MicrobesOnline Operon Predictions for Sorangium cellulosum 'So ce 56'

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3757413 3757414 sce0002 sce0003   dnaK1 FALSE 0.264 121.000 0.000 1.000   NA
 3757414 3757415 sce0003 sce0004 dnaK1 grpE TRUE 0.959 188.000 0.224 0.008 Y NA
 3757416 3757417 sce0005 sce0006 argD   TRUE 0.887 2.000 0.000 1.000 N NA
 3757418 3757419 sce0007 sce0008 fur   FALSE 0.206 138.000 0.000 NA   NA
 3757419 3757420 sce0008 sce0009     FALSE 0.271 59.000 0.000 NA   NA
 3757423 3757424 sce0012 sce0013     FALSE 0.225 97.000 0.000 NA   NA
 3757426 3757427 sce0015 sce0016   uroS FALSE 0.159 211.000 0.000 NA   NA
 3757427 3757428 sce0016 sce0017 uroS   TRUE 0.836 4.000 0.000 NA   NA
 3757429 3757430 sce0018 sce0019 msbA1 msbA2 TRUE 0.966 150.000 0.238 0.003 Y NA
 3757430 3757431 sce0019 sce0020 msbA2   TRUE 0.392 27.000 0.000 NA   NA
 3757433 3757434 sce0022 sce0023     FALSE 0.193 184.000 0.000 NA   NA
 3757434 3757435 sce0023 sce0024     TRUE 0.685 11.000 0.000 NA   NA
 3757436 3757437 sce0025 sce0026   lnt TRUE 0.410 131.000 0.000 0.038   NA
 3757438 3757439 sce0027 sce0028     FALSE 0.265 69.000 0.000 NA   NA
 3757439 3757440 sce0028 sce0029   tal2 TRUE 0.765 8.000 0.000 NA   NA
 3757440 3757441 sce0029 sce0030 tal2 secA FALSE 0.235 137.000 0.000 1.000 N NA
 3757441 3757442 sce0030 sce_20050509_60 secA   FALSE 0.076 310.000 0.000 NA   NA
 3757445 3757446 sce0033 sce0034 rpoN   FALSE 0.266 63.000 0.000 NA   NA
 3757446 3757447 sce0034 sce0035     FALSE 0.293 41.000 0.000 NA   NA
 3757448 3757449 sce0036 sce0037 fbp1   TRUE 0.719 10.000 0.000 NA   NA
 3757450 3757451 sce0038 sce0039   pbp1 FALSE 0.054 418.000 0.000 1.000 N NA
 3757452 3757453 sce0040 sce0041     FALSE 0.205 130.000 0.000 NA   NA
 3757453 3757454 sce0041 sce0042     TRUE 0.899 -13.000 0.000 1.000   NA
 3757454 3757455 sce0042 sce0043     FALSE 0.260 169.000 0.000 1.000   NA
 3757455 3757456 sce0043 sce0044   speB1 TRUE 0.914 143.000 0.053 1.000   NA
 3757456 3757457 sce0044 sce0045 speB1 plsC1 TRUE 0.991 9.000 0.009 1.000 N NA
 3757457 3757458 sce0045 sce0046 plsC1   TRUE 0.989 13.000 0.009 0.077   NA
 3757458 3757459 sce0046 sce0047     TRUE 0.408 164.000 0.000 0.077   NA
 3757459 3757460 sce0047 sce0048     FALSE 0.153 242.000 0.000 1.000   NA
 3757460 3757461 sce0048 sce0049     TRUE 0.999 -3.000 0.430 1.000 Y NA
 3757463 3757464 sce0051 sce0052     FALSE 0.215 150.000 0.000 NA   NA
 3757464 3757465 sce0052 sce0053     FALSE 0.287 45.000 0.000 NA   NA
 3757465 3757466 sce0053 sce0054     FALSE 0.216 108.000 0.000 NA   NA
 3757467 3757468 sce0055 sce0056     TRUE 0.370 38.000 0.000 1.000   NA
 3757469 3757470 sce0057 sce0058     FALSE 0.039 484.000 0.000 NA   NA
 3757470 3757471 sce0058 sce0059     FALSE 0.069 324.000 0.000 NA   NA
 3757471 3757472 sce0059 sce0060     TRUE 0.797 9.000 0.000 1.000   NA
 3757474 3757475 sce0061 sce0062   dlhH1 FALSE 0.253 100.000 0.000 1.000 N NA
 3757475 3757476 sce0062 sce0063 dlhH1   FALSE 0.088 312.000 0.000 1.000 N NA
 3757476 3757477 sce0063 sce0064     FALSE 0.103 305.000 0.000 1.000   NA
 3757477 3757478 sce0064 sce0065     FALSE 0.293 41.000 0.000 NA   NA
 3757479 3757480 sce_s2m_57 sce0066   yhjG1 FALSE 0.025 929.000 0.000 NA   NA
 3757480 3757481 sce0066 sce0067 yhjG1   FALSE 0.299 70.000 0.000 1.000 N NA
 3757482 3757483 sce0068 sce0069   sdr FALSE 0.234 191.000 0.000 1.000   NA
 3757483 3757484 sce0069 sce0070 sdr   TRUE 0.817 14.000 0.000 0.008   NA
 3757485 3757486 sce0071 sce0072 sodA   TRUE 0.858 5.000 0.000 1.000   NA
 3757487 3757488 sce0073 sce0074 argB1 argF1 TRUE 0.997 6.000 0.056 1.000 Y NA
 3757489 3757490 sce0075 sce0076     FALSE 0.163 208.000 0.000 NA   NA
 3757490 3757491 sce0076 sce0077     FALSE 0.285 49.000 0.000 NA   NA
 3757493 3757494 sce0079 sce0080 chlG hemH1 TRUE 0.998 -3.000 0.067 1.000   NA
 3757494 3757495 sce0080 sce0081 hemH1   TRUE 0.998 -3.000 0.067 1.000   NA
 3757495 3757496 sce0081 sce0082     TRUE 0.981 15.000 0.067 1.000   NA
 3757501 3757502 sce0085 sce0086 leuD leuC1 TRUE 0.985 28.000 0.268 0.001 Y NA
 3757504 3757505 sce0088 sce0089 guaB1   FALSE 0.181 212.000 0.000 1.000 N NA
 3757507 3757508 sce0091 sce0092     FALSE 0.169 203.000 0.000 NA   NA
 3757508 3757509 sce0092 sce0093     FALSE 0.093 277.000 0.000 NA   NA
 3757510 3757511 sce0094 sce0095     FALSE 0.250 83.000 0.000 NA   NA
 3757511 3757512 sce0095 sce0096     FALSE 0.211 118.000 0.000 NA   NA
 3757513 3757514 sce0097 sce0098     FALSE 0.261 127.000 0.000 1.000   NA
 3757514 3757515 sce0098 sce0099     TRUE 0.941 -3.000 0.000 NA   NA
 3757515 3757516 sce0099 sce0100     TRUE 0.828 -48.000 0.000 NA   NA
 3757516 3757517 sce0100 sce0101   tauD1 TRUE 0.986 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3757517 3757518 sce0101 sce0102 tauD1   FALSE 0.023 819.000 0.000 NA N NA
 3757518 3757519 sce0102 sce0103     TRUE 0.357 31.000 0.000 NA   NA
 3757519 3757520 sce0103 sce0104     TRUE 0.621 13.000 0.000 NA   NA
 3757520 3757521 sce0104 sce0105     FALSE 0.287 45.000 0.000 NA   NA
 3757521 3757522 sce0105 sce0106     TRUE 0.811 -84.000 0.000 NA   NA
 3757522 3757523 sce0106 sce0107     FALSE 0.273 58.000 0.000 NA   NA
 3757523 3757524 sce0107 sce0108     TRUE 0.941 -3.000 0.000 NA   NA
 3757524 3757525 sce0108 sce0109     FALSE 0.215 163.000 0.000 NA   NA
 3757526 3757527 sce0110 sce0111     TRUE 0.436 93.000 0.000 0.058   NA
 3757527 3757528 sce0111 sce0112     TRUE 0.941 -3.000 0.000 NA   NA
 3757528 3757529 sce0112 sce0113     FALSE 0.111 251.000 0.000 NA   NA
 3757529 3757530 sce0113 sce0114     FALSE 0.218 158.000 0.000 NA   NA
 3757530 3757531 sce0114 sce0115     FALSE 0.219 103.000 0.000 NA   NA
 3757531 3757532 sce0115 sce0116     FALSE 0.209 123.000 0.000 NA   NA
 3757532 3757533 sce0116 sce0117     TRUE 0.956 -3.000 0.000 1.000   NA
 3757534 3757535 sce0118 sce0119     FALSE 0.303 38.000 0.000 NA   NA
 3757535 3757536 sce0119 sce0120     TRUE 0.980 -3.000 0.000 0.008   NA
 3757536 3757537 sce0120 sce0121     FALSE 0.039 475.000 0.000 NA   NA
 3757538 3757539 sce0122 sce0123 cypA1   FALSE 0.033 728.000 0.000 1.000 N NA
 3757539 3757540 sce0123 sce_Hammerhead_1_25     FALSE 0.281 55.000 0.000 NA   NA
 3757540 3757541 sce_Hammerhead_1_25 sce0124     FALSE 0.273 58.000 0.000 NA   NA
 3757541 3757542 sce0124 sce0125   yagH FALSE 0.243 113.000 0.000 1.000 N NA
 3757543 3757544 sce0126 sce0127   metG1 FALSE 0.053 370.000 0.000 NA   NA
 3757544 3757545 sce0127 sce0128 metG1   FALSE 0.278 56.000 0.000 NA   NA
 3757545 3757546 sce0128 sce0129     FALSE 0.123 237.000 0.000 NA   NA
 3757548 3757549 sce0131 sce0132   pflA1 FALSE 0.206 138.000 0.000 NA   NA
 3757549 3757550 sce0132 sce0133 pflA1   FALSE 0.233 92.000 0.000 NA   NA
 3757552 3757553 sce0135 sce0136     FALSE 0.285 49.000 0.000 NA   NA
 3757553 3757554 sce0136 sce0137     FALSE 0.029 671.000 0.000 NA   NA
 3757554 3757555 sce0137 sce0138     TRUE 0.869 2.000 0.000 NA   NA
 3757556 3757557 sce0139 sce0140     TRUE 0.854 3.000 0.000 NA   NA
 3757557 3757558 sce0140 sce0141     TRUE 0.998 -3.000 0.091 NA   NA
 3757558 3757559 sce0141 sce0142     TRUE 0.998 -3.000 0.091 NA   NA
 3757559 3757560 sce0142 sce0143     FALSE 0.024 1130.000 0.000 NA   NA
 3757561 3757562 sce0144 sce0145     FALSE 0.025 935.000 0.000 NA   NA
 3757562 3757563 sce0145 sce0146     TRUE 0.941 -3.000 0.000 NA   NA
 3757563 3757564 sce0146 sce0147     FALSE 0.027 779.000 0.000 NA   NA
 3757565 3757566 sce0148 sce0149     TRUE 0.432 133.000 0.000 0.015   NA
 3757566 3757567 sce0149 sce0150     TRUE 0.998 -3.000 0.062 1.000   NA
 3757570 3757571 sce0153 sce0154     FALSE 0.206 129.000 0.000 NA   NA
 3757571 3757572 sce0154 sce0155     FALSE 0.067 327.000 0.000 NA   NA
 3757572 3757573 sce0155 sce0156   dapE1 FALSE 0.208 140.000 0.000 NA   NA
 3757573 3757574 sce0156 sce0157 dapE1   FALSE 0.172 230.000 0.000 1.000   NA
 3757575 3757576 sce0158 sce0159   pcxB FALSE 0.066 331.000 0.000 NA   NA
 3757576 3757577 sce0159 sce0160 pcxB   TRUE 0.941 -3.000 0.000 NA   NA
 3757578 3757579 sce0161 sce0162     FALSE 0.144 223.000 0.000 NA   NA
 3757579 3757580 sce0162 sce0163     TRUE 0.459 22.000 0.000 NA   NA
 3757581 3757582 sce_Cardiovirus_CRE_29 sce0164     FALSE 0.215 151.000 0.000 NA   NA
 3757582 3757583 sce0164 sce0165     FALSE 0.071 299.000 0.000 NA N NA
 3757583 3757584 sce0165 sce0166     TRUE 0.999 -3.000 0.478 NA Y NA
 3757584 3757585 sce0166 sce0167     TRUE 0.996 -24.000 0.550 1.000 Y NA
 3757585 3757586 sce0167 sce0168     TRUE 0.998 -3.000 0.400 1.000 N NA
 3757586 3757587 sce0168 sce0169     FALSE 0.043 603.000 0.000 1.000   NA
 3757587 3757588 sce0169 sce0170     FALSE 0.273 157.000 0.000 1.000   NA
 3757588 3757589 sce0170 sce0171     TRUE 0.894 0.000 0.000 NA   NA
 3757590 3757591 sce0172 sce0173     FALSE 0.205 136.000 0.000 NA   NA
 3757591 3757592 sce0173 sce0174     FALSE 0.186 190.000 0.000 NA   NA
 3757593 3757594 sce0175 sce0176   ilvE1 TRUE 0.824 6.000 0.000 1.000 N NA
 3757596 3757597 sce0178 sce0179   msbA3 FALSE 0.272 155.000 0.000 1.000   NA
 3757597 3757598 sce0179 sce0180 msbA3 msbA4 TRUE 0.999 -3.000 0.286 0.003 Y NA
 3757601 3757602 sce0182 sce0183   gst1 FALSE 0.167 233.000 0.000 1.000   NA
 3757602 3757603 sce0183 sce0184 gst1   FALSE 0.276 101.000 0.000 1.000   NA
 3757606 3757607 sce0187 sce0188     FALSE 0.023 1233.000 0.000 NA   NA
 3757607 3757608 sce0188 sce0189     FALSE 0.096 272.000 0.000 NA   NA
 3757615 3757616 sce0196 sce0197     FALSE 0.248 84.000 0.000 NA   NA
 3757616 3757617 sce0197 sce0198     FALSE 0.217 105.000 0.000 NA   NA
 3757617 3757618 sce0198 sce0199     FALSE 0.067 329.000 0.000 NA   NA
 3757618 3757619 sce0199 sce0200     FALSE 0.253 81.000 0.000 NA   NA
 3757621 3757622 sce0202 sce0203     FALSE 0.083 297.000 0.000 NA   NA
 3757622 3757623 sce0203 sce0204   pflA2 FALSE 0.059 353.000 0.000 NA   NA
 3757623 3757624 sce0204 sce0205 pflA2   FALSE 0.061 348.000 0.000 NA   NA
 3757624 3757625 sce0205 sce0206     FALSE 0.265 70.000 0.000 NA   NA
 3757625 3757626 sce0206 sce0207     FALSE 0.269 110.000 0.000 1.000   NA
 3757626 3757627 sce0207 sce0208     FALSE 0.293 91.000 0.000 1.000   NA
 3757629 3757630 sce0210 sce0211 cbiP cobD TRUE 0.999 -3.000 0.016 0.006 Y NA
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 3757631 3757632 sce0212 sce0213 cobU cbiA TRUE 0.986 -3.000 0.000 1.000 Y NA
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