MicrobesOnline Operon Predictions for Acidovorax avenae subsp. citrulli AAC00-1

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
2085489	2085490	Aave_0001	Aave_0002			TRUE	0.735	160.000	0.328	1.000	Y	NA
2085490	2085491	Aave_0002	Aave_0003			TRUE	0.834	74.000	0.114	1.000	Y	NA
2085492	2085493	Aave_0004	Aave_0005			TRUE	0.898	0.000	0.000	NA		NA
2085493	2085494	Aave_0005	Aave_0006			FALSE	0.248	86.000	0.000	NA		NA
2085494	2085495	Aave_0006	Aave_0007			FALSE	0.047	223.000	0.000	NA		NA
2085496	2085497	Aave_0008	Aave_0009			FALSE	0.120	173.000	0.011	NA		NA
2085497	2085498	Aave_0009	Aave_0010			FALSE	0.125	71.000	0.000	1.000	N	NA
2085498	2085499	Aave_0010	Aave_0011			FALSE	0.008	265.000	0.000	1.000	N	NA
2085501	2085502	Aave_0013	Aave_0014			FALSE	0.090	170.000	0.000	1.000		NA
2085502	2085503	Aave_0014	Aave_0015			TRUE	0.687	39.000	0.000	NA		NA
2085503	2085504	Aave_0015	Aave_0016			TRUE	0.762	45.000	0.033	NA		NA
2085505	2085506	Aave_0017	Aave_0018			FALSE	0.051	209.000	0.000	1.000		NA
2085507	2085508	Aave_0019	Aave_0020			FALSE	0.032	172.000	0.000	NA	N	NA
2085508	2085509	Aave_0020	Aave_0021			FALSE	0.321	81.000	0.048	NA	N	NA
2085509	2085510	Aave_0021	Aave_0022			FALSE	0.012	238.000	0.000	1.000	N	NA
2085511	2085512	Aave_0023	Aave_0024			TRUE	0.559	117.000	0.214	NA		NA
2085513	2085514	Aave_0025	Aave_0026			FALSE	0.464	55.000	0.000	1.000		NA
2085517	2085518	Aave_0029	Aave_0030			TRUE	0.716	36.000	0.000	NA		NA
2085518	2085519	Aave_0030	Aave_0031			FALSE	0.284	77.000	0.000	NA		NA
2085519	2085520	Aave_0031	Aave_0032			FALSE	0.382	115.000	0.154	1.000	N	NA
2085520	2085521	Aave_0032	Aave_0033			FALSE	0.487	77.000	0.129	1.000	N	NA
2085522	2085523	Aave_0034	Aave_0035			FALSE	0.370	104.000	0.125	1.000	N	NA
2085524	2085525	Aave_0036	Aave_0037			TRUE	0.990	-12.000	0.136	NA		NA
2085525	2085526	Aave_0037	Aave_0038			FALSE	0.024	273.000	0.000	1.000		NA
2085526	2085527	Aave_0038	Aave_0039			TRUE	0.991	-3.000	0.455	1.000	N	NA
2085527	2085528	Aave_0039	Aave_0040			TRUE	0.911	73.000	0.333	1.000	Y	NA
2085529	2085530	Aave_0041	Aave_0042			TRUE	0.995	-3.000	0.125	1.000	Y	NA
2085531	2085532	Aave_0043	Aave_0044			FALSE	0.095	170.000	0.000	NA		NA
2085533	2085534	Aave_0045	Aave_0046			FALSE	0.431	59.000	0.000	NA		NA
2085534	2085535	Aave_0046	Aave_0047			TRUE	0.999	-13.000	0.728	1.000	Y	NA
2085536	2085537	Aave_0048	Aave_0049			FALSE	0.317	104.000	0.027	NA		NA
2085537	2085538	Aave_0049	Aave_0050			TRUE	0.923	7.000	0.040	NA		NA
2085539	2085540	Aave_0051	Aave_0052			TRUE	0.991	-3.000	0.466	1.000	N	NA
2085540	2085541	Aave_0052	Aave_0053			TRUE	0.636	30.000	0.009	1.000	N	NA
2085541	2085542	Aave_0053	Aave_0054			FALSE	0.462	46.000	0.011	1.000	N	NA
2085542	2085543	Aave_0054	Aave_0055			TRUE	0.858	15.000	0.011	NA		NA
2085543	2085544	Aave_0055	Aave_0056			TRUE	0.824	30.000	0.012	NA		NA
2085545	2085546	Aave_0057	Aave_0058			TRUE	0.821	11.000	0.000	1.000		NA
2085546	2085547	Aave_0058	Aave_0059			TRUE	0.994	-3.000	0.429	1.000		NA
2085547	2085548	Aave_0059	Aave_0060			TRUE	0.985	0.000	0.500	1.000	N	NA
2085548	2085549	Aave_0060	Aave_0061			TRUE	0.831	52.000	0.148	NA		NA
2085549	2085550	Aave_0061	Aave_0062			TRUE	0.945	13.000	0.114	NA		NA
2085550	2085551	Aave_0062	Aave_0063			TRUE	0.803	73.000	0.250	0.041		NA
2085551	2085552	Aave_0063	Aave_0064			TRUE	0.986	-6.000	0.192	1.000	N	NA
2085553	2085554	Aave_0065	Aave_0066			FALSE	0.175	116.000	0.000	1.000		NA
2085556	2085557	Aave_0068	Aave_0069			TRUE	0.944	-3.000	0.000	NA		NA
2085557	2085558	Aave_0069	Aave_0070			TRUE	0.944	-3.000	0.000	NA		NA
2085558	2085559	Aave_0070	Aave_0071			TRUE	0.989	8.000	0.102	0.009	Y	NA
2085559	2085560	Aave_0071	Aave_0072			TRUE	0.991	3.000	0.107	0.009	Y	NA
2085560	2085561	Aave_0072	Aave_0073			TRUE	0.997	-3.000	0.128	0.009	Y	NA
2085561	2085562	Aave_0073	Aave_0074			TRUE	0.986	-3.000	0.056	0.009		NA
2085562	2085563	Aave_0074	Aave_0075			TRUE	0.984	-3.000	0.039	0.009		NA
2085563	2085564	Aave_0075	Aave_0076			TRUE	0.624	56.000	0.000	0.009		NA
2085564	2085565	Aave_0076	Aave_0077			TRUE	0.744	46.000	0.000	0.009		NA
2085565	2085566	Aave_0077	Aave_0078			TRUE	0.877	-3.000	0.005	1.000	N	NA
2085567	2085568	Aave_0079	Aave_0080			TRUE	0.809	17.000	0.000	NA		NA
2085568	2085569	Aave_0080	Aave_0081			FALSE	0.170	123.000	0.000	NA		NA
2085569	2085570	Aave_0081	Aave_0082			FALSE	0.426	58.000	0.000	1.000		NA
2085571	2085572	Aave_0083	Aave_0084			TRUE	0.628	44.000	0.000	NA		NA
2085572	2085573	Aave_0084	Aave_0085			FALSE	0.006	888.000	0.000	NA		NA
2085574	2085575	Aave_0086	Aave_0087			FALSE	0.123	155.000	0.000	NA		NA
2085575	2085576	Aave_0087	Aave_0088			TRUE	0.697	38.000	0.000	NA		NA
2085576	2085577	Aave_0088	Aave_0089			FALSE	0.014	345.000	0.000	NA		NA
2085577	2085578	Aave_0089	Aave_0090			FALSE	0.033	250.000	0.000	NA		NA
2085578	2085579	Aave_0090	Aave_0091			FALSE	0.006	2338.000	0.000	NA		NA
2085580	2085581	Aave_0092	Aave_0093			TRUE	0.811	15.000	0.000	NA		NA
2085582	2085583	Aave_0094	Aave_0095			TRUE	0.944	-3.000	0.000	NA		NA
2085583	2085584	Aave_0095	Aave_0096			FALSE	0.023	282.000	0.000	NA		NA
2085584	2085585	Aave_0096	Aave_0097			FALSE	0.081	179.000	0.000	NA		NA
2085587	2085588	Aave_0099	Aave_0100			FALSE	0.227	104.000	0.040	NA	N	NA
2085592	2085593	Aave_0104	Aave_0105			FALSE	0.035	160.000	0.000	1.000	N	NA
2085593	2085594	Aave_0105	Aave_0106			TRUE	0.772	27.000	0.000	1.000		NA
2085594	2085595	Aave_0106	Aave_0107			FALSE	0.254	84.000	0.000	NA		NA
2085599	2085600	Aave_0111	Aave_0112			TRUE	0.991	36.000	0.706	1.000	Y	NA
2085600	2085601	Aave_0112	Aave_0113			FALSE	0.052	131.000	0.000	1.000	N	NA
2085604	2085605	Aave_0116	Aave_0117			FALSE	0.006	290.000	0.000	1.000	N	NA
2085605	2085606	Aave_0117	Aave_0118			FALSE	0.183	116.000	0.000	NA		NA
2085606	2085607	Aave_0118	Aave_0119			TRUE	0.591	76.000	0.100	NA		NA
2085608	2085609	Aave_0120	Aave_0121			TRUE	0.908	62.000	0.174	1.000	Y	NA
2085610	2085611	Aave_0122	Aave_0123			FALSE	0.071	100.000	0.000	1.000	N	NA
2085611	2085612	Aave_0123	Aave_0124			FALSE	0.004	338.000	0.000	1.000	N	NA
2085612	2085613	Aave_0124	Aave_0125			TRUE	0.984	40.000	0.466	1.000	Y	NA
2085613	2085614	Aave_0125	Aave_0126			TRUE	0.996	4.000	0.618	NA	Y	NA
2085616	2085617	Aave_0128	Aave_0129			TRUE	0.893	0.000	0.000	1.000		NA
2085618	2085619	Aave_0130	Aave_0131			TRUE	0.600	45.000	0.000	1.000		NA
2085620	2085621	Aave_0132	Aave_0133			TRUE	0.800	101.000	0.115	0.068	Y	NA
2085622	2085623	Aave_0134	Aave_0135			TRUE	0.715	123.000	0.545	1.000		NA
2085623	2085624	Aave_0135	Aave_0136			TRUE	0.984	-3.000	0.111	1.000		NA
2085626	2085627	Aave_0138	Aave_0139			FALSE	0.025	267.000	0.000	1.000		NA
2085627	2085628	Aave_0139	Aave_0140			FALSE	0.241	88.000	0.000	NA		NA
2085628	2085629	Aave_0140	Aave_0141			FALSE	0.170	123.000	0.000	NA		NA
2085629	2085630	Aave_0141	Aave_0142			FALSE	0.065	109.000	0.000	1.000	N	NA
2085630	2085631	Aave_0142	Aave_0143			FALSE	0.262	82.000	0.000	NA		NA
2085631	2085632	Aave_0143	Aave_0144			FALSE	0.011	407.000	0.000	NA		NA
2085632	2085633	Aave_0144	Aave_0145			FALSE	0.093	82.000	0.000	1.000	N	NA
2085634	2085635	Aave_0146	Aave_0147			FALSE	0.341	164.000	0.000	1.000	Y	NA
2085635	2085636	Aave_0147	Aave_0148			TRUE	0.959	16.000	0.360	1.000	N	NA
2085636	2085637	Aave_0148	Aave_0149			FALSE	0.066	106.000	0.000	1.000	N	NA
2085637	2085638	Aave_0149	Aave_0150			TRUE	0.575	12.000	0.000	1.000	N	NA
2085639	2085640	Aave_0151	Aave_0152			TRUE	0.987	-3.000	0.000	1.000	Y	NA
2085641	2085642	Aave_0153	Aave_0154			FALSE	0.200	104.000	0.000	NA		NA
2085642	2085643	Aave_0154	Aave_0155			TRUE	0.657	42.000	0.000	NA		NA
2085643	2085644	Aave_0155	Aave_0156			FALSE	0.007	675.000	0.000	1.000		NA
2085644	2085645	Aave_0156	Aave_0157			TRUE	0.908	28.000	0.035	0.093		NA
2085645	2085646	Aave_0157	Aave_0158			TRUE	0.995	-3.000	0.565	NA		NA
2085646	2085647	Aave_0158	Aave_0159			TRUE	0.963	23.000	0.253	NA		NA
2085647	2085648	Aave_0159	Aave_0160			TRUE	0.874	3.000	0.000	NA		NA
2085648	2085649	Aave_0160	Aave_0161			TRUE	0.971	15.000	0.317	NA		NA
2085649	2085650	Aave_0161	Aave_0162			TRUE	0.944	-3.000	0.000	NA		NA
2085652	2085653	Aave_0164	Aave_0165			TRUE	0.960	23.000	0.261	0.060	N	NA
2085653	2085654	Aave_0165	Aave_0166			TRUE	0.991	5.000	0.750	0.001	N	NA
2085654	2085655	Aave_0166	Aave_0167			TRUE	0.983	12.000	0.579	0.060	N	NA
2085656	2085657	Aave_0168	Aave_0169			FALSE	0.014	338.000	0.000	1.000		NA
2085657	2085658	Aave_0169	Aave_0170			FALSE	0.143	143.000	0.000	NA		NA
2085658	2085659	Aave_0170	Aave_0171			TRUE	0.716	36.000	0.000	NA		NA
2085659	2085660	Aave_0171	Aave_0172			FALSE	0.108	162.000	0.000	NA		NA
2085660	2085661	Aave_0172	Aave_0173			TRUE	0.999	-15.000	0.556	1.000	Y	NA
2085661	2085662	Aave_0173	Aave_0174			FALSE	0.103	77.000	0.000	1.000	N	NA
2085662	2085663	Aave_0174	Aave_0175			FALSE	0.170	154.000	0.057	1.000	N	NA
2085663	2085664	Aave_0175	Aave_0176			TRUE	0.922	27.000	0.200	1.000	N	NA
2085664	2085665	Aave_0176	Aave_0177			TRUE	0.968	0.000	0.100	1.000		NA
2085665	2085666	Aave_0177	Aave_0178			TRUE	0.992	-3.000	0.333	1.000		NA
2085666	2085667	Aave_0178	Aave_0179			TRUE	0.761	29.000	0.000	1.000		NA
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