MicrobesOnline Operon Predictions for Acinetobacter baumannii ATCC 17978

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
3627357	3627358	A1S_0001	A1S_0002			TRUE	0.637	329.000	0.328	1.000	Y	NA
3627358	3627359	A1S_0002	A1S_0003			TRUE	0.893	255.000	0.318	1.000	Y	NA
3627359	3627360	A1S_0003	A1S_0004			TRUE	0.988	167.000	0.249	0.004	Y	NA
3627360	3627361	A1S_0004	A1S_0005			FALSE	0.341	128.000	0.003	1.000	N	NA
3627362	3627363	A1S_0006	A1S_0007			FALSE	0.061	374.000	0.000	NA		NA
3627364	3627365	A1S_0008	A1S_0009			FALSE	0.305	277.000	0.000	NA		NA
3627365	3627366	A1S_0009	A1S_0010			FALSE	0.062	373.000	0.000	NA		NA
3627366	3627367	A1S_0010	A1S_0011			FALSE	0.412	209.000	0.005	NA		NA
3627368	3627369	A1S_0012	A1S_0013		anmK	FALSE	0.442	215.000	0.000	NA		NA
3627373	3627374	A1S_0017	A1S_0018			TRUE	0.691	118.000	0.019	NA		NA
3627374	3627375	A1S_0018	A1S_0019			TRUE	0.898	-7.000	0.417	1.000	N	NA
3627375	3627376	A1S_0019	A1S_0020		ileS	TRUE	0.728	77.000	0.147	1.000	N	NA
5572060	3627377	A1S_0021	A1S_0023			FALSE	0.019	529.000	0.000	NA		NA
3627377	3627378	A1S_0023	A1S_0024			FALSE	0.440	81.000	0.010	1.000	N	NA
3627379	3627380	A1S_0025	A1S_0026			FALSE	0.059	387.000	0.000	1.000		NA
3627380	3627381	A1S_0026	A1S_0027			TRUE	0.948	92.000	0.094	1.000	Y	NA
3627381	3627382	A1S_0027	A1S_0028			TRUE	0.628	258.000	0.340	1.000	N	NA
3627382	3627383	A1S_0028	A1S_0029			TRUE	0.760	114.000	0.186	1.000	N	NA
3627383	3627384	A1S_0029	A1S_0030			TRUE	0.983	189.000	0.157	0.002	Y	NA
3627384	3627385	A1S_0030	A1S_0031			FALSE	0.015	400.000	0.000	1.000	N	NA
3627385	3627386	A1S_0031	A1S_0032			FALSE	0.431	232.000	0.009	NA		NA
3627386	3627387	A1S_0032	A1S_0033			FALSE	0.402	256.000	0.000	NA		NA
3627387	3627388	A1S_0033	A1S_0034			FALSE	0.466	185.000	0.009	NA		NA
3627388	3627389	A1S_0034	A1S_0035			FALSE	0.570	195.000	0.098	1.000		NA
3627389	3627390	A1S_0035	A1S_0036			TRUE	0.905	75.000	0.259	1.000		NA
3627392	3627393	A1S_0038	A1S_0039			TRUE	0.895	245.000	0.000	0.016		NA
3627394	3627395	A1S_0040	A1S_0041			TRUE	0.811	130.000	0.294	1.000	N	NA
3627395	3627396	A1S_0041	A1S_0042			FALSE	0.037	325.000	0.005	1.000	N	NA
3627396	3627397	A1S_0042	A1S_0043			FALSE	0.006	524.000	0.000	1.000	N	NA
3627399	3627400	A1S_0045	A1S_0046			FALSE	0.073	364.000	0.006	1.000		NA
3627401	3627402	A1S_0047	A1S_0048			TRUE	0.995	171.000	0.800	0.005	Y	NA
3627402	3627403	A1S_0048	A1S_0049			TRUE	0.794	181.000	0.500	1.000	N	NA
3627403	3627404	A1S_0049	A1S_0050			TRUE	0.798	242.000	0.625	1.000	N	NA
3627404	3627405	A1S_0050	A1S_0051			TRUE	0.943	59.000	0.667	1.000	N	NA
3627406	3627407	A1S_0052	A1S_0053			TRUE	0.953	124.000	0.070	0.069		NA
3627407	3627408	A1S_0053	A1S_0054			TRUE	0.825	-3.000	0.107	1.000		NA
3627408	3627409	A1S_0054	A1S_0055			TRUE	0.799	203.000	0.045	1.000	Y	NA
3627409	3627410	A1S_0055	A1S_0056			TRUE	0.751	71.000	0.045	1.000		NA
3627410	3627411	A1S_0056	A1S_0057			TRUE	0.623	144.000	0.039	1.000		NA
3627411	3627412	A1S_0057	A1S_0058			FALSE	0.042	420.000	0.000	1.000		NA
3627412	3627413	A1S_0058	A1S_0059			FALSE	0.165	2388.000	0.000	0.022	Y	NA
3627413	3627414	A1S_0059	A1S_0060			TRUE	0.717	67.000	0.021	NA		NA
3627414	3627415	A1S_0060	A1S_0061			FALSE	0.520	166.000	0.018	NA		NA
3627415	3627416	A1S_0061	A1S_0062			TRUE	0.727	103.000	0.018	NA		NA
3627416	3627417	A1S_0062	A1S_0063			FALSE	0.016	701.000	0.000	1.000		NA
3627417	3627418	A1S_0063	A1S_0064			FALSE	0.357	294.000	0.125	1.000		NA
3627418	3627419	A1S_0064	A1S_0065			TRUE	0.623	158.000	0.188	1.000	N	NA
3627421	3627422	A1S_0067	A1S_0068			TRUE	0.941	77.000	0.652	1.000	N	NA
3627422	3627423	A1S_0068	A1S_0069			TRUE	0.749	159.000	0.309	1.000	N	NA
3627423	3627424	A1S_0069	A1S_0070			FALSE	0.102	502.000	0.053	1.000	Y	NA
3627426	3627427	A1S_0072	A1S_0073		prpB	TRUE	0.587	56.000	0.080	1.000	N	NA
3627427	5572061	A1S_0073	A1S_0074	prpB		FALSE	0.058	381.000	0.000	NA		NA
5572061	3627428	A1S_0074	A1S_0076			TRUE	0.744	3.000	0.000	NA		NA
3627428	3627429	A1S_0076	A1S_0077			TRUE	0.758	110.000	0.000	1.000		NA
3627429	3627430	A1S_0077	A1S_0078			FALSE	0.017	586.000	0.000	NA		NA
3627430	3627431	A1S_0078	A1S_0079			FALSE	0.011	840.000	0.000	NA		NA
3627431	3627432	A1S_0079	A1S_0080			FALSE	0.009	1344.000	0.000	1.000		NA
5572062	3627434	A1S_0082	A1S_0086			TRUE	0.744	89.000	0.000	NA		NA
3627436	3627437	A1S_0088	A1S_0089			FALSE	0.448	222.000	0.000	NA		NA
3627437	3627438	A1S_0089	A1S_0090			TRUE	0.602	168.000	0.087	NA		NA
3627438	3627439	A1S_0090	A1S_0091			TRUE	0.718	29.000	0.038	NA		NA
3627443	3627444	A1S_0095	A1S_0096			FALSE	0.410	93.000	0.040	1.000	N	NA
3627444	3627445	A1S_0096	A1S_0097			TRUE	0.825	11.000	0.250	NA	N	NA
3627445	3627446	A1S_0097	A1S_0098			FALSE	0.092	279.000	0.000	NA	N	NA
3627446	3627447	A1S_0098	A1S_0099			FALSE	0.456	488.000	0.000	0.009	Y	NA
5572063	3627449	A1S_0101	A1S_0103			FALSE	0.446	201.000	0.000	NA		NA
3627449	3627450	A1S_0103	A1S_0104			TRUE	0.804	316.000	0.600	1.000	Y	NA
3627450	3627451	A1S_0104	A1S_0105			TRUE	0.929	138.000	0.148	1.000	Y	NA
3627451	3627452	A1S_0105	A1S_0106			TRUE	0.886	229.000	0.222	1.000	Y	NA
3627452	3627453	A1S_0106	A1S_0107			TRUE	0.995	109.000	0.231	0.005	Y	NA
3627453	3627454	A1S_0107	A1S_0108			FALSE	0.558	189.000	0.214	1.000	N	NA
3627455	3627456	A1S_0109	A1S_0110			TRUE	0.818	241.000	0.500	NA		NA
3627457	3627458	A1S_0111	A1S_0112			FALSE	0.004	782.000	0.000	1.000	N	NA
3627458	3627459	A1S_0112	A1S_0113			TRUE	0.807	201.000	0.000	1.000	Y	NA
3627459	3627460	A1S_0113	A1S_0114			TRUE	0.810	-3.000	0.091	1.000		NA
3627460	3627461	A1S_0114	A1S_0115			TRUE	0.989	111.000	0.333	0.006		NA
3627461	3627462	A1S_0115	A1S_0116			FALSE	0.466	205.000	0.000	1.000		NA
3627462	3627463	A1S_0116	A1S_0117			TRUE	0.945	78.000	0.500	NA		NA
3627463	3627464	A1S_0117	A1S_0118			FALSE	0.499	174.000	0.044	NA		NA
3627464	3627465	A1S_0118	A1S_0119			FALSE	0.575	161.000	0.044	1.000		NA
3627466	3627467	A1S_0120	A1S_0121	trnG	trnG	TRUE	0.745	46.000	0.000	NA		NA
3627468	3627469	A1S_0122	A1S_0123			TRUE	0.712	45.000	0.033	NA		NA
3627469	3627470	A1S_0123	A1S_0124			FALSE	0.237	293.000	0.054	NA		NA
3627470	3627471	A1S_0124	A1S_0125			TRUE	0.769	8.000	0.071	NA		NA
3627471	3627472	A1S_0125	A1S_0126			FALSE	0.094	342.000	0.000	NA		NA
3627476	3627477	A1S_0130	A1S_0131	guaA		FALSE	0.453	198.000	0.003	1.000		NA
3627477	3627478	A1S_0131	A1S_0132			FALSE	0.152	318.000	0.000	NA		NA
3627478	3627479	A1S_0132	A1S_0133			TRUE	0.759	61.000	0.065	NA		NA
3627479	3627480	A1S_0133	A1S_0134			FALSE	0.198	304.000	0.059	NA		NA
3627480	3627481	A1S_0134	A1S_0135			TRUE	0.738	138.000	0.118	NA		NA
3627481	3627482	A1S_0135	A1S_0136			TRUE	0.943	112.000	0.088	1.000	Y	NA
3627483	5572064	A1S_0137	A1S_0138			FALSE	0.322	274.000	0.000	NA		NA
3627487	3627488	A1S_0143	A1S_0144			TRUE	0.996	88.000	0.755	0.089	Y	NA
3627488	3627489	A1S_0144	A1S_0145			TRUE	0.904	204.000	0.309	1.000	Y	NA
3627490	3627491	A1S_0146	A1S_0147			FALSE	0.431	236.000	0.023	1.000		NA
3627491	3627492	A1S_0147	A1S_0148			TRUE	0.919	180.000	0.291	1.000	Y	NA
3627494	3627495	A1S_0150	A1S_0151			TRUE	0.998	102.000	0.666	0.003	Y	NA
3627495	3627496	A1S_0151	A1S_0152			TRUE	0.995	112.000	0.242	0.003	Y	NA
3627496	3627497	A1S_0152	A1S_0153			TRUE	0.998	47.000	0.864	0.003	Y	NA
3627497	3627498	A1S_0153	A1S_0154			TRUE	0.998	78.000	0.846	0.003	Y	NA
3627498	3627499	A1S_0154	A1S_0155			TRUE	0.998	31.000	0.724	0.003	Y	NA
3627499	3627500	A1S_0155	A1S_0156			TRUE	0.998	81.000	0.837	0.003	Y	NA
3627500	3627501	A1S_0156	A1S_0157			FALSE	0.410	209.000	0.002	NA		NA
3627502	3627503	A1S_0158	A1S_0159			FALSE	0.425	200.000	0.018	NA		NA
3627503	3627504	A1S_0159	A1S_0160			FALSE	0.333	123.000	0.024	1.000	N	NA
3627504	3627505	A1S_0160	A1S_0161			TRUE	0.757	184.000	0.444	1.000	N	NA
3627506	3627507	A1S_0162	A1S_0163			FALSE	0.383	262.000	0.000	NA		NA
3627507	3627508	A1S_0163	A1S_0164			TRUE	0.748	102.000	0.000	NA		NA
3627509	3627510	A1S_0165	A1S_0166			FALSE	0.287	105.000	0.023	NA	N	NA
3627510	3627511	A1S_0166	A1S_0167			TRUE	0.749	63.000	0.017	1.000		NA
3627512	3627513	A1S_0168	A1S_0169			FALSE	0.516	163.000	0.030	NA		NA
3627513	3627514	A1S_0169	A1S_0170			FALSE	0.140	319.000	0.017	NA		NA
3627514	3627515	A1S_0170	A1S_0171			TRUE	0.736	54.000	0.012	NA		NA
3627517	3627518	A1S_0173	A1S_r01			FALSE	0.022	501.000	0.000	NA		NA
3627518	3627519	A1S_r01	A1S_0174		trnI	TRUE	0.744	61.000	0.000	NA		NA
3627519	3627520	A1S_0174	A1S_0175	trnI	trnA	TRUE	0.745	56.000	0.000	NA		NA
3627520	3627521	A1S_0175	A1S_r02	trnA		FALSE	0.097	341.000	0.000	NA		NA
3627521	3627522	A1S_r02	A1S_r03			FALSE	0.554	164.000	0.000	NA		NA
3627522	3627523	A1S_r03	A1S_0176			FALSE	0.412	253.000	0.000	NA		NA
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3627667	3627668	A1S_0330	A1S_0331		secG	FALSE	0.440	13.000	0.009	1.000	N	NA
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3627669	3627670	A1S_0332	A1S_0333	trnL	trnM	TRUE	0.745	43.000	0.000	NA		NA
3627670	3627671	A1S_0333	A1S_0334	trnM		FALSE	0.362	267.000	0.000	NA		NA
3627671	3627672	A1S_0334	A1S_0335		nusA	TRUE	0.850	266.000	0.759	NA		NA
3627672	5572070	A1S_0335	A1S_0336	nusA		FALSE	0.542	167.000	0.000	NA		NA
5572070	3627673	A1S_0336	A1S_0338			TRUE	0.745	105.000	0.000	NA		NA
3627674	3627675	A1S_0339	A1S_0340			FALSE	0.349	342.000	0.000	1.000	Y	NA
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3627678	3627679	A1S_0343	A1S_0344			FALSE	0.028	474.000	0.000	1.000		NA
3627679	3627680	A1S_0344	A1S_0345			TRUE	0.946	144.000	0.080	0.054		NA
3627680	3627681	A1S_0345	A1S_0346			TRUE	0.663	133.000	0.005	1.000		NA
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3629105	3629106	A1S_1777	A1S_1778			TRUE	0.862	123.000	0.222	NA		NA
3629106	3629107	A1S_1778	A1S_1779			TRUE	0.833	74.000	0.130	NA		NA
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3629207	3629208	A1S_1879	A1S_1880			FALSE	0.015	672.000	0.000	NA		NA
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3629211	3629212	A1S_1883	A1S_1884	aroD		FALSE	0.052	315.000	0.013	1.000	N	NA
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3629248	3629249	A1S_1920	A1S_1921			FALSE	0.034	444.000	0.000	1.000		NA
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3629258	3629259	A1S_1930	A1S_1931			FALSE	0.164	309.000	0.002	NA		NA
3629259	3629260	A1S_1931	A1S_1932			TRUE	0.893	200.000	0.800	NA		NA
3629261	3629262	A1S_1933	A1S_1934			FALSE	0.108	336.000	0.000	NA		NA
3629262	3629263	A1S_1934	A1S_1935			FALSE	0.529	234.000	0.097	NA		NA
3629269	3629270	A1S_1941	A1S_1942			FALSE	0.437	237.000	0.000	NA		NA
3629272	3629273	A1S_1944	A1S_1945			FALSE	0.027	477.000	0.000	1.000		NA
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