MicrobesOnline Operon Predictions for Actinobacillus pleuropneumoniae L20

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2123336 2123337 APL_0001 APL_0002 dnaA dnaN TRUE 0.997 17.000 0.328 1.000 Y NA
 2123337 2123338 APL_0002 APL_0003 dnaN recF TRUE 0.701 334.000 0.318 1.000 Y NA
 2123342 2123343 APL_0007 APL_0008 lpxB sohB TRUE 0.676 30.000 0.003 1.000 N NA
 2123343 2123344 APL_0008 APL_0009 sohB   FALSE 0.033 235.000 0.000 NA   NA
 2123344 2123345 APL_0009 APL_0010   mraW TRUE 0.996 26.000 0.635 NA   NA
 2123345 2123346 APL_0010 APL_0011 mraW ftsL TRUE 0.993 13.000 0.227 1.000 N NA
 2123346 2123347 APL_0011 APL_0012 ftsL ftsI TRUE 0.980 4.000 0.044 1.000 N NA
 2123347 2123348 APL_0012 APL_0013 ftsI murE TRUE 0.966 24.000 0.022 1.000 Y NA
 2123348 2123349 APL_0013 APL_0014 murE murF TRUE 0.945 215.000 0.569 0.004 Y NA
 2123349 2123350 APL_0014 APL_0015 murF mraY TRUE 0.978 97.000 0.309 0.008 Y NA
 2123350 2123351 APL_0015 APL_0016 mraY murD TRUE 0.993 84.000 0.647 0.008 Y NA
 2123351 2123352 APL_0016 APL_0017 murD ftsW TRUE 0.998 2.000 0.297 0.006 N NA
 2123352 2123353 APL_0017 APL_0018 ftsW murG TRUE 0.903 155.000 0.647 1.000 N NA
 2123353 2123354 APL_0018 APL_0019 murG murC TRUE 0.968 52.000 0.283 1.000 Y NA
 2123354 2123355 APL_0019 APL_0020 murC ddlB TRUE 0.950 108.000 0.153 0.008 Y NA
 2123355 2123356 APL_0020 APL_0021 ddlB ftsQ TRUE 0.917 141.000 0.372 NA Y NA
 2123356 2123357 APL_0021 APL_0022 ftsQ ftsA TRUE 0.989 26.000 0.389 NA N NA
 2123357 2123358 APL_0022 APL_0023 ftsA ftsZ TRUE 0.991 39.000 0.460 1.000 Y NA
 2123358 2123359 APL_0023 APL_0024 ftsZ lpxC TRUE 0.936 34.000 0.134 1.000 N NA
 2123359 2123360 APL_0024 APL_0025 lpxC recN FALSE 0.089 162.000 0.002 1.000 N NA
 2123361 2123362 APL_0026 APL_0027     TRUE 0.998 0.000 0.472 1.000   NA
 2123362 2123363 APL_0027 APL_0028     TRUE 1.000 3.000 0.558 0.050 Y NA
 2123363 2123364 APL_0028 APL_0029     TRUE 0.983 94.000 0.431 0.050 Y NA
 2123364 2123365 APL_0029 APL_0030   prfC FALSE 0.023 194.000 0.000 1.000 N NA
 2123366 2123367 APL_0031 APL_0032   yhaH TRUE 0.631 47.000 0.000 0.095   NA
 2123367 2123368 APL_0032 APL_0033 yhaH pth FALSE 0.119 127.000 0.000 1.000   NA
 2123368 2123369 APL_0033 APL_0034 pth engD TRUE 0.911 109.000 0.184 1.000 Y NA
 2123369 2123370 APL_0034 APL_0035 engD   FALSE 0.264 72.000 0.002 NA N NA
 2123371 2123372 APL_0036 APL_0037   slyB TRUE 0.960 31.000 0.167 NA   NA
 2123372 2123373 APL_0037 APL_0038 slyB   TRUE 0.948 27.000 0.075 NA   NA
 2123374 2123375 APL_0039 APL_0040 argS yhbZ FALSE 0.145 144.000 0.002 1.000   NA
 2123375 2123376 APL_0040 APL_0041 yhbZ   FALSE 0.216 75.000 0.000 NA   NA
 2123377 2123378 APL_0042 APL_0043 rlmB pssA FALSE 0.260 79.000 0.002 1.000 N NA
 2123378 2123379 APL_0043 APL_0044 pssA ileS FALSE 0.111 152.000 0.003 1.000 N NA
 2123379 2123380 APL_0044 APL_0045 ileS ribF TRUE 0.895 61.000 0.254 1.000 N NA
 2123381 2123382 APL_0046 APL_0047 nadR   TRUE 0.991 -3.000 0.137 1.000   NA
 2123382 2123383 APL_0047 APL_0048   arcA FALSE 0.256 173.000 0.025 1.000   NA
 2123383 2123384 APL_0048 APL_0049 arcA   TRUE 0.691 52.000 0.025 1.000 N NA
 2123385 2123386 APL_0050 APL_0051     FALSE 0.029 238.000 0.000 1.000   NA
 2123387 2123388 APL_0052 APL_0053   typA FALSE 0.054 333.000 0.002 NA   NA
 2123388 2123389 APL_0053 APL_0054 typA grxA FALSE 0.127 159.000 0.004 1.000 N NA
 2123391 2123392 APL_0056 APL_0057 yicC   TRUE 0.971 9.000 0.016 NA   NA
 2123393 2123394 APL_0058 APL_0059 yfhL narP FALSE 0.296 146.000 0.015 1.000   NA
 2123395 2123396 APL_0060 APL_0061   yibK TRUE 0.540 58.000 0.012 1.000 N NA
 2123398 2123399 APL_2109 APL_2047     FALSE 0.216 87.000 0.000 NA   NA
 2123399 2123400 APL_2047 APL_2048     FALSE 0.308 52.000 0.000 NA   NA
 2123400 2123401 APL_2048 APL_2115     FALSE 0.030 267.000 0.000 NA   NA
 2123401 2123402 APL_2115 APL_2121     FALSE 0.061 166.000 0.000 NA   NA
 2123402 2123403 APL_2121 APL_0063   dppA FALSE 0.026 381.000 0.000 NA   NA
 2123403 2123404 APL_0063 APL_0064 dppA dppA TRUE 0.968 168.000 0.667 0.049 Y NA
 2123404 2123405 APL_0064 APL_0065 dppA dppB TRUE 0.756 128.000 0.015 0.049 Y NA
 2123405 2123406 APL_0065 APL_0066 dppB dppC TRUE 0.994 78.000 0.779 0.049 Y NA
 2123406 2123407 APL_0066 APL_0067 dppC dppD TRUE 0.999 11.000 0.560 1.000 Y NA
 2123407 2123408 APL_0067 APL_0068 dppD dppF TRUE 1.000 13.000 0.500 0.003 Y NA
 2123409 2123410 APL_0069 APL_0070 psiE   FALSE 0.197 78.000 0.000 1.000   NA
 2123410 2123411 APL_0070 APL_0071     FALSE 0.286 55.000 0.000 NA   NA
 2123411 2123412 APL_0071 APL_0072   ilvE TRUE 0.532 87.000 0.017 NA N NA
 2123412 2123413 APL_0072 APL_0073 ilvE ydhD FALSE 0.049 143.000 0.000 1.000 N NA
 2123413 2123414 APL_0073 APL_0074 ydhD recR FALSE 0.254 72.000 0.002 1.000 N NA
 2123414 2123415 APL_0074 APL_0075 recR ybaB TRUE 0.999 11.000 0.604 NA   NA
 2123415 2123416 APL_0075 APL_0076 ybaB tonB2 FALSE 0.111 169.000 0.002 NA   NA
 2123416 2123417 APL_0076 APL_0077 tonB2 exbD2 TRUE 0.999 10.000 0.733 1.000 N NA
 2123417 2123418 APL_0077 APL_0078 exbD2 exbB2 TRUE 0.998 45.000 1.000 0.070 Y NA
 2123419 2123420 APL_0079 APL_0080 glpE   TRUE 0.723 44.000 0.016 1.000 N NA
 2123421 2123422 APL_0081 APL_0082 dhaM dhaL TRUE 0.995 9.000 0.221 1.000   NA
 2123422 2123423 APL_0082 APL_0083 dhaL dhaK TRUE 0.999 2.000 0.226 0.001 Y NA
 2123424 2123425 APL_0084 APL_0085 trxB kdsB TRUE 0.531 108.000 0.004 0.071 N NA
 2123425 2123426 APL_0085 APL_0086 kdsB   FALSE 0.391 124.000 0.009 NA   NA
 2123427 2123428 APL_0087 APL_0088 nudC rluE TRUE 0.907 18.000 0.008 1.000 N NA
 2123428 2123429 APL_0088 APL_0089 rluE rhaT TRUE 0.962 4.000 0.008 NA   NA
 2123429 2123430 APL_0089 APL_0090 rhaT   TRUE 0.789 30.000 0.006 NA   NA
 2123430 2123431 APL_0090 APL_0091   pepQ TRUE 0.721 23.000 0.000 NA   NA
 2123433 2123434 APL_0093 APL_0094   engB TRUE 0.954 2.000 0.005 NA   NA
 2123434 2123435 APL_0094 APL_0095 engB   FALSE 0.064 295.000 0.004 1.000   NA
 2123435 2123436 APL_0095 APL_0096     TRUE 0.780 38.000 0.012 1.000   NA
 2123436 2123437 APL_0096 APL_0097   ilvD FALSE 0.120 151.000 0.003 1.000 N NA
 2123437 2123438 APL_0097 APL_0098 ilvD ilvM TRUE 0.502 118.000 0.019 1.000   NA
 2123438 2123439 APL_0098 APL_0099 ilvM ilvG TRUE 0.999 21.000 0.943 0.003   NA
 2123440 2123441 APL_0100 APL_0101 nrfA nrfB TRUE 1.000 21.000 1.000 0.003   NA
 2123441 2123442 APL_0101 APL_0102 nrfB nrfC TRUE 0.998 0.000 0.220 0.003   NA
 2123442 2123443 APL_0102 APL_0103 nrfC nrfD TRUE 1.000 0.000 0.927 0.003 N NA
 2123443 2123444 APL_0103 APL_0104 nrfD   FALSE 0.015 288.000 0.000 1.000 N NA
 2123445 2123446 APL_0105 APL_0106 uraA putA FALSE 0.035 160.000 0.000 1.000 N NA
 2123446 2123447 APL_0106 APL_0107 putA putP TRUE 0.632 103.000 0.040 1.000 N NA
 2123447 2123448 APL_0107 APL_0108 putP iclR FALSE 0.013 575.000 0.000 1.000 N NA
 2123448 2123449 APL_0108 APL_0109 iclR   TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000 N NA
 2123449 2123450 APL_0109 APL_0110     FALSE 0.187 271.000 0.034 NA   NA
 2123451 2123452 APL_0111 APL_0112   hemE FALSE 0.197 106.000 0.000 NA   NA
 2123452 2123453 APL_0112 APL_0113 hemE   TRUE 0.402 124.000 0.010 NA   NA
 2123453 2123454 APL_0113 APL_0114   hupA TRUE 0.854 136.000 0.355 NA   NA
 2123456 2123457 APL_0116 APL_0117   bioB FALSE 0.353 96.000 0.003 1.000   NA
 2123459 2123460 APL_0119 APL_0120 proQ prc TRUE 0.906 92.000 0.304 NA N NA
 2123460 2123461 APL_0120 APL_0121 prc   TRUE 0.659 97.000 0.033 1.000   NA
 2123461 2123462 APL_0121 APL_0122     TRUE 0.754 172.000 0.372 NA   NA
 2123462 2123463 APL_0122 APL_0123     TRUE 0.980 18.000 0.089 NA   NA
 2123464 2123465 APL_0124 APL_0125     TRUE 0.979 -3.000 0.032 NA   NA
 2123465 2123466 APL_0125 APL_0126     TRUE 0.985 2.000 0.051 NA   NA
 2123466 2123467 APL_0126 APL_0127   yfeD FALSE 0.306 72.000 0.003 1.000 N NA
 2123467 2123468 APL_0127 APL_0128 yfeD yfeC TRUE 1.000 -7.000 0.525 0.011 Y NA
 2123468 2123469 APL_0128 APL_0129 yfeC rnhB TRUE 0.907 1.000 0.002 1.000 N NA
 2123469 2123470 APL_0129 APL_0130 rnhB engC TRUE 0.825 23.000 0.002 1.000   NA
 2123471 2123472 APL_0131 APL_0132 gcvA   TRUE 0.981 0.000 0.036 1.000   NA
 2123472 2123473 APL_0132 APL_0133   cysB TRUE 0.978 0.000 0.028 1.000   NA
 2123473 2123474 APL_0133 APL_0134 cysB   TRUE 0.980 1.000 0.028 NA   NA
 2123476 2123477 APL_0136 APL_0137 pyrG   FALSE 0.320 103.000 0.002 NA   NA
 2123478 2123479 APL_0138 APL_0139 leuD leuC TRUE 0.999 11.000 0.309 0.001 Y NA
 2123480 2123481 APL_0140 APL_0141     TRUE 0.825 128.000 0.290 NA N NA
 2123481 2123482 APL_0141 APL_0142   glxK TRUE 0.996 11.000 0.136 1.000 Y NA
 2123482 2123483 APL_0142 APL_0143 glxK   TRUE 0.636 19.000 0.000 1.000 N NA
 2123484 2123485 APL_0144 APL_0145     TRUE 0.960 4.000 0.007 NA   NA
 2123485 2123486 APL_0145 APL_0146   dusA FALSE 0.250 60.000 0.000 NA   NA
 2123487 2123488 APL_0147 APL_0148   rnr1 TRUE 0.999 -13.000 0.269 0.003 Y NA
 2123490 2123491 APL_0150 APL_0151 nqrA nqrB TRUE 1.000 5.000 0.854 0.004 Y NA
 2123491 2123492 APL_0151 APL_0152 nqrB nqrC TRUE 1.000 3.000 0.603 0.004 Y NA
 2123492 2123493 APL_0152 APL_0153 nqrC nqrD TRUE 0.999 0.000 0.312 0.004 Y NA
 2123493 2123494 APL_0153 APL_0154 nqrD nqrE TRUE 0.999 2.000 0.188 0.004 Y NA
 2123494 2123495 APL_0154 APL_0155 nqrE nqrF TRUE 1.000 11.000 0.551 0.004 Y NA
 2123495 2123496 APL_0155 APL_0156 nqrF apbE TRUE 0.750 207.000 0.519 1.000 N NA
 2123496 2123497 APL_0156 APL_0157 apbE   TRUE 0.989 13.000 0.113 NA   NA
 2123497 2123498 APL_0157 APL_0158   trmU FALSE 0.117 229.000 0.009 NA   NA
 2123499 2123500 APL_0159 APL_0160 hcaT proC TRUE 0.981 -3.000 0.037 NA   NA
 2123501 2123502 APL_0161 APL_0162 rdgC   TRUE 0.854 10.000 0.000 1.000   NA
 2123503 2123504 APL_0163 APL_0164     TRUE 0.987 5.000 0.071 1.000   NA
 2123505 2123506 APL_0165 APL_0166 rnfA rnfB TRUE 0.999 21.000 0.564 0.055 Y NA
 2123506 2123507 APL_0166 APL_0167 rnfB rnfC TRUE 1.000 -7.000 0.537 0.020 Y NA
 2123507 2123508 APL_0167 APL_0168 rnfC   TRUE 0.968 -7.000 0.016 NA   NA
 2123508 2123509 APL_0168 APL_0169   rnfD TRUE 0.939 20.000 0.015 NA   NA
 2123509 2123510 APL_0169 APL_0170 rnfD rnfG TRUE 1.000 0.000 0.924 0.055 Y NA
 2123510 2123511 APL_0170 APL_0171 rnfG rnfE TRUE 1.000 12.000 0.908 0.055 Y NA
 2123511 2123512 APL_0171 APL_0172 rnfE msbB TRUE 0.971 9.000 0.023 1.000 N NA
 2123514 2123515 APL_0174 APL_0175 tbpA dksA FALSE 0.020 207.000 0.000 1.000 N NA
 2123515 2123516 APL_0175 APL_0176 dksA pcnB FALSE 0.320 143.000 0.023 1.000 N NA
 2123516 2123517 APL_0176 APL_0177 pcnB folK TRUE 0.869 70.000 0.234 1.000 N NA
 2123518 2123519 APL_0178 APL_0179     TRUE 0.985 -3.000 0.057 NA   NA
 2123519 2123520 APL_0179 APL_0180     TRUE 0.924 33.000 0.074 NA   NA
 2123521 2123522 APL_0181 APL_0182 gloA dnaQ TRUE 0.608 140.000 0.136 1.000 N NA
 2123523 2123524 APL_0183 APL_0184   tyrA FALSE 0.015 576.000 0.000 NA N NA
 2123524 2123525 APL_0184 APL_0185 tyrA aroF TRUE 0.773 113.000 0.030 1.000 Y NA
 2123525 2123526 APL_0185 APL_0186 aroF   TRUE 0.777 42.000 0.023 1.000 N NA
 2123526 2123527 APL_0186 APL_0187   pykA TRUE 0.601 88.000 0.029 1.000 N NA
 2123528 2123529 APL_0188 APL_0189 sixA dus FALSE 0.018 223.000 0.000 1.000 N NA
 2123529 2123530 APL_0189 APL_0190 dus fis TRUE 0.960 28.000 0.161 1.000 N NA
 2123531 2123532 APL_0191 APL_0192   dam TRUE 0.662 65.000 0.032 1.000   NA
 2123532 2123533 APL_0192 APL_0193 dam aroB TRUE 0.951 -7.000 0.011 1.000 N NA
 2123533 2123534 APL_0193 APL_0194 aroB aroK TRUE 0.930 74.000 0.208 1.000 Y NA
 2123534 2123535 APL_0194 APL_0195 aroK mrcA FALSE 0.016 262.000 0.000 1.000 N NA
 2123536 2123537 APL_0196 APL_0197     TRUE 0.912 72.000 0.300 NA   NA
 2123537 2123538 APL_0197 APL_0198     TRUE 0.999 3.000 0.667 NA   NA
 2123538 2123539 APL_0198 APL_0199     TRUE 0.861 -7.000 0.000 NA   NA
 2123539 2123540 APL_0199 APL_0200   hofQ TRUE 0.958 12.000 0.009 NA   NA
 2123540 2123541 APL_0200 APL_0201 hofQ nusB FALSE 0.232 126.000 0.004 1.000 N NA
 2123541 2123542 APL_0201 APL_0202 nusB thiL TRUE 0.866 68.000 0.225 1.000 N NA
 2123542 2123543 APL_0202 APL_0203 thiL pgpA TRUE 0.992 13.000 0.206 1.000 N NA
 2123543 2123544 APL_0203 APL_0204 pgpA   TRUE 0.971 9.000 0.024 1.000 N NA
 2123546 2123547 APL_0206 APL_0207 suhB dxs TRUE 0.398 121.000 0.013 1.000 N NA
 2123548 2123549 APL_0208 APL_0209     TRUE 0.524 33.000 0.000 NA   NA
 2123549 2123550 APL_0209 APL_0210     TRUE 0.864 12.000 0.000 NA   NA
 2123550 2123551 APL_0210 APL_0211   glyA FALSE 0.123 89.000 0.000 1.000 N NA
 2123551 2123552 APL_0211 APL_0212 glyA pnnK FALSE 0.017 231.000 0.000 1.000 N NA
 2123552 2123553 APL_0212 APL_0213 pnnK   FALSE 0.195 91.000 0.000 1.000   NA
 2123553 2123554 APL_0213 APL_0214     TRUE 0.999 -3.000 0.707 NA   NA
 2123554 2123555 APL_0214 APL_0215     FALSE 0.024 1709.000 0.000 NA   NA
 11475556 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4428.000 0.000 NA   NA
 11617919 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4428.000 0.000 NA   NA
 11760311 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4428.000 0.000 NA   NA
 11475557 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4456.000 0.000 NA   NA
 11617920 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4456.000 0.000 NA   NA
 11760312 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4456.000 0.000 NA   NA
 11475558 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4488.000 0.000 NA   NA
 11617921 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4488.000 0.000 NA   NA
 11760313 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4488.000 0.000 NA   NA
 11475559 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4516.000 0.000 NA   NA
 11617922 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4516.000 0.000 NA   NA
 11760314 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4516.000 0.000 NA   NA
 11475560 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4548.000 0.000 NA   NA
 11617923 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4548.000 0.000 NA   NA
 11760315 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4548.000 0.000 NA   NA
 11475561 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4576.000 0.000 NA   NA
 11617924 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4576.000 0.000 NA   NA
 11760316 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4576.000 0.000 NA   NA
 11475562 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4608.000 0.000 NA   NA
 11617925 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4608.000 0.000 NA   NA
 11760317 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4608.000 0.000 NA   NA
 11475563 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4636.000 0.000 NA   NA
 11617926 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4636.000 0.000 NA   NA
 11760318 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4636.000 0.000 NA   NA
 11475564 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4668.000 0.000 NA   NA
 11617927 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4668.000 0.000 NA   NA
 11760319 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4668.000 0.000 NA   NA
 11475565 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4696.000 0.000 NA   NA
 11617928 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4696.000 0.000 NA   NA
 11760320 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4696.000 0.000 NA   NA
 11475566 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4728.000 0.000 NA   NA
 11617929 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4728.000 0.000 NA   NA
 11760321 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4728.000 0.000 NA   NA
 11475567 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4756.000 0.000 NA   NA
 11617930 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4756.000 0.000 NA   NA
 11760322 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4756.000 0.000 NA   NA
 11475568 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4788.000 0.000 NA   NA
 11617931 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4788.000 0.000 NA   NA
 11760323 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4788.000 0.000 NA   NA
 11475569 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4816.000 0.000 NA   NA
 11617932 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4816.000 0.000 NA   NA
 11760324 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4816.000 0.000 NA   NA
 11475570 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4849.000 0.000 NA   NA
 11617933 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4849.000 0.000 NA   NA
 11760325 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4849.000 0.000 NA   NA
 11475571 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4877.000 0.000 NA   NA
 11617934 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4877.000 0.000 NA   NA
 11760326 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4877.000 0.000 NA   NA
 11475572 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4909.000 0.000 NA   NA
 11617935 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4909.000 0.000 NA   NA
 11760327 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4909.000 0.000 NA   NA
 11475573 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4937.000 0.000 NA   NA
 11617936 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4937.000 0.000 NA   NA
 11760328 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4937.000 0.000 NA   NA
 11475574 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4969.000 0.000 NA   NA
 11617937 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4969.000 0.000 NA   NA
 11760329 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4969.000 0.000 NA   NA
 11475575 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4997.000 0.000 NA   NA
 11617938 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4997.000 0.000 NA   NA
 11760330 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 4997.000 0.000 NA   NA
 11475576 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5029.000 0.000 NA   NA
 11617939 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5029.000 0.000 NA   NA
 11760331 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5029.000 0.000 NA   NA
 11475577 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5057.000 0.000 NA   NA
 11617940 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5057.000 0.000 NA   NA
 11760332 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5057.000 0.000 NA   NA
 11475578 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5089.000 0.000 NA   NA
 11617941 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5089.000 0.000 NA   NA
 11760333 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5089.000 0.000 NA   NA
 11475579 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5117.000 0.000 NA   NA
 11617942 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5117.000 0.000 NA   NA
 11760334 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5117.000 0.000 NA   NA
 11475580 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5149.000 0.000 NA   NA
 11617943 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5149.000 0.000 NA   NA
 11760335 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5149.000 0.000 NA   NA
 11475581 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5177.000 0.000 NA   NA
 11617944 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5177.000 0.000 NA   NA
 11760336 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5177.000 0.000 NA   NA
 11475582 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5211.000 0.000 NA   NA
 11617945 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5211.000 0.000 NA   NA
 11760337 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5211.000 0.000 NA   NA
 11475583 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5239.000 0.000 NA   NA
 11617946 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5239.000 0.000 NA   NA
 11760338 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5239.000 0.000 NA   NA
 11475584 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5271.000 0.000 NA   NA
 11617947 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5271.000 0.000 NA   NA
 11760339 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5271.000 0.000 NA   NA
 11475585 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5299.000 0.000 NA   NA
 11617948 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5299.000 0.000 NA   NA
 11760340 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5299.000 0.000 NA   NA
 11475586 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5331.000 0.000 NA   NA
 11617949 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5331.000 0.000 NA   NA
 11760341 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5331.000 0.000 NA   NA
 11475587 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5359.000 0.000 NA   NA
 11617950 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5359.000 0.000 NA   NA
 11760342 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5359.000 0.000 NA   NA
 11475588 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5391.000 0.000 NA   NA
 11617951 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5391.000 0.000 NA   NA
 11760343 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5391.000 0.000 NA   NA
 11475589 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5419.000 0.000 NA   NA
 11617952 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5419.000 0.000 NA   NA
 11760344 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5419.000 0.000 NA   NA
 11475590 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5451.000 0.000 NA   NA
 11617953 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5451.000 0.000 NA   NA
 11760345 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5451.000 0.000 NA   NA
 11475591 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5479.000 0.000 NA   NA
 11617954 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5479.000 0.000 NA   NA
 11760346 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5479.000 0.000 NA   NA
 11475592 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5511.000 0.000 NA   NA
 11617955 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5511.000 0.000 NA   NA
 11760347 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5511.000 0.000 NA   NA
 11475593 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5539.000 0.000 NA   NA
 11617956 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5539.000 0.000 NA   NA
 11760348 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5539.000 0.000 NA   NA
 11475594 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5571.000 0.000 NA   NA
 11617957 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5571.000 0.000 NA   NA
 11760349 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5571.000 0.000 NA   NA
 11475595 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5599.000 0.000 NA   NA
 11617958 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5599.000 0.000 NA   NA
 11760350 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5599.000 0.000 NA   NA
 11475596 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5631.000 0.000 NA   NA
 11617959 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5631.000 0.000 NA   NA
 11760351 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5631.000 0.000 NA   NA
 11475597 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5659.000 0.000 NA   NA
 11617960 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5659.000 0.000 NA   NA
 11760352 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5659.000 0.000 NA   NA
 11475598 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5691.000 0.000 NA   NA
 11617961 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5691.000 0.000 NA   NA
 11760353 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5691.000 0.000 NA   NA
 11475599 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5719.000 0.000 NA   NA
 11617962 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5719.000 0.000 NA   NA
 11760354 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5719.000 0.000 NA   NA
 11475600 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5751.000 0.000 NA   NA
 11617963 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5751.000 0.000 NA   NA
 11760355 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5751.000 0.000 NA   NA
 11475601 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5779.000 0.000 NA   NA
 11617964 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5779.000 0.000 NA   NA
 11760356 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5779.000 0.000 NA   NA
 11475602 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5811.000 0.000 NA   NA
 11617965 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5811.000 0.000 NA   NA
 11760357 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5811.000 0.000 NA   NA
 11475603 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5839.000 0.000 NA   NA
 11617966 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5839.000 0.000 NA   NA
 11760358 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5839.000 0.000 NA   NA
 11475604 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5871.000 0.000 NA   NA
 11617967 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5871.000 0.000 NA   NA
 11760359 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5871.000 0.000 NA   NA
 11475605 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5899.000 0.000 NA   NA
 11617968 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5899.000 0.000 NA   NA
 11760360 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5899.000 0.000 NA   NA
 11475606 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5931.000 0.000 NA   NA
 11617969 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5931.000 0.000 NA   NA
 11760361 2123552   APL_0212   pnnK FALSE NA 5931.000 0.000 NA   NA
 2123555 2123556 APL_0215 APL_0216     TRUE 0.984 3.000 0.043 NA   NA
 2123556 2123557 APL_0216 APL_0217     TRUE 0.999 2.000 0.787 NA   NA
 2123557 2123558 APL_0217 APL_0218     TRUE 0.999 -3.000 0.895 NA   NA
 2123559 2123560 APL_0219 APL_0220 thrS   FALSE 0.051 142.000 0.000 1.000 N NA
 2123560 2123561 APL_0220 APL_0221     TRUE 0.854 10.000 0.000 1.000   NA
 2123561 2123562 APL_0221 APL_0222     TRUE 0.864 12.000 0.000 NA   NA
 2123562 2123563 APL_0222 APL_0223   infC FALSE 0.029 278.000 0.000 NA   NA
 2123563 2123564 APL_0223 APL_0224 infC rpmI TRUE 0.895 249.000 0.652 1.000 Y NA
 2123564 2123565 APL_0224 APL_0225 rpmI rplT TRUE 0.996 68.000 0.928 0.024 Y NA
 2123565 2123566 APL_0225 APL_0226 rplT   FALSE 0.317 49.000 0.000 1.000   NA
 2123566 2123567 APL_0226 APL_0227     TRUE 0.524 33.000 0.000 NA   NA
 2123568 2123569 APL_0228 APL_0229   rluA FALSE 0.377 44.000 0.000 1.000   NA
 2123571 2123572 APL_0231 APL_0232     TRUE 0.926 53.000 0.263 NA N NA
 2123572 2123573 APL_0232 APL_0233     TRUE 0.973 0.000 0.019 NA   NA
 2123573 2123574 APL_0233 APL_0234     FALSE 0.200 175.000 0.013 NA   NA
 2123575 2123576 APL_0235 APL_2049 bolA   FALSE 0.186 112.000 0.000 NA   NA
 2123577 2123578 APL_0236 APL_0237     TRUE 0.955 20.000 0.027 NA   NA
 2123579 2123580 APL_0238 APL_0239   secA TRUE 0.629 109.000 0.031 NA   NA
 2123580 2123581 APL_0239 APL_0240 secA   FALSE 0.286 130.000 0.006 1.000   NA
 2123581 2123582 APL_0240 APL_0241   mutT TRUE 0.964 -3.000 0.013 1.000   NA
 2123582 2123583 APL_0241 APL_0242 mutT argC FALSE 0.017 235.000 0.000 1.000 N NA
 2123583 2123584 APL_0242 APL_0243 argC argB TRUE 0.958 30.000 0.005 0.004 Y NA
 2123584 2123585 APL_0243 APL_0244 argB argD TRUE 0.985 14.000 0.022 1.000 Y NA
 2123585 2123586 APL_0244 APL_0245 argD   FALSE 0.033 214.000 0.000 1.000   NA
 2123586 2123587 APL_0245 APL_0246     TRUE 0.999 15.000 1.000 1.000   NA
 2123588 2123589 APL_0247 APL_0248 rho cysK FALSE 0.059 198.000 0.002 1.000 N NA
 2123589 2123590 APL_0248 APL_0249 cysK thrB FALSE 0.131 212.000 0.000 1.000 Y NA
 2123590 2123591 APL_0249 APL_0250 thrB thrA TRUE 0.996 0.000 0.133 1.000 Y NA
 2123594 10726520 APL_0253 APL_2110 recD   FALSE 0.027 345.000 0.000 NA   NA
 10726520 2123596 APL_2110 APL_2050     FALSE 0.070 158.000 0.000 NA   NA
 2123596 2123597 APL_2050 APL_2116     FALSE 0.037 217.000 0.000 NA   NA
 2123597 2123598 APL_2116 APL_2122     FALSE 0.059 168.000 0.000 NA   NA
 2123600 2123601 APL_0255 APL_0256 gpt gmk TRUE 0.609 84.000 0.002 1.000 Y NA
 2123601 2123602 APL_0256 APL_0257 gmk   FALSE 0.259 102.000 0.002 1.000 N NA
 2123603 2123604 APL_0258 APL_0259     TRUE 0.990 -7.000 0.124 NA   NA
 2123604 2123605 APL_0259 APL_0260   modC TRUE 0.538 48.000 0.004 NA N NA
 2123605 2123606 APL_0260 APL_0261 modC modB TRUE 1.000 4.000 0.537 0.002 Y NA
 2123606 2123607 APL_0261 APL_0262 modB modA TRUE 0.995 60.000 0.627 0.002 Y NA
 2123607 2123608 APL_0262 APL_0263 modA   TRUE 0.439 96.000 0.009 1.000 N NA
 2123608 2123609 APL_0263 APL_0264     TRUE 1.000 4.000 0.688 1.000 Y NA
 2123609 2123610 APL_0264 APL_0265   dnaX TRUE 0.933 0.000 0.005 1.000 N NA
 2123610 2123611 APL_0265 APL_0266 dnaX apt TRUE 0.843 49.000 0.088 1.000 N NA
 2123612 2123613 APL_0267 APL_0268     TRUE 0.995 0.000 0.214 NA   NA
 2123613 2123614 APL_0268 APL_0269   thrCA TRUE 0.981 11.000 0.054 NA N NA
 2123614 2123615 APL_0269 APL_0270 thrCA   TRUE 0.970 15.000 0.027 NA   NA
 2123616 2123617 APL_0271 APL_0272   yfeA TRUE 1.000 2.000 0.894 1.000 Y NA
 2123617 2123618 APL_0272 APL_0273 yfeA   TRUE 0.832 67.000 0.045 1.000 Y NA
 2123618 2123619 APL_0273 APL_0274     TRUE 0.883 53.000 0.140 NA   NA
 2123620 2123621 APL_0275 APL_0276 pgsA frpB FALSE 0.092 120.000 0.000 1.000 N NA
 2123621 2123622 APL_0276 APL_0277 frpB uvrC FALSE 0.040 153.000 0.000 1.000 N NA
 2123622 2123623 APL_0277 APL_0278 uvrC   TRUE 0.519 69.000 0.000 NA Y NA
 2123625 2123626 APL_0280 APL_0281 potA potB TRUE 1.000 -13.000 0.789 1.000 Y NA
 2123626 2123627 APL_0281 APL_0282 potB potC TRUE 0.995 27.000 0.286 0.044 Y NA
 2123627 2123628 APL_0282 APL_0283 potC ruvA FALSE 0.051 142.000 0.000 1.000 N NA
 2123628 2123629 APL_0283 APL_0284 ruvA ruvB TRUE 0.980 139.000 0.549 0.002 Y NA
 2123631 2123632 APL_0286 APL_0287 gyrA hsdM FALSE 0.215 97.000 0.000 NA   NA
 2123632 2123633 APL_0287 APL_0289 hsdM   TRUE 0.880 2.000 0.000 NA   NA
 2123633 2123634 APL_0289 APL_0290     FALSE 0.060 167.000 0.000 NA   NA
 2123634 2123635 APL_0290 APL_0291   prrC TRUE 0.878 6.000 0.000 NA   NA
 2123635 2123636 APL_0291 APL_0293 prrC   TRUE 0.878 6.000 0.000 NA   NA
 2123636 2123637 APL_0293 APL_0294   uupA TRUE 0.751 19.000 0.000 1.000   NA
 2123637 2123638 APL_0294 APL_0295 uupA   TRUE 0.948 0.000 0.005 1.000   NA
 2123640 2123641 APL_0297 APL_0298 cydA cydB TRUE 1.000 14.000 0.714 0.049 Y NA
 2123641 2123642 APL_0298 APL_0299 cydB   FALSE 0.021 568.000 0.000 1.000   NA
 2123642 2123643 APL_0299 APL_0300   tolQ TRUE 0.991 35.000 0.593 1.000   NA
 2123643 2123644 APL_0300 APL_0301 tolQ tolR TRUE 0.989 79.000 0.556 0.062 Y NA
 2123644 2123645 APL_0301 APL_0302 tolR tolA TRUE 0.996 16.000 0.460 NA N NA
 2123645 2123646 APL_0302 APL_0303 tolA tolB TRUE 0.989 18.000 0.215 NA N NA
 2123646 2123647 APL_0303 APL_0304 tolB palA TRUE 0.995 26.000 0.592 1.000 N NA
 2123647 2123648 APL_0304 APL_0305 palA   FALSE 0.045 178.000 0.000 1.000   NA
 2123648 2123649 APL_0305 APL_0306   djlA FALSE 0.198 80.000 0.000 1.000   NA
 2123649 2123650 APL_0306 APL_0307 djlA dusC TRUE 0.585 85.000 0.025 1.000 N NA
 2123650 2123651 APL_0307 APL_0308 dusC   TRUE 0.686 52.000 0.017 NA   NA
 2123653 2123654 APL_0310 APL_0311 moeA moeB TRUE 0.999 10.000 0.323 0.004 Y NA
 2123654 2123655 APL_0311 APL_2051 moeB   FALSE 0.217 93.000 0.000 NA   NA
 2123657 2123658 APL_0313 APL_0314   hepA FALSE 0.027 176.000 0.000 1.000 N NA
 2123658 2123659 APL_0314 APL_0315 hepA rluA TRUE 0.894 70.000 0.294 1.000 N NA
 2123661 2123662 APL_0317 APL_0318 yhiR pryE TRUE 0.446 87.000 0.006 1.000   NA
 2123662 2123663 APL_0318 APL_0319 pryE   FALSE 0.053 139.000 0.000 1.000 N NA
 2123664 2123665 APL_0320 APL_0321 metC dsbB FALSE 0.123 77.000 0.000 1.000 N NA
 2123665 2123666 APL_0321 APL_0322 dsbB nhaB TRUE 0.975 97.000 0.723 1.000 N NA
 2123667 2123668 APL_0323 APL_0324 fadR phoH TRUE 0.778 9.000 0.000 1.000 N NA
 2123669 2123670 APL_0325 APL_0326   prfB FALSE 0.188 72.000 0.000 1.000   NA
 2123671 2123672 APL_0327 APL_0328 selD mutT TRUE 0.785 5.000 0.000 1.000 N NA
 2123672 2123673 APL_0328 APL_0329 mutT   TRUE 0.772 10.000 0.000 1.000 N NA
 2123674 2123675 APL_0330 APL_0331   hlp FALSE 0.270 57.000 0.000 NA   NA
 2123675 2123676 APL_0331 APL_0332 hlp hlpB TRUE 0.929 81.000 0.333 NA   NA
 2123676 2123677 APL_0332 APL_0333 hlpB visC FALSE 0.367 136.000 0.017 NA   NA
 2123677 2123678 APL_0333 APL_0334 visC   FALSE 0.328 124.000 0.006 1.000   NA
 2123678 2123679 APL_0334 APL_0335   ptsN TRUE 0.987 19.000 0.186 1.000   NA
 2123679 2123680 APL_0335 APL_0336 ptsN yhgB TRUE 0.700 50.000 0.017 1.000   NA
 2123680 2123681 APL_0336 APL_0337 yhgB   TRUE 0.998 10.000 0.543 1.000   NA
 2123681 2123682 APL_0337 APL_0338     TRUE 0.993 25.000 0.459 NA   NA
 2123682 2123683 APL_0338 APL_0339   pepC FALSE 0.067 160.000 0.000 NA   NA
 2123683 2123684 APL_0339 APL_0340 pepC   FALSE 0.037 215.000 0.000 NA   NA
 2123684 2123685 APL_0340 APL_0341     TRUE 0.995 -3.000 0.240 NA   NA
 2123685 2123686 APL_0341 APL_0342     TRUE 0.849 67.000 0.169 NA   NA
 2123686 2123687 APL_0342 APL_0343   fruA FALSE 0.052 176.000 0.000 NA   NA
 2123687 2123688 APL_0343 APL_0344 fruA fruK TRUE 0.983 82.000 0.562 1.000 Y NA
 2123688 2123689 APL_0344 APL_0345 fruK fruB TRUE 0.988 15.000 0.035 1.000 Y NA
 2123690 2123691 APL_0346 APL_0347 glgB glgX TRUE 0.998 7.000 0.098 0.002 Y NA
 2123691 2123692 APL_0347 APL_0348 glgX glgC TRUE 0.996 16.000 0.228 1.000 Y NA
 2123692 2123693 APL_0348 APL_0349 glgC glgA TRUE 0.952 103.000 0.307 1.000 Y NA
 2123693 2123694 APL_0349 APL_0350 glgA glgP TRUE 0.986 30.000 0.228 1.000 Y NA
 2123695 2123696 APL_0351 APL_0352 ndk metG FALSE 0.351 59.000 0.003 1.000 N NA
 2123697 2123698 APL_0353 APL_0354 menC rsuA FALSE 0.014 314.000 0.000 1.000 N NA
 2123698 2123699 APL_0354 APL_0355 rsuA proP TRUE 0.992 0.000 0.182 1.000 N NA
 2123700 2123701 APL_0356 APL_0357     TRUE 0.717 71.000 0.056 NA   NA
 2123702 2123703 APL_0358 APL_0359 nfo nlpC FALSE 0.323 121.000 0.006 NA N NA
 2123704 2123705 APL_0360 APL_0361 impA grcA FALSE 0.035 226.000 0.000 NA   NA
 2123707 2123708 APL_0363 APL_0364   ssa1 FALSE 0.217 95.000 0.000 NA   NA
 2123708 2123709 APL_0364 APL_0365 ssa1 hrpA FALSE 0.032 221.000 0.000 1.000   NA
 2123709 2123710 APL_0365 APL_0366 hrpA   FALSE 0.204 170.000 0.012 NA   NA
 2123710 2123711 APL_0366 APL_0367   grpE FALSE 0.188 197.000 0.018 NA   NA
 2123712 2123713 APL_0368 APL_0369 potD2 norM FALSE 0.218 144.000 0.009 1.000 N NA
 2123713 2123714 APL_0369 APL_0370 norM recB TRUE 0.923 16.000 0.008 1.000 N NA
 2123715 2123716 APL_0371 APL_0372 lnt corC TRUE 0.961 82.000 0.557 1.000 N NA
 2123717 2123718 APL_0373 APL_0374   glpF FALSE 0.033 236.000 0.000 NA   NA
 2123718 2123719 APL_0374 APL_0375 glpF glpK TRUE 0.743 35.000 0.010 1.000 N NA
 2123720 2123721 APL_0376 APL_0377 lon glpT FALSE 0.165 146.000 0.005 1.000 N NA
 2123721 2123722 APL_0377 APL_0378 glpT glpQ TRUE 0.670 203.000 0.396 1.000 N NA
 2123723 2123724 APL_0379 APL_0380 glpA glpB TRUE 0.999 -10.000 0.650 0.002 N NA
 2123724 2123725 APL_0380 APL_0381 glpB glpC TRUE 0.999 -3.000 0.547 0.002 N NA
 2123725 2123726 APL_0381 APL_0382 glpC ribD FALSE 0.029 172.000 0.000 1.000 N NA
 2123726 2123727 APL_0382 APL_0383 ribD ribE TRUE 0.958 123.000 0.456 1.000 Y NA
 2123727 2123728 APL_0383 APL_0384 ribE ribA TRUE 0.857 61.000 0.051 1.000 Y NA
 2123728 2123729 APL_0384 APL_0385 ribA ribH TRUE 0.919 111.000 0.054 0.002 Y NA
 2123730 2123731 APL_0386 APL_0387 greB kpsF TRUE 0.960 10.000 0.014 1.000 N NA
 2123731 2123732 APL_0387 APL_0388 kpsF pepB TRUE 0.404 128.000 0.022 1.000 N NA
 2123732 2123733 APL_0388 APL_0389 pepB ompP4 TRUE 0.503 115.000 0.017 1.000   NA
 2123735 2123736 APL_0391 APL_0392 macA   FALSE 0.193 97.000 0.000 1.000   NA
 2123737 2123738 APL_0393 APL_0394 leuA rpoE FALSE 0.014 343.000 0.000 1.000 N NA
 2123738 2123739 APL_0394 APL_0395 rpoE rseA TRUE 0.998 20.000 0.705 NA N NA
 2123739 2123740 APL_0395 APL_0396 rseA rseC FALSE 0.270 225.000 0.012 NA Y NA
 2123740 2123741 APL_0396 APL_0397 rseC lcfA TRUE 0.968 12.000 0.022 NA N NA
 2123741 2123742 APL_0397 APL_0398 lcfA upp FALSE 0.279 67.000 0.002 1.000 N NA
 2123743 2123744 APL_0399 APL_0400 ksgA surA TRUE 0.600 66.000 0.028 1.000 N NA
 2123744 2123745 APL_0400 APL_0401 surA pyrR TRUE 0.529 81.000 0.018 1.000 N NA
 2123745 2123746 APL_0401 APL_0402 pyrR hldE TRUE 0.892 16.000 0.004 1.000 N NA
 2123746 2123747 APL_0402 APL_0403 hldE engA FALSE 0.348 114.000 0.004 1.000   NA
 2123747 2123748 APL_0403 APL_0404 engA hemA FALSE 0.116 158.000 0.002 1.000   NA
 2123749 2123750 APL_0405 APL_0406 relA dxr FALSE 0.323 74.000 0.004 1.000 N NA
 2123751 2123752 APL_0407 APL_0408 lpxA fabZ TRUE 0.997 28.000 0.850 1.000 N NA
 2123752 2123753 APL_0408 APL_0409 fabZ lpxD TRUE 0.979 69.000 0.796 1.000 N NA
 2123753 2123754 APL_0409 APL_0410 lpxD   TRUE 0.999 0.000 0.814 1.000   NA
 2123754 2123755 APL_0410 APL_0411   D15 TRUE 0.911 116.000 0.354 1.000   NA
 2123755 2123756 APL_0411 APL_0412 D15 ecfE TRUE 0.936 62.000 0.204 1.000 Y NA
 2123756 2123757 APL_0412 APL_0413 ecfE cdsA TRUE 0.985 7.000 0.080 1.000 N NA
 2123757 2123758 APL_0413 APL_0414 cdsA uppS TRUE 0.996 25.000 0.400 1.000 Y NA
 2123758 2123759 APL_0414 APL_0415 uppS gloB FALSE 0.113 172.000 0.003 1.000   NA
 2123759 2123760 APL_0415 APL_0416 gloB   TRUE 0.459 59.000 0.004 1.000   NA
 2123760 2123761 APL_0416 APL_0417   pgpB TRUE 0.989 3.000 0.091 1.000   NA
 2123761 2123762 APL_0417 APL_0418 pgpB   TRUE 0.422 92.000 0.004 NA   NA
 2123764 2123765 APL_0420 APL_0421 pbpG waaQ FALSE 0.195 84.000 0.000 1.000   NA
 2123766 2123767 APL_0422 APL_0423 argG rnhA FALSE 0.087 122.000 0.000 1.000 N NA
 2123767 2123768 APL_0423 APL_0424 rnhA cvpA FALSE 0.063 157.000 0.000 1.000   NA
 2123768 2123769 APL_0424 APL_0425 cvpA purF TRUE 0.994 14.000 0.262 1.000   NA
 2123770 2123771 APL_0426 APL_0427   gdhA FALSE 0.217 96.000 0.000 NA   NA
 2123771 2123772 APL_0427 APL_0428 gdhA smpA FALSE 0.015 304.000 0.000 1.000 N NA
 2123772 2123773 APL_0428 APL_0429 smpA   TRUE 0.700 71.000 0.049 NA   NA
 2123774 2123775 APL_0430 APL_0431     TRUE 0.808 28.000 0.005 NA   NA
 2123775 2123776 APL_0431 APL_2052     FALSE 0.214 98.000 0.000 NA   NA
 2123776 2123777 APL_2052 APL_0432   leuB FALSE 0.026 391.000 0.000 NA   NA
 2123779 2123780 APL_0434 APL_0435 gapA mreB FALSE 0.023 196.000 0.000 1.000 N NA
 2123780 2123781 APL_0435 APL_0436 mreB mreC TRUE 0.965 117.000 0.689 1.000 N NA
 2123781 2123782 APL_0436 APL_0437 mreC mreD TRUE 1.000 0.000 0.550 0.004 Y NA
 2123782 2123783 APL_0437 APL_0438 mreD   TRUE 0.910 13.000 0.003 1.000 N NA
 2123783 2123784 APL_0438 APL_0439   znuB FALSE 0.285 81.000 0.002 1.000 N NA
 2123784 2123785 APL_0439 APL_0440 znuB   FALSE 0.168 179.000 0.011 1.000   NA
 2123787 2123788 APL_0442 APL_0443 sanA   FALSE 0.031 260.000 0.000 NA   NA
 2123789 2123790 APL_0444 APL_0445   ykgF TRUE 0.976 129.000 0.600 0.002   NA
 2123790 2123791 APL_0445 APL_0446 ykgF ykgE TRUE 0.999 10.000 0.600 NA Y NA
 2123791 2123792 APL_0446 APL_0447 ykgE lctP TRUE 0.895 170.000 0.467 NA Y NA
 2123792 2123793 APL_0447 APL_0448 lctP hns FALSE 0.022 466.000 0.000 1.000   NA
 2123794 2123795 APL_0449 APL_0450   mglB FALSE 0.025 206.000 0.000 NA N NA
 2123796 2123797 APL_0451 APL_0452 sucD sucC TRUE 1.000 3.000 0.806 0.001 Y NA
 2123797 2123798 APL_0452 APL_0453 sucC   FALSE 0.091 144.000 0.000 NA   NA
 2123798 2123799 APL_0453 APL_0454   sucB FALSE 0.202 143.000 0.004 NA   NA
 2123799 2123800 APL_0454 APL_0455 sucB sucA TRUE 0.982 120.000 0.667 1.000 Y NA
 2123800 2123801 APL_0455 APL_0456 sucA znuC FALSE 0.017 243.000 0.000 1.000 N NA
 2123802 2123803 APL_0457 APL_0458   dsbC TRUE 0.953 19.000 0.033 1.000 N NA
 2123803 2123804 APL_0458 APL_0459 dsbC recJ TRUE 0.828 50.000 0.082 1.000 N NA
 2123804 2123805 APL_0459 APL_0460 recJ plpD FALSE 0.152 134.000 0.002 1.000 N NA
 2123805 2123806 APL_0460 APL_0461 plpD   TRUE 0.543 82.000 0.013 1.000   NA
 2123806 2123807 APL_0461 APL_0462   narQ TRUE 0.860 0.000 0.000 1.000   NA
 2123807 2123808 APL_0462 APL_0463 narQ   TRUE 0.944 23.000 0.039 1.000 N NA
 2123808 2123809 APL_0463 APL_0464     FALSE 0.294 41.000 0.000 1.000 N NA
 2123809 2123810 APL_0464 APL_0465     TRUE 0.800 28.000 0.005 NA   NA
 2123812 2123813 APL_0467 APL_0468     FALSE 0.217 90.000 0.000 NA   NA
 2123813 2123814 APL_0468 APL_0469   trpB FALSE 0.230 183.000 0.024 1.000   NA
 2123814 2123815 APL_0469 APL_0470 trpB trpA TRUE 1.000 2.000 0.947 0.001 Y NA
 2123816 2123817 APL_0471 APL_0472     TRUE 0.998 9.000 0.500 NA   NA
 2123818 2123819 APL_0473 APL_0474 polA lolA FALSE 0.012 674.000 0.000 1.000 N NA
 2123819 2123820 APL_0474 APL_0475 lolA trpR FALSE 0.372 75.000 0.005 1.000 N NA
 2123820 2123821 APL_0475 APL_0476 trpR mtgA TRUE 0.888 29.000 0.025 1.000   NA
 2123822 2123823 APL_0477 APL_0478     TRUE 0.622 27.000 0.000 NA   NA
 2123823 2123824 APL_0478 APL_0479     TRUE 0.831 15.000 0.000 NA   NA
 2123824 2123825 APL_0479 APL_0480     TRUE 0.998 11.000 0.429 NA   NA
 2123825 2123826 APL_0480 APL_0481     TRUE 0.394 45.000 0.000 NA   NA
 2123827 2123828 APL_0482 APL_0483     FALSE 0.122 75.000 0.000 1.000 N NA
 2123828 2123829 APL_0483 APL_0484   rimK TRUE 0.986 -3.000 0.091 1.000 N NA
 2123831 2123832 APL_0486 APL_0487 maeB rplY FALSE 0.025 186.000 0.000 1.000 N NA
 2123833 2123834 APL_0488 APL_0489     FALSE 0.027 262.000 0.000 1.000   NA
 2123834 2123835 APL_0489 APL_0490     FALSE 0.034 207.000 0.000 1.000   NA
 2123835 2123836 APL_0490 APL_0491     TRUE 0.879 1.000 0.000 NA   NA
 2123836 2123837 APL_0491 APL_0492     FALSE 0.031 260.000 0.000 NA   NA
 2123837 2123838 APL_0492 APL_0493     TRUE 0.499 35.000 0.000 NA   NA
 2123838 2123839 APL_0493 APL_0494   rdgC FALSE 0.042 199.000 0.000 NA   NA
 2123839 2123840 APL_0494 APL_0495 rdgC   FALSE 0.085 3154.000 0.000 1.000 Y NA
 2123840 2123841 APL_0495 APL_0496     TRUE 0.898 45.000 0.100 NA   NA
 2123841 2123842 APL_0496 APL_0497     FALSE 0.277 56.000 0.000 NA   NA
 2123843 2123844 APL_0498 APL_0499     TRUE 0.513 59.000 0.000 0.062   NA
 2123844 2123845 APL_0499 APL_0500     FALSE 0.072 156.000 0.000 NA   NA
 2123845 2123846 APL_0500 APL_0501     TRUE 0.879 3.000 0.000 NA   NA
 2123846 2123847 APL_0501 APL_0502     FALSE 0.045 195.000 0.000 NA   NA
 2123847 2123848 APL_0502 APL_0503   rusA FALSE 0.210 72.000 0.000 NA   NA
 2123848 2123849 APL_0503 APL_0504 rusA   TRUE 0.992 -7.000 0.182 1.000   NA
 2123849 2123850 APL_0504 APL_0505     FALSE 0.023 372.000 0.000 1.000   NA
 2123850 2123851 APL_0505 APL_0506     TRUE 0.937 92.000 0.375 NA   NA
 2123851 2123852 APL_0506 APL_0507     FALSE 0.025 529.000 0.000 NA   NA
 2123852 2123853 APL_0507 APL_0508     TRUE 0.999 3.000 0.571 NA   NA
 2123853 2123854 APL_0508 APL_0509     FALSE 0.036 221.000 0.000 NA   NA
 2123854 2123855 APL_0509 APL_0510     TRUE 0.983 -64.000 0.073 1.000   NA
 2123855 2123856 APL_0510 APL_0511     TRUE 0.961 74.000 0.537 NA   NA
 2123856 2123857 APL_0511 APL_0512     TRUE 0.984 -7.000 0.061 NA   NA
 2123857 2123858 APL_0512 APL_0513     TRUE 0.999 3.000 0.667 NA   NA
 2123858 2123859 APL_0513 APL_0514     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 2123859 2123860 APL_0514 APL_0515     TRUE 0.997 0.000 0.375 NA   NA
 2123860 2123861 APL_0515 APL_0516     TRUE 0.984 59.000 0.750 NA   NA
 2123861 2123862 APL_0516 APL_0517     TRUE 0.999 24.000 1.000 NA   NA
 2123862 2123863 APL_0517 APL_0518     FALSE 0.027 366.000 0.000 NA   NA
 2123863 2123864 APL_0518 APL_0519     TRUE 0.664 252.000 0.429 NA   NA
 2123864 2123865 APL_0519 APL_0520     FALSE 0.024 853.000 0.000 NA   NA
 2123865 2123866 APL_0520 APL_0521     FALSE 0.163 121.000 0.000 NA   NA
 2123866 2123867 APL_0521 APL_0522     FALSE 0.065 161.000 0.000 NA   NA
 2123867 2123868 APL_0522 APL_0523     TRUE 0.699 24.000 0.000 NA   NA
 2123868 2123869 APL_0523 APL_0524     TRUE 0.604 318.000 0.375 NA   NA
 2123869 2123870 APL_0524 APL_0525     FALSE 0.259 59.000 0.000 NA   NA
 2123870 2123871 APL_0525 APL_0526     FALSE 0.024 961.000 0.000 NA   NA
 2123871 2123872 APL_0526 APL_0527     TRUE 0.712 123.000 0.100 NA   NA
 2123872 2123873 APL_0527 APL_0528     TRUE 0.746 100.000 0.080 1.000   NA
 2123873 2123874 APL_0528 APL_0529     FALSE 0.026 391.000 0.000 NA   NA
 2123874 2123875 APL_0529 APL_0531     TRUE 0.861 -7.000 0.000 NA   NA
 2123875 2123876 APL_0531 APL_0532     FALSE 0.377 44.000 0.000 1.000   NA
 2123876 2123877 APL_0532 APL_0533   thiF TRUE 0.502 88.000 0.000 0.021   NA
 2123877 2123878 APL_0533 APL_0534 thiF thiS TRUE 0.991 31.000 0.548 1.000   NA
 2123878 2123879 APL_0534 APL_0535 thiS thiG FALSE 0.232 436.000 0.087 1.000   NA
 2123879 2123880 APL_0535 APL_0536 thiG thiH TRUE 0.998 10.000 0.277 0.004   NA
 2123880 2123881 APL_0536 APL_0537 thiH   FALSE 0.169 55.000 0.000 1.000 N NA
 2123881 2123882 APL_0537 APL_0538     TRUE 0.981 23.000 0.189 NA N NA
 2123882 2123883 APL_0538 APL_0539   thiD FALSE 0.061 166.000 0.000 NA   NA
 2123883 2123884 APL_0539 APL_0540 thiD thiE TRUE 0.825 14.000 0.000 1.000   NA
 2123884 2123885 APL_0540 APL_0541 thiE lepA FALSE 0.029 172.000 0.000 1.000 N NA
 2123885 2123886 APL_0541 APL_0542 lepA lepB TRUE 0.844 105.000 0.187 1.000   NA
 2123886 2123887 APL_0542 APL_0543 lepB rnc TRUE 0.798 97.000 0.117 1.000   NA
 2123887 2123888 APL_0543 APL_0544 rnc era TRUE 0.888 70.000 0.127 0.030   NA
 2123888 2123889 APL_0544 APL_0545 era recO TRUE 0.989 10.000 0.109 1.000   NA
 2123890 2123891 APL_0546 APL_0547 tadG tadF TRUE 0.995 24.000 0.500 NA   NA
 2123891 2123892 APL_0547 APL_0548 tadF tadE TRUE 0.851 -28.000 0.000 NA   NA
 2123892 2123893 APL_0548 APL_0549 tadE tadD TRUE 0.879 3.000 0.000 NA   NA
 2123893 2123894 APL_0549 APL_0550 tadD tadC TRUE 0.999 -10.000 0.545 1.000 Y NA
 2123894 2123895 APL_0550 APL_0551 tadC tadB TRUE 1.000 0.000 0.909 0.007 Y NA
 2123895 2123896 APL_0551 APL_0552 tadB tadA TRUE 1.000 0.000 0.800 1.000 Y NA
 2123896 2123897 APL_0552 APL_0553 tadA tadZ TRUE 1.000 9.000 0.727 1.000 Y NA
 2123897 2123898 APL_0553 APL_0554 tadZ rcpB TRUE 0.817 163.000 0.455 NA   NA
 2123898 2123899 APL_0554 APL_0555 rcpB rcpA TRUE 0.998 -3.000 0.556 NA   NA
 2123899 2123900 APL_0555 APL_0556 rcpA rcpC TRUE 0.999 -10.000 0.889 NA   NA
 2123900 2123901 APL_0556 APL_0557 rcpC tadV TRUE 0.995 29.000 0.667 NA   NA
 2123901 2123902 APL_0557 APL_0558 tadV flp2 TRUE 0.975 45.000 0.429 NA   NA
 2123902 2123903 APL_0558 APL_0559 flp2 flp1 TRUE 0.963 60.000 0.500 NA   NA
 2123904 2123905 APL_0560 APL_0561 rhlB   TRUE 0.468 118.000 0.013 NA   NA
 2123905 2123906 APL_0561 APL_0562     TRUE 0.611 51.000 0.007 NA   NA
 2123906 2123907 APL_0562 APL_0563   afuA_2 FALSE 0.037 200.000 0.000 1.000   NA
 2123907 2123908 APL_0563 APL_0564 afuA_2 afuB_2 TRUE 0.982 132.000 0.600 0.042 Y NA
 2123908 2123909 APL_0564 APL_0565 afuB_2 cirA FALSE 0.194 289.000 0.000 0.059 Y NA
 2123909 2123910 APL_0565 APL_0566 cirA rpsB FALSE 0.015 265.000 0.000 1.000 N NA
 2123910 2123911 APL_0566 APL_0567 rpsB tsf TRUE 0.989 96.000 0.748 1.000 Y NA
 2123913 2123914 APL_0569 APL_0570 pyrH frr TRUE 0.849 184.000 0.626 1.000 N NA
 2123916 2123917 APL_0572 APL_0573 pdxS pdxT TRUE 0.999 0.000 0.488 NA Y NA
 2123918 2123919 APL_0574 APL_0575   deaD TRUE 0.872 38.000 0.006 1.000 Y NA
 2123919 2123920 APL_0575 APL_0576 deaD nlpI FALSE 0.245 222.000 0.053 1.000   NA
 2123920 2123921 APL_0576 APL_0577 nlpI pnp TRUE 0.767 61.000 0.071 1.000   NA
 2123922 2123923 APL_0578 APL_0579 parC mukF FALSE 0.063 140.000 0.000 NA N NA
 2123923 2123924 APL_0579 APL_0580 mukF mukE TRUE 0.913 80.000 0.143 NA Y NA
 2123924 2123925 APL_0580 APL_0581 mukE mukB TRUE 1.000 21.000 0.750 0.001 Y NA
 2123925 2123926 APL_0581 APL_0582 mukB sotB FALSE 0.123 77.000 0.000 1.000 N NA
 2123927 2123928 APL_0583 APL_0584     TRUE 0.992 3.000 0.133 NA   NA
 2123929 2123930 APL_0585 APL_0586     TRUE 0.941 33.000 0.138 1.000 N NA
 2123930 2123931 APL_0586 APL_0587   acrB TRUE 0.999 13.000 0.900 NA N NA
 2123931 2123932 APL_0587 APL_0588 acrB glmU FALSE 0.023 219.000 0.000 NA N NA
 2123933 2123934 APL_0589 APL_0590     TRUE 0.879 4.000 0.000 NA   NA
 2123936 2123937 APL_0592 APL_0593 guaA guaB TRUE 0.753 419.000 0.190 0.001 Y NA
 2123938 2123939 APL_0594 APL_0595 ftsJ ftsH TRUE 0.800 104.000 0.152 1.000 N NA
 2123939 2123940 APL_0595 APL_0596 ftsH tyrP-A FALSE 0.017 238.000 0.000 1.000 N NA
 2123940 2123941 APL_0596 APL_0597 tyrP-A tyrP-B TRUE 0.965 96.000 0.200 0.005 Y NA
 2123941 2123942 APL_0597 APL_0598 tyrP-B glnD FALSE 0.109 107.000 0.000 1.000 N NA
 2123944 2123945 APL_0600 APL_0601 rplM rpsI TRUE 0.999 17.000 0.601 0.023 Y NA
 2123945 2123946 APL_0601 APL_0602 rpsI   FALSE 0.159 122.000 0.000 NA   NA
 2123946 2123947 APL_0602 APL_0603     TRUE 0.972 0.000 0.017 NA   NA
 2123947 2123948 APL_0603 APL_0604   fieF TRUE 0.916 26.000 0.023 NA   NA
 2123948 2123949 APL_0604 APL_0605 fieF   TRUE 0.954 -19.000 0.009 NA   NA
 2123949 2123950 APL_0605 APL_0606     TRUE 0.526 99.000 0.011 NA   NA
 2123952 2123953 APL_0608 APL_0609 pheS pheT TRUE 0.993 99.000 0.574 0.001 Y NA
 2123953 2123954 APL_0609 APL_0610 pheT ihfA TRUE 0.988 18.000 0.208 1.000 N NA
 2123954 2123955 APL_0610 APL_0611 ihfA   TRUE 0.633 61.000 0.026 NA N NA
 2123956 2123957 APL_0612 APL_0613     TRUE 0.992 42.000 0.500 NA Y NA
 2123957 2123958 APL_0613 APL_0614   bioD1 FALSE 0.142 73.000 0.000 NA N NA
 2123958 2123959 APL_0614 APL_0615 bioD1 mlc TRUE 0.836 54.000 0.108 NA N NA
 2123960 2123961 APL_0616 APL_0617 rnd lrp TRUE 0.396 85.000 0.006 1.000 N NA
 2123961 2123962 APL_0617 APL_0618 lrp ftsK TRUE 0.996 12.000 0.345 1.000 N NA
 2123962 2123963 APL_0618 APL_0619 ftsK   FALSE 0.042 185.000 0.000 1.000   NA
 2123963 2123964 APL_0619 APL_0620   aroG TRUE 0.507 123.000 0.023 1.000   NA
 2123964 2123965 APL_0620 APL_0621 aroG   FALSE 0.330 104.000 0.004 1.000 N NA
 2123966 2123967 APL_0622 APL_0623 tdk   TRUE 0.461 60.000 0.004 NA   NA
 2123969 2123970 APL_0625 APL_0626   macB FALSE 0.217 92.000 0.000 NA   NA
 2123970 2123971 APL_0626 APL_0627 macB   FALSE 0.181 145.000 0.000 0.089 N NA
 2123971 2123972 APL_0627 APL_0628     FALSE 0.034 229.000 0.000 NA   NA
 2123972 2123973 APL_0628 APL_0629   cpxR FALSE 0.222 65.000 0.000 NA   NA
 2123973 2123974 APL_0629 APL_0630 cpxR mazG FALSE 0.318 125.000 0.006 1.000   NA
 2123975 2123976 APL_0631 APL_0632 accD folC TRUE 0.945 57.000 0.383 1.000 N NA
 2123976 2123977 APL_0632 APL_0633 folC hsdM3 FALSE 0.020 209.000 0.000 1.000 N NA
 2123977 2123978 APL_0633 APL_0634 hsdM3 hsdS3 TRUE 0.444 144.000 0.000 0.060 Y NA
 2123978 2123979 APL_0634 APL_0635 hsdS3   FALSE 0.052 176.000 0.000 NA   NA
 2123979 2123980 APL_0635 APL_0636   hsdR3 FALSE 0.107 135.000 0.000 NA   NA
 2123980 2123981 APL_0636 APL_2053 hsdR3   FALSE 0.216 88.000 0.000 NA   NA
 2123981 2123982 APL_2053 APL_0637     FALSE 0.036 221.000 0.000 NA   NA
 2123982 2123983 APL_0637 APL_0638   nusA TRUE 0.999 17.000 0.759 NA   NA
 2123983 2123984 APL_0638 APL_0639 nusA infB TRUE 0.991 22.000 0.342 1.000 N NA
 2123984 2123985 APL_0639 APL_0640 infB rbfA TRUE 0.909 172.000 0.530 1.000 Y NA
 2123985 2123986 APL_0640 APL_0641 rbfA truB TRUE 0.998 1.000 0.318 1.000 Y NA
 2123986 2123987 APL_0641 APL_0642 truB mltB TRUE 0.580 46.000 0.005 NA N NA
 2123987 2123988 APL_0642 APL_0643 mltB   FALSE 0.127 129.000 0.000 NA   NA
 2123989 2123990 APL_0644 APL_0645 pta ackA TRUE 0.980 56.000 0.634 1.000   NA
 2123992 2123993 APL_0648 APL_0649   ompP2 FALSE 0.030 272.000 0.000 NA   NA
 2123995 2123996 APL_0651 APL_0652 galU manB TRUE 0.915 113.000 0.400 1.000 N NA
 2123996 2123997 APL_0652 APL_0653 manB csrA TRUE 0.983 35.000 0.462 1.000 N NA
 2123997 2123998 APL_0653 APL_0654 csrA alaS TRUE 0.457 78.000 0.010 1.000 N NA
 2123998 2123999 APL_0654 APL_0655 alaS uspA FALSE 0.077 226.000 0.006 1.000 N NA
 2124001 2124002 APL_0657 APL_0658 sspB sspA TRUE 0.999 0.000 0.831 NA   NA
 2124003 2124004 APL_0659 APL_0660 purE ansB TRUE 0.895 10.000 0.002 1.000 N NA
 2124004 2124005 APL_0660 APL_0661 ansB purK TRUE 0.435 110.000 0.013 1.000 N NA
 2124005 2124006 APL_0661 APL_0662 purK aspC TRUE 0.484 132.000 0.044 1.000 N NA
 2124007 2124008 APL_0663 APL_0664 pepP   FALSE 0.023 409.000 0.000 1.000   NA
 2124008 2124009 APL_0664 APL_0665     FALSE 0.104 136.000 0.000 NA   NA
 2124009 2124010 APL_0665 APL_0666     TRUE 0.998 1.000 0.487 NA   NA
 2124010 2124011 APL_0666 APL_0667   uvrB FALSE 0.111 134.000 0.000 NA   NA
 2124012 2124013 APL_0668 APL_0669     TRUE 1.000 15.000 0.812 NA Y NA
 2124013 2124014 APL_0669 APL_0670     TRUE 0.978 11.000 0.029 NA   NA
 2124015 2124016 APL_0671 APL_0672 trpH   TRUE 0.961 4.000 0.007 NA   NA
 2124016 2124017 APL_0672 APL_0673   sbcB TRUE 0.972 17.000 0.006 NA Y NA
 2124017 2124018 APL_0673 APL_0674 sbcB   FALSE 0.017 242.000 0.000 1.000 N NA
 2124020 2124021 APL_0676 APL_0677     TRUE 0.603 87.000 0.021 NA   NA
 2124022 2124023 APL_0678 APL_0679 efp glnS TRUE 0.459 155.000 0.002 0.059 Y NA
 2124024 2124025 APL_0680 APL_0681     FALSE 0.026 182.000 0.000 1.000 N NA
 2124025 2124026 APL_0681 APL_0682   hpt FALSE 0.390 109.000 0.008 1.000 N NA
 2124026 2124027 APL_0682 APL_0683 hpt metB FALSE 0.115 104.000 0.000 1.000 N NA
 2124027 2124028 APL_0683 APL_0684 metB dapB TRUE 0.553 114.000 0.002 1.000 Y NA
 2124028 2124029 APL_0684 APL_0685 dapB mtfA FALSE 0.316 109.000 0.002 NA   NA
 2124029 2124030 APL_0685 APL_0686 mtfA   FALSE 0.333 372.000 0.144 NA   NA
 2124032 2124033 APL_0688 APL_0689 torZ torY TRUE 0.830 196.000 0.240 0.046 Y NA
 2124034 2124035 APL_0690 APL_0691 moaA moaC TRUE 0.565 248.000 0.039 0.004 Y NA
 2124035 2124036 APL_0691 APL_0692 moaC moaD TRUE 0.996 22.000 0.175 0.004 Y NA
 2124036 2124037 APL_0692 APL_0693 moaD moaE TRUE 1.000 1.000 0.501 0.004 Y NA
 2124037 2124038 APL_0693 APL_0694 moaE   TRUE 0.392 81.000 0.003 NA   NA
 2124038 2124039 APL_0694 APL_0695     TRUE 0.955 12.000 0.007 NA   NA
 2124042 2124043 APL_0698 APL_0699 argA aroA FALSE 0.351 148.000 0.003 1.000 Y NA
 2124043 2124044 APL_0699 APL_0700 aroA hisC TRUE 0.988 14.000 0.029 1.000 Y NA
 2124044 2124045 APL_0700 APL_0701 hisC   FALSE 0.298 200.000 0.000 0.016 Y NA
 2124045 2124046 APL_0701 APL_0702   serC FALSE 0.287 206.000 0.000 0.016 Y NA
 2124046 2124047 APL_0702 APL_0703 serC   FALSE 0.023 194.000 0.000 1.000 N NA
 2124047 2124048 APL_0703 APL_0704     TRUE 0.955 0.000 0.000 0.060   NA
 2124048 2124049 APL_0704 APL_0705     TRUE 0.606 402.000 0.278 0.060   NA
 2124049 2124050 APL_0705 APL_0706     FALSE 0.015 280.000 0.000 1.000 N NA
 2124050 2124051 APL_0706 APL_0707     TRUE 0.997 10.000 0.385 NA N NA
 2124051 2124052 APL_0707 APL_0708   ppx FALSE 0.026 201.000 0.000 NA N NA
 2124053 2124054 APL_0709 APL_0710   lysC FALSE 0.025 495.000 0.000 NA   NA
 2124055 2124056 APL_0711 APL_0712     TRUE 0.948 0.000 0.004 NA   NA
 2124056 2124057 APL_0712 APL_0713   dnaB TRUE 0.827 38.000 0.020 NA   NA
 2124058 2124059 APL_0714 APL_0715     TRUE 0.964 87.000 0.356 1.000 Y NA
 2124059 2124060 APL_0715 APL_0716     TRUE 0.996 63.000 0.870 0.041 Y NA
 2124060 2124061 APL_0716 APL_0717     TRUE 1.000 2.000 0.870 1.000 Y NA
 2124061 2124062 APL_0717 APL_0718     FALSE 0.335 189.000 0.012 NA Y NA
 2124062 2124063 APL_0718 APL_0719     TRUE 1.000 10.000 0.937 NA Y NA
 2124063 2124064 APL_0719 APL_0720     TRUE 0.880 64.000 0.233 1.000 N NA
 2124065 2124066 APL_0721 APL_0722     TRUE 0.990 7.000 0.104 NA   NA
 2124066 2124067 APL_0722 APL_0723   tgt TRUE 0.441 73.000 0.005 NA   NA
 2124068 2124069 APL_0724 APL_0725   cspD TRUE 0.470 123.000 0.016 NA   NA
 2124069 2124070 APL_0725 APL_0726 cspD   FALSE 0.390 118.000 0.011 1.000 N NA
 2124070 2124071 APL_0726 APL_0727   ilvI FALSE 0.014 317.000 0.000 1.000 N NA
 2124071 2124072 APL_0727 APL_0728 ilvI ilvH TRUE 0.999 -7.000 0.371 0.002 Y NA
 2124074 2124075 APL_0730 APL_0731     TRUE 0.752 45.000 0.014 NA   NA
 2124075 2124076 APL_0731 APL_0732   ubiX TRUE 0.746 60.000 0.047 NA   NA
 2124076 2124077 APL_0732 APL_0733 ubiX   TRUE 0.879 3.000 0.000 NA   NA
 2124077 2124078 APL_0733 APL_0734     FALSE 0.375 47.000 0.000 NA   NA
 2124079 2124080 APL_0735 APL_0736   pyrF TRUE 0.665 80.000 0.045 1.000 N NA
 2124080 2124081 APL_0736 APL_0737 pyrF   TRUE 0.965 25.000 0.125 1.000 N NA
 2124081 2124082 APL_0737 APL_0738     TRUE 0.999 0.000 0.576 NA   NA
 2124082 2124083 APL_0738 APL_0739   ihfB TRUE 0.872 69.000 0.208 NA   NA
 2124083 2124084 APL_0739 APL_0740 ihfB rpsA TRUE 0.894 74.000 0.292 1.000 N NA
 2124084 2124085 APL_0740 APL_0741 rpsA cmkA TRUE 0.889 97.000 0.281 1.000 N NA
 2124085 2124086 APL_0741 APL_0742 cmkA degS TRUE 0.680 30.000 0.004 1.000 N NA
 2124086 2124087 APL_0742 APL_2108 degS   FALSE 0.088 145.000 0.000 NA   NA
 2124087 2124088 APL_2108 APL_0743   secG TRUE 0.775 19.000 0.000 NA   NA
 2124088 2124089 APL_0743 APL_0744 secG topB2 FALSE 0.270 132.000 0.008 1.000 N NA
 2124091 2124092 APL_0747 APL_0748 mepA aroC TRUE 0.580 95.000 0.025 1.000 N NA
 2124092 2124093 APL_0748 APL_0749 aroC   TRUE 0.812 22.000 0.003 1.000 N NA
 2124093 2124094 APL_0749 APL_0750     TRUE 0.997 18.000 0.222 0.088 Y NA
 2124094 2124095 APL_0750 APL_0751   menE TRUE 0.966 -19.000 0.024 1.000 N NA
 2124095 2124096 APL_0751 APL_0752 menE seqA TRUE 0.955 18.000 0.029 1.000 N NA
 2124097 2124098 APL_0753 APL_0754   yecO TRUE 0.968 8.000 0.013 NA   NA
 2124098 2124099 APL_0754 APL_0755 yecO fabI FALSE 0.130 199.000 0.008 1.000   NA
 2124099 2124100 APL_0755 APL_0756 fabI   FALSE 0.025 448.000 0.000 NA   NA
 2124100 2124101 APL_0756 APL_0757   rnb FALSE 0.120 132.000 0.000 NA   NA
 2124101 2124102 APL_0757 APL_0758 rnb   FALSE 0.194 75.000 0.000 1.000   NA
 2124102 2124103 APL_0758 APL_0759     TRUE 0.851 -3.000 0.000 1.000   NA
 2124103 2124104 APL_0759 APL_0760   apaH TRUE 0.514 25.000 0.000 1.000 N NA
 2124104 2124105 APL_0760 APL_2054 apaH   FALSE 0.227 64.000 0.000 NA   NA
 2124107 2124108 APL_0762 APL_0763   perM FALSE 0.259 59.000 0.000 NA   NA
 2124108 2124109 APL_0763 APL_0764 perM   TRUE 0.553 30.000 0.000 NA   NA
 2124109 2124110 APL_0764 APL_0765   queA FALSE 0.362 48.000 0.000 NA   NA
 2124111 2124112 APL_0766 APL_0767 rec2   FALSE 0.325 100.000 0.002 1.000   NA
 2124113 2124114 APL_0768 APL_0769 dgkA ushA TRUE 0.713 81.000 0.070 1.000 N NA
 2124114 2124115 APL_0769 APL_0770 ushA   FALSE 0.022 455.000 0.000 1.000   NA
 2124116 2124117 APL_2107 APL_2106     TRUE 0.792 18.000 0.000 NA   NA
 2124117 2124118 APL_2106 APL_0771   lpdA FALSE 0.031 258.000 0.000 NA   NA
 2124118 2124119 APL_0771 APL_0772 lpdA aceF TRUE 0.973 96.000 0.463 1.000 Y NA
 2124119 2124120 APL_0772 APL_0773 aceF aceE TRUE 0.947 60.000 0.220 1.000 Y NA
 2124120 2124121 APL_0773 APL_0774 aceE pyrD FALSE 0.014 355.000 0.000 1.000 N NA
 2124121 2124122 APL_0774 APL_0775 pyrD prsA TRUE 0.629 74.000 0.003 1.000 Y NA
 2124122 2124123 APL_0775 APL_0776 prsA ispE TRUE 0.980 12.000 0.053 1.000 N NA
 2124123 2124124 APL_0776 APL_0777 ispE lolB TRUE 0.991 10.000 0.157 1.000 N NA
 2124124 2124125 APL_0777 APL_0778 lolB msbA FALSE 0.286 129.000 0.009 1.000 N NA
 2124125 2124126 APL_0778 APL_0779 msbA   FALSE 0.113 105.000 0.000 1.000 N NA
 2124126 2124127 APL_0779 APL_0780     TRUE 0.972 10.000 0.021 1.000   NA
 2124127 2124128 APL_0780 APL_0781     TRUE 0.449 67.000 0.006 1.000   NA
 2124128 2124129 APL_0781 APL_0782   uvrA FALSE 0.089 480.000 0.000 1.000 Y NA
 2124131 2124132 APL_0784 APL_0785     FALSE 0.028 324.000 0.000 NA   NA
 2124132 2124133 APL_0785 APL_0786     FALSE 0.026 422.000 0.000 NA   NA
 2124133 2124134 APL_0786 APL_0787     FALSE 0.215 67.000 0.000 NA   NA
 2124134 2124135 APL_0787 APL_0788     FALSE 0.025 313.000 0.000 1.000   NA
 2124136 2124137 APL_0789 APL_0790     FALSE 0.025 539.000 0.000 NA   NA
 2124138 2124139 APL_0792 APL_0793   sapD FALSE 0.218 83.000 0.000 NA   NA
 2124139 2124140 APL_0793 APL_0794 sapD sapC TRUE 0.999 14.000 0.667 1.000 Y NA
 2124140 2124141 APL_0794 APL_0795 sapC sapB TRUE 0.997 -10.000 0.111 0.041 Y NA
 2124141 2124142 APL_0795 APL_0796 sapB sapA TRUE 0.994 0.000 0.103 0.041 N NA
 2124142 2124143 APL_0796 APL_0797 sapA tyrR TRUE 0.991 10.000 0.034 1.000 Y NA
 2124144 2124145 APL_0798 APL_0799 lpcA   FALSE 0.022 492.000 0.000 1.000   NA
 2124147 2124148 APL_0801 APL_0802 ftsB ispD TRUE 0.988 16.000 0.185 1.000 N NA
 2124148 2124149 APL_0802 APL_0803 ispD ispF TRUE 0.999 -3.000 0.419 1.000 Y NA
 2124150 2124151 APL_0804 APL_0805     TRUE 0.823 38.000 0.021 1.000   NA
 2124152 2124153 APL_0806 APL_0807 xseB ispA TRUE 0.992 9.000 0.177 1.000 N NA
 2124154 2124155 APL_0808 APL_0809   lysS FALSE 0.209 101.000 0.000 NA   NA
 2124155 2124156 APL_0809 APL_0810 lysS cafA TRUE 0.493 135.000 0.000 0.058 Y NA
 2124158 2124159 APL_0812 APL_0813 res mod TRUE 0.807 140.000 0.209 0.059 N NA
 2124160 2124161 APL_0814 APL_0815     FALSE 0.086 146.000 0.000 NA   NA
 2124163 2124164 APL_2055 APL_0817   xseA FALSE 0.130 128.000 0.000 NA   NA
 2124164 2124165 APL_0817 APL_2056 xseA   FALSE 0.031 250.000 0.000 NA   NA
 2124167 2124168 APL_0819 APL_0820 purR   TRUE 0.961 23.000 0.056 NA   NA
 2124169 2124170 APL_0821 APL_0822 gyrB ubiA FALSE 0.019 213.000 0.000 1.000 N NA
 2124170 2124171 APL_0822 APL_0823 ubiA glpR TRUE 0.945 0.000 0.007 1.000 N NA
 2124171 2124172 APL_0823 APL_0824 glpR purB FALSE 0.243 68.000 0.002 1.000 N NA
 2124172 2124173 APL_0824 APL_0825 purB   TRUE 0.830 57.000 0.093 NA   NA
 2124173 2124174 APL_0825 APL_0826   cydC FALSE 0.186 165.000 0.008 NA   NA
 2124174 2124175 APL_0826 APL_0827 cydC cydD TRUE 1.000 11.000 0.631 0.009 Y NA
 2124175 2124176 APL_0827 APL_0828 cydD   FALSE 0.225 160.000 0.011 NA   NA
 2124176 2124177 APL_0828 APL_0829     TRUE 0.973 61.000 0.575 NA   NA
 2124177 2124178 APL_0829 APL_0830     TRUE 0.942 16.000 0.010 1.000   NA
 2124178 2124179 APL_0830 APL_0831     TRUE 0.988 0.000 0.088 1.000   NA
 2124182 2124183 APL_0834 APL_0835 udk dcd TRUE 0.995 9.000 0.098 1.000 Y NA
 2124185 2124186 APL_0837 APL_0838     TRUE 0.999 4.000 0.417 0.087   NA
 2124186 2124187 APL_0838 APL_0839     TRUE 0.998 2.000 0.292 0.009   NA
 2124187 2124188 APL_0839 APL_0840     TRUE 0.996 17.000 0.308 0.057 N NA
 2124189 2124190 APL_0841 APL_0842 pntB pntA TRUE 1.000 11.000 0.745 0.001 Y NA
 2124192 2124193 APL_0844 APL_0845 queF gmhB TRUE 0.962 13.000 0.014 1.000   NA
 2124193 2124194 APL_0845 APL_0846 gmhB bcp TRUE 0.937 3.000 0.005 1.000 N NA
 2124194 2124195 APL_0846 APL_0847 bcp   FALSE 0.322 75.000 0.004 1.000 N NA
 2124196 2124197 APL_0848 APL_0849     TRUE 0.973 99.000 0.299 0.040 Y NA
 2124197 2124198 APL_0849 APL_0850     TRUE 0.991 0.000 0.075 0.087 N NA
 2124198 2124199 APL_0850 APL_0851     TRUE 0.996 4.000 0.132 0.003   NA
 2124199 2124200 APL_0851 APL_0852     TRUE 0.798 52.000 0.053 1.000   NA
 2124204 2124205 APL_0856 APL_0857 sdaC sdaA TRUE 0.928 96.000 0.200 1.000 Y NA
 2124206 2124207 APL_0858 APL_0859   trpCF FALSE 0.138 205.000 0.000 1.000 Y NA
 2124208 2124209 APL_0860 APL_0861 fic   TRUE 0.876 8.000 0.000 NA   NA
 2124209 2124210 APL_0861 APL_0862   truC TRUE 0.998 1.000 0.518 NA   NA
 2124210 2124211 APL_0862 APL_0863 truC   TRUE 0.986 2.000 0.058 NA   NA
 2124211 2124212 APL_0863 APL_0864     TRUE 0.982 -3.000 0.042 NA   NA
 2124214 2124215 APL_0866 APL_0867   smpB FALSE 0.205 134.000 0.003 1.000   NA
 2124215 2124216 APL_0867 APL_0868 smpB serS FALSE 0.277 118.000 0.004 1.000 N NA
 2124217 2124218 APL_0869 APL_0870 abgB   TRUE 0.688 94.000 0.043 1.000   NA
 2124218 2124219 APL_0870 APL_0871   pepE TRUE 0.967 11.000 0.022 1.000 N NA
 2124220 2124221 APL_0872 APL_0873 leuS rlpB TRUE 0.822 108.000 0.182 NA N NA
 2124221 2124222 APL_0873 APL_0874 rlpB holA TRUE 0.831 109.000 0.199 NA N NA
 2124223 2124224 APL_0875 APL_0876 yacG coaE TRUE 0.976 -18.000 0.033 1.000   NA
 2124224 2124225 APL_0876 APL_0877 coaE apfD TRUE 0.850 22.000 0.003 1.000   NA
 2124225 2124226 APL_0877 APL_0878 apfD apfC TRUE 0.955 27.000 0.100 1.000   NA
 2124226 2124227 APL_0878 APL_0879 apfC apfB TRUE 0.999 -16.000 0.571 1.000 Y NA
 2124227 2124228 APL_0879 APL_0880 apfB apfA TRUE 0.999 18.000 0.556 1.000 Y NA
 2124230 2124231 APL_0882 APL_0883   folA FALSE 0.134 127.000 0.000 NA   NA
 2124232 2124233 APL_0884 APL_0885 proB   TRUE 0.962 13.000 0.014 1.000   NA
 2124233 2124234 APL_0885 APL_0886   nth TRUE 0.941 1.000 0.003 1.000   NA
 2124234 2124235 APL_0886 APL_0887 nth fadI FALSE 0.020 210.000 0.000 1.000 N NA
 2124235 2124236 APL_0887 APL_0888 fadI fadJ TRUE 0.999 10.000 0.430 1.000 Y NA
 2124236 2124237 APL_0888 APL_0889 fadJ   TRUE 0.628 91.000 0.024 NA   NA
 2124238 2124239 APL_0890 APL_0891   fdhD TRUE 0.865 2.000 0.000 1.000   NA
 2124240 2124241 APL_0892 APL_0893 fdxG fdxG TRUE 0.993 49.000 0.600 0.003   NA
 2124241 2124242 APL_0893 APL_0894 fdxG fdxH TRUE 0.998 0.000 0.238 0.002   NA
 2124242 2124243 APL_0894 APL_0895 fdxH fdnI TRUE 0.999 -7.000 0.381 0.002 Y NA
 2124243 2124244 APL_0895 APL_0896 fdnI fdhE TRUE 0.853 110.000 0.222 NA N NA
 2124245 2124246 APL_2105 APL_2104     TRUE 0.409 44.000 0.000 NA   NA
 2124247 2124248 APL_0897 APL_0898 folD   FALSE 0.233 145.000 0.011 1.000 N NA
 2124249 2124250 APL_0899 APL_0900 dapA lpxL TRUE 0.397 159.000 0.009 1.000 Y NA
 2124252 2124253 APL_0902 APL_0903 truA folE FALSE 0.316 79.000 0.003 1.000 N NA
 2124255 2124256 APL_0905 APL_0906     TRUE 0.798 59.000 0.075 NA   NA
 2124256 2124257 APL_0906 APL_0907     TRUE 0.752 85.000 0.080 1.000   NA
 2124259 2124260 APL_0909 APL_0910 plpB plpA TRUE 0.469 115.000 0.000 NA Y NA
 2124260 2124261 APL_0910 APL_0911 plpA metI TRUE 0.988 27.000 0.205 NA Y NA
 2124261 2124262 APL_0911 APL_0912 metI metN TRUE 0.994 -10.000 0.112 1.000 Y NA
 2124262 2124263 APL_0912 APL_0913 metN cysS FALSE 0.022 198.000 0.000 1.000 N NA
 2124264 2124265 APL_0914 APL_0915 ppiB   TRUE 0.395 104.000 0.008 1.000 N NA
 2124265 2124266 APL_0915 APL_0916     FALSE 0.021 235.000 0.000 NA N NA
 2124266 2124267 APL_0916 APL_0917     TRUE 0.997 12.000 0.333 NA   NA
 2124267 2124268 APL_0917 APL_0918     TRUE 0.850 -34.000 0.000 NA   NA
 2124270 2124271 APL_0920 APL_0921     FALSE 0.277 56.000 0.000 NA   NA
 2124272 2124273 APL_0922 APL_0923     FALSE 0.021 1416.000 0.000 1.000   NA
 2124273 2124274 APL_0923 APL_0924   fdx TRUE 0.999 0.000 0.625 1.000   NA
 2124274 2124275 APL_0924 APL_0925 fdx hscA TRUE 0.971 121.000 0.794 1.000 N NA
 2124275 2124276 APL_0925 APL_0926 hscA   TRUE 0.517 119.000 0.019 NA   NA
 2124276 2124277 APL_0926 APL_0927     TRUE 0.592 28.000 0.000 NA   NA
 2124277 2124278 APL_0927 APL_0928   hscB FALSE 0.362 48.000 0.000 NA   NA
 2124278 2124279 APL_0928 APL_0929 hscB iscA TRUE 0.998 10.000 0.500 1.000   NA
 2124279 2124280 APL_0929 APL_0930 iscA nifU TRUE 0.923 142.000 0.359 0.003   NA
 2124280 2124281 APL_0930 APL_0931 nifU iscS TRUE 0.877 133.000 0.448 1.000 N NA
 2124281 2124282 APL_0931 APL_0932 iscS   TRUE 0.955 55.000 0.424 NA N NA
 2124283 2124284 APL_0933 APL_0934 ompP1 ogt TRUE 0.474 86.000 0.012 1.000 N NA
 2124285 2124286 APL_0935 APL_0936     TRUE 0.417 106.000 0.000 0.086   NA
 2124286 2124287 APL_0936 APL_0937     TRUE 0.555 116.000 0.023 NA   NA
 2124287 2124288 APL_0937 APL_0938   bioD2 TRUE 0.969 -10.000 0.020 NA   NA
 2124288 2124289 APL_0938 APL_0939 bioD2 bioC TRUE 0.994 0.000 0.081 0.003 N NA
 2124289 2124290 APL_0939 APL_0940 bioC   TRUE 0.984 -12.000 0.065 NA   NA
 2124290 2124291 APL_0940 APL_0941   bioF TRUE 0.997 10.000 0.389 NA   NA
 2124291 2124292 APL_0941 APL_0942 bioF bioA TRUE 0.986 27.000 0.056 0.015 Y NA
 2124296 2124297 APL_0946 APL_0947     FALSE 0.028 319.000 0.000 NA   NA
 2124299 2124300 APL_0949 APL_0950     FALSE 0.159 465.000 0.032 NA   NA
 2124300 2124301 APL_0950 APL_0951     FALSE 0.066 154.000 0.000 1.000   NA
 2124302 2124303 APL_0952 APL_0953     TRUE 0.876 0.000 0.000 NA   NA
 2124304 2124305 APL_0954 APL_0955   apxIIB TRUE 0.432 42.000 0.000 NA   NA
 2124305 2124306 APL_0955 APL_0956 apxIIB apxIIA FALSE 0.200 65.000 0.000 1.000   NA
 2124306 2124307 APL_0956 APL_0957 apxIIA   FALSE 0.021 697.000 0.000 1.000   NA
 2124309 2124310 APL_0959 APL_0961     FALSE 0.362 48.000 0.000 NA   NA
 2124310 2124311 APL_0961 APL_0962   ostA FALSE 0.046 189.000 0.000 NA   NA
 2124311 2124312 APL_0962 APL_0963 ostA hemN TRUE 0.577 57.000 0.015 1.000 N NA
 2124312 2124313 APL_0963 APL_0964 hemN   TRUE 0.975 30.000 0.244 NA   NA
 2124313 2124314 APL_0964 APL_0965     TRUE 0.984 55.000 0.679 NA   NA
 2124314 2124315 APL_0965 APL_0966     FALSE 0.081 149.000 0.000 NA   NA
 2124317 2124318 APL_0968 APL_0969   glnE TRUE 0.432 97.000 0.005 NA   NA
 2124318 2124319 APL_0969 APL_0970 glnE   TRUE 0.432 75.000 0.005 NA   NA
 2124319 2124320 APL_0970 APL_0971     TRUE 0.960 27.000 0.114 NA   NA
 2124320 2124321 APL_0971 APL_0972   ispZ TRUE 0.990 -13.000 0.167 NA N NA
 2124321 2124322 APL_0972 APL_0973 ispZ   TRUE 0.966 2.000 0.010 NA   NA
 2124323 2124324 APL_0974 APL_0975     FALSE 0.152 168.000 0.005 NA   NA
 2124324 2124325 APL_0975 APL_0976     FALSE 0.039 207.000 0.000 NA   NA
 2124325 2124326 APL_0976 APL_0977   xthA TRUE 0.619 91.000 0.024 1.000   NA
 2124327 2124328 APL_0978 APL_0979 ilvY lbgB TRUE 0.786 1.000 0.000 1.000 N NA
 2124328 2124329 APL_0979 APL_0980 lbgB lbgA TRUE 0.985 42.000 0.333 1.000 Y NA
 2124332 2124333 APL_0983 APL_0984 tktA   FALSE 0.067 130.000 0.000 1.000 N NA
 2124333 2124334 APL_0984 APL_0985     TRUE 0.997 12.000 0.333 NA   NA
 2124334 2124335 APL_0985 APL_0986     TRUE 0.850 -34.000 0.000 NA   NA
 2124337 2124338 APL_0988 APL_0989 hktE   FALSE 0.060 167.000 0.000 NA   NA
 2124338 2124339 APL_0989 APL_0990     TRUE 0.763 20.000 0.000 NA   NA
 2124339 2124340 APL_0990 APL_0991     FALSE 0.164 113.000 0.000 1.000   NA
 2124340 2124341 APL_0991 APL_0992   nrdA FALSE 0.033 213.000 0.000 1.000   NA
 2124341 2124342 APL_0992 APL_0993 nrdA nrdB FALSE 0.253 297.000 0.000 0.003 Y NA
 2124342 2124343 APL_0993 APL_0994 nrdB galT FALSE 0.016 262.000 0.000 1.000 N NA
 2124343 2124344 APL_0994 APL_0995 galT galK TRUE 0.993 28.000 0.370 0.002 N NA
 2124344 2124345 APL_0995 APL_0996 galK galM TRUE 0.760 58.000 0.009 1.000 Y NA
 2124345 2124346 APL_0996 APL_0997 galM lacZ TRUE 0.998 25.000 0.333 0.003 Y NA
 2124347 2124348 APL_0998 APL_0999 apxIVA   TRUE 0.569 29.000 0.000 NA   NA
 2124348 2124349 APL_0999 APL_1000   mrp FALSE 0.043 197.000 0.000 NA   NA
 2124349 2124350 APL_1000 APL_1001 mrp   TRUE 0.957 4.000 0.011 1.000 N NA
 2124350 2124351 APL_1001 APL_1002     TRUE 0.944 15.000 0.012 NA N NA
 2124351 2124352 APL_1002 APL_1003   ppiD TRUE 0.396 122.000 0.008 NA   NA
 2124353 2124354 APL_1004 APL_1005 nhaP rpsO FALSE 0.189 122.000 0.002 1.000 N NA
 2124354 2124355 APL_1005 APL_1006 rpsO   FALSE 0.219 78.000 0.000 NA   NA
 2124356 2124357 APL_1007 APL_1008 hemY hemX TRUE 1.000 12.000 0.765 1.000 Y NA
 2124357 2124358 APL_1008 APL_1009 hemX hemD TRUE 0.999 10.000 0.600 1.000 Y NA
 2124358 2124359 APL_1009 APL_1010 hemD hemC TRUE 0.999 9.000 0.205 0.003 Y NA
 2124361 2124362 APL_1012 APL_1013 groEL groES TRUE 0.993 64.000 0.631 0.010 Y NA
 2124362 2124363 APL_1013 APL_1014 groES deoD FALSE 0.020 212.000 0.000 1.000 N NA
 2124363 2124364 APL_1014 APL_1015 deoD deoC TRUE 0.785 59.000 0.014 1.000 Y NA
 2124364 2124365 APL_1015 APL_1016 deoC   TRUE 0.506 137.000 0.009 1.000 Y NA
 2124367 2124368 APL_1018 APL_1019 eda kdgK TRUE 1.000 15.000 1.000 1.000 Y NA
 2124368 2124369 APL_1019 APL_1020 kdgK uxaC TRUE 0.988 13.000 0.118 1.000   NA
 2124370 2124371 APL_1021 APL_1022     TRUE 0.986 4.000 0.059 1.000   NA
 2124371 2124372 APL_1022 APL_1023     TRUE 0.834 -25.000 0.000 1.000   NA
 2124372 2124373 APL_1023 APL_1024     FALSE 0.195 91.000 0.000 1.000   NA
 2124374 2124375 APL_1025 APL_1026 lsgF   TRUE 0.988 0.000 0.084 NA   NA
 2124375 2124376 APL_1026 APL_1027     TRUE 0.990 -7.000 0.121 NA   NA
 2124376 2124377 APL_1027 APL_1028     TRUE 0.997 1.000 0.318 NA   NA
 2124377 2124378 APL_1028 APL_1029     TRUE 0.991 -3.000 0.136 NA   NA
 2124378 2124379 APL_1029 APL_1030     TRUE 0.946 41.000 0.174 NA   NA
 2124381 2124382 APL_1032 APL_1033 priA pheA FALSE 0.123 85.000 0.000 1.000 N NA
 2124382 2124383 APL_1033 APL_1034 pheA prlC TRUE 0.639 123.000 0.012 1.000 Y NA
 2124383 2124384 APL_1034 APL_1035 prlC pflA FALSE 0.204 143.000 0.007 1.000 N NA
 2124384 2124385 APL_1035 APL_1036 pflA pflB FALSE 0.379 127.000 0.018 1.000 N NA
 2124385 2124386 APL_1036 APL_1037 pflB focA TRUE 0.828 93.000 0.172 1.000 N NA
 2124388 2124389 APL_1039 APL_1040 htpX dinP TRUE 0.576 87.000 0.024 1.000 N NA
 2124392 2124393 APL_1043 APL_1044     TRUE 0.689 44.000 0.008 1.000   NA
 2124393 2124394 APL_1044 APL_1045     TRUE 0.998 25.000 0.600 0.084   NA
 2124394 2124395 APL_1045 APL_1046     TRUE 0.987 -3.000 0.026 0.084   NA
 2124396 2124397 APL_1047 APL_1048 hgbA hugZ FALSE 0.225 60.000 0.000 1.000   NA
 2124397 2124398 APL_1048 APL_1050 hugZ   FALSE 0.041 204.000 0.000 NA   NA
 2124398 2124399 APL_1050 APL_1051   nrfX TRUE 0.876 0.000 0.000 NA   NA
 2124399 2124400 APL_1051 APL_1052 nrfX nrfE TRUE 0.992 2.000 0.143 1.000   NA
 2124400 2124401 APL_1052 APL_1053 nrfE kefBC TRUE 0.474 171.000 0.143 1.000 N NA
 2124401 2124402 APL_1053 APL_1054 kefBC cyaA TRUE 0.665 89.000 0.049 1.000 N NA
 2124403 2124404 APL_1055 APL_1056 fabB   FALSE 0.023 192.000 0.000 1.000 N NA
 2124404 2124405 APL_1056 APL_1057     TRUE 0.855 -13.000 0.000 NA   NA
 2124405 2124406 APL_1057 APL_1058     TRUE 0.864 12.000 0.000 NA   NA
 2124406 2124407 APL_1058 APL_1059     TRUE 0.850 -34.000 0.000 NA   NA
 2124407 2124408 APL_1059 APL_1060     FALSE 0.084 147.000 0.000 NA   NA
 2124408 2124409 APL_1060 APL_1061     FALSE 0.277 56.000 0.000 NA   NA
 2124409 2124410 APL_1061 APL_1062     TRUE 0.452 41.000 0.000 NA   NA
 2124410 2124411 APL_1062 APL_1063   qseB FALSE 0.216 89.000 0.000 NA   NA
 2124411 2124412 APL_1063 APL_1064 qseB qseC TRUE 0.999 -7.000 0.526 1.000 Y NA
 2124414 2124415 APL_1066 APL_1067 yajC secD TRUE 0.969 27.000 0.045 NA Y NA
 2124415 2124416 APL_1067 APL_1068 secD secF TRUE 0.999 11.000 0.206 0.001 Y NA
 2124416 2124417 APL_1068 APL_1069 secF ftnA FALSE 0.250 147.000 0.015 1.000 N NA
 2124417 2124418 APL_1069 APL_1070 ftnA ftnB TRUE 0.999 0.000 0.300 0.001 Y NA
 2124418 2124419 APL_1070 APL_1071 ftnB   FALSE 0.210 240.000 0.043 1.000   NA
 2124422 2124423 APL_1074 APL_1075 thiI purA FALSE 0.063 187.000 0.002 1.000 N NA
 2124423 2124424 APL_1075 APL_1076 purA hflC FALSE 0.168 187.000 0.019 1.000 N NA
 2124424 2124425 APL_1076 APL_1077 hflC hflK TRUE 1.000 3.000 0.947 0.012 Y NA
 2124425 2124426 APL_1077 APL_1078 hflK trxA FALSE 0.118 175.000 0.004 1.000   NA
 2124426 2124427 APL_1078 APL_1079 trxA   FALSE 0.217 136.000 0.004 1.000   NA
 2124427 2124428 APL_1079 APL_1080   metK FALSE 0.033 162.000 0.000 1.000 N NA
 2124429 2124430 APL_1081 APL_1082   arcD TRUE 0.910 92.000 0.150 1.000 Y NA
 2124430 2124431 APL_1082 APL_1083 arcD arcD TRUE 0.769 96.000 0.000 0.002 Y NA
 2124431 2124432 APL_1083 APL_1084 arcD   TRUE 0.874 9.000 0.000 NA   NA
 2124432 2124433 APL_1084 APL_1085   argE TRUE 0.831 15.000 0.000 NA   NA
 2124436 2124437 APL_1088 APL_1089   arsC TRUE 0.996 12.000 0.176 1.000 Y NA
 2124437 2124438 APL_1089 APL_1090 arsC arsR TRUE 0.760 60.000 0.081 1.000 N NA
 2124438 2124439 APL_1090 APL_1091 arsR aspA FALSE 0.071 128.000 0.000 1.000 N NA
 2124439 2124440 APL_1091 APL_1092 aspA   FALSE 0.303 141.000 0.011 NA   NA
 2124440 2124441 APL_1092 APL_1093     FALSE 0.213 74.000 0.000 NA   NA
 2124444 2124445 APL_1096 APL_1097   queC FALSE 0.072 148.000 0.000 1.000   NA
 2124445 2124446 APL_1097 APL_1098 queC   TRUE 0.984 -7.000 0.062 1.000   NA
 2124446 2124447 APL_1098 APL_1099     TRUE 0.635 93.000 0.037 1.000 N NA
 2124448 2124449 APL_1100 APL_1101   pepA FALSE 0.024 670.000 0.000 NA   NA
 2124450 2124451 APL_1102 APL_1103     FALSE 0.030 271.000 0.000 NA   NA
 2124451 2124452 APL_1103 APL_1104     TRUE 0.999 1.000 0.631 0.074   NA
 2124452 2124453 APL_1104 APL_1105   dnaE FALSE 0.071 207.000 0.002 1.000   NA
 2124454 2124455 APL_1106 APL_1107 purT plsB TRUE 0.413 123.000 0.017 1.000 N NA
 2124456 2124457 APL_1108 APL_1109 lexA mutH TRUE 0.711 60.000 0.013 0.057 N NA
 2124457 2124458 APL_1109 APL_1110 mutH   TRUE 0.673 86.000 0.052 1.000 N NA
 2124458 2124459 APL_1110 APL_1111   nagZ FALSE 0.099 115.000 0.000 1.000 N NA
 2124459 2124460 APL_1111 APL_1112 nagZ rumA TRUE 0.536 81.000 0.019 1.000 N NA
 2124460 2124461 APL_1112 APL_1113 rumA eno FALSE 0.020 207.000 0.000 1.000 N NA
 2124461 2124462 APL_1113 APL_1114 eno   TRUE 0.514 25.000 0.000 1.000 N NA
 2124462 2124463 APL_1114 APL_1115     TRUE 0.970 14.000 0.023 NA   NA
 2124464 2124465 APL_1116 APL_1117 recQ cyaY TRUE 0.622 85.000 0.030 NA N NA
 2124465 2124466 APL_1117 APL_1119 cyaY lpsA TRUE 0.874 9.000 0.000 NA   NA
 2124466 2124467 APL_1119 APL_1120 lpsA gcp TRUE 0.452 41.000 0.000 NA   NA
 2124467 2124468 APL_1120 APL_1121 gcp   FALSE 0.320 92.000 0.002 1.000   NA
 2124470 2124471 APL_1123 APL_1124   pfkA FALSE 0.240 61.000 0.000 NA   NA
 2124471 2124472 APL_1124 APL_1125 pfkA   TRUE 0.423 110.000 0.011 1.000 N NA
 2124472 2124473 APL_1125 APL_1126     TRUE 0.996 0.000 0.321 1.000 N NA
 2124473 2124474 APL_1126 APL_1127     FALSE 0.124 66.000 0.000 1.000 N NA
 2124474 2124475 APL_1127 APL_1128     FALSE 0.025 467.000 0.000 NA   NA
 2124475 2124476 APL_1128 APL_1129     TRUE 0.731 94.000 0.057 NA   NA
 2124477 2124478 APL_1130 APL_1131     FALSE 0.180 145.000 0.005 NA N NA
 2124478 2124479 APL_1131 APL_1132   kdtA TRUE 0.984 0.000 0.008 NA Y NA
 2124479 2124480 APL_1132 APL_1133 kdtA coaD TRUE 0.969 2.000 0.020 1.000 N NA
 2124480 2124481 APL_1133 APL_1134 coaD orn TRUE 0.927 3.000 0.004 1.000 N NA
 2124481 2124482 APL_1134 APL_1135 orn   TRUE 0.955 8.000 0.006 NA   NA
 2124482 2124483 APL_1135 APL_1136   amiB TRUE 0.971 24.000 0.109 NA   NA
 2124484 2124485 APL_1137 APL_1138 pgi   TRUE 0.789 37.000 0.010 NA   NA
 2124485 2124486 APL_1138 APL_2103     FALSE 0.138 126.000 0.000 NA   NA
 2124486 2124487 APL_2103 APL_2102     FALSE 0.347 49.000 0.000 NA   NA
 2124487 2124488 APL_2102 APL_2101     FALSE 0.347 49.000 0.000 NA   NA
 2124488 2124489 APL_2101 APL_2100     TRUE 0.650 26.000 0.000 NA   NA
 2124489 2124490 APL_2100 APL_2099     TRUE 0.879 4.000 0.000 NA   NA
 2124490 2124491 APL_2099 APL_1139   aroE FALSE 0.053 175.000 0.000 NA   NA
 2124491 2124492 APL_1139 APL_1140 aroE   TRUE 0.987 7.000 0.087 NA N NA
 2124492 2124493 APL_1140 APL_1141     FALSE 0.025 523.000 0.000 NA   NA
 2124493 2124494 APL_1141 APL_1142   recX TRUE 0.944 -7.000 0.004 NA   NA
 2124494 2124495 APL_1142 APL_1143 recX recA TRUE 0.906 71.000 0.296 1.000   NA
 2124495 2124496 APL_1143 APL_1144 recA   FALSE 0.258 114.000 0.003 1.000 N NA
 2124496 2124497 APL_1144 APL_1145   pabB TRUE 0.997 -7.000 0.219 1.000 Y NA
 2124498 2124499 APL_1146 APL_1147 rmuC trpG TRUE 0.977 -16.000 0.032 NA   NA
 2124499 2124500 APL_1147 APL_1148 trpG   TRUE 0.582 105.000 0.021 NA   NA
 2124500 2124501 APL_1148 APL_1149   aspS FALSE 0.054 173.000 0.000 NA   NA
 2124501 2124502 APL_1149 APL_1150 aspS ntpA TRUE 0.885 34.000 0.050 1.000 N NA
 2124502 2124503 APL_1150 APL_1151 ntpA   TRUE 0.946 24.000 0.035 NA   NA
 2124503 2124504 APL_1151 APL_1152     FALSE 0.111 134.000 0.000 NA   NA
 2124504 2124505 APL_1152 APL_1153   ruvC FALSE 0.217 84.000 0.000 NA   NA
 2124506 2124507 APL_1154 APL_1155   metE FALSE 0.226 158.000 0.000 0.017   NA
 2124507 2124508 APL_1155 APL_1157 metE   FALSE 0.034 231.000 0.000 NA   NA
 2124510 2124511 APL_1159 APL_1160   rluB FALSE 0.102 133.000 0.000 1.000   NA
 2124511 2124512 APL_1160 APL_1161 rluB   TRUE 0.864 72.000 0.075 NA Y NA
 2124512 2124513 APL_1161 APL_1162     FALSE 0.015 544.000 0.000 NA N NA
 2124514 2124515 APL_1163 APL_1164 trpE trpG TRUE 1.000 14.000 0.703 0.001 Y NA
 2124515 2124516 APL_1164 APL_1165 trpG trpD TRUE 0.898 57.000 0.083 1.000 Y NA
 2124516 2124517 APL_1165 APL_1166 trpD   FALSE 0.266 43.000 0.000 1.000 N NA
 2124520 2124521 APL_1169 APL_1170 rplI priB FALSE 0.019 220.000 0.000 1.000 N NA
 2124521 2124522 APL_1170 APL_1171 priB rpsF TRUE 0.987 -25.000 0.122 1.000 N NA
 2124524 2124525 APL_1173 APL_1174 pnuC   FALSE 0.341 128.000 0.009 1.000   NA
 2124525 2124526 APL_1174 APL_1175   hisS TRUE 0.993 16.000 0.259 1.000   NA
 2124526 2124527 APL_1175 APL_1176 hisS ispG TRUE 0.614 158.000 0.207 1.000 N NA
 2124527 2124528 APL_1176 APL_1177 ispG   TRUE 0.995 10.000 0.233 1.000   NA
 2124530 2124531 APL_1179 APL_1180 argH   FALSE 0.026 283.000 0.000 1.000   NA
 2124532 2124533 APL_1181 APL_1182 kefB   FALSE 0.039 195.000 0.000 1.000   NA
 2124533 2124534 APL_1182 APL_1183     FALSE 0.215 97.000 0.000 NA   NA
 2124534 2124535 APL_1183 APL_1184     TRUE 0.996 3.000 0.245 NA   NA
 2124535 2124536 APL_1184 APL_1185     TRUE 0.978 14.000 0.041 NA   NA
 2124542 2124543 APL_1191 APL_1192 namA   TRUE 0.518 70.000 0.000 NA Y NA
 2124544 2124545 APL_1193 APL_1194     TRUE 0.995 15.000 0.086 0.056 Y NA
 2124545 2124546 APL_1194 APL_1195     TRUE 0.801 -3.000 0.000 NA N NA
 2124546 2124547 APL_1195 APL_1196     TRUE 0.819 2.000 0.000 NA N NA
 2124547 2124548 APL_1196 APL_1197     FALSE 0.097 116.000 0.000 1.000 N NA
 2124549 2124550 APL_1198 APL_1199     FALSE 0.048 154.000 0.000 NA N NA
 2124551 2124552 APL_1200 APL_1201     TRUE 0.978 7.000 0.024 NA   NA
 2124552 2124553 APL_1201 APL_1202     TRUE 0.978 16.000 0.059 NA   NA
 2124555 2124556 APL_1204 APL_1205     FALSE 0.092 136.000 0.000 1.000   NA
 2124556 2124557 APL_1205 APL_1206     FALSE 0.111 134.000 0.000 NA   NA
 2124557 2124558 APL_1206 APL_1207     TRUE 0.989 10.000 0.100 NA   NA
 2124558 2124559 APL_1207 APL_1208   adhC FALSE 0.079 150.000 0.000 NA   NA
 2124559 2124560 APL_1208 APL_1209 adhC betT FALSE 0.039 155.000 0.000 1.000 N NA
 2124561 2124562 APL_1210 APL_1211     TRUE 0.876 0.000 0.000 NA   NA
 2124563 2124564 APL_1212 APL_1213 tehA   FALSE 0.191 99.000 0.000 1.000   NA
 2124564 2124565 APL_1213 APL_1214     FALSE 0.029 238.000 0.000 1.000   NA
 2124565 2124566 APL_1214 APL_1215     FALSE 0.194 87.000 0.000 1.000   NA
 2124566 2124567 APL_1215 APL_1216   luxS FALSE 0.370 106.000 0.006 1.000 N NA
 2124567 2124568 APL_1216 APL_1217 luxS   TRUE 0.592 55.000 0.010 1.000   NA
 2124568 2124569 APL_1217 APL_1218   fur FALSE 0.276 148.000 0.014 1.000   NA
 2124569 2124570 APL_1218 APL_1219 fur fldA TRUE 0.955 29.000 0.156 1.000 N NA
 2124570 2124571 APL_1219 APL_1220 fldA   TRUE 0.995 22.000 0.473 1.000   NA
 2124571 2124572 APL_1220 APL_1221     FALSE 0.037 200.000 0.000 1.000   NA
 2124573 2124574 APL_1222 APL_1223     TRUE 0.401 61.000 0.003 1.000   NA
 2124574 2124575 APL_1223 APL_1224     TRUE 0.708 110.000 0.065 NA   NA
 2124575 2124576 APL_1224 APL_1225     TRUE 0.876 0.000 0.000 NA   NA
 2124576 2124577 APL_1225 APL_1227     FALSE 0.032 248.000 0.000 NA   NA
 2124578 2124579 APL_1228 APL_1229 infA aphA TRUE 0.404 92.000 0.004 NA   NA
 2124580 2124581 APL_1230 APL_1231 serB   TRUE 0.614 59.000 0.014 NA   NA
 2124581 2124582 APL_1231 APL_1232   malP FALSE 0.027 354.000 0.000 NA   NA
 2124583 2124584 APL_1233 APL_1234 malT   FALSE 0.159 115.000 0.000 1.000   NA
 2124584 2124585 APL_1234 APL_1235   lamB1 TRUE 0.791 68.000 0.114 1.000   NA
 2124585 2124586 APL_1235 APL_1236 lamB1 malK TRUE 0.911 70.000 0.067 0.054 Y NA
 2124587 2124588 APL_1237 APL_1238 malE malF TRUE 0.829 79.000 0.040 1.000 Y NA
 2124588 2124589 APL_1238 APL_1239 malF malG TRUE 0.997 51.000 0.814 0.038 Y NA
 2124589 2124590 APL_1239 APL_1240 malG malQ TRUE 0.839 91.000 0.051 1.000 Y NA
 2124590 2124591 APL_1240 APL_1241 malQ   FALSE 0.019 218.000 0.000 1.000 N NA
 2124591 2124592 APL_1241 APL_1242     TRUE 0.424 66.000 0.007 NA N NA
 2124595 2124596 APL_1245 APL_1246     TRUE 0.601 102.000 0.022 NA   NA
 2124596 2124597 APL_1246 APL_1247     TRUE 0.463 163.000 0.091 NA   NA
 2124597 2124598 APL_1247 APL_1248     TRUE 0.999 0.000 0.880 NA   NA
 2124598 2124599 APL_1248 APL_1249   sapF TRUE 0.600 74.000 0.026 NA N NA
 2124599 2124600 APL_1249 APL_1250 sapF fba FALSE 0.361 116.000 0.008 1.000 N NA
 2124600 2124601 APL_1250 APL_1251 fba pgk TRUE 0.921 101.000 0.056 0.006 Y NA
 2124601 2124602 APL_1251 APL_1252 pgk   FALSE 0.037 158.000 0.000 1.000 N NA
 2124602 2124603 APL_1252 APL_1253     FALSE 0.257 231.000 0.000 0.010 Y NA
 2124603 2124604 APL_1253 APL_1254     FALSE 0.224 305.000 0.000 0.010 Y NA
 2124604 2124605 APL_1254 APL_1255   parE FALSE 0.023 196.000 0.000 1.000 N NA
 2124605 2124606 APL_1255 APL_1256 parE phoR FALSE 0.124 78.000 0.000 1.000 N NA
 2124606 2124607 APL_1256 APL_1257 phoR phoB TRUE 0.999 0.000 0.453 0.004 Y NA
 2124607 2124608 APL_1257 APL_1258 phoB pstB FALSE 0.318 180.000 0.008 0.003 N NA
 2124608 2124609 APL_1258 APL_1259 pstB pstA TRUE 1.000 9.000 0.526 0.002 Y NA
 2124609 2124610 APL_1259 APL_1260 pstA pstC TRUE 1.000 0.000 0.537 0.002 Y NA
 2124610 2124611 APL_1260 APL_1261 pstC pstS TRUE 0.825 151.000 0.072 0.002 Y NA
 2124611 2124612 APL_1261 APL_1262 pstS   FALSE 0.062 133.000 0.000 1.000 N NA
 2124613 2124614 APL_1263 APL_1264     TRUE 0.792 18.000 0.000 NA   NA
 2124614 2124615 APL_1264 APL_1265   copA TRUE 0.875 239.000 0.333 0.002 Y NA
 2124616 2124617 APL_1266 APL_1267     TRUE 0.913 28.000 0.006 0.022   NA
 2124618 2124619 APL_1268 APL_1269 sppA   FALSE 0.057 135.000 0.000 1.000 N NA
 2124619 2124620 APL_1269 APL_1270   sprT TRUE 0.851 31.000 0.019 1.000   NA
 2124620 2124621 APL_1270 APL_1271 sprT ndh TRUE 0.522 105.000 0.014 1.000   NA
 2124622 2124623 APL_1272 APL_1273     TRUE 0.400 75.000 0.007 1.000 N NA
 2124623 2124624 APL_1273 APL_1274     TRUE 0.808 54.000 0.067 1.000   NA
 2124624 2124625 APL_1274 APL_2098     FALSE 0.031 250.000 0.000 NA   NA
 2124625 2124626 APL_2098 APL_2097     FALSE 0.322 51.000 0.000 NA   NA
 2124626 2124627 APL_2097 APL_2096     FALSE 0.322 51.000 0.000 NA   NA
 2124627 2124628 APL_2096 APL_2095     FALSE 0.362 48.000 0.000 NA   NA
 2124629 2124630 APL_1275 APL_2057 gltX   FALSE 0.334 50.000 0.000 NA   NA
 2124630 2124631 APL_2057 APL_1276     FALSE 0.038 213.000 0.000 NA   NA
 2124632 2124633 APL_1277 APL_1278   lpxK TRUE 0.996 2.000 0.263 NA   NA
 2124633 2124634 APL_1278 APL_1279 lpxK clpX FALSE 0.258 94.000 0.002 1.000 N NA
 2124634 2124635 APL_1279 APL_1280 clpX clpP TRUE 0.998 0.000 0.352 1.000 Y NA
 2124637 2124638 APL_2094 APL_2093     TRUE 0.432 42.000 0.000 NA   NA
 2124638 2124639 APL_2093 APL_1282   dnaQ FALSE 0.206 103.000 0.000 NA   NA
 2124639 2124640 APL_1282 APL_1283 dnaQ   FALSE 0.390 87.000 0.004 1.000   NA
 2124641 2124642 APL_1284 APL_1285     TRUE 0.861 -7.000 0.000 NA   NA
 2124643 2124644 APL_1286 APL_1287 murA   TRUE 0.795 132.000 0.258 NA N NA
 2124644 2124645 APL_1287 APL_1288     TRUE 0.997 13.000 0.453 NA   NA
 2124645 2124646 APL_1288 APL_1289     TRUE 0.996 10.000 0.308 NA   NA
 2124646 2124647 APL_1289 APL_1290     TRUE 0.866 78.000 0.188 NA   NA
 2124647 2124648 APL_1290 APL_1291     TRUE 0.997 19.000 0.562 NA   NA
 2124648 2124649 APL_1291 APL_1292     TRUE 0.981 65.000 0.530 NA Y NA
 2124651 2124652 APL_1294 APL_1295   argR TRUE 0.990 0.000 0.118 1.000   NA
 2124653 2124654 APL_1296 APL_1297 mdh   FALSE 0.217 90.000 0.000 NA   NA
 2124655 2124656 APL_1298 APL_1299 adk   FALSE 0.040 152.000 0.000 1.000 N NA
 2124656 2124657 APL_1299 APL_1300     FALSE 0.052 177.000 0.000 NA   NA
 2124657 2124658 APL_1300 APL_1301   galE TRUE 0.689 139.000 0.160 NA   NA
 2124658 2124659 APL_1301 APL_1302 galE ligA FALSE 0.279 64.000 0.002 1.000 N NA
 2124659 2124660 APL_1302 APL_1303 ligA zipA TRUE 0.773 64.000 0.106 1.000 N NA
 2124662 2124663 APL_1305 APL_1306 gnd   FALSE 0.209 71.000 0.000 NA   NA
 2124663 2124664 APL_1306 APL_1308     FALSE 0.235 62.000 0.000 NA   NA
 2124664 2124665 APL_1308 APL_1309     FALSE 0.084 147.000 0.000 NA   NA
 2124665 2124666 APL_1309 APL_1310   pgl TRUE 0.516 133.000 0.007 1.000 Y NA
 2124666 2124667 APL_1310 APL_1311 pgl zwf TRUE 0.922 72.000 0.188 1.000 Y NA
 2124667 2124668 APL_1311 APL_1312 zwf cysQ TRUE 0.723 72.000 0.085 1.000 N NA
 2124668 2124669 APL_1312 APL_1313 cysQ   TRUE 0.997 13.000 0.373 1.000   NA
 2124670 2124671 APL_1314 APL_1315 hslR hslO TRUE 0.672 131.000 0.140 1.000 N NA
 2124673 2124674 APL_1317 APL_1318 arcB arcC TRUE 0.997 22.000 0.483 1.000 Y NA
 2124675 2124676 APL_1319 APL_1320 ptsB thiQ FALSE 0.141 191.000 0.013 1.000 N NA
 2124676 2124677 APL_1320 APL_1321 thiQ thiP TRUE 0.999 -3.000 0.522 0.022 N NA
 2124678 2124679 APL_1322 APL_1323 ptsH ptsI TRUE 0.921 124.000 0.121 0.006 Y NA
 2124679 2124680 APL_1323 APL_1324 ptsI crr TRUE 0.954 85.000 0.139 0.006 Y NA
 2124680 2124681 APL_1324 APL_1325 crr   FALSE 0.073 185.000 0.003 1.000 N NA
 2124681 2124682 APL_1325 APL_1326   uvrD FALSE 0.018 230.000 0.000 1.000 N NA
 2124682 2124683 APL_1326 APL_1327 uvrD hypB FALSE 0.021 204.000 0.000 1.000 N NA
 2124683 2124684 APL_1327 APL_1328 hypB hypD TRUE 0.987 12.000 0.021 1.000 Y NA
 2124684 2124685 APL_1328 APL_1329 hypD hypE TRUE 0.999 2.000 0.353 1.000 Y NA
 2124687 2124688 APL_1331 APL_1332 hyaA hybA TRUE 1.000 -7.000 0.615 0.015 Y NA
 2124688 2124689 APL_1332 APL_1333 hybA hybB TRUE 0.995 -7.000 0.120 NA Y NA
 2124689 2124690 APL_1333 APL_1334 hybB hyaB TRUE 0.996 -3.000 0.160 NA Y NA
 2124690 2124691 APL_1334 APL_1335 hyaB hyaD TRUE 1.000 0.000 0.828 1.000 Y NA
 2124691 2124692 APL_1335 APL_1336 hyaD hybE TRUE 0.996 -7.000 0.291 NA   NA
 2124692 2124693 APL_1336 APL_1337 hybE hybG TRUE 0.941 28.000 0.073 NA   NA
 2124694 2124695 APL_1338 APL_2092 hybF   FALSE 0.124 130.000 0.000 NA   NA
 2124695 2124696 APL_2092 APL_2091     FALSE 0.375 47.000 0.000 NA   NA
 2124696 2124697 APL_2091 APL_2090     TRUE 0.524 33.000 0.000 NA   NA
 2124697 2124698 APL_2090 APL_2089     TRUE 0.721 23.000 0.000 NA   NA
 2124698 2124699 APL_2089 APL_2088     TRUE 0.622 27.000 0.000 NA   NA
 2124699 2124700 APL_2088 APL_2087     TRUE 0.864 12.000 0.000 NA   NA
 2124700 2124701 APL_2087 APL_1339   mfd FALSE 0.059 168.000 0.000 NA   NA
 2124704 2124705 APL_1342 APL_1343 folB cdd TRUE 0.488 109.000 0.018 1.000 N NA
 2124706 2124707 APL_1344 APL_1345 fstX fstE TRUE 0.995 10.000 0.121 1.000 Y NA
 2124707 2124708 APL_1345 APL_1346 fstE ftsY TRUE 0.856 91.000 0.117 0.099 N NA
 2124709 2124710 APL_1347 APL_1348     FALSE 0.373 66.000 0.003 NA   NA
 2124710 2124711 APL_1348 APL_1349   hpaC TRUE 0.972 16.000 0.036 NA   NA
 2124711 2124712 APL_1349 APL_1350 hpaC tehB FALSE 0.159 115.000 0.000 1.000   NA
 2124713 2124714 APL_1351 APL_1352 artM artQ TRUE 1.000 0.000 0.714 0.022 Y NA
 2124714 2124715 APL_1352 APL_1353 artQ artI TRUE 0.995 6.000 0.026 0.038 Y NA
 2124715 2124716 APL_1353 APL_1354 artI artP TRUE 0.981 20.000 0.032 1.000 Y NA
 2124716 2124717 APL_1354 APL_1355 artP   FALSE 0.035 225.000 0.000 NA   NA
 2124719 2124720 APL_1357 APL_1358     TRUE 0.853 -19.000 0.000 NA   NA
 2124721 2124722 APL_1359 APL_1360 dsbD   TRUE 0.669 58.000 0.023 1.000   NA
 2124724 2124725 APL_1362 APL_1363     TRUE 0.992 -25.000 0.172 NA   NA
 2124725 2124726 APL_1363 APL_1364   gmhA TRUE 0.992 9.000 0.187 1.000 N NA
 2124726 2124727 APL_1364 APL_1365 gmhA hly TRUE 0.997 22.000 0.613 NA   NA
 2124728 2124729 APL_1366 APL_2086     FALSE 0.032 246.000 0.000 NA   NA
 2124729 2124730 APL_2086 APL_2085     FALSE 0.212 73.000 0.000 NA   NA
 2124730 2124731 APL_2085 APL_2084     TRUE 0.843 14.000 0.000 NA   NA
 2124731 2124732 APL_2084 APL_1367   ccmF FALSE 0.029 292.000 0.000 NA   NA
 2124732 2124733 APL_1367 APL_1368 ccmF ccmE TRUE 0.999 0.000 0.211 0.004 Y NA
 2124733 2124734 APL_1368 APL_1369 ccmE ccmD TRUE 0.675 184.000 0.344 1.000 N NA
 2124734 2124735 APL_1369 APL_1370 ccmD ccmC TRUE 0.998 13.000 0.501 1.000 N NA
 2124735 2124736 APL_1370 APL_1371 ccmC ccmB TRUE 0.994 51.000 0.501 0.002 Y NA
 2124736 2124737 APL_1371 APL_1372 ccmB ccmA TRUE 1.000 -3.000 0.503 0.004 Y NA
 2124737 2124738 APL_1372 APL_1373 ccmA   TRUE 0.445 141.000 0.011 0.098   NA
 2124738 2124739 APL_1373 APL_2123     FALSE 0.034 230.000 0.000 NA   NA
 2124739 2124740 APL_2123 APL_2117     FALSE 0.065 161.000 0.000 NA   NA
 2124740 2124741 APL_2117 APL_2083     FALSE 0.030 263.000 0.000 NA   NA
 2124741 2124742 APL_2083 APL_2082     FALSE 0.308 52.000 0.000 NA   NA
 2124742 2124743 APL_2082 APL_2111     FALSE 0.219 82.000 0.000 NA   NA
 2124744 2124745 APL_1374 APL_1375   oadG FALSE 0.050 182.000 0.000 NA   NA
 2124745 2124746 APL_1375 APL_1376 oadG oadA TRUE 1.000 16.000 0.720 0.001 Y NA
 2124746 2124747 APL_1376 APL_1377 oadA oadB TRUE 1.000 17.000 0.886 0.001 Y NA
 2124747 2124748 APL_1377 APL_1378 oadB phnA FALSE 0.242 133.000 0.007 1.000 N NA
 2124748 2124749 APL_1378 APL_1379 phnA ccp FALSE 0.184 172.000 0.000 1.000 Y NA
 2124750 2124751 APL_1380 APL_1381     TRUE 0.995 2.000 0.220 NA   NA
 2124751 2124752 APL_1381 APL_1382     FALSE 0.354 122.000 0.005 NA   NA
 2124752 2124753 APL_1382 APL_1383     TRUE 0.833 56.000 0.092 NA   NA
 2124753 2124754 APL_1383 APL_1384   fabH TRUE 0.622 48.000 0.006 1.000   NA
 2124754 2124755 APL_1384 APL_1385 fabH plsX TRUE 0.999 12.000 0.380 0.005 Y NA
 2124755 2124756 APL_1385 APL_1386 plsX rpmF TRUE 0.990 25.000 0.418 1.000 N NA
 2124756 2124757 APL_1386 APL_1387 rpmF   TRUE 0.998 18.000 0.599 NA   NA
 2124758 2124759 APL_1388 APL_1389     TRUE 0.710 186.000 0.349 NA   NA
 2124759 2124760 APL_1389 APL_1390     FALSE 0.026 379.000 0.000 NA   NA
 2124760 2124761 APL_1390 APL_1391     FALSE 0.023 388.000 0.000 1.000   NA
 2124761 2124762 APL_1391 APL_1392   ptnC TRUE 0.999 13.000 0.255 0.009 Y NA
 2124762 2124763 APL_1392 APL_1393 ptnC ptnD TRUE 1.000 14.000 0.939 0.009 Y NA
 2124763 2124764 APL_1393 APL_1394 ptnD   TRUE 0.980 99.000 0.755 NA   NA
 2124764 2124765 APL_1394 APL_1395   manA TRUE 0.992 -3.000 0.150 NA   NA
 2124765 2124766 APL_1395 APL_1396 manA   FALSE 0.235 62.000 0.000 NA   NA
 2124767 2124768 APL_1397 APL_1398   tufB FALSE 0.025 292.000 0.000 1.000   NA
 2124768 2124769 APL_1398 APL_1399 tufB fusA TRUE 0.988 62.000 0.400 0.001 Y NA
 2124769 2124770 APL_1399 APL_1400 fusA rpsG TRUE 0.983 100.000 0.579 1.000 Y NA
 2124770 2124771 APL_1400 APL_1401 rpsG rpsL TRUE 0.984 137.000 0.620 0.004 Y NA
 2124771 2124772 APL_1401 APL_1402 rpsL rfaC FALSE 0.087 122.000 0.000 1.000 N NA
 2124772 2124773 APL_1402 APL_1403 rfaC rfaF TRUE 0.971 76.000 0.205 0.001 Y NA
 2124773 2124774 APL_1403 APL_1404 rfaF oapB TRUE 0.500 82.000 0.008 NA   NA
 2124774 2124775 APL_1404 APL_1405 oapB oapA TRUE 0.866 122.000 0.273 NA   NA
 2124776 2124777 APL_1406 APL_1407 comEA psd FALSE 0.133 151.000 0.004 1.000 N NA
 2124777 2124778 APL_1407 APL_1408 psd gshA FALSE 0.038 156.000 0.000 1.000 N NA
 2124783 2124784 APL_1413 APL_1414   mqo FALSE 0.044 181.000 0.000 1.000   NA
 2124784 2124785 APL_1414 APL_1415 mqo   FALSE 0.194 108.000 0.000 NA   NA
 2124786 2124787 APL_1416 APL_1417     TRUE 0.432 42.000 0.000 NA   NA
 2124788 2124789 APL_1418 APL_1419 mglC mglA TRUE 1.000 17.000 0.905 1.000 Y NA
 2124789 2124790 APL_1419 APL_1420 mglA mglB TRUE 0.916 63.000 0.139 NA Y NA
 2124790 2124791 APL_1420 APL_1421 mglB ompA FALSE 0.019 254.000 0.000 NA N NA
 2124792 2124793 APL_1422 APL_1423     TRUE 0.560 133.000 0.076 NA N NA
 2124793 2124794 APL_1423 APL_1424   oxaA FALSE 0.045 301.000 0.003 NA N NA
 2124795 2124796 APL_1425 APL_1426 napC napB TRUE 0.999 12.000 0.490 NA Y NA
 2124796 2124797 APL_1426 APL_1427 napB napH TRUE 0.997 19.000 0.316 NA Y NA
 2124797 2124798 APL_1427 APL_1428 napH napG TRUE 1.000 0.000 0.795 0.014   NA
 2124798 2124799 APL_1428 APL_1429 napG napA TRUE 0.869 135.000 0.243 0.042   NA
 2124799 2124800 APL_1429 APL_1430 napA napD TRUE 0.996 32.000 0.875 NA N NA
 2124800 2124801 APL_1430 APL_1431 napD napF TRUE 0.995 3.000 0.209 NA   NA
 2124803 2124804 APL_1433 APL_1434     TRUE 0.995 42.000 0.500 0.054 Y NA
 2124804 2124805 APL_1434 APL_1435     FALSE 0.197 106.000 0.000 NA   NA
 2124805 2124806 APL_1435 APL_1436   rne FALSE 0.065 161.000 0.000 NA   NA
 2124808 2124809 APL_1438 APL_1439   ubiD FALSE 0.211 150.000 0.006 NA   NA
 2124811 2124812 APL_1441 APL_1442   apxID FALSE 0.022 431.000 0.000 1.000   NA
 2124812 2124813 APL_1442 APL_1443 apxID apxIB TRUE 0.999 9.000 0.426 0.007 Y NA
 2124813 2124814 APL_1443 APL_1444 apxIB apxIA TRUE 0.816 81.000 0.130 1.000   NA
 2124814 2124815 APL_1444 APL_1445 apxIA apxIC TRUE 0.854 10.000 0.000 1.000   NA
 2124816 2124817 APL_1446 APL_1447 afuA afuB TRUE 0.915 105.000 0.074 0.037 Y NA
 2124817 2124818 APL_1447 APL_1448 afuB afuC TRUE 0.989 47.000 0.556 0.037 N NA
 2124821 2124822 APL_1451 APL_1452   serA FALSE 0.022 464.000 0.000 1.000   NA
 2124822 2124823 APL_1452 APL_1453 serA rpiA FALSE 0.353 144.000 0.029 1.000 N NA
 2124823 2124824 APL_1453 APL_1454 rpiA mrsA FALSE 0.379 147.000 0.004 1.000 Y NA
 2124824 2124825 APL_1454 APL_1455 mrsA ilvA FALSE 0.278 72.000 0.003 1.000 N NA
 2124825 2124826 APL_1455 APL_1456 ilvA slyD FALSE 0.266 127.000 0.006 1.000 N NA
 2124826 2124827 APL_1456 APL_1457 slyD aqpZ FALSE 0.014 353.000 0.000 1.000 N NA
 2124827 2124828 APL_1457 APL_1458 aqpZ   FALSE 0.269 146.000 0.010 NA   NA
 2124828 2124829 APL_1458 APL_1459     TRUE 0.800 42.000 0.019 NA   NA
 2124830 2124831 APL_1460 APL_1461   menA TRUE 0.876 0.000 0.000 NA   NA
 2124833 2124834 APL_1463 APL_1464   wzm TRUE 1.000 0.000 0.667 0.097 Y NA
 2124834 2124835 APL_1464 APL_1465 wzm   TRUE 0.851 11.000 0.000 1.000   NA
 2124835 2124836 APL_1465 APL_1466     FALSE 0.024 894.000 0.000 NA   NA
 2124836 2124837 APL_1466 APL_1467   rfbD TRUE 0.880 2.000 0.000 NA   NA
 2124837 2124838 APL_1467 APL_1468 rfbD   FALSE 0.208 63.000 0.000 1.000   NA
 2124838 2124839 APL_1468 APL_1469     TRUE 0.867 -3.000 0.000 NA   NA
 2124839 2124840 APL_1469 APL_1470     TRUE 0.985 6.000 0.050 NA   NA
 2124840 2124841 APL_1470 APL_1471     TRUE 0.969 19.000 0.050 NA   NA
 2124841 2124842 APL_1471 APL_1472   rfbB1 TRUE 0.515 83.000 0.000 1.000 Y NA
 2124842 2124843 APL_1472 APL_1473 rfbB1 rpsU FALSE 0.018 221.000 0.000 1.000 N NA
 2124843 2124844 APL_1473 APL_1474 rpsU dnaG FALSE 0.316 180.000 0.067 1.000 N NA
 2124844 2124845 APL_1474 APL_1475 dnaG rpoD TRUE 0.891 105.000 0.299 1.000 N NA
 2124846 2124847 APL_1476 APL_1477 tyrS   FALSE 0.027 345.000 0.000 NA   NA
 2124847 2124848 APL_1477 APL_1478   vacB FALSE 0.181 114.000 0.000 NA   NA
 2124848 2124849 APL_1478 APL_1479 vacB   FALSE 0.286 68.000 0.003 1.000 N NA
 2124849 2124850 APL_1479 APL_1480     TRUE 0.978 0.000 0.036 1.000 N NA
 2124850 2124851 APL_1480 APL_1481   oxyR TRUE 0.995 -7.000 0.034 0.028 Y NA
 2124852 2124853 APL_1482 APL_1483     FALSE 0.023 405.000 0.000 1.000   NA
 2124854 2124855 APL_1484 APL_1485   pdxY FALSE 0.026 404.000 0.000 NA   NA
 2124857 2124858 APL_1486 APL_1487 accA sufI FALSE 0.285 117.000 0.004 1.000 N NA
 2124858 2124859 APL_1487 APL_1488 sufI plsC TRUE 0.991 9.000 0.154 1.000 N NA
 2124860 2124861 APL_1489 APL_1490 tpx trmE FALSE 0.137 123.000 0.000 1.000   NA
 2124862 2124863 APL_1491 APL_1492     TRUE 0.998 13.000 0.569 NA   NA
 2124863 2124864 APL_1492 APL_1493     FALSE 0.101 138.000 0.000 NA   NA
 2124865 2124866 APL_1494 APL_1495 ftpA   FALSE 0.028 246.000 0.000 1.000   NA
 2124866 2124867 APL_1495 APL_1496     FALSE 0.074 147.000 0.000 1.000   NA
 2124868 2124869 APL_1497 APL_1498   mgsA TRUE 0.461 82.000 0.006 NA   NA
 2124870 2124871 APL_1499 APL_1500 thrC   FALSE 0.122 86.000 0.000 1.000 N NA
 2124871 2124872 APL_1500 APL_1501     TRUE 0.995 42.000 0.500 0.054 Y NA
 2124873 2124874 APL_1502 APL_1503 valS   FALSE 0.024 743.000 0.000 NA   NA
 2124874 2124875 APL_1503 APL_1504     FALSE 0.289 160.000 0.022 NA   NA
 2124875 2124876 APL_1504 APL_1505   holC TRUE 0.956 1.000 0.006 1.000   NA
 2124877 2124878 APL_1506 APL_1507   tig FALSE 0.070 202.000 0.002 1.000   NA
 2124878 2124879 APL_1507 APL_1508 tig   FALSE 0.187 133.000 0.003 NA N NA
 2124879 2124880 APL_1508 APL_1509   secB TRUE 0.973 25.000 0.158 NA N NA
 2124880 2124881 APL_1509 APL_1510 secB gpsA TRUE 0.514 185.000 0.206 1.000 N NA
 2124881 2124882 APL_1510 APL_1511 gpsA cysE TRUE 0.997 12.000 0.429 1.000 N NA
 2124883 2124884 APL_1512 APL_2081 tufB   FALSE 0.181 114.000 0.000 NA   NA
 2124884 2124885 APL_2081 APL_2080     TRUE 0.879 4.000 0.000 NA   NA
 2124885 2124886 APL_2080 APL_2079     TRUE 0.394 45.000 0.000 NA   NA
 2124886 2124887 APL_2079 APL_2078     TRUE 0.485 37.000 0.000 NA   NA
 2124888 2124889 APL_1513 APL_1514 coaA dsbE FALSE 0.226 135.000 0.007 1.000 N NA
 2124889 2124890 APL_1514 APL_1515 dsbE   TRUE 0.999 5.000 0.578 NA Y NA
 2124890 2124891 APL_1515 APL_1516     TRUE 1.000 0.000 0.727 NA Y NA
 2124891 2124892 APL_1516 APL_1517   mog FALSE 0.118 72.000 0.000 1.000 N NA
 2124892 2124893 APL_1517 APL_1518 mog glnB TRUE 0.475 120.000 0.022 1.000 N NA
 2124893 2124894 APL_1518 APL_1519 glnB lspA TRUE 0.591 79.000 0.026 1.000 N NA
 2124894 2124895 APL_1519 APL_1520 lspA ispH TRUE 0.995 1.000 0.095 1.000 Y NA
 2124895 2124896 APL_1520 APL_1521 ispH   TRUE 0.961 0.000 0.008 NA   NA
 2124897 2124898 APL_1522 APL_1523   chuW TRUE 0.995 0.000 0.261 1.000   NA
 2124898 2124899 APL_1523 APL_1524 chuW gst FALSE 0.037 157.000 0.000 1.000 N NA
 2124899 2124900 APL_1524 APL_1525 gst lysA FALSE 0.124 66.000 0.000 1.000 N NA
 2124900 2124901 APL_1525 APL_1526 lysA frdD FALSE 0.013 416.000 0.000 1.000 N NA
 2124901 2124902 APL_1526 APL_1527 frdD frdC TRUE 1.000 13.000 0.787 0.002 Y NA
 2124902 2124903 APL_1527 APL_1528 frdC frdB TRUE 1.000 9.000 0.454 0.002 Y NA
 2124903 2124904 APL_1528 APL_1529 frdB frdA TRUE 0.999 13.000 0.470 0.002 Y NA
 2124908 2124909 APL_1533 APL_1534 crcB   TRUE 0.961 3.000 0.008 NA   NA
 2124910 2124911 APL_1535 APL_1536 anmK   TRUE 0.773 54.000 0.041 NA   NA
 2124912 2124913 APL_1537 APL_1538 prmA   FALSE 0.217 84.000 0.000 NA   NA
 2124913 2124914 APL_1538 APL_1539     TRUE 0.998 4.000 0.533 NA   NA
 2124914 2124915 APL_1539 APL_1540   tldD FALSE 0.163 121.000 0.000 NA   NA
 2124917 2124918 APL_1542 APL_2077 xerD   FALSE 0.181 114.000 0.000 NA   NA
 2124918 2124919 APL_2077 APL_2076     FALSE 0.334 50.000 0.000 NA   NA
 2124919 2124920 APL_2076 APL_2124     TRUE 0.855 13.000 0.000 NA   NA
 2124920 3676203 APL_2124 APL_2124a     FALSE 0.286 55.000 0.000 NA   NA
 3676203 2124921 APL_2124a APL_2118     FALSE 0.186 112.000 0.000 NA   NA
 2124921 2124922 APL_2118 APL_2075     FALSE 0.037 215.000 0.000 NA   NA
 2124922 10726521 APL_2075 APL_2112     FALSE 0.206 103.000 0.000 NA   NA
 10726521 2124924 APL_2112 APL_2074     FALSE 0.031 253.000 0.000 NA   NA
 2124924 2124925 APL_2074 APL_2073     TRUE 0.569 29.000 0.000 NA   NA
 2124925 2124926 APL_2073 APL_2072     TRUE 0.540 31.000 0.000 NA   NA
 2124926 2124927 APL_2072 APL_1543   wecG FALSE 0.067 160.000 0.000 NA   NA
 2124927 2124928 APL_1543 APL_1544 wecG   TRUE 0.989 -16.000 0.126 1.000   NA
 2124928 2124929 APL_1544 APL_1545   wecF TRUE 0.999 0.000 0.684 1.000   NA
 2124930 2124931 APL_1546 APL_1547 hcp hcr TRUE 0.843 123.000 0.025 0.014 Y NA
 2124932 2124933 APL_1548 APL_1549   wecE TRUE 0.994 -12.000 0.218 1.000   NA
 2124933 2124934 APL_1549 APL_1550 wecE wecD TRUE 0.862 7.000 0.000 1.000   NA
 2124934 2124935 APL_1550 APL_1551 wecD wecC TRUE 0.860 0.000 0.000 1.000   NA
 2124935 2124936 APL_1551 APL_1552 wecC wecB TRUE 0.837 79.000 0.045 1.000 Y NA
 2124936 2124937 APL_1552 APL_1553 wecB   TRUE 0.894 41.000 0.000 0.007 Y NA
 2124937 2124938 APL_1553 APL_1554   wecA TRUE 0.999 35.000 0.735 0.007 Y NA
 2124940 2124941 APL_1556 APL_1557   mviN TRUE 0.906 20.000 0.000 0.069   NA
 2124943 2124944 APL_1559 APL_1560 trkA rsmB TRUE 0.867 50.000 0.122 1.000 N NA
 2124944 2124945 APL_1560 APL_1561 rsmB selB TRUE 0.986 14.000 0.003 0.024 Y NA
 2124945 2124946 APL_1561 APL_1562 selB selA TRUE 0.999 -3.000 0.569 0.001 N NA
 2124947 2124948 APL_2059 APL_1563   mioC TRUE 0.763 20.000 0.000 NA   NA
 2124949 2124950 APL_1564 APL_1565 lyx   TRUE 0.980 15.000 0.065 1.000   NA
 2124950 2124951 APL_1565 APL_1566     FALSE 0.026 375.000 0.000 NA   NA
 2124951 2124952 APL_1566 APL_1567   tbpA FALSE 0.025 494.000 0.000 NA   NA
 2124952 2124953 APL_1567 APL_1568 tbpA tbpB TRUE 0.999 14.000 0.667 1.000   NA
 2124953 2124954 APL_1568 APL_1569 tbpB exbD TRUE 0.995 28.000 0.500 0.078   NA
 2124954 2124955 APL_1569 APL_1570 exbD exbB TRUE 0.999 0.000 0.500 0.052 Y NA
 2124955 2124956 APL_1570 APL_1571 exbB tonB1 TRUE 0.978 22.000 0.036 0.007 N NA
 2124956 2124957 APL_1571 APL_1572 tonB1   FALSE 0.030 276.000 0.000 NA   NA
 2124957 2124958 APL_1572 APL_1573     FALSE 0.060 167.000 0.000 NA   NA
 2124960 2124961 APL_1575 APL_1576   kpsF TRUE 0.792 18.000 0.000 NA   NA
 2124961 2124962 APL_1576 APL_1577 kpsF kdsB TRUE 0.988 12.000 0.023 1.000 Y NA
 2124962 2124963 APL_1577 APL_1578 kdsB kdsA TRUE 0.930 46.000 0.018 0.052 Y NA
 2124963 2124964 APL_1578 APL_1579 kdsA cps5C FALSE 0.347 49.000 0.000 NA   NA
 2124964 2124965 APL_1579 APL_1580 cps5C cps5B TRUE 0.831 15.000 0.000 NA   NA
 2124965 2124966 APL_1580 APL_1581 cps5B   TRUE 0.983 3.000 0.041 1.000   NA
 2124967 2124968 APL_1582 APL_1583 cpxD cpxC TRUE 0.988 26.000 0.088 0.078 Y NA
 2124968 2124969 APL_1583 APL_1584 cpxC cpxB TRUE 0.997 0.000 0.083 0.078 Y NA
 2124969 2124970 APL_1584 APL_1585 cpxB cpxA TRUE 0.999 -3.000 0.418 0.095 Y NA
 2124971 2124972 APL_1586 APL_1587 modF fmt FALSE 0.195 93.000 0.000 1.000   NA
 2124972 2124973 APL_1587 APL_1588 fmt   FALSE 0.063 163.000 0.000 NA   NA
 2124974 2124975 APL_1589 APL_1590   trkH TRUE 0.868 81.000 0.202 1.000   NA
 2124975 2124976 APL_1590 APL_1591 trkH   TRUE 0.996 15.000 0.455 1.000 N NA
 2124976 2124977 APL_1591 APL_1592   mscL FALSE 0.115 104.000 0.000 1.000 N NA
 2124978 2124979 APL_1593 APL_1594 lipA lipB TRUE 0.980 112.000 0.319 0.001 Y NA
 2124979 2124980 APL_1594 APL_1595 lipB   TRUE 0.969 32.000 0.219 NA   NA
 2124980 2124981 APL_1595 APL_1596   dacA FALSE 0.329 134.000 0.010 NA   NA
 2124981 2124982 APL_1596 APL_1597 dacA   TRUE 0.791 96.000 0.023 NA Y NA
 2124982 2124983 APL_1597 APL_1598   mrdB FALSE 0.178 175.000 0.014 NA N NA
 2124983 2124984 APL_1598 APL_1599 mrdB mrdA TRUE 0.959 -7.000 0.016 1.000 N NA
 2124984 2124985 APL_1599 APL_1600 mrdA   TRUE 0.557 82.000 0.013 NA   NA
 2124985 2124986 APL_1600 APL_1601     TRUE 0.991 23.000 0.307 NA   NA
 2124986 2124987 APL_1601 APL_1602   mutS FALSE 0.067 226.000 0.002 NA   NA
 2124987 2124988 APL_1602 APL_1603 mutS   FALSE 0.127 166.000 0.000 0.095 N NA
 2124988 2124989 APL_1603 APL_1604     TRUE 0.997 22.000 0.481 1.000 Y NA
 2124989 2124990 APL_1604 APL_1605     FALSE 0.044 182.000 0.000 1.000   NA
 2124992 2124993 APL_1607 APL_1608     FALSE 0.216 88.000 0.000 NA   NA
 2124993 2124994 APL_1608 APL_1609     FALSE 0.075 154.000 0.000 NA   NA
 2124994 2124995 APL_1609 APL_1610     FALSE 0.048 173.000 0.000 1.000   NA
 2124995 2124996 APL_1610 APL_1611   ureD TRUE 0.796 16.000 0.000 1.000   NA
 2124996 2124997 APL_1611 APL_1612 ureD ureG TRUE 0.922 169.000 0.337 0.005 Y NA
 2124997 2124998 APL_1612 APL_1613 ureG ureF TRUE 0.999 21.000 0.439 0.005 Y NA
 2124998 2124999 APL_1613 APL_1614 ureF ureE TRUE 0.999 12.000 0.460 0.005 Y NA
 2124999 2125000 APL_1614 APL_1615 ureE gst TRUE 0.463 116.000 0.000 NA Y NA
 2125000 2125001 APL_1615 APL_1616 gst ureC FALSE 0.097 124.000 0.000 NA N NA
 2125001 2125002 APL_1616 APL_1617 ureC ureB TRUE 1.000 11.000 0.486 0.001 Y NA
 2125002 2125003 APL_1617 APL_1618 ureB ureA TRUE 0.586 190.000 0.014 0.001 Y NA
 2125003 2125004 APL_1618 APL_1619 ureA utp TRUE 0.503 72.000 0.000 1.000 Y NA
 2125004 2125005 APL_1619 APL_1620 utp cbiO TRUE 0.567 112.000 0.032 1.000 N NA
 2125005 2125006 APL_1620 APL_1621 cbiO cbiQ TRUE 0.990 23.000 0.153 1.000 Y NA
 2125006 2125007 APL_1621 APL_1622 cbiQ cbiM TRUE 0.998 7.000 0.100 0.003 Y NA
 2125007 2125008 APL_1622 APL_1623 cbiM cbiL TRUE 0.982 1.000 0.037 1.000   NA
 2125008 2125009 APL_1623 APL_1624 cbiL cbiK TRUE 0.989 0.000 0.091 NA   NA
 2125011 2125012 APL_1626 APL_1627     FALSE 0.035 228.000 0.000 NA   NA
 2125012 2125013 APL_1627 APL_1628     FALSE 0.164 61.000 0.000 NA N NA
 2125013 2125014 APL_1628 APL_1629   mtlD TRUE 0.995 0.000 0.230 NA N NA
 2125014 2125015 APL_1629 APL_1630 mtlD mtlA TRUE 0.952 87.000 0.292 1.000 Y NA
 2125015 2125016 APL_1630 APL_1631 mtlA glmS FALSE 0.014 308.000 0.000 1.000 N NA
 2125016 2125017 APL_1631 APL_1632 glmS   TRUE 0.894 124.000 0.412 1.000 N NA
 2125017 2125018 APL_1632 APL_1633     FALSE 0.090 138.000 0.000 1.000   NA
 2125018 2125019 APL_1633 APL_1634     FALSE 0.191 99.000 0.000 1.000   NA
 2125019 2125020 APL_1634 APL_1635     FALSE 0.347 49.000 0.000 NA   NA
 2125020 2125021 APL_1635 APL_1636     TRUE 0.944 16.000 0.009 NA   NA
 2125021 2125022 APL_1636 APL_1637   mtn FALSE 0.093 174.000 0.004 1.000 N NA
 2125022 2125023 APL_1637 APL_1638 mtn dsbA_2 TRUE 0.978 0.000 0.025 NA   NA
 2125023 2125024 APL_1638 APL_1639 dsbA_2 slyX TRUE 0.490 67.000 0.008 NA   NA
 2125025 2125026 APL_1640 APL_1641 fkpA   TRUE 0.906 112.000 0.310 NA   NA
 2125026 2125027 APL_1641 APL_1642   tusD TRUE 0.995 0.000 0.220 NA   NA
 2125027 2125028 APL_1642 APL_1643 tusD   TRUE 1.000 3.000 0.790 NA Y NA
 2125028 2125029 APL_1643 APL_1644     TRUE 1.000 13.000 0.804 NA Y NA
 2125030 2125031 APL_2125 APL_2119     FALSE 0.065 161.000 0.000 NA   NA
 2125031 2125032 APL_2119 APL_2071     FALSE 0.030 263.000 0.000 NA   NA
 2125032 2125033 APL_2071 APL_2070     FALSE 0.308 52.000 0.000 NA   NA
 2125033 2125034 APL_2070 APL_2113     FALSE 0.219 82.000 0.000 NA   NA
 2125034 2125035 APL_2113 APL_1645   atpC FALSE 0.025 473.000 0.000 NA   NA
 2125035 2125036 APL_1645 APL_1646 atpC atpD TRUE 0.999 40.000 0.837 0.004 Y NA
 2125036 2125037 APL_1646 APL_1647 atpD atpG TRUE 1.000 14.000 0.724 0.004 Y NA
 2125037 2125038 APL_1647 APL_1648 atpG atpA TRUE 1.000 23.000 0.846 0.004 Y NA
 2125038 2125039 APL_1648 APL_1649 atpA atpH TRUE 1.000 13.000 0.864 0.004 Y NA
 2125039 2125040 APL_1649 APL_1650 atpH atpF TRUE 0.999 14.000 0.242 0.004 Y NA
 2125040 2125041 APL_1650 APL_1651 atpF atpE TRUE 0.995 60.000 0.666 0.004 Y NA
 2125041 2125042 APL_1651 APL_1652 atpE atpB TRUE 0.988 119.000 0.557 0.004 Y NA
 2125042 2125043 APL_1652 APL_1653 atpB   TRUE 0.997 25.000 0.291 0.004 Y NA
 2125043 2125044 APL_1653 APL_1654   gidB FALSE 0.055 361.000 0.005 1.000 N NA
 2125044 2125045 APL_1654 APL_1655 gidB gidA TRUE 0.941 100.000 0.466 1.000 N NA
 2125047 2125048 APL_1657 APL_1658     FALSE 0.038 213.000 0.000 NA   NA
 2125048 2125049 APL_1658 APL_1659     TRUE 0.879 3.000 0.000 NA   NA
 2125049 2125050 APL_1659 APL_1660     TRUE 0.894 88.000 0.238 NA   NA
 2125050 2125051 APL_1660 APL_1661     TRUE 0.999 11.000 0.429 0.009 Y NA
 2125051 2125052 APL_1661 APL_1662     TRUE 0.999 15.000 0.444 0.009 Y NA
 2125052 2125053 APL_1662 APL_1663     FALSE 0.027 176.000 0.000 1.000 N NA
 2125053 2125054 APL_1663 APL_1664     TRUE 0.999 12.000 0.500 0.052 Y NA
 2125054 2125055 APL_1664 APL_1665   gntP_1 FALSE 0.124 82.000 0.000 1.000 N NA
 2125058 2125059 APL_1668 APL_1669 rbsR rbsD TRUE 0.415 121.000 0.015 1.000 N NA
 2125059 2125060 APL_1669 APL_1670 rbsD rbsA TRUE 0.998 13.000 0.337 1.000 Y NA
 2125060 2125061 APL_1670 APL_1671 rbsA rbsC TRUE 0.985 53.000 0.504 1.000 Y NA
 2125061 2125062 APL_1671 APL_1672 rbsC rbsB TRUE 0.999 24.000 0.847 NA Y NA
 2125062 2125063 APL_1672 APL_1673 rbsB rbsK TRUE 0.963 73.000 0.347 NA Y NA
 2125063 2125064 APL_1673 APL_1674 rbsK dmsA FALSE 0.017 234.000 0.000 1.000 N NA
 2125064 2125065 APL_1674 APL_1675 dmsA dmsB TRUE 0.998 10.000 0.172 0.040 Y NA
 2125065 2125066 APL_1675 APL_1676 dmsB dmsC TRUE 0.999 2.000 0.833 1.000   NA
 2125066 2125067 APL_1676 APL_1677 dmsC   TRUE 0.985 56.000 0.750 1.000   NA
 2125067 2125068 APL_1677 APL_1678     TRUE 0.999 4.000 0.375 0.040   NA
 2125069 2125070 APL_1679 APL_1680     TRUE 0.994 -3.000 0.219 NA   NA
 2125070 2125071 APL_1680 APL_1681     FALSE 0.027 332.000 0.000 NA   NA
 2125071 2125072 APL_1681 APL_1682   purL FALSE 0.211 68.000 0.000 NA   NA
 2125073 2125074 APL_1683 APL_1684 fucR fucI FALSE 0.140 203.000 0.000 1.000 Y NA
 2125074 2125075 APL_1684 APL_1685 fucI fucK TRUE 0.948 78.000 0.269 1.000 Y NA
 2125075 2125076 APL_1685 APL_1686 fucK fucU TRUE 0.886 135.000 0.263 1.000 Y NA
 2125076 2125077 APL_1686 APL_1687 fucU fucA TRUE 0.970 51.000 0.286 1.000 Y NA
 2125077 2125078 APL_1687 APL_1688 fucA fucP TRUE 0.620 55.000 0.000 NA Y NA
 2125078 2125079 APL_1688 APL_1689 fucP   FALSE 0.110 120.000 0.000 NA N NA
 2125079 2125080 APL_1689 APL_1690     FALSE 0.041 204.000 0.000 NA   NA
 2125080 2125081 APL_1690 APL_1691     FALSE 0.038 212.000 0.000 NA   NA
 2125081 2125082 APL_1691 APL_1692     TRUE 1.000 -10.000 0.841 0.021 Y NA
 2125082 2125083 APL_1692 APL_1693     TRUE 1.000 1.000 0.773 1.000 Y NA
 2125083 2125084 APL_1693 APL_1694     TRUE 0.989 61.000 0.671 1.000 Y NA
 2125084 2125085 APL_1694 APL_1695   kpsC FALSE 0.062 133.000 0.000 1.000 N NA
 2125085 2125086 APL_1695 APL_1696 kpsC hcsB TRUE 0.998 23.000 0.315 0.002 Y NA
 2125087 2125088 APL_1697 APL_1698   ulaD TRUE 0.855 13.000 0.000 NA   NA
 2125088 2125089 APL_1698 APL_1699 ulaD ulaC TRUE 0.889 73.000 0.115 1.000 Y NA
 2125089 2125090 APL_1699 APL_1700 ulaC ulaA TRUE 0.543 78.000 0.000 0.006   NA
 2125091 2125092 APL_1701 APL_1702 ulaG ulaR TRUE 0.912 102.000 0.308 1.000   NA
 2125092 2125093 APL_1702 APL_1703 ulaR   TRUE 0.942 86.000 0.240 1.000 Y NA
 2125093 2125094 APL_1703 APL_1704     TRUE 0.863 27.000 0.000 1.000 Y NA
 2125096 2125097 APL_1706 APL_1707     FALSE 0.027 346.000 0.000 NA   NA
 2125097 2125098 APL_1707 APL_1708     FALSE 0.086 146.000 0.000 NA   NA
 2125098 2125099 APL_1708 APL_1709     FALSE 0.186 112.000 0.000 NA   NA
 2125100 2125101 APL_1710 APL_1711 hldD def FALSE 0.263 140.000 0.012 1.000 N NA
 2125103 2125104 APL_1713 APL_1714   ulaA FALSE 0.036 222.000 0.000 NA   NA
 2125104 2125105 APL_1714 APL_1715 ulaA sgaB TRUE 0.992 9.000 0.039 0.009   NA
 2125106 2125107 APL_1716 APL_1717 secE nusG TRUE 0.995 35.000 0.843 1.000 N NA
 2125107 2125108 APL_1717 APL_1718 nusG rplK TRUE 0.796 289.000 0.681 1.000 N NA
 2125108 2125109 APL_1718 APL_1719 rplK rplA TRUE 1.000 5.000 0.838 0.025 Y NA
 2125109 2125110 APL_1719 APL_1720 rplA rplJ TRUE 0.809 289.000 0.302 0.025 Y NA
 2125110 2125111 APL_1720 APL_1721 rplJ rplL TRUE 0.997 61.000 0.884 0.019 Y NA
 2125111 2125112 APL_1721 APL_1722 rplL   FALSE 0.055 164.000 0.000 1.000   NA
 2125112 2125113 APL_1722 APL_1723     TRUE 0.999 5.000 0.636 NA   NA
 2125113 2125114 APL_1723 APL_1724     FALSE 0.026 388.000 0.000 NA   NA
 2125114 2125115 APL_1724 APL_1725     FALSE 0.024 807.000 0.000 NA   NA
 2125115 2125116 APL_1725 APL_1726     FALSE 0.201 105.000 0.000 NA   NA
 2125116 2125117 APL_1726 APL_1727   rpoB FALSE 0.026 420.000 0.000 NA   NA
 2125117 2125118 APL_1727 APL_1728 rpoB rpoC TRUE 0.990 126.000 0.851 0.001   NA
 2125118 2125119 APL_1728 APL_1729 rpoC   FALSE 0.201 105.000 0.000 NA   NA
 2125119 2125120 APL_1729 APL_1730     FALSE 0.024 731.000 0.000 NA   NA
 2125120 2125121 APL_1730 APL_1731     TRUE 0.999 12.000 0.727 NA   NA
 2125124 2125125 APL_1734 APL_1735   hslU FALSE 0.212 73.000 0.000 NA   NA
 2125125 2125126 APL_1735 APL_1736 hslU hslV TRUE 0.993 55.000 0.752 1.000 Y NA
 2125126 2125127 APL_1736 APL_1737 hslV sfsA FALSE 0.220 79.000 0.000 NA   NA
 2125127 2125128 APL_1737 APL_1738 sfsA   FALSE 0.031 258.000 0.000 NA   NA
 2125129 2125130 APL_1739 APL_1740 mutY   TRUE 0.992 4.000 0.150 NA N NA
 2125130 2125131 APL_1740 APL_1741   mltC TRUE 0.964 18.000 0.043 NA N NA
 2125131 2125132 APL_1741 APL_2060 mltC   FALSE 0.143 125.000 0.000 NA   NA
 2125132 2125133 APL_2060 APL_2061     TRUE 0.878 6.000 0.000 NA   NA
 2125133 2125134 APL_2061 APL_2062     FALSE 0.116 133.000 0.000 NA   NA
 2125134 2125135 APL_2062 APL_2063     TRUE 0.878 6.000 0.000 NA   NA
 2125135 2125136 APL_2063 APL_1742   srp54 FALSE 0.026 423.000 0.000 NA   NA
 2125137 2125138 APL_1743 APL_1744   ubiF FALSE 0.023 192.000 0.000 1.000 N NA
 2125138 2125139 APL_1744 APL_1745 ubiF   FALSE 0.347 34.000 0.000 1.000 N NA
 2125139 2125140 APL_1745 APL_1746     TRUE 0.992 -27.000 0.172 NA   NA
 2125141 2125142 APL_1747 APL_1748 comM   FALSE 0.127 125.000 0.000 1.000   NA
 2125143 2125144 APL_1749 APL_1750   menD TRUE 0.997 0.000 0.355 NA   NA
 2125145 2125146 APL_1751 APL_1752   nanE TRUE 0.931 38.000 0.143 1.000 N NA
 2125146 2125147 APL_1752 APL_1753 nanE nanK TRUE 0.998 10.000 0.286 1.000 Y NA
 2125147 2125148 APL_1753 APL_1754 nanK nanA TRUE 0.607 21.000 0.000 1.000 N NA
 2125148 2125149 APL_1754 APL_1755 nanA nagB TRUE 0.830 50.000 0.083 1.000 N NA
 2125149 2125150 APL_1755 APL_1756 nagB nagA TRUE 0.995 52.000 0.557 0.001 Y NA
 2125151 2125152 APL_1757 APL_1758 fumC   FALSE 0.156 155.000 0.005 NA N NA
 2125153 2125154 APL_1759 APL_1760 rpsJ rplC TRUE 0.996 26.000 0.307 0.025 Y NA
 2125154 2125155 APL_1760 APL_1761 rplC rplD TRUE 0.999 16.000 0.486 0.019 Y NA
 2125155 2125156 APL_1761 APL_1762 rplD rplW TRUE 1.000 -3.000 0.513 0.019 Y NA
 2125156 2125157 APL_1762 APL_1763 rplW rplB TRUE 1.000 21.000 0.849 0.023 Y NA
 2125157 2125158 APL_1763 APL_1764 rplB rpsS TRUE 0.999 28.000 0.820 0.025 Y NA
 2125158 2125159 APL_1764 APL_1765 rpsS rplV TRUE 1.000 11.000 0.769 0.025 Y NA
 2125159 2125160 APL_1765 APL_1766 rplV rpsC TRUE 0.999 19.000 0.719 0.025 Y NA
 2125160 2125161 APL_1766 APL_1767 rpsC rplP TRUE 1.000 14.000 0.828 0.025 Y NA
 2125161 2125162 APL_1767 APL_1768 rplP rpmC TRUE 0.995 0.000 0.029 0.019 Y NA
 2125162 2125163 APL_1768 APL_1769 rpmC rpsQ TRUE 0.995 0.000 0.029 0.019 Y NA
 2125163 2125164 APL_1769 APL_1770 rpsQ rplX FALSE 0.191 622.000 0.000 0.019 Y NA
 2125164 2125165 APL_1770 APL_1771 rplX rplE TRUE 1.000 18.000 0.758 0.019 Y NA
 2125165 2125166 APL_1771 APL_1772 rplE rpsN TRUE 0.999 12.000 0.496 0.019 Y NA
 2125166 2125167 APL_1772 APL_1773 rpsN rpsH TRUE 0.996 37.000 0.473 0.019 Y NA
 2125167 2125168 APL_1773 APL_1774 rpsH rplF TRUE 1.000 17.000 0.808 0.019 Y NA
 2125168 2125169 APL_1774 APL_1775 rplF rplR TRUE 1.000 15.000 0.815 0.019 Y NA
 2125169 2125170 APL_1775 APL_1776 rplR rpsE TRUE 1.000 15.000 0.814 0.025 Y NA
 2125170 2125171 APL_1776 APL_1777 rpsE rpmD TRUE 1.000 7.000 0.789 0.025 Y NA
 2125171 2125172 APL_1777 APL_1778 rpmD rplO TRUE 1.000 5.000 0.653 0.003 Y NA
 2125172 2125173 APL_1778 APL_1779 rplO secY TRUE 0.999 4.000 0.730 1.000 N NA
 2125173 2125174 APL_1779 APL_1780 secY rpmJ TRUE 0.957 26.000 0.089 1.000   NA
 2125174 2125175 APL_1780 APL_1781 rpmJ rpsM TRUE 0.839 137.000 0.194 0.019   NA
 2125175 2125176 APL_1781 APL_1782 rpsM rpsK TRUE 1.000 17.000 0.810 0.019 Y NA
 2125176 2125177 APL_1782 APL_1783 rpsK rpsD TRUE 0.997 29.000 0.509 0.025 Y NA
 2125177 2125178 APL_1783 APL_1784 rpsD rpoA TRUE 0.959 66.000 0.549 1.000 N NA
 2125178 2125179 APL_1784 APL_1785 rpoA rplQ TRUE 0.982 106.000 0.873 1.000 N NA
 2125179 2125180 APL_1785 APL_1786 rplQ rpsP FALSE 0.243 237.000 0.000 0.019 Y NA
 2125180 2125181 APL_1786 APL_1787 rpsP rimM TRUE 0.995 34.000 0.342 0.019 Y NA
 2125181 2125182 APL_1787 APL_1788 rimM trmD TRUE 0.990 58.000 0.672 1.000 Y NA
 2125182 2125183 APL_1788 APL_1789 trmD rplS TRUE 0.997 26.000 0.567 1.000 Y NA
 2125185 2125186 APL_1791 APL_1792     TRUE 0.997 3.000 0.182 1.000 Y NA
 2125186 2125187 APL_1792 APL_1793     TRUE 1.000 16.000 0.692 0.093 Y NA
 2125187 2125188 APL_1793 APL_1794     TRUE 0.991 10.000 0.154 1.000 N NA
 2125188 2125189 APL_1794 APL_1795     TRUE 0.778 9.000 0.000 1.000 N NA
 2125189 2125190 APL_1795 APL_1796     FALSE 0.251 56.000 0.000 1.000   NA
 2125191 2125192 APL_1797 APL_1798 torD torA TRUE 0.995 0.000 0.108 0.040   NA
 2125192 2125193 APL_1798 APL_1799 torA torC TRUE 0.998 10.000 0.286 0.040   NA
 2125194 2125195 APL_1800 APL_1801 sygA   TRUE 0.564 47.000 0.003 1.000   NA
 2125195 2125196 APL_1801 APL_1802     FALSE 0.025 473.000 0.000 NA   NA
 2125196 2125197 APL_1802 APL_1803   sygB TRUE 0.473 38.000 0.000 NA   NA
 2125197 2125198 APL_1803 APL_1804 sygB   FALSE 0.330 116.000 0.003 NA   NA
 2125198 2125199 APL_1804 APL_1805   xerC TRUE 0.971 1.000 0.014 NA   NA
 2125200 2125201 APL_1806 APL_1807     FALSE 0.227 64.000 0.000 NA   NA
 2125201 2125202 APL_1807 APL_1808   lpxH TRUE 0.686 42.000 0.005 NA   NA
 2125202 2125203 APL_1808 APL_1809 lpxH   TRUE 0.788 33.000 0.008 NA   NA
 2125203 2125204 APL_1809 APL_1810     TRUE 0.817 35.000 0.013 NA   NA
 2125206 2125207 APL_1813 APL_1814   macA FALSE 0.035 224.000 0.000 NA   NA
 2125207 2125208 APL_1814 APL_1815 macA   TRUE 0.435 296.000 0.088 NA Y NA
 2125208 2125209 APL_1815 APL_1816   holB FALSE 0.017 331.000 0.000 NA N NA
 2125209 2125210 APL_1816 APL_1817 holB tmk TRUE 0.994 3.000 0.211 1.000 N NA
 2125210 2125211 APL_1817 APL_1818 tmk   TRUE 0.995 4.000 0.209 NA   NA
 2125211 2125212 APL_1818 APL_2069     FALSE 0.166 120.000 0.000 NA   NA
 2125212 2125213