MicrobesOnline Operon Predictions for Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis NCPPB 382

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3748893 3748894 CMM_0001 CMM_0002 dnaA dnaN FALSE 0.272 544.000 0.328 1.000 Y NA
 3748894 3748895 CMM_0002 CMM_0003 dnaN gndA1 FALSE 0.523 21.000 0.006 1.000 N NA
 3748895 3748896 CMM_0003 CMM_0004 gndA1 recF TRUE 0.708 8.000 0.009 1.000 N NA
 3748896 3748897 CMM_0004 CMM_0005 recF   TRUE 0.919 -3.000 0.099 NA   NA
 3748897 3748898 CMM_0005 CMM_0006   gyrB FALSE 0.060 190.000 0.022 NA   NA
 3748898 3748899 CMM_0006 CMM_0007 gyrB gyrA TRUE 0.922 83.000 0.306 0.002 Y NA
 3748899 3748900 CMM_0007 CMM_0008 gyrA   TRUE 0.841 -7.000 0.053 NA   NA
 3748900 3748901 CMM_0008 CMM_tRNA_0001     FALSE 0.134 49.000 0.000 NA   NA
 3748901 3748902 CMM_tRNA_0001 CMM_tRNA_0002     FALSE 0.105 81.000 0.000 NA   NA
 3748904 3748905 CMM_0010 CMM_0011 ppiA   TRUE 0.958 0.000 0.182 1.000   NA
 3748907 3748908 CMM_0013 CMM_0014   pabA FALSE 0.212 158.000 0.046 NA N NA
 3748909 3748910 CMM_0015 CMM_0016 pknB pknA TRUE 0.892 135.000 0.368 0.001 Y NA
 3748910 3748911 CMM_0016 CMM_0017 pknA pbpA TRUE 0.976 -3.000 0.162 0.004 N NA
 3748911 3748912 CMM_0017 CMM_0018 pbpA ftsW1 TRUE 0.930 -3.000 0.070 1.000 N NA
 3748912 3748913 CMM_0018 CMM_0019 ftsW1   TRUE 0.953 -7.000 0.180 1.000 N NA
 3748913 3748914 CMM_0019 CMM_0020     TRUE 0.977 5.000 0.267 NA Y NA
 3748914 3748915 CMM_0020 CMM_0021     TRUE 0.983 -3.000 0.629 NA   NA
 3748916 3748917 CMM_tRNA_0003 CMM_0022     FALSE 0.032 171.000 0.000 NA   NA
 3748917 3748918 CMM_0022 CMM_0023     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3748918 3748919 CMM_0023 CMM_0024     TRUE 0.923 8.000 0.000 0.022 Y NA
 3748921 3748922 CMM_0026 CMM_0027   recQ1 FALSE 0.030 177.000 0.000 NA   NA
 3748922 3748923 CMM_0027 CMM_0028 recQ1   TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3748923 3748924 CMM_0028 CMM_0029   glsA FALSE 0.014 257.000 0.000 NA   NA
 3748926 3748927 CMM_0031 CMM_0032     FALSE 0.109 78.000 0.000 NA   NA
 3748929 3748930 CMM_0034 CMM_0035     TRUE 0.963 -3.000 0.286 NA   NA
 3748930 3748931 CMM_0035 CMM_0036     FALSE 0.059 158.000 0.000 1.000   NA
 3748931 3748932 CMM_0036 CMM_PS_01     FALSE 0.014 252.000 0.000 NA   NA
 3748932 3748933 CMM_PS_01 CMM_PS_02     FALSE 0.010 304.000 0.000 NA   NA
 3748934 3748935 CMM_0037 CMM_PS_03     FALSE 0.009 344.000 0.000 NA   NA
 3748937 3748938 CMM_0038 CMM_0039   chpE FALSE 0.007 442.000 0.000 NA   NA
 3748938 3748939 CMM_0039 CMM_0040 chpE   FALSE 0.020 208.000 0.000 NA   NA
 3748943 3748944 CMM_0044 CMM_0045 ppaC   FALSE 0.004 2147.000 0.000 NA   NA
 3748945 3748946 CMM_PS_05 CMM_0046 chpA   FALSE 0.004 2179.000 0.000 NA   NA
 3748947 3748948 CMM_0047 CMM_0048     FALSE 0.005 810.000 0.000 NA   NA
 3748948 3748949 CMM_0048 CMM_PS_06     FALSE 0.015 247.000 0.000 NA   NA
 3748954 3748955 CMM_PS_07 CMM_0053   chpF FALSE 0.004 1863.000 0.000 NA   NA
 3748956 3748957 CMM_0054 CMM_0055     TRUE 0.982 -7.000 0.692 NA   NA
 3748957 3748958 CMM_0055 CMM_0056     FALSE 0.006 552.000 0.000 NA   NA
 3748958 3748959 CMM_0056 CMM_0057     FALSE 0.004 897.000 0.000 NA   NA
 3748960 3748961 CMM_0058 CMM_0059   chpG FALSE 0.018 223.000 0.000 NA   NA
 3748961 3748962 CMM_0059 CMM_0060 chpG   FALSE 0.004 1354.000 0.000 NA   NA
 3748962 3748963 CMM_0060 CMM_0061     FALSE 0.009 354.000 0.000 NA   NA
 3748963 3748964 CMM_0061 CMM_PS_09   parB2 FALSE 0.007 442.000 0.000 NA   NA
 3748966 3748967 CMM_0062 CMM_0063     FALSE 0.008 376.000 0.000 NA   NA
 3748968 3748969 CMM_0064 CMM_0065     FALSE 0.135 88.000 0.000 1.000   NA
 3748970 3748971 CMM_0066 CMM_0067 parX   FALSE 0.005 787.000 0.000 NA   NA
 3748971 3748972 CMM_0067 CMM_0068     FALSE 0.078 118.000 0.000 NA   NA
 3748973 3748974 CMM_0069 CMM_0070 nhaA1 sbtA FALSE 0.007 663.000 0.000 1.000   NA
 3748974 3748975 CMM_0070 CMM_PS_25 sbtA   FALSE 0.010 318.000 0.000 NA   NA
 3748975 3748976 CMM_PS_25 CMM_0071   ppaE FALSE 0.016 241.000 0.000 NA   NA
 3748976 3748977 CMM_0071 CMM_PS_11 ppaE   FALSE 0.085 111.000 0.000 NA   NA
 3748977 3748978 CMM_PS_11 CMM_0072     FALSE 0.012 285.000 0.000 NA   NA
 3748979 3748980 CMM_0073 CMM_0074     FALSE 0.004 3308.000 0.000 NA   NA
 3748984 3748985 CMM_0078 CMM_0079     FALSE 0.260 17.000 0.000 NA   NA
 3748985 3748986 CMM_0079 CMM_0080     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3748987 3748988 CMM_0081 CMM_0082   bglB FALSE 0.409 11.000 0.000 1.000   NA
 3748988 3748989 CMM_0082 CMM_0083 bglB bglC FALSE 0.517 145.000 0.000 0.012 Y NA
 3748989 3748990 CMM_0083 CMM_0084 bglC   TRUE 0.814 70.000 0.143 1.000 Y NA
 3748990 3748991 CMM_0084 CMM_0085     TRUE 0.997 -3.000 0.786 0.080 Y NA
 3748991 3748992 CMM_0085 CMM_0086     TRUE 0.962 75.000 0.750 0.080 Y NA
 3748996 3748997 CMM_0090 CMM_0091 tomA regB FALSE 0.026 339.000 0.000 1.000 N NA
 3748997 3748998 CMM_0091 CMM_0092 regB regA TRUE 0.993 -3.000 0.333 0.021 Y NA
 3748998 3748999 CMM_0092 CMM_0093 regA   TRUE 0.844 -3.000 0.000 0.069   NA
 3749000 3749001 CMM_0094 CMM_0095 cytA cytB TRUE 0.879 -3.000 0.000 0.008   NA
 3749001 3749002 CMM_0095 CMM_0096 cytB cytC TRUE 0.860 -3.000 0.000 0.040   NA
 3749003 3749004 CMM_0097 CMM_0098 bglD   FALSE 0.198 115.000 0.000 1.000 N NA
 3749005 3749006 CMM_0099 CMM_0100 bglE bglF TRUE 0.649 15.000 0.000 0.012   NA
 3749006 3749007 CMM_0100 CMM_0101 bglF bglG FALSE 0.551 165.000 0.045 0.012 Y NA
 3749007 3749008 CMM_0101 CMM_0102 bglG bglH TRUE 0.615 20.000 0.000 0.015   NA
 3749010 3749011 CMM_0104 CMM_0105   ramA TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3749012 3749013 CMM_0106 CMM_0107 aglA   FALSE 0.453 124.000 0.000 1.000 Y NA
 3749013 3749014 CMM_0107 CMM_0108     TRUE 0.997 0.000 0.667 0.080 Y NA
 3749014 3749015 CMM_0108 CMM_0109     TRUE 0.956 74.000 0.667 0.080 Y NA
 3749016 3749017 CMM_0110 CMM_0111     FALSE 0.514 83.000 0.000 NA Y NA
 3749017 3749018 CMM_0111 CMM_0112     TRUE 0.963 -3.000 0.286 NA   NA
 3749018 3749019 CMM_0112 CMM_0113     FALSE 0.092 94.000 0.000 NA   NA
 3749019 3749020 CMM_0113 CMM_0114     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749020 3749021 CMM_0114 CMM_0115     FALSE 0.141 83.000 0.000 1.000   NA
 3749021 3749022 CMM_0115 CMM_0116     FALSE 0.182 125.000 0.000 1.000 N NA
 3749025 3749026 CMM_0119 CMM_0120   uahA FALSE 0.456 24.000 0.000 1.000 N NA
 3749026 3749027 CMM_0120 CMM_0121 uahA   TRUE 0.989 -3.000 0.835 NA   NA
 3749027 3749028 CMM_0121 CMM_0122     TRUE 0.991 -3.000 0.931 NA   NA
 3749028 3749029 CMM_0122 CMM_0123     TRUE 0.921 -3.000 0.108 NA   NA
 3749029 3749030 CMM_0123 CMM_0124     FALSE 0.040 250.000 0.000 1.000 N NA
 3749030 3749031 CMM_0124 CMM_0125     TRUE 0.716 5.000 0.000 1.000 N NA
 3749031 3749032 CMM_0125 CMM_0126     FALSE 0.026 184.000 0.000 NA   NA
 3749032 3749033 CMM_0126 CMM_0127   sigX TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749034 3749035 CMM_0128 CMM_0129     FALSE 0.440 6.000 0.000 NA   NA
 3749036 3749037 CMM_0130 CMM_0131     FALSE 0.280 14.000 0.000 NA   NA
 3749037 3749038 CMM_0131 CMM_0132     FALSE 0.078 118.000 0.000 NA   NA
 3749039 3749040 CMM_0133 CMM_0134     FALSE 0.043 246.000 0.000 1.000 N NA
 3749041 3749042 CMM_0135 CMM_0136     TRUE 0.928 -3.000 0.129 NA   NA
 3749042 3749043 CMM_0136 CMM_0137     FALSE 0.010 326.000 0.000 NA   NA
 3749045 3749046 CMM_0139 CMM_0140     FALSE 0.511 15.000 0.000 1.000 N NA
 3749047 3749048 CMM_0141 CMM_0142     FALSE 0.104 82.000 0.000 NA   NA
 3749048 3749049 CMM_0142 CMM_0143     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749050 3749051 CMM_0144 CMM_0145     FALSE 0.008 369.000 0.000 NA   NA
 3749051 3749052 CMM_0145 CMM_0146     FALSE 0.071 126.000 0.000 NA   NA
 3749052 3749053 CMM_0146 CMM_0147     TRUE 0.984 0.000 0.600 NA   NA
 3749053 3749054 CMM_0147 CMM_0148     TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3749054 3749055 CMM_0148 CMM_0149     FALSE 0.079 116.000 0.000 NA   NA
 3749055 3749056 CMM_0149 CMM_0150     FALSE 0.051 147.000 0.000 NA   NA
 3749057 3749058 CMM_0151 CMM_0152 dnaK grpE TRUE 0.984 -3.000 0.074 0.007 Y NA
 3749058 3749059 CMM_0152 CMM_0153 grpE dnaJ1 TRUE 0.872 121.000 0.248 0.007 Y NA
 3749059 3749060 CMM_0153 CMM_0154 dnaJ1 hspR TRUE 0.974 2.000 0.286 1.000 N NA
 3749060 3749061 CMM_0154 CMM_0155 hspR   TRUE 0.803 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3749061 3749062 CMM_0155 CMM_0156     FALSE 0.128 53.000 0.000 NA   NA
 3749063 3749064 CMM_0157 CMM_0158     TRUE 0.629 0.000 0.000 NA   NA
 3749064 3749065 CMM_0158 CMM_0159     FALSE 0.105 81.000 0.000 NA   NA
 3749065 3749066 CMM_0159 CMM_0160     FALSE 0.011 390.000 0.000 1.000   NA
 3749066 3749067 CMM_0160 CMM_0161     FALSE 0.250 165.000 0.045 0.057   NA
 3749067 3749068 CMM_0161 CMM_0162     FALSE 0.008 587.000 0.000 1.000   NA
 3749069 3749070 CMM_0163 CMM_0164     FALSE 0.021 204.000 0.000 NA   NA
 3749070 3749071 CMM_0164 CMM_0165   fhuC FALSE 0.178 51.000 0.000 1.000   NA
 3749071 3749072 CMM_0165 CMM_0166 fhuC fhuD TRUE 0.993 -3.000 0.577 1.000 Y NA
 3749072 3749073 CMM_0166 CMM_0167 fhuD fhuB TRUE 0.947 35.000 0.448 1.000 Y NA
 3749073 3749074 CMM_0167 CMM_0167a fhuB   FALSE 0.105 121.000 0.000 1.000   NA
 3749074 3749075 CMM_0167a CMM_0168     FALSE 0.017 977.000 0.000 0.068   NA
 3749075 3749076 CMM_0168 CMM_0169     TRUE 0.831 27.000 0.000 0.021 Y NA
 3749076 3749077 CMM_0169 CMM_0170     FALSE 0.158 67.000 0.000 1.000   NA
 3749078 3749079 CMM_0171 CMM_0172     FALSE 0.157 72.000 0.000 1.000   NA
 3749082 3749083 CMM_0175 CMM_0176 mntB   FALSE 0.130 51.000 0.000 NA   NA
 3749083 3749084 CMM_0176 CMM_0177   mntC TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749084 3749085 CMM_0177 CMM_0178 mntC   TRUE 0.845 36.000 0.412 NA   NA
 3749085 3749086 CMM_0178 CMM_0179     FALSE 0.056 140.000 0.000 NA   NA
 3749086 3749087 CMM_0179 CMM_0180     FALSE 0.100 84.000 0.000 NA   NA
 3749088 3749089 CMM_0181 CMM_0182     FALSE 0.096 89.000 0.000 NA   NA
 3749090 3749091 CMM_0183 CMM_0184   metE1 TRUE 0.937 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3749091 3749092 CMM_0184 CMM_0185 metE1 metC TRUE 0.930 3.000 0.000 1.000 Y NA
 3749092 3749093 CMM_0185 CMM_0186 metC   TRUE 0.976 3.000 0.400 NA N NA
 3749095 3749096 CMM_0188 CMM_0189     FALSE 0.127 94.000 0.000 1.000   NA
 3749096 3749097 CMM_0189 CMM_0190     TRUE 0.985 -7.000 0.750 1.000   NA
 3749097 3749098 CMM_0190 CMM_0191     FALSE 0.532 6.000 0.000 1.000   NA
 3749099 3749100 CMM_0192 CMM_0193     FALSE 0.324 11.000 0.000 NA   NA
 3749101 3749102 CMM_0194 CMM_0195     TRUE 0.988 -3.000 0.750 1.000   NA
 3749102 3749103 CMM_0195 CMM_0196     TRUE 0.718 55.000 0.250 1.000   NA
 3749103 3749104 CMM_0196 CMM_0197     TRUE 0.888 52.000 0.171 0.079 Y NA
 3749104 3749105 CMM_0197 CMM_0198     TRUE 0.958 -3.000 0.000 0.079 Y NA
 3749106 3749107 CMM_0199 CMM_0200     TRUE 0.977 3.000 0.556 NA   NA
 3749107 3749108 CMM_0200 CMM_0201     FALSE 0.144 45.000 0.000 NA   NA
 3749108 3749109 CMM_0201 CMM_0202     FALSE 0.126 99.000 0.000 1.000   NA
 3749109 3749110 CMM_0202 CMM_0203     FALSE 0.168 57.000 0.000 1.000   NA
 3749112 3749113 CMM_0205 CMM_0206     FALSE 0.111 115.000 0.000 1.000   NA
 3749113 3749114 CMM_0206 CMM_0207     FALSE 0.210 145.000 0.000 0.017   NA
 3749115 3749116 CMM_0208 CMM_0209     FALSE 0.204 29.000 0.000 NA   NA
 3749116 3749117 CMM_0209 CMM_0210     FALSE 0.162 40.000 0.000 NA   NA
 3749118 3749119 CMM_0211 CMM_0212     FALSE 0.106 80.000 0.000 NA   NA
 3749121 3749122 CMM_0214 CMM_0215     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749124 3749125 CMM_0217 CMM_0218     TRUE 0.991 -3.000 1.000 NA   NA
 3749126 3749127 CMM_0219 CMM_0220     FALSE 0.155 42.000 0.000 NA   NA
 3749128 3749129 CMM_0221 CMM_0222     TRUE 0.994 0.000 0.333 0.067 Y NA
 3749129 3749130 CMM_0222 CMM_0223     FALSE 0.089 133.000 0.000 1.000   NA
 3749131 3749132 CMM_0224 CMM_0225     FALSE 0.034 279.000 0.000 1.000 N NA
 3749133 3749134 CMM_0226 CMM_0227     FALSE 0.063 134.000 0.000 NA   NA
 3749134 3749135 CMM_0227 CMM_0228     FALSE 0.249 82.000 0.000 1.000 N NA
 3749135 3749136 CMM_0228 CMM_0229     TRUE 0.757 87.000 0.429 1.000   NA
 3749136 3749137 CMM_0229 CMM_0230     TRUE 0.966 -3.000 0.286 1.000   NA
 3749137 3749138 CMM_0230 CMM_0231     TRUE 0.984 -3.000 0.636 1.000   NA
 3749138 3749139 CMM_0231 CMM_0232     TRUE 0.997 -3.000 0.818 0.078 Y NA
 3749139 3749140 CMM_0232 CMM_0233     TRUE 0.995 -3.000 0.556 0.078 Y NA
 3749140 3749141 CMM_0233 CMM_0234     FALSE 0.090 101.000 0.000 NA   NA
 3749141 3749142 CMM_0234 CMM_0235     FALSE 0.095 90.000 0.000 NA   NA
 3749142 3749143 CMM_0235 CMM_0236     FALSE 0.091 98.000 0.000 NA   NA
 3749143 3749144 CMM_0236 CMM_0237     FALSE 0.019 213.000 0.000 NA   NA
 3749144 3749145 CMM_0237 CMM_0238     FALSE 0.102 83.000 0.000 NA   NA
 3749146 3749147 CMM_0239 CMM_0240     FALSE 0.026 183.000 0.000 NA   NA
 3749148 3749149 CMM_0241 CMM_0242   ogtA FALSE 0.115 71.000 0.000 NA   NA
 3749149 3749150 CMM_0242 CMM_0243 ogtA sigY TRUE 0.989 -3.000 0.680 1.000 N NA
 3749151 3749152 CMM_0244 CMM_0245     FALSE 0.018 279.000 0.000 1.000   NA
 3749152 3749153 CMM_0245 CMM_0246     FALSE 0.007 444.000 0.000 NA   NA
 3749153 3749154 CMM_0246 CMM_0247     FALSE 0.018 222.000 0.000 NA   NA
 3749154 3749155 CMM_0247 CMM_0248     FALSE 0.130 51.000 0.000 NA   NA
 3749155 3749156 CMM_0248 CMM_0249     FALSE 0.029 179.000 0.000 NA   NA
 3749156 3749157 CMM_0249 CMM_0250     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749158 3749159 CMM_0251 CMM_0252     FALSE 0.116 63.000 0.000 NA   NA
 3749159 3749160 CMM_0252 CMM_0253     FALSE 0.130 51.000 0.000 NA   NA
 3749160 3749161 CMM_0253 CMM_0254     FALSE 0.047 153.000 0.000 NA   NA
 3749163 3749164 CMM_0256 CMM_0257     FALSE 0.324 11.000 0.000 NA   NA
 3749164 3749165 CMM_0257 CMM_0258     FALSE 0.023 196.000 0.000 NA   NA
 3749166 3749167 CMM_0259 CMM_0260 crcB1 crcB2 TRUE 0.994 -3.000 0.452 0.097 Y NA
 3749167 3749168 CMM_0260 CMM_0261 crcB2   TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3749168 3749169 CMM_0261 CMM_0262     FALSE 0.444 10.000 0.000 1.000   NA
 3749170 3749171 CMM_0263 CMM_0264 ddlA   FALSE 0.138 47.000 0.000 NA   NA
 3749171 3749172 CMM_0264 CMM_0265     FALSE 0.561 3.000 0.000 NA   NA
 3749173 3749174 CMM_0266 CMM_0267     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749174 3749175 CMM_0267 CMM_0268     TRUE 0.707 61.000 0.188 1.000 N NA
 3749175 3749176 CMM_0268 CMM_0269     TRUE 0.990 -3.000 0.750 1.000 N NA
 3749176 3749177 CMM_0269 CMM_0270     FALSE 0.053 214.000 0.000 1.000 N NA
 3749177 3749178 CMM_0270 CMM_0271     TRUE 0.998 0.000 0.833 0.078 Y NA
 3749178 3749179 CMM_0271 CMM_0272     TRUE 0.996 -7.000 0.833 0.078 Y NA
 3749179 3749180 CMM_0272 CMM_0273     TRUE 0.905 83.000 0.500 NA Y NA
 3749180 3749181 CMM_0273 CMM_0274     TRUE 0.957 -3.000 0.240 NA   NA
 3749181 3749182 CMM_0274 CMM_0275     FALSE 0.316 21.000 0.000 1.000   NA
 3749182 3749183 CMM_0275 CMM_0276     TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3749186 3749187 CMM_0279 CMM_0280     FALSE 0.120 59.000 0.000 NA   NA
 3749187 3749188 CMM_0280 CMM_0281     FALSE 0.013 258.000 0.000 NA   NA
 3749188 3749189 CMM_0281 CMM_0282     FALSE 0.532 6.000 0.000 1.000   NA
 3749191 3749192 CMM_0284 CMM_0285     FALSE 0.253 18.000 0.000 NA   NA
 3749193 3749194 CMM_0286 CMM_0287     TRUE 0.803 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3749194 3749195 CMM_0287 CMM_0288     FALSE 0.157 72.000 0.000 1.000   NA
 3749197 3749198 CMM_0290 CMM_0291 sigL   TRUE 0.986 -3.000 0.697 NA   NA
 3749201 3749202 CMM_0294 CMM_0295     FALSE 0.270 29.000 0.000 1.000   NA
 3749203 3749204 CMM_0296 CMM_0297     TRUE 0.884 11.000 0.000 0.078 Y NA
 3749204 3749205 CMM_0297 CMM_0298     TRUE 0.997 -3.000 0.833 0.078 Y NA
 3749205 3749206 CMM_0298 CMM_0299   bglX TRUE 0.978 -3.000 0.119 1.000 Y NA
 3749210 3749211 CMM_0303 CMM_0304     FALSE 0.115 68.000 0.000 NA   NA
 3749211 3749212 CMM_0304 CMM_0305     FALSE 0.165 39.000 0.000 NA   NA
 3749212 3749213 CMM_0305 CMM_0306     FALSE 0.024 359.000 0.000 1.000 N NA
 3749218 3749219 CMM_0311 CMM_0312     FALSE 0.010 337.000 0.000 NA   NA
 3749219 3749220 CMM_0312 CMM_0313     FALSE 0.138 47.000 0.000 NA   NA
 3749221 3749222 CMM_0314 CMM_0315     FALSE 0.102 83.000 0.000 NA   NA
 3749222 3749223 CMM_0315 CMM_0316   clpY TRUE 0.575 67.000 0.000 1.000 Y NA
 3749226 3749227 CMM_0319 CMM_0320     FALSE 0.115 67.000 0.000 NA   NA
 3749228 3749229 CMM_0321 CMM_0322     TRUE 0.652 8.000 0.000 1.000 N NA
 3749229 3749230 CMM_0322 CMM_0323     TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3749231 3749232 CMM_0324 CMM_0325     TRUE 0.997 0.000 0.686 0.008 Y NA
 3749232 3749233 CMM_0325 CMM_0326     TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3749233 3749234 CMM_0326 CMM_0327     TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3749234 3749235 CMM_0327 CMM_0328     FALSE 0.509 98.000 0.000 1.000 Y NA
 3749235 3749236 CMM_0328 CMM_0329     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749236 3749237 CMM_0329 CMM_0330   npsB TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749237 3749238 CMM_0330 CMM_0331 npsB npsA TRUE 0.996 -3.000 0.571 0.002 Y NA
 3749239 3749240 CMM_0332 CMM_0333     TRUE 0.924 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 3749240 3749241 CMM_0333 CMM_0334     TRUE 0.577 11.000 0.000 1.000 N NA
 3749242 3749243 CMM_0335 CMM_0336     FALSE 0.540 -7.000 0.000 NA   NA
 3749243 3749244 CMM_0336 CMM_0337     FALSE 0.172 37.000 0.000 NA   NA
 3749244 3749245 CMM_0337 CMM_0338     FALSE 0.034 169.000 0.000 NA   NA
 3749245 3749246 CMM_0338 CMM_0339     FALSE 0.021 206.000 0.000 NA   NA
 3749246 3749247 CMM_0339 CMM_0340     FALSE 0.095 90.000 0.000 NA   NA
 3749247 3749248 CMM_0340 CMM_0341     TRUE 0.991 -3.000 1.000 NA   NA
 3749248 3749249 CMM_0341 CMM_0342     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749249 3749250 CMM_0342 CMM_0343     FALSE 0.027 182.000 0.000 NA   NA
 3749250 3749251 CMM_0343 CMM_0344     FALSE 0.021 201.000 0.000 NA   NA
 3749251 3749252 CMM_0344 CMM_0345     FALSE 0.055 162.000 0.000 1.000   NA
 3749252 3749253 CMM_0345 CMM_0346     FALSE 0.017 226.000 0.000 NA   NA
 3749253 3749254 CMM_0346 CMM_0347   manX FALSE 0.018 222.000 0.000 NA   NA
 3749254 3749255 CMM_0347 CMM_0348 manX bglY TRUE 0.822 64.000 0.154 1.000 Y NA
 3749255 3749256 CMM_0348 CMM_0349 bglY   TRUE 0.973 -3.000 0.077 1.000 Y NA
 3749257 3749258 CMM_0350 CMM_0351     FALSE 0.540 76.000 0.000 NA Y NA
 3749258 3749259 CMM_0351 CMM_0352     TRUE 0.997 -3.000 0.882 0.077 Y NA
 3749259 3749260 CMM_0352 CMM_0353     TRUE 0.998 -3.000 1.000 0.077 Y NA
 3749260 3749261 CMM_0353 CMM_0354   nagB TRUE 0.937 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3749261 3749262 CMM_0354 CMM_0355 nagB bgaA TRUE 0.571 74.000 0.000 1.000 Y NA
 3749264 3749265 CMM_0357 CMM_0358     FALSE 0.038 163.000 0.000 NA   NA
 3749265 3749266 CMM_0358 CMM_0359     FALSE 0.064 194.000 0.000 1.000 N NA
 3749266 3749267 CMM_0359 CMM_0360     TRUE 0.997 -3.000 0.778 0.077 Y NA
 3749267 3749268 CMM_0360 CMM_0361     TRUE 0.997 -3.000 0.778 0.077 Y NA
 3749268 3749269 CMM_0361 CMM_0362     FALSE 0.554 80.000 0.000 1.000 Y NA
 3749269 3749270 CMM_0362 CMM_0363     FALSE 0.200 114.000 0.000 1.000 N NA
 3749270 3749271 CMM_0363 CMM_0364     TRUE 0.997 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 3749271 3749272 CMM_0364 CMM_0365     TRUE 0.994 -3.000 0.667 1.000 Y NA
 3749272 3749273 CMM_0365 CMM_0366     FALSE 0.266 75.000 0.000 1.000 N NA
 3749273 3749274 CMM_0366 CMM_0367   phnD FALSE 0.116 156.000 0.000 1.000 N NA
 3749274 3749275 CMM_0367 CMM_0368 phnD phnC TRUE 0.954 22.000 0.176 0.004 Y NA
 3749275 3749276 CMM_0368 CMM_0369 phnC phnE TRUE 0.987 -3.000 0.176 0.096 Y NA
 3749276 3749277 CMM_0369 CMM_0370 phnE panE TRUE 0.803 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3749278 3749279 CMM_0371 CMM_0372 phnX phnN TRUE 0.847 -3.000 0.041 NA   NA
 3749279 3749280 CMM_0372 CMM_0373 phnN phnM TRUE 0.981 -3.000 0.173 NA Y NA
 3749280 3749281 CMM_0373 CMM_0374 phnM phnV TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749281 3749282 CMM_0374 CMM_0375 phnV phnL TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749282 3749283 CMM_0375 CMM_0376 phnL phnK TRUE 0.997 -3.000 0.859 0.032 Y NA
 3749283 3749284 CMM_0376 CMM_0377 phnK phnJ TRUE 0.996 -3.000 0.883 1.000 Y NA
 3749284 3749285 CMM_0377 CMM_0378 phnJ phnI TRUE 0.996 -3.000 0.880 1.000 Y NA
 3749285 3749286 CMM_0378 CMM_0379 phnI phnH TRUE 0.998 0.000 0.960 0.004 Y NA
 3749286 3749287 CMM_0379 CMM_0380 phnH phnG TRUE 0.998 -3.000 0.967 0.004 Y NA
 3749288 3749289 CMM_0381 CMM_0382 phnF   FALSE 0.220 100.000 0.000 1.000 N NA
 3749289 3749290 CMM_0382 CMM_0383   ppcA FALSE 0.217 105.000 0.000 1.000 N NA
 3749291 3749292 CMM_0384 CMM_0385   ltaE FALSE 0.131 148.000 0.000 1.000 N NA
 3749292 3749293 CMM_0385 CMM_0386 ltaE   FALSE 0.231 37.000 0.000 1.000   NA
 3749293 3749294 CMM_0386 CMM_0387     FALSE 0.158 71.000 0.000 1.000   NA
 3749295 3749296 CMM_0388 CMM_0389   aqpZ FALSE 0.018 223.000 0.000 NA   NA
 3749296 3749297 CMM_0389 CMM_0390 aqpZ   FALSE 0.091 95.000 0.000 NA   NA
 3749298 3749299 CMM_0391 CMM_0392     FALSE 0.094 91.000 0.000 NA   NA
 3749299 3749300 CMM_0392 CMM_0393     FALSE 0.138 47.000 0.000 NA   NA
 3749300 3749301 CMM_0393 CMM_0394     TRUE 0.858 50.000 0.636 NA   NA
 3749301 3749302 CMM_0394 CMM_0395     FALSE 0.091 97.000 0.000 NA   NA
 3749302 3749303 CMM_0395 CMM_0396     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749303 3749304 CMM_0396 CMM_0397     TRUE 0.964 -3.000 0.292 NA   NA
 3749306 3749307 CMM_0399 CMM_0400     TRUE 0.767 -3.000 0.000 NA N NA
 3749311 3749312 CMM_0404 CMM_0405     TRUE 0.997 -3.000 0.786 0.020 Y NA
 3749317 3749318 CMM_0410 CMM_0411     FALSE 0.024 191.000 0.000 NA   NA
 3749318 3749319 CMM_0411 CMM_0412     FALSE 0.280 14.000 0.000 NA   NA
 3749321 3749322 CMM_0414 CMM_0415   osmC TRUE 0.759 77.000 0.286 1.000 N NA
 3749322 3749323 CMM_0415 CMM_0416 osmC   TRUE 0.860 0.000 0.037 NA   NA
 3749323 3749324 CMM_0416 CMM_0417     FALSE 0.058 138.000 0.000 NA   NA
 3749325 3749326 CMM_0418 CMM_0419     FALSE 0.260 17.000 0.000 NA   NA
 3749326 3749327 CMM_0419 CMM_0420     FALSE 0.100 84.000 0.000 NA   NA
 3749327 3749328 CMM_0420 CMM_0421     TRUE 0.997 -3.000 0.865 0.076 Y NA
 3749328 3749329 CMM_0421 CMM_0422     TRUE 0.965 -3.000 0.048 1.000 Y NA
 3749329 3749330 CMM_0422 CMM_0423     TRUE 0.873 94.000 0.400 NA Y NA
 3749330 3749331 CMM_0423 CMM_0424     TRUE 0.592 167.000 0.200 NA Y NA
 3749331 3749332 CMM_0424 CMM_0425     TRUE 0.843 126.000 0.750 1.000 N NA
 3749333 3749334 CMM_0426 CMM_0427     FALSE 0.006 1891.000 0.000 1.000   NA
 3749334 3749335 CMM_0427 CMM_0428     FALSE 0.028 213.000 0.000 1.000   NA
 3749336 3749337 CMM_0429 CMM_0430     FALSE 0.129 92.000 0.000 1.000   NA
 3749337 3749338 CMM_0430 CMM_0431     FALSE 0.149 170.000 0.000 0.007   NA
 3749340 3749341 CMM_0433 CMM_0434 fepG fepD TRUE 0.998 -3.000 1.000 0.076 Y NA
 3749345 3749346 CMM_0438 CMM_0439   padA TRUE 0.629 0.000 0.000 NA   NA
 3749347 3749348 CMM_0440 CMM_0441     FALSE 0.071 126.000 0.000 NA   NA
 3749348 3749349 CMM_0441 CMM_0442     FALSE 0.115 65.000 0.000 NA   NA
 3749350 3749351 CMM_0443 CMM_0444     TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3749353 3749354 CMM_0446 CMM_0447     TRUE 0.629 0.000 0.000 NA   NA
 3749354 3749355 CMM_0447 CMM_0448     FALSE 0.253 18.000 0.000 NA   NA
 3749355 3749356 CMM_0448 CMM_0449     FALSE 0.417 7.000 0.000 NA   NA
 3749356 3749357 CMM_0449 CMM_0450     FALSE 0.094 91.000 0.000 NA   NA
 3749357 3749358 CMM_0450 CMM_0451     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749358 3749359 CMM_0451 CMM_0452     FALSE 0.058 138.000 0.000 NA   NA
 3749360 3749361 CMM_0453 CMM_0454 pitA   TRUE 0.774 12.000 0.100 NA   NA
 3749361 3749362 CMM_0454 CMM_0455     FALSE 0.561 3.000 0.000 NA   NA
 3749364 3749365 CMM_0457 CMM_0458     TRUE 0.982 -3.000 0.588 1.000   NA
 3749365 3749366 CMM_0458 CMM_0459     FALSE 0.076 120.000 0.000 NA   NA
 3749369 3749370 CMM_0462 CMM_0463     FALSE 0.057 139.000 0.000 NA   NA
 3749370 3749371 CMM_0463 CMM_0464     FALSE 0.135 88.000 0.000 1.000   NA
 3749373 3749374 CMM_0465 CMM_0466     FALSE 0.185 34.000 0.000 NA   NA
 3749374 3749375 CMM_0466 CMM_0467     FALSE 0.356 10.000 0.000 NA   NA
 3749375 3749376 CMM_0467 CMM_0468     FALSE 0.165 39.000 0.000 NA   NA
 3749379 3749380 CMM_0471 CMM_0472     FALSE 0.155 42.000 0.000 NA   NA
 3749381 3749382 CMM_0473 CMM_0474     FALSE 0.066 130.000 0.000 NA   NA
 3749382 3749383 CMM_0474 CMM_0475   xthB FALSE 0.096 89.000 0.000 NA   NA
 3749383 3749384 CMM_0475 CMM_0476 xthB   FALSE 0.004 3976.000 0.000 NA   NA
 3749384 3749385 CMM_0476 CMM_0477     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749385 3749386 CMM_0477 CMM_0478   sigZ TRUE 0.907 -3.000 0.071 1.000   NA
 3749387 3749388 CMM_0479 CMM_0480     FALSE 0.031 173.000 0.000 NA   NA
 3749388 3749389 CMM_0480 CMM_0481   pyrE FALSE 0.270 67.000 0.000 1.000 N NA
 3749389 3749390 CMM_0481 CMM_0482 pyrE   TRUE 0.629 0.000 0.000 NA   NA
 3749390 3749391 CMM_0482 CMM_0483     FALSE 0.088 107.000 0.000 NA   NA
 3749395 3749396 CMM_0487 CMM_0488   recQ2 FALSE 0.096 89.000 0.000 NA   NA
 3749398 3749399 CMM_0490 CMM_0491     FALSE 0.041 159.000 0.000 NA   NA
 3749399 3749400 CMM_0491 CMM_0492     FALSE 0.109 78.000 0.000 NA   NA
 3749402 3749403 CMM_0494 CMM_0495     TRUE 0.988 -3.000 0.667 1.000 N NA
 3749403 3749404 CMM_0495 CMM_0496     FALSE 0.009 358.000 0.000 NA   NA
 3749404 3749405 CMM_0496 CMM_0497     TRUE 0.743 0.000 0.010 NA   NA
 3749405 3749406 CMM_0497 CMM_0498     TRUE 0.912 -3.000 0.089 NA   NA
 3749406 3749407 CMM_0498 CMM_0499     FALSE 0.287 56.000 0.000 1.000 N NA
 3749407 3749408 CMM_0499 CMM_0500     TRUE 0.803 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3749409 3749410 CMM_0501 CMM_0502     TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3749412 3749413 CMM_0504 CMM_0505   alkB FALSE 0.027 284.000 0.000 NA N NA
 3749413 3749414 CMM_0505 CMM_0506 alkB   FALSE 0.115 65.000 0.000 NA   NA
 3749416 3749417 CMM_0508 CMM_0509     FALSE 0.115 68.000 0.000 NA   NA
 3749417 3749418 CMM_0509 CMM_0510     TRUE 0.604 1.000 0.000 NA   NA
 3749420 3749421 CMM_0512 CMM_0513   pgmA FALSE 0.082 113.000 0.000 NA   NA
 3749422 3749423 CMM_0514 CMM_0515 pheA serS FALSE 0.348 62.000 0.013 1.000 N NA
 3749423 3749424 CMM_0515 CMM_0516 serS   TRUE 0.918 -3.000 0.084 1.000   NA
 3749424 3749425 CMM_0516 CMM_tRNA_0004     FALSE 0.030 174.000 0.000 NA   NA
 3749425 3749426 CMM_tRNA_0004 CMM_0517     FALSE 0.073 125.000 0.000 NA   NA
 3749426 3749427 CMM_0517 CMM_tRNA_0005     FALSE 0.007 401.000 0.000 NA   NA
 3749427 3749428 CMM_tRNA_0005 CMM_0518     FALSE 0.105 81.000 0.000 NA   NA
 3749428 3749429 CMM_0518 CMM_0519     FALSE 0.117 62.000 0.000 NA   NA
 3749429 3749430 CMM_0519 CMM_0520     FALSE 0.033 170.000 0.000 NA   NA
 3749430 3749431 CMM_0520 CMM_0521     TRUE 0.941 18.000 0.688 NA   NA
 3749431 3749432 CMM_0521 CMM_0522     FALSE 0.093 92.000 0.000 NA   NA
 3749435 3749436 CMM_PS_13 CMM_0524     FALSE 0.122 58.000 0.000 NA   NA
 3749436 3749437 CMM_0524 CMM_0525     TRUE 0.986 -3.000 0.692 NA   NA
 3749438 3749439 CMM_0526 CMM_0527     FALSE 0.089 103.000 0.000 NA   NA
 3749439 3749440 CMM_0527 CMM_0528     FALSE 0.115 65.000 0.000 NA   NA
 3749440 3749441 CMM_0528 CMM_0529     FALSE 0.082 113.000 0.000 NA   NA
 3749441 3749442 CMM_0529 CMM_0530     FALSE 0.253 18.000 0.000 NA   NA
 3749442 3749443 CMM_0530 CMM_0531   plsC FALSE 0.222 97.000 0.000 1.000 N NA
 3749448 3749449 CMM_0536 CMM_0537     FALSE 0.035 321.000 0.000 0.087   NA
 3749449 3749450 CMM_0537 CMM_0538   upp FALSE 0.011 397.000 0.000 1.000   NA
 3749453 3749454 CMM_0541 CMM_0542     TRUE 0.932 -3.000 0.118 1.000   NA
 3749457 3749458 CMM_0545 CMM_0546 trkA trkG TRUE 0.958 65.000 0.585 0.004 Y NA
 3749459 3749460 CMM_0547 CMM_0548     FALSE 0.261 123.000 0.039 1.000   NA
 3749462 3749463 CMM_0550 CMM_0551     FALSE 0.253 35.000 0.007 NA   NA
 3749463 3749464 CMM_0551 CMM_0552     FALSE 0.117 62.000 0.000 NA   NA
 3749464 3749465 CMM_0552 CMM_0553     FALSE 0.115 113.000 0.000 1.000   NA
 3749465 3749466 CMM_0553 CMM_0554     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749466 3749467 CMM_0554 CMM_0555     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749468 3749469 CMM_0556 CMM_0557     FALSE 0.106 80.000 0.000 NA   NA
 3749469 3749470 CMM_0557 CMM_0558     FALSE 0.108 79.000 0.000 NA   NA
 3749470 3749471 CMM_0558 CMM_0559     FALSE 0.029 178.000 0.000 NA   NA
 3749471 3749472 CMM_0559 CMM_0560     FALSE 0.540 -7.000 0.000 NA   NA
 3749472 3749473 CMM_0560 CMM_0561   aspS FALSE 0.066 176.000 0.000 NA N NA
 3749474 3749475 CMM_0562 CMM_0563     TRUE 0.854 -3.000 0.033 1.000   NA
 3749475 3749476 CMM_0563 CMM_0564     TRUE 0.996 -3.000 0.551 0.001 Y NA
 3749477 3749478 CMM_0565 CMM_0566     FALSE 0.076 120.000 0.000 NA   NA
 3749478 3749479 CMM_0566 CMM_0567   sigB FALSE 0.016 552.000 0.000 1.000 N NA
 3749480 3749481 CMM_0568 CMM_0569   ccbD TRUE 0.796 0.000 0.000 NA N NA
 3749481 3749482 CMM_0569 CMM_0570 ccbD ccdA TRUE 0.941 1.000 0.000 1.000 Y NA
 3749482 3749483 CMM_0570 CMM_0571 ccdA resB TRUE 0.945 -16.000 0.033 NA Y NA
 3749483 3749484 CMM_0571 CMM_0572 resB resC TRUE 0.984 -3.000 0.213 NA Y NA
 3749486 3749487 CMM_0574 CMM_0575     FALSE 0.199 44.000 0.000 1.000   NA
 3749487 3749488 CMM_0575 CMM_0576   menB FALSE 0.144 82.000 0.000 1.000   NA
 3749488 3749489 CMM_0576 CMM_0577 menB menE TRUE 0.839 26.000 0.193 1.000 N NA
 3749490 3749491 CMM_0578 CMM_0579     TRUE 0.975 -3.000 0.400 1.000   NA
 3749495 3749496 CMM_0583 CMM_0584     FALSE 0.106 160.000 0.000 1.000 N NA
 3749496 3749497 CMM_0584 CMM_0585     TRUE 0.926 14.000 0.049 0.019 Y NA
 3749497 3749498 CMM_0585 CMM_0586   hemA FALSE 0.285 57.000 0.000 1.000 N NA
 3749499 3749500 CMM_0587 CMM_0588 hemE hemY TRUE 0.978 -7.000 0.049 0.001 Y NA
 3749500 3749501 CMM_0588 CMM_0589 hemY   FALSE 0.069 128.000 0.000 NA   NA
 3749501 3749502 CMM_0589 CMM_0590     FALSE 0.188 33.000 0.000 NA   NA
 3749502 3749503 CMM_0590 CMM_0591     FALSE 0.534 -10.000 0.000 NA   NA
 3749503 3749504 CMM_0591 CMM_0592     FALSE 0.238 22.000 0.000 NA   NA
 3749504 3749505 CMM_0592 CMM_0593     FALSE 0.097 88.000 0.000 NA   NA
 3749505 3749506 CMM_0593 CMM_0594     FALSE 0.117 62.000 0.000 NA   NA
 3749506 3749507 CMM_0594 CMM_0595   hemH TRUE 0.856 0.000 0.034 NA   NA
 3749507 3749508 CMM_0595 CMM_0596 hemH hemC TRUE 0.950 -3.000 0.015 1.000 Y NA
 3749508 3749509 CMM_0596 CMM_0597 hemC hemD TRUE 0.991 -3.000 0.205 0.002 Y NA
 3749509 3749510 CMM_0597 CMM_0598 hemD hemB TRUE 0.984 -3.000 0.071 0.002 Y NA
 3749510 3749511 CMM_0598 CMM_0599 hemB hemL TRUE 0.826 83.000 0.067 0.002 Y NA
 3749512 3749513 CMM_0600 CMM_0601   hemO FALSE 0.241 84.000 0.000 1.000 N NA
 3749513 3749514 CMM_0601 CMM_0602 hemO   FALSE 0.112 76.000 0.000 NA   NA
 3749514 3749515 CMM_0602 CMM_0603     FALSE 0.168 85.000 0.012 NA   NA
 3749515 3749516 CMM_0603 CMM_0604   pfkA FALSE 0.398 33.000 0.000 1.000 N NA
 3749521 3749522 CMM_0609 CMM_0610     FALSE 0.394 99.000 0.000 0.032 N NA
 3749522 3749523 CMM_0610 CMM_0611     FALSE 0.215 107.000 0.000 1.000 N NA
 3749524 3749525 CMM_0612 CMM_0613   sacC FALSE 0.092 93.000 0.000 NA   NA
 3749526 3749527 CMM_0614 CMM_0615 sacB   FALSE 0.100 84.000 0.000 NA   NA
 3749527 3749528 CMM_0615 CMM_0616     FALSE 0.299 172.000 0.200 NA   NA
 3749528 3749529 CMM_0616 CMM_0617     TRUE 0.950 -3.000 0.200 NA   NA
 3749531 3749532 CMM_0619 CMM_0620 putA   FALSE 0.238 22.000 0.000 NA   NA
 3749532 3749533 CMM_0620 CMM_0621     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749533 3749534 CMM_0621 CMM_0622     FALSE 0.227 24.000 0.000 NA   NA
 3749535 3749536 CMM_0623 CMM_0624   npsC TRUE 0.985 -3.000 0.667 1.000   NA
 3749536 3749537 CMM_0624 CMM_0625 npsC   FALSE 0.269 72.000 0.000 1.000 N NA
 3749542 3749543 CMM_0629 CMM_0630   rocD TRUE 0.674 39.000 0.000 1.000 Y NA
 3749543 3749544 CMM_0630 CMM_0631 rocD   FALSE 0.075 121.000 0.000 NA   NA
 3749544 3749545 CMM_0631 CMM_0632     FALSE 0.198 31.000 0.000 NA   NA
 3749546 3749547 CMM_0633 CMM_0634     FALSE 0.115 65.000 0.000 NA   NA
 3749547 3749548 CMM_0634 CMM_0635     FALSE 0.097 88.000 0.000 NA   NA
 3749548 3749549 CMM_0635 CMM_0636     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749549 3749550 CMM_0636 CMM_0637     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749551 3749552 CMM_0638 CMM_0639     FALSE 0.167 58.000 0.000 1.000   NA
 3749552 3749553 CMM_0639 CMM_0640     FALSE 0.037 164.000 0.000 NA   NA
 3749553 3749554 CMM_0640 CMM_0641     FALSE 0.561 3.000 0.000 NA   NA
 3749554 3749555 CMM_0641 CMM_0642     FALSE 0.065 132.000 0.000 NA   NA
 3749555 3749556 CMM_0642 CMM_0643     FALSE 0.024 192.000 0.000 NA   NA
 3749557 3749558 CMM_0644 CMM_0645     TRUE 0.996 -3.000 0.611 0.020 Y NA
 3749558 3749559 CMM_0645 CMM_0646     FALSE 0.115 66.000 0.000 NA   NA
 3749559 3749560 CMM_0646 CMM_0647     FALSE 0.089 105.000 0.000 NA   NA
 3749561 3749562 CMM_0648 CMM_0649     FALSE 0.005 727.000 0.000 NA   NA
 3749563 3749564 CMM_0650 CMM_0651     FALSE 0.526 80.000 0.000 NA Y NA
 3749564 3749565 CMM_0651 CMM_0652   qorA TRUE 0.609 45.000 0.000 NA Y NA
 3749566 3749567 CMM_0653 CMM_0654 cysK cysE TRUE 0.995 3.000 0.483 0.002 Y NA
 3749567 3749568 CMM_0654 CMM_0655 cysE   TRUE 0.829 0.000 0.000 1.000 N NA
 3749568 3749569 CMM_0655 CMM_0656     FALSE 0.194 32.000 0.000 NA   NA
 3749573 3749574 CMM_0660 CMM_PS_15     FALSE 0.136 48.000 0.000 NA   NA
 3749574 3749575 CMM_PS_15 CMM_0661     FALSE 0.013 273.000 0.000 NA   NA
 3749579 3749580 CMM_0665 CMM_0666 fdxA   TRUE 0.861 -3.000 0.000 0.037   NA
 3749582 3749583 CMM_0668 CMM_0669     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749584 3749585 CMM_0670 CMM_0671     FALSE 0.098 87.000 0.000 NA   NA
 3749585 3749586 CMM_0671 CMM_0672     TRUE 0.959 -3.000 0.261 NA   NA
 3749586 3749587 CMM_0672 CMM_0673     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749587 3749588 CMM_0673 CMM_0674     FALSE 0.275 94.000 0.000 0.070   NA
 3749590 3749591 CMM_0676 CMM_0677 sbcC sbcD TRUE 0.995 0.000 0.669 NA Y NA
 3749592 3749593 CMM_0678 CMM_0679 pknC   FALSE 0.115 70.000 0.000 NA   NA
 3749593 3749594 CMM_0679 CMM_0680     TRUE 0.767 -3.000 0.000 NA N NA
 3749594 3749595 CMM_0680 CMM_0681   fabB TRUE 0.954 -3.000 0.022 1.000 Y NA
 3749595 3749596 CMM_0681 CMM_0682 fabB ilvG TRUE 0.803 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3749596 3749597 CMM_0682 CMM_0683 ilvG coaBC TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3749597 3749598 CMM_0683 CMM_0684 coaBC   TRUE 0.629 -7.000 0.000 1.000   NA
 3749598 3749599 CMM_0684 CMM_0685     TRUE 0.937 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3749599 3749600 CMM_0685 CMM_0686     FALSE 0.017 225.000 0.000 NA   NA
 3749602 3749603 CMM_0688 CMM_0689   purA FALSE 0.434 83.000 0.082 NA   NA
 3749603 3749604 CMM_0689 CMM_0690 purA   FALSE 0.092 93.000 0.000 NA   NA
 3749606 3749607 CMM_0692 CMM_0693     FALSE 0.112 76.000 0.000 NA   NA
 3749610 3749611 CMM_0696 CMM_0697     FALSE 0.318 46.000 0.000 1.000 N NA
 3749611 3749612 CMM_0697 CMM_0698     TRUE 0.934 20.000 0.667 NA   NA
 3749612 3749613 CMM_0698 CMM_0699     FALSE 0.115 67.000 0.000 NA   NA
 3749613 3749614 CMM_0699 CMM_0700     TRUE 0.993 -3.000 0.545 1.000 Y NA
 3749615 3749616 CMM_0701 CMM_0702     FALSE 0.114 72.000 0.000 NA   NA
 11419336 3749602   CMM_0688     FALSE NA 9078.000 0.000 NA   NA
 11561699 3749602   CMM_0688     FALSE NA 9078.000 0.000 NA   NA
 11704091 3749602   CMM_0688     FALSE NA 9078.000 0.000 NA   NA
 11419337 3749602   CMM_0688     FALSE NA 9101.000 0.000 NA   NA
 11561700 3749602   CMM_0688     FALSE NA 9101.000 0.000 NA   NA
 11704092 3749602   CMM_0688     FALSE NA 9101.000 0.000 NA   NA
 11419338 3749616   CMM_0702     FALSE NA 397.000 0.000 NA   NA
 11561701 3749616   CMM_0702     FALSE NA 397.000 0.000 NA   NA
 11704093 3749616   CMM_0702     FALSE NA 397.000 0.000 NA   NA
 11419339 3749616   CMM_0702     FALSE NA 378.000 0.000 NA   NA
 11561702 3749616   CMM_0702     FALSE NA 378.000 0.000 NA   NA
 11704094 3749616   CMM_0702     FALSE NA 378.000 0.000 NA   NA
 11419340 3749616   CMM_0702     FALSE NA 355.000 0.000 NA   NA
 11561703 3749616   CMM_0702     FALSE NA 355.000 0.000 NA   NA
 11704095 3749616   CMM_0702     FALSE NA 355.000 0.000 NA   NA
 11419341 3749616   CMM_0702     FALSE NA 327.000 0.000 NA   NA
 11561704 3749616   CMM_0702     FALSE NA 327.000 0.000 NA   NA
 11704096 3749616   CMM_0702     FALSE NA 327.000 0.000 NA   NA
 11419342 3749616   CMM_0702     FALSE NA 304.000 0.000 NA   NA
 11561705 3749616   CMM_0702     FALSE NA 304.000 0.000 NA   NA
 11704097 3749616   CMM_0702     FALSE NA 304.000 0.000 NA   NA
 11419343 3749616   CMM_0702     FALSE NA 285.000 0.000 NA   NA
 11561706 3749616   CMM_0702     FALSE NA 285.000 0.000 NA   NA
 11704098 3749616   CMM_0702     FALSE NA 285.000 0.000 NA   NA
 11419344 3749616   CMM_0702     FALSE NA 262.000 0.000 NA   NA
 11561707 3749616   CMM_0702     FALSE NA 262.000 0.000 NA   NA
 11704099 3749616   CMM_0702     FALSE NA 262.000 0.000 NA   NA
 3749617 3749618 CMM_0703 CMM_0704     FALSE 0.008 368.000 0.000 NA   NA
 3749619 3749620 CMM_0705 CMM_0706   pbpB FALSE 0.086 110.000 0.000 NA   NA
 3749620 3749621 CMM_0706 CMM_0707 pbpB   TRUE 0.810 54.000 0.333 1.000 N NA
 3749621 3749622 CMM_0707 CMM_0708     TRUE 0.996 -3.000 0.625 0.019 Y NA
 3749622 3749623 CMM_0708 CMM_0709     FALSE 0.071 183.000 0.000 1.000 N NA
 3749623 3749624 CMM_0709 CMM_0710   tyrA FALSE 0.245 83.000 0.000 1.000 N NA
 3749625 3749626 CMM_0711 CMM_0712     FALSE 0.095 90.000 0.000 NA   NA
 3749626 3749627 CMM_0712 CMM_0713     FALSE 0.120 59.000 0.000 NA   NA
 3749627 3749628 CMM_0713 CMM_0714     FALSE 0.042 158.000 0.000 NA   NA
 3749628 3749629 CMM_0714 CMM_0715   wzy2 TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749629 3749630 CMM_0715 CMM_0716 wzy2 wcnG FALSE 0.528 -21.000 0.000 NA   NA
 3749630 3749631 CMM_0716 CMM_0717 wcnG wzx2 TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749631 3749632 CMM_0717 CMM_0718 wzx2 wcnE TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749632 3749633 CMM_0718 CMM_0719 wcnE wcnD TRUE 0.969 0.000 0.000 0.018 Y NA
 3749633 3749634 CMM_0719 CMM_0720 wcnD wcnC TRUE 0.940 0.000 0.000 NA Y NA
 3749634 3749635 CMM_0720 CMM_0721 wcnC wzb FALSE 0.192 91.000 0.000 NA N NA
 3749635 3749636 CMM_0721 CMM_0722 wzb wzc TRUE 0.924 10.000 0.235 1.000 N NA
 3749638 3749639 CMM_0724 CMM_0725 wcnA   FALSE 0.129 92.000 0.000 1.000   NA
 3749639 3749640 CMM_0725 CMM_0726     FALSE 0.021 201.000 0.000 NA   NA
 3749640 3749641 CMM_0726 CMM_0727     FALSE 0.014 251.000 0.000 NA   NA
 3749641 3749642 CMM_0727 CMM_0728   purL TRUE 0.803 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3749642 3749643 CMM_0728 CMM_0729 purL purQ TRUE 0.994 -3.000 0.346 0.001 Y NA
 3749643 3749644 CMM_0729 CMM_0730 purQ purS TRUE 0.997 0.000 0.656 0.001 Y NA
 3749644 3749645 CMM_0730 CMM_0731 purS   FALSE 0.105 121.000 0.000 1.000   NA
 3749650 3749651 CMM_0736 CMM_0737 furA katA TRUE 0.803 79.000 0.143 1.000 Y NA
 3749652 3749653 CMM_0738 CMM_0739     FALSE 0.006 464.000 0.000 NA   NA
 3749653 3749654 CMM_0739 CMM_0740     TRUE 0.636 15.000 0.000 0.018   NA
 3749655 3749656 CMM_0741 CMM_0742     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749656 3749657 CMM_0742 CMM_0743     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749660 3749661 CMM_0746 CMM_0747 prkA   FALSE 0.270 69.000 0.000 1.000 N NA
 3749661 3749662 CMM_0747 CMM_0748     FALSE 0.384 119.000 0.000 0.006 N NA
 3749664 3749665 CMM_0750 CMM_0751     TRUE 0.947 -3.000 0.189 NA   NA
 3749667 3749668 CMM_0753 CMM_0754 purC purD TRUE 0.953 -3.000 0.021 1.000 Y NA
 3749669 3749670 CMM_0755 CMM_0756     FALSE 0.118 60.000 0.000 NA   NA
 3749675 3749676 CMM_0761 CMM_0762     FALSE 0.096 89.000 0.000 NA   NA
 3749677 3749678 CMM_0763 CMM_0764   ppaF FALSE 0.057 160.000 0.000 1.000   NA
 3749678 3749679 CMM_0764 CMM_0765 ppaF   FALSE 0.115 113.000 0.000 1.000   NA
 3749679 3749680 CMM_0765 CMM_0766     FALSE 0.070 127.000 0.000 NA   NA
 3749681 3749682 CMM_0767 CMM_0768     FALSE 0.253 18.000 0.000 NA   NA
 3749683 3749684 CMM_0769 CMM_0770     FALSE 0.012 1339.000 0.000 1.000 N NA
 3749684 3749685 CMM_0770 CMM_0771     TRUE 0.650 43.000 0.000 1.000 Y NA
 3749685 3749686 CMM_0771 CMM_0772     TRUE 0.611 34.000 0.000 0.018 N NA
 3749686 3749687 CMM_0772 CMM_0773     FALSE 0.128 53.000 0.000 NA   NA
 3749687 3749688 CMM_0773 CMM_0774     FALSE 0.057 139.000 0.000 NA   NA
 3749688 3749689 CMM_0774 CMM_0775     TRUE 0.983 -3.000 0.179 1.000 Y NA
 3749689 3749690 CMM_0775 CMM_0776     FALSE 0.514 54.000 0.049 1.000 N NA
 3749690 3749691 CMM_0776 CMM_0777     FALSE 0.355 60.000 0.013 1.000 N NA
 3749691 3749692 CMM_0777 CMM_0778     TRUE 0.854 -3.000 0.013 1.000 N NA
 3749694 3749695 CMM_0780 CMM_0781     TRUE 0.941 -3.000 0.105 NA N NA
 3749697 3749698 CMM_0783 CMM_0784     FALSE 0.090 101.000 0.000 NA   NA
 3749699 3749700 CMM_0785 CMM_0786   tpiB FALSE 0.305 49.000 0.000 1.000 N NA
 3749700 3749701 CMM_0786 CMM_0787 tpiB rpiB TRUE 0.951 5.000 0.062 1.000 Y NA
 3749701 3749702 CMM_0787 CMM_0788 rpiB dakA TRUE 0.899 50.000 0.300 1.000 Y NA
 3749702 3749703 CMM_0788 CMM_0789 dakA   FALSE 0.251 81.000 0.000 1.000 N NA
 3749703 3749704 CMM_0789 CMM_0790     FALSE 0.173 54.000 0.000 1.000   NA
 3749704 3749705 CMM_0790 CMM_0791     TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3749705 3749706 CMM_0791 CMM_0792     TRUE 0.852 105.000 0.333 NA Y NA
 3749706 3749707 CMM_0792 CMM_0793     FALSE 0.014 256.000 0.000 NA   NA
 3749707 3749708 CMM_0793 CMM_0794     FALSE 0.537 60.000 0.095 1.000   NA
 3749709 3749710 CMM_0795 CMM_0796   trxC FALSE 0.099 86.000 0.000 NA   NA
 3749710 3749711 CMM_0796 CMM_0797 trxC recQ3 FALSE 0.204 113.000 0.000 1.000 N NA
 3749711 3749712 CMM_0797 CMM_0798 recQ3   FALSE 0.011 402.000 0.000 1.000   NA
 3749712 3749713 CMM_0798 CMM_0799   bldKB FALSE 0.069 150.000 0.000 1.000   NA
 3749713 3749714 CMM_0799 CMM_0800 bldKB bldKA TRUE 0.996 4.000 0.857 0.071 Y NA
 3749714 3749715 CMM_0800 CMM_0801 bldKA bldKC TRUE 0.995 -3.000 0.571 0.071 Y NA
 3749715 3749716 CMM_0801 CMM_0802 bldKC bldKD TRUE 0.937 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3749716 3749717 CMM_0802 CMM_0803 bldKD bldKE TRUE 0.886 -3.000 0.000 0.003   NA
 3749717 3749718 CMM_0803 CMM_0804 bldKE pipA TRUE 0.794 -3.000 0.015 1.000   NA
 3749718 3749719 CMM_0804 CMM_0805 pipA pepP1 TRUE 0.864 -3.000 0.000 0.032   NA
 3749719 3749720 CMM_0805 CMM_0806 pepP1   FALSE 0.491 18.000 0.000 1.000 N NA
 3749720 3749721 CMM_0806 CMM_0807     FALSE 0.407 113.000 0.054 1.000 N NA
 3749721 3749722 CMM_0807 CMM_0808     TRUE 0.980 -3.000 0.324 0.036   NA
 3749722 3749723 CMM_0808 CMM_0809     TRUE 0.977 -3.000 0.278 0.036   NA
 3749723 3749724 CMM_0809 CMM_0810   dapX TRUE 0.884 -3.000 0.053 1.000   NA
 3749724 3749725 CMM_0810 CMM_0811 dapX   TRUE 0.901 8.000 0.018 1.000 Y NA
 3749725 3749726 CMM_0811 CMM_0812     FALSE 0.435 27.000 0.000 1.000 N NA
 3749726 3749727 CMM_0812 CMM_0813     FALSE 0.036 266.000 0.000 1.000 N NA
 3749728 3749729 CMM_0814 CMM_0815     TRUE 0.861 -3.000 0.000 0.039   NA
 3749729 3749730 CMM_0815 CMM_0816     FALSE 0.157 73.000 0.000 1.000   NA
 3749733 3749734 CMM_0819 CMM_0820 wcoA wcoB FALSE 0.011 297.000 0.000 NA   NA
 3749734 3749735 CMM_0820 CMM_0821 wcoB wcoC FALSE 0.006 484.000 0.000 NA   NA
 3749735 3749736 CMM_0821 CMM_0822 wcoC wcoD TRUE 0.932 2.000 0.000 NA Y NA
 3749736 3749737 CMM_0822 CMM_0823 wcoD wcoE TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3749737 3749738 CMM_0823 CMM_0824 wcoE wcoF TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3749738 3749739 CMM_0824 CMM_0825 wcoF wcoG FALSE 0.180 50.000 0.000 1.000   NA
 3749739 3749740 CMM_0825 CMM_0826 wcoG wcoH FALSE 0.036 165.000 0.000 NA   NA
 3749740 3749741 CMM_0826 CMM_0827 wcoH wcoI TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749741 3749742 CMM_0827 CMM_0828 wcoI   FALSE 0.005 696.000 0.000 NA   NA
 3749743 3749744 CMM_0829 CMM_0830 wcoK   FALSE 0.022 200.000 0.000 NA   NA
 3749745 3749746 CMM_0831 CMM_0832 wcoM wzx3 FALSE 0.353 172.000 0.273 NA   NA
 3749746 3749747 CMM_0832 CMM_0833 wzx3 wcoN FALSE 0.053 164.000 0.000 1.000   NA
 3749749 3749750 CMM_0835 CMM_0836 wcoP wcoQ TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749753 3749754 CMM_tRNA_0007 CMM_tRNA_0008     FALSE 0.115 70.000 0.000 NA   NA
 3749754 3749755 CMM_tRNA_0008 CMM_tRNA_0009     FALSE 0.238 22.000 0.000 NA   NA
 3749756 3749757 CMM_0839 CMM_0840     FALSE 0.472 14.000 0.000 NA N NA
 3749759 3749760 CMM_0842 CMM_0843   hptA TRUE 0.971 2.000 0.137 0.040 N NA
 3749760 3749761 CMM_0843 CMM_0844 hptA ftsH FALSE 0.433 158.000 0.180 1.000 N NA
 3749761 3749762 CMM_0844 CMM_0845 ftsH folE TRUE 0.751 5.000 0.006 1.000 N NA
 3749762 3749763 CMM_0845 CMM_0846 folE folP TRUE 0.955 -3.000 0.023 1.000 Y NA
 3749763 3749764 CMM_0846 CMM_0847 folP   FALSE 0.469 5.000 0.000 NA   NA
 3749764 3749765 CMM_0847 CMM_0848   folBK FALSE 0.544 -6.000 0.000 NA   NA
 3749765 3749766 CMM_0848 CMM_0849 folBK   TRUE 0.905 -3.000 0.081 NA   NA
 3749766 3749767 CMM_0849 CMM_0850     TRUE 0.620 50.000 0.163 NA   NA
 3749767 3749768 CMM_0850 CMM_0851     TRUE 0.980 -3.000 0.577 NA   NA
 3749768 3749769 CMM_0851 CMM_0852     TRUE 0.883 -3.000 0.062 NA   NA
 3749769 3749770 CMM_0852 CMM_0853   panC FALSE 0.500 43.000 0.067 NA   NA
 3749770 3749771 CMM_0853 CMM_0854 panC lysS FALSE 0.252 112.000 0.009 1.000 N NA
 3749771 3749772 CMM_0854 CMM_0855 lysS   FALSE 0.417 7.000 0.000 NA   NA
 3749772 3749773 CMM_0855 CMM_0856     FALSE 0.238 22.000 0.000 NA   NA
 3749773 3749774 CMM_0856 CMM_0857   clpC FALSE 0.038 163.000 0.000 NA   NA
 3749774 3749775 CMM_0857 CMM_0858 clpC galE2 FALSE 0.094 167.000 0.000 1.000 N NA
 3749775 3749776 CMM_0858 CMM_0859 galE2   TRUE 0.803 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3749776 3749777 CMM_0859 CMM_0860   rplJ FALSE 0.029 302.000 0.000 1.000 N NA
 3749777 3749778 CMM_0860 CMM_0861 rplJ rplL TRUE 0.974 76.000 0.884 0.019 Y NA
 3749780 3749781 CMM_0863 CMM_0864     TRUE 0.630 82.000 0.145 1.000 N NA
 3749783 3749784 CMM_0866 CMM_0867     TRUE 0.919 137.000 0.670 0.070 Y NA
 3749784 3749785 CMM_0867 CMM_0868     TRUE 0.996 -3.000 0.693 0.070 Y NA
 3749785 3749786 CMM_0868 CMM_0869     FALSE 0.305 123.000 0.000 0.081 N NA
 3749787 3749788 CMM_0870 CMM_0871     TRUE 0.914 3.000 0.111 NA   NA
 3749789 3749790 CMM_0872 CMM_0873 cysB metB TRUE 0.875 48.000 0.087 0.015 Y NA
 3749792 3749793 CMM_0875 CMM_0876   araB FALSE 0.075 180.000 0.000 1.000 N NA
 3749793 3749794 CMM_0876 CMM_0877 araB araD TRUE 0.967 -3.000 0.217 1.000 N NA
 3749794 3749795 CMM_0877 CMM_0878 araD araA TRUE 0.979 -3.000 0.138 1.000 Y NA
 3749795 3749796 CMM_0878 CMM_0879 araA   TRUE 0.659 77.000 0.034 NA Y NA
 3749796 3749797 CMM_0879 CMM_0880     FALSE 0.517 178.000 0.176 NA Y NA
 3749797 3749798 CMM_0880 CMM_0881     TRUE 0.992 6.000 0.800 1.000 Y NA
 3749800 3749801 CMM_0883 CMM_0884 bglJ   TRUE 0.803 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3749802 3749803 CMM_0885 CMM_0886     FALSE 0.073 125.000 0.000 NA   NA
 3749803 3749804 CMM_0886 CMM_0887     FALSE 0.068 129.000 0.000 NA   NA
 3749805 3749806 CMM_0888 CMM_0889     FALSE 0.164 132.000 0.000 1.000 N NA
 3749806 3749807 CMM_0889 CMM_0890     FALSE 0.158 41.000 0.000 NA   NA
 3749808 3749809 CMM_0891 CMM_0892 strB   TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749809 3749810 CMM_0892 CMM_tRNA_0010     FALSE 0.012 285.000 0.000 NA   NA
 3749810 3749811 CMM_tRNA_0010 CMM_0893     FALSE 0.141 46.000 0.000 NA   NA
 3749811 3749812 CMM_0893 CMM_0894     FALSE 0.014 334.000 0.000 1.000   NA
 3749813 3749814 CMM_SRP_bact CMM_0895   ptaA FALSE 0.141 46.000 0.000 NA   NA
 3749814 3749815 CMM_0895 CMM_0896 ptaA ackA TRUE 0.639 66.000 0.185 1.000   NA
 3749815 3749816 CMM_0896 CMM_0897 ackA   FALSE 0.016 288.000 0.000 1.000   NA
 3749816 3749817 CMM_0897 CMM_0898     FALSE 0.035 168.000 0.000 NA   NA
 3749817 3749818 CMM_0898 CMM_0899     TRUE 0.981 -3.000 0.600 NA   NA
 3749818 3749819 CMM_0899 CMM_0900     FALSE 0.191 46.000 0.000 1.000   NA
 3749819 3749820 CMM_0900 CMM_0901   recR TRUE 0.953 7.000 0.028 0.008 Y NA
 3749820 3749821 CMM_0901 CMM_0902 recR lysC FALSE 0.264 110.000 0.010 1.000 N NA
 3749821 3749822 CMM_0902 CMM_0903 lysC asdA TRUE 0.824 50.000 0.119 1.000 Y NA
 3749822 3749823 CMM_0903 CMM_0904 asdA mqoA FALSE 0.152 88.000 0.003 1.000   NA
 3749823 3749824 CMM_0904 CMM_0905 mqoA   FALSE 0.200 70.000 0.006 1.000   NA
 3749824 3749825 CMM_0905 CMM_0906     FALSE 0.269 71.000 0.000 1.000 N NA
 3749825 3749826 CMM_0906 CMM_0907   tdkA TRUE 0.813 1.000 0.000 1.000 N NA
 3749826 3749827 CMM_0907 CMM_0908 tdkA   FALSE 0.025 356.000 0.000 1.000 N NA
 3749827 3749828 CMM_0908 CMM_0909     FALSE 0.009 339.000 0.000 NA   NA
 3749828 3749829 CMM_0909 CMM_0910     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749829 3749830 CMM_0910 CMM_0911     FALSE 0.097 88.000 0.000 NA   NA
 3749830 3749831 CMM_0911 CMM_0912     FALSE 0.013 273.000 0.000 NA   NA
 3749833 3749834 CMM_0914 CMM_0915   pbpC FALSE 0.224 93.000 0.000 1.000 N NA
 3749834 3749835 CMM_0915 CMM_0916 pbpC   FALSE 0.134 146.000 0.000 1.000 N NA
 3749835 3749836 CMM_0916 CMM_0917     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749837 3749838 CMM_tRNA_0011 CMM_0918     FALSE 0.116 64.000 0.000 NA   NA
 3749838 3749839 CMM_0918 CMM_0919   pbpD TRUE 0.710 0.000 0.000 1.000   NA
 3749840 3749841 CMM_0920 CMM_0921     TRUE 0.927 0.000 0.094 NA   NA
 3749843 3749844 CMM_0923 CMM_0924     TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3749844 3749845 CMM_0924 CMM_0925     FALSE 0.071 126.000 0.000 NA   NA
 3749845 3749846 CMM_0925 CMM_0925A     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749846 3749847 CMM_0925A CMM_0926     FALSE 0.534 -10.000 0.000 NA   NA
 3749847 3749848 CMM_0926 CMM_0927   topA FALSE 0.009 342.000 0.000 NA   NA
 3749848 3749849 CMM_0927 CMM_0928 topA tmkA TRUE 0.863 -3.000 0.015 1.000 N NA
 3749849 3749850 CMM_0928 CMM_0929 tmkA holB TRUE 0.901 -3.000 0.037 1.000 N NA
 3749850 3749851 CMM_0929 CMM_0930 holB   TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749851 3749852 CMM_0930 CMM_tRNA_0012     FALSE 0.075 121.000 0.000 NA   NA
 3749852 3749853 CMM_tRNA_0012 CMM_0931   pbpE FALSE 0.012 282.000 0.000 NA   NA
 3749853 3749854 CMM_0931 CMM_0932 pbpE pncA FALSE 0.271 65.000 0.000 1.000 N NA
 3749854 3749855 CMM_0932 CMM_0933 pncA gabD FALSE 0.407 78.000 0.000 0.076 N NA
 3749855 3749856 CMM_0933 CMM_0934 gabD   TRUE 0.829 0.000 0.000 1.000 N NA
 3749856 3749857 CMM_0934 CMM_0935     FALSE 0.115 67.000 0.000 NA   NA
 3749857 3749858 CMM_0935 CMM_0936     FALSE 0.063 134.000 0.000 NA   NA
 3749860 3749861 CMM_0938 CMM_0939     TRUE 0.989 -3.000 0.313 1.000 Y NA
 3749861 3749862 CMM_0939 CMM_0940     TRUE 0.978 -3.000 0.255 0.007   NA
 3749864 3749865 CMM_0942 CMM_0943     FALSE 0.440 6.000 0.000 NA   NA
 3749865 3749866 CMM_0943 CMM_0944     FALSE 0.017 227.000 0.000 NA   NA
 3749866 3749867 CMM_0944 CMM_0945     TRUE 0.994 4.000 0.660 0.070 Y NA
 3749867 3749868 CMM_0945 CMM_0946     TRUE 0.968 12.000 0.240 0.070 Y NA
 3749868 3749869 CMM_0946 CMM_0947     TRUE 0.887 33.000 0.143 1.000 Y NA
 3749869 3749870 CMM_0947 CMM_0948     FALSE 0.213 109.000 0.000 1.000 N NA
 3749871 3749872 CMM_0949 CMM_0950     TRUE 0.629 0.000 0.000 NA   NA
 3749874 3749875 CMM_0952 CMM_0953     FALSE 0.390 106.000 0.015 0.018   NA
 3749877 3749878 CMM_0955 CMM_0956     TRUE 0.994 0.000 0.353 0.069 Y NA
 3749878 3749879 CMM_0956 CMM_0957     TRUE 0.960 -10.000 0.137 0.069 N NA
 3749879 3749880 CMM_0957 CMM_0958     TRUE 0.976 -3.000 0.095 1.000 Y NA
 3749880 3749881 CMM_0958 CMM_0959     TRUE 0.963 -3.000 0.000 0.029 Y NA
 3749881 3749882 CMM_0959 CMM_0960   ribH FALSE 0.219 102.000 0.000 1.000 N NA
 3749882 3749883 CMM_0960 CMM_0961 ribH ribAB TRUE 0.972 -3.000 0.011 0.002 Y NA
 3749883 3749884 CMM_0961 CMM_0962 ribAB ribC TRUE 0.951 -3.000 0.016 1.000 Y NA
 3749884 3749885 CMM_0962 CMM_0963 ribC ribD TRUE 0.993 0.000 0.456 1.000 Y NA
 3749885 3749886 CMM_0963 RFN ribD   FALSE 0.114 72.000 0.000 NA   NA
 3749886 3749887 RFN CMM_0964     FALSE 0.115 65.000 0.000 NA   NA
 3749887 3749888 CMM_0964 CMM_0965   trpS TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3749888 3749889 CMM_0965 CMM_0966 trpS xthA FALSE 0.378 83.000 0.026 1.000 N NA
 3749889 3749890 CMM_0966 CMM_0967 xthA   FALSE 0.409 11.000 0.000 1.000   NA
 3749892 3749893 CMM_0969 CMM_0970 sdhB sdhA TRUE 0.963 58.000 0.604 0.002 Y NA
 3749893 3749894 CMM_0970 CMM_0971 sdhA sdhD TRUE 0.982 33.000 0.705 0.002 Y NA
 3749894 3749895 CMM_0971 CMM_0972 sdhD sdhC TRUE 0.988 3.000 0.157 0.001 Y NA
 3749895 3749896 CMM_0972 CMM_0973 sdhC   FALSE 0.142 141.000 0.000 1.000 N NA
 3749897 3749898 CMM_0974 CMM_0975 manC   FALSE 0.155 75.000 0.000 1.000   NA
 3749898 3749899 CMM_0975 CMM_0976     FALSE 0.233 151.000 0.000 0.001   NA
 3749899 3749900 CMM_0976 CMM_0977     TRUE 0.837 82.000 0.647 1.000   NA
 3749900 3749901 CMM_0977 CMM_0978     TRUE 0.913 -3.000 0.078 1.000   NA
 3749901 3749902 CMM_0978 CMM_0979     TRUE 0.943 -3.000 0.078 0.086   NA
 3749902 3749903 CMM_0979 CMM_0980   cddA TRUE 0.929 6.000 0.230 1.000   NA
 3749903 3749904 CMM_0980 CMM_0981 cddA deoA TRUE 0.985 -3.000 0.221 1.000 Y NA
 3749906 3749907 CMM_0983 CMM_0984 addA   FALSE 0.350 69.000 0.013 1.000 N NA
 3749907 3749908 CMM_0984 CMM_0985     TRUE 0.990 -3.000 0.182 0.003 Y NA
 3749909 3749910 CMM_0986 CMM_0987     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749910 3749911 CMM_0987 CMM_0988   manB FALSE 0.235 88.000 0.000 1.000 N NA
 3749911 3749912 CMM_0988 CMM_0989 manB punA TRUE 0.969 -3.000 0.235 1.000 N NA
 3749917 3749918 CMM_0994 CMM_0995     FALSE 0.186 100.000 0.000 NA N NA
 3749918 3749919 CMM_0995 CMM_0996     TRUE 0.983 -10.000 0.273 NA Y NA
 3749919 3749920 CMM_0996 CMM_0997     TRUE 0.974 -3.000 0.429 NA   NA
 3749921 3749922 CMM_0998 CMM_0999   accD TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749923 3749924 CMM_1000 CMM_1001     FALSE 0.505 4.000 0.000 NA   NA
 3749926 3749927 CMM_1003 CMM_1004 purK purE TRUE 0.899 55.000 0.141 0.001 Y NA
 3749927 3749928 CMM_1004 CMM_1005 purE   TRUE 0.807 -3.000 0.007 NA N NA
 3749929 3749930 CMM_1006 CMM_1007 wcqB wzt TRUE 0.626 47.000 0.000 1.000 Y NA
 3749930 3749931 CMM_1007 CMM_1008 wzt wzm TRUE 0.991 -16.000 0.548 1.000 Y NA
 3749931 3749932 CMM_1008 CMM_1009 wzm rmlD FALSE 0.511 95.000 0.000 1.000 Y NA
 3749932 3749933 CMM_1009 CMM_1010 rmlD rmlB TRUE 0.985 -3.000 0.083 0.007 Y NA
 3749934 3749935 CMM_1011 CMM_1012 wcqC rmlC FALSE 0.288 26.000 0.000 1.000   NA
 3749935 3749936 CMM_1012 CMM_1013 rmlC rmlA TRUE 0.978 4.000 0.200 1.000 Y NA
 3749937 3749938 CMM_1014 CMM_1015 wcqD wcqE TRUE 0.955 -3.000 0.030 NA Y NA
 3749938 3749939 CMM_1015 CMM_1016 wcqE wcqF TRUE 0.930 -3.000 0.000 NA Y NA
 3749940 3749941 CMM_1017 CMM_1018 wcqG wcqH TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749941 3749942 CMM_1018 CMM_1019 wcqH wcqI FALSE 0.098 192.000 0.053 NA   NA
 3749942 3749943 CMM_1019 CMM_1020 wcqI glfA FALSE 0.193 68.000 0.012 NA   NA
 3749943 3749944 CMM_1020 CMM_1021 glfA wcqJ TRUE 0.932 0.000 0.105 NA   NA
 3749944 3749945 CMM_1021 CMM_1022 wcqJ wcqK FALSE 0.053 145.000 0.000 NA   NA
 3749945 3749946 CMM_1022 CMM_1023 wcqK wcqL FALSE 0.040 160.000 0.000 NA   NA
 3749947 3749948 CMM_1024 CMM_1025 wcqM wzy4 TRUE 0.946 49.000 0.667 NA Y NA
 3749948 3749949 CMM_1025 CMM_1026 wzy4 gcdH TRUE 0.796 0.000 0.000 NA N NA
 3749950 3749951 CMM_1027 CMM_1028 manA galE1 FALSE 0.243 35.000 0.000 1.000   NA
 3749951 3749952 CMM_1028 CMM_1029 galE1 whiB1 FALSE 0.069 150.000 0.000 1.000   NA
 3749952 3749953 CMM_1029 CMM_1030 whiB1 wcqR FALSE 0.474 94.000 0.125 NA   NA
 3749953 3749954 CMM_1030 CMM_1031 wcqR   TRUE 0.971 5.000 0.606 NA   NA
 3749956 3749957 CMM_1033 CMM_1034   manB TRUE 0.973 3.000 0.460 NA   NA
 3749957 3749958 CMM_1034 CMM_1035 manB   FALSE 0.095 90.000 0.000 NA   NA
 3749958 3749959 CMM_1035 CMM_1036   copP FALSE 0.147 44.000 0.000 NA   NA
 3749959 3749960 CMM_1036 CMM_1037 copP copA TRUE 0.968 2.000 0.000 0.002 Y NA
 3749960 3749961 CMM_1037 CMM_1038 copA ahcY FALSE 0.272 63.000 0.000 1.000 N NA
 3749964 3749965 CMM_1041 CMM_1042 bglK   TRUE 0.890 54.000 0.286 1.000 Y NA
 3749967 3749968 CMM_1044 CMM_1045     TRUE 0.937 15.000 0.648 NA   NA
 3749968 3749969 CMM_1045 CMM_1046     TRUE 0.965 -3.000 0.302 NA   NA
 3749969 3749970 CMM_1046 CMM_1047     TRUE 0.989 -3.000 0.841 NA   NA
 3749970 3749971 CMM_1047 CMM_1048     TRUE 0.982 -3.000 0.628 NA   NA
 3749972 3749973 CMM_1049 CMM_1050     TRUE 0.993 5.000 0.772 1.000 Y NA
 3749973 3749974 CMM_1050 CMM_1051     TRUE 0.967 -16.000 0.418 NA   NA
 3749974 3749975 CMM_1051 CMM_1052     TRUE 0.583 71.000 0.163 NA   NA
 3749975 3749976 CMM_1052 CMM_1053     FALSE 0.222 155.000 0.072 NA   NA
 3749976 3749977 CMM_1053 CMM_1054   secA FALSE 0.186 200.000 0.094 NA N NA
 3749979 3749980 CMM_1056 CMM_1057     FALSE 0.115 70.000 0.000 NA   NA
 3749980 3749981 CMM_1057 CMM_1058     FALSE 0.005 702.000 0.000 NA   NA
 3749981 3749982 CMM_1058 CMM_1059     TRUE 0.611 10.000 0.000 1.000 N NA
 3749986 3749987 CMM_tRNA_0013 CMM_1063     FALSE 0.013 273.000 0.000 NA   NA
 3749987 3749988 CMM_1063 CMM_1064     FALSE 0.073 125.000 0.000 NA   NA
 3749988 3749989 CMM_1064 CMM_1065     FALSE 0.050 148.000 0.000 NA   NA
 3749989 3749990 CMM_1065 CMM_1066     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3749993 3749994 CMM_1069 CMM_1070     TRUE 0.966 -3.000 0.208 1.000 N NA
 3749995 3749996 CMM_1071 CMM_1072     FALSE 0.089 105.000 0.000 NA   NA
 3750000 3750001 CMM_1076 CMM_1077   arsB FALSE 0.020 415.000 0.000 1.000 N NA
 3750001 3750002 CMM_1077 CMM_1078 arsB   FALSE 0.245 83.000 0.000 1.000 N NA
 3750002 3750003 CMM_1078 CMM_1079     FALSE 0.188 47.000 0.000 1.000   NA
 3750003 3750004 CMM_1079 CMM_1080     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750004 3750005 CMM_1080 CMM_1081     FALSE 0.561 3.000 0.000 NA   NA
 3750006 3750007 CMM_1082 CMM_1083     FALSE 0.030 175.000 0.000 NA   NA
 3750008 3750009 CMM_1084 CMM_1085   otsA FALSE 0.508 101.000 0.000 1.000 Y NA
 3750009 3750010 CMM_1085 CMM_1086 otsA otsB TRUE 0.992 6.000 0.471 0.001 Y NA
 3750010 3750011 CMM_1086 CMM_1087 otsB mnhAB FALSE 0.267 74.000 0.000 1.000 N NA
 3750011 3750012 CMM_1087 CMM_1088 mnhAB mnhC TRUE 0.998 -3.000 0.833 0.001 Y NA
 3750012 3750013 CMM_1088 CMM_1089 mnhC mnhD TRUE 0.998 -3.000 0.870 0.001 Y NA
 3750013 3750014 CMM_1089 CMM_1090 mnhD mnhE TRUE 0.996 -3.000 0.913 1.000 Y NA
 3750014 3750015 CMM_1090 CMM_1091 mnhE mnhF TRUE 0.956 -3.000 0.109 0.058   NA
 3750015 3750016 CMM_1091 CMM_1092 mnhF mnhG TRUE 0.929 -3.000 0.106 1.000   NA
 3750016 3750017 CMM_1092 CMM_1093 mnhG ilvD FALSE 0.270 66.000 0.000 1.000 N NA
 3750017 3750018 CMM_1093 CMM_1094 ilvD ilvB TRUE 0.975 -3.000 0.020 0.002 Y NA
 3750018 3750019 CMM_1094 CMM_1095 ilvB ilvH TRUE 0.995 -3.000 0.380 0.001 Y NA
 3750019 3750020 CMM_1095 CMM_1096 ilvH ilvC TRUE 0.605 169.000 0.071 0.002 Y NA
 3750020 3750021 CMM_1096 CMM_1097 ilvC   FALSE 0.063 134.000 0.000 NA   NA
 3750021 3750022 CMM_1097 CMM_1098     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750028 3750029 CMM_1104 CMM_1105 leuB ilvE TRUE 0.941 9.000 0.083 1.000 Y NA
 3750029 3750030 CMM_1105 CMM_1106 ilvE   FALSE 0.344 58.000 0.010 1.000 N NA
 3750030 3750031 CMM_1106 CMM_1107     FALSE 0.561 3.000 0.000 NA   NA
 3750031 3750032 CMM_1107 CMM_1108   gltX FALSE 0.280 14.000 0.000 NA   NA
 3750032 3750033 CMM_1108 CMM_1109 gltX trxB2 TRUE 0.800 -7.000 0.006 1.000 N NA
 3750033 3750034 CMM_1109 CMM_tRNA_0014 trxB2   FALSE 0.089 104.000 0.000 NA   NA
 3750034 3750035 CMM_tRNA_0014 CMM_1110     FALSE 0.013 264.000 0.000 NA   NA
 3750035 3750036 CMM_1110 CMM_1111     FALSE 0.027 181.000 0.000 NA   NA
 3750037 3750038 CMM_1112 CMM_1113     TRUE 0.569 135.000 0.000 0.004 Y NA
 3750038 3750039 CMM_1113 CMM_1114     FALSE 0.158 68.000 0.000 1.000   NA
 3750041 3750042 CMM_1116 yybP-ykoY2     FALSE 0.162 40.000 0.000 NA   NA
 3750042 3750043 yybP-ykoY2 CMM_1117     FALSE 0.111 77.000 0.000 NA   NA
 3750043 3750044 CMM_1117 CMM_1118     FALSE 0.151 43.000 0.000 NA   NA
 3750045 3750046 CMM_tRNA_0015 CMM_1119     FALSE 0.084 112.000 0.000 NA   NA
 3750046 3750047 CMM_1119 CMM_1120   ungA FALSE 0.409 11.000 0.000 1.000   NA
 3750047 3750048 CMM_1120 CMM_1121 ungA   FALSE 0.431 54.000 0.025 1.000 N NA
 3750049 3750050 CMM_1122 CMM_1123   sgaH FALSE 0.004 2348.000 0.000 NA   NA
 3750050 3750051 CMM_1123 CMM_1124 sgaH   TRUE 0.844 53.000 0.250 0.029 N NA
 3750052 3750053 CMM_1125 CMM_1126     FALSE 0.182 125.000 0.000 1.000 N NA
 3750053 3750054 CMM_1126 CMM_1127     FALSE 0.209 111.000 0.000 1.000 N NA
 3750056 3750057 CMM_1129 CMM_PS_16     FALSE 0.561 3.000 0.000 NA   NA
 3750058 3750059 CMM_1130 CMM_1131     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750059 3750060 CMM_1131 CMM_1132     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750060 3750061 CMM_1132 CMM_1133   echA FALSE 0.285 57.000 0.000 1.000 N NA
 3750061 3750062 CMM_1133 CMM_1134 echA   FALSE 0.460 69.000 0.040 1.000 N NA
 3750062 3750063 CMM_1134 CMM_1135     FALSE 0.123 106.000 0.000 1.000   NA
 3750063 3750064 CMM_1135 CMM_1136     FALSE 0.091 95.000 0.000 NA   NA
 3750064 3750065 CMM_1136 CMM_1137     FALSE 0.432 85.000 0.083 NA   NA
 3750065 3750066 CMM_1137 CMM_1138     FALSE 0.096 89.000 0.000 NA   NA
 3750066 3750067 CMM_1138 CMM_1139     FALSE 0.068 129.000 0.000 NA   NA
 3750068 3750069 CMM_tRNA_0016 CMM_1140     FALSE 0.006 527.000 0.000 NA   NA
 3750069 3750070 CMM_1140 CMM_1141     FALSE 0.119 111.000 0.000 1.000   NA
 3750071 3750072 CMM_1142 CMM_1143     TRUE 0.969 -3.000 0.000 0.001 Y NA
 3750072 3750073 CMM_1143 CMM_1144     TRUE 0.803 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3750073 3750074 CMM_1144 CMM_1145     TRUE 0.698 35.000 0.000 1.000 Y NA
 3750074 3750075 CMM_1145 CMM_1146     TRUE 0.967 26.000 1.000 1.000 N NA
 3750076 3750077 CMM_1147 CMM_1148     FALSE 0.225 76.000 0.000 NA N NA
 3750079 3750080 CMM_1150 CMM_1151 argS   FALSE 0.090 112.000 0.002 NA   NA
 3750080 3750081 CMM_1151 CMM_1152   lysA FALSE 0.043 157.000 0.000 NA   NA
 3750081 3750082 CMM_1152 CMM_1153 lysA thrA TRUE 0.971 -3.000 0.071 1.000 Y NA
 3750082 3750083 CMM_1153 CMM_1154 thrA thrC TRUE 0.986 0.000 0.194 1.000 Y NA
 3750083 3750084 CMM_1154 CMM_1155 thrC thrB TRUE 0.953 12.000 0.221 1.000 Y NA
 3750084 3750085 CMM_1155 CMM_1156 thrB   FALSE 0.030 297.000 0.000 1.000 N NA
 3750085 3750086 CMM_1156 CMM_1157   prfA TRUE 0.780 6.000 0.017 1.000 N NA
 3750086 3750087 CMM_1157 CMM_1158 prfA   TRUE 0.870 25.000 0.069 1.000 Y NA
 3750089 3750090 CMM_1160 CMM_1161   rfeA TRUE 0.967 -3.000 0.248 NA N NA
 3750090 3750091 CMM_1161 CMM_1162 rfeA   TRUE 0.807 -3.000 0.026 NA   NA
 3750091 3750092 CMM_1162 CMM_1163   atpB FALSE 0.056 155.000 0.004 NA   NA
 3750092 3750093 CMM_1163 CMM_1164 atpB atpE TRUE 0.863 47.000 0.062 0.003 Y NA
 3750093 3750094 CMM_1164 CMM_1165 atpE atpF TRUE 0.941 12.000 0.056 0.003 Y NA
 3750094 3750095 CMM_1165 CMM_1166 atpF atpH TRUE 0.986 0.000 0.067 0.003 Y NA
 3750095 3750096 CMM_1166 CMM_1167 atpH atpA TRUE 0.978 56.000 0.864 0.003 Y NA
 3750096 3750097 CMM_1167 CMM_1168 atpA atpG TRUE 0.979 50.000 0.846 0.003 Y NA
 3750097 3750098 CMM_1168 CMM_1169 atpG atpD TRUE 0.981 36.000 0.724 0.003 Y NA
 3750098 3750099 CMM_1169 CMM_1170 atpD atpC TRUE 0.998 2.000 0.837 0.003 Y NA
 3750099 3750100 CMM_1170 CMM_1171 atpC   FALSE 0.076 120.000 0.000 NA   NA
 3750101 3750102 CMM_1172 CMM_1173 tag ogtB TRUE 0.945 -3.000 0.008 1.000 Y NA
 3750102 3750103 CMM_1173 CMM_1174 ogtB   FALSE 0.037 263.000 0.000 1.000 N NA
 3750104 3750105 CMM_1175 CMM_1176     TRUE 0.984 -3.000 0.667 NA   NA
 3750107 3750108 CMM_1178 CMM_1179 dapE   TRUE 0.666 -18.000 0.011 NA   NA
 3750108 3750109 CMM_1179 CMM_1180     FALSE 0.139 148.000 0.028 NA   NA
 3750114 3750115 CMM_1185 CMM_1186     TRUE 0.965 -10.000 0.389 NA   NA
 3750115 3750116 CMM_1186 CMM_1187     TRUE 0.842 -16.000 0.056 NA   NA
 3750118 3750119 CMM_1189 CMM_1190 pepP2   FALSE 0.134 49.000 0.000 NA   NA
 3750123 3750124 CMM_1194 CMM_1195     TRUE 0.739 10.000 0.060 NA   NA
 3750125 3750126 CMM_1196 CMM_1197 uvrD1 uvrD2 TRUE 0.995 -3.000 0.493 0.003 Y NA
 3750128 3750129 CMM_1199 CMM_1200   uvrD3 TRUE 0.899 11.000 0.044 1.000 Y NA
 3750130 3750131 CMM_1201 CMM_1202     FALSE 0.054 143.000 0.000 NA   NA
 3750132 3750133 CMM_1203 CMM_1204     FALSE 0.235 141.000 0.053 1.000   NA
 3750133 3750134 CMM_1204 CMM_tRNA_0017     FALSE 0.042 158.000 0.000 NA   NA
 3750135 3750136 CMM_1205 CMM_1206     FALSE 0.077 119.000 0.000 NA   NA
 3750136 3750137 CMM_1206 CMM_1207     TRUE 0.938 -3.000 0.160 NA   NA
 3750137 3750138 CMM_1207 CMM_1208   lipA FALSE 0.143 129.000 0.000 NA N NA
 3750138 3750139 CMM_1208 CMM_1209 lipA lipB TRUE 0.994 -3.000 0.319 0.001 Y NA
 3750140 3750141 CMM_1210 CMM_1211     FALSE 0.046 154.000 0.000 NA   NA
 3750141 3750142 CMM_1211 CMM_1212     FALSE 0.219 26.000 0.000 NA   NA
 3750142 3750143 CMM_1212 CMM_1213     FALSE 0.130 51.000 0.000 NA   NA
 3750146 3750147 CMM_1216 CMM_1217     TRUE 0.803 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3750150 3750151 CMM_1220 CMM_1221     FALSE 0.054 143.000 0.000 NA   NA
 3750152 3750153 CMM_1222 CMM_1223     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750155 3750156 CMM_1225 CMM_1226     FALSE 0.092 93.000 0.000 NA   NA
 3750156 3750157 CMM_1226 CMM_1227     FALSE 0.106 80.000 0.000 NA   NA
 3750159 3750160 CMM_1229 CMM_1230     FALSE 0.057 139.000 0.000 NA   NA
 3750160 3750161 CMM_1230 CMM_1231     FALSE 0.045 155.000 0.000 NA   NA
 3750161 3750162 CMM_1231 CMM_1232     TRUE 0.955 -3.000 0.222 NA   NA
 3750162 3750163 CMM_1232 CMM_1233     FALSE 0.117 62.000 0.000 NA   NA
 3750166 3750167 CMM_1236 CMM_1237     FALSE 0.115 67.000 0.000 NA   NA
 3750169 3750170 CMM_1239 CMM_1240     TRUE 0.991 -3.000 0.400 1.000 Y NA
 3750170 3750171 CMM_1240 CMM_1241     TRUE 0.971 4.000 0.375 1.000 N NA
 3750171 3750172 CMM_1241 CMM_1242     TRUE 0.964 -3.000 0.000 0.018 Y NA
 3750172 3750173 CMM_1242 CMM_1243     FALSE 0.024 301.000 0.000 NA N NA
 3750173 3750174 CMM_1243 CMM_1244     FALSE 0.425 124.000 0.000 NA Y NA
 3750174 3750175 CMM_1244 CMM_1245     TRUE 0.937 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3750175 3750176 CMM_1245 CMM_1246     FALSE 0.075 121.000 0.000 NA   NA
 3750177 3750178 CMM_1247 CMM_1248 sipX   FALSE 0.213 27.000 0.000 NA   NA
 3750178 3750179 CMM_1248 CMM_1249     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750179 3750180 CMM_1249 CMM_1250     FALSE 0.091 97.000 0.000 NA   NA
 3750181 3750182 CMM_1251 CMM_1252     FALSE 0.256 137.000 0.000 0.083 N NA
 3750182 3750183 CMM_1252 CMM_1253     FALSE 0.169 130.000 0.000 1.000 N NA
 3750183 3750184 CMM_1253 CMM_1254     FALSE 0.124 56.000 0.000 NA   NA
 3750185 3750186 CMM_1255 CMM_1256     FALSE 0.041 318.000 0.000 0.055   NA
 3750186 3750187 CMM_1256 CMM_1257     FALSE 0.132 50.000 0.000 NA   NA
 3750189 3750190 CMM_1259 CMM_1260     FALSE 0.463 120.000 0.000 1.000 Y NA
 3750190 3750191 CMM_1260 CMM_1261     TRUE 0.997 3.000 0.818 0.066 Y NA
 3750191 3750192 CMM_1261 CMM_1262     TRUE 0.997 3.000 0.857 0.066 Y NA
 3750192 3750193 CMM_1262 CMM_1263     FALSE 0.504 178.000 0.143 1.000 Y NA
 3750194 3750195 CMM_1264 CMM_1265     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750196 3750197 CMM_1266 CMM_1267     FALSE 0.194 32.000 0.000 NA   NA
 3750197 3750198 CMM_1267 CMM_1268     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750198 3750199 CMM_1268 CMM_1269     FALSE 0.081 114.000 0.000 NA   NA
 3750199 3750200 CMM_1269 CMM_1270   clpS TRUE 0.989 -3.000 0.823 NA   NA
 3750200 3750201 CMM_1270 CMM_1271 clpS   FALSE 0.096 89.000 0.000 NA   NA
 3750201 3750202 CMM_1271 CMM_1272     TRUE 0.964 -3.000 0.000 0.018 Y NA
 3750202 3750203 CMM_1272 CMM_1273     FALSE 0.091 96.000 0.000 NA   NA
 3750203 3750204 CMM_1273 CMM_1274     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750204 3750205 CMM_1274 CMM_1275     FALSE 0.167 131.000 0.000 1.000 N NA
 3750206 3750207 CMM_1276 CMM_1277     FALSE 0.013 264.000 0.000 NA   NA
 3750207 3750208 CMM_1277 CMM_1278     FALSE 0.017 225.000 0.000 NA   NA
 3750208 3750209 CMM_1278 CMM_1279     FALSE 0.170 151.000 0.020 NA N NA
 3750209 3750210 CMM_1279 CMM_1280     TRUE 0.776 -3.000 0.020 NA   NA
 3750210 3750211 CMM_1280 CMM_1281     TRUE 0.981 -3.000 0.600 NA   NA
 3750211 3750212 CMM_1281 CMM_1282     FALSE 0.091 98.000 0.000 NA   NA
 3750215 3750216 CMM_1285 CMM_1286     TRUE 0.642 85.000 0.250 NA   NA
 3750216 3750217 CMM_1286 CMM_1287   tagG TRUE 0.993 0.000 0.462 1.000 Y NA
 3750217 3750218 CMM_1287 CMM_1288 tagG   TRUE 0.660 37.000 0.000 NA Y NA
 3750219 3750220 CMM_1289 CMM_1290     TRUE 0.973 -24.000 0.508 NA   NA
 3750220 3750221 CMM_1290 CMM_1291     FALSE 0.423 54.000 0.059 NA   NA
 3750223 3750224 CMM_1293 CMM_1294   murI FALSE 0.165 59.000 0.000 1.000   NA
 3750224 3750225 CMM_1294 CMM_1295 murI rph TRUE 0.816 9.000 0.048 1.000 N NA
 3750225 3750226 CMM_1295 CMM_1296 rph   TRUE 0.910 12.000 0.262 1.000 N NA
 3750226 3750227 CMM_1296 CMM_1297   czcD FALSE 0.228 91.000 0.000 1.000 N NA
 3750228 3750229 CMM_1298 CMM_tRNA_0018     FALSE 0.054 142.000 0.000 NA   NA
 3750230 3750231 CMM_1299 CMM_1300     FALSE 0.269 72.000 0.000 1.000 N NA
 3750231 3750232 CMM_1300 CMM_1301     TRUE 0.994 -3.000 0.667 1.000 Y NA
 3750232 3750233 CMM_1301 CMM_1302     TRUE 0.997 -3.000 0.667 0.003 Y NA
 3750233 3750234 CMM_1302 CMM_1303     TRUE 0.887 51.000 0.758 NA   NA
 3750234 3750235 CMM_1303 CMM_1304     TRUE 0.955 0.000 0.185 NA   NA
 3750235 3750236 CMM_1304 CMM_1305     TRUE 0.909 -25.000 0.125 NA   NA
 3750236 3750237 CMM_1305 CMM_1306     TRUE 0.927 -3.000 0.125 NA   NA
 3750239 3750240 CMM_1308 CMM_1309 prfB ftsE FALSE 0.489 76.000 0.053 1.000 N NA
 3750240 3750241 CMM_1309 CMM_1310 ftsE ftsX TRUE 0.991 -3.000 0.431 1.000 Y NA
 3750241 3750242 CMM_1310 CMM_1311 ftsX smpB FALSE 0.454 67.000 0.038 1.000 N NA
 3750242 3750243 CMM_1311 CMM_rRNA_0001 smpB   FALSE 0.054 142.000 0.000 NA   NA
 3750244 3750245 CMM_1312 CMM_1313     TRUE 0.988 3.000 0.545 0.066 N NA
 3750245 3750246 CMM_1313 CMM_1314     TRUE 0.984 0.000 0.273 0.066 N NA
 3750248 3750249 CMM_1316 CMM_1317     TRUE 0.657 11.000 0.033 1.000   NA
 3750249 3750250 CMM_1317 CMM_1318   aroA TRUE 0.899 -3.000 0.063 1.000   NA
 3750251 3750252 CMM_1319 CMM_1320 sigH rsrA TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750252 3750253 CMM_1320 CMM_1321 rsrA   FALSE 0.176 36.000 0.000 NA   NA
 3750255 3750256 CMM_1323 CMM_1324 guaB3   FALSE 0.246 114.000 0.000 0.072   NA
 3750256 3750257 CMM_1324 CMM_1325     TRUE 0.993 -7.000 1.000 0.044   NA
 3750261 3750262 CMM_1329 CMM_1330     FALSE 0.112 76.000 0.000 NA   NA
 3750263 3750264 CMM_1331 CMM_1332     TRUE 0.953 28.000 1.000 NA   NA
 3750264 3750265 CMM_1332 CMM_1333     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750265 3750266 CMM_1333 CMM_1334     FALSE 0.032 171.000 0.000 NA   NA
 3750266 3750267 CMM_1334 CMM_1335   metX FALSE 0.191 120.000 0.000 1.000 N NA
 3750267 3750268 CMM_1335 CMM_1336 metX metY TRUE 0.915 84.000 0.542 1.000 Y NA
 3750271 3750272 CMM_1339 CMM_1340     TRUE 0.803 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3750272 3750273 CMM_1340 CMM_1341   leuC FALSE 0.258 78.000 0.000 1.000 N NA
 3750273 3750274 CMM_1341 CMM_1342 leuC leuD TRUE 0.995 3.000 0.477 0.001 Y NA
 3750274 3750275 CMM_1342 CMM_1343 leuD murA TRUE 0.633 43.000 0.074 1.000 N NA
 3750275 3750276 CMM_1343 CMM_1344 murA   TRUE 0.637 124.000 0.236 1.000 N NA
 3750276 3750277 CMM_1344 CMM_1345   gpsA TRUE 0.956 8.000 0.380 1.000 N NA
 3750277 3750278 CMM_1345 CMM_1346 gpsA ddlC TRUE 0.934 3.000 0.088 1.000 N NA
 3750278 3750279 CMM_1346 CMM_1347 ddlC   FALSE 0.478 103.000 0.000 NA Y NA
 3750283 3750284 CMM_1351 CMM_1352     TRUE 0.950 26.000 0.867 NA   NA
 3750284 3750285 CMM_1352 CMM_1353     TRUE 0.989 -3.000 0.837 NA   NA
 3750285 3750286 CMM_1353 CMM_1354   recG TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750286 3750287 CMM_1354 CMM_1355 recG coaD FALSE 0.541 27.000 0.015 1.000 N NA
 3750287 3750288 CMM_1355 CMM_1356 coaD   FALSE 0.287 20.000 0.004 NA   NA
 3750288 3750289 CMM_1356 CMM_1357   rpmF TRUE 0.979 3.000 0.599 NA   NA
 3750289 3750290 CMM_1357 CMM_1358 rpmF rnc TRUE 0.570 26.000 0.044 1.000   NA
 3750290 3750291 CMM_1358 CMM_1359 rnc fpgA TRUE 0.868 7.000 0.068 1.000 N NA
 3750293 3750294 CMM_1361 CMM_1362 smcA ftsY TRUE 0.900 21.000 0.165 0.012 N NA
 3750294 3750295 CMM_1362 CMM_1363 ftsY ffhA TRUE 0.796 63.000 0.024 0.001 Y NA
 3750295 3750296 CMM_1363 CMM_1364 ffhA   FALSE 0.053 145.000 0.000 NA   NA
 3750297 3750298 CMM_1365 CMM_1366     FALSE 0.360 14.000 0.000 1.000   NA
 3750299 3750300 CMM_1367 CMM_1368 rpsP   TRUE 0.964 4.000 0.385 1.000   NA
 3750300 3750301 CMM_1368 CMM_1369   rimM TRUE 0.842 32.000 0.324 1.000   NA
 3750301 3750302 CMM_1369 CMM_1370 rimM trmD TRUE 0.995 2.000 0.672 1.000 Y NA
 3750304 3750305 CMM_1372 CMM_1373   rplS FALSE 0.032 171.000 0.000 NA   NA
 3750305 3750306 CMM_1373 CMM_1374 rplS lepB FALSE 0.270 67.000 0.000 1.000 N NA
 3750306 3750307 CMM_1374 CMM_1375 lepB rnhB TRUE 0.829 0.000 0.000 1.000 N NA
 3750307 3750308 CMM_1375 CMM_1376 rnhB   FALSE 0.414 74.000 0.067 NA   NA
 3750308 3750309 CMM_1376 CMM_1377     FALSE 0.163 112.000 0.015 NA   NA
 3750309 3750310 CMM_1377 CMM_1378     TRUE 0.829 0.000 0.000 1.000 N NA
 3750310 3750311 CMM_1378 CMM_1379     FALSE 0.069 195.000 0.003 1.000 N NA
 3750311 3750312 CMM_1379 CMM_1380   xerC FALSE 0.353 174.000 0.037 1.000 Y NA
 3750314 3750315 CMM_1382 CMM_1383   rpsB FALSE 0.044 239.000 0.000 1.000 N NA
 3750315 3750316 CMM_1383 CMM_1384 rpsB tsf TRUE 0.931 110.000 0.748 1.000 Y NA
 3750316 3750317 CMM_1384 CMM_1385 tsf pyrH TRUE 0.616 157.000 0.416 1.000 N NA
 3750317 3750318 CMM_1385 CMM_1386 pyrH frrA TRUE 0.824 114.000 0.626 1.000 N NA
 3750318 3750319 CMM_1386 CMM_1387 frrA cdsA TRUE 0.937 1.000 0.076 1.000 N NA
 3750319 3750320 CMM_1387 CMM_1388 cdsA   TRUE 0.777 11.000 0.090 NA   NA
 3750320 3750321 CMM_1388 CMM_1389     FALSE 0.429 104.000 0.095 NA   NA
 3750321 3750322 CMM_1389 CMM_1390     FALSE 0.115 71.000 0.000 NA   NA
 3750322 3750323 CMM_1390 CMM_1391     FALSE 0.176 36.000 0.000 NA   NA
 3750323 3750324 CMM_1391 CMM_1392     TRUE 0.914 -3.000 0.092 NA   NA
 3750325 3750326 CMM_1393 CMM_1394     TRUE 0.615 30.000 0.077 NA   NA
 3750327 3750328 CMM_1395 CMM_1396     TRUE 0.764 -3.000 0.017 NA   NA
 3750329 3750330 CMM_1397 CMM_1398 glgB   TRUE 0.979 6.000 0.159 0.012 Y NA
 3750332 3750333 CMM_1400 CMM_1401   glgX FALSE 0.061 157.000 0.000 1.000   NA
 3750334 3750335 CMM_1402 CMM_1403 csdA trmU TRUE 0.943 -3.000 0.094 1.000 N NA
 3750335 3750336 CMM_1403 CMM_1404 trmU ligA TRUE 0.688 8.000 0.005 1.000 N NA
 3750336 3750337 CMM_1404 CMM_1405 ligA   FALSE 0.082 113.000 0.000 NA   NA
 3750339 3750340 CMM_1407 CMM_1408 gatC gatA TRUE 0.992 8.000 0.643 0.002 Y NA
 3750340 3750341 CMM_1408 CMM_1409 gatA gatB TRUE 0.996 0.000 0.492 0.002 Y NA
 3750341 3750342 CMM_1409 CMM_1410 gatB   TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3750344 3750345 CMM_1412 CMM_1413     FALSE 0.528 127.000 0.222 NA   NA
 3750346 3750347 CMM_1414 CMM_1415     FALSE 0.091 97.000 0.000 NA   NA
 3750347 3750348 CMM_1415 CMM_1416     FALSE 0.113 74.000 0.000 NA   NA
 3750348 3750349 CMM_1416 CMM_1417     TRUE 0.698 10.000 0.000 0.054   NA
 3750349 3750350 CMM_1417 CMM_1418     FALSE 0.271 98.000 0.000 0.071   NA
 3750350 3750351 CMM_1418 CMM_1419     FALSE 0.327 65.000 0.000 0.071   NA
 3750354 3750355 CMM_1422 CMM_1423     FALSE 0.165 59.000 0.000 1.000   NA
 3750355 3750356 CMM_1423 CMM_1424     TRUE 0.979 -3.000 0.288 0.033   NA
 3750356 3750357 CMM_1424 CMM_1425     FALSE 0.115 65.000 0.000 NA   NA
 3750357 3750358 CMM_1425 CMM_1426     FALSE 0.079 116.000 0.000 NA   NA
 3750358 3750359 CMM_1426 CMM_1427   dinB FALSE 0.102 83.000 0.000 NA   NA
 3750359 3750360 CMM_1427 CMM_1428 dinB   FALSE 0.302 12.000 0.000 NA   NA
 3750361 3750362 CMM_1429 CMM_1430 udgA treZ FALSE 0.089 170.000 0.000 1.000 N NA
 3750362 3750363 CMM_1430 CMM_1431 treZ treY TRUE 0.992 -3.000 0.263 0.012 Y NA
 3750363 3750364 CMM_1431 CMM_1432 treY treX TRUE 0.976 -3.000 0.031 0.012 Y NA
 3750365 3750366 CMM_1433 THI     FALSE 0.066 131.000 0.000 NA   NA
 3750366 3750367 THI CMM_1434     FALSE 0.188 33.000 0.000 NA   NA
 3750367 3750368 CMM_1434 CMM_1435     TRUE 0.963 3.000 0.326 NA   NA
 3750368 3750369 CMM_1435 CMM_1436     TRUE 0.973 -3.000 0.372 1.000   NA
 3750369 3750370 CMM_1436 CMM_1437     TRUE 0.624 -10.000 0.000 1.000   NA
 3750370 3750371 CMM_1437 CMM_1438     FALSE 0.356 10.000 0.000 NA   NA
 3750372 3750373 CMM_1439 CMM_tRNA_0019     FALSE 0.065 132.000 0.000 NA   NA
 3750373 3750374 CMM_tRNA_0019 CMM_1440   ornA FALSE 0.144 45.000 0.000 NA   NA
 3750375 3750376 CMM_1441 CMM_1442     FALSE 0.126 54.000 0.000 NA   NA
 3750376 3750377 CMM_1442 CMM_tRNA_0020     FALSE 0.268 15.000 0.000 NA   NA
 3750377 3750378 CMM_tRNA_0020 CMM_1443   nadE FALSE 0.169 38.000 0.000 NA   NA
 3750379 3750380 CMM_1444 CMM_1445     FALSE 0.104 82.000 0.000 NA   NA
 3750381 3750382 CMM_1446 CMM_1447 msrA   FALSE 0.090 100.000 0.000 NA   NA
 3750382 3750383 CMM_1447 CMM_1448     FALSE 0.115 66.000 0.000 NA   NA
 3750383 3750384 CMM_1448 CMM_1449     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750384 3750385 CMM_1449 CMM_1450     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750385 3750386 CMM_1450 CMM_1451     FALSE 0.154 64.000 0.005 NA   NA
 3750386 3750387 CMM_1451 CMM_1452     TRUE 0.742 5.000 0.031 NA   NA
 3750390 3750391 CMM_1455 CMM_1456 glbO   TRUE 0.929 0.000 0.083 1.000   NA
 3750391 3750392 CMM_1456 CMM_1457   pepN FALSE 0.273 163.000 0.071 1.000 N NA
 3750393 3750394 CMM_1458 CMM_1459   rpiA FALSE 0.535 117.000 0.182 1.000   NA
 3750394 3750395 CMM_1459 CMM_1460 rpiA mutM TRUE 0.960 7.000 0.398 1.000 N NA
 3750396 3750397 CMM_1461 CMM_1462 dpsA   FALSE 0.047 153.000 0.000 NA   NA
 3750397 3750398 CMM_1462 CMM_tRNA_0021     FALSE 0.036 165.000 0.000 NA   NA
 3750399 3750400 CMM_tRNA_0022 CMM_1463   tig FALSE 0.115 66.000 0.000 NA   NA
 3750400 3750401 CMM_1463 CMM_1464 tig clpP1 FALSE 0.211 199.000 0.007 1.000 Y NA
 3750401 3750402 CMM_1464 CMM_1465 clpP1 clpP2 TRUE 0.972 37.000 0.512 0.001 Y NA
 3750407 3750408 CMM_1470 CMM_1471     TRUE 0.992 0.000 1.000 NA   NA
 3750408 3750409 CMM_1471 CMM_1472   valS TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3750409 3750410 CMM_1472 CMM_1473 valS pckA FALSE 0.155 136.000 0.000 1.000 N NA
 3750412 3750413 CMM_1475 CMM_1476     TRUE 0.936 -3.000 0.133 1.000   NA
 3750413 3750414 CMM_1476 CMM_1477     TRUE 0.995 -3.000 0.533 0.065 Y NA
 3750414 3750415 CMM_1477 CMM_1478     TRUE 0.997 -3.000 0.889 0.065 Y NA
 3750416 3750417 CMM_1479 CMM_1480   expA FALSE 0.178 110.000 0.000 NA N NA
 3750417 3750418 CMM_1480 CMM_1481 expA   FALSE 0.111 77.000 0.000 NA   NA
 3750418 3750419 CMM_1481 CMM_1482   ileS FALSE 0.022 247.000 0.000 1.000   NA
 3750419 3750420 CMM_1482 CMM_1483 ileS folC TRUE 0.893 -3.000 0.031 1.000 N NA
 3750420 3750421 CMM_1483 CMM_1484 folC   TRUE 0.937 -3.000 0.156 NA   NA
 3750421 3750422 CMM_1484 CMM_1485   ndkA TRUE 0.600 10.000 0.024 NA   NA
 3750426 3750427 CMM_1489 CMM_1490 rplU rpmA TRUE 0.983 25.000 0.667 0.017 Y NA
 3750427 3750428 CMM_1490 CMM_1491 rpmA obgE TRUE 0.662 120.000 0.335 1.000   NA
 3750428 3750429 CMM_1491 CMM_1492 obgE proB TRUE 0.939 4.000 0.206 1.000   NA
 3750429 3750430 CMM_1492 CMM_1493 proB proA TRUE 0.938 48.000 0.281 0.002 Y NA
 3750430 3750431 CMM_1493 CMM_1494 proA   FALSE 0.101 101.000 0.002 NA   NA
 3750431 3750432 CMM_1494 CMM_1495   nadD FALSE 0.280 18.000 0.002 NA   NA
 3750432 3750433 CMM_1495 CMM_1496 nadD   TRUE 0.621 -3.000 0.002 NA   NA
 3750433 3750434 CMM_1496 CMM_1497     FALSE 0.178 40.000 0.002 NA   NA
 3750434 3750435 CMM_1497 CMM_1498     FALSE 0.213 32.000 0.002 NA   NA
 3750435 3750436 CMM_1498 CMM_tRNA_0023     FALSE 0.090 102.000 0.000 NA   NA
 3750438 3750439 CMM_1500 CMM_1501     FALSE 0.155 42.000 0.000 NA   NA
 3750439 3750440 CMM_1501 CMM_1502     FALSE 0.084 137.000 0.000 1.000   NA
 3750440 3750441 CMM_1502 CMM_1503   fruK TRUE 0.990 -3.000 0.353 1.000 Y NA
 3750441 3750442 CMM_1503 CMM_1504 fruK fruA TRUE 0.929 23.000 0.200 1.000 Y NA
 3750442 3750443 CMM_1504 CMM_1505 fruA fruB TRUE 0.742 56.000 0.000 0.003 Y NA
 3750444 3750445 CMM_1506 CMM_1506A     FALSE 0.104 82.000 0.000 NA   NA
 3750446 3750447 CMM_1507 CMM_1508     TRUE 0.803 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3750449 3750450 CMM_1510 CMM_1511     FALSE 0.115 68.000 0.000 NA   NA
 3750450 3750451 CMM_1511 CMM_1512     FALSE 0.194 32.000 0.000 NA   NA
 3750454 3750455 CMM_1515 CMM_1516     FALSE 0.167 164.000 0.000 0.006   NA
 3750455 3750456 CMM_1516 CMM_1517     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750456 3750457 CMM_1517 CMM_1518   dnaE1 FALSE 0.114 72.000 0.000 NA   NA
 3750458 3750459 CMM_1519 CMM_1520 zwfA1   FALSE 0.214 108.000 0.000 1.000 N NA
 3750459 3750460 CMM_1520 CMM_1521     FALSE 0.231 64.000 0.000 NA N NA
 3750463 3750464 CMM_1524 CMM_1525     FALSE 0.059 137.000 0.000 NA   NA
 3750466 3750467 CMM_1527 CMM_1528     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750468 3750469 CMM_1529 CMM_1530 proV proW TRUE 0.995 -3.000 0.694 1.000 Y NA
 3750469 3750470 CMM_1530 CMM_1531 proW proZ TRUE 0.998 -3.000 0.918 0.064 Y NA
 3750470 3750471 CMM_1531 CMM_1532 proZ proX TRUE 0.971 14.000 0.667 0.064 N NA
 3750471 3750472 CMM_1532 CMM_1533 proX   FALSE 0.090 99.000 0.000 NA   NA
 3750472 3750473 CMM_1533 CMM_1534   chsA TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750473 3750474 CMM_1534 CMM_1535 chsA   TRUE 0.963 0.000 0.213 1.000   NA
 3750474 3750475 CMM_1535 CMM_1536     TRUE 0.936 -3.000 0.133 1.000   NA
 3750476 3750477 CMM_1537 CMM_1538     TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3750480 3750481 CMM_1541 CMM_1542 cydA cydB TRUE 0.998 0.000 0.925 0.032 Y NA
 3750481 3750482 CMM_1542 CMM_1543 cydB cydD TRUE 0.958 8.000 0.151 1.000 Y NA
 3750482 3750483 CMM_1543 CMM_1544 cydD cydC TRUE 0.996 -3.000 0.631 0.006 Y NA
 3750485 3750486 CMM_1546 CMM_1547 trpE2 leuS FALSE 0.225 100.000 0.002 1.000 N NA
 3750486 3750487 CMM_1547 CMM_1548 leuS   FALSE 0.026 397.000 0.008 1.000 N NA
 3750487 3750488 CMM_1548 CMM_1549     TRUE 0.928 -3.000 0.130 NA   NA
 3750488 3750489 CMM_1549 CMM_1550   holA FALSE 0.544 86.000 0.163 NA   NA
 3750490 3750491 CMM_1551 CMM_1552 rpsT   FALSE 0.155 136.000 0.000 1.000 N NA
 3750492 3750493 CMM_1553 CMM_1554     TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3750493 3750494 CMM_1554 CMM_1555   lepA FALSE 0.115 113.000 0.000 1.000   NA
 3750495 3750496 CMM_1556 CMM_1557     FALSE 0.017 227.000 0.000 NA   NA
 3750496 3750497 CMM_1557 CMM_1558     FALSE 0.010 314.000 0.000 NA   NA
 3750501 3750502 CMM_1562 CMM_1563     FALSE 0.324 11.000 0.000 NA   NA
 3750503 3750504 CMM_1564 CMM_1565 hrcA dnaJ2 FALSE 0.522 61.000 0.059 1.000 N NA
 3750504 3750505 CMM_1565 CMM_1566 dnaJ2   TRUE 0.863 3.000 0.058 NA   NA
 3750505 3750506 CMM_1566 CMM_1567     FALSE 0.471 29.000 0.034 NA   NA
 3750506 3750507 CMM_1567 CMM_1568     TRUE 0.871 -13.000 0.032 1.000 N NA
 3750507 3750508 CMM_1568 CMM_1569     TRUE 0.976 -3.000 0.457 NA   NA
 3750508 3750509 CMM_1569 CMM_1570     TRUE 0.900 9.000 0.222 NA   NA
 3750509 3750510 CMM_1570 CMM_1571   era TRUE 0.905 -7.000 0.089 1.000   NA
 3750510 3750511 CMM_1571 CMM_1572 era   FALSE 0.275 112.000 0.000 0.055   NA
 3750511 3750512 CMM_1572 CMM_1573     TRUE 0.980 54.000 1.000 0.017 Y NA
 3750512 3750513 CMM_1573 CMM_1574     FALSE 0.099 86.000 0.000 NA   NA
 3750513 3750514 CMM_1574 CMM_1575     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750514 3750515 CMM_1575 CMM_1576   leuA FALSE 0.066 166.000 0.013 NA   NA
 3750517 3750518 CMM_1578 CMM_1579 recO uppS1 TRUE 0.934 -3.000 0.076 1.000 N NA
 3750518 3750519 CMM_1579 CMM_1580 uppS1   FALSE 0.444 10.000 0.000 1.000   NA
 3750519 3750520 CMM_1580 CMM_1581   glyS FALSE 0.119 111.000 0.000 1.000   NA
 3750522 3750523 CMM_1583 CMM_1584   dusA FALSE 0.033 283.000 0.000 1.000 N NA
 3750523 3750524 CMM_1584 CMM_1585 dusA dgtA TRUE 0.771 5.000 0.011 1.000 N NA
 3750524 3750525 CMM_1585 CMM_1586 dgtA dnaG FALSE 0.387 95.000 0.037 1.000 N NA
 3750525 3750526 CMM_1586 CMM_1587 dnaG   FALSE 0.058 201.000 0.000 1.000 N NA
 3750526 3750527 CMM_1587 CMM_1588     FALSE 0.477 145.000 0.000 0.064 Y NA
 3750527 3750528 CMM_1588 CMM_1589     TRUE 0.994 2.000 0.435 0.064 Y NA
 3750528 3750529 CMM_1589 CMM_1590     TRUE 0.951 -3.000 0.185 1.000   NA
 3750529 3750530 CMM_1590 CMM_1591     FALSE 0.286 114.000 0.000 0.027   NA
 3750530 3750531 CMM_1591 CMM_1592     FALSE 0.492 111.000 0.000 1.000 Y NA
 3750531 3750532 CMM_1592 CMM_1593     FALSE 0.198 88.000 0.000 NA N NA
 3750533 3750534 CMM_1594 CMM_tRNA_0024     FALSE 0.109 78.000 0.000 NA   NA
 3750534 3750535 CMM_tRNA_0024 CMM_1595   defA FALSE 0.109 78.000 0.000 NA   NA
 3750536 3750537 CMM_1596 CMM_1597 wcmE wcmF FALSE 0.279 181.000 0.213 NA   NA
 3750537 3750538 CMM_1597 CMM_tRNA_0025 wcmF   FALSE 0.302 12.000 0.000 NA   NA
 3750538 3750539 CMM_tRNA_0025 CMM_1598   wcmG FALSE 0.014 257.000 0.000 NA   NA
 3750540 3750541 CMM_1599 CMM_1600 fclA gmdA TRUE 0.989 -3.000 0.160 0.006 Y NA
 3750542 3750543 CMM_1601 CMM_1602 wcmH wcmI TRUE 0.900 -3.000 0.066 1.000   NA
 3750543 3750544 CMM_1602 CMM_1603 wcmI wcmJ FALSE 0.089 105.000 0.000 NA   NA
 3750544 3750545 CMM_1603 CMM_1604 wcmJ wcmK TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750545 3750546 CMM_1604 CMM_1605 wcmK wzy1 TRUE 0.973 -3.000 0.400 NA   NA
 3750546 3750547 CMM_1605 CMM_1606 wzy1   TRUE 0.959 -100.000 0.333 NA   NA
 3750547 3750548 CMM_1606 CMM_1607   wcmM TRUE 0.767 -3.000 0.000 NA N NA
 3750548 3750549 CMM_1607 CMM_1608 wcmM wzx1 FALSE 0.243 35.000 0.000 1.000   NA
 3750550 3750551 CMM_1609 CMM_1610 wcmN   FALSE 0.052 146.000 0.000 NA   NA
 3750551 3750552 CMM_1610 CMM_1611   cspA1 FALSE 0.078 118.000 0.000 NA   NA
 3750553 3750554 CMM_1612 CMM_1612A polA2   FALSE 0.094 91.000 0.000 NA   NA
 3750554 3750555 CMM_1612A CMM_1613     FALSE 0.087 108.000 0.000 NA   NA
 3750558 3750559 CMM_1616 CMM_1617 fabF acpP TRUE 0.824 80.000 0.178 1.000 Y NA
 3750559 3750560 CMM_1617 CMM_1618 acpP fabH TRUE 0.938 54.000 0.307 0.002 Y NA
 3750560 3750561 CMM_1618 CMM_1619 fabH fabD TRUE 0.935 31.000 0.294 1.000 Y NA
 3750561 3750562 CMM_1619 CMM_1620 fabD   TRUE 0.774 95.000 0.441 NA N NA
 3750562 3750563 CMM_1620 CMM_1621   aceE TRUE 0.630 17.000 0.028 NA N NA
 3750568 3750569 CMM_1625 CMM_1626     TRUE 0.756 15.000 0.117 NA   NA
 3750569 3750570 CMM_1626 CMM_1627     TRUE 0.995 -3.000 0.729 1.000 Y NA
 3750570 3750571 CMM_1627 CMM_1628     FALSE 0.099 86.000 0.000 NA   NA
 3750571 3750572 CMM_1628 CMM_1629     FALSE 0.128 53.000 0.000 NA   NA
 3750572 3750573 CMM_1629 CMM_1630     TRUE 0.748 92.000 0.468 NA   NA
 3750573 3750574 CMM_1630 CMM_rRNA_0002     FALSE 0.108 79.000 0.000 NA   NA
 3750578 3750579 CMM_1634 CMM_1635 glnA2 glnE FALSE 0.491 59.000 0.046 1.000 N NA
 3750582 3750583 CMM_1638 CMM_1639     FALSE 0.125 55.000 0.000 NA   NA
 3750585 3750586 CMM_1641 CMM_1642 aceF lpdB TRUE 0.904 61.000 0.379 1.000 Y NA
 3750586 3750587 CMM_1642 CMM_1643 lpdB pepA TRUE 0.664 92.000 0.095 0.036 N NA
 3750588 3750589 CMM_1644 CMM_1645     TRUE 0.574 75.000 0.140 1.000   NA
 3750589 3750590 CMM_1645 CMM_1646   sigA FALSE 0.040 250.000 0.000 1.000 N NA
 3750590 3750591 CMM_1646 CMM_1647 sigA murX TRUE 0.814 4.000 0.015 1.000 N NA
 3750591 3750592 CMM_1647 CMM_1648 murX   TRUE 0.989 -3.000 0.796 1.000   NA
 3750600 3750601 CMM_1656 CMM_1657 dutA   TRUE 0.903 -3.000 0.078 NA   NA
 3750601 3750602 CMM_1657 CMM_1658     TRUE 0.935 3.000 0.169 NA   NA
 3750602 3750603 CMM_1658 CMM_1659   acnA FALSE 0.016 236.000 0.000 NA   NA
 3750603 3750604 CMM_1659 CMM_1660 acnA dxsA FALSE 0.306 79.000 0.008 1.000 N NA
 3750605 3750606 CMM_1661 CMM_1662 fadB fadA TRUE 0.996 -3.000 0.812 1.000 Y NA
 3750606 3750607 CMM_1662 CMM_1663 fadA   FALSE 0.435 72.000 0.032 1.000 N NA
 3750607 3750608 CMM_1663 CMM_1664     TRUE 0.923 -3.000 0.115 NA   NA
 3750608 3750609 CMM_1664 CMM_1665     FALSE 0.221 95.000 0.025 NA   NA
 3750609 3750610 CMM_1665 CMM_1666     TRUE 0.810 -3.000 0.027 NA   NA
 3750610 3750611 CMM_1666 CMM_1667   sseA TRUE 0.970 -3.000 0.351 NA   NA
 3750612 3750613 CMM_1668 CMM_1669   amtB FALSE 0.014 253.000 0.000 NA   NA
 3750613 3750614 CMM_1669 CMM_1670 amtB   FALSE 0.021 249.000 0.000 1.000   NA
 3750614 3750615 CMM_1670 CMM_1671     FALSE 0.020 207.000 0.000 NA   NA
 3750615 3750616 CMM_1671 CMM_1672     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750616 3750617 CMM_1672 CMM_1673   xysA FALSE 0.129 149.000 0.000 1.000 N NA
 3750617 3750618 CMM_1673 CMM_1674 xysA xysB FALSE 0.418 171.000 0.000 0.001 Y NA
 3750620 3750621 CMM_1676 CMM_1677     FALSE 0.058 138.000 0.000 NA   NA
 3750622 3750623 CMM_1678 CMM_1679     TRUE 0.803 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3750623 3750624 CMM_1679 CMM_1680     FALSE 0.524 40.000 0.029 1.000 N NA
 3750625 3750626 CMM_1681 CMM_1682   glpQ2 TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750626 3750627 CMM_1682 CMM_1683 glpQ2   FALSE 0.365 61.000 0.048 NA   NA
 3750628 3750629 CMM_1684 CMM_1685     FALSE 0.435 42.000 0.035 1.000   NA
 3750629 3750630 CMM_1685 CMM_1686   tatC FALSE 0.524 95.000 0.166 NA   NA
 3750630 3750631 CMM_1686 CMM_1687 tatC tatA TRUE 0.617 55.000 0.012 NA Y NA
 3750631 3750632 CMM_1687 CMM_1688 tatA   FALSE 0.050 198.000 0.000 NA N NA
 3750632 3750633 CMM_1688 CMM_1689     TRUE 0.995 -3.000 0.767 NA Y NA
 3750633 3750634 CMM_1689 CMM_1690     FALSE 0.134 49.000 0.000 NA   NA
 3750634 3750635 CMM_1690 CMM_1691     FALSE 0.160 62.000 0.000 1.000   NA
 3750635 3750636 CMM_1691 CMM_1692     TRUE 0.783 -3.000 0.014 1.000   NA
 3750638 3750639 CMM_1694 CMM_1695 cysS2 bacA TRUE 0.892 5.000 0.071 1.000 N NA
 3750639 3750640 CMM_1695 CMM_1696 bacA   FALSE 0.336 43.000 0.000 1.000 N NA
 3750641 3750642 CMM_tRNA_0027 CMM_1697   corA1 FALSE 0.057 139.000 0.000 NA   NA
 3750642 3750643 CMM_1697 CMM_1698 corA1   FALSE 0.323 45.000 0.000 1.000 N NA
 3750645 3750646 CMM_1700 CMM_1701     TRUE 0.955 -7.000 0.043 1.000 Y NA
 3750646 3750647 CMM_1701 CMM_1702     TRUE 0.963 -3.000 0.042 1.000 Y NA
 3750647 3750648 CMM_1702 CMM_1703     TRUE 0.976 3.000 0.229 0.063 N NA
 3750649 3750650 CMM_1704 CMM_1705     FALSE 0.058 201.000 0.000 1.000 N NA
 3750650 3750651 CMM_1705 CMM_1706     FALSE 0.176 52.000 0.000 1.000   NA
 3750653 3750654 CMM_1708 CMM_1709 pbpX   TRUE 0.848 -3.000 0.012 1.000 N NA
 3750655 3750656 CMM_1710 CMM_1711     TRUE 0.851 -3.000 0.012 1.000 N NA
 3750657 3750658 CMM_1712 CMM_1713     TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3750659 3750660 CMM_1714 CMM_1715   dnaQ TRUE 0.610 11.000 0.005 1.000 N NA
 3750661 3750662 CMM_1716 CMM_1717 rpmE modF FALSE 0.180 132.000 0.004 1.000 N NA
 3750662 3750663 CMM_1717 CMM_1718 modF   TRUE 0.601 82.000 0.119 1.000 N NA
 3750664 3750665 CMM_1719 CMM_1720 glgC serB2 TRUE 0.863 -3.000 0.015 1.000 N NA
 3750666 3750667 CMM_1721 CMM_1722     FALSE 0.227 24.000 0.000 NA   NA
 3750668 3750669 CMM_1723 CMM_1724     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750669 3750670 CMM_1724 CMM_1725     TRUE 0.884 -3.000 0.062 NA   NA
 3750671 3750672 CMM_1726 CMM_1727     FALSE 0.040 225.000 0.019 NA   NA
 3750672 3750673 CMM_1727 CMM_1728     TRUE 0.783 -3.000 0.021 NA   NA
 3750673 3750674 CMM_1728 CMM_1729     TRUE 0.733 14.000 0.046 1.000 N NA
 3750674 3750675 CMM_1729 CMM_1730     TRUE 0.925 -3.000 0.063 1.000 N NA
 3750675 3750676 CMM_1730 CMM_1731     TRUE 0.993 1.000 0.266 0.001 Y NA
 3750679 3750680 CMM_1734 CMM_1735 tktA talA TRUE 0.604 155.000 0.135 1.000 Y NA
 3750680 3750681 CMM_1735 CMM_1736 talA pgiA TRUE 0.956 -3.000 0.025 1.000 Y NA
 3750681 3750682 CMM_1736 CMM_1737 pgiA zwfA2 TRUE 0.811 39.000 0.061 1.000 Y NA
 3750682 3750683 CMM_1737 CMM_1738 zwfA2 opcA TRUE 0.993 -3.000 0.583 NA Y NA
 3750683 3750684 CMM_1738 CMM_1739 opcA pglA TRUE 0.991 -3.000 0.463 NA Y NA
 3750685 3750686 CMM_1740 CMM_1741   secG TRUE 0.564 12.000 0.027 NA   NA
 3750686 3750687 CMM_1741 CMM_1742 secG tpiA FALSE 0.261 144.000 0.064 1.000   NA
 3750687 3750688 CMM_1742 CMM_1743 tpiA pgk TRUE 0.972 -3.000 0.075 1.000 Y NA
 3750688 3750689 CMM_1743 CMM_1744 pgk gapA TRUE 0.963 7.000 0.055 0.004 Y NA
 3750689 3750690 CMM_1744 CMM_1745 gapA sodA FALSE 0.330 128.000 0.041 1.000 N NA
 3750690 3750691 CMM_1745 CMM_1746 sodA whiA FALSE 0.055 169.000 0.009 NA   NA
 3750691 3750692 CMM_1746 CMM_1747 whiA   TRUE 0.613 30.000 0.076 NA   NA
 3750692 3750693 CMM_1747 CMM_1748   uvrC FALSE 0.434 76.000 0.073 NA   NA
 3750693 3750694 CMM_1748 CMM_1749 uvrC uvrA TRUE 0.984 0.000 0.043 0.001 Y NA
 3750694 3750695 CMM_1749 CMM_1750 uvrA uvrB TRUE 0.881 83.000 0.154 0.001 Y NA
 3750695 3750696 CMM_1750 CMM_1751 uvrB coaE TRUE 0.830 10.000 0.026 0.097 N NA
 3750696 3750697 CMM_1751 CMM_1752 coaE rpsA FALSE 0.357 87.000 0.024 1.000 N NA
 3750697 3750698 CMM_1752 CMM_1753 rpsA   FALSE 0.025 187.000 0.000 NA   NA
 3750698 3750699 CMM_1753 CMM_1754     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750699 3750700 CMM_1754 CMM_1755   polA1 FALSE 0.336 43.000 0.000 1.000 N NA
 3750704 3750705 CMM_1758 CMM_1759 pykA gltD FALSE 0.391 87.000 0.031 1.000 N NA
 3750705 3750706 CMM_1759 CMM_1760 gltD gltB TRUE 0.971 -7.000 0.022 0.001 Y NA
 3750706 3750707 CMM_1760 CMM_1761 gltB   TRUE 0.669 108.000 0.222 1.000 N NA
 3750707 3750708 CMM_1761 CMM_1762   trpA FALSE 0.322 72.000 0.009 1.000 N NA
 3750708 3750709 CMM_1762 CMM_1763 trpA trpB TRUE 0.989 -3.000 0.153 0.001 Y NA
 3750709 3750710 CMM_1763 CMM_1764 trpB trpC TRUE 0.978 -3.000 0.025 0.001 Y NA
 3750710 3750711 CMM_1764 CMM_1765 trpC   TRUE 0.968 0.000 0.286 NA   NA
 3750711 3750712 CMM_1765 CMM_1766     FALSE 0.446 105.000 0.109 NA   NA
 3750712 3750713 CMM_1766 CMM_1767   trpE1 TRUE 0.988 0.000 0.690 NA   NA
 3750713 3750714 CMM_1767 CMM_1768 trpE1 hisI TRUE 0.966 -3.000 0.050 1.000 Y NA
 3750714 3750715 CMM_1768 CMM_1769 hisI hisF TRUE 0.995 -3.000 0.430 0.004 Y NA
 3750715 3750716 CMM_1769 CMM_1770 hisF hisG TRUE 0.967 3.000 0.008 0.004 Y NA
 3750716 3750717 CMM_1770 CMM_1771 hisG hisE TRUE 0.873 49.000 0.081 0.004 Y NA
 3750717 3750718 CMM_1771 CMM_1772 hisE   FALSE 0.125 100.000 0.000 1.000   NA
 3750718 3750719 CMM_1772 CMM_1773   rpeA FALSE 0.243 35.000 0.000 1.000   NA
 3750719 3750720 CMM_1773 CMM_1774 rpeA   TRUE 0.791 11.000 0.056 1.000 N NA
 3750720 3750721 CMM_1774 CMM_1775   fmtA TRUE 0.988 -3.000 0.305 1.000 Y NA
 3750721 3750722 CMM_1775 CMM_1776 fmtA priA FALSE 0.256 92.000 0.012 NA N NA
 3750722 3750723 CMM_1776 CMM_1777 priA metK TRUE 0.589 43.000 0.068 NA N NA
 3750723 3750724 CMM_1777 CMM_1778 metK dfpA TRUE 0.804 40.000 0.059 1.000 Y NA
 3750724 3750725 CMM_1778 CMM_1779 dfpA rpoZ TRUE 0.690 79.000 0.192 1.000 N NA
 3750725 3750726 CMM_1779 CMM_1780 rpoZ gmkA TRUE 0.861 49.000 0.471 1.000 N NA
 3750726 3750727 CMM_1780 CMM_1781 gmkA pyrF TRUE 0.949 -3.000 0.013 1.000 Y NA
 3750727 3750728 CMM_1781 CMM_1782 pyrF carB TRUE 0.972 -3.000 0.075 1.000 Y NA
 3750728 3750729 CMM_1782 CMM_1783 carB carA TRUE 0.995 0.000 0.345 0.001 Y NA
 3750729 3750730 CMM_1783 CMM_1784 carA   TRUE 0.864 -3.000 0.050 NA   NA
 3750730 3750731 CMM_1784 CMM_1785   pyrC TRUE 0.874 -3.000 0.057 NA   NA
 3750731 3750732 CMM_1785 CMM_1786 pyrC pyrB TRUE 0.991 -3.000 0.452 1.000 Y NA
 3750732 3750733 CMM_1786 CMM_1787 pyrB pyrR TRUE 0.986 -3.000 0.247 1.000 Y NA
 3750733 3750734 CMM_1787 CMM_1788 pyrR acsA2 FALSE 0.204 113.000 0.000 1.000 N NA
 3750734 3750735 CMM_1788 CMM_1789 acsA2   FALSE 0.470 75.000 0.045 1.000 N NA
 3750735 3750736 CMM_1789 CMM_1790     TRUE 0.997 -3.000 0.795 0.062 Y NA
 3750736 3750737 CMM_1790 CMM_1791     TRUE 0.815 73.000 0.146 1.000 Y NA
 3750737 3750738 CMM_1791 CMM_1792   nusB FALSE 0.214 108.000 0.000 1.000 N NA
 3750738 3750739 CMM_1792 CMM_1793 nusB efpA TRUE 0.912 4.000 0.078 1.000 N NA
 3750739 3750740 CMM_1793 CMM_1794 efpA aroQ FALSE 0.229 112.000 0.005 1.000 N NA
 3750740 3750741 CMM_1794 CMM_1795 aroQ   FALSE 0.398 33.000 0.000 1.000 N NA
 3750741 3750742 CMM_1795 CMM_1796   aroB TRUE 0.899 -3.000 0.000 0.052 N NA
 3750742 3750743 CMM_1796 CMM_1797 aroB aroK TRUE 0.980 -3.000 0.147 1.000 Y NA
 3750743 3750744 CMM_1797 CMM_1798 aroK aroC TRUE 0.958 3.000 0.041 1.000 Y NA
 3750744 3750745 CMM_1798 CMM_1799 aroC aroE TRUE 0.603 89.000 0.021 1.000 Y NA
 3750745 3750746 CMM_1799 CMM_1800 aroE   TRUE 0.827 -7.000 0.045 NA   NA
 3750746 3750747 CMM_1800 CMM_1801     FALSE 0.031 365.000 0.039 NA   NA
 3750747 3750748 CMM_1801 CMM_1802   alaS TRUE 0.954 0.000 0.103 1.000 N NA
 3750748 3750749 CMM_1802 CMM_1803 alaS   TRUE 0.675 6.000 0.023 NA   NA
 3750749 3750750 CMM_1803 CMM_1804   rpsD FALSE 0.026 183.000 0.000 NA   NA
 3750750 3750751 CMM_1804 CMM_1805 rpsD   FALSE 0.047 249.000 0.005 1.000 N NA
 3750752 3750753 CMM_1807 CMM_1808     FALSE 0.447 94.000 0.103 NA   NA
 3750754 3750755 CMM_1809 CMM_1810 relA   FALSE 0.208 139.000 0.024 NA N NA
 3750755 3750756 CMM_1810 CMM_1811   secF TRUE 0.817 -3.000 0.009 NA N NA
 3750756 3750757 CMM_1811 CMM_1812 secF secD TRUE 0.995 0.000 0.336 0.001 Y NA
 3750757 3750758 CMM_1812 CMM_1813 secD   TRUE 0.601 127.000 0.062 NA Y NA
 3750758 3750759 CMM_1813 CMM_1814   ruvB FALSE 0.488 77.000 0.063 NA N NA
 3750759 3750760 CMM_1814 CMM_1815 ruvB ruvA TRUE 0.996 -3.000 0.549 0.001 Y NA
 3750760 3750761 CMM_1815 CMM_1816 ruvA ruvC TRUE 0.979 17.000 0.451 0.007 Y NA
 3750761 3750762 CMM_1816 CMM_1817 ruvC   TRUE 0.717 52.000 0.277 NA   NA
 3750762 3750763 CMM_1817 CMM_1818     FALSE 0.363 78.000 0.055 NA   NA
 3750763 3750764 CMM_1818 CMM_1819     TRUE 0.944 -10.000 0.030 NA Y NA
 3750764 3750765 CMM_1819 CMM_1820     TRUE 0.711 14.000 0.000 0.042 N NA
 3750765 3750766 CMM_1820 CMM_1821   thrS TRUE 0.769 45.000 0.208 1.000 N NA
 3750766 3750767 CMM_1821 CMM_tRNA_0029 thrS   FALSE 0.061 136.000 0.000 NA   NA
 3750767 3750768 CMM_tRNA_0029 CMM_tRNA_0030     FALSE 0.324 11.000 0.000 NA   NA
 3750768 3750769 CMM_tRNA_0030 CMM_tRNA_0031     FALSE 0.117 62.000 0.000 NA   NA
 3750772 3750773 CMM_1823 CMM_1824 glpD   FALSE 0.195 117.000 0.000 1.000 N NA
 3750776 3750777 CMM_1827 CMM_1828     TRUE 0.977 -3.000 0.442 1.000   NA
 3750777 3750778 CMM_1828 CMM_1829     TRUE 0.972 4.000 0.242 0.001   NA
 3750779 3750780 CMM_1830 CMM_1831 glpF glpK TRUE 0.809 30.000 0.174 1.000 N NA
 3750781 3750782 CMM_1832 CMM_1833   trpD FALSE 0.117 62.000 0.000 NA   NA
 3750783 3750784 CMM_1834 CMM_1835 ctaE qcrC TRUE 0.829 27.000 0.000 0.031 Y NA
 3750784 3750785 CMM_1835 CMM_1836 qcrC qcrA TRUE 0.746 46.000 0.000 0.031 Y NA
 3750785 3750786 CMM_1836 CMM_1837 qcrA qcrB TRUE 0.993 -16.000 0.457 0.031 Y NA
 3750786 3750787 CMM_1837 CMM_1838 qcrB   FALSE 0.111 115.000 0.000 1.000   NA
 3750787 3750788 CMM_1838 CMM_PS_17     FALSE 0.016 232.000 0.000 NA   NA
 3750789 3750790 CMM_1839 CMM_1840     FALSE 0.469 5.000 0.000 NA   NA
 3750790 3750791 CMM_1840 CMM_1841   ctaD TRUE 0.960 2.000 0.250 NA   NA
 3750791 3750792 CMM_1841 CMM_1842 ctaD ctaC TRUE 0.976 13.000 0.284 0.001 Y NA
 3750792 3750793 CMM_1842 CMM_1843 ctaC   FALSE 0.137 125.000 0.014 NA   NA
 3750793 3750794 CMM_1843 CMM_1844     FALSE 0.092 128.000 0.005 NA   NA
 3750796 3750797 CMM_1846 CMM_1847 pyrD   FALSE 0.255 64.000 0.004 NA N NA
 3750797 3750798 CMM_1847 CMM_1848   hisD FALSE 0.520 18.000 0.011 NA N NA
 3750800 3750801 CMM_1850 CMM_1851 dnaE   FALSE 0.346 77.000 0.014 1.000 N NA
 3750801 3750802 CMM_1851 CMM_1852     FALSE 0.061 136.000 0.000 NA   NA
 3750802 3750803 CMM_1852 CMM_1853     FALSE 0.311 147.000 0.114 NA   NA
 3750803 3750804 CMM_1853 CMM_1854     TRUE 0.593 61.000 0.165 NA   NA
 3750804 3750805 CMM_1854 CMM_1855     TRUE 0.845 49.000 0.581 NA   NA
 3750805 3750806 CMM_1855 CMM_1856   ftsZ TRUE 0.676 -3.000 0.006 NA   NA
 3750806 3750807 CMM_1856 CMM_1857 ftsZ ftsQ FALSE 0.327 138.000 0.067 NA N NA
 3750807 3750808 CMM_1857 CMM_1858 ftsQ murC FALSE 0.154 534.000 0.134 NA Y NA
 3750808 3750809 CMM_1858 CMM_1859 murC murG TRUE 0.904 43.000 0.270 1.000 Y NA
 3750809 3750810 CMM_1859 CMM_1860 murG ftsW2 TRUE 0.959 -3.000 0.167 1.000 N NA
 3750810 3750811 CMM_1860 CMM_1861 ftsW2 murD TRUE 0.957 -43.000 0.081 0.004 N NA
 3750811 3750812 CMM_1861 CMM_1862 murD mraY TRUE 0.996 3.000 0.647 0.005 Y NA
 3750812 3750813 CMM_1862 CMM_1863 mraY murF TRUE 0.980 -6.000 0.071 0.005 Y NA
 3750813 3750814 CMM_1863 CMM_1864 murF murE TRUE 0.995 2.000 0.367 0.001 Y NA
 3750814 3750815 CMM_1864 CMM_1865 murE ftsI TRUE 0.963 13.000 0.333 1.000 Y NA
 3750815 3750816 CMM_1865 CMM_1866 ftsI   FALSE 0.093 92.000 0.000 NA   NA
 3750816 3750817 CMM_1866 CMM_1867   mraW TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750817 3750818 CMM_1867 CMM_1868 mraW mraZ TRUE 0.795 104.000 0.635 NA   NA
 3750818 3750819 CMM_1868 CMM_1869 mraZ   FALSE 0.009 339.000 0.000 NA   NA
 3750822 3750823 CMM_1872 CMM_1873   pknE FALSE 0.480 83.000 0.021 0.096 N NA
 3750824 3750825 CMM_1874 CMM_1875 aroG   TRUE 0.583 60.000 0.082 1.000 N NA
 3750825 3750826 CMM_1875 CMM_1876   glkA TRUE 0.681 79.000 0.182 1.000 N NA
 3750828 3750829 CMM_1878 CMM_1879 defB   FALSE 0.387 35.000 0.000 1.000 N NA
 3750829 3750830 CMM_1879 CMM_1880   pycA TRUE 0.886 16.000 0.014 0.035 Y NA
 3750832 3750833 CMM_1882 CMM_1883     FALSE 0.185 542.000 0.060 0.007 Y NA
 3750833 3750834 CMM_1883 CMM_1884     TRUE 0.990 0.000 0.707 NA N NA
 3750834 3750835 CMM_1884 CMM_1885   dctA FALSE 0.196 89.000 0.000 NA N NA
 3750836 3750837 CMM_1886 CMM_1887 dctS dctR TRUE 0.985 -3.000 0.222 1.000 Y NA
 3750837 3750838 CMM_1887 CMM_1888 dctR   FALSE 0.127 94.000 0.000 1.000   NA
 3750838 3750839 CMM_1888 CMM_1889     TRUE 0.877 1.000 0.043 1.000   NA
 3750839 3750840 CMM_1889 CMM_1890     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750842 3750843 CMM_1892 CMM_1893     TRUE 0.849 -3.000 0.000 0.062   NA
 3750843 3750844 CMM_1893 CMM_1894     TRUE 0.966 0.000 0.000 0.062 Y NA
 3750844 3750845 CMM_1894 CMM_1895     TRUE 0.795 8.000 0.000 0.062 N NA
 3750845 3750846 CMM_1895 CMM_1896     TRUE 0.803 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3750850 3750851 CMM_1900 CMM_1901     FALSE 0.194 32.000 0.000 NA   NA
 3750855 3750856 CMM_1905 CMM_1906     FALSE 0.018 222.000 0.000 NA   NA
 3750856 3750857 CMM_1906 CMM_1907     FALSE 0.147 44.000 0.000 NA   NA
 3750858 3750859 CMM_1908 CMM_1909   cpsY TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3750859 3750860 CMM_1909 CMM_1910 cpsY   FALSE 0.027 181.000 0.000 NA   NA
 3750861 3750862 CMM_1911 CMM_1912     TRUE 0.997 -3.000 0.750 0.031 Y NA
 3750863 3750864 CMM_1913 CMM_1914     TRUE 0.767 -3.000 0.000 NA N NA
 3750865 3750866 CMM_1915 CMM_1916     FALSE 0.132 50.000 0.000 NA   NA
 3750866 3750867 CMM_1916 CMM_1917     FALSE 0.020 212.000 0.000 NA   NA
 3750868 3750869 CMM_1918 CMM_1919     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750871 3750872 CMM_1921 CMM_1922     FALSE 0.066 131.000 0.000 NA   NA
 3750872 3750873 CMM_1922 CMM_1923   ggtA FALSE 0.270 69.000 0.000 1.000 N NA
 3750874 3750875 CMM_1924 CMM_1925     FALSE 0.186 98.000 0.000 NA N NA
 3750875 3750876 CMM_1925 CMM_1926     FALSE 0.082 113.000 0.000 NA   NA
 3750876 3750877 CMM_1926 CMM_1927     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750877 3750878 CMM_1927 CMM_1928     FALSE 0.044 156.000 0.000 NA   NA
 3750879 3750880 CMM_1929 CMM_1930     FALSE 0.210 42.000 0.000 1.000   NA
 3750880 3750881 CMM_1930 CMM_1931     TRUE 0.925 -3.000 0.095 1.000   NA
 3750881 3750882 CMM_1931 CMM_1932     FALSE 0.198 115.000 0.000 1.000 N NA
 3750885 3750886 CMM_1935 CMM_1936     FALSE 0.161 180.000 0.000 0.023 N NA
 3750886 3750887 CMM_1936 CMM_1937     FALSE 0.015 248.000 0.000 NA   NA
 3750887 3750888 CMM_1937 CMM_1938     FALSE 0.092 93.000 0.000 NA   NA
 3750889 3750890 CMM_1939 CMM_1940     TRUE 0.911 0.000 0.000 0.001   NA
 3750890 3750891 CMM_1940 CMM_1941     FALSE 0.004 1310.000 0.000 NA   NA
 3750893 3750894 CMM_1943 CMM_1944     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750894 3750895 CMM_1944 CMM_1945     FALSE 0.090 101.000 0.000 NA   NA
 3750895 3750896 CMM_1945 CMM_1946     TRUE 0.960 -3.000 0.190 NA N NA
 3750897 3750898 CMM_1947 CMM_1948 ppaH ppaI FALSE 0.281 112.000 0.000 0.041   NA
 3750898 3750899 CMM_1948 CMM_1949 ppaI   FALSE 0.057 256.000 0.000 0.041   NA
 3750900 3750901 CMM_1950 CMM_1951     FALSE 0.476 21.000 0.000 1.000 N NA
 3750901 3750902 CMM_1951 CMM_1952   betT TRUE 0.990 -3.000 0.750 1.000 N NA
 3750902 3750903 CMM_1952 CMM_1953 betT   FALSE 0.017 228.000 0.000 NA   NA
 3750903 3750904 CMM_1953 CMM_1954     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750904 3750905 CMM_1954 CMM_1955     TRUE 0.975 -3.000 0.455 NA   NA
 3750905 3750906 CMM_1955 CMM_1956     TRUE 0.971 -3.000 0.375 NA   NA
 3750906 3750907 CMM_1956 CMM_1957     TRUE 0.984 -3.000 0.667 NA   NA
 3750907 3750908 CMM_1957 CMM_1958     TRUE 0.991 -3.000 0.955 1.000   NA
 3750908 3750909 CMM_1958 CMM_1959     TRUE 0.997 -3.000 0.864 0.061 Y NA
 3750909 3750910 CMM_1959 CMM_1960     TRUE 0.977 41.000 0.792 0.061 Y NA
 3750912 3750913 CMM_1962 CMM_1963 clvE clvG TRUE 0.954 6.000 0.429 NA   NA
 3750913 3750914 CMM_1963 CMM_1964 clvG clvF TRUE 0.947 -3.000 0.188 NA   NA
 3750914 3750915 CMM_1964 CMM_1965 clvF clvR FALSE 0.121 154.000 0.000 1.000 N NA
 3750915 3750916 CMM_1965 CMM_1966 clvR clvK TRUE 0.964 -3.000 0.000 0.016 Y NA
 3750917 3750918 CMM_1967 CMM_1968 clvA clvM FALSE 0.093 92.000 0.000 NA   NA
 3750919 3750920 CMM_1969 CMM_1970     FALSE 0.093 130.000 0.000 1.000   NA
 3750920 3750921 CMM_1970 CMM_1971     FALSE 0.029 210.000 0.000 1.000   NA
 3750921 3750922 CMM_1971 CMM_tRNA_0033     FALSE 0.007 434.000 0.000 NA   NA
 3750922 3750923 CMM_tRNA_0033 CMM_1972     FALSE 0.113 74.000 0.000 NA   NA
 3750925 3750926 CMM_1974 CMM_1975 engA cmkA FALSE 0.238 40.000 0.002 1.000   NA
 3750926 3750927 CMM_1975 CMM_1976 cmkA   TRUE 0.895 -3.000 0.032 1.000 N NA
 3750927 3750928 CMM_1976 CMM_1977   rluA FALSE 0.531 39.000 0.030 1.000 N NA
 3750928 3750929 CMM_1977 CMM_1978 rluA   TRUE 0.957 -16.000 0.224 NA N NA
 3750929 3750930 CMM_1978 CMM_1979     TRUE 0.975 -10.000 0.570 NA   NA
 3750930 3750931 CMM_1979 CMM_1980     FALSE 0.437 56.000 0.065 NA   NA
 3750931 3750932 CMM_1980 CMM_1981   xerD FALSE 0.515 70.000 0.058 1.000 N NA
 3750932 3750933 CMM_1981 CMM_1982 xerD   TRUE 0.969 -3.000 0.063 1.000 Y NA
 3750933 3750934 CMM_1982 CMM_1983   pyrG TRUE 0.917 -3.000 0.055 1.000 N NA
 3750934 3750935 CMM_1983 CMM_1984 pyrG recN FALSE 0.305 74.000 0.006 1.000 N NA
 3750935 3750936 CMM_1984 CMM_1985 recN ppnK TRUE 0.931 -7.000 0.094 1.000 N NA
 3750936 3750937 CMM_1985 CMM_1986 ppnK   TRUE 0.911 6.000 0.120 1.000 N NA
 3750937 3750938 CMM_1986 CMM_1987     FALSE 0.540 -7.000 0.000 NA   NA
 3750938 3750939 CMM_1987 CMM_1988     FALSE 0.356 10.000 0.000 NA   NA
 3750939 3750940 CMM_1988 CMM_1989     TRUE 0.973 -10.000 0.500 NA   NA
 3750940 3750941 CMM_1989 CMM_RNA_0001     FALSE 0.004 984.000 0.000 NA   NA
 3750941 3750942 CMM_RNA_0001 CMM_rRNA_0004     FALSE 0.085 111.000 0.000 NA   NA
 3750942 3750943 CMM_rRNA_0004 CMM_RNA_0001a     FALSE 0.007 421.000 0.000 NA   NA
 3750943 3750944 CMM_RNA_0001a CMM_1990   tyrS FALSE 0.006 556.000 0.000 NA   NA
 3750945 3750946 CMM_1991 CMM_1992     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750947 3750948 CMM_1993 CMM_1994     FALSE 0.396 8.000 0.000 NA   NA
 3750948 3750949 CMM_1994 CMM_1995   argH TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3750949 3750950 CMM_1995 CMM_1996 argH argG TRUE 0.979 5.000 0.278 1.000 Y NA
 3750950 3750951 CMM_1996 CMM_1997 argG argF TRUE 0.805 49.000 0.088 1.000 Y NA
 3750951 3750952 CMM_1997 CMM_1998 argF argD TRUE 0.586 150.000 0.091 1.000 Y NA
 3750952 3750953 CMM_1998 CMM_1999 argD argB TRUE 0.977 -3.000 0.105 1.000 Y NA
 3750953 3750954 CMM_1999 CMM_2000 argB argJ TRUE 0.962 24.000 0.239 0.002 Y NA
 3750954 3750955 CMM_2000 CMM_2001 argJ argC TRUE 0.993 -3.000 0.303 0.002 Y NA
 3750955 3750956 CMM_2001 CMM_2002 argC pheT FALSE 0.228 130.000 0.014 1.000 N NA
 3750956 3750957 CMM_2002 CMM_2003 pheT pheS TRUE 0.996 3.000 0.574 0.001 Y NA
 3750957 3750958 CMM_2003 CMM_2004 pheS gluD FALSE 0.172 129.000 0.000 1.000 N NA
 3750958 3750959 CMM_2004 CMM_2005 gluD gluC TRUE 0.995 -3.000 0.429 0.005 Y NA
 3750959 3750960 CMM_2005 CMM_2006 gluC gluB TRUE 0.911 118.000 0.462 0.060 Y NA
 3750960 3750961 CMM_2006 CMM_2007 gluB gluA TRUE 0.594 155.000 0.121 1.000 Y NA
 3750961 3750962 CMM_2007 CMM_2008 gluA   FALSE 0.124 152.000 0.000 1.000 N NA
 3750962 3750963 CMM_2008 CMM_2009   rplT TRUE 0.824 63.000 0.057 0.013 Y NA
 3750963 3750964 CMM_2009 CMM_2010 rplT rpmI TRUE 0.981 47.000 0.928 0.016 Y NA
 3750964 3750965 CMM_2010 CMM_2011 rpmI infC TRUE 0.993 -7.000 0.652 1.000 Y NA
 3750967 3750968 CMM_2013 CMM_2014   hisA TRUE 0.953 -3.000 0.215 NA   NA
 3750968 3750969 CMM_2014 CMM_2015 hisA hisH TRUE 0.950 64.000 0.491 0.004 Y NA
 3750969 3750970 CMM_2015 CMM_2016 hisH hisB TRUE 0.980 -3.000 0.046 0.004 Y NA
 3750970 3750971 CMM_2016 CMM_2017 hisB   FALSE 0.115 113.000 0.000 1.000   NA
 3750975 3750976 CMM_2021 CMM_2022 dapF miaA TRUE 0.823 10.000 0.062 1.000 N NA
 3750976 3750977 CMM_2022 CMM_2023 miaA miaB TRUE 0.958 -3.000 0.028 1.000 Y NA
 3750977 3750978 CMM_2023 CMM_2024 miaB recX FALSE 0.291 51.000 0.016 1.000   NA
 3750978 3750979 CMM_2024 CMM_2025 recX recA FALSE 0.099 597.000 0.296 1.000   NA
 3750979 3750980 CMM_2025 CMM_2026 recA   FALSE 0.027 283.000 0.017 NA   NA
 3750980 3750981 CMM_2026 CMM_2027     TRUE 0.594 77.000 0.177 NA   NA
 3750981 3750982 CMM_2027 CMM_2028     FALSE 0.223 140.000 0.057 NA   NA
 3750982 3750983 CMM_2028 CMM_2029   pgsA TRUE 0.935 -3.000 0.151 NA   NA
 3750983 3750984 CMM_2029 CMM_2030 pgsA ftsK TRUE 0.909 4.000 0.025 0.052 N NA
 3750984 3750985 CMM_2030 CMM_2031 ftsK   FALSE 0.270 69.000 0.000 1.000 N NA
 3750985 3750986 CMM_2031 CMM_2032     TRUE 0.996 -3.000 0.800 1.000 Y NA
 3750986 3750987 CMM_2032 CMM_2033     TRUE 0.937 -3.000 0.154 NA   NA
 3750987 3750988 CMM_2033 CMM_2034     FALSE 0.019 213.000 0.000 NA   NA
 3750988 3750989 CMM_2034 CMM_2035   dapA TRUE 0.673 59.000 0.206 1.000   NA
 3750993 3750994 CMM_2039 CMM_2040   dapB TRUE 0.710 0.000 0.000 1.000   NA
 3750994 3750995 CMM_2040 CMM_2041 dapB gmpB FALSE 0.236 60.000 0.000 NA N NA
 3750995 3750996 CMM_2041 CMM_2042 gmpB pepR FALSE 0.473 9.000 0.007 NA   NA
 3750996 3750997 CMM_2042 CMM_2043 pepR   FALSE 0.116 64.000 0.000 NA   NA
 3750997 3750998 CMM_2043 CMM_2044     FALSE 0.005 708.000 0.000 NA   NA
 3750999 3751000 CMM_2045 CMM_2046     FALSE 0.233 23.000 0.000 NA   NA
 3751001 3751002 CMM_2047 CMM_2048 pnpA rpsO FALSE 0.073 478.000 0.011 1.000 Y NA
 3751003 3751004 CMM_2049 CMM_2050     FALSE 0.213 27.000 0.000 NA   NA
 3751005 3751006 CMM_2051 CMM_2052     FALSE 0.124 105.000 0.000 1.000   NA
 3751006 3751007 CMM_2052 CMM_2053     FALSE 0.089 105.000 0.000 NA   NA
 3751011 3751012 CMM_2057 CMM_2058   lspA FALSE 0.305 23.000 0.000 1.000   NA
 3751012 3751013 CMM_2058 CMM_2059 lspA   FALSE 0.356 10.000 0.000 NA   NA
 3751013 3751014 CMM_2059 CMM_2060     FALSE 0.136 48.000 0.000 NA   NA
 3751014 3751015 CMM_2060 CMM_2061     FALSE 0.102 83.000 0.000 NA   NA
 3751016 3751017 CMM_2062 CMM_2063 dpsB   FALSE 0.335 122.000 0.000 0.050 N NA
 3751017 3751018 CMM_2063 CMM_2064     TRUE 0.629 0.000 0.000 NA   NA
 3751018 3751019 CMM_2064 CMM_2065     FALSE 0.106 80.000 0.000 NA   NA
 3751019 3751020 CMM_2065 CMM_2066     TRUE 0.997 -3.000 0.750 0.016 Y NA
 3751021 3751022 CMM_2067 CMM_2068 dacB   FALSE 0.289 55.000 0.000 1.000 N NA
 3751022 3751023 CMM_2068 CMM_2069     FALSE 0.090 102.000 0.000 NA   NA
 3751023 3751024 CMM_2069 CMM_2070     FALSE 0.090 102.000 0.000 NA   NA
 3751024 3751025 CMM_2070 CMM_2071     FALSE 0.087 108.000 0.000 NA   NA
 3751028 3751029 CMM_2074 CMM_2075     FALSE 0.228 91.000 0.000 1.000 N NA
 3751029 3751030 CMM_2075 CMM_2075A     FALSE 0.151 43.000 0.000 NA   NA
 3751030 3751031 CMM_2075A CMM_2076     FALSE 0.147 44.000 0.000 NA   NA
 3751036 3751037 CMM_2081 CMM_2082     FALSE 0.284 98.000 0.000 0.060   NA
 3751037 3751038 CMM_2082 CMM_2083     FALSE 0.071 126.000 0.000 NA   NA
 3751038 3751039 CMM_2083 CMM_2084   pitB TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3751039 3751040 CMM_2084 CMM_2085 pitB lipT FALSE 0.192 119.000 0.000 1.000 N NA
 3751040 3751041 CMM_2085 CMM_2086 lipT   TRUE 0.674 -3.000 0.000 1.000   NA
 3751043 3751044 CMM_2088 CMM_2089     FALSE 0.084 137.000 0.000 1.000   NA
 3751044 3751045 CMM_2089 CMM_PS_18     FALSE 0.130 51.000 0.000 NA   NA
 3751045 3751046 CMM_PS_18 CMM_2090     FALSE 0.188 33.000 0.000 NA   NA
 3751047 3751048 CMM_2091 CMM_2092   hsp20 FALSE 0.061 136.000 0.000 NA   NA
 3751049 3751050 CMM_2093 CMM_2094 alcBC alcA TRUE 0.978 -3.000 0.143 NA Y NA
 3751050 3751051 CMM_2094 CMM_2095 alcA   TRUE 0.987 -3.000 0.667 NA N NA
 3751052 3751053 CMM_2095A CMM_2095B     TRUE 0.595 2.000 0.000 NA   NA
 3751053 3751054 CMM_2095B CMM_2096     FALSE 0.090 102.000 0.000 NA   NA
 3751054 3751055 CMM_2096 CMM_2097     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3751055 3751056 CMM_2097 CMM_2098     FALSE 0.136 48.000 0.000 NA   NA
 3751056 3751057 CMM_2098 CMM_2099     FALSE 0.095 129.000 0.000 1.000   NA
 3751058 3751059 CMM_2100 CMM_2101     FALSE 0.009 344.000 0.000 NA   NA
 3751061 3751062 CMM_2103 CMM_2104     FALSE 0.194 32.000 0.000 NA   NA
 3751063 3751064 CMM_2105 CMM_2106     FALSE 0.075 122.000 0.000 NA   NA
 3751064 3751065 CMM_2106 CMM_2107     TRUE 0.996 -3.000 0.667 0.060 Y NA
 3751065 3751066 CMM_2107 CMM_2108     TRUE 0.996 -3.000 0.667 0.060 Y NA
 3751066 3751067 CMM_2108 CMM_2109   lacZ FALSE 0.397 137.000 0.000 1.000 Y NA
 3751067 3751068 CMM_2109 CMM_2110 lacZ   FALSE 0.209 111.000 0.000 1.000 N NA
 3751068 3751069 CMM_2110 CMM_2111     FALSE 0.198 115.000 0.000 1.000 N NA
 3751069 3751070 CMM_2111 CMM_2112     TRUE 0.701 4.000 0.000 NA N NA
 3751070 3751071 CMM_2112 CMM_2113     FALSE 0.006 472.000 0.000 NA   NA
 3751071 3751072 CMM_2113 CMM_2114   ptrB FALSE 0.089 103.000 0.000 NA   NA
 3751072 3751073 CMM_2114 THI2 ptrB   FALSE 0.115 65.000 0.000 NA   NA
 3751073 3751074 THI2 CMM_2115   thiM TRUE 0.638 -1.000 0.000 NA   NA
 3751074 3751075 CMM_2115 CMM_2116 thiM thiED TRUE 0.971 -3.000 0.007 0.002 Y NA
 3751075 3751076 CMM_2116 CMM_2117 thiED   FALSE 0.028 180.000 0.000 NA   NA
 3751076 3751077 CMM_2117 CMM_2118     FALSE 0.080 115.000 0.000 NA   NA
 3751077 3751078 CMM_2118 CMM_2119     FALSE 0.012 283.000 0.000 NA   NA
 3751080 3751081 CMM_2121 CMM_2122     TRUE 0.796 0.000 0.000 NA N NA
 3751083 3751084 CMM_2124 CMM_2125     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3751084 3751085 CMM_2125 CMM_2126     FALSE 0.122 58.000 0.000 NA   NA
 3751086 3751087 CMM_2127 CMM_2128   poxB FALSE 0.185 48.000 0.000 1.000   NA
 3751093 3751094 CMM_2133 CMM_2134     FALSE 0.147 44.000 0.000 NA   NA
 3751094 3751095 CMM_2134 CMM_2135     TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3751095 3751096 CMM_2135 CMM_2136     FALSE 0.113 74.000 0.000 NA   NA
 3751098 3751099 CMM_2138 CMM_2139   cynX FALSE 0.095 129.000 0.000 1.000   NA
 3751101 3751102 CMM_2141 CMM_2142 ribF   TRUE 0.673 3.000 0.008 NA   NA
 3751102 3751103 CMM_2142 CMM_2143     TRUE 0.693 38.000 0.167 NA   NA
 3751103 3751104 CMM_2143 CMM_2144   truB TRUE 0.706 -3.000 0.010 NA   NA
 3751108 3751109 CMM_2148 CMM_2149 rbfA infB TRUE 0.731 180.000 0.530 1.000 Y NA
 3751109 3751110 CMM_2149 CMM_2150 infB   TRUE 0.602 97.000 0.171 NA N NA
 3751110 3751111 CMM_2150 CMM_2151   nusA TRUE 0.894 51.000 0.323 NA Y NA
 3751111 3751112 CMM_2151 CMM_2152 nusA proS FALSE 0.237 87.000 0.000 1.000 N NA
 3751112 3751113 CMM_2152 CMM_2153 proS   FALSE 0.407 32.000 0.000 1.000 N NA
 3751113 3751114 CMM_2153 CMM_2154     TRUE 0.972 -3.000 0.154 0.040 N NA
 3751114 3751115 CMM_2154 CMM_2155     TRUE 0.959 8.000 0.154 1.000 Y NA
 3751115 3751116 CMM_2155 CMM_2156   ispG FALSE 0.499 108.000 0.000 1.000 Y NA
 3751116 3751117 CMM_2156 CMM_2157 ispG   FALSE 0.497 91.000 0.072 1.000 N NA
 3751118 3751119 CMM_2158 CMM_2159 pknF   TRUE 0.589 -3.000 0.000 NA   NA
 3751120 3751121 CMM_2160 CMM_2161 dxrA   TRUE 0.653 9.000 0.002 1.000 N NA
 3751121 3751122 CMM_2161 CMM_2162     FALSE 0.407 135.000 0.000 1.000 Y NA
 3751123 3751124 CMM_2163 CMM_2164 gabT   TRUE 0.966 0.000 0.044 NA Y NA
 3751125 3751126 CMM_2165 CMM_2166     FALSE 0.094 91.000 0.000 NA   NA
 3751126 3751127 CMM_2166 CMM_2167     TRUE 0.990 -3.000 0.880 NA   NA
 3751127 3751128 CMM_2167 CMM_2168     TRUE 0.988 -3.000 0.808 NA   NA
 3751128 3751129 CMM_2168 CMM_2169     TRUE 0.882 59.000 0.731 1.000   NA
 3751129 3751130 CMM_2169 CMM_2170   pknG TRUE 0.922 -3.000 0.091 1.000   NA
 3751130 3751131 CMM_2170 CMM_2171 pknG gltA FALSE 0.111 158.000 0.000 1.000 N NA
 3751131 3751132 CMM_2171 CMM_2172 gltA   FALSE 0.260 162.000 0.064 1.000 N NA
 3751132 3751133 CMM_2172 CMM_2173   fdxB TRUE 0.849 -3.000 0.012 1.000 N NA
 3751133 3751134 CMM_2173 CMM_2174 fdxB   FALSE 0.158 41.000 0.000 NA   NA
 3751135 3751136 CMM_2175 CMM_2176     TRUE 0.820 77.000 0.180 NA Y NA
 3751136 3751137 CMM_2176 CMM_2177     TRUE 0.996 0.000 0.812 NA Y NA
 3751138 3751139 CMM_2178 CMM_2179   bipA FALSE 0.417 7.000 0.000 NA   NA
 3751139 3751140 CMM_2179 CMM_2180 bipA   FALSE 0.200 114.000 0.000 1.000 N NA
 3751140 3751141 CMM_2180 CMM_2181     FALSE 0.126 99.000 0.000 1.000   NA
 3751143 3751144 CMM_2183 CMM_2184     TRUE 0.981 4.000 0.522 0.059   NA
 3751144 3751145 CMM_2184 CMM_2185     FALSE 0.326 179.000 0.132 0.059   NA
 3751146 3751147 CMM_2186 CMM_2187     FALSE 0.087 109.000 0.000 NA   NA
 3751147 3751148 CMM_2187 CMM_2188     TRUE 0.977 -3.000 0.484 NA   NA
 3751149 3751150 CMM_2189 CMM_2190     TRUE 0.969 -13.000 0.308 1.000 N NA
 3751150 3751151 CMM_2190 CMM_2191     TRUE 0.988 -3.000 0.122 0.001 Y NA
 3751151 3751152 CMM_2191 CMM_2192     TRUE 0.997 -3.000 0.654 0.003 Y NA
 3751152 3751153 CMM_2192 CMM_2193     TRUE 0.987 4.000 0.192 0.003 Y NA
 3751153 3751154 CMM_2193 CMM_2194     TRUE 0.752 -3.000 0.015 NA   NA
 3751154 3751155 CMM_2194 CMM_2195   gcvP FALSE 0.018 223.000 0.000 NA   NA
 3751155 3751156 CMM_2195 CMM_2196 gcvP gcvH TRUE 0.942 -3.000 0.005 1.000 Y NA
 3751156 3751157 CMM_2196 CMM_2197 gcvH gcvT TRUE 0.983 -3.000 0.056 0.001 Y NA
 3751157 3751158 CMM_2197 gcvT gcvT   FALSE 0.056 140.000 0.000 NA   NA