MicrobesOnline Operon Predictions for Saccharopolyspora erythraea NRRL 2338

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3650759 3650760 SACE_0001 SACE_0003 dnaA dnaN FALSE 0.246 1252.000 0.328 1.000 Y NA
 3650760 3650761 SACE_0003 SACE_0004 dnaN gnd2 TRUE 0.542 66.000 0.024 1.000 N NA
 3650761 3650762 SACE_0004 SACE_0005 gnd2 recF FALSE 0.286 159.000 0.029 1.000 N NA
 3650762 3650763 SACE_0005 SACE_0006 recF   FALSE 0.468 107.000 0.099 NA   NA
 3650763 3650764 SACE_0006 SACE_0008   gyrB FALSE 0.027 1443.000 0.022 NA   NA
 3650764 3650765 SACE_0008 SACE_0009 gyrB gyrA TRUE 0.895 155.000 0.306 0.000 Y NA
 3650765 3650766 SACE_0009 SACE_0010 gyrA   TRUE 0.591 55.000 0.053 NA   NA
 3650766 3650767 SACE_0010 SACE_8001     FALSE 0.100 92.000 0.000 NA   NA
 3650767 3650768 SACE_8001 SACE_0011     FALSE 0.155 63.000 0.000 NA   NA
 3650768 3650769 SACE_0011 SACE_8002     FALSE 0.064 136.000 0.000 NA   NA
 3650771 3650772 SACE_0013 SACE_0014   mmpL10 FALSE 0.086 162.000 0.000 1.000   NA
 3650772 3650773 SACE_0014 SACE_0015 mmpL10   FALSE 0.203 77.000 0.000 1.000   NA
 3650773 3650774 SACE_0015 SACE_0016     FALSE 0.058 215.000 0.000 1.000 N NA
 3650776 3650777 SACE_0018 SACE_0019     FALSE 0.302 35.000 0.000 1.000   NA
 3650777 3650778 SACE_0019 SACE_0020     TRUE 0.921 -13.000 0.000 1.000   NA
 3650778 3650779 SACE_0020 SACE_0021     TRUE 0.993 -3.000 0.000 0.025 Y NA
 3650779 3650780 SACE_0021 SACE_0022     TRUE 0.910 9.000 0.000 0.001   NA
 3650780 3650781 SACE_0022 SACE_0023     TRUE 0.939 2.000 0.000 0.025   NA
 3650781 3650782 SACE_0023 SACE_0024     TRUE 0.894 22.000 0.400 1.000   NA
 3650782 3650783 SACE_0024 SACE_0025     TRUE 0.996 -3.000 0.400 0.073   NA
 3650783 3650784 SACE_0025 SACE_0026   accA TRUE 0.987 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 3650784 3650785 SACE_0026 SACE_0027 accA   TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.001 Y NA
 3650785 3650786 SACE_0027 SACE_0028     TRUE 0.980 3.000 0.000 0.001 Y NA
 3650786 3650787 SACE_0028 SACE_0029     FALSE 0.105 155.000 0.000 1.000 N NA
 3650788 3650789 SACE_0030 SACE_0031     TRUE 0.971 3.000 0.308 1.000   NA
 3650789 3650790 SACE_0031 SACE_0032     FALSE 0.171 54.000 0.000 NA   NA
 3650790 3650791 SACE_0032 SACE_0033     FALSE 0.042 181.000 0.000 NA   NA
 3650792 3650793 SACE_0034 SACE_0035     FALSE 0.433 149.000 0.114 1.000   NA
 3650794 3650795 SACE_0036 SACE_0037     FALSE 0.280 220.000 0.181 NA   NA
 3650796 3650797 SACE_0038 SACE_0039 srtB   TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3650797 3650798 SACE_0039 SACE_0040   pabA FALSE 0.143 70.000 0.000 NA   NA
 3650801 3650802 SACE_0043 SACE_0044   pknB FALSE 0.035 255.000 0.000 1.000   NA
 3650802 3650803 SACE_0044 SACE_0045 pknB pknA TRUE 0.926 59.000 0.426 0.004   NA
 3650803 3650804 SACE_0045 SACE_0046 pknA   TRUE 0.980 4.000 0.574 1.000 N NA
 3650804 3650805 SACE_0046 SACE_0047   ftsW2 TRUE 0.991 -3.000 0.250 1.000 N NA
 3650805 3650806 SACE_0047 SACE_0048 ftsW2   TRUE 0.972 0.000 0.145 1.000 N NA
 3650806 3650807 SACE_0048 SACE_0049     TRUE 0.988 -3.000 0.216 NA   NA
 3650807 3650808 SACE_0049 SACE_0050     TRUE 0.872 54.000 0.629 NA   NA
 3650810 3650811 SACE_0051 SACE_0052   phoD FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3650811 3650812 SACE_0052 SACE_0053 phoD   FALSE 0.055 156.000 0.000 NA   NA
 3650812 3650813 SACE_0053 SACE_0054     FALSE 0.007 740.000 0.000 NA   NA
 3650814 3650815 SACE_0055 SACE_0056     FALSE 0.087 103.000 0.000 NA   NA
 3650816 3650817 SACE_0057 SACE_0058     FALSE 0.113 144.000 0.000 1.000 N NA
 3650818 3650819 SACE_0059 SACE_0060     FALSE 0.036 196.000 0.000 NA   NA
 3650819 3650820 SACE_0060 SACE_0061     TRUE 0.643 57.000 0.086 NA   NA
 3650820 3650821 SACE_0061 SACE_0062     FALSE 0.008 545.000 0.000 NA   NA
 3650826 3650827 SACE_0067 SACE_0068     TRUE 0.952 14.000 0.667 NA   NA
 3650828 3650829 SACE_0069 SACE_0070     TRUE 0.642 131.000 0.444 NA   NA
 3650829 3650830 SACE_0070 SACE_0071     TRUE 0.496 146.000 0.222 NA   NA
 3650831 3650832 SACE_0072 SACE_0073 mphB   FALSE 0.010 423.000 0.000 NA   NA
 3650832 3650833 SACE_0073 SACE_0074     TRUE 0.984 -3.000 0.125 NA   NA
 3650833 3650834 SACE_0074 SACE_0075     TRUE 0.517 101.000 0.125 NA   NA
 3650835 3650836 SACE_0076 SACE_0077     TRUE 0.904 5.000 0.000 0.066 N NA
 3650836 3650837 SACE_0077 SACE_0078     TRUE 0.997 -7.000 0.085 0.073 Y NA
 3650837 3650838 SACE_0078 SACE_0079     TRUE 0.997 -3.000 0.083 0.073 Y NA
 3650838 3650839 SACE_0079 SACE_0080     TRUE 0.995 -3.000 0.229 0.066 N NA
 3650840 3650841 SACE_0081 SACE_0082     FALSE 0.023 241.000 0.000 NA   NA
 3650841 3650842 SACE_0082 SACE_0083     FALSE 0.055 156.000 0.000 NA   NA
 3650842 3650843 SACE_0083 SACE_0084     FALSE 0.109 132.000 0.000 1.000   NA
 3650843 3650844 SACE_0084 SACE_0085     FALSE 0.136 106.000 0.000 1.000   NA
 3650844 3650845 SACE_0085 SACE_0086     FALSE 0.181 44.000 0.000 NA   NA
 3650847 3650848 SACE_0088 SACE_0089     FALSE 0.409 12.000 0.000 NA   NA
 3650848 3650849 SACE_0089 SACE_0090     FALSE 0.327 16.000 0.000 NA   NA
 3650849 3650850 SACE_0090 SACE_0091     TRUE 0.958 -3.000 0.007 NA   NA
 3650850 3650851 SACE_0091 SACE_0092     FALSE 0.024 236.000 0.000 NA   NA
 3650851 3650852 SACE_0092 SACE_0093     FALSE 0.032 209.000 0.000 NA   NA
 3650852 3650853 SACE_0093 SACE_0094     FALSE 0.029 217.000 0.000 NA   NA
 3650854 3650855 SACE_0095 SACE_0096 rkpK ggt1 FALSE 0.018 472.000 0.000 1.000 N NA
 3650855 3650856 SACE_0096 SACE_0097 ggt1   FALSE 0.066 201.000 0.000 1.000 N NA
 3650857 3650858 SACE_0098 SACE_0099 glxK   TRUE 0.911 15.000 0.240 1.000 N NA
 3650858 3650859 SACE_0099 SACE_0100     FALSE 0.266 166.000 0.000 0.073   NA
 3650859 3650860 SACE_0100 SACE_0101     FALSE 0.143 240.000 0.000 0.073   NA
 3650860 3650861 SACE_0101 SACE_0102     TRUE 0.998 -3.000 0.188 0.073 Y NA
 3650861 3650862 SACE_0102 SACE_0103     TRUE 0.871 -10.000 0.000 NA   NA
 3650865 3650866 SACE_0106 SACE_0107   msrA FALSE 0.389 22.000 0.000 1.000 N NA
 3650867 3650868 SACE_0108 SACE_0109     FALSE 0.037 194.000 0.000 NA   NA
 3650868 3650869 SACE_0109 SACE_0110   chb FALSE 0.033 206.000 0.000 NA   NA
 3650869 3650870 SACE_0110 SACE_8004 chb   FALSE 0.007 658.000 0.000 NA   NA
 3650870 3650871 SACE_8004 SACE_0111     FALSE 0.065 133.000 0.000 NA   NA
 3650872 3650873 SACE_0112 SACE_0113     FALSE 0.018 276.000 0.000 NA   NA
 3650873 3650874 SACE_0113 SACE_0114   mutM,fpg FALSE 0.321 104.000 0.024 NA   NA
 3650874 3650875 SACE_0114 SACE_0115 mutM,fpg   FALSE 0.298 145.000 0.024 1.000 N NA
 3650875 3650876 SACE_0115 SACE_0116     FALSE 0.165 208.000 0.012 1.000 N NA
 3650876 3650877 SACE_0116 SACE_0117     FALSE 0.107 272.000 0.018 1.000 N NA
 3650877 3650878 SACE_0117 SACE_0118     TRUE 0.987 -3.000 0.200 NA   NA
 3650878 3650879 SACE_0118 SACE_0119     FALSE 0.125 79.000 0.000 NA   NA
 3650879 3650880 SACE_0119 SACE_0120   clfB FALSE 0.017 291.000 0.000 NA   NA
 3650880 3650881 SACE_0120 SACE_0121 clfB   TRUE 0.989 -3.000 0.250 NA   NA
 3650883 3650884 SACE_0123 SACE_0124     TRUE 0.795 30.000 0.200 NA   NA
 3650886 3650887 SACE_0126 SACE_0127 glpQ1   TRUE 0.667 55.000 0.100 NA   NA
 3650887 3650888 SACE_0127 SACE_0128     FALSE 0.069 125.000 0.000 NA   NA
 3650888 3650889 SACE_0128 SACE_0129     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3650890 3650891 SACE_0130 SACE_0131   arcA FALSE 0.077 324.000 0.008 1.000 N NA
 3650891 3650892 SACE_0131 SACE_0132 arcA   FALSE 0.066 132.000 0.000 NA   NA
 3650895 3650896 SACE_0135 SACE_0136   fahA TRUE 0.994 -3.000 0.500 NA   NA
 3650896 3650897 SACE_0136 SACE_0137 fahA sdrB TRUE 0.936 5.000 0.095 1.000 N NA
 3650898 3650899 SACE_0138 SACE_0139   yfiL TRUE 0.995 -3.000 0.667 NA   NA
 3650899 3650900 SACE_0139 SACE_0140 yfiL   TRUE 0.973 6.000 0.625 NA   NA
 3650900 3650901 SACE_0140 SACE_0141     TRUE 0.995 -3.000 0.667 NA   NA
 3650902 3650903 SACE_0142 SACE_0143   cydB TRUE 0.992 13.000 0.925 0.072 Y NA
 3650903 3650904 SACE_0143 SACE_0144 cydB cydCD TRUE 0.995 -3.000 0.151 1.000 Y NA
 3650904 3650905 SACE_0144 SACE_0145 cydCD   FALSE 0.067 463.000 0.000 0.068 N NA
 3650905 3650906 SACE_0145 SACE_0147     FALSE 0.006 1232.000 0.000 NA   NA
 3650907 3650908 SACE_0148 SACE_0149     FALSE 0.155 63.000 0.000 NA   NA
 3650911 3650912 SACE_0152 SACE_0153 pheA pgmB TRUE 0.984 -3.000 0.079 1.000 N NA
 3650913 3650914 SACE_0154 SACE_0155     TRUE 0.835 41.000 0.387 NA   NA
 3650915 3650916 SACE_0156 SACE_0157     TRUE 0.956 5.000 0.267 NA   NA
 3650916 3650917 SACE_0157 SACE_0158   serS FALSE 0.071 149.000 0.000 NA N NA
 3650922 3650923 SACE_0163 SACE_0164     FALSE 0.161 92.000 0.000 1.000   NA
 3650924 3650925 SACE_0165 SACE_0166 glf   TRUE 0.932 4.000 0.105 NA   NA
 3650925 3650926 SACE_0166 SACE_0167     TRUE 0.640 145.000 0.500 NA   NA
 3650926 3650927 SACE_0167 SACE_0168     TRUE 0.990 -7.000 0.136 1.000 N NA
 3650928 3650929 SACE_0169 SACE_0170     TRUE 0.866 -58.000 0.000 NA   NA
 3650931 3650932 SACE_0172 SACE_0173     FALSE 0.098 93.000 0.000 NA   NA
 3650933 3650934 SACE_0174 SACE_0175   phoD FALSE 0.031 230.000 0.000 NA N NA
 3650936 3650937 SACE_0177 SACE_0178   embC FALSE 0.035 257.000 0.000 1.000   NA
 3650937 3650938 SACE_0178 SACE_0179 embC embC FALSE 0.136 327.000 0.000 0.002   NA
 3650938 3650939 SACE_0179 SACE_0180 embC   TRUE 0.726 3.000 0.000 1.000   NA
 3650939 3650940 SACE_0180 SACE_0181     TRUE 0.987 -13.000 0.000 0.001   NA
 3650940 3650941 SACE_0181 SACE_0182     TRUE 0.986 -3.000 0.125 1.000   NA
 3650944 3650945 SACE_0185 SACE_0186   embB FALSE 0.015 322.000 0.000 NA   NA
 3650945 3650946 SACE_0186 SACE_0187 embB ohrA FALSE 0.109 131.000 0.000 1.000   NA
 3650948 3650949 SACE_0189 SACE_0190     TRUE 0.995 2.000 0.875 1.000 Y NA
 3650950 3650951 SACE_0191 SACE_0192     FALSE 0.212 31.000 0.000 NA   NA
 3650952 3650953 SACE_0193 SACE_0194     TRUE 0.990 -3.000 0.242 1.000   NA
 3650953 3650954 SACE_0194 SACE_0195     TRUE 0.903 27.000 0.000 0.001 Y NA
 3650956 3650957 SACE_0197 SACE_0198   embC FALSE 0.025 231.000 0.000 NA   NA
 3650957 3650958 SACE_0198 SACE_0199 embC   FALSE 0.052 161.000 0.000 NA   NA
 3650958 3650959 SACE_0199 SACE_0200     TRUE 0.991 -3.000 0.303 NA   NA
 3650959 3650960 SACE_0200 SACE_0201     TRUE 0.964 14.000 0.273 NA Y NA
 3650963 3650964 SACE_0204 SACE_0205     FALSE 0.092 155.000 0.000 1.000   NA
 3650965 3650966 SACE_0206 SACE_0207     TRUE 0.995 -3.000 0.235 0.096   NA
 3650966 3650967 SACE_0207 SACE_0208     TRUE 0.929 -16.000 0.000 1.000 N NA
 3650968 3650969 SACE_0209 SACE_8005     FALSE 0.178 50.000 0.000 NA   NA
 3650971 3650972 SACE_0211 SACE_0212     FALSE 0.009 480.000 0.000 NA   NA
 3650972 3650973 SACE_0212 SACE_0213     FALSE 0.180 46.000 0.000 NA   NA
 3650973 3650974 SACE_0213 SACE_0214     FALSE 0.012 379.000 0.000 NA   NA
 3650975 3650976 SACE_0215 SACE_0216     FALSE 0.076 115.000 0.000 NA   NA
 3650976 3650977 SACE_0216 SACE_0217   hisC2 FALSE 0.148 67.000 0.000 NA   NA
 3650978 3650979 SACE_0218 SACE_0219   acsA TRUE 0.688 74.000 0.143 1.000 N NA
 3650979 3650980 SACE_0219 SACE_8006 acsA   FALSE 0.073 118.000 0.000 NA   NA
 3650980 3650981 SACE_8006 SACE_8007     FALSE 0.185 40.000 0.000 NA   NA
 3650981 3650982 SACE_8007 SACE_0220     FALSE 0.011 393.000 0.000 NA   NA
 3650982 3650983 SACE_0220 SACE_0221     FALSE 0.011 396.000 0.000 NA   NA
 3650983 3650984 SACE_0221 SACE_0222     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3650984 3650985 SACE_0222 SACE_0223     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3650985 3650986 SACE_0223 SACE_0224     FALSE 0.052 160.000 0.000 NA   NA
 3650986 3650987 SACE_0224 SACE_0225     FALSE 0.065 134.000 0.000 NA   NA
 3650988 3650989 SACE_0226 SACE_0227     FALSE 0.012 378.000 0.000 NA   NA
 3650991 3650992 SACE_0229 SACE_0230 cypA   FALSE 0.347 31.000 0.000 1.000 N NA
 3650992 3650993 SACE_0230 SACE_0231   tyrA FALSE 0.020 431.000 0.000 1.000 N NA
 3650994 3650995 SACE_0232 SACE_0233     TRUE 0.975 -3.000 0.053 NA   NA
 3650995 3650996 SACE_0233 SACE_0234     FALSE 0.078 183.000 0.000 1.000 N NA
 3650996 3650997 SACE_0234 SACE_8008     FALSE 0.164 58.000 0.000 NA   NA
 3650997 3650998 SACE_8008 SACE_0235     FALSE 0.021 253.000 0.000 NA   NA
 3650999 3651000 SACE_0236 SACE_0237     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651002 3651003 SACE_0239 SACE_0240 int   FALSE 0.008 541.000 0.000 NA   NA
 3651003 3651004 SACE_0240 SACE_0240a     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651004 3651005 SACE_0240a SACE_0241     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651005 3651006 SACE_0241 SACE_0242     FALSE 0.017 283.000 0.000 NA   NA
 3651006 3651007 SACE_0242 SACE_0244     FALSE 0.006 990.000 0.000 NA   NA
 3651007 3651008 SACE_0244 SACE_0245     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3651008 3651009 SACE_0245 SACE_0246     TRUE 0.576 4.000 0.000 NA   NA
 3651009 3651010 SACE_0246 SACE_0247     TRUE 0.606 3.000 0.000 NA   NA
 3651010 3651011 SACE_0247 SACE_0248     FALSE 0.008 582.000 0.000 NA   NA
 3651011 3651012 SACE_0248 SACE_0250     FALSE 0.006 1562.000 0.000 NA   NA
 3651013 3651014 SACE_0251 SACE_0252     FALSE 0.184 41.000 0.000 NA   NA
 3651016 3651017 SACE_0254 SACE_0255   recR TRUE 0.895 32.000 0.604 NA   NA
 3651017 3651018 SACE_0255 SACE_0256 recR   FALSE 0.016 348.000 0.000 NA N NA
 3651018 3651019 SACE_0256 SACE_0257     FALSE 0.034 222.000 0.000 NA N NA
 3651019 3651020 SACE_0257 SACE_0258     TRUE 0.757 157.000 0.072 0.065 Y NA
 3651020 3651021 SACE_0258 SACE_0259   appCC TRUE 0.991 14.000 0.779 0.065 Y NA
 3651021 3651022 SACE_0259 SACE_0260 appCC   TRUE 0.926 18.000 0.077 1.000 Y NA
 3651022 3651023 SACE_0260 SACE_0261     TRUE 0.938 121.000 0.542 0.001 Y NA
 3651023 3651024 SACE_0261 SACE_0262     FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3651027 3651028 SACE_0265 SACE_0266     TRUE 0.767 24.000 0.000 1.000 Y NA
 3651028 3651029 SACE_0266 SACE_0267     FALSE 0.087 103.000 0.000 NA   NA
 3651029 3651030 SACE_0267 SACE_0268     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651032 3651033 SACE_0270 SACE_0271     TRUE 0.868 -24.000 0.000 NA   NA
 3651036 3651037 SACE_0275 SACE_0276     FALSE 0.019 269.000 0.000 NA   NA
 3651040 3651041 SACE_0279 SACE_0280   tdsD FALSE 0.086 173.000 0.000 1.000 N NA
 3651041 3651042 SACE_0280 SACE_0281 tdsD   FALSE 0.314 17.000 0.000 NA   NA
 3651043 3651044 SACE_0282 SACE_0283 lysC,ask   TRUE 0.988 0.000 0.119 1.000 Y NA
 3651046 3651047 SACE_0285 SACE_0286     FALSE 0.107 135.000 0.000 1.000   NA
 3651048 3651049 SACE_0287 SACE_0288     TRUE 0.585 76.000 0.065 1.000   NA
 3651050 3651051 SACE_0289 SACE_0290     FALSE 0.071 150.000 0.000 NA N NA
 3651052 3651053 SACE_0291 SACE_0292     FALSE 0.170 97.000 0.000 1.000 N NA
 3651053 3651054 SACE_0292 SACE_0293   dnaK FALSE 0.359 180.000 0.125 1.000   NA
 3651055 3651056 SACE_0294 SACE_0295   iniA FALSE 0.027 225.000 0.000 NA   NA
 3651056 3651057 SACE_0295 SACE_0296 iniA   TRUE 0.997 -3.000 0.400 0.005   NA
 3651058 3651059 SACE_0297 SACE_0298     FALSE 0.401 21.000 0.000 1.000 N NA
 3651059 3651060 SACE_0298 SACE_0299     FALSE 0.011 392.000 0.000 NA   NA
 3651061 3651062 SACE_0300 SACE_0301     TRUE 0.871 -10.000 0.000 NA   NA
 3651063 3651064 SACE_0302 SACE_0303 katA   FALSE 0.015 484.000 0.000 1.000   NA
 3651066 3651067 SACE_0305 SACE_0306   bga FALSE 0.076 114.000 0.000 NA   NA
 3651068 3651069 SACE_0307 SACE_0308     TRUE 0.606 3.000 0.000 NA   NA
 3651070 3651071 SACE_0309 SACE_0310     TRUE 0.629 70.000 0.069 1.000 N NA
 3651071 3651072 SACE_0310 SACE_8010     FALSE 0.016 295.000 0.000 NA   NA
 3651072 3651073 SACE_8010 SACE_0311     FALSE 0.177 51.000 0.000 NA   NA
 3651075 3651076 SACE_0313 SACE_0314   pon1 FALSE 0.040 206.000 0.000 NA N NA
 3651078 3651079 SACE_0316 SACE_0317     TRUE 0.999 -3.000 0.709 0.001 Y NA
 3651079 3651080 SACE_0317 SACE_0318     FALSE 0.166 57.000 0.000 NA   NA
 3651081 3651082 SACE_0319 SACE_0320     TRUE 0.963 2.000 0.208 NA   NA
 3651082 3651083 SACE_0320 SACE_0321     FALSE 0.143 372.000 0.188 NA   NA
 3651083 3651084 SACE_0321 SACE_0322     TRUE 0.858 75.000 0.800 NA   NA
 3651086 3651087 SACE_0324 SACE_0325     TRUE 0.986 0.000 0.123 0.023   NA
 3651088 3651089 SACE_0326 SACE_0327   dnaN FALSE 0.253 58.000 0.000 1.000   NA
 3651089 3651090 SACE_0327 SACE_0328 dnaN   FALSE 0.016 471.000 0.000 1.000   NA
 3651090 3651091 SACE_0328 SACE_0329     FALSE 0.011 941.000 0.000 1.000   NA
 3651091 3651092 SACE_0329 SACE_0330     FALSE 0.156 197.000 0.021 NA   NA
 3651093 3651094 SACE_0331 SACE_0332 nth   TRUE 0.967 -3.000 0.004 1.000 N NA
 3651094 3651095 SACE_0332 SACE_0333     TRUE 0.730 24.000 0.058 1.000   NA
 3651095 3651096 SACE_0333 SACE_0334     FALSE 0.146 100.000 0.000 1.000   NA
 3651097 3651098 SACE_0335 SACE_0336     TRUE 0.680 78.000 0.207 NA   NA
 3651098 3651099 SACE_0336 SACE_0337   acsA FALSE 0.346 188.000 0.120 1.000 N NA
 3651100 3651101 SACE_0338 SACE_0339     FALSE 0.109 131.000 0.000 1.000   NA
 3651102 3651103 SACE_0340 SACE_0341   ptlR TRUE 0.838 37.000 0.345 NA N NA
 3651103 3651104 SACE_0341 SACE_0342 ptlR   FALSE 0.191 89.000 0.000 1.000 N NA
 3651104 3651105 SACE_0342 SACE_0343     FALSE 0.382 23.000 0.000 1.000 N NA
 3651105 3651106 SACE_0343 SACE_0344   dapA TRUE 0.956 2.000 0.104 1.000 N NA
 3651106 3651107 SACE_0344 SACE_0345 dapA   TRUE 0.825 0.000 0.000 1.000 N NA
 3651108 3651109 SACE_0346 SACE_0347     FALSE 0.120 82.000 0.000 NA   NA
 3651109 3651110 SACE_0347 SACE_0348     FALSE 0.162 59.000 0.000 NA   NA
 3651110 3651111 SACE_0348 SACE_0349     TRUE 0.821 88.000 0.750 NA   NA
 3651112 3651113 SACE_0350 SACE_0351   estC FALSE 0.026 230.000 0.000 NA   NA
 3651113 3651114 SACE_0351 SACE_0352 estC murQ FALSE 0.277 43.000 0.000 1.000   NA
 3651114 3651115 SACE_0352 SACE_0353 murQ   TRUE 0.994 -3.000 0.103 0.004   NA
 3651116 3651117 SACE_0354 SACE_0355     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651118 3651119 SACE_0356 SACE_0357     FALSE 0.180 45.000 0.000 NA   NA
 3651121 3651122 SACE_0359 SACE_0360     FALSE 0.014 328.000 0.000 NA   NA
 3651122 3651123 SACE_0360 SACE_0361   blaA1 FALSE 0.164 58.000 0.000 NA   NA
 3651123 3651124 SACE_0361 SACE_0362 blaA1 ybbC,yzbB TRUE 0.803 39.000 0.267 NA   NA
 3651124 3651125 SACE_0362 SACE_0363 ybbC,yzbB nagA TRUE 0.795 30.000 0.200 NA   NA
 3651125 3651126 SACE_0363 SACE_0365 nagA   FALSE 0.011 1358.000 0.000 1.000 N NA
 3651127 3651128 SACE_0366 SACE_0367 minD2   TRUE 0.938 21.000 0.776 1.000 N NA
 3651128 3651129 SACE_0367 SACE_0368     TRUE 0.998 -6.000 0.659 NA Y NA
 3651129 3651130 SACE_0368 SACE_0369     FALSE 0.088 873.000 0.215 NA   NA
 3651130 3651131 SACE_0369 SACE_0370     TRUE 0.726 56.000 0.176 NA   NA
 3651131 3651132 SACE_0370 SACE_0371     FALSE 0.006 875.000 0.000 NA   NA
 3651132 3651133 SACE_0371 SACE_0372     FALSE 0.006 998.000 0.000 NA   NA
 3651135 3651136 SACE_0374 SACE_0375   hppA FALSE 0.010 417.000 0.000 NA   NA
 3651136 3651137 SACE_0375 SACE_0376 hppA   FALSE 0.180 170.000 0.013 NA   NA
 3651137 3651138 SACE_0376 SACE_0377   topA FALSE 0.050 368.000 0.008 NA   NA
 3651138 3651139 SACE_0377 SACE_0378 topA   FALSE 0.143 70.000 0.000 NA   NA
 3651139 3651140 SACE_0378 SACE_0379   holB FALSE 0.182 43.000 0.000 NA   NA
 3651141 3651142 SACE_0380 SACE_0381 kduD   FALSE 0.042 181.000 0.000 NA   NA
 3651143 3651144 SACE_8011 SACE_0382   cpdA FALSE 0.057 152.000 0.000 NA   NA
 3651148 3651149 SACE_0386 SACE_0387     FALSE 0.050 165.000 0.000 NA   NA
 3651151 3651152 SACE_0389 SACE_0390     TRUE 0.973 0.000 0.167 1.000 N NA
 3651154 3651155 SACE_0392 SACE_0393     FALSE 0.038 189.000 0.000 NA   NA
 3651155 3651156 SACE_0393 SACE_0394     FALSE 0.103 293.000 0.050 NA   NA
 3651156 3651157 SACE_0394 SACE_0395   hpt TRUE 0.812 84.000 0.137 0.031 N NA
 3651157 3651158 SACE_0395 SACE_0396 hpt ftsH FALSE 0.264 250.000 0.180 1.000 N NA
 3651158 3651159 SACE_0396 SACE_0397 ftsH folE TRUE 0.737 74.000 0.212 1.000 N NA
 3651159 3651160 SACE_0397 SACE_0398 folE folP TRUE 0.953 39.000 0.609 1.000 Y NA
 3651160 3651161 SACE_0398 SACE_0399 folP folX TRUE 0.998 -7.000 0.471 1.000 Y NA
 3651161 3651162 SACE_0399 SACE_0400 folX folK TRUE 0.904 22.000 0.075 1.000 Y NA
 3651164 3651165 SACE_0402 SACE_0403     FALSE 0.041 183.000 0.000 NA   NA
 3651165 3651166 SACE_0403 SACE_0404     FALSE 0.171 54.000 0.000 NA   NA
 3651166 3651167 SACE_0404 SACE_0405     FALSE 0.105 229.000 0.012 NA   NA
 3651167 3651168 SACE_0405 SACE_0406   panC TRUE 0.609 71.000 0.067 1.000   NA
 3651168 3651169 SACE_0406 SACE_0407 panC panD TRUE 0.926 53.000 0.342 1.000 Y NA
 3651169 3651170 SACE_0407 SACE_0408 panD   TRUE 0.590 57.000 0.030 1.000 N NA
 3651170 3651171 SACE_0408 SACE_0409   lysS FALSE 0.415 90.000 0.015 1.000 N NA
 3651171 3651172 SACE_0409 SACE_0410 lysS lsr2 FALSE 0.453 168.000 0.247 NA   NA
 3651172 3651173 SACE_0410 SACE_0411 lsr2 fepD FALSE 0.009 482.000 0.000 NA   NA
 3651173 3651174 SACE_0411 SACE_0412 fepD fepG TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.063 Y NA
 3651174 3651175 SACE_0412 SACE_0413 fepG fepC TRUE 0.998 -3.000 0.750 1.000 Y NA
 3651175 3651176 SACE_0413 SACE_0414 fepC clpC FALSE 0.112 279.000 0.000 0.094 N NA
 3651178 3651179 SACE_0416 SACE_0417 ORFL4 tpase1 FALSE 0.331 438.000 0.250 1.000 Y NA
 3651183 3651184 SACE_0421 SACE_0422     FALSE 0.013 360.000 0.000 NA   NA
 3651185 3651186 SACE_0423 SACE_0424     TRUE 0.996 -3.000 0.429 0.094 N NA
 3651190 3651191 SACE_0428 SACE_0429     FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3651191 3651192 SACE_0429 SACE_0430     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651192 3651193 SACE_0430 SACE_0431     FALSE 0.053 159.000 0.000 NA   NA
 3651193 3651194 SACE_0431 SACE_0432   mutY TRUE 0.869 4.000 0.003 1.000   NA
 3651194 3651195 SACE_0432 SACE_0433 mutY   TRUE 0.511 59.000 0.005 1.000 N NA
 3651197 3651198 SACE_0435 SACE_0436   radA TRUE 0.984 -3.000 0.126 NA   NA
 3651198 3651199 SACE_0436 SACE_0437 radA   FALSE 0.027 225.000 0.000 NA   NA
 3651200 3651201 SACE_0438 SACE_0439   ispD TRUE 0.706 28.000 0.068 NA N NA
 3651201 3651202 SACE_0439 SACE_0440 ispD ispF TRUE 0.997 -3.000 0.419 1.000 Y NA
 3651202 3651203 SACE_0440 SACE_0441 ispF   FALSE 0.064 137.000 0.000 NA   NA
 3651203 3651204 SACE_0441 SACE_0442     FALSE 0.031 211.000 0.000 NA   NA
 3651204 3651205 SACE_0442 SACE_0443   cysS FALSE 0.253 133.000 0.003 1.000   NA
 3651205 3651206 SACE_0443 SACE_0444 cysS   TRUE 0.972 6.000 0.088 1.000 Y NA
 3651208 3651209 SACE_0446 SACE_0447 algI comA FALSE 0.217 29.000 0.000 NA   NA
 3651211 3651212 SACE_0449 SACE_0450     FALSE 0.054 158.000 0.000 NA   NA
 3651213 3651214 SACE_0451 SACE_0452   fhuC TRUE 0.998 -3.000 0.291 0.093 Y NA
 3651214 3651215 SACE_0452 SACE_0453 fhuC   TRUE 0.924 29.000 0.204 1.000 Y NA
 3651215 3651216 SACE_0453 SACE_0454     FALSE 0.250 178.000 0.033 1.000 N NA
 3651218 3651219 SACE_0456 SACE_0457 speE   FALSE 0.335 97.000 0.019 NA   NA
 3651219 3651220 SACE_0457 SACE_0458     FALSE 0.179 47.000 0.000 NA   NA
 3651220 3651221 SACE_0458 SACE_0459     TRUE 0.991 -3.000 0.333 NA   NA
 3651221 3651222 SACE_0459 SACE_0460     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651222 3651223 SACE_0460 SACE_0461     FALSE 0.042 180.000 0.000 NA   NA
 3651223 3651224 SACE_0461 SACE_0462   otsA TRUE 0.833 158.000 0.115 0.001 Y NA
 3651224 3651225 SACE_0462 SACE_0463 otsA   FALSE 0.088 327.000 0.047 NA   NA
 3651227 3651228 SACE_0464 SACE_0465 int   FALSE 0.011 399.000 0.000 NA   NA
 3651228 3651229 SACE_0465 SACE_0465a     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651229 3651230 SACE_0465a SACE_0466     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651230 3651231 SACE_0466 SACE_0467     FALSE 0.017 283.000 0.000 NA   NA
 3651231 3651232 SACE_0467 SACE_0468     FALSE 0.006 1091.000 0.000 NA   NA
 3651232 3651233 SACE_0468 SACE_0469     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3651233 3651234 SACE_0469 SACE_0470     TRUE 0.525 6.000 0.000 NA   NA
 3651234 3651235 SACE_0470 SACE_0471     TRUE 0.606 3.000 0.000 NA   NA
 3651243 3651244 SACE_0479 SACE_0480     TRUE 0.867 -27.000 0.000 NA   NA
 3651245 3651246 SACE_0481 SACE_0482     FALSE 0.010 441.000 0.000 NA   NA
 3651246 3651247 SACE_0482 SACE_0483   ectA FALSE 0.014 510.000 0.000 1.000   NA
 3651247 3651248 SACE_0483 SACE_0484 ectA ectB TRUE 0.889 134.000 0.793 0.000   NA
 3651248 3651249 SACE_0484 SACE_0485 ectB ectC TRUE 0.901 32.000 0.572 1.000   NA
 3651249 3651250 SACE_0485 SACE_0486 ectC ectD FALSE 0.256 221.000 0.105 1.000   NA
 3651254 3651255 SACE_0491 SACE_0492     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3651255 3651256 SACE_0492 SACE_0493     FALSE 0.061 143.000 0.000 NA   NA
 3651256 3651257 SACE_0493 SACE_0494   gcvH FALSE 0.043 177.000 0.000 NA   NA
 3651259 3651260 SACE_0496 SACE_0497     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3651262 3651263 SACE_0500 SACE_0501     FALSE 0.025 232.000 0.000 NA   NA
 3651267 3651268 SACE_0506 SACE_0507   ThiS TRUE 0.996 -9.000 0.625 1.000 N NA
 3651268 3651269 SACE_0507 SACE_0508 ThiS thiG TRUE 0.974 6.000 0.104 1.000 Y NA
 3651270 3651271 SACE_0509 SACE_0510   thiD FALSE 0.041 182.000 0.000 NA   NA
 3651271 3651272 SACE_0510 SACE_0511 thiD thiC TRUE 0.816 98.000 0.003 0.006 Y NA
 3651273 3651274 SACE_0512 SACE_0513     TRUE 0.531 72.000 0.000 0.071   NA
 3651276 3651277 SACE_0515 SACE_0516     TRUE 0.969 0.000 0.176 NA   NA
 3651277 3651278 SACE_0516 SACE_0517     FALSE 0.136 73.000 0.000 NA   NA
 3651278 3651279 SACE_0517 SACE_0518     FALSE 0.135 74.000 0.000 NA   NA
 3651280 3651281 SACE_0519 SACE_0520   pssA FALSE 0.295 151.000 0.025 1.000 N NA
 3651281 3651282 SACE_0520 SACE_0521 pssA psd TRUE 0.999 -3.000 0.466 0.002 Y NA
 3651282 3651283 SACE_0521 SACE_0522 psd   FALSE 0.011 1255.000 0.000 1.000 N NA
 3651283 3651284 SACE_0522 SACE_0523   moaA3 TRUE 0.702 66.000 0.125 1.000 N NA
 3651285 3651286 SACE_0524 SACE_0525     FALSE 0.134 246.000 0.049 NA   NA
 3651286 3651287 SACE_0525 SACE_0526   pknJ FALSE 0.370 404.000 0.286 1.000 Y NA
 3651287 3651288 SACE_0526 SACE_0527 pknJ groEL FALSE 0.051 569.000 0.000 0.093 N NA
 3651291 3651292 SACE_0530 SACE_0531     FALSE 0.122 81.000 0.000 NA   NA
 3651293 3651294 SACE_0532 SACE_0533     FALSE 0.206 76.000 0.000 1.000   NA
 3651294 3651295 SACE_0533 SACE_0534     TRUE 0.963 8.000 0.500 NA   NA
 3651295 3651296 SACE_0534 SACE_0535     TRUE 0.889 20.000 0.375 NA   NA
 3651296 3651297 SACE_0535 SACE_0536     FALSE 0.344 168.000 0.100 NA N NA
 3651297 3651298 SACE_0536 SACE_0537     TRUE 0.999 -3.000 0.667 0.003 Y NA
 3651298 3651299 SACE_0537 SACE_0538     TRUE 0.999 -3.000 0.571 0.003 Y NA
 3651299 3651300 SACE_0538 SACE_0539     FALSE 0.314 283.000 0.467 NA   NA
 3651300 3651301 SACE_0539 SACE_0540     FALSE 0.038 189.000 0.000 NA   NA
 3651302 3651303 SACE_0541 SACE_0542 menC   FALSE 0.156 104.000 0.000 1.000 N NA
 3651303 3651304 SACE_0542 SACE_0543     TRUE 0.943 0.000 0.033 1.000   NA
 3651304 3651305 SACE_0543 SACE_0544     FALSE 0.025 231.000 0.000 NA   NA
 3651305 3651306 SACE_0544 SACE_0545     FALSE 0.100 92.000 0.000 NA   NA
 3651306 3651307 SACE_0545 SACE_0546     FALSE 0.384 144.000 0.000 0.008   NA
 3651310 3651311 SACE_0549 SACE_0550     FALSE 0.030 214.000 0.000 NA   NA
 3651311 3651312 SACE_0550 SACE_0551   mdlC FALSE 0.085 104.000 0.000 NA   NA
 3651312 3651313 SACE_0551 SACE_0552 mdlC   FALSE 0.009 480.000 0.000 NA   NA
 3651314 3651315 SACE_0553 SACE_0554     TRUE 0.993 2.000 0.500 1.000 Y NA
 3651315 3651316 SACE_0554 SACE_0555     TRUE 0.967 71.000 0.750 0.063 Y NA
 3651316 3651317 SACE_0555 SACE_0556     TRUE 0.959 26.000 0.625 NA Y NA
 3651318 3651319 SACE_0557 SACE_0558   cvnB7 FALSE 0.252 21.000 0.000 NA   NA
 3651319 3651320 SACE_0558 SACE_0559 cvnB7   FALSE 0.210 32.000 0.000 NA   NA
 3651320 3651321 SACE_0559 SACE_0560   cvnD6 TRUE 0.868 -19.000 0.000 NA   NA
 3651323 3651324 SACE_0562 SACE_0563     FALSE 0.182 216.000 0.056 NA   NA
 3651324 3651325 SACE_0563 SACE_0564   moaC TRUE 0.625 22.000 0.003 1.000 N NA
 3651325 3651326 SACE_0564 SACE_0565 moaC   TRUE 0.862 121.000 0.093 0.001 Y NA
 3651327 3651328 SACE_0567 SACE_0568   moaD2 FALSE 0.010 1477.000 0.000 1.000   NA
 3651328 3651329 SACE_0568 SACE_0569 moaD2 moaA TRUE 0.971 5.000 0.410 1.000   NA
 3651330 3651331 SACE_0570 SACE_0571     TRUE 0.825 0.000 0.000 1.000 N NA
 3651331 3651332 SACE_0571 SACE_0572     TRUE 0.936 75.000 0.578 0.000 N NA
 3651332 3651333 SACE_0572 SACE_0573     TRUE 0.946 41.000 0.450 0.001 N NA
 3651333 3651334 SACE_0573 SACE_0574     TRUE 0.975 -3.000 0.028 1.000 N NA
 3651335 3651336 SACE_0575 SACE_0576     FALSE 0.100 92.000 0.000 NA   NA
 3651336 3651337 SACE_0576 SACE_0577     FALSE 0.037 192.000 0.000 NA   NA
 3651338 3651339 SACE_0578 SACE_0579     FALSE 0.025 232.000 0.000 NA   NA
 3651339 3651340 SACE_0579 SACE_0580     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651340 3651341 SACE_0580 SACE_0581     FALSE 0.007 679.000 0.000 NA   NA
 3651341 3651342 SACE_0581 SACE_0582     TRUE 0.507 170.000 0.286 1.000   NA
 3651342 3651343 SACE_0582 SACE_0583     FALSE 0.181 44.000 0.000 NA   NA
 3651343 3651344 SACE_0583 SACE_0584     TRUE 0.870 -15.000 0.000 NA   NA
 3651345 3651346 SACE_0585 SACE_0586     FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3651346 3651347 SACE_0586 SACE_0587     FALSE 0.175 52.000 0.000 NA   NA
 3651347 3651348 SACE_0587 SACE_0588     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651348 3651349 SACE_0588 SACE_0589     FALSE 0.243 22.000 0.000 NA   NA
 3651349 3651350 SACE_0589 SACE_0590     TRUE 0.939 20.000 0.833 NA   NA
 3651350 3651351 SACE_0590 SACE_0591     FALSE 0.010 439.000 0.000 NA   NA
 3651355 3651356 SACE_0595 SACE_0596     TRUE 0.484 104.000 0.103 NA   NA
 3651356 3651357 SACE_0596 SACE_0597     FALSE 0.314 112.000 0.024 NA N NA
 3651358 3651359 SACE_0598 SACE_0599     TRUE 0.987 -3.000 0.195 NA   NA
 3651359 3651360 SACE_0599 SACE_0600     FALSE 0.012 646.000 0.000 1.000   NA
 3651360 3651361 SACE_0600 SACE_0601     FALSE 0.012 713.000 0.000 1.000   NA
 3651361 3651362 SACE_0601 SACE_0602     TRUE 0.920 -16.000 0.000 1.000   NA
 3651362 3651363 SACE_0602 SACE_0603     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3651363 3651364 SACE_0603 SACE_0604   ilvB TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3651364 3651365 SACE_0604 SACE_0605 ilvB   TRUE 0.869 -16.000 0.000 NA   NA
 3651365 3651366 SACE_0605 SACE_0606   fabF TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651366 3651367 SACE_0606 SACE_0607 fabF   TRUE 0.987 -6.000 0.000 1.000 Y NA
 3651367 3651368 SACE_0607 SACE_0608     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3651370 3651371 SACE_0610 SACE_0611     TRUE 0.542 95.000 0.094 1.000   NA
 3651371 3651372 SACE_0611 SACE_0612     TRUE 0.838 26.000 0.208 1.000 N NA
 3651374 3651375 SACE_0614 SACE_0615     FALSE 0.267 20.000 0.000 NA   NA
 3651375 3651376 SACE_0615 SACE_0616     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651376 3651377 SACE_0616 SACE_0617     FALSE 0.182 43.000 0.000 NA   NA
 3651377 3651378 SACE_0617 SACE_0618     TRUE 0.998 -3.000 0.625 1.000 Y NA
 3651380 3651381 SACE_0620 SACE_0621     TRUE 0.997 -3.000 0.300 1.000 Y NA
 3651381 3651382 SACE_0621 SACE_0622   fecC TRUE 0.997 -3.000 0.300 1.000 Y NA
 3651383 3651384 SACE_0623 SACE_0624   mocA FALSE 0.048 219.000 0.000 1.000   NA
 3651384 3651385 SACE_0624 SACE_0625 mocA   TRUE 0.583 65.000 0.000 0.062 N NA
 3651386 3651387 SACE_0626 SACE_0627     TRUE 0.844 5.000 0.012 NA   NA
 3651387 3651388 SACE_0627 SACE_0628     FALSE 0.015 315.000 0.000 NA   NA
 3651389 3651390 SACE_0629 SACE_0630   serC FALSE 0.018 280.000 0.000 NA   NA
 3651390 3651391 SACE_0630 SACE_0631 serC   FALSE 0.075 174.000 0.000 1.000   NA
 3651391 3651392 SACE_0631 SACE_0632   citA4 FALSE 0.245 61.000 0.000 1.000   NA
 3651392 3651393 SACE_0632 SACE_0633 citA4 citA TRUE 0.987 -12.000 0.000 0.001   NA
 3651394 3651395 SACE_0634 SACE_0635 ureA ureB TRUE 0.965 47.000 0.259 0.001 Y NA
 3651395 3651396 SACE_0635 SACE_0636 ureB ureC TRUE 0.999 -3.000 0.375 0.001 Y NA
 3651396 3651397 SACE_0636 SACE_0637 ureC ureF TRUE 0.979 0.000 0.016 0.003 N NA
 3651397 3651398 SACE_0637 SACE_0638 ureF ureG TRUE 0.999 -10.000 0.439 0.003 Y NA
 3651398 3651399 SACE_0638 SACE_0639 ureG ureD TRUE 0.991 4.000 0.115 0.003 Y NA
 3651401 3651402 SACE_0641 SACE_0642 pdxH   FALSE 0.206 171.000 0.027 NA   NA
 3651402 3651403 SACE_0642 SACE_0643     FALSE 0.063 138.000 0.000 NA   NA
 3651403 3651404 SACE_0643 SACE_0644   yihR FALSE 0.331 35.000 0.000 1.000 N NA
 3651406 3651407 SACE_0646 SACE_0647   cscK TRUE 0.984 -3.000 0.094 1.000   NA
 3651407 3651408 SACE_0647 SACE_0649 cscK   FALSE 0.045 797.000 0.030 1.000 N NA
 3651409 3651410 SACE_0650 SACE_0651 cloP cypA TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3651410 3651411 SACE_0651 SACE_0652 cypA iroB FALSE 0.302 48.000 0.000 1.000 N NA
 3651411 3651412 SACE_0652 SACE_0653 iroB   FALSE 0.327 16.000 0.000 NA   NA
 3651412 3651413 SACE_0653 SACE_0654     FALSE 0.010 429.000 0.000 NA   NA
 3651413 3651414 SACE_0654 SACE_0655     TRUE 0.990 -3.000 0.292 NA   NA
 3651414 3651415 SACE_0655 SACE_0656   tnp9B FALSE 0.109 132.000 0.000 1.000   NA
 3651415 3651416 SACE_0656 SACE_0657 tnp9B   FALSE 0.177 51.000 0.000 NA   NA
 3651416 3651417 SACE_0657 SACE_0658   glpD FALSE 0.010 525.000 0.000 NA N NA
 3651417 3651418 SACE_0658 SACE_0659 glpD   FALSE 0.255 518.000 0.727 1.000   NA
 3651419 3651420 SACE_0660 SACE_0661     FALSE 0.015 546.000 0.000 1.000 N NA
 3651420 3651421 SACE_0661 SACE_0662     TRUE 0.996 -19.000 0.131 1.000 Y NA
 3651421 3651422 SACE_0662 SACE_0663     TRUE 0.986 -3.000 0.131 1.000   NA
 3651425 3651426 SACE_0666 SACE_0667     TRUE 0.872 -7.000 0.000 NA   NA
 3651426 3651427 SACE_0667 SACE_0668     FALSE 0.014 331.000 0.000 NA   NA
 3651427 3651428 SACE_0668 SACE_0669     TRUE 0.576 4.000 0.000 NA   NA
 3651428 3651429 SACE_0669 SACE_0670     FALSE 0.048 168.000 0.000 NA   NA
 3651429 3651430 SACE_0670 SACE_0672     FALSE 0.007 711.000 0.000 NA   NA
 3651430 3651431 SACE_0672 SACE_0673     FALSE 0.041 236.000 0.000 1.000   NA
 3651431 3651432 SACE_0673 SACE_0674     FALSE 0.015 317.000 0.000 NA   NA
 3651435 3651436 SACE_0678 SACE_0679     TRUE 0.725 66.000 0.213 NA   NA
 3651436 3651437 SACE_0679 SACE_0680     FALSE 0.041 182.000 0.000 NA   NA
 3651437 3651438 SACE_0680 SACE_0681     TRUE 0.866 -108.000 0.000 NA   NA
 3651438 3651439 SACE_0681 SACE_0682     FALSE 0.160 621.000 0.400 1.000   NA
 3651440 3651441 SACE_0683 SACE_0684     FALSE 0.008 524.000 0.000 NA   NA
 3651443 3651444 SACE_0686 SACE_0687     TRUE 0.608 45.000 0.000 0.071   NA
 3651444 3651445 SACE_0687 SACE_0688     FALSE 0.034 262.000 0.000 1.000   NA
 3651445 3651446 SACE_0688 SACE_0689     TRUE 0.988 -3.000 0.214 NA   NA
 3651447 3651448 SACE_0690 SACE_0691   cvnB1 TRUE 0.731 83.000 0.333 NA   NA
 3651448 3651449 SACE_0691 SACE_0692 cvnB1 cvnC6 TRUE 0.827 68.000 0.500 NA   NA
 3651449 3651450 SACE_0692 SACE_0693 cvnC6 cvnD6 TRUE 0.995 -19.000 0.500 NA   NA
 3651451 3651452 SACE_0694 SACE_0695     FALSE 0.006 820.000 0.000 NA   NA
 3651452 3651453 SACE_0695 SACE_0696     FALSE 0.106 89.000 0.000 NA   NA
 3651453 3651454 SACE_0696 SACE_0697     FALSE 0.185 40.000 0.000 NA   NA
 3651455 3651456 SACE_0698 SACE_0699     FALSE 0.263 54.000 0.000 1.000   NA
 3651456 3651457 SACE_0699 SACE_0700     FALSE 0.111 128.000 0.000 1.000   NA
 3651458 3651459 SACE_0701 SACE_0702     FALSE 0.260 55.000 0.000 1.000   NA
 3651460 3651461 SACE_0703 SACE_0704     FALSE 0.327 16.000 0.000 NA   NA
 3651461 3651462 SACE_0704 SACE_0705     FALSE 0.164 100.000 0.000 1.000 N NA
 3651462 3651463 SACE_0705 SACE_0706     FALSE 0.041 236.000 0.000 1.000   NA
 3651463 3651464 SACE_0706 SACE_0707     FALSE 0.074 117.000 0.000 NA   NA
 3651464 3651465 SACE_0707 SACE_0708     FALSE 0.179 48.000 0.000 NA   NA
 3651465 3651466 SACE_0708 SACE_0709     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651466 3651467 SACE_0709 SACE_0711     FALSE 0.038 211.000 0.000 NA N NA
 3651467 3651468 SACE_0711 SACE_0712     FALSE 0.171 54.000 0.000 NA   NA
 3651468 3651469 SACE_0712 SACE_0713   eryK FALSE 0.247 60.000 0.000 1.000   NA
 3651470 3651471 SACE_0714 SACE_0715 eryBVII eryCV TRUE 0.620 8.000 0.000 1.000   NA
 3651471 3651472 SACE_0715 SACE_0716 eryCV eryCIV TRUE 0.650 38.000 0.000 0.054   NA
 3651472 3651473 SACE_0716 SACE_0717 eryCIV eryBVI TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651473 3651474 SACE_0717 SACE_0718 eryBVI eryCVI FALSE 0.056 154.000 0.000 NA   NA
 3651474 3651475 SACE_0718 SACE_0719 eryCVI eryBV FALSE 0.266 53.000 0.000 1.000   NA
 3651475 3651476 SACE_0719 SACE_0720 eryBV eryBIV TRUE 0.962 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3651479 3651480 SACE_0723 SACE_0724 eryAII eryAIII TRUE 0.984 1.000 0.000 0.001 Y NA
 3651480 3651481 SACE_0724 SACE_0725 eryAIII eryCII TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3651481 3651482 SACE_0725 SACE_0726 eryCII eryCIII TRUE 0.570 11.000 0.000 1.000   NA
 3651482 3651483 SACE_0726 SACE_0727 eryCIII eryBII TRUE 0.983 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3651483 3651484 SACE_0727 SACE_0728 eryBII eryG FALSE 0.344 32.000 0.000 1.000 N NA
 3651485 3651486 SACE_0729 SACE_0730   eryF TRUE 0.983 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3651486 3651487 SACE_0730 SACE_0731 eryF eryBIII TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651490 3651491 SACE_0734 SACE_0735 eryCI   FALSE 0.024 234.000 0.000 NA   NA
 3651491 3651492 SACE_0735 SACE_0736     FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3651492 3651493 SACE_0736 SACE_0737     FALSE 0.267 20.000 0.000 NA   NA
 3651493 3651494 SACE_0737 SACE_0738     FALSE 0.164 58.000 0.000 NA   NA
 3651494 3651495 SACE_0738 SACE_0739     FALSE 0.061 143.000 0.000 NA   NA
 3651495 3651496 SACE_0739 SACE_0740     FALSE 0.029 217.000 0.000 NA   NA
 3651499 3651500 SACE_0743 SACE_0744     FALSE 0.111 87.000 0.000 NA   NA
 3651501 3651502 SACE_0745 SACE_0746     FALSE 0.368 388.000 0.250 1.000 Y NA
 3651502 3651503 SACE_0746 SACE_0747     FALSE 0.016 461.000 0.000 1.000   NA
 3651504 3651505 SACE_8013 SACE_0748     FALSE 0.049 167.000 0.000 NA   NA
 3651505 3651506 SACE_0748 SACE_0749     FALSE 0.013 358.000 0.000 NA   NA
 3651506 3651507 SACE_0749 SACE_0750     FALSE 0.384 93.000 0.009 1.000 N NA
 3651507 3651508 SACE_0750 SACE_0751   rpsR2 FALSE 0.034 280.000 0.000 1.000 N NA
 3651508 3651509 SACE_0751 SACE_0752 rpsR2 rpsN TRUE 0.979 8.000 0.024 0.011 Y NA
 3651509 3651510 SACE_0752 SACE_0753 rpsN rpmG TRUE 0.971 14.000 0.052 0.011 Y NA
 3651510 3651511 SACE_0753 SACE_0754 rpmG rpmB TRUE 0.997 0.000 0.332 0.011 Y NA
 3651512 3651513 SACE_0755 SACE_0756   rpmE2 TRUE 0.534 26.000 0.004 NA   NA
 3651513 3651514 SACE_0756 SACE_0757 rpmE2 rpmF TRUE 0.976 0.000 0.014 0.014   NA
 3651514 3651515 SACE_0757 SACE_0758 rpmF   FALSE 0.013 578.000 0.000 1.000   NA
 3651515 3651516 SACE_0758 SACE_0759     FALSE 0.201 78.000 0.000 1.000   NA
 3651516 3651517 SACE_0759 SACE_0760     FALSE 0.226 26.000 0.000 NA   NA
 3651517 3651518 SACE_0760 SACE_0761     FALSE 0.045 174.000 0.000 NA   NA
 3651518 3651519 SACE_0761 SACE_0762     TRUE 0.998 -3.000 0.310 0.069 Y NA
 3651519 3651520 SACE_0762 SACE_0763     FALSE 0.081 179.000 0.000 1.000 N NA
 3651520 3651521 SACE_0763 SACE_0764   galT TRUE 0.975 -3.000 0.030 1.000 N NA
 3651521 3651522 SACE_0764 SACE_0765 galT   FALSE 0.129 229.000 0.007 1.000 N NA
 3651522 3651523 SACE_0765 SACE_0766   moaB FALSE 0.188 524.000 0.423 1.000 N NA
 3651526 3651527 SACE_0769 SACE_0770 mscL   TRUE 0.541 92.000 0.116 NA   NA
 3651528 3651529 SACE_0771 SACE_0772     FALSE 0.016 302.000 0.000 NA   NA
 3651531 3651532 SACE_0774 SACE_0775 galU moeA1 FALSE 0.436 124.000 0.071 1.000 N NA
 3651532 3651533 SACE_0775 SACE_0776 moeA1 rimJ TRUE 0.967 7.000 0.427 1.000 N NA
 3651533 3651534 SACE_0776 SACE_0777 rimJ   FALSE 0.137 385.000 0.183 NA   NA
 3651534 3651535 SACE_0777 SACE_8014     FALSE 0.079 110.000 0.000 NA   NA
 3651535 3651536 SACE_8014 SACE_0778     FALSE 0.017 287.000 0.000 NA   NA
 3651536 3651537 SACE_0778 SACE_0779   tnp FALSE 0.155 63.000 0.000 NA   NA
 3651538 3651539 SACE_0780 SACE_0781     TRUE 0.871 -10.000 0.000 NA   NA
 3651545 3651546 SACE_0787 SACE_0788     TRUE 0.999 -3.000 0.909 0.020 Y NA
 3651547 3651548 SACE_0789 SACE_0790     TRUE 0.986 0.000 0.571 NA   NA
 3651552 3651553 SACE_0794 SACE_0795 lpsA2   TRUE 0.804 0.000 0.000 1.000   NA
 3651554 3651555 SACE_0796 SACE_0797     TRUE 0.999 -10.000 0.455 0.091 Y NA
 3651555 3651556 SACE_0797 SACE_0798     FALSE 0.143 70.000 0.000 NA   NA
 3651557 3651558 SACE_0799 SACE_0800 metS tatD FALSE 0.425 80.000 0.020 NA N NA
 3651558 3651559 SACE_0800 SACE_0801 tatD   FALSE 0.009 474.000 0.000 NA   NA
 3651559 3651560 SACE_0801 SACE_0802   ksgA FALSE 0.077 280.000 0.002 1.000   NA
 3651560 3651561 SACE_0802 SACE_0804 ksgA   FALSE 0.014 672.000 0.000 1.000 N NA
 3651561 3651562 SACE_0804 SACE_0805     TRUE 0.998 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 3651562 3651563 SACE_0805 SACE_0806     TRUE 0.814 65.000 0.065 NA Y NA
 3651563 3651564 SACE_0806 SACE_0807   ispE FALSE 0.222 134.000 0.003 NA N NA
 3651564 3651565 SACE_0807 SACE_0808 ispE   FALSE 0.256 259.000 0.045 0.091   NA
 3651565 3651566 SACE_0808 SACE_0809   pks16 FALSE 0.049 218.000 0.000 1.000   NA
 3651567 3651568 SACE_0810 SACE_0811 pth rplY TRUE 0.950 87.000 0.496 0.016 Y NA
 3651568 3651569 SACE_0811 SACE_0812 rplY   FALSE 0.015 367.000 0.000 NA N NA
 3651570 3651571 SACE_0813 SACE_0814     FALSE 0.046 171.000 0.000 NA   NA
 3651571 3651572 SACE_0814 SACE_0815     FALSE 0.170 97.000 0.000 1.000 N NA
 3651573 3651574 SACE_0816 SACE_0817 prsA glmU TRUE 0.542 48.000 0.005 1.000 N NA
 3651574 3651575 SACE_0817 SACE_0818 glmU   FALSE 0.031 298.000 0.000 1.000 N NA
 3651575 3651576 SACE_0818 SACE_8015     FALSE 0.085 105.000 0.000 NA   NA
 3651577 3651578 SACE_0819 SACE_0820     FALSE 0.422 99.000 0.030 1.000 N NA
 3651578 3651579 SACE_0820 SACE_0821     FALSE 0.336 174.000 0.000 1.000 Y NA
 3651579 3651580 SACE_0821 SACE_0822   pobA FALSE 0.034 283.000 0.000 1.000 N NA
 3651584 3651585 SACE_0826 SACE_0827 mfd   FALSE 0.031 297.000 0.000 1.000 N NA
 3651585 3651586 SACE_0827 SACE_0828     FALSE 0.014 326.000 0.000 NA   NA
 3651586 3651587 SACE_0828 SACE_0829     FALSE 0.466 9.000 0.000 NA   NA
 3651587 3651588 SACE_0829 SACE_0830     FALSE 0.252 21.000 0.000 NA   NA
 3651588 3651589 SACE_0830 SACE_0831     TRUE 0.869 -16.000 0.000 NA   NA
 3651589 3651590 SACE_0831 SACE_0832     FALSE 0.115 85.000 0.000 NA   NA
 3651590 3651591 SACE_0832 SACE_0833     FALSE 0.043 178.000 0.000 NA   NA
 3651591 3651592 SACE_0833 SACE_0834     FALSE 0.358 90.000 0.003 1.000   NA
 3651592 3651593 SACE_0834 SACE_0835     FALSE 0.047 170.000 0.000 NA   NA
 3651593 3651594 SACE_0835 SACE_0836     TRUE 0.588 74.000 0.000 NA Y NA
 3651596 3651597 SACE_0838 SACE_0839 eno   TRUE 0.926 3.000 0.043 1.000 N NA
 3651597 3651598 SACE_0839 SACE_0840     TRUE 0.964 3.000 0.252 NA   NA
 3651598 3651599 SACE_0840 SACE_0841     FALSE 0.043 177.000 0.000 NA   NA
 3651599 3651600 SACE_0841 SACE_0842     FALSE 0.018 275.000 0.000 NA   NA
 3651600 3651601 SACE_0842 SACE_0843     FALSE 0.015 372.000 0.000 NA N NA
 3651601 3651602 SACE_0843 SACE_0844   dppA1 FALSE 0.035 220.000 0.000 NA N NA
 3651602 3651603 SACE_0844 SACE_0845 dppA1   TRUE 0.942 75.000 0.333 0.062 Y NA
 3651603 3651604 SACE_0845 SACE_0846     TRUE 0.999 -7.000 0.444 0.062 Y NA
 3651604 3651605 SACE_0846 SACE_0847     TRUE 0.970 12.000 0.222 1.000 Y NA
 3651605 3651606 SACE_0847 SACE_0848     TRUE 0.999 -7.000 0.400 0.001 Y NA
 3651608 3651609 SACE_0850 SACE_0851 udgB   FALSE 0.013 348.000 0.000 NA   NA
 3651611 3651612 SACE_0853 SACE_0854     FALSE 0.033 206.000 0.000 NA   NA
 3651612 3651613 SACE_0854 SACE_0855     TRUE 0.986 3.000 1.000 NA   NA
 3651613 3651614 SACE_0855 SACE_8016     FALSE 0.057 153.000 0.000 NA   NA
 3651615 3651616 SACE_0856 SACE_0857     FALSE 0.010 439.000 0.000 NA   NA
 3651616 3651617 SACE_0857 SACE_0858     FALSE 0.007 671.000 0.000 NA   NA
 3651617 3651618 SACE_0858 SACE_0859     FALSE 0.008 552.000 0.000 NA   NA
 3651618 3651619 SACE_0859 SACE_0861     FALSE 0.006 1593.000 0.000 NA   NA
 3651619 3651620 SACE_0861 SACE_0862     FALSE 0.010 434.000 0.000 NA   NA
 3651621 3651622 SACE_0864 SACE_0865     FALSE 0.104 90.000 0.000 NA   NA
 3651623 3651624 SACE_0866 SACE_0867   pkn6 FALSE 0.006 1005.000 0.000 NA   NA
 3651624 3651625 SACE_0867 SACE_0868 pkn6   TRUE 0.604 92.000 0.014 0.091 N NA
 3651625 3651626 SACE_0868 SACE_0869     TRUE 0.987 5.000 0.034 0.000 Y NA
 3651626 3651627 SACE_0869 SACE_0871     TRUE 0.997 -3.000 0.076 0.070 Y NA
 3651627 3651628 SACE_0871 SACE_0872     TRUE 0.636 120.000 0.025 0.001   NA
 3651629 3651630 SACE_0874 SACE_0875     FALSE 0.041 182.000 0.000 NA   NA
 3651630 3651631 SACE_0875 SACE_0876     FALSE 0.006 901.000 0.000 NA   NA
 3651631 3651632 SACE_0876 SACE_0877     FALSE 0.095 96.000 0.000 NA   NA
 3651632 3651633 SACE_0877 SACE_0878     TRUE 0.633 54.000 0.073 NA   NA
 3651635 3651636 SACE_0882 SACE_0883     FALSE 0.180 45.000 0.000 NA   NA
 3651636 3651637 SACE_0883 SACE_0884     TRUE 0.972 -3.000 0.043 NA   NA
 3651637 3651638 SACE_0884 SACE_0885     TRUE 0.512 71.000 0.043 NA   NA
 3651638 3651639 SACE_0885 SACE_0886     FALSE 0.009 465.000 0.000 NA   NA
 3651639 3651640 SACE_0886 SACE_0887     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651641 3651642 SACE_0888 SACE_0889     FALSE 0.009 454.000 0.000 NA   NA
 3651643 3651644 SACE_0890 SACE_0891     TRUE 0.548 84.000 0.000 NA Y NA
 3651644 3651645 SACE_0891 SACE_0892     FALSE 0.058 214.000 0.000 1.000 N NA
 3651646 3651647 SACE_0893 SACE_0894     TRUE 0.974 4.000 0.500 NA   NA
 3651649 3651650 SACE_0896 SACE_0897   fadA3 FALSE 0.017 289.000 0.000 NA   NA
 3651650 3651651 SACE_0897 SACE_0898 fadA3   FALSE 0.316 194.000 0.100 1.000 N NA
 3651652 3651653 SACE_0899 SACE_0900 cysM2   FALSE 0.084 106.000 0.000 NA   NA
 3651660 3651661 SACE_0907 SACE_0908 greA   FALSE 0.402 189.000 0.250 NA   NA
 3651662 3651663 SACE_0909 SACE_0910     TRUE 0.982 -3.000 0.099 NA   NA
 3651663 3651664 SACE_0910 SACE_0911   ligB FALSE 0.079 110.000 0.000 NA   NA
 3651664 3651665 SACE_0911 SACE_0912 ligB   FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3651665 3651666 SACE_0912 SACE_0913     FALSE 0.117 84.000 0.000 NA   NA
 3651666 3651667 SACE_0913 SACE_0914   guaB2 FALSE 0.035 198.000 0.000 NA   NA
 3651668 3651669 SACE_0915 SACE_0916     FALSE 0.012 367.000 0.000 NA   NA
 3651670 3651671 SACE_0917 SACE_0918     FALSE 0.016 303.000 0.000 NA   NA
 3651674 3651675 SACE_0921 SACE_0922     FALSE 0.203 77.000 0.000 1.000   NA
 3651675 3651676 SACE_0922 SACE_0923     FALSE 0.131 109.000 0.000 1.000   NA
 3651677 3651678 SACE_0924 SACE_0925     TRUE 0.998 -3.000 0.200 0.061 Y NA
 3651678 3651679 SACE_0925 SACE_0926     TRUE 0.998 -3.000 0.300 0.061 Y NA
 3651679 3651680 SACE_0926 SACE_0927   adh10 TRUE 0.912 12.000 0.154 1.000 N NA
 3651680 3651681 SACE_0927 SACE_0928 adh10   TRUE 0.603 11.000 0.000 1.000 N NA
 3651681 3651682 SACE_0928 SACE_0929   xylB TRUE 0.992 -3.000 0.029 1.000 Y NA
 3651683 3651684 SACE_0930 SACE_0931 fumC   FALSE 0.066 186.000 0.000 1.000   NA
 3651686 3651687 SACE_0933 SACE_0934   glpX FALSE 0.043 247.000 0.000 1.000 N NA
 3651687 3651688 SACE_0934 SACE_0935 glpX xseB FALSE 0.048 472.000 0.005 1.000 N NA
 3651688 3651689 SACE_0935 SACE_0936 xseB   TRUE 0.953 -3.000 0.002 NA   NA
 3651689 3651690 SACE_0936 SACE_0937   xseA TRUE 0.558 21.000 0.002 NA   NA
 3651690 3651691 SACE_0937 SACE_0938 xseA   FALSE 0.092 267.000 0.024 NA   NA
 3651694 3651695 SACE_0941 SACE_0942 rbsA rbsC TRUE 0.998 -3.000 0.857 1.000 Y NA
 3651695 3651696 SACE_0942 SACE_0943 rbsC   TRUE 0.957 34.000 0.714 NA Y NA
 3651696 3651697 SACE_0943 SACE_0944     FALSE 0.007 657.000 0.000 NA   NA
 3651698 3651699 SACE_0945 SACE_0946     TRUE 0.866 -45.000 0.000 NA   NA
 3651699 3651700 SACE_0946 SACE_0947   rbsR TRUE 0.552 5.000 0.000 NA   NA
 3651701 3651702 SACE_0948 SACE_0949     TRUE 0.821 89.000 0.154 1.000 Y NA
 3651702 3651703 SACE_0949 SACE_0950     FALSE 0.245 71.000 0.000 1.000 N NA
 3651705 3651706 SACE_0952 SACE_0953 sbcD sbcC TRUE 0.998 -3.000 0.669 1.000 Y NA
 3651707 3651708 SACE_0955 SACE_0956 alkA   FALSE 0.011 1359.000 0.000 1.000 N NA
 3651708 3651709 SACE_0956 SACE_0957     TRUE 0.959 9.000 0.000 0.019 Y NA
 3651709 3651710 SACE_0957 SACE_0958     TRUE 0.828 21.000 0.200 NA   NA
 3651711 3651712 SACE_0959 SACE_0960     FALSE 0.011 402.000 0.000 NA   NA
 3651715 3651716 SACE_0963 SACE_0965   merR2 FALSE 0.012 903.000 0.000 1.000 N NA
 3651718 3651719 SACE_0967 SACE_0968 gvpK gvpS1 TRUE 0.922 -7.000 0.000 1.000   NA
 3651719 3651720 SACE_0968 SACE_0969 gvpS1 gvpL2 TRUE 0.726 3.000 0.000 1.000   NA
 3651720 3651721 SACE_0969 SACE_0970 gvpL2 gvpJ TRUE 0.994 -7.000 0.333 1.000   NA
 3651721 3651722 SACE_0970 SACE_0971 gvpJ   TRUE 0.992 -3.000 0.333 1.000   NA
 3651722 3651723 SACE_0971 SACE_0972     TRUE 0.552 5.000 0.000 NA   NA
 3651723 3651724 SACE_0972 SACE_0973     FALSE 0.217 29.000 0.000 NA   NA
 3651724 3651725 SACE_0973 SACE_0974   gvpA1 TRUE 0.994 -3.000 0.500 1.000   NA
 3651725 3651726 SACE_0974 SACE_0975 gvpA1   TRUE 0.503 7.000 0.000 NA   NA
 3651726 3651727 SACE_0975 SACE_0976     TRUE 0.870 -13.000 0.000 NA   NA
 3651727 3651728 SACE_0976 SACE_0977   bioF FALSE 0.011 406.000 0.000 NA   NA
 3651729 3651730 SACE_0978 SACE_0979 bioD aao FALSE 0.174 95.000 0.000 1.000 N NA
 3651732 3651733 SACE_0981 SACE_0982     TRUE 0.940 57.000 0.697 0.061 N NA
 3651733 3651734 SACE_0982 SACE_0983     TRUE 0.835 59.000 0.112 0.068 N NA
 3651734 3651735 SACE_0983 SACE_0984     FALSE 0.078 170.000 0.000 1.000   NA
 3651735 3651736 SACE_0984 SACE_0985     FALSE 0.016 297.000 0.000 NA   NA
 3651736 3651737 SACE_0985 SACE_0986     FALSE 0.210 32.000 0.000 NA   NA
 3651737 3651738 SACE_0986 SACE_0987     TRUE 0.534 186.000 0.500 NA   NA
 3651739 3651740 SACE_0988 SACE_0989   estC FALSE 0.245 61.000 0.000 1.000   NA
 3651740 3651741 SACE_0989 SACE_0990 estC   TRUE 0.972 0.000 0.167 1.000   NA
 3651741 3651742 SACE_0990 SACE_0991     TRUE 0.989 0.000 0.667 1.000   NA
 3651742 3651743 SACE_0991 SACE_0992     TRUE 0.999 -3.000 0.909 0.061 Y NA
 3651743 3651744 SACE_0992 SACE_0993     TRUE 0.972 23.000 0.364 0.061 Y NA
 3651744 3651745 SACE_0993 SACE_0994     FALSE 0.011 406.000 0.000 NA   NA
 3651745 3651746 SACE_0994 SACE_0995     TRUE 0.996 -3.000 0.810 NA   NA
 3651746 3651747 SACE_0995 SACE_0996     TRUE 0.993 -3.000 0.471 NA   NA
 3651748 3651749 SACE_0997 SACE_0998     TRUE 0.998 -3.000 0.600 1.000 Y NA
 3651749 3651750 SACE_0998 SACE_0999     FALSE 0.014 647.000 0.000 1.000 N NA
 3651751 3651752 SACE_1000 SACE_1001     FALSE 0.009 470.000 0.000 NA   NA
 3651752 3651753 SACE_1001 SACE_1002   trpS FALSE 0.065 188.000 0.000 1.000   NA
 3651756 3651757 SACE_1005 SACE_1006 typA   FALSE 0.091 322.000 0.025 1.000 N NA
 3651757 3651758 SACE_1006 SACE_1007     TRUE 0.701 49.000 0.000 1.000 Y NA
 3651758 3651759 SACE_1007 SACE_1008     FALSE 0.114 125.000 0.000 1.000   NA
 3651759 3651760 SACE_1008 SACE_1009     TRUE 0.992 -3.000 0.387 NA   NA
 3651760 3651761 SACE_1009 SACE_1010     FALSE 0.025 231.000 0.000 NA   NA
 3651761 3651762 SACE_1010 SACE_1011   dapC TRUE 0.975 -3.000 0.029 1.000 N NA
 3651763 3651764 SACE_1012 SACE_1013   dapD FALSE 0.428 89.000 0.042 NA   NA
 3651764 3651765 SACE_1013 SACE_1014 dapD   FALSE 0.040 186.000 0.000 NA   NA
 3651765 3651766 SACE_1014 SACE_1015     FALSE 0.012 385.000 0.000 NA   NA
 3651766 3651767 SACE_1015 SACE_1016     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3651767 3651768 SACE_1016 SACE_1017     TRUE 0.985 0.000 0.500 NA   NA
 3651771 3651772 SACE_1020 SACE_1021     TRUE 0.977 -3.000 0.063 NA   NA
 3651776 3651777 SACE_1025 SACE_1026     FALSE 0.120 82.000 0.000 NA   NA
 3651777 3651778 SACE_1026 SACE_1027   tag TRUE 0.955 -3.000 0.004 NA   NA
 3651780 3651781 SACE_1029 SACE_1030   pepA FALSE 0.236 258.000 0.211 NA   NA
 3651784 3651785 SACE_1033 SACE_1034 tatB htrA TRUE 0.612 110.000 0.217 1.000 N NA
 3651785 3651786 SACE_1034 SACE_1035 htrA   FALSE 0.013 762.000 0.000 1.000 N NA
 3651786 3651787 SACE_1035 SACE_1036     FALSE 0.143 70.000 0.000 NA   NA
 3651787 3651788 SACE_1036 SACE_1037     TRUE 0.842 21.000 0.224 NA   NA
 3651791 3651792 SACE_1040 SACE_1041     TRUE 0.680 5.000 0.000 1.000   NA
 3651792 3651793 SACE_1041 SACE_1042     FALSE 0.086 162.000 0.000 1.000   NA
 3651793 3651794 SACE_1042 SACE_1043     FALSE 0.027 303.000 0.000 1.000   NA
 3651794 3651795 SACE_1043 SACE_1044     FALSE 0.017 282.000 0.000 NA   NA
 3651795 3651796 SACE_1044 SACE_1045     FALSE 0.091 718.000 0.211 NA   NA
 3651796 3651797 SACE_1045 SACE_1046     TRUE 0.996 0.000 0.252 0.061 Y NA
 3651797 3651798 SACE_1046 SACE_1047     TRUE 0.998 0.000 0.723 0.061 Y NA
 3651798 3651799 SACE_1047 SACE_1048     TRUE 0.989 6.000 0.191 0.061 Y NA
 3651800 3651801 SACE_1049 SACE_1050     FALSE 0.057 153.000 0.000 NA   NA
 3651801 3651802 SACE_1050 SACE_1051     FALSE 0.010 432.000 0.000 NA   NA
 3651802 3651803 SACE_1051 SACE_1052     FALSE 0.021 412.000 0.000 1.000 N NA
 3651804 3651805 SACE_1053 SACE_1054     TRUE 0.908 27.000 0.667 NA   NA
 3651805 3651806 SACE_1054 SACE_1055     FALSE 0.415 71.000 0.010 NA   NA
 3651806 3651807 SACE_1055 SACE_1056     TRUE 0.713 59.000 0.005 0.069   NA
 3651807 3651808 SACE_1056 SACE_1057     FALSE 0.111 87.000 0.000 NA   NA
 3651808 3651809 SACE_1057 SACE_1058     FALSE 0.098 93.000 0.000 NA   NA
 3651810 3651811 SACE_1059 SACE_1060   rhlE FALSE 0.179 204.000 0.041 NA   NA
 3651812 3651813 SACE_1061 SACE_1062     FALSE 0.008 565.000 0.000 NA   NA
 3651813 3651814 SACE_1062 SACE_1063     FALSE 0.464 164.000 0.241 NA   NA
 3651815 3651816 SACE_1064 SACE_1065     TRUE 0.545 71.000 0.056 NA   NA
 3651817 3651818 SACE_1066 SACE_1067     TRUE 0.930 18.000 0.500 1.000   NA
 3651820 3651821 SACE_1069 SACE_1070   moeB FALSE 0.301 229.000 0.236 NA   NA
 3651821 3651822 SACE_1070 SACE_1071 moeB   TRUE 0.592 116.000 0.273 NA   NA
 3651822 3651823 SACE_1071 SACE_1072     FALSE 0.064 136.000 0.000 NA   NA
 3651823 3651824 SACE_1072 SACE_1073     TRUE 0.870 -13.000 0.000 NA   NA
 3651824 3651825 SACE_1073 SACE_1074     TRUE 0.499 14.000 0.000 1.000   NA
 3651825 3651826 SACE_1074 SACE_1075     FALSE 0.294 53.000 0.000 1.000 N NA
 3651828 3651829 SACE_1077 SACE_1078     TRUE 0.999 -3.000 0.493 0.003 Y NA
 3651829 3651830 SACE_1078 SACE_1079     FALSE 0.065 134.000 0.000 NA   NA
 3651832 3651833 SACE_1081 SACE_1082     FALSE 0.181 44.000 0.000 NA   NA
 3651835 3651836 SACE_1084 SACE_1085     FALSE 0.018 280.000 0.000 NA   NA
 3651836 3651837 SACE_1085 SACE_1086     FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3651837 3651838 SACE_1086 SACE_1087     FALSE 0.040 184.000 0.000 NA   NA
 3651838 3651839 SACE_1087 SACE_1088     FALSE 0.122 81.000 0.000 NA   NA
 3651839 3651840 SACE_1088 SACE_1089     FALSE 0.011 403.000 0.000 NA   NA
 3651840 3651841 SACE_1089 SACE_1090     TRUE 0.997 -3.000 0.480 0.003   NA
 3651841 3651842 SACE_1090 SACE_1091   nudC FALSE 0.111 128.000 0.000 1.000   NA
 3651842 3651843 SACE_1091 SACE_1092 nudC uvrD2 FALSE 0.106 403.000 0.000 1.000 Y NA
 3651843 3651844 SACE_1092 SACE_1093 uvrD2   FALSE 0.009 471.000 0.000 NA   NA
 3651844 3651845 SACE_1093 SACE_1094     FALSE 0.166 57.000 0.000 NA   NA
 3651845 3651846 SACE_1094 SACE_1095     FALSE 0.147 68.000 0.000 NA   NA
 3651847 3651848 SACE_1096 SACE_1097     FALSE 0.078 365.000 0.047 NA   NA
 3651853 3651854 SACE_1102 SACE_8017     FALSE 0.043 177.000 0.000 NA   NA
 3651854 3651855 SACE_8017 SACE_8018     FALSE 0.015 317.000 0.000 NA   NA
 3651857 3651858 SACE_1104 SACE_1105   prfB FALSE 0.274 104.000 0.005 NA   NA
 3651858 3651859 SACE_1105 SACE_1106 prfB ftsE FALSE 0.189 231.000 0.053 1.000 N NA
 3651859 3651860 SACE_1106 SACE_1107 ftsE ftsX TRUE 0.934 55.000 0.431 1.000 Y NA
 3651860 3651861 SACE_1107 SACE_1108 ftsX smpB TRUE 0.856 11.000 0.038 1.000 N NA
 3651861 3651862 SACE_1108 SACE_1109 smpB   TRUE 0.775 12.000 0.004 1.000   NA
 3651865 3651866 SACE_1113 SACE_1114     FALSE 0.090 158.000 0.000 1.000   NA
 3651866 3651867 SACE_1114 SACE_1115     FALSE 0.030 214.000 0.000 NA   NA
 3651868 3651869 SACE_1116 SACE_1117     FALSE 0.019 453.000 0.000 1.000 N NA
 3651869 3651870 SACE_1117 SACE_1118     FALSE 0.008 578.000 0.000 NA   NA
 3651870 3651871 SACE_1118 SACE_1119     TRUE 0.872 -7.000 0.000 NA   NA
 3651874 3651875 SACE_1121 SACE_1122     FALSE 0.166 57.000 0.000 NA   NA
 3651875 3651876 SACE_1122 SACE_1123     TRUE 0.924 5.000 0.100 NA   NA
 3651876 3651877 SACE_1123 SACE_1124     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651877 3651878 SACE_1124 SACE_1125   ssb FALSE 0.119 83.000 0.000 NA   NA
 3651878 3651879 SACE_1125 SACE_1126 ssb   FALSE 0.226 26.000 0.000 NA   NA
 3651879 3651880 SACE_1126 SACE_1127     FALSE 0.230 25.000 0.000 NA   NA
 3651880 3651881 SACE_1127 SACE_1128     FALSE 0.217 29.000 0.000 NA   NA
 3651881 3651882 SACE_1128 SACE_1129     FALSE 0.023 240.000 0.000 NA   NA
 3651882 3651883 SACE_1129 SACE_1130     FALSE 0.095 96.000 0.000 NA   NA
 3651883 3651884 SACE_1130 SACE_1131     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651884 3651885 SACE_1131 SACE_1132     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651885 3651886 SACE_1132 SACE_1133     FALSE 0.104 90.000 0.000 NA   NA
 3651886 3651887 SACE_1133 SACE_1134     FALSE 0.088 102.000 0.000 NA   NA
 3651887 3651888 SACE_1134 SACE_1135     FALSE 0.180 46.000 0.000 NA   NA
 3651888 3651889 SACE_1135 SACE_1136     FALSE 0.174 53.000 0.000 NA   NA
 3651889 3651890 SACE_1136 SACE_1137     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3651890 3651891 SACE_1137 SACE_1138     FALSE 0.104 90.000 0.000 NA   NA
 3651894 3651895 SACE_1141 SACE_1142     TRUE 0.512 54.000 0.005 1.000   NA
 3651897 3651898 SACE_1147 SACE_1148     FALSE 0.021 370.000 0.000 1.000   NA
 3651898 3651899 SACE_1148 SACE_1149     FALSE 0.021 373.000 0.000 1.000   NA
 3651899 3651900 SACE_1149 SACE_1150   cvnB11 TRUE 0.711 88.000 0.333 NA   NA
 3651900 3651901 SACE_1150 SACE_1151 cvnB11 cvnC9 TRUE 0.993 -3.000 0.429 NA   NA
 3651901 3651902 SACE_1151 SACE_1152 cvnC9 cvnD10 TRUE 0.991 -19.000 0.231 NA   NA
 3651902 3651903 SACE_1152 SACE_1153 cvnD10 cyp18 TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3651903 3651904 SACE_1153 SACE_1154 cyp18   FALSE 0.243 204.000 0.000 NA Y NA
 3651904 3651905 SACE_1154 SACE_1155     FALSE 0.020 258.000 0.000 NA   NA
 3651908 3651909 SACE_1158 SACE_1159 cyp23   FALSE 0.094 97.000 0.000 NA   NA
 3651909 3651910 SACE_1159 SACE_1160     FALSE 0.022 245.000 0.000 NA   NA
 3651910 3651911 SACE_1160 SACE_1161     TRUE 0.999 -3.000 0.444 0.002 Y NA
 3651911 3651912 SACE_1161 SACE_1162     TRUE 0.958 81.000 0.444 0.002 Y NA
 3651912 3651913 SACE_1162 SACE_1163     FALSE 0.065 447.000 0.000 0.066   NA
 3651913 3651914 SACE_1163 SACE_1164     FALSE 0.192 37.000 0.000 NA   NA
 3651914 3651915 SACE_1164 SACE_1165     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3651916 3651917 SACE_1166 SACE_1167     TRUE 0.970 0.000 0.182 NA   NA
 3651917 3651918 SACE_1167 SACE_1168     FALSE 0.013 364.000 0.000 NA   NA
 3651918 3651919 SACE_1168 SACE_1169     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3651919 3651920 SACE_1169 SACE_1170   sdhA TRUE 0.931 23.000 0.860 NA   NA
 3651920 3651921 SACE_1170 SACE_1171 sdhA sdhB1 TRUE 0.995 10.000 0.826 0.001 Y NA
 3651923 3651924 SACE_1173 SACE_1175     FALSE 0.007 631.000 0.000 NA   NA
 3651924 3651925 SACE_1175 SACE_1176     TRUE 0.576 4.000 0.000 NA   NA
 3651925 3651926 SACE_1176 SACE_1178     FALSE 0.006 1033.000 0.000 NA   NA
 3651926 3651927 SACE_1178 SACE_1179     FALSE 0.037 193.000 0.000 NA   NA
 3651927 3651928 SACE_1179 SACE_1180     FALSE 0.196 36.000 0.000 NA   NA
 3651929 3651930 SACE_1181 SACE_1182     FALSE 0.212 74.000 0.000 1.000   NA
 3651931 3651932 SACE_1183 SACE_1184     FALSE 0.125 79.000 0.000 NA   NA
 3651932 3651933 SACE_1184 SACE_1185     TRUE 0.525 6.000 0.000 NA   NA
 3651935 3651936 SACE_1187 SACE_1188 ctaD serB FALSE 0.116 140.000 0.000 1.000 N NA
 3651936 3651937 SACE_1188 SACE_1189 serB   FALSE 0.056 388.000 0.024 NA   NA
 3651938 3651939 SACE_1190 SACE_1191     TRUE 0.968 24.000 0.729 1.000 Y NA
 3651939 3651940 SACE_1191 SACE_1192   mmgA TRUE 0.983 -3.000 0.071 1.000 N NA
 3651940 3651941 SACE_1192 SACE_1193 mmgA fadD TRUE 0.932 71.000 0.576 1.000 Y NA
 3651941 3651942 SACE_1193 SACE_1194 fadD bioY TRUE 0.954 2.000 0.144 NA   NA
 3651946 3651947 SACE_1198 SACE_1199   pncA FALSE 0.099 146.000 0.000 1.000   NA
 3651947 3651948 SACE_1199 SACE_1200 pncA pncB TRUE 0.880 10.000 0.053 1.000 N NA
 3651949 3651950 SACE_1201 SACE_1202     TRUE 0.981 5.000 0.823 NA   NA
 3651950 3651951 SACE_1202 SACE_1203     TRUE 0.669 51.000 0.093 NA   NA
 3651951 3651952 SACE_1203 SACE_1204     FALSE 0.414 93.000 0.044 NA   NA
 3651952 3651953 SACE_1204 SACE_1205     TRUE 0.651 57.000 0.093 NA   NA
 3651953 3651954 SACE_1205 SACE_1206   cysM TRUE 0.674 38.000 0.052 1.000 N NA
 3651956 3651957 SACE_1208 SACE_1209   murI TRUE 0.972 -3.000 0.024 1.000   NA
 3651957 3651958 SACE_1209 SACE_1210 murI   TRUE 0.979 -3.000 0.054 1.000   NA
 3651958 3651959 SACE_1210 SACE_1211     FALSE 0.175 52.000 0.000 NA   NA
 3651959 3651960 SACE_1211 SACE_1212   rph FALSE 0.053 159.000 0.000 NA   NA
 3651960 3651961 SACE_1212 SACE_1213 rph   TRUE 0.991 -3.000 0.262 1.000 N NA
 3651964 3651965 SACE_1216 SACE_1217 bcp   FALSE 0.054 157.000 0.000 NA   NA
 3651966 3651967 SACE_1218 SACE_1219 poxB   FALSE 0.017 446.000 0.000 1.000   NA
 3651967 3651968 SACE_1219 SACE_1220     TRUE 0.654 1.000 0.000 NA   NA
 3651969 3651970 SACE_1221 SACE_1222     TRUE 0.988 -3.000 0.208 NA   NA
 3651970 3651971 SACE_1222 SACE_1223     FALSE 0.011 397.000 0.000 NA   NA
 3651972 3651973 SACE_1224 SACE_1225     TRUE 0.995 -7.000 0.000 0.019 Y NA
 3651973 3651974 SACE_1225 SACE_1227     FALSE 0.012 1089.000 0.000 1.000 N NA
 3651976 3651977 SACE_1229 SACE_1230 indA   TRUE 0.840 6.000 0.012 NA N NA
 3651977 3651978 SACE_1230 SACE_1231   ybeK TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA N NA
 3651978 3651979 SACE_1231 SACE_1232 ybeK allR FALSE 0.165 72.000 0.000 NA N NA
 3651979 3651980 SACE_1232 SACE_1233 allR hpcE FALSE 0.044 245.000 0.000 1.000 N NA
 3651980 3651981 SACE_1233 SACE_1234 hpcE   FALSE 0.108 133.000 0.000 1.000   NA
 3651983 3651984 SACE_1236 SACE_1237   pacB3 FALSE 0.136 106.000 0.000 1.000   NA
 3651984 3651985 SACE_1237 SACE_1238 pacB3   FALSE 0.007 619.000 0.000 NA   NA
 3651988 3651989 SACE_1241 SACE_1242   cyp25 FALSE 0.325 36.000 0.000 1.000 N NA
 3651989 3651990 SACE_1242 SACE_1243 cyp25 rppA TRUE 0.983 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3651990 3651991 SACE_1243 SACE_1244 rppA   FALSE 0.026 354.000 0.000 1.000 N NA
 3651993 3651994 SACE_1246 SACE_1247   bglC3 TRUE 0.996 -3.000 0.227 1.000 Y NA
 3651995 3651996 SACE_1248 SACE_1249     FALSE 0.105 137.000 0.000 1.000   NA
 3651997 3651998 SACE_1250 SACE_1251     FALSE 0.089 101.000 0.000 NA   NA
 3652000 3652001 SACE_1253 SACE_8020 dapA4   FALSE 0.031 213.000 0.000 NA   NA
 3652003 3652004 SACE_1255 SACE_1256 ydeS   FALSE 0.062 140.000 0.000 NA   NA
 3652004 3652005 SACE_1256 SACE_1257     FALSE 0.069 126.000 0.000 NA   NA
 3652005 3652006 SACE_1257 SACE_1258     TRUE 0.872 -7.000 0.000 NA   NA
 3652006 3652007 SACE_1258 SACE_1259     FALSE 0.141 71.000 0.000 NA   NA
 3652007 3652008 SACE_1259 SACE_1260   guaD FALSE 0.028 289.000 0.000 1.000   NA
 3652008 3652009 SACE_1260 SACE_1261 guaD   TRUE 0.498 140.000 0.154 1.000 N NA
 3652009 3652010 SACE_1261 SACE_1262   atzB TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3652010 3652011 SACE_1262 SACE_1263 atzB   TRUE 0.992 -3.000 0.292 1.000 N NA
 3652011 3652012 SACE_1263 SACE_1264     TRUE 0.999 -9.000 0.765 0.066 Y NA
 3652013 3652014 SACE_1265 SACE_1266     FALSE 0.034 222.000 0.000 NA N NA
 3652014 3652015 SACE_1266 SACE_1267     TRUE 0.670 61.000 0.000 1.000 Y NA
 3652015 3652016 SACE_1267 SACE_1268     TRUE 0.730 35.000 0.000 1.000 Y NA
 3652016 3652017 SACE_1268 SACE_1269     FALSE 0.044 244.000 0.000 1.000 N NA
 3652021 3652022 SACE_1273 SACE_1274     FALSE 0.047 170.000 0.000 NA   NA
 3652022 3652023 SACE_1274 SACE_1275     TRUE 0.987 5.000 0.088 0.060 Y NA
 3652023 3652024 SACE_1275 SACE_1276     TRUE 0.980 33.000 0.762 0.060 Y NA
 3652024 3652025 SACE_1276 SACE_1277     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3652025 3652026 SACE_1277 SACE_8101     FALSE 0.006 946.000 0.000 NA   NA
 3652026 3652027 SACE_8101 SACE_8103     FALSE 0.027 226.000 0.000 NA   NA
 3652028 3652029 SACE_8104 SACE_1280   ilvD FALSE 0.023 240.000 0.000 NA   NA
 3652030 3652031 SACE_1281 SACE_1282   nrdB FALSE 0.015 307.000 0.000 NA   NA
 3652031 3652032 SACE_1282 SACE_1283 nrdB nrdA TRUE 0.961 87.000 0.564 0.001 Y NA
 3652033 3652034 SACE_1284 SACE_1285 bglSf   FALSE 0.123 131.000 0.000 1.000 N NA
 3652034 3652035 SACE_1285 SACE_1286     TRUE 0.616 37.000 0.000 0.088   NA
 3652036 3652037 SACE_1287 SACE_1288     FALSE 0.073 118.000 0.000 NA   NA
 3652037 3652038 SACE_1288 SACE_1289     FALSE 0.007 609.000 0.000 NA   NA
 3652042 3652043 SACE_8022 SACE_1292   ornA FALSE 0.076 114.000 0.000 NA   NA
 3652043 3652044 SACE_1292 SACE_1293 ornA fadD12 FALSE 0.273 60.000 0.000 1.000 N NA
 3652044 3652045 SACE_1293 SACE_1294 fadD12   FALSE 0.021 254.000 0.000 NA   NA
 3652045 3652046 SACE_1294 SACE_1295     FALSE 0.032 208.000 0.000 NA   NA
 3652046 3652047 SACE_1295 SACE_1296     FALSE 0.070 124.000 0.000 NA   NA
 3652048 3652049 SACE_1297 SACE_1298 thiD   FALSE 0.376 24.000 0.000 1.000 N NA
 3652049 3652050 SACE_1298 SACE_1299     FALSE 0.125 79.000 0.000 NA   NA
 3652053 3652054 SACE_1302 SACE_1303     FALSE 0.385 13.000 0.000 NA   NA
 3652055 3652056 SACE_1304 SACE_1305     FALSE 0.025 356.000 0.000 1.000 N NA
 3652056 3652057 SACE_1305 SACE_1306   cdaPSI TRUE 0.984 -453.000 0.000 0.008   NA
 3652057 3652058 SACE_1306 SACE_1307 cdaPSI   FALSE 0.175 52.000 0.000 NA   NA
 3652058 3652059 SACE_1307 SACE_1308     TRUE 0.866 -63.000 0.000 NA   NA
 3652059 3652060 SACE_1308 SACE_1309     FALSE 0.062 163.000 0.000 NA N NA
 3652060 3652061 SACE_1309 SACE_1310   amo FALSE 0.085 123.000 0.000 NA N NA
 3652061 3652062 SACE_1310 SACE_1311 amo   FALSE 0.073 119.000 0.000 NA   NA
 3652062 3652063 SACE_1311 SACE_1312   ctaB FALSE 0.160 60.000 0.000 NA   NA
 3652064 3652065 SACE_1313 SACE_1314     TRUE 0.997 -13.000 0.375 0.067   NA
 3652065 3652066 SACE_1314 SACE_1315     FALSE 0.072 121.000 0.000 NA   NA
 3652067 3652068 SACE_1316 SACE_1317 snp3   FALSE 0.058 202.000 0.000 1.000   NA
 3652068 3652069 SACE_1317 SACE_1318     FALSE 0.040 186.000 0.000 NA   NA
 3652070 3652071 SACE_1319 SACE_8023     FALSE 0.055 156.000 0.000 NA   NA
 3652071 3652072 SACE_8023 SACE_1320     FALSE 0.065 135.000 0.000 NA   NA
 3652073 3652074 SACE_1321 SACE_1322     FALSE 0.062 194.000 0.000 1.000   NA
 3652074 3652075 SACE_1322 SACE_1323     FALSE 0.389 124.000 0.053 1.000   NA
 3652075 3652076 SACE_1323 SACE_1324     TRUE 0.729 15.000 0.005 1.000   NA
 3652076 3652077 SACE_1324 SACE_1325   gudB FALSE 0.065 188.000 0.000 1.000   NA
 3652077 3652078 SACE_1325 SACE_1326 gudB   TRUE 0.510 65.000 0.034 NA   NA
 3652078 3652079 SACE_1326 SACE_1327     TRUE 0.992 -7.000 0.305 NA   NA
 3652079 3652080 SACE_1327 SACE_1328     FALSE 0.049 166.000 0.000 NA   NA
 3652081 3652082 SACE_1329 SACE_1330     FALSE 0.065 135.000 0.000 NA   NA
 3652082 3652083 SACE_1330 SACE_1331   glbO FALSE 0.141 272.000 0.055 1.000   NA
 3652083 3652084 SACE_1331 SACE_1332 glbO   TRUE 0.701 42.000 0.083 1.000   NA
 3652084 3652085 SACE_1332 SACE_1333     FALSE 0.404 140.000 0.070 1.000 N NA
 3652088 3652089 SACE_1336 SACE_1337     TRUE 0.986 -13.000 0.118 NA   NA
 3652090 3652091 SACE_1338 SACE_1339     FALSE 0.082 166.000 0.000 1.000   NA
 3652092 3652093 SACE_1340 SACE_1341   aldA FALSE 0.047 221.000 0.000 1.000   NA
 3652093 3652094 SACE_1341 SACE_1342 aldA   FALSE 0.069 197.000 0.000 1.000 N NA
 3652095 3652096 SACE_1343 SACE_1344     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652096 3652097 SACE_1344 SACE_1345     FALSE 0.238 23.000 0.000 NA   NA
 3652097 3652098 SACE_1345 SACE_1346     TRUE 0.763 9.000 0.002 NA   NA
 3652098 3652099 SACE_1346 SACE_1347   blaB3 FALSE 0.024 236.000 0.000 NA   NA
 3652099 3652100 SACE_1347 SACE_1348 blaB3   TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3652101 3652102 SACE_1349 SACE_1350 rpi   TRUE 0.606 3.000 0.000 NA   NA
 3652102 3652103 SACE_1350 SACE_1351     TRUE 0.606 3.000 0.000 NA   NA
 3652104 3652105 SACE_1352 SACE_1353     TRUE 0.855 68.000 0.667 NA   NA
 3652105 3652106 SACE_1353 SACE_1354     FALSE 0.247 60.000 0.000 1.000   NA
 3652106 3652107 SACE_1354 SACE_1355     FALSE 0.260 55.000 0.000 1.000   NA
 3652107 3652108 SACE_1355 SACE_8024     FALSE 0.009 478.000 0.000 NA   NA
 3652109 3652110 SACE_8025 SACE_1357     FALSE 0.030 216.000 0.000 NA   NA
 3652112 3652113 SACE_1359 SACE_1360 tig   FALSE 0.281 268.000 0.018 1.000 Y NA
 3652113 3652114 SACE_1360 SACE_1361     TRUE 0.980 21.000 0.341 0.001 Y NA
 3652114 3652115 SACE_1361 SACE_1362   clpX FALSE 0.339 251.000 0.039 1.000 Y NA
 3652115 3652116 SACE_1362 SACE_1363 clpX   FALSE 0.012 381.000 0.000 NA   NA
 3652117 3652118 SACE_1364 SACE_1365     FALSE 0.123 80.000 0.000 NA   NA
 3652118 3652119 SACE_1365 SACE_1366     FALSE 0.076 185.000 0.000 1.000 N NA
 3652120 3652121 SACE_1367 SACE_1368     FALSE 0.068 184.000 0.000 1.000   NA
 3652121 3652122 SACE_1368 SACE_1369     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652122 3652123 SACE_1369 SACE_1370     FALSE 0.067 129.000 0.000 NA   NA
 3652123 3652124 SACE_1370 SACE_1371     FALSE 0.127 78.000 0.000 NA   NA
 3652124 3652125 SACE_1371 SACE_1372     FALSE 0.144 111.000 0.000 1.000 N NA
 3652125 3652126 SACE_1372 SACE_1373     TRUE 0.994 -3.000 0.500 1.000 N NA
 3652126 3652127 SACE_1373 SACE_1374   penA,blaA TRUE 0.620 162.000 0.000 0.003 Y NA
 3652128 3652129 SACE_1375 SACE_1376   cypA FALSE 0.073 119.000 0.000 NA   NA
 3652129 3652130 SACE_1376 SACE_1377 cypA   FALSE 0.013 361.000 0.000 NA   NA
 3652131 3652132 SACE_1378 SACE_1379     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652135 3652136 SACE_1382 SACE_1383     FALSE 0.039 187.000 0.000 NA   NA
 3652137 3652138 SACE_1384 SACE_1385 valS   FALSE 0.028 289.000 0.000 1.000   NA
 3652140 3652141 SACE_1387 SACE_1388 folC   TRUE 0.987 -3.000 0.188 NA   NA
 3652145 3652146 SACE_1392 SACE_1393     FALSE 0.018 276.000 0.000 NA   NA
 3652146 3652147 SACE_1393 SACE_1394     FALSE 0.072 121.000 0.000 NA   NA
 3652147 3652148 SACE_1394 SACE_1395     FALSE 0.104 90.000 0.000 NA   NA
 3652149 3652150 SACE_1396 SACE_1397     FALSE 0.015 321.000 0.000 NA   NA
 3652150 3652151 SACE_1397 SACE_1398   sti1 FALSE 0.009 485.000 0.000 NA   NA
 3652152 3652153 SACE_1399 SACE_1400     FALSE 0.016 305.000 0.000 NA   NA
 3652153 3652154 SACE_1400 SACE_1401   ndk FALSE 0.133 216.000 0.002 1.000 N NA
 3652154 3652155 SACE_1401 SACE_1402 ndk   TRUE 0.838 6.000 0.002 1.000   NA
 3652155 3652156 SACE_1402 SACE_1403     FALSE 0.071 179.000 0.000 1.000   NA
 3652158 3652159 SACE_1405 SACE_1406     FALSE 0.326 169.000 0.098 NA   NA
 3652159 3652160 SACE_1406 SACE_1407     FALSE 0.127 78.000 0.000 NA   NA
 3652162 3652163 SACE_1409 SACE_1410   pnbA,estB TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3652163 3652164 SACE_1410 SACE_1411 pnbA,estB   TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652165 3652166 SACE_1412 SACE_1413 dmt   TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652167 3652168 SACE_1414 SACE_1415 rplU rpmA TRUE 0.991 15.000 0.667 0.010 Y NA
 3652168 3652169 SACE_1415 SACE_1416 rpmA obgE TRUE 0.770 79.000 0.335 1.000   NA
 3652169 3652170 SACE_1416 SACE_1417 obgE proB TRUE 0.859 20.000 0.206 1.000   NA
 3652170 3652171 SACE_1417 SACE_1418 proB   FALSE 0.224 78.000 0.000 1.000 N NA
 3652171 3652172 SACE_1418 SACE_1419     TRUE 0.888 44.000 0.667 NA N NA
 3652174 3652175 SACE_1421 SACE_1422     FALSE 0.217 29.000 0.000 NA   NA
 3652177 3652178 SACE_1424 SACE_1425 proA   TRUE 0.570 11.000 0.000 1.000   NA
 3652178 3652179 SACE_1425 SACE_1426   cypA FALSE 0.163 91.000 0.000 1.000   NA
 3652179 3652180 SACE_1426 SACE_1427 cypA   TRUE 0.612 72.000 0.000 0.013 N NA
 3652180 3652181 SACE_1427 SACE_1428   nadD FALSE 0.261 65.000 0.000 1.000 N NA
 3652183 3652184 SACE_1430 SACE_1431     FALSE 0.267 20.000 0.000 NA   NA
 3652184 3652185 SACE_1431 SACE_1432     FALSE 0.045 174.000 0.000 NA   NA
 3652185 3652186 SACE_1432 SACE_1433     TRUE 0.973 -3.000 0.045 NA   NA
 3652186 3652187 SACE_1433 SACE_1434     TRUE 0.780 41.000 0.224 NA   NA
 3652187 3652188 SACE_1434 SACE_1435     FALSE 0.028 790.000 0.014 NA   NA
 3652188 3652189 SACE_1435 SACE_1436     FALSE 0.215 255.000 0.130 1.000   NA
 3652193 3652194 SACE_1440 SACE_1441     FALSE 0.075 116.000 0.000 NA   NA
 3652194 3652195 SACE_1441 SACE_1442     FALSE 0.166 57.000 0.000 NA   NA
 3652195 3652196 SACE_1442 SACE_1443     FALSE 0.028 294.000 0.000 1.000   NA
 3652196 3652197 SACE_1443 SACE_1444     FALSE 0.226 26.000 0.000 NA   NA
 3652199 3652200 SACE_1446 SACE_1447 lepA   FALSE 0.209 75.000 0.000 1.000   NA
 3652202 3652203 SACE_1449 SACE_1450 aceA   FALSE 0.037 250.000 0.000 1.000   NA
 3652203 3652204 SACE_1450 SACE_1451     FALSE 0.260 55.000 0.000 1.000   NA
 3652205 3652206 SACE_1452 SACE_1453     FALSE 0.070 124.000 0.000 NA   NA
 3652206 3652207 SACE_1453 SACE_1454     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652207 3652208 SACE_1454 SACE_1455     FALSE 0.078 135.000 0.000 NA N NA
 3652209 3652210 SACE_1456 SACE_1457 mmsA2   FALSE 0.332 218.000 0.197 1.000 N NA
 3652210 3652211 SACE_1457 SACE_1458   echA9 TRUE 0.816 119.000 0.318 1.000 Y NA
 3652211 3652212 SACE_1458 SACE_1459 echA9 mmsB TRUE 0.527 97.000 0.000 1.000 Y NA
 3652212 3652213 SACE_1459 SACE_1460 mmsB   FALSE 0.056 154.000 0.000 NA   NA
 3652213 3652214 SACE_1460 SACE_1461     TRUE 0.789 22.000 0.143 NA   NA
 3652214 3652215 SACE_1461 SACE_1462     TRUE 0.613 54.000 0.062 NA   NA
 3652215 3652216 SACE_1462 SACE_1463     FALSE 0.164 58.000 0.000 NA   NA
 3652218 3652219 SACE_1465 SACE_1466     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3652220 3652221 SACE_1467 SACE_1468 draG1 draG3 TRUE 0.903 7.000 0.000 NA Y NA
 3652221 3652222 SACE_1468 SACE_1469 draG3   FALSE 0.029 218.000 0.000 NA   NA
 3652222 3652223 SACE_1469 SACE_1470     FALSE 0.019 271.000 0.000 NA   NA
 3652223 3652224 SACE_1470 SACE_1471     FALSE 0.049 167.000 0.000 NA   NA
 3652224 3652225 SACE_1471 SACE_1472     FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3652225 3652226 SACE_1472 SACE_1473   cysN FALSE 0.386 148.000 0.075 1.000   NA
 3652226 3652227 SACE_1473 SACE_1474 cysN cysD TRUE 0.995 3.000 0.925 0.001 N NA
 3652227 3652228 SACE_1474 SACE_1475 cysD cysH TRUE 0.851 38.000 0.046 1.000 Y NA
 3652228 3652229 SACE_1475 SACE_1476 cysH nirA FALSE 0.305 161.000 0.041 1.000 N NA
 3652232 3652233 SACE_1479 SACE_1480 hrcA dnaJ1 TRUE 0.560 85.000 0.064 1.000 N NA
 3652233 3652234 SACE_1480 SACE_1481 dnaJ1 sdrD TRUE 0.936 2.000 0.073 NA   NA
 3652234 3652235 SACE_1481 SACE_1482 sdrD   FALSE 0.093 282.000 0.034 NA   NA
 3652235 3652236 SACE_1482 SACE_1483   phoH FALSE 0.268 169.000 0.032 1.000 N NA
 3652236 3652237 SACE_1483 SACE_1484 phoH   TRUE 0.993 -3.000 0.457 NA   NA
 3652237 3652238 SACE_1484 SACE_1485     TRUE 0.668 85.000 0.222 NA   NA
 3652238 3652239 SACE_1485 SACE_1486     TRUE 0.539 58.000 0.036 NA   NA
 3652239 3652240 SACE_1486 SACE_1487   era FALSE 0.112 256.000 0.037 NA   NA
 3652240 3652241 SACE_1487 SACE_1488 era   FALSE 0.350 129.000 0.000 0.061   NA
 3652241 3652242 SACE_1488 SACE_1489     TRUE 0.555 99.000 0.000 0.000   NA
 3652242 3652243 SACE_1489 SACE_1490     TRUE 0.486 8.000 0.000 NA   NA
 3652245 3652246 SACE_1492 SACE_1493 recO   FALSE 0.296 36.000 0.000 1.000   NA
 3652246 3652247 SACE_1493 SACE_1494     FALSE 0.138 105.000 0.000 1.000   NA
 3652247 3652248 SACE_1494 SACE_1495     TRUE 0.963 -3.000 0.017 NA   NA
 3652248 3652249 SACE_1495 SACE_1496     FALSE 0.017 286.000 0.000 NA   NA
 3652249 3652250 SACE_1496 SACE_1497     TRUE 0.967 0.000 0.155 NA   NA
 3652251 3652252 SACE_1498 SACE_1499     TRUE 0.994 -3.000 0.207 0.097 N NA
 3652253 3652254 SACE_1500 SACE_1501 glyS   FALSE 0.209 137.000 0.004 NA   NA
 3652254 3652255 SACE_1501 SACE_1502   dgt TRUE 0.586 78.000 0.099 NA   NA
 3652255 3652256 SACE_1502 SACE_1503 dgt   FALSE 0.026 228.000 0.000 NA   NA
 3652256 3652257 SACE_1503 SACE_1504     FALSE 0.102 91.000 0.000 NA   NA
 3652259 3652260 SACE_1506 SACE_1507 dnaG   TRUE 0.574 21.000 0.004 NA   NA
 3652260 3652261 SACE_1507 SACE_1508   tam TRUE 0.560 31.000 0.017 NA   NA
 3652261 3652262 SACE_1508 SACE_8026 tam   FALSE 0.071 122.000 0.000 NA   NA
 3652262 3652263 SACE_8026 SACE_1509     FALSE 0.043 177.000 0.000 NA   NA
 3652263 3652264 SACE_1509 SACE_1510     FALSE 0.009 478.000 0.000 NA   NA
 3652264 3652265 SACE_1510 SACE_1511     FALSE 0.006 773.000 0.000 NA   NA
 3652267 3652268 SACE_1512 SACE_1513   add FALSE 0.069 182.000 0.000 1.000   NA
 3652269 3652270 SACE_1514 SACE_1515     TRUE 0.988 -3.000 0.213 NA   NA
 3652271 3652272 SACE_1516 SACE_1517     FALSE 0.020 258.000 0.000 NA   NA
 3652272 3652273 SACE_1517 SACE_1518     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652273 3652274 SACE_1518 SACE_1519     FALSE 0.040 186.000 0.000 NA   NA
 3652276 3652277 SACE_1521 SACE_1522     FALSE 0.193 199.000 0.046 NA   NA
 3652278 3652279 SACE_1523 SACE_1524 fabF acpM TRUE 0.992 -3.000 0.040 1.000 Y NA
 3652279 3652280 SACE_1524 SACE_1525 acpM   TRUE 0.936 63.000 0.109 0.003 Y NA
 3652280 3652281 SACE_1525 SACE_1526   fabD TRUE 0.995 -3.000 0.108 1.000 Y NA
 3652281 3652282 SACE_1526 SACE_1527 fabD   FALSE 0.217 412.000 0.441 NA N NA
 3652285 3652286 SACE_1530 SACE_1531     FALSE 0.258 56.000 0.000 1.000   NA
 3652288 3652289 SACE_1533 SACE_1534   ahpE TRUE 0.744 103.000 0.575 NA   NA
 3652289 3652290 SACE_1534 SACE_8028 ahpE   FALSE 0.085 104.000 0.000 NA   NA
 3652291 3652292 SACE_1535 SACE_1536     TRUE 0.918 3.000 0.037 1.000   NA
 3652293 3652294 SACE_1537 SACE_1538 galE   FALSE 0.117 122.000 0.000 1.000   NA
 3652294 3652295 SACE_1538 SACE_1539     FALSE 0.012 370.000 0.000 NA   NA
 3652296 3652297 SACE_1540 SACE_1541     TRUE 0.682 52.000 0.000 0.005   NA
 3652297 3652298 SACE_1541 SACE_1542     TRUE 0.486 8.000 0.000 NA   NA
 3652299 3652300 SACE_1543 SACE_1544     FALSE 0.061 144.000 0.000 NA   NA
 3652301 3652302 SACE_1545 SACE_1546     FALSE 0.296 18.000 0.000 NA   NA
 3652305 3652306 SACE_1549 SACE_1550     TRUE 0.826 13.000 0.042 1.000   NA
 3652306 3652307 SACE_1550 SACE_1551   alpH TRUE 0.960 7.000 0.350 1.000   NA
 3652307 3652308 SACE_1551 SACE_1552 alpH   TRUE 0.997 3.000 0.551 0.000 Y NA
 3652308 3652309 SACE_1552 SACE_1553     FALSE 0.347 153.000 0.082 NA   NA
 3652309 3652310 SACE_1553 SACE_1554     FALSE 0.008 558.000 0.000 NA   NA
 3652310 3652311 SACE_1554 SACE_1555     FALSE 0.010 413.000 0.000 NA   NA
 3652313 3652314 SACE_1557 SACE_1558     FALSE 0.065 1008.000 0.000 0.001   NA
 3652315 3652316 SACE_1559 SACE_1560     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652316 3652317 SACE_1560 SACE_1561     TRUE 0.901 57.000 1.000 NA   NA
 3652317 3652318 SACE_1561 SACE_1562     FALSE 0.120 82.000 0.000 NA   NA
 3652318 3652319 SACE_1562 SACE_1563     TRUE 0.993 -3.000 0.423 NA   NA
 3652319 3652320 SACE_1563 SACE_1564     FALSE 0.111 87.000 0.000 NA   NA
 3652321 3652322 SACE_1565 SACE_1566 kdgR lys1 FALSE 0.012 612.000 0.000 1.000   NA
 3652324 3652325 SACE_1568 SACE_1569     FALSE 0.087 103.000 0.000 NA   NA
 3652326 3652327 SACE_1570 SACE_1571     TRUE 0.663 38.000 0.074 NA   NA
 3652327 3652328 SACE_1571 SACE_1572     TRUE 0.960 9.000 0.500 NA   NA
 3652328 3652329 SACE_1572 SACE_1573     TRUE 0.986 -3.000 0.174 NA   NA
 3652333 3652334 SACE_1577 SACE_1578     TRUE 0.607 53.000 0.057 NA   NA
 3652334 3652335 SACE_1578 SACE_1579     TRUE 0.588 30.000 0.019 NA N NA
 3652336 3652337 SACE_1580 SACE_1581   cobC FALSE 0.434 11.000 0.000 NA   NA
 3652337 3652338 SACE_1581 SACE_1582 cobC   TRUE 0.807 19.000 0.121 NA   NA
 3652338 3652339 SACE_1582 SACE_1583     TRUE 0.993 -3.000 0.468 NA   NA
 3652339 3652340 SACE_1583 SACE_1584     TRUE 0.993 -3.000 0.422 NA   NA
 3652340 3652341 SACE_1584 SACE_1585     FALSE 0.301 189.000 0.000 1.000 Y NA
 3652341 3652342 SACE_1585 SACE_1586     TRUE 0.956 17.000 0.231 1.000 Y NA
 3652342 3652343 SACE_1586 SACE_1587     TRUE 0.972 50.000 0.615 0.058 Y NA
 3652343 3652344 SACE_1587 SACE_1588     TRUE 0.999 -3.000 0.692 0.058 Y NA
 3652344 3652345 SACE_1588 SACE_1589     TRUE 0.983 8.000 0.348 1.000 Y NA
 3652345 3652346 SACE_1589 SACE_1590     TRUE 0.983 9.000 0.478 NA Y NA
 3652346 3652347 SACE_1590 SACE_1593     FALSE 0.006 1431.000 0.000 NA   NA
 3652347 3652348 SACE_1593 SACE_1594     TRUE 0.977 7.000 0.833 NA   NA
 3652348 3652349 SACE_1594 SACE_1595     TRUE 0.881 50.000 0.667 NA   NA
 3652349 3652350 SACE_1595 SACE_1596     TRUE 0.812 93.000 0.800 NA   NA
 3652350 3652351 SACE_1596 SACE_1597     TRUE 0.909 35.000 0.800 NA   NA
 3652351 3652352 SACE_1597 SACE_1598     TRUE 0.980 2.000 0.500 NA   NA
 3652352 3652353 SACE_1598 SACE_1599     TRUE 0.771 75.000 0.375 NA   NA
 3652353 3652354 SACE_1599 SACE_1600   rnr FALSE 0.018 275.000 0.000 NA   NA
 3652354 3652355 SACE_1600 SACE_1601 rnr   FALSE 0.174 88.000 0.000 1.000   NA
 3652355 3652356 SACE_1601 SACE_1602     FALSE 0.166 57.000 0.000 NA   NA
 3652356 3652357 SACE_1602 SACE_1603     FALSE 0.060 146.000 0.000 NA   NA
 3652358 3652359 SACE_1604 SACE_1605 panB pheC FALSE 0.099 160.000 0.000 1.000 N NA
 3652359 3652360 SACE_1605 SACE_1606 pheC   FALSE 0.180 92.000 0.000 1.000 N NA
 3652360 3652361 SACE_1606 SACE_1607     FALSE 0.050 229.000 0.000 1.000 N NA
 3652361 3652362 SACE_1607 SACE_1608     FALSE 0.012 661.000 0.000 1.000   NA
 3652362 3652363 SACE_1608 SACE_1609   helZ TRUE 0.992 -7.000 0.222 1.000   NA
 3652363 3652364 SACE_1609 SACE_1610 helZ nadE TRUE 0.670 28.000 0.000 0.086 N NA
 3652365 3652366 SACE_1611 SACE_1612     FALSE 0.079 110.000 0.000 NA   NA
 3652366 3652367 SACE_1612 SACE_1613   glnA2 FALSE 0.269 62.000 0.000 1.000 N NA
 3652367 3652368 SACE_1613 SACE_1614 glnA2   FALSE 0.211 83.000 0.000 1.000 N NA
 3652368 3652369 SACE_1614 SACE_8105     FALSE 0.007 626.000 0.000 NA   NA
 3652369 3652370 SACE_8105 SACE_8107     FALSE 0.027 226.000 0.000 NA   NA
 3652375 3652376 SACE_1618 SACE_1619   glnE TRUE 0.512 67.000 0.014 1.000 N NA
 3652376 3652377 SACE_1619 SACE_1620 glnE   FALSE 0.271 61.000 0.000 1.000 N NA
 3652377 3652378 SACE_1620 SACE_1622     FALSE 0.013 711.000 0.000 1.000 N NA
 3652381 3652382 SACE_1625 SACE_1626   lipA FALSE 0.420 102.000 0.059 NA   NA
 3652382 3652383 SACE_1626 SACE_1627 lipA   FALSE 0.472 67.000 0.003 1.000 N NA
 3652388 3652389 SACE_1632 SACE_1633     TRUE 0.914 12.000 0.167 1.000 N NA
 3652390 3652391 SACE_1634 SACE_1635     TRUE 0.906 15.000 0.286 NA   NA
 3652391 3652392 SACE_1635 SACE_1636   lipB FALSE 0.147 68.000 0.000 NA   NA
 3652392 3652393 SACE_1636 SACE_1637 lipB   TRUE 0.736 67.000 0.019 0.050   NA
 3652393 3652394 SACE_1637 SACE_1638   sucB FALSE 0.443 205.000 0.333 1.000   NA
 3652394 3652395 SACE_1638 SACE_1639 sucB dldH2 TRUE 0.912 71.000 0.379 1.000 Y NA
 3652397 3652398 SACE_1641 SACE_1642   pepB FALSE 0.208 84.000 0.000 1.000 N NA
 3652399 3652400 SACE_1643 SACE_1644     TRUE 0.503 7.000 0.000 NA   NA
 3652402 3652403 SACE_1646 SACE_1647     FALSE 0.117 122.000 0.000 1.000   NA
 3652403 3652404 SACE_1647 SACE_1648     TRUE 0.607 101.000 0.190 1.000   NA
 3652405 3652406 SACE_1649 SACE_1650 cobS cobT TRUE 0.825 111.000 0.039 0.006 Y NA
 3652406 3652407 SACE_1650 SACE_1651 cobT cobU TRUE 0.858 41.000 0.060 1.000 Y NA
 3652407 3652408 SACE_1651 SACE_1652 cobU   FALSE 0.432 82.000 0.006 1.000 N NA
 3652408 3652409 SACE_1652 SACE_1653     TRUE 0.724 67.000 0.214 NA   NA
 3652412 3652413 SACE_1656 SACE_1657 adoK   FALSE 0.164 100.000 0.000 1.000 N NA
 3652413 3652414 SACE_1657 SACE_1658   amlB FALSE 0.120 135.000 0.000 1.000 N NA
 3652415 3652416 SACE_1659 SACE_1660     TRUE 0.832 63.000 0.000 0.018 Y NA
 3652416 3652417 SACE_1660 SACE_1661     FALSE 0.069 197.000 0.000 1.000 N NA
 3652419 3652420 SACE_1663 SACE_1664     FALSE 0.039 243.000 0.000 1.000   NA
 3652420 3652421 SACE_1664 SACE_1665     TRUE 0.996 3.000 0.516 0.058 Y NA
 3652421 3652422 SACE_1665 SACE_1666     TRUE 0.982 20.000 0.552 0.058 Y NA
 3652423 3652424 SACE_1667 SACE_1668 malR aglA FALSE 0.141 113.000 0.000 1.000 N NA
 3652424 3652425 SACE_1668 SACE_1669 aglA   FALSE 0.131 109.000 0.000 1.000   NA
 3652426 3652427 SACE_1670 SACE_1671 glsA   FALSE 0.331 35.000 0.000 1.000 N NA
 3652427 3652428 SACE_1671 SACE_1672     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3652428 3652429 SACE_1672 SACE_1673     TRUE 0.993 -7.000 0.046 NA Y NA
 3652429 3652430 SACE_1673 SACE_1674     TRUE 0.676 40.000 0.000 NA Y NA
 3652431 3652432 SACE_1675 SACE_1676     FALSE 0.168 56.000 0.000 NA   NA
 3652434 3652435 SACE_1678 SACE_1679 ctaC   TRUE 0.821 44.000 0.342 NA   NA
 3652435 3652436 SACE_1679 SACE_1680     FALSE 0.061 143.000 0.000 NA   NA
 3652437 3652438 SACE_1681 SACE_1682 trpD   TRUE 0.638 20.000 0.019 NA   NA
 3652438 3652439 SACE_1682 SACE_1683     FALSE 0.091 99.000 0.000 NA   NA
 3652440 3652441 SACE_1684 SACE_1685 ctaE qcrC TRUE 0.805 65.000 0.000 0.064 Y NA
 3652441 3652442 SACE_1685 SACE_1686 qcrC   TRUE 0.998 -3.000 0.189 0.064 Y NA
 3652442 3652443 SACE_1686 SACE_1687   qcrB TRUE 0.999 -3.000 0.660 0.001 Y NA
 3652444 3652445 SACE_1688 SACE_1689     FALSE 0.115 85.000 0.000 NA   NA
 3652446 3652447 SACE_1690 SACE_1692     FALSE 0.007 642.000 0.000 NA   NA
 3652447 3652448 SACE_1692 SACE_1693     FALSE 0.053 159.000 0.000 NA   NA
 3652450 3652451 SACE_1695 SACE_1696     TRUE 0.608 26.000 0.026 NA   NA
 3652451 3652452 SACE_1696 SACE_1697     TRUE 0.487 111.000 0.130 NA   NA
 3652452 3652453 SACE_1697 SACE_1698   arsA TRUE 0.876 20.000 0.316 NA   NA
 3652453 3652454 SACE_1698 SACE_1699 arsA   TRUE 0.931 6.000 0.154 NA   NA
 3652454 3652455 SACE_1699 SACE_1700   glk TRUE 0.872 -6.000 0.000 NA   NA
 3652457 3652458 SACE_1702 SACE_1703     TRUE 0.690 44.000 0.075 1.000   NA
 3652458 3652459 SACE_1703 SACE_1704   pfkA TRUE 0.545 106.000 0.132 1.000   NA
 3652459 3652460 SACE_1704 SACE_1705 pfkA   FALSE 0.343 129.000 0.000 0.085 N NA
 3652460 3652461 SACE_1705 SACE_1706     TRUE 0.993 -3.000 0.000 0.018 Y NA
 3652461 3652462 SACE_1706 SACE_1707     FALSE 0.026 312.000 0.000 1.000   NA
 3652462 3652463 SACE_1707 SACE_1708   aroG FALSE 0.091 156.000 0.000 1.000   NA
 3652464 3652465 SACE_1709 SACE_1710     FALSE 0.027 225.000 0.000 NA   NA
 3652466 3652467 SACE_1711 SACE_1712     FALSE 0.007 608.000 0.000 NA   NA
 3652468 3652469 SACE_1713 SACE_1714 crtI   TRUE 0.971 0.000 0.138 1.000 N NA
 3652470 3652471 SACE_1715 SACE_1716 metF   FALSE 0.132 75.000 0.000 NA   NA
 3652477 3652478 SACE_1722 SACE_1723     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652479 3652480 SACE_1724 SACE_1725     FALSE 0.013 355.000 0.000 NA   NA
 3652480 3652481 SACE_1725 SACE_1726     TRUE 0.804 0.000 0.000 1.000   NA
 3652481 3652482 SACE_1726 SACE_1727     FALSE 0.023 244.000 0.000 NA   NA
 3652482 3652483 SACE_1727 SACE_1728     FALSE 0.047 169.000 0.000 NA   NA
 3652483 3652484 SACE_1728 SACE_1729     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3652484 3652485 SACE_1729 SACE_1730   lhr FALSE 0.054 209.000 0.000 1.000   NA
 3652485 3652486 SACE_1730 SACE_1731 lhr   FALSE 0.181 44.000 0.000 NA   NA
 3652491 3652492 SACE_1736 SACE_1737 recA   FALSE 0.113 1052.000 0.296 1.000   NA
 3652492 3652493 SACE_1737 SACE_1738     FALSE 0.128 111.000 0.000 1.000   NA
 3652494 3652495 SACE_1739 SACE_1740 kdgA edd TRUE 0.946 44.000 0.523 1.000 Y NA
 3652496 3652497 SACE_1741 SACE_1742     FALSE 0.020 259.000 0.000 NA   NA
 3652498 3652499 SACE_1743 SACE_1744 gluD   TRUE 0.999 -3.000 0.375 0.004 Y NA
 3652499 3652500 SACE_1744 SACE_1745   gluB1 TRUE 0.960 77.000 0.625 0.058 Y NA
 3652500 3652501 SACE_1745 SACE_1746 gluB1   TRUE 0.891 32.000 0.086 1.000 Y NA
 3652502 3652503 SACE_1747 SACE_1748     FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3652503 3652504 SACE_1748 SACE_1749     FALSE 0.187 39.000 0.000 NA   NA
 3652506 3652507 SACE_1751 SACE_1752   miaA TRUE 0.595 59.000 0.043 1.000   NA
 3652507 3652508 SACE_1752 SACE_1753 miaA dapF TRUE 0.887 10.000 0.062 1.000 N NA
 3652508 3652509 SACE_1753 SACE_1754 dapF hflX TRUE 0.539 63.000 0.025 1.000   NA
 3652509 3652510 SACE_1754 SACE_1755 hflX   TRUE 0.516 48.000 0.003 1.000   NA
 3652511 3652512 SACE_1756 SACE_1757 tpase1   FALSE 0.183 42.000 0.000 NA   NA
 3652512 3652513 SACE_1757 SACE_1758     FALSE 0.217 29.000 0.000 NA   NA
 3652513 3652514 SACE_1758 SACE_1759     TRUE 0.994 -13.000 0.000 0.065 Y NA
 3652514 3652515 SACE_1759 SACE_1760     FALSE 0.047 994.000 0.000 0.058 N NA
 3652516 3652517 SACE_1761 SACE_1763     FALSE 0.031 809.000 0.004 1.000   NA
 3652517 3652518 SACE_1763 SACE_1764     FALSE 0.410 224.000 0.032 0.001 N NA
 3652518 3652519 SACE_1764 SACE_1765     FALSE 0.180 86.000 0.000 1.000   NA
 3652521 3652522 SACE_1767 SACE_1768     TRUE 0.586 10.000 0.000 1.000   NA
 3652522 3652523 SACE_1768 SACE_1769     TRUE 0.814 49.000 0.250 1.000 N NA
 3652525 3652526 SACE_1771 SACE_1772 pepX   FALSE 0.122 117.000 0.000 1.000   NA
 3652526 3652527 SACE_1772 SACE_1773     FALSE 0.079 110.000 0.000 NA   NA
 3652528 3652529 SACE_1774 SACE_1775 galE galK TRUE 0.825 70.000 0.051 0.001 N NA
 3652529 3652530 SACE_1775 SACE_1776 galK   TRUE 0.966 -3.000 0.006 1.000   NA
 3652531 3652532 SACE_1777 SACE_1779 sseA acuC FALSE 0.040 750.000 0.017 1.000 N NA
 3652532 3652533 SACE_1779 SACE_1780 acuC   TRUE 0.819 23.000 0.150 1.000 N NA
 3652533 3652534 SACE_1780 SACE_1781     FALSE 0.011 398.000 0.000 NA   NA
 3652539 3652540 SACE_1786 SACE_1787 sigB   FALSE 0.072 345.000 0.008 1.000 N NA
 3652540 3652541 SACE_1787 SACE_1788     FALSE 0.259 132.000 0.004 1.000   NA
 3652542 3652543 SACE_1789 SACE_1790     FALSE 0.009 467.000 0.000 NA   NA
 3652545 3652546 SACE_1792 SACE_1793     TRUE 0.574 92.000 0.153 NA   NA
 3652548 3652549 SACE_1795 SACE_1796     FALSE 0.034 204.000 0.000 NA   NA
 3652549 3652550 SACE_1796 SACE_1797   csd FALSE 0.450 10.000 0.000 NA   NA
 3652551 3652552 SACE_1798 SACE_1800     FALSE 0.006 789.000 0.000 NA   NA
 3652552 3652553 SACE_1800 SACE_1801   sigA FALSE 0.050 164.000 0.000 NA   NA
 3652553 3652554 SACE_1801 SACE_1802 sigA ppgK FALSE 0.409 242.000 0.075 1.000 Y NA
 3652559 3652560 SACE_1807 SACE_1808     TRUE 0.922 4.000 0.078 NA   NA
 3652560 3652561 SACE_1808 SACE_1809     FALSE 0.139 465.000 0.253 NA   NA
 3652561 3652562 SACE_1809 SACE_1810     FALSE 0.179 48.000 0.000 NA   NA
 3652563 3652564 SACE_1811 SACE_1812 trkA   TRUE 0.996 0.000 0.162 0.002 Y NA
 3652565 3652566 SACE_1813 SACE_1814     TRUE 0.981 -3.000 0.082 NA N NA
 3652566 3652567 SACE_1814 SACE_1815   dxs FALSE 0.093 257.000 0.014 NA N NA
 3652567 3652568 SACE_1815 SACE_1816 dxs   FALSE 0.026 229.000 0.000 NA   NA
 3652568 3652569 SACE_1816 SACE_1817     FALSE 0.267 20.000 0.000 NA   NA
 3652569 3652570 SACE_1817 SACE_1818   cutS TRUE 0.972 26.000 0.889 1.000 Y NA
 3652571 3652572 SACE_1819 SACE_1820     FALSE 0.065 188.000 0.000 1.000   NA
 3652573 3652574 SACE_1821 SACE_1822   cotA,pig TRUE 0.992 -3.000 0.375 NA   NA
 3652575 3652576 SACE_1823 SACE_1824     TRUE 0.998 -3.000 0.812 NA Y NA
 3652576 3652577 SACE_1824 SACE_1826   tpase1 FALSE 0.008 712.000 0.000 NA N NA
 3652577 3652578 SACE_1826 SACE_1827 tpase1   FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3652578 3652579 SACE_1827 SACE_1828     TRUE 0.486 8.000 0.000 NA   NA
 3652580 3652581 SACE_1830 SACE_1831     FALSE 0.141 71.000 0.000 NA   NA
 3652582 3652583 SACE_1832 SACE_1833     TRUE 0.563 115.000 0.017 0.058 N NA
 3652583 3652584 SACE_1833 SACE_1835     FALSE 0.006 981.000 0.000 NA   NA
 3652585 3652586 SACE_1836 SACE_1837 hemE hemG TRUE 0.979 12.000 0.049 0.001 Y NA
 3652586 3652587 SACE_1837 SACE_1838 hemG   TRUE 0.781 27.000 0.158 NA   NA
 3652587 3652588 SACE_1838 SACE_1839     FALSE 0.064 136.000 0.000 NA   NA
 3652590 3652591 SACE_1841 SACE_1842     FALSE 0.105 137.000 0.000 1.000   NA
 3652594 3652595 SACE_1845 SACE_1846 msrB   TRUE 0.527 71.000 0.048 NA   NA
 3652595 3652596 SACE_1846 SACE_1847     FALSE 0.210 32.000 0.000 NA   NA
 3652597 3652598 SACE_1848 SACE_1849 yfbT   TRUE 0.570 11.000 0.000 1.000   NA
 3652599 3652600 SACE_1850 SACE_1851     FALSE 0.015 319.000 0.000 NA   NA
 3652600 3652601 SACE_1851 SACE_1852     FALSE 0.145 69.000 0.000 NA   NA
 3652601 3652602 SACE_1852 SACE_1853     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3652602 3652603 SACE_1853 SACE_1854     FALSE 0.196 36.000 0.000 NA   NA
 3652605 3652606 SACE_1856 SACE_1857 ard slpD FALSE 0.013 356.000 0.000 NA   NA
 3652607 3652608 SACE_1858 SACE_1859     FALSE 0.177 51.000 0.000 NA   NA
 3652609 3652610 SACE_1860 SACE_1861   ligC TRUE 0.619 10.000 0.000 1.000 N NA
 3652610 3652611 SACE_1861 SACE_1862 ligC   FALSE 0.296 18.000 0.000 NA   NA
 3652611 3652612 SACE_1862 SACE_1863     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652612 3652613 SACE_1863 SACE_1864     TRUE 0.552 5.000 0.000 NA   NA
 3652613 3652614 SACE_1864 SACE_1865     TRUE 0.992 -3.000 0.417 NA   NA
 3652614 3652615 SACE_1865 SACE_1866     TRUE 0.483 127.000 0.167 NA   NA
 3652615 3652616 SACE_1866 SACE_1867     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3652616 3652617 SACE_1867 SACE_1868     TRUE 0.846 37.000 0.400 NA   NA
 3652617 3652618 SACE_1868 SACE_1869     FALSE 0.087 103.000 0.000 NA   NA
 3652618 3652619 SACE_1869 SACE_1870   sigT TRUE 0.872 -7.000 0.000 NA   NA
 3652619 3652620 SACE_1870 SACE_1871 sigT ribD TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3652621 3652622 SACE_1872 SACE_1873     FALSE 0.022 246.000 0.000 NA   NA
 3652623 3652624 SACE_1874 SACE_1875   rocD FALSE 0.073 190.000 0.000 1.000 N NA
 3652625 3652626 SACE_1876 SACE_1877     FALSE 0.024 237.000 0.000 NA   NA
 3652627 3652628 SACE_1878 SACE_1879     FALSE 0.198 79.000 0.000 1.000   NA
 3652629 3652630 SACE_1880 SACE_1881     FALSE 0.020 258.000 0.000 NA   NA
 3652630 3652631 SACE_1881 SACE_1882     TRUE 0.996 -7.000 0.111 1.000 Y NA
 3652631 3652632 SACE_1882 SACE_1883     TRUE 0.858 56.000 0.111 NA Y NA
 3652634 3652635 SACE_1885 SACE_1886     FALSE 0.136 73.000 0.000 NA   NA
 3652639 3652640 SACE_1890 SACE_1891     TRUE 0.997 0.000 0.450 0.057 Y NA
 3652640 3652641 SACE_1891 SACE_1892     TRUE 0.999 -7.000 0.818 0.057 Y NA
 3652641 3652642 SACE_1892 SACE_1893     TRUE 0.882 12.000 0.000 1.000 Y NA
 3652642 3652643 SACE_1893 SACE_1895     FALSE 0.012 677.000 0.000 1.000   NA
 3652643 3652644 SACE_1895 SACE_1896     FALSE 0.230 25.000 0.000 NA   NA
 3652644 3652645 SACE_1896 SACE_1897   afsR FALSE 0.021 253.000 0.000 NA   NA
 3652646 3652647 SACE_1898 SACE_1899     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3652647 3652648 SACE_1899 SACE_1900     FALSE 0.073 119.000 0.000 NA   NA
 3652648 3652649 SACE_1900 SACE_1901     FALSE 0.022 251.000 0.000 NA   NA
 3652651 3652652 SACE_1903 SACE_1904     FALSE 0.027 225.000 0.000 NA   NA
 3652652 3652653 SACE_1904 SACE_1905     FALSE 0.193 81.000 0.000 1.000   NA
 3652658 3652659 SACE_1910 SACE_1911   fadE7 TRUE 0.723 63.000 0.143 1.000 N NA
 3652659 3652660 SACE_1911 SACE_1912 fadE7 aprA FALSE 0.024 331.000 0.000 1.000   NA
 3652661 3652662 SACE_1913 SACE_1914 fabG3   FALSE 0.304 44.000 0.000 1.000 N NA
 3652663 3652664 SACE_1915 SACE_1916     TRUE 0.751 19.000 0.000 0.057   NA
 3652666 3652667 SACE_1918 SACE_1919     TRUE 0.855 47.000 0.000 0.018 Y NA
 3652667 3652668 SACE_1919 SACE_1920     FALSE 0.357 22.000 0.000 1.000   NA
 3652668 3652669 SACE_1920 SACE_1921     FALSE 0.042 232.000 0.000 1.000   NA
 3652669 3652670 SACE_1921 SACE_1922   ackA TRUE 0.989 -3.000 0.179 1.000 N NA
 3652670 3652671 SACE_1922 SACE_1923 ackA   FALSE 0.174 53.000 0.000 NA   NA
 3652671 3652672 SACE_1923 SACE_1924     TRUE 0.853 35.000 0.400 NA   NA
 3652673 3652674 SACE_1925 SACE_1926     FALSE 0.021 254.000 0.000 NA   NA
 3652674 3652675 SACE_1926 SACE_1927     FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3652675 3652676 SACE_1927 SACE_1928     TRUE 0.987 -3.000 0.182 NA   NA
 3652676 3652677 SACE_1928 SACE_1929     FALSE 0.124 115.000 0.000 1.000   NA
 3652678 3652679 SACE_1930 SACE_1931     FALSE 0.171 54.000 0.000 NA   NA
 3652679 3652680 SACE_1931 SACE_1932     TRUE 0.710 52.000 0.100 1.000   NA
 3652680 3652681 SACE_1932 SACE_1933     FALSE 0.152 65.000 0.000 NA   NA
 3652682 3652683 SACE_1934 SACE_1935   gcl FALSE 0.071 180.000 0.000 1.000   NA
 3652683 3652684 SACE_1935 SACE_1936 gcl   FALSE 0.421 18.000 0.000 1.000   NA
 3652685 3652686 SACE_1937 SACE_1938 gltP1   FALSE 0.109 88.000 0.000 NA   NA
 3652686 3652687 SACE_1938 SACE_1939     FALSE 0.078 111.000 0.000 NA   NA
 3652688 3652689 SACE_1940 SACE_1941 lacZ2   FALSE 0.022 248.000 0.000 NA   NA
 3652692 3652693 SACE_1944 SACE_1945     FALSE 0.085 174.000 0.000 1.000 N NA
 3652694 3652695 SACE_1946 SACE_1947     TRUE 0.622 75.000 0.000 1.000 Y NA
 3652696 3652697 SACE_1948 SACE_1949     FALSE 0.063 138.000 0.000 NA   NA
 3652697 3652698 SACE_1949 SACE_1950     FALSE 0.030 214.000 0.000 NA   NA
 3652700 3652701 SACE_1952 SACE_1953   cvnA5 FALSE 0.017 490.000 0.000 1.000 N NA
 3652701 3652702 SACE_1953 SACE_1954 cvnA5 cvnB11 TRUE 0.920 20.000 0.600 NA   NA
 3652702 3652703 SACE_1954 SACE_1955 cvnB11   TRUE 0.969 10.000 0.750 NA   NA
 3652703 3652704 SACE_1955 SACE_1956   cvnD6 TRUE 0.897 23.000 0.500 NA   NA
 3652705 3652706 SACE_1957 SACE_1958 tnaA   TRUE 0.728 39.000 0.143 NA   NA
 3652706 3652707 SACE_1958 SACE_8029     FALSE 0.006 929.000 0.000 NA   NA
 3652707 3652708 SACE_8029 SACE_1960     FALSE 0.178 50.000 0.000 NA   NA
 3652709 3652710 SACE_1961 SACE_8030     FALSE 0.046 172.000 0.000 NA   NA
 3652710 3652711 SACE_8030 SACE_8031     FALSE 0.180 46.000 0.000 NA   NA
 3652711 3652712 SACE_8031 SACE_8032     TRUE 0.636 2.000 0.000 NA   NA
 3652715 3652716 SACE_1964 SACE_1965     FALSE 0.168 56.000 0.000 NA   NA
 3652717 3652718 SACE_1966 SACE_1967     FALSE 0.172 96.000 0.000 1.000 N NA
 3652718 3652719 SACE_1967 SACE_1968     FALSE 0.298 51.000 0.000 1.000 N NA
 3652719 3652720 SACE_1968 SACE_1969     FALSE 0.153 64.000 0.000 NA   NA
 3652722 3652723 SACE_1971 SACE_1972     TRUE 0.990 -3.000 0.273 NA   NA
 3652724 3652725 SACE_1973 SACE_1974     FALSE 0.233 24.000 0.000 NA   NA
 3652725 3652726 SACE_1974 SACE_1975     FALSE 0.022 246.000 0.000 NA   NA
 3652726 3652727 SACE_1975 SACE_1976     TRUE 0.997 -3.000 0.455 1.000 Y NA
 3652729 3652730 SACE_1978 SACE_1979     FALSE 0.123 255.000 0.024 1.000 N NA
 3652733 3652734 SACE_1982 SACE_1983     FALSE 0.175 52.000 0.000 NA   NA
 3652737 3652738 SACE_1986 SACE_1987 coaA,panK,rts   FALSE 0.065 202.000 0.000 1.000 N NA
 3652739 3652740 SACE_1988 SACE_1989   cya TRUE 0.997 -19.000 0.200 1.000 Y NA
 3652740 3652741 SACE_1989 SACE_1990 cya   FALSE 0.182 43.000 0.000 NA   NA
 3652741 3652742 SACE_1990 SACE_1991     FALSE 0.016 300.000 0.000 NA   NA
 3652742 3652743 SACE_1991 SACE_1992     TRUE 0.920 25.000 0.633 1.000 N NA
 3652749 3652750 SACE_1998 SACE_1999     FALSE 0.035 276.000 0.000 1.000 N NA
 3652750 3652751 SACE_1999 SACE_2000     TRUE 0.836 45.000 0.000 0.064 Y NA
 3652753 3652754 SACE_2002 SACE_2003     TRUE 0.654 1.000 0.000 NA   NA
 3652754 3652755 SACE_2003 SACE_2004   thrS FALSE 0.105 155.000 0.000 1.000 N NA
 3652755 3652756 SACE_2004 SACE_2005 thrS   TRUE 0.659 93.000 0.208 1.000 N NA
 3652756 3652757 SACE_2005 SACE_2006     TRUE 0.741 91.000 0.000 0.049 Y NA
 3652757 3652758 SACE_2006 SACE_2007     FALSE 0.177 93.000 0.000 1.000 N NA
 3652760 3652761 SACE_2009 SACE_2010 pdx1   FALSE 0.039 261.000 0.000 1.000 N NA
 3652761 3652762 SACE_2010 SACE_2011     FALSE 0.373 128.000 0.000 0.057 N NA
 3652762 3652763 SACE_2011 SACE_2012     TRUE 0.768 53.000 0.224 NA   NA
 3652765 3652766 SACE_2014 SACE_2015     TRUE 0.995 -3.000 0.675 NA   NA
 3652766 3652767 SACE_2015 SACE_2016   ansP,yncF FALSE 0.008 565.000 0.000 NA   NA
 3652767 3652768 SACE_2016 SACE_2017 ansP,yncF   FALSE 0.392 15.000 0.000 NA N NA
 3652768 3652769 SACE_2017 SACE_2018     TRUE 0.611 50.000 0.055 NA   NA
 3652771 3652772 SACE_2020 SACE_2021   rubC FALSE 0.013 355.000 0.000 NA   NA
 3652772 3652773 SACE_2021 SACE_2022 rubC ruvA TRUE 0.999 -3.000 0.451 0.007 Y NA
 3652773 3652774 SACE_2022 SACE_2023 ruvA ruvB TRUE 0.980 35.000 0.549 0.001 Y NA
 3652774 3652775 SACE_2023 SACE_2024 ruvB   FALSE 0.081 410.000 0.063 NA N NA
 3652775 3652776 SACE_2024 SACE_2025   secD FALSE 0.202 415.000 0.062 NA Y NA
 3652776 3652777 SACE_2025 SACE_2026 secD   TRUE 0.996 3.000 0.336 0.000 Y NA
 3652777 3652778 SACE_2026 SACE_2027   apt TRUE 0.978 -3.000 0.044 1.000 N NA
 3652778 3652779 SACE_2027 SACE_2028 apt relA FALSE 0.290 175.000 0.051 1.000 N NA
 3652780 3652781 SACE_2029 SACE_2030     FALSE 0.060 145.000 0.000 NA   NA
 3652782 3652783 SACE_2031 SACE_2032   hisS TRUE 0.650 43.000 0.051 1.000   NA
 3652783 3652784 SACE_2032 SACE_2033 hisS   TRUE 0.958 -3.000 0.007 NA   NA
 3652786 3652787 SACE_2035 SACE_2037     FALSE 0.006 894.000 0.000 NA   NA
 3652789 3652790 SACE_2041 SACE_2043 aspS   FALSE 0.024 1101.000 0.009 NA   NA
 3652790 3652791 SACE_2043 SACE_2044     FALSE 0.018 273.000 0.000 NA   NA
 3652791 3652792 SACE_2044 SACE_2045     FALSE 0.011 401.000 0.000 NA   NA
 3652792 3652793 SACE_2045 SACE_2046   cynT FALSE 0.109 88.000 0.000 NA   NA
 3652793 3652794 SACE_2046 SACE_2047 cynT ychM TRUE 0.796 128.000 0.286 1.000 Y NA
 3652794 3652795 SACE_2047 SACE_2048 ychM   FALSE 0.325 36.000 0.000 1.000 N NA
 3652795 3652796 SACE_2048 SACE_2049   serA FALSE 0.016 531.000 0.000 1.000 N NA
 3652796 3652797 SACE_2049 SACE_2050 serA   FALSE 0.090 100.000 0.000 NA   NA
 3652797 3652798 SACE_2050 SACE_2051     TRUE 0.908 6.000 0.083 NA   NA
 3652798 3652799 SACE_2051 SACE_2052   alaS TRUE 0.563 67.000 0.057 NA   NA
 3652799 3652800 SACE_2052 SACE_2053 alaS   TRUE 0.555 99.000 0.103 1.000 N NA
 3652800 3652801 SACE_2053 SACE_2054     TRUE 0.517 66.000 0.039 NA   NA
 3652801 3652802 SACE_2054 SACE_2055   aroE TRUE 0.996 -13.000 0.667 NA   NA
 3652803 3652804 SACE_2056 SACE_2057   tnp FALSE 0.049 166.000 0.000 NA   NA
 3652804 3652805 SACE_2057 SACE_2058 tnp ptsH FALSE 0.235 74.000 0.000 1.000 N NA
 3652805 3652806 SACE_2058 SACE_2059 ptsH   TRUE 0.961 46.000 0.231 0.002 Y NA
 3652806 3652807 SACE_2059 SACE_2060     TRUE 0.989 -3.000 0.188 1.000 N NA
 3652808 3652809 SACE_2061 SACE_2062     TRUE 0.999 -3.000 0.368 0.001 Y NA
 3652811 3652812 SACE_2064 SACE_2065   aroF FALSE 0.474 70.000 0.009 1.000   NA
 3652812 3652813 SACE_2065 SACE_2066 aroF aroK TRUE 0.983 0.000 0.041 1.000 Y NA
 3652813 3652814 SACE_2066 SACE_2067 aroK aroB TRUE 0.893 44.000 0.147 1.000 Y NA
 3652814 3652815 SACE_2067 SACE_2068 aroB   TRUE 0.997 -3.000 0.052 0.002 Y NA
 3652815 3652816 SACE_2068 SACE_2069     FALSE 0.018 407.000 0.000 1.000   NA
 3652822 3652823 SACE_2074 SACE_2075 pepQ efp TRUE 0.668 84.000 0.160 1.000 N NA
 3652823 3652824 SACE_2075 SACE_2076 efp   TRUE 0.652 67.000 0.078 1.000 N NA
 3652826 3652827 SACE_2078 SACE_2079   pyrB TRUE 0.991 0.000 0.247 1.000 Y NA
 3652827 3652828 SACE_2079 SACE_2080 pyrB pyrC TRUE 0.997 -3.000 0.452 1.000 Y NA
 3652828 3652829 SACE_2080 SACE_2081 pyrC   TRUE 0.946 0.000 0.057 NA   NA
 3652829 3652830 SACE_2081 SACE_2082   carA TRUE 0.974 -3.000 0.050 NA   NA
 3652830 3652831 SACE_2082 SACE_2083 carA carB TRUE 0.997 0.000 0.345 0.000 Y NA
 3652831 3652832 SACE_2083 SACE_2084 carB pyrF TRUE 0.994 -3.000 0.075 1.000 Y NA
 3652834 3652835 SACE_2086 SACE_2087 padI   TRUE 0.982 5.000 0.250 NA Y NA
 3652835 3652836 SACE_2087 SACE_2088     TRUE 0.878 27.000 0.444 NA   NA
 3652836 3652837 SACE_2088 SACE_2089     TRUE 0.636 2.000 0.000 NA   NA
 3652837 3652838 SACE_2089 SACE_2090     FALSE 0.102 91.000 0.000 NA   NA
 3652838 3652839 SACE_2090 SACE_2091     FALSE 0.114 143.000 0.000 1.000 N NA
 3652839 3652840 SACE_2091 SACE_2092     FALSE 0.138 72.000 0.000 NA   NA
 3652842 3652843 SACE_2094 SACE_2095     FALSE 0.044 176.000 0.000 NA   NA
 3652843 3652844 SACE_2095 SACE_2096     FALSE 0.385 13.000 0.000 NA   NA
 3652844 3652845 SACE_2096 SACE_2097     FALSE 0.138 72.000 0.000 NA   NA
 3652845 3652846 SACE_2097 SACE_2099   mihF FALSE 0.006 993.000 0.000 NA   NA
 3652846 3652847 SACE_2099 SACE_2100 mihF gmk FALSE 0.474 96.000 0.054 1.000   NA
 3652847 3652848 SACE_2100 SACE_2101 gmk   FALSE 0.441 233.000 0.471 1.000 N NA
 3652848 3652849 SACE_2101 SACE_2102   dfp TRUE 0.813 33.000 0.192 1.000 N NA
 3652849 3652850 SACE_2102 SACE_2103 dfp metK TRUE 0.681 117.000 0.059 1.000 Y NA
 3652853 3652854 SACE_2106 SACE_2107     FALSE 0.086 162.000 0.000 1.000   NA
 3652857 3652858 SACE_2110 SACE_2111   ggt2 FALSE 0.012 628.000 0.000 1.000   NA
 3652858 3652859 SACE_2111 SACE_2112 ggt2 def FALSE 0.069 196.000 0.000 1.000 N NA
 3652859 3652860 SACE_2112 SACE_2113 def fmt TRUE 0.989 2.000 0.031 0.015 Y NA
 3652860 3652861 SACE_2113 SACE_2114 fmt   TRUE 0.804 126.000 0.305 1.000 Y NA
 3652861 3652862 SACE_2114 SACE_2115   codA TRUE 0.611 78.000 0.000 1.000 Y NA
 3652863 3652864 SACE_2116 SACE_2117     FALSE 0.178 49.000 0.000 NA   NA
 3652865 3652866 SACE_2118 SACE_2119     FALSE 0.120 135.000 0.000 1.000 N NA
 3652866 3652867 SACE_2119 SACE_2120   rpe FALSE 0.128 125.000 0.000 1.000 N NA
 3652867 3652868 SACE_2120 SACE_2121 rpe ribG TRUE 0.886 6.000 0.028 1.000 N NA
 3652868 3652869 SACE_2121 SACE_2122 ribG ribC TRUE 0.983 10.000 0.456 1.000 Y NA
 3652869 3652870 SACE_2122 SACE_2123 ribC ribA TRUE 0.992 -3.000 0.029 1.000 Y NA
 3652870 3652871 SACE_2123 SACE_2124 ribA ribH TRUE 0.997 -3.000 0.041 0.003 Y NA
 3652871 3652872 SACE_2124 SACE_2125 ribH   TRUE 0.957 -3.000 0.005 NA   NA
 3652872 3652873 SACE_2125 SACE_2126     FALSE 0.063 138.000 0.000 NA   NA
 3652876 3652877 SACE_2129 SACE_2130     TRUE 0.707 25.000 0.048 1.000   NA
 3652877 3652878 SACE_2130 SACE_2131     TRUE 0.893 32.000 0.500 1.000   NA
 3652880 3652881 SACE_2133 SACE_2134     FALSE 0.024 235.000 0.000 NA   NA
 3652881 3652882 SACE_2134 SACE_2135     TRUE 0.996 -7.000 0.100 1.000 Y NA
 3652883 3652884 SACE_2136 SACE_2137 pyrD   FALSE 0.025 233.000 0.000 NA   NA
 3652884 3652885 SACE_2137 SACE_2138   uvrC FALSE 0.043 179.000 0.000 NA   NA
 3652885 3652886 SACE_2138 SACE_2139 uvrC   TRUE 0.979 -3.000 0.073 NA   NA
 3652886 3652887 SACE_2139 SACE_2140     TRUE 0.990 -3.000 0.259 NA   NA
 3652887 3652888 SACE_2140 SACE_2141   whiA TRUE 0.994 -9.000 0.470 NA   NA
 3652890 3652891 SACE_2143 SACE_2144 gap pgk TRUE 0.948 29.000 0.055 0.002 Y NA
 3652891 3652892 SACE_2144 SACE_2145 pgk tpiA,tpi TRUE 0.978 3.000 0.075 1.000 Y NA
 3652892 3652893 SACE_2145 SACE_2146 tpiA,tpi secG TRUE 0.487 98.000 0.064 1.000   NA
 3652893 3652894 SACE_2146 SACE_2147 secG   FALSE 0.377 105.000 0.027 1.000   NA
 3652896 3652897 SACE_2149 SACE_2150 menG   FALSE 0.096 110.000 0.000 NA N NA
 3652897 3652898 SACE_2150 SACE_2151   trkA TRUE 0.984 20.000 0.447 0.002 Y NA
 3652898 3652899 SACE_2151 SACE_2152 trkA   FALSE 0.030 281.000 0.000 1.000   NA
 3652902 3652903 SACE_2155 SACE_2156 devB opcA TRUE 0.899 36.000 0.179 NA Y NA
 3652903 3652904 SACE_2156 SACE_2157 opcA zwf,zwf2 TRUE 0.994 -3.000 0.104 NA Y NA
 3652904 3652905 SACE_2157 SACE_2158 zwf,zwf2 pgiA TRUE 0.980 -3.000 0.061 1.000   NA
 3652905 3652906 SACE_2158 SACE_2159 pgiA tal FALSE 0.099 256.000 0.007 1.000   NA
 3652906 3652907 SACE_2159 SACE_2160 tal tkt TRUE 0.918 15.000 0.026 1.000 Y NA
 3652909 3652910 SACE_2162 SACE_2163     FALSE 0.132 75.000 0.000 NA   NA
 3652910 3652911 SACE_2163 SACE_2164   qor FALSE 0.023 242.000 0.000 NA   NA
 3652912 3652913 SACE_2165 SACE_2166     TRUE 0.975 -3.000 0.054 NA   NA
 3652913 3652914 SACE_2166 SACE_2167     FALSE 0.010 442.000 0.000 NA   NA
 3652915 3652916 SACE_2168 SACE_2169 ctaA   FALSE 0.069 125.000 0.000 NA   NA
 3652916 3652917 SACE_2169 SACE_2170     FALSE 0.214 30.000 0.000 NA   NA
 3652917 3652918 SACE_2170 SACE_2171     TRUE 0.844 78.000 0.743 NA   NA
 3652918 3652919 SACE_2171 SACE_2172     TRUE 0.936 12.000 0.357 NA   NA
 3652920 3652921 SACE_2173 SACE_2174   sufB TRUE 0.985 -3.000 0.100 1.000 N NA
 3652921 3652922 SACE_2174 SACE_2175 sufB sufD TRUE 0.996 2.000 0.266 0.001 Y NA
 3652922 3652923 SACE_2175 SACE_2176 sufD   TRUE 0.941 48.000 0.482 1.000 Y NA
 3652923 3652924 SACE_2176 SACE_2177   csdB TRUE 0.498 111.000 0.093 1.000 N NA
 3652924 3652925 SACE_2177 SACE_2178 csdB   TRUE 0.938 11.000 0.249 1.000 N NA
 3652925 3652926 SACE_2178 SACE_2179     TRUE 0.747 36.000 0.152 NA   NA
 3652927 3652928 SACE_2180 SACE_2181 add   FALSE 0.041 234.000 0.000 1.000   NA
 3652928 3652929 SACE_2181 SACE_2182     TRUE 0.492 90.000 0.000 0.048   NA
 3652929 3652930 SACE_2182 SACE_2183     FALSE 0.016 528.000 0.000 1.000 N NA
 3652930 3652931 SACE_2183 SACE_2184     FALSE 0.013 722.000 0.000 1.000 N NA
 3652932 3652933 SACE_2185 SACE_2186     TRUE 0.990 -10.000 0.214 NA   NA
 3652933 3652934 SACE_2186 SACE_2187     FALSE 0.008 576.000 0.000 NA   NA
 3652934 3652935 SACE_2187 SACE_2188     FALSE 0.276 225.000 0.191 NA   NA
 3652935 3652936 SACE_2188 SACE_2189   echA14 FALSE 0.399 160.000 0.150 NA   NA
 3652938 3652939 SACE_2191 SACE_2192     FALSE 0.022 251.000 0.000 NA   NA
 3652939 3652940 SACE_2192 SACE_2193     FALSE 0.023 241.000 0.000 NA   NA
 3652940 3652941 SACE_2193 SACE_2194     TRUE 0.992 4.000 0.214 0.056 Y NA
 3652941 3652942 SACE_2194 SACE_2195     TRUE 0.999 -3.000 0.714 0.056 Y NA
 3652942 3652943 SACE_2195 SACE_2196     TRUE 0.992 -3.000 0.333 1.000   NA
 3652944 3652945 SACE_2197 SACE_2198     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652945 3652946 SACE_2198 SACE_2199     FALSE 0.177 51.000 0.000 NA   NA
 3652946 3652947 SACE_2199 SACE_2200     FALSE 0.185 40.000 0.000 NA   NA
 3652950 3652951 SACE_2203 SACE_2204     TRUE 0.976 7.000 0.810 NA   NA
 3652951 3652952 SACE_2204 SACE_2205     TRUE 0.919 -30.000 0.000 1.000   NA
 3652952 3652953 SACE_2205 SACE_2206     FALSE 0.457 16.000 0.000 1.000   NA
 3652953 3652954 SACE_2206 SACE_2207     FALSE 0.274 47.000 0.000 1.000   NA
 3652954 3652955 SACE_2207 SACE_2208     FALSE 0.062 142.000 0.000 NA   NA
 3652955 3652956 SACE_2208 SACE_2209     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3652956 3652957 SACE_2209 SACE_2210     FALSE 0.187 39.000 0.000 NA   NA
 3652957 3652958 SACE_2210 SACE_2211   draG1 FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3652962 3652963 SACE_2215 SACE_2216     TRUE 0.995 -3.000 0.645 1.000   NA
 3652963 3652964 SACE_2216 SACE_2218     FALSE 0.037 248.000 0.000 1.000   NA
 3652966 3652967 SACE_2220 SACE_2221     FALSE 0.314 17.000 0.000 NA   NA
 3652967 3652968 SACE_2221 SACE_2222     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652969 3652970 SACE_2223 SACE_2224     TRUE 0.978 38.000 0.762 0.056 Y NA
 3652970 3652971 SACE_2224 SACE_2225     TRUE 0.999 -7.000 0.800 0.062 Y NA
 3652974 3652975 SACE_2228 SACE_2229     TRUE 0.871 -12.000 0.000 NA   NA
 3652975 3652976 SACE_2229 SACE_2230     FALSE 0.120 118.000 0.000 1.000   NA
 3652977 3652978 SACE_2231 SACE_2232   chiB FALSE 0.187 90.000 0.000 1.000 N NA
 3652978 3652979 SACE_2232 SACE_2233 chiB   FALSE 0.011 406.000 0.000 NA   NA
 3652979 3652980 SACE_2233 SACE_2234     FALSE 0.018 276.000 0.000 NA   NA
 3652981 3652982 SACE_2235 SACE_2236     TRUE 0.804 0.000 0.000 1.000   NA
 3652982 3652983 SACE_2236 SACE_2237   hisE TRUE 0.668 62.000 0.000 1.000 Y NA
 3652983 3652984 SACE_2237 SACE_2238 hisE hisG TRUE 0.954 28.000 0.081 0.002 Y NA
 3652984 3652985 SACE_2238 SACE_2239 hisG   TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3652985 3652986 SACE_2239 SACE_2240     FALSE 0.082 108.000 0.000 NA   NA
 3652987 3652988 SACE_2241 SACE_2242     TRUE 0.738 18.000 0.047 NA   NA
 3652989 3652990 SACE_2243 SACE_2244     TRUE 0.688 84.000 0.201 1.000   NA
 3652992 3652993 SACE_2246 SACE_2247     FALSE 0.303 141.000 0.022 1.000 N NA
 3652995 3652996 SACE_2249 SACE_2250     TRUE 0.680 155.000 0.706 NA   NA
 3652996 3652997 SACE_2250 SACE_2251   prcB TRUE 0.514 198.000 0.512 NA   NA
 3652997 3652998 SACE_2251 SACE_2252 prcB prcA TRUE 0.975 77.000 0.797 0.000 Y NA
 3653000 3653001 SACE_2254 SACE_2255     FALSE 0.015 310.000 0.000 NA   NA
 3653001 3653002 SACE_2255 SACE_2256     TRUE 0.606 3.000 0.000 NA   NA
 3653004 3653005 SACE_2258 SACE_2259     FALSE 0.093 98.000 0.000 NA   NA
 3653005 3653006 SACE_2259 SACE_2260     TRUE 0.998 -3.000 0.767 NA Y NA
 3653006 3653007 SACE_2260 SACE_2261     FALSE 0.280 19.000 0.000 NA   NA
 3653007 3653008 SACE_2261 SACE_2262     FALSE 0.143 70.000 0.000 NA   NA
 3653008 3653009 SACE_2262 SACE_2263     TRUE 0.859 20.000 0.012 NA Y NA
 3653009 3653010 SACE_2263 SACE_2264     TRUE 0.590 70.000 0.070 NA N NA
 3653010 3653011 SACE_2264 SACE_2265   helY FALSE 0.318 218.000 0.174 1.000 N NA
 3653011 3653012 SACE_2265 SACE_2266 helY   FALSE 0.346 107.000 0.035 NA   NA
 3653012 3653013 SACE_2266 SACE_2267     FALSE 0.168 56.000 0.000 NA   NA
 3653013 3653014 SACE_2267 SACE_2268     FALSE 0.229 68.000 0.000 1.000   NA
 3653014 3653015 SACE_2268 SACE_2269   blaB2 TRUE 0.716 21.000 0.040 1.000   NA
 3653016 3653017 SACE_2270 SACE_2271   ptsA FALSE 0.254 68.000 0.000 1.000 N NA
 3653018 3653019 SACE_2272 SACE_2273   fruB TRUE 0.994 -3.000 0.077 1.000 Y NA
 3653019 3653020 SACE_2273 SACE_2274 fruB fruA TRUE 0.991 -3.000 0.012 1.000 Y NA
 3653020 3653021 SACE_2274 SACE_2275 fruA   TRUE 0.998 -3.000 0.073 0.001 Y NA
 3653021 3653022 SACE_2275 SACE_2276     FALSE 0.314 548.000 0.036 0.002 Y NA
 3653022 3653023 SACE_2276 SACE_2277   sacC,sacL TRUE 0.840 16.000 0.000 1.000 Y NA
 3653023 3653024 SACE_2277 SACE_2279 sacC,sacL   FALSE 0.011 1228.000 0.000 1.000 N NA
 3653024 3653025 SACE_2279 SACE_2280     TRUE 0.770 30.000 0.102 1.000 N NA
 3653025 3653026 SACE_2280 SACE_2281   ubiE TRUE 0.544 12.000 0.000 1.000   NA
 3653026 3653027 SACE_2281 SACE_2282 ubiE   FALSE 0.098 93.000 0.000 NA   NA
 3653027 3653028 SACE_2282 SACE_2283     TRUE 0.991 -36.000 0.250 NA   NA
 3653030 3653031 SACE_2285 SACE_2286     FALSE 0.332 136.000 0.037 1.000   NA
 3653031 3653032 SACE_2286 SACE_2287     FALSE 0.016 294.000 0.000 NA   NA
 3653032 3653033 SACE_2287 SACE_2288   ppmB FALSE 0.028 223.000 0.000 NA   NA
 3653033 3653034 SACE_2288 SACE_2289 ppmB   TRUE 0.749 72.000 0.007 1.000 Y NA
 3653035 3653036 SACE_2290 SACE_2291     FALSE 0.036 485.000 0.009 NA   NA
 3653036 3653037 SACE_2291 SACE_2292   glpQ4 FALSE 0.429 106.000 0.050 1.000   NA
 3653038 3653039 SACE_2293 SACE_2294     FALSE 0.079 110.000 0.000 NA   NA
 3653040 3653041 SACE_2295 SACE_2296 xerD dapE2 FALSE 0.166 99.000 0.000 1.000 N NA
 3653042 3653043 SACE_8033 SACE_2299     FALSE 0.005 2194.000 0.000 NA   NA
 3653043 3653044 SACE_2299 SACE_2300     FALSE 0.007 708.000 0.000 NA   NA
 3653044 3653045 SACE_2300 SACE_2301     TRUE 0.899 9.000 0.105 NA   NA
 3653048 3653049 SACE_2305 SACE_2306     FALSE 0.226 26.000 0.000 NA   NA
 3653049 3653050 SACE_2306 SACE_2307     FALSE 0.073 408.000 0.000 0.063   NA
 3653050 3653051 SACE_2307 SACE_2308     FALSE 0.160 60.000 0.000 NA   NA
 3653051 3653052 SACE_2308 SACE_2309     FALSE 0.006 1542.000 0.000 NA   NA
 3653053 3653054 SACE_2310 SACE_2311     TRUE 0.969 3.000 0.333 NA   NA
 3653055 3653056 SACE_2312 SACE_2313   tnp9B FALSE 0.182 43.000 0.000 NA   NA
 3653056 3653057 SACE_2313 SACE_2314 tnp9B   FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3653058 3653059 SACE_2315 SACE_2316     FALSE 0.084 164.000 0.000 1.000   NA
 3653059 3653060 SACE_2316 SACE_2317     FALSE 0.018 273.000 0.000 NA   NA
 3653061 3653062 SACE_2318 SACE_2319     FALSE 0.214 30.000 0.000 NA   NA
 3653062 3653063 SACE_2319 SACE_2320     FALSE 0.192 37.000 0.000 NA   NA
 3653064 3653065 SACE_2322 SACE_2323     TRUE 0.945 0.000 0.000 0.063   NA
 3653065 3653066 SACE_2323 SACE_2324     TRUE 0.563 66.000 0.000 0.063   NA
 3653066 3653067 SACE_2324 SACE_2325   tnpA FALSE 0.111 287.000 0.000 0.063   NA
 3653067 3653068 SACE_2325 SACE_2326 tnpA tnpA TRUE 0.984 -15.000 0.000 0.014   NA
 3653069 3653070 SACE_2327 SACE_2328 matC   FALSE 0.266 53.000 0.000 1.000   NA
 3653071 3653072 SACE_2329 SACE_2330 yybE   FALSE 0.183 91.000 0.000 1.000 N NA
 3653072 3653073 SACE_2330 SACE_2331   citE3 TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3653074 3653075 SACE_2332 SACE_2333     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653079 3653080 SACE_2337 SACE_2338     FALSE 0.070 123.000 0.000 NA   NA
 3653082 3653083 SACE_2340 SACE_2341     TRUE 0.903 5.000 0.000 0.060   NA
 3653084 3653085 SACE_2342 SACE_2343     TRUE 0.955 39.000 0.667 1.000 Y NA
 3653085 3653086 SACE_2343 SACE_2344     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3653086 3653087 SACE_2344 SACE_2345     TRUE 0.680 5.000 0.000 1.000   NA
 3653087 3653088 SACE_2345 SACE_2346     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3653089 3653090 SACE_2347 SACE_2348 rubS   FALSE 0.085 105.000 0.000 NA   NA
 3653090 3653091 SACE_2348 SACE_2349     FALSE 0.014 335.000 0.000 NA   NA
 3653093 3653094 SACE_2351 SACE_2352     FALSE 0.066 580.000 0.000 0.014   NA
 3653094 3653095 SACE_2352 SACE_2353     FALSE 0.010 452.000 0.000 NA   NA
 3653095 3653096 SACE_2353 SACE_2354     FALSE 0.029 217.000 0.000 NA   NA
 3653097 3653098 SACE_2355 SACE_2356     FALSE 0.082 108.000 0.000 NA   NA
 3653098 3653099 SACE_2356 SACE_2357   yrbE4B TRUE 0.919 5.000 0.000 NA Y NA
 3653099 3653100 SACE_2357 SACE_2358 yrbE4B   TRUE 0.981 -3.000 0.000 NA Y NA
 3653100 3653101 SACE_2358 SACE_2359     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.003 Y NA
 3653101 3653102 SACE_2359 SACE_2360   mce5C TRUE 0.880 36.000 0.000 0.003 Y NA
 3653102 3653103 SACE_2360 SACE_2361 mce5C   TRUE 0.986 0.000 0.000 0.003 Y NA
 3653103 3653104 SACE_2361 SACE_2362   mce5E TRUE 0.998 0.000 0.667 0.003 Y NA
 3653104 3653105 SACE_2362 SACE_2363 mce5E   TRUE 0.986 0.000 0.000 0.003 Y NA
 3653105 3653106 SACE_2363 SACE_2364     TRUE 0.525 6.000 0.000 NA   NA
 3653106 3653107 SACE_2364 SACE_2365     FALSE 0.152 65.000 0.000 NA   NA
 3653107 3653108 SACE_2365 SACE_2366     FALSE 0.314 17.000 0.000 NA   NA
 3653110 3653111 SACE_2368 SACE_2369     FALSE 0.056 154.000 0.000 NA   NA
 3653111 3653112 SACE_2369 SACE_2370     FALSE 0.031 275.000 0.000 1.000   NA
 3653113 3653114 SACE_2371 SACE_2372 tnp9B   FALSE 0.177 51.000 0.000 NA   NA
 3653116 3653117 SACE_2374 SACE_2375   acsA FALSE 0.032 269.000 0.000 1.000   NA
 3653117 3653118 SACE_2375 SACE_2376 acsA adk FALSE 0.261 65.000 0.000 1.000 N NA
 3653118 3653119 SACE_2376 SACE_2377 adk thcA TRUE 0.825 0.000 0.000 1.000 N NA
 3653120 3653121 SACE_2378 SACE_2379     FALSE 0.074 175.000 0.000 1.000   NA
 3653121 3653122 SACE_2379 SACE_2380     TRUE 0.832 66.000 0.409 1.000 N NA
 3653122 3653123 SACE_2380 SACE_2381     TRUE 0.999 -7.000 0.600 0.018 Y NA
 3653124 3653125 SACE_2382 SACE_2383     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653125 3653126 SACE_2383 SACE_2384     FALSE 0.069 125.000 0.000 NA   NA
 3653126 3653127 SACE_2384 SACE_2385     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653127 3653128 SACE_2385 SACE_2386     TRUE 0.742 63.000 0.186 1.000   NA
 3653129 3653130 SACE_2387 SACE_2388     FALSE 0.100 92.000 0.000 NA   NA
 3653130 3653131 SACE_2388 SACE_2389   pqqE FALSE 0.314 17.000 0.000 NA   NA
 3653131 3653132 SACE_2389 SACE_2390 pqqE lldD1 TRUE 0.727 117.000 0.548 1.000   NA
 3653132 3653133 SACE_2390 SACE_2391 lldD1   FALSE 0.155 913.000 0.464 1.000   NA
 3653133 3653134 SACE_2391 SACE_2392     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3653134 3653135 SACE_2392 SACE_2393     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA N NA
 3653137 3653138 SACE_2396 SACE_2397     FALSE 0.009 463.000 0.000 NA   NA
 3653138 3653139 SACE_2397 SACE_2398   prsA FALSE 0.007 650.000 0.000 NA   NA
 3653139 3653140 SACE_2398 SACE_2400 prsA   FALSE 0.059 1221.000 0.000 0.002   NA
 3653141 3653142 SACE_2401 SACE_2402     FALSE 0.027 342.000 0.000 1.000 N NA