MicrobesOnline Operon Predictions for Shewanella pealeana ATCC 700345

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 7157981 7157982 Spea_0001 Spea_0002 dnaA   TRUE 0.990 20.000 0.328 1.000 Y NA
 7157982 7157983 Spea_0002 Spea_0003   recF TRUE 0.883 121.000 0.318 1.000 Y NA
 7157983 7157984 Spea_0003 Spea_0004 recF   TRUE 0.998 -7.000 0.249 0.005 Y NA
 7157984 7157985 Spea_0004 Spea_0005     FALSE 0.050 77.000 0.003 1.000 N NA
 7157986 7157987 Spea_0006 Spea_0007 glyS glyQ TRUE 0.999 12.000 0.651 0.001 Y NA
 7157989 7157990 Spea_0009 Spea_0010     FALSE 0.024 230.000 0.000 NA   NA
 7157990 7157991 Spea_0010 Spea_0011     FALSE 0.010 345.000 0.000 1.000   NA
 7157991 7157992 Spea_0011 Spea_0012     TRUE 0.590 35.000 0.043 1.000   NA
 7157992 7157993 Spea_0012 Spea_0013     FALSE 0.094 145.000 0.012 1.000   NA
 7157993 7157994 Spea_0013 Spea_0014     FALSE 0.282 59.000 0.012 1.000   NA
 7157994 7157995 Spea_0014 Spea_0015     FALSE 0.144 123.000 0.000 1.000   NA
 7157995 7157996 Spea_0015 Spea_0016     TRUE 0.874 84.000 0.500 NA   NA
 7157996 7157997 Spea_0016 Spea_0017   fadA FALSE 0.184 95.000 0.000 NA   NA
 7157997 7157998 Spea_0017 Spea_0018 fadA fadB TRUE 0.995 19.000 0.607 1.000 Y NA
 7157999 7158000 Spea_0019 Spea_0020     TRUE 0.926 19.000 0.127 1.000   NA
 7158000 7158001 Spea_0020 Spea_0021     TRUE 0.472 146.000 0.202 1.000   NA
 7158001 7158002 Spea_0021 Spea_0022     FALSE 0.275 142.000 0.118 1.000 N NA
 7158002 7158003 Spea_0022 Spea_0023     FALSE 0.169 101.000 0.000 NA   NA
 7158003 7158004 Spea_0023 Spea_0024     TRUE 0.874 84.000 0.500 NA   NA
 7158007 7158008 Spea_0027 Spea_0028   trkA TRUE 0.987 22.000 0.126 0.005 Y NA
 7158008 7158009 Spea_0028 Spea_0029 trkA   TRUE 0.967 8.000 0.122 1.000 N NA
 7158009 7158010 Spea_0029 Spea_0030     TRUE 0.997 7.000 0.305 1.000 Y NA
 7158010 7158011 Spea_0030 Spea_0031   def TRUE 0.996 5.000 0.105 0.022 Y NA
 7158012 7158013 Spea_0032 Spea_0033     FALSE 0.139 156.000 0.043 1.000   NA
 7158013 7158014 Spea_0033 Spea_0034     TRUE 0.980 3.000 0.124 NA   NA
 7158016 7158017 Spea_0036 Spea_0037     TRUE 0.558 87.000 0.151 NA N NA
 7158017 7158018 Spea_0037 Spea_0038     TRUE 0.697 25.000 0.066 NA N NA
 7158020 7158021 Spea_0040 Spea_0041     TRUE 0.828 24.000 0.078 NA   NA
 7158023 7158024 Spea_R0001 Spea_R0002     FALSE 0.007 351.000 0.000 NA   NA
 7158024 7158025 Spea_R0002 Spea_R0003     FALSE 0.096 133.000 0.000 NA   NA
 7158025 7158026 Spea_R0003 Spea_R0004     FALSE 0.002 1327.000 0.000 NA   NA
 7158026 7158027 Spea_R0004 Spea_R0005     FALSE 0.007 351.000 0.000 NA   NA
 7158027 7158028 Spea_R0005 Spea_R0006     FALSE 0.096 133.000 0.000 NA   NA
 7158029 7158030 Spea_0043 Spea_0044     FALSE 0.219 74.000 0.000 NA   NA
 7158030 7158031 Spea_0044 Spea_0045     TRUE 0.994 -3.000 0.400 NA   NA
 7158032 7158033 Spea_0046 Spea_0047     TRUE 0.987 13.000 0.383 1.000   NA
 7158033 7158034 Spea_0047 Spea_0048     TRUE 0.995 9.000 0.190 1.000 Y NA
 7158034 7158035 Spea_0048 Spea_0049     TRUE 0.998 8.000 0.549 1.000 Y NA
 7158035 7158036 Spea_0049 Spea_0050     TRUE 0.991 -7.000 0.292 1.000   NA
 7158036 7158037 Spea_0050 Spea_0051     TRUE 0.932 20.000 0.156 1.000   NA
 7158037 7158038 Spea_0051 Spea_0052     TRUE 0.998 0.000 0.235 1.000 Y NA
 7158039 7158040 Spea_0053 Spea_0054     TRUE 0.883 51.000 0.385 NA   NA
 7158040 7158041 Spea_0054 Spea_0055     TRUE 0.972 -15.000 0.154 NA   NA
 7158041 7158042 Spea_0055 Spea_0056     TRUE 0.999 0.000 0.846 1.000 Y NA
 7158042 7158043 Spea_0056 Spea_0057   fliA TRUE 0.985 15.000 0.500 1.000 N NA
 7158043 7158044 Spea_0057 Spea_0058 fliA   TRUE 0.906 12.000 0.072 1.000 N NA
 7158044 7158045 Spea_0058 Spea_0059     TRUE 0.907 15.000 0.072 1.000   NA
 7158045 7158046 Spea_0059 Spea_0060     TRUE 0.983 -7.000 0.188 NA   NA
 7158046 7158047 Spea_0060 Spea_0061     TRUE 0.970 -31.000 0.162 NA   NA
 7158047 7158048 Spea_0061 Spea_0062     TRUE 0.999 14.000 0.865 0.004 Y NA
 7158048 7158049 Spea_0062 Spea_0063     FALSE 0.185 317.000 0.121 1.000 Y NA
 7158049 7158050 Spea_0063 Spea_0064     FALSE 0.011 299.000 0.000 NA   NA
 7158050 7158051 Spea_0064 Spea_0065     TRUE 0.975 19.000 0.375 NA   NA
 7158051 7158052 Spea_0065 Spea_0066     TRUE 0.991 11.000 0.182 0.002   NA
 7158052 7158053 Spea_0066 Spea_0067   flgJ TRUE 0.900 51.000 0.457 NA   NA
 7158053 7158054 Spea_0067 Spea_0068 flgJ flgI TRUE 0.996 0.000 0.457 NA   NA
 7158054 7158055 Spea_0068 Spea_0069 flgI flgH TRUE 0.994 38.000 0.912 0.015 Y NA
 7158055 7158056 Spea_0069 Spea_0070 flgH   TRUE 0.992 48.000 0.941 0.012 Y NA
 7158056 7158057 Spea_0070 Spea_0071     TRUE 0.998 25.000 0.971 0.008 Y NA
 7158057 7158058 Spea_0071 Spea_0072   flgE TRUE 0.998 19.000 1.000 0.008 Y NA
 7158058 7158059 Spea_0072 Spea_0073 flgE   TRUE 0.996 24.000 0.970 NA Y NA
 7158059 7158060 Spea_0073 Spea_0074     TRUE 0.999 0.000 0.914 NA Y NA
 7158060 7158061 Spea_0074 Spea_0075   flgB TRUE 0.999 9.000 0.972 1.000 Y NA
 7158062 7158063 Spea_0076 Spea_0077     TRUE 0.499 103.000 0.113 NA   NA
 7158063 7158064 Spea_0077 Spea_0078     TRUE 0.998 -7.000 0.585 0.004   NA
 7158065 7158066 Spea_0079 Spea_0080     TRUE 0.959 15.000 0.170 1.000   NA
 7158066 7158067 Spea_0080 Spea_0081   fliH TRUE 0.999 -22.000 0.816 1.000 Y NA
 7158067 7158068 Spea_0081 Spea_0082 fliH fliG TRUE 1.000 0.000 0.789 0.007 Y NA
 7158068 7158069 Spea_0082 Spea_0083 fliG fliF TRUE 0.990 61.000 0.970 0.012 Y NA
 7158069 7158070 Spea_0083 Spea_0084 fliF   TRUE 0.989 76.000 1.000 0.012 Y NA
 7158070 7158071 Spea_0084 Spea_0085     TRUE 0.959 31.000 0.576 1.000 N NA
 7158071 7158072 Spea_0085 Spea_0086     TRUE 0.927 -13.000 0.048 1.000   NA
 7158073 7158074 Spea_0087 Spea_0088     TRUE 0.982 -7.000 0.175 NA   NA
 7158074 7158075 Spea_0088 Spea_0089   fliP TRUE 0.999 3.000 0.368 0.016 Y NA
 7158075 7158076 Spea_0089 Spea_0090 fliP   TRUE 0.836 187.000 0.394 0.016 Y NA
 7158076 7158077 Spea_0090 Spea_0091     TRUE 0.974 79.000 0.424 0.004 Y NA
 7158077 7158078 Spea_0091 Spea_0092     TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 7158078 7158079 Spea_0092 Spea_0093     TRUE 0.998 16.000 0.667 0.016 Y NA
 7158080 7158081 Spea_0094 Spea_0095     FALSE 0.104 329.000 0.262 NA   NA
 7158081 7158082 Spea_0095 Spea_0096     FALSE 0.011 351.000 0.031 NA   NA
 7158082 7158083 Spea_0096 Spea_0097     FALSE 0.135 288.000 0.244 NA   NA
 7158083 7158084 Spea_0097 Spea_0098     TRUE 0.896 94.000 0.679 NA   NA
 7158084 7158085 Spea_0098 Spea_0099     FALSE 0.264 54.000 0.000 NA   NA
 7158085 7158086 Spea_0099 Spea_0100     FALSE 0.002 794.000 0.000 NA   NA
 7158090 7158091 Spea_0104 Spea_0105     TRUE 0.974 21.000 0.405 1.000   NA
 7158091 7158092 Spea_0105 Spea_0106   tdh FALSE 0.348 108.000 0.089 1.000 N NA
 7158092 7158093 Spea_0106 Spea_0107 tdh   TRUE 0.869 84.000 0.547 1.000 N NA
 7158093 7158094 Spea_0107 Spea_0108     FALSE 0.006 252.000 0.011 1.000 N NA
 7158097 7158098 Spea_0111 Spea_0112     FALSE 0.226 65.000 0.000 NA   NA
 7158098 7158099 Spea_0112 Spea_0113     TRUE 0.906 0.000 0.000 NA   NA
 7158099 7158100 Spea_0113 Spea_0114     TRUE 0.934 30.000 0.058 1.000 Y NA
 7158102 7158103 Spea_0116 Spea_0117     FALSE 0.210 83.000 0.000 NA   NA
 7158103 7158104 Spea_0117 Spea_0118     FALSE 0.126 153.000 0.042 NA   NA
 7158104 7158105 Spea_0118 Spea_0119     FALSE 0.080 144.000 0.000 NA   NA
 7158105 7158106 Spea_0119 Spea_0120     TRUE 0.996 0.000 0.500 NA   NA
 7158106 7158107 Spea_0120 Spea_0121     TRUE 0.989 -9.000 0.286 NA   NA
 7158107 7158108 Spea_0121 Spea_0122     TRUE 0.878 6.000 0.000 NA   NA
 7158108 7158109 Spea_0122 Spea_0123     TRUE 0.994 3.000 0.385 NA   NA
 7158111 7158112 Spea_0125 Spea_0126     TRUE 0.570 204.000 0.652 1.000   NA
 7158113 7158114 Spea_0127 Spea_0128     TRUE 0.986 35.000 0.323 0.004 Y NA
 7158116 7158117 Spea_0130 Spea_0131   ribB FALSE 0.005 286.000 0.000 1.000 N NA
 7158118 7158119 Spea_0132 Spea_0133     TRUE 0.935 0.000 0.052 1.000 N NA
 7158120 7158121 Spea_0134 Spea_0135     FALSE 0.005 414.000 0.000 NA   NA
 7158123 7158124 Spea_0137 Spea_0138     FALSE 0.017 185.000 0.000 1.000 N NA
 7158124 7158125 Spea_0138 Spea_0139     TRUE 0.997 -3.000 0.684 NA   NA
 7158125 7158126 Spea_0139 Spea_0140     FALSE 0.011 301.000 0.000 NA   NA
 7158126 7158127 Spea_0140 Spea_0141   hslO FALSE 0.027 247.000 0.048 1.000 N NA
 7158127 7158128 Spea_0141 Spea_0142 hslO   TRUE 0.922 17.000 0.140 1.000 N NA
 7158129 7158130 Spea_0143 Spea_0144     TRUE 0.978 85.000 0.575 0.006 Y NA
 7158130 7158131 Spea_0144 Spea_0145     TRUE 0.999 -7.000 0.776 0.006 Y NA
 7158131 7158132 Spea_0145 Spea_0146     TRUE 0.999 4.000 0.653 0.006 Y NA
 7158132 7158133 Spea_0146 Spea_0147     TRUE 0.982 64.000 0.599 0.006 Y NA
 7158133 7158134 Spea_0147 Spea_0148     TRUE 0.995 -37.000 0.425 0.006   NA
 7158134 7158135 Spea_0148 Spea_0149     TRUE 0.998 -3.000 0.605 0.006   NA
 7158135 7158136 Spea_0149 Spea_0150     TRUE 0.997 -19.000 0.569 0.006   NA
 7158136 7158137 Spea_0150 Spea_0151     TRUE 0.999 0.000 0.461 1.000 Y NA
 7158137 7158138 Spea_0151 Spea_0152     TRUE 0.984 45.000 0.537 0.070 Y NA
 7158138 7158139 Spea_0152 Spea_0153     TRUE 0.999 2.000 0.811 1.000 Y NA
 7158139 7158140 Spea_0153 Spea_0154     TRUE 0.995 10.000 0.649 1.000   NA
 7158142 7158143 Spea_0156 Spea_0157 nudE   TRUE 0.900 45.000 0.373 1.000   NA
 7158143 7158144 Spea_0157 Spea_0158     TRUE 0.947 -7.000 0.054 1.000   NA
 7158144 7158145 Spea_0158 Spea_0159     TRUE 0.884 6.000 0.017 NA   NA
 7158146 7158147 Spea_0160 Spea_0161     TRUE 0.990 0.000 0.214 NA   NA
 7158147 7158148 Spea_0161 Spea_0162     FALSE 0.027 191.000 0.025 1.000 N NA
 7158153 7158154 Spea_R0007 Spea_R0008     FALSE 0.219 76.000 0.000 NA   NA
 7158154 7158155 Spea_R0008 Spea_R0009     FALSE 0.224 66.000 0.000 NA   NA
 7158155 7158156 Spea_R0009 Spea_R0010     FALSE 0.006 372.000 0.000 NA   NA
 7158156 7158157 Spea_R0010 Spea_R0011     FALSE 0.096 133.000 0.000 NA   NA
 7158157 7158158 Spea_R0011 Spea_R0012     FALSE 0.169 101.000 0.000 NA   NA
 7158158 7158159 Spea_R0012 Spea_0167   murB FALSE 0.003 607.000 0.000 NA   NA
 7158159 7158160 Spea_0167 Spea_0168 murB   TRUE 0.987 2.000 0.211 1.000 N NA
 7158162 7158163 Spea_R0013 Spea_R0014     TRUE 0.859 9.000 0.000 NA   NA
 7158163 7158164 Spea_R0014 Spea_R0015     FALSE 0.382 36.000 0.000 NA   NA
 7158164 7158165 Spea_R0015 Spea_0170     FALSE 0.038 196.000 0.000 NA   NA
 7158165 7158166 Spea_0170 Spea_0171   secE FALSE 0.002 290.000 0.002 1.000 N NA
 7158166 7158167 Spea_0171 Spea_0172 secE   TRUE 0.845 10.000 0.037 1.000 N NA
 7158167 7158168 Spea_0172 Spea_0173   rplK TRUE 0.806 126.000 0.681 1.000 N NA
 7158168 7158169 Spea_0173 Spea_0174 rplK   TRUE 0.999 5.000 0.838 0.019 Y NA
 7158169 7158170 Spea_0174 Spea_0175   rplJ TRUE 0.575 268.000 0.302 0.019 Y NA
 7158170 7158171 Spea_0175 Spea_0176 rplJ rplL TRUE 0.990 57.000 0.884 0.014 Y NA
 7158171 7158172 Spea_0176 Spea_0177 rplL rpoB FALSE 0.203 240.000 0.223 1.000   NA
 7158172 7158173 Spea_0177 Spea_0178 rpoB   TRUE 0.969 81.000 0.851 0.001   NA
 7158173 7158174 Spea_0178 Spea_0179   rpsL FALSE 0.160 190.000 0.122 1.000 N NA
 7158174 7158175 Spea_0179 Spea_0180 rpsL   TRUE 0.982 81.000 0.620 0.003 Y NA
 7158175 7158176 Spea_0180 Spea_0181     TRUE 0.965 76.000 0.579 1.000 Y NA
 7158176 7158177 Spea_0181 Spea_0182     TRUE 0.974 84.000 0.400 0.001 Y NA
 7158177 7158178 Spea_0182 Spea_0183     FALSE 0.270 362.000 0.318 1.000 Y NA
 7158178 7158179 Spea_0183 Spea_0184   rplC TRUE 0.990 28.000 0.307 0.019 Y NA
 7158179 7158180 Spea_0184 Spea_0185 rplC rplD TRUE 0.997 18.000 0.486 0.014 Y NA
 7158180 7158181 Spea_0185 Spea_0186 rplD   TRUE 0.999 -3.000 0.513 0.014 Y NA
 7158181 7158182 Spea_0186 Spea_0187   rplB TRUE 0.998 18.000 0.849 0.019 Y NA
 7158182 7158183 Spea_0187 Spea_0188 rplB rpsS TRUE 0.999 12.000 0.820 0.019 Y NA
 7158183 7158184 Spea_0188 Spea_0189 rpsS rplV TRUE 0.998 16.000 0.769 0.019 Y NA
 7158184 7158185 Spea_0189 Spea_0190 rplV rpsC TRUE 0.999 10.000 0.719 0.019 Y NA
 7158185 7158186 Spea_0190 Spea_0191 rpsC rplP TRUE 0.999 12.000 0.828 0.019 Y NA
 7158186 7158187 Spea_0191 Spea_0192 rplP   TRUE 1.000 0.000 0.802 0.014 Y NA
 7158187 7158188 Spea_0192 Spea_0193     TRUE 1.000 0.000 0.828 0.014 Y NA
 7158188 7158189 Spea_0193 Spea_0194   rplN TRUE 0.921 180.000 0.791 0.019 Y NA
 7158189 7158190 Spea_0194 Spea_0195 rplN rplX TRUE 0.999 12.000 0.810 0.019 Y NA
 7158190 7158191 Spea_0195 Spea_0196 rplX rplE TRUE 0.999 14.000 0.758 0.014 Y NA
 7158191 7158192 Spea_0196 Spea_0197 rplE rpsN TRUE 0.999 11.000 0.496 0.014 Y NA
 7158192 7158193 Spea_0197 Spea_0198 rpsN rpsH TRUE 0.995 25.000 0.473 0.014 Y NA
 7158193 7158194 Spea_0198 Spea_0199 rpsH rplF TRUE 0.999 11.000 0.808 0.014 Y NA
 7158194 7158195 Spea_0199 Spea_0200 rplF rplR TRUE 0.999 12.000 0.815 0.014 Y NA
 7158195 7158196 Spea_0200 Spea_0201 rplR rpsE TRUE 0.999 14.000 0.814 0.019 Y NA
 7158196 7158197 Spea_0201 Spea_0202 rpsE   TRUE 0.985 79.000 0.789 0.019 Y NA
 7158197 7158198 Spea_0202 Spea_0203   rplO TRUE 1.000 2.000 0.653 0.002 Y NA
 7158198 7158199 Spea_0203 Spea_0204 rplO secY TRUE 0.996 8.000 0.730 1.000 N NA
 7158199 7158200 Spea_0204 Spea_0205 secY   TRUE 0.586 24.000 0.000 NA   NA
 7158200 7158201 Spea_0205 Spea_0206   rpsM FALSE 0.142 113.000 0.000 NA   NA
 7158201 7158202 Spea_0206 Spea_0207 rpsM   TRUE 0.999 15.000 0.810 0.014 Y NA
 7158202 7158203 Spea_0207 Spea_0208   rpsD TRUE 0.989 36.000 0.509 0.019 Y NA
 7158203 7158204 Spea_0208 Spea_0209 rpsD   TRUE 0.971 25.000 0.549 1.000 N NA
 7158204 7158205 Spea_0209 Spea_0210   rplQ TRUE 0.958 40.000 0.873 1.000 N NA
 7158206 7158207 Spea_0211 Spea_0212     TRUE 0.993 0.000 0.344 1.000 N NA
 7158207 7158208 Spea_0212 Spea_0213     TRUE 0.996 0.000 0.501 1.000 N NA
 7158208 7158209 Spea_0213 Spea_0214     TRUE 0.996 2.000 0.036 0.001 Y NA
 7158209 7158210 Spea_0214 Spea_0215     TRUE 0.994 10.000 0.050 0.004 Y NA
 7158213 7158214 Spea_0218 Spea_0219     TRUE 0.989 18.000 0.108 0.004 Y NA
 7158214 7158215 Spea_0219 Spea_0220     TRUE 0.990 12.000 0.127 NA Y NA
 7158215 7158216 Spea_0220 Spea_0221     TRUE 0.999 -3.000 0.846 NA Y NA
 7158216 7158217 Spea_0221 Spea_R0016     FALSE 0.002 655.000 0.000 NA   NA
 7158217 7158218 Spea_R0016 Spea_R0017     FALSE 0.006 386.000 0.000 NA   NA
 7158218 7158219 Spea_R0017 Spea_R0018     FALSE 0.096 133.000 0.000 NA   NA
 7158221 7158222 Spea_R0019 Spea_R0020     FALSE 0.008 350.000 0.000 NA   NA
 7158222 7158223 Spea_R0020 Spea_R0021     FALSE 0.093 134.000 0.000 NA   NA
 7158223 7158224 Spea_R0021 Spea_R0022     FALSE 0.221 69.000 0.000 NA   NA
 7158224 7158225 Spea_R0022 Spea_R0023     TRUE 0.683 18.000 0.000 NA   NA
 7158225 7158226 Spea_R0023 Spea_0223     FALSE 0.002 704.000 0.000 NA   NA
 7158227 7158228 Spea_0224 Spea_0225     TRUE 0.941 0.000 0.036 NA   NA
 7158228 7158229 Spea_0225 Spea_0226     FALSE 0.085 168.000 0.053 1.000 N NA
 7158230 7158231 Spea_0227 Spea_0228 argC   TRUE 0.988 19.000 0.097 0.002 Y NA
 7158231 7158232 Spea_0228 Spea_0229     TRUE 0.991 13.000 0.171 1.000 Y NA
 7158232 7158233 Spea_0229 Spea_0230     TRUE 0.764 72.000 0.025 1.000 Y NA
 7158233 7158234 Spea_0230 Spea_0231     TRUE 0.891 111.000 0.278 1.000 Y NA
 7158236 7158237 Spea_0233 Spea_0234     TRUE 0.998 -12.000 0.616 NA Y NA
 7158237 7158238 Spea_0234 Spea_0235     TRUE 0.999 -3.000 0.770 NA Y NA
 7158238 7158239 Spea_0235 Spea_0236     TRUE 0.999 -3.000 0.680 NA Y NA
 7158239 7158240 Spea_0236 Spea_0237     TRUE 0.999 7.000 0.668 NA Y NA
 7158240 7158241 Spea_0237 Spea_0238   aroK FALSE 0.300 215.000 0.319 1.000 N NA
 7158241 7158242 Spea_0238 Spea_0239 aroK aroB TRUE 0.997 4.000 0.208 1.000 Y NA
 7158242 7158243 Spea_0239 Spea_0240 aroB   FALSE 0.073 164.000 0.000 1.000   NA
 7158243 7158244 Spea_0240 Spea_0241     FALSE 0.309 55.000 0.000 1.000   NA
 7158245 7158246 Spea_0242 Spea_0243     TRUE 0.991 9.000 0.346 NA   NA
 7158247 7158248 Spea_0244 Spea_0245     TRUE 0.979 4.000 0.120 1.000   NA
 7158248 7158249 Spea_0245 Spea_0246     TRUE 0.977 6.000 0.118 1.000   NA
 7158252 7158253 Spea_0249 Spea_0250     TRUE 0.996 -3.000 0.613 NA   NA
 7158253 7158254 Spea_0250 Spea_0251     TRUE 0.675 74.000 0.187 1.000 N NA
 7158254 7158255 Spea_0251 Spea_0252     TRUE 0.568 114.000 0.172 NA   NA
 7158256 7158257 Spea_0253 Spea_R0024     FALSE 0.052 174.000 0.000 NA   NA
 7158258 7158259 Spea_0254 Spea_0255     TRUE 0.975 0.000 0.091 NA   NA
 7158259 7158260 Spea_0255 Spea_0256     TRUE 0.998 -7.000 0.455 1.000 Y NA
 7158260 7158261 Spea_0256 Spea_0257     TRUE 0.959 85.000 0.333 0.043 Y NA
 7158261 7158262 Spea_0257 Spea_0258     FALSE 0.000 549.000 0.000 NA N NA
 7158263 7158264 Spea_0259 Spea_0260     TRUE 0.997 -3.000 0.158 0.068 Y NA
 7158264 7158265 Spea_0260 Spea_0261     TRUE 0.996 9.000 0.125 0.017 Y NA
 7158265 7158266 Spea_0261 Spea_0262     TRUE 0.883 5.000 0.000 NA   NA
 7158266 7158267 Spea_0262 Spea_0263     FALSE 0.004 464.000 0.000 NA   NA
 7158271 7158272 Spea_0267 Spea_0268     FALSE 0.007 396.000 0.000 1.000   NA
 7158272 7158273 Spea_0268 Spea_0269     FALSE 0.070 238.000 0.000 0.017 N NA
 7158273 7158274 Spea_0269 Spea_0270     TRUE 0.768 129.000 0.500 1.000   NA
 7158274 7158275 Spea_0270 Spea_0271     FALSE 0.030 229.000 0.000 1.000   NA
 7158276 7158277 Spea_0272 Spea_0273     TRUE 0.857 61.000 0.375 NA   NA
 7158277 7158278 Spea_0273 Spea_0274     TRUE 0.800 136.000 0.714 NA   NA
 7158280 7158281 Spea_0276 Spea_0277     FALSE 0.251 155.000 0.102 NA   NA
 7158282 7158283 Spea_0278 Spea_0279     FALSE 0.022 221.000 0.006 NA   NA
 7158283 7158284 Spea_0279 Spea_0280     FALSE 0.052 180.000 0.019 NA   NA
 7158287 7158288 Spea_0283 Spea_0284     FALSE 0.263 159.000 0.116 NA   NA
 7158288 7158289 Spea_0284 Spea_0285     FALSE 0.346 158.000 0.163 NA   NA
 7158289 7158290 Spea_0285 Spea_0286     FALSE 0.075 150.000 0.000 NA   NA
 7158291 7158292 Spea_0287 Spea_0288     TRUE 0.998 3.000 0.818 NA   NA
 7158292 7158293 Spea_0288 Spea_0289     TRUE 0.988 0.000 0.182 NA   NA
 7158294 7158295 Spea_0290 Spea_0291     TRUE 0.697 82.000 0.182 NA   NA
 7158295 7158296 Spea_0291 Spea_0292     TRUE 0.932 20.000 0.167 NA   NA
 7158296 7158297 Spea_0292 Spea_0293     FALSE 0.290 49.000 0.016 NA   NA
 7158297 7158298 Spea_0293 Spea_0294     FALSE 0.066 186.000 0.032 NA   NA
 7158298 7158299 Spea_0294 Spea_0295     TRUE 0.994 -10.000 0.500 NA   NA
 7158299 7158300 Spea_0295 Spea_0296     TRUE 0.988 23.000 0.909 NA   NA
 7158300 7158301 Spea_0296 Spea_0297     TRUE 0.993 11.000 0.588 NA   NA
 7158301 7158302 Spea_0297 Spea_0298     TRUE 0.996 -13.000 0.824 NA   NA
 7158302 7158303 Spea_0298 Spea_0299     FALSE 0.278 50.000 0.000 NA   NA
 7158303 7158304 Spea_0299 Spea_0300     TRUE 0.787 13.000 0.000 NA   NA
 7158304 7158305 Spea_0300 Spea_0301     TRUE 0.845 14.000 0.057 1.000 N NA
 7158305 7158306 Spea_0301 Spea_0302     TRUE 0.991 15.000 0.143 0.093 Y NA
 7158306 7158307 Spea_0302 Spea_0303     FALSE 0.023 233.000 0.000 NA   NA
 7158308 7158309 Spea_0304 Spea_0305     FALSE 0.066 106.000 0.000 1.000 N NA
 7158309 7158310 Spea_0305 Spea_0306     FALSE 0.046 181.000 0.000 NA   NA
 7158310 7158311 Spea_0306 Spea_0307     TRUE 0.698 168.000 0.692 NA   NA
 7158311 7158312 Spea_0307 Spea_0308     FALSE 0.219 68.000 0.014 NA   NA
 7158312 7158313 Spea_0308 Spea_0309     TRUE 0.489 32.000 0.022 NA   NA
 7158313 7158314 Spea_0309 Spea_0310     FALSE 0.402 89.000 0.062 NA   NA
 7158314 7158315 Spea_0310 Spea_0311     FALSE 0.259 126.000 0.062 NA   NA
 7158315 7158316 Spea_0311 Spea_0312     FALSE 0.042 189.000 0.000 NA   NA
 7158320 7158321 Spea_0316 Spea_0317     FALSE 0.014 276.000 0.000 NA   NA
 7158321 7158322 Spea_0317 Spea_0318     TRUE 0.895 1.000 0.010 NA   NA
 7158322 7158323 Spea_0318 Spea_0319     TRUE 0.884 -3.000 0.010 NA   NA
 7158323 7158324 Spea_0319 Spea_0320     TRUE 0.964 -3.000 0.071 NA   NA
 7158325 7158326 Spea_0321 Spea_0322     TRUE 0.615 178.000 0.571 NA   NA
 7158326 7158327 Spea_0322 Spea_0323     FALSE 0.014 274.000 0.000 NA   NA
 7158327 7158328 Spea_0323 Spea_0324     FALSE 0.287 48.000 0.000 NA   NA
 7158328 7158329 Spea_0324 Spea_0325     TRUE 0.998 0.000 0.857 NA   NA
 7158330 7158331 Spea_0326 Spea_0327     FALSE 0.021 173.000 0.000 1.000 N NA
 7158332 7158333 Spea_0328 Spea_0329     FALSE 0.012 288.000 0.000 NA   NA
 7158333 7158334 Spea_0329 Spea_0330     TRUE 0.999 8.000 0.333 0.004 Y NA
 7158334 7158335 Spea_0330 Spea_0331     FALSE 0.005 214.000 0.000 NA N NA
 7158335 7158336 Spea_0331 Spea_0332     FALSE 0.002 313.000 0.000 NA N NA
 7158338 7158339 Spea_0334 Spea_0335     TRUE 0.999 -28.000 0.923 1.000 Y NA
 7158340 7158341 Spea_0336 Spea_0337     FALSE 0.011 298.000 0.000 NA   NA
 7158342 7158343 Spea_0338 Spea_0339     TRUE 0.522 28.000 0.000 NA   NA
 7158343 7158344 Spea_0339 Spea_0340     TRUE 0.906 0.000 0.000 NA   NA
 7158345 7158346 Spea_0341 Spea_0342     FALSE 0.220 267.000 0.000 0.063 Y NA
 7158348 7158349 Spea_0344 Spea_0345     FALSE 0.071 535.000 0.012 0.002 Y NA
 7158349 7158350 Spea_0345 Spea_0346     TRUE 0.973 78.000 0.943 0.001   NA
 7158350 7158351 Spea_0346 Spea_0347     TRUE 0.988 5.000 0.205 1.000   NA
 7158351 7158352 Spea_0347 Spea_0348     FALSE 0.306 225.000 0.075 1.000 Y NA
 7158352 7158353 Spea_0348 Spea_0349     TRUE 0.955 29.000 0.106 1.000 Y NA
 7158353 7158354 Spea_0349 Spea_0350     FALSE 0.143 337.000 0.006 0.016 Y NA
 7158355 7158356 Spea_0351 Spea_0352     FALSE 0.050 192.000 0.000 1.000   NA
 7158356 7158357 Spea_0352 Spea_0353     FALSE 0.006 429.000 0.000 1.000   NA
 7158357 7158358 Spea_0353 Spea_0354     FALSE 0.411 107.000 0.078 1.000   NA
 7158360 7158361 Spea_0356 Spea_0357     FALSE 0.043 192.000 0.017 NA   NA
 7158361 7158362 Spea_0357 Spea_0358     TRUE 0.995 16.000 1.000 0.020 N NA
 7158362 7158363 Spea_0358 Spea_0359     TRUE 0.914 16.000 0.121 1.000 N NA
 7158366 7158367 Spea_R0025 Spea_R0026     FALSE 0.336 40.000 0.000 NA   NA
 7158367 7158368 Spea_R0026 Spea_R0027     FALSE 0.320 42.000 0.000 NA   NA
 7158368 7158369 Spea_R0027 Spea_R0028     FALSE 0.245 59.000 0.000 NA   NA
 7158370 7158371 Spea_0362 Spea_0363     TRUE 0.995 8.000 0.514 NA   NA
 7158371 7158372 Spea_0363 Spea_0364     TRUE 0.950 19.000 0.200 NA   NA
 7158372 7158373 Spea_0364 Spea_0365     TRUE 0.999 -3.000 0.929 1.000 Y NA
 7158373 7158374 Spea_0365 Spea_0366     TRUE 0.930 35.000 0.230 0.009 N NA
 7158374 7158375 Spea_0366 Spea_0367     TRUE 0.999 -3.000 0.447 0.068 Y NA
 7158375 7158376 Spea_0367 Spea_0368     TRUE 0.558 94.000 0.043 0.068   NA
 7158376 7158377 Spea_0368 Spea_0369     FALSE 0.130 239.000 0.000 0.001   NA
 7158377 7158378 Spea_0369 Spea_0370     FALSE 0.016 282.000 0.000 1.000   NA
 7158378 7158379 Spea_0370 Spea_0371     TRUE 0.999 0.000 0.765 1.000 Y NA
 7158379 7158380 Spea_0371 Spea_0372     TRUE 0.968 62.000 0.600 1.000 Y NA
 7158380 7158381 Spea_0372 Spea_0373   hemC TRUE 0.998 7.000 0.205 0.002 Y NA
 7158384 7158385 Spea_0376 Spea_0377     TRUE 0.878 6.000 0.000 NA   NA
 7158385 7158386 Spea_0377 Spea_0378   dapF TRUE 0.938 58.000 0.104 0.002 Y NA
 7158386 7158387 Spea_0378 Spea_0379 dapF   TRUE 0.986 -3.000 0.175 NA   NA
 7158387 7158388 Spea_0379 Spea_0380     TRUE 0.993 13.000 0.714 NA   NA
 7158388 7158389 Spea_0380 Spea_0381     TRUE 0.994 -3.000 0.367 1.000   NA
 7158389 7158390 Spea_0381 Spea_0382     FALSE 0.187 108.000 0.000 1.000   NA
 7158392 7158393 Spea_0384 Spea_0385     FALSE 0.116 124.000 0.000 NA   NA
 7158393 7158394 Spea_0385 Spea_0386     TRUE 0.997 -3.000 0.222 NA Y NA
 7158394 7158395 Spea_0386 Spea_0387     TRUE 0.986 12.000 0.400 NA N NA
 7158396 7158397 Spea_0388 Spea_0389   fis FALSE 0.002 384.000 0.000 1.000 N NA
 7158397 7158398 Spea_0389 Spea_0390 fis   TRUE 0.929 18.000 0.161 1.000 N NA
 7158398 7158399 Spea_0390 Spea_0391   prmA TRUE 0.506 152.000 0.042 1.000 Y NA
 7158400 7158401 Spea_0392 Spea_0393     TRUE 0.858 162.000 0.727 0.001   NA
 7158401 7158402 Spea_0393 Spea_0394     TRUE 0.898 57.000 0.034 0.005 Y NA
 7158402 7158403 Spea_0394 Spea_0395   frdB TRUE 0.998 -3.000 0.153 0.005 Y NA
 7158403 7158404 Spea_0395 Spea_0396 frdB   FALSE 0.047 133.000 0.019 1.000 N NA
 7158405 7158406 Spea_0397 Spea_0398 rho   FALSE 0.084 238.000 0.087 1.000   NA
 7158407 7158408 Spea_0399 Spea_0400     TRUE 0.983 14.000 0.406 1.000 N NA
 7158408 7158409 Spea_0400 Spea_0401     FALSE 0.024 647.000 0.000 1.000 Y NA
 7158409 7158410 Spea_0401 Spea_0402     FALSE 0.177 98.000 0.000 NA   NA
 7158410 7158411 Spea_0402 Spea_0403     TRUE 0.874 84.000 0.500 NA   NA
 7158411 7158412 Spea_0403 Spea_0404     FALSE 0.001 483.000 0.000 1.000 N NA
 7158414 7158415 Spea_R0029 Spea_R0030     FALSE 0.007 351.000 0.000 NA   NA
 7158415 7158416 Spea_R0030 Spea_R0031     FALSE 0.096 133.000 0.000 NA   NA
 7158417 7158418 Spea_0406 Spea_0407     FALSE 0.002 420.000 0.000 1.000 N NA
 7158418 7158419 Spea_0407 Spea_0408     TRUE 0.984 -3.000 0.148 1.000   NA
 7158419 7158420 Spea_0408 Spea_0409     TRUE 0.854 60.000 0.356 NA   NA
 7158420 7158421 Spea_0409 Spea_0410   coaE TRUE 0.968 9.000 0.110 NA   NA
 7158421 7158422 Spea_0410 Spea_0411 coaE   TRUE 0.889 20.000 0.122 1.000 N NA
 7158422 7158423 Spea_0411 Spea_0412     TRUE 0.982 33.000 0.454 1.000 Y NA
 7158423 7158424 Spea_0412 Spea_0413     TRUE 0.978 47.000 0.362 0.020 Y NA
 7158424 7158425 Spea_0413 Spea_0414     TRUE 0.836 35.000 0.169 NA   NA
 7158425 7158426 Spea_0414 Spea_0415     FALSE 0.002 758.000 0.000 NA   NA
 7158427 7158428 Spea_0416 Spea_0417     TRUE 0.926 67.000 0.249 1.000 Y NA
 7158428 7158429 Spea_0417 Spea_0418   pdhR FALSE 0.005 363.000 0.029 1.000 N NA
 7158429 7158430 Spea_0418 Spea_0419 pdhR aceE FALSE 0.194 109.000 0.048 1.000 N NA
 7158430 7158431 Spea_0419 Spea_0420 aceE aceF TRUE 0.973 14.000 0.022 1.000 Y NA
 7158431 7158432 Spea_0420 Spea_0421 aceF   TRUE 0.614 244.000 0.463 1.000 Y NA
 7158432 7158433 Spea_0421 Spea_0422     FALSE 0.099 146.000 0.046 1.000 N NA
 7158433 7158434 Spea_0422 Spea_0423     FALSE 0.303 93.000 0.061 1.000 N NA
 7158438 7158439 Spea_0427 Spea_0428 hemE   FALSE 0.001 608.000 0.000 1.000 N NA
 7158439 7158440 Spea_0428 Spea_0429     TRUE 0.593 108.000 0.160 1.000   NA
 7158441 7158442 Spea_0430 Spea_0431     FALSE 0.002 631.000 0.002 NA   NA
 7158442 7158443 Spea_0431 Spea_0432   purH TRUE 0.684 178.000 0.238 1.000 Y NA
 7158444 7158445 Spea_0433 Spea_0434 zntR   TRUE 0.934 22.000 0.189 NA   NA
 7158445 7158446 Spea_0434 Spea_0435     FALSE 0.061 162.000 0.000 NA   NA
 7158446 7158447 Spea_0435 Spea_0436     TRUE 0.787 13.000 0.000 NA   NA
 7158447 7158448 Spea_0436 Spea_0437     FALSE 0.002 834.000 0.000 NA   NA
 7158448 7158449 Spea_0437 Spea_0438     TRUE 0.956 49.000 0.500 0.005   NA
 7158449 7158450 Spea_0438 Spea_0439     TRUE 0.999 3.000 1.000 0.002   NA
 7158450 7158451 Spea_0439 Spea_0440     TRUE 0.999 6.000 0.750 0.002 Y NA
 7158451 7158452 Spea_0440 Spea_0441     TRUE 0.573 3.000 0.000 NA N NA
 7158452 7158453 Spea_0441 Spea_0442     FALSE 0.020 124.000 0.000 NA N NA
 7158453 7158454 Spea_0442 Spea_0443     TRUE 0.998 -3.000 0.569 0.001 N NA
 7158456 7158457 Spea_0444 Spea_0445     TRUE 0.559 46.000 0.068 NA   NA
 7158457 7158458 Spea_0445 Spea_0446     TRUE 0.925 87.000 0.844 NA   NA
 7158459 7158460 Spea_0447 Spea_0448     FALSE 0.096 152.000 0.026 NA   NA
 7158461 7158462 Spea_0449 Spea_0450     FALSE 0.004 443.000 0.000 NA   NA
 7158462 7158463 Spea_0450 Spea_0451     FALSE 0.016 265.000 0.000 NA   NA
 7158466 7158467 Spea_0454 Spea_0455     TRUE 0.999 -3.000 0.800 0.062 Y NA
 7158467 7158468 Spea_0455 Spea_0456     FALSE 0.004 299.000 0.000 1.000 N NA
 7158468 7158469 Spea_0456 Spea_0457     FALSE 0.173 240.000 0.000 NA Y NA
 7158474 7158475 Spea_0462 Spea_0463     TRUE 0.920 29.000 0.034 NA Y NA
 7158475 7158476 Spea_0463 Spea_0464     TRUE 0.999 0.000 0.952 NA Y NA
 7158476 7158477 Spea_0464 Spea_0465     FALSE 0.061 111.000 0.023 NA N NA
 7158479 7158480 Spea_0467 Spea_0468   uvrD FALSE 0.085 158.000 0.054 NA N NA
 7158480 7158481 Spea_0468 Spea_0469 uvrD ubiA FALSE 0.044 162.000 0.027 1.000 N NA
 7158481 7158482 Spea_0469 Spea_0470 ubiA   FALSE 0.016 264.000 0.000 NA   NA
 7158485 7158486 Spea_0473 Spea_0474     FALSE 0.072 152.000 0.000 NA   NA
 7158488 7158489 Spea_0476 Spea_0477     TRUE 0.986 44.000 0.889 NA Y NA
 7158489 7158490 Spea_0477 Spea_0478     TRUE 0.997 -3.000 0.286 NA Y NA
 7158491 7158492 Spea_0479 Spea_0480     TRUE 0.909 61.000 0.600 NA   NA
 7158492 7158493 Spea_0480 Spea_0481     TRUE 0.937 38.000 0.600 NA N NA
 7158493 7158494 Spea_0481 Spea_0482     TRUE 0.980 32.000 1.000 1.000   NA
 7158494 7158495 Spea_0482 Spea_0483     TRUE 0.911 78.000 0.667 NA   NA
 7158495 7158496 Spea_0483 Spea_0484     TRUE 0.995 3.000 0.500 NA N NA
 7158496 7158497 Spea_0484 Spea_0485     FALSE 0.001 351.000 0.000 NA N NA
 7158497 7158498 Spea_0485 Spea_0486     TRUE 0.908 70.000 0.750 NA N NA
 7158498 7158499 Spea_0486 Spea_0487     TRUE 0.997 0.000 0.750 1.000 N NA
 7158499 7158500 Spea_0487 Spea_0488     TRUE 0.998 2.000 1.000 NA   NA
 7158500 7158501 Spea_0488 Spea_0489     FALSE 0.032 208.000 0.000 NA   NA
 7158502 7158503 Spea_0490 Spea_0491     FALSE 0.268 53.000 0.000 NA   NA
 7158506 7158507 Spea_0494 Spea_0495     FALSE 0.047 180.000 0.000 NA   NA
 7158507 7158508 Spea_0495 Spea_0496     FALSE 0.003 544.000 0.000 NA   NA
 7158508 7158509 Spea_0496 Spea_0497     FALSE 0.158 106.000 0.000 NA   NA
 7158509 7158510 Spea_0497 Spea_0498     FALSE 0.005 403.000 0.000 NA   NA
 7158510 7158511 Spea_0498 Spea_0499     FALSE 0.003 613.000 0.000 NA   NA
 7158511 7158512 Spea_0499 Spea_0500     FALSE 0.002 770.000 0.000 NA   NA
 7158512 7158513 Spea_0500 Spea_0501     FALSE 0.255 177.000 0.130 1.000   NA
 7158513 7158514 Spea_0501 Spea_0502     TRUE 0.740 67.000 0.250 NA N NA
 7158514 7158515 Spea_0502 Spea_0503     FALSE 0.002 718.000 0.000 NA   NA
 7158515 7158516 Spea_0503 Spea_0504     TRUE 0.943 40.000 0.600 NA   NA
 7158516 7158517 Spea_0504 Spea_0505     TRUE 0.897 60.000 0.625 NA N NA
 7158517 7158518 Spea_0505 Spea_0506     TRUE 0.963 86.000 0.625 1.000 Y NA
 7158518 7158519 Spea_0506 Spea_0507     TRUE 0.888 63.000 0.600 NA N NA
 7158519 7158520 Spea_0507 Spea_0508     TRUE 0.997 3.000 0.750 NA N NA
 7158520 7158521 Spea_0508 Spea_0509     FALSE 0.009 173.000 0.000 NA N NA
 7158521 7158522 Spea_0509 Spea_0510     FALSE 0.052 56.000 0.000 NA N NA
 7158522 7158523 Spea_0510 Spea_0511     TRUE 0.892 96.000 0.750 1.000 N NA
 7158523 7158524 Spea_0511 Spea_0512     TRUE 0.997 2.000 0.750 NA   NA
 7158524 7158525 Spea_0512 Spea_0513     FALSE 0.015 266.000 0.000 NA   NA
 7158525 7158526 Spea_0513 Spea_0514     FALSE 0.001 489.000 0.000 1.000 N NA
 7158526 7158527 Spea_0514 Spea_0515     TRUE 0.991 19.000 0.337 1.000 Y NA
 7158527 7158528 Spea_0515 Spea_0516   rbsC TRUE 0.999 -3.000 0.504 0.002 Y NA
 7158528 7158529 Spea_0516 Spea_0517 rbsC   TRUE 0.987 87.000 0.847 0.002 Y NA
 7158529 7158530 Spea_0517 Spea_0518     TRUE 0.891 122.000 0.347 1.000 Y NA
 7158530 7158531 Spea_0518 Spea_0519     TRUE 0.733 128.000 0.500 1.000 N NA
 7158532 7158533 Spea_0520 Spea_0521 fre   TRUE 0.687 110.000 0.045 NA Y NA
 7158534 7158535 Spea_0522 Spea_0523     FALSE 0.196 88.000 0.000 NA   NA
 7158536 7158537 Spea_0524 Spea_0525     FALSE 0.228 32.000 0.000 1.000 N NA
 7158538 7158539 Spea_0526 Spea_R0033     FALSE 0.068 156.000 0.000 NA   NA
 7158539 7158540 Spea_R0033 Spea_R0034     FALSE 0.002 1173.000 0.000 NA   NA
 7158540 7158541 Spea_R0034 Spea_0527     FALSE 0.002 790.000 0.000 NA   NA
 7158541 7158542 Spea_0527 Spea_R0035     FALSE 0.002 996.000 0.000 NA   NA
 7158542 7158543 Spea_R0035 Spea_R0036     FALSE 0.219 76.000 0.000 NA   NA
 7158543 7158544 Spea_R0036 Spea_R0037     FALSE 0.224 66.000 0.000 NA   NA
 7158544 7158545 Spea_R0037 Spea_R0038     FALSE 0.008 337.000 0.000 NA   NA
 7158545 7158546 Spea_R0038 Spea_R0039     FALSE 0.049 178.000 0.000 NA   NA
 7158546 7158547 Spea_R0039 Spea_0528     FALSE 0.002 728.000 0.000 NA   NA
 7158550 7158551 Spea_0531 Spea_0532     FALSE 0.135 130.000 0.027 NA   NA
 7158551 7158552 Spea_0532 Spea_0533     FALSE 0.274 55.000 0.006 1.000   NA
 7158552 7158553 Spea_0533 Spea_0534     TRUE 0.968 15.000 0.254 1.000 N NA
 7158553 7158554 Spea_0534 Spea_0535     FALSE 0.072 173.000 0.019 1.000   NA
 7158555 7158556 Spea_0536 Spea_0537     TRUE 0.835 72.000 0.345 NA   NA
 7158556 7158557 Spea_0537 Spea_0538     TRUE 0.541 155.000 0.310 NA   NA
 7158557 7158558 Spea_0538 Spea_0539     FALSE 0.012 293.000 0.000 NA   NA
 7158558 7158559 Spea_0539 Spea_0540     TRUE 0.997 11.000 0.375 1.000 Y NA
 7158559 7158560 Spea_0540 Spea_0541     TRUE 0.991 13.000 0.625 1.000 N NA
 7158563 7158564 Spea_0544 Spea_0545     FALSE 0.012 290.000 0.000 NA   NA
 7158564 7158565 Spea_0545 Spea_0546     TRUE 0.557 108.000 0.150 NA   NA
 7158566 7158567 Spea_0547 Spea_0548     FALSE 0.071 153.000 0.015 NA   NA
 7158567 7158568 Spea_0548 Spea_0549     FALSE 0.016 311.000 0.025 1.000   NA
 7158570 7158571 Spea_0551 Spea_0552     FALSE 0.441 29.000 0.029 1.000 N NA
 7158571 7158572 Spea_0552 Spea_0553     TRUE 0.999 -7.000 0.682 1.000 Y NA
 7158573 7158574 Spea_0554 Spea_0555     FALSE 0.014 279.000 0.000 NA   NA
 7158575 7158576 Spea_0556 Spea_0557     FALSE 0.034 205.000 0.000 NA   NA
 7158577 7158578 Spea_0558 Spea_0559     FALSE 0.202 193.000 0.122 1.000   NA
 7158579 7158580 Spea_0560 Spea_0561   metL TRUE 0.994 16.000 0.428 1.000 Y NA
 7158580 7158581 Spea_0561 Spea_0562 metL metF FALSE 0.270 206.000 0.017 1.000 Y NA
 7158581 7158582 Spea_0562 Spea_0563 metF   FALSE 0.064 159.000 0.000 NA   NA
 7158582 7158583 Spea_0563 Spea_0564     FALSE 0.258 56.000 0.000 NA   NA
 7158583 7158584 Spea_0564 Spea_0565     FALSE 0.255 57.000 0.000 NA   NA
 7158585 7158586 Spea_0566 Spea_0567     FALSE 0.030 218.000 0.004 1.000   NA
 7158586 7158587 Spea_0567 Spea_0568     FALSE 0.408 63.000 0.053 NA   NA
 7158587 7158588 Spea_0568 Spea_0569     TRUE 0.629 18.000 0.003 NA   NA
 7158589 7158590 Spea_0570 Spea_0571     FALSE 0.284 34.000 0.022 1.000 N NA
 7158591 7158592 Spea_0572 Spea_0573     TRUE 0.802 117.000 0.500 NA   NA
 7158592 7158593 Spea_0573 Spea_0574     FALSE 0.125 119.000 0.000 NA   NA
 7158595 7158596 Spea_0576 Spea_0577     TRUE 0.862 37.000 0.000 1.000 Y NA
 7158596 7158597 Spea_0577 Spea_0578     FALSE 0.012 322.000 0.000 1.000   NA
 7158597 7158598 Spea_0578 Spea_0579     FALSE 0.098 145.000 0.000 1.000   NA
 7158598 7158599 Spea_0579 Spea_0580     TRUE 0.766 42.000 0.000 0.001   NA
 7158599 7158600 Spea_0580 Spea_0581     TRUE 0.543 27.000 0.000 NA   NA
 7158600 7158601 Spea_0581 Spea_0582     FALSE 0.221 69.000 0.000 NA   NA
 7158601 7158602 Spea_0582 Spea_0583   dipZ FALSE 0.056 238.000 0.084 1.000 N NA
 7158602 7158603 Spea_0583 Spea_0584 dipZ   TRUE 0.963 -3.000 0.092 1.000 N NA
 7158606 7158607 Spea_0587 Spea_0588     FALSE 0.118 221.000 0.109 NA   NA
 7158608 7158609 Spea_0589 Spea_0590     FALSE 0.038 736.000 0.000 0.041 Y NA
 7158610 7158611 Spea_0591 Spea_0592     FALSE 0.027 211.000 0.007 NA   NA
 7158613 7158614 Spea_R0040 Spea_0594     FALSE 0.002 738.000 0.000 NA   NA
 7158615 7158616 Spea_0595 Spea_0596     FALSE 0.383 114.000 0.079 1.000   NA
 7158616 7158617 Spea_0596 Spea_0597     FALSE 0.001 519.000 0.017 1.000 N NA
 7158617 7158618 Spea_0597 Spea_0598     FALSE 0.008 267.000 0.021 1.000 N NA
 7158618 7158619 Spea_0598 Spea_0599     TRUE 0.693 15.000 0.031 1.000 N NA
 7158619 7158620 Spea_0599 Spea_0600     TRUE 0.551 117.000 0.173 NA   NA
 7158622 7158623 Spea_0602 Spea_0603     FALSE 0.022 278.000 0.033 NA   NA
 7158623 7158624 Spea_0603 Spea_0604     FALSE 0.001 491.000 0.000 NA N NA
 7158626 7158627 Spea_0606 Spea_0607     FALSE 0.079 145.000 0.000 NA   NA
 7158627 7158628 Spea_0607 Spea_0608     TRUE 0.597 24.000 0.016 NA   NA
 7158629 7158630 Spea_0609 Spea_0610     FALSE 0.070 154.000 0.000 NA   NA
 7158630 7158631 Spea_0610 Spea_0611     FALSE 0.229 63.000 0.000 NA   NA
 7158631 7158632 Spea_0611 Spea_0612     FALSE 0.177 98.000 0.000 NA   NA
 7158632 7158633 Spea_0612 Spea_0613     FALSE 0.216 80.000 0.000 NA   NA
 7158633 7158634 Spea_0613 Spea_0614     FALSE 0.221 69.000 0.000 NA   NA
 7158635 7158636 Spea_0615 Spea_0616     TRUE 0.465 61.000 0.065 NA   NA
 7158637 7158638 Spea_0617 Spea_0618     FALSE 0.069 155.000 0.000 NA   NA
 7158639 7158640 Spea_0619 Spea_0620     TRUE 0.734 15.000 0.000 NA   NA
 7158640 7158641 Spea_0620 Spea_0621   napH TRUE 0.998 -3.000 0.385 NA Y NA
 7158641 7158642 Spea_0621 Spea_0622 napH napG TRUE 0.998 -3.000 0.795 0.064   NA
 7158642 7158643 Spea_0622 Spea_0623 napG   TRUE 0.717 61.000 0.081 0.064   NA
 7158643 7158644 Spea_0623 Spea_0624     TRUE 0.995 -10.000 0.750 NA N NA
 7158644 7158645 Spea_0624 Spea_0625     FALSE 0.007 360.000 0.000 NA   NA
 7158645 7158646 Spea_0625 Spea_0626     TRUE 0.977 -3.000 0.114 NA   NA
 7158646 7158647 Spea_0626 Spea_0627     TRUE 0.955 -7.000 0.105 NA N NA
 7158648 7158649 Spea_0628 Spea_0629     TRUE 0.905 140.000 0.353 0.022 Y NA
 7158650 7158651 Spea_0630 Spea_0631     FALSE 0.005 461.000 0.015 1.000   NA
 7158652 7158653 Spea_0632 Spea_0633     FALSE 0.019 248.000 0.000 NA   NA
 7158653 7158654 Spea_0633 Spea_0634     FALSE 0.001 677.000 0.000 1.000 N NA
 7158654 7158655 Spea_0634 Spea_0635     TRUE 0.962 94.000 0.667 1.000 Y NA
 7158655 7158656 Spea_0635 Spea_0636     FALSE 0.001 371.000 0.000 NA N NA
 7158656 7158657 Spea_0636 Spea_0637     FALSE 0.133 281.000 0.229 NA   NA
 7158657 7158658 Spea_0637 Spea_0638     FALSE 0.004 465.000 0.000 NA   NA
 7158658 7158659 Spea_0638 Spea_0639     FALSE 0.222 68.000 0.000 NA   NA
 7158661 7158662 Spea_0641 Spea_0642     FALSE 0.079 279.000 0.125 1.000   NA
 7158662 7158663 Spea_0642 Spea_0643     FALSE 0.002 707.000 0.000 NA   NA
 7158663 7158664 Spea_0643 Spea_0644     FALSE 0.074 151.000 0.000 NA   NA
 7158666 7158667 Spea_0646 Spea_0647     FALSE 0.415 41.000 0.029 NA   NA
 7158667 7158668 Spea_0647 Spea_0648     FALSE 0.058 166.000 0.000 NA   NA
 7158669 7158670 Spea_0649 Spea_0650     FALSE 0.001 444.000 0.000 NA N NA
 7158670 7158671 Spea_0650 Spea_0651     TRUE 0.987 7.000 0.065 0.001   NA
 7158671 7158672 Spea_0651 Spea_0652     TRUE 0.999 0.000 0.829 0.001   NA
 7158673 7158674 Spea_0653 Spea_0654     TRUE 0.986 91.000 0.791 0.001 Y NA
 7158674 7158675 Spea_0654 Spea_0655     TRUE 0.964 -7.000 0.116 1.000 N NA
 7158675 7158676 Spea_0655 Spea_0656     FALSE 0.002 681.000 0.000 NA   NA
 7158676 7158677 Spea_0656 Spea_0657     TRUE 0.577 114.000 0.179 NA   NA
 7158677 7158678 Spea_0657 Spea_0658     FALSE 0.162 235.000 0.182 NA   NA
 7158679 7158680 Spea_0659 Spea_0660     FALSE 0.145 119.000 0.021 NA   NA
 7158680 7158681 Spea_0660 Spea_0661     FALSE 0.450 82.000 0.069 NA   NA
 7158682 7158683 Spea_0662 Spea_0663     TRUE 0.988 27.000 0.417 1.000 Y NA
 7158683 7158684 Spea_0663 Spea_0664   cysN TRUE 0.958 50.000 0.574 0.001 N NA
 7158684 7158685 Spea_0664 Spea_0665 cysN   TRUE 0.997 3.000 0.200 1.000 Y NA
 7158685 7158686 Spea_0665 Spea_0666     TRUE 0.923 90.000 0.291 1.000 Y NA
 7158686 7158687 Spea_0666 Spea_0667     FALSE 0.297 58.000 0.000 1.000   NA
 7158688 7158689 Spea_0668 Spea_0669     TRUE 0.585 73.000 0.112 NA   NA
 7158690 7158691 Spea_0670 Spea_0671     TRUE 0.873 29.000 0.150 NA   NA
 7158691 7158692 Spea_0671 Spea_0672     FALSE 0.398 113.000 0.121 NA N NA
 7158692 7158693 Spea_0672 Spea_0673     FALSE 0.380 220.000 0.111 1.000 Y NA
 7158693 7158694 Spea_0673 Spea_0674     TRUE 0.986 15.000 0.458 1.000   NA
 7158695 7158696 Spea_0675 Spea_0676     TRUE 0.958 13.000 0.133 NA   NA
 7158696 7158697 Spea_0676 Spea_0677     FALSE 0.072 152.000 0.000 NA   NA
 7158698 7158699 Spea_0678 Spea_0679     FALSE 0.240 60.000 0.000 NA   NA
 7158699 7158700 Spea_0679 Spea_0680     FALSE 0.009 233.000 0.000 1.000 N NA
 7158701 7158702 Spea_0681 Spea_0682     TRUE 0.802 117.000 0.500 NA   NA
 7158702 7158703 Spea_0682 Spea_0683     FALSE 0.082 142.000 0.000 NA   NA
 7158703 7158704 Spea_0683 Spea_0684     FALSE 0.080 144.000 0.000 NA   NA
 7158704 7158705 Spea_0684 Spea_0685     FALSE 0.192 99.000 0.009 1.000   NA
 7158706 7158707 Spea_0686 Spea_0687     TRUE 0.985 7.000 0.235 1.000 N NA
 7158707 7158708 Spea_0687 Spea_0688     TRUE 0.813 8.000 0.025 1.000 N NA
 7158708 7158709 Spea_0688 Spea_0689     FALSE 0.069 127.000 0.023 1.000 N NA
 7158709 7158710 Spea_0689 Spea_0690     TRUE 0.999 -3.000 0.688 0.098 Y NA
 7158711 7158712 Spea_0691 Spea_0692     TRUE 0.677 85.000 0.176 NA   NA
 7158712 7158713 Spea_0692 Spea_0693   panC FALSE 0.008 350.000 0.000 NA   NA
 7158713 7158714 Spea_0693 Spea_0694 panC panB TRUE 0.975 72.000 0.395 0.001 Y NA
 7158714 7158715 Spea_0694 Spea_0695 panB   TRUE 0.701 134.000 0.117 1.000 Y NA
 7158715 7158716 Spea_0695 Spea_0696     TRUE 0.990 0.000 0.234 1.000 N NA
 7158716 7158717 Spea_0696 Spea_0697     TRUE 0.554 180.000 0.131 1.000 Y NA
 7158717 7158718 Spea_0697 Spea_0698     TRUE 0.759 59.000 0.231 1.000 N NA
 7158718 7158719 Spea_0698 Spea_0699     FALSE 0.323 159.000 0.151 NA   NA
 7158720 7158721 Spea_0700 Spea_0701     FALSE 0.010 223.000 0.000 1.000 N NA
 7158722 7158723 Spea_0702 Spea_0703     FALSE 0.007 328.000 0.007 NA   NA
 7158724 7158725 Spea_0704 Spea_0705     TRUE 0.885 25.000 0.158 1.000 N NA
 7158725 7158726 Spea_0705 Spea_0706     TRUE 0.852 -10.000 0.000 NA   NA
 7158727 7158728 Spea_0707 Spea_0708     FALSE 0.005 400.000 0.000 NA   NA
 7158728 7158729 Spea_0708 Spea_0709     FALSE 0.037 198.000 0.000 NA   NA
 7158729 7158730 Spea_0709 Spea_0710     FALSE 0.013 285.000 0.000 NA   NA
 7158730 7158731 Spea_0710 Spea_0711     TRUE 0.819 -25.000 0.000 NA   NA
 7158731 7158732 Spea_0711 Spea_0712     TRUE 0.771 115.000 0.381 1.000   NA
 7158732 7158733 Spea_0712 Spea_0713     FALSE 0.053 289.000 0.000 0.041   NA
 7158734 7158735 Spea_0714 Spea_0715     FALSE 0.002 757.000 0.000 NA   NA
 7158735 7158736 Spea_0715 Spea_0716     FALSE 0.001 413.000 0.000 NA N NA
 7158736 7158737 Spea_0716 Spea_0717     TRUE 0.997 0.000 0.630 NA   NA
 7158737 7158738 Spea_0717 Spea_0718     TRUE 0.998 2.000 0.933 NA   NA
 7158738 7158739 Spea_0718 Spea_0719     FALSE 0.002 858.000 0.000 NA   NA
 7158740 7158741 Spea_0720 Spea_0721     TRUE 1.000 0.000 0.800 0.098 Y NA
 7158742 7158743 Spea_0722 Spea_0723     FALSE 0.002 770.000 0.000 NA   NA
 7158745 7158746 Spea_0725 Spea_0726     TRUE 0.804 127.000 0.586 1.000   NA
 7158746 7158747 Spea_0726 Spea_0727     TRUE 0.988 -3.000 0.184 1.000   NA
 7158747 7158748 Spea_0727 Spea_0728     TRUE 0.998 4.000 0.720 0.041   NA
 7158748 7158749 Spea_0728 Spea_0729     FALSE 0.003 521.000 0.000 NA   NA
 7158749 7158750 Spea_0729 Spea_0730     FALSE 0.220 71.000 0.000 NA   NA
 7158754 7158755 Spea_0734 Spea_0735     FALSE 0.002 790.000 0.000 NA   NA
 7158755 7158756 Spea_0735 Spea_0736     TRUE 0.805 36.000 0.133 1.000   NA
 7158757 7158758 Spea_0737 Spea_0738     FALSE 0.027 265.000 0.058 1.000 N NA
 7158758 7158759 Spea_0738 Spea_0739     FALSE 0.366 114.000 0.081 NA   NA
 7158759 7158760 Spea_0739 Spea_0740     TRUE 0.712 39.000 0.105 NA   NA
 7158760 7158761 Spea_0740 Spea_0741     TRUE 0.975 5.000 0.114 NA   NA
 7158762 7158763 Spea_0742 Spea_0743     TRUE 0.838 13.000 0.049 1.000 N NA
 7158765 7158766 Spea_0745 Spea_0746     FALSE 0.001 496.000 0.009 1.000 N NA
 7158766 7158767 Spea_0746 Spea_0747     TRUE 0.530 293.000 0.551 1.000 Y NA
 7158767 7158768 Spea_0747 Spea_0748     FALSE 0.034 119.000 0.008 1.000 N NA
 7158769 7158770 Spea_0749 Spea_0750     FALSE 0.027 437.000 0.135 NA   NA
 7158770 7158771 Spea_0750 Spea_0751     FALSE 0.019 320.000 0.038 1.000   NA
 7158772 7158773 Spea_0752 Spea_0753     FALSE 0.030 158.000 0.017 1.000 N NA
 7158774 7158775 Spea_0754 Spea_0755     FALSE 0.011 298.000 0.000 NA   NA
 7158776 7158777 Spea_0756 Spea_0757   lysS TRUE 0.995 13.000 0.162 0.042 Y NA
 7158777 7158778 Spea_0757 Spea_0758 lysS   FALSE 0.001 647.000 0.000 1.000 N NA
 7158780 7158781 Spea_0760 Spea_0761     FALSE 0.003 602.000 0.000 NA   NA
 7158781 7158782 Spea_0761 Spea_0762     FALSE 0.216 80.000 0.000 NA   NA
 7158782 7158783 Spea_0762 Spea_0763     FALSE 0.349 40.000 0.017 NA   NA
 7158783 7158784 Spea_0763 Spea_0764     FALSE 0.099 149.000 0.025 NA   NA
 7158784 7158785 Spea_0764 Spea_0765     FALSE 0.359 77.000 0.045 NA   NA
 7158786 7158787 Spea_0766 Spea_0767     FALSE 0.074 306.000 0.164 NA   NA
 7158787 7158788 Spea_0767 Spea_0768     FALSE 0.034 201.000 0.035 1.000 N NA
 7158788 7158789 Spea_0768 Spea_0769     FALSE 0.083 126.000 0.027 1.000 N NA
 7158789 7158790 Spea_0769 Spea_0770     FALSE 0.362 94.000 0.056 NA   NA
 7158791 7158792 Spea_0771 Spea_0772     TRUE 0.831 175.000 0.567 NA Y NA
 7158794 7158795 Spea_0774 Spea_0775     TRUE 0.462 171.000 0.294 NA   NA
 7158799 7158800 Spea_0779 Spea_0780     TRUE 0.977 9.000 0.154 NA   NA
 7158804 7158805 Spea_0784 Spea_0785     FALSE 0.010 306.000 0.000 NA   NA
 7158806 7158807 Spea_0786 Spea_0787     FALSE 0.008 378.000 0.000 1.000   NA
 7158808 7158809 Spea_0788 Spea_0789     TRUE 0.911 99.000 0.285 1.000 Y NA
 7158809 7158810 Spea_0789 Spea_0790   pgk FALSE 0.176 370.000 0.070 0.005 Y NA
 7158810 7158811 Spea_0790 Spea_0791 pgk   FALSE 0.195 309.000 0.019 0.005 Y NA
 7158811 7158812 Spea_0791 Spea_0792     FALSE 0.056 218.000 0.074 NA N NA
 7158812 7158813 Spea_0792 Spea_0793     FALSE 0.009 321.000 0.000 NA   NA
 7158813 7158814 Spea_0793 Spea_0794     FALSE 0.125 119.000 0.000 NA   NA
 7158814 7158815 Spea_0794 Spea_0795     FALSE 0.020 247.000 0.000 NA   NA
 7158816 7158817 Spea_0796 Spea_0797     FALSE 0.152 126.000 0.020 1.000   NA
 7158818 7158819 Spea_0798 Spea_0799     TRUE 0.802 117.000 0.500 NA   NA
 7158820 7158821 Spea_0800 Spea_0801     TRUE 0.998 0.000 1.000 NA N NA
 7158821 7158822 Spea_0801 Spea_0802     FALSE 0.030 180.000 0.024 1.000 N NA
 7158822 7158823 Spea_0802 Spea_0803     TRUE 0.906 70.000 0.333 0.014   NA
 7158824 7158825 Spea_0804 Spea_0805     FALSE 0.001 518.000 0.013 1.000 N NA
 7158825 7158826 Spea_0805 Spea_0806     FALSE 0.061 225.000 0.079 1.000 N NA
 7158826 7158827 Spea_0806 Spea_0807     FALSE 0.137 168.000 0.082 1.000 N NA
 7158829 7158830 Spea_0809 Spea_0810     FALSE 0.013 888.000 0.157 NA   NA
 7158830 7158831 Spea_0810 Spea_0811     FALSE 0.002 730.000 0.000 NA   NA
 7158831 7158832 Spea_0811 Spea_0812     FALSE 0.101 130.000 0.000 NA   NA
 7158833 7158834 Spea_0813 Spea_0814     FALSE 0.045 126.000 0.000 1.000 N NA
 7158837 7158838 Spea_0817 Spea_0818     FALSE 0.237 54.000 0.008 NA   NA
 7158840 7158841 Spea_0820 Spea_0821     FALSE 0.004 525.000 0.000 1.000   NA
 7158842 7158843 Spea_0822 Spea_0823     FALSE 0.005 431.000 0.000 NA   NA
 7158843 7158844 Spea_0823 Spea_0824     FALSE 0.066 219.000 0.056 NA   NA
 7158844 7158845 Spea_0824 Spea_0825     TRUE 0.985 12.000 0.302 NA   NA
 7158845 7158846 Spea_0825 Spea_0826     FALSE 0.014 275.000 0.000 NA   NA
 7158847 7158848 Spea_0827 Spea_0828     FALSE 0.021 265.000 0.026 NA   NA
 7158849 7158850 Spea_0829 Spea_0830     TRUE 0.946 92.000 0.254 0.025 Y NA
 7158853 7158854 Spea_0833 Spea_0834     TRUE 0.982 13.000 0.339 1.000 N NA
 7158854 7158855 Spea_0834 Spea_0835     FALSE 0.042 285.000 0.078 NA   NA
 7158855 7158856 Spea_0835 Spea_0836     TRUE 0.910 84.000 0.692 NA   NA
 7158856 7158857 Spea_0836 Spea_0837     FALSE 0.007 395.000 0.000 1.000   NA
 7158859 7158860 Spea_0839 Spea_0840     TRUE 0.571 129.000 0.227 NA   NA
 7158861 7158862 Spea_0841 Spea_0842     FALSE 0.257 100.000 0.036 NA   NA
 7158863 7158864 Spea_0843 Spea_0844     FALSE 0.004 316.000 0.000 1.000 N NA
 7158864 7158865 Spea_0844 Spea_0845     TRUE 0.850 175.000 0.374 0.040 Y NA
 7158865 7158866 Spea_0845 Spea_0846     TRUE 0.995 2.000 0.303 0.040 N NA
 7158866 7158867 Spea_0846 Spea_0847     FALSE 0.045 209.000 0.056 NA N NA
 7158868 7158869 Spea_0848 Spea_0849     FALSE 0.021 264.000 0.025 NA   NA
 7158872 7158873 Spea_0852 Spea_0853 rplU rpmA TRUE 0.998 16.000 0.667 0.013 Y NA
 7158873 7158874 Spea_0853 Spea_0854 rpmA obgE TRUE 0.639 138.000 0.335 1.000   NA
 7158874 7158875 Spea_0854 Spea_0855 obgE   TRUE 0.568 30.000 0.027 NA   NA
 7158875 7158876 Spea_0855 Spea_0856     TRUE 0.997 0.000 0.704 NA   NA
 7158876 7158877 Spea_0856 Spea_0857     TRUE 0.566 76.000 0.104 NA   NA
 7158877 7158878 Spea_0857 Spea_0858     FALSE 0.284 97.000 0.040 NA   NA
 7158879 7158880 Spea_0859 Spea_0860   apaH FALSE 0.334 103.000 0.050 1.000   NA
 7158880 7158881 Spea_0860 Spea_0861 apaH apaG TRUE 0.793 70.000 0.267 NA   NA
 7158881 7158882 Spea_0861 Spea_0862 apaG ksgA FALSE 0.135 156.000 0.078 NA N NA
 7158882 7158883 Spea_0862 Spea_0863 ksgA   TRUE 0.947 17.000 0.197 1.000 N NA
 7158883 7158884 Spea_0863 Spea_0864     TRUE 0.996 6.000 0.561 1.000   NA
 7158884 7158885 Spea_0864 Spea_0865     TRUE 0.521 128.000 0.182 1.000   NA
 7158886 7158887 Spea_0866 Spea_0867     TRUE 0.997 1.000 0.642 1.000   NA
 7158887 7158888 Spea_0867 Spea_0868   djlA TRUE 0.967 0.000 0.091 1.000 N NA
 7158888 7158889 Spea_0868 Spea_0869 djlA   FALSE 0.411 55.000 0.036 1.000   NA
 7158889 7158890 Spea_0869 Spea_0870     TRUE 0.765 91.000 0.257 1.000   NA
 7158892 7158893 Spea_0872 Spea_0873     TRUE 0.990 2.000 0.214 NA   NA
 7158893 7158894 Spea_0873 Spea_0874     FALSE 0.162 133.000 0.059 1.000 N NA
 7158897 7158898 Spea_0877 Spea_0878     TRUE 0.979 19.000 0.120 1.000 Y NA
 7158898 7158899 Spea_0878 Spea_0879     TRUE 0.981 0.000 0.120 NA   NA
 7158899 7158900 Spea_0879 Spea_0880     TRUE 0.947 38.000 0.588 NA   NA
 7158906 7158907 Spea_0886 Spea_0887     TRUE 0.831 44.000 0.222 NA   NA
 7158908 7158909 Spea_0888 Spea_0889     TRUE 0.901 4.000 0.049 NA N NA
 7158909 7158910 Spea_0889 Spea_0890     FALSE 0.003 543.000 0.000 NA   NA
 7158911 7158912 Spea_0891 Spea_0892     FALSE 0.000 563.000 0.000 NA N NA
 7158912 7158913 Spea_0892 Spea_0893     TRUE 0.998 -3.000 0.840 NA   NA
 7158915 7158916 Spea_0895 Spea_0896     FALSE 0.089 137.000 0.000 NA   NA
 7158916 7158917 Spea_0896 Spea_0897     TRUE 0.969 -31.000 0.154 NA   NA
 7158921 7158922 Spea_0901 Spea_0902 valS   TRUE 0.838 20.000 0.089 1.000 N NA
 7158923 7158924 Spea_0903 Spea_0904     TRUE 0.748 74.000 0.000 1.000 Y NA
 7158925 7158926 Spea_0905 Spea_0906     FALSE 0.189 92.000 0.000 NA   NA
 7158928 7158929 Spea_0908 Spea_0909     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.021 Y NA
 7158929 7158930 Spea_0909 Spea_0910     FALSE 0.002 460.000 0.000 1.000 N NA
 7158931 7158932 Spea_0911 Spea_0912     TRUE 0.998 -3.000 0.631 0.063   NA
 7158933 7158934 Spea_0913 Spea_0914     TRUE 0.695 57.000 0.143 NA   NA
 7158934 7158935 Spea_0914 Spea_0915     TRUE 0.716 46.000 0.128 NA   NA
 7158935 7158936 Spea_0915 Spea_0916     TRUE 0.454 79.000 0.059 1.000   NA
 7158938 7158939 Spea_0918 Spea_0919     FALSE 0.147 215.000 0.121 NA   NA
 7158939 7158940 Spea_0919 Spea_0920     FALSE 0.002 389.000 0.000 1.000 N NA
 7158941 7158942 Spea_0921 Spea_0922     FALSE 0.005 211.000 0.000 NA N NA
 7158944 7158945 Spea_0924 Spea_0925     TRUE 0.984 3.000 0.154 NA   NA
 7158945 7158946 Spea_0925 Spea_0926     FALSE 0.229 63.000 0.000 NA   NA
 7158947 7158948 Spea_0927 Spea_0928     TRUE 0.634 45.000 0.000 0.086   NA
 7158948 7158949 Spea_0928 Spea_0929     FALSE 0.239 100.000 0.031 NA   NA
 7158953 7158954 Spea_0933 Spea_0934     FALSE 0.414 154.000 0.196 NA   NA
 7158954 7158955 Spea_0934 Spea_0935     TRUE 0.748 69.000 0.213 NA   NA
 7158955 7158956 Spea_0935 Spea_0936     TRUE 0.671 115.000 0.298 1.000 N NA
 7158957 7158958 Spea_0937 Spea_0938     FALSE 0.014 202.000 0.000 1.000 N NA
 7158958 7158959 Spea_0938 Spea_0939     TRUE 0.820 36.000 0.147 1.000   NA
 7158959 7158960 Spea_0939 Spea_0940     FALSE 0.137 126.000 0.000 1.000   NA
 7158960 7158961 Spea_0940 Spea_0941     FALSE 0.098 67.000 0.000 1.000 N NA
 7158963 7158964 Spea_0943 Spea_0944     FALSE 0.004 498.000 0.000 1.000   NA
 7158964 7158965 Spea_0944 Spea_0945     TRUE 0.986 3.000 0.167 1.000   NA
 7158965 7158966 Spea_0945 Spea_0946     FALSE 0.155 258.000 0.000 1.000 Y NA
 7158966 7158967 Spea_0946 Spea_0947     TRUE 0.885 101.000 0.214 1.000 Y NA
 7158967 7158968 Spea_0947 Spea_0948     TRUE 0.988 11.000 0.071 1.000 Y NA
 7158968 7158969 Spea_0948 Spea_0949     TRUE 0.995 -3.000 0.038 0.040 Y NA
 7158969 7158970 Spea_0949 Spea_0950     TRUE 0.616 163.000 0.132 1.000 Y NA
 7158970 7158971 Spea_0950 Spea_0951     TRUE 0.747 83.000 0.261 1.000 N NA
 7158971 7158972 Spea_0951 Spea_0952     TRUE 0.828 42.000 0.242 1.000 N NA
 7158974 7158975 Spea_0954 Spea_0955     TRUE 0.999 4.000 0.889 0.010 N NA
 7158975 7158976 Spea_0955 Spea_0956     TRUE 0.983 -7.000 0.080 0.003 N NA
 7158976 7158977 Spea_0956 Spea_0957     TRUE 0.997 2.000 0.080 0.010 Y NA
 7158978 7158979 Spea_R0041 Spea_0958     FALSE 0.027 221.000 0.000 NA   NA
 7158979 7158980 Spea_0958 Spea_0959     TRUE 0.653 118.000 0.299 1.000 N NA
 7158980 7158981 Spea_0959 Spea_0960     FALSE 0.398 138.000 0.137 1.000   NA
 7158981 7158982 Spea_0960 Spea_0961   rpsU TRUE 0.991 8.000 0.173 0.020   NA
 7158984 7158985 Spea_0963 Spea_0964     FALSE 0.020 265.000 0.000 1.000   NA
 7158986 7158987 Spea_0965 Spea_0966     TRUE 0.999 1.000 0.500 1.000 Y NA
 7158987 7158988 Spea_0966 Spea_0967     TRUE 0.858 25.000 0.125 1.000 N NA
 7158988 7158989 Spea_0967 Spea_0968     FALSE 0.428 54.000 0.039 1.000   NA
 7158989 7158990 Spea_0968 Spea_0969     TRUE 0.500 53.000 0.055 1.000   NA
 7158991 7158992 Spea_0970 Spea_0971     FALSE 0.029 217.000 0.000 NA   NA
 7158993 7158994 Spea_0972 Spea_0973     TRUE 0.997 0.000 0.605 NA   NA
 7158995 7158996 Spea_0974 Spea_0975     FALSE 0.366 28.000 0.021 1.000 N NA
 7158998 7158999 Spea_0977 Spea_0978     FALSE 0.008 364.000 0.000 1.000   NA
 7158999 7159000 Spea_0978 Spea_0979     FALSE 0.008 372.000 0.000 1.000   NA
 7159000 7159001 Spea_0979 Spea_0980     TRUE 0.997 2.000 0.300 0.010   NA
 7159001 7159002 Spea_0980 Spea_0981     TRUE 0.994 0.000 0.180 0.062   NA
 7159002 7159003 Spea_0981 Spea_0982     TRUE 0.986 0.000 0.063 0.062   NA
 7159003 7159004 Spea_0982 Spea_0983     FALSE 0.001 642.000 0.000 1.000 N NA
 7159005 7159006 Spea_0984 Spea_0985     TRUE 0.899 -7.000 0.026 NA   NA
 7159007 7159008 Spea_0986 Spea_0987     FALSE 0.254 233.000 0.286 NA   NA
 7159008 7159009 Spea_0987 Spea_0988     FALSE 0.158 126.000 0.030 NA   NA
 7159009 7159010 Spea_0988 Spea_0989     FALSE 0.037 136.000 0.015 1.000 N NA
 7159010 7159011 Spea_0989 Spea_0990     TRUE 0.869 14.000 0.067 1.000 N NA
 7159011 7159012 Spea_0990 Spea_0991     FALSE 0.223 93.000 0.044 1.000 N NA
 7159014 7159015 Spea_0993 Spea_0994 anmK   TRUE 0.677 60.000 0.184 NA N NA
 7159017 7159018 Spea_0996 Spea_0997     FALSE 0.129 219.000 0.115 NA   NA
 7159018 7159019 Spea_0997 Spea_0998     TRUE 0.987 0.000 0.173 NA   NA
 7159019 7159020 Spea_0998 Spea_0999     TRUE 0.982 -3.000 0.135 NA   NA
 7159020 7159021 Spea_0999 Spea_1000     FALSE 0.292 157.000 0.125 NA   NA
 7159021 7159022 Spea_1000 Spea_1001     TRUE 0.505 87.000 0.117 1.000 N NA
 7159023 7159024 Spea_1002 Spea_1003     FALSE 0.262 75.000 0.000 1.000   NA
 7159025 7159026 Spea_1004 Spea_1005     FALSE 0.083 193.000 0.049 NA   NA
 7159026 7159027 Spea_1005 Spea_1006     TRUE 0.979 20.000 0.500 NA   NA
 7159027 7159028 Spea_1006 Spea_1007     FALSE 0.003 333.000 0.000 1.000 N NA
 7159028 7159029 Spea_1007 Spea_1008     TRUE 0.994 10.000 0.634 1.000 N NA
 7159029 7159030 Spea_1008 Spea_1009     TRUE 0.992 -9.000 0.459 1.000 N NA
 7159032 7159033 Spea_1011 Spea_1012   gltD FALSE 0.002 417.000 0.000 1.000 N NA
 7159033 7159034 Spea_1012 Spea_1013 gltD gltB TRUE 0.996 7.000 0.070 0.001 Y NA
 7159035 7159036 Spea_1014 Spea_1015     FALSE 0.154 203.000 0.113 NA   NA
 7159036 7159037 Spea_1015 Spea_1016     FALSE 0.007 185.000 0.000 NA N NA
 7159038 7159039 Spea_1017 Spea_1018     TRUE 0.802 117.000 0.500 NA   NA
 7159039 7159040 Spea_1018 Spea_1019     FALSE 0.187 93.000 0.000 NA   NA
 7159040 7159041 Spea_1019 Spea_1020     FALSE 0.214 126.000 0.069 1.000 N NA
 7159042 7159043 Spea_1021 Spea_1022     TRUE 0.626 19.000 0.032 1.000 N NA
 7159043 7159044 Spea_1022 Spea_1023     TRUE 0.943 75.000 0.923 1.000   NA
 7159044 7159045 Spea_1023 Spea_1024   thyA FALSE 0.241 84.000 0.013 1.000   NA
 7159045 7159046 Spea_1024 Spea_1025 thyA   FALSE 0.001 492.000 0.007 1.000 N NA
 7159046 7159047 Spea_1025 Spea_1026     TRUE 0.988 -3.000 0.200 NA   NA
 7159047 7159048 Spea_1026 Spea_1027   nhaR TRUE 0.762 70.000 0.226 NA   NA
 7159048 7159049 Spea_1027 Spea_1028 nhaR   FALSE 0.083 161.000 0.027 NA   NA
 7159049 7159050 Spea_1028 Spea_1029     TRUE 0.873 -19.000 0.029 NA   NA
 7159052 7159053 Spea_1031 Spea_1032     TRUE 0.979 24.000 0.705 NA N NA
 7159053 7159054 Spea_1032 Spea_1033     TRUE 0.998 13.000 0.856 NA Y NA
 7159054 7159055 Spea_1033 Spea_1034     TRUE 0.997 14.000 0.609 NA Y NA
 7159055 7159056 Spea_1034 Spea_1035     FALSE 0.106 129.000 0.045 NA N NA
 7159056 7159057 Spea_1035 Spea_1036     FALSE 0.403 141.000 0.187 1.000 N NA
 7159057 7159058 Spea_1036 Spea_1037   rnc TRUE 0.974 2.000 0.117 1.000 N NA
 7159058 7159059 Spea_1037 Spea_1038 rnc era TRUE 0.991 -3.000 0.127 0.041   NA
 7159059 7159060 Spea_1038 Spea_1039 era   FALSE 0.263 160.000 0.109 1.000   NA
 7159060 7159061 Spea_1039 Spea_1040     FALSE 0.449 124.000 0.166 1.000 N NA
 7159061 7159062 Spea_1040 Spea_1041   acpS TRUE 0.745 100.000 0.326 1.000 N NA
 7159063 7159064 Spea_1042 Spea_1043     FALSE 0.001 430.000 0.000 NA N NA
 7159065 7159066 Spea_1044 Spea_1045     FALSE 0.009 332.000 0.000 NA   NA
 7159067 7159068 Spea_1046 Spea_1047     TRUE 0.607 146.000 0.349 NA   NA
 7159069 7159070 Spea_1048 Spea_1049   rpsP FALSE 0.321 218.000 0.361 1.000 N NA
 7159070 7159071 Spea_1049 Spea_1050 rpsP rimM TRUE 0.994 21.000 0.342 0.012 Y NA
 7159071 7159072 Spea_1050 Spea_1051 rimM trmD TRUE 0.996 16.000 0.672 1.000 Y NA
 7159072 7159073 Spea_1051 Spea_1052 trmD rplS TRUE 0.983 37.000 0.567 1.000 Y NA
 7159073 7159074 Spea_1052 Spea_1053 rplS   FALSE 0.002 378.000 0.000 1.000 N NA
 7159074 7159075 Spea_1053 Spea_1054   tyrA TRUE 0.995 0.000 0.098 1.000 Y NA
 7159075 7159076 Spea_1054 Spea_1055 tyrA   FALSE 0.016 406.000 0.000 0.041 N NA
 7159076 7159077 Spea_1055 Spea_1056     TRUE 0.982 103.000 0.885 0.015 Y NA
 7159077 7159078 Spea_1056 Spea_1057     FALSE 0.445 184.000 0.333 NA   NA
 7159078 7159079 Spea_1057 Spea_1058     TRUE 0.885 48.000 0.364 NA   NA
 7159080 7159081 Spea_1059 Spea_1060     FALSE 0.002 308.000 0.015 NA N NA
 7159085 7159086 Spea_1064 Spea_1065     FALSE 0.070 154.000 0.000 NA   NA
 7159087 7159088 Spea_1066 Spea_1067 thrA   TRUE 0.995 -3.000 0.133 1.000 Y NA
 7159088 7159089 Spea_1067 Spea_1068     TRUE 0.950 43.000 0.233 1.000 Y NA
 7159089 7159090 Spea_1068 Spea_1069     FALSE 0.015 270.000 0.000 NA   NA
 7159093 7159094 Spea_1072 Spea_1073   pgi FALSE 0.013 619.000 0.116 NA   NA
 7159094 7159095 Spea_1073 Spea_1074 pgi   TRUE 0.992 18.000 0.317 1.000 Y NA
 7159095 7159096 Spea_1074 Spea_1075     FALSE 0.016 285.000 0.000 1.000   NA
 7159096 7159097 Spea_1075 Spea_1076     FALSE 0.027 236.000 0.000 1.000   NA
 7159098 7159099 Spea_1077 Spea_1078     FALSE 0.212 106.000 0.028 NA   NA
 7159099 7159100 Spea_1078 Spea_1079     FALSE 0.003 610.000 0.000 NA   NA
 7159102 7159103 Spea_1081 Spea_1082     TRUE 0.712 66.000 0.169 1.000   NA
 7159103 7159104 Spea_1082 Spea_1083   ileS TRUE 0.894 32.000 0.254 1.000 N NA
 7159104 7159105 Spea_1083 Spea_1084 ileS lspA FALSE 0.432 121.000 0.147 1.000 N NA
 7159105 7159106 Spea_1084 Spea_1085 lspA   TRUE 0.993 6.000 0.417 1.000 N NA
 7159106 7159107 Spea_1085 Spea_1086   ispH TRUE 0.996 3.000 0.626 1.000 N NA
 7159107 7159108 Spea_1086 Spea_1087 ispH   FALSE 0.002 243.000 0.009 NA N NA
 7159108 7159109 Spea_1087 Spea_1088     TRUE 0.999 5.000 0.630 NA Y NA
 7159109 7159110 Spea_1088 Spea_1089     TRUE 0.989 11.000 0.348 NA   NA
 7159110 7159111 Spea_1089 Spea_1090     TRUE 0.995 3.000 0.438 NA   NA
 7159111 7159112 Spea_1090 Spea_1091     TRUE 0.983 9.000 0.200 NA   NA
 7159112 7159113 Spea_1091 Spea_1092     TRUE 0.587 51.000 0.086 NA   NA
 7159114 7159115 Spea_1093 Spea_1094     TRUE 0.902 163.000 0.846 NA Y NA
 7159118 7159119 Spea_1097 Spea_1098     FALSE 0.009 167.000 0.000 NA N NA
 7159121 7159122 Spea_1100 Spea_1101     FALSE 0.176 238.000 0.000 NA Y NA
 7159122 7159123 Spea_1101 Spea_1102     TRUE 0.940 32.000 0.108 NA Y NA
 7159123 7159124 Spea_1102 Spea_1103     TRUE 0.526 116.000 0.154 NA   NA
 7159124 7159125 Spea_1103 Spea_1104     FALSE 0.012 291.000 0.000 NA   NA
 7159126 7159127 Spea_R0042 Spea_R0043     FALSE 0.268 53.000 0.000 NA   NA
 7159127 7159128 Spea_R0043 Spea_R0044     FALSE 0.003 540.000 0.000 NA   NA
 7159128 7159129 Spea_R0044 Spea_R0045     FALSE 0.268 53.000 0.000 NA   NA
 7159130 7159131 Spea_1105 Spea_1106     TRUE 0.874 84.000 0.500 NA   NA
 7159132 7159133 Spea_R0046 Spea_R0047     FALSE 0.268 53.000 0.000 NA   NA
 7159133 7159134 Spea_R0047 Spea_1107     FALSE 0.004 442.000 0.000 NA   NA
 7159134 7159135 Spea_1107 Spea_1108     TRUE 0.978 3.000 0.150 NA N NA
 7159136 7159137 Spea_1109 Spea_1110 trmB   TRUE 0.606 51.000 0.092 NA   NA
 7159137 7159138 Spea_1110 Spea_1111     TRUE 0.982 0.000 0.123 NA   NA
 7159138 7159139 Spea_1111 Spea_1112     FALSE 0.027 234.000 0.021 NA   NA
 7159139 7159140 Spea_1112 Spea_1113     FALSE 0.007 354.000 0.000 NA   NA
 7159140 7159141 Spea_1113 Spea_1114     FALSE 0.001 792.000 0.000 1.000 N NA
 7159141 7159142 Spea_1114 Spea_1115     FALSE 0.002 687.000 0.000 NA   NA
 7159142 7159143 Spea_1115 Spea_1116     FALSE 0.016 264.000 0.000 NA   NA
 7159146 7159147 Spea_1119 Spea_1120     FALSE 0.024 227.000 0.000 NA   NA
 7159147 7159148 Spea_1120 Spea_1121     FALSE 0.070 156.000 0.016 NA   NA
 7159148 7159149 Spea_1121 Spea_1122     TRUE 0.988 0.000 0.218 1.000 N NA
 7159149 7159150 Spea_1122 Spea_1123     FALSE 0.215 127.000 0.050 NA   NA
 7159150 7159151 Spea_1123 Spea_1124     TRUE 0.460 84.000 0.076 NA   NA
 7159151 7159152 Spea_1124 Spea_1125     TRUE 0.967 15.000 0.220 NA   NA
 7159152 7159153 Spea_1125 Spea_1126     TRUE 0.812 36.000 0.152 NA   NA
 7159153 7159154 Spea_1126 Spea_1127     FALSE 0.129 203.000 0.092 NA   NA
 7159155 7159156 Spea_1128 Spea_1129     TRUE 0.994 24.000 0.436 0.016 Y NA
 7159156 7159157 Spea_1129 Spea_1130     FALSE 0.025 123.000 0.004 1.000 N NA
 7159158 7159159 Spea_1131 Spea_1132     TRUE 0.847 39.000 0.263 NA N NA
 7159159 7159160 Spea_1132 Spea_1133     TRUE 0.606 13.000 0.025 NA N NA
 7159160 7159161 Spea_1133 Spea_1134     FALSE 0.006 402.000 0.020 NA   NA
 7159164 7159165 Spea_1137 Spea_1138     FALSE 0.017 257.000 0.000 NA   NA
 7159165 7159166 Spea_1138 Spea_1139     FALSE 0.005 280.000 0.000 1.000 N NA
 7159166 7159167 Spea_1139 Spea_1140     TRUE 0.943 30.000 0.088 NA Y NA
 7159170 7159171 Spea_1143 Spea_1144     TRUE 0.728 128.000 0.429 NA   NA
 7159171 7159172 Spea_1144 Spea_1145     TRUE 0.985 90.000 0.778 0.002 Y NA
 7159172 7159173 Spea_1145 Spea_1146     FALSE 0.011 303.000 0.000 NA   NA
 7159173 7159174 Spea_1146 Spea_1147     FALSE 0.002 668.000 0.000 NA   NA
 7159174 7159175 Spea_1147 Spea_1148     FALSE 0.003 612.000 0.000 NA   NA
 7159175 7159176 Spea_1148 Spea_1149     FALSE 0.005 410.000 0.000 NA   NA
 7159177 7159178 Spea_1150 Spea_1151     FALSE 0.357 257.000 0.667 1.000 N NA
 7159179 7159180 Spea_1152 Spea_1153     TRUE 0.662 19.000 0.000 NA   NA
 7159180 7159181 Spea_1153 Spea_1154     FALSE 0.039 195.000 0.000 NA   NA
 7159181 7159182 Spea_1154 Spea_1155     FALSE 0.004 483.000 0.000 NA   NA
 7159182 7159183 Spea_1155 Spea_1156     TRUE 0.972 1.000 0.117 NA N NA
 7159183 7159184 Spea_1156 Spea_1157     FALSE 0.006 439.000 0.000 1.000   NA
 7159184 7159185 Spea_1157 Spea_1158     TRUE 0.531 89.000 0.095 1.000   NA
 7159185 7159186 Spea_1158 Spea_1159     FALSE 0.024 251.000 0.000 1.000   NA
 7159187 7159188 Spea_1160 Spea_1161 glyA nrdR FALSE 0.027 187.000 0.032 NA N NA
 7159188 7159189 Spea_1161 Spea_1162 nrdR   TRUE 0.757 69.000 0.277 NA N NA
 7159189 7159190 Spea_1162 Spea_1163     TRUE 0.998 4.000 0.456 1.000 Y NA
 7159190 7159191 Spea_1163 Spea_1164     TRUE 0.604 138.000 0.065 1.000 Y NA
 7159191 7159192 Spea_1164 Spea_1165   ribH TRUE 0.719 146.000 0.049 0.003 Y NA
 7159192 7159193 Spea_1165 Spea_1166 ribH nusB TRUE 0.977 15.000 0.347 1.000 N NA
 7159193 7159194 Spea_1166 Spea_1167 nusB   FALSE 0.340 174.000 0.225 1.000 N NA
 7159194 7159195 Spea_1167 Spea_1168     TRUE 0.988 0.000 0.206 1.000 N NA
 7159196 7159197 Spea_1169 Spea_1170     FALSE 0.017 1151.000 0.000 1.000 Y NA
 7159199 7159200 Spea_1172 Spea_1173     FALSE 0.137 115.000 0.000 NA   NA
 7159200 7159201 Spea_1173 Spea_1174     FALSE 0.229 63.000 0.000 NA   NA
 7159203 7159204 Spea_1176 Spea_1177     TRUE 0.851 72.000 0.000 0.020 Y NA
 7159206 7159207 Spea_1179 Spea_1180     TRUE 0.968 2.000 0.075 NA   NA
 7159208 7159209 Spea_1181 Spea_1182 rumA   FALSE 0.014 217.000 0.018 1.000 N NA
 7159209 7159210 Spea_1182 Spea_1183   mazG FALSE 0.213 99.000 0.015 1.000   NA
 7159210 7159211 Spea_1183 Spea_1184 mazG pyrG FALSE 0.199 116.000 0.025 1.000   NA
 7159211 7159212 Spea_1184 Spea_1185 pyrG eno FALSE 0.216 125.000 0.068 1.000 N NA
 7159212 7159213 Spea_1185 Spea_1186 eno   TRUE 0.704 91.000 0.241 1.000 N NA
 7159213 7159214 Spea_1186 Spea_1187   ispD TRUE 0.730 52.000 0.185 1.000 N NA
 7159214 7159215 Spea_1187 Spea_1188 ispD ispF TRUE 0.963 53.000 0.419 1.000 Y NA
 7159215 7159216 Spea_1188 Spea_1189 ispF   TRUE 0.648 99.000 0.173 1.000   NA
 7159216 7159217 Spea_1189 Spea_1190   surE TRUE 0.991 -3.000 0.235 1.000   NA
 7159217 7159218 Spea_1190 Spea_1191 surE   FALSE 0.068 478.000 0.353 1.000   NA
 7159218 7159219 Spea_1191 Spea_1192     FALSE 0.164 88.000 0.030 1.000 N NA
 7159219 7159220 Spea_1192 Spea_1193     TRUE 0.642 77.000 0.169 1.000 N NA
 7159222 7159223 Spea_1195 Spea_1196 recA alaS FALSE 0.020 432.000 0.054 0.093 N NA
 7159223 7159224 Spea_1196 Spea_1197 alaS   FALSE 0.002 470.000 0.020 1.000 N NA
 7159224 7159225 Spea_1197 Spea_R0048     FALSE 0.002 914.000 0.000 NA   NA
 7159225 7159226 Spea_R0048 Spea_R0049     TRUE 0.608 22.000 0.000 NA   NA
 7159226 7159227 Spea_R0049 Spea_R0050     TRUE 0.463 31.000 0.000 NA   NA
 7159227 7159228 Spea_R0050 Spea_R0051     FALSE 0.418 33.000 0.000 NA   NA
 7159228 7159229 Spea_R0051 Spea_R0052     TRUE 0.463 31.000 0.000 NA   NA
 7159229 7159230 Spea_R0052 Spea_R0053     FALSE 0.405 34.000 0.000 NA   NA
 7159230 7159231 Spea_R0053 Spea_R0054     TRUE 0.845 10.000 0.000 NA   NA
 7159231 7159232 Spea_R0054 Spea_R0055     FALSE 0.219 77.000 0.000 NA   NA
 7159232 7159233 Spea_R0055 Spea_R0056     FALSE 0.382 36.000 0.000 NA   NA
 7159233 7159234 Spea_R0056 Spea_R0057     TRUE 0.845 10.000 0.000 NA   NA
 7159234 7159235 Spea_R0057 Spea_1198     FALSE 0.002 1059.000 0.000 NA   NA
 7159235 7159236 Spea_1198 Spea_1199     TRUE 0.998 21.000 0.810 0.001 Y NA
 7159236 7159237 Spea_1199 Spea_1200     TRUE 1.000 9.000 0.976 0.001 Y NA
 7159237 7159238 Spea_1200 Spea_1201     FALSE 0.033 141.000 0.000 1.000 N NA
 7159238 7159239 Spea_1201 Spea_1202     FALSE 0.118 232.000 0.150 1.000 N NA
 7159239 7159240 Spea_1202 Spea_1203     TRUE 0.977 45.000 0.571 1.000 Y NA
 7159240 7159241 Spea_1203 Spea_1204     FALSE 0.327 83.000 0.032 1.000   NA
 7159242 7159243 Spea_1205 Spea_1206     TRUE 0.557 103.000 0.138 NA   NA
 7159244 7159245 Spea_1207 Spea_1208     FALSE 0.252 177.000 0.127 1.000   NA
 7159245 7159246 Spea_1208 Spea_1209     TRUE 0.967 3.000 0.079 NA   NA
 7159246 7159247 Spea_1209 Spea_1210     FALSE 0.341 124.000 0.090 NA   NA
 7159247 7159248 Spea_1210 Spea_1211     FALSE 0.003 549.000 0.000 NA   NA
 7159248 7159249 Spea_1211 Spea_1212     FALSE 0.014 150.000 0.002 1.000 N NA
 7159249 7159250 Spea_1212 Spea_1213     TRUE 0.959 -10.000 0.092 NA   NA
 7159252 7159253 Spea_1215 Spea_1216     FALSE 0.025 246.000 0.000 1.000   NA
 7159253 7159254 Spea_1216 Spea_1217     TRUE 0.966 -10.000 0.111 NA   NA
 7159254 7159255 Spea_1217 Spea_1218     FALSE 0.012 292.000 0.000 NA   NA
 7159256 7159257 Spea_1219 Spea_1220     FALSE 0.014 277.000 0.000 NA   NA
 7159257 7159258 Spea_1220 Spea_1221     FALSE 0.096 250.000 0.120 NA   NA
 7159258 7159259 Spea_1221 Spea_1222     TRUE 0.995 4.000 0.480 NA   NA
 7159259 7159260 Spea_1222 Spea_1223     TRUE 0.967 4.000 0.083 NA   NA
 7159262 7159263 Spea_1225 Spea_1226     TRUE 0.997 3.000 0.590 1.000   NA
 7159264 7159265 Spea_1227 Spea_1228     TRUE 0.891 93.000 0.211 NA Y NA
 7159265 7159266 Spea_1228 Spea_1229     FALSE 0.016 265.000 0.000 NA   NA
 7159266 7159267 Spea_1229 Spea_1230     FALSE 0.297 46.000 0.000 NA   NA
 7159267 7159268 Spea_1230 Spea_1231     FALSE 0.336 134.000 0.133 1.000 N NA
 7159269 7159270 Spea_1232 Spea_1233     TRUE 0.869 -7.000 0.000 NA   NA
 7159270 7159271 Spea_1233 Spea_1234   fadE FALSE 0.002 927.000 0.000 NA   NA
 7159271 7159272 Spea_1234 Spea_1235 fadE   FALSE 0.005 444.000 0.000 1.000   NA
 7159272 7159273 Spea_1235 Spea_1236     FALSE 0.003 612.000 0.000 NA   NA
 7159273 7159274 Spea_1236 Spea_1237     TRUE 0.809 12.000 0.000 NA   NA
 7159275 7159276 Spea_1238 Spea_1239     TRUE 0.706 -10.000 0.016 1.000 N NA
 7159276 7159277 Spea_1239 Spea_1240     FALSE 0.282 49.000 0.000 NA   NA
 7159279 7159280 Spea_1242 Spea_1243     TRUE 0.883 5.000 0.000 NA   NA
 7159282 7159283 Spea_1245 Spea_1246     FALSE 0.029 217.000 0.000 NA   NA
 7159283 7159284 Spea_1246 Spea_1247     TRUE 0.582 65.000 0.107 NA   NA
 7159284 7159285 Spea_1247 Spea_1248     FALSE 0.001 764.000 0.000 1.000 N NA
 7159287 7159288 Spea_1250 Spea_1251     TRUE 0.860 19.000 0.071 NA   NA
 7159290 7159291 Spea_1253 Spea_1254     FALSE 0.058 165.000 0.000 NA   NA
 7159292 7159293 Spea_1255 Spea_1256     TRUE 0.638 134.000 0.333 NA   NA
 7159293 7159294 Spea_1256 Spea_1257     TRUE 0.511 179.000 0.400 NA   NA
 7159294 7159295 Spea_1257 Spea_1258     TRUE 0.874 114.000 0.750 NA   NA
 7159295 7159296 Spea_1258 Spea_1259     TRUE 0.937 60.000 0.800 NA   NA
 7159298 7159299 Spea_1261 Spea_1262     FALSE 0.003 599.000 0.000 NA   NA
 7159300 7159301 Spea_1263 Spea_1264     TRUE 0.997 -10.000 0.947 NA   NA
 7159301 7159302 Spea_1264 Spea_1265     TRUE 0.998 -6.000 0.950 NA   NA
 7159302 7159303 Spea_1265 Spea_1266     TRUE 0.992 -3.000 0.300 NA   NA
 7159303 7159304 Spea_1266 Spea_1267     FALSE 0.005 422.000 0.000 NA   NA
 7159304 7159305 Spea_1267 Spea_1268     TRUE 0.996 -13.000 0.844 NA   NA
 7159305 7159306 Spea_1268 Spea_1269     TRUE 0.961 42.000 0.833 1.000   NA
 7159306 7159307 Spea_1269 Spea_1270     FALSE 0.010 664.000 0.000 0.053   NA
 7159307 7159308 Spea_1270 Spea_1271     TRUE 0.908 39.000 0.000 0.053 Y NA
 7159308 7159309 Spea_1271 Spea_1272     TRUE 0.953 11.000 0.000 0.053   NA
 7159309 7159310 Spea_1272 Spea_1273     FALSE 0.267 66.000 0.000 1.000   NA
 7159310 7159311 Spea_1273 Spea_1274     TRUE 0.998 -3.000 0.821 NA   NA
 7159311 7159312 Spea_1274 Spea_1275     TRUE 0.992 -3.000 0.294 NA   NA
 7159312 7159313 Spea_1275 Spea_1276     FALSE 0.190 91.000 0.000 NA   NA
 7159313 7159314 Spea_1276 Spea_1277     TRUE 0.996 -7.000 0.667 NA   NA
 7159315 7159316 Spea_1278 Spea_1279     FALSE 0.023 233.000 0.000 NA   NA
 7159318 7159319 Spea_1281 Spea_R0058     FALSE 0.057 167.000 0.000 NA   NA
 7159319 7159320 Spea_R0058 Spea_1282   smpB FALSE 0.145 111.000 0.000 NA   NA
 7159321 7159322 Spea_1283 Spea_1284     TRUE 0.969 -3.000 0.086 NA   NA
 7159324 7159325 Spea_1286 Spea_1287     TRUE 0.491 136.000 0.200 NA   NA
 7159325 7159326 Spea_1287 Spea_1288     FALSE 0.018 256.000 0.000 NA   NA
 7159326 7159327 Spea_1288 Spea_1289     TRUE 0.984 11.000 0.250 NA   NA
 7159327 7159328 Spea_1289 Spea_1290     FALSE 0.001 1152.000 0.000 1.000 N NA
 7159328 7159329 Spea_1290 Spea_1291     FALSE 0.001 430.000 0.000 NA N NA
 7159330 7159331 Spea_1292 Spea_1293     TRUE 0.451 58.000 0.056 NA   NA
 7159331 7159332 Spea_1293 Spea_1294     FALSE 0.020 245.000 0.000 NA   NA
 7159332 7159333 Spea_1294 Spea_1295     TRUE 0.994 -40.000 0.667 NA   NA
 7159334 7159335 Spea_1296 Spea_1297     FALSE 0.040 208.000 0.022 NA   NA
 7159335 7159336 Spea_1297 Spea_1298     FALSE 0.380 181.000 0.250 NA   NA
 7159336 7159337 Spea_1298 Spea_1299     TRUE 0.899 85.000 0.333 0.009   NA
 7159338 7159339 Spea_1300 Spea_1301     FALSE 0.008 508.000 0.045 1.000   NA
 7159340 7159341 Spea_1302 Spea_1303     TRUE 0.721 32.000 0.067 1.000   NA
 7159341 7159342 Spea_1303 Spea_1304     TRUE 0.987 0.000 0.153 1.000   NA
 7159342 7159343 Spea_1304 Spea_1305   ispG TRUE 0.951 22.000 0.233 1.000   NA
 7159343 7159344 Spea_1305 Spea_1306 ispG hisS FALSE 0.439 140.000 0.207 1.000 N NA
 7159344 7159345 Spea_1306 Spea_1307 hisS   TRUE 0.975 15.000 0.259 1.000   NA
 7159345 7159346 Spea_1307 Spea_1308     TRUE 0.991 12.000 0.492 NA   NA
 7159346 7159347 Spea_1308 Spea_1309   engA TRUE 0.709 87.000 0.203 NA   NA
 7159348 7159349 Spea_1310 Spea_1311     FALSE 0.024 231.000 0.000 NA   NA
 7159349 7159350 Spea_1311 Spea_1312   xseA FALSE 0.002 815.000 0.000 NA   NA
 7159351 7159352 Spea_1313 Spea_1314   guaA TRUE 0.908 124.000 0.190 0.001 Y NA
 7159352 7159353 Spea_1314 Spea_1315 guaA   TRUE 0.559 129.000 0.019 1.000 Y NA
 7159355 7159356 Spea_1317 Spea_1318     FALSE 0.001 1226.000 0.000 1.000 N NA
 7159356 7159357 Spea_1318 Spea_1319     TRUE 0.998 16.000 0.750 0.059 Y NA
 7159357 7159358 Spea_1319 Spea_1320     TRUE 0.955 16.000 0.184 NA   NA
 7159359 7159360 Spea_1321 Spea_1322     FALSE 0.026 223.000 0.000 NA   NA
 7159362 7159363 Spea_1324 Spea_1325     TRUE 0.996 6.000 0.723 NA N NA
 7159365 7159366 Spea_1327 Spea_1328     TRUE 0.883 32.000 0.200 NA   NA
 7159367 7159368 Spea_1329 Spea_1330     FALSE 0.003 353.000 0.000 1.000 N NA
 7159369 7159370 Spea_1331 Spea_R0059     FALSE 0.003 582.000 0.000 NA   NA
 7159370 7159371 Spea_R0059 Spea_1332     FALSE 0.050 177.000 0.000 NA   NA
 7159372 7159373 Spea_1333 Spea_1334     TRUE 0.974 1.000 0.091 NA   NA
 7159374 7159375 Spea_1335 Spea_1336     TRUE 0.899 97.000 0.361 0.004   NA
 7159375 7159376 Spea_1336 Spea_1337   flgA TRUE 0.805 98.000 0.371 NA   NA
 7159377 7159378 Spea_1338 Spea_1339     TRUE 0.933 140.000 0.838 1.000 Y NA
 7159378 7159379 Spea_1339 Spea_1340   flgB TRUE 0.764 166.000 0.309 1.000 Y NA
 7159379 7159380 Spea_1340 Spea_1341 flgB flgC TRUE 1.000 3.000 0.889 0.006 Y NA
 7159380 7159381 Spea_1341 Spea_1342 flgC flgD TRUE 0.989 26.000 0.478 NA Y NA
 7159381 7159382 Spea_1342 Spea_1343 flgD flgE TRUE 0.974 86.000 0.875 NA Y NA
 7159382 7159383 Spea_1343 Spea_1344 flgE flgF FALSE 0.298 657.000 0.594 0.006 Y NA
 7159383 7159384 Spea_1344 Spea_1345 flgF flgG TRUE 0.999 11.000 0.446 0.001 Y NA
 7159384 7159385 Spea_1345 Spea_1346 flgG flgH TRUE 0.992 44.000 0.909 0.010 Y NA
 7159385 7159386 Spea_1346 Spea_1347 flgH flgI TRUE 0.986 40.000 0.457 0.013 Y NA
 7159386 7159387 Spea_1347 Spea_1348 flgI flgJ TRUE 0.992 29.000 0.405 0.013 Y NA
 7159387 7159388 Spea_1348 Spea_1349 flgJ   TRUE 0.991 44.000 0.705 0.003 Y NA
 7159388 7159389 Spea_1349 Spea_1350   flgL TRUE 0.945 85.000 0.182 0.002 Y NA
 7159389 7159390 Spea_1350 Spea_1351 flgL   FALSE 0.311 307.000 0.094 0.002 Y NA
 7159390 7159391 Spea_1351 Spea_1352     FALSE 0.047 747.000 0.000 0.002 Y NA
 7159391 7159392 Spea_1352 Spea_1353     FALSE 0.232 213.000 0.007 NA Y NA
 7159392 7159393 Spea_1353 Spea_1354     TRUE 0.829 95.000 0.117 NA Y NA
 7159393 7159394 Spea_1354 Spea_1355     TRUE 0.567 147.000 0.306 NA   NA
 7159394 7159395 Spea_1355 Spea_1356   fliS TRUE 0.993 7.000 0.400 NA   NA
 7159395 7159396 Spea_1356 Spea_1357 fliS   FALSE 0.006 314.000 0.022 1.000 N NA
 7159396 7159397 Spea_1357 Spea_1358     FALSE 0.226 558.000 0.377 0.082 Y NA
 7159397 7159398 Spea_1358 Spea_1359     TRUE 0.999 -7.000 0.679 0.082 Y NA
 7159398 7159399 Spea_1359 Spea_1360     FALSE 0.062 514.000 0.446 1.000 N NA
 7159399 7159400 Spea_1360 Spea_1361   fliF TRUE 0.993 43.000 0.910 0.010 Y NA
 7159400 7159401 Spea_1361 Spea_1362 fliF fliG TRUE 0.997 -10.000 0.189 0.010 Y NA
 7159401 7159402 Spea_1362 Spea_1363 fliG   TRUE 0.999 0.000 0.320 0.006 Y NA
 7159402 7159403 Spea_1363 Spea_1364   fliI TRUE 0.995 -28.000 0.248 1.000 Y NA
 7159403 7159404 Spea_1364 Spea_1365 fliI   TRUE 0.897 55.000 0.127 1.000 Y NA
 7159404 7159405 Spea_1365 Spea_1366     TRUE 0.744 218.000 0.317 0.010 Y NA
 7159405 7159406 Spea_1366 Spea_1367   fliL TRUE 0.901 77.000 0.182 1.000 Y NA
 7159406 7159407 Spea_1367 Spea_1368 fliL fliM TRUE 0.961 69.000 0.241 0.002 Y NA
 7159407 7159408 Spea_1368 Spea_1369 fliM fliN TRUE 0.999 13.000 0.741 0.002 Y NA
 7159408 7159409 Spea_1369 Spea_1370 fliN   TRUE 0.988 28.000 0.443 1.000 Y NA
 7159409 7159410 Spea_1370 Spea_1371   fliP TRUE 0.991 11.000 0.122 1.000 Y NA
 7159410 7159411 Spea_1371 Spea_1372 fliP   TRUE 0.999 8.000 0.702 0.014 Y NA
 7159411 7159412 Spea_1372 Spea_1373   fliR TRUE 0.992 39.000 0.719 0.004 Y NA
 7159412 7159413 Spea_1373 Spea_1374 fliR flhB TRUE 0.792 142.000 0.240 1.000 Y NA
 7159413 7159414 Spea_1374 Spea_1375 flhB flhA TRUE 0.499 267.000 0.205 0.014 Y NA
 7159414 7159415 Spea_1375 Spea_1376 flhA flhF TRUE 0.993 12.000 0.178 1.000 Y NA
 7159415 7159416 Spea_1376 Spea_1377 flhF   TRUE 0.993 5.000 0.241 0.015 N NA
 7159416 7159417 Spea_1377 Spea_1378   fliA TRUE 0.993 -7.000 0.482 1.000 N NA
 7159417 7159418 Spea_1378 Spea_1379 fliA   TRUE 0.858 37.000 0.145 0.082 N NA
 7159418 7159419 Spea_1379 Spea_1380     TRUE 0.994 14.000 0.284 1.000 Y NA
 7159419 7159420 Spea_1380 Spea_1381     TRUE 0.995 13.000 0.341 1.000 Y NA
 7159420 7159421 Spea_1381 Spea_1382     TRUE 0.960 90.000 0.327 0.012 Y NA
 7159421 7159422 Spea_1382 Spea_1383     TRUE 0.973 -7.000 0.119 NA   NA
 7159422 7159423 Spea_1383 Spea_1384     FALSE 0.254 141.000 0.085 NA   NA
 7159423 7159424 Spea_1384 Spea_1385     TRUE 0.990 -16.000 0.454 1.000 N NA
 7159424 7159425 Spea_1385 Spea_1386     TRUE 0.489 509.000 0.886 0.011 Y NA
 7159425 7159426 Spea_1386 Spea_1387     FALSE 0.197 383.000 0.743 NA   NA
 7159427 7159428 Spea_1388 Spea_1389     TRUE 0.930 27.000 0.224 NA   NA
 7159429 7159430 Spea_1390 Spea_1391     FALSE 0.298 96.000 0.070 NA N NA
 7159430 7159431 Spea_1391 Spea_1392     FALSE 0.216 80.000 0.000 NA   NA
 7159433 7159434 Spea_1394 Spea_1395     FALSE 0.001 1490.000 0.000 1.000 N NA
 7159434 7159435 Spea_1395 Spea_1396     FALSE 0.265 91.000 0.031 NA   NA
 7159435 7159436 Spea_1396 Spea_1397     FALSE 0.437 100.000 0.086 NA   NA
 7159436 7159437 Spea_1397 Spea_1398     FALSE 0.313 244.000 0.114 1.000 Y NA
 7159437 7159438 Spea_1398 Spea_1399     TRUE 0.999 0.000 0.250 0.002 Y NA
 7159438 7159439 Spea_1399 Spea_1400     TRUE 0.987 -3.000 0.194 NA   NA
 7159439 7159440 Spea_1400 Spea_1401     TRUE 0.831 -15.000 0.000 NA   NA
 7159440 7159441 Spea_1401 Spea_1402     TRUE 0.901 2.000 0.000 NA   NA
 7159441 7159442 Spea_1402 Spea_1403     TRUE 0.974 -3.000 0.100 NA   NA
 7159442 7159443 Spea_1403 Spea_1404     TRUE 0.823 13.000 0.000 1.000   NA
 7159443 7159444 Spea_1404 Spea_1405     TRUE 0.997 -3.000 0.667 1.000   NA
 7159444 7159445 Spea_1405 Spea_1406     TRUE 0.997 -3.000 0.679 1.000   NA
 7159445 7159446 Spea_1406 Spea_1407     TRUE 0.855 -19.000 0.000 1.000   NA
 7159446 7159447 Spea_1407 Spea_1408     TRUE 0.842 12.000 0.000 1.000   NA
 7159447 7159448 Spea_1408 Spea_1409     FALSE 0.187 108.000 0.000 1.000   NA
 7159448 7159449 Spea_1409 Spea_1410     FALSE 0.282 49.000 0.000 NA   NA
 7159449 7159450 Spea_1410 Spea_1411     TRUE 0.852 -10.000 0.000 NA   NA
 7159450 7159451 Spea_1411 Spea_1412     TRUE 0.901 2.000 0.000 NA   NA
 7159451 7159452 Spea_1412 Spea_1413     TRUE 0.768 58.000 0.000 NA Y NA
 7159452 7159453 Spea_1413 Spea_1414     TRUE 0.998 -7.000 0.382 NA Y NA
 7159457 7159458 Spea_1418 Spea_1419     FALSE 0.069 358.000 0.000 1.000 Y NA
 7159458 7159459 Spea_1419 Spea_1420     FALSE 0.128 278.000 0.000 1.000 Y NA
 7159460 7159461 Spea_1421 Spea_1422     TRUE 0.959 54.000 0.167 0.001 Y NA
 7159461 7159462 Spea_1422 Spea_1423     TRUE 0.913 70.000 0.208 1.000 Y NA
 7159462 7159463 Spea_1423 Spea_1424     TRUE 0.995 11.000 0.130 0.015 Y NA
 7159463 7159464 Spea_1424 Spea_1425     FALSE 0.019 253.000 0.000 NA   NA
 7159464 7159465 Spea_1425 Spea_1426     TRUE 0.968 -10.000 0.118 NA   NA
 7159465 7159466 Spea_1426 Spea_1427     FALSE 0.003 594.000 0.000 NA   NA
 7159466 7159467 Spea_1427 Spea_1428     TRUE 0.995 -42.000 0.750 NA   NA
 7159467 7159468 Spea_1428 Spea_1429     TRUE 0.977 28.000 0.688 NA   NA
 7159468 7159469 Spea_1429 Spea_1430     TRUE 0.978 12.000 0.250 1.000 N NA
 7159469 7159470 Spea_1430 Spea_1431     FALSE 0.003 679.000 0.000 1.000   NA
 7159470 7159471 Spea_1431 Spea_1432     TRUE 0.953 16.000 0.167 1.000   NA
 7159472 7159473 Spea_1433 Spea_1434     TRUE 0.946 0.000 0.059 1.000 N NA
 7159473 7159474 Spea_1434 Spea_1435     TRUE 0.847 109.000 0.077 0.020 Y NA
 7159474 7159475 Spea_1435 Spea_1436     TRUE 0.545 97.000 0.147 1.000 N NA
 7159475 7159476 Spea_1436 Spea_1437     FALSE 0.345 52.000 0.049 1.000 N NA
 7159478 7159479 Spea_1439 Spea_1440     FALSE 0.034 139.000 0.000 1.000 N NA
 7159479 7159480 Spea_1440 Spea_1441     FALSE 0.239 105.000 0.056 1.000 N NA
 7159480 7159481 Spea_1441 Spea_1442     FALSE 0.143 165.000 0.060 NA   NA
 7159481 7159482 Spea_1442 Spea_1443     FALSE 0.048 323.000 0.120 NA   NA
 7159483 7159484 Spea_1444 Spea_1445     FALSE 0.295 102.000 0.047 NA   NA
 7159484 7159485 Spea_1445 Spea_1446     FALSE 0.195 176.000 0.093 1.000   NA
 7159485 7159486 Spea_1446 Spea_1447     TRUE 0.870 84.000 0.136 1.000 Y NA
 7159487 7159488 Spea_1448 Spea_1449 phhA phhB TRUE 0.685 83.000 0.203 1.000 N NA
 7159488 7159489 Spea_1449 Spea_1450 phhB   FALSE 0.005 281.000 0.012 1.000 N NA
 7159489 7159490 Spea_1450 Spea_1451     FALSE 0.005 281.000 0.000 1.000 N NA
 7159490 7159491 Spea_1451 Spea_1452     TRUE 0.768 117.000 0.495 1.000 N NA
 7159494 7159495 Spea_1455 Spea_R0060     FALSE 0.033 207.000 0.000 NA   NA
 7159495 7159496 Spea_R0060 Spea_R0061     FALSE 0.358 38.000 0.000 NA   NA
 7159496 7159497 Spea_R0061 Spea_R0062     FALSE 0.358 38.000 0.000 NA   NA
 7159497 7159498 Spea_R0062 Spea_R0063     FALSE 0.358 38.000 0.000 NA   NA
 7159498 7159499 Spea_R0063 Spea_R0064     FALSE 0.358 38.000 0.000 NA   NA
 7159499 7159500 Spea_R0064 Spea_R0065     FALSE 0.358 38.000 0.000 NA   NA
 7159500 7159501 Spea_R0065 Spea_R0066     FALSE 0.358 38.000 0.000 NA   NA
 7159501 7159502 Spea_R0066 Spea_R0067     FALSE 0.358 38.000 0.000 NA   NA
 7159502 7159503 Spea_R0067 Spea_R0068     FALSE 0.358 38.000 0.000 NA   NA
 7159503 7159504 Spea_R0068 Spea_R0069     FALSE 0.358 38.000 0.000 NA   NA
 7159504 7159505 Spea_R0069 Spea_R0070     FALSE 0.336 40.000 0.000 NA   NA
 7159506 7159507 Spea_1456 Spea_R0071 gltX   FALSE 0.160 105.000 0.000 NA   NA
 7159507 7159508 Spea_R0071 Spea_R0072     FALSE 0.214 81.000 0.000 NA   NA
 7159508 7159509 Spea_R0072 Spea_R0073     FALSE 0.164 103.000 0.000 NA   NA
 7159509 7159510 Spea_R0073 Spea_R0074     FALSE 0.164 103.000 0.000 NA   NA
 7159510 7159511 Spea_R0074 Spea_R0075     FALSE 0.164 103.000 0.000 NA   NA
 7159511 7159512 Spea_R0075 Spea_R0076     FALSE 0.164 103.000 0.000 NA   NA
 7159512 7159513 Spea_R0076 Spea_R0077     FALSE 0.164 103.000 0.000 NA   NA
 7159513 7159514 Spea_R0077 Spea_R0078     FALSE 0.164 103.000 0.000 NA   NA
 7159514 7159515 Spea_R0078 Spea_R0079     FALSE 0.164 103.000 0.000 NA   NA
 7159515 7159516 Spea_R0079 Spea_R0080     FALSE 0.018 254.000 0.000 NA   NA
 7159516 7159517 Spea_R0080 Spea_R0081     FALSE 0.164 103.000 0.000 NA   NA
 7159517 7159518 Spea_R0081 Spea_R0082     FALSE 0.164 103.000 0.000 NA   NA
 7159518 7159519 Spea_R0082 Spea_R0083     FALSE 0.164 103.000 0.000 NA   NA
 7159519 7159520 Spea_R0083 Spea_R0084     FALSE 0.164 103.000 0.000 NA   NA
 7159520 7159521 Spea_R0084 Spea_R0085     FALSE 0.287 48.000 0.000 NA   NA
 7159523 7159524 Spea_1458 Spea_1459     TRUE 0.998 -3.000 0.275 1.000 Y NA
 7159524 7159525 Spea_1459 Spea_1460     TRUE 0.741 145.000 0.186 1.000 Y NA
 7159525 7159526 Spea_1460 Spea_1461     FALSE 0.131 223.000 0.153 1.000 N NA
 7159526 7159527 Spea_1461 Spea_1462     TRUE 0.952 27.000 0.375 1.000 N NA
 7159527 7159528 Spea_1462 Spea_1463     TRUE 0.627 69.000 0.158 1.000 N NA
 7159528 7159529 Spea_1463 Spea_1464     FALSE 0.071 180.000 0.053 1.000 N NA
 7159532 7159533 Spea_1467 Spea_1468     FALSE 0.132 137.000 0.032 NA   NA
 7159534 7159535 Spea_1469 Spea_1470 queA tgt TRUE 0.856 186.000 0.360 0.001 Y NA
 7159535 7159536 Spea_1470 Spea_1471 tgt yajC TRUE 0.919 31.000 0.325 NA N NA
 7159536 7159537 Spea_1471 Spea_1472 yajC secD TRUE 0.864 36.000 0.021 NA Y NA
 7159537 7159538 Spea_1472 Spea_1473 secD secF TRUE 0.994 13.000 0.090 0.002 Y NA
 7159538 7159539 Spea_1473 Spea_1474 secF   FALSE 0.018 266.000 0.010 1.000   NA
 7159539 7159540 Spea_1474 Spea_1475     TRUE 0.978 0.000 0.105 NA   NA
 7159540 7159541 Spea_1475 Spea_1476     TRUE 0.584 84.000 0.158 NA N NA
 7159541 7159542 Spea_1476 Spea_1477     FALSE 0.010 527.000 0.066 1.000   NA
 7159543 7159544 Spea_1478 Spea_1479     TRUE 0.643 168.000 0.169 1.000 Y NA
 7159544 7159545 Spea_1479 Spea_1480     TRUE 1.000 4.000 0.877 0.023 Y NA
 7159547 7159548 Spea_1482 Spea_1483     FALSE 0.131 217.000 0.111 NA   NA
 7159548 7159549 Spea_1483 Spea_1484     FALSE 0.003 584.000 0.000 1.000   NA
 7159550 7159551 Spea_1485 Spea_1486     TRUE 0.902 28.000 0.208 1.000 N NA
 7159551 7159552 Spea_1486 Spea_1487     FALSE 0.315 195.000 0.271 1.000 N NA
 7159552 7159553 Spea_1487 Spea_1488     TRUE 0.830 84.000 0.424 1.000 N NA
 7159553 7159554 Spea_1488 Spea_1489     TRUE 0.907 41.000 0.448 1.000 N NA
 7159554 7159555 Spea_1489 Spea_1490     TRUE 0.992 15.000 0.359 0.002   NA
 7159555 7159556 Spea_1490 Spea_1491   hscB TRUE 0.982 19.000 0.500 1.000   NA
 7159556 7159557 Spea_1491 Spea_1492 hscB hscA TRUE 0.968 70.000 0.634 1.000 Y NA
 7159557 7159558 Spea_1492 Spea_1493 hscA   TRUE 0.996 9.000 0.794 1.000 N NA
 7159558 7159559 Spea_1493 Spea_1494     FALSE 0.142 113.000 0.000 NA   NA
 7159559 7159560 Spea_1494 Spea_1495     TRUE 0.874 84.000 0.500 NA   NA
 7159560 7159561 Spea_1495 Spea_1496     FALSE 0.003 713.000 0.000 1.000   NA
 7159561 7159562 Spea_1496 Spea_1497     FALSE 0.043 182.000 0.012 NA   NA
 7159562 7159563 Spea_1497 Spea_1498     FALSE 0.019 229.000 0.002 NA   NA
 7159563 7159564 Spea_1498 Spea_1499     FALSE 0.001 1162.000 0.000 1.000 N NA
 7159565 7159566 Spea_1500 Spea_1501     FALSE 0.185 119.000 0.025 1.000   NA
 7159567 7159568 Spea_1502 Spea_1503     TRUE 0.854 80.000 0.406 NA   NA
 7159568 7159569 Spea_1503 Spea_1504     TRUE 0.998 0.000 0.914 NA   NA
 7159569 7159570 Spea_1504 Spea_1505     TRUE 0.623 94.000 0.157 NA   NA
 7159570 7159571 Spea_1505 Spea_1506     TRUE 0.719 74.000 0.189 NA   NA
 7159571 7159572 Spea_1506 Spea_1507     FALSE 0.032 258.000 0.043 NA   NA
 7159572 7159573 Spea_1507 Spea_1508     FALSE 0.099 199.000 0.088 1.000 N NA
 7159573 7159574 Spea_1508 Spea_1509     TRUE 0.813 101.000 0.411 NA   NA
 7159576 7159577 Spea_1511 Spea_1512     TRUE 0.895 3.000 0.000 NA   NA
 7159577 7159578 Spea_1512 Spea_1513     FALSE 0.003 585.000 0.000 NA   NA
 7159578 7159579 Spea_1513 Spea_1514     FALSE 0.077 148.000 0.000 NA   NA
 7159579 7159580 Spea_1514 Spea_1515     FALSE 0.003 524.000 0.000 NA   NA
 7159582 7159583 Spea_1517 Spea_1518     FALSE 0.007 255.000 0.000 1.000 N NA
 7159583 7159584 Spea_1518 Spea_1519     TRUE 0.582 24.000 0.037 1.000 N NA
 7159584 7159585 Spea_1519 Spea_1520     TRUE 0.999 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 7159585 7159586 Spea_1520 Spea_1521     TRUE 0.950 73.000 0.400 1.000 Y NA
 7159587 7159588 Spea_1522 Spea_1523     TRUE 0.848 19.000 0.087 1.000 N NA
 7159589 7159590 Spea_1524 Spea_1525   recR FALSE 0.022 237.000 0.000 NA   NA
 7159590 7159591 Spea_1525 Spea_1526 recR   FALSE 0.019 226.000 0.028 1.000 N NA
 7159591 7159592 Spea_1526 Spea_1527     TRUE 0.722 89.000 0.017 1.000 Y NA
 7159592 7159593 Spea_1527 Spea_1528   adk FALSE 0.087 140.000 0.038 1.000 N NA
 7159593 7159594 Spea_1528 Spea_1529 adk hemH FALSE 0.184 171.000 0.113 1.000 N NA
 7159594 7159595 Spea_1529 Spea_1530 hemH   FALSE 0.034 240.000 0.056 1.000 N NA
 7159595 7159596 Spea_1530 Spea_1531     FALSE 0.376 109.000 0.069 1.000   NA
 7159604 7159605 Spea_1539 Spea_1540     TRUE 0.529 74.000 0.091 NA   NA
 7159605 7159606 Spea_1540 Spea_1541     FALSE 0.009 305.000 0.007 NA   NA
 7159607 7159608 Spea_1542 Spea_1543     TRUE 0.964 3.000 0.071 NA   NA
 7159608 7159609 Spea_1543 Spea_1544     FALSE 0.297 91.000 0.039 NA   NA
 7159610 7159611 Spea_1545 Spea_1546     TRUE 0.749 93.000 0.175 0.049 N NA
 7159611 7159612 Spea_1546 Spea_1547     TRUE 0.998 -3.000 0.620 0.049 N NA
 7159614 7159615 Spea_1549 Spea_1550     FALSE 0.054 171.000 0.000 NA   NA
 7159615 7159616 Spea_1550 Spea_1551     FALSE 0.016 263.000 0.000 NA   NA
 7159616 7159617 Spea_1551 Spea_1552     FALSE 0.008 334.000 0.000 NA   NA
 7159617 7159618 Spea_1552 Spea_1553     TRUE 0.936 79.000 0.875 NA   NA
 7159618 7159619 Spea_1553 Spea_1554     TRUE 0.985 -28.000 0.294 NA   NA
 7159620 7159621 Spea_1555 Spea_1556     TRUE 0.764 50.000 0.179 NA   NA
 7159622 7159623 Spea_1557 Spea_1558     TRUE 0.726 28.000 0.048 1.000   NA
 7159625 7159626 Spea_1560 Spea_1561     FALSE 0.065 188.000 0.032 NA   NA
 7159626 7159627 Spea_1561 Spea_1562     TRUE 0.992 0.000 0.302 1.000 N NA
 7159627 7159628 Spea_1562 Spea_1563     TRUE 0.994 -3.000 0.465 NA N NA
 7159631 7159632 Spea_1566 Spea_1567     FALSE 0.005 416.000 0.000 NA   NA
 7159632 7159633 Spea_1567 Spea_1568     FALSE 0.026 223.000 0.000 NA   NA
 7159633 7159634 Spea_1568 Spea_1569     FALSE 0.015 294.000 0.000 1.000   NA
 7159636 7159637 Spea_1571 Spea_1572     TRUE 0.996 11.000 0.330 NA Y NA
 7159638 7159639 Spea_1573 Spea_1574     TRUE 1.000 0.000 0.909 0.004 Y NA
 7159639 7159640 Spea_1574 Spea_1575     TRUE 0.949 148.000 0.692 0.004 Y NA
 7159640 7159641 Spea_1575 Spea_1576     TRUE 0.996 4.000 0.058 0.004 Y NA
 7159641 7159642 Spea_1576 Spea_1577     TRUE 0.995 9.000 0.053 0.004 Y NA
 7159642 7159643 Spea_1577 Spea_1578     TRUE 0.890 56.000 0.000 0.004 Y NA
 7159643 7159644 Spea_1578 Spea_1579     FALSE 0.320 42.000 0.000 NA   NA
 7159644 7159645 Spea_1579 Spea_1580     FALSE 0.417 40.000 0.028 NA   NA
 7159645 7159646 Spea_1580 Spea_1581     FALSE 0.408 41.000 0.028 NA   NA
 7159646 7159647 Spea_1581 Spea_1582     FALSE 0.031 213.000 0.000 NA   NA
 7159647 7159648 Spea_1582 Spea_1583     FALSE 0.122 121.000 0.000 NA   NA
 7159648 7159649 Spea_1583 Spea_1584     FALSE 0.005 413.000 0.000 NA   NA
 7159650 7159651 Spea_1585 Spea_1586 trpA   TRUE 0.999 11.000 0.947 0.001 Y NA
 7159651 7159652 Spea_1586 Spea_1587     TRUE 0.949 97.000 0.221 0.001 Y NA
 7159652 7159653 Spea_1587 Spea_1588   trpD TRUE 0.998 2.000 0.293 1.000 Y NA
 7159653 7159654 Spea_1588 Spea_1589 trpD   TRUE 0.994 2.000 0.083 1.000 Y NA
 7159654 7159655 Spea_1589 Spea_1590     TRUE 1.000 -3.000 0.703 0.001 Y NA
 7159656 7159657 Spea_1591 Spea_1592     TRUE 0.998 0.000 0.744 NA   NA
 7159657 7159658 Spea_1592 Spea_1593     TRUE 0.996 -10.000 0.769 NA   NA
 7159658 7159659 Spea_1593 Spea_1594     TRUE 0.997 -3.000 0.774 1.000   NA
 7159659 7159660 Spea_1594 Spea_1595     FALSE 0.046 199.000 0.000 1.000   NA
 7159663 7159664 Spea_1598 Spea_1599     FALSE 0.234 89.000 0.000 1.000   NA
 7159664 7159665 Spea_1599 Spea_1600     FALSE 0.052 189.000 0.000 1.000   NA
 7159666 7159667 Spea_1601 Spea_1602     FALSE 0.240 174.000 0.125 NA   NA
 7159667 7159668 Spea_1602 Spea_1603     FALSE 0.153 197.000 0.104 NA   NA
 7159668 7159669 Spea_1603 Spea_1604     FALSE 0.006 376.000 0.000 NA   NA
 7159671 7159672 Spea_1606 Spea_1607     FALSE 0.086 139.000 0.000 NA   NA
 7159674 7159675 Spea_1609 Spea_1610     TRUE 0.997 2.000 0.220 NA Y NA
 7159677 7159678 Spea_1612 Spea_1613     TRUE 0.997 3.000 0.097 0.007 Y NA
 7159679 7159680 Spea_1614 Spea_1615     TRUE 0.874 84.000 0.500 NA   NA
 7159681 7159682 Spea_1616 Spea_1617   truA FALSE 0.012 164.000 0.016 NA N NA
 7159682 7159683 Spea_1617 Spea_1618 truA   FALSE 0.102 98.000 0.021 1.000 N NA
 7159683 7159684 Spea_1618 Spea_1619     TRUE 0.986 -7.000 0.216 NA   NA
 7159684 7159685 Spea_1619 Spea_1620     FALSE 0.447 116.000 0.116 NA   NA
 7159685 7159686 Spea_1620 Spea_1621     TRUE 0.746 100.000 0.262 1.000   NA
 7159687 7159688 Spea_1622 Spea_1623     TRUE 0.802 117.000 0.500 NA   NA
 7159688 7159689 Spea_1623 Spea_1624     FALSE 0.071 153.000 0.000 NA   NA
 7159690 7159691 Spea_1625 Spea_1626     FALSE 0.078 95.000 0.000 1.000 N NA
 7159691 7159692 Spea_1626 Spea_1627     FALSE 0.249 166.000 0.111 1.000   NA
 7159692 7159693 Spea_1627 Spea_1628     FALSE 0.252 170.000 0.118 1.000   NA
 7159694 7159695 Spea_1629 Spea_1630     FALSE 0.005 276.000 0.000 1.000 N NA
 7159696 7159697 Spea_1631 Spea_1632     TRUE 0.982 0.000 0.026 0.001 N NA
 7159698 7159699 Spea_1633 Spea_1634     FALSE 0.026 225.000 0.015 NA   NA
 7159700 7159701 Spea_1635 Spea_1636     FALSE 0.005 428.000 0.000 NA   NA
 7159701 7159702 Spea_1636 Spea_1637     FALSE 0.078 301.000 0.164 NA   NA
 7159703 7159704 Spea_1638 Spea_1639     TRUE 0.844 19.000 0.062 NA   NA
 7159704 7159705 Spea_1639 Spea_1640     TRUE 0.991 0.000 0.224 NA   NA
 7159705 7159706 Spea_1640 Spea_1641     FALSE 0.068 156.000 0.000 NA   NA
 7159709 7159710 Spea_1644 Spea_1645     TRUE 0.992 -3.000 0.281 NA   NA
 7159710 7159711 Spea_1645 Spea_1646     FALSE 0.210 118.000 0.040 NA   NA
 7159711 7159712 Spea_1646 Spea_1647     TRUE 0.972 1.000 0.083 NA   NA
 7159712 7159713 Spea_1647 Spea_1648     TRUE 0.981 -7.000 0.210 NA N NA
 7159715 7159716 Spea_1650 Spea_1651     FALSE 0.289 151.000 0.114 NA   NA
 7159718 7159719 Spea_1653 Spea_1654     FALSE 0.002 1255.000 0.000 NA   NA
 7159719 7159720 Spea_1654 Spea_1655     FALSE 0.002 938.000 0.000 NA   NA
 7159720 7159721 Spea_1655 Spea_1656     FALSE 0.009 231.000 0.000 1.000 N NA
 7159722 7159723 Spea_1657 Spea_1658     TRUE 0.811 151.000 0.900 NA   NA
 7159723 7159724 Spea_1658 Spea_1659     FALSE 0.008 347.000 0.000 NA   NA
 7159724 7159725 Spea_1659 Spea_1660     FALSE 0.089 137.000 0.000 NA   NA
 7159726 7159727 Spea_1661 Spea_1662     TRUE 0.998 -9.000 0.535 NA Y NA
 7159728 7159729 Spea_1663 Spea_1664   folX TRUE 0.650 62.000 0.122 1.000   NA
 7159730 7159731 Spea_1665 Spea_1666     TRUE 0.954 22.000 0.262 NA   NA
 7159732 7159733 Spea_1667 Spea_1668     FALSE 0.002 630.000 0.000 NA   NA
 7159733 7159734 Spea_1668 Spea_1669     TRUE 0.630 103.000 0.171 1.000   NA
 7159736 7159737 Spea_1671 Spea_1672 pflA   TRUE 0.475 65.000 0.092 1.000 N NA
 7159737 7159738 Spea_1672 Spea_1673     FALSE 0.010 554.000 0.080 NA   NA
 7159741 7159742 Spea_1676 Spea_1677   panF TRUE 0.995 -13.000 0.682 NA   NA
 7159742 7159743 Spea_1677 Spea_1678 panF   FALSE 0.351 80.000 0.044 NA   NA
 7159744 7159745 Spea_1679 Spea_1680     FALSE 0.224 176.000 0.111 1.000   NA
 7159748 7159749 Spea_1683 Spea_1684     FALSE 0.194 199.000 0.136 NA   NA
 7159750 7159751 Spea_1685 Spea_1686     FALSE 0.039 212.000 0.015 1.000   NA
 7159752 7159753 Spea_1687 Spea_1688     TRUE 0.984 24.000 0.115 0.010 Y NA
 7159753 7159754 Spea_1688 Spea_1689     TRUE 0.505 79.000 0.106 1.000 N NA
 7159754 7159755 Spea_1689 Spea_1690     FALSE 0.092 131.000 0.011 NA   NA
 7159755 7159756 Spea_1690 Spea_1691     FALSE 0.005 578.000 0.037 NA   NA
 7159756 7159757 Spea_1691 Spea_1692     FALSE 0.171 117.000 0.026 NA   NA
 7159757 7159758 Spea_1692 Spea_1693     FALSE 0.287 55.000 0.020 NA   NA
 7159758 7159759 Spea_1693 Spea_1694     FALSE 0.022 256.000 0.000 1.000   NA
 7159759 7159760 Spea_1694 Spea_1695     FALSE 0.005 404.000 0.000 NA   NA
 7159760 7159761 Spea_1695 Spea_1696     TRUE 0.966 40.000 0.916 NA   NA
 7159761 7159762 Spea_1696 Spea_1697     FALSE 0.006 541.000 0.031 1.000   NA
 7159762 7159763 Spea_1697 Spea_1698     TRUE 0.856 63.000 0.447 1.000 N NA
 7159763 7159764 Spea_1698 Spea_1699     FALSE 0.167 169.000 0.079 NA   NA
 7159765 7159766 Spea_1700 Spea_1701     TRUE 0.740 101.000 0.324 1.000 N NA
 7159766 7159767 Spea_1701 Spea_1702     TRUE 0.792 108.000 0.462 1.000 N NA
 7159767 7159768 Spea_1702 Spea_1703     TRUE 0.751 44.000 0.186 NA N NA
 7159768 7159769 Spea_1703 Spea_1704     FALSE 0.298 162.000 0.142 NA   NA
 7159770 7159771 Spea_1705 Spea_1706     TRUE 0.964 35.000 0.229 1.000 Y NA
 7159772 7159773 Spea_1707 Spea_1708     FALSE 0.350 44.000 0.022 NA   NA
 7159775 7159776 Spea_1710 Spea_1711     FALSE 0.320 187.000 0.000 1.000 Y NA
 7159777 7159778 Spea_1712 Spea_R0086     FALSE 0.002 884.000 0.000 NA   NA
 7159778 7159779 Spea_R0086 Spea_R0087     FALSE 0.008 350.000 0.000 NA   NA
 7159779 7159780 Spea_R0087 Spea_R0088     FALSE 0.096 133.000 0.000 NA   NA
 7159781 7159782 Spea_1713 Spea_1714     FALSE 0.251 58.000 0.000 NA   NA
 7159782 7159783 Spea_1714 Spea_1715     FALSE 0.214 81.000 0.000 NA   NA
 7159783 7159784 Spea_1715 Spea_1716     FALSE 0.037 199.000 0.000 NA   NA
 7159784 7159785 Spea_1716 Spea_1717     FALSE 0.240 60.000 0.000 NA   NA
 7159785 7159786 Spea_1717 Spea_1718     TRUE 0.983 12.000 0.048 1.000 Y NA
 7159789 7159790 Spea_1721 Spea_1722     FALSE 0.446 111.000 0.106 NA   NA
 7159791 7159792 Spea_1723 Spea_1724     TRUE 0.672 76.000 0.158 NA   NA
 7159792 7159793 Spea_1724 Spea_1725     FALSE 0.007 366.000 0.000 NA   NA
 7159793 7159794 Spea_1725 Spea_1726     FALSE 0.080 144.000 0.000 NA   NA
 7159796 7159797 Spea_1728 Spea_1729     FALSE 0.043 68.000 0.000 NA N NA
 7159797 7159798 Spea_1729 Spea_1730     TRUE 0.995 0.000 0.500 NA N NA
 7159798 7159799 Spea_1730 Spea_1731     FALSE 0.251 58.000 0.000 NA   NA
 7159799 7159800 Spea_1731 Spea_1732     FALSE 0.009 327.000 0.000 NA   NA
 7159800 7159801 Spea_1732 Spea_1733     TRUE 0.803 79.000 0.273 1.000   NA
 7159801 7159802 Spea_1733 Spea_1734     TRUE 0.982 107.000 1.000 0.022 Y NA
 7159803 7159804 Spea_1735 Spea_1736     TRUE 0.675 102.000 0.200 1.000   NA
 7159804 7159805 Spea_1736 Spea_1737     TRUE 0.992 18.000 1.000 NA   NA
 7159805 7159806 Spea_1737 Spea_1738     TRUE 0.971 32.000 0.750 NA   NA
 7159806 7159807 Spea_1738 Spea_1739     TRUE 0.997 -6.000 0.750 NA   NA
 7159807 7159808 Spea_1739 Spea_1740     TRUE 0.869 -7.000 0.000 NA   NA
 7159808 7159809 Spea_1740 Spea_1741     TRUE 0.906 0.000 0.000 NA   NA
 7159809 7159810 Spea_1741 Spea_1742     FALSE 0.096 133.000 0.000 NA   NA
 7159810 7159811 Spea_1742 Spea_1743     TRUE 0.883 5.000 0.000 NA   NA
 7159811 7159812 Spea_1743 Spea_1744     FALSE 0.004 557.000 0.000 1.000   NA
 7159813 7159814 Spea_1745 Spea_1746     TRUE 0.999 -9.000 0.940 1.000 Y NA
 7159815 7159816 Spea_1747 Spea_1748     TRUE 0.995 22.000 0.690 1.000 Y NA
 7159816 7159817 Spea_1748 Spea_1749     TRUE 0.994 23.000 0.696 NA Y NA
 7159819 7159820 Spea_1751 Spea_1752     TRUE 0.665 96.000 0.187 NA   NA
 7159820 7159821 Spea_1752 Spea_1753     TRUE 0.986 -10.000 0.037 1.000 Y NA
 7159823 7159824 Spea_1755 Spea_1756     TRUE 0.996 -3.000 0.072 0.087 Y NA
 7159831 7159832 Spea_R0089 Spea_1763     FALSE 0.092 135.000 0.000 NA   NA
 7159832 7159833 Spea_1763 Spea_1764     TRUE 0.777 84.000 0.267 NA   NA
 7159834 7159835 Spea_1765 Spea_1766     FALSE 0.013 285.000 0.000 NA   NA
 7159835 7159836 Spea_1766 Spea_1767     TRUE 0.699 38.000 0.094 NA   NA
 7159838 7159839 Spea_1769 Spea_1770     TRUE 0.851 33.000 0.075 0.057   NA
 7159839 7159840 Spea_1770 Spea_1771   lpxK TRUE 0.987 1.000 0.205 1.000 N NA
 7159840 7159841 Spea_1771 Spea_1772 lpxK   TRUE 0.983 12.000 0.263 NA   NA
 7159841 7159842 Spea_1772 Spea_1773     FALSE 0.004 446.000 0.000 NA   NA
 7159843 7159844 Spea_1774 Spea_1775     FALSE 0.002 776.000 0.000 NA   NA
 7159844 7159845 Spea_1775 Spea_1776     TRUE 0.914 43.000 0.500 1.000 N NA
 7159845 7159846 Spea_1776 Spea_1777     FALSE 0.017 259.000 0.000 NA   NA
 7159846 7159847 Spea_1777 Spea_1778     FALSE 0.008 337.000 0.000 NA   NA
 7159847 7159848 Spea_1778 Spea_1779     FALSE 0.014 275.000 0.000 NA   NA
 7159848 7159849 Spea_1779 Spea_1780     TRUE 0.998 -3.000 0.481 NA Y NA
 7159849 7159850 Spea_1780 Spea_1781     TRUE 0.873 107.000 0.778 NA N NA
 7159850 7159851 Spea_1781 Spea_1782     FALSE 0.006 417.000 0.000 1.000   NA
 7159851 7159852 Spea_1782 Spea_1783   gltA FALSE 0.004 512.000 0.000 1.000   NA
 7159853 7159854 Spea_1784 Spea_1785     TRUE 0.999 -12.000 0.453 0.001 Y NA
 7159854 7159855 Spea_1785 Spea_1786   sdhA TRUE 1.000 1.000 0.705 0.003 Y NA
 7159855 7159856 Spea_1786 Spea_1787 sdhA sdhB TRUE 0.999 13.000 0.604 0.003 Y NA
 7159856 7159857 Spea_1787 Spea_1788 sdhB sucA FALSE 0.352 208.000 0.067 1.000 Y NA
 7159857 7159858 Spea_1788 Spea_1789 sucA   TRUE 0.988 33.000 0.667 1.000 Y NA
 7159858 7159859 Spea_1789 Spea_1790   sucC TRUE 0.878 79.000 0.136 1.000 Y NA
 7159859 7159860 Spea_1790 Spea_1791 sucC   TRUE 1.000 0.000 0.806 0.001 Y NA
 7159860 7159861 Spea_1791 Spea_1792     FALSE 0.018 256.000 0.000 NA   NA
 7159861 7159862 Spea_1792 Spea_1793     FALSE 0.006 393.000 0.000 NA   NA
 7159866 7159867 Spea_1797 Spea_1798     FALSE 0.392 73.000 0.052 NA   NA
 7159868 7159869 Spea_1799 Spea_1800     FALSE 0.002 413.000 0.000 1.000 N NA
 7159870 7159871 Spea_1801 Spea_1802     FALSE 0.297 277.000 0.168 1.000 Y NA
 7159871 7159872 Spea_1802 Spea_1803     TRUE 0.627 85.000 0.133 1.000   NA
 7159872 7159873 Spea_1803 Spea_1804     TRUE 0.775 28.000 0.063 1.000   NA
 7159873 7159874 Spea_1804 Spea_1805     FALSE 0.003 326.000 0.000 1.000 N NA
 7159874 7159875 Spea_1805 Spea_1806     FALSE 0.016 263.000 0.000 NA   NA
 7159875 7159876 Spea_1806 Spea_1807     FALSE 0.010 315.000 0.000 NA   NA
 7159876 7159877 Spea_1807 Spea_1808     TRUE 0.829 -25.000 0.039 1.000 N NA
 7159877 7159878 Spea_1808 Spea_1809     FALSE 0.242 89.000 0.046 1.000 N NA
 7159878 7159879 Spea_1809 Spea_1810     TRUE 0.844 -12.000 0.000 NA   NA
 7159879 7159880 Spea_1810 Spea_1811     FALSE 0.006 378.000 0.000 NA   NA
 7159880 7159881 Spea_1811 Spea_1812     TRUE 0.997 -3.000 0.406 0.001 N NA
 7159881 7159882 Spea_1812 Spea_1813     TRUE 0.991 2.000 0.233 1.000   NA
 7159882 7159883 Spea_1813 Spea_1814     TRUE 0.990 5.000 0.250 1.000   NA
 7159883 7159884 Spea_1814 Spea_1815     TRUE 0.681 100.000 0.200 1.000   NA
 7159884 7159885 Spea_1815 Spea_1816     FALSE 0.015 293.000 0.000 1.000   NA
 7159885 7159886 Spea_1816 Spea_1817     FALSE 0.170 114.000 0.000 1.000   NA
 7159886 7159887 Spea_1817 Spea_1818     TRUE 0.983 -3.000 0.147 NA   NA
 7159887 7159888 Spea_1818 Spea_1819     TRUE 0.993 13.000 0.723 NA   NA
 7159888 7159889 Spea_1819 Spea_1820     TRUE 0.976 3.000 0.106 NA   NA
 7159889 7159890 Spea_1820 Spea_1821     FALSE 0.035 203.000 0.000 NA   NA
 7159890 7159891 Spea_1821 Spea_1822     TRUE 0.826 109.000 0.500 NA   NA
 7159893 7159894 Spea_1824 Spea_1825     TRUE 0.689 -3.000 0.019 NA N NA
 7159894 7159895 Spea_1825 Spea_1826     TRUE 0.999 -13.000 0.845 NA Y NA
 7159895 7159896 Spea_1826 Spea_1827     TRUE 0.564 57.000 0.086 NA   NA
 7159896 7159897 Spea_1827 Spea_1828     FALSE 0.010 309.000 0.000 NA   NA
 7159897 7159898 Spea_1828 Spea_1829     TRUE 0.712 61.000 0.171 NA   NA
 7159898 7159899 Spea_1829 Spea_1830     TRUE 0.552 121.000 0.186 NA   NA
 7159899 7159900 Spea_1830 Spea_1831     TRUE 0.996 1.000 0.455 NA   NA
 7159900 7159901 Spea_1831 Spea_1832     FALSE 0.019 321.000 0.046 NA   NA
 7159901 7159902 Spea_1832 Spea_1833     FALSE 0.050 223.000 0.044 NA   NA
 7159902 7159903 Spea_1833 Spea_1834     FALSE 0.020 124.000 0.000 NA N NA
 7159903 7159904 Spea_1834 Spea_1835     FALSE 0.052 214.000 0.038 NA   NA
 7159904 7159905 Spea_1835 Spea_1836     FALSE 0.328 273.000 0.615 NA   NA
 7159905 7159906 Spea_1836 Spea_1837     FALSE 0.004 450.000 0.000 NA   NA
 7159906 7159907 Spea_1837 Spea_1838     TRUE 0.991 -10.000 0.093 NA Y NA
 7159907 7159908 Spea_1838 Spea_1839     TRUE 0.993 -3.000 0.412 NA N NA
 7159908 7159909 Spea_1839 Spea_1840     TRUE 0.998 -3.000 0.412 NA Y NA
 7159909 7159910 Spea_1840 Spea_1841     TRUE 0.993 -3.000 0.409 NA N NA
 7159910 7159911 Spea_1841 Spea_1842     FALSE 0.014 274.000 0.000 NA   NA
 7159911 7159912 Spea_1842 Spea_1843     TRUE 0.985 11.000 0.273 NA   NA
 7159912 7159913 Spea_1843 Spea_1844     FALSE 0.002 629.000 0.000 NA   NA
 7159913 7159914 Spea_1844 Spea_1845     TRUE 0.993 0.000 0.297 NA   NA
 7159914 7159915 Spea_1845 Spea_1846     TRUE 0.973 -10.000 0.137 NA   NA
 7159916 7159917 Spea_1847 Spea_1848     TRUE 0.982 25.000 0.726 NA   NA
 7159917 7159918 Spea_1848 Spea_1849     TRUE 0.490 112.000 0.125 NA   NA
 7159918 7159919 Spea_1849 Spea_1850     FALSE 0.085 140.000 0.000 NA   NA
 7159919 7159920 Spea_1850 Spea_1851     FALSE 0.007 367.000 0.000 NA   NA
 7159921 7159922 Spea_1852 Spea_1853     FALSE 0.011 324.000 0.000 1.000   NA
 7159924 7159925 Spea_1855 Spea_1856     FALSE 0.216 80.000 0.000 NA   NA
 7159926 7159927 Spea_1857 Spea_1858     FALSE 0.004 460.000 0.000 NA   NA
 7159928 7159929 Spea_1859 Spea_1860     FALSE 0.010 343.000 0.000 1.000   NA
 7159932 7159933 Spea_1863 Spea_1864 rihA   FALSE 0.003 254.000 0.000 NA N NA
 7159935 7159936 Spea_1866 Spea_1867     FALSE 0.182 96.000 0.000 NA   NA
 7159936 7159937 Spea_1867 Spea_1868     FALSE 0.017 259.000 0.000 NA   NA
 7159937 7159938 Spea_1868 Spea_1869     FALSE 0.258 56.000 0.000 NA   NA
 7159939 7159940 Spea_1870 Spea_1871     FALSE 0.198 172.000 0.000 0.049   NA
 7159940 7159941 Spea_1871 Spea_1872     FALSE 0.219 75.000 0.000 NA   NA
 7159942 7159943 Spea_1873 Spea_1874     FALSE 0.196 90.000 0.038 1.000 N NA
 7159944 7159945 Spea_1875 Spea_1876     FALSE 0.005 402.000 0.000 NA   NA
 7159946 7159947 Spea_1877 Spea_1878     FALSE 0.018 254.000 0.000 NA   NA
 7159948 7159949 Spea_1879 Spea_1880     FALSE 0.074 151.000 0.000 NA   NA
 7159951 7159952 Spea_1882 Spea_1883     TRUE 0.608 22.000 0.000 NA   NA
 7159955 7159956 Spea_1886 Spea_1887     FALSE 0.210 83.000 0.000 NA   NA
 7159956 7159957 Spea_1887 Spea_1888     FALSE 0.049 178.000 0.000 NA   NA
 7159957 7159958 Spea_1888 Spea_1889     FALSE 0.382 36.000 0.000 NA   NA
 7159958 7159959 Spea_1889 Spea_1890     TRUE 0.809 12.000 0.000 NA   NA
 7159959 7159960 Spea_1890 Spea_1891     FALSE 0.004 471.000 0.000 NA   NA
 7159961 7159962 Spea_1892 Spea_1893     TRUE 0.981 6.000 0.157 NA   NA
 7159963 7159964 Spea_1894 Spea_1895     FALSE 0.008 340.000 0.000 NA   NA
 7159964 7159965 Spea_1895 Spea_1896     FALSE 0.002 1340.000 0.000 NA   NA
 7159965 7159966 Spea_1896 Spea_1897     TRUE 0.920 2.000 0.000 1.000   NA
 7159966 7159967 Spea_1897 Spea_1898     TRUE 0.987 0.000 0.167 NA   NA
 7159967 7159968 Spea_1898 Spea_1899     TRUE 0.997 1.000 0.667 NA   NA
 7159969 7159970 Spea_1900 Spea_1901     FALSE 0.298 90.000 0.067 NA N NA
 7159971 7159972 Spea_1902 Spea_1903     TRUE 0.726 87.000 0.220 NA   NA
 7159973 7159974 Spea_1904 Spea_1905     FALSE 0.388 129.000 0.146 1.000 N NA
 7159974 7159975 Spea_1905 Spea_1906     TRUE 0.724 74.000 0.195 NA   NA
 7159975 7159976 Spea_1906 Spea_1907     FALSE 0.289 113.000 0.056 NA   NA
 7159976 7159977 Spea_1907 Spea_1908   ushA FALSE 0.008 371.000 0.000 1.000   NA
 7159977 7159978 Spea_1908 Spea_1909 ushA   FALSE 0.002 296.000 0.000 NA N NA
 7159979 7159980 Spea_1910 Spea_1911     TRUE 0.999 0.000 0.371 0.001 Y NA
 7159980 7159981 Spea_1911 Spea_1912     FALSE 0.003 361.000 0.000 1.000 N NA
 7159981 7159982 Spea_1912 Spea_1913     FALSE 0.002 796.000 0.000 NA   NA
 7159983 7159984 Spea_1914 Spea_1915     FALSE 0.174 99.000 0.000 NA   NA
 7159984 7159985 Spea_1915 Spea_1916     TRUE 0.874 84.000 0.500 NA   NA
 7159987 7159988 Spea_1918 Spea_1919     TRUE 0.959 12.000 0.073 0.085 N NA
 7159988 7159989 Spea_1919 Spea_1920     TRUE 0.757 35.000 0.098 1.000   NA
 7159989 7159990 Spea_1920 Spea_1921     TRUE 0.932 0.000 0.020 1.000   NA
 7159990 7159991 Spea_1921 Spea_1922     TRUE 0.988 -3.000 0.204 NA   NA
 7159991 7159992 Spea_1922 Spea_1923   tmk TRUE 0.989 -3.000 0.209 NA   NA
 7159992 7159993 Spea_1923 Spea_1924 tmk   TRUE 0.987 2.000 0.211 1.000 N NA
 7159993 7159994 Spea_1924 Spea_1925     TRUE 0.991 7.000 0.382 NA N NA
 7159994 7159995 Spea_1925 Spea_1926     TRUE 0.521 46.000 0.089 NA N NA
 7159998 7159999 Spea_1929 Spea_1930     TRUE 0.996 -22.000 0.840 NA   NA
 7159999 7160000 Spea_1930 Spea_1931     TRUE 0.983 -10.000 0.203 NA   NA
 7160001 7160002 Spea_1932 Spea_1933     FALSE 0.251 85.000 0.025 NA   NA
 7160002 7160003 Spea_1933 Spea_1934     FALSE 0.175 288.000 0.081 NA Y NA
 7160003 7160004 Spea_1934 Spea_1935     TRUE 0.893 34.000 0.304 NA N NA
 7160004 7160005 Spea_1935 Spea_1936   pepN TRUE 0.579 73.000 0.050 0.033 N NA
 7160005 7160006 Spea_1936 Spea_1937 pepN   TRUE 0.518 88.000 0.099 NA   NA
 7160006 7160007 Spea_1937 Spea_1938     FALSE 0.009 318.000 0.000 NA   NA
 7160007 7160008 Spea_1938 Spea_1939     TRUE 0.986 20.000 0.710 NA   NA
 7160008 7160009 Spea_1939 Spea_1940     TRUE 0.906 54.000 0.500 NA   NA
 7160009 7160010 Spea_1940 Spea_1941     TRUE 0.989 13.000 0.455 NA   NA
 7160010 7160011 Spea_1941 Spea_1942     FALSE 0.021 262.000 0.000 1.000   NA
 7160011 7160012 Spea_1942 Spea_1943     FALSE 0.288 60.000 0.045 1.000 N NA
 7160012 7160013 Spea_1943 Spea_1944     FALSE 0.164 174.000 0.081 NA   NA
 7160014 7160015 Spea_1945 Spea_R0090     FALSE 0.004 456.000 0.000 NA   NA
 7160015 7160016 Spea_R0090 Spea_R0091     FALSE 0.328 41.000 0.000 NA   NA
 7160016 7160017 Spea_R0091 Spea_R0092     FALSE 0.328 41.000 0.000 NA   NA
 7160017 7160018 Spea_R0092 Spea_R0093     FALSE 0.328 41.000 0.000 NA   NA
 7160019 7160020 Spea_1946 Spea_1947 rlmL   TRUE 0.917 -10.000 0.043 NA   NA
 7160020 7160021 Spea_1947 Spea_1948     TRUE 0.974 2.000 0.092 NA   NA
 7160021 7160022 Spea_1948 Spea_1949     TRUE 0.798 30.000 0.094 NA   NA
 7160022 7160023 Spea_1949 Spea_1950     FALSE 0.356 196.000 0.278 NA   NA
 7160024 7160025 Spea_1951 Spea_1952     TRUE 0.780 68.000 0.290 1.000 N NA
 7160026 7160027 Spea_R0094 Spea_1953     FALSE 0.029 217.000 0.000 NA   NA
 7160027 7160028 Spea_1953 Spea_1954   uvrC TRUE 0.834 20.000 0.086 1.000 N NA
 7160028 7160029 Spea_1954 Spea_1955 uvrC   TRUE 0.793 48.000 0.227 1.000 N NA
 7160029 7160030 Spea_1955 Spea_R0095     FALSE 0.071 153.000 0.000 NA   NA
 7160030 7160031 Spea_R0095 Spea_R0096     TRUE 0.761 14.000 0.000 NA   NA
 7160031 7160032 Spea_R0096 Spea_R0097     FALSE 0.200 86.000 0.000 NA   NA
 7160032 7160033 Spea_R0097 Spea_1956     FALSE 0.003 531.000 0.000 NA   NA
 7160033 7160034 Spea_1956 Spea_1957     FALSE 0.144 164.000 0.060 NA   NA
 7160034 7160035 Spea_1957 Spea_1958     TRUE 0.686 130.000 0.372 NA   NA
 7160035 7160036 Spea_1958 Spea_1959     FALSE 0.064 150.000 0.007 NA   NA
 7160037 7160038 Spea_1960 Spea_1961     TRUE 0.996 10.000 0.761 NA   NA
 7160038 7160039 Spea_1961 Spea_1962     TRUE 0.934 52.000 0.683 NA   NA
 7160039 7160040 Spea_1962 Spea_1963     FALSE 0.004 228.000 0.000 NA N NA
 7160043 7160044 Spea_1966 Spea_1967     TRUE 0.697 74.000 0.174 NA   NA
 7160045 7160046 Spea_1968 Spea_1969     FALSE 0.103 173.000 0.046 NA   NA
 7160046 7160047 Spea_1969 Spea_1970     TRUE 0.956 13.000 0.127 NA   NA
 7160047 7160048 Spea_1970 Spea_1971     TRUE 0.797 74.000 0.259 1.000   NA
 7160049 7160050 Spea_1972 Spea_1973     TRUE 0.684 91.000 0.190 NA   NA
 7160052 7160053 Spea_1975 Spea_1976     FALSE 0.214 81.000 0.000 NA   NA
 7160053 7160054 Spea_1976 Spea_1977     TRUE 0.802 117.000 0.500 NA   NA
 7160055 7160056 Spea_1978 Spea_1979     TRUE 0.836 21.000 0.102 NA N NA
 7160057 7160058 Spea_1980 Spea_1981     TRUE 0.997 4.000 0.267 NA Y NA
 7160058 7160059 Spea_1981 Spea_1982     FALSE 0.066 371.000 0.031 NA Y NA
 7160059 7160060 Spea_1982 Spea_1983     TRUE 0.996 -3.000 0.680 NA N NA
 7160061 7160062 Spea_1984 Spea_1985     TRUE 0.974 14.000 0.231 NA   NA
 7160062 7160063 Spea_1985 Spea_1986     FALSE 0.221 69.000 0.000 NA   NA
 7160063 7160064 Spea_1986 Spea_1988     FALSE 0.027 220.000 0.000 NA   NA
 7160064 7160065 Spea_1988 Spea_1989     FALSE 0.040 245.000 0.038 1.000   NA
 7160065 7160066 Spea_1989 Spea_1990     TRUE 0.592 49.000 0.076 1.000   NA
 7160066 7160067 Spea_1990 Spea_1991     TRUE 0.741 93.000 0.163 0.033 N NA
 7160067 7160068 Spea_1991 Spea_1992     TRUE 0.991 -3.000 0.292 1.000 N NA
 7160068 7160069 Spea_1992 Spea_1993     FALSE 0.041 135.000 0.017 1.000 N NA
 7160069 7160070 Spea_1993 Spea_1994     TRUE 0.948 65.000 0.165 0.002 Y NA
 7160070 7160071 Spea_1994 Spea_1995     TRUE 0.996 11.000 0.132 0.002 Y NA
 7160071 7160072 Spea_1995 Spea_1996     TRUE 0.561 65.000 0.099 NA   NA
 7160072 7160073 Spea_1996 Spea_1997     FALSE 0.425 102.000 0.083 NA   NA
 7160078 7160079 Spea_2002 Spea_2003     FALSE 0.219 75.000 0.000 NA   NA
 7160081 7160082 Spea_2005 Spea_2006     FALSE 0.009 333.000 0.000 NA   NA
 7160084 7160085 Spea_2008 Spea_2009     TRUE 0.995 10.000 0.714 NA   NA
 7160085 7160086 Spea_2009 Spea_2010     FALSE 0.000 806.000 0.000 NA N NA
 7160086 7160087 Spea_2010 Spea_2011     TRUE 0.989 11.000 0.343 1.000   NA
 7160087 7160088 Spea_2011 Spea_2012     TRUE 0.964 27.000 0.426 NA   NA
 7160088 7160089 Spea_2012 Spea_2013     TRUE 0.983 46.000 0.794 NA Y NA
 7160089 7160090 Spea_2013 Spea_2014     TRUE 0.487 84.000 0.083 NA   NA
 7160090 7160091 Spea_2014 Spea_2015     TRUE 0.605 41.000 0.071 NA   NA
 7160091 7160092 Spea_2015 Spea_2016     TRUE 0.994 11.000 0.595 NA   NA
 7160092 7160093 Spea_2016 Spea_2017     TRUE 0.994 -3.000 0.389 NA   NA
 7160093 7160094 Spea_2017 Spea_2018     TRUE 0.839 94.000 0.125 NA Y NA
 7160094 7160095 Spea_2018 Spea_2019     TRUE 0.997 2.000 0.212 1.000 Y NA
 7160095 7160096 Spea_2019 Spea_2020     TRUE 0.993 12.000 0.212 NA Y NA
 7160096 7160097 Spea_2020 Spea_2021     TRUE 0.997 2.000 0.205 NA Y NA
 7160097 7160098 Spea_2021 Spea_2022     TRUE 0.985 25.000 0.315 NA Y NA
 7160099 7160100 Spea_2023 Spea_2024     TRUE 0.974 0.000 0.080 1.000   NA
 7160100 7160101 Spea_2024 Spea_2025     TRUE 0.993 0.000 0.058 1.000 Y NA
 7160101 7160102 Spea_2025 Spea_2026     TRUE 0.998 0.000 0.342 NA Y NA
 7160102 7160103 Spea_2026 Spea_2027     TRUE 0.999 0.000 0.463 NA Y NA
 7160103 7160104 Spea_2027 Spea_2028     TRUE 0.765 100.000 0.064 1.000 Y NA
 7160104 7160105 Spea_2028 Spea_2029     TRUE 0.791 19.000 0.043 NA   NA
 7160105 7160106 Spea_2029 Spea_2030     TRUE 0.992 -13.000 0.488 NA   NA
 7160106 7160107 Spea_2030 Spea_2031     TRUE 0.996 10.000 0.277 1.000 Y NA
 7160107 7160108 Spea_2031 Spea_2032     TRUE 0.995 15.000 0.270 0.054 Y NA
 7160108 7160109 Spea_2032 Spea_2033     TRUE 1.000 3.000 0.951 0.001 Y NA
 7160109 7160110 Spea_2033 Spea_2034   asnC FALSE 0.002 423.000 0.000 1.000 N NA
 7160112 7160113 Spea_2036 Spea_2037     TRUE 0.722 48.000 0.169 1.000 N NA
 7160114 7160115 Spea_2038 Spea_2039     FALSE 0.007 279.000 0.021 1.000 N NA
 7160116 7160117 Spea_2040 Spea_2041     FALSE 0.004 441.000 0.000 NA   NA
 7160118 7160119 Spea_2042 Spea_2043     FALSE 0.106 220.000 0.119 1.000 N NA
 7160122 7160123 Spea_2046 Spea_2047     TRUE 0.931 19.000 0.137 1.000   NA
 7160123 7160124 Spea_2047 Spea_2048     TRUE 0.493 104.000 0.104 1.000   NA
 7160124 7160125 Spea_2048 Spea_2049     FALSE 0.003 336.000 0.000 1.000 N NA
 7160125 7160126 Spea_2049 Spea_2050     TRUE 0.586 45.000 0.074 NA   NA
 7160126 7160127 Spea_2050 Spea_2051     FALSE 0.328 125.000 0.086 NA   NA
 7160127 7160128 Spea_2051 Spea_2052     TRUE 0.900 57.000 0.473 1.000   NA
 7160128 7160129 Spea_2052 Spea_2053     TRUE 0.984 12.000 0.282 NA   NA
 7160129 7160130 Spea_2053 Spea_2054     TRUE 0.530 97.000 0.115 NA   NA
 7160131 7160132 Spea_2055 Spea_2056     TRUE 0.612 75.000 0.151 1.000 N NA
 7160133 7160134 Spea_2057 Spea_2058     FALSE 0.099 131.000 0.000 NA   NA
 7160134 7160135 Spea_2058 Spea_2059     FALSE 0.343 75.000 0.041 NA   NA
 7160137 7160138 Spea_2061 Spea_2062     FALSE 0.003 579.000 0.000 NA   NA
 7160138 7160139 Spea_2062 Spea_2063   nrdB TRUE 0.953 -31.000 0.126 1.000 N NA
 7160139 7160140 Spea_2063 Spea_2064 nrdB   TRUE 0.990 73.000 0.917 0.001 Y NA
 7160140 7160141 Spea_2064 Spea_2065     FALSE 0.005 452.000 0.000 1.000   NA
 7160141 7160142 Spea_2065 Spea_2066     TRUE 0.989 -7.000 0.259 1.000   NA
 7160147 7160148 Spea_2071 Spea_2072   cmk FALSE 0.309 177.000 0.209 1.000 N NA
 7160148 7160149 Spea_2072 Spea_2073 cmk rpsA TRUE 0.718 98.000 0.281 1.000 N NA
 7160149 7160150 Spea_2073 Spea_2074 rpsA ihfB TRUE 0.779 73.000 0.292 1.000 N NA
 7160150 7160151 Spea_2074 Spea_2075 ihfB   TRUE 0.634 111.000 0.208 NA   NA
 7160151 7160152 Spea_2075 Spea_2076     TRUE 0.997 2.000 0.576 NA   NA
 7160152 7160153 Spea_2076 Spea_2077     TRUE 0.568 67.000 0.125 1.000 N NA
 7160153 7160154 Spea_2077 Spea_2078     FALSE 0.106 76.000 0.017 1.000 N NA
 7160154 7160155 Spea_2078 Spea_2079     TRUE 0.647 62.000 0.132 NA   NA
 7160158 7160159 Spea_2082 Spea_2083     FALSE 0.110 220.000 0.101 NA   NA
 7160160 7160161 Spea_2084 Spea_2085   pssA TRUE 0.918 -16.000 0.053 NA   NA
 7160161 7160162 Spea_2085 Spea_2086 pssA   FALSE 0.197 115.000 0.032 NA   NA
 7160162 7160163 Spea_2086 Spea_2087     FALSE 0.146 120.000 0.022 NA   NA
 7160164 7160165 Spea_2088 Spea_2089     TRUE 0.997 -7.000 0.286 1.000 Y NA
 7160165 7160166 Spea_2089 Spea_2090     FALSE 0.003 341.000 0.000 1.000 N NA
 7160167 7160168 Spea_2091 Spea_2092     TRUE 0.906 82.000 0.625 1.000   NA
 7160168 7160169 Spea_2092 Spea_2093     FALSE 0.001 564.000 0.000 1.000 N NA
 7160174 7160175 Spea_2098 Spea_2099     TRUE 0.895 3.000 0.000 NA   NA
 7160176 7160177 Spea_2100 Spea_2101