MicrobesOnline Operon Predictions for Legionella pneumophila str. Corby

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3630795 3630796 LPC_0001 LPC_0002 dnaA dnaN TRUE 0.992 14.000 0.328 1.000 Y NA
 3630796 3630797 LPC_0002 LPC_0003 dnaN recF TRUE 0.998 -3.000 0.318 1.000 Y NA
 3630797 3630798 LPC_0003 LPC_0004 recF gyrB FALSE 0.431 297.000 0.249 0.005 Y NA
 3630799 3630800 LPC_0005 LPC_0006   speA TRUE 0.995 -3.000 0.012 1.000 Y NA
 3630800 3630801 LPC_0006 LPC_0007 speA   TRUE 0.875 20.000 0.006 1.000   NA
 3630804 3630805 LPC_0010 LPC_0011 hfq hflX TRUE 0.757 28.000 0.002 1.000   NA
 3630806 3630807 LPC_0012 LPC_0013 resA   FALSE 0.054 169.000 0.000 NA   NA
 3630808 3630809 LPC_0014 LPC_0015     FALSE 0.003 437.000 0.000 NA   NA
 3630809 3630810 LPC_0015 LPC_0016     FALSE 0.122 102.000 0.000 1.000   NA
 3630810 3630811 LPC_0016 LPC_0017     TRUE 0.489 -25.000 0.000 NA   NA
 3630811 3630812 LPC_0017 LPC_0018     TRUE 0.622 -15.000 0.000 NA   NA
 3630812 3630813 LPC_0018 LPC_0019     TRUE 0.598 -16.000 0.000 NA   NA
 3630813 3630814 LPC_0019 LPC_0020     FALSE 0.053 226.000 0.000 1.000 N NA
 3630814 3630815 LPC_0020 LPC_0021     FALSE 0.024 220.000 0.000 NA   NA
 3630815 3630816 LPC_0021 LPC_0022     FALSE 0.246 192.000 0.010 NA   NA
 3630816 3630817 LPC_0022 LPC_0023     TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3630818 3630819 LPC_0024 LPC_0025     FALSE 0.069 147.000 0.000 NA   NA
 3630819 3630820 LPC_0025 LPC_0026     FALSE 0.071 140.000 0.000 NA   NA
 3630822 3630823 LPC_0028 LPC_0029 pit   TRUE 0.933 17.000 0.008 1.000 N NA
 3630825 3630826 LPC_0031 LPC_0032     FALSE 0.150 59.000 0.000 NA   NA
 3630826 3630827 LPC_0032 LPC_0033     FALSE 0.141 62.000 0.000 NA   NA
 3630831 3630832 LPC_0037 LPC_0038   artJ FALSE 0.026 214.000 0.000 NA   NA
 3630832 3630833 LPC_0038 LPC_0039 artJ   FALSE 0.062 162.000 0.000 NA   NA
 3630836 3630837 LPC_0042 LPC_0043     TRUE 0.742 13.000 0.000 1.000   NA
 3630838 3630839 LPC_0044 LPC_0045     FALSE 0.167 55.000 0.000 NA   NA
 3630839 3630840 LPC_0045 LPC_0046     FALSE 0.047 177.000 0.000 NA   NA
 3630840 3630841 LPC_0046 LPC_0047     FALSE 0.031 203.000 0.000 NA   NA
 3630842 3630843 LPC_0048 LPC_0049     FALSE 0.267 35.000 0.000 NA   NA
 3630843 3630844 LPC_0049 LPC_0050     FALSE 0.311 30.000 0.000 NA   NA
 3630844 3630845 LPC_0050 LPC_0051     TRUE 0.915 -3.000 0.000 1.000   NA
 3630845 3630846 LPC_0051 LPC_0052     FALSE 0.243 53.000 0.000 1.000   NA
 3630846 3630847 LPC_0052 LPC_0053     FALSE 0.128 68.000 0.000 NA   NA
 3630848 3630849 LPC_0054 LPC_0055     FALSE 0.011 275.000 0.000 NA   NA
 3630849 3630850 LPC_0055 LPC_0056     FALSE 0.301 31.000 0.000 NA   NA
 3630850 3630851 LPC_0056 LPC_0057   prpB FALSE 0.111 78.000 0.000 NA   NA
 3630851 3630852 LPC_0057 LPC_0058 prpB   FALSE 0.082 114.000 0.000 NA   NA
 3630852 3630853 LPC_0058 LPC_0059     TRUE 0.879 1.000 0.000 NA   NA
 3630853 3630854 LPC_0059 LPC_0060     TRUE 0.720 -10.000 0.000 NA   NA
 3630855 3630856 LPC_0061 LPC_0062     FALSE 0.101 145.000 0.000 1.000   NA
 3630856 3630857 LPC_0062 LPC_0063     FALSE 0.072 137.000 0.000 NA   NA
 3630857 3630858 LPC_0063 LPC_0064     FALSE 0.011 276.000 0.000 NA   NA
 3630858 3630859 LPC_0064 LPC_0065     FALSE 0.073 134.000 0.000 NA   NA
 3630861 3630862 LPC_0067 LPC_0068     FALSE 0.008 304.000 0.000 NA   NA
 3630864 3630865 LPC_0070 LPC_0071     FALSE 0.092 92.000 0.000 NA   NA
 3630865 3630866 LPC_0071 LPC_0072     TRUE 0.874 2.000 0.000 NA   NA
 3630866 3630867 LPC_0072 LPC_0073     FALSE 0.177 53.000 0.000 NA   NA
 3630867 3630868 LPC_0073 LPC_0074     FALSE 0.005 343.000 0.000 NA   NA
 3630868 3630869 LPC_0074 LPC_0075     FALSE 0.083 108.000 0.000 NA   NA
 3630869 3630870 LPC_0075 LPC_0076     FALSE 0.311 30.000 0.000 NA   NA
 3630872 3630873 LPC_0078 LPC_0079 aroH   FALSE 0.084 105.000 0.000 NA   NA
 3630873 3630874 LPC_0079 LPC_0080     TRUE 0.504 18.000 0.000 NA   NA
 3630874 3630875 LPC_0080 LPC_0081     TRUE 0.538 17.000 0.000 NA   NA
 3630875 3630876 LPC_0081 LPC_0082     FALSE 0.429 21.000 0.000 NA   NA
 3630876 3630877 LPC_0082 LPC_0083     TRUE 0.598 -16.000 0.000 NA   NA
 3630877 3630878 LPC_0083 LPC_0084     FALSE 0.086 100.000 0.000 NA   NA
 3630878 3630879 LPC_0084 LPC_0085     FALSE 0.020 231.000 0.000 NA   NA
 3630879 3630880 LPC_0085 LPC_0086     FALSE 0.102 84.000 0.000 NA   NA
 3630880 3630881 LPC_0086 LPC_0087     TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3630881 3630882 LPC_0087 LPC_0088     FALSE 0.044 182.000 0.000 NA   NA
 3630883 3630884 LPC_0089 LPC_0090     FALSE 0.003 473.000 0.000 NA   NA
 3630884 3630885 LPC_0090 LPC_0091     FALSE 0.301 31.000 0.000 NA   NA
 3630885 3630886 LPC_0091 LPC_0092     FALSE 0.083 110.000 0.000 NA   NA
 3630886 3630887 LPC_0092 LPC_0093   aatA FALSE 0.147 60.000 0.000 NA   NA
 3630888 3630889 LPC_0094 LPC_0095 uvrB   FALSE 0.012 355.000 0.000 1.000 N NA
 3630890 3630891 LPC_0096 LPC_0097     FALSE 0.429 78.000 0.003 NA   NA
 3630892 3630893 LPC_0098 LPC_0099     TRUE 0.720 105.000 0.329 NA   NA
 3630893 3630894 LPC_0099 LPC_0100   ubiH TRUE 0.991 -10.000 0.396 1.000 N NA
 3630894 3630895 LPC_0100 LPC_0101 ubiH   TRUE 0.999 -3.000 0.474 0.001 Y NA
 3630896 3630897 LPC_0102 LPC_0103     TRUE 0.997 -3.000 0.923 NA   NA
 3630897 3630898 LPC_0103 LPC_0104     TRUE 0.966 -10.000 0.026 NA   NA
 3630900 3630901 LPC_0106 LPC_0107     FALSE 0.021 227.000 0.000 NA   NA
 3630901 3630902 LPC_0107 LPC_0108     FALSE 0.092 92.000 0.000 NA   NA
 3630903 3630904 LPC_0109 LPC_0110     FALSE 0.025 218.000 0.000 NA   NA
 3630904 3630905 LPC_0110 LPC_0111   vacB FALSE 0.003 477.000 0.000 NA   NA
 3630905 3630906 LPC_0111 LPC_0112 vacB   TRUE 0.993 -7.000 0.147 0.026 N NA
 3630906 3630907 LPC_0112 LPC_0113   rpiA TRUE 0.974 -7.000 0.004 1.000 N NA
 3630907 3630908 LPC_0113 LPC_0114 rpiA   TRUE 0.480 64.000 0.003 NA   NA
 3630908 3630909 LPC_0114 LPC_0115     FALSE 0.004 384.000 0.000 NA   NA
 3630909 3630910 LPC_0115 LPC_0116     FALSE 0.062 162.000 0.000 NA   NA
 3630910 3630911 LPC_0116 LPC_0117     FALSE 0.182 115.000 0.000 1.000 N NA
 3630912 3630913 LPC_0118 LPC_0119 polA lpxD TRUE 0.980 3.000 0.002 1.000 N NA
 3630915 3630916 LPC_0121 LPC_0122 fabF   FALSE 0.111 125.000 0.000 1.000   NA
 3630916 3630917 LPC_0122 LPC_0123     FALSE 0.121 105.000 0.000 1.000   NA
 3630917 3630918 LPC_0123 LPC_0124     FALSE 0.186 108.000 0.000 1.000 N NA
 3630918 3630919 LPC_0124 LPC_0125     FALSE 0.017 324.000 0.000 0.094   NA
 3630919 3630920 LPC_0125 LPC_0126     TRUE 0.504 18.000 0.000 NA   NA
 3630920 3630921 LPC_0126 LPC_0127     FALSE 0.087 99.000 0.000 NA   NA
 3630922 3630923 LPC_0128 LPC_0129   fdfT TRUE 0.920 0.000 0.000 1.000   NA
 3630923 3630924 LPC_0129 LPC_0130 fdfT   TRUE 0.538 17.000 0.000 NA   NA
 3630925 3630926 LPC_0131 LPC_0132     FALSE 0.041 186.000 0.000 NA   NA
 3630926 3630927 LPC_0132 LPC_0133   yuxH FALSE 0.099 87.000 0.000 NA   NA
 3630927 3630928 LPC_0133 LPC_0134 yuxH gcsB FALSE 0.030 205.000 0.000 NA   NA
 3630928 3630929 LPC_0134 LPC_0135 gcsB   TRUE 0.964 -6.000 0.002 NA   NA
 3630929 3630930 LPC_0135 LPC_0136   gcsA TRUE 0.977 0.000 0.002 NA   NA
 3630930 3630931 LPC_0136 LPC_0137 gcsA gcvH TRUE 0.997 3.000 0.249 1.000 Y NA
 3630931 3630932 LPC_0137 LPC_0138 gcvH gcvT TRUE 0.975 34.000 0.317 0.002 Y NA
 3630935 3630936 LPC_0141 LPC_0142   abcT3 TRUE 0.998 8.000 1.000 1.000 Y NA
 3630937 3630938 LPC_0143 LPC_0144 dsbA cyc4 TRUE 0.969 11.000 0.020 1.000   NA
 3630939 3630940 LPC_0145 LPC_0146 engB   FALSE 0.117 114.000 0.000 1.000   NA
 3630941 3630942 LPC_0147 LPC_0148 acsB   TRUE 0.998 2.000 0.500 1.000 Y NA
 3630942 3630943 LPC_0148 LPC_0149   mmsA TRUE 0.947 24.000 0.043 0.001 N NA
 3630943 3630944 LPC_0149 LPC_0150 mmsA   FALSE 0.083 111.000 0.000 NA   NA
 3630946 3630947 LPC_0152 LPC_0153 dapB   FALSE 0.196 180.000 0.002 NA   NA
 3630948 3630949 LPC_0154 LPC_0155 proQm   TRUE 0.879 1.000 0.000 NA   NA
 3630950 3630951 LPC_0156 LPC_0157 sdhB pykA FALSE 0.079 122.000 0.000 NA   NA
 3630951 3630952 LPC_0157 LPC_0158 pykA pgk TRUE 0.972 -16.000 0.002 0.006 Y NA
 3630952 3630953 LPC_0158 LPC_0159 pgk gap TRUE 0.991 11.000 0.017 0.006 Y NA
 3630953 3630954 LPC_0159 LPC_0160 gap tktA TRUE 0.781 82.000 0.022 1.000 Y NA
 3630955 3630956 LPC_0161 LPC_0162   prlC FALSE 0.460 100.000 0.012 NA   NA
 3630956 3630957 LPC_0162 LPC_0163 prlC   FALSE 0.082 114.000 0.000 NA   NA
 3630957 3630958 LPC_0163 LPC_0164     FALSE 0.004 387.000 0.000 NA   NA
 3630959 3630960 LPC_0165 LPC_0166     FALSE 0.104 135.000 0.000 1.000   NA
 3630961 3630962 LPC_0167 LPC_0168 lvrA2 lvrB2 TRUE 0.538 17.000 0.000 NA   NA
 3630962 3630963 LPC_0168 LPC_0169 lvrB2 csrA FALSE 0.473 19.000 0.000 NA   NA
 3630963 3630964 LPC_0169 LPC_0170 csrA   TRUE 0.965 13.000 0.015 1.000 N NA
 3630964 3630965 LPC_0170 LPC_0171   trbC TRUE 0.922 13.000 0.000 NA Y NA
 3630965 3630966 LPC_0171 LPC_0172 trbC trbD TRUE 0.978 -3.000 0.000 NA Y NA
 3630966 3630967 LPC_0172 LPC_0173 trbD trbE TRUE 0.978 -3.000 0.000 NA Y NA
 3630967 3630968 LPC_0173 LPC_0174 trbE trbF TRUE 0.978 -3.000 0.000 NA Y NA
 3630968 3630969 LPC_0174 LPC_0175 trbF trbG TRUE 0.978 -3.000 0.000 NA Y NA
 3630969 3630970 LPC_0175 LPC_0176 trbG   TRUE 0.861 3.000 0.000 NA   NA
 3630970 3630971 LPC_0176 LPC_0177   trbI TRUE 0.803 6.000 0.000 NA   NA
 3630971 3630972 LPC_0177 LPC_0178 trbI trbJ TRUE 0.989 14.000 0.222 NA Y NA
 3630972 3630973 LPC_0178 LPC_0179 trbJ   TRUE 0.914 30.000 0.222 NA   NA
 3630973 3630974 LPC_0179 LPC_0180   trbL TRUE 0.939 -52.000 0.167 NA   NA
 3630974 3630975 LPC_0180 LPC_0181 trbL traG TRUE 0.997 -3.000 0.143 1.000 Y NA
 3630975 3630976 LPC_0181 LPC_0182 traG traF TRUE 0.997 -3.000 0.143 NA Y NA
 3630976 3630977 LPC_0182 LPC_0183 traF traD TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3630977 3630978 LPC_0183 LPC_0184 traD traC TRUE 0.990 -7.000 0.250 NA   NA
 3630979 3630980 LPC_0185 LPC_0186     TRUE 0.970 -22.000 0.382 NA   NA
 3630980 3630981 LPC_0186 LPC_0187   traI FALSE 0.081 115.000 0.000 NA   NA
 3630981 3630982 LPC_0187 LPC_0188 traI traJ TRUE 0.992 -3.000 0.100 NA   NA
 3630983 3630984 LPC_0190 LPC_0191     TRUE 0.992 0.000 0.077 NA   NA
 3630984 3630985 LPC_0191 LPC_0192     TRUE 0.624 14.000 0.000 NA   NA
 3630986 3630987 LPC_0193 LPC_0194     TRUE 0.515 -22.000 0.000 NA   NA
 3630987 3630988 LPC_0194 LPC_0195     TRUE 0.794 -7.000 0.000 NA   NA
 3630988 3630989 LPC_0195 LPC_0196     TRUE 0.504 18.000 0.000 NA   NA
 3630990 3630991 LPC_0197 LPC_0198     FALSE 0.279 34.000 0.000 NA   NA
 3630991 3630992 LPC_0198 LPC_0199     FALSE 0.117 75.000 0.000 NA   NA
 3630993 3630994 LPC_0200 LPC_0201     TRUE 0.996 -3.000 0.676 NA   NA
 3630995 3630996 LPC_0202 LPC_0203   dinD FALSE 0.411 22.000 0.000 NA   NA
 3630996 3630997 LPC_0203 LPC_0204 dinD   FALSE 0.429 21.000 0.000 NA   NA
 3630998 3630999 LPC_0205 LPC_0206     FALSE 0.005 368.000 0.000 NA   NA
 3631000 3631001 LPC_0207 LPC_0208     FALSE 0.071 138.000 0.000 NA   NA
 3631001 3631002 LPC_0208 LPC_0209     TRUE 0.574 16.000 0.000 NA   NA
 3631002 3631003 LPC_0209 LPC_0210     TRUE 0.794 -7.000 0.000 NA   NA
 3631003 3631004 LPC_0210 LPC_0211     TRUE 0.720 -10.000 0.000 NA   NA
 3631004 3631005 LPC_0211 LPC_0212     FALSE 0.147 60.000 0.000 NA   NA
 3631007 3631008 LPC_0214 LPC_0215     FALSE 0.144 61.000 0.000 NA   NA
 3631009 3631010 LPC_0216 LPC_0218     FALSE 0.002 2501.000 0.000 NA   NA
 3631011 3631012 LPC_0219 LPC_0220     FALSE 0.087 199.000 0.000 0.054   NA
 3631012 3631013 LPC_0220 LPC_0221     FALSE 0.089 96.000 0.000 NA   NA
 3631013 3631014 LPC_0221 LPC_0222     TRUE 0.720 -10.000 0.000 NA   NA
 3631014 3631015 LPC_0222 LPC_0223     FALSE 0.005 589.000 0.000 NA N NA
 3631015 3631016 LPC_0223 LPC_0224     FALSE 0.198 47.000 0.000 NA   NA
 3631016 3631017 LPC_0224 LPC_0225     FALSE 0.008 300.000 0.000 NA   NA
 3631018 3631019 LPC_0226 LPC_0227     FALSE 0.388 24.000 0.000 NA   NA
 3631021 3631022 LPC_0229 LPC_0230     FALSE 0.025 217.000 0.000 NA   NA
 3631023 3631024 LPC_0231 LPC_0232     FALSE 0.012 261.000 0.000 NA   NA
 3631024 3631025 LPC_0232 LPC_0233     FALSE 0.003 474.000 0.000 NA   NA
 3631025 3631026 LPC_0233 LPC_0234     TRUE 0.996 -6.000 0.849 1.000 N NA
 3631026 3631027 LPC_0234 LPC_0235     TRUE 0.999 0.000 0.819 0.091 Y NA
 3631028 3631029 LPC_0236 LPC_0237     TRUE 0.598 -16.000 0.000 NA   NA
 3631029 3631030 LPC_0237 LPC_0238   map-1 FALSE 0.084 105.000 0.000 NA   NA
 3631030 3631031 LPC_0238 LPC_0239 map-1   TRUE 0.556 -19.000 0.000 NA   NA
 3631031 3631032 LPC_0239 LPC_0240     FALSE 0.049 176.000 0.000 NA   NA
 3631032 3631033 LPC_0240 LPC_0241     TRUE 0.658 13.000 0.000 NA   NA
 3631034 3631035 LPC_0242 LPC_0243     FALSE 0.090 93.000 0.000 NA   NA
 3631038 3631039 LPC_0246 LPC_0247     FALSE 0.054 169.000 0.000 NA   NA
 3631039 3631040 LPC_0247 LPC_0248     FALSE 0.011 276.000 0.000 NA   NA
 3631040 3631041 LPC_0248 LPC_0249     FALSE 0.086 101.000 0.000 NA   NA
 3631041 3631042 LPC_0249 LPC_0250     TRUE 0.992 -3.000 0.091 NA   NA
 3631042 3631043 LPC_0250 LPC_0251     TRUE 0.849 68.000 0.667 NA   NA
 3631043 3631044 LPC_0251 LPC_0252     FALSE 0.008 304.000 0.000 NA   NA
 3631047 3631048 LPC_0256 LPC_0257 pvcA pvcB TRUE 0.995 -10.000 0.630 NA Y NA
 3631048 3631049 LPC_0257 LPC_0258 pvcB   TRUE 0.997 -3.000 0.414 0.048 N NA
 3631049 3631050 LPC_0258 LPC_0259     TRUE 0.948 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3631050 3631051 LPC_0259 LPC_0260     TRUE 0.915 -3.000 0.000 1.000   NA
 3631052 3631053 LPC_0261 LPC_0262     FALSE 0.057 166.000 0.000 NA   NA
 3631056 3631057 LPC_0265 LPC_0266     FALSE 0.030 205.000 0.000 NA   NA
 3631057 3631058 LPC_0266 LPC_0267     FALSE 0.019 260.000 0.000 1.000   NA
 3631058 3631059 LPC_0267 LPC_0268     FALSE 0.162 139.000 0.000 1.000 N NA
 3631060 3631061 LPC_0269 LPC_0270     FALSE 0.002 666.000 0.000 NA   NA
 3631061 3631062 LPC_0270 LPC_0271   katG FALSE 0.004 484.000 0.000 1.000   NA
 3631062 3631063 LPC_0271 LPC_0272 katG   FALSE 0.074 131.000 0.000 NA   NA
 3631064 3631065 LPC_0273 LPC_0274   qxtA FALSE 0.034 198.000 0.000 NA   NA
 3631065 3631066 LPC_0274 LPC_0275 qxtA   TRUE 0.997 0.000 0.027 0.048 Y NA
 3631067 3631068 LPC_0277 LPC_0278     TRUE 0.986 6.000 0.113 NA   NA
 3631068 3631069 LPC_0278 LPC_0279   yfhG TRUE 0.720 -10.000 0.000 NA   NA
 3631070 3631071 LPC_0280 LPC_0281     TRUE 0.943 17.000 0.038 1.000   NA
 3631073 3631074 LPC_0283 LPC_0284 pkn5   FALSE 0.473 19.000 0.000 NA   NA
 3631074 3631075 LPC_0284 LPC_0285     FALSE 0.106 81.000 0.000 NA   NA
 3631076 3631077 LPC_0286 LPC_0287   phrB FALSE 0.288 33.000 0.000 NA   NA
 3631077 3631078 LPC_0287 LPC_0288 phrB   FALSE 0.197 96.000 0.000 1.000 N NA
 3631078 3631079 LPC_0288 LPC_0289     TRUE 0.980 -22.000 0.840 1.000   NA
 3631080 3631081 LPC_0290 LPC_0291     TRUE 0.654 -13.000 0.000 NA   NA
 3631081 3631082 LPC_0291 LPC_0292     FALSE 0.375 25.000 0.000 NA   NA
 3631083 3631084 LPC_0293 LPC_0294 purK purE TRUE 0.998 -3.000 0.136 0.001 Y NA
 3631084 3631085 LPC_0294 LPC_0295 purE   FALSE 0.147 60.000 0.000 NA   NA
 3631085 3631086 LPC_0295 LPC_0296     TRUE 0.892 25.000 0.050 NA   NA
 3631086 3631087 LPC_0296 LPC_0297     TRUE 0.984 14.000 0.667 NA   NA
 3631087 3631088 LPC_0297 LPC_0298     TRUE 0.958 15.000 0.071 NA   NA
 3631089 3631090 LPC_0299 LPC_0300     TRUE 0.806 42.000 0.021 1.000 N NA
 3631090 3631091 LPC_0300 LPC_0301     TRUE 0.998 -3.000 0.351 1.000 Y NA
 3631091 3631092 LPC_0301 LPC_0302     TRUE 0.997 -3.000 0.714 1.000 N NA
 3631092 3631093 LPC_0302 LPC_0303     FALSE 0.012 262.000 0.000 NA   NA
 3631094 3631095 LPC_0304 LPC_0305   pleD FALSE 0.040 212.000 0.000 1.000   NA
 3631095 3631096 LPC_0305 LPC_0306 pleD   FALSE 0.159 145.000 0.000 1.000 N NA
 3631098 3631099 LPC_0308 LPC_0309 mdlC sidE FALSE 0.009 296.000 0.000 NA   NA
 3631099 3631100 LPC_0309 LPC_0310 sidE   FALSE 0.014 255.000 0.000 NA   NA
 3631100 3631101 LPC_0310 LPC_0311     TRUE 0.720 -10.000 0.000 NA   NA
 3631101 3631102 LPC_0311 LPC_0312     FALSE 0.128 94.000 0.000 1.000   NA
 3631103 3631104 LPC_0313 LPC_0314 mhpC gbsA TRUE 0.668 16.000 0.000 1.000   NA
 3631104 3631105 LPC_0314 LPC_0315 gbsA gabT TRUE 0.996 5.000 1.000 1.000 N NA
 3631105 3631106 LPC_0315 LPC_0316 gabT recN FALSE 0.097 89.000 0.000 NA   NA
 3631108 3631109 LPC_0318 LPC_0319     FALSE 0.102 142.000 0.000 1.000   NA
 3631110 3631111 LPC_0320 LPC_0321     FALSE 0.025 331.000 0.000 0.042 N NA
 3631111 3631112 LPC_0321 LPC_0322     FALSE 0.299 52.000 0.000 NA N NA
 3631113 3631114 LPC_0323 LPC_0324     FALSE 0.018 240.000 0.000 NA   NA
 3631114 3631115 LPC_0324 LPC_0325     FALSE 0.115 76.000 0.000 NA   NA
 3631116 3631117 LPC_0326 LPC_0327   rhlE FALSE 0.178 122.000 0.000 1.000 N NA
 3631118 3631119 LPC_0328 LPC_0329     FALSE 0.047 177.000 0.000 NA   NA
 3631119 3631120 LPC_0329 LPC_0330     FALSE 0.243 38.000 0.000 NA   NA
 3631120 3631121 LPC_0330 LPC_0331     FALSE 0.072 135.000 0.000 NA   NA
 3631121 3631122 LPC_0331 LPC_0332     FALSE 0.066 155.000 0.000 NA   NA
 3631122 3631123 LPC_0332 LPC_0333     TRUE 0.720 -10.000 0.000 NA   NA
 3631123 3631124 LPC_0333 LPC_0334     TRUE 0.695 57.000 0.036 NA   NA
 3631124 3631125 LPC_0334 LPC_0335     FALSE 0.071 176.000 0.000 1.000   NA
 3631125 3631126 LPC_0335 LPC_0336     FALSE 0.473 19.000 0.000 NA   NA
 3631126 3631127 LPC_0336 LPC_0337     FALSE 0.015 249.000 0.000 NA   NA
 3631129 3631130 LPC_0339 LPC_0340     FALSE 0.109 79.000 0.000 NA   NA
 3631134 3631135 LPC_0344 LPC_0345     FALSE 0.104 135.000 0.000 1.000   NA
 3631135 3631136 LPC_0345 LPC_0346   pncB FALSE 0.151 81.000 0.000 1.000   NA
 3631136 3631137 LPC_0346 LPC_0347 pncB pncA TRUE 0.986 5.000 0.020 1.000 N NA
 3631138 3631139 LPC_0348 LPC_0349     TRUE 0.885 0.000 0.000 NA   NA
 3631140 3631141 LPC_0350 LPC_0351     FALSE 0.003 421.000 0.000 NA   NA
 3631141 3631142 LPC_0351 LPC_0352   sdbA FALSE 0.130 67.000 0.000 NA   NA
 3631142 3631143 LPC_0352 LPC_0353 sdbA   FALSE 0.108 80.000 0.000 NA   NA
 3631144 3631145 LPC_0354 LPC_0355   fixL TRUE 0.995 3.000 0.286 1.000   NA
 3631145 3631146 LPC_0355 LPC_0356 fixL   TRUE 0.890 25.000 0.048 NA   NA
 3631146 3631147 LPC_0356 LPC_0357     FALSE 0.053 170.000 0.000 NA   NA
 3631147 3631148 LPC_0357 LPC_0358     FALSE 0.057 222.000 0.000 1.000 N NA
 3631148 3631149 LPC_0358 LPC_0359     FALSE 0.180 68.000 0.000 1.000   NA
 3631152 3631153 LPC_0362 LPC_0363     TRUE 0.624 14.000 0.000 NA   NA
 3631153 3631154 LPC_0363 LPC_0364     TRUE 0.556 -19.000 0.000 NA   NA
 3631154 3631155 LPC_0364 LPC_0365     FALSE 0.003 519.000 0.000 NA   NA
 3631158 3631159 LPC_0368 LPC_0369 ppk   FALSE 0.297 41.000 0.000 1.000   NA
 3631159 3631160 LPC_0369 LPC_0370     FALSE 0.163 76.000 0.000 1.000   NA
 3631160 3631161 LPC_0370 LPC_0371     TRUE 0.993 -3.000 0.182 NA   NA
 3631162 3631163 LPC_0372 LPC_0373     TRUE 0.716 114.000 0.333 NA   NA
 3631164 3631165 LPC_0374 LPC_0375     TRUE 0.996 -3.000 0.642 NA   NA
 3631166 3631167 LPC_0376 LPC_0377 ostA surA FALSE 0.416 176.000 0.014 1.000 N NA
 3631167 3631168 LPC_0377 LPC_0378 surA pdxA TRUE 0.997 -3.000 0.561 1.000 N NA
 3631168 3631169 LPC_0378 LPC_0379 pdxA folA TRUE 0.993 2.000 0.005 1.000 Y NA
 3631171 3631172 LPC_0381 LPC_0382     FALSE 0.071 142.000 0.000 NA   NA
 3631172 3631173 LPC_0382 LPC_0383     FALSE 0.044 180.000 0.000 NA   NA
 3631173 3633768 LPC_0383 LPC_3033     FALSE 0.085 102.000 0.000 NA   NA
 3633768 3633767 LPC_3033 LPC_3032     FALSE 0.084 106.000 0.000 NA   NA
 3633767 3633766 LPC_3032 LPC_3031     FALSE 0.120 73.000 0.000 NA   NA
 3633766 3633765 LPC_3031 LPC_3030     FALSE 0.429 21.000 0.000 NA   NA
 3633765 3633764 LPC_3030 LPC_3029     FALSE 0.177 53.000 0.000 NA   NA
 3633764 3633763 LPC_3029 LPC_3028   tuf2 FALSE 0.267 35.000 0.000 NA   NA
 3633763 3633762 LPC_3028 LPC_3027 tuf2   FALSE 0.141 62.000 0.000 NA   NA
 3633762 3633761 LPC_3027 LPC_3026   nusG FALSE 0.004 388.000 0.000 NA   NA
 3633761 3633760 LPC_3026 LPC_3025 nusG rplK TRUE 0.829 110.000 0.681 1.000 N NA
 3633760 3633759 LPC_3025 LPC_3024 rplK rplA TRUE 0.998 10.000 0.838 0.025 Y NA
 3633759 3633758 LPC_3024 LPC_3023 rplA rplJ TRUE 0.828 173.000 0.302 0.025 Y NA
 3633758 3633757 LPC_3023 LPC_3022 rplJ rplL TRUE 0.984 31.000 0.884 0.019 Y NA
 3633757 3633756 LPC_3022 LPC_3021 rplL rpoB TRUE 0.730 92.000 0.223 1.000   NA
 3633756 3633755 LPC_3021 LPC_3020 rpoB   TRUE 0.908 71.000 0.851 0.001   NA
 3633755 3633754 LPC_3020 LPC_3019   rpsL TRUE 0.692 114.000 0.122 1.000 N NA
 3633754 3633753 LPC_3019 LPC_3018 rpsL   TRUE 0.990 21.000 0.620 0.004 Y NA
 3633753 3633752 LPC_3018 LPC_3017   fusA TRUE 0.993 15.000 0.579 1.000 Y NA
 3633752 3633751 LPC_3017 LPC_3015 fusA tufA TRUE 0.988 21.000 0.400 0.001 Y NA
 3633751 3633750 LPC_3015 LPC_3014 tufA rpsJ TRUE 0.997 6.000 0.318 1.000 Y NA
 3633750 3633749 LPC_3014 LPC_3013 rpsJ rplC TRUE 0.971 35.000 0.307 0.025 Y NA
 3633749 3633748 LPC_3013 LPC_3012 rplC rplD TRUE 0.999 0.000 0.486 0.019 Y NA
 3633748 3633747 LPC_3012 LPC_3011 rplD rplW TRUE 0.998 -3.000 0.513 1.000 Y NA
 3633747 3633746 LPC_3011 LPC_3010 rplW rplB TRUE 0.996 12.000 0.849 1.000 Y NA
 3633746 3633745 LPC_3010 LPC_3009 rplB rpsS TRUE 0.992 19.000 0.820 0.025 Y NA
 3633745 3633744 LPC_3009 LPC_3008 rpsS rplV TRUE 0.998 10.000 0.769 0.025 Y NA
 3633744 3633743 LPC_3008 LPC_3007 rplV rpsC TRUE 0.999 3.000 0.719 0.025 Y NA
 3633743 3633742 LPC_3007 LPC_3006 rpsC rplP TRUE 0.994 17.000 0.828 0.025 Y NA
 3633742 3633741 LPC_3006 LPC_3005 rplP rpmC TRUE 0.999 0.000 0.802 0.019 Y NA
 3633741 3633740 LPC_3005 LPC_3004 rpmC rpsQ TRUE 0.999 2.000 0.828 0.019 Y NA
 3633740 3633739 LPC_3004 LPC_3003 rpsQ rplN TRUE 0.935 89.000 0.791 0.025 Y NA
 3633739 3633738 LPC_3003 LPC_3002 rplN rplX TRUE 0.996 13.000 0.810 0.025 Y NA
 3633738 3633737 LPC_3002 LPC_3001 rplX rplE TRUE 0.994 16.000 0.758 0.019 Y NA
 3633737 3633736 LPC_3001 LPC_3000 rplE rpsN TRUE 0.995 13.000 0.496 0.019 Y NA
 3633736 3633735 LPC_3000 LPC_2999 rpsN rpsH TRUE 0.981 29.000 0.473 0.019 Y NA
 3633735 3633734 LPC_2999 LPC_2998 rpsH rplF TRUE 0.993 18.000 0.808 0.019 Y NA
 3633734 3633733 LPC_2998 LPC_2997 rplF rplR TRUE 0.997 11.000 0.815 0.019 Y NA
 3633733 3633732 LPC_2997 LPC_2996 rplR rpsE TRUE 0.998 10.000 0.814 0.025 Y NA
 3633732 3633731 LPC_2996 LPC_2995 rpsE rplO TRUE 0.734 188.000 0.148 0.025 Y NA
 3633731 3633730 LPC_2995 LPC_2994 rplO secY TRUE 0.997 3.000 0.730 1.000 N NA
 3633730 3633729 LPC_2994 LPC_2993 secY rpsM FALSE 0.279 208.000 0.011 1.000 N NA
 3633729 3633728 LPC_2993 LPC_2992 rpsM   TRUE 0.989 24.000 0.810 0.019 Y NA
 3633728 3633727 LPC_2992 LPC_2991   rpsD TRUE 0.992 17.000 0.509 0.025 Y NA
 3633727 3633726 LPC_2991 LPC_2990 rpsD rpoA TRUE 0.977 19.000 0.549 1.000 N NA
 3633726 3633725 LPC_2990 LPC_2989 rpoA rplQ TRUE 0.981 19.000 0.873 1.000 N NA
 3633724 3633723 LPC_2988 LPC_2987 ssb   TRUE 0.714 84.000 0.075 1.000 N NA
 3633722 3633721 LPC_2986 LPC_2985   acpP TRUE 0.794 71.000 0.013 1.000 Y NA
 3633721 3633720 LPC_2985 LPC_2984 acpP fabA TRUE 0.995 0.000 0.013 NA Y NA
 3633720 3633719 LPC_2984 LPC_2983 fabA fabFc TRUE 0.996 5.000 0.182 NA Y NA
 3633719 3633718 LPC_2983 LPC_2982 fabFc fabFn TRUE 0.999 1.000 0.333 0.016 Y NA
 3633718 3633717 LPC_2982 LPC_2981 fabFn waaM TRUE 0.991 -7.000 0.167 1.000 N NA
 3633716 3633715 LPC_2980 LPC_2979     FALSE 0.041 186.000 0.000 NA   NA
 3633715 3633714 LPC_2979 LPC_2978   dapF FALSE 0.007 313.000 0.000 NA   NA
 3633714 3633713 LPC_2978 LPC_2977 dapF   FALSE 0.008 297.000 0.000 NA   NA
 3633712 3633711 LPC_2976 LPC_2975     TRUE 0.979 -3.000 0.004 NA   NA
 3633711 3633710 LPC_2975 LPC_2974     TRUE 0.965 -13.000 0.063 NA   NA
 3633708 3633707 LPC_2972 LPC_2971 fur   FALSE 0.103 138.000 0.000 1.000   NA
 3633707 3633706 LPC_2971 LPC_2970     FALSE 0.093 159.000 0.000 1.000   NA
 3633703 3633702 LPC_2967 LPC_2966 sdhA   FALSE 0.061 163.000 0.000 NA   NA
 3633702 3633701 LPC_2966 LPC_2965     TRUE 0.873 5.000 0.000 1.000   NA
 3633701 3633700 LPC_2965 LPC_2964     TRUE 0.984 -7.000 0.059 1.000   NA
 3633700 3633699 LPC_2964 LPC_2963     TRUE 0.989 4.000 0.108 NA   NA
 3633699 3633698 LPC_2963 LPC_2962     FALSE 0.035 195.000 0.000 NA   NA
 3633698 3633697 LPC_2962 LPC_2961   osmY TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3633697 3633696 LPC_2961 LPC_2960 osmY   FALSE 0.013 259.000 0.000 NA   NA
 3633695 3633694 LPC_2959 LPC_2958 uvrA   FALSE 0.042 184.000 0.000 NA   NA
 3633694 3633693 LPC_2958 LPC_2957   htpX TRUE 0.986 11.000 0.307 NA   NA
 3633692 3633691 LPC_2956 LPC_2955     TRUE 0.993 -10.000 0.688 1.000 N NA
 3633691 3633690 LPC_2955 LPC_2954     FALSE 0.020 231.000 0.000 NA   NA
 3633690 3633689 LPC_2954 LPC_2953     FALSE 0.076 126.000 0.000 NA   NA
 3633689 3633688 LPC_2953 LPC_2952     TRUE 0.567 86.000 0.019 1.000   NA
 3633684 3633683 LPC_2948 LPC_2947   rplS TRUE 0.986 4.000 0.011 1.000 N NA
 3633683 3633682 LPC_2947 LPC_2946 rplS trmD TRUE 0.979 27.000 0.567 1.000 Y NA
 3633682 3633681 LPC_2946 LPC_2945 trmD rimM TRUE 0.999 0.000 0.672 1.000 Y NA
 3633681 3633680 LPC_2945 LPC_2944 rimM rpsP TRUE 0.998 6.000 0.342 0.019 Y NA
 3633680 3633679 LPC_2944 LPC_2943 rpsP ffh TRUE 0.817 87.000 0.361 1.000 N NA
 3633679 3633678 LPC_2943 LPC_2942 ffh   FALSE 0.013 258.000 0.000 NA   NA
 3633677 3633676 LPC_2941 LPC_2940   gadC FALSE 0.006 337.000 0.000 NA   NA
 3633676 3633675 LPC_2940 LPC_2939 gadC   TRUE 0.866 56.000 0.500 NA   NA
 3633675 3633674 LPC_2939 LPC_2938     FALSE 0.337 204.000 0.087 NA   NA
 3633673 3633672 LPC_2937 LPC_2936   lidJ FALSE 0.473 19.000 0.000 NA   NA
 3633672 3633671 LPC_2936 LPC_2935 lidJ   FALSE 0.003 417.000 0.000 NA   NA
 3633670 3633669 LPC_2934 LPC_2933     TRUE 0.983 -16.000 0.722 NA   NA
 3633669 3633668 LPC_2933 LPC_2932     TRUE 0.992 5.000 0.255 NA   NA
 3633668 3633667 LPC_2932 LPC_2931     TRUE 0.995 -10.000 0.321 1.000 Y NA
 3633667 3633666 LPC_2931 LPC_2930     TRUE 0.983 10.000 0.099 1.000   NA
 3633666 3633665 LPC_2930 LPC_2929   rimK FALSE 0.007 366.000 0.000 1.000   NA
 3633663 3633662 LPC_2927 LPC_2926 zwf pgl TRUE 0.990 -13.000 0.163 1.000 Y NA
 3633662 3633661 LPC_2926 LPC_2925 pgl edd TRUE 0.992 -12.000 0.202 1.000 Y NA
 3633661 3633660 LPC_2925 LPC_2924 edd glk TRUE 0.980 -13.000 0.012 1.000 Y NA
 3633660 3633659 LPC_2924 LPC_2923 glk eda TRUE 0.981 -13.000 0.013 1.000 Y NA
 3633659 3633658 LPC_2923 LPC_2922 eda ywtG TRUE 0.684 114.000 0.008 1.000 Y NA
 3633657 3633656 LPC_2921 LPC_2920   yozG FALSE 0.071 176.000 0.000 1.000   NA
 3633656 3633655 LPC_2920 LPC_2919 yozG   TRUE 0.714 87.000 0.209 NA   NA
 3633655 3633654 LPC_2919 LPC_2918   hemH FALSE 0.075 128.000 0.000 NA   NA
 3633654 3633653 LPC_2918 LPC_2917 hemH cspD FALSE 0.460 111.000 0.004 1.000 N NA
 3633650 3633649 LPC_2914 LPC_2913 oprM   TRUE 0.737 140.000 0.286 1.000 N NA
 3633649 3633648 LPC_2913 LPC_2912     TRUE 0.979 -22.000 1.000 NA   NA
 3633648 3633647 LPC_2912 LPC_2911     TRUE 0.978 -21.000 0.667 NA   NA
 3633647 3633646 LPC_2911 LPC_2910     FALSE 0.411 22.000 0.000 NA   NA
 3633645 3633644 LPC_2909 LPC_2908     FALSE 0.124 71.000 0.000 NA   NA
 3633639 3633638 LPC_2903 LPC_2902   icmT FALSE 0.053 170.000 0.000 NA   NA
 3633638 3633637 LPC_2902 LPC_2901 icmT icmS TRUE 0.996 1.000 0.400 NA   NA
 3633637 3633636 LPC_2901 LPC_2900 icmS icmR FALSE 0.086 100.000 0.000 NA   NA
 3633636 3633635 LPC_2900 LPC_2899 icmR icmQ FALSE 0.093 91.000 0.000 NA   NA
 3633635 3633634 LPC_2899 LPC_2898 icmQ icmP TRUE 0.585 187.000 0.500 NA   NA
 3633634 3633633 LPC_2898 LPC_2897 icmP icmO TRUE 0.995 -3.000 0.308 NA   NA
 3633633 3633632 LPC_2897 LPC_2896 icmO lphA FALSE 0.005 404.000 0.000 1.000   NA
 3633632 3633631 LPC_2896 LPC_2895 lphA icmM TRUE 0.989 12.000 0.667 NA   NA
 3633631 3633630 LPC_2895 LPC_2894 icmM icmL TRUE 0.978 16.000 0.500 NA   NA
 3633630 3633629 LPC_2894 LPC_2893 icmL icmK TRUE 0.996 3.000 1.000 NA   NA
 3633629 3633628 LPC_2893 LPC_2892 icmK icmE TRUE 0.994 5.000 0.500 NA   NA
 3633628 3633627 LPC_2892 LPC_2891 icmE icmG TRUE 0.969 18.000 0.400 NA   NA
 3633627 3633626 LPC_2891 LPC_2890 icmG   TRUE 0.992 8.000 0.600 NA   NA
 3633626 3633625 LPC_2890 LPC_2889   icmD FALSE 0.328 271.000 1.000 NA   NA
 3633625 3633624 LPC_2889 LPC_2888 icmD icmJ TRUE 0.515 200.000 0.429 NA   NA
 3633624 3633623 LPC_2888 LPC_2887 icmJ icmB TRUE 0.899 36.000 0.267 NA   NA
 3633622 3633621 LPC_2886 LPC_2885 tphA icmF TRUE 0.861 3.000 0.000 NA   NA
 3633621 3633620 LPC_2885 LPC_2884 icmF icmH TRUE 0.997 0.000 0.667 NA   NA
 3633620 3633619 LPC_2884 LPC_2883 icmH purH FALSE 0.009 285.000 0.000 NA   NA
 3633619 3633618 LPC_2883 LPC_2882 purH prmA TRUE 0.815 27.000 0.002 1.000 N NA
 3633618 3633617 LPC_2882 LPC_2881 prmA accC TRUE 0.995 2.000 0.152 1.000 N NA
 3633617 3633616 LPC_2881 LPC_2880 accC accB TRUE 0.995 13.000 0.275 0.002 Y NA
 3633616 3633615 LPC_2880 LPC_2879 accB aroQ TRUE 0.985 13.000 0.254 1.000 N NA
 3633614 3633613 LPC_2878 LPC_2877 dcoA proA FALSE 0.006 566.000 0.000 1.000 N NA
 3633610 3633609 LPC_2874 LPC_2873 alf1 poxF TRUE 0.486 150.000 0.010 1.000 N NA
 3633605 3633604 LPC_2869 LPC_2868 ptsH   FALSE 0.366 191.000 0.033 NA N NA
 3633604 3633603 LPC_2868 LPC_2867   rpoN TRUE 0.964 27.000 0.820 NA N NA
 3633603 3633602 LPC_2867 LPC_2866 rpoN rpmG FALSE 0.065 212.000 0.000 1.000 N NA
 3633602 3633601 LPC_2866 LPC_2865 rpmG rpmB TRUE 0.993 15.000 0.332 0.018 Y NA
 3633600 3633599 LPC_2864 LPC_2863   trmB TRUE 0.751 10.000 0.000 NA   NA
 3633599 3633598 LPC_2863 LPC_2862 trmB   TRUE 0.775 12.000 0.000 1.000   NA
 3633598 3633597 LPC_2862 LPC_2861     FALSE 0.111 78.000 0.000 NA   NA
 3633597 3633596 LPC_2861 LPC_2860   hflK FALSE 0.028 209.000 0.000 NA   NA
 3633596 3633595 LPC_2860 LPC_2859 hflK hflC TRUE 0.999 3.000 0.947 0.016 Y NA
 3633595 3633594 LPC_2859 LPC_2858 hflC purA TRUE 0.537 135.000 0.019 1.000 N NA
 3633594 3633593 LPC_2858 LPC_2857 purA   FALSE 0.003 509.000 0.000 NA   NA
 3633591 3633590 LPC_2855 LPC_2854 yqiX yqiY TRUE 0.986 -3.000 0.000 0.052 Y NA
 3633590 3633589 LPC_2854 LPC_2853 yqiY   TRUE 0.978 -16.000 0.022 1.000 Y NA
 3633589 3633588 LPC_2853 LPC_2852   argG TRUE 0.992 -3.000 0.002 1.000 Y NA
 3633588 3633587 LPC_2852 LPC_2851 argG argH TRUE 0.996 -7.000 0.278 1.000 Y NA
 3633587 3633586 LPC_2851 LPC_2850 argH argF TRUE 0.992 3.000 0.003 1.000 Y NA
 3633583 3633582 LPC_2847 LPC_2846 ctpA   TRUE 0.867 81.000 0.408 0.038 N NA
 3633582 3633581 LPC_2846 LPC_2845   gpmI TRUE 0.982 -13.000 0.170 1.000 N NA
 3633581 3633580 LPC_2845 LPC_2844 gpmI   FALSE 0.085 103.000 0.000 NA   NA
 3633580 3633579 LPC_2844 LPC_2843     FALSE 0.113 77.000 0.000 NA   NA
 3633578 3633577 LPC_2842 LPC_2841 uppS cdsA TRUE 0.634 148.000 0.007 1.000 Y NA
 3633577 3633576 LPC_2841 LPC_2840 cdsA ecfE TRUE 0.794 33.000 0.004 1.000 N NA
 3633576 3633575 LPC_2840 LPC_2839 ecfE   TRUE 0.762 171.000 0.204 1.000 Y NA
 3633575 3633574 LPC_2839 LPC_2838     TRUE 0.870 114.000 0.354 1.000 Y NA
 3633574 3633573 LPC_2838 LPC_2837   lpxD TRUE 0.999 2.000 0.814 1.000 Y NA
 3633573 3633572 LPC_2837 LPC_2836 lpxD   TRUE 0.830 118.000 0.796 1.000 N NA
 3633572 3633571 LPC_2836 LPC_2835   lpxA TRUE 0.998 -3.000 0.850 1.000 N NA
 3633571 3633570 LPC_2835 LPC_2834 lpxA crcB TRUE 0.930 4.000 0.000 1.000 N NA
 3633570 3633569 LPC_2834 LPC_2833 crcB serS TRUE 0.922 22.000 0.033 1.000 N NA
 3633569 3633568 LPC_2833 LPC_2832 serS   FALSE 0.071 139.000 0.000 NA   NA
 3633568 3633567 LPC_2832 LPC_2831     FALSE 0.052 171.000 0.000 NA   NA
 3633567 3633566 LPC_2831 LPC_2830     FALSE 0.035 195.000 0.000 NA   NA
 3633566 3633565 LPC_2830 LPC_2829     TRUE 0.556 -19.000 0.000 NA   NA
 3633565 3633564 LPC_2829 LPC_2828     TRUE 0.880 36.000 0.182 NA   NA
 3633563 3633562 LPC_2827 LPC_2826 ytbE   FALSE 0.003 439.000 0.000 NA   NA
 3633562 3633561 LPC_2826 LPC_2825     FALSE 0.006 337.000 0.000 NA   NA
 3633561 3633560 LPC_2825 LPC_2824     TRUE 0.598 -16.000 0.000 NA   NA
 3633560 3633559 LPC_2824 LPC_2823     FALSE 0.462 -34.000 0.000 NA   NA
 3633559 3633558 LPC_2823 LPC_2822     TRUE 0.915 -3.000 0.000 1.000   NA
 3633558 3633557 LPC_2822 LPC_2821     TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3633557 3633556 LPC_2821 LPC_2820   aacA4 TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3633555 3633554 LPC_2819 LPC_2818     TRUE 0.861 3.000 0.000 NA   NA
 3633554 3633553 LPC_2818 LPC_2817     TRUE 0.822 5.000 0.000 NA   NA
 3633551 3633550 LPC_2815 LPC_2814 lvrA3 lvrB3 TRUE 0.538 17.000 0.000 NA   NA
 3633550 3633549 LPC_2814 LPC_2813 lvrB3 csrA TRUE 0.880 21.000 0.015 NA   NA
 3633549 3633548 LPC_2813 LPC_2812 csrA virB11 TRUE 0.974 11.000 0.015 1.000 N NA
 3633548 3633547 LPC_2812 LPC_2811 virB11   TRUE 0.934 12.000 0.000 NA Y NA
 3633547 3633546 LPC_2811 LPC_2810   trbD TRUE 0.958 51.000 1.000 NA Y NA
 3633546 3633545 LPC_2810 LPC_2809 trbD trbE TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA Y NA
 3633545 3633544 LPC_2809 LPC_2808 trbE trbF TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA Y NA
 3633544 3633543 LPC_2808 LPC_2807 trbF trbG TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA Y NA
 3633543 3633542 LPC_2807 LPC_2806 trbG   TRUE 0.996 3.000 1.000 NA   NA
 3633542 3633541 LPC_2806 LPC_2805   trbI TRUE 0.803 6.000 0.000 NA   NA
 3633541 3633540 LPC_2805 LPC_2804 trbI trbJ TRUE 0.574 16.000 0.000 NA   NA
 3633540 3633539 LPC_2804 LPC_2803 trbJ   TRUE 0.926 27.000 0.222 NA   NA
 3633539 3633538 LPC_2803 LPC_2802   trbL TRUE 0.989 5.000 0.167 NA   NA
 3633538 3633537 LPC_2802 LPC_2801 trbL traG TRUE 0.997 -3.000 0.143 1.000 Y NA
 3633537 3633536 LPC_2801 LPC_2800 traG traF TRUE 0.997 -3.000 0.143 NA Y NA
 3633536 3633535 LPC_2800 LPC_2799 traF traD TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3633535 3633534 LPC_2799 LPC_2798 traD traC TRUE 0.990 -7.000 0.250 NA   NA
 3633533 3633532 LPC_2797 LPC_2796     TRUE 0.799 11.000 0.000 1.000   NA
 3633532 3633531 LPC_2796 LPC_2795   traI FALSE 0.083 108.000 0.000 NA   NA
 3633531 3633530 LPC_2795 LPC_2794 traI traJ TRUE 0.995 -3.000 0.400 NA   NA
 3633529 3633528 LPC_2793 LPC_2792 traK traL TRUE 0.992 0.000 0.077 NA   NA
 3633528 3633527 LPC_2792 LPC_2791 traL traM TRUE 0.992 0.000 0.077 NA   NA
 3633527 3633526 LPC_2791 LPC_2790 traM   FALSE 0.365 26.000 0.000 NA   NA
 3633526 3633525 LPC_2790 LPC_2789     TRUE 0.997 -3.000 0.027 0.050 Y NA
 3633525 3633524 LPC_2789 LPC_2788     TRUE 0.988 -3.000 0.000 0.001 Y NA
 3633524 3633523 LPC_2788 LPC_2787     FALSE 0.327 28.000 0.000 NA   NA
 3633523 3633522 LPC_2787 LPC_2786     TRUE 0.995 -3.000 0.295 NA   NA
 3633522 3633521 LPC_2786 LPC_2785     TRUE 0.840 4.000 0.000 NA   NA
 3633519 3633518 LPC_2782 LPC_2781     TRUE 0.861 3.000 0.000 NA   NA
 3633518 3633517 LPC_2781 LPC_2780     FALSE 0.106 81.000 0.000 NA   NA
 3633516 3633515 LPC_2779 LPC_2778     FALSE 0.138 63.000 0.000 NA   NA
 3633513 3633512 LPC_2776 LPC_2775     FALSE 0.068 150.000 0.000 NA   NA
 3633511 3633510 LPC_2774 LPC_2773 sdhC sdhD TRUE 0.998 -6.000 0.453 0.001 Y NA
 3633510 3633509 LPC_2773 LPC_2772 sdhD sdhA TRUE 0.999 2.000 0.705 0.002 Y NA
 3633509 3633508 LPC_2772 LPC_2771 sdhA sdhB TRUE 0.996 13.000 0.604 0.002 Y NA
 3633508 3633507 LPC_2771 LPC_2770 sdhB sucA TRUE 0.879 58.000 0.067 1.000 Y NA
 3633507 3633506 LPC_2770 LPC_2769 sucA sucB TRUE 0.971 36.000 0.667 1.000 Y NA
 3633506 3633505 LPC_2769 LPC_2768 sucB sucC TRUE 0.888 63.000 0.136 1.000 Y NA
 3633505 3633504 LPC_2768 LPC_2767 sucC sucD TRUE 0.952 75.000 0.806 0.001 Y NA
 3633504 3633503 LPC_2767 LPC_2766 sucD pdxH FALSE 0.008 422.000 0.000 1.000 N NA
 3633503 3633502 LPC_2766 LPC_2765 pdxH letE FALSE 0.002 613.000 0.000 NA   NA
 3633501 3633500 LPC_2764 LPC_2763     FALSE 0.016 244.000 0.000 NA   NA
 3633497 3633496 LPC_2759 LPC_2758     FALSE 0.259 190.000 0.011 NA   NA
 3633495 3633494 LPC_2756 LPC_2755     FALSE 0.044 180.000 0.000 NA   NA
 3633494 3633493 LPC_2755 LPC_2754     TRUE 0.574 16.000 0.000 NA   NA
 3633493 3633492 LPC_2754 LPC_2753   lolB TRUE 0.794 -7.000 0.000 NA   NA
 3633491 3633490 LPC_2752 LPC_2751 kdtB   TRUE 0.933 -16.000 0.004 1.000 N NA
 3633489 3633488 LPC_2750 LPC_2749   plsC FALSE 0.066 210.000 0.000 1.000 N NA
 3633488 3633487 LPC_2749 LPC_2748 plsC sugE FALSE 0.268 69.000 0.000 1.000 N NA
 3633487 3633486 LPC_2748 LPC_2747 sugE   FALSE 0.070 143.000 0.000 NA   NA
 3633486 3633485 LPC_2747 LPC_2746   dinP FALSE 0.004 384.000 0.000 NA   NA
 3633483 3633482 LPC_2744 LPC_2743   mutM FALSE 0.117 75.000 0.000 NA   NA
 3633482 3633481 LPC_2743 LPC_2742 mutM   TRUE 0.978 0.000 0.003 NA   NA
 3633478 3633477 LPC_2739 LPC_2738 phaB phaB2 FALSE 0.357 178.000 0.000 0.002 Y NA
 3633477 3633476 LPC_2738 LPC_2737 phaB2   FALSE 0.412 130.000 0.010 NA   NA
 3633476 3633475 LPC_2737 LPC_2736     FALSE 0.208 207.000 0.010 NA   NA
 3633473 3633472 LPC_2734 LPC_2733   spmB TRUE 0.998 -3.000 0.655 0.001   NA
 3633470 3633469 LPC_2731 LPC_2730 tyrS   FALSE 0.042 184.000 0.000 NA   NA
 3633469 3633468 LPC_2730 LPC_2729     FALSE 0.071 142.000 0.000 NA   NA
 3633468 3633467 LPC_2729 LPC_2728     FALSE 0.056 167.000 0.000 NA   NA
 3633467 3633466 LPC_2728 LPC_2727     FALSE 0.085 102.000 0.000 NA   NA
 3633466 3633465 LPC_2727 LPC_2726     FALSE 0.005 350.000 0.000 NA   NA
 3633464 3633463 LPC_2725 LPC_2724 yrdA gor TRUE 0.975 7.000 0.011 1.000   NA
 3633463 3633462 LPC_2724 LPC_2723 gor add FALSE 0.050 231.000 0.000 1.000 N NA
 3633461 3633460 LPC_2722 LPC_2721     FALSE 0.087 99.000 0.000 NA   NA
 3633459 3633458 LPC_2720 LPC_2719     TRUE 0.992 10.000 0.937 NA   NA
 3633457 3633456 LPC_2718 LPC_2717     FALSE 0.009 293.000 0.000 NA   NA
 3633456 3633455 LPC_2717 LPC_2716   yqgF TRUE 0.979 -16.000 0.263 NA N NA
 3633455 3633454 LPC_2716 LPC_2715 yqgF pyrB TRUE 0.786 50.000 0.022 1.000 N NA
 3633453 3633452 LPC_2714 LPC_2713     FALSE 0.009 284.000 0.000 NA   NA
 3633452 3633451 LPC_2713 LPC_2712   comM FALSE 0.084 104.000 0.000 NA   NA
 3633451 3633450 LPC_2712 LPC_2711 comM   TRUE 0.680 72.000 0.074 NA   NA
 3633447 3633446 LPC_2708 LPC_2707     TRUE 0.929 14.000 0.008 NA   NA
 3633444 3633443 LPC_2705 LPC_2703 aas   FALSE 0.071 964.000 0.016 0.075 Y NA
 3633443 3633442 LPC_2703 LPC_2702     TRUE 0.879 1.000 0.000 NA   NA
 3633441 3633440 LPC_2701 LPC_2700   phbC FALSE 0.193 49.000 0.000 NA   NA
 3633439 3633438 LPC_2699 LPC_2698   ycf24 TRUE 0.988 -7.000 0.078 1.000 N NA
 3633438 3633437 LPC_2698 LPC_2697 ycf24   TRUE 0.998 2.000 0.466 1.000 Y NA
 3633437 3633436 LPC_2697 LPC_2696     TRUE 0.998 -3.000 0.482 1.000 Y NA
 3633436 3633435 LPC_2696 LPC_2695   csdB TRUE 0.980 -10.000 0.049 1.000 N NA
 3633435 3633434 LPC_2695 LPC_2694 csdB nifU TRUE 0.993 -3.000 0.055 1.000 N NA
 3633434 3633433 LPC_2694 LPC_2693 nifU   TRUE 0.640 72.000 0.042 NA   NA
 3633433 3633432 LPC_2693 LPC_2692   syk3 TRUE 0.981 3.000 0.009 NA   NA
 3633431 3633430 LPC_2691 LPC_2690   alaS FALSE 0.015 247.000 0.000 NA   NA
 3633430 3633429 LPC_2690 LPC_2689 alaS   TRUE 0.861 3.000 0.000 NA   NA
 3633429 3633428 LPC_2689 LPC_2688     FALSE 0.011 275.000 0.000 NA   NA
 3633426 3633425 LPC_2686 LPC_2685     FALSE 0.032 201.000 0.000 NA   NA
 3633422 3633421 LPC_2681 LPC_2680     TRUE 0.997 2.000 0.907 1.000   NA
 3633419 3633418 LPC_2678 LPC_2677 queF   FALSE 0.004 394.000 0.000 NA   NA
 3633415 3633414 LPC_2674 LPC_2673   sidA FALSE 0.083 111.000 0.000 NA   NA
 3633414 3633413 LPC_2673 LPC_2672 sidA   FALSE 0.064 160.000 0.000 NA   NA
 3633413 3633412 LPC_2672 LPC_2671     FALSE 0.076 126.000 0.000 NA   NA
 3633411 3633410 LPC_2670 LPC_2669     FALSE 0.032 201.000 0.000 NA   NA
 3633409 3633408 LPC_2668 LPC_2667 comA pilE FALSE 0.111 78.000 0.000 NA   NA
 3633408 3633407 LPC_2667 LPC_2666 pilE   TRUE 0.988 12.000 0.058 NA Y NA
 3633407 3633406 LPC_2666 LPC_2665     TRUE 0.983 13.000 0.038 NA Y NA
 3633406 3633405 LPC_2665 LPC_2664     TRUE 0.995 -3.000 0.333 NA   NA
 3633405 3633404 LPC_2664 LPC_2663     TRUE 0.991 -3.000 0.083 NA   NA
 3633404 3633403 LPC_2663 LPC_2662     TRUE 0.985 13.000 0.056 NA Y NA
 3633403 3633402 LPC_2662 LPC_2661     FALSE 0.043 223.000 0.000 NA N NA
 3633402 3633401 LPC_2661 LPC_2660     TRUE 0.692 176.000 1.000 NA   NA
 3633400 3633399 LPC_2659 LPC_2658   tdk FALSE 0.166 132.000 0.000 1.000 N NA
 3633399 3633398 LPC_2658 LPC_2656 tdk   TRUE 0.691 51.000 0.004 1.000 N NA
 3633398 3633397 LPC_2656 LPC_2655     TRUE 0.996 13.000 1.000 0.038 Y NA
 3633397 3633396 LPC_2655 LPC_2654   deoB TRUE 0.995 -3.000 0.016 1.000 Y NA
 3633396 3633395 LPC_2654 LPC_2653 deoB hslV FALSE 0.073 204.000 0.000 1.000 N NA
 3633395 3633394 LPC_2653 LPC_2652 hslV hslU TRUE 0.993 -16.000 0.752 1.000 Y NA
 3633394 3633393 LPC_2652 LPC_2651 hslU   FALSE 0.033 200.000 0.000 NA   NA
 3633391 3633390 LPC_2649 LPC_2648   wrbA FALSE 0.066 179.000 0.000 1.000   NA
 3633390 3633389 LPC_2648 LPC_2647 wrbA   FALSE 0.014 282.000 0.000 1.000   NA
 3633389 3633388 LPC_2647 LPC_2646   exoA FALSE 0.102 189.000 0.000 0.049   NA
 3633388 3633387 LPC_2646 LPC_2645 exoA   TRUE 0.991 -7.000 0.003 0.001 Y NA
 3633387 3633386 LPC_2645 LPC_2644   rpmE FALSE 0.163 137.000 0.000 1.000 N NA
 3633386 3633385 LPC_2644 LPC_2643 rpmE mao2 TRUE 0.502 127.000 0.009 1.000 N NA
 3633385 3633384 LPC_2643 LPC_2642 mao2   FALSE 0.066 211.000 0.000 1.000 N NA
 3633384 3633383 LPC_2642 LPC_2641     TRUE 0.993 -19.000 0.500 0.038 Y NA
 3633382 3633381 LPC_2640 LPC_2639 dam tyrP FALSE 0.122 171.000 0.000 1.000 N NA
 3633381 3633380 LPC_2639 LPC_2638 tyrP   TRUE 0.921 135.000 1.000 0.006 Y NA
 3633380 3633379 LPC_2638 LPC_2637     TRUE 0.993 11.000 0.667 1.000 N NA
 3633378 3633377 LPC_2635 LPC_2634     FALSE 0.006 394.000 0.000 1.000   NA
 3633377 3633376 LPC_2634 LPC_2633     TRUE 0.996 3.000 0.545 1.000   NA
 3633376 3633375 LPC_2633 LPC_2632     TRUE 0.975 18.000 0.547 1.000   NA
 3633375 3633374 LPC_2632 LPC_2631     TRUE 0.999 0.000 0.609 0.006 Y NA
 3633374 3633373 LPC_2631 LPC_2630     TRUE 0.988 9.000 0.043 0.050 N NA
 3633372 3633371 LPC_2629 LPC_2628 slt rpe TRUE 0.715 42.000 0.003 1.000 N NA
 3633371 3633370 LPC_2628 LPC_2627 rpe   FALSE 0.026 216.000 0.000 NA   NA
 3633370 3633369 LPC_2627 LPC_2626     TRUE 0.992 -3.000 0.102 NA   NA
 3633369 3633368 LPC_2626 LPC_2625     TRUE 0.481 208.000 0.450 NA   NA
 3633368 3633367 LPC_2625 LPC_2624     TRUE 0.983 6.000 0.050 NA   NA
 3633366 3633365 LPC_2623 LPC_2622   ndh FALSE 0.116 116.000 0.000 1.000   NA
 3633365 3633364 LPC_2622 LPC_2621 ndh adc FALSE 0.405 42.000 0.000 1.000 N NA
 3633364 3633363 LPC_2621 LPC_2620 adc   FALSE 0.243 38.000 0.000 NA   NA
 3633363 3633362 LPC_2620 LPC_2619     TRUE 0.992 -7.000 0.500 NA   NA
 3633361 3633360 LPC_2618 LPC_2617     TRUE 0.952 -13.000 0.020 NA   NA
 3633357 3633356 LPC_2614 LPC_2613 glnE   FALSE 0.021 268.000 0.000 NA N NA
 3633356 3633355 LPC_2613 LPC_2612     FALSE 0.128 68.000 0.000 NA   NA
 3633355 3633354 LPC_2612 LPC_2611     TRUE 0.994 -7.000 0.752 NA   NA
 3633354 3633353 LPC_2611 LPC_2610     TRUE 0.988 15.000 0.671 1.000 N NA
 3633352 3633351 LPC_2609 LPC_2608     FALSE 0.209 90.000 0.000 1.000 N NA
 3633350 3633349 LPC_2607 LPC_2606 htpA htpB TRUE 0.971 28.000 0.154 0.008 Y NA
 3633349 3633348 LPC_2606 LPC_2605 htpB   TRUE 0.543 123.000 0.014 1.000 N NA
 3633348 3633347 LPC_2605 LPC_2604     FALSE 0.025 257.000 0.000 NA N NA
 3633345 3633344 LPC_2602 LPC_2601 dppF   FALSE 0.097 89.000 0.000 NA   NA
 3633341 3633340 LPC_2598 LPC_2597   sul1 FALSE 0.102 141.000 0.000 1.000   NA
 3633340 3633339 LPC_2597 LPC_2596 sul1   FALSE 0.069 191.000 0.000 NA N NA
 3633339 3633338 LPC_2596 LPC_2595   tolC TRUE 0.901 18.000 0.005 NA N NA
 3633338 3633337 LPC_2595 LPC_2594 tolC pcm TRUE 0.967 12.000 0.009 1.000 N NA
 3633336 3633335 LPC_2593 LPC_2592 kbl tdh TRUE 0.836 89.000 0.547 1.000 N NA
 3633335 3633334 LPC_2592 LPC_2591 tdh   TRUE 0.687 43.000 0.005 1.000   NA
 3633334 3633333 LPC_2591 LPC_2590   enhA TRUE 0.627 42.000 0.004 NA   NA
 3633333 3633332 LPC_2590 LPC_2589 enhA   FALSE 0.083 110.000 0.000 NA   NA
 3633332 3633331 LPC_2589 LPC_2588     TRUE 0.990 0.000 0.042 NA   NA
 3633330 3633329 LPC_2587 LPC_2586     FALSE 0.157 57.000 0.000 NA   NA
 3633329 3633328 LPC_2586 LPC_2585   hutG TRUE 0.950 13.000 0.016 NA   NA
 3633328 3633327 LPC_2585 LPC_2584 hutG   TRUE 0.794 -7.000 0.000 NA   NA
 3633326 3633325 LPC_2583 LPC_2582 yueD hutI TRUE 0.920 0.000 0.000 1.000   NA
 3633325 3633324 LPC_2582 LPC_2581 hutI yjeA FALSE 0.347 27.000 0.000 NA   NA
 3633324 3633323 LPC_2581 LPC_2580 yjeA   TRUE 0.991 0.000 0.051 NA   NA
 3633322 3633321 LPC_2579 LPC_2578     TRUE 0.900 -19.000 0.000 1.000 Y NA
 3633320 3633319 LPC_2577 LPC_2576     TRUE 0.601 15.000 0.000 NA   NA
 3633318 3633317 LPC_2575 LPC_2574     FALSE 0.097 89.000 0.000 NA   NA
 3633317 3633316 LPC_2574 LPC_2573   valS FALSE 0.178 122.000 0.000 1.000 N NA
 3633316 3633315 LPC_2573 LPC_2572 valS   FALSE 0.033 256.000 0.000 1.000 N NA
 3633315 3633314 LPC_2572 LPC_2571   acrA FALSE 0.452 258.000 0.600 0.082 N NA
 3633313 3633312 LPC_2570 LPC_2569     FALSE 0.133 66.000 0.000 NA   NA
 3633312 3633311 LPC_2569 LPC_2568     FALSE 0.077 125.000 0.000 NA   NA
 3633311 3633310 LPC_2568 LPC_2567   glyA TRUE 0.864 28.000 0.044 NA   NA
 3633310 3633309 LPC_2567 LPC_2566 glyA   TRUE 0.791 42.000 0.024 NA N NA
 3633309 3633308 LPC_2566 LPC_2565   nusB TRUE 0.808 58.000 0.012 NA Y NA
 3633308 3633307 LPC_2565 LPC_2564 nusB thiL TRUE 0.992 -7.000 0.225 1.000 N NA
 3633307 3633306 LPC_2564 LPC_2563 thiL pgpA TRUE 0.768 90.000 0.206 1.000 N NA
 3633306 3633305 LPC_2563 LPC_2562 pgpA   TRUE 0.982 0.000 0.005 NA   NA
 3633304 3633303 LPC_2561 LPC_2560     TRUE 0.903 10.000 0.000 0.012   NA
 3633300 3633299 LPC_2557 LPC_2556     FALSE 0.012 260.000 0.000 NA   NA
 3633299 3633298 LPC_2556 LPC_2555   dnaB FALSE 0.046 178.000 0.000 NA   NA
 3633298 3633297 LPC_2555 LPC_2554 dnaB   TRUE 0.991 2.000 0.025 1.000 N NA
 3633297 3633296 LPC_2554 LPC_2553     TRUE 0.875 73.000 0.154 1.000 Y NA
 3633296 3633295 LPC_2553 LPC_2552     FALSE 0.011 306.000 0.000 1.000   NA
 3633295 3633294 LPC_2552 LPC_2551     FALSE 0.005 344.000 0.000 NA   NA
 3633294 3633293 LPC_2551 LPC_2550     FALSE 0.082 112.000 0.000 NA   NA
 3633293 3633292 LPC_2550 LPC_2549     FALSE 0.450 20.000 0.000 NA   NA
 3633292 3633291 LPC_2549 LPC_2548   lipA FALSE 0.154 152.000 0.000 1.000 N NA
 3633290 3633289 LPC_2547 LPC_2546   iraB FALSE 0.009 402.000 0.000 1.000 N NA
 3633289 3633288 LPC_2546 LPC_2545 iraB iraA TRUE 0.921 39.000 0.500 1.000   NA
 3633287 3633286 LPC_2544 LPC_2543   hisF TRUE 0.983 0.000 0.006 NA   NA
 3633286 3633285 LPC_2543 LPC_2542 hisF hisH TRUE 0.996 -3.000 0.011 0.005 Y NA
 3633285 3633284 LPC_2542 LPC_2541 hisH neuA TRUE 0.829 13.000 0.000 1.000 N NA
 3633284 3633283 LPC_2541 LPC_2540 neuA neuB TRUE 0.997 -3.000 0.105 1.000 Y NA
 3633283 3633282 LPC_2540 LPC_2539 neuB neuC TRUE 0.999 0.000 0.549 1.000 Y NA
 3633282 3633281 LPC_2539 LPC_2538 neuC   TRUE 0.793 -10.000 0.000 1.000   NA
 3633281 3633280 LPC_2538 LPC_2537   yvfE TRUE 0.968 11.000 0.016 1.000   NA
 3633280 3633279 LPC_2537 LPC_2536 yvfE rmlC FALSE 0.430 90.000 0.000 1.000 Y NA
 3633279 3633278 LPC_2536 LPC_2535 rmlC rmlD TRUE 0.981 1.000 0.000 1.000 Y NA
 3633278 3633277 LPC_2535 LPC_2534 rmlD rmlB TRUE 0.913 -28.000 0.000 0.002 Y NA
 3633277 3633276 LPC_2534 LPC_2533 rmlB pgi FALSE 0.343 54.000 0.000 1.000 N NA
 3633276 3633275 LPC_2533 LPC_2532 pgi rmlA FALSE 0.150 155.000 0.000 1.000 N NA
 3633275 3633274 LPC_2532 LPC_2531 rmlA galE TRUE 0.897 21.000 0.000 0.002 Y NA
 3633274 3633273 LPC_2531 LPC_2530 galE wecA TRUE 0.990 -16.000 0.250 1.000 Y NA
 3633273 3633272 LPC_2530 LPC_2529 wecA   FALSE 0.081 115.000 0.000 NA   NA
 3633272 3633271 LPC_2529 LPC_2528     FALSE 0.047 177.000 0.000 NA   NA
 3633270 3633269 LPC_2527 LPC_2526     FALSE 0.049 175.000 0.000 NA   NA
 3633269 3633268 LPC_2526 LPC_2525     TRUE 0.726 11.000 0.000 NA   NA
 3633268 3633267 LPC_2525 LPC_2524     TRUE 0.720 -10.000 0.000 NA   NA
 3633266 3633265 LPC_2523 LPC_2522     FALSE 0.009 339.000 0.000 1.000   NA
 3633265 3633264 LPC_2522 LPC_2521     FALSE 0.020 233.000 0.000 NA   NA
 3633264 3633263 LPC_2521 LPC_2520   wzm FALSE 0.462 -34.000 0.000 NA   NA
 3633263 3633262 LPC_2520 LPC_2519 wzm wzt TRUE 0.986 -3.000 0.000 0.100 Y NA
 3633262 3633261 LPC_2519 LPC_2518 wzt   TRUE 0.803 6.000 0.000 NA   NA
 3633261 3633260 LPC_2518 LPC_2517   lag-1 FALSE 0.079 123.000 0.000 NA   NA
 3633259 3633258 LPC_2516 LPC_2515     TRUE 0.986 -6.000 0.065 NA   NA
 3633257 3633256 LPC_2514 LPC_2513   csrA FALSE 0.004 559.000 0.000 1.000   NA
 3633255 3633254 LPC_2510 LPC_2509   birA FALSE 0.140 163.000 0.000 1.000 N NA
 3633254 3633253 LPC_2509 LPC_2508 birA   TRUE 0.991 4.000 0.005 1.000 Y NA
 3633252 3633251 LPC_2507 LPC_2506 accA mesJ TRUE 0.990 -7.000 0.123 1.000 N NA
 3633251 3633250 LPC_2506 LPC_2505 mesJ   FALSE 0.017 264.000 0.000 1.000   NA
 3633250 3633249 LPC_2505 LPC_2504     FALSE 0.024 244.000 0.000 1.000   NA
 3633249 3633248 LPC_2504 LPC_2503     TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3633246 3633245 LPC_2500 LPC_2499 mip ampG FALSE 0.463 166.000 0.039 1.000   NA
 3633242 3633241 LPC_2496 LPC_2495 nadA nadB TRUE 0.917 75.000 0.210 0.004 Y NA
 3633241 3633240 LPC_2495 LPC_2494 nadB purB TRUE 0.983 -3.000 0.002 1.000 N NA
 3633238 3633237 LPC_2492 LPC_2491     FALSE 0.051 229.000 0.000 1.000 N NA
 3633236 3633235 LPC_2490 LPC_2489     FALSE 0.042 242.000 0.000 1.000 N NA
 3633235 3633234 LPC_2489 LPC_2488   nadC TRUE 0.984 -3.000 0.002 1.000 N NA
 3633234 3633233 LPC_2488 LPC_2487 nadC murG TRUE 0.984 -3.000 0.002 1.000 N NA
 3633233 3633232 LPC_2487 LPC_2486 murG   TRUE 0.905 -25.000 0.004 1.000 N NA
 3633232 3633231 LPC_2486 LPC_2485     TRUE 0.482 92.000 0.008 1.000   NA
 3633231 3633230 LPC_2485 LPC_2484     FALSE 0.154 217.000 0.003 1.000   NA
 3633230 3633229 LPC_2484 LPC_2483   mreC TRUE 0.983 -22.000 0.689 1.000 N NA
 3633229 3633228 LPC_2483 LPC_2482 mreC mreD TRUE 0.999 -3.000 0.550 0.003 Y NA
 3633226 3633225 LPC_2480 LPC_2479   icd FALSE 0.082 113.000 0.000 NA   NA
 3633225 3633224 LPC_2479 LPC_2478 icd clpS FALSE 0.033 402.000 0.013 NA   NA
 3633224 3633223 LPC_2478 LPC_2477 clpS clpA TRUE 0.937 32.000 0.596 NA   NA
 3633223 3633222 LPC_2477 LPC_2476 clpA   FALSE 0.055 224.000 0.000 1.000 N NA
 3633222 3633221 LPC_2476 LPC_2475     TRUE 0.887 18.000 0.007 NA   NA
 3633220 3633219 LPC_2474 LPC_2473     FALSE 0.341 170.000 0.013 NA   NA
 3633219 3633218 LPC_2473 LPC_2472     TRUE 0.915 -3.000 0.000 1.000   NA
 3633218 3633217 LPC_2472 LPC_2470   xseA TRUE 0.983 9.000 0.032 1.000 N NA
 3633216 3633215 LPC_2469 LPC_2468     FALSE 0.294 32.000 0.000 NA   NA
 3633215 3633214 LPC_2468 LPC_2467     TRUE 0.574 16.000 0.000 NA   NA
 3633214 3633213 LPC_2467 LPC_2466     FALSE 0.104 136.000 0.000 1.000   NA
 3633213 3633212 LPC_2466 LPC_2465     TRUE 0.613 -22.000 0.000 1.000   NA
 3633209 3633208 LPC_2462 LPC_2461 trpC trpD TRUE 0.996 -7.000 0.293 1.000 Y NA
 3633208 3633207 LPC_2461 LPC_2460 trpD trpG TRUE 0.980 -22.000 0.105 1.000 Y NA
 3633207 3633206 LPC_2460 LPC_2459 trpG   FALSE 0.366 34.000 0.000 1.000   NA
 3633206 3633205 LPC_2459 LPC_2458     TRUE 0.996 -3.000 0.543 NA   NA
 3633205 3633204 LPC_2458 LPC_2457     TRUE 0.820 71.000 0.459 NA   NA
 3633204 3633203 LPC_2457 LPC_2456     TRUE 0.996 -3.000 0.617 NA   NA
 3633203 3633202 LPC_2456 LPC_2455   kdsD TRUE 0.985 14.000 0.598 1.000   NA
 3633201 3633200 LPC_2454 LPC_2453 ttg2A ttg2B TRUE 0.997 -7.000 0.530 NA Y NA
 3633200 3633199 LPC_2453 LPC_2452 ttg2B ttg2C TRUE 0.996 1.000 0.562 NA   NA
 3633199 3633198 LPC_2452 LPC_2451 ttg2C ttg2D TRUE 0.984 8.000 0.091 NA   NA
 3633198 3633197 LPC_2451 LPC_2450 ttg2D rsbV TRUE 0.996 3.000 0.353 NA N NA
 3633197 3633196 LPC_2450 LPC_2449 rsbV yrbA FALSE 0.128 386.000 0.067 NA Y NA
 3633196 3633195 LPC_2449 LPC_2448 yrbA murA TRUE 0.992 -7.000 0.258 NA N NA
 3633195 3633194 LPC_2448 LPC_2447 murA   TRUE 0.982 -3.000 0.007 NA   NA
 3633193 3633192 LPC_2446 LPC_2445     TRUE 0.997 -3.000 0.400 1.000 N NA
 3633192 3633191 LPC_2445 LPC_2444     TRUE 0.999 0.000 0.400 0.080 Y NA
 3633190 3633189 LPC_2443 LPC_2442   fleQ FALSE 0.280 196.000 0.022 NA   NA
 3633188 3633187 LPC_2441 LPC_2440   sohB FALSE 0.023 223.000 0.000 NA   NA
 3633186 3633185 LPC_2439 LPC_2438 ccmA ccmB TRUE 0.999 -3.000 0.503 0.003 Y NA
 3633185 3633184 LPC_2438 LPC_2437 ccmB ccmC TRUE 0.703 237.000 0.501 0.001 Y NA
 3633184 3633183 LPC_2437 LPC_2436 ccmC ccmD TRUE 0.983 -16.000 0.501 1.000   NA
 3633183 3633182 LPC_2436 LPC_2435 ccmD ccmE TRUE 0.993 6.000 0.344 1.000   NA
 3633182 3633181 LPC_2435 LPC_2433 ccmE ccmF TRUE 0.996 -3.000 0.005 0.003 Y NA
 3633181 3633180 LPC_2433 LPC_2432 ccmF ccmG TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.003 Y NA
 3633180 3633179 LPC_2432 LPC_2431 ccmG ccmH TRUE 0.998 0.000 0.375 NA Y NA
 3633179 3633178 LPC_2431 LPC_2430 ccmH cycH TRUE 0.991 -7.000 0.030 NA Y NA
 3633178 3633177 LPC_2430 LPC_2429 cycH   TRUE 0.720 -10.000 0.000 NA   NA
 3633177 3633176 LPC_2429 LPC_2428     FALSE 0.161 56.000 0.000 NA   NA
 3633175 3633174 LPC_2427 LPC_2426   recQ TRUE 0.985 10.000 0.005 1.000 Y NA
 3633173 3633172 LPC_2425 LPC_2424 acdA   TRUE 0.969 17.000 0.013 1.000 Y NA
 3633172 3633171 LPC_2424 LPC_2423     TRUE 0.996 3.000 0.020 0.072 Y NA
 3633170 3633169 LPC_2422 LPC_2421     FALSE 0.012 260.000 0.000 NA   NA
 3633167 3633166 LPC_2419 LPC_2418   pntB FALSE 0.072 135.000 0.000 NA   NA
 3633166 3633165 LPC_2418 LPC_2417 pntB pnaB TRUE 0.940 24.000 0.058 0.001   NA
 3633165 3633164 LPC_2417 LPC_2416 pnaB pntA TRUE 0.996 -7.000 0.829 0.001   NA
 3633164 3633163 LPC_2416 LPC_2415 pntA   FALSE 0.006 394.000 0.000 1.000   NA
 3633163 3633162 LPC_2415 LPC_2414     FALSE 0.014 255.000 0.000 NA   NA
 3633160 3633159 LPC_2412 LPC_2411     FALSE 0.050 173.000 0.000 NA   NA
 3633158 3633157 LPC_2410 LPC_2409     FALSE 0.079 122.000 0.000 NA   NA
 3633157 3633156 LPC_2409 LPC_2408     TRUE 0.828 87.000 1.000 NA   NA
 3633156 3633155 LPC_2408 LPC_2407     FALSE 0.006 516.000 0.000 1.000 N NA
 3633154 3633153 LPC_2406 LPC_2405 dapE dapD TRUE 0.996 -7.000 0.109 0.002 Y NA
 3633153 3633152 LPC_2405 LPC_2404 dapD   TRUE 0.930 4.000 0.000 1.000 N NA
 3633152 3633151 LPC_2404 LPC_2403   metC FALSE 0.274 67.000 0.000 1.000 N NA
 3633150 3633149 LPC_2402 LPC_2401     FALSE 0.020 302.000 0.000 1.000 N NA
 3633149 3633148 LPC_2401 LPC_2400     FALSE 0.025 218.000 0.000 NA   NA
 3633148 3633147 LPC_2400 LPC_2399     TRUE 0.909 -43.000 0.039 NA   NA
 3633147 3633146 LPC_2399 LPC_2398     FALSE 0.005 350.000 0.000 NA   NA
 3633146 3633145 LPC_2398 LPC_2397     TRUE 0.803 6.000 0.000 NA   NA
 3633144 3633143 LPC_2396 LPC_2395     FALSE 0.011 273.000 0.000 NA   NA
 3633143 3633142 LPC_2395 LPC_2394   mutY FALSE 0.018 239.000 0.000 NA   NA
 3633142 3633141 LPC_2394 LPC_2393 mutY   TRUE 0.988 -3.000 0.033 NA   NA
 3633140 3633139 LPC_2392 LPC_2391     TRUE 0.726 11.000 0.000 NA   NA
 3633139 3633138 LPC_2391 LPC_2390     FALSE 0.161 56.000 0.000 NA   NA
 3633138 3633137 LPC_2390 LPC_2389     TRUE 0.515 -22.000 0.000 NA   NA
 3633137 3633136 LPC_2389 LPC_2388   degP TRUE 0.556 -19.000 0.000 NA   NA
 3633136 3633135 LPC_2388 LPC_2387 degP   FALSE 0.179 120.000 0.000 1.000 N NA
 3633135 3633134 LPC_2387 LPC_2386     FALSE 0.219 209.000 0.000 0.072 Y NA
 3633133 3633132 LPC_2385 LPC_2384   flgM TRUE 0.954 17.000 0.019 0.003   NA
 3633132 3633131 LPC_2384 LPC_2383 flgM flgA FALSE 0.093 91.000 0.000 NA   NA
 3633130 3633129 LPC_2382 LPC_2381 cyc5 enhA TRUE 0.607 77.000 0.035 NA   NA
 3633129 3633128 LPC_2381 LPC_2380 enhA baf FALSE 0.011 269.000 0.000 NA   NA
 3633126 3633125 LPC_2378 LPC_2377 mraZ mraW TRUE 0.988 12.000 0.635 NA   NA
 3633125 3633124 LPC_2377 LPC_2376 mraW ftsL TRUE 0.996 -3.000 0.227 1.000 N NA
 3633124 3633123 LPC_2376 LPC_2375 ftsL ftsI FALSE 0.104 382.000 0.153 1.000 N NA
 3633123 3633122 LPC_2375 LPC_2374 ftsI murE TRUE 0.966 22.000 0.073 1.000 Y NA
 3633121 3633120 LPC_2373 LPC_2372 pdxB   TRUE 0.983 -3.000 0.004 1.000   NA
 3633119 3633118 LPC_2371 LPC_2370     TRUE 0.805 40.000 0.038 1.000   NA
 3633118 3633117 LPC_2370 LPC_2369   etfB FALSE 0.005 406.000 0.000 1.000   NA
 3633117 3633116 LPC_2369 LPC_2368 etfB etfA TRUE 0.992 14.000 0.167 0.012 Y NA
 3633116 3633115 LPC_2368 LPC_2367 etfA ald TRUE 0.972 12.000 0.006 0.042 N NA
 3633114 3633113 LPC_2366 LPC_2365 ponA   FALSE 0.067 152.000 0.000 NA   NA
 3633112 3633111 LPC_2364 LPC_2363   pilM FALSE 0.081 115.000 0.000 NA   NA
 3633111 3633110 LPC_2363 LPC_2362 pilM pilN TRUE 0.998 4.000 0.616 NA Y NA
 3633110 3633109 LPC_2362 LPC_2361 pilN pilO TRUE 0.993 14.000 0.770 NA Y NA
 3633109 3633108 LPC_2361 LPC_2360 pilO pilP TRUE 0.998 -3.000 0.680 NA Y NA
 3633108 3633107 LPC_2360 LPC_2359 pilP pilQ TRUE 0.998 4.000 0.668 NA Y NA
 3633107 3633106 LPC_2359 LPC_2358 pilQ aroK FALSE 0.104 447.000 0.319 1.000 N NA
 3633106 3633105 LPC_2358 LPC_2357 aroK aroB TRUE 0.991 -13.000 0.208 1.000 Y NA
 3633105 3633104 LPC_2357 LPC_2356 aroB   TRUE 0.987 -3.000 0.023 NA   NA
 3633104 3633103 LPC_2356 LPC_2355   uspA FALSE 0.083 109.000 0.000 NA   NA
 3633103 3633102 LPC_2355 LPC_2354 uspA ribF TRUE 0.515 124.000 0.009 1.000 N NA
 3633102 3633101 LPC_2354 LPC_2353 ribF ileS TRUE 0.758 113.000 0.254 1.000 N NA
 3633101 3633100 LPC_2353 LPC_2352 ileS lspA TRUE 0.995 -3.000 0.147 1.000 N NA
 3633097 3633096 LPC_2349 LPC_2348 lidA   FALSE 0.017 242.000 0.000 NA   NA
 3633095 3633094 LPC_2347 LPC_2346 era recO TRUE 0.980 -10.000 0.109 1.000   NA
 3633093 3633092 LPC_2345 LPC_2344     FALSE 0.062 162.000 0.000 NA   NA
 3633091 3633090 LPC_2343 LPC_2342 pdxJ korA TRUE 0.947 -13.000 0.004 1.000 N NA
 3633090 3633089 LPC_2342 LPC_2341 korA korB TRUE 0.996 -16.000 0.832 0.001 Y NA
 3633089 3633088 LPC_2341 LPC_2340 korB   FALSE 0.002 544.000 0.000 NA   NA
 3633088 3633087 LPC_2340 LPC_2339     TRUE 0.752 -9.000 0.000 NA   NA
 3633085 3633084 LPC_2337 LPC_2336 nitA tldD TRUE 0.983 12.000 0.259 NA   NA
 3633084 3633083 LPC_2336 LPC_2335 tldD ychK FALSE 0.396 121.000 0.007 NA   NA
 3633083 3633082 LPC_2335 LPC_2334 ychK   FALSE 0.443 27.000 0.000 1.000   NA
 3633081 3633080 LPC_2333 LPC_2332 mfd   FALSE 0.113 77.000 0.000 NA   NA
 3633080 3633079 LPC_2332 LPC_2331     TRUE 0.972 4.000 0.004 NA   NA
 3633079 3633078 LPC_2331 LPC_2330     TRUE 0.997 -3.000 0.846 NA   NA
 3633077 3633076 LPC_2329 LPC_2328 lig hbpA FALSE 0.419 120.000 0.002 1.000 N NA
 3633076 3633075 LPC_2328 LPC_2327 hbpA   TRUE 0.999 -3.000 0.619 0.036 Y NA
 3633075 3633074 LPC_2327 LPC_2326     TRUE 0.988 24.000 0.738 0.036 Y NA
 3633074 3633073 LPC_2326 LPC_2325   dnaE FALSE 0.251 75.000 0.000 1.000 N NA
 3633071 3633070 LPC_2323 LPC_2322   lphB TRUE 0.885 0.000 0.000 NA   NA
 3633070 3633069 LPC_2322 LPC_2321 lphB capD FALSE 0.167 55.000 0.000 NA   NA
 3633068 3633067 LPC_2320 LPC_2319     FALSE 0.004 409.000 0.000 NA   NA
 3633064 3633063 LPC_2316 LPC_2315     TRUE 0.538 17.000 0.000 NA   NA
 3633063 3633062 LPC_2315 LPC_2314     FALSE 0.003 472.000 0.000 NA   NA
 3633062 3633061 LPC_2314 LPC_2313     FALSE 0.122 72.000 0.000 NA   NA
 3633060 3633059 LPC_2312 LPC_2311     FALSE 0.071 140.000 0.000 NA   NA
 3633059 3633058 LPC_2311 LPC_2310     FALSE 0.133 66.000 0.000 NA   NA
 3633058 3633057 LPC_2310 LPC_2309     FALSE 0.086 101.000 0.000 NA   NA
 3633055 3633054 LPC_2307 LPC_2306     TRUE 0.794 -7.000 0.000 NA   NA
 3633052 3633051 LPC_2304 LPC_2303     FALSE 0.002 633.000 0.000 NA   NA
 3633051 3633050 LPC_2303 LPC_2302     TRUE 0.874 2.000 0.000 NA   NA
 3633050 3633049 LPC_2302 LPC_2301     FALSE 0.473 19.000 0.000 NA   NA
 3633049 3633048 LPC_2301 LPC_2300     TRUE 0.915 -3.000 0.000 1.000   NA
 3633048 3633047 LPC_2300 LPC_2299     TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3633047 3633046 LPC_2299 LPC_2298     TRUE 0.822 5.000 0.000 NA   NA
 3633046 3633045 LPC_2298 LPC_2297     TRUE 0.915 -3.000 0.000 1.000   NA
 3633045 3633044 LPC_2297 LPC_2296     FALSE 0.109 79.000 0.000 NA   NA
 3633044 3633043 LPC_2296 LPC_2295     TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3633041 3633040 LPC_2293 LPC_2292     TRUE 0.861 3.000 0.000 NA   NA
 3633040 3633039 LPC_2292 LPC_2291     TRUE 0.751 10.000 0.000 NA   NA
 3633039 3633038 LPC_2291 LPC_2290     TRUE 0.794 -7.000 0.000 NA   NA
 3633038 3633037 LPC_2290 LPC_2289     TRUE 0.751 10.000 0.000 NA   NA
 3633037 3633036 LPC_2289 LPC_2288     FALSE 0.446 -43.000 0.000 NA   NA
 3633036 3633035 LPC_2288 LPC_2287     TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3633035 3633034 LPC_2287 LPC_2286     TRUE 0.654 -13.000 0.000 NA   NA
 3633034 3633033 LPC_2286 LPC_2285     TRUE 0.794 -7.000 0.000 NA   NA
 3633033 3633032 LPC_2285 LPC_2284     TRUE 0.697 12.000 0.000 NA   NA
 3633032 3633031 LPC_2284 LPC_2283     TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3633031 3633030 LPC_2283 LPC_2282     TRUE 0.885 0.000 0.000 NA   NA
 3633030 3633029 LPC_2282 LPC_2281     TRUE 0.751 10.000 0.000 NA   NA
 3633029 3633028 LPC_2281 LPC_2280     TRUE 0.752 -9.000 0.000 NA   NA
 3633028 3633027 LPC_2280 LPC_2279     TRUE 0.885 0.000 0.000 NA   NA
 3633027 3633026 LPC_2279 LPC_2278     TRUE 0.794 -7.000 0.000 NA   NA
 3633026 3633025 LPC_2278 LPC_2277     TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3633025 3633024 LPC_2277 LPC_2276   csrA-2 TRUE 0.773 9.000 0.000 NA   NA
 3633024 3633023 LPC_2276 LPC_2275 csrA-2   TRUE 0.826 -6.000 0.000 NA   NA
 3633023 3633022 LPC_2275 LPC_2274   lvrA TRUE 0.538 17.000 0.000 NA   NA
 3633019 3633018 LPC_2271 LPC_2270 helC   TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 3633018 3633017 LPC_2270 LPC_2269     TRUE 0.995 10.000 1.000 1.000 N NA
 3633017 3633016 LPC_2269 LPC_2268     TRUE 0.554 77.000 0.000 0.075 Y NA
 3633016 3633015 LPC_2268 LPC_2267     FALSE 0.013 256.000 0.000 NA   NA
 3633015 3633014 LPC_2267 LPC_2266     TRUE 0.601 15.000 0.000 NA   NA
 3633014 3633013 LPC_2266 LPC_2265     FALSE 0.400 23.000 0.000 NA   NA
 3633013 3633012 LPC_2265 LPC_2264     TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3633012 3633011 LPC_2264 LPC_2263   ctpA FALSE 0.108 80.000 0.000 NA   NA
 3633011 3633010 LPC_2263 LPC_2262 ctpA cebC TRUE 0.826 -13.000 0.000 1.000 N NA
 3633010 3633009 LPC_2262 LPC_2261 cebC cebB TRUE 0.997 -3.000 0.071 1.000 Y NA
 3633009 3633008 LPC_2261 LPC_2260 cebB cebA TRUE 0.828 79.000 0.333 1.000 N NA
 3633008 3633007 LPC_2260 LPC_2258 cebA   TRUE 0.915 -3.000 0.000 1.000   NA
 3633007 3633006 LPC_2258 LPC_2257   deoA TRUE 0.915 -3.000 0.000 1.000   NA
 3633006 3633005 LPC_2257 LPC_2256 deoA   TRUE 0.998 -3.000 0.412 1.000 Y NA
 3633005 3633004 LPC_2256 LPC_2255     FALSE 0.279 34.000 0.000 NA   NA
 3633004 3633003 LPC_2255 LPC_2254   copA1 FALSE 0.141 62.000 0.000 NA   NA
 3633003 3633002 LPC_2254 LPC_2253 copA1 yegE FALSE 0.186 108.000 0.000 1.000 N NA
 3633002 3633001 LPC_2253 LPC_2252 yegE   FALSE 0.053 170.000 0.000 NA   NA
 3633001 3633000 LPC_2252 LPC_2251   cecC FALSE 0.227 40.000 0.000 NA   NA
 3633000 3632999 LPC_2251 LPC_2250 cecC cecB TRUE 0.948 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3632999 3632998 LPC_2250 LPC_2249 cecB   TRUE 0.948 1.000 0.000 1.000 N NA
 3632998 3632997 LPC_2249 LPC_2248     TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3632997 3632996 LPC_2248 LPC_2247     FALSE 0.010 281.000 0.000 NA   NA
 3632995 3632994 LPC_2246 LPC_2245     FALSE 0.003 467.000 0.000 NA   NA
 3632994 3632993 LPC_2245 LPC_2244     TRUE 0.977 -19.000 0.500 NA   NA
 3632993 3632992 LPC_2244 LPC_2243     FALSE 0.031 203.000 0.000 NA   NA
 3632992 3632991 LPC_2243 LPC_2242     TRUE 0.948 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3632991 3632990 LPC_2242 LPC_2241     TRUE 0.981 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3632990 3632989 LPC_2241 LPC_2240     FALSE 0.003 425.000 0.000 NA   NA
 3632987 3632986 LPC_2238 LPC_2237     FALSE 0.213 42.000 0.000 NA   NA
 3632985 3632984 LPC_2236 LPC_2235   copA2 TRUE 0.938 27.000 0.333 NA   NA
 3632984 3632983 LPC_2235 LPC_2234 copA2   FALSE 0.141 190.000 0.000 0.036 N NA
 3632981 3632980 LPC_2232 LPC_2231     TRUE 0.791 7.000 0.000 NA   NA
 3632980 3632979 LPC_2231 LPC_2230     TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3632978 3632977 LPC_2229 LPC_2228     TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3632977 3632976 LPC_2228 LPC_2227     TRUE 0.885 0.000 0.000 NA   NA
 3632976 3632975 LPC_2227 LPC_2226   atpG FALSE 0.162 214.000 0.000 1.000 Y NA
 3632975 3632974 LPC_2226 LPC_2225 atpG   TRUE 0.953 57.000 0.455 0.007 Y NA
 3632974 3632973 LPC_2225 LPC_2224     TRUE 0.996 -13.000 0.697 0.007 Y NA
 3632973 3632972 LPC_2224 LPC_2223     TRUE 0.998 6.000 0.727 0.007 Y NA
 3632972 3632971 LPC_2223 LPC_2222     TRUE 0.999 -3.000 0.818 0.007 Y NA
 3632971 3632970 LPC_2222 LPC_2221     TRUE 0.992 3.000 0.151 NA   NA
 3632970 3632969 LPC_2221 LPC_2220     TRUE 0.990 -10.000 0.671 NA   NA
 3632969 3632968 LPC_2220 LPC_2219   atpD TRUE 0.995 9.000 0.071 0.007 Y NA
 3632968 3632967 LPC_2219 LPC_2218 atpD   FALSE 0.006 339.000 0.000 NA   NA
 3632967 3632966 LPC_2218 LPC_2217     FALSE 0.084 104.000 0.000 NA   NA
 3632964 3632963 LPC_2215 LPC_2214 phaB   FALSE 0.259 72.000 0.000 1.000 N NA
 3632963 3632962 LPC_2214 LPC_2213     FALSE 0.090 94.000 0.000 NA   NA
 3632960 3632959 LPC_2211 LPC_2210 proP6   TRUE 0.873 5.000 0.000 1.000   NA
 3632959 3632958 LPC_2210 LPC_2209     TRUE 0.598 -16.000 0.000 NA   NA
 3632958 3632957 LPC_2209 LPC_2208     TRUE 0.720 -10.000 0.000 NA   NA
 3632956 3632955 LPC_2207 LPC_2206     TRUE 0.697 12.000 0.000 NA   NA
 3632954 3632953 LPC_2205 LPC_2204   int FALSE 0.228 66.000 0.000 NA N NA
 3632952 3632951 LPC_2203 LPC_2202     FALSE 0.010 280.000 0.000 NA   NA
 3632950 3632949 LPC_2201 LPC_2200     FALSE 0.004 377.000 0.000 NA   NA
 3632949 3632948 LPC_2200 LPC_2198     FALSE 0.002 2526.000 0.000 NA   NA
 3632946 3632945 LPC_2195 LPC_2194     FALSE 0.113 77.000 0.000 NA   NA
 3632944 3632943 LPC_2193 LPC_2192     FALSE 0.068 151.000 0.000 NA   NA
 3632943 3632942 LPC_2192 LPC_2191     TRUE 0.990 4.000 0.136 NA   NA
 3632941 3632940 LPC_2190 LPC_2189     FALSE 0.130 255.000 0.000 0.007 Y NA
 3632938 3632937 LPC_2187 LPC_2186     FALSE 0.061 163.000 0.000 NA   NA
 3632937 3632936 LPC_2186 LPC_2185     TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3632936 3632935 LPC_2185 LPC_2184     TRUE 0.654 -13.000 0.000 NA   NA
 3632935 3632934 LPC_2184 LPC_2183     FALSE 0.005 366.000 0.000 NA   NA
 3632934 3632933 LPC_2183 LPC_2182     TRUE 0.826 -6.000 0.000 NA   NA
 3632933 3632932 LPC_2182 LPC_2181     FALSE 0.462 -34.000 0.000 NA   NA
 3632932 3632931 LPC_2181 LPC_2180     FALSE 0.109 79.000 0.000 NA   NA
 3632930 3632929 LPC_2179 LPC_2178     FALSE 0.083 108.000 0.000 NA   NA
 3632929 3632928 LPC_2178 LPC_2177     TRUE 0.794 -7.000 0.000 NA   NA
 3632928 3632927 LPC_2177 LPC_2175     FALSE 0.002 1419.000 0.000 NA   NA
 3632927 3632926 LPC_2175 LPC_2174     TRUE 0.752 -9.000 0.000 NA   NA
 3632926 3632925 LPC_2174 LPC_2173     FALSE 0.004 387.000 0.000 NA   NA
 3632925 3632924 LPC_2173 LPC_2172     FALSE 0.010 316.000 0.000 1.000   NA
 3632924 3632923 LPC_2172 LPC_2171     FALSE 0.118 113.000 0.000 1.000   NA
 3632923 3632922 LPC_2171 LPC_2170     FALSE 0.297 41.000 0.000 1.000   NA
 3632922 3632921 LPC_2170 LPC_2169     FALSE 0.002 644.000 0.000 NA   NA
 3632920 3632919 LPC_2168 LPC_2167     TRUE 0.904 22.000 0.048 NA   NA
 3632918 3632917 LPC_2166 LPC_2164     FALSE 0.030 1237.000 0.075 NA   NA
 3632917 3632916 LPC_2164 LPC_2163     FALSE 0.089 96.000 0.000 NA   NA
 3632916 3632915 LPC_2163 LPC_2162     FALSE 0.006 701.000 0.000 0.069   NA
 3632915 3632914 LPC_2162 LPC_2161     FALSE 0.080 120.000 0.000 NA   NA
 3632914 3632913 LPC_2161 LPC_2160     FALSE 0.069 148.000 0.000 NA   NA
 3632913 3632912 LPC_2160 LPC_2159     FALSE 0.079 123.000 0.000 NA   NA
 3632912 3632911 LPC_2159 LPC_2158     FALSE 0.003 500.000 0.000 NA   NA
 3632911 3632910 LPC_2158 LPC_2157     FALSE 0.016 244.000 0.000 NA   NA
 3632909 3632908 LPC_2156 LPC_2155     TRUE 0.962 48.000 0.462 0.045 Y NA
 3632902 3632901 LPC_2149 LPC_2148     FALSE 0.006 332.000 0.000 NA   NA
 3632901 3632900 LPC_2148 LPC_2147     FALSE 0.035 195.000 0.000 NA   NA
 3632900 3632899 LPC_2147 LPC_2146     FALSE 0.060 186.000 0.000 1.000   NA
 3632899 3632898 LPC_2146 LPC_2145     FALSE 0.017 241.000 0.000 NA   NA
 3632898 3632897 LPC_2145 LPC_2144     FALSE 0.009 293.000 0.000 NA   NA
 3632895 3632894 LPC_2141 LPC_2140     FALSE 0.026 216.000 0.000 NA   NA
 3632894 3632893 LPC_2140 LPC_2139     FALSE 0.004 372.000 0.000 NA   NA
 3632893 3632892 LPC_2139 LPC_2138     TRUE 0.836 9.000 0.000 1.000   NA
 3632892 3632891 LPC_2138 LPC_2137   kaiC2 TRUE 0.873 5.000 0.000 1.000   NA
 3632891 3631357 LPC_2137 LPC_0573 kaiC2   FALSE 0.155 151.000 0.000 1.000 N NA
 3631359 3631360 LPC_0575 LPC_0576 paiA   FALSE 0.131 92.000 0.000 1.000   NA
 3631361 3631362 LPC_0577 LPC_0578 map   FALSE 0.034 198.000 0.000 NA   NA
 3631365 3631366 LPC_0581 LPC_0582 artJ   FALSE 0.019 236.000 0.000 NA   NA
 3631367 3631368 LPC_0583 LPC_0584     FALSE 0.110 184.000 0.000 0.046   NA
 3631368 3631369 LPC_0584 LPC_0585     FALSE 0.019 260.000 0.000 1.000   NA
 3631369 3631370 LPC_0585 LPC_0586     FALSE 0.243 38.000 0.000 NA   NA
 3631370 3631371 LPC_0586 LPC_0587     FALSE 0.473 19.000 0.000 NA   NA
 3631371 3631372 LPC_0587 LPC_0588     TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3631372 3631373 LPC_0588 LPC_0589     FALSE 0.051 172.000 0.000 NA   NA
 3631374 3631375 LPC_0591 LPC_0592   ladC FALSE 0.100 147.000 0.000 1.000   NA
 3631375 3631376 LPC_0592 LPC_0593 ladC   FALSE 0.059 165.000 0.000 NA   NA
 3631376 3631377 LPC_0593 LPC_0594   cfa FALSE 0.059 165.000 0.000 NA   NA
 3631377 3631378 LPC_0594 LPC_0595 cfa   FALSE 0.172 54.000 0.000 NA   NA
 3631378 3631379 LPC_0595 LPC_0596     FALSE 0.127 69.000 0.000 NA   NA
 3631379 3631380 LPC_0596 LPC_0597     TRUE 0.697 12.000 0.000 NA   NA
 3631380 3631381 LPC_0597 LPC_0598     TRUE 0.613 -22.000 0.000 1.000   NA
 3631383 3631384 LPC_0600 LPC_0601     FALSE 0.022 225.000 0.000 NA   NA
 3631384 3631385 LPC_0601 LPC_0602   potD FALSE 0.010 281.000 0.000 NA   NA
 3631385 3631386 LPC_0602 LPC_0603 potD potC TRUE 0.996 -3.000 0.010 0.035 Y NA
 3631386 3631387 LPC_0603 LPC_0604 potC potB TRUE 0.998 -3.000 0.286 0.035 Y NA
 3631387 3631388 LPC_0604 LPC_0605 potB potA TRUE 0.996 -10.000 0.789 1.000 Y NA
 3631388 3631389 LPC_0605 LPC_0606 potA   FALSE 0.033 224.000 0.000 1.000   NA
 3631389 3631390 LPC_0606 LPC_0607     FALSE 0.005 349.000 0.000 NA   NA
 3631391 3631392 LPC_0608 LPC_0609     FALSE 0.074 130.000 0.000 NA   NA
 3631392 3631393 LPC_0609 LPC_0610     FALSE 0.201 61.000 0.000 1.000   NA
 3631393 3631394 LPC_0610 LPC_0611     FALSE 0.007 318.000 0.000 NA   NA
 3631394 3631395 LPC_0611 LPC_0612     FALSE 0.046 178.000 0.000 NA   NA
 3631398 3631399 LPC_0615 LPC_0616     FALSE 0.365 26.000 0.000 NA   NA
 3631400 3631401 LPC_0617 LPC_0618     FALSE 0.018 240.000 0.000 NA   NA
 3631403 3631404 LPC_0620 LPC_0621     FALSE 0.068 150.000 0.000 NA   NA
 3631404 3631405 LPC_0621 LPC_0622     FALSE 0.021 229.000 0.000 NA   NA
 3631405 3631406 LPC_0622 LPC_0623     FALSE 0.388 24.000 0.000 NA   NA
 3631409 3631410 LPC_0626 LPC_0627     FALSE 0.003 413.000 0.000 NA   NA
 3631411 3631412 LPC_0628 LPC_0629   argE TRUE 0.853 12.000 0.000 1.000 N NA
 3631412 3631413 LPC_0629 LPC_0630 argE udk FALSE 0.012 356.000 0.000 1.000 N NA
 3631419 3631420 LPC_0636 LPC_0637     FALSE 0.150 59.000 0.000 NA   NA
 3631420 3631421 LPC_0637 LPC_0638   lidL FALSE 0.059 165.000 0.000 NA   NA
 3631421 3631422 LPC_0638 LPC_0639 lidL pilS FALSE 0.125 99.000 0.000 1.000   NA
 3631422 3631423 LPC_0639 LPC_0640 pilS pilR TRUE 0.999 -3.000 0.556 0.035 Y NA
 3631423 3631424 LPC_0640 LPC_0641 pilR   FALSE 0.003 429.000 0.000 NA   NA
 3631426 3631427 LPC_0643 LPC_0645 ribD ribE TRUE 0.993 -15.000 0.456 1.000 Y NA
 3631427 3631428 LPC_0645 LPC_0646 ribE ribA TRUE 0.994 -3.000 0.009 1.000 Y NA
 3631428 3631429 LPC_0646 LPC_0647 ribA ribH TRUE 0.992 8.000 0.008 0.002 Y NA
 3631429 3631430 LPC_0647 LPC_0648 ribH pyrG FALSE 0.172 126.000 0.000 1.000 N NA
 3631430 3631431 LPC_0648 LPC_0649 pyrG kdsA TRUE 0.995 -3.000 0.138 1.000 N NA
 3631431 3631432 LPC_0649 LPC_0650 kdsA   FALSE 0.030 205.000 0.000 NA   NA
 3631432 3631433 LPC_0650 LPC_0651     FALSE 0.092 92.000 0.000 NA   NA
 3631436 3631437 LPC_0654 LPC_0655 rdgC   TRUE 0.741 118.000 0.222 1.000 N NA
 3631437 3631438 LPC_0655 LPC_0656     TRUE 0.791 7.000 0.000 NA   NA
 3631439 3631440 LPC_0657 LPC_0658     FALSE 0.110 126.000 0.000 1.000   NA
 3631440 3631441 LPC_0658 LPC_0659     FALSE 0.071 141.000 0.000 NA   NA
 3631442 3631443 LPC_0660 LPC_0661 hisI hisF TRUE 0.999 -3.000 0.430 0.005 Y NA
 3631443 3631444 LPC_0661 LPC_0662 hisF hisA TRUE 0.998 -6.000 0.433 0.005 Y NA
 3631444 3631445 LPC_0662 LPC_0663 hisA hisH TRUE 0.997 -6.000 0.210 0.005 Y NA
 3631445 3631446 LPC_0663 LPC_0664 hisH hisB TRUE 0.998 -3.000 0.128 0.005 Y NA
 3631446 3631447 LPC_0664 LPC_0665 hisB hisC TRUE 0.991 -22.000 0.341 0.005 Y NA
 3631447 3631448 LPC_0665 LPC_0666 hisC hisD TRUE 0.999 1.000 0.294 0.005 Y NA
 3631448 3631449 LPC_0666 LPC_0667 hisD hisG TRUE 0.997 6.000 0.171 0.005 Y NA
 3631449 3631450 LPC_0667 LPC_0668 hisG   TRUE 0.987 -3.000 0.013 1.000   NA
 3631451 3631452 LPC_0669 LPC_0670   cydA TRUE 0.984 5.000 0.049 NA   NA
 3631452 3631453 LPC_0670 LPC_0671 cydA cydB TRUE 0.995 16.000 0.953 0.039 Y NA
 3631455 3631456 LPC_0673 LPC_0674     FALSE 0.003 511.000 0.000 NA   NA
 3631456 3631457 LPC_0674 LPC_0676     FALSE 0.002 2750.000 0.000 NA   NA
 3631459 3631460 LPC_0678 LPC_0679     FALSE 0.133 91.000 0.000 1.000   NA
 3631462 3631463 LPC_0681 LPC_0682     FALSE 0.153 58.000 0.000 NA   NA
 3631463 3631464 LPC_0682 LPC_0683     FALSE 0.018 237.000 0.000 NA   NA
 3631466 3631467 LPC_0685 LPC_0686 flgB flgC TRUE 0.978 3.000 0.000 1.000 Y NA
 3631467 3631468 LPC_0686 LPC_0687 flgC flgD TRUE 0.988 11.000 0.043 NA Y NA
 3631468 3631469 LPC_0687 LPC_0688 flgD flgE TRUE 0.895 114.000 0.875 NA Y NA
 3631469 3631470 LPC_0688 LPC_0689 flgE flgF TRUE 0.967 11.000 0.000 0.004 Y NA
 3631470 3631471 LPC_0689 LPC_0690 flgF flgG FALSE 0.439 160.000 0.000 0.002 Y NA
 3631471 3631472 LPC_0690 LPC_0691 flgG flgH TRUE 0.995 13.000 0.455 0.007 Y NA
 3631472 3631473 LPC_0691 LPC_0692 flgH flgI TRUE 0.950 39.000 0.106 0.008 Y NA
 3631473 3631474 LPC_0692 LPC_0693 flgI flgJ TRUE 0.992 12.000 0.064 0.008 Y NA
 3631474 3631475 LPC_0693 LPC_0694 flgJ flgK TRUE 0.919 50.000 0.034 0.003 Y NA
 3631475 3631476 LPC_0694 LPC_0695 flgK flgL TRUE 0.984 4.000 0.000 0.002 Y NA
 3631476 3631477 LPC_0695 LPC_0696 flgL   FALSE 0.052 195.000 0.000 1.000   NA
 3631479 3631480 LPC_0698 LPC_0699     FALSE 0.195 48.000 0.000 NA   NA
 3631481 3631482 LPC_0700 LPC_0701   etfD FALSE 0.212 89.000 0.000 1.000 N NA
 3631483 3631484 LPC_0702 LPC_0703 abcT3   FALSE 0.104 83.000 0.000 NA   NA
 3631484 3631485 LPC_0703 LPC_0704     FALSE 0.250 37.000 0.000 NA   NA
 3631487 3631488 LPC_0706 LPC_0707   surE TRUE 0.978 3.000 0.006 NA   NA
 3631488 3631489 LPC_0707 LPC_0708 surE nlpD TRUE 0.511 22.000 0.000 1.000   NA
 3631489 3631490 LPC_0708 LPC_0709 nlpD rpoS TRUE 0.631 86.000 0.020 1.000 N NA
 3631492 3631493 LPC_0711 LPC_0712 yebC ruvC TRUE 0.995 0.000 0.277 NA   NA
 3631493 3631494 LPC_0712 LPC_0713 ruvC ruvA TRUE 0.999 -3.000 0.451 0.012 Y NA
 3631494 3631495 LPC_0713 LPC_0714 ruvA   FALSE 0.182 52.000 0.000 NA   NA
 3631496 3631497 LPC_0715 LPC_0716 qseC lrpR TRUE 0.997 -3.000 0.143 1.000 Y NA
 3631497 3631498 LPC_0716 LPC_0717 lrpR ispZ TRUE 0.655 61.000 0.007 1.000 N NA
 3631498 3631499 LPC_0717 LPC_0718 ispZ mltD FALSE 0.024 243.000 0.000 1.000   NA
 3631499 3631500 LPC_0718 LPC_0719 mltD gloB TRUE 0.706 114.000 0.233 1.000   NA
 3631500 3631501 LPC_0719 LPC_0720 gloB   TRUE 0.972 4.000 0.004 NA   NA
 3631503 3631504 LPC_0722 LPC_0723 folD   FALSE 0.099 87.000 0.000 NA   NA
 3631506 3631507 LPC_0725 LPC_0726     TRUE 0.885 0.000 0.000 NA   NA
 3631508 3631509 LPC_0727 LPC_0728 truA trpF TRUE 0.995 1.000 0.139 1.000 N NA
 3631509 3631510 LPC_0728 LPC_0729 trpF trpB TRUE 0.999 2.000 0.375 0.002 Y NA
 3631510 3631511 LPC_0729 LPC_0730 trpB trpA TRUE 0.984 26.000 0.344 0.001 Y NA
 3631511 3631512 LPC_0730 LPC_0731 trpA glnS TRUE 0.986 -3.000 0.004 1.000 N NA
 3631512 3631513 LPC_0731 LPC_0732 glnS cysS TRUE 0.992 10.000 0.032 0.041 Y NA
 3631513 3631514 LPC_0732 LPC_0733 cysS   FALSE 0.078 170.000 0.000 1.000   NA
 3631515 3631516 LPC_0734 LPC_0735 lspE lspD TRUE 0.995 4.000 0.019 0.004 Y NA
 3631518 3631519 LPC_0737 LPC_0738 cyaA   FALSE 0.159 144.000 0.000 1.000 N NA
 3631519 3631520 LPC_0738 LPC_0739     TRUE 0.954 -3.000 0.000 0.034   NA
 3631520 3631521 LPC_0739 LPC_0740   frgA TRUE 0.852 -7.000 0.000 1.000   NA
 3631521 3631522 LPC_0740 LPC_0741 frgA   FALSE 0.073 133.000 0.000 NA   NA
 3631526 3631527 LPC_0745 LPC_0746     FALSE 0.017 241.000 0.000 NA   NA
 3631527 3631528 LPC_0746 LPC_0747   htrA FALSE 0.008 308.000 0.000 NA   NA
 3631528 3631529 LPC_0747 LPC_0748 htrA   TRUE 0.880 17.000 0.004 NA   NA
 3631529 3631530 LPC_0748 LPC_0749   rluD TRUE 0.981 -10.000 0.168 NA   NA
 3631530 3631531 LPC_0749 LPC_0750 rluD   TRUE 0.992 0.000 0.002 1.000 Y NA
 3631531 3631532 LPC_0750 LPC_0751     TRUE 0.732 37.000 0.002 1.000 N NA
 3631532 3631533 LPC_0751 LPC_0752   enhA FALSE 0.017 241.000 0.000 NA   NA
 3631533 3631534 LPC_0752 LPC_0753 enhA fliS FALSE 0.007 323.000 0.000 NA   NA
 3631534 3631535 LPC_0753 LPC_0754 fliS fliD TRUE 0.984 16.000 0.027 0.003 Y NA
 3631535 3631536 LPC_0754 LPC_0755 fliD   FALSE 0.138 63.000 0.000 NA   NA
 3631536 3631537 LPC_0755 LPC_0756   fliC FALSE 0.104 83.000 0.000 NA   NA
 3631538 3631539 LPC_0757 LPC_0758 accD folC TRUE 0.981 -19.000 0.383 1.000 N NA
 3631539 3631540 LPC_0758 LPC_0759 folC   TRUE 0.994 -3.000 0.216 NA   NA
 3631540 3631541 LPC_0759 LPC_0760   dedE TRUE 0.991 3.000 0.116 NA   NA
 3631542 3631543 LPC_0761 LPC_0762 nadD holA TRUE 0.952 -12.000 0.003 1.000 N NA
 3631543 3631544 LPC_0762 LPC_0763 holA rlpB TRUE 0.995 2.000 0.199 NA N NA
 3631544 3631545 LPC_0763 LPC_0764 rlpB leuS TRUE 0.713 101.000 0.182 NA N NA
 3631545 3631546 LPC_0764 LPC_0765 leuS cutE TRUE 0.613 66.000 0.005 1.000 N NA
 3631547 3631548 LPC_0766 LPC_0767     TRUE 0.982 10.000 0.067 NA N NA
 3631548 3631549 LPC_0767 LPC_0768   fadB TRUE 0.506 120.000 0.008 1.000 N NA
 3631549 3631550 LPC_0768 LPC_0769 fadB fadA TRUE 0.992 16.000 0.588 1.000 Y NA
 3631550 3631551 LPC_0769 LPC_0770 fadA   FALSE 0.007 358.000 0.000 1.000   NA
 3631552 3631553 LPC_0771 LPC_0773     FALSE 0.002 1183.000 0.000 NA   NA
 3631553 3631554 LPC_0773 LPC_0774   lspK FALSE 0.007 315.000 0.000 NA   NA
 3631554 3631555 LPC_0774 LPC_0775 lspK lspJ TRUE 0.989 -13.000 0.114 1.000 Y NA
 3631555 3631556 LPC_0775 LPC_0776 lspJ lspI TRUE 0.994 -3.000 0.042 0.004   NA
 3631556 3631557 LPC_0776 LPC_0777 lspI lspH TRUE 0.993 -3.000 0.029 0.004   NA
 3631557 3631558 LPC_0777 LPC_0778 lspH lspG TRUE 0.986 -13.000 0.010 0.004 Y NA
 3631558 3631559 LPC_0778 LPC_0779 lspG lspF TRUE 0.921 104.000 0.599 0.004 Y NA
 3631560 3631561 LPC_0780 LPC_0781 glnA   TRUE 0.930 13.000 0.005 NA   NA
 3631561 3631562 LPC_0781 LPC_0782     TRUE 0.928 13.000 0.004 NA   NA
 3631562 3631563 LPC_0782 LPC_0783     TRUE 0.846 20.000 0.004 NA   NA
 3631563 3631564 LPC_0783 LPC_0784     FALSE 0.027 213.000 0.000 NA   NA
 3631564 3631565 LPC_0784 LPC_0785   htpG FALSE 0.031 203.000 0.000 NA   NA
 3631566 3631567 LPC_0786 LPC_0787 fis lpxB FALSE 0.450 116.000 0.003 1.000 N NA
 3631567 3631568 LPC_0787 LPC_0788 lpxB   TRUE 0.965 -13.000 0.044 1.000   NA
 3631570 3631571 LPC_0790 LPC_0791 rodA mrdA TRUE 0.994 -3.000 0.073 1.000 N NA
 3631571 3631572 LPC_0791 LPC_0792 mrdA   FALSE 0.277 167.000 0.004 NA   NA
 3631572 3631573 LPC_0792 LPC_0793     TRUE 0.989 9.000 0.307 NA   NA
 3631573 3631574 LPC_0793 LPC_0794     FALSE 0.329 106.000 0.002 NA   NA
 3631575 3631576 LPC_0795 LPC_0796   hutH TRUE 0.994 14.000 0.315 0.001 Y NA
 3631576 3631577 LPC_0796 LPC_0797 hutH   TRUE 0.746 17.000 0.000 1.000 N NA
 3631577 3631578 LPC_0797 LPC_0798     TRUE 0.775 12.000 0.000 1.000   NA
 3631578 3631579 LPC_0798 LPC_0799     TRUE 0.915 -3.000 0.000 1.000   NA
 3631579 3631580 LPC_0799 LPC_0800   dnaQ TRUE 0.997 5.000 0.248 1.000 Y NA
 3631582 3631583 LPC_0802 LPC_0803 enhA   FALSE 0.083 108.000 0.000 NA   NA
 3631584 3631585 LPC_0804 LPC_0805   trmU FALSE 0.314 135.000 0.003 NA   NA
 3631586 3631587 LPC_0806 LPC_0807   rpmF TRUE 0.801 86.000 0.599 NA   NA
 3631587 3631588 LPC_0807 LPC_0808 rpmF plsX TRUE 0.994 6.000 0.418 1.000 N NA
 3631588 3631589 LPC_0808 LPC_0809 plsX fabH TRUE 0.999 -3.000 0.380 0.004 Y NA
 3631589 3631590 LPC_0809 LPC_0810 fabH fabD TRUE 0.976 27.000 0.182 0.004 Y NA
 3631590 3631591 LPC_0810 LPC_0811 fabD   TRUE 0.996 12.000 0.432 0.004 Y NA
 3631591 3631592 LPC_0811 LPC_0812     TRUE 0.918 85.000 0.321 0.004 Y NA
 3631592 3631593 LPC_0812 LPC_0813   fabF TRUE 0.984 20.000 0.346 1.000 Y NA
 3631593 3631594 LPC_0813 LPC_0814 fabF   TRUE 0.987 1.000 0.019 NA   NA
 3631594 3631595 LPC_0814 LPC_0815   tmk TRUE 0.994 0.000 0.209 NA   NA
 3631595 3631596 LPC_0815 LPC_0816 tmk holB TRUE 0.995 -3.000 0.211 1.000   NA
 3631596 3631597 LPC_0816 LPC_0817 holB pilZ TRUE 0.710 127.000 0.382 NA   NA
 3631597 3631598 LPC_0817 LPC_0818 pilZ lidH TRUE 0.798 56.000 0.089 NA N NA
 3631598 3631599 LPC_0818 LPC_0819 lidH anmK FALSE 0.405 112.000 0.003 NA N NA
 3631599 3631600 LPC_0819 LPC_0820 anmK   FALSE 0.076 185.000 0.000 NA N NA
 3631606 3631607 LPC_0826 LPC_0827   adk FALSE 0.004 405.000 0.000 NA   NA
 3631607 3631608 LPC_0827 LPC_0828 adk trxA3 TRUE 0.979 9.000 0.013 1.000 N NA
 3631612 3631613 LPC_0832 LPC_0833   gyrA FALSE 0.223 84.000 0.000 1.000 N NA
 3631613 3631614 LPC_0833 LPC_0834 gyrA serC TRUE 0.988 -7.000 0.067 1.000 N NA
 3631614 3631615 LPC_0834 LPC_0835 serC aroA TRUE 0.993 6.000 0.033 1.000 Y NA
 3631615 3631616 LPC_0835 LPC_0836 aroA cmk TRUE 0.996 0.000 0.209 1.000 N NA
 3631616 3631617 LPC_0836 LPC_0837 cmk rpsA TRUE 0.848 66.000 0.281 1.000 N NA
 3631617 3631618 LPC_0837 LPC_0838 rpsA   FALSE 0.382 114.000 0.005 NA   NA
 3631618 3631619 LPC_0838 LPC_0839     TRUE 0.898 47.000 0.576 NA   NA
 3631619 3631620 LPC_0839 LPC_0840     FALSE 0.032 259.000 0.000 1.000 N NA
 3631620 3631621 LPC_0840 LPC_0841   pyrF TRUE 0.985 1.000 0.003 1.000 N NA
 3631621 3631622 LPC_0841 LPC_0842 pyrF   FALSE 0.056 190.000 0.000 1.000   NA
 3631622 3631623 LPC_0842 LPC_0843     TRUE 0.527 -55.000 0.000 1.000   NA
 3631623 3631624 LPC_0843 LPC_0844     FALSE 0.172 54.000 0.000 NA   NA
 3631624 3631625 LPC_0844 LPC_0845   ubiC FALSE 0.147 113.000 0.000 NA N NA
 3631625 3631626 LPC_0845 LPC_0846 ubiC ubiA TRUE 0.998 -3.000 0.248 NA Y NA
 3631627 3631628 LPC_0847 LPC_0848     FALSE 0.108 80.000 0.000 NA   NA
 3631628 3631629 LPC_0848 LPC_0849   deoC FALSE 0.343 54.000 0.000 1.000 N NA
 3631629 3631630 LPC_0849 LPC_0850 deoC xapA TRUE 0.997 -3.000 0.083 1.000 Y NA
 3631630 3631631 LPC_0850 LPC_0851 xapA cdd TRUE 0.992 13.000 0.242 1.000 Y NA
 3631631 3631632 LPC_0851 LPC_0852 cdd   TRUE 0.766 39.000 0.021 NA   NA
 3631632 3631633 LPC_0852 LPC_0853   cpxA TRUE 0.740 163.000 1.000 NA   NA
 3631633 3631634 LPC_0853 LPC_0854 cpxA cpxR TRUE 0.997 -7.000 0.667 1.000 Y NA
 3631634 3631635 LPC_0854 LPC_0855 cpxR corC TRUE 0.979 8.000 0.010 1.000 N NA
 3631635 3631636 LPC_0855 LPC_0856 corC   TRUE 0.987 -7.000 0.150 NA   NA
 3631636 3631637 LPC_0856 LPC_0857   phoH TRUE 0.996 -3.000 0.457 NA   NA
 3631638 3631639 LPC_0858 LPC_0859 trpH   TRUE 0.995 -3.000 0.281 NA   NA
 3631639 3631640 LPC_0859 LPC_0860   trpS FALSE 0.136 235.000 0.008 NA   NA
 3631640 3631641 LPC_0860 LPC_0861 trpS scpA TRUE 0.991 0.000 0.065 NA   NA
 3631641 3631642 LPC_0861 LPC_0862 scpA scpB TRUE 0.991 2.000 0.083 NA   NA
 3631642 3631643 LPC_0862 LPC_0863 scpB rluB TRUE 0.987 -10.000 0.210 NA N NA
 3631643 3631644 LPC_0863 LPC_0864 rluB   FALSE 0.007 452.000 0.000 1.000 N NA
 3631646 3631647 LPC_0866 LPC_0867     FALSE 0.235 39.000 0.000 NA   NA
 3631647 3631648 LPC_0867 LPC_0868     FALSE 0.076 127.000 0.000 NA   NA
 3631649 3631650 LPC_0869 LPC_0870     FALSE 0.198 47.000 0.000 NA   NA
 3631651 3631652 LPC_0871 LPC_0872 rumA relA TRUE 0.989 6.000 0.082 1.000 N NA
 3631654 3631655 LPC_0874 LPC_0875 yfdZ   TRUE 0.975 5.000 0.009 NA   NA
 3631655 3631656 LPC_0875 LPC_0876   recJ FALSE 0.289 179.000 0.010 NA   NA
 3631656 3631657 LPC_0876 LPC_0877 recJ dusA FALSE 0.230 81.000 0.000 1.000 N NA
 3631657 3631658 LPC_0877 LPC_0878 dusA secA FALSE 0.357 176.000 0.006 1.000 N NA
 3631658 3631659 LPC_0878 LPC_0879 secA mutT TRUE 0.995 -3.000 0.168 1.000 N NA
 3631659 3631660 LPC_0879 LPC_0880 mutT   FALSE 0.031 229.000 0.000 1.000   NA
 3631661 3631662 LPC_0881 LPC_0882   coaE FALSE 0.282 233.000 0.110 1.000   NA
 3631662 3631663 LPC_0882 LPC_0883 coaE   TRUE 0.820 -28.000 0.002 NA   NA
 3631663 3631664 LPC_0883 LPC_0884     TRUE 0.992 -3.000 0.118 NA   NA
 3631664 3631665 LPC_0884 LPC_0885   bioA TRUE 0.968 -7.000 0.003 NA N NA
 3631666 3631667 LPC_0886 LPC_0887 bioB bioF TRUE 0.997 1.000 0.168 1.000 Y NA
 3631667 3631668 LPC_0887 LPC_0888 bioF bioH TRUE 0.959 -19.000 0.092 1.000   NA
 3631668 3631669 LPC_0888 LPC_0889 bioH bioD TRUE 0.990 -3.000 0.007 0.002   NA
 3631669 3631670 LPC_0889 LPC_0890 bioD   FALSE 0.072 135.000 0.000 NA   NA
 3631670 3631671 LPC_0890 LPC_0891     TRUE 0.994 -3.000 0.190 NA   NA
 3631671 3631672 LPC_0891 LPC_0892   aspS TRUE 0.927 19.000 0.057 NA   NA
 3631672 3631673 LPC_0892 LPC_0893 aspS   TRUE 0.769 32.000 0.002 1.000 N NA
 3631673 3631674 LPC_0893 LPC_0894   mutH TRUE 0.924 -37.000 0.017 1.000 N NA
 3631679 3631680 LPC_0899 LPC_0900     FALSE 0.015 250.000 0.000 NA   NA
 3631680 3631681 LPC_0900 LPC_0901     FALSE 0.100 86.000 0.000 NA   NA
 3631682 3631683 LPC_0902 LPC_0903     FALSE 0.014 251.000 0.000 NA   NA
 3631683 3631684 LPC_0903 LPC_0905     FALSE 0.002 3051.000 0.000 NA   NA
 3631684 3631685 LPC_0905 LPC_0906   cyaA FALSE 0.059 165.000 0.000 NA   NA
 3631685 3631686 LPC_0906 LPC_0907 cyaA   FALSE 0.086 101.000 0.000 NA   NA
 3631686 3631687 LPC_0907 LPC_0908     FALSE 0.136 64.000 0.000 NA   NA
 3631688 3631689 LPC_0909 LPC_0910   aph FALSE 0.061 163.000 0.000 NA   NA
 3631691 3631692 LPC_0912 LPC_0913     FALSE 0.020 232.000 0.000 NA   NA
 3631693 3631694 LPC_0914 LPC_0915     FALSE 0.004 375.000 0.000 NA   NA
 3631694 3631695 LPC_0915 LPC_0916   pepN FALSE 0.024 220.000 0.000 NA   NA
 3631696 3631697 LPC_0917 LPC_0918     FALSE 0.100 86.000 0.000 NA   NA
 3631697 3631698 LPC_0918 LPC_0919     FALSE 0.153 58.000 0.000 NA   NA
 3631698 3631699 LPC_0919 LPC_0920   rimI FALSE 0.004 543.000 0.000 1.000   NA
 3631699 3631700 LPC_0920 LPC_0921 rimI lpdA FALSE 0.009 335.000 0.000 1.000   NA
 3631700 3631701 LPC_0921 LPC_0922 lpdA aceF TRUE 0.784 184.000 0.463 1.000 Y NA
 3631701 3631702 LPC_0922 LPC_0923 aceF aceE TRUE 0.906 58.000 0.167 1.000 Y NA
 3631702 3631703 LPC_0923 LPC_0924 aceE   TRUE 0.864 28.000 0.044 NA   NA
 3631703 3631704 LPC_0924 LPC_0925   ampE FALSE 0.235 39.000 0.000 NA   NA
 3631704 3631705 LPC_0925 LPC_0926 ampE kefC TRUE 0.991 5.000 0.042 0.070 N NA
 3631705 3631706 LPC_0926 LPC_0927 kefC rlpA FALSE 0.007 318.000 0.000 NA   NA
 3631707 3631708 LPC_0928 LPC_0929 dacA ala TRUE 0.829 13.000 0.000 1.000 N NA
 3631708 3631709 LPC_0929 LPC_0930 ala   TRUE 0.990 4.000 0.155 NA   NA
 3631709 3631710 LPC_0930 LPC_0931   lssX TRUE 0.994 0.000 0.219 NA   NA
 3631710 3631711 LPC_0931 LPC_0932 lssX lssY TRUE 0.954 10.000 0.003 1.000   NA
 3631711 3631712 LPC_0932 LPC_0933 lssY lssZ TRUE 0.527 126.000 0.048 NA   NA
 3631712 3631713 LPC_0933 LPC_0934 lssZ lssA TRUE 0.640 85.000 0.080 NA   NA
 3631713 3631714 LPC_0934 LPC_0935 lssA lssB FALSE 0.095 90.000 0.000 NA   NA
 3631714 3631715 LPC_0935 LPC_0936 lssB lssD TRUE 0.997 4.000 0.447 0.070 N NA
 3631715 3631716 LPC_0936 LPC_0937 lssD lssE FALSE 0.206 91.000 0.000 1.000 N NA
 3631717 3631718 LPC_0938 LPC_0939 ppt   TRUE 0.726 43.000 0.018 NA   NA
 3631718 3631719 LPC_0939 LPC_0940     FALSE 0.043 183.000 0.000 NA   NA
 3631720 3631721 LPC_0941 LPC_0942 pilB pilC TRUE 0.998 6.000 0.362 0.014 Y NA
 3631721 3631722 LPC_0942 LPC_0943 pilC pilD TRUE 0.953 46.000 0.454 1.000 Y NA
 3631723 3631724 LPC_0944 LPC_0946     FALSE 0.002 999.000 0.000 NA   NA
 3631724 3631725 LPC_0946 LPC_0947     FALSE 0.083 108.000 0.000 NA   NA
 3631725 3631726 LPC_0947 LPC_0948     TRUE 0.574 16.000 0.000 NA   NA
 3631728 3631729 LPC_0950 LPC_0951 prpD prpC TRUE 0.995 2.000 0.216 1.000   NA
 3631729 3631730 LPC_0951 LPC_0952 prpC   FALSE 0.036 218.000 0.000 1.000   NA
 3631730 3631731 LPC_0952 LPC_0953     FALSE 0.143 86.000 0.000 1.000   NA
 3631731 3631732 LPC_0953 LPC_0954   ydgR TRUE 0.988 -7.000 0.004 1.000 Y NA
 3631732 3631733 LPC_0954 LPC_0955 ydgR hemL FALSE 0.009 412.000 0.000 1.000 N NA
 3631735 3631736 LPC_0957 LPC_0958     TRUE 0.980 3.000 0.008 NA   NA
 3631737 3631738 LPC_0959 LPC_0960 pcnB folK TRUE 0.996 -3.000 0.234 1.000 N NA
 3631738 3631739 LPC_0960 LPC_0961 folK uspA TRUE 0.636 55.000 0.003 1.000 N NA
 3631740 3631741 LPC_0962 LPC_0963 engA   TRUE 0.991 5.000 0.203 1.000   NA
 3631741 3631742 LPC_0963 LPC_0964     TRUE 0.813 82.000 0.492 1.000   NA
 3631742 3631743 LPC_0964 LPC_0965   hisS TRUE 0.967 18.000 0.259 1.000   NA
 3631743 3631744 LPC_0965 LPC_0966 hisS   TRUE 0.979 -7.000 0.021 1.000   NA
 3631744 3631745 LPC_0966 LPC_0967   pilF TRUE 0.955 -25.000 0.153 1.000   NA
 3631745 3631746 LPC_0967 LPC_0968 pilF   FALSE 0.448 178.000 0.067 1.000   NA
 3631746 3631747 LPC_0968 LPC_0969   ndk TRUE 0.944 21.000 0.156 1.000   NA
 3631747 3631748 LPC_0969 LPC_0970 ndk   FALSE 0.276 149.000 0.002 NA   NA
 3631750 3631751 LPC_0972 LPC_0973   lpxH TRUE 0.941 12.000 0.005 NA   NA
 3631751 3631752 LPC_0973 LPC_0974 lpxH minC TRUE 0.982 -3.000 0.004 1.000   NA
 3631754 3631755 LPC_0977 LPC_0978 artJ   FALSE 0.095 155.000 0.000 1.000   NA
 3631755 3631756 LPC_0978 LPC_0979   pabB TRUE 0.978 -13.000 0.169 1.000   NA
 3631757 3631758 LPC_0980 LPC_0981 odpA odpB TRUE 0.998 -7.000 0.458 0.001 Y NA
 3631758 3631759 LPC_0981 LPC_0982 odpB odp2 TRUE 0.999 3.000 0.556 0.065 Y NA
 3631759 3631760 LPC_0982 LPC_0983 odp2   FALSE 0.059 187.000 0.000 1.000   NA
 3631760 3631761 LPC_0983 LPC_0984   merA1 FALSE 0.073 173.000 0.000 1.000   NA
 3631761 3631762 LPC_0984 LPC_0985 merA1   FALSE 0.133 91.000 0.000 1.000   NA
 3631763 3631764 LPC_0986 LPC_0987     FALSE 0.111 78.000 0.000 NA   NA
 3631765 3631766 LPC_0988 LPC_0989 thi3   TRUE 0.987 3.000 0.014 NA N NA
 3631766 3631767 LPC_0989 LPC_0990   thiS TRUE 0.994 -7.000 0.342 1.000 N NA
 3631767 3631768 LPC_0990 LPC_0991 thiS thiG TRUE 0.996 3.000 0.064 1.000 Y NA
 3631768 3631769 LPC_0991 LPC_0992 thiG thiDE TRUE 0.996 -3.000 0.012 0.002 Y NA
 3631769 3631770 LPC_0992 LPC_0993 thiDE   TRUE 0.867 -28.000 0.000 1.000 Y NA
 3631771 3631772 LPC_0994 LPC_0995   tolB TRUE 0.980 3.000 0.005 1.000   NA
 3631772 3631773 LPC_0995 LPC_0996 tolB tolA TRUE 0.992 6.000 0.089 0.007 N NA
 3631773 3631774 LPC_0996 LPC_0997 tolA tolR TRUE 0.996 -3.000 0.183 0.072 N NA
 3631774 3631775 LPC_0997 LPC_0998 tolR tolQ TRUE 0.997 9.000 0.556 0.044 Y NA
 3631775 3631776 LPC_0998 LPC_0999 tolQ   TRUE 0.851 25.000 0.008 1.000   NA
 3631776 3631777 LPC_0999 LPC_1000   ruvB TRUE 0.970 4.000 0.002 1.000   NA
 3631777 3631778 LPC_1000 LPC_1001 ruvB rpoE FALSE 0.078 201.000 0.000 1.000 N NA
 3631778 3631779 LPC_1001 LPC_1002 rpoE   FALSE 0.437 102.000 0.009 NA   NA
 3631779 3631780 LPC_1002 LPC_1003     TRUE 0.865 -28.000 0.005 NA   NA
 3631782 3631783 LPC_1005 LPC_1006 cybB   TRUE 0.654 21.000 0.000 1.000 N NA
 3631783 3631784 LPC_1006 LPC_1007     FALSE 0.182 52.000 0.000 NA   NA
 3631784 3631785 LPC_1007 LPC_1008   gabD TRUE 0.654 -13.000 0.000 NA   NA
 3631786 3631787 LPC_1009 LPC_1010 lidK   FALSE 0.007 323.000 0.000 NA   NA
 3631787 3631788 LPC_1010 LPC_1011     TRUE 0.995 4.000 0.667 NA   NA
 3631788 3631789 LPC_1011 LPC_1012     FALSE 0.388 24.000 0.000 NA   NA
 3631790 3631791 LPC_1013 LPC_1014   rplI FALSE 0.028 209.000 0.000 NA   NA
 3631791 3631792 LPC_1014 LPC_1015 rplI   TRUE 0.958 13.000 0.034 NA   NA
 3631792 3631793 LPC_1015 LPC_1018   rpsR TRUE 0.903 -46.000 0.034 NA   NA
 3631793 3631794 LPC_1018 LPC_1019 rpsR rpsF TRUE 0.994 14.000 0.319 0.015 Y NA
 3631795 3631796 LPC_1020 LPC_1021     TRUE 0.799 11.000 0.000 1.000   NA
 3631797 3631798 LPC_1022 LPC_1023   yfcX TRUE 0.653 60.000 0.014 1.000   NA
 3631798 3631799 LPC_1023 LPC_1024 yfcX   TRUE 0.996 -7.000 0.200 1.000 Y NA
 3631799 3631800 LPC_1024 LPC_1025     FALSE 0.059 165.000 0.000 NA   NA
 3631801 3631802 LPC_1026 LPC_1027     TRUE 0.791 7.000 0.000 NA   NA
 3631805 3631806 LPC_1030 LPC_1031     TRUE 0.874 2.000 0.000 NA   NA
 3631807 3631808 LPC_1032 LPC_1033   capP FALSE 0.027 238.000 0.000 1.000   NA
 3631808 3631809 LPC_1033 LPC_1034 capP   FALSE 0.135 165.000 0.000 1.000 N NA
 3631810 3631811 LPC_1035 LPC_1036 proA proB TRUE 0.997 9.000 0.281 0.002 Y NA
 3631811 3631812 LPC_1036 LPC_1037 proB   FALSE 0.128 95.000 0.000 1.000   NA
 3631812 3631813 LPC_1037 LPC_1038     FALSE 0.049 200.000 0.000 1.000   NA
 3631813 3631814 LPC_1038 LPC_1039     FALSE 0.135 252.000 0.000 0.006 Y NA
 3631814 3631815 LPC_1039 LPC_1040     FALSE 0.187 66.000 0.000 1.000   NA
 3631815 3631816 LPC_1040 LPC_1041   grpB TRUE 0.957 -3.000 0.000 0.012   NA
 3631816 3631817 LPC_1041 LPC_1042 grpB   TRUE 0.990 4.000 0.100 1.000   NA
 3631817 3631818 LPC_1042 LPC_1043   uup TRUE 0.911 -7.000 0.000 0.087   NA
 3631820 3631821 LPC_1045 LPC_1046   ftsI4 TRUE 0.858 50.000 0.034 0.002 N NA
 3631821 3631822 LPC_1046 LPC_1047 ftsI4 mecI TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3631822 3631823 LPC_1047 LPC_1048 mecI   FALSE 0.037 192.000 0.000 NA   NA
 3631823 3631824 LPC_1048 LPC_1049     FALSE 0.053 170.000 0.000 NA   NA
 3631824 3631825 LPC_1049 LPC_1050     FALSE 0.072 135.000 0.000 NA   NA
 3631827 3631828 LPC_1052 LPC_1053     FALSE 0.019 235.000 0.000 NA   NA
 3631830 3631831 LPC_1055 LPC_1056     TRUE 0.995 -6.000 0.550 1.000   NA
 3631831 3631832 LPC_1056 LPC_1058     TRUE 0.995 -3.000 0.233 1.000   NA
 3631832 3631833 LPC_1058 LPC_1060     TRUE 0.993 2.000 0.067 1.000 N NA
 3631834 3631835 LPC_1061 LPC_1062     TRUE 0.915 -3.000 0.000 1.000   NA
 3631837 3631838 LPC_1064 LPC_1065     FALSE 0.230 55.000 0.000 1.000   NA
 3631838 3631839 LPC_1065 LPC_1066     TRUE 0.986 4.000 0.029 1.000   NA
 3631839 3631840 LPC_1066 LPC_1067     FALSE 0.159 216.000 0.000 1.000 Y NA
 3631843 3631844 LPC_1070 LPC_1071   sidB FALSE 0.040 210.000 0.000 1.000   NA
 3631844 3631845 LPC_1071 LPC_1072 sidB thrC FALSE 0.006 379.000 0.000 1.000   NA
 3631845 3631846 LPC_1072 LPC_1073 thrC   FALSE 0.074 172.000 0.000 1.000   NA
 3631846 3631847 LPC_1073 LPC_1074     FALSE 0.008 301.000 0.000 NA   NA
 3631847 3631848 LPC_1074 LPC_1075     FALSE 0.069 147.000 0.000 NA   NA
 3631848 3631849 LPC_1075 LPC_1076   cybA TRUE 0.885 0.000 0.000 NA   NA
 3631849 3631850 LPC_1076 LPC_1077 cybA   TRUE 0.994 4.000 0.500 NA   NA
 3631850 3631851 LPC_1077 LPC_1078     TRUE 0.899 28.000 0.133 NA   NA
 3631851 3631852 LPC_1078 LPC_1079   iolE FALSE 0.079 122.000 0.000 NA   NA
 3631852 3631853 LPC_1079 LPC_1080 iolE iolD TRUE 0.963 15.000 0.035 1.000 N NA
 3631853 3631854 LPC_1080 LPC_1081 iolD iolCB TRUE 0.864 39.000 0.064 1.000 N NA
 3631854 3631855 LPC_1081 LPC_1082 iolCB iolG TRUE 0.976 8.000 0.014 1.000   NA
 3631855 3631856 LPC_1082 LPC_1083 iolG   TRUE 0.989 3.000 0.042 1.000   NA
 3631856 3631857 LPC_1083 LPC_1084     FALSE 0.004 452.000 0.000 1.000   NA
 3631857 3631858 LPC_1084 LPC_1085   lasB FALSE 0.050 198.000 0.000 1.000   NA
 3631858 3631859 LPC_1085 LPC_1086 lasB   FALSE 0.288 42.000 0.000 1.000   NA
 3631860 3631861 LPC_1087 LPC_1088     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3631861 3631862 LPC_1088 LPC_1089     FALSE 0.072 136.000 0.000 NA   NA
 3631862 3631863 LPC_1089 LPC_1090     FALSE 0.071 139.000 0.000 NA   NA
 3631865 3631866 LPC_1092 LPC_1093     FALSE 0.060 164.000 0.000 NA   NA
 3631869 3631870 LPC_1096 LPC_1097     FALSE 0.031 203.000 0.000 NA   NA
 3631870 3631871 LPC_1097 LPC_1098     FALSE 0.052 171.000 0.000 NA   NA
 3631874 3631875 LPC_1101 LPC_1102     FALSE 0.084 104.000 0.000 NA   NA
 3631876 3631877 LPC_1103 LPC_1104 purN purD TRUE 0.996 -3.000 0.039 1.000 Y NA
 3631877 3631878 LPC_1104 LPC_1105 purD purF TRUE 0.997 -3.000 0.016 0.002 Y NA
 3631878 3631879 LPC_1105 LPC_1106 purF purC TRUE 0.930 23.000 0.004 1.000 Y NA
 3631879 3631880 LPC_1106 LPC_1107 purC purQ TRUE 0.968 -19.000 0.008 1.000 Y NA
 3631880 3631881 LPC_1107 LPC_1108 purQ purM TRUE 0.996 0.000 0.004 0.002 Y NA
 3631881 3631882 LPC_1108 LPC_1109 purM purL TRUE 0.996 0.000 0.004 0.002 Y NA
 3631882 3631883 LPC_1109 LPC_1110 purL   FALSE 0.067 153.000 0.000 NA   NA
 3631883 3631884 LPC_1110 LPC_1111     FALSE 0.124 71.000 0.000 NA   NA
 3631884 3631885 LPC_1111 LPC_1112   dsbD FALSE 0.008 302.000 0.000 NA   NA
 3631885 3631886 LPC_1112 LPC_1113 dsbD   FALSE 0.006 566.000 0.000 1.000 N NA
 3631887 3631888 LPC_1114 LPC_1115     FALSE 0.008 304.000 0.000 NA   NA
 3631891 3631892 LPC_1118 LPC_1119     FALSE 0.250 37.000 0.000 NA   NA
 3631893 3631894 LPC_1120 LPC_1121   acnA FALSE 0.426 85.000 0.004 NA   NA
 3631894 3631895 LPC_1121 LPC_1122 acnA   FALSE 0.028 265.000 0.000 1.000 N NA
 3631895 3631896 LPC_1122 LPC_1123     FALSE 0.009 294.000 0.000 NA   NA
 3631897 3631898 LPC_1124 LPC_1125   putA FALSE 0.007 356.000 0.000 1.000   NA
 3631899 3631900 LPC_1126 LPC_1127   proQ FALSE 0.003 432.000 0.000 NA   NA
 3631901 3631902 LPC_1128 LPC_1129 ubiG ung TRUE 0.943 -13.000 0.004 NA N NA
 3631903 3631904 LPC_1130 LPC_1131 ktn1   FALSE 0.072 136.000 0.000 NA   NA
 3631905 3631906 LPC_1132 LPC_1133 umuC umuD TRUE 0.951 0.000 0.000 1.000 N NA
 3631907 3631908 LPC_1134 LPC_1135 cpg2 astA TRUE 0.996 -3.000 0.032 1.000 Y NA
 3631908 3631909 LPC_1135 LPC_1136 astA astD TRUE 0.984 14.000 0.286 1.000 N NA
 3631909 3631910 LPC_1136 LPC_1137 astD astB TRUE 0.987 6.000 0.045 1.000 N NA
 3631910 3631911 LPC_1137 LPC_1138 astB   TRUE 0.775 12.000 0.000 1.000   NA
 3631912 3631913 LPC_1139 LPC_1140   rrf FALSE 0.006 402.000 0.000 1.000   NA
 3631913 3631914 LPC_1140 LPC_1141 rrf pyrH TRUE 0.954 -10.000 0.002 1.000 N NA
 3631914 3631915 LPC_1141 LPC_1142 pyrH tsf TRUE 0.984 0.000 0.002 1.000 N NA
 3631915 3631916 LPC_1142 LPC_1143 tsf rpsB TRUE 0.939 66.000 0.748 1.000 Y NA
 3631917 3631918 LPC_1145 LPC_1146     FALSE 0.003 508.000 0.000 NA   NA
 3631922 3631923 LPC_1150 LPC_1151     FALSE 0.147 60.000 0.000 NA   NA
 3631925 3631926 LPC_1153 LPC_1154 map glnD TRUE 0.982 -13.000 0.167 1.000 N NA
 3631927 3631928 LPC_1155 LPC_1156 yfhC guaA TRUE 0.995 -3.000 0.019 1.000 Y NA
 3631928 3631929 LPC_1156 LPC_1157 guaA guaB TRUE 0.996 3.000 0.190 0.001   NA
 3631929 3631930 LPC_1157 LPC_1158 guaB   FALSE 0.133 66.000 0.000 NA   NA
 3631931 3631932 LPC_1160 LPC_1161     FALSE 0.473 25.000 0.000 1.000   NA
 3631932 3631933 LPC_1161 LPC_1162     FALSE 0.002 618.000 0.000 NA   NA
 3631933 3631934 LPC_1162 LPC_1163     TRUE 0.751 10.000 0.000 NA   NA
 3631934 3631935 LPC_1163 LPC_1164   minD FALSE 0.083 111.000 0.000 NA   NA
 3631935 3631936 LPC_1164 LPC_1165 minD minE TRUE 0.998 -3.000 0.618 NA Y NA
 3631936 3631937 LPC_1165 LPC_1166 minE   FALSE 0.066 154.000 0.000 NA   NA
 3631938 3631939 LPC_1167 LPC_1168 yafH   TRUE 0.566 93.000 0.029 1.000   NA
 3631939 3631940 LPC_1168 LPC_1169     TRUE 0.878 -3.000 0.000 NA   NA
 3631940 3631941 LPC_1169 LPC_1170   ugpC FALSE 0.084 106.000 0.000 NA   NA
 3631941 3631942 LPC_1170 LPC_1171 ugpC ugpE TRUE 0.998 0.000 0.182 0.032 Y NA
 3631942 3631943 LPC_1171 LPC_1172 ugpE ugpA TRUE 0.996 -3.000 0.018 0.032 Y NA
 3631945 3631946 LPC_1174 LPC_1175 clcA trpE TRUE 0.984 -7.000 0.028 1.000 N NA
 3631947 3631948 LPC_1176 LPC_1177 gatC gatA TRUE 0.999 3.000 0.643 0.001 Y NA
 3631948 3631949 LPC_1177 LPC_1178 gatA gatB TRUE 0.998 4.000 0.492 0.001 Y NA
 3631949 3631950 LPC_1178 LPC_1179 gatB   FALSE 0.032 226.000 0.000 1.000   NA
 3631950 3631951 LPC_1179 LPC_1180     FALSE 0.362 199.000 0.062 1.000   NA
 3631951 3631952 LPC_1180 LPC_1181     FALSE 0.227 40.000 0.000 NA   NA
 3631952 3631953 LPC_1181 LPC_1182     FALSE 0.450 20.000 0.000 NA   NA
 3631954 3631955 LPC_1183 LPC_1184 fis ydiC FALSE 0.004 395.000 0.000 NA   NA
 3631955 3631956 LPC_1184 LPC_1185 ydiC   TRUE 0.981 5.000 0.024 NA   NA
 3631956 3631957 LPC_1185 LPC_1186   iscS TRUE 0.987 -3.000 0.011 1.000   NA
 3631957 3631958 LPC_1186 LPC_1187 iscS   TRUE 0.917 -25.000 0.007 1.000 N NA
 3631962 3631963 LPC_1191 LPC_1192     TRUE 0.988 13.000 1.000 NA   NA
 3631963 3631964 LPC_1192 LPC_1194   mpl FALSE 0.006 332.000 0.000 NA   NA
 3631964 3631965 LPC_1194 LPC_1195 mpl   TRUE 0.659 44.000 0.007 NA   NA
 3631965 3631966 LPC_1195 LPC_1196     TRUE 0.644 53.000 0.009 NA   NA
 3631966 3631967 LPC_1196 LPC_1197   fliJ TRUE 0.720 -10.000 0.000 NA   NA
 3631967 3631968 LPC_1197 LPC_1198 fliJ fliI TRUE 0.997 -3.000 0.044 0.008 Y NA
 3631968 3631969 LPC_1198 LPC_1199 fliI   TRUE 0.986 3.000 0.000 0.003 Y NA
 3631969 3631970 LPC_1199 LPC_1200   fliG FALSE 0.463 142.000 0.000 0.003 Y NA
 3631970 3631971 LPC_1200 LPC_1201 fliG fliF TRUE 0.998 3.000 0.189 0.007 Y NA
 3631971 3631972 LPC_1201 LPC_1202 fliF fliE TRUE 0.886 172.000 0.910 0.007 Y NA
 3631972 3631973 LPC_1202 LPC_1203 fliE fleR TRUE 0.985 15.000 0.446 1.000 N NA
 3631973 3631974 LPC_1203 LPC_1204 fleR flrB TRUE 0.988 24.000 0.679 0.033 Y NA
 3631974 3631975 LPC_1204 LPC_1205 flrB   FALSE 0.029 308.000 0.000 0.086 N NA
 3631975 3631976 LPC_1205 LPC_1206   lolA TRUE 0.975 16.000 0.167 1.000 N NA
 3631976 3631977 LPC_1206 LPC_1207 lolA ftsK TRUE 0.996 3.000 0.305 1.000 N NA
 3631978 3631979 LPC_1208 LPC_1209 trxB aat TRUE 0.996 3.000 0.046 1.000 Y NA
 3631979 3631980 LPC_1209 LPC_1210 aat   FALSE 0.277 55.000 0.000 NA N NA
 3631980 3631981 LPC_1210 LPC_1211   infA FALSE 0.133 131.000 0.000 NA N NA
 3631983 3631984 LPC_1213 LPC_1214     FALSE 0.015 249.000 0.000 NA   NA
 3631984 3631985 LPC_1214 LPC_1215   nrdA FALSE 0.005 346.000 0.000 NA   NA
 3631985 3631986 LPC_1215 LPC_1216 nrdA nrdB TRUE 0.995 14.000 0.564 0.001 Y NA
 3631986 3631987 LPC_1216 LPC_1217 nrdB   FALSE 0.007 315.000 0.000 NA   NA
 3631988 3631989 LPC_1218 LPC_1219 lysU prfB TRUE 0.998 -3.000 0.162 0.039 Y NA
 3631989 3631990 LPC_1219 LPC_1220 prfB   FALSE 0.064 160.000 0.000 NA   NA
 3631990 3631991 LPC_1220 LPC_1221   motB TRUE 0.988 -3.000 0.030 NA   NA
 3631991 3631992 LPC_1221 LPC_1222 motB motA TRUE 0.984 -25.000 0.248 1.000 Y NA
 3631992 3631993 LPC_1222 LPC_1223 motA fliA TRUE 0.990 10.000 0.089 0.021 N NA
 3631993 3631994 LPC_1223 LPC_1224 fliA fleN TRUE 0.813 97.000 0.482 1.000 N NA
 3631994 3631995 LPC_1224 LPC_1225 fleN flhF TRUE 0.985 -13.000 0.241 1.000 N NA
 3631995 3631996 LPC_1225 LPC_1226 flhF flhA TRUE 0.939 41.000 0.178 1.000 Y NA
 3631996 3631997 LPC_1226 LPC_1227 flhA flhB TRUE 0.998 -3.000 0.205 0.011 Y NA
 3631997 3631998 LPC_1227 LPC_1228 flhB fliR TRUE 0.996 0.000 0.018 1.000 Y NA
 3631998 3631999 LPC_1228 LPC_1229 fliR fliQ TRUE 0.984 4.000 0.000 0.003 Y NA
 3631999 3632000 LPC_1229 LPC_1230 fliQ fliP TRUE 0.973 9.000 0.000 0.011 Y NA
 3632000 3632001 LPC_1230 LPC_1231 fliP fliO TRUE 0.981 1.000 0.000 1.000 Y NA
 3632001 3632002 LPC_1231 LPC_1232 fliO fliN TRUE 0.998 -3.000 0.443 1.000 Y NA
 3632002 3632003 LPC_1232 LPC_1233 fliN fliM TRUE 0.993 10.000 0.020 0.001 Y NA
 3632003 3632004 LPC_1233 LPC_1234 fliM   FALSE 0.003 447.000 0.000 NA   NA
 3632005 3632006 LPC_1235 LPC_1236     TRUE 0.996 -3.000 0.250 0.033   NA
 3632006 3632007 LPC_1236 LPC_1237     FALSE 0.123 101.000 0.000 1.000   NA
 3632010 3632011 LPC_1241 LPC_1242     FALSE 0.018 237.000 0.000 NA   NA
 3632011 3632012 LPC_1242 LPC_1243   alaS FALSE 0.093 91.000 0.000 NA   NA
 3632012 3632013 LPC_1243 LPC_1244 alaS recX TRUE 0.949 18.000 0.085 1.000   NA
 3632013 3632014 LPC_1244 LPC_1245 recX recA TRUE 0.991 -7.000 0.296 1.000   NA
 3632014 3632015 LPC_1245 LPC_1246 recA   FALSE 0.008 303.000 0.000 NA   NA
 3632015 3632016 LPC_1246 LPC_1247     FALSE 0.009 292.000 0.000 NA   NA
 3632016 3632017 LPC_1247 LPC_1248     FALSE 0.113 77.000 0.000 NA   NA
 3632018 3632019 LPC_1249 LPC_1250 mutS   TRUE 0.957 13.000 0.003 0.085 N NA
 3632019 3632020 LPC_1250 LPC_1251     TRUE 0.996 -3.000 0.575 NA   NA
 3632020 3632021 LPC_1251 LPC_1252   hemB TRUE 0.766 34.000 0.009 NA   NA
 3632021 3632022 LPC_1252 LPC_1253 hemB   FALSE 0.072 137.000 0.000 NA   NA
 3632024 3632025 LPC_1255 LPC_1256     TRUE 0.982 5.000 0.008 1.000 N NA
 3632025 3632026 LPC_1256 LPC_1257   mrp FALSE 0.070 207.000 0.000 1.000 N NA
 3632026 3632027 LPC_1257 LPC_1258 mrp   FALSE 0.403 116.000 0.007 NA   NA
 3632030 3632031 LPC_1261 LPC_1262   lpxK TRUE 0.977 2.000 0.004 NA   NA
 3632031 3632032 LPC_1262 LPC_1263 lpxK msbA TRUE 0.996 0.000 0.205 1.000 N NA
 3632032 3632033 LPC_1263 LPC_1264 msbA   FALSE 0.141 87.000 0.000 1.000   NA
 3632033 3632034 LPC_1264 LPC_1265   pyrD TRUE 0.840 21.000 0.003 1.000   NA
 3632034 3632035 LPC_1265 LPC_1266 pyrD   FALSE 0.009 286.000 0.000 NA   NA
 3632035 3632036 LPC_1266 LPC_1267     FALSE 0.193 49.000 0.000 NA   NA
 3632037 3632038 LPC_1268 LPC_1269   atoB TRUE 0.981 12.000 0.007 1.000 Y NA
 3632038 3632039 LPC_1269 LPC_1270 atoB   FALSE 0.071 138.000 0.000 NA   NA
 3632039 3632040 LPC_1270 LPC_1271   mccB TRUE 0.957 10.000 0.006 NA   NA
 3632040 3632041 LPC_1271 LPC_1272 mccB   TRUE 0.979 20.000 0.189 1.000 Y NA
 3632041 3632042 LPC_1272 LPC_1273   mccA TRUE 0.994 -7.000 0.027 0.062 Y NA
 3632042 3632043 LPC_1273 LPC_1274 mccA mvaB TRUE 0.988 11.000 0.105 0.062 N NA
 3632043 3632044 LPC_1274 LPC_1275 mvaB acsA TRUE 0.590 157.000 0.024 0.062 N NA
 3632046 3632047 LPC_1277 LPC_1278 metN metI TRUE 0.990 -22.000 0.584 1.000 Y NA
 3632047 3632048 LPC_1278 LPC_1279 metI metQ TRUE 0.983 13.000 0.036 NA Y NA
 3632048 3632049 LPC_1279 LPC_1280 metQ   FALSE 0.108 80.000 0.000 NA   NA
 3632049 3632050 LPC_1280 LPC_1281     FALSE 0.010 281.000 0.000 NA   NA
 3632051 3632052 LPC_1282 LPC_1283   hisB TRUE 0.861 3.000 0.000 NA   NA
 3632052 3632053 LPC_1283 LPC_1284 hisB glyS TRUE 0.990 6.000 0.123 1.000 N NA
 3632053 3632054 LPC_1284 LPC_1285 glyS glyQ TRUE 0.997 -10.000 0.651 0.001 Y NA
 3632054 3632055 LPC_1285 LPC_1286 glyQ com1 FALSE 0.047 235.000 0.000 1.000 N NA
 3632055 3632056 LPC_1286 LPC_1287 com1 uvrD FALSE 0.069 208.000 0.000 1.000 N NA
 3632057 3632058 LPC_1288 LPC_1289 pip dtD TRUE 0.985 -6.000 0.010 0.038   NA
 3632058 3632059 LPC_1289 LPC_1290 dtD vacJ FALSE 0.049 232.000 0.000 1.000 N NA
 3632060 3632061 LPC_1291 LPC_1292 gshB   TRUE 0.994 0.000 0.120 1.000   NA
 3632062 3632063 LPC_1293 LPC_1294     TRUE 0.840 4.000 0.000 NA   NA
 3632063 3632064 LPC_1294 LPC_1295   glpE TRUE 0.958 -13.000 0.035 NA   NA
 3632066 3632067 LPC_1297 LPC_1298   udk TRUE 0.852 -7.000 0.000 1.000   NA
 3632067 3632068 LPC_1298 LPC_1299 udk fabI TRUE 0.508 114.000 0.007 1.000 N NA
 3632069 3632070 LPC_1300 LPC_1301     FALSE 0.092 92.000 0.000 NA   NA
 3632070 3632071 LPC_1301 LPC_1302     TRUE 0.791 7.000 0.000 NA   NA
 3632071 3632072 LPC_1302 LPC_1303     TRUE 0.784 8.000 0.000 NA   NA
 3632072 3632073 LPC_1303 LPC_1304     TRUE 0.485 129.000 0.008 1.000 N NA
 3632073 3632074 LPC_1304 LPC_1305   clpX TRUE 0.587 234.000 0.201 0.085 Y NA
 3632074 3632075 LPC_1305 LPC_1306 clpX clpP TRUE 0.851 141.000 0.352 1.000 Y NA
 3632075 3632076 LPC_1306 LPC_1307 clpP tig TRUE 0.944 -45.000 0.005 1.000 Y NA
 3632076 3632077 LPC_1307 LPC_1308 tig   FALSE 0.311 30.000 0.000 NA   NA
 3632077 3632078 LPC_1308 LPC_1309     FALSE 0.093 91.000 0.000 NA   NA
 3632078 3632079 LPC_1309 LPC_1310     FALSE 0.063 161.000 0.000 NA   NA
 3632079 3632080 LPC_1310 LPC_1311     TRUE 0.803 6.000 0.000 NA   NA
 3632081 3632082 LPC_1312 LPC_1313     TRUE 0.637 83.000 0.047 1.000   NA
 3632083 3632084 LPC_1314 LPC_1315 rnc   TRUE 0.960 -10.000 0.013 NA   NA
 3632084 3632085 LPC_1315 LPC_1316   lepB TRUE 0.970 12.000 0.053 NA   NA
 3632085 3632086 LPC_1316 LPC_1317 lepB   TRUE 0.733 108.000 0.187 1.000 N NA
 3632087 3632088 LPC_1318 LPC_1319 mltB   TRUE 0.609 75.000 0.012 NA N NA
 3632088 3632089 LPC_1319 LPC_1320   yghD TRUE 0.999 -3.000 0.811 1.000 Y NA
 3632091 3632092 LPC_1322 LPC_1323     FALSE 0.012 264.000 0.000 NA   NA
 3632093 3632094 LPC_1324 LPC_1325     FALSE 0.157 57.000 0.000 NA   NA
 3632094 3632095 LPC_1325 LPC_1326     FALSE 0.235 39.000 0.000 NA   NA
 3632097 3632098 LPC_1328 LPC_1329   gloA FALSE 0.092 92.000 0.000 NA   NA
 3632099 3632100 LPC_1330 LPC_1331     FALSE 0.018 238.000 0.000 NA   NA
 3632100 3632101 LPC_1331 LPC_1332     FALSE 0.007 323.000 0.000 NA   NA
 3632102 3632103 LPC_1333 LPC_1334   acyP FALSE 0.004 376.000 0.000 NA   NA
 3632108 3632109 LPC_1339 LPC_1340     FALSE 0.172 54.000 0.000 NA   NA
 3632112 3632113 LPC_1343 LPC_1344     FALSE 0.014 254.000 0.000 NA   NA
 3632114 3632115 LPC_1345 LPC_1346   ychJ FALSE 0.012 263.000 0.000 NA   NA
 3632115 3632116 LPC_1346 LPC_1347 ychJ kefC TRUE 0.969 20.000 0.667 NA   NA
 3632116 3632117 LPC_1347 LPC_1348 kefC   FALSE 0.237 54.000 0.000 1.000   NA
 3632117 3632118 LPC_1348 LPC_1349     TRUE 0.997 -3.000 0.739 NA   NA
 3632118 3632119 LPC_1349 LPC_1350     TRUE 0.997 0.000 0.727 NA   NA
 3632119 3632120 LPC_1350 LPC_1351     FALSE 0.105 82.000 0.000 NA   NA
 3632121 3632122 LPC_1352 LPC_1353     FALSE 0.462 26.000 0.000 1.000   NA
 3632122 3632123 LPC_1353 LPC_1354     TRUE 0.726 11.000 0.000 NA   NA
 3632124 3632125 LPC_1355 LPC_1356     FALSE 0.011 265.000 0.000 NA   NA
 3632125 3632126 LPC_1356 LPC_1357     FALSE 0.294 32.000 0.000 NA   NA
 3632129 3632130 LPC_1360 LPC_1361     TRUE 0.726 11.000 0.000 NA   NA
 3632130 3632131 LPC_1361 LPC_1362   gst FALSE 0.009 325.000 0.000 1.000   NA
 3632131 3632132 LPC_1362 LPC_1363 gst   FALSE 0.339 197.000 0.062 NA   NA
 3632132 3632133 LPC_1363 LPC_1364     TRUE 0.915 41.000 0.667 NA   NA
 3632133 3632134 LPC_1364 LPC_1365   gltX FALSE 0.037 247.000 0.000 1.000 N NA
 3632135 3632136 LPC_1366 LPC_1367 gacS/letS pfp FALSE 0.195 98.000 0.000 1.000 N NA
 3632137 3632138 LPC_1368 LPC_1369 pilE pilE FALSE 0.283 202.000 0.000 0.001 Y NA
 3632139 3632140 LPC_1370 LPC_1371 bolA gadC FALSE 0.203 75.000 0.000 NA N NA
 3632141 3632142 LPC_1372 LPC_1373   kdsB FALSE 0.023 246.000 0.000 1.000   NA
 3632142 3632143 LPC_1373 LPC_1374 kdsB lpxK TRUE 0.995 -3.000 0.265 NA   NA
 3632143 3632144 LPC_1374 LPC_1375 lpxK   TRUE 0.958 -7.000 0.003 NA   NA
 3632144 3632145 LPC_1375 LPC_1376     TRUE 0.960 -22.000 0.082 1.000 N NA
 3632145 3632146 LPC_1376 LPC_1377   fdxA TRUE 0.949 -12.000 0.006 1.000   NA
 3632147 3632148 LPC_1378 LPC_1379     FALSE 0.007 316.000 0.000 NA   NA
 3632148 3632149 LPC_1379 LPC_1380     TRUE 0.799 76.000 0.400 NA   NA
 3632149 3632150 LPC_1380 LPC_1381     TRUE 0.517 76.000 0.009 NA   NA
 3632150 3632151 LPC_1381 LPC_1382     TRUE 0.816 12.000 0.000 NA N NA
 3632151 3632152 LPC_1382 LPC_1383     FALSE 0.187 51.000 0.000 NA   NA
 3632154 3632155 LPC_1385 LPC_1386     FALSE 0.031 203.000 0.000 NA   NA
 3632155 3632156 LPC_1386 LPC_1387     TRUE 0.720 -10.000 0.000 NA   NA
 3632157 3632158 LPC_1388 LPC_1389     TRUE 0.998 -3.000 0.286 1.000 Y NA
 3632159 3632160 LPC_1390 LPC_1391     FALSE 0.002 685.000 0.000 NA   NA
 3632161 3632162 LPC_1392 LPC_1393     TRUE 0.862 71.000 1.000 NA   NA
 3632162 3632163 LPC_1393 LPC_1394     FALSE 0.002 688.000 0.000 NA   NA
 3632163 3632164 LPC_1394 LPC_1395     FALSE 0.067 153.000 0.000 NA   NA
 3632166 3632167 LPC_1397 LPC_1398     FALSE 0.237 54.000 0.000 1.000   NA
 3632172 3632173 LPC_1404 LPC_1405     TRUE 0.773 9.000 0.000 NA   NA
 3632174 3632175 LPC_1406 LPC_1407     FALSE 0.068 150.000 0.000 NA   NA
 3632175 3632176 LPC_1407 LPC_1408     TRUE 0.979 -19.000 0.652 NA   NA
 3632176 3632177 LPC_1408 LPC_1409     FALSE 0.027 239.000 0.000 1.000   NA
 3632177 3632178 LPC_1409 LPC_1410     TRUE 0.987 15.000 1.000 1.000   NA
 3632180 3632181 LPC_1412 LPC_1413     FALSE 0.078 170.000 0.000 1.000   NA
 3632181 3632182 LPC_1413 LPC_1414     TRUE 0.746 17.000 0.000 1.000 N NA
 3632182 3632183 LPC_1414 LPC_1415     TRUE 0.509 70.000 0.000 1.000 Y NA
 3632183 3632184 LPC_1415 LPC_1416     TRUE 0.803 109.000 0.750 1.000   NA
 3632186 3632187 LPC_1418 LPC_1419     FALSE 0.084 105.000 0.000 NA   NA
 3632187 3632188 LPC_1419 LPC_1420     FALSE 0.011 269.000 0.000 NA   NA
 3632188 3632189 LPC_1420 LPC_1421     TRUE 0.885 0.000 0.000 NA   NA
 3632189 3632190 LPC_1421 LPC_1422     FALSE 0.003 415.000 0.000 NA   NA
 3632191 3632192 LPC_1423 LPC_1424 ralF   FALSE 0.004 528.000 0.000 1.000   NA
 3632192 3632193 LPC_1424 LPC_1425     TRUE 0.996 -3.000 0.446 1.000   NA
 3632194 3632195 LPC_1426 LPC_1427     FALSE 0.003 439.000 0.000 NA   NA
 3632195 3632196 LPC_1427 LPC_1428     FALSE 0.016 244.000 0.000 NA   NA
 3632196 3632197 LPC_1428 LPC_1429     TRUE 0.885 0.000 0.000 NA   NA
 3632202 3632203 LPC_1434 LPC_1435     FALSE 0.036 193.000 0.000 NA   NA
 3632203 3632204 LPC_1435 LPC_1436     FALSE 0.004 380.000 0.000 NA   NA
 3632204 3632205 LPC_1436 LPC_1437     FALSE 0.041 185.000 0.000 NA   NA
 3632208 3632209 LPC_1441 LPC_1442     FALSE 0.111 78.000 0.000 NA   NA
 3632209 3632210 LPC_1442 LPC_1443     FALSE 0.005 358.000 0.000 NA   NA
 3632210 3632211 LPC_1443 LPC_1445     FALSE 0.002 2586.000 0.000 NA   NA
 3632211 3632212 LPC_1445 LPC_1446     FALSE 0.003 429.000 0.000 NA   NA
 3632212 3632213 LPC_1446 LPC_1447     FALSE 0.006 336.000 0.000 NA   NA
 3632214 3632215 LPC_1448 LPC_1449     FALSE 0.157 57.000 0.000 NA   NA
 3632215 3632216 LPC_1449 LPC_1450     TRUE 0.509 144.000 0.050 NA   NA
 3632217 3632218 LPC_1451 LPC_1452     FALSE 0.003 417.000 0.000 NA   NA
 3632219 3632220 LPC_1453 LPC_1454     FALSE 0.075 128.000 0.000 NA   NA
 3632220 3632221 LPC_1454 LPC_1455     FALSE 0.202 45.000 0.000 NA   NA
 3632221 3632222 LPC_1455 LPC_1456     FALSE 0.010 279.000 0.000 NA   NA
 3632223 3632224 LPC_1457 LPC_1458 gst   TRUE 0.723 35.000 0.000 1.000 Y NA
 3632224 3632225 LPC_1458 LPC_1459     FALSE 0.021 227.000 0.000 NA   NA
 3632226 3632227 LPC_1460 LPC_1461     FALSE 0.003 472.000 0.000 NA   NA
 3632227 3632228 LPC_1461 LPC_1462     FALSE 0.005 367.000 0.000 NA   NA
 3632228 3632229 LPC_1462 LPC_1463     FALSE 0.039 189.000 0.000 NA   NA
 3632231 3632232 LPC_1465 LPC_1466     FALSE 0.003 428.000 0.000 NA   NA
 3632232 3632233 LPC_1466 LPC_1467   hyuE FALSE 0.450 20.000 0.000 NA   NA
 3632234 3632235 LPC_1468 LPC_1469 gad   FALSE 0.044 182.000 0.000 NA   NA
 3632235 3632236 LPC_1469 LPC_1470     FALSE 0.025 217.000 0.000 NA   NA
 3632237 3632238 LPC_1471 LPC_1472     FALSE 0.087 99.000 0.000 NA   NA
 3632239 3632240 LPC_1473 LPC_1474     FALSE 0.030 204.000 0.000 NA   NA
 3632240 3632241 LPC_1474 LPC_1475     FALSE 0.108 80.000 0.000 NA   NA
 3632243 3632244 LPC_1477 LPC_1478     FALSE 0.083 110.000 0.000 NA   NA
 3632244 3632245 LPC_1478 LPC_1479     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 3632245 3632246 LPC_1479 LPC_1480     TRUE 0.970 -61.000 1.000 NA   NA
 3632247 3632248 LPC_1481 LPC_1482 hisC phs TRUE 0.801 37.000 0.008 1.000 N NA
 3632249 3632250 LPC_1483 LPC_1484 secF secD TRUE 0.989 13.000 0.030 0.001 Y NA
 3632250 3632251 LPC_1484 LPC_1485 secD yajC TRUE 0.934 22.000 0.007 NA Y NA
 3632251 3632252 LPC_1485 LPC_1486 yajC tgt TRUE 0.720 146.000 0.325 NA N NA
 3632252 3632253 LPC_1486 LPC_1487 tgt queA TRUE 0.965 47.000 0.360 0.001 Y NA
 3632253 3632254 LPC_1487 LPC_1488 queA   FALSE 0.081 115.000 0.000 NA   NA
 3632254 3632255 LPC_1488 LPC_1489   uup-A FALSE 0.442 82.000 0.005 NA   NA
 3632255 3632256 LPC_1489 LPC_1490 uup-A   FALSE 0.201 61.000 0.000 1.000   NA
 3632256 3632257 LPC_1490 LPC_1491     TRUE 0.861 3.000 0.000 NA   NA
 3632257 3632258 LPC_1491 LPC_1492   spoT TRUE 0.996 0.000 0.215 NA N NA
 3632258 3632259 LPC_1492 LPC_1493 spoT rpoZ TRUE 0.801 168.000 0.291 1.000 Y NA
 3632259 3632260 LPC_1493 LPC_1494 rpoZ gmk TRUE 0.912 51.000 0.471 1.000 N NA
 3632260 3632261 LPC_1494 LPC_1495 gmk   TRUE 0.991 6.000 0.276 NA   NA
 3632264 3632265 LPC_1498 LPC_1499   proC TRUE 0.993 -3.000 0.158 NA   NA
 3632265 3632266 LPC_1499 LPC_1500 proC   FALSE 0.105 345.000 0.152 1.000   NA
 3632266 3632267 LPC_1500 LPC_1501     TRUE 0.546 60.000 0.005 NA   NA
 3632267 3632268 LPC_1501 LPC_1502     TRUE 0.624 14.000 0.000 NA   NA
 3632269 3632270 LPC_1503 LPC_1504   oruR FALSE 0.166 132.000 0.000 1.000 N NA
 3632270 3632271 LPC_1504 LPC_1505 oruR sahH FALSE 0.175 124.000 0.000 1.000 N NA
 3632271 3632272 LPC_1505 LPC_1506 sahH metK TRUE 0.984 19.000 0.114 0.001 Y NA
 3632272 3632273 LPC_1506 LPC_1507 metK carA FALSE 0.101 209.000 0.000 0.082 N NA
 3632273 3632274 LPC_1507 LPC_1508 carA dnaJ TRUE 0.525 96.000 0.002 0.082 N NA
 3632274 3632275 LPC_1508 LPC_1509 dnaJ   TRUE 0.783 189.000 0.236 0.003 Y NA
 3632275 3632276 LPC_1509 LPC_1510   grpE TRUE 0.795 145.000 0.049 0.006 Y NA
 3632280 3632281 LPC_1514 LPC_1515   argS TRUE 0.988 0.000 0.008 NA N NA
 3632281 3632282 LPC_1515 LPC_1516 argS   FALSE 0.082 113.000 0.000 NA   NA
 3632282 3632283 LPC_1516 LPC_1517     TRUE 0.822 5.000 0.000 NA   NA
 3632286 3632287 LPC_1520 LPC_1521     TRUE 0.665 116.000 0.074 0.066   NA
 3632287 3632288 LPC_1521 LPC_1522     TRUE 0.962 -7.000 0.004 NA   NA
 3632288 3632289 LPC_1522 LPC_1523   eno TRUE 0.769 32.