MicrobesOnline Operon Predictions for Salmonella enterica subsp. enterica serovar Saintpaul str. SARA29

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5970204 4402736 SeSPB_A2846 Sentente_010100002509     TRUE 0.682 -3.000 0.000 NA   NA
 5970205 5970206 SeSPB_A2844 SeSPB_A2843     FALSE 0.163 96.000 0.000 NA   NA
 4402739 4402740 Sentente_010100002524 Sentente_010100002529     TRUE 0.735 3.000 0.000 NA   NA
 4402740 4402741 Sentente_010100002529 Sentente_010100002534     TRUE 0.927 -3.000 0.222 NA   NA
 4402741 4402742 Sentente_010100002534 SeSPB_A2839     FALSE 0.158 103.000 0.000 NA   NA
 4402743 4402744 Sentente_010100002544 Sentente_010100002549     FALSE 0.171 76.000 0.000 NA   NA
 4402745 4402746 Sentente_010100002554 SeSPB_A2835     FALSE 0.473 -13.000 0.000 NA   NA
 4402746 4402747 SeSPB_A2835 Sentente_010100002564     TRUE 0.682 -3.000 0.000 NA   NA
 4402747 4402748 Sentente_010100002564 Sentente_010100002569     TRUE 0.682 -3.000 0.000 NA   NA
 4402748 4402749 Sentente_010100002569 Sentente_010100002574     FALSE 0.434 -37.000 0.000 1.000   NA
 4402749 4402750 Sentente_010100002574 Sentente_010100002579     TRUE 0.765 89.000 0.537 NA   NA
 4402750 4402751 Sentente_010100002579 Sentente_010100002584     TRUE 0.829 -7.000 0.152 NA   NA
 4402751 4402752 Sentente_010100002584 Sentente_010100002589     TRUE 0.738 4.000 0.000 NA   NA
 4402752 4402753 Sentente_010100002589 Sentente_010100002594     TRUE 0.682 -3.000 0.000 NA   NA
 4402753 4402754 Sentente_010100002594 Sentente_010100002599     TRUE 0.987 11.000 1.000 NA   NA
 4402754 4402755 Sentente_010100002599 Sentente_010100002604     FALSE 0.212 51.000 0.000 NA   NA
 4402755 4402756 Sentente_010100002604 Sentente_010100002609     FALSE 0.182 63.000 0.000 NA   NA
 4402756 4402757 Sentente_010100002609 Sentente_010100002614     TRUE 0.874 -28.000 0.400 NA   NA
 4402757 4402758 Sentente_010100002614 Sentente_010100002619     TRUE 0.970 3.000 0.400 NA   NA
 4402758 4402759 Sentente_010100002619 Sentente_010100002624     TRUE 0.719 10.000 0.000 NA   NA
 4402759 5970207 Sentente_010100002624 SeSPB_A2821     TRUE 0.735 7.000 0.000 NA   NA
 5970207 4402761 SeSPB_A2821 SeSPB_A2820     FALSE 0.269 39.000 0.000 NA   NA
 4402761 4402762 SeSPB_A2820 Sentente_010100002639     TRUE 0.774 62.000 0.500 NA   NA
 4402762 4402763 Sentente_010100002639 Sentente_010100002644     FALSE 0.240 44.000 0.000 NA   NA
 4402763 4402764 Sentente_010100002644 Sentente_010100002649     TRUE 0.732 0.000 0.000 NA   NA
 4402764 4402766 Sentente_010100002649 Sentente_010100002659     FALSE 0.001 961.000 0.000 NA   NA
 4402766 4402767 Sentente_010100002659 Sentente_010100002664     FALSE 0.002 527.000 0.000 NA   NA
 4402767 4402768 Sentente_010100002664 Sentente_010100002669     TRUE 0.878 17.000 0.187 1.000   NA
 4402768 4402769 Sentente_010100002669 Sentente_010100002674   rnc FALSE 0.097 217.000 0.117 1.000   NA
 4402769 4402770 Sentente_010100002674 Sentente_010100002679 rnc   TRUE 0.937 -3.000 0.127 0.056   NA
 4402770 4402771 Sentente_010100002679 Sentente_010100002684     TRUE 0.873 12.000 0.109 1.000   NA
 4402771 4402772 Sentente_010100002684 Sentente_010100002689     TRUE 0.898 12.000 0.166 1.000 N NA
 4402772 4402773 Sentente_010100002689 Sentente_010100002694     TRUE 0.963 0.000 0.326 1.000 N NA
 4402774 4402775 Sentente_010100002699 SeSPB_A2806     FALSE 0.352 38.000 0.000 1.000   NA
 4402776 4402777 Sentente_010100002709 Sentente_010100002714     FALSE 0.482 22.000 0.000 1.000 N NA
 4402779 4402780 Sentente_010100002724 Sentente_010100002729     TRUE 0.899 11.000 0.125 1.000   NA
 4402780 4402781 Sentente_010100002729 Sentente_010100002734     TRUE 0.884 4.000 0.125 NA N NA
 4402781 4402782 Sentente_010100002734 SeSPB_A2799     FALSE 0.234 58.000 0.062 NA N NA
 4402783 4402784 Sentente_010100002744 SeSPB_A2797     TRUE 0.737 5.000 0.000 NA   NA
 5970209 4402787 SeSPB_A2794 Sentente_010100002764     FALSE 0.165 80.000 0.000 NA   NA
 4402787 4402788 Sentente_010100002764 Sentente_010100002769     TRUE 0.682 -3.000 0.000 NA   NA
 4402788 4402789 Sentente_010100002769 SeSPB_A2791     FALSE 0.440 77.000 0.146 1.000 N NA
 4402790 4402791 Sentente_010100002779 Sentente_010100002784     TRUE 0.933 56.000 0.400 1.000 Y NA
 4402791 4402792 Sentente_010100002784 Sentente_010100002789     TRUE 0.718 83.000 0.000 1.000 Y NA
 4402792 4402793 Sentente_010100002789 Sentente_010100002794     FALSE 0.006 361.000 0.000 1.000 N NA
 4402793 4402795 Sentente_010100002794 Sentente_010100002804     FALSE 0.063 182.000 0.000 1.000 N NA
 4402796 4402797 Sentente_010100002809 Sentente_010100002814     FALSE 0.128 138.000 0.000 NA   NA
 4402797 4402799 Sentente_010100002814 Sentente_010100002824     FALSE 0.070 196.000 0.044 1.000   NA
 4402801 4402802 SeSPB_A2781 Sentente_010100002839     TRUE 0.809 -9.000 0.150 NA   NA
 4402803 4402804 Sentente_010100002844 Sentente_010100002849     TRUE 0.997 11.000 0.636 0.031 Y NA
 4402804 4402805 Sentente_010100002849 Sentente_010100002854     TRUE 0.979 4.000 0.318 0.031   NA
 4402805 4402806 Sentente_010100002854 Sentente_010100002859     FALSE 0.080 182.000 0.000 1.000   NA
 4402806 4402807 Sentente_010100002859 Sentente_010100002864     FALSE 0.102 145.000 0.003 1.000   NA
 4402809 4402810 Sentente_010100002874 Sentente_010100002879     FALSE 0.243 159.000 0.126 1.000 N NA
 4402812 4402813 Sentente_010100002889 Sentente_010100002894     TRUE 0.891 28.000 0.448 1.000 N NA
 4402813 4402814 Sentente_010100002894 Sentente_010100002899     TRUE 0.926 29.000 0.359 0.002   NA
 4402814 4402815 Sentente_010100002899 Sentente_010100002904     FALSE 0.440 196.000 0.500 1.000   NA
 4402815 4402816 Sentente_010100002904 Sentente_010100002909   hscA TRUE 0.994 13.000 0.634 1.000 Y NA
 4402816 4402817 Sentente_010100002909 Sentente_010100002914 hscA   TRUE 0.987 2.000 0.794 1.000 N NA
 4402817 4402818 Sentente_010100002914 Sentente_010100002919     TRUE 0.979 12.000 0.625 1.000   NA
 4402818 4402820 Sentente_010100002919 Sentente_010100002929     FALSE 0.263 178.000 0.171 1.000   NA
 4402820 4402821 Sentente_010100002929 Sentente_010100002934     TRUE 0.559 107.000 0.253 NA   NA
 4402826 4402827 Sentente_010100002959 Sentente_010100002964     TRUE 0.582 16.000 0.000 NA   NA
 4402828 4402829 Sentente_010100002969 Sentente_010100002974     TRUE 0.987 1.000 0.711 1.000   NA
 4402829 4402830 Sentente_010100002974 Sentente_010100002979     FALSE 0.166 156.000 0.070 1.000 N NA
 4402830 4402831 Sentente_010100002979 Sentente_010100002984     TRUE 0.997 -3.000 0.857 0.062 Y NA
 4402831 4402832 Sentente_010100002984 Sentente_010100002989     TRUE 0.970 -7.000 0.667 1.000   NA
 4402832 4402833 Sentente_010100002989 Sentente_010100002994     TRUE 0.927 0.000 0.154 1.000   NA
 4402833 4402835 Sentente_010100002994 Sentente_010100003004   ndk FALSE 0.095 121.000 0.002 1.000 N NA
 4402835 4402836 Sentente_010100003004 Sentente_010100003009 ndk   FALSE 0.146 207.000 0.156 1.000   NA
 4402836 4402838 Sentente_010100003009 Sentente_010100003019     FALSE 0.011 292.000 0.020 1.000   NA
 4402838 4402839 Sentente_010100003019 Sentente_010100003024   ispG TRUE 0.821 27.000 0.233 1.000   NA
 4402839 5970211 Sentente_010100003024 SeSPB_A2746 ispG   TRUE 0.732 0.000 0.000 NA   NA
 5970211 4402840 SeSPB_A2746 Sentente_010100003029     FALSE 0.485 20.000 0.000 NA   NA
 4402840 4402841 Sentente_010100003029 Sentente_010100003034     TRUE 0.933 14.000 0.259 1.000   NA
 4402841 4402842 Sentente_010100003034 Sentente_010100003039     TRUE 0.974 11.000 0.492 1.000   NA
 4402842 4402843 Sentente_010100003039 Sentente_010100003044   engA TRUE 0.534 119.000 0.203 1.000   NA
 4402843 4402845 Sentente_010100003044 Sentente_010100003054 engA   FALSE 0.098 89.000 0.009 NA   NA
 4402845 4402848 Sentente_010100003054 Sentente_010100003069     FALSE 0.006 346.000 0.000 NA   NA
 4402848 4402849 Sentente_010100003069 SeSPB_A2739     TRUE 0.923 -16.000 0.500 NA   NA
 4402849 5970212 SeSPB_A2739 SeSPB_A2738     FALSE 0.128 138.000 0.000 NA   NA
 5970212 5970213 SeSPB_A2738 SeSPB_A2737     FALSE 0.456 22.000 0.000 NA   NA
 5970213 5970214 SeSPB_A2737 SeSPB_A2736     FALSE 0.078 166.000 0.000 NA   NA
 5970214 4402851 SeSPB_A2736 Sentente_010100003094     FALSE 0.378 -27.000 0.000 NA   NA
 4402853 4402854 Sentente_010100003104 Sentente_010100003109     TRUE 0.922 70.000 0.190 0.001 Y NA
 4402861 4402862 SeSPB_A2729 Sentente_010100003149     TRUE 0.974 -34.000 0.486 1.000 Y NA
 4402862 4402863 Sentente_010100003149 Sentente_010100003154     FALSE 0.038 189.000 0.017 1.000 N NA
 4402863 5970215 Sentente_010100003154 SeSPB_A2726   purM TRUE 0.994 0.000 0.230 0.002 Y NA
 4402866 4402867 Sentente_010100003169 Sentente_010100003174     TRUE 0.880 88.000 0.101 0.001 Y NA
 4402867 4402868 Sentente_010100003174 SeSPB_A2723   hda FALSE 0.242 119.000 0.048 1.000   NA
 4402869 4402870 Sentente_010100003184 Sentente_010100003189     TRUE 0.743 40.000 0.259 1.000   NA
 4402871 4402873 Sentente_010100003194 Sentente_010100003204     FALSE 0.009 301.000 0.000 NA   NA
 4402873 4402874 Sentente_010100003204 Sentente_010100003209     TRUE 0.639 68.000 0.290 1.000 N NA
 4402874 4402875 Sentente_010100003209 Sentente_010100003214     TRUE 0.991 6.000 0.295 1.000 Y NA
 4402876 4402877 Sentente_010100003219 Sentente_010100003224     TRUE 0.882 0.000 0.102 1.000 N NA
 4402878 4402879 Sentente_010100003229 Sentente_010100003234     TRUE 0.979 17.000 0.267 1.000 Y NA
 4402879 4402880 Sentente_010100003234 Sentente_010100003239     FALSE 0.054 175.000 0.019 1.000 N NA
 4402880 4402881 Sentente_010100003239 Sentente_010100003244     FALSE 0.129 131.000 0.006 1.000   NA
 4402881 4402882 Sentente_010100003244 Sentente_010100003249     TRUE 0.643 16.000 0.029 1.000   NA
 4402883 4402884 Sentente_010100003254 Sentente_010100003259     FALSE 0.317 28.000 0.025 NA   NA
 4402884 4402885 Sentente_010100003259 Sentente_010100003264     TRUE 0.959 4.000 0.292 1.000 N NA
 4402885 4402886 Sentente_010100003264 Sentente_010100003269     FALSE 0.002 574.000 0.000 1.000 N NA
 4402886 4402887 Sentente_010100003269 Sentente_010100003274     FALSE 0.060 185.000 0.000 1.000 N NA
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