MicrobesOnline Operon Predictions for Coxiella burnetii Dugway 5J108-111

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3714367 3714368 COXBU7E912_0001 COXBU7E912_0002 dnaA dnaN TRUE 0.909 144.000 0.328 1.000 Y NA
 3714368 3714369 COXBU7E912_0002 COXBU7E912_0003 dnaN recF TRUE 0.997 5.000 0.318 1.000 Y NA
 3714369 3714371 COXBU7E912_0003 CBUD_0005 recF gyrB TRUE 0.636 296.000 0.249 0.009 Y NA
 3714371 5608750 CBUD_0005 CBUD_0005a gyrB   FALSE 0.063 153.000 0.000 NA   NA
 5608750 5608751 CBUD_0005a CBUD_0005b     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3714373 3714374 COXBU7E912_0006 COXBU7E912_0008     FALSE 0.092 108.000 0.000 NA   NA
 3714374 3714375 COXBU7E912_0008 COXBU7E912_0009     FALSE 0.072 141.000 0.000 NA   NA
 3714375 5608752 COXBU7E912_0009 CBUD_0010     FALSE 0.075 136.000 0.000 NA   NA
 5608752 5608753 CBUD_0010 CBUD_0011     FALSE 0.080 63.000 0.000 NA   NA
 5608753 5608754 CBUD_0011 CBUD_0011a     FALSE 0.017 329.000 0.000 NA   NA
 5608754 5608755 CBUD_0011a CBUD_0011b     FALSE 0.137 36.000 0.000 NA   NA
 3714379 3714380 COXBU7E912_0013 CBUD_0014 glmS   TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3714380 5608756 CBUD_0014 CBUD_0014a     FALSE 0.060 157.000 0.000 NA   NA
 5608757 5608758 CBUD_0016 CBUD_0018     FALSE 0.089 50.000 0.000 NA   NA
 5608758 3714386 CBUD_0018 CBUD_0020     FALSE 0.010 1319.000 0.000 NA   NA
 3714388 3714389 COXBU7E912_0022 CBUD_0023     FALSE 0.360 -76.000 0.000 1.000 N NA
 3714389 3714390 CBUD_0023 COXBU7E912_0024     FALSE 0.172 129.000 0.000 1.000 N NA
 3714390 3714391 COXBU7E912_0024 COXBU7E912_0025     FALSE 0.080 73.000 0.000 NA   NA
 3714391 3714392 COXBU7E912_0025 COXBU7E912_0026     FALSE 0.089 50.000 0.000 NA   NA
 3714392 3714393 COXBU7E912_0026 CBUD_0027     FALSE 0.094 83.000 0.000 NA   NA
 3714394 3714395 COXBU7E912_0028 COXBU7E912_0029     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3714395 3714396 COXBU7E912_0029 CBUD_0030     TRUE 0.651 9.000 0.000 NA   NA
 3714396 3714397 CBUD_0030 COXBU7E912_0031     FALSE 0.273 24.000 0.000 NA   NA
 3714398 3714399 CBUD_0032 COXBU7E912_0033     FALSE 0.365 19.000 0.000 NA   NA
 3714399 3714400 COXBU7E912_0033 COXBU7E912_0034     TRUE 0.829 14.000 0.000 0.022 Y NA
 3714401 3714402 COXBU7E912_0035 COXBU7E912_0036     FALSE 0.013 441.000 0.000 NA   NA
 3714402 3714403 COXBU7E912_0036 COXBU7E912_0037     FALSE 0.039 205.000 0.000 NA   NA
 3714403 3714404 COXBU7E912_0037 COXBU7E912_0038     TRUE 0.979 11.000 0.044 1.000 Y NA
 3714404 3714405 COXBU7E912_0038 COXBU7E912_0039     TRUE 0.977 -7.000 0.044 1.000 N NA
 3714405 3714406 COXBU7E912_0039 COXBU7E912_0040     TRUE 0.952 3.000 0.000 1.000 Y NA
 3714407 3714408 CBUD_0041 COXBU7E912_0042 pdxB   FALSE 0.420 -19.000 0.000 NA   NA
 3714408 3714409 COXBU7E912_0042 COXBU7E912_0043     FALSE 0.131 37.000 0.000 NA   NA
 3714411 3714412 COXBU7E912_0045 CBUD_0046 efp   TRUE 0.918 -61.000 0.082 0.060 Y NA
 3714412 3714413 CBUD_0046 COXBU7E912_0047     FALSE 0.034 222.000 0.000 NA   NA
 3714413 3714414 COXBU7E912_0047 CBUD_0048     FALSE 0.084 53.000 0.000 NA   NA
 3714415 3714416 CBUD_0049 COXBU7E912_0050     TRUE 0.641 -9.000 0.000 NA   NA
 3714416 5608759 COXBU7E912_0050 CBUD_0050a     FALSE 0.088 116.000 0.000 NA   NA
 5608759 5608760 CBUD_0050a CBUD_0050b     FALSE 0.238 26.000 0.000 NA   NA
 3714424 3714425 COXBU7E912_0058 COXBU7E912_0059 lolB   FALSE 0.088 79.000 0.000 NA   NA
 3714425 3714426 COXBU7E912_0059 COXBU7E912_0060   prs FALSE 0.308 22.000 0.000 NA   NA
 3714426 3714427 COXBU7E912_0060 COXBU7E912_0062 prs   TRUE 0.725 5.000 0.000 NA   NA
 3714431 3714432 COXBU7E912_0065 COXBU7E912_0066     TRUE 0.994 2.000 0.200 NA N NA
 3714432 3714433 COXBU7E912_0066 CBUD_0067     TRUE 0.714 14.000 0.000 NA N NA
 3714433 3714434 CBUD_0067 COXBU7E912_0068   rfbC TRUE 0.959 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3714434 3714435 COXBU7E912_0068 CBUD_0069 rfbC   TRUE 0.563 10.000 0.000 1.000   NA
 3714436 3714437 COXBU7E912_0070 COXBU7E912_0071   pth TRUE 0.998 7.000 0.496 0.055 Y NA
 3714437 3714438 COXBU7E912_0071 CBUD_0072 pth ychF TRUE 0.932 33.000 0.184 1.000 Y NA
 3714438 3714439 CBUD_0072 CBUD_0073 ychF   TRUE 0.746 4.000 0.000 NA   NA
 3714439 3714440 CBUD_0073 COXBU7E912_0074     FALSE 0.081 66.000 0.000 NA   NA
 3714440 5608763 COXBU7E912_0074 CBUD_0073a     FALSE 0.066 149.000 0.000 NA   NA
 5608763 3714441 CBUD_0073a COXBU7E912_0075     FALSE 0.086 120.000 0.000 NA   NA
 3714441 3714442 COXBU7E912_0075 COXBU7E912_0076     FALSE 0.095 102.000 0.000 NA   NA
 3714443 3714444 CBUD_0077 COXBU7E912_0078     TRUE 0.532 -13.000 0.000 NA   NA
 3714445 5608764 CBUD_0079 CBUD_0079a     FALSE 0.081 69.000 0.000 NA   NA
 3714447 3714448 CBUD_0081 COXBU7E912_0082     FALSE 0.121 39.000 0.000 NA   NA
 3714448 3714449 COXBU7E912_0082 CBUD_0083     FALSE 0.083 54.000 0.000 NA   NA
 3714450 3714451 COXBU7E912_0084 COXBU7E912_0086     TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 3714452 5608765 COXBU7E912_0085 CBUD_0086b     FALSE 0.065 151.000 0.000 NA   NA
 5608765 3714454 CBUD_0086b CBUD_0088   pilF FALSE 0.014 394.000 0.000 NA   NA
 3714454 3714455 CBUD_0088 CBUD_0089 pilF   FALSE 0.188 27.000 0.000 1.000   NA
 3714455 3714456 CBUD_0089 COXBU7E912_0090     FALSE 0.073 49.000 0.000 1.000   NA
 3714456 5608766 COXBU7E912_0090 CBUD_0090a   oppC FALSE 0.084 122.000 0.000 NA   NA
 5608766 5608767 CBUD_0090a CBUD_0090b oppC oppC FALSE 0.093 48.000 0.000 NA   NA
 5608767 3714458 CBUD_0090b COXBU7E912_0092 oppC   TRUE 0.582 11.000 0.000 NA   NA
 3714458 3714459 COXBU7E912_0092 COXBU7E912_0093     TRUE 0.987 25.000 0.619 0.035 Y NA
 3714461 5608768 COXBU7E912_0094 CBUD_0095a     FALSE 0.023 262.000 0.000 NA   NA
 5608768 3714462 CBUD_0095a CBUD_0096     FALSE 0.325 21.000 0.000 NA   NA
 3714462 3714463 CBUD_0096 CBUD_0097   parC TRUE 0.767 3.000 0.000 NA   NA
 3714465 3714467 COXBU7E912_0100 COXBU7E912_0102     FALSE 0.020 287.000 0.000 NA   NA
 3714468 3714469 COXBU7E912_0101 CBUD_0103 pabA rpe TRUE 0.637 -19.000 0.000 1.000 N NA
 3714469 3714470 CBUD_0103 CBUD_0104 rpe mucZ TRUE 0.975 0.000 0.003 1.000 N NA
 3714471 3714472 COXBU7E912_0105 COXBU7E912_0106 gshA gshB TRUE 0.640 54.000 0.120 1.000   NA
 3714472 3714473 COXBU7E912_0106 COXBU7E912_0108 gshB   FALSE 0.014 407.000 0.000 NA   NA
 3714474 3714475 COXBU7E912_0107 CBUD_0109     FALSE 0.068 145.000 0.000 NA   NA
 3714476 3714477 CBUD_0110 COXBU7E912_0112 def2   TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3714479 3714480 COXBU7E912_0113 COXBU7E912_0114 hemL   TRUE 0.959 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3714480 3714481 COXBU7E912_0114 COXBU7E912_0115     TRUE 0.767 3.000 0.000 NA   NA
 3714483 3714484 COXBU7E912_0117 COXBU7E912_0118   ponA TRUE 0.621 10.000 0.000 NA   NA
 3714485 3714486 COXBU7E912_0119 CBUD_0120   pilN FALSE 0.016 357.000 0.000 NA   NA
 3714486 3714488 CBUD_0120 CBUD_0122 pilN   FALSE 0.280 -37.000 0.000 NA   NA
 3714488 5608771 CBUD_0122 CBUD_0122a   pilQ FALSE 0.420 -19.000 0.000 NA   NA
 5608771 5608772 CBUD_0122a CBUD_0122b pilQ pilQ FALSE 0.080 65.000 0.000 NA   NA
 5608772 5608773 CBUD_0122b CBUD_0122c pilQ pilQ FALSE 0.081 75.000 0.000 NA   NA
 5608773 3714490 CBUD_0122c COXBU7E912_0124 pilQ aroK FALSE 0.202 -67.000 0.000 NA   NA
 3714490 3714491 COXBU7E912_0124 COXBU7E912_0125 aroK aroB TRUE 0.997 -3.000 0.208 1.000 Y NA
 5608774 5608775 CBUD_0125a CBUD_0125b     FALSE 0.292 23.000 0.000 NA   NA
 3714493 3714496 CBUD_0127 COXBU7E912_0130     FALSE 0.016 334.000 0.000 NA   NA
 3714496 3714497 COXBU7E912_0130 COXBU7E912_0131     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 5608776 3714499 CBUD_0131a COXBU7E912_0133     FALSE 0.095 102.000 0.000 NA   NA
 3714499 3714500 COXBU7E912_0133 COXBU7E912_0134   dacB TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3714500 3714501 COXBU7E912_0134 COXBU7E912_0135 dacB aroE TRUE 0.842 -7.000 0.000 1.000 N NA
 3714501 5608777 COXBU7E912_0135 CBUD_0135a aroE   FALSE 0.099 90.000 0.000 NA   NA
 3714502 3714503 CBUD_0136 COXBU7E912_0137     FALSE 0.023 265.000 0.000 NA   NA
 3714504 3714505 CBUD_0138 COXBU7E912_0139   xapA TRUE 0.906 2.000 0.000 NA N NA
 3714505 3714506 COXBU7E912_0139 COXBU7E912_0140 xapA deoC TRUE 0.994 -3.000 0.083 1.000 Y NA
 3714506 3714507 COXBU7E912_0140 COXBU7E912_0141 deoC   FALSE 0.095 84.000 0.000 NA   NA
 5608778 3714508 CBUD_0141a CBUD_0142     TRUE 0.666 8.000 0.000 NA   NA
 3714509 3714510 CBUD_0143 COXBU7E912_0144     FALSE 0.029 238.000 0.000 NA   NA
 3714511 3714512 CBUD_0145 COXBU7E912_0146   csrA2 FALSE 0.080 128.000 0.000 NA   NA
 3714512 5608779 COXBU7E912_0146 CBUD_0146a csrA2   FALSE 0.098 96.000 0.000 NA   NA
 5608779 3714513 CBUD_0146a COXBU7E912_0147   rpiA FALSE 0.067 147.000 0.000 NA   NA
 3714513 3714514 COXBU7E912_0147 COXBU7E912_0148 rpiA   FALSE 0.156 142.000 0.000 1.000 N NA
 3714514 5608780 COXBU7E912_0148 CBUD_0148a     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 5608780 5608781 CBUD_0148a CBUD_0148b     FALSE 0.156 -133.000 0.000 NA   NA
 5608781 5608782 CBUD_0148b CBUD_0148c     TRUE 0.641 -9.000 0.000 NA   NA
 5608782 5608783 CBUD_0148c CBUD_0148d     FALSE 0.064 152.000 0.000 NA   NA
 5608783 3714517 CBUD_0148d COXBU7E912_0151     FALSE 0.254 -43.000 0.000 NA   NA
 3714517 3714518 COXBU7E912_0151 COXBU7E912_0152     FALSE 0.078 99.000 0.000 1.000   NA
 3714519 3714520 COXBU7E912_0153 COXBU7E912_0154     TRUE 0.961 4.000 0.014 1.000   NA
 3714520 3714521 COXBU7E912_0154 COXBU7E912_0155     TRUE 0.963 23.000 0.405 1.000   NA
 3714521 3714522 COXBU7E912_0155 COXBU7E912_0156     TRUE 0.999 -3.000 0.852 NA Y NA
 3714522 3714523 COXBU7E912_0156 COXBU7E912_0157     TRUE 0.985 4.000 0.009 NA Y NA
 3714523 3714524 COXBU7E912_0157 COXBU7E912_0158     TRUE 0.545 180.000 0.009 NA Y NA
 3714524 3714525 COXBU7E912_0158 COXBU7E912_0159   prlC FALSE 0.215 81.000 0.000 NA N NA
 5608785 5608786 CBUD_0159a CBUD_0159b     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 5608787 5608788 CBUD_0160a CBUD_0160c     FALSE 0.121 39.000 0.000 NA   NA
 5608789 5608790 CBUD_0160b CBUD_0160d     FALSE 0.081 68.000 0.000 NA   NA
 5608790 5608791 CBUD_0160d CBUD_0160e     FALSE 0.095 84.000 0.000 NA   NA
 5608791 3714530 CBUD_0160e COXBU7E912_0164   pntB FALSE 0.227 27.000 0.000 NA   NA
 3714530 3714531 COXBU7E912_0164 COXBU7E912_0165 pntB pntAB TRUE 0.995 -3.000 0.321 0.002   NA
 3714531 3714532 COXBU7E912_0165 CBUD_0166 pntAB pntAA TRUE 0.603 383.000 0.829 0.002   NA
 3714533 3714534 COXBU7E912_0167 COXBU7E912_0169     FALSE 0.029 238.000 0.000 NA   NA
 3714535 3714536 COXBU7E912_0168 COXBU7E912_0170     FALSE 0.081 66.000 0.000 NA   NA
 3714538 5608792 COXBU7E912_0172 CBUD_0172a     FALSE 0.080 128.000 0.000 NA   NA
 5608792 5608793 CBUD_0172a CBUD_0172b     FALSE 0.097 47.000 0.000 NA   NA
 5608793 3714539 CBUD_0172b COXBU7E912_0173   glmU FALSE 0.023 267.000 0.000 NA   NA
 3714539 3714540 COXBU7E912_0173 COXBU7E912_0174 glmU atpC TRUE 0.927 19.000 0.067 1.000 N NA
 3714540 3714542 COXBU7E912_0174 CBUD_0176 atpC atpD TRUE 0.959 124.000 0.837 0.007 Y NA
 3714542 3714543 CBUD_0176 COXBU7E912_0177 atpD atpG TRUE 0.974 36.000 0.724 0.007 Y NA
 3714543 3714544 COXBU7E912_0177 COXBU7E912_0178 atpG atpA TRUE 0.966 99.000 0.846 0.007 Y NA
 3714544 3714545 COXBU7E912_0178 COXBU7E912_0179 atpA atpH TRUE 0.998 8.000 0.864 0.007 Y NA
 3714545 3714546 COXBU7E912_0179 COXBU7E912_0180 atpH atpF TRUE 0.997 0.000 0.242 0.007 Y NA
 3714546 3714547 COXBU7E912_0180 COXBU7E912_0181 atpF atpE TRUE 0.883 129.000 0.666 0.007   NA
 3714547 3714548 COXBU7E912_0181 COXBU7E912_0182 atpE atpB TRUE 0.979 18.000 0.557 0.007   NA
 3714548 3714549 COXBU7E912_0182 CBUD_0183 atpB atpI TRUE 0.997 1.000 0.291 0.007 Y NA
 3714550 3714551 COXBU7E912_0184 CBUD_0185     FALSE 0.098 95.000 0.000 NA   NA
 5608794 5608795 CBUD_0185a CBUD_0187   ligD FALSE 0.080 63.000 0.000 NA   NA
 5608795 3714554 CBUD_0187 COXBU7E912_0188 ligD   FALSE 0.080 73.000 0.000 NA   NA
 3714554 3714555 COXBU7E912_0188 CBUD_0189     FALSE 0.082 126.000 0.000 NA   NA
 3714557 5608796 COXBU7E912_0191 CBUD_0191a     FALSE 0.344 20.000 0.000 NA   NA
 5608796 3714558 CBUD_0191a COXBU7E912_0192     FALSE 0.092 82.000 0.000 NA   NA
 3714558 3714559 COXBU7E912_0192 CBUD_0193     FALSE 0.085 52.000 0.000 NA   NA
 3714559 3714560 CBUD_0193 CBUD_0194     TRUE 0.758 0.000 0.000 1.000   NA
 3714560 3714561 CBUD_0194 CBUD_0195   parB TRUE 0.799 10.000 0.000 1.000 N NA
 3714561 3714562 CBUD_0195 COXBU7E912_0196 parB   TRUE 0.997 -9.000 0.827 1.000 N NA
 3714562 3714563 COXBU7E912_0196 COXBU7E912_0197   gidB TRUE 0.995 7.000 0.339 1.000 N NA
 3714563 3714564 COXBU7E912_0197 COXBU7E912_0198 gidB gidA TRUE 0.955 32.000 0.466 1.000 N NA
 3714564 5608797 COXBU7E912_0198 CBUD_0198a gidA   FALSE 0.166 -108.000 0.000 NA   NA
 5608797 3714565 CBUD_0198a CBUD_0199   trmE FALSE 0.036 212.000 0.000 NA   NA
 3714565 5608798 CBUD_0199 CBUD_0199a trmE   FALSE 0.036 214.000 0.000 NA   NA
 5608798 3714567 CBUD_0199a COXBU7E912_0201   oxaA FALSE 0.097 47.000 0.000 NA   NA
 3714567 3714568 COXBU7E912_0201 CBUD_0202 oxaA   TRUE 0.996 4.000 0.461 NA   NA
 3714568 3714569 CBUD_0202 CBUD_0203   rnpA TRUE 0.932 36.000 0.540 NA   NA
 3714569 3714570 CBUD_0203 COXBU7E912_0204 rnpA rpmH TRUE 0.998 -3.000 0.787 1.000   NA
 3714572 3714573 COXBU7E912_0205 CBUD_0207 sun glyS TRUE 0.959 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3714573 3714574 CBUD_0207 COXBU7E912_0208 glyS glyQ TRUE 0.998 -6.000 0.651 0.002 Y NA
 5608799 5608800 CBUD_0208a CBUD_0208b     FALSE 0.145 35.000 0.000 NA   NA
 3714575 3714576 COXBU7E912_0209 COXBU7E912_0210 com1 rpoH FALSE 0.432 26.000 0.000 1.000 N NA
 3714577 3714578 CBUD_0211 COXBU7E912_0212     FALSE 0.365 19.000 0.000 NA   NA
 5608801 3714580 CBUD_0212a CBUD_0214   ftsX FALSE 0.073 49.000 0.000 1.000   NA
 3714580 3714581 CBUD_0214 COXBU7E912_0215 ftsX ftsE TRUE 0.995 -3.000 0.121 1.000 Y NA
 3714581 3714582 COXBU7E912_0215 COXBU7E912_0216 ftsE ftsY TRUE 0.985 7.000 0.117 1.000 N NA
 3714583 3714584 CBUD_0217 COXBU7E912_0218     TRUE 0.997 0.000 0.598 0.008   NA
 3714584 3714586 COXBU7E912_0218 COXBU7E912_0220     FALSE 0.147 496.000 0.070 1.000   NA
 3714590 3714591 CBUD_0224 COXBU7E912_0225 tkt gap TRUE 0.957 15.000 0.022 1.000 Y NA
 3714591 3714592 COXBU7E912_0225 CBUD_0226 gap pgk TRUE 0.666 72.000 0.017 0.009 Y NA
 3714592 3714593 CBUD_0226 COXBU7E912_0227 pgk pyk TRUE 0.948 -13.000 0.002 0.009 Y NA
 3714595 3714596 COXBU7E912_0229 COXBU7E912_0230 fba   FALSE 0.080 63.000 0.000 NA   NA
 3714597 3714598 COXBU7E912_0231 CBUD_0232     FALSE 0.053 171.000 0.000 NA   NA
 3714599 3714600 COXBU7E912_0233 COXBU7E912_0234     FALSE 0.024 235.000 0.000 1.000   NA
 3714600 3714601 COXBU7E912_0234 CBUD_0235     TRUE 0.970 98.000 1.000 1.000 Y NA
 3714601 5608803 CBUD_0235 CBUD_0235a     TRUE 0.708 6.000 0.000 NA   NA
 5608803 3714602 CBUD_0235a COXBU7E912_0236     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3714602 3714603 COXBU7E912_0236 COXBU7E912_0237     FALSE 0.080 63.000 0.000 NA   NA
 3714603 3714604 COXBU7E912_0237 CBUD_0238   feoA FALSE 0.080 62.000 0.000 NA   NA
 3714604 3714605 CBUD_0238 COXBU7E912_0239 feoA feoB TRUE 0.997 1.000 0.229 1.000 Y NA
 3714605 3714606 COXBU7E912_0239 COXBU7E912_0240 feoB   TRUE 0.997 0.000 0.455 NA   NA
 3714609 3714610 COXBU7E912_0243 COXBU7E912_0244     FALSE 0.066 54.000 0.000 1.000   NA
 5608807 5608808 CBUD_0245a CBUD_0245b     FALSE 0.081 56.000 0.000 NA   NA
 5608809 3714613 CBUD_0245c COXBU7E912_0247     TRUE 0.621 10.000 0.000 NA   NA
 3714614 3714615 COXBU7E912_0248 COXBU7E912_0249     FALSE 0.081 74.000 0.000 NA   NA
 3714615 3714616 COXBU7E912_0249 COXBU7E912_0250     FALSE 0.137 36.000 0.000 NA   NA
 3714616 3714617 COXBU7E912_0250 COXBU7E912_0251   bph2_2 FALSE 0.092 108.000 0.000 NA   NA
 3714617 5608810 COXBU7E912_0251 CBUD_0251a bph2_2   FALSE 0.333 -28.000 0.000 NA   NA
 3714618 3714619 COXBU7E912_0252 COXBU7E912_0253 rplM rpsI TRUE 0.992 19.000 0.601 0.031 Y NA
 3714619 3714620 COXBU7E912_0253 CBUD_0254 rpsI sspA TRUE 0.753 31.000 0.014 NA N NA
 3714620 3714621 CBUD_0254 COXBU7E912_0255 sspA sspB TRUE 0.995 -10.000 0.831 NA   NA
 3714621 3714622 COXBU7E912_0255 COXBU7E912_0256 sspB   FALSE 0.098 88.000 0.000 NA   NA
 3714623 3714624 COXBU7E912_0257 COXBU7E912_0258   gmhA TRUE 0.997 0.000 0.613 NA   NA
 3714624 3714625 COXBU7E912_0258 COXBU7E912_0259 gmhA   TRUE 0.991 6.000 0.187 1.000 N NA
 3714625 3714626 COXBU7E912_0259 CBUD_0260     TRUE 0.728 50.000 0.172 NA   NA
 5608811 3714628 CBUD_0260a COXBU7E912_0263     FALSE 0.092 82.000 0.000 NA   NA
 3714629 3714630 COXBU7E912_0262 COXBU7E912_0264 ihfB purN FALSE 0.206 86.000 0.000 1.000 N NA
 3714630 3714631 COXBU7E912_0264 CBUD_0265 purN purM TRUE 0.997 -3.000 0.230 0.003 Y NA
 3714632 3714633 CBUD_0266 CBUD_0267   hda TRUE 0.881 -66.000 0.174 NA   NA
 3714634 3714636 CBUD_0268 COXBU7E912_0270     FALSE 0.070 143.000 0.000 NA   NA
 3714636 3714637 COXBU7E912_0270 CBUD_0271     TRUE 0.758 0.000 0.000 1.000   NA
 3714638 3714639 CBUD_0272 CBUD_0273   hemF FALSE 0.080 90.000 0.000 1.000   NA
 3714639 3714640 CBUD_0273 COXBU7E912_0274 hemF   TRUE 0.504 35.000 0.000 1.000 Y NA
 3714640 3714641 COXBU7E912_0274 COXBU7E912_0275   arcB TRUE 0.842 -7.000 0.000 1.000 N NA
 3714642 3714643 COXBU7E912_0276 CBUD_0277 accC accB TRUE 0.995 7.000 0.275 0.002 Y NA
 5608812 5608813 CBUD_0279 CBUD_0280     FALSE 0.425 16.000 0.000 NA   NA
 5608814 5608815 CBUD_0282 CBUD_0283     FALSE 0.080 58.000 0.000 NA   NA
 3714650 3714651 COXBU7E912_0284 CBUD_0285   acnA TRUE 0.523 11.000 0.000 1.000   NA
 3714652 3714653 CBUD_0286 COXBU7E912_0287 groS groL TRUE 0.586 28.000 0.000 0.011 Y NA
 3714653 3714655 COXBU7E912_0287 COXBU7E912_0289 groL gcvT FALSE 0.174 128.000 0.000 1.000 N NA
 3714655 3714656 COXBU7E912_0289 COXBU7E912_0290 gcvT gcvH TRUE 0.994 11.000 0.317 0.002 Y NA
 3714656 3714657 COXBU7E912_0290 COXBU7E912_0291 gcvH gcvPA TRUE 0.997 3.000 0.249 1.000 Y NA
 3714657 3714658 COXBU7E912_0291 COXBU7E912_0293 gcvPA gcvPB TRUE 0.910 68.000 0.316 0.002 Y NA
 3714660 3714661 COXBU7E912_0294 COXBU7E912_0295     FALSE 0.402 17.000 0.000 NA   NA
 3714661 3714662 COXBU7E912_0295 COXBU7E912_0296     FALSE 0.059 159.000 0.000 NA   NA
 3714662 3714663 COXBU7E912_0296 COXBU7E912_0297   dapB TRUE 0.767 3.000 0.000 NA   NA
 3714663 3714664 COXBU7E912_0297 COXBU7E912_0298 dapB sodB TRUE 0.896 2.000 0.000 1.000 N NA
 5608816 3714665 CBUD_0298a COXBU7E912_0299     FALSE 0.126 38.000 0.000 NA   NA
 3714665 3714666 COXBU7E912_0299 CBUD_0301     FALSE 0.080 58.000 0.000 NA   NA
 3714667 3714668 COXBU7E912_0300 CBUD_0302 rnt pyrC TRUE 0.962 -13.000 0.068 1.000 N NA
 3714670 3714671 COXBU7E912_0304 CBUD_0306     TRUE 0.746 4.000 0.000 NA   NA
 3714672 3714673 COXBU7E912_0305 COXBU7E912_0307 nth   TRUE 0.957 -13.000 0.048 1.000 N NA
 3714673 3714674 COXBU7E912_0307 COXBU7E912_0308   metG TRUE 0.967 -7.000 0.014 1.000 N NA
 3714676 3714677 COXBU7E912_0310 COXBU7E912_0311     TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 3714678 3714679 COXBU7E912_0312 COXBU7E912_0313   dcd TRUE 0.991 0.000 0.112 1.000 N NA
 3714679 3714680 COXBU7E912_0313 COXBU7E912_0314 dcd   FALSE 0.050 154.000 0.000 1.000   NA
 5608820 5608821 CBUD_0315 CBUD_0316     FALSE 0.178 31.000 0.000 NA   NA
 5608821 5608822 CBUD_0316 CBUD_0317     FALSE 0.308 22.000 0.000 NA   NA
 5608822 5608823 CBUD_0317 CBUD_0318     FALSE 0.063 153.000 0.000 NA   NA
 5608823 3714685 CBUD_0318 COXBU7E912_0319     FALSE 0.099 90.000 0.000 NA   NA
 3714685 5608824 COXBU7E912_0319 CBUD_0319a     FALSE 0.095 84.000 0.000 NA   NA
 5608825 3714686 CBUD_0319b COXBU7E912_0320   pyrG FALSE 0.145 35.000 0.000 NA   NA
 3714686 3714687 COXBU7E912_0320 CBUD_0321 pyrG   FALSE 0.114 41.000 0.000 NA   NA
 3714688 3714689 CBUD_0322 COXBU7E912_0323   speG FALSE 0.051 178.000 0.000 NA   NA
 3714690 3714691 COXBU7E912_0324 COXBU7E912_0325     FALSE 0.081 70.000 0.000 NA   NA
 3714691 3714692 COXBU7E912_0325 CBUD_0326   kdsA FALSE 0.018 313.000 0.000 NA   NA
 3714692 3714693 CBUD_0326 COXBU7E912_0327 kdsA eno TRUE 0.672 157.000 0.125 1.000 N NA
 3714693 3714694 COXBU7E912_0327 COXBU7E912_0328 eno ftsB TRUE 0.992 7.000 0.241 1.000 N NA
 3714694 3714695 COXBU7E912_0328 COXBU7E912_0329 ftsB surE FALSE 0.064 70.000 0.000 1.000   NA
 3714695 3714696 COXBU7E912_0329 COXBU7E912_0330 surE   TRUE 0.969 2.000 0.018 1.000   NA
 3714696 3714697 COXBU7E912_0330 COXBU7E912_0331   rpoS TRUE 0.499 80.000 0.027 1.000   NA
 3714697 3714698 COXBU7E912_0331 COXBU7E912_0332 rpoS   FALSE 0.033 198.000 0.000 1.000   NA
 3714698 3714699 COXBU7E912_0332 COXBU7E912_0334     FALSE 0.118 40.000 0.000 NA   NA
 5608826 3714701 CBUD_0333a CBUD_0335     FALSE 0.080 61.000 0.000 NA   NA
 3714701 3714702 CBUD_0335 COXBU7E912_0337   rfaF TRUE 0.986 4.000 0.138 NA   NA
 3714703 3714704 COXBU7E912_0336 CBUD_0338     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3714705 3714706 COXBU7E912_0339 COXBU7E912_0340     FALSE 0.457 41.000 0.000 NA Y NA
 3714706 3714707 COXBU7E912_0340 COXBU7E912_0341     FALSE 0.063 153.000 0.000 NA   NA
 3714707 3714708 COXBU7E912_0341 CBUD_0342   hldE TRUE 0.666 8.000 0.000 NA   NA
 5608827 3714709 CBUD_0342a COXBU7E912_0343     FALSE 0.040 201.000 0.000 NA   NA
 3714709 3714710 COXBU7E912_0343 COXBU7E912_0344     FALSE 0.092 82.000 0.000 NA   NA
 3714710 3714711 COXBU7E912_0344 COXBU7E912_0345     FALSE 0.425 16.000 0.000 NA   NA
 3714711 3714712 COXBU7E912_0345 COXBU7E912_0346   icmW TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3714713 3714714 CBUD_0347 CBUD_0348 icmV dotA TRUE 0.998 -3.000 0.750 NA   NA
 3714714 5608828 CBUD_0348 CBUD_0348a dotA   FALSE 0.081 55.000 0.000 NA   NA
 3714715 3714716 COXBU7E912_0349 COXBU7E912_0350   dotB TRUE 0.553 7.000 0.000 0.038   NA
 3714716 3714717 COXBU7E912_0350 COXBU7E912_0351 dotB dotC TRUE 0.903 38.000 0.364 NA   NA
 3714717 3714718 COXBU7E912_0351 COXBU7E912_0352 dotC dotD TRUE 0.997 3.000 0.667 NA   NA
 3714718 3714719 COXBU7E912_0352 COXBU7E912_0353 dotD icmS FALSE 0.060 157.000 0.000 NA   NA
 3714719 3714720 COXBU7E912_0353 COXBU7E912_0354 icmS icmT TRUE 0.996 0.000 0.400 NA   NA
 3714720 5608829 COXBU7E912_0354 CBUD_0354a icmT   TRUE 0.582 11.000 0.000 NA   NA
 3714724 3714725 COXBU7E912_0358 COXBU7E912_0359     FALSE 0.090 112.000 0.000 NA   NA
 5608831 5608832 CBUD_0361 CBUD_0362     FALSE 0.080 65.000 0.000 NA   NA
 3714729 3714730 COXBU7E912_0363 COXBU7E912_0364   icmQ TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3714730 3714731 COXBU7E912_0364 COXBU7E912_0365 icmQ icmP TRUE 0.997 1.000 0.500 NA   NA
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 3714732 3714733 COXBU7E912_0366 CBUD_0367 icmO icmN TRUE 0.563 10.000 0.000 1.000   NA
 3714733 3714734 CBUD_0367 COXBU7E912_0368 icmN icmL2 TRUE 0.687 7.000 0.000 NA   NA
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 3714735 3714736 COXBU7E912_0369 CBUD_0370 icmL1 icmK TRUE 0.994 11.000 1.000 NA   NA
 3714736 3714737 CBUD_0370 CBUD_0371 icmK icmE TRUE 0.979 -13.000 0.250 NA   NA
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 3714738 3714739 COXBU7E912_0372 COXBU7E912_0373 icmG icmC FALSE 0.080 71.000 0.000 NA   NA
 3714739 3714740 COXBU7E912_0373 COXBU7E912_0374 icmC icmD FALSE 0.099 94.000 0.000 NA   NA
 3714740 3714741 COXBU7E912_0374 CBUD_0375 icmD icmJ TRUE 0.515 13.000 0.000 NA   NA
 3714741 3714742 CBUD_0375 COXBU7E912_0376 icmJ icmB TRUE 0.794 73.000 0.267 NA   NA
 3714743 3714744 COXBU7E912_0377 CBUD_0378     FALSE 0.034 218.000 0.000 NA   NA
 3714744 5608834 CBUD_0378 CBUD_0378a     FALSE 0.196 -69.000 0.000 NA   NA
 5608835 3714745 CBUD_0378b COXBU7E912_0379     FALSE 0.197 29.000 0.000 NA   NA
 3714745 5608836 COXBU7E912_0379 CBUD_0380     FALSE 0.024 259.000 0.000 NA   NA
 5608836 5608837 CBUD_0380 CBUD_0381a     FALSE 0.158 33.000 0.000 NA   NA
 3714748 3714749 COXBU7E912_0382 COXBU7E912_0383     FALSE 0.016 336.000 0.000 NA   NA
 3714750 3714751 CBUD_0384 COXBU7E912_0385     TRUE 0.634 -7.000 0.000 1.000   NA
 3714751 3714752 COXBU7E912_0385 COXBU7E912_0386   rimK TRUE 0.969 3.000 0.023 1.000   NA
 3714752 3714753 COXBU7E912_0386 CBUD_0387 rimK   TRUE 0.984 -3.000 0.023 1.000 N NA
 3714755 3714756 COXBU7E912_0389 COXBU7E912_0390     FALSE 0.081 66.000 0.000 NA   NA
 5608838 5608839 CBUD_0391 CBUD_0392     FALSE 0.085 52.000 0.000 NA   NA
 5608839 3714759 CBUD_0392 COXBU7E912_0393   rpoD FALSE 0.034 219.000 0.000 NA   NA
 3714759 3714760 COXBU7E912_0393 CBUD_0394 rpoD dnaG TRUE 0.866 120.000 0.299 1.000 N NA
 3714760 3714761 CBUD_0394 COXBU7E912_0395 dnaG   TRUE 0.739 41.000 0.137 1.000   NA
 3714761 3714762 COXBU7E912_0395 CBUD_0396   rpsU TRUE 0.867 28.000 0.173 0.048   NA
 3714762 3714764 CBUD_0396 COXBU7E912_0398 rpsU nhaP FALSE 0.081 217.000 0.000 1.000 N NA
 3714765 3714766 COXBU7E912_0399 COXBU7E912_0400   mrpA FALSE 0.085 121.000 0.000 NA   NA
 3714766 3714767 COXBU7E912_0400 COXBU7E912_0401 mrpA mrpB TRUE 0.997 -3.000 0.493 NA   NA
 3714767 3714768 COXBU7E912_0401 COXBU7E912_0402 mrpB mrpC TRUE 0.997 -3.000 0.500 NA   NA
 3714768 3714769 COXBU7E912_0402 COXBU7E912_0403 mrpC mrpD TRUE 0.999 -3.000 0.896 0.012 Y NA
 3714769 3714770 COXBU7E912_0403 COXBU7E912_0404 mrpD mrpE TRUE 0.999 -3.000 0.810 1.000 Y NA
 3714770 3714771 COXBU7E912_0404 COXBU7E912_0405 mrpE mrpF TRUE 0.999 -3.000 0.644 0.076 Y NA
 3714771 3714772 COXBU7E912_0405 COXBU7E912_0406 mrpF mrpG TRUE 0.998 -7.000 0.614 1.000 Y NA
 5608840 3714773 CBUD_0406a CBUD_0407     FALSE 0.014 411.000 0.000 NA   NA
 3714773 3714774 CBUD_0407 COXBU7E912_0408   wrbA FALSE 0.179 -84.000 0.000 NA   NA
 3714775 3714776 COXBU7E912_0409 COXBU7E912_0411     TRUE 0.721 3.000 0.000 1.000   NA
 3714777 3714778 COXBU7E912_0410 COXBU7E912_0412   tolR FALSE 0.070 143.000 0.000 NA   NA
 3714778 3714779 COXBU7E912_0412 COXBU7E912_0413 tolR tolQ TRUE 0.992 -22.000 0.556 0.037 Y NA
 3714779 3714780 COXBU7E912_0413 COXBU7E912_0414 tolQ   FALSE 0.158 76.000 0.000 0.037 N NA
 5608841 5608842 CBUD_0414a CBUD_0414b     FALSE 0.080 72.000 0.000 NA   NA
 3714783 3714784 COXBU7E912_0416 COXBU7E912_0418   ruvB FALSE 0.097 87.000 0.000 NA   NA
 3714784 3714785 COXBU7E912_0418 CBUD_0419 ruvB   FALSE 0.091 110.000 0.000 NA   NA
 3714785 3714786 CBUD_0419 COXBU7E912_0420   ruvA FALSE 0.096 100.000 0.000 NA   NA
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 3714788 3714789 COXBU7E912_0422 CBUD_0423   aspS TRUE 0.897 16.000 0.039 NA   NA
 5608843 5608844 CBUD_0424 CBUD_0424a     TRUE 0.621 10.000 0.000 NA   NA
 3714791 5608845 CBUD_0425 CBUD_0425a     FALSE 0.094 83.000 0.000 NA   NA
 5608845 5608846 CBUD_0425a CBUD_0425b     FALSE 0.091 49.000 0.000 NA   NA
 5608846 3714793 CBUD_0425b COXBU7E912_0427     FALSE 0.054 169.000 0.000 NA   NA
 3714793 3714794 COXBU7E912_0427 COXBU7E912_0428     TRUE 0.992 -3.000 0.190 NA   NA
 3714794 3714796 COXBU7E912_0428 COXBU7E912_0430     FALSE 0.033 227.000 0.000 NA   NA
 3714796 5608847 COXBU7E912_0430 CBUD_0430a     FALSE 0.091 110.000 0.000 NA   NA
 5608847 5608848 CBUD_0430a CBUD_0430b     FALSE 0.236 -51.000 0.000 NA   NA
 5608849 5608850 CBUD_0433a CBUD_0433b     FALSE 0.080 72.000 0.000 NA   NA
 5608850 3714801 CBUD_0433b COXBU7E912_0435     FALSE 0.093 106.000 0.000 NA   NA
 3714801 3714802 COXBU7E912_0435 COXBU7E912_0436     TRUE 0.950 50.000 0.564 0.001 Y NA
 3714802 5608851 COXBU7E912_0436 CBUD_0436a     FALSE 0.308 22.000 0.000 NA   NA
 5608852 5608853 CBUD_0436b CBUD_0438   nudH FALSE 0.032 231.000 0.000 NA   NA
 5608853 3714805 CBUD_0438 CBUD_0439 nudH ptsP FALSE 0.420 -19.000 0.000 NA   NA
 3714805 3714806 CBUD_0439 COXBU7E912_0440 ptsP lgt TRUE 0.525 55.000 0.011 1.000 N NA
 3714806 3714807 COXBU7E912_0440 COXBU7E912_0441 lgt   TRUE 0.779 2.000 0.000 NA   NA
 3714807 3714808 COXBU7E912_0441 CBUD_0442   thyA FALSE 0.171 -99.000 0.000 NA   NA
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 5608856 5608857 CBUD_0455 CBUD_0456     FALSE 0.098 96.000 0.000 NA   NA
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 5608858 3714824 CBUD_0457 COXBU7E912_0459     FALSE 0.081 67.000 0.000 NA   NA
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 3714829 3714830 CBUD_0463 COXBU7E912_0464   grxC TRUE 0.990 5.000 0.166 NA N NA
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 3714831 3714832 COXBU7E912_0465 COXBU7E912_0466 secB gpsA TRUE 0.496 69.000 0.008 1.000 N NA
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 3714834 5608860 COXBU7E912_0468 CBUD_0468a     FALSE 0.056 164.000 0.000 NA   NA
 5608860 3714836 CBUD_0468a CBUD_0470     TRUE 0.746 4.000 0.000 NA   NA
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 3714840 3714841 COXBU7E912_0474 COXBU7E912_0475 accA tilS TRUE 0.946 -24.000 0.123 1.000 N NA
 3714841 3714842 COXBU7E912_0475 COXBU7E912_0476 tilS   FALSE 0.068 78.000 0.000 1.000   NA
 3714842 3714843 COXBU7E912_0476 CBUD_0477     FALSE 0.244 23.000 0.000 1.000   NA
 3714843 3714844 CBUD_0477 CBUD_0478     FALSE 0.203 -49.000 0.000 1.000   NA
 3714844 3714845 CBUD_0478 CBUD_0479   lepA FALSE 0.060 136.000 0.000 1.000   NA
 3714845 3714846 CBUD_0479 COXBU7E912_0480 lepA lepB2 TRUE 0.994 -3.000 0.187 1.000 N NA
 3714846 3714847 COXBU7E912_0480 COXBU7E912_0481 lepB2 rnc TRUE 0.935 21.000 0.117 1.000 N NA
 3714847 3714848 COXBU7E912_0481 COXBU7E912_0482 rnc era TRUE 0.987 -3.000 0.127 0.032   NA
 3714848 3714849 COXBU7E912_0482 COXBU7E912_0483 era recO TRUE 0.986 -3.000 0.109 1.000   NA
 3714849 5608861 COXBU7E912_0483 CBUD_0484 recO   FALSE 0.037 209.000 0.000 NA   NA
 5608861 5608862 CBUD_0484 CBUD_0485     FALSE 0.319 -30.000 0.000 NA   NA
 5608862 3714852 CBUD_0485 COXBU7E912_0486     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3714852 3714853 COXBU7E912_0486 CBUD_0487     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3714853 3714854 CBUD_0487 CBUD_0488   pdxJ FALSE 0.093 48.000 0.000 NA   NA
 3714855 5608863 COXBU7E912_0489 CBUD_0489a     FALSE 0.045 191.000 0.000 NA   NA
 5608863 5608864 CBUD_0489a CBUD_0489b     FALSE 0.088 79.000 0.000 NA   NA
 3714857 3714858 COXBU7E912_0491 COXBU7E912_0493     FALSE 0.028 240.000 0.000 NA   NA
 5608867 5608868 CBUD_0500 CBUD_0501     FALSE 0.085 78.000 0.000 NA   NA
 5608868 5608869 CBUD_0501 CBUD_0502     FALSE 0.011 506.000 0.000 NA   NA
 5608869 5608870 CBUD_0502 CBUD_0503     FALSE 0.350 -25.000 0.000 NA   NA
 5608870 3714870 CBUD_0503 CBUD_0504     FALSE 0.100 46.000 0.000 NA   NA
 3714870 3714871 CBUD_0504 COXBU7E912_0505     FALSE 0.080 71.000 0.000 NA   NA
 3714871 3714872 COXBU7E912_0505 COXBU7E912_0506     FALSE 0.099 89.000 0.000 NA   NA
 3714872 3714873 COXBU7E912_0506 CBUD_0507     FALSE 0.126 38.000 0.000 NA   NA
 3714873 3714874 CBUD_0507 COXBU7E912_0508   hup TRUE 0.767 3.000 0.000 NA   NA
 3714875 5608871 COXBU7E912_0509 CBUD_0511     TRUE 0.725 5.000 0.000 NA   NA
 5608871 5608872 CBUD_0511 CBUD_0510a     FALSE 0.360 -24.000 0.000 NA   NA
 3714877 3714878 COXBU7E912_0510 COXBU7E912_0512 tldD   TRUE 0.543 71.000 0.050 NA   NA
 3714878 3714879 COXBU7E912_0512 COXBU7E912_0513   mreD TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3714879 3714880 COXBU7E912_0513 COXBU7E912_0514 mreD mreC TRUE 0.998 6.000 0.550 0.005 Y NA
 3714880 3714881 COXBU7E912_0514 COXBU7E912_0515 mreC mreB TRUE 0.939 83.000 0.689 1.000 N NA
 3714881 3714882 COXBU7E912_0515 COXBU7E912_0516 mreB   FALSE 0.014 390.000 0.000 NA   NA
 5608873 3714883 CBUD_0516a COXBU7E912_0517   gatC FALSE 0.066 148.000 0.000 NA   NA
 3714883 3714884 COXBU7E912_0517 COXBU7E912_0518 gatC gatA TRUE 0.998 4.000 0.643 0.002 Y NA
 3714884 3714885 COXBU7E912_0518 COXBU7E912_0519 gatA gatB TRUE 0.998 5.000 0.492 0.002 Y NA
 3714887 3714888 COXBU7E912_0521 CBUD_0522 ahpC ahpD TRUE 0.882 19.000 0.058 1.000   NA
 3714889 3714890 COXBU7E912_0523 COXBU7E912_0524     FALSE 0.288 -36.000 0.000 NA   NA
 3714890 3714891 COXBU7E912_0524 COXBU7E912_0525     TRUE 0.986 -3.000 0.083 NA   NA
 3714891 3714892 COXBU7E912_0525 CBUD_0526     FALSE 0.036 214.000 0.000 NA   NA
 3714892 3714893 CBUD_0526 COXBU7E912_0527     TRUE 0.998 0.000 0.330 NA Y NA
 3714895 5608874 CBUD_0528 CBUD_0528a     FALSE 0.252 25.000 0.000 NA   NA
 5608874 3714896 CBUD_0528a CBUD_0530   cysS FALSE 0.045 191.000 0.000 NA   NA
 3714896 3714897 CBUD_0530 COXBU7E912_0531 cysS gltX1 TRUE 0.979 -9.000 0.021 1.000 Y NA
 3714899 3714900 CBUD_0533 CBUD_0534 higA   TRUE 0.708 6.000 0.000 NA   NA
 5608875 5608876 CBUD_0534a CBUD_0534b     FALSE 0.236 -51.000 0.000 NA   NA
 5608876 5608877 CBUD_0534b CBUD_0534c     FALSE 0.049 181.000 0.000 NA   NA
 5608877 5608878 CBUD_0534c CBUD_0534d     FALSE 0.088 79.000 0.000 NA   NA
 5608878 5608879 CBUD_0534d CBUD_0537     FALSE 0.080 59.000 0.000 NA   NA
 5608879 5608880 CBUD_0537 CBUD_0538     FALSE 0.261 -42.000 0.000 NA   NA
 5608880 5608881 CBUD_0538 CBUD_0539     FALSE 0.126 38.000 0.000 NA   NA
 5608881 3714906 CBUD_0539 COXBU7E912_0540     FALSE 0.080 128.000 0.000 NA   NA
 3714906 3714908 COXBU7E912_0540 CBUD_0542   tpiA FALSE 0.008 805.000 0.000 1.000   NA
 3714908 3714909 CBUD_0542 COXBU7E912_0543 tpiA secG TRUE 0.973 -18.000 0.184 1.000 N NA
 3714909 3714910 COXBU7E912_0543 COXBU7E912_0544 secG   TRUE 0.621 10.000 0.000 NA   NA
 3714910 3714911 COXBU7E912_0544 CBUD_0545   nuoA FALSE 0.041 200.000 0.000 NA   NA
 3714911 3714912 CBUD_0545 COXBU7E912_0546 nuoA nuoB TRUE 0.998 5.000 0.507 0.005 Y NA
 3714912 3714913 COXBU7E912_0546 COXBU7E912_0547 nuoB nuoC TRUE 0.995 10.000 0.328 0.005 Y NA
 3714913 3714914 COXBU7E912_0547 CBUD_0548 nuoC nuoD TRUE 0.989 -28.000 0.483 0.011 Y NA
 3714914 3714915 CBUD_0548 COXBU7E912_0549 nuoD nuoE TRUE 0.998 0.000 0.355 0.011 Y NA
 3714915 3714916 COXBU7E912_0549 COXBU7E912_0550 nuoE nuoF TRUE 0.995 -10.000 0.343 0.011 Y NA
 3714916 3714918 COXBU7E912_0550 COXBU7E912_0552 nuoF nuoG TRUE 0.936 111.000 0.395 0.011 Y NA
 3714918 3714919 COXBU7E912_0552 COXBU7E912_0553 nuoG nuoH TRUE 0.999 0.000 0.515 0.011 Y NA
 3714919 3714920 COXBU7E912_0553 CBUD_0554 nuoH nuoI TRUE 0.993 -18.000 0.500 0.011 Y NA
 3714920 3714921 CBUD_0554 COXBU7E912_0555 nuoI nuoJ TRUE 0.993 14.000 0.442 0.011 Y NA
 3714921 3714922 COXBU7E912_0555 COXBU7E912_0556 nuoJ nuoK TRUE 0.999 -3.000 0.484 0.005 Y NA
 3714922 3714923 COXBU7E912_0556 COXBU7E912_0557 nuoK nuoL TRUE 0.933 57.000 0.451 0.011 Y NA
 3714923 3714924 COXBU7E912_0557 COXBU7E912_0558 nuoL nuoM TRUE 0.994 5.000 0.175 0.004 Y NA
 3714924 3714925 COXBU7E912_0558 COXBU7E912_0559 nuoM nuoN TRUE 0.995 10.000 0.340 0.004 Y NA
 3714925 3714926 COXBU7E912_0559 COXBU7E912_0560 nuoN   FALSE 0.024 256.000 0.000 NA   NA
 3714926 3714927 COXBU7E912_0560 COXBU7E912_0561     FALSE 0.080 61.000 0.000 NA   NA
 3714927 3714928 COXBU7E912_0561 COXBU7E912_0562   nusA TRUE 0.997 4.000 0.759 NA   NA
 3714928 3714929 COXBU7E912_0562 CBUD_0563 nusA infB TRUE 0.973 -33.000 0.342 1.000 N NA
 3714929 3714930 CBUD_0563 COXBU7E912_0564 infB rbfA TRUE 0.957 88.000 0.530 1.000 Y NA
 3714930 3714931 COXBU7E912_0564 COXBU7E912_0565 rbfA truB TRUE 0.987 -22.000 0.318 1.000 Y NA
 3714934 5608885 COXBU7E912_0568 CBUD_0568a     FALSE 0.084 122.000 0.000 NA   NA
 3714938 3714939 COXBU7E912_0572 CBUD_0573   hemB TRUE 0.670 -18.000 0.000 1.000 N NA
 3714943 3714944 COXBU7E912_0577 COXBU7E912_0578 glyA nrdR TRUE 0.985 0.000 0.024 NA N NA
 3714944 3714945 COXBU7E912_0578 CBUD_0579 nrdR nusB TRUE 0.822 -133.000 0.012 NA Y NA
 3714947 3714948 COXBU7E912_0581 COXBU7E912_0582 thiL   FALSE 0.079 92.000 0.000 1.000   NA
 3714948 3714949 COXBU7E912_0582 COXBU7E912_0583     FALSE 0.056 44.000 0.000 0.011   NA
 3714949 3714950 COXBU7E912_0583 COXBU7E912_0584     FALSE 0.183 22.000 0.000 0.011   NA
 5608886 3714952 CBUD_0584a COXBU7E912_0586   gltA FALSE 0.126 38.000 0.000 NA   NA
 3714952 3714953 COXBU7E912_0586 COXBU7E912_0587 gltA   FALSE 0.031 234.000 0.000 NA   NA
 3714954 3714955 CBUD_0588 COXBU7E912_0589     FALSE 0.013 427.000 0.000 NA   NA
 3714955 3714956 COXBU7E912_0589 CBUD_0590   sdhC TRUE 0.515 13.000 0.000 NA   NA
 3714956 3714957 CBUD_0590 CBUD_0591 sdhC sdhD TRUE 0.995 -12.000 0.453 0.001 Y NA
 3714957 3714958 CBUD_0591 COXBU7E912_0592 sdhD sdhA TRUE 0.996 13.000 0.705 0.003 Y NA
 3714958 3714959 COXBU7E912_0592 COXBU7E912_0593 sdhA sdhB TRUE 0.998 7.000 0.604 0.003 Y NA
 3714959 3714960 COXBU7E912_0593 COXBU7E912_0594 sdhB sucA TRUE 0.937 24.000 0.067 1.000 Y NA
 3714960 3714961 COXBU7E912_0594 COXBU7E912_0595 sucA sucB TRUE 0.998 10.000 0.667 1.000 Y NA
 3714961 3714962 COXBU7E912_0595 COXBU7E912_0596 sucB   TRUE 0.515 13.000 0.000 NA   NA
 3714962 3714963 COXBU7E912_0596 COXBU7E912_0597   sucC FALSE 0.102 45.000 0.000 NA   NA
 3714963 3714964 COXBU7E912_0597 COXBU7E912_0598 sucC sucD TRUE 0.999 0.000 0.806 0.001 Y NA
 3714964 3714965 COXBU7E912_0598 COXBU7E912_0599 sucD   TRUE 0.755 -3.000 0.000 1.000   NA
 5608887 5608888 CBUD_0600a CBUD_0600b     FALSE 0.270 -40.000 0.000 NA   NA
 5608888 5608889 CBUD_0600b CBUD_0600c     FALSE 0.020 281.000 0.000 NA   NA
 5608890 5608891 CBUD_0600d CBUD_0600e     FALSE 0.374 -22.000 0.000 NA   NA
 5608891 3714970 CBUD_0600e COXBU7E912_0604     FALSE 0.211 28.000 0.000 NA   NA
 3714972 3714973 CBUD_0605 COXBU7E912_0607 map   FALSE 0.081 55.000 0.000 NA   NA
 3714974 3714975 CBUD_0608 COXBU7E912_0609 rpsB tsf TRUE 0.998 10.000 0.748 1.000 Y NA
 3714975 3714976 COXBU7E912_0609 COXBU7E912_0610 tsf pyrH TRUE 0.997 0.000 0.416 1.000 N NA
 3714976 3714977 COXBU7E912_0610 COXBU7E912_0611 pyrH frr TRUE 0.929 78.000 0.626 1.000 N NA
 3714977 3714978 COXBU7E912_0611 COXBU7E912_0612 frr uppS TRUE 0.997 -3.000 0.409 1.000 N NA
 3714978 3714979 COXBU7E912_0612 CBUD_0613 uppS cdsA TRUE 0.996 -10.000 0.400 1.000 Y NA
 3714979 3714980 CBUD_0613 COXBU7E912_0614 cdsA   FALSE 0.051 178.000 0.000 NA   NA
 3714985 3714986 COXBU7E912_0619 COXBU7E912_0620 mvaD/idi mvk TRUE 0.996 -7.000 0.312 0.003 Y NA
 3714986 3714987 COXBU7E912_0620 COXBU7E912_0621 mvk   TRUE 0.755 99.000 0.040 0.001 Y NA
 3714987 3714988 COXBU7E912_0621 CBUD_0622   hmgA TRUE 0.959 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3714989 3714990 COXBU7E912_0623 COXBU7E912_0624 yaeT   TRUE 0.934 78.000 0.354 1.000 Y NA
 3714990 3714991 COXBU7E912_0624 COXBU7E912_0625   lpxD TRUE 0.998 10.000 0.814 1.000 Y NA
 3714991 3714992 COXBU7E912_0625 CBUD_0626 lpxD fabZ TRUE 0.998 -3.000 0.796 1.000 N NA
 3714992 3714993 CBUD_0626 COXBU7E912_0627 fabZ lpxA TRUE 0.998 5.000 0.850 1.000 N NA
 3714993 3714994 COXBU7E912_0627 CBUD_0628 lpxA   TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3714995 5608892 COXBU7E912_0629 CBUD_0629a     TRUE 0.605 -10.000 0.000 NA   NA
 5608892 5608893 CBUD_0629a CBUD_0629b     FALSE 0.095 102.000 0.000 NA   NA
 5608893 3714997 CBUD_0629b COXBU7E912_0631     FALSE 0.081 56.000 0.000 NA   NA
 3714997 3714999 COXBU7E912_0631 CBUD_0632   lpxB FALSE 0.059 158.000 0.000 NA   NA
 3714999 3715000 CBUD_0632 COXBU7E912_0634 lpxB   TRUE 0.797 -46.000 0.044 1.000   NA
 3715001 3715002 COXBU7E912_0635 COXBU7E912_0636 tadA   TRUE 0.725 5.000 0.000 NA   NA
 3715002 5608894 COXBU7E912_0636 CBUD_0636a     FALSE 0.096 100.000 0.000 NA   NA
 5608894 3715003 CBUD_0636a COXBU7E912_0637     FALSE 0.040 201.000 0.000 NA   NA
 3715003 3715004 COXBU7E912_0637 CBUD_0638     FALSE 0.092 109.000 0.000 NA   NA
 3715006 3715007 COXBU7E912_0640 COXBU7E912_0641 ppa putA FALSE 0.361 119.000 0.000 1.000 Y NA
 3715007 3715008 COXBU7E912_0641 COXBU7E912_0642 putA mip FALSE 0.175 73.000 0.000 1.000 N NA
 3715008 3715009 COXBU7E912_0642 CBUD_0643 mip purL FALSE 0.209 96.000 0.000 1.000 N NA
 3715011 3715012 COXBU7E912_0645 COXBU7E912_0646     FALSE 0.365 19.000 0.000 NA   NA
 3715012 3715013 COXBU7E912_0646 COXBU7E912_0647     FALSE 0.109 43.000 0.000 NA   NA
 3715014 3715015 COXBU7E912_0648 COXBU7E912_0649   pdhC FALSE 0.036 417.000 0.000 NA N NA
 3715015 3715016 COXBU7E912_0649 COXBU7E912_0650 pdhC pdhB TRUE 0.999 0.000 0.556 0.056 Y NA
 3715016 3715017 COXBU7E912_0650 COXBU7E912_0651 pdhB pdhA TRUE 0.867 205.000 0.458 0.005 Y NA
 3715017 3715018 COXBU7E912_0651 CBUD_0652 pdhA   TRUE 0.988 -3.000 0.065 1.000 N NA
 3715019 3715020 CBUD_0653 COXBU7E912_0655   ribD TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3715021 3715022 COXBU7E912_0654 COXBU7E912_0656     TRUE 0.979 6.000 0.107 NA   NA
 3715023 3715024 CBUD_0657 COXBU7E912_0658 ribE ribAB TRUE 0.952 -16.000 0.009 1.000 Y NA
 3715024 3715025 COXBU7E912_0658 COXBU7E912_0659 ribAB ribH TRUE 0.987 -3.000 0.008 0.003 Y NA
 3715025 3715026 COXBU7E912_0659 COXBU7E912_0660 ribH   TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 3715026 5608895 COXBU7E912_0660 CBUD_0662     FALSE 0.053 173.000 0.000 NA   NA
 5608895 5608896 CBUD_0662 CBUD_0663     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 5608896 3715030 CBUD_0663 COXBU7E912_0664     FALSE 0.152 34.000 0.000 NA   NA
 3715030 3715031 COXBU7E912_0664 COXBU7E912_0665     FALSE 0.273 24.000 0.000 NA   NA
 3715032 3715033 COXBU7E912_0666 COXBU7E912_0667   recR TRUE 0.989 14.000 0.604 NA   NA
 3715033 3715034 COXBU7E912_0667 COXBU7E912_0668 recR   TRUE 0.992 12.000 0.604 NA   NA
 3715034 3715035 COXBU7E912_0668 COXBU7E912_0669   dnaX TRUE 0.874 110.000 0.411 NA   NA
 3715035 5608897 COXBU7E912_0669 CBUD_0669a dnaX   TRUE 0.746 4.000 0.000 NA   NA
 5608897 3715037 CBUD_0669a COXBU7E912_0671     FALSE 0.126 38.000 0.000 NA   NA
 3715038 5608898 COXBU7E912_0673 CBUD_0673a     TRUE 0.605 -10.000 0.000 NA   NA
 5608898 5608899 CBUD_0673a CBUD_0673b     FALSE 0.164 32.000 0.000 NA   NA
 5608899 5608900 CBUD_0673b CBUD_0673c     FALSE 0.097 99.000 0.000 NA   NA
 5608900 5608901 CBUD_0673c CBUD_0673d     FALSE 0.236 -51.000 0.000 NA   NA
 5608901 3715041 CBUD_0673d COXBU7E912_0675     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3715042 3715043 COXBU7E912_0676 COXBU7E912_0677 dapE dapD TRUE 0.991 6.000 0.109 0.003 Y NA
 3715043 3715044 COXBU7E912_0677 COXBU7E912_0678 dapD   TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3715045 3715046 CBUD_0679 COXBU7E912_0680     FALSE 0.086 51.000 0.000 NA   NA
 3715046 3715047 COXBU7E912_0680 CBUD_0681   rhlE FALSE 0.081 127.000 0.000 NA   NA
 3715047 3715048 CBUD_0681 COXBU7E912_0682 rhlE   FALSE 0.073 139.000 0.000 NA   NA
 3715048 3715049 COXBU7E912_0682 COXBU7E912_0683     FALSE 0.086 119.000 0.000 NA   NA
 3715049 3715050 COXBU7E912_0683 COXBU7E912_0685     FALSE 0.164 32.000 0.000 NA   NA
 3715051 3715052 COXBU7E912_0684 COXBU7E912_0686     TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 3715052 3715053 COXBU7E912_0686 CBUD_0687     TRUE 0.973 -6.000 0.015 1.000 N NA
 3715053 3715054 CBUD_0687 COXBU7E912_0688     TRUE 0.940 4.000 0.000 0.013 Y NA
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 5608903 3715056 CBUD_0688b CBUD_0690     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3715056 3715057 CBUD_0690 COXBU7E912_0691     TRUE 0.960 -25.000 0.206 0.018 N NA
 3715057 3715058 COXBU7E912_0691 COXBU7E912_0692     TRUE 0.977 3.000 0.059 1.000   NA
 3715058 3715059 COXBU7E912_0692 COXBU7E912_0693     TRUE 0.977 -15.000 0.286 0.034   NA
 3715059 3715060 COXBU7E912_0693 COXBU7E912_0694     TRUE 0.996 -7.000 0.286 1.000 Y NA
 3715060 3715061 COXBU7E912_0694 COXBU7E912_0696     TRUE 0.979 3.000 0.069 1.000   NA
 3715064 3715065 COXBU7E912_0698 COXBU7E912_0699     FALSE 0.013 445.000 0.000 NA   NA
 3715065 5608904 COXBU7E912_0699 CBUD_0699a     FALSE 0.099 89.000 0.000 NA   NA
 5608904 3715066 CBUD_0699a CBUD_0700   pdhAB FALSE 0.349 -13.000 0.000 0.005   NA
 3715066 3715067 CBUD_0700 CBUD_0701 pdhAB   FALSE 0.476 14.000 0.000 NA   NA
 3715067 3715068 CBUD_0701 COXBU7E912_0702   wcaG FALSE 0.015 380.000 0.000 NA   NA
 3715068 3715069 COXBU7E912_0702 COXBU7E912_0703 wcaG gmd TRUE 0.920 -7.000 0.000 0.007 Y NA
 3715069 3715070 COXBU7E912_0703 CBUD_0704 gmd   TRUE 0.924 9.000 0.000 NA Y NA
 3715070 3715071 CBUD_0704 COXBU7E912_0705     TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 3715072 3715073 COXBU7E912_0706 CBUD_0707     TRUE 0.990 -3.000 0.026 0.004 Y NA
 3715073 3715074 CBUD_0707 COXBU7E912_0708     FALSE 0.081 127.000 0.000 NA   NA
 3715074 3715075 COXBU7E912_0708 COXBU7E912_0709     FALSE 0.080 62.000 0.000 NA   NA
 3715075 3715076 COXBU7E912_0709 CBUD_0710     TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 3715076 3715077 CBUD_0710 COXBU7E912_0711     TRUE 0.534 31.000 0.000 0.013 Y NA
 3715077 3715078 COXBU7E912_0711 COXBU7E912_0712     FALSE 0.292 23.000 0.000 NA   NA
 3715080 3715081 CBUD_0714 CBUD_0715 sat/cysC cysQ2 TRUE 0.833 -18.000 0.000 1.000 Y NA
 3715082 3715083 COXBU7E912_0716 COXBU7E912_0717     TRUE 0.818 10.000 0.000 NA N NA
 3715083 3715084 COXBU7E912_0717 COXBU7E912_0718     TRUE 0.914 10.000 0.000 NA Y NA
 3715084 3715085 COXBU7E912_0718 COXBU7E912_0719     FALSE 0.012 485.000 0.000 NA   NA
 3715086 3715087 COXBU7E912_0720 COXBU7E912_0721     FALSE 0.080 59.000 0.000 NA   NA
 3715087 5608905 COXBU7E912_0721 CBUD_0721a     FALSE 0.089 114.000 0.000 NA   NA
 3715090 3715091 COXBU7E912_0724 COXBU7E912_0725     FALSE 0.018 308.000 0.000 NA   NA
 3715091 5608907 COXBU7E912_0725 CBUD_0725a     FALSE 0.010 887.000 0.000 NA   NA
 5608907 3715092 CBUD_0725a COXBU7E912_0726     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3715092 3715093 COXBU7E912_0726 COXBU7E912_0727     FALSE 0.174 59.000 0.000 1.000 N NA
 3715093 3715094 COXBU7E912_0727 CBUD_0728     FALSE 0.333 -28.000 0.000 NA   NA
 5608908 5608909 CBUD_0728a CBUD_0728b     FALSE 0.088 79.000 0.000 NA   NA
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 3715097 3715098 CBUD_0731 CBUD_0732     TRUE 0.903 24.000 0.081 1.000 N NA
 3715098 3715099 CBUD_0732 COXBU7E912_0733   speB TRUE 0.988 0.000 0.061 1.000 N NA
 3715100 3715101 CBUD_0734 COXBU7E912_0735     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3715101 3715102 COXBU7E912_0735 CBUD_0736   poxB FALSE 0.030 235.000 0.000 NA   NA
 5608910 5608911 CBUD_0737a CBUD_0737b     FALSE 0.088 79.000 0.000 NA   NA
 5608911 3715105 CBUD_0737b COXBU7E912_0739   ampC FALSE 0.090 113.000 0.000 NA   NA
 3715105 3715106 COXBU7E912_0739 COXBU7E912_0740 ampC   TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3715107 3715108 COXBU7E912_0741 CBUD_0742     TRUE 0.999 -3.000 0.556 NA Y NA
 3715108 3715109 CBUD_0742 COXBU7E912_0743     TRUE 0.973 -16.000 0.054 NA Y NA
 3715109 3715110 COXBU7E912_0743 COXBU7E912_0745     TRUE 0.992 3.000 0.239 NA   NA
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 3715116 3715117 COXBU7E912_0750 COXBU7E912_0751   tig FALSE 0.292 23.000 0.000 NA   NA
 3715117 3715118 COXBU7E912_0751 COXBU7E912_0752 tig clpP TRUE 0.996 10.000 0.351 1.000 Y NA
 3715118 3715119 COXBU7E912_0752 COXBU7E912_0753 clpP clpX TRUE 0.931 55.000 0.352 1.000 Y NA
 3715119 3715120 COXBU7E912_0753 COXBU7E912_0754 clpX lon TRUE 0.986 14.000 0.201 0.098 Y NA
 3715120 3715121 COXBU7E912_0754 COXBU7E912_0755 lon   TRUE 0.651 9.000 0.000 NA   NA
 5608912 3715122 CBUD_0754a COXBU7E912_0756   ptsH FALSE 0.081 74.000 0.000 NA   NA
 3715122 3715123 COXBU7E912_0756 COXBU7E912_0757 ptsH hprK FALSE 0.362 -19.000 0.000 1.000   NA
 3715123 3715124 COXBU7E912_0757 COXBU7E912_0758 hprK yfiA TRUE 0.975 0.000 0.021 NA   NA
 3715124 3715125 COXBU7E912_0758 COXBU7E912_0759 yfiA   FALSE 0.425 99.000 0.006 NA   NA
 3715125 3715126 COXBU7E912_0759 COXBU7E912_0760   yhbN TRUE 0.996 3.000 0.543 NA   NA
 3715126 3715127 COXBU7E912_0760 COXBU7E912_0761 yhbN   TRUE 0.967 -37.000 0.459 NA   NA
 3715127 3715128 COXBU7E912_0761 COXBU7E912_0762     TRUE 0.986 16.000 0.617 NA   NA
 3715128 3715129 COXBU7E912_0762 COXBU7E912_0763   kdsD TRUE 0.997 2.000 0.598 1.000   NA
 3715130 3715131 COXBU7E912_0764 CBUD_0765 murA   TRUE 0.641 -9.000 0.000 NA   NA
 3715131 3715132 CBUD_0765 COXBU7E912_0766     FALSE 0.178 31.000 0.000 NA   NA
 3715133 3715134 COXBU7E912_0767 COXBU7E912_0768     FALSE 0.221 48.000 0.000 NA N NA
 3715134 3715135 COXBU7E912_0768 COXBU7E912_0769     TRUE 0.907 0.000 0.000 1.000 N NA
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 3715136 3715137 COXBU7E912_0770 COXBU7E912_0771   rluD TRUE 0.930 -28.000 0.168 NA   NA
 5608913 5608914 CBUD_0772a CBUD_0772b     FALSE 0.095 84.000 0.000 NA   NA
 5608914 5608915 CBUD_0772b CBUD_0772c     FALSE 0.121 39.000 0.000 NA   NA
 5608915 3715140 CBUD_0772c COXBU7E912_0774     FALSE 0.092 82.000 0.000 NA   NA
 5608916 3715141 CBUD_0774a COXBU7E912_0775     FALSE 0.202 -67.000 0.000 NA   NA
 3715141 3715142 COXBU7E912_0775 COXBU7E912_0776     FALSE 0.325 21.000 0.000 NA   NA
 3715142 5608917 COXBU7E912_0776 CBUD_0776a     FALSE 0.325 21.000 0.000 NA   NA
 5608917 5608918 CBUD_0776a CBUD_0776b     FALSE 0.214 -60.000 0.000 NA   NA
 5608918 5608919 CBUD_0776b CBUD_0776c     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 5608919 5608920 CBUD_0776c CBUD_0776d     FALSE 0.202 -67.000 0.000 NA   NA
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 3715147 3715148 COXBU7E912_0781 CBUD_0782     FALSE 0.014 412.000 0.000 NA   NA
 3715149 3715150 COXBU7E912_0783 COXBU7E912_0784     TRUE 0.651 9.000 0.000 NA   NA
 3715150 3715151 COXBU7E912_0784 COXBU7E912_0785     FALSE 0.080 57.000 0.000 NA   NA
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 5608924 3715154 CBUD_0785c COXBU7E912_0788     TRUE 0.990 4.000 0.209 NA   NA
 3715154 3715155 COXBU7E912_0788 COXBU7E912_0789     FALSE 0.094 105.000 0.000 NA   NA
 3715158 5608925 COXBU7E912_0792 CBUD_0792a     FALSE 0.083 124.000 0.000 NA   NA
 5608925 5608926 CBUD_0792a CBUD_0792b     FALSE 0.236 -51.000 0.000 NA   NA
 5608926 3715160 CBUD_0792b COXBU7E912_0794     FALSE 0.088 116.000 0.000 NA   NA
 3715160 3715161 COXBU7E912_0794 CBUD_0795     FALSE 0.085 -144.000 0.000 0.015   NA
 3715163 3715164 COXBU7E912_0797 CBUD_0798     FALSE 0.046 187.000 0.000 NA   NA
 3715164 3715165 CBUD_0798 COXBU7E912_0799     FALSE 0.030 235.000 0.000 NA   NA
 3715166 3715167 COXBU7E912_0800 COXBU7E912_0801     TRUE 0.688 14.000 0.000 1.000 N NA
 3715167 3715168 COXBU7E912_0801 COXBU7E912_0802   qacE FALSE 0.206 99.000 0.000 1.000 N NA
 3715168 5608927 COXBU7E912_0802 CBUD_0802a qacE   FALSE 0.449 15.000 0.000 NA   NA
 5608927 5608928 CBUD_0802a CBUD_0802b     TRUE 0.767 3.000 0.000 NA   NA
 5608928 5608929 CBUD_0802b CBUD_0802c     FALSE 0.228 -55.000 0.000 NA   NA
 5608929 3715170 CBUD_0802c CBUD_0804     FALSE 0.145 35.000 0.000 NA   NA
 5608930 3715173 CBUD_0806 COXBU7E912_0807     FALSE 0.077 132.000 0.000 NA   NA
 3715174 3715175 COXBU7E912_0808 CBUD_0809     TRUE 0.787 1.000 0.000 NA   NA
 3715175 3715176 CBUD_0809 COXBU7E912_0810     FALSE 0.091 49.000 0.000 NA   NA
 3715176 3715177 COXBU7E912_0810 COXBU7E912_0811     FALSE 0.092 108.000 0.000 NA   NA
 3715177 3715178 COXBU7E912_0811 COXBU7E912_0812     TRUE 0.767 3.000 0.000 NA   NA
 3715180 5608931 COXBU7E912_0814 CBUD_0815     TRUE 0.621 10.000 0.000 NA   NA
 5608931 5608932 CBUD_0815 CBUD_0816     FALSE 0.310 -31.000 0.000 NA   NA
 5608932 3715183 CBUD_0816 COXBU7E912_0817     FALSE 0.096 100.000 0.000 NA   NA
 3715183 3715184 COXBU7E912_0817 CBUD_0818     FALSE 0.044 167.000 0.000 1.000   NA
 3715184 3715185 CBUD_0818 COXBU7E912_0819   prpB FALSE 0.042 172.000 0.000 1.000   NA
 3715185 3715186 COXBU7E912_0819 COXBU7E912_0820 prpB prpC TRUE 0.996 -7.000 0.502 1.000 N NA
 3715186 3715187 COXBU7E912_0820 COXBU7E912_0821 prpC   TRUE 0.767 3.000 0.000 NA   NA
 3715187 3715188 COXBU7E912_0821 CBUD_0822   pspC FALSE 0.098 96.000 0.000 NA   NA
 3715188 3715189 CBUD_0822 COXBU7E912_0823 pspC   TRUE 0.935 7.000 0.000 NA Y NA
 3715189 3715190 COXBU7E912_0823 COXBU7E912_0824     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3715190 3715191 COXBU7E912_0824 COXBU7E912_0825     TRUE 0.998 -3.000 0.667 NA   NA
 3715192 3715193 COXBU7E912_0826 COXBU7E912_0827 pfpI   FALSE 0.126 38.000 0.000 NA   NA
 3715194 3715195 COXBU7E912_0828 COXBU7E912_0829     FALSE 0.080 65.000 0.000 NA   NA
 3715195 3715196 COXBU7E912_0829 COXBU7E912_0830     FALSE 0.041 200.000 0.000 NA   NA
 5608933 5608934 CBUD_0830a CBUD_0830b     FALSE 0.042 198.000 0.000 NA   NA
 5608935 3715198 CBUD_0830c CBUD_0832     FALSE 0.022 270.000 0.000 NA   NA
 3715198 3715199 CBUD_0832 COXBU7E912_0833     FALSE 0.252 36.000 0.000 0.053 N NA
 3715199 3715200 COXBU7E912_0833 COXBU7E912_0834     TRUE 0.902 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 3715200 3715201 COXBU7E912_0834 CBUD_0835     FALSE 0.190 116.000 0.000 1.000 N NA
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 5608937 5608938 CBUD_0837 CBUD_0838     FALSE 0.288 -36.000 0.000 NA   NA
 5608938 5608939 CBUD_0838 CBUD_0838a     FALSE 0.099 89.000 0.000 NA   NA
 5608939 5608940 CBUD_0838a CBUD_0838b     TRUE 0.746 4.000 0.000 NA   NA
 3715206 3715207 COXBU7E912_0840 COXBU7E912_0841     TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 3715207 3715208 COXBU7E912_0841 CBUD_0842     FALSE 0.131 37.000 0.000 NA   NA
 3715211 3715212 CBUD_0845 COXBU7E912_0846     FALSE 0.118 40.000 0.000 NA   NA
 3715213 3715214 COXBU7E912_0847 COXBU7E912_0848     FALSE 0.080 65.000 0.000 NA   NA
 3715214 3715215 COXBU7E912_0848 COXBU7E912_0849     FALSE 0.047 287.000 0.000 1.000 N NA
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 3715217 3715218 COXBU7E912_0851 COXBU7E912_0852     FALSE 0.069 51.000 0.000 1.000   NA
 3715218 3715219 COXBU7E912_0852 COXBU7E912_0853     FALSE 0.014 247.000 0.000 0.016   NA
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 5608941 3715222 CBUD_0855a COXBU7E912_0856     FALSE 0.097 47.000 0.000 NA   NA
 3715225 5608942 COXBU7E912_0859 CBUD_0861     FALSE 0.012 490.000 0.000 NA   NA
 5608942 3715228 CBUD_0861 COXBU7E912_0862     FALSE 0.017 319.000 0.000 NA   NA
 3715228 3715229 COXBU7E912_0862 CBUD_0863   folE FALSE 0.178 31.000 0.000 NA   NA
 3715229 3715230 CBUD_0863 COXBU7E912_0864 folE   TRUE 0.907 0.000 0.000 1.000 N NA
 3715230 3715231 COXBU7E912_0864 COXBU7E912_0865     TRUE 0.801 17.000 0.000 1.000 Y NA
 3715231 3715232 COXBU7E912_0865 COXBU7E912_0866   emrA TRUE 0.998 1.000 0.600 1.000 N NA
 5608943 3715233 CBUD_0866a CBUD_0867     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3715233 3715234 CBUD_0867 COXBU7E912_0868   rimI TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3715236 3715237 COXBU7E912_0870 COXBU7E912_0871     TRUE 0.809 8.000 0.000 0.059 N NA
 3715238 5608944 COXBU7E912_0872 CBUD_0872a     FALSE 0.094 104.000 0.000 NA   NA
 3715241 3715242 CBUD_0875 COXBU7E912_0876     TRUE 0.991 -12.000 0.631 0.065   NA
 3715242 3715243 COXBU7E912_0876 COXBU7E912_0877   prfC TRUE 0.744 1.000 0.000 1.000   NA
 3715243 5608945 COXBU7E912_0877 CBUD_0877a prfC   FALSE 0.449 15.000 0.000 NA   NA
 5608945 5608946 CBUD_0877a CBUD_0877b     FALSE 0.186 -81.000 0.000 NA   NA
 5608946 3715245 CBUD_0877b COXBU7E912_0879     FALSE 0.019 288.000 0.000 NA   NA
 3715245 5608947 COXBU7E912_0879 CBUD_0881     FALSE 0.014 409.000 0.000 NA   NA
 5608947 5608948 CBUD_0881 CBUD_0882     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3715250 3715251 COXBU7E912_0884 COXBU7E912_0885     FALSE 0.193 57.000 0.000 NA N NA
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 3715253 3715254 COXBU7E912_0887 COXBU7E912_0888   sfcA FALSE 0.010 446.000 0.000 1.000   NA
 3715254 3715255 COXBU7E912_0888 COXBU7E912_0889 sfcA purB FALSE 0.395 28.000 0.000 1.000 N NA
 3715256 3715257 COXBU7E912_0890 COXBU7E912_0891   rfaH TRUE 0.734 -13.000 0.000 1.000 N NA
 3715257 3715258 COXBU7E912_0891 CBUD_0892 rfaH   TRUE 0.664 35.000 0.036 NA   NA
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 3715259 3715260 COXBU7E912_0893 CBUD_0894     TRUE 0.928 15.000 0.094 0.024   NA
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 3715262 3715263 COXBU7E912_0896 COXBU7E912_0897 asnB2   TRUE 0.744 1.000 0.000 1.000   NA
 3715263 3715264 COXBU7E912_0897 COXBU7E912_0898     TRUE 0.523 11.000 0.000 1.000   NA
 3715264 3715265 COXBU7E912_0898 CBUD_0899     TRUE 0.720 13.000 0.000 1.000 N NA
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 3715266 3715267 COXBU7E912_0900 CBUD_0901     TRUE 0.746 4.000 0.000 NA   NA
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 3715271 3715272 COXBU7E912_0905 COXBU7E912_0906 asnB1   TRUE 0.979 7.000 0.061 1.000 N NA
 3715272 3715273 COXBU7E912_0906 COXBU7E912_0907     FALSE 0.163 231.000 0.000 1.000 Y NA
 3715273 3715274 COXBU7E912_0907 COXBU7E912_0908     TRUE 0.893 11.000 0.000 1.000 Y NA
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 3715279 3715280 COXBU7E912_0913 COXBU7E912_0914 pgi galU TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3715280 3715281 COXBU7E912_0914 CBUD_0915 galU   FALSE 0.080 64.000 0.000 NA   NA
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 5608950 5608951 CBUD_0919 CBUD_0919a comA comA FALSE 0.100 46.000 0.000 NA   NA
 5608951 5608952 CBUD_0919a CBUD_0919b comA comA FALSE 0.081 69.000 0.000 NA   NA
 5608952 3715287 CBUD_0919b CBUD_0921 comA msbA FALSE 0.455 -18.000 0.000 NA   NA
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 3715300 3715301 COXBU7E912_0933 COXBU7E912_0935   udk FALSE 0.091 81.000 0.000 NA   NA
 3715301 3715302 COXBU7E912_0935 CBUD_0936 udk   TRUE 0.605 -10.000 0.000 NA   NA
 3715304 3715305 COXBU7E912_0938 COXBU7E912_0940 aroC asd TRUE 0.864 13.000 0.000 1.000 Y NA
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 3715310 3715311 CBUD_0944 COXBU7E912_0945     FALSE 0.098 95.000 0.000 NA   NA
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 3715321 3715322 COXBU7E912_0955 COXBU7E912_0956   truA TRUE 0.725 5.000 0.000 NA   NA
 3715322 3715323 COXBU7E912_0956 COXBU7E912_0957 truA accD TRUE 0.802 31.000 0.044 1.000 N NA
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 3715324 3715325 COXBU7E912_0958 CBUD_0959 folC dedD TRUE 0.972 -16.000 0.216 NA   NA
 3715325 3715326 CBUD_0959 COXBU7E912_0960 dedD dedE TRUE 0.641 68.000 0.116 NA   NA
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 3715327 3715328 COXBU7E912_0961 COXBU7E912_0962 purF   TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3715328 3715329 COXBU7E912_0962 COXBU7E912_0963     FALSE 0.402 17.000 0.000 NA   NA
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 3715330 5608955 COXBU7E912_0964 CBUD_0966     FALSE 0.019 289.000 0.000 NA   NA
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 3715334 5608957 COXBU7E912_0968 CBUD_0969     TRUE 0.485 -16.000 0.000 NA   NA
 5608957 3715336 CBUD_0969 CBUD_0970   dusA TRUE 0.605 -10.000 0.000 NA   NA
 5608958 5608959 CBUD_0973 CBUD_0974     TRUE 0.687 7.000 0.000 NA   NA
 5608959 3715341 CBUD_0974 COXBU7E912_0975   ispZ TRUE 0.767 3.000 0.000 NA   NA
 3715342 3715343 COXBU7E912_0976 CBUD_0977     FALSE 0.420 -19.000 0.000 NA   NA
 3715344 5608960 CBUD_0978 CBUD_0978a     FALSE 0.084 122.000 0.000 NA   NA
 3715347 3715348 CBUD_0981 COXBU7E912_0982 scpA scpB TRUE 0.979 5.000 0.083 NA   NA
 3715348 3715349 COXBU7E912_0982 COXBU7E912_0984 scpB   TRUE 0.989 10.000 0.210 NA N NA
 5608961 3715351 CBUD_0984a COXBU7E912_0985     TRUE 0.515 13.000 0.000 NA   NA
 3715351 3715352 COXBU7E912_0985 CBUD_0986   mutS TRUE 0.915 -3.000 0.000 NA N NA
 3715353 3715354 COXBU7E912_0987 COXBU7E912_0988 cinA recA FALSE 0.403 88.000 0.003 NA   NA
 3715354 3715355 COXBU7E912_0988 COXBU7E912_0989 recA recX TRUE 0.994 -3.000 0.296 1.000   NA
 3715355 3715356 COXBU7E912_0989 COXBU7E912_0990 recX alaS TRUE 0.973 -7.000 0.085 1.000   NA
 3715356 3715357 COXBU7E912_0990 COXBU7E912_0991 alaS lysC TRUE 0.981 6.000 0.065 1.000 N NA
 3715357 3715358 COXBU7E912_0991 COXBU7E912_0992 lysC csrA1 TRUE 0.654 140.000 0.079 1.000 N NA
 3715358 3715359 COXBU7E912_0992 COXBU7E912_0993 csrA1   FALSE 0.021 280.000 0.000 NA   NA
 3715359 5608962 COXBU7E912_0993 CBUD_0994     FALSE 0.029 239.000 0.000 NA   NA
 5608962 5608963 CBUD_0994 CBUD_0995     FALSE 0.137 36.000 0.000 NA   NA
 3715366 3715367 COXBU7E912_1000 CBUD_1001   cyoA FALSE 0.333 -28.000 0.000 NA   NA
 3715367 3715368 CBUD_1001 COXBU7E912_1002 cyoA cyoB TRUE 0.974 20.000 0.200 0.003 Y NA
 3715368 3715369 COXBU7E912_1002 COXBU7E912_1003 cyoB cyoC TRUE 0.997 -3.000 0.267 0.031 Y NA
 3715369 5608965 COXBU7E912_1003 CBUD_1003a cyoC cyoD TRUE 0.998 -3.000 0.400 0.031 Y NA
 3715371 3715372 COXBU7E912_1005 COXBU7E912_1006     FALSE 0.094 104.000 0.000 NA   NA
 3715372 5608966 COXBU7E912_1006 CBUD_1006a     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 5608966 5608967 CBUD_1006a CBUD_1006b     TRUE 0.666 8.000 0.000 NA   NA
 3715375 3715376 COXBU7E912_1009 COXBU7E912_1010     FALSE 0.087 118.000 0.000 NA   NA
 3715376 3715377 COXBU7E912_1010 COXBU7E912_1011     TRUE 0.983 -3.000 0.020 1.000 N NA
 3715378 3715379 CBUD_1012 COXBU7E912_1013 pgsA   FALSE 0.381 18.000 0.000 NA   NA
 3715380 3715381 CBUD_1014 CBUD_1015     FALSE 0.388 -21.000 0.000 NA   NA
 3715382 3715383 COXBU7E912_1016 COXBU7E912_1017     TRUE 0.582 11.000 0.000 NA   NA
 5608968 3715386 CBUD_1019a COXBU7E912_1020     TRUE 0.656 6.000 0.000 1.000   NA
 3715386 3715387 COXBU7E912_1020 COXBU7E912_1021     FALSE 0.008 794.000 0.000 1.000   NA
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 5608969 5608970 CBUD_1021a CBUD_1021b     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3715389 3715390 COXBU7E912_1023 COXBU7E912_1024     FALSE 0.025 252.000 0.000 NA   NA
 3715390 5608971 COXBU7E912_1024 CBUD_1025     FALSE 0.114 41.000 0.000 NA   NA
 3715392 3715393 COXBU7E912_1026 COXBU7E912_1027     FALSE 0.089 115.000 0.000 NA   NA
 3715393 3715394 COXBU7E912_1027 COXBU7E912_1028     FALSE 0.018 299.000 0.000 NA   NA
 3715394 3715395 COXBU7E912_1028 COXBU7E912_1029     FALSE 0.012 466.000 0.000 NA   NA
 5608972 5608973 CBUD_1029a CBUD_1030     FALSE 0.273 24.000 0.000 NA   NA
 3715397 3715398 COXBU7E912_1031 COXBU7E912_1032     FALSE 0.097 47.000 0.000 NA   NA
 3715398 5608974 COXBU7E912_1032 CBUD_1033     FALSE 0.073 139.000 0.000 NA   NA
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 5608975 5608976 CBUD_1034 CBUD_1035     FALSE 0.083 124.000 0.000 NA   NA
 3715403 3715404 COXBU7E912_1037 COXBU7E912_1038   crcB TRUE 0.976 -3.000 0.023 NA   NA
 3715404 3715405 COXBU7E912_1038 COXBU7E912_1039 crcB bioA TRUE 0.900 1.000 0.000 1.000 N NA
 3715406 3715407 COXBU7E912_1040 COXBU7E912_1041 bioB bioF TRUE 0.987 -13.000 0.168 1.000 Y NA
 3715407 3715408 COXBU7E912_1041 COXBU7E912_1042 bioF   TRUE 0.980 -6.000 0.092 NA   NA
 3715408 3715409 COXBU7E912_1042 CBUD_1043   bioC.1 TRUE 0.975 -10.000 0.163 NA   NA
 3715409 3715410 CBUD_1043 COXBU7E912_1045 bioC.1 bioD TRUE 0.985 -3.000 0.004 0.003 Y NA
 3715412 3715413 COXBU7E912_1046 COXBU7E912_1047   lolD TRUE 0.997 -7.000 0.620 0.030 N NA
 3715413 3715414 COXBU7E912_1047 COXBU7E912_1048 lolD hflX TRUE 0.755 -3.000 0.000 1.000   NA
 3715414 3715415 COXBU7E912_1048 COXBU7E912_1049 hflX purA TRUE 0.701 21.000 0.002 0.012   NA
 3715416 3715417 CBUD_1050 COXBU7E912_1051   cyoE TRUE 0.651 9.000 0.000 NA   NA
 3715417 3715418 COXBU7E912_1051 CBUD_1052 cyoE   TRUE 0.980 -3.000 0.064 0.061   NA
 3715419 3715420 COXBU7E912_1053 COXBU7E912_1054 def1   FALSE 0.190 30.000 0.000 NA   NA
 3715423 3715424 COXBU7E912_1057 COXBU7E912_1059     TRUE 0.651 9.000 0.000 NA   NA
 3715425 3715426 CBUD_1058 CBUD_1060 ung   TRUE 0.890 4.000 0.000 NA N NA
 3715428 3715429 COXBU7E912_1062 COXBU7E912_1063     FALSE 0.197 29.000 0.000 NA   NA
 3715429 5608979 COXBU7E912_1063 CBUD_1064     TRUE 0.485 -16.000 0.000 NA   NA
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 5608980 3715432 CBUD_1065 COXBU7E912_1066 pheA   TRUE 0.605 -10.000 0.000 NA   NA
 3715432 5608981 COXBU7E912_1066 CBUD_1066a     FALSE 0.081 69.000 0.000 NA   NA
 3715433 3715434 COXBU7E912_1067 COXBU7E912_1068     FALSE 0.099 89.000 0.000 NA   NA
 3715435 3715436 COXBU7E912_1069 COXBU7E912_1070     FALSE 0.086 51.000 0.000 NA   NA
 3715436 3715437 COXBU7E912_1070 COXBU7E912_1071     TRUE 0.996 2.000 0.205 0.049 Y NA
 3715437 3715438 COXBU7E912_1071 CBUD_1072     TRUE 0.976 20.000 0.189 1.000 Y NA
 3715438 3715439 CBUD_1072 COXBU7E912_1073     TRUE 0.669 25.000 0.000 1.000 Y NA
 3715439 3715440 COXBU7E912_1073 COXBU7E912_1074     TRUE 0.960 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3715441 3715442 COXBU7E912_1075 COXBU7E912_1077   pyrD TRUE 0.961 -3.000 0.003 NA   NA
 3715446 3715447 CBUD_1080 COXBU7E912_1081 ybgT cydB1 TRUE 0.956 11.000 0.070 NA   NA
 3715447 3715448 COXBU7E912_1081 COXBU7E912_1082 cydB1 cydA1 TRUE 0.999 -3.000 0.953 0.030 Y NA
 3715448 3715449 COXBU7E912_1082 CBUD_1083 cydA1   TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3715449 3715450 CBUD_1083 CBUD_1084     FALSE 0.023 261.000 0.000 NA   NA
 3715451 3715452 CBUD_1085 COXBU7E912_1086     TRUE 0.907 0.000 0.000 1.000 N NA
 3715453 3715454 COXBU7E912_1087 COXBU7E912_1088     TRUE 0.515 13.000 0.000 NA   NA
 3715455 5608982 COXBU7E912_1089 CBUD_1089a     FALSE 0.145 35.000 0.000 NA   NA
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 5608983 5608984 CBUD_1089b CBUD_1090a     FALSE 0.081 74.000 0.000 NA   NA
 3715458 3715459 COXBU7E912_1092 COXBU7E912_1093     FALSE 0.074 137.000 0.000 NA   NA
 3715459 3715460 COXBU7E912_1093 COXBU7E912_1094   nudC TRUE 0.582 19.000 0.000 1.000 N NA
 3715460 3715461 COXBU7E912_1094 CBUD_1095 nudC   TRUE 0.889 3.000 0.000 1.000 N NA
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 3715462 3715463 COXBU7E912_1096 COXBU7E912_1097   cas1_1 FALSE 0.034 218.000 0.000 NA   NA
 3715463 5608985 COXBU7E912_1097 CBUD_1097a cas1_1   TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
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 5608986 3715465 CBUD_1097b COXBU7E912_1099   csy1_1 FALSE 0.080 61.000 0.000 NA   NA
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 3715466 3715467 CBUD_1100 COXBU7E912_1101 csy2_1 csy3_1 TRUE 0.993 12.000 0.787 NA   NA
 3715467 3715468 COXBU7E912_1101 COXBU7E912_1102 csy3_1 csy4_1 TRUE 0.997 -3.000 0.468 NA   NA
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 3715474 3715475 CBUD_1108 COXBU7E912_1109     FALSE 0.178 31.000 0.000 NA   NA
 3715475 3715476 COXBU7E912_1109 COXBU7E912_1110     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3715478 3715479 CBUD_1112 COXBU7E912_1113     FALSE 0.097 99.000 0.000 NA   NA
 3715480 3715481 CBUD_1114 COXBU7E912_1115     TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 3715482 3715483 CBUD_1116 COXBU7E912_1117     FALSE 0.083 124.000 0.000 NA   NA
 3715483 5608991 COXBU7E912_1117 CBUD_1117a     FALSE 0.056 164.000 0.000 NA   NA
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 5608992 5608993 CBUD_1117b CBUD_1117c     TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 5608993 3715487 CBUD_1117c COXBU7E912_1121     FALSE 0.022 273.000 0.000 NA   NA
 3715487 3715488 COXBU7E912_1121 COXBU7E912_1122     TRUE 0.746 4.000 0.000 NA   NA
 5608994 5608995 CBUD_1124a CBUD_1124b     FALSE 0.308 22.000 0.000 NA   NA
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 5608996 3715492 CBUD_1124c CBUD_1126   rhuM FALSE 0.015 389.000 0.000 NA   NA
 3715492 3715493 CBUD_1126 COXBU7E912_1127 rhuM   FALSE 0.082 125.000 0.000 NA   NA
 3715493 5608997 COXBU7E912_1127 CBUD_1127a     FALSE 0.028 241.000 0.000 NA   NA
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 3715499 3715500 COXBU7E912_1133 CBUD_1134 mutY   TRUE 0.869 6.000 0.000 NA N NA
 3715500 3715501 CBUD_1134 COXBU7E912_1135     TRUE 0.687 7.000 0.000 NA   NA
 5608998 5608999 CBUD_1134a CBUD_1134b     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3715504 3715505 COXBU7E912_1138 COXBU7E912_1139     FALSE 0.035 193.000 0.000 1.000   NA
 3715505 3715506 COXBU7E912_1139 COXBU7E912_1140     TRUE 0.656 6.000 0.000 1.000   NA
 3715506 3715507 COXBU7E912_1140 COXBU7E912_1142     TRUE 0.998 1.000 0.688 0.086 N NA
 3715509 3715510 CBUD_1143 CBUD_1144 glpD mpg TRUE 0.696 -16.000 0.000 1.000 N NA
 3715510 3715511 CBUD_1144 CBUD_1145 mpg   FALSE 0.130 -130.000 0.000 1.000   NA
 3715511 3715512 CBUD_1145 COXBU7E912_1146   pdxH FALSE 0.259 22.000 0.000 1.000   NA
 3715512 3715513 COXBU7E912_1146 COXBU7E912_1147 pdxH mmsA FALSE 0.324 32.000 0.000 1.000 N NA
 3715513 3715514 COXBU7E912_1147 COXBU7E912_1148 mmsA mmsB TRUE 0.964 10.000 0.043 0.001 N NA
 3715514 3715515 COXBU7E912_1148 COXBU7E912_1149 mmsB   FALSE 0.224 101.000 0.000 NA N NA
 3715515 3715516 COXBU7E912_1149 COXBU7E912_1151   mdmC TRUE 0.779 2.000 0.000 NA   NA
 5609000 3715519 CBUD_1150a COXBU7E912_1153     FALSE 0.178 31.000 0.000 NA   NA
 5609001 5609002 CBUD_1154 CBUD_1155 kup   TRUE 0.507 -15.000 0.000 NA   NA
 5609003 5609004 CBUD_1156 CBUD_1157     TRUE 0.779 2.000 0.000 NA   NA
 5609004 3715524 CBUD_1157 COXBU7E912_1158     FALSE 0.365 19.000 0.000 NA   NA
 3715525 3715526 CBUD_1159 COXBU7E912_1160 enhB.1   TRUE 0.779 2.000 0.000 NA   NA
 3715526 3715527 COXBU7E912_1160 CBUD_1161     FALSE 0.028 241.000 0.000 NA   NA
 3715527 3715528 CBUD_1161 COXBU7E912_1162   prpD TRUE 0.779 2.000 0.000 NA   NA
 3715528 5609005 COXBU7E912_1162 CBUD_1163 prpD   FALSE 0.015 362.000 0.000 NA   NA
 5609005 3715530 CBUD_1163 COXBU7E912_1164     FALSE 0.087 118.000 0.000 NA   NA
 3715531 3715532 COXBU7E912_1165 COXBU7E912_1166     FALSE 0.211 28.000 0.000 NA   NA
 5609006 5609007 CBUD_1169 CBUD_1170   cyaA FALSE 0.402 17.000 0.000 NA   NA
 5609007 3715537 CBUD_1170 COXBU7E912_1171 cyaA   FALSE 0.420 -19.000 0.000 NA   NA
 3715540 3715541 COXBU7E912_1174 COXBU7E912_1175 tgt   TRUE 0.746 4.000 0.000 NA   NA
 3715542 3715543 CBUD_1176 COXBU7E912_1177     TRUE 0.844 -58.000 0.045 1.000 N NA
 3715543 3715544 COXBU7E912_1177 COXBU7E912_1178     FALSE 0.093 48.000 0.000 NA   NA
 3715544 3715545 COXBU7E912_1178 COXBU7E912_1179   nagZ FALSE 0.080 63.000 0.000 NA   NA
 3715545 3715546 COXBU7E912_1179 COXBU7E912_1180 nagZ   TRUE 0.698 4.000 0.000 1.000   NA
 3715546 3715547 COXBU7E912_1180 COXBU7E912_1181     TRUE 0.610 8.000 0.000 1.000   NA
 3715547 3715548 COXBU7E912_1181 COXBU7E912_1182     FALSE 0.085 78.000 0.000 NA   NA
 3715548 3715549 COXBU7E912_1182 CBUD_1183     FALSE 0.080 73.000 0.000 NA   NA
 3715549 3715551 CBUD_1183 CBUD_1185   miaA FALSE 0.049 182.000 0.000 NA   NA
 3715551 3715552 CBUD_1185 CBUD_1186 miaA mutL TRUE 0.906 -75.000 0.188 0.085 N NA
 3715552 3715553 CBUD_1186 CBUD_1187 mutL   FALSE 0.156 61.000 0.000 0.085 N NA
 3715553 3715554 CBUD_1187 CBUD_1188     FALSE 0.260 38.000 0.000 1.000 N NA
 5609008 5609009 CBUD_1188a CBUD_1188b     FALSE 0.088 79.000 0.000 NA   NA
 3715556 3715557 COXBU7E912_1190 COXBU7E912_1191     TRUE 0.950 14.000 0.118 NA   NA
 3715559 3715560 COXBU7E912_1193 COXBU7E912_1194     TRUE 0.998 0.000 0.600 NA N NA
 3715561 3715562 COXBU7E912_1195 CBUD_1196     TRUE 0.767 3.000 0.000 NA   NA
 3715562 3715563 CBUD_1196 COXBU7E912_1197   fumC TRUE 0.746 4.000 0.000 NA   NA
 3715563 3715564 COXBU7E912_1197 COXBU7E912_1198 fumC   FALSE 0.081 67.000 0.000 NA   NA
 3715564 5609012 COXBU7E912_1198 CBUD_1198a     FALSE 0.176 -90.000 0.000 NA   NA
 5609012 5609013 CBUD_1198a CBUD_1198b     FALSE 0.099 90.000 0.000 NA   NA
 3715566 3715567 COXBU7E912_1200 COXBU7E912_1201   lepB1 FALSE 0.070 143.000 0.000 NA   NA
 3715567 3715568 COXBU7E912_1201 CBUD_1202 lepB1   TRUE 0.621 10.000 0.000 NA   NA
 5609014 3715570 CBUD_1202a COXBU7E912_1204     FALSE 0.094 105.000 0.000 NA   NA
 5609015 5609016 CBUD_1205a CBUD_1205b     FALSE 0.088 79.000 0.000 NA   NA
 5609016 3715573 CBUD_1205b COXBU7E912_1208     FALSE 0.076 135.000 0.000 NA   NA
 3715573 3715575 COXBU7E912_1208 CBUD_1209     FALSE 0.081 70.000 0.000 NA   NA
 3715576 3715577 CBUD_1210 CBUD_1211     FALSE 0.081 68.000 0.000 NA   NA
 3715577 5609017 CBUD_1211 CBUD_1212     FALSE 0.319 -30.000 0.000 NA   NA
 5609017 5609018 CBUD_1212 CBUD_1213     FALSE 0.041 200.000 0.000 NA   NA
 5609018 5609019 CBUD_1213 CBUD_1214     FALSE 0.098 97.000 0.000 NA   NA
 3715582 3715583 COXBU7E912_1216 COXBU7E912_1217 ald etfA FALSE 0.338 29.000 0.000 0.029 N NA
 3715583 3715584 COXBU7E912_1217 COXBU7E912_1218 etfA etfB TRUE 0.953 -3.000 0.000 0.006 Y NA
 3715584 3715585 COXBU7E912_1218 CBUD_1219 etfB   TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3715588 3715589 CBUD_1222 CBUD_1223 enhA2 cbpA FALSE 0.064 152.000 0.000 NA   NA
 3715589 3715590 CBUD_1223 COXBU7E912_1224 cbpA cbpM TRUE 0.994 3.000 0.286 NA   NA
 3715590 3715591 COXBU7E912_1224 COXBU7E912_1225 cbpM   TRUE 0.746 4.000 0.000 NA   NA
 3715592 3715593 CBUD_1226 COXBU7E912_1227     FALSE 0.360 -24.000 0.000 NA   NA
 3715593 3715594 COXBU7E912_1227 COXBU7E912_1228   iscS TRUE 0.944 7.000 0.011 1.000   NA
 3715594 3715595 COXBU7E912_1228 CBUD_1229 iscS   TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3715595 3715596 CBUD_1229 COXBU7E912_1230     TRUE 0.641 -9.000 0.000 NA   NA
 5609020 3715597 CBUD_1230a CBUD_1231   suhB TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3715600 3715601 COXBU7E912_1234 COXBU7E912_1235 enhC enhB TRUE 0.998 -3.000 0.750 NA   NA
 3715601 3715602 COXBU7E912_1235 CBUD_1236 enhB enhA1 TRUE 0.515 13.000 0.000 NA   NA
 3715602 3715603 CBUD_1236 COXBU7E912_1237 enhA1   FALSE 0.020 287.000 0.000 NA   NA
 3715603 5609022 COXBU7E912_1237 CBUD_1237a     FALSE 0.080 72.000 0.000 NA   NA
 3715605 3715606 COXBU7E912_1238 COXBU7E912_1240 secF secD TRUE 0.991 0.000 0.030 0.001 Y NA
 3715606 3715607 COXBU7E912_1240 COXBU7E912_1241 secD yajC TRUE 0.942 16.000 0.007 NA Y NA
 3715607 5609023 COXBU7E912_1241 CBUD_1241a yajC   FALSE 0.227 27.000 0.000 NA   NA
 3715611 3715612 CBUD_1245 COXBU7E912_1246 trmU mfd TRUE 0.725 12.000 0.000 0.083 N NA
 3715612 3715613 COXBU7E912_1246 COXBU7E912_1247 mfd   FALSE 0.069 144.000 0.000 NA   NA
 3715615 5609025 COXBU7E912_1249 CBUD_1249a trpE   FALSE 0.021 276.000 0.000 NA   NA
 5609025 5609026 CBUD_1249a CBUD_1251   trpD TRUE 0.651 9.000 0.000 NA   NA
 5609026 3715618 CBUD_1251 COXBU7E912_1252 trpD trpC TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 3715618 3715619 COXBU7E912_1252 CBUD_1253 trpC trpBF TRUE 0.919 -7.000 0.000 0.002 Y NA
 3715619 3715620 CBUD_1253 COXBU7E912_1255 trpBF trpA TRUE 0.774 17.000 0.000 0.001 Y NA
 3715622 5609027 COXBU7E912_1256 CBUD_1256a     FALSE 0.402 17.000 0.000 NA   NA
 5609027 3715623 CBUD_1256a CBUD_1257     FALSE 0.173 -94.000 0.000 NA   NA
 5609028 5609029 CBUD_1257a CBUD_1257b     TRUE 0.746 4.000 0.000 NA   NA
 5609029 5609030 CBUD_1257b CBUD_1257c     FALSE 0.093 107.000 0.000 NA   NA
 5609030 5609031 CBUD_1257c CBUD_1257d     FALSE 0.238 26.000 0.000 NA   NA
 3715626 3715627 COXBU7E912_1260 COXBU7E912_1261     FALSE 0.097 99.000 0.000 NA   NA
 3715627 3715628 COXBU7E912_1261 COXBU7E912_1262     FALSE 0.193 64.000 0.000 NA N NA
 3715628 3715629 COXBU7E912_1262 COXBU7E912_1263     FALSE 0.066 149.000 0.000 NA   NA
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 3715633 3715634 COXBU7E912_1267 COXBU7E912_1268     TRUE 0.687 7.000 0.000 NA   NA
 3715636 3715637 COXBU7E912_1270 COXBU7E912_1271     FALSE 0.109 43.000 0.000 NA   NA
 5609034 3715638 CBUD_1271a COXBU7E912_1272   thiI FALSE 0.121 39.000 0.000 NA   NA
 3715638 3715639 COXBU7E912_1272 COXBU7E912_1273 thiI   TRUE 0.997 1.000 0.349 1.000 N NA
 3715641 3715642 COXBU7E912_1275 COXBU7E912_1276   uvrC FALSE 0.202 103.000 0.000 1.000 N NA
 3715642 3715643 COXBU7E912_1276 COXBU7E912_1277 uvrC   FALSE 0.178 31.000 0.000 NA   NA
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 3715646 3715647 COXBU7E912_1280 COXBU7E912_1281   lolA TRUE 0.972 -16.000 0.167 1.000 N NA
 3715647 3715648 COXBU7E912_1281 COXBU7E912_1282 lolA   TRUE 0.989 12.000 0.305 1.000 N NA
 5609036 3715649 CBUD_1282a COXBU7E912_1283   trxB FALSE 0.449 15.000 0.000 NA   NA
 3715649 3715650 COXBU7E912_1283 COXBU7E912_1284 trxB   FALSE 0.238 26.000 0.000 NA   NA
 3715650 3715651 COXBU7E912_1284 COXBU7E912_1285   infA FALSE 0.080 62.000 0.000 NA   NA
 5609037 3715653 CBUD_1286a CBUD_1287     FALSE 0.099 90.000 0.000 NA   NA
 3715653 5609038 CBUD_1287 CBUD_1287a     FALSE 0.152 34.000 0.000 NA   NA
 3715654 3715655 CBUD_1288 COXBU7E912_1289 icd queA FALSE 0.223 44.000 0.000 1.000 N NA
 3715656 3715657 COXBU7E912_1290 COXBU7E912_1291     FALSE 0.080 64.000 0.000 NA   NA
 3715657 3715658 COXBU7E912_1291 CBUD_1292     TRUE 0.877 4.000 0.000 1.000 N NA
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 3715662 3715663 COXBU7E912_1296 COXBU7E912_1297     FALSE 0.015 359.000 0.000 NA   NA
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 3715669 3715670 COXBU7E912_1303 COXBU7E912_1304   purC TRUE 0.787 1.000 0.000 NA   NA
 3715670 3715671 COXBU7E912_1304 COXBU7E912_1305 purC   TRUE 0.969 0.000 0.009 NA   NA
 3715671 3715672 COXBU7E912_1305 CBUD_1306   dapA TRUE 0.924 17.000 0.088 NA   NA
 3715672 3715674 CBUD_1306 CBUD_1308 dapA kdgK FALSE 0.090 202.000 0.000 1.000 N NA
 3715676 3715677 CBUD_1310 CBUD_1311     TRUE 0.755 -3.000 0.000 1.000   NA
 3715678 3715679 CBUD_1312 COXBU7E912_1313 qseB qseC TRUE 0.995 -3.000 0.143 0.051 Y NA
 3715679 3715680 COXBU7E912_1313 CBUD_1314 qseC   FALSE 0.041 200.000 0.000 NA   NA
 3715680 3715681 CBUD_1314 COXBU7E912_1315     TRUE 0.987 -3.000 0.098 NA   NA
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 3715684 3715685 COXBU7E912_1318 CBUD_1319     FALSE 0.080 63.000 0.000 NA   NA
 3715685 3715686 CBUD_1319 COXBU7E912_1320   orn FALSE 0.059 159.000 0.000 NA   NA
 3715686 5609043 COXBU7E912_1320 CBUD_1320a orn   FALSE 0.051 177.000 0.000 NA   NA
 3715687 3715688 CBUD_1321 COXBU7E912_1322     TRUE 0.767 3.000 0.000 NA   NA
 3715690 3715691 COXBU7E912_1324 COXBU7E912_1325 gcp mdh TRUE 0.819 9.000 0.000 1.000 N NA
 3715691 3715692 COXBU7E912_1325 COXBU7E912_1326 mdh   FALSE 0.099 195.000 0.000 1.000 N NA
 3715693 3715694 COXBU7E912_1327 COXBU7E912_1328 xseA   TRUE 0.755 -3.000 0.000 1.000   NA
 3715695 3715697 COXBU7E912_1329 COXBU7E912_1331 engA   FALSE 0.196 226.000 0.009 1.000   NA
 3715697 3715698 COXBU7E912_1331 COXBU7E912_1332   hisS TRUE 0.942 23.000 0.259 1.000   NA
 3715698 3715699 COXBU7E912_1332 CBUD_1333 hisS   TRUE 0.972 -3.000 0.021 1.000   NA
 3715699 3715700 CBUD_1333 CBUD_1334     FALSE 0.254 -43.000 0.000 NA   NA
 5609044 5609045 CBUD_1337 CBUD_1338     FALSE 0.346 -27.000 0.000 NA   NA
 3715706 3715707 COXBU7E912_1340 COXBU7E912_1341     TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 3715709 3715710 COXBU7E912_1343 COXBU7E912_1344     FALSE 0.007 453.000 0.000 0.056   NA
 3715710 3715711 COXBU7E912_1344 COXBU7E912_1345     FALSE 0.078 98.000 0.000 1.000   NA
 3715711 3715712 COXBU7E912_1345 COXBU7E912_1346     TRUE 0.965 -3.000 0.007 NA   NA
 3715712 3715713 COXBU7E912_1346 COXBU7E912_1347     FALSE 0.273 24.000 0.000 NA   NA
 3715713 5609046 COXBU7E912_1347 CBUD_1348     FALSE 0.344 20.000 0.000 NA   NA
 5609046 5609047 CBUD_1348 CBUD_1349     FALSE 0.106 44.000 0.000 NA   NA
 5609047 3715716 CBUD_1349 COXBU7E912_1350   lipB FALSE 0.079 129.000 0.000 NA   NA
 3715716 3715717 COXBU7E912_1350 COXBU7E912_1351 lipB lipA TRUE 0.966 -70.000 0.319 0.001 Y NA
 3715717 3715718 COXBU7E912_1351 COXBU7E912_1352 lipA   TRUE 0.488 111.000 0.003 1.000 N NA
 3715718 5609048 COXBU7E912_1352 CBUD_1352a   scvA FALSE 0.106 44.000 0.000 NA   NA
 3715719 3715720 CBUD_1353 COXBU7E912_1354     TRUE 0.687 7.000 0.000 NA   NA
 5609049 5609050 CBUD_1357a CBUD_1357b     FALSE 0.080 72.000 0.000 NA   NA
 5609050 5609051 CBUD_1357b CBUD_1358     TRUE 0.515 13.000 0.000 NA   NA
 5609051 5609052 CBUD_1358 CBUD_1359     TRUE 0.746 4.000 0.000 NA   NA
 5609053 3715728 CBUD_1359a COXBU7E912_1362     FALSE 0.084 123.000 0.000 NA   NA
 3715729 3715730 COXBU7E912_1363 COXBU7E912_1364     TRUE 0.725 -6.000 0.000 NA   NA
 3715730 3715731 COXBU7E912_1364 COXBU7E912_1365     TRUE 0.916 31.000 0.333 0.045   NA
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 3715733 3715734 COXBU7E912_1367 COXBU7E912_1368   exoD TRUE 0.564 -12.000 0.000 NA   NA
 3715734 5609054 COXBU7E912_1368 CBUD_1368a exoD   FALSE 0.100 46.000 0.000 NA   NA
 3715736 3715737 COXBU7E912_1370 CBUD_1371 carB carA TRUE 0.931 82.000 0.345 0.001 Y NA
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 5609062 3715784 CBUD_1416b COXBU7E912_1418     FALSE 0.273 24.000 0.000 NA   NA
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 3715824 3715825 COXBU7E912_1458 COXBU7E912_1459 yeaZ   FALSE 0.069 144.000 0.000 NA   NA
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 3715842 5609072 COXBU7E912_1476 CBUD_1476a nadA glpE FALSE 0.024 260.000 0.000 NA   NA
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 5609076 3715888 CBUD_1521 CBUD_1522   ligA FALSE 0.032 231.000 0.000 NA   NA
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 3715889 3715890 CBUD_1523 COXBU7E912_1524 zipA smc TRUE 0.602 55.000 0.115 0.010   NA
 3715890 3715891 COXBU7E912_1524 CBUD_1525 smc tppB FALSE 0.113 179.000 0.000 1.000 N NA
 3715895 3715897 COXBU7E912_1529 CBUD_1531     FALSE 0.029 212.000 0.000 1.000   NA
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 3715900 3715901 COXBU7E912_1534 CBUD_1535   rpsA FALSE 0.306 155.000 0.005 NA   NA
 3715901 3715902 CBUD_1535 COXBU7E912_1536 rpsA cmk TRUE 0.844 132.000 0.281 1.000 N NA
 3715902 3715903 COXBU7E912_1536 COXBU7E912_1537 cmk aroA TRUE 0.995 1.000 0.209 1.000 N NA
 3715903 3715904 COXBU7E912_1537 COXBU7E912_1538 aroA serC TRUE 0.986 6.000 0.033 1.000 Y NA
 3715904 3715905 COXBU7E912_1538 CBUD_1539 serC gyrA TRUE 0.656 61.000 0.067 1.000 N NA
 3715905 3715906 CBUD_1539 COXBU7E912_1540 gyrA   FALSE 0.012 453.000 0.000 NA   NA
 3715907 3715908 CBUD_1541 COXBU7E912_1542   leuA TRUE 0.734 -13.000 0.000 1.000 N NA
 3715909 3715910 COXBU7E912_1543 COXBU7E912_1544   uvrB FALSE 0.080 60.000 0.000 NA   NA
 3715911 3715912 CBUD_1545 COXBU7E912_1546 aspC   FALSE 0.081 55.000 0.000 NA   NA
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 3715914 5609078 COXBU7E912_1548 CBUD_1547b     FALSE 0.081 75.000 0.000 NA   NA
 5609078 5609079 CBUD_1547b CBUD_1547c     FALSE 0.080 57.000 0.000 NA   NA
 5609079 5609080 CBUD_1547c CBUD_1547d     FALSE 0.296 -34.000 0.000 NA   NA
 5609080 5609081 CBUD_1547d CBUD_1547e     FALSE 0.051 177.000 0.000 NA   NA
 5609081 5609082 CBUD_1547e CBUD_1547f     FALSE 0.083 54.000 0.000 NA   NA
 5609083 5609084 CBUD_1547g CBUD_1551a     FALSE 0.058 160.000 0.000 NA   NA
 3715917 5609085 COXBU7E912_1551 CBUD_1551b     FALSE 0.025 254.000 0.000 NA   NA
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 5609087 5609088 CBUD_1553 CBUD_1553a     FALSE 0.040 201.000 0.000 NA   NA
 5609088 3715920 CBUD_1553a COXBU7E912_1554     FALSE 0.158 33.000 0.000 NA   NA
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 3715923 3715924 COXBU7E912_1557 COXBU7E912_1558     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 5609091 3715927 CBUD_1559b COXBU7E912_1561     FALSE 0.011 671.000 0.000 NA   NA
 3715927 3715928 COXBU7E912_1561 COXBU7E912_1562     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3715929 3715930 COXBU7E912_1563 COXBU7E912_1564     TRUE 0.748 28.000 0.039 1.000   NA
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 3715933 5609093 COXBU7E912_1567 CBUD_1567a     FALSE 0.015 374.000 0.000 NA   NA
 3715937 3715938 COXBU7E912_1571 COXBU7E912_1572     FALSE 0.186 120.000 0.000 1.000 N NA
 3715938 3715939 COXBU7E912_1572 COXBU7E912_1573   glnA FALSE 0.264 163.000 0.000 1.000 Y NA
 3715941 5609094 COXBU7E912_1574 CBUD_1574a     FALSE 0.344 20.000 0.000 NA   NA
 5609094 3715942 CBUD_1574a COXBU7E912_1576   holB FALSE 0.365 19.000 0.000 NA   NA
 3715942 3715943 COXBU7E912_1576 COXBU7E912_1577 holB tmk TRUE 0.995 -3.000 0.211 1.000 N NA
 3715943 3715944 COXBU7E912_1577 COXBU7E912_1578 tmk   TRUE 0.981 -10.000 0.209 NA   NA
 3715944 3715945 COXBU7E912_1578 COXBU7E912_1579   fabF TRUE 0.940 10.000 0.019 NA   NA
 3715945 3715946 COXBU7E912_1579 COXBU7E912_1580 fabF acpP TRUE 0.944 45.000 0.346 1.000 Y NA
 3715946 3715947 COXBU7E912_1580 COXBU7E912_1581 acpP fabG TRUE 0.914 68.000 0.321 0.006 Y NA
 3715947 3715948 COXBU7E912_1581 COXBU7E912_1582 fabG fabD TRUE 0.933 76.000 0.432 0.006 Y NA
 3715948 3715949 COXBU7E912_1582 COXBU7E912_1583 fabD fabH TRUE 0.873 101.000 0.182 0.006 Y NA
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 3715950 3715951 COXBU7E912_1584 COXBU7E912_1585 plsX rpmF TRUE 0.995 8.000 0.418 1.000 N NA
 3715952 3715953 CBUD_1586 COXBU7E912_1587     FALSE 0.176 56.000 0.000 1.000 N NA
 3715954 3715955 COXBU7E912_1588 COXBU7E912_1589   rluC FALSE 0.162 29.000 0.000 1.000   NA
 3715957 3715958 COXBU7E912_1591 COXBU7E912_1592   artM TRUE 0.515 13.000 0.000 NA   NA
 3715958 3715959 COXBU7E912_1592 COXBU7E912_1593 artM artQ TRUE 0.999 -3.000 0.714 0.009 Y NA
 3715959 3715960 COXBU7E912_1593 COXBU7E912_1594 artQ artI TRUE 0.955 0.000 0.000 0.021 Y NA
 3715960 3715961 COXBU7E912_1594 COXBU7E912_1595 artI artP TRUE 0.946 4.000 0.000 1.000 Y NA
 3715963 5609095 CBUD_1596 CBUD_1597a kdsB   TRUE 0.985 -10.000 0.265 NA   NA
 3715965 3715968 COXBU7E912_1599 COXBU7E912_1601     FALSE 0.024 260.000 0.000 NA   NA
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 3715969 3715970 COXBU7E912_1603 COXBU7E912_1604 bph2_1 recQ FALSE 0.343 65.000 0.000 1.000 Y NA
 3715970 5609096 COXBU7E912_1604 CBUD_1605 recQ   FALSE 0.080 73.000 0.000 NA   NA
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 5609097 5609098 CBUD_1606 CBUD_1607     TRUE 0.779 2.000 0.000 NA   NA
 3715974 3715975 COXBU7E912_1608 COXBU7E912_1609     FALSE 0.097 47.000 0.000 NA   NA
 3715975 3715976 COXBU7E912_1609 COXBU7E912_1610   xseB TRUE 0.515 13.000 0.000 NA   NA
 3715977 5609099 COXBU7E912_1611 CBUD_1611a     FALSE 0.011 575.000 0.000 NA   NA
 5609099 3715978 CBUD_1611a COXBU7E912_1612   lpdA FALSE 0.061 155.000 0.000 NA   NA
 3715978 3715979 COXBU7E912_1612 COXBU7E912_1613 lpdA aceF TRUE 0.995 13.000 0.463 1.000 Y NA
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 3715982 3715983 CBUD_1616 CBUD_1617 rosB   FALSE 0.388 -21.000 0.000 NA   NA
 3715985 3715986 COXBU7E912_1619 COXBU7E912_1620 trx adk TRUE 0.589 34.000 0.013 1.000   NA
 3715986 3715987 COXBU7E912_1620 CBUD_1621 adk fimT FALSE 0.317 35.000 0.000 NA N NA
 3715987 3715988 CBUD_1621 COXBU7E912_1622 fimT   TRUE 0.906 2.000 0.000 NA N NA
 3715988 3715989 COXBU7E912_1622 CBUD_1623     TRUE 0.996 -3.000 0.349 NA   NA
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 3715997 3715998 COXBU7E912_1631 COXBU7E912_1632 trmD rplS TRUE 0.999 -3.000 0.567 1.000 Y NA
 3715998 3715999 COXBU7E912_1632 COXBU7E912_1633 rplS   TRUE 0.968 6.000 0.011 1.000 N NA
 3716000 3716001 COXBU7E912_1634 COXBU7E912_1635     FALSE 0.374 -22.000 0.000 NA   NA
 3716001 3716002 COXBU7E912_1635 COXBU7E912_1636     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
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 5609101 3716005 CBUD_1638 CBUD_1639     FALSE 0.109 43.000 0.000 NA   NA
 3716005 5609102 CBUD_1639 CBUD_1639a     FALSE 0.097 99.000 0.000 NA   NA
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 3716014 3716015 COXBU7E912_1648 CBUD_1649   panB FALSE 0.064 152.000 0.000 NA   NA
 3716015 3716016 CBUD_1649 COXBU7E912_1650 panB panC TRUE 0.995 11.000 0.395 0.001 Y NA
 3716016 3716017 COXBU7E912_1650 COXBU7E912_1651 panC panD TRUE 0.997 -6.000 0.342 1.000 Y NA
 3716017 3716018 COXBU7E912_1651 COXBU7E912_1652 panD   TRUE 0.842 7.000 0.000 1.000 N NA
 3716018 3716019 COXBU7E912_1652 COXBU7E912_1653     FALSE 0.184 78.000 0.000 1.000 N NA
 3716019 3716020 COXBU7E912_1653 CBUD_1654     FALSE 0.205 85.000 0.000 1.000 N NA
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 3716022 3716024 CBUD_1656 COXBU7E912_1657     FALSE 0.011 498.000 0.000 NA   NA
 3716024 3716025 COXBU7E912_1657 COXBU7E912_1659     FALSE 0.016 342.000 0.000 NA   NA
 3716025 3716026 COXBU7E912_1659 COXBU7E912_1660     FALSE 0.012 454.000 0.000 NA   NA
 3716027 3716028 COXBU7E912_1661 COXBU7E912_1662     TRUE 0.687 7.000 0.000 NA   NA
 3716028 3716029 COXBU7E912_1662 COXBU7E912_1664     FALSE 0.028 242.000 0.000 NA   NA
 3716029 5609107 COXBU7E912_1664 CBUD_1664a     FALSE 0.021 276.000 0.000 NA   NA
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 5609108 5609109 CBUD_1664b CBUD_1664c     TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 3716032 3716033 COXBU7E912_1665 COXBU7E912_1667     TRUE 0.708 6.000 0.000 NA   NA
 3716033 5609110 COXBU7E912_1667 CBUD_1667a     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 5609110 3716035 CBUD_1667a COXBU7E912_1669     FALSE 0.047 185.000 0.000 NA   NA
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 3716036 3716037 COXBU7E912_1670 CBUD_1671   lspA TRUE 0.553 12.000 0.000 NA   NA
 3716037 3716038 CBUD_1671 COXBU7E912_1672 lspA ileS TRUE 0.991 3.000 0.147 1.000 N NA
 3716038 3716039 COXBU7E912_1672 COXBU7E912_1673 ileS   FALSE 0.090 113.000 0.000 NA   NA
 3716041 3716042 CBUD_1675 COXBU7E912_1676 ribF mviN TRUE 0.990 -3.000 0.169 1.000   NA
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 5609112 3716047 CBUD_1680 COXBU7E912_1681     FALSE 0.096 100.000 0.000 NA   NA
 3716047 3716048 COXBU7E912_1681 COXBU7E912_1682   rpmA TRUE 0.764 165.000 0.335 1.000   NA
 3716048 3716049 COXBU7E912_1682 COXBU7E912_1683 rpmA rplU TRUE 0.997 -10.000 0.667 0.020 Y NA
 5609113 3716052 CBUD_1685a CBUD_1686   tag FALSE 0.067 486.000 0.000 1.000 Y NA
 3716053 3716054 COXBU7E912_1687 COXBU7E912_1688     FALSE 0.080 65.000 0.000 NA   NA
 3716055 3716056 CBUD_1689 COXBU7E912_1690     FALSE 0.035 215.000 0.000 NA   NA
 3716056 3716057 COXBU7E912_1690 COXBU7E912_1691     FALSE 0.015 384.000 0.000 NA   NA
 3716057 5609114 COXBU7E912_1691 CBUD_1691a     FALSE 0.425 16.000 0.000 NA   NA
 5609114 5609115 CBUD_1691a CBUD_1691b     FALSE 0.261 -42.000 0.000 NA   NA
 5609115 5609116 CBUD_1691b CBUD_1691c     FALSE 0.190 30.000 0.000 NA   NA
 5609116 3716059 CBUD_1691c COXBU7E912_1693     FALSE 0.131 37.000 0.000 NA   NA
 3716059 3716061 COXBU7E912_1693 COXBU7E912_1695     FALSE 0.032 229.000 0.000 NA   NA
 3716061 3716062 COXBU7E912_1695 COXBU7E912_1696     FALSE 0.368 16.000 0.000 1.000   NA
 5609117 5609118 CBUD_1697 CBUD_1698     FALSE 0.097 87.000 0.000 NA   NA
 3716066 3716067 COXBU7E912_1700 COXBU7E912_1701     FALSE 0.402 17.000 0.000 NA   NA
 3716068 3716069 COXBU7E912_1702 COXBU7E912_1703     FALSE 0.060 157.000 0.000 NA   NA
 3716069 3716070 COXBU7E912_1703 CBUD_1704     FALSE 0.024 260.000 0.000 NA   NA
 3716070 3716071 CBUD_1704 COXBU7E912_1705     FALSE 0.033 228.000 0.000 NA   NA
 3716071 3716072 COXBU7E912_1705 CBUD_1706     TRUE 0.767 3.000 0.000 NA   NA
 3716072 3716073 CBUD_1706 COXBU7E912_1707     TRUE 0.865 5.000 0.000 1.000 N NA
 3716074 3716075 CBUD_1708 COXBU7E912_1709     TRUE 0.696 -16.000 0.000 1.000 N NA
 3716075 3716076 COXBU7E912_1709 COXBU7E912_1711     FALSE 0.053 147.000 0.000 1.000   NA
 3716076 3716078 COXBU7E912_1711 COXBU7E912_1712     FALSE 0.076 103.000 0.000 1.000   NA
 3716078 3716079 COXBU7E912_1712 COXBU7E912_1714     FALSE 0.073 81.000 0.000 1.000   NA
 3716079 5609119 COXBU7E912_1714 CBUD_1714a     FALSE 0.098 97.000 0.000 NA   NA
 3716082 3716083 COXBU7E912_1716 COXBU7E912_1717 phoB   TRUE 0.991 -19.000 0.453 0.007 Y NA
 3716083 3716084 COXBU7E912_1717 CBUD_1718     FALSE 0.117 176.000 0.000 1.000 N NA
 3716084 3716085 CBUD_1718 COXBU7E912_1719     FALSE 0.073 81.000 0.000 1.000   NA
 3716085 3716086 COXBU7E912_1719 COXBU7E912_1720     FALSE 0.107 -82.000 0.000 0.022   NA
 3716087 5609121 COXBU7E912_1721 CBUD_1722     FALSE 0.211 28.000 0.000 NA   NA
 5609121 5609122 CBUD_1722 CBUD_1723     TRUE 0.725 -6.000 0.000 NA   NA
 3716090 3716091 COXBU7E912_1724 CBUD_1725     FALSE 0.082 76.000 0.000 NA   NA
 3716092 3716093 COXBU7E912_1726 COXBU7E912_1727   czcD FALSE 0.162 137.000 0.000 1.000 N NA
 3716093 3716094 COXBU7E912_1727 COXBU7E912_1728 czcD   FALSE 0.233 46.000 0.000 NA N NA
 3716094 3716095 COXBU7E912_1728 CBUD_1729   ubiG TRUE 0.504 -40.000 0.000 NA N NA
 3716095 3716096 CBUD_1729 CBUD_1730 ubiG gph TRUE 0.936 -40.000 0.259 1.000   NA
 3716096 3716097 CBUD_1730 COXBU7E912_1731 gph xylT FALSE 0.092 41.000 0.000 1.000   NA
 3716097 3716098 COXBU7E912_1731 COXBU7E912_1732 xylT xylB TRUE 0.940 5.000 0.000 1.000 Y NA
 3716098 3716099 COXBU7E912_1732 COXBU7E912_1733 xylB xylA TRUE 0.661 70.000 0.010 1.000 Y NA
 3716100 3716101 CBUD_1734 COXBU7E912_1735     FALSE 0.145 35.000 0.000 NA   NA
 3716101 3716103 COXBU7E912_1735 CBUD_1737     FALSE 0.016 337.000 0.000 NA   NA
 3716108 3716109 CBUD_1742 CBUD_1743 fis purH TRUE 0.952 -19.000 0.101 1.000 N NA
 3716110 3716111 CBUD_1744 COXBU7E912_1745   thiDE FALSE 0.068 78.000 0.000 1.000   NA
 3716111 3716112 COXBU7E912_1745 COXBU7E912_1746 thiDE thiG TRUE 0.988 -3.000 0.012 0.003 Y NA
 3716112 3716113 COXBU7E912_1746 COXBU7E912_1747 thiG thiS TRUE 0.993 2.000 0.064 1.000 Y NA
 3716113 3716114 COXBU7E912_1747 COXBU7E912_1748 thiS thiO TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3716114 3716115 COXBU7E912_1748 CBUD_1749 thiO thiC TRUE 0.984 0.000 0.022 1.000 N NA
 3716115 5609123 CBUD_1749 CBUD_1750 thiC   FALSE 0.098 97.000 0.000 NA   NA
 5609123 5609124 CBUD_1750 CBUD_1751     FALSE 0.168 -102.000 0.000 NA   NA
 5609124 5609125 CBUD_1751 CBUD_1752     FALSE 0.296 -34.000 0.000 NA   NA
 3716121 3716122 CBUD_1754 COXBU7E912_1756     TRUE 0.715 -34.000 0.000 1.000 Y NA
 3716122 3716123 COXBU7E912_1756 COXBU7E912_1757     TRUE 0.755 -3.000 0.000 1.000   NA
 3716124 5609126 COXBU7E912_1758 CBUD_1758a     TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 5609126 5609127 CBUD_1758a CBUD_1758b     TRUE 0.621 10.000 0.000 NA   NA
 5609127 5609128 CBUD_1758b CBUD_1758c     TRUE 0.746 4.000 0.000 NA   NA
 3716128 3716129 CBUD_1761 COXBU7E912_1763 dnaQ rnhA TRUE 0.573 418.000 0.248 1.000 Y NA
 3716129 3716130 COXBU7E912_1763 COXBU7E912_1764 rnhA   TRUE 0.824 15.000 0.003 1.000   NA
 3716131 3716133 COXBU7E912_1765 CBUD_1767     TRUE 0.741 137.000 0.233 1.000   NA
 3716140 3716141 COXBU7E912_1774 COXBU7E912_1775     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3716141 3716142 COXBU7E912_1775 COXBU7E912_1776   recG FALSE 0.019 288.000 0.000 NA   NA
 3716142 3716143 COXBU7E912_1776 CBUD_1777 recG   TRUE 0.982 7.000 0.076 NA N NA
 3716143 3716144 CBUD_1777 COXBU7E912_1778   spoT TRUE 0.936 28.000 0.215 NA N NA
 3716144 3716145 COXBU7E912_1778 COXBU7E912_1779 spoT rpoZ TRUE 0.913 54.000 0.291 1.000 Y NA
 3716145 3716146 COXBU7E912_1779 COXBU7E912_1780 rpoZ gmk TRUE 0.910 78.000 0.471 1.000 N NA
 3716146 3716147 COXBU7E912_1780 COXBU7E912_1781 gmk yicC TRUE 0.989 -7.000 0.276 1.000   NA
 3716148 3716149 CBUD_1782 COXBU7E912_1783 rph murI TRUE 0.987 0.000 0.048 1.000 N NA
 3716151 3716152 CBUD_1785 CBUD_1787 pyrE   TRUE 0.755 -3.000 0.000 1.000   NA
 3716153 3716154 COXBU7E912_1786 CBUD_1788 algC dut TRUE 0.913 -22.000 0.039 1.000 N NA
 3716155 3716156 COXBU7E912_1789 COXBU7E912_1790   rpmB TRUE 0.514 94.000 0.003 1.000 N NA
 3716156 3716157 COXBU7E912_1790 COXBU7E912_1791 rpmB rpmG TRUE 0.986 11.000 0.332 0.019   NA
 3716158 3716159 COXBU7E912_1792 COXBU7E912_1793   coaD TRUE 0.933 15.000 0.088 1.000   NA
 3716159 3716160 COXBU7E912_1793 COXBU7E912_1794 coaD folK TRUE 0.959 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3716160 3716161 COXBU7E912_1794 COXBU7E912_1795 folK pcnB TRUE 0.995 -3.000 0.234 1.000 N NA
 3716163 3716164 COXBU7E912_1797 COXBU7E912_1798     TRUE 0.746 4.000 0.000 NA   NA
 3716164 3716165 COXBU7E912_1798 CBUD_1799     TRUE 0.564 -12.000 0.000 NA   NA
 3716168 3716169 COXBU7E912_1802 CBUD_1803     TRUE 0.674 -6.000 0.000 1.000   NA
 5609132 5609133 CBUD_1803b CBUD_1803c     FALSE 0.081 56.000 0.000 NA   NA
 5609133 3716172 CBUD_1803c COXBU7E912_1806     FALSE 0.040 201.000 0.000 NA   NA
 3716175 5609134 CBUD_1809 CBUD_1810     FALSE 0.402 17.000 0.000 NA   NA
 5609134 5609135 CBUD_1810 CBUD_1811     FALSE 0.091 110.000 0.000 NA   NA
 3716178 5609136 COXBU7E912_1812 CBUD_1812a     FALSE 0.080 71.000 0.000 NA   NA
 5609136 5609137 CBUD_1812a CBUD_1812b     FALSE 0.080 59.000 0.000 NA   NA
 3716183 3716184 COXBU7E912_1816 CBUD_1818   hemE FALSE 0.261 -31.000 0.000 1.000   NA
 3716187 3716188 COXBU7E912_1821 COXBU7E912_1822     FALSE 0.098 88.000 0.000 NA   NA
 3716188 3716189 COXBU7E912_1822 COXBU7E912_1823   ssb TRUE 0.697 50.000 0.075 1.000 N NA
 3716190 5609139 COXBU7E912_1824 CBUD_1825     FALSE 0.082 126.000 0.000 NA   NA
 5609139 5609140 CBUD_1825 CBUD_1826     FALSE 0.308 22.000 0.000 NA   NA
 5609140 3716193 CBUD_1826 COXBU7E912_1827     FALSE 0.097 87.000 0.000 NA   NA
 3716193 3716194 COXBU7E912_1827 COXBU7E912_1828   rplQ TRUE 0.889 3.000 0.000 1.000 N NA
 3716194 3716195 COXBU7E912_1828 COXBU7E912_1829 rplQ rpoA TRUE 0.995 12.000 0.873 1.000 N NA
 3716195 3716196 COXBU7E912_1829 COXBU7E912_1830 rpoA rpsD TRUE 0.992 13.000 0.549 1.000 N NA
 3716196 3716197 COXBU7E912_1830 COXBU7E912_1831 rpsD rpsK TRUE 0.995 13.000 0.509 0.026 Y NA
 3716197 3716198 COXBU7E912_1831 COXBU7E912_1832 rpsK rpsM TRUE 0.986 28.000 0.810 0.019 Y NA
 3716198 5609141 COXBU7E912_1832 CBUD_1832a rpsM   TRUE 0.725 5.000 0.000 NA   NA
 5609141 3716200 CBUD_1832a COXBU7E912_1834   secY FALSE 0.021 275.000 0.000 NA   NA
 3716200 3716201 COXBU7E912_1834 COXBU7E912_1835 secY rplO TRUE 0.989 18.000 0.730 1.000 N NA
 3716201 3716202 COXBU7E912_1835 COXBU7E912_1836 rplO rpmD TRUE 0.999 3.000 0.653 0.003 Y NA
 3716202 3716203 COXBU7E912_1836 COXBU7E912_1837 rpmD rpsE TRUE 0.999 4.000 0.789 0.026 Y NA
 3716203 3716204 COXBU7E912_1837 COXBU7E912_1838 rpsE rplR TRUE 0.997 12.000 0.814 0.026 Y NA
 3716204 3716205 COXBU7E912_1838 COXBU7E912_1839 rplR rplF TRUE 0.999 0.000 0.815 0.019 Y NA
 3716205 3716206 COXBU7E912_1839 CBUD_1840 rplF rpsH TRUE 0.973 38.000 0.808 0.019 Y NA
 3716206 3716207 CBUD_1840 COXBU7E912_1841 rpsH rpsN TRUE 0.998 -6.000 0.473 0.019 Y NA
 3716207 3716208 COXBU7E912_1841 COXBU7E912_1842 rpsN rplE TRUE 0.998 5.000 0.496 0.019 Y NA
 3716208 3716209 COXBU7E912_1842 COXBU7E912_1843 rplE rplX TRUE 0.959 117.000 0.758 0.019 Y NA
 3716209 3716210 COXBU7E912_1843 COXBU7E912_1844 rplX rplN TRUE 0.997 12.000 0.810 0.026 Y NA
 3716210 3716211 COXBU7E912_1844 CBUD_1845 rplN rpsQ TRUE 0.997 11.000 0.791 0.026 Y NA
 3716211 3716212 CBUD_1845 COXBU7E912_1846 rpsQ rpmC TRUE 0.997 11.000 0.828 0.019 Y NA
 3716212 3716213 COXBU7E912_1846 COXBU7E912_1847 rpmC rplP TRUE 0.999 1.000 0.802 0.019 Y NA
 3716213 3716214 COXBU7E912_1847 COXBU7E912_1848 rplP rpsC TRUE 0.997 12.000 0.828 0.026 Y NA
 3716214 3716215 COXBU7E912_1848 COXBU7E912_1849 rpsC rplV TRUE 0.999 0.000 0.719 0.026 Y NA
 3716215 3716216 COXBU7E912_1849 COXBU7E912_1850 rplV rpsS TRUE 0.999 0.000 0.769 0.026 Y NA
 3716216 3716217 COXBU7E912_1850 COXBU7E912_1851 rpsS rplB TRUE 0.996 13.000 0.820 0.026 Y NA
 3716217 3716218 COXBU7E912_1851 COXBU7E912_1852 rplB rplW TRUE 0.993 20.000 0.849 1.000 Y NA
 3716218 3716219 COXBU7E912_1852 CBUD_1853 rplW rplD TRUE 0.999 -3.000 0.513 1.000 Y NA
 3716219 3716220 CBUD_1853 COXBU7E912_1854 rplD rplC TRUE 0.999 -3.000 0.486 0.019 Y NA
 3716220 3716221 COXBU7E912_1854 CBUD_1855 rplC rpsJ TRUE 0.981 22.000 0.307 0.026 Y NA
 3716221 3716222 CBUD_1855 COXBU7E912_1856 rpsJ tuf2 TRUE 0.878 175.000 0.318 1.000 Y NA
 3716222 3716223 COXBU7E912_1856 COXBU7E912_1857 tuf2 fusA TRUE 0.991 16.000 0.400 0.001 Y NA
 3716223 3716224 COXBU7E912_1857 COXBU7E912_1858 fusA rpsG TRUE 0.997 10.000 0.579 1.000 Y NA
 3716224 3716225 COXBU7E912_1858 CBUD_1859 rpsG rpsL TRUE 0.996 13.000 0.620 0.004 Y NA
 3716225 3716226 CBUD_1859 COXBU7E912_1860 rpsL rpoC FALSE 0.371 295.000 0.122 1.000 N NA
 3716226 3716228 COXBU7E912_1860 CBUD_1862 rpoC rpoB TRUE 0.856 269.000 0.851 0.001 Y NA
 3716228 5609142 CBUD_1862 CBUD_1862a rpoB   FALSE 0.449 15.000 0.000 NA   NA
 5609142 3716229 CBUD_1862a COXBU7E912_1863   rplL TRUE 0.515 13.000 0.000 NA   NA
 3716229 3716230 COXBU7E912_1863 COXBU7E912_1864 rplL rplJ TRUE 0.980 34.000 0.884 0.019 Y NA
 3716230 3716231 COXBU7E912_1864 COXBU7E912_1865 rplJ rplA TRUE 0.740 254.000 0.302 0.026 Y NA
 3716231 3716232 COXBU7E912_1865 COXBU7E912_1866 rplA rplK TRUE 0.999 0.000 0.838 0.026 Y NA
 3716232 3716233 COXBU7E912_1866 CBUD_1867 rplK nusG TRUE 0.930 125.000 0.681 1.000 N NA
 3716233 3716234 CBUD_1867 COXBU7E912_1868 nusG secE TRUE 0.983 25.000 0.843 1.000 N NA
 3716234 3716235 COXBU7E912_1868 COXBU7E912_1869 secE   FALSE 0.112 42.000 0.000 NA   NA
 3716235 3716236 COXBU7E912_1869 COXBU7E912_1870   tuf1 FALSE 0.080 128.000 0.000 NA   NA
 3716236 3716237 COXBU7E912_1870 COXBU7E912_1871 tuf1   FALSE 0.081 74.000 0.000 NA   NA
 3716237 3716238 COXBU7E912_1871 COXBU7E912_1872     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3716238 5609143 COXBU7E912_1872 CBUD_1874     FALSE 0.077 131.000 0.000 NA   NA
 5609143 3716241 CBUD_1874 COXBU7E912_1875   mtaA FALSE 0.062 154.000 0.000 NA   NA
 3716241 3716242 COXBU7E912_1875 COXBU7E912_1876 mtaA   TRUE 0.687 -7.000 0.000 NA   NA
 3716242 3716243 COXBU7E912_1876 COXBU7E912_1877   cydB2 TRUE 0.687 7.000 0.000 NA   NA
 3716243 3716244 COXBU7E912_1877 COXBU7E912_1878 cydB2 cydA2 TRUE 0.995 9.000 0.300 0.025 Y NA
 3716244 5609144 COXBU7E912_1878 CBUD_1878a cydA2   FALSE 0.096 85.000 0.000 NA   NA
 5609144 5609145 CBUD_1878a CBUD_1878b     FALSE 0.020 281.000 0.000 NA   NA
 5609145 3716246 CBUD_1878b CBUD_1880     FALSE 0.252 25.000 0.000 NA   NA
 3716250 3716251 CBUD_1884 CBUD_1885     FALSE 0.020 284.000 0.000 NA   NA
 3716251 3716252 CBUD_1885 COXBU7E912_1886     FALSE 0.333 -28.000 0.000 NA   NA
 3716252 5609146 COXBU7E912_1886 CBUD_1886a     FALSE 0.092 108.000 0.000 NA   NA
 5609146 3716254 CBUD_1886a COXBU7E912_1888     FALSE 0.034 195.000 0.000 1.000   NA
 3716254 5609147 COXBU7E912_1888 CBUD_1888a     FALSE 0.109 43.000 0.000 NA   NA
 5609147 5609148 CBUD_1888a CBUD_1888b     FALSE 0.043 196.000 0.000 NA   NA
 5609148 3716256 CBUD_1888b COXBU7E912_1890     FALSE 0.081 68.000 0.000 NA   NA
 3716256 3716257 COXBU7E912_1890 COXBU7E912_1891     FALSE 0.093 107.000 0.000 NA   NA
 3716257 3716258 COXBU7E912_1891 CBUD_1892   gltX2 FALSE 0.080 62.000 0.000 NA   NA
 3716258 5609149 CBUD_1892 CBUD_1892a gltX2   FALSE 0.081 70.000 0.000 NA   NA
 5609149 5609150 CBUD_1892a CBUD_1892b     FALSE 0.057 161.000 0.000 NA   NA
 3716261 3716262 COXBU7E912_1895 COXBU7E912_1896   coaA TRUE 0.900 1.000 0.000 1.000 N NA
 3716262 3716263 COXBU7E912_1896 COXBU7E912_1897 coaA   TRUE 0.485 -16.000 0.000 NA   NA
 3716264 3716265 COXBU7E912_1898 COXBU7E912_1899     TRUE 0.997 -3.000 0.575 NA   NA
 3716266 3716267 COXBU7E912_1900 COXBU7E912_1901   ampG FALSE 0.097 87.000 0.000 NA   NA
 3716269 3716270 CBUD_1903 COXBU7E912_1904     FALSE 0.080 57.000 0.000 NA   NA
 5609151 5609152 CBUD_1905 CBUD_1906     FALSE 0.420 -19.000 0.000 NA   NA
 5609152 5609153 CBUD_1906 CBUD_1906a     TRUE 0.787 1.000 0.000 NA   NA
 5609153 5609154 CBUD_1906a CBUD_1906b     FALSE 0.114 41.000 0.000 NA   NA
 5609154 3716274 CBUD_1906b COXBU7E912_1908     FALSE 0.158 33.000 0.000 NA   NA
 3716274 5609155 COXBU7E912_1908 CBUD_1908a     FALSE 0.118 40.000 0.000 NA   NA
 5609155 5609156 CBUD_1908a CBUD_1908b     FALSE 0.270 -40.000 0.000 NA   NA
 3716276 3716277 COXBU7E912_1910 COXBU7E912_1911   rrfC FALSE 0.087 118.000 0.000 NA   NA
 3716277 5609157 COXBU7E912_1911 CBUD_1912 rrfC   FALSE 0.102 45.000 0.000 NA   NA
 5609157 3716279 CBUD_1912 CBUD_1913     FALSE 0.148 -1456.000 0.000 NA   NA
 3716279 3716282 CBUD_1913 COXBU7E912_1915     FALSE 0.010 3086.000 0.000 NA   NA
 3716282 3716283 COXBU7E912_1915 COXBU7E912_1916     TRUE 0.725 5.000 0.000 NA   NA
 3716283 5609158 COXBU7E912_1916 CBUD_1917     FALSE 0.046 189.000 0.000 NA   NA
 3716287 3716288 CBUD_1920 COXBU7E912_1921   anmK TRUE 0.992 4.000 0.184 NA N NA
 3716288 3716289 COXBU7E912_1921 COXBU7E912_1922 anmK   FALSE 0.227 47.000 0.000 NA N NA
 3716289 3716290 COXBU7E912_1922 COXBU7E912_1923     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3716291 3716292 COXBU7E912_1924 COXBU7E912_1925   pkn2 FALSE 0.064 65.000 0.000 1.000   NA
 3716293 3716294 COXBU7E912_1926 COXBU7E912_1927     FALSE 0.087 118.000 0.000 NA   NA
 3716295 3716296 COXBU7E912_1928 COXBU7E912_1929     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3716296 5609160 COXBU7E912_1929 CBUD_1929a     TRUE 0.533 146.000 0.080 1.000   NA
 5609160 3716298 CBUD_1929a COXBU7E912_1931     TRUE 0.915 -9.000 0.000 1.000 Y NA
 3716298 3716299 COXBU7E912_1931 COXBU7E912_1932     TRUE 0.929 7.000 0.000 1.000 Y NA
 5609161 5609162 CBUD_1932a CBUD_1932b     TRUE 0.667 -3.000 0.000 0.013   NA
 5609162 3716301 CBUD_1932b COXBU7E912_1934     FALSE 0.362 91.000 0.000 0.003 Y NA
 3716302 3716303 COXBU7E912_1935 CBUD_1936     FALSE 0.026 249.000 0.000 NA   NA
 3716303 3716305 CBUD_1936 COXBU7E912_1937     FALSE 0.012 480.000 0.000 NA   NA
 3716305 3716306 COXBU7E912_1937 COXBU7E912_1939     FALSE 0.081 75.000 0.000 NA   NA
 3716307 3716308 COXBU7E912_1940 CBUD_1941     FALSE 0.455 -18.000 0.000 NA   NA
 3716308 5609163 CBUD_1941 CBUD_1941a     FALSE 0.344 20.000 0.000 NA   NA
 5609163 3716309 CBUD_1941a CBUD_1942   cas1_2 FALSE 0.022 270.000 0.000 NA   NA
 3716309 5609164 CBUD_1942 CBUD_1942a cas1_2   TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 5609164 5609165 CBUD_1942a CBUD_1942b     FALSE 0.333 -28.000 0.000 NA   NA
 5609165 3716311 CBUD_1942b CBUD_1944   csy1_2 TRUE 0.725 5.000 0.000 NA   NA
 3716311 3716312 CBUD_1944 COXBU7E912_1945 csy1_2 csy2_2 TRUE 0.998 -3.000 0.895 NA   NA
 3716312 3716313 COXBU7E912_1945 CBUD_1946 csy2_2 csy3_2 TRUE 0.991 -16.000 0.787 NA   NA
 3716313 3716314 CBUD_1946 COXBU7E912_1947 csy3_2 csy4_2 TRUE 0.959 9.000 0.043 NA   NA
 3716314 5609166 COXBU7E912_1947 CBUD_1947a csy4_2   TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 5609166 3716315 CBUD_1947a COXBU7E912_1948     FALSE 0.070 143.000 0.000 NA   NA
 3716317 3716318 COXBU7E912_1950 COXBU7E912_1951 pilA pilB TRUE 0.997 -10.000 0.556 NA Y NA
 3716318 3716319 COXBU7E912_1951 COXBU7E912_1952 pilB pilC TRUE 0.998 -7.000 0.571 1.000 Y NA
 3716319 3716320 COXBU7E912_1952 COXBU7E912_1953 pilC pilD TRUE 0.899 26.000 0.024 1.000 Y NA
 3716320 3716321 COXBU7E912_1953 COXBU7E912_1954 pilD coaE TRUE 0.977 11.000 0.122 1.000 N NA
 3716321 3716322 COXBU7E912_1954 COXBU7E912_1955 coaE queF FALSE 0.275 21.000 0.000 1.000   NA
 3716322 3716323 COXBU7E912_1955 CBUD_1956 queF   FALSE 0.252 25.000 0.000 NA   NA
 5609167 3716324 CBUD_1956a COXBU7E912_1957   mutT TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 3716324 3716325 COXBU7E912_1957 CBUD_1958 mutT secA TRUE 0.960 -21.000 0.168 1.000 N NA
 5609168 5609169 CBUD_1960 CBUD_1961     FALSE 0.254 -43.000 0.000 NA   NA
 3716329 3716330 COXBU7E912_1962 COXBU7E912_1963     FALSE 0.062 154.000 0.000 NA   NA
 3716331 3716332 CBUD_1964 COXBU7E912_1965   lpxC FALSE 0.018 300.000 0.000 NA   NA
 3716332 3716333 COXBU7E912_1965 CBUD_1966 lpxC ftsZ TRUE 0.670 160.000 0.134 1.000 N NA
 3716333 3716334 CBUD_1966 CBUD_1967 ftsZ ftsA TRUE 0.999 1.000 0.460 1.000 Y NA
 3716336 3716337 COXBU7E912_1968 COXBU7E912_1970 ftsQ murB TRUE 0.994 0.000 0.070 NA Y NA
 3716337 3716338 COXBU7E912_1970 COXBU7E912_1971 murB murC TRUE 0.991 -7.000 0.136 0.005 Y NA
 3716338 3716339 COXBU7E912_1971 COXBU7E912_1972 murC murG TRUE 0.992 -13.000 0.283 1.000 Y NA
 3716339 3716340 COXBU7E912_1972 COXBU7E912_1973 murG   FALSE 0.089 50.000 0.000 NA   NA
 3716340 3716341 COXBU7E912_1973 COXBU7E912_1974   ftsW FALSE 0.085 52.000 0.000 NA   NA
 3716341 3716342 COXBU7E912_1974 COXBU7E912_1975 ftsW murD TRUE 0.996 0.000 0.297 0.004 N NA
 3716342 5609170 COXBU7E912_1975 CBUD_1975a murD   TRUE 0.797 -3.000 0.000 NA   NA
 5609170 5609171 CBUD_1975a CBUD_1977     FALSE 0.032 229.000 0.000 NA   NA
 5609171 5609172 CBUD_1977 CBUD_1978     FALSE 0.131 37.000 0.000 NA   NA
 5609172 3716346 CBUD_1978 COXBU7E912_1979     FALSE 0.081 68.000 0.000 NA   NA
 3716346 3716348 COXBU7E912_1979 COXBU7E912_1980   mraY FALSE 0.053 172.000 0.000 NA   NA
 3716348 3716349 COXBU7E912_1980 COXBU7E912_1982 mraY murF TRUE 0.997 5.000 0.309 0.005 Y NA
 3716349 3716350 COXBU7E912_1982 COXBU7E912_1983 murF murE TRUE 0.999 -3.000 0.569 0.003 Y NA
 3716350 3716351 COXBU7E912_1983 COXBU7E912_1984 murE   FALSE 0.086 51.000 0.000 NA   NA
 3716352 3716355 COXBU7E912_1985 CBUD_1988     FALSE 0.079 129.000 0.000 NA   NA
 3716356 3716357 CBUD_1989 COXBU7E912_1990 ftsI ftsL TRUE 0.987 -7.000 0.153 1.000 N NA
 3716357 3716358 COXBU7E912_1990 COXBU7E912_1991 ftsL mraW TRUE 0.995 -3.000 0.227 1.000 N NA
 3716358 3716359 COXBU7E912_1991 CBUD_1992 mraW mraZ TRUE 0.996 6.000 0.635 NA   NA
 3716359 3716360 CBUD_1992 COXBU7E912_1993 mraZ   FALSE 0.059 159.000 0.000 NA   NA
 3716362 3716363 CBUD_1995 COXBU7E912_1996 tdh kbl TRUE 0.980 23.000 0.547 1.000 N NA
 5609173 3716365 CBUD_1996a CBUD_1998     FALSE 0.090 113.000 0.000 NA   NA
 3716366 3716367 COXBU7E912_1999 COXBU7E912_2000 metQ metI TRUE 0.874 13.000 0.000 NA Y NA
 3716367 3716368 COXBU7E912_2000 COXBU7E912_2001 metI metN TRUE 0.729 -31.000 0.000 1.000 Y NA
 3716369 3716370 COXBU7E912_2002 COXBU7E912_2003     FALSE 0.085 78.000 0.000 NA   NA
 3716370 3716371 COXBU7E912_2003 COXBU7E912_2004     FALSE 0.145 35.000 0.000 NA   NA
 3716371 3716372 COXBU7E912_2004 COXBU7E912_2006   nadB FALSE 0.085 121.000 0.000 NA   NA
 3716373 3716374 COXBU7E912_2005 CBUD_2007   sixA TRUE 0.779 2.000 0.000 NA   NA
 3716374 5609176 CBUD_2007 CBUD_2007a sixA   TRUE 0.641 -9.000 0.000 NA   NA
 3716375 3716376 COXBU7E912_2008 COXBU7E912_2009     FALSE 0.102 45.000 0.000 NA   NA
 3716376 5609177 COXBU7E912_2009 CBUD_2007b     FALSE 0.190 30.000 0.000 NA   NA
 3716377 3716378 COXBU7E912_2010 COXBU7E912_2011 nadC pssA TRUE 0.907 0.000 0.000 1.000 N NA
 3716379 3716380 CBUD_2012 COXBU7E912_2014     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3716381 3716382 CBUD_2013 COXBU7E912_2015   clpB TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3716382 3716383 COXBU7E912_2015 COXBU7E912_2016 clpB   FALSE 0.097 313.000 0.000 1.000 Y NA
 3716383 3716384 COXBU7E912_2016 CBUD_2017   ygbF TRUE 0.978 3.000 0.059 1.000   NA
 3716384 3716385 CBUD_2017 CBUD_2018 ygbF   TRUE 0.980 -13.000 0.278 1.000   NA
 3716385 3716386 CBUD_2018 CBUD_2019   tolB TRUE 0.995 10.000 0.592 1.000 N NA
 3716386 5609178 CBUD_2019 CBUD_2019a tolB   FALSE 0.029 239.000 0.000 NA   NA
 5609178 5609179 CBUD_2019a CBUD_2019b     FALSE 0.084 122.000 0.000 NA   NA
 5609179 5609180 CBUD_2019b CBUD_2019c   tolA FALSE 0.476 14.000 0.000 NA   NA
 5609180 3716388 CBUD_2019c CBUD_2021 tolA   FALSE 0.043 169.000 0.000 1.000   NA
 3716388 3716389 CBUD_2021 COXBU7E912_2022     FALSE 0.315 15.000 0.000 0.038   NA
 3716389 3716390 COXBU7E912_2022 COXBU7E912_2023   ecnB TRUE 0.523 11.000 0.000 1.000   NA
 3716390 3716391 COXBU7E912_2023 CBUD_2024 ecnB   FALSE 0.020 254.000 0.000 1.000   NA
 3716393 5609182 CBUD_2026 CBUD_2027 proS   FALSE 0.137 36.000 0.000 NA   NA
 5609182 5609183 CBUD_2027 CBUD_2028     FALSE 0.065 151.000 0.000 NA   NA
 5609183 3716396 CBUD_2028 COXBU7E912_2029     FALSE 0.060 157.000 0.000 NA   NA
 3716396 3716397 COXBU7E912_2029 CBUD_2030     FALSE 0.089 115.000 0.000 NA   NA
 3716397 3716398 CBUD_2030 COXBU7E912_2031   ubiH TRUE 0.995 -13.000 0.474 0.001 Y NA
 3716399 3716400 COXBU7E912_2032 CBUD_2033     FALSE 0.080 58.000 0.000 NA   NA
 3716401 3716402 COXBU7E912_2034 CBUD_2035     TRUE 0.564 -12.000 0.000 NA   NA
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