MicrobesOnline Operon Predictions for Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300

MicrobesOnline Operon Predictions for Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
3773502	3773503	USA300HOU_0001	USA300HOU_0002	dnaA	dnaN	FALSE	0.502	278.000	0.328	1.000	Y	NA
3773503	3773504	USA300HOU_0002	USA300HOU_0003	dnaN		FALSE	0.098	381.000	0.103	1.000		NA
3773504	3773505	USA300HOU_0003	USA300HOU_0004		recF	TRUE	0.965	-3.000	0.209	1.000		NA
3773505	3773506	USA300HOU_0004	USA300HOU_0005	recF	gyrB	TRUE	0.981	10.000	0.249	0.006	Y	NA
3773506	3773507	USA300HOU_0005	USA300HOU_0006	gyrB	gyrA	TRUE	0.968	37.000	0.306	0.002	Y	NA
3773509	3773510	USA300HOU_0008	USA300HOU_0009	hutH	serS	FALSE	0.082	379.000	0.000	0.062	N	NA
3773510	3773511	USA300HOU_0009	USA300HOU_0010	serS		FALSE	0.014	650.000	0.000	NA	N	NA
3773511	3773512	USA300HOU_0010	USA300HOU_0011			TRUE	0.967	-3.000	0.338	NA		NA
3773512	3773513	USA300HOU_0011	USA300HOU_0012		metX	FALSE	0.024	363.000	0.000	NA		NA
3773513	3773514	USA300HOU_0012	USA300HOU_0013	metX		FALSE	0.068	291.000	0.011	NA		NA
3773514	3773515	USA300HOU_0013	USA300HOU_0014			TRUE	0.816	15.000	0.039	NA		NA
3773515	3773516	USA300HOU_0014	USA300HOU_0015		rplI	TRUE	0.926	-3.000	0.008	1.000	N	NA
3773516	3773517	USA300HOU_0015	USA300HOU_0016	rplI	dnaB1	TRUE	0.810	32.000	0.064	1.000	N	NA
3773517	3773518	USA300HOU_0016	USA300HOU_0017	dnaB1	purA	FALSE	0.123	278.000	0.018	1.000	N	NA
3773518	3773519	USA300HOU_0017	USA300HOU_t0001	purA		FALSE	0.017	430.000	0.000	NA		NA
3773519	3773520	USA300HOU_t0001	USA300HOU_t0002			TRUE	0.591	8.000	0.000	NA		NA
3773520	3773521	USA300HOU_t0002	USA300HOU_0018		yycF	FALSE	0.011	614.000	0.000	NA		NA
3773521	3773522	USA300HOU_0018	USA300HOU_0019	yycF		TRUE	0.985	13.000	0.597	0.015	Y	NA
3773522	3773523	USA300HOU_0019	USA300HOU_0020		yycH	TRUE	0.976	-7.000	0.575	NA		NA
3773523	3773524	USA300HOU_0020	USA300HOU_0021	yycH	yycI	TRUE	0.969	1.000	0.890	NA		NA
3773524	3773525	USA300HOU_0021	USA300HOU_0022	yycI		FALSE	0.097	390.000	0.176	NA		NA
3773525	3773526	USA300HOU_0022	USA300HOU_0023			FALSE	0.118	186.000	0.000	1.000		NA
3773526	3773527	USA300HOU_0023	USA300HOU_0024		orfX	FALSE	0.023	368.000	0.000	NA		NA
3773527	3773528	USA300HOU_0024	USA300HOU_0025	orfX		FALSE	0.038	283.000	0.000	NA		NA
3773530	3773531	USA300HOU_0027	USA300HOU_0028			FALSE	0.151	98.000	0.000	NA		NA
3773531	3773532	USA300HOU_0028	USA300HOU_0029		ugpQ1	FALSE	0.013	509.000	0.000	NA		NA
3773532	3773533	USA300HOU_0029	USA300HOU_0030	ugpQ1	maoC	TRUE	0.681	97.000	0.500	1.000	N	NA
3773535	3773536	USA300HOU_0032	USA300HOU_0033	mecR1	hsdR1	TRUE	0.785	-76.000	0.000	NA		NA
3773537	3773538	USA300HOU_0034	USA300HOU_0035			FALSE	0.117	136.000	0.000	NA		NA
3773538	3773539	USA300HOU_0035	USA300HOU_0036			TRUE	0.559	12.000	0.000	NA		NA
3773539	3773540	USA300HOU_0036	USA300HOU_0037			TRUE	0.696	2.000	0.000	NA		NA
3773540	3773541	USA300HOU_0037	USA300HOU_0038			TRUE	0.817	-7.000	0.000	NA		NA
3773541	3773542	USA300HOU_0038	USA300HOU_0039		ccrB	FALSE	0.013	522.000	0.000	NA		NA
3773542	3773543	USA300HOU_0039	USA300HOU_0040	ccrB	ccrA	TRUE	0.991	22.000	1.000	0.003	Y	NA
3773543	3773544	USA300HOU_0040	USA300HOU_0041	ccrA		FALSE	0.263	234.000	0.000	NA	Y	NA
3773544	3773545	USA300HOU_0041	USA300HOU_0042			TRUE	0.971	0.000	0.750	NA		NA
3773546	3773547	USA300HOU_0043	USA300HOU_0044			FALSE	0.010	673.000	0.000	NA		NA
3773549	3773550	USA300HOU_0046	USA300HOU_0047			TRUE	0.801	-3.000	0.000	NA		NA
3773550	3773551	USA300HOU_0047	USA300HOU_0048			FALSE	0.121	129.000	0.000	NA		NA
3773553	3773554	USA300HOU_0050	USA300HOU_0051			FALSE	0.154	97.000	0.000	NA		NA
3773554	3773555	USA300HOU_0051	USA300HOU_0052			FALSE	0.161	92.000	0.000	NA		NA
3773560	3773561	USA300HOU_0057	USA300HOU_0058			FALSE	0.077	188.000	0.000	NA		NA
3773563	3773564	USA300HOU_0060	USA300HOU_0061			TRUE	0.599	14.000	0.000	NA		NA
3773564	3773565	USA300HOU_0061	USA300HOU_0062			TRUE	0.817	16.000	0.036	NA		NA
3773565	3773566	USA300HOU_0062	USA300HOU_0063			TRUE	0.813	-13.000	0.000	NA		NA
3773566	3773567	USA300HOU_0063	USA300HOU_0064			TRUE	0.817	-7.000	0.000	NA		NA
3773569	3773570	USA300HOU_0066	USA300HOU_0067	arcC1	arcB1	TRUE	0.984	20.000	1.000	1.000	Y	NA
3773570	3773571	USA300HOU_0067	USA300HOU_0068	arcB1		TRUE	0.861	38.000	0.500	NA	N	NA
3773571	3773572	USA300HOU_0068	USA300HOU_0069		arcD1	TRUE	0.868	42.000	0.750	NA	N	NA
3773572	3773573	USA300HOU_0069	USA300HOU_0070	arcD1	arcA1	TRUE	0.871	86.000	0.750	1.000	Y	NA
3773573	3773574	USA300HOU_0070	USA300HOU_0071	arcA1	argR1	FALSE	0.082	269.000	0.000	1.000	N	NA
3773577	3773578	USA300HOU_0074	USA300HOU_0075			FALSE	0.077	188.000	0.000	NA		NA
3773578	3773579	USA300HOU_0075	USA300HOU_0076			FALSE	0.021	487.000	0.000	1.000		NA
3773579	3773580	USA300HOU_0076	USA300HOU_0077			FALSE	0.071	260.000	0.000	1.000		NA
3773580	3773581	USA300HOU_0077	USA300HOU_0078			TRUE	0.956	-3.000	0.125	1.000		NA
3773581	3773582	USA300HOU_0078	USA300HOU_0079			TRUE	0.991	3.000	1.000	0.046	Y	NA
3773582	3773583	USA300HOU_0079	USA300HOU_0080			TRUE	0.995	0.000	1.000	0.046	Y	NA
3773583	3773584	USA300HOU_0080	USA300HOU_0081			TRUE	0.992	-33.000	0.667	1.000	Y	NA
3773584	3773585	USA300HOU_0081	USA300HOU_0082			TRUE	0.988	-7.000	0.026	0.034	Y	NA
3773587	3773588	USA300HOU_0084	USA300HOU_0085			TRUE	0.859	18.000	0.087	NA		NA
3773591	3773592	USA300HOU_0088	USA300HOU_0089			TRUE	0.628	16.000	0.000	NA		NA
3773592	3773593	USA300HOU_0089	USA300HOU_0090			FALSE	0.145	101.000	0.000	NA		NA
3773593	3773594	USA300HOU_0090	USA300HOU_0091			TRUE	0.768	0.000	0.000	NA		NA
3773595	3773596	USA300HOU_0092	USA300HOU_0093			TRUE	0.600	31.000	0.000	1.000		NA
3773596	3773597	USA300HOU_0093	USA300HOU_0094			TRUE	0.623	19.000	0.000	NA		NA
3773598	3773599	USA300HOU_0095	USA300HOU_0096			FALSE	0.034	299.000	0.000	NA		NA
3773600	3773601	USA300HOU_0097	USA300HOU_0098			FALSE	0.322	49.000	0.000	NA		NA
3773602	3773603	USA300HOU_0099	USA300HOU_0100			TRUE	0.782	-2.000	0.000	NA		NA
3773603	3773604	USA300HOU_0100	USA300HOU_0101			TRUE	0.784	-120.000	0.000	NA		NA
3773607	3773608	USA300HOU_0104	USA300HOU_0105			FALSE	0.017	434.000	0.000	NA		NA
3773608	3773609	USA300HOU_0105	USA300HOU_0106			FALSE	0.043	267.000	0.000	NA		NA
3773609	3773610	USA300HOU_0106	USA300HOU_0107			FALSE	0.282	57.000	0.000	NA		NA
3773610	3773611	USA300HOU_0107	USA300HOU_0108		plc	FALSE	0.067	205.000	0.000	NA		NA
3773611	3773612	USA300HOU_0108	USA300HOU_0109	plc		FALSE	0.059	221.000	0.000	NA		NA
3773612	3773613	USA300HOU_0109	USA300HOU_0110			TRUE	0.623	19.000	0.000	NA		NA
3773613	3773614	USA300HOU_0110	USA300HOU_0111			FALSE	0.243	64.000	0.000	NA		NA
3773614	3773615	USA300HOU_0111	USA300HOU_0112			FALSE	0.224	67.000	0.000	NA		NA
3773615	3773616	USA300HOU_0112	USA300HOU_0113			FALSE	0.157	94.000	0.000	NA		NA
3773616	3773617	USA300HOU_0113	USA300HOU_0114			FALSE	0.160	151.000	0.000	1.000		NA
3773617	3773618	USA300HOU_0114	USA300HOU_0115			TRUE	0.783	2.000	0.000	1.000		NA
3773619	3773620	USA300HOU_0116	USA300HOU_0117			FALSE	0.031	320.000	0.000	NA		NA
3773620	3773621	USA300HOU_0117	USA300HOU_0118			FALSE	0.086	174.000	0.000	NA		NA
3773622	3773623	USA300HOU_0119	USA300HOU_0120			FALSE	0.075	190.000	0.000	NA		NA
3773623	3773624	USA300HOU_0120	USA300HOU_0121		lctP	FALSE	0.045	262.000	0.000	NA		NA
3773625	3773626	USA300HOU_0122	USA300HOU_0123	spa	sarH1	FALSE	0.033	385.000	0.000	1.000		NA
3773626	3773627	USA300HOU_0123	USA300HOU_0124	sarH1	sirC	FALSE	0.035	369.000	0.000	1.000		NA
3773627	3773628	USA300HOU_0124	USA300HOU_0125	sirC	sirB	TRUE	0.990	-3.000	0.091	0.046	Y	NA
3773628	3773629	USA300HOU_0125	USA300HOU_0126	sirB	sirA	TRUE	0.965	16.000	0.111	1.000	Y	NA
3773630	3773631	USA300HOU_0127	USA300HOU_0128		ocd	TRUE	0.990	-3.000	0.333	1.000	Y	NA
3773631	3773632	USA300HOU_0128	USA300HOU_0129	ocd		TRUE	0.922	21.000	0.171	1.000	N	NA
3773632	3773633	USA300HOU_0129	USA300HOU_0130			TRUE	0.970	-7.000	0.171	1.000	N	NA
3773633	3773634	USA300HOU_0130	USA300HOU_0131			TRUE	0.975	-10.000	0.278	1.000	N	NA
3773634	3773635	USA300HOU_0131	USA300HOU_0132			TRUE	0.994	-19.000	0.172	0.001	Y	NA
3773635	3773636	USA300HOU_0132	USA300HOU_0133			TRUE	0.975	-28.000	0.355	1.000	N	NA
3773636	3773637	USA300HOU_0133	USA300HOU_0134		lysA1	TRUE	0.961	0.000	0.185	1.000	N	NA
3773637	3773638	USA300HOU_0134	USA300HOU_0135	lysA1		TRUE	0.879	4.000	0.037	1.000	N	NA
3773638	3773639	USA300HOU_0135	USA300HOU_0136			FALSE	0.071	196.000	0.000	NA		NA
3773639	3773640	USA300HOU_0136	USA300HOU_0137			FALSE	0.316	50.000	0.000	NA		NA
3773640	3773641	USA300HOU_0137	USA300HOU_0138			FALSE	0.063	212.000	0.000	NA		NA
3773641	3773642	USA300HOU_0138	USA300HOU_0139			FALSE	0.111	144.000	0.000	NA		NA
3773642	3773643	USA300HOU_0139	USA300HOU_0140		galE	FALSE	0.207	70.000	0.000	NA		NA
3773643	3773644	USA300HOU_0140	USA300HOU_0141	galE		TRUE	0.959	-37.000	0.000	NA	Y	NA
3773644	3773645	USA300HOU_0141	USA300HOU_0142			FALSE	0.302	210.000	0.000	NA	Y	NA
3773645	3773646	USA300HOU_0142	USA300HOU_0143			TRUE	0.804	-19.000	0.000	NA		NA
3773646	3773647	USA300HOU_0143	USA300HOU_0144			TRUE	0.817	-10.000	0.000	NA		NA
3773647	3773648	USA300HOU_0144	USA300HOU_0145		sodM	FALSE	0.066	268.000	0.000	1.000		NA
3773648	3773649	USA300HOU_0145	USA300HOU_0146	sodM	sasD	FALSE	0.035	368.000	0.000	1.000		NA
3773651	3773652	USA300HOU_0148	USA300HOU_0149	deoD1		TRUE	0.894	7.000	0.100	1.000	N	NA
3773652	3773653	USA300HOU_0149	USA300HOU_0150		deoC1	FALSE	0.414	81.000	0.013	1.000	N	NA
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3776181	3776182	USA300HOU_2594	USA300HOU_2595	panE2		FALSE	0.016	2714.000	0.000	1.000	N	NA
3776183	3776184	USA300HOU_2596	USA300HOU_2597			TRUE	0.817	-10.000	0.000	NA		NA
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3776189	3776190	USA300HOU_2602	USA300HOU_2603	acsA2		FALSE	0.224	194.000	0.044	1.000		NA
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7348903	7348904	USA300HOU_pUSA10HOUMR0003	USA300HOU_pUSA10HOUMR0004			FALSE	0.435	34.000	0.000	NA		NA
7348906	7348901	USA300HOU_pUSA10HOUMR0006	USA300HOU_pUSA10HOUMR0001		repA	FALSE	0.068	204.000	0.000	NA		NA