MicrobesOnline Operon Predictions for Comamonas testosteroni KF-1

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

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Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3033595 3033596 CtesDRAFT_2512 CtesDRAFT_2513     TRUE 0.947 -3.000 0.128 NA   NA
 3033599 3033600 CtesDRAFT_2516 CtesDRAFT_2517     TRUE 0.669 127.000 0.000 1.000 Y NA
 3033601 3033602 CtesDRAFT_2518 CtesDRAFT_2519     FALSE 0.060 273.000 0.071 1.000 N NA
 3033602 3033603 CtesDRAFT_2519 CtesDRAFT_2520     TRUE 0.803 74.000 0.429 1.000   NA
 3033604 3033605 CtesDRAFT_2521 CtesDRAFT_2522     FALSE 0.393 73.000 0.000 0.066 N NA
 3033605 3033606 CtesDRAFT_2522 CtesDRAFT_2523     FALSE 0.165 78.000 0.000 NA   NA
 3033606 3033607 CtesDRAFT_2523 CtesDRAFT_2524     FALSE 0.115 166.000 0.000 NA   NA
 3033609 3033610 CtesDRAFT_2526 CtesDRAFT_2527     FALSE 0.021 241.000 0.000 1.000 N NA
 3033611 3033612 CtesDRAFT_2528 CtesDRAFT_2529     FALSE 0.170 88.000 0.000 NA   NA
 3033614 3033615 CtesDRAFT_2531 CtesDRAFT_2532     FALSE 0.449 151.000 0.060 1.000   NA
 3033616 3033617 CtesDRAFT_2533 CtesDRAFT_2534     TRUE 0.908 -82.000 0.234 1.000 N NA
 3033617 3033618 CtesDRAFT_2534 CtesDRAFT_2535     TRUE 0.883 -3.000 0.038 1.000 N NA
 3033618 3033619 CtesDRAFT_2535 CtesDRAFT_2536     FALSE 0.454 58.000 0.045 NA   NA
 3033620 3033621 CtesDRAFT_2537 CtesDRAFT_2538     FALSE 0.340 37.000 0.006 NA   NA
 3033622 3033623 CtesDRAFT_2539 CtesDRAFT_2540     FALSE 0.515 105.000 0.069 1.000   NA
 3033624 3033625 CtesDRAFT_2541 CtesDRAFT_2542     FALSE 0.009 326.000 0.000 1.000   NA
 3033625 3033626 CtesDRAFT_2542 CtesDRAFT_2543     FALSE 0.204 111.000 0.000 1.000   NA
 3033628 3033629 CtesDRAFT_2545 CtesDRAFT_2546     TRUE 0.950 18.000 0.074 1.000 Y NA
 3033629 3033630 CtesDRAFT_2546 CtesDRAFT_2547     FALSE 0.291 39.000 0.003 NA   NA
 3033630 3033631 CtesDRAFT_2547 CtesDRAFT_2548     FALSE 0.378 122.000 0.031 NA   NA
 3033632 3033633 CtesDRAFT_2549 CtesDRAFT_2550     TRUE 0.988 -3.000 0.178 1.000 Y NA
 3033635 3033636 CtesDRAFT_2552 CtesDRAFT_2553     FALSE 0.150 134.000 0.000 1.000 N NA
 3033636 3033637 CtesDRAFT_2553 CtesDRAFT_3471     FALSE 0.214 56.000 0.000 1.000   NA
 3033638 3033639 CtesDRAFT_2554 CtesDRAFT_2555     TRUE 0.974 49.000 1.000 1.000 Y NA
 3033639 3033640 CtesDRAFT_2555 CtesDRAFT_2556     FALSE 0.512 9.000 0.000 NA N NA
 3033640 3033641 CtesDRAFT_2556 CtesDRAFT_2557     FALSE 0.391 106.000 0.042 NA N NA
 3033641 3033642 CtesDRAFT_2557 CtesDRAFT_2558     TRUE 0.815 28.000 0.158 1.000 N NA
 3033642 3033643 CtesDRAFT_2558 CtesDRAFT_2559     TRUE 0.634 86.000 0.182 1.000 N NA
 3033645 3033646 CtesDRAFT_2560 CtesDRAFT_2561     FALSE 0.394 164.000 0.065 1.000   NA
 3033649 3033650 CtesDRAFT_2564 CtesDRAFT_2565     TRUE 0.787 142.000 0.053 1.000 Y NA
 3033651 3033652 CtesDRAFT_2566 CtesDRAFT_2567     FALSE 0.288 112.000 0.017 1.000 N NA
 3033653 3033654 CtesDRAFT_2568 CtesDRAFT_2569     FALSE 0.201 120.000 0.000 1.000   NA
 3033654 3033655 CtesDRAFT_2569 CtesDRAFT_3473     FALSE 0.175 130.000 0.000 NA   NA
 3033655 3033656 CtesDRAFT_3473 CtesDRAFT_3474     FALSE 0.003 467.000 0.000 NA   NA
 3033658 3033659 CtesDRAFT_2571 CtesDRAFT_2572     FALSE 0.149 211.000 0.046 1.000   NA
 3033659 3033660 CtesDRAFT_2572 CtesDRAFT_2573     FALSE 0.164 144.000 0.000 NA   NA
 3033661 3033662 CtesDRAFT_2574 CtesDRAFT_2575     FALSE 0.033 214.000 0.000 1.000 N NA
 3033662 3033663 CtesDRAFT_2575 CtesDRAFT_2576     TRUE 0.987 16.000 0.210 0.002 Y NA
 3033666 3033667 CtesDRAFT_2578 CtesDRAFT_2579     FALSE 0.022 238.000 0.000 1.000 N NA
 3033668 3033669 CtesDRAFT_2580 CtesDRAFT_2581     FALSE 0.520 101.000 0.080 NA   NA
 3033669 3033670 CtesDRAFT_2581 CtesDRAFT_2582     FALSE 0.173 53.000 0.000 1.000 N NA
 3033671 3033672 CtesDRAFT_2583 CtesDRAFT_3476     TRUE 0.968 -7.000 0.000 0.026 Y NA
 3033672 3033673 CtesDRAFT_3476 CtesDRAFT_2584     TRUE 0.992 -3.000 0.167 0.083 Y NA
 3033675 3033676 CtesDRAFT_2586 CtesDRAFT_2587     FALSE 0.173 165.000 0.013 1.000 N NA
 3033676 3033677 CtesDRAFT_2587 CtesDRAFT_2588     TRUE 0.586 167.000 0.222 1.000   NA
 3033677 3033678 CtesDRAFT_2588 CtesDRAFT_2589     FALSE 0.245 195.000 0.000 0.005   NA
 3033678 3033679 CtesDRAFT_2589 CtesDRAFT_2590     TRUE 0.615 53.000 0.103 1.000   NA
 3033679 3033680 CtesDRAFT_2590 CtesDRAFT_2591     TRUE 0.982 4.000 0.359 0.066   NA
 3033680 3033681 CtesDRAFT_2591 CtesDRAFT_2592     TRUE 0.978 -7.000 0.590 1.000   NA
 3033681 3033682 CtesDRAFT_2592 CtesDRAFT_2593     FALSE 0.485 77.000 0.062 1.000   NA
 3033682 3033683 CtesDRAFT_2593 CtesDRAFT_2594     FALSE 0.120 155.000 0.000 1.000 N NA
 3033683 3033684 CtesDRAFT_2594 CtesDRAFT_2595     FALSE 0.166 249.000 0.000 1.000 Y NA
 3033686 3033687 CtesDRAFT_2596 CtesDRAFT_2597     FALSE 0.012 293.000 0.000 1.000   NA
 3033689 3033690 CtesDRAFT_2599 CtesDRAFT_2600     TRUE 0.976 4.000 0.500 1.000 N NA
 3033690 3033691 CtesDRAFT_2600 CtesDRAFT_2601     TRUE 0.678 112.000 0.000 1.000 Y NA
 3033692 3033693 CtesDRAFT_3478 CtesDRAFT_2602     FALSE 0.170 88.000 0.000 NA   NA
 3033693 3033694 CtesDRAFT_2602 CtesDRAFT_2603     TRUE 0.940 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 3033699 3033700 CtesDRAFT_2608 CtesDRAFT_2609     TRUE 0.697 85.000 0.254 1.000 N NA
 3033700 3033701 CtesDRAFT_2609 CtesDRAFT_2610     TRUE 0.800 149.000 0.495 1.000   NA
 3033704 3033705 CtesDRAFT_2613 CtesDRAFT_2614     TRUE 0.904 -3.000 0.052 1.000 N NA
 3033705 3033706 CtesDRAFT_2614 CtesDRAFT_2615     TRUE 0.871 8.000 0.065 1.000 N NA
 3033706 3033707 CtesDRAFT_2615 CtesDRAFT_2616     TRUE 0.991 -243.000 0.579 0.006 Y NA
 3033709 3033710 CtesDRAFT_2618 CtesDRAFT_3479     FALSE 0.172 95.000 0.000 NA   NA
 3033710 3033711 CtesDRAFT_3479 CtesDRAFT_2619     FALSE 0.030 230.000 0.000 NA   NA
 3033711 3033712 CtesDRAFT_2619 CtesDRAFT_2620     FALSE 0.338 170.000 0.065 1.000 N NA
 3033712 3033713 CtesDRAFT_2620 CtesDRAFT_R0001     FALSE 0.018 257.000 0.000 NA   NA
 3033714 3033715 CtesDRAFT_3480 CtesDRAFT_2621     FALSE 0.166 83.000 0.000 NA   NA
 3033715 3033716 CtesDRAFT_2621 CtesDRAFT_2622     TRUE 0.702 0.000 0.000 NA   NA
 3033718 3033719 CtesDRAFT_2623 CtesDRAFT_3482     FALSE 0.390 -222.000 0.000 1.000 N NA
 3033722 3033723 CtesDRAFT_2626 CtesDRAFT_2627     FALSE 0.307 37.000 0.000 1.000   NA
 3033724 3033725 CtesDRAFT_3483 CtesDRAFT_2628     TRUE 0.550 13.000 0.000 NA   NA
 3033725 3033726 CtesDRAFT_2628 CtesDRAFT_2629     TRUE 0.747 -3.000 0.000 1.000   NA
 3033726 3033727 CtesDRAFT_2629 CtesDRAFT_2630     TRUE 0.988 -3.000 0.429 0.074   NA
 3033727 3033728 CtesDRAFT_2630 CtesDRAFT_2631     FALSE 0.478 -178.000 0.000 1.000   NA
 3033728 3033729 CtesDRAFT_2631 CtesDRAFT_2632     FALSE 0.431 75.000 0.043 1.000   NA
 3033729 3033730 CtesDRAFT_2632 CtesDRAFT_2633     TRUE 0.682 41.000 0.100 1.000   NA
 3033730 3033731 CtesDRAFT_2633 CtesDRAFT_2634     TRUE 0.992 -13.000 0.667 1.000 Y NA
 3033731 3033732 CtesDRAFT_2634 CtesDRAFT_2635     TRUE 0.548 282.000 0.333 0.003 Y NA
 3033733 3033734 CtesDRAFT_2636 CtesDRAFT_2637     TRUE 0.997 -3.000 0.857 1.000 Y NA
 3033735 3033736 CtesDRAFT_2638 CtesDRAFT_2639     FALSE 0.416 23.000 0.000 NA   NA
 3033736 3033737 CtesDRAFT_2639 CtesDRAFT_2640     TRUE 0.557 -22.000 0.000 NA   NA
 3033737 3033738 CtesDRAFT_2640 CtesDRAFT_2641     FALSE 0.221 184.000 0.034 1.000   NA
 3033740 3033741 CtesDRAFT_2643 CtesDRAFT_2644     TRUE 0.851 101.000 0.139 NA Y NA
 3033744 3033745 CtesDRAFT_2646 CtesDRAFT_2647     FALSE 0.487 17.000 0.000 NA   NA
 3033746 3033747 CtesDRAFT_2648 CtesDRAFT_2649     FALSE 0.482 20.000 0.000 1.000   NA
 3033747 3033748 CtesDRAFT_2649 CtesDRAFT_2650     TRUE 0.954 -3.000 0.167 1.000 N NA
 3033752 3033753 CtesDRAFT_2652 CtesDRAFT_2653     TRUE 0.998 1.000 1.000 0.003 Y NA
 3033754 3033755 CtesDRAFT_2654 CtesDRAFT_2655     TRUE 0.980 26.000 1.000 0.006 N NA
 3033755 3033756 CtesDRAFT_2655 CtesDRAFT_2656     TRUE 0.815 111.000 0.182 0.006   NA
 3033756 3033757 CtesDRAFT_2656 CtesDRAFT_2657     TRUE 0.974 5.000 0.455 1.000   NA
 3033757 3033758 CtesDRAFT_2657 CtesDRAFT_2658     FALSE 0.170 300.000 0.000 0.002 Y NA
 3033758 3033759 CtesDRAFT_2658 CtesDRAFT_3487     FALSE 0.205 113.000 0.000 1.000   NA
 3033759 3033760 CtesDRAFT_3487 CtesDRAFT_2659     FALSE 0.003 473.000 0.000 NA   NA
 3033763 3033764 CtesDRAFT_2660 CtesDRAFT_2661     TRUE 0.980 -3.000 0.417 NA   NA
 3033764 3033765 CtesDRAFT_2661 CtesDRAFT_2662     FALSE 0.188 82.000 0.000 1.000   NA
 3033767 3033768 CtesDRAFT_2664 CtesDRAFT_2665     FALSE 0.172 98.000 0.000 NA   NA
 3033774 3033775 CtesDRAFT_2669 CtesDRAFT_2670     TRUE 0.588 6.000 0.000 1.000 N NA
 3033775 3033776 CtesDRAFT_2670 CtesDRAFT_2671     FALSE 0.176 122.000 0.000 NA   NA
 3033776 3033777 CtesDRAFT_2671 CtesDRAFT_3492     FALSE 0.010 297.000 0.000 NA   NA
 3033778 3033779 CtesDRAFT_2672 CtesDRAFT_2673     FALSE 0.188 57.000 0.000 NA   NA
 3033779 3033780 CtesDRAFT_2673 CtesDRAFT_2674     FALSE 0.002 629.000 0.000 NA   NA
 3033781 3033782 CtesDRAFT_3493 CtesDRAFT_3494     FALSE 0.210 50.000 0.000 NA   NA
 3033783 3033784 CtesDRAFT_2675 CtesDRAFT_2676     TRUE 0.880 -3.000 0.027 1.000   NA
 3033784 3033785 CtesDRAFT_2676 CtesDRAFT_2677     FALSE 0.139 162.000 0.000 1.000   NA
 3033786 3033787 CtesDRAFT_2678 CtesDRAFT_2679     FALSE 0.009 292.000 0.000 1.000 N NA
 3033787 3033788 CtesDRAFT_2679 CtesDRAFT_2680     TRUE 0.673 5.000 0.000 1.000   NA
 3033789 3033790 CtesDRAFT_3495 CtesDRAFT_2681     FALSE 0.002 561.000 0.000 1.000 N NA
 3033790 3033791 CtesDRAFT_2681 CtesDRAFT_2682     FALSE 0.525 66.000 0.091 1.000 N NA
 3033792 3033793 CtesDRAFT_2683 CtesDRAFT_2684     TRUE 0.974 0.000 0.333 1.000   NA
 3033793 3033794 CtesDRAFT_2684 CtesDRAFT_2685     TRUE 0.994 -7.000 0.692 1.000 Y NA
 3033794 3033795 CtesDRAFT_2685 CtesDRAFT_2686     TRUE 0.902 208.000 0.857 0.065 Y NA
 3033795 3033796 CtesDRAFT_2686 CtesDRAFT_3496     FALSE 0.002 585.000 0.000 NA   NA
 3033796 3033797 CtesDRAFT_3496 CtesDRAFT_3497     FALSE 0.028 234.000 0.000 NA   NA
 3033797 3033798 CtesDRAFT_3497 CtesDRAFT_2687     TRUE 0.747 -3.000 0.000 1.000   NA
 3033798 3033799 CtesDRAFT_2687 CtesDRAFT_2688     TRUE 0.965 3.000 0.314 1.000 N NA
 3033799 3033800 CtesDRAFT_2688 CtesDRAFT_2689     TRUE 0.986 -6.000 0.943 1.000 N NA
 3033800 3033801 CtesDRAFT_2689 CtesDRAFT_2690     FALSE 0.180 110.000 0.000 NA   NA
 3033801 3033802 CtesDRAFT_2690 CtesDRAFT_2691     TRUE 0.718 -3.000 0.000 NA   NA
 3033802 3033803 CtesDRAFT_2691 CtesDRAFT_2692     FALSE 0.181 114.000 0.000 NA   NA
 3033803 3033804 CtesDRAFT_2692 CtesDRAFT_3498     TRUE 0.551 -27.000 0.000 NA   NA
 3033804 3033805 CtesDRAFT_3498 CtesDRAFT_R0012     FALSE 0.031 229.000 0.000 NA   NA
 3033805 3033806 CtesDRAFT_R0012 CtesDRAFT_2693     FALSE 0.161 145.000 0.000 NA   NA
 3033806 3033807 CtesDRAFT_2693 CtesDRAFT_2694     FALSE 0.490 69.000 0.059 1.000   NA
 3033807 3033808 CtesDRAFT_2694 CtesDRAFT_2695     FALSE 0.345 186.000 0.118 1.000 N NA
 3033808 3033809 CtesDRAFT_2695 CtesDRAFT_2696     TRUE 0.605 43.000 0.077 1.000 N NA
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