MicrobesOnline Operon Predictions for Clostridium kluyveri DSM 555

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3708217 3708218 CKL_0001 CKL_0002 dnaA dnaN TRUE 0.637 259.000 0.328 1.000 Y NA
 3708218 3708219 CKL_0002 CKL_0003 dnaN   TRUE 0.965 28.000 0.103 1.000   NA
 3708219 3708220 CKL_0003 CKL_0004   recF TRUE 0.891 81.000 0.209 1.000   NA
 3708220 3708221 CKL_0004 CKL_0005 recF   TRUE 0.961 20.000 0.024 NA   NA
 3708221 3708222 CKL_0005 CKL_0006   gyrB1 TRUE 0.948 22.000 0.017 NA   NA
 3708222 3708223 CKL_0006 CKL_0007 gyrB1 gyrA1 TRUE 0.998 17.000 0.306 0.002 Y NA
 3708223 3708224 CKL_0007 CKL_0008 gyrA1   FALSE 0.006 567.000 0.000 NA   NA
 3708224 3708225 CKL_0008 CKL_0009     FALSE 0.007 556.000 0.000 NA   NA
 3708225 3708226 CKL_0009 CKL_0010     TRUE 0.529 57.000 0.000 NA   NA
 3708226 3708227 CKL_0010 CKL_0011     TRUE 0.933 10.000 0.000 NA   NA
 3708227 3708228 CKL_0011 CKL_0012     TRUE 0.942 4.000 0.000 NA   NA
 3708228 3708229 CKL_0012 CKL_0013     FALSE 0.129 176.000 0.000 NA   NA
 3708229 3708230 CKL_0013 CKL_0014     TRUE 0.378 156.000 0.029 1.000   NA
 3708230 3708231 CKL_0014 CKL_0015     TRUE 0.881 37.000 0.021 1.000   NA
 3708231 3708232 CKL_0015 CKL_0016     TRUE 0.599 49.000 0.000 1.000   NA
 3708232 3708233 CKL_0016 CKL_0017     TRUE 0.994 18.000 0.370 NA   NA
 3708233 3708234 CKL_0017 CKL_0018   serS FALSE 0.016 372.000 0.000 NA   NA
 3708234 3708235 CKL_0018 CKL_0019 serS   FALSE 0.027 305.000 0.000 NA   NA
 3708235 3708236 CKL_0019 CKL_0020     TRUE 0.829 26.000 0.000 NA   NA
 3708238 3708239 CKL_0022 CKL_0023 vanR vanS TRUE 0.999 -10.000 0.385 0.024 Y NA
 3708241 3708242 CKL_0025 CKL_0026     FALSE 0.023 322.000 0.000 NA   NA
 3708242 3708243 CKL_0026 CKL_0027     FALSE 0.085 208.000 0.000 NA   NA
 3708246 3708247 CKL_0030 CKL_0031     FALSE 0.156 160.000 0.000 NA   NA
 3708249 3708250 CKL_0033 CKL_0034     FALSE 0.006 618.000 0.000 NA   NA
 3708251 3708252 CKL_0035 CKL_0036     TRUE 0.772 192.000 0.600 NA   NA
 3708252 3708253 CKL_0036 CKL_0037     TRUE 0.956 -13.000 0.000 NA   NA
 3708253 3708254 CKL_0037 CKL_0038     TRUE 0.922 14.000 0.000 NA   NA
 3708254 3708255 CKL_0038 CKL_0039     TRUE 0.939 87.000 0.175 1.000 Y NA
 3708255 3708256 CKL_0039 CKL_0040     FALSE 0.196 136.000 0.000 1.000   NA
 3708257 3708258 CKL_0041 CKL_0042     TRUE 0.721 37.000 0.000 NA   NA
 3708260 3708261 CKL_0044 CKL_0045     FALSE 0.015 381.000 0.000 NA   NA
 3708261 3708262 CKL_0045 CKL_0046     TRUE 0.478 66.000 0.000 NA   NA
 3708264 3708265 CKL_0048 CKL_0049   psd TRUE 0.683 40.000 0.000 1.000   NA
 3708267 3708268 CKL_0051 CKL_0052     TRUE 0.974 31.000 0.205 NA   NA
 3708269 3708270 CKL_0053 CKL_0054   tadA FALSE 0.164 152.000 0.000 NA   NA
 3708270 3708271 CKL_0054 CKL_0055 tadA   FALSE 0.162 153.000 0.000 NA   NA
 3708272 3708273 CKL_0056 CKL_0057     TRUE 0.942 4.000 0.000 NA   NA
 3708274 3708275 CKL_0058 CKL_0059     FALSE 0.345 100.000 0.000 NA   NA
 3708275 3708276 CKL_0059 CKL_0060   flr FALSE 0.030 294.000 0.000 NA   NA
 3708276 3708277 CKL_0060 CKL_0061 flr   FALSE 0.017 363.000 0.000 NA   NA
 3708277 3708278 CKL_0061 CKL_0062     FALSE 0.272 118.000 0.000 NA   NA
 3708279 3708280 CKL_0063 CKL_0064     FALSE 0.101 196.000 0.000 NA   NA
 3708280 3708281 CKL_0064 CKL_0065     TRUE 0.557 54.000 0.000 NA   NA
 3708281 3708282 CKL_0065 CKL_0066   ppsA TRUE 0.907 18.000 0.000 NA   NA
 3708282 3708283 CKL_0066 CKL_0067 ppsA   TRUE 0.381 74.000 0.000 1.000 N NA
 3708283 3708284 CKL_0067 CKL_0068     FALSE 0.083 211.000 0.000 1.000   NA
 3708284 3708285 CKL_0068 CKL_0069     TRUE 0.915 16.000 0.000 NA   NA
 3708285 3708286 CKL_0069 CKL_0070     TRUE 0.997 -3.000 0.375 NA   NA
 3708286 3708287 CKL_0070 CKL_0071     TRUE 0.616 46.000 0.000 NA   NA
 3708287 3708288 CKL_0071 CKL_0072     FALSE 0.024 318.000 0.000 NA   NA
 3708288 3708289 CKL_0072 CKL_0073     TRUE 0.999 -7.000 0.286 0.009 Y NA
 3708290 3708291 CKL_0074 CKL_0075     TRUE 0.422 82.000 0.000 NA   NA
 3708291 3708292 CKL_0075 CKL_0076     TRUE 0.380 92.000 0.000 NA   NA
 3708292 3708293 CKL_0076 CKL_0077     TRUE 0.983 15.000 0.071 NA   NA
 3708293 3708294 CKL_0077 CKL_0078     FALSE 0.009 416.000 0.000 NA N NA
 3708294 3708295 CKL_0078 CKL_0079     TRUE 0.858 45.000 0.000 NA Y NA
 3708296 3708297 CKL_0080 CKL_0081     TRUE 0.845 25.000 0.000 1.000   NA
 3708297 3708298 CKL_0081 CKL_0082     FALSE 0.101 230.000 0.000 0.064   NA
 3708298 3708299 CKL_0082 CKL_0083     TRUE 0.364 96.000 0.000 NA   NA
 3708299 3708300 CKL_0083 CKL_0084     TRUE 0.992 10.000 0.154 NA   NA
 3708300 3708301 CKL_0084 CKL_0085   apeB FALSE 0.221 129.000 0.000 NA   NA
 3708302 3708303 CKL_0086 CKL_0087   purA TRUE 0.729 76.000 0.033 NA   NA
 3708303 3708304 CKL_0087 CKL_0088 purA   FALSE 0.179 128.000 0.000 1.000 N NA
 3708306 3708307 CKL_0090 CKL_0091     FALSE 0.086 207.000 0.000 NA   NA
 3708307 3708308 CKL_0091 CKL_0092     TRUE 0.933 10.000 0.000 NA   NA
 3708308 3708309 CKL_0092 CKL_0093     TRUE 0.936 7.000 0.000 NA   NA
 3708309 3708310 CKL_0093 CKL_0094     FALSE 0.312 108.000 0.000 NA   NA
 3708310 3708311 CKL_0094 CKL_0095     TRUE 0.933 10.000 0.000 NA   NA
 3708311 3708312 CKL_0095 CKL_0096     TRUE 0.872 22.000 0.000 NA   NA
 3708312 3708313 CKL_0096 CKL_0097     TRUE 0.940 5.000 0.000 NA   NA
 3708314 3708315 CKL_0098 CKL_0099     TRUE 0.997 -7.000 0.083 NA Y NA
 3708316 3708317 CKL_0100 CKL_0101     TRUE 0.862 42.000 0.032 1.000   NA
 3708317 3708318 CKL_0101 CKL_0102   fabH1 TRUE 0.991 -7.000 0.098 1.000 N NA
 3708318 3708319 CKL_0102 CKL_0103 fabH1 acp1 TRUE 0.985 25.000 0.121 0.006   NA
 3708319 3708320 CKL_0103 CKL_0104 acp1 fabI TRUE 0.993 13.000 0.216 1.000   NA
 3708320 3708321 CKL_0104 CKL_0105 fabI fabD TRUE 0.986 16.000 0.099 1.000   NA
 3708321 3708322 CKL_0105 CKL_0106 fabD fabG1 TRUE 0.998 11.000 0.149 0.006 Y NA
 3708322 3708323 CKL_0106 CKL_0107 fabG1 fabF TRUE 0.994 25.000 0.236 1.000 Y NA
 3708323 3708324 CKL_0107 CKL_0108 fabF accB TRUE 0.989 2.000 0.074 1.000   NA
 3708324 3708325 CKL_0108 CKL_0109 accB fabZ TRUE 0.985 20.000 0.058 0.006   NA
 3708325 3708326 CKL_0109 CKL_0110 fabZ accC TRUE 0.986 25.000 0.077 1.000 Y NA
 3708326 3708327 CKL_0110 CKL_0111 accC accD TRUE 0.837 121.000 0.090 1.000 Y NA
 3708327 3708328 CKL_0111 CKL_0112 accD accA TRUE 0.979 69.000 0.234 0.001 Y NA
 3708329 3708330 CKL_0113 CKL_0114 ftn   FALSE 0.276 169.000 0.008 1.000   NA
 3708330 3708331 CKL_0114 CKL_0115     TRUE 0.799 101.000 0.129 NA   NA
 3708331 3708332 CKL_0115 CKL_0116     TRUE 0.729 136.000 0.220 NA   NA
 3708332 3708333 CKL_0116 CKL_0117     FALSE 0.026 309.000 0.000 NA   NA
 3708333 3708334 CKL_0117 CKL_0118   asnS TRUE 0.799 29.000 0.000 NA   NA
 3708334 3708335 CKL_0118 CKL_0119 asnS ogt FALSE 0.011 391.000 0.000 1.000 N NA
 3708335 3708336 CKL_0119 CKL_0120 ogt   TRUE 0.700 39.000 0.000 1.000   NA
 3708336 3708337 CKL_0120 CKL_0121     TRUE 0.683 40.000 0.000 1.000   NA
 3708337 3708338 CKL_0121 CKL_0122     TRUE 0.999 -37.000 0.669 0.003 N NA
 3708338 3708339 CKL_0122 CKL_0123     FALSE 0.297 112.000 0.000 NA   NA
 3708339 3708340 CKL_0123 CKL_0124     TRUE 0.529 57.000 0.000 NA   NA
 3708340 3708341 CKL_0124 CKL_0125     TRUE 0.956 -16.000 0.000 NA   NA
 3708341 3708342 CKL_0125 CKL_0126     TRUE 0.966 16.000 0.016 NA   NA
 3708342 3708343 CKL_0126 CKL_0127   murA1 TRUE 0.965 23.000 0.058 1.000   NA
 3708343 3708344 CKL_0127 CKL_0128 murA1   FALSE 0.011 433.000 0.000 NA   NA
 3708347 3708348 CKL_0131 CKL_0132 murI   TRUE 0.499 62.000 0.000 1.000   NA
 3708348 3708349 CKL_0132 CKL_0133     TRUE 0.639 121.000 0.071 1.000   NA
 3708350 3708351 CKL_0134 CKL_0135     TRUE 0.721 123.000 0.133 NA   NA
 3708352 3708353 CKL_0136 CKL_0137     TRUE 0.862 50.000 0.058 NA   NA
 3708353 3708354 CKL_0137 CKL_0138   comB TRUE 0.916 39.000 0.067 1.000   NA
 3708355 3708356 CKL_0139 CKL_0140     TRUE 0.767 32.000 0.000 NA   NA
 3708356 3708357 CKL_0140 CKL_0141     TRUE 0.669 139.000 0.156 1.000   NA
 3708357 3708358 CKL_0141 CKL_0142     FALSE 0.098 198.000 0.000 NA   NA
 3708358 3708359 CKL_0142 CKL_0143   murC TRUE 0.602 83.000 0.004 NA   NA
 3708360 3708361 CKL_0144 CKL_0145     TRUE 0.721 104.000 0.099 1.000 N NA
 3708361 3708362 CKL_0145 CKL_0146   gcaD TRUE 0.570 156.000 0.011 1.000 Y NA
 3708362 3708363 CKL_0146 CKL_0147 gcaD prs TRUE 0.957 25.000 0.069 1.000 N NA
 3708363 3708364 CKL_0147 CKL_0148 prs   FALSE 0.054 484.000 0.123 1.000 N NA
 3708364 3708365 CKL_0148 CKL_0149     TRUE 0.985 1.000 0.000 1.000 Y NA
 3708365 3708366 CKL_0149 CKL_0150     TRUE 0.358 81.000 0.000 1.000 N NA
 3708366 3708367 CKL_0150 CKL_0151   pth TRUE 0.530 95.000 0.009 1.000 N NA
 3708367 3708368 CKL_0151 CKL_0152 pth mfd TRUE 0.759 108.000 0.137 1.000 N NA
 3708368 3708369 CKL_0152 CKL_0153 mfd prsA TRUE 0.636 76.000 0.016 1.000 N NA
 3708369 3708370 CKL_0153 CKL_0154 prsA   FALSE 0.220 236.000 0.088 NA N NA
 3708370 3708371 CKL_0154 CKL_0155     TRUE 0.511 170.000 0.108 NA   NA
 3708371 3708372 CKL_0155 CKL_0156     TRUE 0.969 14.000 0.015 1.000   NA
 3708372 3708373 CKL_0156 CKL_0157   hup FALSE 0.031 415.000 0.014 1.000   NA
 3708373 3708374 CKL_0157 CKL_0158 hup   TRUE 0.575 98.000 0.024 1.000 N NA
 3708374 3708375 CKL_0158 CKL_0159     TRUE 0.861 64.000 0.108 NA   NA
 3708375 3708376 CKL_0159 CKL_0160     TRUE 0.992 32.000 0.774 NA   NA
 3708376 3708377 CKL_0160 CKL_0161     TRUE 0.819 128.000 0.303 NA   NA
 3708377 3708378 CKL_0161 CKL_0162     TRUE 0.572 180.000 0.179 1.000   NA
 3708378 3708379 CKL_0162 CKL_0163     FALSE 0.234 126.000 0.000 NA   NA
 3708379 3708380 CKL_0163 CKL_0164     TRUE 0.936 7.000 0.000 NA   NA
 3708380 3708381 CKL_0164 CKL_0165     TRUE 0.929 12.000 0.000 NA   NA
 3708381 3708382 CKL_0165 CKL_0166     TRUE 0.931 11.000 0.000 NA   NA
 3708382 3708383 CKL_0166 CKL_0167     TRUE 0.936 7.000 0.000 NA   NA
 3708383 3708384 CKL_0167 CKL_0168     TRUE 0.926 13.000 0.000 NA   NA
 3708384 3708385 CKL_0168 CKL_0169     FALSE 0.043 261.000 0.000 NA   NA
 3708385 3708386 CKL_0169 CKL_0170   tilS FALSE 0.300 180.000 0.041 1.000 N NA
 3708386 3708387 CKL_0170 CKL_0171 tilS hpt TRUE 0.994 5.000 0.137 0.045 N NA
 3708387 3708388 CKL_0171 CKL_0172 hpt ftsH1 TRUE 0.856 83.000 0.180 1.000 N NA
 3708388 3708389 CKL_0172 CKL_0173 ftsH1   TRUE 0.491 139.000 0.055 NA   NA
 3708389 3708390 CKL_0173 CKL_0174     FALSE 0.288 152.000 0.003 NA   NA
 3708390 3708391 CKL_0174 CKL_0175   dus TRUE 0.980 9.000 0.054 1.000 N NA
 3708391 3708392 CKL_0175 CKL_0176 dus   TRUE 0.688 61.000 0.005 NA   NA
 3708392 3708393 CKL_0176 CKL_0177   greA1 FALSE 0.296 177.000 0.023 NA   NA
 3708393 3708394 CKL_0177 CKL_0178 greA1 lysS TRUE 0.981 18.000 0.098 1.000 N NA
 3708394 3708395 CKL_0178 CKL_0179 lysS   FALSE 0.165 151.000 0.000 NA   NA
 3708395 3708396 CKL_0179 CKL_0180   glyS FALSE 0.024 319.000 0.000 NA   NA
 3708396 3708397 CKL_0180 CKL_0181 glyS murD FALSE 0.015 626.000 0.002 0.045 N NA
 3708397 3708398 CKL_0181 CKL_0182 murD   FALSE 0.006 622.000 0.000 NA   NA
 3708398 3708399 CKL_0182 CKL_0183     TRUE 0.894 20.000 0.000 NA   NA
 3708399 3708400 CKL_0183 CKL_0184     TRUE 0.942 4.000 0.000 NA   NA
 3708400 3708401 CKL_0184 CKL_0185     FALSE 0.008 495.000 0.000 NA   NA
 3708401 3708402 CKL_0185 CKL_0186     FALSE 0.292 113.000 0.000 NA   NA
 3708402 3708403 CKL_0186 CKL_0187     TRUE 0.933 10.000 0.000 NA   NA
 3708403 3708404 CKL_0187 CKL_0188     TRUE 0.942 4.000 0.000 NA   NA
 3708404 3708405 CKL_0188 CKL_0189   fusA1 FALSE 0.015 387.000 0.000 NA   NA
 3708405 3708406 CKL_0189 CKL_0190 fusA1   TRUE 0.368 147.000 0.021 NA   NA
 3708406 3708407 CKL_0190 CKL_0191   cobC1 FALSE 0.345 100.000 0.000 NA   NA
 3708407 3708408 CKL_0191 CKL_0192 cobC1   FALSE 0.120 159.000 0.000 NA N NA
 3708408 3708409 CKL_0192 CKL_0193     TRUE 0.976 55.000 0.681 NA   NA
 3708409 3708410 CKL_0193 CKL_0194     TRUE 0.999 3.000 0.848 1.000   NA
 3708410 3708411 CKL_0194 CKL_0195   clpC TRUE 0.980 21.000 0.129 1.000 N NA
 3708411 3708412 CKL_0195 CKL_0196 clpC radA TRUE 0.677 150.000 0.009 0.019 Y NA
 3708412 3708413 CKL_0196 CKL_0197 radA   TRUE 0.989 15.000 0.126 1.000   NA
 3708415 3708416 CKL_0199 CKL_0200   ispD TRUE 0.994 -10.000 0.134 NA   NA
 3708416 3708417 CKL_0200 CKL_0201 ispD cysS FALSE 0.060 213.000 0.000 1.000 N NA
 3708417 3708418 CKL_0201 CKL_0202 cysS   TRUE 0.959 34.000 0.129 1.000   NA
 3708418 3708419 CKL_0202 CKL_0203     TRUE 0.995 9.000 0.150 0.004   NA
 3708419 3708420 CKL_0203 CKL_0204     TRUE 0.992 -3.000 0.109 NA   NA
 3708420 3708421 CKL_0204 CKL_0205   rpoD1 TRUE 0.934 78.000 0.361 NA   NA
 3708421 3708422 CKL_0205 CKL_0206 rpoD1   FALSE 0.066 222.000 0.000 NA   NA
 3708422 3708423 CKL_0206 CKL_0207     TRUE 0.933 10.000 0.000 NA   NA
 3708423 3708424 CKL_0207 CKL_0208   tuf1 TRUE 0.394 89.000 0.000 NA   NA
 3708424 3708425 CKL_0208 CKL_0209 tuf1 rpmG TRUE 0.483 234.000 0.099 1.000 Y NA
 3708425 3708426 CKL_0209 CKL_0210 rpmG secE TRUE 0.902 44.000 0.100 1.000 N NA
 3708426 3708427 CKL_0210 CKL_0211 secE nusG TRUE 0.981 49.000 0.843 1.000 N NA
 3708427 3708428 CKL_0211 CKL_0212 nusG rplK TRUE 0.955 82.000 0.681 1.000 N NA
 3708428 3708429 CKL_0212 CKL_0213 rplK rplA TRUE 0.993 59.000 0.838 0.024 Y NA
 3708429 3708430 CKL_0213 CKL_0214 rplA rplJ TRUE 0.857 168.000 0.302 1.000 Y NA
 3708430 3708431 CKL_0214 CKL_0215 rplJ rplL TRUE 0.997 31.000 0.884 1.000 Y NA
 3708431 3708432 CKL_0215 CKL_0216 rplL rpoB FALSE 0.239 294.000 0.223 1.000 N NA
 3708432 3708433 CKL_0216 CKL_0217 rpoB rpoC TRUE 0.999 18.000 0.851 0.001 Y NA
 3708433 3708434 CKL_0217 CKL_0218 rpoC   TRUE 0.623 113.000 0.065 1.000 N NA
 3708434 3708435 CKL_0218 CKL_0219   rpsL TRUE 0.718 235.000 0.239 0.024 Y NA
 3708435 3708436 CKL_0219 CKL_0220 rpsL rpsG TRUE 0.908 145.000 0.224 0.004 Y NA
 3708436 3708437 CKL_0220 CKL_0221 rpsG fusA2 TRUE 0.980 79.000 0.579 1.000 Y NA
 3708437 3708438 CKL_0221 CKL_0222 fusA2 tuf2 TRUE 0.993 45.000 0.400 0.002 Y NA
 3708438 3708439 CKL_0222 CKL_0223 tuf2 rpsJ TRUE 0.395 366.000 0.318 1.000 Y NA
 3708439 3708440 CKL_0223 CKL_0224 rpsJ rplC TRUE 0.980 88.000 0.467 0.024 Y NA
 3708440 3708441 CKL_0224 CKL_0225 rplC rplD TRUE 0.998 25.000 0.544 0.018 Y NA
 3708441 3708442 CKL_0225 CKL_0226 rplD rplW TRUE 0.999 0.000 0.307 0.018 Y NA
 3708442 3708443 CKL_0226 CKL_0227 rplW rplB TRUE 0.993 59.000 0.849 0.022 Y NA
 3708443 3708444 CKL_0227 CKL_0228 rplB rpsS TRUE 0.969 136.000 0.820 0.024 Y NA
 3708444 3708445 CKL_0228 CKL_0229 rpsS rplV TRUE 0.999 24.000 0.769 0.024 Y NA
 3708445 3708446 CKL_0229 CKL_0230 rplV rpsC TRUE 0.999 16.000 0.719 0.024 Y NA
 3708446 3708447 CKL_0230 CKL_0231 rpsC rplP TRUE 0.999 18.000 0.828 0.024 Y NA
 3708447 3708448 CKL_0231 CKL_0232 rplP rpmC TRUE 1.000 -10.000 0.802 0.018 Y NA
 3708448 3708449 CKL_0232 CKL_0233 rpmC rpsQ TRUE 0.999 20.000 0.828 0.018 Y NA
 3708449 3708450 CKL_0233 CKL_0234 rpsQ rplN TRUE 0.998 26.000 0.791 0.024 Y NA
 3708450 3708451 CKL_0234 CKL_0235 rplN rplX TRUE 0.999 19.000 0.810 0.024 Y NA
 3708451 3708452 CKL_0235 CKL_0236 rplX rplE TRUE 0.999 24.000 0.758 0.018 Y NA
 3708452 3708453 CKL_0236 CKL_0237 rplE rpsN TRUE 0.999 13.000 0.496 0.018 Y NA
 3708453 3708454 CKL_0237 CKL_0238 rpsN rpsH TRUE 0.996 33.000 0.473 0.018 Y NA
 3708454 3708455 CKL_0238 CKL_0239 rpsH rplF TRUE 0.991 77.000 0.808 0.018 Y NA
 3708455 3708456 CKL_0239 CKL_0240 rplF rplR TRUE 0.999 19.000 0.815 0.018 Y NA
 3708456 3708457 CKL_0240 CKL_0241 rplR rpsE TRUE 0.999 18.000 0.814 0.024 Y NA
 3708457 3708458 CKL_0241 CKL_0242 rpsE rpmD TRUE 0.999 13.000 0.789 0.024 Y NA
 3708458 3708459 CKL_0242 CKL_0243 rpmD rplO TRUE 0.999 24.000 0.653 0.003 Y NA
 3708459 3708460 CKL_0243 CKL_0244 rplO secY TRUE 0.998 2.000 0.730 1.000 N NA
 3708460 3708461 CKL_0244 CKL_0245 secY adk TRUE 0.987 22.000 0.241 1.000 N NA
 3708461 3708462 CKL_0245 CKL_0246 adk map1 TRUE 0.996 -3.000 0.290 1.000 N NA
 3708462 3708463 CKL_0246 CKL_0247 map1 infA TRUE 0.917 102.000 0.160 1.000 Y NA
 3708463 3708464 CKL_0247 CKL_0248 infA rpmJ TRUE 0.992 18.000 0.257 1.000   NA
 3708464 3708465 CKL_0248 CKL_0249 rpmJ rpsM TRUE 0.669 186.000 0.194 0.018   NA
 3708465 3708466 CKL_0249 CKL_0250 rpsM rpsK TRUE 0.999 18.000 0.810 0.018 Y NA
 3708466 3708467 CKL_0250 CKL_0251 rpsK rpsD1 TRUE 0.998 23.000 0.509 0.024 Y NA
 3708467 3708468 CKL_0251 CKL_0252 rpsD1 rpoA TRUE 0.954 66.000 0.549 1.000 N NA
 3708468 3708469 CKL_0252 CKL_0253 rpoA rplQ TRUE 0.982 49.000 0.873 1.000 N NA
 3708469 3708470 CKL_0253 CKL_0254 rplQ   TRUE 0.542 131.000 0.074 1.000 N NA
 3708470 3708471 CKL_0254 CKL_0255     TRUE 1.000 -15.000 0.713 0.029 Y NA
 3708471 3708472 CKL_0255 CKL_0256     TRUE 0.998 13.000 0.304 1.000 Y NA
 3708472 3708473 CKL_0256 CKL_0257   truA TRUE 0.997 -3.000 0.404 1.000 N NA
 3708473 3708474 CKL_0257 CKL_0258 truA rplM TRUE 0.555 179.000 0.031 1.000 Y NA
 3708474 3708475 CKL_0258 CKL_0259 rplM rpsI TRUE 0.998 26.000 0.601 0.018 Y NA
 3708475 3708476 CKL_0259 CKL_0260 rpsI   FALSE 0.086 187.000 0.000 1.000 N NA
 3708477 3708478 CKL_0261 CKL_0262     TRUE 0.813 141.000 0.400 NA   NA
 3708478 3708479 CKL_0262 CKL_0263     TRUE 0.937 76.000 0.375 NA   NA
 3708479 3708480 CKL_0263 CKL_0264     FALSE 0.010 456.000 0.000 NA   NA
 3708480 3708481 CKL_0264 CKL_0265     FALSE 0.009 488.000 0.000 NA   NA
 3708481 3708482 CKL_0265 CKL_0266     TRUE 0.790 30.000 0.000 NA   NA
 3708482 3708483 CKL_0266 CKL_0267     TRUE 0.957 -46.000 0.000 NA   NA
 3708483 3708484 CKL_0267 CKL_0268     TRUE 0.829 54.000 0.045 NA   NA
 3708484 3708485 CKL_0268 CKL_0269     TRUE 0.987 14.000 0.125 1.000 N NA
 3708487 3708488 CKL_0271 CKL_0272     TRUE 0.906 31.000 0.018 NA   NA
 3708491 3708492 CKL_0275 CKL_0276     FALSE 0.282 116.000 0.000 NA   NA
 3708493 3708494 CKL_0277 CKL_0278     TRUE 0.998 -3.000 0.455 NA   NA
 3708494 3708495 CKL_0278 CKL_0279     TRUE 0.963 52.000 0.400 NA   NA
 3708495 3708496 CKL_0279 CKL_0280     TRUE 0.768 142.000 0.300 NA   NA
 3708496 3708497 CKL_0280 CKL_0281     TRUE 0.835 110.000 0.222 NA   NA
 3708497 3708498 CKL_0281 CKL_0282     TRUE 0.951 -3.000 0.000 NA   NA
 3708498 3708499 CKL_0282 CKL_0283     TRUE 0.842 25.000 0.000 NA   NA
 3708499 3708500 CKL_0283 CKL_0284     TRUE 0.996 -7.000 0.222 NA   NA
 3708500 3708501 CKL_0284 CKL_0285     TRUE 0.998 -52.000 0.625 NA   NA
 3708501 3708502 CKL_0285 CKL_0286     TRUE 0.965 48.000 0.375 NA   NA
 3708502 3708503 CKL_0286 CKL_0287     TRUE 0.696 39.000 0.000 NA   NA
 3708503 3708504 CKL_0287 CKL_0288     TRUE 0.544 56.000 0.000 1.000   NA
 3708504 3708505 CKL_0288 CKL_0289     TRUE 0.997 12.000 0.500 NA   NA
 3708505 3708506 CKL_0289 CKL_0290     TRUE 0.376 93.000 0.000 NA   NA
 3708506 3708507 CKL_0290 CKL_0291     TRUE 0.955 -10.000 0.000 NA   NA
 3708507 3708508 CKL_0291 CKL_0292     TRUE 0.446 76.000 0.000 NA   NA
 3708508 3708509 CKL_0292 CKL_0293     TRUE 0.594 49.000 0.000 NA   NA
 3708509 3708510 CKL_0293 CKL_0294     TRUE 0.954 -7.000 0.000 NA   NA
 3708510 3708511 CKL_0294 CKL_0295     FALSE 0.028 301.000 0.000 NA   NA
 3708512 3708513 CKL_0296 CKL_0297     TRUE 0.870 34.000 0.000 0.007   NA
 3708513 3708514 CKL_0297 CKL_0298     FALSE 0.010 461.000 0.000 NA   NA
 3708514 3708515 CKL_0298 CKL_0299     TRUE 0.394 89.000 0.000 NA   NA
 3708515 3708516 CKL_0299 CKL_0300     FALSE 0.008 516.000 0.000 NA   NA
 3708516 3708517 CKL_0300 CKL_0301     FALSE 0.026 286.000 0.000 1.000 N NA
 3708517 3708518 CKL_0301 CKL_0302   mutE FALSE 0.240 112.000 0.000 1.000 N NA
 3708518 3708519 CKL_0302 CKL_0303 mutE fumA TRUE 0.569 43.000 0.000 1.000 N NA
 3708519 3708520 CKL_0303 CKL_0304 fumA fumB TRUE 0.987 52.000 0.262 0.001 Y NA
 3708520 3708521 CKL_0304 CKL_0305 fumB   FALSE 0.061 212.000 0.000 1.000 N NA
 3708521 3708522 CKL_0305 CKL_0306     TRUE 0.369 96.000 0.000 1.000   NA
 3708522 3708523 CKL_0306 CKL_0307   pts1 TRUE 0.669 41.000 0.000 1.000   NA
 3708523 3708524 CKL_0307 CKL_0308 pts1   TRUE 0.696 105.000 0.069 NA   NA
 3708524 3708525 CKL_0308 CKL_0309     TRUE 0.997 -7.000 0.333 NA   NA
 3708525 3708526 CKL_0309 CKL_0310   trx TRUE 0.909 86.000 0.286 1.000   NA
 3708526 3708527 CKL_0310 CKL_0311 trx trxR TRUE 0.949 50.000 0.250 1.000   NA
 3708529 3708530 CKL_0313 CKL_0314     TRUE 0.998 -33.000 0.502 NA   NA
 3708530 3708531 CKL_0314 CKL_0315     TRUE 0.992 -19.000 0.083 NA   NA
 3708531 3708532 CKL_0315 CKL_0316   glmM FALSE 0.015 636.000 0.017 1.000   NA
 3708532 3708533 CKL_0316 CKL_0317 glmM glmS FALSE 0.017 569.000 0.030 1.000 N NA
 3708533 3708534 CKL_0317 CKL_0318 glmS   FALSE 0.039 274.000 0.000 1.000   NA
 3708534 3708535 CKL_0318 CKL_0319     TRUE 0.475 67.000 0.000 NA   NA
 3708535 3708536 CKL_0319 CKL_0320     FALSE 0.005 738.000 0.000 NA   NA
 3708536 3708537 CKL_0320 CKL_0321     FALSE 0.005 842.000 0.000 1.000   NA
 3708537 3708538 CKL_0321 CKL_0322     FALSE 0.041 669.000 0.167 1.000 N NA
 3708538 3708539 CKL_0322 CKL_0323     TRUE 0.961 61.000 0.583 1.000 N NA
 3708539 3708540 CKL_0323 CKL_0324     FALSE 0.095 201.000 0.000 1.000   NA
 3708540 3708541 CKL_0324 CKL_0325     TRUE 0.455 73.000 0.000 NA   NA
 3708541 3708542 CKL_0325 CKL_0326   proC1 TRUE 0.489 63.000 0.000 NA   NA
 3708542 3708543 CKL_0326 CKL_0327 proC1   FALSE 0.169 148.000 0.000 NA   NA
 3708543 3708544 CKL_0327 CKL_0328     FALSE 0.015 384.000 0.000 NA   NA
 3708545 3708546 CKL_0329 CKL_0330     TRUE 0.427 82.000 0.000 1.000   NA
 3708547 3708548 CKL_0331 CKL_0332     TRUE 0.441 78.000 0.000 NA   NA
 3708548 3708549 CKL_0332 CKL_0333     FALSE 0.005 748.000 0.000 NA   NA
 3708549 3708550 CKL_0333 CKL_0334     TRUE 0.998 3.000 0.229 NA Y NA
 3708550 3708551 CKL_0334 CKL_0335     TRUE 0.964 25.000 0.071 NA   NA
 3708552 3708553 CKL_0336 CKL_0337 gerKB1   TRUE 0.872 22.000 0.000 NA   NA
 3708553 3708554 CKL_0337 CKL_0338   gerKC1 TRUE 0.585 50.000 0.000 NA   NA
 3708554 3708555 CKL_0338 CKL_0339 gerKC1 gerKA1 TRUE 0.973 4.000 0.000 0.009   NA
 3708556 3708557 CKL_0340 CKL_0341   fur1 TRUE 0.636 54.000 0.000 0.063 N NA
 3708559 3708560 CKL_0343 CKL_0344 msrA   FALSE 0.202 122.000 0.000 1.000 N NA
 3708561 3708562 CKL_0345 CKL_0346     FALSE 0.111 190.000 0.000 1.000   NA
 3708563 3708564 CKL_0347 CKL_0348     TRUE 0.602 48.000 0.000 NA   NA
 3708564 3708565 CKL_0348 CKL_0349     FALSE 0.230 127.000 0.000 NA   NA
 3708566 3708567 CKL_0350 CKL_0351     TRUE 0.982 -12.000 0.000 0.001   NA
 3708568 3708569 CKL_0352 CKL_0353     FALSE 0.055 236.000 0.000 NA   NA
 3708569 3708570 CKL_0353 CKL_0354     TRUE 0.998 -3.000 0.571 NA   NA
 3708570 3708571 CKL_0354 CKL_0355     FALSE 0.173 145.000 0.000 NA   NA
 3708571 3708572 CKL_0355 CKL_0356     TRUE 0.449 75.000 0.000 NA   NA
 3708572 3708573 CKL_0356 CKL_0357     FALSE 0.089 204.000 0.000 NA   NA
 3708574 3708575 CKL_0358 CKL_0359   def1 TRUE 0.702 33.000 0.000 1.000 N NA
 3708576 3708577 CKL_0360 CKL_0361     TRUE 0.999 -3.000 0.455 1.000 Y NA
 3708578 3708579 CKL_0362 CKL_0363 ahpF ahpC TRUE 0.999 13.000 0.551 1.000 Y NA
 3708580 3708581 CKL_0364 CKL_0365     TRUE 0.949 0.000 0.000 NA   NA
 3708581 3708582 CKL_0365 CKL_0366     TRUE 0.394 89.000 0.000 NA   NA
 3708582 3708583 CKL_0366 CKL_0367     TRUE 0.872 120.000 0.462 1.000 N NA
 3708583 3708584 CKL_0367 CKL_0368     TRUE 1.000 -7.000 0.867 0.009 Y NA
 3708584 3708585 CKL_0368 CKL_0369     FALSE 0.047 252.000 0.000 NA   NA
 3708585 3708586 CKL_0369 CKL_0370   anfD FALSE 0.008 517.000 0.000 NA   NA
 3708586 3708587 CKL_0370 CKL_0371 anfD anfG TRUE 0.996 31.000 1.000 0.007   NA
 3708587 3708588 CKL_0371 CKL_0372 anfG anfK TRUE 0.999 15.000 0.941 0.007   NA
 3708588 3708589 CKL_0372 CKL_0373 anfK   FALSE 0.168 131.000 0.000 1.000 N NA
 3708589 3708590 CKL_0373 CKL_0374     TRUE 0.972 16.000 0.029 1.000   NA
 3708590 3708591 CKL_0374 CKL_0375     TRUE 0.507 61.000 0.000 1.000   NA
 3708591 3708592 CKL_0375 CKL_0376     TRUE 0.992 16.000 0.138 0.030   NA
 3708592 3708593 CKL_0376 CKL_0377     TRUE 0.960 22.000 0.036 NA   NA
 3708593 3708594 CKL_0377 CKL_0378     TRUE 0.992 6.000 0.028 NA Y NA
 3708594 3708595 CKL_0378 CKL_0379     FALSE 0.173 145.000 0.000 NA   NA
 3708597 3708598 CKL_0381 CKL_0382     TRUE 0.901 19.000 0.000 NA   NA
 3708599 3708600 CKL_0383 CKL_0384     TRUE 0.995 0.000 0.200 NA   NA
 3708600 3708601 CKL_0384 CKL_0385     TRUE 0.993 3.000 0.167 1.000 N NA
 3708601 3708602 CKL_0385 CKL_0386     FALSE 0.121 160.000 0.000 1.000 N NA
 3708602 3708603 CKL_0386 CKL_0387     TRUE 0.604 163.000 0.182 1.000 N NA
 3708604 3708605 CKL_0388 CKL_0389     TRUE 0.986 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3708605 3708606 CKL_0389 CKL_0390     FALSE 0.040 269.000 0.000 NA   NA
 3708606 3708607 CKL_0390 CKL_0391     TRUE 0.944 83.000 0.500 NA   NA
 3708607 3708608 CKL_0391 CKL_0392     TRUE 0.994 4.000 0.188 NA   NA
 3708608 3708609 CKL_0392 CKL_0393     TRUE 0.996 3.000 0.312 NA   NA
 3708609 3708610 CKL_0393 CKL_0394   algI FALSE 0.004 685.000 0.000 NA N NA
 3708610 3708611 CKL_0394 CKL_0395 algI   TRUE 0.929 12.000 0.000 NA   NA
 3708612 3708613 CKL_0396 CKL_0397     FALSE 0.011 434.000 0.000 NA   NA
 3708613 3708614 CKL_0397 CKL_0398     FALSE 0.034 469.000 0.000 NA Y NA
 3708614 3708615 CKL_0398 CKL_0399     TRUE 0.999 5.000 0.500 NA Y NA
 3708615 3708616 CKL_0399 CKL_0400     FALSE 0.042 262.000 0.000 NA   NA
 3708616 3708617 CKL_0400 CKL_0401     TRUE 0.996 -7.000 0.273 NA   NA
 3708617 3708618 CKL_0401 CKL_0402     FALSE 0.033 289.000 0.000 NA   NA
 3708619 3708620 CKL_0403 CKL_0404     TRUE 0.433 81.000 0.000 1.000   NA
 3708620 3708621 CKL_0404 CKL_0405     TRUE 0.894 20.000 0.000 NA   NA
 3708621 3708622 CKL_0405 CKL_0406     FALSE 0.016 374.000 0.000 NA   NA
 3708622 3708623 CKL_0406 CKL_0407     TRUE 0.516 59.000 0.000 NA   NA
 3708623 3708624 CKL_0407 CKL_0408     FALSE 0.044 258.000 0.000 NA   NA
 3708624 3708625 CKL_0408 CKL_0409     TRUE 0.779 126.000 0.222 NA   NA
 3708627 3708628 CKL_0411 CKL_0412     FALSE 0.003 849.000 0.000 1.000 N NA
 3708628 3708629 CKL_0412 CKL_0413     FALSE 0.032 290.000 0.000 NA   NA
 3708630 3708631 CKL_0414 CKL_0415     TRUE 0.615 81.000 0.000 0.011   NA
 3708632 3708633 CKL_0416 CKL_0417     TRUE 0.997 4.000 0.500 NA   NA
 3708633 3708634 CKL_0417 CKL_0418     FALSE 0.245 124.000 0.000 NA   NA
 3708636 3708637 CKL_0420 CKL_0421     FALSE 0.013 413.000 0.000 NA   NA
 3708637 3708638 CKL_0421 CKL_0422     FALSE 0.016 377.000 0.000 NA   NA
 3708638 3708639 CKL_0422 CKL_0423     TRUE 0.998 6.000 0.722 NA N NA
 3708639 3708640 CKL_0423 CKL_0424     TRUE 0.951 -3.000 0.000 NA   NA
 3708640 3708641 CKL_0424 CKL_0425     TRUE 0.947 1.000 0.000 NA   NA
 3708641 3708642 CKL_0425 CKL_0426   ilvE1 FALSE 0.011 436.000 0.000 NA   NA
 3708642 3708643 CKL_0426 CKL_0427 ilvE1   FALSE 0.091 182.000 0.000 1.000 N NA
 3708643 3708644 CKL_0427 CKL_0428     FALSE 0.018 318.000 0.000 1.000 N NA
 3708646 3708647 CKL_0430 CKL_0431     TRUE 0.830 112.000 0.259 1.000 N NA
 3708648 3708649 CKL_0432 CKL_0433     TRUE 0.931 41.000 0.109 1.000   NA
 3708654 3708655 CKL_0438 CKL_0439     FALSE 0.008 440.000 0.000 1.000 N NA
 3708655 3708656 CKL_0439 CKL_0440   fhs FALSE 0.074 199.000 0.000 1.000 N NA
 3708656 3708657 CKL_0440 CKL_0441 fhs fchA TRUE 0.975 21.000 0.095 1.000 N NA
 3708657 3708658 CKL_0441 CKL_0442 fchA folD TRUE 0.908 58.000 0.082 0.001 N NA
 3708658 3708659 CKL_0442 CKL_0443 folD   FALSE 0.027 280.000 0.000 1.000 N NA
 3708659 3708660 CKL_0443 CKL_0444     TRUE 0.810 28.000 0.000 NA   NA
 3708662 3708663 CKL_0446 CKL_0447 gcp pyc FALSE 0.006 488.000 0.000 1.000 N NA
 3708663 3708664 CKL_0447 CKL_0448 pyc   FALSE 0.052 243.000 0.000 1.000   NA
 3708664 3708665 CKL_0448 CKL_0449     TRUE 0.422 83.000 0.000 1.000   NA
 3708665 3708666 CKL_0449 CKL_0450     FALSE 0.041 264.000 0.000 NA   NA
 3708666 3708667 CKL_0450 CKL_0451     FALSE 0.144 167.000 0.000 NA   NA
 3708669 3708670 CKL_0453 CKL_0454   crt1 FALSE 0.077 215.000 0.000 1.000   NA
 3708670 3708671 CKL_0454 CKL_0455 crt1 bcd TRUE 0.620 176.000 0.054 1.000 Y NA
 3708671 3708672 CKL_0455 CKL_0456 bcd etfB1 TRUE 0.995 17.000 0.364 0.066 N NA
 3708672 3708673 CKL_0456 CKL_0457 etfB1 etfA1 TRUE 0.999 20.000 0.714 0.023 Y NA
 3708673 3708674 CKL_0457 CKL_0458 etfA1 hbd1 TRUE 0.557 185.000 0.216 1.000 N NA
 3708674 3708675 CKL_0458 CKL_0459 hbd1   FALSE 0.069 248.000 0.000 0.051 N NA
 3708675 3708676 CKL_0459 CKL_0460     TRUE 0.964 0.000 0.000 0.051 N NA
 3708676 3708677 CKL_0460 CKL_0461     FALSE 0.076 197.000 0.000 1.000 N NA
 3708677 3708678 CKL_0461 CKL_0462     TRUE 0.398 131.000 0.012 NA   NA
 3708678 3708679 CKL_0462 CKL_0463   groS FALSE 0.018 355.000 0.000 NA   NA
 3708679 3708680 CKL_0463 CKL_0464 groS groL TRUE 0.991 68.000 0.674 0.006 Y NA
 3708680 3708681 CKL_0464 CKL_0465 groL guaB FALSE 0.012 369.000 0.000 1.000 N NA
 3708681 3708682 CKL_0465 CKL_0466 guaB guaA TRUE 0.895 153.000 0.190 0.001 Y NA
 3708682 3708683 CKL_0466 CKL_0467 guaA   FALSE 0.288 134.000 0.002 1.000 N NA
 3708683 3708684 CKL_0467 CKL_0468     TRUE 0.949 0.000 0.000 NA   NA
 3708684 3708685 CKL_0468 CKL_0469     TRUE 0.936 7.000 0.000 NA   NA
 3708685 3708686 CKL_0469 CKL_0470     FALSE 0.007 554.000 0.000 NA   NA
 3708686 3708687 CKL_0470 CKL_0471     TRUE 0.883 21.000 0.000 NA   NA
 3708687 3708688 CKL_0471 CKL_0472     TRUE 0.936 7.000 0.000 NA   NA
 3708688 3708689 CKL_0472 CKL_0473     FALSE 0.053 240.000 0.000 NA   NA
 3708689 3708690 CKL_0473 CKL_0474     TRUE 0.894 20.000 0.000 NA   NA
 3708690 3708691 CKL_0474 CKL_0475     FALSE 0.006 582.000 0.000 NA   NA
 3708691 3708692 CKL_0475 CKL_0476     FALSE 0.179 142.000 0.000 NA   NA
 3708692 3708693 CKL_0476 CKL_0477     FALSE 0.305 110.000 0.000 NA   NA
 3708693 3708694 CKL_0477 CKL_0478     TRUE 0.997 16.000 0.667 NA   NA
 3708694 3708695 CKL_0478 CKL_0479     FALSE 0.277 117.000 0.000 NA   NA
 3708695 3708696 CKL_0479 CKL_0480     TRUE 0.992 0.000 0.104 NA   NA
 3708696 3708697 CKL_0480 CKL_0481     TRUE 0.980 16.000 0.062 NA   NA
 3708697 3708698 CKL_0481 CKL_0482     FALSE 0.005 680.000 0.000 NA   NA
 3708698 3708699 CKL_0482 CKL_0483     FALSE 0.288 114.000 0.000 NA   NA
 3708699 3708700 CKL_0483 CKL_0484     TRUE 0.493 62.000 0.000 NA   NA
 3708700 3708701 CKL_0484 CKL_0485     TRUE 0.940 5.000 0.000 NA   NA
 3708701 3708702 CKL_0485 CKL_0486     FALSE 0.042 262.000 0.000 NA   NA
 3708702 3708703 CKL_0486 CKL_0487     FALSE 0.008 515.000 0.000 1.000   NA
 3708703 3708704 CKL_0487 CKL_0488     FALSE 0.098 198.000 0.000 NA   NA
 3708705 3708706 CKL_0489 CKL_0490     TRUE 0.501 61.000 0.000 NA   NA
 3708707 3708708 CKL_0491 CKL_0492     TRUE 0.938 6.000 0.000 NA   NA
 3708708 3708709 CKL_0492 CKL_0493     FALSE 0.037 278.000 0.000 NA   NA
 3708710 3708711 CKL_0494 CKL_0495     TRUE 0.527 201.000 0.135 0.091   NA
 3708712 3708713 CKL_0496 CKL_0497     FALSE 0.004 1135.000 0.000 NA   NA
 3708716 3708717 CKL_0500 CKL_0501     FALSE 0.051 243.000 0.000 NA   NA
 3708718 3708719 CKL_0502 CKL_0503     TRUE 0.401 126.000 0.000 0.008   NA
 3708719 3708720 CKL_0503 CKL_0504     TRUE 0.907 18.000 0.000 NA   NA
 3708722 3708723 CKL_0506 CKL_0507     FALSE 0.018 319.000 0.000 1.000 N NA
 3708723 3708724 CKL_0507 CKL_0508   napA FALSE 0.025 287.000 0.000 1.000 N NA
 3708724 3708725 CKL_0508 CKL_0509 napA   FALSE 0.043 234.000 0.000 1.000 N NA
 3708725 3708726 CKL_0509 CKL_0510     FALSE 0.155 161.000 0.000 NA   NA
 3708726 3708727 CKL_0510 CKL_0511     TRUE 0.564 53.000 0.000 NA   NA
 3708727 3708728 CKL_0511 CKL_0512   dnaK1 FALSE 0.308 109.000 0.000 NA   NA
 3708728 3708729 CKL_0512 CKL_0513 dnaK1 dnaK2 TRUE 0.995 16.000 0.050 0.003 Y NA
 3708729 3708730 CKL_0513 CKL_0514 dnaK2 dnaK3 TRUE 0.694 91.000 0.000 NA Y NA
 3708730 3708731 CKL_0514 CKL_0515 dnaK3 dnaK4 TRUE 0.912 35.000 0.000 NA Y NA
 3708731 3708732 CKL_0515 CKL_0516 dnaK4   TRUE 0.854 24.000 0.000 NA   NA
 3708732 3708733 CKL_0516 CKL_0517     TRUE 0.881 38.000 0.027 NA   NA
 3708733 3708734 CKL_0517 CKL_0518     TRUE 0.721 37.000 0.000 NA   NA
 3708734 3708735 CKL_0518 CKL_0519     FALSE 0.226 128.000 0.000 NA   NA
 3708735 3708736 CKL_0519 CKL_0520     FALSE 0.092 203.000 0.000 1.000   NA
 3708736 3708737 CKL_0520 CKL_0521     FALSE 0.232 113.000 0.000 NA N NA
 3708737 3708738 CKL_0521 CKL_0522     TRUE 0.935 -3.000 0.000 NA N NA
 3708738 3708739 CKL_0522 CKL_0523     TRUE 0.952 67.000 0.526 1.000 N NA
 3708739 3708740 CKL_0523 CKL_0524     FALSE 0.027 305.000 0.000 NA   NA
 3708740 3708741 CKL_0524 CKL_0525     FALSE 0.005 750.000 0.000 NA   NA
 3708741 3708742 CKL_0525 CKL_0526     FALSE 0.131 174.000 0.000 NA   NA
 3708742 3708743 CKL_0526 CKL_0527     FALSE 0.010 471.000 0.000 1.000   NA
 3708744 3708745 CKL_0528 CKL_0529     TRUE 0.986 13.000 0.087 NA   NA
 3708745 3708746 CKL_0529 CKL_0530     TRUE 0.901 19.000 0.000 NA   NA
 3708746 3708747 CKL_0530 CKL_0531     TRUE 0.942 4.000 0.000 NA   NA
 3708748 3708749 CKL_0532 CKL_0533     FALSE 0.208 132.000 0.000 NA   NA
 3708749 3708750 CKL_0533 CKL_0534     TRUE 0.709 38.000 0.000 NA   NA
 3708750 3708751 CKL_0534 CKL_0535     FALSE 0.131 174.000 0.000 NA   NA
 3708754 3708755 CKL_0538 CKL_0539 tgl   TRUE 0.990 -3.000 0.077 NA   NA
 3708755 3708756 CKL_0539 CKL_0540     TRUE 0.380 92.000 0.000 NA   NA
 3708756 3708757 CKL_0540 CKL_0541     TRUE 0.442 79.000 0.000 1.000   NA
 3708758 3708759 CKL_0542 CKL_0543 stc adh1 FALSE 0.042 235.000 0.000 1.000 N NA
 3708763 3708764 CKL_0547 CKL_0548     FALSE 0.007 551.000 0.000 NA   NA
 3708764 3708765 CKL_0548 CKL_0549     FALSE 0.229 143.000 0.000 0.066 N NA
 3708766 3708767 CKL_0550 CKL_0551     FALSE 0.081 212.000 0.000 1.000   NA
 3708767 3708768 CKL_0551 CKL_0552     FALSE 0.325 104.000 0.000 NA   NA
 3708769 3708770 CKL_0553 CKL_0554     FALSE 0.021 334.000 0.000 NA   NA
 3708770 3708771 CKL_0554 CKL_0555     FALSE 0.018 357.000 0.000 NA   NA
 3708771 3708772 CKL_0555 CKL_0556     FALSE 0.249 123.000 0.000 NA   NA
 3708772 3708773 CKL_0556 CKL_0557     TRUE 0.455 73.000 0.000 NA   NA
 3708773 3708774 CKL_0557 CKL_0558     TRUE 0.546 97.000 0.000 0.011   NA
 3708776 3708777 CKL_0560 CKL_0561     TRUE 0.986 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3708777 3708778 CKL_0561 CKL_0562     FALSE 0.020 306.000 0.000 1.000 N NA
 3708778 3708779 CKL_0562 CKL_0563     TRUE 0.863 20.000 0.000 1.000 N NA
 3708780 3708781 CKL_0564 CKL_0565     FALSE 0.011 431.000 0.000 NA   NA
 3708782 3708783 CKL_0566 CKL_0567     FALSE 0.016 373.000 0.000 NA   NA
 3708783 3708784 CKL_0567 CKL_0568     FALSE 0.006 580.000 0.000 NA   NA
 3708784 3708785 CKL_0568 CKL_0569     TRUE 0.607 48.000 0.000 1.000   NA
 3708788 3708789 CKL_0572 CKL_0573   cheB1 FALSE 0.066 204.000 0.000 NA N NA
 3708789 3708790 CKL_0573 CKL_0574 cheB1   TRUE 0.995 14.000 0.302 1.000   NA
 3708790 3708791 CKL_0574 CKL_0575     FALSE 0.066 223.000 0.000 1.000   NA
 3708791 3708792 CKL_0575 CKL_0576     TRUE 0.454 114.000 0.000 0.017   NA
 3708792 3708793 CKL_0576 CKL_0577     FALSE 0.004 929.000 0.000 NA   NA
 3708793 3708794 CKL_0577 CKL_0578     TRUE 0.570 52.000 0.000 NA   NA
 3708794 3708795 CKL_0578 CKL_0579     TRUE 0.966 24.000 0.070 NA   NA
 3708795 3708796 CKL_0579 CKL_0580     FALSE 0.004 1592.000 0.000 NA   NA
 3708797 3708798 CKL_0581 CKL_0582     TRUE 0.467 69.000 0.000 NA   NA
 3708798 3708799 CKL_0582 CKL_0583     FALSE 0.005 812.000 0.000 NA   NA
 3708799 3708800 CKL_0583 CKL_0584     FALSE 0.048 225.000 0.000 1.000 N NA
 3708800 3708801 CKL_0584 CKL_0585     FALSE 0.005 825.000 0.000 1.000   NA
 3708801 3708802 CKL_0585 CKL_0586     FALSE 0.184 139.000 0.000 NA   NA
 3708802 3708803 CKL_0586 CKL_0587     FALSE 0.005 690.000 0.000 NA   NA
 3708804 3708805 CKL_0588 CKL_0589     TRUE 0.957 -31.000 0.000 NA   NA
 3708805 3708806 CKL_0589 CKL_0590     FALSE 0.032 290.000 0.000 1.000   NA
 3708807 3708808 CKL_0591 CKL_0592     TRUE 0.484 54.000 0.000 1.000 N NA
 3708809 3708810 CKL_0593 CKL_0594     FALSE 0.083 210.000 0.000 NA   NA
 3708810 3708811 CKL_0594 CKL_0595     TRUE 0.549 55.000 0.000 NA   NA
 3708811 3708812 CKL_0595 CKL_0596     TRUE 0.957 -114.000 0.000 NA   NA
 3708812 3708813 CKL_0596 CKL_0597     FALSE 0.004 1003.000 0.000 NA   NA
 3708813 3708814 CKL_0597 CKL_0598     FALSE 0.057 233.000 0.000 NA   NA
 3708815 3708816 CKL_0599 CKL_0600     TRUE 0.957 -21.000 0.000 1.000   NA
 3708818 3708819 CKL_0602 CKL_0603 proS ftsH2 FALSE 0.066 207.000 0.000 1.000 N NA
 3708819 3708820 CKL_0603 CKL_0604 ftsH2   TRUE 0.981 55.000 0.583 0.013   NA
 3708820 3708821 CKL_0604 CKL_0605   hydE TRUE 0.468 70.000 0.000 1.000   NA
 3708821 3708822 CKL_0605 CKL_0606 hydE   FALSE 0.155 161.000 0.000 NA   NA
 3708822 3708823 CKL_0606 CKL_0607   lysC1 FALSE 0.144 167.000 0.000 NA   NA
 3708823 3708824 CKL_0607 CKL_0608 lysC1 lysA TRUE 0.923 46.000 0.016 1.000 Y NA
 3708824 3708825 CKL_0608 CKL_0609 lysA ndvB TRUE 0.682 54.000 0.003 1.000 N NA
 3708825 3708826 CKL_0609 CKL_0610 ndvB trpS FALSE 0.033 259.000 0.000 1.000 N NA
 3708826 3708827 CKL_0610 CKL_0611 trpS   FALSE 0.072 219.000 0.000 NA   NA
 3708827 3708828 CKL_0611 CKL_0612     TRUE 0.955 -9.000 0.000 NA   NA
 3708830 3708831 CKL_0614 CKL_0615     FALSE 0.053 239.000 0.000 NA   NA
 3708831 3708832 CKL_0615 CKL_0616     TRUE 0.475 67.000 0.000 NA   NA
 3708833 3708834 CKL_0617 CKL_0618     TRUE 0.951 -3.000 0.000 NA   NA
 3708834 3708835 CKL_0618 CKL_0619     FALSE 0.038 275.000 0.000 NA   NA
 3708835 3708836 CKL_0619 CKL_0620     TRUE 0.996 -25.000 0.231 1.000   NA
 3708836 3708837 CKL_0620 CKL_0621     TRUE 0.999 0.000 0.857 NA   NA
 3708837 3708838 CKL_0621 CKL_0622     FALSE 0.018 357.000 0.000 NA   NA
 3708838 3708839 CKL_0622 CKL_0623     TRUE 0.751 34.000 0.000 NA   NA
 3708840 3708841 CKL_0624 CKL_0625     TRUE 0.982 -3.000 0.019 NA   NA
 3708841 3708842 CKL_0625 CKL_0626     TRUE 0.980 26.000 0.193 NA   NA
 3708842 3708843 CKL_0626 CKL_0627     TRUE 1.000 -9.000 0.838 0.005 Y NA
 3708843 3708844 CKL_0627 CKL_0628     TRUE 0.957 -25.000 0.000 NA   NA
 3708844 3708845 CKL_0628 CKL_0629     TRUE 0.696 39.000 0.000 NA   NA
 3708845 3708846 CKL_0629 CKL_0630   fur2 TRUE 0.977 27.000 0.167 NA   NA
 3708846 3708847 CKL_0630 CKL_0631 fur2   TRUE 0.967 4.000 0.000 0.061   NA
 3708847 3708848 CKL_0631 CKL_0632     TRUE 0.845 25.000 0.000 1.000   NA
 3708848 3708849 CKL_0632 CKL_0633     FALSE 0.127 153.000 0.000 1.000 N NA
 3708849 3708850 CKL_0633 CKL_0634     FALSE 0.312 109.000 0.000 1.000   NA
 3708850 3708851 CKL_0634 CKL_0635     FALSE 0.253 122.000 0.000 NA   NA
 3708851 3708852 CKL_0635 CKL_0636     FALSE 0.013 414.000 0.000 NA   NA
 3708852 3708853 CKL_0636 CKL_0637   panB TRUE 0.989 -7.000 0.055 1.000   NA
 3708853 3708854 CKL_0637 CKL_0638 panB panC TRUE 0.999 2.000 0.395 0.001 Y NA
 3708854 3708855 CKL_0638 CKL_0639 panC   FALSE 0.085 210.000 0.000 1.000   NA
 3708856 3708857 CKL_0640 CKL_0641 spoVR   TRUE 0.998 6.000 0.761 NA   NA
 3708857 3708858 CKL_0641 CKL_0642     TRUE 0.998 5.000 0.683 NA   NA
 3708858 3708859 CKL_0642 CKL_0643     FALSE 0.007 476.000 0.000 NA N NA
 3708859 3708860 CKL_0643 CKL_0644     TRUE 0.998 -28.000 0.500 1.000   NA
 3708860 3708861 CKL_0644 CKL_0645     TRUE 0.997 15.000 0.667 1.000   NA
 3708861 3708862 CKL_0645 CKL_0646     TRUE 0.995 25.000 0.500 0.004   NA
 3708862 3708863 CKL_0646 CKL_0647     FALSE 0.019 315.000 0.000 1.000 N NA
 3708863 3708864 CKL_0647 CKL_0648     TRUE 0.829 40.000 0.000 0.005   NA
 3708865 3708866 CKL_0649 CKL_0650 carA1 carB1 TRUE 0.953 61.000 0.054 0.001 Y NA
 3708866 3708867 CKL_0650 CKL_0651 carB1 amaA TRUE 0.656 42.000 0.000 1.000   NA
 3708868 3708869 CKL_0652 CKL_0653     TRUE 0.999 4.000 0.600 1.000 Y NA
 3708870 3708871 CKL_0654 CKL_0655     TRUE 0.956 -16.000 0.000 NA   NA
 3708871 3708872 CKL_0655 CKL_0656     TRUE 0.908 18.000 0.000 1.000   NA
 3708872 3708873 CKL_0656 CKL_0657   hemA FALSE 0.137 171.000 0.000 1.000   NA
 3708873 3708874 CKL_0657 CKL_0658 hemA hemL TRUE 0.977 24.000 0.000 0.001 Y NA
 3708874 3708875 CKL_0658 CKL_0659 hemL   FALSE 0.097 178.000 0.000 1.000 N NA
 3708875 3708876 CKL_0659 CKL_0660   ald TRUE 0.889 16.000 0.000 1.000 N NA
 3708876 3708877 CKL_0660 CKL_0661 ald   FALSE 0.161 132.000 0.000 NA N NA
 3708877 3708878 CKL_0661 CKL_0662     TRUE 0.915 16.000 0.000 NA   NA
 3708880 3708881 CKL_0664 CKL_0665     FALSE 0.049 246.000 0.000 NA   NA
 3708881 3708882 CKL_0665 CKL_0666     TRUE 0.999 2.000 0.511 1.000 Y NA
 3708884 3708885 CKL_0668 CKL_0669   polA TRUE 0.407 86.000 0.000 NA   NA
 3708885 3708886 CKL_0669 CKL_0670 polA coaE TRUE 0.960 24.000 0.068 1.000 N NA
 3708886 3708887 CKL_0670 CKL_0671 coaE   TRUE 0.880 45.000 0.058 NA   NA
 3708887 3708888 CKL_0671 CKL_0672     FALSE 0.245 124.000 0.000 NA   NA
 3708888 3708889 CKL_0672 CKL_0673     FALSE 0.010 466.000 0.000 NA   NA
 3708889 3708890 CKL_0673 CKL_0674     FALSE 0.139 169.000 0.000 NA   NA
 3708890 3708891 CKL_0674 CKL_0675     FALSE 0.176 144.000 0.000 NA   NA
 3708892 3708893 CKL_0676 CKL_0677 cotJC cotJB TRUE 0.980 13.000 0.047 NA   NA
 3708893 3708894 CKL_0677 CKL_0678 cotJB   TRUE 0.992 3.000 0.125 NA   NA
 3708896 3708897 CKL_0680 CKL_0681     TRUE 0.790 30.000 0.000 NA   NA
 3708897 3708898 CKL_0681 CKL_0682     FALSE 0.049 248.000 0.000 NA   NA
 3708899 3708900 CKL_0683 CKL_0684     TRUE 0.376 93.000 0.000 NA   NA
 3708900 3708901 CKL_0684 CKL_0685     FALSE 0.050 245.000 0.000 NA   NA
 3708902 3708903 CKL_0686 CKL_0687     TRUE 0.606 133.000 0.000 0.016 Y NA
 3708903 3708904 CKL_0687 CKL_0688     TRUE 0.984 93.000 0.889 1.000 Y NA
 3708904 3708905 CKL_0688 CKL_0689     FALSE 0.039 270.000 0.000 NA   NA
 3708905 3708906 CKL_0689 CKL_0690     FALSE 0.028 300.000 0.000 NA   NA
 3708906 3708907 CKL_0690 CKL_0691     FALSE 0.144 167.000 0.000 NA   NA
 3708909 3708910 CKL_0693 CKL_0694     TRUE 0.999 0.000 0.903 NA   NA
 3708913 3708914 CKL_0697 CKL_0698     TRUE 0.952 36.000 0.118 1.000   NA
 3708916 3708917 CKL_0700 CKL_0701 sdhB sdhA TRUE 0.998 4.000 0.146 0.001 Y NA
 3708919 3708920 CKL_0703 CKL_0704   thrC FALSE 0.125 156.000 0.000 1.000 N NA
 3708920 3708921 CKL_0704 CKL_0705 thrC   FALSE 0.004 796.000 0.000 1.000 N NA
 3708921 3708922 CKL_0705 CKL_0706     TRUE 0.612 40.000 0.000 1.000 N NA
 3708923 3708924 CKL_0707 CKL_0708     TRUE 0.998 21.000 0.461 0.028 Y NA
 3708924 3708925 CKL_0708 CKL_0709     FALSE 0.111 190.000 0.000 1.000   NA
 3708926 3708927 CKL_0710 CKL_0711     TRUE 0.554 55.000 0.000 1.000   NA
 3708929 3708930 CKL_0713 CKL_0714 hemB cobD1 TRUE 0.492 53.000 0.000 1.000 N NA
 3708930 3708931 CKL_0714 CKL_0715 cobD1 cobO TRUE 0.484 54.000 0.000 1.000 N NA
 3708931 3708932 CKL_0715 CKL_0716 cobO cbiG TRUE 0.951 33.000 0.000 0.013 Y NA
 3708932 3708933 CKL_0716 CKL_0717 cbiG   TRUE 0.692 55.000 0.006 1.000 N NA
 3708933 3708934 CKL_0717 CKL_0718   hemC TRUE 0.942 -16.000 0.000 1.000 N NA
 3708934 3708935 CKL_0718 CKL_0719 hemC hemD TRUE 0.972 29.000 0.031 1.000 Y NA
 3708935 3708936 CKL_0719 CKL_0720 hemD cbiK TRUE 0.980 12.000 0.000 1.000 Y NA
 3708936 3708937 CKL_0720 CKL_0721 cbiK cbiP TRUE 0.993 -15.000 0.003 1.000 Y NA
 3708937 3708938 CKL_0721 CKL_0722 cbiP cbiB TRUE 0.995 5.000 0.021 0.005 Y NA
 3708938 3708939 CKL_0722 CKL_0723 cbiB cbiC TRUE 0.997 8.000 0.097 0.013 Y NA
 3708939 3708940 CKL_0723 CKL_0724 cbiC cbiD TRUE 0.998 11.000 0.168 0.013 Y NA
 3708940 3708941 CKL_0724 CKL_0725 cbiD cbiE TRUE 0.997 16.000 0.126 0.013 Y NA
 3708941 3708942 CKL_0725 CKL_0726 cbiE cbiT TRUE 0.993 -3.000 0.000 0.001 Y NA
 3708942 3708943 CKL_0726 CKL_0727 cbiT cbiL TRUE 0.992 14.000 0.007 0.013 Y NA
 3708943 3708944 CKL_0727 CKL_0728 cbiL cbiF TRUE 0.998 16.000 0.291 0.013 Y NA
 3708944 3708945 CKL_0728 CKL_0729 cbiF cbiJ TRUE 0.998 -3.000 0.076 0.013 Y NA
 3708945 3708946 CKL_0729 CKL_0730 cbiJ cbiH TRUE 0.999 15.000 0.423 0.013 Y NA
 3708946 3708947 CKL_0730 CKL_0731 cbiH cobU TRUE 0.887 56.000 0.008 1.000 Y NA
 3708947 3708948 CKL_0731 CKL_0732 cobU cobC2 TRUE 0.523 49.000 0.000 1.000 N NA
 3708952 3708953 CKL_0736 CKL_0737 bdh1   TRUE 0.799 29.000 0.000 NA   NA
 3708953 3708954 CKL_0737 CKL_0738     TRUE 0.428 81.000 0.000 NA   NA
 3708956 3708957 CKL_0740 CKL_0741     TRUE 0.819 27.000 0.000 NA   NA
 3708957 3708958 CKL_0741 CKL_0742     FALSE 0.078 213.000 0.000 NA   NA
 3708958 3708959 CKL_0742 CKL_0743     FALSE 0.006 583.000 0.000 NA   NA
 3708960 3708961 CKL_0744 CKL_0745     FALSE 0.107 191.000 0.000 NA   NA
 3708962 3708963 CKL_0746 CKL_0747     TRUE 0.437 79.000 0.000 NA   NA
 3708963 3708964 CKL_0747 CKL_0748   nadA FALSE 0.010 466.000 0.000 NA   NA
 3708964 3708965 CKL_0748 CKL_0749 nadA nadB TRUE 0.994 29.000 0.210 0.004 Y NA
 3708965 3708966 CKL_0749 CKL_0750 nadB nadC TRUE 0.998 12.000 0.223 0.004 Y NA
 3708967 3708968 CKL_0751 CKL_0752   prfC FALSE 0.046 230.000 0.000 1.000 N NA
 3708968 3708969 CKL_0752 CKL_0753 prfC   FALSE 0.093 202.000 0.000 1.000   NA
 3708969 3708970 CKL_0753 CKL_0754     FALSE 0.297 113.000 0.000 1.000   NA
 3708971 3708972 CKL_0755 CKL_0756     FALSE 0.016 665.000 0.025 NA   NA
 3708972 3708973 CKL_0756 CKL_0757     TRUE 0.463 157.000 0.062 NA   NA
 3708973 3708974 CKL_0757 CKL_0758   tyrS1 FALSE 0.089 204.000 0.000 NA   NA
 3708975 3708976 CKL_0759 CKL_0760     TRUE 0.994 -7.000 0.127 1.000   NA
 3708976 3708977 CKL_0760 CKL_0761     TRUE 0.994 5.000 0.217 NA   NA
 3708977 3708978 CKL_0761 CKL_0762     TRUE 0.847 38.000 0.007 NA   NA
 3708979 3708980 CKL_0763 CKL_0764     FALSE 0.318 91.000 0.000 1.000 N NA
 3708980 3708981 CKL_0764 CKL_0765     FALSE 0.009 418.000 0.000 1.000 N NA
 3708983 3708984 CKL_0767 CKL_0768     FALSE 0.187 138.000 0.000 NA   NA
 3708984 3708985 CKL_0768 CKL_0769     TRUE 0.991 -3.000 0.090 NA   NA
 3708985 3708986 CKL_0769 CKL_0770     TRUE 0.975 -13.000 0.000 0.049   NA
 3708986 3708987 CKL_0770 CKL_0771     TRUE 0.949 0.000 0.000 NA   NA
 3708987 3708988 CKL_0771 CKL_0772     TRUE 0.829 26.000 0.000 NA   NA
 3708988 3708989 CKL_0772 CKL_0773     TRUE 0.962 10.000 0.000 0.049   NA
 3708989 3708990 CKL_0773 CKL_0774     TRUE 0.997 0.000 0.231 0.063   NA
 3708991 3708992 CKL_0775 CKL_0776     TRUE 0.996 19.000 0.569 NA   NA
 3708993 3708994 CKL_0777 CKL_0778 proV proW TRUE 0.999 2.000 0.333 1.000 Y NA
 3708994 3708995 CKL_0778 CKL_0779 proW proX TRUE 0.999 21.000 0.714 0.028 Y NA
 3708995 3708996 CKL_0779 CKL_0780 proX   FALSE 0.016 329.000 0.000 1.000 N NA
 3708996 3708997 CKL_0780 CKL_0781     FALSE 0.179 128.000 0.000 1.000 N NA
 3708999 3709000 CKL_0783 CKL_0784   aroF FALSE 0.147 166.000 0.000 NA   NA
 3709000 3709001 CKL_0784 CKL_0785 aroF tyrA TRUE 0.966 28.000 0.008 1.000 Y NA
 3709001 3709002 CKL_0785 CKL_0786 tyrA aroB TRUE 0.991 6.000 0.011 1.000 Y NA
 3709002 3709003 CKL_0786 CKL_0787 aroB aroA TRUE 0.955 41.000 0.051 1.000 Y NA
 3709003 3709004 CKL_0787 CKL_0788 aroA aroC TRUE 0.996 -22.000 0.057 1.000 Y NA
 3709004 3709005 CKL_0788 CKL_0789 aroC pheA TRUE 0.971 29.000 0.026 1.000 Y NA
 3709005 3709006 CKL_0789 CKL_0790 pheA aroE1 TRUE 0.970 32.000 0.009 0.041 Y NA
 3709006 3709007 CKL_0790 CKL_0791 aroE1 aroK TRUE 0.907 78.000 0.069 1.000 Y NA
 3709007 3709008 CKL_0791 CKL_0792 aroK   FALSE 0.170 147.000 0.000 NA   NA
 3709008 3709009 CKL_0792 CKL_0793     TRUE 0.778 31.000 0.000 NA   NA
 3709009 3709010 CKL_0793 CKL_0794     FALSE 0.321 105.000 0.000 NA   NA
 3709010 3709011 CKL_0794 CKL_0795     FALSE 0.164 152.000 0.000 NA   NA
 3709011 3709012 CKL_0795 CKL_0796   actP TRUE 0.995 12.000 0.287 NA   NA
 3709012 3709013 CKL_0796 CKL_0797 actP   TRUE 0.959 68.000 0.088 0.001 Y NA
 3709013 3709014 CKL_0797 CKL_0798   pgm1 FALSE 0.156 134.000 0.000 1.000 N NA
 3709014 3709015 CKL_0798 CKL_0799 pgm1 fbp TRUE 0.382 167.000 0.000 1.000 Y NA
 3709017 3709018 CKL_0801 CKL_0802     FALSE 0.052 241.000 0.000 NA   NA
 3709018 3709019 CKL_0802 CKL_0803     FALSE 0.101 196.000 0.000 NA   NA
 3709019 3709020 CKL_0803 CKL_0804     FALSE 0.014 390.000 0.000 NA   NA
 3709020 3709021 CKL_0804 CKL_0805     FALSE 0.193 136.000 0.000 NA   NA
 3709021 3709022 CKL_0805 CKL_0806     FALSE 0.172 146.000 0.000 NA   NA
 3709022 3709023 CKL_0806 CKL_0807     FALSE 0.027 305.000 0.000 NA   NA
 3709023 3709024 CKL_0807 CKL_0808     TRUE 0.713 89.000 0.044 NA   NA
 3709024 3709025 CKL_0808 CKL_0809     FALSE 0.154 162.000 0.000 NA   NA
 3709025 3709026 CKL_0809 CKL_0810     FALSE 0.122 181.000 0.000 1.000   NA
 3709028 3709029 CKL_0812 CKL_0813     TRUE 0.945 73.000 0.500 1.000 N NA
 3709029 3709030 CKL_0813 CKL_0814     TRUE 0.975 96.000 0.375 0.008 Y NA
 3709032 3709033 CKL_0816 CKL_0817 iscS thiI TRUE 0.997 -3.000 0.349 1.000 N NA
 3709034 3709035 CKL_0818 CKL_0819     TRUE 0.995 10.000 0.286 1.000   NA
 3709038 3709039 CKL_0822 CKL_0823     TRUE 0.997 -3.000 0.114 1.000 Y NA
 3709039 3709040 CKL_0823 CKL_0824     TRUE 0.986 26.000 0.091 NA Y NA
 3709040 3709041 CKL_0824 CKL_0825   nifD1 FALSE 0.011 385.000 0.000 NA N NA
 3709041 3709042 CKL_0825 CKL_0826 nifD1 nifK1 TRUE 0.991 0.000 0.000 0.011 Y NA
 3709042 3709043 CKL_0826 CKL_0827 nifK1   FALSE 0.024 318.000 0.000 NA   NA
 3709043 3709044 CKL_0827 CKL_0828     FALSE 0.144 167.000 0.000 NA   NA
 3709044 3709045 CKL_0828 CKL_0829     TRUE 0.995 30.000 0.466 1.000 Y NA
 3709045 3709046 CKL_0829 CKL_0830     TRUE 0.998 17.000 0.266 0.003 Y NA
 3709046 3709047 CKL_0830 CKL_0831   sufS TRUE 0.988 0.000 0.077 1.000 N NA
 3709047 3709048 CKL_0831 CKL_0832 sufS nifU1 TRUE 0.996 -13.000 0.292 1.000 N NA
 3709050 3709051 CKL_0834 CKL_0835     FALSE 0.073 218.000 0.000 NA   NA
 3709051 3709052 CKL_0835 CKL_0836     FALSE 0.006 588.000 0.000 NA   NA
 3709052 3709053 CKL_0836 CKL_0837     FALSE 0.009 491.000 0.000 NA   NA
 3709053 3709054 CKL_0837 CKL_0838     FALSE 0.007 542.000 0.000 NA   NA
 3709054 3709055 CKL_0838 CKL_0839     TRUE 0.955 16.000 0.000 0.021   NA
 3709055 3709056 CKL_0839 CKL_0840     TRUE 0.941 36.000 0.000 0.021 Y NA
 3709056 3709057 CKL_0840 CKL_0841     TRUE 0.966 63.000 0.400 0.021   NA
 3709057 3709058 CKL_0841 CKL_0842     FALSE 0.007 560.000 0.000 NA   NA
 3709058 3709059 CKL_0842 CKL_0843   dhaA FALSE 0.010 468.000 0.000 NA   NA
 3709059 3709060 CKL_0843 CKL_0844 dhaA dhaC TRUE 0.783 103.000 0.000 0.001 Y NA
 3709060 3709061 CKL_0844 CKL_0845 dhaC   FALSE 0.010 448.000 0.000 NA   NA
 3709061 3709062 CKL_0845 CKL_0846     TRUE 0.936 7.000 0.000 NA   NA
 3709062 3709063 CKL_0846 CKL_0847     TRUE 0.987 14.000 0.125 1.000 N NA
 3709063 3709064 CKL_0847 CKL_0848     TRUE 0.904 61.000 0.167 1.000   NA
 3709064 3709065 CKL_0848 CKL_0849     TRUE 0.981 34.000 0.333 NA   NA
 3709065 3709066 CKL_0849 CKL_0850     FALSE 0.102 293.000 0.000 NA Y NA
 3709066 3709067 CKL_0850 CKL_0851     TRUE 0.994 18.000 0.105 NA Y NA
 3709067 3709068 CKL_0851 CKL_0852     TRUE 0.854 119.000 0.105 NA Y NA
 3709068 3709069 CKL_0852 CKL_0853     TRUE 0.994 18.000 0.105 NA Y NA
 3709069 3709070 CKL_0853 CKL_0854     TRUE 0.932 71.000 0.105 NA Y NA
 3709070 3709071 CKL_0854 CKL_0855     TRUE 0.994 18.000 0.105 NA Y NA
 3709071 3709072 CKL_0855 CKL_0856     TRUE 0.546 220.000 0.105 NA Y NA
 3709072 3709073 CKL_0856 CKL_0857     TRUE 0.994 18.000 0.105 NA Y NA
 3709073 3709074 CKL_0857 CKL_0858   pheB FALSE 0.072 219.000 0.000 NA   NA
 3709074 3709075 CKL_0858 CKL_0859 pheB hom1 FALSE 0.010 453.000 0.000 1.000   NA
 3709075 3709076 CKL_0859 CKL_0860 hom1 thrB TRUE 0.454 139.000 0.000 1.000 Y NA
 3709076 3709077 CKL_0860 CKL_0861 thrB   FALSE 0.156 160.000 0.000 NA   NA
 3709077 3709078 CKL_0861 CKL_0862     TRUE 0.950 59.000 0.364 NA   NA
 3709078 3709079 CKL_0862 CKL_0863     TRUE 0.715 179.000 0.357 NA   NA
 3709079 3709080 CKL_0863 CKL_0864     TRUE 0.975 12.000 0.026 NA   NA
 3709080 3709081 CKL_0864 CKL_0865     TRUE 0.980 15.000 0.074 NA N NA
 3709081 3709082 CKL_0865 CKL_0866     TRUE 0.951 23.000 0.040 1.000 N NA
 3709082 3709083 CKL_0866 CKL_0867     TRUE 0.997 17.000 0.689 1.000 N NA
 3709083 3709084 CKL_0867 CKL_0868     TRUE 0.998 12.000 0.550 0.003   NA
 3709084 3709085 CKL_0868 CKL_0869     TRUE 0.683 40.000 0.000 1.000   NA
 3709085 3709086 CKL_0869 CKL_0870   minC FALSE 0.048 224.000 0.000 1.000 N NA
 3709086 3709087 CKL_0870 CKL_0871 minC minD TRUE 0.998 15.000 0.368 1.000 Y NA
 3709087 3709088 CKL_0871 CKL_0872 minD minE TRUE 0.998 14.000 0.347 NA Y NA
 3709088 3709089 CKL_0872 CKL_0873 minE rodA TRUE 0.758 70.000 0.000 NA Y NA
 3709089 3709090 CKL_0873 CKL_0874 rodA   FALSE 0.103 195.000 0.000 NA   NA
 3709090 3709091 CKL_0874 CKL_0875     TRUE 0.980 19.000 0.081 NA   NA
 3709091 3709092 CKL_0875 CKL_0876     TRUE 0.573 143.000 0.098 1.000   NA
 3709092 3709093 CKL_0876 CKL_0877     TRUE 0.998 -31.000 0.420 NA   NA
 3709093 3709094 CKL_0877 CKL_0878   rne TRUE 0.937 47.000 0.180 NA   NA
 3709094 3709095 CKL_0878 CKL_0879 rne rplU TRUE 0.759 131.000 0.018 0.021 Y NA
 3709095 3709096 CKL_0879 CKL_0880 rplU   TRUE 0.998 4.000 0.208 NA Y NA
 3709096 3709097 CKL_0880 CKL_0881   rpmA TRUE 0.998 4.000 0.203 NA Y NA
 3709097 3709098 CKL_0881 CKL_0882 rpmA   TRUE 0.535 226.000 0.335 1.000   NA
 3709098 3709099 CKL_0882 CKL_0883   nadD TRUE 0.978 15.000 0.045 1.000   NA
 3709099 3709100 CKL_0883 CKL_0884 nadD   TRUE 0.987 34.000 0.199 1.000 Y NA
 3709100 3709101 CKL_0884 CKL_0885     TRUE 0.555 44.000 0.000 NA N NA
 3709101 3709102 CKL_0885 CKL_0886   rluD1 TRUE 0.895 72.000 0.047 NA Y NA
 3709104 3709105 CKL_0888 CKL_0889   aspC1 FALSE 0.114 166.000 0.000 1.000 N NA
 3709105 3709106 CKL_0889 CKL_0890 aspC1   TRUE 0.575 52.000 0.000 1.000   NA
 3709106 3709107 CKL_0890 CKL_0891     FALSE 0.107 193.000 0.000 1.000   NA
 3709107 3709108 CKL_0891 CKL_0892   comE TRUE 0.808 42.000 0.006 NA   NA
 3709108 3709109 CKL_0892 CKL_0893 comE   TRUE 0.954 39.000 0.163 NA   NA
 3709111 3709112 CKL_0895 CKL_0896 gpr   TRUE 0.896 122.000 0.521 1.000   NA
 3709112 3709113 CKL_0896 CKL_0897     TRUE 0.818 71.000 0.077 NA   NA
 3709113 3709114 CKL_0897 CKL_0898   lepA TRUE 0.615 80.000 0.004 NA   NA
 3709114 3709115 CKL_0898 CKL_0899 lepA   TRUE 0.984 12.000 0.083 1.000 N NA
 3709115 3709116 CKL_0899 CKL_0900   hrcA FALSE 0.317 191.000 0.062 1.000 N NA
 3709116 3709117 CKL_0900 CKL_0901 hrcA grpE TRUE 0.858 103.000 0.286 1.000 N NA
 3709117 3709118 CKL_0901 CKL_0902 grpE dnaK5 TRUE 0.970 84.000 0.224 0.006 Y NA
 3709118 3709119 CKL_0902 CKL_0903 dnaK5 dnaJ TRUE 0.917 132.000 0.196 0.003 Y NA
 3709119 3709120 CKL_0903 CKL_0904 dnaJ prmA TRUE 0.824 85.000 0.133 1.000 N NA
 3709120 3709121 CKL_0904 CKL_0905 prmA   TRUE 0.981 28.000 0.227 NA   NA
 3709121 3709122 CKL_0905 CKL_0906     TRUE 0.857 88.000 0.163 NA   NA
 3709122 3709123 CKL_0906 CKL_0907     TRUE 0.845 60.000 0.051 0.050 N NA
 3709123 3709124 CKL_0907 CKL_0908   rpsU TRUE 0.503 149.000 0.071 1.000   NA
 3709124 3709125 CKL_0908 CKL_0909 rpsU   TRUE 0.981 29.000 0.150 0.026   NA
 3709125 3709126 CKL_0909 CKL_0910     FALSE 0.144 244.000 0.029 NA   NA
 3709126 3709127 CKL_0910 CKL_0911     TRUE 0.999 -13.000 0.851 NA   NA
 3709127 3709128 CKL_0911 CKL_0912     TRUE 0.882 39.000 0.032 NA   NA
 3709128 3709129 CKL_0912 CKL_0913     TRUE 0.995 -3.000 0.182 NA   NA
 3709129 3709130 CKL_0913 CKL_0914     TRUE 0.818 47.000 0.023 NA   NA
 3709130 3709131 CKL_0914 CKL_0915   cdd TRUE 0.832 46.000 0.040 1.000 N NA
 3709131 3709132 CKL_0915 CKL_0916 cdd   TRUE 0.991 -7.000 0.077 1.000   NA
 3709132 3709133 CKL_0916 CKL_0917   recO TRUE 0.915 46.000 0.108 1.000   NA
 3709133 3709134 CKL_0917 CKL_0918 recO   TRUE 0.958 17.000 0.007 NA   NA
 3709134 3709135 CKL_0918 CKL_0919     TRUE 0.441 236.000 0.273 NA   NA
 3709135 3709136 CKL_0919 CKL_0920   ppdK TRUE 0.676 80.000 0.019 NA   NA
 3709136 3709137 CKL_0920 CKL_0921 ppdK   FALSE 0.015 379.000 0.000 NA   NA
 3709137 3709138 CKL_0921 CKL_0922   gyaR TRUE 0.529 57.000 0.000 NA   NA
 3709140 3709141 CKL_0924 CKL_0925 proB2   FALSE 0.105 171.000 0.000 1.000 N NA
 3709142 3709143 CKL_0926 CKL_0927     FALSE 0.066 222.000 0.000 NA   NA
 3709143 3709144 CKL_0927 CKL_0928     FALSE 0.351 99.000 0.000 NA   NA
 3709145 3709146 CKL_0929 CKL_0930     FALSE 0.330 104.000 0.000 1.000   NA
 3709146 3709147 CKL_0930 CKL_0931     TRUE 0.402 117.000 0.000 0.063   NA
 3709147 3709148 CKL_0931 CKL_0932     TRUE 0.629 45.000 0.000 1.000   NA
 3709148 3709149 CKL_0932 CKL_0933     FALSE 0.190 138.000 0.000 1.000   NA
 3709151 3709152 CKL_0935 CKL_0936     FALSE 0.009 487.000 0.000 NA   NA
 3709152 3709153 CKL_0936 CKL_0937   bioB1 TRUE 0.833 54.000 0.048 NA   NA
 3709153 3709154 CKL_0937 CKL_0938 bioB1 bioA TRUE 0.996 20.000 0.124 0.002 Y NA
 3709156 3709157 CKL_0940 CKL_0941   dnaG FALSE 0.137 262.000 0.056 1.000 N NA
 3709157 3709158 CKL_0941 CKL_0942 dnaG rpoD2 TRUE 0.986 21.000 0.209 1.000 N NA
 3709158 3709159 CKL_0942 CKL_0943 rpoD2   TRUE 0.638 95.000 0.026 NA   NA
 3709159 3709160 CKL_0943 CKL_0944     TRUE 0.821 49.000 0.028 NA   NA
 3709160 3709161 CKL_0944 CKL_0945     TRUE 0.997 -9.000 0.283 NA   NA
 3709161 3709162 CKL_0945 CKL_0946     TRUE 0.917 90.000 0.342 NA   NA
 3709162 3709163 CKL_0946 CKL_0947     FALSE 0.005 789.000 0.000 NA   NA
 3709164 3709165 CKL_0948 CKL_0949 feoB1 feoA TRUE 0.998 12.000 0.267 1.000 Y NA
 3709168 3709169 CKL_0952 CKL_0953     FALSE 0.321 105.000 0.000 NA   NA
 3709169 3709170 CKL_0953 CKL_0954     FALSE 0.012 422.000 0.000 NA   NA
 3709170 3709171 CKL_0954 CKL_0955     TRUE 0.529 57.000 0.000 NA   NA
 3709171 3709172 CKL_0955 CKL_0956     TRUE 0.931 11.000 0.000 NA   NA
 3709172 3709173 CKL_0956 CKL_0957   folP FALSE 0.167 150.000 0.000 NA   NA
 3709173 3709174 CKL_0957 CKL_0958 folP folE TRUE 0.813 95.000 0.016 1.000 Y NA
 3709174 3709175 CKL_0958 CKL_0959 folE   TRUE 0.983 16.000 0.081 1.000   NA
 3709175 3709176 CKL_0959 CKL_0960     TRUE 0.899 28.000 0.003 1.000   NA
 3709177 3709178 CKL_0961 CKL_0962     TRUE 0.778 31.000 0.000 NA   NA
 3709178 3709179 CKL_0962 CKL_0963     FALSE 0.253 122.000 0.000 NA   NA
 3709179 3709180 CKL_0963 CKL_0964     TRUE 0.947 1.000 0.000 NA   NA
 3709180 3709181 CKL_0964 CKL_0965     TRUE 0.919 103.000 0.556 1.000 N NA
 3709181 3709182 CKL_0965 CKL_0966     TRUE 0.997 2.000 0.125 1.000 Y NA
 3709183 3709184 CKL_0967 CKL_0968     FALSE 0.007 556.000 0.000 NA   NA
 3709184 3709185 CKL_0968 CKL_0969     TRUE 0.529 57.000 0.000 NA   NA
 3709185 3709186 CKL_0969 CKL_0970     TRUE 0.935 8.000 0.000 NA   NA
 3709187 3709188 CKL_0971 CKL_0972     TRUE 0.938 37.000 0.088 1.000   NA
 3709189 3709190 CKL_0973 CKL_0974     TRUE 0.908 37.000 0.027 0.063 N NA
 3709192 3709193 CKL_0976 CKL_0977 metH1   FALSE 0.243 125.000 0.000 1.000   NA
 3709193 3709194 CKL_0977 CKL_0978     FALSE 0.132 176.000 0.000 1.000   NA
 3709194 3709195 CKL_0978 CKL_0979     TRUE 0.954 30.000 0.000 0.043 Y NA
 3709195 3709196 CKL_0979 CKL_0980     TRUE 0.988 30.000 0.158 1.000 Y NA
 3709196 3709197 CKL_0980 CKL_0981   argG TRUE 0.567 142.000 0.002 1.000 Y NA
 3709197 3709198 CKL_0981 CKL_0982 argG argH TRUE 0.998 4.000 0.278 1.000 Y NA
 3709199 3709200 CKL_0983 CKL_0984     TRUE 0.665 100.000 0.043 NA   NA
 3709201 3709202 CKL_0985 CKL_0986     FALSE 0.221 129.000 0.000 NA   NA
 3709202 3709203 CKL_0986 CKL_0987     FALSE 0.345 100.000 0.000 NA   NA
 3709203 3709204 CKL_0987 CKL_0988     TRUE 0.377 94.000 0.000 1.000   NA
 3709208 3709209 CKL_0992 CKL_0993 nadE   TRUE 0.864 30.000 0.004 NA N NA
 3709209 3709210 CKL_0993 CKL_0994     TRUE 0.978 56.000 0.313 NA Y NA
 3709210 3709211 CKL_0994 CKL_0995     FALSE 0.043 232.000 0.000 NA N NA
 3709211 3709212 CKL_0995 CKL_0996   addB FALSE 0.219 118.000 0.000 1.000 N NA
 3709212 3709213 CKL_0996 CKL_0997 addB surE TRUE 0.534 57.000 0.000 1.000   NA
 3709213 3709214 CKL_0997 CKL_0998 surE tal TRUE 0.446 78.000 0.000 1.000   NA
 3709215 3709216 CKL_0999 CKL_1000   rpoE TRUE 0.996 -10.000 0.250 NA   NA
 3709217 3709218 CKL_1001 CKL_1002   metB1 TRUE 0.975 4.000 0.021 1.000 N NA
 3709218 3709219 CKL_1002 CKL_1003 metB1 cysK TRUE 0.968 42.000 0.051 0.019 Y NA
 3709219 3709220 CKL_1003 CKL_1004 cysK   TRUE 0.476 68.000 0.000 1.000   NA
 3709221 3709222 CKL_1005 CKL_1006     FALSE 0.095 179.000 0.000 1.000 N NA
 3709223 3709224 CKL_1007 CKL_1008 aroD aroE2 TRUE 0.662 167.000 0.061 1.000 Y NA
 3709224 3709225 CKL_1008 CKL_1009 aroE2   FALSE 0.236 113.000 0.000 1.000 N NA
 3709225 3709226 CKL_1009 CKL_1010     FALSE 0.052 242.000 0.000 1.000   NA
 3709226 3709227 CKL_1010 CKL_1011     FALSE 0.085 210.000 0.000 1.000   NA
 3709228 3709229 CKL_1012 CKL_1013     FALSE 0.309 137.000 0.000 0.028   NA
 3709229 3709230 CKL_1013 CKL_1014   aroE3 TRUE 0.934 101.000 0.571 1.000   NA
 3709230 3709231 CKL_1014 CKL_1015 aroE3   TRUE 0.582 42.000 0.000 1.000 N NA
 3709231 3709232 CKL_1015 CKL_1016     TRUE 0.517 49.000 0.000 NA N NA
 3709234 3709235 CKL_1018 CKL_1019   spsC TRUE 0.994 4.000 0.012 0.019 Y NA
 3709235 3709236 CKL_1019 CKL_1020 spsC   TRUE 0.714 74.000 0.039 1.000 N NA
 3709237 3709238 CKL_1021 CKL_1022   glnS FALSE 0.008 523.000 0.000 NA   NA
 3709238 3709239 CKL_1022 CKL_1023 glnS   FALSE 0.092 181.000 0.000 1.000 N NA
 3709239 3709240 CKL_1023 CKL_1024   asnB FALSE 0.122 159.000 0.000 1.000 N NA
 3709240 3709241 CKL_1024 CKL_1025 asnB   FALSE 0.134 173.000 0.000 1.000   NA
 3709241 3709242 CKL_1025 CKL_1026     FALSE 0.164 155.000 0.000 1.000   NA
 3709243 3709244 CKL_1027 CKL_1028     TRUE 0.686 78.000 0.020 NA   NA
 3709245 3709246 CKL_1029 CKL_1030     TRUE 0.509 60.000 0.000 NA   NA
 3709246 3709247 CKL_1030 CKL_1031     TRUE 0.815 55.000 0.000 NA Y NA
 3709247 3709248 CKL_1031 CKL_1032     FALSE 0.012 371.000 0.000 NA N NA
 3709248 3709249 CKL_1032 CKL_1033   nifH1 FALSE 0.008 440.000 0.000 1.000 N NA
 3709249 3709250 CKL_1033 CKL_1034 nifH1 nifD2 TRUE 0.902 25.000 0.000 0.011 N NA
 3709250 3709251 CKL_1034 CKL_1035 nifD2 nifK2 TRUE 0.953 169.000 0.750 0.011 Y NA
 3709251 3709252 CKL_1035 CKL_1036 nifK2 nifB1 FALSE 0.015 384.000 0.000 1.000   NA
 3709252 3709253 CKL_1036 CKL_1037 nifB1   TRUE 0.793 30.000 0.000 1.000   NA
 3709253 3709254 CKL_1037 CKL_1038     TRUE 0.871 42.000 0.000 NA Y NA
 3709254 3709255 CKL_1038 CKL_1039     TRUE 0.978 13.000 0.000 NA Y NA
 3709255 3709256 CKL_1039 CKL_1040     TRUE 0.660 100.000 0.000 1.000 Y NA
 3709256 3709257 CKL_1040 CKL_1041     TRUE 0.937 37.000 0.000 0.027 Y NA
 3709257 3709258 CKL_1041 CKL_1042   nifD3 FALSE 0.307 94.000 0.000 1.000 N NA
 3709258 3709259 CKL_1042 CKL_1043 nifD3 nifD4 TRUE 0.981 20.000 0.000 0.011 Y NA
 3709259 3709260 CKL_1043 CKL_1044 nifD4 nifK3 TRUE 0.996 39.000 0.667 0.011 Y NA
 3709260 3709261 CKL_1044 CKL_1045 nifK3 nifH2 FALSE 0.157 198.000 0.000 0.011 N NA
 3709261 3709262 CKL_1045 CKL_1046 nifH2 nifD5 FALSE 0.132 222.000 0.000 0.011   NA
 3709262 3709263 CKL_1046 CKL_1047 nifD5 nifD6 TRUE 0.599 85.000 0.000 0.011   NA
 3709263 3709264 CKL_1047 CKL_1048 nifD6 nifK4 TRUE 0.992 -7.000 0.000 0.011 Y NA
 3709264 3709265 CKL_1048 CKL_1049 nifK4 oppA1 FALSE 0.129 151.000 0.000 1.000 N NA
 3709265 3709266 CKL_1049 CKL_1050 oppA1 oppB TRUE 0.922 44.000 0.000 0.002 Y NA
 3709266 3709267 CKL_1050 CKL_1051 oppB oppC TRUE 0.978 23.000 0.000 0.002 Y NA
 3709267 3709268 CKL_1051 CKL_1052 oppC oppD TRUE 0.993 -7.000 0.000 0.002 Y NA
 3709268 3709269 CKL_1052 CKL_1053 oppD oppF TRUE 0.986 18.000 0.000 0.001 Y NA
 3709269 3709270 CKL_1053 CKL_1054 oppF   TRUE 0.460 71.000 0.000 NA   NA
 3709270 3709271 CKL_1054 CKL_1055     TRUE 0.441 78.000 0.000 NA   NA
 3709271 3709272 CKL_1055 CKL_1056     TRUE 0.927 13.000 0.000 1.000   NA
 3709272 3709273 CKL_1056 CKL_1057     FALSE 0.017 362.000 0.000 NA   NA
 3709273 3709274 CKL_1057 CKL_1058     FALSE 0.277 117.000 0.000 NA   NA
 3709274 3709275 CKL_1058 CKL_1059     TRUE 0.394 89.000 0.000 NA   NA
 3709276 3709277 CKL_1060 CKL_1061     FALSE 0.042 262.000 0.000 NA   NA
 3709277 3709278 CKL_1061 CKL_1062     TRUE 0.946 2.000 0.000 NA   NA
 3709279 3709280 CKL_1063 CKL_1064   gerXA FALSE 0.124 179.000 0.000 NA   NA
 3709280 3709281 CKL_1064 CKL_1065 gerXA   TRUE 0.999 -7.000 0.500 0.008   NA
 3709282 3709283 CKL_1066 CKL_1067     TRUE 0.509 60.000 0.000 NA   NA
 3709284 3709285 CKL_1068 CKL_1069 topA2 bdh2 TRUE 0.597 41.000 0.000 1.000 N NA
 3709286 3709287 CKL_1070 CKL_1071     TRUE 0.977 71.000 0.714 0.021   NA
 3709288 3709289 CKL_1072 CKL_1073     TRUE 0.934 28.000 0.033 NA   NA
 3709289 3709290 CKL_1073 CKL_1074     FALSE 0.006 495.000 0.000 NA N NA
 3709290 3709291 CKL_1074 CKL_1075     TRUE 0.698 111.000 0.000 0.063 Y NA
 3709291 3709292 CKL_1075 CKL_1076     FALSE 0.047 478.000 0.000 0.063 Y NA
 3709292 3709293 CKL_1076 CKL_1077     TRUE 0.694 112.000 0.000 0.063 Y NA
 3709293 3709294 CKL_1077 CKL_1078     TRUE 0.759 105.000 0.000 0.004 Y NA
 3709294 3709295 CKL_1078 CKL_1079     FALSE 0.006 533.000 0.000 1.000 N NA
 3709295 3709296 CKL_1079 CKL_1080   ilvC1 FALSE 0.029 505.000 0.000 1.000 Y NA
 3709296 3709297 CKL_1080 CKL_1081 ilvC1 ilvB1 TRUE 0.932 56.000 0.006 0.002 Y NA
 3709297 3709298 CKL_1081 CKL_1082 ilvB1   FALSE 0.039 241.000 0.000 1.000 N NA
 3709298 3709299 CKL_1082 CKL_1083     FALSE 0.007 451.000 0.000 NA N NA
 3709300 3709301 CKL_1084 CKL_1085     TRUE 0.679 40.000 0.000 NA   NA
 3709301 3709302 CKL_1085 CKL_1086     FALSE 0.157 159.000 0.000 NA   NA
 3709303 3709304 CKL_1087 CKL_1088 nifS1 trmU TRUE 0.872 19.000 0.000 1.000 N NA
 3709304 3709305 CKL_1088 CKL_1089 trmU ilvC2 FALSE 0.015 350.000 0.000 1.000 N NA
 3709305 3709306 CKL_1089 CKL_1090 ilvC2   FALSE 0.057 234.000 0.000 NA   NA
 3709307 3709308 CKL_1091 CKL_1092     FALSE 0.065 223.000 0.000 NA   NA
 3709308 3709309 CKL_1092 CKL_1093     TRUE 0.998 3.000 0.667 1.000 N NA
 3709309 3709310 CKL_1093 CKL_1094     TRUE 0.936 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3709310 3709311 CKL_1094 CKL_1095     FALSE 0.086 209.000 0.000 1.000   NA
 3709311 3709312 CKL_1095 CKL_1096     FALSE 0.077 215.000 0.000 1.000   NA
 3709312 3709313 CKL_1096 CKL_1097     FALSE 0.202 134.000 0.000 1.000   NA
 3709314 3709315 CKL_1098 CKL_1099     TRUE 0.679 40.000 0.000 NA   NA
 3709315 3709316 CKL_1099 CKL_1100     FALSE 0.095 201.000 0.000 1.000   NA
 3709316 3709317 CKL_1100 CKL_1101     TRUE 0.854 24.000 0.000 NA   NA
 3709317 3709318 CKL_1101 CKL_1102     TRUE 0.863 23.000 0.000 NA   NA
 3709318 3709319 CKL_1102 CKL_1103     FALSE 0.239 125.000 0.000 NA   NA
 3709319 3709320 CKL_1103 CKL_1104     TRUE 0.799 29.000 0.000 NA   NA
 3709320 3709321 CKL_1104 CKL_1105   hom2 FALSE 0.044 258.000 0.000 NA   NA
 3709322 3709323 CKL_1106 CKL_1107 act pfl TRUE 0.991 11.000 0.163 1.000 N NA
 3709323 3709324 CKL_1107 CKL_1108 pfl   FALSE 0.033 259.000 0.000 1.000 N NA
 3709324 3709325 CKL_1108 CKL_1109     TRUE 0.997 -7.000 0.133 NA Y NA
 3709325 3709326 CKL_1109 CKL_1110     FALSE 0.078 325.000 0.000 NA Y NA
 3709327 3709328 CKL_1111 CKL_1112     TRUE 0.446 141.000 0.000 NA Y NA
 3709328 3709329 CKL_1112 CKL_1113   exeE1 TRUE 0.903 82.000 0.071 NA Y NA
 3709329 3709330 CKL_1113 CKL_1114 exeE1 exeF3 TRUE 0.878 120.000 0.141 1.000 Y NA
 3709330 3709331 CKL_1114 CKL_1115 exeF3   TRUE 0.872 22.000 0.000 NA   NA
 3709331 3709332 CKL_1115 CKL_1116     TRUE 0.956 -13.000 0.000 NA   NA
 3709332 3709333 CKL_1116 CKL_1117     TRUE 0.616 46.000 0.000 NA   NA
 3709333 3709334 CKL_1117 CKL_1118     TRUE 0.522 58.000 0.000 NA   NA
 3709334 3709335 CKL_1118 CKL_1119     TRUE 0.933 10.000 0.000 NA   NA
 3709335 3709336 CKL_1119 CKL_1120     TRUE 0.608 47.000 0.000 NA   NA
 3709336 3709337 CKL_1120 CKL_1121     FALSE 0.225 129.000 0.000 1.000   NA
 3709337 3709338 CKL_1121 CKL_1122   cheY FALSE 0.020 306.000 0.000 1.000 N NA
 3709338 3709339 CKL_1122 CKL_1123 cheY cheA1 TRUE 0.999 24.000 0.750 0.021 Y NA
 3709339 3709340 CKL_1123 CKL_1124 cheA1 cheW1 TRUE 0.995 47.000 0.750 0.018 Y NA
 3709340 3709341 CKL_1124 CKL_1125 cheW1   TRUE 0.999 19.000 0.500 0.016 Y NA
 3709342 3709343 CKL_1126 CKL_1127     TRUE 0.963 103.000 0.250 0.002 Y NA
 3709343 3709344 CKL_1127 CKL_1128     FALSE 0.135 171.000 0.000 NA   NA
 3709347 3709348 CKL_1131 CKL_1132     FALSE 0.005 797.000 0.000 NA   NA
 3709348 3709349 CKL_1132 CKL_1133     FALSE 0.064 224.000 0.000 NA   NA
 3709349 3709350 CKL_1133 CKL_1134     FALSE 0.081 211.000 0.000 NA   NA
 3709350 3709351 CKL_1134 CKL_1135     TRUE 0.951 -3.000 0.000 NA   NA
 3709351 3709352 CKL_1135 CKL_1136     FALSE 0.025 315.000 0.000 NA   NA
 3709352 3709353 CKL_1136 CKL_1137     FALSE 0.033 289.000 0.000 NA   NA
 3709353 3709354 CKL_1137 CKL_1138     FALSE 0.023 323.000 0.000 NA   NA
 3709354 3709355 CKL_1138 CKL_1139     TRUE 0.926 13.000 0.000 NA   NA
 3709355 3709356 CKL_1139 CKL_1140     TRUE 0.810 28.000 0.000 NA   NA
 3709356 3709357 CKL_1140 CKL_1141     TRUE 0.947 1.000 0.000 NA   NA
 3709357 3709358 CKL_1141 CKL_1142     TRUE 0.992 33.000 0.800 NA   NA
 3709358 3709359 CKL_1142 CKL_1143     FALSE 0.047 252.000 0.000 NA   NA
 3709359 3709360 CKL_1143 CKL_1144   dut TRUE 0.770 32.000 0.000 1.000   NA
 3709362 3709363 CKL_1146 CKL_1147 gloA ssb1 FALSE 0.339 86.000 0.000 1.000 N NA
 3709363 3709364 CKL_1147 CKL_1148 ssb1   FALSE 0.033 288.000 0.000 NA   NA
 3709364 3709365 CKL_1148 CKL_1149   flaB TRUE 0.577 51.000 0.000 NA   NA
 3709365 3709366 CKL_1149 CKL_1150 flaB flgB FALSE 0.140 320.000 0.000 0.004 Y NA
 3709366 3709367 CKL_1150 CKL_1151 flgB flgC TRUE 0.999 13.000 0.804 0.004 Y NA
 3709367 3709368 CKL_1151 CKL_1152 flgC fliE TRUE 0.997 12.000 0.095 0.004 Y NA
 3709368 3709369 CKL_1152 CKL_1153 fliE fliF TRUE 0.997 16.000 0.112 0.005 Y NA
 3709369 3709370 CKL_1153 CKL_1154 fliF fliG TRUE 0.999 6.000 0.477 0.005 Y NA
 3709370 3709371 CKL_1154 CKL_1155 fliG fliH TRUE 0.999 -16.000 0.308 NA Y NA
 3709371 3709372 CKL_1155 CKL_1156 fliH fliI TRUE 0.994 31.000 0.379 NA Y NA
 3709372 3709373 CKL_1156 CKL_1157 fliI fliJ TRUE 0.991 39.000 0.241 0.006 Y NA
 3709373 3709374 CKL_1157 CKL_1158 fliJ   TRUE 0.899 51.000 0.000 0.005 Y NA
 3709374 3709375 CKL_1158 CKL_1159   flgD TRUE 0.799 29.000 0.000 NA   NA
 3709375 3709376 CKL_1159 CKL_1160 flgD flgE TRUE 0.478 233.000 0.298 NA   NA
 3709376 3709377 CKL_1160 CKL_1161 flgE   TRUE 0.743 253.000 0.545 NA Y NA
 3709377 3709378 CKL_1161 CKL_1162   fliL TRUE 0.937 57.000 0.077 NA Y NA
 3709378 3709379 CKL_1162 CKL_1163 fliL fliO TRUE 0.921 49.000 0.023 1.000 Y NA
 3709379 3709380 CKL_1163 CKL_1164 fliO fliP TRUE 0.999 -10.000 0.386 1.000 Y NA
 3709380 3709381 CKL_1164 CKL_1165 fliP fliQ TRUE 0.998 11.000 0.162 0.006 Y NA
 3709381 3709382 CKL_1165 CKL_1166 fliQ   TRUE 0.957 81.000 0.114 0.002 Y NA
 3709382 3709383 CKL_1166 CKL_1167   flhA TRUE 0.999 6.000 0.207 0.002 Y NA
 3709383 3709384 CKL_1167 CKL_1168 flhA flhF TRUE 0.999 0.000 0.440 1.000 Y NA
 3709384 3709385 CKL_1168 CKL_1169 flhF fleN TRUE 0.997 -6.000 0.382 1.000 N NA
 3709385 3709386 CKL_1169 CKL_1170 fleN   TRUE 0.792 56.000 0.045 1.000 N NA
 3709386 3709387 CKL_1170 CKL_1171     TRUE 0.862 41.000 0.029 NA   NA
 3709387 3709388 CKL_1171 CKL_1172   flgG1 FALSE 0.230 197.000 0.018 NA   NA
 3709388 3709389 CKL_1172 CKL_1173 flgG1 flgG2 TRUE 0.987 33.000 0.088 0.004 Y NA
 3709389 3709390 CKL_1173 CKL_1174 flgG2   TRUE 0.460 71.000 0.000 NA   NA
 3709390 3709391 CKL_1174 CKL_1175     FALSE 0.089 204.000 0.000 NA   NA
 3709397 3709398 CKL_1181 CKL_1182 mraW   TRUE 0.912 28.000 0.010 1.000   NA
 3709398 3709399 CKL_1182 CKL_1183   ftsI TRUE 0.987 7.000 0.072 1.000   NA
 3709399 3709400 CKL_1183 CKL_1184 ftsI murE TRUE 0.797 189.000 0.265 1.000 Y NA
 3709400 3709401 CKL_1184 CKL_1185 murE murF TRUE 0.980 81.000 0.328 0.002 Y NA
 3709401 3709402 CKL_1185 CKL_1186 murF mraY TRUE 0.977 34.000 0.024 0.004 Y NA
 3709402 3709403 CKL_1186 CKL_1187 mraY ftsW TRUE 0.774 72.000 0.014 0.004 N NA
 3709403 3709404 CKL_1187 CKL_1188 ftsW ftsQ FALSE 0.236 177.000 0.015 NA N NA
 3709404 3709405 CKL_1188 CKL_1189 ftsQ   TRUE 0.965 16.000 0.014 NA   NA
 3709405 3709406 CKL_1189 CKL_1190     TRUE 0.981 16.000 0.070 NA   NA
 3709406 3709407 CKL_1190 CKL_1191     TRUE 0.985 11.000 0.070 NA   NA
 3709407 3709408 CKL_1191 CKL_1192     FALSE 0.337 157.000 0.017 NA   NA
 3709408 3709409 CKL_1192 CKL_1193     TRUE 0.976 13.000 0.032 NA   NA
 3709409 3709410 CKL_1193 CKL_1194     TRUE 0.979 30.000 0.246 NA   NA
 3709410 3709411 CKL_1194 CKL_1195     TRUE 0.967 29.000 0.118 1.000   NA
 3709411 3709412 CKL_1195 CKL_1196     TRUE 0.997 16.000 0.579 NA   NA
 3709412 3709413 CKL_1196 CKL_1197     TRUE 0.433 126.000 0.027 NA N NA
 3709413 3709414 CKL_1197 CKL_1198     FALSE 0.047 228.000 0.000 1.000 N NA
 3709414 3709415 CKL_1198 CKL_1199     TRUE 0.990 -10.000 0.082 1.000 N NA
 3709416 3709417 CKL_1200 CKL_1201 pyrP pyrR TRUE 0.986 31.000 0.140 1.000 Y NA
 3709417 3709418 CKL_1201 CKL_1202 pyrR   FALSE 0.206 183.000 0.010 NA N NA
 3709419 3709420 CKL_1203 CKL_1204 dapF   TRUE 0.949 0.000 0.000 NA   NA
 3709420 3709421 CKL_1204 CKL_1205   exeE2 FALSE 0.226 128.000 0.000 NA   NA
 3709421 3709422 CKL_1205 CKL_1206 exeE2 exeF4 TRUE 0.573 224.000 0.135 1.000 Y NA
 3709422 3709423 CKL_1206 CKL_1207 exeF4   TRUE 0.768 103.000 0.109 NA   NA
 3709423 3709424 CKL_1207 CKL_1208     TRUE 0.978 31.000 0.250 NA   NA
 3709424 3709425 CKL_1208 CKL_1209     TRUE 0.999 -19.000 0.667 NA   NA
 3709425 3709426 CKL_1209 CKL_1210     TRUE 0.985 35.000 0.500 NA   NA
 3709426 3709427 CKL_1210 CKL_1211     TRUE 0.964 57.000 0.500 NA   NA
 3709427 3709428 CKL_1211 CKL_1212     TRUE 0.997 4.000 0.500 NA   NA
 3709428 3709429 CKL_1212 CKL_1213     TRUE 0.471 68.000 0.000 NA   NA
 3709429 3709430 CKL_1213 CKL_1214     TRUE 0.778 31.000 0.000 NA   NA
 3709430 3709431 CKL_1214 CKL_1215   pepQ FALSE 0.022 330.000 0.000 NA   NA
 3709431 3709432 CKL_1215 CKL_1216 pepQ efp FALSE 0.249 263.000 0.160 1.000 N NA
 3709432 3709433 CKL_1216 CKL_1217 efp   TRUE 0.881 40.000 0.037 NA   NA
 3709433 3709434 CKL_1217 CKL_1218     TRUE 0.560 161.000 0.112 NA   NA
 3709434 3709435 CKL_1218 CKL_1219     TRUE 0.998 3.000 0.604 NA   NA
 3709435 3709436 CKL_1219 CKL_1220     TRUE 0.976 66.000 0.926 NA   NA
 3709436 3709437 CKL_1220 CKL_1221     TRUE 0.998 10.000 0.895 NA   NA
 3709437 3709438 CKL_1221 CKL_1222     TRUE 0.998 10.000 0.864 NA   NA
 3709438 3709439 CKL_1222 CKL_1223     TRUE 0.998 16.000 0.918 NA   NA
 3709439 3709440 CKL_1223 CKL_1224     TRUE 0.998 16.000 0.907 NA   NA
 3709440 3709441 CKL_1224 CKL_1225     TRUE 0.920 96.000 0.407 NA   NA
 3709441 3709442 CKL_1225 CKL_1226     TRUE 0.538 165.000 0.108 NA   NA
 3709442 3709443 CKL_1226 CKL_1227   nusB TRUE 0.599 186.000 0.223 NA   NA
 3709443 3709444 CKL_1227 CKL_1228 nusB xseA TRUE 0.960 21.000 0.043 1.000 N NA
 3709444 3709445 CKL_1228 CKL_1229 xseA xseB TRUE 0.999 16.000 0.412 0.001 Y NA
 3709445 3709446 CKL_1229 CKL_1230 xseB fps TRUE 0.949 25.000 0.053 1.000 N NA
 3709446 3709447 CKL_1230 CKL_1231 fps dxs TRUE 0.909 63.000 0.048 1.000 Y NA
 3709447 3709448 CKL_1231 CKL_1232 dxs   TRUE 0.985 21.000 0.189 1.000 N NA
 3709448 3709449 CKL_1232 CKL_1233   ppnK TRUE 0.992 -3.000 0.120 1.000 N NA
 3709449 3709450 CKL_1233 CKL_1234 ppnK   TRUE 0.992 -3.000 0.117 1.000 N NA
 3709450 3709451 CKL_1234 CKL_1235   recN TRUE 0.985 12.000 0.086 1.000 N NA
 3709451 3709452 CKL_1235 CKL_1236 recN   FALSE 0.341 206.000 0.079 1.000   NA
 3709452 3709453 CKL_1236 CKL_1237   spo0A TRUE 0.588 221.000 0.393 1.000   NA
 3709453 3709454 CKL_1237 CKL_1238 spo0A   FALSE 0.063 210.000 0.000 1.000 N NA
 3709454 3709455 CKL_1238 CKL_1239   spoIIM TRUE 0.536 121.000 0.033 NA   NA
 3709455 3709456 CKL_1239 CKL_1240 spoIIM   TRUE 0.985 -3.000 0.034 NA   NA
 3709456 3709457 CKL_1240 CKL_1241   xerD TRUE 0.925 24.000 0.004 NA   NA
 3709457 3709458 CKL_1241 CKL_1242 xerD deoB TRUE 0.769 51.000 0.024 1.000 N NA
 3709458 3709459 CKL_1242 CKL_1243 deoB pdp TRUE 0.486 133.000 0.058 1.000 N NA
 3709459 3709460 CKL_1243 CKL_1244 pdp   FALSE 0.161 155.000 0.000 NA   NA
 3709460 3709461 CKL_1244 CKL_1245     TRUE 0.911 62.000 0.200 NA   NA
 3709463 3709464 CKL_1247 CKL_1248     TRUE 0.395 69.000 0.000 1.000 N NA
 3709466 3709467 CKL_1250 CKL_1251     TRUE 0.879 18.000 0.000 1.000 N NA
 3709467 3709468 CKL_1251 CKL_1252     TRUE 0.700 39.000 0.000 1.000   NA
 3709468 3709469 CKL_1252 CKL_1253   dacA2 FALSE 0.267 120.000 0.000 1.000   NA
 3709469 3709470 CKL_1253 CKL_1254 dacA2 cca FALSE 0.287 166.000 0.021 1.000 N NA
 3709470 3709471 CKL_1254 CKL_1255 cca scpA TRUE 0.979 -9.000 0.006 NA   NA
 3709471 3709472 CKL_1255 CKL_1256 scpA scpB TRUE 0.998 5.000 0.570 NA   NA
 3709473 3709474 CKL_1257 CKL_1258     FALSE 0.051 242.000 0.000 NA   NA
 3709476 3709477 CKL_1260 CKL_1261     FALSE 0.312 108.000 0.000 NA   NA
 3709477 3709478 CKL_1261 CKL_1262     TRUE 0.467 69.000 0.000 NA   NA
 3709479 3709480 CKL_1263 CKL_1264   rnfC FALSE 0.119 236.000 0.022 NA N NA
 3709480 3709481 CKL_1264 CKL_1265 rnfC rnfD TRUE 0.997 20.000 0.284 0.060 Y NA
 3709481 3709482 CKL_1265 CKL_1266 rnfD rnfG TRUE 0.985 89.000 0.678 0.060 Y NA
 3709482 3709483 CKL_1266 CKL_1267 rnfG rnfE TRUE 0.996 3.000 0.050 0.060 Y NA
 3709483 3709484 CKL_1267 CKL_1268 rnfE rnfA TRUE 1.000 0.000 0.875 0.060 Y NA
 3709484 3709485 CKL_1268 CKL_1269 rnfA rnfB TRUE 0.993 16.000 0.037 0.060 Y NA
 3709486 3709487 CKL_1270 CKL_1271     FALSE 0.239 125.000 0.000 NA   NA
 3709487 3709488 CKL_1271 CKL_1272     TRUE 0.364 96.000 0.000 NA   NA
 3709489 3709490 CKL_1273 CKL_1274   trpE FALSE 0.012 424.000 0.000 1.000   NA
 3709490 3709491 CKL_1274 CKL_1275 trpE trpG TRUE 0.999 1.000 0.293 0.001 Y NA
 3709491 3709492 CKL_1275 CKL_1276 trpG trpD TRUE 0.996 -10.000 0.053 1.000 Y NA
 3709492 3709493 CKL_1276 CKL_1277 trpD trpC TRUE 0.997 16.000 0.216 1.000 Y NA
 3709493 3709494 CKL_1277 CKL_1278 trpC trpF TRUE 0.995 32.000 0.264 0.001 Y NA
 3709494 3709495 CKL_1278 CKL_1279 trpF trpB1 TRUE 0.999 -3.000 0.375 0.001 Y NA
 3709495 3709496 CKL_1279 CKL_1280 trpB1 trpA TRUE 0.998 19.000 0.248 0.001 Y NA
 3709496 3709497 CKL_1280 CKL_1281 trpA   TRUE 0.422 82.000 0.000 NA   NA
 3709498 3709499 CKL_1282 CKL_1283     TRUE 0.994 -3.000 0.154 NA   NA
 3709500 3709501 CKL_1284 CKL_1285 glyA   FALSE 0.160 156.000 0.000 NA   NA
 3709501 3709502 CKL_1285 CKL_1286   purL FALSE 0.286 115.000 0.000 NA   NA
 3709502 3709503 CKL_1286 CKL_1287 purL   FALSE 0.175 129.000 0.000 1.000 N NA
 3709503 3709504 CKL_1287 CKL_1288     TRUE 0.875 79.000 0.163 NA   NA
 3709504 3709505 CKL_1288 CKL_1289     TRUE 0.997 2.000 0.490 NA   NA
 3709505 3709506 CKL_1289 CKL_1290     TRUE 0.574 117.000 0.038 NA   NA
 3709506 3709507 CKL_1290 CKL_1291     FALSE 0.249 123.000 0.000 NA   NA
 3709507 3709508 CKL_1291 CKL_1292     FALSE 0.078 213.000 0.000 NA   NA
 3709508 3709509 CKL_1292 CKL_1293   hisZ FALSE 0.151 136.000 0.000 1.000 N NA
 3709509 3709510 CKL_1293 CKL_1294 hisZ hisG TRUE 0.975 75.000 0.239 0.005 Y NA
 3709510 3709511 CKL_1294 CKL_1295 hisG hisD TRUE 0.999 11.000 0.254 0.005 Y NA
 3709511 3709512 CKL_1295 CKL_1296 hisD hisC TRUE 0.998 15.000 0.165 0.005 Y NA
 3709512 3709513 CKL_1296 CKL_1297 hisC hisB TRUE 0.998 23.000 0.341 0.005 Y NA
 3709513 3709514 CKL_1297 CKL_1298 hisB hisH TRUE 0.997 16.000 0.125 0.005 Y NA
 3709514 3709515 CKL_1298 CKL_1299 hisH hisA TRUE 0.991 31.000 0.124 0.005 Y NA
 3709515 3709516 CKL_1299 CKL_1300 hisA hisF TRUE 0.999 3.000 0.433 0.005 Y NA
 3709516 3709517 CKL_1300 CKL_1301 hisF hisI TRUE 0.990 55.000 0.430 0.005 Y NA
 3709517 3709518 CKL_1301 CKL_1302 hisI hisE TRUE 0.979 51.000 0.152 0.005 Y NA
 3709518 3709519 CKL_1302 CKL_1303 hisE   FALSE 0.243 125.000 0.000 1.000   NA
 3709519 3709520 CKL_1303 CKL_1304     TRUE 0.422 82.000 0.000 NA   NA
 3709520 3709521 CKL_1304 CKL_1305   hisK FALSE 0.187 138.000 0.000 NA   NA
 3709522 3709523 CKL_1306 CKL_1307     TRUE 0.403 87.000 0.000 NA   NA
 3709523 3709524 CKL_1307 CKL_1308     FALSE 0.019 351.000 0.000 NA   NA
 3709524 3709525 CKL_1308 CKL_1309     TRUE 0.582 51.000 0.000 1.000   NA
 3709526 3709527 CKL_1310 CKL_1311     FALSE 0.020 307.000 0.000 1.000 N NA
 3709527 3709528 CKL_1311 CKL_1312     TRUE 0.802 158.000 0.091 0.027 Y NA
 3709528 3709529 CKL_1312 CKL_1313     TRUE 0.997 12.000 0.143 0.027 Y NA
 3709529 3709530 CKL_1313 CKL_1314     TRUE 0.998 13.000 0.333 1.000 Y NA
 3709530 3709531 CKL_1314 CKL_1315     TRUE 0.998 0.000 0.067 0.001 Y NA
 3709531 3709532 CKL_1315 CKL_1316     TRUE 0.848 48.000 0.000 1.000 Y NA
 3709532 3709533 CKL_1316 CKL_1317     FALSE 0.088 185.000 0.000 1.000 N NA
 3709533 3709534 CKL_1317 CKL_1318   nifS2 TRUE 0.991 1.000 0.125 1.000 N NA
 3709534 3709535 CKL_1318 CKL_1319 nifS2 nifU2 TRUE 0.983 -3.000 0.035 1.000 N NA
 3709535 3709536 CKL_1319 CKL_1320 nifU2   TRUE 0.586 92.000 0.008 NA   NA
 3709536 3709537 CKL_1320 CKL_1321     TRUE 0.980 27.000 0.209 NA   NA
 3709537 3709538 CKL_1321 CKL_1322     FALSE 0.080 212.000 0.000 NA   NA
 3709538 3709539 CKL_1322 CKL_1323     TRUE 0.709 38.000 0.000 NA   NA
 3709539 3709540 CKL_1323 CKL_1324   alaS FALSE 0.013 406.000 0.000 NA   NA
 3709540 3709541 CKL_1324 CKL_1325 alaS   TRUE 0.862 65.000 0.110 NA   NA
 3709541 3709542 CKL_1325 CKL_1326     TRUE 0.960 64.000 0.537 NA   NA
 3709542 3709543 CKL_1326 CKL_1327     TRUE 0.873 43.000 0.047 NA   NA
 3709543 3709544 CKL_1327 CKL_1328   fur3 TRUE 0.654 166.000 0.211 NA   NA
 3709544 3709545 CKL_1328 CKL_1329 fur3   TRUE 0.973 38.000 0.289 1.000   NA
 3709545 3709546 CKL_1329 CKL_1330     FALSE 0.278 164.000 0.004 1.000   NA
 3709546 3709547 CKL_1330 CKL_1331     TRUE 0.964 16.000 0.012 NA   NA
 3709547 3709548 CKL_1331 CKL_1332     TRUE 0.981 16.000 0.067 NA   NA
 3709548 3709549 CKL_1332 CKL_1333     TRUE 0.993 2.000 0.146 1.000   NA
 3709549 3709550 CKL_1333 CKL_1334     TRUE 0.598 78.000 0.008 1.000 N NA
 3709550 3709551 CKL_1334 CKL_1335   sigE1 TRUE 0.748 93.000 0.087 1.000 N NA
 3709551 3709552 CKL_1335 CKL_1336 sigE1 pilT FALSE 0.079 332.000 0.025 0.044 N NA
 3709552 3709553 CKL_1336 CKL_1337 pilT   TRUE 0.366 160.000 0.042 NA N NA
 3709553 3709554 CKL_1337 CKL_1338   ftsA FALSE 0.009 745.000 0.008 NA N NA
 3709554 3709555 CKL_1338 CKL_1339 ftsA ftsZ TRUE 0.998 20.000 0.460 1.000 Y NA
 3709555 3709556 CKL_1339 CKL_1340 ftsZ   FALSE 0.100 281.000 0.024 1.000   NA
 3709556 3709557 CKL_1340 CKL_1341   sigE2 TRUE 0.994 30.000 0.856 1.000   NA
 3709557 3709558 CKL_1341 CKL_1342 sigE2 sigG TRUE 0.989 74.000 0.602 0.011 Y NA
 3709558 3709559 CKL_1342 CKL_1343 sigG   TRUE 0.840 56.000 0.060 NA   NA
 3709559 3709560 CKL_1343 CKL_1344     TRUE 0.677 72.000 0.013 NA   NA
 3709560 3709561 CKL_1344 CKL_1345     FALSE 0.326 152.000 0.013 NA   NA
 3709561 3709562 CKL_1345 CKL_1346   phoB TRUE 0.743 59.000 0.018 NA   NA
 3709562 3709563 CKL_1346 CKL_1347 phoB phoR TRUE 0.997 10.000 0.110 0.078 Y NA
 3709563 3709564 CKL_1347 CKL_1348 phoR pstS FALSE 0.295 169.000 0.028 1.000 N NA
 3709564 3709565 CKL_1348 CKL_1349 pstS pstC TRUE 0.935 98.000 0.206 1.000 Y NA
 3709565 3709566 CKL_1349 CKL_1350 pstC pstA TRUE 1.000 -3.000 0.907 0.002 Y NA
 3709566 3709567 CKL_1350 CKL_1351 pstA pstB TRUE 0.997 13.000 0.112 0.002 Y NA
 3709567 3709568 CKL_1351 CKL_1352 pstB phoU TRUE 0.950 75.000 0.182 NA Y NA
 3709568 3709569 CKL_1352 CKL_1353 phoU   TRUE 0.526 126.000 0.000 NA Y NA
 3709569 3709570 CKL_1353 CKL_1354   pitA TRUE 0.995 -7.000 0.041 NA Y NA
 3709570 3709571 CKL_1354 CKL_1355 pitA   FALSE 0.025 289.000 0.000 1.000 N NA
 3709571 3709572 CKL_1355 CKL_1356     TRUE 0.987 4.000 0.061 1.000   NA
 3709572 3709573 CKL_1356 CKL_1357   gpsA TRUE 0.988 4.000 0.068 1.000   NA
 3709573 3709574 CKL_1357 CKL_1358 gpsA   FALSE 0.192 137.000 0.000 1.000   NA
 3709574 3709575 CKL_1358 CKL_1359     FALSE 0.103 196.000 0.000 1.000   NA
 3709575 3709576 CKL_1359 CKL_1360     TRUE 0.999 -3.000 0.889 1.000 Y NA
 3709576 3709577 CKL_1360 CKL_1361     TRUE 0.585 112.000 0.049 NA N NA
 3709577 3709578 CKL_1361 CKL_1362     FALSE 0.245 124.000 0.000 NA   NA
 3709578 3709579 CKL_1362 CKL_1363     FALSE 0.020 349.000 0.000 NA   NA
 3709579 3709580 CKL_1363 CKL_1364     TRUE 0.991 16.000 0.189 NA   NA
 3709580 3709581 CKL_1364 CKL_1365     TRUE 0.994 -3.000 0.143 NA   NA
 3709581 3709582 CKL_1365 CKL_1366     TRUE 0.985 -58.000 0.035 1.000 N NA
 3709582 3709583 CKL_1366 CKL_1367   coaBC TRUE 0.976 -3.000 0.013 1.000 N NA
 3709583 3709584 CKL_1367 CKL_1368 coaBC   TRUE 0.738 100.000 0.099 1.000 N NA
 3709584 3709585 CKL_1368 CKL_1369     TRUE 0.461 111.000 0.010 1.000 N NA
 3709585 3709586 CKL_1369 CKL_1370     TRUE 0.991 16.000 0.009 0.025 Y NA
 3709586 3709587 CKL_1370 CKL_1371     TRUE 0.969 19.000 0.035 NA   NA
 3709587 3709588 CKL_1371 CKL_1372     TRUE 0.815 72.000 0.076 NA   NA
 3709588 3709589 CKL_1372 CKL_1373     TRUE 0.991 10.000 0.135 1.000   NA
 3709589 3709590 CKL_1373 CKL_1374     TRUE 0.993 -28.000 0.105 1.000   NA
 3709590 3709591 CKL_1374 CKL_1375     TRUE 0.999 -25.000 0.704 1.000 Y NA
 3709591 3709592 CKL_1375 CKL_1376     TRUE 0.977 29.000 0.196 1.000   NA
 3709592 3709593 CKL_1376 CKL_1377     TRUE 0.962 39.000 0.213 1.000   NA
 3709593 3709594 CKL_1377 CKL_1378     TRUE 0.993 2.000 0.166 1.000 N NA
 3709594 3709595 CKL_1378 CKL_1379     TRUE 0.543 98.000 0.005 NA   NA
 3709597 3709598 CKL_1381 CKL_1382     FALSE 0.173 145.000 0.000 NA   NA
 3709598 3709599 CKL_1382 CKL_1383     TRUE 0.996 18.000 0.567 NA   NA
 3709599 3709600 CKL_1383 CKL_1384     TRUE 0.654 105.000 0.048 1.000   NA
 3709600 3709601 CKL_1384 CKL_1385     TRUE 0.781 126.000 0.016 0.012 Y NA
 3709601 3709602 CKL_1385 CKL_1386   coaD TRUE 0.996 6.000 0.367 1.000 N NA
 3709602 3709603 CKL_1386 CKL_1387 coaD   TRUE 0.967 22.000 0.055 NA   NA
 3709604 3709605 CKL_1388 CKL_1389     TRUE 0.693 89.000 0.036 NA   NA
 3709606 3709607 CKL_1390 CKL_1391 pta ackA FALSE 0.078 898.000 0.137 1.000 Y NA
 3709607 3709608 CKL_1391 CKL_1392 ackA   TRUE 0.476 149.000 0.061 NA   NA
 3709608 3709609 CKL_1392 CKL_1393   rpmF TRUE 0.997 14.000 0.599 NA   NA
 3709609 3709610 CKL_1393 CKL_1394 rpmF   TRUE 0.588 217.000 0.418 1.000 N NA
 3709610 3709611 CKL_1394 CKL_1395     TRUE 0.804 131.000 0.034 0.005 Y NA
 3709611 3709612 CKL_1395 CKL_1396     TRUE 0.398 169.000 0.068 1.000 N NA
 3709612 3709613 CKL_1396 CKL_1397     TRUE 0.996 -10.000 0.064 1.000 Y NA
 3709613 3709614 CKL_1397 CKL_1398     TRUE 0.413 130.000 0.027 1.000 N NA
 3709614 3709615 CKL_1398 CKL_1399   ftsY TRUE 0.986 24.000 0.165 0.017 N NA
 3709615 3709616 CKL_1399 CKL_1400 ftsY   TRUE 0.765 94.000 0.081 1.000   NA
 3709616 3709617 CKL_1400 CKL_1401     TRUE 0.989 17.000 0.151 1.000   NA
 3709617 3709618 CKL_1401 CKL_1402   rpsP TRUE 0.902 94.000 0.361 1.000 N NA
 3709618 3709619 CKL_1402 CKL_1403 rpsP   TRUE 0.994 20.000 0.385 1.000   NA
 3709619 3709620 CKL_1403 CKL_1404     TRUE 0.693 180.000 0.324 1.000   NA
 3709620 3709621 CKL_1404 CKL_1405     TRUE 0.999 -9.000 0.672 1.000 Y NA
 3709621 3709622 CKL_1405 CKL_1406   rplS TRUE 0.918 162.000 0.567 1.000 Y NA
 3709622 3709623 CKL_1406 CKL_1407 rplS   TRUE 0.706 52.000 0.006 1.000 N NA
 3709623 3709624 CKL_1407 CKL_1408     TRUE 0.977 14.000 0.007 0.055   NA
 3709624 3709625 CKL_1408 CKL_1409     TRUE 0.986 20.000 0.148 1.000   NA
 3709626 3709627 CKL_1410 CKL_1411     FALSE 0.029 430.000 0.003 0.082 N NA
 3709627 3709628 CKL_1411 CKL_1412     TRUE 0.560 70.000 0.000 0.043 N NA
 3709629 3709630 CKL_1413 CKL_1414     TRUE 0.942 4.000 0.000 NA   NA
 3709630 3709631 CKL_1414 CKL_1415     TRUE 0.553 267.000 0.238 1.000 Y NA
 3709631 3709632 CKL_1415 CKL_1416   codY FALSE 0.054 328.000 0.025 1.000 N NA
 3709632 3709633 CKL_1416 CKL_1417 codY rpsB FALSE 0.032 356.000 0.006 1.000 N NA
 3709633 3709634 CKL_1417 CKL_1418 rpsB tsf TRUE 0.851 222.000 0.748 1.000 Y NA
 3709634 3709635 CKL_1418 CKL_1419 tsf pyrH TRUE 0.905 99.000 0.416 1.000 N NA
 3709635 3709636 CKL_1419 CKL_1420 pyrH frr TRUE 0.995 21.000 0.626 1.000 N NA
 3709636 3709637 CKL_1420 CKL_1421 frr uppS1 TRUE 0.938 70.000 0.409 1.000 N NA
 3709637 3709638 CKL_1421 CKL_1422 uppS1   TRUE 0.472 216.000 0.055 1.000 Y NA
 3709638 3709639 CKL_1422 CKL_1423   dxr TRUE 0.418 222.000 0.044 1.000 Y NA
 3709639 3709640 CKL_1423 CKL_1424 dxr   TRUE 0.990 28.000 0.568 1.000 N NA
 3709640 3709641 CKL_1424 CKL_1425   ispG TRUE 0.915 40.000 0.092 1.000 N NA
 3709641 3709642 CKL_1425 CKL_1426 ispG polC FALSE 0.178 222.000 0.040 1.000 N NA
 3709642 3709643 CKL_1426 CKL_1427 polC   FALSE 0.150 274.000 0.059 NA   NA
 3709643 3709644 CKL_1427 CKL_1428   nusA TRUE 0.997 19.000 0.759 NA   NA
 3709644 3709645 CKL_1428 CKL_1429 nusA   TRUE 0.998 13.000 0.323 NA Y NA
 3709645 3709646 CKL_1429 CKL_1430     TRUE 0.997 -10.000 0.408 NA N NA
 3709646 3709647 CKL_1430 CKL_1431   infB TRUE 0.996 18.000 0.223 NA Y NA
 3709647 3709648 CKL_1431 CKL_1432 infB   TRUE 0.998 19.000 0.530 1.000 Y NA
 3709648 3709649 CKL_1432 CKL_1433     TRUE 0.995 -13.000 0.173 1.000   NA
 3709649 3709650 CKL_1433 CKL_1434   truB TRUE 0.995 0.000 0.221 1.000   NA
 3709650 3709651 CKL_1434 CKL_1435 truB ribF TRUE 0.994 12.000 0.308 1.000 N NA
 3709651 3709652 CKL_1435 CKL_1436 ribF rpsO TRUE 0.710 116.000 0.119 1.000 N NA
 3709652 3709653 CKL_1436 CKL_1437 rpsO pnp TRUE 0.972 71.000 0.335 1.000 Y NA
 3709653 3709654 CKL_1437 CKL_1438 pnp   TRUE 0.715 96.000 0.057 1.000   NA
 3709654 3709655 CKL_1438 CKL_1439     TRUE 0.739 109.000 0.104 NA   NA
 3709655 3709656 CKL_1439 CKL_1440   lysC2 FALSE 0.248 276.000 0.148 NA   NA
 3709656 3709657 CKL_1440 CKL_1441 lysC2   TRUE 0.838 57.000 0.080 1.000 N NA
 3709657 3709658 CKL_1441 CKL_1442   ftsK FALSE 0.342 168.000 0.042 1.000 N NA
 3709658 3709659 CKL_1442 CKL_1443 ftsK   TRUE 0.420 132.000 0.031 1.000 N NA
 3709659 3709660 CKL_1443 CKL_1444   pgsA TRUE 0.993 -16.000 0.132 1.000 N NA
 3709660 3709661 CKL_1444 CKL_1445 pgsA recA TRUE 0.372 134.000 0.022 1.000 N NA
 3709661 3709662 CKL_1445 CKL_1446 recA   FALSE 0.058 329.000 0.018 1.000   NA
 3709662 3709663 CKL_1446 CKL_1447     FALSE 0.346 149.000 0.016 NA   NA
 3709663 3709664 CKL_1447 CKL_1448     FALSE 0.330 165.000 0.020 NA   NA
 3709664 3709665 CKL_1448 CKL_1449     TRUE 0.963 19.000 0.020 NA   NA
 3709665 3709666 CKL_1449 CKL_1450     TRUE 0.990 5.000 0.107 NA   NA
 3709666 3709667 CKL_1450 CKL_1451   aspC2 TRUE 0.816 51.000 0.031 1.000   NA
 3709667 3709668 CKL_1451 CKL_1452 aspC2 ptsH TRUE 0.965 20.000 0.047 1.000 N NA
 3709670 3709671 CKL_1454 CKL_1455 purB   FALSE 0.292 113.000 0.000 NA   NA
 3709675 3709676 CKL_1459 CKL_1460     TRUE 0.656 42.000 0.000 1.000   NA
 3709676 3709677 CKL_1460 CKL_1461     FALSE 0.026 308.000 0.000 NA   NA
 3709677 3709678 CKL_1461 CKL_1462     FALSE 0.029 298.000 0.000 NA   NA
 3709678 3709679 CKL_1462 CKL_1463     FALSE 0.075 216.000 0.000 NA   NA
 3709679 3709680 CKL_1463 CKL_1464     TRUE 0.996 3.000 0.370 1.000 N NA
 3709684 3709685 CKL_1468 CKL_1469   kdpD FALSE 0.105 171.000 0.000 1.000 N NA
 3709685 3709686 CKL_1469 CKL_1470 kdpD kdpE TRUE 0.998 -3.000 0.243 1.000 Y NA
 3709686 3709687 CKL_1470 CKL_1471 kdpE kdpA FALSE 0.009 428.000 0.000 1.000 N NA
 3709687 3709688 CKL_1471 CKL_1472 kdpA kdpB TRUE 0.998 14.000 0.201 0.001 Y NA
 3709688 3709689 CKL_1472 CKL_1473 kdpB kdpC TRUE 0.916 232.000 0.877 0.001 Y NA
 3709690 3709691 CKL_1474 CKL_1475     TRUE 0.864 38.000 0.000 0.001   NA
 3709691 3709692 CKL_1475 CKL_1476     FALSE 0.293 114.000 0.000 1.000   NA
 3709693 3709694 CKL_1477 CKL_1478     FALSE 0.011 436.000 0.000 NA   NA
 3709694 3709695 CKL_1478 CKL_1479     FALSE 0.110 168.000 0.000 1.000 N NA
 3709695 3709696 CKL_1479 CKL_1480     TRUE 0.956 29.000 0.079 1.000   NA
 3709696 3709697 CKL_1480 CKL_1481   rluD2 FALSE 0.103 245.000 0.005 1.000   NA
 3709697 3709698 CKL_1481 CKL_1482 rluD2   TRUE 0.799 44.000 0.007 1.000   NA
 3709700 3709701 CKL_1484 CKL_1485     TRUE 0.993 20.000 0.312 1.000   NA
 3709701 3709702 CKL_1485 CKL_1486     TRUE 0.904 82.000 0.250 NA   NA
 3709702 3709703 CKL_1486 CKL_1487     TRUE 0.954 27.000 0.063 NA   NA
 3709703 3709704 CKL_1487 CKL_1488     TRUE 0.457 72.000 0.000 NA   NA
 3709704 3709705 CKL_1488 CKL_1489   hprK FALSE 0.008 498.000 0.000 NA   NA
 3709705 3709706 CKL_1489 CKL_1490 hprK   TRUE 0.974 -7.000 0.006 1.000 N NA
 3709706 3709707 CKL_1490 CKL_1491     FALSE 0.036 250.000 0.000 1.000 N NA
 3709707 3709708 CKL_1491 CKL_1492     FALSE 0.008 529.000 0.000 NA   NA
 3709708 3709709 CKL_1492 CKL_1493     TRUE 0.493 62.000 0.000 NA   NA
 3709709 3709710 CKL_1493 CKL_1494     TRUE 0.997 2.000 0.111 1.000 Y NA
 3709711 3709712 CKL_1495 CKL_1496     TRUE 0.956 16.000 0.002 NA   NA
 3709712 3709713 CKL_1496 CKL_1497     TRUE 0.758 150.000 0.308 NA   NA
 3709714 3709715 CKL_1498 CKL_1499     TRUE 0.988 0.000 0.062 NA   NA
 3709715 3709716 CKL_1499 CKL_1500     FALSE 0.049 246.000 0.000 NA   NA
 3709716 3709717 CKL_1500 CKL_1501     FALSE 0.110 188.000 0.000 NA   NA
 3709719 3709720 CKL_1503 CKL_1504     FALSE 0.246 211.000 0.000 1.000 Y NA
 3709720 3709721 CKL_1504 CKL_1505     TRUE 0.978 20.000 0.000 0.060 Y NA
 3709721 3709722 CKL_1505 CKL_1506     TRUE 0.997 9.000 0.222 1.000 Y NA
 3709722 3709723 CKL_1506 CKL_1507     TRUE 0.935 8.000 0.000 NA   NA
 3709723 3709724 CKL_1507 CKL_1508     TRUE 0.665 41.000 0.000 NA   NA
 3709724 3709725 CKL_1508 CKL_1509     TRUE 0.951 -3.000 0.000 NA   NA
 3709725 3709726 CKL_1509 CKL_1510     TRUE 0.929 1.000 0.000 NA N NA
 3709726 3709727 CKL_1510 CKL_1511     TRUE 0.987 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 3709727 3709728 CKL_1511 CKL_1512     FALSE 0.206 121.000 0.000 1.000 N NA
 3709728 3709729 CKL_1512 CKL_1513     TRUE 1.000 -3.000 0.714 0.008 Y NA
 3709729 3709730 CKL_1513 CKL_1514     TRUE 0.539 56.000 0.000 NA   NA
 3709730 3709731 CKL_1514 CKL_1515     TRUE 0.957 -60.000 0.000 NA   NA
 3709731 3709732 CKL_1515 CKL_1516     TRUE 0.949 0.000 0.000 NA   NA
 3709732 3709733 CKL_1516 CKL_1517     TRUE 0.993 16.000 0.278 1.000   NA
 3709733 3709734 CKL_1517 CKL_1518     FALSE 0.106 194.000 0.000 1.000   NA
 3709734 3709735 CKL_1518 CKL_1519     TRUE 0.507 61.000 0.000 1.000   NA
 3709735 3709736 CKL_1519 CKL_1520     TRUE 0.982 -121.000 0.000 0.002   NA
 3709736 3709737 CKL_1520 CKL_1521     FALSE 0.064 225.000 0.000 1.000   NA
 3709737 3709738 CKL_1521 CKL_1522     TRUE 0.998 6.000 0.833 NA   NA
 3709738 3709739 CKL_1522 CKL_1523     FALSE 0.023 322.000 0.000 NA   NA
 3709739 3709740 CKL_1523 CKL_1524     TRUE 0.921 5.000 0.000 1.000 N NA
 3709740 3709741 CKL_1524 CKL_1525     FALSE 0.116 285.000 0.000 1.000 Y NA
 3709741 3709742 CKL_1525 CKL_1526     TRUE 0.978 7.000 0.038 1.000 N NA
 3709742 3709743 CKL_1526 CKL_1527     TRUE 0.691 81.000 0.038 1.000 N NA
 3709743 3709744 CKL_1527 CKL_1528     TRUE 0.562 54.000 0.000 1.000   NA
 3709744 3709745 CKL_1528 CKL_1529     TRUE 0.954 -7.000 0.000 NA   NA
 3709746 3709747 CKL_1530 CKL_1531     FALSE 0.024 319.000 0.000 NA   NA
 3709748 3709749 CKL_1532 CKL_1533     FALSE 0.268 119.000 0.000 NA   NA
 3709749 3709750 CKL_1533 CKL_1534     FALSE 0.025 316.000 0.000 1.000   NA
 3709752 3709753 CKL_1536 CKL_1537     FALSE 0.014 392.000 0.000 1.000   NA
 3709753 3709754 CKL_1537 CKL_1538     FALSE 0.143 140.000 0.000 1.000 N NA
 3709754 3709755 CKL_1538 CKL_1539     TRUE 0.479 124.000 0.034 1.000 N NA
 3709756 3709757 CKL_1540 CKL_1541     TRUE 0.501 61.000 0.000 NA   NA
 3709757 3709758 CKL_1541 CKL_1542     FALSE 0.098 198.000 0.000 NA   NA
 3709759 3709760 CKL_1543 CKL_1544     FALSE 0.021 332.000 0.000 NA   NA
 3709760 3709761 CKL_1544 CKL_1545     FALSE 0.010 398.000 0.000 1.000 N NA
 3709761 3709762 CKL_1545 CKL_1546   aspA1 FALSE 0.138 262.000 0.000 1.000 Y NA
 3709762 3709763 CKL_1546 CKL_1547 aspA1 galE FALSE 0.210 120.000 0.000 1.000 N NA
 3709763 3709764 CKL_1547 CKL_1548 galE argS FALSE 0.008 443.000 0.000 1.000 N NA
 3709764 3709765 CKL_1548 CKL_1549 argS   FALSE 0.140 142.000 0.000 1.000 N NA
 3709765 3709766 CKL_1549 CKL_1550     TRUE 0.598 99.000 0.018 1.000   NA
 3709766 3709767 CKL_1550 CKL_1551     FALSE 0.330 130.000 0.000 0.060   NA
 3709767 3709768 CKL_1551 CKL_1552     TRUE 0.806 64.000 0.058 1.000   NA
 3709768 3709769 CKL_1552 CKL_1553   argC FALSE 0.030 295.000 0.000 1.000   NA
 3709769 3709770 CKL_1553 CKL_1554 argC argJ TRUE 0.997 26.000 0.303 0.002 Y NA
 3709770 3709771 CKL_1554 CKL_1555 argJ argB TRUE 0.998 18.000 0.239 0.002 Y NA
 3709771 3709772 CKL_1555 CKL_1556 argB argD TRUE 0.990 13.000 0.022 1.000 Y NA
 3709772 3709773 CKL_1556 CKL_1557 argD   FALSE 0.176 144.000 0.000 NA   NA
 3709773 3709774 CKL_1557 CKL_1558     FALSE 0.120 181.000 0.000 NA   NA
 3709776 3709777 CKL_1560 CKL_1561     FALSE 0.170 147.000 0.000 NA   NA
 3709777 3709778 CKL_1561 CKL_1562     FALSE 0.322 89.000 0.000 NA N NA
 3709778 3709779 CKL_1562 CKL_1563     TRUE 0.951 -3.000 0.000 NA   NA
 3709779 3709780 CKL_1563 CKL_1564     TRUE 0.713 112.000 0.091 NA   NA
 3709780 3709781 CKL_1564 CKL_1565     TRUE 0.978 24.000 0.124 1.000   NA
 3709781 3709782 CKL_1565 CKL_1566   cmk TRUE 0.480 133.000 0.039 1.000   NA
 3709782 3709783 CKL_1566 CKL_1567 cmk   TRUE 0.977 12.000 0.047 1.000 N NA
 3709783 3709784 CKL_1567 CKL_1568   speH FALSE 0.078 261.000 0.008 1.000 N NA
 3709784 3709785 CKL_1568 CKL_1569 speH   TRUE 0.442 79.000 0.000 1.000   NA
 3709789 3709790 CKL_1573 CKL_1574   mutS TRUE 0.966 19.000 0.041 1.000 N NA
 3709790 3709791 CKL_1574 CKL_1575 mutS mutL TRUE 0.989 41.000 0.220 0.002 Y NA
 3709791 3709792 CKL_1575 CKL_1576 mutL miaA TRUE 0.984 14.000 0.097 1.000 N NA
 3709792 3709793 CKL_1576 CKL_1577 miaA   TRUE 0.755 127.000 0.192 1.000   NA
 3709793 3709794 CKL_1577 CKL_1578     TRUE 0.754 89.000 0.064 1.000   NA
 3709796 3709797 CKL_1580 CKL_1581     TRUE 0.437 79.000 0.000 NA   NA
 3709799 3709800 CKL_1583 CKL_1584     TRUE 0.998 -3.000 0.583 NA   NA
 3709800 3709801 CKL_1584 CKL_1585     TRUE 0.998 -19.000 0.600 NA   NA
 3709801 3709802 CKL_1585 CKL_1586     FALSE 0.080 212.000 0.000 NA   NA
 3709803 3709804 CKL_1587 CKL_1588     TRUE 0.432 80.000 0.000 NA   NA
 3709804 3709805 CKL_1588 CKL_1589     FALSE 0.127 177.000 0.000 NA   NA
 3709805 3709806 CKL_1589 CKL_1590     TRUE 0.829 26.000 0.000 NA   NA
 3709806 3709807 CKL_1590 CKL_1591     TRUE 0.995 22.000 0.600 NA   NA
 3709807 3709808 CKL_1591 CKL_1592     TRUE 0.998 1.000 0.750 NA   NA
 3709808 3709809 CKL_1592 CKL_1593     TRUE 0.998 12.000 0.750 NA   NA
 3709809 3709810 CKL_1593 CKL_1594     TRUE 0.997 19.000 0.857 NA   NA
 3709810 3709811 CKL_1594 CKL_1595     FALSE 0.087 205.000 0.000 NA   NA
 3709813 3709814 CKL_1597 CKL_1598   malL TRUE 0.988 -18.000 0.000 1.000 Y NA
 3709814 3709815 CKL_1598 CKL_1599 malL   FALSE 0.021 301.000 0.000 1.000 N NA
 3709815 3709816 CKL_1599 CKL_1600     TRUE 0.432 80.000 0.000 NA   NA
 3709816 3709817 CKL_1600 CKL_1601   feoB2 FALSE 0.039 271.000 0.000 NA   NA
 3709817 3709818 CKL_1601 CKL_1602 feoB2   TRUE 0.990 62.000 0.871 1.000 Y NA
 3709818 3709819 CKL_1602 CKL_1603     TRUE 0.998 30.000 0.791 0.011 Y NA
 3709819 3709820 CKL_1603 CKL_1604   infC FALSE 0.018 321.000 0.000 1.000 N NA
 3709820 3709821 CKL_1604 CKL_1605 infC nhaC FALSE 0.227 116.000 0.000 1.000 N NA
 3709821 3709822 CKL_1605 CKL_1606 nhaC   FALSE 0.133 147.000 0.000 1.000 N NA
 3709824 3709825 CKL_1608 CKL_1609 punA metA1 TRUE 0.612 40.000 0.000 1.000 N NA
 3709826 3709827 CKL_1610 CKL_1611     FALSE 0.007 549.000 0.000 NA   NA
 3709827 3709828 CKL_1611 CKL_1612     TRUE 0.894 20.000 0.000 NA   NA
 3709828 3709829 CKL_1612 CKL_1613     TRUE 0.938 6.000 0.000 NA   NA
 3709829 3709830 CKL_1613 CKL_1614   aad FALSE 0.292 113.000 0.000 NA   NA
 3709830 3709831 CKL_1614 CKL_1615 aad   FALSE 0.118 164.000 0.000 1.000 N NA
 3709831 3709832 CKL_1615 CKL_1616     TRUE 0.977 14.000 0.000 NA Y NA
 3709833 3709834 CKL_1617 CKL_1618 ilvH ilvI TRUE 0.998 7.000 0.136 0.001 Y NA
 3709834 3709835 CKL_1618 CKL_1619 ilvI gltD FALSE 0.027 829.000 0.000 0.011 Y NA
 3709835 3709836 CKL_1619 CKL_1620 gltD gltB TRUE 0.997 11.000 0.099 0.001 Y NA
 3709837 3709838 CKL_1621 CKL_1622     TRUE 0.360 97.000 0.000 NA   NA
 3709841 3709842 CKL_1625 CKL_1626 ndk   FALSE 0.203 133.000 0.000 NA   NA
 3709842 3709843 CKL_1626 CKL_1627     FALSE 0.165 151.000 0.000 NA   NA
 3709843 3709844 CKL_1627 CKL_1628     FALSE 0.165 151.000 0.000 NA   NA
 3709845 3709846 CKL_1629 CKL_1630     TRUE 0.997 21.000 0.833 NA   NA
 3709846 3709847 CKL_1630 CKL_1631   metA2 FALSE 0.022 329.000 0.000 NA   NA
 3709848 3709849 CKL_1632 CKL_1633 metB2 metK1 FALSE 0.283 100.000 0.000 1.000 N NA
 3709851 3709852 CKL_1635 CKL_1636 thiE1 thiH TRUE 0.998 -3.000 0.128 0.005 Y NA
 3709852 3709853 CKL_1636 CKL_1637 thiH thiG TRUE 0.999 12.000 0.277 0.005 Y NA
 3709853 3709854 CKL_1637 CKL_1638 thiG thiF TRUE 0.948 56.000 0.054 0.047 Y NA
 3709854 3709855 CKL_1638 CKL_1639 thiF thiS TRUE 0.997 2.000 0.115 1.000 Y NA
 3709855 3709856 CKL_1639 CKL_1640 thiS   FALSE 0.004 1019.000 0.000 NA   NA
 3709856 3709857 CKL_1640 CKL_1641     TRUE 0.997 5.000 0.380 NA   NA
 3709857 3709858 CKL_1641 CKL_1642     FALSE 0.023 291.000 0.000 NA N NA
 3709858 3709859 CKL_1642 CKL_1643     TRUE 0.999 7.000 0.833 1.000 Y NA
 3709859 3709860 CKL_1643 CKL_1644     TRUE 0.948 68.000 0.500 1.000 N NA
 3709860 3709861 CKL_1644 CKL_1645     TRUE 0.992 25.000 0.571 1.000 N NA
 3709863 3709864 CKL_1647 CKL_1648     TRUE 0.951 -3.000 0.000 NA   NA
 3709864 3709865 CKL_1648 CKL_1649     FALSE 0.033 289.000 0.000 NA   NA
 3709865 3709866 CKL_1649 CKL_1650     TRUE 0.485 64.000 0.000 NA   NA
 3709866 3709867 CKL_1650 CKL_1651     TRUE 0.996 -3.000 0.286 1.000 N NA
 3709869 3709870 CKL_1653 CKL_1654     FALSE 0.004 943.000 0.000 NA   NA
 3709870 3709871 CKL_1654 CKL_1655     TRUE 0.629 45.000 0.000 1.000   NA
 3709871 3709872 CKL_1655 CKL_1656     FALSE 0.062 230.000 0.000 1.000   NA
 3709872 3709873 CKL_1656 CKL_1657     TRUE 0.895 15.000 0.000 1.000 N NA
 3709873 3709874 CKL_1657 CKL_1658     TRUE 0.998 13.000 1.000 0.095 N NA
 3709874 3709875 CKL_1658 CKL_1659     FALSE 0.120 159.000 0.000 NA N NA
 3709877 3709878 CKL_1661 CKL_1662     FALSE 0.012 415.000 0.000 NA   NA
 3709878 3709879 CKL_1662 CKL_1663     TRUE 0.997 2.000 0.333 NA   NA
 3709879 3709880 CKL_1663 CKL_1664     TRUE 0.940 51.000 0.222 NA   NA
 3709880 3709881 CKL_1664 CKL_1665     TRUE 0.790 30.000 0.000 NA   NA
 3709881 3709882 CKL_1665 CKL_1666     TRUE 0.974 52.000 0.600 NA   NA
 3709882 3709883 CKL_1666 CKL_1667     TRUE 0.721 37.000 0.000 NA   NA
 3709883 3709884 CKL_1667 CKL_1668     TRUE 0.944 3.000 0.000 NA   NA
 3709884 3709885 CKL_1668 CKL_1669     TRUE 0.616 46.000 0.000 NA   NA
 3709885 3709886 CKL_1669 CKL_1670     TRUE 0.933 10.000 0.000 NA   NA
 3709886 3709887 CKL_1670 CKL_1671     TRUE 0.721 37.000 0.000 NA   NA
 3709887 3709888 CKL_1671 CKL_1672     TRUE 0.696 39.000 0.000 NA   NA
 3709888 3709889 CKL_1672 CKL_1673     FALSE 0.139 169.000 0.000 NA   NA
 3709889 3709890 CKL_1673 CKL_1674     TRUE 0.883 21.000 0.000 NA   NA
 3709890 3709891 CKL_1674 CKL_1675     FALSE 0.203 133.000 0.000 NA   NA
 3709891 3709892 CKL_1675 CKL_1676     TRUE 0.954 -7.000 0.000 NA   NA
 3709893 3709894 CKL_1677 CKL_1678     FALSE 0.221 129.000 0.000 NA   NA
 3709894 3709895 CKL_1678 CKL_1679     FALSE 0.011 388.000 0.000 NA N NA
 3709895 3709896 CKL_1679 CKL_1680     TRUE 0.947 1.000 0.000 NA   NA
 3709897 3709898 CKL_1681 CKL_1682     TRUE 1.000 -16.000 0.750 0.020 Y NA
 3709898 3709899 CKL_1682 CKL_1683     TRUE 0.549 55.000 0.000 NA   NA
 3709899 3709900 CKL_1683 CKL_1684     TRUE 0.998 -7.000 0.400 NA   NA
 3709900 3709901 CKL_1684 CKL_1685     FALSE 0.164 152.000 0.000 NA   NA
 3709901 3709902 CKL_1685 CKL_1686     FALSE 0.193 136.000 0.000 NA   NA
 3709903 3709904 CKL_1687 CKL_1688     FALSE 0.159 157.000 0.000 NA   NA
 3709905 3709906 CKL_1689 CKL_1690     TRUE 0.919 25.000 0.000 0.011   NA
 3709906 3709907 CKL_1690 CKL_1691     FALSE 0.099 233.000 0.000 0.058   NA
 3709907 3709908 CKL_1691 CKL_1692     TRUE 0.433 81.000 0.000 1.000   NA
 3709908 3709909 CKL_1692 CKL_1693   ilvD FALSE 0.028 304.000 0.000 1.000   NA
 3709909 3709910 CKL_1693 CKL_1694 ilvD   FALSE 0.288 138.000 0.005 1.000 N NA
 3709910 3709911 CKL_1694 CKL_1695     FALSE 0.071 220.000 0.000 1.000   NA
 3709911 3709912 CKL_1695 CKL_1696   bioB2 TRUE 0.433 81.000 0.000 1.000   NA
 3709912 3709913 CKL_1696 CKL_1697 bioB2   TRUE 0.422 82.000 0.000 NA   NA
 3709914 3709915 CKL_1698 CKL_1699     FALSE 0.249 124.000 0.000 1.000   NA
 3709916 3709917 CKL_1700 CKL_1701   gerKC2 FALSE 0.203 133.000 0.000 NA   NA
 3709917 3709918 CKL_1701 CKL_1702 gerKC2 gerKB2 TRUE 0.999 9.000 0.750 0.007   NA
 3709918 3709919 CKL_1702 CKL_1703 gerKB2 gerKA2 TRUE 0.998 21.000 0.750 0.007   NA
 3709920 3709921 CKL_1704 CKL_1705     TRUE 0.872 22.000 0.000 NA   NA
 3709921 3709922 CKL_1705 CKL_1706     TRUE 0.544 56.000 0.000 1.000   NA
 3709922 3709923 CKL_1706 CKL_1707     TRUE 0.999 -3.000 0.862 1.000 Y NA
 3709923 3709924 CKL_1707 CKL_1708     TRUE 0.942 42.000 0.031 1.000 Y NA
 3709924 3709925 CKL_1708 CKL_1709     TRUE 0.651 42.000 0.000 NA   NA
 3709927 3709928 CKL_1711 CKL_1712     TRUE 0.874 35.000 0.011 NA   NA
 3709928 3709929 CKL_1712 CKL_1713     TRUE 0.564 53.000 0.000 NA   NA
 3709929 3709930 CKL_1713 CKL_1714     FALSE 0.135 171.000 0.000 NA   NA
 3709930 3709931 CKL_1714 CKL_1715     TRUE 0.829 26.000 0.000 NA   NA
 3709931 3709932 CKL_1715 CKL_1716     TRUE 0.531 201.000 0.135 0.080   NA
 3709932 3709933 CKL_1716 CKL_1717     TRUE 0.929 12.000 0.000 NA   NA
 3709933 3709934 CKL_1717 CKL_1718     FALSE 0.011 442.000 0.000 NA   NA
 3709936 3709937 CKL_1720 CKL_1721     FALSE 0.003 992.000 0.000 1.000 N NA
 3709937 3709938 CKL_1721 CKL_1722     TRUE 0.703 85.000 0.049 1.000 N NA
 3709938 3709939 CKL_1722 CKL_1723     FALSE 0.010 461.000 0.000 NA   NA
 3709939 3709940 CKL_1723 CKL_1724     TRUE 0.931 11.000 0.000 NA   NA
 3709940 3709941 CKL_1724 CKL_1725     FALSE 0.074 217.000 0.000 NA   NA
 3709941 3709942 CKL_1725 CKL_1726     TRUE 0.956 -21.000 0.000 NA   NA
 3709943 3709944 CKL_1727 CKL_1728     TRUE 0.531 201.000 0.135 0.080   NA
 3709944 3709945 CKL_1728 CKL_1729     FALSE 0.009 474.000 0.000 1.000   NA
 3709945 3709946 CKL_1729 CKL_1730     FALSE 0.011 434.000 0.000 1.000   NA
 3709946 3709947 CKL_1730 CKL_1731     TRUE 0.976 -3.000 0.000 0.016   NA
 3709947 3709948 CKL_1731 CKL_1732     TRUE 0.782 31.000 0.000 1.000   NA
 3709948 3709949 CKL_1732 CKL_1733     TRUE 0.535 86.000 0.003 1.000 N NA
 3709949 3709950 CKL_1733 CKL_1734     TRUE 0.987 14.000 0.000 0.005 Y NA
 3709950 3709951 CKL_1734 CKL_1735     TRUE 0.981 20.000 0.000 0.016 Y NA
 3709954 3709955 CKL_1738 CKL_1739     TRUE 0.999 -7.000 0.333 0.009 Y NA
 3709955 3709956 CKL_1739 CKL_1740     TRUE 0.999 -19.000 0.714 NA   NA
 3709956 3709957 CKL_1740 CKL_1741     TRUE 0.910 17.000 0.000 NA   NA
 3709957 3709958 CKL_1741 CKL_1742     FALSE 0.353 176.000 0.000 1.000 Y NA
 3709959 3709960 CKL_1743 CKL_1744 vnfN vnfE TRUE 1.000 -15.000 1.000 0.044 Y NA
 3709960 3709961 CKL_1744 CKL_1745 vnfE vnfK TRUE 0.693 113.000 0.000 0.057 Y NA
 3709961 3709962 CKL_1745 CKL_1746 vnfK vnfG TRUE 0.929 24.000 0.000 0.006   NA
 3709962 3709963 CKL_1746 CKL_1747 vnfG vnfD TRUE 0.999 9.000 0.833 0.006   NA
 3709963 3709964 CKL_1747 CKL_1748 vnfD vnfH FALSE 0.187 186.000 0.000 0.006 N NA
 3709964 3709965 CKL_1748 CKL_1749 vnfH nifB2 TRUE 0.371 132.000 0.000 0.006   NA
 3709966 3709967 CKL_1750 CKL_1751     TRUE 0.958 -40.000 0.000 1.000   NA
 3709967 3709968 CKL_1751 CKL_1752     TRUE 0.955 -10.000 0.000 NA   NA
 3709968 3709969 CKL_1752 CKL_1753     FALSE 0.345 100.000 0.000 NA   NA
 3709969 3709970 CKL_1753 CKL_1754     TRUE 0.994 18.000 0.040 0.002 Y NA
 3709971 3709972 CKL_1755 CKL_1756     TRUE 0.446 76.000 0.000 NA   NA
 3709972 3709973 CKL_1756 CKL_1757   nifV1 TRUE 0.631 44.000 0.000 NA   NA
 3709973 3709974 CKL_1757 CKL_1758 nifV1 nifV2 TRUE 0.666 157.000 0.081 0.001   NA
 3709974 3709975 CKL_1758 CKL_1759 nifV2   FALSE 0.108 225.000 0.000 0.058   NA
 3709976 3709977 CKL_1760 CKL_1761     FALSE 0.013 399.000 0.000 NA   NA
 3709978 3709979 CKL_1762 CKL_1763 metH2 metE TRUE 0.994 -3.000 0.030 1.000 Y NA
 3709979 3709980 CKL_1763 CKL_1764 metE   FALSE 0.183 140.000 0.000 NA   NA
 3709980 3709981 CKL_1764 CKL_1765     TRUE 0.452 74.000 0.000 NA   NA
 3709982 3709983 CKL_1766 CKL_1767     TRUE 0.946 2.000 0.000 NA   NA
 3709983 3709984 CKL_1767 CKL_1768     FALSE 0.018 355.000 0.000 NA   NA
 3709985 3709986 CKL_1769 CKL_1770 bfmBC lplA TRUE 0.991 12.000 0.188 1.000 N NA
 3709986 3709987 CKL_1770 CKL_1771 lplA gcvPB TRUE 0.972 1.000 0.009 1.000 N NA
 3709987 3709988 CKL_1771 CKL_1772 gcvPB gcvPA TRUE 0.999 -3.000 0.316 0.001 Y NA
 3709988 3709989 CKL_1772 CKL_1773 gcvPA gcvH TRUE 0.996 19.000 0.249 1.000 Y NA
 3709989 3709990 CKL_1773 CKL_1774 gcvH gcvT TRUE 0.997 13.000 0.092 0.002 Y NA
 3709990 3709991 CKL_1774 CKL_1775 gcvT   FALSE 0.012 366.000 0.000 NA N NA
 3709991 3709992 CKL_1775 CKL_1776   thiC FALSE 0.093 179.000 0.000 NA N NA
 3709992 3709993 CKL_1776 CKL_1777 thiC   FALSE 0.013 405.000 0.000 1.000   NA
 3709993 3709994 CKL_1777 CKL_1778     FALSE 0.312 109.000 0.000 1.000   NA
 3709994 3709995 CKL_1778 CKL_1779     TRUE 0.964 32.000 0.093 0.015 N NA
 3709995 3709996 CKL_1779 CKL_1780     FALSE 0.132 148.000 0.000 1.000 N NA
 3709996 3709997 CKL_1780 CKL_1781     FALSE 0.025 315.000 0.000 NA   NA
 3709999 3710000 CKL_1783 CKL_1784     TRUE 1.000 -3.000 0.933 0.008 Y NA
 3710000 3710001 CKL_1784 CKL_1785     TRUE 0.919 42.000 0.117 1.000 N NA
 3710003 3710004 CKL_1787 CKL_1788     FALSE 0.091 202.000 0.000 NA   NA
 3710004 3710005 CKL_1788 CKL_1789     FALSE 0.009 474.000 0.000 NA   NA
 3710005 3710006 CKL_1789 CKL_1790     FALSE 0.026 312.000 0.000 1.000   NA
 3710006 3710007 CKL_1790 CKL_1791     FALSE 0.004 874.000 0.000 1.000   NA
 3710008 3710009 CKL_1792 CKL_1793     TRUE 0.478 66.000 0.000 NA   NA
 3710010 3710011 CKL_1794 CKL_1795   cysN FALSE 0.022 295.000 0.000 1.000 N NA
 3710011 3710012 CKL_1795 CKL_1796 cysN cysD TRUE 0.979 80.000 0.830 0.001 N NA
 3710012 3710013 CKL_1796 CKL_1797 cysD   TRUE 0.977 16.000 0.064 1.000 N NA
 3710013 3710014 CKL_1797 CKL_1798   aprA TRUE 0.999 -16.000 0.484 0.057 Y NA
 3710014 3710015 CKL_1798 CKL_1799 aprA cysC TRUE 0.977 5.000 0.031 1.000 N NA
 3710015 3710016 CKL_1799 CKL_1800 cysC cysA TRUE 0.674 97.000 0.000 1.000 Y NA
 3710016 3710017 CKL_1800 CKL_1801 cysA cysW TRUE 0.995 2.000 0.060 1.000 Y NA
 3710017 3710018 CKL_1801 CKL_1802 cysW cysT TRUE 0.999 12.000 0.935 0.001 N NA
 3710018 3710019 CKL_1802 CKL_1803 cysT sbpA TRUE 0.975 31.000 0.112 0.001 N NA
 3710019 3710020 CKL_1803 CKL_1804 sbpA   FALSE 0.007 486.000 0.000 1.000 N NA
 3710021 3710022 CKL_1805 CKL_1806     TRUE 0.991 5.000 0.109 NA   NA
 3710022 3710023 CKL_1806 CKL_1807     TRUE 0.862 43.000 0.038 NA   NA
 3710023 3710024 CKL_1807 CKL_1808     TRUE 0.381 74.000 0.000 1.000 N NA
 3710025 3710026 CKL_1809 CKL_1810     FALSE 0.016 371.000 0.000 NA   NA
 3710026 3710027 CKL_1810 CKL_1811     TRUE 0.478 66.000 0.000 NA   NA
 3710028 3710029 CKL_1812 CKL_1813     FALSE 0.005 730.000 0.000 1.000   NA
 3710029 3710030 CKL_1813 CKL_1814     FALSE 0.305 110.000 0.000 NA   NA
 3710030 3710031 CKL_1814 CKL_1815     FALSE 0.037 276.000 0.000 NA   NA
 3710031 3710032 CKL_1815 CKL_1816     TRUE 0.997 -3.000 0.381 1.000   NA
 3710032 3710033 CKL_1816 CKL_1817     TRUE 0.992 -3.000 0.100 1.000   NA
 3710035 3710036 CKL_1819 CKL_1820     FALSE 0.019 351.000 0.000 NA   NA
 3710036 3710037 CKL_1820 CKL_1821     TRUE 0.938 6.000 0.000 NA   NA
 3710038 3710039 CKL_1822 CKL_1823     FALSE 0.277 117.000 0.000 NA   NA
 3710039 3710040 CKL_1823 CKL_1824     TRUE 0.529 57.000 0.000 NA   NA
 3710040 3710041 CKL_1824 CKL_1825     TRUE 0.407 86.000 0.000 NA   NA
 3710041 3710042 CKL_1825 CKL_1826     TRUE 0.910 17.000 0.000 NA   NA
 3710042 3710043 CKL_1826 CKL_1827     TRUE 0.910 17.000 0.000 NA   NA
 3710043 3710044 CKL_1827 CKL_1828     FALSE 0.076 215.000 0.000 NA   NA
 3710044 3710045 CKL_1828 CKL_1829     FALSE 0.164 152.000 0.000 NA   NA
 3710045 3710046 CKL_1829 CKL_1830     TRUE 0.901 19.000 0.000 NA   NA
 3710046 3710047 CKL_1830 CKL_1831     TRUE 0.955 -10.000 0.000 NA   NA
 3710047 3710048 CKL_1831 CKL_1832     TRUE 0.954 -7.000 0.000 NA   NA
 3710048 3710049 CKL_1832 CKL_1833     TRUE 0.894 20.000 0.000 NA   NA
 3710049 3710050 CKL_1833 CKL_1834     TRUE 0.942 4.000 0.000 NA   NA
 3710050 3710051 CKL_1834 CKL_1835     TRUE 0.999 -13.000 1.000 NA   NA
 3710051 3710052 CKL_1835 CKL_1836     TRUE 0.998 5.000 0.571 NA   NA
 3710052 3710053 CKL_1836 CKL_1837     TRUE 0.998 -7.000 0.643 NA   NA
 3710053 3710054 CKL_1837 CKL_1838     TRUE 0.999 -25.000 0.900 NA   NA
 3710054 3710055 CKL_1838 CKL_1839     TRUE 0.997 9.000 0.500 NA   NA
 3710055 3710056 CKL_1839 CKL_1840     FALSE 0.038 275.000 0.000 NA   NA
 3710056 3710057 CKL_1840 CKL_1841     TRUE 0.936 7.000 0.000 NA   NA
 3710057 3710058 CKL_1841 CKL_1842     FALSE 0.096 200.000 0.000 NA   NA
 3710058 3710059 CKL_1842 CKL_1843     TRUE 0.509 60.000 0.000 NA   NA
 3710059 3710060 CKL_1843 CKL_1844     FALSE 0.331 103.000 0.000 NA   NA
 3710060 3710061 CKL_1844 CKL_1845     FALSE 0.006 639.000 0.000 NA   NA
 3710061 3710062 CKL_1845 CKL_1846     FALSE 0.351 99.000 0.000 NA   NA
 3710062 3710063 CKL_1846 CKL_1847     TRUE 0.944 3.000 0.000 NA   NA
 3710063 3710064 CKL_1847 CKL_1848     TRUE 0.595 114.000 0.000 NA Y NA
 3710066 3710067 CKL_1850 CKL_1851     FALSE 0.117 184.000 0.000 NA   NA
 3710067 3710068 CKL_1851 CKL_1852     FALSE 0.031 291.000 0.000 NA   NA
 3710068 3710069 CKL_1852 CKL_1853     TRUE 0.422 82.000 0.000 NA   NA
 3710069 3710070 CKL_1853 CKL_1854     TRUE 0.951 46.000 0.231 NA   NA
 3710070 3710071 CKL_1854 CKL_1855     TRUE 0.388 90.000 0.000 NA   NA
 3710071 3710072 CKL_1855 CKL_1856     TRUE 0.997 19.000 0.750 NA   NA
 3710072 3710073 CKL_1856 CKL_1857     TRUE 0.998 2.000 0.500 NA   NA
 3710073 3710074 CKL_1857 CKL_1858     TRUE 0.998 4.000 0.667 NA   NA
 3710074 3710075 CKL_1858 CKL_1859     TRUE 0.997 4.000 0.400 NA   NA
 3710075 3710076 CKL_1859 CKL_1860     TRUE 0.998 0.000 0.500 NA   NA
 3710076 3710077 CKL_1860 CKL_1861     TRUE 0.998 -3.000 0.500 NA   NA
 3710077 3710078 CKL_1861 CKL_1862     TRUE 0.616 46.000 0.000 NA   NA
 3710078 3710079 CKL_1862 CKL_1863     TRUE 0.997 16.000 0.600 NA   NA
 3710079 3710080 CKL_1863 CKL_1864     TRUE 0.995 21.000 0.600 NA   NA
 3710080 3710081 CKL_1864 CKL_1865     FALSE 0.129 176.000 0.000 NA   NA
 3710081 3710082 CKL_1865 CKL_1866     TRUE 0.493 62.000 0.000 NA   NA
 3710082 3710083 CKL_1866 CKL_1868     TRUE 0.938 6.000 0.000 NA   NA
 3710083 3710084 CKL_1868 CKL_1869     TRUE 0.999 -7.000 0.800 NA   NA
 3710084 3710085 CKL_1869 CKL_1870     TRUE 0.955 -9.000 0.000 NA   NA
 3710085 3710086 CKL_1870 CKL_1871     TRUE 0.956 -10.000 0.000 1.000   NA
 3710086 3710087 CKL_1871 CKL_1872     TRUE 0.437 79.000 0.000 NA   NA
 3710088 3710089 CKL_1873 CKL_1874     FALSE 0.006 567.000 0.000 NA   NA
 3710090 3710091 CKL_1875 CKL_1876     FALSE 0.268 119.000 0.000 NA   NA
 3710091 3710092 CKL_1876 CKL_1877     FALSE 0.068 221.000 0.000 NA   NA
 3710092 3710093 CKL_1877 CKL_1878     TRUE 0.594 49.000 0.000 NA   NA
 3710093 3710094 CKL_1878 CKL_1879     TRUE 0.842 25.000 0.000 NA   NA
 3710094 3710095 CKL_1879 CKL_1880     FALSE 0.085 208.000 0.000 NA   NA
 3710095 3710096 CKL_1880 CKL_1881     TRUE 0.947 1.000 0.000 NA   NA
 3710096 3710097 CKL_1881 CKL_1882     FALSE 0.151 164.000 0.000 NA   NA
 3710097 3710098 CKL_1882 CKL_1883     TRUE 0.934 9.000 0.000 NA   NA
 3710098 3710099 CKL_1883 CKL_1884     FALSE 0.026 308.000 0.000 NA   NA
 3710099 3710100 CKL_1884 CKL_1885     TRUE 0.997 -7.000 0.294 NA   NA
 3710100 3710101 CKL_1885 CKL_1886     FALSE 0.117 184.000 0.000 NA   NA
 3710101 3710102 CKL_1886 CKL_1887     FALSE 0.040 269.000 0.000 NA   NA
 3710102 3710103 CKL_1887 CKL_1888     TRUE 0.951 -3.000 0.000 NA   NA
 3710103 3710104 CKL_1888 CKL_1889     TRUE 0.919 15.000 0.000 NA   NA
 3710104 3710105 CKL_1889 CKL_1891     TRUE 0.478 66.000 0.000 NA   NA
 3710105 3710106 CKL_1891 CKL_1892     TRUE 0.942 4.000 0.000 NA   NA
 3710106 3710107 CKL_1892 CKL_1893     TRUE 0.942 4.000 0.000 NA   NA
 3710107 3710108 CKL_1893 CKL_1894     TRUE 0.665 41.000 0.000 NA   NA
 3710108 3710109 CKL_1894 CKL_1895     TRUE 0.949 0.000 0.000 NA   NA
 3710109 3710110 CKL_1895 CKL_1901     TRUE 0.944 3.000 0.000 NA   NA
 3710110 3710111 CKL_1901 CKL_1902     TRUE 0.944 3.000 0.000 NA   NA
 3710111 3710112 CKL_1902 CKL_1903     FALSE 0.107 191.000