CJD_0489     FALSE 0.089 208.000 0.000 NA   NA
 6089624 6089625 CJD_0489 CJD_0488     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6089625 6089626 CJD_0488 CJD_0487     FALSE 0.069 226.000 0.000 NA   NA
 6089626 6089627 CJD_0487 CJD_0486     FALSE 0.274 34.000 0.000 NA N NA
 6089627 6089628 CJD_0486 CJD_0485     FALSE 0.107 90.000 0.000 1.000 N NA
 6089630 6089631 CJD_0483 CJD_0482 nadC nadB TRUE 0.987 -43.000 0.046 1.000 Y NA
 6089631 6089632 CJD_0482 CJD_0481 nadB nadA TRUE 0.989 5.000 0.042 1.000 Y NA
 6089632 6089633 CJD_0481 CJD_0480 nadA garR FALSE 0.009 307.000 0.000 1.000 N NA
 6089633 6089634 CJD_0480 CJD_0479 garR   FALSE 0.240 101.000 0.000 NA   NA
 6089634 6089635 CJD_0479 CJD_0478     FALSE 0.209 125.000 0.000 NA   NA
 6089636 6089637 CJD_0477 CJD_0476     FALSE 0.308 46.000 0.000 NA   NA
 6089638 6089639 CJD_0475 CJD_0474 deoB udp FALSE 0.272 178.000 0.007 0.037 N NA
 6089641 6089642 CJD_2017 CJD_2018     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6089643 6089644 CJD_2019 CJD_2020     FALSE 0.023 279.000 0.000 1.000   NA
 6089644 6089645 CJD_2020 CJD_2021     FALSE 0.026 268.000 0.000 1.000   NA
 6089645 6089646 CJD_2021 CJD_2022     FALSE 0.011 294.000 0.000 1.000 N NA
 6089646 6089647 CJD_2022 CJD_2023     TRUE 0.996 0.000 0.778 0.013 Y NA
 6089647 6089648 CJD_2023 CJD_2024     TRUE 0.960 158.000 0.778 0.013 Y NA
 6089648 6089649 CJD_2024 CJD_2025     TRUE 0.960 156.000 0.786 0.008 Y NA
 6089651 6089652 CJD_2027 CJD_2028     FALSE 0.129 177.000 0.000 NA   NA
 6089654 6089655 CJD_2030 CJD_2031 dut   FALSE 0.191 135.000 0.000 NA   NA
 6089655 6089656 CJD_2031 CJD_2032     FALSE 0.245 85.000 0.000 NA   NA
 6089658 6089659 CJD_2034 CJD_2035     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6089661 6089662 CJD_2037 CJD_2038     FALSE 0.217 119.000 0.000 NA   NA
 6089664 6089665 CJD_2040 CJD_2041     FALSE 0.252 77.000 0.000 NA   NA
 6089665 6089666 CJD_2041 CJD_2042     FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6089666 6089667 CJD_2042 CJD_2043     FALSE 0.042 258.000 0.000 NA   NA
 6089667 6089668 CJD_2043 CJD_2045     TRUE 0.511 21.000 0.000 NA   NA
 6089668 6089669 CJD_2045 CJD_2046     TRUE 0.995 2.000 0.270 1.000 Y NA
 6089669 6089670 CJD_2046 CJD_2047     TRUE 0.996 -25.000 0.646 NA Y NA
 6089670 6089671 CJD_2047 CJD_2048     FALSE 0.049 247.000 0.000 NA   NA
 6089671 6089672 CJD_2048 CJD_2049     FALSE 0.092 205.000 0.000 NA   NA
 6089672 6089673 CJD_2049 CJD_2050     FALSE 0.239 104.000 0.000 NA   NA
 6089675 6089676 CJD_2052 CJD_2053     FALSE 0.254 71.000 0.000 NA   NA
 6089676 6089677 CJD_2053 CJD_2054     FALSE 0.033 280.000 0.000 NA   NA
 6089678 6089679 CJD_2055 CJD_2056     TRUE 0.978 17.000 0.569 NA   NA
 6089680 6089681 CJD_2057 CJD_2058     FALSE 0.020 325.000 0.000 NA   NA
 6089681 6089682 CJD_2058 CJD_2059   virS FALSE 0.137 171.000 0.000 NA   NA
 6089682 6089683 CJD_2059 CJD_2060 virS   TRUE 0.965 -6.000 0.000 NA Y NA
 6089683 6089684 CJD_2060 CJD_2061     FALSE 0.079 139.000 0.000 1.000 N NA
 6089684 6089685 CJD_2061 CJD_2062     FALSE 0.240 97.000 0.000 NA   NA
 6089685 6089686 CJD_2062 CJD_2063     FALSE 0.071 224.000 0.000 NA   NA
 6089689 6089690 CJD_2066 CJD_2068     FALSE 0.085 211.000 0.000 NA   NA
 6089691 6089692 CJD_2069 CJD_2070     FALSE 0.002 292.000 0.000 0.026   NA
 6089692 6089693 CJD_2070 CJD_2071   topB FALSE 0.015 313.000 0.000 1.000   NA
 6089693 6089694 CJD_2071 CJD_2072 topB   FALSE 0.240 97.000 0.000 NA   NA
 6089694 6089695 CJD_2072 CJD_2073     TRUE 0.974 10.000 0.196 NA   NA
 6089695 6089696 CJD_2073 CJD_2074     FALSE 0.177 144.000 0.000 NA   NA
 6089696 6089697 CJD_2074 CJD_2075     FALSE 0.089 208.000 0.000 NA   NA
 6089697 6089698 CJD_2075 CJD_2076     FALSE 0.250 82.000 0.000 NA   NA
 6089698 6089699 CJD_2076 CJD_2077     TRUE 0.965 15.000 0.130 NA   NA
 6089699 6089700 CJD_2077 CJD_2078     FALSE 0.073 221.000 0.000 NA   NA
 6089700 6089701 CJD_2078 CJD_2079     FALSE 0.053 241.000 0.000 NA   NA
 6089701 6089702 CJD_2079 CJD_2080     FALSE 0.471 24.000 0.000 NA   NA
 6089702 6089703 CJD_2080 CJD_2081   gdhA FALSE 0.023 310.000 0.000 NA   NA
 6089703 6089704 CJD_2081 CJD_2082 gdhA   FALSE 0.008 483.000 0.000 NA   NA
 6089706 6089707 CJD_2084 CJD_2085     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6089709 6089710 CJD_2087 CJD_2088     FALSE 0.354 35.000 0.000 NA   NA
 6089710 6089711 CJD_2088 CJD_2090     FALSE 0.005 620.000 0.000 NA   NA
 6089711 6089712 CJD_2090 CJD_2091     FALSE 0.074 220.000 0.000 NA   NA
 6089714 6089715 CJD_2093 CJD_2094     FALSE 0.068 227.000 0.000 NA   NA
 6089715 6089716 CJD_2094 CJD_2095     TRUE 0.994 -7.000 0.174 1.000 Y NA
 6089716 6089717 CJD_2095 CJD_2096   scrR TRUE 0.834 40.000 0.070 1.000 N NA
 6089717 6089718 CJD_2096 CJD_2097 scrR   TRUE 0.637 132.000 0.042 1.000 N NA
 6089718 6089719 CJD_2097 CJD_2098     FALSE 0.020 324.000 0.000 NA   NA
 6089719 6089720 CJD_2098 CJD_2099     FALSE 0.007 512.000 0.000 NA   NA
 6089720 6089721 CJD_2099 CJD_2100     TRUE 0.993 13.000 0.200 0.026 Y NA
 6089721 6089722 CJD_2100 CJD_2101     TRUE 0.975 1.000 0.455 0.026   NA
 6089724 6089725 CJD_2103 CJD_2104     TRUE 0.613 -13.000 0.000 NA   NA
 6089725 6089726 CJD_2104 CJD_2105     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6089726 6089727 CJD_2105 CJD_2106   bioD FALSE 0.027 227.000 0.000 1.000 N NA
 6089727 6089728 CJD_2106 CJD_2107 bioD bioB TRUE 0.983 3.000 0.025 0.002 Y NA
 6089728 6089729 CJD_2107 CJD_2108 bioB   TRUE 0.892 18.000 0.018 NA   NA
 6089729 6089730 CJD_2108 CJD_2109     FALSE 0.013 386.000 0.000 NA   NA
 6089730 6089731 CJD_2109 CJD_2110     FALSE 0.015 356.000 0.000 NA   NA
 6089731 6089732 CJD_2110 CJD_2111     FALSE 0.327 18.000 0.000 1.000 N NA
 6089734 6089735 CJD_2113 CJD_2114     FALSE 0.060 211.000 0.000 1.000   NA
 6089735 6089736 CJD_2114 CJD_2115   pulA FALSE 0.073 221.000 0.000 NA   NA
 6089738 6089739 CJD_2118 CJD_2119     FALSE 0.235 109.000 0.000 NA   NA
 6089739 6089740 CJD_2119 CJD_2120     FALSE 0.105 195.000 0.000 NA   NA
 6089741 6089742 CJD_0243 CJD_0242     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6089742 6089743 CJD_0242 CJD_0241     FALSE 0.248 83.000 0.000 NA   NA
 6089743 6089744 CJD_0241 CJD_0240     FALSE 0.241 94.000 0.000 NA   NA
 6089744 6089745 CJD_0240 CJD_0239     TRUE 0.603 -28.000 0.000 NA   NA
 6089745 6089746 CJD_0239 CJD_0238     FALSE 0.163 152.000 0.000 NA   NA
 6089746 6089747 CJD_0238 CJD_0237     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6089747 6089748 CJD_0237 CJD_0236     FALSE 0.348 36.000 0.000 NA   NA
 6089748 6089749 CJD_0236 CJD_0235     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6089750 6089751 CJD_0234 CJD_0233     FALSE 0.031 253.000 0.000 1.000   NA
 6089752 6089753 CJD_0232 CJD_0231     FALSE 0.007 546.000 0.000 NA   NA
 6089753 6089754 CJD_0231 CJD_0230     FALSE 0.002 256.000 0.000 0.025   NA
 6089754 6089755 CJD_0230 CJD_0229     FALSE 0.000 527.000 0.000 0.003   NA
 6089755 6089756 CJD_0229 CJD_0228     FALSE 0.017 255.000 0.000 1.000 N NA
 6089756 6089757 CJD_0228 CJD_0227   cbiO FALSE 0.003 467.000 0.000 1.000 N NA
 6089757 6089758 CJD_0227 CJD_0226 cbiO cbiQ TRUE 0.988 15.000 0.082 0.002 Y NA
 6089758 6089759 CJD_0226 CJD_0225 cbiQ cbiN TRUE 0.995 -16.000 0.804 0.002 Y NA
 6089759 6089760 CJD_0225 CJD_0224 cbiN cbiM TRUE 0.996 0.000 0.861 0.013 Y NA
 6089760 6089761 CJD_0224 CJD_0223 cbiM nagH FALSE 0.003 879.000 0.000 1.000   NA
 6089763 6089764 CJD_0221 CJD_0220     TRUE 0.902 191.000 0.081 NA Y NA
 6089764 6089765 CJD_0220 CJD_0219     TRUE 0.955 156.000 0.189 NA Y NA
 6089765 6089766 CJD_0219 CJD_0218     TRUE 0.841 110.000 0.148 NA N NA
 6089766 6089767 CJD_0218 CJD_0217   nanA TRUE 0.954 103.000 0.074 1.000 Y NA
 6089767 6089768 CJD_0217 CJD_0216 nanA nanE FALSE 0.163 37.000 0.000 1.000 N NA
 6089768 6089769 CJD_0216 CJD_0215 nanE   FALSE 0.012 286.000 0.000 1.000 N NA
 6089770 6089771 CJD_0214 CJD_0213     TRUE 0.948 3.000 0.049 NA   NA
 6089771 6089772 CJD_0213 CJD_0212     TRUE 0.942 5.000 0.042 NA   NA
 6089773 6089774 CJD_0211 CJD_0210   luxS FALSE 0.006 348.000 0.000 1.000 N NA
 6089774 6089775 CJD_0210 CJD_0209 luxS   TRUE 0.557 85.000 0.010 1.000 N NA
 6089775 6089776 CJD_0209 CJD_0208   metC TRUE 0.990 -13.000 0.101 0.012 Y NA
 6089776 6089777 CJD_0208 CJD_0207 metC   TRUE 0.645 64.000 0.021 1.000 N NA
 6089779 6089780 CJD_0205 CJD_0204 colA argR FALSE 0.005 545.000 0.000 1.000   NA
 6089780 6089781 CJD_0204 CJD_0203 argR arcC FALSE 0.113 73.000 0.000 1.000 N NA
 6089781 6089782 CJD_0203 CJD_0202 arcC arcD TRUE 0.841 61.000 0.000 1.000 Y NA
 6089782 6089783 CJD_0202 CJD_0201 arcD argF TRUE 0.757 145.000 0.000 1.000 Y NA
 6089783 6089784 CJD_0201 CJD_0200 argF arcA TRUE 0.926 108.000 0.022 1.000 Y NA
 6089784 6089785 CJD_0200 CJD_0199 arcA   FALSE 0.002 552.000 0.000 1.000 N NA
 6089785 6089786 CJD_0199 CJD_0198     FALSE 0.064 159.000 0.000 1.000 N NA
 6089786 6089787 CJD_0198 CJD_0197     FALSE 0.004 1059.000 0.000 NA   NA
 6089787 6089788 CJD_0197 CJD_0196     FALSE 0.103 196.000 0.000 NA   NA
 6089788 6089789 CJD_0196 CJD_0195     FALSE 0.005 593.000 0.000 NA   NA
 6089791 6089792 CJD_0193 CJD_0192     FALSE 0.253 76.000 0.000 NA   NA
 6089792 6089793 CJD_0192 CJD_0191     FALSE 0.032 284.000 0.000 NA   NA
 6089793 6089794 CJD_0191 CJD_0190     FALSE 0.008 475.000 0.000 NA   NA
 6089794 6089795 CJD_0190 CJD_0189     FALSE 0.255 69.000 0.000 NA   NA
 6089795 6089796 CJD_0189 CJD_0188     FALSE 0.163 152.000 0.000 NA   NA
 6089796 6089797 CJD_0188 CJD_0187     TRUE 0.553 4.000 0.000 1.000   NA
 6089797 6089798 CJD_0187 CJD_0186     FALSE 0.004 631.000 0.000 1.000   NA
 6089798 6089799 CJD_0186 CJD_0185     TRUE 0.841 61.000 0.000 1.000 Y NA
 6089799 6089800 CJD_0185 CJD_0184   uxaC TRUE 0.798 121.000 0.000 1.000 Y NA
 6089800 6089801 CJD_0184 CJD_0183 uxaC uxuA TRUE 0.877 29.000 0.000 0.001 Y NA
 6089801 6089802 CJD_0183 CJD_0182 uxuA   TRUE 0.823 91.000 0.000 1.000 Y NA
 6089802 6089803 CJD_0182 CJD_0181     FALSE 0.077 15.000 0.000 0.049 N NA
 6089803 6089804 CJD_0181 CJD_0180     FALSE 0.044 190.000 0.000 1.000 N NA
 6089804 6089805 CJD_0180 CJD_0179     FALSE 0.075 143.000 0.000 1.000 N NA
 6089805 6089806 CJD_0179 CJD_0178     TRUE 0.837 64.000 0.000 1.000 Y NA
 6089806 6089807 CJD_0178 CJD_0177     FALSE 0.410 29.000 0.000 NA   NA
 6089807 6089808 CJD_0177 CJD_0176     FALSE 0.029 291.000 0.000 NA   NA
 6089808 6089809 CJD_0176 CJD_0175     FALSE 0.012 396.000 0.000 NA   NA
 6089809 6089810 CJD_0175 CJD_0174     FALSE 0.006 566.000 0.000 NA   NA
 6089813 6089814 CJD_0171 CJD_0170     TRUE 0.962 21.000 0.250 NA   NA
 6089815 6089816 CJD_0321 CJD_0326     FALSE 0.037 269.000 0.000 NA   NA
 6089820 6089821 CJD_0333 CJD_0334     FALSE 0.005 651.000 0.000 NA   NA
 6089823 6089824 CJD_0336 CJD_1224     FALSE 0.097 201.000 0.000 NA   NA
 6089824 6089825 CJD_1224 CJD_1225     FALSE 0.007 514.000 0.000 NA   NA
 6089827 6089828 CJD_1227 CJD_1228     FALSE 0.030 287.000 0.000 NA   NA
 6089831 6089832 CJD_1835 CJD_1836     FALSE 0.006 555.000 0.000 NA   NA
 6089832 6089833 CJD_1836 CJD_1837     TRUE 0.905 81.000 0.400 NA   NA
 6089833 6089834 CJD_1837 CJD_1838     TRUE 0.985 2.000 1.000 NA   NA
 6089834 6089835 CJD_1838 CJD_1839     FALSE 0.172 147.000 0.000 NA   NA
 6089835 6089836 CJD_1839 CJD_1840     TRUE 0.601 -31.000 0.000 NA   NA
 6089836 6089837 CJD_1840 CJD_1841     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6089837 6089838 CJD_1841 CJD_1842     TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6089840 6089841 CJD_1844 CJD_1845     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6089841 6089842 CJD_1845 CJD_1846     FALSE 0.446 26.000 0.000 NA   NA
 6089842 6089843 CJD_1846 CJD_1847     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6089845 6089846 CJD_1849 CJD_1850     TRUE 0.935 53.000 1.000 NA   NA
 6089846 6089847 CJD_1850 CJD_1851     TRUE 0.979 0.000 0.333 NA   NA
 6089847 6089848 CJD_1851 CJD_1852     TRUE 0.984 2.000 0.667 NA   NA
 6089848 6089849 CJD_1852 CJD_1853     FALSE 0.299 49.000 0.000 NA   NA
 6089849 6089850 CJD_1853 CJD_1854     FALSE 0.342 37.000 0.000 NA   NA
 6089850 6089851 CJD_1854 CJD_1855     FALSE 0.274 57.000 0.000 NA   NA
 6089851 6089852 CJD_1855 CJD_1856     FALSE 0.253 72.000 0.000 NA   NA
 6089852 6089853 CJD_1856 CJD_1857     FALSE 0.266 61.000 0.000 NA   NA
 6089853 6089854 CJD_1857 CJD_1858     FALSE 0.252 78.000 0.000 NA   NA
 6089854 6089855 CJD_1858 CJD_1859     FALSE 0.241 93.000 0.000 NA   NA
 6089855 6089856 CJD_1859 CJD_1860     FALSE 0.007 520.000 0.000 NA   NA
 6089856 6089857 CJD_1860 CJD_1861     FALSE 0.025 301.000 0.000 NA   NA
 6089857 6089858 CJD_1861 CJD_1862     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6089858 6089859 CJD_1862 CJD_1863     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6089859 6089860 CJD_1863 CJD_1864     TRUE 0.618 -10.000 0.000 NA   NA
 6089860 6089861 CJD_1864 CJD_1865     FALSE 0.419 28.000 0.000 NA   NA
 6089861 6089862 CJD_1865 CJD_1866     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6089862 6089863 CJD_1866 CJD_1867     FALSE 0.193 133.000 0.000 NA   NA
 6089863 6089864 CJD_1867 CJD_1868     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6089864 6089865 CJD_1868 CJD_1869     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6089865 6089866 CJD_1869 CJD_1870     TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6089866 6089867 CJD_1870 CJD_1871     FALSE 0.089 208.000 0.000 NA   NA
 6089867 6089868 CJD_1871 CJD_1872     FALSE 0.099 200.000 0.000 NA   NA
 6089868 6089869 CJD_1872 CJD_1873     FALSE 0.243 88.000 0.000 NA   NA
 6089869 6089870 CJD_1873 CJD_1874     FALSE 0.201 129.000 0.000 NA   NA
 6089870 6089871 CJD_1874 CJD_1875     FALSE 0.217 119.000 0.000 NA   NA
 6089874 6089875 CJD_1878 CJD_1879     FALSE 0.006 568.000 0.000 NA   NA
 6089875 6089876 CJD_1879 CJD_1880     FALSE 0.446 26.000 0.000 NA   NA
 6089876 6089877 CJD_1880 CJD_1881     FALSE 0.245 85.000 0.000 NA   NA
 6089877 6089878 CJD_1881 CJD_1882     FALSE 0.172 147.000 0.000 NA   NA
 6089880 6089881 CJD_1884 CJD_1885     FALSE 0.241 94.000 0.000 NA   NA
 6089881 6089882 CJD_1885 CJD_1886     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6089882 6089883 CJD_1886 CJD_1887     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6089883 6089884 CJD_1887 CJD_1888     FALSE 0.248 83.000 0.000 NA   NA
 6089884 6089885 CJD_1888 CJD_1889     TRUE 0.978 -3.000 0.667 0.070   NA
 6089886 6089887 CJD_1890 CJD_1891     FALSE 0.246 84.000 0.000 NA   NA
 6089887 6089888 CJD_1891 CJD_1892     FALSE 0.004 1155.000 0.000 NA   NA
 6089888 6089889 CJD_1892 CJD_1893     FALSE 0.007 542.000 0.000 NA   NA
 6089889 6089890 CJD_1893 CJD_1894     FALSE 0.000 921.000 0.000 0.039   NA
 6089890 6089891 CJD_1894 CJD_1895     TRUE 0.979 -16.000 0.429 NA   NA
 6089891 6089892 CJD_1895 CJD_1896     FALSE 0.004 755.000 0.000 NA   NA
 6089892 6089893 CJD_1896 CJD_1897     FALSE 0.259 64.000 0.000 NA   NA
 6089894 6089895 CJD_1898 CJD_1899     FALSE 0.460 25.000 0.000 NA   NA
 6089896 6089897 CJD_1900 CJD_1901     FALSE 0.240 98.000 0.000 NA   NA
 6089897 6089898 CJD_1901 CJD_1902     FALSE 0.006 588.000 0.000 NA   NA
 6089900 6089901 CJD_1904 CJD_1905     FALSE 0.156 158.000 0.000 NA   NA
 6089901 6089902 CJD_1905 CJD_1906     FALSE 0.006 555.000 0.000 NA   NA
 6089902 6089903 CJD_1906 CJD_1907     FALSE 0.032 284.000 0.000 NA   NA
 6089903 6089904 CJD_1907 CJD_1908     TRUE 0.995 -28.000 0.240 NA Y NA
 6089904 6089905 CJD_1908 CJD_1909     TRUE 0.958 -21.000 0.000 1.000 Y NA
 6089905 6089906 CJD_1909 CJD_1910     FALSE 0.004 930.000 0.000 NA   NA
 6089906 6089907 CJD_1910 CJD_1911     FALSE 0.066 228.000 0.000 NA   NA
 6089907 6089908 CJD_1911 CJD_1912     TRUE 0.526 20.000 0.000 NA   NA
 6089908 6089909 CJD_1912 CJD_1913     FALSE 0.099 200.000 0.000 NA   NA
 6089911 6089912 CJD_1915 CJD_1916     FALSE 0.254 70.000 0.000 NA   NA
 6089912 6089913 CJD_1916 CJD_1917     FALSE 0.213 121.000 0.000 NA   NA
 6089913 6089914 CJD_1917 CJD_1918     FALSE 0.410 29.000 0.000 NA   NA
 6089915 6089916 CJD_1919 CJD_1920     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6089916 6089917 CJD_1920 CJD_1921     FALSE 0.242 90.000 0.000 NA   NA
 6089918 6089919 CJD_1922 CJD_1923     FALSE 0.088 209.000 0.000 NA   NA
 6089919 6089920 CJD_1923 CJD_1924     TRUE 0.762 159.000 0.235 0.070   NA
 6089920 6089921 CJD_1924 CJD_1925     FALSE 0.008 493.000 0.000 NA   NA
 6089921 6089922 CJD_1925 CJD_1926     FALSE 0.431 27.000 0.000 NA   NA
 6089924 6089925 CJD_1928 CJD_1929     FALSE 0.060 236.000 0.000 NA   NA
 6089925 6089926 CJD_1929 CJD_1930     TRUE 0.639 6.000 0.000 NA   NA
 6089926 6089927 CJD_1930 CJD_1931     FALSE 0.005 652.000 0.000 NA   NA
 6089927 6089928 CJD_1931 CJD_1932     FALSE 0.232 112.000 0.000 NA   NA
 6089928 6089929 CJD_1932 CJD_1933     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6089929 6089930 CJD_1933 CJD_1934     FALSE 0.199 130.000 0.000 NA   NA
 6089930 6089931 CJD_1934 CJD_1935     FALSE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 6089931 6089932 CJD_1935 CJD_1936     FALSE 0.040 261.000 0.000 NA   NA
 6089932 6089933 CJD_1936 CJD_1937     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6089933 6089934 CJD_1937 CJD_1938     FALSE 0.293 50.000 0.000 NA   NA
 6089934 6089935 CJD_1938 CJD_1939     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6089935 6089936 CJD_1939 CJD_1940     FALSE 0.288 51.000 0.000 NA   NA
 6089936 6089937 CJD_1940 CJD_1941     FALSE 0.299 49.000 0.000 NA   NA
 6089937 6089938 CJD_1941 CJD_1942     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6089938 6089939 CJD_1942 CJD_1943     TRUE 0.640 1.000 0.000 NA   NA
 6089939 6089940 CJD_1943 CJD_1944     FALSE 0.015 364.000 0.000 NA   NA
 6089940 6089941 CJD_1944 CJD_1945     FALSE 0.243 88.000 0.000 NA   NA
 6089941 6089942 CJD_1945 CJD_1946     FALSE 0.402 30.000 0.000 NA   NA
 6089942 6089943 CJD_1946 CJD_1947     FALSE 0.053 242.000 0.000 NA   NA
 6089945 6089946 CJD_1099 CJD_1098     FALSE 0.012 387.000 0.000 NA   NA
 6089946 6089947 CJD_1098 CJD_1097     FALSE 0.293 50.000 0.000 NA   NA
 6089948 6089949 CJD_1096 CJD_1095     FALSE 0.311 45.000 0.000 NA   NA
 6089950 6089951 CJD_1094 CJD_1093     FALSE 0.446 26.000 0.000 NA   NA
 6089951 6089952 CJD_1093 CJD_1092     TRUE 0.984 4.000 0.759 NA   NA
 6089952 6089953 CJD_1092 CJD_1091     FALSE 0.020 326.000 0.000 NA   NA
 6089953 6089954 CJD_1091 CJD_1090     FALSE 0.158 157.000 0.000 NA   NA
 6089954 6089955 CJD_1090 CJD_1089     FALSE 0.019 330.000 0.000 NA   NA
 6089955 6089956 CJD_1089 CJD_1088     FALSE 0.004 959.000 0.000 NA   NA
 6089957 6089958 CJD_1087 CJD_1086     FALSE 0.012 392.000 0.000 NA   NA
 6089962 6089963 CJD_1082 CJD_1081     FALSE 0.378 32.000 0.000 NA   NA
 6089964 6089965 CJD_1080 CJD_1079     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6089965 6089966 CJD_1079 CJD_1078     FALSE 0.342 37.000 0.000 NA   NA
 6089966 6089967 CJD_1078 CJD_1077     FALSE 0.100 199.000 0.000 NA   NA
 6089970 6089971 CJD_1074 CJD_1073     FALSE 0.004 791.000 0.000 NA   NA
 6089972 6089973 CJD_1072 CJD_1071     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6089973 6089974 CJD_1071 CJD_1070     FALSE 0.053 241.000 0.000 NA   NA
 6089974 6089975 CJD_1070 CJD_1069     FALSE 0.125 180.000 0.000 NA   NA
 6089975 6089976 CJD_1069 CJD_1068     FALSE 0.009 442.000 0.000 NA   NA
 6089976 6089977 CJD_1068 CJD_1067     FALSE 0.250 82.000 0.000 NA   NA
 6089977 6089978 CJD_1067 CJD_1066     FALSE 0.241 94.000 0.000 NA   NA
 6089978 6089979 CJD_1066 CJD_1065     FALSE 0.242 89.000 0.000 NA   NA
 6089979 6089980 CJD_1065 CJD_1064     FALSE 0.029 292.000 0.000 NA   NA
 6089980 6089981 CJD_1064 CJD_1063     FALSE 0.010 367.000 0.000 1.000   NA
 6089981 6089982 CJD_1063 CJD_1062     FALSE 0.009 368.000 0.000 NA N NA
 6089982 6089983 CJD_1062 CJD_1061     TRUE 0.997 3.000 0.759 NA Y NA
 6089983 6089984 CJD_1061 CJD_1060     TRUE 0.921 51.000 0.552 NA N NA
 6089984 6089985 CJD_1060 CJD_1059     TRUE 0.996 2.000 0.385 NA Y NA
 6089985 6089986 CJD_1059 CJD_1058     TRUE 0.863 147.000 0.487 NA   NA
 6089986 6089987 CJD_1058 CJD_1057     TRUE 0.744 208.000 0.459 NA   NA
 6089987 6089988 CJD_1057 CJD_1056   eutT TRUE 0.979 10.000 0.452 NA N NA
 6089988 6089989 CJD_1056 CJD_1055 eutT eutM TRUE 0.892 78.000 0.357 NA N NA
 6089989 6089990 CJD_1055 CJD_1054 eutM   FALSE 0.015 355.000 0.000 NA   NA
 6089990 6089991 CJD_1054 CJD_1052     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6089991 6089992 CJD_1052 CJD_1051   eutL TRUE 0.978 13.000 0.468 NA N NA
 6089992 6089993 CJD_1051 CJD_1050 eutL   TRUE 0.993 22.000 0.617 1.000 Y NA
 6089993 6089994 CJD_1050 CJD_1049     TRUE 0.989 17.000 0.119 0.001 Y NA
 6089994 6089995 CJD_1049 CJD_1048   eutA TRUE 0.995 19.000 0.600 NA Y NA
 6089995 6089996 CJD_1048 CJD_1047 eutA   FALSE 0.053 216.000 0.000 NA N NA
 6089996 6089997 CJD_1047 CJD_1046     TRUE 0.996 4.000 0.388 NA Y NA
 6089997 6089998 CJD_1046 CJD_1045   eutP TRUE 0.831 18.000 0.009 1.000 N NA
 6089998 6089999 CJD_1045 CJD_1044 eutP eutS TRUE 0.963 4.000 0.000 1.000 Y NA
 6089999 6090000 CJD_1044 CJD_1043 eutS   FALSE 0.006 354.000 0.000 1.000 N NA
 6090000 6090001 CJD_1043 CJD_1042     FALSE 0.037 268.000 0.000 NA   NA
 6090001 6090002 CJD_1042 CJD_1041     FALSE 0.014 368.000 0.000 NA   NA
 6090002 6090003 CJD_1041 CJD_1040     FALSE 0.241 91.000 0.000 NA   NA
 6090004 6090005 CJD_1039 CJD_1038     FALSE 0.014 323.000 0.000 1.000   NA
 6090006 6090007 CJD_1037 CJD_1036     TRUE 0.984 -3.000 0.833 NA   NA
 6090007 6090008 CJD_1036 CJD_1035     FALSE 0.282 53.000 0.000 NA   NA
 6090009 6090010 CJD_1034 CJD_1033     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6090015 6090016 CJD_1028 CJD_1027     FALSE 0.178 104.000 0.000 1.000   NA
 6090016 6090017 CJD_1027 CJD_1026     FALSE 0.239 102.000 0.000 NA   NA
 6090017 6090018 CJD_1026 CJD_1025     FALSE 0.175 146.000 0.000 NA   NA
 6090019 6090020 CJD_1024 CJD_1023     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6090024 6090025 CJD_1019 CJD_1018   alr FALSE 0.245 85.000 0.000 NA   NA
 6090026 6090027 CJD_1017 CJD_1016     FALSE 0.041 260.000 0.000 NA   NA
 6090027 6090028 CJD_1016 CJD_1015     FALSE 0.012 341.000 0.000 1.000   NA
 6090028 6090029 CJD_1015 CJD_1014     FALSE 0.176 107.000 0.000 1.000   NA
 6090029 6090030 CJD_1014 CJD_1013     FALSE 0.111 189.000 0.000 NA   NA
 6090030 6090031 CJD_1013 CJD_1012     FALSE 0.044 255.000 0.000 NA   NA
 6090031 6090032 CJD_1012 CJD_1011   glxK FALSE 0.002 660.000 0.000 1.000 N NA
 6090032 6090033 CJD_1011 CJD_1010 glxK   TRUE 0.839 224.000 0.078 1.000 Y NA
 6090033 6090034 CJD_1010 CJD_1009     TRUE 0.825 148.000 0.290 NA N NA
 6090034 6090035 CJD_1009 CJD_1008     FALSE 0.015 314.000 0.000 NA N NA
 6090037 6090038 CJD_1006 CJD_1005     FALSE 0.007 526.000 0.000 NA   NA
 6090039 6090040 CJD_0587 CJD_0588     FALSE 0.256 67.000 0.000 NA   NA
 6090040 6090041 CJD_0588 CJD_0589     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6090041 6090042 CJD_0589 CJD_0590     FALSE 0.012 389.000 0.000 NA   NA
 6090043 6090044 CJD_0591 CJD_0592     TRUE 0.618 -10.000 0.000 NA   NA
 6090044 6090045 CJD_0592 CJD_0593     FALSE 0.020 322.000 0.000 NA   NA
 6090045 6090046 CJD_0593 CJD_0594     FALSE 0.003 542.000 0.000 1.000 N NA
 6090046 6090047 CJD_0594 CJD_0595     FALSE 0.377 14.000 0.000 1.000 N NA
 6090047 6090048 CJD_0595 CJD_0596     FALSE 0.069 198.000 0.000 NA N NA
 6090048 6090049 CJD_0596 CJD_0597     FALSE 0.293 50.000 0.000 NA   NA
 6090049 6090050 CJD_0597 CJD_0598     FALSE 0.054 217.000 0.000 1.000   NA
 6090050 6090051 CJD_0598 CJD_0599     TRUE 0.959 14.000 0.000 1.000 Y NA
 6090051 6090052 CJD_0599 CJD_0600     FALSE 0.064 230.000 0.000 NA   NA
 6090052 6090053 CJD_0600 CJD_0601     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6090053 6090054 CJD_0601 CJD_0602   mviN TRUE 0.928 9.000 0.034 1.000   NA
 6090054 6090055 CJD_0602 CJD_0603 mviN   TRUE 0.635 10.000 0.000 NA   NA
 6090055 6090056 CJD_0603 CJD_0604     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6090056 6090057 CJD_0604 CJD_0605     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6090057 6090058 CJD_0605 CJD_0606     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6090058 6090059 CJD_0606 CJD_0607     TRUE 0.613 -13.000 0.000 NA   NA
 6090059 6090060 CJD_0607 CJD_0608     FALSE 0.358 221.000 0.032 NA N NA
 6090060 6090061 CJD_0608 CJD_0609   galU FALSE 0.003 856.000 0.000 NA N NA
 6090061 6090062 CJD_0609 CJD_0610 galU   FALSE 0.010 369.000 0.000 1.000   NA
 6090062 6090063 CJD_0610 CJD_0611     FALSE 0.010 420.000 0.000 NA   NA
 6090063 6090064 CJD_0611 CJD_0612   galE FALSE 0.252 78.000 0.000 NA   NA
 6090064 6090065 CJD_0612 CJD_0613 galE galU FALSE 0.330 282.000 0.000 1.000 Y NA
 6090065 6090066 CJD_0613 CJD_0614 galU   FALSE 0.019 328.000 0.000 NA   NA
 6090066 6090067 CJD_0614 CJD_0615     FALSE 0.019 333.000 0.000 NA   NA
 6090067 6090068 CJD_0615 CJD_0616     FALSE 0.029 291.000 0.000 NA   NA
 6090070 6090071 CJD_0618 CJD_0619 sipW   FALSE 0.281 54.000 0.000 NA   NA
 6090071 6090072 CJD_0619 CJD_0620     FALSE 0.302 48.000 0.000 NA   NA
 6090072 6090073 CJD_0620 CJD_0621     TRUE 0.981 3.000 0.400 NA   NA
 6090073 6090074 CJD_0621 CJD_0622     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6090074 6090075 CJD_0622 CJD_0623     FALSE 0.033 280.000 0.000 NA   NA
 6090075 6090076 CJD_0623 CJD_0625     TRUE 0.963 5.000 0.000 1.000 Y NA
 6090076 6090077 CJD_0625 CJD_0626     FALSE 0.091 178.000 0.000 1.000   NA
 6090077 6090078 CJD_0626 CJD_0627     FALSE 0.010 369.000 0.000 1.000   NA
 6090078 6090079 CJD_0627 CJD_0628     TRUE 0.619 175.000 0.000 0.007 Y NA
 6090079 6090080 CJD_0628 CJD_0629     TRUE 0.791 169.000 0.595 0.012   NA
 6090080 6090081 CJD_0629 CJD_0630     FALSE 0.010 356.000 0.000 1.000   NA
 6090083 6090084 CJD_0632 CJD_0633     TRUE 0.995 -7.000 0.933 0.006 Y NA
 6090084 6090085 CJD_0633 CJD_0634     FALSE 0.007 511.000 0.000 NA   NA
 6090085 6090086 CJD_0634 CJD_0635     FALSE 0.044 255.000 0.000 NA   NA
 6090086 6090087 CJD_0635 CJD_0636     FALSE 0.381 309.000 0.385 1.000   NA
 6090087 6090088 CJD_0636 CJD_0637     FALSE 0.010 297.000 0.000 1.000 N NA
 6090088 6090089 CJD_0637 CJD_0638     TRUE 0.997 0.000 1.000 1.000 Y NA
 6090089 6090090 CJD_0638 CJD_0639     FALSE 0.251 81.000 0.000 NA   NA
 6090090 6090091 CJD_0639 CJD_0640     FALSE 0.156 158.000 0.000 NA   NA
 6090091 6090092 CJD_0640 CJD_0641     FALSE 0.008 465.000 0.000 NA   NA
 6090092 6090093 CJD_0641 CJD_0642     FALSE 0.007 527.000 0.000 NA   NA
 6090093 6090094 CJD_0642 CJD_0643     FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6090094 6090095 CJD_0643 CJD_0644     FALSE 0.251 80.000 0.000 NA   NA
 6090095 6090096 CJD_0644 CJD_0645     FALSE 0.052 243.000 0.000 NA   NA
 6090096 6090097 CJD_0645 CJD_0646     FALSE 0.085 211.000 0.000 NA   NA
 6090097 6090098 CJD_0646 CJD_0647     FALSE 0.023 311.000 0.000 NA   NA
 6090098 6090099 CJD_0647 CJD_0648     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6090099 6090100 CJD_0648 CJD_0649     FALSE 0.348 36.000 0.000 NA   NA
 6090102 6090103 CJD_0651 CJD_0652     FALSE 0.011 405.000 0.000 NA   NA
 6090103 6090104 CJD_0652 CJD_0653     FALSE 0.015 313.000 0.000 NA N NA
 6090105 6090106 CJD_0654 CJD_0655     TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6090107 6090108 CJD_0656 CJD_0657   speD FALSE 0.008 322.000 0.000 1.000 N NA
 6090108 6090109 CJD_0657 CJD_0658 speD   TRUE 0.989 18.000 0.091 1.000 Y NA
 6090109 6090110 CJD_0658 CJD_0659   speE TRUE 0.994 15.000 0.237 1.000 Y NA
 6090110 6090111 CJD_0659 CJD_0660 speE speB TRUE 0.991 -13.000 0.077 1.000 Y NA
 6090113 6090114 CJD_0662 CJD_0663     FALSE 0.175 146.000 0.000 NA   NA
 6090116 6090117 CJD_0666 CJD_0667     FALSE 0.148 164.000 0.000 NA   NA
 6090117 6090118 CJD_0667 CJD_0668     FALSE 0.004 1003.000 0.000 NA   NA
 6090118 6090119 CJD_0668 CJD_0669     TRUE 0.976 -7.000 0.793 0.069 N NA
 6090119 6090120 CJD_0669 CJD_0670     FALSE 0.020 243.000 0.000 1.000 N NA
 6090120 6090121 CJD_0670 CJD_0671     TRUE 0.979 -7.000 0.400 NA   NA
 6090123 6090124 CJD_1207 CJD_1208     FALSE 0.156 158.000 0.000 NA   NA
 6090124 6090125 CJD_1208 CJD_1209     FALSE 0.390 31.000 0.000 NA   NA
 6090125 6090126 CJD_1209 CJD_1210     FALSE 0.009 450.000 0.000 NA   NA
 6090126 6090127 CJD_1210 CJD_1211     TRUE 0.744 152.000 0.095 NA   NA
 6090127 6090128 CJD_1211 CJD_1212     FALSE 0.142 168.000 0.000 NA   NA
 6090128 6090129 CJD_1212 CJD_1213     FALSE 0.131 175.000 0.000 NA   NA
 6090129 6090130 CJD_1213 CJD_1214     FALSE 0.020 326.000 0.000 NA   NA
 6090132 6090133 CJD_1216 CJD_0063     FALSE 0.152 161.000 0.000 NA   NA
 6090133 6090134 CJD_0063 CJD_0064     TRUE 0.600 -39.000 0.000 NA   NA
 6090134 6090135 CJD_0064 CJD_0065     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6090135 6090136 CJD_0065 CJD_0066     FALSE 0.012 282.000 0.000 1.000 N NA
 6090136 6090137 CJD_0066 CJD_0067     TRUE 0.787 88.000 0.000 0.023 Y NA
 6090137 6090138 CJD_0067 CJD_0068     TRUE 0.952 -3.000 0.000 0.023 Y NA
 6090138 6090139 CJD_0068 CJD_0069   plc FALSE 0.433 20.000 0.000 1.000   NA
 6090139 6090140 CJD_0069 CJD_0070 plc   TRUE 0.532 13.000 0.000 1.000   NA
 6090140 6090141 CJD_0070 CJD_0071     TRUE 0.919 81.000 0.667 NA   NA
 6090141 6090142 CJD_0071 CJD_0072     FALSE 0.254 70.000 0.000 NA   NA
 6090144 6090145 CJD_0074 CJD_1229 lgt   FALSE 0.030 290.000 0.000 NA   NA
 6090145 6090146 CJD_1229 CJD_1230     FALSE 0.008 478.000 0.000 NA   NA
 6090146 6090147 CJD_1230 CJD_0078   brnQ FALSE 0.005 591.000 0.000 NA   NA
 6090148 6090149 CJD_0079 CJD_0080 folA dnaX TRUE 0.891 216.000 0.164 1.000 Y NA
 6090149 6090150 CJD_0080 CJD_0081 dnaX   TRUE 0.981 31.000 0.195 0.007 Y NA
 6090150 6090151 CJD_0081 CJD_0082   recR FALSE 0.293 50.000 0.000 NA   NA
 6090151 6090152 CJD_0082 CJD_0083 recR   FALSE 0.004 1170.000 0.000 NA   NA
 6090153 6090154 CJD_0084 CJD_0085 bofA   FALSE 0.124 181.000 0.000 NA   NA
 6090154 6090155 CJD_0085 CJD_0086     FALSE 0.005 726.000 0.000 NA   NA
 6090155 6090156 CJD_0086 CJD_0087     FALSE 0.062 235.000 0.000 NA   NA
 6090158 6090159 CJD_0089 CJD_0090     FALSE 0.044 255.000 0.000 NA   NA
 6090159 6090160 CJD_0090 CJD_1244     FALSE 0.161 154.000 0.000 NA   NA
 6090160 6090161 CJD_1244 CJD_1245     FALSE 0.033 281.000 0.000 NA   NA
 6090161 6090162 CJD_1245 CJD_0093   mtnN TRUE 0.996 4.000 0.606 1.000 Y NA
 6090162 6090163 CJD_0093 CJD_0094 mtnN   FALSE 0.048 248.000 0.000 NA   NA
 6090163 6090164 CJD_0094 CJD_0095     TRUE 0.917 97.000 0.750 NA   NA
 6090164 6090165 CJD_0095 CJD_1249     TRUE 0.894 96.000 0.333 NA   NA
 6090165 6090166 CJD_1249 CJD_0097     FALSE 0.103 196.000 0.000 NA   NA
 6090166 6090167 CJD_0097 CJD_0098     FALSE 0.029 220.000 0.000 1.000 N NA
 6090169 6090170 CJD_1255 CJD_1256     FALSE 0.008 497.000 0.000 NA   NA
 6090170 6090171 CJD_1256 CJD_1257     FALSE 0.017 346.000 0.000 NA   NA
 6090171 6090172 CJD_1257 CJD_1258     FALSE 0.060 236.000 0.000 NA   NA
 6090172 6090173 CJD_1258 CJD_1259     FALSE 0.006 582.000 0.000 NA   NA
 6090173 6090174 CJD_1259 CJD_1260     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6090174 6090175 CJD_1260 CJD_1261   mgtA FALSE 0.005 591.000 0.000 NA   NA
 6090175 6090176 CJD_1261 CJD_1262 mgtA   FALSE 0.016 110.000 0.000 0.045 N NA
 6090176 6090177 CJD_1262 CJD_1263     FALSE 0.025 273.000 0.000 1.000   NA
 6090179 6090180 CJD_1265 CJD_1266     FALSE 0.091 178.000 0.000 1.000   NA
 6090182 6090183 CJD_1268 CJD_1269     FALSE 0.342 37.000 0.000 NA   NA
 6090183 6090184 CJD_1269 CJD_1270     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6090184 6090185 CJD_1270 CJD_1271     FALSE 0.245 85.000 0.000 NA   NA
 6090185 6090186 CJD_1271 CJD_1272     FALSE 0.054 217.000 0.000 1.000   NA
 6090186 6090187 CJD_1272 CJD_1273     FALSE 0.113 70.000 0.000 1.000 N NA
 6090187 6090188 CJD_1273 CJD_1274     FALSE 0.033 280.000 0.000 NA   NA
 6090188 6090189 CJD_1274 CJD_1275     FALSE 0.431 27.000 0.000 NA   NA
 6090189 6090190 CJD_1275 CJD_1276     FALSE 0.252 78.000 0.000 NA   NA
 6090190 6090191 CJD_1276 CJD_1277     FALSE 0.129 177.000 0.000 NA   NA
 6090191 6090192 CJD_1277 CJD_1278     FALSE 0.065 229.000 0.000 NA   NA
 6090192 6090193 CJD_1278 CJD_1279     FALSE 0.007 187.000 0.000 0.045 N NA
 6090193 6090194 CJD_1279 CJD_1280     TRUE 0.992 20.000 0.500 0.013 Y NA
 6090194 6090195 CJD_1280 CJD_1281     FALSE 0.007 338.000 0.000 1.000 N NA
 6090195 6090196 CJD_1281 CJD_1282     TRUE 0.975 14.000 1.000 0.001   NA
 6090196 6090197 CJD_1282 CJD_1283     TRUE 0.960 20.000 0.600 0.001   NA
 6090197 6090198 CJD_1283 CJD_1284     TRUE 0.980 17.000 0.714 NA   NA
 6090198 6090199 CJD_1284 CJD_1285     TRUE 0.981 -7.000 0.500 NA   NA
 6090199 6090200 CJD_1285 CJD_1287     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6090200 6090201 CJD_1287 CJD_1289     FALSE 0.471 24.000 0.000 NA   NA
 6090201 6090202 CJD_1289 CJD_1949     TRUE 0.742 79.000 0.037 NA   NA
 6090202 6090203 CJD_1949 CJD_1950     FALSE 0.002 584.000 0.000 1.000 N NA
 6090204 6090205 CJD_0245 CJD_0246 rrl rrf FALSE 0.220 118.000 0.000 NA   NA
 6090205 6090206 CJD_0246 CJD_0247 rrf   TRUE 0.633 11.000 0.000 NA   NA
 6090206 6090207 CJD_0247 CJD_0248     FALSE 0.007 514.000 0.000 NA   NA
 6090207 6090208 CJD_0248 CJD_0249     FALSE 0.008 490.000 0.000 NA   NA
 6090208 6090209 CJD_0249 CJD_0250     FALSE 0.004 1582.000 0.000 NA   NA
 6090211 6090212 CJD_0252 CJD_0253     FALSE 0.240 101.000 0.000 NA   NA
 6090212 6090213 CJD_0253 CJD_0254     FALSE 0.183 140.000 0.000 NA   NA
 6090213 6090214 CJD_0254 CJD_0255     FALSE 0.419 28.000 0.000 NA   NA
 6090214 6090215 CJD_0255 CJD_0256     FALSE 0.008 483.000 0.000 NA   NA
 6090216 6090217 CJD_0257 CJD_0258     FALSE 0.006 574.000 0.000 NA   NA
 6090217 6090218 CJD_0258 CJD_0259     TRUE 0.613 -13.000 0.000 NA   NA
 6090219 6090220 CJD_0260 CJD_0261   sbcC TRUE 0.980 -13.000 0.669 NA N NA
 6090220 6090221 CJD_0261 CJD_0262 sbcC ackA FALSE 0.007 405.000 0.000 NA N NA
 6090223 6090224 CJD_0264 CJD_0265     FALSE 0.261 63.000 0.000 NA   NA
 6090224 6090225 CJD_0265 CJD_0266     TRUE 0.981 2.000 0.400 NA   NA
 6090225 6090226 CJD_0266 CJD_0267     TRUE 0.924 14.000 0.036 NA N NA
 6090226 6090227 CJD_0267 CJD_0268     TRUE 0.996 -13.000 0.877 1.000 Y NA
 6090227 6090228 CJD_0268 CJD_0269     TRUE 0.996 1.000 0.657 1.000 Y NA
 6090228 6090229 CJD_0269 CJD_0270     TRUE 0.913 -6.000 0.047 0.097 N NA
 6090229 6090230 CJD_0270 CJD_0271     TRUE 0.995 1.000 0.576 0.006 Y NA
 6090230 6090231 CJD_0271 CJD_0272     TRUE 0.904 -13.000 0.015 NA   NA
 6090231 6090232 CJD_0272 CJD_0273     TRUE 0.954 -16.000 0.077 NA   NA
 6090232 6090233 CJD_0273 CJD_0274     FALSE 0.205 127.000 0.000 NA   NA
 6090233 6090234 CJD_0274 CJD_0275     FALSE 0.311 45.000 0.000 NA   NA
 6090234 6090235 CJD_0275 CJD_0276     FALSE 0.003 519.000 0.000 1.000 N NA
 6090236 6090237 CJD_0277 CJD_0278     TRUE 0.688 201.000 0.500 0.023 N NA
 6090237 6090238 CJD_0278 CJD_0279     TRUE 0.979 -19.000 0.500 NA   NA
 6090238 6090239 CJD_0279 CJD_0280     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090239 6090240 CJD_0280 CJD_0281     TRUE 0.959 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 6090241 6090242 CJD_0282 CJD_0283     FALSE 0.045 253.000 0.000 NA   NA
 6090244 6090245 CJD_0285 CJD_0286     FALSE 0.011 418.000 0.000 NA   NA
 6090245 6090246 CJD_0286 CJD_0287     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6090247 6090248 CJD_0288 CJD_0289     FALSE 0.104 163.000 0.000 NA N NA
 6090248 6090249 CJD_0289 CJD_0290     TRUE 0.995 -28.000 0.240 NA Y NA
 6090249 6090250 CJD_0290 CJD_0291     FALSE 0.264 62.000 0.000 NA   NA
 6090250 6090251 CJD_0291 CJD_0292     FALSE 0.010 432.000 0.000 NA   NA
 6090251 6090252 CJD_0292 CJD_0293     TRUE 0.972 -7.000 0.375 0.068   NA
 6090252 6090253 CJD_0293 CJD_0294     FALSE 0.108 163.000 0.000 1.000   NA
 6090253 6090254 CJD_0294 CJD_0295     FALSE 0.030 288.000 0.000 NA   NA
 6090254 6090255 CJD_0295 CJD_0296     FALSE 0.039 265.000 0.000 NA   NA
 6090256 6090257 CJD_0297 CJD_0298     FALSE 0.471 18.000 0.000 1.000   NA
 6090257 6090258 CJD_0298 CJD_0299     TRUE 0.996 -12.000 0.625 1.000 Y NA
 6090258 6090259 CJD_0299 CJD_0300     FALSE 0.471 18.000 0.000 1.000   NA
 6090259 6090260 CJD_0300 CJD_0301     FALSE 0.036 272.000 0.000 NA   NA
 6090260 6090261 CJD_0301 CJD_0302     FALSE 0.022 316.000 0.000 NA   NA
 6090263 6090264 CJD_0304 CJD_0305     TRUE 0.983 13.000 0.828 NA   NA
 6090266 6090267 CJD_0307 CJD_0308     FALSE 0.049 184.000 0.000 1.000 N NA
 6090267 6090268 CJD_0308 CJD_0309     FALSE 0.391 -3.000 0.000 1.000 N NA
 6090268 6090269 CJD_0309 CJD_0310     FALSE 0.015 364.000 0.000 NA   NA
 6090270 6090271 CJD_0311 CJD_0312     FALSE 0.075 219.000 0.000 NA   NA
 6090271 6090272 CJD_0312 CJD_0313   ung FALSE 0.180 142.000 0.000 NA   NA
 6090275 6090276 CJD_0316 CJD_0317   rrs FALSE 0.011 411.000 0.000 NA   NA
 6090276 6090277 CJD_0317 CJD_0319 rrs rrl FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6090279 6090280 CJD_1335 CJD_1336 lacZ   FALSE 0.009 375.000 0.000 1.000   NA
 6090280 6090281 CJD_1336 CJD_1337     FALSE 0.005 537.000 0.000 1.000   NA
 6090282 6090283 CJD_1338 CJD_1339     FALSE 0.007 420.000 0.000 1.000   NA
 6090284 6090285 CJD_1340 CJD_1341     FALSE 0.213 121.000 0.000 NA   NA
 6090285 6090286 CJD_1341 CJD_1342     FALSE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 6090286 6090287 CJD_1342 CJD_1343     FALSE 0.348 36.000 0.000 NA   NA
 6090287 6090288 CJD_1343 CJD_1344     FALSE 0.324 41.000 0.000 NA   NA
 6090290 6090291 CJD_1346 CJD_1347     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6090291 6090292 CJD_1347 CJD_1348     FALSE 0.253 76.000 0.000 NA   NA
 6090292 6090293 CJD_1348 CJD_1349     FALSE 0.045 254.000 0.000 NA   NA
 6090293 6090294 CJD_1349 CJD_1350     FALSE 0.130 176.000 0.000 NA   NA
 6090294 6090295 CJD_1350 CJD_1351     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6090295 6090296 CJD_1351 CJD_1352     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6090296 6090297 CJD_1352 CJD_1353     TRUE 0.613 -13.000 0.000 NA   NA
 6090297 6090298 CJD_1353 CJD_1354     FALSE 0.431 27.000 0.000 NA   NA
 6090298 6090299 CJD_1354 CJD_1355     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090299 6090300 CJD_1355 CJD_1356     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6090300 6090301 CJD_1356 CJD_1357     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6090301 6090302 CJD_1357 CJD_1358     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090302 6090303 CJD_1358 CJD_1359     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6090303 6090304 CJD_1359 CJD_1360     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6090304 6090305 CJD_1360 CJD_1361     FALSE 0.311 45.000 0.000 NA   NA
 6090305 6090306 CJD_1361 CJD_1362     FALSE 0.006 590.000 0.000 NA   NA
 6090306 6090307 CJD_1362 CJD_1363     FALSE 0.017 347.000 0.000 NA   NA
 6090307 6090308 CJD_1363 CJD_1364     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6090308 6090309 CJD_1364 CJD_1365     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6090309 6090310 CJD_1365 CJD_1366     FALSE 0.226 115.000 0.000 NA   NA
 6090310 6090311 CJD_1366 CJD_1367     TRUE 0.905 62.000 0.333 NA   NA
 6090311 6090312 CJD_1367 CJD_1368     TRUE 0.971 17.000 0.250 NA   NA
 6090312 6090313 CJD_1368 CJD_1369     TRUE 0.982 -7.000 0.615 NA   NA
 6090313 6090314 CJD_1369 CJD_1370     TRUE 0.983 3.000 0.533 NA   NA
 6090314 6090315 CJD_1370 CJD_1371     TRUE 0.618 -10.000 0.000 NA   NA
 6090315 6090316 CJD_1371 CJD_1372     TRUE 0.610 -16.000 0.000 NA   NA
 6090316 6090317 CJD_1372 CJD_1373     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6090317 6090318 CJD_1373 CJD_1374     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6090318 6090319 CJD_1374 CJD_1375     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090319 6090320 CJD_1375 CJD_1376     FALSE 0.305 47.000 0.000 NA   NA
 6090320 6090321 CJD_1376 CJD_1377     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6090321 6090322 CJD_1377 CJD_1378     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090322 6090323 CJD_1378 CJD_1379     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6090323 6090324 CJD_1379 CJD_1380     TRUE 0.599 -40.000 0.000 NA   NA
 6090324 6090325 CJD_1380 CJD_1381     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6090325 6090326 CJD_1381 CJD_1382     FALSE 0.410 29.000 0.000 NA   NA
 6090326 6090327 CJD_1382 CJD_1383     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6090327 6090328 CJD_1383 CJD_1384     FALSE 0.026 300.000 0.000 NA   NA
 6090328 6090329 CJD_1384 CJD_1385     FALSE 0.240 100.000 0.000 NA   NA
 6090329 6090330 CJD_1385 CJD_1386     FALSE 0.022 313.000 0.000 NA   NA
 6090332 6090333 CJD_1388 CJD_1389     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6090333 6090334 CJD_1389 CJD_1390     FALSE 0.308 46.000 0.000 NA   NA
 6090334 6090335 CJD_1390 CJD_1391     FALSE 0.018 334.000 0.000 NA   NA
 6090335 6090336 CJD_1391 CJD_1392     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6090336 6090337 CJD_1392 CJD_1393     FALSE 0.156 158.000 0.000 NA   NA
 6090338 6090339 CJD_1394 CJD_1395     FALSE 0.410 29.000 0.000 NA   NA
 6090341 6090342 CJD_1397 CJD_1398     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6090342 6090343 CJD_1398 CJD_1399     FALSE 0.022 317.000 0.000 NA   NA
 6090344 6090345 CJD_1400 CJD_1401     FALSE 0.148 164.000 0.000 NA   NA
 6090346 6090347 CJD_1402 CJD_1404     FALSE 0.021 321.000 0.000 NA   NA
 6090347 6090348 CJD_1404 CJD_1405     FALSE 0.070 150.000 0.000 1.000 N NA
 6090349 6090350 CJD_1406 CJD_1407     FALSE 0.220 118.000 0.000 NA   NA
 6090351 6090352 CJD_1408 CJD_1409   spoVAF FALSE 0.144 131.000 0.000 1.000   NA
 6090352 6090353 CJD_1409 CJD_1410 spoVAF   FALSE 0.064 230.000 0.000 NA   NA
 6090354 6090355 CJD_1411 CJD_1412     FALSE 0.048 224.000 0.000 NA N NA
 6090355 6090356 CJD_1412 CJD_1413   sdhB FALSE 0.287 32.000 0.000 NA N NA
 6090356 6090357 CJD_1413 CJD_1414 sdhB sdhA TRUE 0.990 4.000 0.098 0.001 Y NA
 6090363 6090364 CJD_1421 CJD_1422     FALSE 0.021 320.000 0.000 NA   NA
 6090364 6090365 CJD_1422 CJD_1423     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6090365 6090366 CJD_1423 CJD_1424   gltX FALSE 0.005 668.000 0.000 NA   NA
 6090366 6090367 CJD_1424 CJD_1425 gltX   TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6090368 6090369 CJD_0011 CJD_0013 rrs rrl FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6090369 6090370 CJD_0013 CJD_0014 rrl rrf FALSE 0.240 95.000 0.000 NA   NA
 6090370 6090371 CJD_0014 CJD_0015 rrf   TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6090371 6090372 CJD_0015 CJD_0016     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6090372 6090373 CJD_0016 CJD_A0682     FALSE 0.036 272.000 0.000 NA   NA
 6090373 6090374 CJD_A0682 CJD_A0683     FALSE 0.038 267.000 0.000 NA   NA
 6090374 6090375 CJD_A0683 CJD_A0684     FALSE 0.036 243.000 0.000 1.000   NA
 6090375 6090376 CJD_A0684 CJD_A0685     TRUE 0.978 13.000 0.370 NA   NA
 6090376 6090377 CJD_A0685 CJD_A0686   serS FALSE 0.016 352.000 0.000 NA   NA
 6090377 6090378 CJD_A0686 CJD_A0687 serS   FALSE 0.129 177.000 0.000 NA   NA
 6090378 6090379 CJD_A0687 CJD_0023     FALSE 0.182 141.000 0.000 NA   NA
 6090379 6090380 CJD_0023 CJD_0024     FALSE 0.378 32.000 0.000 NA   NA
 6090380 6090381 CJD_0024 CJD_A0688     FALSE 0.041 260.000 0.000 NA   NA
 6090381 6090382 CJD_A0688 CJD_0026     FALSE 0.236 108.000 0.000 NA   NA
 6090382 6090383 CJD_0026 CJD_0027     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6090383 6090384 CJD_0027 CJD_A0689     FALSE 0.015 363.000 0.000 NA   NA
 6090386 6090387 CJD_A0691 CJD_A0692 addB addA TRUE 0.994 -10.000 0.408 0.004 Y NA
 6090393 6090394 CJD_0037 CJD_A0698     FALSE 0.139 170.000 0.000 NA   NA
 6090396 6090397 CJD_A0700 CJD_0041     FALSE 0.278 55.000 0.000 NA   NA
 6090398 6090399 CJD_A0701 CJD_A0702     FALSE 0.137 171.000 0.000 NA   NA
 6090399 6090400 CJD_A0702 CJD_A0703     FALSE 0.004 1020.000 0.000 NA   NA
 6090401 6090402 CJD_A0704 CJD_A0705     FALSE 0.087 210.000 0.000 NA   NA
 6090402 6090403 CJD_A0705 CJD_A0706     FALSE 0.201 129.000 0.000 NA   NA
 6090403 6090404 CJD_A0706 CJD_A0707     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6090404 6090405 CJD_A0707 CJD_A0708     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090405 6090406 CJD_A0708 CJD_A0709     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6090406 6090407 CJD_A0709 CJD_A0710     FALSE 0.031 285.000 0.000 NA   NA
 6090407 6090408 CJD_A0710 CJD_A0711     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6090408 6090409 CJD_A0711 CJD_A0712     FALSE 0.012 395.000 0.000 NA   NA
 6090409 6090410 CJD_A0712 CJD_A0713     FALSE 0.073 221.000 0.000 NA   NA
 6090410 6090411 CJD_A0713 CJD_A0714     TRUE 0.639 6.000 0.000 NA   NA
 6090411 6090412 CJD_A0714 CJD_A0715     FALSE 0.239 104.000 0.000 NA   NA
 6090412 6090413 CJD_A0715 CJD_A0716     TRUE 0.613 -13.000 0.000 NA   NA
 6090413 6090414 CJD_A0716 CJD_A0717     TRUE 0.606 -22.000 0.000 NA   NA
 6090414 6090415 CJD_A0717 CJD_A0718     FALSE 0.342 37.000 0.000 NA   NA
 6090415 6090416 CJD_A0718 CJD_A0719     FALSE 0.305 47.000 0.000 NA   NA
 6090416 6090417 CJD_A0719 CJD_A0720     FALSE 0.230 113.000 0.000 NA   NA
 6090417 6090418 CJD_A0720 CJD_A0721     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6090418 6090419 CJD_A0721 CJD_A0722     FALSE 0.007 540.000 0.000 NA   NA
 6090419 6090420 CJD_A0722 CJD_A0723     TRUE 0.879 3.000 0.005 1.000   NA
 6090420 6090421 CJD_A0723 CJD_A0724     FALSE 0.261 63.000 0.000 NA   NA
 6090421 6090422 CJD_A0724 CJD_A0725     FALSE 0.230 113.000 0.000 NA   NA
 6090422 6090423 CJD_A0725 CJD_A0726     FALSE 0.235 110.000 0.000 NA   NA
 6090425 6090426 CJD_A0728 CJD_A0729     FALSE 0.095 203.000 0.000 NA   NA
 6090426 6090427 CJD_A0729 CJD_A0730     TRUE 0.952 20.000 0.132 NA   NA
 6090427 6090428 CJD_A0730 CJD_A0731     TRUE 0.977 3.000 0.227 NA   NA
 6090428 6090429 CJD_A0731 CJD_A0732     TRUE 0.960 13.000 0.091 NA   NA
 6090429 6090430 CJD_A0732 CJD_A0733   lgt FALSE 0.038 267.000 0.000 NA   NA
 6090430 6090431 CJD_A0733 CJD_0075 lgt   FALSE 0.047 250.000 0.000 NA   NA
 6090431 6090432 CJD_0075 CJD_3320   srpB FALSE 0.226 115.000 0.000 NA   NA
 6090432 6090433 CJD_3320 CJD_A0734 srpB   FALSE 0.079 215.000 0.000 NA   NA
 6090437 6090438 CJD_A0738 CJD_A0739     TRUE 0.822 112.000 0.100 NA   NA
 6090438 6090439 CJD_A0739 CJD_A0740   recR TRUE 0.912 98.000 0.604 NA   NA
 6090439 6090440 CJD_A0740 CJD_A0741 recR   FALSE 0.486 226.000 0.071 NA   NA
 6090440 6090441 CJD_A0741 CJD_A0742     TRUE 0.977 16.000 0.417 NA   NA
 6090441 6090442 CJD_A0742 CJD_A0743     FALSE 0.035 275.000 0.000 NA   NA
 6090442 6090443 CJD_A0743 CJD_A0744     FALSE 0.165 151.000 0.000 NA   NA
 6090443 6090444 CJD_A0744 CJD_A0745     FALSE 0.255 69.000 0.000 NA   NA
 6090444 6090445 CJD_A0745 CJD_A0746     FALSE 0.148 164.000 0.000 NA   NA
 6090445 6090446 CJD_A0746 CJD_A0747     TRUE 0.958 69.000 0.110 0.043 Y NA
 6090446 6090447 CJD_A0747 CJD_A0748     TRUE 0.703 148.000 0.072 1.000   NA
 6090447 6090448 CJD_A0748 CJD_A0749     FALSE 0.014 368.000 0.000 NA   NA
 6090448 6090449 CJD_A0749 CJD_A0750     FALSE 0.254 71.000 0.000 NA   NA
 6090451 6090452 CJD_A0752 CJD_A0753     FALSE 0.112 291.000 0.007 NA N NA
 6090452 6090453 CJD_A0753 CJD_A0754     FALSE 0.460 25.000 0.000 NA   NA
 6090453 6090454 CJD_A0754 CJD_A0755     FALSE 0.140 169.000 0.000 NA   NA
 6090454 6090455 CJD_A0755 CJD_A0756     TRUE 0.526 20.000 0.000 NA   NA
 6090455 6090456 CJD_A0756 CJD_A0757     FALSE 0.014 372.000 0.000 NA   NA
 6090456 6090457 CJD_A0757 CJD_0100   rrs FALSE 0.266 61.000 0.000 NA   NA
 6090457 6090458 CJD_0100 CJD_0102 rrs rrl FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6090460 6090461 CJD_A0439 CJD_A0440     FALSE 0.255 69.000 0.000 NA   NA
 6090461 6090462 CJD_A0440 CJD_A0441     FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6090463 6090464 CJD_A0443 CJD_A0444     FALSE 0.062 235.000 0.000 NA   NA
 6090465 6090466 CJD_A0445 CJD_A0446     FALSE 0.011 417.000 0.000 NA   NA
 6090466 6090467 CJD_A0446 CJD_A0448     FALSE 0.017 345.000 0.000 NA   NA
 6090467 6090468 CJD_A0448 CJD_A0449     FALSE 0.033 282.000 0.000 NA   NA
 6090469 6090470 CJD_A0450 CJD_A0451     FALSE 0.250 82.000 0.000 NA   NA
 6090471 6090472 CJD_A0452 CJD_A0453     FALSE 0.008 488.000 0.000 NA   NA
 6090472 6090473 CJD_A0453 CJD_A0454     FALSE 0.240 101.000 0.000 NA   NA
 6090473 6090474 CJD_A0454 CJD_A0455     FALSE 0.348 36.000 0.000 NA   NA
 6090474 6090475 CJD_A0455 CJD_A0456     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6090475 6090476 CJD_A0456 CJD_A0457     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6090476 6090477 CJD_A0457 CJD_A0458     FALSE 0.004 1008.000 0.000 NA   NA
 6090477 6090478 CJD_A0458 CJD_A0459     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6090478 6090479 CJD_A0459 CJD_A0460     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6090479 6090480 CJD_A0460 CJD_A0461     FALSE 0.019 329.000 0.000 NA   NA
 6090480 6090481 CJD_A0461 CJD_A0462     FALSE 0.002 555.000 0.000 1.000 N NA
 6090481 6090482 CJD_A0462 CJD_A0463     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6090482 6090483 CJD_A0463 CJD_A0464     FALSE 0.203 128.000 0.000 NA   NA
 6090483 6090484 CJD_A0464 CJD_A0465     FALSE 0.005 675.000 0.000 NA   NA
 6090484 6090485 CJD_A0465 CJD_A0466     TRUE 0.926 58.000 0.667 NA   NA
 6090485 6090486 CJD_A0466 CJD_A0467     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6090486 6090487 CJD_A0467 CJD_A0468     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6090487 6090488 CJD_A0468 CJD_A0469     FALSE 0.266 61.000 0.000 NA   NA
 6090488 6090489 CJD_A0469 CJD_A0470     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090489 6090490 CJD_A0470 CJD_A0471     TRUE 0.618 -10.000 0.000 NA   NA
 6090490 6090491 CJD_A0471 CJD_A0472     FALSE 0.077 15.000 0.000 0.002   NA
 6090491 6090492 CJD_A0472 CJD_A0473     TRUE 0.565 63.000 0.014 0.062   NA
 6090494 6090495 CJD_A0475 CJD_A0476     TRUE 0.640 1.000 0.000 NA   NA
 6090495 6090496 CJD_A0476 CJD_A0477     FALSE 0.431 27.000 0.000 NA   NA
 6090496 6090497 CJD_A0477 CJD_A0478     FALSE 0.259 64.000 0.000 NA   NA
 6090497 6090498 CJD_A0478 CJD_A0479     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6090498 6090499 CJD_A0479 CJD_A0480     TRUE 0.633 11.000 0.000 NA   NA
 6090499 6090500 CJD_A0480 CJD_A0481     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6090500 6090501 CJD_A0481 CJD_A0482     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6090501 6090502 CJD_A0482 CJD_A0483     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6090502 6090503 CJD_A0483 CJD_A0484     FALSE 0.253 72.000 0.000 NA   NA
 6090503 6090504 CJD_A0484 CJD_A0485     FALSE 0.009 441.000 0.000 NA   NA
 6090504 6090505 CJD_A0485 CJD_A0486     FALSE 0.004 640.000 0.000 1.000   NA
 6090505 6090506 CJD_A0486 CJD_A0487     FALSE 0.070 200.000 0.000 1.000   NA
 6090506 6090507 CJD_A0487 CJD_A0488     FALSE 0.256 68.000 0.000 NA   NA
 6090507 6090508 CJD_A0488 CJD_A0489     FALSE 0.316 44.000 0.000 NA   NA
 6090510 6090511 CJD_A0491 CJD_A0492     FALSE 0.179 97.000 0.000 1.000   NA
 6090514 6090515 CJD_A0495 CJD_A0496     TRUE 0.608 -21.000 0.000 NA   NA
 6090516 6090517 CJD_A0497 CJD_A0498     FALSE 0.030 287.000 0.000 NA   NA
 6090517 6090518 CJD_A0498 CJD_A0499     FALSE 0.256 67.000 0.000 NA   NA
 6090519 6090520 CJD_A0500 CJD_A0501     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6090521 6090522 CJD_A0502 CJD_A0503     FALSE 0.002 993.000 0.000 1.000 N NA
 6090522 6090523 CJD_A0503 CJD_A0504     FALSE 0.321 43.000 0.000 NA   NA
 6090524 6090525 CJD_A0505 CJD_A0506     FALSE 0.103 196.000 0.000 NA   NA
 6090526 6090527 CJD_A0507 CJD_A0508     FALSE 0.082 213.000 0.000 NA   NA
 6090527 6090528 CJD_A0508 CJD_A0509     FALSE 0.254 71.000 0.000 NA   NA
 6090528 6090529 CJD_A0509 CJD_A0510     FALSE 0.008 477.000 0.000 NA   NA
 6090529 6090530 CJD_A0510 CJD_A0511     TRUE 0.546 0.000 0.000 1.000   NA
 6090530 6090531 CJD_A0511 CJD_A0512     FALSE 0.067 203.000 0.000 1.000   NA
 6090531 6090532 CJD_A0512 CJD_A0513     FALSE 0.029 291.000 0.000 NA   NA
 6090532 6090533 CJD_A0513 CJD_A0514     TRUE 0.601 -31.000 0.000 NA   NA
 6090534 6090535 CJD_A0515 CJD_A0516     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6090535 6090536 CJD_A0516 CJD_A0517     FALSE 0.239 103.000 0.000 NA   NA
 6090536 6090537 CJD_A0517 CJD_A0518     FALSE 0.006 585.000 0.000 NA   NA
 6090538 6090539 CJD_A0519 CJD_A0520     FALSE 0.004 1765.000 0.000 NA   NA
 6090539 6090540 CJD_A0520 CJD_A0521     FALSE 0.082 213.000 0.000 NA   NA
 6090540 6090541 CJD_A0521 CJD_A0522     FALSE 0.254 71.000 0.000 NA   NA
 6090542 6090543 CJD_A0523 CJD_A0524     TRUE 0.985 0.000 1.000 NA   NA
 6090543 6090544 CJD_A0524 CJD_A0525     FALSE 0.168 149.000 0.000 NA   NA
 6090545 6090546 CJD_2933 CJD_2932     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6090546 6090547 CJD_2932 CJD_2931     FALSE 0.259 64.000 0.000 NA   NA
 6090547 6090548 CJD_2931 CJD_2930     FALSE 0.321 43.000 0.000 NA   NA
 6090548 6090549 CJD_2930 CJD_2929     FALSE 0.192 134.000 0.000 NA   NA
 6090549 6090550 CJD_2929 CJD_2927     FALSE 0.018 337.000 0.000 NA   NA
 6090552 6090553 CJD_2925 CJD_2924     FALSE 0.266 61.000 0.000 NA   NA
 6090553 6090554 CJD_2924 CJD_2923     FALSE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 6090556 6090557 CJD_2921 CJD_2920     FALSE 0.165 151.000 0.000 NA   NA
 6090557 6090558 CJD_2920 CJD_2919     FALSE 0.002 697.000 0.000 1.000 N NA
 6090558 6090559 CJD_2919 CJD_2918     FALSE 0.022 238.000 0.000 1.000 N NA
 6090559 6090560 CJD_2918 CJD_2917     FALSE 0.065 229.000 0.000 NA   NA
 6090560 6090561 CJD_2917 CJD_2916     FALSE 0.012 390.000 0.000 NA   NA
 6090561 6090562 CJD_2916 CJD_2915     FALSE 0.181 88.000 0.000 1.000   NA
 6090562 6090563 CJD_2915 CJD_2914     TRUE 0.733 136.000 0.000 0.034 Y NA
 6090563 6090564 CJD_2914 CJD_2913   cadA TRUE 0.971 16.000 0.364 1.000 N NA
 6090564 6090565 CJD_2913 CJD_2912 cadA   FALSE 0.006 466.000 0.000 1.000   NA
 6090565 6090566 CJD_2912 CJD_2911   crt FALSE 0.027 263.000 0.000 1.000   NA
 6090566 6090567 CJD_2911 CJD_2910 crt bcd TRUE 0.977 47.000 0.162 1.000 Y NA
 6090567 6090568 CJD_2910 CJD_2909 bcd   TRUE 0.962 19.000 0.545 0.024 N NA
 6090568 6090569 CJD_2909 CJD_2908     TRUE 0.992 22.000 0.714 0.008 Y NA
 6090569 6090570 CJD_2908 CJD_2907   hbd TRUE 0.846 114.000 0.216 1.000 N NA
 6090570 6090571 CJD_2907 CJD_2906 hbd   FALSE 0.018 251.000 0.000 1.000 N NA
 6090571 6090572 CJD_2906 CJD_2905     FALSE 0.131 142.000 0.000 1.000   NA
 6090572 6090573 CJD_2905 CJD_2904     FALSE 0.053 242.000 0.000 NA   NA
 6090573 6090574 CJD_2904 CJD_2903     TRUE 0.903 10.000 0.012 NA   NA
 6090575 6090576 CJD_2902 CJD_2901     FALSE 0.151 162.000 0.000 NA   NA
 6090577 6090578 CJD_2900 CJD_2899 groS groEL TRUE 0.981 55.000 0.674 0.089 Y NA
 6090578 6090579 CJD_2899 CJD_2898 groEL   FALSE 0.005 665.000 0.000 NA   NA
 6090579 6090580 CJD_2898 CJD_2897     FALSE 0.035 277.000 0.000 NA   NA
 6090580 6090581 CJD_2897 CJD_2896     TRUE 0.934 70.000 0.025 1.000 Y NA
 6090581 6090582 CJD_2896 CJD_2895     TRUE 0.986 27.000 0.141 1.000 Y NA
 6090582 6090583 CJD_2895 CJD_2894     TRUE 0.892 25.000 0.047 NA   NA
 6090583 6090584 CJD_2894 CJD_2893     FALSE 0.270 59.000 0.000 NA   NA
 6090584 6090585 CJD_2893 CJD_2892     TRUE 0.960 16.000 0.000 NA Y NA
 6090585 6090586 CJD_2892 CJD_2891     TRUE 0.841 83.000 0.000 NA Y NA
 6090586 6090587 CJD_2891 CJD_2890     TRUE 0.962 15.000 0.111 NA   NA
 6090587 6090588 CJD_2890 CJD_2889     TRUE 0.982 -10.000 0.667 NA   NA
 6090588 6090589 CJD_2889 CJD_2888     TRUE 0.511 21.000 0.000 NA   NA
 6090589 6090590 CJD_2888 CJD_2887     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6090590 6090591 CJD_2887 CJD_2886     FALSE 0.446 26.000 0.000 NA   NA
 6090591 6090592 CJD_2886 CJD_2885     FALSE 0.471 24.000 0.000 NA   NA
 6090592 6090593 CJD_2885 CJD_2884   guaB FALSE 0.005 711.000 0.000 NA   NA
 6090593 6090594 CJD_2884 CJD_2883 guaB guaA TRUE 0.960 106.000 0.190 0.001 Y NA
 6090596 6090597 CJD_2881 CJD_2880     TRUE 0.796 75.000 0.000 0.021 Y NA
 6090597 6090598 CJD_2880 CJD_2879     TRUE 0.995 15.000 0.667 0.021 Y NA
 6090598 6090599 CJD_2879 CJD_2878     TRUE 0.959 14.000 0.000 1.000 Y NA
 6090599 6090600 CJD_2878 CJD_2877     TRUE 0.948 1.000 0.000 0.001 Y NA
 6090600 6090601 CJD_2877 CJD_2876     FALSE 0.096 202.000 0.000 NA   NA
 6090601 6090602 CJD_2876 CJD_2875   pgi FALSE 0.402 30.000 0.000 NA   NA
 6090602 6090603 CJD_2875 CJD_2874 pgi   FALSE 0.417 198.000 0.018 NA   NA
 6090603 6090604 CJD_2874 CJD_2873     FALSE 0.014 373.000 0.000 NA   NA
 6090604 6090605 CJD_2873 CJD_2872     FALSE 0.013 374.000 0.000 NA   NA
 6090605 6090606 CJD_2872 CJD_2871     FALSE 0.004 553.000 0.000 1.000   NA
 6090606 6090607 CJD_2871 CJD_2870     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6090607 6090608 CJD_2870 CJD_2869     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6090608 6090609 CJD_2869 CJD_2868   pcrA FALSE 0.084 212.000 0.000 NA   NA
 6090609 6090610 CJD_2868 CJD_2867 pcrA ligA TRUE 0.951 38.000 0.039 0.012 Y NA
 6090612 6090613 CJD_2865 CJD_2864     FALSE 0.004 1406.000 0.000 NA   NA
 6090615 6090616 CJD_2862 CJD_2861 rph   TRUE 0.973 2.000 0.262 1.000 N NA
 6090616 6090617 CJD_2861 CJD_2860     TRUE 0.539 12.000 0.000 1.000   NA
 6090618 6090619 CJD_1004 CJD_1003     FALSE 0.146 165.000 0.000 NA   NA
 6090619 6090620 CJD_1003 CJD_1002     FALSE 0.063 208.000 0.000 1.000   NA
 6090622 6090623 CJD_1000 CJD_0999     FALSE 0.045 24.000 0.000 0.003   NA
 6090623 6090624 CJD_0999 CJD_0998     FALSE 0.331 28.000 0.000 1.000   NA
 6090624 6090625 CJD_0998 CJD_0997     TRUE 0.995 16.000 1.000 0.021 Y NA
 6090625 6090626 CJD_0997 CJD_0996     TRUE 0.977 90.000 0.750 0.021 Y NA
 6090626 6090627 CJD_0996 CJD_0995     FALSE 0.112 79.000 0.000 1.000 N NA
 6090627 6090628 CJD_0995 CJD_0994     TRUE 0.894 27.000 0.000 0.012 Y NA
 6090628 6090629 CJD_0994 CJD_0993     FALSE 0.111 159.000 0.000 1.000   NA
 6090629 6090630 CJD_0993 CJD_0992     TRUE 0.527 -10.000 0.000 1.000   NA
 6090630 6090631 CJD_0992 CJD_0991   cloSI FALSE 0.025 272.000 0.000 1.000   NA
 6090631 6090632 CJD_0991 CJD_0990 cloSI   FALSE 0.039 262.000 0.000 NA   NA
 6090632 6090633 CJD_0990 CJD_0989     FALSE 0.137 171.000 0.000 NA   NA
 6090633 6090634 CJD_0989 CJD_0988     TRUE 0.962 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 6090634 6090635 CJD_0988 CJD_0987     FALSE 0.045 188.000 0.000 1.000 N NA
 6090635 6090636 CJD_0987 CJD_0986   arsC FALSE 0.345 17.000 0.000 1.000 N NA
 6090636 6090637 CJD_0986 CJD_0985 arsC arsR FALSE 0.094 119.000 0.000 1.000 N NA
 6090637 6090638 CJD_0985 CJD_0984 arsR   FALSE 0.014 368.000 0.000 NA   NA
 6090638 6090639 CJD_0984 CJD_0982     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6090639 6090640 CJD_0982 CJD_0981     FALSE 0.029 292.000 0.000 NA   NA
 6090640 6090641 CJD_0981 CJD_0980     TRUE 0.994 0.000 0.375 0.005 Y NA
 6090641 6090642 CJD_0980 CJD_0979     FALSE 0.285 52.000 0.000 NA   NA
 6090642 6090643 CJD_0979 CJD_0978     FALSE 0.201 129.000 0.000 NA   NA
 6090643 6090644 CJD_0978 CJD_0977     FALSE 0.004 794.000 0.000 NA   NA
 6090644 6090645 CJD_0977 CJD_0976     FALSE 0.035 275.000 0.000 NA   NA
 6090645 6090646 CJD_0976 CJD_0975     FALSE 0.043 256.000 0.000 NA   NA
 6090646 6090647 CJD_0975 CJD_0974     FALSE 0.009 458.000 0.000 NA   NA
 6090647 6090648 CJD_0974 CJD_0973     FALSE 0.069 226.000 0.000 NA   NA
 6090648 6090649 CJD_0973 CJD_0972     FALSE 0.013 385.000 0.000 NA   NA
 6090649 6090650 CJD_0972 CJD_0971     TRUE 0.836 172.000 0.583 NA   NA
 6090650 6090651 CJD_0971 CJD_0970     TRUE 0.993 20.000 0.812 0.011 Y NA
 6090651 6090652 CJD_0970 CJD_0969     TRUE 0.982 51.000 0.943 0.011 Y NA
 6090652 6090653 CJD_0969 CJD_0968     FALSE 0.014 326.000 0.000 1.000   NA
 6090653 6090654 CJD_0968 CJD_0967   ddl FALSE 0.125 147.000 0.000 1.000   NA
 6090654 6090655 CJD_0967 CJD_0966 ddl   FALSE 0.039 201.000 0.000 1.000 N NA
 6090657 6090658 CJD_0964 CJD_0963     FALSE 0.009 312.000 0.000 1.000 N NA
 6090658 6090659 CJD_0963 CJD_0962     TRUE 0.936 164.000 0.121 1.000 Y NA
 6090659 6090660 CJD_0962 CJD_0961     TRUE 0.994 4.000 0.217 0.021 Y NA
 6090660 6090661 CJD_0961 CJD_0960     TRUE 0.981 99.000 0.889 1.000 Y NA
 6090665 6090666 CJD_0956 CJD_0955     FALSE 0.051 245.000 0.000 NA   NA
 6090666 6090667 CJD_0955 CJD_0954     FALSE 0.010 295.000 0.000 1.000 N NA
 6090667 6090668 CJD_0954 CJD_0953     FALSE 0.120 184.000 0.000 NA   NA
 6090668 6090669 CJD_0953 CJD_0952     FALSE 0.203 128.000 0.000 NA   NA
 6090671 6090672 CJD_0950 CJD_0949     FALSE 0.122 182.000 0.000 NA   NA
 6090674 6090675 CJD_0947 CJD_0946     FALSE 0.019 247.000 0.000 1.000 N NA
 6090675 6090676 CJD_0946 CJD_0945     FALSE 0.363 34.000 0.000 NA   NA
 6090676 6090677 CJD_0945 CJD_0944     FALSE 0.244 86.000 0.000 NA   NA
 6090677 6090678 CJD_0944 CJD_0943     FALSE 0.239 103.000 0.000 NA   NA
 6090678 6090679 CJD_0943 CJD_0942     FALSE 0.185 139.000 0.000 NA   NA
 6090679 6090680 CJD_0942 CJD_0941     FALSE 0.076 218.000 0.000 NA   NA
 6090680 6090681 CJD_0941 CJD_0940     FALSE 0.321 43.000 0.000 NA   NA
 6090681 6090682 CJD_0940 CJD_0939   panE FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6090682 6090683 CJD_0939 CJD_0938 panE   FALSE 0.348 36.000 0.000 NA   NA
 6090683 6090684 CJD_0938 CJD_0936     FALSE 0.008 490.000 0.000 NA   NA
 6090685 6090686 CJD_2344 CJD_2345   pilT FALSE 0.252 78.000 0.000 NA   NA
 6090686 6090687 CJD_2345 CJD_2346 pilT   FALSE 0.447 181.000 0.025 1.000 N NA
 6090687 6090688 CJD_2346 CJD_2347     TRUE 0.802 63.000 0.087 1.000 N NA
 6090688 6090689 CJD_2347 CJD_2348   udk TRUE 0.551 113.000 0.012 1.000 N NA
 6090689 6090690 CJD_2348 CJD_2349 udk   TRUE 0.956 0.000 0.100 1.000 N NA
 6090690 6090691 CJD_2349 CJD_2350     TRUE 0.968 6.000 0.146 1.000   NA
 6090691 6090692 CJD_2350 CJD_2351     TRUE 0.942 16.000 0.067 1.000   NA
 6090692 6090693 CJD_2351 CJD_2352   typA TRUE 0.509 143.000 0.012 1.000   NA
 6090693 6090694 CJD_2352 CJD_2353 typA   FALSE 0.415 157.000 0.004 1.000   NA
 6090694 6090695 CJD_2353 CJD_2354     TRUE 0.887 71.000 0.289 1.000   NA
 6090695 6090696 CJD_2354 CJD_2355     TRUE 0.959 21.000 0.211 NA   NA
 6090696 6090697 CJD_2355 CJD_2356     TRUE 0.935 16.000 0.047 NA   NA
 6090697 6090698 CJD_2356 CJD_2357   alaS FALSE 0.003 449.000 0.000 1.000 N NA
 6090698 6090699 CJD_2357 CJD_2358 alaS   FALSE 0.032 592.000 0.015 NA   NA
 6090699 6090700 CJD_2358 CJD_2359     TRUE 0.947 26.000 0.209 NA   NA
 6090700 6090701 CJD_2359 CJD_2360   trmU FALSE 0.137 280.000 0.006 NA   NA
 6090701 6090702 CJD_2360 CJD_2361 trmU   TRUE 0.898 25.000 0.073 1.000 N NA
 6090702 6090703 CJD_2361 CJD_2362   iscS TRUE 0.923 3.000 0.035 1.000 N NA
 6090703 6090704 CJD_2362 CJD_2363 iscS   TRUE 0.963 -7.000 0.125 NA N NA
 6090704 6090705 CJD_2363 CJD_2364     FALSE 0.141 130.000 0.000 NA N NA
 6090705 6090706 CJD_2364 CJD_2365     FALSE 0.043 193.000 0.000 1.000 N NA
 6090706 6090707 CJD_2365 CJD_2366     FALSE 0.083 186.000 0.000 1.000   NA
 6090707 6090708 CJD_2366 CJD_2367   moaA TRUE 0.919 3.000 0.042 0.022   NA
 6090708 6090709 CJD_2367 CJD_2368 moaA   FALSE 0.203 226.000 0.016 0.003   NA
 6090709 6090710 CJD_2368 CJD_2369     FALSE 0.015 118.000 0.000 0.003   NA
 6090710 6090711 CJD_2369 CJD_2370   moeA TRUE 0.826 45.000 0.000 0.003 Y NA
 6090711 6090712 CJD_2370 CJD_2371 moeA mobB FALSE 0.159 339.000 0.000 0.003 Y NA
 6090712 6090713 CJD_2371 CJD_2372 mobB noxA FALSE 0.241 91.000 0.000 NA   NA
 6090713 6090714 CJD_2372 CJD_2373 noxA narB TRUE 0.976 2.000 0.222 NA   NA
 6090714 6090715 CJD_2373 CJD_2374 narB narA TRUE 0.989 13.000 0.039 NA Y NA
 6090715 6090716 CJD_2374 CJD_2375 narA   FALSE 0.030 287.000 0.000 NA   NA
 6090716 6090717 CJD_2375 CJD_2376     FALSE 0.072 222.000 0.000 NA   NA
 6090717 6090718 CJD_2376 CJD_2377     TRUE 0.939 32.000 0.381 1.000   NA
 6090718 6090719 CJD_2377 CJD_2378     FALSE 0.246 247.000 0.032 1.000 N NA
 6090720 6090721 CJD_2379 CJD_2380     FALSE 0.305 47.000 0.000 NA   NA
 6090722 6090723 CJD_2381 CJD_2382 scpB scpA TRUE 0.982 -7.000 0.570 NA   NA
 6090723 6090724 CJD_2382 CJD_2383 scpA dacF FALSE 0.130 279.000 0.004 NA   NA
 6090724 6090725 CJD_2383 CJD_2384 dacF pdp FALSE 0.018 252.000 0.000 1.000 N NA
 6090725 6090726 CJD_2384 CJD_2385 pdp xerD FALSE 0.019 247.000 0.000 1.000 N NA
 6090726 6090727 CJD_2385 CJD_2386 xerD   TRUE 0.737 50.000 0.021 NA   NA
 6090727 6090728 CJD_2386 CJD_2387     TRUE 0.658 134.000 0.033 NA   NA
 6090728 6090729 CJD_2387 CJD_2388     FALSE 0.264 62.000 0.000 NA   NA
 6090729 6090730 CJD_2388 CJD_2389   spo0A FALSE 0.252 77.000 0.000 NA   NA
 6090730 6090731 CJD_2389 CJD_2390 spo0A   TRUE 0.798 174.000 0.393 1.000   NA
 6090731 6090732 CJD_2390 CJD_2391   recN TRUE 0.645 177.000 0.079 1.000   NA
 6090732 6090733 CJD_2391 CJD_2392 recN argR TRUE 0.944 16.000 0.086 1.000 N NA
 6090733 6090734 CJD_2392 CJD_2393 argR   TRUE 0.927 23.000 0.117 1.000 N NA
 6090734 6090735 CJD_2393 CJD_2394     TRUE 0.817 85.000 0.120 1.000 N NA
 6090735 6090736 CJD_2394 CJD_2395   dxs TRUE 0.967 12.000 0.189 1.000 N NA
 6090736 6090737 CJD_2395 CJD_2396 dxs ispA TRUE 0.982 21.000 0.048 1.000 Y NA
 6090737 6090738 CJD_2396 CJD_2397 ispA xseB TRUE 0.931 -10.000 0.053 1.000 N NA
 6090738 6090739 CJD_2397 CJD_2398 xseB xseA TRUE 0.992 19.000 0.412 0.001 Y NA
 6090739 6090740 CJD_2398 CJD_2399 xseA folD TRUE 0.931 2.000 0.045 1.000 N NA
 6090740 6090741 CJD_2399 CJD_2400 folD nusB TRUE 0.745 49.000 0.039 1.000 N NA
 6090741 6090742 CJD_2400 CJD_2401 nusB asp FALSE 0.217 119.000 0.000 NA   NA
 6090742 6090743 CJD_2401 CJD_2403 asp spoIIIAH FALSE 0.245 85.000 0.000 NA   NA
 6090743 6090744 CJD_2403 CJD_2404 spoIIIAH   TRUE 0.958 26.000 0.407 NA   NA
 6090744 6090745 CJD_2404 CJD_2405   spoIIIAF TRUE 0.983 15.000 0.907 NA   NA
 6090745 6090746 CJD_2405 CJD_2406 spoIIIAF   TRUE 0.985 8.000 0.918 NA   NA
 6090746 6090747 CJD_2406 CJD_2407     TRUE 0.984 11.000 0.864 NA   NA
 6090747 6090748 CJD_2407 CJD_2408     FALSE 0.243 88.000 0.000 NA   NA
 6090748 6090749 CJD_2408 CJD_2409     FALSE 0.253 76.000 0.000 NA   NA
 6090749 6090750 CJD_2409 CJD_2410     TRUE 0.873 147.000 0.604 NA   NA
 6090750 6090751 CJD_2410 CJD_2411     FALSE 0.071 199.000 0.000 1.000   NA
 6090751 6090752 CJD_2411 CJD_2412   efp FALSE 0.169 114.000 0.000 1.000   NA
 6090752 6090753 CJD_2412 CJD_2413 efp   FALSE 0.137 171.000 0.000 NA   NA
 6090753 6090754 CJD_2413 CJD_2414     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6090754 6090755 CJD_2414 CJD_2415     TRUE 0.599 -40.000 0.000 NA   NA
 6090755 6090756 CJD_2415 CJD_2416     TRUE 0.605 -25.000 0.000 NA   NA
 6090756 6090757 CJD_2416 CJD_2417     FALSE 0.305 47.000 0.000 NA   NA
 6090757 6090758 CJD_2417 CJD_2418     FALSE 0.268 60.000 0.000 NA   NA
 6090758 6090759 CJD_2418 CJD_2419     TRUE 0.526 20.000 0.000 NA   NA
 6090759 6090760 CJD_2419 CJD_2420     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090760 6090761 CJD_2420 CJD_2421     TRUE 0.993 -13.000 0.135 1.000 Y NA
 6090761 6090762 CJD_2421 CJD_2422     FALSE 0.240 100.000 0.000 NA   NA
 6090762 6090763 CJD_2422 CJD_2423   dapF TRUE 0.855 17.000 0.003 NA   NA
 6090765 6090766 CJD_2425 CJD_2426   pyrR TRUE 0.804 20.000 0.008 1.000 N NA
 6090766 6090767 CJD_2426 CJD_2427 pyrR   TRUE 0.934 4.000 0.048 1.000 N NA
 6090767 6090768 CJD_2427 CJD_2428     FALSE 0.442 138.000 0.002 NA N NA
 6090768 6090769 CJD_2428 CJD_2429     TRUE 0.982 13.000 0.579 NA   NA
 6090769 6090770 CJD_2429 CJD_2430     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6090771 6090772 CJD_0732 CJD_0734 rrs rrl FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6090772 6090773 CJD_0734 CJD_0735 rrl rrf FALSE 0.220 118.000 0.000 NA   NA
 6090773 6090774 CJD_0735 CJD_0736 rrf   TRUE 0.639 6.000 0.000 NA   NA
 6090774 6090775 CJD_0736 CJD_0737   sfsA FALSE 0.004 1023.000 0.000 NA   NA
 6090775 6090776 CJD_0737 CJD_0738 sfsA   FALSE 0.012 394.000 0.000 NA   NA
 6090776 6090777 CJD_0738 CJD_0739   lysA FALSE 0.008 410.000 0.000 1.000   NA
 6090777 6090778 CJD_0739 CJD_0740 lysA   FALSE 0.009 457.000 0.000 NA   NA
 6090778 6090779 CJD_0740 CJD_0741     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6090779 6090780 CJD_0741 CJD_0742   ftsH FALSE 0.043 25.000 0.000 0.027 N NA
 6090780 6090781 CJD_0742 CJD_0743 ftsH   TRUE 0.650 226.000 0.583 0.087   NA
 6090781 6090782 CJD_0743 CJD_0744     FALSE 0.006 456.000 0.000 1.000   NA
 6090782 6090783 CJD_0744 CJD_0745     FALSE 0.390 31.000 0.000 NA   NA
 6090783 6090784 CJD_0745 CJD_0746     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6090784 6090785 CJD_0746 CJD_0747     FALSE 0.076 218.000 0.000 NA   NA
 6090785 6090786 CJD_0747 CJD_0748     TRUE 0.511 21.000 0.000 NA   NA
 6090786 6090787 CJD_0748 CJD_0749     FALSE 0.046 252.000 0.000 NA   NA
 6090789 6090790 CJD_0751 CJD_0752     FALSE 0.076 142.000 0.000 1.000 N NA
 6090793 6090794 CJD_0755 CJD_0756   prfC FALSE 0.015 261.000 0.000 1.000 N NA
 6090794 6090795 CJD_0756 CJD_0757 prfC   FALSE 0.080 214.000 0.000 NA   NA
 6090796 6090797 CJD_0758 CJD_0759     FALSE 0.342 37.000 0.000 NA   NA
 6090797 6090798 CJD_0759