MicrobesOnline Operon Predictions for Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3678327 3678328 SAHV_0001 SAHV_0002 dnaA dnaN FALSE 0.422 278.000 0.328 1.000 Y NA
 3678328 3678329 SAHV_0002 SAHV_0003 dnaN   FALSE 0.056 381.000 0.103 1.000   NA
 3678329 3678330 SAHV_0003 SAHV_0004   recF TRUE 0.973 -3.000 0.209 1.000   NA
 3678330 3678331 SAHV_0004 SAHV_0005 recF gyrB TRUE 0.986 10.000 0.249 0.006 Y NA
 3678331 3678332 SAHV_0005 SAHV_0006 gyrB gyrA TRUE 0.976 37.000 0.306 0.002 Y NA
 3678334 3678335 SAHV_0008 SAHV_0009 hutH serS FALSE 0.058 379.000 0.000 0.060 N NA
 3678335 3678336 SAHV_0009 SAHV_0010 serS   FALSE 0.009 651.000 0.000 NA N NA
 3678336 3678337 SAHV_0010 SAHV_0011     TRUE 0.977 -3.000 0.338 NA   NA
 3678337 3678338 SAHV_0011 SAHV_0012     FALSE 0.020 343.000 0.000 NA   NA
 3678338 3678339 SAHV_0012 SAHV_0013     FALSE 0.061 236.000 0.011 NA   NA
 3678339 3678340 SAHV_0013 SAHV_0014     TRUE 0.774 15.000 0.039 NA   NA
 3678340 3678341 SAHV_0014 SAHV_0015   rplI TRUE 0.926 -3.000 0.008 1.000 N NA
 3678341 3678342 SAHV_0015 SAHV_0016 rplI dnaC TRUE 0.728 32.000 0.064 1.000 N NA
 3678342 3678343 SAHV_0016 SAHV_0017 dnaC purA FALSE 0.060 278.000 0.018 1.000 N NA
 3678343 3678344 SAHV_0017 SAHV_t0001 purA   FALSE 0.014 429.000 0.000 NA   NA
 3678344 3678345 SAHV_t0001 SAHV_t0002     TRUE 0.653 8.000 0.000 NA   NA
 3678345 3678346 SAHV_t0002 SAHV_0018   vicR FALSE 0.010 611.000 0.000 NA   NA
 3678346 3678347 SAHV_0018 SAHV_0019 vicR vicK TRUE 0.990 13.000 0.597 0.014 Y NA
 3678347 3678348 SAHV_0019 SAHV_0020 vicK   TRUE 0.989 -34.000 0.575 NA   NA
 3678348 3678349 SAHV_0020 SAHV_0021     TRUE 0.981 1.000 0.890 NA   NA
 3678349 3678350 SAHV_0021 SAHV_0022     FALSE 0.060 389.000 0.176 NA   NA
 3678350 3678351 SAHV_0022 SAHV_0023     FALSE 0.066 227.000 0.000 1.000   NA
 3678351 3678352 SAHV_0023 SAHV_0024     FALSE 0.018 368.000 0.000 NA   NA
 3678352 3678353 SAHV_0024 SAHV_0025     FALSE 0.029 283.000 0.000 NA   NA
 3678353 3678354 SAHV_0025 SAHV_0026     FALSE 0.014 415.000 0.000 NA   NA
 3678355 3678356 SAHV_0027 SAHV_0028 tnp   TRUE 0.497 91.000 0.000 0.071   NA
 3678356 3678357 SAHV_0028 SAHV_0029     TRUE 0.935 4.000 0.000 0.002   NA
 3678357 3678358 SAHV_0029 SAHV_0030     TRUE 0.578 25.000 0.000 NA   NA
 3678358 3678359 SAHV_0030 SAHV_0031   pre FALSE 0.173 119.000 0.000 NA   NA
 3678360 3678361 SAHV_0032 SAHV_0033     FALSE 0.385 48.000 0.000 NA   NA
 3678362 3678363 SAHV_0034 SAHV_0035 bleO aadD FALSE 0.209 217.000 0.000 0.009   NA
 3678363 3678364 SAHV_0035 SAHV_0036 aadD tnp FALSE 0.020 418.000 0.000 1.000   NA
 3678365 3678366 SAHV_0037 SAHV_0038     FALSE 0.013 797.000 0.000 1.000   NA
 3678366 3678367 SAHV_0038 SAHV_0039     TRUE 0.711 97.000 0.500 1.000 N NA
 3678369 3678370 SAHV_0041 SAHV_0042 mecR1 mecI TRUE 0.994 0.000 0.667 1.000 Y NA
 3678370 3678371 SAHV_0042 SAHV_0043 mecI xylR FALSE 0.086 487.000 0.000 1.000 Y NA
 3678372 3678373 SAHV_0044 SAHV_0045     TRUE 0.713 4.000 0.000 NA   NA
 3678373 3678374 SAHV_0045 SAHV_0046     TRUE 0.562 33.000 0.000 1.000   NA
 3678375 3678376 SAHV_0047 SAHV_0048     TRUE 0.985 0.000 1.000 NA   NA
 3678377 3678378 SAHV_0049 SAHV_0050     FALSE 0.019 353.000 0.000 NA   NA
 3678380 3678381 SAHV_0052 SAHV_0053 ant(9) tnpC FALSE 0.124 151.000 0.000 NA   NA
 3678381 3678382 SAHV_0053 SAHV_0054 tnpC tnpB TRUE 0.662 7.000 0.000 NA   NA
 3678382 3678383 SAHV_0054 SAHV_0055 tnpB tnpA TRUE 0.992 -3.000 0.000 0.009 Y NA
 3678383 3678384 SAHV_0055 SAHV_0056 tnpA   FALSE 0.230 119.000 0.000 1.000   NA
 3678384 3678385 SAHV_0056 SAHV_0057     TRUE 0.714 21.000 0.018 NA   NA
 3678385 3678386 SAHV_0057 SAHV_0058     TRUE 0.796 6.000 0.036 NA   NA
 3678386 3678387 SAHV_0058 SAHV_0059     TRUE 0.701 87.000 0.500 NA   NA
 3678387 3678388 SAHV_0059 SAHV_0060   ccrB FALSE 0.011 518.000 0.000 NA   NA
 3678388 3678389 SAHV_0060 SAHV_0061 ccrB ccrA TRUE 0.993 22.000 1.000 0.002 Y NA
 3678389 3678390 SAHV_0061 SAHV_0062 ccrA   FALSE 0.242 234.000 0.000 NA Y NA
 3678390 3678391 SAHV_0062 SAHV_0063     TRUE 0.981 0.000 0.750 NA   NA
 3678391 3678392 SAHV_0063 SAHV_0064     FALSE 0.433 193.000 0.667 NA   NA
 3678392 3678393 SAHV_0064 SAHV_0065   tnp FALSE 0.037 251.000 0.000 NA   NA
 3678393 3678394 SAHV_0065 SAHV_0066 tnp tnp FALSE 0.187 112.000 0.000 NA   NA
 3678394 3678395 SAHV_0066 SAHV_0067 tnp   TRUE 0.910 -15.000 0.000 NA   NA
 3678395 3678396 SAHV_0067 SAHV_0068     FALSE 0.011 511.000 0.000 NA   NA
 3678396 3678397 SAHV_0068 SAHV_0069   kdpE FALSE 0.012 1064.000 0.000 1.000   NA
 3678397 3678398 SAHV_0069 SAHV_0070 kdpE kdpD TRUE 0.998 -25.000 1.000 1.000 Y NA
 3678399 3678400 SAHV_0071 SAHV_0072   kdpB TRUE 0.974 19.000 0.012 0.003 Y NA
 3678400 3678401 SAHV_0072 SAHV_0073 kdpB kdpC TRUE 0.982 49.000 0.877 0.003 Y NA
 3678402 3678403 SAHV_0074 SAHV_0075     TRUE 0.959 10.000 1.000 NA   NA
 3678405 3678406 SAHV_0077 SAHV_0078     TRUE 0.850 63.000 1.000 NA   NA
 3678406 3678407 SAHV_0078 SAHV_0079     TRUE 0.895 45.000 1.000 NA   NA
 3678408 3678409 SAHV_0080 SAHV_0081     FALSE 0.010 599.000 0.000 NA   NA
 3678410 3678411 SAHV_0082 SAHV_0083     FALSE 0.020 422.000 0.000 1.000   NA
 3678411 3678412 SAHV_0083 SAHV_0084     TRUE 0.834 0.000 0.000 NA   NA
 3678413 3678414 SAHV_0085 SAHV_0086     TRUE 0.589 31.000 0.000 1.000   NA
 3678414 3678415 SAHV_0086 SAHV_0087     TRUE 0.709 19.000 0.000 1.000   NA
 3678417 3678418 SAHV_0089 SAHV_0090     FALSE 0.378 49.000 0.000 NA   NA
 3678418 3678419 SAHV_0090 SAHV_0091     FALSE 0.066 199.000 0.000 NA   NA
 3678419 3678420 SAHV_0091 SAHV_0092     FALSE 0.034 267.000 0.000 NA   NA
 3678420 3678421 SAHV_0092 SAHV_0093     FALSE 0.337 57.000 0.000 NA   NA
 3678421 3678422 SAHV_0093 SAHV_0094   plc FALSE 0.062 206.000 0.000 NA   NA
 3678422 3678423 SAHV_0094 SAHV_0095 plc   FALSE 0.050 221.000 0.000 NA   NA
 3678423 3678424 SAHV_0095 SAHV_0096     FALSE 0.361 52.000 0.000 NA   NA
 3678424 3678425 SAHV_0096 SAHV_0097     FALSE 0.275 68.000 0.000 NA   NA
 3678425 3678426 SAHV_0097 SAHV_0098     FALSE 0.294 65.000 0.000 NA   NA
 3678426 3678427 SAHV_0098 SAHV_0099     FALSE 0.282 67.000 0.000 NA   NA
 3678427 3678428 SAHV_0099 SAHV_0100     FALSE 0.209 97.000 0.000 NA   NA
 3678428 3678429 SAHV_0100 SAHV_0101     FALSE 0.168 151.000 0.000 1.000   NA
 3678429 3678430 SAHV_0101 SAHV_0102     TRUE 0.838 2.000 0.000 1.000   NA
 3678431 3678432 SAHV_0103 SAHV_0104     FALSE 0.215 92.000 0.000 NA   NA
 3678432 3678433 SAHV_0104 SAHV_0105     FALSE 0.337 57.000 0.000 NA   NA
 3678433 3678434 SAHV_0105 SAHV_0106     FALSE 0.094 174.000 0.000 NA   NA
 3678435 3678436 SAHV_0107 SAHV_0108     FALSE 0.076 190.000 0.000 NA   NA
 3678436 3678437 SAHV_0108 SAHV_0109   lctP FALSE 0.035 262.000 0.000 NA   NA
 3678438 3678439 SAHV_0110 SAHV_0111 spa sarH1 FALSE 0.020 421.000 0.000 1.000   NA
 3678439 3678440 SAHV_0111 SAHV_0112 sarH1 sirC FALSE 0.025 369.000 0.000 1.000   NA
 3678440 3678441 SAHV_0112 SAHV_0113 sirC sirB TRUE 0.879 78.000 0.091 0.048 Y NA
 3678441 3678442 SAHV_0113 SAHV_0114 sirB sirA TRUE 0.964 16.000 0.111 1.000 Y NA
 3678443 3678444 SAHV_0115 SAHV_0116     TRUE 0.994 -3.000 0.333 1.000 Y NA
 3678444 3678445 SAHV_0116 SAHV_0117     TRUE 0.881 21.000 0.171 1.000 N NA
 3678445 3678446 SAHV_0117 SAHV_0118     TRUE 0.976 -7.000 0.171 1.000 N NA
 3678446 3678447 SAHV_0118 SAHV_0119     TRUE 0.983 -10.000 0.278 1.000 N NA
 3678447 3678448 SAHV_0119 SAHV_0120     TRUE 0.998 -19.000 0.172 0.001 Y NA
 3678448 3678449 SAHV_0120 SAHV_0121     TRUE 0.987 -28.000 0.355 1.000 N NA
 3678449 3678450 SAHV_0121 SAHV_0122     TRUE 0.960 0.000 0.185 1.000 N NA
 3678450 3678451 SAHV_0122 SAHV_0123     TRUE 0.855 4.000 0.037 1.000 N NA
 3678451 3678452 SAHV_0123 SAHV_0124     FALSE 0.069 196.000 0.000 NA   NA
 3678452 3678453 SAHV_0124 SAHV_0125   butA FALSE 0.057 212.000 0.000 NA   NA
 3678455 3678456 SAHV_0127 SAHV_0128     TRUE 0.986 -37.000 0.000 NA Y NA
 3678456 3678457 SAHV_0128 SAHV_0129     FALSE 0.300 210.000 0.000 NA Y NA
 3678457 3678458 SAHV_0129 SAHV_0130     TRUE 0.912 -19.000 0.000 NA   NA
 3678458 3678459 SAHV_0130 SAHV_0131     TRUE 0.906 -10.000 0.000 NA   NA
 3678459 3678460 SAHV_0131 SAHV_0132   sodM FALSE 0.047 268.000 0.000 1.000   NA
 3678460 3678461 SAHV_0132 SAHV_0133 sodM   FALSE 0.025 367.000 0.000 1.000   NA
 3678463 3678464 SAHV_0135 SAHV_0136 pnp   TRUE 0.870 7.000 0.100 1.000 N NA
 3678464 3678465 SAHV_0136 SAHV_0137   dra FALSE 0.376 81.000 0.013 1.000 N NA
 3678465 3678466 SAHV_0137 SAHV_0138 dra drm TRUE 0.812 28.000 0.000 0.059 N NA
 3678467 3678468 SAHV_0139 SAHV_0140     TRUE 0.998 -3.000 0.689 0.002 Y NA
 3678468 3678469 SAHV_0140 SAHV_0141     TRUE 0.996 2.000 0.654 0.002 Y NA
 3678469 3678470 SAHV_0141 SAHV_0142     TRUE 0.795 195.000 0.308 0.002 Y NA
 3678471 3678472 SAHV_0143 SAHV_0144     TRUE 0.609 51.000 0.091 NA   NA
 3678472 3678473 SAHV_0144 SAHV_0145     FALSE 0.116 157.000 0.000 NA   NA
 3678473 3678474 SAHV_0145 SAHV_0146     TRUE 0.893 6.000 0.182 NA   NA
 3678474 3678475 SAHV_0146 SAHV_0147   adhE FALSE 0.023 385.000 0.000 1.000 N NA
 3678475 3678476 SAHV_0147 SAHV_0148 adhE capA FALSE 0.028 343.000 0.000 1.000 N NA
 3678476 3678477 SAHV_0148 SAHV_0149 capA capB TRUE 0.725 16.000 0.000 1.000 N NA
 3678477 3678478 SAHV_0149 SAHV_0150 capB capC TRUE 0.804 3.000 0.000 1.000 N NA
 3678478 3678479 SAHV_0150 SAHV_0151 capC capD TRUE 0.983 20.000 0.667 1.000 Y NA
 3678479 3678480 SAHV_0151 SAHV_0152 capD capE TRUE 0.996 -10.000 1.000 0.019   NA
 3678480 3678481 SAHV_0152 SAHV_0153 capE capF TRUE 0.767 13.000 0.019 1.000   NA
 3678481 3678482 SAHV_0153 SAHV_0154 capF capG TRUE 0.993 4.000 0.477 0.004 Y NA
 3678482 3678483 SAHV_0154 SAHV_0155 capG capH TRUE 0.839 3.000 0.005 1.000   NA
 3678483 3678484 SAHV_0155 SAHV_0156 capH capI TRUE 0.797 5.000 0.002 1.000   NA
 3678484 3678485 SAHV_0156 SAHV_0157 capI capJ TRUE 0.921 14.000 0.000 NA Y NA
 3678485 3678486 SAHV_0157 SAHV_0158 capJ capK TRUE 0.896 -7.000 0.000 NA   NA
 3678486 3678487 SAHV_0158 SAHV_0159 capK capL TRUE 0.808 1.000 0.000 NA   NA
 3678487 3678488 SAHV_0159 SAHV_0160 capL capM TRUE 0.935 11.000 0.015 NA Y NA
 3678488 3678489 SAHV_0160 SAHV_0161 capM capN TRUE 0.990 0.000 0.297 NA Y NA
 3678489 3678490 SAHV_0161 SAHV_0162 capN capO TRUE 0.834 54.000 0.009 1.000 Y NA
 3678490 3678491 SAHV_0162 SAHV_0163 capO capP TRUE 0.899 47.000 0.105 1.000 Y NA
 3678492 3678493 SAHV_0164 SAHV_0165     TRUE 0.662 7.000 0.000 NA   NA
 3678494 3678495 SAHV_0166 SAHV_0167 aldA   FALSE 0.014 647.000 0.000 1.000 N NA
 3678496 3678497 SAHV_0168 SAHV_0169     TRUE 0.518 30.000 0.000 NA   NA
 3678498 3678499 SAHV_0170 SAHV_0171     FALSE 0.020 342.000 0.000 NA   NA
 3678499 3678500 SAHV_0171 SAHV_0172     TRUE 0.957 14.000 0.130 NA Y NA
 3678500 3678501 SAHV_0172 SAHV_0173     TRUE 0.995 -3.000 0.652 NA Y NA
 3678501 3678502 SAHV_0173 SAHV_0174     TRUE 0.785 13.000 0.032 1.000 N NA
 3678502 3678503 SAHV_0174 SAHV_0175     FALSE 0.048 226.000 0.000 NA   NA
 3678503 3678504 SAHV_0175 SAHV_0176   fdh FALSE 0.249 75.000 0.000 NA   NA
 3678504 3678505 SAHV_0176 SAHV_0177 fdh   FALSE 0.023 386.000 0.000 1.000   NA
 3678505 3678506 SAHV_0177 SAHV_0178     FALSE 0.033 447.000 0.049 1.000   NA
 3678506 3678507 SAHV_0178 SAHV_0179     TRUE 0.918 13.000 0.333 1.000 N NA
 3678508 3678509 SAHV_0180 SAHV_0181     FALSE 0.037 255.000 0.000 NA   NA
 3678509 3678510 SAHV_0181 SAHV_0182   argJ TRUE 0.975 16.000 0.008 0.004 Y NA
 3678510 3678511 SAHV_0182 SAHV_0183 argJ argC TRUE 0.987 12.000 0.303 0.004 Y NA
 3678511 3678512 SAHV_0183 SAHV_0184 argC   TRUE 0.871 39.000 0.004 1.000 Y NA
 3678512 3678513 SAHV_0184 SAHV_0185     FALSE 0.232 259.000 0.000 1.000 Y NA
 3678513 3678514 SAHV_0185 SAHV_0186     FALSE 0.041 279.000 0.000 1.000 N NA
 3678514 3678515 SAHV_0186 SAHV_0187     FALSE 0.210 127.000 0.000 1.000 N NA
 3678515 3678516 SAHV_0187 SAHV_0188   glcA FALSE 0.213 272.000 0.000 1.000 Y NA
 3678517 3678518 SAHV_0189 SAHV_0190     TRUE 0.974 -3.000 0.234 1.000   NA
 3678518 3678519 SAHV_0190 SAHV_0191     TRUE 0.905 12.000 0.250 1.000   NA
 3678519 3678520 SAHV_0191 SAHV_0192     TRUE 0.909 3.000 0.100 1.000 N NA
 3678524 3678525 SAHV_0196 SAHV_0197     TRUE 0.985 -3.000 0.652 NA N NA
 3678525 3678526 SAHV_0197 SAHV_0198     TRUE 0.994 -3.000 0.372 1.000 Y NA
 3678526 3678527 SAHV_0198 SAHV_0199     FALSE 0.061 207.000 0.000 NA   NA
 3678527 3678528 SAHV_0199 SAHV_0200     FALSE 0.434 38.000 0.000 NA   NA
 3678528 3678529 SAHV_0200 SAHV_0201     FALSE 0.324 59.000 0.000 NA   NA
 3678529 3678530 SAHV_0201 SAHV_0202     TRUE 0.617 12.000 0.000 NA   NA
 3678530 3678531 SAHV_0202 SAHV_0203     TRUE 0.909 -13.000 0.000 NA   NA
 3678533 3678534 SAHV_0205 SAHV_0206     TRUE 0.993 6.000 0.833 0.047 Y NA
 3678534 3678535 SAHV_0206 SAHV_0207   rlp TRUE 0.977 17.000 0.833 0.047   NA
 3678535 3678536 SAHV_0207 SAHV_0208 rlp   TRUE 0.522 38.000 0.000 1.000   NA
 3678537 3678538 SAHV_0209 SAHV_0210     FALSE 0.078 189.000 0.000 NA   NA
 3678539 3678540 SAHV_0211 SAHV_0212   msmX FALSE 0.023 384.000 0.000 1.000   NA
 3678540 3678541 SAHV_0212 SAHV_0213 msmX   TRUE 0.928 13.000 0.000 1.000 Y NA
 3678541 3678542 SAHV_0213 SAHV_0214     TRUE 0.991 3.000 0.800 1.000 Y NA
 3678542 3678543 SAHV_0214 SAHV_0215     TRUE 0.996 2.000 0.909 0.047 Y NA
 3678543 3678544 SAHV_0215 SAHV_0216     FALSE 0.339 71.000 0.000 1.000   NA
 3678544 3678545 SAHV_0216 SAHV_0217     TRUE 0.848 25.000 0.000 0.028   NA
 3678545 3678546 SAHV_0217 SAHV_0218     TRUE 0.611 55.000 0.111 NA   NA
 3678548 3678549 SAHV_0220 SAHV_0221 uhpT uhpT TRUE 0.904 4.000 0.000 0.047   NA
 3678550 3678551 SAHV_0222 SAHV_0223     TRUE 0.989 -7.000 0.167 0.014   NA
 3678551 3678552 SAHV_0223 SAHV_0224     TRUE 0.969 -3.000 0.167 1.000 N NA
 3678553 3678554 SAHV_0225 SAHV_0226 pflB pflA TRUE 0.853 23.000 0.135 1.000 N NA
 3678554 3678555 SAHV_0226 SAHV_0227 pflA   FALSE 0.033 322.000 0.000 1.000 N NA
 3678558 3678559 SAHV_0230 SAHV_0231     TRUE 0.972 30.000 0.588 1.000 Y NA
 3678559 3678560 SAHV_0231 SAHV_0232     FALSE 0.453 186.000 0.012 1.000 Y NA
 3678560 3678561 SAHV_0232 SAHV_0233     TRUE 0.720 112.000 0.046 1.000 Y NA
 3678561 3678562 SAHV_0233 SAHV_0234     TRUE 0.961 26.000 0.046 0.068 Y NA
 3678564 3678565 SAHV_0236 SAHV_0237     FALSE 0.067 198.000 0.000 NA   NA
 3678565 3678566 SAHV_0237 SAHV_0238     FALSE 0.116 157.000 0.000 NA   NA
 3678566 3678567 SAHV_0238 SAHV_0239     TRUE 0.928 26.000 0.667 NA   NA
 3678570 3678571 SAHV_0242 SAHV_0243     FALSE 0.029 337.000 0.000 1.000 N NA
 3678571 3678572 SAHV_0243 SAHV_0244     TRUE 0.993 -15.000 0.308 0.015 N NA
 3678572 3678573 SAHV_0244 SAHV_0245     TRUE 0.979 23.000 0.148 0.012 Y NA
 3678573 3678574 SAHV_0245 SAHV_0246   gatC TRUE 0.608 227.000 0.148 0.012 Y NA
 3678574 3678575 SAHV_0246 SAHV_0247 gatC   TRUE 0.860 18.000 0.103 1.000 N NA
 3678575 3678576 SAHV_0247 SAHV_0248     TRUE 0.912 2.000 0.103 NA   NA
 3678576 3678577 SAHV_0248 SAHV_0249     TRUE 0.840 24.000 0.158 NA   NA
 3678577 3678578 SAHV_0249 SAHV_0250     FALSE 0.015 528.000 0.000 1.000 N NA
 3678578 3678579 SAHV_0250 SAHV_0251     TRUE 0.985 -7.000 0.367 1.000 N NA
 3678579 3678580 SAHV_0251 SAHV_0252     TRUE 0.866 22.000 0.148 1.000 N NA
 3678580 3678581 SAHV_0252 SAHV_0253     FALSE 0.210 428.000 0.000 0.003 Y NA
 3678581 3678582 SAHV_0253 SAHV_0254     FALSE 0.044 276.000 0.000 1.000 N NA
 3678582 3678583 SAHV_0254 SAHV_0255     TRUE 0.985 -7.000 0.367 1.000 N NA
 3678583 3678584 SAHV_0255 SAHV_0256     TRUE 0.866 22.000 0.148 1.000 N NA
 3678584 3678585 SAHV_0256 SAHV_0257     TRUE 0.739 33.000 0.125 NA   NA
 3678585 3678586 SAHV_0257 SAHV_0258   scdA FALSE 0.133 144.000 0.000 NA   NA
 3678586 3678587 SAHV_0258 SAHV_0259 scdA lytS FALSE 0.038 245.000 0.000 NA N NA
 3678587 3678588 SAHV_0259 SAHV_0260 lytS lytR TRUE 0.994 3.000 0.538 0.014 Y NA
 3678588 3678589 SAHV_0260 SAHV_0261 lytR lrgA TRUE 0.499 119.000 0.178 1.000   NA
 3678589 3678590 SAHV_0261 SAHV_0262 lrgA lrgB TRUE 0.992 -7.000 0.869 1.000   NA
 3678592 3678593 SAHV_0264 SAHV_0265   bglA TRUE 0.938 16.000 0.000 1.000 Y NA
 3678594 3678595 SAHV_0266 SAHV_0267   rbsK FALSE 0.052 251.000 0.000 1.000 N NA
 3678595 3678596 SAHV_0267 SAHV_0268 rbsK rbsD TRUE 0.926 28.000 0.030 1.000 Y NA
 3678596 3678597 SAHV_0268 SAHV_0269 rbsD   TRUE 0.980 15.000 0.045 0.002 Y NA
 3678597 3678598 SAHV_0269 SAHV_0270     FALSE 0.062 232.000 0.000 1.000 N NA
 3678601 3678602 SAHV_0273 SAHV_0274   lytM FALSE 0.032 326.000 0.000 1.000   NA
 3678603 3678604 SAHV_0275 SAHV_0276     TRUE 0.951 14.000 0.833 NA   NA
 3678604 3678605 SAHV_0276 SAHV_0277     TRUE 0.983 -3.000 0.571 NA   NA
 3678605 3678606 SAHV_0277 SAHV_0278     TRUE 0.730 68.000 0.429 NA   NA
 3678606 3678607 SAHV_0278 SAHV_0279     FALSE 0.022 331.000 0.000 NA   NA
 3678608 3678609 SAHV_0280 SAHV_0281     FALSE 0.369 83.000 0.041 NA   NA
 3678609 3678610 SAHV_0281 SAHV_0282     TRUE 0.964 0.000 0.286 NA   NA
 3678610 3678611 SAHV_0282 SAHV_0283     TRUE 0.980 -28.000 0.237 NA   NA
 3678611 3678612 SAHV_0283 SAHV_0284     TRUE 0.947 13.000 0.833 NA   NA
 3678612 3678613 SAHV_0284 SAHV_0285     TRUE 0.934 22.000 0.623 NA   NA
 3678613 3678614 SAHV_0285 SAHV_0286     TRUE 0.518 30.000 0.000 NA   NA
 3678614 3678615 SAHV_0286 SAHV_0287     TRUE 0.653 16.000 0.000 NA   NA
 3678615 3678616 SAHV_0287 SAHV_0288     TRUE 0.872 -3.000 0.000 NA   NA
 3678616 3678617 SAHV_0288 SAHV_0289     TRUE 0.834 0.000 0.000 NA   NA
 3678617 3678618 SAHV_0289 SAHV_0290     TRUE 0.642 10.000 0.000 NA   NA
 3678618 3678619 SAHV_0290 SAHV_0291     TRUE 0.632 11.000 0.000 NA   NA
 3678619 3678620 SAHV_0291 SAHV_0292     FALSE 0.064 203.000 0.000 NA   NA
 3678620 3678621 SAHV_0292 SAHV_0293     FALSE 0.131 146.000 0.000 NA   NA
 3678621 3678622 SAHV_0293 SAHV_0294     FALSE 0.145 135.000 0.000 NA   NA
 3678622 3678623 SAHV_0294 SAHV_0295     FALSE 0.150 132.000 0.000 NA   NA
 3678623 3678624 SAHV_0295 SAHV_0296     TRUE 0.902 11.000 0.286 NA   NA
 3678624 3678625 SAHV_0296 SAHV_0297     TRUE 0.902 11.000 0.286 NA   NA
 3678625 3678626 SAHV_0297 SAHV_0298     TRUE 0.766 49.000 0.286 NA   NA
 3678626 3678627 SAHV_0298 SAHV_0299     TRUE 0.902 11.000 0.286 NA   NA
 3678627 3678628 SAHV_0299 SAHV_0300     FALSE 0.010 625.000 0.000 NA   NA
 3678628 3678629 SAHV_0300 SAHV_0301     FALSE 0.127 150.000 0.000 NA   NA
 3678630 3678631 SAHV_0302 SAHV_0303     FALSE 0.058 237.000 0.000 1.000 N NA
 3678632 3678633 SAHV_0304 SAHV_0305     FALSE 0.053 249.000 0.000 1.000   NA
 3678633 3678634 SAHV_0305 SAHV_0306     TRUE 0.918 13.000 0.333 1.000 N NA
 3678634 3678635 SAHV_0306 SAHV_0307     FALSE 0.059 208.000 0.000 NA N NA
 3678635 3678636 SAHV_0307 SAHV_0308     FALSE 0.125 343.000 0.000 NA Y NA
 3678636 3678637 SAHV_0308 SAHV_0309     TRUE 0.964 -25.000 0.085 NA N NA
 3678637 3678638 SAHV_0309 SAHV_0310     TRUE 0.700 11.000 0.008 NA N NA
 3678639 3678640 SAHV_0311 SAHV_0312   nanA TRUE 0.916 40.000 0.130 1.000 Y NA
 3678646 3678647 SAHV_0318 SAHV_0319     TRUE 0.552 73.000 0.000 0.067 N NA
 3678648 3678649 SAHV_0320 SAHV_0321     TRUE 0.898 34.000 0.571 1.000 N NA
 3678649 3678650 SAHV_0321 SAHV_0322     TRUE 0.924 1.000 0.107 NA   NA
 3678650 3678651 SAHV_0322 SAHV_0323     TRUE 0.982 -13.000 0.286 NA   NA
 3678651 3678652 SAHV_0323 SAHV_0324     TRUE 0.984 -22.000 0.250 1.000 N NA
 3678652 3678653 SAHV_0324 SAHV_0325     FALSE 0.033 316.000 0.000 1.000 N NA
 3678654 3678655 SAHV_0326 SAHV_0327     TRUE 0.952 15.000 0.182 0.012   NA
 3678655 3678656 SAHV_0327 SAHV_0328     TRUE 0.987 2.000 0.026 0.012 Y NA
 3678656 3678657 SAHV_0328 SAHV_0329     TRUE 0.960 5.000 0.182 0.015 N NA
 3678658 3678659 SAHV_0330 SAHV_0331     TRUE 0.750 107.000 0.800 1.000 N NA
 3678659 3678660 SAHV_0331 SAHV_0332     FALSE 0.199 104.000 0.000 NA   NA
 3678661 3678662 SAHV_0333 SAHV_0334 glpT glpT TRUE 0.685 52.000 0.000 0.046   NA
 3678663 3678664 SAHV_0335 SAHV_0336     TRUE 0.708 14.000 0.000 1.000   NA
 3678664 3678665 SAHV_0336 SAHV_0337     TRUE 0.911 14.000 0.259 1.000   NA
 3678667 3678668 SAHV_0339 SAHV_0340     FALSE 0.033 267.000 0.000 NA N NA
 3678668 3678669 SAHV_0340 SAHV_0341     TRUE 0.889 111.000 0.812 NA Y NA
 3678669 3678670 SAHV_0341 SAHV_0342     TRUE 0.992 -22.000 0.119 NA Y NA
 3678671 3678672 SAHV_0343 SAHV_0344     TRUE 0.922 56.000 0.393 NA Y NA
 3678672 3678673 SAHV_0344 SAHV_0345     FALSE 0.193 108.000 0.000 NA   NA
 3678674 3678675 SAHV_0346 SAHV_0347     TRUE 0.977 -3.000 0.362 NA   NA
 3678675 3678676 SAHV_0347 SAHV_0348     TRUE 0.825 25.000 0.143 NA   NA
 3678676 3678677 SAHV_0348 SAHV_0349     TRUE 0.975 0.000 0.371 1.000   NA
 3678680 3678681 SAHV_0352 SAHV_0353   metE TRUE 0.500 43.000 0.011 NA   NA
 3678681 3678682 SAHV_0353 SAHV_0354 metE   TRUE 0.986 -3.000 0.030 1.000 Y NA
 3678682 3678683 SAHV_0354 SAHV_0355     TRUE 0.994 -31.000 0.162 1.000 Y NA
 3678683 3678684 SAHV_0355 SAHV_0356     TRUE 0.998 -3.000 0.600 0.006 Y NA
 3678685 3678686 SAHV_0357 SAHV_0358     FALSE 0.198 154.000 0.007 1.000 N NA
 3678686 3678687 SAHV_0358 SAHV_0359     TRUE 0.807 30.000 0.171 NA   NA
 3678687 3678688 SAHV_0359 SAHV_0360     TRUE 0.787 12.000 0.064 NA   NA
 3678690 3678691 SAHV_0362 SAHV_0363 rpsF ssb TRUE 0.742 21.000 0.007 1.000 N NA
 3678691 3678692 SAHV_0363 SAHV_0364 ssb rpsR TRUE 0.505 52.000 0.007 1.000 N NA
 3678693 3678694 SAHV_0365 SAHV_0366     FALSE 0.361 52.000 0.000 NA   NA
 3678695 3678696 SAHV_0367 SAHV_0368     FALSE 0.018 369.000 0.000 NA   NA
 3678696 3678697 SAHV_0368 SAHV_0369     FALSE 0.085 181.000 0.000 NA   NA
 3678702 3678703 SAHV_0374 SAHV_0375     FALSE 0.033 270.000 0.000 NA   NA
 3678703 3678704 SAHV_0375 SAHV_0376     FALSE 0.258 73.000 0.000 NA   NA
 3678704 3678705 SAHV_0376 SAHV_0377   ahpF FALSE 0.087 180.000 0.000 NA   NA
 3678705 3678706 SAHV_0377 SAHV_0378 ahpF ahpC TRUE 0.983 16.000 0.551 1.000 Y NA
 3678710 3678711 SAHV_0382 SAHV_0383     TRUE 0.716 118.000 0.857 NA   NA
 3678711 3678712 SAHV_0383 SAHV_0384     TRUE 0.647 143.000 0.857 NA   NA
 3678713 3678714 SAHV_0385 SAHV_0386 xprT pbuX TRUE 0.982 0.000 0.037 1.000 Y NA
 3678714 3678715 SAHV_0386 SAHV_0387 pbuX guaB TRUE 0.919 38.000 1.000 1.000   NA
 3678715 3678716 SAHV_0387 SAHV_0388 guaB guaA TRUE 0.908 25.000 0.007 0.001   NA
 3678717 3678718 SAHV_0389 SAHV_0390 int   TRUE 0.833 27.000 0.176 NA   NA
 3678718 3678719 SAHV_0390 SAHV_0391     FALSE 0.011 498.000 0.000 NA   NA
 3678719 3678720 SAHV_0391 SAHV_0392     TRUE 0.989 -3.000 1.000 NA   NA
 3678720 3678721 SAHV_0392 SAHV_0393     TRUE 0.645 129.000 0.667 NA   NA
 3678723 3678724 SAHV_0395 SAHV_0396 tetM   FALSE 0.017 377.000 0.000 NA   NA
 3678724 3678725 SAHV_0396 SAHV_0397     TRUE 0.991 -16.000 0.800 NA   NA
 3678725 3678726 SAHV_0397 SAHV_0398     TRUE 0.987 -3.000 0.800 NA   NA
 3678726 3678727 SAHV_0398 SAHV_0399     TRUE 0.984 -3.000 0.600 NA   NA
 3678727 3678728 SAHV_0399 SAHV_0400     TRUE 0.989 -16.000 0.600 NA   NA
 3678728 3678729 SAHV_0400 SAHV_0401     TRUE 0.822 30.000 0.200 NA   NA
 3678729 3678730 SAHV_0401 SAHV_0402     TRUE 0.689 56.000 0.200 NA   NA
 3678730 3678731 SAHV_0402 SAHV_0403     TRUE 0.663 61.000 0.200 NA   NA
 3678731 3678732 SAHV_0403 SAHV_0404     TRUE 0.751 42.000 0.200 NA   NA
 3678732 3678733 SAHV_0404 SAHV_0405     FALSE 0.029 284.000 0.000 NA   NA
 3678733 3678734 SAHV_0405 SAHV_0406     TRUE 0.533 182.000 0.800 1.000   NA
 3678734 3678735 SAHV_0406 SAHV_0407     TRUE 0.913 22.000 0.400 NA   NA
 3678735 3678736 SAHV_0407 SAHV_0408     TRUE 0.949 10.000 0.750 NA   NA
 3678736 3678737 SAHV_0408 SAHV_0409     TRUE 0.933 21.000 0.571 NA   NA
 3678737 3678738 SAHV_0409 SAHV_0410     FALSE 0.186 200.000 0.133 NA   NA
 3678738 3678739 SAHV_0410 SAHV_0411     TRUE 0.996 -3.000 0.341 0.066 Y NA
 3678739 3678740 SAHV_0411 SAHV_0412   tnp TRUE 0.707 134.000 0.000 0.066 Y NA
 3678740 3678741 SAHV_0412 SAHV_0413 tnp   FALSE 0.011 494.000 0.000 NA   NA
 3678741 3678742 SAHV_0413 SAHV_0414     FALSE 0.015 392.000 0.000 NA   NA
 3678742 3678743 SAHV_0414 SAHV_0415     FALSE 0.052 399.000 0.000 0.066   NA
 3678743 3678744 SAHV_0415 SAHV_0416     FALSE 0.042 237.000 0.000 NA   NA
 3678744 3678745 SAHV_0416 SAHV_0417     FALSE 0.011 532.000 0.000 NA   NA
 3678745 3678746 SAHV_0417 SAHV_0418     TRUE 0.631 19.000 0.000 NA   NA
 3678747 3678748 SAHV_0419 SAHV_0420 set6 set7 FALSE 0.109 286.000 0.000 0.020   NA
 3678748 3678749 SAHV_0420 SAHV_0421 set7 set8 FALSE 0.107 291.000 0.000 0.020   NA
 3678749 3678750 SAHV_0421 SAHV_0422 set8 set9 FALSE 0.074 364.000 0.000 0.020   NA
 3678750 3678751 SAHV_0422 SAHV_0423 set9 set10 FALSE 0.074 364.000 0.000 0.020   NA
 3678751 3678752 SAHV_0423 SAHV_0424 set10 set11 FALSE 0.053 446.000 0.000 0.020   NA
 3678752 3678753 SAHV_0424 SAHV_0425 set11 set12 FALSE 0.083 339.000 0.000 0.020   NA
 3678753 3678754 SAHV_0425 SAHV_0426 set12 set13 FALSE 0.068 377.000 0.000 0.020   NA
 3678754 3678755 SAHV_0426 SAHV_0427 set13 set14 FALSE 0.073 366.000 0.000 0.020   NA
 3678755 3678756 SAHV_0427 SAHV_0428 set14   FALSE 0.354 53.000 0.000 NA   NA
 3678756 3678757 SAHV_0428 SAHV_0429   hsdM FALSE 0.354 53.000 0.000 NA   NA
 3678757 3678758 SAHV_0429 SAHV_0430 hsdM hsdS TRUE 0.995 -7.000 0.083 0.066 Y NA
 3678758 3678759 SAHV_0430 SAHV_0431 hsdS set15 FALSE 0.023 383.000 0.000 1.000   NA
 3678759 3678760 SAHV_0431 SAHV_0432 set15   TRUE 0.686 22.000 0.000 1.000   NA
 3678762 3678763 SAHV_0434 SAHV_0435 lpl1 lpl2 TRUE 0.501 31.000 0.000 NA   NA
 3678763 3678764 SAHV_0435 SAHV_0436 lpl2 lpl3 FALSE 0.398 45.000 0.000 NA   NA
 3678764 3678765 SAHV_0436 SAHV_0437 lpl3   FALSE 0.023 324.000 0.000 NA   NA
 3678765 3678766 SAHV_0437 SAHV_0438     FALSE 0.315 61.000 0.000 NA   NA
 3678766 3678767 SAHV_0438 SAHV_0439   lpl5 TRUE 0.631 19.000 0.000 NA   NA
 3678767 3678768 SAHV_0439 SAHV_0440 lpl5 lpl6 FALSE 0.337 57.000 0.000 NA   NA
 3678768 3678769 SAHV_0440 SAHV_0441 lpl6 lpl7 FALSE 0.361 52.000 0.000 NA   NA
 3678769 3678770 SAHV_0441 SAHV_0442 lpl7 lpl8 TRUE 0.631 19.000 0.000 NA   NA
 3678770 3678771 SAHV_0442 SAHV_0443 lpl8 lpl9 FALSE 0.089 179.000 0.000 NA   NA
 3678771 3678772 SAHV_0443 SAHV_0444 lpl9   TRUE 0.906 -10.000 0.000 NA   NA
 3678772 3678773 SAHV_0444 SAHV_0445     TRUE 0.872 -3.000 0.000 NA   NA
 3678773 3678774 SAHV_0445 SAHV_0446     TRUE 0.631 19.000 0.000 NA   NA
 3678778 3678779 SAHV_0450 SAHV_0451 ndhF   TRUE 0.900 13.000 0.303 NA   NA
 3678779 3678780 SAHV_0451 SAHV_0452     FALSE 0.233 162.000 0.076 NA   NA
 3678782 3678783 SAHV_0454 SAHV_0455     TRUE 0.830 37.000 0.273 1.000   NA
 3678783 3678784 SAHV_0455 SAHV_0456     FALSE 0.025 369.000 0.000 1.000   NA
 3678784 3678785 SAHV_0456 SAHV_0457   cysM FALSE 0.108 217.000 0.024 1.000   NA
 3678785 3678786 SAHV_0457 SAHV_0458 cysM yrhB TRUE 0.998 -7.000 0.690 0.018 Y NA
 3678786 3678787 SAHV_0458 SAHV_0459 yrhB   FALSE 0.037 295.000 0.000 1.000 N NA
 3678787 3678788 SAHV_0459 SAHV_0460     TRUE 0.986 4.000 0.487 1.000 Y NA
 3678788 3678789 SAHV_0460 SAHV_0461     TRUE 0.846 37.000 0.000 NA Y NA
 3678789 3678790 SAHV_0461 SAHV_0462   sle1 FALSE 0.022 332.000 0.000 NA   NA
 3678792 3678793 SAHV_0464 SAHV_0465     TRUE 0.976 -10.000 0.150 1.000   NA
 3678794 3678795 SAHV_0466 SAHV_0467     TRUE 0.988 -3.000 0.957 NA   NA
 3678795 3678796 SAHV_0467 SAHV_0468   gltC FALSE 0.367 121.000 0.106 NA   NA
 3678797 3678798 SAHV_0469 SAHV_0470 gltB gltD TRUE 0.987 18.000 0.222 0.002 Y NA
 3678798 3678799 SAHV_0470 SAHV_t0003 gltD   FALSE 0.034 269.000 0.000 NA   NA
 3678799 3678800 SAHV_t0003 SAHV_0471   treP FALSE 0.012 469.000 0.000 NA   NA
 3678800 3678801 SAHV_0471 SAHV_0472 treP   TRUE 0.936 64.000 0.650 1.000 Y NA
 3678801 3678802 SAHV_0472 SAHV_0473     TRUE 0.908 25.000 0.336 1.000 N NA
 3678802 3678803 SAHV_0473 SAHV_0474     FALSE 0.014 643.000 0.000 1.000   NA
 3678803 3678804 SAHV_0474 SAHV_0475   dnaX TRUE 0.563 69.000 0.103 1.000   NA
 3678804 3678805 SAHV_0475 SAHV_0476 dnaX   FALSE 0.404 90.000 0.071 NA   NA
 3678805 3678806 SAHV_0476 SAHV_0477   recR TRUE 0.947 7.000 0.604 NA   NA
 3678806 3678807 SAHV_0477 SAHV_r0001 recR   FALSE 0.009 860.000 0.000 NA   NA
 3678807 3678808 SAHV_r0001 SAHV_r0002     FALSE 0.018 365.000 0.000 NA   NA
 3678808 3678809 SAHV_r0002 SAHV_r0003     FALSE 0.258 73.000 0.000 NA   NA
 3678809 3678810 SAHV_r0003 SAHV_0478     FALSE 0.009 903.000 0.000 NA   NA
 3678810 3678811 SAHV_0478 SAHV_0479   tmk TRUE 0.872 2.000 0.010 1.000 N NA
 3678811 3678812 SAHV_0479 SAHV_0480 tmk   TRUE 0.693 28.000 0.038 NA   NA
 3678812 3678813 SAHV_0480 SAHV_0481   holB FALSE 0.085 214.000 0.021 NA   NA
 3678813 3678814 SAHV_0481 SAHV_0482 holB   FALSE 0.430 169.000 0.372 NA   NA
 3678814 3678815 SAHV_0482 SAHV_0483     TRUE 0.969 -4.000 0.183 NA   NA
 3678815 3678816 SAHV_0483 SAHV_0484     FALSE 0.121 274.000 0.193 NA   NA
 3678816 3678817 SAHV_0484 SAHV_0485     TRUE 0.979 -7.000 0.209 1.000   NA
 3678817 3678818 SAHV_0485 SAHV_0486     TRUE 0.900 2.000 0.041 1.000   NA
 3678818 3678819 SAHV_0486 SAHV_0487   metS FALSE 0.056 285.000 0.018 1.000   NA
 3678819 3678820 SAHV_0487 SAHV_0488 metS   TRUE 0.819 31.000 0.221 NA N NA
 3678820 3678821 SAHV_0488 SAHV_0489     TRUE 0.546 167.000 0.058 NA Y NA
 3678821 3678822 SAHV_0489 SAHV_0490   ksgA TRUE 0.849 11.000 0.093 1.000 N NA
 3678822 3678823 SAHV_0490 SAHV_0491 ksgA veg FALSE 0.321 100.000 0.035 NA   NA
 3678823 3678824 SAHV_0491 SAHV_0492 veg   FALSE 0.048 310.000 0.046 NA   NA
 3678824 3678825 SAHV_0492 SAHV_0493   purR TRUE 0.826 14.000 0.062 1.000 N NA
 3678825 3678826 SAHV_0493 SAHV_0494 purR   TRUE 0.896 17.000 0.227 NA N NA
 3678826 3678827 SAHV_0494 SAHV_0495   spoVG TRUE 0.668 48.000 0.131 NA N NA
 3678827 3678828 SAHV_0495 SAHV_0496 spoVG gcaD FALSE 0.119 407.000 0.003 1.000 Y NA
 3678828 3678829 SAHV_0496 SAHV_0497 gcaD prs FALSE 0.304 147.000 0.069 1.000 N NA
 3678829 3678830 SAHV_0497 SAHV_0498 prs rplY FALSE 0.244 150.000 0.027 1.000 N NA
 3678830 3678831 SAHV_0498 SAHV_0499 rplY pth TRUE 0.554 311.000 0.496 0.034 Y NA
 3678831 3678832 SAHV_0499 SAHV_0500 pth mfd TRUE 0.952 0.000 0.137 1.000 N NA
 3678832 3678833 SAHV_0500 SAHV_0501 mfd   TRUE 0.957 -10.000 0.033 1.000   NA
 3678833 3678834 SAHV_0501 SAHV_0502     TRUE 0.933 0.000 0.058 1.000   NA
 3678834 3678835 SAHV_0502 SAHV_0503     TRUE 0.948 -3.000 0.054 1.000   NA
 3678835 3678836 SAHV_0503 SAHV_0504     TRUE 0.826 18.000 0.053 1.000 N NA
 3678836 3678837 SAHV_0504 SAHV_0505     FALSE 0.492 105.000 0.134 1.000 N NA
 3678837 3678838 SAHV_0505 SAHV_0506     FALSE 0.179 180.000 0.031 1.000 N NA
 3678838 3678839 SAHV_0506 SAHV_0507     TRUE 0.931 5.000 0.067 0.055 N NA
 3678839 3678840 SAHV_0507 SAHV_0508   ftsH FALSE 0.157 257.000 0.192 1.000 N NA
 3678840 3678841 SAHV_0508 SAHV_0509 ftsH   FALSE 0.348 228.000 0.041 1.000 Y NA
 3678841 3678842 SAHV_0509 SAHV_0510   cysK FALSE 0.207 179.000 0.053 1.000 N NA
 3678842 3678843 SAHV_0510 SAHV_0511 cysK folP FALSE 0.090 216.000 0.005 1.000 N NA
 3678843 3678844 SAHV_0511 SAHV_0512 folP folB TRUE 0.991 -22.000 0.024 1.000 Y NA
 3678844 3678845 SAHV_0512 SAHV_0513 folB folK TRUE 0.991 -3.000 0.142 1.000 Y NA
 3678845 3678846 SAHV_0513 SAHV_0514 folK lysS FALSE 0.015 539.000 0.000 1.000 N NA
 3678846 3678847 SAHV_0514 SAHV_r0004 lysS   FALSE 0.010 558.000 0.000 NA   NA
 3678847 3678848 SAHV_r0004 SAHV_t0004     TRUE 0.614 13.000 0.000 NA   NA
 3678848 3678849 SAHV_t0004 SAHV_t0005     TRUE 0.650 17.000 0.000 NA   NA
 3678849 3678850 SAHV_t0005 SAHV_t0006     TRUE 0.676 6.000 0.000 NA   NA
 3678850 3678851 SAHV_t0006 SAHV_t0007     TRUE 0.518 30.000 0.000 NA   NA
 3678851 3678852 SAHV_t0007 SAHV_t0008     TRUE 0.662 7.000 0.000 NA   NA
 3678852 3678853 SAHV_t0008 SAHV_t0009     TRUE 0.692 5.000 0.000 NA   NA
 3678853 3678854 SAHV_t0009 SAHV_t0010     TRUE 0.615 21.000 0.000 NA   NA
 3678854 3678855 SAHV_t0010 SAHV_t0011     TRUE 0.622 20.000 0.000 NA   NA
 3678855 3678856 SAHV_t0011 SAHV_r0005     FALSE 0.171 120.000 0.000 NA   NA
 3678856 3678857 SAHV_r0005 SAHV_t0012     FALSE 0.215 92.000 0.000 NA   NA
 3678857 3678858 SAHV_t0012 SAHV_r0006     FALSE 0.107 166.000 0.000 NA   NA
 3678858 3678859 SAHV_r0006 SAHV_r0007     FALSE 0.258 73.000 0.000 NA   NA
 3678861 3678862 SAHV_0516 SAHV_0517     TRUE 0.984 4.000 0.488 NA Y NA
 3678864 3678865 SAHV_0519 SAHV_0520 ctsR   TRUE 0.945 19.000 0.681 NA   NA
 3678865 3678866 SAHV_0520 SAHV_0521     TRUE 0.992 -10.000 0.848 1.000   NA
 3678866 3678867 SAHV_0521 SAHV_0522   clpC TRUE 0.933 14.000 0.425 1.000 N NA
 3678867 3678868 SAHV_0522 SAHV_0523 clpC radA FALSE 0.223 485.000 0.062 0.011 Y NA
 3678868 3678869 SAHV_0523 SAHV_0524 radA   TRUE 0.748 25.000 0.056 NA   NA
 3678869 3678870 SAHV_0524 SAHV_0525   gltX FALSE 0.016 557.000 0.021 NA   NA
 3678870 3678871 SAHV_0525 SAHV_0526 gltX cysE FALSE 0.025 429.000 0.008 1.000 N NA
 3678871 3678872 SAHV_0526 SAHV_0527 cysE cysS TRUE 0.982 -16.000 0.039 0.054 N NA
 3678872 3678873 SAHV_0527 SAHV_0528 cysS cysS TRUE 0.971 -7.000 0.129 1.000   NA
 3678873 3678874 SAHV_0528 SAHV_0529 cysS   TRUE 0.953 8.000 0.150 0.004   NA
 3678874 3678875 SAHV_0529 SAHV_0530     TRUE 0.936 0.000 0.109 NA   NA
 3678875 3678876 SAHV_0530 SAHV_0531     FALSE 0.365 81.000 0.036 NA   NA
 3678876 3678877 SAHV_0531 SAHV_0532   secE FALSE 0.033 314.000 0.000 1.000 N NA
 3678877 3678878 SAHV_0532 SAHV_0533 secE nusG TRUE 0.954 13.000 0.843 1.000 N NA
 3678878 3678879 SAHV_0533 SAHV_0534 nusG   FALSE 0.139 138.000 0.000 NA   NA
 3678879 3678880 SAHV_0534 SAHV_0535   rplK TRUE 0.896 -7.000 0.000 NA   NA
 3678880 3678881 SAHV_0535 SAHV_0536 rplK rplA TRUE 0.816 208.000 0.838 0.029 Y NA
 3678881 3678882 SAHV_0536 SAHV_0537 rplA rplJ TRUE 0.567 272.000 0.302 0.029 Y NA
 3678882 3678883 SAHV_0537 SAHV_0538 rplJ rplL TRUE 0.981 43.000 0.884 0.022 Y NA
 3678883 3678884 SAHV_0538 SAHV_0539 rplL   TRUE 0.538 175.000 0.050 1.000 Y NA
 3678884 3678885 SAHV_0539 SAHV_0540   rpoB FALSE 0.095 215.000 0.008 1.000 N NA
 3678885 3678886 SAHV_0540 SAHV_0541 rpoB rpoC TRUE 0.937 137.000 0.851 0.002 Y NA
 3678886 3678887 SAHV_0541 SAHV_0542 rpoC   FALSE 0.273 137.000 0.065 NA N NA
 3678887 3678888 SAHV_0542 SAHV_0543   rpsL TRUE 0.819 98.000 0.239 NA Y NA
 3678888 3678889 SAHV_0543 SAHV_0544 rpsL rpsG TRUE 0.942 66.000 0.224 0.004 Y NA
 3678889 3678890 SAHV_0544 SAHV_0545 rpsG fus TRUE 0.864 123.000 0.579 1.000 Y NA
 3678890 3678891 SAHV_0545 SAHV_0546 fus tufA TRUE 0.765 217.000 0.400 0.002 Y NA
 3678893 3678894 SAHV_0548 SAHV_0549     FALSE 0.033 270.000 0.000 NA   NA
 3678894 3678895 SAHV_0549 SAHV_0550   araB FALSE 0.112 159.000 0.000 NA   NA
 3678895 3678896 SAHV_0550 SAHV_0551 araB   FALSE 0.075 214.000 0.000 1.000 N NA
 3678896 3678897 SAHV_0551 SAHV_0552   ilvE FALSE 0.030 336.000 0.000 1.000 N NA
 3678897 3678898 SAHV_0552 SAHV_0553 ilvE   FALSE 0.053 250.000 0.000 1.000   NA
 3678899 3678900 SAHV_0554 SAHV_0555     TRUE 0.998 -7.000 0.255 0.001 Y NA
 3678901 3678902 SAHV_0556 SAHV_0557     FALSE 0.432 147.000 0.013 0.022   NA
 3678902 3678903 SAHV_0557 SAHV_0558     TRUE 0.872 22.000 0.159 1.000   NA
 3678903 3678904 SAHV_0558 SAHV_0559   sdrC FALSE 0.019 430.000 0.000 1.000   NA
 3678904 3678905 SAHV_0559 SAHV_0560 sdrC sdrD FALSE 0.086 367.000 0.000 0.004   NA
 3678905 3678906 SAHV_0560 SAHV_0561 sdrD sdrE FALSE 0.074 394.000 0.000 0.004   NA
 3678906 3678907 SAHV_0561 SAHV_0562 sdrE   FALSE 0.223 121.000 0.000 1.000   NA
 3678908 3678909 SAHV_0563 SAHV_0564     FALSE 0.041 282.000 0.000 1.000   NA
 3678909 3678910 SAHV_0564 SAHV_0565     TRUE 0.732 13.000 0.026 NA   NA
 3678910 3678911 SAHV_0565 SAHV_0566     TRUE 0.941 14.000 0.644 NA   NA
 3678912 3678913 SAHV_0567 SAHV_0568 nagB   TRUE 0.914 77.000 0.600 1.000 Y NA
 3678913 3678914 SAHV_0568 SAHV_0569     TRUE 0.976 2.000 0.667 1.000 N NA
 3678914 3678915 SAHV_0569 SAHV_0570     FALSE 0.244 113.000 0.000 1.000   NA
 3678915 3678916 SAHV_0570 SAHV_0571   proP FALSE 0.016 502.000 0.000 1.000   NA
 3678916 3678917 SAHV_0571 SAHV_0572 proP   FALSE 0.021 335.000 0.000 NA   NA
 3678917 3678918 SAHV_0572 SAHV_0573   vraA TRUE 0.834 0.000 0.000 NA   NA
 3678918 3678919 SAHV_0573 SAHV_0574 vraA vraB TRUE 0.992 2.000 0.576 1.000 Y NA
 3678919 3678920 SAHV_0574 SAHV_0575 vraB vraC TRUE 0.967 -25.000 0.101 NA   NA
 3678920 3678921 SAHV_0575 SAHV_0576 vraC   TRUE 0.959 3.000 0.500 NA   NA
 3678922 3678923 SAHV_0577 SAHV_0578     FALSE 0.011 507.000 0.000 NA   NA
 3678924 3678925 SAHV_0579 SAHV_0580 ung   TRUE 0.979 1.000 0.800 NA   NA
 3678925 3678926 SAHV_0580 SAHV_0581     FALSE 0.225 133.000 0.024 NA   NA
 3678926 3678927 SAHV_0581 SAHV_0582     FALSE 0.246 121.000 0.021 NA   NA
 3678928 3678929 SAHV_0583 SAHV_0584     TRUE 0.954 13.000 1.000 NA   NA
 3678929 3678930 SAHV_0584 SAHV_0585     FALSE 0.010 663.000 0.000 NA   NA
 3678931 3678932 SAHV_0586 SAHV_0587 pta   TRUE 0.917 3.000 0.123 1.000 N NA
 3678932 3678933 SAHV_0587 SAHV_0588   mvaK1 FALSE 0.013 668.000 0.000 1.000 N NA
 3678933 3678934 SAHV_0588 SAHV_0589 mvaK1 mvaD TRUE 0.990 5.000 0.281 0.004 Y NA
 3678934 3678935 SAHV_0589 SAHV_0590 mvaD mvaK2 TRUE 0.987 13.000 0.312 0.004 Y NA
 3678935 3678936 SAHV_0590 SAHV_0591 mvaK2   FALSE 0.151 177.000 0.030 NA   NA
 3678937 3678938 SAHV_0592 SAHV_0593     TRUE 0.967 -139.000 0.103 NA N NA
 3678939 3678940 SAHV_0594 SAHV_0595     TRUE 0.713 4.000 0.000 NA   NA
 3678940 3678941 SAHV_0595 SAHV_0596     FALSE 0.391 47.000 0.000 NA   NA
 3678941 3678942 SAHV_0596 SAHV_0597     FALSE 0.137 140.000 0.000 NA   NA
 3678942 3678943 SAHV_0597 SAHV_0598     FALSE 0.013 448.000 0.000 NA   NA
 3678943 3678944 SAHV_0598 SAHV_0599     FALSE 0.031 446.000 0.071 NA   NA
 3678944 3678945 SAHV_0599 SAHV_0600     FALSE 0.196 168.000 0.051 NA   NA
 3678945 3678946 SAHV_0600 SAHV_0601     TRUE 0.619 40.000 0.025 1.000   NA
 3678946 3678947 SAHV_0601 SAHV_0602     TRUE 0.545 43.000 0.028 NA   NA
 3678947 3678948 SAHV_0602 SAHV_0603   adh1 FALSE 0.011 499.000 0.000 NA   NA
 3678948 3678949 SAHV_0603 SAHV_0604 adh1   FALSE 0.035 264.000 0.000 NA   NA
 3678949 3678950 SAHV_0604 SAHV_0605   argS TRUE 0.944 -3.000 0.079 NA   NA
 3678950 3678951 SAHV_0605 SAHV_0606 argS   FALSE 0.056 270.000 0.004 1.000 N NA
 3678951 3678952 SAHV_0606 SAHV_0607     FALSE 0.051 252.000 0.000 1.000 N NA
 3678952 3678953 SAHV_0607 SAHV_0608     TRUE 0.621 149.000 0.046 1.000 Y NA
 3678953 3678954 SAHV_0608 SAHV_0609     TRUE 0.811 55.000 0.412 1.000   NA
 3678954 3678955 SAHV_0609 SAHV_0610     TRUE 0.994 -16.000 0.412 0.022   NA
 3678955 3678956 SAHV_0610 SAHV_0611     TRUE 0.590 136.000 0.556 NA   NA
 3678956 3678957 SAHV_0611 SAHV_0612     TRUE 0.519 162.000 0.571 NA   NA
 3678957 3678958 SAHV_0612 SAHV_0613     FALSE 0.382 169.000 0.286 NA   NA
 3678959 3678960 SAHV_0614 SAHV_0615 sarA   FALSE 0.009 948.000 0.000 NA   NA
 3678960 3678961 SAHV_0615 SAHV_0616     FALSE 0.070 195.000 0.000 NA   NA
 3678961 3678962 SAHV_0616 SAHV_0617     TRUE 0.897 17.000 0.233 NA   NA
 3678963 3678964 SAHV_0618 SAHV_0619     TRUE 0.959 19.000 0.857 1.000   NA
 3678964 3678965 SAHV_0619 SAHV_0620     TRUE 0.997 -13.000 0.636 NA Y NA
 3678965 3678966 SAHV_0620 SAHV_0621     TRUE 0.995 -3.000 0.636 NA Y NA
 3678966 3678967 SAHV_0621 SAHV_0622     TRUE 0.999 -10.000 1.000 0.003 Y NA
 3678967 3678968 SAHV_0622 SAHV_0623     TRUE 0.992 1.000 0.500 1.000 Y NA
 3678968 3678969 SAHV_0623 SAHV_0624     TRUE 0.997 -3.000 0.429 0.074 Y NA
 3678969 3678970 SAHV_0624 SAHV_0625     TRUE 0.995 -25.000 0.273 1.000 Y NA
 3678970 3678971 SAHV_0625 SAHV_0626     FALSE 0.146 340.000 0.000 1.000 Y NA
 3678972 3678973 SAHV_0627 SAHV_0628 tnp   FALSE 0.012 1120.000 0.000 1.000 N NA
 3678973 3678974 SAHV_0628 SAHV_0629     TRUE 0.991 -3.000 0.154 1.000 Y NA
 3678974 3678975 SAHV_0629 SAHV_0630     TRUE 0.994 -6.000 0.286 1.000 Y NA
 3678980 3678981 SAHV_0635 SAHV_0636 tagG tagB FALSE 0.066 732.000 0.138 0.089   NA
 3678981 3678982 SAHV_0636 SAHV_0637 tagB tagX FALSE 0.370 51.000 0.000 NA   NA
 3678982 3678983 SAHV_0637 SAHV_0638 tagX tagD FALSE 0.304 63.000 0.000 NA   NA
 3678985 3678986 SAHV_0640 SAHV_0641     FALSE 0.270 69.000 0.000 NA   NA
 3678986 3678987 SAHV_0641 SAHV_0642     FALSE 0.060 208.000 0.000 NA   NA
 3678987 3678988 SAHV_0642 SAHV_0643     FALSE 0.009 747.000 0.000 NA   NA
 3678988 3678989 SAHV_0643 SAHV_0644   fhuA FALSE 0.029 282.000 0.000 NA   NA
 3678989 3678990 SAHV_0644 SAHV_0645 fhuA fhuB TRUE 0.934 36.000 0.179 1.000 Y NA
 3678990 3678991 SAHV_0645 SAHV_0646 fhuB fhuG TRUE 0.998 -3.000 0.857 0.043 Y NA
 3678991 3678992 SAHV_0646 SAHV_0647 fhuG   FALSE 0.058 237.000 0.000 1.000 N NA
 3678992 3678993 SAHV_0647 SAHV_0648     TRUE 0.975 42.000 0.316 0.001 Y NA
 3678993 3678994 SAHV_0648 SAHV_0649     TRUE 0.974 -7.000 0.155 1.000   NA
 3678994 3678995 SAHV_0649 SAHV_0650     TRUE 0.596 116.000 0.385 NA   NA
 3678995 3678996 SAHV_0650 SAHV_0651     FALSE 0.010 544.000 0.000 NA   NA
 3678996 3678997 SAHV_0651 SAHV_0652     FALSE 0.362 151.000 0.135 1.000   NA
 3678997 3678998 SAHV_0652 SAHV_0653     FALSE 0.022 329.000 0.000 NA   NA
 3679000 3679001 SAHV_0655 SAHV_0656   graR TRUE 0.891 16.000 0.208 NA N NA
 3679001 3679002 SAHV_0656 SAHV_0657 graR graS TRUE 0.997 -7.000 0.958 1.000 Y NA
 3679002 3679003 SAHV_0657 SAHV_0658 graS vraF FALSE 0.472 144.000 0.250 1.000 N NA
 3679003 3679004 SAHV_0658 SAHV_0659 vraF vraG TRUE 0.992 -22.000 0.714 1.000   NA
 3679004 3679005 SAHV_0659 SAHV_0660 vraG   FALSE 0.009 723.000 0.000 NA   NA
 3679005 3679006 SAHV_0660 SAHV_0661     TRUE 0.945 16.000 0.033 NA Y NA
 3679008 3679009 SAHV_0663 SAHV_0664     FALSE 0.009 697.000 0.000 NA   NA
 3679009 3679010 SAHV_0664 SAHV_0665     TRUE 0.792 80.000 0.875 NA   NA
 3679010 3679011 SAHV_0665 SAHV_0666     FALSE 0.012 466.000 0.000 NA   NA
 3679011 3679012 SAHV_0666 SAHV_0667     FALSE 0.028 285.000 0.000 NA   NA
 3679012 3679013 SAHV_0667 SAHV_0668     FALSE 0.019 353.000 0.000 NA   NA
 3679013 3679014 SAHV_0668 SAHV_0669     FALSE 0.075 302.000 0.114 NA   NA
 3679014 3679015 SAHV_0669 SAHV_0670     FALSE 0.372 138.000 0.159 NA N NA
 3679015 3679016 SAHV_0670 SAHV_0671     TRUE 0.925 -3.000 0.034 NA   NA
 3679018 3679019 SAHV_0673 SAHV_0674     FALSE 0.282 67.000 0.000 NA   NA
 3679019 3679020 SAHV_0674 SAHV_0675     FALSE 0.466 138.000 0.286 NA   NA
 3679020 3679021 SAHV_0675 SAHV_0676     FALSE 0.381 80.000 0.043 NA   NA
 3679022 3679023 SAHV_0677 SAHV_0678     TRUE 0.849 2.000 0.017 NA   NA
 3679023 3679024 SAHV_0678 SAHV_0679     TRUE 0.800 3.000 0.007 NA   NA
 3679024 3679025 SAHV_0679 SAHV_0680   bacA FALSE 0.097 172.000 0.000 NA   NA
 3679026 3679027 SAHV_0681 SAHV_0682 graA   TRUE 0.996 -3.000 0.222 0.005 Y NA
 3679029 3679030 SAHV_0684 SAHV_0685     FALSE 0.269 103.000 0.012 NA   NA
 3679030 3679031 SAHV_0685 SAHV_0686     TRUE 0.556 35.000 0.012 NA   NA
 3679031 3679032 SAHV_0686 SAHV_0687     FALSE 0.029 283.000 0.000 NA   NA
 3679032 3679033 SAHV_0687 SAHV_0688     FALSE 0.355 86.000 0.010 1.000 N NA
 3679034 3679035 SAHV_0689 SAHV_0690     TRUE 0.942 -3.000 0.069 NA   NA
 3679035 3679036 SAHV_0690 SAHV_0691     FALSE 0.082 183.000 0.000 NA   NA
 3679037 3679038 SAHV_0692 SAHV_0693 norA   FALSE 0.027 293.000 0.000 NA   NA
 3679038 3679039 SAHV_0693 SAHV_0694     FALSE 0.129 174.000 0.010 NA   NA
 3679039 3679040 SAHV_0694 SAHV_0695     FALSE 0.141 253.000 0.004 0.054   NA
 3679040 3679041 SAHV_0695 SAHV_0696   fruB TRUE 0.988 -3.000 0.063 1.000 Y NA
 3679041 3679042 SAHV_0696 SAHV_0697 fruB fruA TRUE 0.989 6.000 0.889 1.000 Y NA
 3679042 3679043 SAHV_0697 SAHV_0698 fruA nagA FALSE 0.171 308.000 0.000 1.000 Y NA
 3679043 3679044 SAHV_0698 SAHV_0699 nagA   FALSE 0.070 221.000 0.000 1.000   NA
 3679044 3679045 SAHV_0699 SAHV_0700     FALSE 0.151 222.000 0.100 1.000   NA
 3679045 3679046 SAHV_0700 SAHV_0701     FALSE 0.330 132.000 0.100 NA   NA
 3679047 3679048 SAHV_0702 SAHV_0703 saeS saeR TRUE 0.993 0.000 0.500 1.000 Y NA
 3679048 3679049 SAHV_0703 SAHV_0704 saeR   TRUE 0.981 -25.000 0.250 NA   NA
 3679049 3679050 SAHV_0704 SAHV_0705     FALSE 0.010 634.000 0.000 NA   NA
 3679050 3679051 SAHV_0705 SAHV_0706     FALSE 0.030 280.000 0.000 NA   NA
 3679051 3679052 SAHV_0706 SAHV_0707     FALSE 0.394 99.000 0.080 NA   NA
 3679052 3679053 SAHV_0707 SAHV_0708     TRUE 0.943 4.000 0.307 1.000 N NA
 3679053 3679054 SAHV_0708 SAHV_0709     TRUE 0.899 2.000 0.041 1.000   NA
 3679055 3679056 SAHV_0710 SAHV_0711     TRUE 0.995 -16.000 0.027 0.017 Y NA
 3679056 3679057 SAHV_0711 SAHV_0712     TRUE 0.990 0.000 0.219 1.000 Y NA
 3679057 3679058 SAHV_0712 SAHV_0713     FALSE 0.392 66.000 0.019 NA   NA
 3679058 3679059 SAHV_0713 SAHV_0714     TRUE 0.657 88.000 0.375 NA   NA
 3679059 3679060 SAHV_0714 SAHV_0715     TRUE 0.998 -16.000 0.194 0.002 Y NA
 3679060 3679061 SAHV_0715 SAHV_0716     FALSE 0.017 474.000 0.000 1.000 N NA
 3679061 3679062 SAHV_0716 SAHV_0717     FALSE 0.044 276.000 0.000 1.000   NA
 3679062 3679063 SAHV_0717 SAHV_0718   recQ TRUE 0.776 12.000 0.022 1.000   NA
 3679063 3679064 SAHV_0718 SAHV_0719 recQ   FALSE 0.104 222.000 0.029 1.000 N NA
 3679064 3679065 SAHV_0719 SAHV_0720     TRUE 0.985 -7.000 0.382 1.000 N NA
 3679065 3679066 SAHV_0720 SAHV_0721     FALSE 0.087 240.000 0.027 1.000 N NA
 3679066 3679067 SAHV_0721 SAHV_0722     FALSE 0.057 339.000 0.102 NA   NA
 3679068 3679069 SAHV_0723 SAHV_0724     FALSE 0.085 270.000 0.057 1.000 N NA
 3679069 3679070 SAHV_0724 SAHV_0725     FALSE 0.029 341.000 0.000 1.000   NA
 3679070 3679071 SAHV_0725 SAHV_0726     TRUE 0.746 20.000 0.005 1.000   NA
 3679072 3679073 SAHV_0727 SAHV_0728 nrdI nrdE TRUE 0.999 -88.000 0.533 0.001 Y NA
 3679073 3679074 SAHV_0728 SAHV_0729 nrdE nrdF TRUE 0.955 118.000 0.875 0.001 Y NA
 3679074 3679075 SAHV_0729 SAHV_0730 nrdF   FALSE 0.024 375.000 0.000 1.000 N NA
 3679075 3679076 SAHV_0730 SAHV_0731     TRUE 0.999 -13.000 0.870 0.043 Y NA
 3679076 3679077 SAHV_0731 SAHV_0732     TRUE 0.997 -3.000 0.870 1.000 Y NA
 3679077 3679078 SAHV_0732 SAHV_0733     TRUE 0.687 119.000 0.031 1.000 Y NA
 3679079 3679080 SAHV_0734 SAHV_0735     TRUE 0.780 18.000 0.014 1.000   NA
 3679080 3679081 SAHV_0735 SAHV_0736     FALSE 0.222 127.000 0.014 NA   NA
 3679082 3679083 SAHV_0737 SAHV_0738     FALSE 0.245 154.000 0.069 NA   NA
 3679083 3679084 SAHV_0738 SAHV_0739     FALSE 0.014 424.000 0.000 NA   NA
 3679085 3679086 SAHV_0740 SAHV_0741 pepT   TRUE 0.844 14.000 0.127 NA   NA
 3679086 3679087 SAHV_0741 SAHV_0742     TRUE 0.956 18.000 0.875 NA   NA
 3679087 3679088 SAHV_0742 SAHV_0743     FALSE 0.147 196.000 0.067 NA   NA
 3679091 3679092 SAHV_0746 SAHV_0747     FALSE 0.045 544.000 0.214 NA   NA
 3679092 3679093 SAHV_0747 SAHV_0748     TRUE 0.971 -7.000 0.130 1.000   NA
 3679093 3679094 SAHV_0748 SAHV_0749     TRUE 0.536 61.000 0.080 NA   NA
 3679094 3679095 SAHV_0749 SAHV_0750   secA FALSE 0.027 414.000 0.041 NA N NA
 3679095 3679096 SAHV_0750 SAHV_0751 secA prfB FALSE 0.035 433.000 0.052 1.000 N NA
 3679096 3679097 SAHV_0751 SAHV_0752 prfB   FALSE 0.021 409.000 0.000 1.000   NA
 3679097 3679098 SAHV_0752 SAHV_0753     FALSE 0.165 174.000 0.010 1.000   NA
 3679098 3679099 SAHV_0753 SAHV_0754     TRUE 0.948 -3.000 0.093 NA   NA
 3679099 3679100 SAHV_0754 SAHV_0755   uvrB FALSE 0.047 263.000 0.007 NA   NA
 3679100 3679101 SAHV_0755 SAHV_0756 uvrB uvrA TRUE 0.987 8.000 0.154 0.001 Y NA
 3679101 3679102 SAHV_0756 SAHV_0757 uvrA hprK FALSE 0.016 664.000 0.002 1.000 N NA
 3679102 3679103 SAHV_0757 SAHV_0758 hprK lgt TRUE 0.950 6.000 0.494 1.000 N NA
 3679103 3679104 SAHV_0758 SAHV_0759 lgt   TRUE 0.827 8.000 0.045 1.000   NA
 3679104 3679105 SAHV_0759 SAHV_0760     TRUE 0.897 8.000 0.169 1.000   NA
 3679105 3679106 SAHV_0760 SAHV_0761   trxB TRUE 0.656 67.000 0.183 1.000   NA
 3679106 3679107 SAHV_0761 SAHV_0762 trxB   FALSE 0.018 945.000 0.050 NA   NA
 3679107 3679108 SAHV_0762 SAHV_0763     TRUE 0.968 -3.000 0.214 NA   NA
 3679108 3679109 SAHV_0763 SAHV_0764     TRUE 0.638 111.000 0.470 NA   NA
 3679113 3679114 SAHV_0767 SAHV_0768   gapR FALSE 0.009 925.000 0.000 NA   NA
 3679114 3679115 SAHV_0768 SAHV_0769 gapR gap TRUE 0.624 53.000 0.076 1.000 N NA
 3679115 3679116 SAHV_0769 SAHV_0770 gap pgk TRUE 0.757 139.000 0.006 0.006 Y NA
 3679116 3679117 SAHV_0770 SAHV_0771 pgk tpi TRUE 0.753 122.000 0.141 1.000 Y NA
 3679117 3679118 SAHV_0771 SAHV_0772 tpi pgm TRUE 0.978 3.000 0.138 1.000 Y NA
 3679118 3679119 SAHV_0772 SAHV_0773 pgm eno TRUE 0.735 130.000 0.136 1.000 Y NA
 3679119 3679120 SAHV_0773 SAHV_0774 eno   FALSE 0.027 339.000 0.005 NA   NA
 3679120 3679121 SAHV_0774 SAHV_0775   secG FALSE 0.350 67.000 0.007 NA   NA
 3679121 3679122 SAHV_0775 SAHV_0776 secG   FALSE 0.338 116.000 0.032 1.000   NA
 3679122 3679123 SAHV_0776 SAHV_0777     TRUE 0.709 34.000 0.060 1.000   NA
 3679123 3679124 SAHV_0777 SAHV_0778   ssrP TRUE 0.931 22.000 0.143 0.023 N NA
 3679124 3679125 SAHV_0778 SAHV_tm0001 ssrP   FALSE 0.218 91.000 0.000 NA   NA
 3679126 3679127 SAHV_0779 SAHV_0780     TRUE 0.884 6.000 0.000 0.062   NA
 3679128 3679129 SAHV_0781 SAHV_0782     TRUE 0.541 36.000 0.000 1.000   NA
 3679129 3679130 SAHV_0782 SAHV_0783     TRUE 0.872 -3.000 0.000 NA   NA
 3679130 3679131 SAHV_0783 SAHV_0784     TRUE 0.896 -7.000 0.000 NA   NA
 3679131 3679132 SAHV_0784 SAHV_0785     TRUE 0.746 3.000 0.000 NA   NA
 3679132 3679133 SAHV_0785 SAHV_0786     FALSE 0.282 67.000 0.000 NA   NA
 3679133 3679134 SAHV_0786 SAHV_0787     TRUE 0.960 17.000 1.000 NA   NA
 3679134 3679135 SAHV_0787 SAHV_0788     FALSE 0.065 202.000 0.000 NA   NA
 3679135 3679136 SAHV_0788 SAHV_0789     TRUE 0.979 2.000 1.000 NA   NA
 3679136 3679137 SAHV_0789 SAHV_0790     TRUE 0.872 -3.000 0.000 NA   NA
 3679137 3679138 SAHV_0790 SAHV_0791     FALSE 0.013 450.000 0.000 NA   NA
 3679138 3679139 SAHV_0791 SAHV_0792     TRUE 0.617 12.000 0.000 NA   NA
 3679139 3679140 SAHV_0792 SAHV_0793     TRUE 0.640 18.000 0.000 NA   NA
 3679140 3679141 SAHV_0793 SAHV_0794     FALSE 0.370 51.000 0.000 NA   NA
 3679141 3679142 SAHV_0794 SAHV_0795     TRUE 0.913 -33.000 0.000 NA   NA
 3679142 3679143 SAHV_0795 SAHV_0796     TRUE 0.872 -3.000 0.000 NA   NA
 3679143 3679144 SAHV_0796 SAHV_0797     FALSE 0.030 277.000 0.000 NA N NA
 3679144 3679145 SAHV_0797 SAHV_0798     FALSE 0.048 225.000 0.000 NA   NA
 3679145 3679146 SAHV_0798 SAHV_0799     FALSE 0.010 545.000 0.000 NA   NA
 3679146 3679147 SAHV_0799 SAHV_0800     FALSE 0.326 58.000 0.000 NA N NA
 3679147 3679148 SAHV_0800 SAHV_0801     FALSE 0.017 376.000 0.000 NA   NA
 3679148 3679149 SAHV_0801 SAHV_0802     FALSE 0.299 64.000 0.000 NA   NA
 3679150 3679151 SAHV_0803 SAHV_0804     FALSE 0.017 375.000 0.000 NA   NA
 3679152 3679153 SAHV_0805 SAHV_0806     FALSE 0.138 139.000 0.000 NA   NA
 3679153 3679154 SAHV_0806 SAHV_0807   fnb FALSE 0.049 263.000 0.000 1.000   NA
 3679154 3679155 SAHV_0807 SAHV_0808 fnb graB FALSE 0.050 221.000 0.000 NA   NA
 3679155 3679156 SAHV_0808 SAHV_0809 graB ssp FALSE 0.019 353.000 0.000 NA   NA
 3679156 3679157 SAHV_0809 SAHV_0810 ssp   FALSE 0.021 335.000 0.000 NA   NA
 3679157 3679158 SAHV_0810 SAHV_0811   nuc FALSE 0.021 341.000 0.000 NA   NA
 3679158 3679159 SAHV_0811 SAHV_0812 nuc cspC FALSE 0.026 357.000 0.000 1.000 N NA
 3679160 3679161 SAHV_0813 SAHV_0814     TRUE 0.814 62.000 0.667 NA   NA
 3679161 3679162 SAHV_0814 SAHV_0815     FALSE 0.224 88.000 0.000 NA   NA
 3679162 3679163 SAHV_0815 SAHV_0816     FALSE 0.386 188.000 0.444 NA   NA
 3679163 3679164 SAHV_0816 SAHV_0817     TRUE 0.873 29.000 0.333 NA   NA
 3679168 3679169 SAHV_0821 SAHV_0822     FALSE 0.382 155.000 0.167 1.000   NA
 3679172 3679173 SAHV_0825 SAHV_0826     FALSE 0.392 83.000 0.022 1.000 N NA
 3679175 3679176 SAHV_0828 SAHV_0829     FALSE 0.373 158.000 0.170 1.000 N NA
 3679176 3679177 SAHV_0829 SAHV_0830     FALSE 0.089 179.000 0.000 NA   NA
 3679177 3679178 SAHV_0830 SAHV_0831     FALSE 0.009 797.000 0.000 NA   NA
 3679178 3679179 SAHV_0831 SAHV_0832     TRUE 0.984 -7.000 0.443 NA   NA
 3679179 3679180 SAHV_0832 SAHV_0833     FALSE 0.038 250.000 0.000 NA   NA
 3679180 3679181 SAHV_0833 SAHV_0834     TRUE 0.997 -7.000 0.642 1.000 Y NA
 3679181 3679182 SAHV_0834 SAHV_0835     TRUE 0.952 18.000 0.085 NA Y NA
 3679182 3679183 SAHV_0835 SAHV_0836     FALSE 0.019 354.000 0.000 NA   NA
 3679185 3679186 SAHV_0838 SAHV_0839     TRUE 0.800 98.000 0.139 1.000 Y NA
 3679186 3679187 SAHV_0839 SAHV_0840     TRUE 0.702 115.000 0.606 1.000 N NA
 3679187 3679188 SAHV_0840 SAHV_0841     TRUE 0.984 -10.000 0.292 1.000 N NA
 3679188 3679189 SAHV_0841 SAHV_0842     TRUE 0.629 151.000 0.152 0.002 N NA
 3679192 3679193 SAHV_0845 SAHV_0846     TRUE 0.812 32.000 0.222 NA   NA
 3679193 3679194 SAHV_0846 SAHV_0847     TRUE 0.614 13.000 0.000 NA   NA
 3679197 3679198 SAHV_0850 SAHV_0851     TRUE 0.808 1.000 0.000 NA   NA
 3679198 3679199 SAHV_0851 SAHV_0852     FALSE 0.424 40.000 0.000 NA   NA
 3679201 3679202 SAHV_0854 SAHV_0855     FALSE 0.039 247.000 0.000 NA   NA
 3679204 3679205 SAHV_0857 SAHV_0858     TRUE 0.896 -7.000 0.000 NA   NA
 3679205 3679206 SAHV_0858 SAHV_0859     FALSE 0.011 502.000 0.000 NA   NA
 3679206 3679207 SAHV_0859 SAHV_0860     TRUE 0.941 11.000 0.500 1.000   NA
 3679207 3679208 SAHV_0860 SAHV_0861     TRUE 0.971 1.000 0.500 NA   NA
 3679210 3679211 SAHV_0863 SAHV_0864     TRUE 0.614 13.000 0.000 NA   NA
 3679211 3679212 SAHV_0864 SAHV_0865     TRUE 0.973 -3.000 0.286 NA   NA
 3679212 3679213 SAHV_0865 SAHV_0866     TRUE 0.940 13.000 0.667 NA   NA
 3679213 3679214 SAHV_0866 SAHV_0867     TRUE 0.642 10.000 0.000 NA   NA
 3679214 3679215 SAHV_0867 SAHV_0868     FALSE 0.075 191.000 0.000 NA   NA
 3679215 3679216 SAHV_0868 SAHV_0869     TRUE 0.808 1.000 0.000 NA   NA
 3679216 3679217 SAHV_0869 SAHV_0870     TRUE 0.617 12.000 0.000 NA   NA
 3679217 3679218 SAHV_0870 SAHV_0871     TRUE 0.896 -7.000 0.000 NA   NA
 3679218 3679219 SAHV_0871 SAHV_0872     FALSE 0.444 37.000 0.000 NA   NA
 3679219 3679220 SAHV_0872 SAHV_0873     TRUE 0.872 -3.000 0.000 NA   NA
 3679220 3679221 SAHV_0873 SAHV_0874     TRUE 0.872 -3.000 0.000 NA   NA
 3679221 3679222 SAHV_0874 SAHV_0875     TRUE 0.896 -7.000 0.000 NA   NA
 3679222 3679223 SAHV_0875 SAHV_0876     TRUE 0.906 -10.000 0.000 NA   NA
 3679223 3679224 SAHV_0876 SAHV_0877     TRUE 0.834 0.000 0.000 NA   NA
 3679224 3679225 SAHV_0877 SAHV_0878     FALSE 0.330 58.000 0.000 NA   NA
 3679225 3679226 SAHV_0878 SAHV_0879     TRUE 0.645 15.000 0.000 NA   NA
 3679226 3679227 SAHV_0879 SAHV_0880     FALSE 0.079 187.000 0.000 NA   NA
 3679227 3679228 SAHV_0880 SAHV_0881     TRUE 0.983 -13.000 0.000 0.002   NA
 3679228 3679229 SAHV_0881 SAHV_0882     TRUE 0.919 11.000 0.375 NA   NA
 3679229 3679230 SAHV_0882 SAHV_0883     TRUE 0.911 7.000 0.278 NA   NA
 3679230 3679231 SAHV_0883 SAHV_0884     FALSE 0.258 73.000 0.000 NA   NA
 3679231 3679232 SAHV_0884 SAHV_0885     FALSE 0.145 135.000 0.000 NA   NA
 3679232 3679233 SAHV_0885 SAHV_0886     TRUE 0.808 14.000 0.077 NA   NA
 3679233 3679234 SAHV_0886 SAHV_0887     FALSE 0.150 132.000 0.000 NA   NA
 3679234 3679235 SAHV_0887 SAHV_0888     TRUE 0.605 22.000 0.000 NA   NA
 3679235 3679236 SAHV_0888 SAHV_0889     TRUE 0.908 9.000 0.286 NA   NA
 3679236 3679237 SAHV_0889 SAHV_0890     TRUE 0.980 -3.000 0.429 NA   NA
 3679237 3679238 SAHV_0890 SAHV_0891     TRUE 0.961 0.000 0.250 NA   NA
 3679238 3679239 SAHV_0891 SAHV_0892     TRUE 0.907 12.000 0.333 NA   NA
 3679239 3679240 SAHV_0892 SAHV_0893     TRUE 0.768 19.000 0.041 NA   NA
 3679240 3679241 SAHV_0893 SAHV_0894     TRUE 0.546 62.000 0.093 NA   NA
 3679241 3679242 SAHV_0894 SAHV_0895     TRUE 0.544 120.000 0.312 NA   NA
 3679242 3679243 SAHV_0895 SAHV_0896     TRUE 0.650 17.000 0.000 NA   NA
 3679243 3679244 SAHV_0896 SAHV_0897     TRUE 0.614 13.000 0.000 NA   NA
 3679244 3679245 SAHV_0897 SAHV_0898     TRUE 0.960 9.000 1.000 NA   NA
 3679245 3679246 SAHV_0898 SAHV_0899     TRUE 0.879 15.000 0.182 NA   NA
 3679246 3679247 SAHV_0899 SAHV_0900     TRUE 0.953 0.000 0.182 NA   NA
 3679247 3679248 SAHV_0900 SAHV_0901     TRUE 0.834 0.000 0.000 NA   NA
 3679248 3679249 SAHV_0901 SAHV_0902     TRUE 0.713 4.000 0.000 NA   NA
 3679249 3679250 SAHV_0902 SAHV_0903     FALSE 0.419 41.000 0.000 NA   NA
 3679250 3679251 SAHV_0903 SAHV_0904     FALSE 0.141 137.000 0.000 NA   NA
 3679251 3679252 SAHV_0904 SAHV_0905     TRUE 0.694 13.000 0.000 1.000   NA
 3679252 3679253 SAHV_0905 SAHV_0906     TRUE 0.676 6.000 0.000 NA   NA
 3679253 3679254 SAHV_0906 SAHV_0907     FALSE 0.342 56.000 0.000 NA   NA
 3679254 3679255 SAHV_0907 SAHV_0908     TRUE 0.988 -19.000 0.500 NA   NA
 3679255 3679256 SAHV_0908 SAHV_0909     FALSE 0.034 267.000 0.000 NA   NA
 3679256 3679257 SAHV_0909 SAHV_0910     FALSE 0.265 71.000 0.000 NA   NA
 3679257 3679258 SAHV_0910 SAHV_0911     FALSE 0.011 520.000 0.000 NA   NA
 3679258 3679259 SAHV_0911 SAHV_0912     TRUE 0.896 -7.000 0.000 NA   NA
 3679261 3679262 SAHV_0914 SAHV_0915     TRUE 0.814 14.000 0.085 NA   NA
 3679262 3679263 SAHV_0915 SAHV_0916     FALSE 0.040 385.000 0.079 NA   NA
 3679263 3679264 SAHV_0916 SAHV_0917     TRUE 0.899 13.000 0.303 NA   NA
 3679264 3679265 SAHV_0917 SAHV_0918     TRUE 0.892 27.000 0.299 1.000   NA
 3679265 3679266 SAHV_0918 SAHV_0919   lipA FALSE 0.365 84.000 0.012 1.000 N NA
 3679266 3679267 SAHV_0919 SAHV_0920 lipA   FALSE 0.227 130.000 0.021 NA   NA
 3679267 3679268 SAHV_0920 SAHV_0921   tnp FALSE 0.062 206.000 0.000 NA   NA
 3679270 3679271 SAHV_0923 SAHV_0924     TRUE 0.960 0.000 0.237 NA   NA
 3679271 3679272 SAHV_0924 SAHV_0925     TRUE 0.851 33.000 0.082 0.059 N NA
 3679272 3679273 SAHV_0925 SAHV_0926   dltX FALSE 0.015 412.000 0.000 NA   NA
 3679273 3679274 SAHV_0926 SAHV_0927 dltX dltA TRUE 0.941 16.000 0.549 NA   NA
 3679274 3679275 SAHV_0927 SAHV_0928 dltA dltB TRUE 0.980 -3.000 0.435 NA N NA
 3679275 3679276 SAHV_0928 SAHV_0929 dltB dltC TRUE 0.923 18.000 0.387 NA   NA
 3679276 3679277 SAHV_0929 SAHV_0930 dltC dltD TRUE 0.939 -3.000 0.064 NA   NA
 3679281 3679282 SAHV_0934 SAHV_0935     TRUE 0.701 13.000 0.012 NA   NA
 3679282 3679283 SAHV_0935 SAHV_0936     FALSE 0.013 454.000 0.000 NA   NA
 3679283 3679284 SAHV_0936 SAHV_0937   ampA FALSE 0.376 131.000 0.097 1.000 N NA
 3679284 3679285 SAHV_0937 SAHV_0938 ampA   FALSE 0.032 411.000 0.025 1.000   NA
 3679285 3679286 SAHV_0938 SAHV_0939     TRUE 0.782 19.000 0.052 NA   NA
 3679287 3679288 SAHV_0940 SAHV_0941   mnhG FALSE 0.202 249.000 0.364 NA N NA
 3679288 3679289 SAHV_0941 SAHV_0942 mnhG mnhF TRUE 0.995 -22.000 0.244 1.000 Y NA
 3679289 3679290 SAHV_0942 SAHV_0943 mnhF mnhE TRUE 0.997 0.000 0.829 0.069 Y NA
 3679290 3679291 SAHV_0943 SAHV_0944 mnhE mnhD TRUE 0.997 2.000 0.842 0.005 Y NA
 3679291 3679292 SAHV_0944 SAHV_0945 mnhD mnhC TRUE 0.997 -7.000 0.211 0.003 Y NA
 3679292 3679293 SAHV_0945 SAHV_0946 mnhC mnhB TRUE 0.987 0.000 0.195 NA Y NA
 3679293 3679294 SAHV_0946 SAHV_0947 mnhB mnhA TRUE 0.995 -7.000 0.439 NA Y NA
 3679294 3679295 SAHV_0947 SAHV_0948 mnhA   FALSE 0.440 131.000 0.206 NA   NA
 3679296 3679297 SAHV_0949 SAHV_0950     FALSE 0.037 532.000 0.110 1.000 N NA
 3679297 3679298 SAHV_0950 SAHV_0951     FALSE 0.040 362.000 0.027 1.000 N NA
 3679298 3679299 SAHV_0951 SAHV_0952   rocD FALSE 0.035 308.000 0.000 1.000 N NA
 3679299 3679300 SAHV_0952 SAHV_0953 rocD gudB TRUE 0.700 109.000 0.019 1.000 Y NA
 3679301 3679302 SAHV_0954 SAHV_0955 glpQ argH FALSE 0.068 242.000 0.003 1.000 N NA
 3679302 3679303 SAHV_0955 SAHV_0956 argH argG TRUE 0.995 -10.000 0.278 1.000 Y NA
 3679304 3679305 SAHV_0957 SAHV_0958 pgi   FALSE 0.030 325.000 0.005 NA   NA
 3679305 3679306 SAHV_0958 SAHV_0959   spsA TRUE 0.871 5.000 0.115 NA   NA
 3679306 3679307 SAHV_0959 SAHV_0960 spsA spsB TRUE 0.988 16.000 0.184 0.001 Y NA
 3679307 3679308 SAHV_0960 SAHV_0961 spsB   FALSE 0.254 160.000 0.057 1.000 N NA
 3679308 3679309 SAHV_0961 SAHV_0962     TRUE 0.993 4.000 0.408 0.003 Y NA
 3679309 3679310 SAHV_0962 SAHV_0963     FALSE 0.265 166.000 0.075 1.000 N NA
 3679310 3679311 SAHV_0963 SAHV_0964     FALSE 0.038 329.000 0.028 NA   NA
 3679312 3679313 SAHV_0965 SAHV_0966 cdr   TRUE 0.726 52.000 0.171 1.000   NA
 3679316 3679317 SAHV_0969 SAHV_0970   clpB FALSE 0.087 203.000 0.000 1.000 N NA
 3679319 3679320 SAHV_0972 SAHV_0973     TRUE 0.909 -16.000 0.000 NA N NA
 3679320 3679321 SAHV_0973 SAHV_0974     TRUE 0.896 -7.000 0.000 NA   NA
 3679321 3679322 SAHV_0974 SAHV_0975     TRUE 0.912 -22.000 0.000 NA   NA
 3679322 3679323 SAHV_0975 SAHV_0976     FALSE 0.024 311.000 0.000 NA   NA
 3679325 3679326 SAHV_0978 SAHV_0979 fabH   TRUE 0.928 12.000 0.000 1.000 Y NA
 3679328 3679329 SAHV_0981 SAHV_0982 oppB   TRUE 0.991 0.000 0.062 0.040 Y NA
 3679329 3679330 SAHV_0982 SAHV_0983   oppD TRUE 0.987 16.000 0.857 1.000 Y NA
 3679330 3679331 SAHV_0983 SAHV_0984 oppD oppF TRUE 0.997 -10.000 0.111 0.002 Y NA
 3679331 3679332 SAHV_0984 SAHV_0985 oppF   TRUE 0.955 19.000 0.074 1.000 Y NA
 3679332 3679333 SAHV_0985 SAHV_0986     FALSE 0.471 212.000 0.000 0.040 Y NA
 3679333 3679334 SAHV_0986 SAHV_0987     TRUE 0.826 51.000 0.000 1.000 Y NA
 3679334 3679335 SAHV_0987 SAHV_0988   appF TRUE 0.994 3.000 0.333 0.001 Y NA
 3679335 3679336 SAHV_0988 SAHV_0989 appF oppB TRUE 0.990 -7.000 0.045 1.000 Y NA
 3679336 3679337 SAHV_0989 SAHV_0990 oppB   TRUE 0.979 12.000 0.159 0.040 Y NA
 3679339 3679340 SAHV_0992 SAHV_0993     FALSE 0.039 371.000 0.063 NA N NA
 3679340 3679341 SAHV_0993 SAHV_0994     FALSE 0.356 121.000 0.098 NA   NA
 3679341 3679342 SAHV_0994 SAHV_0995     TRUE 0.605 48.000 0.075 NA   NA
 3679343 3679344 SAHV_0996 SAHV_0997 yjbM   TRUE 0.691 44.000 0.138 NA   NA
 3679344 3679345 SAHV_0997 SAHV_0998     FALSE 0.415 104.000 0.063 1.000   NA
 3679346 3679347 SAHV_0999 SAHV_1000     TRUE 0.908 17.000 0.283 NA   NA
 3679347 3679348 SAHV_1000 SAHV_1001     TRUE 0.957 17.000 0.725 1.000   NA
 3679348 3679349 SAHV_1001 SAHV_1002     TRUE 0.984 -3.000 0.480 1.000 N NA
 3679349 3679350 SAHV_1002 SAHV_1003     TRUE 0.878 21.000 0.163 1.000 N NA
 3679350 3679351 SAHV_1003 SAHV_1004     TRUE 0.960 10.000 0.094 1.000 Y NA
 3679351 3679352 SAHV_1004 SAHV_1005   fabI FALSE 0.059 278.000 0.016 1.000 N NA
 3679354 3679355 SAHV_1007 SAHV_1008     FALSE 0.129 145.000 0.000 NA N NA
 3679355 3679356 SAHV_1008 SAHV_1009     FALSE 0.294 194.000 0.287 NA N NA
 3679357 3679358 SAHV_1010 SAHV_1011     TRUE 0.983 -22.000 0.239 1.000 N NA
 3679359 3679360 SAHV_1012 SAHV_1013 murE   TRUE 0.934 -10.000 0.012 NA   NA
 3679360 3679361 SAHV_1013 SAHV_1014     FALSE 0.026 361.000 0.009 NA   NA
 3679361 3679362 SAHV_1014 SAHV_1015     FALSE 0.036 302.000 0.000 1.000 N NA
 3679362 3679363 SAHV_1015 SAHV_1016   htrA FALSE 0.133 234.000 0.095 1.000 N NA
 3679363 3679364 SAHV_1016 SAHV_1017 htrA   TRUE 0.861 17.000 0.096 1.000 N NA
 3679364 3679365 SAHV_1017 SAHV_1018     FALSE 0.328 136.000 0.068 1.000 N NA
 3679366 3679367 SAHV_t0014 SAHV_t0015     TRUE 0.784 2.000 0.000 NA   NA
 3679367 3679368 SAHV_t0015 SAHV_1019     FALSE 0.136 142.000 0.000 NA   NA
 3679371 3679372 SAHV_1022 SAHV_1023     TRUE 0.874 15.000 0.167 NA   NA
 3679372 3679373 SAHV_1023 SAHV_1024     FALSE 0.059 209.000 0.000 NA   NA
 3679373 3679374 SAHV_1024 SAHV_1025     FALSE 0.010 657.000 0.000 NA   NA
 3679374 3679375 SAHV_1025 SAHV_1026     FALSE 0.402 44.000 0.000 NA   NA
 3679375 3679376 SAHV_1026 SAHV_1027     TRUE 0.746 3.000 0.000 NA   NA
 3679376 3679377 SAHV_1027 SAHV_1028     TRUE 0.982 -3.000 0.500 NA   NA
 3679378 3679379 SAHV_1029 SAHV_1030     FALSE 0.015 412.000 0.000 NA   NA
 3679384 3679385 SAHV_1035 SAHV_1036   menD TRUE 0.994 -13.000 0.142 1.000 Y NA
 3679385 3679386 SAHV_1036 SAHV_1037 menD   TRUE 0.985 -13.000 0.355 NA   NA
 3679386 3679387 SAHV_1037 SAHV_1038   menB TRUE 0.978 -7.000 0.280 NA   NA
 3679388 3679389 SAHV_1039 SAHV_1040 sspC sspB TRUE 0.522 38.000 0.000 1.000   NA
 3679389 3679390 SAHV_1040 SAHV_1041 sspB sspA TRUE 0.552 82.000 0.000 0.029   NA
 3679390 3679391 SAHV_1041 SAHV_1042 sspA   FALSE 0.081 528.000 0.000 1.000 Y NA
 3679391 3679392 SAHV_1042 SAHV_1043     FALSE 0.245 196.000 0.158 1.000 N NA
 3679394 3679395 SAHV_1045 SAHV_1046     FALSE 0.065 228.000 0.000 1.000   NA
 3679395 3679396 SAHV_1046 SAHV_1047     FALSE 0.463 155.000 0.364 NA   NA
 3679396 3679397 SAHV_1047 SAHV_1048     TRUE 0.871 48.000 0.800 NA   NA
 3679399 3679400 SAHV_1050 SAHV_1051   qoxC TRUE 0.997 -3.000 0.959 1.000 Y NA
 3679400 3679401 SAHV_1051 SAHV_1052 qoxC qoxB TRUE 0.999 -10.000 0.957 0.028 Y NA
 3679401 3679402 SAHV_1052 SAHV_1053 qoxB   TRUE 0.997 0.000 0.489 0.004 Y NA
 3679402 3679403 SAHV_1053 SAHV_1054     FALSE 0.010 571.000 0.000 NA   NA
 3679403 3679404 SAHV_1054 SAHV_1055   folD FALSE 0.009 864.000 0.000 NA   NA
 3679405 3679406 SAHV_1056 SAHV_1057   purK TRUE 0.996 -13.000 0.008 0.001 Y NA
 3679406 3679407 SAHV_1057 SAHV_1058 purK purC TRUE 0.960 4.000 0.015 1.000 Y NA
 3679407 3679408 SAHV_1058 SAHV_1059 purC   TRUE 0.993 0.000 0.460 1.000 Y NA
 3679408 3679409 SAHV_1059 SAHV_1060   purQ TRUE 0.997 2.000 0.656 0.001 Y NA
 3679409 3679410 SAHV_1060 SAHV_1061 purQ purL TRUE 0.998 -7.000 0.346 0.001 Y NA
 3679410 3679411 SAHV_1061 SAHV_1062 purL purF TRUE 0.995 -21.000 0.223 1.000 Y NA
 3679411 3679412 SAHV_1062 SAHV_1063 purF purM TRUE 0.994 -7.000 0.248 1.000 Y NA
 3679412 3679413 SAHV_1063 SAHV_1064 purM purN TRUE 0.992 3.000 0.238 0.003 Y NA
 3679413 3679414 SAHV_1064 SAHV_1065 purN purH TRUE 0.969 12.000 0.225 1.000 Y NA
 3679414 3679415 SAHV_1065 SAHV_1066 purH purD TRUE 0.784 130.000 0.238 1.000 Y NA
 3679416 3679417 SAHV_1067 SAHV_1068     TRUE 0.987 -7.000 0.469 1.000   NA
 3679417 3679418 SAHV_1068 SAHV_1069     TRUE 0.898 15.000 0.241 NA   NA
 3679418 3679419 SAHV_1069 SAHV_1070     FALSE 0.017 381.000 0.000 NA   NA
 3679419 3679420 SAHV_1070 SAHV_1071   graF TRUE 0.676 6.000 0.000 NA   NA
 3679421 3679422 SAHV_1072 SAHV_1073     FALSE 0.028 425.000 0.050 NA   NA
 3679422 3679423 SAHV_1073 SAHV_1074     TRUE 0.599 54.000 0.100 NA   NA
 3679423 3679424 SAHV_1074 SAHV_1075   ptsH FALSE 0.217 154.000 0.047 NA   NA
 3679424 3679425 SAHV_1075 SAHV_1076 ptsH ptsI TRUE 0.986 3.000 0.054 0.013 Y NA
 3679427 3679428 SAHV_1078 SAHV_1079     TRUE 0.998 -3.000 0.778 0.028 Y NA
 3679428 3679429 SAHV_1079 SAHV_1080     FALSE 0.440 133.000 0.163 1.000 N NA
 3679430 3679431 SAHV_1081 SAHV_1082     TRUE 0.978 0.000 0.576 NA   NA
 3679431 3679432 SAHV_1082 SAHV_1083   pdf1 FALSE 0.020 482.000 0.025 NA   NA
 3679433 3679434 SAHV_1084 SAHV_1085   pdhA FALSE 0.181 171.000 0.046 NA   NA
 3679434 3679435 SAHV_1085 SAHV_1086 pdhA phdB TRUE 0.994 4.000 0.484 0.002 Y NA
 3679435 3679436 SAHV_1086 SAHV_1087 phdB pdhC TRUE 0.951 91.000 0.883 0.057 Y NA
 3679436 3679437 SAHV_1087 SAHV_1088 pdhC pdhD TRUE 0.991 4.000 0.948 1.000 Y NA
 3679437 3679438 SAHV_1088 SAHV_1089 pdhD   FALSE 0.242 168.000 0.096 NA   NA
 3679438 3679439 SAHV_1089 SAHV_1090     FALSE 0.219 144.000 0.034 NA   NA
 3679439 3679440 SAHV_1090 SAHV_1091   potA TRUE 0.916 13.000 0.326 1.000 N NA
 3679440 3679441 SAHV_1091 SAHV_1092 potA potB TRUE 0.998 -7.000 0.928 0.040 Y NA
 3679441 3679442 SAHV_1092 SAHV_1093 potB potC TRUE 0.990 6.000 0.492 0.040 Y NA
 3679442 3679443 SAHV_1093 SAHV_1094 potC potD TRUE 0.994 0.000 0.253 0.040 Y NA
 3679443 3679444 SAHV_1094 SAHV_1095 potD   FALSE 0.469 74.000 0.089 NA   NA
 3679444 3679445 SAHV_1095 SAHV_1096     FALSE 0.029 283.000 0.000 NA   NA
 3679446 3679447 SAHV_1097 SAHV_1098     FALSE 0.145 184.000 0.041 NA   NA
 3679451 3679452 SAHV_1102 SAHV_1103     TRUE 0.934 2.000 0.173 NA   NA
 3679453 3679454 SAHV_1104 SAHV_1105     FALSE 0.014 419.000 0.000 NA   NA
 3679454 3679455 SAHV_1105 SAHV_1106   pycA FALSE 0.014 554.000 0.000 1.000 N NA
 3679457 3679458 SAHV_1108 SAHV_1109 ctaB   TRUE 0.703 25.000 0.027 NA   NA
 3679458 3679459 SAHV_1109 SAHV_1110     FALSE 0.046 327.000 0.052 NA   NA
 3679459 3679460 SAHV_1110 SAHV_1111     TRUE 0.913 16.000 0.301 NA   NA
 3679464 3679465 SAHV_1115 SAHV_1116     TRUE 0.965 2.000 0.367 1.000 N NA
 3679467 3679468 SAHV_1118 SAHV_1119   rpmF TRUE 0.739 80.000 0.599 NA   NA
 3679469 3679470 SAHV_1120 SAHV_1121     TRUE 0.542 203.000 0.000 0.009 Y NA
 3679471 3679472 SAHV_1122 SAHV_1123     TRUE 0.834 0.000 0.000 NA   NA
 3679472 3679473 SAHV_1123 SAHV_1124     TRUE 0.872 -3.000 0.000 NA   NA
 3679473 3679474 SAHV_1124 SAHV_1125     TRUE 0.849 157.000 0.877 1.000 Y NA
 3679474 3679475 SAHV_1125 SAHV_1126     FALSE 0.309 62.000 0.000 NA   NA
 3679475 3679476 SAHV_1126 SAHV_1127     TRUE 0.724 28.000 0.058 NA   NA
 3679476 3679477 SAHV_1127 SAHV_1128     FALSE 0.023 384.000 0.000 1.000   NA
 3679477 3679478 SAHV_1128 SAHV_1129   pheS FALSE 0.134 380.000 0.006 1.000 Y NA
 3679478 3679479 SAHV_1129 SAHV_1130 pheS pheT TRUE 0.997 0.000 0.574 0.001 Y NA
 3679481 3679482 SAHV_1132 SAHV_1133     TRUE 0.918 1.000 0.091 NA   NA
 3679482 3679483 SAHV_1133 SAHV_1134     TRUE 0.502 73.000 0.066 1.000   NA
 3679483 3679484 SAHV_1134 SAHV_1135   mutS2 TRUE 0.962 10.000 0.114 1.000 Y NA
 3679484 3679485 SAHV_1135 SAHV_1136 mutS2 trxA FALSE 0.179 173.000 0.018 1.000   NA
 3679485 3679486 SAHV_1136 SAHV_1137 trxA uvrC FALSE 0.048 324.000 0.023 1.000   NA
 3679486 3679487 SAHV_1137 SAHV_1138 uvrC sdhC FALSE 0.032 324.000 0.000 1.000 N NA
 3679487 3679488 SAHV_1138 SAHV_1139 sdhC sdhA TRUE 0.960 52.000 0.184 0.001 Y NA
 3679488 3679489 SAHV_1139 SAHV_1140 sdhA sdhB TRUE 0.996 0.000 0.231 0.001 Y NA
 3679489 3679490 SAHV_1140 SAHV_1141 sdhB murI FALSE 0.072 236.000 0.002 1.000 N NA
 3679490 3679491 SAHV_1141 SAHV_1142 murI   TRUE 0.789 12.000 0.034 1.000 N NA
 3679491 3679492 SAHV_1142 SAHV_1143     TRUE 0.965 -7.000 0.085 1.000   NA
 3679492 3679493 SAHV_1143 SAHV_1144     FALSE 0.114 158.000 0.000 NA   NA
 3679493 3679494 SAHV_1144 SAHV_1145     FALSE 0.071 194.000 0.000 NA   NA
 3679496 3679497 SAHV_1147 SAHV_1148     FALSE 0.036 260.000 0.000 NA   NA
 3679497 3679498 SAHV_1148 SAHV_1149     FALSE 0.127 150.000 0.000 NA   NA
 3679499 3679500 SAHV_1150 SAHV_1151     FALSE 0.010 622.000 0.000 NA   NA
 3679504 3679505 SAHV_1155 SAHV_1156     FALSE 0.150 132.000 0.000 NA   NA
 3679505 3679506 SAHV_1156 SAHV_1157     TRUE 0.510 108.000 0.000 0.018   NA
 3679506 3679507 SAHV_1157 SAHV_1158     TRUE 0.538 95.000 0.000 0.018   NA
 3679508 3679509 SAHV_1159 SAHV_1160 argF   TRUE 0.985 23.000 1.000 1.000 Y NA
 3679509 3679510 SAHV_1160 SAHV_1161     FALSE 0.133 172.000 0.000 1.000   NA
 3679510 3679511 SAHV_1161 SAHV_1162     FALSE 0.025 307.000 0.000 NA   NA
 3679517 3679518 SAHV_1167 SAHV_1168     FALSE 0.206 144.000 0.025 NA   NA
 3679518 3679519 SAHV_1168 SAHV_1169     TRUE 0.946 16.000 0.635 NA   NA
 3679519 3679520 SAHV_1169 SAHV_1170   ftsL TRUE 0.838 14.000 0.077 1.000 N NA
 3679520 3679521 SAHV_1170 SAHV_1171 ftsL pbpA TRUE 0.989 -19.000 0.456 1.000 N NA
 3679521 3679522 SAHV_1171 SAHV_1172 pbpA mraY FALSE 0.231 292.000 0.038 1.000 Y NA
 3679522 3679523 SAHV_1172 SAHV_1173 mraY murD TRUE 0.996 2.000 0.647 0.007 Y NA
 3679523 3679524 SAHV_1173 SAHV_1174 murD div1b TRUE 0.938 16.000 0.008 NA Y NA
 3679524 3679525 SAHV_1174 SAHV_1175 div1b ftsA TRUE 0.619 106.000 0.389 NA N NA
 3679525 3679526 SAHV_1175 SAHV_1176 ftsA ftsZ TRUE 0.962 33.000 0.460 1.000 Y NA
 3679526 3679527 SAHV_1176 SAHV_1177 ftsZ   FALSE 0.086 260.000 0.082 NA   NA
 3679527 3679528 SAHV_1177 SAHV_1178     TRUE 0.799 18.000 0.061 NA   NA
 3679528 3679529 SAHV_1178 SAHV_1179     TRUE 0.966 -3.000 0.194 NA   NA
 3679529 3679530 SAHV_1179 SAHV_1180     TRUE 0.913 12.000 0.370 NA   NA
 3679530 3679531 SAHV_1180 SAHV_1181     FALSE 0.200 251.000 0.287 1.000   NA
 3679531 3679532 SAHV_1181 SAHV_1182     TRUE 0.927 24.000 0.579 NA   NA
 3679532 3679533 SAHV_1182 SAHV_1183   ileS FALSE 0.071 221.000 0.012 NA N NA
 3679533 3679534 SAHV_1183 SAHV_1184 ileS   FALSE 0.038 291.000 0.000 1.000   NA
 3679536 3679537 SAHV_1186 SAHV_1187 lsp   TRUE 0.901 0.000 0.008 1.000 N NA
 3679537 3679538 SAHV_1187 SAHV_1188   pyrR FALSE 0.038 400.000 0.048 1.000 N NA
 3679538 3679539 SAHV_1188 SAHV_1189 pyrR pyrP FALSE 0.455 218.000 0.140 1.000 Y NA
 3679539 3679540 SAHV_1189 SAHV_1190 pyrP pyrB TRUE 0.935 28.000 0.064 1.000 Y NA
 3679540 3679541 SAHV_1190 SAHV_1191 pyrB pyrC TRUE 0.980 18.000 0.452 1.000 Y NA
 3679541 3679542 SAHV_1191 SAHV_1192 pyrC pyrAA TRUE 0.983 2.000 0.155 1.000 Y NA
 3679542 3679543 SAHV_1192 SAHV_1193 pyrAA pyrAB TRUE 0.997 -7.000 0.117 0.001 Y NA
 3679543 3679544 SAHV_1193 SAHV_1194 pyrAB pyrF TRUE 0.697 110.000 0.018 1.000 Y NA
 3679544 3679545 SAHV_1194 SAHV_1195 pyrF pyrE TRUE 0.978 0.000 0.006 1.000 Y NA
 3679545 3679546 SAHV_1195 SAHV_1196 pyrE   TRUE 0.518 30.000 0.000 NA   NA
 3679546 3679547 SAHV_1196 SAHV_1197     FALSE 0.013 437.000 0.000 NA   NA
 3679549 3679550 SAHV_1199 SAHV_1200 gmk   TRUE 0.978 0.000 0.471 1.000 N NA
 3679550 3679551 SAHV_1200 SAHV_1201     FALSE 0.217 216.000 0.192 1.000 N NA
 3679551 3679552 SAHV_1201 SAHV_1202   priA TRUE 0.944 0.000 0.099 1.000 N NA
 3679552 3679553 SAHV_1202 SAHV_1203 priA   FALSE 0.011 506.000 0.000 NA   NA
 3679555 3679556 SAHV_1205 SAHV_1206     TRUE 0.994 -7.000 0.031 0.030 Y NA
 3679556 3679557 SAHV_1206 SAHV_1207     TRUE 0.996 -81.000 0.305 1.000 Y NA
 3679557 3679558 SAHV_1207 SAHV_1208     TRUE 0.921 3.000 0.135 1.000   NA
 3679558 3679559 SAHV_1208 SAHV_1209     TRUE 0.874 7.000 0.105 1.000   NA
 3679559 3679560 SAHV_1209 SAHV_1210     TRUE 0.996 -3.000 0.704 1.000 Y NA
 3679560 3679561 SAHV_1210 SAHV_1211     FALSE 0.197 228.000 0.196 1.000   NA
 3679561 3679562 SAHV_1211 SAHV_1212   cfxE TRUE 0.893 1.000 0.013 1.000   NA
 3679562 3679563 SAHV_1212 SAHV_1213 cfxE   TRUE 0.800 7.000 0.019 1.000 N NA
 3679565 3679566 SAHV_1215 SAHV_1216     TRUE 0.940 15.000 0.567 NA   NA
 3679566 3679567 SAHV_1216 SAHV_1217   recG FALSE 0.200 190.000 0.074 1.000   NA
 3679567 3679568 SAHV_1217 SAHV_1218 recG   FALSE 0.117 218.000 0.078 NA N NA
 3679568 3679569 SAHV_1218 SAHV_1219   plsX TRUE 0.778 5.000 0.020 NA N NA
 3679569 3679570 SAHV_1219 SAHV_1220 plsX fabD TRUE 0.996 -7.000 0.106 0.005 Y NA
 3679570 3679571 SAHV_1220 SAHV_1221 fabD fabG TRUE 0.997 -13.000 0.149 0.005 Y NA
 3679571 3679572 SAHV_1221 SAHV_1222 fabG hmrB FALSE 0.274 435.000 0.100 0.005 Y NA
 3679572 3679573 SAHV_1222 SAHV_1223 hmrB rnc FALSE 0.391 116.000 0.068 1.000 N NA
 3679573 3679574 SAHV_1223 SAHV_1224 rnc smc FALSE 0.358 147.000 0.120 1.000 N NA
 3679574 3679575 SAHV_1224 SAHV_1225 smc   TRUE 0.981 0.000 0.165 0.010 N NA
 3679575 3679576 SAHV_1225 SAHV_1226     TRUE 0.969 -13.000 0.081 1.000   NA
 3679576 3679577 SAHV_1226 SAHV_1227   ffh TRUE 0.851 26.000 0.151 1.000   NA
 3679577 3679578 SAHV_1227 SAHV_1228 ffh rpsP FALSE 0.091 435.000 0.361 1.000 N NA
 3679578 3679579 SAHV_1228 SAHV_1229 rpsP rimM TRUE 0.792 188.000 0.342 0.019 Y NA
 3679579 3679580 SAHV_1229 SAHV_1230 rimM trmD TRUE 0.994 0.000 0.672 1.000 Y NA
 3679580 3679581 SAHV_1230 SAHV_1231 trmD rplS TRUE 0.888 103.000 0.567 1.000 Y NA
 3679583 3679584 SAHV_1233 SAHV_1234   rnhB TRUE 0.978 -16.000 0.148 1.000   NA
 3679584 3679585 SAHV_1234 SAHV_1235 rnhB sucC FALSE 0.321 109.000 0.015 1.000 N NA
 3679585 3679586 SAHV_1235 SAHV_1236 sucC sucD TRUE 0.985 22.000 0.173 0.001 Y NA
 3679586 3679587 SAHV_1236 SAHV_1237 sucD lytN FALSE 0.105 227.000 0.034 1.000   NA
 3679587 3679588 SAHV_1237 SAHV_1238 lytN fmhC TRUE 0.918 28.000 0.500 1.000   NA
 3679588 3679589 SAHV_1238 SAHV_1239 fmhC   FALSE 0.129 173.000 0.000 1.000 N NA
 3679589 3679590 SAHV_1239 SAHV_1240     TRUE 0.653 180.000 0.238 1.000 Y NA
 3679590 3679591 SAHV_1240 SAHV_1241   gid FALSE 0.347 156.000 0.137 1.000 N NA
 3679591 3679592 SAHV_1241 SAHV_1242 gid xerC FALSE 0.048 418.000 0.105 1.000 N NA
 3679592 3679593 SAHV_1242 SAHV_1243 xerC clpQ TRUE 0.961 -3.000 0.113 1.000 N NA
 3679593 3679594 SAHV_1243 SAHV_1244 clpQ clpY TRUE 0.939 66.000 0.752 1.000 Y NA
 3679594 3679595 SAHV_1244 SAHV_1245 clpY codY TRUE 0.843 25.000 0.131 1.000 N NA
 3679595 3679596 SAHV_1245 SAHV_1246 codY rpsB FALSE 0.035 347.000 0.006 1.000 N NA
 3679596 3679597 SAHV_1246 SAHV_1247 rpsB   TRUE 0.772 182.000 0.748 1.000 Y NA
 3679597 3679598 SAHV_1247 SAHV_1248   smbA TRUE 0.572 137.000 0.416 1.000 N NA
 3679598 3679599 SAHV_1248 SAHV_1249 smbA frr TRUE 0.948 19.000 0.626 1.000 N NA
 3679599 3679600 SAHV_1249 SAHV_1250 frr uppS FALSE 0.125 373.000 0.409 1.000 N NA
 3679600 3679601 SAHV_1250 SAHV_1251 uppS cdsA TRUE 0.965 7.000 0.113 1.000 Y NA
 3679601 3679602 SAHV_1251 SAHV_1252 cdsA   FALSE 0.127 212.000 0.040 1.000 N NA
 3679602 3679603 SAHV_1252 SAHV_1253   proS TRUE 0.845 20.000 0.095 1.000 N NA
 3679603 3679604 SAHV_1253 SAHV_1254 proS polC FALSE 0.190 258.000 0.070 0.048 N NA
 3679604 3679605 SAHV_1254 SAHV_1255 polC   FALSE 0.059 290.000 0.059 NA   NA
 3679605 3679606 SAHV_1255 SAHV_1256   nusA TRUE 0.944 21.000 0.759 NA   NA
 3679606 3679607 SAHV_1256 SAHV_1257 nusA   TRUE 0.970 21.000 0.323 NA Y NA
 3679607 3679608 SAHV_1257 SAHV_1258     TRUE 0.979 -3.000 0.408 NA N NA
 3679608 3679609 SAHV_1258 SAHV_1259   infB TRUE 0.977 5.000 0.223 1.000 Y NA
 3679609 3679610 SAHV_1259 SAHV_1260 infB rbfA FALSE 0.334 386.000 0.530 1.000 Y NA
 3679610 3679611 SAHV_1260 SAHV_1261 rbfA truB TRUE 0.619 169.000 0.111 1.000 Y NA
 3679611 3679612 SAHV_1261 SAHV_1262 truB ribC TRUE 0.924 15.000 0.308 1.000 N NA
 3679612 3679613 SAHV_1262 SAHV_1263 ribC rpsO FALSE 0.453 115.000 0.119 1.000 N NA
 3679613 3679614 SAHV_1263 SAHV_1264 rpsO pnpA FALSE 0.302 369.000 0.335 1.000 Y NA
 3679614 3679615 SAHV_1264 SAHV_1265 pnpA   FALSE 0.073 236.000 0.002 1.000   NA
 3679615 3679616 SAHV_1265 SAHV_1266   spoIIIE FALSE 0.078 257.000 0.026 1.000   NA
 3679616 3679617 SAHV_1266 SAHV_1267 spoIIIE   TRUE 0.892 5.000 0.115 1.000 N NA
 3679617 3679618 SAHV_1267 SAHV_1268     TRUE 0.770 31.000 0.093 1.000   NA
 3679618 3679619 SAHV_1268 SAHV_1269     TRUE 0.993 0.000 0.872 0.005   NA
 3679619 3679620 SAHV_1269 SAHV_1270     TRUE 0.975 0.000 0.397 1.000   NA
 3679620 3679621 SAHV_1270 SAHV_1271     TRUE 0.643 105.000 0.114 0.056   NA
 3679621 3679622 SAHV_1271 SAHV_1272     TRUE 0.886 19.000 0.163 1.000   NA
 3679622 3679623 SAHV_1272 SAHV_1273   pgsA TRUE 0.621 34.000 0.009 1.000   NA
 3679623 3679624 SAHV_1273 SAHV_1274 pgsA cinA FALSE 0.181 224.000 0.151 1.000   NA
 3679624 3679625 SAHV_1274 SAHV_1275 cinA recA FALSE 0.277 165.000 0.083 1.000   NA
 3679625 3679626 SAHV_1275 SAHV_1276 recA   FALSE 0.039 354.000 0.018 1.000   NA
 3679628 3679629 SAHV_1278 SAHV_1279     FALSE 0.252 140.000 0.021 1.000   NA
 3679629 3679630 SAHV_1279 SAHV_1280     TRUE 0.996 1.000 0.437 0.001 Y NA
 3679630 3679631 SAHV_1280 SAHV_1281     FALSE 0.213 94.000 0.000 NA   NA
 3679631 3679632 SAHV_1281 SAHV_1282     FALSE 0.181 134.000 0.002 NA   NA
 3679632 3679633 SAHV_1282 SAHV_1283     TRUE 0.891 1.000 0.041 NA   NA
 3679633 3679634 SAHV_1283 SAHV_1284     TRUE 0.771 27.000 0.091 NA   NA
 3679634 3679635 SAHV_1284 SAHV_1285   mutS FALSE 0.033 303.000 0.003 NA   NA
 3679635 3679636 SAHV_1285 SAHV_1286 mutS mutL TRUE 0.986 13.000 0.220 0.002 Y NA
 3679636 3679637 SAHV_1286 SAHV_1287 mutL glpP TRUE 0.789 15.000 0.020 1.000 N NA
 3679639 3679640 SAHV_1289 SAHV_1290 glpF glpK FALSE 0.336 129.000 0.057 1.000 N NA
 3679640 3679641 SAHV_1290 SAHV_1291 glpK glpD TRUE 0.854 110.000 0.013 0.001 Y NA
 3679641 3679642 SAHV_1291 SAHV_1292 glpD   FALSE 0.245 150.000 0.029 1.000 N NA
 3679642 3679643 SAHV_1292 SAHV_1293   miaA TRUE 0.794 18.000 0.025 1.000 N NA
 3679643 3679644 SAHV_1293 SAHV_1294 miaA   TRUE 0.786 15.000 0.016 1.000   NA
 3679646 3679647 SAHV_1296 SAHV_1297     TRUE 0.832 19.000 0.065 1.000   NA
 3679647 3679648 SAHV_1297 SAHV_1298   glnR FALSE 0.095 243.000 0.046 1.000 N NA
 3679648 3679649 SAHV_1298 SAHV_1299 glnR glnA TRUE 0.855 19.000 0.103 1.000 N NA
 3679649 3679650 SAHV_1299 SAHV_1300 glnA   FALSE 0.008 1895.000 0.000 NA   NA
 3679650 3679651 SAHV_1300 SAHV_1301     FALSE 0.009 1234.000 0.000 NA   NA
 3679651 3679652 SAHV_1301 SAHV_1302     FALSE 0.009 743.000 0.000 NA   NA
 3679652 3679653 SAHV_1302 SAHV_1303     FALSE 0.009 723.000 0.000 NA   NA
 3679655 3679656 SAHV_1305 SAHV_1306     TRUE 0.933 21.000 0.571 NA   NA
 3679656 3679657 SAHV_1306 SAHV_1307     FALSE 0.194 184.000 0.057 1.000 N NA
 3679657 3679658 SAHV_1307 SAHV_1308     FALSE 0.299 64.000 0.000 NA   NA
 3679658 3679659 SAHV_1308 SAHV_1309     TRUE 0.913 -31.000 0.000 NA   NA
 3679659 3679660 SAHV_1309 SAHV_1310     TRUE 0.959 4.000 0.500 1.000   NA
 3679660 3679661 SAHV_1310 SAHV_1311     TRUE 0.998 -3.000 0.857 0.011 Y NA
 3679667 3679668 SAHV_1317 SAHV_1318 dhoM thrC TRUE 0.954 6.000 0.021 1.000 Y NA
 3679668 3679669 SAHV_1318 SAHV_1319 thrC thrB TRUE 0.986 2.000 0.221 1.000 Y NA
 3679669 3679670 SAHV_1319 SAHV_1320 thrB   FALSE 0.492 58.000 0.013 1.000   NA
 3679671 3679672 SAHV_1321 SAHV_1322     FALSE 0.345 218.000 0.667 NA   NA
 3679673 3679674 SAHV_1323 SAHV_1324 katA rpmG FALSE 0.329 91.000 0.006 1.000 N NA
 3679674 3679675 SAHV_1324 SAHV_1325 rpmG rpsN FALSE 0.219 454.000 0.052 0.019 Y NA
 3679675 3679676 SAHV_1325 SAHV_1326 rpsN   FALSE 0.207 157.000 0.015 1.000 N NA
 3679676 3679677 SAHV_1326 SAHV_1327     TRUE 0.759 22.000 0.049 NA   NA
 3679679 3679680 SAHV_1329 SAHV_1330     FALSE 0.413 137.000 0.200 NA   NA
 3679680 3679681 SAHV_1330 SAHV_1331   tkt FALSE 0.493 121.000 0.240 NA   NA
 3679681 3679682 SAHV_1331 SAHV_1332 tkt   FALSE 0.043 278.000 0.000 1.000   NA
 3679682 3679683 SAHV_1332 SAHV_1333     FALSE 0.143 179.000 0.026 NA   NA
 3679683 3679684 SAHV_1333 SAHV_1334     FALSE 0.212 124.000 0.010 NA N NA
 3679684 3679685 SAHV_1334 SAHV_1335     TRUE 0.987 4.000 0.669 NA Y NA
 3679687 3679688 SAHV_1337 SAHV_1338 opuD citB FALSE 0.012 947.000 0.000 1.000 N NA
 3679688 3679689 SAHV_1338 SAHV_1339 citB   FALSE 0.161 180.000 0.015 1.000   NA
 3679690 3679691 SAHV_1340 SAHV_1341     FALSE 0.024 376.000 0.008 NA   NA
 3679692 3679693 SAHV_1342 SAHV_1343 parE parC TRUE 0.997 0.000 0.552 0.002 Y NA
 3679693 3679694 SAHV_1343 SAHV_1344 parC alsT FALSE 0.052 250.000 0.000 1.000 N NA
 3679694 3679695 SAHV_1344 SAHV_1345 alsT glcT FALSE 0.041 500.000 0.119 1.000   NA
 3679695 3679696 SAHV_1345 SAHV_1346 glcT   FALSE 0.391 47.000 0.000 NA   NA
 3679696 3679697 SAHV_1346 SAHV_1347     TRUE 0.896 -7.000 0.000 NA   NA
 3679697 3679698 SAHV_1347 SAHV_1348   fmtC FALSE 0.018 481.000 0.018 NA   NA
 3679704 3679705 SAHV_1354 SAHV_1355     FALSE 0.016 492.000 0.000 1.000 N NA
 3679705 3679706 SAHV_1355 SAHV_1356   trpG TRUE 0.994 -3.000 0.021 0.001 Y NA
 3679706 3679707 SAHV_1356 SAHV_1357 trpG trpD TRUE 0.950 6.000 0.006 1.000 Y NA
 3679707 3679708 SAHV_1357 SAHV_1358 trpD trpC TRUE 0.986 2.000 0.216 1.000 Y NA
 3679708 3679709 SAHV_1358 SAHV_1359 trpC trpF TRUE 0.996 0.000 0.264 0.002 Y NA
 3679709 3679710 SAHV_1359 SAHV_1360 trpF trpB TRUE 0.998 -7.000 0.375 0.002 Y NA
 3679710 3679711 SAHV_1360 SAHV_1361 trpB trpA TRUE 0.998 -7.000 0.248 0.001 Y NA
 3679711 3679712 SAHV_1361 SAHV_1362 trpA femA FALSE 0.033 322.000 0.000 1.000 N NA
 3679712 3679713 SAHV_1362 SAHV_1363 femA femB TRUE 0.993 19.000 1.000 0.006 Y NA
 3679713 3679714 SAHV_1363 SAHV_1364 femB   FALSE 0.028 289.000 0.000 NA   NA
 3679714 3679715 SAHV_1364 SAHV_1365     FALSE 0.046 230.000 0.000 NA   NA
 3679716 3679717 SAHV_1366 SAHV_1367     FALSE 0.215 124.000 0.000 1.000   NA
 3679717 3679718 SAHV_1367 SAHV_1368     TRUE 0.995 -7.000 0.059 0.024 Y NA
 3679718 3679719 SAHV_1368 SAHV_1369     TRUE 0.996 -13.000 0.353 1.000 Y NA
 3679719 3679720 SAHV_1369 SAHV_1370     TRUE 0.998 -7.000 0.647 0.038 Y NA
 3679720 3679721 SAHV_1370 SAHV_1371     FALSE 0.095 304.000 0.182 NA   NA
 3679723 3679724 SAHV_1373 SAHV_1374   pstB TRUE 0.967 7.000 0.182 NA Y NA
 3679724 3679725 SAHV_1374 SAHV_1375 pstB   TRUE 0.956 47.000 0.125 0.002 Y NA
 3679725 3679726 SAHV_1375 SAHV_1376     TRUE 0.996 2.000 0.485 0.002 Y NA
 3679726 3679727 SAHV_1376 SAHV_1377     TRUE 0.506 191.000 0.077 1.000 Y NA
 3679730 3679731 SAHV_1380 SAHV_1381   lysC FALSE 0.012 1062.000 0.000 1.000   NA
 3679731 3679732 SAHV_1381 SAHV_1382 lysC asd TRUE 0.860 64.000 0.119 1.000 Y NA
 3679732 3679733 SAHV_1382 SAHV_1383 asd dapA TRUE 0.972 2.000 0.015 1.000 Y NA
 3679733 3679734 SAHV_1383 SAHV_1384 dapA dapB TRUE 0.985 -3.000 0.014 1.000 Y NA
 3679734 3679735 SAHV_1384 SAHV_1385 dapB dapD TRUE 0.931 27.000 0.036 1.000 Y NA
 3679735 3679736 SAHV_1385 SAHV_1386 dapD   TRUE 0.544 143.000 0.372 1.000   NA
 3679736 3679737 SAHV_1386 SAHV_1387     TRUE 0.861 5.000 0.058 1.000   NA
 3679737 3679738 SAHV_1387 SAHV_1388   lysA TRUE 0.947 -10.000 0.008 1.000 N NA
 3679739 3679740 SAHV_1389 SAHV_1390   cspA FALSE 0.068 197.000 0.000 NA   NA
 3679740 3679741 SAHV_1390 SAHV_1391 cspA   FALSE 0.240 171.000 0.105 NA   NA
 3679742 3679743 SAHV_1392 SAHV_1393     TRUE 0.762 25.000 0.067 NA   NA
 3679743 3679744 SAHV_1393 SAHV_1394     TRUE 0.861 32.000 0.373 NA   NA
 3679745 3679746 SAHV_1395 SAHV_1396 braB   FALSE 0.141 226.000 0.136 NA N NA
 3679746 3679747 SAHV_1396 SAHV_1397     TRUE 0.950 14.000 0.822 NA   NA
 3679747 3679748 SAHV_1397 SAHV_1398     FALSE 0.254 181.000 0.156 NA   NA
 3679748 3679749 SAHV_1398 SAHV_1399     TRUE 0.857 29.000 0.280 NA   NA
 3679749 3679750 SAHV_1399 SAHV_1400   odhB FALSE 0.010 580.000 0.000 NA   NA
 3679750 3679751 SAHV_1400 SAHV_1401 odhB odhA TRUE 0.984 14.000 0.667 1.000 Y NA
 3679751 3679752 SAHV_1401 SAHV_1402 odhA arlS FALSE 0.050 284.000 0.006 1.000 N NA
 3679752 3679753 SAHV_1402 SAHV_1403 arlS   TRUE 0.997 -3.000 0.438 0.078 Y NA
 3679753 3679754 SAHV_1403 SAHV_1404     FALSE 0.012 471.000 0.000 NA   NA
 3679754 3679755 SAHV_1404 SAHV_1405     FALSE 0.178 117.000 0.000 NA   NA
 3679755 3679756 SAHV_1405 SAHV_1406   murG TRUE 0.788 17.000 0.016 1.000 N NA
 3679756 3679757 SAHV_1406 SAHV_1407 murG   TRUE 0.763 12.000 0.014 1.000   NA
 3679757 3679758 SAHV_1407 SAHV_1408   ctpA FALSE 0.038 400.000 0.046 1.000   NA
 3679758 3679759 SAHV_1408 SAHV_1409 ctpA   FALSE 0.137 192.000 0.045 NA   NA
 3679759 3679760 SAHV_1409 SAHV_1410     TRUE 0.926 0.000 0.080 NA   NA
 3679760 3679761 SAHV_1410 SAHV_1411     TRUE 0.874 12.000 0.154 1.000 N NA
 3679761 3679762 SAHV_1411 SAHV_1412     TRUE 0.998 -7.000 0.615 0.002 Y NA
 3679762 3679763 SAHV_1412 SAHV_1413     FALSE 0.227 86.000 0.000 NA   NA
 3679763 3679764 SAHV_1413 SAHV_1414   dfrA TRUE 0.645 15.000 0.000 NA   NA
 3679764 3679765 SAHV_1414 SAHV_1415 dfrA thyA FALSE 0.312 200.000 0.295 1.000 N NA
 3679765 3679766 SAHV_1415 SAHV_1416 thyA   FALSE 0.018 424.000 0.003 NA   NA
 3679766 3679767 SAHV_1416 SAHV_1417     TRUE 0.653 16.000 0.000 NA   NA
 3679767 3679768 SAHV_1417 SAHV_1418     TRUE 0.787 38.000 0.000 0.007   NA
 3679768 3679769 SAHV_1418 SAHV_1419     TRUE 0.860 12.000 0.167 NA   NA
 3679770 3679771 SAHV_1420 SAHV_1421     FALSE 0.022 483.000 0.039 NA   NA
 3679772 3679773 SAHV_1422 SAHV_1423 ebhA ebhB TRUE 0.885 61.000 0.000 0.014 Y NA
 3679773 3679774 SAHV_1423 SAHV_1424 ebhB   FALSE 0.021 398.000 0.000 1.000   NA
 3679774 3679775 SAHV_1424 SAHV_1425     FALSE 0.159 156.000 0.000 1.000   NA
 3679775 3679776 SAHV_1425 SAHV_1426     TRUE 0.901 31.000 0.006 1.000 Y NA
 3679776 3679777 SAHV_1426 SAHV_1427     TRUE 0.718 95.000 0.012 1.000 Y NA
 3679777 3679778 SAHV_1427 SAHV_1428     FALSE 0.017 476.000 0.000 1.000 N NA
 3679778 3679779 SAHV_1428 SAHV_1429     TRUE 0.701 20.000 0.000 1.000   NA
 3679781 3679782 SAHV_1431 SAHV_1432     FALSE 0.231 84.000 0.000 NA   NA
 3679782 3679783 SAHV_1432 SAHV_1433     FALSE 0.013 434.000 0.000 NA   NA
 3679783 3679784 SAHV_1433 SAHV_1434     FALSE 0.201 101.000 0.000 NA   NA
 3679784 3679785 SAHV_1434 SAHV_1435     TRUE 0.938 14.000 0.579 NA   NA
 3679785 3679786 SAHV_1435 SAHV_1436     TRUE 0.970 -7.000 0.165 NA   NA
 3679787 3679788 SAHV_1437 SAHV_1438 recU pbp2 TRUE 0.979 -3.000 0.319 1.000   NA
 3679789 3679790 SAHV_1439 SAHV_1440   nth TRUE 0.759 5.000 0.009 NA   NA
 3679790 3679791 SAHV_1440 SAHV_1441 nth   TRUE 0.991 -10.000 0.075 NA Y NA
 3679791 3679792 SAHV_1441 SAHV_1442   asnS FALSE 0.096 328.000 0.234 NA N NA
 3679792 3679793 SAHV_1442 SAHV_1443 asnS dinG FALSE 0.051 322.000 0.030 1.000 N NA
 3679793 3679794 SAHV_1443 SAHV_1444 dinG   TRUE 0.811 24.000 0.074 1.000 N NA
 3679794 3679795 SAHV_1444 SAHV_1445     TRUE 0.955 -13.000 0.023 1.000 N NA
 3679795 3679796 SAHV_1445 SAHV_1446     TRUE 0.896 5.000 0.126 1.000 N NA
 3679796 3679797 SAHV_1446 SAHV_1447     FALSE 0.072 244.000 0.038 NA   NA
 3679797 3679798 SAHV_1447 SAHV_1448     FALSE 0.032 336.000 0.013 NA   NA
 3679798 3679799 SAHV_1448 SAHV_1449     TRUE 0.579 54.000 0.083 NA   NA
 3679799 3679800 SAHV_1449 SAHV_1450     TRUE 0.968 -10.000 0.127 NA   NA
 3679800 3679801 SAHV_1450 SAHV_1451     TRUE 0.915 14.000 0.353 NA   NA
 3679801 3679802 SAHV_1451 SAHV_1452   aroA TRUE 0.779 7.000 0.007 1.000 N NA
 3679802 3679803 SAHV_1452 SAHV_1453 aroA aroB TRUE 0.953 10.000 0.051 1.000 Y NA
 3679803 3679804 SAHV_1453 SAHV_1454 aroB aroC TRUE 0.977 26.000 0.110 0.002 Y NA
 3679804 3679805 SAHV_1454 SAHV_1455 aroC   FALSE 0.016 386.000 0.000 NA   NA
 3679805 3679806 SAHV_1455 SAHV_1456     TRUE 0.531 29.000 0.000 NA   NA
 3679806 3679807 SAHV_1456 SAHV_1457   ndk FALSE 0.346 55.000 0.000 NA   NA
 3679807 3679808 SAHV_1457 SAHV_1458 ndk gerCC FALSE 0.423 92.000 0.054 1.000 N NA
 3679808 3679809 SAHV_1458 SAHV_1459 gerCC gerCB TRUE 0.973 2.000 0.020 1.000 Y NA
 3679809 3679810 SAHV_1459 SAHV_1460 gerCB   TRUE 0.802 3.000 0.008 NA   NA
 3679810 3679811 SAHV_1460 SAHV_1461   hu FALSE 0.014 431.000 0.000 NA   NA
 3679811 3679812 SAHV_1461 SAHV_1462 hu gpsA FALSE 0.193 171.000 0.025 1.000 N NA
 3679812 3679813 SAHV_1462 SAHV_1463 gpsA   TRUE 0.844 17.000 0.068 1.000   NA
 3679813 3679814 SAHV_1463 SAHV_1464     FALSE 0.107 222.000 0.032 1.000   NA
 3679814 3679815 SAHV_1464 SAHV_1465     FALSE 0.011 529.000 0.000 NA   NA
 3679815 3679816 SAHV_1465 SAHV_1466   cmk FALSE 0.196 106.000 0.000 NA   NA
 3679818 3679819 SAHV_1468 SAHV_1469   ebpS FALSE 0.031 402.000 0.022 1.000   NA
 3679819 3679820 SAHV_1469 SAHV_1470 ebpS   FALSE 0.302 153.000 0.079 1.000   NA
 3679820 3679821 SAHV_1470 SAHV_1471     TRUE 0.988 -10.000 0.508 NA   NA
 3679823 3679824 SAHV_1473 SAHV_1474     FALSE 0.015 402.000 0.000 NA   NA
 3679824 3679825 SAHV_1474 SAHV_1475   graD FALSE 0.012 471.000 0.000 NA   NA
 3679825 3679826 SAHV_1475 SAHV_1476 graD   FALSE 0.330 58.000 0.000 NA   NA
 3679826 3679827 SAHV_1476 SAHV_1477     FALSE 0.221 90.000 0.000 NA   NA
 3679827 3679828 SAHV_1477 SAHV_1478     TRUE 0.896 -7.000 0.000 NA   NA
 3679828 3679829 SAHV_1478 SAHV_1479   srrB FALSE 0.025 304.000 0.000 NA   NA
 3679829 3679830 SAHV_1479 SAHV_1480 srrB srrA TRUE 0.993 -34.000 0.111 1.000 Y NA
 3679830 3679831 SAHV_1480 SAHV_1481 srrA rluB FALSE 0.305 133.000 0.046 1.000 N NA
 3679831 3679832 SAHV_1481 SAHV_1482 rluB   TRUE 0.975 -7.000 0.224 NA N NA
 3679832 3679833 SAHV_1482 SAHV_1483     TRUE 0.987 -7.000 0.570 NA   NA
 3679835 3679836 SAHV_1485 SAHV_1486 xerD   TRUE 0.577 49.000 0.029 1.000 N NA
 3679836 3679837 SAHV_1486 SAHV_1487     FALSE 0.341 105.000 0.021 1.000 N NA
 3679839 3679840 SAHV_1489 SAHV_1490     TRUE 0.653 16.000 0.000 NA   NA
 3679843 3679844 SAHV_1493 SAHV_1494   graE FALSE 0.063 230.000 0.000 1.000 N NA
 3679845 3679846 SAHV_1495 SAHV_1496 malA malR TRUE 0.946 16.000 0.500 1.000 N NA
 3679846 3679847 SAHV_1496 SAHV_1497 malR   FALSE 0.099 194.000 0.000 1.000   NA
 3679847 3679848 SAHV_1497 SAHV_1498     FALSE 0.017 467.000 0.000 1.000   NA
 3679848 3679849 SAHV_1498 SAHV_1499   gnd FALSE 0.164 316.000 0.000 1.000 Y NA
 3679849 3679850 SAHV_1499 SAHV_1500 gnd   FALSE 0.471 68.000 0.035 1.000 N NA
 3679850 3679851 SAHV_1500 SAHV_1501     FALSE 0.010 569.000 0.000 NA   NA
 3679851 3679852 SAHV_1501 SAHV_1502     TRUE 0.823 14.000 0.097 NA   NA
 3679852 3679853 SAHV_1502 SAHV_1503   bmfBB FALSE 0.042 351.000 0.058 NA   NA
 3679853 3679854 SAHV_1503 SAHV_1504 bmfBB bfmBAB TRUE 0.991 13.000 0.882 0.055 Y NA
 3679854 3679855 SAHV_1504 SAHV_1505 bfmBAB bfmBAA TRUE 0.998 0.000 0.897 0.001 Y NA
 3679855 3679856 SAHV_1505 SAHV_1506 bfmBAA   TRUE 0.980 16.000 0.414 1.000 Y NA
 3679856 3679857 SAHV_1506 SAHV_1507   recN FALSE 0.197 151.000 0.002 1.000 N NA
 3679857 3679858 SAHV_1507 SAHV_1508 recN ahrC TRUE 0.836 16.000 0.056 1.000 N NA
 3679858 3679859 SAHV_1508 SAHV_1509 ahrC ispA FALSE 0.019 432.000 0.000 1.000 N NA
 3679859 3679860 SAHV_1509 SAHV_1510 ispA   TRUE 0.972 -22.000 0.100 1.000 N NA
 3679860 3679861 SAHV_1510 SAHV_1511     TRUE 0.998 -7.000 0.412 0.001 Y NA
 3679861 3679862 SAHV_1511 SAHV_1512     TRUE 0.779 17.000 0.011 1.000 N NA
 3679862 3679863 SAHV_1512 SAHV_1513     TRUE 0.708 60.000 0.265 NA   NA
 3679863 3679864 SAHV_1513 SAHV_1514   accC TRUE 0.923 15.000 0.373 NA   NA
 3679864 3679865 SAHV_1514 SAHV_1515 accC accB TRUE 0.993 0.000 0.086 0.003 Y NA
 3679865 3679866 SAHV_1515 SAHV_1516 accB   FALSE 0.043 474.000 0.120 1.000 N NA
 3679866 3679867 SAHV_1516 SAHV_1517     TRUE 0.854 26.000 0.160 1.000 N NA
 3679868 3679869 SAHV_1518 SAHV_1519     TRUE 0.956 14.000 1.000 NA   NA
 3679872 3679873 SAHV_1522 SAHV_1523     TRUE 0.998 -7.000 0.316 0.001 Y NA
 3679873 3679874 SAHV_1523 SAHV_1524     TRUE 0.982 20.000 0.092 0.001 Y NA
 3679874 3679875 SAHV_1524 SAHV_1525     TRUE 0.555 159.000 0.019 1.000 Y NA
 3679875 3679876 SAHV_1525 SAHV_1526     FALSE 0.075 233.000 0.029 NA N NA
 3679876 3679877 SAHV_1526 SAHV_1527     TRUE 0.958 -82.000 0.054 NA   NA
 3679877 3679878 SAHV_1527 SAHV_1528     TRUE 0.909 -13.000 0.000 NA   NA
 3679878 3679879 SAHV_1528 SAHV_1529     TRUE 0.985 -10.000 0.000 NA Y NA
 3679879 3679880 SAHV_1529 SAHV_1530     TRUE 0.986 14.000 0.861 1.000 Y NA
 3679880 3679881 SAHV_1530 SAHV_1531     TRUE 0.997 -28.000 0.639 1.000 Y NA
 3679881 3679882 SAHV_1531 SAHV_1532     TRUE 0.531 52.000 0.015 1.000   NA
 3679882 3679883 SAHV_1532 SAHV_1533     TRUE 0.911 -3.000 0.015 NA   NA
 3679883 3679884 SAHV_1533 SAHV_1534   glcK TRUE 0.894 0.000 0.024 NA   NA
 3679884 3679885 SAHV_1534 SAHV_1535 glcK   TRUE 0.982 -3.000 0.496 NA   NA
 3679885 3679886 SAHV_1535 SAHV_1536     TRUE 0.958 -19.000 0.058 NA   NA
 3679886 3679887 SAHV_1536 SAHV_1537     TRUE 0.743 12.000 0.006 1.000   NA
 3679887 3679888 SAHV_1537 SAHV_1538   rpmG FALSE 0.136 209.000 0.045 1.000 N NA
 3679888 3679889 SAHV_1538 SAHV_1539 rpmG pbp3 FALSE 0.316 113.000 0.019 1.000 N NA
 3679889 3679890 SAHV_1539 SAHV_1540 pbp3 sodA FALSE 0.389 121.000 0.085 1.000 N NA
 3679890 3679891 SAHV_1540 SAHV_1541 sodA   FALSE 0.208 276.000 0.000 1.000 Y NA
 3679891 3679892 SAHV_1541 SAHV_1542     TRUE 0.997 -13.000 0.480 1.000 Y NA
 3679892 3679893 SAHV_1542 SAHV_1543     TRUE 0.947 42.000 0.148 0.099 Y NA
 3679893 3679894 SAHV_1543 SAHV_1544     FALSE 0.227 144.000 0.012 1.000 N NA
 3679894 3679895 SAHV_1544 SAHV_1545     TRUE 0.961 10.000 0.104 1.000 Y NA
 3679895 3679896 SAHV_1545 SAHV_1546     FALSE 0.288 114.000 0.032 NA   NA
 3679896 3679897 SAHV_1546 SAHV_1547     TRUE 0.940 3.000 0.283 NA   NA
 3679897 3679898 SAHV_1547 SAHV_1548   sigA FALSE 0.465 131.000 0.239 NA   NA
 3679898 3679899 SAHV_1548 SAHV_1549 sigA dnaG FALSE 0.210 224.000 0.209 1.000 N NA
 3679899 3679900 SAHV_1549 SAHV_1550 dnaG   FALSE 0.400 61.000 0.011 NA   NA
 3679900 3679901 SAHV_1550 SAHV_1551     TRUE 0.941 11.000 0.621 NA   NA
 3679903 3679904 SAHV_1553 SAHV_1554   bex TRUE 0.845 22.000 0.108 1.000   NA
 3679904 3679905 SAHV_1554 SAHV_1555 bex cdd TRUE 0.935 1.000 0.098 1.000   NA
 3679905 3679906 SAHV_1555 SAHV_1556 cdd   TRUE 0.859 11.000 0.108 1.000 N NA
 3679906 3679907 SAHV_1556 SAHV_1557     TRUE 0.800 3.000 0.007 NA   NA
 3679907 3679908 SAHV_1557 SAHV_1558   phoH TRUE 0.969 1.000 0.457 NA   NA
 3679908 3679909 SAHV_1558 SAHV_1559 phoH   FALSE 0.025 304.000 0.000 NA   NA
 3679909 3679910 SAHV_1559 SAHV_1560     TRUE 0.800 17.000 0.055 NA   NA
 3679910 3679911 SAHV_1560 SAHV_1561     TRUE 0.900 18.000 0.258 NA   NA
 3679911 3679912 SAHV_1561 SAHV_1562   rpsU FALSE 0.071 220.000 0.011 NA   NA
 3679912 3679913 SAHV_1562 SAHV_1563 rpsU   FALSE 0.053 293.000 0.016 1.000   NA
 3679913 3679914 SAHV_1563 SAHV_1564     TRUE 0.880 7.000 0.163 NA   NA
 3679914 3679915 SAHV_1564 SAHV_1565     TRUE 0.944 2.000 0.227 NA   NA
 3679915 3679916 SAHV_1565 SAHV_1566   dnaJ TRUE 0.907 4.000 0.133 1.000 N NA
 3679916 3679917 SAHV_1566 SAHV_1567 dnaJ dnaK TRUE 0.873 136.000 0.196 0.002 Y NA
 3679917 3679918 SAHV_1567 SAHV_1568 dnaK grpE TRUE 0.936 69.000 0.224 0.005 Y NA
 3679918 3679919 SAHV_1568 SAHV_1569 grpE hrcA TRUE 0.855 32.000 0.286 1.000 N NA
 3679919 3679920 SAHV_1569 SAHV_1570 hrcA hemN FALSE 0.440 101.000 0.082 1.000 N NA
 3679924 3679925 SAHV_1574 SAHV_1575     TRUE 0.697 57.000 0.163 1.000   NA
 3679925 3679926 SAHV_1575 SAHV_1576   comEB TRUE 0.860 5.000 0.055 1.000   NA
 3679926 3679927 SAHV_1576 SAHV_1577 comEB   FALSE 0.475 92.000 0.095 1.000 N NA
 3679927 3679928 SAHV_1577 SAHV_1578     TRUE 0.587 49.000 0.033 1.000   NA
 3679928 3679929 SAHV_1578 SAHV_1579     TRUE 0.884 3.000 0.085 NA   NA
 3679929 3679930 SAHV_1579 SAHV_1580     TRUE 0.937 1.000 0.149 NA   NA
 3679930 3679931 SAHV_1580 SAHV_1581     TRUE 0.994 -10.000 0.199 1.000 Y NA
 3679931 3679932 SAHV_1581 SAHV_1582     TRUE 0.912 3.000 0.150 NA N NA
 3679932 3679933 SAHV_1582 SAHV_1583   aroE TRUE 0.866 4.000 0.089 NA N NA
 3679933 3679934 SAHV_1583 SAHV_1584 aroE   TRUE 0.925 14.000 0.336 1.000   NA
 3679934 3679935 SAHV_1584 SAHV_1585     TRUE 0.977 1.000 0.555 1.000   NA
 3679935 3679936 SAHV_1585 SAHV_1586   pfs TRUE 0.774 20.000 0.019 1.000   NA
 3679938 3679939 SAHV_1588 SAHV_1589     FALSE 0.393 149.000 0.000 0.017   NA
 3679939 3679940 SAHV_1589 SAHV_1590     FALSE 0.013 707.000 0.000 1.000   NA
 3679940 3679941 SAHV_1590 SAHV_1591     FALSE 0.039 289.000 0.000 1.000   NA
 3679941 3679942 SAHV_1591 SAHV_1592     TRUE 0.835 13.000 0.084 1.000   NA
 3679942 3679943 SAHV_1592 SAHV_1593     TRUE 0.934 0.000 0.062 1.000   NA
 3679943 3679944 SAHV_1593 SAHV_1594     TRUE 0.976 14.000 0.031 0.003 Y NA
 3679944 3679945 SAHV_1594 SAHV_1595     TRUE 0.968 2.000 0.429 1.000 N NA
 3679945 3679946 SAHV_1595 SAHV_1596     TRUE 0.997 -10.000 0.184 0.002 Y NA
 3679946 3679947 SAHV_1596 SAHV_1597   greA FALSE 0.031 326.000 0.000 1.000 N NA
 3679947 3679948 SAHV_1597 SAHV_1598 greA udk TRUE 0.799 28.000 0.095 1.000 N NA
 3679948 3679949 SAHV_1598 SAHV_1599 udk   TRUE 0.944 0.000 0.100 1.000 N NA
 3679949 3679950 SAHV_1599 SAHV_1600     TRUE 0.985 12.000 0.156 0.001 Y NA
 3679950 3679951 SAHV_1600 SAHV_1601     TRUE 0.924 3.000 0.142 1.000   NA
 3679951 3679952 SAHV_1601 SAHV_1602     FALSE 0.028 285.000 0.000 NA   NA
 3679952 3679953 SAHV_1602 SAHV_1603     TRUE 0.945 15.000 0.651 NA   NA
 3679953 3679954 SAHV_1603 SAHV_1604     TRUE 0.794 61.000 0.537 NA   NA
 3679954 3679955 SAHV_1604 SAHV_1605   alaS TRUE 0.563 63.000 0.110 NA   NA
 3679955 3679956 SAHV_1605 SAHV_1606 alaS   FALSE 0.028 343.000 0.000 1.000 N NA
 3679956 3679957 SAHV_1606 SAHV_1607     TRUE 0.958 2.000 0.281 1.000   NA
 3679957 3679958 SAHV_1607 SAHV_1608     FALSE 0.022 695.000 0.038 1.000   NA
 3679958 3679959 SAHV_1608 SAHV_1609     TRUE 0.926 1.000 0.072 1.000 N NA
 3679961 3679962 SAHV_1611 SAHV_1612   csbD FALSE 0.424 40.000 0.000 NA   NA
 3679962 3679963 SAHV_1612 SAHV_1613 csbD   FALSE 0.203 100.000 0.000 NA   NA
 3679965 3679966 SAHV_1615 SAHV_1616     FALSE 0.055 214.000 0.000 NA   NA
 3679966 3679967 SAHV_1616 SAHV_1617   aspS FALSE 0.131 146.000 0.000 NA   NA
 3679967 3679968 SAHV_1617 SAHV_1618 aspS hisS TRUE 0.982 16.000 0.161 0.046 Y NA
 3679968 3679969 SAHV_1618 SAHV_1619 hisS lytH FALSE 0.017 461.000 0.000 1.000 N NA
 3679969 3679970 SAHV_1619 SAHV_1620 lytH   TRUE 0.928 -3.000 0.010 1.000 N NA
 3679970 3679971 SAHV_1620 SAHV_1621   relA TRUE 0.883 12.000 0.177 1.000 N NA
 3679971 3679972 SAHV_1621 SAHV_1622 relA apt FALSE 0.039 428.000 0.068 1.000 N NA
 3679972 3679973 SAHV_1622 SAHV_1623 apt   TRUE 0.855 22.000 0.128 1.000 N NA
 3679973 3679974 SAHV_1623 SAHV_1624   secF FALSE 0.110 203.000 0.007 1.000 N NA
 3679974 3679975 SAHV_1624 SAHV_1625 secF   FALSE 0.204 275.000 0.005 NA Y NA
 3679975 3679976 SAHV_1625 SAHV_1626   tgt TRUE 0.909 19.000 0.325 NA N NA
 3679976 3679977 SAHV_1626 SAHV_1627 tgt queA TRUE 0.989 23.000 0.360 0.001 Y NA
 3679977 3679978 SAHV_1627 SAHV_1628 queA ruvB TRUE 0.914 2.000 0.069 1.000 N NA
 3679978 3679979 SAHV_1628 SAHV_1629 ruvB ruvA TRUE 0.985 32.000 0.549 0.002 Y NA
 3679979 3679980 SAHV_1629 SAHV_1630 ruvA   TRUE 0.762 14.000 0.009 1.000   NA
 3679980 3679981 SAHV_1630 SAHV_1631   obg TRUE 0.796 10.000 0.024 1.000   NA
 3679981 3679982 SAHV_1631 SAHV_1632 obg rpmA FALSE 0.124 354.000 0.335 1.000   NA
 3679982 3679983 SAHV_1632 SAHV_1633 rpmA   TRUE 0.963 12.000 0.203 NA Y NA
 3679983 3679984 SAHV_1633 SAHV_1634   rplU TRUE 0.971 6.000 0.208 NA Y NA
 3679984 3679985 SAHV_1634 SAHV_1635 rplU   FALSE 0.077 236.000 0.008 1.000 N NA
 3679985 3679986 SAHV_1635 SAHV_1636     TRUE 0.997 0.000 0.550 0.003 Y NA
 3679986 3679987 SAHV_1636 SAHV_1637     FALSE 0.015 392.000 0.000 NA   NA
 3679989 3679990 SAHV_1639 SAHV_1640     FALSE 0.014 429.000 0.000 NA   NA
 3679990 3679991 SAHV_1640 SAHV_1641     FALSE 0.019 359.000 0.000 NA   NA
 3679993 3679994 SAHV_1643 SAHV_1644 ant(9) tnpC FALSE 0.124 151.000 0.000 NA   NA
 3679994 3679995 SAHV_1644 SAHV_1645 tnpC tnpB TRUE 0.662 7.000 0.000 NA   NA
 3679995 3679996 SAHV_1645 SAHV_1646 tnpB tnpA TRUE 0.992 -3.000 0.000 0.007 Y NA
 3679996 3679997 SAHV_1646 SAHV_1647 tnpA   TRUE 0.628 119.000 0.000 1.000 Y NA
 3679997 3679998 SAHV_1647 SAHV_1648     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3679998 3679999 SAHV_1648 SAHV_1649   folC FALSE 0.046 270.000 0.000 1.000 N NA
 3679999 3680000 SAHV_1649 SAHV_1650 folC valS TRUE 0.864 13.000 0.006 0.098 N NA
 3680002 3680003 SAHV_1652 SAHV_1653     FALSE 0.465 34.000 0.000 NA   NA
 3680003 3680004 SAHV_1653 SAHV_1654   hemL FALSE 0.258 73.000 0.000 NA   NA
 3680004 3680005 SAHV_1654 SAHV_1655 hemL hemB TRUE 0.956 48.000 0.126 0.002 Y NA
 3680005 3680006 SAHV_1655 SAHV_1656 hemB hemD TRUE 0.987 3.000 0.042 0.002 Y NA
 3680006 3680007 SAHV_1656 SAHV_1657 hemD hemC TRUE 0.973 22.000 0.020 0.002 Y NA
 3680007 3680008 SAHV_1657 SAHV_1658 hemC hemX TRUE 0.631 42.000 0.040 1.000 N NA
 3680008 3680009 SAHV_1658 SAHV_1659 hemX hemA TRUE 0.942 22.000 0.613 1.000 N NA
 3680009 3680010 SAHV_1659 SAHV_1660 hemA   FALSE 0.104 217.000 0.020 1.000   NA
 3680010 3680011 SAHV_1660 SAHV_1661   clpX FALSE 0.254 154.000 0.043 1.000   NA
 3680011 3680012 SAHV_1661 SAHV_1662 clpX tig TRUE 0.783 151.000 0.033 0.002 Y NA
 3680012 3680013 SAHV_1662 SAHV_1663 tig   FALSE 0.153 163.000 0.012 NA   NA
 3680013 3680014 SAHV_1663 SAHV_1664     TRUE 0.877 19.000 0.195 NA   NA
 3680014 3680015 SAHV_1664 SAHV_1665   rplT FALSE 0.218 142.000 0.004 1.000   NA
 3680015 3680016 SAHV_1665 SAHV_1666 rplT rpmI TRUE 0.981 47.000 0.928 0.018 Y NA
 3680016 3680017 SAHV_1666 SAHV_1667 rpmI infC TRUE 0.975 29.000 0.652 1.000 Y NA
 3680017 3680018 SAHV_1667 SAHV_1668 infC   FALSE 0.070 238.000 0.004 1.000 N NA
 3680018 3680019 SAHV_1668 SAHV_1669   thrS FALSE 0.019 426.000 0.000 1.000 N NA
 3680019 3680020 SAHV_1669 SAHV_1670 thrS dnaI FALSE 0.048 413.000 0.000 0.098 N NA
 3680020 3680021 SAHV_1670 SAHV_1671 dnaI dnaB TRUE 0.994 0.000 0.817 NA Y NA
 3680021 3680022 SAHV_1671 SAHV_1672 dnaB   TRUE 0.924 1.000 0.109 NA N NA
 3680022 3680023 SAHV_1672 SAHV_1673   gapB FALSE 0.073 211.000 0.004 NA N NA
 3680023 3680024 SAHV_1673 SAHV_1674 gapB   FALSE 0.188 170.000 0.020 1.000 N NA
 3680024 3680025 SAHV_1674 SAHV_1675     TRUE 0.844 16.000 0.066 1.000 N NA
 3680025 3680026 SAHV_1675 SAHV_1676   polA TRUE 0.963 16.000 0.101 1.000 Y NA
 3680026 3680027 SAHV_1676 SAHV_1677 polA   FALSE 0.027 294.000 0.000 NA   NA
 3680027 3680028 SAHV_1677 SAHV_1678   phoR FALSE 0.011 499.000 0.000 NA   NA
 3680028 3680029 SAHV_1678 SAHV_1679 phoR phoP TRUE 0.995 -3.000 0.159 0.047 Y NA
 3680029 3680030 SAHV_1679 SAHV_1680 phoP citC FALSE 0.022 390.000 0.000 1.000 N NA
 3680030 3680031 SAHV_1680 SAHV_1681 citC citZ TRUE 0.904 49.000 0.140 1.000 Y NA
 3680033 3680034 SAHV_1683 SAHV_1684 pykA pfk TRUE 0.985 22.000 0.261 0.005 Y NA
 3680036 3680037 SAHV_1686 SAHV_1687 accA   TRUE 0.996 0.000 0.234 0.001 Y NA
 3680037 3680038 SAHV_1687 SAHV_1688     FALSE 0.125 195.000 0.010 1.000 N NA
 3680038 3680039 SAHV_1688 SAHV_1689   dnaE FALSE 0.047 450.000 0.127 1.000 N NA
 3680039 3680040 SAHV_1689 SAHV_1690 dnaE   TRUE 0.877 21.000 0.159 1.000   NA
 3680040 3680041 SAHV_1690 SAHV_1691     FALSE 0.083 312.000 0.113 1.000   NA
 3680047 3680048 SAHV_1697 SAHV_1698 ackA   TRUE 0.606 88.000 0.217 1.000 N NA
 3680048 3680049 SAHV_1698 SAHV_1699     FALSE 0.386 123.000 0.089 1.000 N NA
 3680049 3680050 SAHV_1699 SAHV_1700     FALSE 0.330 98.000 0.009 1.000   NA
 3680050 3680051 SAHV_1700 SAHV_1701     TRUE 0.577 44.000 0.016 1.000   NA
 3680051 3680052 SAHV_1701 SAHV_1702     TRUE 0.974 0.000 0.349 1.000 N NA
 3680052 3680053 SAHV_1702 SAHV_1703     FALSE 0.083 373.000 0.201 1.000 N NA
 3680054 3680055 SAHV_1704 SAHV_1705   rpsD FALSE 0.051 244.000 0.005 NA N NA
 3680055 3680056 SAHV_1705 SAHV_1706 rpsD tnp FALSE 0.101 192.000 0.000 1.000 N NA
 3680058 3680059 SAHV_1708 SAHV_1709     FALSE 0.331 115.000 0.027 1.000 N NA
 3680059 3680060 SAHV_1709 SAHV_1710   serA TRUE 0.993 -13.000 0.113 1.000 Y NA
 3680061 3680062 SAHV_1711 SAHV_1712   ptaA FALSE 0.354 107.000 0.062 NA   NA
 3680062 3680063 SAHV_1712 SAHV_1713 ptaA   FALSE 0.291 128.000 0.025 1.000 N NA
 3680067 3680068 SAHV_1717 SAHV_1718   fhs FALSE 0.031 333.000 0.000 1.000   NA
 3680068 3680069 SAHV_1718 SAHV_1719 fhs acsA FALSE 0.018 440.000 0.000 1.000 N NA
 3680070 3680071 SAHV_1720 SAHV_1721 acuA acuC TRUE 0.807 25.000 0.075 1.000   NA
 3680072 3680073 SAHV_1722 SAHV_1723 ccpA   FALSE 0.020 585.000 0.017 1.000 N NA
 3680073 3680074 SAHV_1723 SAHV_1724     FALSE 0.009 694.000 0.000 NA   NA
 3680074 3680075 SAHV_1724 SAHV_1725     TRUE 0.607 74.000 0.222 NA   NA
 3680075 3680076 SAHV_1725 SAHV_1726   murC FALSE 0.336 74.000 0.014 NA   NA
 3680076 3680077 SAHV_1726 SAHV_1727 murC   TRUE 0.897 24.000 0.017 0.005 N NA
 3680077 3680078 SAHV_1727 SAHV_1728     TRUE 0.870 21.000 0.143 1.000   NA
 3680078 3680079 SAHV_1728 SAHV_1729     TRUE 0.904 29.000 0.511 NA   NA
 3680079 3680080 SAHV_1729 SAHV_1730     TRUE 0.672 100.000 0.500 NA   NA
 3680080 3680081 SAHV_1730 SAHV_1731     TRUE 0.565 65.000 0.081 1.000 N NA
 3680083 3680084 SAHV_1733 SAHV_1734     FALSE 0.044 471.000 0.117 1.000   NA
 3680084 3680085 SAHV_1734 SAHV_1735     TRUE 0.888 15.000 0.154 1.000   NA
 3680085 3680086 SAHV_1735 SAHV_1736     FALSE 0.014 550.000 0.000 1.000 N NA
 3680086 3680087 SAHV_1736 SAHV_1737     TRUE 0.975 4.000 0.143 1.000 Y NA
 3680087 3680088 SAHV_1737 SAHV_1738     FALSE 0.010 558.000 0.000 NA   NA
 3680088 3680089 SAHV_1738 SAHV_1739     TRUE 0.897 17.000 0.233 NA   NA
 3680089 3680090 SAHV_1739 SAHV_1740     TRUE 0.974 -3.000 0.233 1.000   NA
 3680091 3680092 SAHV_1741 SAHV_1742     TRUE 0.952 -25.000 0.037 NA   NA
 3680093 3680094 SAHV_1743 SAHV_1744 mrp mrp TRUE 0.877 0.000 0.000 1.000   NA
 3680094 3680095 SAHV_1744 SAHV_1745 mrp   FALSE 0.022 326.000 0.000 NA N NA
 3680095 3680096 SAHV_1745 SAHV_1746   leuS TRUE 0.670 22.000 0.007 NA N NA
 3680096 3680097 SAHV_1746 SAHV_1747 leuS   FALSE 0.038 291.000 0.000 1.000 N NA
 3680098 3680099 SAHV_1748 SAHV_1749     TRUE 0.982 -3.000 0.408 1.000   NA
 3680100 3680101 SAHV_1750 SAHV_1751 rot   FALSE 0.016 510.000 0.000 1.000   NA
 3680103 3680104 SAHV_1753 SAHV_1754   ribA TRUE 0.975 13.000 0.022 0.002 Y NA
 3680104 3680105 SAHV_1754 SAHV_1755 ribA ribB TRUE 0.946 11.000 0.026 1.000 Y NA
 3680105 3680106 SAHV_1755 SAHV_1756 ribB ribD TRUE 0.982 7.000 0.456 1.000 Y NA
 3680106 3680107 SAHV_1756 SAHV_1757 ribD   FALSE 0.012 481.000 0.000 NA   NA
 3680108 3680109 SAHV_1758 SAHV_1759     TRUE 0.875 0.000 0.000 1.000 N NA
 3680110 3680111 SAHV_1760 SAHV_1761     FALSE 0.032 276.000 0.000 NA   NA
 3680112 3680113 SAHV_1762 SAHV_1763     FALSE 0.446 113.000 0.150 NA   NA
 3680117 3680118 SAHV_1767 SAHV_1768     FALSE 0.155 178.000 0.034 NA   NA
 3680118 3680119 SAHV_1768 SAHV_1769     TRUE 0.993 -3.000 0.069 0.075 Y NA
 3680119 3680120 SAHV_1769 SAHV_1770     FALSE 0.012 462.000 0.000 NA N NA
 3680120 3680121 SAHV_1770 SAHV_1771     FALSE 0.092 176.000 0.000 NA   NA
 3680121 3680122 SAHV_1771 SAHV_1772     TRUE 0.914 -81.000 0.000 NA   NA
 3680123 3680124 SAHV_1773 SAHV_1774     FALSE 0.216 212.000 0.222 NA   NA
 3680124 3680125 SAHV_1774 SAHV_1775   metK FALSE 0.309 119.000 0.054 NA   NA
 3680126 3680127 SAHV_1776 SAHV_1777 pckA   FALSE 0.161 124.000 0.000 NA   NA
 3680128 3680129 SAHV_1778 SAHV_1779     TRUE 0.980 -19.000 0.182 1.000   NA
 3680131 3680132 SAHV_1781 SAHV_1782 menC menE TRUE 0.835 5.000 0.029 1.000 N NA
 3680132 3680133 SAHV_1782 SAHV_1783 menE   FALSE 0.112 159.000 0.000 NA   NA
 3680134 3680135 SAHV_1784 SAHV_1785     FALSE 0.236 81.000 0.000 NA   NA
 3680135 3680136 SAHV_1785 SAHV_1786     FALSE 0.249 75.000 0.000 NA   NA
 3680136 3680137 SAHV_1786 SAHV_1787     FALSE 0.419 41.000 0.000 NA   NA
 3680137 3680138 SAHV_1787 SAHV_1788     FALSE 0.201 101.000 0.000 NA   NA
 3680139 3680140 SAHV_1789 SAHV_1790     TRUE 0.605 22.000 0.000 NA   NA
 3680140 3680141 SAHV_1790 SAHV_1791   tnp FALSE 0.009 755.000 0.000 NA   NA
 3680141 3680142 SAHV_1791 SAHV_1792 tnp   FALSE 0.046 452.000 0.000 0.053   NA
 3680142 3680143 SAHV_1792 SAHV_1793     TRUE 0.993 -7.000 0.011 0.053 Y NA
 3680143 3680144 SAHV_1793 SAHV_1794   splF FALSE 0.026 361.000 0.000 1.000 N NA
 3680144 3680145 SAHV_1794 SAHV_1795 splF splD TRUE 0.831 158.000 0.200 0.004 Y NA
 3680145 3680146 SAHV_1795 SAHV_1796 splD splC TRUE 0.885 121.000 0.200 0.004 Y NA
 3680146 3680147 SAHV_1796 SAHV_1797 splC splB TRUE 0.949 58.000 0.200 0.004 Y NA
 3680147 3680148 SAHV_1797 SAHV_1798 splB splA TRUE 0.879 125.000 0.200 0.004 Y NA
 3680148 3680149 SAHV_1798 SAHV_1799 splA   FALSE 0.013 436.000 0.000 NA   NA
 3680152 3680153 SAHV_1802 SAHV_1803     TRUE 0.865 5.000 0.103 NA   NA
 3680154 3680155 SAHV_1804 SAHV_1805 lukD lukE TRUE 0.949 2.000 0.000 0.004   NA
 3680156 3680157 SAHV_1806 SAHV_1807     FALSE 0.009 834.000 0.000 NA   NA
 3680157 3680158 SAHV_1807 SAHV_1808     FALSE 0.021 335.000 0.000 NA   NA
 3680159 3680160 SAHV_1809 SAHV_1810 seg sen FALSE 0.119 283.000 0.000 0.016   NA
 3680160 3680161 SAHV_1810 SAHV_1811 sen yent2 TRUE 0.889 18.000 0.000 0.016   NA
 3680161 3680162 SAHV_1811 SAHV_1812 yent2 yent1 TRUE 0.980 -40.000 0.000 0.016   NA
 3680162 3680163 SAHV_1812 SAHV_1813 yent1 sei FALSE 0.381 154.000 0.000 0.016   NA
 3680163 3680164 SAHV_1813 SAHV_1814 sei sem TRUE 0.793 35.000 0.000 0.016   NA
 3680164 3680165 SAHV_1814 SAHV_1815 sem seo FALSE 0.121 281.000 0.000 0.016   NA
 3680165 3680166 SAHV_1815 SAHV_t0017 seo   FALSE 0.058 211.000 0.000 NA   NA
 3680166 3680167 SAHV_t0017 SAHV_t0018     FALSE 0.370 51.000 0.000 NA   NA
 3680167 3680168 SAHV_t0018 SAHV_t0019     TRUE 0.834 0.000 0.000 NA   NA
 3680168 3680169 SAHV_t0019 SAHV_t0020     TRUE 0.653 16.000 0.000 NA   NA
 3680169 3680170 SAHV_t0020 SAHV_t0021     TRUE 0.629 14.000 0.000 NA   NA
 3680170 3680171 SAHV_t0021 SAHV_t0022     TRUE 0.642 10.000 0.000 NA   NA
 3680171 3680172 SAHV_t0022 SAHV_t0023     TRUE 0.650 17.000 0.000 NA   NA
 3680172 3680173 SAHV_t0023 SAHV_t0024     TRUE 0.631 19.000 0.000 NA   NA
 3680173 3680174 SAHV_t0024 SAHV_1816     FALSE 0.015 401.000 0.000 NA   NA
 3680174 3680175 SAHV_1816 SAHV_1817   hemY FALSE 0.049 323.000 0.057 NA   NA
 3680175 3680176 SAHV_1817 SAHV_1818 hemY hemH TRUE 0.970 24.000 0.069 0.026 Y NA
 3680176 3680177 SAHV_1818 SAHV_1819 hemH hemE TRUE 0.881 58.000 0.131 1.000 Y NA
 3680179 3680180 SAHV_1821 SAHV_1822     TRUE 0.956 -7.000 0.083 NA N NA
 3680181 3680182 SAHV_1823 SAHV_1824 hit   FALSE 0.343 142.000 0.137 NA   NA
 3680182 3680183 SAHV_1824 SAHV_1825     FALSE 0.037 735.000 0.190 NA   NA
 3680183 3680184 SAHV_1825 SAHV_1826   prsA FALSE 0.063 205.000 0.000 NA   NA
 3680185 3680186 SAHV_1827 SAHV_1828 cbf1   TRUE 0.974 -3.000 0.291 NA   NA
 3680186 3680187 SAHV_1828 SAHV_1829     TRUE 0.983 -10.000 0.330 NA   NA
 3680187 3680188 SAHV_1829 SAHV_1830     FALSE 0.023 928.000 0.093 NA   NA
 3680188 3680189 SAHV_1830 SAHV_1831     TRUE 0.684 69.000 0.321 NA   NA
 3680189 3680190 SAHV_1831 SAHV_1832     FALSE 0.147 179.000 0.029 NA   NA
 3680190 3680191 SAHV_1832 SAHV_1833   yhcR FALSE 0.243 356.000 0.000 0.016 Y NA
 3680191 3680192 SAHV_1833 SAHV_1834 yhcR yhcS TRUE 0.989 22.000 0.536 0.011 Y NA
 3680194 3680195 SAHV_1836 SAHV_1837 citG   FALSE 0.094 196.000 0.009 NA   NA
 3680195 3680196 SAHV_1837 SAHV_1838     FALSE 0.084 548.000 0.571 NA   NA
 3680196 3680197 SAHV_1838 SAHV_1839     TRUE 0.691 25.000 0.021 NA   NA
 3680197 3680198 SAHV_1839 SAHV_1840     FALSE 0.211 159.000 0.021 1.000 N NA
 3680198 3680199 SAHV_1840 SAHV_1841     TRUE 0.873 5.000 0.077 1.000 N NA
 3680199 3680200 SAHV_1841 SAHV_1842     FALSE 0.261 151.000 0.044 1.000 N NA
 3680200 3680201 SAHV_1842 SAHV_1843     TRUE 0.994 -13.000 0.154 1.000 Y NA
 3680201 3680202 SAHV_1843 SAHV_1844     FALSE 0.047 390.000 0.077 1.000   NA
 3680204 3680205 SAHV_t0025 SAHV_t0026     FALSE 0.429 39.000 0.000 NA   NA
 3680205 3680206 SAHV_t0026 SAHV_t0027     TRUE 0.629 14.000 0.000 NA   NA
 3680206 3680207 SAHV_t0027 SAHV_t0028     TRUE 0.653 16.000 0.000 NA   NA
 3680207 3680208 SAHV_t0028 SAHV_t0029     TRUE 0.653 8.000 0.000 NA   NA
 3680208 3680209 SAHV_t0029 SAHV_t0030     TRUE 0.746 3.000 0.000 NA   NA
 3680209 3680210 SAHV_t0030 SAHV_t0031     TRUE 0.653 8.000 0.000 NA   NA
 3680210 3680211 SAHV_t0031 SAHV_t0032     TRUE 0.808 1.000 0.000 NA   NA
 3680211 3680212 SAHV_t0032 SAHV_t0033     TRUE 0.632 11.000 0.000 NA   NA
 3680212 3680213 SAHV_t0033 SAHV_t0034     TRUE 0.692 5.000 0.000 NA   NA
 3680213 3680214 SAHV_t0034 SAHV_t0035     TRUE 0.713 4.000 0.000 NA   NA
 3680214 3680215 SAHV_t0035 SAHV_t0036     TRUE 0.640 18.000 0.000 NA   NA
 3680215 3680216 SAHV_t0036 SAHV_t0037     TRUE 0.640 18.000 0.000 NA   NA
 3680216 3680217 SAHV_t0037 SAHV_t0038     TRUE 0.614 13.000 0.000 NA   NA
 3680217 3680218 SAHV_t0038 SAHV_t0039     FALSE 0.444 37.000 0.000 NA   NA
 3680218 3680219 SAHV_t0039 SAHV_t0040     TRUE 0.676 6.000 0.000 NA   NA
 3680219 3680220 SAHV_t0040 SAHV_t0041     TRUE 0.676 6.000 0.000 NA   NA
 3680220 3680221 SAHV_t0041 SAHV_t0042     TRUE 0.568 26.000 0.000 NA   NA
 3680221 3680222 SAHV_t0042 SAHV_t0043     TRUE 0.615 21.000 0.000 NA   NA
 3680222 3680223 SAHV_t0043 SAHV_t0044     TRUE 0.629 14.000 0.000 NA   NA
 3680223 3680224 SAHV_t0044 SAHV_t0045     TRUE 0.676 6.000 0.000 NA   NA
 3680224 3680225 SAHV_t0045 SAHV_t0046     TRUE 0.650 17.000 0.000 NA   NA
 3680225 3680226 SAHV_t0046 SAHV_t0047     TRUE 0.642 10.000 0.000 NA   NA
 3680226 3680227 SAHV_t0047 SAHV_t0048     TRUE 0.834 0.000 0.000 NA   NA
 3680227 3680228 SAHV_t0048 SAHV_t0049     TRUE 0.746 3.000 0.000 NA   NA
 3680228 3680229 SAHV_t0049 SAHV_t0050     TRUE 0.692 5.000 0.000 NA   NA
 3680229 3680230 SAHV_t0050 SAHV_t0051     TRUE 0.653 16.000 0.000 NA   NA
 3680230 3680231 SAHV_t0051 SAHV_r0008     TRUE 0.617 12.000 0.000 NA   NA
 3680231 3680232 SAHV_r0008 SAHV_r0009     FALSE 0.258 73.000 0.000 NA   NA
 3680232 3680233 SAHV_r0009 SAHV_t0052     FALSE 0.056 213.000 0.000 NA   NA
 3680233 3680234 SAHV_t0052 SAHV_t0053     TRUE 0.650 17.000 0.000 NA   NA
 3680234 3680235 SAHV_t0053 SAHV_r0010     FALSE 0.222 89.000 0.000 NA   NA
 3680235 3680236 SAHV_r0010 SAHV_1846     FALSE 0.009 741.000 0.000 NA   NA
 3680236 3680237 SAHV_1846 SAHV_1847     TRUE 0.525 97.000 0.146 1.000 N NA
 3680237 3680238 SAHV_1847 SAHV_1848     TRUE 0.808 6.000 0.017 1.000 N NA
 3680239 3680240 SAHV_1849 SAHV_1850 gsaB   FALSE 0.072 293.000 0.102 NA   NA
 3680241 3680242 SAHV_1851 SAHV_1852     FALSE 0.064 291.000 0.077 NA N NA
 3680242 3680243 SAHV_1852 SAHV_1853     FALSE 0.037 303.000 0.011 NA N NA
 3680245 3680246 SAHV_1855 SAHV_1856     TRUE 0.950 9.000 0.727 NA   NA
 3680246 3680247 SAHV_1856 SAHV_1857     TRUE 0.881 15.000 0.186 NA   NA
 3680247 3680248 SAHV_1857 SAHV_1858     TRUE 0.954 -22.000 0.045 NA   NA
 3680248 3680249 SAHV_1858 SAHV_1859   sgtB FALSE 0.062 260.000 0.004 1.000   NA
 3680249 3680250 SAHV_1859 SAHV_1860 sgtB   FALSE 0.029 340.000 0.000 1.000   NA
 3680250 3680251 SAHV_1860 SAHV_1861     FALSE 0.305 131.000 0.074 NA   NA
 3680253 3680254 SAHV_1863 SAHV_1864   ampS TRUE 0.704 90.000 0.545 NA N NA
 3680254 3680255 SAHV_1864 SAHV_1865 ampS   TRUE 0.835 12.000 0.125 NA   NA
 3680256 3680257 SAHV_1866 SAHV_1867     TRUE 0.736 7.000 0.010 NA   NA
 3680257 3680258 SAHV_1867 SAHV_1868     FALSE 0.030 278.000 0.000 NA   NA
 3680259 3680260 SAHV_1869 SAHV_1870 vraR vraS TRUE 0.999 -10.000 0.853 0.010 Y NA
 3680260 3680261 SAHV_1870 SAHV_1871 vraS   TRUE 0.985 -3.000 0.679 NA   NA
 3680261 3680262 SAHV_1871 SAHV_1872     TRUE 0.826 15.000 0.086 NA   NA
 3680262 3680263 SAHV_1872 SAHV_1873   map FALSE 0.103 217.000 0.051 NA   NA
 3680265 3680266 SAHV_1875 SAHV_1876     FALSE 0.080 186.000 0.000 NA   NA
 3680266 3680267 SAHV_1876 SAHV_1877     TRUE 0.978 2.000 0.796 1.000   NA
 3680268 3680269 SAHV_1878 SAHV_1879     FALSE 0.022 390.000 0.000 1.000 N NA
 3680270 3680271 SAHV_1880 SAHV_1881     FALSE 0.057 247.000 0.015 NA   NA
 3680271 3680272 SAHV_1881 SAHV_1882     FALSE 0.186 170.000 0.047 NA   NA
 3680272 3680273 SAHV_1882 SAHV_1883     TRUE 0.668 81.000 0.299 1.000 N NA
 3680273 3680274 SAHV_1883 SAHV_1884     FALSE 0.021 768.000 0.034 1.000 N NA
 3680274 3680275 SAHV_1884 SAHV_1885     TRUE 0.991 13.000 0.492 0.001 Y NA
 3680275 3680276 SAHV_1885 SAHV_1886     TRUE 0.997 2.000 0.643 0.001 Y NA
 3680278 3680279 SAHV_1888 SAHV_1889   dnlJ TRUE 0.738 13.000 0.030 NA   NA
 3680279 3680280 SAHV_1889 SAHV_1890 dnlJ pcrA TRUE 0.985 4.000 0.103 0.013 Y NA
 3680280 3680281 SAHV_1890 SAHV_1891 pcrA pcrB TRUE 0.948 -3.000 0.054 1.000   NA
 3680281 3680282 SAHV_1891 SAHV_1892 pcrB   FALSE 0.200 172.000 0.031 1.000   NA
 3680282 3680283 SAHV_1892 SAHV_1893   purB FALSE 0.301 109.000 0.006 1.000   NA
 3680284 3680285 SAHV_1894 SAHV_1895     TRUE 0.589 31.000 0.000 1.000   NA
 3680286 3680287 SAHV_1896 SAHV_1897   nadE FALSE 0.053 271.000 0.023 NA   NA
 3680287 3680288 SAHV_1897 SAHV_1898 nadE   TRUE 0.997 -7.000 0.194 0.001 Y NA
 3680289 3680290 SAHV_1899 SAHV_1900     TRUE 0.943 20.000 0.022 1.000 Y NA
 3680291 3680292 SAHV_1901 SAHV_1902     FALSE 0.087 205.000 0.000 1.000   NA
 3680293 3680294 SAHV_1903 SAHV_1904     TRUE 0.532 53.000 0.020 1.000 N NA
 3680294 3680295 SAHV_1904 SAHV_1905   aldH FALSE 0.118 418.000 0.008 1.000 Y NA
 3680298 3680299 SAHV_1908 SAHV_1909     FALSE 0.016 385.000 0.000 NA   NA
 3680301 3680302 SAHV_1911 SAHV_1912     TRUE 0.983 -3.000 0.545 NA   NA
 3680302 3680303 SAHV_1912 SAHV_1913     TRUE 0.816 60.000 0.636 NA   NA
 3680305 3680306 SAHV_1915 SAHV_1916     TRUE 0.979 0.000 0.615 NA   NA
 3680306 3680307 SAHV_1916 SAHV_1917     TRUE 0.872 -3.000 0.000 NA   NA
 3680307 3680308 SAHV_1917 SAHV_1918     TRUE 0.808 1.000 0.000 NA   NA
 3680308 3680309 SAHV_1918 SAHV_1919     TRUE 0.978 -3.000 0.292 1.000 N NA
 3680309 3680310 SAHV_1919 SAHV_1920 &n