MicrobesOnline Operon Predictions for Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3773502 3773503 USA300HOU_0001 USA300HOU_0002 dnaA dnaN FALSE 0.502 278.000 0.328 1.000 Y NA
 3773503 3773504 USA300HOU_0002 USA300HOU_0003 dnaN   FALSE 0.098 381.000 0.103 1.000   NA
 3773504 3773505 USA300HOU_0003 USA300HOU_0004   recF TRUE 0.965 -3.000 0.209 1.000   NA
 3773505 3773506 USA300HOU_0004 USA300HOU_0005 recF gyrB TRUE 0.981 10.000 0.249 0.006 Y NA
 3773506 3773507 USA300HOU_0005 USA300HOU_0006 gyrB gyrA TRUE 0.968 37.000 0.306 0.002 Y NA
 3773509 3773510 USA300HOU_0008 USA300HOU_0009 hutH serS FALSE 0.082 379.000 0.000 0.062 N NA
 3773510 3773511 USA300HOU_0009 USA300HOU_0010 serS   FALSE 0.014 650.000 0.000 NA N NA
 3773511 3773512 USA300HOU_0010 USA300HOU_0011     TRUE 0.967 -3.000 0.338 NA   NA
 3773512 3773513 USA300HOU_0011 USA300HOU_0012   metX FALSE 0.024 363.000 0.000 NA   NA
 3773513 3773514 USA300HOU_0012 USA300HOU_0013 metX   FALSE 0.068 291.000 0.011 NA   NA
 3773514 3773515 USA300HOU_0013 USA300HOU_0014     TRUE 0.816 15.000 0.039 NA   NA
 3773515 3773516 USA300HOU_0014 USA300HOU_0015   rplI TRUE 0.926 -3.000 0.008 1.000 N NA
 3773516 3773517 USA300HOU_0015 USA300HOU_0016 rplI dnaB1 TRUE 0.810 32.000 0.064 1.000 N NA
 3773517 3773518 USA300HOU_0016 USA300HOU_0017 dnaB1 purA FALSE 0.123 278.000 0.018 1.000 N NA
 3773518 3773519 USA300HOU_0017 USA300HOU_t0001 purA   FALSE 0.017 430.000 0.000 NA   NA
 3773519 3773520 USA300HOU_t0001 USA300HOU_t0002     TRUE 0.591 8.000 0.000 NA   NA
 3773520 3773521 USA300HOU_t0002 USA300HOU_0018   yycF FALSE 0.011 614.000 0.000 NA   NA
 3773521 3773522 USA300HOU_0018 USA300HOU_0019 yycF   TRUE 0.985 13.000 0.597 0.015 Y NA
 3773522 3773523 USA300HOU_0019 USA300HOU_0020   yycH TRUE 0.976 -7.000 0.575 NA   NA
 3773523 3773524 USA300HOU_0020 USA300HOU_0021 yycH yycI TRUE 0.969 1.000 0.890 NA   NA
 3773524 3773525 USA300HOU_0021 USA300HOU_0022 yycI   FALSE 0.097 390.000 0.176 NA   NA
 3773525 3773526 USA300HOU_0022 USA300HOU_0023     FALSE 0.118 186.000 0.000 1.000   NA
 3773526 3773527 USA300HOU_0023 USA300HOU_0024   orfX FALSE 0.023 368.000 0.000 NA   NA
 3773527 3773528 USA300HOU_0024 USA300HOU_0025 orfX   FALSE 0.038 283.000 0.000 NA   NA
 3773530 3773531 USA300HOU_0027 USA300HOU_0028     FALSE 0.151 98.000 0.000 NA   NA
 3773531 3773532 USA300HOU_0028 USA300HOU_0029   ugpQ1 FALSE 0.013 509.000 0.000 NA   NA
 3773532 3773533 USA300HOU_0029 USA300HOU_0030 ugpQ1 maoC TRUE 0.681 97.000 0.500 1.000 N NA
 3773535 3773536 USA300HOU_0032 USA300HOU_0033 mecR1 hsdR1 TRUE 0.785 -76.000 0.000 NA   NA
 3773537 3773538 USA300HOU_0034 USA300HOU_0035     FALSE 0.117 136.000 0.000 NA   NA
 3773538 3773539 USA300HOU_0035 USA300HOU_0036     TRUE 0.559 12.000 0.000 NA   NA
 3773539 3773540 USA300HOU_0036 USA300HOU_0037     TRUE 0.696 2.000 0.000 NA   NA
 3773540 3773541 USA300HOU_0037 USA300HOU_0038     TRUE 0.817 -7.000 0.000 NA   NA
 3773541 3773542 USA300HOU_0038 USA300HOU_0039   ccrB FALSE 0.013 522.000 0.000 NA   NA
 3773542 3773543 USA300HOU_0039 USA300HOU_0040 ccrB ccrA TRUE 0.991 22.000 1.000 0.003 Y NA
 3773543 3773544 USA300HOU_0040 USA300HOU_0041 ccrA   FALSE 0.263 234.000 0.000 NA Y NA
 3773544 3773545 USA300HOU_0041 USA300HOU_0042     TRUE 0.971 0.000 0.750 NA   NA
 3773546 3773547 USA300HOU_0043 USA300HOU_0044     FALSE 0.010 673.000 0.000 NA   NA
 3773549 3773550 USA300HOU_0046 USA300HOU_0047     TRUE 0.801 -3.000 0.000 NA   NA
 3773550 3773551 USA300HOU_0047 USA300HOU_0048     FALSE 0.121 129.000 0.000 NA   NA
 3773553 3773554 USA300HOU_0050 USA300HOU_0051     FALSE 0.154 97.000 0.000 NA   NA
 3773554 3773555 USA300HOU_0051 USA300HOU_0052     FALSE 0.161 92.000 0.000 NA   NA
 3773560 3773561 USA300HOU_0057 USA300HOU_0058     FALSE 0.077 188.000 0.000 NA   NA
 3773563 3773564 USA300HOU_0060 USA300HOU_0061     TRUE 0.599 14.000 0.000 NA   NA
 3773564 3773565 USA300HOU_0061 USA300HOU_0062     TRUE 0.817 16.000 0.036 NA   NA
 3773565 3773566 USA300HOU_0062 USA300HOU_0063     TRUE 0.813 -13.000 0.000 NA   NA
 3773566 3773567 USA300HOU_0063 USA300HOU_0064     TRUE 0.817 -7.000 0.000 NA   NA
 3773569 3773570 USA300HOU_0066 USA300HOU_0067 arcC1 arcB1 TRUE 0.984 20.000 1.000 1.000 Y NA
 3773570 3773571 USA300HOU_0067 USA300HOU_0068 arcB1   TRUE 0.861 38.000 0.500 NA N NA
 3773571 3773572 USA300HOU_0068 USA300HOU_0069   arcD1 TRUE 0.868 42.000 0.750 NA N NA
 3773572 3773573 USA300HOU_0069 USA300HOU_0070 arcD1 arcA1 TRUE 0.871 86.000 0.750 1.000 Y NA
 3773573 3773574 USA300HOU_0070 USA300HOU_0071 arcA1 argR1 FALSE 0.082 269.000 0.000 1.000 N NA
 3773577 3773578 USA300HOU_0074 USA300HOU_0075     FALSE 0.077 188.000 0.000 NA   NA
 3773578 3773579 USA300HOU_0075 USA300HOU_0076     FALSE 0.021 487.000 0.000 1.000   NA
 3773579 3773580 USA300HOU_0076 USA300HOU_0077     FALSE 0.071 260.000 0.000 1.000   NA
 3773580 3773581 USA300HOU_0077 USA300HOU_0078     TRUE 0.956 -3.000 0.125 1.000   NA
 3773581 3773582 USA300HOU_0078 USA300HOU_0079     TRUE 0.991 3.000 1.000 0.046 Y NA
 3773582 3773583 USA300HOU_0079 USA300HOU_0080     TRUE 0.995 0.000 1.000 0.046 Y NA
 3773583 3773584 USA300HOU_0080 USA300HOU_0081     TRUE 0.992 -33.000 0.667 1.000 Y NA
 3773584 3773585 USA300HOU_0081 USA300HOU_0082     TRUE 0.988 -7.000 0.026 0.034 Y NA
 3773587 3773588 USA300HOU_0084 USA300HOU_0085     TRUE 0.859 18.000 0.087 NA   NA
 3773591 3773592 USA300HOU_0088 USA300HOU_0089     TRUE 0.628 16.000 0.000 NA   NA
 3773592 3773593 USA300HOU_0089 USA300HOU_0090     FALSE 0.145 101.000 0.000 NA   NA
 3773593 3773594 USA300HOU_0090 USA300HOU_0091     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 3773595 3773596 USA300HOU_0092 USA300HOU_0093     TRUE 0.600 31.000 0.000 1.000   NA
 3773596 3773597 USA300HOU_0093 USA300HOU_0094     TRUE 0.623 19.000 0.000 NA   NA
 3773598 3773599 USA300HOU_0095 USA300HOU_0096     FALSE 0.034 299.000 0.000 NA   NA
 3773600 3773601 USA300HOU_0097 USA300HOU_0098     FALSE 0.322 49.000 0.000 NA   NA
 3773602 3773603 USA300HOU_0099 USA300HOU_0100     TRUE 0.782 -2.000 0.000 NA   NA
 3773603 3773604 USA300HOU_0100 USA300HOU_0101     TRUE 0.784 -120.000 0.000 NA   NA
 3773607 3773608 USA300HOU_0104 USA300HOU_0105     FALSE 0.017 434.000 0.000 NA   NA
 3773608 3773609 USA300HOU_0105 USA300HOU_0106     FALSE 0.043 267.000 0.000 NA   NA
 3773609 3773610 USA300HOU_0106 USA300HOU_0107     FALSE 0.282 57.000 0.000 NA   NA
 3773610 3773611 USA300HOU_0107 USA300HOU_0108   plc FALSE 0.067 205.000 0.000 NA   NA
 3773611 3773612 USA300HOU_0108 USA300HOU_0109 plc   FALSE 0.059 221.000 0.000 NA   NA
 3773612 3773613 USA300HOU_0109 USA300HOU_0110     TRUE 0.623 19.000 0.000 NA   NA
 3773613 3773614 USA300HOU_0110 USA300HOU_0111     FALSE 0.243 64.000 0.000 NA   NA
 3773614 3773615 USA300HOU_0111 USA300HOU_0112     FALSE 0.224 67.000 0.000 NA   NA
 3773615 3773616 USA300HOU_0112 USA300HOU_0113     FALSE 0.157 94.000 0.000 NA   NA
 3773616 3773617 USA300HOU_0113 USA300HOU_0114     FALSE 0.160 151.000 0.000 1.000   NA
 3773617 3773618 USA300HOU_0114 USA300HOU_0115     TRUE 0.783 2.000 0.000 1.000   NA
 3773619 3773620 USA300HOU_0116 USA300HOU_0117     FALSE 0.031 320.000 0.000 NA   NA
 3773620 3773621 USA300HOU_0117 USA300HOU_0118     FALSE 0.086 174.000 0.000 NA   NA
 3773622 3773623 USA300HOU_0119 USA300HOU_0120     FALSE 0.075 190.000 0.000 NA   NA
 3773623 3773624 USA300HOU_0120 USA300HOU_0121   lctP FALSE 0.045 262.000 0.000 NA   NA
 3773625 3773626 USA300HOU_0122 USA300HOU_0123 spa sarH1 FALSE 0.033 385.000 0.000 1.000   NA
 3773626 3773627 USA300HOU_0123 USA300HOU_0124 sarH1 sirC FALSE 0.035 369.000 0.000 1.000   NA
 3773627 3773628 USA300HOU_0124 USA300HOU_0125 sirC sirB TRUE 0.990 -3.000 0.091 0.046 Y NA
 3773628 3773629 USA300HOU_0125 USA300HOU_0126 sirB sirA TRUE 0.965 16.000 0.111 1.000 Y NA
 3773630 3773631 USA300HOU_0127 USA300HOU_0128   ocd TRUE 0.990 -3.000 0.333 1.000 Y NA
 3773631 3773632 USA300HOU_0128 USA300HOU_0129 ocd   TRUE 0.922 21.000 0.171 1.000 N NA
 3773632 3773633 USA300HOU_0129 USA300HOU_0130     TRUE 0.970 -7.000 0.171 1.000 N NA
 3773633 3773634 USA300HOU_0130 USA300HOU_0131     TRUE 0.975 -10.000 0.278 1.000 N NA
 3773634 3773635 USA300HOU_0131 USA300HOU_0132     TRUE 0.994 -19.000 0.172 0.001 Y NA
 3773635 3773636 USA300HOU_0132 USA300HOU_0133     TRUE 0.975 -28.000 0.355 1.000 N NA
 3773636 3773637 USA300HOU_0133 USA300HOU_0134   lysA1 TRUE 0.961 0.000 0.185 1.000 N NA
 3773637 3773638 USA300HOU_0134 USA300HOU_0135 lysA1   TRUE 0.879 4.000 0.037 1.000 N NA
 3773638 3773639 USA300HOU_0135 USA300HOU_0136     FALSE 0.071 196.000 0.000 NA   NA
 3773639 3773640 USA300HOU_0136 USA300HOU_0137     FALSE 0.316 50.000 0.000 NA   NA
 3773640 3773641 USA300HOU_0137 USA300HOU_0138     FALSE 0.063 212.000 0.000 NA   NA
 3773641 3773642 USA300HOU_0138 USA300HOU_0139     FALSE 0.111 144.000 0.000 NA   NA
 3773642 3773643 USA300HOU_0139 USA300HOU_0140   galE FALSE 0.207 70.000 0.000 NA   NA
 3773643 3773644 USA300HOU_0140 USA300HOU_0141 galE   TRUE 0.959 -37.000 0.000 NA Y NA
 3773644 3773645 USA300HOU_0141 USA300HOU_0142     FALSE 0.302 210.000 0.000 NA Y NA
 3773645 3773646 USA300HOU_0142 USA300HOU_0143     TRUE 0.804 -19.000 0.000 NA   NA
 3773646 3773647 USA300HOU_0143 USA300HOU_0144     TRUE 0.817 -10.000 0.000 NA   NA
 3773647 3773648 USA300HOU_0144 USA300HOU_0145   sodM FALSE 0.066 268.000 0.000 1.000   NA
 3773648 3773649 USA300HOU_0145 USA300HOU_0146 sodM sasD FALSE 0.035 368.000 0.000 1.000   NA
 3773651 3773652 USA300HOU_0148 USA300HOU_0149 deoD1   TRUE 0.894 7.000 0.100 1.000 N NA
 3773652 3773653 USA300HOU_0149 USA300HOU_0150   deoC1 FALSE 0.414 81.000 0.013 1.000 N NA
 3773653 3773654 USA300HOU_0150 USA300HOU_0151 deoC1 deoB1 TRUE 0.824 28.000 0.000 0.060 N NA
 3773655 3773656 USA300HOU_0152 USA300HOU_0153     TRUE 0.996 -3.000 0.689 0.001 Y NA
 3773656 3773657 USA300HOU_0153 USA300HOU_0154     TRUE 0.931 77.000 0.654 0.002 Y NA
 3773657 3773658 USA300HOU_0154 USA300HOU_0155     TRUE 0.750 214.000 0.308 0.002 Y NA
 3773659 3773660 USA300HOU_0156 USA300HOU_0157     TRUE 0.628 51.000 0.091 NA   NA
 3773660 3773661 USA300HOU_0157 USA300HOU_0158     FALSE 0.172 84.000 0.000 NA   NA
 3773661 3773662 USA300HOU_0158 USA300HOU_0159     FALSE 0.032 313.000 0.000 NA   NA
 3773662 3773663 USA300HOU_0159 USA300HOU_0160     FALSE 0.172 84.000 0.000 NA   NA
 3773663 3773664 USA300HOU_0160 USA300HOU_0161     FALSE 0.048 253.000 0.000 NA   NA
 3773664 3773665 USA300HOU_0161 USA300HOU_0162     FALSE 0.016 450.000 0.000 NA   NA
 3773665 3773666 USA300HOU_0162 USA300HOU_0163   cap5A FALSE 0.051 345.000 0.000 1.000 N NA
 3773666 3773667 USA300HOU_0163 USA300HOU_0164 cap5A cap5B TRUE 0.772 16.000 0.000 1.000 N NA
 3773667 3773668 USA300HOU_0164 USA300HOU_0165 cap5B cap5C TRUE 0.794 3.000 0.000 1.000 N NA
 3773668 3773669 USA300HOU_0165 USA300HOU_0166 cap5C cap5D FALSE 0.009 990.000 0.000 NA   NA
 3773669 3773670 USA300HOU_0166 USA300HOU_0167 cap5D cap5E TRUE 0.817 -10.000 0.000 NA   NA
 3773670 3773671 USA300HOU_0167 USA300HOU_0168 cap5E cap5F TRUE 0.814 7.000 0.019 1.000   NA
 3773671 3773672 USA300HOU_0168 USA300HOU_0169 cap5F cap5G TRUE 0.638 4.000 0.000 NA   NA
 3773672 3773673 USA300HOU_0169 USA300HOU_0170 cap5G cap5H TRUE 0.659 3.000 0.000 NA   NA
 3773673 3773674 USA300HOU_0170 USA300HOU_0171 cap5H cap5I TRUE 0.736 5.000 0.002 NA   NA
 3773674 3773675 USA300HOU_0171 USA300HOU_0172 cap5I cap5J TRUE 0.904 14.000 0.000 NA Y NA
 3773675 3773676 USA300HOU_0172 USA300HOU_0173 cap5J cap5K TRUE 0.817 -7.000 0.000 NA   NA
 3773676 3773677 USA300HOU_0173 USA300HOU_0174 cap5K cap5L TRUE 0.733 1.000 0.000 NA   NA
 3773677 3773678 USA300HOU_0174 USA300HOU_0175 cap5L cap5M TRUE 0.922 11.000 0.015 NA Y NA
 3773678 3773679 USA300HOU_0175 USA300HOU_0176 cap5M cap5N TRUE 0.985 0.000 0.297 NA Y NA
 3773679 3773680 USA300HOU_0176 USA300HOU_0177 cap5N cap5O TRUE 0.813 54.000 0.009 1.000 Y NA
 3773680 3773681 USA300HOU_0177 USA300HOU_0178 cap5O cap5P TRUE 0.891 47.000 0.105 1.000 Y NA
 3773682 3773683 USA300HOU_0179 USA300HOU_0180 isdG1   TRUE 0.568 13.000 0.000 NA   NA
 3773684 3773685 USA300HOU_0181 USA300HOU_0182 aldH2   FALSE 0.021 646.000 0.000 1.000 N NA
 3773687 3773688 USA300HOU_0184 USA300HOU_0185     FALSE 0.027 342.000 0.000 NA   NA
 3773688 3773689 USA300HOU_0185 USA300HOU_0186     TRUE 0.956 14.000 0.130 NA Y NA
 3773689 3773690 USA300HOU_0186 USA300HOU_0187     TRUE 0.991 -3.000 0.652 NA Y NA
 3773690 3773691 USA300HOU_0187 USA300HOU_0188     TRUE 0.568 13.000 0.000 NA   NA
 3773691 3773692 USA300HOU_0188 USA300HOU_0189     FALSE 0.060 217.000 0.000 NA   NA
 3773692 3773693 USA300HOU_0189 USA300HOU_0190   fdh FALSE 0.094 167.000 0.000 NA   NA
 3773693 3773694 USA300HOU_0190 USA300HOU_0191 fdh   FALSE 0.032 386.000 0.000 1.000   NA
 3773694 3773695 USA300HOU_0191 USA300HOU_0192     FALSE 0.063 429.000 0.049 1.000   NA
 3773695 3773696 USA300HOU_0192 USA300HOU_0193     TRUE 0.928 13.000 0.333 1.000 N NA
 3773697 3773698 USA300HOU_0194 USA300HOU_0195   argB FALSE 0.047 255.000 0.000 NA   NA
 3773698 3773699 USA300HOU_0195 USA300HOU_0196 argB argJ TRUE 0.969 16.000 0.008 0.004 Y NA
 3773699 3773700 USA300HOU_0196 USA300HOU_0197 argJ argC TRUE 0.982 12.000 0.303 0.004 Y NA
 3773700 3773701 USA300HOU_0197 USA300HOU_0198 argC argD TRUE 0.870 36.000 0.004 1.000 Y NA
 3773701 3773702 USA300HOU_0198 USA300HOU_0199 argD   FALSE 0.317 226.000 0.000 1.000 Y NA
 3773702 3773703 USA300HOU_0199 USA300HOU_0200     FALSE 0.079 276.000 0.000 1.000 N NA
 3773703 3773704 USA300HOU_0200 USA300HOU_0201     FALSE 0.366 67.000 0.000 1.000 N NA
 3773707 3773708 USA300HOU_0204 USA300HOU_0205     TRUE 0.960 0.000 0.234 1.000   NA
 3773708 3773709 USA300HOU_0205 USA300HOU_0206     TRUE 0.905 12.000 0.250 1.000   NA
 3773709 3773710 USA300HOU_0206 USA300HOU_0207     TRUE 0.949 0.000 0.100 1.000 N NA
 3773710 3773711 USA300HOU_0207 USA300HOU_0208   hsdR2 FALSE 0.020 688.000 0.000 1.000 N NA
 3773711 3773712 USA300HOU_0208 USA300HOU_0209 hsdR2   FALSE 0.067 205.000 0.000 NA   NA
 3773712 3773713 USA300HOU_0209 USA300HOU_0210     TRUE 0.939 2.000 0.295 NA   NA
 3773713 3773714 USA300HOU_0210 USA300HOU_0211     TRUE 0.813 -13.000 0.000 NA   NA
 3773716 3773717 USA300HOU_0213 USA300HOU_0214     TRUE 0.988 6.000 0.833 0.045 Y NA
 3773717 3773718 USA300HOU_0214 USA300HOU_0215   rlp TRUE 0.971 17.000 0.833 0.045   NA
 3773718 3773719 USA300HOU_0215 USA300HOU_0216 rlp ggt FALSE 0.499 38.000 0.000 1.000   NA
 3773720 3773721 USA300HOU_0217 USA300HOU_0218     FALSE 0.075 190.000 0.000 NA   NA
 3773722 3773723 USA300HOU_0219 USA300HOU_0220     FALSE 0.033 383.000 0.000 1.000   NA
 3773723 3773724 USA300HOU_0220 USA300HOU_0221     TRUE 0.910 13.000 0.000 1.000 Y NA
 3773724 3773725 USA300HOU_0221 USA300HOU_0222     TRUE 0.985 3.000 0.800 1.000 Y NA
 3773725 3773726 USA300HOU_0222 USA300HOU_0223     TRUE 0.992 2.000 0.909 0.045 Y NA
 3773726 3773727 USA300HOU_0223 USA300HOU_0224     FALSE 0.288 71.000 0.000 1.000   NA
 3773727 3773728 USA300HOU_0224 USA300HOU_0225     TRUE 0.837 25.000 0.000 0.034   NA
 3773728 3773729 USA300HOU_0225 USA300HOU_0226     TRUE 0.628 55.000 0.111 NA   NA
 3773729 3773730 USA300HOU_0226 USA300HOU_0227     FALSE 0.077 188.000 0.000 NA   NA
 3773733 3773734 USA300HOU_0230 USA300HOU_0231     TRUE 0.981 -7.000 0.167 0.014   NA
 3773734 3773735 USA300HOU_0231 USA300HOU_0232     TRUE 0.967 -3.000 0.167 1.000 N NA
 3773736 3773737 USA300HOU_0233 USA300HOU_0234 pfl pflA TRUE 0.907 23.000 0.135 1.000 N NA
 3773737 3773738 USA300HOU_0234 USA300HOU_0235 pflA   FALSE 0.143 104.000 0.000 NA   NA
 3773738 3773739 USA300HOU_0235 USA300HOU_0236   glpQ1 TRUE 0.813 -13.000 0.000 NA   NA
 3773742 3773743 USA300HOU_0239 USA300HOU_0240     FALSE 0.032 314.000 0.000 NA   NA
 3773743 3773744 USA300HOU_0240 USA300HOU_0241     TRUE 0.980 21.000 0.588 1.000 Y NA
 3773744 3773745 USA300HOU_0241 USA300HOU_0242     FALSE 0.468 186.000 0.012 1.000 Y NA
 3773745 3773746 USA300HOU_0242 USA300HOU_0243     TRUE 0.790 67.000 0.046 1.000 Y NA
 3773746 3773747 USA300HOU_0243 USA300HOU_0244     TRUE 0.962 26.000 0.046 0.069 Y NA
 3773749 3773750 USA300HOU_0246 USA300HOU_0247     FALSE 0.070 198.000 0.000 NA   NA
 3773750 3773751 USA300HOU_0247 USA300HOU_0248     FALSE 0.102 157.000 0.000 NA   NA
 3773751 3773752 USA300HOU_0248 USA300HOU_0249   hmp TRUE 0.927 26.000 0.667 NA   NA
 3773753 3773754 USA300HOU_0250 USA300HOU_0251   ldh FALSE 0.032 311.000 0.000 NA   NA
 3773756 3773757 USA300HOU_0253 USA300HOU_0254     FALSE 0.134 110.000 0.000 NA   NA
 3773757 3773758 USA300HOU_0254 USA300HOU_0255     FALSE 0.119 131.000 0.000 NA   NA
 3773758 3773759 USA300HOU_0255 USA300HOU_0256     TRUE 0.986 -15.000 0.308 0.016 N NA
 3773759 3773760 USA300HOU_0256 USA300HOU_0257     TRUE 0.979 23.000 0.148 0.013 Y NA
 3773760 3773761 USA300HOU_0257 USA300HOU_0258   gatC1 TRUE 0.647 227.000 0.148 0.013 Y NA
 3773761 3773762 USA300HOU_0258 USA300HOU_0259 gatC1 gutB TRUE 0.904 15.000 0.103 1.000 N NA
 3773762 3773763 USA300HOU_0259 USA300HOU_0260 gutB   TRUE 0.900 2.000 0.103 NA   NA
 3773763 3773764 USA300HOU_0260 USA300HOU_0261     TRUE 0.878 24.000 0.158 NA   NA
 3773764 3773765 USA300HOU_0261 USA300HOU_0262   ispD2 FALSE 0.025 528.000 0.000 1.000 N NA
 3773765 3773766 USA300HOU_0262 USA300HOU_0263 ispD2   TRUE 0.979 -7.000 0.367 1.000 N NA
 3773766 3773767 USA300HOU_0263 USA300HOU_0264   tagB1 TRUE 0.914 22.000 0.148 1.000 N NA
 3773767 3773768 USA300HOU_0264 USA300HOU_0265 tagB1 tagF FALSE 0.212 428.000 0.000 0.003 Y NA
 3773768 3773769 USA300HOU_0265 USA300HOU_0266 tagF   FALSE 0.079 276.000 0.000 1.000 N NA
 3773769 3773770 USA300HOU_0266 USA300HOU_0267     TRUE 0.979 -7.000 0.367 1.000 N NA
 3773770 3773771 USA300HOU_0267 USA300HOU_0268   tagB2 TRUE 0.914 22.000 0.148 1.000 N NA
 3773771 3773772 USA300HOU_0268 USA300HOU_0269 tagB2   TRUE 0.778 33.000 0.125 NA   NA
 3773772 3773773 USA300HOU_0269 USA300HOU_0270   scdA FALSE 0.114 140.000 0.000 NA   NA
 3773773 3773774 USA300HOU_0270 USA300HOU_0271 scdA lytS FALSE 0.066 247.000 0.000 NA N NA
 3773774 3773775 USA300HOU_0271 USA300HOU_0272 lytS lytR TRUE 0.990 3.000 0.538 0.014 Y NA
 3773775 3773776 USA300HOU_0272 USA300HOU_0273 lytR lrgA FALSE 0.494 113.000 0.178 1.000   NA
 3773776 3773777 USA300HOU_0273 USA300HOU_0274 lrgA lrgB TRUE 0.983 -7.000 0.869 1.000   NA
 3773779 3773780 USA300HOU_0276 USA300HOU_0277   bglA TRUE 0.929 16.000 0.000 1.000 Y NA
 3773780 3773781 USA300HOU_0277 USA300HOU_0278 bglA   FALSE 0.202 72.000 0.000 NA   NA
 3773782 3773783 USA300HOU_0279 USA300HOU_0280   rbsK FALSE 0.092 251.000 0.000 1.000 N NA
 3773783 3773784 USA300HOU_0280 USA300HOU_0281 rbsK rbsD TRUE 0.931 28.000 0.030 1.000 Y NA
 3773784 3773785 USA300HOU_0281 USA300HOU_0282 rbsD   TRUE 0.976 15.000 0.045 0.002 Y NA
 3773785 3773786 USA300HOU_0282 USA300HOU_0283     FALSE 0.104 232.000 0.000 1.000 N NA
 3773787 3773788 USA300HOU_0284 USA300HOU_0285     FALSE 0.316 50.000 0.000 NA   NA
 3773788 3773789 USA300HOU_0285 USA300HOU_0286     FALSE 0.056 228.000 0.000 NA   NA
 3773791 3773792 USA300HOU_0288 USA300HOU_0289   lytM FALSE 0.051 308.000 0.000 1.000   NA
 3773793 3773794 USA300HOU_0290 USA300HOU_0291     TRUE 0.941 14.000 0.833 NA   NA
 3773794 3773795 USA300HOU_0291 USA300HOU_0292     TRUE 0.974 -3.000 0.571 NA   NA
 3773795 3773796 USA300HOU_0292 USA300HOU_0293     TRUE 0.688 68.000 0.429 NA   NA
 3773797 3773798 USA300HOU_0294 USA300HOU_0295     FALSE 0.435 34.000 0.000 NA   NA
 3773800 3773801 USA300HOU_0297 USA300HOU_0298 esxA esaA FALSE 0.363 84.000 0.041 NA   NA
 3773801 3773802 USA300HOU_0298 USA300HOU_0299 esaA essA TRUE 0.956 0.000 0.286 NA   NA
 3773802 3773803 USA300HOU_0299 USA300HOU_0300 essA esaB TRUE 0.958 -28.000 0.237 NA   NA
 3773803 3773804 USA300HOU_0300 USA300HOU_0301 esaB essB TRUE 0.934 13.000 0.833 NA   NA
 3773804 3773805 USA300HOU_0301 USA300HOU_0302 essB essC TRUE 0.938 22.000 0.623 NA   NA
 3773805 3773806 USA300HOU_0302 USA300HOU_0303 essC esaC FALSE 0.508 30.000 0.000 NA   NA
 3773806 3773807 USA300HOU_0303 USA300HOU_0304 esaC esxB TRUE 0.628 16.000 0.000 NA   NA
 3773807 3773808 USA300HOU_0304 USA300HOU_0305 esxB   TRUE 0.801 -3.000 0.000 NA   NA
 3773808 3773809 USA300HOU_0305 USA300HOU_0306     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 3773809 3773810 USA300HOU_0306 USA300HOU_0307     TRUE 0.581 10.000 0.000 NA   NA
 3773810 3773811 USA300HOU_0307 USA300HOU_0308     TRUE 0.572 11.000 0.000 NA   NA
 3773811 3773812 USA300HOU_0308 USA300HOU_0309     FALSE 0.066 208.000 0.000 NA   NA
 3773812 3773813 USA300HOU_0309 USA300HOU_0310     FALSE 0.110 147.000 0.000 NA   NA
 3773813 3773814 USA300HOU_0310 USA300HOU_0311     FALSE 0.117 136.000 0.000 NA   NA
 3773814 3773815 USA300HOU_0311 USA300HOU_0312     FALSE 0.119 132.000 0.000 NA   NA
 3773815 3773816 USA300HOU_0312 USA300HOU_0313     TRUE 0.898 11.000 0.286 NA   NA
 3773816 3773817 USA300HOU_0313 USA300HOU_0314     TRUE 0.572 11.000 0.000 NA   NA
 3773817 3773818 USA300HOU_0314 USA300HOU_0315     TRUE 0.572 11.000 0.000 NA   NA
 3773818 3773819 USA300HOU_0315 USA300HOU_0316     FALSE 0.064 210.000 0.000 NA   NA
 3773819 3773820 USA300HOU_0316 USA300HOU_0317     FALSE 0.011 586.000 0.000 NA   NA
 3773820 3773821 USA300HOU_0317 USA300HOU_0318     TRUE 0.893 12.000 0.286 NA   NA
 3773821 3773822 USA300HOU_0318 USA300HOU_0319     FALSE 0.078 522.000 0.286 NA   NA
 3773822 3773823 USA300HOU_0319 USA300HOU_0320     TRUE 0.898 11.000 0.286 NA   NA
 3773823 3773824 USA300HOU_0320 USA300HOU_0321     TRUE 0.618 21.000 0.000 NA   NA
 3773824 3773825 USA300HOU_0321 USA300HOU_0322     FALSE 0.014 486.000 0.000 NA   NA
 3773825 3773826 USA300HOU_0322 USA300HOU_0323     FALSE 0.106 153.000 0.000 NA   NA
 3773827 3773828 USA300HOU_0324 USA300HOU_0325   brnQ1 FALSE 0.115 216.000 0.000 1.000 N NA
 3773829 3773830 USA300HOU_0326 USA300HOU_0327     FALSE 0.018 424.000 0.000 NA   NA
 3773830 3773831 USA300HOU_0327 USA300HOU_0328     FALSE 0.074 249.000 0.000 1.000   NA
 3773831 3773832 USA300HOU_0328 USA300HOU_0329     TRUE 0.928 13.000 0.333 1.000 N NA
 3773832 3773833 USA300HOU_0329 USA300HOU_0330     FALSE 0.088 208.000 0.000 NA N NA
 3773833 3773834 USA300HOU_0330 USA300HOU_0331     FALSE 0.145 343.000 0.000 NA Y NA
 3773834 3773835 USA300HOU_0331 USA300HOU_0332     TRUE 0.943 -25.000 0.085 NA N NA
 3773835 3773836 USA300HOU_0332 USA300HOU_0333     TRUE 0.753 11.000 0.008 NA N NA
 3773837 3773838 USA300HOU_0334 USA300HOU_0335   nanA TRUE 0.911 40.000 0.130 1.000 Y NA
 3773844 3773845 USA300HOU_0341 USA300HOU_0342     FALSE 0.499 73.000 0.000 0.067 N NA
 3773846 3773847 USA300HOU_0343 USA300HOU_0344     FALSE 0.130 114.000 0.000 NA   NA
 3773847 3773848 USA300HOU_0344 USA300HOU_0345     TRUE 0.905 34.000 0.571 1.000 N NA
 3773848 3773849 USA300HOU_0345 USA300HOU_0346     TRUE 0.916 1.000 0.107 NA   NA
 3773849 3773850 USA300HOU_0346 USA300HOU_0347     TRUE 0.967 -10.000 0.286 NA   NA
 3773850 3773851 USA300HOU_0347 USA300HOU_0348   lplA1 TRUE 0.971 -22.000 0.250 1.000 N NA
 3773851 3773852 USA300HOU_0348 USA300HOU_0349 lplA1   FALSE 0.061 315.000 0.000 1.000 N NA
 3773853 3773854 USA300HOU_0350 USA300HOU_0351     TRUE 0.952 15.000 0.182 0.012   NA
 3773854 3773855 USA300HOU_0351 USA300HOU_0352     TRUE 0.989 -7.000 0.026 0.012 Y NA
 3773855 3773856 USA300HOU_0352 USA300HOU_0353     TRUE 0.956 5.000 0.182 0.016 N NA
 3773857 3773858 USA300HOU_0354 USA300HOU_0355     TRUE 0.693 107.000 0.800 1.000 N NA
 3773858 3773859 USA300HOU_0355 USA300HOU_0356     FALSE 0.143 104.000 0.000 NA   NA
 3773861 3773862 USA300HOU_0358 USA300HOU_0359     TRUE 0.701 14.000 0.000 1.000   NA
 3773862 3773863 USA300HOU_0359 USA300HOU_0360     TRUE 0.919 14.000 0.259 1.000   NA
 3773865 3773866 USA300HOU_0362 USA300HOU_0363     FALSE 0.180 80.000 0.000 NA   NA
 3773866 3773867 USA300HOU_0363 USA300HOU_0364     FALSE 0.058 268.000 0.000 NA N NA
 3773867 3773868 USA300HOU_0364 USA300HOU_0365     TRUE 0.992 -3.000 0.812 NA Y NA
 3773868 3773869 USA300HOU_0365 USA300HOU_0366     TRUE 0.983 -19.000 0.119 NA Y NA
 3773870 3773871 USA300HOU_0367 USA300HOU_0368     TRUE 0.884 62.000 0.393 NA Y NA
 3773871 3773872 USA300HOU_0368 USA300HOU_0369     FALSE 0.136 109.000 0.000 NA   NA
 3773873 3773874 USA300HOU_0370 USA300HOU_0371     TRUE 0.944 -3.000 0.115 NA   NA
 3773874 3773875 USA300HOU_0371 USA300HOU_0372     TRUE 0.866 25.000 0.143 NA   NA
 3773875 3773876 USA300HOU_0372 USA300HOU_0373     TRUE 0.968 0.000 0.371 1.000   NA
 3773879 3773880 USA300HOU_0376 USA300HOU_0377   metE FALSE 0.521 43.000 0.011 NA   NA
 3773880 3773881 USA300HOU_0377 USA300HOU_0378 metE   TRUE 0.979 -3.000 0.030 1.000 Y NA
 3773881 3773882 USA300HOU_0378 USA300HOU_0379     TRUE 0.986 -31.000 0.162 1.000 Y NA
 3773882 3773883 USA300HOU_0379 USA300HOU_0380     TRUE 0.996 -3.000 0.600 0.001 Y NA
 3773884 3773885 USA300HOU_0381 USA300HOU_0382     FALSE 0.256 157.000 0.007 1.000 N NA
 3773885 3773886 USA300HOU_0382 USA300HOU_0383     TRUE 0.842 30.000 0.171 NA   NA
 3773886 3773887 USA300HOU_0383 USA300HOU_0384     TRUE 0.807 12.000 0.064 NA   NA
 3773888 3773889 USA300HOU_0385 USA300HOU_0386     TRUE 0.808 -16.000 0.000 NA   NA
 3773890 3773891 USA300HOU_0387 USA300HOU_0388 rpsF ssb1 TRUE 0.829 21.000 0.007 1.000 N NA
 3773891 3773892 USA300HOU_0388 USA300HOU_0389 ssb1 rpsR TRUE 0.573 52.000 0.007 1.000 N NA
 3773893 3773894 USA300HOU_0390 USA300HOU_0391     TRUE 0.659 3.000 0.000 NA   NA
 3773897 3773898 USA300HOU_0394 USA300HOU_0395     FALSE 0.081 181.000 0.000 NA   NA
 3773903 3773904 USA300HOU_0400 USA300HOU_0401     FALSE 0.047 255.000 0.000 NA   NA
 3773904 3773905 USA300HOU_0401 USA300HOU_0402     FALSE 0.199 73.000 0.000 NA   NA
 3773905 3773906 USA300HOU_0402 USA300HOU_0403   ahpF FALSE 0.181 79.000 0.000 NA   NA
 3773906 3773907 USA300HOU_0403 USA300HOU_0404 ahpF ahpC1 TRUE 0.990 16.000 0.551 0.002 Y NA
 3773909 3773910 USA300HOU_0406 USA300HOU_0407     FALSE 0.020 394.000 0.000 NA   NA
 3773910 3773911 USA300HOU_0407 USA300HOU_0408     FALSE 0.028 336.000 0.000 NA   NA
 3773911 3773912 USA300HOU_0408 USA300HOU_0409     TRUE 0.614 118.000 0.857 NA   NA
 3773912 3773913 USA300HOU_0409 USA300HOU_0410     TRUE 0.584 143.000 0.857 NA   NA
 3773914 3773915 USA300HOU_0411 USA300HOU_0412 xprT pbuX TRUE 0.976 0.000 0.037 1.000 Y NA
 3773915 3773916 USA300HOU_0412 USA300HOU_0413 pbuX guaB TRUE 0.898 38.000 1.000 1.000   NA
 3773916 3773917 USA300HOU_0413 USA300HOU_0414 guaB guaA TRUE 0.909 25.000 0.007 0.001   NA
 3773918 3773919 USA300HOU_0415 USA300HOU_0416     FALSE 0.020 393.000 0.000 NA   NA
 3773919 3773920 USA300HOU_0416 USA300HOU_0417     FALSE 0.064 399.000 0.000 0.058   NA
 3773920 3773921 USA300HOU_0417 USA300HOU_0418     FALSE 0.369 41.000 0.000 NA   NA
 3773921 3773922 USA300HOU_0418 USA300HOU_0419     TRUE 0.804 -19.000 0.000 NA   NA
 3773922 3773923 USA300HOU_0419 USA300HOU_0420     FALSE 0.013 524.000 0.000 NA   NA
 3773923 3773924 USA300HOU_0420 USA300HOU_0421     TRUE 0.623 19.000 0.000 NA   NA
 3773925 3773926 USA300HOU_0422 USA300HOU_0423 set3 set1 FALSE 0.132 286.000 0.000 0.018   NA
 3773926 3773927 USA300HOU_0423 USA300HOU_0424 set1 set18 FALSE 0.129 291.000 0.000 0.018   NA
 3773927 3773928 USA300HOU_0424 USA300HOU_0425 set18   FALSE 0.125 119.000 0.000 NA   NA
 3773928 3773929 USA300HOU_0425 USA300HOU_0426   set19 FALSE 0.136 109.000 0.000 NA   NA
 3773929 3773930 USA300HOU_0426 USA300HOU_0427 set19 set20 FALSE 0.094 349.000 0.000 0.018   NA
 3773930 3773931 USA300HOU_0427 USA300HOU_0428 set20 set21 FALSE 0.061 446.000 0.000 0.018   NA
 3773931 3773932 USA300HOU_0428 USA300HOU_0429 set21 set22 FALSE 0.068 421.000 0.000 0.018   NA
 3773932 3773933 USA300HOU_0429 USA300HOU_0430 set22 set23 FALSE 0.096 344.000 0.000 0.018   NA
 3773933 3773934 USA300HOU_0430 USA300HOU_0431 set23 set24 FALSE 0.080 380.000 0.000 0.018   NA
 3773934 3773935 USA300HOU_0431 USA300HOU_0432 set24 set25 FALSE 0.086 366.000 0.000 0.018   NA
 3773935 3773936 USA300HOU_0432 USA300HOU_0433 set25 hsdM1 FALSE 0.068 264.000 0.000 1.000   NA
 3773936 3773937 USA300HOU_0433 USA300HOU_0434 hsdM1 hsdS1 TRUE 0.992 -7.000 0.083 0.003 Y NA
 3773937 3773938 USA300HOU_0434 USA300HOU_0435 hsdS1 set FALSE 0.033 383.000 0.000 1.000   NA
 3773938 3773939 USA300HOU_0435 USA300HOU_0436 set   TRUE 0.713 22.000 0.000 1.000   NA
 3773941 3773942 USA300HOU_0438 USA300HOU_0439 lpl11   FALSE 0.488 31.000 0.000 NA   NA
 3773942 3773943 USA300HOU_0439 USA300HOU_0440     TRUE 0.623 19.000 0.000 NA   NA
 3773943 3773944 USA300HOU_0440 USA300HOU_0441   lpl7 FALSE 0.322 49.000 0.000 NA   NA
 3773944 3773945 USA300HOU_0441 USA300HOU_0442 lpl7   TRUE 0.623 19.000 0.000 NA   NA
 3773945 3773946 USA300HOU_0442 USA300HOU_0443     FALSE 0.466 32.000 0.000 NA   NA
 3773946 3773947 USA300HOU_0443 USA300HOU_0444     FALSE 0.207 70.000 0.000 NA   NA
 3773947 3773948 USA300HOU_0444 USA300HOU_0445     FALSE 0.085 176.000 0.000 NA   NA
 3773948 3773949 USA300HOU_0445 USA300HOU_0446     TRUE 0.623 19.000 0.000 NA   NA
 3773949 3773950 USA300HOU_0446 USA300HOU_0447     FALSE 0.082 180.000 0.000 NA   NA
 3773950 3773951 USA300HOU_0447 USA300HOU_0448     TRUE 0.817 -10.000 0.000 NA   NA
 3773951 3773952 USA300HOU_0448 USA300HOU_0449     TRUE 0.801 -3.000 0.000 NA   NA
 3773952 3773953 USA300HOU_0449 USA300HOU_0450     TRUE 0.623 19.000 0.000 NA   NA
 3773958 3773959 USA300HOU_0455 USA300HOU_0456     FALSE 0.466 32.000 0.000 NA   NA
 3773960 3773961 USA300HOU_0457 USA300HOU_0458     TRUE 0.899 13.000 0.303 NA   NA
 3773961 3773962 USA300HOU_0458 USA300HOU_0459     FALSE 0.274 162.000 0.076 NA   NA
 3773964 3773965 USA300HOU_0461 USA300HOU_0462     TRUE 0.837 37.000 0.273 1.000   NA
 3773965 3773966 USA300HOU_0462 USA300HOU_0463     FALSE 0.084 178.000 0.000 NA   NA
 3773966 3773967 USA300HOU_0463 USA300HOU_0464     FALSE 0.008 5778.000 0.000 NA   NA
 3773967 3773968 USA300HOU_0464 USA300HOU_0465     FALSE 0.029 332.000 0.000 NA   NA
 3773970 3773971 USA300HOU_0467 USA300HOU_0468     TRUE 0.964 -10.000 0.150 1.000   NA
 3773972 3773973 USA300HOU_0469 USA300HOU_0470     TRUE 0.979 -3.000 0.957 NA   NA
 3773973 3773974 USA300HOU_0470 USA300HOU_0471   gltC FALSE 0.370 115.000 0.106 NA   NA
 3773975 3773976 USA300HOU_0472 USA300HOU_0473 gltB1 gltD TRUE 0.985 18.000 0.222 0.002 Y NA
 3773976 3773977 USA300HOU_0473 USA300HOU_t0003 gltD   FALSE 0.042 269.000 0.000 NA   NA
 3773977 3773978 USA300HOU_t0003 USA300HOU_0474   treP FALSE 0.015 471.000 0.000 NA   NA
 3773978 3773979 USA300HOU_0474 USA300HOU_0475 treP amyA TRUE 0.911 64.000 0.650 1.000 Y NA
 3773979 3773980 USA300HOU_0475 USA300HOU_nc0002 amyA srp FALSE 0.009 811.000 0.000 NA   NA
 3773980 3773981 USA300HOU_nc0002 USA300HOU_0476 srp   FALSE 0.033 306.000 0.000 NA   NA
 3773981 3773982 USA300HOU_0476 USA300HOU_0477   dnaZX FALSE 0.483 93.000 0.103 1.000   NA
 3773982 3773983 USA300HOU_0477 USA300HOU_0478 dnaZX   FALSE 0.399 90.000 0.071 NA   NA
 3773983 3773984 USA300HOU_0478 USA300HOU_0479   recR TRUE 0.934 7.000 0.604 NA   NA
 3773984 3773985 USA300HOU_0479 USA300HOU_r0001 recR rrs1 FALSE 0.009 861.000 0.000 NA   NA
 3773985 3773986 USA300HOU_r0001 USA300HOU_r0002 rrs1 rrl1 FALSE 0.022 374.000 0.000 NA   NA
 3773986 3773987 USA300HOU_r0002 USA300HOU_r0003 rrl1 rrf1 FALSE 0.190 75.000 0.000 NA   NA
 3773987 3773988 USA300HOU_r0003 USA300HOU_0480 rrf1   FALSE 0.009 881.000 0.000 NA   NA
 3773988 3773989 USA300HOU_0480 USA300HOU_0481   tmk TRUE 0.934 -7.000 0.010 1.000 N NA
 3773989 3773990 USA300HOU_0481 USA300HOU_0482 tmk   TRUE 0.756 28.000 0.038 NA   NA
 3773990 3773991 USA300HOU_0482 USA300HOU_0483   holB FALSE 0.128 214.000 0.021 NA   NA
 3773991 3773992 USA300HOU_0483 USA300HOU_0484 holB   TRUE 0.954 1.000 0.372 NA   NA
 3773992 3773993 USA300HOU_0484 USA300HOU_0485     TRUE 0.730 47.000 0.183 NA   NA
 3773993 3773994 USA300HOU_0485 USA300HOU_0486     TRUE 0.817 -7.000 0.000 NA   NA
 3773994 3773995 USA300HOU_0486 USA300HOU_0487     FALSE 0.079 183.000 0.000 NA   NA
 3773995 3773996 USA300HOU_0487 USA300HOU_0488     TRUE 0.969 -7.000 0.209 1.000   NA
 3773996 3773997 USA300HOU_0488 USA300HOU_0489     TRUE 0.892 2.000 0.041 1.000   NA
 3773997 3773998 USA300HOU_0489 USA300HOU_0490   metS FALSE 0.100 285.000 0.018 1.000   NA
 3773998 3773999 USA300HOU_0490 USA300HOU_0491 metS   TRUE 0.863 31.000 0.221 NA N NA
 3773999 3774000 USA300HOU_0491 USA300HOU_0492     FALSE 0.543 167.000 0.058 NA Y NA
 3774000 3774001 USA300HOU_0492 USA300HOU_0493   ksgA TRUE 0.880 11.000 0.093 1.000 N NA
 3774001 3774002 USA300HOU_0493 USA300HOU_0494 ksgA   FALSE 0.310 100.000 0.035 NA   NA
 3774002 3774003 USA300HOU_0494 USA300HOU_0495   rplY FALSE 0.008 5725.000 0.000 NA   NA
 3774003 3774004 USA300HOU_0495 USA300HOU_0496 rplY pth TRUE 0.600 311.000 0.496 0.027 Y NA
 3774004 3774005 USA300HOU_0496 USA300HOU_0497 pth mfd TRUE 0.955 0.000 0.137 1.000 N NA
 3774005 3774006 USA300HOU_0497 USA300HOU_0498 mfd   TRUE 0.937 -10.000 0.033 1.000   NA
 3774006 3774007 USA300HOU_0498 USA300HOU_0499     TRUE 0.931 0.000 0.058 1.000   NA
 3774007 3774008 USA300HOU_0499 USA300HOU_0500     TRUE 0.941 -3.000 0.054 1.000   NA
 3774008 3774009 USA300HOU_0500 USA300HOU_0501     TRUE 0.884 18.000 0.053 1.000 N NA
 3774009 3774010 USA300HOU_0501 USA300HOU_0502     FALSE 0.512 105.000 0.134 1.000 N NA
 3774010 3774011 USA300HOU_0502 USA300HOU_0503     FALSE 0.259 180.000 0.031 1.000 N NA
 3774011 3774012 USA300HOU_0503 USA300HOU_0504   hpt TRUE 0.973 -13.000 0.067 0.055 N NA
 3774012 3774013 USA300HOU_0504 USA300HOU_0505 hpt ftsH FALSE 0.271 257.000 0.192 1.000 N NA
 3774013 3774014 USA300HOU_0505 USA300HOU_0506 ftsH   FALSE 0.426 229.000 0.041 1.000 Y NA
 3774014 3774015 USA300HOU_0506 USA300HOU_0507   cysK FALSE 0.294 179.000 0.053 1.000 N NA
 3774015 3774016 USA300HOU_0507 USA300HOU_0508 cysK sul FALSE 0.160 216.000 0.005 1.000 N NA
 3774016 3774017 USA300HOU_0508 USA300HOU_0509 sul folB TRUE 0.977 -28.000 0.024 1.000 Y NA
 3774017 3774018 USA300HOU_0509 USA300HOU_r0004 folB rrf2 FALSE 0.008 3059.000 0.000 NA   NA
 3774018 3774019 USA300HOU_r0004 USA300HOU_t0004 rrf2   TRUE 0.559 12.000 0.000 NA   NA
 3774019 3774020 USA300HOU_t0004 USA300HOU_t0005     TRUE 0.625 17.000 0.000 NA   NA
 3774020 3774021 USA300HOU_t0005 USA300HOU_t0006     TRUE 0.602 7.000 0.000 NA   NA
 3774021 3774022 USA300HOU_t0006 USA300HOU_t0007     FALSE 0.435 34.000 0.000 NA   NA
 3774022 3774023 USA300HOU_t0007 USA300HOU_t0008     TRUE 0.591 8.000 0.000 NA   NA
 3774023 3774024 USA300HOU_t0008 USA300HOU_t0009     TRUE 0.614 6.000 0.000 NA   NA
 3774024 3774025 USA300HOU_t0009 USA300HOU_t0010     TRUE 0.618 21.000 0.000 NA   NA
 3774025 3774026 USA300HOU_t0010 USA300HOU_t0011     TRUE 0.594 24.000 0.000 NA   NA
 3774026 3774027 USA300HOU_t0011 USA300HOU_r0005   rrs2 FALSE 0.120 130.000 0.000 NA   NA
 3774027 3774028 USA300HOU_r0005 USA300HOU_t0012 rrs2   FALSE 0.147 100.000 0.000 NA   NA
 3774028 3774029 USA300HOU_t0012 USA300HOU_r0006   rrl2 FALSE 0.090 170.000 0.000 NA   NA
 3774029 3774030 USA300HOU_r0006 USA300HOU_r0007 rrl2 rrf3 FALSE 0.190 75.000 0.000 NA   NA
 3774032 3774033 USA300HOU_0511 USA300HOU_0512     TRUE 0.980 4.000 0.488 1.000 Y NA
 3774033 3774034 USA300HOU_0512 USA300HOU_0513     TRUE 0.586 9.000 0.000 NA   NA
 3774036 3774037 USA300HOU_0515 USA300HOU_0516 ctsR   TRUE 0.943 19.000 0.681 NA   NA
 3774037 3774038 USA300HOU_0516 USA300HOU_0517     TRUE 0.983 -13.000 0.848 1.000   NA
 3774038 3774039 USA300HOU_0517 USA300HOU_0518     TRUE 0.942 14.000 0.425 1.000 N NA
 3774039 3774040 USA300HOU_0518 USA300HOU_0519   radA FALSE 0.252 485.000 0.062 0.012 Y NA
 3774040 3774041 USA300HOU_0519 USA300HOU_0520 radA   TRUE 0.811 25.000 0.056 NA   NA
 3774041 3774042 USA300HOU_0520 USA300HOU_0521   gltX FALSE 0.025 557.000 0.021 NA   NA
 3774042 3774043 USA300HOU_0521 USA300HOU_0522 gltX cysE FALSE 0.139 339.000 0.008 0.054 N NA
 3774043 3774044 USA300HOU_0522 USA300HOU_0523 cysE cysS TRUE 0.964 -46.000 0.039 0.054 N NA
 3774044 3774045 USA300HOU_0523 USA300HOU_0524 cysS   TRUE 0.961 -7.000 0.129 1.000   NA
 3774045 3774046 USA300HOU_0524 USA300HOU_0525     TRUE 0.945 8.000 0.150 0.004   NA
 3774046 3774047 USA300HOU_0525 USA300HOU_0526     TRUE 0.930 0.000 0.109 NA   NA
 3774047 3774048 USA300HOU_0526 USA300HOU_0527     FALSE 0.362 81.000 0.036 NA   NA
 3774048 3774049 USA300HOU_0527 USA300HOU_0528   rpmG1 FALSE 0.377 115.000 0.037 1.000 N NA
 3774049 3774050 USA300HOU_0528 USA300HOU_0529 rpmG1 secE TRUE 0.680 56.000 0.080 1.000 N NA
 3774050 3774051 USA300HOU_0529 USA300HOU_0530 secE nusG TRUE 0.950 13.000 0.843 1.000 N NA
 3774051 3774052 USA300HOU_0530 USA300HOU_0531 nusG rplK FALSE 0.540 181.000 0.681 1.000 N NA
 3774052 3774053 USA300HOU_0531 USA300HOU_0532 rplK rplA TRUE 0.795 208.000 0.838 0.023 Y NA
 3774053 3774054 USA300HOU_0532 USA300HOU_0533 rplA rplJ TRUE 0.620 272.000 0.302 0.023 Y NA
 3774054 3774055 USA300HOU_0533 USA300HOU_0534 rplJ rplL1 TRUE 0.970 43.000 0.884 0.018 Y NA
 3774055 3774056 USA300HOU_0534 USA300HOU_0535 rplL1   FALSE 0.552 175.000 0.050 1.000 Y NA
 3774056 3774057 USA300HOU_0535 USA300HOU_0536   rpoB FALSE 0.167 215.000 0.008 1.000 N NA
 3774057 3774058 USA300HOU_0536 USA300HOU_0537 rpoB rpoC TRUE 0.896 137.000 0.851 0.002 Y NA
 3774058 3774059 USA300HOU_0537 USA300HOU_0538 rpoC   FALSE 0.461 80.000 0.065 NA N NA
 3774059 3774060 USA300HOU_0538 USA300HOU_0539   rpsL TRUE 0.766 98.000 0.239 NA Y NA
 3774060 3774061 USA300HOU_0539 USA300HOU_0540 rpsL rpsG TRUE 0.921 66.000 0.224 0.003 Y NA
 3774061 3774062 USA300HOU_0540 USA300HOU_0541 rpsG tufA FALSE 0.076 2421.000 0.007 1.000 Y NA
 3774064 3774065 USA300HOU_0543 USA300HOU_0544 kbl   FALSE 0.044 266.000 0.000 NA   NA
 3774065 3774066 USA300HOU_0544 USA300HOU_0545   araB FALSE 0.102 157.000 0.000 NA   NA
 3774066 3774067 USA300HOU_0545 USA300HOU_0546 araB   FALSE 0.117 214.000 0.000 1.000 N NA
 3774067 3774068 USA300HOU_0546 USA300HOU_0547   ilvE FALSE 0.055 335.000 0.000 1.000 N NA
 3774068 3774069 USA300HOU_0547 USA300HOU_0548 ilvE   TRUE 0.793 -27.000 0.000 NA   NA
 3774069 3774070 USA300HOU_0548 USA300HOU_0549     FALSE 0.143 104.000 0.000 NA   NA
 3774071 3774072 USA300HOU_0550 USA300HOU_0551     TRUE 0.995 -7.000 0.255 0.002 Y NA
 3774073 3774074 USA300HOU_0552 USA300HOU_0553     FALSE 0.409 147.000 0.013 0.026   NA
 3774074 3774075 USA300HOU_0553 USA300HOU_0554     TRUE 0.889 21.000 0.159 NA   NA
 3774075 3774076 USA300HOU_0554 USA300HOU_0555   sdrC FALSE 0.017 431.000 0.000 NA   NA
 3774076 3774077 USA300HOU_0555 USA300HOU_0556 sdrC sdrD FALSE 0.096 367.000 0.000 0.004   NA
 3774077 3774078 USA300HOU_0556 USA300HOU_0557 sdrD sdrE FALSE 0.083 394.000 0.000 0.004   NA
 3774078 3774079 USA300HOU_0557 USA300HOU_0558 sdrE   FALSE 0.184 119.000 0.000 1.000   NA
 3774080 3774081 USA300HOU_0559 USA300HOU_0560     FALSE 0.059 282.000 0.000 1.000   NA
 3774081 3774082 USA300HOU_0560 USA300HOU_0561     TRUE 0.758 13.000 0.026 NA   NA
 3774082 3774083 USA300HOU_0561 USA300HOU_0562     TRUE 0.935 14.000 0.644 NA   NA
 3774084 3774085 USA300HOU_0563 USA300HOU_0564 nagB   TRUE 0.876 77.000 0.600 1.000 Y NA
 3774085 3774086 USA300HOU_0564 USA300HOU_0565     TRUE 0.968 2.000 0.667 1.000 N NA
 3774086 3774087 USA300HOU_0565 USA300HOU_0566     FALSE 0.192 113.000 0.000 1.000   NA
 3774087 3774088 USA300HOU_0566 USA300HOU_0567   proP FALSE 0.021 502.000 0.000 1.000   NA
 3774088 3774089 USA300HOU_0567 USA300HOU_0568 proP vraA FALSE 0.019 544.000 0.000 1.000   NA
 3774089 3774090 USA300HOU_0568 USA300HOU_0569 vraA vraB TRUE 0.986 2.000 0.576 1.000 Y NA
 3774090 3774091 USA300HOU_0569 USA300HOU_0570 vraB   TRUE 0.938 -25.000 0.101 NA   NA
 3774091 3774092 USA300HOU_0570 USA300HOU_0571     TRUE 0.944 3.000 0.500 NA   NA
 3774093 3774094 USA300HOU_0572 USA300HOU_0573   thiD FALSE 0.013 507.000 0.000 NA   NA
 3774095 3774096 USA300HOU_0574 USA300HOU_0575 ung   TRUE 0.966 1.000 0.800 NA   NA
 3774096 3774097 USA300HOU_0575 USA300HOU_0576     FALSE 0.237 133.000 0.024 NA   NA
 3774097 3774098 USA300HOU_0576 USA300HOU_0577     FALSE 0.240 121.000 0.021 NA   NA
 3774099 3774100 USA300HOU_0578 USA300HOU_0579     TRUE 0.939 13.000 1.000 NA   NA
 3774100 3774101 USA300HOU_0579 USA300HOU_0580     FALSE 0.012 549.000 0.000 NA   NA
 3774102 3774103 USA300HOU_0581 USA300HOU_0582 pta lplA2 TRUE 0.922 3.000 0.123 1.000 N NA
 3774103 3774104 USA300HOU_0582 USA300HOU_0583 lplA2 mvaK1 FALSE 0.022 587.000 0.000 1.000 N NA
 3774104 3774105 USA300HOU_0583 USA300HOU_0584 mvaK1 mvaD TRUE 0.985 5.000 0.281 0.004 Y NA
 3774105 3774106 USA300HOU_0584 USA300HOU_0585 mvaD mvaK2 TRUE 0.984 13.000 0.312 0.002 Y NA
 3774106 3774107 USA300HOU_0585 USA300HOU_0586 mvaK2   FALSE 0.185 177.000 0.030 NA   NA
 3774108 3774109 USA300HOU_0587 USA300HOU_0588     TRUE 0.952 -13.000 0.103 NA N NA
 3774110 3774111 USA300HOU_0589 USA300HOU_0590     TRUE 0.801 -21.000 0.000 NA   NA
 3774111 3774112 USA300HOU_0590 USA300HOU_0591     FALSE 0.016 460.000 0.000 NA   NA
 3774112 3774113 USA300HOU_0591 USA300HOU_0592     TRUE 0.638 4.000 0.000 NA   NA
 3774113 3774114 USA300HOU_0592 USA300HOU_0593     FALSE 0.121 126.000 0.000 NA   NA
 3774114 3774115 USA300HOU_0593 USA300HOU_0594     FALSE 0.166 88.000 0.000 NA   NA
 3774115 3774116 USA300HOU_0594 USA300HOU_0595     FALSE 0.190 75.000 0.000 NA   NA
 3774116 3774117 USA300HOU_0595 USA300HOU_0596     FALSE 0.282 57.000 0.000 NA   NA
 3774117 3774118 USA300HOU_0596 USA300HOU_0597     TRUE 0.603 23.000 0.000 NA   NA
 3774118 3774119 USA300HOU_0597 USA300HOU_0598     FALSE 0.119 131.000 0.000 NA   NA
 3774119 3774120 USA300HOU_0598 USA300HOU_0599     FALSE 0.338 47.000 0.000 NA   NA
 3774120 3774121 USA300HOU_0599 USA300HOU_0600     TRUE 0.614 6.000 0.000 NA   NA
 3774121 3774122 USA300HOU_0600 USA300HOU_0601     FALSE 0.023 367.000 0.000 NA   NA
 3774122 3774123 USA300HOU_0601 USA300HOU_0602     FALSE 0.129 115.000 0.000 NA   NA
 3774123 3774124 USA300HOU_0602 USA300HOU_0603     FALSE 0.398 37.000 0.000 NA   NA
 3774124 3774125 USA300HOU_0603 USA300HOU_0604     TRUE 0.788 -34.000 0.000 NA   NA
 3774125 3774126 USA300HOU_0604 USA300HOU_0605     TRUE 0.594 24.000 0.000 NA   NA
 3774126 3774127 USA300HOU_0605 USA300HOU_0606     FALSE 0.042 270.000 0.000 NA   NA
 3774127 3774128 USA300HOU_0606 USA300HOU_0607     FALSE 0.188 211.000 0.071 NA   NA
 3774128 3774129 USA300HOU_0607 USA300HOU_0608     FALSE 0.233 169.000 0.051 NA   NA
 3774129 3774130 USA300HOU_0608 USA300HOU_0609     TRUE 0.653 40.000 0.025 1.000   NA
 3774130 3774131 USA300HOU_0609 USA300HOU_0610   adh FALSE 0.014 1048.000 0.000 1.000   NA
 3774131 3774132 USA300HOU_0610 USA300HOU_0611 adh   FALSE 0.190 75.000 0.000 NA   NA
 3774132 3774133 USA300HOU_0611 USA300HOU_0612     FALSE 0.177 81.000 0.000 NA   NA
 3774133 3774134 USA300HOU_0612 USA300HOU_0613   argS TRUE 0.934 -3.000 0.079 NA   NA
 3774134 3774135 USA300HOU_0613 USA300HOU_0614 argS   FALSE 0.057 388.000 0.004 1.000 N NA
 3774135 3774136 USA300HOU_0614 USA300HOU_0615     FALSE 0.043 379.000 0.000 1.000 N NA
 3774136 3774137 USA300HOU_0615 USA300HOU_0616     TRUE 0.664 112.000 0.046 1.000 Y NA
 3774137 3774138 USA300HOU_0616 USA300HOU_0617     TRUE 0.798 55.000 0.412 1.000   NA
 3774138 3774139 USA300HOU_0617 USA300HOU_0618     TRUE 0.985 -16.000 0.412 0.026   NA
 3774139 3774140 USA300HOU_0618 USA300HOU_0619     FALSE 0.546 136.000 0.556 NA   NA
 3774140 3774141 USA300HOU_0619 USA300HOU_0620     FALSE 0.550 135.000 0.571 NA   NA
 3774141 3774142 USA300HOU_0620 USA300HOU_0621     FALSE 0.398 169.000 0.286 NA   NA
 3774143 3774144 USA300HOU_0622 USA300HOU_0623 sarA   FALSE 0.010 710.000 0.000 NA   NA
 3774144 3774145 USA300HOU_0623 USA300HOU_0624     FALSE 0.164 89.000 0.000 NA   NA
 3774145 3774146 USA300HOU_0624 USA300HOU_0625     FALSE 0.066 208.000 0.000 NA   NA
 3774146 3774147 USA300HOU_0625 USA300HOU_0626     FALSE 0.136 109.000 0.000 NA   NA
 3774147 3774148 USA300HOU_0626 USA300HOU_0627     FALSE 0.289 56.000 0.000 NA   NA
 3774148 3774149 USA300HOU_0627 USA300HOU_0628     TRUE 0.602 7.000 0.000 NA   NA
 3774149 3774150 USA300HOU_0628 USA300HOU_0629     TRUE 0.817 -10.000 0.000 NA   NA
 3774150 3774151 USA300HOU_0629 USA300HOU_0630     TRUE 0.625 5.000 0.000 NA   NA
 3774151 3774152 USA300HOU_0630 USA300HOU_0631     FALSE 0.298 54.000 0.000 NA   NA
 3774152 3774153 USA300HOU_0631 USA300HOU_0632     FALSE 0.420 35.000 0.000 NA   NA
 3774153 3774154 USA300HOU_0632 USA300HOU_0633     TRUE 0.559 12.000 0.000 NA   NA
 3774154 3774155 USA300HOU_0633 USA300HOU_0634     TRUE 0.625 5.000 0.000 NA   NA
 3774155 3774156 USA300HOU_0634 USA300HOU_0635     FALSE 0.259 61.000 0.000 NA   NA
 3774156 3774157 USA300HOU_0635 USA300HOU_0636     FALSE 0.085 175.000 0.000 NA   NA
 3774157 3774158 USA300HOU_0636 USA300HOU_0637     TRUE 0.599 14.000 0.000 NA   NA
 3774158 3774159 USA300HOU_0637 USA300HOU_0638     FALSE 0.108 151.000 0.000 NA   NA
 3774159 3774160 USA300HOU_0638 USA300HOU_0639     FALSE 0.410 36.000 0.000 NA   NA
 3774160 3774161 USA300HOU_0639 USA300HOU_0640     FALSE 0.072 195.000 0.000 NA   NA
 3774161 3774162 USA300HOU_0640 USA300HOU_0641     TRUE 0.908 17.000 0.233 NA   NA
 3774163 3774164 USA300HOU_0642 USA300HOU_0643   mnhA1 TRUE 0.956 19.000 0.857 1.000   NA
 3774164 3774165 USA300HOU_0643 USA300HOU_0644 mnhA1 mnhB1 TRUE 0.992 -13.000 0.636 NA Y NA
 3774165 3774166 USA300HOU_0644 USA300HOU_0645 mnhB1 mnhC1 TRUE 0.991 -3.000 0.636 NA Y NA
 3774166 3774167 USA300HOU_0645 USA300HOU_0646 mnhC1 mnhD1 TRUE 0.997 -10.000 1.000 0.003 Y NA
 3774167 3774168 USA300HOU_0646 USA300HOU_0647 mnhD1 mnhE1 TRUE 0.988 1.000 0.500 1.000 Y NA
 3774168 3774169 USA300HOU_0647 USA300HOU_0648 mnhE1 mnhF1 TRUE 0.994 -3.000 0.429 0.073 Y NA
 3774169 3774170 USA300HOU_0648 USA300HOU_0649 mnhF1 mnhG1 TRUE 0.989 -25.000 0.273 1.000 Y NA
 3774170 3774171 USA300HOU_0649 USA300HOU_0650 mnhG1   FALSE 0.177 340.000 0.000 1.000 Y NA
 3774172 3774173 USA300HOU_0651 USA300HOU_0652     TRUE 0.987 -3.000 0.154 1.000 Y NA
 3774173 3774174 USA300HOU_0652 USA300HOU_0653     TRUE 0.990 -6.000 0.286 1.000 Y NA
 3774179 3774180 USA300HOU_0658 USA300HOU_0659 tagG tagB3 TRUE 0.819 99.000 0.138 0.084 Y NA
 3774180 3774181 USA300HOU_0659 USA300HOU_0660 tagB3 tagX TRUE 0.801 -3.000 0.000 NA   NA
 3774181 3774182 USA300HOU_0660 USA300HOU_0661 tagX tagD FALSE 0.250 63.000 0.000 NA   NA
 3774184 3774185 USA300HOU_0663 USA300HOU_0664     FALSE 0.205 71.000 0.000 NA   NA
 3774185 3774186 USA300HOU_0664 USA300HOU_0665   nupC2 FALSE 0.066 208.000 0.000 NA   NA
 3774186 3774187 USA300HOU_0665 USA300HOU_0666 nupC2   FALSE 0.047 255.000 0.000 NA   NA
 3774187 3774188 USA300HOU_0666 USA300HOU_0667     FALSE 0.084 178.000 0.000 NA   NA
 3774188 3774189 USA300HOU_0667 USA300HOU_0668   fhuC FALSE 0.038 282.000 0.000 NA   NA
 3774189 3774190 USA300HOU_0668 USA300HOU_0669 fhuC fhuB TRUE 0.931 36.000 0.179 1.000 Y NA
 3774190 3774191 USA300HOU_0669 USA300HOU_0670 fhuB fhuG TRUE 0.995 -3.000 0.857 0.040 Y NA
 3774191 3774192 USA300HOU_0670 USA300HOU_0671 fhuG   FALSE 0.102 234.000 0.000 1.000 N NA
 3774192 3774193 USA300HOU_0671 USA300HOU_0672     TRUE 0.965 42.000 0.316 0.001 Y NA
 3774193 3774194 USA300HOU_0672 USA300HOU_0673     TRUE 0.964 -7.000 0.155 1.000   NA
 3774194 3774195 USA300HOU_0673 USA300HOU_0674     FALSE 0.527 116.000 0.385 NA   NA
 3774195 3774196 USA300HOU_0674 USA300HOU_0675     FALSE 0.012 543.000 0.000 NA   NA
 3774196 3774197 USA300HOU_0675 USA300HOU_0676     FALSE 0.402 151.000 0.135 1.000   NA
 3774197 3774198 USA300HOU_0676 USA300HOU_0677     FALSE 0.029 329.000 0.000 NA   NA
 3774200 3774201 USA300HOU_0679 USA300HOU_0680     TRUE 0.916 16.000 0.208 NA N NA
 3774201 3774202 USA300HOU_0680 USA300HOU_0681     TRUE 0.994 -7.000 0.958 1.000 Y NA
 3774202 3774203 USA300HOU_0681 USA300HOU_0682   vraF FALSE 0.517 144.000 0.250 1.000 N NA
 3774203 3774204 USA300HOU_0682 USA300HOU_0683 vraF vraE TRUE 0.982 -10.000 0.714 1.000   NA
 3774204 3774205 USA300HOU_0683 USA300HOU_0684 vraE   FALSE 0.010 725.000 0.000 NA   NA
 3774205 3774206 USA300HOU_0684 USA300HOU_0685     TRUE 0.944 16.000 0.033 NA Y NA
 3774208 3774209 USA300HOU_0687 USA300HOU_0688     FALSE 0.010 697.000 0.000 NA   NA
 3774209 3774210 USA300HOU_0688 USA300HOU_0689   sarX FALSE 0.180 80.000 0.000 NA   NA
 3774210 3774211 USA300HOU_0689 USA300HOU_0690 sarX   FALSE 0.120 190.000 0.002 NA   NA
 3774211 3774212 USA300HOU_0690 USA300HOU_0691     TRUE 0.862 0.000 0.009 NA   NA
 3774212 3774213 USA300HOU_0691 USA300HOU_0692     FALSE 0.164 89.000 0.000 NA   NA
 3774213 3774214 USA300HOU_0692 USA300HOU_0693     FALSE 0.111 145.000 0.000 NA   NA
 3774214 3774215 USA300HOU_0693 USA300HOU_0694     FALSE 0.376 116.000 0.114 NA   NA
 3774215 3774216 USA300HOU_0694 USA300HOU_0695     FALSE 0.265 60.000 0.000 NA   NA
 3774216 3774217 USA300HOU_0695 USA300HOU_0696     FALSE 0.346 46.000 0.000 NA   NA
 3774217 3774218 USA300HOU_0696 USA300HOU_0697     TRUE 0.912 -3.000 0.034 NA   NA
 3774220 3774221 USA300HOU_0699 USA300HOU_0700     FALSE 0.224 67.000 0.000 NA   NA
 3774221 3774222 USA300HOU_0700 USA300HOU_0701     FALSE 0.461 138.000 0.286 NA   NA
 3774222 3774223 USA300HOU_0701 USA300HOU_0702     FALSE 0.381 80.000 0.043 NA   NA
 3774224 3774225 USA300HOU_0703 USA300HOU_0704     TRUE 0.829 2.000 0.017 NA   NA
 3774225 3774226 USA300HOU_0704 USA300HOU_0705     TRUE 0.778 3.000 0.007 NA   NA
 3774226 3774227 USA300HOU_0705 USA300HOU_0706   bacA FALSE 0.088 172.000 0.000 NA   NA
 3774228 3774229 USA300HOU_0707 USA300HOU_0708     TRUE 0.993 -3.000 0.222 0.005 Y NA
 3774231 3774232 USA300HOU_0710 USA300HOU_0711 cobW2   FALSE 0.251 103.000 0.012 NA   NA
 3774232 3774233 USA300HOU_0711 USA300HOU_0712     TRUE 0.590 35.000 0.012 NA   NA
 3774233 3774234 USA300HOU_0712 USA300HOU_0713     FALSE 0.038 283.000 0.000 NA   NA
 3774234 3774235 USA300HOU_0713 USA300HOU_0714   phrB FALSE 0.388 86.000 0.010 1.000 N NA
 3774236 3774237 USA300HOU_0715 USA300HOU_0716     TRUE 0.932 -3.000 0.069 NA   NA
 3774237 3774238 USA300HOU_0716 USA300HOU_0717     FALSE 0.078 186.000 0.000 NA   NA
 3774239 3774240 USA300HOU_0718 USA300HOU_0719 norA   FALSE 0.035 293.000 0.000 NA   NA
 3774240 3774241 USA300HOU_0719 USA300HOU_0720     FALSE 0.153 174.000 0.010 NA   NA
 3774241 3774242 USA300HOU_0720 USA300HOU_0721     FALSE 0.189 253.000 0.004 0.056   NA
 3774242 3774243 USA300HOU_0721 USA300HOU_0722   fruK TRUE 0.983 -3.000 0.063 1.000 Y NA
 3774243 3774244 USA300HOU_0722 USA300HOU_0723 fruK fruA TRUE 0.983 6.000 0.889 1.000 Y NA
 3774244 3774245 USA300HOU_0723 USA300HOU_0724 fruA nagA FALSE 0.207 308.000 0.000 1.000 Y NA
 3774245 3774246 USA300HOU_0724 USA300HOU_0725 nagA   FALSE 0.089 221.000 0.000 1.000   NA
 3774246 3774247 USA300HOU_0725 USA300HOU_0726     FALSE 0.231 222.000 0.100 1.000   NA
 3774247 3774248 USA300HOU_0726 USA300HOU_0727     FALSE 0.342 132.000 0.100 NA   NA
 3774249 3774250 USA300HOU_0728 USA300HOU_0729 saeS saeR TRUE 0.990 0.000 0.500 1.000 Y NA
 3774250 3774251 USA300HOU_0729 USA300HOU_0730 saeR   TRUE 0.960 -25.000 0.250 NA   NA
 3774251 3774252 USA300HOU_0730 USA300HOU_0731     FALSE 0.027 342.000 0.000 NA   NA
 3774252 3774253 USA300HOU_0731 USA300HOU_0732     FALSE 0.039 280.000 0.000 NA   NA
 3774253 3774254 USA300HOU_0732 USA300HOU_0733   exsD FALSE 0.382 99.000 0.080 NA   NA
 3774254 3774255 USA300HOU_0733 USA300HOU_0734 exsD   TRUE 0.943 4.000 0.307 1.000 N NA
 3774255 3774256 USA300HOU_0734 USA300HOU_0735   exsB TRUE 0.891 2.000 0.041 1.000   NA
 3774257 3774258 USA300HOU_0736 USA300HOU_0737 pabA pabB TRUE 0.989 -25.000 0.027 0.002 Y NA
 3774258 3774259 USA300HOU_0737 USA300HOU_0738 pabB pabC TRUE 0.986 0.000 0.219 1.000 Y NA
 3774259 3774260 USA300HOU_0738 USA300HOU_0739 pabC   FALSE 0.396 66.000 0.019 NA   NA
 3774260 3774261 USA300HOU_0739 USA300HOU_0740     TRUE 0.601 88.000 0.375 NA   NA
 3774261 3774262 USA300HOU_0740 USA300HOU_0741     TRUE 0.994 -16.000 0.194 0.002 Y NA
 3774262 3774263 USA300HOU_0741 USA300HOU_0742     FALSE 0.029 474.000 0.000 1.000 N NA
 3774263 3774264 USA300HOU_0742 USA300HOU_0743     FALSE 0.064 271.000 0.000 1.000   NA
 3774264 3774265 USA300HOU_0743 USA300HOU_0744   recQ1 TRUE 0.795 12.000 0.022 1.000   NA
 3774265 3774266 USA300HOU_0744 USA300HOU_0745 recQ1   FALSE 0.190 222.000 0.029 1.000 N NA
 3774266 3774267 USA300HOU_0745 USA300HOU_0746     TRUE 0.979 -7.000 0.382 1.000 N NA
 3774267 3774268 USA300HOU_0746 USA300HOU_0747   hisC1 FALSE 0.170 240.000 0.027 1.000 N NA
 3774268 3774269 USA300HOU_0747 USA300HOU_0748 hisC1   FALSE 0.091 351.000 0.102 NA   NA
 3774272 3774273 USA300HOU_0751 USA300HOU_0752     FALSE 0.042 341.000 0.000 1.000   NA
 3774273 3774274 USA300HOU_0752 USA300HOU_0753     TRUE 0.798 20.000 0.005 1.000   NA
 3774275 3774276 USA300HOU_0754 USA300HOU_0755 nrdI nrdE TRUE 0.995 -37.000 0.533 0.001 Y NA
 3774276 3774277 USA300HOU_0755 USA300HOU_0756 nrdE nrdF TRUE 0.911 118.000 0.875 0.001 Y NA
 3774277 3774278 USA300HOU_0756 USA300HOU_0757 nrdF   FALSE 0.118 133.000 0.000 NA   NA
 3774278 3774279 USA300HOU_0757 USA300HOU_0758     FALSE 0.040 277.000 0.000 NA   NA
 3774279 3774280 USA300HOU_0758 USA300HOU_0759     TRUE 0.801 -3.000 0.000 NA   NA
 3774280 3774281 USA300HOU_0759 USA300HOU_0760     TRUE 0.996 -13.000 0.870 0.040 Y NA
 3774281 3774282 USA300HOU_0760 USA300HOU_0761     TRUE 0.993 -3.000 0.870 1.000 Y NA
 3774282 3774283 USA300HOU_0761 USA300HOU_0762     TRUE 0.628 119.000 0.031 1.000 Y NA
 3774284 3774285 USA300HOU_0763 USA300HOU_0764   murB TRUE 0.779 12.000 0.014 1.000   NA
 3774285 3774286 USA300HOU_0764 USA300HOU_0765 murB   TRUE 0.817 -10.000 0.000 NA   NA
 3774286 3774287 USA300HOU_0765 USA300HOU_0766     TRUE 0.586 9.000 0.000 NA   NA
 3774288 3774289 USA300HOU_0767 USA300HOU_0768     FALSE 0.283 154.000 0.069 NA   NA
 3774289 3774290 USA300HOU_0768 USA300HOU_0769     FALSE 0.018 425.000 0.000 NA   NA
 3774291 3774292 USA300HOU_0770 USA300HOU_0771 pepT   TRUE 0.867 14.000 0.127 NA   NA
 3774292 3774293 USA300HOU_0771 USA300HOU_0772     TRUE 0.949 18.000 0.875 NA   NA
 3774293 3774294 USA300HOU_0772 USA300HOU_0773     FALSE 0.202 196.000 0.067 NA   NA
 3774297 3774298 USA300HOU_0776 USA300HOU_0777     FALSE 0.120 364.000 0.214 NA   NA
 3774298 3774299 USA300HOU_0777 USA300HOU_0778     TRUE 0.961 -10.000 0.130 1.000   NA
 3774299 3774300 USA300HOU_0778 USA300HOU_0779     TRUE 0.553 61.000 0.080 NA   NA
 3774300 3774301 USA300HOU_0779 USA300HOU_0780   secA1 FALSE 0.059 414.000 0.041 NA N NA
 3774301 3774302 USA300HOU_0780 USA300HOU_0781 secA1   FALSE 0.364 42.000 0.000 NA   NA
 3774302 3774303 USA300HOU_0781 USA300HOU_0782   prfB FALSE 0.019 404.000 0.000 NA   NA
 3774303 3774304 USA300HOU_0782 USA300HOU_0783 prfB   FALSE 0.029 409.000 0.000 1.000   NA
 3774304 3774305 USA300HOU_0783 USA300HOU_0784     FALSE 0.199 174.000 0.010 1.000   NA
 3774305 3774306 USA300HOU_0784 USA300HOU_0785     TRUE 0.938 -3.000 0.093 NA   NA
 3774306 3774307 USA300HOU_0785 USA300HOU_0786   uvrB FALSE 0.073 269.000 0.007 NA   NA
 3774307 3774308 USA300HOU_0786 USA300HOU_0787 uvrB uvrA TRUE 0.982 8.000 0.154 0.001 Y NA
 3774308 3774309 USA300HOU_0787 USA300HOU_0788 uvrA hprK FALSE 0.029 662.000 0.002 1.000 N NA
 3774309 3774310 USA300HOU_0788 USA300HOU_0789 hprK lgt TRUE 0.948 6.000 0.494 1.000 N NA
 3774310 3774311 USA300HOU_0789 USA300HOU_0790 lgt   TRUE 0.843 8.000 0.045 1.000   NA
 3774311 3774312 USA300HOU_0790 USA300HOU_0791     TRUE 0.902 8.000 0.169 1.000   NA
 3774312 3774313 USA300HOU_0791 USA300HOU_0792   trxB1 TRUE 0.655 67.000 0.183 1.000   NA
 3774315 3774316 USA300HOU_0794 USA300HOU_0795     TRUE 0.958 -3.000 0.214 NA   NA
 3774316 3774317 USA300HOU_0795 USA300HOU_0796     TRUE 0.564 110.000 0.470 NA   NA
 3774323 3774324 USA300HOU_0801 USA300HOU_0802   gap TRUE 0.691 53.000 0.076 1.000 N NA
 3774324 3774325 USA300HOU_0802 USA300HOU_0803 gap pgk TRUE 0.698 139.000 0.006 0.006 Y NA
 3774325 3774326 USA300HOU_0803 USA300HOU_0804 pgk tpi TRUE 0.715 122.000 0.141 1.000 Y NA
 3774326 3774327 USA300HOU_0804 USA300HOU_0805 tpi pgm TRUE 0.971 3.000 0.138 1.000 Y NA
 3774327 3774328 USA300HOU_0805 USA300HOU_0806 pgm eno TRUE 0.704 130.000 0.136 1.000 Y NA
 3774328 3774329 USA300HOU_0806 USA300HOU_0807 eno   FALSE 0.046 340.000 0.005 NA   NA
 3774329 3774330 USA300HOU_0807 USA300HOU_0808   secG FALSE 0.344 67.000 0.007 NA   NA
 3774330 3774331 USA300HOU_0808 USA300HOU_0809 secG   FALSE 0.327 116.000 0.032 1.000   NA
 3774331 3774332 USA300HOU_0809 USA300HOU_0810   vacB TRUE 0.759 34.000 0.060 1.000   NA
 3774332 3774333 USA300HOU_0810 USA300HOU_0811 vacB   TRUE 0.949 22.000 0.143 0.020 N NA
 3774333 3774334 USA300HOU_0811 USA300HOU_nc0003   ssrA FALSE 0.140 106.000 0.000 NA   NA
 3774334 3774335 USA300HOU_nc0003 USA300HOU_0812 ssrA   FALSE 0.025 354.000 0.000 NA   NA
 3774336 3774337 USA300HOU_0813 USA300HOU_0814     TRUE 0.628 16.000 0.000 NA   NA
 3774337 3774338 USA300HOU_0814 USA300HOU_0815     FALSE 0.074 192.000 0.000 NA   NA
 3774339 3774340 USA300HOU_0816 USA300HOU_0817     TRUE 0.591 8.000 0.000 NA   NA
 3774340 3774341 USA300HOU_0817 USA300HOU_0818     FALSE 0.060 217.000 0.000 NA   NA
 3774341 3774342 USA300HOU_0818 USA300HOU_0819   clfA FALSE 0.069 263.000 0.000 1.000   NA
 3774342 3774343 USA300HOU_0819 USA300HOU_0820 clfA vwb FALSE 0.059 221.000 0.000 NA   NA
 3774343 3774344 USA300HOU_0820 USA300HOU_0821 vwb emp FALSE 0.025 351.000 0.000 NA   NA
 3774344 3774345 USA300HOU_0821 USA300HOU_0822 emp   FALSE 0.028 335.000 0.000 NA   NA
 3774345 3774346 USA300HOU_0822 USA300HOU_0823   nuc FALSE 0.027 341.000 0.000 NA   NA
 3774346 3774347 USA300HOU_0823 USA300HOU_0824 nuc csp FALSE 0.047 357.000 0.000 1.000 N NA
 3774348 3774349 USA300HOU_0825 USA300HOU_0826     TRUE 0.770 62.000 0.667 NA   NA
 3774349 3774350 USA300HOU_0826 USA300HOU_0827     FALSE 0.166 88.000 0.000 NA   NA
 3774350 3774351 USA300HOU_0827 USA300HOU_0828     FALSE 0.019 405.000 0.000 NA   NA
 3774355 3774356 USA300HOU_0832 USA300HOU_0833     FALSE 0.420 155.000 0.167 1.000   NA
 3774359 3774360 USA300HOU_0836 USA300HOU_0837 aroD   FALSE 0.432 83.000 0.022 1.000 N NA
 3774362 3774363 USA300HOU_0839 USA300HOU_0840 arsC1 gcvH FALSE 0.449 158.000 0.170 1.000 N NA
 3774363 3774364 USA300HOU_0840 USA300HOU_0841 gcvH   FALSE 0.243 64.000 0.000 NA   NA
 3774364 3774365 USA300HOU_0841 USA300HOU_0842     TRUE 0.696 2.000 0.000 NA   NA
 3774365 3774366 USA300HOU_0842 USA300HOU_0843     FALSE 0.207 70.000 0.000 NA   NA
 3774366 3774367 USA300HOU_0843 USA300HOU_0844     TRUE 0.612 22.000 0.000 NA   NA
 3774367 3774368 USA300HOU_0844 USA300HOU_0845     FALSE 0.020 391.000 0.000 NA   NA
 3774368 3774369 USA300HOU_0845 USA300HOU_0846     TRUE 0.973 -7.000 0.443 NA   NA
 3774369 3774370 USA300HOU_0846 USA300HOU_0847     FALSE 0.048 250.000 0.000 NA   NA
 3774370 3774371 USA300HOU_0847 USA300HOU_0848     TRUE 0.993 -7.000 0.642 1.000 Y NA
 3774371 3774372 USA300HOU_0848 USA300HOU_0849     TRUE 0.955 18.000 0.085 NA Y NA
 3774373 3774374 USA300HOU_0850 USA300HOU_0851     FALSE 0.238 88.000 0.000 1.000   NA
 3774374 3774375 USA300HOU_0851 USA300HOU_0852     TRUE 0.855 24.000 0.000 0.016   NA
 3774375 3774376 USA300HOU_0852 USA300HOU_0853     TRUE 0.625 17.000 0.000 NA   NA
 3774376 3774377 USA300HOU_0853 USA300HOU_0854     TRUE 0.893 12.000 0.286 NA   NA
 3774378 3774379 USA300HOU_0855 USA300HOU_0856     TRUE 0.817 -7.000 0.000 NA   NA
 3774379 3774380 USA300HOU_0856 USA300HOU_0857     TRUE 0.981 -9.000 1.000 NA   NA
 3774380 3774381 USA300HOU_0857 USA300HOU_0858     TRUE 0.789 -33.000 0.000 NA   NA
 3774381 3774382 USA300HOU_0858 USA300HOU_0859     TRUE 0.696 2.000 0.000 NA   NA
 3774382 3774383 USA300HOU_0859 USA300HOU_0860     TRUE 0.733 1.000 0.000 NA   NA
 3774383 3774384 USA300HOU_0860 USA300HOU_0861     FALSE 0.161 92.000 0.000 NA   NA
 3774384 3774385 USA300HOU_0861 USA300HOU_0862     FALSE 0.010 671.000 0.000 NA   NA
 3774385 3774386 USA300HOU_0862 USA300HOU_0863     FALSE 0.057 225.000 0.000 NA   NA
 3774386 3774387 USA300HOU_0863 USA300HOU_0864     TRUE 0.813 -13.000 0.000 NA   NA
 3774387 3774388 USA300HOU_0864 USA300HOU_0865     FALSE 0.079 184.000 0.000 NA   NA
 3774388 3774389 USA300HOU_0865 USA300HOU_0866     FALSE 0.017 429.000 0.000 NA   NA
 3774393 3774394 USA300HOU_0870 USA300HOU_0871     TRUE 0.759 98.000 0.139 1.000 Y NA
 3774396 3774397 USA300HOU_0873 USA300HOU_0874 sufS iscU TRUE 0.976 -10.000 0.292 1.000 N NA
 3774397 3774398 USA300HOU_0874 USA300HOU_0875 iscU   TRUE 0.636 151.000 0.152 0.002 N NA
 3774398 3774399 USA300HOU_0875 USA300HOU_0876     FALSE 0.075 190.000 0.000 NA   NA
 3774401 3774402 USA300HOU_0878 USA300HOU_0879     TRUE 0.843 14.000 0.085 NA   NA
 3774404 3774405 USA300HOU_0881 USA300HOU_0882     FALSE 0.330 48.000 0.000 NA   NA
 3774405 3774406 USA300HOU_0882 USA300HOU_0883     TRUE 0.899 13.000 0.303 NA   NA
 3774406 3774407 USA300HOU_0883 USA300HOU_0884     TRUE 0.909 27.000 0.299 1.000   NA
 3774407 3774408 USA300HOU_0884 USA300HOU_0885   lipA FALSE 0.401 84.000 0.012 1.000 N NA
 3774408 3774409 USA300HOU_0885 USA300HOU_0886 lipA   FALSE 0.238 121.000 0.021 NA   NA
 3774411 3774412 USA300HOU_0888 USA300HOU_0889     TRUE 0.952 0.000 0.237 NA   NA
 3774412 3774413 USA300HOU_0889 USA300HOU_0890     TRUE 0.878 33.000 0.082 0.059 N NA
 3774413 3774414 USA300HOU_0890 USA300HOU_0891     FALSE 0.047 257.000 0.000 NA   NA
 3774414 3774415 USA300HOU_0891 USA300HOU_0892     FALSE 0.330 48.000 0.000 NA   NA
 3774415 3774416 USA300HOU_0892 USA300HOU_0893   dltA TRUE 0.939 16.000 0.549 NA   NA
 3774416 3774417 USA300HOU_0893 USA300HOU_0894 dltA dltB TRUE 0.974 -3.000 0.435 NA N NA
 3774417 3774418 USA300HOU_0894 USA300HOU_0895 dltB dltC TRUE 0.927 18.000 0.387 NA   NA
 3774418 3774419 USA300HOU_0895 USA300HOU_0896 dltC dltD TRUE 0.929 -3.000 0.064 NA   NA
 3774423 3774424 USA300HOU_0900 USA300HOU_0901     TRUE 0.723 13.000 0.012 NA   NA
 3774424 3774425 USA300HOU_0901 USA300HOU_0902     FALSE 0.016 454.000 0.000 NA   NA
 3774425 3774426 USA300HOU_0902 USA300HOU_0903     FALSE 0.013 2017.000 0.000 1.000   NA
 3774426 3774427 USA300HOU_0903 USA300HOU_0904     TRUE 0.833 19.000 0.052 NA   NA
 3774428 3774429 USA300HOU_0905 USA300HOU_0906   mnhG2 FALSE 0.301 249.000 0.364 NA N NA
 3774429 3774430 USA300HOU_0906 USA300HOU_0907 mnhG2 mnhF2 TRUE 0.989 -22.000 0.244 1.000 Y NA
 3774430 3774431 USA300HOU_0907 USA300HOU_0908 mnhF2 mnhE2 TRUE 0.994 0.000 0.829 0.069 Y NA
 3774431 3774432 USA300HOU_0908 USA300HOU_0909 mnhE2 mnhD2 TRUE 0.993 2.000 0.842 0.005 Y NA
 3774432 3774433 USA300HOU_0909 USA300HOU_0910 mnhD2 mnhC2 TRUE 0.994 -7.000 0.211 0.003 Y NA
 3774433 3774434 USA300HOU_0910 USA300HOU_0911 mnhC2 mnhB2 TRUE 0.983 0.000 0.195 NA Y NA
 3774434 3774435 USA300HOU_0911 USA300HOU_0912 mnhB2 mnhA2 TRUE 0.991 -7.000 0.439 NA Y NA
 3774435 3774436 USA300HOU_0912 USA300HOU_0913 mnhA2 kapB FALSE 0.431 131.000 0.206 NA   NA
 3774437 3774438 USA300HOU_0914 USA300HOU_0915 prsA1   FALSE 0.017 1155.000 0.000 1.000 N NA
 3774438 3774439 USA300HOU_0915 USA300HOU_0916   rocD FALSE 0.064 308.000 0.000 1.000 N NA
 3774439 3774440 USA300HOU_0916 USA300HOU_0917 rocD gudB TRUE 0.631 109.000 0.019 1.000 Y NA
 3774441 3774442 USA300HOU_0918 USA300HOU_0919 glpQ2 argH FALSE 0.133 242.000 0.003 1.000 N NA
 3774442 3774443 USA300HOU_0919 USA300HOU_0920 argH argG TRUE 0.990 -10.000 0.278 1.000 Y NA
 3774444 3774445 USA300HOU_0921 USA300HOU_0922 pgi   FALSE 0.050 325.000 0.005 NA   NA
 3774445 3774446 USA300HOU_0922 USA300HOU_0923   spsA TRUE 0.873 5.000 0.115 NA   NA
 3774446 3774447 USA300HOU_0923 USA300HOU_0924 spsA spsB TRUE 0.984 7.000 0.184 0.001 Y NA
 3774447 3774448 USA300HOU_0924 USA300HOU_0925 spsB rexB FALSE 0.341 160.000 0.057 1.000 N NA
 3774448 3774449 USA300HOU_0925 USA300HOU_0926 rexB rexA TRUE 0.993 1.000 0.408 0.002 Y NA
 3774449 3774450 USA300HOU_0926 USA300HOU_0927 rexA   FALSE 0.349 166.000 0.075 1.000 N NA
 3774450 3774451 USA300HOU_0927 USA300HOU_0928     FALSE 0.067 329.000 0.028 NA   NA
 3774452 3774453 USA300HOU_0929 USA300HOU_0930 cdr   TRUE 0.740 52.000 0.171 1.000   NA
 3774454 3774455 USA300HOU_0931 USA300HOU_0932     FALSE 0.012 547.000 0.000 NA   NA
 3774455 3774456 USA300HOU_0932 USA300HOU_0933   clpB FALSE 0.128 203.000 0.000 1.000 N NA
 3774458 3774459 USA300HOU_0935 USA300HOU_0936 leuA1   TRUE 0.852 -16.000 0.000 NA N NA
 3774461 3774462 USA300HOU_0938 USA300HOU_0939   eap FALSE 0.009 810.000 0.000 NA   NA
 3774464 3774465 USA300HOU_0941 USA300HOU_0942 fabH1 fabH2 TRUE 0.956 12.000 0.000 0.001 Y NA
 3774467 3774468 USA300HOU_0944 USA300HOU_0945 oppB1 oppC1 TRUE 0.986 0.000 0.062 0.038 Y NA
 3774468 3774469 USA300HOU_0945 USA300HOU_0946 oppC1 oppD1 TRUE 0.983 17.000 0.857 1.000 Y NA
 3774469 3774470 USA300HOU_0946 USA300HOU_0947 oppD1 oppF1 TRUE 0.993 -10.000 0.111 0.002 Y NA
 3774470 3774471 USA300HOU_0947 USA300HOU_0948 oppF1 oppA1 TRUE 0.960 19.000 0.074 1.000 Y NA
 3774471 3774472 USA300HOU_0948 USA300HOU_0949 oppA1 oppA2 FALSE 0.462 212.000 0.000 0.038 Y NA
 3774472 3774473 USA300HOU_0949 USA300HOU_0950 oppA2 oppD2 TRUE 0.778 51.000 0.000 1.000 Y NA
 3774473 3774474 USA300HOU_0950 USA300HOU_0951 oppD2 oppD3 TRUE 0.990 3.000 0.333 0.001 Y NA
 3774474 3774475 USA300HOU_0951 USA300HOU_0952 oppD3 oppB3 TRUE 0.983 -7.000 0.045 1.000 Y NA
 3774475 3774476 USA300HOU_0952 USA300HOU_0953 oppB3 oppC3 TRUE 0.974 12.000 0.159 0.038 Y NA
 3774478 3774479 USA300HOU_0955 USA300HOU_0956   mecA2 FALSE 0.081 371.000 0.063 NA N NA
 3774479 3774480 USA300HOU_0956 USA300HOU_0957 mecA2   FALSE 0.124 121.000 0.000 NA   NA
 3774480 3774481 USA300HOU_0957 USA300HOU_0958     FALSE 0.330 48.000 0.000 NA   NA
 3774482 3774483 USA300HOU_0959 USA300HOU_0960     TRUE 0.874 23.000 0.138 NA   NA
 3774483 3774484 USA300HOU_0960 USA300HOU_0961     FALSE 0.411 104.000 0.063 1.000   NA
 3774485 3774486 USA300HOU_0962 USA300HOU_0963   relA1 TRUE 0.915 17.000 0.283 NA   NA
 3774486 3774487 USA300HOU_0963 USA300HOU_0964 relA1 ppnK TRUE 0.953 17.000 0.725 1.000   NA
 3774487 3774488 USA300HOU_0964 USA300HOU_0965 ppnK rluA1 TRUE 0.979 -3.000 0.480 1.000 N NA
 3774488 3774489 USA300HOU_0965 USA300HOU_0966 rluA1 mgtE TRUE 0.920 21.000 0.163 1.000 N NA
 3774489 3774490 USA300HOU_0966 USA300HOU_0967 mgtE   TRUE 0.955 10.000 0.094 1.000 Y NA
 3774490 3774491 USA300HOU_0967 USA300HOU_0968     FALSE 0.215 68.000 0.000 NA   NA
 3774491 3774492 USA300HOU_0968 USA300HOU_0969   fabI FALSE 0.157 94.000 0.000 NA   NA
 3774494 3774495 USA300HOU_0971 USA300HOU_0972     FALSE 0.149 142.000 0.000 NA N NA
 3774495 3774496 USA300HOU_0972 USA300HOU_0973     FALSE 0.372 194.000 0.287 NA N NA
 3774497 3774498 USA300HOU_0974 USA300HOU_0975     TRUE 0.971 -22.000 0.239 1.000 N NA
 3774499 3774500 USA300HOU_0976 USA300HOU_0977 murE1   TRUE 0.898 -7.000 0.012 NA   NA
 3774500 3774501 USA300HOU_0977 USA300HOU_0978   prfC TRUE 0.862 0.000 0.009 NA   NA
 3774501 3774502 USA300HOU_0978 USA300HOU_0979 prfC   FALSE 0.066 302.000 0.000 1.000 N NA
 3774502 3774503 USA300HOU_0979 USA300HOU_0980     FALSE 0.238 234.000 0.095 1.000 N NA
 3774503 3774504 USA300HOU_0980 USA300HOU_0981     TRUE 0.902 17.000 0.096 1.000 N NA
 3774504 3774505 USA300HOU_0981 USA300HOU_0982     FALSE 0.393 139.000 0.068 1.000 N NA
 3774506 3774507 USA300HOU_t0014 USA300HOU_t0015     TRUE 0.659 3.000 0.000 NA   NA
 3774507 3774508 USA300HOU_t0015 USA300HOU_0983     FALSE 0.113 142.000 0.000 NA   NA
 3774509 3774510 USA300HOU_0984 USA300HOU_0985     FALSE 0.018 922.000 0.000 1.000 N NA
 3774511 3774512 USA300HOU_0986 USA300HOU_0987     FALSE 0.243 64.000 0.000 NA   NA
 3774515 3774516 USA300HOU_0990 USA300HOU_0991 menF menD TRUE 0.987 -13.000 0.142 1.000 Y NA
 3774516 3774517 USA300HOU_0991 USA300HOU_0992 menD   TRUE 0.973 -13.000 0.355 NA N NA
 3774517 3774518 USA300HOU_0992 USA300HOU_0993   menB TRUE 0.970 -7.000 0.280 NA N NA
 3774519 3774520 USA300HOU_0994 USA300HOU_0995 sspC sspB FALSE 0.499 38.000 0.000 1.000   NA
 3774520 3774521 USA300HOU_0995 USA300HOU_0996 sspB sspA FALSE 0.441 82.000 0.000 0.031   NA
 3774521 3774522 USA300HOU_0996 USA300HOU_0997 sspA   FALSE 0.016 3667.000 0.000 1.000 N NA
 3774522 3774523 USA300HOU_0997 USA300HOU_0998     FALSE 0.086 228.000 0.000 1.000   NA
 3774523 3774524 USA300HOU_0998 USA300HOU_0999     FALSE 0.490 140.000 0.364 NA   NA
 3774524 3774525 USA300HOU_0999 USA300HOU_1000     TRUE 0.837 48.000 0.800 NA   NA
 3774527 3774528 USA300HOU_1002 USA300HOU_1003 qoxD qoxC TRUE 0.997 -3.000 0.959 0.001 Y NA
 3774528 3774529 USA300HOU_1003 USA300HOU_1004 qoxC qoxB TRUE 0.996 -10.000 0.957 0.029 Y NA
 3774529 3774530 USA300HOU_1004 USA300HOU_1005 qoxB qoxA TRUE 0.994 0.000 0.489 0.004 Y NA
 3774532 3774533 USA300HOU_1007 USA300HOU_1008   folD FALSE 0.015 805.000 0.000 1.000   NA
 3774534 3774535 USA300HOU_1009 USA300HOU_1010 purE purK TRUE 0.989 -13.000 0.008 0.001 Y NA
 3774535 3774536 USA300HOU_1010 USA300HOU_1011 purK purC TRUE 0.950 4.000 0.015 1.000 Y NA
 3774536 3774537 USA300HOU_1011 USA300HOU_1012 purC purS TRUE 0.989 0.000 0.460 1.000 Y NA
 3774537 3774538 USA300HOU_1012 USA300HOU_1013 purS purQ TRUE 0.993 2.000 0.656 0.001 Y NA
 3774538 3774539 USA300HOU_1013 USA300HOU_1014 purQ purL TRUE 0.996 -7.000 0.346 0.001 Y NA
 3774539 3774540 USA300HOU_1014 USA300HOU_1015 purL purF TRUE 0.988 -21.000 0.223 1.000 Y NA
 3774540 3774541 USA300HOU_1015 USA300HOU_1016 purF purM TRUE 0.990 -7.000 0.248 1.000 Y NA
 3774541 3774542 USA300HOU_1016 USA300HOU_1017 purM purH FALSE 0.101 575.000 0.004 1.000 Y NA
 3774542 3774543 USA300HOU_1017 USA300HOU_1018 purH purD TRUE 0.972 22.000 0.238 1.000 Y NA
 3774544 3774545 USA300HOU_1019 USA300HOU_1020     TRUE 0.978 -7.000 0.469 1.000   NA
 3774545 3774546 USA300HOU_1020 USA300HOU_1021     TRUE 0.909 15.000 0.241 NA   NA
 3774547 3774548 USA300HOU_1022 USA300HOU_1023     FALSE 0.051 425.000 0.050 NA   NA
 3774548 3774549 USA300HOU_1023 USA300HOU_1024     TRUE 0.621 54.000 0.100 NA   NA
 3774549 3774550 USA300HOU_1024 USA300HOU_1025   ptsH FALSE 0.254 154.000 0.047 NA   NA
 3774550 3774551 USA300HOU_1025 USA300HOU_1026 ptsH ptsI TRUE 0.978 3.000 0.054 0.014 Y NA
 3774553 3774554 USA300HOU_1028 USA300HOU_1029 cydA cydB TRUE 0.995 -3.000 0.778 0.029 Y NA
 3774554 3774555 USA300HOU_1029 USA300HOU_1030 cydB   FALSE 0.488 133.000 0.163 1.000 N NA
 3774556 3774557 USA300HOU_1031 USA300HOU_1032     TRUE 0.968 0.000 0.576 NA   NA
 3774557 3774558 USA300HOU_1032 USA300HOU_1033     FALSE 0.521 29.000 0.000 NA   NA
 3774558 3774559 USA300HOU_1033 USA300HOU_1034   pdf1 FALSE 0.029 330.000 0.000 NA   NA
 3774560 3774561 USA300HOU_1035 USA300HOU_1036   pdhA FALSE 0.220 171.000 0.046 NA   NA
 3774561 3774562 USA300HOU_1036 USA300HOU_1037 pdhA phdB TRUE 0.990 4.000 0.484 0.001 Y NA
 3774562 3774563 USA300HOU_1037 USA300HOU_1038 phdB pdhC TRUE 0.913 91.000 0.883 0.057 Y NA
 3774563 3774564 USA300HOU_1038 USA300HOU_1039 pdhC pdhD TRUE 0.985 4.000 0.948 1.000 Y NA
 3774564 3774565 USA300HOU_1039 USA300HOU_1040 pdhD   FALSE 0.279 168.000 0.096 NA   NA
 3774565 3774566 USA300HOU_1040 USA300HOU_1041     FALSE 0.245 144.000 0.034 NA   NA
 3774566 3774567 USA300HOU_1041 USA300HOU_1042   potA TRUE 0.927 13.000 0.326 1.000 N NA
 3774567 3774568 USA300HOU_1042 USA300HOU_1043 potA potD FALSE 0.098 1605.000 0.000 0.037 Y NA
 3774568 3774569 USA300HOU_1043 USA300HOU_1044 potD   FALSE 0.471 74.000 0.089 NA   NA
 3774569 3774570 USA300HOU_1044 USA300HOU_1045     FALSE 0.038 283.000 0.000 NA   NA
 3774570 3774571 USA300HOU_1045 USA300HOU_1046     FALSE 0.381 39.000 0.000 NA   NA
 3774571 3774572 USA300HOU_1046 USA300HOU_1047     FALSE 0.008 3520.000 0.000 NA   NA
 3774573 3774574 USA300HOU_1048 USA300HOU_1049     TRUE 0.922 2.000 0.173 NA   NA
 3774575 3774576 USA300HOU_1050 USA300HOU_1051     FALSE 0.034 302.000 0.000 NA   NA
 3774576 3774577 USA300HOU_1051 USA300HOU_1052   pycA FALSE 0.023 554.000 0.000 1.000 N NA
 3774579 3774580 USA300HOU_1054 USA300HOU_1055 ctaB   TRUE 0.769 25.000 0.027 NA   NA
 3774580 3774581 USA300HOU_1055 USA300HOU_1056     FALSE 0.084 327.000 0.052 NA   NA
 3774581 3774582 USA300HOU_1056 USA300HOU_1058     TRUE 0.920 16.000 0.301 NA   NA
 3774582 3774583 USA300HOU_1058 USA300HOU_1059     FALSE 0.071 1228.000 0.500 NA   NA
 3774585 3774586 USA300HOU_1061 USA300HOU_1062   coaD TRUE 0.959 2.000 0.367 1.000 N NA
 3774587 3774588 USA300HOU_1063 USA300HOU_1064   isdA FALSE 0.008 3231.000 0.000 NA   NA
 3774589 3774590 USA300HOU_1065 USA300HOU_1066 isdC   TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 3774590 3774591 USA300HOU_1066 USA300HOU_1067   isdE TRUE 0.801 -3.000 0.000 NA   NA
 3774591 3774592 USA300HOU_1067 USA300HOU_1068 isdE isdF TRUE 0.980 13.000 0.877 1.000 Y NA
 3774592 3774593 USA300HOU_1068 USA300HOU_1069 isdF isdG2 FALSE 0.015 815.000 0.000 1.000   NA
 3774593 3774594 USA300HOU_1069 USA300HOU_1070 isdG2   FALSE 0.398 37.000 0.000 NA   NA
 3774594 3774595 USA300HOU_1070 USA300HOU_1071     FALSE 0.351 45.000 0.000 NA   NA
 3774595 3774596 USA300HOU_1071 USA300HOU_1072   spoU/trmH FALSE 0.154 97.000 0.000 NA   NA
 3774596 3774597 USA300HOU_1072 USA300HOU_1073 spoU/trmH pheS FALSE 0.177 381.000 0.006 1.000 Y NA
 3774597 3774598 USA300HOU_1073 USA300HOU_1074 pheS pheT1 TRUE 0.995 0.000 0.574 0.001 Y NA
 3774600 3774601 USA300HOU_1076 USA300HOU_1077     TRUE 0.911 1.000 0.091 NA   NA
 3774601 3774602 USA300HOU_1077 USA300HOU_1078   dinB FALSE 0.513 73.000 0.066 1.000   NA
 3774602 3774603 USA300HOU_1078 USA300HOU_1079 dinB   TRUE 0.958 10.000 0.114 1.000 Y NA
 3774603 3774604 USA300HOU_1079 USA300HOU_1080   trxA FALSE 0.216 173.000 0.018 1.000   NA
 3774606 3774607 USA300HOU_1082 USA300HOU_1083 uvrC sdhC FALSE 0.058 324.000 0.000 1.000 N NA
 3774607 3774608 USA300HOU_1083 USA300HOU_1084 sdhC sdhA1 TRUE 0.947 52.000 0.184 0.001 Y NA
 3774608 3774609 USA300HOU_1084 USA300HOU_1085 sdhA1 sdhB1 TRUE 0.993 0.000 0.231 0.001 Y NA
 3774609 3774610 USA300HOU_1085 USA300HOU_1086 sdhB1 murI FALSE 0.137 236.000 0.002 1.000 N NA
 3774610 3774611 USA300HOU_1086 USA300HOU_1087 murI   TRUE 0.835 12.000 0.034 1.000 N NA
 3774611 3774612 USA300HOU_1087 USA300HOU_1088     TRUE 0.974 -7.000 0.085 0.023   NA
 3774612 3774613 USA300HOU_1088 USA300HOU_1089     FALSE 0.121 128.000 0.000 NA   NA
 3774613 3774614 USA300HOU_1089 USA300HOU_1090     FALSE 0.073 194.000 0.000 NA   NA
 3774614 3774615 USA300HOU_1090 USA300HOU_1091     FALSE 0.098 162.000 0.000 NA   NA
 3774617 3774618 USA300HOU_1093 USA300HOU_1094     FALSE 0.046 259.000 0.000 NA   NA
 3774618 3774619 USA300HOU_1094 USA300HOU_1095     FALSE 0.105 154.000 0.000 NA   NA
 3774619 3774620 USA300HOU_1095 USA300HOU_1096     FALSE 0.031 315.000 0.000 NA   NA
 3774621 3774622 USA300HOU_1097 USA300HOU_1098     FALSE 0.011 622.000 0.000 NA   NA
 3774622 3774623 USA300HOU_1098 USA300HOU_1099   hly FALSE 0.014 477.000 0.000 NA   NA
 3774624 3774625 USA300HOU_1100 USA300HOU_1101     TRUE 0.808 -16.000 0.000 NA   NA
 3774626 3774627 USA300HOU_1102 USA300HOU_1103     FALSE 0.096 165.000 0.000 NA   NA
 3774627 3774628 USA300HOU_1103 USA300HOU_1104     FALSE 0.392 108.000 0.000 0.015   NA
 3774628 3774629 USA300HOU_1104 USA300HOU_1105     FALSE 0.428 95.000 0.000 0.015   NA
 3774630 3774631 USA300HOU_1106 USA300HOU_1107 arcB2 arcC2 TRUE 0.983 23.000 1.000 1.000 Y NA
 3774631 3774632 USA300HOU_1107 USA300HOU_1108 arcC2 arcD2 FALSE 0.132 172.000 0.000 1.000   NA
 3774632 3774633 USA300HOU_1108 USA300HOU_1109 arcD2   FALSE 0.033 308.000 0.000 NA   NA
 3774637 3774638 USA300HOU_1112 USA300HOU_1113     TRUE 0.876 57.000 0.500 0.015   NA
 3774638 3774639 USA300HOU_1113 USA300HOU_1114     FALSE 0.180 124.000 0.000 1.000   NA
 3774640 3774641 USA300HOU_1115 USA300HOU_1116     FALSE 0.435 34.000 0.000 NA   NA
 3774642 3774643 USA300HOU_1117 USA300HOU_1118     FALSE 0.228 144.000 0.025 NA   NA
 3774643 3774644 USA300HOU_1118 USA300HOU_1119   mraW TRUE 0.942 16.000 0.635 NA   NA
 3774644 3774645 USA300HOU_1119 USA300HOU_1120 mraW ftsL TRUE 0.885 14.000 0.077 1.000 N NA
 3774645 3774646 USA300HOU_1120 USA300HOU_1121 ftsL pbpA TRUE 0.979 -19.000 0.456 1.000 N NA
 3774646 3774647 USA300HOU_1121 USA300HOU_1122 pbpA mraY FALSE 0.314 292.000 0.038 1.000 Y NA
 3774647 3774648 USA300HOU_1122 USA300HOU_1123 mraY murD TRUE 0.992 2.000 0.647 0.008 Y NA
 3774648 3774649 USA300HOU_1123 USA300HOU_1124 murD ftsQ TRUE 0.934 16.000 0.008 NA Y NA
 3774649 3774650 USA300HOU_1124 USA300HOU_1125 ftsQ   FALSE 0.008 3792.000 0.000 NA   NA
 3774650 3774651 USA300HOU_1125 USA300HOU_1126     TRUE 0.956 -3.000 0.194 NA   NA
 3774651 3774652 USA300HOU_1126 USA300HOU_1127     TRUE 0.905 12.000 0.370 NA   NA
 3774652 3774653 USA300HOU_1127 USA300HOU_1128     TRUE 0.629 83.000 0.287 1.000   NA
 3774653 3774654 USA300HOU_1128 USA300HOU_1129     TRUE 0.932 24.000 0.579 NA   NA
 3774654 3774655 USA300HOU_1129 USA300HOU_1130   ileS FALSE 0.133 221.000 0.012 NA N NA
 3774655 3774656 USA300HOU_1130 USA300HOU_1131 ileS   FALSE 0.056 290.000 0.000 1.000   NA
 3774658 3774659 USA300HOU_1133 USA300HOU_1134 lspA rluD TRUE 0.910 0.000 0.008 1.000 N NA
 3774659 3774660 USA300HOU_1134 USA300HOU_1136 rluD pyrR FALSE 0.081 399.000 0.048 1.000 N NA
 3774660 3774661 USA300HOU_1136 USA300HOU_1137 pyrR pyrP FALSE 0.552 209.000 0.140 1.000 Y NA
 3774661 3774662 USA300HOU_1137 USA300HOU_1138 pyrP pyrB TRUE 0.942 28.000 0.064 1.000 Y NA
 3774662 3774663 USA300HOU_1138 USA300HOU_1139 pyrB pyrC TRUE 0.979 15.000 0.452 1.000 Y NA
 3774663 3774664 USA300HOU_1139 USA300HOU_1140 pyrC carA TRUE 0.977 2.000 0.155 1.000 Y NA
 3774664 3774665 USA300HOU_1140 USA300HOU_1141 carA carB TRUE 0.993 -7.000 0.117 0.001 Y NA
 3774665 3774666 USA300HOU_1141 USA300HOU_1142 carB pyrF TRUE 0.636 107.000 0.018 1.000 Y NA
 3774666 3774667 USA300HOU_1142 USA300HOU_1143 pyrF pyrE TRUE 0.970 0.000 0.006 1.000 Y NA
 3774667 3774668 USA300HOU_1143 USA300HOU_1144 pyrE   FALSE 0.508 30.000 0.000 NA   NA
 3774668 3774669 USA300HOU_1144 USA300HOU_1145     FALSE 0.016 437.000 0.000 NA   NA
 3774671 3774672 USA300HOU_1147 USA300HOU_1148 gmk rpoZ TRUE 0.974 0.000 0.471 1.000 N NA
 3774672 3774673 USA300HOU_1148 USA300HOU_1149 rpoZ   FALSE 0.342 210.000 0.192 1.000 N NA
 3774673 3774674 USA300HOU_1149 USA300HOU_1150   priA TRUE 0.949 0.000 0.099 1.000 N NA
 3774674 3774675 USA300HOU_1150 USA300HOU_1151 priA   FALSE 0.013 506.000 0.000 NA   NA
 3774675 3774676 USA300HOU_1151 USA300HOU_1152   def2 FALSE 0.011 665.000 0.000 NA   NA
 3774676 3774677 USA300HOU_1152 USA300HOU_1153 def2 fmt2 TRUE 0.989 -7.000 0.031 0.024 Y NA
 3774677 3774678 USA300HOU_1153 USA300HOU_1154 fmt2   TRUE 0.990 -3.000 0.305 1.000 Y NA
 3774678 3774679 USA300HOU_1154 USA300HOU_1155     TRUE 0.915 3.000 0.135 1.000   NA
 3774679 3774680 USA300HOU_1155 USA300HOU_1156     TRUE 0.882 7.000 0.105 1.000   NA
 3774680 3774681 USA300HOU_1156 USA300HOU_1157     TRUE 0.993 -3.000 0.704 1.000 Y NA
 3774681 3774682 USA300HOU_1157 USA300HOU_1158   engC FALSE 0.285 228.000 0.196 1.000   NA
 3774682 3774683 USA300HOU_1158 USA300HOU_1159 engC cfxE TRUE 0.883 1.000 0.013 1.000   NA
 3774683 3774684 USA300HOU_1159 USA300HOU_1160 cfxE yloS TRUE 0.839 7.000 0.019 1.000 N NA
 3774684 3774685 USA300HOU_1160 USA300HOU_1161 yloS   FALSE 0.009 1012.000 0.000 NA   NA
 3774685 3774686 USA300HOU_1161 USA300HOU_1162     TRUE 0.938 15.000 0.567 NA   NA
 3774686 3774687 USA300HOU_1162 USA300HOU_1163   recG FALSE 0.263 190.000 0.074 1.000   NA
 3774687 3774688 USA300HOU_1163 USA300HOU_1164 recG   FALSE 0.232 203.000 0.078 NA N NA
 3774688 3774689 USA300HOU_1164 USA300HOU_1165     TRUE 0.816 5.000 0.020 NA N NA
 3774689 3774690 USA300HOU_1165 USA300HOU_1166   fabD TRUE 0.992 -7.000 0.106 0.005 Y NA
 3774690 3774691 USA300HOU_1166 USA300HOU_1167 fabD fabG TRUE 0.993 -13.000 0.149 0.005 Y NA
 3774691 3774692 USA300HOU_1167 USA300HOU_1168 fabG   TRUE 0.804 -19.000 0.000 NA   NA
 3774692 3774693 USA300HOU_1168 USA300HOU_1169   hmrB FALSE 0.139 107.000 0.000 NA   NA
 3774693 3774694 USA300HOU_1169 USA300HOU_1170 hmrB rnc FALSE 0.421 116.000 0.068 1.000 N NA
 3774694 3774695 USA300HOU_1170 USA300HOU_1171 rnc smc FALSE 0.430 147.000 0.120 1.000 N NA
 3774695 3774696 USA300HOU_1171 USA300HOU_1172 smc ftsY TRUE 0.978 0.000 0.165 0.010 N NA
 3774698 3774699 USA300HOU_1174 USA300HOU_1175   rnhB TRUE 0.961 -16.000 0.148 1.000   NA
 3774699 3774700 USA300HOU_1175 USA300HOU_1176 rnhB sucC FALSE 0.345 109.000 0.015 1.000 N NA
 3774700 3774701 USA300HOU_1176 USA300HOU_1177 sucC sucD TRUE 0.984 22.000 0.173 0.001 Y NA
 3774701 3774702 USA300HOU_1177 USA300HOU_1178 sucD lytN FALSE 0.211 194.000 0.034 1.000   NA
 3774702 3774703 USA300HOU_1178 USA300HOU_1179 lytN fmhC TRUE 0.923 28.000 0.500 1.000   NA
 3774703 3774704 USA300HOU_1179 USA300HOU_1180 fmhC   FALSE 0.161 173.000 0.000 1.000 N NA
 3774704 3774705 USA300HOU_1180 USA300HOU_1181   topA TRUE 0.672 174.000 0.238 1.000 Y NA
 3774705 3774706 USA300HOU_1181 USA300HOU_1182 topA gid FALSE 0.426 156.000 0.137 1.000 N NA
 3774706 3774707 USA300HOU_1182 USA300HOU_1183 gid xerC FALSE 0.097 417.000 0.105 1.000 N NA
 3774707 3774708 USA300HOU_1183 USA300HOU_1184 xerC clpQ TRUE 0.960 -3.000 0.113 1.000 N NA
 3774708 3774709 USA300HOU_1184 USA300HOU_1185 clpQ clpY TRUE 0.911 66.000 0.752 1.000 Y NA
 3774709 3774710 USA300HOU_1185 USA300HOU_1186 clpY   TRUE 0.898 25.000 0.131 1.000 N NA
 3774710 3774711 USA300HOU_1186 USA300HOU_1188   rpsB FALSE 0.074 342.000 0.006 1.000 N NA
 3774711 3774712 USA300HOU_1188 USA300HOU_1189 rpsB   FALSE 0.435 34.000 0.000 NA   NA
 3774712 3774713 USA300HOU_1189 USA300HOU_1190   tsf FALSE 0.420 35.000 0.000 NA   NA
 3774713 3774714 USA300HOU_1190 USA300HOU_1191 tsf   TRUE 0.585 137.000 0.416 1.000 N NA
 3774714 3774715 USA300HOU_1191 USA300HOU_1192   uppS FALSE 0.018 946.000 0.000 1.000 N NA
 3774715 3774716 USA300HOU_1192 USA300HOU_1193 uppS cdsA TRUE 0.961 7.000 0.113 1.000 Y NA
 3774716 3774717 USA300HOU_1193 USA300HOU_1194 cdsA   FALSE 0.165 262.000 0.040 1.000 N NA
 3774717 3774718 USA300HOU_1194 USA300HOU_1195   proS TRUE 0.900 20.000 0.095 1.000 N NA
 3774718 3774719 USA300HOU_1195 USA300HOU_1196 proS dnaE1 FALSE 0.284 264.000 0.070 0.048 N NA
 3774719 3774720 USA300HOU_1196 USA300HOU_1197 dnaE1   FALSE 0.108 290.000 0.059 NA   NA
 3774720 3774721 USA300HOU_1197 USA300HOU_1198   nusA TRUE 0.944 21.000 0.759 NA   NA
 3774721 3774722 USA300HOU_1198 USA300HOU_1199 nusA   TRUE 0.971 21.000 0.323 NA Y NA
 3774722 3774723 USA300HOU_1199 USA300HOU_1200   rplL2 TRUE 0.973 -3.000 0.408 NA N NA
 3774723 3774724 USA300HOU_1200 USA300HOU_1201 rplL2 infB TRUE 0.972 5.000 0.223 1.000 Y NA
 3774724 3774725 USA300HOU_1201 USA300HOU_1202 infB rbfA FALSE 0.387 386.000 0.530 1.000 Y NA
 3774725 3774726 USA300HOU_1202 USA300HOU_1203 rbfA truB TRUE 0.621 169.000 0.111 1.000 Y NA
 3774726 3774727 USA300HOU_1203 USA300HOU_1204 truB ribC TRUE 0.940 15.000 0.308 1.000 N NA
 3774727 3774728 USA300HOU_1204 USA300HOU_1205 ribC rpsO FALSE 0.472 115.000 0.119 1.000 N NA
 3774728 3774729 USA300HOU_1205 USA300HOU_1206 rpsO pnp FALSE 0.366 370.000 0.335 1.000 Y NA
 3774729 3774730 USA300HOU_1206 USA300HOU_1207 pnp   FALSE 0.115 236.000 0.002 1.000   NA
 3774730 3774731 USA300HOU_1207 USA300HOU_1208     FALSE 0.141 247.000 0.026 1.000   NA
 3774731 3774732 USA300HOU_1208 USA300HOU_1209     TRUE 0.909 5.000 0.115 1.000 N NA
 3774732 3774733 USA300HOU_1209 USA300HOU_1210     TRUE 0.819 31.000 0.093 1.000   NA
 3774733 3774734 USA300HOU_1210 USA300HOU_1211     TRUE 0.987 0.000 0.872 0.005   NA
 3774734 3774735 USA300HOU_1211 USA300HOU_1212     TRUE 0.969 0.000 0.397 1.000   NA
 3774735 3774736 USA300HOU_1212 USA300HOU_1213     TRUE 0.589 105.000 0.114 0.056   NA
 3774736 3774737 USA300HOU_1213 USA300HOU_1214     TRUE 0.911 19.000 0.163 1.000   NA
 3774737 3774738 USA300HOU_1214 USA300HOU_1215   pgsA TRUE 0.667 34.000 0.009 1.000   NA
 3774738 3774739 USA300HOU_1215 USA300HOU_1216 pgsA cinA FALSE 0.264 227.000 0.151 1.000   NA
 3774739 3774740 USA300HOU_1216 USA300HOU_1217 cinA recA FALSE 0.326 165.000 0.083 1.000   NA
 3774740 3774741 USA300HOU_1217 USA300HOU_1218 recA   FALSE 0.067 354.000 0.018 1.000   NA
 3774743 3774744 USA300HOU_1220 USA300HOU_1221   porA FALSE 0.278 140.000 0.021 1.000   NA
 3774744 3774745 USA300HOU_1221 USA300HOU_1222 porA porB TRUE 0.993 1.000 0.437 0.001 Y NA
 3774745 3774746 USA300HOU_1222 USA300HOU_1223 porB   FALSE 0.157 94.000 0.000 NA   NA
 3774746 3774747 USA300HOU_1223 USA300HOU_1224   miaB FALSE 0.181 134.000 0.002 NA   NA
 3774747 3774748 USA300HOU_1224 USA300HOU_1225 miaB   TRUE 0.884 1.000 0.041 NA   NA
 3774748 3774749 USA300HOU_1225 USA300HOU_1226     TRUE 0.820 27.000 0.091 NA   NA
 3774749 3774750 USA300HOU_1226 USA300HOU_1227   mutS1 FALSE 0.055 303.000 0.003 NA   NA
 3774750 3774751 USA300HOU_1227 USA300HOU_1228 mutS1 mutL TRUE 0.981 13.000 0.220 0.002 Y NA
 3774751 3774752 USA300HOU_1228 USA300HOU_1229 mutL glpP TRUE 0.847 6.000 0.020 1.000 N NA
 3774752 3774753 USA300HOU_1229 USA300HOU_1230 glpP glpF FALSE 0.075 465.000 0.083 1.000 N NA
 3774753 3774754 USA300HOU_1230 USA300HOU_1231 glpF glpK FALSE 0.392 129.000 0.057 1.000 N NA
 3774754 3774755 USA300HOU_1231 USA300HOU_1232 glpK glpD TRUE 0.777 110.000 0.013 0.001 Y NA
 3774755 3774756 USA300HOU_1232 USA300HOU_1233 glpD   FALSE 0.318 150.000 0.029 1.000 N NA
 3774756 3774757 USA300HOU_1233 USA300HOU_1234     TRUE 0.860 18.000 0.025 1.000 N NA
 3774757 3774758 USA300HOU_1234 USA300HOU_1235   hfq TRUE 0.822 15.000 0.016 1.000   NA
 3774760 3774761 USA300HOU_1237 USA300HOU_1238     TRUE 0.875 19.000 0.065 1.000   NA
 3774761 3774762 USA300HOU_1238 USA300HOU_1239   glnR FALSE 0.189 243.000 0.046 1.000 N NA
 3774762 3774763 USA300HOU_1239 USA300HOU_1240 glnR glnA TRUE 0.904 19.000 0.103 1.000 N NA
 3774763 3774764 USA300HOU_1240 USA300HOU_1241 glnA   FALSE 0.013 493.000 0.000 NA   NA
 3774764 3774765 USA300HOU_1241 USA300HOU_1242     FALSE 0.010 701.000 0.000 NA   NA
 3774765 3774766 USA300HOU_1242 USA300HOU_1243     FALSE 0.035 294.000 0.000 NA   NA
 3774766 3774767 USA300HOU_1243 USA300HOU_1244     FALSE 0.010 701.000 0.000 NA   NA
 3774767 3774768 USA300HOU_1244 USA300HOU_1245     FALSE 0.017 428.000 0.000 NA   NA
 3774768 3774769 USA300HOU_1245 USA300HOU_1246     FALSE 0.013 512.000 0.000 NA   NA
 3774769 3774770 USA300HOU_1246 USA300HOU_1247     TRUE 0.786 -45.000 0.000 NA   NA
 3774770 3774771 USA300HOU_1247 USA300HOU_1248     TRUE 0.733 1.000 0.000 NA   NA
 3774771 3774772 USA300HOU_1248 USA300HOU_1249     FALSE 0.346 46.000 0.000 NA   NA
 3774772 3774773 USA300HOU_1249 USA300HOU_1250     FALSE 0.124 121.000 0.000 NA   NA
 3774773 3774774 USA300HOU_1250 USA300HOU_1251     FALSE 0.120 130.000 0.000 NA   NA
 3774774 3774775 USA300HOU_1251 USA300HOU_1252     FALSE 0.346 46.000 0.000 NA   NA
 3774775 3774776 USA300HOU_1252 USA300HOU_1253     TRUE 0.801 -3.000 0.000 NA   NA
 3774776 3774777 USA300HOU_1253 USA300HOU_1254     FALSE 0.205 71.000 0.000 NA   NA
 3774777 3774778 USA300HOU_1254 USA300HOU_1255     TRUE 0.783 -287.000 0.000 NA   NA
 3774778 3774779 USA300HOU_1255 USA300HOU_1256     TRUE 0.572 11.000 0.000 NA   NA
 3774779 3774780 USA300HOU_1256 USA300HOU_1257     TRUE 0.782 50.000 0.400 NA   NA
 3774780 3774781 USA300HOU_1257 USA300HOU_1258     TRUE 0.602 7.000 0.000 NA   NA
 3774782 3774783 USA300HOU_1259 USA300HOU_1260     FALSE 0.015 470.000 0.000 NA   NA
 3774784 3774785 USA300HOU_1261 USA300HOU_1262   cls TRUE 0.776 58.000 0.571 NA   NA
 3774785 3774786 USA300HOU_1262 USA300HOU_1263 cls   FALSE 0.286 184.000 0.057 1.000 N NA
 3774786 3774787 USA300HOU_1263 USA300HOU_1264     TRUE 0.971 -31.000 0.136 0.100   NA
 3774787 3774788 USA300HOU_1264 USA300HOU_1265     TRUE 0.965 4.000 0.500 0.100   NA
 3774788 3774789 USA300HOU_1265 USA300HOU_1266     TRUE 0.996 -3.000 0.857 0.011 Y NA
 3774795 3774796 USA300HOU_1272 USA300HOU_1273   thrA FALSE 0.183 78.000 0.000 NA   NA
 3774796 3774797 USA300HOU_1273 USA300HOU_1274 thrA thrC TRUE 0.946 6.000 0.021 1.000 Y NA
 3774797 3774798 USA300HOU_1274 USA300HOU_1275 thrC thrB TRUE 0.980 2.000 0.221 1.000 Y NA
 3774798 3774799 USA300HOU_1275 USA300HOU_1276 thrB   TRUE 0.650 58.000 0.013 0.099   NA
 3774799 3774800 USA300HOU_1276 USA300HOU_1277   katA FALSE 0.013 2579.000 0.000 1.000   NA
 3774800 3774801 USA300HOU_1277 USA300HOU_1278 katA rpmG2 FALSE 0.382 82.000 0.006 1.000 N NA
 3774801 3774802 USA300HOU_1278 USA300HOU_1279 rpmG2 tkt FALSE 0.015 4770.000 0.000 1.000 N NA
 3774802 3774803 USA300HOU_1279 USA300HOU_1280 tkt   FALSE 0.083 233.000 0.000 1.000   NA
 3774803 3774804 USA300HOU_1280 USA300HOU_1281   sbcC FALSE 0.008 1895.000 0.000 NA   NA
 3774804 3774805 USA300HOU_1281 USA300HOU_1282 sbcC   FALSE 0.008 2712.000 0.000 NA   NA
 3774805 3774806 USA300HOU_1282 USA300HOU_1283   acnA FALSE 0.028 335.000 0.000 NA   NA
 3774806 3774807 USA300HOU_1283 USA300HOU_1284 acnA   FALSE 0.200 180.000 0.015 1.000   NA
 3774808 3774809 USA300HOU_1285 USA300HOU_1286     FALSE 0.040 376.000 0.008 NA   NA
 3774810 3774811 USA300HOU_1287 USA300HOU_1288 parE parC TRUE 0.995 0.000 0.552 0.002 Y NA
 3774813 3774814 USA300HOU_1290 USA300HOU_1291 alsT glcT FALSE 0.066 494.000 0.119 1.000   NA
 3774814 3774815 USA300HOU_1291 USA300HOU_1292 glcT   TRUE 0.795 -25.000 0.000 NA   NA
 3774815 3774816 USA300HOU_1292 USA300HOU_1293     TRUE 0.817 -7.000 0.000 NA   NA
 3774816 3774817 USA300HOU_1293 USA300HOU_1294   fmtC FALSE 0.029 481.000 0.018 NA   NA
 3774819 3774820 USA300HOU_1296 USA300HOU_1297 msrR   TRUE 0.817 -10.000 0.000 NA   NA
 3774824 3774825 USA300HOU_1301 USA300HOU_1302   trpE FALSE 0.027 492.000 0.000 1.000 N NA
 3774825 3774826 USA300HOU_1302 USA300HOU_1303 trpE trpG TRUE 0.989 -3.000 0.021 0.002 Y NA
 3774826 3774827 USA300HOU_1303 USA300HOU_1304 trpG trpD TRUE 0.975 -3.000 0.006 1.000 Y NA
 3774827 3774828 USA300HOU_1304 USA300HOU_1305 trpD trpC TRUE 0.979 2.000 0.216 1.000 Y NA
 3774828 3774829 USA300HOU_1305 USA300HOU_1306 trpC trpF TRUE 0.994 -3.000 0.264 0.002 Y NA
 3774829 3774830 USA300HOU_1306 USA300HOU_1307 trpF trpB TRUE 0.995 -7.000 0.375 0.002 Y NA
 3774830 3774831 USA300HOU_1307 USA300HOU_1308 trpB trpA TRUE 0.995 -7.000 0.248 0.001 Y NA
 3774831 3774832 USA300HOU_1308 USA300HOU_1309 trpA femA FALSE 0.059 322.000 0.000 1.000 N NA
 3774832 3774833 USA300HOU_1309 USA300HOU_1310 femA femB TRUE 0.991 19.000 1.000 0.005 Y NA
 3774833 3774834 USA300HOU_1310 USA300HOU_1311 femB   FALSE 0.016 689.000 0.000 1.000   NA
 3774835 3774836 USA300HOU_1312 USA300HOU_1313     FALSE 0.180 124.000 0.000 1.000   NA
 3774836 3774837 USA300HOU_1313 USA300HOU_1314     TRUE 0.990 -7.000 0.059 0.027 Y NA
 3774837 3774838 USA300HOU_1314 USA300HOU_1315     TRUE 0.991 -16.000 0.353 1.000 Y NA
 3774838 3774839 USA300HOU_1315 USA300HOU_1316     TRUE 0.995 -7.000 0.647 0.036 Y NA
 3774839 3774840 USA300HOU_1316 USA300HOU_1317     FALSE 0.131 337.000 0.182 NA   NA
 3774842 3774843 USA300HOU_1319 USA300HOU_1320   pstB TRUE 0.962 7.000 0.182 NA Y NA
 3774843 3774844 USA300HOU_1320 USA300HOU_1321 pstB pstA TRUE 0.943 47.000 0.125 0.002 Y NA
 3774844 3774845 USA300HOU_1321 USA300HOU_1322 pstA pstC TRUE 0.992 2.000 0.485 0.002 Y NA
 3774845 3774846 USA300HOU_1322 USA300HOU_1323 pstC   FALSE 0.265 60.000 0.000 NA   NA
 3774846 3774847 USA300HOU_1323 USA300HOU_1324   pstS TRUE 0.594 24.000 0.000 NA   NA
 3774850 3774851 USA300HOU_1327 USA300HOU_1328   lysC2 FALSE 0.014 860.000 0.000 1.000   NA
 3774851 3774852 USA300HOU_1328 USA300HOU_1329 lysC2 asd TRUE 0.843 64.000 0.119 1.000 Y NA
 3774852 3774853 USA300HOU_1329 USA300HOU_1330 asd dapA TRUE 0.961 2.000 0.015 1.000 Y NA
 3774853 3774854 USA300HOU_1330 USA300HOU_1331 dapA dapB TRUE 0.977 -3.000 0.014 1.000 Y NA
 3774854 3774855 USA300HOU_1331 USA300HOU_1332 dapB dapD TRUE 0.938 27.000 0.036 1.000 Y NA
 3774855 3774856 USA300HOU_1332 USA300HOU_1333 dapD   FALSE 0.536 143.000 0.372 1.000   NA
 3774856 3774857 USA300HOU_1333 USA300HOU_1334   alr1 TRUE 0.871 5.000 0.058 1.000   NA
 3774857 3774858 USA300HOU_1334 USA300HOU_1335 alr1 lysA2 TRUE 0.932 -10.000 0.008 1.000 N NA
 3774859 3774860 USA300HOU_1336 USA300HOU_1337   cspA FALSE 0.070 197.000 0.000 NA   NA
 3774861 3774862 USA300HOU_1338 USA300HOU_1339 xpaC telA TRUE 0.868 32.000 0.373 NA   NA
 3774863 3774864 USA300HOU_1340 USA300HOU_1341     TRUE 0.624 18.000 0.000 NA   NA
 3774864 3774865 USA300HOU_1341 USA300HOU_1342   brnQ2 FALSE 0.025 353.000 0.000 NA   NA
 3774865 3774866 USA300HOU_1342 USA300HOU_1343 brnQ2   FALSE 0.241 225.000 0.136 NA N NA
 3774866 3774867 USA300HOU_1343 USA300HOU_1344     TRUE 0.941 14.000 0.822 NA   NA
 3774867 3774868 USA300HOU_1344 USA300HOU_1345     FALSE 0.302 181.000 0.156 NA   NA
 3774868 3774869 USA300HOU_1345 USA300HOU_1346     TRUE 0.876 29.000 0.280 NA   NA
 3774869 3774870 USA300HOU_1346 USA300HOU_1347   odhB FALSE 0.011 580.000 0.000 NA   NA
 3774870 3774871 USA300HOU_1347 USA300HOU_1348 odhB sucA TRUE 0.980 14.000 0.667 1.000 Y NA
 3774871 3774872 USA300HOU_1348 USA300HOU_1349 sucA   FALSE 0.104 284.000 0.006 1.000 N NA
 3774872 3774873 USA300HOU_1349 USA300HOU_1350   arlR TRUE 0.994 -3.000 0.438 0.074 Y NA
 3774873 3774874 USA300HOU_1350 USA300HOU_1351 arlR   FALSE 0.045 262.000 0.000 NA   NA
 3774874 3774875 USA300HOU_1351 USA300HOU_1352     FALSE 0.185 77.000 0.000 NA   NA
 3774877 3774878 USA300HOU_1354 USA300HOU_1355   murG TRUE 0.849 17.000 0.016 1.000 N NA
 3774878 3774879 USA300HOU_1355 USA300HOU_1356 murG   TRUE 0.779 12.000 0.014 1.000   NA
 3774879 3774880 USA300HOU_1356 USA300HOU_1357   ctpA FALSE 0.068 400.000 0.046 1.000   NA
 3774880 3774881 USA300HOU_1357 USA300HOU_1358 ctpA   FALSE 0.186 192.000 0.045 NA   NA
 3774881 3774882 USA300HOU_1358 USA300HOU_1359     TRUE 0.921 0.000 0.080 NA   NA
 3774882 3774883 USA300HOU_1359 USA300HOU_1360   msrB TRUE 0.898 12.000 0.154 1.000 N NA
 3774883 3774884 USA300HOU_1360 USA300HOU_1361 msrB msrA2 TRUE 0.996 -7.000 0.615 0.002 Y NA
 3774884 3774885 USA300HOU_1361 USA300HOU_1362 msrA2   FALSE 0.168 86.000 0.000 NA   NA
 3774885 3774886 USA300HOU_1362 USA300HOU_1363   dfrB TRUE 0.622 15.000 0.000 NA   NA
 3774886 3774887 USA300HOU_1363 USA300HOU_1364 dfrB thyA FALSE 0.405 200.000 0.295 1.000 N NA
 3774887 3774888 USA300HOU_1364 USA300HOU_1365 thyA   FALSE 0.030 424.000 0.003 NA   NA
 3774888 3774889 USA300HOU_1365 USA300HOU_1366     TRUE 0.628 16.000 0.000 NA   NA
 3774889 3774890 USA300HOU_1366 USA300HOU_1367     TRUE 0.732 38.000 0.000 0.007   NA
 3774890 3774891 USA300HOU_1367 USA300HOU_1368     TRUE 0.866 12.000 0.167 NA   NA
 3774895 3774896 USA300HOU_1372 USA300HOU_1373 ebh   FALSE 0.030 398.000 0.000 1.000   NA
 3774896 3774897 USA300HOU_1373 USA300HOU_1374     FALSE 0.152 157.000 0.000 1.000   NA
 3774897 3774898 USA300HOU_1374 USA300HOU_1375   ilvA1 TRUE 0.903 31.000 0.006 1.000 Y NA
 3774898 3774899 USA300HOU_1375 USA300HOU_1376 ilvA1 ald1 TRUE 0.658 95.000 0.012 1.000 Y NA
 3774899 3774900 USA300HOU_1376 USA300HOU_1377 ald1   FALSE 0.028 475.000 0.000 1.000 N NA
 3774900 3774901 USA300HOU_1377 USA300HOU_1378     TRUE 0.721 20.000 0.000 1.000   NA
 3774903 3774904 USA300HOU_1380 USA300HOU_1381     FALSE 0.172 84.000 0.000 NA   NA
 3774904 3774905 USA300HOU_1381 USA300HOU_nc0007     FALSE 0.072 195.000 0.000 NA   NA
 3774905 3774906 USA300HOU_nc0007 USA300HOU_1382     TRUE 0.784 -157.000 0.000 NA   NA
 3774906 3774907 USA300HOU_1382 USA300HOU_1383     FALSE 0.145 101.000 0.000 NA   NA
 3774907 3774908 USA300HOU_1383 USA300HOU_1384     TRUE 0.933 14.000 0.579 NA   NA
 3774908 3774909 USA300HOU_1384 USA300HOU_1385     TRUE 0.958 -7.000 0.165 NA   NA
 3774909 3774910 USA300HOU_1385 USA300HOU_1386     FALSE 0.293 55.000 0.000 NA   NA
 3774911 3774912 USA300HOU_1387 USA300HOU_1388 recU pbp2 TRUE 0.972 -3.000 0.319 1.000   NA
 3774913 3774914 USA300HOU_1389 USA300HOU_1390   nth TRUE 0.757 5.000 0.009 NA   NA
 3774914 3774915 USA300HOU_1390 USA300HOU_1391 nth dnaD1 TRUE 0.982 -10.000 0.075 NA Y NA
 3774915 3774916 USA300HOU_1391 USA300HOU_1392 dnaD1 asnS FALSE 0.169 328.000 0.234 NA N NA
 3774916 3774917 USA300HOU_1392 USA300HOU_1393 asnS dnaQ FALSE 0.170 322.000 0.030 0.098 N NA
 3774917 3774918 USA300HOU_1393 USA300HOU_1394 dnaQ birA TRUE 0.882 24.000 0.074 1.000 N NA
 3774918 3774919 USA300HOU_1394 USA300HOU_1395 birA pcnB TRUE 0.941 -13.000 0.023 1.000 N NA
 3774919 3774920 USA300HOU_1395 USA300HOU_1396 pcnB   TRUE 0.912 5.000 0.126 1.000 N NA
 3774920 3774921 USA300HOU_1396 USA300HOU_1397     FALSE 0.136 229.000 0.038 NA   NA
 3774921 3774922 USA300HOU_1397 USA300HOU_1398     FALSE 0.055 337.000 0.013 NA   NA
 3774922 3774923 USA300HOU_1398 USA300HOU_1399     TRUE 0.660 45.000 0.083 NA   NA
 3774923 3774924 USA300HOU_1399 USA300HOU_1400     TRUE 0.951 -10.000 0.127 NA   NA
 3774924 3774925 USA300HOU_1400 USA300HOU_1401     TRUE 0.917 14.000 0.353 NA   NA
 3774925 3774926 USA300HOU_1401 USA300HOU_1402   aroA TRUE 0.819 7.000 0.007 1.000 N NA
 3774926 3774927 USA300HOU_1402 USA300HOU_1403 aroA aroB TRUE 0.948 10.000 0.051 1.000 Y NA
 3774927 3774928 USA300HOU_1403 USA300HOU_1404 aroB aroC TRUE 0.976 26.000 0.110 0.002 Y NA
 3774928 3774929 USA300HOU_1404 USA300HOU_1405 aroC   FALSE 0.021 386.000 0.000 NA   NA
 3774929 3774930 USA300HOU_1405 USA300HOU_1406   ndk FALSE 0.065 209.000 0.000 NA   NA
 3774930 3774931 USA300HOU_1406 USA300HOU_1407 ndk gerC FALSE 0.471 92.000 0.054 1.000 N NA
 3774931 3774932 USA300HOU_1407 USA300HOU_1408 gerC   TRUE 0.962 2.000 0.020 1.000 Y NA
 3774932 3774933 USA300HOU_1408 USA300HOU_1409     TRUE 0.780 3.000 0.008 NA   NA
 3774933 3774934 USA300HOU_1409 USA300HOU_1410   hu FALSE 0.017 431.000 0.000 NA   NA
 3774934 3774935 USA300HOU_1410 USA300HOU_1411 hu gpsA FALSE 0.266 171.000 0.025 1.000 N NA
 3774935 3774936 USA300HOU_1411 USA300HOU_1412 gpsA engA TRUE 0.877 17.000 0.068 1.000   NA
 3774936 3774937 USA300HOU_1412 USA300HOU_1413 engA rpsA FALSE 0.171 222.000 0.032 1.000   NA
 3774937 3774938 USA300HOU_1413 USA300HOU_1414 rpsA   FALSE 0.012 565.000 0.000 NA   NA
 3774938 3774939 USA300HOU_1414 USA300HOU_1415   cmk FALSE 0.488 31.000 0.000 NA   NA
 3774941 3774942 USA300HOU_1417 USA300HOU_1418     FALSE 0.099 161.000 0.000 NA   NA
 3774942 3774943 USA300HOU_1418 USA300HOU_1419   ebpS FALSE 0.122 125.000 0.000 NA   NA
 3774943 3774944 USA300HOU_1419 USA300HOU_1420 ebpS recQ2 FALSE 0.157 153.000 0.000 1.000   NA
 3774944 3774945 USA300HOU_1420 USA300HOU_1421 recQ2   TRUE 0.975 -10.000 0.508 NA   NA
 3774947 3774948 USA300HOU_1423 USA300HOU_1424     FALSE 0.039 279.000 0.000 NA   NA
 3774948 3774949 USA300HOU_1424 USA300HOU_1425     FALSE 0.069 199.000 0.000 NA   NA
 3774949 3774950 USA300HOU_1425 USA300HOU_1426     TRUE 0.622 15.000 0.000 NA   NA
 3774950 3774951 USA300HOU_1426 USA300HOU_1427     TRUE 0.817 -7.000 0.000 NA   NA
 3774951 3774952 USA300HOU_1427 USA300HOU_1428     FALSE 0.282 57.000 0.000 NA   NA
 3774952 3774953 USA300HOU_1428 USA300HOU_1429     FALSE 0.162 91.000 0.000 NA   NA
 3774953 3774954 USA300HOU_1429 USA300HOU_1430   lukF-PV FALSE 0.177 81.000 0.000 NA   NA
 3774954 3774955 USA300HOU_1430 USA300HOU_1431 lukF-PV lukS-PV TRUE 0.910 2.000 0.000 0.005   NA
 3774955 3774956 USA300HOU_1431 USA300HOU_1432 lukS-PV   FALSE 0.031 390.000 0.000 1.000   NA
 3774956 3774957 USA300HOU_1432 USA300HOU_1433     TRUE 0.572 11.000 0.000 NA   NA
 3774957 3774958 USA300HOU_1433 USA300HOU_1434     FALSE 0.117 136.000 0.000 NA   NA
 3774958 3774959 USA300HOU_1434 USA300HOU_1435     FALSE 0.068 203.000 0.000 NA   NA
 3774959 3774960 USA300HOU_1435 USA300HOU_1436     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 3774960 3774961 USA300HOU_1436 USA300HOU_1437     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 3774961 3774962 USA300HOU_1437 USA300HOU_1438     TRUE 0.628 16.000 0.000 NA   NA
 3774962 3774963 USA300HOU_1438 USA300HOU_1439     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 3774963 3774964 USA300HOU_1439 USA300HOU_1440     TRUE 0.943 9.000 1.000 NA   NA
 3774964 3774965 USA300HOU_1440 USA300HOU_1441     TRUE 0.941 0.000 0.154 NA   NA
 3774965 3774966 USA300HOU_1441 USA300HOU_1442     TRUE 0.599 14.000 0.000 NA   NA
 3774966 3774967 USA300HOU_1442 USA300HOU_1443     TRUE 0.817 42.000 0.400 NA   NA
 3774967 3774968 USA300HOU_1443 USA300HOU_1444     TRUE 0.745 58.000 0.400 NA   NA
 3774968 3774969 USA300HOU_1444 USA300HOU_1445     FALSE 0.483 92.000 0.154 NA   NA
 3774969 3774970 USA300HOU_1445 USA300HOU_1446     TRUE 0.873 35.000 0.615 NA   NA
 3774970 3774971 USA300HOU_1446 USA300HOU_1447     TRUE 0.941 1.000 0.222 NA   NA
 3774971 3774972 USA300HOU_1447 USA300HOU_1448     TRUE 0.961 -3.000 0.250 NA   NA
 3774972 3774973 USA300HOU_1448 USA300HOU_1449     TRUE 0.559 12.000 0.000 NA   NA
 3774973 3774974 USA300HOU_1449 USA300HOU_1450     FALSE 0.210 69.000 0.000 NA   NA
 3774974 3774975 USA300HOU_1450 USA300HOU_1451     TRUE 0.976 -33.000 0.846 NA   NA
 3774975 3774976 USA300HOU_1451 USA300HOU_1452     TRUE 0.979 -16.000 0.846 NA   NA
 3774976 3774977 USA300HOU_1452 USA300HOU_1453     TRUE 0.943 5.000 0.692 NA   NA
 3774977 3774978 USA300HOU_1453 USA300HOU_1454     TRUE 0.961 -10.000 0.200 NA   NA
 3774978 3774979 USA300HOU_1454 USA300HOU_1455     FALSE 0.011 580.000 0.000 NA   NA
 3774979 3774980 USA300HOU_1455 USA300HOU_1456     TRUE 0.674 13.000 0.000 1.000   NA
 3774980 3774981 USA300HOU_1456 USA300HOU_1457     TRUE 0.956 -19.000 0.182 NA   NA
 3774983 3774984 USA300HOU_1459 USA300HOU_1460     FALSE 0.037 288.000 0.000 NA   NA
 3774984 3774985 USA300HOU_1460 USA300HOU_1461     TRUE 0.680 68.000 0.400 NA   NA
 3774985 3774986 USA300HOU_1461 USA300HOU_1462     TRUE 0.801 -3.000 0.000 NA   NA
 3774986 3774987 USA300HOU_1462 USA300HOU_1463     TRUE 0.817 -7.000 0.000 NA   NA
 3774987 3774988 USA300HOU_1463 USA300HOU_1464     TRUE 0.817 -7.000 0.000 NA   NA
 3774988 3774989 USA300HOU_1464 USA300HOU_1465     TRUE 0.801 -3.000 0.000 NA   NA
 3774989 3774990 USA300HOU_1465 USA300HOU_1466     TRUE 0.852 37.000 0.500 NA   NA
 3774990 3774991 USA300HOU_1466 USA300HOU_1467     TRUE 0.817 -7.000 0.000 NA   NA
 3774991 3774992 USA300HOU_1467 USA300HOU_1468     TRUE 0.614 6.000 0.000 NA   NA
 3774992 3774993 USA300HOU_1468 USA300HOU_1469     TRUE 0.814 -6.000 0.000 NA   NA
 3774993 3774994 USA300HOU_1469 USA300HOU_1470     TRUE 0.659 3.000 0.000 NA   NA
 3774994 3774995 USA300HOU_1470 USA300HOU_1471     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 3774995 3774996 USA300HOU_1471 USA300HOU_1472     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 3774996 3774997 USA300HOU_1472 USA300HOU_1473     TRUE 0.568 13.000 0.000 NA   NA
 3774997 3774998 USA300HOU_1473 USA300HOU_1474     TRUE 0.628 68.000 0.250 NA   NA
 3774998 3774999 USA300HOU_1474 USA300HOU_1475     TRUE 0.926 26.000 0.643 NA   NA
 3774999 3775000 USA300HOU_1475 USA300HOU_1476     TRUE 0.801 -3.000 0.000 NA   NA
 3775000 3775001 USA300HOU_1476 USA300HOU_1477     TRUE 0.599 14.000 0.000 NA   NA
 3775001 3775002 USA300HOU_1477 USA300HOU_1478     TRUE 0.625 5.000 0.000 NA   NA
 3775002 3775003 USA300HOU_1478 USA300HOU_1479     TRUE 0.817 -7.000 0.000 NA   NA
 3775003 3775004 USA300HOU_1479 USA300HOU_1480     FALSE 0.159 93.000 0.000 NA   NA
 3775004 3775005 USA300HOU_1480 USA300HOU_1481     TRUE 0.559 12.000 0.000 NA   NA
 3775005 3775006 USA300HOU_1481 USA300HOU_1482     TRUE 0.580 25.000 0.000 NA   NA
 3775008 3775009 USA300HOU_1484 USA300HOU_1485     FALSE 0.172 84.000 0.000 NA   NA
 3775010 3775011 USA300HOU_1486 USA300HOU_1487     TRUE 0.568 13.000 0.000 NA   NA
 3775011 3775012 USA300HOU_1487 USA300HOU_1488     TRUE 0.624 18.000 0.000 NA   NA
 3775015 3775016 USA300HOU_1491 USA300HOU_1492     TRUE 0.817 -7.000 0.000 NA   NA
 3775016 3775017 USA300HOU_1492 USA300HOU_1493   srrB FALSE 0.050 245.000 0.000 NA   NA
 3775017 3775018 USA300HOU_1493 USA300HOU_1494 srrB srrA TRUE 0.896 38.000 0.056 1.000 Y NA
 3775018 3775019 USA300HOU_1494 USA300HOU_1495 srrA rluB FALSE 0.370 133.000 0.046 1.000 N NA
 3775019 3775020 USA300HOU_1495 USA300HOU_1496 rluB scpA FALSE 0.012 528.000 0.000 NA   NA
 3775022 3775023 USA300HOU_1498 USA300HOU_1499 xerD   TRUE 0.645 49.000 0.029 1.000 N NA
 3775023 3775024 USA300HOU_1499 USA300HOU_1500   nudF FALSE 0.371 105.000 0.021 1.000 N NA
 3775026 3775027 USA300HOU_1502 USA300HOU_1503     TRUE 0.628 16.000 0.000 NA   NA
 3775029 3775030 USA300HOU_1505 USA300HOU_1506     FALSE 0.282 57.000 0.000 NA   NA
 3775031 3775032 USA300HOU_1507 USA300HOU_1508     FALSE 0.128 203.000 0.000 1.000 N NA
 3775033 3775034 USA300HOU_1509 USA300HOU_1510 malA malR TRUE 0.952 16.000 0.500 1.000 N NA
 3775034 3775035 USA300HOU_1510 USA300HOU_1511 malR   FALSE 0.110 194.000 0.000 1.000   NA
 3775035 3775036 USA300HOU_1511 USA300HOU_1512   pgd FALSE 0.091 219.000 0.000 1.000   NA
 3775036 3775037 USA300HOU_1512 USA300HOU_1513 pgd   FALSE 0.525 68.000 0.035 1.000 N NA
 3775039 3775040 USA300HOU_1515 USA300HOU_1516     TRUE 0.850 14.000 0.097 NA   NA
 3775040 3775041 USA300HOU_1516 USA300HOU_1517   bmfBB FALSE 0.075 351.000 0.058 NA   NA
 3775041 3775042 USA300HOU_1517 USA300HOU_1518 bmfBB   TRUE 0.986 13.000 0.882 0.053 Y NA
 3775042 3775043 USA300HOU_1518 USA300HOU_1519   odpA TRUE 0.996 0.000 0.897 0.001 Y NA
 3775043 3775044 USA300HOU_1519 USA300HOU_1520 odpA lpdA TRUE 0.979 16.000 0.414 1.000 Y NA
 3775044 3775045 USA300HOU_1520 USA300HOU_1521 lpdA recN FALSE 0.256 151.000 0.002 1.000 N NA
 3775045 3775046 USA300HOU_1521 USA300HOU_1522 recN argR TRUE 0.888 16.000 0.056 1.000 N NA
 3775046 3775047 USA300HOU_1522 USA300HOU_1523 argR ispA FALSE 0.036 423.000 0.000 1.000 N NA
 3775047 3775048 USA300HOU_1523 USA300HOU_1524 ispA xseB TRUE 0.957 -22.000 0.100 1.000 N NA
 3775048 3775049 USA300HOU_1524 USA300HOU_1525 xseB xseA TRUE 0.996 -7.000 0.412 0.001 Y NA
 3775049 3775050 USA300HOU_1525 USA300HOU_1526 xseA nusB TRUE 0.842 17.000 0.011 1.000 N NA
 3775050 3775051 USA300HOU_1526 USA300HOU_1527 nusB   TRUE 0.695 60.000 0.265 NA   NA
 3775051 3775052 USA300HOU_1527 USA300HOU_1528   accC TRUE 0.926 15.000 0.373 NA   NA
 3775052 3775053 USA300HOU_1528 USA300HOU_1529 accC accB TRUE 0.980 0.000 0.086 1.000 Y NA
 3775053 3775054 USA300HOU_1529 USA300HOU_1530 accB efp FALSE 0.082 474.000 0.120 1.000 N NA
 3775054 3775055 USA300HOU_1530 USA300HOU_1531 efp   TRUE 0.901 26.000 0.160 1.000 N NA
 3775056 3775057 USA300HOU_1532 USA300HOU_1533     TRUE 0.946 14.000 1.000 NA   NA
 3775060 3775061 USA300HOU_1536 USA300HOU_1537 gcvPB gcvPA TRUE 0.995 -7.000 0.316 0.001 Y NA
 3775061 3775062 USA300HOU_1537 USA300HOU_1538 gcvPA gcvT TRUE 0.977 11.000 0.092 0.001 Y NA
 3775062 3775063 USA300HOU_1538 USA300HOU_1539 gcvT aroK FALSE 0.549 159.000 0.019 1.000 Y NA
 3775063 3775064 USA300HOU_1539 USA300HOU_1540 aroK   TRUE 0.817 -10.000 0.000 NA   NA
 3775064 3775065 USA300HOU_1540 USA300HOU_1541     FALSE 0.147 100.000 0.000 NA   NA
 3775065 3775066 USA300HOU_1541 USA300HOU_1542     TRUE 0.917 -82.000 0.054 NA   NA
 3775066 3775067 USA300HOU_1542 USA300HOU_1543   pulG TRUE 0.813 -13.000 0.000 NA   NA
 3775067 3775068 USA300HOU_1543 USA300HOU_1544 pulG   TRUE 0.962 -22.000 0.000 NA Y NA
 3775068 3775069 USA300HOU_1544 USA300HOU_1545   pulF TRUE 0.982 14.000 0.861 1.000 Y NA
 3775069 3775070 USA300HOU_1545 USA300HOU_1546 pulF   TRUE 0.992 -28.000 0.639 1.000 Y NA
 3775070 3775071 USA300HOU_1546 USA300HOU_1547     TRUE 0.554 52.000 0.015 1.000   NA
 3775071 3775072 USA300HOU_1547 USA300HOU_1548     TRUE 0.892 -3.000 0.015 NA   NA
 3775072 3775073 USA300HOU_1548 USA300HOU_1549   glcK TRUE 0.885 0.000 0.024 NA   NA
 3775073 3775074 USA300HOU_1549 USA300HOU_1550 glcK   TRUE 0.972 -3.000 0.496 NA   NA
 3775074 3775075 USA300HOU_1550 USA300HOU_1551     TRUE 0.928 -19.000 0.058 NA   NA
 3775075 3775076 USA300HOU_1551 USA300HOU_1552     TRUE 0.755 12.000 0.006 1.000   NA
 3775076 3775077 USA300HOU_1552 USA300HOU_1553   rpmG3 FALSE 0.231 209.000 0.045 1.000 N NA
 3775077 3775078 USA300HOU_1553 USA300HOU_1554 rpmG3 pbp3 FALSE 0.342 113.000 0.019 1.000 N NA
 3775078 3775079 USA300HOU_1554 USA300HOU_1555 pbp3 sodA FALSE 0.429 121.000 0.085 1.000 N NA
 3775079 3775080 USA300HOU_1555 USA300HOU_1556 sodA   FALSE 0.244 277.000 0.000 1.000 Y NA
 3775080 3775081 USA300HOU_1556 USA300HOU_1557     TRUE 0.992 -13.000 0.480 1.000 Y NA
 3775081 3775082 USA300HOU_1557 USA300HOU_1558     TRUE 0.956 33.000 0.148 0.094 Y NA
 3775082 3775083 USA300HOU_1558 USA300HOU_1559   nfo FALSE 0.288 144.000 0.012 1.000 N NA
 3775083 3775084 USA300HOU_1559 USA300HOU_1560 nfo   TRUE 0.957 10.000 0.104 1.000 Y NA
 3775084 3775085 USA300HOU_1560 USA300HOU_1561     FALSE 0.274 114.000 0.032 NA   NA
 3775085 3775086 USA300HOU_1561 USA300HOU_1562     TRUE 0.926 3.000 0.283 NA   NA
 3775086 3775087 USA300HOU_1562 USA300HOU_1563   rpoD FALSE 0.450 131.000 0.239 NA   NA
 3775087 3775088 USA300HOU_1563 USA300HOU_1564 rpoD dnaG FALSE 0.325 224.000 0.209 1.000 N NA
 3775088 3775089 USA300HOU_1564 USA300HOU_1565 dnaG   FALSE 0.405 61.000 0.011 NA   NA
 3775091 3775092 USA300HOU_1567 USA300HOU_1568 recO era TRUE 0.888 22.000 0.108 1.000   NA
 3775092 3775093 USA300HOU_1568 USA300HOU_1569 era cdd TRUE 0.930 1.000 0.098 1.000   NA
 3775093 3775094 USA300HOU_1569 USA300HOU_1570 cdd dgkA2 TRUE 0.886 11.000 0.108 1.000 N NA
 3775094 3775095 USA300HOU_1570 USA300HOU_1571 dgkA2   TRUE 0.777 3.000 0.007 NA   NA
 3775095 3775096 USA300HOU_1571 USA300HOU_1572   phoH TRUE 0.958 1.000 0.457 NA   NA
 3775096 3775097 USA300HOU_1572 USA300HOU_1573 phoH   FALSE 0.034 304.000 0.000 NA   NA
 3775097 3775098 USA300HOU_1573 USA300HOU_1574     TRUE 0.837 17.000 0.055 NA   NA
 3775098 3775099 USA300HOU_1574 USA300HOU_1575     TRUE 0.912 18.000 0.258 NA   NA
 3775099 3775100 USA300HOU_1575 USA300HOU_1576   rpsU FALSE 0.109 220.000 0.011 NA   NA
 3775100 3775101 USA300HOU_1576 USA300HOU_1577 rpsU   FALSE 0.094 293.000 0.016 1.000   NA
 3775101 3775102 USA300HOU_1577 USA300HOU_1578     TRUE 0.883 7.000 0.163 NA   NA
 3775102 3775103 USA300HOU_1578 USA300HOU_1579   prmA TRUE 0.963 -7.000 0.227 NA   NA
 3775103 3775104 USA300HOU_1579 USA300HOU_1580 prmA dnaJ TRUE 0.918 4.000 0.133 1.000 N NA
 3775104 3775105 USA300HOU_1580 USA300HOU_1581 dnaJ dnaK TRUE 0.835 136.000 0.196 0.002 Y NA
 3775105 3775106 USA300HOU_1581 USA300HOU_1582 dnaK grpE TRUE 0.907 69.000 0.224 0.005 Y NA
 3775106 3775107 USA300HOU_1582 USA300HOU_1583 grpE hrcA TRUE 0.887 32.000 0.286 1.000 N NA
 3775107 3775108 USA300HOU_1583 USA300HOU_1584 hrcA hemN FALSE 0.474 100.000 0.082 1.000 N NA
 3775108 3775109 USA300HOU_1584 USA300HOU_1585 hemN   FALSE 0.060 219.000 0.000 NA   NA
 3775109 3775110 USA300HOU_1585 USA300HOU_1586   lepA FALSE 0.079 183.000 0.000 NA   NA
 3775112 3775113 USA300HOU_1588 USA300HOU_1589 holA comEC TRUE 0.709 57.000 0.163 1.000   NA
 3775113 3775114 USA300HOU_1589 USA300HOU_1590 comEC comEB TRUE 0.927 5.000 0.055 0.021   NA
 3775114 3775115 USA300HOU_1590 USA300HOU_1591 comEB comEA FALSE 0.537 83.000 0.095 1.000 N NA
 3775115 3775116 USA300HOU_1591 USA300HOU_1592 comEA   TRUE 0.667 40.000 0.033 1.000   NA
 3775116 3775117 USA300HOU_1592 USA300HOU_1593     TRUE 0.875 3.000 0.085 NA   NA
 3775117 3775118 USA300HOU_1593 USA300HOU_1594     TRUE 0.929 1.000 0.149 NA   NA
 3775118 3775119 USA300HOU_1594 USA300HOU_1595   nadD TRUE 0.989 -10.000 0.199 1.000 Y NA
 3775119 3775120 USA300HOU_1595 USA300HOU_1596 nadD   TRUE 0.915 3.000 0.150 NA N NA
 3775120 3775121 USA300HOU_1596 USA300HOU_1597   aroE TRUE 0.884 4.000 0.089 NA N NA
 3775121 3775122 USA300HOU_1597 USA300HOU_1598 aroE   TRUE 0.929 14.000 0.336 1.000   NA
 3775122 3775123 USA300HOU_1598 USA300HOU_1599     TRUE 0.968 1.000 0.555 1.000   NA
 3775123 3775124 USA300HOU_1599 USA300HOU_1600   mtnN/pfs TRUE 0.827 20.000 0.019 1.000   NA
 3775124 3775125 USA300HOU_1600 USA300HOU_1601 mtnN/pfs   FALSE 0.346 46.000 0.000 NA   NA
 3775127 3775128 USA300HOU_1603 USA300HOU_1604     FALSE 0.024 462.000 0.000 1.000   NA
 3775128 3775129 USA300HOU_1604 USA300HOU_1605     FALSE 0.013 1531.000 0.000 1.000   NA
 3775129 3775130 USA300HOU_1605 USA300HOU_1606     TRUE 0.932 0.000 0.062 1.000   NA
 3775130 3775131 USA300HOU_1606 USA300HOU_1607     TRUE 0.937 14.000 0.031 NA Y NA
 3775131 3775132 USA300HOU_1607 USA300HOU_1608     TRUE 0.954 2.000 0.429 NA N NA
 3775132 3775133 USA300HOU_1608 USA300HOU_1609     TRUE 0.994 -10.000 0.184 0.002 Y NA
 3775133 3775134 USA300HOU_1609 USA300HOU_1610   greA FALSE 0.058 326.000 0.000 1.000 N NA
 3775134 3775135 USA300HOU_1610 USA300HOU_1611 greA udk TRUE 0.864 28.000 0.095 1.000 N NA
 3775135 3775136 USA300HOU_1611 USA300HOU_1612 udk   TRUE 0.949 0.000 0.100 1.000 N NA
 3775136 3775137 USA300HOU_1612 USA300HOU_1613     TRUE 0.980 12.000 0.156 0.001 Y NA
 3775137 3775138 USA300HOU_1613 USA300HOU_1614     TRUE 0.959 -3.000 0.142 1.000   NA
 3775138 3775139 USA300HOU_1614 USA300HOU_1615     FALSE 0.037 285.000 0.000 NA   NA
 3775139 3775140 USA300HOU_1615 USA300HOU_1616     TRUE 0.941 15.000 0.651 NA   NA
 3775140 3775141 USA300HOU_1616 USA300HOU_1617     TRUE 0.940 4.000 0.537 NA   NA
 3775141 3775142 USA300HOU_1617 USA300HOU_1618   alaS TRUE 0.574 63.000 0.110 NA   NA
 3775142 3775143 USA300HOU_1618 USA300HOU_1619 alaS recD FALSE 0.053 340.000 0.000 1.000 N NA
 3775143 3775144 USA300HOU_1619 USA300HOU_1620 recD   TRUE 0.948 2.000 0.281 1.000   NA
 3775144 3775145 USA300HOU_1620 USA300HOU_1621   trmU FALSE 0.052 462.000 0.038 1.000   NA
 3775145 3775146 USA300HOU_1621 USA300HOU_1622 trmU csd1 TRUE 0.933 1.000 0.072 1.000 N NA
 3775148 3775149 USA300HOU_1624 USA300HOU_1625     FALSE 0.374 40.000 0.000 NA   NA
 3775149 3775150 USA300HOU_1625 USA300HOU_1626     FALSE 0.008 2042.000 0.000 NA   NA
 3775150 3775151 USA300HOU_1626 USA300HOU_1627     TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 3775151 3775152 USA300HOU_1627 USA300HOU_nc0010     TRUE 0.733 1.000 0.000 NA   NA
 3775152 3775153 USA300HOU_nc0010 USA300HOU_1628   aspS TRUE 0.733 1.000 0.000 NA   NA
 3775153 3775154 USA300HOU_1628 USA300HOU_1629 aspS hisS TRUE 0.980 16.000 0.161 0.044 Y NA
 3775154 3775155 USA300HOU_1629 USA300HOU_1630 hisS lytH FALSE 0.030 461.000 0.000 1.000 N NA
 3775155 3775156 USA300HOU_1630 USA300HOU_1631 lytH dtd TRUE 0.928 -3.000 0.010 1.000 N NA
 3775156 3775157 USA300HOU_1631 USA300HOU_1632 dtd relA2 TRUE 0.903 12.000 0.177 1.000 N NA
 3775157 3775158 USA300HOU_1632 USA300HOU_1633 relA2 apt FALSE 0.086 407.000 0.068 1.000 N NA
 3775158 3775159 USA300HOU_1633 USA300HOU_1634 apt recJ TRUE 0.908 22.000 0.128 1.000 N NA
 3775161 3775162 USA300HOU_1636 USA300HOU_1637 secDF yajC FALSE 0.257 275.000 0.005 NA Y NA
 3775162 3775163 USA300HOU_1637 USA300HOU_1638 yajC tgt TRUE 0.930 19.000 0.325 NA N NA
 3775163 3775164 USA300HOU_1638 USA300HOU_1639 tgt queA TRUE 0.987 23.000 0.360 0.001 Y NA
 3775164 3775165 USA300HOU_1639 USA300HOU_1640 queA ruvB TRUE 0.920 2.000 0.069 1.000 N NA
 3775165 3775166 USA300HOU_1640 USA300HOU_1641 ruvB ruvA TRUE 0.980 32.000 0.549 0.002 Y NA
 3775166 3775167 USA300HOU_1641 USA300HOU_1642 ruvA   TRUE 0.794 14.000 0.009 1.000   NA
 3775167 3775168 USA300HOU_1642 USA300HOU_1643     TRUE 0.802 13.000 0.024 1.000   NA
 3775168 3775169 USA300HOU_1643 USA300HOU_1644   rpmA FALSE 0.179 355.000 0.335 1.000   NA
 3775169 3775170 USA300HOU_1644 USA300HOU_1645 rpmA   TRUE 0.957 12.000 0.203 NA Y NA
 3775170 3775171 USA300HOU_1645 USA300HOU_1646   rplU TRUE 0.965 6.000 0.208 NA Y NA
 3775171 3775172 USA300HOU_1646 USA300HOU_1647 rplU   FALSE 0.242 167.000 0.008 1.000 N NA
 3775172 3775173 USA300HOU_1647 USA300HOU_1648   mreC TRUE 0.994 0.000 0.550 0.003 Y NA
 3775173 3775174 USA300HOU_1648 USA300HOU_1649 mreC   FALSE 0.069 200.000 0.000 NA   NA
 3775174 3775175 USA300HOU_1649 USA300HOU_1650     FALSE 0.195 74.000 0.000 NA   NA
 3775175 3775176 USA300HOU_1650 USA300HOU_1651     FALSE 0.014 474.000 0.000 NA   NA
 3775176 3775177 USA300HOU_1651 USA300HOU_1652   radC FALSE 0.422 68.000 0.037 NA   NA
 3775177 3775178 USA300HOU_1652 USA300HOU_1653 radC   TRUE 0.718 12.000 0.000 1.000 N NA
 3775178 3775179 USA300HOU_1653 USA300HOU_1654   folC FALSE 0.081 270.000 0.000 1.000 N NA
 3775179 3775180 USA300HOU_1654 USA300HOU_1655 folC valS TRUE 0.874 13.000 0.006 0.093 N NA
 3775182 3775183 USA300HOU_1657 USA300HOU_1658     FALSE 0.435 34.000 0.000 NA   NA
 3775183 3775184 USA300HOU_1658 USA300HOU_1659   hemL FALSE 0.259 61.000 0.000 NA   NA
 3775184 3775185 USA300HOU_1659 USA300HOU_1660 hemL hemB TRUE 0.941 48.000 0.126 0.002 Y NA
 3775185 3775186 USA300HOU_1660 USA300HOU_1661 hemB hemD TRUE 0.980 3.000 0.042 0.002 Y NA
 3775186 3775187 USA300HOU_1661 USA300HOU_1662 hemD hemC TRUE 0.972 22.000 0.020 0.002 Y NA
 3775187 3775188 USA300HOU_1662 USA300HOU_1663 hemC   TRUE 0.706 42.000 0.040 1.000 N NA
 3775188 3775189 USA300HOU_1663 USA300HOU_1664   hemA TRUE 0.953 22.000 0.613 1.000 N NA
 3775189 3775190 USA300HOU_1664 USA300HOU_1665 hemA   FALSE 0.160 217.000 0.020 1.000   NA
 3775190 3775191 USA300HOU_1665 USA300HOU_1666   clpX FALSE 0.299 154.000 0.043 1.000   NA
 3775191 3775192 USA300HOU_1666 USA300HOU_1667 clpX   TRUE 0.741 151.000 0.033 0.002 Y NA
 3775192 3775193 USA300HOU_1667 USA300HOU_1668   lysP FALSE 0.016 3249.000 0.000 1.000 N NA
 3775193 3775194 USA300HOU_1668 USA300HOU_1669 lysP thrS FALSE 0.034 426.000 0.000 1.000 N NA
 3775194 3775195 USA300HOU_1669 USA300HOU_1670 thrS   FALSE 0.070 198.000 0.000 NA   NA
 3775195 3775196 USA300HOU_1670 USA300HOU_1671   dnaI FALSE 0.159 93.000 0.000 NA   NA
 3775196 3775197 USA300HOU_1671 USA300HOU_1672 dnaI dnaB2 TRUE 0.990 0.000 0.817 NA Y NA
 3775197 3775198 USA300HOU_1672 USA300HOU_1673 dnaB2   TRUE 0.928 1.000 0.109 NA N NA
 3775198 3775199 USA300HOU_1673 USA300HOU_1674   gapB FALSE 0.128 210.000 0.004 NA N NA
 3775199 3775200 USA300HOU_1674 USA300HOU_1675 gapB coaE FALSE 0.258 170.000 0.020 1.000 N NA
 3775200 3775201 USA300HOU_1675 USA300HOU_1676 coaE fpg TRUE 0.893 16.000 0.066 1.000 N NA
 3775201 3775202 USA300HOU_1676 USA300HOU_1677 fpg polA TRUE 0.964 16.000 0.101 1.000 Y NA
 3775202 3775203 USA300HOU_1677 USA300HOU_1678 polA   FALSE 0.035 294.000 0.000 NA   NA
 3775203 3775204 USA300HOU_1678 USA300HOU_1679     FALSE 0.014 484.000 0.000 NA   NA
 3775204 3775205 USA300HOU_1679 USA300HOU_1680     TRUE 0.991 -3.000 0.159 0.047 Y NA
 3775205 3775206 USA300HOU_1680 USA300HOU_1681   icd FALSE 0.040 390.000 0.000 1.000 N NA
 3775206 3775207 USA300HOU_1681 USA300HOU_1682 icd citZ TRUE 0.894 49.000 0.140 1.000 Y NA
 3775209 3775210 USA300HOU_1684 USA300HOU_1685 pykA pfkA TRUE 0.984 22.000 0.261 0.005 Y NA
 3775210 3775211 USA300HOU_1685 USA300HOU_1686 pfkA accA FALSE 0.165 269.000 0.047 1.000 N NA
 3775211 3775212 USA300HOU_1686 USA300HOU_1687 accA accD TRUE 0.993 0.000 0.234 0.001 Y NA
 3775212 3775213 USA300HOU_1687 USA300HOU_1688 accD   FALSE 0.196 195.000 0.010 1.000 N NA
 3775213 3775214 USA300HOU_1688 USA300HOU_1689   dnaE2 FALSE 0.093 450.000 0.127 1.000 N NA
 3775214 3775215 USA300HOU_1689 USA300HOU_1690 dnaE2   TRUE 0.908 21.000 0.159 1.000   NA
 3775215 3775216 USA300HOU_1690 USA300HOU_1691     FALSE 0.199 261.000 0.113 1.000   NA
 3775220 3775221 USA300HOU_1695 USA300HOU_1696   ald FALSE 0.122 124.000 0.000 NA   NA
 3775223 3775224 USA300HOU_1698 USA300HOU_1699 ackA   TRUE 0.613 88.000 0.217 1.000 N NA
 3775224 3775225 USA300HOU_1699 USA300HOU_1700   ahpC2 FALSE 0.431 123.000 0.089 1.000 N NA
 3775225 3775226 USA300HOU_1700 USA300HOU_1701 ahpC2   FALSE 0.315 98.000 0.009 1.000   NA
 3775226 3775227 USA300HOU_1701 USA300HOU_1702   thiI TRUE 0.607 44.000 0.016 1.000   NA
 3775227 3775228 USA300HOU_1702 USA300HOU_1703 thiI csd2 TRUE 0.971 0.000 0.349 1.000 N NA
 3775231 3775232 USA300HOU_1706 USA300HOU_1707   rpsD FALSE 0.102 244.000 0.005 NA N NA
 3775232 3775233 USA300HOU_1707 USA300HOU_1708 rpsD   FALSE 0.199 73.000 0.000 NA   NA
 3775235 3775236 USA300HOU_1710 USA300HOU_1711     FALSE 0.362 114.000 0.027 1.000 N NA
 3775236 3775237 USA300HOU_1711 USA300HOU_1712   serA TRUE 0.986 -13.000 0.113 1.000 Y NA
 3775238 3775239 USA300HOU_1713 USA300HOU_1714     FALSE 0.215 68.000 0.000 NA   NA
 3775239 3775240 USA300HOU_1714 USA300HOU_1715     FALSE 0.343 107.000 0.062 NA   NA
 3775244 3775245 USA300HOU_1719 USA300HOU_1720     FALSE 0.119 131.000 0.000 NA   NA
 3775245 3775246 USA300HOU_1720 USA300HOU_1721   fhs FALSE 0.054 296.000 0.000 1.000   NA
 3775246 3775247 USA300HOU_1721 USA300HOU_1722 fhs acsA1 FALSE 0.037 407.000 0.000 1.000 N NA
 3775248 3775249 USA300HOU_1723 USA300HOU_1724 acuA acuC TRUE 0.859 25.000 0.075 1.000   NA
 3775250 3775251 USA300HOU_1725 USA300HOU_1726 ccpA   FALSE 0.199 73.000 0.000 NA   NA
 3775251 3775252 USA300HOU_1726 USA300HOU_1727     FALSE 0.025 354.000 0.000 NA   NA
 3775252 3775253 USA300HOU_1727 USA300HOU_1728     FALSE 0.010 700.000 0.000 NA   NA
 3775253 3775254 USA300HOU_1728 USA300HOU_1729     TRUE 0.585 74.000 0.222 NA   NA
 3775254 3775255 USA300HOU_1729 USA300HOU_1730   murC FALSE 0.331 74.000 0.014 NA   NA
 3775255 3775256 USA300HOU_1730 USA300HOU_1731 murC   TRUE 0.916 24.000 0.017 0.005 N NA
 3775256 3775257 USA300HOU_1731 USA300HOU_1732   pheT2 TRUE 0.904 21.000 0.143 1.000   NA
 3775257 3775258 USA300HOU_1732 USA300HOU_1733 pheT2   TRUE 0.906 29.000 0.511 NA   NA
 3775258 3775259 USA300HOU_1733 USA300HOU_1734     TRUE 0.562 115.000 0.500 NA   NA
 3775259 3775260 USA300HOU_1734 USA300HOU_1735   pepA1 TRUE 0.621 65.000 0.081 1.000 N NA
 3775262 3775263 USA300HOU_1737 USA300HOU_1738   trmB FALSE 0.073 470.000 0.117 1.000   NA
 3775263 3775264 USA300HOU_1738 USA300HOU_1739 trmB   TRUE 0.908 15.000 0.154 1.000   NA
 3775266 3775267 USA300HOU_1741 USA300HOU_1742 daaA   TRUE 0.969 4.000 0.143 1.000 Y NA
 3775267 3775268 USA300HOU_1742 USA300HOU_1743     FALSE 0.010 750.000 0.000 NA   NA
 3775268 3775269 USA300HOU_1743 USA300HOU_1744   rsuA TRUE 0.908 17.000 0.233 NA   NA
 3775269 3775270 USA300HOU_1744 USA300HOU_1745 rsuA   TRUE 0.967 -3.000 0.233 1.000   NA
 3775272 3775273 USA300HOU_1747 USA300HOU_1748 fmtB1   FALSE 0.040 326.000 0.000 NA N NA
 3775273 3775274 USA300HOU_1748 USA300HOU_1749   leuS TRUE 0.778 22.000 0.007 NA N NA
 3775274 3775275 USA300HOU_1749 USA300HOU_1750 leuS   FALSE 0.071 288.000 0.000 1.000 N NA
 3775276 3775277 USA300HOU_1751 USA300HOU_1752     TRUE 0.975 -3.000 0.408 1.000   NA
 3775278 3775279 USA300HOU_1753 USA300HOU_1754 rot   FALSE 0.018 421.000 0.000 NA   NA
 3775279 3775280 USA300HOU_1754 USA300HOU_1755     FALSE 0.026 347.000 0.000 NA   NA
 3775282 3775283 USA300HOU_1757 USA300HOU_1758 ribH ribA TRUE 0.967 13.000 0.022 0.002 Y NA
 3775283 3775284 USA300HOU_1758 USA300HOU_1759 ribA ribB TRUE 0.939 11.000 0.026 1.000 Y NA
 3775284 3775285 USA300HOU_1759 USA300HOU_1760 ribB ribD TRUE 0.977 7.000 0.456 1.000 Y NA
 3775285 3775286 USA300HOU_1760 USA300HOU_1761 ribD   FALSE 0.014 481.000 0.000 NA   NA
 3775286 3775287 USA300HOU_1761 USA300HOU_1762     TRUE 0.603 23.000 0.000 NA   NA
 3775288 3775289 USA300HOU_1763 USA300HOU_1764 arsB arsC2 TRUE 0.769 18.000 0.000 1.000 N NA
 3775291 3775292 USA300HOU_1766 USA300HOU_1767 rpoE1   FALSE 0.420 113.000 0.150 NA   NA
 3775296 3775297 USA300HOU_1771 USA300HOU_1772   crcB FALSE 0.191 178.000 0.034 NA   NA
 3775297 3775298 USA300HOU_1772 USA300HOU_1773 crcB   TRUE 0.989 -3.000 0.069 0.069 Y NA
 3775298 3775299 USA300HOU_1773 USA300HOU_1774     FALSE 0.019 402.000 0.000 NA   NA
 3775300 3775301 USA300HOU_1775 USA300HOU_1776     FALSE 0.281 212.000 0.222 NA   NA
 3775301 3775302 USA300HOU_1776 USA300HOU_1777   metK FALSE 0.298 125.000 0.054 NA   NA
 3775304 3775305 USA300HOU_1779 USA300HOU_1780     FALSE 0.024 459.000 0.000 1.000   NA
 3775305 3775306 USA300HOU_1780 USA300HOU_1781     TRUE 0.964 -19.000 0.182 1.000   NA
 3775308 3775309 USA300HOU_1783 USA300HOU_1784     TRUE 0.865 5.000 0.029 1.000 N NA
 3775309 3775310 USA300HOU_1784 USA300HOU_1785     FALSE 0.100 159.000 0.000 NA   NA
 3775311 3775312 USA300HOU_1786 USA300HOU_1787     FALSE 0.177 81.000 0.000 NA   NA
 3775312 3775313 USA300HOU_1787 USA300HOU_1788     FALSE 0.187 76.000 0.000 NA   NA
 3775313 3775314 USA300HOU_1788 USA300HOU_1789     FALSE 0.369 41.000 0.000 NA   NA
 3775314 3775315 USA300HOU_1789 USA300HOU_1790     FALSE 0.151 98.000 0.000 NA   NA
 3775316 3775317 USA300HOU_1791 USA300HOU_1792     FALSE 0.130 114.000 0.000 NA   NA
 3775317 3775318 USA300HOU_1792 USA300HOU_1793     TRUE 0.696 2.000 0.000 NA   NA
 3775318 3775319 USA300HOU_1793 USA300HOU_1794     TRUE 0.572 11.000 0.000 NA   NA
 3775319 3775320 USA300HOU_1794 USA300HOU_1795     FALSE 0.016 443.000 0.000 NA   NA
 3775320 3775321 USA300HOU_1795 USA300HOU_nc0013   sprA TRUE 0.568 13.000 0.000 NA   NA
 3775323 3775324 USA300HOU_1797 USA300HOU_1798     FALSE 0.018 425.000 0.000 NA   NA
 3775324 3775325 USA300HOU_1798 USA300HOU_1799   hsdS2 FALSE 0.009 1146.000 0.000 NA   NA
 3775325 3775326 USA300HOU_1799 USA300HOU_1800 hsdS2 hsdM2 TRUE 0.989 -7.000 0.011 0.002 Y NA
 3775326 3775327 USA300HOU_1800 USA300HOU_1801 hsdM2 splF FALSE 0.046 363.000 0.000 1.000 N NA
 3775327 3775328 USA300HOU_1801 USA300HOU_1802 splF splE TRUE 0.812 151.000 0.200 0.004 Y NA
 3775328 3775329 USA300HOU_1802 USA300HOU_1803 splE splD TRUE 0.802 158.000 0.200 0.004 Y NA
 3775329 3775330 USA300HOU_1803 USA300HOU_1804 splD splC TRUE 0.836 121.000 0.200 0.004 Y NA
 3775330 3775331 USA300HOU_1804 USA300HOU_1805 splC splB TRUE 0.931 58.000 0.200 0.004 Y NA
 3775331 3775332 USA300HOU_1805 USA300HOU_1806 splB splA TRUE 0.833 125.000 0.200 0.004 Y NA
 3775334 3775335 USA300HOU_nc0014 USA300HOU_1808 sprB epiG TRUE 0.768 0.000 0.000 NA   NA
 3775335 3775336 USA300HOU_1808 USA300HOU_1809 epiG epiE TRUE 0.917 -3.000 0.041 NA   NA
 3775336 3775337 USA300HOU_1809 USA300HOU_1810 epiE epiF TRUE 0.928 -3.000 0.061 NA   NA
 3775337 3775338 USA300HOU_1810 USA300HOU_1811 epiF epiP TRUE 0.706 23.000 0.000 1.000   NA
 3775338 3775339 USA300HOU_1811 USA300HOU_1812 epiP epiD TRUE 0.686 10.000 0.000 1.000   NA
 3775339 3775340 USA300HOU_1812 USA300HOU_1813 epiD epiC TRUE 0.740 16.000 0.003 NA   NA
 3775340 3775341 USA300HOU_1813 USA300HOU_1814 epiC epiB TRUE 0.963 -7.000 0.231 NA   NA
 3775341 3775342 USA300HOU_1814 USA300HOU_1815 epiB epiA TRUE 0.648 65.000 0.231 NA   NA
 3775342 3775343 USA300HOU_1815 USA300HOU_1816 epiA   FALSE 0.190 75.000 0.000 NA   NA
 3775343 3775344 USA300HOU_1816 USA300HOU_1817   lukD FALSE 0.009 913.000 0.000 NA   NA
 3775344 3775345 USA300HOU_1817 USA300HOU_1818 lukD lukE TRUE 0.912 2.000 0.000 0.004   NA
 3775345 3775346 USA300HOU_1818 USA300HOU_nc0015 lukE sprC1 FALSE 0.126 118.000 0.000 NA   NA
 3775346 3775347 USA300HOU_nc0015 USA300HOU_nc0016 sprC1 sprC2 FALSE 0.322 49.000 0.000 NA   NA
 3775348 3775349 USA300HOU_1819 USA300HOU_1820     TRUE 0.894 13.000 0.276 NA   NA
 3775349 3775350 USA300HOU_1820 USA300HOU_1821     FALSE 0.009 1295.000 0.000 NA   NA
 3775351 3775352 USA300HOU_t0017 USA300HOU_t0018     FALSE 0.293 55.000 0.000 NA   NA
 3775352 3775353 USA300HOU_t0018 USA300HOU_t0019     TRUE 0.696 2.000 0.000 NA   NA
 3775353 3775354 USA300HOU_t0019 USA300HOU_t0020     TRUE 0.622 15.000 0.000 NA   NA
 3775354 3775355 USA300HOU_t0020 USA300HOU_t0021     TRUE 0.628 16.000 0.000 NA   NA
 3775355 3775356 USA300HOU_t0021 USA300HOU_t0022     TRUE 0.599 14.000 0.000 NA   NA
 3775356 3775357 USA300HOU_t0022 USA300HOU_t0023     TRUE 0.625 17.000 0.000 NA   NA
 3775357 3775358 USA300HOU_t0023 USA300HOU_t0024     TRUE 0.612 22.000 0.000 NA   NA
 3775358 3775359 USA300HOU_t0024 USA300HOU_1822     FALSE 0.015 472.000 0.000 NA   NA
 3775359 3775360 USA300HOU_1822 USA300HOU_1823   hemG FALSE 0.089 323.000 0.057 NA   NA
 3775360 3775361 USA300HOU_1823 USA300HOU_1824 hemG hemH TRUE 0.971 24.000 0.069 0.025 Y NA
 3775361 3775362 USA300HOU_1824 USA300HOU_1825 hemH hemE TRUE 0.867 58.000 0.131 1.000 Y NA
 3775362 3775363 USA300HOU_1825 USA300HOU_1826 hemE   TRUE 0.817 -10.000 0.000 NA   NA
 3775365 3775366 USA300HOU_1828 USA300HOU_1829     TRUE 0.950 -7.000 0.083 NA N NA
 3775367 3775368 USA300HOU_1830 USA300HOU_1831     FALSE 0.366 142.000 0.137 NA   NA
 3775368 3775369 USA300HOU_1831 USA300HOU_1832     FALSE 0.050 733.000 0.190 NA   NA
 3775369 3775370 USA300HOU_1832 USA300HOU_1833   prsA2 FALSE 0.067 205.000 0.000 NA   NA
 3775371 3775372 USA300HOU_1834 USA300HOU_1835     TRUE 0.964 -3.000 0.291 NA   NA
 3775372 3775373 USA300HOU_1835 USA300HOU_1836   sbcD TRUE 0.969 -10.000 0.330 NA   NA
 3775373 3775374 USA300HOU_1836 USA300HOU_1837 sbcD   FALSE 0.036 291.000 0.000 NA   NA
 3775374 3775375 USA300HOU_1837 USA300HOU_1838     FALSE 0.021 383.000 0.000 NA   NA
 3775375 3775376 USA300HOU_1838 USA300HOU_1839     TRUE 0.650 69.000 0.321 NA   NA
 3775376 3775377 USA300HOU_1839 USA300HOU_1840     TRUE 0.801 -3.000 0.000 NA   NA
 3775377 3775378 USA300HOU_1840 USA300HOU_1841     FALSE 0.137 108.000 0.000 NA   NA
 3775378 3775379 USA300HOU_1841 USA300HOU_1842     FALSE 0.254 356.000 0.000 0.014 Y NA
 3775379 3775380 USA300HOU_1842 USA300HOU_1843     TRUE 0.988 22.000 0.536 0.010 Y NA
 3775382 3775383 USA300HOU_1845 USA300HOU_1846 fumC   FALSE 0.125 196.000 0.009 NA   NA
 3775385 3775386 USA300HOU_1848 USA300HOU_1849     TRUE 0.757 25.000 0.021 NA   NA
 3775386 3775387 USA300HOU_1849 USA300HOU_1850     FALSE 0.285 159.000 0.021 1.000 N NA
 3775387 3775388 USA300HOU_1850 USA300HOU_1851     TRUE 0.896 5.000 0.077 1.000 N NA
 3775388 3775389 USA300HOU_1851 USA300HOU_1852   glnQ FALSE 0.363 136.000 0.044 1.000 N NA
 3775389 3775390 USA300HOU_1852 USA300HOU_1853 glnQ   TRUE 0.988 -13.000 0.154 1.000 Y NA
 3775390 3775391 USA300HOU_1853 USA300HOU_1854     FALSE 0.178 258.000 0.077 1.000   NA
 3775393 3775394 USA300HOU_t0025 USA300HOU_t0026     FALSE 0.381 39.000 0.000 NA   NA
 3775394 3775396 USA300HOU_t0026 USA300HOU_t0027     FALSE 0.143 104.000 0.000 NA   NA
 3775396 3775397 USA300HOU_t0027 USA300HOU_t0028     TRUE 0.591 8.000 0.000 NA   NA
 3775397 3775398 USA300HOU_t0028 USA300HOU_t0029     TRUE 0.614 6.000 0.000 NA   NA
 3775398 3775399 USA300HOU_t0029 USA300HOU_t0030     TRUE 0.559 12.000 0.000 NA   NA
 3775399 3775400 USA300HOU_t0030 USA300HOU_t0031     TRUE 0.659 3.000 0.000 NA   NA
 3775400 3775401 USA300HOU_t0031 USA300HOU_t0032     TRUE 0.628 16.000 0.000 NA   NA
 3775401 3775402 USA300HOU_t0032 USA300HOU_t0033     TRUE 0.614 6.000 0.000 NA   NA
 3775402 3775403 USA300HOU_t0033 USA300HOU_t0034     TRUE 0.591 8.000 0.000 NA   NA
 3775403 3775404 USA300HOU_t0034 USA300HOU_t0035     TRUE 0.623 19.000 0.000 NA   NA
 3775404 3775405 USA300HOU_t0035 USA300HOU_t0036     TRUE 0.581 10.000 0.000 NA   NA
 3775405 3775406 USA300HOU_t0036 USA300HOU_t0037     TRUE 0.622 15.000 0.000 NA   NA
 3775406 3775407 USA300HOU_t0037 USA300HOU_t0038     FALSE 0.381 39.000 0.000 NA   NA
 3775407 3775408 USA300HOU_t0038 USA300HOU_t0039     TRUE 0.572 11.000 0.000 NA   NA
 3775408 3775409 USA300HOU_t0039 USA300HOU_t0040     TRUE 0.581 10.000 0.000 NA   NA
 3775409 3775410 USA300HOU_t0040 USA300HOU_t0041     TRUE 0.565 26.000 0.000 NA   NA
 3775410 3775411 USA300HOU_t0041 USA300HOU_t0042     TRUE 0.612 22.000 0.000 NA   NA
 3775411 3775412 USA300HOU_t0042 USA300HOU_t0043     TRUE 0.624 18.000 0.000 NA   NA
 3775412 3775413 USA300HOU_t0043 USA300HOU_t0044     TRUE 0.581 10.000 0.000 NA   NA
 3775413 3775414 USA300HOU_t0044 USA300HOU_t0045     TRUE 0.623 19.000 0.000 NA   NA
 3775414 3775415 USA300HOU_t0045 USA300HOU_t0046     TRUE 0.572 11.000 0.000 NA   NA
 3775415 3775416 USA300HOU_t0046 USA300HOU_t0047     TRUE 0.638 4.000 0.000 NA   NA
 3775416 3775417 USA300HOU_t0047 USA300HOU_t0048     TRUE 0.638 4.000 0.000 NA   NA
 3775417 3775418 USA300HOU_t0048 USA300HOU_t0049     TRUE 0.614 6.000 0.000 NA   NA
 3775418 3775419 USA300HOU_t0049 USA300HOU_t0050     TRUE 0.625 17.000 0.000 NA   NA
 3775419 3775420 USA300HOU_t0050 USA300HOU_r0008   rrf4 TRUE 0.572 11.000 0.000 NA   NA
 3775420 3775421 USA300HOU_r0008 USA300HOU_r0009 rrf4 rrl3 FALSE 0.190 75.000 0.000 NA   NA
 3775421 3775422 USA300HOU_r0009 USA300HOU_t0051 rrl3   FALSE 0.061 216.000 0.000 NA   NA
 3775422 3775423 USA300HOU_t0051 USA300HOU_t0052     TRUE 0.623 19.000 0.000 NA   NA
 3775423 3775424 USA300HOU_t0052 USA300HOU_r0010   rrs3 FALSE 0.154 97.000 0.000 NA   NA
 3775424 3775425 USA300HOU_r0010 USA300HOU_1856 rrs3   FALSE 0.010 748.000 0.000 NA   NA
 3775425 3775426 USA300HOU_1856 USA300HOU_1857     FALSE 0.549 97.000 0.146 1.000 N NA
 3775426 3775427 USA300HOU_1857 USA300HOU_1858   bcp TRUE 0.843 6.000 0.017 1.000 N NA
 3775428 3775429 USA300HOU_1859 USA300HOU_1860 hemL2   FALSE 0.172 242.000 0.102 NA   NA
 3775430 3775431 USA300HOU_1861 USA300HOU_1862     FALSE 0.134 291.000 0.077 NA N NA
 3775431 3775432 USA300HOU_1862 USA300HOU_1863   mutY FALSE 0.079 302.000 0.011 NA N NA
 3775434 3775435 USA300HOU_1865 USA300HOU_1866     TRUE 0.935 9.000 0.727 NA   NA
 3775435 3775436 USA300HOU_1866 USA300HOU_1867     TRUE 0.898 15.000 0.186 NA   NA
 3775436 3775437 USA300HOU_1867 USA300HOU_1868     TRUE 0.919 -22.000 0.045 NA   NA
 3775437 3775438 USA300HOU_1868 USA300HOU_1869     FALSE 0.103 261.000 0.004 1.000   NA
 3775438 3775439 USA300HOU_1869 USA300HOU_1870     FALSE 0.042 341.000 0.000 1.000   NA
 3775439 3775440 USA300HOU_1870 USA300HOU_1871     FALSE 0.318 131.000 0.074 NA   NA
 3775442 3775443 USA300HOU_1873 USA300HOU_1874   pepS TRUE 0.703 90.000 0.545 1.000 N NA
 3775443 3775444 USA300HOU_1874 USA300HOU_1875 pepS   TRUE 0.892 3.000 0.125 NA   NA
 3775444 3775445 USA300HOU_1875 USA300HOU_1876     FALSE 0.195 74.000 0.000 NA   NA
 3775446 3775447 USA300HOU_1877 USA300HOU_1878     TRUE 0.742 7.000 0.010 NA   NA
 3775447 3775448 USA300HOU_1878 USA300HOU_1879     FALSE 0.039 278.000 0.000 NA   NA
 3775449 3775450 USA300HOU_1880 USA300HOU_1881 vraR vraS TRUE 0.996 -10.000 0.853 0.010 Y NA
 3775450 3775451 USA300HOU_1881 USA300HOU_1882 vraS   TRUE