MicrobesOnline Operon Predictions for Streptococcus pyogenes NZ131

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5671438 5671439 Spy49_0001 Spy49_0002 dnaA dnaN TRUE 0.657 155.000 0.328 1.000 Y NA
 5671439 5671440 Spy49_0002 Spy49_0003 dnaN   TRUE 0.476 75.000 0.009 NA   NA
 5671440 5671441 Spy49_0003 Spy49_0004     FALSE 0.116 330.000 0.064 NA   NA
 5671441 5671442 Spy49_0004 Spy49_0005   pth TRUE 0.845 70.000 0.184 1.000 Y NA
 5671442 5671443 Spy49_0005 Spy49_0006 pth trcF TRUE 0.428 87.000 0.137 1.000 N NA
 5671443 5671444 Spy49_0006 Spy49_0008 trcF   FALSE 0.123 162.000 0.024 1.000 N NA
 5671444 5671445 Spy49_0008 Spy49_0009   divIC TRUE 0.917 -13.000 0.053 1.000 N NA
 5671445 5671446 Spy49_0009 Spy49_0010 divIC   FALSE 0.121 135.000 0.011 1.000 N NA
 5671446 5671447 Spy49_0010 Spy49_0011   mesJ TRUE 0.927 -3.000 0.014 1.000 N NA
 5671447 5671448 Spy49_0011 Spy49_0012 mesJ hpt TRUE 0.982 5.000 0.067 0.068 N NA
 5671448 5671449 Spy49_0012 Spy49_0013 hpt ftsH TRUE 0.862 22.000 0.192 1.000 N NA
 5671449 5671450 Spy49_0013 Spy49_0014 ftsH   FALSE 0.059 257.000 0.009 1.000 N NA
 5671450 5671451 Spy49_0014 Spy49_rRNA16s1     FALSE 0.036 570.000 0.000 NA   NA
 5671451 5671452 Spy49_rRNA16s1 Spy49_tRNAala1     FALSE 0.116 162.000 0.000 NA   NA
 5671452 5671453 Spy49_tRNAala1 Spy49_rRNA23s1     FALSE 0.058 300.000 0.000 NA   NA
 5671453 5671454 Spy49_rRNA23s1 Spy49_rRNA5s1     TRUE 0.297 85.000 0.000 NA   NA
 5671454 5671455 Spy49_rRNA5s1 Spy49_tRNAval1     TRUE 0.756 18.000 0.000 NA   NA
 5671455 5671456 Spy49_tRNAval1 Spy49_tRNAasp1     TRUE 0.756 18.000 0.000 NA   NA
 5671456 5671457 Spy49_tRNAasp1 Spy49_tRNAlys1     TRUE 0.638 32.000 0.000 NA   NA
 5671457 5671458 Spy49_tRNAlys1 Spy49_tRNAleu1     TRUE 0.890 6.000 0.000 NA   NA
 5671458 5671459 Spy49_tRNAleu1 Spy49_tRNAthr1     TRUE 0.845 11.000 0.000 NA   NA
 5671459 5671460 Spy49_tRNAthr1 Spy49_tRNAgly1     TRUE 0.817 13.000 0.000 NA   NA
 5671460 5671461 Spy49_tRNAgly1 Spy49_tRNAleu2     TRUE 0.879 9.000 0.000 NA   NA
 5671461 5671462 Spy49_tRNAleu2 Spy49_tRNAarg1     TRUE 0.768 17.000 0.000 NA   NA
 5671462 5671463 Spy49_tRNAarg1 Spy49_tRNApro1     TRUE 0.886 7.000 0.000 NA   NA
 5671463 5671464 Spy49_tRNApro1 Spy49_rRNA16s2     FALSE 0.140 132.000 0.000 NA   NA
 5671464 5671465 Spy49_rRNA16s2 Spy49_tRNAala2     FALSE 0.116 162.000 0.000 NA   NA
 5671465 5671466 Spy49_tRNAala2 Spy49_rRNA23s2     FALSE 0.059 299.000 0.000 NA   NA
 5671466 5671467 Spy49_rRNA23s2 Spy49_rRNA5s2     TRUE 0.297 85.000 0.000 NA   NA
 5671467 5671468 Spy49_rRNA5s2 Spy49_tRNAval2     TRUE 0.756 18.000 0.000 NA   NA
 5671468 5671469 Spy49_tRNAval2 Spy49_tRNAasp2     TRUE 0.756 18.000 0.000 NA   NA
 5671469 5671470 Spy49_tRNAasp2 Spy49_tRNAlys2     TRUE 0.638 32.000 0.000 NA   NA
 5671470 5671471 Spy49_tRNAlys2 Spy49_tRNAleu3     TRUE 0.890 6.000 0.000 NA   NA
 5671471 5671472 Spy49_tRNAleu3 Spy49_tRNAthr2     TRUE 0.845 11.000 0.000 NA   NA
 5671472 5671473 Spy49_tRNAthr2 Spy49_tRNAgly2     TRUE 0.817 13.000 0.000 NA   NA
 5671473 5671474 Spy49_tRNAgly2 Spy49_tRNAleu4     TRUE 0.879 9.000 0.000 NA   NA
 5671474 5671475 Spy49_tRNAleu4 Spy49_tRNAarg2     TRUE 0.768 17.000 0.000 NA   NA
 5671475 5671476 Spy49_tRNAarg2 Spy49_tRNApro2     TRUE 0.886 7.000 0.000 NA   NA
 5671476 5671477 Spy49_tRNApro2 Spy49_tRNAmet1     TRUE 0.890 6.000 0.000 NA   NA
 5671477 5671478 Spy49_tRNAmet1 Spy49_tRNAmet2     TRUE 0.717 21.000 0.000 NA   NA
 5671478 5671479 Spy49_tRNAmet2 Spy49_tRNApseudo1     TRUE 0.699 23.000 0.000 NA   NA
 5671479 5671480 Spy49_tRNApseudo1 Spy49_tRNApseudo1     TRUE 0.857 -89.000 0.000 NA   NA
 5671480 5671481 Spy49_tRNApseudo1 Spy49_tRNAmet3     TRUE 0.863 10.000 0.000 NA   NA
 5671481 5671482 Spy49_tRNAmet3 Spy49_tRNAphe1     TRUE 0.717 21.000 0.000 NA   NA
 5671482 5671483 Spy49_tRNAphe1 Spy49_tRNAgly3     TRUE 0.817 13.000 0.000 NA   NA
 5671483 5671484 Spy49_tRNAgly3 Spy49_tRNAile1     TRUE 0.613 35.000 0.000 NA   NA
 5671484 5671485 Spy49_tRNAile1 Spy49_tRNApseudo2     TRUE 0.863 10.000 0.000 NA   NA
 5671485 5671486 Spy49_tRNApseudo2 Spy49_tRNApseudo2     TRUE 0.859 -87.000 0.000 NA   NA
 5671486 5671487 Spy49_tRNApseudo2 Spy49_0015     FALSE 0.029 1477.000 0.000 NA   NA
 5671487 5671488 Spy49_0015 Spy49_0016   prsA FALSE 0.176 253.000 0.107 NA   NA
 5671488 5671489 Spy49_0016 Spy49_0017 prsA recO FALSE 0.039 186.000 0.000 1.000 N NA
 5671489 5671490 Spy49_0017 Spy49_0018 recO   FALSE 0.194 103.000 0.011 1.000 N NA
 5671490 5671491 Spy49_0018 Spy49_0019   acp TRUE 0.997 -7.000 0.017 0.010 Y NA
 5671491 5671492 Spy49_0019 Spy49_0020 acp purC FALSE 0.166 121.000 0.017 1.000 N NA
 5671492 5671493 Spy49_0020 Spy49_0021 purC purL TRUE 0.721 77.000 0.043 1.000 Y NA
 5671493 5671494 Spy49_0021 Spy49_0022 purL purF TRUE 0.287 234.000 0.024 1.000 Y NA
 5671494 5671495 Spy49_0022 Spy49_0023 purF purM TRUE 0.955 28.000 0.248 1.000 Y NA
 5671495 5671496 Spy49_0023 Spy49_0024 purM purN TRUE 0.906 168.000 0.238 0.003 Y NA
 5671496 5671497 Spy49_0024 Spy49_0025 purN purH TRUE 0.536 184.000 0.225 1.000 Y NA
 5671499 5671500 Spy49_0027 Spy49_0028 purD purE TRUE 0.402 159.000 0.044 1.000 Y NA
 5671500 5671501 Spy49_0028 Spy49_0029 purE purK TRUE 0.996 -16.000 0.002 0.002 Y NA
 5671501 5671502 Spy49_0029 Spy49_0030 purK   FALSE 0.216 102.000 0.000 NA   NA
 5671502 5671503 Spy49_0030 Spy49_0031   purB FALSE 0.110 173.000 0.000 NA   NA
 5671503 5671504 Spy49_0031 Spy49_0032 purB   FALSE 0.158 131.000 0.005 1.000   NA
 5671504 5671505 Spy49_0032 Spy49_0033   ruvB FALSE 0.084 226.000 0.002 1.000   NA
 5671505 5671506 Spy49_0033 Spy49_0035 ruvB   FALSE 0.104 138.000 0.005 1.000 N NA
 5671506 5671507 Spy49_0035 Spy49_0036     TRUE 0.819 23.000 0.019 NA   NA
 5671507 5671508 Spy49_0036 Spy49_0037     TRUE 0.990 -3.000 0.351 NA   NA
 5671508 5671509 Spy49_0037 Spy49_0038   adhE FALSE 0.022 309.000 0.000 1.000 N NA
 5671509 5671510 Spy49_0038 Spy49_0039 adhE adhP TRUE 0.558 252.000 0.012 0.002   NA
 5671510 5671511 Spy49_0039 Spy49_0040 adhP norM FALSE 0.031 388.000 0.000 1.000   NA
 5671511 5671512 Spy49_0040 Spy49_0044 norM rpsJ FALSE 0.037 199.000 0.000 1.000 N NA
 5671512 5671513 Spy49_0044 Spy49_0045 rpsJ rplC TRUE 0.845 248.000 0.467 0.046 Y NA
 5671513 5671514 Spy49_0045 Spy49_0046 rplC rplD TRUE 0.995 24.000 0.544 0.035 Y NA
 5671514 5671515 Spy49_0046 Spy49_0048 rplD rplW TRUE 0.994 0.000 0.307 1.000 Y NA
 5671515 5671516 Spy49_0048 Spy49_0049 rplW rplB TRUE 0.951 85.000 0.849 1.000 Y NA
 5671516 5671517 Spy49_0049 Spy49_0050 rplB rpsS TRUE 0.957 139.000 0.820 0.046 Y NA
 5671517 5671518 Spy49_0050 Spy49_0052 rpsS rplV TRUE 0.998 16.000 0.769 0.046 Y NA
 5671518 5671519 Spy49_0052 Spy49_0053 rplV rpsC TRUE 0.994 40.000 0.719 0.046 Y NA
 5671519 5671520 Spy49_0053 Spy49_0054 rpsC rplP TRUE 0.999 4.000 0.828 0.046 Y NA
 5671520 5671521 Spy49_0054 Spy49_0055 rplP rpmC TRUE 0.999 10.000 0.802 0.035 Y NA
 5671521 5671522 Spy49_0055 Spy49_0056 rpmC rpsQ TRUE 0.997 26.000 0.828 0.035 Y NA
 5671522 5671523 Spy49_0056 Spy49_0057 rpsQ rplN TRUE 0.997 25.000 0.791 0.046 Y NA
 5671523 5671524 Spy49_0057 Spy49_0058 rplN rplX TRUE 0.986 79.000 0.810 0.046 Y NA
 5671524 5671525 Spy49_0058 Spy49_0059 rplX rplE TRUE 0.997 24.000 0.758 0.035 Y NA
 5671525 5671526 Spy49_0059 Spy49_0060 rplE rpsN.1 TRUE 0.997 16.000 0.496 0.035 Y NA
 5671526 5671527 Spy49_0060 Spy49_0061 rpsN.1 rpsH TRUE 0.916 151.000 0.473 0.035 Y NA
 5671527 5671528 Spy49_0061 Spy49_0062 rpsH rplF TRUE 0.941 203.000 0.808 0.035 Y NA
 5671528 5671529 Spy49_0062 Spy49_0064 rplF rplR TRUE 0.977 105.000 0.815 0.035 Y NA
 5671529 5671530 Spy49_0064 Spy49_0065 rplR rpsE TRUE 0.998 19.000 0.814 0.046 Y NA
 5671530 5671531 Spy49_0065 Spy49_0066 rpsE rpmD TRUE 0.998 15.000 0.789 0.046 Y NA
 5671531 5671532 Spy49_0066 Spy49_0067 rpmD rplO TRUE 0.945 215.000 0.653 0.006 Y NA
 5671532 5671533 Spy49_0067 Spy49_0068 rplO secY TRUE 0.976 17.000 0.730 1.000 N NA
 5671533 5671534 Spy49_0068 Spy49_0069 secY adk TRUE 0.320 150.000 0.241 1.000 N NA
 5671534 5671535 Spy49_0069 Spy49_0070 adk infA FALSE 0.205 118.000 0.059 1.000 N NA
 5671535 5671536 Spy49_0070 Spy49_0071 infA rpmJ TRUE 0.918 26.000 0.067 1.000 Y NA
 5671536 5671537 Spy49_0071 Spy49_0072 rpmJ rpsM TRUE 0.987 18.000 0.086 0.035 Y NA
 5671537 5671538 Spy49_0072 Spy49_0073 rpsM rpsK TRUE 0.998 18.000 0.810 0.035 Y NA
 5671538 5671539 Spy49_0073 Spy49_0074 rpsK rpoA TRUE 0.830 46.000 0.308 1.000 N NA
 5671539 5671540 Spy49_0074 Spy49_0075 rpoA rplQ TRUE 0.985 15.000 0.873 1.000 N NA
 5671540 5671541 Spy49_0075 Spy49_rRNA16s3 rplQ   FALSE 0.032 826.000 0.000 NA   NA
 5671541 5671542 Spy49_rRNA16s3 Spy49_tRNAala3     FALSE 0.116 162.000 0.000 NA   NA
 5671542 5671543 Spy49_tRNAala3 Spy49_rRNA23s3     FALSE 0.059 299.000 0.000 NA   NA
 5671543 5671544 Spy49_rRNA23s3 Spy49_rRNA5s3     TRUE 0.297 85.000 0.000 NA   NA
 5671544 5671545 Spy49_rRNA5s3 Spy49_tRNAval3     TRUE 0.756 18.000 0.000 NA   NA
 5671545 5671546 Spy49_tRNAval3 Spy49_tRNAgly4     TRUE 0.890 6.000 0.000 NA   NA
 5671546 5671547 Spy49_tRNAgly4 Spy49_tRNAile2     TRUE 0.613 35.000 0.000 NA   NA
 5671547 5671548 Spy49_tRNAile2 Spy49_tRNAglu1     TRUE 0.699 23.000 0.000 NA   NA
 5671548 5671549 Spy49_tRNAglu1 Spy49_tRNApseudo3     TRUE 0.845 11.000 0.000 NA   NA
 5671549 5671550 Spy49_tRNApseudo3 Spy49_tRNApseudo3     TRUE 0.857 -89.000 0.000 NA   NA
 5671550 5671551 Spy49_tRNApseudo3 Spy49_tRNAmet4     TRUE 0.863 10.000 0.000 NA   NA
 5671551 5671552 Spy49_tRNAmet4 Spy49_tRNAphe2     TRUE 0.717 21.000 0.000 NA   NA
 5671552 5671553 Spy49_tRNAphe2 Spy49_tRNAtyr1     TRUE 0.732 20.000 0.000 NA   NA
 5671553 5671554 Spy49_tRNAtyr1 Spy49_tRNAtrp1     TRUE 0.886 7.000 0.000 NA   NA
 5671554 5671555 Spy49_tRNAtrp1 Spy49_tRNAhis1     TRUE 0.831 12.000 0.000 NA   NA
 5671555 5671556 Spy49_tRNAhis1 Spy49_tRNAgln1     TRUE 0.879 9.000 0.000 NA   NA
 5671556 5671557 Spy49_tRNAgln1 Spy49_tRNAleu5     TRUE 0.732 20.000 0.000 NA   NA
 5671557 5671558 Spy49_tRNAleu5 Spy49_0078     FALSE 0.030 1143.000 0.000 NA   NA
 5671558 5671559 Spy49_0078 Spy49_0079     TRUE 0.936 55.000 0.009 0.002   NA
 5671559 5671560 Spy49_0079 Spy49_0080   adrR FALSE 0.227 110.000 0.008 1.000   NA
 5671560 5671561 Spy49_0080 Spy49_0081 adrR adrC TRUE 0.960 4.000 0.192 1.000 N NA
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