MicrobesOnline Operon Predictions for Phenylobacterium zucineum HLK1

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5633209 5633210 PHZ_c0001 PHZ_c0002     TRUE 0.990 -3.000 0.135 NA   NA
 5633210 5633211 PHZ_c0002 PHZ_c0003   aroE TRUE 0.992 -3.000 0.169 NA N NA
 5633211 5633212 PHZ_c0003 PHZ_c0004 aroE coaE TRUE 0.986 -3.000 0.078 1.000 N NA
 5633212 5633213 PHZ_c0004 PHZ_c0005 coaE dnaQ FALSE 0.404 58.000 0.092 1.000 N NA
 5633215 5633216 PHZ_c0007 PHZ_c0008     FALSE 0.167 433.000 0.324 1.000   NA
 5633216 5633217 PHZ_c0008 PHZ_c0009     TRUE 0.877 -3.000 0.000 NA   NA
 5633217 5633218 PHZ_c0009 PHZ_c0010   lpsC FALSE 0.089 46.000 0.000 NA   NA
 5633218 5633219 PHZ_c0010 PHZ_c0011 lpsC   TRUE 0.566 -75.000 0.000 NA N NA
 5633219 5633220 PHZ_c0011 PHZ_c0012     FALSE 0.020 229.000 0.000 NA N NA
 5633220 5633221 PHZ_c0012 PHZ_c0013     TRUE 0.618 10.000 0.007 NA   NA
 5633221 5633222 PHZ_c0013 PHZ_c0014     TRUE 0.948 -3.000 0.010 NA   NA
 5633223 5633224 PHZ_c0015 PHZ_c0016     TRUE 0.636 3.000 0.000 NA   NA
 5633224 5633225 PHZ_c0016 PHZ_t0001     FALSE 0.014 256.000 0.000 NA   NA
 5633225 5633226 PHZ_t0001 PHZ_c0017     FALSE 0.052 96.000 0.000 NA   NA
 5633227 5633228 PHZ_c0018 PHZ_c0019     FALSE 0.539 88.000 0.245 NA   NA
 5633228 5633229 PHZ_c0019 PHZ_c0020     TRUE 0.904 14.000 0.222 1.000   NA
 5633229 5633230 PHZ_c0020 PHZ_c0021   lpxK TRUE 0.915 10.000 0.148 NA   NA
 5633232 5633233 PHZ_c0023 PHZ_c0024     FALSE 0.407 11.000 0.000 1.000   NA
 5633233 5633234 PHZ_c0024 PHZ_c0025     TRUE 0.793 0.000 0.000 1.000   NA
 5633235 5633236 PHZ_c0026 PHZ_c0027 fabI   FALSE 0.046 72.000 0.000 NA   NA
 5633236 5633237 PHZ_c0027 PHZ_c0028   fabB FALSE 0.124 37.000 0.000 NA   NA
 5633237 5633238 PHZ_c0028 PHZ_c0029 fabB fabA TRUE 0.938 39.000 0.451 1.000 Y NA
 5633238 5633239 PHZ_c0029 PHZ_c0030 fabA   FALSE 0.240 61.000 0.043 NA   NA
 5633242 5633243 PHZ_c0033 PHZ_c0034 hslV   TRUE 0.702 -13.000 0.000 NA   NA
 5633243 5633244 PHZ_c0034 PHZ_c0035   hslU FALSE 0.252 18.000 0.000 NA   NA
 5633244 5633245 PHZ_c0035 PHZ_c0036 hslU   TRUE 0.614 4.000 0.000 1.000   NA
 5633247 5633248 PHZ_c0038 PHZ_c0039 nth   FALSE 0.192 69.000 0.030 NA N NA
 5633248 5633249 PHZ_c0039 PHZ_c0040   hisB FALSE 0.404 19.000 0.004 NA N NA
 5633249 5633250 PHZ_c0040 PHZ_c0041 hisB hisH TRUE 0.960 11.000 0.049 0.004 Y NA
 5633250 5633251 PHZ_c0041 PHZ_c0042 hisH hisA TRUE 0.992 -12.000 0.070 0.004 Y NA
 5633251 5633252 PHZ_c0042 PHZ_c0043 hisA   TRUE 0.999 -3.000 0.433 0.004 Y NA
 5633252 5633253 PHZ_c0043 PHZ_c0044   hisE TRUE 0.995 0.000 0.105 0.004 Y NA
 5633254 5633255 PHZ_c0045 PHZ_c0046     FALSE 0.203 23.000 0.000 NA   NA
 5633257 5633258 PHZ_c0048 PHZ_c0049 argG   FALSE 0.081 73.000 0.004 NA   NA
 5633258 5633259 PHZ_c0049 PHZ_c0050   kup TRUE 0.991 1.000 0.500 NA   NA
 5633262 5633263 PHZ_c0053 PHZ_c0054 pyrF   FALSE 0.046 72.000 0.000 NA   NA
 5633263 5633264 PHZ_c0054 PHZ_c0055   dnaK FALSE 0.020 204.000 0.000 NA   NA
 5633264 5633265 PHZ_c0055 PHZ_c0056 dnaK dnaJ TRUE 0.737 173.000 0.236 0.004 Y NA
 5633267 5633268 PHZ_t0002 PHZ_c0058     FALSE 0.037 140.000 0.000 NA   NA
 5633268 5633269 PHZ_c0058 PHZ_c0059     FALSE 0.008 1760.000 0.000 0.002   NA
 5633270 5633271 PHZ_c0060 PHZ_c0061   alr TRUE 0.993 -3.000 0.179 1.000 N NA
 5633272 5633273 PHZ_c0062 PHZ_c0063   pys FALSE 0.066 85.000 0.000 1.000 N NA
 5633274 5633275 PHZ_c0064 PHZ_c0065     TRUE 0.569 20.000 0.025 NA N NA
 5633275 5633276 PHZ_c0065 PHZ_c0066     TRUE 0.992 -3.000 0.165 NA N NA
 5633276 5633277 PHZ_c0066 PHZ_c0067     TRUE 0.885 7.000 0.069 NA N NA
 5633278 5633279 PHZ_c0068 PHZ_c0069     TRUE 0.924 6.000 0.000 NA Y NA
 5633279 5633280 PHZ_c0069 PHZ_c0070     FALSE 0.188 26.000 0.000 NA   NA
 5633280 5633281 PHZ_c0070 PHZ_c0071     FALSE 0.027 173.000 0.000 NA   NA
 5633281 5633282 PHZ_c0071 PHZ_c0072     TRUE 0.998 -3.000 0.133 0.017 Y NA
 5633286 5633287 PHZ_c0076 PHZ_c0077     TRUE 0.961 -3.000 0.016 1.000   NA
 5633287 5633288 PHZ_c0077 PHZ_c0078     TRUE 0.591 14.000 0.012 1.000 N NA
 5633290 5633291 PHZ_c0080 PHZ_c0081 flmA flmB TRUE 0.992 2.000 0.678 1.000   NA
 5633293 5633294 PHZ_c0083 PHZ_c0084     TRUE 0.997 -31.000 0.829 1.000 Y NA
 5633294 5633295 PHZ_c0084 PHZ_c0085     TRUE 0.996 -3.000 0.304 0.018   NA
 5633295 5633296 PHZ_c0085 PHZ_c0086     FALSE 0.469 60.000 0.145 1.000   NA
 5633296 5633297 PHZ_c0086 PHZ_c0087   ptsH TRUE 0.972 29.000 0.420 0.001 Y NA
 5633298 5633299 PHZ_c0088 PHZ_c0089     TRUE 0.998 -3.000 0.303 1.000 Y NA
 5633299 5633300 PHZ_c0089 PHZ_c0090     FALSE 0.052 95.000 0.000 NA   NA
 5633300 5633301 PHZ_c0090 PHZ_c0091   bioB FALSE 0.048 116.000 0.000 NA   NA
 5633302 5633303 PHZ_c0092 PHZ_c0093   ahcY FALSE 0.089 96.000 0.003 1.000   NA
 5633303 5633304 PHZ_c0093 PHZ_c0094 ahcY pdxK TRUE 0.669 38.000 0.004 1.000 Y NA
 5633304 5633305 PHZ_c0094 PHZ_c0095 pdxK   FALSE 0.069 62.000 0.000 1.000 N NA
 5633305 5633306 PHZ_c0095 PHZ_c0096   estA TRUE 0.823 0.000 0.000 1.000 N NA
 5633306 5633307 PHZ_c0096 PHZ_c0097 estA   FALSE 0.524 6.000 0.000 1.000   NA
 5633308 5633309 PHZ_c0098 PHZ_c0099   asd TRUE 0.729 6.000 0.011 NA   NA
 5633311 5633312 PHZ_c0101 PHZ_c0102     TRUE 0.877 -3.000 0.000 NA   NA
 5633312 5633313 PHZ_c0102 PHZ_c0103     FALSE 0.034 151.000 0.000 NA   NA
 5633313 5633314 PHZ_c0103 PHZ_c0104   leuB FALSE 0.325 13.000 0.000 NA   NA
 5633314 5633315 PHZ_c0104 PHZ_c0105 leuB leuD1 FALSE 0.064 724.000 0.000 0.001 Y NA
 5633315 5633316 PHZ_c0105 PHZ_c0106 leuD1   TRUE 0.870 0.000 0.005 NA   NA
 5633316 5633317 PHZ_c0106 PHZ_c0107   leuC TRUE 0.877 -3.000 0.000 NA   NA
 5633318 5633319 PHZ_c0108 PHZ_c0109     TRUE 0.889 -3.000 0.000 1.000   NA
 5633320 5633321 PHZ_c0110 PHZ_c0111   rplS FALSE 0.054 60.000 0.000 NA   NA
 5633321 5633322 PHZ_c0111 PHZ_c0112 rplS trmD TRUE 0.975 22.000 0.567 1.000 Y NA
 5633323 5633324 PHZ_c0113 PHZ_c0114   tesB TRUE 0.600 61.000 0.010 0.001 Y NA
 5633325 5633326 PHZ_c0115 PHZ_c0116 rimM rpsP TRUE 0.989 10.000 0.342 0.015 Y NA
 5633326 5633327 PHZ_c0116 PHZ_c0117 rpsP ffh TRUE 0.910 20.000 0.361 1.000 N NA
 5633328 5633329 PHZ_c0118 PHZ_c0119     FALSE 0.069 52.000 0.000 NA   NA
 5633333 5633334 PHZ_c0123 PHZ_c0124     FALSE 0.223 233.000 0.000 0.061 Y NA
 5633336 5633337 PHZ_c0126 PHZ_c0127   dapF FALSE 0.112 47.000 0.000 1.000 N NA
 5633337 5633338 PHZ_c0127 PHZ_c0128 dapF   TRUE 0.936 -69.000 0.109 1.000 N NA
 5633338 5633339 PHZ_c0128 PHZ_c0129     TRUE 0.934 -3.000 0.004 1.000   NA
 5633341 5633342 PHZ_c0131 PHZ_c0132 ftsY   TRUE 0.981 -3.000 0.050 1.000 N NA
 5633342 5633343 PHZ_c0132 PHZ_c0133     FALSE 0.197 93.000 0.024 1.000 N NA
 5633344 5633345 PHZ_c0134 PHZ_c0135   cycY FALSE 0.049 88.000 0.000 NA   NA
 5633345 5633346 PHZ_c0135 PHZ_c0136 cycY ccmC FALSE 0.436 157.000 0.005 0.003 Y NA
 5633346 5633347 PHZ_c0136 PHZ_c0137 ccmC   FALSE 0.112 72.000 0.010 NA   NA
 5633349 5633350 PHZ_c0139 PHZ_c0140 ccmB ccmA TRUE 0.999 -3.000 0.503 0.003 Y NA
 5633351 5633352 PHZ_c0141 PHZ_c0142 acnA   FALSE 0.017 710.000 0.038 NA   NA
 5633352 5633353 PHZ_c0142 PHZ_c0143     FALSE 0.009 329.000 0.000 NA   NA
 5633354 5633355 PHZ_c0144 PHZ_c0145     FALSE 0.049 87.000 0.000 NA   NA
 5633356 5633357 PHZ_c0146 PHZ_c0147 tesA   TRUE 0.839 12.000 0.077 1.000 N NA
 5633358 5633359 PHZ_c0148 PHZ_c0149     TRUE 0.773 0.000 0.000 NA   NA
 5633363 5633364 PHZ_c0153 PHZ_c0154     FALSE 0.051 92.000 0.000 NA   NA
 5633367 5633368 PHZ_c0157 PHZ_c0158   sucC FALSE 0.032 154.000 0.000 NA   NA
 5633368 5633369 PHZ_c0158 PHZ_c0159 sucC sucD TRUE 0.992 5.000 0.256 0.001 Y NA
 5633369 5633370 PHZ_c0159 PHZ_c0160 sucD sucA TRUE 0.674 81.000 0.092 1.000 Y NA
 5633370 5633371 PHZ_c0160 PHZ_c0161 sucA sucB TRUE 0.899 64.000 0.667 1.000 Y NA
 5633374 5633375 PHZ_c0164 PHZ_c0165 gltB gltD TRUE 0.988 6.000 0.188 0.001 Y NA
 5633380 5633381 PHZ_c0169 PHZ_c0170     TRUE 0.963 2.000 0.095 1.000 N NA
 5633381 5633382 PHZ_c0170 PHZ_c0171     FALSE 0.015 262.000 0.000 1.000   NA
 5633382 5633383 PHZ_c0171 PHZ_c0172     TRUE 0.916 10.000 0.151 NA   NA
 5633383 5633384 PHZ_c0172 PHZ_c0173     TRUE 0.868 14.000 0.144 NA   NA
 5633384 5633385 PHZ_c0173 PHZ_c0174     TRUE 0.857 39.000 0.543 NA   NA
 5633385 5633386 PHZ_c0174 PHZ_c0175     FALSE 0.003 875.000 0.000 NA   NA
 5633388 5633389 PHZ_c0177 PHZ_c0178   rpoN FALSE 0.053 107.000 0.000 NA   NA
 5633389 5633390 PHZ_c0178 PHZ_c0179 rpoN   TRUE 0.659 58.000 0.364 NA   NA
 5633390 5633391 PHZ_c0179 PHZ_c0180     TRUE 0.963 -3.000 0.020 NA   NA
 5633391 5633392 PHZ_c0180 PHZ_c0181   ptsN TRUE 0.617 73.000 0.353 NA N NA
 5633393 5633394 PHZ_c0182 PHZ_c0183     TRUE 0.805 94.000 0.955 NA   NA
 5633394 5633395 PHZ_c0183 PHZ_c0184     FALSE 0.052 109.000 0.000 NA   NA
 5633395 5633396 PHZ_c0184 PHZ_c0185     TRUE 0.991 -3.000 0.143 NA   NA
 5633396 5633397 PHZ_c0185 PHZ_c0186     TRUE 0.877 -3.000 0.000 NA   NA
 5633397 5633398 PHZ_c0186 PHZ_t0004     FALSE 0.004 658.000 0.000 NA   NA
 5633398 5633399 PHZ_t0004 PHZ_c0187     FALSE 0.053 108.000 0.000 NA   NA
 5633400 5633401 PHZ_c0188 PHZ_c0189 aroA cmk TRUE 0.993 -3.000 0.209 1.000 N NA
 5633401 5633402 PHZ_c0189 PHZ_c0190 cmk rpsA TRUE 0.557 125.000 0.281 1.000 N NA
 5633402 5633403 PHZ_c0190 PHZ_c0191 rpsA   TRUE 0.596 114.000 0.292 1.000 N NA
 5633403 5633404 PHZ_c0191 PHZ_c0192   mscL FALSE 0.467 22.000 0.012 1.000 N NA
 5633406 5633407 PHZ_c0194 PHZ_c0195 trpF trpB TRUE 0.989 11.000 0.375 0.002 Y NA
 5633407 5633408 PHZ_c0195 PHZ_c0196 trpB trpA TRUE 0.995 -3.000 0.013 0.001 Y NA
 5633408 5633409 PHZ_c0196 PHZ_c0197 trpA accD TRUE 0.572 6.000 0.000 1.000 N NA
 5633409 5633410 PHZ_c0197 PHZ_c0198 accD   TRUE 0.703 55.000 0.383 1.000 N NA
 5633411 5633412 PHZ_c0199 PHZ_c0200 trxA   FALSE 0.475 86.000 0.173 1.000   NA
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 5634449 5634450 PHZ_c1224 PHZ_c1225 rpsL rpsG TRUE 0.991 12.000 0.620 0.003 Y NA
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 5634451 5634452 PHZ_c1226 PHZ_c1227 fusA   TRUE 0.832 50.000 0.102 0.001 Y NA
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 563554