MicrobesOnline Operon Predictions for Macrococcus caseolyticus JCSC5402

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5665525 5665526 MCCL_0001 MCCL_0002 dnaA dnaN TRUE 0.710 174.000 0.328 1.000 Y NA
 5665526 5665527 MCCL_0002 MCCL_0003 dnaN   FALSE 0.116 96.000 0.000 1.000   NA
 5665527 5665528 MCCL_0003 MCCL_0004     TRUE 0.976 -7.000 0.382 NA   NA
 5665528 5665529 MCCL_0004 MCCL_0005   dsbD FALSE 0.187 90.000 0.000 NA N NA
 5665529 5665530 MCCL_0005 MCCL_0006 dsbD dsbC TRUE 0.988 -3.000 0.308 NA Y NA
 5665530 5665531 MCCL_0006 MCCL_0007 dsbC recF FALSE 0.016 357.000 0.000 1.000 N NA
 5665531 5665532 MCCL_0007 MCCL_0008 recF gyrB TRUE 0.988 8.000 0.249 0.008 Y NA
 5665532 5665533 MCCL_0008 MCCL_0009 gyrB gyrA TRUE 0.977 28.000 0.306 0.003 Y NA
 5665533 5665534 MCCL_0009 MCCL_0010 gyrA alsS FALSE 0.061 195.000 0.000 1.000 N NA
 5665534 5665535 MCCL_0010 MCCL_0011 alsS alsD TRUE 0.968 11.000 0.323 1.000 N NA
 5665537 5665538 MCCL_0013 MCCL_0014 serS   FALSE 0.013 228.000 0.000 NA   NA
 5665538 5665539 MCCL_0014 MCCL_0015     FALSE 0.046 132.000 0.000 NA   NA
 5665539 5665540 MCCL_0015 MCCL_0016     TRUE 0.599 30.000 0.039 NA   NA
 5665540 5665541 MCCL_0016 MCCL_0017   rplI FALSE 0.177 141.000 0.008 1.000 N NA
 5665541 5665542 MCCL_0017 MCCL_0018 rplI dnaB TRUE 0.843 18.000 0.064 1.000 N NA
 5665542 5665543 MCCL_0018 MCCL_0019 dnaB purA FALSE 0.038 323.000 0.018 1.000 N NA
 5665545 5665546 MCCL_tRNA01 MCCL_tRNA02     FALSE 0.252 25.000 0.000 NA   NA
 5665546 5665547 MCCL_tRNA02 MCCL_0021     FALSE 0.051 126.000 0.000 NA   NA
 5665547 5665548 MCCL_0021 MCCL_0022     TRUE 0.994 5.000 0.597 0.058 Y NA
 5665548 5665549 MCCL_0022 MCCL_0023     TRUE 0.981 -19.000 0.575 NA   NA
 5665549 5665550 MCCL_0023 MCCL_0024     TRUE 0.992 0.000 0.890 NA   NA
 5665550 5665551 MCCL_0024 MCCL_0025     TRUE 0.897 18.000 0.176 NA   NA
 5665551 5665552 MCCL_0025 MCCL_0026   orfX FALSE 0.033 260.000 0.021 NA   NA
 5665552 5665553 MCCL_0026 MCCL_0027 orfX   FALSE 0.051 126.000 0.000 NA   NA
 5665553 5665554 MCCL_0027 MCCL_0028     FALSE 0.184 40.000 0.000 NA   NA
 5665556 5665557 MCCL_0030 MCCL_0031     FALSE 0.005 472.000 0.000 1.000   NA
 5665557 5665558 MCCL_0031 MCCL_0032     FALSE 0.097 75.000 0.000 NA   NA
 5665558 5665559 MCCL_0032 MCCL_0033     FALSE 0.002 774.000 0.000 NA   NA
 5665559 5665560 MCCL_0033 MCCL_0034     TRUE 0.874 -22.000 0.077 NA   NA
 5665560 5665561 MCCL_0034 MCCL_0035     FALSE 0.048 130.000 0.000 NA   NA
 5665562 5665563 MCCL_0036 MCCL_0037     FALSE 0.234 86.000 0.000 1.000 N NA
 5665564 5665565 MCCL_0038 MCCL_0039     FALSE 0.003 532.000 0.000 NA   NA
 5665565 5665566 MCCL_0039 MCCL_0040     FALSE 0.180 41.000 0.000 NA   NA
 5665568 5665569 MCCL_0042 MCCL_0043     FALSE 0.015 215.000 0.000 NA   NA
 5665570 5665571 MCCL_0044 MCCL_0045     FALSE 0.029 163.000 0.000 NA   NA
 5665572 5665573 MCCL_0046 MCCL_0047     TRUE 0.819 23.000 0.115 NA   NA
 5665573 5665574 MCCL_0047 MCCL_0048     TRUE 0.864 4.000 0.059 1.000   NA
 5665574 5665575 MCCL_0048 MCCL_0049     FALSE 0.018 198.000 0.000 NA   NA
 5665575 5665576 MCCL_0049 MCCL_0050     FALSE 0.079 91.000 0.000 NA   NA
 5665578 5665579 MCCL_0052 MCCL_0053     FALSE 0.040 239.000 0.000 1.000 N NA
 5665579 5665580 MCCL_0053 MCCL_0054     FALSE 0.365 55.000 0.000 1.000 N NA
 5665581 5665582 MCCL_0055 MCCL_0056   katA FALSE 0.203 34.000 0.000 NA   NA
 5665582 5665583 MCCL_0056 MCCL_0057 katA   FALSE 0.047 218.000 0.000 1.000 N NA
 5665583 5665584 MCCL_0057 MCCL_0058     FALSE 0.267 137.000 0.000 0.010 N NA
 5665584 5665585 MCCL_0058 MCCL_0059     FALSE 0.311 113.000 0.000 0.061 N NA
 5665585 5665586 MCCL_0059 MCCL_0060     TRUE 0.926 2.000 0.005 1.000 Y NA
 5665586 5665587 MCCL_0060 MCCL_0061     FALSE 0.020 234.000 0.000 1.000   NA
 5665589 5665590 MCCL_0063 MCCL_0064     FALSE 0.336 27.000 0.000 1.000   NA
 5665591 5665592 MCCL_0065 MCCL_0066     FALSE 0.203 34.000 0.000 NA   NA
 5665593 5665594 MCCL_0067 MCCL_0068     TRUE 0.508 -3.000 0.000 NA   NA
 5665594 5665595 MCCL_0068 MCCL_0069     FALSE 0.064 110.000 0.000 NA   NA
 5665598 5665599 MCCL_0072 MCCL_0073     FALSE 0.004 373.000 0.000 NA   NA
 5665599 5665600 MCCL_0073 MCCL_0074     FALSE 0.002 906.000 0.000 NA   NA
 5665602 5665603 MCCL_0076 MCCL_0077     FALSE 0.009 272.000 0.000 NA   NA
 5665605 5665606 MCCL_0079 MCCL_0080     FALSE 0.144 131.000 0.000 1.000 N NA
 5665608 5665609 MCCL_0082 MCCL_0083     FALSE 0.045 133.000 0.000 NA   NA
 5665609 5665610 MCCL_0083 MCCL_0084     TRUE 0.508 -3.000 0.000 NA   NA
 5665610 5665611 MCCL_0084 MCCL_0085     TRUE 0.800 -19.000 0.000 0.032   NA
 5665612 5665613 MCCL_0086 MCCL_0087     TRUE 0.973 3.000 0.364 1.000   NA
 5665614 5665615 MCCL_0088 MCCL_0089     TRUE 0.917 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 5665615 5665616 MCCL_0089 MCCL_0090     FALSE 0.155 126.000 0.000 1.000 N NA
 5665616 5665617 MCCL_0090 MCCL_0091     FALSE 0.062 112.000 0.000 NA   NA
 5665617 5665618 MCCL_0091 MCCL_0092     TRUE 0.993 -3.000 0.957 NA   NA
 5665619 5665620 MCCL_0093 MCCL_0094     TRUE 0.973 6.000 0.154 1.000 Y NA
 5665620 5665621 MCCL_0094 MCCL_0095     TRUE 0.988 1.000 0.286 1.000 Y NA
 5665624 5665625 MCCL_0098 MCCL_0099     TRUE 0.916 107.000 0.551 1.000 Y NA
 5665625 5665626 MCCL_0099 MCCL_0100     FALSE 0.229 89.000 0.000 1.000 N NA
 5665626 5665627 MCCL_0100 MCCL_0101     FALSE 0.003 550.000 0.000 NA   NA
 5665627 5665628 MCCL_0101 MCCL_0102     FALSE 0.017 202.000 0.000 NA   NA
 5665628 5665629 MCCL_0102 MCCL_0103     TRUE 0.947 21.000 0.429 NA   NA
 5665629 5665630 MCCL_0103 MCCL_0104     TRUE 0.985 -3.000 0.571 NA   NA
 5665630 5665631 MCCL_0104 MCCL_0105     TRUE 0.935 62.000 0.833 NA   NA
 5665631 5665632 MCCL_0105 MCCL_0106     FALSE 0.057 199.000 0.000 1.000 N NA
 5665634 5665635 MCCL_0108 MCCL_0109     FALSE 0.343 59.000 0.000 1.000 N NA
 5665635 5665636 MCCL_0109 MCCL_0110     TRUE 0.996 -3.000 0.538 0.014 Y NA
 5665636 5665637 MCCL_0110 MCCL_0111     TRUE 0.556 120.000 0.178 1.000   NA
 5665637 5665638 MCCL_0111 MCCL_0112     TRUE 0.991 2.000 0.869 1.000   NA
 5665638 5665639 MCCL_0112 MCCL_0113     FALSE 0.417 139.000 0.000 0.084 Y NA
 5665639 5665640 MCCL_0113 MCCL_0114     TRUE 0.969 11.000 0.333 1.000 N NA
 5665641 5665642 MCCL_0115 MCCL_0116     FALSE 0.074 99.000 0.000 NA   NA
 5665642 5665643 MCCL_0116 MCCL_0117     FALSE 0.019 195.000 0.000 NA   NA
 5665643 5665644 MCCL_0117 MCCL_0118   thiG TRUE 0.960 -3.000 0.011 0.042 Y NA
 5665644 5665645 MCCL_0118 MCCL_0119 thiG   FALSE 0.105 180.000 0.006 1.000 N NA
 5665645 5665646 MCCL_0119 MCCL_0120   thiE TRUE 0.873 -27.000 0.037 1.000 N NA
 5665647 5665648 MCCL_0121 MCCL_0122     FALSE 0.027 168.000 0.000 NA   NA
 5665648 5665649 MCCL_0122 MCCL_0123     TRUE 0.508 -3.000 0.000 NA   NA
 5665650 5665651 MCCL_0124 MCCL_0125     FALSE 0.006 318.000 0.000 NA   NA
 5665651 5665652 MCCL_0125 MCCL_0126     FALSE 0.013 232.000 0.000 NA   NA
 5665653 5665654 MCCL_0127 MCCL_0128     FALSE 0.077 94.000 0.000 NA   NA
 5665655 5665656 MCCL_0129 MCCL_0130     FALSE 0.199 106.000 0.000 1.000 N NA
 5665659 5665660 MCCL_0133 MCCL_0134     FALSE 0.062 112.000 0.000 NA   NA
 5665662 5665663 MCCL_0136 MCCL_0137 narG narH TRUE 0.995 -10.000 0.429 0.001 Y NA
 5665663 5665664 MCCL_0137 MCCL_0138 narH narJ TRUE 0.997 -106.000 0.933 0.003 Y NA
 5665664 5665665 MCCL_0138 MCCL_0139 narJ narI TRUE 0.990 -7.000 0.206 0.003 Y NA
 5665665 5665666 MCCL_0139 MCCL_0140 narI nreA TRUE 0.630 35.000 0.059 NA   NA
 5665666 5665667 MCCL_0140 MCCL_0141 nreA nreB TRUE 0.971 -13.000 0.333 NA   NA
 5665667 5665668 MCCL_0141 MCCL_0142 nreB nreC TRUE 0.995 11.000 0.800 0.014 Y NA
 5665668 5665669 MCCL_0142 MCCL_0143 nreC   FALSE 0.042 137.000 0.000 NA   NA
 5665669 5665670 MCCL_0143 MCCL_0144     FALSE 0.032 154.000 0.000 NA   NA
 5665670 5665671 MCCL_0144 MCCL_0145   moeB TRUE 0.619 11.000 0.000 NA N NA
 5665671 5665672 MCCL_0145 MCCL_0146 moeB moaB TRUE 0.910 12.000 0.023 1.000 Y NA
 5665674 5665675 MCCL_0148 MCCL_0149 moeA mobB TRUE 0.950 48.000 0.200 0.005 Y NA
 5665675 5665676 MCCL_0149 MCCL_0150 mobB moaE TRUE 0.971 -13.000 0.040 0.005 Y NA
 5665676 5665677 MCCL_0150 MCCL_0151 moaE moaD TRUE 0.991 5.000 0.501 1.000 Y NA
 5665677 5665678 MCCL_0151 MCCL_0152 moaD mobA TRUE 0.928 1.000 0.002 1.000 Y NA
 5665678 5665679 MCCL_0152 MCCL_0153 mobA moaA TRUE 0.945 -19.000 0.000 0.005 Y NA
 5665679 5665680 MCCL_0153 MCCL_0154 moaA   FALSE 0.031 264.000 0.000 1.000 N NA
 5665681 5665682 MCCL_0155 MCCL_0156     FALSE 0.488 80.000 0.000 NA Y NA
 5665682 5665683 MCCL_0156 MCCL_0157     TRUE 0.960 16.000 0.370 NA N NA
 5665683 5665684 MCCL_0157 MCCL_0158   gabD FALSE 0.179 114.000 0.000 1.000 N NA
 5665687 5665688 MCCL_0161 MCCL_0162   lctP FALSE 0.029 272.000 0.000 1.000 N NA
 5665688 5665689 MCCL_0162 MCCL_0163 lctP lctD TRUE 0.889 28.000 0.065 1.000 Y NA
 5665689 5665690 MCCL_0163 MCCL_0164 lctD   FALSE 0.022 181.000 0.000 NA   NA
 5665692 5665693 MCCL_0166 MCCL_0167   fhuB TRUE 0.982 -7.000 0.179 1.000 Y NA
 5665693 5665694 MCCL_0167 MCCL_0168 fhuB   TRUE 0.998 -3.000 0.857 0.031 Y NA
 5665694 5665695 MCCL_0168 MCCL_0169     FALSE 0.105 106.000 0.000 1.000   NA
 5665695 5665696 MCCL_0169 MCCL_0170     FALSE 0.460 13.000 0.000 1.000   NA
 5665696 5665697 MCCL_0170 MCCL_0171     FALSE 0.262 77.000 0.000 1.000 N NA
 5665697 5665698 MCCL_0171 MCCL_0172     TRUE 0.755 120.000 0.395 NA N NA
 5665698 5665699 MCCL_0172 MCCL_0173     TRUE 0.997 -3.000 0.947 NA Y NA
 5665699 5665700 MCCL_0173 MCCL_0174     TRUE 0.989 0.000 0.447 0.002   NA
 5665700 5665701 MCCL_0174 MCCL_0175     FALSE 0.066 108.000 0.000 NA   NA
 5665701 5665702 MCCL_0175 MCCL_0176     FALSE 0.006 327.000 0.000 NA   NA
 5665704 5665705 MCCL_0178 MCCL_0179 mmsB   FALSE 0.233 71.000 0.000 NA N NA
 5665705 5665706 MCCL_0179 MCCL_0180     FALSE 0.037 223.000 0.000 NA N NA
 5665707 5665708 MCCL_0181 MCCL_0182     TRUE 0.508 -3.000 0.000 NA   NA
 5665709 5665710 MCCL_0183 MCCL_0184     TRUE 0.603 -10.000 0.000 1.000   NA
 5665710 5665711 MCCL_0184 MCCL_0185     FALSE 0.290 34.000 0.000 1.000   NA
 5665712 5665713 MCCL_0186 MCCL_0187     TRUE 0.974 14.000 0.500 1.000 N NA
 5665713 5665714 MCCL_0187 MCCL_0188     FALSE 0.070 134.000 0.000 1.000   NA
 5665715 5665716 MCCL_0189 MCCL_0190 topB   FALSE 0.161 122.000 0.000 1.000 N NA
 5665720 5665721 MCCL_0194 MCCL_0195 rpsJ rplC TRUE 0.984 26.000 0.467 0.028 Y NA
 5665721 5665722 MCCL_0195 MCCL_0196 rplC rplD TRUE 0.986 27.000 0.544 0.019 Y NA
 5665722 5665723 MCCL_0196 MCCL_0197 rplD rplW TRUE 0.989 0.000 0.307 1.000 Y NA
 5665723 5665724 MCCL_0197 MCCL_0198 rplW rplB TRUE 0.985 35.000 0.849 1.000 Y NA
 5665724 5665725 MCCL_0198 MCCL_0199 rplB rpsS TRUE 0.978 66.000 0.820 0.028 Y NA
 5665725 5665726 MCCL_0199 MCCL_0200 rpsS rplV TRUE 0.992 23.000 0.769 0.028 Y NA
 5665726 5665727 MCCL_0200 MCCL_0201 rplV rpsC TRUE 0.990 26.000 0.719 0.028 Y NA
 5665727 5665728 MCCL_0201 MCCL_0202 rpsC rplP TRUE 0.997 3.000 0.828 0.028 Y NA
 5665728 5665729 MCCL_0202 MCCL_0203 rplP rpmC TRUE 0.996 -22.000 0.802 0.019 Y NA
 5665729 5665730 MCCL_0203 MCCL_0204 rpmC rpsQ TRUE 0.993 23.000 0.828 0.019 Y NA
 5665730 5665731 MCCL_0204 MCCL_0205 rpsQ rplN TRUE 0.990 30.000 0.791 0.028 Y NA
 5665731 5665732 MCCL_0205 MCCL_0206 rplN rplX TRUE 0.921 32.000 0.071 0.028 Y NA
 5665732 5665733 MCCL_0206 MCCL_0207 rplX rplE TRUE 0.933 24.000 0.057 0.019 Y NA
 5665733 5665734 MCCL_0207 MCCL_0208 rplE rpsN TRUE 0.984 29.000 0.496 0.019 Y NA
 5665734 5665735 MCCL_0208 MCCL_0209 rpsN rpsH TRUE 0.982 30.000 0.473 0.019 Y NA
 5665735 5665736 MCCL_0209 MCCL_0210 rpsH rplF TRUE 0.990 30.000 0.808 0.019 Y NA
 5665736 5665737 MCCL_0210 MCCL_0211 rplF rplR TRUE 0.991 28.000 0.815 0.019 Y NA
 5665737 5665738 MCCL_0211 MCCL_0212 rplR rpsE TRUE 0.993 19.000 0.814 0.028 Y NA
 5665738 5665739 MCCL_0212 MCCL_0213 rpsE rpmD TRUE 0.994 15.000 0.789 0.028 Y NA
 5665739 5665740 MCCL_0213 MCCL_0214 rpmD rplO TRUE 0.988 30.000 0.653 0.004 Y NA
 5665740 5665741 MCCL_0214 MCCL_0215 rplO secY TRUE 0.992 0.000 0.730 1.000 N NA
 5665741 5665742 MCCL_0215 MCCL_0216 secY adk TRUE 0.945 18.000 0.241 1.000 N NA
 5665742 5665743 MCCL_0216 MCCL_0217 adk infA FALSE 0.051 357.000 0.059 1.000 N NA
 5665743 5665744 MCCL_0217 MCCL_0218 infA rpmJ TRUE 0.883 36.000 0.257 1.000   NA
 5665744 5665745 MCCL_0218 MCCL_0219 rpmJ rpsM TRUE 0.938 20.000 0.194 0.019   NA
 5665745 5665746 MCCL_0219 MCCL_0220 rpsM rpsK TRUE 0.993 21.000 0.810 0.019 Y NA
 5665746 5665747 MCCL_0220 MCCL_0221 rpsK rpoA TRUE 0.819 81.000 0.308 1.000 N NA
 5665747 5665748 MCCL_0221 MCCL_0222 rpoA rplQ TRUE 0.986 19.000 0.873 1.000 N NA
 5665748 5665749 MCCL_0222 MCCL_0223 rplQ   FALSE 0.093 292.000 0.074 1.000 N NA
 5665749 5665750 MCCL_0223 MCCL_0224     TRUE 0.997 -3.000 0.713 0.027 Y NA
 5665750 5665751 MCCL_0224 MCCL_0225     TRUE 0.977 -7.000 0.139 1.000 Y NA
 5665751 5665752 MCCL_0225 MCCL_0226   truA TRUE 0.946 10.000 0.170 1.000 N NA
 5665752 5665753 MCCL_0226 MCCL_0227 truA rplM FALSE 0.344 185.000 0.052 1.000 Y NA
 5665753 5665754 MCCL_0227 MCCL_0228 rplM rpsI TRUE 0.990 20.000 0.601 0.019 Y NA
 5665755 5665756 MCCL_0229 MCCL_0230   int FALSE 0.364 12.000 0.000 NA   NA
 5665756 5665757 MCCL_0230 MCCL_0231 int   FALSE 0.441 39.000 0.000 1.000 N NA
 5665758 5665759 MCCL_0232 MCCL_0233     FALSE 0.002 595.000 0.000 NA   NA
 5665759 5665760 MCCL_0233 MCCL_0234   hsdM FALSE 0.002 832.000 0.000 NA   NA
 5665760 5665761 MCCL_0234 MCCL_0235 hsdM hsdR TRUE 0.944 3.000 0.076 0.065 N NA
 5665761 5665762 MCCL_0235 MCCL_0236 hsdR   FALSE 0.259 24.000 0.000 NA   NA
 5665762 5665763 MCCL_0236 MCCL_0237   tnp FALSE 0.004 435.000 0.000 NA   NA
 5665764 5665765 MCCL_0238 MCCL_0239     FALSE 0.003 548.000 0.000 NA   NA
 5665765 5665766 MCCL_0239 MCCL_0240     TRUE 0.966 0.000 0.250 NA   NA
 5665766 5665767 MCCL_0240 MCCL_0241     FALSE 0.005 358.000 0.000 NA   NA
 5665767 5665768 MCCL_0241 MCCL_0242     FALSE 0.006 325.000 0.000 NA   NA
 5665769 5665770 MCCL_0243 MCCL_0244     FALSE 0.002 752.000 0.000 NA   NA
 5665772 5665773 MCCL_0246 MCCL_0247     FALSE 0.009 265.000 0.000 NA   NA
 5665773 5665774 MCCL_0247 MCCL_0248     FALSE 0.013 231.000 0.000 NA   NA
 5665774 5665775 MCCL_0248 MCCL_0249     FALSE 0.056 119.000 0.000 NA   NA
 5665775 5665776 MCCL_0249 MCCL_0250     FALSE 0.239 84.000 0.000 1.000 N NA
 5665776 5665777 MCCL_0250 MCCL_0251     FALSE 0.180 95.000 0.000 NA N NA
 5665777 5665778 MCCL_0251 MCCL_0252     FALSE 0.012 242.000 0.000 NA   NA
 5665778 5665779 MCCL_0252 MCCL_0253     FALSE 0.009 272.000 0.000 NA   NA
 5665779 5665780 MCCL_0253 MCCL_0254     FALSE 0.009 272.000 0.000 NA   NA
 5665780 5665781 MCCL_0254 MCCL_0255     TRUE 0.966 1.000 0.214 NA N NA
 5665781 5665782 MCCL_0255 MCCL_0256     FALSE 0.080 90.000 0.000 NA   NA
 5665782 5665783 MCCL_0256 MCCL_0257     FALSE 0.079 91.000 0.000 NA   NA
 5665783 5665784 MCCL_0257 MCCL_0258     FALSE 0.058 116.000 0.000 NA   NA
 5665784 5665785 MCCL_0258 MCCL_0259     TRUE 0.763 1.000 0.000 1.000 N NA
 5665787 5665788 MCCL_0261 MCCL_0262 metE msrA FALSE 0.017 349.000 0.000 1.000 N NA
 5665788 5665789 MCCL_0262 MCCL_0263 msrA   FALSE 0.009 504.000 0.000 1.000 N NA
 5665789 5665790 MCCL_0263 MCCL_0264     FALSE 0.015 329.000 0.000 NA N NA
 5665790 5665791 MCCL_0264 MCCL_0265     FALSE 0.447 -22.000 0.000 NA   NA
 5665791 5665792 MCCL_0265 MCCL_0266     FALSE 0.154 52.000 0.000 NA   NA
 5665793 5665794 MCCL_0267 MCCL_0268     FALSE 0.003 457.000 0.000 NA   NA
 5665794 5665795 MCCL_0268 MCCL_0269     FALSE 0.107 69.000 0.000 NA   NA
 5665796 5665797 MCCL_0270 MCCL_0271     FALSE 0.435 16.000 0.000 1.000   NA
 5665797 5665798 MCCL_0271 MCCL_0272     FALSE 0.141 78.000 0.000 1.000   NA
 5665798 5665799 MCCL_0272 MCCL_0273     FALSE 0.011 376.000 0.000 NA N NA
 5665800 5665801 MCCL_0274 MCCL_0275     TRUE 0.976 15.000 0.714 NA   NA
 5665804 5665805 MCCL_0278 MCCL_0279     TRUE 0.889 69.000 0.610 NA   NA
 5665805 5665806 MCCL_0279 MCCL_0280     FALSE 0.091 79.000 0.000 NA   NA
 5665806 5665807 MCCL_0280 MCCL_0281     TRUE 0.996 0.000 0.812 1.000 Y NA
 5665807 5665808 MCCL_0281 MCCL_0282     TRUE 0.857 95.000 0.492 1.000 N NA
 5665808 5665809 MCCL_0282 MCCL_0283     TRUE 0.991 2.000 0.855 1.000   NA
 5665810 5665811 MCCL_0284 MCCL_0285     FALSE 0.262 77.000 0.000 1.000 N NA
 5665812 5665813 MCCL_0286 MCCL_0287 ppsA   TRUE 0.762 19.000 0.065 NA   NA
 5665813 5665814 MCCL_0287 MCCL_0288     FALSE 0.075 97.000 0.000 NA   NA
 5665814 5665815 MCCL_0288 MCCL_0289     FALSE 0.068 247.000 0.000 0.081 N NA
 5665817 5665818 MCCL_0291 MCCL_0292     TRUE 0.565 -22.000 0.000 1.000   NA
 5665818 5665819 MCCL_0292 MCCL_0293     TRUE 0.619 0.000 0.000 1.000   NA
 5665819 5665820 MCCL_0293 MCCL_0294     TRUE 0.990 39.000 0.857 0.014 Y NA
 5665820 5665821 MCCL_0294 MCCL_0295     FALSE 0.007 371.000 0.000 1.000   NA
 5665821 5665822 MCCL_0295 MCCL_0296     TRUE 0.993 -3.000 1.000 1.000   NA
 5665822 5665823 MCCL_0296 MCCL_0297     FALSE 0.100 73.000 0.000 NA   NA
 5665823 5665824 MCCL_0297 MCCL_0298     FALSE 0.015 216.000 0.000 NA   NA
 5665828 5665829 MCCL_0302 MCCL_0303     FALSE 0.009 266.000 0.000 NA   NA
 5665830 5665831 MCCL_0304 MCCL_0305     FALSE 0.497 11.000 0.000 1.000   NA
 5665834 5665835 MCCL_0308 MCCL_0309     FALSE 0.030 161.000 0.000 NA   NA
 5665835 5665836 MCCL_0309 MCCL_0310     TRUE 0.749 13.000 0.044 NA   NA
 5665836 5665837 MCCL_0310 MCCL_0311     FALSE 0.015 334.000 0.000 NA N NA
 5665837 5665838 MCCL_0311 MCCL_0312     FALSE 0.016 212.000 0.000 NA   NA
 5665838 5665839 MCCL_0312 MCCL_0313     FALSE 0.085 83.000 0.000 NA   NA
 5665841 5665842 MCCL_0315 MCCL_0316     TRUE 0.836 18.000 0.108 NA   NA
 5665842 5665843 MCCL_0316 MCCL_0317     FALSE 0.137 57.000 0.000 NA   NA
 5665843 5665844 MCCL_0317 MCCL_rRNA01     FALSE 0.003 478.000 0.000 NA   NA
 5665844 5665845 MCCL_rRNA01 MCCL_tRNA03     FALSE 0.080 89.000 0.000 NA   NA
 5665845 5665846 MCCL_tRNA03 MCCL_tRNA04     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 5665846 5665847 MCCL_tRNA04 MCCL_rRNA02     FALSE 0.041 138.000 0.000 NA   NA
 5665847 5665848 MCCL_rRNA02 MCCL_rRNA03     FALSE 0.027 168.000 0.000 NA   NA
 5665848 5665849 MCCL_rRNA03 MCCL_tRNA05     FALSE 0.345 13.000 0.000 NA   NA
 5665849 5665850 MCCL_tRNA05 MCCL_tRNA06     FALSE 0.432 5.000 0.000 NA   NA
 5665850 5665851 MCCL_tRNA06 MCCL_tRNA07     FALSE 0.443 4.000 0.000 NA   NA
 5665851 5665852 MCCL_tRNA07 MCCL_tRNA08     FALSE 0.228 29.000 0.000 NA   NA
 5665852 5665853 MCCL_tRNA08 MCCL_tRNA09     FALSE 0.421 6.000 0.000 NA   NA
 5665853 5665854 MCCL_tRNA09 MCCL_tRNA10     FALSE 0.415 7.000 0.000 NA   NA
 5665854 5665855 MCCL_tRNA10 MCCL_0318     FALSE 0.008 278.000 0.000 NA   NA
 5665855 5665856 MCCL_0318 MCCL_0319     FALSE 0.114 144.000 0.000 1.000 N NA
 5665858 5665859 MCCL_0321 MCCL_0322     TRUE 0.983 0.000 0.502 NA   NA
 5665859 5665860 MCCL_0322 MCCL_0323     TRUE 0.895 13.000 0.150 NA   NA
 5665860 5665861 MCCL_0323 MCCL_0324     FALSE 0.029 419.000 0.030 1.000 N NA
 5665861 5665862 MCCL_0324 MCCL_0325     FALSE 0.027 206.000 0.000 1.000   NA
 5665862 5665863 MCCL_0325 MCCL_0326     FALSE 0.152 73.000 0.000 1.000   NA
 5665865 5665866 MCCL_0328 MCCL_0329     FALSE 0.002 884.000 0.000 NA   NA
 5665866 5665867 MCCL_0329 MCCL_0330     TRUE 0.966 -16.000 0.093 1.000 Y NA
 5665867 5665868 MCCL_0330 MCCL_0331     FALSE 0.417 -54.000 0.000 NA   NA
 5665868 5665869 MCCL_0331 MCCL_0332     FALSE 0.091 79.000 0.000 NA   NA
 5665869 5665870 MCCL_0332 MCCL_0333     FALSE 0.021 188.000 0.000 NA   NA
 5665872 5665873 MCCL_0335 MCCL_0336     FALSE 0.427 -34.000 0.000 NA   NA
 5665873 5665874 MCCL_0336 MCCL_0337     FALSE 0.007 315.000 0.000 NA   NA
 5665874 5665875 MCCL_0337 MCCL_0338     FALSE 0.092 115.000 0.000 1.000   NA
 5665875 5665876 MCCL_0338 MCCL_0339     TRUE 0.533 7.000 0.000 1.000   NA
 5665876 5665877 MCCL_0339 MCCL_0340     FALSE 0.076 161.000 0.000 NA N NA
 5665877 5665878 MCCL_0340 MCCL_0341     FALSE 0.442 55.000 0.032 NA   NA
 5665878 5665879 MCCL_0341 MCCL_0342     TRUE 0.993 -3.000 0.774 0.030   NA
 5665879 5665880 MCCL_0342 MCCL_0343     TRUE 0.992 -19.000 0.360 0.030 Y NA
 5665880 5665881 MCCL_0343 MCCL_0344     TRUE 0.847 14.000 0.000 1.000 Y NA
 5665882 5665883 MCCL_0345 MCCL_0346     TRUE 0.859 11.000 0.047 1.000 N NA
 5665884 5665885 MCCL_0347 MCCL_0348     FALSE 0.019 241.000 0.000 1.000   NA
 5665885 5665886 MCCL_0348 MCCL_0349     TRUE 0.971 -28.000 0.281 1.000 N NA
 5665886 5665887 MCCL_0349 MCCL_0350     TRUE 0.615 -7.000 0.000 1.000   NA
 5665887 5665888 MCCL_0350 MCCL_0351     FALSE 0.460 13.000 0.000 1.000   NA
 5665890 5665891 MCCL_0353 MCCL_0354     TRUE 0.969 58.000 0.500 0.030 Y NA
 5665891 5665892 MCCL_0354 MCCL_0355     TRUE 0.998 0.000 0.857 0.030 Y NA
 5665892 5665893 MCCL_0355 MCCL_0356     TRUE 0.763 1.000 0.000 1.000 N NA
 5665893 5665894 MCCL_0356 MCCL_0357     TRUE 0.732 -3.000 0.000 NA N NA
 5665894 5665895 MCCL_0357 MCCL_0358     TRUE 0.951 2.000 0.200 NA   NA
 5665895 5665896 MCCL_0358 MCCL_0359     TRUE 0.974 1.000 0.217 0.028   NA
 5665896 5665897 MCCL_0359 MCCL_0360     TRUE 0.861 13.000 0.111 NA   NA
 5665897 5665898 MCCL_0360 MCCL_0361     TRUE 0.856 11.000 0.000 NA Y NA
 5665898 5665899 MCCL_0361 MCCL_0362     TRUE 0.708 41.000 0.000 1.000 Y NA
 5665901 5665902 MCCL_0364 MCCL_0365     FALSE 0.154 52.000 0.000 NA   NA
 5665902 5665903 MCCL_0365 MCCL_0366     FALSE 0.125 61.000 0.000 NA   NA
 5665903 5665904 MCCL_0366 MCCL_0367     TRUE 0.909 -3.000 0.000 NA Y NA
 5665904 5665905 MCCL_0367 MCCL_0368     FALSE 0.007 510.000 0.000 NA N NA
 5665907 5665908 MCCL_0370 MCCL_0371     TRUE 0.788 25.000 0.000 1.000 Y NA
 5665908 5665909 MCCL_0371 MCCL_0372     FALSE 0.306 65.000 0.000 1.000 N NA
 5665909 5665910 MCCL_0372 MCCL_0373     TRUE 0.549 81.000 0.070 1.000 N NA
 5665910 5665911 MCCL_0373 MCCL_0374     TRUE 0.987 -33.000 0.364 1.000 Y NA
 5665911 5665912 MCCL_0374 MCCL_0375     TRUE 0.907 2.000 0.000 1.000 Y NA
 5665912 5665913 MCCL_0375 MCCL_0376     FALSE 0.161 122.000 0.000 1.000 N NA
 5665915 5665916 MCCL_0378 MCCL_0379     FALSE 0.073 101.000 0.000 NA   NA
 5665920 5665921 MCCL_0383 MCCL_0384     FALSE 0.497 11.000 0.000 1.000   NA
 5665923 5665924 MCCL_0386 MCCL_0387     FALSE 0.126 86.000 0.000 1.000   NA
 5665924 5665925 MCCL_0387 MCCL_0388     FALSE 0.041 170.000 0.000 1.000   NA
 5665925 5665926 MCCL_0388 MCCL_0389     FALSE 0.032 155.000 0.000 NA   NA
 5665928 5665929 MCCL_0391 MCCL_0392     FALSE 0.060 114.000 0.000 NA   NA
 5665929 5665930 MCCL_0392 MCCL_0393     TRUE 0.539 6.000 0.000 1.000   NA
 5665930 5665931 MCCL_0393 MCCL_0394   phnA TRUE 0.583 20.000 0.000 1.000 N NA
 5665931 5665932 MCCL_0394 MCCL_0395 phnA   TRUE 0.508 -3.000 0.000 NA   NA
 5665932 5665933 MCCL_0395 MCCL_0396     FALSE 0.111 67.000 0.000 NA   NA
 5665935 5665936 MCCL_0398 MCCL_0399     FALSE 0.082 86.000 0.000 NA   NA
 5665936 5665937 MCCL_0399 MCCL_0400     TRUE 0.588 78.000 0.135 NA   NA
 5665937 5665938 MCCL_0400 MCCL_0401     FALSE 0.323 16.000 0.000 NA   NA
 5665938 5665939 MCCL_0401 MCCL_0402     FALSE 0.015 217.000 0.000 NA   NA
 5665939 5665940 MCCL_0402 MCCL_0403     TRUE 0.913 12.000 0.033 NA Y NA
 5665940 5665941 MCCL_0403 MCCL_0404     FALSE 0.173 65.000 0.000 1.000   NA
 5665941 5665942 MCCL_0404 MCCL_0405     FALSE 0.007 383.000 0.000 1.000   NA
 5665942 5665943 MCCL_0405 MCCL_0406     TRUE 0.989 0.000 0.680 1.000   NA
 5665943 5665944 MCCL_0406 MCCL_0407     TRUE 0.995 0.000 0.696 1.000 Y NA
 5665944 5665945 MCCL_0407 MCCL_0408     FALSE 0.103 71.000 0.000 NA   NA
 5665945 5665946 MCCL_0408 MCCL_0409     FALSE 0.095 77.000 0.000 NA   NA
 5665946 5665947 MCCL_0409 MCCL_0410     FALSE 0.349 45.000 0.009 NA   NA
 5665947 5665948 MCCL_0410 MCCL_0411     TRUE 0.503 0.000 0.000 NA   NA
 5665948 5665949 MCCL_0411 MCCL_0412     FALSE 0.095 77.000 0.000 NA   NA
 5665949 5665950 MCCL_0412 MCCL_0413     FALSE 0.170 117.000 0.000 1.000 N NA
 5665950 5665951 MCCL_0413 MCCL_0414     TRUE 0.981 -19.000 0.419 1.000 N NA
 5665951 5665952 MCCL_0414 MCCL_0415     TRUE 0.936 -28.000 0.173 NA   NA
 5665952 5665953 MCCL_0415 MCCL_0416     FALSE 0.188 39.000 0.000 NA   NA
 5665953 5665954 MCCL_0416 MCCL_0417     FALSE 0.034 253.000 0.000 1.000 N NA
 5665954 5665955 MCCL_0417 MCCL_0418     TRUE 0.985 -10.000 0.233 1.000 Y NA
 5665955 5665956 MCCL_0418 MCCL_0419     TRUE 0.969 15.000 0.233 NA Y NA
 5665958 5665959 MCCL_0421 MCCL_0422     TRUE 0.965 13.000 0.441 1.000   NA
 5665959 5665960 MCCL_0422 MCCL_0423     FALSE 0.089 80.000 0.000 NA   NA
 5665961 5665962 MCCL_0424 MCCL_0425     FALSE 0.399 -139.000 0.000 NA   NA
 5665963 5665964 MCCL_0426 MCCL_0427     TRUE 0.559 16.000 0.000 NA N NA
 5665964 5665965 MCCL_0427 MCCL_0428     FALSE 0.441 15.000 0.000 1.000   NA
 5665965 5665966 MCCL_0428 MCCL_0429     FALSE 0.027 168.000 0.000 NA   NA
 5665966 5665967 MCCL_0429 MCCL_0430     TRUE 0.835 -3.000 0.034 NA   NA
 5665967 5665968 MCCL_0430 MCCL_0431     FALSE 0.034 151.000 0.000 NA   NA
 5665968 5665969 MCCL_0431 MCCL_0432     FALSE 0.057 117.000 0.000 NA   NA
 5665970 5665971 MCCL_0433 MCCL_0434   pflB TRUE 0.833 36.000 0.135 1.000 N NA
 5665974 5665975 MCCL_0437 MCCL_0438     FALSE 0.004 394.000 0.000 NA   NA
 5665975 5665976 MCCL_0438 MCCL_0439     FALSE 0.329 15.000 0.000 NA   NA
 5665976 5665977 MCCL_0439 MCCL_0440     FALSE 0.497 11.000 0.000 1.000   NA
 5665977 5665978 MCCL_0440 MCCL_0441     FALSE 0.466 -16.000 0.000 NA   NA
 5665978 5665979 MCCL_0441 MCCL_0442     FALSE 0.184 40.000 0.000 NA   NA
 5665980 5665981 MCCL_0443 MCCL_0444     TRUE 0.618 -91.000 0.007 NA   NA
 5665981 5665982 MCCL_0444 MCCL_0445     FALSE 0.049 129.000 0.000 NA   NA
 5665982 5665983 MCCL_0445 MCCL_0446     FALSE 0.157 125.000 0.000 1.000 N NA
 5665984 5665985 MCCL_0447 MCCL_0448     TRUE 0.989 -19.000 0.222 0.008 Y NA
 5665985 5665986 MCCL_0448 MCCL_0449     FALSE 0.058 116.000 0.000 NA   NA
 5665988 5665989 MCCL_0451 MCCL_0452     FALSE 0.053 123.000 0.000 NA   NA
 5665989 5665990 MCCL_0452 MCCL_0453   fruA TRUE 0.941 11.000 0.063 1.000 Y NA
 5665990 5665991 MCCL_0453 MCCL_0454 fruA fruB TRUE 0.992 19.000 0.889 1.000 Y NA
 5665991 5665992 MCCL_0454 MCCL_0455 fruB   FALSE 0.039 174.000 0.000 1.000   NA
 5665992 5665993 MCCL_0455 MCCL_0456     FALSE 0.059 228.000 0.000 0.039   NA
 5665993 5665994 MCCL_0456 MCCL_0457     FALSE 0.469 2.000 0.000 NA   NA
 5665994 5665995 MCCL_0457 MCCL_0458     FALSE 0.137 57.000 0.000 NA   NA
 5665997 5665998 MCCL_0460 MCCL_0461     FALSE 0.048 130.000 0.000 NA   NA
 5665999 5666000 MCCL_0462 MCCL_0463     FALSE 0.107 69.000 0.000 NA   NA
 5666000 5666001 MCCL_0463 MCCL_0464     TRUE 0.979 0.000 0.307 1.000 N NA
 5666001 5666002 MCCL_0464 MCCL_0465     TRUE 0.847 -3.000 0.041 NA   NA
 5666003 5666004 MCCL_0466 MCCL_0467     TRUE 0.940 -16.000 0.024 1.000 Y NA
 5666004 5666005 MCCL_0467 MCCL_0468     FALSE 0.012 371.000 0.000 NA N NA
 5666005 5666006 MCCL_0468 MCCL_0469     FALSE 0.042 208.000 0.000 NA N NA
 5666008 5666009 MCCL_0471 MCCL_0472   recQ TRUE 0.779 4.000 0.022 1.000   NA
 5666009 5666010 MCCL_0472 MCCL_0473 recQ   TRUE 0.675 32.000 0.029 1.000 N NA
 5666010 5666011 MCCL_0473 MCCL_0474     TRUE 0.983 0.000 0.382 1.000 N NA
 5666011 5666012 MCCL_0474 MCCL_0475   hisC FALSE 0.407 85.000 0.027 1.000 N NA
 5666012 5666013 MCCL_0475 MCCL_0476 hisC   FALSE 0.113 66.000 0.000 NA   NA
 5666014 5666015 MCCL_0477 MCCL_0478     FALSE 0.497 86.000 0.057 1.000 N NA
 5666015 5666016 MCCL_0478 MCCL_0479     FALSE 0.156 285.000 0.000 0.001 Y NA
 5666016 5666017 MCCL_0479 MCCL_0480     FALSE 0.091 159.000 0.008 1.000   NA
 5666017 5666018 MCCL_0480 MCCL_0481     TRUE 0.657 10.000 0.005 1.000   NA
 5666019 5666020 MCCL_0482 MCCL_0483 nrdI nrdE TRUE 0.990 -37.000 0.533 NA Y NA
 5666020 5666021 MCCL_0483 MCCL_0484 nrdE nedF TRUE 0.985 64.000 0.875 0.001 Y NA
 5666021 5666022 MCCL_0484 MCCL_0485 nedF   FALSE 0.050 128.000 0.000 NA   NA
 5666023 5666024 MCCL_0486 MCCL_0487     FALSE 0.268 55.000 0.005 NA   NA
 5666025 5666026 MCCL_0488 MCCL_0489     FALSE 0.033 381.000 0.069 NA   NA
 5666026 5666027 MCCL_0489 MCCL_0490     FALSE 0.099 74.000 0.000 NA   NA
 5666028 5666029 MCCL_0491 MCCL_0492 pepT   FALSE 0.066 108.000 0.000 NA   NA
 5666029 5666030 MCCL_0492 MCCL_0493     TRUE 0.508 -3.000 0.000 NA   NA
 5666030 5666031 MCCL_0493 MCCL_0494     TRUE 0.790 14.000 0.067 NA   NA
 5666031 5666032 MCCL_0494 MCCL_0495     FALSE 0.329 15.000 0.000 NA   NA
 5666035 5666036 MCCL_0498 MCCL_0499     TRUE 0.745 66.000 0.214 NA   NA
 5666036 5666037 MCCL_0499 MCCL_0500     TRUE 0.923 -25.000 0.130 1.000   NA
 5666037 5666038 MCCL_0500 MCCL_0501     TRUE 0.532 65.000 0.080 NA   NA
 5666038 5666039 MCCL_0501 MCCL_0502   secA FALSE 0.060 293.000 0.041 NA N NA
 5666039 5666040 MCCL_0502 MCCL_0503 secA prfB TRUE 0.631 56.000 0.052 1.000 N NA
 5666040 5666041 MCCL_0503 MCCL_0504 prfB   FALSE 0.258 78.000 0.000 1.000 N NA
 5666041 5666042 MCCL_0504 MCCL_0505     FALSE 0.056 203.000 0.000 1.000 N NA
 5666042 5666043 MCCL_0505 MCCL_0506     FALSE 0.020 192.000 0.000 NA   NA
 5666043 5666044 MCCL_0506 MCCL_0507     FALSE 0.085 83.000 0.000 NA   NA
 5666044 5666045 MCCL_0507 MCCL_0508     FALSE 0.497 11.000 0.000 1.000   NA
 5666045 5666046 MCCL_0508 MCCL_0509   uvrB FALSE 0.010 416.000 0.002 1.000   NA
 5666046 5666047 MCCL_0509 MCCL_0510 uvrB uvrA TRUE 0.984 5.000 0.154 0.002 Y NA
 5666047 5666048 MCCL_0510 MCCL_0511 uvrA hprK FALSE 0.135 157.000 0.002 1.000 N NA
 5666048 5666049 MCCL_0511 MCCL_0512 hprK   TRUE 0.985 2.000 0.494 1.000 N NA
 5666049 5666050 MCCL_0512 MCCL_0513     TRUE 0.919 -22.000 0.045 0.003   NA
 5666050 5666051 MCCL_0513 MCCL_0514     FALSE 0.102 338.000 0.169 1.000   NA
 5666051 5666052 MCCL_0514 MCCL_0515   trxB TRUE 0.794 54.000 0.183 1.000   NA
 5666052 5666053 MCCL_0515 MCCL_0516 trxB   FALSE 0.352 87.000 0.050 NA   NA
 5666053 5666054 MCCL_0516 MCCL_0517     TRUE 0.954 -13.000 0.214 NA   NA
 5666054 5666055 MCCL_0517 MCCL_0518     TRUE 0.978 2.000 0.470 NA   NA
 5666057 5666058 MCCL_0520 MCCL_0521 gapR gapA FALSE 0.361 138.000 0.076 1.000 N NA
 5666058 5666059 MCCL_0521 MCCL_0522 gapA pgk TRUE 0.640 107.000 0.006 0.007 Y NA
 5666059 5666060 MCCL_0522 MCCL_0523 pgk tpi TRUE 0.955 16.000 0.141 1.000 Y NA
 5666060 5666061 MCCL_0523 MCCL_0524 tpi pgm TRUE 0.978 0.000 0.138 1.000 Y NA
 5666061 5666062 MCCL_0524 MCCL_0525 pgm eno TRUE 0.782 92.000 0.136 1.000 Y NA
 5666062 5666063 MCCL_0525 MCCL_0526 eno secG FALSE 0.407 94.000 0.032 1.000 N NA
 5666063 5666064 MCCL_0526 MCCL_0527 secG   FALSE 0.308 97.000 0.032 1.000   NA
 5666064 5666065 MCCL_0527 MCCL_0528     TRUE 0.811 13.000 0.060 1.000   NA
 5666065 5666066 MCCL_0528 MCCL_0529     TRUE 0.956 11.000 0.143 0.028 N NA
 5666066 5666067 MCCL_0529 MCCL_0530     FALSE 0.003 1156.000 0.000 1.000   NA
 5666067 5666068 MCCL_0530 MCCL_0531     FALSE 0.002 1905.000 0.000 NA   NA
 5666068 5666069 MCCL_0531 MCCL_0532     FALSE 0.002 951.000 0.000 NA   NA
 5666069 5666070 MCCL_0532 MCCL_0533     FALSE 0.443 70.000 0.022 1.000 N NA
 5666072 5666073 MCCL_0535 MCCL_0536     TRUE 0.749 74.000 0.170 1.000 N NA
 5666073 5666074 MCCL_0536 MCCL_0537     FALSE 0.295 68.000 0.000 1.000 N NA
 5666074 5666075 MCCL_0537 MCCL_0538     TRUE 0.533 -55.000 0.000 1.000   NA
 5666075 5666076 MCCL_0538 MCCL_0539     FALSE 0.022 224.000 0.000 1.000   NA
 5666076 5666077 MCCL_0539 MCCL_0540     TRUE 0.994 -10.000 0.642 1.000 Y NA
 5666077 5666078 MCCL_0540 MCCL_0541     TRUE 0.789 64.000 0.085 NA Y NA
 5666078 5666079 MCCL_0541 MCCL_0542     FALSE 0.054 187.000 0.000 NA N NA
 5666079 5666080 MCCL_0542 MCCL_0543     TRUE 0.923 32.000 0.139 1.000 Y NA
 5666080 5666081 MCCL_0543 MCCL_0544     TRUE 0.968 25.000 0.606 1.000 N NA
 5666081 5666082 MCCL_0544 MCCL_0545   nifU TRUE 0.977 -10.000 0.292 1.000 N NA
 5666082 5666083 MCCL_0545 MCCL_0546 nifU sufB TRUE 0.944 21.000 0.152 0.002 N NA
 5666083 5666084 MCCL_0546 MCCL_0547 sufB   FALSE 0.173 116.000 0.000 1.000 N NA
 5666085 5666086 MCCL_0548 MCCL_0549     TRUE 0.508 -3.000 0.000 NA   NA
 5666087 5666088 MCCL_0550 MCCL_0551     TRUE 0.625 130.000 0.303 NA   NA
 5666088 5666089 MCCL_0551 MCCL_0552     TRUE 0.945 16.000 0.299 1.000   NA
 5666089 5666090 MCCL_0552 MCCL_0553     FALSE 0.337 87.000 0.012 1.000 N NA
 5666090 5666091 MCCL_0553 MCCL_0554     TRUE 0.701 8.000 0.021 NA   NA
 5666091 5666092 MCCL_0554 MCCL_0555     FALSE 0.125 61.000 0.000 NA   NA
 5666092 5666093 MCCL_0555 MCCL_0556     TRUE 0.753 62.000 0.000 0.002 Y NA
 5666095 5666096 MCCL_0558 MCCL_0559     TRUE 0.959 -13.000 0.237 NA   NA
 5666096 5666097 MCCL_0559 MCCL_0560   dltA FALSE 0.030 365.000 0.000 0.067 N NA
 5666097 5666098 MCCL_0560 MCCL_0561 dltA dltB TRUE 0.983 0.000 0.435 NA N NA
 5666098 5666099 MCCL_0561 MCCL_0562 dltB dltD FALSE 0.097 246.000 0.000 NA Y NA
 5666099 5666100 MCCL_0562 MCCL_0563 dltD   FALSE 0.004 396.000 0.000 NA   NA
 5666102 5666103 MCCL_0565 MCCL_0566     FALSE 0.048 130.000 0.000 NA   NA
 5666103 5666104 MCCL_0566 MCCL_0567     FALSE 0.229 89.000 0.000 1.000 N NA
 5666104 5666105 MCCL_0567 MCCL_0568     TRUE 0.944 11.000 0.250 NA   NA
 5666105 5666106 MCCL_0568 MCCL_0569     FALSE 0.380 11.000 0.000 NA   NA
 5666106 5666107 MCCL_0569 MCCL_0570     FALSE 0.154 52.000 0.000 NA   NA
 5666107 5666108 MCCL_0570 MCCL_0571     TRUE 0.707 22.000 0.052 NA   NA
 5666109 5666110 MCCL_0572 MCCL_0573 mnhG mnhF TRUE 0.982 -34.000 0.244 1.000 Y NA
 5666110 5666111 MCCL_0573 MCCL_0574 mnhF mnhE TRUE 0.997 -3.000 0.829 0.064 Y NA
 5666111 5666112 MCCL_0574 MCCL_0575 mnhE mnhD TRUE 0.996 2.000 0.842 1.000 Y NA
 5666112 5666113 MCCL_0575 MCCL_0576 mnhD mnhC TRUE 0.990 -10.000 0.211 0.002 Y NA
 5666113 5666114 MCCL_0576 MCCL_0577 mnhC mnhB TRUE 0.982 0.000 0.195 NA Y NA
 5666114 5666115 MCCL_0577 MCCL_0578 mnhB mnhA TRUE 0.990 -16.000 0.439 NA Y NA
 5666115 5666116 MCCL_0578 MCCL_0579 mnhA   FALSE 0.368 173.000 0.206 NA   NA
 5666117 5666118 MCCL_0580 MCCL_0581 ppi   FALSE 0.037 603.000 0.110 1.000 N NA
 5666118 5666119 MCCL_0581 MCCL_0582     FALSE 0.141 132.000 0.000 1.000 N NA
 5666119 5666120 MCCL_0582 MCCL_0583     TRUE 0.498 61.000 0.023 1.000 N NA
 5666120 5666121 MCCL_0583 MCCL_0584   gudB TRUE 0.578 94.000 0.019 1.000 Y NA
 5666121 5666122 MCCL_0584 MCCL_0585 gudB   FALSE 0.440 78.000 0.000 0.027 N NA
 5666123 5666124 MCCL_0586 MCCL_0587 argH argG TRUE 0.988 -7.000 0.278 1.000 Y NA
 5666125 5666126 MCCL_0588 MCCL_0589 pgi   FALSE 0.150 96.000 0.005 NA   NA
 5666126 5666127 MCCL_0589 MCCL_0590     FALSE 0.203 34.000 0.000 NA   NA
 5666127 5666128 MCCL_0590 MCCL_0591     FALSE 0.322 62.000 0.000 1.000 N NA
 5666128 5666129 MCCL_0591 MCCL_0592     TRUE 0.994 -16.000 0.408 0.003 Y NA
 5666129 5666130 MCCL_0592 MCCL_0593     TRUE 0.503 0.000 0.000 NA   NA
 5666130 5666131 MCCL_0593 MCCL_0594     FALSE 0.096 76.000 0.000 NA   NA
 5666131 5666132 MCCL_0594 MCCL_0595     FALSE 0.267 88.000 0.028 NA   NA
 5666132 5666133 MCCL_0595 MCCL_0596     FALSE 0.047 131.000 0.000 NA   NA
 5666134 5666135 MCCL_0597 MCCL_0598 cdr   TRUE 0.826 3.000 0.033 1.000   NA
 5666138 5666139 MCCL_0600 MCCL_0602 clpB   FALSE 0.009 338.000 0.000 1.000   NA
 5666139 5666140 MCCL_0602 MCCL_0603     FALSE 0.311 85.000 0.027 1.000   NA
 5666140 5666141 MCCL_0603 MCCL_0604     TRUE 0.967 -3.000 0.076 1.000 Y NA
 5666141 5666142 MCCL_0604 MCCL_0605   oppB FALSE 0.007 754.000 0.000 1.000 N NA
 5666142 5666143 MCCL_0605 MCCL_0606 oppB oppC TRUE 0.964 0.000 0.021 0.028 Y NA
 5666143 5666144 MCCL_0606 MCCL_0607 oppC oppD TRUE 0.844 15.000 0.000 1.000 Y NA
 5666144 5666145 MCCL_0607 MCCL_0608 oppD oppF TRUE 0.875 0.000 0.000 0.001   NA
 5666145 5666146 MCCL_0608 MCCL_0609 oppF   FALSE 0.020 232.000 0.000 1.000   NA
 5666148 5666149 MCCL_0611 MCCL_0612     FALSE 0.357 126.000 0.063 NA N NA
 5666149 5666150 MCCL_0612 MCCL_0613     TRUE 0.571 66.000 0.098 NA   NA
 5666150 5666151 MCCL_0613 MCCL_0614     TRUE 0.666 36.000 0.075 NA   NA
 5666151 5666152 MCCL_0614 MCCL_0615     TRUE 0.909 0.000 0.022 0.007   NA
 5666153 5666154 MCCL_0616 MCCL_0617     TRUE 0.873 16.000 0.138 NA   NA
 5666154 5666155 MCCL_0617 MCCL_0618     TRUE 0.636 45.000 0.063 1.000   NA
 5666156 5666157 MCCL_0619 MCCL_0620     TRUE 0.585 135.000 0.283 NA   NA
 5666157 5666158 MCCL_0620 MCCL_0621     TRUE 0.984 9.000 0.725 1.000   NA
 5666158 5666159 MCCL_0621 MCCL_0622     TRUE 0.969 18.000 0.480 1.000 N NA
 5666159 5666160 MCCL_0622 MCCL_0623     TRUE 0.758 69.000 0.163 1.000 N NA
 5666160 5666161 MCCL_0623 MCCL_0624     TRUE 0.955 10.000 0.094 1.000 Y NA
 5666161 5666162 MCCL_0624 MCCL_0625     FALSE 0.160 160.000 0.016 1.000 N NA
 5666163 5666164 MCCL_0626 MCCL_0627     TRUE 0.890 47.000 0.287 NA N NA
 5666166 5666167 MCCL_0629 MCCL_0630   murG TRUE 0.968 -22.000 0.239 1.000 N NA
 5666168 5666169 MCCL_0631 MCCL_0632 murE prfC FALSE 0.084 254.000 0.003 0.055 N NA
 5666169 5666170 MCCL_0632 MCCL_0633 prfC   TRUE 0.619 16.000 0.000 1.000 N NA
 5666170 5666171 MCCL_0633 MCCL_0634     FALSE 0.298 67.000 0.000 1.000 N NA
 5666171 5666172 MCCL_0634 MCCL_0635     TRUE 0.642 13.000 0.000 1.000 N NA
 5666175 5666176 MCCL_0638 MCCL_0639     FALSE 0.010 251.000 0.000 NA   NA
 5666178 5666179 MCCL_0641 MCCL_0642     FALSE 0.222 94.000 0.000 1.000 N NA
 5666179 5666180 MCCL_0642 MCCL_0643     FALSE 0.035 249.000 0.000 1.000 N NA
 5666180 5666181 MCCL_0643 MCCL_0644     FALSE 0.016 214.000 0.000 NA   NA
 5666181 5666182 MCCL_0644 MCCL_0645     TRUE 0.982 12.000 0.800 NA   NA
 5666183 5666184 MCCL_0646 MCCL_0647 tagA tagG TRUE 0.563 70.000 0.000 1.000 Y NA
 5666184 5666185 MCCL_0647 MCCL_0648 tagG   TRUE 0.913 11.000 0.000 0.075 Y NA
 5666185 5666186 MCCL_0648 MCCL_0649     TRUE 0.803 23.000 0.000 1.000 Y NA
 5666186 5666187 MCCL_0649 MCCL_0650   tagH TRUE 0.795 24.000 0.000 1.000 Y NA
 5666188 5666189 MCCL_0651 MCCL_0652 tagD   TRUE 0.920 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5666190 5666191 MCCL_0653 MCCL_0654     TRUE 0.863 10.000 0.000 NA Y NA
 5666191 5666192 MCCL_0654 MCCL_0655     TRUE 0.830 14.000 0.000 NA Y NA
 5666193 5666194 MCCL_0656 MCCL_0657     FALSE 0.190 87.000 0.000 NA N NA
 5666195 5666196 MCCL_0658 MCCL_0659 capO   TRUE 0.629 54.000 0.000 NA Y NA
 5666196 5666197 MCCL_0659 MCCL_0660     TRUE 0.782 23.000 0.000 NA Y NA
 5666197 5666198 MCCL_0660 MCCL_0661     TRUE 0.847 14.000 0.000 1.000 Y NA
 5666198 5666199 MCCL_0661 MCCL_0662     TRUE 0.508 -3.000 0.000 NA   NA
 5666199 5666200 MCCL_0662 MCCL_0663     FALSE 0.380 11.000 0.000 NA   NA
 5666200 5666201 MCCL_0663 MCCL_0664     FALSE 0.394 10.000 0.000 NA   NA
 5666201 5666202 MCCL_0664 MCCL_0665     FALSE 0.436 -28.000 0.000 NA   NA
 5666202 5666203 MCCL_0665 MCCL_0666     TRUE 0.834 18.000 0.000 1.000 Y NA
 5666203 5666204 MCCL_0666 MCCL_0667     FALSE 0.144 204.000 0.000 NA Y NA
 5666204 5666205 MCCL_0667 MCCL_0668     FALSE 0.267 145.000 0.000 NA Y NA
 5666205 5666206 MCCL_0668 MCCL_0669     TRUE 0.755 18.000 0.000 0.075 N NA
 5666206 5666207 MCCL_0669 MCCL_0670     FALSE 0.388 51.000 0.000 1.000 N NA
 5666207 5666208 MCCL_0670 MCCL_0671     FALSE 0.405 9.000 0.000 NA   NA
 5666208 5666209 MCCL_0671 MCCL_0672     FALSE 0.452 89.000 0.087 NA   NA
 5666209 5666210 MCCL_0672 MCCL_0673     FALSE 0.466 -16.000 0.000 NA   NA
 5666210 5666211 MCCL_0673 MCCL_0674   capI TRUE 0.572 3.000 0.000 1.000   NA
 5666211 5666212 MCCL_0674 MCCL_0675 capI capL TRUE 0.872 19.000 0.015 1.000 Y NA
 5666212 5666213 MCCL_0675 MCCL_0676 capL   TRUE 0.882 15.000 0.012 1.000 Y NA
 5666213 5666214 MCCL_0676 MCCL_0677     TRUE 0.966 5.000 0.111 1.000 Y NA
 5666214 5666215 MCCL_0677 MCCL_0678     TRUE 0.911 10.000 0.023 NA Y NA
 5666215 5666216 MCCL_0678 MCCL_0679     FALSE 0.088 257.000 0.000 NA Y NA
 5666216 5666217 MCCL_0679 MCCL_0680     TRUE 0.981 -36.000 0.625 NA   NA
 5666217 5666218 MCCL_0680 MCCL_0681     TRUE 0.989 -13.000 0.833 NA   NA
 5666218 5666219 MCCL_0681 MCCL_0682     TRUE 0.978 2.000 0.156 1.000 Y NA
 5666221 5666222 MCCL_0684 MCCL_0685     FALSE 0.016 213.000 0.000 NA   NA
 5666224 5666225 MCCL_0687 MCCL_0688     TRUE 0.963 -13.000 0.008 0.001 Y NA
 5666225 5666226 MCCL_0688 MCCL_0689   purC TRUE 0.942 -3.000 0.015 1.000 Y NA
 5666226 5666227 MCCL_0689 MCCL_0690 purC   TRUE 0.991 2.000 0.460 1.000 Y NA
 5666227 5666228 MCCL_0690 MCCL_0691   purQ TRUE 0.995 0.000 0.656 1.000 Y NA
 5666228 5666229 MCCL_0691 MCCL_0692 purQ purL TRUE 0.993 3.000 0.346 0.001 Y NA
 5666229 5666230 MCCL_0692 MCCL_0693 purL purF TRUE 0.980 -42.000 0.223 1.000 Y NA
 5666230 5666231 MCCL_0693 MCCL_0694 purF purM TRUE 0.984 3.000 0.248 1.000 Y NA
 5666231 5666232 MCCL_0694 MCCL_0695 purM purN TRUE 0.990 2.000 0.238 0.004 Y NA
 5666232 5666233 MCCL_0695 MCCL_0696 purN purH TRUE 0.975 12.000 0.225 1.000 Y NA
 5666233 5666234 MCCL_0696 MCCL_0697 purH purD TRUE 0.979 10.000 0.238 1.000 Y NA
 5666234 5666235 MCCL_0697 MCCL_0698 purD   FALSE 0.005 347.000 0.000 NA   NA
 5666235 5666236 MCCL_0698 MCCL_0699     FALSE 0.111 192.000 0.050 NA   NA
 5666236 5666237 MCCL_0699 MCCL_0700     TRUE 0.613 60.000 0.100 NA   NA
 5666237 5666238 MCCL_0700 MCCL_0701   ptsI FALSE 0.004 423.000 0.000 NA   NA
 5666240 5666241 MCCL_0703 MCCL_0704 cyoB cyoA TRUE 0.997 0.000 0.778 0.034 Y NA
 5666241 5666242 MCCL_0704 MCCL_0705 cyoA   TRUE 0.926 16.000 0.163 1.000 N NA
 5666246 5666247 MCCL_0709 MCCL_0710   pdhA FALSE 0.123 177.000 0.046 NA   NA
 5666247 5666248 MCCL_0710 MCCL_0711 pdhA pdhB TRUE 0.994 4.000 0.484 0.001 Y NA
 5666248 5666249 MCCL_0711 MCCL_0712 pdhB pdhC TRUE 0.971 94.000 0.883 0.065 Y NA
 5666249 5666250 MCCL_0712 MCCL_0713 pdhC pdhD TRUE 0.996 5.000 0.948 1.000 Y NA
 5666250 5666251 MCCL_0713 MCCL_0714 pdhD   FALSE 0.012 442.000 0.000 1.000 N NA
 5666251 5666252 MCCL_0714 MCCL_0715   potA TRUE 0.970 10.000 0.326 1.000 N NA
 5666252 5666253 MCCL_0715 MCCL_0716 potA potB TRUE 0.997 2.000 0.928 0.028 Y NA
 5666253 5666254 MCCL_0716 MCCL_0717 potB potC TRUE 0.995 -3.000 0.492 0.028 Y NA
 5666254 5666255 MCCL_0717 MCCL_0718 potC potD TRUE 0.991 -3.000 0.253 0.028 Y NA
 5666255 5666256 MCCL_0718 MCCL_0719 potD   TRUE 0.853 11.000 0.089 NA   NA
 5666257 5666258 MCCL_0720 MCCL_0721     TRUE 0.991 0.000 0.846 NA   NA
 5666258 5666259 MCCL_0721 MCCL_0722     FALSE 0.023 179.000 0.000 NA   NA
 5666262 5666263 MCCL_0725 MCCL_0726     TRUE 0.744 11.000 0.032 NA   NA
 5666265 5666266 MCCL_0728 MCCL_0729     FALSE 0.088 167.000 0.000 1.000 N NA
 5666268 5666269 MCCL_0731 MCCL_0732 ctaB ctaC TRUE 0.856 32.000 0.084 0.062 N NA
 5666269 5666270 MCCL_0732 MCCL_0733 ctaC ctaD TRUE 0.992 23.000 0.755 0.003 Y NA
 5666270 5666271 MCCL_0733 MCCL_0734 ctaD ctaE TRUE 0.998 0.000 0.925 0.003 Y NA
 5666271 5666272 MCCL_0734 MCCL_0735 ctaE   TRUE 0.998 0.000 0.950 0.034 Y NA
 5666272 5666273 MCCL_0735 MCCL_0736     TRUE 0.871 96.000 0.707 NA   NA
 5666273 5666274 MCCL_0736 MCCL_0737     TRUE 0.966 10.000 0.415 NA   NA
 5666275 5666276 MCCL_0738 MCCL_0739     FALSE 0.104 70.000 0.000 NA   NA
 5666277 5666278 MCCL_0740 MCCL_0741     TRUE 0.949 12.000 0.301 NA   NA
 5666278 5666279 MCCL_0741 MCCL_0742     FALSE 0.405 9.000 0.000 NA   NA
 5666280 5666281 MCCL_0743 MCCL_0744     FALSE 0.007 312.000 0.000 NA   NA
 5666282 5666283 MCCL_0745 MCCL_0746     TRUE 0.983 -3.000 0.367 1.000 N NA
 5666285 5666286 MCCL_0748 MCCL_0749     FALSE 0.005 338.000 0.000 NA   NA
 5666286 5666287 MCCL_0749 MCCL_0750     FALSE 0.141 139.000 0.025 NA   NA
 5666287 5666288 MCCL_0750 MCCL_0751   mraW TRUE 0.978 10.000 0.635 NA   NA
 5666288 5666289 MCCL_0751 MCCL_0752 mraW ftsL TRUE 0.876 13.000 0.077 1.000 N NA
 5666289 5666290 MCCL_0752 MCCL_0753 ftsL pbpA TRUE 0.984 -13.000 0.456 1.000 N NA
 5666290 5666291 MCCL_0753 MCCL_0754 pbpA mraY TRUE 0.833 37.000 0.038 1.000 Y NA
 5666291 5666292 MCCL_0754 MCCL_0755 mraY mruD TRUE 0.996 1.000 0.647 0.009 Y NA
 5666292 5666293 MCCL_0755 MCCL_0756 mruD   TRUE 0.901 8.000 0.008 NA Y NA
 5666293 5666294 MCCL_0756 MCCL_0757   ftsA TRUE 0.754 120.000 0.389 NA N NA
 5666294 5666295 MCCL_0757 MCCL_0758 ftsA ftsZ TRUE 0.971 33.000 0.460 1.000 Y NA
 5666295 5666296 MCCL_0758 MCCL_0759 ftsZ   TRUE 0.864 -55.000 0.082 NA   NA
 5666296 5666297 MCCL_0759 MCCL_0760     TRUE 0.851 -22.000 0.061 NA   NA
 5666297 5666298 MCCL_0760 MCCL_0761     TRUE 0.931 10.000 0.194 NA   NA
 5666298 5666299 MCCL_0761 MCCL_0762     FALSE 0.020 365.000 0.031 NA   NA
 5666299 5666300 MCCL_0762 MCCL_0763     TRUE 0.969 15.000 0.579 NA   NA
 5666300 5666301 MCCL_0763 MCCL_0764   ileS FALSE 0.048 251.000 0.012 NA N NA
 5666301 5666302 MCCL_0764 MCCL_0766 ileS lspA FALSE 0.150 129.000 0.000 1.000 N NA
 5666302 5666303 MCCL_0766 MCCL_0767 lspA   TRUE 0.828 -13.000 0.008 1.000 N NA
 5666303 5666304 MCCL_0767 MCCL_0768   pyrR FALSE 0.248 156.000 0.048 1.000 N NA
 5666304 5666305 MCCL_0768 MCCL_0769 pyrR pyrP TRUE 0.760 107.000 0.140 1.000 Y NA
 5666305 5666306 MCCL_0769 MCCL_0770 pyrP pyrB TRUE 0.938 12.000 0.064 1.000 Y NA
 5666306 5666307 MCCL_0770 MCCL_0771 pyrB pyrC TRUE 0.986 12.000 0.452 1.000 Y NA
 5666307 5666308 MCCL_0771 MCCL_0772 pyrC pyrAA TRUE 0.980 -7.000 0.155 1.000 Y NA
 5666308 5666309 MCCL_0772 MCCL_0773 pyrAA pyrAB TRUE 0.986 -7.000 0.117 0.001 Y NA
 5666309 5666310 MCCL_0773 MCCL_0774 pyrAB pyrK TRUE 0.890 24.000 0.147 1.000 N NA
 5666310 5666311 MCCL_0774 MCCL_0775 pyrK pyrD TRUE 0.989 -3.000 0.592 1.000 N NA
 5666311 5666312 MCCL_0775 MCCL_0776 pyrD pyrF TRUE 0.989 -3.000 0.154 0.002 Y NA
 5666312 5666313 MCCL_0776 MCCL_0777 pyrF pyrE TRUE 0.975 -10.000 0.133 1.000 Y NA
 5666313 5666314 MCCL_0777 MCCL_0778 pyrE   FALSE 0.120 63.000 0.000 NA   NA
 5666315 5666316 MCCL_0779 MCCL_0780     TRUE 0.853 -19.000 0.000 0.001   NA
 5666316 5666317 MCCL_0780 MCCL_0781     FALSE 0.346 80.000 0.000 0.014   NA
 5666318 5666319 MCCL_0782 MCCL_0783 glgB glgC TRUE 0.990 10.000 0.317 0.002 Y NA
 5666319 5666320 MCCL_0783 MCCL_0784 glgC glgD TRUE 0.988 0.000 0.143 0.001 Y NA
 5666320 5666321 MCCL_0784 MCCL_0785 glgD glgA TRUE 0.974 15.000 0.259 1.000 Y NA
 5666321 5666322 MCCL_0785 MCCL_0786 glgA glgP TRUE 0.983 11.000 0.314 1.000 Y NA
 5666322 5666323 MCCL_0786 MCCL_0787 glgP tenA FALSE 0.016 356.000 0.000 1.000 N NA
 5666323 5666324 MCCL_0787 MCCL_0788 tenA   FALSE 0.057 180.000 0.000 NA N NA
 5666324 5666325 MCCL_0788 MCCL_0789     FALSE 0.176 97.000 0.000 NA N NA
 5666325 5666326 MCCL_0789 MCCL_0790   phoB FALSE 0.104 153.000 0.000 1.000 N NA
 5666330 5666331 MCCL_0794 MCCL_0795 gmk coaBC FALSE 0.045 265.000 0.005 1.000 N NA
 5666331 5666332 MCCL_0795 MCCL_0796 coaBC priA TRUE 0.943 -3.000 0.099 1.000 N NA
 5666332 5666333 MCCL_0796 MCCL_0797 priA def FALSE 0.206 153.000 0.029 1.000 N NA
 5666333 5666334 MCCL_0797 MCCL_0798 def fmt TRUE 0.782 69.000 0.031 0.030 Y NA
 5666334 5666335 MCCL_0798 MCCL_0799 fmt   TRUE 0.988 -10.000 0.305 1.000 Y NA
 5666335 5666336 MCCL_0799 MCCL_0800     TRUE 0.940 0.000 0.135 1.000   NA
 5666336 5666337 MCCL_0800 MCCL_0801     TRUE 0.905 5.000 0.105 1.000   NA
 5666337 5666338 MCCL_0801 MCCL_0802     TRUE 0.995 2.000 0.704 1.000 Y NA
 5666338 5666339 MCCL_0802 MCCL_0803     FALSE 0.113 66.000 0.000 NA   NA
 5666339 5666340 MCCL_0803 MCCL_0804     FALSE 0.486 1.000 0.000 NA   NA
 5666340 5666341 MCCL_0804 MCCL_0805     FALSE 0.003 771.000 0.000 1.000   NA
 5666341 5666342 MCCL_0805 MCCL_0806   cfxE TRUE 0.786 0.000 0.013 1.000   NA
 5666342 5666343 MCCL_0806 MCCL_0807 cfxE   TRUE 0.867 -3.000 0.019 1.000 N NA
 5666343 5666344 MCCL_0807 MCCL_0808     FALSE 0.003 876.000 0.000 1.000   NA
 5666344 5666345 MCCL_0808 MCCL_0809   sdhB FALSE 0.165 68.000 0.000 1.000   NA
 5666345 5666346 MCCL_0809 MCCL_0810 sdhB sdhA TRUE 0.956 13.000 0.044 0.001 Y NA
 5666346 5666347 MCCL_0810 MCCL_0811 sdhA recG TRUE 0.969 -31.000 0.265 1.000 N NA
 5666347 5666348 MCCL_0811 MCCL_0812 recG   TRUE 0.583 13.000 0.000 NA N NA
 5666348 5666349 MCCL_0812 MCCL_0813     FALSE 0.093 143.000 0.000 NA N NA
 5666349 5666350 MCCL_0813 MCCL_0814     TRUE 0.878 3.000 0.035 1.000 N NA
 5666350 5666351 MCCL_0814 MCCL_0815   fabD TRUE 0.983 -7.000 0.106 0.006 Y NA
 5666351 5666352 MCCL_0815 MCCL_0816 fabD fabG TRUE 0.986 -10.000 0.149 0.006 Y NA
 5666352 5666353 MCCL_0816 MCCL_0817 fabG rnc FALSE 0.013 417.000 0.000 1.000 N NA
 5666353 5666354 MCCL_0817 MCCL_0818 rnc   TRUE 0.950 0.000 0.120 1.000 N NA
 5666354 5666355 MCCL_0818 MCCL_0819   ftsY TRUE 0.978 -3.000 0.165 0.017 N NA
 5666355 5666356 MCCL_0819 MCCL_0820 ftsY   TRUE 0.909 -7.000 0.081 1.000   NA
 5666356 5666357 MCCL_0820 MCCL_0821   ffh TRUE 0.912 12.000 0.151 1.000   NA
 5666357 5666358 MCCL_0821 MCCL_0822 ffh rimM FALSE 0.007 699.000 0.000 1.000 N NA
 5666358 5666359 MCCL_0822 MCCL_0823 rimM trmD TRUE 0.995 0.000 0.672 1.000 Y NA
 5666359 5666360 MCCL_0823 MCCL_0824 trmD rplS TRUE 0.896 123.000 0.567 1.000 Y NA
 5666361 5666362 MCCL_0825 MCCL_0826     TRUE 0.987 -16.000 0.750 NA   NA
 5666362 5666363 MCCL_0826 MCCL_0827     FALSE 0.486 1.000 0.000 NA   NA
 5666363 5666364 MCCL_0827 MCCL_0828     TRUE 0.508 -3.000 0.000 NA   NA
 5666365 5666366 MCCL_0829 MCCL_0830   rnhB TRUE 0.944 -10.000 0.148 1.000   NA
 5666366 5666367 MCCL_0830 MCCL_0831 rnhB sucC FALSE 0.324 98.000 0.015 1.000 N NA
 5666367 5666368 MCCL_0831 MCCL_0832 sucC sucD TRUE 0.979 16.000 0.173 0.001 Y NA
 5666368 5666369 MCCL_0832 MCCL_0833 sucD   FALSE 0.305 131.000 0.037 1.000 N NA
 5666369 5666370 MCCL_0833 MCCL_0834   topA TRUE 0.860 91.000 0.238 1.000 Y NA
 5666370 5666371 MCCL_0834 MCCL_0835 topA gid FALSE 0.377 165.000 0.137 1.000 N NA
 5666371 5666372 MCCL_0835 MCCL_0836 gid xerC TRUE 0.693 60.000 0.093 1.000 N NA
 5666372 5666373 MCCL_0836 MCCL_0837 xerC hslV TRUE 0.888 12.000 0.080 1.000 N NA
 5666373 5666374 MCCL_0837 MCCL_0838 hslV hslU TRUE 0.993 11.000 0.752 1.000 Y NA
 5666374 5666375 MCCL_0838 MCCL_0839 hslU codY TRUE 0.902 18.000 0.131 1.000 N NA
 5666375 5666376 MCCL_0839 MCCL_0840 codY rpsB FALSE 0.072 216.000 0.006 1.000 N NA
 5666376 5666377 MCCL_0840 MCCL_0841 rpsB tsf TRUE 0.921 126.000 0.748 1.000 Y NA
 5666377 5666378 MCCL_0841 MCCL_0842 tsf pyrH TRUE 0.696 145.000 0.416 1.000 N NA
 5666378 5666379 MCCL_0842 MCCL_0843 pyrH frr TRUE 0.968 26.000 0.626 1.000 N NA
 5666379 5666380 MCCL_0843 MCCL_0844 frr uppS TRUE 0.704 142.000 0.409 1.000 N NA
 5666380 5666381 MCCL_0844 MCCL_0845 uppS cdsA TRUE 0.958 11.000 0.113 1.000 Y NA
 5666381 5666382 MCCL_0845 MCCL_0846 cdsA   FALSE 0.489 153.000 0.071 1.000 Y NA
 5666382 5666383 MCCL_0846 MCCL_0847     TRUE 0.986 3.000 0.568 1.000 N NA
 5666383 5666384 MCCL_0847 MCCL_0848   proS TRUE 0.589 84.000 0.095 1.000 N NA
 5666384 5666385 MCCL_0848 MCCL_0849 proS polC TRUE 0.692 72.000 0.070 0.053 N NA
 5666385 5666386 MCCL_0849 MCCL_0850 polC   FALSE 0.304 115.000 0.059 NA   NA
 5666386 5666387 MCCL_0850 MCCL_0851   nusA TRUE 0.983 10.000 0.759 NA   NA
 5666387 5666388 MCCL_0851 MCCL_0852 nusA   FALSE 0.083 294.000 0.075 NA N NA
 5666388 5666389 MCCL_0852 MCCL_0853   infB TRUE 0.984 -7.000 0.223 NA Y NA
 5666389 5666390 MCCL_0853 MCCL_0854 infB   FALSE 0.055 206.000 0.000 1.000 N NA
 5666393 5666394 MCCL_0857 MCCL_0858 ilvA ilvC TRUE 0.915 13.000 0.033 1.000 Y NA
 5666394 5666395 MCCL_0858 MCCL_0859 ilvC ilvB FALSE 0.203 242.000 0.000 0.002 Y NA
 5666395 5666396 MCCL_0859 MCCL_0860 ilvB ilvD TRUE 0.969 12.000 0.089 0.002 Y NA
 5666397 5666398 MCCL_0861 MCCL_0862 rbfA truB TRUE 0.852 58.000 0.111 1.000 Y NA
 5666398 5666399 MCCL_0862 MCCL_0863 truB ribC TRUE 0.969 10.000 0.308 1.000 N NA
 5666399 5666400 MCCL_0863 MCCL_0864 ribC pnpA FALSE 0.010 492.000 0.000 1.000 N NA
 5666400 5666401 MCCL_0864 MCCL_0865 pnpA   TRUE 0.525 61.000 0.057 1.000   NA
 5666401 5666402 MCCL_0865 MCCL_0866     FALSE 0.006 443.000 0.000 1.000   NA
 5666402 5666403 MCCL_0866 MCCL_0867   ftsK FALSE 0.422 60.000 0.026 1.000   NA
 5666403 5666404 MCCL_0867 MCCL_0868 ftsK   TRUE 0.887 12.000 0.115 1.000   NA
 5666404 5666405 MCCL_0868 MCCL_0869     TRUE 0.885 9.000 0.093 1.000   NA
 5666405 5666406 MCCL_0869 MCCL_0870     TRUE 0.995 0.000 0.872 0.007   NA
 5666406 5666407 MCCL_0870 MCCL_0871     TRUE 0.979 -7.000 0.397 1.000   NA
 5666407 5666408 MCCL_0871 MCCL_0872     TRUE 0.927 11.000 0.114 0.064   NA
 5666408 5666409 MCCL_0872 MCCL_0873     TRUE 0.906 16.000 0.163 1.000   NA
 5666409 5666410 MCCL_0873 MCCL_0874     TRUE 0.607 17.000 0.009 1.000   NA
 5666410 5666411 MCCL_0874 MCCL_0875   recA FALSE 0.054 277.000 0.022 1.000 N NA
 5666411 5666412 MCCL_0875 MCCL_0876 recA   FALSE 0.023 327.000 0.018 1.000   NA
 5666412 5666413 MCCL_0876 MCCL_0877     FALSE 0.117 355.000 0.245 NA   NA
 5666413 5666414 MCCL_0877 MCCL_0878   porA FALSE 0.202 105.000 0.021 NA   NA
 5666414 5666415 MCCL_0878 MCCL_0879 porA porB TRUE 0.995 1.000 0.437 0.001 Y NA
 5666415 5666416 MCCL_0879 MCCL_0880 porB   FALSE 0.047 197.000 0.000 NA N NA
 5666416 5666417 MCCL_0880 MCCL_0881     TRUE 0.549 284.000 0.584 NA Y NA
 5666417 5666418 MCCL_0881 MCCL_0882     TRUE 0.960 27.000 0.253 1.000 Y NA
 5666420 5666421 MCCL_0884 MCCL_0885     TRUE 0.983 -91.000 0.167 0.008 Y NA
 5666421 5666422 MCCL_0885 MCCL_0886   maiB FALSE 0.128 138.000 0.000 1.000 N NA
 5666422 5666423 MCCL_0886 MCCL_0887 maiB   TRUE 0.820 3.000 0.041 NA   NA
 5666423 5666424 MCCL_0887 MCCL_0888   mutS FALSE 0.284 90.000 0.031 NA   NA
 5666424 5666425 MCCL_0888 MCCL_0889 mutS mutL TRUE 0.986 10.000 0.220 0.003 Y NA
 5666425 5666426 MCCL_0889 MCCL_0890 mutL glpP TRUE 0.866 0.000 0.020 1.000 N NA
 5666426 5666427 MCCL_0890 MCCL_0891 glpP glpF FALSE 0.399 134.000 0.083 1.000 N NA
 5666427 5666428 MCCL_0891 MCCL_0892 glpF glpK TRUE 0.825 19.000 0.057 1.000 N NA
 5666428 5666429 MCCL_0892 MCCL_0893 glpK glpD TRUE 0.921 21.000 0.013 0.002 Y NA
 5666429 5666430 MCCL_0893 MCCL_0894 glpD   FALSE 0.254 129.000 0.029 NA N NA
 5666430 5666431 MCCL_0894 MCCL_0895   miaA TRUE 0.860 -7.000 0.025 NA N NA
 5666433 5666434 MCCL_0897 MCCL_0898     TRUE 0.867 5.000 0.065 1.000   NA
 5666434 5666435 MCCL_0898 MCCL_0899   glnR FALSE 0.399 111.000 0.046 1.000 N NA
 5666435 5666436 MCCL_0899 MCCL_0900 glnR glnA TRUE 0.885 17.000 0.103 1.000 N NA
 5666437 5666438 MCCL_0901 MCCL_0902 int   FALSE 0.123 127.000 0.000 NA N NA
 5666438 5666439 MCCL_0902 MCCL_0903     FALSE 0.072 102.000 0.000 NA   NA
 5666439 5666440 MCCL_0903 MCCL_0904     FALSE 0.252 25.000 0.000 NA   NA
 5666440 5666441 MCCL_0904 MCCL_0905     FALSE 0.239 27.000 0.000 NA   NA
 5666441 5666442 MCCL_0905 MCCL_0906     TRUE 0.943 13.000 0.286 NA   NA
 5666443 5666444 MCCL_0907 MCCL_0908     FALSE 0.002 2365.000 0.000 NA   NA
 5666444 5666445 MCCL_0908 MCCL_0909     FALSE 0.016 208.000 0.000 NA   NA
 5666445 5666446 MCCL_0909 MCCL_0910     TRUE 0.964 -28.000 0.312 NA   NA
 5666446 5666447 MCCL_0910 MCCL_0911     FALSE 0.301 19.000 0.000 NA   NA
 5666447 5666448 MCCL_0911 MCCL_0912     FALSE 0.498 -7.000 0.000 NA   NA
 5666448 5666449 MCCL_0912 MCCL_0913     TRUE 0.742 29.000 0.000 NA Y NA
 5666449 5666450 MCCL_0913 MCCL_0914     FALSE 0.010 258.000 0.000 NA   NA
 5666450 5666451 MCCL_0914 MCCL_0915     FALSE 0.022 180.000 0.000 NA   NA
 5666451 5666452 MCCL_0915 MCCL_0916     FALSE 0.012 242.000 0.000 NA   NA
 5666452 5666453 MCCL_0916 MCCL_0917     FALSE 0.170 46.000 0.000 NA   NA
 5666453 5666454 MCCL_0917 MCCL_0918     FALSE 0.107 69.000 0.000 NA   NA
 5666454 5666455 MCCL_0918 MCCL_0919     FALSE 0.035 146.000 0.000 NA   NA
 5666455 5666456 MCCL_0919 MCCL_0920     FALSE 0.004 402.000 0.000 NA   NA
 5666456 5666457 MCCL_0920 MCCL_0921     TRUE 0.977 -7.000 0.200 0.002   NA
 5666457 5666458 MCCL_0921 MCCL_0922     FALSE 0.345 13.000 0.000 NA   NA
 5666458 5666459 MCCL_0922 MCCL_0923     TRUE 0.848 50.000 0.278 NA   NA
 5666459 5666460 MCCL_0923 MCCL_0924     FALSE 0.154 52.000 0.000 NA   NA
 5666460 5666461 MCCL_0924 MCCL_0925     FALSE 0.085 84.000 0.000 NA   NA
 5666461 5666462 MCCL_0925 MCCL_0926     TRUE 0.855 16.000 0.115 NA   NA
 5666462 5666463 MCCL_0926 MCCL_0927     FALSE 0.008 296.000 0.000 NA   NA
 5666463 5666464 MCCL_0927 MCCL_0928     FALSE 0.008 296.000 0.000 NA   NA
 5666464 5666465 MCCL_0928 MCCL_0929     TRUE 0.966 5.000 0.333 NA   NA
 5666465 5666466 MCCL_0929 MCCL_0930     TRUE 0.758 12.000 0.041 NA   NA
 5666466 5666467 MCCL_0930 MCCL_0931     TRUE 0.555 66.000 0.093 NA   NA
 5666467 5666468 MCCL_0931 MCCL_0932     TRUE 0.965 18.000 0.562 NA   NA
 5666468 5666469 MCCL_0932 MCCL_0933     FALSE 0.329 15.000 0.000 NA   NA
 5666469 5666470 MCCL_0933 MCCL_0934     FALSE 0.002 2140.000 0.000 NA   NA
 5666470 5666471 MCCL_0934 MCCL_0935     FALSE 0.400 -133.000 0.000 NA   NA
 5666471 5666472 MCCL_0935 MCCL_0936     FALSE 0.003 495.000 0.000 NA   NA
 5666472 5666473 MCCL_0936 MCCL_0937     FALSE 0.319 17.000 0.000 NA   NA
 5666474 5666475 MCCL_0938 MCCL_0939 int   FALSE 0.432 5.000 0.000 NA   NA
 5666475 5666476 MCCL_0939 MCCL_0940     FALSE 0.005 338.000 0.000 NA   NA
 5666476 5666477 MCCL_0940 MCCL_0941     FALSE 0.120 63.000 0.000 NA   NA
 5666477 5666478 MCCL_0941 MCCL_0942     FALSE 0.345 13.000 0.000 NA   NA
 5666479 5666480 MCCL_0943 MCCL_0944     TRUE 0.826 2.000 0.000 0.015   NA
 5666480 5666481 MCCL_0944 MCCL_0945     FALSE 0.003 899.000 0.000 1.000   NA
 5666481 5666482 MCCL_0945 MCCL_0946     FALSE 0.019 390.000 0.000 0.057   NA
 5666482 5666483 MCCL_0946 MCCL_0947     TRUE 0.989 6.000 0.310 0.057 Y NA
 5666483 5666484 MCCL_0947 MCCL_0948     FALSE 0.213 32.000 0.000 NA   NA
 5666484 5666485 MCCL_0948 MCCL_0949     FALSE 0.410 -61.000 0.000 NA   NA
 5666485 5666486 MCCL_0949 MCCL_0950     FALSE 0.432 -31.000 0.000 NA   NA
 5666486 5666487 MCCL_0950 MCCL_0951     FALSE 0.319 17.000 0.000 NA   NA
 5666487 5666488 MCCL_0951 MCCL_0952     FALSE 0.007 314.000 0.000 NA   NA
 5666488 5666489 MCCL_0952 MCCL_0953     FALSE 0.002 967.000 0.000 NA   NA
 5666489 5666490 MCCL_0953 MCCL_0954     FALSE 0.454 3.000 0.000 NA   NA
 5666490 5666491 MCCL_0954 MCCL_0955     FALSE 0.002 2376.000 0.000 NA   NA
 5666491 5666492 MCCL_0955 MCCL_0956     FALSE 0.026 171.000 0.000 NA   NA
 5666492 5666493 MCCL_0956 MCCL_0957     FALSE 0.002 703.000 0.000 NA   NA
 5666493 5666494 MCCL_0957 MCCL_0958     FALSE 0.111 67.000 0.000 NA   NA
 5666494 5666495 MCCL_0958 MCCL_0959     FALSE 0.002 597.000 0.000 NA   NA
 5666495 5666496 MCCL_0959 MCCL_0960     TRUE 0.508 -3.000 0.000 NA   NA
 5666496 5666497 MCCL_0960 MCCL_0961     FALSE 0.345 13.000 0.000 NA   NA
 5666497 5666498 MCCL_0961 MCCL_0962     TRUE 0.966 5.000 0.333 NA   NA
 5666498 5666499 MCCL_0962 MCCL_0963     FALSE 0.427 -34.000 0.000 NA   NA
 5666499 5666500 MCCL_0963 MCCL_0964     FALSE 0.003 505.000 0.000 NA   NA
 5666500 5666501 MCCL_0964 MCCL_0965     FALSE 0.334 14.000 0.000 NA   NA
 5666501 5666502 MCCL_0965 MCCL_0966     FALSE 0.239 27.000 0.000 NA   NA
 5666502 5666503 MCCL_0966 MCCL_0967     FALSE 0.006 335.000 0.000 NA   NA
 5666503 5666504 MCCL_0967 MCCL_0968     TRUE 0.987 0.000 0.667 NA   NA
 5666504 5666505 MCCL_0968 MCCL_0969     TRUE 0.981 -100.000 0.667 NA   NA
 5666505 5666506 MCCL_0969 MCCL_0970     TRUE 0.983 5.000 0.667 NA   NA
 5666506 5666507 MCCL_0970 MCCL_0971     TRUE 0.910 64.000 0.667 NA   NA
 5666507 5666508 MCCL_0971 MCCL_0972     FALSE 0.096 76.000 0.000 NA   NA
 5666508 5666509 MCCL_0972 MCCL_0973     FALSE 0.420 -45.000 0.000 NA   NA
 5666509 5666510 MCCL_0973 MCCL_0974     FALSE 0.184 40.000 0.000 NA   NA
 5666510 5666511 MCCL_0974 MCCL_0975     FALSE 0.486 1.000 0.000 NA   NA
 5666511 5666512 MCCL_0975 MCCL_0976     FALSE 0.485 -10.000 0.000 NA   NA
 5666512 5666513 MCCL_0976 MCCL_0977     TRUE 0.503 0.000 0.000 NA   NA
 5666513 5666514 MCCL_0977 MCCL_0978     FALSE 0.003 497.000 0.000 NA   NA
 5666514 5666515 MCCL_0978 MCCL_0979     FALSE 0.068 106.000 0.000 NA   NA
 5666515 5666516 MCCL_0979 MCCL_0980     FALSE 0.008 346.000 0.000 1.000   NA
 5666516 5666517 MCCL_0980 MCCL_0981     FALSE 0.009 335.000 0.000 1.000   NA
 5666517 5666518 MCCL_0981 MCCL_0982     FALSE 0.498 -7.000 0.000 NA   NA
 5666519 5666520 MCCL_0983 MCCL_0984   thrA FALSE 0.002 1759.000 0.000 NA   NA
 5666521 5666522 MCCL_0985 MCCL_0986   thrC TRUE 0.939 -13.000 0.021 1.000 Y NA
 5666522 5666523 MCCL_0986 MCCL_0987 thrC   TRUE 0.985 0.000 0.221 1.000 Y NA
 5666523 5666524 MCCL_0987 MCCL_0988     TRUE 0.530 27.000 0.013 1.000   NA
 5666525 5666526 MCCL_0989 MCCL_0990     TRUE 0.912 63.000 0.667 NA   NA
 5666526 5666527 MCCL_0990 MCCL_0991     FALSE 0.005 355.000 0.000 NA   NA
 5666528 5666529 MCCL_0992 MCCL_0993     FALSE 0.004 403.000 0.000 NA   NA
 5666529 5666530 MCCL_0993 MCCL_0994     FALSE 0.405 9.000 0.000 NA   NA
 5666532 5666533 MCCL_0996 MCCL_0997   tkt TRUE 0.904 24.000 0.240 NA   NA
 5666535 5666536 MCCL_0999 MCCL_1000     TRUE 0.826 15.000 0.000 NA Y NA
 5666538 5666539 MCCL_1002 MCCL_1003     TRUE 0.994 -13.000 0.669 NA Y NA
 5666541 5666542 MCCL_1007 MCCL_1008 opuD citB FALSE 0.076 177.000 0.000 1.000 N NA
 5666542 5666543 MCCL_1008 MCCL_1009 citB   FALSE 0.249 86.000 0.015 1.000   NA
 5666545 5666546 MCCL_1011 MCCL_1012 grlB grlA TRUE 0.996 -7.000 0.552 0.003 Y NA
 5666546 5666547 MCCL_1012 MCCL_1013 grlA   FALSE 0.249 80.000 0.000 1.000 N NA
 5666549 5666550 MCCL_1015 MCCL_1016   glcB FALSE 0.092 115.000 0.000 1.000   NA
 5666550 5666551 MCCL_1016 MCCL_1017 glcB   FALSE 0.035 146.000 0.000 NA   NA
 5666551 5666552 MCCL_1017 MCCL_1018     FALSE 0.131 132.000 0.018 NA   NA
 5666558 5666559 MCCL_1024 MCCL_1025     FALSE 0.394 10.000 0.000 NA   NA
 5666559 5666560 MCCL_1025 MCCL_1026     FALSE 0.213 32.000 0.000 NA   NA
 5666560 5666561 MCCL_1026 MCCL_1027     FALSE 0.329 15.000 0.000 NA   NA
 5666561 5666562 MCCL_1027 MCCL_1028     FALSE 0.078 92.000 0.000 NA   NA
 5666562 5666563 MCCL_1028 MCCL_1029     FALSE 0.116 96.000 0.000 1.000   NA
 5666563 5666564 MCCL_1029 MCCL_1030     TRUE 0.503 0.000 0.000 NA   NA
 5666564 5666565 MCCL_1030 MCCL_1031     FALSE 0.085 83.000 0.000 NA   NA
 5666565 5666566 MCCL_1031 MCCL_1032     FALSE 0.228 124.000 0.000 0.015   NA
 5666566 5666567 MCCL_1032 MCCL_1033     FALSE 0.032 190.000 0.000 1.000   NA
 5666567 5666568 MCCL_1033 MCCL_1034     FALSE 0.004 568.000 0.000 1.000   NA
 5666570 5666571 MCCL_1036 MCCL_1037   yhfE FALSE 0.028 164.000 0.000 NA   NA
 5666571 5666572 MCCL_1037 MCCL_1038 yhfE   FALSE 0.104 70.000 0.000 NA   NA
 5666573 5666574 MCCL_1039 MCCL_1040     FALSE 0.491 -9.000 0.000 NA   NA
 5666575 5666576 MCCL_1041 MCCL_1042 femA femB TRUE 0.995 22.000 1.000 0.009 Y NA
 5666578 5666579 MCCL_1044 MCCL_1045     TRUE 0.607 18.000 0.000 1.000 N NA
 5666581 5666582 MCCL_1047 MCCL_1048   lysC FALSE 0.011 308.000 0.000 1.000   NA
 5666582 5666583 MCCL_1048 MCCL_1049 lysC asd TRUE 0.944 19.000 0.119 1.000 Y NA
 5666583 5666584 MCCL_1049 MCCL_1050 asd dapA TRUE 0.878 18.000 0.015 1.000 Y NA
 5666584 5666585 MCCL_1050 MCCL_1051 dapA dapB TRUE 0.942 -3.000 0.014 1.000 Y NA
 5666585 5666586 MCCL_1051 MCCL_1052 dapB dapD TRUE 0.909 16.000 0.036 1.000 Y NA
 5666586 5666587 MCCL_1052 MCCL_1053 dapD   TRUE 0.882 55.000 0.372 1.000   NA
 5666587 5666588 MCCL_1053 MCCL_1054   alr2 TRUE 0.624 -3.000 0.000 1.000   NA
 5666588 5666589 MCCL_1054 MCCL_1055 alr2 lysA TRUE 0.804 -19.000 0.003 1.000 N NA
 5666591 5666592 MCCL_1057 MCCL_1058     TRUE 0.762 100.000 0.373 NA   NA
 5666593 5666594 MCCL_1059 MCCL_1060     TRUE 0.631 85.000 0.136 NA N NA
 5666594 5666595 MCCL_1060 MCCL_1061     TRUE 0.990 0.000 0.822 NA   NA
 5666595 5666596 MCCL_1061 MCCL_1062     FALSE 0.004 401.000 0.000 NA   NA
 5666596 5666597 MCCL_1062 MCCL_1063   odhB FALSE 0.104 70.000 0.000 NA   NA
 5666597 5666598 MCCL_1063 MCCL_1064 odhB   TRUE 0.990 14.000 0.667 1.000 Y NA
 5666598 5666599 MCCL_1064 MCCL_1065     FALSE 0.301 94.000 0.006 1.000 N NA
 5666599 5666600 MCCL_1065 MCCL_1066     TRUE 0.992 -3.000 0.438 1.000 Y NA
 5666600 5666601 MCCL_1066 MCCL_1067     TRUE 0.603 12.000 0.000 NA N NA
 5666601 5666602 MCCL_1067 MCCL_1068     FALSE 0.046 198.000 0.000 NA N NA
 5666602 5666603 MCCL_1068 MCCL_1069   murG TRUE 0.777 12.000 0.016 1.000 N NA
 5666603 5666604 MCCL_1069 MCCL_1070 murG   TRUE 0.854 13.000 0.000 1.000 Y NA
 5666604 5666605 MCCL_1070 MCCL_1071     FALSE 0.015 361.000 0.000 1.000 N NA
 5666605 5666606 MCCL_1071 MCCL_1072   msrB TRUE 0.923 15.000 0.154 1.000 N NA
 5666606 5666607 MCCL_1072 MCCL_1073 msrB msrA TRUE 0.995 -34.000 0.615 0.002 Y NA
 5666607 5666608 MCCL_1073 MCCL_1074 msrA   TRUE 0.818 5.000 0.047 NA   NA
 5666608 5666609 MCCL_1074 MCCL_1075     FALSE 0.466 -16.000 0.000 NA   NA
 5666609 5666610 MCCL_1075 MCCL_1076     FALSE 0.432 5.000 0.000 NA   NA
 5666610 5666611 MCCL_1076 MCCL_1077   dfrB TRUE 0.855 -7.000 0.015 1.000 N NA
 5666611 5666612 MCCL_1077 MCCL_1078 dfrB thyA TRUE 0.967 10.000 0.295 1.000 N NA
 5666612 5666613 MCCL_1078 MCCL_1079 thyA   FALSE 0.011 248.000 0.000 NA   NA
 5666613 5666614 MCCL_1079 MCCL_1080     TRUE 0.860 -67.000 0.081 NA   NA
 5666614 5666615 MCCL_1080 MCCL_1081     TRUE 0.508 -3.000 0.000 NA   NA
 5666615 5666616 MCCL_1081 MCCL_1082     FALSE 0.304 32.000 0.000 1.000   NA
 5666617 5666618 MCCL_1083 MCCL_1084     TRUE 0.840 0.000 0.039 NA   NA
 5666619 5666620 MCCL_1085 MCCL_1086     TRUE 0.619 0.000 0.000 1.000   NA
 5666620 5666621 MCCL_1086 MCCL_1087     FALSE 0.173 65.000 0.000 1.000   NA
 5666621 5666622 MCCL_1087 MCCL_1088     TRUE 0.703 -61.000 0.000 1.000 N NA
 5666622 5666623 MCCL_1088 MCCL_1089     TRUE 0.624 -3.000 0.000 1.000   NA
 5666624 5666625 MCCL_1090 MCCL_1091     TRUE 0.948 72.000 0.786 0.003   NA
 5666626 5666627 MCCL_1092 MCCL_1093     FALSE 0.145 114.000 0.000 NA N NA
 5666627 5666628 MCCL_1093 MCCL_1094     FALSE 0.003 545.000 0.000 NA   NA
 5666628 5666629 MCCL_1094 MCCL_1095     TRUE 0.975 11.000 0.579 NA   NA
 5666629 5666630 MCCL_1095 MCCL_1096     TRUE 0.950 -3.000 0.165 NA   NA
 5666631 5666632 MCCL_1097 MCCL_1098   pbpB TRUE 0.938 22.000 0.319 1.000   NA
 5666633 5666634 MCCL_1099 MCCL_1100     TRUE 0.722 -3.000 0.009 NA   NA
 5666634 5666635 MCCL_1100 MCCL_1101   dnaD TRUE 0.960 -10.000 0.075 NA Y NA
 5666635 5666636 MCCL_1101 MCCL_1102 dnaD asnS TRUE 0.641 126.000 0.234 NA N NA
 5666636 5666637 MCCL_1102 MCCL_1103 asnS   FALSE 0.462 74.000 0.030 1.000 N NA
 5666637 5666638 MCCL_1103 MCCL_1104     TRUE 0.894 10.000 0.074 1.000 N NA
 5666638 5666639 MCCL_1104 MCCL_1105     TRUE 0.849 -22.000 0.023 1.000 N NA
 5666639 5666640 MCCL_1105 MCCL_1106     TRUE 0.953 -3.000 0.126 1.000 N NA
 5666640 5666641 MCCL_1106 MCCL_1107     TRUE 0.715 15.000 0.038 NA   NA
 5666643 5666644 MCCL_1109 MCCL_1110     TRUE 0.643 47.000 0.083 NA   NA
 5666644 5666645 MCCL_1110 MCCL_1111   qcrC TRUE 0.574 54.000 0.069 NA   NA
 5666645 5666646 MCCL_1111 MCCL_1112 qcrC qcrB TRUE 0.842 31.000 0.095 0.031   NA
 5666646 5666647 MCCL_1112 MCCL_1113 qcrB qcrA TRUE 0.964 12.000 0.447 NA   NA
 5666647 5666648 MCCL_1113 MCCL_1114 qcrA   TRUE 0.771 120.000 0.540 NA   NA
 5666648 5666649 MCCL_1114 MCCL_1115     FALSE 0.454 3.000 0.000 NA   NA
 5666649 5666650 MCCL_1115 MCCL_1116     FALSE 0.109 68.000 0.000 NA   NA
 5666650 5666651 MCCL_1116 MCCL_1117   aroA TRUE 0.756 0.000 0.007 1.000   NA
 5666651 5666652 MCCL_1117 MCCL_1118 aroA aroB TRUE 0.960 -3.000 0.051 1.000 Y NA
 5666652 5666653 MCCL_1118 MCCL_1119 aroB aroC TRUE 0.976 10.000 0.110 0.002 Y NA
 5666653 5666654 MCCL_1119 MCCL_1120 aroC ndk FALSE 0.221 119.000 0.002 1.000 N NA
 5666654 5666655 MCCL_1120 MCCL_1121 ndk hepB2 TRUE 0.546 72.000 0.054 1.000 N NA
 5666655 5666656 MCCL_1121 MCCL_1122 hepB2 menG TRUE 0.924 6.000 0.020 1.000 Y NA
 5666656 5666657 MCCL_1122 MCCL_1123 menG hepB1 FALSE 0.498 -7.000 0.000 NA   NA
 5666657 5666658 MCCL_1123 MCCL_1124 hepB1   FALSE 0.003 480.000 0.000 NA   NA
 5666658 5666659 MCCL_1124 MCCL_1125   glyC FALSE 0.018 197.000 0.000 NA   NA
 5666659 5666660 MCCL_1125 MCCL_1126 glyC   TRUE 0.843 11.000 0.068 1.000   NA
 5666660 5666661 MCCL_1126 MCCL_1127   rpsA FALSE 0.280 109.000 0.032 1.000   NA
 5666661 5666662 MCCL_1127 MCCL_1128 rpsA cmk FALSE 0.486 81.000 0.047 1.000 N NA
 5666664 5666665 MCCL_1130 MCCL_1131     FALSE 0.248 46.000 0.000 1.000   NA
 5666665 5666666 MCCL_1131 MCCL_1132     FALSE 0.410 19.000 0.000 1.000   NA
 5666666 5666667 MCCL_1132 MCCL_1133     FALSE 0.208 56.000 0.000 1.000   NA
 5666667 5666668 MCCL_1133 MCCL_1134     TRUE 0.981 -10.000 0.508 NA   NA
 5666668 5666669 MCCL_1134 MCCL_1135     FALSE 0.422 -40.000 0.000 NA   NA
 5666669 5666670 MCCL_1135 MCCL_1136     FALSE 0.042 137.000 0.000 NA   NA
 5666670 5666671 MCCL_1136 MCCL_1137     FALSE 0.022 183.000 0.000 NA   NA
 5666671 5666672 MCCL_1137 MCCL_1138     TRUE 0.946 0.000 0.022 1.000 Y NA
 5666672 5666673 MCCL_1138 MCCL_1139   resC TRUE 0.924 19.000 0.178 1.000 N NA
 5666673 5666674 MCCL_1139 MCCL_1140 resC resB TRUE 0.964 -34.000 0.120 NA Y NA
 5666674 5666675 MCCL_1140 MCCL_1141 resB resA TRUE 0.531 72.000 0.094 NA   NA
 5666675 5666676 MCCL_1141 MCCL_1142 resA rluB FALSE 0.447 85.000 0.069 1.000   NA
 5666676 5666677 MCCL_1142 MCCL_1143 rluB   TRUE 0.971 -3.000 0.224 NA N NA
 5666677 5666678 MCCL_1143 MCCL_1144     TRUE 0.984 -7.000 0.570 NA   NA
 5666680 5666681 MCCL_1146 MCCL_1147 xerD   FALSE 0.454 75.000 0.029 1.000 N NA
 5666681 5666682 MCCL_1147 MCCL_1148     FALSE 0.293 116.000 0.021 1.000 N NA
 5666683 5666684 MCCL_1149 MCCL_1150     TRUE 0.508 -3.000 0.000 NA   NA
 5666688 5666689 MCCL_1154 MCCL_1155 zwf   FALSE 0.057 117.000 0.000 NA   NA
 5666689 5666690 MCCL_1155 MCCL_1156     FALSE 0.415 -55.000 0.000 NA   NA
 5666691 5666692 MCCL_1157 MCCL_1158 gnd   TRUE 0.563 60.000 0.035 1.000 N NA
 5666692 5666693 MCCL_1158 MCCL_1159     FALSE 0.011 245.000 0.000 NA   NA
 5666693 5666694 MCCL_1159 MCCL_1160     TRUE 0.892 4.000 0.097 NA   NA
 5666694 5666695 MCCL_1160 MCCL_1161     FALSE 0.043 136.000 0.000 NA   NA
 5666695 5666696 MCCL_1161 MCCL_1162     FALSE 0.012 420.000 0.000 1.000 N NA
 5666696 5666697 MCCL_1162 MCCL_1163     TRUE 0.739 3.000 0.000 1.000 N NA
 5666697 5666698 MCCL_1163 MCCL_1164   recN TRUE 0.642 13.000 0.000 1.000 N NA
 5666698 5666699 MCCL_1164 MCCL_1165 recN argR TRUE 0.852 13.000 0.056 1.000 N NA
 5666699 5666700 MCCL_1165 MCCL_1166 argR   TRUE 0.541 79.000 0.064 1.000 N NA
 5666700 5666701 MCCL_1166 MCCL_1167     TRUE 0.964 -13.000 0.189 1.000 N NA
 5666701 5666702 MCCL_1167 MCCL_1168     TRUE 0.601 94.000 0.024 1.000 Y NA
 5666702 5666703 MCCL_1168 MCCL_1169     FALSE 0.067 188.000 0.000 1.000 N NA
 5666703 5666704 MCCL_1169 MCCL_1170     TRUE 0.851 0.000 0.011 1.000 N NA
 5666704 5666705 MCCL_1170 MCCL_1171     TRUE 0.862 43.000 0.265 NA   NA
 5666705 5666706 MCCL_1171 MCCL_1172   accC TRUE 0.786 86.000 0.373 NA   NA
 5666706 5666707 MCCL_1172 MCCL_1173 accC accB TRUE 0.965 2.000 0.086 1.000 Y NA
 5666707 5666708 MCCL_1173 MCCL_1174 accB efp TRUE 0.522 120.000 0.120 1.000 N NA
 5666708 5666709 MCCL_1174 MCCL_1176 efp   TRUE 0.896 25.000 0.160 1.000 N NA
 5666713 5666714 MCCL_1179 MCCL_1180 gcvP2 gcvP1 TRUE 0.993 -16.000 0.316 0.001 Y NA
 5666714 5666715 MCCL_1180 MCCL_1181 gcvP1 gcvT1 TRUE 0.967 13.000 0.092 0.002 Y NA
 5666715 5666716 MCCL_1181 MCCL_1182 gcvT1   TRUE 0.550 105.000 0.019 1.000 Y NA
 5666716 5666717 MCCL_1182 MCCL_1183     FALSE 0.171 161.000 0.029 NA N NA
 5666717 5666718 MCCL_1183 MCCL_1184     FALSE 0.025 174.000 0.000 NA   NA
 5666718 5666719 MCCL_1184 MCCL_1185     FALSE 0.498 -7.000 0.000 NA   NA
 5666719 5666720 MCCL_1185 MCCL_1186     TRUE 0.996 13.000 0.861 0.002 Y NA
 5666720 5666721 MCCL_1186 MCCL_1187     TRUE 0.537 -49.000 0.000 1.000   NA
 5666721 5666722 MCCL_1187 MCCL_1188     FALSE 0.005 487.000 0.000 1.000   NA
 5666724 5666725 MCCL_1190 MCCL_1191     TRUE 0.794 0.000 0.024 NA   NA
 5666725 5666726 MCCL_1191 MCCL_1192     FALSE 0.080 193.000 0.022 1.000   NA
 5666726 5666727 MCCL_1192 MCCL_1193     TRUE 0.704 -24.000 0.006 1.000   NA
 5666727 5666728 MCCL_1193 MCCL_1194   phoU FALSE 0.017 316.000 0.000 NA N NA
 5666728 5666729 MCCL_1194 MCCL_1195 phoU pstB TRUE 0.972 -82.000 0.182 NA Y NA
 5666729 5666730 MCCL_1195 MCCL_1196 pstB pstA TRUE 0.958 25.000 0.125 0.002 Y NA
 5666730 5666731 MCCL_1196 MCCL_1197 pstA pstC TRUE 0.995 2.000 0.485 0.002 Y NA
 5666731 5666732 MCCL_1197 MCCL_1198 pstC pstS TRUE 0.773 70.000 0.077 1.000 Y NA
 5666732 5666733 MCCL_1198 MCCL_1199 pstS pbpC FALSE 0.118 142.000 0.000 1.000 N NA
 5666733 5666734 MCCL_1199 MCCL_1200 pbpC sodA FALSE 0.191 109.000 0.000 1.000 N NA
 5666735 5666736 MCCL_1201 MCCL_1202   gcpE FALSE 0.206 77.000 0.008 NA   NA
 5666736 5666737 MCCL_1202 MCCL_1203 gcpE   TRUE 0.680 -13.000 0.007 NA   NA
 5666738 5666739 MCCL_1204 MCCL_1205   mreB TRUE 0.992 -10.000 0.480 1.000 Y NA
 5666739 5666740 MCCL_1205 MCCL_1206 mreB mreA TRUE 0.980 -3.000 0.148 1.000 Y NA
 5666740 5666741 MCCL_1206 MCCL_1207 mreA   FALSE 0.405 69.000 0.012 1.000 N NA
 5666741 5666742 MCCL_1207 MCCL_1208     TRUE 0.969 2.000 0.104 1.000 Y NA
 5666744 5666745 MCCL_1210 MCCL_1211     TRUE 0.965 -13.000 0.283 NA   NA
 5666745 5666746 MCCL_1211 MCCL_1212     FALSE 0.100 73.000 0.000 NA   NA
 5666746 5666747 MCCL_1212 MCCL_1213   sigA FALSE 0.123 90.000 0.000 1.000   NA
 5666747 5666748 MCCL_1213 MCCL_1214 sigA   TRUE 0.926 22.000 0.209 1.000 N NA
 5666748 5666749 MCCL_1214 MCCL_1215     TRUE 0.575 14.000 0.011 NA   NA
 5666749 5666750 MCCL_1215 MCCL_1216     TRUE 0.975 12.000 0.621 NA   NA
 5666752 5666753 MCCL_1218 MCCL_1219     TRUE 0.927 0.000 0.108 1.000   NA
 5666753 5666754 MCCL_1219 MCCL_1220     TRUE 0.923 0.000 0.098 1.000   NA
 5666754 5666755 MCCL_1220 MCCL_1221     TRUE 0.907 12.000 0.108 1.000 N NA
 5666755 5666756 MCCL_1221 MCCL_1222     TRUE 0.708 -3.000 0.007 NA   NA
 5666756 5666757 MCCL_1222 MCCL_1223   phoH TRUE 0.979 1.000 0.457 NA   NA
 5666757 5666758 MCCL_1223 MCCL_1224 phoH   FALSE 0.129 60.000 0.000 NA   NA
 5666758 5666759 MCCL_1224 MCCL_1225     FALSE 0.046 132.000 0.000 NA   NA
 5666759 5666760 MCCL_1225 MCCL_1226     TRUE 0.927 12.000 0.203 NA   NA
 5666760 5666761 MCCL_1226 MCCL_1227     TRUE 0.928 18.000 0.258 NA   NA
 5666761 5666762 MCCL_1227 MCCL_1228     FALSE 0.004 435.000 0.000 NA   NA
 5666762 5666763 MCCL_1228 MCCL_1229     TRUE 0.509 120.000 0.163 NA   NA
 5666763 5666764 MCCL_1229 MCCL_1230     TRUE 0.957 2.000 0.227 NA   NA
 5666764 5666765 MCCL_1230 MCCL_1231   dnaJ TRUE 0.944 3.000 0.133 1.000 N NA
 5666765 5666766 MCCL_1231 MCCL_1232 dnaJ dnaK TRUE 0.879 105.000 0.196 0.003 Y NA
 5666766 5666767 MCCL_1232 MCCL_1233 dnaK grpE TRUE 0.951 52.000 0.224 0.007 Y NA
 5666767 5666768 MCCL_1233 MCCL_1234 grpE hrcA TRUE 0.973 3.000 0.286 1.000 N NA
 5666768 5666769 MCCL_1234 MCCL_1235 hrcA   FALSE 0.480 112.000 0.082 1.000 N NA
 5666769 5666770 MCCL_1235 MCCL_1236   lepA TRUE 0.652 40.000 0.032 1.000 N NA
 5666770 5666771 MCCL_1236 MCCL_1237 lepA   FALSE 0.012 576.000 0.006 1.000 N NA
 5666771 5666772 MCCL_1237 MCCL_1238     FALSE 0.063 455.000 0.163 1.000   NA
 5666772 5666773 MCCL_1238 MCCL_1239   comEB TRUE 0.800 13.000 0.055 1.000   NA
 5666773 5666774 MCCL_1239 MCCL_1240 comEB   TRUE 0.708 58.000 0.095 1.000 N NA
 5666774 5666775 MCCL_1240 MCCL_1241     FALSE 0.379 76.000 0.033 1.000   NA
 5666775 5666776 MCCL_1241 MCCL_1242     TRUE 0.904 0.000 0.085 NA   NA
 5666776 5666777 MCCL_1242 MCCL_1243     TRUE 0.927 4.000 0.149 NA   NA
 5666777 5666778 MCCL_1243 MCCL_1244     TRUE 0.980 -22.000 0.199 1.000 Y NA
 5666778 5666779 MCCL_1244 MCCL_1245     FALSE 0.027 287.000 0.000 1.000 N NA
 5666779 5666780 MCCL_1245 MCCL_1246     TRUE 0.962 11.000 0.336 1.000   NA
 5666780 5666781 MCCL_1246 MCCL_tRNA11     FALSE 0.291 20.000 0.000 NA   NA
 5666781 5666782 MCCL_tRNA11 MCCL_1247     FALSE 0.091 79.000 0.000 NA   NA
 5666782 5666783 MCCL_1247 MCCL_1248     FALSE 0.020 351.000 0.019 1.000   NA
 5666783 5666784 MCCL_1248 MCCL_1249   greA TRUE 0.536 45.000 0.010 1.000 N NA
 5666784 5666785 MCCL_1249 MCCL_1250 greA   TRUE 0.852 23.000 0.095 1.000 N NA
 5666785 5666786 MCCL_1250 MCCL_1251     TRUE 0.943 0.000 0.100 1.000 N NA
 5666786 5666787 MCCL_1251 MCCL_1252     TRUE 0.968 24.000 0.156 0.002 Y NA
 5666787 5666788 MCCL_1252 MCCL_1253     TRUE 0.906 12.000 0.142 1.000   NA
 5666788 5666789 MCCL_1253 MCCL_1254     FALSE 0.288 176.000 0.154 NA   NA
 5666789 5666790 MCCL_1254 MCCL_1255     TRUE 0.896 13.000 0.151 NA   NA
 5666790 5666791 MCCL_1255 MCCL_1256     TRUE 0.981 7.000 0.651 NA   NA
 5666791 5666792 MCCL_1256 MCCL_1257     TRUE 0.983 -7.000 0.537 NA   NA
 5666792 5666793 MCCL_1257 MCCL_1258   alaS TRUE 0.531 80.000 0.110 NA   NA
 5666793 5666794 MCCL_1258 MCCL_1259 alaS   FALSE 0.036 247.000 0.000 1.000 N NA
 5666794 5666795 MCCL_1259 MCCL_1260     TRUE 0.965 3.000 0.281 1.000   NA
 5666795 5666796 MCCL_1260 MCCL_1261   trmU FALSE 0.466 61.000 0.038 1.000   NA
 5666796 5666797 MCCL_1261 MCCL_1262 trmU   TRUE 0.881 12.000 0.072 1.000 N NA
 5666801 5666802 MCCL_1266 MCCL_1267   aspS FALSE 0.195 135.000 0.008 1.000 N NA
 5666802 5666803 MCCL_1267 MCCL_1268 aspS hisS TRUE 0.983 4.000 0.161 0.049 Y NA
 5666803 5666804 MCCL_1268 MCCL_1269 hisS   FALSE 0.025 300.000 0.000 1.000 N NA
 5666804 5666805 MCCL_1269 MCCL_1270     TRUE 0.852 -3.000 0.010 1.000 N NA
 5666805 5666806 MCCL_1270 MCCL_1271     TRUE 0.950 9.000 0.177 1.000 N NA
 5666806 5666807 MCCL_1271 MCCL_1272   apt FALSE 0.476 105.000 0.068 1.000 N NA
 5666807 5666808 MCCL_1272 MCCL_1273 apt   TRUE 0.924 11.000 0.128 1.000 N NA
 5666808 5666809 MCCL_1273 MCCL_1274     FALSE 0.328 28.000 0.000 1.000   NA
 5666809 5666810 MCCL_1274 MCCL_1275     TRUE 0.585 -16.000 0.000 1.000   NA
 5666810 5666811 MCCL_1275 MCCL_1276   secDF FALSE 0.105 152.000 0.000 1.000 N NA
 5666811 5666812 MCCL_1276 MCCL_1277 secDF tgt FALSE 0.017 354.000 0.000 1.000 N NA
 5666812 5666813 MCCL_1277 MCCL_1278 tgt queA TRUE 0.990 12.000 0.360 0.001 Y NA
 5666813 5666814 MCCL_1278 MCCL_1279 queA ruvB TRUE 0.912 3.000 0.069 1.000 N NA
 5666814 5666815 MCCL_1279 MCCL_1280 ruvB ruvA TRUE 0.992 16.000 0.549 0.002 Y NA
 5666815 5666816 MCCL_1280 MCCL_1281 ruvA   TRUE 0.690 9.000 0.009 1.000   NA
 5666816 5666817 MCCL_1281 MCCL_1282     TRUE 0.786 4.000 0.024 1.000   NA
 5666817 5666818 MCCL_1282 MCCL_1283     TRUE 0.730 1.000 0.013 NA   NA
 5666818 5666819 MCCL_1283 MCCL_1284     FALSE 0.007 304.000 0.000 NA   NA
 5666819 5666820 MCCL_1284 MCCL_1285   rplU TRUE 0.983 0.000 0.208 NA Y NA
 5666820 5666821 MCCL_1285 MCCL_1286 rplU   FALSE 0.125 137.000 0.008 1.000   NA
 5666821 5666822 MCCL_1286 MCCL_1287     TRUE 0.991 0.000 0.550 0.003   NA
 5666822 5666823 MCCL_1287 MCCL_1288     FALSE 0.494 30.000 0.000 1.000 N NA
 5666823 5666824 MCCL_1288 MCCL_1289     FALSE 0.034 150.000 0.000 NA   NA
 5666824 5666825 MCCL_1289 MCCL_1290     FALSE 0.394 10.000 0.000 NA   NA
 5666825 5666826 MCCL_1290 MCCL_1291     TRUE 0.536 -52.000 0.000 1.000   NA
 5666826 5666827 MCCL_1291 MCCL_1292     TRUE 0.998 -3.000 0.844 0.007 Y NA
 5666827 5666828 MCCL_1292 MCCL_1293     FALSE 0.009 267.000 0.000 NA   NA
 5666828 5666829 MCCL_1293 MCCL_1294     FALSE 0.406 -90.000 0.000 NA   NA
 5666829 5666830 MCCL_1294 MCCL_1295     TRUE 0.775 0.000 0.000 1.000 N NA
 5666830 5666831 MCCL_1295 MCCL_1296     FALSE 0.026 170.000 0.000 NA   NA
 5666831 5666832 MCCL_1296 MCCL_1297     FALSE 0.031 160.000 0.000 NA   NA
 5666832 5666833 MCCL_1297 MCCL_1298   valS TRUE 0.871 6.000 0.041 1.000 N NA
 5666833 5666834 MCCL_1298 MCCL_1299 valS   FALSE 0.003 482.000 0.000 NA   NA
 5666834 5666835 MCCL_1299 MCCL_1300     FALSE 0.091 79.000 0.000 NA   NA
 5666835 5666836 MCCL_1300 MCCL_1301   hemL FALSE 0.075 97.000 0.000 NA   NA
 5666836 5666837 MCCL_1301 MCCL_1302 hemL hemB TRUE 0.985 0.000 0.126 0.003 Y NA
 5666837 5666838 MCCL_1302 MCCL_1303 hemB   TRUE 0.948 16.000 0.042 0.003 Y NA
 5666838 5666839 MCCL_1303 MCCL_1304     TRUE 0.934 16.000 0.020 0.003 Y NA
 5666839 5666840 MCCL_1304 MCCL_1305     TRUE 0.855 10.000 0.040 1.000 N NA
 5666840 5666841 MCCL_1305 MCCL_1306     TRUE 0.984 9.000 0.613 1.000 N NA
 5666841 5666842 MCCL_1306 MCCL_1307     FALSE 0.263 91.000 0.020 1.000   NA
 5666842 5666843 MCCL_1307 MCCL_1308   clpX FALSE 0.375 85.000 0.043 1.000   NA
 5666843 5666844 MCCL_1308 MCCL_1309 clpX   TRUE 0.632 134.000 0.033 0.002 Y NA
 5666844 5666845 MCCL_1309 MCCL_1310     FALSE 0.195 90.000 0.012 NA   NA
 5666845 5666846 MCCL_1310 MCCL_1311     TRUE 0.949 2.000 0.195 NA   NA
 5666848 5666849 MCCL_tRNA12 MCCL_1313     FALSE 0.029 163.000 0.000 NA   NA
 5666849 5666850 MCCL_1313 MCCL_1314     FALSE 0.364 12.000 0.000 NA   NA
 5666850 5666851 MCCL_1314 MCCL_1315     TRUE 0.898 -3.000 0.034 1.000 N NA
 5666851 5666852 MCCL_1315 MCCL_1316     TRUE 0.625 38.000 0.024 1.000 N NA
 5666852 5666853 MCCL_1316 MCCL_1317   sdhB FALSE 0.124 139.000 0.000 1.000 N NA
 5666853 5666854 MCCL_1317 MCCL_1318 sdhB sdhA TRUE 0.990 3.000 0.231 0.002 Y NA
 5666854 5666855 MCCL_1318 MCCL_1319 sdhA sdhC TRUE 0.964 31.000 0.184 0.002 Y NA
 5666855 5666856 MCCL_1319 MCCL_1320 sdhC uvrC FALSE 0.056 203.000 0.000 1.000 N NA
 5666856 5666857 MCCL_1320 MCCL_1321 uvrC trxA FALSE 0.392 61.000 0.023 1.000   NA
 5666857 5666858 MCCL_1321 MCCL_1322 trxA   FALSE 0.078 187.000 0.018 1.000   NA
 5666858 5666859 MCCL_1322 MCCL_1323   rpoD TRUE 0.973 -10.000 0.114 1.000 Y NA
 5666859 5666860 MCCL_1323 MCCL_1324 rpoD   TRUE 0.633 47.000 0.066 1.000   NA
 5666862 5666863 MCCL_1326 MCCL_1327 pheT pheS TRUE 0.996 -13.000 0.574 0.001 Y NA
 5666865 5666866 MCCL_1329 MCCL_1330     TRUE 0.775 0.000 0.000 1.000 N NA
 5666867 5666868 MCCL_1331 MCCL_1332     FALSE 0.093 162.000 0.000 1.000 N NA
 5666869 5666870 MCCL_1333 MCCL_1334     FALSE 0.054 208.000 0.000 1.000 N NA
 5666870 5666871 MCCL_1334 MCCL_1335     FALSE 0.180 41.000 0.000 NA   NA
 5666871 5666872 MCCL_1335 MCCL_1336     FALSE 0.129 60.000 0.000 NA   NA
 5666872 5666873 MCCL_1336 MCCL_1337     FALSE 0.013 227.000 0.000 NA   NA
 5666873 5666874 MCCL_1337 MCCL_1338     FALSE 0.198 35.000 0.000 NA   NA
 5666874 5666875 MCCL_1338 MCCL_1339   nasE TRUE 0.901 -9.000 0.042 1.000 N NA
 5666875 5666876 MCCL_1339 MCCL_1340 nasE nasD TRUE 0.961 3.000 0.091 0.001 N NA
 5666876 5666877 MCCL_1340 MCCL_1341 nasD   TRUE 0.516 27.000 0.000 1.000 N NA
 5666877 5666878 MCCL_1341 MCCL_1342     TRUE 0.574 -19.000 0.000 1.000   NA
 5666878 5666879 MCCL_1342 MCCL_1343   rplT FALSE 0.031 193.000 0.000 1.000   NA
 5666879 5666880 MCCL_1343 MCCL_1344 rplT rpmI TRUE 0.993 28.000 0.928 0.015 Y NA
 5666880 5666881 MCCL_1344 MCCL_1345 rpmI infC TRUE 0.990 13.000 0.652 1.000 Y NA
 5666881 5666882 MCCL_1345 MCCL_1346 infC lysP FALSE 0.109 175.000 0.004 1.000 N NA
 5666882 5666883 MCCL_1346 MCCL_1347 lysP thrS FALSE 0.046 223.000 0.000 1.000 N NA
 5666883 5666884 MCCL_1347 MCCL_1348 thrS dnaI FALSE 0.022 314.000 0.000 1.000 N NA
 5666884 5666885 MCCL_1348 MCCL_1349 dnaI dnaB TRUE 0.996 -3.000 0.817 NA Y NA
 5666885 5666886 MCCL_1349 MCCL_1350 dnaB   TRUE 0.913 9.000 0.109 NA N NA
 5666888 5666889 MCCL_1352 MCCL_1353     TRUE 0.993 -3.000 0.320 0.056 Y NA
 5666889 5666890 MCCL_1353 MCCL_1354   gapB FALSE 0.245 81.000 0.000 1.000 N NA
 5666890 5666891 MCCL_1354 MCCL_1355 gapB   FALSE 0.272 120.000 0.020 1.000 N NA
 5666891 5666892 MCCL_1355 MCCL_1356     TRUE 0.908 -21.000 0.066 1.000 N NA
 5666892 5666893 MCCL_1356 MCCL_1357   polA TRUE 0.959 9.000 0.101 1.000 Y NA
 5666893 5666894 MCCL_1357 MCCL_1358 polA   FALSE 0.140 159.000 0.006 1.000 N NA
 5666894 5666895 MCCL_1358 MCCL_1359   phoP TRUE 0.980 -7.000 0.159 1.000 Y NA
 5666895 5666896 MCCL_1359 MCCL_1360 phoP   FALSE 0.258 117.000 0.012 1.000 N NA
 5666896 5666897 MCCL_1360 MCCL_1361   citC TRUE 0.850 60.000 0.115 1.000 Y NA
 5666897 5666898 MCCL_1361 MCCL_1362 citC citZ TRUE 0.937 25.000 0.140 1.000 Y NA
 5666900 5666901 MCCL_1364 MCCL_1365 pykA pfk TRUE 0.989 -40.000 0.261 0.007 Y NA
 5666901 5666902 MCCL_1365 MCCL_1366 pfk accA FALSE 0.187 180.000 0.047 1.000 N NA
 5666902 5666903 MCCL_1366 MCCL_1367 accA accD TRUE 0.992 0.000 0.234 0.002 Y NA
 5666903 5666904 MCCL_1367 MCCL_1368 accD   TRUE 0.812 -28.000 0.032 1.000   NA
 5666904 5666905 MCCL_1368 MCCL_1369   dnaE TRUE 0.633 40.000 0.056 1.000   NA
 5666905 5666906 MCCL_1369 MCCL_1370 dnaE   TRUE 0.949 1.000 0.159 1.000   NA
 5666908 5666909 MCCL_1372 MCCL_1373     FALSE 0.323 29.000 0.000 1.000   NA
 5666910 5666911 MCCL_1374 MCCL_1375     TRUE 0.870 -3.000 0.020 1.000 N NA
 5666914 5666915 MCCL_1378 MCCL_1379 ackA   TRUE 0.789 73.000 0.217 1.000 N NA
 5666915 5666916 MCCL_1379 MCCL_1380     TRUE 0.845 23.000 0.089 1.000 N NA
 5666916 5666917 MCCL_1380 MCCL_1381     FALSE 0.368 74.000 0.040 NA   NA
 5666917 5666918 MCCL_1381 MCCL_1382     TRUE 0.899 1.000 0.087 NA   NA
 5666920 5666921 MCCL_1384 MCCL_1385     FALSE 0.222 53.000 0.000 1.000   NA
 5666921 5666922 MCCL_1385 MCCL_1386     TRUE 0.661 12.000 0.000 1.000 N NA
 5666922 5666923 MCCL_1386 MCCL_1387     TRUE 0.981 -10.000 0.349 1.000 N NA
 5666923 5666924 MCCL_1387 MCCL_1388     TRUE 0.763 78.000 0.201 1.000 N NA
 5666925 5666926 MCCL_1389 MCCL_1390   rpsD FALSE 0.061 215.000 0.005 NA N NA
 5666926 5666927 MCCL_1390 MCCL_1391 rpsD   FALSE 0.188 110.000 0.000 1.000 N NA
 5666927 5666928 MCCL_1391 MCCL_1392     FALSE 0.024 303.000 0.000 1.000 N NA
 5666930 5666931 MCCL_1394 MCCL_1395     FALSE 0.269 23.000 0.000 NA   NA
 5666931 5666932 MCCL_1395 MCCL_1396     FALSE 0.003 552.000 0.000 NA   NA
 5666933 5666934 MCCL_1397 MCCL_1398   cadX FALSE 0.041 170.000 0.000 1.000   NA
 5666934 5666935 MCCL_1398 MCCL_1399 cadX cadD TRUE 0.521 20.000 0.000 NA N NA
 5666937 5666938 MCCL_1401 MCCL_1402 hutH   FALSE 0.006 791.000 0.000 1.000 N NA
 5666940 5666941 MCCL_1404 MCCL_1405     TRUE 0.724 0.000 0.010 NA   NA
 5666941 5666942 MCCL_1405 MCCL_1406   tyrS FALSE 0.107 69.000 0.000 NA   NA
 5666944 5666945 MCCL_1408 MCCL_1409   acsA FALSE 0.070 182.000 0.000 1.000 N NA
 5666946 5666947 MCCL_1410 MCCL_1411     TRUE 0.721 12.000 0.000 0.058   NA
 5666947 5666948 MCCL_1411 MCCL_1412     TRUE 0.624 -3.000 0.000 1.000   NA
 5666949 5666950 MCCL_1413 MCCL_1414 ccpA aroA FALSE 0.341 92.000 0.017 1.000 N NA
 5666950 5666951 MCCL_1414 MCCL_1415 aroA   FALSE 0.085 83.000 0.000 NA   NA
 5666951 5666952 MCCL_1415 MCCL_1416     FALSE 0.345 13.000 0.000 NA   NA
 5666952 5666953 MCCL_1416 MCCL_1417   murC FALSE 0.232 77.000 0.014 NA   NA
 5666953 5666954 MCCL_1417 MCCL_1418 murC   TRUE 0.881 12.000 0.017 0.004 N NA
 5666954 5666955 MCCL_1418 MCCL_1419     TRUE 0.917 10.000 0.143 1.000   NA
 5666955 5666956 MCCL_1419 MCCL_1420     TRUE 0.977 5.000 0.511 NA   NA
 5666956 5666957 MCCL_1420 MCCL_1421     TRUE 0.760 120.000 0.500 NA   NA
 5666957 5666958 MCCL_1421 MCCL_1422     TRUE 0.508 -3.000 0.000 NA   NA
 5666958 5666959 MCCL_1422 MCCL_1423     FALSE 0.030 161.000 0.000 NA   NA
 5666959 5666960 MCCL_1423 MCCL_1424     TRUE 0.993 -3.000 0.481 1.000 Y NA
 5666960 5666961 MCCL_1424 MCCL_1425     TRUE 0.995 -25.000 0.594 0.036 Y NA
 5666961 5666962 MCCL_1425 MCCL_1426     FALSE 0.178 96.000 0.000 NA N NA
 5666962 5666963 MCCL_1426 MCCL_1427     FALSE 0.015 328.000 0.000 NA N NA
 5666963 5666964 MCCL_1427 MCCL_1428     FALSE 0.100 109.000 0.000 1.000   NA
 5666964 5666965 MCCL_1428 MCCL_1429     TRUE 0.898 13.000 0.154 NA   NA
 5666965 5666966 MCCL_1429 MCCL_1430     FALSE 0.074 162.000 0.000 NA N NA
 5666966 5666967 MCCL_1430 MCCL_1431     FALSE 0.080 89.000 0.000 NA   NA
 5666967 5666968 MCCL_1431 MCCL_1432     FALSE 0.118 64.000 0.000 NA   NA
 5666968 5666969 MCCL_1432 MCCL_1433     TRUE 0.846 -3.000 0.031 1.000   NA
 5666971 5666972 MCCL_1435 MCCL_1436 leuS   FALSE 0.020 327.000 0.000 1.000 N NA
 5666973 5666974 MCCL_1437 MCCL_1438     TRUE 0.978 -3.000 0.408 NA   NA
 5666975 5666976 MCCL_1439 MCCL_1440     FALSE 0.010 251.000 0.000 NA   NA
 5666978 5666979 MCCL_1442 MCCL_1443     FALSE 0.060 114.000 0.000 NA   NA
 5666979 5666980 MCCL_1443 MCCL_1444     FALSE 0.081 125.000 0.000 1.000   NA
 5666980 5666981 MCCL_1444 MCCL_1445     TRUE 0.704 13.000 0.000 0.058   NA
 5666982 5666983 MCCL_1446 MCCL_1447 tnp tnp FALSE 0.402 144.000 0.000 0.052 Y NA
 5666984 5666985 MCCL_1448 MCCL_1449     TRUE 0.872 11.000 0.000 1.000 Y NA
 5666985 5666986 MCCL_1449 MCCL_1450     FALSE 0.008 295.000 0.000 NA   NA
 5666988 5666989 MCCL_1452 MCCL_1453 ribH   TRUE 0.971 -3.000 0.022 0.002 Y NA
 5666989 5666990 MCCL_1453 MCCL_1454     TRUE 0.949 0.000 0.026 1.000 Y NA
 5666990 5666991 MCCL_1454 MCCL_1455     TRUE 0.989 5.000 0.456 1.000 Y NA
 5666991 5666992 MCCL_1455 MCCL_1456   hutI FALSE 0.008 569.000 0.000 1.000 N NA
 5666992 5666993 MCCL_1456 MCCL_1457 hutI   TRUE 0.933 4.000 0.110 1.000 N NA
 5666995 5666996 MCCL_1459 MCCL_1460     FALSE 0.498 -7.000 0.000 NA   NA
 5666997 5666998 MCCL_1461 MCCL_1462 opuCA opuCB TRUE 0.977 2.000 0.100 0.066 Y NA
 5666998 5666999 MCCL_1462 MCCL_1463 opuCB opuCC TRUE 0.993 1.000 0.650 0.025 N NA
 5666999 5667000 MCCL_1463 MCCL_1464 opuCC opuCD TRUE 0.993 0.000 0.619 0.025 N NA
 5667000 5667001 MCCL_1464 MCCL_1465 opuCD   FALSE 0.118 64.000 0.000 NA   NA
 5667004 5667005 MCCL_1468 MCCL_1469     FALSE 0.002 1198.000 0.000 NA   NA
 5667005 5667006 MCCL_1469 MCCL_1470     TRUE 0.720 32.000 0.088 NA   NA
 5667006 5667007 MCCL_1470 MCCL_1471   adhC FALSE 0.037 245.000 0.000 1.000 N NA
 5667008 5667009 MCCL_1472 MCCL_1473     TRUE 0.974 -12.000 0.378 NA   NA
 5667009 5667010 MCCL_1473 MCCL_1474     FALSE 0.003 495.000 0.000 NA   NA
 5667011 5667012 MCCL_1475 MCCL_1476     FALSE 0.195 36.000 0.000 NA   NA
 5667013 5667014 MCCL_1477 MCCL_1478 hsdM   TRUE 0.513 78.000 0.095 NA   NA
 5667014 5667015 MCCL_1478 MCCL_1479   hsdR FALSE 0.466 -16.000 0.000 NA   NA
 5667015 5667016 MCCL_1479 MCCL_1480 hsdR   FALSE 0.078 92.000 0.000 NA   NA
 5667020 5667021 MCCL_1484 MCCL_1485 arsR arsB TRUE 0.778 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5667021 5667022 MCCL_1485 MCCL_1486 arsB arsC TRUE 0.607 18.000 0.000 1.000 N NA
 5667023 5667024 MCCL_1487 MCCL_1488     TRUE 0.801 22.000 0.084 1.000   NA
 5667024 5667025 MCCL_1488 MCCL_1489     TRUE 0.879 2.000 0.062 1.000   NA
 5667025 5667026 MCCL_1489 MCCL_1490     TRUE 0.949 13.000 0.031 0.002 Y NA
 5667026 5667027 MCCL_1490 MCCL_1491     TRUE 0.953 2.000 0.158 NA N NA
 5667027 5667028 MCCL_1491 MCCL_1492     TRUE 0.981 0.000 0.184 NA Y NA
 5667028 5667029 MCCL_1492 MCCL_1493     FALSE 0.025 212.000 0.000 1.000   NA
 5667029 5667030 MCCL_1493 MCCL_1494     FALSE 0.007 394.000 0.000 1.000   NA
 5667031 5667032 MCCL_1495 MCCL_1496     TRUE 0.976 -3.000 0.069 0.066 Y NA
 5667033 5667034 MCCL_1497 MCCL_1498   metK FALSE 0.043 310.000 0.054 NA   NA
 5667036 5667037 MCCL_1500 MCCL_1501     TRUE 0.942 -34.000 0.182 1.000   NA
 5667039 5667040 MCCL_1503 MCCL_1504     TRUE 0.872 -16.000 0.029 1.000 N NA
 5667040 5667041 MCCL_1504 MCCL_1505   menB TRUE 0.609 162.000 0.193 0.002 N NA
 5667041 5667042 MCCL_1505 MCCL_1506 menB   TRUE 0.971 -7.000 0.280 1.000   NA
 5667042 5667043 MCCL_1506 MCCL_1507   menD TRUE 0.975 -13.000 0.355 1.000   NA
 5667043 5667044 MCCL_1507 MCCL_1508 menD   TRUE 0.978 -7.000 0.142 1.000 Y NA
 5667046 5667047 MCCL_1510 MCCL_tRNA13     FALSE 0.073 101.000 0.000 NA   NA
 5667047 5667048 MCCL_tRNA13 MCCL_tRNA14     FALSE 0.180 41.000 0.000 NA   NA
 5667048 5667049 MCCL_tRNA14 MCCL_tRNA15     FALSE 0.486 1.000 0.000 NA   NA
 5667049 5667050 MCCL_tRNA15 MCCL_tRNA16     FALSE 0.432 5.000 0.000 NA   NA
 5667050 5667051 MCCL_tRNA16 MCCL_tRNA17     FALSE 0.411 8.000 0.000 NA   NA
 5667051 5667052 MCCL_tRNA17 MCCL_tRNA18     FALSE 0.269 23.000 0.000 NA   NA
 5667052 5667053 MCCL_tRNA18 MCCL_tRNA19     FALSE 0.421 6.000 0.000 NA   NA
 5667053 5667054 MCCL_tRNA19 MCCL_tRNA20     FALSE 0.405 9.000 0.000 NA   NA
 5667054 5667055 MCCL_tRNA20 MCCL_1511     FALSE 0.004 436.000 0.000 NA   NA
 5667055 5667056 MCCL_1511 MCCL_1512     FALSE 0.443 4.000 0.000 NA   NA
 5667056 5667057 MCCL_1512 MCCL_1513     FALSE 0.291 20.000 0.000 NA   NA
 5667057 5667058 MCCL_1513 MCCL_1514     FALSE 0.003 535.000 0.000 NA   NA
 5667058 5667059 MCCL_1514 MCCL_1515     TRUE 0.861 16.000 0.125 NA   NA
 5667059 5667060 MCCL_1515 MCCL_1516     FALSE 0.091 79.000 0.000 NA   NA
 5667060 5667061 MCCL_1516 MCCL_1517     FALSE 0.486 1.000 0.000 NA   NA
 5667061 5667062 MCCL_1517 MCCL_1518     FALSE 0.013 234.000 0.000 NA   NA
 5667062 5667063 MCCL_1518 MCCL_1519     FALSE 0.103 71.000 0.000 NA   NA
 5667063 5667064 MCCL_1519 MCCL_1520     FALSE 0.345 13.000 0.000 NA   NA
 5667064 5667065 MCCL_1520 MCCL_1521     TRUE 0.508 -3.000 0.000 NA   NA
 5667065 5667066 MCCL_1521 MCCL_1522     TRUE 0.917 -3.000 0.100 NA   NA
 5667066 5667067 MCCL_1522 MCCL_1523     TRUE 0.970 -31.000 0.400 NA   NA
 5667067 5667068 MCCL_1523 MCCL_1524     FALSE 0.020 193.000 0.000 NA   NA
 5667068 5667069 MCCL_1524 MCCL_1525     TRUE 0.934 10.000 0.200 NA   NA
 5667069 5667070 MCCL_1525 MCCL_1526     TRUE 0.977 -25.000 0.500 NA   NA
 5667070 5667071 MCCL_1526 MCCL_1527     FALSE 0.025 174.000 0.000 NA   NA
 5667071 5667072 MCCL_1527 MCCL_1528     TRUE 0.924 -3.000 0.111 NA   NA
 5667072 5667073 MCCL_1528 MCCL_1529     FALSE 0.114 132.000 0.000 NA N NA
 5667073 5667074 MCCL_1529 MCCL_1530     FALSE 0.046 132.000 0.000 NA   NA
 5667074 5667075 MCCL_1530 MCCL_1531     FALSE 0.002 680.000 0.000 NA   NA
 5667075 5667076 MCCL_1531 MCCL_1532     FALSE 0.498 -7.000 0.000 NA   NA
 5667076 5667077 MCCL_1532 MCCL_1533     FALSE 0.023 179.000 0.000 NA   NA
 5667077 5667078 MCCL_1533 MCCL_1534     FALSE 0.034 151.000 0.000 NA   NA
 5667078 5667079 MCCL_1534 MCCL_1537     FALSE 0.002 1281.000 0.000 NA   NA
 5667079 5667080 MCCL_1537 MCCL_1538     FALSE 0.456 -19.000 0.000 NA   NA
 5667080 5667081 MCCL_1538 MCCL_1539     FALSE 0.006 336.000 0.000 NA   NA
 5667081 5667082 MCCL_1539 MCCL_1540     FALSE 0.419 -46.000 0.000 NA   NA
 5667082 5667083 MCCL_1540 MCCL_1541     FALSE 0.008 287.000 0.000 NA   NA
 5667083 5667084 MCCL_1541 MCCL_1542     FALSE 0.010 260.000 0.000 NA   NA
 5667085 5667086 MCCL_1543 MCCL_1544     FALSE 0.107 69.000 0.000 NA   NA
 5667086 5667087 MCCL_1544 MCCL_1545   int FALSE 0.062 112.000 0.000 NA   NA
 5667088 5667089 MCCL_tRNA21 MCCL_tRNA22     FALSE 0.469 2.000 0.000 NA   NA
 5667089 5667090 MCCL_tRNA22 MCCL_1546     FALSE 0.082 86.000 0.000 NA   NA
 5667090 5667091 MCCL_1546 MCCL_1547   lplA FALSE 0.007 527.000 0.000 NA N NA
 5667091 5667092 MCCL_1547 MCCL_1548 lplA hemY TRUE 0.854 13.000 0.000 1.000 Y NA
 5667092 5667093 MCCL_1548 MCCL_1549 hemY hemH TRUE 0.925 18.000 0.069 1.000 Y NA
 5667093 5667094 MCCL_1549 MCCL_1550 hemH hemE TRUE 0.953 15.000 0.131 1.000 Y NA
 5667096 5667097 MCCL_1552 MCCL_1553     TRUE 0.510 95.000 0.083 NA N NA
 5667098 5667099 MCCL_1554 MCCL_1555     TRUE 0.665 62.000 0.137 NA   NA
 5667099 5667100 MCCL_1555 MCCL_1556     FALSE 0.438 75.000 0.063 NA   NA
 5667100 5667101 MCCL_1556 MCCL_1557     TRUE 0.635 35.000 0.060 NA   NA
 5667101 5667102 MCCL_1557 MCCL_1558     FALSE 0.381 82.000 0.056 NA   NA
 5667103 5667104 MCCL_1559 MCCL_1560     TRUE 0.968 1.000 0.291 NA   NA
 5667104 5667105 MCCL_1560 MCCL_1561     TRUE 0.968 -19.000 0.330 NA   NA
 5667105 5667106 MCCL_1561 MCCL_1562   hemZ FALSE 0.087 149.000 0.000 NA N NA
 5667106 5667107 MCCL_1562 MCCL_1563 hemZ   FALSE 0.079 91.000 0.000 NA   NA
 5667107 5667108 MCCL_1563 MCCL_1564     TRUE 0.873 49.000 0.321 NA   NA
 5667108 5667109 MCCL_1564 MCCL_1565     FALSE 0.093 178.000 0.029 NA   NA
 5667109 5667110 MCCL_1565 MCCL_1567     FALSE 0.077 176.000 0.000 1.000 N NA
 5667112 5667113 MCCL_1570 MCCL_1571     TRUE 0.996 -3.000 0.536 0.011 Y NA
 5667113 5667114 MCCL_1571 MCCL_1572     TRUE 0.539 6.000 0.000 1.000   NA
 5667115 5667116 MCCL_1573 MCCL_1574     TRUE 0.516 27.000 0.000 1.000 N NA
 5667117 5667118 MCCL_1575 MCCL_1576 ppk   TRUE 0.885 27.000 0.056 1.000 Y NA
 5667118 5667119 MCCL_1576 MCCL_1577   fumC TRUE 0.575 21.000 0.000 1.000 N NA
 5667121 5667122 MCCL_1579 MCCL_1580     FALSE 0.024 302.000 0.000 1.000 N NA
 5667122 5667123 MCCL_1580 MCCL_1581     TRUE 0.625 15.000 0.000 1.000 N NA
 5667123 5667124 MCCL_1581 MCCL_1582     TRUE 0.927 1.000 0.077 1.000 N NA
 5667124 5667125 MCCL_1582 MCCL_1583     TRUE 0.588 60.000 0.044 1.000 N NA
 5667125 5667126 MCCL_1583 MCCL_1584     TRUE 0.980 -7.000 0.154 1.000 Y NA
 5667132 5667133 MCCL_tRNA23 MCCL_tRNA24     FALSE 0.018 198.000 0.000 NA   NA
 5667133 5667134 MCCL_tRNA24 MCCL_tRNA25     FALSE 0.421 6.000 0.000 NA   NA
 5667134 5667135 MCCL_tRNA25 MCCL_tRNA26     FALSE 0.345 13.000 0.000 NA   NA
 5667135 5667136 MCCL_tRNA26 MCCL_tRNA27     FALSE 0.454 3.000 0.000 NA   NA
 5667136 5667137 MCCL_tRNA27 MCCL_tRNA28     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 5667137 5667138 MCCL_tRNA28 MCCL_tRNA29     FALSE 0.405 9.000 0.000 NA   NA
 5667138 5667139 MCCL_tRNA29 MCCL_tRNA30     FALSE 0.291 20.000 0.000 NA   NA
 5667139 5667140 MCCL_tRNA30 MCCL_tRNA31     FALSE 0.421 6.000 0.000 NA   NA
 5667140 5667141 MCCL_tRNA31 MCCL_tRNA32     FALSE 0.394 10.000 0.000 NA   NA
 5667141 5667142 MCCL_tRNA32 MCCL_tRNA33     FALSE 0.140 56.000 0.000 NA   NA
 5667142 5667143 MCCL_tRNA33 MCCL_tRNA34     FALSE 0.380 11.000 0.000 NA   NA
 5667143 5667144 MCCL_tRNA34 MCCL_tRNA35     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 5667144 5667145 MCCL_tRNA35 MCCL_tRNA36     FALSE 0.291 20.000 0.000 NA   NA
 5667145 5667146 MCCL_tRNA36 MCCL_tRNA37     FALSE 0.319 17.000 0.000 NA   NA
 5667146 5667147 MCCL_tRNA37 MCCL_tRNA38     FALSE 0.334 14.000 0.000 NA   NA
 5667147 5667148 MCCL_tRNA38 MCCL_tRNA39     FALSE 0.323 16.000 0.000 NA   NA
 5667148 5667149 MCCL_tRNA39 MCCL_tRNA40     FALSE 0.319 17.000 0.000 NA   NA
 5667149 5667150 MCCL_tRNA40 MCCL_tRNA41     FALSE 0.421 6.000 0.000 NA   NA
 5667150 5667151 MCCL_tRNA41 MCCL_tRNA42     FALSE 0.312 18.000 0.000 NA   NA
 5667151 5667152 MCCL_tRNA42 MCCL_tRNA43     FALSE 0.415 7.000 0.000 NA   NA
 5667152 5667153 MCCL_tRNA43 MCCL_tRNA44     FALSE 0.364 12.000 0.000 NA   NA
 5667153 5667154 MCCL_tRNA44 MCCL_rRNA04     FALSE 0.319 17.000 0.000 NA   NA
 5667154 5667155 MCCL_rRNA04 MCCL_rRNA05     FALSE 0.027 168.000 0.000 NA   NA
 5667155 5667156 MCCL_rRNA05 MCCL_rRNA06     FALSE 0.015 216.000 0.000 NA   NA
 5667158 5667159 MCCL_1591 MCCL_1592     TRUE 0.723 71.000 0.146 1.000 N NA
 5667159 5667160 MCCL_1592 MCCL_1593     TRUE 0.861 0.000 0.017 1.000 N NA
 5667161 5667162 MCCL_1594 MCCL_1595     TRUE 0.596 63.000 0.102 NA   NA
 5667163 5667164 MCCL_1596 MCCL_1597     FALSE 0.118 142.000 0.000 1.000 N NA
 5667164 5667165 MCCL_1597 MCCL_1598     FALSE 0.402 123.000 0.077 NA N NA
 5667165 5667166 MCCL_1598 MCCL_1599     FALSE 0.269 102.000 0.011 NA N NA
 5667168 5667169 MCCL_1601 MCCL_1602     TRUE 0.993 9.000 0.727 NA Y NA
 5667169 5667170 MCCL_1602 MCCL_1603     TRUE 0.914 13.000 0.186 NA   NA
 5667170 5667171 MCCL_1603 MCCL_1604     TRUE 0.835 2.000 0.045 NA   NA
 5667171 5667172 MCCL_1604 MCCL_1605     FALSE 0.266 66.000 0.004 1.000   NA
 5667172 5667173 MCCL_1605 MCCL_1606     FALSE 0.029 197.000 0.000 1.000   NA
 5667173 5667174 MCCL_1606 MCCL_1607     FALSE 0.121 91.000 0.000 1.000   NA
 5667176 5667177 MCCL_1609 MCCL_1610     FALSE 0.382 274.000 0.545 NA N NA
 5667178 5667179 MCCL_1611 MCCL_1612     TRUE 0.659 25.000 0.045 NA   NA
 5667179 5667180 MCCL_1612 MCCL_1613     FALSE 0.398 20.000 0.000 1.000   NA
 5667181 5667182 MCCL_1614 MCCL_1615 vraR vraS TRUE 0.997 2.000 0.853 0.011 Y NA
 5667182 5667183 MCCL_1615 MCCL_1616 vraS   TRUE 0.988 -3.000 0.679 NA   NA
 5667183 5667184 MCCL_1616 MCCL_1617     FALSE 0.191 37.000 0.000 NA   NA
 5667184 5667185 MCCL_1617 MCCL_1618     FALSE 0.077 94.000 0.000 NA   NA
 5667186 5667187 MCCL_1619 MCCL_1620     FALSE 0.145 55.000 0.000 NA   NA
 5667188 5667189 MCCL_1621 MCCL_1622     FALSE 0.017 207.000 0.000 NA   NA
 5667189 5667190 MCCL_1622 MCCL_1623     TRUE 0.991 -3.000 0.796 1.000   NA
 5667191 5667192 MCCL_1624 MCCL_1625     FALSE 0.044 392.000 0.000 1.000 Y NA
 5667195 5667196 MCCL_1628 MCCL_1629     FALSE 0.089 165.000 0.000 1.000 N NA
 5667198 5667199 MCCL_1631 MCCL_1632     FALSE 0.480 12.000 0.000 1.000   NA
 5667199 5667200 MCCL_1632 MCCL_1633     FALSE 0.073 100.000 0.000 NA   NA
 5667202 5667203 MCCL_1635 MCCL_1636   gatB FALSE 0.346 58.000 0.000 1.000 N NA
 5667203 5667204 MCCL_1636 MCCL_1637 gatB gatA TRUE 0.991 14.000 0.492 0.002 Y NA
 5667204 5667205 MCCL_1637 MCCL_1638 gatA gatC TRUE 0.996 2.000 0.643 0.002 Y NA
 5667207 5667208 MCCL_1640 MCCL_1641     TRUE 0.699 13.000 0.030 NA   NA
 5667208 5667209 MCCL_1641 MCCL_1642     TRUE 0.978 4.000 0.103 0.014 Y NA
 5667209 5667210 MCCL_1642 MCCL_1643     TRUE 0.862 -3.000 0.049 NA   NA
 5667210 5667211 MCCL_1643 MCCL_1644     FALSE 0.070 104.000 0.000 NA   NA
 5667211 5667212 MCCL_1644 MCCL_1645     TRUE 0.916 14.000 0.000 0.002 Y NA
 5667212 5667213 MCCL_1645 MCCL_1646     FALSE 0.007 672.000 0.000 1.000 N NA
 5667213 5667214 MCCL_1646 MCCL_1647     FALSE 0.005 343.000 0.000 NA   NA
 5667214 5667215 MCCL_1647 MCCL_1648     FALSE 0.314 68.000 0.023 NA   NA
 5667215 5667216 MCCL_1648 MCCL_1649     TRUE 0.989 1.000 0.194 0.003 Y NA
 5667217 5667218 MCCL_1650 MCCL_1651     TRUE 0.701 2.000 0.000 NA N NA
 5667220 5667221 MCCL_1653 MCCL_1654     TRUE 0.582 43.000 0.020 1.000 N NA
 5667225 5667226 MCCL_1658 MCCL_1659     FALSE 0.498 -7.000 0.000 NA   NA
 5667228 5667229 MCCL_1661 MCCL_1662     TRUE 0.902 3.000 0.000 1.000 Y NA
 5667229 5667230 MCCL_1662 MCCL_1663     TRUE 0.847 14.000 0.000 1.000 Y NA
 5667230 5667231 MCCL_1663 MCCL_1664     TRUE 0.962 -16.000 0.077 1.000 Y NA
 5667231 5667232 MCCL_1664 MCCL_1665     FALSE 0.082 86.000 0.000 NA   NA
 5667232 5667233 MCCL_1665 MCCL_1666     FALSE 0.023 179.000 0.000 NA   NA
 5667238 5667239 MCCL_1671 MCCL_1672     FALSE 0.039 141.000 0.000 NA   NA
 5667240 5667241 MCCL_1673 MCCL_1674     FALSE 0.066 108.000 0.000 NA   NA
 5667244 5667245 MCCL_1677 MCCL_1678     TRUE 0.766 -9.000 0.000 1.000 N NA
 5667245 5667246 MCCL_1678 MCCL_1679     FALSE 0.060 267.000 0.000 0.054 N NA
 5667246 5667247 MCCL_1679 MCCL_1680     TRUE 0.762 -10.000 0.000 1.000 N NA
 5667249 5667250 MCCL_1682 MCCL_1683     FALSE 0.020 190.000 0.000 NA   NA
 5667252 5667253 MCCL_1685 MCCL_1686     FALSE 0.002 734.000 0.000 NA   NA
 5667253 5667254 MCCL_1686 MCCL_1687     FALSE 0.014 272.000 0.000 1.000   NA
 5667254 5667255 MCCL_1687 MCCL_1688     FALSE 0.485 -10.000 0.000 NA   NA
 5667255 5667256 MCCL_1688 MCCL_1689     FALSE 0.039 140.000 0.000 NA   NA
 5667257 5667258 MCCL_1690 MCCL_1691     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 5667259 5667260 MCCL_1692 MCCL_1693     FALSE 0.195 36.000 0.000 NA   NA
 5667263 5667264 MCCL_1696 MCCL_1697     TRUE 0.937 19.000 0.286 1.000   NA
 5667265 5667266 MCCL_1698 MCCL_1699     FALSE 0.329 15.000 0.000 NA   NA
 5667266 5667267 MCCL_1699 MCCL_1700     TRUE 0.508 -3.000 0.000 NA   NA
 5667267 5667268 MCCL_1700 MCCL_1701     TRUE 0.846 88.000 0.429 1.000 N NA
 5667268 5667269 MCCL_1701 MCCL_1702     FALSE 0.058 116.000 0.000 NA   NA
 5667269 5667270 MCCL_1702 MCCL_1703     FALSE 0.345 13.000 0.000 NA   NA
 5667270 5667271 MCCL_1703 MCCL_1704     FALSE 0.004 398.000 0.000 NA   NA
 5667271 5667272 MCCL_1704 MCCL_1705     FALSE 0.012 237.000 0.000 NA   NA
 5667273 5667274 MCCL_1706 MCCL_1707     FALSE 0.415 7.000 0.000 NA   NA
 5667277 5667278 MCCL_1710 MCCL_1711 groEL groES TRUE 0.967 60.000 0.674 1.000 Y NA
 5667281 5667282 MCCL_1714 MCCL_1715     TRUE 0.564 49.000 0.057 NA   NA
 5667285 5667286 MCCL_1718 MCCL_1719     FALSE 0.181 141.000 0.000 0.012   NA
 5667286 5667287 MCCL_1719 MCCL_1720     FALSE 0.107 69.000 0.000 NA   NA
 5667287 5667288 MCCL_1720 MCCL_1721     FALSE 0.009 261.000 0.000 NA   NA
 5667290 5667291 MCCL_1723 MCCL_1724     TRUE 0.904 -18.000 0.090 1.000   NA
 5667291 5667292 MCCL_1724 MCCL_1725     TRUE 0.924 -21.000 0.127 1.000   NA
 5667292 5667293 MCCL_1725 MCCL_1726     TRUE 0.952 -19.000 0.217 NA   NA
 5667293 5667294 MCCL_1726 MCCL_rRNA07     FALSE 0.045 134.000 0.000 NA   NA
 5667294 5667295 MCCL_rRNA07 MCCL_rRNA08     FALSE 0.027 168.000 0.000 NA   NA
 5667295 5667296 MCCL_rRNA08 MCCL_rRNA09     FALSE 0.015 216.000 0.000 NA   NA
 5667296 5667297 MCCL_rRNA09 MCCL_tRNA45     FALSE 0.043 136.000 0.000 NA   NA
 5667297 5667298 MCCL_tRNA45 MCCL_tRNA46     FALSE 0.259 24.000 0.000 NA   NA
 5667298 5667299 MCCL_tRNA46 MCCL_tRNA47     FALSE 0.042 137.000 0.000 NA   NA
 5667299 5667300 MCCL_tRNA47 MCCL_1727     FALSE 0.032 154.000 0.000 NA   NA
 5667300 5667301 MCCL_1727 MCCL_1728     TRUE 0.957 -10.000 0.215 NA   NA
 5667301 5667302 MCCL_1728 MCCL_1729   sigB TRUE 0.863 32.000 0.049 1.000 Y NA
 5667302 5667303 MCCL_1729 MCCL_1730 sigB rsbW TRUE 0.991 5.000 0.838 1.000 N NA
 5667303 5667304 MCCL_1730 MCCL_1731 rsbW rsbV TRUE 0.994 5.000 0.714 1.000 Y NA
 5667304 5667305 MCCL_1731 MCCL_1732 rsbV rsbU TRUE 0.917 85.000 0.440 1.000 Y NA
 5667305 5667306 MCCL_1732 MCCL_1733 rsbU   TRUE 0.680 49.000 0.000 1.000 Y NA
 5667306 5667307 MCCL_1733 MCCL_1734     FALSE 0.130 223.000 0.052 1.000 N NA
 5667307 5667308 MCCL_1734 MCCL_1735     TRUE 0.832 26.000 0.093 1.000 N NA
 5667308 5667309 MCCL_1735 MCCL_1736     FALSE 0.413 -58.000 0.000 NA   NA
 5667309 5667310 MCCL_1736 MCCL_1737     TRUE 0.820 -16.000 0.039 NA   NA
 5667310 5667311 MCCL_1737 MCCL_1738     TRUE 0.953 -10.000 0.196 NA   NA
 5667311 5667312 MCCL_1738 MCCL_1739     FALSE 0.127 110.000 0.004 NA   NA
 5667312 5667313 MCCL_1739 MCCL_1740   murF FALSE 0.041 235.000 0.000 1.000 N NA
 5667313 5667314 MCCL_1740 MCCL_1741 murF ddl TRUE 0.972 0.000 0.035 0.007 Y NA
 5667315 5667316 MCCL_1742 MCCL_1743     FALSE 0.015 366.000 0.000 1.000 N NA
 5667316 5667317 MCCL_1743 MCCL_1744     FALSE 0.167 198.000 0.036 0.031   NA
 5667318 5667319 MCCL_1745 MCCL_1746   thiE FALSE 0.232 87.000 0.000 1.000 N NA
 5667319 5667320 MCCL_1746 MCCL_1747 thiE thiM TRUE 0.971 4.000 0.061 0.005 Y NA
 5667320 5667321 MCCL_1747 MCCL_1748 thiM thiD TRUE 0.972 0.000 0.032 0.005 Y NA
 5667321 5667322 MCCL_1748 MCCL_1749 thiD   TRUE 0.984 -15.000 0.478 1.000 N NA
 5667322 5667323 MCCL_1749 MCCL_1750     FALSE 0.039 241.000 0.000 1.000 N NA
 5667323 5667324 MCCL_1750 MCCL_1751     FALSE 0.278 119.000 0.000 0.002   NA
 5667324 5667325 MCCL_1751 MCCL_1752     FALSE 0.017 246.000 0.000 1.000   NA
 5667327 5667328 MCCL_1754 MCCL_1755 fabA murA FALSE 0.099 244.000 0.044 1.000 N NA
 5667328 5667329 MCCL_1755 MCCL_1756 murA atpC FALSE 0.017 351.000 0.000 1.000 N NA
 5667329 5667330 MCCL_1756 MCCL_1757 atpC atpD TRUE 0.994 19.000 0.837 0.003 Y NA
 5667330 5667331 MCCL_1757 MCCL_1758 atpD atpG TRUE 0.993 19.000 0.724 0.003 Y NA
 5667331 5667332 MCCL_1758 MCCL_1759 atpG atpA TRUE 0.991 32.000 0.846 0.003 Y NA
 5667332 5667333 MCCL_1759 MCCL_1760 atpA atpH TRUE 0.994 23.000 0.864 0.003 Y NA
 5667333 5667334 MCCL_1760 MCCL_1761 atpH atpF TRUE 0.991 0.000 0.222 0.003 Y NA
 5667334 5667335 MCCL_1761 MCCL_1762 atpF atpB FALSE 0.177 326.000 0.032 0.003 Y NA
 5667335 5667336 MCCL_1762 MCCL_1763 atpB   TRUE 0.932 25.000 0.330 1.000   NA
 5667336 5667337 MCCL_1763 MCCL_1764   mnaA FALSE 0.099 188.000 0.030 1.000   NA
 5667337 5667338 MCCL_1764 MCCL_1765 mnaA upp TRUE 0.726 15.000 0.008 1.000 N NA
 5667338 5667339 MCCL_1765 MCCL_1766 upp glyA TRUE 0.800 22.000 0.051 1.000 N NA
 5667339 5667340 MCCL_1766 MCCL_1767 glyA   TRUE 0.910 10.000 0.145 NA   NA
 5667340 5667341 MCCL_1767 MCCL_1768     FALSE 0.498 -7.000 0.000 NA   NA
 5667341 5667342 MCCL_1768 MCCL_1769     FALSE 0.289 69.000 0.000 1.000 N NA
 5667342 5667343 MCCL_1769 MCCL_1770     TRUE 0.865 8.000 0.052 NA N NA
 5667343 5667344 MCCL_1770 MCCL_1771     TRUE 0.684 92.000 0.072 NA Y NA
 5667344 5667345 MCCL_1771 MCCL_1772   prfA TRUE 0.964 -16.000 0.084 1.000 Y NA
 5667345 5667346 MCCL_1772 MCCL_1773 prfA tdk TRUE 0.833 19.000 0.062 1.000 N NA
 5667346 5667347 MCCL_1773 MCCL_1774 tdk rpmE FALSE 0.366 103.000 0.028 1.000 N NA
 5667347 5667348 MCCL_1774 MCCL_1775 rpmE rho FALSE 0.394 114.000 0.049 1.000 N NA
 5667348 5667349 MCCL_1775 MCCL_1776 rho fbp FALSE 0.066 223.000 0.005 1.000 N NA
 5667349 5667350 MCCL_1776 MCCL_1777 fbp   FALSE 0.143 115.000 0.000 NA N NA
 5667350 5667351 MCCL_1777 MCCL_1778   murZ FALSE 0.307 129.000 0.046 NA N NA
 5667351 5667352 MCCL_1778 MCCL_1779 murZ fbaA FALSE 0.062 194.000 0.000 1.000 N NA
 5667352 5667353 MCCL_1779 MCCL_1780 fbaA   FALSE 0.230 88.000 0.000 1.000 N NA
 5667355 5667356 MCCL_1782 MCCL_1783 pyrG rpoE FALSE 0.230 143.000 0.029 1.000 N NA
 5667356 5667357 MCCL_1783 MCCL_1784 rpoE   FALSE 0.226 91.000 0.000 1.000 N NA
 5667359 5667360 MCCL_1786 MCCL_1787   hmrA TRUE 0.929 -13.000 0.121 1.000   NA
 5667360 5667361 MCCL_1787 MCCL_1788 hmrA   FALSE 0.012 235.000 0.000 NA   NA
 5667362 5667363 MCCL_1789 MCCL_1790     TRUE 0.996 4.000 0.690 0.013 Y NA
 5667363 5667364 MCCL_1790 MCCL_1791     TRUE 0.853 12.000 0.048 1.000 N NA
 5667367 5667368 MCCL_1794 MCCL_1795 drm pdp TRUE 0.963 11.000 0.280 1.000 N NA
 5667368 5667369 MCCL_1795 MCCL_1796 pdp deoC TRUE 0.748 56.000 0.026 1.000 Y NA
 5667369 5667370 MCCL_1796 MCCL_1797 deoC   TRUE 0.560 81.000 0.077 1.000 N NA
 5667370 5667371 MCCL_1797 MCCL_1798     FALSE 0.269 75.000 0.000 1.000 N NA
 5667374 5667375 MCCL_1801 MCCL_1802     TRUE 0.784 -133.000 0.000 0.013   NA
 5667376 5667377 MCCL_1803 MCCL_1804     FALSE 0.320 53.000 0.000 NA N NA
 5667377 5667378 MCCL_1804 MCCL_1805     FALSE 0.053 123.000 0.000 NA   NA
 5667380 5667381 MCCL_1807 MCCL_1808     FALSE 0.002 781.000 0.000 NA   NA
 5667381 5667382 MCCL_1808 MCCL_1809     FALSE 0.151 97.000 0.005 NA   NA
 5667386 5667387 MCCL_1813 MCCL_1814     FALSE 0.002 757.000 0.000 NA   NA
 5667388 5667389 MCCL_1815 MCCL_1816     TRUE 0.607 18.000 0.000 1.000 N NA
 5667390 5667391 MCCL_1817 MCCL_1818     FALSE 0.345 13.000 0.000 NA   NA
 5667391 5667392 MCCL_1818 MCCL_1819     FALSE 0.364 12.000 0.000 NA   NA
 5667392 5667393 MCCL_1819 MCCL_1820     TRUE 0.508 -3.000 0.000 NA   NA
 5667395 5667396 MCCL_1822 MCCL_1823     TRUE 0.946 -28.000 0.046 1.000 Y NA
 5667396 5667397 MCCL_1823 MCCL_1824   argS FALSE 0.384 65.000 0.002 1.000 N NA
 5667397 5667398 MCCL_1824 MCCL_1825 argS   TRUE 0.898 0.000 0.079 NA   NA
 5667398 5667399 MCCL_1825 MCCL_1826     FALSE 0.025 173.000 0.000 NA   NA
 5667399 5667400 MCCL_1826 MCCL_1827     TRUE 0.775 3.000 0.028 NA   NA
 5667400 5667401 MCCL_1827 MCCL_1828     FALSE 0.123 164.000 0.000 0.031   NA
 5667401 5667402 MCCL_1828 MCCL_1829     TRUE 0.725 12.000 0.000 0.053   NA
 5667402 5667403 MCCL_1829 MCCL_1830     FALSE 0.100 73.000 0.000 NA   NA
 5667403 5667404 MCCL_1830 MCCL_1831     FALSE 0.380 11.000 0.000 NA   NA
 5667404 5667405 MCCL_1831 MCCL_1832     FALSE 0.014 500.000 0.000 0.031   NA
 5667405 5667406 MCCL_1832 MCCL_1833     TRUE 0.951 0.000 0.123 1.000 N NA
 5667408 5667409 MCCL_1835 MCCL_1836     FALSE 0.485 92.000 0.000 1.000 Y NA
 5667409 5667410 MCCL_1836 MCCL_1837     TRUE 0.997 -7.000 0.870 1.000 Y NA
 5667410 5667411 MCCL_1837 MCCL_1838     TRUE 0.998 -7.000 0.870 0.023 Y NA
 5667413 5667414 MCCL_1840 MCCL_1841     FALSE 0.106 152.000 0.021 NA   NA
 5667414 5667415 MCCL_1841 MCCL_1842     TRUE 0.609 20.000 0.024 NA   NA
 5667415 5667416 MCCL_1842 MCCL_1843   ung TRUE 0.990 -3.000 0.800 NA   NA
 5667417 5667418 MCCL_1844 MCCL_1845 thiD   FALSE 0.075 240.000 0.057 NA   NA
 5667418 5667419 MCCL_1845 MCCL_1846     TRUE 0.973 14.000 0.644 NA   NA
 5667419 5667420 MCCL_1846 MCCL_1847     TRUE 0.668 14.000 0.026 NA   NA
 5667420 5667421 MCCL_1847 MCCL_1848     FALSE 0.372 23.000 0.000 1.000   NA
 5667422 5667423 MCCL_1849 MCCL_1850     TRUE 0.524 64.000 0.013 0.017   NA
 5667424 5667425 MCCL_1851 MCCL_1852     TRUE 0.992 2.000 0.255 0.001 Y NA
 5667426 5667427 MCCL_1853 MCCL_1854     FALSE 0.058 116.000 0.000 NA   NA
 5667427 5667428 MCCL_1854 MCCL_1855   ilvE FALSE 0.082 86.000 0.000 NA   NA
 5667428 5667429 MCCL_1855 MCCL_1856 ilvE   FALSE 0.062 194.000 0.000 1.000 N NA
 5667429 5667430 MCCL_1856 MCCL_1857     FALSE 0.397 175.000 0.165 1.000 N NA
 5667431 5667432 MCCL_1858 MCCL_1859     TRUE 0.817 -25.000 0.000 0.007   NA
 5667432 5667433 MCCL_1859 MCCL_1860     TRUE 0.851 0.000 0.000 0.007   NA
 5667434 5667435 MCCL_1861 MCCL_1862 tufA fus TRUE 0.878 145.000 0.400 0.001 Y NA
 5667435 5667436 MCCL_1862 MCCL_1863 fus rpsG TRUE 0.917 109.000 0.579 1.000 Y NA
 5667436 5667437 MCCL_1863 MCCL_1864 rpsG rpsL TRUE 0.881 110.000 0.224 0.004 Y NA
 5667437 5667438 MCCL_1864 MCCL_1865 rpsL rpoC FALSE 0.018 747.000 0.035 1.000 N NA
 5667438 5667439 MCCL_1865 MCCL_1866 rpoC rpoB TRUE 0.972 104.000 0.851 0.001 Y NA
 5667439 5667440 MCCL_1866 MCCL_1867 rpoB   FALSE 0.096 193.000 0.008 1.000 N NA
 5667440 5667441 MCCL_1867 MCCL_1868   rplL TRUE 0.604 113.000 0.050 1.000 Y NA
 5667441 5667442 MCCL_1868 MCCL_1869 rplL rplJ TRUE 0.980 56.000 0.884 1.000 Y NA
 5667442 5667443 MCCL_1869 MCCL_1870 rplJ rplA TRUE 0.589 210.000 0.302 1.000 Y NA
 5667443 5667444 MCCL_1870 MCCL_1871 rplA rplK TRUE 0.965 107.000 0.838 0.020 Y NA
 5667444 5667445 MCCL_1871 MCCL_1872 rplK nusG TRUE 0.817 140.000 0.681 1.000 N NA
 5667445 5667446 MCCL_1872 MCCL_1873 nusG secE TRUE 0.986 14.000 0.843 1.000 N NA
 5667446 5667447 MCCL_1873 MCCL_1874 secE   FALSE 0.059 143.000 0.000 1.000   NA
 5667447 5667448 MCCL_1874 MCCL_1875     FALSE 0.096 76.000 0.000 NA   NA
 5667448 5667449 MCCL_1875 MCCL_1876     TRUE 0.920 0.000 0.109 NA   NA
 5667449 5667450 MCCL_1876 MCCL_1877     TRUE 0.956 -61.000 0.150 0.004   NA
 5667450 5667451 MCCL_1877 MCCL_1878   cysS TRUE 0.937 -7.000 0.129 1.000   NA
 5667451 5667452 MCCL_1878 MCCL_1879 cysS cysE TRUE 0.920 -31.000 0.039 0.044 N NA
 5667452 5667453 MCCL_1879 MCCL_1880 cysE gltX FALSE 0.105 186.000 0.008 1.000 N NA
 5667453 5667454 MCCL_1880 MCCL_1881 gltX ispF TRUE 0.858 18.000 0.076 1.000 N NA
 5667454 5667455 MCCL_1881 MCCL_1882 ispF ispD TRUE 0.992 -3.000 0.419 1.000 Y NA
 5667455 5667456 MCCL_1882 MCCL_1883 ispD   TRUE 0.918 -7.000 0.108 NA   NA
 5667456 5667457 MCCL_1883 MCCL_1884   radA TRUE 0.776 13.000 0.056 NA   NA
 5667457 5667458 MCCL_1884 MCCL_1885 radA   FALSE 0.363 225.000 0.062 0.014 Y NA
 5667458 5667459 MCCL_1885 MCCL_1886     FALSE 0.102 108.000 0.000 1.000   NA
 5667459 5667460 MCCL_1886 MCCL_1887     FALSE 0.460 13.000 0.000 1.000   NA
 5667460 5667461 MCCL_1887 MCCL_1888     TRUE 0.991 -10.000 0.848 1.000   NA
 5667461 5667462 MCCL_1888 MCCL_1889   ctsR TRUE 0.980 11.000 0.681 NA   NA
 5667464 5667465 MCCL_1891 MCCL_1892     FALSE 0.166 104.000 0.000 NA N NA
 5667465 5667466 MCCL_1892 MCCL_1893     TRUE 0.991 -10.000 0.488 NA Y NA
 5667468 5667469 MCCL_rRNA10 MCCL_1895   lysS FALSE 0.009 271.000 0.000 NA   NA
 5667469 5667470 MCCL_1895 MCCL_1896 lysS   TRUE 0.938 2.000 0.021 1.000 Y NA
 5667470 5667471 MCCL_1896 MCCL_1897     TRUE 0.818 11.000 0.025 1.000 N NA
 5667471 5667472 MCCL_1897 MCCL_1898     TRUE 0.977 1.000 0.142 1.000 Y NA
 5667472 5667473 MCCL_1898 MCCL_1899     TRUE 0.944 -10.000 0.024 1.000 Y NA
 5667473 5667474 MCCL_1899 MCCL_1900   cysK FALSE 0.250 112.000 0.005 1.000 N NA
 5667474 5667475 MCCL_1900 MCCL_1901 cysK   FALSE 0.470 94.000 0.053 1.000 N NA
 5667475 5667476 MCCL_1901 MCCL_1902   ftsH TRUE 0.748 63.000 0.041 1.000 Y NA
 5667476 5667477 MCCL_1902 MCCL_1903 ftsH   TRUE 0.679 107.000 0.192 1.000 N NA
 5667477 5667478 MCCL_1903 MCCL_1904     TRUE 0.945 2.000 0.067 0.044 N NA
 5667478 5667479 MCCL_1904 MCCL_1905     FALSE 0.435 81.000 0.031 1.000 N NA
 5667479 5667480 MCCL_1905 MCCL_1906     TRUE 0.613 102.000 0.134 1.000 N NA
 5667480 5667481 MCCL_1906 MCCL_1907     FALSE 0.016 256.000 0.000 1.000   NA
 5667481 5667482 MCCL_1907 MCCL_1908     TRUE 0.876 2.000 0.058 1.000   NA
 5667482 5667483 MCCL_1908 MCCL_1909   mfd TRUE 0.843 -10.000 0.033 1.000   NA
 5667483 5667484 MCCL_1909 MCCL_1910 mfd pth TRUE 0.956 -3.000 0.137 1.000 N NA
 5667484 5667485 MCCL_1910 MCCL_1911 pth rplY TRUE 0.930 113.000 0.496 0.024 Y NA
 5667485 5667486 MCCL_1911 MCCL_1912 rplY prs FALSE 0.091 230.000 0.027 1.000 N NA
 5667486 5667487 MCCL_1912 MCCL_1913 prs gcaD TRUE 0.772 32.000 0.069 1.000 N NA
 5667487 5667488 MCCL_1913 MCCL_1914 gcaD spoVG FALSE 0.240 180.000 0.003 1.000 Y NA
 5667488 5667489 MCCL_1914 MCCL_1915 spoVG   TRUE 0.799 41.000 0.131 NA N NA
 5667489 5667490 MCCL_1915 MCCL_1916     TRUE 0.970 0.000 0.227 NA N NA
 5667490 5667491 MCCL_1916 MCCL_1917     TRUE 0.675 -105.000 0.017 NA   NA
 5667491 5667492 MCCL_1917 MCCL_1918     TRUE 0.594 46.000 0.062 NA   NA
 5667492 5667493 MCCL_1918 MCCL_1919   ksgA FALSE 0.036 485.000 0.068 1.000 N NA
 5667493 5667494 MCCL_1919 MCCL_1920 ksgA   TRUE 0.938 0.000 0.093 1.000 N NA
 5667494 5667495 MCCL_1920 MCCL_1921     TRUE 0.643 98.000 0.058 NA Y NA
 5667495 5667496 MCCL_1921 MCCL_1922   metS TRUE 0.938 15.000 0.221 NA N NA
 5667498 5667499 MCCL_1924 MCCL_1925     FALSE 0.175 244.000 0.078 0.005   NA
 5667499 5667500 MCCL_1925 MCCL_1926     TRUE 0.922 12.000 0.193 NA   NA
 5667500 5667501 MCCL_1926 MCCL_1927     TRUE 0.919 12.000 0.183 NA   NA
 5667501 5667502 MCCL_1927 MCCL_1928     TRUE 0.977 -3.000 0.372 NA   NA
 5667502 5667503 MCCL_1928 MCCL_1929     FALSE 0.399 48.000 0.021 NA   NA
 5667503 5667504 MCCL_1929 MCCL_1930     TRUE 0.568 34.000 0.038 NA   NA
 5667504 5667505 MCCL_1930 MCCL_1931     TRUE 0.736 14.000 0.010 1.000 N NA
 5667505 5667506 MCCL_1931 MCCL_rRNA11     FALSE 0.031 157.000 0.000 NA   NA
 5667506 5667507 MCCL_rRNA11 MCCL_rRNA12     FALSE 0.027 168.000 0.000 NA   NA
 5667507 5667508 MCCL_rRNA12 MCCL_rRNA13     FALSE 0.015 216.000 0.000 NA   NA
 5667508 5667509 MCCL_rRNA13 MCCL_1932     FALSE 0.006 320.000 0.000 NA   NA
 5667509 5667510 MCCL_1932 MCCL_1933   recR FALSE 0.014 270.000 0.000 1.000   NA
 5667510 5667511 MCCL_1933 MCCL_1934 recR   TRUE 0.983 2.000 0.604 NA   NA
 5667511 5667512 MCCL_1934 MCCL_1935     TRUE 0.790 17.000 0.071 NA   NA
 5667512 5667513 MCCL_1935 MCCL_1936     FALSE 0.011 474.000 0.000 1.000 N NA
 5667513 5667514 MCCL_1936 MCCL_1937     TRUE 0.908 50.000 0.336 1.000 N NA
 5667514 5667515 MCCL_1937 MCCL_1938     TRUE 0.944 83.000 0.650 1.000 Y NA
 5667515 5667516 MCCL_1938 MCCL_tRNA48     FALSE 0.048 130.000 0.000 NA   NA
 5667516 5667517 MCCL_tRNA48 MCCL_1939     FALSE 0.118 64.000 0.000 NA   NA
 5667519 5667520 MCCL_1941 MCCL_1942 guaA   TRUE 0.790 64.000 0.007 0.001 Y NA
 5667520 5667521 MCCL_1942 MCCL_1943     TRUE 0.985 45.000 1.000 1.000 Y NA
 5667521 5667522 MCCL_1943 MCCL_1944   xprT TRUE 0.955 0.000 0.037 1.000 Y NA
 5667523 5667524 MCCL_1945 MCCL_1946     FALSE 0.073 101.000 0.000 NA   NA
 5667525 5667526 MCCL_1947 MCCL_1948     FALSE 0.007 778.000 0.000 1.000 N NA
 5667526 5667527 MCCL_1948 MCCL_1949     FALSE 0.048 217.000 0.000 1.000 N NA
 5667527 5667528 MCCL_1949 MCCL_1950     TRUE 0.832 1.000 0.007 1.000 N NA
 5667528 5667529 MCCL_1950 MCCL_1951     TRUE 0.993 -7.000 0.827 1.000 N NA
 5667529 5667530 MCCL_1951 MCCL_1952     FALSE 0.347 138.000 0.069 1.000 N NA
 5667530 5667531 MCCL_1952 MCCL_1953   gidB TRUE 0.811 30.000 0.089 1.000 N NA
 5667531 5667532 MCCL_1953 MCCL_1954 gidB gidA TRUE 0.985 1.000 0.466 1.000 N NA
 5667532 5667533 MCCL_1954 MCCL_1955 gidA trmE TRUE 0.945 13.000 0.266 1.000   NA
 5667533 5667534 MCCL_1955 MCCL_1956 trmE   FALSE 0.376 138.000 0.116 1.000   NA
 5667534 5667535 MCCL_1956 MCCL_1957   rnpA FALSE 0.430 17.000 0.000 1.000   NA
 5665426 5665427 MCCL_plsA0001 MCCL_plsA0002     FALSE 0.002 568.000 0.000 NA   NA
 5665429 5665430 MCCL_plsA0004 MCCL_plsA0005     FALSE 0.063 139.000 0.000 1.000   NA
 5665430 5665431 MCCL_plsA0005 MCCL_plsA0006     FALSE 0.301 19.000 0.000 NA   NA
 5665431 5665432 MCCL_plsA0006 MCCL_plsA0007     FALSE 0.006 331.000 0.000 NA   NA
 5665432 5665433 MCCL_plsA0007 MCCL_plsA0008     TRUE 0.823 -19.000 0.000 0.009   NA
 5665433 5665434 MCCL_plsA0008 MCCL_plsA0009     TRUE 0.812 2.000 0.000 0.030   NA
 5665434 5665435 MCCL_plsA0009 MCCL_plsA0010     FALSE 0.005 490.000 0.000 1.000   NA
 5665435 5665436 MCCL_plsA0010 MCCL_plsA0011     FALSE 0.021 227.000 0.000 1.000   NA
 5665438 5665439 MCCL_plsA0013 MCCL_plsA0014     FALSE