MicrobesOnline Operon Predictions for Streptococcus pneumoniae Hungary19A-6

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5694857 5694858 SPH_0001 SPH_0002 dnaA dnaN TRUE 0.753 159.000 0.328 1.000 Y NA
 5694858 5694859 SPH_0002 SPH_0003 dnaN   TRUE 0.565 65.000 0.009 NA   NA
 5694859 5694860 SPH_0003 SPH_0004   ychF TRUE 0.508 84.000 0.064 NA   NA
 5694860 5694861 SPH_0004 SPH_0005 ychF pth TRUE 0.901 71.000 0.184 1.000 Y NA
 5694861 5694862 SPH_0005 SPH_0006 pth mfd TRUE 0.982 1.000 0.137 1.000 N NA
 5694862 5694863 SPH_0006 SPH_0007 mfd   TRUE 0.706 58.000 0.024 1.000 N NA
 5694863 5694864 SPH_0007 SPH_0008     TRUE 0.966 -7.000 0.053 1.000 N NA
 5694864 5694865 SPH_0008 SPH_0009     TRUE 0.937 5.000 0.009 NA   NA
 5694865 5694866 SPH_0009 SPH_0010     TRUE 0.974 -7.000 0.105 NA   NA
 5694866 5694867 SPH_0010 SPH_0011     TRUE 0.961 -3.000 0.014 NA N NA
 5694867 5694868 SPH_0011 SPH_0012   hpt TRUE 0.962 4.000 0.067 0.062 N NA
 5694868 5694869 SPH_0012 SPH_0013 hpt hflB TRUE 0.976 16.000 0.192 1.000 N NA
 5694869 5694870 SPH_0013 SPH_0014 hflB   FALSE 0.206 122.000 0.006 1.000   NA
 5694870 5694871 SPH_0014 SPH_0015     FALSE 0.163 94.000 0.000 NA   NA
 5694871 5694872 SPH_0015 SPH_0016   rrs1 FALSE 0.042 275.000 0.000 NA   NA
 5694872 5694873 SPH_0016 SPH_0017 rrs1   FALSE 0.099 138.000 0.000 NA   NA
 5694873 5694874 SPH_0017 SPH_0019   rrl1 FALSE 0.117 121.000 0.000 NA   NA
 5694874 5694875 SPH_0019 SPH_0020 rrl1 rrf FALSE 0.252 77.000 0.000 NA   NA
 5694875 5694876 SPH_0020 SPH_0021 rrf   TRUE 0.865 6.000 0.000 NA   NA
 5694877 5694878 SPH_0022 SPH_0023     TRUE 0.575 48.000 0.000 NA   NA
 5694879 5694880 SPH_0024 SPH_0025   purA FALSE 0.069 189.000 0.000 NA   NA
 5694881 5694882 SPH_0026 SPH_0028     FALSE 0.077 171.000 0.000 NA   NA
 5694882 5694883 SPH_0028 SPH_0029     FALSE 0.111 127.000 0.000 NA   NA
 5694884 5694885 SPH_0030 SPH_0031     FALSE 0.297 71.000 0.000 NA   NA
 5694885 5694886 SPH_0031 SPH_0033     TRUE 0.858 12.000 0.000 NA   NA
 5694888 5694889 SPH_0034 SPH_0035     TRUE 0.987 13.000 0.400 NA   NA
 5694889 5694890 SPH_0035 SPH_0036     FALSE 0.189 86.000 0.000 NA   NA
 5694890 5694891 SPH_0036 SPH_0037     TRUE 0.847 16.000 0.000 NA   NA
 5694891 5694892 SPH_0037 SPH_0038     TRUE 0.813 -16.000 0.000 NA   NA
 5694892 5694893 SPH_0038 SPH_0039     TRUE 0.845 -12.000 0.000 NA   NA
 5694893 5694894 SPH_0039 SPH_0040     TRUE 0.888 -6.000 0.000 NA   NA
 5694894 5694895 SPH_0040 SPH_0041     TRUE 0.849 15.000 0.000 NA   NA
 5694895 5694896 SPH_0041 SPH_0042     TRUE 0.906 0.000 0.000 NA   NA
 5694896 5694897 SPH_0042 SPH_0043     FALSE 0.071 185.000 0.000 NA   NA
 5694897 5694898 SPH_0043 SPH_0044     TRUE 0.856 -10.000 0.000 NA   NA
 5694898 5694899 SPH_0044 SPH_0045     TRUE 0.666 40.000 0.000 NA   NA
 5694899 5694900 SPH_0045 SPH_0046     FALSE 0.132 109.000 0.000 NA   NA
 5694900 5694901 SPH_0046 SPH_0047     FALSE 0.024 430.000 0.000 1.000   NA
 5694901 5694902 SPH_0047 SPH_0048     TRUE 0.697 143.000 0.667 NA   NA
 5694902 5694903 SPH_0048 SPH_0049     TRUE 0.986 -7.000 0.286 NA   NA
 5694903 5694904 SPH_0049 SPH_0050     TRUE 0.456 225.000 0.429 NA   NA
 5694904 5694905 SPH_0050 SPH_0051     TRUE 0.949 47.000 0.400 NA   NA
 5694905 5694906 SPH_0051 SPH_0052     TRUE 0.995 15.000 1.000 NA   NA
 5694906 5694907 SPH_0052 SPH_0053     TRUE 0.991 26.000 1.000 NA   NA
 5694907 5694908 SPH_0053 SPH_0054     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 5694908 5694909 SPH_0054 SPH_0055     TRUE 0.997 0.000 1.000 NA   NA
 5694909 5694910 SPH_0055 SPH_0056     TRUE 0.995 -13.000 1.000 NA   NA
 5694910 5694911 SPH_0056 SPH_0057     TRUE 0.995 14.000 1.000 NA   NA
 5694911 5694912 SPH_0057 SPH_0058     TRUE 0.997 2.000 1.000 NA   NA
 5694912 5694913 SPH_0058 SPH_0059     TRUE 0.987 39.000 1.000 NA   NA
 5694913 5694914 SPH_0059 SPH_0060     TRUE 0.822 20.000 0.000 NA   NA
 5694914 5694915 SPH_0060 SPH_0061     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5694915 5694916 SPH_0061 SPH_0062     TRUE 0.901 1.000 0.000 NA   NA
 5694916 5694917 SPH_0062 SPH_0063     FALSE 0.163 94.000 0.000 NA   NA
 5694917 5694918 SPH_0063 SPH_0064     TRUE 0.996 3.000 1.000 NA   NA
 5694918 5694919 SPH_0064 SPH_0065     TRUE 0.854 10.000 0.000 NA   NA
 5694919 5694920 SPH_0065 SPH_0066     TRUE 0.873 4.000 0.000 NA   NA
 5694920 5694921 SPH_0066 SPH_0067     TRUE 0.989 4.000 0.400 NA   NA
 5694923 5694924 SPH_0069 SPH_2440   srpB TRUE 0.658 41.000 0.000 NA   NA
 5694925 5694926 SPH_0070 SPH_0071     FALSE 0.111 119.000 0.000 1.000   NA
 5694926 5694927 SPH_0071 SPH_0072     TRUE 0.851 14.000 0.000 NA   NA
 5694927 5694928 SPH_0072 SPH_0073     TRUE 0.799 22.000 0.000 NA   NA
 5694929 5694930 SPH_0074 SPH_0075     TRUE 0.880 2.000 0.000 1.000   NA
 5694930 5694931 SPH_0075 SPH_0076     FALSE 0.071 186.000 0.000 NA   NA
 5694931 5694932 SPH_0076 SPH_0077     FALSE 0.088 157.000 0.000 NA   NA
 5694932 5694933 SPH_0077 SPH_0078     FALSE 0.203 84.000 0.000 NA   NA
 5694933 5694934 SPH_0078 SPH_0079     TRUE 0.865 6.000 0.000 NA   NA
 5694934 5694935 SPH_0079 SPH_0080     TRUE 0.970 3.000 0.085 NA   NA
 5694935 5694936 SPH_0080 SPH_0081     TRUE 0.799 22.000 0.000 NA   NA
 5694936 5694937 SPH_0081 SPH_0082     TRUE 0.856 -10.000 0.000 NA   NA
 5694937 5694938 SPH_0082 SPH_0083     TRUE 0.742 26.000 0.000 1.000   NA
 5694938 5694939 SPH_0083 SPH_0084     TRUE 0.787 5.000 0.000 0.002   NA
 5694939 5694940 SPH_0084 SPH_0085     TRUE 0.702 35.000 0.000 NA   NA
 5694940 5694941 SPH_0085 SPH_0086     TRUE 0.501 54.000 0.000 NA   NA
 5694941 5694942 SPH_0086 SPH_0087     TRUE 0.995 2.000 0.708 NA   NA
 5694942 5694943 SPH_0087 SPH_0088     TRUE 0.844 17.000 0.000 NA   NA
 5694943 5694944 SPH_0088 SPH_0089     FALSE 0.048 254.000 0.000 NA   NA
 5694944 5694945 SPH_0089 SPH_0090     TRUE 0.889 2.000 0.000 NA   NA
 5694945 5694946 SPH_0090 SPH_0091     TRUE 0.558 50.000 0.000 NA   NA
 5694946 5694947 SPH_0091 SPH_0092     TRUE 0.889 2.000 0.000 NA   NA
 5694947 5694948 SPH_0092 SPH_0093     TRUE 0.906 0.000 0.000 NA   NA
 5694948 5694949 SPH_0093 SPH_0094     TRUE 0.906 0.000 0.000 NA   NA
 5694949 5694950 SPH_0094 SPH_0095     FALSE 0.288 72.000 0.000 NA   NA
 5694950 5694951 SPH_0095 SPH_0097     TRUE 0.800 -19.000 0.000 NA   NA
 5694953 5694954 SPH_0098 SPH_0099     TRUE 0.856 -10.000 0.000 NA   NA
 5694954 5694955 SPH_0099 SPH_0100     TRUE 0.982 13.000 0.267 NA   NA
 5694955 5694956 SPH_0100 SPH_0101     TRUE 0.834 -13.000 0.000 NA   NA
 5694956 5694957 SPH_0101 SPH_0102     TRUE 0.629 43.000 0.000 NA   NA
 5694957 5694958 SPH_0102 SPH_0103     FALSE 0.056 139.000 0.000 0.001   NA
 5694958 5694959 SPH_0103 SPH_0104     TRUE 0.839 18.000 0.000 NA   NA
 5694959 5694960 SPH_0104 SPH_0105     TRUE 0.854 11.000 0.000 NA   NA
 5694960 5694961 SPH_0105 SPH_0106     TRUE 0.629 43.000 0.000 NA   NA
 5694961 5694962 SPH_0106 SPH_0107     TRUE 0.985 -10.000 0.333 NA   NA
 5694962 5694963 SPH_0107 SPH_0108     TRUE 0.993 0.000 0.438 NA   NA
 5694963 5694964 SPH_0108 SPH_0109     TRUE 0.985 0.000 0.188 NA   NA
 5694964 5694965 SPH_0109 SPH_0110     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 5694965 5694966 SPH_0110 SPH_0111     TRUE 0.954 65.000 1.000 NA   NA
 5694966 5694967 SPH_0111 SPH_0112     TRUE 0.973 13.000 0.150 NA   NA
 5694967 5694968 SPH_0112 SPH_0113     TRUE 0.879 -7.000 0.000 NA   NA
 5694968 5694969 SPH_0113 SPH_0114     TRUE 0.730 30.000 0.000 NA   NA
 5694969 5694970 SPH_0114 SPH_0115     TRUE 0.992 2.000 0.500 NA   NA
 5694970 5694971 SPH_0115 SPH_0116     TRUE 0.977 11.000 0.200 NA   NA
 5694971 5694972 SPH_0116 SPH_0117     TRUE 0.416 60.000 0.000 NA   NA
 5694972 5694973 SPH_0117 SPH_0118     TRUE 0.854 10.000 0.000 NA   NA
 5694973 5694974 SPH_0118 SPH_0119     TRUE 0.873 4.000 0.000 NA   NA
 5694974 5694975 SPH_0119 SPH_0121     TRUE 0.873 4.000 0.000 NA   NA
 5694975 5694976 SPH_0121 SPH_0122     FALSE 0.040 283.000 0.000 NA   NA
 5694976 5694977 SPH_0122 SPH_0123     TRUE 0.880 -40.000 0.005 NA N NA
 5694977 5694978 SPH_0123 SPH_0124   radA FALSE 0.240 113.000 0.003 NA N NA
 5694978 5694979 SPH_0124 SPH_0125 radA   TRUE 0.483 73.000 0.009 1.000 N NA
 5694979 5694980 SPH_0125 SPH_0126     TRUE 0.958 21.000 0.111 NA   NA
 5694980 5694981 SPH_0126 SPH_0127     FALSE 0.094 145.000 0.000 NA   NA
 5694982 5694983 SPH_0128 SPH_0129     TRUE 0.879 -7.000 0.000 NA   NA
 5694983 5694984 SPH_0129 SPH_0130     FALSE 0.059 215.000 0.000 NA   NA
 5694985 5694986 SPH_0131 SPH_0132     TRUE 0.330 85.000 0.005 NA   NA
 5694986 5694987 SPH_0132 SPH_0133     TRUE 0.658 41.000 0.000 NA   NA
 5694989 5694990 SPH_0135 SPH_0136   recO TRUE 0.957 -3.000 0.012 1.000 N NA
 5694990 5694991 SPH_0136 SPH_0137 recO plsX TRUE 0.957 -3.000 0.011 1.000 N NA
 5694991 5694992 SPH_0137 SPH_0138 plsX   TRUE 0.980 6.000 0.017 0.008 Y NA
 5694992 5694993 SPH_0138 SPH_0139     TRUE 0.662 43.000 0.000 NA N NA
 5694993 5694994 SPH_0139 SPH_0140     FALSE 0.064 203.000 0.000 NA   NA
 5694994 5694995 SPH_0140 SPH_0141     TRUE 0.877 3.000 0.000 NA   NA
 5694995 5694996 SPH_0141 SPH_0142     FALSE 0.021 623.000 0.000 NA   NA
 5694996 5694997 SPH_0142 SPH_0143     FALSE 0.022 543.000 0.000 NA   NA
 5694997 5694998 SPH_0143 SPH_0144     TRUE 0.990 7.000 0.500 NA   NA
 5694998 5694999 SPH_0144 SPH_0145     TRUE 0.593 237.000 0.800 NA   NA
 5694999 5695000 SPH_0145 SPH_0146     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5695000 5695001 SPH_0146 SPH_0147     TRUE 0.800 -19.000 0.000 NA   NA
 5695001 5695002 SPH_0147 SPH_0148     FALSE 0.029 380.000 0.000 NA   NA
 5695002 5695003 SPH_0148 SPH_0149     TRUE 0.987 13.000 0.444 0.066   NA
 5695003 5695004 SPH_0149 SPH_0150   purC FALSE 0.134 169.000 0.004 1.000   NA
 5695004 5695005 SPH_0150 SPH_0151 purC   TRUE 0.763 11.000 0.000 0.001   NA
 5695005 5695006 SPH_0151 SPH_0152     TRUE 0.446 57.000 0.000 1.000   NA
 5695006 5695007 SPH_0152 SPH_0153   purF TRUE 0.666 93.000 0.024 1.000 Y NA
 5695007 5695008 SPH_0153 SPH_0154 purF purM TRUE 0.983 37.000 0.248 1.000 Y NA
 5695008 5695009 SPH_0154 SPH_0155 purM purN TRUE 0.995 -3.000 0.238 0.003 Y NA
 5695009 5695010 SPH_0155 SPH_0156 purN   TRUE 0.351 84.000 0.003 NA N NA
 5695010 5695011 SPH_0156 SPH_0157   purH TRUE 0.871 25.000 0.002 NA N NA
 5695011 5695012 SPH_0157 SPH_0158 purH purD TRUE 0.772 122.000 0.238 1.000 Y NA
 5695012 5695013 SPH_0158 SPH_0159 purD   FALSE 0.047 257.000 0.000 NA   NA
 5695013 5695014 SPH_0159 SPH_0160   purE TRUE 0.730 30.000 0.000 NA   NA
 5695014 5695015 SPH_0160 SPH_0161 purE purK TRUE 0.970 -13.000 0.008 0.001 Y NA
 5695015 5695016 SPH_0161 SPH_0162 purK   TRUE 0.854 10.000 0.000 NA   NA
 5695016 5695017 SPH_0162 SPH_0163   purB TRUE 0.517 63.000 0.002 NA   NA
 5695018 5695019 SPH_0164 SPH_0165     FALSE 0.036 315.000 0.000 1.000 N NA
 5695020 5695021 SPH_0166 SPH_0167     TRUE 0.995 -3.000 0.190 1.000 Y NA
 5695021 5695022 SPH_0167 SPH_0168     TRUE 0.995 28.000 0.810 0.038 Y NA
 5695022 5695023 SPH_0168 SPH_0169     TRUE 0.954 -13.000 0.000 0.038 Y NA
 5695023 5695024 SPH_0169 SPH_0170     TRUE 0.963 7.000 0.000 0.038 Y NA
 5695024 5695025 SPH_0170 SPH_0171     FALSE 0.128 253.000 0.022 1.000 N NA
 5695025 5695026 SPH_0171 SPH_0172     FALSE 0.100 116.000 0.000 0.029 N NA
 5695026 5695027 SPH_0172 SPH_0173     FALSE 0.063 207.000 0.000 NA   NA
 5695027 5695028 SPH_0173 SPH_0174     FALSE 0.092 150.000 0.000 NA   NA
 5695029 5695030 SPH_0175 SPH_0176     FALSE 0.032 340.000 0.000 NA   NA
 5695031 5695032 SPH_0177 SPH_0178     FALSE 0.047 256.000 0.000 NA   NA
 5695032 5695033 SPH_0178 SPH_0179     FALSE 0.078 169.000 0.000 NA   NA
 5695033 5695034 SPH_0179 SPH_0180     TRUE 0.995 14.000 0.490 0.005 Y NA
 5695034 5695035 SPH_0180 SPH_0181     FALSE 0.103 135.000 0.000 NA   NA
 5695035 5695036 SPH_0181 SPH_0182     TRUE 0.392 62.000 0.000 NA   NA
 5695036 5695037 SPH_0182 SPH_0184     FALSE 0.123 116.000 0.000 NA   NA
 5695037 5695038 SPH_0184 SPH_0185     TRUE 0.477 167.000 0.333 1.000   NA
 5695038 5695039 SPH_0185 SPH_0186     TRUE 0.998 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 5695039 5695040 SPH_0186 SPH_0187   rpsD FALSE 0.116 195.000 0.002 1.000 N NA
 5695040 5695041 SPH_0187 SPH_0188 rpsD   FALSE 0.071 186.000 0.000 NA   NA
 5695041 5695042 SPH_0188 SPH_0189     FALSE 0.026 424.000 0.000 NA   NA
 5695042 5695043 SPH_0189 SPH_0190     TRUE 0.757 -46.000 0.000 NA   NA
 5695043 5695044 SPH_0190 SPH_0191     FALSE 0.038 289.000 0.000 NA   NA
 5695044 5695045 SPH_0191 SPH_0192     TRUE 0.998 14.000 0.917 0.049 Y NA
 5695045 5695046 SPH_0192 SPH_0193     TRUE 0.538 258.000 0.250 0.049 Y NA
 5695046 5695047 SPH_0193 SPH_0194     FALSE 0.042 272.000 0.000 NA   NA
 5695047 5695048 SPH_0194 SPH_0195     FALSE 0.116 122.000 0.000 NA   NA
 5695049 5695050 SPH_0196 SPH_0197     TRUE 0.909 63.000 0.500 NA   NA
 5695050 5695051 SPH_0197 SPH_0198     TRUE 0.978 -7.000 0.150 NA   NA
 5695051 5695052 SPH_0198 SPH_0199     TRUE 0.978 -13.000 0.250 NA   NA
 5695052 5695053 SPH_0199 SPH_0200     TRUE 0.370 139.000 0.100 NA N NA
 5695054 5695055 SPH_0201 SPH_0202     TRUE 0.902 42.000 0.000 NA Y NA
 5695055 5695056 SPH_0202 SPH_0203     FALSE 0.119 120.000 0.000 NA   NA
 5695057 5695058 SPH_0204 SPH_0205   sdaAA TRUE 0.921 22.000 0.033 1.000   NA
 5695058 5695059 SPH_0205 SPH_0206 sdaAA sdaAB TRUE 0.992 9.000 0.221 0.001 Y NA
 5695062 5695063 SPH_0209 SPH_0210     TRUE 0.596 46.000 0.000 NA   NA
 5695063 5695064 SPH_0210 SPH_0211     FALSE 0.027 413.000 0.000 NA   NA
 5695064 5695065 SPH_0211 SPH_0212     TRUE 0.918 55.000 0.353 NA   NA
 5695065 5695066 SPH_0212 SPH_0213     TRUE 0.994 -3.000 0.520 NA   NA
 5695066 5695067 SPH_0213 SPH_0214     FALSE 0.067 207.000 0.000 1.000 N NA
 5695067 5695068 SPH_0214 SPH_0215   argG TRUE 0.974 17.000 0.002 1.000 Y NA
 5695068 5695069 SPH_0215 SPH_0216 argG argH TRUE 0.988 29.000 0.278 1.000 Y NA
 5695071 5695072 SPH_0218 SPH_0219     TRUE 0.862 8.000 0.000 NA   NA
 5695072 5695073 SPH_0219 SPH_0220     FALSE 0.029 374.000 0.000 NA   NA
 5695073 5695074 SPH_0220 SPH_0221     TRUE 0.800 -19.000 0.000 NA   NA
 5695074 5695075 SPH_0221 SPH_0222     FALSE 0.070 188.000 0.000 NA   NA
 5695075 5695076 SPH_0222 SPH_0223     FALSE 0.034 315.000 0.000 NA   NA
 5695076 5695077 SPH_0223 SPH_0224     FALSE 0.024 472.000 0.000 NA   NA
 5695077 5695078 SPH_0224 SPH_0225     TRUE 0.863 7.000 0.000 NA   NA
 5695078 5695079 SPH_0225 SPH_0226     TRUE 0.832 19.000 0.000 NA   NA
 5695079 5695080 SPH_0226 SPH_0227     TRUE 0.480 56.000 0.000 NA   NA
 5695080 5695081 SPH_0227 SPH_0228     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5695081 5695082 SPH_0228 SPH_0229     FALSE 0.017 1232.000 0.000 NA   NA
 5695084 5695085 SPH_0231 SPH_0232     FALSE 0.113 125.000 0.000 NA   NA
 5695085 5695086 SPH_0232 SPH_0233     FALSE 0.051 241.000 0.000 NA   NA
 5695086 5695087 SPH_0233 SPH_0234   trmU TRUE 0.799 22.000 0.000 NA   NA
 5695087 5695088 SPH_0234 SPH_0235 trmU   FALSE 0.176 141.000 0.003 1.000 N NA
 5695088 5695089 SPH_0235 SPH_0236   gidA TRUE 0.927 10.000 0.005 1.000 N NA
 5695090 5695091 SPH_0237 SPH_0238     TRUE 0.993 2.000 0.576 NA   NA
 5695091 5695092 SPH_0238 SPH_0239     FALSE 0.033 326.000 0.000 NA   NA
 5695092 5695093 SPH_0239 SPH_0240     FALSE 0.050 247.000 0.000 NA   NA
 5695093 5695094 SPH_0240 SPH_0241     TRUE 0.992 2.000 0.500 NA   NA
 5695095 5695096 SPH_0242 SPH_0243   rimI TRUE 0.985 -3.000 0.209 1.000   NA
 5695096 5695097 SPH_0243 SPH_0244 rimI   TRUE 0.944 -10.000 0.030 1.000   NA
 5695098 5695099 SPH_0245 SPH_0246     TRUE 0.867 -9.000 0.000 NA   NA
 5695099 5695100 SPH_0246 SPH_0247     FALSE 0.020 659.000 0.000 NA   NA
 5695101 5695102 SPH_0248 SPH_0249     TRUE 0.974 -7.000 0.000 NA Y NA
 5695102 5695103 SPH_0249 SPH_0250     TRUE 0.871 10.000 0.000 NA N NA
 5695103 5695104 SPH_0250 SPH_0251     FALSE 0.019 701.000 0.000 NA   NA
 5695104 5695105 SPH_0251 SPH_0252     FALSE 0.130 111.000 0.000 NA   NA
 5695105 5695106 SPH_0252 SPH_0253     FALSE 0.026 395.000 0.000 1.000   NA
 5695106 5695107 SPH_0253 SPH_0254     FALSE 0.038 291.000 0.000 NA   NA
 5695107 5695108 SPH_0254 SPH_0255     TRUE 0.326 68.000 0.000 NA   NA
 5695108 5695109 SPH_0255 SPH_0256     FALSE 0.288 72.000 0.000 NA   NA
 5695111 5695112 SPH_0258 SPH_0259     TRUE 0.985 -10.000 0.338 NA   NA
 5695112 5695113 SPH_0259 SPH_0260     FALSE 0.280 104.000 0.013 NA   NA
 5695113 5695114 SPH_0260 SPH_0261     FALSE 0.102 154.000 0.000 NA N NA
 5695114 5695115 SPH_0261 SPH_0262     TRUE 0.751 100.000 0.500 NA N NA
 5695115 5695116 SPH_0262 SPH_0263     TRUE 0.962 -7.000 0.042 1.000 N NA
 5695116 5695117 SPH_0263 SPH_0264     TRUE 0.999 2.000 0.938 1.000 Y NA
 5695119 5695120 SPH_0266 SPH_0267     TRUE 0.965 50.000 0.667 NA   NA
 5695120 5695121 SPH_0267 SPH_0268     TRUE 0.992 12.000 0.227 0.013 Y NA
 5695121 5695122 SPH_0268 SPH_0269     TRUE 0.839 52.000 0.091 NA   NA
 5695122 5695123 SPH_0269 SPH_0271     TRUE 0.760 78.000 0.286 NA   NA
 5695124 5695125 SPH_0270 SPH_0272     FALSE 0.073 178.000 0.000 NA   NA
 5695125 5695126 SPH_0272 SPH_0273     FALSE 0.028 350.000 0.000 1.000   NA
 5695126 5695127 SPH_0273 SPH_0274     FALSE 0.035 310.000 0.000 NA   NA
 5695127 5695128 SPH_0274 SPH_0275     TRUE 0.991 -3.000 0.392 NA   NA
 5695128 5695129 SPH_0275 SPH_0276     FALSE 0.182 88.000 0.000 NA   NA
 5695131 5695132 SPH_0278 SPH_0279 ribH   TRUE 0.989 1.000 0.054 0.003 Y NA
 5695132 5695133 SPH_0279 SPH_0280   ribE TRUE 0.983 20.000 0.051 1.000 Y NA
 5695133 5695134 SPH_0280 SPH_0281 ribE ribD TRUE 0.995 -15.000 0.456 1.000 Y NA
 5695135 5695136 SPH_0282 SPH_0283 ruvA   TRUE 0.981 10.000 0.012 1.000 Y NA
 5695136 5695137 SPH_0283 SPH_0284     TRUE 0.946 -3.000 0.004 NA   NA
 5695140 5695141 SPH_0287 SPH_0288     TRUE 0.962 12.000 0.072 NA   NA
 5695141 5695142 SPH_0288 SPH_0289     FALSE 0.089 161.000 0.000 1.000 N NA
 5695142 5695143 SPH_0289 SPH_0290     FALSE 0.169 85.000 0.000 0.078 N NA
 5695143 5695144 SPH_0290 SPH_0291     FALSE 0.078 161.000 0.000 1.000   NA
 5695145 5695146 SPH_0292 SPH_0293     TRUE 0.416 60.000 0.000 NA   NA
 5695146 5695147 SPH_0293 SPH_0294     FALSE 0.024 474.000 0.000 NA   NA
 5695147 5695148 SPH_0294 SPH_0295     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5695148 5695149 SPH_0295 SPH_0296     TRUE 0.997 2.000 1.000 NA   NA
 5695149 5695150 SPH_0296 SPH_0297     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5695150 5695151 SPH_0297 SPH_0298     TRUE 0.990 -7.000 0.400 NA   NA
 5695151 5695152 SPH_0298 SPH_0299     TRUE 0.729 135.000 0.714 NA   NA
 5695152 5695153 SPH_0299 SPH_0300     TRUE 0.952 53.000 0.571 NA   NA
 5695153 5695154 SPH_0300 SPH_0301     FALSE 0.030 363.000 0.000 NA   NA
 5695154 5695155 SPH_0301 SPH_0302     FALSE 0.203 84.000 0.000 NA   NA
 5695155 5695156 SPH_0302 SPH_0303     TRUE 0.847 71.000 0.400 NA   NA
 5695156 5695157 SPH_0303 SPH_0304     FALSE 0.017 1207.000 0.000 NA   NA
 5695157 5695158 SPH_0304 SPH_0305   uvrA FALSE 0.021 489.000 0.000 1.000   NA
 5695158 5695159 SPH_0305 SPH_0306 uvrA   TRUE 0.944 -7.000 0.008 1.000 N NA
 5695159 5695160 SPH_0306 SPH_0307     FALSE 0.111 132.000 0.000 1.000 N NA
 5695160 5695161 SPH_0307 SPH_0308     TRUE 0.834 66.000 0.267 NA   NA
 5695161 5695162 SPH_0308 SPH_0309     TRUE 0.368 87.000 0.016 NA   NA
 5695162 5695163 SPH_0309 SPH_0310     TRUE 0.992 4.000 0.537 NA   NA
 5695163 5695164 SPH_0310 SPH_0311     TRUE 0.992 16.000 0.651 NA   NA
 5695166 5695167 SPH_0313 SPH_0314     FALSE 0.203 84.000 0.000 NA   NA
 5695167 5695168 SPH_0314 SPH_0315     FALSE 0.093 146.000 0.000 NA   NA
 5695168 5695169 SPH_0315 SPH_0316     FALSE 0.046 258.000 0.000 NA   NA
 5695169 5695170 SPH_0316 SPH_0317   nrdD TRUE 0.339 120.000 0.057 NA   NA
 5695170 5695171 SPH_0317 SPH_0318 nrdD   TRUE 0.960 12.000 0.062 NA   NA
 5695171 5695172 SPH_0318 SPH_0319     TRUE 0.940 44.000 0.292 NA   NA
 5695172 5695173 SPH_0319 SPH_0320   nrdG TRUE 0.978 -7.000 0.159 1.000   NA
 5695173 5695174 SPH_0320 SPH_0321 nrdG   TRUE 0.965 -3.000 0.029 1.000 N NA
 5695174 5695175 SPH_0321 SPH_0322   rpsJ FALSE 0.046 267.000 0.000 1.000 N NA
 5695175 5695176 SPH_0322 SPH_0323 rpsJ rplC TRUE 0.708 217.000 0.467 0.035 Y NA
 5695176 5695177 SPH_0323 SPH_0324 rplC rplD TRUE 0.993 25.000 0.544 0.026 Y NA
 5695177 5695178 SPH_0324 SPH_0325 rplD rplW TRUE 0.996 0.000 0.307 0.026 Y NA
 5695178 5695179 SPH_0325 SPH_0326 rplW rplB TRUE 0.997 18.000 0.849 0.031 Y NA
 5695179 5695180 SPH_0326 SPH_0327 rplB rpsS TRUE 0.920 104.000 0.820 0.035 Y NA
 5695180 5695181 SPH_0327 SPH_0328 rpsS rplV TRUE 0.997 12.000 0.769 0.035 Y NA
 5695181 5695182 SPH_0328 SPH_0329 rplV rpsC TRUE 0.997 13.000 0.719 0.035 Y NA
 5695182 5695183 SPH_0329 SPH_0330 rpsC rplP TRUE 0.998 4.000 0.828 0.035 Y NA
 5695183 5695184 SPH_0330 SPH_0331 rplP rpmC TRUE 0.997 10.000 0.802 0.026 Y NA
 5695184 5695185 SPH_0331 SPH_0332 rpmC rpsQ TRUE 0.996 25.000 0.828 0.026 Y NA
 5695185 5695186 SPH_0332 SPH_0333 rpsQ rplN TRUE 0.995 26.000 0.791 0.035 Y NA
 5695186 5695187 SPH_0333 SPH_0334 rplN rplX TRUE 0.990 47.000 0.810 0.035 Y NA
 5695187 5695188 SPH_0334 SPH_0335 rplX   TRUE 0.995 24.000 0.758 0.026 Y NA
 5695188 5695189 SPH_0335 SPH_0336     TRUE 0.993 18.000 0.309 0.026 Y NA
 5695189 5695190 SPH_0336 SPH_0337   rpsH TRUE 0.515 285.000 0.295 0.026 Y NA
 5695190 5695191 SPH_0337 SPH_0338 rpsH   TRUE 0.832 192.000 0.808 0.026 Y NA
 5695191 5695192 SPH_0338 SPH_0339   rplR TRUE 0.947 84.000 0.815 0.026 Y NA
 5695192 5695193 SPH_0339 SPH_0340 rplR rpsE TRUE 0.997 18.000 0.814 0.035 Y NA
 5695193 5695194 SPH_0340 SPH_0341 rpsE rpmD TRUE 0.997 14.000 0.789 0.035 Y NA
 5695194 5695195 SPH_0341 SPH_0342 rpmD rplO TRUE 0.844 145.000 0.653 0.004 Y NA
 5695195 5695196 SPH_0342 SPH_0343 rplO   TRUE 0.993 13.000 0.730 1.000 N NA
 5695196 5695197 SPH_0343 SPH_0344     TRUE 0.471 151.000 0.241 1.000 N NA
 5695197 5695198 SPH_0344 SPH_0345   infA TRUE 0.361 117.000 0.059 1.000 N NA
 5695198 5695199 SPH_0345 SPH_0346 infA rpmJ TRUE 0.979 25.000 0.067 1.000 Y NA
 5695199 5695200 SPH_0346 SPH_0347 rpmJ rpsM TRUE 0.985 18.000 0.086 0.026 Y NA
 5695200 5695201 SPH_0347 SPH_0348 rpsM rpsK TRUE 0.997 18.000 0.810 0.026 Y NA
 5695201 5695202 SPH_0348 SPH_0349 rpsK rpoA TRUE 0.948 43.000 0.308 1.000 N NA
 5695202 5695203 SPH_0349 SPH_0350 rpoA rplQ TRUE 0.995 12.000 0.873 1.000 N NA
 5695203 5695204 SPH_0350 SPH_0351 rplQ   FALSE 0.079 265.000 0.002 1.000 N NA
 5695204 5695205 SPH_0351 SPH_0352     TRUE 0.991 10.000 0.569 NA   NA
 5695205 5695206 SPH_0352 SPH_0353     FALSE 0.081 290.000 0.008 NA   NA
 5695207 5695208 SPH_0354 SPH_0356     FALSE 0.050 248.000 0.000 NA   NA
 5695208 5695209 SPH_0356 SPH_0357     FALSE 0.154 97.000 0.000 NA   NA
 5695209 5695210 SPH_0357 SPH_0359     FALSE 0.059 217.000 0.000 NA   NA
 5695210 5695211 SPH_0359 SPH_0362     TRUE 0.873 4.000 0.000 NA   NA
 5695211 5695212 SPH_0362 SPH_0363     FALSE 0.032 333.000 0.000 NA   NA
 5695213 5695214 SPH_0364 SPH_0365     TRUE 0.991 13.000 0.188 0.036 Y NA
 5695214 5695215 SPH_0365 SPH_0366     FALSE 0.258 195.000 0.091 1.000 N NA
 5695215 5695216 SPH_0366 SPH_0367     TRUE 0.991 46.000 0.889 0.024 Y NA
 5695216 5695217 SPH_0367 SPH_0368     TRUE 0.998 17.000 0.889 0.024 Y NA
 5695217 5695218 SPH_0368 SPH_0369     TRUE 0.371 151.000 0.132 1.000 N NA
 5695218 5695219 SPH_0369 SPH_0370     TRUE 0.984 19.000 0.368 1.000 N NA
 5695219 5695220 SPH_0370 SPH_0371     TRUE 0.976 18.000 0.211 1.000 N NA
 5695220 5695221 SPH_0371 SPH_0372   leuS FALSE 0.026 455.000 0.000 1.000 N NA
 5695221 5695222 SPH_0372 SPH_0373 leuS   FALSE 0.098 139.000 0.000 NA   NA
 5695222 5695223 SPH_0373 SPH_0374     TRUE 0.480 56.000 0.000 NA   NA
 5695223 5695224 SPH_0374 SPH_0375     TRUE 0.936 12.000 0.037 0.013   NA
 5695224 5695225 SPH_0375 SPH_0376   ruvB FALSE 0.016 1041.000 0.000 1.000   NA
 5695225 5695226 SPH_0376 SPH_0377 ruvB   TRUE 0.888 -19.000 0.004 NA   NA
 5695226 5695227 SPH_0377 SPH_0378   uppS FALSE 0.054 231.000 0.000 NA   NA
 5695227 5695228 SPH_0378 SPH_0379 uppS cdsA TRUE 0.990 9.000 0.113 1.000 Y NA
 5695228 5695229 SPH_0379 SPH_0380 cdsA rseP TRUE 0.931 22.000 0.040 1.000 N NA
 5695229 5695230 SPH_0380 SPH_0381 rseP proS TRUE 0.967 13.000 0.095 1.000 N NA
 5695230 5695231 SPH_0381 SPH_0382 proS   FALSE 0.253 99.000 0.002 1.000 N NA
 5695231 5695232 SPH_0382 SPH_0383   glmS FALSE 0.129 192.000 0.003 1.000 N NA
 5695236 5695237 SPH_0387 SPH_0388 rpsL rpsG TRUE 0.990 20.000 0.224 0.005 Y NA
 5695237 5695238 SPH_0388 SPH_0389 rpsG fusA TRUE 0.600 425.000 0.579 1.000 Y NA
 5695238 5695239 SPH_0389 SPH_0390 fusA polC FALSE 0.244 104.000 0.003 1.000 N NA
 5695239 5695240 SPH_0390 SPH_0391 polC   TRUE 0.456 102.000 0.000 NA Y NA
 5695240 5695241 SPH_0391 SPH_0392     TRUE 0.990 -7.000 0.400 NA   NA
 5695241 5695242 SPH_0392 SPH_0393     TRUE 0.814 21.000 0.000 NA   NA
 5695242 5695243 SPH_0393 SPH_0394     TRUE 0.950 22.000 0.095 NA   NA
 5695245 5695246 SPH_0396 SPH_0397     TRUE 0.336 112.000 0.041 1.000 N NA
 5695247 5695248 SPH_0398 SPH_0399     TRUE 0.996 24.000 0.812 0.036 Y NA
 5695248 5695249 SPH_0399 SPH_0400     TRUE 0.996 28.000 0.943 0.036 Y NA
 5695249 5695250 SPH_0400 SPH_0401     FALSE 0.050 231.000 0.000 1.000   NA
 5695250 5695251 SPH_0401 SPH_0402     FALSE 0.029 340.000 0.000 1.000   NA
 5695252 5695253 SPH_0403 SPH_0404     TRUE 0.766 53.000 0.034 NA   NA
 5695253 5695254 SPH_0404 SPH_0405     FALSE 0.122 117.000 0.000 NA   NA
 5695254 5695255 SPH_0405 SPH_0406   folP TRUE 0.849 15.000 0.000 NA   NA
 5695255 5695256 SPH_0406 SPH_0407 folP   TRUE 0.981 2.000 0.006 0.005 Y NA
 5695256 5695257 SPH_0407 SPH_0408   folE TRUE 0.976 -19.000 0.024 1.000 Y NA
 5695257 5695258 SPH_0408 SPH_0409 folE   TRUE 0.930 43.000 0.005 1.000 Y NA
 5695260 5695261 SPH_0411 SPH_0412 rplM rpsI TRUE 0.996 20.000 0.601 0.025 Y NA
 5695262 5695263 SPH_0413 SPH_0414     FALSE 0.051 242.000 0.000 NA   NA
 5695263 5695264 SPH_0414 SPH_0415     FALSE 0.184 87.000 0.000 NA   NA
 5695264 5695265 SPH_0415 SPH_0416     TRUE 0.907 57.000 0.333 NA   NA
 5695266 5695267 SPH_0417 SPH_0418     FALSE 0.123 116.000 0.000 NA   NA
 5695268 5695269 SPH_0419 SPH_0420     FALSE 0.136 105.000 0.000 NA   NA
 5695269 5695270 SPH_0420 SPH_0421     FALSE 0.032 332.000 0.000 NA   NA
 5695271 5695272 SPH_0422 SPH_0423     FALSE 0.068 192.000 0.000 NA   NA
 5695272 5695273 SPH_0423 SPH_0424     FALSE 0.028 401.000 0.000 NA   NA
 5695275 5695276 SPH_0426 SPH_0427     FALSE 0.027 416.000 0.000 NA   NA
 5695277 5695278 SPH_0428 SPH_0429     TRUE 0.992 10.000 0.167 1.000 Y NA
 5695278 5695279 SPH_0429 SPH_0430     TRUE 0.976 31.000 0.094 1.000 Y NA
 5695279 5695280 SPH_0430 SPH_0431     TRUE 0.974 19.000 0.197 1.000 N NA
 5695281 5695282 SPH_0432 SPH_0433     TRUE 0.974 12.000 0.160 1.000   NA
 5695282 5695283 SPH_0433 SPH_0434     TRUE 0.981 11.000 0.267 1.000   NA
 5695283 5695284 SPH_0434 SPH_0435     TRUE 0.998 15.000 0.933 0.035 Y NA
 5695284 5695285 SPH_0435 SPH_0436     TRUE 0.998 -13.000 0.933 0.035 Y NA
 5695285 5695286 SPH_0436 SPH_0437   yajC1 TRUE 0.952 0.000 0.002 NA N NA
 5695286 5695287 SPH_0437 SPH_0438 yajC1   TRUE 0.893 22.000 0.006 NA   NA
 5695287 5695288 SPH_0438 SPH_0439     TRUE 0.929 60.000 0.562 NA   NA
 5695289 5695290 SPH_0440 SPH_0441     TRUE 0.854 11.000 0.000 NA   NA
 5695290 5695291 SPH_0441 SPH_0442     TRUE 0.854 11.000 0.000 NA   NA
 5695291 5695292 SPH_0442 SPH_0443     TRUE 0.966 16.000 0.105 NA   NA
 5695293 5695294 SPH_0444 SPH_0445 mraW ftsL TRUE 0.964 12.000 0.077 1.000 N NA
 5695294 5695295 SPH_0445 SPH_0446 ftsL   TRUE 0.991 4.000 0.456 1.000 N NA
 5695295 5695296 SPH_0446 SPH_0447   mraY TRUE 0.989 2.000 0.038 1.000 Y NA
 5695296 5695297 SPH_0447 SPH_0448 mraY   FALSE 0.100 137.000 0.000 NA   NA
 5695297 5695298 SPH_0448 SPH_0449     FALSE 0.025 460.000 0.000 NA   NA
 5695299 5695300 SPH_0450 SPH_0451 luxS   FALSE 0.290 95.000 0.006 NA   NA
 5695301 5695302 SPH_0452 SPH_0453     FALSE 0.085 160.000 0.000 NA   NA
 5695304 5695305 SPH_0455 SPH_0456     TRUE 0.994 2.000 0.583 1.000 N NA
 5695305 5695306 SPH_0456 SPH_0457     TRUE 0.997 9.000 0.636 1.000 Y NA
 5695306 5695307 SPH_0457 SPH_0458     TRUE 0.994 10.000 0.800 1.000 N NA
 5695307 5695308 SPH_0458 SPH_0459     TRUE 0.962 15.000 0.067 NA N NA
 5695308 5695309 SPH_0459 SPH_0460     TRUE 0.986 6.000 0.032 NA Y NA
 5695309 5695310 SPH_0460 SPH_0461     TRUE 0.978 -3.000 0.000 NA Y NA
 5695310 5695311 SPH_0461 SPH_0462     TRUE 0.889 2.000 0.000 NA   NA
 5695311 5695312 SPH_0462 SPH_0463     TRUE 0.901 1.000 0.000 NA   NA
 5695312 5695313 SPH_0463 SPH_0464     TRUE 0.949 28.000 0.154 NA   NA
 5695313 5695314 SPH_0464 SPH_0465     TRUE 0.774 65.000 0.154 1.000   NA
 5695314 5695315 SPH_0465 SPH_0466   rfbA FALSE 0.302 163.000 0.000 1.000 Y NA
 5695315 5695316 SPH_0466 SPH_0467 rfbA   TRUE 0.994 1.000 0.149 1.000 Y NA
 5695316 5695317 SPH_0467 SPH_0468   rfbB TRUE 0.995 12.000 0.350 1.000 Y NA
 5695317 5695318 SPH_0468 SPH_0469 rfbB rfbD TRUE 0.927 66.000 0.273 0.003 Y NA
 5695318 5695319 SPH_0469 SPH_0470 rfbD   FALSE 0.265 76.000 0.000 NA   NA
 5695319 5695320 SPH_0470 SPH_0471     FALSE 0.035 308.000 0.000 NA   NA
 5695320 5695321 SPH_0471 SPH_0472     FALSE 0.297 71.000 0.000 NA   NA
 5695323 5695324 SPH_0474 SPH_0475     FALSE 0.027 373.000 0.000 1.000   NA
 5695325 5695326 SPH_0476 SPH_0477   recU TRUE 0.989 -3.000 0.319 1.000   NA
 5695327 5695328 SPH_0478 SPH_0479     TRUE 0.895 70.000 0.579 NA   NA
 5695328 5695329 SPH_0479 SPH_2442     TRUE 0.449 58.000 0.000 NA   NA
 5695329 5695330 SPH_2442 SPH_0480     FALSE 0.176 90.000 0.000 NA   NA
 5695330 5695331 SPH_0480 SPH_0481     TRUE 0.946 13.000 0.029 NA   NA
 5695331 5695332 SPH_0481 SPH_0482   gnd TRUE 0.422 76.000 0.005 NA   NA
 5695332 5695333 SPH_0482 SPH_0483 gnd   TRUE 0.937 12.000 0.012 1.000 N NA
 5695333 5695334 SPH_0483 SPH_0484     FALSE 0.149 99.000 0.000 NA   NA
 5695335 5695336 SPH_0485 SPH_0486     FALSE 0.041 277.000 0.000 NA   NA
 5695337 5695338 SPH_0487 SPH_0488   mvk FALSE 0.116 122.000 0.000 NA   NA
 5695338 5695339 SPH_0488 SPH_0489 mvk mvaD TRUE 0.990 -18.000 0.281 0.004 Y NA
 5695339 5695340 SPH_0489 SPH_0490 mvaD   TRUE 0.992 -13.000 0.312 0.004 Y NA
 5695340 5695341 SPH_0490 SPH_0491   fni TRUE 0.956 -16.000 0.097 1.000 N NA
 5695341 5695342 SPH_0491 SPH_0492 fni   TRUE 0.412 77.000 0.005 NA   NA
 5695342 5695343 SPH_0492 SPH_0493     TRUE 0.995 -3.000 0.679 NA   NA
 5695343 5695344 SPH_0493 SPH_0494     TRUE 0.998 14.000 0.853 0.012 Y NA
 5695344 5695345 SPH_0494 SPH_0497     TRUE 0.901 1.000 0.000 NA   NA
 5695345 5695346 SPH_0497 SPH_0498     FALSE 0.020 677.000 0.000 NA   NA
 5695346 5695347 SPH_0498 SPH_0499     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5695347 5695348 SPH_0499 SPH_0501     TRUE 0.832 19.000 0.000 NA   NA
 5695349 5695350 SPH_0502 SPH_0503     FALSE 0.056 226.000 0.000 NA   NA
 5695351 5695352 SPH_0504 SPH_0505     TRUE 0.972 24.000 0.336 0.023 N NA
 5695352 5695353 SPH_0505 SPH_0506     TRUE 0.975 2.000 0.131 0.023 N NA
 5695353 5695354 SPH_0506 SPH_0507     TRUE 0.895 62.000 0.062 1.000 Y NA
 5695354 5695355 SPH_0507 SPH_0508     FALSE 0.031 344.000 0.000 NA   NA
 5695355 5695356 SPH_0508 SPH_0509   tig FALSE 0.036 304.000 0.000 NA   NA
 5695357 5695358 SPH_0510 SPH_0511   lepB FALSE 0.221 234.000 0.099 1.000 N NA
 5695358 5695359 SPH_0511 SPH_0512 lepB rnhC TRUE 0.965 12.000 0.080 1.000 N NA
 5695360 5695361 SPH_0513 SPH_0514   cvpA TRUE 0.960 -3.000 0.019 NA   NA
 5695361 5695362 SPH_0514 SPH_0515 cvpA   TRUE 0.391 104.000 0.070 1.000   NA
 5695362 5695363 SPH_0515 SPH_0516     FALSE 0.033 347.000 0.000 1.000 N NA
 5695363 5695364 SPH_0516 SPH_0517     FALSE 0.058 218.000 0.000 NA   NA
 5695364 5695365 SPH_0517 SPH_0518     FALSE 0.132 110.000 0.000 NA   NA
 5695366 5695367 SPH_0519 SPH_0520 serS   FALSE 0.107 214.000 0.003 NA   NA
 5695367 5695368 SPH_0520 SPH_0521     TRUE 0.943 3.000 0.010 NA   NA
 5695368 5695369 SPH_0521 SPH_0522     FALSE 0.073 178.000 0.000 NA   NA
 5695370 5695371 SPH_0523 SPH_0524     TRUE 0.497 94.000 0.098 1.000 N NA
 5695371 5695372 SPH_0524 SPH_0525     TRUE 0.977 0.000 0.070 1.000 N NA
 5695372 5695373 SPH_0525 SPH_0526     TRUE 0.687 60.000 0.065 0.007   NA
 5695373 5695374 SPH_0526 SPH_0527     TRUE 0.503 119.000 0.216 1.000   NA
 5695374 5695375 SPH_0527 SPH_0528   fabD TRUE 0.971 -7.000 0.099 1.000   NA
 5695375 5695376 SPH_0528 SPH_0529 fabD fabG TRUE 0.988 34.000 0.432 0.007 Y NA
 5695376 5695377 SPH_0529 SPH_0531 fabG   TRUE 0.981 22.000 0.056 1.000 Y NA
 5695377 5695378 SPH_0531 SPH_0532   accB TRUE 0.990 3.000 0.074 1.000 Y NA
 5695378 5695379 SPH_0532 SPH_0533 accB fabZ TRUE 0.989 -3.000 0.047 0.007 Y NA
 5695379 5695380 SPH_0533 SPH_0534 fabZ accC TRUE 0.986 12.000 0.045 1.000 Y NA
 5695380 5695381 SPH_0534 SPH_0535 accC accD TRUE 0.965 37.000 0.090 0.002 Y NA
 5695381 5695382 SPH_0535 SPH_0536 accD accA TRUE 0.995 -3.000 0.234 0.002 Y NA
 5695382 5695383 SPH_0536 SPH_0537 accA   FALSE 0.083 263.000 0.003 NA   NA
 5695383 5695384 SPH_0537 SPH_0538     TRUE 0.969 57.000 1.000 NA   NA
 5695385 5695386 SPH_0539 SPH_0540 nusB   TRUE 0.985 -7.000 0.265 NA   NA
 5695386 5695387 SPH_0540 SPH_0541   efp TRUE 0.924 22.000 0.031 NA   NA
 5695387 5695388 SPH_0541 SPH_0542 efp   TRUE 0.370 129.000 0.000 1.000 Y NA
 5695388 5695389 SPH_0542 SPH_0543     TRUE 0.997 0.000 0.492 0.002 Y NA
 5695389 5695390 SPH_0543 SPH_0544   gatC TRUE 0.998 0.000 0.643 0.002 Y NA
 5695391 5695392 SPH_0545 SPH_0546 prfC   FALSE 0.043 267.000 0.000 NA   NA
 5695392 5695393 SPH_0546 SPH_0547     FALSE 0.130 111.000 0.000 NA   NA
 5695393 5695394 SPH_0547 SPH_0548   rpmB FALSE 0.123 116.000 0.000 NA   NA
 5695394 5695395 SPH_0548 SPH_0549 rpmB   FALSE 0.247 157.000 0.044 NA   NA
 5695395 5695396 SPH_0549 SPH_0550     TRUE 0.993 3.000 0.567 NA   NA
 5695396 5695397 SPH_0550 SPH_0551   ilvB FALSE 0.114 201.000 0.004 1.000   NA
 5695397 5695398 SPH_0551 SPH_0552 ilvB ilvN TRUE 0.994 -7.000 0.249 0.001 Y NA
 5695398 5695399 SPH_0552 SPH_0553 ilvN ilvC TRUE 0.886 66.000 0.130 0.002 Y NA
 5695399 5695400 SPH_0553 SPH_0554 ilvC   FALSE 0.134 107.000 0.000 NA   NA
 5695400 5695401 SPH_0554 SPH_0555     FALSE 0.052 238.000 0.000 NA   NA
 5695401 5695402 SPH_0555 SPH_0556   ilvA TRUE 0.558 50.000 0.000 NA   NA
 5695402 5695403 SPH_0556 SPH_0557 ilvA   FALSE 0.095 142.000 0.000 NA   NA
 5695403 5695404 SPH_0557 SPH_0558     FALSE 0.022 541.000 0.000 NA   NA
 5695405 5695406 SPH_0559 SPH_0560     TRUE 0.999 0.000 0.758 1.000 Y NA
 5695408 5695409 SPH_0561 SPH_0563     FALSE 0.061 212.000 0.000 NA   NA
 5695409 5695410 SPH_0563 SPH_0564     FALSE 0.114 123.000 0.000 NA   NA
 5695411 5695412 SPH_0565 SPH_0566     TRUE 0.879 -7.000 0.000 NA   NA
 5695413 5695414 SPH_0567 SPH_0568     TRUE 0.702 35.000 0.000 NA   NA
 5695416 5695417 SPH_0570 SPH_0571     FALSE 0.044 265.000 0.000 NA   NA
 5695418 5695419 SPH_0572 SPH_0574     FALSE 0.033 233.000 0.000 0.006   NA
 5695421 5695422 SPH_0575 SPH_0576     FALSE 0.032 338.000 0.000 NA   NA
 5695422 5695423 SPH_0576 SPH_0577     TRUE 0.998 -13.000 0.909 NA Y NA
 5695423 5695424 SPH_0577 SPH_0578     TRUE 0.998 -13.000 0.800 NA Y NA
 5695425 5695426 SPH_0579 SPH_0580     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5695426 5695427 SPH_0580 SPH_0581     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5695427 5695428 SPH_0581 SPH_0582     FALSE 0.125 115.000 0.000 NA   NA
 5695428 5695429 SPH_0582 SPH_0583     TRUE 0.879 -7.000 0.000 NA   NA
 5695432 5695433 SPH_0586 SPH_0587     TRUE 0.986 2.000 0.250 NA   NA
 5695433 5695434 SPH_0587 SPH_0588     FALSE 0.079 168.000 0.000 NA   NA
 5695434 5695435 SPH_0588 SPH_0589   lacG1 TRUE 0.966 10.000 0.000 1.000 Y NA
 5695435 5695436 SPH_0589 SPH_0590 lacG1   TRUE 0.682 70.000 0.000 1.000 Y NA
 5695437 5695438 SPH_0591 SPH_0592     TRUE 0.981 4.000 0.017 0.004 Y NA
 5695439 5695440 SPH_0593 SPH_0594     TRUE 0.959 15.000 0.068 NA   NA
 5695440 5695441 SPH_0594 SPH_0595     TRUE 0.863 7.000 0.000 NA   NA
 5695441 5695442 SPH_0595 SPH_0596     FALSE 0.142 102.000 0.000 NA   NA
 5695442 5695443 SPH_0596 SPH_0597     TRUE 0.987 -15.000 0.530 1.000   NA
 5695443 5695444 SPH_0597 SPH_0598     FALSE 0.133 193.000 0.005 1.000 N NA
 5695444 5695445 SPH_0598 SPH_0599     FALSE 0.025 453.000 0.000 NA   NA
 5695445 5695446 SPH_0599 SPH_0600     TRUE 0.991 14.000 0.600 NA   NA
 5695446 5695447 SPH_0600 SPH_0601     TRUE 0.936 27.000 0.105 1.000   NA
 5695447 5695448 SPH_0601 SPH_0602     TRUE 0.857 5.000 0.000 1.000   NA
 5695448 5695449 SPH_0602 SPH_0603   rpoE FALSE 0.116 128.000 0.000 1.000 N NA
 5695453 5695454 SPH_0607 SPH_0608   pgk TRUE 0.596 90.000 0.002 1.000 Y NA
 5695454 5695455 SPH_0608 SPH_0609 pgk   FALSE 0.165 136.000 0.002 NA   NA
 5695455 5695456 SPH_0609 SPH_0610     TRUE 0.681 77.000 0.154 NA   NA
 5695456 5695457 SPH_0610 SPH_0611   glnA TRUE 0.940 37.000 0.179 1.000 N NA
 5695459 5695460 SPH_0613 SPH_0614     FALSE 0.077 171.000 0.000 NA   NA
 5695460 5695461 SPH_0614 SPH_0615     TRUE 0.425 57.000 0.000 0.073 N NA
 5695461 5695462 SPH_0615 SPH_0617     TRUE 0.805 11.000 0.000 0.073   NA
 5695463 5695464 SPH_0616 SPH_0618     TRUE 0.992 0.000 0.080 0.073 Y NA
 5695464 5695465 SPH_0618 SPH_0619     TRUE 0.997 13.000 0.564 0.073 Y NA
 5695466 5695467 SPH_0620 SPH_0621     FALSE 0.134 107.000 0.000 NA   NA
 5695467 5695468 SPH_0621 SPH_0622   hrcA FALSE 0.145 164.000 0.003 NA   NA
 5695468 5695469 SPH_0622 SPH_0623 hrcA grpE TRUE 0.919 27.000 0.051 1.000 N NA
 5695469 5695470 SPH_0623 SPH_0624 grpE dnaK FALSE 0.166 480.000 0.026 0.006 Y NA
 5695470 5695471 SPH_0624 SPH_0625 dnaK dnaJ FALSE 0.251 760.000 0.196 0.003 Y NA
 5695472 5695473 SPH_0626 SPH_0627     TRUE 0.959 10.000 0.063 NA   NA
 5695474 5695475 SPH_0628 SPH_0629     TRUE 0.985 -3.000 0.167 NA N NA
 5695477 5695478 SPH_0631 SPH_0632     TRUE 0.991 5.000 0.500 NA   NA
 5695478 5695479 SPH_0632 SPH_0633     TRUE 0.996 14.000 0.444 NA Y NA
 5695480 5695481 SPH_0634 SPH_0635     TRUE 0.882 57.000 0.250 1.000   NA
 5695481 5695482 SPH_0635 SPH_0636     TRUE 0.984 11.000 0.375 0.058   NA
 5695483 5695484 SPH_0637 SPH_0638     FALSE 0.024 467.000 0.000 NA   NA
 5695484 5695485 SPH_0638 SPH_0639     FALSE 0.316 69.000 0.000 NA   NA
 5695485 5695486 SPH_0639 SPH_0640     TRUE 0.877 3.000 0.000 NA   NA
 5695486 5695487 SPH_0640 SPH_0641     FALSE 0.037 297.000 0.000 NA   NA
 5695487 5695488 SPH_0641 SPH_0642     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5695488 5695489 SPH_0642 SPH_0643     FALSE 0.146 100.000 0.000 NA   NA
 5695489 5695490 SPH_0643 SPH_0644     TRUE 0.526 52.000 0.000 NA   NA
 5695490 5695491 SPH_0644 SPH_0645     TRUE 0.647 42.000 0.000 NA   NA
 5695491 5695492 SPH_0645 SPH_0646     FALSE 0.091 151.000 0.000 NA   NA
 5695492 5695493 SPH_0646 SPH_0647     FALSE 0.084 161.000 0.000 NA   NA
 5695493 5695494 SPH_0647 SPH_0648   trmB TRUE 0.983 -3.000 0.154 NA   NA
 5695494 5695495 SPH_0648 SPH_0649 trmB   FALSE 0.201 126.000 0.004 NA   NA
 5695495 5695496 SPH_0649 SPH_0650   nusA TRUE 0.976 44.000 0.759 NA   NA
 5695496 5695497 SPH_0650 SPH_0651 nusA   TRUE 0.993 22.000 0.323 NA Y NA
 5695497 5695498 SPH_0651 SPH_0652     TRUE 0.991 -7.000 0.408 NA N NA
 5695498 5695499 SPH_0652 SPH_0653     TRUE 0.993 17.000 0.223 NA Y NA
 5695499 5695500 SPH_0653 SPH_0654   rbfA TRUE 0.721 251.000 0.530 1.000 Y NA
 5695500 5695501 SPH_0654 SPH_0655 rbfA   FALSE 0.040 279.000 0.000 NA   NA
 5695501 5695502 SPH_0655 SPH_0656     TRUE 0.889 2.000 0.000 NA   NA
 5695502 5695503 SPH_0656 SPH_0657     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5695505 5695506 SPH_0659 SPH_0660     TRUE 0.987 0.000 0.229 NA   NA
 5695506 5695507 SPH_0660 SPH_0661     TRUE 0.969 10.000 0.114 NA   NA
 5695507 5695508 SPH_0661 SPH_0662     TRUE 0.521 96.000 0.143 NA   NA
 5695508 5695509 SPH_0662 SPH_0663     FALSE 0.025 412.000 0.000 1.000   NA
 5695509 5695510 SPH_0663 SPH_0664     TRUE 0.967 -13.000 0.150 1.000   NA
 5695510 5695511 SPH_0664 SPH_0665     TRUE 0.972 0.000 0.053 NA   NA
 5695511 5695512 SPH_0665 SPH_0666   valS TRUE 0.942 -7.000 0.008 NA   NA
 5695512 5695513 SPH_0666 SPH_0667 valS   FALSE 0.206 81.000 0.000 1.000   NA
 5695513 5695514 SPH_0667 SPH_0668     TRUE 0.761 51.000 0.020 NA   NA
 5695514 5695515 SPH_0668 SPH_0669     TRUE 0.778 24.000 0.000 NA   NA
 5695515 5695516 SPH_0669 SPH_0670     FALSE 0.029 380.000 0.000 NA   NA
 5695516 5695517 SPH_0670 SPH_0673     FALSE 0.023 497.000 0.000 NA   NA
 5695517 5695518 SPH_0673 SPH_0674     FALSE 0.036 300.000 0.000 NA   NA
 5695518 5695519 SPH_0674 SPH_0675     TRUE 0.979 18.000 0.259 1.000   NA
 5695519 5695520 SPH_0675 SPH_0677     TRUE 0.995 13.000 0.318 1.000 Y NA
 5695520 5695521 SPH_0677 SPH_0678   pheS FALSE 0.022 591.000 0.000 1.000 N NA
 5695521 5695522 SPH_0678 SPH_0679 pheS   TRUE 0.953 0.000 0.009 1.000   NA
 5695522 5695523 SPH_0679 SPH_0680   pheT TRUE 0.410 77.000 0.007 1.000   NA
 5695525 5695526 SPH_0682 SPH_0683     FALSE 0.234 79.000 0.000 NA   NA
 5695526 5695527 SPH_0683 SPH_0684   metE FALSE 0.042 260.000 0.000 1.000   NA
 5695527 5695528 SPH_0684 SPH_0685 metE metF TRUE 0.853 64.000 0.050 0.002 Y NA
 5695528 5695529 SPH_0685 SPH_0686 metF pnp FALSE 0.020 685.000 0.000 1.000 N NA
 5695529 5695530 SPH_0686 SPH_0687 pnp cysE TRUE 0.924 16.000 0.006 1.000 N NA
 5695530 5695531 SPH_0687 SPH_0688 cysE   TRUE 0.937 12.000 0.017 1.000   NA
 5695531 5695532 SPH_0688 SPH_0689   cysS TRUE 0.633 53.000 0.002 1.000   NA
 5695532 5695533 SPH_0689 SPH_0690 cysS   TRUE 0.975 -7.000 0.129 1.000   NA
 5695533 5695534 SPH_0690 SPH_0691     TRUE 0.947 4.000 0.017 NA   NA
 5695534 5695535 SPH_0691 SPH_0692     FALSE 0.100 137.000 0.000 NA   NA
 5695535 5695536 SPH_0692 SPH_0693     FALSE 0.093 146.000 0.000 NA   NA
 5695536 5695537 SPH_0693 SPH_0694     FALSE 0.030 353.000 0.000 NA   NA
 5695537 5695538 SPH_0694 SPH_0695     TRUE 0.998 13.000 0.917 1.000 Y NA
 5695538 5695539 SPH_0695 SPH_0696     TRUE 0.983 52.000 0.542 1.000 Y NA
 5695539 5695540 SPH_0696 SPH_0697     TRUE 0.336 312.000 0.409 1.000 N NA
 5695540 5695541 SPH_0697 SPH_0698     TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 5695541 5695542 SPH_0698 SPH_0699   fba FALSE 0.102 141.000 0.000 1.000 N NA
 5695543 5695544 SPH_0700 SPH_0701     FALSE 0.039 258.000 0.000 0.056 N NA
 5695544 5695545 SPH_0701 SPH_0702     TRUE 0.998 10.000 0.947 0.011 Y NA
 5695545 5695546 SPH_0702 SPH_0703     TRUE 0.995 13.000 0.400 0.043 Y NA
 5695546 5695547 SPH_0703 SPH_0704     TRUE 0.992 11.000 0.185 1.000 Y NA
 5695548 5695549 SPH_0705 SPH_0706 recJ   FALSE 0.069 175.000 0.000 1.000   NA
 5695549 5695550 SPH_0706 SPH_0707     TRUE 0.730 69.000 0.143 NA   NA
 5695550 5695551 SPH_0707 SPH_0708     TRUE 0.372 131.000 0.100 NA   NA
 5695551 5695552 SPH_0708 SPH_0709     TRUE 0.996 5.000 0.467 0.008 Y NA
 5695552 5695553 SPH_0709 SPH_0710     TRUE 0.595 79.000 0.087 1.000 N NA
 5695553 5695554 SPH_0710 SPH_0711   uvrC TRUE 0.788 40.000 0.002 1.000 N NA
 5695554 5695555 SPH_0711 SPH_0712 uvrC   TRUE 0.845 -10.000 0.000 1.000   NA
 5695557 5695558 SPH_0714 SPH_0715   pepV TRUE 0.863 13.000 0.000 1.000 N NA
 5695558 5695559 SPH_0715 SPH_0716 pepV   TRUE 0.770 54.000 0.031 NA N NA
 5695559 5695560 SPH_0716 SPH_0717     FALSE 0.085 160.000 0.000 NA   NA
 5695560 5695561 SPH_0717 SPH_0718     TRUE 0.847 16.000 0.000 NA   NA
 5695561 5695562 SPH_0718 SPH_0719   brnQ FALSE 0.076 172.000 0.000 NA   NA
 5695562 5695563 SPH_0719 SPH_0720 brnQ   FALSE 0.160 98.000 0.000 1.000 N NA
 5695563 5695564 SPH_0720 SPH_0721     TRUE 0.985 2.000 0.007 1.000 Y NA
 5695564 5695565 SPH_0721 SPH_0722     TRUE 0.928 15.000 0.007 1.000 N NA
 5695565 5695566 SPH_0722 SPH_0723   rplK FALSE 0.121 123.000 0.000 1.000 N NA
 5695566 5695567 SPH_0723 SPH_0724 rplK rplA TRUE 0.830 208.000 0.838 0.032 Y NA
 5695569 5695570 SPH_0726 SPH_0727     FALSE 0.015 1045.000 0.000 1.000   NA
 5695570 5695571 SPH_0727 SPH_0728     TRUE 0.975 2.000 0.098 NA   NA
 5695571 5695572 SPH_0728 SPH_0729     TRUE 0.973 2.000 0.083 NA   NA
 5695572 5695573 SPH_0729 SPH_0730     TRUE 0.676 39.000 0.000 NA   NA
 5695573 5695574 SPH_0730 SPH_0731     TRUE 0.821 -15.000 0.000 NA   NA
 5695577 5695578 SPH_0734 SPH_0735     FALSE 0.089 155.000 0.000 NA   NA
 5695579 5695580 SPH_0736 SPH_0737     FALSE 0.283 73.000 0.000 NA   NA
 5695580 5695581 SPH_0737 SPH_0738     FALSE 0.019 689.000 0.000 NA   NA
 5695581 5695582 SPH_0738 SPH_0739     TRUE 0.895 38.000 0.000 0.022 Y NA
 5695582 5695583 SPH_0739 SPH_0740     TRUE 0.846 48.000 0.000 0.033 Y NA
 5695583 5695584 SPH_0740 SPH_0741     FALSE 0.132 350.000 0.000 1.000 Y NA
 5695585 5695586 SPH_0742 SPH_0743     TRUE 0.845 -12.000 0.000 NA   NA
 5695589 5695590 SPH_0747 SPH_0748     TRUE 0.813 -16.000 0.000 NA   NA
 5695590 5695591 SPH_0748 SPH_0749     TRUE 0.436 107.000 0.100 NA   NA
 5695591 5695592 SPH_0749 SPH_0751     TRUE 0.858 12.000 0.000 NA   NA
 5695592 5695593 SPH_0751 SPH_0752     FALSE 0.072 179.000 0.000 NA   NA
 5695593 5695594 SPH_0752 SPH_0753     FALSE 0.057 211.000 0.000 1.000   NA
 5695594 5695595 SPH_0753 SPH_0754     TRUE 0.992 20.000 0.250 1.000 Y NA
 5695595 5695596 SPH_0754 SPH_0755     TRUE 0.998 11.000 0.875 1.000 Y NA
 5695596 5695597 SPH_0755 SPH_0756     FALSE 0.172 448.000 0.240 1.000   NA
 5695597 5695598 SPH_0756 SPH_0757     TRUE 0.991 -3.000 0.480 0.012   NA
 5695598 5695599 SPH_0757 SPH_0758     FALSE 0.275 116.000 0.020 NA   NA
 5695599 5695600 SPH_0758 SPH_0759   zmpB TRUE 0.915 22.000 0.020 NA   NA
 5695600 5695601 SPH_0759 SPH_0760 zmpB   TRUE 0.428 75.000 0.006 1.000   NA
 5695601 5695602 SPH_0760 SPH_0761     TRUE 0.951 1.000 0.006 NA   NA
 5695602 5695603 SPH_0761 SPH_0762     TRUE 0.728 50.000 0.006 NA   NA
 5695603 5695604 SPH_0762 SPH_0763     FALSE 0.151 199.000 0.015 NA   NA
 5695604 5695605 SPH_0763 SPH_0764   thyA FALSE 0.283 98.000 0.006 1.000 N NA
 5695607 5695608 SPH_0766 SPH_0767 miaA hflX TRUE 0.952 -7.000 0.027 1.000   NA
 5695608 5695609 SPH_0767 SPH_0768 hflX   TRUE 0.948 -7.000 0.014 NA   NA
 5695609 5695610 SPH_0768 SPH_0769   rnz TRUE 0.940 15.000 0.022 NA   NA
 5695610 5695611 SPH_0769 SPH_0770 rnz   TRUE 0.947 21.000 0.074 1.000   NA
 5695613 5695614 SPH_0772 SPH_0773     TRUE 0.968 0.000 0.035 NA   NA
 5695614 5695615 SPH_0773 SPH_0774     FALSE 0.180 89.000 0.000 NA   NA
 5695617 5695618 SPH_0776 SPH_0777 typA   TRUE 0.921 20.000 0.015 NA   NA
 5695618 5695619 SPH_0777 SPH_0778     FALSE 0.030 364.000 0.000 NA   NA
 5695619 5695620 SPH_0778 SPH_0780     FALSE 0.297 71.000 0.000 NA   NA
 5695620 5695621 SPH_0780 SPH_0781     TRUE 0.889 2.000 0.000 NA   NA
 5695621 5695622 SPH_0781 SPH_0782   murD FALSE 0.146 104.000 0.000 1.000 N NA
 5695622 5695623 SPH_0782 SPH_0783 murD   TRUE 0.991 2.000 0.060 1.000 Y NA
 5695623 5695624 SPH_0783 SPH_0784     TRUE 0.988 10.000 0.072 NA Y NA
 5695624 5695625 SPH_0784 SPH_0785   pyrF FALSE 0.050 266.000 0.000 NA N NA
 5695625 5695626 SPH_0785 SPH_0786 pyrF pyrE TRUE 0.951 34.000 0.006 1.000 Y NA
 5695626 5695627 SPH_0786 SPH_0787 pyrE   FALSE 0.024 461.000 0.000 NA   NA
 5695627 5695628 SPH_0787 SPH_0788     TRUE 0.803 96.000 0.667 NA   NA
 5695628 5695629 SPH_0788 SPH_0789     TRUE 0.995 0.000 0.667 NA   NA
 5695629 5695630 SPH_0789 SPH_0790     TRUE 0.996 4.000 1.000 NA   NA
 5695630 5695631 SPH_0790 SPH_0791     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 5695632 5695633 SPH_0792 SPH_0793     TRUE 0.858 12.000 0.000 NA   NA
 5695633 5695634 SPH_0793 SPH_0795     TRUE 0.901 1.000 0.000 NA   NA
 5695634 5695635 SPH_0795 SPH_0797     TRUE 0.765 -40.000 0.000 NA   NA
 5695636 5695637 SPH_0798 SPH_0799   lysS FALSE 0.101 128.000 0.000 1.000   NA
 5695637 5695638 SPH_0799 SPH_0801 lysS   FALSE 0.020 626.000 0.000 NA   NA
 5695638 5695639 SPH_0801 SPH_0802     FALSE 0.022 555.000 0.000 NA   NA
 5695641 5695642 SPH_0804 SPH_0805 thiM thiE1 TRUE 0.989 2.000 0.061 0.005 Y NA
 5695642 5695643 SPH_0805 SPH_0806 thiE1   FALSE 0.022 559.000 0.000 NA   NA
 5695643 5695644 SPH_0806 SPH_0807     TRUE 0.901 1.000 0.000 NA   NA
 5695644 5695645 SPH_0807 SPH_0808     TRUE 0.889 2.000 0.000 NA   NA
 5695645 5695646 SPH_0808 SPH_0809     TRUE 0.954 11.000 0.050 NA   NA
 5695646 5695647 SPH_0809 SPH_0810   thiW TRUE 0.960 5.000 0.052 NA   NA
 5695647 5695648 SPH_0810 SPH_0811 thiW   TRUE 0.974 0.000 0.059 NA   NA
 5695648 5695649 SPH_0811 SPH_0812   thiE2 TRUE 0.992 -7.000 0.190 0.005 Y NA
 5695651 5695652 SPH_0814 SPH_0815     TRUE 0.981 11.000 0.250 NA   NA
 5695652 5695653 SPH_0815 SPH_0816     TRUE 0.975 10.000 0.167 NA   NA
 5695653 5695654 SPH_0816 SPH_0817   spxB FALSE 0.067 207.000 0.000 1.000 N NA
 5695654 5695655 SPH_0817 SPH_0818 spxB   TRUE 0.403 111.000 0.083 NA   NA
 5695656 5695657 SPH_0819 SPH_0820     TRUE 0.752 -112.000 0.000 NA   NA
 5695657 5695658 SPH_0820 SPH_0821     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5695658 5695659 SPH_0821 SPH_0822     FALSE 0.035 312.000 0.000 NA   NA
 5695660 5695661 SPH_0823 SPH_0824     FALSE 0.018 811.000 0.000 NA   NA
 5695661 5695662 SPH_0824 SPH_0825     TRUE 0.978 1.000 0.000 1.000 Y NA
 5695662 5695663 SPH_0825 SPH_0826     TRUE 0.960 11.000 0.000 0.042 Y NA
 5695663 5695664 SPH_0826 SPH_0827     TRUE 0.851 14.000 0.000 NA   NA
 5695664 5695665 SPH_0827 SPH_0828     FALSE 0.316 69.000 0.000 NA   NA
 5695665 5695666 SPH_0828 SPH_0829     FALSE 0.142 102.000 0.000 NA   NA
 5695666 5695667 SPH_0829 SPH_0830     TRUE 0.799 22.000 0.000 NA   NA
 5695667 5695668 SPH_0830 SPH_0831     FALSE 0.184 87.000 0.000 NA   NA
 5695668 5695669 SPH_0831 SPH_0833     TRUE 0.856 13.000 0.000 NA   NA
 5695670 5695671 SPH_0834 SPH_0835     TRUE 0.490 55.000 0.000 NA   NA
 5695672 5695673 SPH_0836 SPH_0837   manA FALSE 0.070 132.000 0.000 0.025   NA
 5695675 5695676 SPH_0839 SPH_0840     TRUE 0.757 -46.000 0.000 NA   NA
 5695676 5695677 SPH_0840 SPH_0842     TRUE 0.863 7.000 0.000 NA   NA
 5695678 5695679 SPH_0841 SPH_0843     TRUE 0.741 51.000 0.012 NA   NA
 5695679 5695680 SPH_0843 SPH_0844     TRUE 0.645 59.000 0.012 NA   NA
 5695681 5695682 SPH_0845 SPH_0846     TRUE 0.840 19.000 0.000 1.000 N NA
 5695682 5695683 SPH_0846 SPH_0847   upp TRUE 0.845 68.000 0.041 1.000 Y NA
 5695683 5695684 SPH_0847 SPH_0848 upp clpP FALSE 0.162 174.000 0.010 1.000 N NA
 5695684 5695685 SPH_0848 SPH_0849 clpP   TRUE 0.556 79.000 0.065 NA   NA
 5695685 5695686 SPH_0849 SPH_0850     TRUE 0.462 102.000 0.109 NA   NA
 5695686 5695687 SPH_0850 SPH_0851     TRUE 0.465 268.000 0.150 1.000 Y NA
 5695687 5695688 SPH_0851 SPH_0852     TRUE 0.995 4.000 0.363 0.042 Y NA
 5695688 5695689 SPH_0852 SPH_0853     TRUE 0.997 0.000 0.349 1.000 Y NA
 5695689 5695690 SPH_0853 SPH_0854     TRUE 0.993 0.000 0.128 0.031 Y NA
 5695690 5695691 SPH_0854 SPH_0855     FALSE 0.214 307.000 0.214 1.000   NA
 5695691 5695692 SPH_0855 SPH_0856   prfB FALSE 0.055 214.000 0.000 1.000   NA
 5695692 5695693 SPH_0856 SPH_0857 prfB ftsE TRUE 0.953 18.000 0.053 1.000 N NA
 5695693 5695694 SPH_0857 SPH_0858 ftsE   TRUE 0.997 -7.000 0.431 1.000 Y NA
 5695694 5695695 SPH_0858 SPH_0859     FALSE 0.033 286.000 0.000 0.076 N NA
 5695695 5695696 SPH_0859 SPH_0860     TRUE 0.957 52.000 0.610 NA   NA
 5695696 5695697 SPH_0860 SPH_0861     FALSE 0.097 140.000 0.000 NA   NA
 5695697 5695698 SPH_0861 SPH_0862   metK FALSE 0.063 215.000 0.000 1.000 N NA
 5695698 5695699 SPH_0862 SPH_0863 metK   FALSE 0.023 553.000 0.000 1.000 N NA
 5695699 5695700 SPH_0863 SPH_0864   holA TRUE 0.820 34.000 0.002 1.000 N NA
 5695700 5695701 SPH_0864 SPH_0865 holA   FALSE 0.170 173.000 0.012 1.000 N NA
 5695701 5695702 SPH_0865 SPH_0866     FALSE 0.208 157.000 0.021 NA   NA
 5695702 5695703 SPH_0866 SPH_0867     TRUE 0.918 21.000 0.016 NA   NA
 5695703 5695704 SPH_0867 SPH_0868     TRUE 0.958 0.000 0.012 NA   NA
 5695704 5695705 SPH_0868 SPH_0869     TRUE 0.959 2.000 0.027 NA   NA
 5695706 5695707 SPH_0870 SPH_0871     FALSE 0.211 83.000 0.000 NA   NA
 5695707 5695708 SPH_0871 SPH_0872     FALSE 0.023 479.000 0.000 NA   NA
 5695709 5695710 SPH_0873 SPH_0874 rpsP   TRUE 0.982 20.000 0.385 1.000   NA
 5695710 5695711 SPH_0874 SPH_0875     FALSE 0.021 577.000 0.000 NA   NA
 5695711 5695712 SPH_0875 SPH_0876   rimM TRUE 0.725 31.000 0.000 NA   NA
 5695712 5695713 SPH_0876 SPH_0877 rimM trmD TRUE 0.997 -10.000 0.672 1.000 Y NA
 5695713 5695714 SPH_0877 SPH_0878 trmD   TRUE 0.909 12.000 0.002 1.000   NA
 5695717 5695718 SPH_0880 SPH_0882     TRUE 0.405 61.000 0.000 NA   NA
 5695718 5695719 SPH_0882 SPH_0883   gor FALSE 0.066 197.000 0.000 NA   NA
 5695720 5695721 SPH_0884 SPH_0885     TRUE 0.993 -16.000 0.923 1.000 N NA
 5695721 5695722 SPH_0885 SPH_0886     TRUE 0.999 2.000 0.923 1.000 Y NA
 5695722 5695723 SPH_0886 SPH_0887   metG FALSE 0.205 124.000 0.003 1.000 N NA
 5695725 5695726 SPH_0889 SPH_0890     FALSE 0.176 90.000 0.000 NA   NA
 5695726 5695727 SPH_0890 SPH_0891     TRUE 0.990 4.000 0.429 NA   NA
 5695727 5695728 SPH_0891 SPH_0892     TRUE 0.856 -10.000 0.000 NA   NA
 5695728 5695729 SPH_0892 SPH_0893     TRUE 0.775 -28.000 0.000 NA   NA
 5695729 5695730 SPH_0893 SPH_0894     FALSE 0.276 100.000 0.008 NA   NA
 5695730 5695731 SPH_0894 SPH_0895     TRUE 0.994 -7.000 0.710 NA   NA
 5695731 5695732 SPH_0895 SPH_0896     TRUE 0.862 11.000 0.000 1.000 N NA
 5695732 5695733 SPH_0896 SPH_0897     TRUE 0.773 -22.000 0.000 1.000   NA
 5695733 5695734 SPH_0897 SPH_0898     TRUE 0.779 -25.000 0.000 NA   NA
 5695734 5695735 SPH_0898 SPH_0899     FALSE 0.114 123.000 0.000 NA   NA
 5695735 5695736 SPH_0899 SPH_0900     TRUE 0.386 109.000 0.061 1.000 N NA
 5695736 5695737 SPH_0900 SPH_0901     TRUE 0.997 -10.000 0.606 1.000 Y NA
 5695739 5695740 SPH_0903 SPH_0904     FALSE 0.069 200.000 0.000 1.000 N NA
 5695740 5695741 SPH_0904 SPH_0905     TRUE 0.942 10.000 0.019 1.000 N NA
 5695741 5695742 SPH_0905 SPH_0906     TRUE 0.929 11.000 0.008 NA   NA
 5695742 5695743 SPH_0906 SPH_0907     FALSE 0.194 85.000 0.000 NA   NA
 5695743 5695744 SPH_0907 SPH_0908   gyrB TRUE 0.929 15.000 0.013 1.000   NA
 5695744 5695745 SPH_0908 SPH_0909 gyrB ezrA TRUE 0.402 82.000 0.011 1.000 N NA
 5695745 5695746 SPH_0909 SPH_0910 ezrA   FALSE 0.017 987.000 0.000 NA   NA
 5695746 5695747 SPH_0910 SPH_0911     TRUE 0.719 32.000 0.000 NA   NA
 5695747 5695748 SPH_0911 SPH_0912     TRUE 0.788 -22.000 0.000 NA   NA
 5695749 5695750 SPH_0913 SPH_0914     FALSE 0.059 216.000 0.000 NA   NA
 5695750 5695751 SPH_0914 SPH_0915     FALSE 0.056 228.000 0.000 NA   NA
 5695751 5695752 SPH_0915 SPH_0916     TRUE 0.782 -24.000 0.000 NA   NA
 5695752 5695753 SPH_0916 SPH_0917     FALSE 0.102 136.000 0.000 NA   NA
 5695753 5695754 SPH_0917 SPH_0918     FALSE 0.318 165.000 0.114 NA   NA
 5695756 5695757 SPH_0920 SPH_0921     FALSE 0.055 229.000 0.000 NA   NA
 5695758 5695759 SPH_0922 SPH_0923     TRUE 0.998 0.000 0.640 1.000 Y NA
 5695759 5695760 SPH_0923 SPH_0924     FALSE 0.240 133.000 0.017 1.000 N NA
 5695760 5695761 SPH_0924 SPH_0925     FALSE 0.258 142.000 0.030 NA N NA
 5695761 5695762 SPH_0925 SPH_0926   rpiA FALSE 0.173 282.000 0.000 NA Y NA
 5695762 5695763 SPH_0926 SPH_0927 rpiA deoB TRUE 0.982 14.000 0.018 1.000 Y NA
 5695763 5695764 SPH_0927 SPH_0928 deoB   TRUE 0.972 2.000 0.080 NA   NA
 5695764 5695765 SPH_0928 SPH_0929     TRUE 0.962 16.000 0.083 NA   NA
 5695765 5695766 SPH_0929 SPH_0930     FALSE 0.022 476.000 0.000 1.000   NA
 5695766 5695767 SPH_0930 SPH_0931     TRUE 0.842 10.000 0.000 1.000   NA
 5695767 5695768 SPH_0931 SPH_0932     TRUE 0.427 58.000 0.000 1.000   NA
 5695768 5695769 SPH_0932 SPH_0933     FALSE 0.067 196.000 0.000 NA   NA
 5695769 5695770 SPH_0933 SPH_0934   deoD FALSE 0.026 435.000 0.000 NA   NA
 5695771 5695772 SPH_0935 SPH_0936   rpsT TRUE 0.665 53.000 0.002 1.000 N NA
 5695772 5695773 SPH_0936 SPH_0937 rpsT coaA TRUE 0.556 68.000 0.014 1.000 N NA
 5695774 5695775 SPH_0938 SPH_0939     FALSE 0.172 91.000 0.000 NA   NA
 5695775 5695776 SPH_0939 SPH_0940     TRUE 0.865 6.000 0.000 NA   NA
 5695776 5695777 SPH_0940 SPH_0941     TRUE 0.970 -3.000 0.044 1.000 N NA
 5695777 5695778 SPH_0941 SPH_0942   deoC TRUE 0.987 20.000 0.106 1.000 Y NA
 5695778 5695779 SPH_0942 SPH_0943 deoC cdd TRUE 0.984 -13.000 0.051 1.000 Y NA
 5695779 5695780 SPH_0943 SPH_0944 cdd   TRUE 0.598 90.000 0.200 1.000   NA
 5695780 5695781 SPH_0944 SPH_0945     FALSE 0.217 144.000 0.024 1.000   NA
 5695781 5695782 SPH_0945 SPH_0946     TRUE 0.990 -7.000 0.438 1.000   NA
 5695782 5695783 SPH_0946 SPH_0947     TRUE 0.993 3.000 0.720 0.041   NA
 5695783 5695784 SPH_0947 SPH_0948     FALSE 0.194 85.000 0.000 NA   NA
 5695784 5695785 SPH_0948 SPH_0949     FALSE 0.102 136.000 0.000 NA   NA
 5695785 5695786 SPH_0949 SPH_0950     TRUE 0.906 0.000 0.000 NA   NA
 5695788 5695789 SPH_0952 SPH_0953 parE   FALSE 0.117 121.000 0.000 NA   NA
 5695789 5695790 SPH_0953 SPH_0954   parC FALSE 0.081 165.000 0.000 NA   NA
 5695790 5695791 SPH_0954 SPH_0955 parC ilvE TRUE 0.361 132.000 0.086 1.000 N NA
 5695791 5695792 SPH_0955 SPH_0956 ilvE   TRUE 0.480 56.000 0.000 NA   NA
 5695792 5695793 SPH_0956 SPH_0957     TRUE 0.363 65.000 0.000 NA   NA
 5695793 5695794 SPH_0957 SPH_0958     TRUE 0.997 -3.000 0.939 NA   NA
 5695794 5695795 SPH_0958 SPH_0959   pcp TRUE 0.983 15.000 0.300 NA   NA
 5695795 5695796 SPH_0959 SPH_0960 pcp   FALSE 0.079 168.000 0.000 NA   NA
 5695796 5695797 SPH_0960 SPH_0961     TRUE 0.558 50.000 0.000 NA   NA
 5695797 5695798 SPH_0961 SPH_0962     TRUE 0.863 7.000 0.000 NA   NA
 5695798 5695799 SPH_0962 SPH_0963     FALSE 0.087 158.000 0.000 NA   NA
 5695800 5695801 SPH_0964 SPH_0965     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5695801 5695802 SPH_0965 SPH_0966     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5695803 5695804 SPH_0967 SPH_0968     TRUE 0.970 0.000 0.030 NA N NA
 5695804 5695805 SPH_0968 SPH_0969     TRUE 0.414 100.000 0.067 NA   NA
 5695805 5695806 SPH_0969 SPH_0970   sufC FALSE 0.161 149.000 0.003 NA   NA
 5695806 5695807 SPH_0970 SPH_0971 sufC sufD TRUE 0.982 28.000 0.139 1.000 Y NA
 5695807 5695808 SPH_0971 SPH_0972 sufD   TRUE 0.992 11.000 0.606 1.000 N NA
 5695808 5695809 SPH_0972 SPH_0973     TRUE 0.981 -13.000 0.292 1.000 N NA
 5695809 5695810 SPH_0973 SPH_0974   sufB TRUE 0.837 54.000 0.152 0.002 N NA
 5695810 5695811 SPH_0974 SPH_0975 sufB   TRUE 0.873 4.000 0.000 NA   NA
 5695813 5695814 SPH_0977 SPH_2441     FALSE 0.022 534.000 0.000 NA   NA
 5695816 5695817 SPH_0979 SPH_0980   pfkB TRUE 0.998 -3.000 0.721 1.000 Y NA
 5695817 5695818 SPH_0980 SPH_0981 pfkB   TRUE 0.999 -3.000 0.816 1.000 Y NA
 5695818 5695819 SPH_0981 SPH_0982     TRUE 0.814 21.000 0.000 NA   NA
 5695819 5695820 SPH_0982 SPH_0983     TRUE 0.888 -6.000 0.000 NA   NA
 5695822 5695823 SPH_0985 SPH_0986   thiI TRUE 0.987 9.000 0.349 1.000 N NA
 5695823 5695824 SPH_0986 SPH_0987 thiI   FALSE 0.183 137.000 0.005 NA   NA
 5695824 5695825 SPH_0987 SPH_0988     TRUE 0.799 22.000 0.000 NA   NA
 5695825 5695826 SPH_0988 SPH_0989     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5695826 5695827 SPH_0989 SPH_0990     TRUE 0.971 13.000 0.130 NA   NA
 5695827 5695828 SPH_0990 SPH_0991     FALSE 0.046 260.000 0.000 NA   NA
 5695828 5695829 SPH_0991 SPH_0992     FALSE 0.114 123.000 0.000 NA   NA
 5695829 5695830 SPH_0992 SPH_0993     TRUE 0.988 13.000 0.092 0.066 Y NA
 5695830 5695831 SPH_0993 SPH_0994     FALSE 0.169 92.000 0.000 NA   NA
 5695831 5695832 SPH_0994 SPH_0995     TRUE 0.953 -3.000 0.009 NA   NA
 5695832 5695833 SPH_0995 SPH_0996     FALSE 0.112 118.000 0.000 1.000   NA
 5695833 5695834 SPH_0996 SPH_0997     TRUE 0.670 34.000 0.000 0.066 N NA
 5695834 5695835 SPH_0997 SPH_0998     TRUE 0.367 229.000 0.048 0.008 Y NA
 5695835 5695836 SPH_0998 SPH_0999     FALSE 0.043 271.000 0.000 NA   NA
 5695837 5695838 SPH_1000 SPH_1001     TRUE 0.832 17.000 0.000 1.000   NA
 5695839 5695840 SPH_1002 SPH_1003   pfkA TRUE 0.577 83.000 0.098 1.000 N NA
 5695840 5695841 SPH_1003 SPH_1004 pfkA pyk TRUE 0.946 59.000 0.261 0.005 Y NA
 5695842 5695843 SPH_1005 SPH_1006     FALSE 0.020 637.000 0.000 NA   NA
 5695846 5695847 SPH_1009 SPH_1010     TRUE 0.873 4.000 0.000 NA   NA
 5695848 5695849 SPH_1011 SPH_1012     TRUE 0.996 -3.000 0.841 NA   NA
 5695849 5695850 SPH_1012 SPH_1013     TRUE 0.977 1.000 0.091 NA   NA
 5695851 5695852 SPH_1014 SPH_1015     TRUE 0.975 -13.000 0.215 NA   NA
 5695852 5695853 SPH_1015 SPH_1016     TRUE 0.731 59.000 0.051 NA   NA
 5695854 5695855 SPH_1017 SPH_1018     FALSE 0.095 142.000 0.000 NA   NA
 5695856 5695857 SPH_1019 SPH_1020     TRUE 0.996 2.000 0.855 1.000   NA
 5695858 5695859 SPH_1021 SPH_1022     TRUE 0.758 26.000 0.000 NA   NA
 5695859 5695860 SPH_1022 SPH_1023     FALSE 0.102 136.000 0.000 NA   NA
 5695860 5695861 SPH_1023 SPH_1024     FALSE 0.053 233.000 0.000 NA   NA
 5695864 5695865 SPH_1027 SPH_1028 speE lys TRUE 0.990 -3.000 0.036 1.000 Y NA
 5695865 5695866 SPH_1028 SPH_1029 lys nspC TRUE 0.998 0.000 0.444 1.000 Y NA
 5695866 5695867 SPH_1029 SPH_1030 nspC aguA TRUE 0.989 -3.000 0.025 1.000 Y NA
 5695867 5695868 SPH_1030 SPH_1031 aguA aguB TRUE 0.962 10.000 0.084 1.000   NA
 5695870 5695871 SPH_1033 SPH_1034     TRUE 0.501 54.000 0.000 NA   NA
 5695873 5695874 SPH_1036 SPH_1037   lspA TRUE 0.981 -3.000 0.119 1.000 N NA
 5695874 5695875 SPH_1037 SPH_1038 lspA rluD TRUE 0.965 -10.000 0.082 1.000 N NA
 5695875 5695876 SPH_1038 SPH_1039 rluD   TRUE 0.867 3.000 0.000 1.000   NA
 5695876 5695877 SPH_1039 SPH_1040   proB FALSE 0.133 101.000 0.000 1.000   NA
 5695877 5695878 SPH_1040 SPH_1041 proB proA TRUE 0.993 10.000 0.281 0.002 Y NA
 5695878 5695879 SPH_1041 SPH_1042 proA proC TRUE 0.963 4.000 0.000 0.002 Y NA
 5695879 5695880 SPH_1042 SPH_1043 proC tmk FALSE 0.061 220.000 0.000 1.000 N NA
 5695880 5695881 SPH_1043 SPH_1044 tmk   TRUE 0.988 -3.000 0.254 1.000 N NA
 5695881 5695882 SPH_1044 SPH_1045     TRUE 0.866 40.000 0.038 NA   NA
 5695882 5695883 SPH_1045 SPH_1046     TRUE 0.960 3.000 0.043 NA   NA
 5695883 5695884 SPH_1046 SPH_1047   trmFO FALSE 0.095 135.000 0.000 1.000   NA
 5695884 5695885 SPH_1047 SPH_1048 trmFO pyrH TRUE 0.327 84.000 0.002 1.000 N NA
 5695885 5695886 SPH_1048 SPH_1049 pyrH frr TRUE 0.992 9.000 0.626 1.000 N NA
 5695886 5695887 SPH_1049 SPH_1050 frr   TRUE 0.911 21.000 0.012 NA   NA
 5695887 5695888 SPH_1050 SPH_1051     TRUE 0.937 9.000 0.013 NA   NA
 5695888 5695889 SPH_1051 SPH_1052     TRUE 0.348 86.000 0.010 NA   NA
 5695889 5695890 SPH_1052 SPH_1053     FALSE 0.229 108.000 0.002 1.000 N NA
 5695890 5695891 SPH_1053 SPH_1054     TRUE 0.733 68.000 0.125 1.000 N NA
 5695891 5695892 SPH_1054 SPH_1055     TRUE 0.881 -16.000 0.002 1.000   NA
 5695892 5695893 SPH_1055 SPH_1056     FALSE 0.057 221.000 0.000 NA   NA
 5695893 5695894 SPH_1056 SPH_1057     TRUE 0.719 32.000 0.000 NA   NA
 5695894 5695895 SPH_1057 SPH_1058     TRUE 0.991 4.000 0.500 NA   NA
 5695897 5695898 SPH_1060 SPH_1061 infC rpmI TRUE 0.994 33.000 0.652 1.000 Y NA
 5695898 5695899 SPH_1061 SPH_1062 rpmI rplT TRUE 0.989 52.000 0.928 0.022 Y NA
 5695899 5695900 SPH_1062 SPH_1063 rplT   TRUE 0.621 58.000 0.003 1.000 N NA
 5695900 5695901 SPH_1063 SPH_1064     FALSE 0.052 250.000 0.000 1.000 N NA
 5695901 5695902 SPH_1064 SPH_1065     TRUE 0.992 11.000 0.592 1.000 N NA
 5695902 5695903 SPH_1065 SPH_1067     FALSE 0.250 99.000 0.005 1.000   NA
 5695905 5695906 SPH_1068 SPH_1069     TRUE 0.926 -19.000 0.035 NA   NA
 5695906 5695907 SPH_1069 SPH_1070   era TRUE 0.954 17.000 0.063 1.000   NA
 5695907 5695908 SPH_1070 SPH_1071 era mutM TRUE 0.913 15.000 0.004 1.000   NA
 5695908 5695909 SPH_1071 SPH_1072 mutM coaE TRUE 0.976 0.000 0.066 1.000 N NA
 5695909 5695910 SPH_1072 SPH_1073 coaE   TRUE 0.920 -13.000 0.007 1.000 N NA
 5695910 5695911 SPH_1073 SPH_1074   rpmG1 TRUE 0.960 0.000 0.012 1.000 N NA
 5695911 5695912 SPH_1074 SPH_1075 rpmG1 secG TRUE 0.831 40.000 0.012 1.000 N NA
 5695912 5695913 SPH_1075 SPH_1076 secG rnr TRUE 0.412 102.000 0.064 1.000 N NA
 5695913 5695914 SPH_1076 SPH_1077 rnr smpB TRUE 0.945 -37.000 0.143 0.027 N NA
 5695914 5695915 SPH_1077 SPH_1078 smpB tehB TRUE 0.912 16.000 0.002 1.000 N NA
 5695915 5695916 SPH_1078 SPH_1079 tehB   FALSE 0.283 73.000 0.000 NA   NA
 5695916 5695917 SPH_1079 SPH_1080   pepF1 TRUE 0.973 19.000 0.204 NA   NA
 5695917 5695918 SPH_1080 SPH_1081 pepF1   TRUE 0.955 2.000 0.024 1.000   NA
 5695918 5695919 SPH_1081 SPH_1082     TRUE 0.552 67.000 0.016 1.000   NA
 5695920 5695921 SPH_1083 SPH_1084     TRUE 0.807 -10.000 0.000 0.065   NA
 5695921 5695922 SPH_1084 SPH_1085     FALSE 0.019 626.000 0.000 1.000   NA
 5695922 5695923 SPH_1085 SPH_1086     TRUE 0.962 0.000 0.018 NA   NA
 5695923 5695924 SPH_1086 SPH_1087     TRUE 0.958 0.000 0.012 NA   NA
 5695924 5695925 SPH_1087 SPH_1088     TRUE 0.433 95.000 0.062 NA   NA
 5695926 5695927 SPH_1089 SPH_1090 glmU   TRUE 0.939 10.000 0.015 1.000 N NA
 5695927 5695928 SPH_1090 SPH_1091     TRUE 0.945 12.000 0.025 NA   NA
 5695928 5695929 SPH_1091 SPH_1092   mtnN TRUE 0.947 17.000 0.041 NA   NA
 5695929 5695930 SPH_1092 SPH_1093 mtnN   FALSE 0.180 89.000 0.000 NA   NA
 5695930 5695931 SPH_1093 SPH_1094     TRUE 0.407 98.000 0.057 NA   NA
 5695931 5695932 SPH_1094 SPH_1095     TRUE 0.970 9.000 0.105 1.000 N NA
 5695932 5695933 SPH_1095 SPH_1096     FALSE 0.060 214.000 0.000 NA   NA
 5695933 5695934 SPH_1096 SPH_1097     FALSE 0.086 159.000 0.000 NA   NA
 5695934 5695935 SPH_1097 SPH_1098     FALSE 0.084 161.000 0.000 NA   NA
 5695935 5695936 SPH_1098 SPH_1099     TRUE 0.647 42.000 0.000 NA   NA
 5695936 5695937 SPH_1099 SPH_1100     FALSE 0.054 231.000 0.000 NA   NA
 5695937 5695938 SPH_1100 SPH_1101     TRUE 0.996 11.000 0.500 1.000 Y NA
 5695938 5695939 SPH_1101 SPH_1102     FALSE 0.031 374.000 0.000 1.000 N NA
 5695939 5695940 SPH_1102 SPH_1103     FALSE 0.100 143.000 0.000 1.000 N NA
 5695940 5695941 SPH_1103 SPH_1104     TRUE 0.990 8.000 0.500 NA   NA
 5695941 5695942 SPH_1104 SPH_1105     FALSE 0.062 211.000 0.000 NA   NA
 5695942 5695943 SPH_1105 SPH_1106     FALSE 0.018 830.000 0.000 NA   NA
 5695943 5695944 SPH_1106 SPH_1107     TRUE 0.666 40.000 0.000 NA   NA
 5695944 5695945 SPH_1107 SPH_1108     FALSE 0.037 295.000 0.000 NA   NA
 5695945 5695946 SPH_1108 SPH_1109     TRUE 0.755 -49.000 0.000 NA   NA
 5695949 5695950 SPH_1112 SPH_1113 mscL   FALSE 0.291 82.000 0.003 0.052   NA
 5695951 5695952 SPH_1114 SPH_1115     FALSE 0.146 100.000 0.000 NA   NA
 5695954 5695955 SPH_1117 SPH_1118 asd dapA TRUE 0.925 56.000 0.063 1.000 Y NA
 5695956 5695957 SPH_1119 SPH_1120 trmE   FALSE 0.162 137.000 0.003 1.000   NA
 5695958 5695959 SPH_1121 SPH_1122 tdk   TRUE 0.917 -10.000 0.004 1.000   NA
 5695959 5695960 SPH_1122 SPH_1123   prfA TRUE 0.905 10.000 0.002 1.000   NA
 5695960 5695961 SPH_1123 SPH_1124 prfA hemK TRUE 0.993 0.000 0.084 1.000 Y NA
 5695961 5695962 SPH_1124 SPH_1125 hemK   TRUE 0.979 -16.000 0.029 NA Y NA
 5695962 5695963 SPH_1125 SPH_1126     TRUE 0.951 2.000 0.012 NA   NA
 5695963 5695964 SPH_1126 SPH_1127   glyA TRUE 0.699 62.000 0.056 1.000   NA
 5695964 5695965 SPH_1127 SPH_1128 glyA   TRUE 0.969 8.000 0.103 NA   NA
 5695965 5695966 SPH_1128 SPH_1129     TRUE 0.981 0.000 0.128 NA   NA
 5695966 5695967 SPH_1129 SPH_1130     TRUE 0.507 74.000 0.019 NA   NA
 5695967 5695968 SPH_1130 SPH_1131   rumA TRUE 0.506 74.000 0.019 NA   NA
 5695968 5695969 SPH_1131 SPH_1132 rumA   FALSE 0.020 749.000 0.000 1.000 N NA
 5695969 5695970 SPH_1132 SPH_1133     TRUE 0.984 4.000 0.250 NA   NA
 5695970 5695971 SPH_1133 SPH_1134     FALSE 0.119 120.000 0.000 NA   NA
 5695971 5695972 SPH_1134 SPH_1135     TRUE 0.998 -10.000 0.778 1.000 Y NA
 5695972 5695973 SPH_1135 SPH_1136     TRUE 0.998 0.000 0.800 0.039 Y NA
 5695973 5695974 SPH_1136 SPH_1137     TRUE 0.996 0.000 0.250 1.000 Y NA
 5695974 5695975 SPH_1137 SPH_1138     FALSE 0.020 568.000 0.000 1.000   NA
 5695975 5695976 SPH_1138 SPH_1139     FALSE 0.084 161.000 0.000 NA   NA
 5695976 5695977 SPH_1139 SPH_1140     FALSE 0.019 684.000 0.000 NA   NA
 5695977 5695978 SPH_1140 SPH_1141     TRUE 0.727 92.000 0.400 NA   NA
 5695978 5695979 SPH_1141 SPH_1142     FALSE 0.043 268.000 0.000 NA   NA
 5695979 5695980 SPH_1142 SPH_1143     FALSE 0.033 322.000 0.000 NA   NA
 5695980 5695981 SPH_1143 SPH_1144     TRUE 0.779 62.000 0.125 NA   NA
 5695981 5695982 SPH_1144 SPH_1145     TRUE 0.449 58.000 0.000 NA   NA
 5695982 5695983 SPH_1145 SPH_1146     TRUE 0.410 112.000 0.077 NA N NA
 5695983 5695984 SPH_1146 SPH_1147     FALSE 0.087 163.000 0.000 1.000 N NA
 5695984 5695985 SPH_1147 SPH_1148     FALSE 0.101 275.000 0.016 NA   NA
 5695985 5695986 SPH_1148 SPH_1149     TRUE 0.480 56.000 0.000 NA   NA
 5695986 5695987 SPH_1149 SPH_1150     FALSE 0.154 97.000 0.000 NA   NA
 5695987 5695988 SPH_1150 SPH_1151     TRUE 0.737 29.000 0.000 NA   NA
 5695988 5695989 SPH_1151 SPH_1152     FALSE 0.049 249.000 0.000 NA   NA
 5695989 5695990 SPH_1152 SPH_1153     FALSE 0.136 105.000 0.000 NA   NA
 5695990 5695991 SPH_1153 SPH_1154     FALSE 0.045 264.000 0.000 NA   NA
 5695991 5695992 SPH_1154 SPH_1155   ppc TRUE 0.934 20.000 0.028 1.000 N NA
 5695992 5695993 SPH_1155 SPH_1157 ppc   FALSE 0.027 413.000 0.000 NA   NA
 5695993 5695994 SPH_1157 SPH_1159     TRUE 0.849 69.000 0.368 NA   NA
 5695994 5695995 SPH_1159 SPH_1160   dnaG FALSE 0.016 845.000 0.000 1.000   NA
 5695995 5695996 SPH_1160 SPH_1161 dnaG   TRUE 0.982 3.000 0.209 1.000 N NA
 5695996 5695997 SPH_1161 SPH_1162     TRUE 0.951 14.000 0.044 NA   NA
 5695997 5695998 SPH_1162 SPH_1163     FALSE 0.275 115.000 0.019 NA   NA
 5695998 5695999 SPH_1163 SPH_1164     TRUE 0.995 16.000 0.413 0.011 Y NA
 5695999 5696000 SPH_1164 SPH_1165     TRUE 0.942 14.000 0.016 NA N NA
 5696000 5696001 SPH_1165 SPH_1166     TRUE 0.833 59.000 0.167 NA   NA
 5696001 5696002 SPH_1166 SPH_1167     TRUE 0.510 70.000 0.011 NA   NA
 5696002 5696003 SPH_1167 SPH_1168     TRUE 0.930 10.000 0.009 NA   NA
 5696004 5696005 SPH_1169 SPH_1170     TRUE 0.697 36.000 0.000 NA   NA
 5696008 5696009 SPH_1173 SPH_1174 murA1   TRUE 0.955 16.000 0.052 1.000 N NA
 5696009 5696010 SPH_1174 SPH_1175     TRUE 0.989 -7.000 0.342 1.000 N NA
 5696010 5696011 SPH_1175 SPH_1176   map TRUE 0.980 16.000 0.235 1.000 N NA
 5696011 5696012 SPH_1176 SPH_1177 map   FALSE 0.056 225.000 0.000 NA   NA
 5696012 5696013 SPH_1177 SPH_1178     FALSE 0.308 70.000 0.000 NA   NA
 5696013 5696014 SPH_1178 SPH_1179   pcrA FALSE 0.068 192.000 0.000 NA   NA
 5696014 5696015 SPH_1179 SPH_1181 pcrA   TRUE 0.916 43.000 0.005 0.015 Y NA
 5696016 5696017 SPH_1180 SPH_1182     TRUE 0.992 18.000 0.714 1.000   NA
 5696017 5696018 SPH_1182 SPH_1183     TRUE 0.611 83.000 0.143 NA   NA
 5696018 5696019 SPH_1183 SPH_1184     TRUE 0.525 80.000 0.056 NA   NA
 5696019 5696020 SPH_1184 SPH_1185     TRUE 0.977 5.000 0.166 NA   NA
 5696020 5696021 SPH_1185 SPH_1186     TRUE 0.989 10.000 0.089 1.000 Y NA
 5696021 5696022 SPH_1186 SPH_1187     TRUE 0.452 113.000 0.145 1.000   NA
 5696023 5696024 SPH_1188 SPH_1189     TRUE 0.990 -16.000 0.725 1.000   NA
 5696024 5696025 SPH_1189 SPH_1190     TRUE 0.983 -3.000 0.150 1.000 N NA
 5696025 5696026 SPH_1190 SPH_1191   pta TRUE 0.872 44.000 0.067 1.000 N NA
 5696027 5696028 SPH_1192 SPH_1193     TRUE 0.759 -45.000 0.000 NA   NA
 5696028 5696029 SPH_1193 SPH_1194     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5696029 5696030 SPH_1194 SPH_1195     FALSE 0.071 182.000 0.000 NA   NA
 5696031 5696032 SPH_1196 SPH_1197   rplU FALSE 0.070 188.000 0.000 NA   NA
 5696032 5696033 SPH_1197 SPH_1198 rplU   TRUE 0.993 16.000 0.208 NA Y NA
 5696033 5696034 SPH_1198 SPH_1199   rpmA TRUE 0.992 17.000 0.203 NA Y NA
 5696035 5696036 SPH_1200 SPH_1201     TRUE 0.775 -28.000 0.000 NA   NA
 5696039 5696040 SPH_1204 SPH_1205     TRUE 0.430 107.000 0.098 NA   NA
 5696040 5696041 SPH_1205 SPH_1207     FALSE 0.024 426.000 0.000 1.000   NA
 5696041 5696042 SPH_1207 SPH_1208     TRUE 0.947 3.000 0.019 1.000   NA
 5696042 5696043 SPH_1208 SPH_1209     TRUE 0.853 80.000 0.600 NA   NA
 5696043 5696044 SPH_1209 SPH_1210   ligA FALSE 0.264 93.000 0.002 NA   NA
 5696044 5696045 SPH_1210 SPH_1211 ligA pulA FALSE 0.219 112.000 0.002 1.000 N NA
 5696045 5696046 SPH_1211 SPH_1212 pulA   TRUE 0.542 51.000 0.000 NA   NA
 5696046 5696047 SPH_1212 SPH_1213     FALSE 0.032 333.000 0.000 NA   NA
 5696047 5696048 SPH_1213 SPH_1214   glgB FALSE 0.025 483.000 0.000 1.000 N NA
 5696048 5696049 SPH_1214 SPH_1215 glgB glgC TRUE 0.994 -10.000 0.317 0.002 Y NA
 5696049 5696050 SPH_1215 SPH_1216 glgC glgD TRUE 0.997 -10.000 0.810 0.001 Y NA
 5696050 5696051 SPH_1216 SPH_1217 glgD   TRUE 0.997 -3.000 0.395 1.000 Y NA
 5696051 5696052 SPH_1217 SPH_1219     TRUE 0.429 59.000 0.000 NA   NA
 5696052 5696053 SPH_1219 SPH_1221     TRUE 0.859 9.000 0.000 NA   NA
 5696056 5696057 SPH_1223 SPH_1224     FALSE 0.027 413.000 0.000 NA   NA
 5696058 5696059 SPH_1225 SPH_1226 rexB addA TRUE 0.991 -3.000 0.070 0.063 Y NA
 5696059 5696060 SPH_1226 SPH_1227 addA   TRUE 0.854 11.000 0.000 NA   NA
 5696060 5696061 SPH_1227 SPH_1228     TRUE 0.856 13.000 0.000 NA   NA
 5696061 5696062 SPH_1228 SPH_1229     FALSE 0.025 438.000 0.000 NA   NA
 5696064 5696065 SPH_1231 SPH_1232     TRUE 0.990 -3.000 0.333 NA   NA
 5696065 5696066 SPH_1232 SPH_1233     TRUE 0.660 99.000 0.333 NA   NA
 5696066 5696067 SPH_1233 SPH_1234     TRUE 0.813 -16.000 0.000 NA   NA
 5696067 5696068 SPH_1234 SPH_1235     TRUE 0.879 -7.000 0.000 NA   NA
 5696068 5696069 SPH_1235 SPH_1236     TRUE 0.856 13.000 0.000 NA   NA
 5696069 5696070 SPH_1236 SPH_1237     TRUE 0.877 3.000 0.000 NA   NA
 5696070 5696071 SPH_1237 SPH_1238     FALSE 0.108 130.000 0.000 NA   NA
 5696071 5696072 SPH_1238 SPH_1239     TRUE 0.906 0.000 0.000 NA   NA
 5696072 5696073 SPH_1239 SPH_1240     FALSE 0.040 282.000 0.000 NA   NA
 5696073 5696074 SPH_1240 SPH_1241     TRUE 0.856 -10.000 0.000 NA   NA
 5696074 5696075 SPH_1241 SPH_1242     TRUE 0.906 0.000 0.000 NA   NA
 5696075 5696076 SPH_1242 SPH_1243     TRUE 0.814 21.000 0.000 NA   NA
 5696076 5696077 SPH_1243 SPH_1244     TRUE 0.844 17.000 0.000 NA   NA
 5696077 5696078 SPH_1244 SPH_1245     TRUE 0.501 54.000 0.000 NA   NA
 5696078 5696079 SPH_1245 SPH_1246     TRUE 0.879 -7.000 0.000 NA   NA
 5696079 5696080 SPH_1246 SPH_1247     TRUE 0.858 12.000 0.000 NA   NA
 5696080 5696081 SPH_1247 SPH_1248     FALSE 0.052 238.000 0.000 NA   NA
 5696081 5696082 SPH_1248 SPH_1249     FALSE 0.090 152.000 0.000 NA   NA
 5696082 5696083 SPH_1249 SPH_1251     TRUE 0.575 48.000 0.000 NA   NA
 5696083 5696084 SPH_1251 SPH_1252     FALSE 0.273 75.000 0.000 NA   NA
 5696084 5696085 SPH_1252 SPH_1253     TRUE 0.995 14.000 1.000 NA   NA
 5696085 5696086 SPH_1253 SPH_1254     FALSE 0.019 730.000 0.000 NA   NA
 5696086 5696087 SPH_1254 SPH_1255     TRUE 0.603 45.000 0.000 NA   NA
 5696087 5696088 SPH_1255 SPH_1256     FALSE 0.033 328.000 0.000 NA   NA
 5696088 5696089 SPH_1256 SPH_1257     FALSE 0.028 404.000 0.000 NA   NA
 5696089 5696090 SPH_1257 SPH_1258     TRUE 0.854 10.000 0.000 NA   NA
 5696090 5696091 SPH_1258 SPH_1259     TRUE 0.542 51.000 0.000 NA   NA
 5696091 5696092 SPH_1259 SPH_1260     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5696092 5696093 SPH_1260 SPH_1261     TRUE 0.683 38.000 0.000 NA   NA
 5696093 5696094 SPH_1261 SPH_1262     FALSE 0.044 266.000 0.000 NA   NA
 5696094 5696095 SPH_1262 SPH_1263     TRUE 0.898 0.000 0.000 1.000   NA
 5696095 5696096 SPH_1263 SPH_1264     FALSE 0.024 476.000 0.000 NA   NA
 5696096 5696097 SPH_1264 SPH_1265     FALSE 0.052 239.000 0.000 NA   NA
 5696097 5696098 SPH_1265 SPH_1266     FALSE 0.077 171.000 0.000 NA   NA
 5696100 5696101 SPH_1269 SPH_1270     FALSE 0.068 177.000 0.000 1.000   NA
 5696101 5696102 SPH_1270 SPH_1271     FALSE 0.119 120.000 0.000 NA   NA
 5696102 5696103 SPH_1271 SPH_1272     TRUE 0.945 4.000 0.015 NA   NA
 5696103 5696104 SPH_1272 SPH_1273     FALSE 0.033 329.000 0.000 NA   NA
 5696104 5696105 SPH_1273 SPH_1274     TRUE 0.966 -13.000 0.148 1.000   NA
 5696105 5696106 SPH_1274 SPH_1275     TRUE 0.914 16.000 0.002 1.000 N NA
 5696106 5696107 SPH_1275 SPH_1277     FALSE 0.022 586.000 0.000 1.000 N NA
 5696107 5696108 SPH_1277 SPH_1278     TRUE 0.443 95.000 0.000 0.062 Y NA
 5696108 5696109 SPH_1278 SPH_1279     FALSE 0.274 162.000 0.000 0.062 Y NA
 5696110 5696111 SPH_1280 SPH_1281     FALSE 0.041 285.000 0.000 1.000 N NA
 5696111 5696112 SPH_1281 SPH_1282     TRUE 0.928 13.000 0.005 1.000 N NA
 5696112 5696113 SPH_1282 SPH_1283   ung TRUE 0.985 10.000 0.043 1.000 Y NA
 5696113 5696114 SPH_1283 SPH_1284 ung   TRUE 0.630 62.000 0.024 1.000   NA
 5696114 5696115 SPH_1284 SPH_1285     FALSE 0.113 125.000 0.000 NA   NA
 5696115 5696116 SPH_1285 SPH_1286     FALSE 0.031 351.000 0.000 NA   NA
 5696116 5696117 SPH_1286 SPH_1287     TRUE 0.950 22.000 0.000 1.000 Y NA
 5696117 5696118 SPH_1287 SPH_1288     FALSE 0.103 135.000 0.000 NA   NA
 5696118 5696119 SPH_1288 SPH_1289     FALSE 0.076 172.000 0.000 NA   NA
 5696119 5696120 SPH_1289 SPH_1290     FALSE 0.019 582.000 0.000 1.000   NA
 5696120 5696121 SPH_1290 SPH_1291     TRUE 0.986 0.000 0.211 1.000   NA
 5696121 5696122 SPH_1291 SPH_1292   dhaK1 TRUE 0.990 22.000 0.316 0.002 Y NA
 5696123 5696124 SPH_1293 SPH_1294   dhaK2 TRUE 0.994 -3.000 0.625 1.000   NA
 5696125 5696126 SPH_1295 SPH_1296     TRUE 0.693 58.000 0.022 NA   NA
 5696126 5696127 SPH_1296 SPH_1297   ptsP FALSE 0.243 134.000 0.022 NA   NA
 5696127 5696128 SPH_1297 SPH_1298 ptsP   TRUE 0.992 15.000 0.240 0.019 Y NA
 5696129 5696130 SPH_1299 SPH_1300     TRUE 0.843 81.000 0.562 1.000 N NA
 5696130 5696131 SPH_1300 SPH_1301     TRUE 0.747 188.000 0.500 0.001 Y NA
 5696131 5696132 SPH_1301 SPH_1302     FALSE 0.232 182.000 0.056 1.000 N NA
 5696133 5696134 SPH_1303 SPH_1304   lacG2 TRUE 0.965 43.000 0.500 NA   NA
 5696134 5696135 SPH_1304 SPH_1305 lacG2   TRUE 0.588 215.000 0.200 1.000 Y NA
 5696135 5696136 SPH_1305 SPH_1306     TRUE 0.998 0.000 0.600 0.019 Y NA
 5696136 5696137 SPH_1306 SPH_1307     TRUE 0.973 36.000 0.500 1.000   NA
 5696137 5696138 SPH_1307 SPH_1308   lacD FALSE 0.049 234.000 0.000 1.000   NA
 5696138 5696139 SPH_1308 SPH_1309 lacD lacC TRUE 0.998 2.000 0.800 0.001 Y NA
 5696139 5696140 SPH_1309 SPH_1310 lacC lacB TRUE 0.996 11.000 0.500 1.000 Y NA
 5696140 5696141 SPH_1310 SPH_1311 lacB lacA TRUE 0.986 31.000 0.333 0.001 Y NA
 5696141 5696142 SPH_1311 SPH_1312 lacA   FALSE 0.081 157.000 0.000 1.000   NA
 5696142 5696143 SPH_1312 SPH_1313     FALSE 0.072 169.000 0.000 1.000   NA
 5696143 5696144 SPH_1313 SPH_1314     FALSE 0.095 142.000 0.000 NA   NA
 5696144 5696145 SPH_1314 SPH_1315     TRUE 0.862 8.000 0.000 NA   NA
 5696145 5696146 SPH_1315 SPH_1316     TRUE 0.683 38.000 0.000 NA   NA
 5696148 5696149 SPH_1318 SPH_1319 lepA   TRUE 0.333 79.000 0.002 1.000   NA
 5696149 5696150 SPH_1319 SPH_1320   recN TRUE 0.938 2.000 0.005 1.000   NA
 5696150 5696151 SPH_1320 SPH_1321 recN   TRUE 0.954 7.000 0.037 1.000 N NA
 5696151 5696152 SPH_1321 SPH_1322   tylA TRUE 0.964 -7.000 0.048 1.000 N NA
 5696152 5696153 SPH_1322 SPH_1323 tylA   TRUE 0.967 -7.000 0.058 1.000 N NA
 5696153 5696154 SPH_1323 SPH_1324   xseB TRUE 0.979 -3.000 0.100 1.000 N NA
 5696154 5696155 SPH_1324 SPH_1325 xseB xseA TRUE 0.992 -22.000 0.412 0.001 Y NA
 5696155 5696156 SPH_1325 SPH_1326 xseA udk FALSE 0.193 128.000 0.002 1.000 N NA
 5696156 5696157 SPH_1326 SPH_1327 udk   FALSE 0.133 108.000 0.000 NA   NA
 5696157 5696158 SPH_1327 SPH_1328   truB FALSE 0.051 241.000 0.000 NA   NA
 5696158 5696159 SPH_1328 SPH_1329 truB   TRUE 0.936 10.000 0.014 NA   NA
 5696159 5696160 SPH_1329 SPH_1330     FALSE 0.157 96.000 0.000 NA   NA
 5696160 5696161 SPH_1330 SPH_1332     FALSE 0.093 148.000 0.000 NA   NA
 5696161 5696162 SPH_1332 SPH_1333     FALSE 0.058 244.000 0.000 NA N NA
 5696162 5696163 SPH_1333 SPH_1334   gyrA TRUE 0.963 0.000 0.013 NA N NA
 5696165 5696166 SPH_1336 SPH_1337     TRUE 0.587 47.000 0.000 NA   NA
 5696166 5696167 SPH_1337 SPH_1338     TRUE 0.991 2.000 0.400 NA   NA
 5696167 5696168 SPH_1338 SPH_1339     FALSE 0.172 91.000 0.000 NA   NA
 5696168 5696169 SPH_1339 SPH_1340     TRUE 0.961 2.000 0.038 1.000   NA
 5696169 5696170 SPH_1340 SPH_1341     TRUE 0.997 -7.000 0.597 0.010 Y NA
 5696170 5696171 SPH_1341 SPH_1342   mutY TRUE 0.648 55.000 0.002 1.000 N NA
 5696171 5696172 SPH_1342 SPH_1343 mutY   FALSE 0.203 84.000 0.000 NA   NA
 5696172 5696173 SPH_1343 SPH_1344   fhs TRUE 0.854 11.000 0.000 NA   NA
 5696174 5696175 SPH_1345 SPH_1346 coaB coaC TRUE 0.933 12.000 0.013 1.000   NA
 5696175 5696176 SPH_1346 SPH_1347 coaC   TRUE 0.921 -16.000 0.019 NA   NA
 5696176 5696177 SPH_1347 SPH_1348     FALSE 0.120 264.000 0.026 NA   NA
 5696177 5696178 SPH_1348 SPH_1350     TRUE 0.969 12.000 0.107 NA   NA
 5696179 5696180 SPH_1349 SPH_1351     TRUE 0.498 74.000 0.021 1.000   NA
 5696180 5696181 SPH_1351 SPH_1352     TRUE 0.860 -34.000 0.014 0.010   NA
 5696181 5696182 SPH_1352 SPH_1353   uvrB TRUE 0.915 10.000 0.002 1.000 N NA
 5696182 5696183 SPH_1353 SPH_1355 uvrB   FALSE 0.252 77.000 0.000 NA   NA
 5696184 5696185 SPH_1356 SPH_1357     TRUE 0.997 0.000 0.326 1.000 Y NA
 5696185 5696186 SPH_1357 SPH_1358   zwf FALSE 0.225 149.000 0.021 1.000 N NA
 5696187 5696188 SPH_1359 SPH_1360     TRUE 0.918 4.000 0.005 0.069   NA
 5696188 5696189 SPH_1360 SPH_1361     TRUE 0.974 0.000 0.103 0.016   NA
 5696189 5696190 SPH_1361 SPH_1362   smc TRUE 0.947 -3.000 0.006 1.000   NA
 5696190 5696191 SPH_1362 SPH_1363 smc rnc TRUE 0.974 -9.000 0.120 1.000 N NA
 5696191 5696192 SPH_1363 SPH_1364 rnc   FALSE 0.072 179.000 0.000 NA   NA
 5696192 5696193 SPH_1364 SPH_1365   guaC TRUE 0.380 63.000 0.000 NA   NA
 5696193 5696194 SPH_1365 SPH_1366 guaC   FALSE 0.159 103.000 0.000 NA N NA
 5696194 5696195 SPH_1366 SPH_1367     TRUE 0.996 -13.000 0.467 NA Y NA
 5696195 5696196 SPH_1367 SPH_1368     FALSE 0.081 165.000 0.000 NA   NA
 5696196 5696197 SPH_1368 SPH_1369     TRUE 0.856 -10.000 0.000 NA   NA
 5696197 5696198 SPH_1369 SPH_1370     FALSE 0.146 100.000 0.000 NA   NA
 5696198 5696199 SPH_1370 SPH_1371     FALSE 0.058 219.000 0.000 NA   NA
 5696199 5696200 SPH_1371 SPH_1372     TRUE 0.873 4.000 0.000 NA   NA
 5696200 5696201 SPH_1372 SPH_1373   leuB TRUE 0.952 -3.000 0.007 NA   NA
 5696201 5696202 SPH_1373 SPH_1374 leuB   TRUE 0.950 12.000 0.041 1.000   NA
 5696202 5696203 SPH_1374 SPH_1375     TRUE 0.832 19.000 0.000 NA   NA
 5696203 5696204 SPH_1375 SPH_1376     TRUE 0.838 44.000 0.040 NA   NA
 5696204 5696205 SPH_1376 SPH_1377     TRUE 0.336 93.000 0.015 NA   NA
 5696205 5696206 SPH_1377 SPH_1378   topA FALSE 0.136 106.000 0.000 NA   NA
 5696206 5696207 SPH_1378 SPH_1379 topA   FALSE 0.080 167.000 0.000 NA   NA
 5696207 5696208 SPH_1379 SPH_1380     TRUE 0.778 24.000 0.000 NA   NA
 5696208 5696209 SPH_1380 SPH_1381     FALSE 0.243 78.000 0.000 NA   NA
 5696209 5696210 SPH_1381 SPH_1382   dprA FALSE 0.020 652.000 0.000 NA   NA
 5696210 5696211 SPH_1382 SPH_1383 dprA   FALSE 0.231 106.000 0.002 1.000 N NA
 5696211 5696212 SPH_1383 SPH_1384     TRUE 0.970 12.000 0.133 1.000   NA
 5696212 5696213 SPH_1384 SPH_1385     TRUE 0.992 -10.000 0.667 NA   NA
 5696213 5696214 SPH_1385 SPH_1386     TRUE 0.962 17.000 0.074 NA N NA
 5696214 5696215 SPH_1386 SPH_1387     TRUE 0.988 5.000 0.367 1.000 N NA
 5696216 5696217 SPH_1388 SPH_1389     TRUE 0.990 10.000 0.500 NA   NA
 5696217 5696218 SPH_1389 SPH_1390     TRUE 0.889 2.000 0.000 NA   NA
 5696219 5696220 SPH_1391 SPH_1392 carB carA TRUE 0.332 313.000 0.117 0.001 Y NA
 5696220 5696221 SPH_1392 SPH_1393 carA pyrB TRUE 0.919 50.000 0.014 1.000 Y NA
 5696221 5696222 SPH_1393 SPH_1394 pyrB   TRUE 0.992 19.000 0.247 1.000 Y NA
 5696222 5696223 SPH_1394 SPH_1395   nth FALSE 0.066 211.000 0.000 1.000 N NA
 5696223 5696224 SPH_1395 SPH_1396 nth   TRUE 0.945 0.000 0.002 NA   NA
 5696225 5696226 SPH_1397 SPH_1398     FALSE 0.052 239.000 0.000 NA   NA
 5696227 5696228 SPH_1399 SPH_1400     TRUE 0.984 2.000 0.222 NA   NA
 5696230 5696231 SPH_1402 SPH_1403     FALSE 0.216 82.000 0.000 NA   NA
 5696233 5696234 SPH_1405 SPH_1406     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5696234 5696235 SPH_1406 SPH_1407     FALSE 0.055 229.000 0.000 NA   NA
 5696237 5696238 SPH_1409 SPH_1410     TRUE 0.990 16.000 0.545 NA   NA
 5696238 5696239 SPH_1410 SPH_1411     FALSE 0.050 245.000 0.000 NA   NA
 5696239 5696240 SPH_1411 SPH_1412     TRUE 0.849 15.000 0.000 NA   NA
 5696240 5696241 SPH_1412 SPH_1413     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5696241 5696242 SPH_1413 SPH_1414     TRUE 0.877 3.000 0.000 NA   NA
 5696242 5696243 SPH_1414 SPH_1415     TRUE 0.813 -16.000 0.000 NA   NA
 5696243 5696244 SPH_1415 SPH_1416     TRUE 0.779 -25.000 0.000 NA   NA
 5696244 5696245 SPH_1416 SPH_1417     FALSE 0.122 117.000 0.000 NA   NA
 5696247 5696248 SPH_1419 SPH_1420     TRUE 0.754 -55.000 0.000 NA   NA
 5696248 5696249 SPH_1420 SPH_1421     FALSE 0.047 257.000 0.000 NA   NA
 5696249 5696250 SPH_1421 SPH_1422     TRUE 0.785 23.000 0.000 NA   NA
 5696250 5696251 SPH_1422 SPH_1423     FALSE 0.067 178.000 0.000 1.000   NA
 5696251 5696252 SPH_1423 SPH_1424     TRUE 0.737 29.000 0.000 NA   NA
 5696252 5696253 SPH_1424 SPH_1425     TRUE 0.832 19.000 0.000 NA   NA
 5696253 5696254 SPH_1425 SPH_1426     TRUE 0.785 23.000 0.000 NA   NA
 5696256 5696257 SPH_1428 SPH_1429 ffh   TRUE 0.973 12.000 0.151 1.000   NA
 5696257 5696258 SPH_1429 SPH_1430     TRUE 0.321 91.000 0.009 NA   NA
 5696259 5696260 SPH_1431 SPH_1432     TRUE 0.946 13.000 0.035 1.000   NA
 5696260 5696261 SPH_1432 SPH_1433     TRUE 0.608 43.000 0.000 1.000   NA
 5696262 5696263 SPH_1434 SPH_1435   rplS TRUE 0.647 42.000 0.000 NA   NA
 5696263 5696264 SPH_1435 SPH_1436 rplS   FALSE 0.219 119.000 0.004 1.000 N NA
 5696264 5696265 SPH_1436 SPH_1437     TRUE 0.993 -6.000 0.160 0.068 Y NA
 5696265 5696266 SPH_1437 SPH_1438     TRUE 0.963 -3.000 0.023 1.000 N NA
 5696266 5696267 SPH_1438 SPH_1439     FALSE 0.130 116.000 0.000 1.000 N NA
 5696268 5696269 SPH_1440 SPH_1441   rpmE FALSE 0.320 96.000 0.020 1.000   NA
 5696270 5696271 SPH_1442 SPH_1443     TRUE 0.474 79.000 0.029 NA   NA
 5696271 5696272 SPH_1443 SPH_1444     TRUE 0.867 -9.000 0.000 NA   NA
 5696272 5696273 SPH_1444 SPH_1445     FALSE 0.100 137.000 0.000 NA   NA
 5696275 5696276 SPH_1447 SPH_1448     TRUE 0.856 13.000 0.000 NA   NA
 5696276 5696277 SPH_1448 SPH_1449     FALSE 0.020 638.000 0.000 NA   NA
 5696279 5696280 SPH_1451 SPH_1452     TRUE 0.856 13.000 0.000 NA   NA
 5696280 5696281 SPH_1452 SPH_1453     TRUE 0.889 2.000 0.000 NA   NA
 5696282 5696283 SPH_1454 SPH_1455     TRUE 0.962 9.000 0.000 0.060 Y NA
 5696284 5696285 SPH_1456 SPH_1457     FALSE 0.265 76.000 0.000 NA   NA
 5696285 5696286 SPH_1457 SPH_1458     TRUE 0.987 23.000 0.238 0.007 Y NA
 5696286 5696287 SPH_1458 SPH_1459     TRUE 0.998 1.000 0.776 0.007 Y NA
 5696287 5696288 SPH_1459 SPH_1460     TRUE 0.830 63.000 0.021 0.007 Y NA
 5696288 5696289 SPH_1460 SPH_1461     TRUE 0.979 -10.000 0.021 0.007 Y NA
 5696289 5696290 SPH_1461 SPH_1462     TRUE 0.679 65.000 0.097 0.008   NA
 5696290 5696291 SPH_1462 SPH_1463     TRUE 0.863 34.000 0.045 0.008   NA
 5696291 5696292 SPH_1463 SPH_1464     TRUE 0.992 16.000 0.848 0.008   NA
 5696292 5696293 SPH_1464 SPH_1465     TRUE 0.944 -10.000 0.029 1.000   NA
 5696293 5696294 SPH_1465 SPH_1466     TRUE 0.974 25.000 0.333 NA   NA
 5696294 5696295 SPH_1466 SPH_1467     TRUE 0.679 157.000 0.667 NA   NA
 5696295 5696296 SPH_1467 SPH_1468     TRUE 0.646 40.000 0.000 1.000   NA
 5696296 5696297 SPH_1468 SPH_1469     TRUE 0.976 2.000 0.000 NA Y NA
 5696297 5696298 SPH_1469 SPH_1470     TRUE 0.946 19.000 0.037 NA N NA
 5696298 5696299 SPH_1470 SPH_1471     TRUE 0.970 28.000 0.037 1.000 Y NA
 5696299 5696300 SPH_1471 SPH_1472     TRUE 0.992 25.000 1.000 1.000 N NA
 5696300 5696301 SPH_1472 SPH_1473     TRUE 0.957 5.000 0.040 1.000 N NA
 5696301 5696302 SPH_1473 SPH_1474     FALSE 0.028 403.000 0.000 NA   NA
 5696302 5696303 SPH_1474 SPH_1475     TRUE 0.877 3.000 0.000 NA   NA
 5696303 5696304 SPH_1475 SPH_1476     FALSE 0.047 256.000 0.000 NA   NA
 5696304 5696305 SPH_1476 SPH_1477     FALSE 0.104 133.000 0.000 NA   NA
 5696305 5696306 SPH_1477 SPH_1478     TRUE 0.867 3.000 0.000 1.000   NA
 5696306 5696307 SPH_1478 SPH_1479     TRUE 0.787 15.000 0.000 0.027   NA
 5696307 5696308 SPH_1479 SPH_1480     FALSE 0.069 189.000 0.000 NA   NA
 5696308 5696309 SPH_1480 SPH_1481     FALSE 0.038 290.000 0.000 NA   NA
 5696309 5696310 SPH_1481 SPH_1482     FALSE 0.065 202.000 0.000 NA   NA
 5696312 5696313 SPH_1483 SPH_1485   rplL TRUE 0.832 19.000 0.000 NA   NA
 5696313 5696314 SPH_1485 SPH_1486 rplL   TRUE 0.965 76.000 0.884 0.020 Y NA
 5696314 5696315 SPH_1486 SPH_1487     FALSE 0.052 250.000 0.000 1.000 N NA
 5696315 5696316 SPH_1487 SPH_1488     FALSE 0.169 95.000 0.000 1.000 N NA
 5696316 5696317 SPH_1488 SPH_1489     TRUE 0.998 2.000 0.895 0.006 Y NA
 5696317 5696318 SPH_1489 SPH_1490     TRUE 0.727 58.000 0.035 1.000 N NA
 5696318 5696319 SPH_1490 SPH_1491     TRUE 0.337 67.000 0.000 NA   NA
 5696319 5696320 SPH_1491 SPH_1492   thrB FALSE 0.265 76.000 0.000 NA   NA
 5696320 5696321 SPH_1492 SPH_1493 thrB   TRUE 0.989 2.000 0.036 1.000 Y NA
 5696321 5696322 SPH_1493 SPH_1494     FALSE 0.276 151.000 0.044 NA N NA
 5696322 5696323 SPH_1494 SPH_1495     FALSE 0.065 200.000 0.000 NA   NA
 5696323 5696324 SPH_1495 SPH_1496     TRUE 0.969 29.000 0.333 NA   NA
 5696324 5696325 SPH_1496 SPH_1497     TRUE 0.978 16.000 0.222 NA   NA
 5696325 5696326 SPH_1497 SPH_1498     TRUE 0.985 2.000 0.250 1.000   NA
 5696326 5696327 SPH_1498 SPH_1499     TRUE 0.974 -7.000 0.000 NA Y NA
 5696327 5696328 SPH_1499 SPH_1500     FALSE 0.046 279.000 0.000 NA N NA
 5696328 5696329 SPH_1500 SPH_1501     TRUE 0.966 -3.000 0.025 NA N NA
 5696329 5696330 SPH_1501 SPH_1502   aroK TRUE 0.989 -3.000 0.025 1.000 Y NA
 5696330 5696331 SPH_1502 SPH_1503 aroK aroA TRUE 0.985 -7.000 0.012 1.000 Y NA
 5696331 5696332 SPH_1503 SPH_1504 aroA   FALSE 0.278 92.000 0.003 NA   NA
 5696332 5696333 SPH_1504 SPH_1505     TRUE 0.958 11.000 0.058 NA   NA
 5696333 5696334 SPH_1505 SPH_1506   aroC TRUE 0.980 10.000 0.010 1.000 Y NA
 5696334 5696335 SPH_1506 SPH_1507 aroC aroB TRUE 0.988 10.000 0.110 0.003 Y NA
 5696335 5696336 SPH_1507 SPH_1508 aroB aroE TRUE 0.977 19.000 0.010 1.000 Y NA
 5696336 5696337 SPH_1508 SPH_1509 aroE aroD TRUE 0.966 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 5696337 5696338 SPH_1509 SPH_1510 aroD   TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5696338 5696339 SPH_1510 SPH_1511     FALSE 0.019 685.000 0.000 NA   NA
 5696339 5696340 SPH_1511 SPH_1512     TRUE 0.979 -19.000 0.341 NA   NA
 5696342 5696343 SPH_1514 SPH_1515 alaS   TRUE 0.895 22.000 0.006 NA   NA
 5696343 5696344 SPH_1515 SPH_1516     FALSE 0.018 759.000 0.000 NA   NA
 5696344 5696345 SPH_1516 SPH_1517     TRUE 0.995 -3.000 0.253 0.036 Y NA
 5696345 5696346 SPH_1517 SPH_1518     TRUE 0.997 -3.000 0.492 0.036 Y NA
 5696346 5696347 SPH_1518 SPH_1519     TRUE 0.997 -19.000 0.928 0.036 Y NA
 5696347 5696348 SPH_1519 SPH_1520   murB FALSE 0.240 161.000 0.041 1.000 N NA
 5696348 5696349 SPH_1520 SPH_1521 murB   FALSE 0.229 112.000 0.005 NA   NA
 5696349 5696350 SPH_1521 SPH_1522     TRUE 0.788 -22.000 0.000 NA   NA
 5696350 5696351 SPH_1522 SPH_1523   budA TRUE 0.951 10.000 0.042 NA   NA
 5696353 5696354 SPH_1525 SPH_1526   phoU1 FALSE 0.100 157.000 0.000 NA N NA
 5696354 5696355 SPH_1526 SPH_1527 phoU1 pstB1 TRUE 0.996 12.000 0.413 NA Y NA
 5696355 5696356 SPH_1527 SPH_1528 pstB1 pstB2 TRUE 0.996 13.000 0.542 0.001 Y NA
 5696356 5696357 SPH_1528 SPH_1529 pstB2 pstA1 TRUE 0.995 11.000 0.490 0.003 Y NA
 5696357 5696358 SPH_1529 SPH_1530 pstA1 pstC1 TRUE 0.998 -10.000 0.907 0.003 Y NA
 5696358 5696359 SPH_1530 SPH_1531 pstC1   TRUE 0.995 0.000 0.206 1.000 Y NA
 5696361 5696362 SPH_1533 SPH_1534     TRUE 0.988 1.000 0.229 NA N NA
 5696362 5696363 SPH_1534 SPH_1535     TRUE 0.985 -10.000 0.337 NA   NA
 5696363 5696364 SPH_1535 SPH_1536     TRUE 0.985 0.000 0.169 NA   NA
 5696364 5696365 SPH_1536 SPH_1537     FALSE 0.061 212.000 0.000 NA   NA
 5696365 5696366 SPH_1537 SPH_1538     TRUE 0.985 -10.000 0.330 NA   NA
 5696366 5696367 SPH_1538 SPH_1539     TRUE 0.958 11.000 0.055 1.000 N NA
 5696367 5696368 SPH_1539 SPH_1540     TRUE 0.964 5.000 0.060 1.000 N NA
 5696368 5696369 SPH_1540 SPH_1541     TRUE 0.410 84.000 0.021 NA   NA
 5696369 5696370 SPH_1541 SPH_1542     TRUE 0.976 16.000 0.206 NA   NA
 5696370 5696371 SPH_1542 SPH_1543   lgt TRUE 0.975 1.000 0.079 NA   NA
 5696371 5696372 SPH_1543 SPH_1544 lgt hprK TRUE 0.992 -7.000 0.494 1.000 N NA
 5696372 5696373 SPH_1544 SPH_1545 hprK rpsU FALSE 0.209 130.000 0.011 1.000   NA
 5696373 5696374 SPH_1545 SPH_1546 rpsU   FALSE 0.190 140.000 0.011 1.000   NA
 5696376 5696377 SPH_1548 SPH_1549     FALSE 0.017 1452.000 0.000 NA   NA
 5696377 5696378 SPH_1549 SPH_1550   nadE FALSE 0.062 398.000 0.007 1.000 N NA
 5696378 5696379 SPH_1550 SPH_1551 nadE pncB TRUE 0.994 -3.000 0.194 0.003 Y NA
 5696379 5696380 SPH_1551 SPH_1552 pncB   FALSE 0.279 116.000 0.021 NA   NA
 5696380 5696381 SPH_1552 SPH_1553     TRUE 0.968 -10.000 0.103 NA   NA
 5696381 5696382 SPH_1553 SPH_1554     FALSE 0.028 386.000 0.000 NA   NA
 5696382 5696383 SPH_1554 SPH_1555     TRUE 0.972 16.000 0.154 NA   NA
 5696383 5696384 SPH_1555 SPH_1556     FALSE 0.021 507.000 0.000 1.000   NA
 5696387 5696388 SPH_1560 SPH_1561     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5696391 5696392 SPH_1564 SPH_1565     TRUE 0.953 9.000 0.047 1.000   NA
 5696392 5696393 SPH_1565 SPH_1566     TRUE 0.990 -3.000 0.326 NA   NA
 5696393 5696394 SPH_1566 SPH_1567     FALSE 0.203 84.000 0.000 NA   NA
 5696394 5696395 SPH_1567 SPH_1568     TRUE 0.978 2.000 0.143 1.000   NA
 5696395 5696396 SPH_1568 SPH_1569     FALSE 0.138 104.000 0.000 NA   NA
 5696396 5696397 SPH_1569 SPH_1570     TRUE 0.901 1.000 0.000 NA   NA
 5696398 5696399 SPH_1571 SPH_1572   def1 FALSE 0.033 324.000 0.000 NA   NA
 5696399 5696400 SPH_1572 SPH_1573 def1   TRUE 0.914 45.000 0.002 1.000 Y NA
 5696401 5696402 SPH_1574 SPH_1575 trxB   TRUE 0.743 66.000 0.117 NA   NA
 5696402 5696403 SPH_1575 SPH_1576     TRUE 0.793 78.000 0.364 NA   NA
 5696403 5696404 SPH_1576 SPH_1577     TRUE 0.997 0.000 0.310 1.000 Y NA
 5696404 5696405 SPH_1577 SPH_1578     FALSE 0.186 158.000 0.010 1.000 N NA
 5696405 5696406 SPH_1578 SPH_1579     TRUE 0.956 13.000 0.050 1.000 N NA
 5696406 5696407 SPH_1579 SPH_1580     TRUE 0.960 0.000 0.019 1.000   NA
 5696408 5696409 SPH_1581 SPH_1582     TRUE 0.981 -3.000 0.146 1.000   NA
 5696410 5696411 SPH_1583 SPH_1584     TRUE 0.998 1.000 0.488 NA Y NA
 5696411 5696412 SPH_1584 SPH_1585     FALSE 0.159 152.000 0.005 1.000   NA
 5696413 5696414 SPH_1586 SPH_1587     TRUE 0.859 60.000 0.243 NA   NA
 5696414 5696415 SPH_1587 SPH_1588     TRUE 0.990 19.000 0.588 NA   NA
 5696416 5696417 SPH_1589 SPH_1590   glyS TRUE 0.832 42.000 0.020 NA   NA
 5696417 5696418 SPH_1590 SPH_1591 glyS glyQ TRUE 0.767 212.000 0.651 0.001 Y NA
 5696418 5696419 SPH_1591 SPH_1592 glyQ   FALSE 0.122 194.000 0.003 NA   NA
 5696419 5696420 SPH_1592 SPH_1593     FALSE 0.042 273.000 0.000 NA   NA
 5696420 5696421 SPH_1593 SPH_1594     FALSE 0.117 114.000 0.000 1.000   NA
 5696421 5696422 SPH_1594 SPH_1595     FALSE 0.038 289.000 0.000 NA   NA
 5696423 5696424 SPH_1596 SPH_1597     TRUE 0.984 -3.000 0.200 1.000   NA
 5696425 5696426 SPH_1598 SPH_1599     TRUE 0.752 -112.000 0.000 NA   NA
 5696426 5696427 SPH_1599 SPH_1600     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5696427 5696428 SPH_1600 SPH_1601   tuf FALSE 0.029 384.000 0.000 NA   NA
 5696428 5696429 SPH_1601 SPH_1602 tuf   FALSE 0.031 343.000 0.000 NA   NA
 5696429 5696430 SPH_1602 SPH_1603     FALSE 0.025 446.000 0.000 NA   NA
 5696430 5696431 SPH_1603 SPH_1604     FALSE 0.052 224.000 0.000 1.000   NA
 5696431 5696432 SPH_1604 SPH_1605     TRUE 0.761 -42.000 0.000 NA   NA
 5696432 5696433 SPH_1605 SPH_1606     FALSE 0.130 111.000 0.000 NA   NA
 5696433 5696434 SPH_1606 SPH_1607     FALSE 0.034 317.000 0.000 NA   NA
 5696434 5696435 SPH_1607 SPH_1608     TRUE 0.834 -13.000 0.000 NA   NA
 5696435 5696436 SPH_1608 SPH_1609     TRUE 0.575 48.000 0.000 NA   NA
 5696437 5696438 SPH_1610 SPH_1611     TRUE 0.347 111.000 0.049 NA   NA
 5696439 5696440 SPH_1612 SPH_1613     TRUE 0.992 13.000 0.154 1.000 Y NA
 5696440 5696441 SPH_1613 SPH_1614     TRUE 0.990 10.000 0.130 1.000 Y NA
 5696441 5696442 SPH_1614 SPH_1615     FALSE 0.192 146.000 0.013 1.000   NA
 5696442 5696443 SPH_1615 SPH_1616     TRUE 0.984 -10.000 0.324 NA   NA
 5696445 5696446 SPH_1618 SPH_1619 atpC atpD TRUE 0.998 11.000 0.837 0.006 Y NA
 5696446 5696447 SPH_1619 SPH_1620 atpD atpG TRUE 0.932 86.000 0.724 0.006 Y NA
 5696447 5696448 SPH_1620 SPH_1621 atpG atpA TRUE 0.997 16.000 0.846 0.006 Y NA
 5696448 5696449 SPH_1621 SPH_1622 atpA atpH TRUE 0.998 15.000 0.864 0.006 Y NA
 5696449 5696450 SPH_1622 SPH_1623 atpH atpF TRUE 0.995 0.000 0.222 0.006 Y NA
 5696450 5696451 SPH_1623 SPH_1624 atpF atpB TRUE 0.981 14.000 0.032 0.008 Y NA
 5696451 5696452 SPH_1624 SPH_1625 atpB   TRUE 0.991 35.000 0.557 0.008 Y NA
 5696452 5696453 SPH_1625 SPH_1626     FALSE 0.286 75.000 0.000 1.000 N NA
 5696453 5696454 SPH_1626 SPH_1627     FALSE 0.028 421.000 0.000 1.000 N NA
 5696454 5696455 SPH_1627 SPH_1628     FALSE 0.121 118.000 0.000 NA   NA
 5696455 5696456 SPH_1628 SPH_1629     TRUE 0.745 28.000 0.000 NA   NA
 5696456 5696457 SPH_1629 SPH_1630     TRUE 0.648 71.000 0.079 NA   NA
 5696457 5696458 SPH_1630 SPH_1631     TRUE 0.607 81.000 0.120 NA   NA
 5696458 5696459 SPH_1631 SPH_1632     TRUE 0.956 -3.000 0.037 0.010   NA
 5696459 5696460 SPH_1632 SPH_1633   murC TRUE 0.932 10.000 0.014 1.000   NA
 5696460 5696461 SPH_1633 SPH_1634 murC   TRUE 0.934 11.000 0.013 NA   NA
 5696461 5696462 SPH_1634 SPH_1635     TRUE 0.893 48.000 0.151 NA   NA
 5696462 5696463 SPH_1635 SPH_1636     FALSE 0.175 93.000 0.000 1.000 N NA
 5696463 5696464 SPH_1636 SPH_1637     TRUE 0.987 8.000 0.082 0.008 Y NA
 5696464 5696465 SPH_1637 SPH_1638     FALSE 0.088 157.000 0.000 NA   NA
 5696465 5696466 SPH_1638 SPH_1641     FALSE 0.076 172.000 0.000 NA   NA
 5696466 5696467 SPH_1641 SPH_1642     FALSE 0.059 204.000 0.000 1.000   NA
 5696469 5696470 SPH_1644 SPH_1645     TRUE 0.373 194.000 0.231 NA   NA
 5696470 5696471 SPH_1645 SPH_1646     TRUE 0.567 49.000 0.000 NA   NA
 5696471 5696472 SPH_1646 SPH_1647     TRUE 0.690 37.000 0.000 NA   NA
 5696472 5696473 SPH_1647 SPH_1648     TRUE 0.325 86.000 0.005 NA   NA
 5696473 5696474 SPH_1648 SPH_1649     TRUE 0.477 71.000 0.005 1.000 N NA
 5696474 5696475 SPH_1649 SPH_1650     TRUE 0.977 -10.000 0.209 1.000   NA
 5696475 5696476 SPH_1650 SPH_1651     TRUE 0.669 54.000 0.006 1.000   NA
 5696476 5696477 SPH_1651 SPH_1652     TRUE 0.954 -25.000 0.151 1.000   NA
 5696477 5696478 SPH_1652 SPH_1653   rpsR FALSE 0.034 294.000 0.000 1.000   NA
 5696478 5696479 SPH_1653 SPH_1654 rpsR   TRUE 0.864 32.000 0.012 1.000 N NA
 5696479 5696480 SPH_1654 SPH_1655   rpsF TRUE 0.937 12.000 0.012 1.000 N NA
 5696480 5696481 SPH_1655 SPH_1656 rpsF asnS TRUE 0.320 153.000 0.000 1.000 Y NA
 5696481 5696482 SPH_1656 SPH_1657 asnS   TRUE 0.919 20.000 0.013 NA   NA
 5696482 5696483 SPH_1657 SPH_1658     TRUE 0.961 -7.000 0.042 NA   NA
 5696483 5696484 SPH_1658 SPH_1659     TRUE 0.985 -3.000 0.205 NA   NA
 5696484 5696485 SPH_1659 SPH_1660     TRUE 0.337 67.000 0.000 NA   NA
 5696487 5696488 SPH_1662 SPH_1663     TRUE 0.378 79.000 0.004 NA   NA
 5696488 5696489 SPH_1663 SPH_1664     TRUE 0.604 67.000 0.030 NA   NA
 5696489 5696490 SPH_1664 SPH_1665   def2 TRUE 0.947 12.000 0.028 NA   NA
 5696490 5696491 SPH_1665 SPH_1666 def2   FALSE 0.140 116.000 0.000 NA N NA
 5696491 5696492 SPH_1666 SPH_1667     TRUE 0.873 13.000 0.000 NA N NA
 5696494 5696495 SPH_1669 SPH_1670     TRUE 0.970 -3.000 0.056 1.000   NA
 5696495 5696496 SPH_1670 SPH_1671   dapB TRUE 0.941 12.000 0.015 1.000 N NA
 5696496 5696497 SPH_1671 SPH_1672 dapB   FALSE 0.078 277.000 0.004 NA   NA
 5696497 5696498 SPH_1672 SPH_1673     TRUE 0.979 2.000 0.139 NA   NA
 5696498 5696499 SPH_1673 SPH_1674   glmM TRUE 0.403 74.000 0.003 1.000   NA
 5696499 5696500 SPH_1674 SPH_1675 glmM   TRUE 0.955 24.000 0.150 NA   NA
 5696500 5696501 SPH_1675 SPH_1676     TRUE 0.988 -13.000 0.502 NA   NA
 5696503 5696504 SPH_1678 SPH_1679     TRUE 0.993 -3.000 0.470 NA   NA
 5696504 5696505 SPH_1679 SPH_1680     TRUE 0.986 -3.000 0.214 NA   NA
 5696505 5696506 SPH_1680 SPH_1681     TRUE 0.799 52.000 0.051 NA   NA
 5696506 5696507 SPH_1681 SPH_1682     TRUE 0.915 11.000 0.002 NA   NA
 5696507 5696508 SPH_1682 SPH_1683   clpX TRUE 0.951 9.000 0.043 1.000   NA
 5696508 5696509 SPH_1683 SPH_1684 clpX   TRUE 0.618 61.000 0.012 NA   NA
 5696509 5696510 SPH_1684 SPH_1685   folA TRUE 0.966 0.000 0.030 NA   NA
 5696510 5696511 SPH_1685 SPH_1686 folA   FALSE 0.206 130.000 0.005 1.000 N NA
 5696511 5696512 SPH_1686 SPH_1687     FALSE 0.021 497.000 0.000 1.000   NA
 5696512 5696513 SPH_1687 SPH_1688   tpiA FALSE 0.279 71.000 0.000 1.000   NA
 5696513 5696514 SPH_1688 SPH_1689 tpiA   FALSE 0.304 98.000 0.007 NA N NA
 5696514 5696515 SPH_1689 SPH_1690   metA TRUE 0.949 9.000 0.021 NA N NA
 5696515 5696516 SPH_1690 SPH_1691 metA apt FALSE 0.153 182.000 0.009 1.000 N NA
 5696516 5696517 SPH_1691 SPH_1692 apt   FALSE 0.305 87.000 0.002 1.000 N NA
 5696519 5696520 SPH_1694 SPH_1695     FALSE 0.040 279.000 0.000 NA   NA
 5696520 5696521 SPH_1695 SPH_1696     FALSE 0.221 81.000 0.000 NA   NA
 5696521 5696522 SPH_1696 SPH_1697   codY TRUE 0.978 0.000 0.083 1.000 N NA
 5696522 5696523 SPH_1697 SPH_1698 codY   FALSE 0.182 265.000 0.000 1.000 Y NA
 5696523 5696524 SPH_1698 SPH_1699     FALSE 0.076 199.000 0.000 NA N NA
 5696525 5696526 SPH_1700 SPH_1701     FALSE 0.296 99.000 0.010 1.000 N NA
 5696526 5696527 SPH_1701 SPH_1702     TRUE 0.996 0.000 0.796 1.000   NA
 5696527 5696528 SPH_1702 SPH_1703     FALSE 0.103 126.000 0.000 1.000   NA
 5696529 5696530 SPH_1704 SPH_1705     TRUE 0.813 -16.000 0.000 NA   NA
 5696530 5696531 SPH_1705 SPH_1706     TRUE 0.392 62.000 0.000 NA   NA
 5696531 5696532 SPH_1706 SPH_1707     TRUE 0.906 0.000 0.000 NA   NA
 5696532 5696533 SPH_1707 SPH_1708     FALSE 0.102 136.000 0.000 NA   NA
 5696533 5696534 SPH_1708 SPH_1709     FALSE 0.042 275.000 0.000 NA   NA
 5696534 5696535 SPH_1709 SPH_1710     TRUE 0.973 -22.000 0.276 NA   NA
 5696535 5696536 SPH_1710 SPH_1711   truA TRUE 0.960 -10.000 0.058 1.000 N NA
 5696538 5696539 SPH_1712 SPH_1714     FALSE 0.051 240.000 0.000 NA   NA
 5696539 5696540 SPH_1714 SPH_1715   phnA TRUE 0.944 3.000 0.011 NA   NA
 5696540 5696541 SPH_1715 SPH_1716 phnA cmk FALSE 0.187 131.000 0.002 1.000 N NA
 5696541 5696542 SPH_1716 SPH_1717 cmk   TRUE 0.935 9.000 0.012 NA   NA
 5696544 5696545 SPH_1719 SPH_1720   galE TRUE 0.989 2.000 0.030 NA Y NA
 5696545 5696546 SPH_1720 SPH_1721 galE   FALSE 0.140 103.000 0.000 NA   NA
 5696546 5696547 SPH_1721 SPH_1722     TRUE 0.863 7.000 0.000 NA   NA
 5696547 5696548 SPH_1722 SPH_1723     TRUE 0.937 17.000 0.021 NA   NA
 5696548 5696549 SPH_1723 SPH_1724     TRUE 0.980 -13.000 0.283 NA   NA
 5696551 5696552 SPH_1726 SPH_1727     TRUE 0.906 0.000 0.000 NA   NA
 5696552 5696553 SPH_1727 SPH_1728     FALSE 0.102 136.000 0.000 NA   NA
 5696553 5696554 SPH_1728 SPH_1729   tkt1 FALSE 0.029 374.000 0.000 NA   NA
 5696554 5696555 SPH_1729 SPH_1730 tkt1   TRUE 0.915 37.000 0.000 1.000 Y NA
 5696555 5696556 SPH_1730 SPH_1731     TRUE 0.994 11.000 0.273 1.000 Y NA
 5696556 5696557 SPH_1731 SPH_1732     TRUE 0.758 26.000 0.000 NA   NA
 5696557 5696558 SPH_1732 SPH_1733     TRUE 0.745 28.000 0.000 NA   NA
 5696558 5696559 SPH_1733 SPH_1734     TRUE 0.966 -22.000 0.015 0.018 Y NA
 5696559 5696560 SPH_1734 SPH_1735     TRUE 0.948 -7.000 0.029 0.018 N NA
 5696560 5696561 SPH_1735 SPH_1736     FALSE 0.024 529.000 0.000 1.000 N NA
 5696563 5696564 SPH_1738 SPH_1739   rpsO FALSE 0.021 816.000 0.000 NA N NA
 5696564 5696565 SPH_1739 SPH_1740 rpsO   FALSE 0.089 141.000 0.000 1.000   NA
 5696566 5696567 SPH_1741 SPH_1742   thrS TRUE 0.681 58.000 0.018 NA   NA
 5696568 5696569 SPH_1743 SPH_1744     TRUE 0.998 -7.000 0.812 1.000 Y NA
 5696571 5696572 SPH_1746 SPH_1747     TRUE 0.326 68.000 0.000 NA   NA
 5696572 5696573 SPH_1747 SPH_1748     FALSE 0.265 76.000 0.000 NA   NA
 5696574 5696575 SPH_1749 SPH_1750     FALSE 0.082 164.000 0.000 NA   NA
 5696575 5696576 SPH_1750 SPH_1751     FALSE 0.097 140.000 0.000 NA   NA
 5696577 5696578 SPH_1752 SPH_1753 dtd spoT TRUE 0.950 30.000 0.177 1.000 N NA
 5696579 5696580 SPH_1754 SPH_1755     FALSE 0.027 416.000 0.000 NA   NA
 5696582 5696583 SPH_1757 SPH_1758     TRUE 0.990 -3.000 0.043 1.000 Y NA
 5696583 5696584 SPH_1758 SPH_1759     TRUE 0.966 32.000 0.038 1.000 Y NA
 5696584 5696585 SPH_1759 SPH_1760     FALSE 0.226 123.000 0.007 1.000 N NA
 5696586 5696587 SPH_1761 SPH_1762     TRUE 0.992 2.000 0.438 1.000 N NA
 5696587 5696588 SPH_1762 SPH_1763     FALSE 0.049 250.000 0.000 NA   NA
 5696588 5696589 SPH_1763 SPH_1764     TRUE 0.839 18.000 0.000 NA   NA
 5696589 5696590 SPH_1764 SPH_1765     TRUE 0.512 53.000 0.000 NA   NA
 5696590 5696591 SPH_1765 SPH_1766     FALSE 0.021 614.000 0.000 NA   NA
 5696591 5696592 SPH_1766 SPH_1767   ileS FALSE 0.025 447.000 0.000 NA   NA
 5696592 5696593 SPH_1767 SPH_1768 ileS   FALSE 0.048 253.000 0.000 NA   NA
 5696593 5696594 SPH_1768 SPH_1769     TRUE 0.794 -21.000 0.000 NA   NA
 5696594 5696595 SPH_1769 SPH_1770     TRUE 0.992 9.000 0.579 NA   NA
 5696595 5696596 SPH_1770 SPH_1771     TRUE 0.988 -3.000 0.287 1.000   NA
 5696596 5696597 SPH_1771 SPH_1772     TRUE 0.992 0.000 0.370 NA   NA
 5696597 5696598 SPH_1772 SPH_1773     TRUE 0.976 10.000 0.194 NA   NA
 5696598 5696599 SPH_1773 SPH_1774   ftsZ TRUE 0.951 5.000 0.030 NA   NA
 5696599 5696600 SPH_1774 SPH_1775 ftsZ ftsA TRUE 0.996 17.000 0.460 1.000 Y NA
 5696600 5696601 SPH_1775 SPH_1776 ftsA   FALSE 0.058 219.000 0.000 NA   NA
 5696601 5696602 SPH_1776 SPH_1777     TRUE 0.347 91.000 0.016 NA   NA
 5696602 5696603 SPH_1777 SPH_1778     TRUE 0.931 -13.000 0.016 1.000 N NA
 5696603 5696604 SPH_1778 SPH_1779     TRUE 0.701 85.000 0.046 0.006 Y NA
 5696604 5696605 SPH_1779 SPH_1780   recR FALSE 0.163 177.000 0.010 1.000 N NA
 5696605 5696606 SPH_1780 SPH_1781 recR   TRUE 0.937 11.000 0.013 1.000 N NA
 5696608 5696609 SPH_1783 SPH_1784     TRUE 0.953 18.000 0.054 1.000 N NA
 5696609 5696610 SPH_1784 SPH_1785     TRUE 0.483 169.000 0.333 NA   NA
 5696610 5696611 SPH_1785 SPH_1786     FALSE 0.041 277.000 0.000 NA   NA
 5696611 5696612 SPH_1786 SPH_1787     FALSE 0.104 133.000 0.000 NA   NA
 5696612 5696613 SPH_1787 SPH_1788     TRUE 0.626 227.000 0.250 NA Y NA
 5696613 5696614 SPH_1788 SPH_1789     TRUE 0.998 16.000 1.000 0.035 Y NA
 5696614 5696615 SPH_1789 SPH_1790     FALSE 0.190 231.000 0.000 0.035 Y NA
 5696615 5696616 SPH_1790 SPH_1791     TRUE 0.740 115.000 0.154 1.000 Y NA
 5696616 5696617 SPH_1791 SPH_1792     FALSE 0.066 180.000 0.000 1.000   NA
 5696617 5696618 SPH_1792 SPH_1793     TRUE 0.973 42.000 0.636 1.000   NA
 5696618 5696619 SPH_1793 SPH_1794     TRUE 0.996 0.000 0.300 0.035 Y NA
 5696619 5696620 SPH_1794 SPH_1795     TRUE 0.850 79.000 0.180 0.035 Y NA
 5696620 5696621 SPH_1795 SPH_1796     TRUE 0.985 19.000 0.060 NA Y NA
 5696621 5696622 SPH_1796 SPH_1797     FALSE 0.080 1015.000 0.000 NA Y NA
 5696622 5696623 SPH_1797 SPH_1798     FALSE 0.030 357.000 0.000 NA   NA
 5696625 5696626 SPH_1800 SPH_1801   recG FALSE 0.036 317.000 0.000 1.000 N NA
 5696626 5696627 SPH_1801 SPH_1802 recG alr TRUE 0.957 19.000 0.078 1.000 N NA
 5696627 5696628 SPH_1802 SPH_1803 alr acpS TRUE 0.967 -10.000 0.093 1.000 N NA
 5696628 5696629 SPH_1803 SPH_1804 acpS   TRUE 0.774 45.000 0.007 1.000 N NA
 5696629 5696630 SPH_1804 SPH_1805     TRUE 0.998 2.000 0.750 0.001 Y NA
 5696630 5696631 SPH_1805 SPH_1806   secA TRUE 0.458 81.000 0.025 1.000 N NA
 5696631 5696632 SPH_1806 SPH_1807 secA   FALSE 0.210 146.000 0.017 NA   NA
 5696632 5696633 SPH_1807 SPH_1808     TRUE 0.854 11.000 0.000 NA   NA
 5696633 5696634 SPH_1808 SPH_1809     TRUE 0.873 4.000 0.000 NA   NA
 5696634 5696635 SPH_1809 SPH_1810     TRUE 0.879 -7.000 0.000 NA   NA
 5696635 5696636 SPH_1810 SPH_1811     TRUE 0.799 22.000 0.000 NA   NA
 5696636 5696637 SPH_1811 SPH_1812     TRUE 0.730 30.000 0.000 NA   NA
 5696638 5696639 SPH_1813 SPH_1814     TRUE 0.788 -22.000 0.000 NA   NA
 5696640 5696641 SPH_1815 SPH_1816     FALSE 0.097 140.000 0.000 NA   NA
 5696641 5696642 SPH_1816 SPH_1817     TRUE 0.329 82.000 0.002 NA   NA
 5696642 5696643 SPH_1817 SPH_1818     TRUE 0.917 14.000 0.005 1.000   NA
 5696643 5696644 SPH_1818 SPH_1819     TRUE 0.970 -3.000 0.048 1.000 N NA
 5696644 5696645 SPH_1819 SPH_1820     TRUE 0.999 1.000 0.817 NA Y NA
 5696645 5696646 SPH_1820 SPH_1821   nrdR TRUE 0.981 1.000 0.109 NA N NA
 5696647 5696648 SPH_1822 SPH_1823     TRUE 0.989 5.000 0.412 1.000 N NA
 5696648 5696649 SPH_1823 SPH_1824     TRUE 0.988 17.000 0.471 NA   NA
 5696650 5696651 SPH_1825 SPH_1826     TRUE 0.972 -3.000 0.059 NA   NA
 5696652 5696653 SPH_1827 SPH_1828     FALSE 0.017 996.000 0.000 NA   NA
 5696654 5696655 SPH_1829 SPH_1830     TRUE 0.722 149.000 0.235 1.000 Y NA
 5696655 5696656 SPH_1830 SPH_1831     FALSE 0.111 127.000 0.000 NA   NA
 5696657 5696658 SPH_1832 SPH_1834     TRUE 0.800 -19.000 0.000 NA   NA
 5696659 5696660 SPH_1835 SPH_1836     TRUE 0.995 0.000 0.183 1.000 Y NA
 5696660 5696661 SPH_1836 SPH_1837     FALSE 0.134 107.000 0.000 NA   NA
 5696661 5696662 SPH_1837 SPH_1838     FALSE 0.120 119.000 0.000 NA   NA
 5696662 5696663 SPH_1838 SPH_1839     FALSE 0.037 299.000 0.000 NA   NA
 5696663 5696664 SPH_1839 SPH_1840     TRUE 0.991 2.000 0.400 NA   NA
 5696664 5696665 SPH_1840 SPH_1841     FALSE 0.247 115.000 0.010 NA   NA
 5696665 5696666 SPH_1841 SPH_1842     TRUE 0.998 -3.000 0.704 1.000 Y NA
 5696666 5696667 SPH_1842 SPH_1843   sun TRUE 0.961 15.000 0.074 1.000 N NA
 5696667 5696668 SPH_1843 SPH_1844 sun fmt TRUE 0.996 -7.000 0.305 1.000 Y NA
 5696668 5696669 SPH_1844 SPH_1845 fmt   TRUE 0.957 13.000 0.052 1.000 N NA
 5696669 5696670 SPH_1845 SPH_1846   rpoZ TRUE 0.593 66.000 0.032 0.056 N NA
 5696670 5696671 SPH_1846 SPH_1847 rpoZ gmk TRUE 0.981 25.000 0.471 1.000 N NA
 5696671 5696672 SPH_1847 SPH_1848 gmk   FALSE 0.207 130.000 0.010 1.000   NA
 5696672 5696673 SPH_1848 SPH_1849     FALSE 0.069 191.000 0.000 NA   NA
 5696673 5696674 SPH_1849 SPH_1850     TRUE 0.993 4.000 0.615 NA   NA
 5696674 5696675 SPH_1850 SPH_1851     FALSE 0.052 238.000 0.000 NA   NA
 5696675 5696676 SPH_1851 SPH_1852     TRUE 0.965 10.000 0.094 NA   NA
 5696676 5696677 SPH_1852 SPH_1853     FALSE 0.138 320.000 0.085 NA   NA
 5696677 5696678 SPH_1853 SPH_1854     TRUE 0.929 13.000 0.008 NA   NA
 5696678 5696679 SPH_1854 SPH_1855     TRUE 0.964 1.000 0.024 1.000 N NA
 5696679 5696680 SPH_1855 SPH_1856   nadD TRUE 0.995 0.000 0.199 1.000 Y NA
 5696680 5696681 SPH_1856 SPH_1857 nadD   TRUE 0.881 52.000 0.150 NA N NA
 5696681 5696682 SPH_1857 SPH_1858     FALSE 0.227 200.000 0.068 NA   NA
 5696682 5696683 SPH_1858 SPH_1859   yqeG TRUE 0.992 3.000 0.555 NA   NA
 5696683 5696684 SPH_1859 SPH_1860 yqeG   TRUE 0.934 15.000 0.015 NA   NA
 5696684 5696685 SPH_1860 SPH_1861     TRUE 0.736 57.000 0.059 0.062   NA
 5696686 5696687 SPH_1862 SPH_1863     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5696687 5696688 SPH_1863 SPH_1864     FALSE 0.090 152.000 0.000 NA   NA
 5696689 5696690 SPH_1865 SPH_1866     TRUE 0.405 61.000 0.000 NA   NA
 5696690 5696691 SPH_1866 SPH_1867     TRUE 0.996 5.000 1.000 NA   NA
 5696691 5696692 SPH_1867 SPH_1868     TRUE 0.991 2.000 0.400 NA   NA
 5696692 5696693 SPH_1868 SPH_1869     TRUE 0.990 -7.000 0.400 NA   NA
 5696693 5696694 SPH_1869 SPH_1870     TRUE 0.989 12.000 0.429 1.000 N NA
 5696694 5696695 SPH_1870 SPH_1871     TRUE 0.993 -7.000 0.571 NA   NA
 5696695 5696696 SPH_1871 SPH_1872     TRUE 0.996 -3.000 0.800 NA   NA
 5696696 5696697 SPH_1872 SPH_1873     TRUE 0.988 -16.000 0.571 NA   NA
 5696697 5696698 SPH_1873 SPH_1874     TRUE 0.927 10.000 0.007 NA   NA
 5696698 5696699 SPH_1874 SPH_1875     TRUE 0.634 57.000 0.002 NA N NA
 5696699 5696700 SPH_1875 SPH_1876     TRUE 0.998 0.000 0.500 NA Y NA
 5696700 5696701 SPH_1876 SPH_1877     TRUE 0.997 9.000 0.750 0.001 Y NA
 5696701 5696702 SPH_1877 SPH_1878     TRUE 0.944 25.000 0.000 NA Y NA
 5696702 5696703 SPH_1878 SPH_1879     TRUE 0.978 -3.000 0.000 NA Y NA
 5696703 5696704 SPH_1879 SPH_1880     TRUE 0.974 10.000 0.154 NA   NA
 5696704 5696705 SPH_1880 SPH_1881     TRUE 0.737 29.000 0.000 NA   NA
 5696705 5696706 SPH_1881 SPH_1882     FALSE 0.033 326.000 0.000 NA   NA
 5696706 5696707 SPH_1882 SPH_1883     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA   NA
 5696707 5696708 SPH_1883 SPH_1885     FALSE 0.056 226.000 0.000 NA   NA
 5696708 5696709 SPH_1885 SPH_1886     FALSE 0.028 401.000 0.000 NA   NA
 5696709 5696710 SPH_1886 SPH_1887     TRUE 0.834 -13.000 0.000 NA   NA
 5696710 5696711 SPH_1887 SPH_1888     TRUE 0.575 48.000 0.000 NA   NA
 5696712 5696713 SPH_1889 SPH_1890     FALSE 0.149 99.000 0.000 NA   NA
 5696713 5696714 SPH_1890 SPH_1891   trx TRUE 0.985 17.000 0.364 NA   NA
 5696714 5696715 SPH_1891 SPH_1892 trx   FALSE 0.033 306.000 0.000 1.000   NA
 5696715 5696716 SPH_1892 SPH_1893     TRUE 0.858 12.000 0.000 NA   NA
 5696717 5696718 SPH_1894 SPH_1895     FALSE 0.257 111.000 0.010 NA   NA
 5696718 5696719 SPH_1895 SPH_1896     TRUE 0.326 68.000 0.000 NA   NA
 5696719 5696720 SPH_1896 SPH_1897   pepF2 TRUE 0.785 23.000 0.000 NA   NA
 5696720 5696721 SPH_1897 SPH_1898 pepF2   TRUE 0.921 11.000 0.004 NA   NA
 5696721 5696722 SPH_1898 SPH_1899   prmA TRUE 0.985 2.000 0.227 NA   NA
 5696722 5696723 SPH_1899 SPH_1900 prmA   FALSE 0.170 138.000 0.004 1.000   NA
 5696723 5696724 SPH_1900 SPH_1901     TRUE 0.880 2.000 0.000 1.000   NA
 5696724 5696725 SPH_1901 SPH_1902     TRUE 0.832 19.000 0.000 NA   NA
 5696725 5696726 SPH_1902 SPH_1903     FALSE 0.038 291.000 0.000 NA   NA
 5696726 5696727 SPH_1903 SPH_1904     TRUE 0.958 37.000 0.308 NA   NA
 5696727 5696728 SPH_1904 SPH_1905     FALSE 0.100 137.000 0.000 NA   NA
 5696728 5696729 SPH_1905 SPH_1906     FALSE 0.081 165.000 0.000 NA   NA
 5696730 5696731 SPH_1907 SPH_1908     FALSE 0.045 264.000 0.000 NA   NA
 5696732 5696733 SPH_1909 SPH_1910     TRUE 0.994 10.000 0.273 1.000 Y NA
 5696733 5696734 SPH_1910 SPH_1911     TRUE 0.998 2.000 0.917 0.034 Y NA
 5696734 5696735 SPH_1911 SPH_1912     TRUE 0.938 96.000 0.917 0.034 Y NA
 5696735 5696736 SPH_1912 SPH_1913     TRUE 0.606 127.000 0.364 1.000 N NA
 5696736 5696737 SPH_1913 SPH_1914     FALSE 0.030 362.000 0.000 NA   NA
 5696738 5696739 SPH_1915 SPH_1916     FALSE 0.203 84.000 0.000 NA   NA
 5696739 5696740 SPH_1916 SPH_1917     TRUE 0.973 12.000 0.143 NA   NA
 5696740 5696741 SPH_1917 SPH_1918     TRUE 0.868 39.000 0.036 NA   NA
 5696741 5696742 SPH_1918 SPH_1919     TRUE 0.990 31.000 1.000 NA   NA
 5696743 5696744 SPH_1920 SPH_1921