MicrobesOnline Operon Predictions for Clostridium botulinum F str. Langeland

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3745037 3745038 CLI_0001 CLI_0002 dnaA dnaN FALSE 0.572 263.000 0.328 1.000 Y NA
 3745038 3745039 CLI_0002 CLI_0003 dnaN   TRUE 0.966 19.000 0.103 1.000   NA
 3745039 3745040 CLI_0003 CLI_0004   recF TRUE 0.849 79.000 0.209 1.000   NA
 3745040 3745041 CLI_0004 CLI_0005 recF   TRUE 0.928 21.000 0.024 NA   NA
 3745041 3745042 CLI_0005 CLI_0006   gyrB TRUE 0.928 18.000 0.017 NA   NA
 3745042 3745043 CLI_0006 CLI_0007 gyrB gyrA TRUE 0.993 26.000 0.306 0.002 Y NA
 3745043 3745044 CLI_0007 CLI_0008 gyrA   FALSE 0.335 97.000 0.000 NA   NA
 3745044 3745045 CLI_0008 CLI_0009   rrsA FALSE 0.085 202.000 0.000 NA   NA
 3745045 3745046 CLI_0009 CLI_0012 rrsA rrlA FALSE 0.191 158.000 0.000 NA   NA
 3745046 3745047 CLI_0012 CLI_0013 rrlA rrfA FALSE 0.335 94.000 0.000 NA   NA
 3745047 3745048 CLI_0013 CLI_0016 rrfA   TRUE 0.862 8.000 0.000 NA   NA
 3745048 3745049 CLI_0016 CLI_0015     TRUE 0.626 -77.000 0.000 NA   NA
 3745049 3745050 CLI_0015 CLI_0018     TRUE 0.859 3.000 0.000 NA   NA
 3745050 3745051 CLI_0018 CLI_0017     TRUE 0.642 -76.000 0.000 NA   NA
 3745051 3745052 CLI_0017 CLI_0019     FALSE 0.101 195.000 0.000 NA   NA
 3745052 3745053 CLI_0019 CLI_0020     TRUE 0.945 16.000 0.029 NA   NA
 3745053 3745054 CLI_0020 CLI_0021     TRUE 0.949 2.000 0.014 1.000   NA
 3745054 3745055 CLI_0021 CLI_0022     TRUE 0.950 5.000 0.011 1.000   NA
 3745055 3745056 CLI_0022 CLI_0023     FALSE 0.537 137.000 0.016 NA   NA
 3745056 3745057 CLI_0023 CLI_0024     TRUE 0.968 25.000 0.214 NA   NA
 3745057 3745058 CLI_0024 CLI_0025     TRUE 0.982 17.000 0.370 NA   NA
 3745058 3745059 CLI_0025 CLI_0026   serS-1 FALSE 0.008 370.000 0.000 NA   NA
 3745059 3745060 CLI_0026 CLI_0028 serS-1   FALSE 0.026 276.000 0.000 NA   NA
 3745060 3745061 CLI_0028 CLI_0027     FALSE 0.609 -91.000 0.000 NA   NA
 3745061 3745062 CLI_0027 CLI_0030     TRUE 0.788 20.000 0.000 NA   NA
 3745062 3745063 CLI_0030 CLI_0029     FALSE 0.609 -91.000 0.000 NA   NA
 3745063 3745064 CLI_0029 CLI_0031     FALSE 0.024 281.000 0.000 NA   NA
 3745064 3745065 CLI_0031 CLI_0033     FALSE 0.320 115.000 0.000 NA   NA
 3745065 3745066 CLI_0033 CLI_0032     FALSE 0.609 -91.000 0.000 NA   NA
 3745066 3745067 CLI_0032 CLI_0035     TRUE 0.788 20.000 0.000 NA   NA
 3745067 3745068 CLI_0035 CLI_0034     FALSE 0.609 -91.000 0.000 NA   NA
 3745068 3745069 CLI_0034 CLI_0037     FALSE 0.340 84.000 0.000 NA   NA
 3745069 3745070 CLI_0037 CLI_0036     TRUE 0.626 -77.000 0.000 NA   NA
 3745071 3745072 CLI_0038 CLI_0039 psd   TRUE 0.654 103.000 0.026 NA   NA
 3745072 3745073 CLI_0039 CLI_0040     FALSE 0.369 76.000 0.000 NA   NA
 3745074 3745075 CLI_0041 CLI_0042     FALSE 0.277 133.000 0.000 NA   NA
 3745075 3745076 CLI_0042 CLI_0043   megL TRUE 0.799 160.000 0.034 1.000 Y NA
 3745076 3745077 CLI_0043 CLI_0044 megL   FALSE 0.399 124.000 0.000 1.000 N NA
 3745077 3745078 CLI_0044 CLI_0046     FALSE 0.168 165.000 0.000 NA   NA
 3745078 3745079 CLI_0046 CLI_0045     FALSE 0.613 -90.000 0.000 NA   NA
 3745079 10195472 CLI_0045 CLI_3894   srpB FALSE 0.299 124.000 0.000 NA   NA
 10195472 3745080 CLI_3894 CLI_0047 srpB dnaX FALSE 0.171 164.000 0.000 NA   NA
 3745080 3745081 CLI_0047 CLI_0048 dnaX   TRUE 0.822 65.000 0.100 NA   NA
 3745081 3745082 CLI_0048 CLI_0049   recR TRUE 0.971 33.000 0.604 NA   NA
 3745082 3745083 CLI_0049 CLI_0050 recR   TRUE 0.817 57.000 0.071 NA   NA
 3745083 3745084 CLI_0050 CLI_0051   bofA TRUE 0.805 150.000 0.417 NA   NA
 3745084 3745085 CLI_0051 CLI_0052 bofA sfsA FALSE 0.412 151.000 0.005 NA   NA
 3745085 3745086 CLI_0052 CLI_0053 sfsA   TRUE 0.713 56.000 0.015 NA   NA
 3745086 3745087 CLI_0053 CLI_0054     FALSE 0.337 118.000 0.000 1.000   NA
 3745087 3745088 CLI_0054 CLI_0055     FALSE 0.298 134.000 0.000 1.000   NA
 3745088 3745089 CLI_0055 CLI_0056     TRUE 0.975 19.000 0.222 NA   NA
 3745089 3745090 CLI_0056 CLI_0057     FALSE 0.007 383.000 0.000 NA   NA
 3745090 3745091 CLI_0057 CLI_0058     TRUE 0.641 83.000 0.007 1.000 N NA
 3745091 3745092 CLI_0058 CLI_0059     TRUE 0.925 29.000 0.035 1.000 N NA
 3745092 3745093 CLI_0059 CLI_0060   rrsB FALSE 0.007 387.000 0.000 NA   NA
 3745093 3745094 CLI_0060 CLI_0063 rrsB rrlB FALSE 0.061 222.000 0.000 NA   NA
 3745094 3745095 CLI_0063 CLI_0064 rrlB rrfB FALSE 0.475 52.000 0.000 NA   NA
 3745095 3745096 CLI_0064 CLI_0066 rrfB   TRUE 0.862 6.000 0.000 NA   NA
 3745096 3745097 CLI_0066 CLI_0065     TRUE 0.642 -76.000 0.000 NA   NA
 3745099 3745100 CLI_0068 CLI_0071 rrsC rrlI-1 FALSE 0.191 158.000 0.000 NA   NA
 3745100 3745101 CLI_0071 CLI_0072 rrlI-1 rrfC FALSE 0.483 51.000 0.000 NA   NA
 3745101 3745102 CLI_0072 CLI_0074 rrfC   TRUE 0.862 6.000 0.000 NA   NA
 3745102 3745103 CLI_0074 CLI_0073     TRUE 0.642 -76.000 0.000 NA   NA
 3745103 3745104 CLI_0073 CLI_0075     FALSE 0.011 343.000 0.000 NA   NA
 3745104 3745105 CLI_0075 CLI_0076     TRUE 0.989 -3.000 0.800 NA   NA
 3745105 3745106 CLI_0076 CLI_0077   rrsD FALSE 0.002 645.000 0.000 NA   NA
 3745106 3745107 CLI_0077 CLI_0080 rrsD rrlD FALSE 0.061 222.000 0.000 NA   NA
 3745107 3745108 CLI_0080 CLI_0081 rrlD rrfD FALSE 0.475 52.000 0.000 NA   NA
 3745108 3745109 CLI_0081 CLI_t01 rrfD   TRUE 0.862 8.000 0.000 NA   NA
 3745109 3745110 CLI_t01 CLI_0088     FALSE 0.075 209.000 0.000 NA   NA
 3745110 3745111 CLI_0088 CLI_0085     FALSE 0.602 -191.000 0.000 NA   NA
 3745111 3745112 CLI_0085 CLI_0086     FALSE 0.035 255.000 0.000 NA   NA
 3745112 3745113 CLI_0086 CLI_0089   rrsE FALSE 0.002 1302.000 0.000 NA   NA
 3745113 3745114 CLI_0089 CLI_0092 rrsE rrlE FALSE 0.191 158.000 0.000 NA   NA
 3745114 3745115 CLI_0092 CLI_0093 rrlE rrfE FALSE 0.483 51.000 0.000 NA   NA
 3745115 3745116 CLI_0093 CLI_t02 rrfE   TRUE 0.862 8.000 0.000 NA   NA
 3745116 3745117 CLI_t02 CLI_0097     FALSE 0.255 141.000 0.000 NA   NA
 3745117 3745118 CLI_0097 CLI_0098   rrsF FALSE 0.003 521.000 0.000 NA   NA
 3745118 3745119 CLI_0098 CLI_0101 rrsF rrlH-1 FALSE 0.191 158.000 0.000 NA   NA
 3745119 3745120 CLI_0101 CLI_0102 rrlH-1 rrfF FALSE 0.483 51.000 0.000 NA   NA
 3745120 3745121 CLI_0102 CLI_0103 rrfF   FALSE 0.009 357.000 0.000 NA   NA
 3745121 3745122 CLI_0103 CLI_0104     FALSE 0.348 82.000 0.000 NA   NA
 3745123 3745124 CLI_0105 CLI_0106     TRUE 0.894 36.000 0.039 NA N NA
 3745127 3745128 CLI_0109 CLI_0110     TRUE 0.948 -21.000 0.120 NA   NA
 3745128 3745129 CLI_0110 CLI_0111     TRUE 0.944 24.000 0.034 1.000 N NA
 3745129 3745130 CLI_0111 CLI_0112     TRUE 0.698 81.000 0.034 NA   NA
 3745130 3745131 CLI_0112 CLI_0113     TRUE 0.929 18.000 0.018 NA   NA
 3745131 3745132 CLI_0113 CLI_0114     TRUE 0.987 2.000 0.372 NA   NA
 3745132 3745133 CLI_0114 CLI_0115     TRUE 0.945 12.000 0.011 NA   NA
 3745133 3745134 CLI_0115 CLI_0116     TRUE 0.873 82.000 0.333 1.000   NA
 3745134 3745135 CLI_0116 CLI_0117     FALSE 0.550 121.000 0.006 1.000   NA
 3745135 3745136 CLI_0117 CLI_0118     TRUE 0.967 20.000 0.078 0.009   NA
 3745136 3745137 CLI_0118 CLI_0119     FALSE 0.362 156.000 0.002 NA   NA
 3745139 3745140 CLI_0121 CLI_0122   arcA-1 FALSE 0.006 422.000 0.000 1.000   NA
 3745141 3745142 CLI_0123 CLI_0124 ispF   FALSE 0.579 76.000 0.003 NA   NA
 3745145 3745146 CLI_0127 CLI_0128 spmA   TRUE 0.992 13.000 0.655 0.003   NA
 3745148 3745149 CLI_0130 CLI_0131 udgA   TRUE 0.903 29.000 0.016 1.000 N NA
 3745149 3745150 CLI_0131 CLI_0132   metG FALSE 0.012 382.000 0.000 1.000 N NA
 3745150 3745151 CLI_0132 CLI_0133 metG   FALSE 0.045 295.000 0.003 NA   NA
 3745151 3745152 CLI_0133 CLI_0134     FALSE 0.405 151.000 0.004 NA   NA
 3745152 3745153 CLI_0134 CLI_0135     FALSE 0.053 228.000 0.000 NA   NA
 3745153 3745154 CLI_0135 CLI_0136     TRUE 0.688 73.000 0.020 1.000   NA
 3745154 3745155 CLI_0136 CLI_0137   ksgA TRUE 0.979 2.000 0.093 1.000 N NA
 3745155 3745156 CLI_0137 CLI_0138 ksgA   FALSE 0.612 79.000 0.010 NA   NA
 3745156 3745157 CLI_0138 CLI_0139     TRUE 0.737 157.000 0.278 NA   NA
 3745157 3745158 CLI_0139 CLI_0140     TRUE 0.653 165.000 0.188 NA   NA
 3745158 3745159 CLI_0140 CLI_0141     TRUE 0.626 168.000 0.167 NA   NA
 3745159 3745160 CLI_0141 CLI_0142     TRUE 0.989 11.000 0.350 1.000 N NA
 3745160 3745161 CLI_0142 CLI_0143     TRUE 0.994 -3.000 0.349 NA Y NA
 3745161 3745162 CLI_0143 CLI_0144     TRUE 0.683 82.000 0.019 NA N NA
 3745162 3745163 CLI_0144 CLI_0145     FALSE 0.292 137.000 0.000 1.000   NA
 3745165 3745166 CLI_0147 CLI_0148     TRUE 0.772 57.000 0.037 NA   NA
 3745166 3745167 CLI_0148 CLI_0149   nrdD FALSE 0.021 290.000 0.000 NA   NA
 3745167 3745168 CLI_0149 CLI_0150 nrdD nrdG TRUE 0.987 17.000 0.315 0.001 N NA
 3745169 3745170 CLI_0151 CLI_0152     TRUE 0.977 2.000 0.111 NA   NA
 3745170 3745171 CLI_0152 CLI_0153     FALSE 0.305 121.000 0.000 NA   NA
 3745172 3745173 CLI_0154 CLI_0155 ileS   FALSE 0.498 151.000 0.009 1.000 N NA
 3745173 3745174 CLI_0155 CLI_0156     FALSE 0.226 216.000 0.017 1.000 N NA
 3745174 3745175 CLI_0156 CLI_0157     TRUE 0.859 75.000 0.160 1.000 N NA
 3745175 3745176 CLI_0157 CLI_0158     FALSE 0.012 336.000 0.000 NA   NA
 3745176 3745177 CLI_0158 CLI_0159     TRUE 0.972 5.000 0.066 NA   NA
 3745177 3745178 CLI_0159 CLI_0160     TRUE 0.974 20.000 0.210 1.000   NA
 3745178 3745179 CLI_0160 CLI_0161     FALSE 0.063 225.000 0.000 1.000   NA
 3745179 3745180 CLI_0161 CLI_0162     TRUE 0.618 187.000 0.333 1.000   NA
 3745182 3745183 CLI_0164 CLI_0165     TRUE 0.975 15.000 0.143 NA   NA
 3745183 3745184 CLI_0165 CLI_0166     TRUE 0.967 27.000 0.250 NA   NA
 3745184 3745185 CLI_0166 CLI_0167     TRUE 0.991 13.000 0.800 NA   NA
 3745187 3745188 CLI_0169 CLI_0170 cotS   TRUE 0.764 124.000 0.119 NA   NA
 3745188 3745189 CLI_0170 CLI_0171     FALSE 0.448 196.000 0.116 NA   NA
 3745189 3745190 CLI_0171 CLI_0172     TRUE 0.758 103.000 0.082 NA   NA
 3745190 3745191 CLI_0172 CLI_0173     FALSE 0.019 297.000 0.000 NA   NA
 3745191 3745192 CLI_0173 CLI_0174   cphB TRUE 0.685 -30.000 0.000 NA   NA
 3745192 3745193 CLI_0174 CLI_0175 cphB cphA TRUE 0.960 44.000 0.605 1.000 N NA
 3745193 3745194 CLI_0175 CLI_0176 cphA ispE TRUE 0.671 93.000 0.016 1.000 N NA
 3745194 3745195 CLI_0176 CLI_0177 ispE   FALSE 0.022 362.000 0.005 NA   NA
 3745195 3745196 CLI_0177 CLI_0178     TRUE 0.850 61.000 0.133 NA   NA
 3745196 3745197 CLI_0178 CLI_0179     TRUE 0.983 20.000 0.333 0.008   NA
 3745197 3745198 CLI_0179 CLI_0180     TRUE 0.949 50.000 0.500 0.008   NA
 3745198 3745199 CLI_0180 CLI_0181     TRUE 0.814 73.000 0.109 NA   NA
 3745201 3745202 CLI_0183 CLI_0184 ypeB   FALSE 0.558 103.000 0.003 1.000   NA
 3745202 3745203 CLI_0184 CLI_0185     TRUE 0.898 25.000 0.011 NA   NA
 3745203 3745204 CLI_0185 CLI_0186     TRUE 0.630 132.000 0.039 NA   NA
 3745204 3745205 CLI_0186 CLI_0187   pyrG FALSE 0.109 234.000 0.004 NA   NA
 3745205 3745206 CLI_0187 CLI_0188 pyrG   FALSE 0.003 500.000 0.000 NA   NA
 3745206 3745207 CLI_0188 CLI_0189   rho FALSE 0.308 172.000 0.006 NA   NA
 3745209 3745210 CLI_0191 CLI_0192 tdk   TRUE 0.921 17.000 0.010 NA   NA
 3745210 3745211 CLI_0192 CLI_0193     TRUE 0.977 8.000 0.098 NA   NA
 3745211 3745212 CLI_0193 CLI_0194   prfA TRUE 0.926 82.000 0.081 1.000 Y NA
 3745212 3745213 CLI_0194 CLI_0195 prfA   TRUE 0.874 28.000 0.009 NA   NA
 3745213 3745214 CLI_0195 CLI_0196     TRUE 0.846 59.000 0.116 NA   NA
 3745214 3745215 CLI_0196 CLI_0197     TRUE 0.955 21.000 0.052 NA N NA
 3745215 3745216 CLI_0197 CLI_0198     TRUE 0.974 9.000 0.056 NA N NA
 3745216 3745217 CLI_0198 CLI_0199   rpiB TRUE 0.832 60.000 0.065 1.000 N NA
 3745217 3745218 CLI_0199 CLI_0200 rpiB upp TRUE 0.903 30.000 0.019 1.000 N NA
 3745218 3745219 CLI_0200 CLI_0201 upp   FALSE 0.057 506.000 0.041 1.000 Y NA
 3745219 3745220 CLI_0201 CLI_0202   tagO TRUE 0.709 108.000 0.029 1.000 N NA
 3745220 3745221 CLI_0202 CLI_0203 tagO mnaA TRUE 0.995 14.000 0.346 1.000 Y NA
 3745221 3745222 CLI_0203 CLI_0204 mnaA   FALSE 0.004 492.000 0.000 1.000   NA
 3745222 3745223 CLI_0204 CLI_0205   atpB TRUE 0.984 15.000 0.330 1.000   NA
 3745223 3745224 CLI_0205 CLI_0206 atpB atpE TRUE 0.838 40.000 0.009 0.007   NA
 3745224 3745225 CLI_0206 CLI_0207 atpE atpF TRUE 0.834 76.000 0.095 0.007   NA
 3745225 3745226 CLI_0207 CLI_0208 atpF atpH TRUE 0.992 3.000 0.040 0.007 Y NA
 3745226 3745227 CLI_0208 CLI_0209 atpH atpA TRUE 0.998 11.000 0.864 0.007 Y NA
 3745227 3745228 CLI_0209 CLI_0210 atpA atpG TRUE 0.996 22.000 0.846 0.007 Y NA
 3745228 3745229 CLI_0210 CLI_0211 atpG atpD TRUE 0.997 14.000 0.724 0.007 Y NA
 3745229 3745230 CLI_0211 CLI_0212 atpD atpC TRUE 0.996 25.000 0.837 0.007 Y NA
 3745230 3745231 CLI_0212 CLI_0213 atpC   FALSE 0.231 194.000 0.007 NA   NA
 3745231 3745232 CLI_0213 CLI_0214   murA-1 TRUE 0.976 24.000 0.346 NA   NA
 3745232 3745233 CLI_0214 CLI_0215 murA-1 spoIID FALSE 0.263 272.000 0.243 1.000 N NA
 3745233 3745234 CLI_0215 CLI_0216 spoIID   FALSE 0.020 587.000 0.090 1.000 N NA
 3745234 3745235 CLI_0216 CLI_0217   spoIIID TRUE 0.775 108.000 0.093 1.000   NA
 3745235 3745236 CLI_0217 CLI_0218 spoIIID   TRUE 0.858 100.000 0.284 1.000   NA
 3745237 3745238 CLI_0219 CLI_0220     TRUE 0.735 49.000 0.010 NA   NA
 10195473 3745239 CLI_3897 CLI_0224     TRUE 0.662 -69.000 0.000 NA   NA
 3745239 10195474 CLI_0224 CLI_3898     FALSE 0.604 -108.000 0.000 NA   NA
 10195474 3745240 CLI_3898 CLI_0226     TRUE 0.855 12.000 0.000 NA   NA
 3745240 3745241 CLI_0226 CLI_0225     TRUE 0.642 -76.000 0.000 NA   NA
 3745241 3745242 CLI_0225 CLI_0227     TRUE 0.800 18.000 0.000 NA   NA
 3745242 3745243 CLI_0227 CLI_0229     TRUE 0.862 5.000 0.000 NA   NA
 3745243 3745244 CLI_0229 CLI_0228     TRUE 0.618 -85.000 0.000 NA   NA
 3745244 3745245 CLI_0228 CLI_0230     FALSE 0.335 102.000 0.000 NA   NA
 3745245 3745246 CLI_0230 CLI_0231   metK FALSE 0.343 83.000 0.000 NA   NA
 3745246 3745247 CLI_0231 CLI_0232 metK   FALSE 0.419 191.000 0.052 1.000 N NA
 3745247 3745248 CLI_0232 CLI_0233     TRUE 0.935 26.000 0.051 NA   NA
 3745248 3745249 CLI_0233 CLI_0234     TRUE 0.946 -27.000 0.130 NA   NA
 3745249 3745250 CLI_0234 CLI_0235   yfiA FALSE 0.031 425.000 0.080 NA   NA
 3745250 3745251 CLI_0235 CLI_0236 yfiA secA FALSE 0.244 228.000 0.050 NA N NA
 3745251 3745252 CLI_0236 CLI_0237 secA prfB FALSE 0.049 364.000 0.048 1.000 N NA
 3745254 3745255 CLI_0239 CLI_0240     FALSE 0.023 284.000 0.000 NA   NA
 3745255 3745256 CLI_0240 CLI_0241     FALSE 0.018 411.000 0.016 NA   NA
 3745256 3745257 CLI_0241 CLI_0242     TRUE 0.983 21.000 0.500 NA   NA
 3745257 3745258 CLI_0242 CLI_0243     TRUE 0.970 14.000 0.077 1.000   NA
 3745258 3745259 CLI_0243 CLI_0244     TRUE 0.655 84.000 0.022 1.000   NA
 3745259 3745260 CLI_0244 CLI_0245     TRUE 0.910 40.000 0.109 1.000   NA
 3745262 3745263 CLI_0247 CLI_0248     FALSE 0.218 151.000 0.000 NA   NA
 3745264 3745265 CLI_0249 CLI_0250 leuS   FALSE 0.011 377.000 0.000 NA N NA
 3745265 3745266 CLI_0250 CLI_0251     FALSE 0.116 185.000 0.000 NA   NA
 3745266 3745267 CLI_0251 CLI_0252     TRUE 0.657 -75.000 0.000 NA   NA
 3745267 3745268 CLI_0252 CLI_0253     FALSE 0.463 54.000 0.000 NA   NA
 3745268 3745269 CLI_0253 CLI_0254     TRUE 0.962 25.000 0.138 NA   NA
 3745269 3745270 CLI_0254 CLI_0255     TRUE 0.950 -13.000 0.098 NA   NA
 3745270 3745271 CLI_0255 CLI_0256     TRUE 0.977 4.000 0.098 NA   NA
 3745273 3745274 CLI_0258 CLI_0259 fba   FALSE 0.055 226.000 0.000 NA   NA
 3745274 3745275 CLI_0259 CLI_0260     TRUE 0.740 117.000 0.082 NA   NA
 3745276 3745277 CLI_0261 CLI_0262     FALSE 0.517 138.000 0.013 NA   NA
 3745279 3745280 CLI_0264 CLI_0265     TRUE 0.777 106.000 0.094 1.000   NA
 3745280 3745281 CLI_0265 CLI_0266     TRUE 0.874 74.000 0.281 NA   NA
 3745283 3745284 CLI_0268 CLI_0269   sleB FALSE 0.252 225.000 0.041 0.065   NA
 3745284 3745285 CLI_0269 CLI_0270 sleB cysK-1 FALSE 0.010 364.000 0.000 1.000   NA
 3745285 3745286 CLI_0270 CLI_0271 cysK-1 cysE TRUE 0.993 15.000 0.101 0.002 Y NA
 3745286 3745287 CLI_0271 CLI_0272 cysE   TRUE 0.959 22.000 0.064 1.000 N NA
 3745287 3745288 CLI_0272 CLI_0273     TRUE 0.669 148.000 0.064 1.000 N NA
 3745288 3745289 CLI_0273 CLI_0274   nth TRUE 0.649 93.000 0.011 1.000 N NA
 3745289 3745290 CLI_0274 CLI_0275 nth   FALSE 0.019 333.000 0.000 1.000 N NA
 3745291 3745292 CLI_0276 CLI_0277     TRUE 0.882 26.000 0.004 1.000   NA
 3745292 3745293 CLI_0277 CLI_0278     TRUE 0.618 110.000 0.018 NA   NA
 3745294 3745295 CLI_0279 CLI_0280     FALSE 0.426 204.000 0.000 1.000 Y NA
 3745295 3745296 CLI_0280 CLI_0281   splB FALSE 0.598 147.000 0.027 1.000 N NA
 3745296 3745297 CLI_0281 CLI_0282 splB   FALSE 0.587 128.000 0.008 1.000 N NA
 3745297 3745298 CLI_0282 CLI_0283     TRUE 0.946 13.000 0.016 NA   NA
 3745298 3745299 CLI_0283 CLI_0284     FALSE 0.020 294.000 0.000 NA   NA
 3745299 3745300 CLI_0284 CLI_0285     FALSE 0.496 183.000 0.097 1.000   NA
 3745300 3745301 CLI_0285 CLI_0286     TRUE 0.989 2.000 0.438 1.000   NA
 3745301 3745302 CLI_0286 CLI_0287     TRUE 0.988 -7.000 0.720 0.037   NA
 3745302 3745303 CLI_0287 CLI_0288     FALSE 0.578 112.000 0.007 1.000   NA
 3745303 3745304 CLI_0288 CLI_0289   rpoN FALSE 0.097 338.000 0.125 1.000 N NA
 3745304 3745305 CLI_0289 CLI_0290 rpoN cggR FALSE 0.280 288.000 0.034 1.000 Y NA
 3745305 3745306 CLI_0290 CLI_0291 cggR gap-1 TRUE 0.895 78.000 0.348 1.000 N NA
 3745306 3745307 CLI_0291 CLI_0292 gap-1 pgk FALSE 0.331 297.000 0.063 0.004 Y NA
 3745307 3745308 CLI_0292 CLI_0293 pgk tpiA TRUE 0.953 62.000 0.141 1.000 Y NA
 3745308 3745309 CLI_0293 CLI_0294 tpiA gpmI TRUE 0.936 92.000 0.138 1.000 Y NA
 3745309 3745310 CLI_0294 CLI_0295 gpmI eno TRUE 0.922 56.000 0.016 1.000 Y NA
 3745310 3745311 CLI_0295 CLI_0296 eno secG FALSE 0.173 224.000 0.006 1.000 N NA
 3745311 3745312 CLI_0296 CLI_0297 secG rnr FALSE 0.347 210.000 0.064 1.000 N NA
 3745312 3745313 CLI_0297 CLI_0298 rnr surE FALSE 0.007 409.000 0.000 1.000   NA
 3745313 3745314 CLI_0298 CLI_0299 surE smpB FALSE 0.038 257.000 0.000 1.000   NA
 10195475 3745316 CLI_3904 CLI_0301     FALSE 0.065 218.000 0.000 NA   NA
 3745318 3745319 CLI_0303 CLI_0304     FALSE 0.004 496.000 0.000 1.000   NA
 3745319 3745320 CLI_0304 CLI_0305     FALSE 0.603 37.000 0.000 NA   NA
 3745320 3745321 CLI_0305 CLI_0306     FALSE 0.131 179.000 0.000 NA   NA
 3745321 3745322 CLI_0306 CLI_0307     FALSE 0.116 185.000 0.000 NA   NA
 3745322 3745323 CLI_0307 CLI_0308     FALSE 0.050 238.000 0.000 1.000   NA
 3745323 3745324 CLI_0308 CLI_0309     FALSE 0.011 355.000 0.000 1.000   NA
 3745324 3745325 CLI_0309 CLI_0310     FALSE 0.003 499.000 0.000 NA   NA
 3745325 3745326 CLI_0310 CLI_0311     FALSE 0.049 255.000 0.000 NA N NA
 3745326 3745327 CLI_0311 CLI_0312     TRUE 0.969 69.000 0.455 1.000 Y NA
 3745327 3745328 CLI_0312 CLI_0313     TRUE 0.920 75.000 0.545 1.000 N NA
 3745328 3745329 CLI_0313 CLI_0314     TRUE 0.983 -13.000 0.833 NA   NA
 3745329 3745330 CLI_0314 CLI_0315     TRUE 0.969 -7.000 0.167 NA   NA
 3745330 3745331 CLI_0315 CLI_0316     FALSE 0.021 293.000 0.000 NA   NA
 3745331 3745332 CLI_0316 CLI_0317     FALSE 0.009 362.000 0.000 NA   NA
 3745332 3745333 CLI_0317 CLI_0318     FALSE 0.003 502.000 0.000 NA   NA
 3745333 3745334 CLI_0318 CLI_0319   kdgT FALSE 0.080 212.000 0.000 1.000   NA
 3745334 3745335 CLI_0319 CLI_0320 kdgT   FALSE 0.031 271.000 0.000 1.000   NA
 3745335 3745336 CLI_0320 CLI_0321     TRUE 0.994 -22.000 1.000 1.000 Y NA
 3745336 3745337 CLI_0321 CLI_0322   lysP FALSE 0.004 558.000 0.000 1.000 N NA
 3745337 3745338 CLI_0322 CLI_0323 lysP   FALSE 0.003 544.000 0.000 1.000   NA
 3745338 3745339 CLI_0323 CLI_0324     FALSE 0.278 141.000 0.000 1.000   NA
 3745339 3745340 CLI_0324 CLI_0325     FALSE 0.612 39.000 0.000 1.000   NA
 3745340 3745341 CLI_0325 CLI_0326     TRUE 0.766 26.000 0.000 1.000   NA
 3745341 3745342 CLI_0326 CLI_0327     FALSE 0.170 170.000 0.000 1.000   NA
 3745342 3745343 CLI_0327 CLI_0328     TRUE 0.938 26.000 0.050 1.000   NA
 3745343 3745344 CLI_0328 CLI_0329     TRUE 0.848 63.000 0.095 1.000 N NA
 3745346 3745347 CLI_0331 CLI_0332     TRUE 0.997 0.000 0.800 0.044 Y NA
 3745347 3745348 CLI_0332 CLI_0333     TRUE 0.976 -3.000 0.000 0.057 Y NA
 3745348 3745349 CLI_0333 CLI_0334     FALSE 0.009 357.000 0.000 NA   NA
 3745349 3745350 CLI_0334 CLI_0335     TRUE 0.982 11.000 0.167 NA   NA
 3745350 3745351 CLI_0335 CLI_0336     TRUE 0.993 22.000 0.318 1.000 Y NA
 3745351 3745352 CLI_0336 CLI_0337     TRUE 0.961 25.000 0.091 1.000 N NA
 3745352 3745353 CLI_0337 CLI_0338     TRUE 0.988 -28.000 0.278 1.000 Y NA
 3745355 3745356 CLI_0340 CLI_0341 glvA-1   TRUE 0.883 168.000 0.294 1.000 Y NA
 3745357 3745358 CLI_0342 CLI_0343     TRUE 0.996 16.000 0.500 0.004 Y NA
 3745359 3745360 CLI_0344 CLI_0345     TRUE 0.907 8.000 0.000 1.000 N NA
 3745360 3745361 CLI_0345 CLI_0346     TRUE 0.996 10.000 0.235 1.000 Y NA
 3745361 3745362 CLI_0346 CLI_0347     TRUE 0.871 120.000 0.353 1.000 N NA
 3745362 3745363 CLI_0347 CLI_0348     TRUE 0.983 14.000 0.286 NA   NA
 3745363 3745364 CLI_0348 CLI_0349     FALSE 0.044 239.000 0.000 NA   NA
 3745364 3745365 CLI_0349 CLI_0350     FALSE 0.003 520.000 0.000 NA   NA
 3745365 3745366 CLI_0350 CLI_0351   glvA-2 FALSE 0.110 316.000 0.000 1.000 Y NA
 3745366 3745367 CLI_0351 CLI_0352 glvA-2   FALSE 0.531 184.000 0.000 1.000 Y NA
 3745367 3745368 CLI_0352 CLI_0353     FALSE 0.026 305.000 0.000 1.000 N NA
 3745370 3745371 CLI_0355 CLI_0356     FALSE 0.011 343.000 0.000 NA   NA
 3745371 3745372 CLI_0356 CLI_0357     FALSE 0.005 435.000 0.000 NA   NA
 3745372 3745373 CLI_0357 CLI_0358     TRUE 0.728 152.000 0.158 NA N NA
 3745373 3745374 CLI_0358 CLI_0359     TRUE 0.924 27.000 0.035 1.000   NA
 3745374 3745375 CLI_0359 CLI_0360     FALSE 0.005 438.000 0.000 1.000   NA
 3745375 3745376 CLI_0360 CLI_0361     TRUE 0.876 119.000 0.385 1.000 N NA
 3745376 3745377 CLI_0361 CLI_0362   glvA-3 FALSE 0.335 339.000 0.385 1.000 Y NA
 3745377 3745378 CLI_0362 CLI_0363 glvA-3   TRUE 0.996 13.000 0.375 1.000 Y NA
 3745378 3745379 CLI_0363 CLI_0364   ilvD TRUE 0.943 138.000 0.286 0.012 Y NA
 3745379 3745380 CLI_0364 CLI_0365 ilvD eda TRUE 0.961 52.000 0.091 0.065 Y NA
 3745380 3745381 CLI_0365 CLI_0366 eda   TRUE 0.993 2.000 0.091 1.000 Y NA
 3745381 3745382 CLI_0366 CLI_0367   ade FALSE 0.130 201.000 0.000 1.000 N NA
 3745382 3745383 CLI_0367 CLI_0368 ade   FALSE 0.010 402.000 0.000 1.000 N NA
 3745383 3745384 CLI_0368 CLI_0369     TRUE 0.997 -3.000 0.889 1.000 Y NA
 3745384 3745385 CLI_0369 CLI_0370     FALSE 0.010 387.000 0.000 NA N NA
 3745385 3745386 CLI_0370 CLI_0371     TRUE 0.725 -16.000 0.000 NA   NA
 3745386 3745387 CLI_0371 CLI_0372     TRUE 0.903 119.000 0.750 1.000   NA
 3745387 3745388 CLI_0372 CLI_0373     FALSE 0.011 356.000 0.000 1.000   NA
 3745388 3745389 CLI_0373 CLI_0374     FALSE 0.044 268.000 0.000 1.000 N NA
 3745389 3745390 CLI_0374 CLI_0375     TRUE 0.995 3.000 0.167 1.000 Y NA
 3745390 3745391 CLI_0375 CLI_0376     TRUE 0.997 2.000 0.750 1.000 Y NA
 3745391 3745392 CLI_0376 CLI_0377     TRUE 0.736 34.000 0.000 1.000 N NA
 3745394 3745395 CLI_0379 CLI_0380     TRUE 0.839 95.000 0.000 0.003 Y NA
 3745395 3745396 CLI_0380 CLI_0381     TRUE 0.957 27.000 0.000 1.000 Y NA
 3745396 3745397 CLI_0381 CLI_0382     TRUE 0.977 -3.000 0.000 0.037 Y NA
 3745397 3745398 CLI_0382 CLI_0383     TRUE 0.981 11.000 0.000 1.000 Y NA
 3745398 3745399 CLI_0383 CLI_0384     TRUE 0.870 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3745401 3745402 CLI_0386 CLI_0387   xpt-1 TRUE 0.983 23.000 0.032 1.000 Y NA
 3745402 3745403 CLI_0387 CLI_0388 xpt-1   FALSE 0.007 452.000 0.000 1.000 N NA
 3745403 3745404 CLI_0388 CLI_0389     TRUE 0.998 13.000 1.000 1.000 Y NA
 3745404 3745405 CLI_0389 CLI_0390     TRUE 0.656 176.000 0.222 1.000 N NA
 3745405 3745406 CLI_0390 CLI_0391     TRUE 0.995 15.000 0.333 1.000 Y NA
 3745406 3745407 CLI_0391 CLI_0392     TRUE 0.990 0.000 0.750 NA   NA
 3745407 3745408 CLI_0392 CLI_0393     FALSE 0.296 125.000 0.000 NA   NA
 3745408 3745409 CLI_0393 CLI_0394     TRUE 0.985 -7.000 0.614 NA   NA
 3745409 3745410 CLI_0394 CLI_0395     FALSE 0.015 316.000 0.000 NA   NA
 3745410 3745411 CLI_0395 CLI_0396     TRUE 0.993 3.000 0.869 NA   NA
 3745411 3745412 CLI_0396 CLI_0397     FALSE 0.019 296.000 0.000 NA   NA
 3745412 3745413 CLI_0397 CLI_0398     FALSE 0.008 369.000 0.000 NA   NA
 3745413 3745414 CLI_0398 CLI_0399     FALSE 0.492 135.000 0.006 NA   NA
 3745414 3745415 CLI_0399 CLI_0400     FALSE 0.016 310.000 0.000 NA   NA
 3745415 3745416 CLI_0400 CLI_0401     TRUE 0.777 179.000 1.000 NA   NA
 3745416 3745417 CLI_0401 CLI_0402     TRUE 0.984 -7.000 0.556 NA   NA
 3745417 3745418 CLI_0402 CLI_0403     TRUE 0.978 -16.000 0.556 NA   NA
 3745418 3745419 CLI_0403 CLI_0404     TRUE 0.849 72.000 0.179 NA   NA
 3745419 3745420 CLI_0404 CLI_0405     FALSE 0.085 225.000 0.000 1.000 N NA
 3745420 3745421 CLI_0405 CLI_0406     FALSE 0.006 397.000 0.000 NA   NA
 3745421 3745422 CLI_0406 CLI_0407     TRUE 0.980 27.000 0.667 NA   NA
 3745422 3745423 CLI_0407 CLI_0408     FALSE 0.052 229.000 0.000 NA   NA
 3745423 3745424 CLI_0408 CLI_0409     TRUE 0.985 -13.000 1.000 NA   NA
 3745424 3745425 CLI_0409 CLI_0410     TRUE 0.975 35.000 1.000 NA   NA
 3745425 3745426 CLI_0410 CLI_0411     TRUE 0.925 82.000 1.000 NA   NA
 3745426 3745427 CLI_0411 CLI_0412     FALSE 0.067 233.000 0.000 NA N NA
 3745429 3745430 CLI_0414 CLI_0415     TRUE 0.965 116.000 0.667 1.000 Y NA
 3745430 3745431 CLI_0415 CLI_0416   adhE FALSE 0.005 538.000 0.000 1.000 N NA
 3745431 3745432 CLI_0416 CLI_0417 adhE   FALSE 0.014 319.000 0.000 NA   NA
 3745432 3745433 CLI_0417 CLI_0418     TRUE 0.696 63.000 0.019 NA   NA
 3745433 3745434 CLI_0418 CLI_0419     FALSE 0.603 37.000 0.000 NA   NA
 3745435 3745436 CLI_0420 CLI_0421     FALSE 0.011 343.000 0.000 NA   NA
 3745437 3745438 CLI_0422 CLI_0423     FALSE 0.006 411.000 0.000 1.000   NA
 3745438 3745439 CLI_0423 CLI_0424     TRUE 0.729 108.000 0.038 1.000 N NA
 3745439 3745440 CLI_0424 CLI_0425     TRUE 0.991 10.000 0.038 1.000 Y NA
 3745440 3745441 CLI_0425 CLI_0426     TRUE 0.818 63.000 0.091 NA   NA
 3745441 3745442 CLI_0426 CLI_0427     TRUE 0.881 44.000 0.087 NA   NA
 3745442 3745443 CLI_0427 CLI_0428     TRUE 0.949 26.000 0.087 NA   NA
 3745444 3745445 CLI_0429 CLI_0430     FALSE 0.091 200.000 0.000 NA   NA
 3745446 3745447 CLI_0431 CLI_0432     FALSE 0.116 192.000 0.000 1.000   NA
 3745447 3745448 CLI_0432 CLI_0433     FALSE 0.017 312.000 0.000 1.000   NA
 3745450 3745451 CLI_0435 CLI_0436     FALSE 0.536 132.000 0.013 NA   NA
 3745451 3745452 CLI_0436 CLI_0437     TRUE 0.936 -54.000 0.105 1.000   NA
 3745452 3745453 CLI_0437 CLI_0438     TRUE 0.993 -10.000 0.429 1.000 Y NA
 3745453 3745454 CLI_0438 CLI_0439     FALSE 0.436 108.000 0.000 1.000 N NA
 3745454 3745455 CLI_0439 CLI_0440     FALSE 0.003 1230.000 0.000 1.000 N NA
 3745455 3745456 CLI_0440 CLI_0441     TRUE 0.994 23.000 0.431 0.057 Y NA
 3745456 3745457 CLI_0441 CLI_0442     TRUE 0.997 0.000 0.678 0.057 Y NA
 3745457 3745458 CLI_0442 CLI_0443     TRUE 0.994 11.000 0.091 0.057 Y NA
 3745458 3745459 CLI_0443 CLI_0444     TRUE 0.972 54.000 0.237 0.057 Y NA
 3745459 3745460 CLI_0444 CLI_0445     TRUE 0.995 14.000 0.221 0.057 Y NA
 3745460 3745461 CLI_0445 CLI_0446     FALSE 0.007 393.000 0.000 NA   NA
 3745462 3745463 CLI_0447 CLI_0448     TRUE 0.955 18.000 0.059 NA   NA
 3745463 3745464 CLI_0448 CLI_0449     TRUE 0.833 114.000 0.231 NA   NA
 3745465 3745466 CLI_0450 CLI_0451     FALSE 0.004 479.000 0.000 1.000   NA
 3745466 3745467 CLI_0451 CLI_0452     FALSE 0.325 113.000 0.000 NA   NA
 3745467 3745468 CLI_0452 CLI_0453     FALSE 0.336 89.000 0.000 NA   NA
 3745468 3745469 CLI_0453 CLI_0454     FALSE 0.026 276.000 0.000 NA   NA
 3745473 3745474 CLI_0458 CLI_0459     FALSE 0.006 397.000 0.000 NA   NA
 3745474 3745475 CLI_0459 CLI_0460     FALSE 0.605 195.000 0.014 NA Y NA
 3745475 3745476 CLI_0460 CLI_0461     TRUE 0.973 36.000 0.040 0.003 Y NA
 3745476 3745477 CLI_0461 CLI_0462     TRUE 0.996 2.000 0.270 0.003 Y NA
 3745477 3745478 CLI_0462 CLI_0463     TRUE 0.836 126.000 0.294 1.000   NA
 3745478 3745479 CLI_0463 CLI_0464     FALSE 0.003 607.000 0.000 1.000   NA
 3745481 3745482 CLI_0466 CLI_0467     TRUE 0.868 78.000 0.286 NA   NA
 3745482 3745483 CLI_0467 CLI_0468     TRUE 0.853 87.000 0.250 1.000   NA
 3745483 3745484 CLI_0468 CLI_0469     FALSE 0.036 254.000 0.000 NA   NA
 3745484 3745485 CLI_0469 CLI_0471     TRUE 0.739 64.000 0.034 NA   NA
 3745487 3745488 CLI_0472 CLI_0473     TRUE 0.701 137.000 0.079 1.000   NA
 3745489 3745490 CLI_0474 CLI_0475     FALSE 0.003 903.000 0.000 1.000 N NA
 3745491 3745492 CLI_0476 CLI_0477   rnhA TRUE 0.842 -25.000 0.003 NA   NA
 3745492 3745493 CLI_0477 CLI_0478 rnhA   TRUE 0.617 63.000 0.003 NA   NA
 3745493 3745494 CLI_0478 CLI_0479     FALSE 0.125 181.000 0.000 NA   NA
 3745494 3745495 CLI_0479 CLI_0480     TRUE 0.764 32.000 0.000 0.029   NA
 3745495 3745496 CLI_0480 CLI_0481     FALSE 0.015 314.000 0.000 NA   NA
 3745496 3745497 CLI_0481 CLI_0482     FALSE 0.218 151.000 0.000 NA   NA
 3745497 3745498 CLI_0482 CLI_0483     FALSE 0.034 258.000 0.000 NA   NA
 3745498 3745499 CLI_0483 CLI_0484   clpB FALSE 0.004 452.000 0.000 NA   NA
 3745500 3745501 CLI_0485 CLI_0486     TRUE 0.941 58.000 0.796 1.000   NA
 3745502 3745503 CLI_0487 CLI_0488 manA   FALSE 0.010 350.000 0.000 NA   NA
 3745503 3745504 CLI_0488 CLI_0489     TRUE 0.887 108.000 0.500 NA   NA
 3745504 3745505 CLI_0489 CLI_0490   rrsG FALSE 0.006 410.000 0.000 NA   NA
 3745505 3745506 CLI_0490 CLI_0492 rrsG   FALSE 0.247 143.000 0.000 NA   NA
 3745506 3745507 CLI_0492 CLI_0491     TRUE 0.642 -76.000 0.000 NA   NA
 3745507 3745508 CLI_0491 CLI_0493     TRUE 0.862 6.000 0.000 NA   NA
 3745508 3745509 CLI_0493 CLI_0496   rrlG FALSE 0.274 134.000 0.000 NA   NA
 3745509 3745510 CLI_0496 CLI_0497 rrlG rrfG FALSE 0.281 131.000 0.000 NA   NA
 3745510 3745511 CLI_0497 CLI_0499 rrfG   TRUE 0.862 8.000 0.000 NA   NA
 3745511 3745512 CLI_0499 CLI_0498     TRUE 0.657 -75.000 0.000 NA   NA
 3745514 3745515 CLI_0501 CLI_0502     FALSE 0.003 732.000 0.000 1.000 N NA
 3745515 3745516 CLI_0502 CLI_0503     TRUE 0.646 144.000 0.027 0.064 N NA
 3745516 3745517 CLI_0503 CLI_0504     TRUE 0.974 36.000 0.054 0.064 Y NA
 3745517 3745518 CLI_0504 CLI_0505     FALSE 0.247 248.000 0.000 1.000 Y NA
 3745518 3745519 CLI_0505 CLI_0506     FALSE 0.005 519.000 0.000 1.000 N NA
 3745520 3745521 CLI_0507 CLI_0508   panD FALSE 0.548 88.000 0.004 NA   NA
 3745521 3745522 CLI_0508 CLI_0509 panD panC FALSE 0.401 310.000 0.342 1.000 Y NA
 3745522 3745523 CLI_0509 CLI_0510 panC panB TRUE 0.978 55.000 0.395 0.001 Y NA
 3745526 3745527 CLI_0513 CLI_0514     TRUE 0.991 3.000 0.667 NA   NA
 3745529 3745530 CLI_0516 CLI_0517 hypB-1   FALSE 0.299 236.000 0.115 1.000 N NA
 3745530 3745531 CLI_0517 CLI_0518   hypA-1 TRUE 0.912 56.000 0.333 1.000   NA
 3745531 3745532 CLI_0518 CLI_0519 hypA-1   TRUE 0.930 40.000 0.214 NA   NA
 3745534 3745535 CLI_0521 CLI_0522   addA FALSE 0.414 158.000 0.010 1.000   NA
 3745535 3745536 CLI_0522 CLI_0523 addA   FALSE 0.514 149.000 0.010 1.000 N NA
 3745536 3745537 CLI_0523 CLI_0524   pepT TRUE 0.786 77.000 0.056 1.000 N NA
 3745539 3745540 CLI_0526 CLI_0527     FALSE 0.080 206.000 0.000 NA   NA
 3745540 3745541 CLI_0527 CLI_0528     TRUE 0.829 140.000 0.400 NA   NA
 3745541 3745542 CLI_0528 CLI_0529     FALSE 0.071 212.000 0.000 NA   NA
 3745543 3745544 CLI_0530 CLI_0531     TRUE 0.997 13.000 0.461 0.048 Y NA
 3745546 3745547 CLI_0533 CLI_0534   thiE FALSE 0.043 265.000 0.000 NA N NA
 3745547 3745548 CLI_0534 CLI_0535 thiE thiM-1 TRUE 0.992 -9.000 0.190 0.005 Y NA
 3745548 3745549 CLI_0535 CLI_0536 thiM-1 thiD-1 FALSE 0.550 228.000 0.039 0.005 Y NA
 3745550 3745551 CLI_0537 CLI_0538   ddlB FALSE 0.004 483.000 0.000 NA   NA
 3745551 3745552 CLI_0538 CLI_0539 ddlB   FALSE 0.441 156.000 0.004 1.000 N NA
 3745552 3745553 CLI_0539 CLI_0540     TRUE 0.995 4.000 0.182 1.000 Y NA
 3745553 3745554 CLI_0540 CLI_0541     TRUE 0.996 1.000 0.241 0.036 Y NA
 3745554 3745555 CLI_0541 CLI_0542     TRUE 0.995 12.000 0.167 1.000 Y NA
 3745555 3745556 CLI_0542 CLI_0543     TRUE 0.992 2.000 0.048 0.037 Y NA
 3745556 3745557 CLI_0543 CLI_0544     TRUE 0.959 29.000 0.222 NA   NA
 3745557 3745558 CLI_0544 CLI_0545     FALSE 0.006 402.000 0.000 NA   NA
 3745558 3745559 CLI_0545 CLI_0546     TRUE 0.984 -6.000 0.500 NA   NA
 3745559 3745560 CLI_0546 CLI_0547     FALSE 0.018 299.000 0.000 NA   NA
 3745560 3745561 CLI_0547 CLI_0548     TRUE 0.651 61.000 0.007 NA   NA
 3745561 3745562 CLI_0548 CLI_0549     TRUE 0.942 10.000 0.007 NA   NA
 3745562 3745563 CLI_0549 CLI_0550     FALSE 0.366 164.000 0.010 NA   NA
 3745563 3745564 CLI_0550 CLI_0551     FALSE 0.514 134.000 0.010 NA   NA
 3745564 3745565 CLI_0551 CLI_0552     FALSE 0.438 176.000 0.050 NA   NA
 3745565 3745566 CLI_0552 CLI_0553     TRUE 0.955 2.000 0.025 NA   NA
 3745567 3745568 CLI_0554 CLI_0555     TRUE 0.782 21.000 0.000 NA   NA
 3745569 3745570 CLI_0556 CLI_0557   sbcC TRUE 0.984 -25.000 0.669 0.002 N NA
 3745570 3745571 CLI_0557 CLI_0558 sbcC   TRUE 0.819 35.000 0.005 1.000   NA
 3745571 3745572 CLI_0558 CLI_0559     FALSE 0.002 829.000 0.000 NA   NA
 3745572 3745573 CLI_0559 CLI_0560     FALSE 0.004 466.000 0.000 NA   NA
 3745573 3745574 CLI_0560 CLI_0561   cadA-1 TRUE 0.784 76.000 0.053 1.000 N NA
 3745574 3745575 CLI_0561 CLI_0562 cadA-1   FALSE 0.005 420.000 0.000 NA   NA
 3745575 3745576 CLI_0562 CLI_0563     FALSE 0.002 763.000 0.000 NA   NA
 3745576 3745577 CLI_0563 CLI_0564     FALSE 0.041 268.000 0.000 NA N NA
 3745577 3745578 CLI_0564 CLI_0565     TRUE 0.991 10.000 0.667 NA   NA
 3745578 3745579 CLI_0565 CLI_0566     FALSE 0.014 322.000 0.000 NA   NA
 3745579 3745580 CLI_0566 CLI_0567   sagB TRUE 0.672 165.000 0.222 NA   NA
 3745580 3745581 CLI_0567 CLI_0568 sagB sagC TRUE 0.984 4.000 0.222 NA   NA
 3745581 3745582 CLI_0568 CLI_0569 sagC sagD TRUE 0.982 16.000 0.318 NA   NA
 3745582 3745583 CLI_0569 CLI_0570 sagD   TRUE 0.937 -25.000 0.091 NA   NA
 3745583 3745584 CLI_0570 CLI_0571     TRUE 0.993 8.000 1.000 NA   NA
 3745584 3745585 CLI_0571 CLI_0572   sagG FALSE 0.016 309.000 0.000 NA   NA
 3745585 3745586 CLI_0572 CLI_0573 sagG sagH TRUE 0.991 12.000 0.500 NA N NA
 3745586 3745587 CLI_0573 CLI_0574 sagH sagI TRUE 0.983 2.000 0.160 NA N NA
 3745587 3745588 CLI_0574 CLI_0575 sagI   FALSE 0.044 244.000 0.000 1.000   NA
 3745589 3745590 CLI_0576 CLI_0577     TRUE 0.866 118.000 0.409 NA   NA
 3745590 3745591 CLI_0577 CLI_0578     TRUE 0.729 127.000 0.091 NA   NA
 3745592 3745593 CLI_0579 CLI_0580 trmB   FALSE 0.070 213.000 0.000 NA   NA
 3745595 3745596 CLI_0582 CLI_0583 fabG-1   FALSE 0.512 64.000 0.000 1.000 N NA
 3745598 3745599 CLI_0585 CLI_0586     FALSE 0.049 262.000 0.000 1.000 N NA
 3745599 3745600 CLI_0586 CLI_0587     FALSE 0.021 297.000 0.000 1.000   NA
 3745600 3745601 CLI_0587 CLI_0588     TRUE 0.959 36.000 0.400 1.000   NA
 3745601 3745602 CLI_0588 CLI_0589     FALSE 0.422 205.000 0.000 1.000 Y NA
 3745604 3745605 CLI_0591 CLI_0592 serS-2   FALSE 0.003 757.000 0.000 1.000 N NA
 3745606 3745607 CLI_0593 CLI_0594     FALSE 0.004 494.000 0.000 1.000   NA
 3745610 3745611 CLI_0597 CLI_0598     FALSE 0.088 201.000 0.000 NA   NA
 3745616 3745617 CLI_0603 CLI_0604     FALSE 0.231 148.000 0.000 NA   NA
 3745617 3745618 CLI_0604 CLI_0605     FALSE 0.003 1194.000 0.000 1.000 N NA
 3745619 3745620 CLI_0606 CLI_0607     FALSE 0.002 624.000 0.000 NA   NA
 3745620 3745621 CLI_0607 CLI_0608     FALSE 0.046 438.000 0.000 0.005 Y NA
 3745621 3745622 CLI_0608 CLI_0609     FALSE 0.011 348.000 0.000 1.000   NA
 3745622 3745623 CLI_0609 CLI_0610     TRUE 0.762 45.000 0.008 1.000   NA
 3745624 3745625 CLI_0611 CLI_0612     FALSE 0.147 294.000 0.000 1.000 Y NA
 3745625 3745626 CLI_0612 CLI_0613     TRUE 0.997 0.000 0.455 0.001 Y NA
 3745627 3745628 CLI_0614 CLI_0615     FALSE 0.004 447.000 0.000 NA   NA
 3745630 3745631 CLI_0617 CLI_0618     TRUE 0.996 3.000 0.313 NA Y NA
 3745631 3745632 CLI_0618 CLI_0619     FALSE 0.009 362.000 0.000 NA   NA
 3745632 3745633 CLI_0619 CLI_0620   pepP FALSE 0.002 622.000 0.000 NA   NA
 3745634 3745635 CLI_0621 CLI_0622     FALSE 0.005 443.000 0.000 NA   NA
 3745635 3745636 CLI_0622 CLI_0623     TRUE 0.859 3.000 0.000 NA   NA
 3745636 3745637 CLI_0623 CLI_0624     FALSE 0.323 114.000 0.000 NA   NA
 3745638 3745639 CLI_0625 CLI_0626     FALSE 0.004 472.000 0.000 NA   NA
 3745639 3745640 CLI_0626 CLI_0627     FALSE 0.010 355.000 0.000 NA   NA
 3745640 3745641 CLI_0627 CLI_0628     FALSE 0.028 269.000 0.000 NA   NA
 3745641 3745642 CLI_0628 CLI_0629     TRUE 0.982 12.000 0.184 NA   NA
 3745642 3745643 CLI_0629 CLI_0630     FALSE 0.004 465.000 0.000 NA   NA
 3745643 3745644 CLI_0630 CLI_0631     FALSE 0.002 917.000 0.000 NA   NA
 3745646 3745647 CLI_0633 CLI_0634 mscL   FALSE 0.012 330.000 0.000 NA   NA
 3745649 3745650 CLI_0636 CLI_0637     FALSE 0.004 488.000 0.000 NA   NA
 3745650 3745651 CLI_0637 CLI_0638     TRUE 0.974 -7.000 0.165 1.000 N NA
 3745651 3745652 CLI_0638 CLI_0639     TRUE 0.956 0.000 0.035 NA   NA
 3745652 3745653 CLI_0639 CLI_0640   potA FALSE 0.002 911.000 0.000 NA   NA
 3745653 3745654 CLI_0640 CLI_0641 potA potB TRUE 0.997 0.000 0.789 1.000 Y NA
 3745654 3745655 CLI_0641 CLI_0642 potB   TRUE 0.991 3.000 0.022 0.035 Y NA
 3745657 3745658 CLI_0644 CLI_0645     FALSE 0.005 444.000 0.000 NA   NA
 3745658 3745659 CLI_0645 CLI_0646     FALSE 0.335 93.000 0.000 NA   NA
 3745659 3745660 CLI_0646 CLI_0647     FALSE 0.218 151.000 0.000 NA   NA
 3745660 3745661 CLI_0647 CLI_0648     TRUE 0.955 35.000 0.333 NA   NA
 3745663 3745664 CLI_0650 CLI_0651     FALSE 0.320 115.000 0.000 NA   NA
 3745664 3745665 CLI_0651 CLI_0652     FALSE 0.085 202.000 0.000 NA   NA
 3745665 3745666 CLI_0652 CLI_0653     TRUE 0.967 -10.000 0.208 NA   NA
 3745666 3745667 CLI_0653 CLI_0654   lepB-1 TRUE 0.889 68.000 0.333 NA   NA
 3745669 3745670 CLI_0656 CLI_0657     FALSE 0.003 601.000 0.000 NA   NA
 3745670 3745671 CLI_0657 CLI_0658     TRUE 0.969 40.000 1.000 NA   NA
 3745671 3745672 CLI_0658 CLI_0659     FALSE 0.002 697.000 0.000 NA   NA
 3745672 3745673 CLI_0659 CLI_0660     FALSE 0.003 587.000 0.000 NA   NA
 3745673 3745674 CLI_0660 CLI_0661     TRUE 0.959 -7.000 0.080 1.000   NA
 3745674 3745675 CLI_0661 CLI_0662     TRUE 0.972 37.000 1.000 NA   NA
 3745675 3745676 CLI_0662 CLI_0663     TRUE 0.945 35.000 0.222 NA   NA
 3745676 3745677 CLI_0663 CLI_0664     TRUE 0.626 174.000 0.222 NA   NA
 3745677 3745678 CLI_0664 CLI_0665     TRUE 0.979 23.000 0.400 NA   NA
 3745678 3745679 CLI_0665 CLI_0666     TRUE 0.967 -3.000 0.095 NA   NA
 3745679 3745680 CLI_0666 CLI_0667     TRUE 0.983 15.000 0.238 NA N NA
 3745680 3745681 CLI_0667 CLI_0668     FALSE 0.003 573.000 0.000 1.000   NA
 3745681 3745682 CLI_0668 CLI_0669     FALSE 0.268 137.000 0.000 NA   NA
 3745684 3745685 CLI_0671 CLI_0672     FALSE 0.013 329.000 0.000 NA   NA
 3745685 3745686 CLI_0672 CLI_0673     FALSE 0.006 398.000 0.000 NA   NA
 3745686 3745687 CLI_0673 CLI_0674     FALSE 0.004 487.000 0.000 NA   NA
 3745688 3745689 CLI_0675 CLI_0676     FALSE 0.018 335.000 0.000 1.000 N NA
 3745690 3745691 CLI_0677 CLI_0678 asnS   FALSE 0.029 294.000 0.000 NA N NA
 3745691 3745692 CLI_0678 CLI_0679     TRUE 0.986 17.000 0.571 NA   NA
 3745692 3745693 CLI_0679 CLI_0680     FALSE 0.082 204.000 0.000 NA   NA
 3745693 3745694 CLI_0680 CLI_0681     TRUE 0.991 2.000 0.714 NA   NA
 3745694 3745695 CLI_0681 CLI_0682     FALSE 0.005 420.000 0.000 NA   NA
 3745695 3745696 CLI_0682 CLI_0683     FALSE 0.005 435.000 0.000 NA   NA
 3745696 3745697 CLI_0683 CLI_0684     TRUE 0.990 13.000 0.667 NA   NA
 3745697 3745698 CLI_0684 CLI_0685     FALSE 0.003 643.000 0.000 1.000   NA
 3745698 3745699 CLI_0685 CLI_0686     FALSE 0.156 197.000 0.000 0.010   NA
 3745699 3745700 CLI_0686 CLI_0687     FALSE 0.151 176.000 0.000 1.000   NA
 3745700 3745701 CLI_0687 CLI_0688     TRUE 0.997 5.000 0.692 1.000 Y NA
 3745701 3745702 CLI_0688 CLI_0689     FALSE 0.018 337.000 0.000 1.000 N NA
 3745702 3745703 CLI_0689 CLI_0690     TRUE 0.965 21.000 0.085 1.000 N NA
 3745703 3745704 CLI_0690 CLI_0691     TRUE 0.995 -10.000 0.932 1.000 Y NA
 3745705 3745706 CLI_0692 CLI_0693     FALSE 0.247 143.000 0.000 NA   NA
 3745706 3745707 CLI_0693 CLI_0694     TRUE 0.828 -3.000 0.000 1.000   NA
 3745710 3745711 CLI_0697 CLI_0698     TRUE 0.715 170.000 0.286 1.000 N NA
 3745713 3745714 CLI_0700 CLI_0701     TRUE 0.810 68.000 0.083 1.000   NA
 3745715 3745716 CLI_0702 CLI_0703 csaA   FALSE 0.236 208.000 0.023 1.000   NA
 3745716 3745717 CLI_0703 CLI_0704     FALSE 0.044 292.000 0.000 0.028 N NA
 3745718 3745719 CLI_0705 CLI_0706     FALSE 0.288 128.000 0.000 NA   NA
 3745719 3745720 CLI_0706 CLI_0707     TRUE 0.989 0.000 0.667 NA   NA
 3745720 3745721 CLI_0707 CLI_0708     FALSE 0.335 98.000 0.000 NA   NA
 3745723 3745724 CLI_0710 CLI_0711     FALSE 0.154 175.000 0.000 1.000   NA
 3745724 3745725 CLI_0711 CLI_0712     FALSE 0.424 59.000 0.000 NA   NA
 3745726 3745727 CLI_0713 CLI_0714     TRUE 0.912 23.000 0.015 NA   NA
 3745729 3745730 CLI_0716 CLI_0717     FALSE 0.012 337.000 0.000 NA   NA
 3745731 3745732 CLI_0718 CLI_0719   rhlE FALSE 0.013 323.000 0.000 NA   NA
 3745732 3745733 CLI_0719 CLI_0720 rhlE   FALSE 0.003 589.000 0.000 1.000   NA
 3745733 3745734 CLI_0720 CLI_0721     TRUE 0.678 172.000 0.286 1.000   NA
 3745734 3745735 CLI_0721 CLI_0722     TRUE 0.970 28.000 0.250 1.000 N NA
 3745737 3745738 CLI_0724 CLI_0725     TRUE 0.990 -3.000 0.713 1.000 N NA
 3745738 3745739 CLI_0725 CLI_0726     FALSE 0.316 116.000 0.000 NA   NA
 3745741 3745742 CLI_0728 CLI_0729     FALSE 0.584 39.000 0.000 NA   NA
 3745742 3745743 CLI_0729 CLI_0730     FALSE 0.012 335.000 0.000 NA   NA
 3745743 3745744 CLI_0730 CLI_0731     FALSE 0.562 206.000 0.409 1.000   NA
 3745744 3745745 CLI_0731 CLI_0732     TRUE 0.973 12.000 0.074 1.000   NA
 3745745 3745746 CLI_0732 CLI_0733     FALSE 0.003 629.000 0.000 1.000   NA
 3745746 3745747 CLI_0733 CLI_0734     TRUE 0.725 158.000 0.190 1.000 N NA
 3745747 3745748 CLI_0734 CLI_0735     TRUE 0.837 60.000 0.071 1.000 N NA
 3745748 3745749 CLI_0735 CLI_0736     TRUE 0.949 26.000 0.089 NA   NA
 3745749 3745750 CLI_0736 CLI_0737     FALSE 0.034 258.000 0.000 NA   NA
 3745752 3745753 CLI_0739 CLI_0740     TRUE 0.978 7.000 0.100 NA   NA
 3745753 3745754 CLI_0740 CLI_0741     FALSE 0.035 255.000 0.000 NA   NA
 3745754 3745755 CLI_0741 CLI_0742     FALSE 0.012 342.000 0.000 1.000   NA
 3745755 3745756 CLI_0742 CLI_0743     TRUE 0.942 -37.000 0.118 1.000   NA
 3745756 3745757 CLI_0743 CLI_0744     TRUE 0.980 31.000 1.000 NA   NA
 3745757 3745758 CLI_0744 CLI_0745   blaI FALSE 0.003 502.000 0.000 NA   NA
 3745758 3745759 CLI_0745 CLI_0747 blaI   FALSE 0.572 40.000 0.000 NA   NA
 3745760 3745761 CLI_0748 CLI_0749     TRUE 0.987 -3.000 0.571 NA   NA
 3745762 3745763 CLI_0750 CLI_0751   greA-1 FALSE 0.463 157.000 0.008 1.000 N NA
 3745763 3745764 CLI_0751 CLI_0752 greA-1   FALSE 0.430 168.000 0.031 NA   NA
 3745764 3745765 CLI_0752 CLI_0753     FALSE 0.004 485.000 0.000 NA   NA
 3745767 3745768 CLI_0755 CLI_0756   fhuB TRUE 0.963 96.000 0.500 1.000 Y NA
 3745768 3745769 CLI_0756 CLI_0757 fhuB fhuG TRUE 0.997 0.000 0.750 0.035 Y NA
 3745769 3745770 CLI_0757 CLI_0758 fhuG fhuC FALSE 0.412 274.000 0.100 1.000 Y NA
 3745770 3745771 CLI_0758 CLI_0759 fhuC nifH TRUE 0.985 30.000 0.150 1.000 Y NA
 3745771 3745772 CLI_0759 CLI_0760 nifH   TRUE 0.992 3.000 0.571 0.054   NA
 3745772 3745773 CLI_0760 CLI_0761     TRUE 0.973 40.000 1.000 0.041   NA
 3745773 3745774 CLI_0761 CLI_0762     FALSE 0.007 447.000 0.000 1.000 N NA
 3745776 3745777 CLI_0765 CLI_0766 gcvT gcvH FALSE 0.247 266.000 0.000 0.001 Y NA
 3745777 3745778 CLI_0766 CLI_0767 gcvH gcvPA TRUE 0.987 3.000 0.005 1.000 Y NA
 3745778 3745779 CLI_0767 CLI_0768 gcvPA   TRUE 0.996 0.000 0.316 0.001 Y NA
 3745779 3745780 CLI_0768 CLI_0769   lpdA FALSE 0.023 396.000 0.010 1.000 N NA
 3745780 3745781 CLI_0769 CLI_0770 lpdA   TRUE 0.973 18.000 0.118 1.000 N NA
 3745781 3745782 CLI_0770 CLI_0771     FALSE 0.007 409.000 0.000 1.000   NA
 3745782 3745783 CLI_0771 CLI_0772     FALSE 0.376 74.000 0.000 NA   NA
 3745783 3745784 CLI_0772 CLI_0773     TRUE 0.736 -13.000 0.000 NA   NA
 3745784 3745785 CLI_0773 CLI_0774     FALSE 0.397 66.000 0.000 NA   NA
 3745785 3745786 CLI_0774 CLI_0775     FALSE 0.061 222.000 0.000 NA   NA
 3745786 3745787 CLI_0775 CLI_0776     FALSE 0.108 189.000 0.000 NA   NA
 3745787 3745788 CLI_0776 CLI_0777     FALSE 0.004 492.000 0.000 NA   NA
 3745788 3745789 CLI_0777 CLI_0778     FALSE 0.007 393.000 0.000 NA   NA
 3745789 3745790 CLI_0778 CLI_0779     FALSE 0.007 387.000 0.000 NA   NA
 3745790 3745791 CLI_0779 CLI_0780     FALSE 0.283 130.000 0.000 NA   NA
 3745791 3745792 CLI_0780 CLI_0781     TRUE 0.997 -3.000 0.875 1.000 Y NA
 3745792 3745793 CLI_0781 CLI_0782     TRUE 0.940 73.000 0.875 1.000 N NA
 3745793 3745794 CLI_0782 CLI_0783     TRUE 0.991 -3.000 0.875 NA N NA
 3745794 3745795 CLI_0783 CLI_0784     FALSE 0.003 756.000 0.000 NA N NA
 3745795 3745796 CLI_0784 CLI_0785     FALSE 0.055 232.000 0.000 1.000   NA
 3745796 3745797 CLI_0785 CLI_0786     FALSE 0.009 363.000 0.000 NA   NA
 3745797 3745798 CLI_0786 CLI_0787     FALSE 0.561 41.000 0.000 NA   NA
 3745798 3745799 CLI_0787 CLI_0788     FALSE 0.044 239.000 0.000 NA   NA
 10195476 3745801 CLI_3911 CLI_0790     FALSE 0.174 163.000 0.000 NA   NA
 3745801 3745802 CLI_0790 CLI_0792     FALSE 0.064 219.000 0.000 NA   NA
 3745802 3745803 CLI_0792 CLI_0793     FALSE 0.335 97.000 0.000 NA   NA
 3745803 3745804 CLI_0793 CLI_0794     FALSE 0.337 87.000 0.000 NA   NA
 3745804 3745805 CLI_0794 CLI_0795     FALSE 0.002 1149.000 0.000 NA   NA
 3745805 3745806 CLI_0795 CLI_0796     FALSE 0.011 340.000 0.000 NA   NA
 3745806 3745807 CLI_0796 CLI_0797     TRUE 0.986 -13.000 0.094 1.000 Y NA
 3745809 3745810 CLI_0799 CLI_0800     FALSE 0.002 1000.000 0.000 NA   NA
 3745810 3745811 CLI_0800 CLI_0801     FALSE 0.031 265.000 0.000 NA   NA
 3745811 3745812 CLI_0801 CLI_0802     FALSE 0.016 308.000 0.000 NA   NA
 3745812 3745813 CLI_0802 CLI_0803     TRUE 0.666 -49.000 0.000 NA   NA
 3745813 3745814 CLI_0803 CLI_0804     FALSE 0.446 56.000 0.000 NA   NA
 3745814 3745815 CLI_0804 CLI_0805     TRUE 0.748 86.000 0.071 NA   NA
 3745817 3745818 CLI_0807 CLI_0808     FALSE 0.003 559.000 0.000 NA   NA
 3745818 3745819 CLI_0808 CLI_0809     FALSE 0.232 210.000 0.027 NA   NA
 3745819 3745820 CLI_0809 CLI_0810     FALSE 0.023 407.000 0.027 1.000   NA
 3745820 3745821 CLI_0810 CLI_0811     TRUE 0.651 105.000 0.025 NA   NA
 3745821 3745822 CLI_0811 CLI_0812     FALSE 0.335 92.000 0.000 NA   NA
 3745823 3745824 CLI_0813 CLI_0814   luxS TRUE 0.904 -16.000 0.010 1.000 N NA
 3745824 3745825 CLI_0814 CLI_0815 luxS metC TRUE 0.976 2.000 0.048 0.042 N NA
 3745825 3745826 CLI_0815 CLI_0816 metC   TRUE 0.686 101.000 0.021 1.000 N NA
 3745826 3745827 CLI_0816 CLI_0817     FALSE 0.003 552.000 0.000 NA   NA
 3745828 3745829 CLI_0818 CLI_0819     FALSE 0.013 366.000 0.000 1.000 N NA
 3745830 3745831 CLI_0820 CLI_0821     TRUE 0.732 88.000 0.061 NA   NA
 3745831 3745832 CLI_0821 CLI_0822     FALSE 0.003 504.000 0.000 NA   NA
 3745832 3745833 CLI_0822 CLI_0823     FALSE 0.361 93.000 0.000 1.000   NA
 3745834 3745835 CLI_0824 CLI_0825     FALSE 0.056 225.000 0.000 NA   NA
 3745835 3745836 CLI_0825 CLI_0826     TRUE 0.793 19.000 0.000 NA   NA
 3745836 3745837 CLI_0826 CLI_0827     FALSE 0.334 105.000 0.000 NA   NA
 3745837 3745838 CLI_0827 CLI_0828     FALSE 0.039 245.000 0.000 NA   NA
 3745838 3745839 CLI_0828 CLI_0829     FALSE 0.005 419.000 0.000 NA   NA
 3745839 3745840 CLI_0829 CLI_0830     TRUE 0.788 20.000 0.000 NA   NA
 3745842 3745843 CLI_0832 CLI_0833   arsR FALSE 0.013 366.000 0.000 1.000 N NA
 3745843 3745844 CLI_0833 CLI_0834 arsR arsD TRUE 0.979 24.000 0.400 1.000   NA
 3745844 3745845 CLI_0834 CLI_0835 arsD arsA TRUE 0.968 19.000 0.116 1.000   NA
 3745845 3745846 CLI_0835 CLI_0836 arsA arsB TRUE 0.926 99.000 0.093 1.000 Y NA
 3745846 3745847 CLI_0836 CLI_0837 arsB   TRUE 0.904 54.000 0.250 NA   NA
 3745849 3745850 CLI_0839 CLI_0840     FALSE 0.258 147.000 0.000 1.000   NA
 3745850 3745851 CLI_0840 CLI_0841     FALSE 0.015 312.000 0.000 NA   NA
 3745851 3745852 CLI_0841 CLI_0842     FALSE 0.061 222.000 0.000 NA   NA
 3745852 3745853 CLI_0842 CLI_0843     TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3745853 3745854 CLI_0843 CLI_0844     FALSE 0.042 241.000 0.000 NA   NA
 3745855 3745856 CLI_0845 CLI_0846     TRUE 0.957 39.000 0.500 NA   NA
 3745856 3745857 CLI_0846 CLI_0847     TRUE 0.988 14.000 0.500 NA   NA
 3745857 3745858 CLI_0847 CLI_0848   botR FALSE 0.002 1336.000 0.000 NA   NA
 3745859 3745860 CLI_0849 CLI_0850 p47 ntnH TRUE 0.989 16.000 0.750 NA   NA
 3745860 3745861 CLI_0850 CLI_0851 ntnH boNT/A1 TRUE 0.994 11.000 1.000 0.001   NA
 3745861 3745862 CLI_0851 CLI_0852 boNT/A1   FALSE 0.003 605.000 0.000 1.000   NA
 3745862 3745863 CLI_0852 CLI_0853     FALSE 0.002 879.000 0.000 NA   NA
 3745863 3745864 CLI_0853 CLI_0854   thyA TRUE 0.909 -10.000 0.017 NA   NA
 3745864 3745865 CLI_0854 CLI_0855 thyA   TRUE 0.961 12.000 0.017 1.000 N NA
 3745865 3745866 CLI_0855 CLI_0856     TRUE 0.862 46.000 0.047 1.000 N NA
 3745866 3745867 CLI_0856 CLI_0857   thiD-2 TRUE 0.764 78.000 0.043 1.000 N NA
 3745867 3745868 CLI_0857 CLI_0858 thiD-2   FALSE 0.447 172.000 0.043 NA   NA
 3745870 3745871 CLI_0860 CLI_0861     TRUE 0.992 3.000 0.833 NA   NA
 3745871 3745872 CLI_0861 CLI_0862     FALSE 0.027 274.000 0.000 NA   NA
 3745872 3745873 CLI_0862 CLI_0863     FALSE 0.077 377.000 0.167 1.000 N NA
 3745873 3745874 CLI_0863 CLI_0864     TRUE 0.989 0.000 0.667 NA   NA
 3745874 3745875 CLI_0864 CLI_0865     TRUE 0.792 123.000 0.167 NA   NA
 3745875 3745876 CLI_0865 CLI_0866     TRUE 0.911 45.000 0.167 1.000   NA
 3745876 3745877 CLI_0866 CLI_0867     FALSE 0.002 872.000 0.000 NA   NA
 3745877 3745878 CLI_0867 CLI_0868     FALSE 0.024 280.000 0.000 NA   NA
 3745878 3745879 CLI_0868 CLI_0869     FALSE 0.486 184.000 0.100 NA   NA
 3745879 3745880 CLI_0869 CLI_0870     TRUE 0.994 -13.000 0.750 NA Y NA
 3745880 3745881 CLI_0870 CLI_0871     FALSE 0.003 512.000 0.000 NA   NA
 3745881 3745882 CLI_0871 CLI_0872     FALSE 0.053 228.000 0.000 NA   NA
 3745882 3745883 CLI_0872 CLI_0873     TRUE 0.938 154.000 0.636 1.000 Y NA
 3745883 3745884 CLI_0873 CLI_0874     FALSE 0.120 189.000 0.000 1.000   NA
 3745886 3745887 CLI_0876 CLI_0877   dapB-1 FALSE 0.002 675.000 0.000 NA   NA
 3745887 3745888 CLI_0877 CLI_0878 dapB-1   TRUE 0.831 22.000 0.000 NA N NA
 3745888 3745889 CLI_0878 CLI_0879     FALSE 0.002 644.000 0.000 NA   NA
 3745889 3745890 CLI_0879 CLI_0880     FALSE 0.002 792.000 0.000 NA   NA
 3745890 3745891 CLI_0880 CLI_0881     FALSE 0.003 532.000 0.000 NA   NA
 3745891 3745892 CLI_0881 CLI_0882     TRUE 0.679 -34.000 0.000 NA   NA
 3745894 3745895 CLI_0884 CLI_0885     FALSE 0.005 427.000 0.000 NA   NA
 3745897 3745898 CLI_0887 CLI_0888     FALSE 0.483 66.000 0.000 NA N NA
 3745898 3745899 CLI_0888 CLI_0889     FALSE 0.152 193.000 0.000 1.000 N NA
 3745899 3745900 CLI_0889 CLI_0890     FALSE 0.040 243.000 0.000 NA   NA
 3745900 3745901 CLI_0890 CLI_0891     FALSE 0.316 116.000 0.000 NA   NA
 3745901 3745902 CLI_0891 CLI_0892     FALSE 0.003 532.000 0.000 NA   NA
 3745902 3745903 CLI_0892 CLI_0893     FALSE 0.011 338.000 0.000 NA   NA
 3745903 3745904 CLI_0893 CLI_0894   brnQ-1 FALSE 0.003 695.000 0.000 1.000 N NA
 3745904 3745905 CLI_0894 CLI_0895 brnQ-1 brnQ-2 TRUE 0.676 166.000 0.000 0.001 Y NA
 3745907 3745908 CLI_0897 CLI_0899 feoA-1 feoB-1 FALSE 0.277 133.000 0.000 NA   NA
 3745908 3745909 CLI_0899 CLI_0900 feoB-1 cobC FALSE 0.002 736.000 0.000 NA   NA
 3745909 3745910 CLI_0900 CLI_0901 cobC   FALSE 0.332 145.000 0.000 1.000 N NA
 3745910 3745911 CLI_0901 CLI_0902   cobS FALSE 0.010 400.000 0.000 1.000 N NA
 3745911 3745912 CLI_0902 CLI_0903 cobS   FALSE 0.045 237.000 0.000 NA   NA
 3745912 3745913 CLI_0903 CLI_0904     FALSE 0.201 156.000 0.000 NA   NA
 3745913 3745914 CLI_0904 CLI_0905     TRUE 0.628 142.000 0.053 NA   NA
 3745914 3745915 CLI_0905 CLI_0906     TRUE 0.988 18.000 0.828 NA   NA
 3745915 3745916 CLI_0906 CLI_0907     FALSE 0.003 569.000 0.000 NA   NA
 3745918 3745919 CLI_0909 CLI_0910   folP TRUE 0.860 104.000 0.003 1.000 Y NA
 3745919 3745920 CLI_0910 CLI_0911 folP   FALSE 0.333 163.000 0.003 NA   NA
 3745920 3745921 CLI_0911 CLI_0912   folK FALSE 0.538 101.000 0.003 NA   NA
 3745921 3745922 CLI_0912 CLI_0913 folK   FALSE 0.389 119.000 0.000 NA N NA
 3745922 3745923 CLI_0913 CLI_0914     FALSE 0.013 357.000 0.000 NA N NA
 3745923 3745924 CLI_0914 CLI_0915     TRUE 0.821 55.000 0.039 1.000 N NA
 3745924 3745925 CLI_0915 CLI_0916     TRUE 0.786 160.000 0.012 0.019 Y NA
 3745925 3745926 CLI_0916 CLI_0917     FALSE 0.002 962.000 0.000 NA   NA
 3745926 3745927 CLI_0917 CLI_0918     FALSE 0.005 443.000 0.000 NA   NA
 3745927 3745928 CLI_0918 CLI_0919     TRUE 0.990 5.000 0.500 NA   NA
 3745930 3745931 CLI_0921 CLI_0922   cadD FALSE 0.018 302.000 0.000 NA   NA
 3745931 3745932 CLI_0922 CLI_0923 cadD   FALSE 0.226 149.000 0.000 NA   NA
 3745932 3745933 CLI_0923 CLI_0924     FALSE 0.292 127.000 0.000 NA   NA
 3745935 3745936 CLI_0926 CLI_0927     FALSE 0.002 908.000 0.000 NA   NA
 3745937 3745938 CLI_0928 CLI_0929     TRUE 0.973 19.000 0.200 NA   NA
 3745938 3745939 CLI_0929 CLI_0930     TRUE 0.969 -3.000 0.100 1.000   NA
 3745940 3745941 CLI_0931 CLI_0932     FALSE 0.165 166.000 0.000 NA   NA
 3745943 3745944 CLI_0934 CLI_0935     TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3745944 3745945 CLI_0935 CLI_0936     FALSE 0.429 58.000 0.000 NA   NA
 3745945 3745946 CLI_0936 CLI_0937     FALSE 0.407 63.000 0.000 NA   NA
 3745947 3745948 CLI_0938 CLI_0939     FALSE 0.025 277.000 0.000 NA   NA
 3745949 3745950 CLI_0940 CLI_0941     FALSE 0.025 287.000 0.000 1.000   NA
 3745951 3745952 CLI_0942 CLI_0943 oxdD   FALSE 0.008 374.000 0.000 NA   NA
 3745952 3745953 CLI_0943 CLI_0944     TRUE 0.680 58.000 0.010 NA   NA
 3745954 3745955 CLI_0945 CLI_0946     FALSE 0.027 273.000 0.000 NA   NA
 3745956 3745957 CLI_0947 CLI_0948     FALSE 0.104 193.000 0.000 NA   NA
 3745957 3745958 CLI_0948 CLI_0949     TRUE 0.988 5.000 0.386 NA   NA
 3745962 3745963 CLI_0953 CLI_0954     TRUE 0.986 0.000 0.400 NA   NA
 3745966 3745967 CLI_0957 CLI_0958     TRUE 0.839 81.000 0.000 0.057 Y NA
 3745968 3745969 CLI_0959 CLI_0960     FALSE 0.041 242.000 0.000 NA   NA
 3745970 3745971 CLI_0961 CLI_0962     FALSE 0.321 125.000 0.000 1.000   NA
 3745971 3745972 CLI_0962 CLI_0963     TRUE 0.823 79.000 0.000 1.000 Y NA
 3745972 3745973 CLI_0963 CLI_0964     FALSE 0.288 128.000 0.000 NA   NA
 3745975 3745976 CLI_0966 CLI_0967     FALSE 0.294 136.000 0.000 1.000   NA
 3745976 3745977 CLI_0967 CLI_0968     TRUE 0.996 2.000 0.292 1.000 Y NA
 3745977 3745978 CLI_0968 CLI_0969     TRUE 0.842 115.000 0.200 1.000 N NA
 3745978 3745979 CLI_0969 CLI_0970     TRUE 0.996 -3.000 0.700 NA Y NA
 3745979 3745980 CLI_0970 CLI_0971     FALSE 0.004 521.000 0.000 NA N NA
 3745980 3745981 CLI_0971 CLI_0972     TRUE 0.963 22.000 0.111 1.000   NA
 3745982 3745983 CLI_0973 CLI_0974     TRUE 0.919 112.000 1.000 NA   NA
 3745984 3745985 CLI_0975 CLI_0976     FALSE 0.024 290.000 0.000 1.000   NA
 3745985 3745986 CLI_0976 CLI_0977     FALSE 0.016 317.000 0.000 1.000   NA
 3745986 3745987 CLI_0977 CLI_0978     TRUE 0.846 73.000 0.162 1.000   NA
 3745989 3745990 CLI_0980 CLI_0981     TRUE 0.686 30.000 0.000 NA   NA
 3745990 3745991 CLI_0981 CLI_0982     FALSE 0.009 358.000 0.000 NA   NA
 3745992 3745993 CLI_0983 CLI_0984     FALSE 0.142 174.000 0.000 NA   NA
 3745993 3745994 CLI_0984 CLI_0985     FALSE 0.043 240.000 0.000 NA   NA
 3745994 3745995 CLI_0985 CLI_0986     FALSE 0.101 195.000 0.000 NA   NA
 3745996 3745997 CLI_0987 CLI_0988     FALSE 0.003 538.000 0.000 NA   NA
 3745999 3746000 CLI_0990 CLI_0991     TRUE 0.995 0.000 0.333 1.000 Y NA
 3746000 3746001 CLI_0991 CLI_0992     FALSE 0.021 292.000 0.000 NA   NA
 3746001 3746002 CLI_0992 CLI_0993     FALSE 0.006 405.000 0.000 NA   NA
 3746002 3746003 CLI_0993 CLI_0994     FALSE 0.012 343.000 0.000 1.000   NA
 3746003 3746004 CLI_0994 CLI_0995     TRUE 0.822 80.000 0.100 1.000 N NA
 3746004 3746005 CLI_0995 CLI_0996   cobU FALSE 0.038 279.000 0.000 1.000 N NA
 3746006 3746007 CLI_0997 CLI_0998 tipA   FALSE 0.006 397.000 0.000 NA   NA
 3746008 3746009 CLI_0999 CLI_1000   cobQ TRUE 0.630 61.000 0.003 NA   NA
 3746009 3746010 CLI_1000 CLI_1001 cobQ cobD TRUE 0.994 2.000 0.092 0.011 Y NA
 3746010 3746011 CLI_1001 CLI_1002 cobD   FALSE 0.243 219.000 0.026 1.000 N NA
 3746011 3746012 CLI_1002 CLI_1003   cbiM FALSE 0.333 185.000 0.013 1.000 N NA
 3746012 3746013 CLI_1003 CLI_1004 cbiM cbiN TRUE 0.998 4.000 0.861 0.011 Y NA
 3746013 3746014 CLI_1004 CLI_1005 cbiN cbiQ TRUE 0.994 -37.000 0.804 0.001 Y NA
 3746014 3746015 CLI_1005 CLI_1006 cbiQ   FALSE 0.006 448.000 0.000 NA N NA
 3746015 3746016 CLI_1006 CLI_1007   hemC TRUE 0.965 -31.000 0.009 NA Y NA
 3746016 3746017 CLI_1007 CLI_1008 hemC cobA/hemD TRUE 0.864 136.000 0.031 1.000 Y NA
 3746017 3746018 CLI_1008 CLI_1009 cobA/hemD   FALSE 0.240 146.000 0.000 NA   NA
 3746018 3746019 CLI_1009 CLI_1010   hemB FALSE 0.032 262.000 0.000 NA   NA
 3746019 3746020 CLI_1010 CLI_1011 hemB cobB FALSE 0.386 234.000 0.005 1.000 Y NA
 3746020 3746021 CLI_1011 CLI_1012 cobB   FALSE 0.208 154.000 0.000 NA   NA
 3746021 3746022 CLI_1012 CLI_1013     TRUE 0.852 62.000 0.143 NA   NA
 3746022 3746023 CLI_1013 CLI_1014   cobH FALSE 0.316 127.000 0.000 1.000   NA
 3746023 3746024 CLI_1014 CLI_1015 cobH   TRUE 0.723 29.000 0.000 1.000   NA
 3746024 3746025 CLI_1015 CLI_1016     FALSE 0.361 95.000 0.000 1.000   NA
 3746025 3746026 CLI_1016 CLI_1017     FALSE 0.335 93.000 0.000 NA   NA
 3746026 3746027 CLI_1017 CLI_1018     TRUE 0.729 27.000 0.000 NA   NA
 3746027 3746028 CLI_1018 CLI_1019     FALSE 0.063 220.000 0.000 NA   NA
 3746028 3746029 CLI_1019 CLI_1020     TRUE 0.715 28.000 0.000 NA   NA
 3746029 3746030 CLI_1020 CLI_1021     TRUE 0.720 70.000 0.032 NA   NA
 3746030 3746031 CLI_1021 CLI_1022     TRUE 0.846 93.000 0.250 NA   NA
 3746031 3746032 CLI_1022 CLI_1023   cbiD TRUE 0.847 13.000 0.000 NA   NA
 3746032 3746033 CLI_1023 CLI_1024 cbiD cbiE TRUE 0.759 201.000 0.126 0.011 Y NA
 3746033 3746034 CLI_1024 CLI_1025 cbiE   FALSE 0.116 185.000 0.000 NA   NA
 3746034 3746035 CLI_1025 CLI_1026   cbiT FALSE 0.403 64.000 0.000 NA   NA
 3746035 3746036 CLI_1026 CLI_1027 cbiT   TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 3746036 3746037 CLI_1027 CLI_1028     FALSE 0.617 36.000 0.000 NA   NA
 3746039 3746040 CLI_1030 CLI_1031     TRUE 0.767 158.000 0.400 NA   NA
 3746040 3746041 CLI_1031 CLI_1032     FALSE 0.421 60.000 0.000 NA   NA
 3746041 3746042 CLI_1032 CLI_1033     FALSE 0.420 68.000 0.000 1.000   NA
 3746042 3746043 CLI_1033 CLI_1034     FALSE 0.491 50.000 0.000 NA   NA
 3746043 3746044 CLI_1034 CLI_1035   cobI FALSE 0.335 91.000 0.000 NA   NA
 3746044 3746045 CLI_1035 CLI_1036 cobI cobM FALSE 0.505 288.000 0.291 0.011 Y NA
 3746045 3746046 CLI_1036 CLI_1037 cobM cbiG TRUE 0.992 -22.000 0.397 0.011 Y NA
 3746046 3746047 CLI_1037 CLI_1038 cbiG cobJ FALSE 0.560 278.000 0.352 0.011 Y NA
 3746047 3746048 CLI_1038 CLI_1039 cobJ cobK TRUE 0.895 177.000 0.423 0.011 Y NA
 3746048 3746049 CLI_1039 CLI_1040 cobK   FALSE 0.589 80.000 0.006 NA   NA
 3746049 3746050 CLI_1040 CLI_1041     TRUE 0.770 23.000 0.000 NA   NA
 3746050 3746051 CLI_1041 CLI_1042   cbiK FALSE 0.151 171.000 0.000 NA   NA
 3746051 3746052 CLI_1042 CLI_1043 cbiK   TRUE 0.968 13.000 0.040 1.000 N NA
 3746052 3746053 CLI_1043 CLI_1044   cobO FALSE 0.308 150.000 0.000 1.000 N NA
 3746053 3746054 CLI_1044 CLI_1045 cobO   FALSE 0.055 253.000 0.000 1.000 N NA
 3746054 3746055 CLI_1045 CLI_1046     TRUE 0.835 90.000 0.152 1.000 N NA
 3746055 3746056 CLI_1046 CLI_1047   asrA TRUE 0.975 17.000 0.174 1.000   NA
 3746056 3746057 CLI_1047 CLI_1048 asrA asrB TRUE 0.985 -13.000 0.750 0.039   NA
 3746057 3746058 CLI_1048 CLI_1049 asrB arsC TRUE 0.997 13.000 0.720 0.039 Y NA
 3746058 3746059 CLI_1049 CLI_1050 arsC   FALSE 0.011 350.000 0.000 1.000   NA
 3746061 3746062 CLI_1052 CLI_1053     TRUE 0.987 21.000 0.833 NA   NA
 3746062 3746063 CLI_1053 CLI_1054     TRUE 0.992 4.000 0.833 NA   NA
 3746063 3746064 CLI_1054 CLI_1055     FALSE 0.019 649.000 0.154 NA   NA
 3746064 3746065 CLI_1055 CLI_1056     TRUE 0.995 -10.000 0.765 1.000 Y NA
 3746065 3746066 CLI_1056 CLI_1057     FALSE 0.013 323.000 0.000 NA   NA
 3746067 3746068 CLI_1058 CLI_1059     TRUE 0.997 1.000 0.625 1.000 Y NA
 3746068 3746069 CLI_1059 CLI_1060     TRUE 0.996 13.000 0.375 1.000 Y NA
 3746069 3746070 CLI_1060 CLI_1061   dhaKL FALSE 0.004 558.000 0.000 1.000 N NA
 3746070 3746071 CLI_1061 CLI_1062 dhaKL dhaD TRUE 0.974 11.000 0.053 1.000 N NA
 3746071 3746072 CLI_1062 CLI_1063 dhaD   FALSE 0.159 317.000 0.250 1.000 N NA
 3746073 3746074 CLI_1064 CLI_1065     FALSE 0.463 102.000 0.000 0.013   NA
 3746074 3746075 CLI_1065 CLI_1066     FALSE 0.212 153.000 0.000 NA   NA
 3746075 3746076 CLI_1066 CLI_1067     FALSE 0.403 64.000 0.000 NA   NA
 3746076 3746077 CLI_1067 CLI_1068     FALSE 0.303 122.000 0.000 NA   NA
 3746077 3746078 CLI_1068 CLI_1069     TRUE 0.828 101.000 0.200 NA   NA
 3746078 3746079 CLI_1069 CLI_1070     TRUE 0.852 46.000 0.061 NA   NA
 3746079 3746080 CLI_1070 CLI_1071     FALSE 0.056 225.000 0.000 NA   NA
 3746082 3746083 CLI_1073 CLI_1074     TRUE 0.983 27.000 0.833 NA   NA
 3746085 3746086 CLI_1076 CLI_1077   recQ FALSE 0.029 268.000 0.000 NA   NA
 3746086 3746087 CLI_1077 CLI_1078 recQ   FALSE 0.213 172.000 0.000 1.000 N NA
 3746089 3746090 CLI_1080 CLI_1081     FALSE 0.346 115.000 0.000 1.000   NA
 3746090 3746091 CLI_1081 CLI_1082     FALSE 0.004 448.000 0.000 NA   NA
 3746091 3746092 CLI_1082 CLI_1083     TRUE 0.988 2.000 0.444 NA   NA
 3746092 3746093 CLI_1083 CLI_1084     TRUE 0.978 0.000 0.167 NA   NA
 3746093 3746094 CLI_1084 CLI_1085     TRUE 0.991 14.000 0.077 1.000 Y NA
 3746094 3746095 CLI_1085 CLI_1086     TRUE 0.974 15.000 0.135 NA   NA
 3746095 3746096 CLI_1086 CLI_1087   lctP FALSE 0.004 478.000 0.000 NA   NA
 3746096 3746097 CLI_1087 CLI_1088 lctP   TRUE 0.941 29.000 0.098 NA   NA
 3746097 3746098 CLI_1088 CLI_1089     TRUE 0.891 43.000 0.098 NA   NA
 3746098 3746099 CLI_1089 CLI_1090     TRUE 0.994 32.000 0.875 0.022 Y NA
 3746099 3746100 CLI_1090 CLI_1091     TRUE 0.983 61.000 0.875 0.010 Y NA
 3746100 3746101 CLI_1091 CLI_1092     FALSE 0.028 269.000 0.000 NA   NA
 3746101 3746102 CLI_1092 CLI_1093     FALSE 0.292 127.000 0.000 NA   NA
 3746102 3746103 CLI_1093 CLI_1094     FALSE 0.099 196.000 0.000 NA   NA
 3746103 3746104 CLI_1094 CLI_1095     TRUE 0.966 2.000 0.051 NA   NA
 3746105 3746106 CLI_1096 CLI_1097     FALSE 0.002 949.000 0.000 NA   NA
 3746107 3746108 CLI_1098 CLI_1099     FALSE 0.144 303.000 0.000 0.064 Y NA
 3746108 3746109 CLI_1099 CLI_1100     FALSE 0.068 215.000 0.000 NA   NA
 3746113 3746114 CLI_1104 CLI_1105     TRUE 0.979 4.000 0.111 1.000   NA
 3746114 3746115 CLI_1105 CLI_1106     FALSE 0.174 184.000 0.000 1.000 N NA
 3746115 3746116 CLI_1106 CLI_1107     TRUE 0.872 16.000 0.000 1.000 N NA
 3746120 3746121 CLI_1111 CLI_1112     TRUE 0.885 56.000 0.000 0.064 Y NA
 3746121 3746122 CLI_1112 CLI_1113     FALSE 0.335 93.000 0.000 NA   NA
 3746122 3746123 CLI_1113 CLI_1114     FALSE 0.197 157.000 0.000 NA   NA
 3746123 3746124 CLI_1114 CLI_1115     FALSE 0.003 636.000 0.000 1.000   NA
 3746124 3746125 CLI_1115 CLI_1116     TRUE 0.997 17.000 0.791 0.008 Y NA
 3746125 3746126 CLI_1116 CLI_1117   feoB-2 TRUE 0.993 32.000 0.871 1.000 Y NA
 3746126 3746127 CLI_1117 CLI_1118 feoB-2   TRUE 0.937 21.000 0.029 1.000   NA
 3746127 3746128 CLI_1118 CLI_1119     FALSE 0.067 216.000 0.000 NA   NA
 3746130 3746131 CLI_1121 CLI_1122   tlp FALSE 0.019 298.000 0.000 NA   NA
 3746132 3746133 CLI_1123 CLI_1124     TRUE 0.682 -31.000 0.000 NA   NA
 3746134 3746135 CLI_1125 CLI_1126     FALSE 0.018 337.000 0.000 1.000 N NA
 3746135 3746136 CLI_1126 CLI_1127     TRUE 0.996 1.000 0.462 1.000 Y NA
 3746136 3746137 CLI_1127 CLI_1128     FALSE 0.334 104.000 0.000 NA   NA
 3746137 3746138 CLI_1128 CLI_1129     FALSE 0.019 296.000 0.000 NA   NA
 3746140 3746141 CLI_1131 CLI_1132     FALSE 0.006 411.000 0.000 NA   NA
 3746141 3746142 CLI_1132 CLI_1133     FALSE 0.028 270.000 0.000 NA   NA
 3746142 3746143 CLI_1133 CLI_1134     TRUE 0.997 0.000 0.833 1.000 Y NA
 3746144 3746145 CLI_1135 CLI_1136     FALSE 0.064 236.000 0.000 NA N NA
 3746146 3746147 CLI_1137 CLI_1138     TRUE 0.996 -10.000 0.870 0.033 Y NA
 3746147 3746148 CLI_1138 CLI_1139     TRUE 0.997 -3.000 0.870 1.000 Y NA
 3746148 3746149 CLI_1139 CLI_1140     TRUE 0.952 74.000 0.196 1.000 Y NA
 3746149 3746150 CLI_1140 CLI_1141     FALSE 0.126 202.000 0.000 1.000 N NA
 3746150 3746151 CLI_1141 CLI_1142     TRUE 0.688 -28.000 0.000 NA   NA
 3746151 3746152 CLI_1142 CLI_1143     FALSE 0.007 395.000 0.000 NA   NA
 3746152 3746153 CLI_1143 CLI_1144     TRUE 0.997 2.000 0.389 0.007 Y NA
 3746154 3746155 CLI_1145 CLI_1146     TRUE 0.998 3.000 1.000 NA Y NA
 3746155 3746156 CLI_1146 CLI_1147     FALSE 0.336 88.000 0.000 NA   NA
 3746157 3746158 CLI_1148 CLI_1149     FALSE 0.180 188.000 0.000 0.005   NA
 3746158 3746159 CLI_1149 CLI_1150     FALSE 0.020 326.000 0.000 1.000 N NA
 3746159 3746160 CLI_1150 CLI_1151     FALSE 0.045 323.000 0.023 NA   NA
 3746160 3746161 CLI_1151 CLI_1152     FALSE 0.416 165.000 0.023 NA   NA
 3746162 3746163 CLI_1153 CLI_1154     FALSE 0.590 116.000 0.015 NA   NA
 3746163 3746164 CLI_1154 CLI_1155     FALSE 0.004 487.000 0.000 1.000   NA
 3746165 3746166 CLI_1156 CLI_1157     FALSE 0.009 374.000 0.000 1.000   NA
 3746166 3746167 CLI_1157 CLI_1158     FALSE 0.055 232.000 0.000 1.000   NA
 3746167 3746168 CLI_1158 CLI_1159     FALSE 0.083 209.000 0.000 1.000   NA
 3746168 3746169 CLI_1159 CLI_1160     TRUE 0.871 57.000 0.107 0.039   NA
 3746169 3746170 CLI_1160 CLI_1161     TRUE 0.989 3.000 0.300 0.039   NA
 3746170 3746171 CLI_1161 CLI_1162   glpT TRUE 0.648 89.000 0.021 1.000   NA
 3746171 3746172 CLI_1162 CLI_1163 glpT argS FALSE 0.004 583.000 0.000 1.000 N NA
 3746172 3746173 CLI_1163 CLI_1164 argS   FALSE 0.003 541.000 0.000 NA   NA
 3746173 3746174 CLI_1164 CLI_1165     TRUE 0.754 -10.000 0.000 NA   NA
 3746174 3746175 CLI_1165 CLI_1166     FALSE 0.027 280.000 0.000 1.000   NA
 3746176 3746177 CLI_1167 CLI_1168   feoB-3 TRUE 0.925 26.000 0.034 NA   NA
 3746177 3746178 CLI_1168 CLI_1169 feoB-3 feoA-2 TRUE 0.995 15.000 0.308 1.000 Y NA
 3746179 3746180 CLI_1170 CLI_1171     FALSE 0.070 213.000 0.000 NA   NA
 3746180 3746181 CLI_1171 CLI_1172     FALSE 0.002 909.000 0.000 1.000   NA
 3746181 3746182 CLI_1172 CLI_1173     FALSE 0.006 412.000 0.000 1.000   NA
 3746182 3746183 CLI_1173 CLI_1174     FALSE 0.028 278.000 0.000 1.000   NA
 3746183 3746184 CLI_1174 CLI_1175     TRUE 0.997 2.000 0.511 1.000 Y NA
 3746184 3746185 CLI_1175 CLI_1176     TRUE 0.960 55.000 0.154 NA Y NA
 3746185 3746186 CLI_1176 CLI_1177     TRUE 0.816 188.000 0.250 NA Y NA
 3746186 3746187 CLI_1177 CLI_1178     FALSE 0.053 228.000 0.000 NA   NA
 3746187 3746188 CLI_1178 CLI_1179     FALSE 0.002 701.000 0.000 1.000   NA
 3746188 3746189 CLI_1179 CLI_1180     FALSE 0.004 506.000 0.000 1.000   NA
 3746189 3746190 CLI_1180 CLI_1181     FALSE 0.039 245.000 0.000 NA   NA
 3746190 3746191 CLI_1181 CLI_1182     FALSE 0.076 208.000 0.000 NA   NA
 3746195 3746196 CLI_1186 CLI_1187     FALSE 0.467 143.000 0.008 NA   NA
 3746196 3746197 CLI_1187 CLI_1188     TRUE 0.696 56.000 0.008 1.000   NA
 3746198 3746199 CLI_1189 CLI_1190     FALSE 0.026 597.000 0.000 0.003 Y NA
 3746200 3746201 CLI_1191 CLI_1192     TRUE 0.983 18.000 0.333 1.000 N NA
 3746201 3746202 CLI_1192 CLI_1193     FALSE 0.006 419.000 0.000 1.000   NA
 3746202 3746203 CLI_1193 CLI_1194     FALSE 0.335 99.000 0.000 NA   NA
 3746203 3746204 CLI_1194 CLI_1195     FALSE 0.002 882.000 0.000 NA   NA
 3746204 3746205 CLI_1195 CLI_1196     TRUE 0.983 2.000 0.217 NA   NA
 3746205 3746206 CLI_1196 CLI_1197     TRUE 0.987 26.000 0.084 0.033 Y NA
 3746206 3746207 CLI_1197 CLI_1198     TRUE 0.990 12.000 0.308 0.033 N NA
 3746207 3746208 CLI_1198 CLI_1199     FALSE 0.018 302.000 0.000 NA   NA
 3746208 3746209 CLI_1199 CLI_1200     TRUE 0.629 104.000 0.020 NA   NA
 3746209 3746210 CLI_1200 CLI_1201     TRUE 0.874 10.000 0.000 1.000   NA
 3746210 3746211 CLI_1201 CLI_1202     FALSE 0.369 76.000 0.000 NA   NA
 3746211 3746212 CLI_1202 CLI_1203     TRUE 0.964 1.000 0.050 NA   NA
 3746212 3746213 CLI_1203 CLI_1204   maa FALSE 0.022 289.000 0.000 NA   NA
 3746215 3746216 CLI_1206 CLI_1207     FALSE 0.029 277.000 0.000 1.000   NA
 3746216 3746217 CLI_1207 CLI_1208     FALSE 0.438 160.000 0.017 1.000   NA
 3746219 3746220 CLI_1210 CLI_1211   mgtE FALSE 0.003 501.000 0.000 NA   NA
 3746220 3746221 CLI_1211 CLI_1212 mgtE   FALSE 0.004 1002.000 0.000 0.058 N NA
 3746221 3746222 CLI_1212 CLI_1213   serA TRUE 0.639 225.000 0.110 0.058 Y NA
 3746222 3746223 CLI_1213 CLI_1214 serA   TRUE 0.932 -22.000 0.072 NA   NA
 3746223 3746224 CLI_1214 CLI_1215     FALSE 0.003 588.000 0.000 NA   NA
 3746224 3746225 CLI_1215 CLI_1216     FALSE 0.564 158.000 0.056 1.000   NA
 3746227 3746228 CLI_1218 CLI_1219     TRUE 0.793 111.000 0.118 1.000   NA
 3746228 3746229 CLI_1219 CLI_1220     FALSE 0.021 299.000 0.000 1.000   NA
 3746229 3746230 CLI_1220 CLI_1221     FALSE 0.413 158.000 0.004 NA N NA
 3746230 3746231 CLI_1221 CLI_1222     FALSE 0.369 76.000 0.000 NA   NA
 3746231 3746232 CLI_1222 CLI_1223     FALSE 0.025 277.000 0.000 NA   NA
 3746232 3746233 CLI_1223 CLI_1224     FALSE 0.504 177.000 0.091 NA   NA
 3746233 3746234 CLI_1224 CLI_1225   xpt-2 FALSE 0.441 161.000 0.009 1.000 N NA
 3746234 3746235 CLI_1225 CLI_1226 xpt-2   FALSE 0.019 298.000 0.000 NA   NA
 3746235 3746236 CLI_1226 CLI_1227     FALSE 0.016 310.000 0.000 NA   NA
 3746236 3746237 CLI_1227 CLI_1228     TRUE 0.671 196.000 0.667 NA   NA
 3746237 3746238 CLI_1228 CLI_1229     FALSE 0.011 344.000 0.000 NA   NA
 3746238 3746239 CLI_1229 CLI_1230     FALSE 0.128 180.000 0.000 NA   NA
 3746239 3746240 CLI_1230 CLI_1231     TRUE 0.670 137.000 0.065 NA   NA
 3746242 3746243 CLI_1233 CLI_1234     TRUE 0.765 182.000 1.000 NA   NA
 3746243 3746244 CLI_1234 CLI_1235     FALSE 0.007 392.000 0.000 NA   NA
 3746244 3746245 CLI_1235 CLI_1236     TRUE 0.997 2.000 0.667 0.032 Y NA
 3746245 3746246 CLI_1236 CLI_1237     TRUE 0.984 -37.000 0.900 0.032 N NA
 3746248 3746249 CLI_1239 CLI_1240   rpsA FALSE 0.006 399.000 0.000 NA   NA
 3746249 3746250 CLI_1240 CLI_1241 rpsA   FALSE 0.283 183.000 0.008 1.000   NA
 3746250 3746251 CLI_1241 CLI_1242     FALSE 0.494 172.000 0.067 NA   NA
 3746251 3746252 CLI_1242 CLI_1243     FALSE 0.002 869.000 0.000 NA   NA
 3746252 3746253 CLI_1243 CLI_1244     TRUE 0.991 0.000 0.857 NA   NA
 3746253 3746254 CLI_1244 CLI_1245     TRUE 0.958 -37.000 0.231 1.000   NA
 3746254 3746255 CLI_1245 CLI_1246     FALSE 0.012 330.000 0.000 NA   NA
 3746255 3746256 CLI_1246 CLI_1247   asdA FALSE 0.005 433.000 0.000 NA   NA
 3746258 3746259 CLI_1249 CLI_1250     FALSE 0.062 221.000 0.000 NA   NA
 3746259 3746260 CLI_1250 CLI_1251     TRUE 0.932 -6.000 0.012 NA N NA
 3746260 3746261 CLI_1251 CLI_1252   panE FALSE 0.005 492.000 0.000 NA N NA
 3746261 3746262 CLI_1252 CLI_1253 panE fchA FALSE 0.024 310.000 0.000 1.000 N NA
 3746262 3746263 CLI_1253 CLI_1254 fchA folD TRUE 0.980 0.000 0.082 0.001 N NA
 3746263 3746264 CLI_1254 CLI_1255 folD   FALSE 0.015 320.000 0.000 1.000   NA
 3746266 3746267 CLI_1257 CLI_1258     TRUE 0.844 116.000 0.286 NA   NA
 3746267 3746268 CLI_1258 CLI_1259     FALSE 0.566 120.000 0.012 NA   NA
 3746268 3746269 CLI_1259 CLI_1260     FALSE 0.003 672.000 0.000 NA N NA
 3746269 3746270 CLI_1260 CLI_1261   cysK-2 FALSE 0.082 333.000 0.083 NA N NA
 3746270 3746271 CLI_1261 CLI_1262 cysK-2   TRUE 0.981 45.000 0.400 1.000 Y NA
 3746271 3746272 CLI_1262 CLI_1263     TRUE 0.989 35.000 0.400 0.032 Y NA
 3746272 3746273 CLI_1263 CLI_1264   iscS-1 TRUE 0.952 101.000 0.286 1.000 Y NA
 3746273 3746274 CLI_1264 CLI_1265 iscS-1   FALSE 0.411 72.000 0.000 1.000   NA
 3746274 3746275 CLI_1265 CLI_1266     FALSE 0.020 387.000 0.008 NA   NA
 3746275 3746276 CLI_1266 CLI_1267   trmU-1 FALSE 0.529 116.000 0.004 NA   NA
 3746280 3746281 CLI_1271 CLI_1272   bcrA FALSE 0.011 376.000 0.000 NA N NA
 3746281 3746282 CLI_1272 CLI_1273 bcrA   TRUE 0.853 2.000 0.000 NA   NA
 3746282 3746283 CLI_1273 CLI_1274     FALSE 0.003 602.000 0.000 NA   NA
 3746283 3746284 CLI_1274 CLI_1275     FALSE 0.010 356.000 0.000 NA   NA
 3746286 3746287 CLI_1277 CLI_1278     TRUE 0.992 6.000 0.556 1.000 N NA
 3746287 3746288 CLI_1278 CLI_1279     FALSE 0.006 413.000 0.000 NA   NA
 3746288 3746289 CLI_1279 CLI_1280     FALSE 0.003 581.000 0.000 NA   NA
 3746291 3746292 CLI_1282 CLI_1283     TRUE 0.887 14.000 0.000 1.000 N NA
 3746292 3746293 CLI_1283 CLI_1284     FALSE 0.493 63.000 0.000 NA N NA
 3746293 3746294 CLI_1284 CLI_1285     TRUE 0.980 3.000 0.000 NA Y NA
 3746294 3746295 CLI_1285 CLI_1286   amyB FALSE 0.004 673.000 0.000 0.005   NA
 3746295 10195477 CLI_1286 CLI_3915 amyB   FALSE 0.274 134.000 0.000 NA   NA
 10195477 3746296 CLI_3915 CLI_1287   tyrS-1 FALSE 0.003 540.000 0.000 NA   NA
 3746296 3746297 CLI_1287 CLI_1288 tyrS-1   FALSE 0.034 286.000 0.000 1.000 N NA
 3746297 3746298 CLI_1288 CLI_1289     TRUE 0.989 -7.000 0.833 1.000 N NA
 3746298 3746299 CLI_1289 CLI_1290     TRUE 0.984 1.000 0.278 NA   NA
 3746301 3746302 CLI_1292 CLI_1293     FALSE 0.113 186.000 0.000 NA   NA
 3746302 3746303 CLI_1293 CLI_1294     FALSE 0.362 78.000 0.000 NA   NA
 3746303 3746304 CLI_1294 CLI_1295     FALSE 0.537 174.000 0.095 1.000   NA
 3746304 3746305 CLI_1295 CLI_1296     TRUE 0.666 -49.000 0.000 NA   NA
 3746305 3746306 CLI_1296 CLI_1297   sdhB FALSE 0.012 331.000 0.000 NA   NA
 3746306 3746307 CLI_1297 CLI_1298 sdhB sdhA TRUE 0.995 13.000 0.146 0.001 Y NA
 3746307 3746308 CLI_1298 CLI_1300 sdhA   FALSE 0.005 425.000 0.000 NA   NA
 3746310 3746311 CLI_1302 CLI_1303     FALSE 0.468 53.000 0.000 NA   NA
 3746312 3746313 CLI_1304 CLI_1305     FALSE 0.024 313.000 0.000 0.037   NA
 3746313 3746314 CLI_1305 CLI_1306     FALSE 0.006 397.000 0.000 NA   NA
 3746314 3746315 CLI_1306 CLI_1307     TRUE 0.809 107.000 0.154 NA   NA
 3746315 3746316 CLI_1307 CLI_1308     TRUE 0.984 2.000 0.231 NA   NA
 3746316 3746317 CLI_1308 CLI_1309     TRUE 0.947 37.000 0.286 NA   NA
 3746317 3746318 CLI_1309 CLI_1310     TRUE 0.649 154.000 0.071 1.000 N NA
 3746318 3746319 CLI_1310 CLI_1311     TRUE 0.998 6.000 0.786 0.032 Y NA
 3746319 3746320 CLI_1311 CLI_1312     TRUE 0.878 198.000 0.688 0.032 Y NA
 3746321 3746322 CLI_1313 CLI_1314   cotJB TRUE 0.933 34.000 0.125 NA   NA
 3746322 3746323 CLI_1314 CLI_1315 cotJB cotJC TRUE 0.908 31.000 0.047 NA   NA
 3746323 3746324 CLI_1315 CLI_1316 cotJC   FALSE 0.071 230.000 0.000 NA N NA
 3746324 3746325 CLI_1316 CLI_1317     TRUE 0.987 17.000 0.667 NA   NA
 3746325 3746326 CLI_1317 CLI_1318     FALSE 0.003 595.000 0.000 NA   NA
 3746329 3746330 CLI_1321 CLI_1322     FALSE 0.003 514.000 0.000 NA   NA
 3746333 3746334 CLI_1325 CLI_1326     FALSE 0.007 430.000 0.000 NA N NA
 3746334 3746335 CLI_1326 CLI_1327     TRUE 0.985 15.000 0.400 NA   NA
 3746335 3746336 CLI_1327 CLI_1328     TRUE 0.988 -3.000 0.667 NA   NA
 3746336 3746337 CLI_1328 CLI_1329     TRUE 0.988 -3.000 0.667 NA   NA
 3746337 3746338 CLI_1329 CLI_1330     FALSE 0.036 252.000 0.000 NA   NA
 3746340 3746341 CLI_1332 CLI_1333     FALSE 0.002 999.000 0.000 NA   NA
 3746341 3746342 CLI_1333 CLI_1334     FALSE 0.002 662.000 0.000 NA   NA
 3746342 3746343 CLI_1334 CLI_1335     FALSE 0.312 118.000 0.000 NA   NA
 3746343 3746344 CLI_1335 CLI_1336     FALSE 0.002 630.000 0.000 NA   NA
 3746344 3746345 CLI_1336 CLI_1337     FALSE 0.023 284.000 0.000 NA   NA
 3746345 3746346 CLI_1337 CLI_1338     FALSE 0.014 319.000 0.000 NA   NA
 3746347 3746348 CLI_1339 CLI_1340     TRUE 0.838 40.000 0.014 1.000 N NA
 3746349 3746350 CLI_1341 CLI_1342 grdX grdE TRUE 0.875 91.000 0.400 NA   NA
 3746350 3746351 CLI_1342 CLI_1343 grdE grdB TRUE 0.961 33.000 0.222 0.003   NA
 3746351 3746352 CLI_1343 CLI_1344 grdB trxB FALSE 0.185 165.000 0.000 1.000   NA
 3746352 3746353 CLI_1344 CLI_1345 trxB   TRUE 0.985 34.000 0.226 1.000 Y NA
 3746353 3746354 CLI_1345 CLI_1346   grdA FALSE 0.364 86.000 0.000 1.000   NA
 3746354 3746355 CLI_1346 CLI_1347 grdA grdC FALSE 0.290 225.000 0.054 0.003   NA
 3746355 3746356 CLI_1347 CLI_1348 grdC grdD TRUE 0.990 16.000 0.622 0.003   NA
 3746356 3746357 CLI_1348 CLI_1349 grdD   FALSE 0.008 427.000 0.000 1.000 N NA
 3746357 3746358 CLI_1349 CLI_1350     FALSE 0.509 66.000 0.000 0.055   NA
 3746360 3746361 CLI_1352 CLI_1353 mtnK mtnA TRUE 0.720 140.000 0.104 1.000   NA
 3746361 3746362 CLI_1353 CLI_1354 mtnA   TRUE 0.855 12.000 0.000 NA   NA
 3746362 3746363 CLI_1354 CLI_1355     TRUE 0.806 17.000 0.000 NA   NA
 3746363 3746364 CLI_1355 CLI_1356     FALSE 0.537 44.000 0.000 NA   NA
 3746364 3746365 CLI_1356 CLI_1357     TRUE 0.754 -10.000 0.000 NA   NA
 3746365 3746366 CLI_1357 CLI_1358     FALSE 0.016 309.000 0.000 NA   NA
 3746368 3746369 CLI_1360 CLI_1361     FALSE 0.560 162.000 0.074 NA   NA
 3746369 3746370 CLI_1361 CLI_1362     FALSE 0.595 142.000 0.038 NA   NA
 3746370 3746371 CLI_1362 CLI_1363     TRUE 0.972 -3.000 0.135 NA   NA
 3746371 3746372 CLI_1363 CLI_1364     FALSE 0.007 383.000 0.000 NA   NA
 3746372 3746373 CLI_1364 CLI_1365     TRUE 0.862 48.000 0.080 NA   NA
 3746374 3746375 CLI_1366 CLI_1367     FALSE 0.008 381.000 0.000 NA   NA
 3746376 3746377 CLI_1368 CLI_1369     TRUE 0.979 28.000 0.667 NA   NA
 3746377 3746378 CLI_1369 CLI_1370     TRUE 0.896 52.000 0.200 NA   NA
 3746378 3746379 CLI_1370 CLI_1371     TRUE 0.997 14.000 0.500 0.001 Y NA
 3746379 3746380 CLI_1371 CLI_1372     TRUE 0.992 32.000 0.667 0.050 Y NA
 3746380 3746381 CLI_1372 CLI_1373     TRUE 0.795 116.000 0.100 1.000 N NA
 3746381 3746382 CLI_1373 CLI_1374   topB FALSE 0.011 389.000 0.000 1.000 N NA
 3746382 3746383 CLI_1374 CLI_1375 topB   FALSE 0.004 453.000 0.000 NA   NA
 3746383 3746384 CLI_1375 CLI_1376     FALSE 0.397 66.000 0.000 NA   NA
 3746386 3746387 CLI_1378 CLI_1379     FALSE 0.007 399.000 0.000 1.000   NA
 3746387 3746388 CLI_1379 CLI_1380     FALSE 0.019 305.000 0.000 1.000   NA
 3746388 3746389 CLI_1380 CLI_1381     FALSE 0.023 315.000 0.000 1.000 N NA
 3746389 3746390 CLI_1381 CLI_1382     TRUE 0.955 -7.000 0.067 1.000   NA
 3746390 3746391 CLI_1382 CLI_1383     TRUE 0.963 6.000 0.033 NA   NA
 3746391 3746392 CLI_1383 CLI_1384     TRUE 0.866 72.000 0.230 NA   NA
 3746392 10195478 CLI_1384 CLI_3917     FALSE 0.606 -102.000 0.000 NA   NA
 10195478 3746393 CLI_3917 CLI_1385     FALSE 0.004 450.000 0.000 NA   NA
 3746393 3746394 CLI_1385 CLI_1386     FALSE 0.053 228.000 0.000 NA   NA
 3746394 3746395 CLI_1386 CLI_1387     FALSE 0.012 335.000 0.000 NA   NA
 3746395 3746396 CLI_1387 CLI_1388     FALSE 0.025 277.000 0.000 NA   NA
 3746396 3746397 CLI_1388 CLI_1389     TRUE 0.947 37.000 0.287 NA   NA
 3746397 3746398 CLI_1389 CLI_1390   copZ TRUE 0.894 123.000 0.024 0.001 Y NA
 3746398 3746399 CLI_1390 CLI_1391 copZ   FALSE 0.039 433.000 0.000 1.000 Y NA
 3746399 3746400 CLI_1391 CLI_1392     FALSE 0.006 479.000 0.000 1.000 N NA
 3746400 3746401 CLI_1392 CLI_1393     FALSE 0.011 339.000 0.000 NA   NA
 3746401 3746402 CLI_1393 CLI_1394     FALSE 0.481 164.000 0.040 NA   NA
 3746402 3746403 CLI_1394 CLI_1395     FALSE 0.028 271.000 0.000 NA   NA
 3746403 3746404 CLI_1395 CLI_1396     TRUE 0.995 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 3746404 3746405 CLI_1396 CLI_1397     FALSE 0.105 213.000 0.000 1.000 N NA
 3746405 3746406 CLI_1397 CLI_1398     TRUE 0.991 12.000 0.500 NA N NA
 3746406 3746407 CLI_1398 CLI_1399     FALSE 0.010 349.000 0.000 NA   NA
 3746409 3746410 CLI_1401 CLI_1402     FALSE 0.073 210.000 0.000 NA   NA
 3746410 3746411 CLI_1402 CLI_1403     FALSE 0.294 126.000 0.000 NA   NA
 3746411 3746412 CLI_1403 CLI_1404     TRUE 0.835 14.000 0.000 NA   NA
 3746412 3746413 CLI_1404 CLI_1405     FALSE 0.191 158.000 0.000 NA   NA
 3746413 3746414 CLI_1405 CLI_1406     FALSE 0.004 452.000 0.000 NA   NA
 3746414 3746415 CLI_1406 CLI_1407     TRUE 0.855 38.000 0.032 NA   NA
 3746417 3746418 CLI_1409 CLI_1410     FALSE 0.003 600.000 0.000 NA   NA
 3746418 3746419 CLI_1410 CLI_1411   trkA FALSE 0.002 788.000 0.000 NA   NA
 3746419 3746420 CLI_1411 CLI_1412 trkA trkH TRUE 0.994 -3.000 0.163 0.004 Y NA
 3746420 3746421 CLI_1412 CLI_1413 trkH   FALSE 0.006 403.000 0.000 NA   NA
 3746421 3746422 CLI_1413 CLI_1414     TRUE 0.712 -19.000 0.000 NA   NA
 3746423 3746424 CLI_1415 CLI_1416     TRUE 0.976 15.000 0.158 NA   NA
 3746424 3746425 CLI_1416 CLI_1417     FALSE 0.005 459.000 0.000 1.000   NA
 3746426 3746427 CLI_1418 CLI_1419   rbr FALSE 0.013 324.000 0.000 NA   NA
 3746427 3746428 CLI_1419 CLI_1420 rbr   FALSE 0.005 486.000 0.000 NA N NA
 3746430 3746431 CLI_1422 CLI_1423     FALSE 0.247 143.000 0.000 NA   NA
 3746431 3746432 CLI_1423 CLI_1424     FALSE 0.286 129.000 0.000 NA   NA
 3746432 3746433 CLI_1424 CLI_1425     FALSE 0.020 295.000 0.000 NA   NA
 3746433 3746434 CLI_1425 CLI_1426     FALSE 0.592 197.000 0.312 NA N NA
 3746434 3746435 CLI_1426 CLI_1427     TRUE 0.891 146.000 0.077 0.049 Y NA
 3746435 3746436 CLI_1427 CLI_1428   noxA FALSE 0.468 200.000 0.111 0.049   NA
 3746436 3746437 CLI_1428 CLI_1429 noxA   FALSE 0.170 170.000 0.000 1.000   NA
 3746437 3746438 CLI_1429 CLI_1430     TRUE 0.985 -12.000 0.079 1.000 Y NA
 3746438 3746439 CLI_1430 CLI_1431     TRUE 0.891 66.000 0.333 NA   NA
 3746439 3746440 CLI_1431 CLI_1432     TRUE 0.991 6.000 0.600 NA   NA
 3746441 3746442 CLI_1433 CLI_1434     FALSE 0.007 392.000 0.000 NA   NA
 3746442 3746443 CLI_1434 CLI_1435     FALSE 0.226 149.000 0.000 NA   NA
 3746444 3746445 CLI_1436 CLI_1437     FALSE 0.027 303.000 0.000 1.000 N NA
 3746445 3746446 CLI_1437 CLI_1438     TRUE 0.992 22.000 0.214 1.000 Y NA
 3746446 3746447 CLI_1438 CLI_1439     TRUE 0.996 3.000 0.255 1.000 Y NA
 3746448 3746449 CLI_1440 CLI_1441     TRUE 0.826 75.000 0.133 NA   NA
 3746450 3746451 CLI_1442 CLI_1443     FALSE 0.043 280.000 0.000 0.004   NA
 3746451 3746452 CLI_1443 CLI_1444     TRUE 0.782 113.000 0.107 1.000   NA
 3746452 3746453 CLI_1444 CLI_1445     FALSE 0.034 426.000 0.089 1.000   NA
 3746453 3746454 CLI_1445 CLI_1446     FALSE 0.012 332.000 0.000 NA   NA
 3746454 3746455 CLI_1446 CLI_1447     FALSE 0.023 283.000 0.000 NA   NA
 3746455 3746456 CLI_1447 CLI_1448     FALSE 0.017 306.000 0.000 NA   NA
 3746456 3746457 CLI_1448 CLI_1449     TRUE 0.933 53.000 0.500 NA   NA
 3746457 3746458 CLI_1449 CLI_1450     TRUE 0.982 0.000 0.250 NA   NA
 3746460 3746461 CLI_1452 CLI_1453     FALSE 0.009 407.000 0.000 1.000 N NA
 3746461 3746462 CLI_1453 CLI_1454     TRUE 0.994 -3.000 0.235 0.031 Y NA
 3746462 3746463 CLI_1454 CLI_1455     TRUE 0.997 9.000 0.353 0.031 Y NA
 3746463 3746464 CLI_1455 CLI_1456     TRUE 0.932 99.000 0.118 1.000 Y NA
 3746464 3746465 CLI_1456 CLI_1457     TRUE 0.963 -6.000 0.059 0.032   NA
 3746465 3746466 CLI_1457 CLI_1458     FALSE 0.004 458.000 0.000 NA   NA
 3746467 3746468 CLI_1459 CLI_1460     TRUE 0.994 0.000 0.231 1.000 Y NA
 3746471 3746472 CLI_1463 CLI_1464     TRUE 0.633 135.000 0.025 1.000 N NA
 3746472 3746473 CLI_1464 CLI_1465     FALSE 0.003 912.000 0.000 1.000 N NA
 3746473 3746474 CLI_1465 CLI_1466     TRUE 0.992 -28.000 0.646 1.000 Y NA
 3746474 3746475 CLI_1466 CLI_1467     TRUE 0.930 140.000 0.270 1.000 Y NA
 3746475 3746476 CLI_1467 CLI_1468     FALSE 0.174 279.000 0.000 1.000 Y NA
 3746476 3746477 CLI_1468 CLI_1469     TRUE 0.920 -30.000 0.035 0.061   NA
 3746477 3746478 CLI_1469 CLI_1470     TRUE 0.650 127.000 0.035 1.000   NA
 3746478 3746479 CLI_1470 CLI_1471     FALSE 0.528 45.000 0.000 NA   NA
 3746479 3746480 CLI_1471 CLI_1472   rnz FALSE 0.286 129.000 0.000 NA   NA
 3746480 3746481 CLI_1472 CLI_1473 rnz   FALSE 0.012 345.000 0.000 1.000   NA
 3746481 3746482 CLI_1473 CLI_1474     FALSE 0.245 144.000 0.000 NA   NA
 3746482 3746483 CLI_1474 CLI_1475     TRUE 0.945 13.000 0.015 NA   NA
 3746483 3746484 CLI_1475 CLI_1476     TRUE 0.634 285.000 0.800 0.020 Y NA
 3746484 3746485 CLI_1476 CLI_1477     TRUE 0.784 171.000 0.600 1.000 N NA
 3746485 3746486 CLI_1477 CLI_1478     TRUE 0.972 106.000 1.000 NA Y NA
 3746486 3746487 CLI_1478 CLI_1479     TRUE 0.990 2.000 0.600 NA   NA
 3746487 3746488 CLI_1479 CLI_1480     TRUE 0.984 19.000 0.500 NA   NA
 3746489 3746490 CLI_1481 CLI_1482     FALSE 0.003 558.000 0.000 NA   NA
 3746490 3746491 CLI_1482 CLI_1483     TRUE 0.675 168.000 0.250 NA   NA
 3746492 3746493 CLI_1484 CLI_1485 pepD-1   FALSE 0.458 58.000 0.000 1.000   NA
 3746493 3746494 CLI_1485 CLI_1486   pdxK FALSE 0.033 268.000 0.000 1.000   NA
 3746496 3746497 CLI_1488 CLI_1489     TRUE 0.979 -13.000 0.500 1.000   NA
 3746497 3746498 CLI_1489 CLI_1490     TRUE 0.710 177.000 0.500 NA   NA
 3746498 3746499 CLI_1490 CLI_1491     FALSE 0.005 443.000 0.000 NA   NA
 3746499 3746500 CLI_1491 CLI_1492     TRUE 0.998 2.000 1.000 1.000 Y NA
 3746500 3746501 CLI_1492 CLI_1493     TRUE 0.918 74.000 0.500 1.000 N NA
 3746501 3746502 CLI_1493 CLI_1494     TRUE 0.969 -10.000 0.222 NA   NA
 3746502 3746503 CLI_1494 CLI_1495     FALSE 0.389 69.000 0.000 NA   NA
 3746503 3746504 CLI_1495 CLI_1496     FALSE 0.010 347.000 0.000 NA   NA
 3746504 3746505 CLI_1496 CLI_1497     FALSE 0.007 383.000 0.000 NA   NA
 3746505 3746506 CLI_1497 CLI_1498     TRUE 0.664 187.000 0.024 1.000 Y NA
 3746506 3746507 CLI_1498 CLI_1499     TRUE 0.998 13.000 0.833 0.031 Y NA
 3746507 3746508 CLI_1499 CLI_1500     TRUE 0.994 19.000 0.400 1.000 Y NA
 3746508 3746509 CLI_1500 CLI_1501     FALSE 0.006 425.000 0.000 1.000   NA
 3746513 3746514 CLI_1505 CLI_1506     FALSE 0.007 384.000 0.000 NA   NA
 3746514 3746515 CLI_1506 CLI_1507     TRUE 0.728 173.000 0.500 NA   NA
 3746517 3746518 CLI_1509 CLI_1510     TRUE 0.997 2.000 0.643 0.031 Y NA
 3746518 3746519 CLI_1510 CLI_1511     TRUE 0.644 130.000 0.041 NA   NA
 3746519 3746520 CLI_1511 CLI_1512     TRUE 0.697 95.000 0.041 NA   NA
 3746520 3746521 CLI_1512 CLI_1513     FALSE 0.010 351.000 0.000 NA   NA
 3746521 3746522 CLI_1513 CLI_1514     FALSE 0.083 203.000 0.000 NA   NA
 3746522 3746523 CLI_1514 CLI_1515     TRUE 0.763 89.000 0.079 1.000   NA
 3746523 3746524 CLI_1515 CLI_1516     FALSE 0.475 56.000 0.000 1.000   NA
 3746524 3746525 CLI_1516 CLI_1517     FALSE 0.006 480.000 0.000 1.000 N NA
 3746525 3746526 CLI_1517 CLI_1518   spoVB-1 TRUE 0.943 32.000 0.137 1.000   NA
 3746530 3746531 CLI_1522 CLI_1523     FALSE 0.014 360.000 0.000 1.000 N NA
 3746532 3746533 CLI_1524 CLI_1525   npr-1 FALSE 0.157 169.000 0.000 NA   NA
 3746533 3746534 CLI_1525 CLI_1526 npr-1 npr-2 TRUE 0.940 170.000 1.000 0.005 Y NA
 3746534 3746535 CLI_1526 CLI_1527 npr-2 npr-3 TRUE 0.825 116.000 0.000 0.005 Y NA
 3746535 3746536 CLI_1527 CLI_1528 npr-3 npr-4 TRUE 0.975 116.000 1.000 0.005 Y NA
 3746536 3746537 CLI_1528 CLI_1529 npr-4 npr-5 TRUE 0.820 120.000 0.000 0.005 Y NA
 3746537 3746538 CLI_1529 CLI_1530 npr-5   TRUE 0.818 121.000 0.000 0.005 Y NA
 3746538 3746539 CLI_1530 CLI_1531   nadC FALSE 0.004 605.000 0.000 1.000 N NA
 3746539 3746540 CLI_1531 CLI_1532 nadC nadB TRUE 0.979 -19.000 0.046 1.000 Y NA
 3746540 3746541 CLI_1532 CLI_1533 nadB nadA TRUE 0.991 3.000 0.042 1.000 Y NA
 3746543 3746544 CLI_1535 CLI_1536 hlyIII ychF FALSE 0.569 121.000 0.002 0.052   NA
 3746545 3746546 CLI_1537 CLI_1538 mraZ mraW TRUE 0.908 80.000 0.635 NA   NA
 3746546 3746547 CLI_1538 CLI_1539 mraW   FALSE 0.605 82.000 0.008 1.000   NA
 3746547 3746548 CLI_1539 CLI_1540     TRUE 0.969 16.000 0.096 1.000   NA
 3746548 3746549 CLI_1540 CLI_1541   murE TRUE 0.671 231.000 0.265 1.000 Y NA
 3746549 3746550 CLI_1541 CLI_1542 murE murF TRUE 0.993 26.000 0.328 0.003 Y NA
 3746550 3746551 CLI_1542 CLI_1543 murF mraY-2 TRUE 0.969 36.000 0.024 0.004 Y NA
 3746551 3746552 CLI_1543 CLI_1544 mraY-2   TRUE 0.736 79.000 0.014 0.004 N NA
 3746552 3746553 CLI_1544 CLI_1545     FALSE 0.050 319.000 0.015 NA N NA
 3746553 3746554 CLI_1545 CLI_1546     TRUE 0.949 11.000 0.014 NA   NA
 3746554 3746555 CLI_1546 CLI_1547   sbp TRUE 0.901 34.000 0.053 NA   NA
 3746555 3746556 CLI_1547 CLI_1548 sbp   TRUE 0.965 1.000 0.053 NA   NA
 3746556 3746557 CLI_1548 CLI_1549     TRUE 0.621 93.000 0.017 NA   NA
 3746557 3746558 CLI_1549 CLI_1550     TRUE 0.936 21.000 0.032 NA   NA
 3746558 3746559 CLI_1550 CLI_1551     TRUE 0.978 17.000 0.246 NA   NA
 3746559 3746560 CLI_1551 CLI_1552     TRUE 0.976 1.000 0.118 NA   NA
 3746560 3746561 CLI_1552 CLI_1553   divIVA TRUE 0.987 16.000 0.579 1.000   NA
 3746561 3746562 CLI_1553 CLI_1554 divIVA aroB FALSE 0.019 408.000 0.006 1.000 N NA
 3746562 3746563 CLI_1554 CLI_1555 aroB mtnN TRUE 0.945 1.000 0.003 1.000 N NA
 3746563 3746564 CLI_1555 CLI_1556 mtnN aroF TRUE 0.719 121.000 0.046 1.000 N NA
 3746564 3746565 CLI_1556 CLI_1557 aroF aroA TRUE 0.702 167.000 0.003 1.000 Y NA
 3746565 3746566 CLI_1557 CLI_1558 aroA   FALSE 0.099 217.000 0.000 1.000 N NA
 3746566 3746567 CLI_1558 CLI_1559   lspA FALSE 0.034 407.000 0.050 1.000 N NA
 3746567 3746568 CLI_1559 CLI_1560 lspA   TRUE 0.979 4.000 0.082 1.000 N NA
 3746568 3746569 CLI_1560 CLI_1561   pyrR-1 FALSE 0.020 497.000 0.048 1.000 N NA
 3746569 3746570 CLI_1561 CLI_1562 pyrR-1   TRUE 0.971 44.000 0.140 1.000 Y NA
 3746570 3746571 CLI_1562 CLI_1563   xth FALSE 0.004 589.000 0.000 1.000 N NA
 3746571 3746572 CLI_1563 CLI_1564 xth   FALSE 0.340 224.000 0.000 1.000 Y NA
 3746572 3746573 CLI_1564 CLI_1565     FALSE 0.057 231.000 0.000 1.000   NA
 3746573 3746574 CLI_1565 CLI_1566   modA FALSE 0.333 178.000 0.015 1.000   NA
 3746574 3746575 CLI_1566 CLI_1567 modA modB TRUE 0.997 10.000 0.430 0.001 Y NA
 3746575 3746576 CLI_1567 CLI_1568 modB   FALSE 0.247 380.000 0.342 1.000 Y NA
 3746576 3746577 CLI_1568 CLI_1569     TRUE 0.720 54.000 0.013 NA   NA
 3746577 3746578 CLI_1569 CLI_1570     FALSE 0.009 361.000 0.000 NA   NA
 3746578 3746579 CLI_1570 CLI_1571     FALSE 0.018 301.000 0.000 NA   NA
 3746579 3746580 CLI_1571 CLI_1572     FALSE 0.027 273.000 0.000 NA   NA
 3746580 3746581 CLI_1572 CLI_1573     TRUE 0.936 47.000 0.308 1.000 N NA
 3746581 3746582 CLI_1573 CLI_1574     FALSE 0.273 142.000 0.000 1.000   NA
 3746582 3746583 CLI_1574 CLI_1575     TRUE 0.808 88.000 0.147 NA   NA
 3746583 3746584 CLI_1575 CLI_1576     TRUE 0.973 23.000 0.235 NA   NA
 3746584 3746585 CLI_1576 CLI_1577   mtbC TRUE 0.958 26.000 0.118 1.000   NA
 3746585 3746586 CLI_1577 CLI_1578 mtbC   TRUE 0.801 85.000 0.118 1.000   NA
 3746586 3746587 CLI_1578 CLI_1579     FALSE 0.020 947.000 0.000 0.002 Y NA
 3746587 3746588 CLI_1579 CLI_1580     TRUE 0.951 23.000 0.044 1.000 N NA
 3746588 3746589 CLI_1580 CLI_1581     TRUE 0.995 2.000 0.178 1.000 Y NA
 3746589 3746590 CLI_1581 CLI_1582     TRUE 0.948 131.000 0.444 NA Y NA
 3746592 3746593 CLI_1584 CLI_1585   asnA FALSE 0.020 328.000 0.000 1.000 N NA
 3746595 3746596 CLI_1587 CLI_1588     TRUE 0.977 27.000 0.024 1.000 Y NA
 3746596 3746597 CLI_1588 CLI_1589     FALSE 0.016 317.000 0.000 1.000   NA
 3746599 3746600 CLI_1591 CLI_1592     TRUE 0.991 1.000 0.636 NA N NA
 3746600 3746601 CLI_1592 CLI_1593     TRUE 0.982 12.000 0.182 NA   NA
 3746601 3746602 CLI_1593 CLI_1594     FALSE 0.009 361.000 0.000 NA   NA
 3746602 3746603 CLI_1594 CLI_1595     TRUE 0.962 13.000 0.041 NA   NA
 3746603 3746604 CLI_1595 CLI_1596     TRUE 0.988 -7.000 0.611 0.031 N NA
 3746604 3746605 CLI_1596 CLI_1597     TRUE 0.986 36.000 0.278 0.031 Y NA
 3746605 3746606 CLI_1597 CLI_1598     TRUE 0.971 46.000 0.121 0.031 Y NA
 3746612 3746613 CLI_1604 CLI_1605     FALSE 0.332 108.000 0.000 NA   NA
 3746613 3746614 CLI_1605 CLI_1606     FALSE 0.008 368.000 0.000 NA   NA
 3746614 3746615 CLI_1606 CLI_1607     FALSE 0.117 207.000 0.000 1.000 N NA
 3746615 3746616 CLI_1607 CLI_1608     TRUE 0.957 26.000 0.087 1.000 N NA
 3746618 3746619 CLI_1610 CLI_1611   ogt TRUE 0.875 29.000 0.014 NA   NA
 3746619 3746620 CLI_1611 CLI_1612 ogt   TRUE 0.896 27.000 0.014 1.000   NA
 3746620 3746621 CLI_1612 CLI_1613     TRUE 0.694 165.000 0.263 NA   NA
 3746621 3746622 CLI_1613 CLI_1614     TRUE 0.965 25.000 0.168 NA   NA
 3746622 3746623 CLI_1614 CLI_1615     FALSE 0.008 389.000 0.000 1.000   NA
 3746623 3746624 CLI_1615 CLI_1616     FALSE 0.008 391.000 0.000 1.000   NA
 3746624 3746625 CLI_1616 CLI_1617     TRUE 0.866 57.000 0.000 1.000 Y NA
 3746625 3746626 CLI_1617 CLI_1618     FALSE 0.006 486.000 0.000 1.000 N NA
 3746626 3746627 CLI_1618 CLI_1619     FALSE 0.007 437.000 0.000 1.000 N NA
 3746627 3746628 CLI_1619 CLI_1620     FALSE 0.335 98.000 0.000 NA   NA
 3746628 3746629 CLI_1620 CLI_1621     FALSE 0.078 381.000 0.250 NA   NA
 3746629 3746630 CLI_1621 CLI_1622     TRUE 0.744 26.000 0.000 NA   NA
 3746633 3746634 CLI_1625 CLI_1626     TRUE 0.986 14.000 0.386 NA   NA
 3746635 3746636 CLI_1627 CLI_1628     TRUE 0.814 120.000 0.143 1.000 N NA
 3746636 3746637 CLI_1628 CLI_1629     TRUE 0.992 11.000 0.750 1.000   NA
 3746637 3746638 CLI_1629 CLI_1630     TRUE 0.989 0.000 0.667 NA   NA
 3746638 3746639 CLI_1630 CLI_1631     TRUE 0.873 132.000 0.500 NA N NA
 3746640 3746641 CLI_1632 CLI_1633     TRUE 0.788 58.000 0.051 NA   NA
 3746642 3746643 CLI_1634 CLI_1635   hgdC-1 TRUE 0.910 117.000 0.722 NA N NA
 3746643 3746644 CLI_1635 CLI_1636 hgdC-1   TRUE 0.974 18.000 0.135 NA N NA
 3746644 3746645 CLI_1636 CLI_1637     TRUE 0.990 2.000 0.405 1.000 N NA
 3746645 3746646 CLI_1637 CLI_1638   folE TRUE 0.991 4.000 0.429 1.000 N NA
 3746646 3746647 CLI_1638 CLI_1639 folE   FALSE 0.306 184.000 0.015 1.000   NA
 3746647 3746648 CLI_1639 CLI_1640     FALSE 0.020 294.000 0.000 NA   NA
 3746648 3746649 CLI_1640 CLI_1641     FALSE 0.226 149.000 0.000 NA   NA
 3746649 3746650 CLI_1641 CLI_1642     FALSE 0.139 175.000 0.000 NA   NA
 3746650 3746651 CLI_1642 CLI_1643     FALSE 0.014 321.000 0.000 NA   NA
 3746651 3746652 CLI_1643 CLI_1644     TRUE 0.933 25.000 0.040 NA   NA
 3746652 3746653 CLI_1644 CLI_1645   deoC FALSE 0.134 292.000 0.077 1.000 N NA
 3746653 3746654 CLI_1645 CLI_1646 deoC rbsK FALSE 0.365 188.000 0.026 1.000 N NA
 3746654 3746655 CLI_1646 CLI_1647 rbsK   FALSE 0.006 456.000 0.000 1.000 N NA
 3746655 3746656 CLI_1647 CLI_1648   hisG TRUE 0.993 25.000 0.239 0.003 Y NA
 3746656 3746657 CLI_1648 CLI_1649 hisG hisD TRUE 0.961 79.000 0.254 0.003 Y NA
 3746657 3746658 CLI_1649 CLI_1650 hisD hisB TRUE 0.907 144.000 0.096 0.003 Y NA
 3746658 3746659 CLI_1650 CLI_1651 hisB hisH TRUE 0.931 128.000 0.125 0.003 Y NA
 3746659 3746660 CLI_1651 CLI_1652 hisH hisA TRUE 0.993 -3.000 0.124 0.003 Y NA
 3746660 3746661 CLI_1652 CLI_1653 hisA hisC TRUE 0.985 -3.000 0.004 0.003 Y NA
 3746661 3746662 CLI_1653 CLI_1654 hisC hisF TRUE 0.651 186.000 0.002 0.003 Y NA
 3746662 3746663 CLI_1654 CLI_1655 hisF hisIE FALSE 0.208 154.000 0.000 NA   NA
 3746663 3746664 CLI_1655 CLI_1656 hisIE   FALSE 0.279 132.000 0.000 NA   NA
 3746664 3746665 CLI_1656 CLI_1657     TRUE 0.982 14.000 0.231 NA   NA
 3746665 3746666 CLI_1657 CLI_1658     TRUE 0.978 18.000 0.267 NA   NA
 3746668 3746669 CLI_1660 CLI_1661     TRUE 0.766 81.000 0.070 1.000   NA
 3746669 3746670 CLI_1661 CLI_1662     FALSE 0.573 153.000 0.047 1.000   NA
 3746670 3746671 CLI_1662 CLI_1663     FALSE 0.018 307.000 0.000 1.000   NA
 3746671 3746672 CLI_1663 CLI_1664     TRUE 0.965 3.000 0.041 NA   NA
 3746672 3746673 CLI_1664 CLI_1665     TRUE 0.730 171.000 0.490 NA   NA
 3746673 3746674 CLI_1665 CLI_1666     TRUE 0.854 117.000 0.352 NA   NA
 3746674 3746675 CLI_1666 CLI_1667     TRUE 0.996 -9.000 0.741 0.020 Y NA
 3746675 3746676 CLI_1667 CLI_1668   arcA-2 FALSE 0.004 564.000 0.000 1.000 N NA
 3746676 3746677 CLI_1668 CLI_1669 arcA-2 arcD TRUE 0.868 125.000 0.022 1.000 Y NA
 3746679 3746680 CLI_1672 CLI_1673     FALSE 0.008 368.000 0.000 NA   NA
 3746680 3746681 CLI_1673 CLI_1674     FALSE 0.572 40.000 0.000 NA   NA
 3746683 3746684 CLI_1676 CLI_1677     FALSE 0.413 190.000 0.067 1.000   NA
 3746684 3746685 CLI_1677 CLI_1678     FALSE 0.006 423.000 0.000 1.000   NA
 3746685 3746686 CLI_1678 CLI_1679     FALSE 0.043 247.000 0.000 1.000   NA
 3746686 3746687 CLI_1679 CLI_1680     TRUE 0.783 148.000 0.222 1.000 N NA
 3746687 3746688 CLI_1680 CLI_1681     TRUE 0.998 2.000 0.900 0.007 Y NA
 3746688 3746689 CLI_1681 CLI_1682     FALSE 0.011 392.000 0.000 1.000 N NA
 3746689 3746690 CLI_1682 CLI_1683     FALSE 0.144 295.000 0.000 1.000 Y NA
 3746690 3746691 CLI_1683 CLI_1684     FALSE 0.247 248.000 0.000 1.000 Y NA
 3746691 3746692 CLI_1684 CLI_1685     TRUE 0.975 42.000 0.167 1.000 Y NA
 3746692 3746693 CLI_1685 CLI_1686     TRUE 0.991 4.000 0.610 NA   NA
 3746693 3746694 CLI_1686 CLI_1687     FALSE 0.056 225.000 0.000 NA   NA
 3746696 3746697 CLI_1689 CLI_1690     TRUE 0.800 159.000 0.600 NA   NA
 3746698 3746699 CLI_1691 CLI_1692     TRUE 0.982 38.000 0.261 1.000 Y NA
 3746701 3746702 CLI_1694 CLI_1695     TRUE 0.982 12.000 0.171 1.000   NA
 3746703 3746704 CLI_1696 CLI_1697     TRUE 0.735 190.000 1.000 NA   NA
 3746706 3746707 CLI_1699 CLI_1700 metF   FALSE 0.504 176.000 0.045 0.002   NA
 3746707 3746708 CLI_1700 CLI_1701     TRUE 0.961 -10.000 0.075 0.001   NA
 3746710 3746711 CLI_1703 CLI_1704     TRUE 0.985 -7.000 0.667 NA   NA
 3746711 3746712 CLI_1704 CLI_1705   acoR FALSE 0.010 350.000 0.000 NA   NA
 3746712 3746713 CLI_1705 CLI_1706 acoR   TRUE 0.631 169.000 0.182 NA   NA
 3746713 3746714 CLI_1706 CLI_1707   acoA TRUE 0.952 21.000 0.065 NA   NA
 3746714 3746715 CLI_1707 CLI_1708 acoA acoB TRUE 0.994 3.000 0.076 0.001 Y NA
 3746715 3746716 CLI_1708 CLI_1709 acoB acoX TRUE 0.901 53.000 0.162 0.054   NA
 3746716 3746717 CLI_1709 CLI_1710 acoX acoC TRUE 0.924 36.000 0.081 0.054   NA
 3746717 3746718 CLI_1710 CLI_1711 acoC acoL TRUE 0.994 13.000 0.148 1.000 Y NA
 3746718 3746719 CLI_1711 CLI_1712 acoL   TRUE 0.957 25.000 0.074 1.000 N NA
 3746719 3746720 CLI_1712 CLI_1713     FALSE 0.011 388.000 0.000 1.000 N NA
 3746720 3746721 CLI_1713 CLI_1714     TRUE 0.989 -7.000 0.793 1.000 N NA
 3746721 3746722 CLI_1714 CLI_1715   thrC FALSE 0.031 294.000 0.000 1.000 N NA
 3746722 3746723 CLI_1715 CLI_1716 thrC thrB TRUE 0.996 10.000 0.233 1.000 Y NA
 3746723 3746724 CLI_1716 CLI_1717 thrB   TRUE 0.845 127.000 0.008 1.000 Y NA
 3746724 3746725 CLI_1717 CLI_1718   hom-1 FALSE 0.512 223.000 0.010 0.002 Y NA
 3746725 3746726 CLI_1718 CLI_1719 hom-1   FALSE 0.004 657.000 0.000 1.000 N NA
 3746726 3746727 CLI_1719 CLI_1720     FALSE 0.005 510.000 0.000 1.000 N NA
 3746727 3746728 CLI_1720 CLI_1721     FALSE 0.097 329.000 0.000 1.000 Y NA
 3746728 3746729 CLI_1721 CLI_1722   gltA-1 TRUE 0.992 0.000 0.667 0.048 N NA
 3746729 3746730 CLI_1722 CLI_1723 gltA-1   FALSE 0.078 229.000 0.000 1.000 N NA
 3746730 3746731 CLI_1723 CLI_1724     FALSE 0.005 429.000 0.000 NA   NA
 3746731 3746732 CLI_1724 CLI_1725     FALSE 0.005 423.000 0.000 NA   NA
 3746732 3746733 CLI_1725 CLI_1726     FALSE 0.335 94.000 0.000 NA   NA
 3746733 3746734 CLI_1726 CLI_1727     FALSE 0.128 180.000 0.000 NA   NA
 3746734 3746735 CLI_1727 CLI_1728     FALSE 0.010 356.000 0.000 NA   NA
 3746735 3746736 CLI_1728 CLI_1729     FALSE 0.383 72.000 0.000 NA   NA
 3746736 3746737 CLI_1729 CLI_1730     FALSE 0.407 63.000 0.000 NA   NA
 3746737 3746738 CLI_1730 CLI_1731     FALSE 0.002 825.000 0.000 NA   NA
 3746738 3746739 CLI_1731 CLI_1732     FALSE 0.002 741.000 0.000 NA   NA
 3746739 3746740 CLI_1732 CLI_1733     TRUE 0.961 33.000 0.379 NA   NA
 3746740 3746741 CLI_1733 CLI_1734   alr-1 FALSE 0.004 451.000 0.000 NA   NA
 3746741 3746742 CLI_1734 CLI_1735 alr-1   FALSE 0.008 426.000 0.000 1.000 N NA
 3746742 3746743 CLI_1735 CLI_1736     TRUE 0.671 88.000 0.016 0.100   NA
 3746743 3746744 CLI_1736 CLI_1737     FALSE 0.044 238.000 0.000 NA   NA
 3746746 3746747 CLI_1739 CLI_1740     FALSE 0.002 909.000 0.000 NA   NA
 3746750 3746751 CLI_1743 CLI_1744     FALSE 0.603 37.000 0.000 NA   NA
 3746752 3746753 CLI_1745 CLI_1746     FALSE 0.593 38.000 0.000 NA   NA
 3746753 3746754 CLI_1746 CLI_1747     TRUE 0.715 28.000 0.000 NA   NA
 3746754 3746755 CLI_1747 CLI_1748     FALSE 0.617 36.000 0.000 NA   NA
 3746755 3746756 CLI_1748 CLI_1749     FALSE 0.475 52.000 0.000 NA   NA
 3746756 3746757 CLI_1749 CLI_1750     FALSE 0.006 411.000 0.000 NA   NA
 3746759 3746760 CLI_1752 CLI_1753     FALSE 0.028 271.000 0.000 NA   NA
 3746762 3746763 CLI_1755 CLI_1756     FALSE 0.509 151.000 0.011 1.000 N NA
 3746763 3746764 CLI_1756 CLI_1757     TRUE 0.919 -7.000 0.016 NA   NA
 3746764 3746765 CLI_1757 CLI_1758   fruK TRUE 0.983 26.000 0.721 NA   NA
 3746767 3746768 CLI_1760 CLI_1761     TRUE 0.835 152.000 0.667 NA   NA
 3746770 3746771 CLI_1763 CLI_1764     FALSE 0.603 37.000 0.000 NA   NA
 3746772 3746773 CLI_1765 CLI_1766 safA   FALSE 0.006 402.000 0.000 NA   NA
 3746774 3746775 CLI_1767 CLI_1768     FALSE 0.013 369.000 0.000 1.000 N NA
 3746777 3746778 CLI_1770 CLI_1771     FALSE 0.003 571.000 0.000 NA   NA
 3746780 3746781 CLI_1773 CLI_1774     FALSE 0.015 323.000 0.000 1.000   NA
 3746781 3746782 CLI_1774 CLI_1775   deaD FALSE 0.293 179.000 0.006 1.000   NA
 3746782 3746783 CLI_1775 CLI_1776 deaD   FALSE 0.473 157.000 0.025 NA   NA
 3746783 3746784 CLI_1776 CLI_1777     FALSE 0.007 395.000 0.000 NA   NA
 3746784 3746785 CLI_1777 CLI_1778     FALSE 0.007 405.000 0.000 1.000   NA
 3746787 3746788 CLI_1780 CLI_1781     FALSE 0.417 61.000 0.000 NA   NA
 3746788 3746789 CLI_1781 CLI_1782   cheX TRUE 0.992 0.000 0.100 NA Y NA
 3746791 3746792 CLI_1784 CLI_1785     FALSE 0.572 61.000 0.000 0.002   NA
 3746797 3746798 CLI_1790 CLI_1791     TRUE 0.671 -40.000 0.000 NA   NA
 3746798 3746799 CLI_1791 CLI_1792   hfq TRUE 0.756 25.000 0.000 NA   NA
 3746799 3746800 CLI_1792 CLI_1793 hfq miaA TRUE 0.833 86.000 0.192 1.000   NA
 3746800 3746801 CLI_1793 CLI_1794 miaA   TRUE 0.973 16.000 0.097 1.000 N NA
 3746801 3746802 CLI_1794 CLI_1795   mutS TRUE 0.928 146.000 0.220 0.002 Y NA
 3746802 3746803 CLI_1795 CLI_1796 mutS miaB TRUE 0.758 80.000 0.041 1.000 N NA
 3746804 3746805 CLI_1797 CLI_1798     TRUE 0.766 85.000 0.087 NA   NA
 3746805 3746806 CLI_1798 CLI_1799   aspB-1 TRUE 0.692 55.000 0.008 NA   NA
 3746807 3746808 CLI_1800 CLI_1801     TRUE 0.901 82.000 0.571 NA   NA
 3746808 3746809 CLI_1801 CLI_1802     FALSE 0.038 248.000 0.000 NA   NA
 3746809 3746810 CLI_1802 CLI_1803   cmk TRUE 0.797 65.000 0.047 1.000 N NA
 3746810 3746811 CLI_1803 CLI_1804 cmk aroH TRUE 0.715 76.000 0.020 1.000 N NA
 3746811 3746812 CLI_1804 CLI_1805 aroH   TRUE 0.950 0.000 0.024 1.000   NA
 3746812 3746813 CLI_1805 CLI_1806   gluD FALSE 0.023 294.000 0.000 1.000   NA
 3746813 3746814 CLI_1806 CLI_1807 gluD   FALSE 0.252 235.000 0.068 1.000 N NA
 3746814 3746815 CLI_1807 CLI_1808   rluB FALSE 0.028 382.000 0.013 1.000 N NA
 3746815 3746816 CLI_1808 CLI_1809 rluB   FALSE 0.065 218.000 0.000 NA   NA
 3746816 3746817 CLI_1809 CLI_1810     FALSE 0.335 98.000 0.000 NA   NA
 3746817 3746818 CLI_1810 CLI_1811     FALSE 0.019 296.000 0.000 NA   NA
 3746819 3746820 CLI_1812 CLI_1813     FALSE 0.008 389.000 0.000 1.000   NA
 3746821 3746822 CLI_1814 CLI_1815     TRUE 0.962 2.000 0.034 1.000   NA
 3746822 3746823 CLI_1815 CLI_1816     TRUE 0.782 115.000 0.111 1.000   NA
 3746823 3746824 CLI_1816 CLI_1817     TRUE 0.740 131.000 0.111 NA   NA
 3746826 3746827 CLI_1819 CLI_1820 pcaC-1   FALSE 0.288 138.000 0.000 1.000   NA
 3746827 3746828 CLI_1820 CLI_1821     FALSE 0.116 185.000 0.000 NA   NA
 3746828 3746829 CLI_1821 CLI_1822     FALSE 0.050 232.000 0.000 NA   NA
 3746829 3746830 CLI_1822 CLI_1823     TRUE 0.892 -19.000 0.019 NA   NA
 3746831 3746832 CLI_1824 CLI_1825     TRUE 0.986 3.000 0.200 0.047   NA
 3746832 3746833 CLI_1825 CLI_1826     TRUE 0.970 -3.000 0.111 1.000   NA
 3746833 3746834 CLI_1826 CLI_1827     TRUE 0.670 136.000 0.056 1.000   NA
 3746835 3746836 CLI_1828 CLI_1829 hypE hypD TRUE 0.892 167.000 0.353 1.000 Y NA
 3746836 3746837 CLI_1829 CLI_1830 hypD   TRUE 0.993 -7.000 0.363 NA Y NA
 3746837 3746838 CLI_1830 CLI_1831   hypF TRUE 0.985 -37.000 0.181 NA Y NA
 3746838 3746839 CLI_1831 CLI_1832 hypF   TRUE 0.883 -16.000 0.008 1.000   NA
 3746839 3746840 CLI_1832 CLI_1833     FALSE 0.040 254.000 0.000 1.000   NA
 3746840 3746841 CLI_1833 CLI_1834     FALSE 0.456 160.000 0.022 1.000   NA
 3746841 3746842 CLI_1834 CLI_1835   hupL TRUE 0.977 33.000 0.079 1.000 Y NA
 3746842 3746843 CLI_1835 CLI_1836 hupL hupS TRUE 0.975 102.000 0.778 0.001 Y NA
 3746844 3746845 CLI_1837 CLI_1838     FALSE 0.005 420.000 0.000 NA   NA
 3746846 3746847 CLI_1839 CLI_1840 carB carA TRUE 0.984 28.000 0.054 0.001 Y NA
 3746851 3746852 CLI_1845 CLI_1846     FALSE 0.104 193.000 0.000 NA   NA
 3746854 3746855 CLI_1848 CLI_1849     FALSE 0.010 362.000 0.000 1.000   NA
 3746855 3746856 CLI_1849 CLI_1850     TRUE 0.961 20.000 0.048 0.001   NA
 3746856 3746857 CLI_1850 CLI_1851     TRUE 0.995 12.000 0.154 0.001 Y NA
 3746857 3746858 CLI_1851 CLI_1852     FALSE 0.006 487.000 0.000 1.000 N NA
 3746858 3746859 CLI_1852 CLI_1853     FALSE 0.047 259.000 0.000 NA N NA
 3746862 3746863 CLI_1856 CLI_1857   ytfJ FALSE 0.392 68.000 0.000 NA   NA
 3746864 3746865 CLI_1858 CLI_1859 scpB scpA TRUE 0.984 -7.000 0.570 NA   NA
 3746865 3746866 CLI_1859 CLI_1860 scpA   TRUE 0.855 -25.000 0.006 NA   NA
 3746866 3746867 CLI_1860 CLI_1861   dacF FALSE 0.175 224.000 0.021 NA   NA
 3746867 3746868 CLI_1861 CLI_1862 dacF   FALSE 0.587 123.000 0.018 NA   NA
 3746868 3746869 CLI_1862 CLI_1863     FALSE 0.187 159.000 0.000 NA   NA
 3746869 3746870 CLI_1863 CLI_1864     FALSE 0.546 142.000 0.024 NA   NA
 3746870 3746871 CLI_1864 CLI_1865   pdp TRUE 0.729 107.000 0.061 NA   NA
 3746871 3746872 CLI_1865 CLI_1866 pdp punA FALSE 0.160 286.000 0.000 1.000 Y NA
 3746872 3746873 CLI_1866 CLI_1867 punA xerD TRUE 0.824 38.000 0.004 1.000 N NA
 3746873 3746874 CLI_1867 CLI_1868 xerD   TRUE 0.689 52.000 0.004 NA   NA
 3746874 3746875 CLI_1868 CLI_1869     TRUE 0.932 -9.000 0.034 NA   NA
 3746877 3746878 CLI_1871 CLI_1872     FALSE 0.006 484.000 0.000 1.000 N NA
 3746878 3746879 CLI_1872 CLI_1873     FALSE 0.002 817.000 0.000 1.000   NA
 3746879 3746880 CLI_1873 CLI_1874     FALSE 0.002 1142.000 0.000 NA   NA
 3746880 3746881 CLI_1874 CLI_1875     FALSE 0.036 253.000 0.000 NA   NA
 3746881 3746882 CLI_1875 CLI_1876     FALSE 0.002 882.000 0.000 1.000   NA
 3746882 3746883 CLI_1876 CLI_1877     FALSE 0.310 129.000 0.000 1.000   NA
 3746883 3746884 CLI_1877 CLI_1878     FALSE 0.561 41.000 0.000 NA   NA
 3746884 3746885 CLI_1878 CLI_1879     TRUE 0.835 14.000 0.000 NA   NA
 3746885 3746886 CLI_1879 CLI_1880     FALSE 0.236 147.000 0.000 NA   NA
 3746886 3746887 CLI_1880 CLI_1881     FALSE 0.007 395.000 0.000 NA   NA
 3746887 3746888 CLI_1881 CLI_1882     FALSE 0.561 41.000 0.000 NA   NA
 3746888 3746889 CLI_1882 CLI_1883     TRUE 0.853 2.000 0.000 NA   NA
 3746889 3746890 CLI_1883 CLI_1884     TRUE 0.814 16.000 0.000 NA   NA
 3746890 3746891 CLI_1884 CLI_1885     TRUE 0.800 18.000 0.000 NA   NA
 3746891 3746892 CLI_1885 CLI_1886     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 3746892 3746893 CLI_1886 CLI_1887     TRUE 0.862 7.000 0.000 NA   NA
 3746893 3746894 CLI_1887 CLI_1888     TRUE 0.861 4.000 0.000 NA   NA
 3746894 3746895 CLI_1888 CLI_1889     TRUE 0.814 16.000 0.000 NA   NA
 3746895 3746896 CLI_1889 CLI_1890     TRUE 0.806 17.000 0.000 NA   NA
 3746896 3746897 CLI_1890 CLI_1891     FALSE 0.421 60.000 0.000 NA   NA
 3746897 3746898 CLI_1891 CLI_1892     TRUE 0.924 62.000 0.600 NA   NA
 3746898 3746899 CLI_1892 CLI_1893     TRUE 0.917 82.000 0.800 NA   NA
 3746899 3746900 CLI_1893 CLI_1894     TRUE 0.971 11.000 0.062 NA   NA
 3746900 3746901 CLI_1894 CLI_1895     TRUE 0.975 0.000 0.125 NA   NA
 3746901 3746902 CLI_1895 CLI_1896     TRUE 0.754 -10.000 0.000 NA   NA
 3746902 3746903 CLI_1896 CLI_1897     FALSE 0.339 85.000 0.000 NA   NA
 3746903 3746904 CLI_1897 CLI_1898     FALSE 0.475 52.000 0.000 NA   NA
 3746904 3746905 CLI_1898 CLI_1899     TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3746905 3746906 CLI_1899 CLI_1900     FALSE 0.412 62.000 0.000 NA   NA
 3746906 3746907 CLI_1900 CLI_1901     TRUE 0.763 24.000 0.000 NA   NA
 3746907 3746908 CLI_1901 CLI_1902     TRUE 0.991 1.000 0.750 NA   NA
 3746908 3746909 CLI_1902 CLI_1903     TRUE 0.826 148.000 0.500 NA   NA
 3746909 3746910 CLI_1903 CLI_1904     FALSE 0.361 93.000 0.000 1.000   NA
 3746910 3746911 CLI_1904 CLI_1905     TRUE 0.982 -13.000 0.750 NA   NA
 3746911 3746912 CLI_1905 CLI_1906     TRUE 0.975 -19.000 0.500 NA   NA
 3746912 3746913 CLI_1906 CLI_1907     TRUE 0.776 22.000 0.000 NA   NA
 3746913 3746914 CLI_1907 CLI_1908     TRUE 0.686 30.000 0.000 NA   NA
 3746914 3746915 CLI_1908 CLI_1909     FALSE 0.296 125.000 0.000 NA   NA
 3746915 3746916 CLI_1909 CLI_1910     FALSE 0.483 51.000 0.000 NA   NA
 3746916 3746917 CLI_1910 CLI_1911     FALSE 0.339 85.000 0.000 NA   NA
 3746917 3746918 CLI_1911 CLI_1912     TRUE 0.686 30.000 0.000 NA   NA
 3746918 3746919 CLI_1912 CLI_1913     TRUE 0.845 1.000 0.000 NA   NA
 3746919 3746920 CLI_1913 CLI_1914     FALSE 0.373 75.000 0.000 NA   NA
 3746920 3746921 CLI_1914 CLI_1915     FALSE 0.037 249.000 0.000 NA   NA
 3746921 3746922 CLI_1915 CLI_1916     FALSE 0.483 51.000 0.000 NA   NA
 3746922 3746923 CLI_1916 CLI_1917     FALSE 0.018 302.000 0.000 NA   NA
 3746923 3746924 CLI_1917 CLI_1918     FALSE 0.380 73.000 0.000 NA   NA
 3746924 3746925 CLI_1918 CLI_1919     FALSE 0.009 358.000 0.000 NA   NA
 3746925 3746926 CLI_1919 CLI_1920     FALSE 0.517 46.000 0.000 NA   NA
 3746926 3746927 CLI_1920 CLI_1921     FALSE 0.517 46.000 0.000 NA   NA
 3746927 3746928 CLI_1921 CLI_1922     FALSE 0.353 81.000 0.000 NA   NA
 3746928 3746929 CLI_1922 CLI_1923     FALSE 0.517 46.000 0.000 NA   NA
 3746929 3746930 CLI_1923 CLI_1924     FALSE 0.004 468.000 0.000 NA   NA
 3746930 3746931 CLI_1924 CLI_1925     FALSE 0.277 133.000 0.000 NA   NA
 3746931 3746932 CLI_1925 CLI_1926     TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3746932 3746933 CLI_1926 CLI_1927     FALSE 0.603 37.000 0.000 NA   NA
 3746933 3746934 CLI_1927 CLI_1928     FALSE 0.343 83.000 0.000 NA   NA
 3746934 3746935 CLI_1928 CLI_1929     FALSE 0.218 151.000 0.000 NA   NA
 3746937 3746938 CLI_1931 CLI_1932     TRUE 0.744 26.000 0.000 NA   NA
 3746938 3746939 CLI_1932 CLI_1933     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 3746939 3746940 CLI_1933 CLI_1934     FALSE 0.031 265.000 0.000 NA   NA
 3746940 3746941 CLI_1934 CLI_1935     TRUE 0.834 0.000 0.000 NA   NA
 3746941 3746942 CLI_1935 CLI_1936   spo0A TRUE 0.640 136.000 0.027 1.000 N NA
 3746942 3746943 CLI_1936 CLI_1937 spo0A spoIVB FALSE 0.065 431.000 0.393 1.000   NA
 3746943 3746944 CLI_1937 CLI_1938 spoIVB metA FALSE 0.006 422.000 0.000 1.000   NA
 3746944 3746945 CLI_1938 CLI_1939 metA hom-2 TRUE 0.972 27.000 0.005 1.000 Y NA
 3746945 3746946 CLI_1939 CLI_1940 hom-2   TRUE 0.952 40.000 0.017 1.000 Y NA
 3746946 3746947 CLI_1940 CLI_1941   recN FALSE 0.028 299.000 0.000 1.000 N NA
 3746947 3746948 CLI_1941 CLI_1942 recN argR TRUE 0.977 13.000 0.086 1.000 N NA
 3746948 3746949 CLI_1942 CLI_1943 argR ppnK TRUE 0.981 2.000 0.117 1.000 N NA
 3746949 3746950 CLI_1943 CLI_1944 ppnK   TRUE 0.979 0.000 0.120 1.000 N NA
 3746950 3746951 CLI_1944 CLI_1945   dxs TRUE 0.975 22.000 0.189 1.000 N NA
 3746951 3746952 CLI_1945 CLI_1946 dxs   TRUE 0.960 1.000 0.037 NA   NA
 3746952 3746953 CLI_1946 CLI_1947   ispA FALSE 0.002 803.000 0.000 NA   NA
 3746953 3746954 CLI_1947 CLI_1948 ispA xseB TRUE 0.724 125.000 0.053 1.000 N NA
 3746954 3746955 CLI_1948 CLI_1949 xseB xseA TRUE 0.966 94.000 0.412 0.001 Y NA
 3746955 3746956 CLI_1949 CLI_1950 xseA nusB TRUE 0.781 71.000 0.043 1.000 N NA
 3746956 3746957 CLI_1950 CLI_1951 nusB asp TRUE 0.786 139.000 0.223 NA   NA
 3746957 3746958 CLI_1951 CLI_1952 asp   TRUE 0.793 82.000 0.108 NA   NA
 3746958 3746959 CLI_1952 CLI_1953     TRUE 0.909 62.000 0.407 NA   NA
 3746959 3746960 CLI_1953 CLI_1954   spoIIIAF TRUE 0.888 139.000 0.907 NA   NA
 3746960 3746961 CLI_1954 CLI_1955 spoIIIAF   TRUE 0.973 36.000 0.918 NA   NA
 3746961 3746962 CLI_1955 CLI_1956     TRUE 0.993 9.000 0.864 NA   NA
 3746962 3746963 CLI_1956 CLI_1957     TRUE 0.984 27.000 0.895 NA   NA
 3746963 3746964 CLI_1957 CLI_1958     TRUE 0.965 42.000 0.926 NA   NA
 3746964 3746965 CLI_1958 CLI_1959     TRUE 0.964 37.000 0.604 NA   NA
 3746965 3746966 CLI_1959 CLI_1960     FALSE 0.447 196.000 0.112 NA   NA
 3746966 3746967 CLI_1960 CLI_1961   efp TRUE 0.847 41.000 0.037 NA   NA
 3746967 3746968 CLI_1961 CLI_1962 efp aroQ TRUE 0.691 73.000 0.010 1.000 N NA
 3746968 3746969 CLI_1962 CLI_1963 aroQ aroK TRUE 0.788 155.000 0.015 1.000 Y NA
 3746969 3746970 CLI_1963 CLI_1964 aroK   FALSE 0.561 134.000 0.020 NA   NA
 3746970 3746971 CLI_1964 CLI_1965     TRUE 0.993 6.000 1.000 NA   NA
 3746971 3746972 CLI_1965 CLI_1966     TRUE 0.982 16.000 0.333 NA   NA
 3746972 3746973 CLI_1966 CLI_1967     TRUE 0.975 28.000 0.500 NA   NA
 3746973 3746974 CLI_1967 CLI_1968     TRUE 0.974 -21.000 0.500 NA   NA
 3746974 3746975 CLI_1968 CLI_1969     TRUE 0.985 -3.000 0.500 NA   NA
 3746975 3746976 CLI_1969 CLI_1970     TRUE 0.979 -19.000 0.667 NA   NA
 3746976 3746977 CLI_1970 CLI_1971     FALSE 0.071 391.000 0.250 NA   NA
 3746977 3746978 CLI_1971 CLI_1972     TRUE 0.764 186.000 0.109 NA Y NA
 3746978 3746979 CLI_1972 CLI_1973     TRUE 0.902 145.000 0.135 1.000 Y NA
 3746979 3746980 CLI_1973 CLI_1974     FALSE 0.226 149.000 0.000 NA   NA
 3746980 3746981 CLI_1974 CLI_1975     FALSE 0.335 96.000 0.000 NA   NA
 3746981 3746982 CLI_1975 CLI_1976   dapF TRUE 0.928 1.000 0.003 NA   NA
 3746983 3746984 CLI_1977 CLI_1978   truA-1 TRUE 0.663 69.000 0.005 NA N NA
 3746985 3746986 CLI_1979 CLI_1980     FALSE 0.617 36.000 0.000 NA   NA
 3746988 3746989 CLI_1982 CLI_1983     FALSE 0.003 505.000 0.000 NA   NA
 3746989 3746990 CLI_1983 CLI_1984   cloSI FALSE 0.004 470.000 0.000 1.000   NA
 3746991 3746992 CLI_1985 CLI_1986     TRUE 0.986 2.000 0.333 NA   NA
 3746992 3746993 CLI_1986 CLI_1987     TRUE 0.995 -10.000 0.857 1.000 Y NA
 3746996 3746997 CLI_1990 CLI_1991     TRUE 0.995 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 3746997 3746998 CLI_1991 CLI_1992     FALSE 0.196 283.000 0.222 NA   NA
 3746998 3746999 CLI_1992 CLI_1993     TRUE 0.808 162.000 0.714 NA   NA
 3746999 3747000 CLI_1993 CLI_1994     TRUE 0.989 0.000 0.625 NA   NA
 3747002 3747003 CLI_1996 CLI_1997     TRUE 0.997 -3.000 0.933 0.006 Y NA
 3747004 3747005 CLI_1998 CLI_1999   bltD FALSE 0.351 113.000 0.000 1.000   NA
 3747006 3747007 CLI_2000 CLI_2001 moeB moaD TRUE 0.990 2.000 0.571 1.000   NA
 3747007 3747008 CLI_2001 CLI_2002 moaD aor FALSE 0.094 283.000 0.033 1.000   NA
 3747008 3747009 CLI_2002 CLI_2003 aor   FALSE 0.335 94.000 0.000 NA   NA
 3747009 3747010 CLI_2003 CLI_2004   aorR FALSE 0.157 169.000 0.000 NA   NA
 3747010 3747011 CLI_2004 CLI_2005 aorR   TRUE 0.941 50.000 0.500 1.000   NA
 3747011 3747012 CLI_2005 CLI_2006   moaC TRUE 0.941 2.000 0.006 1.000   NA
 3747012 3747013 CLI_2006 CLI_2007 moaC moaA TRUE 0.994 4.000 0.071 0.002 Y NA
 3747013 3747014 CLI_2007 CLI_2008 moaA   TRUE 0.948 59.000 0.053 0.002 Y NA
 3747014 3747015 CLI_2008 CLI_2009   moeA TRUE 0.997 12.000 0.481 0.002 Y NA
 3747015 3747016 CLI_2009 CLI_2010 moeA mog TRUE 0.983 24.000 0.017 0.002 Y NA
 3747016 3747017 CLI_2010 CLI_2011 mog tupC FALSE 0.235 202.000 0.006 1.000 N NA
 3747017 3747018 CLI_2011 CLI_2012 tupC tupB TRUE 0.986 -3.000 0.389 1.000 N NA