MicrobesOnline Operon Predictions for Escherichia coli APEC O1

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2093801 2093802 APECO1_1976 APECO1_1975 thrA thrB TRUE 0.991 2.000 0.133 1.000 Y NA
 2093802 2093803 APECO1_1975 APECO1_1974 thrB thrC TRUE 0.995 1.000 0.233 1.000 Y NA
 2093803 2093804 APECO1_1974 APECO1_1973 thrC yaaX FALSE 0.017 214.000 0.003 NA   NA
 2093805 2093806 APECO1_1972 APECO1_1971 yaaA yaaJ FALSE 0.208 70.000 0.028 NA   NA
 2093807 2093808 APECO1_1970 APECO1_1969 talB mog FALSE 0.081 115.000 0.042 1.000 N NA
 2093809 2093810 APECO1_1968 APECO1_1967 yaaH yaaW FALSE 0.089 149.000 0.043 NA   NA
 2093810 2093811 APECO1_1967 APECO1_1966 yaaW yaaI TRUE 0.942 26.000 0.500 NA   NA
 2093812 2093813 APECO1_1965 APECO1_1964 dnaK dnaJ TRUE 0.927 89.000 0.236 0.005 Y NA
 2093813 2093814 APECO1_1964 APECO1_1963 dnaJ   FALSE 0.004 869.000 0.000 NA   NA
 2093814 2093815 APECO1_1963 APECO1_1962   aslA TRUE 0.986 -10.000 0.571 NA   NA
 2093815 2093816 APECO1_1962 APECO1_1961 aslA   FALSE 0.127 123.000 0.000 NA   NA
 2093816 2093817 APECO1_1961 APECO1_1960   nhaA FALSE 0.026 235.000 0.000 NA   NA
 2093817 2093818 APECO1_1960 APECO1_1959 nhaA nhaR TRUE 0.713 60.000 0.292 1.000 N NA
 2093818 2093819 APECO1_1959 APECO1_1958 nhaR ribF FALSE 0.003 688.000 0.000 1.000 N NA
 2093819 2093820 APECO1_1958 APECO1_1957 ribF ileS TRUE 0.787 43.000 0.254 1.000 N NA
 2093820 2093821 APECO1_1957 APECO1_1956 ileS lspA TRUE 0.842 0.000 0.045 1.000 N NA
 2093821 2093822 APECO1_1956 APECO1_1955 lspA slpA FALSE 0.340 108.000 0.154 1.000 N NA
 2093822 2093823 APECO1_1955 APECO1_1954 slpA lytB TRUE 0.991 2.000 0.626 1.000 N NA
 2093823 2093824 APECO1_1954 APECO1_1953 lytB rihC FALSE 0.113 66.000 0.028 1.000 N NA
 2093824 2093825 APECO1_1953 APECO1_1952 rihC   TRUE 0.857 23.000 0.167 NA   NA
 2093825 2093826 APECO1_1952 APECO1_1951   dapB FALSE 0.072 161.000 0.000 NA   NA
 2093826 2093827 APECO1_1951 APECO1_1950 dapB carA FALSE 0.052 429.000 0.034 1.000 Y NA
 2093827 2093828 APECO1_1950 APECO1_1949 carA carB TRUE 0.994 18.000 0.345 0.001 Y NA
 2093828 2093829 APECO1_1949 APECO1_1948 carB   FALSE 0.016 224.000 0.000 1.000 N NA
 2093829 2093830 APECO1_1948 APECO1_1947   caiF FALSE 0.048 185.000 0.000 NA   NA
 2093831 2093832 APECO1_1946 APECO1_1945 caiE caiD TRUE 0.819 -15.000 0.000 1.000   NA
 2093832 2093833 APECO1_1945 APECO1_1944 caiD caiC TRUE 0.746 109.000 0.000 0.028 Y NA
 2093833 2093834 APECO1_1944 APECO1_1943 caiC caiB TRUE 0.766 58.000 0.154 0.028 N NA
 2093834 2093835 APECO1_1943 APECO1_1942 caiB caiA TRUE 0.592 128.000 0.529 1.000 N NA
 2093835 2093836 APECO1_1942 APECO1_1941 caiA caiT TRUE 0.688 31.000 0.118 1.000 N NA
 2093837 2093838 APECO1_1940 APECO1_1939 fixA fixB TRUE 0.991 15.000 0.231 0.018 Y NA
 2093838 2093839 APECO1_1939 APECO1_1938 fixB ydiS TRUE 0.896 51.000 0.000 0.059 Y NA
 2093839 2093840 APECO1_1938 APECO1_1937 ydiS yaaU FALSE 0.006 343.000 0.000 1.000 N NA
 2093840 2093841 APECO1_1937 APECO1_1936 yaaU yabF FALSE 0.173 108.000 0.000 1.000   NA
 2093841 2093842 APECO1_1936 APECO1_1935 yabF kefC TRUE 0.963 -79.000 0.560 1.000   NA
 2093842 2093843 APECO1_1935 APECO1_1934 kefC folA FALSE 0.079 57.000 0.012 1.000 N NA
 2093844 2093845 APECO1_1933 APECO1_1932 apaH   TRUE 0.965 7.000 0.267 NA N NA
 2093845 2093846 APECO1_1932 APECO1_1931   ksgA TRUE 0.893 3.000 0.078 NA N NA
 2093846 2093847 APECO1_1931 APECO1_1930 ksgA pdxA TRUE 0.969 -3.000 0.197 1.000 N NA
 2093847 2093848 APECO1_1930 APECO1_1929 pdxA surA TRUE 0.990 0.000 0.561 1.000 N NA
 2093848 2093849 APECO1_1929 APECO1_1928 surA imp TRUE 0.644 53.000 0.182 1.000 N NA
 2093851 2093852 APECO1_1926 APECO1_1925 rluA hepA TRUE 0.949 12.000 0.294 1.000 N NA
 2093852 2093853 APECO1_1925 APECO1_1924 hepA polB TRUE 0.617 164.000 0.098 0.079 Y NA
 2093853 2093854 APECO1_1924 APECO1_1923 polB araC FALSE 0.063 75.000 0.018 1.000 N NA
 2093854 2093855 APECO1_1923 APECO1_1922 araC araA FALSE 0.105 285.000 0.017 1.000 Y NA
 2093855 2093856 APECO1_1922 APECO1_1921 araA araB TRUE 0.903 11.000 0.138 1.000 N NA
 2093857 2093858 APECO1_1920 APECO1_1919 araC   FALSE 0.004 790.000 0.000 NA   NA
 2093858 2093859 APECO1_1919 APECO1_1918     TRUE 0.850 7.000 0.000 NA   NA
 2093859 2093860 APECO1_1918 APECO1_1917   yabI FALSE 0.078 155.000 0.000 NA   NA
 2093861 2093862 APECO1_1916 APECO1_1915 thiQ thiP TRUE 0.989 -16.000 0.522 0.018 N NA
 2093862 2093863 APECO1_1915 APECO1_1914 thiP tbpA TRUE 0.989 -24.000 0.697 0.087 N NA
 2093863 2093864 APECO1_1914 APECO1_1913 tbpA sgrR FALSE 0.175 152.000 0.010 0.087   NA
 2093864 2093865 APECO1_1913 APECO1_1912 sgrR leuD FALSE 0.014 328.000 0.000 1.000   NA
 2093865 2093866 APECO1_1912 APECO1_1911 leuD leuC TRUE 0.997 11.000 0.309 0.001 Y NA
 2093866 2093867 APECO1_1911 APECO1_1910 leuC leuB TRUE 0.998 3.000 0.275 0.001 Y NA
 2093867 2093868 APECO1_1910 APECO1_1909 leuB leuA TRUE 0.997 -3.000 0.126 0.001 Y NA
 2093869 2093870 APECO1_1908 APECO1_1907 leuO ilvI FALSE 0.016 228.000 0.000 1.000 N NA
 2093870 2093871 APECO1_1907 APECO1_1906 ilvI ilvH TRUE 0.996 -27.000 0.371 0.002 Y NA
 2093871 2093872 APECO1_1906 APECO1_1905 ilvH fruR FALSE 0.051 180.000 0.063 1.000 N NA
 2093872 2093873 APECO1_1905 APECO1_1904 fruR mraW FALSE 0.002 963.000 0.000 1.000 N NA
 2093873 2093874 APECO1_1904 APECO1_1903 mraW ftsL TRUE 0.974 -3.000 0.227 1.000 N NA
 2093874 2093875 APECO1_1903 APECO1_1902 ftsL ftsI TRUE 0.831 16.000 0.124 1.000 N NA
 2093875 2093876 APECO1_1902 APECO1_1901 ftsI murE TRUE 0.974 -13.000 0.059 1.000 Y NA
 2093876 2093877 APECO1_1901 APECO1_1900 murE murF TRUE 0.999 -3.000 0.569 0.002 Y NA
 2093877 2093878 APECO1_1900 APECO1_1899 murF mraY TRUE 0.998 -6.000 0.309 0.004 Y NA
 2093878 2093879 APECO1_1899 APECO1_1898 mraY murD TRUE 0.999 3.000 0.647 0.004 Y NA
 2093879 2093880 APECO1_1898 APECO1_1897 murD ftsW TRUE 0.993 0.000 0.297 0.003 N NA
 2093880 2093881 APECO1_1897 APECO1_1896 ftsW murG TRUE 0.991 -3.000 0.647 1.000 N NA
 2093881 2093882 APECO1_1896 APECO1_1895 murG murC TRUE 0.931 54.000 0.283 1.000 Y NA
 2093882 2093883 APECO1_1895 APECO1_1894 murC ddlB TRUE 0.995 -7.000 0.153 0.004 Y NA
 2093883 2093884 APECO1_1894 APECO1_1893 ddlB ftsQ TRUE 0.996 2.000 0.372 NA Y NA
 2093884 2093885 APECO1_1893 APECO1_1892 ftsQ ftsA TRUE 0.984 -3.000 0.389 NA N NA
 2093885 2093886 APECO1_1892 APECO1_1891 ftsA ftsZ TRUE 0.946 61.000 0.460 1.000 Y NA
 2093886 2093887 APECO1_1891 APECO1_1890 ftsZ lpxC FALSE 0.331 101.000 0.134 1.000 N NA
 2093887 2093888 APECO1_1890 APECO1_1889 lpxC secM FALSE 0.086 156.000 0.000 1.000   NA
 2093888 2093889 APECO1_1889 APECO1_1888 secM secA FALSE 0.409 62.000 0.065 1.000   NA
 2093889 2093890 APECO1_1888 APECO1_1887 secA mutT TRUE 0.577 60.000 0.168 1.000 N NA
 2093891 2093892 APECO1_1886 APECO1_1885 yacF coaC TRUE 0.959 0.000 0.110 NA   NA
 2093894 2093895 APECO1_1883 APECO1_1882 hofC hofB TRUE 0.996 -10.000 0.571 1.000 Y NA
 2093895 2093896 APECO1_1882 APECO1_1881 hofB pppD TRUE 0.995 10.000 0.556 NA Y NA
 2093896 2093897 APECO1_1881 APECO1_1880 pppD nadC FALSE 0.004 204.000 0.015 NA N NA
 2093898 2093899 APECO1_1879 APECO1_1878 ampD ampE TRUE 0.995 -3.000 0.249 1.000 Y NA
 2093901 2093902 APECO1_1876 APECO1_1875 usp   TRUE 0.892 3.000 0.000 1.000   NA
 2093902 2093903 APECO1_1875 APECO1_1874     FALSE 0.047 408.000 0.000 0.001   NA
 2093903 2093904 APECO1_1874 APECO1_1873     FALSE 0.048 403.000 0.000 0.001   NA
 2093904 2093905 APECO1_1873 APECO1_1872   pdhR FALSE 0.008 456.000 0.000 1.000   NA
 2093905 2093906 APECO1_1872 APECO1_1871 pdhR aceE FALSE 0.289 161.000 0.276 1.000 N NA
 2093906 2093907 APECO1_1871 APECO1_1870 aceE aceF TRUE 0.981 15.000 0.220 1.000 Y NA
 2093907 2093908 APECO1_1870 APECO1_1869 aceF lpd TRUE 0.617 204.000 0.463 1.000 Y NA
 2093910 2093911 APECO1_1867 APECO1_1866 acnB yacL FALSE 0.181 127.000 0.068 NA   NA
 2093912 2093913 APECO1_1865 APECO1_1864 speD speE FALSE 0.084 259.000 0.162 1.000   NA
 2093913 2093914 APECO1_1864 APECO1_1863 speE yacC TRUE 0.629 106.000 0.354 NA   NA
 2093919 2093920 APECO1_1858 APECO1_1857 yadG   TRUE 0.998 -3.000 0.688 1.000 Y NA
 2093920 2093921 APECO1_1857 APECO1_1856   yadI FALSE 0.082 105.000 0.037 1.000 N NA
 2093921 2093922 APECO1_1856 APECO1_1855 yadI yadE TRUE 0.896 64.000 0.222 1.000 Y NA
 2093925 2093926 APECO1_1852 APECO1_1851 panC panB TRUE 0.997 12.000 0.395 0.001 Y NA
 2093926 2093927 APECO1_1851 APECO1_1850 panB yadC FALSE 0.084 112.000 0.000 1.000 N NA
 2093927 2093928 APECO1_1850 APECO1_1849 yadC yadK TRUE 0.914 50.000 0.000 0.010 Y NA
 2093928 2093929 APECO1_1849 APECO1_1848 yadK yadL TRUE 0.976 27.000 0.571 0.010   NA
 2093929 2093930 APECO1_1848 APECO1_1847 yadL yadM TRUE 0.995 6.000 0.571 0.010   NA
 2093930 2093931 APECO1_1847 APECO1_1846 yadM htrE TRUE 0.969 17.000 0.571 1.000   NA
 2093931 2093932 APECO1_1846 APECO1_1845 htrE ecpD TRUE 0.987 35.000 1.000 1.000 Y NA
 2093932 2093933 APECO1_1845 APECO1_1844 ecpD yadN TRUE 0.889 109.000 0.500 1.000 Y NA
 2093933 2093934 APECO1_1844 APECO1_1843 yadN folK FALSE 0.006 338.000 0.000 1.000 N NA
 2093934 2093935 APECO1_1843 APECO1_1842 folK pcnB TRUE 0.975 -3.000 0.234 1.000 N NA
 2093935 2093936 APECO1_1842 APECO1_1841 pcnB yadB TRUE 0.766 93.000 0.131 1.000 Y NA
 2093936 2093937 APECO1_1841 APECO1_1840 yadB dksA TRUE 0.621 67.000 0.231 1.000 N NA
 2093937 2093938 APECO1_1840 APECO1_1839 dksA   FALSE 0.219 160.000 0.151 NA   NA
 2093938 2093939 APECO1_1839 APECO1_1838   yadP TRUE 0.724 15.000 0.045 NA   NA
 2093940 2093941 APECO1_1837 APECO1_1836 hrpB mrcB FALSE 0.392 94.000 0.158 1.000 N NA
 2093941 2093942 APECO1_1836 APECO1_1835 mrcB fhuA FALSE 0.017 220.000 0.000 1.000 N NA
 2093942 2093943 APECO1_1835 APECO1_1834 fhuA fhuC TRUE 0.904 51.000 0.156 1.000 Y NA
 2093943 2093944 APECO1_1834 APECO1_1833 fhuC fhuD TRUE 0.984 0.000 0.031 1.000 Y NA
 2093944 2093945 APECO1_1833 APECO1_1832 fhuD fhuB TRUE 0.985 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 2093947 2093948 APECO1_1830 APECO1_1829 yadQ yadR FALSE 0.178 82.000 0.031 NA   NA
 2093949 2093950 APECO1_1828 APECO1_1827 yadS yadT TRUE 0.817 38.000 0.213 NA   NA
 2093950 2093951 APECO1_1827 APECO1_1826 yadT   TRUE 0.867 -7.000 0.073 1.000 N NA
 2093952 2093953 APECO1_1825 APECO1_1824 dgt htrA FALSE 0.185 130.000 0.101 1.000 N NA
 2093953 2093954 APECO1_1824 APECO1_1823 htrA cdaR FALSE 0.064 178.000 0.080 NA N NA
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 2094131 2094132 APECO1_1645 APECO1_1644 adhC frmR TRUE 0.926 35.000 0.531 NA   NA
 2094132 2094133 APECO1_1644 APECO1_1643 frmR yaiO FALSE 0.065 168.000 0.000 NA   NA
 2094133 2094134 APECO1_1643 APECO1_1642 yaiO   TRUE 0.888 2.000 0.000 NA   NA
 2094134 2094135 APECO1_1642 APECO1_1641   yaiP TRUE 0.585 -151.000 0.000 NA   NA
 2094135 2094136 APECO1_1641 APECO1_1640 yaiP   TRUE 0.959 10.000 0.214 NA   NA
 2094137 2094138 APECO1_1639 APECO1_1638 tauA tauB TRUE 0.958 13.000 0.047 1.000 Y NA
 2094138 2094139 APECO1_1638 APECO1_1637 tauB tauC TRUE 0.998 -3.000 0.728 1.000 Y NA
 2094139 2094140 APECO1_1637 APECO1_1636 tauC tauD TRUE 0.972 -3.000 0.214 1.000 N NA
 2094142 2094143 APECO1_1634 APECO1_1633   yaiV TRUE 0.932 41.000 0.667 NA   NA
 2094145 2094146 APECO1_1631 APECO1_1630 sbmA yaiW TRUE 0.766 13.000 0.000 1.000   NA
 2094150 2094151 APECO1_1626 APECO1_1625 yaiB phoA FALSE 0.144 101.000 0.032 NA   NA
 2094151 2094152 APECO1_1625 APECO1_1624 phoA psiF FALSE 0.144 101.000 0.032 NA   NA
 2094152 2094153 APECO1_1624 APECO1_1623 psiF   TRUE 0.552 102.000 0.250 NA   NA
 2094155 2094156 APECO1_1621 APECO1_1620   aroL FALSE 0.027 183.000 0.007 NA   NA
 2094158 2094159 APECO1_1618 APECO1_1617 aroM   FALSE 0.273 72.000 0.049 NA   NA
 2094162 2094163 APECO1_1614 APECO1_1613 araJ sbcC FALSE 0.078 90.000 0.030 1.000 N NA
 2094163 2094164 APECO1_1613 APECO1_1612 sbcC sbcD TRUE 0.994 -3.000 0.021 0.002 Y NA
 2094165 2094166 APECO1_1611 APECO1_1610 phoB phoR TRUE 0.974 58.000 0.453 0.017 Y NA
 2094166 2094167 APECO1_1610 APECO1_1609 phoR brnQ FALSE 0.004 407.000 0.000 1.000 N NA
 2094167 2094168 APECO1_1609 APECO1_1608 brnQ proY TRUE 0.907 76.000 0.348 1.000 Y NA
 2094168 2094169 APECO1_1608 APECO1_1607 proY malZ FALSE 0.153 156.000 0.123 1.000 N NA
 2094171 2094172 APECO1_1605 APECO1_1604 queA tgt TRUE 0.978 55.000 0.360 0.001 Y NA
 2094172 2094173 APECO1_1604 APECO1_1603 tgt yajC TRUE 0.901 23.000 0.325 NA N NA
 2094173 2094174 APECO1_1603 APECO1_1602 yajC secD TRUE 0.898 28.000 0.045 NA Y NA
 2094174 2094175 APECO1_1602 APECO1_1601 secD secF TRUE 0.993 -34.000 0.206 0.001 Y NA
 2094175 2094176 APECO1_1601 APECO1_1600 secF yajD FALSE 0.229 61.000 0.015 1.000   NA
 2094177 2094178 APECO1_1599 APECO1_1598 tsx yajI FALSE 0.016 298.000 0.000 NA   NA
 2094179 2094180 APECO1_1597 APECO1_1596 nrdR ribD TRUE 0.971 4.000 0.277 NA N NA
 2094180 2094181 APECO1_1596 APECO1_1595 ribD ribH TRUE 0.992 -7.000 0.034 0.001 Y NA
 2094181 2094183 APECO1_1595 APECO1_1593 ribH thiL FALSE 0.035 517.000 0.002 1.000 Y NA
 2094183 2094184 APECO1_1593 APECO1_1592 thiL pgpA TRUE 0.930 -22.000 0.206 1.000 N NA
 2094185 2094186 APECO1_1591 APECO1_1590 yajO dxs FALSE 0.070 55.000 0.009 1.000 N NA
 2094186 2094187 APECO1_1590 APECO1_1589 dxs ispA TRUE 0.925 25.000 0.060 1.000 Y NA
 2094189 2094190 APECO1_1587 APECO1_1586 thiJ apbA TRUE 0.894 -43.000 0.155 NA   NA
 2094192 2094193 APECO1_1584 APECO1_1583 yajR cyoE FALSE 0.087 143.000 0.061 1.000 N NA
 2094193 2094194 APECO1_1583 APECO1_1582 cyoE cyoD TRUE 0.852 -33.000 0.118 1.000 N NA
 2094194 2094195 APECO1_1582 APECO1_1581 cyoD cyoC TRUE 0.993 -81.000 0.485 0.057 Y NA
 2094195 2094196 APECO1_1581 APECO1_1580 cyoC cyoB TRUE 0.998 -10.000 0.697 0.057 Y NA
 2094196 2094197 APECO1_1580 APECO1_1579 cyoB cyoA TRUE 0.969 22.000 0.041 0.004 Y NA
 2094197 2094198 APECO1_1579 APECO1_1578 cyoA ampG FALSE 0.008 459.000 0.000 1.000   NA
 2094198 2094199 APECO1_1578 APECO1_1577 ampG yajG TRUE 0.819 44.000 0.256 NA   NA
 2094200 2094201 APECO1_1576 APECO1_1575 bolA tig FALSE 0.005 344.000 0.000 NA N NA
 2094201 2094202 APECO1_1575 APECO1_1574 tig clpP FALSE 0.426 255.000 0.351 1.000 Y NA
 2094202 2094203 APECO1_1574 APECO1_1573 clpP clpX TRUE 0.817 126.000 0.352 1.000 Y NA
 2094203 2094204 APECO1_1573 APECO1_1572 clpX lon TRUE 0.678 143.000 0.201 1.000 Y NA
 2094204 2094205 APECO1_1572 APECO1_1571 lon hupB FALSE 0.019 209.000 0.000 1.000 N NA
 2094205 2094206 APECO1_1571 APECO1_1570 hupB ppiD FALSE 0.024 192.000 0.000 1.000 N NA
 2094206 2094207 APECO1_1570 APECO1_1569 ppiD ybaV FALSE 0.034 151.000 0.033 1.000 N NA
 2094207 2094208 APECO1_1569 APECO1_1568 ybaV ybaW FALSE 0.140 106.000 0.027 1.000   NA
 2094209 2094210 APECO1_1567 APECO1_1566   ybaE FALSE 0.224 65.000 0.019 1.000   NA
 2094211 2094212 APECO1_1565 APECO1_1564 cof ybaO TRUE 0.871 0.000 0.020 1.000   NA
 2094212 2094213 APECO1_1564 APECO1_1563 ybaO mdlA TRUE 0.787 30.000 0.179 1.000 N NA
 2094213 2094214 APECO1_1563 APECO1_1562 mdlA mdlB TRUE 0.999 -7.000 0.911 0.007 Y NA
 2094214 2094215 APECO1_1562 APECO1_1561 mdlB glnK FALSE 0.195 43.000 0.028 1.000 N NA
 2094215 2094216 APECO1_1561 APECO1_1560 glnK amtB TRUE 0.760 30.000 0.156 1.000 N NA
 2094221 2094222 APECO1_1555 APECO1_1554 ylaB ylaC FALSE 0.075 158.000 0.000 NA   NA
 2094222 2094223 APECO1_1554 APECO1_15532 ylaC maa FALSE 0.439 77.000 0.101 1.000   NA
 2094223 2094224 APECO1_15532 APECO1_1553 maa hha FALSE 0.058 174.000 0.000 NA   NA
 2094224 2094225 APECO1_1553 APECO1_1552 hha acrB FALSE 0.004 744.000 0.000 NA   NA
 2094225 2094226 APECO1_1552 APECO1_1551 acrB acrA TRUE 0.934 23.000 0.458 1.000 N NA
 2094227 2094228 APECO1_1550 APECO1_1549 acrR kefA FALSE 0.056 128.000 0.000 NA N NA
 2094230 2094231 APECO1_1547 APECO1_1546 ybaN apt FALSE 0.133 120.000 0.043 NA   NA
 2094231 2094232 APECO1_1546 APECO1_1545 apt dnaX FALSE 0.165 129.000 0.088 1.000 N NA
 2094232 2094233 APECO1_1545 APECO1_1544 dnaX   TRUE 0.846 53.000 0.411 NA   NA
 2094233 2094234 APECO1_1544 APECO1_1543   recR TRUE 0.993 0.000 0.604 NA   NA
 2094234 2094235 APECO1_1543 APECO1_1542 recR htpG FALSE 0.055 110.000 0.028 1.000 N NA
 2094235 2094236 APECO1_1542 APECO1_1541 htpG adk FALSE 0.023 181.000 0.035 1.000 N NA
 2094236 2094237 APECO1_1541 APECO1_1540 adk hemH FALSE 0.022 132.000 0.013 1.000 N NA
 2094240 2094241 APECO1_1537 APECO1_1536 ybaL fsr FALSE 0.014 239.000 0.000 1.000 N NA
 2094243 2094244 APECO1_1534 APECO1_1533     TRUE 0.895 -3.000 0.000 NA   NA
 2094244 2094245 APECO1_1533 APECO1_1532   ybaK TRUE 0.593 24.000 0.000 NA   NA
 2094245 2094246 APECO1_1532 APECO1_1531 ybaK ybaP FALSE 0.025 204.000 0.022 NA   NA
 2094247 2094248 APECO1_1530 APECO1_1529   ybaQ TRUE 0.865 36.000 0.286 NA   NA
 2094250 2094251 APECO1_1527 APECO1_1526 ybaS ybaT TRUE 0.980 3.000 0.028 1.000 Y NA
 2094251 2094252 APECO1_1526 APECO1_1525 ybaT ybbI FALSE 0.071 125.000 0.000 1.000 N NA
 2094253 2094254 APECO1_1524 APECO1_1523     FALSE 0.204 86.000 0.000 NA   NA
 2094256 2094257 APECO1_1521 APECO1_1520 ybbJ ybbK TRUE 0.996 -3.000 0.313 NA Y NA
 2094258 2094259 APECO1_1519 APECO1_1518 ybbL ybbM TRUE 0.882 -40.000 0.127 NA   NA
 2094260 2094261 APECO1_1517 APECO1_1516 ybbN ybbO TRUE 0.807 25.000 0.118 1.000   NA
 2094261 2094262 APECO1_1516 APECO1_1515 ybbO tesA TRUE 0.899 -10.000 0.072 1.000   NA
 2094263 2094264 APECO1_1513 APECO1_1512 ybbA ybbP TRUE 0.997 -3.000 0.535 NA Y NA
 2094265 2094266 APECO1_1511 APECO1_1510 ybbB ybbS FALSE 0.166 69.000 0.012 NA   NA
 2094267 2094268 APECO1_1509 APECO1_1508 allA ybbU TRUE 0.794 78.000 0.625 1.000 N NA
 2094268 2094269 APECO1_1508 APECO1_1507 ybbU gcl TRUE 0.925 0.000 0.054 1.000   NA
 2094269 2094270 APECO1_1507 APECO1_1506 gcl hyi TRUE 0.827 13.000 0.065 1.000   NA
 2094270 2094271 APECO1_1506 APECO1_1505 hyi ybbQ FALSE 0.368 100.000 0.154 1.000 N NA
 2094271 2094272 APECO1_1505 APECO1_1504 ybbQ ybbW FALSE 0.035 170.000 0.000 1.000 N NA
 2094272 2094273 APECO1_1504 APECO1_1503 ybbW allB TRUE 0.880 60.000 0.161 1.000 Y NA
 2094273 2094274 APECO1_1503 APECO1_1502 allB ybbY TRUE 0.909 50.000 0.161 1.000 Y NA
 2094274 2094275 APECO1_1502 APECO1_1501 ybbY glxK TRUE 0.792 22.000 0.133 1.000 N NA
 2094276 2094277 APECO1_1500 APECO1_1499 ylbA allC TRUE 0.842 11.000 0.059 NA   NA
 2094277 2094278 APECO1_1499 APECO1_1498 allC allD TRUE 0.839 22.000 0.174 1.000 N NA
 2094279 2094280 APECO1_1497 APECO1_1496 fdrA ylbE TRUE 0.979 10.000 0.412 NA   NA
 2094280 2094281 APECO1_1496 APECO1_1495 ylbE ylbF TRUE 0.961 11.000 0.265 NA   NA
 2094281 2094282 APECO1_1495 APECO1_1494 ylbF arcC TRUE 0.987 -3.000 0.375 NA   NA
 2094283 2094284 APECO1_1493 APECO1_1492 purK purE TRUE 0.997 -3.000 0.136 0.001 Y NA
 2094284 2094285 APECO1_1492 APECO1_1491 purE   FALSE 0.095 96.000 0.002 NA   NA
 2094285 2094286 APECO1_1491 APECO1_1490   ybbF FALSE 0.080 111.000 0.005 NA   NA
 2094289 2094290 APECO1_1487 APECO1_1486   folD FALSE 0.013 322.000 0.000 NA   NA
 2094291 2094292 APECO1_1485 APECO1_1484 intD intD TRUE 0.898 -52.000 0.000 0.014   NA
 2094292 2094293 APECO1_1484 APECO1_1483 intD ybcY FALSE 0.016 310.000 0.000 1.000   NA
 2094293 2094294 APECO1_1483 APECO1_1482 ybcY ompT FALSE 0.029 235.000 0.000 1.000   NA
 2094294 2094295 APECO1_1482 APECO1_1481 ompT ybcH FALSE 0.005 658.000 0.000 NA   NA
 2094295 2094296 APECO1_1481 APECO1_1480 ybcH nfrA TRUE 0.990 1.000 0.500 NA   NA
 2094296 2094297 APECO1_1480 APECO1_1479 nfrA nfrB TRUE 0.945 -13.000 0.159 1.000   NA
 2094297 2094298 APECO1_1479 APECO1_1478 nfrB cusS FALSE 0.048 150.000 0.000 1.000 N NA
 2094298 2094299 APECO1_1478 APECO1_1477 cusS ylcA TRUE 0.998 -10.000 0.600 0.002 Y NA
 2094300 2094301 APECO1_1476 APECO1_1475 cusC   TRUE 0.947 24.000 0.500 NA   NA
 2094301 2094302 APECO1_1475 APECO1_1474   cusB TRUE 0.692 16.000 0.000 NA   NA
 2094302 2094303 APECO1_1474 APECO1_1473 cusB cusA TRUE 0.971 12.000 0.500 1.000 N NA
 2094303 2094304 APECO1_1473 APECO1_1472 cusA pheP FALSE 0.171 66.000 0.000 1.000 N NA
 2094305 2094306 APECO1_1471 APECO1_1470 ybdG nfnB FALSE 0.016 108.000 0.012 NA N NA
 2094306 2094307 APECO1_1470 APECO1_1469 nfnB ybdF TRUE 0.780 79.000 0.500 NA   NA
 2094307 2094308 APECO1_1469 APECO1_1468 ybdF ybdK FALSE 0.010 379.000 0.000 NA   NA
 2094308 2094309 APECO1_1468 APECO1_1467 ybdK   FALSE 0.033 216.000 0.000 NA   NA
 2094309 2094310 APECO1_1467 APECO1_1466   entD FALSE 0.024 243.000 0.000 NA   NA
 2094310 2094311 APECO1_1466 APECO1_1465 entD fepA FALSE 0.171 319.000 0.700 1.000 N NA
 2094312 2094313 APECO1_1464 APECO1_1463 fes entF FALSE 0.263 80.000 0.083 NA N NA
 2094313 2094314 APECO1_1463 APECO1_1462 entF fepE FALSE 0.106 96.000 0.000 1.000 N NA
 2094315 2094316 APECO1_1461 APECO1_1460 fepC fepG TRUE 0.908 -321.000 0.038 1.000 Y NA
 2094316 2094317 APECO1_1460 APECO1_1459 fepG fepD TRUE 0.992 -3.000 0.000 0.068 Y NA
 2094320 2094321 APECO1_1456 APECO1_1455 entC entE TRUE 0.996 10.000 0.667 1.000 Y NA
 2094321 2094322 APECO1_1455 APECO1_1454 entE entB TRUE 0.994 14.000 0.667 1.000 Y NA
 2094322 2094323 APECO1_1454 APECO1_1453 entB entA TRUE 0.950 -30.000 0.024 1.000 Y NA
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 2094487 2094488 APECO1_1290 APECO1_1289 ybiB ybiC FALSE 0.209 141.000 0.000 0.062 N NA
 2094490 2094491 APECO1_1287 APECO1_1286 ybiX ybiL FALSE 0.196 180.000 0.171 1.000   NA
 2094491 2094492 APECO1_1286 APECO1_1285 ybiL ybiM FALSE 0.021 265.000 0.000 NA   NA
 2094494 2094495 APECO1_1283 APECO1_1282 ybiO glnQ FALSE 0.066 117.000 0.000 NA N NA
 2094495 2094496 APECO1_1282 APECO1_1281 glnQ glnP TRUE 0.984 -3.000 0.038 1.000 Y NA
 2094496 2094497 APECO1_1281 APECO1_1280 glnP glnH TRUE 0.627 139.000 0.051 0.083 Y NA
 2094497 2094498 APECO1_1280 APECO1_1279 glnH dps FALSE 0.005 404.000 0.000 1.000 N NA
 2094498 2094499 APECO1_1279 APECO1_1278 dps ybiF FALSE 0.039 206.000 0.044 NA   NA
 2094502 2094503 APECO1_1275 APECO1_1274 mntR ybiR TRUE 0.618 -3.000 0.014 1.000 N NA
 2094506 2094507 APECO1_1271 APECO1_1270 ybiV ybiW FALSE 0.103 146.000 0.000 1.000   NA
 2094507 2094508 APECO1_1270 APECO1_1269 ybiW ybiY TRUE 0.990 6.000 0.316 0.004 N NA
 2094510 2094511 APECO1_1267 APECO1_1266 moeB moeA TRUE 0.998 0.000 0.323 0.003 Y NA
 2094512 2094513 APECO1_1265 APECO1_1264 iaaA yliA TRUE 0.798 -121.000 0.104 1.000   NA
 2094513 2094514 APECO1_1264 APECO1_12632 yliA yliB TRUE 0.742 -388.000 0.083 1.000   NA
 2094514 2094515 APECO1_12632 APECO1_1263 yliB yliB TRUE 0.922 -16.000 0.033 0.067   NA
 2094515 2094516 APECO1_1263 APECO1_1262 yliB yliC TRUE 0.987 18.000 0.803 0.067   NA
 2094516 2094517 APECO1_1262 APECO1_1261 yliC yliD TRUE 0.999 3.000 0.689 0.067 Y NA
 2094517 2094518 APECO1_1261 APECO1_1260 yliD yliE FALSE 0.026 177.000 0.000 NA N NA
 2094518 2094519 APECO1_1260 APECO1_1259 yliE yliF TRUE 0.975 8.000 0.000 NA Y NA
 2094521 2094522 APECO1_1257 APECO1_1256 yliH yliI FALSE 0.161 111.000 0.047 NA   NA
 2094525 2094526 APECO1_1253 APECO1_1252 deoR ybjG TRUE 0.738 58.000 0.235 1.000   NA
 2094528 2094529 APECO1_1250 APECO1_1249 ybjH ybjI FALSE 0.206 85.000 0.000 NA   NA
 2094529 2094530 APECO1_1249 APECO1_1248 ybjI ybjJ TRUE 0.910 0.000 0.000 1.000   NA
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 2094536 2094537 APECO1_1242 APECO1_1241 nfsA rimK FALSE 0.188 61.000 0.000 1.000 N NA
 2094537 2094538 APECO1_1241 APECO1_1240 rimK ybjN FALSE 0.271 88.000 0.065 NA   NA
 2094538 2094539 APECO1_1240 APECO1_1239 ybjN potF FALSE 0.037 206.000 0.000 NA   NA
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 2094540 2094541 APECO1_1238 APECO1_1237 potG potH TRUE 0.997 10.000 0.857 1.000 Y NA
 2094541 2094542 APECO1_1237 APECO1_1236 potH potI TRUE 0.995 -45.000 0.528 0.067 Y NA
 2094542 2094543 APECO1_1236 APECO1_1235 potI   TRUE 0.736 60.000 0.264 NA   NA
 2094543 2094544 APECO1_1235 APECO1_1234   ybjF TRUE 0.815 41.000 0.226 NA   NA
 2094545 2094546 APECO1_1233 APECO1_1232 artJ artM TRUE 0.619 175.000 0.143 0.082 Y NA
 2094546 2094547 APECO1_1232 APECO1_1231 artM artQ TRUE 0.999 0.000 0.714 0.017 Y NA
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 2094548 2094549 APECO1_1230 APECO1_1229 artI artP TRUE 0.983 18.000 0.323 1.000 Y NA
 2094549 2094550 APECO1_1229 APECO1_1228 artP ybjP FALSE 0.063 212.000 0.081 NA   NA
 2094551 2094552 APECO1_1227 APECO1_1226   ybjR TRUE 0.895 -3.000 0.000 NA   NA
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 2094554 2094555 APECO1_1224 APECO1_1223 ybjU poxB TRUE 0.872 37.000 0.041 1.000 Y NA
 2094555 2094556 APECO1_1223 APECO1_1222 poxB hcr FALSE 0.035 133.000 0.025 1.000 N NA
 2094556 2094557 APECO1_1222 APECO1_1221 hcr hcp TRUE 0.982 12.000 0.000 0.018 Y NA
 2094557 2094558 APECO1_1221 APECO1_1220 hcp ybjE FALSE 0.114 138.000 0.000 1.000   NA
 2094558 2094559 APECO1_1220 APECO1_1219 ybjE aqpZ FALSE 0.016 276.000 0.025 1.000   NA
 2094562 2094563 APECO1_1216 APECO1_1215 macA ybjZ TRUE 0.993 -3.000 0.789 1.000 N NA
 2094563 2094564 APECO1_1215 APECO1_1214 ybjZ   FALSE 0.005 620.000 0.000 NA   NA
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 2094568 2094569 APECO1_1210 APECO1_1209     FALSE 0.139 330.000 0.528 NA   NA
 2094569 2094570 APECO1_1209 APECO1_1208     FALSE 0.306 279.000 0.895 NA   NA
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 2094571 2094572 APECO1_1207 APECO1_1206     TRUE 0.970 -31.000 0.468 NA   NA
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 11716419 2094569   APECO1_1209     FALSE NA 3038.000 0.000 NA   NA
 11431665 2094569   APECO1_1209     FALSE NA 3066.000 0.000 NA   NA
 11574028 2094569   APECO1_1209     FALSE NA 3066.000 0.000 NA   NA
 11716420 2094569   APECO1_1209     FALSE NA 3066.000 0.000 NA   NA
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 11574029 2094569   APECO1_1209     FALSE NA 3099.000 0.000 NA   NA
 11716421 2094569   APECO1_1209     FALSE NA 3099.000 0.000 NA   NA
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 2094630 2094631 APECO1_19 APECO1_20 serC aroA TRUE 0.704 71.000 0.033 1.000 Y NA
 2094631 2094632 APECO1_20 APECO1_21 aroA ycaL FALSE 0.008 161.000 0.003 1.000 N NA
 2094632 2094633 APECO1_21 APECO1_22 ycaL cmk FALSE 0.007 173.000 0.004 1.000 N NA
 2094633 2094634 APECO1_22 APECO1_23 cmk rpsA FALSE 0.483 111.000 0.281 1.000 N NA
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 2094638 2094639 APECO1_27 APECO1_28 lpxK ycaQ FALSE 0.353 37.000 0.017 NA   NA
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 2094653 2094654 APECO1_42 APECO1_43 asnC pncB FALSE 0.027 169.000 0.034 1.000 N NA
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 2094812 2094813 APECO1_203 APECO1_204 ymfA potD TRUE 0.692 16.000 0.000 NA   NA
 2094813 2094814 APECO1_204 APECO1_206 potD potC TRUE 0.992 -3.000 0.000 0.064 Y NA
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 2094815 2094816 APECO1_207 APECO1_208 potB potA TRUE 0.996 -16.000 0.789 1.000 Y NA
 2094818 2094819 APECO1_210 APECO1_211 ycfD phoQ TRUE 0.789 67.000 0.408 NA   NA
 2094819 2094820 APECO1_211 APECO1_212 phoQ phoP TRUE 0.999 0.000 0.940 1.000 Y NA
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 2095028 2095029 APECO1_423 APECO1_424 trpC trpD TRUE 0.995 4.000 0.293 1.000 Y NA
 2095029 2095030 APECO1_424 APECO1_425 trpD trpE TRUE 0.994 0.000 0.010 0.001 Y NA
 2095031 2095032 APECO1_426 APECO1_427 trpH   TRUE 0.944 -39.000 0.281 NA   NA
 2095032 2095033 APECO1_427 APECO1_428   yciQ TRUE 0.581 25.000 0.000 NA   NA
 2095033 2095034 APECO1_428 APECO1_429 yciQ rluB FALSE 0.034 213.000 0.000 NA   NA
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 2095181 2095182 APECO1_575 APECO1_576 tehA tehB TRUE 0.975 -3.000 0.175 1.000   NA
 2095182 2095183 APECO1_576 APECO1_577 tehB   FALSE 0.032 303.000 0.088 NA   NA
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 2095193 2095194 APECO1_587 APECO1_588   ydcZ FALSE 0.008 413.000 0.000 NA   NA
 2095194 2095195 APECO1_588 APECO1_589 ydcZ yncA TRUE 0.935 -3.000 0.070 NA   NA
 2095200 2095201 APECO1_594 APECO1_595     FALSE 0.006 541.000 0.000 NA   NA
 2095201 2095202 APECO1_595 APECO1_596     TRUE 0.650 19.000 0.000 NA   NA
 2095202 2095203 APECO1_596 APECO1_597     TRUE 0.710 -40.000 0.000 NA   NA
 2095203 2095204 APECO1_597 APECO1_598     FALSE 0.350 53.000 0.000 NA   NA
 2095207 2095208 APECO1_601 APECO1_602 yddE narV FALSE 0.239 80.000 0.000 1.000   NA
 2095208 2095209 APECO1_602 APECO1_603 narV narW TRUE 0.999 -3.000 0.714 0.004 Y NA
 2095209 2095210 APECO1_603 APECO1_604 narW narY TRUE 0.999 0.000 0.714 0.004 Y NA
 2095210 2095211 APECO1_604 APECO1_605 narY narZ TRUE 0.999 -3.000 0.833 0.001 Y NA
 2095211 2095212 APECO1_605 APECO1_606 narZ narU TRUE 0.972 -28.000 0.556 1.000 N NA
 2095212 2095213 APECO1_606 APECO1_607 narU   FALSE 0.025 255.000 0.000 1.000   NA
 2095213 2095214 APECO1_607 APECO1_608     FALSE 0.008 406.000 0.000 NA   NA
 2095215 2095217 APECO1_609 APECO1_611 fdnG fdnI FALSE 0.024 872.000 0.000 0.001   NA
 2095218 2095219 APECO1_612 APECO1_613     TRUE 0.991 0.000 0.500 NA   NA
 2095219 2095220 APECO1_613 APECO1_614   adhP FALSE 0.047 186.000 0.000 NA   NA
 2095220 2095221 APECO1_614 APECO1_615 adhP sfcA FALSE 0.184 104.000 0.000 1.000   NA
 2095221 2095222 APECO1_615 APECO1_616 sfcA   FALSE 0.009 395.000 0.000 NA   NA
 2095224 2095225 APECO1_618 APECO1_619   yddW FALSE 0.006 543.000 0.000 1.000   NA
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 2095226 2095227 APECO1_620 APECO1_621 xasA gadA FALSE 0.505 156.000 0.103 1.000 Y NA
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 2095233 2095234 APECO1_627 APECO1_628   ydeP FALSE 0.003 520.000 0.000 1.000 N NA
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 2095237 2095238 APECO1_631 APECO1_632 ydeS   TRUE 0.953 14.000 0.000 1.000 Y NA
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 2095239 2095240 APECO1_633 APECO1_634   fmlA FALSE 0.077 353.000 0.000 1.000 Y NA
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 2095247 2095248 APECO1_641 APECO1_642 uxaB yneF FALSE 0.016 227.000 0.000 1.000 N NA
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 2095373 2095374 APECO1_766 APECO1_767 ydiM ydiN FALSE 0.099 221.000 0.000 0.061   NA
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 2095386 2095387 APECO1_779 APECO1_780   aroH FALSE 0.252 157.000 0.165 1.000   NA
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 2095390 2095391 APECO1_783 APECO1_784 nlpC btuC FALSE 0.115 78.000 0.000 NA N NA
 2095391 2095392 APECO1_784 APECO1_785 btuC btuE TRUE 0.829 0.000 0.000 1.000 N NA
 2095392 2095393 APECO1_785 APECO1_786 btuE btuC FALSE 0.373 62.000 0.084 1.000 N NA
 2095393 2095394 APECO1_786 APECO1_787 btuC pheT FALSE 0.005 405.000 0.000 1.000 N NA
 2095394 2095395 APECO1_787 APECO1_788 pheT pheS TRUE 0.997 15.000 0.574 0.001 Y NA
 2095395 2095396 APECO1_788 APECO1_789 pheS rplT FALSE 0.123 451.000 0.202 1.000 Y NA
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 2095402 2095403 APECO1_794 APECO1_795 ydiZ yniA FALSE 0.163 106.000 0.000 NA   NA
 2095405 2095406 APECO1_797 APECO1_798 yniC ydjM FALSE 0.126 152.000 0.068 NA   NA
 2095406 2095407 APECO1_798 APECO1_799 ydjM ydjN FALSE 0.233 133.000 0.102 NA   NA
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 2095420 2095421 APECO1_812 APECO1_813 spy ydjS FALSE 0.005 330.000 0.000 NA N NA
 2095421 2095422 APECO1_813 APECO1_814 ydjS astB TRUE 0.987 -7.000 0.126 1.000 Y NA
 2095422 2095423 APECO1_814 APECO1_815 astB thrL TRUE 0.981 -3.000 0.306 1.000 N NA
 2095423 2095424 APECO1_815 APECO1_816 thrL astA FALSE 0.057 287.000 0.179 1.000 N NA
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 2095433 2095434 APECO1_826 APECO1_827 ynjD ynjE TRUE 0.614 52.000 0.111 1.000   NA
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 2095557 2095558 APECO1_950 APECO1_952 ftn tyrP FALSE 0.004 468.000 0.000 1.000 N NA
 2095559 5576897 APECO1_953 APECO1_t31     FALSE 0.041 199.000 0.000 NA   NA
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 5576899 2095560 APECO1_t33 APECO1_954   pgsA FALSE 0.082 152.000 0.000 NA   NA
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 2095561 2095562 APECO1_955 APECO1_956 uvrC uvrY TRUE 0.975 -3.000 0.086 0.022 N NA
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 2095733 2095734 APECO1_1122 APECO1_1123 hisF hisI TRUE 0.998 -6.000 0.430 0.002 Y NA
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