MicrobesOnline Operon Predictions for Streptococcus pneumoniae Taiwan19F-14

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 7473758 7473759 SPT_0001 SPT_0002 dnaA dnaN TRUE 0.772 159.000 0.328 1.000 Y NA
 7473759 7473760 SPT_0002 SPT_0003 dnaN   TRUE 0.543 65.000 0.009 NA   NA
 7473763 7473764 SPT_0006 SPT_0007     TRUE 0.901 -13.000 0.000 NA   NA
 7473764 7473765 SPT_0007 SPT_0008     TRUE 0.494 51.000 0.000 NA   NA
 7473765 7473766 SPT_0008 SPT_0009     FALSE 0.054 204.000 0.000 NA   NA
 7473766 7473767 SPT_0009 SPT_0010     FALSE 0.183 93.000 0.000 NA   NA
 7473767 7473768 SPT_0010 SPT_0011     FALSE 0.020 320.000 0.000 NA   NA
 7473768 7473769 SPT_0011 SPT_0012     TRUE 0.891 -31.000 0.000 NA   NA
 7473769 7473770 SPT_0012 SPT_0013     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7473770 7473771 SPT_0013 SPT_0014     TRUE 0.908 -7.000 0.000 NA   NA
 7473771 7473772 SPT_0014 SPT_0015     TRUE 0.896 -19.000 0.000 NA   NA
 7473772 7473773 SPT_0015 SPT_0016     FALSE 0.137 114.000 0.000 NA   NA
 7473773 7473774 SPT_0016 SPT_0017     TRUE 0.908 -7.000 0.000 NA   NA
 7473774 7473775 SPT_0017 SPT_0018     TRUE 0.781 18.000 0.000 NA   NA
 7473775 7473776 SPT_0018 SPT_0019     TRUE 0.845 12.000 0.000 NA   NA
 7473776 7473777 SPT_0019 SPT_0020     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7473777 7473778 SPT_0020 SPT_0021     FALSE 0.015 401.000 0.000 NA   NA
 7473778 7473779 SPT_0021 SPT_0022     TRUE 0.879 4.000 0.000 NA   NA
 7473779 7473780 SPT_0022 SPT_0023     FALSE 0.084 154.000 0.000 NA   NA
 7473780 7473781 SPT_0023 SPT_0024     FALSE 0.040 239.000 0.000 NA   NA
 7473781 7473782 SPT_0024 SPT_0025     TRUE 0.845 12.000 0.000 NA   NA
 7473782 7473783 SPT_0025 SPT_0026     TRUE 0.733 22.000 0.000 NA   NA
 7473786 7473787 SPT_0029 SPT_0030     TRUE 0.765 19.000 0.000 NA   NA
 7473787 7473788 SPT_0030 SPT_0031     FALSE 0.101 139.000 0.000 NA   NA
 7473790 7473791 SPT_0033 SPT_0034     FALSE 0.013 424.000 0.000 NA   NA
 7473791 7473792 SPT_0034 SPT_0035     FALSE 0.027 283.000 0.000 NA   NA
 7473792 7473793 SPT_0035 SPT_0036     FALSE 0.149 105.000 0.000 NA   NA
 7473793 7473794 SPT_0036 SPT_0037     FALSE 0.012 436.000 0.000 NA   NA
 7473794 7473795 SPT_0037 SPT_0038   ychF FALSE 0.180 120.000 0.000 1.000 N NA
 7473795 7473796 SPT_0038 SPT_0039 ychF pth TRUE 0.907 71.000 0.184 1.000 Y NA
 7473796 7473797 SPT_0039 SPT_0040 pth mfd TRUE 0.987 1.000 0.137 1.000 N NA
 7473797 7473798 SPT_0040 SPT_0041 mfd   TRUE 0.733 58.000 0.024 1.000 N NA
 7473798 7473799 SPT_0041 SPT_0042     TRUE 0.980 -7.000 0.053 1.000 N NA
 7473799 7473800 SPT_0042 SPT_0043     TRUE 0.939 5.000 0.009 NA   NA
 7473800 7473801 SPT_0043 SPT_0044     TRUE 0.982 -7.000 0.105 NA   NA
 7473801 7473802 SPT_0044 SPT_0045     TRUE 0.971 -3.000 0.014 NA N NA
 7473802 7473803 SPT_0045 SPT_0046   hpt TRUE 0.977 4.000 0.067 0.065 N NA
 7473803 7473804 SPT_0046 SPT_0047 hpt   TRUE 0.978 16.000 0.192 1.000 N NA
 7473804 7473805 SPT_0047 SPT_0048     FALSE 0.221 122.000 0.006 1.000   NA
 7473805 7473806 SPT_0048 SPT_0049     FALSE 0.180 94.000 0.000 NA   NA
 7473806 7473807 SPT_0049 SPT_0050   rrs1 FALSE 0.033 263.000 0.000 NA   NA
 7473807 7473808 SPT_0050 SPT_0051 rrs1   FALSE 0.115 126.000 0.000 NA   NA
 7473808 7473809 SPT_0051 SPT_0053   rrl1 FALSE 0.122 121.000 0.000 NA   NA
 7473809 7473810 SPT_0053 SPT_0054 rrl1 rrf_1 FALSE 0.258 77.000 0.000 NA   NA
 7473810 7473811 SPT_0054 SPT_0055 rrf_1   TRUE 0.871 6.000 0.000 NA   NA
 7473812 7473813 SPT_0056 SPT_0057     TRUE 0.521 48.000 0.000 NA   NA
 7473814 7473815 SPT_0058 SPT_0059   purA FALSE 0.061 189.000 0.000 NA   NA
 7473815 7473816 SPT_0059 SPT_0060 purA   FALSE 0.216 201.000 0.000 1.000 Y NA
 7473816 7473817 SPT_0060 SPT_2262   srpB TRUE 0.608 36.000 0.000 NA   NA
 7473817 7473818 SPT_2262 SPT_0061 srpB   TRUE 0.379 61.000 0.000 NA   NA
 7473818 7473819 SPT_0061 SPT_0062     TRUE 0.956 -40.000 0.005 NA N NA
 7473819 7473820 SPT_0062 SPT_0063   radA FALSE 0.289 113.000 0.003 NA N NA
 7473820 7473821 SPT_0063 SPT_0064 radA   TRUE 0.547 73.000 0.009 1.000 N NA
 7473821 7473822 SPT_0064 SPT_0065     TRUE 0.931 25.000 0.111 NA   NA
 7473822 7473823 SPT_0065 SPT_0066     FALSE 0.094 145.000 0.000 NA   NA
 7473824 7473825 SPT_0067 SPT_0068     TRUE 0.890 -42.000 0.000 NA   NA
 7473825 7473826 SPT_0068 SPT_0069     TRUE 0.578 40.000 0.000 NA   NA
 7473827 7473828 SPT_0070 SPT_0071     TRUE 0.341 85.000 0.005 NA   NA
 7473830 7473831 SPT_0073 SPT_0074   recO TRUE 0.970 -3.000 0.012 1.000 N NA
 7473831 7473832 SPT_0074 SPT_0075 recO plsX TRUE 0.970 -3.000 0.011 1.000 N NA
 7473832 7473833 SPT_0075 SPT_0076 plsX   TRUE 0.985 6.000 0.017 0.009 Y NA
 7473833 7473834 SPT_0076 SPT_0077     TRUE 0.652 43.000 0.000 NA N NA
 7473834 7473835 SPT_0077 SPT_0078     FALSE 0.054 203.000 0.000 NA   NA
 7473835 7473836 SPT_0078 SPT_0079     TRUE 0.884 3.000 0.000 NA   NA
 7473836 7473837 SPT_0079 SPT_0080     FALSE 0.009 587.000 0.000 NA   NA
 7473837 7473838 SPT_0080 SPT_0081     TRUE 0.990 13.000 0.444 0.068   NA
 7473838 7473839 SPT_0081 SPT_0082   purC FALSE 0.128 170.000 0.004 1.000   NA
 7473839 7473840 SPT_0082 SPT_0083 purC   TRUE 0.866 11.000 0.000 0.001   NA
 7473840 7473841 SPT_0083 SPT_0084     TRUE 0.434 57.000 0.000 1.000   NA
 7473841 7473842 SPT_0084 SPT_0085   purF TRUE 0.687 93.000 0.024 1.000 Y NA
 7473842 7473843 SPT_0085 SPT_0086 purF purM TRUE 0.979 37.000 0.248 1.000 Y NA
 7473843 7473844 SPT_0086 SPT_0087 purM purN TRUE 0.997 -3.000 0.238 0.003 Y NA
 7473844 7473845 SPT_0087 SPT_0088 purN   TRUE 0.407 84.000 0.003 NA N NA
 7473845 7473846 SPT_0088 SPT_0089   purH TRUE 0.846 25.000 0.002 NA N NA
 7473846 7473847 SPT_0089 SPT_0090 purH purD TRUE 0.804 122.000 0.238 1.000 Y NA
 7473847 7473848 SPT_0090 SPT_0091 purD purE FALSE 0.142 403.000 0.044 1.000 Y NA
 7473848 7473849 SPT_0091 SPT_0092 purE purK TRUE 0.987 -13.000 0.008 0.001 Y NA
 7473849 7473850 SPT_0092 SPT_0093 purK   TRUE 0.857 10.000 0.000 NA   NA
 7473850 7473851 SPT_0093 SPT_0094   purB TRUE 0.478 63.000 0.002 NA   NA
 7473852 7473853 SPT_0095 SPT_0096     FALSE 0.031 316.000 0.000 1.000 N NA
 7473854 7473855 SPT_0097 SPT_0098     TRUE 0.996 -3.000 0.190 1.000 Y NA
 7473855 7473856 SPT_0098 SPT_0099     TRUE 0.995 28.000 0.810 0.040 Y NA
 7473856 7473857 SPT_0099 SPT_0100     TRUE 0.978 -13.000 0.000 0.040 Y NA
 7473857 7473858 SPT_0100 SPT_0101     TRUE 0.970 7.000 0.000 0.040 Y NA
 7473858 7473859 SPT_0101 SPT_0102     FALSE 0.090 294.000 0.022 1.000 N NA
 7473859 7473860 SPT_0102 SPT_0103     FALSE 0.198 116.000 0.000 0.030 N NA
 7473860 7473861 SPT_0103 SPT_0104     FALSE 0.053 207.000 0.000 NA   NA
 7473861 7473862 SPT_0104 SPT_0105     FALSE 0.089 150.000 0.000 NA   NA
 7473863 7473864 SPT_0106 SPT_0107     TRUE 0.458 54.000 0.000 NA   NA
 7473864 7473865 SPT_0107 SPT_0108     TRUE 0.905 -10.000 0.000 NA   NA
 7473868 7473869 SPT_0111 SPT_0112     TRUE 0.996 14.000 0.490 0.005 Y NA
 7473869 7473870 SPT_0112 SPT_0113     FALSE 0.105 135.000 0.000 NA   NA
 7473870 7473871 SPT_0113 SPT_0115     TRUE 0.369 62.000 0.000 NA   NA
 7473871 7473872 SPT_0115 SPT_0116     FALSE 0.131 116.000 0.000 NA   NA
 7473872 7473873 SPT_0116 SPT_0117     TRUE 0.536 167.000 0.333 1.000   NA
 7473873 7473874 SPT_0117 SPT_0118     TRUE 0.998 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 7473874 7473875 SPT_0118 SPT_0119   rpsD FALSE 0.125 195.000 0.002 1.000 N NA
 7473875 7473876 SPT_0119 SPT_0120 rpsD   FALSE 0.008 766.000 0.000 NA   NA
 7473876 7473877 SPT_0120 SPT_0121     TRUE 0.889 -46.000 0.000 NA   NA
 7473877 7473878 SPT_0121 SPT_0122     FALSE 0.026 289.000 0.000 NA   NA
 7473878 7473879 SPT_0122 SPT_0123     TRUE 0.998 14.000 0.917 0.050 Y NA
 7473879 7473880 SPT_0123 SPT_0124     TRUE 0.542 258.000 0.250 0.050 Y NA
 7473880 7473881 SPT_0124 SPT_0125     FALSE 0.030 272.000 0.000 NA   NA
 7473881 7473882 SPT_0125 SPT_0126     FALSE 0.029 275.000 0.000 NA   NA
 7473882 7473883 SPT_0126 SPT_0127     FALSE 0.016 387.000 0.000 NA   NA
 7473883 7473884 SPT_0127 SPT_0128     FALSE 0.008 726.000 0.000 NA   NA
 7473884 7473885 SPT_0128 SPT_0129     FALSE 0.007 922.000 0.000 NA   NA
 7473885 7473886 SPT_0129 SPT_0130     TRUE 0.701 25.000 0.000 NA   NA
 7473887 7473888 SPT_0131 SPT_0132     TRUE 0.924 63.000 0.500 NA   NA
 7473888 7473889 SPT_0132 SPT_0133     TRUE 0.986 -7.000 0.150 NA   NA
 7473889 7473890 SPT_0133 SPT_0134     TRUE 0.990 -13.000 0.250 NA   NA
 7473890 7473891 SPT_0134 SPT_0135     TRUE 0.433 139.000 0.100 NA N NA
 7473892 7473893 SPT_0136 SPT_0137     TRUE 0.859 42.000 0.000 NA Y NA
 7473894 7473895 SPT_0138 SPT_0139   sdaAA TRUE 0.899 22.000 0.033 1.000   NA
 7473895 7473896 SPT_0139 SPT_0140 sdaAA sdaAB TRUE 0.995 9.000 0.221 0.001 Y NA
 7473899 7473900 SPT_0143 SPT_0144     TRUE 0.925 55.000 0.353 NA   NA
 7473900 7473901 SPT_0144 SPT_0145     TRUE 0.996 -3.000 0.520 NA   NA
 7473901 7473902 SPT_0145 SPT_0146     FALSE 0.079 207.000 0.000 1.000 N NA
 7473902 7473903 SPT_0146 SPT_0147     TRUE 0.867 17.000 0.002 1.000   NA
 7473907 7473908 SPT_0151 SPT_0152     FALSE 0.024 298.000 0.000 NA   NA
 7473908 7473909 SPT_0152 SPT_0153     FALSE 0.084 154.000 0.000 NA   NA
 7473909 7473910 SPT_0153 SPT_0154     FALSE 0.013 416.000 0.000 NA   NA
 7473910 7473911 SPT_0154 SPT_0155     FALSE 0.016 383.000 0.000 NA   NA
 7473911 7473912 SPT_0155 SPT_0156     FALSE 0.021 316.000 0.000 NA   NA
 7473912 7473913 SPT_0156 SPT_0157     FALSE 0.017 377.000 0.000 NA   NA
 7473913 7473914 SPT_0157 SPT_0158     TRUE 0.869 7.000 0.000 NA   NA
 7473914 7473915 SPT_0158 SPT_0159     TRUE 0.765 19.000 0.000 NA   NA
 7473915 7473916 SPT_0159 SPT_0160     TRUE 0.438 56.000 0.000 NA   NA
 7473916 7473917 SPT_0160 SPT_0161     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7473917 7473918 SPT_0161 SPT_0162     FALSE 0.007 1135.000 0.000 NA   NA
 7473918 7473919 SPT_0162 SPT_0163     FALSE 0.010 550.000 0.000 NA   NA
 7473919 7473920 SPT_0163 SPT_0164     FALSE 0.037 253.000 0.000 NA   NA
 7473920 7473921 SPT_0164 SPT_0165   trmU TRUE 0.720 23.000 0.000 NA   NA
 7473921 7473922 SPT_0165 SPT_0166 trmU   FALSE 0.217 141.000 0.003 1.000 N NA
 7473922 7473923 SPT_0166 SPT_0167   gidA TRUE 0.944 10.000 0.005 1.000 N NA
 7473924 7473925 SPT_0168 SPT_0169     FALSE 0.286 72.000 0.000 NA   NA
 7473925 7473926 SPT_0169 SPT_0170     TRUE 0.995 2.000 0.576 NA   NA
 7473926 7473927 SPT_0170 SPT_0171     FALSE 0.020 326.000 0.000 NA   NA
 7473927 7473928 SPT_0171 SPT_0172     FALSE 0.038 247.000 0.000 NA   NA
 7473928 7473929 SPT_0172 SPT_0173     TRUE 0.994 2.000 0.500 NA   NA
 7473930 7473931 SPT_0174 SPT_0175   rimI TRUE 0.989 -3.000 0.209 1.000   NA
 7473931 7473932 SPT_0175 SPT_0176 rimI   TRUE 0.968 -10.000 0.030 1.000   NA
 7473933 7473934 SPT_0177 SPT_0178     TRUE 0.906 -9.000 0.000 NA   NA
 7473935 7473936 SPT_0179 SPT_0181     TRUE 0.679 27.000 0.000 NA   NA
 7473936 7473937 SPT_0181 SPT_0182     FALSE 0.201 87.000 0.000 NA   NA
 7473937 7473938 SPT_0182 SPT_0183     TRUE 0.751 20.000 0.000 NA   NA
 7473938 7473939 SPT_0183 SPT_0184     FALSE 0.017 377.000 0.000 NA   NA
 7473939 7473940 SPT_0184 SPT_0185     FALSE 0.010 551.000 0.000 NA   NA
 7473940 7473941 SPT_0185 SPT_0187     TRUE 0.837 13.000 0.000 NA   NA
 7473941 7473942 SPT_0187 SPT_0188     FALSE 0.015 395.000 0.000 NA   NA
 7473942 7473943 SPT_0188 SPT_0189     FALSE 0.026 291.000 0.000 NA   NA
 7473943 7473944 SPT_0189 SPT_0190     FALSE 0.317 68.000 0.000 NA   NA
 7473944 7473945 SPT_0190 SPT_0191     FALSE 0.286 72.000 0.000 NA   NA
 7473947 7473948 SPT_0193 SPT_0194     TRUE 0.993 -10.000 0.338 NA   NA
 7473948 7473949 SPT_0194 SPT_0195     FALSE 0.304 104.000 0.013 NA   NA
 7473949 7473950 SPT_0195 SPT_0196     FALSE 0.121 154.000 0.000 NA N NA
 7473950 7473951 SPT_0196 SPT_0197     TRUE 0.838 100.000 0.500 NA N NA
 7473951 7473952 SPT_0197 SPT_0198     TRUE 0.978 -7.000 0.042 1.000 N NA
 7473952 7473953 SPT_0198 SPT_0199     TRUE 0.999 2.000 0.938 1.000 Y NA
 7473955 7473956 SPT_0201 SPT_0202     TRUE 0.969 50.000 0.667 NA   NA
 7473956 7473957 SPT_0202 SPT_0203     TRUE 0.994 12.000 0.227 0.014 Y NA
 7473957 7473958 SPT_0203 SPT_0204     TRUE 0.822 52.000 0.091 NA   NA
 7473958 7473959 SPT_0204 SPT_0205     TRUE 0.807 78.000 0.286 NA   NA
 7473960 7473961 SPT_0206 SPT_0207     FALSE 0.019 349.000 0.000 1.000   NA
 7473961 7473962 SPT_0207 SPT_0208     FALSE 0.022 310.000 0.000 NA   NA
 7473962 7473963 SPT_0208 SPT_0209     TRUE 0.994 -3.000 0.392 NA   NA
 7473963 7473964 SPT_0209 SPT_0210     FALSE 0.199 88.000 0.000 NA   NA
 7473966 7473967 SPT_0212 SPT_0213 ribH   TRUE 0.991 1.000 0.054 0.003 Y NA
 7473967 7473968 SPT_0213 SPT_0214   ribE TRUE 0.973 20.000 0.051 1.000 Y NA
 7473968 7473969 SPT_0214 SPT_0215 ribE ribD TRUE 0.998 -15.000 0.456 1.000 Y NA
 7473970 7473971 SPT_0216 SPT_0217 ruvA   TRUE 0.981 10.000 0.012 1.000 Y NA
 7473971 7473972 SPT_0217 SPT_0218     TRUE 0.949 -3.000 0.004 NA   NA
 7473973 7473974 SPT_0219 SPT_0220     FALSE 0.036 255.000 0.000 NA   NA
 7473974 7473975 SPT_0220 SPT_0221     TRUE 0.960 12.000 0.072 NA   NA
 7473975 7473976 SPT_0221 SPT_0222     FALSE 0.115 161.000 0.000 1.000 N NA
 7473976 7473977 SPT_0222 SPT_0223     FALSE 0.298 85.000 0.000 0.075 N NA
 7473977 7473978 SPT_0223 SPT_0224     FALSE 0.080 161.000 0.000 1.000   NA
 7473979 7473980 SPT_0225 SPT_0226     TRUE 0.808 16.000 0.000 NA   NA
 7473980 7473981 SPT_0226 SPT_0227     FALSE 0.013 429.000 0.000 NA   NA
 7473981 7473982 SPT_0227 SPT_0228     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7473982 7473983 SPT_0228 SPT_0229     TRUE 0.998 2.000 1.000 NA   NA
 7473983 7473984 SPT_0229 SPT_0230     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7473984 7473985 SPT_0230 SPT_0231     TRUE 0.994 -7.000 0.400 NA   NA
 7473985 7473986 SPT_0231 SPT_0232     TRUE 0.796 135.000 0.714 NA   NA
 7473986 7473987 SPT_0232 SPT_0233     TRUE 0.957 53.000 0.571 NA   NA
 7473987 7473988 SPT_0233 SPT_0234     FALSE 0.018 353.000 0.000 NA   NA
 7473988 7473989 SPT_0234 SPT_0235     FALSE 0.216 84.000 0.000 NA   NA
 7473989 7473990 SPT_0235 SPT_0236     FALSE 0.012 449.000 0.000 NA   NA
 7473990 7473991 SPT_0236 SPT_0237     FALSE 0.007 1196.000 0.000 NA   NA
 7473991 7473992 SPT_0237 SPT_0238   uvrA FALSE 0.011 489.000 0.000 1.000   NA
 7473992 7473993 SPT_0238 SPT_0239 uvrA   TRUE 0.967 -7.000 0.008 1.000 N NA
 7473993 7473994 SPT_0239 SPT_0240     FALSE 0.156 132.000 0.000 1.000 N NA
 7473994 7473995 SPT_0240 SPT_0241     TRUE 0.857 66.000 0.267 NA   NA
 7473995 7473996 SPT_0241 SPT_0242     TRUE 0.398 87.000 0.016 NA   NA
 7473996 7473997 SPT_0242 SPT_0243     TRUE 0.994 4.000 0.537 NA   NA
 7473997 7473998 SPT_0243 SPT_0244     TRUE 0.992 16.000 0.651 NA   NA
 7473998 7473999 SPT_0244 SPT_0245     FALSE 0.058 308.000 0.019 NA   NA
 7473999 7474000 SPT_0245 SPT_0246     FALSE 0.216 84.000 0.000 NA   NA
 7474000 7474001 SPT_0246 SPT_0247     FALSE 0.092 146.000 0.000 NA   NA
 7474001 7474002 SPT_0247 SPT_0248     FALSE 0.035 258.000 0.000 NA   NA
 7474002 7474003 SPT_0248 SPT_0249   nrdD TRUE 0.361 120.000 0.057 NA   NA
 7474003 7474004 SPT_0249 SPT_0250 nrdD   TRUE 0.851 32.000 0.031 0.054   NA
 7474004 7474005 SPT_0250 SPT_0251     TRUE 0.958 12.000 0.062 NA   NA
 7474005 7474006 SPT_0251 SPT_0252     TRUE 0.938 44.000 0.292 NA   NA
 7474006 7474007 SPT_0252 SPT_0253   nrdG TRUE 0.987 -7.000 0.159 1.000   NA
 7474007 7474008 SPT_0253 SPT_0254 nrdG   TRUE 0.976 -3.000 0.029 1.000 N NA
 7474008 7474009 SPT_0254 SPT_0255   rpsJ FALSE 0.048 266.000 0.000 1.000 N NA
 7474009 7474010 SPT_0255 SPT_0256 rpsJ rplC TRUE 0.734 217.000 0.467 0.038 Y NA
 7474010 7474011 SPT_0256 SPT_0257 rplC rplD TRUE 0.994 25.000 0.544 0.028 Y NA
 7474011 7474012 SPT_0257 SPT_0258 rplD rplW TRUE 0.997 0.000 0.307 0.028 Y NA
 7474012 7474013 SPT_0258 SPT_0259 rplW rplB TRUE 0.998 18.000 0.849 0.033 Y NA
 7474013 7474014 SPT_0259 SPT_0260 rplB rpsS TRUE 0.952 104.000 0.820 0.038 Y NA
 7474014 7474015 SPT_0260 SPT_0261 rpsS rplV TRUE 0.998 12.000 0.769 0.038 Y NA
 7474015 7474016 SPT_0261 SPT_0262 rplV rpsC TRUE 0.998 13.000 0.719 0.038 Y NA
 7474016 7474017 SPT_0262 SPT_0263 rpsC rplP TRUE 0.999 4.000 0.828 0.038 Y NA
 7474017 7474018 SPT_0263 SPT_0264 rplP rpmC TRUE 0.998 10.000 0.802 0.028 Y NA
 7474018 7474019 SPT_0264 SPT_0265 rpmC rpsQ TRUE 0.996 25.000 0.828 0.028 Y NA
 7474019 7474020 SPT_0265 SPT_0266 rpsQ rplN TRUE 0.996 26.000 0.791 0.038 Y NA
 7474020 7474021 SPT_0266 SPT_0267 rplN rplX TRUE 0.973 78.000 0.810 0.038 Y NA
 7474021 7474022 SPT_0267 SPT_0268 rplX   TRUE 0.996 24.000 0.758 0.028 Y NA
 7474022 7474023 SPT_0268 SPT_0269     TRUE 0.993 18.000 0.309 0.028 Y NA
 7474023 7474024 SPT_0269 SPT_0270   rpsH TRUE 0.507 285.000 0.295 0.028 Y NA
 7474024 7474025 SPT_0270 SPT_0271 rpsH   TRUE 0.871 192.000 0.808 0.028 Y NA
 7474025 7474026 SPT_0271 SPT_0272   rplR TRUE 0.968 84.000 0.815 0.028 Y NA
 7474026 7474027 SPT_0272 SPT_0273 rplR rpsE TRUE 0.997 18.000 0.814 0.038 Y NA
 7474027 7474028 SPT_0273 SPT_0274 rpsE rpmD TRUE 0.998 14.000 0.789 0.038 Y NA
 7474028 7474029 SPT_0274 SPT_0275 rpmD rplO TRUE 0.896 145.000 0.653 0.005 Y NA
 7474029 7474030 SPT_0275 SPT_0276 rplO   TRUE 0.995 13.000 0.730 1.000 N NA
 7474030 7474031 SPT_0276 SPT_0277     TRUE 0.567 151.000 0.241 1.000 N NA
 7474031 7474032 SPT_0277 SPT_0278   infA TRUE 0.442 117.000 0.059 1.000 N NA
 7474032 7474033 SPT_0278 SPT_0279 infA rpmJ TRUE 0.969 25.000 0.067 1.000 Y NA
 7474033 7474034 SPT_0279 SPT_0280 rpmJ   TRUE 0.982 18.000 0.086 0.028 Y NA
 7474034 7474035 SPT_0280 SPT_0281   rpsK TRUE 0.989 55.000 0.810 0.028 Y NA
 7474035 7474036 SPT_0281 SPT_0282 rpsK rpoA TRUE 0.955 43.000 0.308 1.000 N NA
 7474036 7474037 SPT_0282 SPT_0283 rpoA rplQ TRUE 0.997 12.000 0.873 1.000 N NA
 7474037 7474038 SPT_0283 SPT_0284 rplQ   FALSE 0.071 265.000 0.002 1.000 N NA
 7474038 7474039 SPT_0284 SPT_0285     TRUE 0.993 10.000 0.569 NA   NA
 7474039 7474040 SPT_0285 SPT_0286     FALSE 0.128 187.000 0.008 NA   NA
 7474041 7474042 SPT_0287 SPT_0289     TRUE 0.905 -10.000 0.000 NA   NA
 7474042 7474043 SPT_0289 SPT_0290     TRUE 0.837 13.000 0.000 NA   NA
 7474043 7474044 SPT_0290 SPT_0292     FALSE 0.042 232.000 0.000 NA   NA
 7474044 7474045 SPT_0292 SPT_0293     FALSE 0.278 75.000 0.000 1.000   NA
 7474046 7474047 SPT_0294 SPT_0295     TRUE 0.992 13.000 0.188 0.040 Y NA
 7474047 7474048 SPT_0295 SPT_0296     FALSE 0.285 195.000 0.091 1.000 N NA
 7474048 7474049 SPT_0296 SPT_0297     TRUE 0.993 46.000 0.889 0.025 Y NA
 7474049 7474050 SPT_0297 SPT_0298     TRUE 0.998 17.000 0.889 0.025 Y NA
 7474050 7474051 SPT_0298 SPT_0299     TRUE 0.440 151.000 0.132 1.000 N NA
 7474051 7474052 SPT_0299 SPT_0300     TRUE 0.985 19.000 0.368 1.000 N NA
 7474052 7474053 SPT_0300 SPT_0301     TRUE 0.977 18.000 0.211 1.000 N NA
 7474053 7474054 SPT_0301 SPT_0302   leuS FALSE 0.018 455.000 0.000 1.000 N NA
 7474054 7474055 SPT_0302 SPT_0303 leuS   FALSE 0.101 139.000 0.000 NA   NA
 7474055 7474056 SPT_0303 SPT_0304     TRUE 0.438 56.000 0.000 NA   NA
 7474056 7474057 SPT_0304 SPT_0305     TRUE 0.951 12.000 0.037 0.015   NA
 7474057 7474058 SPT_0305 SPT_0306   ruvB FALSE 0.007 1041.000 0.000 1.000   NA
 7474058 7474059 SPT_0306 SPT_0307 ruvB   TRUE 0.896 -19.000 0.000 NA   NA
 7474059 7474060 SPT_0307 SPT_0308   uppS FALSE 0.042 231.000 0.000 NA   NA
 7474060 7474061 SPT_0308 SPT_0309 uppS cdsA TRUE 0.991 9.000 0.113 1.000 Y NA
 7474061 7474062 SPT_0309 SPT_0310 cdsA rseP TRUE 0.925 22.000 0.040 1.000 N NA
 7474062 7474063 SPT_0310 SPT_0311 rseP proS TRUE 0.971 13.000 0.095 1.000 N NA
 7474063 7474064 SPT_0311 SPT_0312 proS   TRUE 0.322 100.000 0.002 1.000 N NA
 7474064 7474065 SPT_0312 SPT_0313   glmS FALSE 0.140 192.000 0.003 1.000 N NA
 7474065 7474066 SPT_0313 SPT_0314 glmS   FALSE 0.178 119.000 0.000 NA N NA
 7474068 7474069 SPT_0316 SPT_0317 rpsL rpsG TRUE 0.989 20.000 0.224 0.005 Y NA
 7474069 7474070 SPT_0317 SPT_0318 rpsG fusA TRUE 0.480 425.000 0.579 1.000 Y NA
 7474070 7474071 SPT_0318 SPT_0319 fusA polC FALSE 0.314 104.000 0.003 1.000 N NA
 7474071 7474072 SPT_0319 SPT_0320 polC   TRUE 0.465 102.000 0.000 NA Y NA
 7474072 7474073 SPT_0320 SPT_0321     TRUE 0.994 -7.000 0.400 NA   NA
 7474073 7474074 SPT_0321 SPT_0322     TRUE 0.744 21.000 0.000 NA   NA
 7474074 7474075 SPT_0322 SPT_0323     TRUE 0.934 22.000 0.095 NA   NA
 7474075 7474076 SPT_0323 SPT_0324     TRUE 0.981 10.000 0.190 1.000   NA
 7474076 7474077 SPT_0324 SPT_0325     FALSE 0.047 223.000 0.000 1.000   NA
 7474077 7474078 SPT_0325 SPT_0326     FALSE 0.184 217.000 0.041 1.000 N NA
 7474079 7474080 SPT_0327 SPT_0328     TRUE 0.996 24.000 0.812 0.037 Y NA
 7474080 7474081 SPT_0328 SPT_0329     TRUE 0.997 28.000 0.943 0.037 Y NA
 7474081 7474082 SPT_0329 SPT_0330     FALSE 0.042 233.000 0.000 1.000   NA
 7474082 7474083 SPT_0330 SPT_0331     FALSE 0.146 109.000 0.000 NA   NA
 7474083 7474084 SPT_0331 SPT_0332     FALSE 0.216 84.000 0.000 NA   NA
 7474085 7474086 SPT_0333 SPT_0334     TRUE 0.740 53.000 0.034 NA   NA
 7474086 7474087 SPT_0334 SPT_0335   folP FALSE 0.180 94.000 0.000 NA   NA
 7474087 7474088 SPT_0335 SPT_0336 folP   TRUE 0.985 2.000 0.006 0.005 Y NA
 7474088 7474089 SPT_0336 SPT_0337   folE TRUE 0.988 -19.000 0.024 1.000 Y NA
 7474089 7474090 SPT_0337 SPT_0338 folE   TRUE 0.901 43.000 0.005 1.000 Y NA
 7474092 7474093 SPT_0340 SPT_0341 rplM rpsI TRUE 0.996 19.000 0.601 0.028 Y NA
 7474094 7474095 SPT_0342 SPT_0343     TRUE 0.957 42.000 0.375 0.074   NA
 7474095 7474096 SPT_0343 SPT_0344     TRUE 0.991 8.000 0.375 NA   NA
 7474096 7474097 SPT_0344 SPT_0345     FALSE 0.070 172.000 0.000 NA   NA
 7474097 7474098 SPT_0345 SPT_0346     FALSE 0.294 75.000 0.000 0.022   NA
 7474098 7474099 SPT_0346 SPT_0347     FALSE 0.013 427.000 0.000 1.000   NA
 7474099 7474100 SPT_0347 SPT_0348     TRUE 0.914 77.000 0.667 NA   NA
 7474100 7474101 SPT_0348 SPT_0349     TRUE 0.987 13.000 0.333 NA   NA
 7474101 7474102 SPT_0349 SPT_0350     FALSE 0.009 558.000 0.000 NA   NA
 7474102 7474103 SPT_0350 SPT_0351     TRUE 0.527 47.000 0.000 NA   NA
 7474104 7474105 SPT_0352 SPT_0353     FALSE 0.085 156.000 0.000 1.000   NA
 7474105 7474106 SPT_0353 SPT_0354     FALSE 0.062 190.000 0.000 1.000   NA
 7474106 7474107 SPT_0354 SPT_0355     TRUE 0.798 52.000 0.066 NA   NA
 7474107 7474108 SPT_0355 SPT_0356     FALSE 0.283 130.000 0.033 NA   NA
 7474108 7474109 SPT_0356 SPT_0357     TRUE 0.525 124.000 0.128 0.024 N NA
 7474109 7474110 SPT_0357 SPT_0358     TRUE 0.967 10.000 0.043 0.024 N NA
 7474110 7474111 SPT_0358 SPT_0359     TRUE 0.909 31.000 0.105 NA   NA
 7474111 7474112 SPT_0359 SPT_0360     TRUE 0.928 80.000 0.842 NA   NA
 7474112 7474113 SPT_0360 SPT_0361     FALSE 0.017 381.000 0.000 NA   NA
 7474113 7474114 SPT_0361 SPT_0362     FALSE 0.015 401.000 0.000 NA   NA
 7474116 7474117 SPT_0364 SPT_0365     FALSE 0.016 383.000 0.000 NA   NA
 7474118 7474119 SPT_0366 SPT_0367     TRUE 0.993 10.000 0.167 1.000 Y NA
 7474119 7474120 SPT_0367 SPT_0368     TRUE 0.965 31.000 0.094 1.000 Y NA
 7474120 7474121 SPT_0368 SPT_0369     TRUE 0.973 19.000 0.197 1.000 N NA
 7474122 7474123 SPT_0370 SPT_0371     TRUE 0.977 12.000 0.160 1.000   NA
 7474123 7474124 SPT_0371 SPT_0372     TRUE 0.986 11.000 0.267 1.000   NA
 7474124 7474125 SPT_0372 SPT_0373     TRUE 0.998 15.000 0.933 0.037 Y NA
 7474125 7474126 SPT_0373 SPT_0374     TRUE 0.999 -13.000 0.933 0.037 Y NA
 7474126 7474127 SPT_0374 SPT_0375     TRUE 0.957 0.000 0.002 NA N NA
 7474127 7474128 SPT_0375 SPT_0376     TRUE 0.848 22.000 0.006 NA   NA
 7474128 7474129 SPT_0376 SPT_0377     TRUE 0.940 60.000 0.562 NA   NA
 7474129 7474130 SPT_0377 SPT_0378     TRUE 0.428 57.000 0.000 NA   NA
 7474131 7474132 SPT_0379 SPT_0380     TRUE 0.679 27.000 0.000 NA   NA
 7474132 7474133 SPT_0380 SPT_0381     FALSE 0.317 68.000 0.000 NA   NA
 7474133 7474134 SPT_0381 SPT_0382     TRUE 0.879 4.000 0.000 NA   NA
 7474134 7474135 SPT_0382 SPT_0383     TRUE 0.959 16.000 0.105 NA   NA
 7474136 7474137 SPT_0384 SPT_0385 mraW ftsL TRUE 0.968 13.000 0.077 1.000 N NA
 7474137 7474138 SPT_0385 SPT_0386 ftsL   TRUE 0.994 4.000 0.456 1.000 N NA
 7474138 7474139 SPT_0386 SPT_0387   mraY TRUE 0.989 2.000 0.038 1.000 Y NA
 7474139 7474140 SPT_0387 SPT_0388 mraY   FALSE 0.014 564.000 0.000 1.000 N NA
 7474140 7474141 SPT_0388 SPT_2268     FALSE 0.043 228.000 0.000 NA   NA
 7474142 7474143 SPT_0389 SPT_0390 luxS   FALSE 0.309 95.000 0.006 NA   NA
 7474144 7474145 SPT_0391 SPT_0392     FALSE 0.010 1420.000 0.000 1.000 N NA
 7474145 7474146 SPT_0392 SPT_0393     TRUE 0.996 2.000 0.583 1.000 N NA
 7474146 7474147 SPT_0393 SPT_0394     TRUE 0.998 9.000 0.636 1.000 Y NA
 7474147 7474148 SPT_0394 SPT_0395     TRUE 0.996 10.000 0.800 1.000 N NA
 7474148 7474149 SPT_0395 SPT_0396     FALSE 0.083 385.000 0.067 NA N NA
 7474149 7474150 SPT_0396 SPT_0397     TRUE 0.987 4.000 0.032 NA Y NA
 7474150 7474151 SPT_0397 SPT_0398     TRUE 0.979 -3.000 0.000 NA Y NA
 7474151 7474152 SPT_0398 SPT_0399     TRUE 0.893 2.000 0.000 NA   NA
 7474152 7474153 SPT_0399 SPT_0400     TRUE 0.900 1.000 0.000 NA   NA
 7474153 7474154 SPT_0400 SPT_0401     TRUE 0.950 23.000 0.154 NA   NA
 7474154 7474155 SPT_0401 SPT_0402     TRUE 0.801 64.000 0.154 NA   NA
 7474155 7474156 SPT_0402 SPT_0403   rfbA TRUE 0.868 39.000 0.000 1.000 Y NA
 7474156 7474157 SPT_0403 SPT_0404 rfbA   TRUE 0.995 1.000 0.149 1.000 Y NA
 7474157 7474158 SPT_0404 SPT_0405   rfbB TRUE 0.996 10.000 0.350 1.000 Y NA
 7474158 7474159 SPT_0405 SPT_0406 rfbB rfbD TRUE 0.947 66.000 0.273 0.003 Y NA
 7474159 7474160 SPT_0406 SPT_0409 rfbD   TRUE 0.574 41.000 0.000 NA   NA
 7474162 7474163 SPT_0410 SPT_0411     FALSE 0.024 301.000 0.000 1.000   NA
 7474164 7474165 SPT_0412 SPT_0413   recU TRUE 0.993 -3.000 0.319 1.000   NA
 7474166 7474167 SPT_0414 SPT_0415     TRUE 0.917 70.000 0.579 NA   NA
 7474167 7474168 SPT_0415 SPT_2269     TRUE 0.413 58.000 0.000 NA   NA
 7474168 7474169 SPT_2269 SPT_0416     FALSE 0.194 90.000 0.000 NA   NA
 7474169 7474170 SPT_0416 SPT_0417     TRUE 0.940 13.000 0.029 NA   NA
 7474170 7474171 SPT_0417 SPT_0418   gnd TRUE 0.415 76.000 0.005 NA   NA
 7474171 7474172 SPT_0418 SPT_0419 gnd   TRUE 0.946 12.000 0.012 1.000 N NA
 7474172 7474173 SPT_0419 SPT_0420     FALSE 0.167 98.000 0.000 NA   NA
 7474173 7474174 SPT_0420 SPT_0421     TRUE 0.765 19.000 0.000 NA   NA
 7474175 7474176 SPT_0422 SPT_0423     TRUE 0.554 43.000 0.000 NA   NA
 7474176 7474177 SPT_0423 SPT_0424     FALSE 0.317 68.000 0.000 NA   NA
 7474178 7474179 SPT_0425 SPT_0426   mvk FALSE 0.120 122.000 0.000 NA   NA
 7474179 7474180 SPT_0426 SPT_0427 mvk mvaD TRUE 0.997 -18.000 0.281 0.005 Y NA
 7474180 7474181 SPT_0427 SPT_0428 mvaD   TRUE 0.997 -13.000 0.312 0.005 Y NA
 7474181 7474182 SPT_0428 SPT_0429   fni TRUE 0.983 -16.000 0.097 1.000 N NA
 7474182 7474183 SPT_0429 SPT_0430 fni   TRUE 0.398 78.000 0.005 NA   NA
 7474183 7474184 SPT_0430 SPT_0431     TRUE 0.997 -3.000 0.679 NA   NA
 7474184 7474185 SPT_0431 SPT_0432     TRUE 0.998 14.000 0.853 0.013 Y NA
 7474185 7474186 SPT_0432 SPT_0433     TRUE 0.900 1.000 0.000 NA   NA
 7474186 7474187 SPT_0433 SPT_0434     FALSE 0.248 78.000 0.000 NA   NA
 7474187 7474188 SPT_0434 SPT_0435     FALSE 0.134 115.000 0.000 NA   NA
 7474188 7474189 SPT_0435 SPT_0436     FALSE 0.089 150.000 0.000 NA   NA
 7474189 7474190 SPT_0436 SPT_0437     FALSE 0.026 293.000 0.000 1.000   NA
 7474190 7474191 SPT_0437 SPT_0438   tig FALSE 0.060 194.000 0.000 1.000   NA
 7474192 7474193 SPT_0439 SPT_0440   lepB1 TRUE 0.462 128.000 0.099 1.000 N NA
 7474193 7474194 SPT_0440 SPT_0441 lepB1 rnhC TRUE 0.978 4.000 0.080 1.000 N NA
 7474195 7474196 SPT_0442 SPT_0443   cvpA TRUE 0.965 -3.000 0.019 NA   NA
 7474196 7474197 SPT_0443 SPT_0444 cvpA   TRUE 0.446 104.000 0.070 1.000   NA
 7474197 7474198 SPT_0444 SPT_0445     FALSE 0.029 343.000 0.000 1.000 N NA
 7474198 7474199 SPT_0445 SPT_0446     FALSE 0.047 218.000 0.000 NA   NA
 7474199 7474200 SPT_0446 SPT_0447     FALSE 0.145 110.000 0.000 NA   NA
 7474201 7474202 SPT_0448 SPT_0449 serS   FALSE 0.083 214.000 0.003 NA   NA
 7474202 7474203 SPT_0449 SPT_0450     TRUE 0.946 3.000 0.010 NA   NA
 7474203 7474204 SPT_0450 SPT_0451     FALSE 0.067 178.000 0.000 NA   NA
 7474205 7474206 SPT_0452 SPT_0453     TRUE 0.598 94.000 0.098 1.000 N NA
 7474206 7474207 SPT_0453 SPT_0454     TRUE 0.982 0.000 0.070 1.000 N NA
 7474207 7474208 SPT_0454 SPT_0455     TRUE 0.741 60.000 0.065 0.008   NA
 7474208 7474209 SPT_0455 SPT_0456     TRUE 0.586 119.000 0.216 1.000   NA
 7474209 7474210 SPT_0456 SPT_0457   fabD TRUE 0.981 -7.000 0.099 1.000   NA
 7474210 7474211 SPT_0457 SPT_0458 fabD fabG TRUE 0.988 34.000 0.432 0.008 Y NA
 7474211 7474212 SPT_0458 SPT_0459 fabG fabF TRUE 0.971 22.000 0.056 1.000 Y NA
 7474212 7474213 SPT_0459 SPT_0460 fabF accB TRUE 0.991 3.000 0.074 1.000 Y NA
 7474213 7474214 SPT_0460 SPT_0461 accB fabZ TRUE 0.992 -3.000 0.047 0.008 Y NA
 7474214 7474215 SPT_0461 SPT_0462 fabZ accC TRUE 0.984 12.000 0.045 1.000 Y NA
 7474215 7474216 SPT_0462 SPT_0463 accC accD TRUE 0.960 37.000 0.090 0.003 Y NA
 7474216 7474217 SPT_0463 SPT_0464 accD accA TRUE 0.997 -3.000 0.234 0.002 Y NA
 7474217 7474218 SPT_0464 SPT_0465 accA   FALSE 0.058 263.000 0.003 NA   NA
 7474218 7474219 SPT_0465 SPT_0466     TRUE 0.976 57.000 1.000 NA   NA
 7474219 7474220 SPT_0466 SPT_0467     FALSE 0.089 150.000 0.000 NA   NA
 7474221 7474222 SPT_0468 SPT_0469 nusB   TRUE 0.991 -7.000 0.265 NA   NA
 7474222 7474223 SPT_0469 SPT_0470   efp TRUE 0.897 22.000 0.031 NA   NA
 7474225 7474226 SPT_0472 SPT_0473     FALSE 0.170 124.000 0.000 1.000 N NA
 7474226 7474227 SPT_0473 SPT_0474     TRUE 0.998 0.000 0.492 0.002 Y NA
 7474227 7474228 SPT_0474 SPT_0475   gatC TRUE 0.999 0.000 0.643 0.002 Y NA
 7474229 7474230 SPT_0476 SPT_0477 prfC   FALSE 0.007 784.000 0.000 NA   NA
 7474230 7474231 SPT_0477 SPT_0478   rpmB FALSE 0.131 116.000 0.000 NA   NA
 7474231 7474232 SPT_0478 SPT_0479 rpmB   FALSE 0.239 157.000 0.044 NA   NA
 7474232 7474233 SPT_0479 SPT_0480     TRUE 0.995 3.000 0.567 NA   NA
 7474233 7474234 SPT_0480 SPT_0481   ilvB FALSE 0.104 200.000 0.004 1.000   NA
 7474234 7474235 SPT_0481 SPT_0482 ilvB ilvN TRUE 0.997 -7.000 0.249 0.001 Y NA
 7474235 7474236 SPT_0482 SPT_0483 ilvN ilvC TRUE 0.907 66.000 0.130 0.003 Y NA
 7474236 7474237 SPT_0483 SPT_0484 ilvC   FALSE 0.148 107.000 0.000 NA   NA
 7474237 7474238 SPT_0484 SPT_0485     FALSE 0.040 238.000 0.000 NA   NA
 7474238 7474239 SPT_0485 SPT_0486   ilvA TRUE 0.507 50.000 0.000 NA   NA
 7474239 7474240 SPT_0486 SPT_0487 ilvA   FALSE 0.097 142.000 0.000 NA   NA
 7474240 7474241 SPT_0487 SPT_0488     FALSE 0.010 541.000 0.000 NA   NA
 7474242 7474243 SPT_0489 SPT_0490 gltL   TRUE 0.999 0.000 0.758 1.000 Y NA
 7474245 7474246 SPT_0491 SPT_0493     FALSE 0.106 134.000 0.000 NA   NA
 7474246 7474247 SPT_0493 SPT_0494     FALSE 0.057 198.000 0.000 NA   NA
 7474248 7474249 SPT_0495 SPT_0496     TRUE 0.908 -7.000 0.000 NA   NA
 7474252 7474253 SPT_0499 SPT_0500     FALSE 0.032 265.000 0.000 NA   NA
 7474254 7474255 SPT_0501 SPT_0503     FALSE 0.051 223.000 0.000 0.007   NA
 7474257 7474258 SPT_0504 SPT_0505     FALSE 0.019 339.000 0.000 NA   NA
 7474258 7474259 SPT_0505 SPT_0506     TRUE 0.982 69.000 0.909 NA Y NA
 7474259 7474260 SPT_0506 SPT_0507     TRUE 0.995 29.000 0.800 NA Y NA
 7474261 7474262 SPT_0508 SPT_0511     FALSE 0.134 115.000 0.000 NA   NA
 7474262 7474263 SPT_0511 SPT_0512     TRUE 0.908 -7.000 0.000 NA   NA
 7474263 7474264 SPT_0512 SPT_0513     FALSE 0.009 597.000 0.000 NA   NA
 7474264 7474265 SPT_0513 SPT_0514     FALSE 0.009 654.000 0.000 NA   NA
 7474266 7474267 SPT_0515 SPT_0516     TRUE 0.990 2.000 0.250 NA   NA
 7474267 7474268 SPT_0516 SPT_0517     FALSE 0.072 168.000 0.000 NA   NA
 7474268 7474269 SPT_0517 SPT_0518   lacG1 TRUE 0.966 10.000 0.000 1.000 Y NA
 7474269 7474270 SPT_0518 SPT_0519 lacG1   TRUE 0.676 69.000 0.000 1.000 Y NA
 7474271 7474272 SPT_0520 SPT_0521     TRUE 0.986 4.000 0.017 0.005 Y NA
 7474273 7474274 SPT_0522 SPT_0523     TRUE 0.952 15.000 0.068 NA   NA
 7474274 7474275 SPT_0523 SPT_0524     TRUE 0.869 7.000 0.000 NA   NA
 7474275 7474276 SPT_0524 SPT_0525     FALSE 0.158 102.000 0.000 NA   NA
 7474276 7474277 SPT_0525 SPT_0526     TRUE 0.995 -15.000 0.530 1.000   NA
 7474277 7474278 SPT_0526 SPT_0527     FALSE 0.145 193.000 0.005 1.000 N NA
 7474278 7474279 SPT_0527 SPT_0528     FALSE 0.012 453.000 0.000 NA   NA
 7474279 7474280 SPT_0528 SPT_0529     TRUE 0.992 14.000 0.600 NA   NA
 7474280 7474281 SPT_0529 SPT_0530     TRUE 0.922 27.000 0.105 1.000   NA
 7474281 7474282 SPT_0530 SPT_0531     TRUE 0.877 5.000 0.000 1.000   NA
 7474282 7474283 SPT_0531 SPT_0532   rpoE FALSE 0.162 128.000 0.000 1.000 N NA
 7474283 7474284 SPT_0532 SPT_0533 rpoE pyrG FALSE 0.060 390.000 0.029 1.000 N NA
 7474286 7474287 SPT_0535 SPT_0536   pgk TRUE 0.604 90.000 0.002 1.000 Y NA
 7474287 7474288 SPT_0536 SPT_0537 pgk   FALSE 0.159 136.000 0.002 NA   NA
 7474288 7474289 SPT_0537 SPT_0538     TRUE 0.719 77.000 0.154 NA   NA
 7474289 7474290 SPT_0538 SPT_0539   glnA TRUE 0.939 37.000 0.179 1.000 N NA
 7474292 7474293 SPT_0541 SPT_0543     FALSE 0.012 453.000 0.000 NA   NA
 7474294 7474295 SPT_0542 SPT_0544     TRUE 0.979 0.000 0.000 0.070 Y NA
 7474295 7474296 SPT_0544 SPT_0545     TRUE 0.997 13.000 0.564 0.070 Y NA
 7474296 7474297 SPT_0545 SPT_0546     FALSE 0.018 351.000 0.000 NA   NA
 7474298 7474299 SPT_0547 SPT_0548     FALSE 0.130 164.000 0.003 NA   NA
 7474299 7474300 SPT_0548 SPT_0549   grpE TRUE 0.912 27.000 0.051 1.000 N NA
 7474300 7474301 SPT_0549 SPT_0550 grpE   FALSE 0.104 480.000 0.026 0.006 Y NA
 7474301 7474302 SPT_0550 SPT_0551     TRUE 0.841 13.000 0.000 1.000   NA
 7474302 7474303 SPT_0551 SPT_0552   dnaJ FALSE 0.055 205.000 0.000 1.000   NA
 7474304 7474305 SPT_0553 SPT_0554     FALSE 0.077 162.000 0.000 NA   NA
 7474305 7474306 SPT_0554 SPT_0555     TRUE 0.962 10.000 0.063 NA   NA
 7474307 7474308 SPT_0556 SPT_0557     TRUE 0.990 -3.000 0.167 NA N NA
 7474309 7474310 SPT_0558 SPT_0559     FALSE 0.024 296.000 0.000 NA   NA
 7474311 7474312 SPT_0560 SPT_0561     TRUE 0.993 5.000 0.500 NA   NA
 7474312 7474313 SPT_0561 SPT_0562     TRUE 0.996 13.000 0.444 NA Y NA
 7474314 7474315 SPT_0563 SPT_0564     FALSE 0.075 167.000 0.000 1.000   NA
 7474315 7474316 SPT_0564 SPT_0565     TRUE 0.896 57.000 0.250 1.000   NA
 7474316 7474317 SPT_0565 SPT_0566     TRUE 0.850 11.000 0.000 NA   NA
 7474318 7474319 SPT_0568 SPT_0569     TRUE 0.808 16.000 0.000 NA   NA
 7474319 7474320 SPT_0569 SPT_0570     FALSE 0.007 1202.000 0.000 NA   NA
 7474320 7474321 SPT_0570 SPT_0571     FALSE 0.044 227.000 0.000 NA   NA
 7474321 7474322 SPT_0571 SPT_0572     FALSE 0.172 96.000 0.000 NA   NA
 7474322 7474323 SPT_0572 SPT_0574     FALSE 0.054 203.000 0.000 NA   NA
 7474323 7474324 SPT_0574 SPT_0576     FALSE 0.089 150.000 0.000 NA   NA
 7474324 7474325 SPT_0576 SPT_0577     FALSE 0.010 509.000 0.000 NA   NA
 7474325 7474326 SPT_0577 SPT_0578     TRUE 0.567 42.000 0.000 NA   NA
 7474326 7474327 SPT_0578 SPT_0579     FALSE 0.087 151.000 0.000 NA   NA
 7474327 7474328 SPT_0579 SPT_0580     FALSE 0.078 161.000 0.000 NA   NA
 7474328 7474329 SPT_0580 SPT_0581   trmB TRUE 0.987 -3.000 0.154 NA   NA
 7474329 7474330 SPT_0581 SPT_0582 trmB   FALSE 0.199 126.000 0.004 NA   NA
 7474330 7474331 SPT_0582 SPT_0583   nusA TRUE 0.977 44.000 0.759 NA   NA
 7474331 7474332 SPT_0583 SPT_0584 nusA   TRUE 0.990 22.000 0.323 NA Y NA
 7474332 7474333 SPT_0584 SPT_0585     TRUE 0.995 -7.000 0.408 NA N NA
 7474333 7474334 SPT_0585 SPT_0586     TRUE 0.991 17.000 0.223 NA Y NA
 7474334 7474335 SPT_0586 SPT_0587   rbfA TRUE 0.706 251.000 0.530 1.000 Y NA
 7474335 7474336 SPT_0587 SPT_0588 rbfA   FALSE 0.028 279.000 0.000 NA   NA
 7474336 7474337 SPT_0588 SPT_0589     TRUE 0.893 2.000 0.000 NA   NA
 7474337 7474338 SPT_0589 SPT_0590     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7474340 7474341 SPT_0592 SPT_0593     TRUE 0.990 0.000 0.229 NA   NA
 7474341 7474342 SPT_0593 SPT_0594     TRUE 0.973 10.000 0.114 NA   NA
 7474342 7474343 SPT_0594 SPT_0595     TRUE 0.585 96.000 0.143 NA   NA
 7474343 7474344 SPT_0595 SPT_0596     FALSE 0.014 413.000 0.000 1.000   NA
 7474344 7474345 SPT_0596 SPT_0597     TRUE 0.985 -13.000 0.150 1.000   NA
 7474345 7474346 SPT_0597 SPT_0598     TRUE 0.973 0.000 0.053 NA   NA
 7474346 7474347 SPT_0598 SPT_0599   valS TRUE 0.956 -7.000 0.008 NA   NA
 7474347 7474348 SPT_0599 SPT_0600 valS   FALSE 0.235 81.000 0.000 1.000   NA
 7474348 7474349 SPT_0600 SPT_0601     TRUE 0.494 51.000 0.000 NA   NA
 7474349 7474350 SPT_0601 SPT_0602     FALSE 0.009 603.000 0.000 NA   NA
 7474351 7474352 SPT_0603 SPT_0604     FALSE 0.044 226.000 0.000 NA   NA
 7474353 7474354 SPT_0605 SPT_0606     FALSE 0.023 300.000 0.000 NA   NA
 7474354 7474355 SPT_0606 SPT_0607     TRUE 0.977 18.000 0.259 1.000   NA
 7474355 7474356 SPT_0607 SPT_0608     TRUE 0.995 13.000 0.318 1.000 Y NA
 7474356 7474357 SPT_0608 SPT_0609   pheS FALSE 0.015 550.000 0.000 1.000 N NA
 7474357 7474358 SPT_0609 SPT_0610 pheS   TRUE 0.956 0.000 0.009 1.000   NA
 7474358 7474359 SPT_0610 SPT_0611   pheT TRUE 0.434 77.000 0.007 1.000   NA
 7474361 7474362 SPT_0613 SPT_0614     FALSE 0.023 305.000 0.000 NA   NA
 7474362 7474363 SPT_0614 SPT_0615   metE FALSE 0.035 261.000 0.000 1.000   NA
 7474363 7474364 SPT_0615 SPT_0616 metE metF TRUE 0.871 64.000 0.050 0.002 Y NA
 7474364 7474365 SPT_0616 SPT_0617 metF   FALSE 0.013 685.000 0.000 1.000 N NA
 7474365 7474366 SPT_0617 SPT_0618   cysE TRUE 0.922 16.000 0.006 1.000 N NA
 7474366 7474367 SPT_0618 SPT_0619 cysE   TRUE 0.937 12.000 0.017 1.000   NA
 7474367 7474368 SPT_0619 SPT_0620   cysS FALSE 0.296 87.000 0.002 1.000   NA
 7474368 7474369 SPT_0620 SPT_0621 cysS   TRUE 0.984 -7.000 0.129 1.000   NA
 7474369 7474370 SPT_0621 SPT_0622     TRUE 0.951 4.000 0.017 NA   NA
 7474370 7474371 SPT_0622 SPT_0623     TRUE 0.521 48.000 0.000 NA   NA
 7474371 7474372 SPT_0623 SPT_0624     TRUE 0.892 -27.000 0.000 NA   NA
 7474372 7474373 SPT_0624 SPT_0625     FALSE 0.092 146.000 0.000 NA   NA
 7474373 7474374 SPT_0625 SPT_2271     FALSE 0.049 213.000 0.000 NA   NA
 7474374 7474375 SPT_2271 SPT_0626     FALSE 0.282 73.000 0.000 NA   NA
 7474375 7474376 SPT_0626 SPT_0627     TRUE 0.998 13.000 0.917 1.000 Y NA
 7474376 7474377 SPT_0627 SPT_0628     TRUE 0.983 52.000 0.542 1.000 Y NA
 7474377 7474378 SPT_0628 SPT_0629     TRUE 0.329 311.000 0.409 1.000 N NA
 7474378 7474379 SPT_0629 SPT_0630     TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 7474379 7474380 SPT_0630 SPT_0631     FALSE 0.144 141.000 0.000 1.000 N NA
 7474381 7474382 SPT_0632 SPT_0633     FALSE 0.145 144.000 0.000 0.061 N NA
 7474382 7474383 SPT_0633 SPT_0634     TRUE 0.999 10.000 0.947 0.012 Y NA
 7474383 7474384 SPT_0634 SPT_0635     TRUE 0.996 13.000 0.400 0.043 Y NA
 7474384 7474385 SPT_0635 SPT_0636     TRUE 0.993 11.000 0.185 1.000 Y NA
 7474386 7474387 SPT_0637 SPT_0638 recJ   FALSE 0.069 175.000 0.000 1.000   NA
 7474387 7474388 SPT_0638 SPT_0639     TRUE 0.750 69.000 0.143 NA   NA
 7474388 7474389 SPT_0639 SPT_0640     TRUE 0.466 112.000 0.100 NA   NA
 7474389 7474390 SPT_0640 SPT_0641     TRUE 0.997 5.000 0.467 0.008 Y NA
 7474390 7474391 SPT_0641 SPT_0642     TRUE 0.669 79.000 0.087 1.000 N NA
 7474391 7474392 SPT_0642 SPT_0643   uvrC TRUE 0.763 40.000 0.002 1.000 N NA
 7474392 7474393 SPT_0643 SPT_0644 uvrC   TRUE 0.631 32.000 0.000 NA   NA
 7474395 7474396 SPT_0646 SPT_0647   pepV TRUE 0.888 13.000 0.000 1.000 N NA
 7474396 7474397 SPT_0647 SPT_0648 pepV   TRUE 0.777 54.000 0.031 NA N NA
 7474397 7474398 SPT_0648 SPT_0649     FALSE 0.079 160.000 0.000 NA   NA
 7474398 7474399 SPT_0649 SPT_0650     TRUE 0.808 16.000 0.000 NA   NA
 7474399 7474400 SPT_0650 SPT_0651     FALSE 0.071 171.000 0.000 NA   NA
 7474400 7474401 SPT_0651 SPT_0652     FALSE 0.236 98.000 0.000 1.000 N NA
 7474401 7474402 SPT_0652 SPT_0653     TRUE 0.985 2.000 0.007 1.000 Y NA
 7474402 7474403 SPT_0653 SPT_0654     TRUE 0.913 18.000 0.007 1.000 N NA
 7474405 7474406 SPT_0656 SPT_0657 rplK rplA TRUE 0.864 208.000 0.838 0.034 Y NA
 7474406 7474407 SPT_0657 SPT_2272 rplA   FALSE 0.011 482.000 0.000 NA   NA
 7474409 7474410 SPT_0659 SPT_0660     FALSE 0.015 399.000 0.000 NA   NA
 7474410 7474411 SPT_0660 SPT_0661     FALSE 0.014 410.000 0.000 NA   NA
 7474411 7474412 SPT_0661 SPT_0662     TRUE 0.978 2.000 0.098 NA   NA
 7474412 7474413 SPT_0662 SPT_0663     TRUE 0.976 2.000 0.083 NA   NA
 7474413 7474414 SPT_0663 SPT_0664     FALSE 0.055 201.000 0.000 NA   NA
 7474414 7474415 SPT_0664 SPT_0665     TRUE 0.899 -15.000 0.000 NA   NA
 7474415 7474416 SPT_0665 SPT_0666     FALSE 0.008 733.000 0.000 NA   NA
 7474416 7474417 SPT_0666 SPT_0667     FALSE 0.009 632.000 0.000 1.000   NA
 7474417 7474418 SPT_0667 SPT_0668     TRUE 0.876 38.000 0.000 0.022 Y NA
 7474418 7474419 SPT_0668 SPT_0669     TRUE 0.842 48.000 0.000 0.034 Y NA
 7474419 7474420 SPT_0669 SPT_0670     FALSE 0.067 395.000 0.000 1.000 Y NA
 7474421 7474422 SPT_0671 SPT_0672     TRUE 0.891 -31.000 0.000 NA   NA
 7474422 7474423 SPT_0672 SPT_0673     TRUE 0.904 0.000 0.000 NA   NA
 7474423 7474424 SPT_0673 SPT_0674     FALSE 0.050 211.000 0.000 NA   NA
 7474425 7474426 SPT_0676 SPT_0677     TRUE 0.900 -14.000 0.000 NA   NA
 7474426 7474427 SPT_0677 SPT_0678     TRUE 0.981 -7.000 0.100 NA   NA
 7474427 7474428 SPT_0678 SPT_0679     TRUE 0.973 12.000 0.136 NA   NA
 7474428 7474429 SPT_0679 SPT_0680     FALSE 0.203 179.000 0.044 1.000   NA
 7474429 7474430 SPT_0680 SPT_0682     FALSE 0.052 211.000 0.000 1.000   NA
 7474430 7474431 SPT_0682 SPT_0683     TRUE 0.990 20.000 0.250 1.000 Y NA
 7474431 7474432 SPT_0683 SPT_0684     TRUE 0.999 11.000 0.875 1.000 Y NA
 7474432 7474433 SPT_0684 SPT_0685     TRUE 0.342 223.000 0.240 1.000   NA
 7474433 7474434 SPT_0685 SPT_0686     TRUE 0.995 -3.000 0.480 0.012   NA
 7474434 7474435 SPT_0686 SPT_0687     FALSE 0.296 116.000 0.020 NA   NA
 7474435 7474436 SPT_0687 SPT_0688   zmpB TRUE 0.884 22.000 0.020 NA   NA
 7474436 7474437 SPT_0688 SPT_0689 zmpB   TRUE 0.563 61.000 0.006 1.000   NA
 7474437 7474438 SPT_0689 SPT_0690     TRUE 0.949 1.000 0.006 NA   NA
 7474438 7474439 SPT_0690 SPT_0691     TRUE 0.681 50.000 0.006 NA   NA
 7474439 7474440 SPT_0691 SPT_0692     FALSE 0.246 127.000 0.015 NA   NA
 7474440 7474441 SPT_0692 SPT_0693   thyA TRUE 0.365 97.000 0.006 1.000 N NA
 7474443 7474444 SPT_0695 SPT_0696 miaA hflX TRUE 0.968 -7.000 0.027 1.000   NA
 7474444 7474445 SPT_0696 SPT_0697 hflX   TRUE 0.961 -7.000 0.014 NA   NA
 7474445 7474446 SPT_0697 SPT_0698   rnz TRUE 0.928 15.000 0.022 NA   NA
 7474446 7474447 SPT_0698 SPT_0699 rnz   TRUE 0.930 21.000 0.074 1.000   NA
 7474449 7474450 SPT_0701 SPT_0702     TRUE 0.969 0.000 0.035 NA   NA
 7474450 7474451 SPT_0702 SPT_0703     FALSE 0.197 89.000 0.000 NA   NA
 7474453 7474454 SPT_0705 SPT_0706 typA   TRUE 0.885 20.000 0.015 NA   NA
 7474454 7474455 SPT_0706 SPT_0707     FALSE 0.018 365.000 0.000 NA   NA
 7474455 7474456 SPT_0707 SPT_0708     FALSE 0.292 71.000 0.000 NA   NA
 7474456 7474457 SPT_0708 SPT_0709     TRUE 0.998 2.000 1.000 NA   NA
 7474457 7474458 SPT_0709 SPT_0710   murD FALSE 0.216 104.000 0.000 1.000 N NA
 7474458 7474459 SPT_0710 SPT_0711 murD   TRUE 0.991 2.000 0.060 1.000 Y NA
 7474459 7474460 SPT_0711 SPT_0712     TRUE 0.988 10.000 0.072 NA Y NA
 7474460 7474461 SPT_0712 SPT_0713   pyrF FALSE 0.061 233.000 0.000 NA N NA
 7474461 7474462 SPT_0713 SPT_0714 pyrF pyrE TRUE 0.923 34.000 0.006 1.000 Y NA
 7474462 7474463 SPT_0714 SPT_0715 pyrE   FALSE 0.011 461.000 0.000 NA   NA
 7474463 7474464 SPT_0715 SPT_0716     TRUE 0.864 96.000 0.667 NA   NA
 7474464 7474465 SPT_0716 SPT_0717     TRUE 0.996 -51.000 0.667 NA   NA
 7474465 7474466 SPT_0717 SPT_0718     TRUE 0.623 273.000 1.000 NA   NA
 7474466 7474467 SPT_0718 SPT_0719     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 7474468 7474469 SPT_0721 SPT_0722     TRUE 0.845 12.000 0.000 NA   NA
 7474469 7474470 SPT_0722 SPT_0723     TRUE 0.900 1.000 0.000 NA   NA
 7474472 7474473 SPT_0726 SPT_0727     TRUE 0.999 -40.000 0.841 0.012 Y NA
 7474474 7474475 SPT_0728 SPT_0729   lysS FALSE 0.115 128.000 0.000 1.000   NA
 7474475 7474476 SPT_0729 SPT_0730 lysS   FALSE 0.014 420.000 0.000 1.000   NA
 7474476 7474477 SPT_0730 SPT_0731   lctO FALSE 0.010 567.000 0.000 1.000   NA
 7474477 7474478 SPT_0731 SPT_0732 lctO   FALSE 0.014 556.000 0.000 NA N NA
 7474478 7474479 SPT_0732 SPT_0733   thiM FALSE 0.060 237.000 0.000 NA N NA
 7474479 7474480 SPT_0733 SPT_0734 thiM thiE1 TRUE 0.991 2.000 0.061 0.005 Y NA
 7474480 7474481 SPT_0734 SPT_0735 thiE1   FALSE 0.009 559.000 0.000 NA   NA
 7474481 7474482 SPT_0735 SPT_0736     TRUE 0.900 1.000 0.000 NA   NA
 7474482 7474483 SPT_0736 SPT_0737     TRUE 0.893 2.000 0.000 NA   NA
 7474483 7474484 SPT_0737 SPT_0738     TRUE 0.954 11.000 0.050 NA   NA
 7474484 7474485 SPT_0738 SPT_0739   thiW TRUE 0.963 5.000 0.052 NA   NA
 7474485 7474486 SPT_0739 SPT_0740 thiW   TRUE 0.974 0.000 0.059 NA   NA
 7474486 7474487 SPT_0740 SPT_0741   thiE2 TRUE 0.996 -7.000 0.190 0.005 Y NA
 7474489 7474490 SPT_0743 SPT_0744     TRUE 0.985 11.000 0.250 NA   NA
 7474490 7474491 SPT_0744 SPT_0745     TRUE 0.979 10.000 0.167 NA   NA
 7474491 7474492 SPT_0745 SPT_0746   spxB FALSE 0.079 207.000 0.000 1.000 N NA
 7474492 7474493 SPT_0746 SPT_0747 spxB   TRUE 0.444 111.000 0.083 NA   NA
 7474494 7474495 SPT_0748 SPT_0749     TRUE 0.888 -112.000 0.000 NA   NA
 7474495 7474496 SPT_0749 SPT_0750     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7474497 7474498 SPT_0751 SPT_0752   manA FALSE 0.134 121.000 0.000 0.025   NA
 7474501 7474502 SPT_0755 SPT_0756     TRUE 0.751 20.000 0.000 NA   NA
 7474502 7474503 SPT_0756 SPT_0757     TRUE 0.615 59.000 0.012 NA   NA
 7474504 7474505 SPT_0758 SPT_0759     TRUE 0.834 19.000 0.000 1.000 N NA
 7474505 7474506 SPT_0759 SPT_0760   upp TRUE 0.837 68.000 0.041 1.000 Y NA
 7474506 7474507 SPT_0760 SPT_0761 upp clpP FALSE 0.186 174.000 0.010 1.000 N NA
 7474507 7474508 SPT_0761 SPT_0762 clpP   TRUE 0.575 79.000 0.065 NA   NA
 7474508 7474509 SPT_0762 SPT_0763     TRUE 0.516 102.000 0.109 NA   NA
 7474509 7474510 SPT_0763 SPT_0764     TRUE 0.400 268.000 0.150 1.000 Y NA
 7474510 7474511 SPT_0764 SPT_0765     TRUE 0.997 4.000 0.363 0.042 Y NA
 7474511 7474512 SPT_0765 SPT_0766     TRUE 0.997 0.000 0.349 1.000 Y NA
 7474512 7474513 SPT_0766 SPT_0767     TRUE 0.994 0.000 0.128 0.035 Y NA
 7474513 7474514 SPT_0767 SPT_0768     FALSE 0.118 414.000 0.214 1.000   NA
 7474514 7474515 SPT_0768 SPT_0769   prfB FALSE 0.050 214.000 0.000 1.000   NA
 7474515 7474516 SPT_0769 SPT_0770 prfB ftsE TRUE 0.947 18.000 0.053 1.000 N NA
 7474516 7474517 SPT_0770 SPT_0771 ftsE   TRUE 0.998 -7.000 0.431 1.000 Y NA
 7474517 7474518 SPT_0771 SPT_0772     FALSE 0.042 286.000 0.000 0.076 N NA
 7474518 7474519 SPT_0772 SPT_0773     TRUE 0.963 52.000 0.610 NA   NA
 7474519 7474520 SPT_0773 SPT_0774     FALSE 0.099 140.000 0.000 NA   NA
 7474520 7474521 SPT_0774 SPT_0775   metK FALSE 0.026 377.000 0.000 1.000 N NA
 7474523 7474524 SPT_0777 SPT_0778   holA TRUE 0.792 34.000 0.002 1.000 N NA
 7474524 7474525 SPT_0778 SPT_0779 holA   FALSE 0.197 173.000 0.012 1.000 N NA
 7474525 7474526 SPT_0779 SPT_0780     FALSE 0.200 157.000 0.021 NA   NA
 7474526 7474527 SPT_0780 SPT_0781     TRUE 0.883 21.000 0.016 NA   NA
 7474527 7474528 SPT_0781 SPT_0782     TRUE 0.958 0.000 0.012 NA   NA
 7474528 7474529 SPT_0782 SPT_0783     TRUE 0.962 2.000 0.027 NA   NA
 7474530 7474531 SPT_0784 SPT_0785     FALSE 0.216 84.000 0.000 NA   NA
 7474531 7474532 SPT_0785 SPT_0786     FALSE 0.011 479.000 0.000 NA   NA
 7474533 7474534 SPT_0787 SPT_0788 rpsP   TRUE 0.981 20.000 0.385 1.000   NA
 7474537 7474538 SPT_0794 SPT_0795     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7474539 7474540 SPT_0796 SPT_0797     FALSE 0.063 184.000 0.000 NA   NA
 7474540 7474541 SPT_0797 SPT_0798     FALSE 0.140 114.000 0.000 1.000   NA
 7474541 7474542 SPT_0798 SPT_0799     FALSE 0.030 273.000 0.000 NA   NA
 7474542 7474543 SPT_0799 SPT_0800     FALSE 0.103 193.000 0.003 NA   NA
 7474543 7474544 SPT_0800 SPT_0801     TRUE 0.745 260.000 0.651 0.001 Y NA
 7474544 7474545 SPT_0801 SPT_0802     TRUE 0.786 42.000 0.020 NA   NA
 7474546 7474547 SPT_0803 SPT_0804     TRUE 0.989 19.000 0.588 NA   NA
 7474547 7474548 SPT_0804 SPT_0805     TRUE 0.873 60.000 0.243 NA   NA
 7474549 7474550 SPT_0806 SPT_0807     FALSE 0.158 152.000 0.005 1.000   NA
 7474550 7474551 SPT_0807 SPT_0808     TRUE 0.998 1.000 0.488 NA Y NA
 7474552 7474553 SPT_0809 SPT_0810     TRUE 0.986 -3.000 0.146 1.000   NA
 7474554 7474555 SPT_0811 SPT_0812     TRUE 0.963 0.000 0.019 1.000   NA
 7474555 7474556 SPT_0812 SPT_0813     TRUE 0.980 -6.000 0.050 1.000 N NA
 7474556 7474557 SPT_0813 SPT_0814     FALSE 0.215 158.000 0.010 1.000 N NA
 7474557 7474558 SPT_0814 SPT_0815     TRUE 0.997 0.000 0.310 1.000 Y NA
 7474558 7474559 SPT_0815 SPT_0816     TRUE 0.838 78.000 0.364 NA   NA
 7474559 7474560 SPT_0816 SPT_0817   trxB TRUE 0.750 66.000 0.117 NA   NA
 7474561 7474562 SPT_0818 SPT_0819   def1 TRUE 0.880 45.000 0.002 1.000 Y NA
 7474562 7474563 SPT_0819 SPT_0820 def1   FALSE 0.020 324.000 0.000 NA   NA
 7474564 7474565 SPT_0822 SPT_0823     TRUE 0.733 22.000 0.000 NA   NA
 7474565 7474566 SPT_0823 SPT_0824     TRUE 0.983 2.000 0.143 1.000   NA
 7474566 7474567 SPT_0824 SPT_0825     FALSE 0.216 84.000 0.000 NA   NA
 7474567 7474568 SPT_0825 SPT_0826     TRUE 0.993 -3.000 0.326 NA   NA
 7474568 7474569 SPT_0826 SPT_0827     TRUE 0.959 9.000 0.047 1.000   NA
 7474575 7474576 SPT_0835 SPT_0836     TRUE 0.997 -16.000 0.294 0.008 Y NA
 7474576 7474577 SPT_0836 SPT_0837     TRUE 0.850 11.000 0.000 NA   NA
 7474577 7474578 SPT_0837 SPT_0838     TRUE 0.998 0.000 1.000 NA   NA
 7474578 7474579 SPT_0838 SPT_0839     TRUE 0.993 -12.000 0.357 1.000   NA
 7474580 7474581 SPT_0842 SPT_0843     FALSE 0.084 154.000 0.000 NA   NA
 7474581 7474582 SPT_0843 SPT_0845     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7474585 7474586 SPT_0848 SPT_0849     FALSE 0.011 505.000 0.000 1.000   NA
 7474586 7474587 SPT_0849 SPT_0850     TRUE 0.969 16.000 0.154 NA   NA
 7474587 7474588 SPT_0850 SPT_0851     FALSE 0.016 386.000 0.000 NA   NA
 7474588 7474589 SPT_0851 SPT_0852     TRUE 0.981 -10.000 0.103 NA   NA
 7474589 7474590 SPT_0852 SPT_0853   pncB FALSE 0.300 116.000 0.021 NA   NA
 7474590 7474591 SPT_0853 SPT_0854 pncB nadE TRUE 0.996 -3.000 0.194 0.004 Y NA
 7474591 7474592 SPT_0854 SPT_0855 nadE   FALSE 0.052 350.000 0.007 1.000 N NA
 7474592 7474593 SPT_0855 SPT_0856     FALSE 0.007 1462.000 0.000 NA   NA
 7474593 7474594 SPT_0856 SPT_0857     FALSE 0.045 224.000 0.000 NA   NA
 7474596 7474597 SPT_0859 SPT_0860   rpsU FALSE 0.208 140.000 0.011 1.000   NA
 7474597 7474598 SPT_0860 SPT_0861 rpsU hprK FALSE 0.226 130.000 0.011 1.000   NA
 7474598 7474599 SPT_0861 SPT_0862 hprK lgt TRUE 0.996 -7.000 0.494 1.000 N NA
 7474599 7474600 SPT_0862 SPT_0863 lgt   TRUE 0.976 1.000 0.079 NA   NA
 7474600 7474601 SPT_0863 SPT_0864     TRUE 0.974 16.000 0.206 NA   NA
 7474601 7474602 SPT_0864 SPT_0865     TRUE 0.438 84.000 0.021 NA   NA
 7474602 7474603 SPT_0865 SPT_0866     TRUE 0.974 5.000 0.060 1.000 N NA
 7474603 7474604 SPT_0866 SPT_0867     TRUE 0.967 11.000 0.055 1.000 N NA
 7474604 7474605 SPT_0867 SPT_0868     TRUE 0.993 -10.000 0.330 NA   NA
 7474605 7474606 SPT_0868 SPT_0869     FALSE 0.051 210.000 0.000 NA   NA
 7474606 7474607 SPT_0869 SPT_0870     TRUE 0.987 0.000 0.169 NA   NA
 7474607 7474608 SPT_0870 SPT_0871     TRUE 0.993 -10.000 0.337 NA   NA
 7474608 7474609 SPT_0871 SPT_0872     TRUE 0.991 1.000 0.229 NA N NA
 7474611 7474612 SPT_0874 SPT_0875   pstC1 TRUE 0.996 0.000 0.206 1.000 Y NA
 7474612 7474613 SPT_0875 SPT_0876 pstC1 pstA1 TRUE 0.999 -10.000 0.907 0.004 Y NA
 7474613 7474614 SPT_0876 SPT_0877 pstA1 pstB1 TRUE 0.997 11.000 0.490 0.004 Y NA
 7474614 7474615 SPT_0877 SPT_0878 pstB1 pstB2 TRUE 0.997 13.000 0.542 0.002 Y NA
 7474615 7474616 SPT_0878 SPT_0879 pstB2 phoU1 TRUE 0.996 12.000 0.413 NA Y NA
 7474616 7474617 SPT_0879 SPT_0880 phoU1   FALSE 0.118 157.000 0.000 NA N NA
 7474619 7474620 SPT_0882 SPT_0884     TRUE 0.954 10.000 0.042 NA   NA
 7474620 7474621 SPT_0884 SPT_0885   murB FALSE 0.239 112.000 0.005 NA   NA
 7474621 7474622 SPT_0885 SPT_0886 murB   TRUE 0.749 59.000 0.041 1.000 N NA
 7474622 7474623 SPT_0886 SPT_0887     TRUE 0.999 -19.000 0.928 0.041 Y NA
 7474623 7474624 SPT_0887 SPT_0888     TRUE 0.998 -3.000 0.492 0.041 Y NA
 7474624 7474625 SPT_0888 SPT_0889     TRUE 0.997 -3.000 0.253 0.041 Y NA
 7474625 7474626 SPT_0889 SPT_0890     FALSE 0.008 759.000 0.000 NA   NA
 7474626 7474627 SPT_0890 SPT_0891   alaS TRUE 0.851 22.000 0.006 NA   NA
 7474629 7474630 SPT_0893 SPT_0894     TRUE 0.992 -19.000 0.341 NA   NA
 7474630 7474631 SPT_0894 SPT_0895     FALSE 0.008 685.000 0.000 NA   NA
 7474631 7474632 SPT_0895 SPT_0896   aroD TRUE 0.984 -3.000 0.125 NA   NA
 7474632 7474633 SPT_0896 SPT_0897 aroD aroE TRUE 0.998 -10.000 0.500 1.000 Y NA
 7474633 7474634 SPT_0897 SPT_0898 aroE aroB TRUE 0.964 19.000 0.010 1.000 Y NA
 7474634 7474635 SPT_0898 SPT_0899 aroB aroC TRUE 0.991 10.000 0.110 0.004 Y NA
 7474635 7474636 SPT_0899 SPT_0900 aroC   TRUE 0.980 10.000 0.010 1.000 Y NA
 7474636 7474637 SPT_0900 SPT_0901     TRUE 0.958 11.000 0.058 NA   NA
 7474637 7474638 SPT_0901 SPT_0902   aroA FALSE 0.293 92.000 0.003 NA   NA
 7474638 7474639 SPT_0902 SPT_0903 aroA aroK TRUE 0.988 -7.000 0.012 1.000 Y NA
 7474639 7474640 SPT_0903 SPT_0904 aroK   TRUE 0.990 -3.000 0.025 1.000 Y NA
 7474640 7474641 SPT_0904 SPT_0905     TRUE 0.975 -3.000 0.025 NA N NA
 7474641 7474642 SPT_0905 SPT_0906     FALSE 0.042 279.000 0.000 NA N NA
 7474642 7474643 SPT_0906 SPT_0907     TRUE 0.999 -10.000 0.667 NA Y NA
 7474643 7474644 SPT_0907 SPT_0908     TRUE 0.990 2.000 0.250 1.000   NA
 7474644 7474645 SPT_0908 SPT_0909     TRUE 0.977 16.000 0.222 NA   NA
 7474645 7474646 SPT_0909 SPT_0910     TRUE 0.966 29.000 0.333 NA   NA
 7474646 7474647 SPT_0910 SPT_0911     FALSE 0.056 200.000 0.000 NA   NA
 7474647 7474648 SPT_0911 SPT_0912     FALSE 0.087 151.000 0.000 NA   NA
 7474648 7474649 SPT_0912 SPT_0914   thrB TRUE 0.879 4.000 0.000 NA   NA
 7474649 7474650 SPT_0914 SPT_0915 thrB   TRUE 0.808 16.000 0.000 NA   NA
 7474650 7474651 SPT_0915 SPT_0916     TRUE 0.663 29.000 0.000 NA   NA
 7474651 7474652 SPT_0916 SPT_0917     TRUE 0.754 58.000 0.035 1.000 N NA
 7474652 7474653 SPT_0917 SPT_0918     TRUE 0.999 2.000 0.895 0.008 Y NA
 7474653 7474654 SPT_0918 SPT_0919     FALSE 0.053 257.000 0.000 1.000 N NA
 7474654 7474655 SPT_0919 SPT_0920     FALSE 0.057 250.000 0.000 1.000 N NA
 7474655 7474656 SPT_0920 SPT_0921   rplL TRUE 0.979 76.000 0.884 0.024 Y NA
 7474656 7474657 SPT_0921 SPT_0922 rplL   FALSE 0.038 247.000 0.000 NA   NA
 7474659 7474660 SPT_0924 SPT_0925     TRUE 0.631 32.000 0.000 NA   NA
 7474660 7474661 SPT_0925 SPT_0926     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7474662 7474663 SPT_0927 SPT_0928 rpmE   TRUE 0.371 96.000 0.020 1.000   NA
 7474664 7474665 SPT_0929 SPT_0930     TRUE 0.601 116.000 0.167 1.000 N NA
 7474665 7474666 SPT_0930 SPT_0931     TRUE 0.975 -3.000 0.023 1.000 N NA
 7474666 7474667 SPT_0931 SPT_0932     TRUE 0.996 -6.000 0.160 0.074 Y NA
 7474667 7474668 SPT_0932 SPT_0933   rplS FALSE 0.275 119.000 0.004 1.000 N NA
 7474668 7474669 SPT_0933 SPT_0934 rplS   TRUE 0.567 42.000 0.000 NA   NA
 7474670 7474671 SPT_0935 SPT_0936     TRUE 0.561 43.000 0.000 1.000   NA
 7474671 7474672 SPT_0936 SPT_0937     TRUE 0.945 13.000 0.035 1.000   NA
 7474673 7474674 SPT_0938 SPT_0939     TRUE 0.346 91.000 0.009 NA   NA
 7474674 7474675 SPT_0939 SPT_0940   ffh TRUE 0.975 12.000 0.151 1.000   NA
 7474676 7474677 SPT_0941 SPT_0942   gidB FALSE 0.055 254.000 0.000 1.000 N NA
 7474678 7474679 SPT_0943 SPT_0944     TRUE 0.988 2.000 0.222 NA   NA
 7474680 7474681 SPT_0945 SPT_0946     FALSE 0.012 449.000 0.000 NA   NA
 7474682 7474683 SPT_0947 SPT_0948   nth TRUE 0.941 0.000 0.002 NA   NA
 7474683 7474684 SPT_0948 SPT_0949 nth   FALSE 0.075 211.000 0.000 1.000 N NA
 7474684 7474685 SPT_0949 SPT_0950   pyrB TRUE 0.990 19.000 0.247 1.000 Y NA
 7474685 7474686 SPT_0950 SPT_0951 pyrB carA TRUE 0.900 50.000 0.014 1.000 Y NA
 7474686 7474687 SPT_0951 SPT_0952 carA carB FALSE 0.290 313.000 0.117 0.001 Y NA
 7474688 7474689 SPT_0953 SPT_0954     TRUE 0.999 2.000 1.000 NA Y NA
 7474689 7474690 SPT_0954 SPT_0956     TRUE 0.992 10.000 0.500 NA   NA
 7474691 7474692 SPT_0957 SPT_0958     TRUE 0.993 5.000 0.367 1.000 N NA
 7474692 7474693 SPT_0958 SPT_0959     TRUE 0.957 17.000 0.074 NA N NA
 7474693 7474694 SPT_0959 SPT_0960     TRUE 0.997 -10.000 0.667 NA   NA
 7474694 7474695 SPT_0960 SPT_0961     TRUE 0.973 12.000 0.133 1.000   NA
 7474695 7474696 SPT_0961 SPT_0962   dprA TRUE 0.335 96.000 0.002 1.000 N NA
 7474698 7474699 SPT_0964 SPT_0965   topA FALSE 0.073 167.000 0.000 NA   NA
 7474699 7474700 SPT_0965 SPT_0966 topA   FALSE 0.149 106.000 0.000 NA   NA
 7474700 7474701 SPT_0966 SPT_0967     TRUE 0.368 93.000 0.015 NA   NA
 7474701 7474702 SPT_0967 SPT_0968     TRUE 0.801 44.000 0.040 NA   NA
 7474702 7474703 SPT_0968 SPT_0970     TRUE 0.765 19.000 0.000 NA   NA
 7474703 7474704 SPT_0970 SPT_0971   leuB TRUE 0.845 12.000 0.000 NA   NA
 7474704 7474705 SPT_0971 SPT_0972 leuB   TRUE 0.956 -3.000 0.007 NA   NA
 7474705 7474706 SPT_0972 SPT_0973     TRUE 0.879 4.000 0.000 NA   NA
 7474706 7474707 SPT_0973 SPT_0974     FALSE 0.047 219.000 0.000 NA   NA
 7474707 7474708 SPT_0974 SPT_0975     TRUE 0.871 6.000 0.000 NA   NA
 7474708 7474709 SPT_0975 SPT_0976     TRUE 0.896 -19.000 0.000 NA   NA
 7474709 7474710 SPT_0976 SPT_0977     FALSE 0.074 166.000 0.000 NA   NA
 7474710 7474711 SPT_0977 SPT_0978     TRUE 0.998 -16.000 0.467 NA Y NA
 7474711 7474712 SPT_0978 SPT_0979   guaC FALSE 0.098 175.000 0.000 NA N NA
 7474712 7474713 SPT_0979 SPT_0980 guaC   TRUE 0.360 63.000 0.000 NA   NA
 7474713 7474714 SPT_0980 SPT_0981   rnc FALSE 0.066 179.000 0.000 NA   NA
 7474714 7474715 SPT_0981 SPT_0982 rnc smc TRUE 0.987 -9.000 0.120 1.000 N NA
 7474715 7474716 SPT_0982 SPT_0983 smc   TRUE 0.954 -3.000 0.006 1.000   NA
 7474716 7474717 SPT_0983 SPT_0984     TRUE 0.982 0.000 0.103 0.019   NA
 7474717 7474718 SPT_0984 SPT_0985     TRUE 0.940 4.000 0.005 0.073   NA
 7474719 7474720 SPT_0986 SPT_0987 zwf   FALSE 0.273 149.000 0.021 1.000 N NA
 7474720 7474721 SPT_0987 SPT_0988     TRUE 0.997 0.000 0.326 1.000 Y NA
 7474722 7474723 SPT_0989 SPT_0990   uvrB TRUE 0.364 77.000 0.002 NA   NA
 7474723 7474724 SPT_0990 SPT_0991 uvrB   TRUE 0.934 10.000 0.002 1.000 N NA
 7474724 7474725 SPT_0991 SPT_0992     TRUE 0.957 -34.000 0.014 0.013   NA
 7474725 7474726 SPT_0992 SPT_0994     TRUE 0.529 73.000 0.021 1.000   NA
 7474727 7474728 SPT_0993 SPT_0995     TRUE 0.969 12.000 0.107 NA   NA
 7474728 7474729 SPT_0995 SPT_0996     FALSE 0.069 296.000 0.026 NA   NA
 7474729 7474730 SPT_0996 SPT_0997   coaC TRUE 0.960 -16.000 0.019 NA   NA
 7474730 7474731 SPT_0997 SPT_0998 coaC coaB TRUE 0.933 12.000 0.013 1.000   NA
 7474732 7474733 SPT_0999 SPT_1000 fhs mutY FALSE 0.030 329.000 0.000 1.000 N NA
 7474733 7474734 SPT_1000 SPT_1001 mutY   TRUE 0.664 55.000 0.002 1.000 N NA
 7474734 7474735 SPT_1001 SPT_1002     TRUE 0.999 -7.000 0.597 0.012 Y NA
 7474735 7474736 SPT_1002 SPT_1003     TRUE 0.966 2.000 0.038 1.000   NA
 7474736 7474737 SPT_1003 SPT_1004     FALSE 0.190 91.000 0.000 NA   NA
 7474737 7474738 SPT_1004 SPT_1005     TRUE 0.993 2.000 0.400 NA   NA
 7474738 7474739 SPT_1005 SPT_1006     TRUE 0.527 47.000 0.000 NA   NA
 7474740 7474741 SPT_1007 SPT_1008     FALSE 0.022 309.000 0.000 1.000   NA
 7474742 7474743 SPT_1010 SPT_1011 gyrA   TRUE 0.969 0.000 0.013 NA N NA
 7474743 7474744 SPT_1011 SPT_1012     FALSE 0.058 244.000 0.000 NA N NA
 7474744 7474745 SPT_1012 SPT_1014     FALSE 0.091 148.000 0.000 NA   NA
 7474745 7474746 SPT_1014 SPT_1015     FALSE 0.071 171.000 0.000 NA   NA
 7474746 7474747 SPT_1015 SPT_1016   truB TRUE 0.939 10.000 0.014 NA   NA
 7474747 7474748 SPT_1016 SPT_1017 truB   FALSE 0.039 241.000 0.000 NA   NA
 7474748 7474749 SPT_1017 SPT_1018   udk TRUE 0.344 65.000 0.000 NA   NA
 7474749 7474750 SPT_1018 SPT_1019 udk xseA FALSE 0.236 128.000 0.002 1.000 N NA
 7474750 7474751 SPT_1019 SPT_1020 xseA   TRUE 0.998 -22.000 0.412 0.001 Y NA
 7474751 7474752 SPT_1020 SPT_1021     TRUE 0.986 -3.000 0.100 1.000 N NA
 7474752 7474753 SPT_1021 SPT_1022   tylA TRUE 0.981 -7.000 0.058 1.000 N NA
 7474753 7474754 SPT_1022 SPT_1023 tylA   TRUE 0.979 -7.000 0.048 1.000 N NA
 7474754 7474755 SPT_1023 SPT_1024   recN TRUE 0.967 7.000 0.037 1.000 N NA
 7474755 7474756 SPT_1024 SPT_1025 recN   TRUE 0.944 2.000 0.005 1.000   NA
 7474756 7474757 SPT_1025 SPT_1026   lepA TRUE 0.345 79.000 0.002 1.000   NA
 7474759 7474760 SPT_1028 SPT_1029     TRUE 0.876 38.000 0.000 0.021 Y NA
 7474760 7474761 SPT_1029 SPT_1030     TRUE 0.867 8.000 0.000 NA   NA
 7474761 7474762 SPT_1030 SPT_1031     FALSE 0.083 156.000 0.000 NA   NA
 7474762 7474763 SPT_1031 SPT_1032     TRUE 0.606 37.000 0.000 1.000   NA
 7474763 7474764 SPT_1032 SPT_1033   lacA FALSE 0.084 157.000 0.000 1.000   NA
 7474764 7474765 SPT_1033 SPT_1034 lacA lacB TRUE 0.987 31.000 0.333 0.001 Y NA
 7474765 7474766 SPT_1034 SPT_1035 lacB lacC TRUE 0.997 11.000 0.500 1.000 Y NA
 7474766 7474767 SPT_1035 SPT_1036 lacC lacD TRUE 0.999 2.000 0.800 0.001 Y NA
 7474767 7474768 SPT_1036 SPT_1037 lacD   FALSE 0.042 233.000 0.000 1.000   NA
 7474768 7474769 SPT_1037 SPT_1038     TRUE 0.971 36.000 0.500 1.000   NA
 7474769 7474770 SPT_1038 SPT_1039     TRUE 0.999 0.000 0.600 0.021 Y NA
 7474770 7474771 SPT_1039 SPT_1040   lacG2 TRUE 0.560 215.000 0.200 1.000 Y NA
 7474771 7474772 SPT_1040 SPT_1041 lacG2   TRUE 0.751 121.000 0.500 NA   NA
 7474773 7474774 SPT_1042 SPT_1043     FALSE 0.260 182.000 0.056 1.000 N NA
 7474774 7474775 SPT_1043 SPT_1044     TRUE 0.802 188.000 0.500 0.001 Y NA
 7474775 7474776 SPT_1044 SPT_1045     TRUE 0.902 81.000 0.562 1.000 N NA
 7474777 7474778 SPT_1046 SPT_1047   ptsP TRUE 0.995 6.000 0.240 0.021 Y NA
 7474780 7474781 SPT_1049 SPT_1050     FALSE 0.051 210.000 0.000 NA   NA
 7474782 7474783 SPT_1051 SPT_1052     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7474784 7474785 SPT_1053 SPT_1054     FALSE 0.025 295.000 0.000 NA   NA
 7474787 7474788 SPT_1056 SPT_1057     FALSE 0.020 322.000 0.000 NA   NA
 7474788 7474789 SPT_1057 SPT_1058   lepB2 TRUE 0.904 0.000 0.000 NA   NA
 7474789 7474790 SPT_1058 SPT_1059 lepB2   TRUE 0.989 0.000 0.212 NA   NA
 7474790 7474791 SPT_1059 SPT_1060   srtB TRUE 0.989 18.000 0.571 NA   NA
 7474791 7474792 SPT_1060 SPT_1061 srtB   FALSE 0.039 241.000 0.000 NA   NA
 7474792 7474793 SPT_1061 SPT_1062   hemH FALSE 0.155 103.000 0.000 NA   NA
 7474794 7474795 SPT_1063 SPT_1064 mscL   TRUE 0.367 82.000 0.003 0.054   NA
 7474796 7474797 SPT_1065 SPT_1066     FALSE 0.162 100.000 0.000 NA   NA
 7474797 7474798 SPT_1066 SPT_1067   asd FALSE 0.019 340.000 0.000 NA   NA
 7474798 7474799 SPT_1067 SPT_1068 asd dapA TRUE 0.911 56.000 0.063 1.000 Y NA
 7474800 7474801 SPT_1069 SPT_1070 trmE   FALSE 0.173 136.000 0.003 1.000   NA
 7474802 7474803 SPT_1071 SPT_1072 tdk prfA TRUE 0.982 -3.000 0.062 1.000 N NA
 7474803 7474804 SPT_1072 SPT_1073 prfA hemK TRUE 0.993 0.000 0.084 1.000 Y NA
 7474804 7474805 SPT_1073 SPT_1074 hemK   TRUE 0.989 -16.000 0.029 NA Y NA
 7474805 7474806 SPT_1074 SPT_1075     TRUE 0.953 2.000 0.012 NA   NA
 7474806 7474807 SPT_1075 SPT_1076   glyA TRUE 0.702 62.000 0.056 1.000   NA
 7474807 7474808 SPT_1076 SPT_1077 glyA   TRUE 0.973 8.000 0.103 NA   NA
 7474808 7474809 SPT_1077 SPT_1078     TRUE 0.983 0.000 0.128 NA   NA
 7474809 7474810 SPT_1078 SPT_1079     TRUE 0.512 74.000 0.019 NA   NA
 7474810 7474811 SPT_1079 SPT_1080   rumA1 TRUE 0.511 74.000 0.019 NA   NA
 7474811 7474812 SPT_1080 SPT_1081 rumA1   FALSE 0.012 738.000 0.000 1.000 N NA
 7474812 7474813 SPT_1081 SPT_1082     FALSE 0.023 393.000 0.000 1.000 N NA
 7474813 7474814 SPT_1082 SPT_1083     TRUE 0.999 -10.000 0.778 1.000 Y NA
 7474814 7474815 SPT_1083 SPT_1084     TRUE 0.999 0.000 0.800 0.040 Y NA
 7474815 7474816 SPT_1084 SPT_1085     TRUE 0.997 0.000 0.250 1.000 Y NA
 7474816 7474817 SPT_1085 SPT_1086     FALSE 0.008 688.000 0.000 NA   NA
 7474817 7474818 SPT_1086 SPT_1087     FALSE 0.021 314.000 0.000 NA   NA
 7474818 7474819 SPT_1087 SPT_1088     TRUE 0.921 74.000 0.667 NA   NA
 7474819 7474820 SPT_1088 SPT_1089     FALSE 0.074 166.000 0.000 NA   NA
 7474820 7474821 SPT_1089 SPT_1091     FALSE 0.016 382.000 0.000 NA   NA
 7474821 7474822 SPT_1091 SPT_1092     TRUE 0.734 127.000 0.500 NA   NA
 7474822 7474823 SPT_1092 SPT_1093     FALSE 0.008 684.000 0.000 NA   NA
 7474823 7474824 SPT_1093 SPT_1094     FALSE 0.187 92.000 0.000 NA   NA
 7474824 7474825 SPT_1094 SPT_1096     FALSE 0.031 268.000 0.000 NA   NA
 7474825 7474826 SPT_1096 SPT_1097     FALSE 0.020 321.000 0.000 NA   NA
 7474826 7474827 SPT_1097 SPT_1098     TRUE 0.783 62.000 0.125 NA   NA
 7474827 7474828 SPT_1098 SPT_1099     TRUE 0.413 58.000 0.000 NA   NA
 7474828 7474829 SPT_1099 SPT_1100     TRUE 0.487 112.000 0.077 NA N NA
 7474829 7474830 SPT_1100 SPT_1101     FALSE 0.077 163.000 0.000 NA   NA
 7474830 7474831 SPT_1101 SPT_1104     FALSE 0.029 275.000 0.000 NA   NA
 7474831 7474832 SPT_1104 SPT_1105     TRUE 0.438 56.000 0.000 NA   NA
 7474832 7474833 SPT_1105 SPT_1106     FALSE 0.169 97.000 0.000 NA   NA
 7474833 7474834 SPT_1106 SPT_1107     TRUE 0.663 29.000 0.000 NA   NA
 7474834 7474835 SPT_1107 SPT_1108     FALSE 0.028 282.000 0.000 NA   NA
 7474835 7474836 SPT_1108 SPT_1109     FALSE 0.096 143.000 0.000 NA   NA
 7474836 7474837 SPT_1109 SPT_1110     FALSE 0.032 264.000 0.000 NA   NA
 7474837 7474838 SPT_1110 SPT_1111   ppc TRUE 0.924 20.000 0.028 1.000 N NA
 7474838 7474839 SPT_1111 SPT_1112 ppc   FALSE 0.014 413.000 0.000 NA   NA
 7474839 7474840 SPT_1112 SPT_1113     TRUE 0.877 69.000 0.368 NA   NA
 7474840 7474841 SPT_1113 SPT_1114     TRUE 0.998 -3.000 0.895 1.000   NA
 7474841 7474842 SPT_1114 SPT_1115   dnaG FALSE 0.296 90.000 0.002 1.000   NA
 7474842 7474843 SPT_1115 SPT_1116 dnaG   TRUE 0.989 3.000 0.209 1.000 N NA
 7474843 7474844 SPT_1116 SPT_1117     TRUE 0.944 14.000 0.044 NA   NA
 7474844 7474845 SPT_1117 SPT_1118     FALSE 0.297 115.000 0.019 NA   NA
 7474845 7474846 SPT_1118 SPT_1119     TRUE 0.995 16.000 0.413 0.010 Y NA
 7474846 7474847 SPT_1119 SPT_1120     TRUE 0.863 31.000 0.016 NA N NA
 7474847 7474848 SPT_1120 SPT_1121     TRUE 0.837 59.000 0.167 NA   NA
 7474848 7474849 SPT_1121 SPT_1122     TRUE 0.501 70.000 0.011 NA   NA
 7474849 7474850 SPT_1122 SPT_1123     TRUE 0.931 10.000 0.009 NA   NA
 7474851 7474852 SPT_1124 SPT_1125     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7474852 7474853 SPT_1125 SPT_1126     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7474854 7474855 SPT_1127 SPT_1128     TRUE 0.954 16.000 0.052 1.000 N NA
 7474855 7474856 SPT_1128 SPT_1129     TRUE 0.995 -7.000 0.342 1.000 N NA
 7474856 7474857 SPT_1129 SPT_1130   map TRUE 0.982 16.000 0.235 1.000 N NA
 7474857 7474858 SPT_1130 SPT_1131 map   FALSE 0.165 99.000 0.000 NA   NA
 7474858 7474859 SPT_1131 SPT_1132     TRUE 0.793 17.000 0.000 NA   NA
 7474859 7474860 SPT_1132 SPT_1133   pcrA FALSE 0.236 192.000 0.000 0.062 Y NA
 7474860 7474861 SPT_1133 SPT_1135 pcrA   TRUE 0.904 43.000 0.005 0.015 Y NA
 7474862 7474863 SPT_1134 SPT_1136     TRUE 0.992 18.000 0.714 1.000   NA
 7474863 7474864 SPT_1136 SPT_1137     TRUE 0.660 83.000 0.143 NA   NA
 7474864 7474865 SPT_1137 SPT_1138     TRUE 0.545 80.000 0.056 NA   NA
 7474865 7474866 SPT_1138 SPT_1139     TRUE 0.982 5.000 0.166 NA   NA
 7474866 7474867 SPT_1139 SPT_1140     TRUE 0.989 10.000 0.089 1.000 Y NA
 7474867 7474868 SPT_1140 SPT_1141     TRUE 0.528 113.000 0.145 1.000   NA
 7474869 7474870 SPT_1142 SPT_1143     TRUE 0.997 -16.000 0.725 1.000   NA
 7474870 7474871 SPT_1143 SPT_1144     TRUE 0.989 -3.000 0.150 1.000 N NA
 7474871 7474872 SPT_1144 SPT_1145   pta TRUE 0.870 44.000 0.067 1.000 N NA
 7474873 7474874 SPT_1148 SPT_1149     FALSE 0.048 216.000 0.000 NA   NA
 7474875 7474876 SPT_1150 SPT_1151   rplU FALSE 0.062 188.000 0.000 NA   NA
 7474876 7474877 SPT_1151 SPT_1152 rplU   TRUE 0.991 16.000 0.208 NA Y NA
 7474877 7474878 SPT_1152 SPT_1153   rpmA TRUE 0.990 17.000 0.203 NA Y NA
 7474879 7474880 SPT_1154 SPT_1155     TRUE 0.892 -28.000 0.000 NA   NA
 7474883 7474884 SPT_1158 SPT_1159     TRUE 0.475 107.000 0.098 NA   NA
 7474884 7474885 SPT_1159 SPT_1160     FALSE 0.013 427.000 0.000 1.000   NA
 7474885 7474886 SPT_1160 SPT_1161     TRUE 0.955 3.000 0.019 1.000   NA
 7474886 7474887 SPT_1161 SPT_1162     TRUE 0.892 80.000 0.600 NA   NA
 7474887 7474888 SPT_1162 SPT_1163   ligA FALSE 0.275 93.000 0.002 NA   NA
 7474888 7474889 SPT_1163 SPT_1164 ligA pulA FALSE 0.280 112.000 0.002 1.000 N NA
 7474889 7474890 SPT_1164 SPT_1165 pulA   FALSE 0.015 544.000 0.000 1.000 N NA
 7474890 7474891 SPT_1165 SPT_1166   glgB FALSE 0.017 484.000 0.000 1.000 N NA
 7474891 7474892 SPT_1166 SPT_1167 glgB glgC TRUE 0.997 -10.000 0.317 0.002 Y NA
 7474892 7474893 SPT_1167 SPT_1168 glgC glgD TRUE 0.999 -10.000 0.810 0.001 Y NA
 7474893 7474894 SPT_1168 SPT_1169 glgD   TRUE 0.998 -3.000 0.395 1.000 Y NA
 7474894 7474895 SPT_1169 SPT_1170     TRUE 0.397 59.000 0.000 NA   NA
 7474895 7474896 SPT_1170 SPT_1172     FALSE 0.027 283.000 0.000 NA   NA
 7474899 7474900 SPT_1175 SPT_1176     FALSE 0.134 115.000 0.000 NA   NA
 7474900 7474901 SPT_1176 SPT_1177     FALSE 0.245 179.000 0.000 NA Y NA
 7474902 7474903 SPT_1178 SPT_1179 rexB addA TRUE 0.993 -3.000 0.070 0.061 Y NA
 7474903 7474904 SPT_1179 SPT_1180 addA   FALSE 0.104 215.000 0.010 NA   NA
 7474904 7474905 SPT_1180 SPT_1181     FALSE 0.052 209.000 0.000 NA   NA
 7474905 7474906 SPT_1181 SPT_1182     FALSE 0.013 448.000 0.000 1.000   NA
 7474906 7474907 SPT_1182 SPT_1183     TRUE 0.985 -13.000 0.148 1.000   NA
 7474907 7474908 SPT_1183 SPT_1184     TRUE 0.910 16.000 0.002 1.000 N NA
 7474908 7474909 SPT_1184 SPT_1185     FALSE 0.016 494.000 0.000 1.000 N NA
 7474910 7474911 SPT_1186 SPT_1187   lpdA TRUE 0.859 64.000 0.200 1.000 N NA
 7474911 7474912 SPT_1187 SPT_1188 lpdA   TRUE 0.940 64.000 0.227 1.000 Y NA
 7474912 7474913 SPT_1188 SPT_1189     TRUE 0.453 218.000 0.103 0.044 Y NA
 7474913 7474914 SPT_1189 SPT_1190     TRUE 0.998 16.000 0.769 0.001 Y NA
 7474914 7474915 SPT_1190 SPT_1191     FALSE 0.124 154.000 0.000 1.000 N NA
 7474915 7474916 SPT_1191 SPT_1192     FALSE 0.041 285.000 0.000 1.000 N NA
 7474916 7474917 SPT_1192 SPT_1193     TRUE 0.935 13.000 0.005 1.000 N NA
 7474917 7474918 SPT_1193 SPT_1194   ung TRUE 0.985 10.000 0.043 1.000 Y NA
 7474918 7474919 SPT_1194 SPT_1195 ung   FALSE 0.023 305.000 0.000 NA   NA
 7474919 7474920 SPT_1195 SPT_1196     TRUE 0.827 14.000 0.000 NA   NA
 7474920 7474921 SPT_1196 SPT_1197     FALSE 0.012 459.000 0.000 1.000   NA
 7474921 7474922 SPT_1197 SPT_1198     FALSE 0.013 422.000 0.000 NA   NA
 7474922 7474923 SPT_1198 SPT_1199     TRUE 0.993 8.000 0.500 NA   NA
 7474923 7474924 SPT_1199 SPT_1200     FALSE 0.140 143.000 0.000 1.000 N NA
 7474924 7474925 SPT_1200 SPT_1201     FALSE 0.026 374.000 0.000 1.000 N NA
 7474925 7474926 SPT_1201 SPT_1202     TRUE 0.997 11.000 0.500 1.000 Y NA
 7474926 7474927 SPT_1202 SPT_1203     FALSE 0.042 231.000 0.000 NA   NA
 7474927 7474928 SPT_1203 SPT_1204     TRUE 0.701 25.000 0.000 NA   NA
 7474931 7474932 SPT_1207 SPT_1208     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7474932 7474933 SPT_1208 SPT_1209     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7474934 7474935 SPT_1210 SPT_1211     TRUE 0.979 9.000 0.105 1.000 N NA
 7474935 7474936 SPT_1211 SPT_1212     TRUE 0.444 98.000 0.057 NA   NA
 7474936 7474937 SPT_1212 SPT_1213   mtnN FALSE 0.197 89.000 0.000 NA   NA
 7474937 7474938 SPT_1213 SPT_1214 mtnN   TRUE 0.930 17.000 0.041 NA   NA
 7474938 7474939 SPT_1214 SPT_1215     TRUE 0.941 12.000 0.025 NA   NA
 7474939 7474940 SPT_1215 SPT_1216   glmU TRUE 0.955 10.000 0.015 1.000 N NA
 7474941 7474942 SPT_1217 SPT_1218     TRUE 0.472 95.000 0.062 NA   NA
 7474942 7474943 SPT_1218 SPT_1219     TRUE 0.812 31.000 0.012 NA   NA
 7474943 7474944 SPT_1219 SPT_1220     TRUE 0.962 0.000 0.018 NA   NA
 7474944 7474945 SPT_1220 SPT_1221     FALSE 0.008 761.000 0.000 NA   NA
 7474946 7474947 SPT_1222 SPT_1223     TRUE 0.564 67.000 0.016 1.000   NA
 7474947 7474948 SPT_1223 SPT_1224   pepF1 TRUE 0.809 38.000 0.024 1.000   NA
 7474948 7474949 SPT_1224 SPT_1225 pepF1   TRUE 0.967 19.000 0.204 NA   NA
 7474949 7474950 SPT_1225 SPT_1226   tehB FALSE 0.282 73.000 0.000 NA   NA
 7474950 7474951 SPT_1226 SPT_1227 tehB smpB TRUE 0.908 16.000 0.002 1.000 N NA
 7474951 7474952 SPT_1227 SPT_1228 smpB rnr TRUE 0.987 -37.000 0.143 0.027 N NA
 7474952 7474953 SPT_1228 SPT_1229 rnr secG TRUE 0.508 102.000 0.064 1.000 N NA
 7474953 7474954 SPT_1229 SPT_1230 secG rpmG1 TRUE 0.815 40.000 0.012 1.000 N NA
 7474954 7474955 SPT_1230 SPT_1231 rpmG1   TRUE 0.969 0.000 0.012 1.000 N NA
 7474955 7474956 SPT_1231 SPT_1232   coaE TRUE 0.964 -13.000 0.007 1.000 N NA
 7474956 7474957 SPT_1232 SPT_1233 coaE mutM TRUE 0.981 0.000 0.066 1.000 N NA
 7474957 7474958 SPT_1233 SPT_1234 mutM era TRUE 0.675 49.000 0.004 1.000   NA
 7474958 7474959 SPT_1234 SPT_1235 era   TRUE 0.943 17.000 0.063 1.000   NA
 7474959 7474960 SPT_1235 SPT_1236     TRUE 0.966 -19.000 0.035 NA   NA
 7474962 7474963 SPT_1238 SPT_1239     FALSE 0.281 99.000 0.005 1.000   NA
 7474963 7474964 SPT_1239 SPT_1240     TRUE 0.995 11.000 0.592 1.000 N NA
 7474964 7474965 SPT_1240 SPT_1241     FALSE 0.057 250.000 0.000 1.000 N NA
 7474965 7474966 SPT_1241 SPT_1242   rplT TRUE 0.643 58.000 0.003 1.000 N NA
 7474966 7474967 SPT_1242 SPT_1243 rplT rpmI TRUE 0.992 52.000 0.928 0.023 Y NA
 7474967 7474968 SPT_1243 SPT_1244 rpmI infC TRUE 0.992 33.000 0.652 1.000 Y NA
 7474968 7474969 SPT_1244 SPT_1245 infC   FALSE 0.027 284.000 0.000 NA   NA
 7474969 7474970 SPT_1245 SPT_1246     TRUE 0.994 4.000 0.500 NA   NA
 7474970 7474971 SPT_1246 SPT_1247     FALSE 0.015 399.000 0.000 1.000   NA
 7474971 7474972 SPT_1247 SPT_1248     TRUE 0.939 -16.000 0.002 1.000   NA
 7474972 7474973 SPT_1248 SPT_1249     TRUE 0.786 68.000 0.125 1.000 N NA
 7474975 7474976 SPT_1253 SPT_1254     TRUE 0.970 3.000 0.065 NA   NA
 7474978 7474979 SPT_1255 SPT_1257     TRUE 0.370 86.000 0.010 NA   NA
 7474979 7474980 SPT_1257 SPT_1258     TRUE 0.940 9.000 0.013 NA   NA
 7474980 7474981 SPT_1258 SPT_1259   frr TRUE 0.872 21.000 0.012 NA   NA
 7474981 7474982 SPT_1259 SPT_1260 frr pyrH TRUE 0.996 9.000 0.626 1.000 N NA
 7474982 7474983 SPT_1260 SPT_1261 pyrH trmFO TRUE 0.399 84.000 0.002 1.000 N NA
 7474983 7474984 SPT_1261 SPT_1262 trmFO   FALSE 0.064 187.000 0.000 1.000   NA
 7474984 7474985 SPT_1262 SPT_1263     TRUE 0.964 3.000 0.043 NA   NA
 7474985 7474986 SPT_1263 SPT_1264     TRUE 0.822 40.000 0.038 NA   NA
 7474986 7474987 SPT_1264 SPT_1265   tmk TRUE 0.993 -3.000 0.254 1.000 N NA
 7474987 7474988 SPT_1265 SPT_1266 tmk proC FALSE 0.069 220.000 0.000 1.000 N NA
 7474988 7474989 SPT_1266 SPT_1267 proC proA TRUE 0.984 4.000 0.009 0.002 Y NA
 7474989 7474990 SPT_1267 SPT_1268 proA proB TRUE 0.995 10.000 0.281 0.002 Y NA
 7474990 7474991 SPT_1268 SPT_1269 proB   FALSE 0.164 101.000 0.000 1.000   NA
 7474991 7474992 SPT_1269 SPT_1270     TRUE 0.887 3.000 0.000 1.000   NA
 7474992 7474993 SPT_1270 SPT_1271   lspA TRUE 0.983 -10.000 0.082 1.000 N NA
 7474993 7474994 SPT_1271 SPT_1272 lspA   TRUE 0.987 -3.000 0.119 1.000 N NA
 7474996 7474997 SPT_1274 SPT_1275     TRUE 0.458 54.000 0.000 NA   NA
 7474999 7475000 SPT_1277 SPT_1278 aguB aguA TRUE 0.967 10.000 0.084 1.000   NA
 7475000 7475001 SPT_1278 SPT_1279 aguA nspC TRUE 0.990 -3.000 0.025 1.000 Y NA
 7475001 7475002 SPT_1279 SPT_1280 nspC lys TRUE 0.998 0.000 0.444 1.000 Y NA
 7475002 7475003 SPT_1280 SPT_1281 lys speE TRUE 0.991 -3.000 0.036 1.000 Y NA
 7475003 7475004 SPT_1281 SPT_1282 speE   TRUE 0.644 31.000 0.000 NA   NA
 7475005 7475006 SPT_1283 SPT_1285     TRUE 0.889 -48.000 0.000 NA   NA
 7475008 7475009 SPT_1286 SPT_1287     FALSE 0.092 146.000 0.000 NA   NA
 7475010 7475011 SPT_1288 SPT_1289     TRUE 0.997 2.000 0.855 1.000   NA
 7475013 7475014 SPT_1291 SPT_1292     TRUE 0.711 59.000 0.051 NA   NA
 7475014 7475015 SPT_1292 SPT_1293     TRUE 0.989 -13.000 0.215 NA   NA
 7475016 7475017 SPT_1294 SPT_1295     TRUE 0.978 1.000 0.091 NA   NA
 7475017 7475018 SPT_1295 SPT_1296     TRUE 0.998 -3.000 0.841 NA   NA
 7475019 7475020 SPT_1297 SPT_1298     TRUE 0.612 35.000 0.000 NA   NA
 7475024 7475025 SPT_1302 SPT_1303 pyk pfkA TRUE 0.958 59.000 0.261 0.005 Y NA
 7475025 7475026 SPT_1303 SPT_1304 pfkA   TRUE 0.662 83.000 0.098 1.000 N NA
 7475027 7475028 SPT_1305 SPT_1306     TRUE 0.798 17.000 0.000 1.000   NA
 7475029 7475030 SPT_1307 SPT_1308     FALSE 0.030 271.000 0.000 NA   NA
 7475030 7475031 SPT_1308 SPT_1309     TRUE 0.959 30.000 0.048 0.003 Y NA
 7475031 7475032 SPT_1309 SPT_1310     TRUE 0.723 34.000 0.000 0.060 N NA
 7475032 7475033 SPT_1310 SPT_1311     FALSE 0.131 118.000 0.000 1.000   NA
 7475033 7475034 SPT_1311 SPT_1312     TRUE 0.957 -3.000 0.009 NA   NA
 7475034 7475035 SPT_1312 SPT_1313     TRUE 0.386 60.000 0.000 NA   NA
 7475035 7475036 SPT_1313 SPT_1314     TRUE 0.988 13.000 0.092 0.060 Y NA
 7475036 7475037 SPT_1314 SPT_1315     FALSE 0.119 123.000 0.000 NA   NA
 7475037 7475038 SPT_1315 SPT_1316     FALSE 0.034 260.000 0.000 NA   NA
 7475038 7475039 SPT_1316 SPT_1317     TRUE 0.970 13.000 0.130 NA   NA
 7475039 7475040 SPT_1317 SPT_1318     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7475040 7475041 SPT_1318 SPT_1319     TRUE 0.733 22.000 0.000 NA   NA
 7475041 7475042 SPT_1319 SPT_1320   thiI FALSE 0.181 137.000 0.005 NA   NA
 7475042 7475043 SPT_1320 SPT_1321 thiI   TRUE 0.992 9.000 0.349 1.000 N NA
 7475045 7475046 SPT_1323 SPT_1324   fruA FALSE 0.214 164.000 0.010 0.053 N NA
 7475046 7475047 SPT_1324 SPT_1325 fruA pfkB TRUE 0.999 -3.000 0.816 1.000 Y NA
 7475047 7475048 SPT_1325 SPT_1326 pfkB   TRUE 0.999 -3.000 0.721 1.000 Y NA
 7475050 7475051 SPT_2263 SPT_1328     FALSE 0.009 646.000 0.000 NA   NA
 7475053 7475054 SPT_1330 SPT_1331 sufB   TRUE 0.892 54.000 0.152 0.002 N NA
 7475054 7475055 SPT_1331 SPT_1332     TRUE 0.993 -13.000 0.292 1.000 N NA
 7475055 7475056 SPT_1332 SPT_1333   sufD TRUE 0.995 11.000 0.606 1.000 N NA
 7475056 7475057 SPT_1333 SPT_1334 sufD sufC TRUE 0.975 28.000 0.139 1.000 Y NA
 7475057 7475058 SPT_1334 SPT_1335 sufC   FALSE 0.148 150.000 0.003 NA   NA
 7475058 7475059 SPT_1335 SPT_1336     TRUE 0.456 100.000 0.067 NA   NA
 7475059 7475060 SPT_1336 SPT_1337     TRUE 0.975 0.000 0.030 NA N NA
 7475062 7475063 SPT_1340 SPT_1341     FALSE 0.079 159.000 0.000 NA   NA
 7475063 7475064 SPT_1341 SPT_1342     TRUE 0.869 7.000 0.000 NA   NA
 7475064 7475065 SPT_1342 SPT_1343     TRUE 0.507 50.000 0.000 NA   NA
 7475065 7475066 SPT_1343 SPT_1344   pcp1 FALSE 0.072 168.000 0.000 NA   NA
 7475066 7475067 SPT_1344 SPT_1345 pcp1   TRUE 0.984 15.000 0.300 NA   NA
 7475067 7475068 SPT_1345 SPT_1346     TRUE 0.998 -3.000 0.939 NA   NA
 7475068 7475069 SPT_1346 SPT_1347     TRUE 0.344 65.000 0.000 NA   NA
 7475069 7475070 SPT_1347 SPT_1348   ilvE TRUE 0.438 56.000 0.000 NA   NA
 7475070 7475071 SPT_1348 SPT_1349 ilvE parC TRUE 0.434 132.000 0.086 1.000 N NA
 7475071 7475072 SPT_1349 SPT_1350 parC   FALSE 0.075 165.000 0.000 NA   NA
 7475072 7475073 SPT_1350 SPT_1351   parE FALSE 0.122 121.000 0.000 NA   NA
 7475075 7475076 SPT_1353 SPT_1354     FALSE 0.044 226.000 0.000 NA   NA
 7475076 7475077 SPT_1354 SPT_1355     FALSE 0.208 85.000 0.000 NA   NA
 7475077 7475078 SPT_1355 SPT_1356     TRUE 0.996 3.000 0.720 0.037   NA
 7475078 7475079 SPT_1356 SPT_1357     TRUE 0.995 -7.000 0.438 1.000   NA
 7475079 7475080 SPT_1357 SPT_1358     FALSE 0.236 144.000 0.024 1.000   NA
 7475080 7475081 SPT_1358 SPT_1359   cdd TRUE 0.676 91.000 0.200 1.000   NA
 7475081 7475082 SPT_1359 SPT_1360 cdd deoC TRUE 0.991 -13.000 0.051 1.000 Y NA
 7475082 7475083 SPT_1360 SPT_1361 deoC   TRUE 0.984 18.000 0.106 1.000 Y NA
 7475083 7475084 SPT_1361 SPT_1362     TRUE 0.979 -3.000 0.044 1.000 N NA
 7475084 7475085 SPT_1362 SPT_1363     FALSE 0.016 383.000 0.000 NA   NA
 7475086 7475087 SPT_1364 SPT_1365 coaA rpsT TRUE 0.613 68.000 0.014 1.000 N NA
 7475087 7475088 SPT_1365 SPT_1366 rpsT   TRUE 0.676 53.000 0.002 1.000 N NA
 7475089 7475090 SPT_1367 SPT_1368 deoD   FALSE 0.009 658.000 0.000 1.000   NA
 7475090 7475091 SPT_1368 SPT_1369     TRUE 0.706 25.000 0.000 1.000   NA
 7475091 7475092 SPT_1369 SPT_1370     TRUE 0.861 10.000 0.000 1.000   NA
 7475092 7475093 SPT_1370 SPT_1371     FALSE 0.012 464.000 0.000 1.000   NA
 7475093 7475094 SPT_1371 SPT_1372     TRUE 0.953 16.000 0.083 NA   NA
 7475094 7475095 SPT_1372 SPT_1373   deoB TRUE 0.975 2.000 0.080 NA   NA
 7475095 7475096 SPT_1373 SPT_1374 deoB rpiA TRUE 0.978 14.000 0.018 1.000 Y NA
 7475096 7475097 SPT_1374 SPT_1375 rpiA   FALSE 0.117 282.000 0.000 NA Y NA
 7475097 7475098 SPT_1375 SPT_1376     FALSE 0.305 142.000 0.030 NA N NA
 7475098 7475099 SPT_1376 SPT_1377     FALSE 0.299 133.000 0.017 1.000 N NA
 7475099 7475100 SPT_1377 SPT_1378     TRUE 0.999 0.000 0.640 1.000 Y NA
 7475101 7475102 SPT_1379 SPT_1380     FALSE 0.043 229.000 0.000 NA   NA
 7475102 7475103 SPT_1380 SPT_1381     FALSE 0.012 459.000 0.000 NA   NA
 7475105 7475106 SPT_1383 SPT_1384     TRUE 0.323 165.000 0.114 NA   NA
 7475107 7475108 SPT_1385 SPT_1386     TRUE 0.904 0.000 0.000 NA   NA
 7475108 7475109 SPT_1386 SPT_1387     FALSE 0.152 104.000 0.000 NA   NA
 7475111 7475112 SPT_1389 SPT_1392   ezrA FALSE 0.007 981.000 0.000 NA   NA
 7475112 7475113 SPT_1392 SPT_1393 ezrA gyrB TRUE 0.483 82.000 0.011 1.000 N NA
 7475113 7475114 SPT_1393 SPT_1394 gyrB   TRUE 0.919 15.000 0.013 1.000   NA
 7475114 7475115 SPT_1394 SPT_1395     FALSE 0.208 85.000 0.000 NA   NA
 7475115 7475116 SPT_1395 SPT_1396     TRUE 0.925 11.000 0.008 NA   NA
 7475116 7475117 SPT_1396 SPT_1397     TRUE 0.846 37.000 0.019 1.000 N NA
 7475117 7475118 SPT_1397 SPT_1398     FALSE 0.084 200.000 0.000 1.000 N NA
 7475120 7475121 SPT_1400 SPT_1401     TRUE 0.999 -10.000 0.606 1.000 Y NA
 7475121 7475122 SPT_1401 SPT_1402     TRUE 0.480 109.000 0.061 1.000 N NA
 7475122 7475123 SPT_1402 SPT_1403     FALSE 0.119 123.000 0.000 NA   NA
 7475123 7475124 SPT_1403 SPT_1404     TRUE 0.893 -25.000 0.000 NA   NA
 7475124 7475125 SPT_1404 SPT_1405     TRUE 0.897 -22.000 0.000 1.000   NA
 7475125 7475126 SPT_1405 SPT_1406     TRUE 0.970 11.000 0.067 1.000 N NA
 7475126 7475127 SPT_1406 SPT_1407     TRUE 0.997 -7.000 0.710 NA   NA
 7475127 7475128 SPT_1407 SPT_1408     FALSE 0.315 96.000 0.008 NA   NA
 7475128 7475129 SPT_1408 SPT_1409     FALSE 0.272 75.000 0.000 NA   NA
 7475129 7475130 SPT_1409 SPT_1410     TRUE 0.992 4.000 0.429 NA   NA
 7475130 7475131 SPT_1410 SPT_1411     FALSE 0.194 90.000 0.000 NA   NA
 7475131 7475132 SPT_1411 SPT_1412   metG TRUE 0.507 50.000 0.000 NA   NA
 7475132 7475133 SPT_1412 SPT_1413 metG   FALSE 0.255 124.000 0.003 1.000 N NA
 7475133 7475134 SPT_1413 SPT_1414     TRUE 0.999 2.000 0.923 1.000 Y NA
 7475134 7475135 SPT_1414 SPT_1415     TRUE 0.998 -16.000 0.923 1.000 N NA
 7475136 7475137 SPT_1416 SPT_1417 gor   FALSE 0.058 197.000 0.000 NA   NA
 7475137 7475138 SPT_1417 SPT_1419     TRUE 0.360 63.000 0.000 NA   NA
 7475141 7475142 SPT_1421 SPT_1422   trmD TRUE 0.901 12.000 0.002 1.000   NA
 7475142 7475143 SPT_1422 SPT_1423 trmD rimM TRUE 0.999 -10.000 0.672 1.000 Y NA
 7475143 7475144 SPT_1423 SPT_1424 rimM   TRUE 0.756 31.000 0.002 NA   NA
 7475146 7475147 SPT_1426 SPT_1427 tuf   FALSE 0.019 343.000 0.000 NA   NA
 7475147 7475148 SPT_1427 SPT_1428     FALSE 0.012 446.000 0.000 NA   NA
 7475148 7475149 SPT_1428 SPT_1429     FALSE 0.047 223.000 0.000 1.000   NA
 7475149 7475150 SPT_1429 SPT_1430     TRUE 0.892 -28.000 0.000 NA   NA
 7475150 7475151 SPT_1430 SPT_1431     FALSE 0.143 111.000 0.000 NA   NA
 7475151 7475152 SPT_1431 SPT_1432     FALSE 0.019 340.000 0.000 NA   NA
 7475152 7475153 SPT_1432 SPT_1433     TRUE 0.901 -13.000 0.000 NA   NA
 7475153 7475154 SPT_1433 SPT_1434     TRUE 0.521 48.000 0.000 NA   NA
 7475155 7475156 SPT_1435 SPT_1436     TRUE 0.380 111.000 0.049 NA   NA
 7475157 7475158 SPT_1437 SPT_1438     TRUE 0.991 13.000 0.154 1.000 Y NA
 7475158 7475159 SPT_1438 SPT_1439     TRUE 0.991 10.000 0.130 1.000 Y NA
 7475159 7475160 SPT_1439 SPT_1440     FALSE 0.204 146.000 0.013 1.000   NA
 7475160 7475161 SPT_1440 SPT_1441     TRUE 0.993 -10.000 0.324 NA   NA
 7475163 7475164 SPT_1443 SPT_1444 atpC atpD TRUE 0.998 11.000 0.837 0.004 Y NA
 7475164 7475165 SPT_1444 SPT_1445 atpD atpG TRUE 0.961 86.000 0.724 0.004 Y NA
 7475165 7475166 SPT_1445 SPT_1446 atpG atpA TRUE 0.998 16.000 0.846 0.004 Y NA
 7475166 7475167 SPT_1446 SPT_1447 atpA atpH TRUE 0.998 15.000 0.864 0.004 Y NA
 7475167 7475168 SPT_1447 SPT_1448 atpH atpF TRUE 0.996 0.000 0.222 0.004 Y NA
 7475168 7475169 SPT_1448 SPT_1449 atpF atpB TRUE 0.981 14.000 0.032 0.004 Y NA
 7475169 7475170 SPT_1449 SPT_1450 atpB   TRUE 0.991 35.000 0.557 0.004 Y NA
 7475170 7475171 SPT_1450 SPT_1451     FALSE 0.258 77.000 0.000 NA   NA
 7475171 7475172 SPT_1451 SPT_1453     FALSE 0.012 458.000 0.000 NA   NA
 7475174 7475175 SPT_1455 SPT_1456     TRUE 0.656 71.000 0.079 NA   NA
 7475175 7475176 SPT_1456 SPT_1457     TRUE 0.646 81.000 0.120 NA   NA
 7475176 7475177 SPT_1457 SPT_1458     TRUE 0.973 -3.000 0.037 0.012   NA
 7475177 7475178 SPT_1458 SPT_1459   murC TRUE 0.939 10.000 0.014 1.000   NA
 7475178 7475179 SPT_1459 SPT_1460 murC   TRUE 0.933 11.000 0.013 NA   NA
 7475179 7475180 SPT_1460 SPT_1461     TRUE 0.887 48.000 0.151 NA   NA
 7475180 7475181 SPT_1461 SPT_1462     FALSE 0.257 93.000 0.000 1.000 N NA
 7475181 7475182 SPT_1462 SPT_1463     TRUE 0.990 8.000 0.082 0.009 Y NA
 7475182 7475183 SPT_1463 SPT_1464     FALSE 0.080 158.000 0.000 NA   NA
 7475183 7475184 SPT_1464 SPT_1466     FALSE 0.070 172.000 0.000 NA   NA
 7475184 7475185 SPT_1466 SPT_1467     FALSE 0.057 201.000 0.000 1.000   NA
 7475187 7475188 SPT_1469 SPT_1470     TRUE 0.663 101.000 0.231 NA   NA
 7475188 7475189 SPT_1470 SPT_1471     TRUE 0.932 37.000 0.208 NA   NA
 7475189 7475190 SPT_1471 SPT_1472     TRUE 0.334 87.000 0.005 NA   NA
 7475190 7475191 SPT_1472 SPT_1473     TRUE 0.533 71.000 0.005 1.000 N NA
 7475191 7475192 SPT_1473 SPT_1474     TRUE 0.989 -10.000 0.209 1.000   NA
 7475192 7475193 SPT_1474 SPT_1475     TRUE 0.643 54.000 0.006 1.000   NA
 7475193 7475194 SPT_1475 SPT_1476     TRUE 0.984 -25.000 0.151 1.000   NA
 7475194 7475195 SPT_1476 SPT_1477   rpsR FALSE 0.025 295.000 0.000 1.000   NA
 7475195 7475196 SPT_1477 SPT_1478 rpsR   TRUE 0.848 32.000 0.012 1.000 N NA
 7475196 7475197 SPT_1478 SPT_1479   rpsF TRUE 0.946 12.000 0.012 1.000 N NA
 7475197 7475198 SPT_1479 SPT_1480 rpsF asnS FALSE 0.305 153.000 0.000 1.000 Y NA
 7475198 7475199 SPT_1480 SPT_1481 asnS   FALSE 0.079 160.000 0.000 NA   NA
 7475199 7475200 SPT_1481 SPT_1482     TRUE 0.908 -7.000 0.000 NA   NA
 7475200 7475201 SPT_1482 SPT_1483     TRUE 0.989 -3.000 0.205 NA   NA
 7475201 7475202 SPT_1483 SPT_1484     TRUE 0.327 67.000 0.000 NA   NA
 7475206 7475207 SPT_1488 SPT_1489     TRUE 0.376 79.000 0.004 NA   NA
 7475207 7475208 SPT_1489 SPT_1490     TRUE 0.610 66.000 0.030 NA   NA
 7475208 7475209 SPT_1490 SPT_1491   def2 TRUE 0.943 12.000 0.028 NA   NA
 7475209 7475210 SPT_1491 SPT_1492 def2   FALSE 0.185 116.000 0.000 NA N NA
 7475210 7475211 SPT_1492 SPT_1493     TRUE 0.885 13.000 0.000 NA N NA
 7475213 7475214 SPT_1495 SPT_1496     TRUE 0.976 -3.000 0.056 1.000   NA
 7475214 7475215 SPT_1496 SPT_1497   dapB TRUE 0.950 12.000 0.015 1.000 N NA
 7475215 7475216 SPT_1497 SPT_1498 dapB   FALSE 0.053 277.000 0.004 NA   NA
 7475216 7475217 SPT_1498 SPT_1499     TRUE 0.982 2.000 0.139 NA   NA
 7475217 7475218 SPT_1499 SPT_1500   glmM TRUE 0.409 74.000 0.003 1.000   NA
 7475218 7475219 SPT_1500 SPT_1501 glmM   TRUE 0.946 24.000 0.150 NA   NA
 7475219 7475220 SPT_1501 SPT_1502     TRUE 0.995 -13.000 0.502 NA   NA
 7475222 7475223 SPT_1504 SPT_1505     TRUE 0.995 -3.000 0.470 NA   NA
 7475223 7475224 SPT_1505 SPT_1506     TRUE 0.989 -3.000 0.214 NA   NA
 7475224 7475225 SPT_1506 SPT_1507     TRUE 0.774 52.000 0.051 NA   NA
 7475225 7475226 SPT_1507 SPT_1508     TRUE 0.907 11.000 0.002 NA   NA
 7475226 7475227 SPT_1508 SPT_1509   clpX TRUE 0.958 9.000 0.043 1.000   NA
 7475227 7475228 SPT_1509 SPT_1510 clpX   TRUE 0.594 61.000 0.012 NA   NA
 7475228 7475229 SPT_1510 SPT_1511   folA TRUE 0.967 0.000 0.030 NA   NA
 7475229 7475230 SPT_1511 SPT_1512 folA   FALSE 0.251 130.000 0.005 1.000 N NA
 7475230 7475231 SPT_1512 SPT_1513     FALSE 0.011 500.000 0.000 1.000   NA
 7475231 7475232 SPT_1513 SPT_1514   tpiA FALSE 0.298 71.000 0.000 1.000   NA
 7475232 7475233 SPT_1514 SPT_1515 tpiA   TRUE 0.369 98.000 0.007 NA N NA
 7475233 7475234 SPT_1515 SPT_1516   metA TRUE 0.960 9.000 0.021 NA N NA
 7475236 7475237 SPT_1517 SPT_1519 apt   TRUE 0.387 86.000 0.002 1.000 N NA
 7475237 7475238 SPT_1519 SPT_1520     FALSE 0.016 501.000 0.000 1.000 N NA
 7475238 7475239 SPT_1520 SPT_1521     FALSE 0.028 281.000 0.000 NA   NA
 7475239 7475240 SPT_1521 SPT_1522     FALSE 0.226 82.000 0.000 NA   NA
 7475240 7475241 SPT_1522 SPT_1523   codY TRUE 0.983 0.000 0.083 1.000 N NA
 7475241 7475242 SPT_1523 SPT_1524 codY   FALSE 0.135 265.000 0.000 1.000 Y NA
 7475242 7475243 SPT_1524 SPT_1525     FALSE 0.083 199.000 0.000 NA N NA
 7475244 7475245 SPT_1526 SPT_1527     TRUE 0.380 99.000 0.010 1.000 N NA
 7475245 7475246 SPT_1527 SPT_1528     TRUE 0.997 0.000 0.796 1.000   NA
 7475246 7475247 SPT_1528 SPT_1529     FALSE 0.118 126.000 0.000 1.000   NA
 7475247 7475248 SPT_1529 SPT_1530     TRUE 0.514 50.000 0.000 1.000   NA
 7475249 7475250 SPT_1531 SPT_1532     TRUE 0.369 62.000 0.000 NA   NA
 7475250 7475251 SPT_1532 SPT_1533     TRUE 0.904 0.000 0.000 NA   NA
 7475251 7475252 SPT_1533 SPT_1534     FALSE 0.104 136.000 0.000 NA   NA
 7475252 7475253 SPT_1534 SPT_1535     FALSE 0.042 231.000 0.000 NA   NA
 7475253 7475254 SPT_1535 SPT_1536     TRUE 0.990 -22.000 0.276 NA   NA
 7475254 7475255 SPT_1536 SPT_1537   truA TRUE 0.980 -10.000 0.058 1.000 N NA
 7475259 7475260 SPT_1541 SPT_1542   phnA TRUE 0.947 3.000 0.011 NA   NA
 7475260 7475261 SPT_1542 SPT_1543 phnA cmk FALSE 0.228 131.000 0.002 1.000 N NA
 7475261 7475262 SPT_1543 SPT_1544 cmk   TRUE 0.938 9.000 0.012 NA   NA
 7475264 7475265 SPT_1546 SPT_1547   galE1 TRUE 0.988 2.000 0.030 NA Y NA
 7475265 7475266 SPT_1547 SPT_1548 galE1   FALSE 0.155 103.000 0.000 NA   NA
 7475266 7475267 SPT_1548 SPT_1549     FALSE 0.300 70.000 0.000 NA   NA
 7475267 7475268 SPT_1549 SPT_1550     TRUE 0.916 17.000 0.021 NA   NA
 7475268 7475269 SPT_1550 SPT_1551     TRUE 0.991 -13.000 0.283 NA   NA
 7475270 7475271 SPT_1552 SPT_1553     FALSE 0.055 201.000 0.000 NA   NA
 7475272 7475273 SPT_1554 SPT_1555   tkt1 FALSE 0.026 373.000 0.000 1.000 N NA
 7475273 7475274 SPT_1555 SPT_1556 tkt1   TRUE 0.876 37.000 0.000 1.000 Y NA
 7475274 7475275 SPT_1556 SPT_1557     TRUE 0.995 11.000 0.273 1.000 Y NA
 7475275 7475276 SPT_1557 SPT_1558     TRUE 0.687 26.000 0.000 NA   NA
 7475276 7475277 SPT_1558 SPT_1559     TRUE 0.671 28.000 0.000 NA   NA
 7475277 7475278 SPT_1559 SPT_1560     TRUE 0.987 -22.000 0.015 0.019 Y NA
 7475278 7475279 SPT_1560 SPT_1561     TRUE 0.977 -7.000 0.029 0.019 N NA
 7475279 7475280 SPT_1561 SPT_1562     FALSE 0.015 529.000 0.000 1.000 N NA
 7475282 7475283 SPT_1564 SPT_1565   rpsO FALSE 0.011 817.000 0.000 NA N NA
 7475283 7475284 SPT_1565 SPT_1566 rpsO   FALSE 0.101 141.000 0.000 1.000   NA
 7475285 7475286 SPT_1567 SPT_1568     FALSE 0.008 684.000 0.000 NA   NA
 7475286 7475287 SPT_1568 SPT_1569     TRUE 0.869 7.000 0.000 NA   NA
 7475287 7475288 SPT_1569 SPT_1570   thrS TRUE 0.654 58.000 0.018 NA   NA
 7475289 7475290 SPT_1571 SPT_1572     TRUE 0.999 -7.000 0.812 1.000 Y NA
 7475292 7475293 SPT_1574 SPT_1575     FALSE 0.317 68.000 0.000 NA   NA
 7475293 7475294 SPT_1575 SPT_1576     TRUE 0.917 76.000 0.667 NA   NA
 7475295 7475296 SPT_1577 SPT_1578     TRUE 0.896 -19.000 0.000 NA   NA
 7475296 7475297 SPT_1578 SPT_1579     TRUE 0.687 26.000 0.000 NA   NA
 7475297 7475298 SPT_1579 SPT_1580     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7475300 7475301 SPT_1582 SPT_1583     FALSE 0.029 274.000 0.000 NA   NA
 7475302 7475303 SPT_1584 SPT_1585 dtd spoT TRUE 0.951 30.000 0.177 1.000 N NA
 7475306 7475307 SPT_1588 SPT_1589     TRUE 0.991 -3.000 0.043 1.000 Y NA
 7475307 7475308 SPT_1589 SPT_1590     TRUE 0.949 32.000 0.038 1.000 Y NA
 7475308 7475309 SPT_1590 SPT_1591     FALSE 0.282 123.000 0.007 1.000 N NA
 7475310 7475311 SPT_1592 SPT_1593     TRUE 0.995 2.000 0.438 1.000 N NA
 7475311 7475312 SPT_1593 SPT_1594     FALSE 0.039 250.000 0.000 1.000   NA
 7475312 7475313 SPT_1594 SPT_1595     TRUE 0.647 53.000 0.006 1.000   NA
 7475313 7475314 SPT_1595 SPT_1596     TRUE 0.494 51.000 0.000 NA   NA
 7475314 7475315 SPT_1596 SPT_1597     FALSE 0.024 296.000 0.000 NA   NA
 7475315 7475316 SPT_1597 SPT_1598   ileS FALSE 0.015 408.000 0.000 1.000   NA
 7475316 7475317 SPT_1598 SPT_1599 ileS   FALSE 0.037 253.000 0.000 NA   NA
 7475317 7475318 SPT_1599 SPT_1600     TRUE 0.895 -21.000 0.000 NA   NA
 7475318 7475319 SPT_1600 SPT_1601     TRUE 0.994 9.000 0.579 NA   NA
 7475319 7475320 SPT_1601 SPT_1602     TRUE 0.992 -3.000 0.287 1.000   NA
 7475320 7475321 SPT_1602 SPT_1603     TRUE 0.993 0.000 0.370 NA   NA
 7475321 7475322 SPT_1603 SPT_1604     TRUE 0.981 10.000 0.194 NA   NA
 7475322 7475323 SPT_1604 SPT_1605   ftsZ TRUE 0.955 5.000 0.030 NA   NA
 7475323 7475324 SPT_1605 SPT_1606 ftsZ ftsA TRUE 0.995 17.000 0.460 1.000 Y NA
 7475324 7475325 SPT_1606 SPT_1607 ftsA   FALSE 0.046 220.000 0.000 NA   NA
 7475325 7475326 SPT_1607 SPT_1608     TRUE 0.380 91.000 0.016 NA   NA
 7475326 7475327 SPT_1608 SPT_1609     TRUE 0.970 -13.000 0.016 1.000 N NA
 7475327 7475328 SPT_1609 SPT_1610     TRUE 0.769 84.000 0.046 0.007 Y NA
 7475328 7475329 SPT_1610 SPT_1611   recR FALSE 0.186 176.000 0.010 1.000 N NA
 7475329 7475330 SPT_1611 SPT_1612 recR   TRUE 0.949 11.000 0.013 1.000 N NA
 7475332 7475333 SPT_1614 SPT_1615     TRUE 0.948 18.000 0.054 1.000 N NA
 7475333 7475334 SPT_1615 SPT_1616     FALSE 0.068 174.000 0.000 NA   NA
 7475334 7475335 SPT_1616 SPT_1617     FALSE 0.026 287.000 0.000 NA   NA
 7475335 7475336 SPT_1617 SPT_1618     FALSE 0.097 142.000 0.000 NA   NA
 7475336 7475337 SPT_1618 SPT_1619     TRUE 0.490 273.000 0.250 NA Y NA
 7475337 7475338 SPT_1619 SPT_1620     TRUE 0.998 16.000 1.000 0.036 Y NA
 7475338 7475339 SPT_1620 SPT_1621     FALSE 0.176 232.000 0.000 0.036 Y NA
 7475339 7475340 SPT_1621 SPT_1622     TRUE 0.382 125.000 0.000 1.000 Y NA
 7475340 7475341 SPT_1622 SPT_1623     TRUE 0.984 19.000 0.132 1.000 Y NA
 7475341 7475342 SPT_1623 SPT_1624     FALSE 0.070 174.000 0.000 1.000   NA
 7475342 7475343 SPT_1624 SPT_1625     TRUE 0.984 13.000 0.273 1.000   NA
 7475343 7475344 SPT_1625 SPT_1626     TRUE 0.944 18.000 0.000 1.000 Y NA
 7475344 7475345 SPT_1626 SPT_1627     TRUE 0.997 0.000 0.300 0.036 Y NA
 7475345 7475346 SPT_1627 SPT_1628     TRUE 0.883 79.000 0.180 0.036 Y NA
 7475346 7475347 SPT_1628 SPT_1629     TRUE 0.976 19.000 0.060 NA Y NA
 7475347 7475348 SPT_1629 SPT_1630     FALSE 0.031 1014.000 0.000 NA Y NA
 7475348 7475349 SPT_1630 SPT_1631     FALSE 0.018 357.000 0.000 NA   NA
 7475351 7475352 SPT_1633 SPT_1635   recG FALSE 0.021 316.000 0.000 NA   NA
 7475352 7475353 SPT_1635 SPT_1636 recG alr TRUE 0.951 19.000 0.078 1.000 N NA
 7475353 7475354 SPT_1636 SPT_1637 alr acpS TRUE 0.984 -10.000 0.093 1.000 N NA
 7475354 7475355 SPT_1637 SPT_1638 acpS   TRUE 0.769 45.000 0.007 1.000 N NA
 7475355 7475356 SPT_1638 SPT_1639     TRUE 0.999 2.000 0.750 0.001 Y NA
 7475356 7475357 SPT_1639 SPT_1640   secA TRUE 0.541 81.000 0.025 1.000 N NA
 7475357 7475358 SPT_1640 SPT_1641 secA   FALSE 0.211 146.000 0.017 NA   NA
 7475358 7475359 SPT_1641 SPT_1642     TRUE 0.850 11.000 0.000 NA   NA
 7475359 7475360 SPT_1642 SPT_1643     TRUE 0.879 4.000 0.000 NA   NA
 7475360 7475361 SPT_1643 SPT_1644     TRUE 0.908 -7.000 0.000 NA   NA
 7475361 7475362 SPT_1644 SPT_1645     FALSE 0.063 185.000 0.000 NA   NA
 7475362 7475363 SPT_1645 SPT_1646     FALSE 0.103 137.000 0.000 NA   NA
 7475363 7475364 SPT_1646 SPT_1647   engA TRUE 0.345 79.000 0.002 NA   NA
 7475364 7475365 SPT_1647 SPT_1648 engA   TRUE 0.906 14.000 0.005 1.000   NA
 7475365 7475366 SPT_1648 SPT_1649     TRUE 0.980 -3.000 0.048 1.000 N NA
 7475366 7475367 SPT_1649 SPT_1650     TRUE 0.999 1.000 0.817 NA Y NA
 7475367 7475368 SPT_1650 SPT_1651   nrdR TRUE 0.985 1.000 0.109 NA N NA
 7475369 7475370 SPT_1652 SPT_1653     TRUE 0.994 5.000 0.412 1.000 N NA
 7475370 7475371 SPT_1653 SPT_1654     TRUE 0.987 17.000 0.471 NA   NA
 7475372 7475373 SPT_1655 SPT_1656     TRUE 0.976 -3.000 0.059 NA   NA
 7475374 7475375 SPT_1657 SPT_1658     FALSE 0.007 1002.000 0.000 NA   NA
 7475376 7475377 SPT_1659 SPT_1660     TRUE 0.747 149.000 0.235 1.000 Y NA
 7475378 7475379 SPT_1661 SPT_1662     FALSE 0.307 69.000 0.000 NA   NA
 7475379 7475380 SPT_1662 SPT_1663     TRUE 0.996 -19.000 0.571 1.000 N NA
 7475381 7475382 SPT_1664 SPT_1665     TRUE 0.996 0.000 0.183 1.000 Y NA
 7475382 7475383 SPT_1665 SPT_1666     FALSE 0.148 107.000 0.000 NA   NA
 7475383 7475384 SPT_1666 SPT_1668     FALSE 0.024 298.000 0.000 NA   NA
 7475384 7475385 SPT_1668 SPT_1669     TRUE 0.993 2.000 0.400 NA   NA
 7475385 7475386 SPT_1669 SPT_1670     FALSE 0.261 115.000 0.010 NA   NA
 7475386 7475387 SPT_1670 SPT_1671     TRUE 0.999 -3.000 0.704 1.000 Y NA
 7475387 7475388 SPT_1671 SPT_1672   sun TRUE 0.964 15.000 0.074 1.000 N NA
 7475388 7475389 SPT_1672 SPT_1673 sun fmt TRUE 0.997 -7.000 0.305 1.000 Y NA
 7475389 7475390 SPT_1673 SPT_1674 fmt   TRUE 0.962 13.000 0.052 1.000 N NA
 7475390 7475391 SPT_1674 SPT_1675     TRUE 0.688 66.000 0.032 0.056 N NA
 7475391 7475392 SPT_1675 SPT_1676   gmk TRUE 0.983 25.000 0.471 1.000 N NA
 7475392 7475393 SPT_1676 SPT_1677 gmk   FALSE 0.222 130.000 0.010 1.000   NA
 7475393 7475394 SPT_1677 SPT_1678     FALSE 0.031 269.000 0.000 NA   NA
 7475396 7475397 SPT_1680 SPT_1681     TRUE 0.968 10.000 0.094 NA   NA
 7475397 7475398 SPT_1681 SPT_1682     TRUE 0.473 103.000 0.085 NA   NA
 7475398 7475399 SPT_1682 SPT_1683     TRUE 0.918 13.000 0.008 NA   NA
 7475399 7475400 SPT_1683 SPT_1684     TRUE 0.972 1.000 0.024 1.000 N NA
 7475400 7475401 SPT_1684 SPT_1685   nadD TRUE 0.996 0.000 0.199 1.000 Y NA
 7475401 7475402 SPT_1685 SPT_1686 nadD   TRUE 0.892 52.000 0.150 NA N NA
 7475402 7475403 SPT_1686 SPT_1687     FALSE 0.185 214.000 0.068 NA   NA
 7475403 7475404 SPT_1687 SPT_1688   yqeG TRUE 0.995 3.000 0.555 NA   NA
 7475404 7475405 SPT_1688 SPT_1689 yqeG   TRUE 0.921 15.000 0.015 NA   NA
 7475405 7475406 SPT_1689 SPT_1690     TRUE 0.804 57.000 0.059 0.064 N NA
 7475407 7475408 SPT_1691 SPT_1693     FALSE 0.317 68.000 0.000 NA   NA
 7475408 7475409 SPT_1693 SPT_1694     FALSE 0.096 143.000 0.000 NA   NA
 7475409 7475410 SPT_1694 SPT_1695     TRUE 0.571 99.000 0.143 NA   NA
 7475410 7475411 SPT_1695 SPT_1696   trx TRUE 0.984 17.000 0.364 NA   NA
 7475411 7475412 SPT_1696 SPT_1697 trx   FALSE 0.023 305.000 0.000 1.000   NA
 7475412 7475413 SPT_1697 SPT_1698     TRUE 0.507 50.000 0.000 NA   NA
 7475414 7475415 SPT_1699 SPT_1700     FALSE 0.143 111.000 0.000 NA   NA
 7475415 7475416 SPT_1700 SPT_1701     TRUE 0.869 7.000 0.000 NA   NA
 7475416 7475417 SPT_1701 SPT_1702     TRUE 0.369 62.000 0.000 NA   NA
 7475417 7475418 SPT_1702 SPT_1703   pepF2 TRUE 0.720 23.000 0.000 NA   NA
 7475418 7475419 SPT_1703 SPT_1704 pepF2   TRUE 0.915 11.000 0.004 NA   NA
 7475419 7475420 SPT_1704 SPT_1705   prmA TRUE 0.988 2.000 0.227 NA   NA
 7475420 7475421 SPT_1705 SPT_1707 prmA   TRUE 0.837 13.000 0.000 NA   NA
 7475421 7475422 SPT_1707 SPT_1708     TRUE 0.494 51.000 0.000 NA   NA
 7475422 7475423 SPT_1708 SPT_1709     TRUE 0.640 110.000 0.231 1.000   NA
 7475423 7475424 SPT_1709 SPT_1710     FALSE 0.031 272.000 0.000 1.000   NA
 7475424 7475425 SPT_1710 SPT_1711     TRUE 0.898 -19.000 0.000 1.000   NA
 7475425 7475426 SPT_1711 SPT_1712     TRUE 0.765 19.000 0.000 NA   NA
 7475426 7475427 SPT_1712 SPT_1713     FALSE 0.026 291.000 0.000 NA   NA
 7475427 7475428 SPT_1713 SPT_1714     TRUE 0.952 37.000 0.308 NA   NA
 7475428 7475429 SPT_1714 SPT_1715     FALSE 0.103 137.000 0.000 NA   NA
 7475429 7475430 SPT_1715 SPT_1716     FALSE 0.075 165.000 0.000 NA   NA
 7475431 7475432 SPT_1717 SPT_1718     FALSE 0.032 264.000 0.000 NA   NA
 7475433 7475434 SPT_1719 SPT_1720     TRUE 0.993 10.000 0.182 1.000 Y NA
 7475434 7475435 SPT_1720 SPT_1721     TRUE 0.995 29.000 0.733 0.035 Y NA
 7475435 7475436 SPT_1721 SPT_1722     TRUE 0.999 11.000 0.933 0.035 Y NA
 7475436 7475437 SPT_1722 SPT_1723     TRUE 0.541 150.000 0.214 1.000 N NA
 7475437 7475438 SPT_1723 SPT_1724     FALSE 0.018 362.000 0.000 NA   NA
 7475439 7475440 SPT_1725 SPT_1726     TRUE 0.724 84.000 0.214 NA   NA
 7475440 7475441 SPT_1726 SPT_1727     TRUE 0.974 12.000 0.143 NA   NA
 7475441 7475442 SPT_1727 SPT_1728     TRUE 0.822 39.000 0.036 NA   NA
 7475442 7475443 SPT_1728 SPT_1729     TRUE 0.990 31.000 1.000 NA   NA
 7475446 7475447 SPT_1732 SPT_1733     TRUE 0.974 15.000 0.182 NA   NA
 7475447 7475448 SPT_1733 SPT_1734   trpA FALSE 0.023 302.000 0.000 NA   NA
 7475448 7475449 SPT_1734 SPT_1735 trpA trpB TRUE 0.997 -7.000 0.248 0.001 Y NA
 7475449 7475450 SPT_1735 SPT_1736 trpB trpF TRUE 0.998 -22.000 0.375 0.002 Y NA
 7475450 7475451 SPT_1736 SPT_1737 trpF trpC TRUE 0.997 -13.000 0.264 0.002 Y NA
 7475451 7475452 SPT_1737 SPT_1738 trpC trpD TRUE 0.996 -3.000 0.216 1.000 Y NA
 7475452 7475453 SPT_1738 SPT_1739 trpD pabA TRUE 0.981 11.000 0.018 1.000 Y NA
 7475453 7475454 SPT_1739 SPT_1740 pabA trpE TRUE 0.998 -3.000 0.321 0.001 Y NA
 7475454 7475455 SPT_1740 SPT_1741 trpE   FALSE 0.017 372.000 0.000 NA   NA
 7475455 7475456 SPT_1741 SPT_1742     FALSE 0.009 608.000 0.000 NA   NA
 7475456 7475457 SPT_1742 SPT_1743     FALSE 0.009 571.000 0.000 1.000   NA
 7475457 7475458 SPT_1743 SPT_1744     TRUE 0.893 3.000 0.000 0.063   NA
 7475458 7475459 SPT_1744 SPT_1745     TRUE 0.994 12.000 0.545 0.035 N NA
 7475459 7475460 SPT_1745 SPT_1746     TRUE 0.789 103.000 0.364 0.035 N NA
 7475460 7475461 SPT_1746 SPT_1747     TRUE 0.706 25.000 0.000 1.000   NA
 7475461 7475462 SPT_1747 SPT_1748   galE2 FALSE 0.075 167.000 0.000 1.000   NA
 7475462 7475463 SPT_1748 SPT_1749 galE2 galT1 TRUE 0.895 13.000 0.000 0.003 N NA
 7475463 7475464 SPT_1749 SPT_1750 galT1   TRUE 0.885 13.000 0.000 NA N NA
 7475464 7475465 SPT_1750 SPT_1751     TRUE 0.413 58.000 0.000 NA   NA
 7475465 7475466 SPT_1751 SPT_1752     TRUE 0.901 -16.000 0.000 1.000   NA
 7475466 7475467 SPT_1752 SPT_1753     FALSE 0.010 508.000 0.000 NA   NA
 7475467 7475468 SPT_1753 SPT_1754     FALSE 0.025 294.000 0.000 NA   NA
 7475468 7475469 SPT_1754 SPT_1755     TRUE 0.983 43.000 0.382 NA Y NA
 7475469 7475470 SPT_1755 SPT_1756     FALSE 0.195 184.000 0.018 NA N NA
 7475470 7475471 SPT_1756 SPT_1757     TRUE 0.999 -10.000 0.911 0.007 Y NA
 7475471 7475472 SPT_1757 SPT_1758     FALSE 0.132 206.000 0.018 NA   NA
 7475472 7475473 SPT_1758 SPT_1759     FALSE 0.085 153.000 0.000 NA   NA
 7475473 7475474 SPT_1759 SPT_1760     TRUE 0.644 31.000 0.000 NA   NA
 7475475 7475476 SPT_1761 SPT_1762 xth   TRUE 0.845 12.000 0.000 NA   NA
 7475476 7475477 SPT_1762 SPT_1764   xpt FALSE 0.007 878.000 0.000 NA   NA
 7475477 7475478 SPT_1764 SPT_1765 xpt   TRUE 0.991 0.000 0.046 1.000 Y NA
 7475479 7475480 SPT_1766 SPT_1767     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7475480 7475481 SPT_1767 SPT_1768     FALSE 0.064 181.000 0.000 NA   NA
 7475481 7475482 SPT_1768 SPT_1769   galT2 TRUE 0.621 70.000 0.024 NA N NA
 7475482 7475483 SPT_1769 SPT_1770 galT2 galK TRUE 0.983 19.000 0.107 0.003 Y NA
 7475485 7475486 SPT_1772 SPT_1773     TRUE 0.932 1.000 0.000 1.000 N NA
 7475486 7475487 SPT_1773 SPT_1774     FALSE 0.059 244.000 0.000 1.000 N NA
 7475489 7475490 SPT_1776 SPT_1777     FALSE 0.071 171.000 0.000 NA   NA
 7475490 7475491 SPT_1777 SPT_1778     TRUE 0.413 58.000 0.000 NA   NA
 7475491 7475492 SPT_1778 SPT_1779     TRUE 0.995 -7.000 0.382 1.000 N NA
 7475492 7475493 SPT_1779 SPT_1780     TRUE 0.935 15.000 0.031 NA   NA
 7475493 7475494 SPT_1780 SPT_1781     TRUE 0.986 4.000 0.222 NA   NA
 7475494 7475495 SPT_1781 SPT_1782     FALSE 0.008 682.000 0.000 NA   NA
 7475495 7475496 SPT_1782 SPT_1783   pepA TRUE 0.733 22.000 0.000 NA   NA
 7475497 7475498 SPT_1784 SPT_1785     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7475498 7475499 SPT_1785 SPT_1786     FALSE 0.024 297.000 0.000 NA   NA
 7475499 7475500 SPT_1786 SPT_1787     TRUE 0.999 -10.000 0.870 0.035 Y NA
 7475500 7475501 SPT_1787 SPT_1788     TRUE 0.999 -3.000 0.870 1.000 Y NA
 7475501 7475502 SPT_1788 SPT_1789     TRUE 0.719 96.000 0.055 1.000 Y NA
 7475503 7475504 SPT_1790 SPT_1791   rluB TRUE 0.960 0.000 0.014 NA   NA
 7475504 7475505 SPT_1791 SPT_1792 rluB scpB TRUE 0.991 -13.000 0.224 NA N NA
 7475505 7475506 SPT_1792 SPT_1793 scpB   TRUE 0.988 19.000 0.570 NA   NA
 7475506 7475507 SPT_1793 SPT_1794     TRUE 0.943 0.000 0.003 NA   NA
 7475507 7475508 SPT_1794 SPT_1795     TRUE 0.963 -9.000 0.017 1.000   NA
 7475508 7475509 SPT_1795 SPT_1796     TRUE 0.977 -3.000 0.065 NA   NA
 7475509 7475510 SPT_1796 SPT_1797     TRUE 0.976 -24.000 0.085 NA   NA
 7475510 7475511 SPT_1797 SPT_1798   murI TRUE 0.977 -3.000 0.034 1.000 N NA
 7475511 7475512 SPT_1798 SPT_1799 murI   FALSE 0.124 207.000 0.014 NA   NA
 7475512 7475513 SPT_1799 SPT_1800     FALSE 0.036 256.000 0.000 NA   NA
 7475513 7475514 SPT_1800 SPT_1802   treP TRUE 0.848 178.000 0.650 1.000 Y NA
 7475515 7475516 SPT_1803 SPT_1804 treR   FALSE 0.081 157.000 0.000 NA   NA
 7475517 7475518 SPT_1809 SPT_1810     TRUE 0.996 11.000 0.333 0.001 Y NA
 7475518 7475519 SPT_1810 SPT_1811     TRUE 0.998 9.000 0.650 1.000 Y NA
 7475519 7475520 SPT_1811 SPT_1812     TRUE 0.992 0.000 0.278 0.034   NA
 7475520 7475521 SPT_1812 SPT_1813     TRUE 0.933 67.000 0.600 0.034   NA
 7475521 7475522 SPT_1813 SPT_1814     FALSE 0.012 686.000 0.000 NA N NA
 7475522 7475523 SPT_1814 SPT_1815     FALSE 0.145 138.000 0.000 NA N NA
 7475523 7475524 SPT_1815 SPT_1816     FALSE 0.050 211.000 0.000 NA   NA
 7475524 7475525 SPT_1816 SPT_1817     TRUE 0.869 7.000 0.000 NA   NA
 7475525 7475526 SPT_1817 SPT_1818     TRUE 0.998 14.000 0.925 0.034 Y NA
 7475526 7475527 SPT_1818 SPT_1819     TRUE 0.994 14.000 0.275 0.034 Y NA
 7475527 7475528 SPT_1819 SPT_1821     TRUE 0.890 92.000 0.286 1.000 Y NA
 7475529 7475530 SPT_1822 SPT_1823     TRUE 0.939 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7475531 7475532 SPT_1824 SPT_1825     TRUE 0.893 2.000 0.000 NA   NA
 7475532 7475533 SPT_1825 SPT_1826     TRUE 0.631 32.000 0.000 NA   NA
 7475533 7475534 SPT_1826 SPT_1827     TRUE 0.793 17.000 0.000 NA   NA
 7475534 7475535 SPT_1827 SPT_1828     TRUE 0.900 1.000 0.000 NA   NA
 7475535 7475536 SPT_1828 SPT_1829     TRUE 0.867 8.000 0.000 NA   NA
 7475536 7475537 SPT_1829 SPT_1830     TRUE 0.867 8.000 0.000 NA   NA
 7475537 7475538 SPT_1830 SPT_1831     TRUE 0.857 10.000 0.000 NA   NA
 7475538 7475539 SPT_1831 SPT_1832     TRUE 0.900 1.000 0.000 NA   NA
 7475539 7475540 SPT_1832 SPT_1833     TRUE 0.845 12.000 0.000 NA   NA
 7475540 7475541 SPT_1833 SPT_1834     TRUE 0.869 7.000 0.000 NA   NA
 7475541 7475542 SPT_1834 SPT_1835     TRUE 0.874 5.000 0.000 NA   NA
 7475542 7475543 SPT_1835 SPT_1836     TRUE 0.751 20.000 0.000 NA   NA
 7475543 7475544 SPT_1836 SPT_1837     TRUE 0.819 15.000 0.000 NA   NA
 7475544 7475545 SPT_1837 SPT_1838     TRUE 0.893 2.000 0.000 NA   NA
 7475545 7475546 SPT_1838 SPT_1839     TRUE 0.701 25.000 0.000 NA   NA
 7475546 7475547 SPT_1839 SPT_2264     TRUE 0.884 3.000 0.000 NA   NA
 7475547 7475548 SPT_2264 SPT_1840   rrf_2 TRUE 0.874 5.000 0.000 NA   NA
 7475548 7475549 SPT_1840 SPT_1841 rrf_2 rrl2 FALSE 0.258 77.000 0.000 NA   NA
 7475549 7475550 SPT_1841 SPT_1843 rrl2   FALSE 0.122 121.000 0.000 NA   NA
 7475550 7475551 SPT_1843 SPT_1844   rrs2 FALSE 0.115 126.000 0.000 NA   NA
 7475551 7475552 SPT_1844 SPT_1845 rrs2   FALSE 0.034 262.000 0.000 NA   NA
 7475552 7475553 SPT_1845 SPT_1846   rumA2 TRUE 0.369 62.000 0.000 NA   NA
 7475554 7475555 SPT_1847 SPT_1848     TRUE 0.419 89.000 0.025 NA   NA
 7475556 7475557 SPT_1849 SPT_1850     FALSE 0.020 317.000 0.000 NA   NA
 7475557 7475558 SPT_1850 SPT_1851     TRUE 0.837 13.000 0.000 NA   NA
 7475560 7475561 SPT_1854 SPT_1855   groL FALSE 0.035 258.000 0.000 NA   NA
 7475561 7475562 SPT_1855 SPT_1856 groL groS TRUE 0.989 16.000 0.160 1.000 Y NA
 7475562 7475563 SPT_1856 SPT_1857 groS   TRUE 0.359 156.000 0.083 1.000 N NA
 7475563 7475564 SPT_1857 SPT_1858     FALSE 0.254 78.000 0.000 1.000   NA
 7475564 7475565 SPT_1858 SPT_1859     TRUE 0.825 33.000 0.020 1.000   NA
 7475565 7475566 SPT_1859 SPT_1860     TRUE 0.979 16.000 0.239 1.000   NA
 7475566 7475567 SPT_1860 SPT_1861     TRUE 0.985 -3.000 0.140 NA   NA
 7475569 7475570 SPT_1863 SPT_1864     FALSE 0.021 315.000 0.000 NA   NA
 7475570 7475571 SPT_1864 SPT_1865     TRUE 0.996 5.000 0.714 NA   NA
 7475571 7475572 SPT_1865 SPT_1866     TRUE 0.377 114.000 0.053 NA   NA
 7475572 7475573 SPT_1866 SPT_1867     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7475573 7475574 SPT_1867 SPT_1868     TRUE 0.335 66.000 0.000 NA   NA
 7475574 7475575 SPT_1868 SPT_1869     TRUE 0.997 7.000 1.000 1.000   NA
 7475575 7475576 SPT_1869 SPT_1870     TRUE 0.660 118.000 0.296 1.000   NA
 7475576 7475577 SPT_1870 SPT_1871     FALSE 0.187 124.000 0.002 NA   NA
 7475577 7475578 SPT_1871 SPT_1872     FALSE 0.007 881.000 0.000 NA   NA
 7475578 7475579 SPT_1872 SPT_1873     TRUE 0.850 11.000 0.000 NA   NA
 7475579 7475580 SPT_1873 SPT_1874     FALSE 0.292 71.000 0.000 NA   NA
 7475580 7475581 SPT_1874 SPT_1875     TRUE 0.837 13.000 0.000 NA   NA
 7475582 7475583 SPT_1876 SPT_1877     TRUE 0.874 5.000 0.000 NA   NA
 7475583 7475584 SPT_1877 SPT_1878     FALSE 0.017 477.000 0.000 NA N NA
 7475584 7475585 SPT_1878 SPT_1879     TRUE 0.765 27.000 0.000 1.000 N NA
 7475585 7475586 SPT_1879 SPT_1880     TRUE 0.987 17.000 0.364 0.034 N NA
 7475586 7475587 SPT_1880 SPT_1881     TRUE 0.845 12.000 0.000 NA   NA
 7475587 7475588 SPT_1881 SPT_1884     FALSE 0.008 752.000 0.000 NA   NA
 7475588 7475589 SPT_1884 SPT_1885     TRUE 0.861 10.000 0.000 1.000   NA
 7475589 7475590 SPT_1885 SPT_1886     FALSE 0.079 159.000 0.000 NA   NA
 7475590 7475591 SPT_1886 SPT_1887     TRUE 0.874 5.000 0.000 NA   NA
 7475592 7475593 SPT_1888 SPT_1889     TRUE 0.397 59.000 0.000 NA   NA
 7475593 7475594 SPT_1889 SPT_1890     TRUE 0.905 -10.000 0.000 NA   NA
 7475594 7475595 SPT_1890 SPT_1891     TRUE 0.879 4.000 0.000 NA   NA
 7475595 7475596 SPT_1891 SPT_1892     FALSE 0.014 408.000 0.000 NA   NA
 7475596 7475597 SPT_1892 SPT_1893     FALSE 0.110 129.000 0.000 NA   NA
 7475597 7475598 SPT_1893 SPT_1894     FALSE 0.040 239.000 0.000 NA   NA
 7475598 7475599 SPT_1894 SPT_1895     FALSE 0.018 359.000 0.000 1.000   NA
 7475599 7475600 SPT_1895 SPT_1896     FALSE 0.112 128.000 0.000 NA   NA
 7475600 7475601 SPT_1896 SPT_1897     FALSE 0.105 135.000 0.000 NA   NA
 7475601 7475602 SPT_1897 SPT_1898   recA FALSE 0.034 307.000 0.000 1.000 N NA
 7475602 7475603 SPT_1898 SPT_1899 recA   TRUE 0.797 55.000 0.083 1.000   NA
 7475603 7475604 SPT_1899 SPT_1900     TRUE 0.329 85.000 0.004 NA   NA
 7475604 7475605 SPT_1900 SPT_1901     TRUE 0.990 8.000 0.283 NA N NA
 7475605 7475606 SPT_1901 SPT_1902     TRUE 0.968 -10.000 0.033 NA   NA
 7475606 7475607 SPT_1902 SPT_1903     FALSE 0.315 86.000 0.003 NA   NA
 7475607 7475608 SPT_1903 SPT_1904     FALSE 0.022 306.000 0.000 NA   NA
 7475609 7475610 SPT_1905 SPT_1906     FALSE 0.034 260.000 0.000 NA   NA
 7475610 7475611 SPT_1906 SPT_1907     TRUE 0.720 23.000 0.000 NA   NA
 7475611 7475612 SPT_1907 SPT_1908     TRUE 0.765 19.000 0.000 NA   NA
 7475612 7475613 SPT_1908 SPT_1909     TRUE 0.663 29.000 0.000 NA   NA
 7475613 7475614 SPT_1909 SPT_1910     FALSE 0.068 178.000 0.000 1.000   NA
 7475614 7475615 SPT_1910 SPT_1911     TRUE 0.554 43.000 0.000 NA   NA
 7475615 7475616 SPT_1911 SPT_1912     FALSE 0.129 117.000 0.000 NA   NA
 7475616 7475617 SPT_1912 SPT_1913     TRUE 0.893 -25.000 0.000 NA   NA
 7475617 7475618 SPT_1913 SPT_1914     TRUE 0.898 -16.000 0.000 NA   NA
 7475618 7475619 SPT_1914 SPT_1915     TRUE 0.884 3.000 0.000 NA   NA
 7475619 7475620 SPT_1915 SPT_1916     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7475620 7475621 SPT_1916 SPT_1917     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7475621 7475622 SPT_1917 SPT_1918     FALSE 0.029 275.000 0.000 NA   NA
 7475622 7475623 SPT_1918 SPT_1919     TRUE 0.990 16.000 0.545 NA   NA
 7475623 7475624 SPT_1919 SPT_1921     FALSE 0.066 179.000 0.000 NA   NA
 7475624 7475625 SPT_1921 SPT_1922     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA   NA
 7475625 7475626 SPT_1922 SPT_1923     FALSE 0.300 70.000 0.000 NA   NA
 7475626 7475627 SPT_1923 SPT_1924     TRUE 0.995 -13.000 0.500 NA   NA
 7475628 7475629 SPT_1925 SPT_1926     TRUE 0.333 120.000 0.042 1.000   NA
 7475629 7475630 SPT_1926 SPT_1927     FALSE 0.016 386.000 0.000 NA   NA
 7475630 7475631 SPT_1927 SPT_1928     FALSE 0.007 773.000 0.000 NA   NA
 7475632 7475633 SPT_1929 SPT_1930     FALSE 0.008 688.000 0.000 NA   NA
 7475633 7475634 SPT_1930 SPT_1931     FALSE 0.226 82.000 0.000 NA   NA
 7475634 7475635 SPT_1931 SPT_1932     FALSE 0.018 350.000 0.000 NA   NA
 7475635 7475636 SPT_1932 SPT_1933     FALSE 0.015 401.000 0.000 NA   NA
 7475636 7475637 SPT_1933 SPT_1934     TRUE 0.998 2.000 1.000 NA   NA
 7475637 7475638 SPT_1934 SPT_1935     FALSE 0.098 141.000 0.000 NA   NA
 7475639 7475640 SPT_1936 SPT_1937   rpoC FALSE 0.282 111.000 0.002 1.000 N NA
 7475640 7475641 SPT_1937 SPT_1938 rpoC rpoB TRUE 0.995 33.000 0.851 0.001 Y NA
 7475642 7475643 SPT_1939 SPT_1940     FALSE 0.071 170.000 0.000 NA   NA
 7475644 7475645 SPT_1941 SPT_1942     TRUE 0.369 62.000 0.000 NA   NA
 7475645 7475646 SPT_1942 SPT_1943     FALSE 0.026 291.000 0.000 NA   NA
 7475646 7475647 SPT_1943 SPT_1944     TRUE 0.937 39.000 0.237 NA   NA
 7475647 7475648 SPT_1944 SPT_1945   murA TRUE 0.983 -7.000 0.110 NA   NA
 7475648 7475649 SPT_1945 SPT_1946 murA   TRUE 0.968 24.000 0.279 NA   NA
 7475649 7475650 SPT_1946 SPT_1947     FALSE 0.081 157.000 0.000 NA   NA
 7475650 7475651 SPT_1947 SPT_1948   coaD TRUE 0.958 -16.000 0.003 1.000 N NA
 7475651 7475652 SPT_1948 SPT_1949 coaD rsmD TRUE 0.966 -10.000 0.008 1.000 N NA
 7475652 7475653 SPT_1949 SPT_1950 rsmD asnA TRUE 0.603 65.000 0.006 1.000 N NA
 7475655 7475656 SPT_1952 SPT_1953     TRUE 0.607 56.000 0.005 NA   NA
 7475657 7475658 SPT_1954 SPT_1955     TRUE 0.757 78.000 0.154 1.000 N NA
 7475659 7475660 SPT_1956 SPT_1957 pflA   FALSE 0.276 126.000 0.007 1.000 N NA
 7475660 7475661 SPT_1957 SPT_1958   purR TRUE 0.612 67.000 0.012 1.000 N NA
 7475661 7475662 SPT_1958 SPT_1959 purR   FALSE 0.111 267.000 0.052 1.000   NA
 7475662 7475663 SPT_1959 SPT_1960     TRUE 0.967 -10.000 0.030 NA   NA
 7475663 7475664 SPT_1960 SPT_1961     TRUE 0.963 2.000 0.030 NA   NA
 7475664 7475665 SPT_1961 SPT_1962   rpe TRUE 0.988 -37.000 0.166 1.000 N NA
 7475665 7475666 SPT_1962 SPT_1963 rpe rsgA