MicrobesOnline Operon Predictions for Rhodospirillum centenum SW

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5592637 5592638 RC1_0016 RC1_0017     FALSE 0.037 246.000 0.000 NA   NA
 5592638 5592639 RC1_0017 RC1_0018     TRUE 0.793 29.000 0.035 NA   NA
 5592641 5592642 RC1_0020 RC1_0021     TRUE 0.596 13.000 0.000 NA   NA
 5592645 5592646 RC1_0024 RC1_0025     FALSE 0.138 95.000 0.000 1.000   NA
 5592647 5592648 RC1_0026 RC1_0027     FALSE 0.248 63.000 0.000 1.000   NA
 5592649 5592650 RC1_0028 RC1_0029   gatB FALSE 0.087 146.000 0.000 1.000 N NA
 5592654 5592655 RC1_0033 RC1_0034     TRUE 0.644 10.000 0.000 NA   NA
 5592656 5592657 RC1_0035 RC1_0036   gin TRUE 0.999 -3.000 0.667 NA   NA
 5592657 5592658 RC1_0036 RC1_0037 gin   TRUE 0.996 -3.000 0.333 NA   NA
 5592658 5592659 RC1_0037 RC1_0038     TRUE 0.747 0.000 0.000 NA   NA
 5592660 5592661 RC1_0039 RC1_0040     FALSE 0.104 102.000 0.000 NA   NA
 5592661 5592662 RC1_0040 RC1_0041     TRUE 0.795 114.000 0.250 NA   NA
 5592662 5592663 RC1_0041 RC1_0042     FALSE 0.030 308.000 0.000 NA   NA
 5592663 5592664 RC1_0042 RC1_0043     TRUE 0.875 140.000 0.400 NA   NA
 5592664 5592665 RC1_0043 RC1_0044     FALSE 0.073 132.000 0.000 NA   NA
 5592665 5592666 RC1_0044 RC1_0045     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5592666 5592667 RC1_0045 RC1_0046     TRUE 0.890 117.000 0.400 NA   NA
 5592667 5592668 RC1_0046 RC1_0047     TRUE 0.999 12.000 1.000 NA   NA
 5592668 5592669 RC1_0047 RC1_0048     TRUE 0.999 -15.000 1.000 NA   NA
 5592669 5592670 RC1_0048 RC1_0049     TRUE 0.997 -3.000 0.400 NA   NA
 5592670 5592671 RC1_0049 RC1_0050     TRUE 0.997 15.000 0.667 NA   NA
 5592671 5592672 RC1_0050 RC1_0051     TRUE 0.997 -3.000 0.400 NA   NA
 5592672 5592673 RC1_0051 RC1_0052     TRUE 0.946 -3.000 0.027 NA   NA
 5592673 5592674 RC1_0052 RC1_0053     TRUE 0.946 -3.000 0.027 NA   NA
 5592675 5592676 RC1_0054 RC1_0055     FALSE 0.185 70.000 0.000 NA   NA
 5592677 5592678 RC1_0056 RC1_0057     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5592678 5592679 RC1_0057 RC1_0058     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5592679 5592680 RC1_0058 RC1_0059     TRUE 0.784 -7.000 0.000 NA   NA
 5592680 5592681 RC1_0059 RC1_0060     FALSE 0.026 390.000 0.000 NA   NA
 5592681 5592682 RC1_0060 RC1_0061     TRUE 0.960 5.000 0.000 0.002 Y NA
 5592682 5592683 RC1_0061 RC1_0062     TRUE 0.784 -7.000 0.000 NA   NA
 5592684 5592685 RC1_0063 RC1_0064     FALSE 0.106 101.000 0.000 NA   NA
 5592686 5592687 RC1_0065 RC1_0066 nu1   TRUE 0.999 -148.000 1.000 NA   NA
 5592687 5592688 RC1_0066 RC1_0067     TRUE 0.781 -12.000 0.000 NA   NA
 5592688 5592689 RC1_0067 RC1_0068     TRUE 0.783 0.000 0.000 1.000   NA
 5592689 5592690 RC1_0068 RC1_0069   u35 TRUE 0.989 7.000 0.267 NA   NA
 5592690 5592691 RC1_0069 RC1_0070 u35 amiB TRUE 0.715 4.000 0.000 NA   NA
 5592691 5592692 RC1_0070 RC1_0071 amiB   TRUE 0.596 13.000 0.000 NA   NA
 5592692 5592693 RC1_0071 RC1_0072     FALSE 0.335 37.000 0.000 NA   NA
 5592694 5592695 RC1_0073 RC1_0074     FALSE 0.205 65.000 0.000 NA   NA
 5592695 5592696 RC1_0074 RC1_0075     FALSE 0.343 36.000 0.000 NA   NA
 5592697 5592698 RC1_0076 RC1_0077     TRUE 0.715 4.000 0.000 NA   NA
 5592698 5592699 RC1_0077 RC1_0078     FALSE 0.276 49.000 0.000 NA   NA
 5592699 5592700 RC1_0078 RC1_0079     TRUE 0.561 15.000 0.000 NA   NA
 5592700 5592701 RC1_0079 RC1_0080     FALSE 0.044 210.000 0.000 NA   NA
 5592702 5592703 RC1_0081 RC1_0082     TRUE 0.993 -3.000 0.235 NA   NA
 5592703 5592704 RC1_0082 RC1_0083     FALSE 0.113 97.000 0.000 NA   NA
 5592705 5592706 RC1_0084 RC1_0085     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5592706 5592707 RC1_0085 RC1_0086     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5592707 5592708 RC1_0086 RC1_0087     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5592708 5592709 RC1_0087 RC1_0088     TRUE 0.949 36.000 0.222 NA   NA
 5592709 5592710 RC1_0088 RC1_0089     TRUE 0.747 0.000 0.000 NA   NA
 5592710 5592711 RC1_0089 RC1_0090     TRUE 0.699 5.000 0.000 NA   NA
 5592711 5592712 RC1_0090 RC1_0091     TRUE 0.715 4.000 0.000 NA   NA
 5592712 5592713 RC1_0091 RC1_0092     FALSE 0.427 27.000 0.000 NA   NA
 5592713 5592714 RC1_0092 RC1_0093     FALSE 0.032 286.000 0.000 NA   NA
 5592715 5592716 RC1_0094 RC1_0095     FALSE 0.459 23.000 0.000 NA   NA
 5592716 5592717 RC1_0095 RC1_0096     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5592717 5592718 RC1_0096 RC1_0097     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5592718 5592719 RC1_0097 RC1_0098     TRUE 0.974 -3.000 0.075 NA   NA
 5592719 5592720 RC1_0098 RC1_0099     TRUE 0.530 161.000 0.119 NA   NA
 5592720 5592721 RC1_0099 RC1_0100     TRUE 0.699 5.000 0.000 NA   NA
 5592721 5592722 RC1_0100 RC1_0101   moeA FALSE 0.021 954.000 0.000 NA   NA
 5592722 5592723 RC1_0101 RC1_0102 moeA moaC TRUE 0.994 -3.000 0.093 0.004 Y NA
 5592723 5592724 RC1_0102 RC1_0103 moaC trpC TRUE 0.976 5.000 0.113 1.000 N NA
 5592724 5592725 RC1_0103 RC1_0104 trpC trpD TRUE 0.998 -3.000 0.293 1.000 Y NA
 5592725 5592726 RC1_0104 RC1_0105 trpD trpG TRUE 0.936 39.000 0.070 1.000 Y NA
 5592727 5592728 RC1_0106 RC1_0107 hmrR   FALSE 0.067 489.000 0.009 1.000   NA
 5592728 5592729 RC1_0107 RC1_0108     TRUE 0.529 69.000 0.021 1.000   NA
 5592730 5592731 RC1_0109 RC1_0110 trpE   TRUE 0.845 7.000 0.006 1.000 N NA
 5592732 5592733 RC1_0111 RC1_0112   tpiA TRUE 0.777 -21.000 0.000 NA   NA
 5592733 5592734 RC1_0112 RC1_0113 tpiA secG TRUE 0.715 122.000 0.184 1.000 N NA
 5592734 5592735 RC1_0113 RC1_0114 secG pyrG TRUE 0.524 120.000 0.083 1.000 N NA
 5592735 5592736 RC1_0114 RC1_0115 pyrG kdsA TRUE 0.815 75.000 0.138 1.000 N NA
 5592736 5592737 RC1_0115 RC1_0116 kdsA   FALSE 0.347 45.000 0.000 1.000 N NA
 5592737 5592738 RC1_0116 RC1_0117   eno FALSE 0.072 172.000 0.000 1.000 N NA
 5592738 5592739 RC1_0117 RC1_0118 eno   FALSE 0.232 191.000 0.032 1.000 N NA
 5592739 5592740 RC1_0118 RC1_0119   pdhA TRUE 0.489 172.000 0.104 1.000 N NA
 5592740 5592741 RC1_0119 RC1_0120 pdhA pdhB TRUE 0.996 28.000 0.456 0.001 Y NA
 5592741 5592742 RC1_0120 RC1_0121 pdhB pdhC TRUE 0.988 28.000 0.254 1.000 Y NA
 5592742 5592743 RC1_0121 RC1_0122 pdhC pdhD TRUE 0.840 110.000 0.121 1.000 Y NA
 5592743 5592744 RC1_0122 RC1_0123 pdhD lipA FALSE 0.185 211.000 0.022 1.000 N NA
 5592744 5592745 RC1_0123 RC1_0124 lipA   TRUE 0.915 21.000 0.081 NA N NA
 5592746 5592747 RC1_0125 RC1_0126 cinA ispDF TRUE 0.951 5.000 0.061 NA   NA
 5592748 5592749 RC1_0127 RC1_0128   ntrB TRUE 0.977 0.000 0.094 1.000 N NA
 5592749 5592750 RC1_0128 RC1_0129 ntrB ntrC TRUE 0.998 2.000 0.297 0.083 Y NA
 5592750 5592751 RC1_0129 RC1_0130 ntrC ntrY TRUE 0.789 231.000 0.205 1.000 Y NA
 5592751 5592752 RC1_0130 RC1_0131 ntrY ntrX TRUE 0.999 5.000 0.533 1.000 Y NA
 5592752 5592753 RC1_0131 RC1_0132 ntrX trkA FALSE 0.229 70.000 0.000 1.000 N NA
 5592753 5592754 RC1_0132 RC1_0133 trkA   FALSE 0.313 52.000 0.000 1.000 N NA
 5592754 5592755 RC1_0133 RC1_0134     TRUE 0.971 5.000 0.083 0.076   NA
 5592755 5592756 RC1_0134 RC1_0135   hfq TRUE 0.561 79.000 0.043 1.000   NA
 5592756 5592757 RC1_0135 RC1_0136 hfq hflX TRUE 0.785 74.000 0.115 1.000   NA
 5592760 5592761 RC1_0139 RC1_0140 ydfG mazG FALSE 0.212 71.000 0.000 1.000   NA
 5592761 5592762 RC1_0140 RC1_0141 mazG cueR FALSE 0.064 180.000 0.000 1.000   NA
 5592763 5592764 RC1_0142 RC1_0143   gcdH FALSE 0.093 133.000 0.000 1.000 N NA
 5592764 5592765 RC1_0143 RC1_0144 gcdH frhB FALSE 0.085 150.000 0.000 1.000 N NA
 5592765 5592766 RC1_0144 RC1_0145 frhB   FALSE 0.098 122.000 0.000 1.000 N NA
 5592766 5592767 RC1_0145 RC1_0146     FALSE 0.213 63.000 0.000 NA   NA
 5592767 5592768 RC1_0146 RC1_0147     FALSE 0.445 25.000 0.000 NA   NA
 5592769 5592770 RC1_0148 RC1_0149     FALSE 0.082 117.000 0.000 NA   NA
 5592770 5592771 RC1_0149 RC1_0150     FALSE 0.032 386.000 0.000 1.000   NA
 5592774 5592775 RC1_0153 RC1_0154   rrmJ TRUE 0.797 163.000 0.316 NA N NA
 5592775 5592776 RC1_0154 RC1_0155 rrmJ guaB FALSE 0.101 216.000 0.006 NA N NA
 5592776 5592777 RC1_0155 RC1_0156 guaB   FALSE 0.318 149.000 0.039 1.000 N NA
 5592777 5592778 RC1_0156 RC1_0157     FALSE 0.076 140.000 0.000 NA N NA
 5592778 5592779 RC1_0157 RC1_0158     TRUE 0.997 0.000 0.250 NA Y NA
 5592779 5592780 RC1_0158 RC1_0159     FALSE 0.117 94.000 0.000 NA   NA
 5592780 5592781 RC1_0159 RC1_0160     TRUE 0.632 11.000 0.000 NA   NA
 5592783 5592784 RC1_0162 RC1_0163     FALSE 0.042 218.000 0.000 NA   NA
 5592786 5592787 RC1_0165 RC1_0166 zraR   TRUE 0.480 21.000 0.000 NA   NA
 5592788 5592789 RC1_0167 RC1_0168     TRUE 0.706 130.000 0.200 NA   NA
 5592791 5592792 RC1_0170 RC1_0171   expC FALSE 0.129 88.000 0.000 NA   NA
 5592792 5592793 RC1_0171 RC1_0172 expC manC TRUE 0.678 64.000 0.000 1.000 Y NA
 5592794 5592795 RC1_0173 RC1_0174 expG   FALSE 0.204 73.000 0.000 1.000   NA
 5592795 5592796 RC1_0174 RC1_0175     FALSE 0.089 112.000 0.000 NA   NA
 5592796 5592797 RC1_0175 RC1_0176     FALSE 0.097 106.000 0.000 NA   NA
 5592798 5592799 RC1_0177 RC1_0178     FALSE 0.074 131.000 0.000 NA   NA
 5592799 5592800 RC1_0178 RC1_0179   fliG TRUE 0.493 20.000 0.000 NA   NA
 5592800 5592801 RC1_0179 RC1_0180 fliG flhB TRUE 0.583 17.000 0.000 1.000   NA
 5592801 5592802 RC1_0180 RC1_0181 flhB fliP TRUE 0.874 -3.000 0.000 0.015   NA
 5592802 5592803 RC1_0181 RC1_0182 fliP fliN TRUE 0.989 -3.000 0.053 1.000 Y NA
 5592803 5592804 RC1_0182 RC1_0183 fliN fliH TRUE 0.972 49.000 0.400 NA   NA
 5592804 5592805 RC1_0183 RC1_0184 fliH fliF TRUE 0.956 0.000 0.053 NA   NA
 5592806 5592807 RC1_0185 RC1_0186 fliL fliM TRUE 0.998 8.000 0.323 0.004 Y NA
 5592807 5592808 RC1_0186 RC1_0187 fliM   TRUE 0.902 -19.000 0.008 NA   NA
 5592808 5592809 RC1_0187 RC1_0188   flaA TRUE 0.965 34.000 0.286 NA   NA
 5592810 5592811 RC1_0189 RC1_0190 flhB fliR TRUE 0.984 19.000 0.143 1.000 Y NA
 5592811 5592812 RC1_0190 RC1_0191 fliR flhA TRUE 0.995 9.000 0.222 1.000 Y NA
 5592814 5592815 RC1_0192 RC1_0194   fliQ TRUE 0.989 -3.000 0.158 NA   NA
 5592815 5592816 RC1_0194 RC1_0195 fliQ fliE TRUE 0.992 10.000 0.158 1.000 Y NA
 5592816 5592817 RC1_0195 RC1_0196 fliE flgC TRUE 0.983 20.000 0.115 0.006 Y NA
 5592817 5592818 RC1_0196 RC1_0197 flgC flgB TRUE 0.998 30.000 0.804 NA Y NA
 5592819 5592820 RC1_0198 RC1_0199 fliI   FALSE 0.030 524.000 0.000 1.000 N NA
 5592821 5592822 RC1_0200 RC1_0201     FALSE 0.157 78.000 0.000 NA   NA
 5592822 5592823 RC1_0201 RC1_0202     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5592823 5592824 RC1_0202 RC1_0203   flbT FALSE 0.259 52.000 0.000 NA   NA
 5592824 5592825 RC1_0203 RC1_0204 flbT flaF TRUE 0.916 13.000 0.000 NA Y NA
 5592825 5592826 RC1_0204 RC1_0205 flaF flaB FALSE 0.334 155.000 0.000 NA Y NA
 5592826 5592827 RC1_0205 RC1_0206 flaB   FALSE 0.049 231.000 0.000 1.000   NA
 5592827 5592828 RC1_0206 RC1_0207   cheL TRUE 0.699 5.000 0.000 NA   NA
 5592828 5592829 RC1_0207 RC1_0208 cheL flgI TRUE 0.747 0.000 0.000 NA   NA
 5592831 5592832 RC1_0210 RC1_0211 flgL flgK TRUE 0.998 3.000 0.286 0.007 Y NA
 5592832 5592833 RC1_0211 RC1_0212 flgK flgE TRUE 1.000 15.000 1.000 0.007 Y NA
 5592833 5592834 RC1_0212 RC1_0213 flgE motB FALSE 0.427 114.000 0.000 1.000 Y NA
 5592834 5592835 RC1_0213 RC1_0214 motB motA TRUE 0.986 4.000 0.062 1.000 Y NA
 5592835 5592836 RC1_0214 RC1_0215 motA   FALSE 0.299 52.000 0.000 1.000   NA
 5592837 5592838 RC1_0216 RC1_0217   flgF FALSE 0.229 59.000 0.000 NA   NA
 5592838 5592839 RC1_0217 RC1_0218 flgF flgG TRUE 0.975 35.000 0.140 0.002 Y NA
 5592839 5592840 RC1_0218 RC1_0219 flgG flgA TRUE 1.000 8.000 1.000 NA Y NA
 5592840 5592841 RC1_0219 RC1_0220 flgA flgH TRUE 0.988 32.000 0.286 NA Y NA
 5592841 5592842 RC1_0220 RC1_0221 flgH   TRUE 0.493 20.000 0.000 NA   NA
 5592842 5592843 RC1_0221 RC1_0222     FALSE 0.075 128.000 0.000 NA   NA
 5592844 5592845 RC1_0223 RC1_0224 flgD fliK TRUE 0.961 11.000 0.103 NA   NA
 5592846 5592847 RC1_0225 RC1_0226     FALSE 0.071 140.000 0.000 NA   NA
 5592848 5592849 RC1_0227 RC1_0228     FALSE 0.157 78.000 0.000 NA   NA
 5592849 5592850 RC1_0228 RC1_0229     FALSE 0.033 280.000 0.000 NA   NA
 5592850 5592851 RC1_0229 RC1_0230   glgX FALSE 0.066 150.000 0.000 NA   NA
 5592851 5592852 RC1_0230 RC1_0231 glgX   FALSE 0.121 92.000 0.000 NA   NA
 5592852 5592853 RC1_0231 RC1_0232     TRUE 0.995 -3.000 0.315 NA   NA
 5592853 5592854 RC1_0232 RC1_0233     FALSE 0.038 319.000 0.000 1.000 N NA
 5592856 5592857 RC1_0235 RC1_0236 ilvB   TRUE 0.849 27.000 0.048 1.000   NA
 5592857 5592858 RC1_0236 RC1_0237   butA FALSE 0.034 266.000 0.000 NA   NA
 5592858 5592859 RC1_0237 RC1_0238 butA cbbR2 FALSE 0.469 24.000 0.000 NA N NA
 5592860 5592861 RC1_0239 RC1_0240 rbcL ccbS2 TRUE 0.993 32.000 0.569 0.002 N NA
 5592861 5592862 RC1_0240 RC1_0241 ccbS2 cbbQ FALSE 0.144 92.000 0.000 1.000   NA
 5592862 5592863 RC1_0241 RC1_0242 cbbQ cbbO FALSE 0.367 33.000 0.000 NA   NA
 5592864 5592865 RC1_0243 RC1_0244     FALSE 0.225 60.000 0.000 NA   NA
 5592865 5592866 RC1_0244 RC1_0245     FALSE 0.148 82.000 0.000 NA   NA
 5592866 5592867 RC1_0245 RC1_0246   phoD FALSE 0.106 101.000 0.000 NA   NA
 5592867 5592868 RC1_0246 RC1_0247 phoD   FALSE 0.350 35.000 0.000 NA   NA
 5592869 5592870 RC1_0248 RC1_0249     TRUE 0.996 15.000 0.586 1.000   NA
 5592870 5592871 RC1_0249 RC1_0250     TRUE 0.991 -3.000 0.184 1.000   NA
 5592871 5592872 RC1_0250 RC1_0251     TRUE 0.999 2.000 0.720 0.037   NA
 5592872 5592873 RC1_0251 RC1_0252   cpdB FALSE 0.083 144.000 0.000 1.000   NA
 5592873 5592874 RC1_0252 RC1_0253 cpdB   TRUE 0.964 -3.000 0.000 NA Y NA
 5592877 5592878 RC1_0256 RC1_0257 uspA pac FALSE 0.217 70.000 0.000 1.000   NA
 5592878 5592879 RC1_0257 RC1_0258 pac   TRUE 0.734 2.000 0.000 NA   NA
 5592879 5592880 RC1_0258 RC1_0259     TRUE 0.761 0.000 0.000 NA N NA
 5592880 5592881 RC1_0259 RC1_0260     FALSE 0.073 147.000 0.000 NA N NA
 5592881 5592882 RC1_0260 RC1_0261     TRUE 0.964 -3.000 0.000 NA Y NA
 5592883 5592884 RC1_0262 RC1_0263     FALSE 0.069 144.000 0.000 NA   NA
 5592884 5592885 RC1_0263 RC1_0265   glpD FALSE 0.101 104.000 0.000 NA   NA
 5592887 5592888 RC1_0266 RC1_0267   glpK TRUE 0.638 71.000 0.000 1.000 Y NA
 5592891 5592892 RC1_0270 RC1_0271     FALSE 0.039 309.000 0.000 1.000 N NA
 5592893 5592894 RC1_0272 RC1_0273     TRUE 0.997 8.000 0.579 NA N NA
 5592895 5592896 RC1_0274 RC1_0275     TRUE 0.980 9.000 0.167 NA   NA
 5592896 5592897 RC1_0275 RC1_0276     FALSE 0.087 113.000 0.000 NA   NA
 5592898 5592899 RC1_0277 RC1_0278     FALSE 0.048 192.000 0.000 NA   NA
 5592901 5592902 RC1_0280 RC1_0281     TRUE 0.996 11.000 0.538 NA N NA
 5592903 5592904 RC1_0282 RC1_0283 bchJ bchE TRUE 0.992 13.000 0.368 1.000   NA
 5592905 5592906 RC1_0284 RC1_0286     TRUE 0.991 26.000 0.500 1.000   NA
 5592907 5592908 RC1_0285 RC1_0287     TRUE 1.000 9.000 0.886 0.056 Y NA
 5592908 5592909 RC1_0287 RC1_0288     FALSE 0.044 211.000 0.000 NA   NA
 5592911 5592912 RC1_0290 RC1_0291     TRUE 0.996 14.000 0.333 1.000 Y NA
 5592912 5592913 RC1_0291 RC1_0292     FALSE 0.038 241.000 0.000 NA   NA
 5592914 5592915 RC1_0293 RC1_0294   phy TRUE 0.848 32.000 0.060 1.000 N NA
 5592915 5592916 RC1_0294 RC1_0295 phy   FALSE 0.034 387.000 0.000 1.000 N NA
 5592918 5592919 RC1_0297 RC1_0298     FALSE 0.074 130.000 0.000 NA   NA
 5592919 5592920 RC1_0298 RC1_0299   acvB TRUE 0.632 11.000 0.000 NA   NA
 5592920 5592921 RC1_0299 RC1_0300 acvB mgtA FALSE 0.207 68.000 0.000 NA N NA
 5592921 5592922 RC1_0300 RC1_0301 mgtA rpFG FALSE 0.080 158.000 0.000 1.000 N NA
 5592923 5592924 RC1_0302 RC1_0303 yhhJ   TRUE 0.948 4.000 0.032 0.008   NA
 5592924 5592925 RC1_0303 RC1_0304     TRUE 0.976 -7.000 0.077 1.000   NA
 5592925 5592926 RC1_0304 RC1_0305   ttgR TRUE 0.825 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5592926 5592927 RC1_0305 RC1_0306 ttgR   FALSE 0.068 179.000 0.000 1.000 N NA
 5592927 5592928 RC1_0306 RC1_0307     TRUE 0.524 179.000 0.125 1.000   NA
 5592928 5592929 RC1_0307 RC1_0308     TRUE 0.997 -3.000 0.433 NA   NA
 5592930 5592931 RC1_0309 RC1_0310     FALSE 0.055 218.000 0.000 1.000 N NA
 5592931 5592932 RC1_0310 RC1_0311     FALSE 0.356 152.000 0.000 1.000 Y NA
 5592934 5592935 RC1_0313 RC1_0314 hmuU   FALSE 0.225 60.000 0.000 NA   NA
 5592935 5592936 RC1_0314 RC1_0315   fecE TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5592937 5592938 RC1_0316 RC1_0317     TRUE 0.790 -21.000 0.000 NA N NA
 5592938 5592939 RC1_0317 RC1_0318     TRUE 0.561 15.000 0.000 NA   NA
 5592939 5592940 RC1_0318 RC1_0319   nrdD FALSE 0.157 78.000 0.000 NA   NA
 5592941 5592942 RC1_0320 RC1_0321   cobQ FALSE 0.022 567.000 0.000 NA   NA
 5592942 5592943 RC1_0321 RC1_0322 cobQ cobD TRUE 0.871 49.000 0.016 0.008 Y NA
 5592943 5592944 RC1_0322 RC1_0323 cobD cobU TRUE 0.893 28.000 0.006 1.000 Y NA
 5592944 5592945 RC1_0323 RC1_0324 cobU   FALSE 0.126 101.000 0.000 1.000   NA
 5592946 5592947 RC1_0325 RC1_0326     TRUE 0.724 87.000 0.111 1.000 N NA
 5592948 5592949 RC1_0327 RC1_0329     FALSE 0.023 558.000 0.000 NA   NA
 5592950 5592951 RC1_0328 RC1_0330     TRUE 0.982 10.000 0.200 NA   NA
 5592951 5592952 RC1_0330 RC1_0331     TRUE 0.671 7.000 0.000 NA   NA
 5592952 5592953 RC1_0331 RC1_0332     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5592953 5592954 RC1_0332 RC1_0333   fepA TRUE 0.763 69.000 0.097 NA   NA
 5592956 5592957 RC1_0335 RC1_0336     FALSE 0.091 110.000 0.000 NA   NA
 5592957 5592958 RC1_0336 RC1_0337   cheA2 FALSE 0.205 65.000 0.000 NA   NA
 5592958 5592960 RC1_0337 RC1_0339 cheA2 cheY2 TRUE 0.966 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5592960 5592961 RC1_0339 RC1_0340 cheY2 cheR2 TRUE 0.966 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5592961 5592962 RC1_0340 RC1_0341 cheR2   TRUE 0.629 14.000 0.000 1.000   NA
 5592962 5592963 RC1_0341 RC1_0342   cheB2 TRUE 0.771 2.000 0.000 1.000   NA
 5592963 5592964 RC1_0342 RC1_0343 cheB2 cheW2 TRUE 0.993 26.000 0.316 0.023 Y NA
 5592964 5592965 RC1_0343 RC1_0344 cheW2 mcp2 TRUE 0.977 29.000 0.123 0.016 Y NA
 5592965 5592966 RC1_0344 RC1_0345 mcp2 hdpA TRUE 0.532 90.000 0.000 1.000 Y NA
 5592966 5592967 RC1_0345 RC1_0346 hdpA rsbT TRUE 0.726 3.000 0.000 NA   NA
 5592967 5592968 RC1_0346 RC1_0348 rsbT rsbS TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5592968 5592969 RC1_0348 RC1_0349 rsbS rsbR TRUE 0.988 4.000 0.082 NA Y NA
 5592969 5592970 RC1_0349 RC1_0350 rsbR   TRUE 0.812 33.000 0.000 NA Y NA
 5592970 5592971 RC1_0350 RC1_0351     TRUE 0.971 -22.000 0.000 0.035 Y NA
 5592971 5592972 RC1_0351 RC1_0352   cheZ FALSE 0.025 392.000 0.000 NA   NA
 5592972 5592973 RC1_0352 RC1_0353 cheZ cheY TRUE 0.644 10.000 0.000 NA   NA
 5592973 5592974 RC1_0353 RC1_0354 cheY   TRUE 0.966 -9.000 0.000 1.000 Y NA
 5592974 5592975 RC1_0354 RC1_0355   fixJ TRUE 0.667 66.000 0.000 1.000 Y NA
 5592976 5592977 RC1_0356 RC1_0357   prtD FALSE 0.062 159.000 0.000 NA   NA
 5592977 5592978 RC1_0357 RC1_0358 prtD   TRUE 0.877 -3.000 0.000 0.009   NA
 5592978 5592979 RC1_0358 RC1_0359     TRUE 0.857 146.000 0.375 NA   NA
 5592979 5592980 RC1_0359 RC1_0360     FALSE 0.069 144.000 0.000 NA   NA
 5592980 5592981 RC1_0360 RC1_0361   atpD FALSE 0.034 267.000 0.000 NA   NA
 5592981 5592982 RC1_0361 RC1_0362 atpD atpC TRUE 0.988 -3.000 0.029 0.007 Y NA
 5592982 5592983 RC1_0362 RC1_0363 atpC   TRUE 0.999 -3.000 0.671 NA   NA
 5592983 5592984 RC1_0363 RC1_0364     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5592984 5592985 RC1_0364 RC1_0365   atpB TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5592985 5592986 RC1_0365 RC1_0366 atpB atpE TRUE 0.999 7.000 0.818 0.007   NA
 5592986 5592987 RC1_0366 RC1_0367 atpE atpF TRUE 0.999 4.000 0.727 0.007   NA
 5592987 5592988 RC1_0367 RC1_0368 atpF atpA TRUE 1.000 -25.000 0.697 0.007 Y NA
 5592988 5592989 RC1_0368 RC1_0369 atpA atpG TRUE 0.999 -3.000 0.455 0.007 Y NA
 5592990 5592991 RC1_0370 RC1_0371     FALSE 0.032 289.000 0.000 NA   NA
 5592991 5592992 RC1_0371 RC1_0372   rrlA FALSE 0.032 288.000 0.000 NA   NA
 5592992 5592993 RC1_0372 RC1_0373 rrlA rrfA FALSE 0.044 209.000 0.000 NA   NA
 5592993 5592994 RC1_0373 RC1_0374 rrfA rrsA FALSE 0.079 119.000 0.000 NA   NA
 5592994 5592995 RC1_0374 RC1_0375 rrsA   FALSE 0.022 624.000 0.000 NA   NA
 5592995 5592996 RC1_0375 RC1_0376     FALSE 0.129 88.000 0.000 NA   NA
 5592996 5592997 RC1_0376 RC1_0377     FALSE 0.296 44.000 0.000 NA   NA
 5592997 5592998 RC1_0377 RC1_0378     FALSE 0.154 91.000 0.000 1.000 N NA
 5593000 5593001 RC1_0380 RC1_0381 ptr mccA FALSE 0.029 601.000 0.000 1.000 N NA
 5593001 5593002 RC1_0381 RC1_0382 mccA kefB FALSE 0.275 60.000 0.000 1.000 N NA
 5593002 5593003 RC1_0382 RC1_0383 kefB   FALSE 0.091 140.000 0.000 1.000 N NA
 5593003 5593004 RC1_0383 RC1_0384     FALSE 0.031 296.000 0.000 NA   NA
 5593004 5593005 RC1_0384 RC1_0385     FALSE 0.140 85.000 0.000 NA   NA
 5593007 5593008 RC1_0387 RC1_0388     FALSE 0.061 160.000 0.000 NA   NA
 5593012 5593013 RC1_0392 RC1_0393   alkB FALSE 0.090 127.000 0.000 1.000   NA
 5593013 5593014 RC1_0393 RC1_0394 alkB   TRUE 0.696 9.000 0.000 1.000   NA
 5593014 5593015 RC1_0394 RC1_0395   csgA TRUE 0.754 132.000 0.089 1.000 Y NA
 5593015 5593016 RC1_0395 RC1_0396 csgA   FALSE 0.076 165.000 0.000 1.000 N NA
 5593016 5593017 RC1_0396 RC1_0397     FALSE 0.065 186.000 0.000 1.000 N NA
 5593017 5593018 RC1_0397 RC1_0398     FALSE 0.069 170.000 0.000 1.000   NA
 5593019 5593020 RC1_0399 RC1_0400     FALSE 0.076 123.000 0.000 NA   NA
 5593021 5593022 RC1_0401 RC1_0402 ivd2   FALSE 0.089 129.000 0.000 1.000   NA
 5593022 5593023 RC1_0402 RC1_0403     FALSE 0.049 383.000 0.000 0.016   NA
 5593023 5593024 RC1_0403 RC1_0404   mgtE FALSE 0.181 367.000 0.000 1.000 Y NA
 5593024 5593025 RC1_0404 RC1_0405 mgtE dme TRUE 0.780 9.000 0.000 0.073 N NA
 5593025 5593026 RC1_0405 RC1_0406 dme   FALSE 0.029 331.000 0.000 NA   NA
 5593027 5593028 RC1_0407 RC1_0408 lipB   TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593028 5593029 RC1_0408 RC1_0409     FALSE 0.054 176.000 0.000 NA   NA
 5593030 5593031 RC1_0410 RC1_0411     FALSE 0.090 111.000 0.000 NA   NA
 5593031 5593032 RC1_0411 RC1_0412   pccA TRUE 0.919 -55.000 0.011 1.000 N NA
 5593032 5593033 RC1_0412 RC1_0413 pccA   FALSE 0.051 183.000 0.000 NA   NA
 5593033 5593034 RC1_0413 RC1_0414     FALSE 0.367 33.000 0.000 NA   NA
 5593035 5593036 RC1_0415 RC1_0416 cioA cioB TRUE 0.733 60.000 0.000 0.055 Y NA
 5593037 5593038 RC1_0417 RC1_0418   pccB TRUE 0.796 38.000 0.000 1.000 Y NA
 5593038 5593039 RC1_0418 RC1_0419 pccB   FALSE 0.208 144.000 0.015 NA N NA
 5593039 5593040 RC1_0419 RC1_0420     TRUE 0.973 26.000 0.269 NA   NA
 5593042 5593043 RC1_0422 RC1_0423     TRUE 0.977 -3.000 0.083 NA N NA
 5593043 5593044 RC1_0423 RC1_0424     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593048 5593049 RC1_0428 RC1_0429   degP TRUE 0.611 76.000 0.051 1.000 N NA
 5593049 5593050 RC1_0429 RC1_0430 degP   FALSE 0.195 68.000 0.000 NA   NA
 5593052 5593053 RC1_0432 RC1_0433 kdpE kdpD TRUE 0.991 -3.000 0.068 1.000 Y NA
 5593053 5593054 RC1_0433 RC1_0434 kdpD kdpC TRUE 0.548 56.000 0.014 1.000 N NA
 5593054 5593055 RC1_0434 RC1_0435 kdpC kdpB TRUE 1.000 12.000 0.877 0.001 Y NA
 5593055 5593056 RC1_0435 RC1_0436 kdpB kdpA TRUE 0.992 -3.000 0.059 0.001 Y NA
 5593056 5593057 RC1_0436 RC1_0437 kdpA   FALSE 0.096 107.000 0.000 NA   NA
 5593057 5593058 RC1_0437 RC1_0438   oxyR FALSE 0.132 87.000 0.000 NA   NA
 5593059 5593060 RC1_0439 RC1_0440 ahpC ahpD FALSE 0.469 165.000 0.095 1.000   NA
 5593061 5593062 RC1_0441 RC1_0442     FALSE 0.050 187.000 0.000 NA   NA
 5593063 5593064 RC1_0443 RC1_0444     FALSE 0.056 173.000 0.000 NA   NA
 5593065 5593066 RC1_0445 RC1_0446 proB   TRUE 0.636 94.000 0.087 1.000   NA
 5593066 5593067 RC1_0446 RC1_0447   rpmA TRUE 0.726 264.000 0.335 1.000   NA
 5593067 5593068 RC1_0447 RC1_0448 rpmA rplU TRUE 0.998 32.000 0.667 0.015 Y NA
 5593068 5593069 RC1_0448 RC1_0449 rplU   FALSE 0.041 271.000 0.000 1.000   NA
 5593069 5593070 RC1_0449 RC1_0450     TRUE 0.968 11.000 0.115 1.000   NA
 5593070 5593071 RC1_0450 RC1_0451   mobA FALSE 0.109 114.000 0.000 1.000 N NA
 5593071 5593072 RC1_0451 RC1_0452 mobA   TRUE 0.612 12.000 0.000 NA   NA
 5593073 5593074 RC1_0453 RC1_0454   napE FALSE 0.152 80.000 0.000 NA   NA
 5593074 5593075 RC1_0454 RC1_0455 napE napF TRUE 0.932 11.000 0.058 NA   NA
 5593075 5593076 RC1_0455 RC1_0456 napF napD TRUE 0.782 -10.000 0.000 NA   NA
 5593076 5593077 RC1_0456 RC1_0457 napD napA TRUE 0.950 -3.000 0.030 NA N NA
 5593077 5593078 RC1_0457 RC1_0458 napA napB TRUE 0.999 15.000 0.643 0.001 Y NA
 5593078 5593079 RC1_0458 RC1_0459 napB napC TRUE 0.999 -3.000 0.490 0.001 Y NA
 5593081 5593082 RC1_0461 RC1_0463 copA   FALSE 0.022 587.000 0.000 NA   NA
 5593083 5593084 RC1_0464 RC1_0465     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593088 5593089 RC1_0469 RC1_0470     FALSE 0.072 138.000 0.000 NA   NA
 5593089 5593090 RC1_0470 RC1_0471     TRUE 0.677 68.000 0.062 NA   NA
 5593090 5593091 RC1_0471 RC1_0472     TRUE 0.597 175.000 0.143 0.054   NA
 5593091 5593092 RC1_0472 RC1_0473     FALSE 0.447 30.000 0.000 1.000   NA
 5593093 5593094 RC1_0474 RC1_0475     TRUE 0.995 -3.000 0.287 1.000   NA
 5593094 5593095 RC1_0475 RC1_0476     TRUE 1.000 0.000 0.713 1.000 Y NA
 5593095 5593096 RC1_0476 RC1_0477     FALSE 0.275 242.000 0.000 0.024 Y NA
 5593097 5593098 RC1_0478 RC1_0479 nifS nifU TRUE 0.997 18.000 0.716 1.000 N NA
 5593098 5593099 RC1_0479 RC1_0480 nifU   TRUE 0.777 106.000 0.210 NA   NA
 5593101 5593102 RC1_0482 RC1_0483 fdxB   FALSE 0.213 63.000 0.000 NA   NA
 5593102 5593103 RC1_0483 RC1_0484     TRUE 0.999 -165.000 1.000 NA   NA
 5593103 5593104 RC1_0484 RC1_0485     FALSE 0.122 91.000 0.000 NA   NA
 5593104 5593105 RC1_0485 RC1_0486     FALSE 0.021 1271.000 0.000 NA   NA
 5593105 5593106 RC1_0486 RC1_0487     FALSE 0.270 50.000 0.000 NA   NA
 5593106 5593107 RC1_0487 RC1_0488     TRUE 0.965 29.000 0.240 NA   NA
 5593107 5593108 RC1_0488 RC1_0489     TRUE 0.868 19.000 0.042 NA   NA
 5593108 5593109 RC1_0489 RC1_0490   sufS TRUE 0.926 0.000 0.017 1.000 N NA
 5593109 5593110 RC1_0490 RC1_0491 sufS sufD TRUE 0.986 5.000 0.193 1.000 N NA
 5593110 5593111 RC1_0491 RC1_0492 sufD sufC TRUE 0.998 14.000 0.482 1.000 Y NA
 5593111 5593112 RC1_0492 RC1_0493 sufC sufB TRUE 0.975 99.000 0.466 1.000 Y NA
 5593112 5593113 RC1_0493 RC1_0494 sufB   TRUE 0.885 29.000 0.078 NA N NA
 5593113 5593114 RC1_0494 RC1_0495     FALSE 0.040 245.000 0.000 NA N NA
 5593114 5593115 RC1_0495 RC1_0496     FALSE 0.073 135.000 0.000 NA   NA
 5593115 5593116 RC1_0496 RC1_0497     TRUE 0.950 29.000 0.182 NA   NA
 5593116 5593117 RC1_0497 RC1_0498     TRUE 0.988 -3.000 0.154 NA   NA
 5593118 5593119 RC1_0499 RC1_0500   chvl TRUE 0.999 5.000 0.750 NA   NA
 5593119 5593120 RC1_0500 RC1_0501 chvl   TRUE 0.988 -3.000 0.045 1.000 Y NA
 5593121 5593122 RC1_0502 RC1_0503 nhaP uspA FALSE 0.062 192.000 0.000 1.000 N NA
 5593122 5593123 RC1_0503 RC1_0504 uspA   TRUE 0.610 15.000 0.000 1.000   NA
 5593123 5593124 RC1_0504 RC1_0505     FALSE 0.023 496.000 0.000 NA   NA
 5593126 5593127 RC1_0507 RC1_0508 smc   FALSE 0.215 213.000 0.039 NA N NA
 5593127 5593128 RC1_0508 RC1_0509     TRUE 0.944 67.000 0.333 NA   NA
 5593129 5593130 RC1_0510 RC1_0511 mutY   TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593130 5593131 RC1_0511 RC1_0512     FALSE 0.030 307.000 0.000 NA   NA
 5593131 5593132 RC1_0512 RC1_0513     FALSE 0.263 51.000 0.000 NA   NA
 5593133 5593134 RC1_0514 RC1_0515   glgB FALSE 0.035 259.000 0.000 NA   NA
 5593134 5593135 RC1_0515 RC1_0516 glgB treS TRUE 0.982 -3.000 0.009 0.005 Y NA
 5593137 5593138 RC1_0518 RC1_0519 wsp   FALSE 0.037 331.000 0.000 1.000 N NA
 5593142 5593143 RC1_0523 RC1_0524     FALSE 0.335 37.000 0.000 NA   NA
 5593143 5593144 RC1_0524 RC1_0525   phnM TRUE 0.985 -3.000 0.123 NA   NA
 5593145 5593146 RC1_0526 RC1_0527 galE rfbE TRUE 0.957 87.000 0.258 0.003 Y NA
 5593146 5593147 RC1_0527 RC1_0528 rfbE   TRUE 0.827 38.000 0.065 1.000 N NA
 5593147 5593148 RC1_0528 RC1_0529     TRUE 0.826 -7.000 0.000 1.000 N NA
 5593148 5593149 RC1_0529 RC1_0530     TRUE 0.682 6.000 0.000 NA   NA
 5593149 5593150 RC1_0530 RC1_0531     TRUE 0.990 4.000 0.250 NA   NA
 5593150 5593151 RC1_0531 RC1_0532     TRUE 0.996 -3.000 0.300 0.001   NA
 5593151 5593152 RC1_0532 RC1_0533     FALSE 0.132 98.000 0.000 1.000   NA
 5593153 5593154 RC1_0534 RC1_0535     FALSE 0.031 297.000 0.000 NA   NA
 5593154 5593155 RC1_0535 RC1_0536     FALSE 0.023 499.000 0.000 NA   NA
 5593155 5593156 RC1_0536 RC1_0537     FALSE 0.140 85.000 0.000 NA   NA
 5593156 5593157 RC1_0537 RC1_0538     FALSE 0.026 390.000 0.000 NA   NA
 5593158 5593159 RC1_0539 RC1_0540     FALSE 0.070 176.000 0.000 1.000 N NA
 5593161 5593162 RC1_0542 RC1_0543   phaR FALSE 0.025 406.000 0.000 NA   NA
 5593162 5593163 RC1_0543 RC1_0544 phaR   FALSE 0.032 281.000 0.000 NA   NA
 5593164 5593165 RC1_0545 RC1_0546     TRUE 0.995 6.000 0.424 NA   NA
 5593165 5593166 RC1_0546 RC1_0547     FALSE 0.047 196.000 0.000 NA   NA
 5593167 5593168 RC1_0548 RC1_0549     FALSE 0.288 71.000 0.000 0.037   NA
 5593168 5593169 RC1_0549 RC1_0550     TRUE 0.716 64.000 0.000 0.037 Y NA
 5593169 5593170 RC1_0550 RC1_0551   fadE36 TRUE 0.992 15.000 0.429 NA   NA
 5593170 5593171 RC1_0551 RC1_0552 fadE36   FALSE 0.033 276.000 0.000 NA   NA
 5593172 5593173 RC1_0553 RC1_0554     FALSE 0.096 107.000 0.000 NA   NA
 5593173 5593174 RC1_0554 RC1_0555   ctpA FALSE 0.101 104.000 0.000 NA   NA
 5593174 5593175 RC1_0555 RC1_0556 ctpA   TRUE 0.997 2.000 0.408 0.029 N NA
 5593176 5593177 RC1_0557 RC1_0558 rocD   TRUE 0.908 32.000 0.019 1.000 Y NA
 5593177 5593178 RC1_0558 RC1_0559   lrp FALSE 0.303 54.000 0.000 1.000 N NA
 5593180 5593181 RC1_0561 RC1_0562     FALSE 0.119 98.000 0.000 NA N NA
 5593181 5593182 RC1_0562 RC1_0563   xseB FALSE 0.385 59.000 0.003 NA N NA
 5593182 5593183 RC1_0563 RC1_0564 xseB ispA TRUE 0.887 24.000 0.062 1.000 N NA
 5593183 5593184 RC1_0564 RC1_0565 ispA dxs TRUE 0.869 45.000 0.020 1.000 Y NA
 5593185 5593186 RC1_0566 RC1_0567     FALSE 0.044 207.000 0.000 NA   NA
 5593186 5593187 RC1_0567 RC1_0568     FALSE 0.263 51.000 0.000 NA   NA
 5593190 5593191 RC1_0571 RC1_0573 pabB ilvE TRUE 0.996 -3.000 0.180 1.000 Y NA
 5593192 5593193 RC1_0572 RC1_0574   cstA TRUE 0.975 6.000 0.125 NA   NA
 5593193 5593194 RC1_0574 RC1_0575 cstA   FALSE 0.108 115.000 0.000 1.000 N NA
 5593194 5593195 RC1_0575 RC1_0576   aroC FALSE 0.309 53.000 0.000 1.000 N NA
 5593195 5593196 RC1_0576 RC1_0577 aroC fabI TRUE 0.664 33.000 0.011 1.000 N NA
 5593199 5593200 RC1_0580 RC1_0581     FALSE 0.057 171.000 0.000 NA   NA
 5593201 5593202 RC1_0582 RC1_0583   omp TRUE 0.984 106.000 1.000 1.000 N NA
 5593203 5593204 RC1_0584 RC1_0585 pdxH   TRUE 0.522 73.000 0.025 1.000 N NA
 5593204 5593205 RC1_0585 RC1_0586     FALSE 0.072 164.000 0.000 1.000   NA
 5593205 5593206 RC1_0586 RC1_0587     FALSE 0.085 115.000 0.000 NA   NA
 5593206 5593207 RC1_0587 RC1_0588     FALSE 0.051 184.000 0.000 NA   NA
 5593208 5593209 RC1_0589 RC1_0590 cobW zur FALSE 0.455 60.000 0.011 NA   NA
 5593210 5593211 RC1_0591 RC1_0592     TRUE 0.912 2.000 0.017 NA   NA
 5593211 5593212 RC1_0592 RC1_0593     TRUE 0.927 -3.000 0.013 1.000   NA
 5593212 5593213 RC1_0593 RC1_0594     TRUE 0.997 5.000 0.533 NA   NA
 5593213 5593214 RC1_0594 RC1_0595   panC FALSE 0.328 38.000 0.000 NA   NA
 5593215 5593216 RC1_0596 RC1_0597     FALSE 0.270 50.000 0.000 NA   NA
 5593216 5593217 RC1_0597 RC1_0598   gloA FALSE 0.079 119.000 0.000 NA   NA
 5593217 5593218 RC1_0598 RC1_0599 gloA   FALSE 0.029 317.000 0.000 NA   NA
 5593218 5593219 RC1_0599 RC1_0600     TRUE 0.612 12.000 0.000 NA   NA
 5593219 5593220 RC1_0600 RC1_0601   ligA FALSE 0.058 167.000 0.000 NA   NA
 5593220 5593221 RC1_0601 RC1_0602 ligA   FALSE 0.238 83.000 0.000 0.035   NA
 5593221 5593222 RC1_0602 RC1_0603   recN TRUE 0.500 24.000 0.000 1.000   NA
 5593222 5593223 RC1_0603 RC1_0604 recN   TRUE 0.842 59.000 0.117 1.000   NA
 5593223 5593224 RC1_0604 RC1_0605   lpxC FALSE 0.279 237.000 0.064 1.000   NA
 5593224 5593225 RC1_0605 RC1_0606 lpxC ftsZ FALSE 0.024 487.000 0.000 NA   NA
 5593225 5593226 RC1_0606 RC1_0607 ftsZ ftsA FALSE 0.091 110.000 0.000 NA   NA
 5593226 5593227 RC1_0607 RC1_0608 ftsA ftsQ TRUE 0.966 14.000 0.137 NA N NA
 5593227 5593228 RC1_0608 RC1_0609 ftsQ ddlB TRUE 0.999 -12.000 0.372 NA Y NA
 5593230 5593231 RC1_0610 RC1_0612 murB murC TRUE 0.994 0.000 0.108 0.005 Y NA
 5593231 5593232 RC1_0612 RC1_0613 murC murG TRUE 0.948 93.000 0.283 1.000 Y NA
 5593232 5593233 RC1_0613 RC1_0614 murG ftsW TRUE 0.985 -3.000 0.115 1.000 N NA
 5593233 5593234 RC1_0614 RC1_0615 ftsW murD TRUE 0.966 -3.000 0.035 0.004 N NA
 5593234 5593235 RC1_0615 RC1_0616 murD mraY TRUE 0.999 8.000 0.647 0.005 Y NA
 5593235 5593236 RC1_0616 RC1_0617 mraY murF TRUE 0.997 8.000 0.309 0.005 Y NA
 5593236 5593237 RC1_0617 RC1_0618 murF murE TRUE 0.999 14.000 0.569 0.003 Y NA
 5593237 5593238 RC1_0618 RC1_0619 murE ftsI TRUE 0.878 40.000 0.018 1.000 Y NA
 5593238 5593239 RC1_0619 RC1_0620 ftsI tonB TRUE 0.992 -3.000 0.222 NA   NA
 5593239 5593240 RC1_0620 RC1_0621 tonB mraW TRUE 0.901 -3.000 0.007 NA   NA
 5593240 5593241 RC1_0621 RC1_0622 mraW mraZ TRUE 0.999 -3.000 0.635 NA   NA
 5593241 5593242 RC1_0622 RC1_0623 mraZ   FALSE 0.021 1115.000 0.000 NA   NA
 5593242 5593243 RC1_0623 RC1_0624     TRUE 0.956 -3.000 0.035 1.000   NA
 5593243 5593244 RC1_0624 RC1_0625   hfaC TRUE 0.917 -3.000 0.009 1.000   NA
 5593244 5593245 RC1_0625 RC1_0626 hfaC djlA TRUE 0.659 12.000 0.000 1.000   NA
 5593246 5593247 RC1_0627 RC1_0628     FALSE 0.140 94.000 0.000 1.000   NA
 5593247 5593248 RC1_0628 RC1_0629     FALSE 0.095 119.000 0.000 1.000   NA
 5593248 5593249 RC1_0629 RC1_0630     FALSE 0.079 119.000 0.000 NA   NA
 5593249 5593250 RC1_0630 RC1_0631     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 5593253 5593254 RC1_0634 RC1_0635   trxB FALSE 0.203 401.000 0.065 1.000 N NA
 5593254 5593255 RC1_0635 RC1_0636 trxB   FALSE 0.113 97.000 0.000 NA   NA
 5593256 5593257 RC1_0637 RC1_0638 dsbD   FALSE 0.378 141.000 0.000 1.000 Y NA
 5593257 5593258 RC1_0638 RC1_0639     FALSE 0.118 105.000 0.000 1.000   NA
 5593259 5593260 RC1_0640 RC1_0641     FALSE 0.086 140.000 0.000 1.000   NA
 5593261 5593262 RC1_0642 RC1_0643 mtnN   FALSE 0.108 111.000 0.000 1.000   NA
 5593263 5593264 RC1_0644 RC1_0645     FALSE 0.074 129.000 0.000 NA   NA
 5593265 5593266 RC1_0646 RC1_0647   lig TRUE 0.996 25.000 0.751 NA N NA
 5593267 5593268 RC1_0648 RC1_0649     TRUE 0.507 19.000 0.000 NA   NA
 5593271 5593272 RC1_0652 RC1_0653     TRUE 0.698 85.000 0.100 NA   NA
 5593272 5593273 RC1_0653 RC1_0654     TRUE 0.971 -3.000 0.067 NA   NA
 5593273 5593274 RC1_0654 RC1_0655     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593275 5593276 RC1_0656 RC1_0657     FALSE 0.055 183.000 0.000 NA N NA
 5593276 5593277 RC1_0657 RC1_0658     TRUE 0.982 12.000 0.083 NA Y NA
 5593277 5593278 RC1_0658 RC1_0659     FALSE 0.121 104.000 0.000 1.000   NA
 5593280 5593281 RC1_0661 RC1_0662   fecE TRUE 0.819 -33.000 0.000 1.000 N NA
 5593281 5593282 RC1_0662 RC1_0663 fecE hmuU TRUE 0.966 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5593282 5593283 RC1_0663 RC1_0664 hmuU   TRUE 0.966 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5593283 5593284 RC1_0664 RC1_0665   btuB TRUE 0.998 0.000 0.500 1.000 N NA
 5593285 5593286 RC1_0666 RC1_0667     FALSE 0.097 106.000 0.000 NA   NA
 5593288 5593289 RC1_0669 RC1_0670 phoU   FALSE 0.074 129.000 0.000 NA   NA
 5593289 5593290 RC1_0670 RC1_0671     FALSE 0.121 92.000 0.000 NA   NA
 5593291 5593292 RC1_0672 RC1_0673 fliG   FALSE 0.053 179.000 0.000 NA   NA
 5593292 5593293 RC1_0673 RC1_0674     FALSE 0.025 404.000 0.000 NA   NA
 5593293 5593294 RC1_0674 RC1_0675     TRUE 0.939 37.000 0.200 NA N NA
 5593294 5593295 RC1_0675 RC1_0676     FALSE 0.028 345.000 0.000 NA   NA
 5593295 5593296 RC1_0676 RC1_0677     TRUE 0.747 0.000 0.000 NA   NA
 5593296 5593297 RC1_0677 RC1_0678     FALSE 0.060 162.000 0.000 NA   NA
 5593298 5593299 RC1_0679 RC1_0680   tonB FALSE 0.040 230.000 0.000 NA   NA
 5593299 5593300 RC1_0680 RC1_0681 tonB exbB TRUE 0.602 27.000 0.000 0.015 N NA
 5593300 5593301 RC1_0681 RC1_0682 exbB exbD TRUE 0.994 3.000 0.118 0.048 Y NA
 5593301 5593302 RC1_0682 RC1_0683 exbD exbD1 TRUE 0.991 22.000 0.235 0.035 Y NA
 5593302 5593303 RC1_0683 RC1_0684 exbD1   FALSE 0.304 51.000 0.000 1.000   NA
 5593305 5593306 RC1_0686 RC1_0688     TRUE 1.000 -13.000 0.733 1.000 Y NA
 5593307 5593308 RC1_0687 RC1_0689     FALSE 0.233 58.000 0.000 NA   NA
 5593309 5593310 RC1_0690 RC1_0691     FALSE 0.079 119.000 0.000 NA   NA
 5593310 5593311 RC1_0691 RC1_0692     FALSE 0.076 123.000 0.000 NA   NA
 5593311 5593312 RC1_0692 RC1_0693   tuf FALSE 0.225 60.000 0.000 NA   NA
 5593312 5593313 RC1_0693 RC1_0694 tuf   FALSE 0.041 227.000 0.000 NA   NA
 5593313 5593314 RC1_0694 RC1_0695   secE FALSE 0.127 89.000 0.000 NA   NA
 5593314 5593315 RC1_0695 RC1_0696 secE nusG TRUE 0.999 4.000 0.843 1.000 N NA
 5593315 5593316 RC1_0696 RC1_0697 nusG rplK TRUE 0.961 117.000 0.681 1.000 N NA
 5593316 5593317 RC1_0697 RC1_0698 rplK rplA TRUE 1.000 5.000 0.838 0.020 Y NA
 5593317 5593318 RC1_0698 RC1_0699 rplA rplJ TRUE 0.814 333.000 0.302 1.000 Y NA
 5593318 5593319 RC1_0699 RC1_0700 rplJ rplL TRUE 0.998 46.000 0.884 1.000 Y NA
 5593319 5593320 RC1_0700 RC1_0701 rplL rpoB TRUE 0.524 351.000 0.223 1.000   NA
 5593320 5593321 RC1_0701 RC1_0702 rpoB rpoC TRUE 0.981 109.000 0.851 0.001   NA
 5593321 5593322 RC1_0702 RC1_0703 rpoC   FALSE 0.055 204.000 0.000 1.000   NA
 5593322 5593323 RC1_0703 RC1_0704     TRUE 0.999 -9.000 0.636 NA   NA
 5593325 5593326 RC1_0706 RC1_0707 rpsL rpsG TRUE 0.999 13.000 0.620 0.003 Y NA
 5593326 5593327 RC1_0707 RC1_0708 rpsG fusA TRUE 0.944 53.000 0.114 1.000 Y NA
 5593327 5593328 RC1_0708 RC1_0709 fusA tuf TRUE 0.945 56.000 0.102 0.001 Y NA
 5593328 5593329 RC1_0709 RC1_0710 tuf rpsJ TRUE 0.979 63.000 0.318 1.000 Y NA
 5593329 5593330 RC1_0710 RC1_0711 rpsJ rplC TRUE 0.980 62.000 0.307 0.020 Y NA
 5593330 5593331 RC1_0711 RC1_0712 rplC rplD TRUE 0.999 6.000 0.486 0.014 Y NA
 5593331 5593332 RC1_0712 RC1_0713 rplD rplW TRUE 0.999 -3.000 0.513 0.014 Y NA
 5593332 5593333 RC1_0713 RC1_0714 rplW rplB TRUE 1.000 11.000 0.849 0.018 Y NA
 5593333 5593334 RC1_0714 RC1_0715 rplB rpsS TRUE 0.999 12.000 0.820 0.020 Y NA
 5593334 5593335 RC1_0715 RC1_0716 rpsS rplV TRUE 0.994 2.000 0.119 0.020 Y NA
 5593335 5593336 RC1_0716 RC1_0717 rplV rpsC TRUE 0.994 0.000 0.109 0.020 Y NA
 5593336 5593337 RC1_0717 RC1_0718 rpsC rplP TRUE 0.998 39.000 0.828 0.020 Y NA
 5593337 5593338 RC1_0718 RC1_0719 rplP rpmC TRUE 1.000 -3.000 0.802 0.014 Y NA
 5593338 5593339 RC1_0719 RC1_0720 rpmC rpsQ TRUE 0.999 17.000 0.828 0.014 Y NA
 5593339 5593340 RC1_0720 RC1_0721 rpsQ rplN TRUE 0.999 19.000 0.791 0.020 Y NA
 5593340 5593341 RC1_0721 RC1_0722 rplN rplX TRUE 1.000 0.000 0.810 0.020 Y NA
 5593341 5593342 RC1_0722 RC1_0723 rplX rplE TRUE 0.999 9.000 0.758 0.014 Y NA
 5593342 5593343 RC1_0723 RC1_0724 rplE rpsN TRUE 0.995 18.000 0.309 0.014 Y NA
 5593343 5593344 RC1_0724 RC1_0725 rpsN rpsH TRUE 0.996 14.000 0.295 0.014 Y NA
 5593344 5593345 RC1_0725 RC1_0726 rpsH rplF TRUE 0.999 12.000 0.808 0.014 Y NA
 5593345 5593346 RC1_0726 RC1_0727 rplF rplR TRUE 0.999 12.000 0.815 0.014 Y NA
 5593346 5593347 RC1_0727 RC1_0728 rplR rpsE TRUE 0.999 13.000 0.814 0.020 Y NA
 5593347 5593348 RC1_0728 RC1_0729 rpsE rpmD TRUE 1.000 -3.000 0.789 0.020 Y NA
 5593348 5593349 RC1_0729 RC1_0730 rpmD rplO TRUE 0.998 34.000 0.653 0.003 Y NA
 5593349 5593350 RC1_0730 RC1_0731 rplO secY TRUE 0.885 422.000 0.730 1.000 N NA
 5593350 5593351 RC1_0731 RC1_0732 secY adk TRUE 0.943 -3.000 0.019 1.000 N NA
 5593351 5593352 RC1_0732 RC1_0733 adk rpsM FALSE 0.054 403.000 0.002 1.000 N NA
 5593352 5593353 RC1_0733 RC1_0734 rpsM rpsK TRUE 0.999 22.000 0.810 0.014 Y NA
 5593353 5593354 RC1_0734 RC1_0735 rpsK rpoA TRUE 0.827 134.000 0.308 1.000 N NA
 5593354 5593355 RC1_0735 RC1_0736 rpoA rplQ TRUE 0.969 154.000 0.873 1.000 N NA
 5593356 5593357 RC1_0737 RC1_0738     FALSE 0.121 92.000 0.000 NA   NA
 5593357 5593358 RC1_0738 RC1_0739     FALSE 0.427 27.000 0.000 NA   NA
 5593358 5593359 RC1_0739 RC1_0740     FALSE 0.022 654.000 0.000 NA   NA
 5593359 5593360 RC1_0740 RC1_0741     FALSE 0.057 170.000 0.000 NA   NA
 5593360 5593361 RC1_0741 RC1_0742     FALSE 0.279 48.000 0.000 NA   NA
 5593361 5593362 RC1_0742 RC1_0743     FALSE 0.154 79.000 0.000 NA   NA
 5593363 5593364 RC1_0744 RC1_0745 yghQ   FALSE 0.298 1286.000 0.129 1.000   NA
 5593364 5593365 RC1_0745 RC1_0746     TRUE 0.959 12.000 0.096 1.000 N NA
 5593365 5593366 RC1_0746 RC1_0747     FALSE 0.259 183.000 0.038 1.000 N NA
 5593366 5593367 RC1_0747 RC1_0748   bioF TRUE 0.987 4.000 0.191 1.000 N NA
 5593368 5593369 RC1_0749 RC1_0750     TRUE 0.662 8.000 0.000 NA   NA
 5593369 5593370 RC1_0750 RC1_0751     TRUE 0.999 -3.000 0.694 NA   NA
 5593370 5593371 RC1_0751 RC1_0752     TRUE 0.994 -3.000 0.250 1.000   NA
 5593371 5593372 RC1_0752 RC1_0753     TRUE 0.780 -13.000 0.000 NA   NA
 5593373 5593374 RC1_0754 RC1_0755     FALSE 0.183 130.000 0.007 1.000   NA
 5593374 5593375 RC1_0755 RC1_0756     TRUE 0.899 -3.000 0.005 1.000   NA
 5593375 5593376 RC1_0756 RC1_0757     TRUE 0.999 -3.000 0.631 0.051   NA
 5593376 5593377 RC1_0757 RC1_0758     FALSE 0.114 164.000 0.004 NA   NA
 5593377 5593378 RC1_0758 RC1_0759     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593378 5593379 RC1_0759 RC1_0761     TRUE 0.971 -3.000 0.069 NA   NA
 5593382 5593383 RC1_0763 RC1_0764 rnz   TRUE 0.507 19.000 0.000 NA   NA
 5593384 5593385 RC1_0765 RC1_0766     FALSE 0.167 75.000 0.000 NA   NA
 5593385 5593386 RC1_0766 RC1_0767     FALSE 0.027 369.000 0.000 NA   NA
 5593386 5593387 RC1_0767 RC1_0768     FALSE 0.073 135.000 0.000 NA   NA
 5593387 5593388 RC1_0768 RC1_0769     TRUE 0.981 -3.000 0.097 NA N NA
 5593388 5593389 RC1_0769 RC1_0770     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593389 5593390 RC1_0770 RC1_0771     FALSE 0.445 25.000 0.000 NA   NA
 5593390 5593391 RC1_0771 RC1_0772     TRUE 0.989 -3.000 0.167 NA   NA
 5593391 5593392 RC1_0772 RC1_0773     TRUE 0.995 -18.000 0.318 NA   NA
 5593392 5593393 RC1_0773 RC1_0774     TRUE 0.882 63.000 0.182 NA   NA
 5593393 5593394 RC1_0774 RC1_0775     TRUE 0.999 -9.000 0.625 NA   NA
 5593394 5593395 RC1_0775 RC1_0776     TRUE 0.931 10.000 0.000 NA Y NA
 5593395 5593396 RC1_0776 RC1_0777     TRUE 0.976 -3.000 0.080 NA   NA
 5593396 5593397 RC1_0777 RC1_0778     FALSE 0.072 137.000 0.000 NA   NA
 5593397 5593398 RC1_0778 RC1_0779     FALSE 0.069 144.000 0.000 NA   NA
 5593398 5593399 RC1_0779 RC1_0780   coxB FALSE 0.083 152.000 0.000 1.000 N NA
 5593399 5593400 RC1_0780 RC1_0781 coxB coxA TRUE 0.959 5.000 0.000 0.003 Y NA
 5593400 5593401 RC1_0781 RC1_0782 coxA   FALSE 0.068 146.000 0.000 NA   NA
 5593402 5593403 RC1_0783 RC1_0784     FALSE 0.024 461.000 0.000 NA   NA
 5593403 5593404 RC1_0784 RC1_0785     FALSE 0.079 119.000 0.000 NA   NA
 5593406 5593407 RC1_0787 RC1_0788   fleN TRUE 0.853 17.000 0.029 NA   NA
 5593407 5593408 RC1_0788 RC1_0789 fleN flhF TRUE 0.997 -3.000 0.382 1.000   NA
 5593408 5593409 RC1_0789 RC1_0790 flhF flhA TRUE 0.493 57.000 0.010 1.000   NA
 5593409 5593410 RC1_0790 RC1_0791 flhA flbD TRUE 0.937 50.000 0.226 1.000 N NA
 5593410 5593411 RC1_0791 RC1_0792 flbD motA FALSE 0.473 86.000 0.030 1.000 N NA
 5593411 5593412 RC1_0792 RC1_0793 motA fliN TRUE 0.927 6.000 0.020 0.011   NA
 5593412 5593413 RC1_0793 RC1_0794 fliN fliH TRUE 0.931 23.000 0.111 NA   NA
 5593413 5593414 RC1_0794 RC1_0795 fliH fliF FALSE 0.380 32.000 0.000 NA   NA
 5593414 5593415 RC1_0795 RC1_0796 fliF   FALSE 0.046 255.000 0.000 1.000 N NA
 5593415 5593416 RC1_0796 RC1_0797     TRUE 0.520 18.000 0.000 NA   NA
 5593416 5593417 RC1_0797 RC1_0798     FALSE 0.136 86.000 0.000 NA   NA
 5593418 5593419 RC1_0799 RC1_0800     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593419 5593420 RC1_0800 RC1_0801     TRUE 0.998 -16.000 0.455 0.015   NA
 5593420 5593421 RC1_0801 RC1_0802   exbD2 TRUE 0.995 5.000 0.333 0.048   NA
 5593421 5593422 RC1_0802 RC1_0803 exbD2 tonB FALSE 0.458 29.000 0.000 1.000   NA
 5593422 5593423 RC1_0803 RC1_0804 tonB   TRUE 0.629 14.000 0.000 1.000   NA
 5593423 5593424 RC1_0804 RC1_0805     FALSE 0.037 301.000 0.000 1.000   NA
 5593425 5593426 RC1_0806 RC1_0807     FALSE 0.167 75.000 0.000 NA   NA
 5593428 5593429 RC1_0809 RC1_0810 msrA   FALSE 0.125 90.000 0.000 NA   NA
 5593429 5593430 RC1_0810 RC1_0811     FALSE 0.468 22.000 0.000 NA   NA
 5593431 5593432 RC1_0812 RC1_0813     FALSE 0.093 109.000 0.000 NA   NA
 5593432 5593433 RC1_0813 RC1_0814   czcA TRUE 0.650 11.000 0.000 NA N NA
 5593433 5593434 RC1_0814 RC1_0815 czcA   FALSE 0.249 54.000 0.000 NA   NA
 5593434 5593435 RC1_0815 RC1_0816   rfbB FALSE 0.043 213.000 0.000 NA   NA
 5593435 5593436 RC1_0816 RC1_0818 rfbB rfbA TRUE 0.973 -3.000 0.000 0.006 Y NA
 5593438 5593439 RC1_0819 RC1_0820     TRUE 0.990 -10.000 0.169 1.000 N NA
 5593439 5593440 RC1_0820 RC1_0821     FALSE 0.415 77.000 0.014 1.000 N NA
 5593440 5593441 RC1_0821 RC1_0822     TRUE 0.925 4.000 0.027 NA   NA
 5593441 5593442 RC1_0822 RC1_0823     TRUE 0.734 2.000 0.000 NA   NA
 5593442 5593443 RC1_0823 RC1_0824     TRUE 0.682 6.000 0.000 NA   NA
 5593443 5593444 RC1_0824 RC1_0825     FALSE 0.036 252.000 0.000 NA   NA
 5593446 5593447 RC1_0827 RC1_0828 rsaA   FALSE 0.033 280.000 0.000 NA   NA
 5593449 5593450 RC1_0830 RC1_0831     TRUE 0.774 -58.000 0.000 NA   NA
 5593451 5593452 RC1_0832 RC1_0833 ohrR   TRUE 0.882 39.000 0.103 1.000 N NA
 5593453 5593454 RC1_0834 RC1_0835     FALSE 0.038 242.000 0.000 NA   NA
 5593455 5593456 RC1_0836 RC1_0837 rho   FALSE 0.023 515.000 0.000 NA   NA
 5593457 5593458 RC1_0838 RC1_0839   azlC TRUE 0.507 19.000 0.000 NA   NA
 5593458 5593459 RC1_0839 RC1_0840 azlC   TRUE 0.994 -7.000 0.275 NA   NA
 5593465 5593466 RC1_0846 RC1_0847 ompA ompA FALSE 0.265 261.000 0.000 0.007 Y NA
 5593468 5593469 RC1_0849 RC1_0850     FALSE 0.109 99.000 0.000 NA   NA
 5593469 5593470 RC1_0850 RC1_0851     FALSE 0.034 270.000 0.000 NA   NA
 5593471 5593472 RC1_0852 RC1_0853     TRUE 0.581 14.000 0.000 NA   NA
 5593472 5593473 RC1_0853 RC1_0854     FALSE 0.040 230.000 0.000 NA   NA
 5593474 5593475 RC1_0855 RC1_0856     FALSE 0.245 55.000 0.000 NA   NA
 5593476 5593477 RC1_0857 RC1_0858 lrgB lrgA TRUE 0.998 -3.000 0.500 NA   NA
 5593477 5593478 RC1_0858 RC1_0859 lrgA   FALSE 0.136 86.000 0.000 NA   NA
 5593478 5593479 RC1_0859 RC1_0860     FALSE 0.036 251.000 0.000 NA   NA
 5593481 5593482 RC1_0862 RC1_0863     FALSE 0.023 488.000 0.000 NA   NA
 5593484 5593485 RC1_0865 RC1_0866     FALSE 0.077 122.000 0.000 NA   NA
 5593485 5593486 RC1_0866 RC1_0867     FALSE 0.437 26.000 0.000 NA   NA
 5593487 5593488 RC1_0868 RC1_0869 dbpA prfC FALSE 0.317 175.000 0.000 1.000 Y NA
 5593490 5593491 RC1_0871 RC1_0872     TRUE 0.480 21.000 0.000 NA   NA
 5593494 5593495 RC1_0874 RC1_0876     TRUE 0.999 -10.000 0.734 NA   NA
 5593495 5593496 RC1_0876 RC1_0877     TRUE 0.998 11.000 0.667 NA   NA
 5593497 5593498 RC1_0878 RC1_0879 fliL fliM TRUE 0.994 23.000 0.323 0.003 Y NA
 5593498 5593499 RC1_0879 RC1_0880 fliM   TRUE 0.947 -3.000 0.028 NA   NA
 5593499 5593500 RC1_0880 RC1_0881   flaA TRUE 0.997 -3.000 0.375 NA   NA
 5593500 5593501 RC1_0881 RC1_0882 flaA cheZ FALSE 0.180 80.000 0.000 1.000   NA
 5593501 5593502 RC1_0882 RC1_0883 cheZ   TRUE 0.561 15.000 0.000 NA   NA
 5593502 5593503 RC1_0883 RC1_0884   motB TRUE 0.988 -3.000 0.154 NA   NA
 5593503 5593504 RC1_0884 RC1_0885 motB   TRUE 0.987 0.000 0.154 1.000   NA
 5593505 5593506 RC1_0886 RC1_0887 fliP fliO TRUE 0.993 3.000 0.120 1.000 Y NA
 5593506 5593507 RC1_0887 RC1_0888 fliO   FALSE 0.270 50.000 0.000 NA   NA
 5593507 5593508 RC1_0888 RC1_0889   flhB TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593509 5593510 RC1_0890 RC1_0891 flgB flgC TRUE 0.923 24.000 0.007 0.004 Y NA
 5593510 5593511 RC1_0891 RC1_0892 flgC fliE TRUE 0.937 33.000 0.056 1.000 Y NA
 5593511 5593512 RC1_0892 RC1_0893 fliE fliQ TRUE 0.977 17.000 0.083 1.000 Y NA
 5593512 5593513 RC1_0893 RC1_0894 fliQ fliR TRUE 0.991 14.000 0.150 0.004 Y NA
 5593513 5593514 RC1_0894 RC1_0895 fliR flhB TRUE 0.987 16.000 0.152 1.000 Y NA
 5593514 5593515 RC1_0895 RC1_0896 flhB cckA TRUE 0.973 32.000 0.303 1.000 N NA
 5593516 5593517 RC1_0897 RC1_0898     FALSE 0.243 288.000 0.000 0.015 Y NA
 5593518 5593519 RC1_0899 RC1_0900 recA alaS FALSE 0.203 314.000 0.054 1.000 N NA
 5593519 5593520 RC1_0900 RC1_0901 alaS   FALSE 0.047 239.000 0.000 1.000   NA
 5593520 5593521 RC1_0901 RC1_0902     FALSE 0.066 150.000 0.000 NA   NA
 5593521 5593522 RC1_0902 RC1_0903     TRUE 0.984 26.000 0.354 NA   NA
 5593522 5593523 RC1_0903 RC1_0904   cyaA FALSE 0.076 123.000 0.000 NA   NA
 5593523 5593524 RC1_0904 RC1_0905 cyaA   FALSE 0.181 71.000 0.000 NA   NA
 5593524 5593525 RC1_0905 RC1_0906   icd FALSE 0.074 130.000 0.000 NA   NA
 5593525 5593526 RC1_0906 RC1_0907 icd gcrA FALSE 0.036 255.000 0.000 NA   NA
 5593526 5593527 RC1_0907 RC1_0908 gcrA   FALSE 0.035 261.000 0.000 NA   NA
 5593527 5593528 RC1_0908 RC1_0909     FALSE 0.167 75.000 0.000 NA   NA
 5593528 5593529 RC1_0909 RC1_0910     TRUE 0.996 0.000 0.372 NA   NA
 5593530 5593531 RC1_0911 RC1_0913 icd   FALSE 0.061 161.000 0.000 NA   NA
 5593532 5593533 RC1_0914 RC1_0915     TRUE 0.942 11.000 0.000 0.051 Y NA
 5593536 5593537 RC1_0918 RC1_0919     FALSE 0.037 250.000 0.000 NA   NA
 5593540 5593541 RC1_0922 RC1_0923     FALSE 0.071 140.000 0.000 NA   NA
 5593541 5593542 RC1_0923 RC1_0924     TRUE 0.874 69.000 0.199 NA   NA
 5593542 5593543 RC1_0924 RC1_0925     TRUE 0.734 2.000 0.000 NA   NA
 5593546 5593547 RC1_0928 RC1_0929 accC accB TRUE 0.994 8.000 0.153 0.002 Y NA
 5593547 5593548 RC1_0929 RC1_0930 accB aroQ TRUE 0.812 32.000 0.042 1.000 N NA
 5593548 5593549 RC1_0930 RC1_0931 aroQ   FALSE 0.148 94.000 0.000 1.000 N NA
 5593549 5593550 RC1_0931 RC1_0932     FALSE 0.085 142.000 0.000 1.000   NA
 5593552 5593553 RC1_0934 RC1_0935     TRUE 1.000 5.000 0.948 0.003 Y NA
 5593553 5593554 RC1_0935 RC1_0936     TRUE 0.997 -3.000 0.381 1.000 N NA
 5593554 5593555 RC1_0936 RC1_0937     FALSE 0.038 290.000 0.000 1.000   NA
 5593556 5593557 RC1_0938 RC1_0939 trmU   FALSE 0.090 111.000 0.000 NA   NA
 5593559 5593560 RC1_0941 RC1_0942     FALSE 0.030 303.000 0.000 NA   NA
 5593560 5593561 RC1_0942 RC1_0943     TRUE 0.662 8.000 0.000 NA   NA
 5593561 5593562 RC1_0943 RC1_0944     TRUE 0.871 -31.000 0.000 0.013   NA
 5593562 5593563 RC1_0944 RC1_0945     FALSE 0.028 525.000 0.000 1.000   NA
 5593563 5593564 RC1_0945 RC1_0946     TRUE 0.992 0.000 0.250 NA   NA
 5593565 5593566 RC1_0948 RC1_0949     FALSE 0.079 119.000 0.000 NA   NA
 5593569 5593570 RC1_0952 RC1_0953 aroF xaa FALSE 0.150 93.000 0.000 1.000 N NA
 5593571 5593572 RC1_0954 RC1_0955 cheZ cheY TRUE 0.937 9.000 0.000 1.000 Y NA
 5593572 5593573 RC1_0955 RC1_0956 cheY   FALSE 0.033 276.000 0.000 NA   NA
 5593576 5593577 RC1_0959 RC1_0961     FALSE 0.225 60.000 0.000 NA   NA
 5593577 5593578 RC1_0961 RC1_0962     FALSE 0.163 76.000 0.000 NA   NA
 5593578 5593579 RC1_0962 RC1_0963   fkpA FALSE 0.120 108.000 0.000 1.000 N NA
 5593582 5593583 RC1_0966 RC1_0967     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593583 5593584 RC1_0967 RC1_0968     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593584 5593585 RC1_0968 RC1_0969     TRUE 0.815 -3.000 0.000 1.000   NA
 5593586 5593587 RC1_0970 RC1_0971     FALSE 0.136 86.000 0.000 NA   NA
 5593587 5593588 RC1_0971 RC1_0972   rsmC FALSE 0.127 129.000 0.000 0.067   NA
 5593588 5593589 RC1_0972 RC1_0973 rsmC   FALSE 0.083 116.000 0.000 NA   NA
 5593589 5593590 RC1_0973 RC1_0974     FALSE 0.062 158.000 0.000 NA   NA
 5593590 5593591 RC1_0974 RC1_0975   gltX FALSE 0.199 77.000 0.000 1.000 N NA
 5593591 5593592 RC1_0975 RC1_0976 gltX cysS FALSE 0.455 196.000 0.021 1.000 Y NA
 5593592 5593593 RC1_0976 RC1_0977 cysS   FALSE 0.384 97.000 0.021 1.000 N NA
 5593593 5593594 RC1_0977 RC1_0978     TRUE 0.716 28.000 0.012 1.000 N NA
 5593594 5593595 RC1_0978 RC1_0979     FALSE 0.125 90.000 0.000 NA   NA
 5593595 5593596 RC1_0979 RC1_0980   rpsD FALSE 0.037 250.000 0.000 NA   NA
 5593597 5593598 RC1_0981 RC1_0982     TRUE 0.596 13.000 0.000 NA   NA
 5593599 5593600 RC1_0983 RC1_0984     FALSE 0.245 55.000 0.000 NA   NA
 5593601 5593602 RC1_0985 RC1_0986 mtrF   FALSE 0.049 204.000 0.000 NA N NA
 5593602 5593603 RC1_0986 RC1_0987     TRUE 0.749 119.000 0.216 NA N NA
 5593603 5593604 RC1_0987 RC1_0988   purL TRUE 0.831 50.000 0.093 NA N NA
 5593604 5593605 RC1_0988 RC1_0989 purL purQ TRUE 0.999 -3.000 0.346 0.001 Y NA
 5593605 5593606 RC1_0989 RC1_0990 purQ   FALSE 0.072 172.000 0.000 1.000 N NA
 5593606 5593607 RC1_0990 RC1_0991     TRUE 0.993 -3.000 0.231 NA   NA
 5593607 5593608 RC1_0991 RC1_0992     TRUE 0.747 0.000 0.000 NA   NA
 5593608 5593609 RC1_0992 RC1_0993   yycF TRUE 0.994 -3.000 0.229 0.074   NA
 5593609 5593610 RC1_0993 RC1_0994 yycF   FALSE 0.072 136.000 0.000 NA   NA
 5593610 5593611 RC1_0994 RC1_0995   secF FALSE 0.063 155.000 0.000 NA   NA
 5593611 5593612 RC1_0995 RC1_0996 secF hemA FALSE 0.053 228.000 0.000 1.000 N NA
 5593612 5593613 RC1_0996 RC1_0997 hemA   TRUE 0.524 224.000 0.040 0.015 Y NA
 5593616 5593617 RC1_1000 RC1_1001     TRUE 0.999 -3.000 0.333 1.000 Y NA
 5593617 5593618 RC1_1001 RC1_1002     FALSE 0.093 121.000 0.000 1.000   NA
 5593618 5593619 RC1_1002 RC1_1003     TRUE 0.777 -22.000 0.000 NA   NA
 5593624 5593625 RC1_1008 RC1_1009 motB   TRUE 1.000 -10.000 0.913 1.000 Y NA
 5593627 5593628 RC1_1011 RC1_1012 tatA   FALSE 0.059 192.000 0.000 1.000   NA
 5593628 5593629 RC1_1012 RC1_1013     FALSE 0.075 126.000 0.000 NA   NA
 5593629 5593630 RC1_1013 RC1_1014     FALSE 0.062 157.000 0.000 NA   NA
 5593630 5593631 RC1_1014 RC1_1015     FALSE 0.049 188.000 0.000 NA   NA
 5593631 5593632 RC1_1015 RC1_1016     FALSE 0.054 178.000 0.000 NA   NA
 5593632 5593633 RC1_1016 RC1_1017     TRUE 0.932 12.000 0.060 1.000   NA
 5593634 5593635 RC1_1018 RC1_1019     FALSE 0.085 115.000 0.000 NA   NA
 5593636 5593637 RC1_1020 RC1_1021     FALSE 0.205 65.000 0.000 NA   NA
 5593637 5593638 RC1_1021 RC1_1022   xth FALSE 0.228 68.000 0.000 1.000   NA
 5593638 5593639 RC1_1022 RC1_1023 xth   FALSE 0.297 73.000 0.003 NA   NA
 5593640 5593641 RC1_1024 RC1_1025 dgt argS FALSE 0.093 134.000 0.000 1.000 N NA
 5593641 5593642 RC1_1025 RC1_1026 argS tonB TRUE 0.875 13.000 0.027 NA   NA
 5593642 5593643 RC1_1026 RC1_1027 tonB   TRUE 0.964 -25.000 0.056 NA   NA
 5593643 5593644 RC1_1027 RC1_1028     TRUE 0.899 4.000 0.013 1.000   NA
 5593644 5593645 RC1_1028 RC1_1029   scpA TRUE 0.962 8.000 0.092 NA   NA
 5593645 5593646 RC1_1029 RC1_1030 scpA scpB TRUE 0.981 57.000 0.570 NA   NA
 5593646 5593647 RC1_1030 RC1_1031 scpB   FALSE 0.326 176.000 0.060 NA N NA
 5593647 5593648 RC1_1031 RC1_1032   tatB TRUE 0.791 73.000 0.016 0.008 Y NA
 5593648 5593649 RC1_1032 RC1_1033 tatB tatC TRUE 0.966 6.000 0.014 NA Y NA
 5593649 5593650 RC1_1033 RC1_1034 tatC serS FALSE 0.371 163.000 0.065 NA N NA
 5593650 5593651 RC1_1034 RC1_1035 serS surE TRUE 0.968 -7.000 0.058 1.000   NA
 5593651 5593652 RC1_1035 RC1_1036 surE pcm TRUE 0.988 -3.000 0.147 1.000   NA
 5593652 5593653 RC1_1036 RC1_1037 pcm   TRUE 0.967 6.000 0.089 1.000 N NA
 5593653 5593654 RC1_1037 RC1_1038     FALSE 0.044 208.000 0.000 NA   NA
 5593654 5593655 RC1_1038 RC1_1039     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593657 5593658 RC1_1041 RC1_1042 yajC secD TRUE 0.799 46.000 0.003 NA Y NA
 5593659 5593660 RC1_1043 RC1_1044 y4aB   TRUE 0.984 20.000 0.315 1.000   NA
 5593660 5593661 RC1_1044 RC1_1045   sodA FALSE 0.057 209.000 0.000 1.000 N NA
 5593665 5593666 RC1_1049 RC1_1050 braC braC TRUE 0.495 113.000 0.000 0.002 Y NA
 5593666 5593667 RC1_1050 RC1_1051 braC pcs FALSE 0.128 104.000 0.000 1.000 N NA
 5593670 5593671 RC1_1054 RC1_1055   ssb FALSE 0.074 131.000 0.000 NA   NA
 5593671 5593672 RC1_1055 RC1_1056 ssb   TRUE 0.747 0.000 0.000 NA   NA
 5593674 5593675 RC1_1058 RC1_1059 norM gyrA FALSE 0.132 154.000 0.002 1.000 N NA
 5593675 5593676 RC1_1059 RC1_1060 gyrA coaD TRUE 0.761 21.000 0.012 1.000 N NA
 5593676 5593677 RC1_1060 RC1_1061 coaD   FALSE 0.072 139.000 0.000 NA   NA
 5593677 5593678 RC1_1061 RC1_1062     FALSE 0.026 379.000 0.000 NA   NA
 5593678 5593679 RC1_1062 RC1_1063     FALSE 0.037 244.000 0.000 NA   NA
 5593680 5593681 RC1_1064 RC1_1065   omp FALSE 0.217 70.000 0.000 1.000   NA
 5593682 5593683 RC1_1066 RC1_1069 msbA   TRUE 0.547 21.000 0.000 1.000 N NA
 5593684 5593685 RC1_1068 RC1_1070   coxI TRUE 0.734 2.000 0.000 NA   NA
 5593685 5593686 RC1_1070 RC1_1072 coxI coxE TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593686 5593687 RC1_1072 RC1_1073 coxE coxD TRUE 0.999 -3.000 0.645 NA   NA
 5593687 5593688 RC1_1073 RC1_1074 coxD coxM TRUE 0.955 -3.000 0.033 1.000   NA
 5593688 5593689 RC1_1074 RC1_1075 coxM coxL TRUE 0.976 12.000 0.037 0.001 Y NA
 5593689 5593690 RC1_1075 RC1_1076 coxL coxS TRUE 0.970 156.000 0.512 0.001 Y NA
 5593690 5593691 RC1_1076 RC1_1077 coxS coxG FALSE 0.134 151.000 0.000 0.001   NA
 5593691 5593692 RC1_1077 RC1_1078 coxG   FALSE 0.075 157.000 0.000 1.000   NA
 5593693 5593694 RC1_1079 RC1_1080     FALSE 0.041 225.000 0.000 NA   NA
 5593696 5593697 RC1_1082 RC1_1083     FALSE 0.101 104.000 0.000 NA   NA
 5593697 5593698 RC1_1083 RC1_1084     FALSE 0.160 77.000 0.000 NA   NA
 5593698 5593699 RC1_1084 RC1_1085     TRUE 0.533 17.000 0.000 NA   NA
 5593701 5593702 RC1_1087 RC1_1089 ner   TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593704 5593705 RC1_1090 RC1_1091     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593705 5593706 RC1_1091 RC1_1092     TRUE 0.978 54.000 0.500 NA   NA
 5593706 5593707 RC1_1092 RC1_1093     TRUE 0.990 3.000 0.222 NA   NA
 5593707 5593708 RC1_1093 RC1_1094     TRUE 0.995 -3.000 0.308 NA   NA
 5593708 5593709 RC1_1094 RC1_1095     TRUE 0.726 3.000 0.000 NA   NA
 5593709 5593710 RC1_1095 RC1_1096     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593710 5593711 RC1_1096 RC1_1097     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593711 5593712 RC1_1097 RC1_1098     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593712 5593713 RC1_1098 RC1_1099     FALSE 0.117 94.000 0.000 NA   NA
 5593713 5593714 RC1_1099 RC1_1100     FALSE 0.283 47.000 0.000 NA   NA
 5593714 5593715 RC1_1100 RC1_1101     TRUE 0.784 -7.000 0.000 NA   NA
 5593715 5593716 RC1_1101 RC1_1102     FALSE 0.109 99.000 0.000 NA   NA
 5593716 5593717 RC1_1102 RC1_1103   gemA FALSE 0.270 50.000 0.000 NA   NA
 5593717 5593718 RC1_1103 RC1_1104 gemA   TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593718 5593719 RC1_1104 RC1_1105   mor TRUE 0.682 6.000 0.000 NA   NA
 5593719 5593720 RC1_1105 RC1_1106 mor   FALSE 0.074 131.000 0.000 NA   NA
 5593720 5593721 RC1_1106 RC1_1107     TRUE 0.596 13.000 0.000 NA   NA
 5593721 5593722 RC1_1107 RC1_1108     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593722 5593723 RC1_1108 RC1_1109     TRUE 0.699 5.000 0.000 NA   NA
 5593723 5593724 RC1_1109 RC1_1110     TRUE 0.993 -3.000 0.250 NA   NA
 5593724 5593725 RC1_1110 RC1_1111     TRUE 0.581 14.000 0.000 NA   NA
 5593725 5593726 RC1_1111 RC1_1112     TRUE 0.996 -3.000 0.333 NA   NA
 5593726 5593727 RC1_1112 RC1_1113     TRUE 0.747 0.000 0.000 NA   NA
 5593727 5593728 RC1_1113 RC1_1114     TRUE 0.784 -7.000 0.000 NA   NA
 5593728 5593729 RC1_1114 RC1_1115     FALSE 0.032 289.000 0.000 NA   NA
 5593729 5593730 RC1_1115 RC1_1116     TRUE 0.998 0.000 0.500 NA   NA
 5593730 5593731 RC1_1116 RC1_1117     TRUE 0.973 13.000 0.160 NA   NA
 5593731 5593732 RC1_1117 RC1_1118     TRUE 0.612 12.000 0.000 NA   NA
 5593732 5593733 RC1_1118 RC1_1119     FALSE 0.427 27.000 0.000 NA   NA
 5593733 5593734 RC1_1119 RC1_1120     TRUE 0.747 0.000 0.000 NA   NA
 5593734 5593735 RC1_1120 RC1_1121     TRUE 0.715 4.000 0.000 NA   NA
 5593735 5593736 RC1_1121 RC1_1122     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593736 5593737 RC1_1122 RC1_1123     TRUE 0.734 2.000 0.000 NA   NA
 5593737 5593738 RC1_1123 RC1_1124     TRUE 0.931 13.000 0.067 NA   NA
 5593738 5593739 RC1_1124 RC1_1125     TRUE 0.949 7.000 0.067 NA   NA
 5593741 5593742 RC1_1127 RC1_1128     TRUE 0.747 0.000 0.000 NA   NA
 5593742 5593743 RC1_1128 RC1_1129     TRUE 0.972 9.000 0.125 NA   NA
 5593743 5593744 RC1_1129 RC1_1130     TRUE 0.983 4.000 0.154 NA   NA
 5593744 5593745 RC1_1130 RC1_1131     TRUE 0.782 -10.000 0.000 NA   NA
 5593745 5593746 RC1_1131 RC1_1132     FALSE 0.027 357.000 0.000 NA   NA
 5593746 5593747 RC1_1132 RC1_1133     TRUE 0.983 -3.000 0.111 NA   NA
 5593747 5593748 RC1_1133 RC1_1134     TRUE 0.784 -7.000 0.000 NA   NA
 5593748 5593749 RC1_1134 RC1_1135     TRUE 0.784 -7.000 0.000 NA   NA
 5593749 5593750 RC1_1135 RC1_1136     TRUE 0.699 5.000 0.000 NA   NA
 5593750 5593751 RC1_1136 RC1_1137     TRUE 0.581 14.000 0.000 NA   NA
 5593751 5593752 RC1_1137 RC1_1138     FALSE 0.185 70.000 0.000 NA   NA
 5593752 5593753 RC1_1138 RC1_1139     FALSE 0.177 72.000 0.000 NA   NA
 5593753 5593754 RC1_1139 RC1_1140     FALSE 0.034 269.000 0.000 NA   NA
 5593755 5593756 RC1_1141 RC1_1142     FALSE 0.039 239.000 0.000 NA   NA
 5593756 5593757 RC1_1142 RC1_1143     TRUE 0.976 -7.000 0.080 NA   NA
 5593759 5593760 RC1_1145 RC1_1146   hisL FALSE 0.041 227.000 0.000 NA   NA
 5593760 5593761 RC1_1146 RC1_1147 hisL metC TRUE 0.974 -3.000 0.003 1.000 Y NA
 5593761 5593762 RC1_1147 RC1_1148 metC   TRUE 0.815 -3.000 0.000 1.000   NA
 5593762 5593763 RC1_1148 RC1_1149   sseA TRUE 0.991 -3.000 0.200 1.000   NA
 5593763 5593764 RC1_1149 RC1_1150 sseA alaS TRUE 0.987 7.000 0.222 1.000   NA
 5593764 5593765 RC1_1150 RC1_1151 alaS   FALSE 0.132 98.000 0.000 1.000   NA
 5593766 5593767 RC1_1152 RC1_1153     FALSE 0.209 64.000 0.000 NA   NA
 5593767 5593768 RC1_1153 RC1_1154     FALSE 0.029 330.000 0.000 NA   NA
 5593772 5593773 RC1_1158 RC1_1159 pcm   TRUE 0.947 33.000 0.200 NA N NA
 5593773 5593774 RC1_1159 RC1_1160     TRUE 0.908 3.000 0.016 NA N NA
 5593774 5593775 RC1_1160 RC1_1161     FALSE 0.405 125.000 0.061 NA   NA
 5593775 5593776 RC1_1161 RC1_1162   valS FALSE 0.331 116.000 0.033 NA   NA
 5593776 5593777 RC1_1162 RC1_1163 valS ilvD FALSE 0.119 171.000 0.002 1.000 N NA
 5593777 5593778 RC1_1163 RC1_1164 ilvD   FALSE 0.367 33.000 0.000 NA   NA
 5593778 5593779 RC1_1164 RC1_1165   mltB FALSE 0.276 135.000 0.027 NA   NA
 5593779 5593780 RC1_1165 RC1_1166 mltB rlpA TRUE 0.853 44.000 0.016 NA Y NA
 5593780 5593781 RC1_1166 RC1_1167 rlpA dacA TRUE 0.915 93.000 0.198 NA Y NA
 5593781 5593782 RC1_1167 RC1_1168 dacA holB FALSE 0.257 64.000 0.000 1.000 N NA
 5593782 5593783 RC1_1168 RC1_1169 holB metG TRUE 0.740 66.000 0.075 1.000 N NA
 5593783 5593784 RC1_1169 RC1_1170 metG   TRUE 0.991 0.000 0.221 NA N NA
 5593784 5593785 RC1_1170 RC1_1171     TRUE 0.979 5.000 0.139 NA   NA
 5593786 5593787 RC1_1172 RC1_1173   kaiC TRUE 0.679 70.000 0.000 0.098 Y NA
 5593787 5593788 RC1_1173 RC1_1174 kaiC   FALSE 0.034 375.000 0.000 1.000 N NA
 5593788 5593789 RC1_1174 RC1_1175     FALSE 0.116 95.000 0.000 NA   NA
 5593794 5593795 RC1_1180 RC1_1181     FALSE 0.118 109.000 0.000 1.000 N NA
 5593795 5593796 RC1_1181 RC1_1182     FALSE 0.092 137.000 0.000 1.000 N NA
 5593796 5593797 RC1_1182 RC1_1183     FALSE 0.211 74.000 0.000 1.000 N NA
 5593797 5593798 RC1_1183 RC1_1184   cirA FALSE 0.041 284.000 0.000 1.000 N NA
 5593798 5593799 RC1_1184 RC1_1185 cirA   FALSE 0.477 27.000 0.000 1.000   NA
 5593801 5593802 RC1_1187 RC1_1188     TRUE 0.996 26.000 0.750 NA   NA
 5593802 5593803 RC1_1188 RC1_1189   lexA FALSE 0.024 465.000 0.000 NA   NA
 5593805 5593806 RC1_1191 RC1_1192 gltX gltA TRUE 0.689 105.000 0.127 1.000 N NA
 5593807 5593808 RC1_1193 RC1_1194   lpxB FALSE 0.043 260.000 0.000 1.000   NA
 5593808 5593809 RC1_1194 RC1_1195 lpxB   TRUE 0.990 -3.000 0.173 NA   NA
 5593809 5593810 RC1_1195 RC1_1196   lpxA TRUE 0.997 6.000 0.552 NA   NA
 5593810 5593811 RC1_1196 RC1_1197 lpxA fabZ TRUE 0.989 8.000 0.264 1.000 N NA
 5593811 5593812 RC1_1197 RC1_1198 fabZ lpxD TRUE 0.992 -16.000 0.212 1.000 N NA
 5593812 5593813 RC1_1198 RC1_1199 lpxD ompH TRUE 0.983 6.000 0.060 1.000 Y NA
 5593813 5593814 RC1_1199 RC1_1200 ompH   TRUE 0.988 12.000 0.123 1.000 Y NA
 5593814 5593815 RC1_1200 RC1_1201     TRUE 0.986 25.000 0.204 1.000 Y NA
 5593815 5593816 RC1_1201 RC1_1202   dxr TRUE 0.994 21.000 0.568 1.000 N NA
 5593816 5593817 RC1_1202 RC1_1203 dxr cdsA TRUE 0.999 -9.000 0.372 1.000 Y NA
 5593817 5593818 RC1_1203 RC1_1204 cdsA uppS TRUE 0.999 -61.000 0.400 1.000 Y NA
 5593818 5593819 RC1_1204 RC1_1205 uppS frr TRUE 0.988 24.000 0.409 1.000 N NA
 5593819 5593820 RC1_1205 RC1_1206 frr pyrH TRUE 0.998 2.000 0.626 1.000 N NA
 5593820 5593821 RC1_1206 RC1_1207 pyrH tsf TRUE 0.942 86.000 0.416 1.000 N NA
 5593821 5593822 RC1_1207 RC1_1208 tsf rpsB TRUE 0.990 98.000 0.748 1.000 Y NA
 5593826 5593827 RC1_1212 RC1_1213 alkA alkA FALSE 0.078 120.000 0.000 NA   NA
 5593827 5593828 RC1_1213 RC1_1214 alkA lolD TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593828 5593829 RC1_1214 RC1_1215 lolD   TRUE 0.998 8.000 0.620 1.000 N NA
 5593829 5593830 RC1_1215 RC1_1216   proS TRUE 0.485 124.000 0.076 1.000 N NA
 5593830 5593831 RC1_1216 RC1_1217 proS   FALSE 0.039 239.000 0.000 NA   NA
 5593831 5593832 RC1_1217 RC1_1218     FALSE 0.245 55.000 0.000 NA   NA
 5593832 5593833 RC1_1218 RC1_1219     FALSE 0.073 135.000 0.000 NA   NA
 5593835 5593836 RC1_1221 RC1_1222     TRUE 0.897 7.000 0.020 NA   NA
 5593836 5593837 RC1_1222 RC1_1223     TRUE 0.980 10.000 0.172 NA   NA
 5593837 5593838 RC1_1223 RC1_1224     TRUE 0.917 29.000 0.105 1.000   NA
 5593838 5593839 RC1_1224 RC1_1225     TRUE 0.953 11.000 0.080 1.000   NA
 5593839 5593840 RC1_1225 RC1_1226   birA TRUE 0.835 12.000 0.010 1.000 N NA
 5593840 5593841 RC1_1226 RC1_1227 birA nuoN TRUE 0.911 11.000 0.032 1.000 N NA
 5593841 5593842 RC1_1227 RC1_1228 nuoN nuoM TRUE 0.999 4.000 0.453 0.003 Y NA
 5593842 5593843 RC1_1228 RC1_1229 nuoM nuoL TRUE 0.993 19.000 0.251 0.003 Y NA
 5593843 5593844 RC1_1229 RC1_1230 nuoL nuoK TRUE 0.999 5.000 0.451 0.008 Y NA
 5593844 5593845 RC1_1230 RC1_1231 nuoK nuoJ TRUE 0.999 2.000 0.484 0.003 Y NA
 5593845 5593846 RC1_1231 RC1_1232 nuoJ nuoI TRUE 0.965 122.000 0.442 0.008 Y NA
 5593846 5593847 RC1_1232 RC1_1233 nuoI nuoH TRUE 0.985 87.000 0.500 0.008 Y NA
 5593847 5593848 RC1_1233 RC1_1234 nuoH nuoG TRUE 0.999 8.000 0.515 0.008 Y NA
 5593848 5593849 RC1_1234 RC1_1235 nuoG nuoF TRUE 0.973 96.000 0.395 0.008 Y NA
 5593849 5593850 RC1_1235 RC1_1236 nuoF nuoE TRUE 0.997 14.000 0.343 0.006 Y NA
 5593850 5593851 RC1_1236 RC1_1237 nuoE nuoD TRUE 0.999 -3.000 0.355 0.006 Y NA
 5593851 5593852 RC1_1237 RC1_1238 nuoD nuoC TRUE 0.999 8.000 0.483 0.008 Y NA
 5593852 5593853 RC1_1238 RC1_1239 nuoC nuoB TRUE 0.994 28.000 0.328 0.003 Y NA
 5593853 5593854 RC1_1239 RC1_1240 nuoB nuoA TRUE 0.999 -9.000 0.507 0.003 Y NA
 5593854 5593855 RC1_1240 RC1_1241 nuoA   FALSE 0.023 501.000 0.000 NA   NA
 5593855 5593856 RC1_1241 RC1_1242     FALSE 0.076 124.000 0.000 NA   NA
 5593856 5593857 RC1_1242 RC1_1243     FALSE 0.055 174.000 0.000 NA   NA
 5593857 5593858 RC1_1243 RC1_1244   hupA FALSE 0.059 164.000 0.000 NA   NA
 5593858 5593859 RC1_1244 RC1_1245 hupA lon FALSE 0.349 143.000 0.043 1.000 N NA
 5593861 5593862 RC1_1247 RC1_1248 clpX clpP TRUE 0.884 255.000 0.352 1.000 Y NA
 5593862 5593863 RC1_1248 RC1_1249 clpP tig TRUE 0.977 73.000 0.351 1.000 Y NA
 5593863 5593864 RC1_1249 RC1_1250 tig   FALSE 0.109 99.000 0.000 NA   NA
 5593864 5593865 RC1_1250 RC1_1251     FALSE 0.082 117.000 0.000 NA   NA
 5593865 5593866 RC1_1251 RC1_1252     FALSE 0.053 180.000 0.000 NA   NA
 5593866 5593867 RC1_1252 RC1_1253     FALSE 0.031 290.000 0.000 NA   NA
 5593867 5593868 RC1_1253 RC1_1254     FALSE 0.358 34.000 0.000 NA   NA
 5593868 5593869 RC1_1254 RC1_1255     TRUE 0.969 11.000 0.124 NA   NA
 5593869 5593870 RC1_1255 RC1_1256     FALSE 0.129 88.000 0.000 NA   NA
 5593871 5593872 RC1_1257 RC1_1258 glnB glnA TRUE 0.828 135.000 0.145 1.000 Y NA
 5593872 5593873 RC1_1258 RC1_1259 glnA   FALSE 0.063 156.000 0.000 NA   NA
 5593876 5593877 RC1_1262 RC1_1263 mfd   TRUE 0.830 41.000 0.078 NA   NA
 5593878 5593879 RC1_1264 RC1_1265   recG FALSE 0.473 104.000 0.000 1.000 Y NA
 5593881 5593882 RC1_1268 RC1_1269 bcsA   TRUE 0.754 4.000 0.000 1.000   NA
 5593882 5593883 RC1_1269 RC1_1270     FALSE 0.089 131.000 0.000 1.000   NA
 5593884 5593885 RC1_1271 RC1_1272 fliN   FALSE 0.045 206.000 0.000 NA   NA
 5593885 5593886 RC1_1272 RC1_1273   fixS FALSE 0.306 42.000 0.000 NA   NA
 5593886 5593887 RC1_1273 RC1_1274 fixS fixI TRUE 1.000 -3.000 0.713 NA Y NA
 5593887 5593888 RC1_1274 RC1_1275 fixI fixH TRUE 0.997 -3.000 0.206 NA Y NA
 5593888 5593889 RC1_1275 RC1_1276 fixH fixG FALSE 0.457 26.000 0.000 NA N NA
 5593889 5593890 RC1_1276 RC1_1277 fixG ccoP FALSE 0.257 224.000 0.000 1.000 Y NA
 5593890 5593891 RC1_1277 RC1_1278 ccoP ccoQ TRUE 0.993 8.000 0.300 0.003   NA
 5593891 5593892 RC1_1278 RC1_1279 ccoQ ccoO TRUE 0.992 10.000 0.300 0.003   NA
 5593892 5593893 RC1_1279 RC1_1280 ccoO ccoN TRUE 0.998 14.000 0.800 0.003 N NA
 5593896 5593897 RC1_1283 RC1_1284     FALSE 0.021 1219.000 0.000 NA   NA
 5593897 5593898 RC1_1284 RC1_1285     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593898 5593899 RC1_1285 RC1_1286     TRUE 0.747 0.000 0.000 NA   NA
 5593899 5593900 RC1_1286 RC1_1287     FALSE 0.028 352.000 0.000 NA   NA
 5593900 5593901 RC1_1287 RC1_1288     FALSE 0.027 372.000 0.000 NA   NA
 5593901 5593902 RC1_1288 RC1_1289     TRUE 0.999 -10.000 1.000 NA   NA
 5593902 5593903 RC1_1289 RC1_1290     TRUE 0.974 62.000 0.500 NA   NA
 5593903 5593904 RC1_1290 RC1_1291     TRUE 0.998 -10.000 0.500 NA   NA
 5593904 5593905 RC1_1291 RC1_1292     TRUE 0.994 3.000 0.333 NA   NA
 5593905 5593906 RC1_1292 RC1_1293     TRUE 0.998 4.000 0.667 NA   NA
 5593906 5593907 RC1_1293 RC1_1294     FALSE 0.109 99.000 0.000 NA   NA
 5593907 5593908 RC1_1294 RC1_1295     FALSE 0.181 71.000 0.000 NA   NA
 5593908 5593909 RC1_1295 RC1_1297     FALSE 0.023 490.000 0.000 NA   NA
 5593910 5593911 RC1_1296 RC1_1298     FALSE 0.427 27.000 0.000 NA   NA
 5593912 5593913 RC1_1299 RC1_1300     TRUE 0.726 3.000 0.000 NA   NA
 5593913 5593914 RC1_1300 RC1_1301     TRUE 0.784 -7.000 0.000 NA   NA
 5593915 5593916 RC1_1302 RC1_1303   recJ FALSE 0.113 97.000 0.000 NA   NA
 5593916 5593917 RC1_1303 RC1_1304 recJ glpX TRUE 0.649 71.000 0.055 1.000 N NA
 5593917 5593918 RC1_1304 RC1_1305 glpX hom TRUE 0.718 89.000 0.112 1.000 N NA
 5593918 5593919 RC1_1305 RC1_1306 hom   TRUE 0.993 12.000 0.202 1.000 Y NA
 5593919 5593920 RC1_1306 RC1_1307     FALSE 0.125 90.000 0.000 NA   NA
 5593922 5593923 RC1_1309 RC1_1310     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593923 5593924 RC1_1310 RC1_1311   argC FALSE 0.306 42.000 0.000 NA   NA
 5593924 5593925 RC1_1311 RC1_1312 argC   FALSE 0.313 52.000 0.000 1.000 N NA
 5593925 5593926 RC1_1312 RC1_1313   rpsI FALSE 0.125 105.000 0.000 1.000 N NA
 5593926 5593927 RC1_1313 RC1_1314 rpsI rplM TRUE 0.997 5.000 0.231 0.013 Y NA
 5593930 5593931 RC1_1317 RC1_1318     TRUE 0.608 29.000 0.006 NA   NA
 5593931 5593932 RC1_1318 RC1_1319     TRUE 0.881 -3.000 0.004 NA   NA
 5593933 5593934 RC1_1320 RC1_1321   cutA TRUE 0.796 -3.000 0.000 NA N NA
 5593935 5593936 RC1_1322 RC1_1323 lolB   FALSE 0.073 133.000 0.000 NA   NA
 5593937 5593938 RC1_1324 RC1_1325     FALSE 0.026 388.000 0.000 NA   NA
 5593938 5593939 RC1_1325 RC1_1326   ihfA TRUE 0.997 8.000 0.535 1.000   NA
 5593939 5593940 RC1_1326 RC1_1327 ihfA fabH TRUE 0.717 146.000 0.207 1.000 N NA
 5593940 5593941 RC1_1327 RC1_1328 fabH plsX TRUE 0.999 0.000 0.380 0.004 Y NA
 5593941 5593942 RC1_1328 RC1_1329 plsX rpmF TRUE 0.967 62.000 0.418 1.000 N NA
 5593942 5593943 RC1_1329 RC1_1330 rpmF   TRUE 0.956 102.000 0.599 NA   NA
 5593943 5593944 RC1_1330 RC1_1331     TRUE 0.955 6.000 0.071 NA   NA
 5593946 5593947 RC1_1333 RC1_1334 hppA fliL FALSE 0.041 268.000 0.000 1.000   NA
 5593947 5593948 RC1_1334 RC1_1335 fliL thiL FALSE 0.187 117.000 0.006 1.000   NA
 5593948 5593949 RC1_1335 RC1_1336 thiL nusB TRUE 0.962 31.000 0.225 1.000 N NA
 5593949 5593950 RC1_1336 RC1_1337 nusB ribH TRUE 0.985 23.000 0.347 1.000 N NA
 5593950 5593951 RC1_1337 RC1_1338 ribH ribAB TRUE 0.905 30.000 0.006 0.003 Y NA
 5593951 5593952 RC1_1338 RC1_1339 ribAB ribE TRUE 0.978 -3.000 0.007 1.000 Y NA
 5593952 5593953 RC1_1339 RC1_1340 ribE ribD TRUE 0.981 82.000 0.456 1.000 Y NA
 5593953 5593954 RC1_1340 RC1_1341 ribD   TRUE 0.988 11.000 0.277 NA N NA
 5593954 5593955 RC1_1341 RC1_1342   glyA TRUE 0.708 29.000 0.015 NA N NA
 5593955 5593956 RC1_1342 RC1_1343 glyA rpiB TRUE 0.863 35.000 0.077 1.000 N NA
 5593958 5593959 RC1_1345 RC1_1346   expG TRUE 0.493 20.000 0.000 NA   NA
 5593959 5593960 RC1_1346 RC1_1347 expG mmsB TRUE 0.570 68.000 0.027 1.000 N NA
 5593960 5593961 RC1_1347 RC1_1348 mmsB   TRUE 0.849 65.000 0.041 1.000 Y NA
 5593961 5593962 RC1_1348 RC1_1349     TRUE 0.874 83.000 0.096 1.000 Y NA
 5593963 5593964 RC1_1350 RC1_1351     TRUE 0.652 9.000 0.000 NA   NA
 5593964 5593965 RC1_1351 RC1_1352     TRUE 0.995 10.000 0.446 1.000   NA
 5593965 5593966 RC1_1352 RC1_1353   hemB FALSE 0.239 95.000 0.005 1.000   NA
 5593966 5593967 RC1_1353 RC1_1354 hemB   FALSE 0.022 705.000 0.000 NA   NA
 5593968 5593969 RC1_1355 RC1_1356     FALSE 0.358 34.000 0.000 NA   NA
 5593969 5593970 RC1_1356 RC1_1357   ldc FALSE 0.205 65.000 0.000 NA   NA
 5593971 5593972 RC1_1358 RC1_1360 betB acyII FALSE 0.429 32.000 0.000 1.000   NA
 5593974 5593975 RC1_1361 RC1_1362 motB   FALSE 0.046 200.000 0.000 NA   NA
 5593975 5593976 RC1_1362 RC1_1363     TRUE 0.943 -3.000 0.024 NA   NA
 5593976 5593977 RC1_1363 RC1_1364     FALSE 0.266 85.000 0.005 NA   NA
 5593977 5593978 RC1_1364 RC1_1365     FALSE 0.254 53.000 0.000 NA   NA
 5593978 5593979 RC1_1365 RC1_1366     FALSE 0.328 38.000 0.000 NA   NA
 5593979 5593980 RC1_1366 RC1_1367     FALSE 0.240 56.000 0.000 NA   NA
 5593980 5593981 RC1_1367 RC1_1368     FALSE 0.035 330.000 0.000 1.000   NA
 5593981 5593982 RC1_1368 RC1_1369     FALSE 0.073 133.000 0.000 NA   NA
 5593984 5593985 RC1_1371 RC1_1372 parE   FALSE 0.397 35.000 0.000 1.000   NA
 5593986 5593987 RC1_1373 RC1_1374     FALSE 0.148 82.000 0.000 NA   NA
 5593987 5593988 RC1_1374 RC1_1375     FALSE 0.117 94.000 0.000 NA   NA
 5593989 5593990 RC1_1376 RC1_1377     TRUE 0.901 5.000 0.018 NA   NA
 5593990 5593991 RC1_1377 RC1_1378   ostA FALSE 0.098 105.000 0.000 NA   NA
 5593991 5593992 RC1_1378 RC1_1379 ostA   FALSE 0.185 82.000 0.000 1.000 N NA
 5593992 5593993 RC1_1379 RC1_1380     FALSE 0.077 122.000 0.000 NA   NA
 5593993 5593994 RC1_1380 RC1_1381     FALSE 0.107 100.000 0.000 NA   NA
 5593995 5593996 RC1_1382 RC1_1383     TRUE 0.985 -3.000 0.123 NA   NA
 5593996 5593997 RC1_1383 RC1_1384     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5593998 5593999 RC1_1385 RC1_1386     TRUE 0.598 89.000 0.000 0.003 Y NA
 5593999 5594000 RC1_1386 RC1_1387   flgF FALSE 0.045 262.000 0.000 1.000 N NA
 5594000 5594001 RC1_1387 RC1_1388 flgF flgG TRUE 0.992 13.000 0.163 0.002 Y NA
 5594001 5594002 RC1_1388 RC1_1389 flgG flgA TRUE 0.958 33.000 0.235 NA   NA
 5594002 5594003 RC1_1389 RC1_1390 flgA flgH TRUE 0.612 12.000 0.000 NA   NA
 5594004 5594005 RC1_1391 RC1_1392 dksA fliX TRUE 0.490 133.000 0.086 NA   NA
 5594006 5594007 RC1_1393 RC1_1394 flgI cheL TRUE 0.958 0.000 0.056 NA   NA
 5594007 5594008 RC1_1394 RC1_1395 cheL   FALSE 0.104 102.000 0.000 NA   NA
 5594010 5594011 RC1_1397 RC1_1398 fliK flgD TRUE 0.520 18.000 0.000 NA   NA
 5594011 5594012 RC1_1398 RC1_1399 flgD   FALSE 0.077 122.000 0.000 NA   NA
 5594013 5594014 RC1_1400 RC1_1401   engA FALSE 0.167 75.000 0.000 NA   NA
 5594014 5594015 RC1_1401 RC1_1402 engA   TRUE 0.980 12.000 0.203 NA   NA
 5594015 5594016 RC1_1402 RC1_1403     TRUE 0.988 -3.000 0.154 NA   NA
 5594016 5594017 RC1_1403 RC1_1404     FALSE 0.255 112.000 0.016 NA   NA
 5594017 5594018 RC1_1404 RC1_1405     FALSE 0.099 121.000 0.000 1.000 N NA
 5594020 5594021 RC1_1407 RC1_1408 narL   FALSE 0.022 833.000 0.000 NA   NA
 5594021 5594022 RC1_1408 RC1_1409     FALSE 0.060 162.000 0.000 NA   NA
 5594022 5594023 RC1_1409 RC1_1410     FALSE 0.304 51.000 0.000 1.000   NA
 5594026 5594027 RC1_1413 RC1_1414 nagA   FALSE 0.067 174.000 0.000 1.000   NA
 5594028 5594029 RC1_1415 RC1_1416 hyfI hyfG TRUE 0.999 11.000 0.631 0.003 Y NA
 5594029 5594030 RC1_1416 RC1_1417 hyfG hyfF TRUE 1.000 0.000 0.659 0.008 Y NA
 5594030 5594031 RC1_1417 RC1_1418 hyfF hyfE TRUE 0.999 27.000 0.864 NA Y NA
 5594031 5594032 RC1_1418 RC1_1419 hyfE hyfC TRUE 0.999 9.000 0.679 NA Y NA
 5594032 5594033 RC1_1419 RC1_1420 hyfC hyfB TRUE 0.999 -3.000 0.398 1.000 Y NA
 5594035 5594036 RC1_1422 RC1_1423 aspG   FALSE 0.046 202.000 0.000 NA   NA
 5594036 5594037 RC1_1423 RC1_1424   cheYIII TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5594038 5594039 RC1_1425 RC1_1426     FALSE 0.057 170.000 0.000 NA   NA
 5594039 5594040 RC1_1426 RC1_1427     TRUE 0.699 5.000 0.000 NA   NA
 5594040 5594041 RC1_1427 RC1_1428     FALSE 0.053 189.000 0.000 NA N NA
 5594041 5594042 RC1_1428 RC1_1429     FALSE 0.243 59.000 0.000 NA N NA
 5594042 5594043 RC1_1429 RC1_1430     TRUE 0.985 -3.000 0.125 NA N NA
 5594044 5594045 RC1_1431 RC1_1432 pssA   TRUE 0.999 0.000 0.466 1.000 Y NA
 5594046 5594047 RC1_1433 RC1_1434     FALSE 0.064 153.000 0.000 NA   NA
 5594047 5594048 RC1_1434 RC1_1435     TRUE 0.956 116.000 0.667 NA   NA
 5594048 5594049 RC1_1435 RC1_1436     FALSE 0.296 44.000 0.000 NA   NA
 5594049 5594050 RC1_1436 RC1_1437   rbn TRUE 0.992 -3.000 0.222 NA   NA
 5594051 5594052 RC1_1438 RC1_1439 hrpB   FALSE 0.145 83.000 0.000 NA   NA
 5594052 5594053 RC1_1439 RC1_1440     FALSE 0.408 29.000 0.000 NA   NA
 5594053 5594054 RC1_1440 RC1_1441     TRUE 0.913 -3.000 0.011 NA   NA
 5594054 5594055 RC1_1441 RC1_1442   metN TRUE 0.983 5.000 0.059 NA Y NA
 5594055 5594056 RC1_1442 RC1_1443 metN   TRUE 0.989 -40.000 0.059 NA Y NA
 5594058 5594059 RC1_1444 RC1_1446     TRUE 0.989 -3.000 0.051 1.000 Y NA
 5594059 5594060 RC1_1446 RC1_1447     TRUE 0.999 3.000 0.702 NA Y NA
 5594061 5594062 RC1_1448 RC1_1449     TRUE 0.996 -7.000 0.316 1.000   NA
 5594064 5594065 RC1_1451 RC1_1452   puuC FALSE 0.098 117.000 0.000 1.000   NA
 5594065 5594066 RC1_1452 RC1_1453 puuC clpP FALSE 0.203 76.000 0.000 1.000 N NA
 5594066 5594067 RC1_1453 RC1_1455 clpP   FALSE 0.157 87.000 0.000 1.000   NA
 5594068 5594069 RC1_1454 RC1_1456   aguA FALSE 0.343 36.000 0.000 NA   NA
 5594069 5594070 RC1_1456 RC1_1457 aguA potI FALSE 0.156 531.000 0.000 1.000 Y NA
 5594070 5594071 RC1_1457 RC1_1458 potI potH TRUE 0.995 4.000 0.152 0.031 Y NA
 5594071 5594072 RC1_1458 RC1_1459 potH potG TRUE 0.991 11.000 0.152 1.000 Y NA
 5594072 5594073 RC1_1459 RC1_1460 potG potF TRUE 0.987 102.000 0.667 1.000 Y NA
 5594073 5594074 RC1_1460 RC1_1461 potF   FALSE 0.040 300.000 0.000 1.000 N NA
 5594074 5594075 RC1_1461 RC1_1462     TRUE 0.775 -36.000 0.000 NA   NA
 5594076 5594077 RC1_1463 RC1_1464     FALSE 0.309 53.000 0.000 1.000 N NA
 5594079 5594080 RC1_1466 RC1_1467 puuA   FALSE 0.148 82.000 0.000 NA   NA
 5594080 5594081 RC1_1467 RC1_1468     TRUE 0.715 4.000 0.000 NA   NA
 5594082 5594083 RC1_1469 RC1_1470     FALSE 0.121 104.000 0.000 1.000   NA
 5594084 5594085 RC1_1471 RC1_1472     TRUE 0.644 10.000 0.000 NA   NA
 5594085 5594086 RC1_1472 RC1_1473     FALSE 0.065 152.000 0.000 NA   NA
 5594086 5594087 RC1_1473 RC1_1474   capD FALSE 0.044 271.000 0.000 1.000 N NA
 5594087 5594088 RC1_1474 RC1_1475 capD   FALSE 0.074 145.000 0.000 NA N NA
 5594088 5594089 RC1_1475 RC1_1476     TRUE 0.986 13.000 0.119 NA Y NA
 5594090 5594091 RC1_1477 RC1_1478     TRUE 0.581 14.000 0.000 NA   NA
 5594093 5594094 RC1_1480 RC1_1481   parC FALSE 0.070 152.000 0.000 NA N NA
 5594094 5594095 RC1_1481 RC1_1482 parC recO TRUE 0.983 -3.000 0.020 1.000 Y NA
 5594097 5594098 RC1_1484 RC1_1485     FALSE 0.021 1118.000 0.000 NA   NA
 5594098 5594099 RC1_1485 RC1_1486     FALSE 0.157 78.000 0.000 NA   NA
 5594100 5594101 RC1_1487 RC1_1488     FALSE 0.116 95.000 0.000 NA   NA
 5594101 5594102 RC1_1488 RC1_1489     TRUE 0.671 7.000 0.000 NA   NA
 5594102 5594103 RC1_1489 RC1_1490     TRUE 0.507 19.000 0.000 NA   NA
 5594103 5594104 RC1_1490 RC1_1491     FALSE 0.201 66.000 0.000 NA   NA
 5594104 5594105 RC1_1491 RC1_1492     FALSE 0.028 342.000 0.000 NA   NA
 5594106 5594107 RC1_1493 RC1_1494 era rnc TRUE 0.984 -3.000 0.098 0.031   NA
 5594107 5594108 RC1_1494 RC1_1495 rnc lepB TRUE 0.971 -3.000 0.062 1.000 N NA
 5594108 5594109 RC1_1495 RC1_1496 lepB acpS FALSE 0.402 162.000 0.070 1.000 N NA
 5594109 5594110 RC1_1496 RC1_1497 acpS pdxJ TRUE 0.996 -3.000 0.326 1.000 N NA
 5594110 5594111 RC1_1497 RC1_1498 pdxJ   TRUE 0.963 -3.000 0.050 NA   NA
 5594111 5594112 RC1_1498 RC1_1499     TRUE 0.864 36.000 0.086 NA   NA
 5594112 5594113 RC1_1499 RC1_1500   rpoZ TRUE 0.923 119.000 0.291 1.000 Y NA
 5594113 5594114 RC1_1500 RC1_1501 rpoZ folK TRUE 0.551 86.000 0.049 1.000 N NA
 5594115 5594116 RC1_1502 RC1_1503     TRUE 0.985 6.000 0.204 NA   NA
 5594117 5594118 RC1_1504 RC1_1505   ssrA FALSE 0.119 93.000 0.000 NA   NA
 5594118 5594119 RC1_1505 RC1_1506 ssrA dapA TRUE 0.872 26.000 0.058 1.000 N NA
 5594120 5594121 RC1_1507 RC1_1508     FALSE 0.030 304.000 0.000 NA   NA
 5594122 5594123 RC1_1509 RC1_1510     FALSE 0.083 116.000 0.000 NA   NA
 5594123 5594124 RC1_1510 RC1_1511     FALSE 0.132 87.000 0.000 NA   NA
 5594126 5594127 RC1_1513 RC1_1514     TRUE 0.754 4.000 0.000 1.000   NA
 5594127 5594128 RC1_1514 RC1_1515     FALSE 0.024 431.000 0.000 NA   NA
 5594128 5594129 RC1_1515 RC1_1516   gatA FALSE 0.052 181.000 0.000 NA   NA
 5594129 5594130 RC1_1516 RC1_1517 gatA gatC TRUE 1.000 0.000 0.643 0.001 Y NA
 5594131 5594132 RC1_1518 RC1_1519     TRUE 0.938 -3.000 0.017 1.000   NA
 5594134 5594135 RC1_1521 RC1_1522     FALSE 0.135 100.000 0.000 1.000 N NA
 5594137 5594138 RC1_1524 RC1_1525 pyrB pyrC' TRUE 0.997 16.000 0.452 1.000 Y NA
 5594138 5594139 RC1_1525 RC1_1526 pyrC'   TRUE 0.892 37.000 0.108 1.000   NA
 5594139 5594140 RC1_1526 RC1_1527   dprA TRUE 0.636 83.000 0.070 1.000   NA
 5594140 5594141 RC1_1527 RC1_1528 dprA topA TRUE 0.980 42.000 0.238 1.000 Y NA
 5594141 5594142 RC1_1528 RC1_1529 topA rnr FALSE 0.362 140.000 0.045 1.000 N NA
 5594142 5594143 RC1_1529 RC1_1530 rnr   FALSE 0.140 150.000 0.003 1.000 N NA
 5594143 5594144 RC1_1530 RC1_1531   rpmG FALSE 0.108 191.000 0.003 1.000 N NA
 5594145 5594146 RC1_1532 RC1_1533   divK TRUE 0.994 39.000 0.461 0.023 Y NA
 5594149 5594150 RC1_1536 RC1_1537     TRUE 0.990 -13.000 0.167 1.000 N NA
 5594154 5594155 RC1_1541 RC1_1542 rnd   FALSE 0.082 117.000 0.000 NA   NA
 5594156 5594157 RC1_1543 RC1_1544   ppk TRUE 0.986 17.000 0.149 NA Y NA
 5594158 5594159 RC1_1545 RC1_1546 sixA   FALSE 0.127 89.000 0.000 NA   NA
 5594160 5594161 RC1_1547 RC1_1548     TRUE 0.985 24.000 0.362 NA   NA
 5594161 5594162 RC1_1548 RC1_1549     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5594162 5594163 RC1_1549 RC1_1550     TRUE 0.644 10.000 0.000 NA   NA
 5594164 5594165 RC1_1551 RC1_1552 purM purN TRUE 0.998 -12.000 0.230 0.002 Y NA
 5594165 5594166 RC1_1552 RC1_1553 purN   FALSE 0.074 129.000 0.000 NA   NA
 5594168 5594169 RC1_1555 RC1_1556   pmtA FALSE 0.061 186.000 0.000 1.000   NA
 5594170 5594171 RC1_1557 RC1_1558     FALSE 0.180 80.000 0.000 1.000   NA
 5594172 5594173 RC1_1559 RC1_1560   gmk TRUE 0.817 113.000 0.276 NA   NA
 5594174 5594175 RC1_1561 RC1_1562 ksgA pdxA TRUE 0.989 0.000 0.197 1.000 N NA
 5594175 5594176 RC1_1562 RC1_1563 pdxA   TRUE 0.998 -3.000 0.561 1.000 N NA
 5594176 5594177 RC1_1563 RC1_1564     FALSE 0.154 88.000 0.000 1.000   NA
 5594177 5594178 RC1_1564 RC1_1565     TRUE 0.998 6.000 0.631 0.045   NA
 5594179 5594180 RC1_1566 RC1_1567 pepA holC TRUE 0.805 110.000 0.230 1.000 N NA
 5594181 5594182 RC1_1568 RC1_1569   fabF TRUE 0.969 12.000 0.134 NA   NA
 5594182 5594183 RC1_1569 RC1_1570 fabF acpP TRUE 0.853 97.000 0.106 1.000 Y NA
 5594183 5594184 RC1_1570 RC1_1571 acpP fabG TRUE 0.923 174.000 0.321 0.004 Y NA
 5594184 5594185 RC1_1571 RC1_1572 fabG fabD TRUE 0.996 26.000 0.432 0.004 Y NA
 5594186 5594187 RC1_1573 RC1_1574 rpsF rpsR TRUE 0.999 -3.000 0.319 0.013 Y NA
 5594187 5594188 RC1_1574 RC1_1575 rpsR rplI TRUE 0.997 26.000 0.499 0.013 Y NA
 5594188 5594189 RC1_1575 RC1_1576 rplI cfa FALSE 0.052 229.000 0.000 1.000 N NA
 5594189 5594190 RC1_1576 RC1_1577 cfa dnaB FALSE 0.111 113.000 0.000 1.000 N NA
 5594190 5594191 RC1_1577 RC1_1578 dnaB alr TRUE 0.939 -7.000 0.017 1.000 N NA
 5594191 5594192 RC1_1578 RC1_1579 alr   FALSE 0.199 132.000 0.012 NA N NA
 5594192 5594193 RC1_1579 RC1_1580   mkl TRUE 0.996 -3.000 0.178 NA Y NA
 5594194 5594195 RC1_1581 RC1_1582     FALSE 0.190 69.000 0.000 NA   NA
 5594196 5594197 RC1_1583 RC1_1584 radA cvpA TRUE 0.970 5.000 0.094 1.000   NA
 5594197 5594198 RC1_1584 RC1_1585 cvpA purF TRUE 0.850 50.000 0.101 1.000   NA
 5594198 5594199 RC1_1585 RC1_1586 purF   TRUE 0.640 102.000 0.100 1.000 N NA
 5594204 5594205 RC1_1591 RC1_1592     FALSE 0.079 119.000 0.000 NA   NA
 5594205 5594206 RC1_1592 RC1_1593   gabD FALSE 0.071 174.000 0.000 1.000 N NA
 5594206 5594207 RC1_1593 RC1_1594 gabD glmU FALSE 0.072 173.000 0.000 1.000 N NA
 5594213 5594214 RC1_1600 RC1_1601     TRUE 0.952 -3.000 0.034 NA   NA
 5594215 5594216 RC1_1602 RC1_1603 cysQ   FALSE 0.072 139.000 0.000 NA   NA
 5594216 5594217 RC1_1603 RC1_1604     FALSE 0.150 81.000 0.000 NA   NA
 5594217 5594218 RC1_1604 RC1_1605     FALSE 0.073 133.000 0.000 NA   NA
 5594219 5594220 RC1_1606 RC1_1607 prfB ompW FALSE 0.038 329.000 0.000 1.000 N NA
 5594220 5594221 RC1_1607 RC1_1608 ompW mrcA FALSE 0.260 219.000 0.000 1.000 Y NA
 5594221 5594222 RC1_1608 RC1_1609 mrcA amiB TRUE 0.944 151.000 0.396 1.000 Y NA
 5594222 5594223 RC1_1609 RC1_1610 amiB   FALSE 0.023 488.000 0.000 NA   NA
 5594224 5594225 RC1_1611 RC1_1612 rne   FALSE 0.089 143.000 0.000 1.000 N NA
 5594226 5594227 RC1_1613 RC1_1614   fdx TRUE 0.901 7.000 0.018 1.000 N NA
 5594227 5594228 RC1_1614 RC1_1615 fdx   FALSE 0.188 124.000 0.007 1.000   NA
 5594230 5594231 RC1_1616 RC1_1618 nifS   TRUE 0.954 26.000 0.168 NA N NA
 5594231 5594232 RC1_1618 RC1_1619   cysE TRUE 0.933 33.000 0.154 NA N NA
 5594237 5594238 RC1_1624 RC1_1625 glnE   TRUE 0.983 -3.000 0.020 1.000 Y NA
 5594239 5594240 RC1_1626 RC1_1627     FALSE 0.079 119.000 0.000 NA   NA
 5594240 5594241 RC1_1627 RC1_1628     FALSE 0.075 128.000 0.000 NA   NA
 5594242 5594243 RC1_1629 RC1_1630     FALSE 0.338 39.000 0.000 NA N NA
 5594245 5594246 RC1_1632 RC1_1633     FALSE 0.072 137.000 0.000 NA   NA
 5594248 5594249 RC1_1635 RC1_1636     FALSE 0.038 242.000 0.000 NA   NA
 5594250 5594251 RC1_1637 RC1_1638     FALSE 0.328 38.000 0.000 NA   NA
 5594253 5594254 RC1_1640 RC1_1641 macB   TRUE 0.996 -3.000 0.163 NA Y NA
 5594254 5594255 RC1_1641 RC1_1642     TRUE 0.977 3.000 0.104 1.000 N NA
 5594255 5594256 RC1_1642 RC1_1643     FALSE 0.031 300.000 0.000 NA   NA
 5594256 5594257 RC1_1643 RC1_1644     FALSE 0.027 365.000 0.000 NA   NA
 5594257 5594258 RC1_1644 RC1_1645     TRUE 0.864 66.000 0.154 1.000   NA
 5594258 5594259 RC1_1645 RC1_1646   maf TRUE 0.972 11.000 0.133 NA N NA
 5594259 5594260 RC1_1646 RC1_1647 maf infA TRUE 0.975 16.000 0.207 NA N NA
 5594260 5594261 RC1_1647 RC1_1648 infA   TRUE 0.787 150.000 0.293 NA N NA
 5594261 5594262 RC1_1648 RC1_1649     TRUE 0.998 9.000 0.768 NA   NA
 5594262 5594263 RC1_1649 RC1_1650   hisD TRUE 0.976 11.000 0.157 NA   NA
 5594263 5594264 RC1_1650 RC1_1651 hisD hisG TRUE 0.998 -10.000 0.254 0.003 Y NA
 5594264 5594265 RC1_1651 RC1_1652 hisG   FALSE 0.061 160.000 0.000 NA   NA
 5594265 5594266 RC1_1652 RC1_1653   murA TRUE 0.852 61.000 0.138 NA   NA
 5594266 5594267 RC1_1653 RC1_1654 murA dcd FALSE 0.263 123.000 0.017 1.000 N NA
 5594267 5594268 RC1_1654 RC1_1655 dcd   FALSE 0.109 99.000 0.000 NA   NA
 5594274 5594275 RC1_1661 RC1_1663   rfaF TRUE 0.964 -3.000 0.000 NA Y NA
 5594276 5594277 RC1_1664 RC1_1665     FALSE 0.161 86.000 0.000 1.000   NA
 5594277 5594278 RC1_1665 RC1_1666     FALSE 0.068 147.000 0.000 NA   NA
 5594279 5594280 RC1_1667 RC1_1668 ppdK glyS FALSE 0.362 210.000 0.071 0.092 N NA
 5594280 5594281 RC1_1668 RC1_1669 glyS glyQ TRUE 0.999 3.000 0.651 0.001 Y NA
 5594281 5594282 RC1_1669 RC1_1670 glyQ   FALSE 0.048 192.000 0.000 NA   NA
 5594282 5594283 RC1_1670 RC1_1671     FALSE 0.062 158.000 0.000 NA   NA
 5594283 5594284 RC1_1671 RC1_1672   sohB FALSE 0.068 244.000 0.000 0.025   NA
 5594284 5594285 RC1_1672 RC1_1673 sohB   TRUE 0.783 16.000 0.009 1.000   NA
 5594285 5594286 RC1_1673 RC1_1674     TRUE 0.998 -3.000 0.525 1.000   NA
 5594287 5594288 RC1_1675 RC1_1676   ispB FALSE 0.350 35.000 0.000 NA   NA
 5594288 5594289 RC1_1676 RC1_1677 ispB   FALSE 0.066 150.000 0.000 NA   NA
 5594289 5594290 RC1_1677 RC1_1678     FALSE 0.055 175.000 0.000 NA   NA
 5594290 5594291 RC1_1678 RC1_1679     FALSE 0.026 383.000 0.000 NA   NA
 5594291 5594292 RC1_1679 RC1_1680     FALSE 0.052 181.000 0.000 NA   NA
 5594292 5594293 RC1_1680 RC1_1681     TRUE 0.812 -13.000 0.000 1.000   NA
 5594293 5594294 RC1_1681 RC1_1682     TRUE 0.764 3.000 0.000 1.000   NA
 5594294 5594295 RC1_1682 RC1_1683   pncA FALSE 0.080 150.000 0.000 1.000   NA
 5594296 5594297 RC1_1684 RC1_1685 guaD   TRUE 0.682 6.000 0.000 NA   NA
 5594298 5594299 RC1_1686 RC1_1687     TRUE 0.976 28.000 0.300 1.000   NA
 5594299 5594300 RC1_1687 RC1_1688   tetA FALSE 0.061 185.000 0.000 1.000   NA
 5594300 5594301 RC1_1688 RC1_1689 tetA   FALSE 0.048 206.000 0.000 NA N NA
 5594301 5594302 RC1_1689 RC1_1690     TRUE 0.999 -165.000 1.000 NA   NA
 5594303 5594304 RC1_1691 RC1_1692 clpA clpS TRUE 0.997 7.000 0.596 NA   NA
 5594304 5594305 RC1_1692 RC1_1693 clpS   FALSE 0.098 250.000 0.011 NA   NA
 5594306 5594307 RC1_1694 RC1_1695   dacA FALSE 0.023 774.000 0.000 NA N NA
 5594307 5594308 RC1_1695 RC1_1696 dacA   FALSE 0.152 80.000 0.000 NA   NA
 5594309 5594310 RC1_1697 RC1_1698 algC rkpK TRUE 0.757 18.000 0.007 1.000 N NA
 5594310 5594311 RC1_1698 RC1_1699 rkpK galU TRUE 0.976 72.000 0.333 1.000 Y NA
 5594311 5594312 RC1_1699 RC1_1700 galU   FALSE 0.080 149.000 0.000 1.000   NA
 5594312 5594313 RC1_1700 RC1_1701     TRUE 0.971 2.000 0.086 NA   NA
 5594314 5594315 RC1_1702 RC1_1703 aglA agmR FALSE 0.046 259.000 0.000 1.000 N NA
 5594315 5594316 RC1_1703 RC1_1704 agmR   FALSE 0.217 62.000 0.000 NA   NA
 5594319 5594320 RC1_1707 RC1_1708     TRUE 0.561 15.000 0.000 NA   NA
 5594320 5594321 RC1_1708 RC1_1709     TRUE 0.985 62.000 0.667 NA   NA
 5594321 5594322 RC1_1709 RC1_1710     FALSE 0.237 57.000 0.000 NA   NA
 5594325 5594326 RC1_1713 RC1_1714     FALSE 0.117 94.000 0.000 NA   NA
 5594326 5594327 RC1_1714 RC1_1715     TRUE 0.923 20.000 0.088 NA   NA
 5594327 5594328 RC1_1715 RC1_1716   wbpL FALSE 0.233 58.000 0.000 NA   NA
 5594328 5594329 RC1_1716 RC1_1717 wbpL   FALSE 0.031 454.000 0.000 1.000 N NA
 5594329 5594330 RC1_1717 RC1_1718   hss FALSE 0.086 148.000 0.000 1.000 N NA
 5594330 5594331 RC1_1718 RC1_1719 hss hisZ FALSE 0.045 264.000 0.000 1.000 N NA
 5594331 5594332 RC1_1719 RC1_1720 hisZ purA TRUE 0.839 76.000 0.161 1.000 N NA
 5594332 5594333 RC1_1720 RC1_1721 purA   FALSE 0.116 181.000 0.004 1.000   NA
 5594333 5594334 RC1_1721 RC1_1722     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 5594334 5594335 RC1_1722 RC1_1723     FALSE 0.270 50.000 0.000 NA   NA
 5594336 5594337 RC1_1724 RC1_1725 rpoH   FALSE 0.409 115.000 0.046 1.000 N NA
 5594338 5594339 RC1_1726 RC1_1727   ltaE FALSE 0.439 56.000 0.007 NA   NA
 5594339 5594340 RC1_1727 RC1_1728 ltaE   FALSE 0.289 45.000 0.000 NA   NA
 5594341 5594342 RC1_1729 RC1_1730     TRUE 0.545 16.000 0.000 NA   NA
 5594342 5594343 RC1_1730 RC1_1731     TRUE 0.962 198.000 1.000 NA   NA
 5594343 5594344 RC1_1731 RC1_1732     FALSE 0.028 348.000 0.000 NA   NA
 5594349 5594350 RC1_1737 RC1_1738     FALSE 0.069 145.000 0.000 NA   NA
 5594350 5594351 RC1_1738 RC1_1739     FALSE 0.059 165.000 0.000 NA   NA
 5594351 5594352 RC1_1739 RC1_1740     TRUE 0.983 137.000 0.743 NA Y NA
 5594352 5594353 RC1_1740 RC1_1741     TRUE 0.998 -3.000 0.314 NA Y NA
 5594354 5594355 RC1_1742 RC1_1743   fadJ FALSE 0.052 181.000 0.000 NA   NA
 5594355 5594356 RC1_1743 RC1_1744 fadJ fadA TRUE 0.953 22.000 0.045 1.000 Y NA
 5594356 5594357 RC1_1744 RC1_1745 fadA ybaN FALSE 0.033 278.000 0.000 NA   NA
 5594358 5594359 RC1_1746 RC1_1747 hexR glgB TRUE 0.599 17.000 0.000 1.000 N NA
 5594359 5594360 RC1_1747 RC1_1748 glgB malQ FALSE 0.384 167.000 0.000 0.004 Y NA
 5594360 5594361 RC1_1748 RC1_1749 malQ   TRUE 0.509 23.000 0.000 1.000   NA
 5594362 5594363 RC1_1750 RC1_1751   fliI TRUE 0.912 29.000 0.105 NA   NA
 5594364 5594365 RC1_1752 RC1_1753 ctrA   FALSE 0.202 69.000 0.000 NA N NA
 5594366 5594367 RC1_1754 RC1_1755 cheR cheB TRUE 0.993 -3.000 0.085 1.000 Y NA
 5594367 5594368 RC1_1755 RC1_1756 cheB cheY TRUE 0.992 23.000 0.268 0.022 Y NA
 5594368 5594369 RC1_1756 RC1_1757 cheY cheW TRUE 0.980 30.000 0.167 1.000 Y NA
 5594369 5594370 RC1_1757 RC1_1758 cheW cheAY TRUE 0.987 -3.000 0.024 0.019 Y NA
 5594370 5594371 RC1_1758 RC1_1759 cheAY   FALSE 0.360 207.000 0.085 NA   NA
 5594374 5594375 RC1_1762 RC1_1763 moaA   FALSE 0.354 44.000 0.000 1.000 N NA
 5594377 5594378 RC1_1765 RC1_1767 aspA   TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5594379 5594380 RC1_1766 RC1_1768     FALSE 0.060 163.000 0.000 NA   NA
 5594381 5594382 RC1_1769 RC1_1770     FALSE 0.150 81.000 0.000 NA   NA
 5594382 5594383 RC1_1770 RC1_1771   nfeD TRUE 0.996 13.000 0.313 NA Y NA
 5594384 5594385 RC1_1772 RC1_1773     FALSE 0.048 193.000 0.000 NA   NA
 5594385 5594386 RC1_1773 RC1_1774     FALSE 0.054 177.000 0.000 NA   NA
 5594392 5594393 RC1_1780 RC1_1781 torR putA FALSE 0.081 155.000 0.000 1.000 N NA
 5594395 5594396 RC1_1783 RC1_1784     FALSE 0.061 161.000 0.000 NA   NA
 5594396 5594397 RC1_1784 RC1_1785     FALSE 0.136 86.000 0.000 NA   NA
 5594397 5594398 RC1_1785 RC1_1786   serA FALSE 0.091 124.000 0.000 1.000   NA
 5594398 5594399 RC1_1786 RC1_1787 serA   FALSE 0.315 40.000 0.000 NA   NA
 5594401 5594402 RC1_1788 RC1_1790 serC   FALSE 0.047 195.000 0.000 NA   NA
 5594402 5594403 RC1_1790 RC1_1791     FALSE 0.054 176.000 0.000 NA   NA
 5594403 5594404 RC1_1791 RC1_1792     TRUE 0.677 11.000 0.000 1.000   NA
 5594404 5594405 RC1_1792 RC1_1793   thiD TRUE 0.815 -3.000 0.000 1.000   NA
 5594405 5594406 RC1_1793 RC1_1794 thiD glmM FALSE 0.293 105.000 0.014 1.000 N NA
 5594406 5594407 RC1_1794 RC1_1795 glmM folP TRUE 0.896 79.000 0.260 1.000 N NA
 5594407 5594408 RC1_1795 RC1_1796 folP ftsH TRUE 0.824 156.000 0.325 1.000 N NA
 5594408 5594409 RC1_1796 RC1_1797 ftsH tilS TRUE 0.748 104.000 0.145 0.091 N NA
 5594409 5594410 RC1_1797 RC1_1798 tilS   TRUE 0.979 -9.000 0.085 1.000   NA
 5594410 5594411 RC1_1798 RC1_1799   omp16 TRUE 0.624 186.000 0.199 1.000   NA
 5594411 5594412 RC1_1799 RC1_1800 omp16 tolB TRUE 0.931 151.000 0.592 1.000 N NA
 5594412 5594413 RC1_1800 RC1_1801 tolB tonB TRUE 0.892 0.000 0.010 NA   NA
 5594413 5594414 RC1_1801 RC1_1802 tonB exbD TRUE 0.754 43.000 0.049 NA   NA
 5594414 5594415 RC1_1802 RC1_1803 exbD tolQ TRUE 0.996 5.000 0.220 0.041 Y NA
 5594415 5594416 RC1_1803 RC1_1804 tolQ   TRUE 0.994 24.000 0.593 1.000   NA
 5594416 5594417 RC1_1804 RC1_1805   ruvB TRUE 0.978 -7.000 0.082 1.000   NA
 5594417 5594418 RC1_1805 RC1_1806 ruvB ruvA TRUE 0.999 -3.000 0.549 0.002 Y NA
 5594418 5594419 RC1_1806 RC1_1807 ruvA ruvC TRUE 0.979 92.000 0.451 0.006 Y NA
 5594419 5594420 RC1_1807 RC1_1808 ruvC   TRUE 0.831 19.000 0.027 NA   NA
 5594420 5594421 RC1_1808 RC1_1809     FALSE 0.282 143.000 0.031 NA   NA
 5594421 5594422 RC1_1809 RC1_1810     TRUE 0.715 4.000 0.000 NA   NA
 5594422 5594423 RC1_1810 RC1_1811     FALSE 0.031 296.000 0.000 NA   NA
 5594423 5594424 RC1_1811 RC1_1812     TRUE 0.715 4.000 0.000 NA   NA
 5594424 5594425 RC1_1812 RC1_1813     FALSE 0.093 109.000 0.000 NA   NA
 5594425 5594426 RC1_1813 RC1_1814     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5594426 5594427 RC1_1814 RC1_1815     TRUE 0.964 -3.000 0.000 NA Y NA
 5594430 5594431 RC1_1818 RC1_1819 gap   FALSE 0.122 91.000 0.000 NA   NA
 5594433 5594434 RC1_1821 RC1_1822   fbaB FALSE 0.093 109.000 0.000 NA   NA
 5594434 5594435 RC1_1822 RC1_1824 fbaB thiE FALSE 0.350 119.000 0.036 1.000 N NA
 5594438 5594439 RC1_1826 RC1_1827 motB   TRUE 0.996 4.000 0.432 NA   NA
 5594439 5594440 RC1_1827 RC1_1828     FALSE 0.062 157.000 0.000 NA   NA
 5594440 5594441 RC1_1828 RC1_1829   suhB FALSE 0.094 131.000 0.000 1.000 N NA
 5594441 5594442 RC1_1829 RC1_1830 suhB efp FALSE 0.201 284.000 0.047 1.000 N NA
 5594443 5594444 RC1_1831 RC1_1832 livH livM TRUE 0.999 5.000 0.406 0.030 Y NA
 5594444 5594445 RC1_1832 RC1_1833 livM livG TRUE 0.999 0.000 0.386 1.000 Y NA
 5594445 5594446 RC1_1833 RC1_1834 livG livF TRUE 1.000 -3.000 0.881 0.015 Y NA
 5594447 5594448 RC1_1835 RC1_1836     FALSE 0.040 291.000 0.000 1.000 N NA
 5594448 5594449 RC1_1836 RC1_1837     FALSE 0.091 140.000 0.000 1.000 N NA
 5594453 5594454 RC1_1841 RC1_1842     TRUE 0.964 -3.000 0.000 NA Y NA
 5594454 5594455 RC1_1842 RC1_1843   prpE FALSE 0.100 120.000 0.000 1.000 N NA
 5594457 5594458 RC1_1845 RC1_1846   bdhA FALSE 0.134 97.000 0.000 1.000   NA
 5594458 5594459 RC1_1846 RC1_1847 bdhA   FALSE 0.087 113.000 0.000 NA   NA
 5594461 5594462 RC1_1849 RC1_1850 purK purE TRUE 0.996 5.000 0.201 0.001 Y NA
 5594462 5594463 RC1_1850 RC1_1851 purE   FALSE 0.414 106.000 0.044 NA   NA
 5594464 5594465 RC1_1852 RC1_1853     TRUE 0.699 36.000 0.022 NA   NA
 5594465 5594466 RC1_1853 RC1_1854     FALSE 0.190 69.000 0.000 NA   NA
 5594467 5594468 RC1_1855 RC1_1856   ubiX FALSE 0.074 131.000 0.000 NA   NA
 5594470 5594471 RC1_1858 RC1_1859     FALSE 0.198 153.000 0.016 NA   NA
 5594472 5594473 RC1_1860 RC1_1861     FALSE 0.044 211.000 0.000 NA   NA
 5594474 5594475 RC1_1862 RC1_1863     FALSE 0.321 39.000 0.000 NA   NA
 5594475 5594476 RC1_1863 RC1_1864     FALSE 0.075 143.000 0.000 NA N NA
 5594476 5594477 RC1_1864 RC1_1865   fumC FALSE 0.133 90.000 0.000 NA N NA
 5594478 5594479 RC1_1866 RC1_1867     FALSE 0.057 171.000 0.000 NA   NA
 5594480 5594481 RC1_1868 RC1_1869     FALSE 0.107 100.000 0.000 NA   NA
 5594481 5594482 RC1_1869 RC1_1870     FALSE 0.082 117.000 0.000 NA   NA
 5594482 5594483 RC1_1870 RC1_1871     FALSE 0.358 34.000 0.000 NA   NA
 5594483 5594484 RC1_1871 RC1_1872     FALSE 0.064 154.000 0.000 NA   NA
 5594485 5594486 RC1_1873 RC1_1874 efp   FALSE 0.044 269.000 0.000 1.000 N NA
 5594486 5594487 RC1_1874 RC1_1875   dps FALSE 0.140 98.000 0.000 1.000 N NA
 5594487 5594488 RC1_1875 RC1_1876 dps dps FALSE 0.297 238.000 0.000 0.001 Y NA
 5594489 5594490 RC1_1877 RC1_1878     FALSE 0.083 116.000 0.000 NA   NA
 5594490 5594491 RC1_1878 RC1_1879     FALSE 0.057 197.000 0.000 1.000   NA
 5594491 5594492 RC1_1879 RC1_1880   aatA FALSE 0.150 735.000 0.000 1.000 Y NA
 5594492 5594493 RC1_1880 RC1_1881 aatA uvrB FALSE 0.030 489.000 0.000 1.000 N NA
 5594493 5594494 RC1_1881 RC1_1882 uvrB   TRUE 0.699 5.000 0.000 NA   NA
 5594497 5594498 RC1_1885 RC1_1886 uvrC pgsA TRUE 0.804 109.000 0.227 1.000 N NA
 5594498 5594499 RC1_1886 RC1_1887 pgsA   FALSE 0.058 167.000 0.000 NA   NA
 5594499 5594500 RC1_1887 RC1_1888   moaD FALSE 0.101 104.000 0.000 NA   NA
 5594500 5594501 RC1_1888 RC1_1889 moaD moaE TRUE 0.999 9.000 0.501 0.003 Y NA
 5594501 5594502 RC1_1889 RC1_1890 moaE pleC FALSE 0.135 100.000 0.000 1.000 N NA
 5594504 5594505 RC1_1892 RC1_1893 petP ompR TRUE 0.956 129.000 0.392 0.065 Y NA
 5594505 5594506 RC1_1893 RC1_1894 ompR   TRUE 0.999 12.000 0.592 1.000 Y NA
 5594507 5594508 RC1_1895 RC1_1896     TRUE 0.686 117.000 0.160 NA   NA
 5594508 5594509 RC1_1896 RC1_1897   ybaK FALSE 0.136 173.000 0.008 NA   NA
 5594509 5594510 RC1_1897 RC1_1898 ybaK proC TRUE 0.581 14.000 0.000 NA   NA
 5594510 5594511 RC1_1898 RC1_1899 proC   TRUE 0.906 83.000 0.308 NA   NA
 5594511 5594512 RC1_1899 RC1_1900     FALSE 0.250 328.000 0.080 NA   NA
 5594513 5594514 RC1_1901 RC1_1902 rfaD lgt TRUE 0.953 13.000 0.013 1.000 Y NA
 5594514 5594515 RC1_1902 RC1_1903 lgt   TRUE 0.990 -3.000 0.170 NA   NA
 5594515 5594516 RC1_1903 RC1_1904     FALSE 0.418 206.000 0.107 NA   NA
 5594516 5594517 RC1_1904 RC1_1906   prs FALSE 0.098 278.000 0.013 NA   NA
 5594519 5594520 RC1_1907 RC1_1908   pth TRUE 0.999 7.000 0.496 0.020 Y NA
 5594520 5594521 RC1_1908 RC1_1909 pth   FALSE 0.083 116.000 0.000 NA   NA
 5594521 5594522 RC1_1909 RC1_1910     TRUE 0.734 2.000 0.000 NA   NA
 5594522 5594523 RC1_1910 RC1_1911     FALSE 0.067 149.000 0.000 NA   NA
 5594525 5594526 RC1_1913 RC1_1914 proA nadD TRUE 0.990 -3.000 0.170 1.000 N NA
 5594526 5594527 RC1_1914 RC1_1915 nadD   TRUE 0.992 -10.000 0.221 NA   NA
 5594527 5594528 RC1_1915 RC1_1916     TRUE 0.968 35.000 0.307 NA   NA
 5594528 5594529 RC1_1916 RC1_1917     FALSE 0.068 146.000 0.000 NA   NA
 5594529 5594530 RC1_1917 RC1_1918     FALSE 0.045 205.000 0.000 NA   NA
 5594530 5594531 RC1_1918 RC1_1919   lpxB TRUE 0.715 4.000 0.000 NA   NA
 5594531 5594532 RC1_1919 RC1_1920 lpxB   TRUE 0.959 -3.000 0.040 1.000   NA
 5594532 5594533 RC1_1920 RC1_1921     TRUE 0.552 17.000 0.000 NA N NA
 5594533 5594534 RC1_1921 RC1_1922     FALSE 0.423 106.000 0.047 NA   NA
 5594536 5594537 RC1_1924 RC1_1925     TRUE 0.973 6.000 0.118 NA   NA
 5594537 5594538 RC1_1925 RC1_1926     TRUE 0.988 0.000 0.176 NA   NA
 5594538 5594539 RC1_1926 RC1_1927     TRUE 0.999 -3.000 0.750 NA   NA
 5594539 5594540 RC1_1927 RC1_1928     TRUE 0.903 37.000 0.125 NA   NA
 5594540 5594541 RC1_1928 RC1_1929     TRUE 0.585 140.000 0.125 NA   NA
 5594541 5594542 RC1_1929 RC1_1930   cas2 TRUE 0.990 21.000 0.433 NA   NA
 11430549 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3248.000 0.000 NA   NA
 11572912 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3248.000 0.000 NA   NA
 11715304 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3248.000 0.000 NA   NA
 11430550 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3284.000 0.000 NA   NA
 11572913 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3284.000 0.000 NA   NA
 11715305 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3284.000 0.000 NA   NA
 11430551 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3322.000 0.000 NA   NA
 11572914 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3322.000 0.000 NA   NA
 11715306 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3322.000 0.000 NA   NA
 11430552 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3358.000 0.000 NA   NA
 11572915 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3358.000 0.000 NA   NA
 11715307 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3358.000 0.000 NA   NA
 11430553 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3397.000 0.000 NA   NA
 11572916 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3397.000 0.000 NA   NA
 11715308 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3397.000 0.000 NA   NA
 11430554 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3433.000 0.000 NA   NA
 11572917 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3433.000 0.000 NA   NA
 11715309 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3433.000 0.000 NA   NA
 11430555 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3473.000 0.000 NA   NA
 11572918 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3473.000 0.000 NA   NA
 11715310 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3473.000 0.000 NA   NA
 11430556 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3509.000 0.000 NA   NA
 11572919 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3509.000 0.000 NA   NA
 11715311 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3509.000 0.000 NA   NA
 11430557 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3548.000 0.000 NA   NA
 11572920 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3548.000 0.000 NA   NA
 11715312 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3548.000 0.000 NA   NA
 11430558 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3584.000 0.000 NA   NA
 11572921 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3584.000 0.000 NA   NA
 11715313 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3584.000 0.000 NA   NA
 11430559 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3623.000 0.000 NA   NA
 11572922 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3623.000 0.000 NA   NA
 11715314 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3623.000 0.000 NA   NA
 11430560 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3659.000 0.000 NA   NA
 11572923 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3659.000 0.000 NA   NA
 11715315 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3659.000 0.000 NA   NA
 11430561 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3697.000 0.000 NA   NA
 11572924 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3697.000 0.000 NA   NA
 11715316 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3697.000 0.000 NA   NA
 11430562 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3733.000 0.000 NA   NA
 11572925 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3733.000 0.000 NA   NA
 11715317 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3733.000 0.000 NA   NA
 11430563 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3770.000 0.000 NA   NA
 11572926 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3770.000 0.000 NA   NA
 11715318 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3770.000 0.000 NA   NA
 11430564 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3806.000 0.000 NA   NA
 11572927 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3806.000 0.000 NA   NA
 11715319 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3806.000 0.000 NA   NA
 11430565 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3846.000 0.000 NA   NA
 11572928 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3846.000 0.000 NA   NA
 11715320 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3846.000 0.000 NA   NA
 11430566 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3882.000 0.000 NA   NA
 11572929 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3882.000 0.000 NA   NA
 11715321 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3882.000 0.000 NA   NA
 11430567 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3922.000 0.000 NA   NA
 11572930 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3922.000 0.000 NA   NA
 11715322 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3922.000 0.000 NA   NA
 11430568 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3958.000 0.000 NA   NA
 11572931 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3958.000 0.000 NA   NA
 11715323 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3958.000 0.000 NA   NA
 11430569 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3998.000 0.000 NA   NA
 11572932 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3998.000 0.000 NA   NA
 11715324 5594539   RC1_1927     FALSE NA 3998.000 0.000 NA   NA
 11430570 5594539   RC1_1927     FALSE NA 4034.000 0.000 NA   NA
 11572933 5594539   RC1_1927     FALSE NA 4034.000 0.000 NA   NA
 11715325 5594539   RC1_1927     FALSE NA 4034.000 0.000 NA   NA
 11430571 5594539   RC1_1927     FALSE NA 4071.000 0.000 NA   NA
 11572934 5594539   RC1_1927     FALSE NA 4071.000 0.000 NA   NA
 11715326 5594539   RC1_1927     FALSE NA 4071.000 0.000 NA   NA
 5594543 5594544 RC1_1931 RC1_1932     FALSE 0.034 268.000 0.000 NA   NA
 5594544 5594545 RC1_1932 RC1_1933     TRUE 0.501 93.000 0.000 NA Y NA
 5594545 5594546 RC1_1933 RC1_1934     TRUE 0.796 -3.000 0.000 NA N NA
 5594546 5594547 RC1_1934 RC1_1935     FALSE 0.061 160.000 0.000 NA   NA
 5594547 5594548 RC1_1935 RC1_1936   wrbA TRUE 0.901 78.000 0.286 NA   NA
 5594549 5594550 RC1_1937 RC1_1938     FALSE 0.080 127.000 0.000 NA N NA
 5594553 5594554 RC1_1941 RC1_1942     FALSE 0.069 144.000 0.000 NA   NA
 5594556 5594557 RC1_1944 RC1_1945     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5594557 5594558 RC1_1945 RC1_1946     FALSE 0.113 97.000 0.000 NA   NA
 5594558 5594559 RC1_1946 RC1_1947     TRUE 0.564 154.000 0.031 1.000 Y NA
 5594559 5594560 RC1_1947 RC1_1948   fadA TRUE 0.884 53.000 0.042 1.000 Y NA
 5594560 5594561 RC1_1948 RC1_1949 fadA   TRUE 0.859 144.000 0.353 1.000 N NA
 5594563 5594564 RC1_1951 RC1_1952   rbsK FALSE 0.046 259.000 0.000 1.000 N NA
 5594565 5594566 RC1_1953 RC1_1954 pepN   TRUE 0.774 -82.000 0.000 NA   NA
 5594567 5594568 RC1_1955 RC1_1956     FALSE 0.058 167.000 0.000 NA   NA
 5594568 5594569 RC1_1956 RC1_1957     FALSE 0.244 113.000 0.012 1.000   NA
 5594573 5594574 RC1_1961 RC1_1962     FALSE 0.045 204.000 0.000 NA   NA
 5594574 5594575 RC1_1962 RC1_1963     FALSE 0.302 43.000 0.000 NA   NA
 5594575 5594576 RC1_1963 RC1_1964   rodA FALSE 0.065 152.000 0.000 NA   NA
 5594576 5594577 RC1_1964 RC1_1965 rodA mrdA TRUE 0.981 -3.000 0.094 1.000 N NA
 5594577 5594578 RC1_1965 RC1_1966 mrdA mreD TRUE 0.985 5.000 0.169 1.000   NA
 5594578 5594579 RC1_1966 RC1_1967 mreD mreC TRUE 0.897 12.000 0.016 0.002   NA
 5594579 5594580 RC1_1967 RC1_1968 mreC mreB TRUE 0.977 87.000 0.689 1.000 N NA
 5594580 5594581 RC1_1968 RC1_1969 mreB leuA FALSE 0.066 361.000 0.005 1.000 N NA
 5594581 5594582 RC1_1969 RC1_1970 leuA   FALSE 0.071 140.000 0.000 NA   NA
 5594582 5594583 RC1_1970 RC1_1971     FALSE 0.051 183.000 0.000 NA   NA
 5594583 5594584 RC1_1971 RC1_1972     FALSE 0.177 72.000 0.000 NA   NA
 5594584 5594585 RC1_1972 RC1_1973   ilvC FALSE 0.043 215.000 0.000 NA   NA
 5594585 5594586 RC1_1973 RC1_1974 ilvC ilvH TRUE 0.557 179.000 0.026 0.001 Y NA
 5594586 5594587 RC1_1974 RC1_1975 ilvH ilvI TRUE 0.940 74.000 0.146 0.001 Y NA
 5594590 5594591 RC1_1978 RC1_1979   serB FALSE 0.163 76.000 0.000 NA   NA
 5594592 5594593 RC1_1980 RC1_1981 degP   TRUE 0.584 165.000 0.150 NA   NA
 5594593 5594594 RC1_1981 RC1_1982   hflC TRUE 0.858 128.000 0.348 NA   NA
 5594594 5594595 RC1_1982 RC1_1983 hflC hflK TRUE 1.000 12.000 0.947 0.009 Y NA
 5594596 5594597 RC1_1984 RC1_1985     FALSE 0.063 155.000 0.000 NA   NA
 5594598 5594599 RC1_1986 RC1_1987   cbs TRUE 0.964 47.000 0.133 0.013 Y NA
 5594599 5594600 RC1_1987 RC1_1988 cbs   FALSE 0.082 117.000 0.000 NA   NA
 5594600 5594601 RC1_1988 RC1_1989   folA FALSE 0.468 22.000 0.000 NA   NA
 5594601 5594602 RC1_1989 RC1_1990 folA   FALSE 0.058 193.000 0.000 1.000   NA
 5594602 5594603 RC1_1990 RC1_1991     FALSE 0.042 219.000 0.000 NA   NA
 5594603 5594604 RC1_1991 RC1_1992     FALSE 0.058 168.000 0.000 NA   NA
 5594604 5594605 RC1_1992 RC1_1993     FALSE 0.040 280.000 0.000 1.000   NA
 5594605 5594606 RC1_1993 RC1_1994     FALSE 0.077 122.000 0.000 NA   NA
 5594606 5594607 RC1_1994 RC1_1995     FALSE 0.310 41.000 0.000 NA   NA
 5594607 5594608 RC1_1995 RC1_1996     FALSE 0.064 153.000 0.000 NA   NA
 5594608 5594609 RC1_1996 RC1_1997     FALSE 0.060 162.000 0.000 NA   NA
 5594609 5594610 RC1_1997 RC1_1998     FALSE 0.367 33.000 0.000 NA   NA
 5594610 5594611 RC1_1998 RC1_1999     FALSE 0.042 224.000 0.000 NA   NA
 5594611 5594612 RC1_1999 RC1_2000     FALSE 0.468 22.000 0.000 NA   NA
 5594615 5594616 RC1_2003 RC1_2004 ssrA   FALSE 0.221 61.000 0.000 NA   NA
 5594616 5594617 RC1_2004 RC1_2005     TRUE 0.832 14.000 0.016 NA   NA
 5594618 5594619 RC1_2006 RC1_2007 rpoD dnaG TRUE 0.738 193.000 0.299 1.000 N NA
 5594619 5594620 RC1_2007 RC1_2008 dnaG   TRUE 0.516 194.000 0.137 1.000   NA
 5594620 5594621 RC1_2008 RC1_2009     FALSE 0.083 116.000 0.000 NA   NA
 5594624 5594625 RC1_2012 RC1_2013     FALSE 0.142 84.000 0.000 NA   NA
 5594625 5594626 RC1_2013 RC1_2014   carB FALSE 0.041 225.000 0.000 NA   NA
 5594626 5594627 RC1_2014 RC1_2015 carB greA TRUE 0.831 104.000 0.241 1.000 N NA
 5594627 5594628 RC1_2015 RC1_2016 greA chrA FALSE 0.096 126.000 0.000 1.000 N NA
 5594630 5594631 RC1_2018 RC1_2019     TRUE 0.742 108.000 0.182 NA   NA
 5594631 5594632 RC1_2019 RC1_2020     TRUE 0.958 40.000 0.286 NA   NA
 5594632 5594633 RC1_2020 RC1_2021   yjfL FALSE 0.249 54.000 0.000 NA   NA
 5594633 5594634 RC1_2021 RC1_2022 yjfL   TRUE 0.926 108.000 0.470 NA   NA
 5594634 5594635 RC1_2022 RC1_2023     TRUE 0.959 5.000 0.073 NA   NA
 5594637 5594638 RC1_2025 RC1_2026     FALSE 0.059 387.000 0.004 1.000   NA
 5594638 5594639 RC1_2026 RC1_2027     TRUE 0.619 54.000 0.023 1.000   NA
 5594639 5594640 RC1_2027 RC1_2028     TRUE 0.998 9.000 0.722 NA   NA
 5594640 5594641 RC1_2028 RC1_2029   cfa TRUE 0.780 107.000 0.213 NA   NA
 5594641 5594642 RC1_2029 RC1_2030 cfa   TRUE 0.773 73.000 0.111 NA N NA
 5594642 5594643 RC1_2030 RC1_2031     TRUE 0.994 3.000 0.323 NA   NA
 5594643 5594644 RC1_2031 RC1_2032   prmA FALSE 0.073 135.000 0.000 NA   NA
 5594644 5594645 RC1_2032 RC1_2033 prmA   FALSE 0.357 108.000 0.027 1.000 N NA
 5594646 5594647 RC1_2034 RC1_2035 pepF   FALSE 0.080 149.000 0.000 1.000   NA
 5594647 5594648 RC1_2035 RC1_2036     FALSE 0.078 152.000 0.000 1.000   NA
 5594650 5594651 RC1_2038 RC1_2039     FALSE 0.054 176.000 0.000 NA   NA
 5594653 5594654 RC1_2041 RC1_2042     TRUE 0.999 -3.000 0.667 NA   NA
 5594656 5594657 RC1_2044 RC1_2045     FALSE 0.427 27.000 0.000 NA   NA
 5594659 5594660 RC1_2047 RC1_2048 cstS2   FALSE 0.065 151.000 0.000 NA   NA
 5594660 5594661 RC1_2048 RC1_2049     FALSE 0.073 132.000 0.000 NA   NA
 5594661 5594662 RC1_2049 RC1_2050   metF TRUE 0.533 17.000 0.000 NA   NA
 5594662 5594663 RC1_2050 RC1_2051 metF   TRUE 0.990 -3.000 0.160 1.000 N NA
 5594664 5594665 RC1_2052 RC1_2053     TRUE 0.638 81.000 0.070 NA N NA
 5594665 5594666 RC1_2053 RC1_2054     FALSE 0.070 142.000 0.000 NA   NA
 5594666 5594667 RC1_2054 RC1_2055     FALSE 0.140 85.000 0.000 NA   NA
 5594667 5594668 RC1_2055 RC1_2056     TRUE 0.825 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5594668 5594669 RC1_2056 RC1_2057     TRUE 1.000 -3.000 0.752 1.000 Y NA
 5594669 5594670 RC1_2057 RC1_2058     TRUE 0.999 -3.000 0.671 0.086 N NA
 5594671 5594672 RC1_2059 RC1_2060     FALSE 0.073 147.000 0.000 NA N NA
 5594672 5594673 RC1_2060 RC1_2061     FALSE 0.039 236.000 0.000 NA   NA
 5594675 5594676 RC1_2063 RC1_2064     FALSE 0.021 1179.000 0.000 NA   NA
 5594677 5594678 RC1_2065 RC1_2066     FALSE 0.122 91.000 0.000 NA   NA
 5594679 5594680 RC1_2067 RC1_2068     TRUE 0.783 -3.000 0.000 NA   NA
 5594680 5594681 RC1_2068 RC1_2069   def TRUE 0.675 63.000 0.050 1.000   NA
 5594683 5594684 RC1_2071 RC1_2072   pntB FALSE 0.078 121.000 0.000 NA   NA
 5594684 5594685 RC1_2072 RC1_2073 pntB pntAB TRUE 0.844 19.000 0.014 0.001   NA
 5594685 5594686 RC1_2073 RC1_2074 pntAB pntAA TRUE 0.999 -3.000 0.829 0.001   NA
 5594686 5594687 RC1_2074 RC1_2075 pntAA   FALSE 0.029 332.000 0.000 NA   NA
 5594690 5594691 RC1_2078 RC1_2079 bchG bch2 TRUE 0.999 -3.000 0.640 NA   NA
 5594691 5594692 RC1_2079 RC1_2080 bch2 bchP TRUE 0.973 32.000 0.314 NA   NA
 5594692 5594693 RC1_2080 RC1_2081 bchP bchI FALSE 0.378 62.000 0.000 0.003 N NA
 5594693 5594694 RC1_2081 RC1_2082 bchI bchD TRUE 0.999 -3.000 0.465 0.001 Y NA
 5594694 5594695 RC1_2082 RC1_2083 bchD bchO TRUE 0.819 29.000 0.020 0.001 N NA
 5594695 5594696 RC1_2083 RC1_2084 bchO   FALSE 0.091 110.000 0.000 NA   NA
 5594696 5594697 RC1_2084 RC1_2085   crtI FALSE 0.052 181.000 0.000 NA   NA
 5594697 5594698 RC1_2085 RC1_2086 crtI crtB TRUE 0.996 -7.000 0.332 1.000 N NA
 5594698 5594699 RC1_2086 RC1_2087 crtB   FALSE 0.358 34.000 0.000 NA   NA
 5594699 5594700 RC1_2087 RC1_2088     FALSE 0.031 294.000 0.000 NA   NA
 5594701 5594702 RC1_2089 RC1_2090 crtC crtD FALSE 0.050 186.000 0.000 NA   NA
 5594703 5594704 RC1_2091 RC1_2092 crtE crtF TRUE 0.897 168.000 0.500 1.000   NA
 5594704 5594705 RC1_2092 RC1_2093 crtF bchC TRUE 0.968 91.000 0.627 1.000   NA
 5594705 5594706 RC1_2093 RC1_2094 bchC bchX TRUE 0.999 3.000 0.882 0.002 N NA
 5594706 5594707 RC1_2094 RC1_2095 bchX bchY TRUE 0.991 31.000 0.491 0.002   NA
 5594707 5594708 RC1_2095 RC1_2096 bchY bchZ TRUE 0.999 -6.000 0.632 0.002   NA
 5594708 5594709 RC1_2096 RC1_2097 bchZ pufB FALSE 0.247 187.000 0.038 1.000   NA
 5594709 5594710 RC1_2097 RC1_2098 pufB pufA TRUE 0.999 11.000 0.946 0.002   NA
 5594710 5594711 RC1_2098 RC1_2099 pufA pufL TRUE 0.976 118.000 0.829 0.002   NA
 5594711 5594712 RC1_2099 RC1_2100 pufL pufM TRUE 0.999 11.000 0.895 0.002   NA
 5594712 5594713 RC1_2100 RC1_2101 pufM pufC TRUE 0.999 -3.000 0.526 0.002   NA
 5594713 5594714 RC1_2101 RC1_2102 pufC c552 FALSE 0.044 562.000 0.000 0.008   NA
 5594715 5594716 RC1_2103 RC1_2104 hemA puhE TRUE 0.617 122.000 0.132 NA   NA
 5594716 5594717 RC1_2104 RC1_2105 puhE acsF TRUE 0.988 20.000 0.375 NA   NA
 5594717 5594718 RC1_2105 RC1_2106 acsF   TRUE 0.975 37.000 0.361 NA   NA
 5594718 5594719 RC1_2106 RC1_2107   puhC TRUE 0.998 -3.000 0.519 NA   NA
 5594719 5594720 RC1_2107 RC1_2108 puhC puhB TRUE 0.997 -3.000 0.455 NA   NA
 5594720 5594721 RC1_2108 RC1_2109 puhB puhA TRUE 0.999 -3.000 0.912 NA   NA
 5594721 5594722 RC1_2109 RC1_2110 puhA lhaA TRUE 0.972 26.000 0.265 NA   NA
 5594722 5594723 RC1_2110 RC1_2111 lhaA bchM TRUE 0.975 -3.000 0.077 NA   NA
 5594723 5594724 RC1_2111 RC1_2112 bchM chlL TRUE 0.994 0.000 0.274 0.003 N NA
 5594724 5594725 RC1_2112 RC1_2113 chlL bchH TRUE 0.997 -3.000 0.344 0.003 N NA
 5594725 5594726 RC1_2113 RC1_2114 bchH bchB TRUE 0.995 -25.000 0.278 0.003 N NA
 5594726 5594727 RC1_2114 RC1_2115 bchB bchN TRUE 0.999 5.000 0.591 0.001 Y NA
 5594727 5594728 RC1_2115 RC1_2116 bchN bchF TRUE 0.996 -3.000 0.311 0.001   NA
 5594729 5594730 RC1_2117 RC1_2118 aerR crtJ FALSE 0.044 250.000 0.000 1.000   NA
 5594730 5594731 RC1_2118 RC1_2119 crtJ treZ FALSE 0.091 125.000 0.000 1.000   NA
 5594733 5594734 RC1_2121 RC1_2122     FALSE 0.310 41.000 0.000 NA   NA
 5594734 5594735 RC1_2122 RC1_2123   rhrA FALSE 0.138 95.000 0.000 1.000   NA
 5594736 5594737 RC1_2124 RC1_2125 cstS3 cheB3 TRUE 0.972 -3.000 0.000 0.021 Y NA
 5594737 5594738 RC1_2125 RC1_2126 cheB3 cheA3 TRUE 0.998 -3.000 0.300 0.018 Y NA
 5594738 5594740 RC1_2126 RC1_2128 cheA3 mcp3 TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.018 Y NA
 5594740 5594741 RC1_2128 RC1_2129 mcp3 cheW3b TRUE 0.932 14.000 0.000 0.013 Y NA
 5594741 5594742 RC1_2129 RC1_2130 cheW3b cheR3 TRUE 0.993 -3.000 0.085 1.000 Y NA
 5594742 5594744 RC1_2130 RC1_2132 cheR3 cheW3a TRUE 0.997 -3.000 0.213 1.000 Y NA
 5594744 5594745 RC1_2132 RC1_2133 cheW3a cheY3 TRUE 0.867 24.000 0.000 1.000 Y NA
 5594745 5594746 RC1_2133 RC1_2134 cheY3   FALSE 0.034 267.000 0.000 NA   NA
 5594746 5594747 RC1_2134 RC1_2135   pyk FALSE 0.233 58.000 0.000 NA   NA
 5594747 5594748 RC1_2135 RC1_2136 pyk ttuD TRUE 0.575 83.000 0.000 1.000 Y NA
 5594748 5594749 RC1_2136