MicrobesOnline Operon Predictions for Sphingobium japonicum UT26S

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 10209824 10209825 SJA_C1-00010 SJA_C1-00020     TRUE 0.941 5.000 0.135 NA   NA
 10209825 10209826 SJA_C1-00020 SJA_C1-00030   aroE TRUE 0.983 -3.000 0.169 NA N NA
 10209826 10209827 SJA_C1-00030 SJA_C1-00040 aroE coaE TRUE 0.807 20.000 0.078 1.000 N NA
 10209827 10209828 SJA_C1-00040 SJA_C1-00050 coaE dnaQ TRUE 0.746 32.000 0.092 1.000 N NA
 10209828 10209829 SJA_C1-00050 SJA_C1-00060 dnaQ rpoN FALSE 0.433 96.000 0.026 NA N NA
 10209829 10209830 SJA_C1-00060 SJA_C1-00070 rpoN ptsN TRUE 0.844 46.000 0.353 NA N NA
 10209830 10209831 SJA_C1-00070 SJA_C1-00080 ptsN   TRUE 0.890 -40.000 0.051 NA N NA
 10209831 10209832 SJA_C1-00080 SJA_C1-00090     TRUE 0.688 29.000 0.061 NA   NA
 10209832 10209833 SJA_C1-00090 SJA_C1-00100   cwlJ FALSE 0.184 178.000 0.031 NA   NA
 10209833 10209834 SJA_C1-00100 SJA_C1-00110 cwlJ   FALSE 0.438 101.000 0.032 NA   NA
 10209837 10209838 SJA_C1-00140 SJA_C1-00150     FALSE 0.121 191.000 0.017 1.000   NA
 10209841 10209842 SJA_C1-00180 SJA_C1-00190     TRUE 0.956 -3.000 0.033 1.000 N NA
 10209844 10209845 SJA_C1-00210 SJA_C1-00220 linK linL TRUE 0.995 0.000 0.472 NA Y NA
 10209845 10209846 SJA_C1-00220 SJA_C1-00230 linL linM TRUE 0.988 4.000 0.324 NA Y NA
 10209846 10209847 SJA_C1-00230 SJA_C1-00240 linM linN TRUE 0.880 8.000 0.060 NA   NA
 10209848 10209849 SJA_C1-00250 SJA_C1-00260 pepN   FALSE 0.163 151.000 0.002 1.000 N NA
 10209849 10209850 SJA_C1-00260 SJA_C1-00270   parA TRUE 0.976 15.000 0.827 1.000 N NA
 10209850 10209851 SJA_C1-00270 SJA_C1-00280 parA gidB TRUE 0.991 -3.000 0.339 1.000 N NA
 10209851 10209852 SJA_C1-00280 SJA_C1-00290 gidB gidA TRUE 0.993 -3.000 0.466 1.000 N NA
 10209852 10209853 SJA_C1-00290 SJA_C1-00300 gidA thdF TRUE 0.763 59.000 0.266 1.000   NA
 10209853 10209854 SJA_C1-00300 SJA_C1-00310 thdF   TRUE 0.637 22.000 0.024 NA   NA
 10209855 10209856 SJA_C1-00320 SJA_C1-00330   qor TRUE 0.946 15.000 0.364 1.000 N NA
 10209856 10209857 SJA_C1-00330 SJA_C1-00340 qor   FALSE 0.190 124.000 0.000 NA   NA
 10209858 10209859 SJA_C1-00350 SJA_C1-00360 terC rho FALSE 0.295 122.000 0.006 1.000 N NA
 10209861 10209862 SJA_C1-00380 SJA_C1-00390 pbp msrB FALSE 0.496 112.000 0.032 1.000 N NA
 10209862 10209863 SJA_C1-00390 SJA_C1-00400 msrB   FALSE 0.105 170.000 0.002 1.000 N NA
 10209863 10209864 SJA_C1-00400 SJA_C1-00410     TRUE 0.973 -3.000 0.097 NA   NA
 10209864 10209865 SJA_C1-00410 SJA_C1-00420   leuS TRUE 0.574 124.000 0.090 NA   NA
 10209865 10209866 SJA_C1-00420 SJA_C1-00430 leuS   FALSE 0.485 84.000 0.051 NA   NA
 10209868 10209869 SJA_C1-00450 SJA_C1-00460   tag TRUE 0.667 9.000 0.004 NA   NA
 10209869 10209870 SJA_C1-00460 SJA_C1-00470 tag gyrB TRUE 0.915 5.000 0.002 1.000 Y NA
 10209872 10209873 SJA_C1-00490 SJA_C1-00500     FALSE 0.193 123.000 0.000 NA   NA
 10209873 10209874 SJA_C1-00500 SJA_C1-00510     TRUE 0.697 4.000 0.000 NA   NA
 10209876 10209877 SJA_C1-00530 SJA_C1-00540     FALSE 0.209 52.000 0.000 NA   NA
 10209877 10209878 SJA_C1-00540 SJA_C1-00550     TRUE 0.604 35.000 0.042 NA   NA
 10209878 10209879 SJA_C1-00550 SJA_C1-00560   sco1 TRUE 0.885 4.000 0.034 NA   NA
 10209880 10209881 SJA_C1-00570 SJA_C1-00580     FALSE 0.006 354.000 0.000 NA   NA
 10209881 10209882 SJA_C1-00580 SJA_C1-00590     TRUE 0.957 18.000 0.615 NA   NA
 10209883 10209884 SJA_C1-00600 SJA_C1-00610 ppa   FALSE 0.351 42.000 0.006 1.000   NA
 10209885 10209886 SJA_C1-00620 SJA_C1-00630 hisS prfA TRUE 0.970 0.000 0.014 0.037 Y NA
 10209886 10209887 SJA_C1-00630 SJA_C1-00640 prfA hemK TRUE 0.699 119.000 0.024 1.000 Y NA
 10209887 10209888 SJA_C1-00640 SJA_C1-00650 hemK   FALSE 0.201 104.000 0.000 NA   NA
 10209888 10209889 SJA_C1-00650 SJA_C1-00660     FALSE 0.183 79.000 0.000 NA   NA
 10209890 10209891 SJA_C1-00670 SJA_C1-00680     TRUE 0.977 -7.000 0.273 NA   NA
 10209894 10209895 SJA_C1-r0010 SJA_C1-t0010     FALSE 0.017 270.000 0.000 NA   NA
 10209895 10209896 SJA_C1-t0010 SJA_C1-t0020     TRUE 0.604 10.000 0.000 NA   NA
 10209896 10209897 SJA_C1-t0020 SJA_C1-r0020     FALSE 0.004 406.000 0.000 NA   NA
 10209897 10209898 SJA_C1-r0020 SJA_C1-r0030     FALSE 0.146 143.000 0.000 NA   NA
 10209898 10209899 SJA_C1-r0030 SJA_C1-t0030     FALSE 0.189 64.000 0.000 NA   NA
 10209904 10209905 SJA_C1-00750 SJA_C1-00760     TRUE 0.970 -31.000 0.103 NA Y NA
 10209905 10209906 SJA_C1-00760 SJA_C1-00770     FALSE 0.193 91.000 0.000 NA   NA
 10209906 10209907 SJA_C1-00770 SJA_C1-00780     TRUE 0.965 5.000 0.280 NA   NA
 10209907 10209908 SJA_C1-00780 SJA_C1-00790     TRUE 0.988 -16.000 0.696 NA N NA
 10209908 10209909 SJA_C1-00790 SJA_C1-00800     TRUE 0.970 -3.000 0.080 NA   NA
 10209909 10209910 SJA_C1-00800 SJA_C1-00810     TRUE 0.987 -3.000 0.256 NA   NA
 10209912 10209913 SJA_C1-00830 SJA_C1-00840 cysQ pmbA TRUE 0.960 -13.000 0.182 NA   NA
 10209913 10209914 SJA_C1-00840 SJA_C1-00850 pmbA nudC FALSE 0.192 89.000 0.000 NA   NA
 10209914 10209915 SJA_C1-00850 SJA_C1-00860 nudC mutY TRUE 0.933 -13.000 0.005 1.000 Y NA
 10209916 10209917 SJA_C1-00870 SJA_C1-00880     FALSE 0.322 30.000 0.000 NA   NA
 10209917 10209918 SJA_C1-00880 SJA_C1-00890     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10209918 10209919 SJA_C1-00890 SJA_C1-00900     TRUE 0.914 56.000 0.375 NA Y NA
 10209919 10209920 SJA_C1-00900 SJA_C1-00910   smc FALSE 0.298 81.000 0.007 1.000 N NA
 10209921 10209922 SJA_C1-00920 SJA_C1-00930 plD ubiA TRUE 0.903 -3.000 0.004 1.000 N NA
 10209923 10209924 SJA_C1-00940 SJA_C1-00950     FALSE 0.374 162.000 0.087 NA   NA
 10209925 10209926 SJA_C1-00960 SJA_C1-00970     FALSE 0.038 211.000 0.000 NA   NA
 10209926 10209927 SJA_C1-00970 SJA_C1-00980     FALSE 0.260 42.000 0.000 NA   NA
 10209928 10209929 SJA_C1-00990 SJA_C1-01000 ruvA ruvC TRUE 0.570 79.000 0.000 0.017 Y NA
 10209929 10209930 SJA_C1-01000 SJA_C1-01010 ruvC ruvB TRUE 0.702 38.000 0.002 0.017 Y NA
 10209932 10209933 SJA_C1-01030 SJA_C1-01040     TRUE 0.572 17.000 0.008 NA   NA
 10209933 10209934 SJA_C1-01040 SJA_C1-01050   dps FALSE 0.333 120.000 0.013 NA   NA
 10209935 10209936 SJA_C1-01060 SJA_C1-01070   cobT FALSE 0.440 46.000 0.016 1.000 N NA
 10209936 10209937 SJA_C1-01070 SJA_C1-01080 cobT   TRUE 0.931 0.000 0.032 1.000 N NA
 10209937 10209938 SJA_C1-01080 SJA_C1-01090     TRUE 0.931 -3.000 0.012 1.000 N NA
 10209938 10209939 SJA_C1-01090 SJA_C1-01100   cobS TRUE 0.852 2.000 0.012 1.000   NA
 10209939 10209940 SJA_C1-01100 SJA_C1-01110 cobS dnaJ TRUE 0.615 139.000 0.148 1.000   NA
 10209941 10209942 SJA_C1-01120 SJA_C1-01130   gst FALSE 0.251 49.000 0.000 NA N NA
 10209942 10209943 SJA_C1-01130 SJA_C1-01140 gst   TRUE 0.977 -3.000 0.120 NA   NA
 10209945 10209946 SJA_C1-01160 SJA_C1-01170 ftsE ftsX TRUE 0.987 0.000 0.139 NA Y NA
 10209946 10209947 SJA_C1-01170 SJA_C1-01180 ftsX   TRUE 0.991 -3.000 0.417 NA   NA
 10209947 10209948 SJA_C1-01180 SJA_C1-01190   plsC TRUE 0.849 15.000 0.096 NA   NA
 10209949 10209950 SJA_C1-01200 SJA_C1-01210   hisC TRUE 0.990 0.000 0.198 1.000 Y NA
 10209950 10209951 SJA_C1-01210 SJA_C1-01220 hisC   FALSE 0.244 104.000 0.000 1.000 N NA
 10209952 10209953 SJA_C1-01230 SJA_C1-01240 metX metW TRUE 0.993 -3.000 0.509 NA   NA
 10209954 10209955 SJA_C1-01250 SJA_C1-01260 yapH   FALSE 0.026 246.000 0.000 1.000   NA
 10209956 10209957 SJA_C1-01270 SJA_C1-01280     TRUE 0.804 -7.000 0.000 1.000 N NA
 10209960 10209961 SJA_C1-01310 SJA_C1-01320     FALSE 0.196 133.000 0.000 NA N NA
 10209962 10209963 SJA_C1-01330 SJA_C1-01340     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10209964 10209965 SJA_C1-01350 SJA_C1-01360     FALSE 0.218 49.000 0.000 NA   NA
 10209965 10209966 SJA_C1-01360 SJA_C1-01370     FALSE 0.181 73.000 0.000 NA   NA
 10209967 10209968 SJA_C1-01380 SJA_C1-01390     FALSE 0.397 28.000 0.000 1.000 N NA
 10209968 10209969 SJA_C1-01390 SJA_C1-01400   atoB TRUE 0.557 57.000 0.000 1.000 Y NA
 10209969 10209970 SJA_C1-01400 SJA_C1-01410 atoB   FALSE 0.253 52.000 0.000 1.000 N NA
 10209972 10209973 SJA_C1-01430 SJA_C1-01440 paaB ehhadh3 TRUE 0.571 73.000 0.000 0.007 Y NA
 10209973 10209974 SJA_C1-01440 SJA_C1-01450 ehhadh3 bcd TRUE 0.967 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 10209974 10209975 SJA_C1-01450 SJA_C1-01460 bcd   TRUE 0.552 13.000 0.000 1.000   NA
 10209975 10209976 SJA_C1-01460 SJA_C1-01470     FALSE 0.468 17.000 0.000 1.000   NA
 10209976 10209977 SJA_C1-01470 SJA_C1-01480   fadB FALSE 0.194 208.000 0.000 0.084 Y NA
 10209977 10209978 SJA_C1-01480 SJA_C1-01490 fadB   FALSE 0.296 34.000 0.000 NA   NA
 10209979 10209980 SJA_C1-01500 SJA_C1-t0040     FALSE 0.003 471.000 0.000 NA   NA
 10209983 10209984 SJA_C1-01530 SJA_C1-01540 ptrB   FALSE 0.488 70.000 0.051 1.000   NA
 10209985 10209986 SJA_C1-01550 SJA_C1-01560 terC   FALSE 0.008 380.000 0.000 0.050 N NA
 10209986 10209987 SJA_C1-01560 SJA_C1-01570   dapD FALSE 0.132 156.000 0.000 1.000 N NA
 10209987 10209988 SJA_C1-01570 SJA_C1-01580 dapD   TRUE 0.968 -3.000 0.071 1.000   NA
 10209988 10209989 SJA_C1-01580 SJA_C1-01590     FALSE 0.031 230.000 0.000 NA   NA
 10209989 10209990 SJA_C1-01590 SJA_C1-01600   crtQ TRUE 0.815 10.000 0.026 NA   NA
 10209990 10209991 SJA_C1-01600 SJA_C1-01610 crtQ crtY TRUE 0.917 14.000 0.163 0.001   NA
 10209992 10209993 SJA_C1-01620 SJA_C1-01630     FALSE 0.296 34.000 0.000 NA   NA
 10209993 10209994 SJA_C1-01630 SJA_C1-01640     TRUE 0.975 -3.000 0.111 NA   NA
 10209995 10209996 SJA_C1-01650 SJA_C1-01660     TRUE 0.788 0.000 0.000 NA   NA
 10209996 10209997 SJA_C1-01660 SJA_C1-01670   recQ FALSE 0.009 369.000 0.008 NA   NA
 10209997 10209998 SJA_C1-01670 SJA_C1-01680 recQ   FALSE 0.091 163.000 0.000 NA   NA
 10210000 10210001 SJA_C1-01700 SJA_C1-01710 phz   TRUE 0.578 88.000 0.083 1.000   NA
 10210003 10210004 SJA_C1-01730 SJA_C1-01740 aroC fabI FALSE 0.351 90.000 0.011 1.000 N NA
 10210004 10210005 SJA_C1-01740 SJA_C1-01750 fabI   TRUE 0.926 9.000 0.131 1.000   NA
 10210005 10210006 SJA_C1-01750 SJA_C1-01760   dnaJ TRUE 0.873 15.000 0.119 1.000   NA
 10210007 10210008 SJA_C1-01770 SJA_C1-01780 pdxH   FALSE 0.107 176.000 0.004 1.000 N NA
 10210009 10210010 SJA_C1-01790 SJA_C1-01800     FALSE 0.009 318.000 0.000 NA   NA
 10210010 10210011 SJA_C1-01800 SJA_C1-01810   purA TRUE 0.673 6.000 0.002 NA   NA
 10210013 10210014 SJA_C1-01830 SJA_C1-01840 hisZ serA FALSE 0.462 62.000 0.030 1.000 N NA
 10210014 10210015 SJA_C1-01840 SJA_C1-01850 serA serC TRUE 0.850 112.000 0.140 1.000 Y NA
 10210016 10210017 SJA_C1-01860 SJA_C1-01870     FALSE 0.446 77.000 0.041 NA   NA
 10210017 10210018 SJA_C1-01870 SJA_C1-01880     FALSE 0.191 62.000 0.000 NA   NA
 10210018 10210019 SJA_C1-01880 SJA_C1-01890   crtB TRUE 0.719 3.000 0.000 NA   NA
 10210020 10210021 SJA_C1-01900 SJA_C1-01910 amt glnB TRUE 0.829 14.000 0.054 1.000 N NA
 10210021 10210022 SJA_C1-01910 SJA_C1-01920 glnB   FALSE 0.018 336.000 0.017 1.000   NA
 10210022 10210023 SJA_C1-01920 SJA_C1-01930   tldD FALSE 0.277 53.000 0.007 NA   NA
 10210023 10210024 SJA_C1-01930 SJA_C1-01940 tldD   FALSE 0.204 154.000 0.014 NA   NA
 10210024 10210025 SJA_C1-01940 SJA_C1-01950     FALSE 0.199 57.000 0.000 NA   NA
 10210025 10210026 SJA_C1-01950 SJA_C1-t0050     FALSE 0.192 89.000 0.000 NA   NA
 10210026 10210027 SJA_C1-t0050 SJA_C1-01960     FALSE 0.191 87.000 0.000 NA   NA
 10210027 10210028 SJA_C1-01960 SJA_C1-01970   dat FALSE 0.028 242.000 0.000 1.000   NA
 10210028 10210029 SJA_C1-01970 SJA_C1-01980 dat rpoN FALSE 0.045 218.000 0.000 1.000 N NA
 10210029 10210030 SJA_C1-01980 SJA_C1-01990 rpoN   FALSE 0.414 49.000 0.018 1.000   NA
 10210032 10210033 SJA_C1-02010 SJA_C1-02020     FALSE 0.192 89.000 0.000 NA   NA
 10210033 10210034 SJA_C1-02020 SJA_C1-02030     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210034 10210035 SJA_C1-02030 SJA_C1-02040   ydjE TRUE 0.771 2.000 0.000 NA N NA
 10210036 10210037 SJA_C1-02050 SJA_C1-02060 gst   TRUE 0.764 1.000 0.000 1.000   NA
 10210037 10210038 SJA_C1-02060 SJA_C1-02070     FALSE 0.339 30.000 0.000 1.000   NA
 10210038 10210039 SJA_C1-02070 SJA_C1-02080     FALSE 0.192 95.000 0.000 NA   NA
 10210039 10210040 SJA_C1-02080 SJA_C1-02090     TRUE 0.604 10.000 0.000 NA   NA
 10210040 10210041 SJA_C1-02090 SJA_C1-02100     TRUE 0.938 3.000 0.000 0.035 Y NA
 10210041 10210042 SJA_C1-02100 SJA_C1-02110     TRUE 0.772 21.000 0.000 1.000 Y NA
 10210043 10210044 SJA_C1-02120 SJA_C1-02130     FALSE 0.118 152.000 0.000 NA   NA
 10210045 10210046 SJA_C1-02140 SJA_C1-02150     FALSE 0.369 24.000 0.000 NA   NA
 10210046 10210047 SJA_C1-02150 SJA_C1-02160     FALSE 0.187 67.000 0.000 NA   NA
 10210047 10210048 SJA_C1-02160 SJA_C1-02170     FALSE 0.013 292.000 0.000 NA   NA
 10210049 10210050 SJA_C1-02180 SJA_C1-02190     FALSE 0.207 107.000 0.000 NA   NA
 10210050 10210051 SJA_C1-02190 SJA_C1-02200     FALSE 0.449 17.000 0.000 NA   NA
 10210051 10210052 SJA_C1-02200 SJA_C1-02210     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210052 10210053 SJA_C1-02210 SJA_C1-02220     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210053 10210054 SJA_C1-02220 SJA_C1-02230     TRUE 0.750 1.000 0.000 NA   NA
 10210054 10210055 SJA_C1-02230 SJA_C1-02240     FALSE 0.208 59.000 0.000 1.000   NA
 10210055 10210056 SJA_C1-02240 SJA_C1-02250     FALSE 0.225 80.000 0.000 1.000 N NA
 10210056 10210057 SJA_C1-02250 SJA_C1-02260   gst FALSE 0.486 19.000 0.000 1.000 N NA
 10210058 10210059 SJA_C1-02270 SJA_C1-02280     FALSE 0.091 163.000 0.000 NA   NA
 10210059 10210060 SJA_C1-02280 SJA_C1-02290   ligX FALSE 0.412 20.000 0.000 NA   NA
 10210060 10210061 SJA_C1-02290 SJA_C1-02300 ligX gst FALSE 0.212 51.000 0.000 NA   NA
 10210063 10210064 SJA_C1-02320 SJA_C1-02330     TRUE 0.988 -3.000 0.077 NA Y NA
 10210064 10210065 SJA_C1-02330 SJA_C1-02340     FALSE 0.025 255.000 0.000 NA N NA
 10210066 10210067 SJA_C1-02350 SJA_C1-02360     TRUE 0.538 125.000 0.000 1.000 Y NA
 10210067 10210068 SJA_C1-02360 SJA_C1-02370   menB TRUE 0.812 -10.000 0.000 0.083 N NA
 10210072 10210073 SJA_C1-02400 SJA_C1-02410 gltB   TRUE 0.695 12.000 0.010 NA   NA
 10210073 10210074 SJA_C1-02410 SJA_C1-02420   gltD TRUE 0.946 -3.000 0.028 NA   NA
 10210074 10210075 SJA_C1-02420 SJA_C1-02430 gltD bacA FALSE 0.312 167.000 0.060 1.000 N NA
 10210075 10210076 SJA_C1-02430 SJA_C1-02440 bacA NDUFA9 FALSE 0.495 146.000 0.082 1.000 N NA
 10210076 10210077 SJA_C1-02440 SJA_C1-02450 NDUFA9   FALSE 0.036 214.000 0.000 NA   NA
 10210077 10210078 SJA_C1-02450 SJA_C1-02460   galU FALSE 0.186 125.000 0.000 NA   NA
 10210078 10210079 SJA_C1-02460 SJA_C1-02470 galU   TRUE 0.662 84.000 0.154 NA   NA
 10210079 10210080 SJA_C1-02470 SJA_C1-02480     FALSE 0.044 202.000 0.000 NA   NA
 10210082 10210083 SJA_C1-02500 SJA_C1-02510   rpe TRUE 0.955 -3.000 0.042 NA   NA
 10210083 10210084 SJA_C1-02510 SJA_C1-02520 rpe   FALSE 0.203 105.000 0.000 NA   NA
 10210084 10210085 SJA_C1-02520 SJA_C1-02530   sun FALSE 0.240 45.000 0.000 NA   NA
 10210085 10210086 SJA_C1-02530 SJA_C1-02540 sun   FALSE 0.225 80.000 0.000 1.000 N NA
 10210086 10210087 SJA_C1-02540 SJA_C1-02550   ybeA FALSE 0.075 270.000 0.067 NA   NA
 10210087 10210088 SJA_C1-02550 SJA_C1-02560 ybeA   TRUE 0.689 147.000 0.307 NA   NA
 10210088 10210089 SJA_C1-02560 SJA_C1-02570   nadD TRUE 0.927 13.000 0.221 NA   NA
 10210089 10210090 SJA_C1-02570 SJA_C1-02580 nadD   FALSE 0.201 104.000 0.000 NA   NA
 10210091 10210092 SJA_C1-02590 SJA_C1-02600     TRUE 0.993 -3.000 0.429 0.055   NA
 10210092 10210093 SJA_C1-02600 SJA_C1-02610     TRUE 0.996 -3.000 0.400 1.000 Y NA
 10210093 10210094 SJA_C1-02610 SJA_C1-02620     TRUE 0.995 -3.000 0.667 NA   NA
 10210094 10210095 SJA_C1-02620 SJA_C1-02630     TRUE 0.995 -3.000 0.667 NA   NA
 10210095 10210096 SJA_C1-02630 SJA_C1-02640     FALSE 0.063 181.000 0.000 NA   NA
 10210097 10210098 SJA_C1-t0070 SJA_C1-02650     FALSE 0.029 235.000 0.000 NA   NA
 10210098 10210099 SJA_C1-02650 SJA_C1-02660   maf TRUE 0.761 7.000 0.010 NA   NA
 10210099 10210100 SJA_C1-02660 SJA_C1-02670 maf infA TRUE 0.732 88.000 0.207 NA N NA
 10210100 10210101 SJA_C1-02670 SJA_C1-02680 infA bioA FALSE 0.240 129.000 0.003 1.000 N NA
 10210101 10210102 SJA_C1-02680 SJA_C1-02690 bioA   FALSE 0.048 197.000 0.000 NA   NA
 10210102 10210103 SJA_C1-02690 SJA_C1-02700   pepo FALSE 0.034 220.000 0.000 NA   NA
 10210105 10210106 SJA_C1-02720 SJA_C1-02730 bioD bioF TRUE 0.993 -3.000 0.176 1.000 Y NA
 10210106 10210107 SJA_C1-02730 SJA_C1-02740 bioF   FALSE 0.026 239.000 0.000 NA   NA
 10210107 10210108 SJA_C1-02740 SJA_C1-02750     FALSE 0.212 112.000 0.000 NA   NA
 10210108 10210109 SJA_C1-02750 SJA_C1-02760   ppa FALSE 0.225 80.000 0.000 1.000 N NA
 10210109 10210110 SJA_C1-02760 SJA_C1-02770 ppa thiL FALSE 0.055 231.000 0.007 1.000 N NA
 10210110 10210111 SJA_C1-02770 SJA_C1-02780 thiL nusB TRUE 0.762 121.000 0.225 1.000 N NA
 10210111 10210112 SJA_C1-02780 SJA_C1-02790 nusB hisD FALSE 0.472 38.000 0.012 1.000 N NA
 10210112 10210113 SJA_C1-02790 SJA_C1-02800 hisD hisG TRUE 0.925 43.000 0.254 0.004 Y NA
 10210113 10210114 SJA_C1-02800 SJA_C1-02810 hisG trmU FALSE 0.207 133.000 0.000 1.000 N NA
 10210115 10210116 SJA_C1-02820 SJA_C1-02830     FALSE 0.400 107.000 0.021 NA   NA
 10210116 10210117 SJA_C1-02830 SJA_C1-02840     FALSE 0.230 159.000 0.021 1.000   NA
 10210119 10210120 SJA_C1-02860 SJA_C1-02870 hlyD acrB TRUE 0.924 53.000 0.900 NA N NA
 10210120 10210121 SJA_C1-02870 SJA_C1-02880 acrB   FALSE 0.518 125.000 0.067 NA   NA
 10210121 10210122 SJA_C1-02880 SJA_C1-02890   tonB FALSE 0.004 464.000 0.000 1.000   NA
 10210122 10210123 SJA_C1-02890 SJA_C1-02900 tonB   TRUE 0.709 24.000 0.055 NA   NA
 10210123 10210124 SJA_C1-02900 SJA_C1-02910   ribD FALSE 0.226 72.000 0.005 NA   NA
 10210124 10210125 SJA_C1-02910 SJA_C1-02920 ribD ribE TRUE 0.929 54.000 0.456 1.000 Y NA
 10210125 10210126 SJA_C1-02920 SJA_C1-02930 ribE ribA TRUE 0.539 72.000 0.002 1.000 Y NA
 10210126 10210127 SJA_C1-02930 SJA_C1-02940 ribA ribH TRUE 0.878 13.000 0.002 0.002 Y NA
 10210129 10210130 SJA_C1-02960 SJA_C1-02970   feoA TRUE 0.524 71.000 0.067 1.000   NA
 10210130 10210131 SJA_C1-02970 SJA_C1-02980 feoA feoB TRUE 0.993 -3.000 0.500 1.000   NA
 10210131 10210132 SJA_C1-02980 SJA_C1-02990 feoB ssb TRUE 0.599 27.000 0.019 1.000 N NA
 10210132 10210133 SJA_C1-02990 SJA_C1-03000 ssb purH FALSE 0.008 358.000 0.000 1.000 N NA
 10210135 10210136 SJA_C1-03020 SJA_C1-03030     FALSE 0.137 146.000 0.000 NA   NA
 10210136 10210137 SJA_C1-03030 SJA_C1-03040     TRUE 0.941 6.000 0.148 1.000   NA
 10210137 10210138 SJA_C1-03040 SJA_C1-03050     TRUE 0.943 -22.000 0.143 NA   NA
 10210139 10210140 SJA_C1-03060 SJA_C1-03070 msrB   TRUE 0.809 8.000 0.016 NA N NA
 10210140 10210141 SJA_C1-03070 SJA_C1-03080     TRUE 0.979 -3.000 0.141 NA   NA
 10210143 10210144 SJA_C1-03100 SJA_C1-03110     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210146 10210147 SJA_C1-03130 SJA_C1-03140   gpsA TRUE 0.540 89.000 0.068 1.000   NA
 10210147 10210148 SJA_C1-03140 SJA_C1-03150 gpsA gcp TRUE 0.970 -3.000 0.070 1.000 N NA
 10210149 10210150 SJA_C1-03160 SJA_C1-03170 hemC hemD TRUE 0.989 -3.000 0.056 0.001 Y NA
 10210150 10210151 SJA_C1-03170 SJA_C1-03180 hemD   TRUE 0.873 11.000 0.071 NA   NA
 10210151 10210152 SJA_C1-03180 SJA_C1-03190     FALSE 0.190 124.000 0.000 NA   NA
 10210153 10210154 SJA_C1-03200 SJA_C1-03210 gltX nadE FALSE 0.446 127.000 0.028 0.087   NA
 10210156 10210157 SJA_C1-03230 SJA_C1-03240     FALSE 0.476 56.000 0.041 NA   NA
 10210158 10210159 SJA_C1-03250 SJA_C1-03260   fadD FALSE 0.053 205.000 0.000 1.000 N NA
 10210160 10210161 SJA_C1-03270 SJA_C1-03280   gloB FALSE 0.290 55.000 0.008 NA   NA
 10210161 10210162 SJA_C1-03280 SJA_C1-03290 gloB gloA TRUE 0.818 5.000 0.014 1.000   NA
 10210164 10210165 SJA_C1-03310 SJA_C1-03320     FALSE 0.182 78.000 0.000 NA   NA
 10210165 10210166 SJA_C1-03320 SJA_C1-03330     TRUE 0.938 0.000 0.048 1.000   NA
 10210167 10210168 SJA_C1-t0080 SJA_C1-03340     FALSE 0.097 161.000 0.000 NA   NA
 10210168 10210169 SJA_C1-03340 SJA_C1-03350     FALSE 0.207 117.000 0.000 NA   NA
 10210169 10210170 SJA_C1-03350 SJA_C1-03360     FALSE 0.191 87.000 0.000 NA   NA
 10210172 10210173 SJA_C1-03380 SJA_C1-03390     FALSE 0.007 340.000 0.000 NA   NA
 10210173 10210174 SJA_C1-03390 SJA_C1-03400     TRUE 0.654 6.000 0.000 NA   NA
 10210174 10210175 SJA_C1-03400 SJA_C1-03410     FALSE 0.322 30.000 0.000 NA   NA
 10210176 10210177 SJA_C1-03420 SJA_C1-03430     FALSE 0.003 519.000 0.000 NA   NA
 10210177 10210178 SJA_C1-03430 SJA_C1-03440     FALSE 0.212 113.000 0.000 NA   NA
 10210179 10210180 SJA_C1-03450 SJA_C1-03460     FALSE 0.056 190.000 0.000 NA   NA
 10210181 10210182 SJA_C1-03470 SJA_C1-03480 tonB   FALSE 0.166 140.000 0.000 1.000   NA
 10210182 10210183 SJA_C1-03480 SJA_C1-03490     TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000   NA
 10210183 10210184 SJA_C1-03490 SJA_C1-03500   virD2 FALSE 0.125 150.000 0.000 NA   NA
 10210186 10210187 SJA_C1-03520 SJA_C1-03530     FALSE 0.193 73.000 0.000 1.000   NA
 10210187 10210188 SJA_C1-03530 SJA_C1-03540     FALSE 0.209 58.000 0.000 1.000   NA
 10210189 10210190 SJA_C1-03550 SJA_C1-03560     TRUE 0.560 12.000 0.000 NA   NA
 10210190 10210191 SJA_C1-03560 SJA_C1-03570     FALSE 0.011 301.000 0.000 NA   NA
 10210191 10210192 SJA_C1-03570 SJA_C1-03580     FALSE 0.007 342.000 0.000 NA   NA
 10210193 10210194 SJA_C1-03590 SJA_C1-03600   hels FALSE 0.043 203.000 0.000 NA   NA
 10210194 10210195 SJA_C1-03600 SJA_C1-03610 hels   TRUE 0.989 -13.000 0.750 NA   NA
 10210195 10210196 SJA_C1-03610 SJA_C1-03620     FALSE 0.462 16.000 0.000 NA   NA
 10210197 10210198 SJA_C1-03630 SJA_C1-03640     TRUE 0.788 0.000 0.000 NA   NA
 10210202 10210203 SJA_C1-03680 SJA_C1-03690     FALSE 0.004 440.000 0.000 NA   NA
 10210205 10210206 SJA_C1-03710 SJA_C1-03720     FALSE 0.041 207.000 0.000 NA   NA
 10210206 10210207 SJA_C1-03720 SJA_C1-03730     TRUE 0.738 139.000 0.320 NA   NA
 10210207 10210208 SJA_C1-03730 SJA_C1-03740     TRUE 0.987 -3.000 0.286 NA   NA
 10210208 10210209 SJA_C1-03740 SJA_C1-03750     TRUE 0.788 0.000 0.000 NA   NA
 10210210 10210211 SJA_C1-03760 SJA_C1-03770     FALSE 0.024 244.000 0.000 NA   NA
 10210211 10210212 SJA_C1-03770 SJA_C1-03780     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210212 10210213 SJA_C1-03780 SJA_C1-03790     TRUE 0.788 0.000 0.000 NA   NA
 10210215 10210216 SJA_C1-03810 SJA_C1-03820   fadB TRUE 0.891 -3.000 0.000 0.054   NA
 10210216 10210217 SJA_C1-03820 SJA_C1-03830 fadB   TRUE 0.975 2.000 0.067 1.000 Y NA
 10210217 10210218 SJA_C1-03830 SJA_C1-03840     TRUE 0.993 -7.000 0.375 0.081 Y NA
 10210218 10210219 SJA_C1-03840 SJA_C1-03850     TRUE 0.971 -7.000 0.200 NA   NA
 10210219 10210220 SJA_C1-03850 SJA_C1-03860     TRUE 0.957 4.000 0.182 NA   NA
 10210220 10210221 SJA_C1-03860 SJA_C1-03870     TRUE 0.764 43.000 0.182 NA   NA
 10210221 10210222 SJA_C1-03870 SJA_C1-03880     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210223 10210224 SJA_C1-03890 SJA_C1-03900     TRUE 0.975 -3.000 0.107 NA   NA
 10210224 10210225 SJA_C1-03900 SJA_C1-03910     TRUE 0.846 66.000 0.500 NA   NA
 10210225 10210226 SJA_C1-03910 SJA_C1-03920     TRUE 0.864 104.000 0.500 NA N NA
 10210227 10210228 SJA_C1-03930 SJA_C1-03940     TRUE 0.985 11.000 0.400 1.000 Y NA
 10210228 10210229 SJA_C1-03940 SJA_C1-03950   fadA TRUE 0.985 4.000 0.222 1.000 Y NA
 10210229 10210230 SJA_C1-03950 SJA_C1-03960 fadA   TRUE 0.945 19.000 0.167 1.000 Y NA
 10210230 10210231 SJA_C1-03960 SJA_C1-03970     TRUE 0.985 5.000 0.250 1.000 Y NA
 10210231 10210232 SJA_C1-03970 SJA_C1-03980     TRUE 0.986 -3.000 0.250 NA   NA
 10210232 10210233 SJA_C1-03980 SJA_C1-03990   luxR TRUE 0.881 67.000 0.667 NA   NA
 10210233 10210234 SJA_C1-03990 SJA_C1-04000 luxR   TRUE 0.937 3.000 0.000 0.061 Y NA
 10210236 10210237 SJA_C1-04020 SJA_C1-04030     FALSE 0.188 85.000 0.000 NA   NA
 10210239 10210240 SJA_C1-04050 SJA_C1-04060     FALSE 0.131 160.000 0.000 0.073   NA
 10210240 10210241 SJA_C1-04060 SJA_C1-04070   ybjD TRUE 0.992 -13.000 0.390 0.073 Y NA
 10210241 10210242 SJA_C1-04070 SJA_C1-04080 ybjD   FALSE 0.339 30.000 0.000 1.000   NA
 10210242 10210243 SJA_C1-04080 SJA_C1-04090     TRUE 0.878 53.000 0.565 1.000   NA
 10210243 10210244 SJA_C1-04090 SJA_C1-04100     TRUE 0.732 -10.000 0.000 NA   NA
 10210245 10210246 SJA_C1-04110 SJA_C1-04120     TRUE 0.635 -85.000 0.000 NA   NA
 10210246 10210247 SJA_C1-04120 SJA_C1-04130   dnaE TRUE 0.967 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 10210251 10210252 SJA_C1-04170 SJA_C1-04180 ardC   FALSE 0.112 154.000 0.000 NA   NA
 10210252 10210253 SJA_C1-04180 SJA_C1-04190     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210253 10210254 SJA_C1-04190 SJA_C1-04200     TRUE 0.993 -3.000 0.500 NA   NA
 10210254 10210255 SJA_C1-04200 SJA_C1-04210   ardC TRUE 0.765 45.000 0.200 NA   NA
 10210255 10210256 SJA_C1-04210 SJA_C1-04220 ardC ardC TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210256 10210257 SJA_C1-04220 SJA_C1-04230 ardC arsR TRUE 0.662 -28.000 0.000 NA   NA
 10210257 10210258 SJA_C1-04230 SJA_C1-04240 arsR arsC TRUE 0.939 13.000 0.250 1.000 N NA
 10210258 10210259 SJA_C1-04240 SJA_C1-04250 arsC arsC TRUE 0.989 -3.000 0.250 0.002 N NA
 10210259 10210260 SJA_C1-04250 SJA_C1-04260 arsC   TRUE 0.995 -3.000 0.286 1.000 Y NA
 10210260 10210261 SJA_C1-04260 SJA_C1-04270     TRUE 0.955 -3.000 0.032 1.000 N NA
 10210261 10210262 SJA_C1-04270 SJA_C1-04280   arsH TRUE 0.922 0.000 0.032 NA   NA
 10210262 10210263 SJA_C1-04280 SJA_C1-04290 arsH   TRUE 0.786 147.000 0.500 NA   NA
 10210263 10210264 SJA_C1-04290 SJA_C1-04300     TRUE 0.768 113.000 0.250 NA   NA
 10210268 10210269 SJA_C1-04340 SJA_C1-04350     TRUE 0.878 78.000 0.667 NA   NA
 10210269 10210270 SJA_C1-04350 SJA_C1-04360     FALSE 0.036 215.000 0.000 NA   NA
 10210270 10210271 SJA_C1-04360 SJA_C1-04370     FALSE 0.010 308.000 0.000 NA   NA
 10210271 10210272 SJA_C1-04370 SJA_C1-04380     TRUE 0.639 193.000 0.667 NA   NA
 10210272 10210273 SJA_C1-04380 SJA_C1-04390     TRUE 0.973 13.000 0.667 NA   NA
 10210273 10210274 SJA_C1-04390 SJA_C1-04400     TRUE 0.992 0.000 0.667 1.000 N NA
 10210274 10210275 SJA_C1-04400 SJA_C1-04410     FALSE 0.041 206.000 0.000 NA   NA
 10210275 10210276 SJA_C1-04410 SJA_C1-04420   virD2 TRUE 0.993 -7.000 1.000 NA   NA
 10210276 10210277 SJA_C1-04420 SJA_C1-04430 virD2   FALSE 0.292 180.000 0.095 NA   NA
 10210277 10210278 SJA_C1-04430 SJA_C1-04440     TRUE 0.762 -7.000 0.000 NA   NA
 10210279 10210280 SJA_C1-04450 SJA_C1-04460     FALSE 0.073 194.000 0.000 0.017   NA
 10210281 10210282 SJA_C1-04470 SJA_C1-04480     FALSE 0.070 176.000 0.000 NA   NA
 10210282 10210283 SJA_C1-04480 SJA_C1-04490     TRUE 0.972 -3.000 0.095 NA   NA
 10210283 10210284 SJA_C1-04490 SJA_C1-04500     TRUE 0.892 3.000 0.032 NA   NA
 10210284 10210285 SJA_C1-04500 SJA_C1-04510     TRUE 0.654 6.000 0.000 NA   NA
 10210285 10210286 SJA_C1-04510 SJA_C1-04520     TRUE 0.662 -28.000 0.000 NA   NA
 10210287 10210288 SJA_C1-04530 SJA_C1-04540     TRUE 0.987 -3.000 0.259 NA   NA
 10210288 10210289 SJA_C1-04540 SJA_C1-04550     TRUE 0.788 0.000 0.000 NA   NA
 10210289 10210290 SJA_C1-04550 SJA_C1-04560   traO FALSE 0.097 161.000 0.000 NA   NA
 10210290 10210291 SJA_C1-04560 SJA_C1-04570 traO virD4 TRUE 0.992 -10.000 1.000 NA   NA
 10210291 10210292 SJA_C1-04570 SJA_C1-04580 virD4 virB11 TRUE 0.995 -16.000 0.750 1.000 Y NA
 10210292 10210293 SJA_C1-04580 SJA_C1-04590 virB11 virB10 TRUE 0.995 4.000 0.750 1.000 Y NA
 10210293 10210294 SJA_C1-04590 SJA_C1-04600 virB10 virB9 TRUE 0.995 4.000 0.750 NA Y NA
 10210294 10210295 SJA_C1-04600 SJA_C1-04610 virB9 virB8 TRUE 0.998 -3.000 0.750 NA Y NA
 10210295 10210296 SJA_C1-04610 SJA_C1-04620 virB8   TRUE 0.709 -13.000 0.000 NA   NA
 10210296 10210297 SJA_C1-04620 SJA_C1-04630   virB6 TRUE 0.533 13.000 0.000 NA   NA
 10210297 10210298 SJA_C1-04630 SJA_C1-04640 virB6 virB5 FALSE 0.028 237.000 0.000 NA   NA
 10210298 10210299 SJA_C1-04640 SJA_C1-04650 virB5 virB4 TRUE 0.989 4.000 0.800 NA   NA
 10210299 10210300 SJA_C1-04650 SJA_C1-04660 virB4 virB3 TRUE 0.991 -13.000 0.400 NA Y NA
 10210300 10210301 SJA_C1-04660 SJA_C1-04670 virB3 virB2 TRUE 0.994 -3.000 0.235 NA Y NA
 10210301 10210302 SJA_C1-04670 SJA_C1-04680 virB2 virB1 TRUE 0.984 -3.000 0.211 NA   NA
 10210302 10210303 SJA_C1-04680 SJA_C1-04690 virB1   TRUE 0.974 -3.000 0.105 NA   NA
 10210303 10210304 SJA_C1-04690 SJA_C1-04700     TRUE 0.883 64.000 0.667 NA   NA
 10210304 10210305 SJA_C1-04700 SJA_C1-04710   luxI TRUE 0.984 12.000 1.000 NA   NA
 10210305 10210306 SJA_C1-04710 SJA_C1-04720 luxI luxR TRUE 0.886 75.000 0.667 1.000 N NA
 10210306 10210307 SJA_C1-04720 SJA_C1-04730 luxR luxR TRUE 0.985 14.000 0.500 0.018 Y NA
 10210309 10210310 SJA_C1-04750 SJA_C1-04760     TRUE 0.992 -3.000 0.457 NA   NA
 10210311 10210312 SJA_C1-04770 SJA_C1-04780     TRUE 0.987 -3.000 0.246 1.000 N NA
 10210312 10210313 SJA_C1-04780 SJA_C1-04790   prsA TRUE 0.996 -3.000 0.412 1.000 Y NA
 10210316 10210317 SJA_C1-04820 SJA_C1-04830   copA TRUE 0.987 -3.000 0.222 1.000 N NA
 10210317 10210318 SJA_C1-04830 SJA_C1-04840 copA ubiE FALSE 0.268 111.000 0.000 0.079   NA
 10210318 10210319 SJA_C1-04840 SJA_C1-04850 ubiE copD FALSE 0.291 39.000 0.000 1.000   NA
 10210319 10210320 SJA_C1-04850 SJA_C1-04860 copD copC TRUE 0.971 5.000 0.333 1.000   NA
 10210321 10210322 SJA_C1-04870 SJA_C1-04880     TRUE 0.995 -3.000 0.667 NA   NA
 10210322 10210323 SJA_C1-04880 SJA_C1-04890   rpoE TRUE 0.996 -3.000 1.000 NA   NA
 10210323 10210324 SJA_C1-04890 SJA_C1-04900 rpoE   TRUE 0.857 67.000 0.500 1.000 N NA
 10210324 10210325 SJA_C1-04900 SJA_C1-04910   copB TRUE 0.988 0.000 0.364 0.005 N NA
 10210325 10210326 SJA_C1-04910 SJA_C1-04920 copB   TRUE 0.756 91.000 0.273 NA   NA
 10210326 10210327 SJA_C1-04920 SJA_C1-04930     TRUE 0.852 59.000 0.500 NA   NA
 10210327 10210328 SJA_C1-04930 SJA_C1-04940   uhpA TRUE 0.994 -10.000 0.500 0.084 Y NA
 10210328 10210329 SJA_C1-04940 SJA_C1-04950 uhpA   TRUE 0.846 82.000 0.143 0.020 Y NA
 10210330 10210331 SJA_C1-04960 SJA_C1-04970   tnpA FALSE 0.034 238.000 0.000 1.000 N NA
 10210332 10210333 SJA_C1-04980 SJA_C1-04990 tnpR   TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000   NA
 10210334 10210335 SJA_C1-05000 SJA_C1-05010   stbE FALSE 0.009 321.000 0.000 NA   NA
 10210335 10210336 SJA_C1-05010 SJA_C1-05020 stbE relB TRUE 0.954 -13.000 0.154 NA   NA
 10210336 10210337 SJA_C1-05020 SJA_C1-05030 relB   FALSE 0.005 385.000 0.000 NA   NA
 10210337 10210338 SJA_C1-05030 SJA_C1-05040     TRUE 0.644 80.000 0.143 NA   NA
 10210338 10210339 SJA_C1-05040 SJA_C1-05050   copB TRUE 0.966 -6.000 0.143 NA   NA
 10210339 10210340 SJA_C1-05050 SJA_C1-05060 copB copA TRUE 0.997 -3.000 1.000 0.005 N NA
 10210340 10210341 SJA_C1-05060 SJA_C1-05070 copA adh TRUE 0.579 26.000 0.018 1.000   NA
 10210341 10210342 SJA_C1-05070 SJA_C1-05080 adh   TRUE 0.611 26.000 0.024 1.000   NA
 10210342 10210343 SJA_C1-05080 SJA_C1-05090     FALSE 0.004 443.000 0.000 NA   NA
 10210345 10210346 SJA_C1-05110 SJA_C1-05120     FALSE 0.170 132.000 0.000 NA   NA
 10210346 10210347 SJA_C1-05120 SJA_C1-05130     FALSE 0.481 15.000 0.000 NA   NA
 10210347 10210348 SJA_C1-05130 SJA_C1-05140     TRUE 0.948 -13.000 0.129 NA   NA
 10210348 10210349 SJA_C1-05140 SJA_C1-05150     TRUE 0.995 -3.000 0.667 NA   NA
 10210349 10210350 SJA_C1-05150 SJA_C1-05160     TRUE 0.933 0.000 0.042 NA   NA
 10210350 10210351 SJA_C1-05160 SJA_C1-05170     TRUE 0.574 24.000 0.017 NA   NA
 10210351 10210352 SJA_C1-05170 SJA_C1-05180     TRUE 0.886 60.000 0.667 NA   NA
 10210352 10210353 SJA_C1-05180 SJA_C1-05190     TRUE 0.995 -3.000 0.750 NA   NA
 10210353 10210354 SJA_C1-05190 SJA_C1-05200     TRUE 0.870 141.000 0.750 NA   NA
 10210355 10210356 SJA_C1-05210 SJA_C1-05220     TRUE 0.913 78.000 1.000 NA   NA
 10210356 10210357 SJA_C1-05220 SJA_C1-05230   czcC TRUE 0.814 64.000 0.400 NA   NA
 10210357 10210358 SJA_C1-05230 SJA_C1-05240 czcC cusB TRUE 0.998 -3.000 0.833 1.000 Y NA
 10210358 10210359 SJA_C1-05240 SJA_C1-05250 cusB cusA TRUE 0.994 -3.000 0.545 1.000 N NA
 10210359 10210360 SJA_C1-05250 SJA_C1-05260 cusA cusF TRUE 0.987 -3.000 0.273 NA   NA
 10210360 10210361 SJA_C1-05260 SJA_C1-05270 cusF   FALSE 0.023 249.000 0.000 NA   NA
 10210362 10210363 SJA_C1-05280 SJA_C1-05290   tnpR TRUE 0.980 -3.000 0.143 1.000   NA
 10210365 10210366 SJA_C1-05310 SJA_C1-05320 manB copA TRUE 0.968 -3.000 0.071 1.000   NA
 10210366 10210367 SJA_C1-05320 SJA_C1-05330 copA   TRUE 0.988 -3.000 0.071 1.000 Y NA
 10210367 10210368 SJA_C1-05330 SJA_C1-05340     TRUE 0.989 -3.000 0.080 1.000 Y NA
 10210368 10210369 SJA_C1-05340 SJA_C1-05350     TRUE 0.926 4.000 0.080 NA   NA
 10210369 10210370 SJA_C1-05350 SJA_C1-05360     TRUE 0.931 48.000 1.000 NA   NA
 10210370 10210371 SJA_C1-05360 SJA_C1-05370     TRUE 0.993 -3.000 0.500 NA   NA
 10210371 10210372 SJA_C1-05370 SJA_C1-05380   cusA FALSE 0.182 78.000 0.000 NA   NA
 10210372 10210373 SJA_C1-05380 SJA_C1-05390 cusA czcB TRUE 0.984 4.000 0.500 1.000 N NA
 10210373 10210374 SJA_C1-05390 SJA_C1-05400 czcB czcC TRUE 0.997 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 10210374 10210375 SJA_C1-05400 SJA_C1-05410 czcC   TRUE 0.898 61.000 0.750 NA   NA
 10210375 10210376 SJA_C1-05410 SJA_C1-05420     FALSE 0.446 41.000 0.016 NA   NA
 10210376 10210377 SJA_C1-05420 SJA_C1-05430     TRUE 0.974 0.000 0.032 1.000 Y NA
 10210379 10210380 SJA_C1-05450 SJA_C1-05460     FALSE 0.014 290.000 0.000 1.000   NA
 10210381 10210382 SJA_C1-05470 SJA_C1-05480     TRUE 0.988 -73.000 1.000 NA   NA
 10210383 10210384 SJA_C1-05490 SJA_C1-05500   tnpR FALSE 0.244 77.000 0.000 0.018   NA
 10210388 10210389 SJA_C1-05540 SJA_C1-05550     FALSE 0.181 73.000 0.000 NA   NA
 10210389 10210390 SJA_C1-05550 SJA_C1-05560     FALSE 0.273 47.000 0.000 1.000 N NA
 10210390 10210391 SJA_C1-05560 SJA_C1-05570     TRUE 0.960 14.000 0.500 NA   NA
 10210391 10210392 SJA_C1-05570 SJA_C1-05580     TRUE 0.788 0.000 0.000 NA   NA
 10210392 10210393 SJA_C1-05580 SJA_C1-05590   linC FALSE 0.389 22.000 0.000 NA   NA
 10210393 10210394 SJA_C1-05590 SJA_C1-05600 linC   FALSE 0.286 40.000 0.000 1.000   NA
 10210394 10210395 SJA_C1-05600 SJA_C1-05610   tnp FALSE 0.275 42.000 0.000 1.000   NA
 10210399 10210400 SJA_C1-05650 SJA_C1-05660   bdh FALSE 0.003 483.000 0.000 NA   NA
 10210400 10210401 SJA_C1-05660 SJA_C1-05670 bdh   TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000   NA
 10210401 10210402 SJA_C1-05670 SJA_C1-05680   adc FALSE 0.205 91.000 0.000 1.000   NA
 10210403 10210404 SJA_C1-05690 SJA_C1-05700     FALSE 0.212 113.000 0.000 NA   NA
 10210404 10210405 SJA_C1-05700 SJA_C1-05710     FALSE 0.006 360.000 0.000 NA   NA
 10210406 10210407 SJA_C1-05720 SJA_C1-05730   guaA FALSE 0.006 391.000 0.002 1.000 N NA
 10210407 10210408 SJA_C1-05730 SJA_C1-05740 guaA   FALSE 0.253 43.000 0.000 NA   NA
 10210408 10210409 SJA_C1-05740 SJA_C1-05750     FALSE 0.424 19.000 0.000 NA   NA
 10210409 10210410 SJA_C1-05750 SJA_C1-05760     FALSE 0.192 93.000 0.000 NA   NA
 10210410 10210411 SJA_C1-05760 SJA_C1-05770   preP FALSE 0.314 71.000 0.014 NA   NA
 10210411 10210412 SJA_C1-05770 SJA_C1-05780 preP rplQ FALSE 0.041 230.000 0.002 1.000 N NA
 10210412 10210413 SJA_C1-05780 SJA_C1-05790 rplQ rpoA TRUE 0.773 178.000 0.873 1.000 N NA
 10210413 10210414 SJA_C1-05790 SJA_C1-05800 rpoA rpsK TRUE 0.796 122.000 0.308 1.000 N NA
 10210414 10210415 SJA_C1-05800 SJA_C1-05810 rpsK rpsM TRUE 0.963 102.000 0.810 0.014 Y NA
 10210419 10210420 SJA_C1-05850 SJA_C1-05860     TRUE 0.904 11.000 0.111 NA   NA
 10210420 10210421 SJA_C1-05860 SJA_C1-t0090     FALSE 0.201 104.000 0.000 NA   NA
 10210422 10210423 SJA_C1-05870 SJA_C1-05880 yajC secD TRUE 0.962 10.000 0.099 NA Y NA
 10210423 10210424 SJA_C1-05880 SJA_C1-05890 secD secF TRUE 0.977 16.000 0.356 0.001 Y NA
 10210424 10210425 SJA_C1-05890 SJA_C1-05900 secF   TRUE 0.594 129.000 0.113 NA   NA
 10210425 10210426 SJA_C1-05900 SJA_C1-05910   ppx FALSE 0.198 103.000 0.000 NA   NA
 10210426 10210427 SJA_C1-05910 SJA_C1-05920 ppx ftsJ TRUE 0.867 35.000 0.316 NA N NA
 10210427 10210428 SJA_C1-05920 SJA_C1-05930 ftsJ comM FALSE 0.411 110.000 0.017 NA N NA
 10210429 10210430 SJA_C1-05940 SJA_C1-05950     TRUE 0.728 18.000 0.034 1.000   NA
 10210430 10210431 SJA_C1-05950 SJA_C1-05960     TRUE 0.977 -3.000 0.119 1.000   NA
 10210431 10210432 SJA_C1-05960 SJA_C1-05970     TRUE 0.742 21.000 0.041 0.078   NA
 10210432 10210433 SJA_C1-05970 SJA_C1-05980     TRUE 0.769 23.000 0.057 0.078 N NA
 10210434 10210435 SJA_C1-05990 SJA_C1-06000 dgoK dgoAa TRUE 0.997 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 10210437 10210438 SJA_C1-06020 SJA_C1-06030 cox15 rplM FALSE 0.202 149.000 0.006 1.000 N NA
 10210438 10210439 SJA_C1-06030 SJA_C1-06040 rplM rpsI TRUE 0.992 0.000 0.231 0.014 Y NA
 10210439 10210440 SJA_C1-06040 SJA_C1-06050 rpsI   FALSE 0.034 228.000 0.000 1.000   NA
 10210442 10210443 SJA_C1-06070 SJA_C1-06080     TRUE 0.762 -7.000 0.000 NA   NA
 10210443 10210444 SJA_C1-06080 SJA_C1-06090     FALSE 0.196 70.000 0.000 1.000   NA
 10210444 10210445 SJA_C1-06090 SJA_C1-06100     TRUE 0.896 -3.000 0.000 0.010   NA
 10210447 10210448 SJA_C1-06120 SJA_C1-06130     TRUE 0.993 -3.000 0.500 NA   NA
 10210449 10210450 SJA_C1-06140 SJA_C1-06150     FALSE 0.003 552.000 0.000 NA   NA
 10210451 10210452 SJA_C1-06160 SJA_C1-06170     TRUE 0.654 6.000 0.000 NA   NA
 10210452 10210453 SJA_C1-06170 SJA_C1-06180     FALSE 0.265 41.000 0.000 NA   NA
 10210454 10210455 SJA_C1-06190 SJA_C1-06200     FALSE 0.094 162.000 0.000 NA   NA
 10210455 10210456 SJA_C1-06200 SJA_C1-06210     FALSE 0.020 259.000 0.000 NA   NA
 10210457 10210458 SJA_C1-06220 SJA_C1-06230 rpsL rpsG TRUE 0.986 16.000 0.620 0.003 Y NA
 10210458 10210459 SJA_C1-06230 SJA_C1-06240 rpsG fusA TRUE 0.593 175.000 0.114 1.000 Y NA
 10210459 10210460 SJA_C1-06240 SJA_C1-06250 fusA tufA TRUE 0.799 137.000 0.102 0.001 Y NA
 10210460 10210461 SJA_C1-06250 SJA_C1-06260 tufA rpsJ TRUE 0.603 210.000 0.318 1.000 Y NA
 10210461 10210462 SJA_C1-06260 SJA_C1-06270 rpsJ rplC FALSE 0.272 318.000 0.307 0.019 Y NA
 10210462 10210463 SJA_C1-06270 SJA_C1-06280 rplC rplD TRUE 0.994 3.000 0.486 0.014 Y NA
 10210463 10210464 SJA_C1-06280 SJA_C1-06290 rplD rplW TRUE 0.996 -7.000 0.513 0.014 Y NA
 10210464 10210465 SJA_C1-06290 SJA_C1-06300 rplW rplB TRUE 0.997 3.000 0.849 0.014 Y NA
 10210465 10210466 SJA_C1-06300 SJA_C1-06310 rplB rpsS TRUE 0.995 6.000 0.820 0.019 Y NA
 10210466 10210467 SJA_C1-06310 SJA_C1-06320 rpsS rplV TRUE 0.988 0.000 0.119 0.019 Y NA
 10210467 10210468 SJA_C1-06320 SJA_C1-06330 rplV rpsC TRUE 0.977 5.000 0.109 0.019 Y NA
 10210468 10210469 SJA_C1-06330 SJA_C1-06340 rpsC rplP TRUE 0.986 22.000 0.828 0.019 Y NA
 10210469 10210470 SJA_C1-06340 SJA_C1-06350 rplP rpmC TRUE 0.996 4.000 0.802 0.014 Y NA
 10210470 10210471 SJA_C1-06350 SJA_C1-06360 rpmC rpsQ TRUE 0.992 13.000 0.828 0.014 Y NA
 10210471 10210472 SJA_C1-06360 SJA_C1-06370 rpsQ rplN TRUE 0.906 165.000 0.791 0.019 Y NA
 10210472 10210473 SJA_C1-06370 SJA_C1-06380 rplN rplX TRUE 0.997 0.000 0.810 0.019 Y NA
 10210473 10210474 SJA_C1-06380 SJA_C1-06390 rplX rplE TRUE 0.997 0.000 0.758 0.014 Y NA
 10210474 10210475 SJA_C1-06390 SJA_C1-06400 rplE rpsN TRUE 0.917 51.000 0.309 0.014 Y NA
 10210475 10210476 SJA_C1-06400 SJA_C1-06410 rpsN rpsH TRUE 0.978 13.000 0.295 0.014 Y NA
 10210476 10210477 SJA_C1-06410 SJA_C1-06420 rpsH rplF TRUE 0.997 0.000 0.808 0.014 Y NA
 10210477 10210478 SJA_C1-06420 SJA_C1-06430 rplF rplR TRUE 0.997 2.000 0.815 0.014 Y NA
 10210478 10210479 SJA_C1-06430 SJA_C1-06440 rplR rpsE TRUE 0.996 4.000 0.814 0.019 Y NA
 10210479 10210480 SJA_C1-06440 SJA_C1-06450 rpsE rpmD TRUE 0.995 7.000 0.789 0.019 Y NA
 10210480 10210481 SJA_C1-06450 SJA_C1-06460 rpmD rplO TRUE 0.914 154.000 0.653 0.002 Y NA
 10210481 10210482 SJA_C1-06460 SJA_C1-06470 rplO secY TRUE 0.693 191.000 0.730 1.000 N NA
 10210482 10210483 SJA_C1-06470 SJA_C1-06480 secY adk FALSE 0.504 42.000 0.019 1.000 N NA
 10210483 10210484 SJA_C1-06480 SJA_C1-06490 adk   TRUE 0.859 33.000 0.300 NA   NA
 10210484 10210485 SJA_C1-06490 SJA_C1-06500     FALSE 0.011 300.000 0.000 NA   NA
 10210485 10210486 SJA_C1-06500 SJA_C1-06510     FALSE 0.190 86.000 0.000 NA   NA
 10210486 10210487 SJA_C1-06510 SJA_C1-06520     TRUE 0.788 0.000 0.000 NA   NA
 10210489 10210490 SJA_C1-06540 SJA_C1-06550 mgtE   TRUE 0.703 29.000 0.069 NA   NA
 10210491 10210492 SJA_C1-06560 SJA_C1-06570 dpo   TRUE 0.767 6.000 0.009 NA   NA
 10210492 10210493 SJA_C1-06570 SJA_C1-06580     FALSE 0.460 54.000 0.034 NA   NA
 10210493 10210494 SJA_C1-06580 SJA_C1-06590     TRUE 0.533 13.000 0.000 NA   NA
 10210494 10210495 SJA_C1-06590 SJA_C1-06600     FALSE 0.240 47.000 0.000 1.000   NA
 10210495 10210496 SJA_C1-06600 SJA_C1-06610     FALSE 0.150 151.000 0.000 1.000 N NA
 10210497 10210498 SJA_C1-06620 SJA_C1-06630 rpsU   FALSE 0.515 82.000 0.062 1.000   NA
 10210499 10210500 SJA_C1-06640 SJA_C1-06650   lepB TRUE 0.863 24.000 0.209 NA   NA
 10210500 10210501 SJA_C1-06650 SJA_C1-06660 lepB acpS TRUE 0.529 32.000 0.018 1.000   NA
 10210501 10210502 SJA_C1-06660 SJA_C1-06670 acpS pdxJ TRUE 0.882 -3.000 0.000 1.000 N NA
 10210502 10210503 SJA_C1-06670 SJA_C1-06680 pdxJ pyrE TRUE 0.748 4.000 0.000 1.000 N NA
 10210504 10210505 SJA_C1-06690 SJA_C1-06700 coxB coxA TRUE 0.986 19.000 0.741 0.004 Y NA
 10210505 10210506 SJA_C1-06700 SJA_C1-06710 coxA cyoE TRUE 0.732 118.000 0.153 0.047 N NA
 10210506 10210507 SJA_C1-06710 SJA_C1-06720 cyoE   TRUE 0.910 -3.000 0.009 NA   NA
 10210507 10210508 SJA_C1-06720 SJA_C1-06730   cox11 TRUE 0.882 0.000 0.013 NA   NA
 10210508 10210509 SJA_C1-06730 SJA_C1-06740 cox11 cox3 TRUE 0.918 37.000 0.536 1.000 N NA
 10210509 10210510 SJA_C1-06740 SJA_C1-06750 cox3   TRUE 0.618 73.000 0.122 NA   NA
 10210510 10210511 SJA_C1-06750 SJA_C1-06760     TRUE 0.979 -3.000 0.140 NA   NA
 10210511 10210512 SJA_C1-06760 SJA_C1-06770   thrC FALSE 0.387 43.000 0.011 NA   NA
 10210512 10210513 SJA_C1-06770 SJA_C1-06780 thrC   TRUE 0.840 2.000 0.011 NA   NA
 10210514 10210515 SJA_C1-06790 SJA_C1-06800 marC   TRUE 0.956 -3.000 0.042 NA   NA
 10210515 10210516 SJA_C1-06800 SJA_C1-06810   folD TRUE 0.975 -3.000 0.107 NA   NA
 10210516 10210517 SJA_C1-06810 SJA_C1-06820 folD   TRUE 0.680 15.000 0.017 NA   NA
 10210517 10210518 SJA_C1-06820 SJA_C1-06830     TRUE 0.985 -3.000 0.220 NA   NA
 10210518 10210519 SJA_C1-06830 SJA_C1-06840   argB FALSE 0.070 189.000 0.004 NA   NA
 10210519 10210520 SJA_C1-06840 SJA_C1-06850 argB   FALSE 0.462 26.000 0.008 NA   NA
 10210520 10210521 SJA_C1-06850 SJA_C1-06860   crtZ FALSE 0.183 71.000 0.000 NA   NA
 10210521 10210522 SJA_C1-06860 SJA_C1-06870 crtZ   FALSE 0.207 107.000 0.000 NA   NA
 10210522 10210523 SJA_C1-06870 SJA_C1-06880   mscS FALSE 0.022 253.000 0.000 NA   NA
 10210523 10210524 SJA_C1-06880 SJA_C1-06890 mscS metC TRUE 0.965 -3.000 0.069 NA   NA
 10210524 10210525 SJA_C1-06890 SJA_C1-06900 metC sseA TRUE 0.975 -3.000 0.094 1.000 N NA
 10210525 10210526 SJA_C1-06900 SJA_C1-06910 sseA   FALSE 0.459 96.000 0.040 NA   NA
 10210527 10210528 SJA_C1-06920 SJA_C1-06930 ykvM npepps FALSE 0.023 253.000 0.000 1.000   NA
 10210529 10210530 SJA_C1-06940 SJA_C1-06950 opt   FALSE 0.183 79.000 0.000 NA   NA
 10210530 10210531 SJA_C1-06950 SJA_C1-06960     TRUE 0.642 -43.000 0.000 NA   NA
 10210532 10210533 SJA_C1-t0100 SJA_C1-06970     FALSE 0.006 351.000 0.000 NA   NA
 10210534 10210535 SJA_C1-06980 SJA_C1-06990     TRUE 0.971 -3.000 0.000 0.047 Y NA
 10210535 10210536 SJA_C1-06990 SJA_C1-07000     TRUE 0.988 -7.000 0.467 0.053 N NA
 10210538 10210539 SJA_C1-07020 SJA_C1-07030     FALSE 0.005 390.000 0.000 NA   NA
 10210540 10210541 SJA_C1-07040 SJA_C1-07050   papD TRUE 0.654 6.000 0.000 NA   NA
 10210541 10210542 SJA_C1-07050 SJA_C1-07060 papD papC TRUE 0.992 -19.000 0.500 NA Y NA
 10210542 10210543 SJA_C1-07060 SJA_C1-07070 papC   TRUE 0.979 -3.000 0.143 NA   NA
 10210544 10210545 SJA_C1-07080 SJA_C1-07090     FALSE 0.037 213.000 0.000 NA   NA
 10210547 10210548 SJA_C1-07110 SJA_C1-07120   copA FALSE 0.185 142.000 0.000 1.000 N NA
 10210549 10210550 SJA_C1-07130 SJA_C1-07140     TRUE 0.628 8.000 0.000 NA   NA
 10210551 10210552 SJA_C1-07150 SJA_C1-07160   cpxA FALSE 0.235 123.000 0.000 1.000 N NA
 10210552 10210553 SJA_C1-07160 SJA_C1-07170 cpxA cusR TRUE 0.723 121.000 0.035 1.000 Y NA
 10210553 10210554 SJA_C1-07170 SJA_C1-07180 cusR   TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000   NA
 10210554 10210555 SJA_C1-07180 SJA_C1-07190     FALSE 0.275 42.000 0.000 1.000   NA
 10210558 10210559 SJA_C1-07220 SJA_C1-07230 cls glpA FALSE 0.239 58.000 0.000 1.000 N NA
 10210559 10210560 SJA_C1-07230 SJA_C1-07240 glpA glpK TRUE 0.990 -3.000 0.074 0.001 Y NA
 10210560 10210561 SJA_C1-07240 SJA_C1-07250 glpK   FALSE 0.228 67.000 0.000 1.000 N NA
 10210561 10210562 SJA_C1-07250 SJA_C1-07260     FALSE 0.094 162.000 0.000 NA   NA
 10210563 10210564 SJA_C1-07270 SJA_C1-07280 glpX thrA FALSE 0.061 322.000 0.112 1.000 N NA
 10210564 10210565 SJA_C1-07280 SJA_C1-07290 thrA   FALSE 0.319 115.000 0.010 NA   NA
 10210566 10210567 SJA_C1-07300 SJA_C1-07310 tonB exbB TRUE 0.860 86.000 0.455 0.014 N NA
 10210567 10210568 SJA_C1-07310 SJA_C1-07320 exbB exbD TRUE 0.951 116.000 0.588 0.053 Y NA
 10210568 10210569 SJA_C1-07320 SJA_C1-07330 exbD exbD TRUE 0.937 20.000 0.118 0.044 Y NA
 10210569 10210570 SJA_C1-07330 SJA_C1-07340 exbD   FALSE 0.009 320.000 0.000 NA   NA
 10210572 10210573 SJA_C1-07360 SJA_C1-07370 pip   TRUE 0.719 3.000 0.000 NA   NA
 10210574 10210575 SJA_C1-07380 SJA_C1-07390     FALSE 0.294 53.000 0.008 NA   NA
 10210577 10210578 SJA_C1-07410 SJA_C1-07420     FALSE 0.411 80.000 0.029 NA   NA
 10210578 10210579 SJA_C1-07420 SJA_C1-07430     TRUE 0.531 28.000 0.012 NA N NA
 10210579 10210580 SJA_C1-07430 SJA_C1-07440     FALSE 0.024 244.000 0.000 NA   NA
 10210580 10210581 SJA_C1-07440 SJA_C1-07450     TRUE 0.967 -3.000 0.071 NA   NA
 10210581 10210582 SJA_C1-07450 SJA_C1-07460     TRUE 0.941 -7.000 0.071 NA   NA
 10210582 10210583 SJA_C1-07460 SJA_C1-07470     FALSE 0.389 22.000 0.000 NA   NA
 10210584 10210585 SJA_C1-07480 SJA_C1-07490     TRUE 0.895 6.000 0.062 NA   NA
 10210586 10210587 SJA_C1-07500 SJA_C1-07510     TRUE 0.989 -3.000 0.333 NA   NA
 10210588 10210589 SJA_C1-07520 SJA_C1-07530   xdhC FALSE 0.025 257.000 0.000 NA N NA
 10210590 10210591 SJA_C1-07540 SJA_C1-07550   cstA TRUE 0.984 -3.000 0.200 NA   NA
 10210593 10210594 SJA_C1-07570 SJA_C1-07580 phnA engB TRUE 0.714 4.000 0.000 1.000   NA
 10210594 10210595 SJA_C1-07580 SJA_C1-07590 engB yidC TRUE 0.901 11.000 0.082 0.046   NA
 10210595 10210596 SJA_C1-07590 SJA_C1-07600 yidC   TRUE 0.921 26.000 0.461 NA   NA
 10210596 10210597 SJA_C1-07600 SJA_C1-07610     TRUE 0.994 -3.000 0.540 NA   NA
 10210597 10210598 SJA_C1-07610 SJA_C1-07620   rpmH TRUE 0.945 33.000 0.787 1.000   NA
 10210598 10210599 SJA_C1-07620 SJA_C1-07630 rpmH dsbA FALSE 0.007 350.000 0.000 1.000   NA
 10210599 10210600 SJA_C1-07630 SJA_C1-07640 dsbA   TRUE 0.976 -3.000 0.109 1.000   NA
 10210600 10210601 SJA_C1-07640 SJA_C1-07650     TRUE 0.675 -21.000 0.000 NA   NA
 10210601 10210602 SJA_C1-07650 SJA_C1-07660     FALSE 0.006 370.000 0.000 NA   NA
 10210603 10210604 SJA_C1-07670 SJA_C1-07680 amiA mrcA TRUE 0.701 196.000 0.396 1.000 Y NA
 10210604 10210605 SJA_C1-07680 SJA_C1-07690 mrcA   FALSE 0.164 136.000 0.000 NA   NA
 10210605 10210606 SJA_C1-07690 SJA_C1-07700     FALSE 0.192 90.000 0.000 NA   NA
 10210606 10210607 SJA_C1-07700 SJA_C1-07710     FALSE 0.190 86.000 0.000 NA   NA
 10210609 10210610 SJA_C1-07730 SJA_C1-07740     FALSE 0.106 156.000 0.000 NA   NA
 10210614 10210615 SJA_C1-07780 SJA_C1-07790 prfB ubiE TRUE 0.867 0.000 0.008 1.000   NA
 10210615 10210616 SJA_C1-07790 SJA_C1-07800 ubiE   FALSE 0.193 91.000 0.000 NA   NA
 10210617 10210618 SJA_C1-07810 SJA_C1-07820     TRUE 0.867 16.000 0.133 NA   NA
 10210618 10210619 SJA_C1-07820 SJA_C1-07830     TRUE 0.961 5.000 0.240 NA   NA
 10210620 10210621 SJA_C1-07840 SJA_C1-07850     TRUE 0.995 -3.000 0.684 NA   NA
 10210621 10210622 SJA_C1-07850 SJA_C1-07860   typA FALSE 0.209 122.000 0.000 1.000   NA
 10210623 10210624 SJA_C1-07870 SJA_C1-07880     TRUE 0.983 6.000 0.637 NA   NA
 10210624 10210625 SJA_C1-07880 SJA_C1-07890   exbD FALSE 0.199 121.000 0.000 NA   NA
 10210626 10210627 SJA_C1-07900 SJA_C1-07910 thrS infC TRUE 0.851 127.000 0.186 1.000 Y NA
 10210628 10210629 SJA_C1-07920 SJA_C1-07930     FALSE 0.048 202.000 0.000 1.000   NA
 10210629 10210630 SJA_C1-07930 SJA_C1-07940     TRUE 0.889 -7.000 0.020 NA   NA
 10210630 10210631 SJA_C1-07940 SJA_C1-07950   gltX TRUE 0.804 10.000 0.022 NA   NA
 10210634 10210635 SJA_C1-07980 SJA_C1-07990 murA   TRUE 0.836 -7.000 0.004 1.000 N NA
 10210636 10210637 SJA_C1-08000 SJA_C1-08010     FALSE 0.181 73.000 0.000 NA   NA
 10210637 10210638 SJA_C1-08010 SJA_C1-08020   alkA TRUE 0.812 1.000 0.006 NA   NA
 10210640 10210641 SJA_C1-08040 SJA_C1-08050   yjfH TRUE 0.533 17.000 0.006 NA   NA
 10210642 10210643 SJA_C1-t0110 SJA_C1-08060   bglX FALSE 0.211 115.000 0.000 NA   NA
 10210643 10210644 SJA_C1-08060 SJA_C1-08070 bglX   FALSE 0.005 397.000 0.000 1.000   NA
 10210645 10210646 SJA_C1-08080 SJA_C1-08090     FALSE 0.247 44.000 0.000 NA   NA
 10210647 10210648 SJA_C1-08100 SJA_C1-08110     FALSE 0.189 64.000 0.000 NA   NA
 10210650 10210651 SJA_C1-08130 SJA_C1-08140 pabB   TRUE 0.892 47.000 0.219 1.000 Y NA
 10210651 10210652 SJA_C1-08140 SJA_C1-08150   aspB TRUE 0.581 149.000 0.026 1.000 Y NA
 10210652 10210653 SJA_C1-08150 SJA_C1-08160 aspB   FALSE 0.004 453.000 0.000 NA   NA
 10210653 10210654 SJA_C1-08160 SJA_C1-08170   msrA TRUE 0.859 -13.000 0.020 NA   NA
 10210654 10210655 SJA_C1-08170 SJA_C1-08180 msrA   TRUE 0.788 12.000 0.020 1.000 N NA
 10210656 10210657 SJA_C1-08190 SJA_C1-08200 ubiB coq5 TRUE 0.661 50.000 0.115 1.000   NA
 10210658 10210659 SJA_C1-08210 SJA_C1-08220 mutM rpsT FALSE 0.394 120.000 0.016 1.000 N NA
 10210661 10210662 SJA_C1-08240 SJA_C1-08250 dnaA   FALSE 0.378 32.000 0.002 1.000 N NA
 10210663 10210664 SJA_C1-08260 SJA_C1-08270   trpS FALSE 0.065 197.000 0.005 NA   NA
 10210664 10210665 SJA_C1-08270 SJA_C1-08280 trpS mviN TRUE 0.919 5.000 0.078 1.000   NA
 10210665 10210666 SJA_C1-08280 SJA_C1-08290 mviN secB FALSE 0.296 148.000 0.022 1.000   NA
 10210667 10210668 SJA_C1-08300 SJA_C1-08310   mltA TRUE 0.989 -3.000 0.324 1.000   NA
 10210668 10210669 SJA_C1-08310 SJA_C1-08320 mltA   TRUE 0.946 13.000 0.332 NA   NA
 10210669 10210670 SJA_C1-08320 SJA_C1-08330     FALSE 0.419 96.000 0.029 NA   NA
 10210672 10210673 SJA_C1-08350 SJA_C1-08360   mccF TRUE 0.963 -3.000 0.061 NA   NA
 10210675 10210676 SJA_C1-08380 SJA_C1-08390 trpG trpD TRUE 0.789 110.000 0.070 1.000 Y NA
 10210676 10210677 SJA_C1-08390 SJA_C1-08400 trpD trpC TRUE 0.995 -3.000 0.293 1.000 Y NA
 10210677 10210678 SJA_C1-08400 SJA_C1-08410 trpC moaC TRUE 0.978 -3.000 0.113 1.000 N NA
 10210678 10210679 SJA_C1-08410 SJA_C1-08420 moaC moeA TRUE 0.980 -3.000 0.012 0.003 Y NA
 10210679 10210680 SJA_C1-08420 SJA_C1-08430 moeA   FALSE 0.134 147.000 0.000 NA   NA
 10210680 10210681 SJA_C1-08430 SJA_C1-08440   lexA FALSE 0.212 112.000 0.000 NA   NA
 10210685 10210686 SJA_C1-08480 SJA_C1-08490     FALSE 0.240 45.000 0.000 NA   NA
 10210686 10210687 SJA_C1-08490 SJA_C1-08500     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210687 10210688 SJA_C1-08500 SJA_C1-08510     FALSE 0.424 19.000 0.000 NA   NA
 10210688 10210689 SJA_C1-08510 SJA_C1-08520     FALSE 0.193 123.000 0.000 NA   NA
 10210689 10210690 SJA_C1-08520 SJA_C1-08530     FALSE 0.203 105.000 0.000 NA   NA
 10210690 10210691 SJA_C1-08530 SJA_C1-08540     FALSE 0.153 141.000 0.000 NA   NA
 10210691 10210692 SJA_C1-08540 SJA_C1-08550     TRUE 0.697 4.000 0.000 NA   NA
 10210692 10210693 SJA_C1-08550 SJA_C1-08560     TRUE 0.697 4.000 0.000 NA   NA
 10210693 10210694 SJA_C1-08560 SJA_C1-08570     FALSE 0.188 85.000 0.000 NA   NA
 10210694 10210695 SJA_C1-08570 SJA_C1-08580     FALSE 0.210 109.000 0.000 NA   NA
 10210695 10210696 SJA_C1-08580 SJA_C1-08590     FALSE 0.005 375.000 0.000 NA   NA
 10210696 10210697 SJA_C1-08590 SJA_C1-08600     TRUE 0.533 13.000 0.000 NA   NA
 10210697 10210698 SJA_C1-08600 SJA_C1-08610     TRUE 0.737 2.000 0.000 NA   NA
 10210698 10210699 SJA_C1-08610 SJA_C1-08620     FALSE 0.212 51.000 0.000 NA   NA
 10210699 10210700 SJA_C1-08620 SJA_C1-08630     FALSE 0.002 738.000 0.000 NA   NA
 10210700 10210701 SJA_C1-08630 SJA_C1-08640     FALSE 0.361 25.000 0.000 NA   NA
 10210701 10210702 SJA_C1-08640 SJA_C1-08650     FALSE 0.003 658.000 0.000 NA   NA
 10210702 10210703 SJA_C1-08650 SJA_C1-08660     FALSE 0.195 59.000 0.000 NA   NA
 10210704 10210705 SJA_C1-08670 SJA_C1-08680     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210705 10210706 SJA_C1-08680 SJA_C1-08690     FALSE 0.247 44.000 0.000 NA   NA
 10210708 10210709 SJA_C1-08710 SJA_C1-08720     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210709 10210710 SJA_C1-08720 SJA_C1-08730     FALSE 0.005 383.000 0.000 NA   NA
 10210710 10210711 SJA_C1-08730 SJA_C1-08740     FALSE 0.134 147.000 0.000 NA   NA
 10210711 10210712 SJA_C1-08740 SJA_C1-08750     TRUE 0.788 0.000 0.000 NA   NA
 10210713 10210714 SJA_C1-08760 SJA_C1-08770     FALSE 0.099 160.000 0.000 NA   NA
 10210715 10210716 SJA_C1-08780 SJA_C1-08790     TRUE 0.762 -7.000 0.000 NA   NA
 10210716 10210717 SJA_C1-08790 SJA_C1-08800     FALSE 0.194 100.000 0.000 NA   NA
 10210717 10210718 SJA_C1-08800 SJA_C1-08810     TRUE 0.737 2.000 0.000 NA   NA
 10210719 10210720 SJA_C1-08820 SJA_C1-08830     FALSE 0.182 72.000 0.000 NA   NA
 10210721 10210722 SJA_C1-08840 SJA_C1-08850     FALSE 0.400 21.000 0.000 NA   NA
 10210722 10210723 SJA_C1-08850 SJA_C1-08860     TRUE 0.674 5.000 0.000 NA   NA
 10210724 10210725 SJA_C1-08870 SJA_C1-08880     FALSE 0.183 71.000 0.000 NA   NA
 10210725 10210726 SJA_C1-08880 SJA_C1-08890     TRUE 0.709 -13.000 0.000 NA   NA
 10210726 10210727 SJA_C1-08890 SJA_C1-08900     FALSE 0.189 64.000 0.000 NA   NA
 10210731 10210732 SJA_C1-08940 SJA_C1-08950 gltX gltA TRUE 0.865 18.000 0.127 1.000 N NA
 10210732 10210733 SJA_C1-08950 SJA_C1-08960 gltA recF FALSE 0.049 211.000 0.000 1.000 N NA
 10210733 10210734 SJA_C1-08960 SJA_C1-08970 recF   FALSE 0.229 108.000 0.003 NA   NA
 10210734 10210735 SJA_C1-08970 SJA_C1-08980     TRUE 0.678 87.000 0.167 NA   NA
 10210736 10210737 SJA_C1-08990 SJA_C1-09000     FALSE 0.366 63.000 0.019 NA   NA
 10210737 10210738 SJA_C1-09000 SJA_C1-09010     TRUE 0.988 4.000 0.750 NA   NA
 10210738 10210739 SJA_C1-09010 SJA_C1-09020     FALSE 0.192 94.000 0.000 NA   NA
 10210739 10210740 SJA_C1-09020 SJA_C1-09030   cfa FALSE 0.211 111.000 0.000 NA   NA
 10210740 10210741 SJA_C1-09030 SJA_C1-09040 cfa   TRUE 0.714 32.000 0.080 1.000   NA
 10210741 10210742 SJA_C1-09040 SJA_C1-09050     TRUE 0.997 -3.000 0.920 0.055   NA
 10210744 10210745 SJA_C1-09070 SJA_C1-09080     FALSE 0.205 87.000 0.002 NA   NA
 10210745 10210746 SJA_C1-09080 SJA_C1-09090     FALSE 0.093 165.000 0.002 NA   NA
 10210747 10210748 SJA_C1-09100 SJA_C1-09110 dnaN   FALSE 0.269 51.000 0.002 1.000 N NA
 10210748 10210749 SJA_C1-09110 SJA_C1-09120     FALSE 0.118 159.000 0.000 NA N NA
 10210749 10210750 SJA_C1-09120 SJA_C1-09130     TRUE 0.970 -31.000 0.103 NA Y NA
 10210751 10210752 SJA_C1-09140 SJA_C1-09150 apbE   TRUE 0.860 48.000 0.462 NA   NA
 10210752 10210753 SJA_C1-09150 SJA_C1-09160     TRUE 0.981 12.000 0.808 NA   NA
 10210753 10210754 SJA_C1-09160 SJA_C1-09170     TRUE 0.967 20.000 0.848 NA   NA
 10210760 10210761 SJA_C1-09220 SJA_C1-09230     FALSE 0.207 107.000 0.000 NA   NA
 10210762 10210763 SJA_C1-09240 SJA_C1-09250   ccdA FALSE 0.002 1075.000 0.000 NA   NA
 10210763 10210764 SJA_C1-09250 SJA_C1-09260 ccdA ccdB TRUE 0.981 0.000 0.298 NA   NA
 10210764 10210765 SJA_C1-09260 SJA_C1-09270 ccdB   FALSE 0.212 114.000 0.000 NA   NA
 10210765 10210766 SJA_C1-09270 SJA_C1-09280     TRUE 0.679 -19.000 0.000 NA   NA
 10210766 10210767 SJA_C1-09280 SJA_C1-09290     FALSE 0.209 116.000 0.000 NA   NA
 10210767 10210768 SJA_C1-09290 SJA_C1-09300     FALSE 0.043 203.000 0.000 NA   NA
 10210768 10210769 SJA_C1-09300 SJA_C1-09310     FALSE 0.150 142.000 0.000 NA   NA
 10210770 10210771 SJA_C1-09320 SJA_C1-09330     FALSE 0.322 30.000 0.000 NA   NA
 10210771 10210772 SJA_C1-09330 SJA_C1-09340     TRUE 0.968 -3.000 0.048 0.018 N NA
 10210772 10210773 SJA_C1-09340 SJA_C1-09350   ureJ TRUE 0.734 4.000 0.000 NA N NA
 10210773 10210774 SJA_C1-09350 SJA_C1-09360 ureJ ureG TRUE 0.966 -3.000 0.000 NA Y NA
 10210774 10210775 SJA_C1-09360 SJA_C1-09370 ureG ureF TRUE 0.973 -3.000 0.000 0.002 Y NA
 10210775 10210776 SJA_C1-09370 SJA_C1-09380 ureF ureE TRUE 0.993 -7.000 0.330 0.002 Y NA
 10210776 10210777 SJA_C1-09380 SJA_C1-09390 ureE ureC TRUE 0.961 12.000 0.315 0.001 N NA
 10210777 10210778 SJA_C1-09390 SJA_C1-09400 ureC ureB TRUE 0.996 0.000 0.486 0.001 Y NA
 10210778 10210779 SJA_C1-09400 SJA_C1-09410 ureB ureA TRUE 0.994 -16.000 0.595 0.001 Y NA
 10210779 10210780 SJA_C1-09410 SJA_C1-09420 ureA ureD TRUE 0.991 2.000 0.664 0.002 N NA
 10210781 10210782 SJA_C1-09430 SJA_C1-09440   livK FALSE 0.217 119.000 0.000 1.000   NA
 10210782 10210783 SJA_C1-09440 SJA_C1-09450 livK livH TRUE 0.836 115.000 0.118 1.000 Y NA
 10210783 10210784 SJA_C1-09450 SJA_C1-09460 livH livM TRUE 0.949 12.000 0.062 0.042 Y NA
 10210784 10210785 SJA_C1-09460 SJA_C1-09470 livM livG TRUE 0.968 -3.000 0.072 1.000   NA
 10210785 10210786 SJA_C1-09470 SJA_C1-09480 livG livF TRUE 0.988 -3.000 0.227 0.009   NA
 10210788 10210789 SJA_C1-09500 SJA_C1-09510     TRUE 0.989 -3.000 0.333 NA   NA
 10210789 10210790 SJA_C1-09510 SJA_C1-09520     TRUE 0.719 3.000 0.000 NA   NA
 10210791 10210792 SJA_C1-09530 SJA_C1-09540 speE   FALSE 0.037 234.000 0.000 1.000 N NA
 10210792 10210793 SJA_C1-09540 SJA_C1-09550     FALSE 0.185 142.000 0.000 1.000 N NA
 10210794 10210795 SJA_C1-09560 SJA_C1-09570     FALSE 0.007 338.000 0.000 NA   NA
 10210795 10210796 SJA_C1-09570 SJA_C1-09580     FALSE 0.192 94.000 0.000 NA   NA
 10210796 10210797 SJA_C1-09580 SJA_C1-09590     FALSE 0.003 513.000 0.000 1.000   NA
 10210797 10210798 SJA_C1-09590 SJA_C1-09600     FALSE 0.302 36.000 0.000 1.000   NA
 10210798 10210799 SJA_C1-09600 SJA_C1-09610     TRUE 0.553 17.000 0.000 0.004   NA
 10210802 10210803 SJA_C1-09640 SJA_C1-09650     TRUE 0.990 -3.000 0.357 NA   NA
 10210804 10210805 SJA_C1-09660 SJA_C1-09670 dnaK dnaJ TRUE 0.890 64.000 0.236 0.003 Y NA
 10210806 10210807 SJA_C1-09680 SJA_C1-09690     FALSE 0.018 264.000 0.000 NA   NA
 10210807 10210808 SJA_C1-09690 SJA_C1-09700     TRUE 0.714 39.000 0.092 1.000 N NA
 10210809 10210810 SJA_C1-09710 SJA_C1-09720     TRUE 0.654 46.000 0.100 NA   NA
 10210810 10210811 SJA_C1-09720 SJA_C1-09730     TRUE 0.955 3.000 0.150 NA   NA
 10210811 10210812 SJA_C1-09730 SJA_C1-09740     FALSE 0.018 265.000 0.000 NA   NA
 10210812 10210813 SJA_C1-09740 SJA_C1-09750     FALSE 0.032 233.000 0.000 1.000   NA
 10210813 10210814 SJA_C1-09750 SJA_C1-09760     FALSE 0.034 229.000 0.000 1.000   NA
 10210814 10210815 SJA_C1-09760 SJA_C1-09770     TRUE 0.709 -13.000 0.000 NA   NA
 10210815 10210816 SJA_C1-09770 SJA_C1-09780     FALSE 0.038 212.000 0.000 NA   NA
 10210816 10210817 SJA_C1-09780 SJA_C1-09790     TRUE 0.723 -12.000 0.000 NA   NA
 10210817 10210818 SJA_C1-09790 SJA_C1-09800     TRUE 0.671 -24.000 0.000 NA   NA
 10210818 10210819 SJA_C1-09800 SJA_C1-09810     FALSE 0.013 287.000 0.000 NA   NA
 10210819 10210820 SJA_C1-09810 SJA_C1-09820     FALSE 0.301 33.000 0.000 NA   NA
 10210820 10210821 SJA_C1-09820 SJA_C1-09830     TRUE 0.674 5.000 0.000 NA   NA
 10210822 10210823 SJA_C1-09840 SJA_C1-09850     TRUE 0.970 -31.000 0.103 NA Y NA
 10210823 10210824 SJA_C1-09850 SJA_C1-09860     FALSE 0.162 137.000 0.000 NA   NA
 10210824 10210825 SJA_C1-09860 SJA_C1-09870     TRUE 0.697 4.000 0.000 NA   NA
 10210825 10210826 SJA_C1-09870 SJA_C1-09880     TRUE 0.762 -7.000 0.000 NA   NA
 10210827 10210828 SJA_C1-09890 SJA_C1-09900     TRUE 0.762 -7.000 0.000 NA   NA
 10210830 10210831 SJA_C1-09920 SJA_C1-09930     TRUE 0.709 -13.000 0.000 NA   NA
 10210833 10210834 SJA_C1-09950 SJA_C1-09960     FALSE 0.058 187.000 0.000 NA   NA
 10210834 10210835 SJA_C1-09960 SJA_C1-09970     FALSE 0.296 34.000 0.000 NA   NA
 10210835 10210836 SJA_C1-09970 SJA_C1-09980   tolA FALSE 0.379 23.000 0.000 NA   NA
 10210836 10210837 SJA_C1-09980 SJA_C1-09990 tolA   TRUE 0.584 11.000 0.000 NA   NA
 10210837 10210838 SJA_C1-09990 SJA_C1-10000     FALSE 0.128 149.000 0.000 NA   NA
 10210841 10210842 SJA_C1-10030 SJA_C1-10040     TRUE 0.719 3.000 0.000 NA   NA
 10210842 10210843 SJA_C1-10040 SJA_C1-10050     FALSE 0.187 84.000 0.000 NA   NA
 10210844 10210845 SJA_C1-10060 SJA_C1-10070     FALSE 0.322 30.000 0.000 NA   NA
 10210845 10210846 SJA_C1-10070 SJA_C1-10080     FALSE 0.035 218.000 0.000 NA   NA
 10210847 10210848 SJA_C1-10090 SJA_C1-10100     TRUE 0.985 3.000 0.519 NA   NA
 10210848 10210849 SJA_C1-10100 SJA_C1-10110     FALSE 0.032 227.000 0.000 NA   NA
 10210851 10210852 SJA_C1-t0130 SJA_C1-10130   rpoC FALSE 0.029 234.000 0.000 NA   NA
 10210852 10210853 SJA_C1-10130 SJA_C1-10140 rpoC rpoB TRUE 0.866 154.000 0.851 0.001   NA
 10210857 10210858 SJA_C1-10180 SJA_C1-10190   cysK TRUE 0.559 31.000 0.018 1.000 N NA
 10210858 10210859 SJA_C1-10190 SJA_C1-10200 cysK   TRUE 0.965 -3.000 0.057 NA N NA
 10210859 10210860 SJA_C1-10200 SJA_C1-10210     FALSE 0.014 286.000 0.000 NA   NA
 10210860 10210861 SJA_C1-10210 SJA_C1-10220     FALSE 0.424 19.000 0.000 NA   NA
 10210861 10210862 SJA_C1-10220 SJA_C1-10230     FALSE 0.205 145.000 0.007 1.000   NA
 10210862 10210863 SJA_C1-10230 SJA_C1-10240   hflC TRUE 0.670 111.000 0.014 1.000 Y NA
 10210863 10210864 SJA_C1-10240 SJA_C1-10250 hflC hflK TRUE 0.997 0.000 0.947 1.000 Y NA
 10210865 10210866 SJA_C1-10260 SJA_C1-10270 mrp   FALSE 0.017 312.000 0.010 NA   NA
 10210866 10210867 SJA_C1-10270 SJA_C1-10280     FALSE 0.340 40.000 0.006 NA   NA
 10210867 10210868 SJA_C1-10280 SJA_C1-10290   hemH TRUE 0.978 -3.000 0.111 1.000 N NA
 10210868 10210869 SJA_C1-10290 SJA_C1-10300 hemH phbB TRUE 0.631 37.000 0.044 1.000 N NA
 10210869 10210870 SJA_C1-10300 SJA_C1-10310 phbB   TRUE 0.943 0.000 0.062 NA   NA
 10210870 10210871 SJA_C1-10310 SJA_C1-10320     FALSE 0.398 87.000 0.025 NA   NA
 10210871 10210872 SJA_C1-10320 SJA_C1-10330   tonB FALSE 0.244 176.000 0.033 0.098 N NA
 10210872 10210873 SJA_C1-10330 SJA_C1-10340 tonB   TRUE 0.704 29.000 0.066 1.000   NA
 10210873 10210874 SJA_C1-10340 SJA_C1-10350   prmA FALSE 0.120 154.000 0.000 1.000   NA
 10210875 10210876 SJA_C1-10360 SJA_C1-10370     TRUE 0.959 -3.000 0.049 NA   NA
 10210876 10210877 SJA_C1-10370 SJA_C1-10380     TRUE 0.984 0.000 0.338 NA   NA
 10210877 10210878 SJA_C1-10380 SJA_C1-10390   lemA TRUE 0.955 8.000 0.257 NA   NA
 10210879 10210880 SJA_C1-10400 SJA_C1-10410 mscL   TRUE 0.671 6.000 0.000 1.000   NA
 10210880 10210881 SJA_C1-10410 SJA_C1-10420     FALSE 0.030 233.000 0.000 NA   NA
 10210881 10210882 SJA_C1-10420 SJA_C1-10430   cheA FALSE 0.149 163.000 0.009 NA   NA
 10210882 10210883 SJA_C1-10430 SJA_C1-10440 cheA cheW TRUE 0.907 18.000 0.038 0.003 Y NA
 10210883 10210884 SJA_C1-10440 SJA_C1-10450 cheW cheY TRUE 0.908 83.000 0.375 1.000 Y NA
 10210884 10210885 SJA_C1-10450 SJA_C1-10460 cheY cheB TRUE 0.894 83.000 0.268 0.018 Y NA
 10210885 10210886 SJA_C1-10460 SJA_C1-10470 cheB cheR TRUE 0.863 57.000 0.183 1.000 Y NA
 10210886 10210887 SJA_C1-10470 SJA_C1-10480 cheR   TRUE 0.537 114.000 0.043 1.000 N NA
 10210887 10210888 SJA_C1-10480 SJA_C1-rnp0010     FALSE 0.201 104.000 0.000 NA   NA
 10210890 10210891 SJA_C1-10500 SJA_C1-10510 radA cvpA TRUE 0.887 12.000 0.094 1.000   NA
 10210891 10210892 SJA_C1-10510 SJA_C1-10520 cvpA   FALSE 0.193 92.000 0.000 NA   NA
 10210892 10210893 SJA_C1-10520 SJA_C1-10530   pepP FALSE 0.201 120.000 0.000 NA   NA
 10210895 10210896 SJA_C1-10550 SJA_C1-10560 ffh rpsP TRUE 0.849 46.000 0.361 1.000 N NA
 10210896 10210897 SJA_C1-10560 SJA_C1-10570 rpsP rimM TRUE 0.989 6.000 0.342 0.013 Y NA
 10210897 10210898 SJA_C1-10570 SJA_C1-10580 rimM   FALSE 0.181 74.000 0.000 NA   NA
 10210898 10210899 SJA_C1-10580 SJA_C1-10590   trmD TRUE 0.860 -3.000 0.002 NA   NA
 10210899 10210900 SJA_C1-10590 SJA_C1-10600 trmD rplS TRUE 0.987 13.000 0.567 1.000 Y NA
 10210900 10210901 SJA_C1-10600 SJA_C1-10610 rplS   FALSE 0.008 348.000 0.000 1.000 N NA
 10210901 10210902 SJA_C1-10610 SJA_C1-10620     FALSE 0.482 72.000 0.050 1.000   NA
 10210903 10210904 SJA_C1-10630 SJA_C1-10640   spoU TRUE 0.920 -3.000 0.011 1.000   NA
 10210904 10210905 SJA_C1-10640 SJA_C1-10650 spoU ham1 FALSE 0.231 86.000 0.000 1.000 N NA
 10210905 10210906 SJA_C1-10650 SJA_C1-10660 ham1 rph TRUE 0.798 49.000 0.262 1.000 N NA
 10210907 10210908 SJA_C1-10670 SJA_C1-10680   hrcA FALSE 0.268 45.000 0.003 NA   NA
 10210908 10210909 SJA_C1-10680 SJA_C1-10690 hrcA grpE TRUE 0.979 -3.000 0.120 1.000 N NA
 10210911 10210912 SJA_C1-10710 SJA_C1-10720 sdhC sdhD TRUE 0.993 0.000 0.291 0.001 Y NA
 10210912 10210913 SJA_C1-10720 SJA_C1-10730 sdhD sdhA TRUE 0.997 0.000 0.705 0.001 Y NA
 10210914 10210915 SJA_C1-10740 SJA_C1-10750     FALSE 0.245 120.000 0.000 1.000 N NA
 10210915 10210916 SJA_C1-10750 SJA_C1-10760     TRUE 0.997 -3.000 0.420 0.001 Y NA
 10210916 10210917 SJA_C1-10760 SJA_C1-10770     TRUE 0.803 33.000 0.171 1.000   NA
 10210917 10210918 SJA_C1-10770 SJA_C1-10780   ptsK TRUE 0.984 -3.000 0.194 1.000   NA
 10210918 10210919 SJA_C1-10780 SJA_C1-10790 ptsK sasA FALSE 0.284 250.000 0.304 0.012   NA
 10210919 10210920 SJA_C1-10790 SJA_C1-10800 sasA creB TRUE 0.994 -34.000 0.829 1.000 Y NA
 10210920 10210921 SJA_C1-10800 SJA_C1-10810 creB   TRUE 0.652 -31.000 0.000 NA   NA
 10210922 10210923 SJA_C1-10820 SJA_C1-10830 pckA   FALSE 0.266 116.000 0.005 NA   NA
 10210923 10210924 SJA_C1-10830 SJA_C1-10840     FALSE 0.045 201.000 0.000 NA   NA
 10210924 10210925 SJA_C1-10840 SJA_C1-10850   fpr FALSE 0.146 143.000 0.000 NA   NA
 10210926 10210927 SJA_C1-10860 SJA_C1-10870     FALSE 0.003 477.000 0.000 NA   NA
 10210928 10210929 SJA_C1-10880 SJA_C1-10890     TRUE 0.533 13.000 0.000 NA   NA
 10210929 10210930 SJA_C1-10890 SJA_C1-10900     TRUE 0.586 49.000 0.000 1.000 Y NA
 10210930 10210931 SJA_C1-10900 SJA_C1-10910     FALSE 0.172 131.000 0.000 NA   NA
 10210931 10210932 SJA_C1-10910 SJA_C1-10920     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210933 10210934 SJA_C1-10930 SJA_C1-10940     FALSE 0.134 147.000 0.000 NA   NA
 10210935 10210936 SJA_C1-10950 SJA_C1-10960     FALSE 0.177 129.000 0.000 NA   NA
 10210936 10210937 SJA_C1-10960 SJA_C1-10970     FALSE 0.118 152.000 0.000 NA   NA
 10210937 10210938 SJA_C1-10970 SJA_C1-10980     TRUE 0.638 7.000 0.000 NA   NA
 10210938 10210939 SJA_C1-10980 SJA_C1-10990   cinA FALSE 0.462 16.000 0.000 NA   NA
 10210939 10210940 SJA_C1-10990 SJA_C1-11000 cinA nadE TRUE 0.709 -13.000 0.000 NA   NA
 10210940 10210941 SJA_C1-11000 SJA_C1-11010 nadE   FALSE 0.181 74.000 0.000 NA   NA
 10210941 10210942 SJA_C1-11010 SJA_C1-11020   crp FALSE 0.186 82.000 0.000 NA   NA
 10210944 10210945 SJA_C1-11040 SJA_C1-11050     TRUE 0.638 7.000 0.000 NA   NA
 10210945 10210946 SJA_C1-11050 SJA_C1-11060     TRUE 0.673 -22.000 0.000 NA   NA
 10210946 10210947 SJA_C1-11060 SJA_C1-11070     TRUE 0.981 -3.000 0.161 NA   NA
 10210948 10210949 SJA_C1-11080 SJA_C1-11090     TRUE 0.828 16.000 0.083 NA   NA
 10210949 10210950 SJA_C1-11090 SJA_C1-11100   gutB TRUE 0.995 -3.000 0.621 0.048   NA
 10210950 10210951 SJA_C1-11100 SJA_C1-11110 gutB ino1 TRUE 0.882 -3.000 0.000 1.000 N NA
 10210951 10210952 SJA_C1-11110 SJA_C1-11120 ino1   TRUE 0.768 13.000 0.019 1.000 N NA
 10210952 10210953 SJA_C1-11120 SJA_C1-11130     TRUE 0.989 -3.000 0.318 NA   NA
 10210953 10210954 SJA_C1-11130 SJA_C1-11140     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210955 10210956 SJA_C1-11150 SJA_C1-11160 galE rfbB TRUE 0.993 -3.000 0.161 0.009 Y NA
 10210956 10210957 SJA_C1-11160 SJA_C1-11170 rfbB   TRUE 0.987 -3.000 0.065 1.000 Y NA
 10210957 10210958 SJA_C1-11170 SJA_C1-11180     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210958 10210959 SJA_C1-11180 SJA_C1-11190     TRUE 0.988 -3.000 0.292 NA   NA
 10210959 10210960 SJA_C1-11190 SJA_C1-11200     TRUE 0.989 -3.000 0.333 NA   NA
 10210960 10210961 SJA_C1-11200 SJA_C1-11210   rfbB TRUE 0.965 -3.000 0.067 NA   NA
 10210962 10210963 SJA_C1-11220 SJA_C1-11230     TRUE 0.584 11.000 0.000 NA   NA
 10210963 10210964 SJA_C1-11230 SJA_C1-11240     FALSE 0.188 85.000 0.000 NA   NA
 10210964 10210965 SJA_C1-11240 SJA_C1-11250     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210966 10210967 SJA_C1-11260 SJA_C1-11270 crp   FALSE 0.142 144.000 0.000 NA   NA
 10210968 10210969 SJA_C1-11280 SJA_C1-11290   crp TRUE 0.967 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 10210972 10210973 SJA_C1-11320 SJA_C1-11330     FALSE 0.181 77.000 0.000 NA   NA
 10210974 10210975 SJA_C1-11340 SJA_C1-11350   malZ TRUE 0.533 13.000 0.000 NA   NA
 10210975 10210976 SJA_C1-11350 SJA_C1-11360 malZ cyc FALSE 0.255 110.000 0.000 1.000 N NA
 10210976 10210977 SJA_C1-11360 SJA_C1-11370 cyc   TRUE 0.697 4.000 0.000 NA   NA
 10210977 10210978 SJA_C1-11370 SJA_C1-11380   coxC TRUE 0.958 14.000 0.488 NA   NA
 10210978 10210979 SJA_C1-11380 SJA_C1-11390 coxC   TRUE 0.986 12.000 0.440 0.004 Y NA
 10210979 10210980 SJA_C1-11390 SJA_C1-11400     TRUE 0.998 -3.000 0.786 0.004 Y NA
 10210980 10210981 SJA_C1-11400 SJA_C1-11410   coxB TRUE 0.994 0.000 0.344 0.004 Y NA
 10210982 10210983 SJA_C1-11420 SJA_C1-11430     TRUE 0.932 -73.000 0.139 NA   NA
 10210983 10210984 SJA_C1-11430 SJA_C1-11440   dnaE TRUE 0.991 -3.000 0.120 1.000 Y NA
 10210984 10210985 SJA_C1-11440 SJA_C1-11450 dnaE   FALSE 0.012 294.000 0.000 NA   NA
 10210985 10210986 SJA_C1-11450 SJA_C1-11460     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210986 10210987 SJA_C1-11460 SJA_C1-11470     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10210987 10210988 SJA_C1-11470 SJA_C1-11480   mreB FALSE 0.078 171.000 0.000 NA   NA
 10210991 10210992 SJA_C1-11510 SJA_C1-11520     TRUE 0.994 -3.000 0.632 NA   NA
 10210992 10210993 SJA_C1-11520 SJA_C1-11530     TRUE 0.536 50.000 0.057 NA   NA
 10210993 10210994 SJA_C1-11530 SJA_C1-11540     TRUE 0.971 -3.000 0.091 NA   NA
 10210995 10210996 SJA_C1-11550 SJA_C1-11560 nhaA   TRUE 0.673 153.000 0.333 NA   NA
 10210998 10210999 SJA_C1-11580 SJA_C1-11590   sucC FALSE 0.289 140.000 0.016 NA   NA
 10210999 10211000 SJA_C1-11590 SJA_C1-11600 sucC etfB TRUE 0.637 127.000 0.016 1.000 Y NA
 10211000 10211001 SJA_C1-11600 SJA_C1-11610 etfB etfA TRUE 0.997 -3.000 0.417 0.013 Y NA
 10211002 10211003 SJA_C1-11620 SJA_C1-11630     FALSE 0.078 171.000 0.000 NA   NA
 10211003 10211004 SJA_C1-11630 SJA_C1-11640     FALSE 0.205 118.000 0.000 NA   NA
 10211004 10211005 SJA_C1-11640 SJA_C1-11650   cspA TRUE 0.883 63.000 0.667 NA   NA
 10211005 10211006 SJA_C1-11650 SJA_C1-11660 cspA   FALSE 0.078 171.000 0.000 NA   NA
 10211006 10211007 SJA_C1-11660 SJA_C1-11670     FALSE 0.201 104.000 0.000 NA   NA
 10211007 10211008 SJA_C1-11670 SJA_C1-11680     FALSE 0.010 308.000 0.000 NA   NA
 10211011 10211012 SJA_C1-11710 SJA_C1-11720 rlpA   FALSE 0.030 233.000 0.000 NA   NA
 10211012 10211013 SJA_C1-11720 SJA_C1-11730     FALSE 0.247 44.000 0.000 NA   NA
 10211014 10211015 SJA_C1-11740 SJA_C1-11750   yesM TRUE 0.585 192.000 0.154 0.023 Y NA
 10211016 10211017 SJA_C1-11760 SJA_C1-11770     TRUE 0.914 80.000 1.000 NA   NA
 10211017 10211018 SJA_C1-11770 SJA_C1-11780     FALSE 0.010 311.000 0.000 NA   NA
 10211026 10211027 SJA_C1-11860 SJA_C1-11870 hpaE/xylG mhpD TRUE 0.996 -3.000 0.667 0.072 N NA
 10211027 10211028 SJA_C1-11870 SJA_C1-11880 mhpD hpaH/xylI TRUE 0.998 -7.000 1.000 0.030 Y NA
 10211028 10211029 SJA_C1-11880 SJA_C1-11890 hpaH/xylI xylH TRUE 0.800 0.000 0.000 1.000   NA
 10211029 10211030 SJA_C1-11890 SJA_C1-11900 xylH mhpF TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000   NA
 10211030 10211031 SJA_C1-11900 SJA_C1-11910 mhpF mhpE/xylK TRUE 0.996 -3.000 0.750 1.000 N NA
 10211031 10211032 SJA_C1-11910 SJA_C1-11920 mhpE/xylK   TRUE 0.612 29.000 0.024 1.000 N NA
 10211032 10211033 SJA_C1-11920 SJA_C1-11930   xylH TRUE 0.781 17.000 0.056 1.000   NA
 10211033 10211034 SJA_C1-11930 SJA_C1-11940 xylH cbzT FALSE 0.199 125.000 0.000 1.000   NA
 10211034 10211035 SJA_C1-11940 SJA_C1-11950 cbzT nahX TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211035 10211036 SJA_C1-11950 SJA_C1-11960 nahX xylE TRUE 0.929 1.000 0.059 NA   NA
 10211036 10211037 SJA_C1-11960 SJA_C1-11970 xylE   FALSE 0.201 65.000 0.000 1.000   NA
 10211037 10211038 SJA_C1-11970 SJA_C1-11980   tomA0 FALSE 0.181 77.000 0.000 NA   NA
 10211038 10211039 SJA_C1-11980 SJA_C1-11990 tomA0 tomA1 FALSE 0.369 24.000 0.000 NA   NA
 10211039 10211040 SJA_C1-11990 SJA_C1-12000 tomA1 tomA2 TRUE 0.982 -3.000 0.133 0.009   NA
 10211040 10211041 SJA_C1-12000 SJA_C1-12010 tomA2 tomA3 TRUE 0.991 4.000 0.800 0.009   NA
 10211041 10211042 SJA_C1-12010 SJA_C1-12020 tomA3 tomA4 TRUE 0.902 52.000 0.706 NA   NA
 10211042 10211043 SJA_C1-12020 SJA_C1-12030 tomA4 tomA5 TRUE 0.972 0.000 0.176 NA   NA
 10211043 10211044 SJA_C1-12030 SJA_C1-12040 tomA5 nifA FALSE 0.225 70.000 0.000 1.000 N NA
 10211045 10211046 SJA_C1-12050 SJA_C1-12060     TRUE 0.764 22.000 0.000 1.000 Y NA
 10211047 10211048 SJA_C1-12070 SJA_C1-12080     FALSE 0.185 69.000 0.000 NA   NA
 10211049 10211050 SJA_C1-12090 SJA_C1-12100     FALSE 0.006 423.000 0.000 0.015   NA
 10211050 10211051 SJA_C1-12100 SJA_C1-12110     FALSE 0.369 24.000 0.000 NA   NA
 10211051 10211052 SJA_C1-12110 SJA_C1-12120     FALSE 0.209 108.000 0.000 NA   NA
 10211052 10211053 SJA_C1-12120 SJA_C1-12130     FALSE 0.004 466.000 0.000 1.000   NA
 10211053 10211054 SJA_C1-12130 SJA_C1-12140   metK FALSE 0.019 266.000 0.000 1.000   NA
 10211054 10211055 SJA_C1-12140 SJA_C1-12150 metK lnt TRUE 0.593 59.000 0.078 1.000 N NA
 10211055 10211056 SJA_C1-12150 SJA_C1-12160 lnt   TRUE 0.796 -33.000 0.015 NA   NA
 10211057 10211058 SJA_C1-12170 SJA_C1-12180     FALSE 0.185 69.000 0.000 NA   NA
 10211058 10211059 SJA_C1-12180 SJA_C1-12190     FALSE 0.091 163.000 0.000 NA   NA
 10211061 10211062 SJA_C1-12210 SJA_C1-12220     FALSE 0.028 236.000 0.000 NA   NA
 10211062 10211063 SJA_C1-12220 SJA_C1-12230     FALSE 0.418 113.000 0.022 NA   NA
 10211063 10211064 SJA_C1-12230 SJA_C1-12240     TRUE 0.566 121.000 0.077 NA   NA
 10211064 10211065 SJA_C1-12240 SJA_C1-12250     TRUE 0.981 -7.000 0.348 NA   NA
 10211065 10211066 SJA_C1-12250 SJA_C1-12260     TRUE 0.758 128.000 0.304 NA   NA
 10211066 10211067 SJA_C1-12260 SJA_C1-12270     TRUE 0.581 124.000 0.094 NA   NA
 10211067 10211068 SJA_C1-12270 SJA_C1-12280     TRUE 0.893 -33.000 0.062 NA   NA
 10211068 10211069 SJA_C1-12280 SJA_C1-12290     TRUE 0.989 -3.000 0.333 NA   NA
 10211071 10211072 SJA_C1-12310 SJA_C1-12320     TRUE 0.860 72.000 0.577 NA   NA
 10211072 10211073 SJA_C1-12320 SJA_C1-12330     TRUE 0.990 -3.000 0.344 NA   NA
 10211073 10211074 SJA_C1-12330 SJA_C1-12340     TRUE 0.754 90.000 0.267 NA   NA
 10211074 10211075 SJA_C1-12340 SJA_C1-12350     TRUE 0.994 -3.000 0.600 NA   NA
 10211075 10211076 SJA_C1-12350 SJA_C1-12360     TRUE 0.987 -3.000 0.280 NA   NA
 10211076 10211077 SJA_C1-12360 SJA_C1-12370     TRUE 0.921 9.000 0.120 NA   NA
 10211077 10211078 SJA_C1-12370 SJA_C1-12380     TRUE 0.952 9.000 0.250 NA   NA
 10211078 10211079 SJA_C1-12380 SJA_C1-12390     TRUE 0.789 34.000 0.167 NA   NA
 10211079 10211080 SJA_C1-12390 SJA_C1-12400     FALSE 0.054 191.000 0.000 NA   NA
 10211085 10211086 SJA_C1-12450 SJA_C1-12460 gst clpA FALSE 0.243 186.000 0.000 1.000 Y NA
 10211087 10211088 SJA_C1-12470 SJA_C1-12480     FALSE 0.186 82.000 0.000 NA   NA
 10211088 10211089 SJA_C1-12480 SJA_C1-12490     FALSE 0.177 153.000 0.008 NA   NA
 10211089 10211090 SJA_C1-12490 SJA_C1-12500     TRUE 0.921 15.000 0.255 NA   NA
 10211090 10211091 SJA_C1-12500 SJA_C1-12510     FALSE 0.513 113.000 0.047 NA   NA
 10211091 10211092 SJA_C1-12510 SJA_C1-12520   fadD FALSE 0.399 139.000 0.039 NA   NA
 10211092 10211093 SJA_C1-12520 SJA_C1-12530 fadD msrA TRUE 0.817 22.000 0.100 1.000 N NA
 10211093 10211094 SJA_C1-12530 SJA_C1-12540 msrA   TRUE 0.579 75.000 0.100 NA   NA
 10211097 10211098 SJA_C1-12570 SJA_C1-12580     FALSE 0.486 61.000 0.049 NA   NA
 10211099 10211100 SJA_C1-12590 SJA_C1-12600     TRUE 0.652 -31.000 0.000 NA   NA
 10211101 10211102 SJA_C1-12610 SJA_C1-12620 argC   TRUE 0.966 -3.000 0.061 NA N NA
 10211102 10211103 SJA_C1-12620 SJA_C1-12630     TRUE 0.942 -40.000 0.150 NA N NA
 10211103 10211104 SJA_C1-12630 SJA_C1-12640   pepB TRUE 0.743 46.000 0.130 0.038 N NA
 10211105 10211106 SJA_C1-12650 SJA_C1-12660     TRUE 0.938 0.000 0.051 NA   NA
 10211107 10211108 SJA_C1-12670 SJA_C1-12680     FALSE 0.463 25.000 0.004 1.000 N NA
 10211108 10211109 SJA_C1-12680 SJA_C1-12690   surE FALSE 0.208 173.000 0.030 1.000   NA
 10211109 10211110 SJA_C1-12690 SJA_C1-12700 surE serS FALSE 0.514 89.000 0.058 1.000   NA
 10211111 10211112 SJA_C1-12710 SJA_C1-12720 atsE   FALSE 0.033 222.000 0.000 NA   NA
 10211112 10211113 SJA_C1-12720 SJA_C1-12730     FALSE 0.003 577.000 0.000 NA   NA
 10211113 10211114 SJA_C1-12730 SJA_C1-12740     FALSE 0.420 65.000 0.030 NA   NA
 10211116 10211117 SJA_C1-12760 SJA_C1-12770     TRUE 0.528 116.000 0.057 NA   NA
 10211117 10211118 SJA_C1-12770 SJA_C1-12780   ytfM FALSE 0.160 153.000 0.007 NA   NA
 10211118 10211119 SJA_C1-12780 SJA_C1-12790 ytfM   TRUE 0.902 0.000 0.020 NA   NA
 10211119 10211120 SJA_C1-12790 SJA_C1-12800   sdaA TRUE 0.961 3.000 0.182 NA   NA
 10211120 10211121 SJA_C1-12800 SJA_C1-12810 sdaA   FALSE 0.468 172.000 0.182 1.000 N NA
 10211122 10211123 SJA_C1-12820 SJA_C1-12830 pyrF   TRUE 0.901 -3.000 0.008 NA   NA
 10211123 10211124 SJA_C1-12830 SJA_C1-12840     TRUE 0.861 31.000 0.286 NA   NA
 10211124 10211125 SJA_C1-12840 SJA_C1-12850   hxt TRUE 0.730 15.000 0.025 1.000   NA
 10211125 10211126 SJA_C1-12850 SJA_C1-12860 hxt   TRUE 0.640 22.000 0.025 NA   NA
 10211126 10211127 SJA_C1-12860 SJA_C1-12870     TRUE 0.978 5.000 0.417 NA N NA
 10211127 10211128 SJA_C1-12870 SJA_C1-12880     TRUE 0.958 -3.000 0.034 0.071   NA
 10211129 10211130 SJA_C1-12890 SJA_C1-12900   lig TRUE 0.957 4.000 0.174 1.000   NA
 10211130 10211131 SJA_C1-12900 SJA_C1-12910 lig   FALSE 0.193 98.000 0.000 NA   NA
 10211131 10211132 SJA_C1-12910 SJA_C1-12920     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211135 10211136 SJA_C1-12950 SJA_C1-12960     TRUE 0.575 68.000 0.000 0.016 Y NA
 10211136 10211137 SJA_C1-12960 SJA_C1-t0140     FALSE 0.199 57.000 0.000 NA   NA
 10211137 10211138 SJA_C1-t0140 SJA_C1-12970   radC FALSE 0.201 104.000 0.000 NA   NA
 10211139 10211140 SJA_C1-12980 SJA_C1-12990 thyA bkdA1 FALSE 0.360 108.000 0.010 1.000 N NA
 10211140 10211141 SJA_C1-12990 SJA_C1-13000 bkdA1 bkdA2 TRUE 0.994 -21.000 0.558 0.001 Y NA
 10211141 10211142 SJA_C1-13000 SJA_C1-13010 bkdA2 pdhC TRUE 0.938 10.000 0.022 0.071 Y NA
 10211144 10211145 SJA_C1-13030 SJA_C1-t0150     FALSE 0.265 41.000 0.000 NA   NA
 10211145 10211146 SJA_C1-t0150 SJA_C1-t0160     FALSE 0.188 85.000 0.000 NA   NA
 10211146 10211147 SJA_C1-t0160 SJA_C1-13040     FALSE 0.028 236.000 0.000 NA   NA
 10211148 10211149 SJA_C1-13050 SJA_C1-13060     TRUE 0.912 -3.000 0.010 NA   NA
 10211149 10211150 SJA_C1-13060 SJA_C1-13070     FALSE 0.112 213.000 0.034 NA   NA
 10211150 10211151 SJA_C1-13070 SJA_C1-13080     TRUE 0.793 -7.000 0.003 NA   NA
 10211152 10211153 SJA_C1-13090 SJA_C1-13100 tktA gapD TRUE 0.979 28.000 0.786 1.000 Y NA
 10211153 10211154 SJA_C1-13100 SJA_C1-13110 gapD pgk TRUE 0.620 70.000 0.006 0.003 Y NA
 10211154 10211155 SJA_C1-13110 SJA_C1-13120 pgk   TRUE 0.697 4.000 0.000 NA   NA
 10211155 10211156 SJA_C1-13120 SJA_C1-13130   fbaB FALSE 0.155 140.000 0.000 NA   NA
 10211158 10211159 SJA_C1-13150 SJA_C1-13160 thiE   FALSE 0.034 221.000 0.000 NA   NA
 10211159 10211160 SJA_C1-13160 SJA_C1-13170     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211160 10211161 SJA_C1-13170 SJA_C1-13180     TRUE 0.980 -3.000 0.146 NA   NA
 10211161 10211162 SJA_C1-13180 SJA_C1-13190   efp FALSE 0.219 102.000 0.003 NA   NA
 10211162 10211163 SJA_C1-13190 SJA_C1-13200 efp impA FALSE 0.402 148.000 0.047 1.000 N NA
 10211163 10211164 SJA_C1-13200 SJA_C1-13210 impA nuoA FALSE 0.258 130.000 0.005 1.000 N NA
 10211164 10211165 SJA_C1-13210 SJA_C1-13220 nuoA nuoB TRUE 0.993 -9.000 0.396 0.002 Y NA
 10211165 10211166 SJA_C1-13220 SJA_C1-13230 nuoB nuoC TRUE 0.991 2.000 0.262 0.002 Y NA
 10211166 10211167 SJA_C1-13230 SJA_C1-13240 nuoC nuoD TRUE 0.996 0.000 0.483 0.006 Y NA
 10211167 10211168 SJA_C1-13240 SJA_C1-13250 nuoD   TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211168 10211169 SJA_C1-13250 SJA_C1-13260   nuoE TRUE 0.750 1.000 0.000 NA   NA
 10211169 10211170 SJA_C1-13260 SJA_C1-13270 nuoE nuoF TRUE 0.849 155.000 0.343 0.006 Y NA
 10211170 10211171 SJA_C1-13270 SJA_C1-13280 nuoF   TRUE 0.891 -3.000 0.006 NA   NA
 10211171 10211172 SJA_C1-13280 SJA_C1-13290   nuoG TRUE 0.840 0.000 0.006 NA   NA
 10211172 10211173 SJA_C1-13290 SJA_C1-13300 nuoG nuoH TRUE 0.896 155.000 0.515 0.006 Y NA
 10211173 10211174 SJA_C1-13300 SJA_C1-13310 nuoH nuoI TRUE 0.997 -3.000 0.500 0.006 Y NA
 10211174 10211175 SJA_C1-13310 SJA_C1-13320 nuoI nuoJ TRUE 0.846 164.000 0.442 0.006 Y NA
 10211175 10211176 SJA_C1-13320 SJA_C1-13330 nuoJ nuoK TRUE 0.943 116.000 0.484 0.002 Y NA
 10211176 10211177 SJA_C1-13330 SJA_C1-13340 nuoK nuoL TRUE 0.990 7.000 0.451 0.006 Y NA
 10211177 10211178 SJA_C1-13340 SJA_C1-13350 nuoL nuoM TRUE 0.993 0.000 0.251 0.001 Y NA
 10211178 10211179 SJA_C1-13350 SJA_C1-13360 nuoM nuoN TRUE 0.996 0.000 0.453 0.001 Y NA
 10211179 10211180 SJA_C1-13360 SJA_C1-13370 nuoN birA TRUE 0.857 45.000 0.372 1.000 N NA
 10211180 10211181 SJA_C1-13370 SJA_C1-13380 birA baf TRUE 0.829 16.000 0.071 1.000 N NA
 10211181 10211182 SJA_C1-13380 SJA_C1-13390 baf   TRUE 0.970 -3.000 0.080 1.000   NA
 10211182 10211183 SJA_C1-13390 SJA_C1-13400     TRUE 0.899 11.000 0.102 NA   NA
 10211187 10211188 SJA_C1-13440 SJA_C1-13450   tgt FALSE 0.204 54.000 0.000 NA   NA
 10211189 10211190 SJA_C1-13460 SJA_C1-13470 purU   FALSE 0.192 89.000 0.000 NA   NA
 10211190 10211191 SJA_C1-13470 SJA_C1-13480     FALSE 0.187 66.000 0.000 NA   NA
 10211192 10211193 SJA_C1-13490 SJA_C1-13500     TRUE 0.945 16.000 0.409 1.000   NA
 10211193 10211194 SJA_C1-13500 SJA_C1-13510   tadD TRUE 0.960 5.000 0.222 1.000   NA
 10211195 10211196 SJA_C1-13520 SJA_C1-13530 elaC   FALSE 0.196 80.000 0.000 1.000   NA
 10211197 10211198 SJA_C1-13540 SJA_C1-13550     FALSE 0.019 279.000 0.000 1.000 N NA
 10211198 10211199 SJA_C1-13550 SJA_C1-13560   vanK TRUE 0.882 -3.000 0.000 1.000 N NA
 10211199 10211200 SJA_C1-13560 SJA_C1-13570 vanK   FALSE 0.234 89.000 0.000 1.000 N NA
 10211205 10211206 SJA_C1-13620 SJA_C1-13630 dld fabG FALSE 0.234 95.000 0.000 1.000 N NA
 10211206 10211207 SJA_C1-13630 SJA_C1-13640 fabG   FALSE 0.193 74.000 0.000 1.000   NA
 10211210 10211211 SJA_C1-13670 SJA_C1-13680     FALSE 0.312 34.000 0.000 1.000   NA
 10211211 10211212 SJA_C1-13680 SJA_C1-13690     FALSE 0.051 198.000 0.000 1.000   NA
 10211212 10211213 SJA_C1-13690 SJA_C1-13700   fadA FALSE 0.096 172.000 0.000 1.000 N NA
 10211213 10211214 SJA_C1-13700 SJA_C1-13710 fadA   FALSE 0.017 291.000 0.000 1.000 N NA
 10211216 10211217 SJA_C1-13730 SJA_C1-13740   adh FALSE 0.268 79.000 0.000 0.047 N NA
 10211218 10211219 SJA_C1-13750 SJA_C1-13760     FALSE 0.201 120.000 0.000 NA   NA
 10211219 10211220 SJA_C1-13760 SJA_C1-13770     TRUE 0.568 14.000 0.000 1.000 N NA
 10211220 10211221 SJA_C1-13770 SJA_C1-13780     FALSE 0.193 123.000 0.000 NA   NA
 10211222 10211223 SJA_C1-13790 SJA_C1-13800     FALSE 0.122 163.000 0.000 0.070   NA
 10211223 10211224 SJA_C1-13800 SJA_C1-13810     FALSE 0.224 110.000 0.000 1.000   NA
 10211224 10211225 SJA_C1-13810 SJA_C1-13820   fadB TRUE 0.853 13.000 0.000 1.000 Y NA
 10211225 10211226 SJA_C1-13820 SJA_C1-13830 fadB   FALSE 0.193 123.000 0.000 NA   NA
 10211226 10211227 SJA_C1-13830 SJA_C1-13840     FALSE 0.192 94.000 0.000 NA   NA
 10211227 10211228 SJA_C1-13840 SJA_C1-13850   hyuA FALSE 0.010 314.000 0.000 NA   NA
 10211228 10211229 SJA_C1-13850 SJA_C1-13860 hyuA   TRUE 0.968 16.000 0.636 0.002   NA
 10211229 10211230 SJA_C1-13860 SJA_C1-13870   ISsp1 FALSE 0.195 79.000 0.000 1.000   NA
 10211230 10211231 SJA_C1-13870 SJA_C1-13880 ISsp1 hyuB FALSE 0.050 199.000 0.000 1.000   NA
 10211232 10211233 SJA_C1-13890 SJA_C1-13900 fadB   FALSE 0.239 102.000 0.000 1.000 N NA
 10211235 10211236 SJA_C1-13920 SJA_C1-13930   adh FALSE 0.274 106.000 0.000 0.014   NA
 10211236 10211237 SJA_C1-13930 SJA_C1-13940 adh   FALSE 0.397 23.000 0.000 1.000   NA
 10211237 10211238 SJA_C1-13940 SJA_C1-13950     FALSE 0.455 18.000 0.000 1.000   NA
 10211239 10211240 SJA_C1-13960 SJA_C1-13970 fadA   TRUE 0.591 48.000 0.000 1.000 Y NA
 10211240 10211241 SJA_C1-13970 SJA_C1-13980     TRUE 0.983 0.000 0.333 NA   NA
 10211242 10211243 SJA_C1-13990 SJA_C1-14000     FALSE 0.004 440.000 0.000 NA N NA
 10211243 10211244 SJA_C1-14000 SJA_C1-14010   kduD TRUE 0.875 -3.000 0.000 NA N NA
 10211244 10211245 SJA_C1-14010 SJA_C1-14020 kduD   TRUE 0.882 -3.000 0.000 1.000 N NA
 10211245 10211246 SJA_C1-14020 SJA_C1-14030     FALSE 0.209 122.000 0.000 1.000   NA
 10211247 10211248 SJA_C1-14040 SJA_C1-14050 tpx   FALSE 0.205 129.000 0.000 NA N NA
 10211248 10211249 SJA_C1-14050 SJA_C1-14060     FALSE 0.201 120.000 0.000 NA   NA
 10211249 10211250 SJA_C1-14060 SJA_C1-14070     FALSE 0.003 491.000 0.000 NA   NA
 10211250 10211251 SJA_C1-14070 SJA_C1-14080     TRUE 0.669 42.000 0.000 0.070 Y NA
 10211251 10211252 SJA_C1-14080 SJA_C1-14090   atoB FALSE 0.042 321.000 0.000 1.000 Y NA
 10211252 10211253 SJA_C1-14090 SJA_C1-14100 atoB   FALSE 0.196 102.000 0.000 NA   NA
 10211253 10211254 SJA_C1-14100 SJA_C1-14110     TRUE 0.719 3.000 0.000 NA   NA
 10211254 10211255 SJA_C1-14110 SJA_C1-14120     TRUE 0.837 0.000 0.000 0.063   NA
 10211256 10211257 SJA_C1-14130 SJA_C1-t0170     FALSE 0.057 188.000 0.000 NA   NA
 10211257 10211258 SJA_C1-t0170 SJA_C1-t0180     FALSE 0.064 180.000 0.000 NA   NA
 10211258 10211259 SJA_C1-t0180 SJA_C1-14140     FALSE 0.182 78.000 0.000 NA   NA
 10211259 10211260 SJA_C1-14140 SJA_C1-14150   moaA TRUE 0.959 -3.000 0.036 1.000 N NA
 10211262 10211263 SJA_C1-14170 SJA_C1-14180     TRUE 0.979 -13.000 0.400 NA   NA
 10211263 10211264 SJA_C1-14180 SJA_C1-14190   mfd FALSE 0.008 329.000 0.000 NA   NA
 10211264 10211265 SJA_C1-14190 SJA_C1-14200 mfd   TRUE 0.589 112.000 0.078 NA   NA
 10211269 10211270 SJA_C1-14240 SJA_C1-14250   tyrS FALSE 0.287 77.000 0.010 NA   NA
 10211274 10211275 SJA_C1-14290 SJA_C1-14300     FALSE 0.480 95.000 0.047 NA   NA
 10211275 10211276 SJA_C1-14300 SJA_C1-14310     FALSE 0.296 72.000 0.010 1.000   NA
 10211276 10211277 SJA_C1-14310 SJA_C1-14320     FALSE 0.369 66.000 0.020 NA   NA
 10211277 10211278 SJA_C1-14320 SJA_C1-14330   rpoD FALSE 0.131 156.000 0.004 NA   NA
 10211278 10211279 SJA_C1-14330 SJA_C1-14340 rpoD dnaG TRUE 0.825 46.000 0.299 1.000 N NA
 10211279 10211280 SJA_C1-14340 SJA_C1-14350 dnaG   TRUE 0.928 3.000 0.000 1.000 Y NA
 10211280 10211281 SJA_C1-14350 SJA_C1-14360     FALSE 0.171 138.000 0.000 1.000   NA
 10211282 10211283 SJA_C1-14370 SJA_C1-14380 carA   TRUE 0.867 -3.000 0.002 NA   NA
 10211283 10211284 SJA_C1-14380 SJA_C1-14390   carB FALSE 0.023 251.000 0.000 NA   NA
 10211284 10211285 SJA_C1-14390 SJA_C1-14400 carB greA TRUE 0.752 82.000 0.241 1.000 N NA
 10211285 10211286 SJA_C1-14400 SJA_C1-14410 greA   FALSE 0.505 29.000 0.012 1.000   NA
 10211287 10211288 SJA_C1-14420 SJA_C1-14430     FALSE 0.418 106.000 0.025 NA   NA
 10211288 10211289 SJA_C1-14430 SJA_C1-14440     TRUE 0.966 -7.000 0.167 NA   NA
 10211289 10211290 SJA_C1-14440 SJA_C1-14450     TRUE 0.995 -3.000 0.667 NA   NA
 10211290 10211291 SJA_C1-14450 SJA_C1-14460     TRUE 0.731 99.000 0.222 NA   NA
 10211292 10211293 SJA_C1-14470 SJA_C1-14480 eno   FALSE 0.403 77.000 0.027 1.000   NA
 10211293 10211294 SJA_C1-14480 SJA_C1-14490   pdhA FALSE 0.459 127.000 0.041 1.000   NA
 10211294 10211295 SJA_C1-14490 SJA_C1-14500 pdhA pdhB TRUE 0.996 0.000 0.456 0.001 Y NA
 10211296 10211297 SJA_C1-14510 SJA_C1-14520     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211297 10211298 SJA_C1-14520 SJA_C1-14530     TRUE 0.533 13.000 0.000 NA   NA
 10211299 10211300 SJA_C1-14540 SJA_C1-14550     TRUE 0.966 10.000 0.400 NA   NA
 10211301 10211302 SJA_C1-14560 SJA_C1-14570 gid   FALSE 0.303 43.000 0.000 1.000 N NA
 10211304 10211305 SJA_C1-14590 SJA_C1-14600 leuA yceI FALSE 0.003 473.000 0.000 NA   NA
 10211305 10211306 SJA_C1-14600 SJA_C1-14610 yceI ilvC FALSE 0.259 118.000 0.005 NA   NA
 10211306 10211307 SJA_C1-14610 SJA_C1-14620 ilvC ilvH TRUE 0.561 158.000 0.026 0.001 Y NA
 10211307 10211308 SJA_C1-14620 SJA_C1-14630 ilvH   TRUE 0.904 0.000 0.020 NA   NA
 10211308 10211309 SJA_C1-14630 SJA_C1-14640   ilvB TRUE 0.617 12.000 0.004 NA   NA
 10211309 10211310 SJA_C1-14640 SJA_C1-14650 ilvB miaA FALSE 0.493 101.000 0.038 1.000 N NA
 10211312 10211313 SJA_C1-14670 SJA_C1-14680 purL purS TRUE 0.995 4.000 0.656 0.001 Y NA
 10211315 10211316 SJA_C1-14700 SJA_C1-14710 purC   FALSE 0.204 131.000 0.004 NA   NA
 10211316 10211317 SJA_C1-14710 SJA_C1-14720   otsA TRUE 0.893 32.000 0.400 NA   NA
 10211317 10211318 SJA_C1-14720 SJA_C1-14730 otsA   TRUE 0.937 11.000 0.034 1.000 Y NA
 10211318 10211319 SJA_C1-14730 SJA_C1-14740   otsB TRUE 0.753 154.000 0.174 1.000 Y NA
 10211319 10211320 SJA_C1-14740 SJA_C1-14750 otsB   FALSE 0.183 71.000 0.000 NA   NA
 10211321 10211322 SJA_C1-14760 SJA_C1-14770 gcvA   FALSE 0.449 17.000 0.000 NA   NA
 10211322 10211323 SJA_C1-14770 SJA_C1-14780   parC TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211323 10211324 SJA_C1-14780 SJA_C1-14790 parC   FALSE 0.422 41.000 0.009 1.000 N NA
 10211325 10211326 SJA_C1-14800 SJA_C1-14810 cca   TRUE 0.951 -19.000 0.163 1.000   NA
 10211326 10211327 SJA_C1-14810 SJA_C1-14820     TRUE 0.990 -3.000 0.346 NA   NA
 10211327 10211328 SJA_C1-14820 SJA_C1-14830     TRUE 0.623 46.000 0.080 NA   NA
 10211331 10211332 SJA_C1-14860 SJA_C1-14870     FALSE 0.210 134.000 0.005 NA   NA
 10211335 10211336 SJA_C1-14900 SJA_C1-14910     FALSE 0.192 94.000 0.000 NA   NA
 10211336 10211337 SJA_C1-14910 SJA_C1-t0190     TRUE 0.813 -1.000 0.000 NA   NA
 10211337 10211338 SJA_C1-t0190 SJA_C1-14920     FALSE 0.314 31.000 0.000 NA   NA
 10211338 10211339 SJA_C1-14920 SJA_C1-14930   ycaJ TRUE 0.904 -3.000 0.008 NA   NA
 10211339 10211340 SJA_C1-14930 SJA_C1-14940 ycaJ sqd2 FALSE 0.427 29.000 0.003 1.000 N NA
 10211341 10211342 SJA_C1-14950 SJA_C1-14960     FALSE 0.197 58.000 0.000 NA   NA
 10211343 10211344 SJA_C1-14970 SJA_C1-14980     TRUE 0.819 29.000 0.171 NA   NA
 10211345 10211346 SJA_C1-14990 SJA_C1-15000 entF lysA TRUE 0.988 -3.000 0.259 1.000 N NA
 10211346 10211347 SJA_C1-15000 SJA_C1-15010 lysA wza TRUE 0.538 147.000 0.111 1.000 N NA
 10211347 10211348 SJA_C1-15010 SJA_C1-15020 wza   TRUE 0.995 2.000 0.633 0.093 Y NA
 10211348 10211349 SJA_C1-15020 SJA_C1-15030     TRUE 0.964 14.000 0.500 1.000 N NA
 10211349 10211350 SJA_C1-15030 SJA_C1-15040     TRUE 0.940 0.000 0.057 NA   NA
 10211350 10211351 SJA_C1-15040 SJA_C1-15050   exeA TRUE 0.668 25.000 0.040 NA   NA
 10211351 10211352 SJA_C1-15050 SJA_C1-15060 exeA   TRUE 0.951 9.000 0.229 1.000   NA
 10211352 10211353 SJA_C1-15060 SJA_C1-15070     TRUE 0.994 -3.000 0.557 NA   NA
 10211353 10211354 SJA_C1-15070 SJA_C1-15080     TRUE 0.997 -3.000 0.509 NA Y NA
 10211354 10211355 SJA_C1-15080 SJA_C1-15090     TRUE 0.986 0.000 0.413 NA   NA
 10211355 10211356 SJA_C1-15090 SJA_C1-15100   asnB TRUE 0.922 11.000 0.152 NA   NA
 10211356 10211357 SJA_C1-15100 SJA_C1-15110 asnB wcaJ FALSE 0.079 178.000 0.000 NA N NA
 10211357 10211358 SJA_C1-15110 SJA_C1-15120 wcaJ   TRUE 0.966 0.000 0.016 NA Y NA
 10211358 10211359 SJA_C1-15120 SJA_C1-15130     FALSE 0.211 110.000 0.000 NA   NA
 10211359 10211360 SJA_C1-15130 SJA_C1-15140     TRUE 0.719 3.000 0.000 NA   NA
 10211360 10211361 SJA_C1-15140 SJA_C1-15150     TRUE 0.991 -3.000 0.400 NA   NA
 10211361 10211362 SJA_C1-15150 SJA_C1-15160   fkbM TRUE 0.975 -3.000 0.107 NA   NA
 10211362 10211363 SJA_C1-15160 SJA_C1-15170 fkbM   TRUE 0.949 0.000 0.071 NA   NA
 10211364 10211365 SJA_C1-15180 SJA_C1-15190   mmsB FALSE 0.500 54.000 0.043 1.000   NA
 10211366 10211367 SJA_C1-15200 SJA_C1-15210 ilvA   FALSE 0.021 303.000 0.008 1.000 N NA
 10211367 10211368 SJA_C1-15210 SJA_C1-15220     TRUE 0.638 7.000 0.000 NA   NA
 10211368 10211369 SJA_C1-15220 SJA_C1-15230     TRUE 0.750 1.000 0.000 NA   NA
 10211370 10211371 SJA_C1-15240 SJA_C1-15250     FALSE 0.198 103.000 0.000 NA   NA
 10211371 10211372 SJA_C1-15250 SJA_C1-15260     FALSE 0.257 109.000 0.005 NA   NA
 10211372 10211373 SJA_C1-15260 SJA_C1-15270     FALSE 0.388 33.000 0.007 NA   NA
 10211373 10211374 SJA_C1-15270 SJA_C1-15280     TRUE 0.825 6.000 0.018 1.000   NA
 10211376 10211377 SJA_C1-15300 SJA_C1-15310 rpoE   TRUE 0.985 0.000 0.381 NA   NA
 10211377 10211378 SJA_C1-15310 SJA_C1-15320     FALSE 0.014 282.000 0.000 NA   NA
 10211378 10211379 SJA_C1-15320 SJA_C1-15330     TRUE 0.878 -3.000 0.004 NA   NA
 10211381 10211382 SJA_C1-15350 SJA_C1-15360 rarD   FALSE 0.272 51.000 0.006 NA   NA
 10211383 10211384 SJA_C1-15370 SJA_C1-15380     FALSE 0.270 40.000 0.000 NA   NA
 10211384 10211385 SJA_C1-15380 SJA_C1-15390   crcB FALSE 0.012 296.000 0.000 NA   NA
 10211385 10211386 SJA_C1-15390 SJA_C1-15400 crcB rluC TRUE 0.973 -3.000 0.083 1.000 N NA
 10211386 10211387 SJA_C1-15400 SJA_C1-15410 rluC gph TRUE 0.991 -3.000 0.389 1.000   NA
 10211387 10211388 SJA_C1-15410 SJA_C1-15420 gph   TRUE 0.912 -3.000 0.010 NA   NA
 10211388 10211389 SJA_C1-15420 SJA_C1-15430     TRUE 0.918 -3.000 0.012 NA   NA
 10211389 10211390 SJA_C1-15430 SJA_C1-15440     FALSE 0.192 93.000 0.000 NA   NA
 10211390 10211391 SJA_C1-15440 SJA_C1-15450     FALSE 0.188 65.000 0.000 NA   NA
 10211392 10211393 SJA_C1-15460 SJA_C1-15470     TRUE 0.840 74.000 0.500 NA   NA
 10211393 10211394 SJA_C1-15470 SJA_C1-15480     TRUE 0.948 6.000 0.182 NA   NA
 10211396 10211397 SJA_C1-15500 SJA_C1-15510   hisE FALSE 0.226 78.000 0.005 NA   NA
 10211397 10211398 SJA_C1-15510 SJA_C1-15520 hisE   FALSE 0.253 43.000 0.000 NA   NA
 10211398 10211399 SJA_C1-15520 SJA_C1-15530   hisF FALSE 0.192 95.000 0.000 NA   NA
 10211399 10211400 SJA_C1-15530 SJA_C1-15540 hisF hisA TRUE 0.957 2.000 0.009 0.003 Y NA
 10211400 10211401 SJA_C1-15540 SJA_C1-15550 hisA hisH TRUE 0.796 92.000 0.070 0.003 Y NA
 10211401 10211402 SJA_C1-15550 SJA_C1-15560 hisH hisB TRUE 0.988 -3.000 0.049 0.003 Y NA
 10211403 10211404 SJA_C1-15570 SJA_C1-15580   fumC FALSE 0.502 59.000 0.054 NA   NA
 10211404 10211405 SJA_C1-15580 SJA_C1-15590 fumC   FALSE 0.247 50.000 0.003 NA   NA
 10211405 10211406 SJA_C1-15590 SJA_C1-15600   gmk FALSE 0.290 35.000 0.000 NA   NA
 10211407 10211408 SJA_C1-15610 SJA_C1-15620     TRUE 0.961 -10.000 0.170 NA   NA
 10211409 10211410 SJA_C1-15630 SJA_C1-15640     TRUE 0.957 18.000 0.615 NA   NA
 10211411 10211412 SJA_C1-15650 SJA_C1-15660 wrbA   TRUE 0.751 127.000 0.286 NA   NA
 10211413 10211414 SJA_C1-15670 SJA_C1-15680     FALSE 0.189 210.000 0.000 0.073 Y NA
 10211415 10211416 SJA_C1-15690 SJA_C1-15700     FALSE 0.009 315.000 0.000 NA   NA
 10211416 10211417 SJA_C1-15700 SJA_C1-15710     FALSE 0.195 101.000 0.000 NA   NA
 10211418 10211419 SJA_C1-15720 SJA_C1-15730 rpoE   TRUE 0.995 -3.000 0.667 NA   NA
 10211420 10211421 SJA_C1-15740 SJA_C1-15750     FALSE 0.431 20.000 0.000 1.000   NA
 10211421 10211422 SJA_C1-15750 SJA_C1-15760   dcd FALSE 0.262 44.000 0.000 1.000   NA
 10211422 10211423 SJA_C1-15760 SJA_C1-15770 dcd cdd TRUE 0.939 7.000 0.021 1.000 Y NA
 10211423 10211424 SJA_C1-15770 SJA_C1-15780 cdd   TRUE 0.968 -3.000 0.063 1.000 N NA
 10211424 10211425 SJA_C1-15780 SJA_C1-15790     TRUE 0.679 33.000 0.071 NA   NA
 10211427 10211428 SJA_C1-15810 SJA_C1-15820   cysH FALSE 0.196 122.000 0.000 NA   NA
 10211428 10211429 SJA_C1-15820 SJA_C1-15830 cysH   TRUE 0.950 -13.000 0.139 NA   NA
 10211429 10211430 SJA_C1-15830 SJA_C1-15840   nirA TRUE 0.979 -7.000 0.309 NA   NA
 10211430 10211431 SJA_C1-15840 SJA_C1-15850 nirA   TRUE 0.990 4.000 0.919 NA   NA
 10211431 10211432 SJA_C1-15850 SJA_C1-15860   cysG TRUE 0.985 -3.000 0.224 NA   NA
 10211432 10211433 SJA_C1-15860 SJA_C1-15870 cysG astD TRUE 0.618 128.000 0.107 1.000 N NA
 10211433 10211434 SJA_C1-15870 SJA_C1-15880 astD   FALSE 0.349 63.000 0.017 NA   NA
 10211435 10211436 SJA_C1-15890 SJA_C1-15900     TRUE 0.866 16.000 0.132 NA   NA
 10211436 10211437 SJA_C1-15900 SJA_C1-15910     FALSE 0.371 95.000 0.018 1.000   NA
 10211437 10211438 SJA_C1-15910 SJA_C1-15920     TRUE 0.849 0.000 0.007 NA   NA
 10211438 10211439 SJA_C1-15920 SJA_C1-15930     FALSE 0.003 549.000 0.000 NA   NA
 10211440 10211441 SJA_C1-15940 SJA_C1-15950 cyc rplI FALSE 0.021 271.000 0.000 1.000 N NA
 10211441 10211442 SJA_C1-15950 SJA_C1-15960 rplI rpsR TRUE 0.984 14.000 0.499 0.012 Y NA
 10211442 10211443 SJA_C1-15960 SJA_C1-15970 rpsR rpsF TRUE 0.977 14.000 0.319 0.012 Y NA
 10211445 10211446 SJA_C1-15990 SJA_C1-16000     FALSE 0.135 191.000 0.024 NA   NA
 10211446 10211447 SJA_C1-16000 SJA_C1-16010     TRUE 0.925 62.000 0.459 1.000 Y NA
 10211447 10211448 SJA_C1-16010 SJA_C1-16020     TRUE 0.989 6.000 0.929 1.000 N NA
 10211448 10211449 SJA_C1-16020 SJA_C1-16030     TRUE 0.995 -7.000 0.500 0.092 Y NA
 10211450 10211451 SJA_C1-16040 SJA_C1-16050 fabD menB TRUE 0.967 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 10211451 10211452 SJA_C1-16050 SJA_C1-16060 menB fabG TRUE 0.934 2.000 0.000 1.000 Y NA
 10211452 10211453 SJA_C1-16060 SJA_C1-16070 fabG acpP TRUE 0.550 237.000 0.321 0.004 Y NA
 10211453 10211454 SJA_C1-16070 SJA_C1-16080 acpP fabF TRUE 0.551 180.000 0.106 1.000 Y NA
 10211454 10211455 SJA_C1-16080 SJA_C1-16090 fabF   TRUE 0.918 11.000 0.134 1.000   NA
 10211456 10211457 SJA_C1-16100 SJA_C1-16110 trpE ppiD TRUE 0.734 35.000 0.106 1.000   NA
 10211458 10211459 SJA_C1-16120 SJA_C1-16130 tpiA secG FALSE 0.264 226.000 0.184 1.000 N NA
 10211459 10211460 SJA_C1-16130 SJA_C1-16140 secG pyrG TRUE 0.603 92.000 0.083 1.000 N NA
 10211462 10211463 SJA_C1-16160 SJA_C1-16170   nusA TRUE 0.975 14.000 0.759 NA   NA
 10211463 10211464 SJA_C1-16170 SJA_C1-16180 nusA   TRUE 0.698 7.000 0.004 1.000   NA
 10211464 10211465 SJA_C1-16180 SJA_C1-16190     FALSE 0.046 199.000 0.000 NA   NA
 10211465 10211466 SJA_C1-16190 SJA_C1-16200   infB TRUE 0.736 71.000 0.223 NA N NA
 10211466 10211467 SJA_C1-16200 SJA_C1-16210 infB rbfA TRUE 0.936 124.000 0.530 1.000 Y NA
 10211467 10211468 SJA_C1-16210 SJA_C1-16220 rbfA   FALSE 0.092 169.000 0.002 1.000   NA
 10211468 10211469 SJA_C1-16220 SJA_C1-16230   tdk TRUE 0.832 0.000 0.004 1.000   NA
 10211469 10211470 SJA_C1-16230 SJA_C1-16240 tdk truB FALSE 0.272 70.000 0.005 1.000 N NA
 10211470 10211471 SJA_C1-16240 SJA_C1-16250 truB rpsO TRUE 0.951 20.000 0.211 1.000 Y NA
 10211471 10211472 SJA_C1-16250 SJA_C1-16260 rpsO pnp FALSE 0.453 259.000 0.335 1.000 Y NA
 10211472 10211473 SJA_C1-16260 SJA_C1-16270 pnp   FALSE 0.187 144.000 0.002 1.000 N NA
 10211473 10211474 SJA_C1-16270 SJA_C1-16280   comL FALSE 0.239 60.000 0.004 1.000   NA
 10211474 10211475 SJA_C1-16280 SJA_C1-16290 comL recN FALSE 0.500 151.000 0.117 1.000   NA
 10211476 10211477 SJA_C1-16300 SJA_C1-16310     TRUE 0.958 -3.000 0.036 1.000 N NA
 10211477 10211478 SJA_C1-16310 SJA_C1-16320   arsR TRUE 0.971 12.000 0.500 1.000 N NA
 10211481 10211482 SJA_C1-16350 SJA_C1-16360     TRUE 0.888 50.000 0.600 1.000   NA
 10211482 10211483 SJA_C1-16360 SJA_C1-t0200     FALSE 0.352 26.000 0.000 NA   NA
 10211483 10211484 SJA_C1-t0200 SJA_C1-16370   ssuA FALSE 0.004 433.000 0.000 NA   NA
 10211484 10211485 SJA_C1-16370 SJA_C1-16380 ssuA ssuC TRUE 0.991 14.000 0.915 NA Y NA
 10211485 10211486 SJA_C1-16380 SJA_C1-16390 ssuC ssuB TRUE 0.970 19.000 0.323 0.001 Y NA
 10211486 10211487 SJA_C1-16390 SJA_C1-16400 ssuB   FALSE 0.368 70.000 0.021 NA   NA
 10211488 10211489 SJA_C1-t0210 SJA_C1-16410     FALSE 0.166 135.000 0.000 NA   NA
 10211489 10211490 SJA_C1-16410 SJA_C1-16420     FALSE 0.245 156.000 0.024 NA   NA
 10211491 10211492 SJA_C1-16430 SJA_C1-16440     FALSE 0.006 362.000 0.000 NA   NA
 10211492 10211493 SJA_C1-16440 SJA_C1-16450     FALSE 0.197 58.000 0.000 NA   NA
 10211493 10211494 SJA_C1-16450 SJA_C1-16460     TRUE 0.858 -7.000 0.011 NA   NA
 10211494 10211495 SJA_C1-16460 SJA_C1-16470     TRUE 0.899 -15.000 0.047 NA   NA
 10211495 10211496 SJA_C1-16470 SJA_C1-16480     TRUE 0.994 -3.000 0.642 NA   NA
 10211496 10211497 SJA_C1-16480 SJA_C1-16490     TRUE 0.973 -7.000 0.196 1.000 N NA
 10211497 10211498 SJA_C1-16490 SJA_C1-16500     TRUE 0.996 -19.000 0.863 0.062 Y NA
 10211498 10211499 SJA_C1-16500 SJA_C1-16510   trxA TRUE 0.818 30.000 0.173 1.000   NA
 10211500 10211501 SJA_C1-16520 SJA_C1-16530 gst   TRUE 0.810 19.000 0.074 1.000 N NA
 10211501 10211502 SJA_C1-16530 SJA_C1-16540   argJ TRUE 0.625 15.000 0.007 1.000 N NA
 10211504 10211505 SJA_C1-16560 SJA_C1-16570     FALSE 0.012 296.000 0.000 NA   NA
 10211505 10211506 SJA_C1-16570 SJA_C1-t0220     FALSE 0.181 74.000 0.000 NA   NA
 10211507 10211508 SJA_C1-16580 SJA_C1-16590 mltB dacA TRUE 0.704 81.000 0.037 NA Y NA
 10211508 10211509 SJA_C1-16590 SJA_C1-16600 dacA tmk TRUE 0.976 -3.000 0.099 1.000 N NA
 10211509 10211510 SJA_C1-16600 SJA_C1-16610 tmk holB TRUE 0.989 -3.000 0.254 0.072 N NA
 10211510 10211511 SJA_C1-16610 SJA_C1-16620 holB metG TRUE 0.684 44.000 0.075 0.072 N NA
 10211511 10211512 SJA_C1-16620 SJA_C1-16630 metG tatD TRUE 0.961 5.000 0.221 NA N NA
 10211512 10211513 SJA_C1-16630 SJA_C1-16640 tatD phnP TRUE 0.979 -3.000 0.139 NA   NA
 10211513 10211514 SJA_C1-16640 SJA_C1-16650 phnP   FALSE 0.468 17.000 0.000 1.000   NA
 10211514 10211515 SJA_C1-16650 SJA_C1-16660   kgtP TRUE 0.953 -3.000 0.034 1.000   NA
 10211515 10211516 SJA_C1-16660 SJA_C1-16670 kgtP   FALSE 0.204 135.000 0.000 1.000 N NA
 10211516 10211517 SJA_C1-16670 SJA_C1-16680   mazG FALSE 0.112 157.000 0.000 1.000   NA
 10211518 10211519 SJA_C1-16690 SJA_C1-16700 hflX hfq TRUE 0.622 66.000 0.115 1.000   NA
 10211519 10211520 SJA_C1-16700 SJA_C1-16710 hfq   FALSE 0.455 144.000 0.058 0.072   NA
 10211520 10211521 SJA_C1-16710 SJA_C1-16720     TRUE 0.995 -10.000 0.533 0.072 Y NA
 10211521 10211522 SJA_C1-16720 SJA_C1-16730   glnG TRUE 0.877 96.000 0.205 0.072 Y NA
 10211522 10211523 SJA_C1-16730 SJA_C1-16740 glnG glnL TRUE 0.993 0.000 0.297 0.072 Y NA
 10211523 10211524 SJA_C1-16740 SJA_C1-16750 glnL   TRUE 0.975 -3.000 0.094 1.000 N NA
 10211525 10211526 SJA_C1-16760 SJA_C1-16770 ispF cinA TRUE 0.758 6.000 0.009 NA   NA
 10211527 10211528 SJA_C1-16780 SJA_C1-16790   lipA TRUE 0.925 5.000 0.081 NA N NA
 10211529 10211530 SJA_C1-16800 SJA_C1-16810 cynT   TRUE 0.890 2.000 0.026 NA   NA
 10211530 10211531 SJA_C1-16810 SJA_C1-16820   acyP TRUE 0.788 0.000 0.000 NA   NA
 10211532 10211533 SJA_C1-16830 SJA_C1-16840 ahcY   FALSE 0.235 122.000 0.004 NA   NA
 10211533 10211534 SJA_C1-16840 SJA_C1-16850   algH FALSE 0.091 163.000 0.000 NA   NA
 10211535 10211536 SJA_C1-16860 SJA_C1-16870 ahpC amn FALSE 0.426 75.000 0.026 1.000 N NA
 10211537 10211538 SJA_C1-16880 SJA_C1-16890   yjdF TRUE 0.872 5.000 0.033 NA   NA
 10211538 10211539 SJA_C1-16890 SJA_C1-16900 yjdF asd TRUE 0.647 11.000 0.005 NA   NA
 10211539 10211540 SJA_C1-16900 SJA_C1-16910 asd dpp4 FALSE 0.245 195.000 0.006 1.000 Y NA
 10211540 10211541 SJA_C1-16910 SJA_C1-t0230 dpp4   FALSE 0.180 128.000 0.000 NA   NA
 10211541 10211542 SJA_C1-t0230 SJA_C1-16920     FALSE 0.014 282.000 0.000 NA   NA
 10211543 10211544 SJA_C1-16930 SJA_C1-16940 hslV hslU TRUE 0.567 142.000 0.013 1.000 Y NA
 10211545 10211546 SJA_C1-16950 SJA_C1-16960 proS phaR FALSE 0.350 103.000 0.016 NA   NA
 10211547 10211548 SJA_C1-16970 SJA_C1-16980 phbC atoB TRUE 0.892 46.000 0.214 NA Y NA
 10211549 10211550 SJA_C1-16990 SJA_C1-17000 alr proP TRUE 0.774 42.000 0.162 1.000 N NA
 10211550 10211551 SJA_C1-17000 SJA_C1-17010 proP csaA FALSE 0.027 243.000 0.000 1.000   NA
 10211551 10211552 SJA_C1-17010 SJA_C1-17020 csaA pccA FALSE 0.284 74.000 0.009 1.000   NA
 10211552 10211553 SJA_C1-17020 SJA_C1-17030 pccA bioB FALSE 0.139 164.000 0.005 1.000 N NA
 10211553 10211554 SJA_C1-17030 SJA_C1-17040 bioB mcmA1 FALSE 0.304 117.000 0.005 1.000 N NA
 10211554 10211555 SJA_C1-17040 SJA_C1-17050 mcmA1   FALSE 0.378 149.000 0.041 1.000 N NA
 10211555 10211556 SJA_C1-17050 SJA_C1-17060   pccB TRUE 0.590 112.000 0.067 1.000 N NA
 10211557 10211558 SJA_C1-17070 SJA_C1-17080     FALSE 0.187 84.000 0.000 NA   NA
 10211559 10211560 SJA_C1-17090 SJA_C1-17100 gor pgi FALSE 0.401 102.000 0.017 1.000 N NA
 10211561 10211562 SJA_C1-17110 SJA_C1-17120   lepB FALSE 0.412 20.000 0.000 NA   NA
 10211562 10211563 SJA_C1-17120 SJA_C1-17130 lepB rnc TRUE 0.781 -45.000 0.009 1.000 N NA
 10211563 10211564 SJA_C1-17130 SJA_C1-17140 rnc   FALSE 0.272 80.000 0.000 0.036 N NA
 10211564 10211565 SJA_C1-17140 SJA_C1-17150   era FALSE 0.360 37.000 0.000 0.036   NA
 10211566 10211567 SJA_C1-17160 SJA_C1-17170 topA smf TRUE 0.891 114.000 0.238 1.000 Y NA
 10211567 10211568 SJA_C1-17170 SJA_C1-17180 smf ygiH TRUE 0.966 -3.000 0.070 NA   NA
 10211569 10211570 SJA_C1-17190 SJA_C1-17200 murI alaS FALSE 0.305 127.000 0.008 1.000 N NA
 10211570 10211571 SJA_C1-17200 SJA_C1-17210 alaS   FALSE 0.073 187.000 0.000 1.000 N NA
 10211571 10211572 SJA_C1-17210 SJA_C1-17220   lig TRUE 0.888 138.000 0.751 1.000 N NA
 10211574 10211575 SJA_C1-17240 SJA_C1-17250     TRUE 0.921 93.000 0.444 NA Y NA
 10211575 10211576 SJA_C1-17250 SJA_C1-17260   speF FALSE 0.521 149.000 0.013 1.000 Y NA
 10211577 10211578 SJA_C1-17270 SJA_C1-17280 ygcA   TRUE 0.923 -3.000 0.010 NA N NA
 10211578 10211579 SJA_C1-17280 SJA_C1-17290     TRUE 0.901 -3.000 0.008 NA   NA
 10211579 10211580 SJA_C1-17290 SJA_C1-17300     TRUE 0.726 17.000 0.033 NA   NA
 10211580 10211581 SJA_C1-17300 SJA_C1-17310   ispE TRUE 0.929 -3.000 0.011 1.000 N NA
 10211581 10211582 SJA_C1-17310 SJA_C1-17320 ispE   TRUE 0.943 -13.000 0.107 1.000   NA
 10211582 10211583 SJA_C1-17320 SJA_C1-17330   etf TRUE 0.766 26.000 0.091 1.000   NA
 10211584 10211585 SJA_C1-17340 SJA_C1-17350     TRUE 0.960 -3.000 0.051 NA   NA
 10211585 10211586 SJA_C1-17350 SJA_C1-17360   moaB TRUE 0.919 0.000 0.029 NA   NA
 10211591 10211592 SJA_C1-17410 SJA_C1-17420     TRUE 0.990 -7.000 0.620 1.000 N NA
 10211593 10211594 SJA_C1-17430 SJA_C1-17440   ibpA TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211595 10211596 SJA_C1-17450 SJA_C1-17460 kup cycH TRUE 0.645 143.000 0.182 1.000 N NA
 10211596 10211597 SJA_C1-17460 SJA_C1-17470 cycH ccmH TRUE 0.989 -3.000 0.083 NA Y NA
 10211597 10211598 SJA_C1-17470 SJA_C1-17480 ccmH ccmG TRUE 0.993 -3.000 0.167 NA Y NA
 10211598 10211599 SJA_C1-17480 SJA_C1-17490 ccmG ccmF TRUE 0.996 -3.000 0.375 1.000 Y NA
 10211599 10211600 SJA_C1-17490 SJA_C1-17500 ccmF ccmE TRUE 0.922 13.000 0.021 0.002 Y NA
 10211600 10211601 SJA_C1-17500 SJA_C1-17510 ccmE   TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211601 10211602 SJA_C1-17510 SJA_C1-17520   ccmC TRUE 0.674 5.000 0.000 NA   NA
 10211602 10211603 SJA_C1-17520 SJA_C1-17530 ccmC   FALSE 0.322 30.000 0.000 NA   NA
 10211604 10211605 SJA_C1-17540 SJA_C1-17550 purF   TRUE 0.612 82.000 0.100 1.000 N NA
 10211606 10211607 SJA_C1-17560 SJA_C1-17570 cfa phrB TRUE 0.833 5.000 0.014 1.000 N NA
 10211608 10211609 SJA_C1-17580 SJA_C1-17590 nudH ydiY FALSE 0.356 45.000 0.007 NA N NA
 10211609 10211610 SJA_C1-17590 SJA_C1-17600 ydiY   FALSE 0.430 74.000 0.029 NA N NA
 10211610 10211611 SJA_C1-17600 SJA_C1-17610   astA TRUE 0.992 -3.000 0.145 1.000 Y NA
 10211611 10211612 SJA_C1-17610 SJA_C1-17620 astA astB TRUE 0.989 -3.000 0.090 1.000 Y NA
 10211612 10211613 SJA_C1-17620 SJA_C1-17630 astB   TRUE 0.712 26.000 0.063 NA   NA
 10211613 10211614 SJA_C1-17630 SJA_C1-17640   cobQ FALSE 0.259 47.000 0.003 NA   NA
 10211614 10211615 SJA_C1-17640 SJA_C1-17650 cobQ   FALSE 0.116 155.000 0.000 1.000   NA
 10211615 10211616 SJA_C1-17650 SJA_C1-17660     TRUE 0.995 -3.000 0.667 0.008   NA
 10211617 10211618 SJA_C1-17670 SJA_C1-17680     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211618 10211619 SJA_C1-17680 SJA_C1-17690     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211619 10211620 SJA_C1-17690 SJA_C1-17700     TRUE 0.989 0.000 0.500 NA   NA
 10211620 10211621 SJA_C1-17700 SJA_C1-17710     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211621 10211622 SJA_C1-17710 SJA_C1-17720     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211622 10211623 SJA_C1-17720 SJA_C1-17730     TRUE 0.965 -3.000 0.067 NA   NA
 10211623 10211624 SJA_C1-17730 SJA_C1-17740     TRUE 0.942 16.000 0.400 NA   NA
 10211626 10211627 SJA_C1-t0240 SJA_C1-t0250     FALSE 0.146 143.000 0.000 NA   NA
 10211629 10211630 SJA_C1-17770 SJA_C1-17780 ppdK glyS FALSE 0.517 143.000 0.071 0.072 N NA
 10211630 10211631 SJA_C1-17780 SJA_C1-17790 glyS glyQ TRUE 0.950 79.000 0.651 0.001 Y NA
 10211632 10211633 SJA_C1-17800 SJA_C1-17810 gumN gumN TRUE 0.989 2.000 0.667 NA   NA
 10211633 10211634 SJA_C1-17810 SJA_C1-17820 gumN rplY FALSE 0.266 123.000 0.007 NA   NA
 10211634 10211635 SJA_C1-17820 SJA_C1-17830 rplY pth1 TRUE 0.909 144.000 0.496 0.019 Y NA
 10211637 10211638 SJA_C1-17850 SJA_C1-17860 pgm   FALSE 0.043 203.000 0.000 NA   NA
 10211638 10211639 SJA_C1-17860 SJA_C1-17870     FALSE 0.182 78.000 0.000 NA   NA
 10211639 10211640 SJA_C1-17870 SJA_C1-17880     TRUE 0.706 7.000 0.003 NA N NA
 10211640 10211641 SJA_C1-17880 SJA_C1-17890     FALSE 0.295 47.000 0.006 NA   NA
 10211641 10211642 SJA_C1-17890 SJA_C1-17900     FALSE 0.222 52.000 0.000 1.000   NA
 10211643 10211644 SJA_C1-17910 SJA_C1-17920   mutL FALSE 0.187 83.000 0.000 NA   NA
 10211645 10211646 SJA_C1-17930 SJA_C1-17940 mreB mreC TRUE 0.977 13.000 0.689 1.000 N NA
 10211646 10211647 SJA_C1-17940 SJA_C1-17950 mreC   TRUE 0.927 -3.000 0.015 NA   NA
 10211647 10211648 SJA_C1-17950 SJA_C1-17960   mrdA TRUE 0.980 -3.000 0.156 NA   NA
 10211648 10211649 SJA_C1-17960 SJA_C1-17970 mrdA rodA TRUE 0.975 -3.000 0.094 1.000 N NA
 10211649 10211650 SJA_C1-17970 SJA_C1-t0260 rodA   FALSE 0.186 125.000 0.000 NA   NA
 10211650 10211651 SJA_C1-t0260 SJA_C1-17980     FALSE 0.016 272.000 0.000 NA   NA
 10211652 10211653 SJA_C1-17990 SJA_C1-t0270     FALSE 0.026 242.000 0.000 NA   NA
 10211653 10211654 SJA_C1-t0270 SJA_C1-18000     FALSE 0.012 295.000 0.000 NA   NA
 10211654 10211655 SJA_C1-18000 SJA_C1-18010     FALSE 0.166 135.000 0.000 NA   NA
 10211655 10211656 SJA_C1-18010 SJA_C1-18020     FALSE 0.501 15.000 0.000 1.000   NA
 10211656 10211657 SJA_C1-18020 SJA_C1-18030     TRUE 0.994 -3.000 0.500 0.011   NA
 10211657 10211658 SJA_C1-18030 SJA_C1-18040     TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000   NA
 10211658 10211659 SJA_C1-18040 SJA_C1-18050     FALSE 0.003 568.000 0.000 NA   NA
 10211659 10211660 SJA_C1-18050 SJA_C1-18060     FALSE 0.006 365.000 0.000 NA   NA
 10211660 10211661 SJA_C1-18060 SJA_C1-18070     FALSE 0.006 353.000 0.000 NA   NA
 10211661 10211662 SJA_C1-18070 SJA_C1-18080     FALSE 0.389 22.000 0.000 NA   NA
 10211662 10211663 SJA_C1-18080 SJA_C1-18090     FALSE 0.209 108.000 0.000 NA   NA
 10211664 10211665 SJA_C1-18100 SJA_C1-18110     FALSE 0.031 229.000 0.000 NA   NA
 10211666 10211667 SJA_C1-18120 SJA_C1-18130     TRUE 0.915 81.000 1.000 NA   NA
 10211670 10211671 SJA_C1-18160 SJA_C1-18170     FALSE 0.003 482.000 0.000 NA   NA
 10211671 10211672 SJA_C1-18170 SJA_C1-18180     TRUE 0.567 111.000 0.000 NA Y NA
 10211673 10211674 SJA_C1-18190 SJA_C1-18200     FALSE 0.199 121.000 0.000 NA   NA
 10211674 10211675 SJA_C1-18200 SJA_C1-18210     FALSE 0.183 71.000 0.000 NA   NA
 10211675 10211676 SJA_C1-18210 SJA_C1-18220     FALSE 0.003 488.000 0.000 NA   NA
 10211676 10211677 SJA_C1-18220 SJA_C1-18230     FALSE 0.412 20.000 0.000 NA   NA
 10211677 10211678 SJA_C1-18230 SJA_C1-18240     FALSE 0.121 151.000 0.000 NA   NA
 10211678 10211679 SJA_C1-18240 SJA_C1-18250     FALSE 0.192 90.000 0.000 NA   NA
 10211679 10211680 SJA_C1-18250 SJA_C1-18260     FALSE 0.008 327.000 0.000 NA   NA
 10211680 10211681 SJA_C1-18260 SJA_C1-18270     FALSE 0.182 72.000 0.000 NA   NA
 10211681 10211682 SJA_C1-18270 SJA_C1-18280     FALSE 0.054 191.000 0.000 NA   NA
 10211682 10211683 SJA_C1-18280 SJA_C1-18290     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211683 10211684 SJA_C1-18290 SJA_C1-18300     FALSE 0.125 150.000 0.000 NA   NA
 10211684 10211685 SJA_C1-18300 SJA_C1-18310     FALSE 0.207 107.000 0.000 NA   NA
 10211685 10211686 SJA_C1-18310 SJA_C1-18320     TRUE 0.989 -10.000 0.667 NA   NA
 10211686 10211687 SJA_C1-18320 SJA_C1-18330     TRUE 0.972 3.000 0.286 NA   NA
 10211687 10211688 SJA_C1-18330 SJA_C1-18340     TRUE 0.967 8.000 0.375 NA   NA
 10211688 10211689 SJA_C1-18340 SJA_C1-18350     TRUE 0.894 107.000 0.667 NA   NA
 10211689 10211690 SJA_C1-18350 SJA_C1-18360     TRUE 0.992 3.000 1.000 NA   NA
 10211690 10211691 SJA_C1-18360 SJA_C1-18370     TRUE 0.758 46.000 0.200 NA   NA
 10211691 10211692 SJA_C1-18370 SJA_C1-18380     TRUE 0.853 35.000 0.300 NA   NA
 10211692 10211693 SJA_C1-18380 SJA_C1-18390     FALSE 0.060 186.000 0.000 NA   NA
 10211693 10211694 SJA_C1-18390 SJA_C1-18400     FALSE 0.233 46.000 0.000 NA   NA
 10211695 10211696 SJA_C1-18410 SJA_C1-18420     TRUE 0.654 6.000 0.000 NA   NA
 10211697 10211698 SJA_C1-18430 SJA_C1-18440     TRUE 0.709 -13.000 0.000 NA   NA
 10211698 10211699 SJA_C1-18440 SJA_C1-18450     FALSE 0.146 143.000 0.000 NA   NA
 10211699 10211700 SJA_C1-18450 SJA_C1-18460     TRUE 0.762 -7.000 0.000 NA   NA
 10211700 10211701 SJA_C1-18460 SJA_C1-18470     FALSE 0.192 89.000 0.000 NA   NA
 10211701 10211702 SJA_C1-18470 SJA_C1-18480     FALSE 0.282 37.000 0.000 NA   NA
 10211702 10211703 SJA_C1-18480 SJA_C1-18490     FALSE 0.247 44.000 0.000 NA   NA
 10211703 10211704 SJA_C1-18490 SJA_C1-18500     FALSE 0.017 268.000 0.000 NA   NA
 10211706 10211707 SJA_C1-18520 SJA_C1-18530     TRUE 0.683 -18.000 0.000 NA   NA
 10211707 10211708 SJA_C1-18530 SJA_C1-18540     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211708 10211709 SJA_C1-18540 SJA_C1-18550     FALSE 0.012 296.000 0.000 NA   NA
 10211709 10211710 SJA_C1-18550 SJA_C1-18560   linA FALSE 0.162 137.000 0.000 NA   NA
 10211710 10211711 SJA_C1-18560 SJA_C1-18570 linA orfup FALSE 0.193 61.000 0.000 NA   NA
 10211711 10211712 SJA_C1-18570 SJA_C1-18580 orfup linX FALSE 0.021 450.000 0.000 0.044 Y NA
 10211713 10211714 SJA_C1-18590 SJA_C1-18600   acd TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211715 10211716 SJA_C1-18610 SJA_C1-18620 gor   FALSE 0.328 39.000 0.000 1.000 N NA
 10211716 10211717 SJA_C1-18620 SJA_C1-18630   xdhC TRUE 0.875 -3.000 0.000 NA N NA
 10211717 10211718 SJA_C1-18630 SJA_C1-18640 xdhC   FALSE 0.092 171.000 0.000 NA N NA
 10211718 10211719 SJA_C1-18640 SJA_C1-18650     FALSE 0.205 118.000 0.000 NA   NA
 10211719 10211720 SJA_C1-18650 SJA_C1-18660   pdhB TRUE 0.993 -3.000 0.500 NA   NA
 10211720 10211721 SJA_C1-18660 SJA_C1-18670 pdhB pdhA TRUE 0.994 -7.000 0.375 0.001 Y NA
 10211721 10211722 SJA_C1-18670 SJA_C1-18680 pdhA   TRUE 0.904 -3.000 0.000 0.066 N NA
 10211723 10211724 SJA_C1-18690 SJA_C1-18700     FALSE 0.036 222.000 0.000 1.000   NA
 10211724 10211725 SJA_C1-18700 SJA_C1-18710   idnO FALSE 0.199 67.000 0.000 1.000   NA
 10211725 10211726 SJA_C1-18710 SJA_C1-18720 idnO   TRUE 0.719 3.000 0.000 NA   NA
 10211726 10211727 SJA_C1-18720 SJA_C1-18730     FALSE 0.191 88.000 0.000 NA   NA
 10211727 10211728 SJA_C1-18730 SJA_C1-18740     FALSE 0.203 87.000 0.000 1.000   NA
 10211728 10211729 SJA_C1-18740 SJA_C1-18750   tnp TRUE 0.663 10.000 0.000 1.000 N NA
 10211730 10211731 SJA_C1-18760 SJA_C1-18770     TRUE 0.638 7.000 0.000 NA   NA
 10211731 10211732 SJA_C1-18770 SJA_C1-18780     TRUE 0.788 0.000 0.000 NA   NA
 10211732 10211733 SJA_C1-18780 SJA_C1-18790   hyuA TRUE 0.942 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 10211733 10211734 SJA_C1-18790 SJA_C1-18800 hyuA hyuB TRUE 0.973 -3.000 0.000 0.001 Y NA
 10211739 10211740 SJA_C1-18850 SJA_C1-18860     TRUE 0.778 -15.000 0.000 0.003   NA
 10211740 10211741 SJA_C1-18860 SJA_C1-18870     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211741 10211742 SJA_C1-18870 SJA_C1-18880     FALSE 0.009 320.000 0.000 NA   NA
 10211743 10211744 SJA_C1-18890 SJA_C1-18900     TRUE 0.543 124.000 0.000 1.000 Y NA
 10211744 10211745 SJA_C1-18900 SJA_C1-18910     FALSE 0.023 389.000 0.000 NA Y NA
 10211745 10211746 SJA_C1-18910 SJA_C1-18920     FALSE 0.089 261.000 0.000 NA Y NA
 10211746 10211747 SJA_C1-18920 SJA_C1-18930     FALSE 0.181 76.000 0.000 NA   NA
 10211747 10211748 SJA_C1-18930 SJA_C1-18940     FALSE 0.212 113.000 0.000 NA   NA
 10211748 10211749 SJA_C1-18940 SJA_C1-18950     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211749 10211750 SJA_C1-18950 SJA_C1-18960     TRUE 0.674 5.000 0.000 NA   NA
 10211750 10211751 SJA_C1-18960 SJA_C1-18970     FALSE 0.397 51.000 0.019 NA   NA
 10211751 10211752 SJA_C1-18970 SJA_C1-18980     TRUE 0.998 -3.000 0.605 1.000 Y NA
 10211752 10211753 SJA_C1-18980 SJA_C1-18990     TRUE 0.739 -12.000 0.000 1.000   NA
 10211753 10211754 SJA_C1-18990 SJA_C1-19000     FALSE 0.188 65.000 0.000 NA   NA
 10211754 10211755 SJA_C1-19000 SJA_C1-19010     FALSE 0.181 73.000 0.000 NA   NA
 10211756 10211757 SJA_C1-19020 SJA_C1-19030   hisI TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211757 10211758 SJA_C1-19030 SJA_C1-19040 hisI   TRUE 0.885 -3.000 0.002 NA N NA
 10211758 10211759 SJA_C1-19040 SJA_C1-19050     TRUE 0.882 10.000 0.000 NA Y NA
 10211760 10211761 SJA_C1-19060 SJA_C1-19070     TRUE 0.709 -13.000 0.000 NA   NA
 10211761 10211762 SJA_C1-19070 SJA_C1-19080     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211762 10211763 SJA_C1-19080 SJA_C1-19090     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211763 10211764 SJA_C1-19090 SJA_C1-19100     TRUE 0.992 -3.000 0.444 NA   NA
 10211764 10211765 SJA_C1-19100 SJA_C1-19110     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211765 10211766 SJA_C1-19110 SJA_C1-19120     FALSE 0.004 453.000 0.000 1.000   NA
 10211769 10211770 SJA_C1-19140 SJA_C1-19150     TRUE 0.618 9.000 0.000 NA   NA
 10211770 10211771 SJA_C1-19150 SJA_C1-19160     TRUE 0.533 13.000 0.000 NA   NA
 10211771 10211772 SJA_C1-19160 SJA_C1-19170     FALSE 0.008 328.000 0.000 NA   NA
 10211772 10211773 SJA_C1-19170 SJA_C1-19180     FALSE 0.011 302.000 0.000 NA   NA
 10211773 10211774 SJA_C1-19180 SJA_C1-19190   gelD FALSE 0.410 28.000 0.000 0.088   NA
 10211774 10211775 SJA_C1-19190 SJA_C1-19200 gelD gelJ TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000   NA
 10211775 10211776 SJA_C1-19200 SJA_C1-19210 gelJ gelC TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000   NA
 10211776 10211777 SJA_C1-19210 SJA_C1-19220 gelC epsG TRUE 0.875 -3.000 0.000 NA N NA
 10211777 10211778 SJA_C1-19220 SJA_C1-19230 epsG   TRUE 0.875 -3.000 0.000 NA N NA
 10211778 10211779 SJA_C1-19230 SJA_C1-19240     TRUE 0.762 -7.000 0.000 NA   NA
 10211779 10211780 SJA_C1-19240 SJA_C1-19250   exoQ TRUE 0.658 -30.000 0.000 NA   NA
 10211780 10211781 SJA_C1-19250 SJA_C1-19260 exoQ   TRUE 0.963 -7.000 0.143 NA   NA
 10211781 10211782 SJA_C1-19260 SJA_C1-19270     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211782 10211783 SJA_C1-19270 SJA_C1-19280     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211783 10211784 SJA_C1-19280 SJA_C1-19290     TRUE 0.875 -3.000 0.000 NA N NA
 10211784 10211785 SJA_C1-19290 SJA_C1-19300     TRUE 0.882 -3.000 0.000 1.000 N NA
 10211785 10211786 SJA_C1-19300 SJA_C1-19310     TRUE 0.788 0.000 0.000 NA   NA
 10211787 10211788 SJA_C1-19320 SJA_C1-19330   ugd FALSE 0.019 268.000 0.000 1.000   NA
 10211788 10211789 SJA_C1-19330 SJA_C1-19340 ugd cinA FALSE 0.007 359.000 0.000 1.000   NA
 10211790 10211791 SJA_C1-19350 SJA_C1-19360 map glnB FALSE 0.063 243.000 0.016 1.000 N NA
 10211791 10211792 SJA_C1-19360 SJA_C1-19370 glnB glnA TRUE 0.786 143.000 0.145 1.000 Y NA
 10211792 10211793 SJA_C1-19370 SJA_C1-19380 glnA   FALSE 0.094 164.000 0.000 1.000   NA
 10211794 10211795 SJA_C1-19390 SJA_C1-19400     TRUE 0.537 82.000 0.073 NA   NA
 10211796 10211797 SJA_C1-19410 SJA_C1-19420 rluD rpoH FALSE 0.494 76.000 0.046 1.000 N NA
 10211797 10211798 SJA_C1-19420 SJA_C1-19430 rpoH mtgA FALSE 0.275 151.000 0.022 1.000   NA
 10211799 10211800 SJA_C1-19440 SJA_C1-19450   clpX FALSE 0.008 360.000 0.000 1.000 N NA
 10211800 10211801 SJA_C1-19450 SJA_C1-19460 clpX clpP TRUE 0.891 135.000 0.352 1.000 Y NA
 10211801 10211802 SJA_C1-19460 SJA_C1-19470 clpP   FALSE 0.276 114.000 0.004 NA N NA
 10211802 10211803 SJA_C1-19470 SJA_C1-19480   tig FALSE 0.282 115.000 0.004 NA N NA
 10211803 10211804 SJA_C1-19480 SJA_C1-t0290 tig   FALSE 0.184 70.000 0.000 NA   NA
 10211805 10211806 SJA_C1-19490 SJA_C1-19500     TRUE 0.877 148.000 1.000 NA   NA
 10211806 10211807 SJA_C1-19500 SJA_C1-19510   fecR TRUE 0.707 200.000 1.000 NA N NA
 10211809 10211810 SJA_C1-19530 SJA_C1-19540 dapB   TRUE 0.844 3.000 0.010 1.000 N NA
 10211810 10211811 SJA_C1-19540 SJA_C1-19550     FALSE 0.252 48.000 0.003 NA   NA
 10211811 10211812 SJA_C1-19550 SJA_C1-t0300     FALSE 0.005 375.000 0.000 NA   NA
 10211813 10211814 SJA_C1-19560 SJA_C1-19570 gst   FALSE 0.019 263.000 0.000 NA   NA
 10211815 10211816 SJA_C1-19580 SJA_C1-19590   linB FALSE 0.190 86.000 0.000 NA   NA
 10211817 10211818 SJA_C1-19600 SJA_C1-19610     FALSE 0.186 68.000 0.000 NA   NA
 10211819 10211820 SJA_C1-19620 SJA_C1-19630     TRUE 0.685 41.000 0.095 NA   NA
 10211820 10211821 SJA_C1-19630 SJA_C1-19640     TRUE 0.598 57.000 0.095 NA   NA
 10211821 10211822 SJA_C1-19640 SJA_C1-19650     FALSE 0.201 56.000 0.000 NA   NA
 10211822 10211823 SJA_C1-19650 SJA_C1-19660     FALSE 0.003 519.000 0.000 NA   NA
 10211823 10211824 SJA_C1-19660 SJA_C1-19670     FALSE 0.253 43.000 0.000 NA   NA
 10211824 10211825 SJA_C1-19670 SJA_C1-19680   mmcH FALSE 0.184 126.000 0.000 NA   NA
 10211825 10211826 SJA_C1-19680 SJA_C1-19690 mmcH mmcH TRUE 0.536 88.000 0.000 NA Y NA
 10211826 10211827 SJA_C1-19690 SJA_C1-19700 mmcH ephA FALSE 0.212 114.000 0.000 NA   NA
 10211827 10211828 SJA_C1-19700 SJA_C1-19710 ephA   FALSE 0.199 67.000 0.000 1.000   NA
 10211829 10211830 SJA_C1-19720 SJA_C1-19730     FALSE 0.343 27.000 0.000 NA   NA
 10211830 10211831 SJA_C1-19730 SJA_C1-19740   ahpD TRUE 0.565 63.000 0.082 NA   NA
 10211832 10211833 SJA_C1-19750 SJA_C1-19760     FALSE 0.006 354.000 0.000 NA   NA
 10211833 10211834 SJA_C1-19760 SJA_C1-19770     FALSE 0.007 343.000 0.000 NA   NA
 10211834 10211835 SJA_C1-19770 SJA_C1-19780     FALSE 0.343 27.000 0.000 NA   NA
 10211835 10211836 SJA_C1-19780 SJA_C1-19790     FALSE 0.201 104.000 0.000 NA   NA
 10211836 10211837 SJA_C1-19790 SJA_C1-19800   yjgF FALSE 0.274 45.000 0.000 NA N NA
 10211839 10211840 SJA_C1-19820 SJA_C1-19830     TRUE 0.638 7.000 0.000 NA   NA
 10211840 10211841 SJA_C1-19830 SJA_C1-19840   ahpC FALSE 0.088 164.000 0.000 NA   NA
 10211841 10211842 SJA_C1-19840 SJA_C1-19850 ahpC   TRUE 0.628 8.000 0.000 NA   NA
 10211842 10211843 SJA_C1-19850 SJA_C1-19860   gst FALSE 0.314 31.000 0.000 NA   NA
 10211843 10211844 SJA_C1-19860 SJA_C1-19870 gst gst TRUE 0.577 70.000 0.000 0.005 Y NA
 10211844 10211845 SJA_C1-19870 SJA_C1-19880 gst   TRUE 0.882 -3.000 0.000 1.000 N NA
 10211846 10211847 SJA_C1-19890 SJA_C1-19900   virB10 TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211847 10211848 SJA_C1-19900 SJA_C1-19910 virB10 virB9 TRUE 0.997 -3.000 0.500 NA Y NA
 10211848 10211849 SJA_C1-19910 SJA_C1-19920 virB9 trbF TRUE 0.997 -3.000 0.600 NA Y NA
 10211849 10211850 SJA_C1-19920 SJA_C1-19930 trbF trbL TRUE 0.996 0.000 0.667 NA Y NA
 10211850 10211851 SJA_C1-19930 SJA_C1-19940 trbL trbK TRUE 0.978 2.000 0.333 NA   NA
 10211851 10211852 SJA_C1-19940 SJA_C1-19950 trbK trbJ FALSE 0.505 14.000 0.000 NA   NA
 10211852 10211853 SJA_C1-19950 SJA_C1-19960 trbJ virB4 TRUE 0.966 -3.000 0.000 NA Y NA
 10211853 10211854 SJA_C1-19960 SJA_C1-19970 virB4 trbD TRUE 0.977 15.000 0.400 NA Y NA
 10211854 10211855 SJA_C1-19970 SJA_C1-19980 trbD virB2 TRUE 0.992 0.000 0.286 NA Y NA
 10211855 10211856 SJA_C1-19980 SJA_C1-19990 virB2 trbB TRUE 0.997 -3.000 0.571 NA Y NA
 10211858 10211859 SJA_C1-20010 SJA_C1-20020   virD4 TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211859 10211860 SJA_C1-20020 SJA_C1-20030 virD4 virD2 TRUE 0.734 25.000 0.000 NA Y NA
 10211860 10211861 SJA_C1-20030 SJA_C1-20040 virD2   FALSE 0.024 244.000 0.000 NA   NA
 10211861 10211862 SJA_C1-20040 SJA_C1-20050     TRUE 0.980 5.000 0.500 NA   NA
 10211862 10211863 SJA_C1-20050 SJA_C1-20060   traF FALSE 0.369 24.000 0.000 NA   NA
 10211863 10211864 SJA_C1-20060 SJA_C1-20070 traF   TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211864 10211865 SJA_C1-20070 SJA_C1-20080     TRUE 0.982 -3.000 0.182 NA   NA
 10211865 10211866 SJA_C1-20080 SJA_C1-20090     TRUE 0.990 -3.000 0.333 1.000   NA
 10211866 10211867 SJA_C1-20090 SJA_C1-20100   repA TRUE 0.993 -3.000 0.500 NA N NA
 10211867 10211868 SJA_C1-20100 SJA_C1-20110 repA   TRUE 0.916 18.000 0.300 NA   NA
 10211868 10211869 SJA_C1-20110 SJA_C1-20120     TRUE 0.813 140.000 0.500 NA   NA
 10211869 10211870 SJA_C1-20120 SJA_C1-20130     TRUE 0.855 140.000 0.667 NA   NA
 10211870 10211871 SJA_C1-20130 SJA_C1-20140     TRUE 0.894 117.000 0.667 NA   NA
 10211871 10211872 SJA_C1-20140 SJA_C1-20150     FALSE 0.203 105.000 0.000 NA   NA
 10211872 10211873 SJA_C1-20150 SJA_C1-20160     FALSE 0.082 168.000 0.000 NA   NA
 10211873 10211874 SJA_C1-20160 SJA_C1-20170     FALSE 0.180 128.000 0.000 NA   NA
 10211874 10211875 SJA_C1-20170 SJA_C1-20180   ssb FALSE 0.150 142.000 0.000 NA   NA
 10211875 10211876 SJA_C1-20180 SJA_C1-20190 ssb   FALSE 0.015 277.000 0.000 NA   NA
 10211876 10211877 SJA_C1-20190 SJA_C1-20200     FALSE 0.211 110.000 0.000 NA   NA
 10211877 10211878 SJA_C1-20200 SJA_C1-20210     FALSE 0.511 166.000 0.222 NA   NA
 10211878 10211879 SJA_C1-20210 SJA_C1-20220     FALSE 0.007 342.000 0.000 NA   NA
 10211879 10211880 SJA_C1-20220 SJA_C1-20230     TRUE 0.981 0.000 0.300 NA   NA
 10211880 10211881 SJA_C1-20230 SJA_C1-20240     FALSE 0.100 159.000 0.000 NA   NA
 10211881 10211882 SJA_C1-20240 SJA_C1-20250     TRUE 0.762 -7.000 0.000 NA   NA
 10211882 10211883 SJA_C1-20250 SJA_C1-20260     FALSE 0.192 95.000 0.000 NA   NA
 10211883 10211884 SJA_C1-20260 SJA_C1-20270     TRUE 0.961 11.000 0.375 NA   NA
 10211884 10211885 SJA_C1-20270 SJA_C1-20280     FALSE 0.193 99.000 0.000 NA   NA
 10211885 10211886 SJA_C1-20280 SJA_C1-20290     FALSE 0.082 168.000 0.000 NA   NA
 10211887 10211888 SJA_C1-20300 SJA_C1-20310     FALSE 0.193 99.000 0.000 NA   NA
 10211888 10211889 SJA_C1-20310 SJA_C1-20320     TRUE 0.781 -6.000 0.000 NA   NA
 10211889 10211890 SJA_C1-20320 SJA_C1-20330     TRUE 0.913 -13.000 0.059 NA   NA
 10211890 10211891 SJA_C1-20330 SJA_C1-20340     FALSE 0.226 47.000 0.000 NA   NA
 10211891 10211892 SJA_C1-20340 SJA_C1-20350     TRUE 0.996 -3.000 0.833 NA   NA
 10211892 10211893 SJA_C1-20350 SJA_C1-20360     TRUE 0.939 2.000 0.081 NA   NA
 10211893 10211894 SJA_C1-20360 SJA_C1-20370     FALSE 0.440 81.000 0.037 NA   NA
 10211894 10211895 SJA_C1-20370 SJA_C1-20380     TRUE 0.878 88.000 0.652 NA   NA
 10211895 10211896 SJA_C1-20380 SJA_C1-20390     TRUE 0.996 -3.000 0.818 NA   NA
 10211897 10211898 SJA_C1-20400 SJA_C1-20410   ada FALSE 0.103 252.000 0.000 1.000 Y NA
 10211898 10211899 SJA_C1-20410 SJA_C1-20420 ada   FALSE 0.180 143.000 0.000 1.000 N NA
 10211899 10211900 SJA_C1-20420 SJA_C1-20430   acrB TRUE 0.997 -3.000 1.000 0.037 N NA
 10211900 10211901 SJA_C1-20430 SJA_C1-20440 acrB acrA TRUE 0.992 4.000 1.000 1.000 N NA
 10211902 10211903 SJA_C1-20450 SJA_C1-20460     FALSE 0.177 129.000 0.000 NA   NA
 10211904 10211905 SJA_C1-20470 SJA_C1-20480 pqqL   FALSE 0.043 209.000 0.000 1.000   NA
 10211905 10211906 SJA_C1-20480 SJA_C1-20490     FALSE 0.024 251.000 0.000 1.000   NA
 10211907 10211908 SJA_C1-20500 SJA_C1-20510 nifU   TRUE 0.757 100.000 0.061 1.000 Y NA
 10211908 10211909 SJA_C1-20510 SJA_C1-20520   rimI TRUE 0.985 -3.000 0.209 1.000   NA
 10211909 10211910 SJA_C1-20520 SJA_C1-20530 rimI   FALSE 0.360 113.000 0.013 1.000   NA
 10211910 10211911 SJA_C1-20530 SJA_C1-20540   fur TRUE 0.575 122.000 0.071 1.000 N NA
 10211911 10211912 SJA_C1-20540 SJA_C1-20550 fur plsC TRUE 0.920 7.000 0.091 1.000 N NA
 10211912 10211913 SJA_C1-20550 SJA_C1-20560 plsC miaB TRUE 0.647 28.000 0.030 1.000 N NA
 10211913 10211914 SJA_C1-20560 SJA_C1-20570 miaB   TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   NA
 10211914 10211915 SJA_C1-20570 SJA_C1-20580   phoH TRUE 0.750 1.000 0.000 NA   NA
 10211915 10211916 SJA_C1-20580 SJA_C1-20590 phoH   TRUE 0.899 34.000 0.457 NA   NA
 10211916 10211917 SJA_C1-20590 SJA_C1-20600   corC TRUE 0.740 104.000 0.222 NA   NA
 10211918 10211919 SJA_C1-20610 SJA_C1-20620   pdhD TRUE 0.525 14.000 0.000 1.000   NA
 10211919 10211920 SJA_C1-20620 SJA_C1-20630 pdhD   TRUE 0.663 22.000 0.024 NA N NA
 10211920 10211921 SJA_C1-20630 SJA_C1-20640   pdhC TRUE 0.904 0.000 0.016 NA N NA
 10211923 10211924 SJA_C1-20660 SJA_C1-20670     TRUE 0.990 -3.000 0.303 0.069 N NA
 10211924 10211925 SJA_C1-20670 SJA_C1-20680     FALSE 0.017 284.000 0.000 NA N NA
 10211925 10211926 SJA_C1-20680 SJA_C1-20690     TRUE 0.545 106.000 0.057 NA N NA
 10211927 10211928 SJA_C1-20700 SJA_C1-20710     TRUE 0.955 12.000 0.096 1.000 Y NA
 10211928 10211929 SJA_C1-20710 SJA_C1-20720   mmsB TRUE 0.923 23.000 0.122 1.000 Y NA
 10211930 10211931 SJA_C1-20730 SJA_C1-20740 paaG gdh TRUE 0.754 90.000 0.044 0.064 Y NA
 10211931 10211932 SJA_C1-20740 SJA_C1-20750 gdh folE TRUE 0.962 -3.000 0.045 1.000 N NA
 10211934 10211935 SJA_C1-20770 SJA_C1-20780     FALSE 0.240 45.000 0.000 NA   NA
 10211936 10211937 SJA_C1-20790 SJA_C1-20800 fadA fadB TRUE 0.927 136.000 0.562 1.000 Y NA
 10211939 10211940 SJA_C1-20820 SJA_C1-20830 galE pgl TRUE 0.727 5.000 0.000 1.000 N NA
 10211944 10211945 SJA_C1-20860 SJA_C1-20870 zwf edd TRUE 0.973 -7.000 0.041 1.000 Y NA
 10211945 10211946 SJA_C1-20870 SJA_C1-20880 edd glk TRUE 0.717 135.000 0.058 1.000 Y NA
 10211946 10211947 SJA_C1-20880 SJA_C1-20890 glk eda TRUE 0.984 -3.000 0.038 1.000 Y NA
 10211947 10211948 SJA_C1-20890 SJA_C1-20900 eda   FALSE 0.450 29.000 0.008 NA   NA
 10211949 10211950 SJA_C1-20910 SJA_C1-20920   hemB TRUE 0.799 2.000 0.005 1.000   NA
 10211950 10211951 SJA_C1-20920 SJA_C1-20930 hemB   FALSE 0.232 49.000 0.000 1.000   NA
 10211952 10211953 SJA_C1-20940 SJA_C1-20950   amtB FALSE 0.009 320.000 0.000 NA   NA
 10211953 10211954 SJA_C1-20950 SJA_C1-20960 amtB   TRUE 0.719 3.000 0.000 NA   NA
 10211956 10211957 SJA_C1-20980 SJA_C1-20990 cyoA cyoB TRUE 0.996 6.000 0.915 0.010 Y NA
 10211957 10211958 SJA_C1-20990 SJA_C1-21000 cyoB cyoC TRUE 0.983 27.000 0.847 0.047 Y NA
 10211958