MicrobesOnline Operon Predictions for Staphylococcus carnosus subsp. carnosus TM300

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5566150 5566151 Sca_0001 Sca_0002 rpmH rnpA TRUE 0.556 152.000 0.787 1.000   NA
 5566151 5566152 Sca_0002 Sca_0003 rnpA trmE FALSE 0.234 130.000 0.007 1.000   NA
 5566152 5566153 Sca_0003 Sca_0004 trmE gidA TRUE 0.906 16.000 0.266 1.000   NA
 5566153 5566154 Sca_0004 Sca_0005 gidA gidB TRUE 0.973 1.000 0.466 1.000 N NA
 5566154 5566155 Sca_0005 Sca_0006 gidB   TRUE 0.778 47.000 0.089 1.000 N NA
 5566155 5566156 Sca_0006 Sca_0007     FALSE 0.033 135.000 0.000 NA   NA
 5566156 5566157 Sca_0007 Sca_0008     FALSE 0.242 15.000 0.000 NA   NA
 5566157 5566158 Sca_0008 Sca_0009     FALSE 0.061 94.000 0.000 NA   NA
 5566158 5566159 Sca_0009 Sca_0010     FALSE 0.004 320.000 0.000 NA   NA
 5566160 5566161 Sca_0011 Sca_0012   metE FALSE 0.111 179.000 0.011 NA   NA
 5566161 5566162 Sca_0012 Sca_0013 metE metH TRUE 0.986 -3.000 0.030 1.000 Y NA
 5566162 5566163 Sca_0013 Sca_0014 metH metC TRUE 0.995 -46.000 0.162 1.000 Y NA
 5566164 5566165 Sca_0015 Sca_0016     FALSE 0.418 89.000 0.007 1.000 N NA
 5566165 5566166 Sca_0016 Sca_0017     TRUE 0.872 19.000 0.171 NA   NA
 5566166 5566167 Sca_0017 Sca_0018     TRUE 0.932 0.000 0.064 NA   NA
 5566170 5566171 Sca_0021 Sca_0022   argF FALSE 0.030 202.000 0.000 1.000   NA
 5566171 5566172 Sca_0022 Sca_0023 argF pemK FALSE 0.030 241.000 0.000 1.000 N NA
 5566172 5566173 Sca_0023 Sca_0024 pemK pemI TRUE 0.655 -6.000 0.000 NA   NA
 5566174 5566175 Sca_0025 Sca_0026 nuc rpsF FALSE 0.101 141.000 0.000 1.000 N NA
 5566175 5566176 Sca_0026 Sca_0027 rpsF ssb TRUE 0.776 22.000 0.007 1.000 N NA
 5566176 5566177 Sca_0027 Sca_0028 ssb rpsR TRUE 0.601 57.000 0.007 1.000 N NA
 5566177 5566178 Sca_0028 Sca_0029 rpsR   FALSE 0.005 296.000 0.000 NA   NA
 5566178 5566179 Sca_0029 Sca_0030     FALSE 0.006 287.000 0.000 NA   NA
 5566179 5566180 Sca_0030 Sca_0031     FALSE 0.003 461.000 0.000 NA   NA
 5566180 5566181 Sca_0031 Sca_0032   gpm3 FALSE 0.009 232.000 0.000 NA   NA
 5566184 5566185 Sca_0035 Sca_0036     FALSE 0.088 74.000 0.000 NA   NA
 5566187 5566188 Sca_0038 Sca_0039 ahpF ahpC TRUE 0.978 17.000 0.551 1.000 Y NA
 5566188 5566189 Sca_0039 Sca_0040 ahpC   FALSE 0.010 406.000 0.000 1.000 N NA
 5566191 5566192 Sca_0042 Sca_0043     FALSE 0.003 365.000 0.000 NA   NA
 5566192 5566193 Sca_0043 Sca_0044     FALSE 0.044 118.000 0.000 NA   NA
 5566193 5566194 Sca_0044 Sca_0045     FALSE 0.074 82.000 0.000 NA   NA
 5566194 5566195 Sca_0045 Sca_0046     TRUE 0.693 108.000 0.857 NA   NA
 5566196 5566197 Sca_0047 Sca_0048 xprT pbuX TRUE 0.973 2.000 0.037 1.000 Y NA
 5566197 5566198 Sca_0048 Sca_0049 pbuX guaB TRUE 0.973 34.000 1.000 1.000 Y NA
 5566198 5566199 Sca_0049 Sca_0050 guaB guaA TRUE 0.977 17.000 0.007 0.001 Y NA
 5566199 5566200 Sca_0050 Sca_0051 guaA   FALSE 0.007 265.000 0.000 NA   NA
 5566200 5566201 Sca_0051 Sca_0052     FALSE 0.032 137.000 0.000 NA   NA
 5566203 5566204 Sca_0054 Sca_0056     FALSE 0.006 287.000 0.000 NA   NA
 5566206 5566207 Sca_0058 Sca_0059 cysH cysJ TRUE 0.504 164.000 0.011 0.001 N NA
 5566207 5566208 Sca_0059 Sca_0060 cysJ cysI TRUE 0.992 24.000 0.791 0.001 Y NA
 5566208 5566209 Sca_0060 Sca_0061 cysI cysG TRUE 0.843 25.000 0.047 1.000 N NA
 5566209 5566210 Sca_0061 Sca_0062 cysG   FALSE 0.052 160.000 0.000 1.000   NA
 5566210 5566211 Sca_0062 Sca_0063   cysD TRUE 0.786 19.000 0.021 1.000   NA
 5566211 5566212 Sca_0063 Sca_0064 cysD cysC TRUE 0.986 6.000 0.101 0.002 Y NA
 5566212 5566213 Sca_0064 Sca_0065 cysC   FALSE 0.104 138.000 0.000 1.000 N NA
 5566215 5566216 Sca_0067 Sca_0068     FALSE 0.030 143.000 0.000 NA   NA
 5566216 5566217 Sca_0068 Sca_0069   metE FALSE 0.003 454.000 0.000 NA   NA
 5566217 5566218 Sca_0069 Sca_0070 metE   FALSE 0.018 237.000 0.000 NA N NA
 5566218 5566219 Sca_0070 Sca_0071     TRUE 0.677 -7.000 0.000 NA   NA
 5566219 5566220 Sca_0071 Sca_0072     TRUE 0.981 -3.000 0.500 NA   NA
 5566220 5566221 Sca_0072 Sca_0073     FALSE 0.268 17.000 0.000 NA   NA
 5566221 5566222 Sca_0073 Sca_0074   gloA FALSE 0.002 527.000 0.000 NA   NA
 5566222 5566223 Sca_0074 Sca_0075 gloA   FALSE 0.256 22.000 0.000 NA   NA
 5566224 5566225 Sca_0076 Sca_0077     FALSE 0.006 284.000 0.000 NA   NA
 5566225 5566226 Sca_0077 Sca_0078     FALSE 0.367 3.000 0.000 NA   NA
 5566226 5566227 Sca_0078 Sca_0079     FALSE 0.242 15.000 0.000 NA   NA
 5566227 5566228 Sca_0079 Sca_0080     TRUE 0.609 -3.000 0.000 NA   NA
 5566228 5566229 Sca_0080 Sca_0081     FALSE 0.003 387.000 0.000 NA   NA
 5566230 5566231 Sca_0082 Sca_0083     FALSE 0.083 126.000 0.000 1.000   NA
 5566231 5566232 Sca_0083 Sca_0084     FALSE 0.016 265.000 0.000 1.000   NA
 5566232 5566233 Sca_0084 Sca_0085     FALSE 0.009 328.000 0.000 1.000   NA
 5566233 5566234 Sca_0085 Sca_0086   cysM FALSE 0.131 200.000 0.024 1.000   NA
 5566234 5566235 Sca_0086 Sca_0087 cysM metC TRUE 0.981 43.000 0.690 0.022 Y NA
 5566235 5566236 Sca_0087 Sca_0088 metC   FALSE 0.054 158.000 0.000 1.000   NA
 5566237 5566238 Sca_0089 Sca_0090     FALSE 0.332 4.000 0.000 NA   NA
 5566238 5566239 Sca_0090 Sca_0091     TRUE 0.927 2.000 0.095 1.000   NA
 5566239 5566240 Sca_0091 Sca_0092     FALSE 0.416 120.000 0.077 1.000   NA
 5566246 5566247 Sca_0098 Sca_0099     FALSE 0.066 89.000 0.000 NA   NA
 5566247 5566248 Sca_0099 Sca_0100     FALSE 0.131 93.000 0.000 1.000   NA
 5566248 5566249 Sca_0100 Sca_0101     FALSE 0.037 127.000 0.000 NA   NA
 5566249 5566250 Sca_0101 Sca_0102     FALSE 0.047 111.000 0.000 NA   NA
 5566250 5566251 Sca_0102 Sca_0103     TRUE 0.986 -3.000 0.957 NA   NA
 5566251 5566252 Sca_0103 Sca_0104   gltC FALSE 0.137 220.000 0.106 NA   NA
 5566253 5566254 Sca_0105 Sca_0106 gltB gltD TRUE 0.987 23.000 0.222 0.002 Y NA
 5566254 5566255 Sca_0106 tRNA-Sca_0001 gltD tRNA-Ser(TGA) FALSE 0.031 140.000 0.000 NA   NA
 5566255 5566256 tRNA-Sca_0001 Sca_0107 tRNA-Ser(TGA)   FALSE 0.014 195.000 0.000 NA   NA
 5566256 5566257 Sca_0107 Sca_0108     FALSE 0.023 160.000 0.000 NA   NA
 5566257 5566258 Sca_0108 Sca_0109     TRUE 0.789 67.000 0.018 0.010   NA
 5566258 5566259 Sca_0109 Sca_0110   treC TRUE 0.587 136.000 0.650 1.000   NA
 5566259 5566260 Sca_0110 Sca_0111 treC   TRUE 0.916 27.000 0.336 1.000 N NA
 5566260 5566261 Sca_0111 Sca_0113     TRUE 0.635 130.000 0.000 0.046 Y NA
 5566261 5566262 Sca_0113 Sca_0114     FALSE 0.233 14.000 0.000 NA   NA
 5566266 5566267 Sca_0118 Sca_0119   dnaX TRUE 0.593 81.000 0.103 1.000   NA
 5566267 5566268 Sca_0119 Sca_0120 dnaX   FALSE 0.147 204.000 0.071 NA   NA
 5566268 5566269 Sca_0120 Sca_0121   recR TRUE 0.932 7.000 0.604 NA   NA
 5566269 5566270 Sca_0121 Sca_16S_rRNA_A recR 16SrRNA_A FALSE 0.002 500.000 0.000 NA   NA
 5566270 5566271 Sca_16S_rRNA_A Sca_23S_rRNA_A 16SrRNA_A 23SrRNA_A FALSE 0.008 243.000 0.000 NA   NA
 5566271 5566272 Sca_23S_rRNA_A Sca_5S_rRNA_A 23SrRNA_A 5S_rRNA_A FALSE 0.098 71.000 0.000 NA   NA
 5566272 5566273 Sca_5S_rRNA_A Sca_0122 5S_rRNA_A   FALSE 0.058 98.000 0.000 NA   NA
 5566273 5566274 Sca_0122 Sca_0123   tmk TRUE 0.888 2.000 0.010 1.000 N NA
 5566274 5566275 Sca_0123 Sca_0124 tmk   FALSE 0.106 211.000 0.038 NA   NA
 5566275 5566276 Sca_0124 Sca_0125   holB FALSE 0.136 174.000 0.021 NA   NA
 5566276 5566277 Sca_0125 Sca_0126 holB   TRUE 0.961 1.000 0.372 NA   NA
 5566277 5566278 Sca_0126 Sca_0127     TRUE 0.863 15.000 0.183 NA   NA
 5566278 5566279 Sca_0127 Sca_0128     TRUE 0.586 89.000 0.193 NA   NA
 5566279 5566280 Sca_0128 Sca_0129     TRUE 0.983 -10.000 0.209 1.000   NA
 5566280 5566281 Sca_0129 Sca_0130     TRUE 0.952 -3.000 0.041 1.000   NA
 5566281 5566282 Sca_0130 Sca_0131   geh' FALSE 0.041 178.000 0.000 1.000   NA
 5566282 5566283 Sca_0131 Sca_0132 geh' geh'' FALSE 0.010 225.000 0.000 NA   NA
 5566283 5566284 Sca_0132 Sca_0133 geh''   FALSE 0.002 1181.000 0.000 NA   NA
 5566284 5566285 Sca_0133 Sca_0134     FALSE 0.142 50.000 0.000 NA   NA
 5566285 5566286 Sca_0134 Sca_0135     TRUE 0.715 -15.000 0.000 NA   NA
 5566286 5566287 Sca_0135 Sca_0136     TRUE 0.609 -3.000 0.000 NA   NA
 5566287 5566288 Sca_0136 Sca_0137     FALSE 0.029 147.000 0.000 NA   NA
 5566288 5566289 Sca_0137 Sca_0138     FALSE 0.004 358.000 0.000 NA   NA
 5566289 5566290 Sca_0138 Sca_0139     FALSE 0.256 10.000 0.000 NA   NA
 5566290 5566291 Sca_0139 Sca_0140   metS FALSE 0.007 269.000 0.000 NA   NA
 5566291 5566292 Sca_0140 Sca_0141 metS   FALSE 0.231 208.000 0.221 NA N NA
 5566292 5566293 Sca_0141 Sca_0142     FALSE 0.079 799.000 0.058 NA Y NA
 5566293 5566294 Sca_0142 Sca_0143     TRUE 0.937 2.000 0.093 1.000 N NA
 5566294 5566295 Sca_0143 Sca_0144     FALSE 0.369 100.000 0.035 NA   NA
 5566295 5566296 Sca_0144 Sca_0145     FALSE 0.028 460.000 0.046 NA   NA
 5566296 5566297 Sca_0145 Sca_0146   purR TRUE 0.867 17.000 0.062 1.000 N NA
 5566297 5566298 Sca_0146 Sca_0147 purR   TRUE 0.899 19.000 0.227 NA N NA
 5566298 5566299 Sca_0147 Sca_0148   spoVG TRUE 0.708 67.000 0.131 NA N NA
 5566299 5566300 Sca_0148 Sca_0149 spoVG gcaD FALSE 0.222 249.000 0.003 1.000 Y NA
 5566300 5566301 Sca_0149 Sca_0150 gcaD prs TRUE 0.509 104.000 0.069 1.000 N NA
 5566301 5566302 Sca_0150 Sca_0151 prs rplY FALSE 0.089 258.000 0.027 1.000 N NA
 5566302 5566303 Sca_0151 Sca_0152 rplY pth FALSE 0.339 487.000 0.496 0.036 Y NA
 5566303 5566304 Sca_0152 Sca_0153 pth mfd TRUE 0.973 -3.000 0.137 1.000 N NA
 5566304 5566305 Sca_0153 Sca_0154 mfd   TRUE 0.966 -10.000 0.033 1.000   NA
 5566305 5566306 Sca_0154 Sca_0155     TRUE 0.959 -3.000 0.058 1.000   NA
 5566306 5566307 Sca_0155 Sca_0156     TRUE 0.915 2.000 0.054 1.000   NA
 5566307 5566308 Sca_0156 Sca_0157     TRUE 0.903 2.000 0.000 0.026   NA
 5566308 5566309 Sca_0157 Sca_0158     TRUE 0.845 15.000 0.053 1.000 N NA
 5566309 5566310 Sca_0158 Sca_0159     FALSE 0.439 135.000 0.134 1.000 N NA
 5566310 5566311 Sca_0159 Sca_0160     FALSE 0.097 252.000 0.031 1.000 N NA
 5566311 5566312 Sca_0160 Sca_0161   hpt TRUE 0.958 3.000 0.067 0.063 N NA
 5566312 5566313 Sca_0161 Sca_0162 hpt ftsH TRUE 0.558 117.000 0.192 1.000 N NA
 5566313 5566314 Sca_0162 Sca_0163 ftsH hsp33 TRUE 0.568 154.000 0.041 1.000 Y NA
 5566314 5566315 Sca_0163 Sca_0164 hsp33 cysK FALSE 0.091 285.000 0.053 1.000 N NA
 5566315 5566316 Sca_0164 Sca_0165 cysK folP FALSE 0.231 142.000 0.005 1.000 N NA
 5566316 5566317 Sca_0165 Sca_0166 folP folB TRUE 0.986 -3.000 0.024 1.000 Y NA
 5566317 5566318 Sca_0166 Sca_0167 folB folK TRUE 0.993 -7.000 0.142 1.000 Y NA
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 5566323 5566324 tRNA-Sca_0003 tRNA-Sca_0004 tRNA-Thr_(TGT) tRNA-Lys_(TTT) FALSE 0.233 14.000 0.000 NA   NA
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 5566327 5566328 tRNA-Sca_0007 tRNA-Sca_0008 tRNA-Arg_(ACG) tRNA-Pro_(TGG) FALSE 0.193 33.000 0.000 NA   NA
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 5566329 5566330 tRNA-Sca_0009 Sca_16S_rRNA_B tRNA-Ala_(TGC) 16S_rRNA_B FALSE 0.039 124.000 0.000 NA   NA
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 5566331 5566332 Sca_23S_rRNA_B Sca_5S_rRNA_B 23S_rRNA_B 5S_rRNA_B FALSE 0.098 71.000 0.000 NA   NA
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 5566841 5566842 Sca_0676 Sca_0677 lacR   FALSE 0.227 81.000 0.000 1.000 N NA
 5566842 5566843 Sca_0677 Sca_0678   qoxD FALSE 0.439 128.000 0.102 1.000 N NA
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 5567006 5567007 Sca_0841 Sca_0842   rpe TRUE 0.909 0.000 0.013 1.000   NA
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 5567359 5567360 Sca_1197 Sca_1198 rpsU   FALSE 0.258 131.000 0.016 1.000   NA
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 5567516 5567517 Sca_1357 Sca_1358 dat pepV TRUE 0.969 5.000 0.143 1.000 Y NA
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 5567532 5567533 Sca_1373 Sca_1374 ribA ribB TRUE 0.939 10.000 0.026 1.000 Y NA
 5567533 5567534 Sca_1374 Sca_1375 ribB ribD TRUE 0.977 7.000 0.456 1.000 Y NA
 5567534 5567535 Sca_1375 Sca_1376 ribD   FALSE 0.003 406.000 0.000 NA   NA
 5567535 5567536 Sca_1376 Sca_1377     FALSE 0.031 138.000 0.000 NA   NA
 5567536 5567537 Sca_1377 Sca_1378     FALSE 0.004 320.000 0.000 NA   NA
 5567539 5567540 Sca_1380 Sca_1381     FALSE 0.364 128.000 0.108 NA   NA
 5567541 5567542 Sca_1382 Sca_1383     TRUE 0.513 71.000 0.034 NA   NA
 5567542 5567543 Sca_1383 Sca_1384     TRUE 0.979 5.000 0.069 0.077 Y NA
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 5567546 5567547 Sca_1386a Sca_1387 tnp' tnp'' FALSE 0.111 67.000 0.000 NA   NA
 5567548 5567549 Sca_1388 Sca_1389   metK FALSE 0.439 92.000 0.054 NA   NA
 5567551 5567552 Sca_1391 Sca_1392     TRUE 0.894 8.000 0.182 1.000   NA
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 5567555 5567556 Sca_1395 Sca_1396 menE   FALSE 0.045 116.000 0.000 NA   NA
 5567557 5567558 Sca_1397 Sca_1398     FALSE 0.007 268.000 0.000 NA   NA
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 5567561 5567562 tRNA-Sca_0016 tRNA-Sca_0017 tRNA-Asn_(GTT) tRNA-Gly_(TCC) FALSE 0.243 12.000 0.000 NA   NA
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 5567563 5567564 tRNA-Sca_0018 tRNA-Sca_0019 tRNA-His_(GTG) tRNA-Phe_(GAA) FALSE 0.259 20.000 0.000 NA   NA
 5567564 5567565 tRNA-Sca_0019 tRNA-Sca_0020 tRNA-Phe_(GAA) tRNA-Asp_(GTC) FALSE 0.232 13.000 0.000 NA   NA
 5567565 5567566 tRNA-Sca_0020 tRNA-Sca_0021 tRNA-Asp_(GTC) tRNA-Met_(CAT) FALSE 0.268 17.000 0.000 NA   NA
 5567566 5567567 tRNA-Sca_0021 Sca_1399 tRNA-Met_(CAT)   FALSE 0.003 398.000 0.000 NA   NA
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 5567623 5567624 tRNA-Sca_0043 tRNA-Sca_0044 tRNA-Lys_(TTT) tRNA-Thr_(TGT) FALSE 0.289 6.000 0.000 NA   NA
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 5567714 5567715 Sca_1517 Sca_1518     FALSE 0.042 121.000 0.000 NA   NA
 5567715 5567716 Sca_1518 Sca_1519     FALSE 0.145 49.000 0.000 NA   NA
 5567716 5567717 Sca_1519 Sca_1520     FALSE 0.076 81.000 0.000 NA   NA
 5567717 5567718 Sca_1520 Sca_1521     TRUE 0.980 0.000 1.000 NA   NA
 5567718 5567719 Sca_1521 Sca_1522     FALSE 0.041 122.000 0.000 NA   NA
 5567719 5567720 Sca_1522 Sca_1523     TRUE 0.609 -3.000 0.000 NA   NA
 5567720 5567721 Sca_1523 Sca_1524     FALSE 0.005 293.000 0.000 NA   NA
 5567721 5567722 Sca_1524 Sca_1525     FALSE 0.228 28.000 0.000 NA   NA
 5567724 5567725 Sca_1527 Sca_1528     TRUE 0.932 13.000 1.000 NA   NA
 5567725 5567726 Sca_1528 Sca_1529     FALSE 0.015 194.000 0.000 NA   NA
 5567726 5567727 Sca_1529 Sca_1530     FALSE 0.002 512.000 0.000 NA   NA
 5567727 5567728 Sca_1530 Sca_1531     FALSE 0.232 13.000 0.000 NA   NA
 5567728 5567729 Sca_1531 Sca_1532     FALSE 0.054 103.000 0.000 NA   NA
 5567729 5567730 Sca_1532 Sca_1533     FALSE 0.426 2.000 0.000 NA   NA
 5567730 5567731 Sca_1533 Sca_1534     FALSE 0.080 79.000 0.000 NA   NA
 5567731 5567732 Sca_1534 Sca_1535     TRUE 0.472 1.000 0.000 NA   NA
 5567732 5567733 Sca_1535 Sca_1536     FALSE 0.332 4.000 0.000 NA   NA
 5567734 5567735 Sca_1537 Sca_1538     FALSE 0.223 29.000 0.000 NA   NA
 5567735 5567736 Sca_1538 Sca_1539     FALSE 0.261 9.000 0.000 NA   NA
 5567737 5567738 Sca_1540 Sca_1541 groEL groES TRUE 0.979 42.000 0.674 0.096 Y NA
 5567741 5567742 Sca_1544 Sca_1545   agrB FALSE 0.004 891.000 0.000 1.000   NA
 5567742 5567743 Sca_1545 Sca_1546 agrB agrD TRUE 0.885 9.000 0.225 NA   NA
 5567743 5567744 Sca_1546 Sca_1547 agrD agrC TRUE 0.852 32.000 0.250 NA   NA
 5567744 5567745 Sca_1547 Sca_1548 agrC agrC'' FALSE 0.332 4.000 0.000 NA   NA
 5567745 5567746 Sca_1548 Sca_1549 agrC'' agrA TRUE 0.957 5.000 0.875 1.000   NA
 5567748 5567749 Sca_1551 Sca_1552     TRUE 0.899 27.000 0.419 NA   NA
 5567752 5567753 Sca_1555 Sca_1556 gcp   TRUE 0.963 -3.000 0.090 1.000   NA
 5567753 5567754 Sca_1556 Sca_1557     TRUE 0.981 -24.000 0.127 1.000   NA
 5567754 5567755 Sca_1557 Sca_1558     TRUE 0.859 -22.000 0.000 1.000   NA
 5567756 5567757 Sca_1559 Sca_1560 ilvD ilvB TRUE 0.984 7.000 0.089 0.002 Y NA
 5567757 5567758 Sca_1560 Sca_1561 ilvB ilvH TRUE 0.997 -3.000 0.249 0.001 Y NA
 5567758 5567759 Sca_1561 Sca_1562 ilvH ilvC TRUE 0.964 57.000 0.130 0.002 Y NA
 5567759 5567760 Sca_1562 Sca_1563 ilvC leuA TRUE 0.953 26.000 0.103 1.000 Y NA
 5567760 5567761 Sca_1563 Sca_1564 leuA leuB TRUE 0.994 -3.000 0.011 0.002 Y NA
 5567761 5567762 Sca_1564 Sca_1565 leuB leuC TRUE 0.977 16.000 0.027 0.002 Y NA
 5567762 5567763 Sca_1565 Sca_1566 leuC leuD TRUE 0.998 -7.000 0.477 0.001 Y NA
 5567763 5567764 Sca_1566 Sca_1567 leuD ilvA TRUE 0.957 19.000 0.100 1.000 Y NA
 5567765 5567766 Sca_23S_rRNA_D Sca_16S_rRNA_D 23S_rRNA_D 16S_rRNA_D FALSE 0.008 243.000 0.000 NA   NA
 5567766 5567767 Sca_16S_rRNA_D tRNA-Sca_0048 16S_rRNA_D tRNA-Gly_(TCC) FALSE 0.038 126.000 0.000 NA   NA
 5567767 5567768 tRNA-Sca_0048 tRNA-Sca_0049 tRNA-Gly_(TCC) tRNA-Leu_(GAG) FALSE 0.248 25.000 0.000 NA   NA
 5567768 5567769 tRNA-Sca_0049 Sca_1568 tRNA-Leu_(GAG)   FALSE 0.005 303.000 0.000 NA   NA
 5567769 5567770 Sca_1568 Sca_1569     TRUE 0.885 8.000 0.215 NA   NA
 5567770 5567771 Sca_1569 Sca_1570   sigB TRUE 0.733 109.000 0.049 1.000 Y NA
 5567771 5567772 Sca_1570 Sca_1571 sigB rsbW TRUE 0.993 -25.000 0.838 1.000 N NA
 5567772 5567773 Sca_1571 Sca_1572 rsbW rsbV TRUE 0.990 2.000 0.714 1.000 Y NA
 5567773 5567774 Sca_1572 Sca_1573 rsbV rsbU TRUE 0.910 76.000 0.440 1.000 Y NA
 5567774 5567775 Sca_1573 Sca_1574 rsbU   FALSE 0.078 344.000 0.000 1.000 Y NA
 5567775 5567776 Sca_1574 Sca_1575     TRUE 0.916 0.000 0.039 NA   NA
 5567776 5567777 Sca_1575 Sca_1576   alr TRUE 0.508 81.000 0.065 NA   NA
 5567777 5567778 Sca_1576 Sca_1577 alr acpS TRUE 0.733 64.000 0.093 1.000 N NA
 5567778 5567779 Sca_1577 Sca_1578 acpS   TRUE 0.838 2.000 0.012 NA   NA
 5567779 5567780 Sca_1578 Sca_1579     TRUE 0.881 5.000 0.137 NA   NA
 5567780 5567781 Sca_1579 Sca_1580     TRUE 0.970 -7.000 0.118 NA   NA
 5567781 5567782 Sca_1580 Sca_1581     FALSE 0.023 160.000 0.000 NA   NA
 5567782 5567783 Sca_1581 Sca_1582   murF FALSE 0.048 340.000 0.000 0.095 N NA
 5567783 5567784 Sca_1582 Sca_1583 murF ddlA TRUE 0.971 13.000 0.035 0.008 Y NA
 5567786 5567787 Sca_1585 Sca_1586 copA copZ TRUE 0.823 97.000 0.000 0.001 Y NA
 5567787 5567788 Sca_1586 Sca_1587 copZ   FALSE 0.424 15.000 0.000 1.000   NA
 5567788 5567789 Sca_1587 Sca_1588     TRUE 0.759 12.000 0.036 NA   NA
 5567790 5567791 Sca_1589 Sca_1590     TRUE 0.910 25.000 0.036 0.030   NA
 5567792 5567793 Sca_1591 Sca_1592 paiA   FALSE 0.103 111.000 0.000 1.000   NA
 5567793 5567794 Sca_1592 Sca_1593   thiE TRUE 0.549 89.000 0.055 1.000 N NA
 5567794 5567795 Sca_1593 Sca_1594 thiE thiM TRUE 0.992 1.000 0.061 0.004 Y NA
 5567795 5567796 Sca_1594 Sca_1595 thiM thiD TRUE 0.996 -7.000 0.032 0.004 Y NA
 5567796 5567797 Sca_1595 Sca_1596 thiD tenA TRUE 0.985 -3.000 0.478 1.000 N NA
 5567797 5567798 Sca_1596 Sca_1596a tenA sceE'' FALSE 0.014 277.000 0.000 1.000   NA
 5567798 5567799 Sca_1596a Sca_1597 sceE'' sceE' TRUE 0.735 -70.000 0.000 NA   NA
 5567799 5567800 Sca_1597 Sca_1598 sceE' sceA FALSE 0.011 219.000 0.000 NA   NA
 5567800 5567801 Sca_1598 Sca_1599 sceA sceD FALSE 0.170 213.000 0.000 0.003   NA
 5567801 5567802 Sca_1599 Sca_1600 sceD ssb FALSE 0.005 531.000 0.000 1.000   NA
 5567804 5567805 Sca_1602 Sca_1603 fabZ murA FALSE 0.170 205.000 0.044 1.000 N NA
 5567805 5567806 Sca_1603 Sca_1604 murA   TRUE 0.542 111.000 0.279 NA   NA
 5567806 5567807 Sca_1604 Sca_1605   atpE FALSE 0.150 181.000 0.039 NA   NA
 5567807 5567808 Sca_1605 Sca_1606 atpE atpD TRUE 0.991 21.000 0.837 0.004 Y NA
 5567808 5567809 Sca_1606 Sca_1607 atpD atpG TRUE 0.991 23.000 0.724 0.004 Y NA
 5567809 5567810 Sca_1607 Sca_1608 atpG atpA'' TRUE 0.987 36.000 0.846 0.004 Y NA
 5567810 5567811 Sca_1608 Sca_1609 atpA'' atpA' TRUE 0.935 -10.000 0.006 NA   NA
 5567811 5567812 Sca_1609 Sca_1610 atpA' atpH TRUE 0.935 24.000 0.864 NA   NA
 5567812 5567813 Sca_1610 Sca_1611 atpH atpF TRUE 0.995 0.000 0.222 0.004 Y NA
 5567813 5567814 Sca_1611 Sca_1612 atpF atpE TRUE 0.870 116.000 0.077 0.004 Y NA
 5567814 5567815 Sca_1612 Sca_1613 atpE atpB TRUE 0.981 44.000 0.557 0.004 Y NA
 5567815 5567816 Sca_1613 Sca_1614 atpB mnaA FALSE 0.007 545.000 0.000 1.000 N NA
 5567816 5567817 Sca_1614 Sca_1615 mnaA upp FALSE 0.153 182.000 0.008 1.000 N NA
 5567817 5567818 Sca_1615 Sca_1616 upp glyA TRUE 0.847 25.000 0.051 1.000 N NA
 5567818 5567819 Sca_1616 Sca_1617 glyA   TRUE 0.848 26.000 0.145 NA   NA
 5567819 5567820 Sca_1617 Sca_1618     FALSE 0.262 145.000 0.052 NA   NA
 5567820 5567821 Sca_1618 Sca_1619     TRUE 0.956 -3.000 0.052 NA N NA
 5567821 5567822 Sca_1619 Sca_1620     TRUE 0.770 92.000 0.072 NA Y NA
 5567822 5567823 Sca_1620 Sca_1621   prfA TRUE 0.956 8.000 0.084 1.000 Y NA
 5567823 5567824 Sca_1621 Sca_1622 prfA tdk TRUE 0.951 0.000 0.062 1.000 N NA
 5567824 5567825 Sca_1622 Sca_1623 tdk rpmE FALSE 0.309 136.000 0.028 1.000 N NA
 5567825 5567826 Sca_1623 Sca_1624 rpmE rho FALSE 0.369 132.000 0.049 1.000 N NA
 5567826 5567827 Sca_1624 Sca_1625 rho   FALSE 0.038 217.000 0.000 1.000 N NA
 5567827 5567828 Sca_1625 Sca_1626     TRUE 0.485 125.000 0.200 NA N NA
 5567828 5567829 Sca_1626 Sca_1627   murA2 TRUE 0.636 65.000 0.046 NA N NA
 5567829 5567830 Sca_1627 Sca_1628 murA2 fbaA FALSE 0.008 528.000 0.000 1.000 N NA
 5567832 5567833 Sca_1630 Sca_1631 pyrG   FALSE 0.104 242.000 0.029 1.000 N NA
 5567833 5567834 Sca_1631 Sca_1632     FALSE 0.359 129.000 0.060 1.000   NA
 5567834 5567835 Sca_1632 Sca_1633     FALSE 0.093 72.000 0.000 NA   NA
 5567837 5567838 Sca_1635 Sca_1636     FALSE 0.034 133.000 0.000 NA   NA
 5567840 5567841 Sca_1638 Sca_1639 fmhA'' fmhA' FALSE 0.038 126.000 0.000 NA   NA
 5567841 5567842 Sca_1639 Sca_1640 fmhA' dra FALSE 0.025 155.000 0.000 NA   NA
 5567844 5567845 Sca_1642 Sca_1643     TRUE 0.725 -22.000 0.000 NA   NA
 5567845 5567846 Sca_1643 Sca_1644   dps FALSE 0.057 184.000 0.000 1.000 N NA
 5567846 5567847 Sca_1644 Sca_1645 dps   FALSE 0.024 358.000 0.009 NA   NA
 5567847 5567848 Sca_1645 Sca_1646     FALSE 0.170 137.000 0.007 NA   NA
 5567848 5567849 Sca_1646 Sca_1647     FALSE 0.035 131.000 0.000 NA   NA
 5567849 5567850 Sca_1647 Sca_1648     TRUE 0.931 28.000 1.000 NA   NA
 5567850 5567851 Sca_1648 Sca_1649     FALSE 0.007 557.000 0.000 1.000 N NA
 5567851 5567852 Sca_1649 Sca_1650     FALSE 0.022 276.000 0.000 1.000 N NA
 5567853 5567854 Sca_1651 Sca_1652 czrA czrB TRUE 0.889 24.000 0.139 1.000 N NA
 5567857 5567858 Sca_1655 Sca_1656     FALSE 0.014 199.000 0.000 NA   NA
 5567858 5567859 Sca_1656 Sca_1657   glmS FALSE 0.006 404.000 0.000 NA N NA
 5567860 5567861 Sca_1658 Sca_1659 mtlA   TRUE 0.948 37.000 0.336 0.008 N NA
 5567861 5567862 Sca_1659 Sca_1660   mtlF TRUE 0.953 7.000 0.098 0.008 N NA
 5567862 5567863 Sca_1660 Sca_1661 mtlF mtlD TRUE 0.984 0.000 0.062 1.000 Y NA
 5567863 5567864 Sca_1661 Sca_1662 mtlD   FALSE 0.105 110.000 0.000 1.000   NA
 5567865 5567866 Sca_1663 Sca_1664 glmM   TRUE 0.833 30.000 0.150 NA   NA
 5567866 5567867 Sca_1664 Sca_1665     TRUE 0.961 2.000 0.502 NA   NA
 5567867 5567868 Sca_1665 tRNA-Sca_0050   tRNA-Lys_(TTT) FALSE 0.016 189.000 0.000 NA   NA
 5567868 5567869 tRNA-Sca_0050 tRNA-Sca_0051 tRNA-Lys_(TTT) tRNA-Gln_(TTG) FALSE 0.332 4.000 0.000 NA   NA
 5567869 5567870 tRNA-Sca_0051 tRNA-Sca_0052 tRNA-Gln_(TTG) tRNA-Tyr_(GTA) FALSE 0.267 8.000 0.000 NA   NA
 5567870 5567871 tRNA-Sca_0052 tRNA-Sca_0053 tRNA-Tyr_(GTA) tRNA-Val_(TAC) FALSE 0.252 24.000 0.000 NA   NA
 5567871 5567872 tRNA-Sca_0053 tRNA-Sca_0054 tRNA-Val_(TAC) tRNA-Glu_(TTC) FALSE 0.251 11.000 0.000 NA   NA
 5567872 5567873 tRNA-Sca_0054 tRNA-Sca_0055 tRNA-Glu_(TTC) tRNA-Asn_(GTT) FALSE 0.332 4.000 0.000 NA   NA
 5567873 5567874 tRNA-Sca_0055 Sca_5S_rRNA_E tRNA-Asn_(GTT) 5S_rRNA_E FALSE 0.243 12.000 0.000 NA   NA
 5567874 5567875 Sca_5S_rRNA_E Sca_23S_rRNA_E 5S_rRNA_E 23S_rRNA_E FALSE 0.098 71.000 0.000 NA   NA
 5567875 5567876 Sca_23S_rRNA_E tRNA-Sca_0056 23S_rRNA_E tRNA-Ile_(GAT) FALSE 0.024 159.000 0.000 NA   NA
 5567876 5567877 tRNA-Sca_0056 Sca_16S_rRNA_E tRNA-Ile_(GAT) 16S_rRNA_E FALSE 0.057 99.000 0.000 NA   NA
 5567877 5567878 Sca_16S_rRNA_E Sca_1666 16S_rRNA_E   FALSE 0.003 437.000 0.000 NA   NA
 5567878 5567879 Sca_1666 Sca_1667     FALSE 0.355 168.000 0.162 1.000 N NA
 5567879 5567880 Sca_1667 Sca_1668     TRUE 0.735 80.000 0.500 NA   NA
 5567880 5567881 Sca_1668 Sca_1669     TRUE 0.719 102.000 0.875 NA   NA
 5567881 5567882 Sca_1669 Sca_1670     TRUE 0.683 118.000 0.162 0.055   NA
 5567882 5567883 Sca_1670 Sca_1671     TRUE 0.832 21.000 0.051 1.000   NA
 5567883 5567884 Sca_1671 Sca_1672     FALSE 0.123 205.000 0.044 NA   NA
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 5567890 5567891 Sca_1678 Sca_1679     TRUE 0.996 -3.000 0.280 0.025 Y NA
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 5568070 5568071 Sca_1858 Sca_1859 tcaA   FALSE 0.058 332.000 0.111 NA   NA
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 5568075 5568076 Sca_1863 Sca_1864     TRUE 0.997 -7.000 0.833 1.000 Y NA
 5568082 5568083 Sca_1870 Sca_1871     FALSE 0.048 198.000 0.000 1.000 N NA
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 5568085 5568086 Sca_1873 Sca_1874     FALSE 0.129 94.000 0.000 1.000   NA
 5568090 5568091 Sca_1878 Sca_1879 gltT   FALSE 0.158 182.000 0.000 0.070   NA
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 5568093 5568094 Sca_1881 Sca_1882     FALSE 0.054 153.000 0.000 NA N NA
 5568095 5568096 Sca_1883 Sca_1884 mvaA thiL TRUE 0.960 7.000 0.098 1.000 Y NA
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 5568165 5568166 Sca_1953