MicrobesOnline Operon Predictions for Bifidobacterium animalis subsp. lactis AD011

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
5624389	5624390	BLA_0001	BLA_0002	dnaA	dnaN	FALSE	0.341	604.000	0.328	1.000	Y	NA
5624390	5624391	BLA_0002	BLA_0003	dnaN	recF	TRUE	0.955	46.000	0.318	1.000	Y	NA
5624391	5624392	BLA_0003	BLA_0004	recF		TRUE	0.962	-3.000	0.099	NA		NA
5624392	5624393	BLA_0004	BLA_0005		gyrB	FALSE	0.235	191.000	0.022	NA		NA
5624393	5624394	BLA_0005	BLA_0006	gyrB	gyrA	TRUE	0.978	69.000	0.306	0.004	Y	NA
5624394	5624395	BLA_0006	BLA_0007	gyrA		FALSE	0.424	126.000	0.053	NA		NA
5624395	5624396	BLA_0007	BLA_0008			FALSE	0.316	156.000	0.029	NA		NA
5624397	5624398	BLA_0009	BLA_0010		gdhA	FALSE	0.027	410.000	0.000	1.000		NA
5624398	5624399	BLA_0010	BLA_0011	gdhA		FALSE	0.253	113.000	0.000	NA	N	NA
5624400	5624401	BLA_0012	BLA_0013		mscL	FALSE	0.041	248.000	0.000	NA		NA
5624401	5624402	BLA_0013	BLA_0014	mscL		FALSE	0.046	235.000	0.000	NA		NA
5624403	5624404	BLA_t0001	BLA_t0002			FALSE	0.398	32.000	0.000	NA		NA
5624406	5624407	BLA_0016	BLA_0017			FALSE	0.013	638.000	0.000	NA		NA
5624408	5624409	BLA_0018	BLA_0019			FALSE	0.374	39.000	0.000	NA		NA
5624409	5624410	BLA_0019	BLA_0020			FALSE	0.033	359.000	0.000	1.000		NA
5624410	5624411	BLA_0020	BLA_0021			FALSE	0.372	49.000	0.000	NA		NA
5624411	5624412	BLA_0021	BLA_0022			FALSE	0.020	374.000	0.000	NA		NA
5624412	5624413	BLA_0022	BLA_0023			FALSE	0.025	317.000	0.000	NA		NA
5624413	5624414	BLA_0023	BLA_0024			FALSE	0.013	646.000	0.000	NA		NA
5624414	5624415	BLA_0024	BLA_0025			FALSE	0.013	641.000	0.000	NA		NA
5624417	5624418	BLA_0027	BLA_0028			FALSE	0.012	845.000	0.000	NA		NA
5624421	5624422	BLA_0031	BLA_0032			TRUE	0.823	-58.000	0.000	NA		NA
5624422	5624423	BLA_0032	BLA_0033			FALSE	0.430	27.000	0.000	NA		NA
5624429	5624430	BLA_0039	BLA_0040			FALSE	0.061	214.000	0.000	NA		NA
5624436	5624437	BLA_0046	BLA_0047			FALSE	0.216	153.000	0.000	1.000	N	NA
5624437	5624438	BLA_0047	BLA_0048			TRUE	0.485	125.000	0.077	NA		NA
5624438	5624439	BLA_0048	BLA_0049		icfA	FALSE	0.124	284.000	0.038	NA		NA
5624442	5624443	BLA_0052	BLA_0053			FALSE	0.073	201.000	0.000	NA		NA
5624444	5624445	BLA_0054	BLA_0055		abfA	FALSE	0.291	118.000	0.000	1.000	N	NA
5624446	5624447	BLA_0056	BLA_0057		araD	TRUE	0.945	56.000	0.148	1.000	Y	NA
5624447	5624448	BLA_0057	BLA_0058	araD	araA	TRUE	0.499	264.000	0.138	1.000	Y	NA
5624448	5624449	BLA_0058	BLA_0059	araA		FALSE	0.177	135.000	0.000	1.000		NA
5624452	5624453	BLA_0062	BLA_0063		trpS	FALSE	0.213	155.000	0.000	1.000	N	NA
5624462	5624463	BLA_0072	BLA_0073			TRUE	0.824	88.000	0.216	NA		NA
5624463	5624464	BLA_0073	BLA_0074		pabA	FALSE	0.200	241.000	0.046	NA	N	NA
5624465	5624466	BLA_0075	BLA_0076	pknB	pknA	TRUE	0.993	-7.000	0.368	0.005		NA
5624466	5624467	BLA_0076	BLA_0077	pknA	pbpA	TRUE	0.979	-3.000	0.162	1.000	N	NA
5624467	5624468	BLA_0077	BLA_0078	pbpA	rodA	TRUE	0.971	-7.000	0.064	1.000	N	NA
5624468	5624469	BLA_0078	BLA_0079	rodA		TRUE	0.967	3.000	0.180	1.000	N	NA
5624469	5624470	BLA_0079	BLA_0080			TRUE	0.953	7.000	0.267	NA		NA
5624470	5624471	BLA_0080	BLA_0081			TRUE	0.955	19.000	0.629	NA		NA
5624473	5624474	BLA_0083	BLA_0084			FALSE	0.115	220.000	0.000	1.000	N	NA
5624475	5624476	BLA_0085	BLA_0086		rrmA	FALSE	0.361	80.000	0.000	NA		NA
5624477	5624478	BLA_0087	BLA_0088			FALSE	0.122	272.000	0.000	0.065		NA
5624478	5624479	BLA_0088	BLA_t0003			FALSE	0.014	556.000	0.000	NA		NA
5624479	5624480	BLA_t0003	BLA_0089		fprA	FALSE	0.128	130.000	0.000	NA		NA
5624480	5624481	BLA_0089	BLA_0090	fprA		FALSE	0.343	190.000	0.026	1.000	N	NA
5624481	5624482	BLA_0090	BLA_0091		degP	FALSE	0.058	309.000	0.000	1.000	N	NA
5624483	5624484	BLA_0092	BLA_0093			FALSE	0.015	498.000	0.000	NA		NA
5624484	5624485	BLA_0093	BLA_0094		tgt	FALSE	0.318	100.000	0.000	1.000		NA
5624486	5624487	BLA_t0004	BLA_0095		htpX	FALSE	0.273	95.000	0.000	NA		NA
5624487	5624488	BLA_0095	BLA_0096	htpX		TRUE	0.614	50.000	0.010	NA		NA
5624489	5624490	BLA_0097	BLA_0098			FALSE	0.143	121.000	0.000	NA		NA
5624493	5624494	BLA_0101	BLA_0102			FALSE	0.404	65.000	0.000	NA		NA
5624494	5624495	BLA_0102	BLA_0103			TRUE	0.677	98.000	0.000	NA	Y	NA
5624497	5624498	BLA_0105	BLA_0106			TRUE	0.452	24.000	0.000	NA		NA
5624498	5624499	BLA_0106	BLA_0107			FALSE	0.117	142.000	0.000	NA		NA
5624501	5624502	BLA_0109	BLA_0110			FALSE	0.393	57.000	0.000	NA		NA
5624502	5624503	BLA_0110	BLA_0111			FALSE	0.392	54.000	0.000	NA		NA
5624503	5624504	BLA_0111	BLA_0112			TRUE	0.781	37.000	0.000	0.020	N	NA
5624506	5624507	BLA_0114	BLA_0115			TRUE	0.513	68.000	0.000	1.000		NA
5624507	5624508	BLA_0115	BLA_0116		adh	TRUE	0.716	18.000	0.000	1.000	N	NA
5624511	5624512	BLA_0119	BLA_0120	fbaA	purA	FALSE	0.067	553.000	0.016	1.000	N	NA
5624512	5624513	BLA_0120	BLA_0121	purA	crcB	TRUE	0.454	141.000	0.031	1.000	N	NA
5624513	5624514	BLA_0121	BLA_0122	crcB	crcB	TRUE	0.997	0.000	1.000	0.087	Y	NA
5624514	5624515	BLA_0122	BLA_0123	crcB		FALSE	0.061	598.000	0.000	0.087	N	NA
5624515	5624516	BLA_0123	BLA_0124			TRUE	0.994	4.000	0.528	0.048	Y	NA
5624516	5624517	BLA_0124	BLA_0125			TRUE	0.994	-7.000	0.361	1.000	Y	NA
5624517	5624518	BLA_0125	BLA_0126		livF	TRUE	0.997	-7.000	0.582	0.042	Y	NA
5624518	5624519	BLA_0126	BLA_0127	livF	livF	TRUE	0.454	143.000	0.000	NA	Y	NA
5624521	5624522	BLA_0129	BLA_0130	scrP	scrT	FALSE	0.115	369.000	0.000	NA	Y	NA
5624522	5624523	BLA_0130	BLA_0131	scrT	livF	FALSE	0.036	266.000	0.000	NA		NA
5624523	5624524	BLA_0131	BLA_0132	livF		FALSE	0.410	30.000	0.000	NA		NA
5624524	5624525	BLA_0132	BLA_0133			FALSE	0.105	349.000	0.061	NA		NA
5624525	5624526	BLA_0133	BLA_0134		scrT	FALSE	0.117	142.000	0.000	NA		NA
5624527	5624528	BLA_0135	BLA_0136			TRUE	0.991	-9.000	0.667	1.000		NA
5624529	5624530	BLA_0137	BLA_0138	shiA	ilvC	FALSE	0.039	411.000	0.000	1.000	N	NA
5624531	5624532	BLA_0139	BLA_0140			TRUE	0.607	179.000	0.333	1.000		NA
5624533	5624534	BLA_0141	BLA_0142			FALSE	0.018	415.000	0.000	NA		NA
5624534	5624535	BLA_0142	BLA_0143		lacI	FALSE	0.039	257.000	0.000	NA		NA
5624536	5624537	BLA_0144	BLA_0145			FALSE	0.343	84.000	0.000	NA		NA
5624538	5624539	BLA_0146	BLA_0147			FALSE	0.026	314.000	0.000	NA		NA
5624539	5624540	BLA_0147	BLA_0148			FALSE	0.032	537.000	0.000	1.000	N	NA
5624540	5624541	BLA_0148	BLA_0149			TRUE	0.908	2.000	0.028	NA		NA
5624541	5624542	BLA_0149	BLA_0150		aroP	FALSE	0.108	153.000	0.000	NA		NA
5624542	5624543	BLA_0150	BLA_0151	aroP		FALSE	0.030	582.000	0.000	1.000	N	NA
5624543	5624544	BLA_0151	BLA_0152			TRUE	0.980	-10.000	0.120	1.000	N	NA
5624544	5624545	BLA_0152	BLA_0153		aapA	TRUE	0.853	55.000	0.083	1.000	N	NA
5624546	5624547	BLA_0154	BLA_0155			TRUE	0.791	-3.000	0.000	NA		NA
5624548	5624549	BLA_0156	BLA_0157			TRUE	0.930	72.000	0.370	1.000	N	NA
5624549	5624550	BLA_0157	BLA_0158			TRUE	0.989	60.000	1.000	0.010	Y	NA
5624551	5624552	BLA_0159	BLA_0160			FALSE	0.055	219.000	0.000	NA		NA
5624552	5624553	BLA_0160	BLA_0161			TRUE	0.556	16.000	0.000	NA		NA
5624554	5624555	BLA_0162	BLA_0163	thgA		FALSE	0.292	91.000	0.000	NA		NA
5624556	5624557	BLA_0164	BLA_0165	livF		FALSE	0.022	591.000	0.000	NA	N	NA
5624557	5624558	BLA_0165	BLA_0166			TRUE	0.963	10.000	0.462	NA		NA
5624558	5624559	BLA_0166	BLA_0167			TRUE	0.991	-3.000	0.929	NA		NA
5624560	5624561	BLA_0168	BLA_0169			TRUE	0.927	30.000	0.562	NA		NA
5624561	5624562	BLA_0169	BLA_0170			TRUE	0.879	53.000	0.200	1.000		NA
5624563	5624564	BLA_0171	BLA_0172			FALSE	0.076	196.000	0.000	NA		NA
5624566	5624567	BLA_0174	BLA_t0005			FALSE	0.102	162.000	0.000	NA		NA
5624570	5624571	BLA_0177	BLA_0178	ftsY	amt	FALSE	0.233	260.000	0.010	0.085	N	NA
5624571	5624572	BLA_0178	BLA_0179	amt	glnB	TRUE	0.975	2.000	0.257	1.000	N	NA
5624572	5624573	BLA_0179	BLA_0180	glnB	glnD	FALSE	0.190	293.000	0.065	1.000	N	NA
5624573	5624574	BLA_0180	BLA_0181	glnD		FALSE	0.047	361.000	0.000	1.000	N	NA
5624574	5624575	BLA_0181	BLA_0182		dnaB	TRUE	0.595	59.000	0.000	1.000	N	NA
5624575	5624576	BLA_0182	BLA_0183	dnaB		TRUE	0.503	130.000	0.049	1.000	N	NA
5624576	5624577	BLA_0183	BLA_0184			TRUE	0.950	69.000	0.796	1.000		NA
5624577	5624578	BLA_0184	BLA_0185			FALSE	0.319	156.000	0.030	NA		NA
5624578	5624579	BLA_0185	BLA_0186			FALSE	0.145	439.000	0.205	NA		NA
5624579	5624580	BLA_0186	BLA_0187			TRUE	0.466	111.000	0.018	1.000		NA
5624581	5624582	BLA_0188	BLA_0189	upp		FALSE	0.081	191.000	0.000	NA		NA
5624582	5624583	BLA_0189	BLA_0190			FALSE	0.208	104.000	0.000	NA		NA
5624583	5624584	BLA_0190	BLA_0191		mutT	TRUE	0.669	5.000	0.000	NA		NA
5624584	5624585	BLA_0191	BLA_0192	mutT	ppk	TRUE	0.562	119.000	0.056	1.000	N	NA
5624585	5624586	BLA_0192	BLA_0193	ppk		TRUE	0.611	10.000	0.000	NA		NA
5624587	5624588	BLA_0194	BLA_0195			TRUE	0.733	192.000	0.776	1.000	N	NA
5624588	5624589	BLA_0195	BLA_0196			TRUE	0.903	6.000	0.059	NA		NA
5624589	5624590	BLA_0196	BLA_0197			TRUE	0.969	5.000	0.429	NA		NA
5624590	5624591	BLA_0197	BLA_0198			TRUE	0.544	132.000	0.143	NA		NA
5624591	5624592	BLA_0198	BLA_0199			TRUE	0.944	5.000	0.143	NA		NA
5624592	5624593	BLA_0199	BLA_0200			TRUE	0.873	14.000	0.059	NA		NA
5624593	5624594	BLA_0200	BLA_0201		dnaX	FALSE	0.298	149.000	0.020	NA		NA
5624594	5624595	BLA_0201	BLA_0202	dnaX	recR	TRUE	0.910	31.000	0.028	1.000	Y	NA
5624595	5624596	BLA_0202	BLA_0203	recR	askA	FALSE	0.422	121.000	0.010	1.000	N	NA
5624596	5624597	BLA_0203	BLA_0204	askA	askB	TRUE	0.768	97.000	0.014	0.002		NA
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5625137	5625138	BLA_0720	BLA_0721	dppD	dppC	TRUE	0.967	18.000	0.725	1.000		NA
5625138	5625139	BLA_0721	BLA_0722	dppC	dppB	TRUE	0.993	14.000	0.811	0.037	Y	NA
5625139	5625140	BLA_0722	BLA_0723	dppB	dppA	FALSE	0.272	301.000	0.000	0.037	Y	NA
5625140	5625141	BLA_0723	BLA_0724	dppA		FALSE	0.074	277.000	0.000	1.000	N	NA
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5625143	5625144	BLA_0726	BLA_0727			TRUE	0.659	145.000	0.400	NA		NA
5625145	5625146	BLA_0728	BLA_0729	tyrA	pheA	TRUE	0.966	9.000	0.054	1.000	Y	NA
5625146	5625147	BLA_0729	BLA_0730	pheA		TRUE	0.779	23.000	0.032	NA		NA
5625147	5625148	BLA_0730	BLA_0731			TRUE	0.609	59.000	0.009	NA		NA
5625148	5625149	BLA_0731	BLA_0732			FALSE	0.034	354.000	0.000	1.000		NA
5625149	5625150	BLA_0732	BLA_0733			TRUE	0.506	62.000	0.000	1.000		NA
5625150	5625151	BLA_0733	BLA_0734			FALSE	0.151	201.000	0.000	1.000	N	NA
5625151	5625152	BLA_0734	BLA_0735		xerD	TRUE	0.605	113.000	0.058	1.000	N	NA
5625152	5625153	BLA_0735	BLA_0736	xerD	rplT	FALSE	0.068	392.000	0.006	1.000	N	NA
5625153	5625154	BLA_0736	BLA_0737	rplT	rpmI	TRUE	0.971	50.000	0.928	0.026		NA
5625154	5625155	BLA_0737	BLA_0738	rpmI	infC	TRUE	0.930	44.000	0.652	1.000		NA
5625156	5625157	BLA_0739	BLA_0740		gap	FALSE	0.165	232.000	0.007	1.000	N	NA
5625157	5625158	BLA_0740	BLA_0741	gap		FALSE	0.064	423.000	0.016	1.000		NA
5625161	5625162	BLA_0744	BLA_0745		sigH	TRUE	0.989	-3.000	0.750	NA		NA
5625163	5625164	BLA_0746	BLA_0747	murE		TRUE	0.953	51.000	0.444	0.008		NA
5625166	5625167	BLA_0749	BLA_0750			TRUE	0.933	116.000	0.400	0.010	Y	NA
5625169	5625170	BLA_0752	BLA_0753	pepP		TRUE	0.910	24.000	0.160	1.000	N	NA
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5625173	5625174	BLA_0756	BLA_0757		dtd	TRUE	0.519	87.000	0.000	1.000	N	NA
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5625326	5625327	BLA_0903	BLA_0904	pulA		FALSE	0.399	365.000	0.231	1.000	Y	NA
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5625339	5625340	BLA_0916	BLA_0917	trpS		FALSE	0.213	155.000	0.000	1.000	N	NA
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5625342	5625343	BLA_0919	BLA_0920			TRUE	0.998	-3.000	0.821	0.009	Y	NA
5625344	5625345	BLA_0921	BLA_0922			TRUE	0.972	34.000	0.682	NA	Y	NA
5625345	5625346	BLA_0922	BLA_0923			FALSE	0.139	377.000	0.136	NA		NA
5625350	5625351	BLA_0927	BLA_0928		miaA	TRUE	0.986	-19.000	0.028	1.000	Y	NA
5625351	5625352	BLA_0928	BLA_0929	miaA	ftsK	TRUE	0.811	18.000	0.007	1.000	N	NA
5625352	5625353	BLA_0929	BLA_0930	ftsK	pgsA	TRUE	0.660	116.000	0.025	0.047	N	NA
5625353	5625354	BLA_0930	BLA_0931	pgsA		FALSE	0.308	228.000	0.151	NA		NA
5625354	5625355	BLA_0931	BLA_0932			TRUE	0.811	23.000	0.057	NA		NA
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5625709	5625710	BLA_1280	BLA_1281	holA		TRUE	0.570	15.000	0.000	NA		NA
5625710	5625711	BLA_1281	BLA_1282			FALSE	0.391	76.000	0.000	NA		NA
5625711	5625712	BLA_1282	BLA_1283		rimI	TRUE	0.958	-3.000	0.056	1.000		NA
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5625713	5625714	BLA_1284	BLA_t0041	gcp		FALSE	0.123	134.000	0.000	NA		NA
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5625718	5625719	BLA_1287	BLA_1288			FALSE	0.119	141.000	0.000	NA		NA
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5625727	5625728	BLA_1296	BLA_1297	tsf	pyrH	TRUE	0.732	144.000	0.416	1.000	N	NA
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5625749	5625750	BLA_1318	BLA_1319			TRUE	0.972	3.000	0.409	NA		NA
5625750	5625751	BLA_1319	BLA_1320		garA	TRUE	0.944	7.000	0.192	NA		NA
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5625760	5625761	BLA_1329	BLA_1330		ugpA	FALSE	0.137	878.000	0.265	NA	N	NA
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5625801	5625802	BLA_1365	BLA_1366	tpiA	pgk	TRUE	0.885	94.000	0.075	1.000	Y	NA
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5625831	5625832	BLA_1395	BLA_1396	pyrI	pyrB	TRUE	0.987	0.000	0.197	NA	Y	NA
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5625849	5625850	BLA_1413	BLA_1414	ilvE		FALSE	0.127	214.000	0.000	1.000	N	NA
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5625853	5625854	BLA_1417	BLA_1418		pntA	TRUE	0.993	3.000	0.829	0.002		NA
5625856	5625857	BLA_1420	BLA_1421	era		TRUE	0.952	2.000	0.089	1.000		NA
5625857	5625858	BLA_1421	BLA_1422			TRUE	0.853	42.000	0.222	NA		NA
5625858	5625859	BLA_1422	BLA_1423		phoH	TRUE	0.986	-10.000	0.457	NA		NA
5625859	5625860	BLA_1423	BLA_1424	phoH	pkcI	TRUE	0.801	55.000	0.032	1.000	N	NA
5625860	5625861	BLA_1424	BLA_1425	pkcI		TRUE	0.625	92.000	0.034	NA		NA
5625862	5625863	BLA_t0049	BLA_1426		tnsR	FALSE	0.394	55.000	0.000	NA		NA
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5625867	5625868	BLA_1430	BLA_1431			TRUE	0.866	90.000	0.249	1.000	N	NA
5625868	5625869	BLA_1431	BLA_1432		sufC	TRUE	0.864	31.000	0.093	1.000	N	NA
5625869	5625870	BLA_1432	BLA_1433	sufC	sufD	TRUE	0.993	0.000	0.482	1.000	Y	NA
5625870	5625871	BLA_1433	BLA_1434	sufD	sufB	TRUE	0.993	4.000	0.266	0.002	Y	NA
5625871	5625872	BLA_1434	BLA_1435	sufB		FALSE	0.031	497.000	0.004	NA		NA
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5625873	5625874	BLA_1436	BLA_1437	pyrG	apuB	FALSE	0.131	128.000	0.000	NA		NA
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