MicrobesOnline Operon Predictions for Actinobacillus pleuropneumoniae serovar 3 str. JL03

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3712249 3712250 APJL_0001 APJL_0002 dnaA dnaN TRUE 0.997 17.000 0.328 1.000 Y NA
 3712250 3712251 APJL_0002 APJL_0003 dnaN recF TRUE 0.966 60.000 0.318 1.000 Y NA
 3712254 3712255 APJL_0006 APJL_0007 ompP2A1 ompP2A2 TRUE 0.701 25.000 0.000 0.051   NA
 3712256 3712257 APJL_0008 APJL_0009 lpxB sohB TRUE 0.575 30.000 0.003 1.000 N NA
 3712257 3712258 APJL_0009 APJL_0010 sohB mraZ FALSE 0.030 235.000 0.000 NA   NA
 3712258 3712259 APJL_0010 APJL_0011 mraZ mraW TRUE 0.992 26.000 0.635 NA   NA
 3712259 3712260 APJL_0011 APJL_0012 mraW ftsL TRUE 0.992 13.000 0.227 1.000 N NA
 3712260 3712261 APJL_0012 APJL_0013 ftsL ftsI TRUE 0.978 4.000 0.044 1.000 N NA
 3712261 3712262 APJL_0013 APJL_0014 ftsI murE TRUE 0.954 24.000 0.022 1.000 Y NA
 3712262 3712263 APJL_0014 APJL_0015 murE murF TRUE 0.949 215.000 0.569 0.005 Y NA
 3712263 3712264 APJL_0015 APJL_0016 murF mraY TRUE 0.977 105.000 0.309 0.008 Y NA
 3712264 3712265 APJL_0016 APJL_0017 mraY murD TRUE 0.993 84.000 0.647 0.008 Y NA
 3712265 3712266 APJL_0017 APJL_0018 murD ftsW TRUE 0.997 2.000 0.297 0.006 N NA
 3712266 3712267 APJL_0018 APJL_0019 ftsW murG TRUE 0.926 155.000 0.647 1.000 N NA
 3712267 3712268 APJL_0019 APJL_0020 murG murC TRUE 0.965 52.000 0.283 1.000 Y NA
 3712268 3712269 APJL_0020 APJL_0021 murC ddlB TRUE 0.952 108.000 0.153 0.008 Y NA
 3712269 3712270 APJL_0021 APJL_0022 ddlB ftsQ TRUE 0.970 105.000 0.372 NA Y NA
 3712270 3712271 APJL_0022 APJL_0023 ftsQ ftsA TRUE 0.978 26.000 0.389 NA N NA
 3712271 3712272 APJL_0023 APJL_0024 ftsA ftsZ TRUE 0.988 39.000 0.460 1.000 Y NA
 3712272 3712273 APJL_0024 APJL_0025 ftsZ lpxC TRUE 0.785 68.000 0.134 1.000 N NA
 3712273 3712274 APJL_0025 APJL_0026 lpxC recN FALSE 0.302 87.000 0.002 1.000 N NA
 3712275 3712276 APJL_0027 APJL_0028     TRUE 0.997 0.000 0.472 1.000   NA
 3712276 3712277 APJL_0028 APJL_0029   gsiC TRUE 1.000 3.000 0.558 0.051 Y NA
 3712277 3712278 APJL_0029 APJL_0030 gsiC   TRUE 0.983 94.000 0.431 0.051 Y NA
 3712278 3712279 APJL_0030 APJL_0031   prfC FALSE 0.025 194.000 0.000 1.000 N NA
 3712280 3712281 APJL_0032 APJL_0033     TRUE 0.427 47.000 0.000 0.096   NA
 3712281 3712282 APJL_0033 APJL_0034   pth FALSE 0.147 127.000 0.000 1.000   NA
 3712282 3712283 APJL_0034 APJL_0035 pth engD TRUE 0.934 109.000 0.184 1.000 Y NA
 3712283 3712284 APJL_0035 APJL_0036 engD   FALSE 0.253 72.000 0.002 NA N NA
 3712285 3712286 APJL_0037 APJL_0038   lpp TRUE 0.934 31.000 0.167 NA   NA
 3712286 3712287 APJL_0038 APJL_0039 lpp   TRUE 0.909 27.000 0.075 NA   NA
 3712288 3712289 APJL_0040 APJL_0041 argS   FALSE 0.207 144.000 0.002 1.000   NA
 3712289 3712290 APJL_0041 APJL_0042     FALSE 0.185 75.000 0.000 NA   NA
 3712291 3712292 APJL_0043 APJL_0044   pssA FALSE 0.266 79.000 0.002 1.000 N NA
 3712292 3712293 APJL_0044 APJL_0045 pssA ileS FALSE 0.156 152.000 0.003 1.000 N NA
 3712293 3712294 APJL_0045 APJL_0046 ileS ribF TRUE 0.871 109.000 0.254 1.000 N NA
 3712295 3712296 APJL_0047 APJL_0048 nadR   TRUE 0.986 -3.000 0.137 1.000   NA
 3712296 3712297 APJL_0048 APJL_0049   arcA FALSE 0.334 173.000 0.025 1.000   NA
 3712297 3712298 APJL_0049 APJL_0050 arcA   TRUE 0.625 52.000 0.025 1.000 N NA
 3712300 3712301 APJL_0052 APJL_0053   typA FALSE 0.206 147.000 0.002 NA   NA
 3712301 3712302 APJL_0053 APJL_0054 typA grxA FALSE 0.174 159.000 0.004 1.000 N NA
 3712304 3712305 APJL_0056 APJL_0057     TRUE 0.969 9.000 0.016 NA   NA
 3712306 3712307 APJL_0058 APJL_0059 fdx1 narP FALSE 0.388 146.000 0.015 1.000   NA
 3712308 3712309 APJL_0060 APJL_0061     TRUE 0.495 58.000 0.012 1.000 N NA
 3712311 3712312 APJL_R001 APJL_T002     FALSE 0.188 85.000 0.000 NA   NA
 3712312 3712313 APJL_T002 APJL_T003     FALSE 0.229 49.000 0.000 NA   NA
 3712313 3712314 APJL_T003 APJL_R004     FALSE 0.025 266.000 0.000 NA   NA
 3712314 3712315 APJL_R004 APJL_R005     FALSE 0.078 159.000 0.000 NA   NA
 3712315 3712316 APJL_R005 APJL_0063   dppA1 FALSE 0.018 387.000 0.000 NA   NA
 3712316 3712317 APJL_0063 APJL_0064 dppA1 dppA2 TRUE 0.977 167.000 0.667 0.051 Y NA
 3712317 3712318 APJL_0064 APJL_0065 dppA2 dppB TRUE 0.813 126.000 0.015 0.051 Y NA
 3712318 3712319 APJL_0065 APJL_0066 dppB dppC TRUE 0.994 78.000 0.779 0.051 Y NA
 3712319 3712320 APJL_0066 APJL_0067 dppC dppD TRUE 0.999 11.000 0.560 1.000 Y NA
 3712320 3712321 APJL_0067 APJL_0068 dppD dppF TRUE 0.999 13.000 0.500 0.003 Y NA
 3712322 3712323 APJL_0069 APJL_0070 psiE1   FALSE 0.190 78.000 0.000 1.000   NA
 3712323 3712324 APJL_0070 APJL_0071     FALSE 0.202 55.000 0.000 NA   NA
 3712324 3712325 APJL_0071 APJL_0072   ilvE TRUE 0.530 87.000 0.017 NA N NA
 3712325 3712326 APJL_0072 APJL_0073 ilvE   FALSE 0.055 143.000 0.000 1.000 N NA
 3712326 3712327 APJL_0073 APJL_0074   recR FALSE 0.271 72.000 0.002 1.000 N NA
 3712327 3712328 APJL_0074 APJL_0075 recR   TRUE 0.999 11.000 0.604 NA   NA
 3712328 3712329 APJL_0075 APJL_0076   tonB2 FALSE 0.150 169.000 0.002 NA   NA
 3712329 3712330 APJL_0076 APJL_0077 tonB2 exbD2 TRUE 0.962 133.000 0.733 1.000 N NA
 3712330 3712331 APJL_0077 APJL_0078 exbD2 exbB2 TRUE 0.997 45.000 1.000 0.069 Y NA
 3712332 3712333 APJL_0079 APJL_0080 pspE   TRUE 0.624 44.000 0.016 1.000 N NA
 3712334 3712335 APJL_0081 APJL_0082 dhaM dAK1 TRUE 0.994 9.000 0.221 1.000   NA
 3712335 3712336 APJL_0082 APJL_0083 dAK1 dhaK TRUE 0.999 2.000 0.226 0.001 Y NA
 3712337 3712338 APJL_0084 APJL_0085 trxB kdsB TRUE 0.486 108.000 0.004 0.073 N NA
 3712338 3712339 APJL_0085 APJL_0086 kdsB   TRUE 0.440 124.000 0.009 NA   NA
 3712340 3712341 APJL_0087 APJL_0088 nudC rluB TRUE 0.878 18.000 0.008 1.000 N NA
 3712341 3712342 APJL_0088 APJL_0089 rluB   TRUE 0.843 4.000 0.000 NA   NA
 3712342 3712343 APJL_0089 APJL_0090     FALSE 0.382 30.000 0.000 NA   NA
 3712343 3712344 APJL_0090 APJL_0091     TRUE 0.541 23.000 0.000 NA   NA
 3712346 3712347 APJL_0093 APJL_0094   engB TRUE 0.946 2.000 0.005 NA   NA
 3712347 3712348 APJL_0094 APJL_0095 engB   FALSE 0.070 282.000 0.004 1.000   NA
 3712348 3712349 APJL_0095 APJL_0096   gufA TRUE 0.693 38.000 0.012 1.000   NA
 3712349 3712350 APJL_0096 APJL_0097 gufA ilvD FALSE 0.167 151.000 0.003 1.000 N NA
 3712350 3712351 APJL_0097 APJL_0098 ilvD ilvM TRUE 0.552 118.000 0.019 1.000   NA
 3712351 3712352 APJL_0098 APJL_0099 ilvM ilvG TRUE 0.999 18.000 0.943 0.003   NA
 3712353 3712354 APJL_0100 APJL_0101 nrfA nrfB TRUE 0.999 21.000 1.000 0.003   NA
 3712354 3712355 APJL_0101 APJL_0102 nrfB nrfC TRUE 0.996 0.000 0.220 0.003   NA
 3712355 3712356 APJL_0102 APJL_0103 nrfC nrfD TRUE 1.000 0.000 0.927 0.003 N NA
 3712356 10733320 APJL_0103 APJL_0104 nrfD   FALSE 0.023 284.000 0.000 NA   NA
 3712357 3712358 APJL_0106 APJL_0107 uraA putA FALSE 0.041 159.000 0.000 1.000 N NA
 3712358 3712359 APJL_0107 APJL_0108 putA putP TRUE 0.644 103.000 0.040 1.000 N NA
 3712359 3712360 APJL_0108 APJL_0109 putP   FALSE 0.008 575.000 0.000 1.000 N NA
 3712360 3712361 APJL_0109 APJL_0110     TRUE 0.631 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3712361 3712362 APJL_0110 APJL_0111     FALSE 0.184 271.000 0.034 NA   NA
 3712363 3712364 APJL_0112 APJL_0113   hemE FALSE 0.180 106.000 0.000 NA   NA
 3712364 3712365 APJL_0113 APJL_0114 hemE   TRUE 0.491 114.000 0.010 NA   NA
 3712365 3712366 APJL_0114 APJL_0115   hupA TRUE 0.887 136.000 0.355 NA   NA
 3712368 3712369 APJL_0117 APJL_0118   bioB FALSE 0.382 96.000 0.003 1.000   NA
 3712371 3712372 APJL_0120 APJL_0121 proQ prc TRUE 0.902 92.000 0.304 NA N NA
 3712372 3712373 APJL_0121 APJL_0122 prc   TRUE 0.673 97.000 0.033 1.000   NA
 3712373 3712374 APJL_0122 APJL_0123     TRUE 0.803 172.000 0.372 NA   NA
 3712374 3712375 APJL_0123 APJL_0124     TRUE 0.970 18.000 0.089 NA   NA
 3712376 3712377 APJL_0125 APJL_0126     TRUE 0.967 -3.000 0.032 NA   NA
 3712377 3712378 APJL_0126 APJL_0127     TRUE 0.982 2.000 0.051 NA   NA
 3712378 3712379 APJL_0127 APJL_0128   yfeD FALSE 0.324 72.000 0.003 1.000 N NA
 3712379 3712380 APJL_0128 APJL_0129 yfeD yfeC TRUE 0.999 -7.000 0.525 0.009 Y NA
 3712380 3712381 APJL_0129 APJL_0130 yfeC rnhB TRUE 0.895 1.000 0.002 1.000 N NA
 3712381 3712382 APJL_0130 APJL_0131 rnhB   TRUE 0.745 23.000 0.002 1.000   NA
 3712383 3712384 APJL_0132 APJL_0133 gcvA   TRUE 0.976 0.000 0.036 1.000   NA
 3712384 3712385 APJL_0133 APJL_0134   cysB TRUE 0.973 0.000 0.028 1.000   NA
 3712385 3712386 APJL_0134 APJL_0135 cysB   TRUE 0.976 1.000 0.028 NA   NA
 3712388 3712389 APJL_0137 APJL_0138 pyrG   FALSE 0.332 100.000 0.002 NA   NA
 3712390 3712391 APJL_0139 APJL_0140 leuD leuC TRUE 0.999 11.000 0.309 0.001 Y NA
 3712392 3712393 APJL_0141 APJL_0142     TRUE 0.852 128.000 0.290 NA N NA
 3712393 3712394 APJL_0142 APJL_0143   grk TRUE 0.996 11.000 0.136 1.000 Y NA
 3712394 3712395 APJL_0143 APJL_0144 grk   TRUE 0.493 19.000 0.000 1.000 N NA
 3712396 3712397 APJL_0145 APJL_0146     TRUE 0.956 4.000 0.007 NA   NA
 3712397 3712398 APJL_0146 APJL_0147     FALSE 0.185 60.000 0.000 NA   NA
 3712399 3712400 APJL_0148 APJL_0149 nrdB_1 nrdA_1 TRUE 0.997 -13.000 0.269 0.003 Y NA
 3712402 3712403 APJL_0151 APJL_0152 nqrA nqrB TRUE 1.000 5.000 0.854 0.004 Y NA
 3712403 3712404 APJL_0152 APJL_0153 nqrB nqrC TRUE 1.000 3.000 0.603 0.004 Y NA
 3712404 3712405 APJL_0153 APJL_0154 nqrC nqrD TRUE 0.999 0.000 0.312 0.004 Y NA
 3712405 3712406 APJL_0154 APJL_0155 nqrD nqrE TRUE 0.998 2.000 0.188 0.004 Y NA
 3712406 3712407 APJL_0155 APJL_0156 nqrE nqrF TRUE 1.000 11.000 0.551 0.004 Y NA
 3712407 3712408 APJL_0156 APJL_0157 nqrF apbE TRUE 0.782 207.000 0.519 1.000 N NA
 3712408 3712409 APJL_0157 APJL_0158 apbE   TRUE 0.986 13.000 0.113 NA   NA
 3712409 3712410 APJL_0158 APJL_0159   trmU FALSE 0.131 229.000 0.009 NA   NA
 3712411 3712412 APJL_0160 APJL_0161 hcaT   TRUE 0.970 -3.000 0.037 NA   NA
 3712413 3712414 APJL_0162 APJL_0163 rdgC   TRUE 0.841 10.000 0.000 1.000   NA
 3712415 3712416 APJL_0164 APJL_0165     TRUE 0.986 5.000 0.071 1.000   NA
 3712417 3712418 APJL_0166 APJL_0167 rnfA rnfB TRUE 0.999 0.000 0.564 0.056 Y NA
 3712418 3712419 APJL_0167 APJL_0168 rnfB rnfC TRUE 0.999 -7.000 0.537 0.020 Y NA
 3712419 3712420 APJL_0168 APJL_0169 rnfC   TRUE 0.944 -7.000 0.016 NA   NA
 3712420 3712421 APJL_0169 APJL_0170   rnfD TRUE 0.909 20.000 0.015 NA   NA
 3712421 3712422 APJL_0170 APJL_0171 rnfD rnfG TRUE 1.000 0.000 0.924 0.056 Y NA
 3712422 3712423 APJL_0171 APJL_0172 rnfG rnfE TRUE 1.000 12.000 0.908 0.056 Y NA
 3712423 3712424 APJL_0172 APJL_0173 rnfE lpxM TRUE 0.969 9.000 0.023 1.000 N NA
 3712426 3712427 APJL_0175 APJL_0176 tbpA dksA FALSE 0.020 207.000 0.000 1.000 N NA
 3712427 3712428 APJL_0176 APJL_0177 dksA pcnB FALSE 0.397 143.000 0.023 1.000 N NA
 3712428 3712429 APJL_0177 APJL_0178 pcnB folK TRUE 0.867 70.000 0.234 1.000 N NA
 3712430 3712431 APJL_0179 APJL_0180     TRUE 0.975 -3.000 0.057 NA   NA
 3712431 3712432 APJL_0180 APJL_0181     TRUE 0.983 0.000 0.074 NA   NA
 3712433 3712434 APJL_0182 APJL_0183 gloA1 rnt TRUE 0.679 140.000 0.136 1.000 N NA
 3712435 3712436 APJL_0184 APJL_0185   tyrA FALSE 0.007 576.000 0.000 NA N NA
 3712436 3712437 APJL_0185 APJL_0186 tyrA aroF TRUE 0.831 113.000 0.030 1.000 Y NA
 3712437 3712438 APJL_0186 APJL_0187 aroF   TRUE 0.680 42.000 0.023 1.000 N NA
 3712438 3712439 APJL_0187 APJL_0188   pykA TRUE 0.613 88.000 0.029 1.000 N NA
 3712440 3712441 APJL_0189 APJL_0190 sixA   FALSE 0.017 223.000 0.000 1.000 N NA
 3712441 3712442 APJL_0190 APJL_0191   fis TRUE 0.935 28.000 0.161 1.000 N NA
 3712443 3712444 APJL_0192 APJL_0193   dam TRUE 0.652 65.000 0.032 1.000   NA
 3712444 3712445 APJL_0193 APJL_0194 dam aroB TRUE 0.918 -7.000 0.011 1.000 N NA
 3712445 3712446 APJL_0194 APJL_0195 aroB aroK TRUE 0.807 185.000 0.208 1.000 Y NA
 3712446 3712447 APJL_0195 APJL_0196 aroK mrcA FALSE 0.013 262.000 0.000 1.000 N NA
 3712448 3712449 APJL_0197 APJL_0198     TRUE 0.990 -18.000 0.300 NA   NA
 3712449 3712450 APJL_0198 APJL_0199     TRUE 0.999 3.000 0.667 NA   NA
 3712450 3712451 APJL_0199 APJL_0200     TRUE 0.737 -7.000 0.000 NA   NA
 3712451 3712452 APJL_0200 APJL_0201   hofQ TRUE 0.953 12.000 0.009 NA   NA
 3712452 3712453 APJL_0201 APJL_0202 hofQ nusB FALSE 0.288 126.000 0.004 1.000 N NA
 3712453 3712454 APJL_0202 APJL_0203 nusB thiL TRUE 0.860 68.000 0.225 1.000 N NA
 3712454 3712455 APJL_0203 APJL_0204 thiL pgpA TRUE 0.990 13.000 0.206 1.000 N NA
 3712455 3712456 APJL_0204 APJL_0205 pgpA rhtB TRUE 0.942 16.000 0.024 1.000 N NA
 3712458 3712459 APJL_0207 APJL_0208 suhB dxs TRUE 0.442 121.000 0.013 1.000 N NA
 3712460 3712461 APJL_0209 APJL_0210     TRUE 0.999 6.000 0.500 NA Y NA
 3712461 3712462 APJL_0210 APJL_0211     TRUE 0.842 7.000 0.000 NA   NA
 3712462 3712463 APJL_0211 APJL_0212   glyA FALSE 0.197 90.000 0.000 1.000   NA
 3712463 3712464 APJL_0212 APJL_0213 glyA pnnK FALSE 0.016 231.000 0.000 1.000 N NA
 3712464 3712465 APJL_0213 APJL_0214 pnnK   FALSE 0.197 91.000 0.000 1.000   NA
 3712465 3712466 APJL_0214 APJL_0215   cas1 TRUE 0.998 -3.000 0.707 NA   NA
 3712466 3712467 APJL_0215 APJL_0216 cas1   FALSE 0.015 2250.000 0.000 NA   NA
 11487353 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5546.000 0.000 NA   NA
 11629716 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5546.000 0.000 NA   NA
 11772108 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5546.000 0.000 NA   NA
 11487354 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5574.000 0.000 NA   NA
 11629717 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5574.000 0.000 NA   NA
 11772109 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5574.000 0.000 NA   NA
 11487355 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5606.000 0.000 NA   NA
 11629718 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5606.000 0.000 NA   NA
 11772110 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5606.000 0.000 NA   NA
 11487356 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5634.000 0.000 NA   NA
 11629719 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5634.000 0.000 NA   NA
 11772111 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5634.000 0.000 NA   NA
 11487357 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5666.000 0.000 NA   NA
 11629720 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5666.000 0.000 NA   NA
 11772112 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5666.000 0.000 NA   NA
 11487358 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5694.000 0.000 NA   NA
 11629721 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5694.000 0.000 NA   NA
 11772113 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5694.000 0.000 NA   NA
 11487359 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5726.000 0.000 NA   NA
 11629722 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5726.000 0.000 NA   NA
 11772114 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5726.000 0.000 NA   NA
 11487360 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5754.000 0.000 NA   NA
 11629723 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5754.000 0.000 NA   NA
 11772115 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5754.000 0.000 NA   NA
 11487361 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5786.000 0.000 NA   NA
 11629724 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5786.000 0.000 NA   NA
 11772116 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5786.000 0.000 NA   NA
 11487362 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5814.000 0.000 NA   NA
 11629725 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5814.000 0.000 NA   NA
 11772117 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5814.000 0.000 NA   NA
 11487363 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5846.000 0.000 NA   NA
 11629726 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5846.000 0.000 NA   NA
 11772118 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5846.000 0.000 NA   NA
 11487364 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5874.000 0.000 NA   NA
 11629727 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5874.000 0.000 NA   NA
 11772119 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5874.000 0.000 NA   NA
 11487365 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5906.000 0.000 NA   NA
 11629728 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5906.000 0.000 NA   NA
 11772120 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5906.000 0.000 NA   NA
 11487366 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5934.000 0.000 NA   NA
 11629729 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5934.000 0.000 NA   NA
 11772121 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5934.000 0.000 NA   NA
 11487367 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5966.000 0.000 NA   NA
 11629730 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5966.000 0.000 NA   NA
 11772122 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5966.000 0.000 NA   NA
 11487368 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5994.000 0.000 NA   NA
 11629731 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5994.000 0.000 NA   NA
 11772123 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 5994.000 0.000 NA   NA
 11487369 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6026.000 0.000 NA   NA
 11629732 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6026.000 0.000 NA   NA
 11772124 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6026.000 0.000 NA   NA
 11487370 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6054.000 0.000 NA   NA
 11629733 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6054.000 0.000 NA   NA
 11772125 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6054.000 0.000 NA   NA
 11487371 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6086.000 0.000 NA   NA
 11629734 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6086.000 0.000 NA   NA
 11772126 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6086.000 0.000 NA   NA
 11487372 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6114.000 0.000 NA   NA
 11629735 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6114.000 0.000 NA   NA
 11772127 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6114.000 0.000 NA   NA
 11487373 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6146.000 0.000 NA   NA
 11629736 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6146.000 0.000 NA   NA
 11772128 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6146.000 0.000 NA   NA
 11487374 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6174.000 0.000 NA   NA
 11629737 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6174.000 0.000 NA   NA
 11772129 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6174.000 0.000 NA   NA
 11487375 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6206.000 0.000 NA   NA
 11629738 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6206.000 0.000 NA   NA
 11772130 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6206.000 0.000 NA   NA
 11487376 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6234.000 0.000 NA   NA
 11629739 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6234.000 0.000 NA   NA
 11772131 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6234.000 0.000 NA   NA
 11487377 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6266.000 0.000 NA   NA
 11629740 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6266.000 0.000 NA   NA
 11772132 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6266.000 0.000 NA   NA
 11487378 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6294.000 0.000 NA   NA
 11629741 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6294.000 0.000 NA   NA
 11772133 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6294.000 0.000 NA   NA
 11487379 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6326.000 0.000 NA   NA
 11629742 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6326.000 0.000 NA   NA
 11772134 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6326.000 0.000 NA   NA
 11487380 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6354.000 0.000 NA   NA
 11629743 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6354.000 0.000 NA   NA
 11772135 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6354.000 0.000 NA   NA
 11487381 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6386.000 0.000 NA   NA
 11629744 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6386.000 0.000 NA   NA
 11772136 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6386.000 0.000 NA   NA
 11487382 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6414.000 0.000 NA   NA
 11629745 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6414.000 0.000 NA   NA
 11772137 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6414.000 0.000 NA   NA
 11487383 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6446.000 0.000 NA   NA
 11629746 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6446.000 0.000 NA   NA
 11772138 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6446.000 0.000 NA   NA
 11487384 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6474.000 0.000 NA   NA
 11629747 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6474.000 0.000 NA   NA
 11772139 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6474.000 0.000 NA   NA
 11487385 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6507.000 0.000 NA   NA
 11629748 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6507.000 0.000 NA   NA
 11772140 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6507.000 0.000 NA   NA
 11487386 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6535.000 0.000 NA   NA
 11629749 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6535.000 0.000 NA   NA
 11772141 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6535.000 0.000 NA   NA
 11487387 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6568.000 0.000 NA   NA
 11629750 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6568.000 0.000 NA   NA
 11772142 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6568.000 0.000 NA   NA
 11487388 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6596.000 0.000 NA   NA
 11629751 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6596.000 0.000 NA   NA
 11772143 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6596.000 0.000 NA   NA
 11487389 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6628.000 0.000 NA   NA
 11629752 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6628.000 0.000 NA   NA
 11772144 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6628.000 0.000 NA   NA
 11487390 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6656.000 0.000 NA   NA
 11629753 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6656.000 0.000 NA   NA
 11772145 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6656.000 0.000 NA   NA
 11487391 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6688.000 0.000 NA   NA
 11629754 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6688.000 0.000 NA   NA
 11772146 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6688.000 0.000 NA   NA
 11487392 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6716.000 0.000 NA   NA
 11629755 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6716.000 0.000 NA   NA
 11772147 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6716.000 0.000 NA   NA
 11487393 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6748.000 0.000 NA   NA
 11629756 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6748.000 0.000 NA   NA
 11772148 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6748.000 0.000 NA   NA
 11487394 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6776.000 0.000 NA   NA
 11629757 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6776.000 0.000 NA   NA
 11772149 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6776.000 0.000 NA   NA
 11487395 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6809.000 0.000 NA   NA
 11629758 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6809.000 0.000 NA   NA
 11772150 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6809.000 0.000 NA   NA
 11487396 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6837.000 0.000 NA   NA
 11629759 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6837.000 0.000 NA   NA
 11772151 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6837.000 0.000 NA   NA
 11487397 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6869.000 0.000 NA   NA
 11629760 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6869.000 0.000 NA   NA
 11772152 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6869.000 0.000 NA   NA
 11487398 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6897.000 0.000 NA   NA
 11629761 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6897.000 0.000 NA   NA
 11772153 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6897.000 0.000 NA   NA
 11487399 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6929.000 0.000 NA   NA
 11629762 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6929.000 0.000 NA   NA
 11772154 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6929.000 0.000 NA   NA
 11487400 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6957.000 0.000 NA   NA
 11629763 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6957.000 0.000 NA   NA
 11772155 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6957.000 0.000 NA   NA
 11487401 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6989.000 0.000 NA   NA
 11629764 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6989.000 0.000 NA   NA
 11772156 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 6989.000 0.000 NA   NA
 11487402 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7017.000 0.000 NA   NA
 11629765 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7017.000 0.000 NA   NA
 11772157 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7017.000 0.000 NA   NA
 11487403 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7049.000 0.000 NA   NA
 11629766 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7049.000 0.000 NA   NA
 11772158 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7049.000 0.000 NA   NA
 11487404 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7077.000 0.000 NA   NA
 11629767 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7077.000 0.000 NA   NA
 11772159 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7077.000 0.000 NA   NA
 11487405 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7109.000 0.000 NA   NA
 11629768 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7109.000 0.000 NA   NA
 11772160 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7109.000 0.000 NA   NA
 11487406 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7137.000 0.000 NA   NA
 11629769 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7137.000 0.000 NA   NA
 11772161 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7137.000 0.000 NA   NA
 11487407 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7169.000 0.000 NA   NA
 11629770 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7169.000 0.000 NA   NA
 11772162 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7169.000 0.000 NA   NA
 11487408 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7197.000 0.000 NA   NA
 11629771 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7197.000 0.000 NA   NA
 11772163 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7197.000 0.000 NA   NA
 11487409 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7229.000 0.000 NA   NA
 11629772 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7229.000 0.000 NA   NA
 11772164 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7229.000 0.000 NA   NA
 11487410 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7257.000 0.000 NA   NA
 11629773 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7257.000 0.000 NA   NA
 11772165 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7257.000 0.000 NA   NA
 11487411 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7289.000 0.000 NA   NA
 11629774 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7289.000 0.000 NA   NA
 11772166 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7289.000 0.000 NA   NA
 11487412 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7317.000 0.000 NA   NA
 11629775 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7317.000 0.000 NA   NA
 11772167 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7317.000 0.000 NA   NA
 11487413 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7349.000 0.000 NA   NA
 11629776 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7349.000 0.000 NA   NA
 11772168 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7349.000 0.000 NA   NA
 11487414 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7377.000 0.000 NA   NA
 11629777 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7377.000 0.000 NA   NA
 11772169 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7377.000 0.000 NA   NA
 11487415 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7410.000 0.000 NA   NA
 11629778 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7410.000 0.000 NA   NA
 11772170 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7410.000 0.000 NA   NA
 11487416 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7438.000 0.000 NA   NA
 11629779 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7438.000 0.000 NA   NA
 11772171 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7438.000 0.000 NA   NA
 11487417 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7470.000 0.000 NA   NA
 11629780 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7470.000 0.000 NA   NA
 11772172 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7470.000 0.000 NA   NA
 11487418 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7498.000 0.000 NA   NA
 11629781 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7498.000 0.000 NA   NA
 11772173 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7498.000 0.000 NA   NA
 11487419 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7530.000 0.000 NA   NA
 11629782 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7530.000 0.000 NA   NA
 11772174 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7530.000 0.000 NA   NA
 11487420 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7558.000 0.000 NA   NA
 11629783 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7558.000 0.000 NA   NA
 11772175 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7558.000 0.000 NA   NA
 11487421 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7590.000 0.000 NA   NA
 11629784 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7590.000 0.000 NA   NA
 11772176 3712463   APJL_0212   glyA FALSE NA 7590.000 0.000 NA   NA
 3712467 3712468 APJL_0216 APJL_0217     TRUE 0.981 3.000 0.043 NA   NA
 3712468 3712469 APJL_0217 APJL_0218     TRUE 0.999 2.000 0.787 NA   NA
 3712469 3712470 APJL_0218 APJL_0219     TRUE 0.999 -3.000 0.895 NA   NA
 3712471 3712472 APJL_0220 APJL_0221 thrS   FALSE 0.057 142.000 0.000 1.000 N NA
 3712472 3712473 APJL_0221 APJL_0222     FALSE 0.379 31.000 0.000 1.000   NA
 3712473 3712474 APJL_0222 APJL_0223     TRUE 0.820 12.000 0.000 NA   NA
 3712474 3712475 APJL_0223 APJL_0224   infC FALSE 0.024 278.000 0.000 NA   NA
 3712475 3712476 APJL_0224 APJL_0225 infC   TRUE 0.917 249.000 0.652 1.000 Y NA
 3712476 3712477 APJL_0225 APJL_0226   rplT TRUE 0.996 68.000 0.928 0.023 Y NA
 3712477 3712478 APJL_0226 APJL_0227 rplT   FALSE 0.236 49.000 0.000 1.000   NA
 3712478 3712479 APJL_0227 APJL_0228     FALSE 0.352 33.000 0.000 NA   NA
 3712479 3712480 APJL_0228 APJL_0229     FALSE 0.184 79.000 0.000 NA   NA
 3712480 3712481 APJL_0229 APJL_0230     TRUE 0.843 6.000 0.000 NA   NA
 3712481 3712482 APJL_0230 APJL_0231     TRUE 0.509 24.000 0.000 NA   NA
 3712482 3712483 APJL_0231 APJL_0232     TRUE 0.895 16.000 0.000 0.009   NA
 3712484 3712485 APJL_0233 APJL_0234   rluA FALSE 0.266 44.000 0.000 1.000   NA
 3712487 3712488 APJL_0236 APJL_0237     TRUE 0.896 53.000 0.263 NA N NA
 3712488 3712489 APJL_0237 APJL_0238     TRUE 0.965 0.000 0.019 NA   NA
 3712489 3712490 APJL_0238 APJL_0239     FALSE 0.253 176.000 0.013 NA   NA
 3712491 3712492 APJL_0240 APJL_T006 bolA   FALSE 0.172 112.000 0.000 NA   NA
 3712493 3712494 APJL_0241 APJL_0242     TRUE 0.931 20.000 0.027 NA   NA
 3712495 3712496 APJL_0243 APJL_0244   secA TRUE 0.647 109.000 0.031 NA   NA
 3712496 3712497 APJL_0244 APJL_0245 secA   FALSE 0.369 130.000 0.006 1.000   NA
 3712497 3712498 APJL_0245 APJL_0246   mutT1 TRUE 0.948 -3.000 0.013 1.000   NA
 3712498 3712499 APJL_0246 APJL_0247 mutT1 argC FALSE 0.016 235.000 0.000 1.000 N NA
 3712499 3712500 APJL_0247 APJL_0248 argC argB TRUE 0.970 21.000 0.005 0.004 Y NA
 3712500 3712501 APJL_0248 APJL_0249 argB argD2 TRUE 0.987 14.000 0.022 1.000 Y NA
 3712501 3712502 APJL_0249 APJL_0250 argD2 tbpB2 FALSE 0.038 214.000 0.000 1.000   NA
 3712502 10733321 APJL_0250 APJL_0251 tbpB2   TRUE 0.761 15.000 0.000 NA   NA
 3712503 3712504 APJL_0253 APJL_0254 rho cysK FALSE 0.079 198.000 0.002 1.000 N NA
 3712504 3712505 APJL_0254 APJL_0255 cysK thrB FALSE 0.190 212.000 0.000 1.000 Y NA
 3712505 10733322 APJL_0255 APJL_0258 thrB   TRUE 0.812 0.000 0.000 NA   NA
 3712508 3712509 APJL_0261 APJL_R007 recD   FALSE 0.018 371.000 0.000 NA   NA
 3712509 3712510 APJL_R007 APJL_T008     FALSE 0.188 85.000 0.000 NA   NA
 3712510 3712511 APJL_T008 APJL_T009     FALSE 0.251 45.000 0.000 NA   NA
 3712511 3712512 APJL_T009 APJL_R010     FALSE 0.035 218.000 0.000 NA   NA
 3712512 3712513 APJL_R010 APJL_R011     FALSE 0.173 111.000 0.000 NA   NA
 3712515 3712516 APJL_0263 APJL_0264 gpt gmk TRUE 0.683 84.000 0.002 1.000 Y NA
 3712516 3712517 APJL_0264 APJL_0265 gmk   FALSE 0.279 102.000 0.002 1.000 N NA
 3712518 3712519 APJL_0266 APJL_0267     TRUE 0.981 -7.000 0.124 NA   NA
 3712519 3712520 APJL_0267 APJL_0268   modC TRUE 0.421 48.000 0.004 NA N NA
 3712520 3712521 APJL_0268 APJL_0269 modC modB TRUE 1.000 4.000 0.537 0.002 Y NA
 3712521 3712522 APJL_0269 APJL_0270 modB modA TRUE 0.993 60.000 0.627 0.002 Y NA
 3712522 3712523 APJL_0270 APJL_0271 modA   TRUE 0.453 96.000 0.009 1.000 N NA
 3712523 3712524 APJL_0271 APJL_0272     TRUE 1.000 4.000 0.688 1.000 Y NA
 3712524 3712525 APJL_0272 APJL_0273   dnaX TRUE 0.916 0.000 0.005 1.000 N NA
 3712525 3712526 APJL_0273 APJL_0274 dnaX apt TRUE 0.782 49.000 0.088 1.000 N NA
 3712527 10733323 APJL_0275 APJL_0276     TRUE 0.812 0.000 0.000 NA   NA
 10733323 3712528 APJL_0276 APJL_0278     TRUE 0.830 11.000 0.000 NA   NA
 3712528 3712529 APJL_0278 APJL_0279     TRUE 0.962 15.000 0.027 NA   NA
 3712530 10733324 APJL_0280 APJL_0282 yfeB   TRUE 0.837 2.000 0.000 NA   NA
 10733324 3712531 APJL_0282 APJL_0283     FALSE 0.176 67.000 0.000 NA   NA
 3712531 3712532 APJL_0283 APJL_0284     TRUE 0.917 34.000 0.140 NA   NA
 3712533 3712534 APJL_0285 APJL_0286 pgsA frpB FALSE 0.087 120.000 0.000 1.000 N NA
 3712534 3712535 APJL_0286 APJL_0287 frpB uvrC FALSE 0.045 153.000 0.000 1.000 N NA
 3712535 3712536 APJL_0287 APJL_0288 uvrC   TRUE 0.562 69.000 0.000 NA Y NA
 3712538 3712539 APJL_0290 APJL_0291 potA potB TRUE 0.999 -13.000 0.789 1.000 Y NA
 3712539 3712540 APJL_0291 APJL_0292 potB potC TRUE 0.998 0.000 0.286 0.043 Y NA
 3712540 10733325 APJL_0292 APJL_0293 potC   FALSE 0.117 137.000 0.000 NA   NA
 10733325 3712541 APJL_0293 APJL_0295   ruvB FALSE 0.113 139.000 0.000 NA   NA
 3712543 3712544 APJL_0297 APJL_0298 gyrA hsdM2 TRUE 0.421 37.000 0.002 1.000 N NA
 3712544 3712545 APJL_0298 APJL_0299 hsdM2   TRUE 0.968 -3.000 0.033 NA   NA
 3712545 3712546 APJL_0299 APJL_0300     FALSE 0.035 218.000 0.000 NA   NA
 3712546 3712547 APJL_0300 APJL_0301     FALSE 0.313 37.000 0.000 NA   NA
 3712547 3712548 APJL_0301 APJL_0302     FALSE 0.307 166.000 0.000 NA Y NA
 3712548 3712549 APJL_0302 APJL_0303     TRUE 0.978 12.000 0.041 NA   NA
 3712549 3712550 APJL_0303 APJL_0304   hsdR TRUE 0.993 7.000 0.178 NA   NA
 3712550 3712551 APJL_0304 APJL_0305 hsdR uup TRUE 0.667 19.000 0.000 1.000   NA
 3712551 3712552 APJL_0305 APJL_0306 uup   TRUE 0.937 0.000 0.005 1.000   NA
 3712554 3712555 APJL_0308 APJL_0309 cydA cydB TRUE 1.000 14.000 0.714 0.048 Y NA
 3712555 3712556 APJL_0309 APJL_0310 cydB   TRUE 0.996 13.000 0.364 NA   NA
 3712556 3712557 APJL_0310 APJL_0311     TRUE 0.984 12.000 0.080 NA   NA
 3712557 3712558 APJL_0311 APJL_0312     TRUE 0.644 143.000 0.095 NA   NA
 3712558 3712559 APJL_0312 APJL_0313   tolQ TRUE 0.986 35.000 0.593 1.000   NA
 3712559 3712560 APJL_0313 APJL_0314 tolQ tolR TRUE 0.989 79.000 0.556 0.059 Y NA
 3712560 3712561 APJL_0314 APJL_0315 tolR tolA1 TRUE 0.995 16.000 0.460 1.000 N NA
 3712561 3712562 APJL_0315 APJL_0316 tolA1 tolB TRUE 0.983 18.000 0.215 1.000 N NA
 3712562 3712563 APJL_0316 APJL_0317 tolB pal TRUE 0.991 27.000 0.592 1.000   NA
 3712563 3712564 APJL_0317 APJL_0318 pal   FALSE 0.139 130.000 0.000 1.000   NA
 3712564 3712565 APJL_0318 APJL_0319   djlA FALSE 0.190 80.000 0.000 1.000   NA
 3712565 3712566 APJL_0319 APJL_0320 djlA   TRUE 0.592 85.000 0.025 1.000 N NA
 3712566 3712567 APJL_0320 APJL_0321     TRUE 0.618 52.000 0.017 NA   NA
 3712569 10733326 APJL_0323 APJL_0324     FALSE 0.052 188.000 0.000 NA   NA
 10733326 3712570 APJL_0324 APJL_0326   moeB TRUE 0.836 10.000 0.000 NA   NA
 3712570 3712571 APJL_0326 APJL_T012 moeB   FALSE 0.190 93.000 0.000 NA   NA
 3712573 3712574 APJL_0328 APJL_0329 dgt hepA FALSE 0.033 172.000 0.000 1.000 N NA
 3712574 3712575 APJL_0329 APJL_0330 hepA rluA TRUE 0.883 115.000 0.294 1.000 N NA
 3712577 3712578 APJL_0332 APJL_0333   pryE TRUE 0.477 87.000 0.006 1.000   NA
 3712578 3712579 APJL_0333 APJL_0334 pryE   FALSE 0.061 139.000 0.000 1.000 N NA
 3712580 3712581 APJL_0335 APJL_0336 metC1 dsbB FALSE 0.103 77.000 0.000 1.000 N NA
 3712581 3712582 APJL_0336 APJL_0337 dsbB nhaB TRUE 0.975 96.000 0.723 1.000 N NA
 3712583 3712584 APJL_0338 APJL_0339 fadR   TRUE 0.726 9.000 0.000 1.000 N NA
 3712585 3712586 APJL_0340 APJL_0341   prfB FALSE 0.186 71.000 0.000 1.000   NA
 3712586 3712587 APJL_0341 APJL_0342 prfB   FALSE 0.362 116.000 0.003 NA   NA
 3712588 3712589 APJL_0343 APJL_0344 selD ymfB TRUE 0.732 5.000 0.000 1.000 N NA
 3712589 3712590 APJL_0344 APJL_0345 ymfB ubiH TRUE 0.720 10.000 0.000 1.000 N NA
 3712591 3712592 APJL_0346 APJL_0347     FALSE 0.195 57.000 0.000 NA   NA
 3712592 3712593 APJL_0347 APJL_0348   hlpB TRUE 0.923 81.000 0.333 NA   NA
 3712593 3712594 APJL_0348 APJL_0349 hlpB visC TRUE 0.452 136.000 0.017 NA   NA
 3712594 3712595 APJL_0349 APJL_0350 visC   FALSE 0.390 125.000 0.006 1.000   NA
 3712595 3712596 APJL_0350 APJL_0351   ptsN1 TRUE 0.981 19.000 0.186 1.000   NA
 3712596 3712597 APJL_0351 APJL_0352 ptsN1   TRUE 0.751 35.000 0.017 1.000   NA
 3712597 3712598 APJL_0352 APJL_0353     TRUE 0.998 10.000 0.543 1.000   NA
 3712598 3712599 APJL_0353 APJL_0354     TRUE 0.986 25.000 0.459 NA   NA
 3712599 3712600 APJL_0354 APJL_0355   ppc FALSE 0.075 160.000 0.000 NA   NA
 3712600 3712601 APJL_0355 APJL_0356 ppc   FALSE 0.036 215.000 0.000 NA   NA
 3712601 3712602 APJL_0356 APJL_0357     TRUE 0.992 -3.000 0.240 NA   NA
 3712602 3712603 APJL_0357 APJL_0358   lemA TRUE 0.839 67.000 0.169 NA   NA
 3712603 3712604 APJL_0358 APJL_0359 lemA fruA FALSE 0.085 154.000 0.000 NA   NA
 3712604 3712605 APJL_0359 APJL_0360 fruA fruK TRUE 0.986 82.000 0.562 1.000 Y NA
 3712605 3712606 APJL_0360 APJL_0361 fruK ptsN2 TRUE 0.988 15.000 0.035 1.000 Y NA
 3712607 3712608 APJL_0362 APJL_0363 glgB glgX TRUE 0.997 7.000 0.098 0.003 Y NA
 3712608 3712609 APJL_0363 APJL_0364 glgX glgC TRUE 0.996 16.000 0.228 1.000 Y NA
 3712609 3712610 APJL_0364 APJL_0365 glgC glgA TRUE 0.947 130.000 0.307 1.000 Y NA
 3712610 3712611 APJL_0365 APJL_0366 glgA   TRUE 0.981 30.000 0.228 1.000 Y NA
 3712612 3712613 APJL_0367 APJL_0368 ndk metG FALSE 0.319 59.000 0.003 1.000 N NA
 3712616 3712617 APJL_0371 APJL_0372 rsuA proP TRUE 0.990 0.000 0.182 1.000 N NA
 3712618 3712619 APJL_0373 APJL_0374     TRUE 0.713 71.000 0.056 NA   NA
 3712620 3712621 APJL_0375 APJL_0376 nfo nlpC FALSE 0.341 121.000 0.006 NA N NA
 3712626 3712627 APJL_0381 APJL_0382     FALSE 0.188 95.000 0.000 NA   NA
 3712627 3712628 APJL_0382 APJL_0383   hrpA FALSE 0.090 152.000 0.000 1.000   NA
 3712628 3712629 APJL_0383 APJL_0384 hrpA   FALSE 0.411 136.000 0.012 NA   NA
 3712629 3712630 APJL_0384 APJL_0385   grpE FALSE 0.233 197.000 0.018 NA   NA
 3712631 3712632 APJL_0386 APJL_0387 potD2 norM FALSE 0.286 144.000 0.009 1.000 N NA
 3712632 3712633 APJL_0387 APJL_0388 norM recB TRUE 0.904 16.000 0.008 1.000 N NA
 3712634 3712635 APJL_0389 APJL_0390 lnt corC TRUE 0.960 75.000 0.557 1.000 N NA
 3712636 3712637 APJL_0391 APJL_0392   glpF FALSE 0.030 236.000 0.000 NA   NA
 3712637 3712638 APJL_0392 APJL_0393 glpF glpK TRUE 0.645 35.000 0.010 1.000 N NA
 3712639 3712640 APJL_0394 APJL_0395 lon glpT FALSE 0.223 146.000 0.005 1.000 N NA
 3712640 10733327 APJL_0395 APJL_0397 glpT   FALSE 0.020 331.000 0.000 NA   NA
 3712641 3712642 APJL_0398 APJL_0399 glpA glpB TRUE 0.998 -10.000 0.650 0.002 N NA
 3712642 3712643 APJL_0399 APJL_0400 glpB glpC TRUE 0.998 -3.000 0.547 0.002 N NA
 3712645 3712646 APJL_0402 APJL_0403 ribD ribE TRUE 0.970 125.000 0.456 1.000 Y NA
 3712646 3712647 APJL_0403 APJL_0404 ribE ribA TRUE 0.866 61.000 0.051 1.000 Y NA
 3712647 3712648 APJL_0404 APJL_0405 ribA ribH TRUE 0.919 111.000 0.054 0.002 Y NA
 3712648 3712649 APJL_0405 APJL_0406 ribH   FALSE 0.026 270.000 0.000 1.000   NA
 3712650 3712651 APJL_0407 APJL_0408 greA1   TRUE 0.959 10.000 0.014 1.000 N NA
 3712651 3712652 APJL_0408 APJL_0409   pepB TRUE 0.477 128.000 0.022 1.000 N NA
 3712652 3712653 APJL_0409 APJL_0410 pepB ompP4 TRUE 0.551 115.000 0.017 1.000   NA
 3712655 3712656 APJL_0412 APJL_0413 acrA1   FALSE 0.192 97.000 0.000 1.000   NA
 3712657 3712658 APJL_0414 APJL_0415 leuA rpoE FALSE 0.010 343.000 0.000 1.000 N NA
 3712658 3712659 APJL_0415 APJL_0416 rpoE rseA TRUE 0.996 20.000 0.705 NA N NA
 3712659 3712660 APJL_0416 APJL_0417 rseA rseC FALSE 0.343 228.000 0.012 NA Y NA
 3712660 3712661 APJL_0417 APJL_0418 rseC lcfA TRUE 0.961 12.000 0.022 NA N NA
 3712661 3712662 APJL_0418 APJL_0419 lcfA upp FALSE 0.283 67.000 0.002 1.000 N NA
 3712663 3712664 APJL_0420 APJL_0421 ksgA surA TRUE 0.584 66.000 0.028 1.000 N NA
 3712664 3712665 APJL_0421 APJL_0422 surA pyrR TRUE 0.531 81.000 0.018 1.000 N NA
 3712665 3712666 APJL_0422 APJL_0423 pyrR waaE TRUE 0.867 16.000 0.004 1.000 N NA
 3712666 3712667 APJL_0423 APJL_0424 waaE engA FALSE 0.396 114.000 0.004 1.000   NA
 3712667 3712668 APJL_0424 APJL_0425 engA hemA FALSE 0.172 158.000 0.002 1.000   NA
 10733328 3712669 APJL_0426 APJL_0428   dxr FALSE 0.185 74.000 0.000 NA   NA
 3712670 10733329 APJL_0429 APJL_0431     FALSE 0.023 285.000 0.000 NA   NA
 10733329 3712671 APJL_0431 APJL_0432   fabZ FALSE 0.414 28.000 0.000 NA   NA
 3712671 3712672 APJL_0432 APJL_0433 fabZ lpxD TRUE 0.979 69.000 0.796 1.000 N NA
 3712672 3712673 APJL_0433 APJL_0434 lpxD   TRUE 0.999 0.000 0.814 1.000   NA
 3712673 3712674 APJL_0434 APJL_0435   ompD TRUE 0.920 116.000 0.354 1.000   NA
 3712674 3712675 APJL_0435 APJL_0436 ompD ecfE TRUE 0.940 62.000 0.204 1.000 Y NA
 3712675 3712676 APJL_0436 APJL_0437 ecfE cdsA TRUE 0.984 7.000 0.080 1.000 N NA
 3712676 3712677 APJL_0437 APJL_0438 cdsA uppS TRUE 0.993 25.000 0.400 1.000 Y NA
 3712677 3712678 APJL_0438 APJL_0439 uppS gloB FALSE 0.160 173.000 0.003 1.000   NA
 3712678 3712679 APJL_0439 APJL_0440 gloB   TRUE 0.433 59.000 0.004 1.000   NA
 3712679 3712680 APJL_0440 APJL_0441   pgpB TRUE 0.988 3.000 0.091 1.000   NA
 3712680 3712681 APJL_0441 APJL_0442 pgpB   TRUE 0.430 59.000 0.004 NA   NA
 10733330 3712683 APJL_0445 APJL_0446   waaQ FALSE 0.186 83.000 0.000 NA   NA
 3712684 3712685 APJL_0447 APJL_0448 argG rnh FALSE 0.084 122.000 0.000 1.000 N NA
 3712685 3712686 APJL_0448 APJL_0449 rnh cvpA FALSE 0.084 157.000 0.000 1.000   NA
 3712686 3712687 APJL_0449 APJL_0450 cvpA purF TRUE 0.993 14.000 0.262 1.000   NA
 3712688 3712689 APJL_0451 APJL_0452   gdhA FALSE 0.185 99.000 0.000 NA   NA
 3712689 3712690 APJL_0452 APJL_0453 gdhA smpA FALSE 0.011 304.000 0.000 1.000 N NA
 3712690 3712691 APJL_0453 APJL_0454 smpA ndpA TRUE 0.698 71.000 0.049 NA   NA
 3712692 3712693 APJL_0455 APJL_0456     TRUE 0.713 28.000 0.005 NA   NA
 3712693 3712694 APJL_0456 APJL_T013     FALSE 0.186 98.000 0.000 NA   NA
 3712698 3712699 APJL_0460 APJL_0461 gapA mreB FALSE 0.025 196.000 0.000 1.000 N NA
 3712699 3712700 APJL_0461 APJL_0462 mreB mreC TRUE 0.968 117.000 0.689 1.000 N NA
 3712700 3712701 APJL_0462 APJL_0463 mreC mreD TRUE 1.000 0.000 0.550 0.004 Y NA
 3712701 3712702 APJL_0463 APJL_0464 mreD   FALSE 0.321 67.000 0.003 1.000 N NA
 3712702 3712703 APJL_0464 APJL_0465   znuB FALSE 0.292 81.000 0.002 1.000 N NA
 3712703 3712704 APJL_0465 APJL_0466 znuB   FALSE 0.227 180.000 0.011 1.000   NA
 3712706 10733331 APJL_0468 APJL_0469 sanA   FALSE 0.026 259.000 0.000 NA   NA
 3712707 3712708 APJL_0471 APJL_0472   ykgF TRUE 0.975 129.000 0.600 0.002   NA
 3712708 3712709 APJL_0472 APJL_0473 ykgF ykgE TRUE 0.999 10.000 0.600 NA Y NA
 3712709 3712710 APJL_0473 APJL_0474 ykgE lctP TRUE 0.932 170.000 0.467 NA Y NA
 3712710 3712711 APJL_0474 APJL_0475 lctP hns FALSE 0.017 469.000 0.000 1.000   NA
 3712712 3712713 APJL_0476 APJL_0477   mglB FALSE 0.019 206.000 0.000 NA N NA
 3712714 3712715 APJL_0478 APJL_0479 sucD sucC TRUE 1.000 3.000 0.806 0.001 Y NA
 3712715 3712716 APJL_0479 APJL_0480 sucC lapB FALSE 0.101 144.000 0.000 NA   NA
 3712716 3712717 APJL_0480 APJL_0481 lapB sucB FALSE 0.260 143.000 0.004 NA   NA
 3712717 3712718 APJL_0481 APJL_0482 sucB   TRUE 0.987 120.000 0.667 1.000 Y NA
 3712718 3712719 APJL_0482 APJL_0483   znuC FALSE 0.014 243.000 0.000 1.000 N NA
 3712720 3712721 APJL_0484 APJL_0485   dsbC TRUE 0.933 19.000 0.033 1.000 N NA
 3712721 3712722 APJL_0485 APJL_0486 dsbC recJ FALSE 0.227 269.000 0.082 1.000 N NA
 3712722 3712723 APJL_0486 APJL_0487 recJ plpD FALSE 0.209 134.000 0.002 1.000 N NA
 3712723 3712724 APJL_0487 APJL_0488 plpD   TRUE 0.560 82.000 0.013 1.000   NA
 3712724 3712725 APJL_0488 APJL_0489   narQ TRUE 0.818 0.000 0.000 1.000   NA
 3712725 3712726 APJL_0489 APJL_0490 narQ   TRUE 0.904 23.000 0.039 1.000 N NA
 3712726 3712727 APJL_0490 APJL_0491     FALSE 0.166 41.000 0.000 1.000 N NA
 3712727 3712728 APJL_0491 APJL_0492     TRUE 0.703 28.000 0.005 NA   NA
 3712730 3712731 APJL_0494 APJL_0495     FALSE 0.191 90.000 0.000 NA   NA
 3712731 3712732 APJL_0495 APJL_0496   trpB FALSE 0.292 186.000 0.024 1.000   NA
 3712732 3712733 APJL_0496 APJL_0497 trpB trpA TRUE 1.000 2.000 0.947 0.001 Y NA
 3712734 3712735 APJL_0498 APJL_0499     TRUE 0.998 9.000 0.500 NA   NA
 3712736 3712737 APJL_0500 APJL_0501 polA   FALSE 0.208 55.000 0.000 1.000   NA
 3712737 3712738 APJL_0501 APJL_0502     TRUE 0.716 -10.000 0.000 NA   NA
 3712738 3712739 APJL_0502 APJL_0503   lolA FALSE 0.110 140.000 0.000 NA   NA
 3712739 3712740 APJL_0503 APJL_0504 lolA   FALSE 0.383 75.000 0.005 1.000 N NA
 3712740 3712741 APJL_0504 APJL_0505     TRUE 0.836 29.000 0.025 1.000   NA
 3712742 3712743 APJL_0506 APJL_0507     TRUE 0.432 27.000 0.000 NA   NA
 3712743 3712744 APJL_0507 APJL_0508     TRUE 0.761 15.000 0.000 NA   NA
 3712744 3712745 APJL_0508 APJL_0509     TRUE 0.997 11.000 0.429 NA   NA
 3712745 3712746 APJL_0509 APJL_0510     FALSE 0.251 45.000 0.000 NA   NA
 3712747 3712748 APJL_0511 APJL_0512     FALSE 0.103 75.000 0.000 1.000 N NA
 3712748 3712749 APJL_0512 APJL_0513   rimK TRUE 0.977 -3.000 0.091 1.000 N NA
 10733332 3712751 APJL_0515 APJL_0517   rplY FALSE 0.052 186.000 0.000 NA   NA
 3712751 3712752 APJL_0517 APJL_0518 rplY   FALSE 0.016 579.000 0.000 NA   NA
 3712752 3712753 APJL_0518 APJL_0519     TRUE 0.740 123.000 0.100 NA   NA
 3712753 3712754 APJL_0519 APJL_0520     TRUE 0.756 100.000 0.080 1.000   NA
 3712754 3712755 APJL_0520 APJL_0521     FALSE 0.018 391.000 0.000 NA   NA
 3712755 3712756 APJL_0521 APJL_0522   nasD FALSE 0.168 114.000 0.000 NA   NA
 3712756 3712757 APJL_0522 APJL_0523 nasD thiF FALSE 0.182 72.000 0.000 NA   NA
 3712757 3712758 APJL_0523 APJL_0524 thiF thiS TRUE 0.963 76.000 0.548 NA   NA
 3712758 3712759 APJL_0524 APJL_0525 thiS thiG1 TRUE 0.765 81.000 0.087 1.000   NA
 3712759 3712760 APJL_0525 APJL_0526 thiG1 thiG2 TRUE 0.510 134.000 0.005 0.004   NA
 3712760 3712761 APJL_0526 APJL_0527 thiG2 thiH TRUE 0.997 10.000 0.277 0.004   NA
 3712761 3712762 APJL_0527 APJL_0528 thiH   FALSE 0.278 27.000 0.000 1.000 N NA
 3712762 3712763 APJL_0528 APJL_0529     TRUE 0.964 23.000 0.189 NA N NA
 3712763 10733333 APJL_0529 APJL_0530     FALSE 0.066 169.000 0.000 NA   NA
 10733333 3712764 APJL_0530 APJL_0534   lepA FALSE 0.015 600.000 0.000 NA   NA
 3712764 3712765 APJL_0534 APJL_0535 lepA lepB TRUE 0.856 105.000 0.187 1.000   NA
 3712765 3712766 APJL_0535 APJL_0536 lepB rnc TRUE 0.806 96.000 0.117 1.000   NA
 3712766 3712767 APJL_0536 APJL_0537 rnc era TRUE 0.866 70.000 0.127 0.028   NA
 3712767 3712768 APJL_0537 APJL_0538 era recO TRUE 0.988 11.000 0.109 1.000   NA
 3712769 3712770 APJL_0539 APJL_0540 tadG tadF TRUE 0.990 24.000 0.500 NA   NA
 3712770 3712771 APJL_0540 APJL_0541 tadF tadE TRUE 0.989 -196.000 0.300 NA   NA
 3712771 3712772 APJL_0541 APJL_0542 tadE tadD TRUE 0.996 3.000 0.333 NA   NA
 3712772 3712773 APJL_0542 APJL_0543 tadD tadC TRUE 0.999 -10.000 0.545 1.000 Y NA
 3712773 3712774 APJL_0543 APJL_0544 tadC tadB TRUE 1.000 0.000 0.909 0.007 Y NA
 3712774 3712775 APJL_0544 APJL_0545 tadB tadA TRUE 1.000 0.000 0.800 1.000 Y NA
 3712775 3712776 APJL_0545 APJL_0546 tadA tadZ TRUE 1.000 9.000 0.727 1.000 Y NA
 3712776 3712777 APJL_0546 APJL_0547 tadZ rcpB TRUE 0.857 163.000 0.455 NA   NA
 3712777 3712778 APJL_0547 APJL_0548 rcpB rcpA TRUE 0.998 -3.000 0.556 NA   NA
 3712778 3712779 APJL_0548 APJL_0549 rcpA   TRUE 0.999 -10.000 0.889 NA   NA
 3712780 3712781 APJL_0550 APJL_0551     TRUE 0.530 51.000 0.007 NA   NA
 3712781 3712782 APJL_0551 APJL_0552   afuA2 FALSE 0.048 197.000 0.000 1.000   NA
 3712782 3712783 APJL_0552 APJL_0553 afuA2 afuB2 TRUE 0.987 131.000 0.600 0.042 Y NA
 3712783 10733334 APJL_0553 APJL_0554 afuB2   FALSE 0.020 331.000 0.000 NA   NA
 10733334 3712784 APJL_0554 APJL_0559   rpsB FALSE 0.015 2001.000 0.000 NA   NA
 3712784 3712785 APJL_0559 APJL_0560 rpsB tsf TRUE 0.991 96.000 0.748 1.000 Y NA
 3712787 3712788 APJL_0562 APJL_0563 pyrH frr TRUE 0.882 184.000 0.626 1.000 N NA
 3712790 3712791 APJL_0565 APJL_0566     TRUE 0.999 0.000 0.488 NA Y NA
 3712792 3712793 APJL_0567 APJL_0568   deaD TRUE 0.968 17.000 0.006 1.000 Y NA
 3712793 3712794 APJL_0568 APJL_0569 deaD nlpI FALSE 0.279 222.000 0.053 1.000   NA
 3712794 3712795 APJL_0569 APJL_0570 nlpI pnp TRUE 0.741 61.000 0.071 1.000   NA
 3712796 3712797 APJL_0571 APJL_0572 parC mukF FALSE 0.055 140.000 0.000 NA N NA
 3712797 3712798 APJL_0572 APJL_0573 mukF mukE TRUE 0.925 80.000 0.143 NA Y NA
 3712798 3712799 APJL_0573 APJL_0574 mukE mukB TRUE 0.999 21.000 0.750 0.001 Y NA
 3712799 3712800 APJL_0574 APJL_0575 mukB   FALSE 0.103 77.000 0.000 1.000 N NA
 3712801 3712802 APJL_0576 APJL_0577     TRUE 0.991 3.000 0.133 NA   NA
 3712803 3712804 APJL_0578 APJL_0579     TRUE 0.905 33.000 0.138 1.000 N NA
 3712804 3712805 APJL_0579 APJL_0580     TRUE 0.999 13.000 0.900 NA N NA
 3712805 3712806 APJL_0580 APJL_0581   glmU FALSE 0.017 218.000 0.000 NA N NA
 3712807 3712808 APJL_0582 APJL_0583     TRUE 0.843 4.000 0.000 NA   NA
 3712810 3712811 APJL_0585 APJL_0586 guaA   TRUE 0.875 15.000 0.002 NA   NA
 3712811 3712812 APJL_0586 APJL_0587   guaB FALSE 0.360 90.000 0.002 NA   NA
 3712813 3712814 APJL_0588 APJL_0589 ftsJ ftsH TRUE 0.808 104.000 0.152 1.000 N NA
 3712814 3712815 APJL_0589 APJL_0590 ftsH tyrP1 FALSE 0.011 307.000 0.000 1.000 N NA
 3712815 3712816 APJL_0590 APJL_0591 tyrP1 tyrP2 TRUE 0.898 165.000 0.200 0.005 Y NA
 3712816 3712817 APJL_0591 APJL_0592 tyrP2 glnD FALSE 0.099 107.000 0.000 1.000 N NA
 3712819 3712820 APJL_0594 APJL_0595 rplM rpsI TRUE 0.999 17.000 0.601 0.022 Y NA
 3712820 3712821 APJL_0595 APJL_0596 rpsI   FALSE 0.154 122.000 0.000 NA   NA
 3712821 3712822 APJL_0596 APJL_0597     TRUE 0.964 0.000 0.017 NA   NA
 3712822 3712823 APJL_0597 APJL_0598   fieF TRUE 0.853 26.000 0.023 NA   NA
 3712823 3712824 APJL_0598 APJL_0599 fieF   TRUE 0.907 -19.000 0.009 NA   NA
 3712824 3712825 APJL_0599 APJL_0600     TRUE 0.533 99.000 0.011 NA   NA
 3712827 3712828 APJL_0602 APJL_0603 pheS pheT TRUE 0.992 98.000 0.574 0.001 Y NA
 3712828 3712829 APJL_0603 APJL_0604 pheT ihfA TRUE 0.982 18.000 0.208 1.000 N NA
 3712829 3712830 APJL_0604 APJL_0605 ihfA   TRUE 0.587 60.000 0.026 NA N NA
 3712831 3712832 APJL_0606 APJL_0607     TRUE 0.509 24.000 0.000 NA   NA
 3712832 3712833 APJL_0607 APJL_0608     TRUE 0.997 6.000 0.333 NA   NA
 3712833 3712834 APJL_0608 APJL_0609   bioD1 FALSE 0.102 73.000 0.000 1.000 N NA
 3712834 3712835 APJL_0609 APJL_0610 bioD1 mlc TRUE 0.782 54.000 0.108 NA N NA
 3712836 3712837 APJL_0611 APJL_0612 rnd lrp FALSE 0.409 85.000 0.006 1.000 N NA
 3712837 3712838 APJL_0612 APJL_0613 lrp ftsK TRUE 0.911 66.000 0.345 1.000 N NA
 3712838 3712839 APJL_0613 APJL_0614 ftsK   FALSE 0.055 185.000 0.000 1.000   NA
 3712839 3712840 APJL_0614 APJL_0615   aroG TRUE 0.564 123.000 0.023 1.000   NA
 3712840 3712841 APJL_0615 APJL_0616 aroG   FALSE 0.353 104.000 0.004 1.000 N NA
 3712842 3712843 APJL_0617 APJL_0618 tdk   FALSE 0.237 150.000 0.004 NA   NA
 3712845 3712846 APJL_0620 APJL_0621     FALSE 0.191 88.000 0.000 NA   NA
 3712846 3712847 APJL_0621 APJL_0622     FALSE 0.155 144.000 0.000 0.090 N NA
 3712847 3712848 APJL_0622 APJL_0623   cpxR TRUE 0.992 65.000 0.791 1.000 Y NA
 3712848 3712849 APJL_0623 APJL_0624 cpxR mazG TRUE 0.464 94.000 0.006 1.000   NA
 3712850 3712851 APJL_0625 APJL_0626   accD FALSE 0.182 104.000 0.000 NA   NA
 3712851 3712852 APJL_0626 APJL_0627 accD folC TRUE 0.929 57.000 0.383 1.000 N NA
 3712852 3712853 APJL_0627 APJL_T014 folC   FALSE 0.190 87.000 0.000 NA   NA
 3712853 3712854 APJL_T014 APJL_0628     FALSE 0.035 218.000 0.000 NA   NA
 3712854 3712855 APJL_0628 APJL_0629   nusA TRUE 0.998 17.000 0.759 NA   NA
 3712855 3712856 APJL_0629 APJL_0630 nusA infB TRUE 0.985 22.000 0.342 1.000 N NA
 3712856 3712857 APJL_0630 APJL_0631 infB rbfA TRUE 0.945 172.000 0.530 1.000 Y NA
 3712857 3712858 APJL_0631 APJL_0632 rbfA truB TRUE 0.998 1.000 0.318 1.000 Y NA
 3712858 3712859 APJL_0632 APJL_0633 truB   TRUE 0.456 46.000 0.005 NA N NA
 3712859 3712860 APJL_0633 APJL_0634     FALSE 0.137 129.000 0.000 NA   NA
 3712861 3712862 APJL_0635 APJL_0636 pta ackA TRUE 0.975 56.000 0.634 1.000   NA
 10733335 3712864 APJL_0638 APJL_0639   ompP2B FALSE 0.026 263.000 0.000 NA   NA
 3712866 3712867 APJL_0641 APJL_0642 galU manB TRUE 0.920 113.000 0.400 1.000 N NA
 3712867 3712868 APJL_0642 APJL_0643 manB csrA TRUE 0.971 35.000 0.462 1.000 N NA
 3712868 3712869 APJL_0643 APJL_0644 csrA alaS TRUE 0.463 79.000 0.010 1.000 N NA
 3712869 3712870 APJL_0644 APJL_0645 alaS uspA FALSE 0.091 226.000 0.006 1.000 N NA
 3712872 3712873 APJL_0647 APJL_0648 sspB sspA TRUE 0.999 0.000 0.831 NA   NA
 3712874 3712875 APJL_0649 APJL_0650 purE   TRUE 0.893 10.000 0.002 1.000 N NA
 3712875 3712876 APJL_0650 APJL_0651   purK TRUE 0.469 110.000 0.013 1.000 N NA
 3712876 3712877 APJL_0651 APJL_0652 purK aspC TRUE 0.560 132.000 0.044 1.000 N NA
 3712878 3712879 APJL_0653 APJL_0654 pepP   FALSE 0.076 128.000 0.000 1.000 N NA
 3712879 3712880 APJL_0654 APJL_0655     TRUE 0.749 20.000 0.000 0.054 N NA
 3712880 3712881 APJL_0655 APJL_0656     TRUE 0.991 15.000 0.227 NA   NA
 3712881 3712882 APJL_0656 APJL_0657     TRUE 0.999 3.000 0.565 NA   NA
 3712882 3712883 APJL_0657 APJL_0658     FALSE 0.295 126.000 0.000 0.054   NA
 3712883 3712884 APJL_0658 APJL_0659     FALSE 0.119 136.000 0.000 NA   NA
 3712884 3712885 APJL_0659 APJL_0660     TRUE 0.998 1.000 0.487 NA   NA
 3712888 3712889 APJL_0663 APJL_0664   ywbN TRUE 0.999 15.000 0.812 NA Y NA
 3712889 3712890 APJL_0664 APJL_0665 ywbN   TRUE 0.976 11.000 0.029 NA   NA
 3712891 3712892 APJL_0666 APJL_0667 trpH   TRUE 0.957 4.000 0.007 NA   NA
 3712892 3712893 APJL_0667 APJL_0668   sbcB TRUE 0.969 17.000 0.006 NA Y NA
 3712893 3712894 APJL_0668 APJL_0669 sbcB eriC FALSE 0.015 242.000 0.000 1.000 N NA
 3712896 3712897 APJL_0671 APJL_0672     TRUE 0.611 87.000 0.021 NA   NA
 3712898 3712899 APJL_0673 APJL_0674 efp glnS TRUE 0.549 155.000 0.002 0.059 Y NA
 3712899 3712900 APJL_0674 APJL_0675 glnS   TRUE 0.841 3.000 0.000 NA   NA
 3712901 3712902 APJL_0676 APJL_0677     FALSE 0.029 181.000 0.000 1.000 N NA
 3712902 3712903 APJL_0677 APJL_0678   hpt TRUE 0.423 109.000 0.008 1.000 N NA
 3712903 3712904 APJL_0678 APJL_0679 hpt metB FALSE 0.101 104.000 0.000 1.000 N NA
 3712904 3712905 APJL_0679 APJL_0680 metB dapB TRUE 0.653 114.000 0.002 1.000 Y NA
 3712905 3712906 APJL_0680 APJL_0681 dapB   FALSE 0.190 59.000 0.000 NA   NA
 3712906 3712907 APJL_0681 APJL_0682     TRUE 0.999 0.000 0.733 NA   NA
 3712907 3712908 APJL_0682 APJL_0683   mtfA TRUE 0.480 25.000 0.000 NA   NA
 3712908 3712909 APJL_0683 APJL_0684 mtfA   FALSE 0.286 372.000 0.144 NA   NA
 3712911 3712912 APJL_0686 APJL_0687 torZ torY TRUE 0.865 196.000 0.240 0.046 Y NA
 3712913 3712914 APJL_0688 APJL_0689 moaA moaC TRUE 0.520 285.000 0.039 0.004 Y NA
 3712914 3712915 APJL_0689 APJL_0690 moaC moaD TRUE 0.993 22.000 0.175 0.004 Y NA
 3712915 3712916 APJL_0690 APJL_0691 moaD moaE TRUE 0.999 1.000 0.501 0.004 Y NA
 3712916 3712917 APJL_0691 APJL_0692 moaE   FALSE 0.387 81.000 0.003 NA   NA
 3712917 3712918 APJL_0692 APJL_0693     TRUE 0.949 12.000 0.007 NA   NA
 3712921 3712922 APJL_0696 APJL_0697 argA aroA TRUE 0.508 148.000 0.003 1.000 Y NA
 3712922 3712923 APJL_0697 APJL_0698 aroA hisC1 TRUE 0.988 14.000 0.029 1.000 Y NA
 3712923 3712924 APJL_0698 APJL_0699 hisC1 metC2 FALSE 0.331 200.000 0.000 0.015 Y NA
 3712924 3712925 APJL_0699 APJL_0700 metC2 serC FALSE 0.308 206.000 0.000 0.015 Y NA
 3712925 10733336 APJL_0700 APJL_0702 serC   FALSE 0.049 194.000 0.000 NA   NA
 10733336 3712926 APJL_0702 APJL_0703     FALSE 0.068 168.000 0.000 NA   NA
 3712926 3712927 APJL_0703 APJL_0704     TRUE 0.509 402.000 0.278 0.053   NA
 3712927 3712928 APJL_0704 APJL_0705     FALSE 0.010 325.000 0.000 1.000 N NA
 3712928 3712929 APJL_0705 APJL_0706     TRUE 0.996 10.000 0.385 NA N NA
 3712929 3712930 APJL_0706 APJL_0707   ppx FALSE 0.021 201.000 0.000 NA N NA
 3712931 10733337 APJL_0708 APJL_0709     FALSE 0.016 495.000 0.000 NA   NA
 3712932 3712933 APJL_0711 APJL_0712     TRUE 0.932 0.000 0.004 NA   NA
 3712933 3712934 APJL_0712 APJL_0713   dnaB2 TRUE 0.930 -28.000 0.020 NA   NA
 3712935 3712936 APJL_0714 APJL_0715     TRUE 0.971 87.000 0.356 1.000 Y NA
 3712936 3712937 APJL_0715 APJL_0716     TRUE 1.000 0.000 0.870 0.041 Y NA
 3712937 3712938 APJL_0716 APJL_0717     TRUE 1.000 2.000 0.870 1.000 Y NA
 3712938 3712939 APJL_0717 APJL_0718     TRUE 0.460 189.000 0.012 NA Y NA
 3712939 3712940 APJL_0718 APJL_0719     TRUE 1.000 10.000 0.937 NA Y NA
 3712940 3712941 APJL_0719 APJL_0720     TRUE 0.864 64.000 0.233 1.000 N NA
 3712942 3712943 APJL_0721 APJL_0722     TRUE 0.989 7.000 0.104 NA   NA
 3712943 3712944 APJL_0722 APJL_0723   tgt TRUE 0.446 73.000 0.005 NA   NA
 3712944 3712945 APJL_0723 APJL_0724 tgt   FALSE 0.182 72.000 0.000 NA   NA
 3712946 3712947 APJL_0725 APJL_0726   cspD TRUE 0.564 108.000 0.016 NA   NA
 3712947 10733338 APJL_0726 APJL_0727 cspD   FALSE 0.161 118.000 0.000 NA   NA
 10733338 3712948 APJL_0727 APJL_0729   ilvI FALSE 0.021 317.000 0.000 NA   NA
 3712948 3712949 APJL_0729 APJL_0730 ilvI ilvH TRUE 0.999 -7.000 0.371 0.002 Y NA
 3712951 3712952 APJL_0732 APJL_0733     TRUE 0.658 45.000 0.014 NA   NA
 3712952 3712953 APJL_0733 APJL_0734   ubiX FALSE 0.377 183.000 0.047 NA   NA
 3712953 3712954 APJL_0734 APJL_0735 ubiX yqgA TRUE 0.841 3.000 0.000 NA   NA
 3712954 3712955 APJL_0735 APJL_0736 yqgA   FALSE 0.243 47.000 0.000 NA   NA
 3712956 3712957 APJL_0737 APJL_0738   pyrF TRUE 0.659 80.000 0.045 1.000 N NA
 3712957 3712958 APJL_0738 APJL_0739 pyrF   TRUE 0.937 25.000 0.125 1.000 N NA
 3712958 3712959 APJL_0739 APJL_0740     TRUE 0.998 0.000 0.576 NA   NA
 3712959 3712960 APJL_0740 APJL_0741   ihfB TRUE 0.866 69.000 0.208 NA   NA
 3712960 3712961 APJL_0741 APJL_0742 ihfB rpsA TRUE 0.893 74.000 0.292 1.000 N NA
 3712961 3712962 APJL_0742 APJL_0743 rpsA cmkA TRUE 0.888 97.000 0.281 1.000 N NA
 3712962 3712963 APJL_0743 APJL_0744 cmkA degS FALSE 0.014 246.000 0.000 1.000 N NA
 3712963 3712964 APJL_0744 APJL_T015 degS   FALSE 0.106 142.000 0.000 NA   NA
 3712964 3712965 APJL_T015 APJL_0745   secG TRUE 0.658 19.000 0.000 NA   NA
 3712965 3712966 APJL_0745 APJL_0746 secG topB2 FALSE 0.342 132.000 0.008 1.000 N NA
 3712968 3712969 APJL_0748 APJL_0749 mepA aroC TRUE 0.588 95.000 0.025 1.000 N NA
 3712969 3712970 APJL_0749 APJL_0750 aroC kefA1 TRUE 0.725 22.000 0.003 1.000 N NA
 3712970 3712971 APJL_0750 APJL_0751 kefA1 kefA2 TRUE 0.996 18.000 0.222 0.088 Y NA
 3712971 3712972 APJL_0751 APJL_0752 kefA2 menE TRUE 0.931 -19.000 0.024 1.000 N NA
 3712972 3712973 APJL_0752 APJL_0753 menE seqA TRUE 0.938 18.000 0.029 1.000 N NA
 3712974 3712975 APJL_0754 APJL_0755     TRUE 0.966 8.000 0.013 NA   NA
 3712975 3712976 APJL_0755 APJL_0756   fabI FALSE 0.163 204.000 0.008 1.000   NA
 3712976 3712977 APJL_0756 APJL_0757 fabI   FALSE 0.048 195.000 0.000 NA   NA
 3712977 3712978 APJL_0757 APJL_0758     TRUE 0.995 -25.000 0.500 NA   NA
 3712978 3712979 APJL_0758 APJL_0759   rnb FALSE 0.132 132.000 0.000 NA   NA
 3712979 3712980 APJL_0759 APJL_0760 rnb lrgA1 FALSE 0.191 75.000 0.000 1.000   NA
 3712980 3712981 APJL_0760 APJL_0761 lrgA1 lrgB TRUE 0.779 -3.000 0.000 1.000   NA
 3712981 3712982 APJL_0761 APJL_0762 lrgB apaH FALSE 0.319 25.000 0.000 1.000 N NA
 3712982 3712983 APJL_0762 APJL_T016 apaH   FALSE 0.177 64.000 0.000 NA   NA
 3712985 3712986 APJL_0764 APJL_0765   perM FALSE 0.190 59.000 0.000 NA   NA
 3712986 3712987 APJL_0765 APJL_0766 perM   FALSE 0.382 30.000 0.000 NA   NA
 3712987 3712988 APJL_0766 APJL_0767   queA FALSE 0.237 48.000 0.000 NA   NA
 3712989 3712990 APJL_0768 APJL_0769 rec2   FALSE 0.357 100.000 0.002 1.000   NA
 3712991 3712992 APJL_0770 APJL_0771 dgkA   TRUE 0.705 81.000 0.070 1.000 N NA
 3712992 3712993 APJL_0771 APJL_0772     FALSE 0.190 79.000 0.000 1.000   NA
 3712993 3712994 APJL_0772 APJL_0773     FALSE 0.137 129.000 0.000 NA   NA
 3712995 3712996 APJL_T017 APJL_T018     TRUE 0.761 15.000 0.000 NA   NA
 3712996 3712997 APJL_T018 APJL_0774   lpdA FALSE 0.026 260.000 0.000 NA   NA
 3712997 3712998 APJL_0774 APJL_0775 lpdA aceF TRUE 0.978 96.000 0.463 1.000 Y NA
 3712998 3712999 APJL_0775 APJL_0776 aceF aceE TRUE 0.949 60.000 0.220 1.000 Y NA
 3712999 3713000 APJL_0776 APJL_0777 aceE pyrD FALSE 0.009 355.000 0.000 1.000 N NA
 3713000 3713001 APJL_0777 APJL_0778 pyrD prsA TRUE 0.702 74.000 0.003 1.000 Y NA
 3713001 3713002 APJL_0778 APJL_0779 prsA ispE TRUE 0.977 12.000 0.053 1.000 N NA
 3713002 3713003 APJL_0779 APJL_0780 ispE lolB TRUE 0.990 10.000 0.157 1.000 N NA
 3713003 3713004 APJL_0780 APJL_0781 lolB msbA FALSE 0.358 129.000 0.009 1.000 N NA
 3713004 3713005 APJL_0781 APJL_0782 msbA   FALSE 0.101 105.000 0.000 1.000 N NA
 3713005 3713006 APJL_0782 APJL_0783   lrgA2 TRUE 0.971 10.000 0.021 1.000   NA
 3713006 3713007 APJL_0783 APJL_0784 lrgA2   TRUE 0.458 67.000 0.006 1.000   NA
 3713011 3713012 APJL_0788 APJL_0789     FALSE 0.020 323.000 0.000 NA   NA
 3713012 3713013 APJL_0789 APJL_0790     TRUE 0.998 -3.000 0.556 NA   NA
 3713013 3713014 APJL_0790 APJL_0791     TRUE 0.998 -3.000 0.700 NA   NA
 3713014 3713015 APJL_0791 APJL_0792     FALSE 0.184 101.000 0.000 NA   NA
 3713015 3713016 APJL_0792 APJL_0793     FALSE 0.022 308.000 0.000 1.000   NA
 3713017 10733339 APJL_0794 APJL_0795     FALSE 0.016 538.000 0.000 NA   NA
 3713018 3713019 APJL_0798 APJL_0799   sapD FALSE 0.186 83.000 0.000 NA   NA
 3713019 3713020 APJL_0799 APJL_0800 sapD sapC TRUE 0.989 77.000 0.667 1.000 Y NA
 3713020 3713021 APJL_0800 APJL_0801 sapC sapB TRUE 0.994 -10.000 0.111 0.040 Y NA
 3713021 3713022 APJL_0801 APJL_0802 sapB sapA TRUE 0.989 0.000 0.103 0.040 N NA
 3713022 3713023 APJL_0802 APJL_0803 sapA tyrR TRUE 0.992 10.000 0.034 1.000 Y NA
 3713026 3713027 APJL_0806 APJL_0807 ftsB ispD TRUE 0.984 16.000 0.185 1.000 N NA
 3713027 3713028 APJL_0807 APJL_0808 ispD ispF TRUE 0.998 -3.000 0.419 1.000 Y NA
 3713029 3713030 APJL_0809 APJL_0810     FALSE 0.016 516.000 0.000 NA   NA
 3713030 3713031 APJL_0810 APJL_0811   ycbX TRUE 0.744 38.000 0.021 1.000   NA
 3713032 3713033 APJL_0812 APJL_0813   ispA TRUE 0.991 9.000 0.177 1.000 N NA
 3713034 3713035 APJL_0814 APJL_0815   lysS FALSE 0.184 101.000 0.000 NA   NA
 3713035 3713036 APJL_0815 APJL_0816 lysS cafA TRUE 0.567 135.000 0.000 0.057 Y NA
 3713038 3713039 APJL_0818 APJL_0819     TRUE 0.826 139.000 0.209 0.052 N NA
 3713040 3713041 APJL_0820 APJL_0821     FALSE 0.097 146.000 0.000 NA   NA
 3713043 10733340 APJL_T019 APJL_0823     FALSE 0.361 32.000 0.000 NA   NA
 10733340 3713044 APJL_0823 APJL_T020     FALSE 0.027 250.000 0.000 NA   NA
 3713046 3713047 APJL_0826 APJL_0827 purR1   TRUE 0.930 23.000 0.056 NA   NA
 3713048 3713049 APJL_0828 APJL_0829 gyrB ubiA FALSE 0.019 213.000 0.000 1.000 N NA
 3713049 3713050 APJL_0829 APJL_0830 ubiA glpR TRUE 0.930 0.000 0.007 1.000 N NA
 3713050 3713051 APJL_0830 APJL_0831 glpR purB FALSE 0.250 68.000 0.002 1.000 N NA
 3713051 3713052 APJL_0831 APJL_0832 purB   TRUE 0.789 57.000 0.093 NA   NA
 3713052 3713053 APJL_0832 APJL_0833   cydC FALSE 0.244 165.000 0.008 NA   NA
 3713053 3713054 APJL_0833 APJL_0834 cydC cydD TRUE 1.000 11.000 0.631 0.007 Y NA
 3713054 3713055 APJL_0834 APJL_0835 cydD   FALSE 0.190 87.000 0.000 NA   NA
 3713055 3713056 APJL_0835 APJL_0836     TRUE 0.677 -25.000 0.000 NA   NA
 3713056 3713057 APJL_0836 APJL_0837     TRUE 0.967 61.000 0.575 NA   NA
 3713057 3713058 APJL_0837 APJL_0838     TRUE 0.931 16.000 0.010 1.000   NA
 3713058 3713059 APJL_0838 APJL_0839     TRUE 0.517 168.000 0.088 1.000   NA
 3713062 3713063 APJL_0842 APJL_0843 udk dcd TRUE 0.995 9.000 0.098 1.000 Y NA
 3713065 3713066 APJL_0845 APJL_0846 acrA2 ccmA1 TRUE 0.998 4.000 0.417 0.087   NA
 3713066 3713067 APJL_0846 APJL_0847 ccmA1   TRUE 0.997 2.000 0.292 0.007   NA
 3713067 3713068 APJL_0847 APJL_0848   tolC TRUE 0.993 17.000 0.308 0.055 N NA
 3713069 3713070 APJL_0849 APJL_0850 pntB pntA TRUE 1.000 11.000 0.745 0.001 Y NA
 3713072 3713073 APJL_0852 APJL_0853     FALSE 0.178 69.000 0.000 NA   NA
 3713073 3713074 APJL_0853 APJL_0854     FALSE 0.037 213.000 0.000 NA   NA
 3713074 3713075 APJL_0854 APJL_0855     TRUE 0.570 90.000 0.014 1.000   NA
 3713075 3713076 APJL_0855 APJL_0856   bcp TRUE 0.918 0.000 0.005 1.000 N NA
 3713076 3713077 APJL_0856 APJL_0857 bcp   FALSE 0.176 65.000 0.000 NA   NA
 3713077 3713078 APJL_0857 APJL_0858     FALSE 0.170 113.000 0.000 NA   NA
 3713079 3713080 APJL_0859 APJL_0860     TRUE 0.973 99.000 0.299 0.040 Y NA
 3713080 3713081 APJL_0860 APJL_0861     TRUE 0.986 0.000 0.075 0.087 N NA
 3713081 3713082 APJL_0861 APJL_0862     TRUE 0.995 4.000 0.132 0.003   NA
 3713082 3713083 APJL_0862 APJL_0863   sdhA TRUE 0.762 50.000 0.053 1.000   NA
 3713087 3713088 APJL_0867 APJL_0868 sdaC sdaA TRUE 0.942 96.000 0.200 1.000 Y NA
 3713089 3713090 APJL_0869 APJL_0870   trpCF FALSE 0.207 204.000 0.000 1.000 Y NA
 3713091 3713092 APJL_0871 APJL_0872     TRUE 0.842 8.000 0.000 NA   NA
 3713092 3713093 APJL_0872 APJL_0873     TRUE 0.998 1.000 0.518 NA   NA
 3713093 3713094 APJL_0873 APJL_0874     TRUE 0.984 2.000 0.058 NA   NA
 3713094 3713095 APJL_0874 APJL_0875     TRUE 0.971 -3.000 0.042 NA   NA
 3713097 3713098 APJL_0877 APJL_0878     FALSE 0.202 55.000 0.000 NA   NA
 3713098 3713099 APJL_0878 APJL_0879   smpB TRUE 0.737 -7.000 0.000 NA   NA
 3713099 3713100 APJL_0879 APJL_0880 smpB serS FALSE 0.314 118.000 0.004 1.000 N NA
 3713101 3713102 APJL_0881 APJL_0882     TRUE 0.703 94.000 0.043 1.000   NA
 3713102 3713103 APJL_0882 APJL_0883   pepE TRUE 0.964 11.000 0.022 1.000 N NA
 3713104 3713105 APJL_0884 APJL_0885 leuS rlpB TRUE 0.832 100.000 0.182 NA N NA
 3713105 3713106 APJL_0885 APJL_0886 rlpB holA TRUE 0.835 109.000 0.199 NA N NA
 3713107 3713108 APJL_0887 APJL_0888 yacG coaE TRUE 0.953 -18.000 0.033 1.000   NA
 3713108 3713109 APJL_0888 APJL_0889 coaE hopD TRUE 0.785 22.000 0.003 1.000   NA
 3713109 3713110 APJL_0889 APJL_0890 hopD hofC TRUE 0.925 27.000 0.100 1.000   NA
 3713110 3713111 APJL_0890 APJL_0891 hofC hofB TRUE 0.999 -16.000 0.571 1.000 Y NA
 3713111 3713112 APJL_0891 APJL_0892 hofB apfA TRUE 0.998 18.000 0.556 1.000 Y NA
 3713114 3713115 APJL_0894 APJL_0895   folA FALSE 0.142 127.000 0.000 NA   NA
 3713116 3713117 APJL_0896 APJL_0897 proB   TRUE 0.959 13.000 0.014 1.000   NA
 3713117 3713118 APJL_0897 APJL_0898   nth TRUE 0.936 1.000 0.003 1.000   NA
 3713118 3713119 APJL_0898 APJL_0899 nth fadI FALSE 0.014 244.000 0.000 1.000 N NA
 3713119 3713120 APJL_0899 APJL_0900 fadI fadJ TRUE 0.999 10.000 0.430 1.000 Y NA
 3713120 3713121 APJL_0900 APJL_0901 fadJ   TRUE 0.634 91.000 0.024 NA   NA
 3713122 3713123 APJL_0902 APJL_0903   fdhD TRUE 0.842 2.000 0.000 1.000   NA
 3713124 3713125 APJL_0904 APJL_0905 bisC1 bisC2 TRUE 0.986 49.000 0.600 0.003   NA
 3713125 3713126 APJL_0905 APJL_0906 bisC2 hybA1 TRUE 0.996 0.000 0.238 0.002   NA
 3713126 3713127 APJL_0906 APJL_0907 hybA1 fdnI TRUE 0.999 -7.000 0.381 0.002 Y NA
 3713127 3713128 APJL_0907 APJL_0908 fdnI fdhE TRUE 0.854 110.000 0.222 NA N NA
 3713129 3713130 APJL_T021 APJL_T022     FALSE 0.282 41.000 0.000 NA   NA
 3713131 3713132 APJL_0909 APJL_0910 folD   FALSE 0.303 145.000 0.011 1.000 N NA
 3713133 3713134 APJL_0911 APJL_0912 dapA lpxL TRUE 0.552 159.000 0.009 1.000 Y NA
 3713136 3713137 APJL_0914 APJL_0915 truA folE FALSE 0.322 79.000 0.003 1.000 N NA
 3713139 3713140 APJL_0917 APJL_0918   wbbJ TRUE 0.757 59.000 0.075 NA   NA
 3713140 3713141 APJL_0918 APJL_0919 wbbJ   TRUE 0.759 84.000 0.080 1.000   NA
 3713143 3713144 APJL_0921 APJL_0922 plpB hlpA TRUE 0.545 114.000 0.000 NA Y NA
 3713144 3713145 APJL_0922 APJL_0923 hlpA   TRUE 0.983 26.000 0.205 NA Y NA
 3713145 3713146 APJL_0923 APJL_0924   metN TRUE 0.991 -10.000 0.112 1.000 Y NA
 3713146 3713147 APJL_0924 APJL_0925 metN cysS FALSE 0.024 198.000 0.000 1.000 N NA
 3713148 3713149 APJL_0926 APJL_0927 ppiB cca TRUE 0.680 29.000 0.008 1.000 N NA
 3713149 3713150 APJL_0927 APJL_0928 cca   FALSE 0.053 145.000 0.000 1.000 N NA
 3713150 3713151 APJL_0928 APJL_0929     TRUE 0.999 12.000 0.500 0.052 Y NA
 3713153 3713154 APJL_0931 APJL_0932     FALSE 0.199 56.000 0.000 NA   NA
 3713155 3713156 APJL_0933 APJL_0934   fdx2 TRUE 0.998 0.000 0.625 1.000   NA
 3713156 3713157 APJL_0934 APJL_0935 fdx2 hscA TRUE 0.975 121.000 0.794 1.000 N NA
 3713157 3713158 APJL_0935 APJL_0936 hscA   TRUE 0.550 119.000 0.019 NA   NA
 3713158 3713159 APJL_0936 APJL_0937     FALSE 0.414 28.000 0.000 NA   NA
 3713159 3713160 APJL_0937 APJL_0938   hscB FALSE 0.237 48.000 0.000 NA   NA
 3713160 3713161 APJL_0938 APJL_0939 hscB iscA TRUE 0.998 10.000 0.500 1.000   NA
 3713161 3713162 APJL_0939 APJL_0940 iscA iscU TRUE 0.924 142.000 0.359 0.003   NA
 3713162 3713163 APJL_0940 APJL_0941 iscU iscS TRUE 0.901 134.000 0.448 1.000 N NA
 3713163 3713164 APJL_0941 APJL_0942 iscS   TRUE 0.936 55.000 0.424 NA N NA
 3713165 3713166 APJL_0943 APJL_0944 ompP1 ogt TRUE 0.491 86.000 0.012 1.000 N NA
 3713167 3713168 APJL_0945 APJL_0946 arcB   FALSE 0.344 106.000 0.000 0.086   NA
 3713168 3713169 APJL_0946 APJL_0947     TRUE 0.582 116.000 0.023 NA   NA
 3713169 3713170 APJL_0947 APJL_0948   bioD2 TRUE 0.942 -10.000 0.020 NA   NA
 3713170 3713171 APJL_0948 APJL_0949 bioD2 bioC TRUE 0.989 0.000 0.081 0.003 N NA
 3713171 3713172 APJL_0949 APJL_0950 bioC   TRUE 0.967 -12.000 0.065 NA   NA
 3713172 3713173 APJL_0950 APJL_0951   bioF TRUE 0.997 10.000 0.389 NA   NA
 3713173 3713174 APJL_0951 APJL_0952 bioF bioA TRUE 0.974 27.000 0.056 0.015 Y NA
 3713178 3713179 APJL_0956 APJL_0957     FALSE 0.020 319.000 0.000 NA   NA
 3713179 3713180 APJL_0957 APJL_0958     FALSE 0.017 412.000 0.000 NA   NA
 3713182 3713183 APJL_0960 APJL_0961     TRUE 0.961 -7.000 0.032 NA   NA
 3713183 3713184 APJL_0961 APJL_0962     FALSE 0.088 154.000 0.000 1.000   NA
 3713185 3713186 APJL_0963 APJL_0964     TRUE 0.812 0.000 0.000 NA   NA
 3713187 3713188 APJL_0965 APJL_0966   apxIIB FALSE 0.272 42.000 0.000 NA   NA
 3713188 3713189 APJL_0966 APJL_0967 apxIIB apxIIA FALSE 0.182 65.000 0.000 1.000   NA
 3713189 3713190 APJL_0967 APJL_0968 apxIIA apxIIC TRUE 0.993 39.000 1.000 1.000   NA
 3713190 3713191 APJL_0968 APJL_0969 apxIIC   FALSE 0.060 177.000 0.000 1.000   NA
 3713191 3713192 APJL_0969 APJL_0970     TRUE 0.717 30.000 0.007 NA   NA
 3713193 3713194 APJL_0971 APJL_0972 purH   FALSE 0.182 109.000 0.000 1.000   NA
 3713195 3713196 APJL_0973 APJL_0974     TRUE 0.785 14.000 0.000 NA   NA
 3713196 3713197 APJL_0974 APJL_0975     FALSE 0.190 92.000 0.000 NA   NA
 3713197 3713198 APJL_0975 APJL_0976     FALSE 0.099 145.000 0.000 NA   NA
 3713198 3713199 APJL_0976 APJL_0977     TRUE 0.772 -3.000 0.000 NA   NA
 3713199 3713200 APJL_0977 APJL_0978     FALSE 0.065 170.000 0.000 NA   NA
 3713200 3713201 APJL_0978 APJL_0979     TRUE 0.772 -3.000 0.000 NA   NA
 3713201 3713202 APJL_0979 APJL_0980     FALSE 0.237 48.000 0.000 NA   NA
 3713202 3713203 APJL_0980 APJL_0981   imp FALSE 0.027 183.000 0.000 NA N NA
 3713203 3713204 APJL_0981 APJL_0982 imp hemN TRUE 0.530 57.000 0.015 1.000 N NA
 3713204 3713205 APJL_0982 APJL_0983 hemN   TRUE 0.958 30.000 0.244 NA   NA
 3713205 3713206 APJL_0983 APJL_0984     TRUE 0.998 16.000 0.679 NA   NA
 3713206 3713207 APJL_0984 APJL_0985     FALSE 0.092 149.000 0.000 NA   NA
 3713209 3713210 APJL_0987 APJL_0988   glnE TRUE 0.436 97.000 0.005 NA   NA
 3713210 3713211 APJL_0988 APJL_0989 glnE   TRUE 0.434 75.000 0.005 NA   NA
 3713211 3713212 APJL_0989 APJL_0990     TRUE 0.988 11.000 0.114 NA   NA
 3713212 3713213 APJL_0990 APJL_0991   ispZ TRUE 0.980 -13.000 0.167 NA N NA
 3713213 3713214 APJL_0991 APJL_0992 ispZ   TRUE 0.961 2.000 0.010 NA   NA
 3713215 3713216 APJL_0993 APJL_0994     TRUE 0.804 13.000 0.000 NA   NA
 3713216 3713217 APJL_0994 APJL_0995     TRUE 0.772 -3.000 0.000 NA   NA
 3713217 3713218 APJL_0995 APJL_0996     FALSE 0.039 207.000 0.000 NA   NA
 3713218 3713219 APJL_0996 APJL_0997   xthA TRUE 0.670 52.000 0.024 1.000   NA
 3713220 3713221 APJL_0998 APJL_0999 lysR1   TRUE 0.714 1.000 0.000 1.000 N NA
 3713221 3713222 APJL_0999 APJL_1000   lbgA TRUE 0.999 2.000 0.333 1.000 Y NA
 3713227 3713228 APJL_1005 APJL_1006 katA   FALSE 0.069 167.000 0.000 NA   NA
 3713228 3713229 APJL_1006 APJL_1007     TRUE 0.630 20.000 0.000 NA   NA
 3713229 3713230 APJL_1007 APJL_1008     FALSE 0.176 113.000 0.000 1.000   NA
 3713230 3713231 APJL_1008 APJL_1009   nrdA FALSE 0.038 214.000 0.000 1.000   NA
 3713231 3713232 APJL_1009 APJL_1010 nrdA nrdB FALSE 0.218 297.000 0.000 0.002 Y NA
 3713232 3713233 APJL_1010 APJL_1011 nrdB galT FALSE 0.013 262.000 0.000 1.000 N NA
 3713233 3713234 APJL_1011 APJL_1012 galT galK TRUE 0.985 28.000 0.370 0.001 N NA
 3713234 3713235 APJL_1012 APJL_1013 galK galM TRUE 0.773 58.000 0.009 1.000 Y NA
 3713235 3713236 APJL_1013 APJL_1014 galM lacZ TRUE 0.995 25.000 0.333 0.002 Y NA
 10733341 3713237 APJL_1016 APJL_1017     TRUE 0.451 26.000 0.000 NA   NA
 3713237 3713238 APJL_1017 APJL_1018   mrp FALSE 0.046 197.000 0.000 NA   NA
 3713238 3713239 APJL_1018 APJL_1019 mrp   TRUE 0.954 4.000 0.011 1.000 N NA
 3713239 3713240 APJL_1019 APJL_1020     TRUE 0.927 15.000 0.012 NA N NA
 3713240 3713241 APJL_1020 APJL_1021   ppiD TRUE 0.435 122.000 0.008 NA   NA
 3713242 3713243 APJL_1022 APJL_1023 nhaP rpsO FALSE 0.224 122.000 0.002 1.000 N NA
 3713243 3713244 APJL_1023 APJL_1024 rpsO   FALSE 0.184 78.000 0.000 NA   NA
 3713245 3713246 APJL_1025 APJL_1026 hemY hemX TRUE 1.000 12.000 0.765 1.000 Y NA
 3713246 3713247 APJL_1026 APJL_1027 hemX hemD TRUE 0.999 10.000 0.600 1.000 Y NA
 3713247 3713248 APJL_1027 APJL_1028 hemD hemC TRUE 0.967 60.000 0.205 0.002 Y NA
 3713250 3713251 APJL_1030 APJL_1031 groEL groES TRUE 0.993 60.000 0.631 0.010 Y NA
 3713251 3713252 APJL_1031 APJL_1032 groES deoD FALSE 0.019 212.000 0.000 1.000 N NA
 3713252 3713253 APJL_1032 APJL_1033 deoD deoC TRUE 0.799 59.000 0.014 1.000 Y NA
 3713253 3713254 APJL_1033 APJL_1034 deoC   TRUE 0.660 137.000 0.009 1.000 Y NA
 3713256 3713257 APJL_1036 APJL_1037 eda rbsK1 TRUE 1.000 15.000 1.000 1.000 Y NA
 3713257 3713258 APJL_1037 APJL_1038 rbsK1 uxaC TRUE 0.867 43.000 0.118 1.000   NA
 3713259 3713260 APJL_1039 APJL_1040     TRUE 0.985 4.000 0.059 1.000   NA
 3713260 3713261 APJL_1040 APJL_1041     TRUE 0.686 -25.000 0.000 1.000   NA
 3713261 3713262 APJL_1041 APJL_1042     FALSE 0.029 244.000 0.000 1.000   NA
 3713263 3713264 APJL_1043 APJL_1044 lsgF lsgE TRUE 0.984 0.000 0.084 NA   NA
 3713264 3713265 APJL_1044 APJL_1045 lsgE   TRUE 0.981 -7.000 0.121 NA   NA
 3713265 3713266 APJL_1045 APJL_1046   lsgD TRUE 0.996 1.000 0.318 NA   NA
 3713266 3713267 APJL_1046 APJL_1047 lsgD   TRUE 0.986 -3.000 0.136 NA   NA
 3713267 3713268 APJL_1047 APJL_1048     TRUE 0.868 53.000 0.174 NA   NA
 3713270 3713271 APJL_1050 APJL_1051 priA pheA FALSE 0.100 61.000 0.000 1.000 N NA
 3713271 3713272 APJL_1051 APJL_1052 pheA prlC TRUE 0.738 123.000 0.012 1.000 Y NA
 3713272 3713273 APJL_1052 APJL_1053 prlC pflA FALSE 0.276 141.000 0.007 1.000 N NA
 3713273 3713274 APJL_1053 APJL_1054 pflA pflB TRUE 0.446 128.000 0.018 1.000 N NA
 3713274 3713275 APJL_1054 APJL_1055 pflB focA TRUE 0.831 93.000 0.172 1.000 N NA
 3713277 3713278 APJL_1057 APJL_1058 htpX dinP TRUE 0.589 88.000 0.024 1.000 N NA
 3713281 3713282 APJL_1061 APJL_1062     TRUE 0.598 44.000 0.008 1.000   NA
 3713282 3713283 APJL_1062 APJL_1063   rarD TRUE 0.999 1.000 0.600 0.084   NA
 3713283 3713284 APJL_1063 APJL_1064 rarD   TRUE 0.976 -3.000 0.026 0.084   NA
 3713285 3713286 APJL_1065 APJL_1066 hgbA hugZ FALSE 0.192 60.000 0.000 1.000   NA
 3713286 3713287 APJL_1066 APJL_1067 hugZ nrfG FALSE 0.021 204.000 0.000 1.000 N NA
 3713287 3713288 APJL_1067 APJL_1068 nrfG nrfF TRUE 0.998 -22.000 0.464 NA Y NA
 3713288 3713289 APJL_1068 APJL_1069 nrfF dsbE2 TRUE 0.987 0.000 0.115 NA   NA
 3713289 3713290 APJL_1069 APJL_1070 dsbE2 nfrE TRUE 0.991 2.000 0.143 1.000   NA
 3713290 3713291 APJL_1070 APJL_1071 nfrE kefB TRUE 0.555 171.000 0.143 1.000 N NA
 3713291 3713292 APJL_1071 APJL_1072 kefB cyaA TRUE 0.673 89.000 0.049 1.000 N NA
 3713293 3713294 APJL_1073 APJL_1074 fabB   FALSE 0.024 192.000 0.000 NA N NA
 3713294 3713295 APJL_1074 APJL_1075     TRUE 0.999 6.000 0.500 NA Y NA
 3713295 3713296 APJL_1075 APJL_1076     FALSE 0.095 147.000 0.000 NA   NA
 3713296 3713297 APJL_1076 APJL_1077     FALSE 0.199 56.000 0.000 NA   NA
 3713297 3713298 APJL_1077 APJL_1078     FALSE 0.282 41.000 0.000 NA   NA
 3713298 3713299 APJL_1078 APJL_1079   ygiX FALSE 0.302 38.000 0.000 NA   NA
 3713299 3713300 APJL_1079 APJL_1080 ygiX ygiY TRUE 0.999 -7.000 0.526 1.000 Y NA
 3713302 3713303 APJL_1082 APJL_1083 yajC secD TRUE 0.864 60.000 0.045 NA Y NA
 3713303 3713304 APJL_1083 APJL_1084 secD secF TRUE 0.998 11.000 0.206 0.001 Y NA
 3713304 3713305 APJL_1084 APJL_1085 secF ftnA FALSE 0.313 150.000 0.015 1.000 N NA
 3713305 3713306 APJL_1085 APJL_1086 ftnA ftnB TRUE 0.999 0.000 0.300 0.001 Y NA
 3713306 3713307 APJL_1086 APJL_1087 ftnB   FALSE 0.231 240.000 0.043 1.000   NA
 3713310 3713311 APJL_1090 APJL_1091 thiI purA FALSE 0.051 238.000 0.002 1.000 N NA
 3713311 3713312 APJL_1091 APJL_1092 purA hflC FALSE 0.220 187.000 0.019 1.000 N NA
 3713312 3713313 APJL_1092 APJL_1093 hflC hflK TRUE 1.000 3.000 0.947 0.011 Y NA
 3713313 3713314 APJL_1093 APJL_1094 hflK trxA FALSE 0.160 178.000 0.004 1.000   NA
 3713314 3713315 APJL_1094 APJL_1095 trxA   FALSE 0.303 136.000 0.004 1.000   NA
 3713315 3713316 APJL_1095 APJL_1096   metK FALSE 0.039 162.000 0.000 1.000 N NA
 3713317 3713318 APJL_1097 APJL_1098   arcD1 TRUE 0.930 91.000 0.150 1.000 Y NA
 3713318 3713319 APJL_1098 APJL_1099 arcD1 arcD2 TRUE 0.746 96.000 0.000 0.001 Y NA
 3713319 3713320 APJL_1099 APJL_1100 arcD2   TRUE 0.840 9.000 0.000 NA   NA
 3713320 3713321 APJL_1100 APJL_1101   argE TRUE 0.761 15.000 0.000 NA   NA
 3713324 3713325 APJL_1104 APJL_1105 acr3 arsC TRUE 0.997 12.000 0.176 1.000 Y NA
 3713325 3713326 APJL_1105 APJL_1106 arsC   TRUE 0.723 60.000 0.081 1.000 N NA
 3713326 3713327 APJL_1106 APJL_1107   aspA FALSE 0.076 128.000 0.000 1.000 N NA
 3713327 3713328 APJL_1107 APJL_1108 aspA   FALSE 0.374 141.000 0.011 NA   NA
 3713328 3713329 APJL_1108 APJL_1109   purM FALSE 0.383 74.000 0.003 NA   NA
 3713330 3713331 APJL_1110 APJL_1111 dspB queC FALSE 0.096 148.000 0.000 1.000   NA
 3713331 3713332 APJL_1111 APJL_1112 queC   TRUE 0.972 -7.000 0.062 1.000   NA
 3713332 3713333 APJL_1112 APJL_1113     TRUE 0.643 93.000 0.037 1.000 N NA
 3713334 3713335 APJL_1114 APJL_1115     FALSE 0.199 56.000 0.000 NA   NA
 3713335 3713336 APJL_1115 APJL_1116   pepA FALSE 0.019 344.000 0.000 NA   NA
 3713337 3713338 APJL_1117 APJL_1118     FALSE 0.022 298.000 0.000 NA   NA
 3713338 3713339 APJL_1118 APJL_1119     TRUE 0.999 1.000 0.631 0.072   NA
 3713339 3713340 APJL_1119 APJL_1120   dnaE FALSE 0.094 207.000 0.002 1.000   NA
 3713341 3713342 APJL_1121 APJL_1122   purT1 TRUE 0.785 14.000 0.000 NA   NA
 3713342 3713343 APJL_1122 APJL_1123 purT1   FALSE 0.015 877.000 0.000 NA   NA
 3713343 3713344 APJL_1123 APJL_1124     TRUE 0.684 -22.000 0.000 NA   NA
 3713344 3713345 APJL_1124 APJL_1125   purT2 FALSE 0.015 704.000 0.000 NA   NA
 3713345 3713346 APJL_1125 APJL_1126 purT2 plsB TRUE 0.465 123.000 0.017 1.000 N NA
 3713347 3713348 APJL_1127 APJL_1128 lexA mutH TRUE 0.620 60.000 0.013 0.050 N NA
 3713348 3713349 APJL_1128 APJL_1129 mutH   TRUE 0.677 86.000 0.052 1.000 N NA
 3713349 3713350 APJL_1129 APJL_1130   nagZ FALSE 0.092 115.000 0.000 1.000 N NA
 3713350 3713351 APJL_1130 APJL_1131 nagZ trmA1 TRUE 0.538 81.000 0.019 1.000 N NA
 3713351 3713352 APJL_1131 APJL_1132 trmA1 eno FALSE 0.020 207.000 0.000 1.000 N NA
 3713352 3713353 APJL_1132 APJL_1133 eno   FALSE 0.319 25.000 0.000 1.000 N NA
 3713353 3713354 APJL_1133 APJL_1134     TRUE 0.964 14.000 0.023 NA   NA
 3713355 3713356 APJL_1135 APJL_1136 recQ cyaY TRUE 0.612 85.000 0.030 NA N NA
 3713356 3713357 APJL_1136 APJL_1137 cyaY lpsA1 TRUE 0.840 9.000 0.000 NA   NA
 3713357 3713358 APJL_1137 APJL_1138 lpsA1 lpsA2 TRUE 0.944 4.000 0.000 0.008   NA
 3713358 3713359 APJL_1138 APJL_1139 lpsA2 gcp FALSE 0.290 41.000 0.000 1.000   NA
 3713359 3713360 APJL_1139 APJL_1140 gcp   FALSE 0.352 92.000 0.002 1.000   NA
 3713362 3713363 APJL_1142 APJL_1143   pfkA FALSE 0.181 61.000 0.000 NA   NA
 3713363 3713364 APJL_1143 APJL_1144 pfkA nifS TRUE 0.458 110.000 0.011 1.000 N NA
 3713364 3713365 APJL_1144 APJL_1145 nifS   TRUE 0.995 0.000 0.321 1.000 N NA
 3713365 3713366 APJL_1145 APJL_1146     FALSE 0.097 66.000 0.000 1.000 N NA
 3713366 3713367 APJL_1146 APJL_1147     FALSE 0.017 467.000 0.000 NA   NA
 3713367 3713368 APJL_1147 APJL_1148   cytB562 TRUE 0.729 94.000 0.057 NA   NA
 3713369 3713370 APJL_1149 APJL_1150     FALSE 0.226 144.000 0.005 NA N NA
 3713370 3713371 APJL_1150 APJL_1151   waaA TRUE 0.983 0.000 0.008 NA Y NA
 3713371 3713372 APJL_1151 APJL_1152 waaA coaD TRUE 0.964 2.000 0.020 1.000 N NA
 3713372 3713373 APJL_1152 APJL_1153 coaD   TRUE 0.922 3.000 0.004 1.000 N NA
 3713373 3713374 APJL_1153 APJL_1154     TRUE 0.951 8.000 0.006 NA   NA
 3713374 3713375 APJL_1154 APJL_1155   amiB TRUE 0.946 24.000 0.109 NA   NA
 3713376 3713377 APJL_1156 APJL_1157 pgi   TRUE 0.689 37.000 0.010 NA   NA
 3713377 3713378 APJL_1157 APJL_T023     FALSE 0.160 119.000 0.000 NA   NA
 3713378 3713379 APJL_T023 APJL_T024     FALSE 0.247 46.000 0.000 NA   NA
 3713379 3713380 APJL_T024 APJL_T025     TRUE 0.541 23.000 0.000 NA   NA
 3713380 3713381 APJL_T025 APJL_T026     TRUE 0.831 1.000 0.000 NA   NA
 3713381 3713382 APJL_T026 APJL_1158   aroE FALSE 0.060 175.000 0.000 NA   NA
 3713382 3713383 APJL_1158 APJL_1159 aroE   TRUE 0.984 7.000 0.087 NA N NA
 3713383 3713384 APJL_1159 APJL_1160     TRUE 0.980 -7.000 0.137 NA N NA
 3713384 3713385 APJL_1160 APJL_1161     TRUE 0.772 -3.000 0.000 NA   NA
 3713385 3713386 APJL_1161 APJL_1162   recX TRUE 0.478 51.000 0.004 NA   NA
 3713386 3713387 APJL_1162 APJL_1163 recX recA TRUE 0.921 54.000 0.296 1.000   NA
 3713387 3713388 APJL_1163 APJL_1164 recA   FALSE 0.292 114.000 0.003 1.000 N NA
 3713388 3713389 APJL_1164 APJL_1165   pabB TRUE 0.994 -22.000 0.219 1.000 Y NA
 3713390 3713391 APJL_1166 APJL_1167 rmuC trpG TRUE 0.952 -16.000 0.032 NA   NA
 3713391 3713392 APJL_1167 APJL_1168 trpG   TRUE 0.599 72.000 0.021 NA   NA
 3713392 3713393 APJL_1168 APJL_1169   aspS FALSE 0.063 172.000 0.000 NA   NA
 3713393 3713394 APJL_1169 APJL_1170 aspS mutT2 TRUE 0.667 100.000 0.050 1.000 N NA
 3713394 3713395 APJL_1170 APJL_1171 mutT2   TRUE 0.904 24.000 0.035 NA   NA
 3713395 3713396 APJL_1171 APJL_1172     FALSE 0.128 133.000 0.000 NA   NA
 3713396 3713397 APJL_1172 APJL_1173   ruvC FALSE 0.185 60.000 0.000 NA   NA
 3713398 3713399 APJL_1174 APJL_1175   metE FALSE 0.206 158.000 0.000 0.017   NA
 3713399 3713400 APJL_1175 APJL_1176 metE citT FALSE 0.016 231.000 0.000 1.000 N NA
 3713402 3713403 APJL_1178 APJL_1179     FALSE 0.133 133.000 0.000 1.000   NA
 3713403 3713404 APJL_1179 APJL_1180     TRUE 0.885 72.000 0.075 NA Y NA
 3713404 3713405 APJL_1180 APJL_1181     FALSE 0.045 199.000 0.000 NA   NA
 3713405 3713406 APJL_1181 APJL_1182     FALSE 0.164 116.000 0.000 NA   NA
 3713407 3713408 APJL_1183 APJL_1184 trpE pabA TRUE 1.000 14.000 0.703 0.001 Y NA
 3713408 3713409 APJL_1184 APJL_1185 pabA trpD TRUE 0.899 57.000 0.083 1.000 Y NA
 3713409 3713410 APJL_1185 APJL_1186 trpD   FALSE 0.154 43.000 0.000 1.000 N NA
 3713413 3713414 APJL_1189 APJL_1190 rplI rpsR TRUE 0.999 18.000 0.499 0.020 Y NA
 3713414 3713415 APJL_1190 APJL_1191 rpsR priB TRUE 0.972 -25.000 0.128 1.000 N NA
 3713415 3713416 APJL_1191 APJL_1192 priB rpsF TRUE 0.971 -25.000 0.122 1.000 N NA
 3713418 3713419 APJL_1194 APJL_1195     TRUE 0.427 128.000 0.009 1.000   NA
 3713419 3713420 APJL_1195 APJL_1196   hisS TRUE 0.991 16.000 0.259 1.000   NA
 3713420 3713421 APJL_1196 APJL_1197 hisS   FALSE 0.218 51.000 0.000 NA   NA
 3713421 3713422 APJL_1197 APJL_1198   ispG TRUE 0.761 15.000 0.000 NA   NA
 3713422 3713423 APJL_1198 APJL_1199 ispG   TRUE 0.994 10.000 0.233 1.000   NA
 3713425 3713426 APJL_1201 APJL_1202 argH   FALSE 0.025 281.000 0.000 1.000   NA
 3713427 3713428 APJL_1203 APJL_1204 kefBC   FALSE 0.019 353.000 0.000 NA   NA
 3713428 3713429 APJL_1204 APJL_1205     TRUE 0.711 17.000 0.000 NA   NA
 3713435 3713436 APJL_1211 APJL_1212     TRUE 0.564 70.000 0.000 NA Y NA
 3713438 3713439 APJL_1214 APJL_1215 nfnB marC FALSE 0.036 163.000 0.000 NA N NA
 3713439 3713440 APJL_1215 APJL_1216 marC   FALSE 0.370 31.000 0.000 NA   NA
 3713441 3713442 APJL_1217 APJL_1218     TRUE 0.768 15.000 0.000 1.000   NA
 3713442 3713443 APJL_1218 APJL_1219   pilT FALSE 0.059 176.000 0.000 NA   NA
 3713443 3713444 APJL_1219 APJL_1220 pilT   TRUE 0.988 10.000 0.100 NA   NA
 3713444 3713445 APJL_1220 APJL_1221   adh1 FALSE 0.090 150.000 0.000 NA   NA
 3713445 3713446 APJL_1221 APJL_1222 adh1   FALSE 0.044 155.000 0.000 1.000 N NA
 3713447 3713448 APJL_1223 APJL_1224     TRUE 0.812 0.000 0.000 NA   NA
 3713449 3713450 APJL_1225 APJL_1226 tehA   FALSE 0.191 99.000 0.000 1.000   NA
 3713450 3713451 APJL_1226 APJL_1227     FALSE 0.031 238.000 0.000 1.000   NA
 3713451 3713452 APJL_1227 APJL_1228     FALSE 0.196 87.000 0.000 1.000   NA
 3713452 3713453 APJL_1228 APJL_1229   luxS FALSE 0.398 106.000 0.006 1.000 N NA
 3713453 3713454 APJL_1229 APJL_1230 luxS   TRUE 0.549 55.000 0.010 1.000   NA
 3713454 3713455 APJL_1230 APJL_1231   fur FALSE 0.117 286.000 0.014 1.000   NA
 3713455 3713456 APJL_1231 APJL_1232 fur fldA TRUE 0.928 29.000 0.156 1.000 N NA
 3713456 3713457 APJL_1232 APJL_1233 fldA   TRUE 0.991 22.000 0.473 1.000   NA
 3713457 3713458 APJL_1233 APJL_1234     FALSE 0.046 200.000 0.000 1.000   NA
 3713459 3713460 APJL_1235 APJL_1236     FALSE 0.388 61.000 0.003 1.000   NA
 3713460 3713461 APJL_1236 APJL_1237     TRUE 0.720 110.000 0.065 NA   NA
 3713461 3713462 APJL_1237 APJL_1238     TRUE 0.945 0.000 0.007 NA   NA
 3713463 3713464 APJL_1239 APJL_1240 infA aphA FALSE 0.413 92.000 0.004 NA   NA
 3713465 3713466 APJL_1241 APJL_1242 serB   TRUE 0.614 50.000 0.014 NA   NA
 3713466 3713467 APJL_1242 APJL_1243     FALSE 0.229 49.000 0.000 NA   NA
 3713467 3713468 APJL_1243 APJL_1244   glgP TRUE 0.899 108.000 0.286 NA   NA
 3713469 3713470 APJL_1245 APJL_1246 malT   FALSE 0.172 115.000 0.000 1.000   NA
 3713470 3713471 APJL_1246 APJL_1247     TRUE 0.797 72.000 0.114 1.000   NA
 3713471 3713472 APJL_1247 APJL_1248   malK TRUE 0.912 70.000 0.067 0.052 Y NA
 3713473 3713474 APJL_1249 APJL_1250 malE malF TRUE 0.858 79.000 0.040 1.000 Y NA
 3713474 3713475 APJL_1250 APJL_1251 malF malG TRUE 0.996 51.000 0.814 0.038 Y NA
 3713475 3713476 APJL_1251 APJL_1252 malG malQ TRUE 0.873 91.000 0.051 1.000 Y NA
 3713476 3713477 APJL_1252 APJL_1253 malQ   FALSE 0.018 218.000 0.000 1.000 N NA
 3713477 3713478 APJL_1253 APJL_1254     FALSE 0.391 66.000 0.007 NA N NA
 3713479 3713480 APJL_1255 APJL_1256 lpd   TRUE 0.477 86.000 0.006 NA   NA
 3713480 3713481 APJL_1256 APJL_1257     TRUE 0.608 102.000 0.022 NA   NA
 3713481 3713482 APJL_1257 APJL_1258     TRUE 0.542 163.000 0.091 NA   NA
 3713482 3713483 APJL_1258 APJL_1259     TRUE 0.999 0.000 0.880 NA   NA
 3713483 3713484 APJL_1259 APJL_1260   sapF TRUE 0.590 74.000 0.026 NA N NA
 3713484 3713485 APJL_1260 APJL_1261 sapF fba FALSE 0.400 116.000 0.008 1.000 N NA
 3713485 3713486 APJL_1261 APJL_1262 fba pgk TRUE 0.920 101.000 0.056 0.006 Y NA
 3713486 3713487 APJL_1262 APJL_1263 pgk   FALSE 0.042 158.000 0.000 1.000 N NA
 3713487 3713488 APJL_1263 APJL_1264     FALSE 0.258 233.000 0.000 0.011 Y NA
 3713488 3713489 APJL_1264 APJL_1265     FALSE 0.191 305.000 0.000 0.011 Y NA
 3713489 3713490 APJL_1265 APJL_1266   parE FALSE 0.025 196.000 0.000 1.000 N NA
 3713490 3713491 APJL_1266 APJL_1267 parE phoR FALSE 0.266 78.000 0.000 0.096 N NA
 3713491 3713492 APJL_1267 APJL_1268 phoR phoB TRUE 0.999 0.000 0.453 0.004 Y NA
 3713492 3713493 APJL_1268 APJL_1269 phoB pstB FALSE 0.319 175.000 0.008 0.003 N NA
 3713493 3713494 APJL_1269 APJL_1270 pstB pstA TRUE 1.000 9.000 0.526 0.002 Y NA
 3713494 3713495 APJL_1270 APJL_1271 pstA pstC TRUE 0.999 0.000 0.537 0.002 Y NA
 3713495 3713496 APJL_1271 APJL_1272 pstC pstS TRUE 0.861 149.000 0.072 0.002 Y NA
 3713496 3713497 APJL_1272 APJL_1273 pstS   FALSE 0.084 122.000 0.000 1.000 N NA
 3713498 3713499 APJL_1274 APJL_1275     TRUE 0.687 18.000 0.000 NA   NA
 3713499 3713500 APJL_1275 APJL_1276   copA TRUE 0.872 239.000 0.333 0.002 Y NA
 3713501 3713502 APJL_1277 APJL_1278     TRUE 0.829 28.000 0.006 0.022   NA
 3713503 3713504 APJL_1279 APJL_1280 sppA   FALSE 0.041 159.000 0.000 1.000 N NA
 3713504 3713505 APJL_1280 APJL_1281   sprT TRUE 0.790 31.000 0.019 1.000   NA
 3713505 3713506 APJL_1281 APJL_1282 sprT ndh TRUE 0.558 105.000 0.014 1.000   NA
 3713507 3713508 APJL_1283 APJL_1284   pilF FALSE 0.410 75.000 0.007 1.000 N NA
 3713508 3713509 APJL_1284 APJL_1285 pilF   TRUE 0.765 54.000 0.067 1.000   NA
 3713509 3713510 APJL_1285 APJL_T027     FALSE 0.027 247.000 0.000 NA   NA
 3713510 3713511 APJL_T027 APJL_T028     FALSE 0.237 48.000 0.000 NA   NA
 3713511 3713512 APJL_T028 APJL_T029     FALSE 0.237 48.000 0.000 NA   NA
 3713512 3713513 APJL_T029 APJL_T030     FALSE 0.247 46.000 0.000 NA   NA
 3713514 3713515 APJL_1286 APJL_T031 gltX   FALSE 0.223 50.000 0.000 NA   NA
 3713515 3713516 APJL_T031 APJL_1287     FALSE 0.038 210.000 0.000 NA   NA
 3713516 3713517 APJL_1287 APJL_1288   yoeB TRUE 0.995 -3.000 0.366 NA   NA
 3713518 3713519 APJL_1289 APJL_1290   lpxK TRUE 0.995 2.000 0.263 NA   NA
 3713519 3713520 APJL_1290 APJL_1291 lpxK clpX FALSE 0.274 94.000 0.002 1.000 N NA
 3713520 3713521 APJL_1291 APJL_1292 clpX clpP TRUE 0.961 123.000 0.352 1.000 Y NA
 3713523 3713524 APJL_T032 APJL_T033     FALSE 0.292 39.000 0.000 NA   NA
 3713524 3713525 APJL_T033 APJL_1294   dnaQ FALSE 0.183 103.000 0.000 NA   NA
 3713525 3713526 APJL_1294 APJL_1295 dnaQ   TRUE 0.423 87.000 0.004 1.000   NA
 3713527 3713528 APJL_1296 APJL_1297     TRUE 0.737 -7.000 0.000 NA   NA
 3713528 3713529 APJL_1297 APJL_1298     FALSE 0.177 109.000 0.000 NA   NA
 3713530 3713531 APJL_1299 APJL_1300 murA   TRUE 0.856 120.000 0.258 NA N NA
 3713531 3713532 APJL_1300 APJL_1301     TRUE 0.997 13.000 0.453 NA   NA
 3713532 3713533 APJL_1301 APJL_1302     TRUE 0.996 10.000 0.308 NA   NA
 3713533 3713534 APJL_1302 APJL_1303     TRUE 0.859 72.000 0.188 NA   NA
 3713534 3713535 APJL_1303 APJL_1304     TRUE 0.996 19.000 0.562 NA   NA
 3713535 3713536 APJL_1304 APJL_1305     TRUE 0.999 -7.000 0.530 NA Y NA
 3713538 3713539 APJL_1307 APJL_1308   argR TRUE 0.987 0.000 0.118 1.000   NA
 3713540 3713541 APJL_1309 APJL_1310 mdh   FALSE 0.191 90.000 0.000 NA   NA
 3713542 3713543 APJL_1311 APJL_1312 adk   FALSE 0.046 152.000 0.000 1.000 N NA
 3713543 3713544 APJL_1312 APJL_1313   ampG FALSE 0.058 177.000 0.000 NA   NA
 3713544 3713545 APJL_1313 APJL_1314 ampG galE TRUE 0.751 139.000 0.160 NA   NA
 3713545 3713546 APJL_1314 APJL_1315 galE ligA FALSE 0.266 66.000 0.002 1.000 N NA
 3713546 3713547 APJL_1315 APJL_1316 ligA zipA TRUE 0.749 64.000 0.106 1.000 N NA
 3713549 3713550 APJL_1318 APJL_1319   gnd TRUE 0.486 92.000 0.007 NA   NA
 3713550 3713551 APJL_1319 APJL_1320 gnd   FALSE 0.037 213.000 0.000 NA   NA
 3713551 3713552 APJL_1320 APJL_1321   racX FALSE 0.113 139.000 0.000 NA   NA
 3713552 3713553 APJL_1321 APJL_1322 racX   FALSE 0.102 103.000 0.000 1.000 N NA
 3713553 3713554 APJL_1322 APJL_1323   nagB1 TRUE 0.663 133.000 0.007 1.000 Y NA
 3713554 3713555 APJL_1323 APJL_1324 nagB1 zwf TRUE 0.941 87.000 0.188 1.000 Y NA
 3713555 3713556 APJL_1324 APJL_1325 zwf cysQ TRUE 0.726 72.000 0.085 1.000 N NA
 3713556 3713557 APJL_1325 APJL_1326 cysQ   TRUE 0.995 13.000 0.373 1.000 N NA
 3713558 3713559 APJL_1327 APJL_1328 hslR hslO TRUE 0.732 131.000 0.140 1.000 N NA
 3713561 3713562 APJL_1330 APJL_1331   argF FALSE 0.017 465.000 0.000 NA   NA
 3713562 3713563 APJL_1331 APJL_1332 argF arcC TRUE 0.996 22.000 0.483 1.000 Y NA
 3713564 3713565 APJL_1333 APJL_1334 ptsB thiQ FALSE 0.187 190.000 0.013 1.000 N NA
 3713565 3713566 APJL_1334 APJL_1335 thiQ thiP1 TRUE 0.998 -3.000 0.522 0.021 N NA
 3713567 3713568 APJL_1336 APJL_1337 ptsH ptsI TRUE 0.931 124.000 0.121 0.006 Y NA
 3713568 3713569 APJL_1337 APJL_1338 ptsI crr TRUE 0.953 85.000 0.139 0.006 Y NA
 3713569 3713570 APJL_1338 APJL_1339 crr   FALSE 0.066 222.000 0.003 1.000 N NA
 3713570 3713571 APJL_1339 APJL_1340   uvrD FALSE 0.022 202.000 0.000 1.000 N NA
 3713571 3713572 APJL_1340 APJL_1341 uvrD hypB FALSE 0.021 204.000 0.000 1.000 N NA
 3713572 3713573 APJL_1341 APJL_1342 hypB hypD TRUE 0.989 12.000 0.021 1.000 Y NA
 3713573 3713574 APJL_1342 APJL_1343 hypD hypE TRUE 0.970 74.000 0.353 1.000 Y NA
 3713575 3713576 APJL_1344 APJL_1345 apxIIID apxIIIB TRUE 0.998 12.000 0.426 0.007   NA
 3713576 3713577 APJL_1345 APJL_1346 apxIIIB apxIIIA TRUE 0.811 69.000 0.130 1.000   NA
 3713577 3713578 APJL_1346 APJL_1347 apxIIIA apxIIIC TRUE 0.995 4.000 0.273 1.000   NA
 3713578 3713579 APJL_1347 APJL_1348 apxIIIC hypF FALSE 0.016 548.000 0.000 1.000   NA
 3713580 3713581 APJL_1349 APJL_1350 hyaA hybA2 TRUE 0.999 -7.000 0.615 0.014 Y NA
 3713581 3713582 APJL_1350 APJL_1351 hybA2 cytB TRUE 0.992 -7.000 0.120 NA Y NA
 3713582 3713583 APJL_1351 APJL_1352 cytB hyaB TRUE 0.995 -3.000 0.160 NA Y NA
 3713583 3713584 APJL_1352 APJL_1353 hyaB hyaD TRUE 1.000 0.000 0.828 1.000 Y NA
 3713584 3713585 APJL_1353 APJL_1354 hyaD hybE TRUE 0.992 -7.000 0.291 NA   NA
 3713585 3713586 APJL_1354 APJL_1355 hybE hypC TRUE 0.901 28.000 0.073 NA   NA
 3713587 3713588 APJL_1356 APJL_T034 hybF   FALSE 0.160 119.000 0.000 NA   NA
 3713588 3713589 APJL_T034 APJL_T035     FALSE 0.258 44.000 0.000 NA   NA
 3713589 3713590 APJL_T035 APJL_T036     FALSE 0.382 30.000 0.000 NA   NA
 3713590 3713591 APJL_T036 APJL_T037     TRUE 0.630 20.000 0.000 NA   NA
 3713591 3713592 APJL_T037 APJL_T038     TRUE 0.509 24.000 0.000 NA   NA
 3713592 3713593 APJL_T038 APJL_T039     TRUE 0.840 9.000 0.000 NA   NA
 3713593 3713594 APJL_T039 APJL_1357   mfd FALSE 0.068 168.000 0.000 NA   NA
 3713597 3713598 APJL_1360 APJL_1361 folB cdd TRUE 0.519 109.000 0.018 1.000 N NA
 3713599 3713600 APJL_1362 APJL_1363 fstX fstE TRUE 0.996 10.000 0.121 1.000 Y NA
 3713600 3713601 APJL_1363 APJL_1364 fstE ftsY TRUE 0.559 178.000 0.117 0.094 N NA
 3713602 3713603 APJL_1365 APJL_1366     FALSE 0.357 65.000 0.003 NA   NA
 3713603 3713604 APJL_1366 APJL_1367   hpaC TRUE 0.963 16.000 0.036 NA   NA
 3713604 3713605 APJL_1367 APJL_1368 hpaC tehB FALSE 0.172 115.000 0.000 1.000   NA
 3713606 3713607 APJL_1369 APJL_1370 artM1 artQ TRUE 1.000 0.000 0.714 0.021 Y NA
 3713607 3713608 APJL_1370 APJL_1371 artQ artI TRUE 0.995 6.000 0.026 0.037 Y NA
 3713608 3713609 APJL_1371 APJL_1372 artI artP TRUE 0.977 20.000 0.032 1.000 Y NA
 3713609 3713610 APJL_1372 APJL_1373 artP   FALSE 0.033 225.000 0.000 NA   NA
 3713612 3713613 APJL_1375 APJL_1376     TRUE 0.688 -19.000 0.000 NA   NA
 3713614 3713615 APJL_1377 APJL_1378 dsbD   TRUE 0.633 58.000 0.023 1.000   NA
 3713617 3713618 APJL_1380 APJL_1381     TRUE 0.981 -25.000 0.172 NA   NA
 3713618 3713619 APJL_1381 APJL_1382     TRUE 0.992 9.000 0.187 1.000 N NA
 3713619 3713620 APJL_1382 APJL_1383     TRUE 0.995 22.000 0.613 NA   NA
 3713621 3713622 APJL_1384 APJL_T040     FALSE 0.022 303.000 0.000 NA   NA
 3713622 3713623 APJL_T040 APJL_T041     FALSE 0.179 70.000 0.000 NA   NA
 3713623 3713624 APJL_T041 APJL_T042     TRUE 0.830 11.000 0.000 NA   NA
 3713624 3713625 APJL_T042 APJL_1385   ccmF FALSE 0.022 292.000 0.000 NA   NA
 3713625 3713626 APJL_1385 APJL_1386 ccmF ccmE TRUE 0.998 0.000 0.211 0.004 Y NA
 3713626 3713627 APJL_1386 APJL_1387 ccmE ccmD TRUE 0.732 184.000 0.344 1.000 N NA
 3713627 3713628 APJL_1387 APJL_1388 ccmD ccmC TRUE 0.997 13.000 0.501 1.000 N NA
 3713628 3713629 APJL_1388 APJL_1389 ccmC ccmB TRUE 0.991 51.000 0.501 0.002 Y NA
 3713629 3713630 APJL_1389 APJL_1390 ccmB ccmA2 TRUE 0.999 -3.000 0.503 0.004 Y NA
 3713630 3713631 APJL_1390 APJL_1391 ccmA2 yfgE TRUE 0.482 141.000 0.011 0.094   NA
 3713631 3713632 APJL_1391 APJL_R043 yfgE   FALSE 0.030 235.000 0.000 NA   NA
 3713632 3713633 APJL_R043 APJL_R044     FALSE 0.078 159.000 0.000 NA   NA
 3713633 3713634 APJL_R044 APJL_T045     FALSE 0.025 266.000 0.000 NA   NA
 3713634 3713635 APJL_T045 APJL_T046     FALSE 0.229 49.000 0.000 NA   NA
 3713635 3713636 APJL_T046 APJL_R047     FALSE 0.188 85.000 0.000 NA   NA
 3713637 3713638 APJL_1392 APJL_1393     FALSE 0.060 175.000 0.000 NA   NA
 3713638 3713639 APJL_1393 APJL_1394   oadA TRUE 1.000 16.000 0.720 0.001 Y NA
 3713639 3713640 APJL_1394 APJL_1395 oadA oadB TRUE 1.000 17.000 0.886 0.001 Y NA
 3713640 3713641 APJL_1395 APJL_1396 oadB phnA FALSE 0.313 133.000 0.007 1.000 N NA
 3713641 3713642 APJL_1396 APJL_1397 phnA mauG FALSE 0.287 172.000 0.000 1.000 Y NA
 3713643 3713644 APJL_1398 APJL_1399     TRUE 0.994 2.000 0.220 NA   NA
 3713644 3713645 APJL_1399 APJL_1400     FALSE 0.391 122.000 0.005 NA   NA
 3713645 3713646 APJL_1400 APJL_1401     TRUE 0.791 56.000 0.092 NA   NA
 3713646 3713647 APJL_1401 APJL_1402   fabH TRUE 0.544 48.000 0.006 1.000   NA
 3713647 3713648 APJL_1402 APJL_1403 fabH plsX TRUE 0.999 12.000 0.380 0.005 Y NA
 3713648 3713649 APJL_1403 APJL_1404 plsX   TRUE 0.982 25.000 0.418 1.000 N NA
 3713649 3713650 APJL_1404 APJL_1405     TRUE 0.997 18.000 0.599 NA   NA
 3713651 3713652 APJL_1406 APJL_1407     TRUE 0.929 96.000 0.349 NA   NA
 3713652 3713653 APJL_1407 APJL_1408     FALSE 0.018 379.000 0.000 NA   NA
 3713653 3713654 APJL_1408 APJL_1409     TRUE 0.830 11.000 0.000 NA   NA
 3713654 3713655 APJL_1409 APJL_1410     FALSE 0.023 284.000 0.000 NA   NA
 3713655 3713656 APJL_1410 APJL_1411     TRUE 0.998 13.000 0.255 0.009 Y NA
 3713656 3713657 APJL_1411 APJL_1412     TRUE 1.000 14.000 0.939 0.009 Y NA
 3713657 3713658 APJL_1412 APJL_1413     TRUE 0.980 99.000 0.755 NA   NA
 3713658 3713659 APJL_1413 APJL_1414   manA TRUE 0.987 -3.000 0.150 NA   NA
 3713659 3713660 APJL_1414 APJL_1415 manA   FALSE 0.178 62.000 0.000 NA   NA
 3713660 3713661 APJL_1415 APJL_1416   afuA1 FALSE 0.028 246.000 0.000 NA   NA
 3713661 3713662 APJL_1416 APJL_1417 afuA1 afuB1 TRUE 0.919 106.000 0.074 0.037 Y NA
 3713662 3713663 APJL_1417 APJL_1418 afuB1 afuC TRUE 0.992 26.000 0.556 0.037 N NA
 3713666 3713667 APJL_1421 APJL_1422   tufB1 FALSE 0.023 291.000 0.000 1.000   NA
 3713667 10733342 APJL_1422 APJL_1424 tufB1   FALSE 0.178 62.000 0.000 NA   NA
 10733342 3713668 APJL_1424 APJL_1425   rpsG TRUE 0.804 13.000 0.000 NA   NA
 3713668 3713669 APJL_1425 APJL_1426 rpsG rpsL TRUE 0.988 137.000 0.620 0.004 Y NA
 3713669 3713670 APJL_1426 APJL_1427 rpsL rfaC FALSE 0.084 122.000 0.000 1.000 N NA
 3713670 3713671 APJL_1427 APJL_1428 rfaC rfaF TRUE 0.968 75.000 0.205 0.001 Y NA
 3713671 3713672 APJL_1428 APJL_1429 rfaF   TRUE 0.499 82.000 0.008 NA   NA
 3713672 3713673 APJL_1429 APJL_1430   oapA TRUE 0.899 74.000 0.273 NA   NA
 3713674 3713675 APJL_1431 APJL_1432   psd FALSE 0.183 151.000 0.004 1.000 N NA
 3713675 3713676 APJL_1432 APJL_1433 psd   FALSE 0.089 117.000 0.000 1.000 N NA
 3713676 3713677 APJL_1433 APJL_1434   hsdM TRUE 0.990 84.000 0.564 0.048 Y NA
 3713677 3713678 APJL_1434 APJL_1435 hsdM   TRUE 0.840 9.000 0.000 NA   NA
 3713678 3713679 APJL_1435 APJL_1436     FALSE 0.205 54.000 0.000 NA   NA
 3713679 3713680 APJL_1436 APJL_1437     FALSE 0.329 52.000 0.000 0.048 N NA
 3713686 3713687 APJL_1445 APJL_1446 fAA1 mqo FALSE 0.057 181.000 0.000 1.000   NA
 3713687 3713688 APJL_1446 APJL_1447 mqo   FALSE 0.178 108.000 0.000 NA   NA
 3713689 3713690 APJL_1448 APJL_1449     FALSE 0.272 42.000 0.000 NA   NA
 3713691 3713692 APJL_1450 APJL_1451 mglC mglA TRUE 0.999 17.000 0.905 1.000 Y NA
 3713692 3713693 APJL_1451 APJL_1452 mglA rbsB1 TRUE 0.919 63.000 0.139 NA Y NA
 3713693 3713694 APJL_1452 APJL_1453 rbsB1 momP1 FALSE 0.013 254.000 0.000 NA N NA
 3713695 3713696 APJL_1454 APJL_1455     TRUE 0.618 133.000 0.076 NA N NA
 3713696 3713697 APJL_1455 APJL_1456   yidC FALSE 0.146 154.000 0.003 NA N NA
 3713698 3713699 APJL_1457 APJL_1458 napC napB TRUE 0.999 12.000 0.490 NA Y NA
 3713699 3713700 APJL_1458 APJL_1459 napB napH TRUE 0.996 19.000 0.316 NA Y NA
 3713700 3713701 APJL_1459 APJL_1460 napH napG TRUE 0.999 0.000 0.795 0.014   NA
 3713701 3713702 APJL_1460 APJL_1461 napG napA TRUE 0.883 135.000 0.243 0.041   NA
 3713702 3713703 APJL_1461 APJL_1462 napA napD TRUE 0.993 32.000 0.875 NA N NA
 3713703 3713704 APJL_1462 APJL_1463 napD napF TRUE 0.994 3.000 0.209 NA   NA
 3713706 3713707 APJL_1465 APJL_1466     TRUE 0.999 6.000 0.500 1.000 Y NA
 3713707 3713708 APJL_1466 APJL_1467     FALSE 0.182 104.000 0.000 NA   NA
 3713708 3713709 APJL_1467 APJL_1468   rne FALSE 0.075 161.000 0.000 NA   NA
 3713711 3713712 APJL_1470 APJL_1471   ubiD FALSE 0.271 150.000 0.006 NA   NA
 3713714 3713715 APJL_1473 APJL_1474   serA FALSE 0.024 287.000 0.000 1.000   NA
 3713715 3713716 APJL_1474 APJL_1475 serA rpiA TRUE 0.431 144.000 0.029 1.000 N NA
 3713716 3713717 APJL_1475 APJL_1476 rpiA mrsA TRUE 0.536 147.000 0.004 1.000 Y NA
 3713717 3713718 APJL_1476 APJL_1477 mrsA ilvA FALSE 0.295 72.000 0.003 1.000 N NA
 3713718 3713719 APJL_1477 APJL_1478 ilvA slyD FALSE 0.331 126.000 0.006 1.000 N NA
 3713719 3713720 APJL_1478 APJL_1479 slyD aqpZ FALSE 0.010 349.000 0.000 1.000 N NA
 3713720 3713721 APJL_1479 APJL_1480 aqpZ   FALSE 0.340 146.000 0.010 NA   NA
 3713721 3713722 APJL_1480 APJL_1481     TRUE 0.706 42.000 0.019 NA   NA
 3713723 3713724 APJL_1482 APJL_1483   menA TRUE 0.812 0.000 0.000 NA   NA
 3713726 3713727 APJL_1485 APJL_1486 wzz rfaG TRUE 0.786 51.000 0.075 NA   NA
 3713727 3713728 APJL_1486 APJL_1487 rfaG   TRUE 0.942 21.000 0.050 NA   NA
 3713728 3713729 APJL_1487 APJL_1488     TRUE 0.994 9.000 0.062 NA Y NA
 3713729 3713730 APJL_1488 APJL_1489     TRUE 0.711 17.000 0.000 NA   NA
 3713730 3713731 APJL_1489 APJL_1490   wzy TRUE 0.841 3.000 0.000 NA   NA
 3713731 3713732 APJL_1490 APJL_1491 wzy wzx TRUE 0.978 -3.000 0.077 NA   NA
 3713732 3713733 APJL_1491 APJL_1492 wzx glf TRUE 0.733 43.000 0.024 1.000   NA
 3713733 3713734 APJL_1492 APJL_1493 glf   TRUE 0.928 18.000 0.000 NA Y NA
 3713734 3713735 APJL_1493 APJL_1494     TRUE 0.843 4.000 0.000 NA   NA
 3713735 3713736 APJL_1494 APJL_1495     FALSE 0.223 167.000 0.000 0.001   NA
 3713736 3713737 APJL_1495 APJL_1496     FALSE 0.285 148.000 0.000 0.001   NA
 3713737 3713738 APJL_1496 APJL_1497   rmlB TRUE 0.792 14.000 0.000 1.000   NA
 3713738 3713739 APJL_1497 APJL_1498 rmlB rpsU FALSE 0.015 238.000 0.000 1.000 N NA
 3713739 3713740 APJL_1498 APJL_1499 rpsU dnaG FALSE 0.389 177.000 0.067 1.000 N NA
 3713740 3713741 APJL_1499 APJL_1500 dnaG rpoD TRUE 0.895 105.000 0.299 1.000 N NA
 3713742 3713743 APJL_1501 APJL_1502 tyrS   FALSE 0.019 346.000 0.000 NA   NA
 3713743 3713744 APJL_1502 APJL_1503     FALSE 0.168 114.000 0.000 NA   NA
 3713744 3713745 APJL_1503 APJL_1504     FALSE 0.294 68.000 0.003 1.000 N NA
 3713745 3713746 APJL_1504 APJL_1505     TRUE 0.970 0.000 0.036 1.000 N NA
 3713746 3713747 APJL_1505 APJL_1506   oxyR TRUE 0.991 -7.000 0.034 0.027 Y NA
 3713748 3713749 APJL_1507 APJL_1508     FALSE 0.034 228.000 0.000 1.000   NA
 3713750 3713751 APJL_1509 APJL_1510   pdxY FALSE 0.017 404.000 0.000 NA   NA
 3713753 3713754 APJL_1511 APJL_1512 accA sufI1 FALSE 0.322 117.000 0.004 1.000 N NA
 3713754 3713755 APJL_1512 APJL_1513 sufI1 plsC TRUE 0.824 57.000 0.154 1.000 N NA
 3713756 3713757 APJL_1514 APJL_1515 tpx trmE FALSE 0.156 123.000 0.000 1.000   NA
 3713758 3713759 APJL_1516 APJL_1517   gcvR TRUE 0.998 13.000 0.569 NA   NA
 3713759 3713760 APJL_1517 APJL_1518 gcvR   FALSE 0.115 138.000 0.000 NA   NA
 3713761 3713762 APJL_1519 APJL_1520 ftpA   FALSE 0.032 233.000 0.000 1.000   NA
 3713762 3713763 APJL_1520 APJL_1521     FALSE 0.098 147.000 0.000 1.000   NA
 3713764 3713765 APJL_1522 APJL_1523   mgsA TRUE 0.458 82.000 0.006 NA   NA
 3713766 3713767 APJL_1524 APJL_1525 thrC   FALSE 0.099 86.000 0.000 NA N NA
 3713767 3713768 APJL_1525 APJL_1526     TRUE 0.999 6.000 0.500 NA Y NA
 3713769 3713770 APJL_1527 APJL_1528 valS   TRUE 0.761 15.000 0.000 NA   NA
 3713770 3713771 APJL_1528 APJL_1529     FALSE 0.027 252.000 0.000 NA   NA
 3713771 3713772 APJL_1529 APJL_1530   elaA FALSE 0.358 160.000 0.022 NA   NA
 3713772 3713773 APJL_1530 APJL_1531 elaA holC TRUE 0.951 1.000 0.006 1.000   NA
 3713774 3713775 APJL_1532 APJL_1533   tig FALSE 0.097 202.000 0.002 1.000   NA
 3713775 3713776 APJL_1533 APJL_1534 tig   FALSE 0.229 133.000 0.003 NA N NA
 3713776 3713777 APJL_1534 APJL_1535   secB TRUE 0.948 25.000 0.158 NA N NA
 3713777 3713778 APJL_1535 APJL_1536 secB gpsA TRUE 0.585 185.000 0.206 1.000 N NA
 3713778 3713779 APJL_1536 APJL_1537 gpsA cysE TRUE 0.996 12.000 0.429 1.000 N NA
 3713780 3713781 APJL_1538 APJL_T049 tufB2   FALSE 0.173 111.000 0.000 NA   NA
 3713781 3713782 APJL_T049 APJL_T050     TRUE 0.831 1.000 0.000 NA   NA
 3713782 3713783 APJL_T050 APJL_T051     FALSE 0.272 42.000 0.000 NA   NA
 3713783 3713784 APJL_T051 APJL_T052     FALSE 0.343 34.000 0.000 NA   NA
 3713785 3713786 APJL_1539 APJL_1540 coaA dsbE1 FALSE 0.299 135.000 0.007 1.000 N NA
 3713786 3713787 APJL_1540 APJL_1541 dsbE1 ccmH_1 TRUE 0.999 5.000 0.578 NA Y NA
 3713787 3713788 APJL_1541 APJL_1542 ccmH_1 ccmH_2 TRUE 1.000 0.000 0.727 NA Y NA
 3713788 3713789 APJL_1542 APJL_1543 ccmH_2 mog FALSE 0.101 72.000 0.000 1.000 N NA
 3713789 3713790 APJL_1543 APJL_1544 mog glnB TRUE 0.514 120.000 0.022 1.000 N NA
 3713790 3713791 APJL_1544 APJL_1545 glnB lspA TRUE 0.587 79.000 0.026 1.000 N NA
 3713791 3713792 APJL_1545 APJL_1546 lspA ispH TRUE 0.995 1.000 0.095 1.000 Y NA
 3713792 3713793 APJL_1546 APJL_1547 ispH   TRUE 0.949 0.000 0.008 NA   NA
 3713794 3713795 APJL_1548 APJL_1549   chuW TRUE 0.994 0.000 0.261 1.000   NA
 3713795 3713796 APJL_1549 APJL_1550 chuW gst FALSE 0.043 157.000 0.000 1.000 N NA
 3713796 3713797 APJL_1550 APJL_1551 gst lysA FALSE 0.097 66.000 0.000 1.000 N NA
 3713797 3713798 APJL_1551 APJL_1552 lysA   TRUE 0.694 123.000 0.071 NA   NA
 3713798 3713799 APJL_1552 APJL_1553   frdD FALSE 0.305 178.000 0.024 NA   NA
 3713799 3713800 APJL_1553 APJL_1554 frdD frdC TRUE 1.000 13.000 0.787 0.002 Y NA
 3713800 3713801 APJL_1554 APJL_1555 frdC frdB TRUE 0.999 9.000 0.454 0.002 Y NA
 3713801 3713802 APJL_1555 APJL_1556 frdB frdA TRUE 0.999 13.000 0.470 0.002 Y NA
 3713806 3713807 APJL_1560 APJL_1561 crcB   TRUE 0.957 3.000 0.008 NA   NA
 3713808 3713809 APJL_1562 APJL_1563     TRUE 0.717 54.000 0.041 NA   NA
 3713810 3713811 APJL_1564 APJL_1565 prmA   FALSE 0.193 84.000 0.000 1.000   NA
 3713811 3713812 APJL_1565 APJL_1566     TRUE 0.998 4.000 0.533 1.000   NA
 3713812 3713813 APJL_1566 APJL_1567   tldD FALSE 0.156 121.000 0.000 NA   NA
 3713815 3713816 APJL_1569 APJL_1570   xerD TRUE 0.932 2.000 0.003 NA   NA
 3713816 3713817 APJL_1570 APJL_T053 xerD   FALSE 0.173 111.000 0.000 NA   NA
 3713817 3713818 APJL_T053 APJL_T054     FALSE 0.243 47.000 0.000 NA   NA
 3713818 3713819 APJL_T054 APJL_R055     TRUE 0.840 9.000 0.000 NA   NA
 3713819 3713820 APJL_R055 APJL_R056     FALSE 0.202 55.000 0.000 NA   NA
 3713820 3713821 APJL_R056 APJL_R057     FALSE 0.173 111.000 0.000 NA   NA
 3713821 3713822 APJL_R057 APJL_T058     FALSE 0.035 218.000 0.000 NA   NA
 3713822 3713823 APJL_T058 APJL_R059     FALSE 0.083 155.000 0.000 NA   NA
 3713823 3713824 APJL_R059 APJL_T060     FALSE 0.042 203.000 0.000 NA   NA
 3713824 3713825 APJL_T060 APJL_T061     TRUE 0.451 26.000 0.000 NA   NA
 3713825 3713826 APJL_T061 APJL_T062     FALSE 0.414 28.000 0.000 NA   NA
 3713826 3713827 APJL_T062 APJL_1571   wecG FALSE 0.075 160.000 0.000 NA   NA
 3713827 3713828 APJL_1571 APJL_1572 wecG   TRUE 0.978 -16.000 0.126 1.000   NA
 3713828 3713829 APJL_1572 APJL_1573   wecF TRUE 0.999 0.000 0.684 1.000   NA
 3713830 3713831 APJL_1574 APJL_1575     TRUE 0.888 103.000 0.025 0.014 Y NA
 3713832 3713833 APJL_1576 APJL_1577 wzxE rffA TRUE 0.987 -12.000 0.218 1.000   NA
 3713833 3713834 APJL_1577 APJL_1578 rffA rffC TRUE 0.848 7.000 0.000 1.000   NA
 3713834 3713835 APJL_1578 APJL_1579 rffC wecC TRUE 0.818 0.000 0.000 1.000   NA
 3713835 3713836 APJL_1579 APJL_1580 wecC wecB TRUE 0.865 79.000 0.045 1.000 Y NA
 3713836 3713837 APJL_1580 APJL_1581 wecB   TRUE 0.962 -16.000 0.000 0.007 Y NA
 3713837 3713838 APJL_1581 APJL_1582   wecA TRUE 0.997 35.000 0.735 0.007 Y NA
 3713840 3713841 APJL_1584 APJL_1585   mviN TRUE 0.807 20.000 0.000 0.067   NA
 3713843 3713844 APJL_1587 APJL_1588 trkA sun TRUE 0.818 50.000 0.122 1.000 N NA
 3713844 3713845 APJL_1588 APJL_1589 sun selB TRUE 0.983 14.000 0.003 0.023 Y NA
 3713845 3713846 APJL_1589 APJL_1590 selB selA TRUE 0.999 -3.000 0.569 0.001 N NA
 3713847 3713848 APJL_T063 APJL_1591   mioC TRUE 0.711 17.000 0.000 NA   NA
 3713848 3713849 APJL_1591 APJL_1592 mioC   FALSE 0.016 526.000 0.000 NA   NA
 3713849 3713850 APJL_1592 APJL_1593     TRUE 0.687 18.000 0.000 NA   NA
 3713851 3713852 APJL_1594 APJL_1595 xylB1   TRUE 0.975 15.000 0.065 1.000   NA
 3713852 3713853 APJL_1595 APJL_1596     FALSE 0.017 423.000 0.000 NA   NA
 3713853 3713854 APJL_1596 APJL_1597   tbpA1 FALSE 0.016 476.000 0.000 NA   NA
 3713854 3713855 APJL_1597 APJL_1598 tbpA1 tbpB1 TRUE 0.998 14.000 0.667 1.000   NA
 3713855 3713856 APJL_1598 APJL_1599 tbpB1 exbD1 TRUE 0.837 211.000 0.500 0.078   NA
 3713856 3713857 APJL_1599 APJL_1600 exbD1 exbB1 TRUE 0.999 0.000 0.500 0.049 Y NA
 3713857 3713858 APJL_1600 APJL_1601 exbB1 tonB1 TRUE 0.949 22.000 0.036 0.006 N NA
 3713858 3713859 APJL_1601 APJL_1602 tonB1   FALSE 0.024 276.000 0.000 NA   NA
 3713859 3713860 APJL_1602 APJL_1603     TRUE 0.842 7.000 0.000 NA   NA
 3713860 3713861 APJL_1603 APJL_1604     FALSE 0.396 29.000 0.000 NA   NA
 3713861 3713862 APJL_1604 APJL_1605     TRUE 0.975 -13.000 0.042 0.021   NA
 3713864 3713865 APJL_1607 APJL_1608     FALSE 0.178 108.000 0.000 NA   NA
 3713865 3713866 APJL_1608 APJL_1609     TRUE 0.840 9.000 0.000 NA   NA
 3713866 3713867 APJL_1609 APJL_1610     TRUE 0.992 19.000 0.400 NA   NA
 3713867 3713868 APJL_1610 APJL_1611   cps3D FALSE 0.203 205.000 0.000 1.000 Y NA
 3713868 3713869 APJL_1611 APJL_1612 cps3D cps3C TRUE 0.844 5.000 0.000 NA   NA
 3713869 3713870 APJL_1612 APJL_1613 cps3C cps3B TRUE 0.837 2.000 0.000 NA   NA
 3713870 3713871 APJL_1613 APJL_1614 cps3B cps3A TRUE 0.501 54.000 0.000 0.001   NA
 3713872 3713873 APJL_1615 APJL_1616 cpxD cpxC TRUE 0.978 26.000 0.088 0.078 Y NA
 3713873 3713874 APJL_1616 APJL_1617 cpxC cpxB TRUE 0.921 72.000 0.083 0.078 Y NA
 3713874 3713875 APJL_1617 APJL_1618 cpxB cpxA TRUE 0.999 -3.000 0.418 0.091 Y NA
 3713876 3713877 APJL_1619 APJL_1620 modF fmt FALSE 0.196 93.000 0.000 1.000   NA
 3713877 3713878 APJL_1620 APJL_1621 fmt   FALSE 0.073 163.000 0.000 NA   NA
 3713879 3713880 APJL_1622 APJL_1623   trkG TRUE 0.868 81.000 0.202 1.000   NA
 3713880 3713881 APJL_1623 APJL_1624 trkG   TRUE 0.995 15.000 0.455 1.000 N NA
 3713881 3713882 APJL_1624 APJL_1625   mscL FALSE 0.101 104.000 0.000 1.000 N NA
 3713883 3713884 APJL_1626 APJL_1627 lipA1 lipB TRUE 0.980 65.000 0.319 0.001 Y NA
 3713884 3713885 APJL_1627 APJL_1628 lipB   TRUE 0.947 32.000 0.219 NA   NA
 3713885 3713886 APJL_1628 APJL_1629   dacA FALSE 0.407 134.000 0.010 NA   NA
 3713886 3713887 APJL_1629 APJL_1630 dacA   TRUE 0.825 96.000 0.023 NA Y NA
 3713887 3713888 APJL_1630 APJL_1631   mrdB FALSE 0.221 175.000 0.014 NA N NA
 3713888 3713889 APJL_1631 APJL_1632 mrdB mrdA TRUE 0.930 -7.000 0.016 1.000 N NA
 3713889 3713890 APJL_1632 APJL_1633 mrdA   TRUE 0.555 82.000 0.013 NA   NA
 3713890 3713891 APJL_1633 APJL_1634     TRUE 0.982 23.000 0.307 NA   NA
 3713891 3713892 APJL_1634 APJL_1635   mutS FALSE 0.079 222.000 0.002 NA   NA
 3713892 3713893 APJL_1635 APJL_1636 mutS glnQ FALSE 0.109 166.000 0.000 0.091 N NA
 3713893 3713894 APJL_1636 APJL_1637 glnQ artM2 TRUE 0.996 22.000 0.481 1.000 Y NA
 3713894 3713895 APJL_1637 APJL_1638 artM2   FALSE 0.038 213.000 0.000 1.000   NA
 3713897 3713898 APJL_1640 APJL_1641     FALSE 0.191 89.000 0.000 NA   NA
 3713898 3713899 APJL_1641 APJL_1642     FALSE 0.085 154.000 0.000 NA   NA
 3713899 3713900 APJL_1642 APJL_1643     FALSE 0.063 173.000 0.000 1.000   NA
 3713900 3713901 APJL_1643 APJL_1644   ureH TRUE 0.742 16.000 0.000 1.000   NA
 3713901 3713902 APJL_1644 APJL_1645 ureH ureG TRUE 0.939 169.000 0.337 0.005 Y NA
 3713902 3713903 APJL_1645 APJL_1646 ureG ureF TRUE 0.998 21.000 0.439 0.005 Y NA
 3713903 3713904 APJL_1646 APJL_1647 ureF ureE TRUE 0.999 12.000 0.460 0.005 Y NA
 3713904 3713905 APJL_1647 APJL_1648 ureE ureX TRUE 0.537 116.000 0.000 NA Y NA
 3713905 3713906 APJL_1648 APJL_1649 ureX ureC FALSE 0.076 124.000 0.000 NA N NA
 3713906 3713907 APJL_1649 APJL_1650 ureC ureB TRUE 0.999 11.000 0.486 0.001 Y NA
 3713907 3713908 APJL_1650 APJL_1651 ureB ureA TRUE 0.634 190.000 0.014 0.001 Y NA
 3713908 3713909 APJL_1651 APJL_1652 ureA utp TRUE 0.573 72.000 0.000 1.000 Y NA
 3713909 3713910 APJL_1652 APJL_1653 utp cbiO TRUE 0.753 38.000 0.032 1.000 N NA
 3713910 3713911 APJL_1653 APJL_1654 cbiO cbiQ TRUE 0.985 23.000 0.153 1.000 Y NA
 3713911 3713912 APJL_1654 APJL_1655 cbiQ cbiM TRUE 0.997 7.000 0.100 0.003 Y NA
 3713912 3713913 APJL_1655 APJL_1656 cbiM cbiL TRUE 0.979 1.000 0.037 1.000   NA
 3713913 3713914 APJL_1656 APJL_1657 cbiL   TRUE 0.985 0.000 0.091 NA   NA
 3713916 3713917 APJL_1659 APJL_1660     FALSE 0.032 228.000 0.000 NA   NA
 3713917 3713918 APJL_1660 APJL_1661   mtl FALSE 0.094 61.000 0.000 NA N NA
 3713918 3713919 APJL_1661 APJL_1662 mtl mtlD TRUE 0.992 0.000 0.230 NA N NA
 3713919 3713920 APJL_1662 APJL_1663 mtlD mtlA TRUE 0.962 87.000 0.292 1.000 Y NA
 3713920 3713921 APJL_1663 APJL_1664 mtlA glmS FALSE 0.011 309.000 0.000 1.000 N NA
 3713921 3713922 APJL_1664 APJL_1665 glmS   TRUE 0.908 124.000 0.412 1.000 N NA
 3713922 3713923 APJL_1665 APJL_1666     FALSE 0.119 138.000 0.000 1.000   NA
 3713923 3713924 APJL_1666 APJL_1667     FALSE 0.191 99.000 0.000 1.000   NA
 3713924 3713925 APJL_1667 APJL_1668     FALSE 0.229 49.000 0.000 NA   NA
 3713925 3713926 APJL_1668 APJL_1669     TRUE 0.928 16.000 0.009 NA   NA
 3713926 3713927 APJL_1669 APJL_1670   mtn FALSE 0.130 173.000 0.004 1.000 N NA
 3713927 3713928 APJL_1670 APJL_1671 mtn   TRUE 0.971 0.000 0.025 NA   NA
 3713928 3713929 APJL_1671 APJL_1672     TRUE 0.479 67.000 0.008 NA   NA
 3713930 3713931 APJL_1673 APJL_1674 fkpA1   TRUE 0.910 112.000 0.310 NA   NA
 3713931 3713932 APJL_1674 APJL_1675     TRUE 0.993 0.000 0.220 NA   NA
 3713932 3713933 APJL_1675 APJL_1676     TRUE 1.000 3.000 0.790 NA Y NA
 3713933 3713934 APJL_1676 APJL_1677     TRUE 1.000 13.000 0.804 NA Y NA
 3713935 3713936 APJL_R064 APJL_R065     FALSE 0.078 159.000 0.000 NA   NA
 3713936 3713937 APJL_R065 APJL_T066     FALSE 0.025 266.000 0.000 NA   NA
 3713937 3713938 APJL_T066 APJL_T067     FALSE 0.229 49.000 0.000 NA   NA
 3713938 3713939 APJL_T067 APJL_R068     FALSE 0.188 85.000 0.000 NA   NA
 3713939 3713940 APJL_R068 APJL_1678   atpC FALSE 0.016 498.000 0.000 NA   NA
 3713940 3713941 APJL_1678 APJL_1679 atpC atpD TRUE 0.998 40.000 0.837 0.004 Y NA
 3713941 3713942 APJL_1679 APJL_1680 atpD atpG TRUE 1.000 14.000 0.724 0.004 Y NA
 3713942 3713943 APJL_1680 APJL_1681 atpG atpA TRUE 0.999 23.000 0.846 0.004 Y NA
 3713943 3713944 APJL_1681 APJL_1682 atpA atpH TRUE 1.000 13.000 0.864 0.004 Y NA
 3713944 3713945 APJL_1682 APJL_1683 atpH atpF TRUE 0.998 14.000 0.242 0.004 Y NA
 3713945 3713946 APJL_1683 APJL_1684 atpF atpE TRUE 0.993 60.000 0.666 0.004 Y NA
 3713946 3713947 APJL_1684 APJL_1685 atpE atpB TRUE 0.989 119.000 0.557 0.004 Y NA
 3713947 3713948 APJL_1685 APJL_1686 atpB atpI TRUE 0.994 25.000 0.291 0.004 Y NA
 3713948 3713949 APJL_1686 APJL_1687 atpI gidB FALSE 0.048 361.000 0.005 1.000 N NA
 3713949 3713950 APJL_1687 APJL_1688 gidB gidA TRUE 0.940 100.000 0.466 1.000 N NA
 3713952 3713953 APJL_1690 APJL_1691     FALSE 0.038 212.000 0.000 NA   NA
 3713953 3713954 APJL_1691 APJL_1692     TRUE 0.841 3.000 0.000 NA   NA
 3713954 3713955 APJL_1692 APJL_1693     TRUE 0.893 88.000 0.238 NA   NA
 3713955 3713956 APJL_1693 APJL_1694     TRUE 0.999 11.000 0.429 0.008 Y NA
 3713956 3713957 APJL_1694 APJL_1695     TRUE 0.999 15.000 0.444 0.008 Y NA
 3713957 3713958 APJL_1695 APJL_1696   gntP FALSE 0.242 190.000 0.000 1.000 Y NA
 3713961 3713962 APJL_1699 APJL_1700 rbsR rbsD TRUE 0.459 121.000 0.015 1.000 N NA
 3713962 3713963 APJL_1700 APJL_1701 rbsD rbsA TRUE 0.998 13.000 0.337 1.000 Y NA
 3713963 3713964 APJL_1701 APJL_1702 rbsA rbsC TRUE 0.985 53.000 0.504 1.000 Y NA
 3713964 3713965 APJL_1702 APJL_1703 rbsC rbsB2 TRUE 0.999 24.000 0.847 NA Y NA
 3713965 3713966 APJL_1703 APJL_1704 rbsB2 rbsK2 TRUE 0.969 73.000 0.347 NA Y NA
 3713966 3713967 APJL_1704 APJL_1705 rbsK2 dmsA FALSE 0.016 235.000 0.000 1.000 N NA
 3713967 3713968 APJL_1705 APJL_1706 dmsA dmsB TRUE 0.998 10.000 0.172 0.039 Y NA
 3713968 3713969 APJL_1706 APJL_1707 dmsB dmsC TRUE 0.999 2.000 0.833 1.000   NA
 3713969 3713970 APJL_1707 APJL_1708 dmsC   TRUE 0.981 56.000 0.750 1.000   NA
 3713970 3713971 APJL_1708 APJL_1709     TRUE 0.998 4.000 0.375 0.039   NA
 3713973 3713974 APJL_1711 APJL_1712     FALSE 0.190 87.000 0.000 NA   NA
 3713975 3713976 APJL_1713 APJL_1714   purL TRUE 0.495 57.000 0.007 NA   NA
 3713977 3713978 APJL_1715 APJL_1716 fucR fucI FALSE 0.173 222.000 0.000 1.000 Y NA
 3713978 3713979 APJL_1716 APJL_1717 fucI fucK TRUE 0.956 77.000 0.269 1.000 Y NA
 3713979 3713980 APJL_1717 APJL_1718 fucK fucU TRUE 0.930 135.000 0.263 1.000 Y NA
 3713980 3713981 APJL_1718 APJL_1719 fucU fucA TRUE 0.966 51.000 0.286 1.000 Y NA
 3713981 3713982 APJL_1719 APJL_1720 fucA fucP TRUE 0.604 54.000 0.000 NA Y NA
 3713982 3713983 APJL_1720 APJL_1721 fucP fucO FALSE 0.081 120.000 0.000 NA N NA
 3713983 3713984 APJL_1721 APJL_1722 fucO   FALSE 0.042 203.000 0.000 NA   NA
 3713984 3713985 APJL_1722 APJL_1723     FALSE 0.043 202.000 0.000 NA   NA
 3713985 3713986 APJL_1723 APJL_1724     TRUE 1.000 -10.000 0.841 0.020 Y NA
 3713986 3713987 APJL_1724 APJL_1725     TRUE 1.000 1.000 0.773 1.000 Y NA
 3713987 3713988 APJL_1725 APJL_1726     TRUE 0.989 61.000 0.671 1.000 Y NA
 3713988 3713989 APJL_1726 APJL_1727   lipA2 FALSE 0.069 133.000 0.000 1.000 N NA
 3713989 3713990 APJL_1727 APJL_1728 lipA2 phyB TRUE 0.996 23.000 0.315 0.001 Y NA
 3713991 3713992 APJL_1729 APJL_1730   sgaH FALSE 0.188 95.000 0.000 NA   NA
 3713992 3713993 APJL_1730 APJL_1731 sgaH   TRUE 0.909 71.000 0.115 1.000 Y NA
 3713993 3713994 APJL_1731 APJL_1732   sgaT TRUE 0.423 78.000 0.000 0.005   NA
 3713995 3713996 APJL_1733 APJL_1734 ulaG   TRUE 0.915 102.000 0.308 1.000   NA
 3713996 3713997 APJL_1734 APJL_1735   sgbU TRUE 0.954 86.000 0.240 1.000 Y NA
 3713997 3713998 APJL_1735 APJL_1736 sgbU sgbE TRUE 0.998 -6.000 0.400 1.000 Y NA
 3714002 3714003 APJL_1740 APJL_1741 tolA2   FALSE 0.095 147.000 0.000 NA   NA
 3714004 3714005 APJL_1742 APJL_1743 gmhD   FALSE 0.339 140.000 0.012 1.000 N NA
 3714009 3714010 APJL_1747 APJL_1748 ulaA sgaB TRUE 0.989 9.000 0.039 0.008   NA
 3714011 3714012 APJL_1749 APJL_1750 secE nusG TRUE 0.992 35.000 0.843 1.000 N NA
 3714012 3714013 APJL_1750 APJL_1751 nusG rplK TRUE 0.758 324.000 0.681 1.000 N NA
 3714013 3714014 APJL_1751 APJL_1752 rplK rplA TRUE 1.000 5.000 0.838 0.025 Y NA
 3714014 10733344 APJL_1752 APJL_1753 rplA   FALSE 0.023 289.000 0.000 NA   NA
 10733344 3714015 APJL_1753 APJL_1755   rplL FALSE 0.181 61.000 0.000 NA   NA
 3714015 3714016 APJL_1755 APJL_1756 rplL   FALSE 0.074 164.000 0.000 1.000   NA
 3714016 3714017 APJL_1756 APJL_1757     TRUE 0.999 5.000 0.636 NA   NA
 3714017 3714018 APJL_1757 APJL_1758     FALSE 0.080 158.000 0.000 NA   NA
 3714018 3714019 APJL_1758 APJL_1759     TRUE 0.830 11.000 0.000 NA   NA
 3714019 3714020 APJL_1759 APJL_1760     FALSE 0.185 75.000 0.000 NA   NA
 3714020 3714021 APJL_1760 APJL_1761     FALSE 0.186 97.000 0.000 NA   NA
 3714021 3714022 APJL_1761 APJL_1762   rpoB FALSE 0.023 301.000 0.000 1.000   NA
 3714022 3714023 APJL_1762 APJL_1763 rpoB rpoC TRUE 0.989 126.000 0.851 0.001   NA
 3714023 3714024 APJL_1763 APJL_1764 rpoC   FALSE 0.074 162.000 0.000 NA   NA
 3714024 3714025 APJL_1764 APJL_1765     TRUE 0.737 -7.000 0.000 NA   NA
 3714025 3714026 APJL_1765 APJL_1766     FALSE 0.015 621.000 0.000 NA   NA
 3714026 3714027 APJL_1766 APJL_1767     TRUE 0.999 0.000 0.727 NA   NA
 3714030 3714031 APJL_1770 APJL_1771   hslU FALSE 0.021 314.000 0.000 NA   NA
 3714031 3714032 APJL_1771 APJL_1772 hslU hslV TRUE 0.929 266.000 0.752 1.000 Y NA
 3714032 3714033 APJL_1772 APJL_1773 hslV sfsA FALSE 0.190 78.000 0.000 1.000   NA
 3714033 3714034 APJL_1773 APJL_1774 sfsA gloA2 FALSE 0.021 307.000 0.000 NA   NA
 3714035 3714036 APJL_1775 APJL_1776 mutY   TRUE 0.990 4.000 0.150 NA N NA
 3714036 3714037 APJL_1776 APJL_1777   mltC TRUE 0.947 18.000 0.043 NA N NA
 3714037 3714038<