MicrobesOnline Operon Predictions for Sphaerobacter thermophilus DSM 20745

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 10241074 10241075 Sthe_0001 Sthe_0002     FALSE 0.026 290.000 0.000 NA   NA
 10241075 10241076 Sthe_0002 Sthe_0003     FALSE 0.016 358.000 0.000 NA   NA
 10241076 10241077 Sthe_0003 Sthe_0004     FALSE 0.277 80.000 0.000 NA N NA
 10241077 10241078 Sthe_0004 Sthe_0005     FALSE 0.005 756.000 0.000 NA N NA
 10241078 10241079 Sthe_0005 Sthe_0006     TRUE 0.994 -3.000 0.136 1.000 N NA
 10241079 10241080 Sthe_0006 Sthe_0007     TRUE 0.997 0.000 0.227 0.097 N NA
 10241080 10241081 Sthe_0007 Sthe_0008     TRUE 0.982 60.000 0.200 1.000 Y NA
 10241081 10241082 Sthe_0008 Sthe_0009     TRUE 0.999 6.000 0.476 0.005 Y NA
 10241082 10241083 Sthe_0009 Sthe_0010     FALSE 0.044 270.000 0.000 1.000   NA
 10241083 10241084 Sthe_0010 Sthe_0011     FALSE 0.023 347.000 0.000 1.000   NA
 10241084 10241085 Sthe_0011 Sthe_0012     TRUE 0.998 -3.000 0.019 0.002 Y NA
 10241085 10241086 Sthe_0012 Sthe_0013     FALSE 0.008 490.000 0.000 NA N NA
 10241086 10241087 Sthe_0013 Sthe_0014     TRUE 0.994 -7.000 0.030 NA Y NA
 10241088 10241089 Sthe_0015 Sthe_0016     FALSE 0.304 71.000 0.000 NA   NA
 10241089 10241090 Sthe_0016 Sthe_0017     FALSE 0.065 211.000 0.000 NA   NA
 10241090 10241091 Sthe_0017 Sthe_0018     TRUE 0.766 3.000 0.000 NA   NA
 10241091 10241092 Sthe_0018 Sthe_0019     TRUE 0.758 4.000 0.000 NA   NA
 10241092 10241093 Sthe_0019 Sthe_0020     TRUE 0.802 -3.000 0.000 NA   NA
 10241093 10241094 Sthe_0020 Sthe_0021     TRUE 0.802 -3.000 0.000 NA   NA
 10241094 10241095 Sthe_0021 Sthe_0022     FALSE 0.230 103.000 0.000 NA   NA
 10241095 10241096 Sthe_0022 Sthe_0023     FALSE 0.136 145.000 0.000 NA   NA
 10241096 10241097 Sthe_0023 Sthe_0024     FALSE 0.160 133.000 0.000 NA   NA
 10241097 10241098 Sthe_0024 Sthe_0025     FALSE 0.079 194.000 0.000 NA   NA
 10241098 10241099 Sthe_0025 Sthe_0026     TRUE 0.802 -3.000 0.000 NA   NA
 10241100 10241101 Sthe_0027 Sthe_0028     FALSE 0.287 102.000 0.000 1.000 N NA
 10241104 10241105 Sthe_0031 Sthe_0032     FALSE 0.027 285.000 0.000 NA N NA
 10241105 10241106 Sthe_0032 Sthe_0033     FALSE 0.020 322.000 0.000 NA   NA
 10241106 10241107 Sthe_0033 Sthe_0034     FALSE 0.027 288.000 0.000 NA   NA
 10241108 10241109 Sthe_0035 Sthe_0036     TRUE 0.802 -3.000 0.000 NA   NA
 10241110 10241111 Sthe_0037 Sthe_0038     FALSE 0.127 150.000 0.000 NA   NA
 10241112 10241113 Sthe_0039 Sthe_0040     FALSE 0.005 725.000 0.000 NA N NA
 10241113 10241114 Sthe_0040 Sthe_0041     TRUE 0.845 -3.000 0.000 1.000 N NA
 10241114 10241115 Sthe_0041 Sthe_0042     TRUE 0.830 0.000 0.000 1.000 N NA
 10241115 10241116 Sthe_0042 Sthe_0043     TRUE 0.996 -3.000 0.059 1.000 Y NA
 10241116 10241117 Sthe_0043 Sthe_0044     TRUE 0.999 -3.000 0.400 0.005 Y NA
 10241117 10241118 Sthe_0044 Sthe_0045     TRUE 0.999 -3.000 0.400 0.005 Y NA
 10241118 10241119 Sthe_0045 Sthe_0046     TRUE 0.990 -12.000 0.044 1.000   NA
 10241119 10241120 Sthe_0046 Sthe_0047     TRUE 0.997 0.000 0.178 0.027   NA
 10241120 10241121 Sthe_0047 Sthe_0048     TRUE 0.994 -3.000 0.174 1.000   NA
 10241121 10241122 Sthe_0048 Sthe_0049     FALSE 0.060 240.000 0.000 1.000   NA
 10241122 10241123 Sthe_0049 Sthe_0050     FALSE 0.068 230.000 0.000 1.000   NA
 10241123 10241124 Sthe_0050 Sthe_0051     TRUE 0.990 11.000 0.154 NA   NA
 10241126 10241127 Sthe_0053 Sthe_0054     FALSE 0.086 188.000 0.000 NA   NA
 10241128 10241129 Sthe_0055 Sthe_0056     FALSE 0.076 223.000 0.000 1.000   NA
 10241129 10241130 Sthe_0056 Sthe_0057     TRUE 0.895 27.000 0.000 1.000 Y NA
 10241130 10241131 Sthe_0057 Sthe_0058     TRUE 0.999 -3.000 0.286 0.061 Y NA
 10241131 10241132 Sthe_0058 Sthe_0059     TRUE 0.961 16.000 0.000 0.061 Y NA
 10241133 10241134 Sthe_0060 Sthe_0061     TRUE 0.802 -3.000 0.000 NA   NA
 10241134 10241135 Sthe_0061 Sthe_0062     FALSE 0.248 92.000 0.000 NA   NA
 10241136 10241137 Sthe_0063 Sthe_0064     FALSE 0.006 643.000 0.000 NA   NA
 10241137 10241138 Sthe_0064 Sthe_0065     FALSE 0.043 242.000 0.000 NA   NA
 10241139 10241140 Sthe_0066 Sthe_0067     FALSE 0.245 93.000 0.000 NA   NA
 10241140 10241141 Sthe_0067 Sthe_0068     TRUE 0.991 3.000 0.120 NA   NA
 10241142 10241143 Sthe_0069 Sthe_0070     FALSE 0.244 225.000 0.000 1.000 Y NA
 10241144 10241145 Sthe_0071 Sthe_0072     FALSE 0.056 225.000 0.000 NA   NA
 10241145 10241146 Sthe_0072 Sthe_0073     FALSE 0.054 227.000 0.000 NA   NA
 10241147 10241148 Sthe_0074 Sthe_0075     TRUE 0.610 27.000 0.000 NA   NA
 10241150 10241151 Sthe_0077 Sthe_0078     FALSE 0.040 249.000 0.000 NA   NA
 10241153 10241154 Sthe_0080 Sthe_0081     FALSE 0.347 77.000 0.000 1.000 N NA
 10241154 10241155 Sthe_0081 Sthe_0082     FALSE 0.253 222.000 0.000 1.000 Y NA
 10241155 10241156 Sthe_0082 Sthe_0083     FALSE 0.106 318.000 0.000 1.000 Y NA
 10241158 10241159 Sthe_0085 Sthe_0086     FALSE 0.008 519.000 0.000 NA   NA
 10241160 10241161 Sthe_0087 Sthe_0088     TRUE 0.466 144.000 0.000 1.000 Y NA
 10241161 10241162 Sthe_0088 Sthe_0089     FALSE 0.110 189.000 0.000 1.000 N NA
 10241162 10241163 Sthe_0089 Sthe_0090     FALSE 0.096 178.000 0.000 NA N NA
 10241163 10241164 Sthe_0090 Sthe_0091     FALSE 0.005 742.000 0.000 NA N NA
 10241164 10241165 Sthe_0091 Sthe_0092     FALSE 0.403 50.000 0.000 NA N NA
 10241165 10241166 Sthe_0092 Sthe_0093     FALSE 0.017 393.000 0.000 1.000 N NA
 10241166 10241167 Sthe_0093 Sthe_0094     FALSE 0.014 427.000 0.000 1.000 N NA
 10241167 10241168 Sthe_0094 Sthe_0095     TRUE 0.776 1.000 0.000 NA   NA
 10241169 10241170 Sthe_0096 Sthe_0097     FALSE 0.039 251.000 0.000 NA   NA
 10241170 10241171 Sthe_0097 Sthe_0098     FALSE 0.026 294.000 0.000 NA   NA
 10241174 10241175 Sthe_0101 Sthe_0102     FALSE 0.112 163.000 0.000 NA   NA
 10241175 10241176 Sthe_0102 Sthe_0103     TRUE 0.995 -3.000 0.330 NA   NA
 10241176 10241177 Sthe_0103 Sthe_0104     FALSE 0.009 482.000 0.000 NA   NA
 10241178 10241179 Sthe_0105 Sthe_0106     TRUE 0.802 -3.000 0.000 NA   NA
 10241182 10241183 Sthe_0109 Sthe_0110     FALSE 0.205 113.000 0.000 NA   NA
 10241183 10241184 Sthe_0110 Sthe_0111     FALSE 0.371 57.000 0.000 NA   NA
 10241184 10241185 Sthe_0111 Sthe_0112     FALSE 0.167 130.000 0.000 NA   NA
 10241185 10241186 Sthe_0112 Sthe_0113     TRUE 0.784 0.000 0.000 NA   NA
 10241186 10241187 Sthe_0113 Sthe_0114     FALSE 0.376 56.000 0.000 NA   NA
 10241190 10241191 Sthe_0117 Sthe_0118     FALSE 0.014 433.000 0.000 1.000   NA
 10241191 10241192 Sthe_0118 Sthe_0119     FALSE 0.169 129.000 0.000 NA N NA
 10241192 10241193 Sthe_0119 Sthe_0120     TRUE 0.690 16.000 0.000 NA   NA
 10241193 10241194 Sthe_0120 Sthe_0121     FALSE 0.434 45.000 0.000 NA   NA
 10241194 10241195 Sthe_0121 Sthe_0122     FALSE 0.121 156.000 0.000 NA   NA
 10241199 10241200 Sthe_0126 Sthe_0127     FALSE 0.030 277.000 0.000 NA   NA
 10241200 10241201 Sthe_0127 Sthe_0128     FALSE 0.122 155.000 0.000 NA   NA
 10241201 10241202 Sthe_0128 Sthe_0129     FALSE 0.236 98.000 0.000 NA   NA
 10241202 10241203 Sthe_0129 Sthe_0130     FALSE 0.020 322.000 0.000 NA   NA
 10241203 10241204 Sthe_0130 Sthe_0131     FALSE 0.011 508.000 0.000 1.000   NA
 10241204 10241205 Sthe_0131 Sthe_0132     FALSE 0.241 95.000 0.000 NA   NA
 10241207 10241208 Sthe_0134 Sthe_0135     FALSE 0.160 133.000 0.000 NA   NA
 10241208 10241209 Sthe_0135 Sthe_0136     FALSE 0.183 123.000 0.000 NA   NA
 10241210 10241211 Sthe_0137 Sthe_0138     FALSE 0.007 707.000 0.000 1.000 N NA
 10241212 10241213 Sthe_0139 Sthe_0140     TRUE 0.840 114.000 0.025 1.000 N NA
 10241213 10241214 Sthe_0140 Sthe_0141     FALSE 0.024 337.000 0.000 1.000 N NA
 10241215 10241216 Sthe_0142 Sthe_0143     FALSE 0.140 166.000 0.000 1.000 N NA
 10241216 10241217 Sthe_0143 Sthe_0144     TRUE 0.883 89.000 0.030 1.000 N NA
 10241217 10241218 Sthe_0144 Sthe_0145     TRUE 0.975 29.000 0.004 1.000 Y NA
 10241218 10241219 Sthe_0145 Sthe_0146     TRUE 0.926 144.000 0.796 1.000   NA
 10241219 10241220 Sthe_0146 Sthe_0147     FALSE 0.139 167.000 0.000 1.000   NA
 10241222 10241223 Sthe_0149 Sthe_0150     TRUE 0.998 13.000 0.176 0.026 Y NA
 10241223 10241224 Sthe_0150 Sthe_0151     TRUE 0.542 41.000 0.000 1.000   NA
 10241225 10241226 Sthe_0152 Sthe_0153     TRUE 0.769 122.000 0.000 0.008 Y NA
 10241226 10241227 Sthe_0153 Sthe_0154     FALSE 0.343 62.000 0.000 NA   NA
 10241227 10241228 Sthe_0154 Sthe_0155     FALSE 0.007 611.000 0.000 NA   NA
 10241228 10241229 Sthe_0155 Sthe_0156     TRUE 0.999 -19.000 1.000 0.024 Y NA
 10241230 10241231 Sthe_0157 Sthe_0158     FALSE 0.079 220.000 0.000 1.000 N NA
 10241234 10241235 Sthe_0161 Sthe_0162     FALSE 0.008 518.000 0.000 NA   NA
 10241236 10241237 Sthe_0163 Sthe_0164     TRUE 0.995 12.000 0.787 1.000   NA
 10241237 10241238 Sthe_0164 Sthe_0165     TRUE 0.996 -3.000 0.540 NA   NA
 10241238 10241239 Sthe_0165 Sthe_0166     TRUE 0.961 72.000 0.461 NA   NA
 10241239 10241240 Sthe_0166 Sthe_0167     TRUE 0.967 58.000 0.254 1.000   NA
 10241240 10241241 Sthe_0167 Sthe_0168     TRUE 0.740 137.000 0.016 NA   NA
 10241241 10241242 Sthe_0168 Sthe_0169     TRUE 0.495 38.000 0.000 NA   NA
 10241243 10241244 Sthe_0170 Sthe_0171     FALSE 0.032 301.000 0.000 1.000   NA
 10241245 10241246 Sthe_0172 Sthe_0173     FALSE 0.286 76.000 0.000 NA   NA
 10241246 10241247 Sthe_0173 Sthe_0174     FALSE 0.361 59.000 0.000 NA   NA
 10241248 10241249 Sthe_0175 Sthe_0176     TRUE 0.996 0.000 0.074 1.000 Y NA
 10241253 10241254 Sthe_0180 Sthe_0181     TRUE 0.784 0.000 0.000 NA   NA
 10241254 10241255 Sthe_0181 Sthe_0182     TRUE 0.957 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 10241256 10241257 Sthe_0183 Sthe_0184     FALSE 0.428 46.000 0.000 NA   NA
 10241257 10241258 Sthe_0184 Sthe_0185     FALSE 0.286 76.000 0.000 NA   NA
 10241258 10241259 Sthe_0185 Sthe_0186     TRUE 0.994 -7.000 0.205 NA   NA
 10241259 10241260 Sthe_0186 Sthe_0187     FALSE 0.167 130.000 0.000 NA   NA
 10241260 10241261 Sthe_0187 Sthe_0188     FALSE 0.080 219.000 0.000 1.000   NA
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