MicrobesOnline Operon Predictions for Alcanivorax borkumensis SK2

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2079671 2079672 ABO_0001 ABO_0002 dnaA dnaN TRUE 0.969 53.000 0.328 1.000 Y NA
 2079672 2079673 ABO_0002 ABO_0003 dnaN recF TRUE 0.768 199.000 0.318 1.000 Y NA
 2079673 2079674 ABO_0003 ABO_0004 recF gyrB TRUE 0.995 10.000 0.249 0.006 Y NA
 2079675 2079676 ABO_0005 ABO_0006 hns plsC FALSE 0.341 153.000 0.031 1.000   NA
 2079676 2079677 ABO_0006 ABO_0007 plsC   TRUE 0.962 -3.000 0.310 1.000 N NA
 2079677 2079678 ABO_0007 ABO_0008   glyS TRUE 0.621 119.000 0.123 1.000 N NA
 2079678 2079679 ABO_0008 ABO_0009 glyS glyQ TRUE 0.997 0.000 0.651 0.001 Y NA
 2079682 2079683 ABO_0012 ABO_0013     TRUE 0.911 91.000 0.904 NA   NA
 2079683 2079684 ABO_0013 ABO_0014     FALSE 0.362 129.000 0.000 0.046   NA
 2079684 2079685 ABO_0014 ABO_0015     FALSE 0.516 11.000 0.000 NA   NA
 2079685 2079686 ABO_0015 ABO_0016     TRUE 0.888 -10.000 0.200 NA   NA
 2079686 2079687 ABO_0016 ABO_0017     FALSE 0.497 14.000 0.000 NA   NA
 2079687 2079688 ABO_0017 ABO_0018     FALSE 0.067 153.000 0.000 NA   NA
 2079690 2079691 ABO_0020 ABO_0021 mmsA acdA TRUE 0.675 142.000 0.185 1.000 N NA
 2079691 2079692 ABO_0021 ABO_0022 acdA mmsB TRUE 0.643 120.000 0.019 1.000 Y NA
 2079695 2079696 ABO_0025 ABO_0026     FALSE 0.349 68.000 0.006 NA   NA
 2079696 2079697 ABO_0026 ABO_0027   acpD TRUE 0.834 39.000 0.050 NA N NA
 2079698 2079699 ABO_0028 ABO_0029     FALSE 0.394 31.000 0.000 NA   NA
 2079700 2079701 ABO_0030 ABO_0031   ygiX TRUE 0.883 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 2079702 2079703 ABO_0032 ABO_0033   dsbG TRUE 0.977 -3.000 0.667 NA   NA
 2079704 2079705 ABO_0034 ABO_0035 pyrC-2 pyrB TRUE 0.962 -52.000 0.452 1.000 Y NA
 2079705 2079706 ABO_0035 ABO_0036 pyrB pyrR TRUE 0.988 3.000 0.247 1.000 Y NA
 2079707 2079708 ABO_0037 ABO_0038     TRUE 0.984 19.000 0.676 NA   NA
 2079710 2079711 ABO_0040 ABO_0041     FALSE 0.076 142.000 0.000 NA   NA
 2079714 2079715 ABO_0044 ABO_0045     FALSE 0.012 263.000 0.000 NA   NA
 2079715 2079716 ABO_0045 ABO_0046     FALSE 0.001 670.000 0.000 NA   NA
 2079716 2079717 ABO_0046 ABO_0047     TRUE 0.677 119.000 0.200 NA   NA
 2079717 2079718 ABO_0047 ABO_0048     FALSE 0.441 53.000 0.005 NA   NA
 2079719 2079720 ABO_0049 ABO_0050     TRUE 0.990 14.000 1.000 NA   NA
 2079720 2079721 ABO_0050 ABO_0051   guaA FALSE 0.008 301.000 0.000 NA   NA
 2079723 2079724 ABO_0053 ABO_0054     FALSE 0.021 251.000 0.000 1.000   NA
 2079724 2079725 ABO_0054 ABO_0055     TRUE 0.553 130.000 0.090 1.000   NA
 2079725 2079726 ABO_0055 ABO_0056     FALSE 0.011 272.000 0.000 NA   NA
 2079726 2079727 ABO_0056 ABO_0057     TRUE 0.958 4.000 0.182 NA   NA
 2079727 2079728 ABO_0057 ABO_0058     FALSE 0.059 164.000 0.000 NA   NA
 2079728 2079729 ABO_0058 ABO_0059     FALSE 0.102 128.000 0.000 1.000   NA
 2079729 2079730 ABO_0059 ABO_0060     FALSE 0.002 453.000 0.000 NA   NA
 2079730 2079731 ABO_0060 ABO_0061     FALSE 0.003 392.000 0.000 NA   NA
 2079732 2079733 ABO_0062 ABO_0063     FALSE 0.355 38.000 0.000 NA   NA
 2079735 2079736 ABO_0065 ABO_0066     FALSE 0.007 330.000 0.000 NA   NA
 2079736 2079737 ABO_0066 ABO_0067     TRUE 0.838 -7.000 0.071 1.000 N NA
 2079738 2079739 ABO_0068 ABO_0069 serA   FALSE 0.199 127.000 0.004 1.000   NA
 2079739 2079740 ABO_0069 ABO_0070     TRUE 0.964 -3.000 0.372 NA   NA
 2079740 2079741 ABO_0070 ABO_0071     TRUE 0.958 44.000 0.516 NA   NA
 2079741 2079742 ABO_0071 ABO_0072     FALSE 0.121 200.000 0.016 NA   NA
 2079743 2079744 ABO_0073 ABO_0074     TRUE 0.596 80.000 0.059 NA   NA
 2079745 2079746 ABO_0075 ABO_0076 kefB fhuE TRUE 0.635 79.000 0.000 1.000 Y NA
 2079746 2079747 ABO_0076 ABO_0077 fhuE   FALSE 0.361 37.000 0.000 NA   NA
 2079748 2079749 ABO_0078 ABO_0079     FALSE 0.002 553.000 0.000 NA   NA
 2079749 2079750 ABO_0079 ABO_0080   ggt FALSE 0.358 50.000 0.000 1.000 N NA
 2079750 2079751 ABO_0080 ABO_0081 ggt coaD FALSE 0.054 234.000 0.004 1.000 N NA
 2079752 2079753 ABO_0082 ABO_0083     FALSE 0.018 415.000 0.000 0.056   NA
 2079754 2079755 ABO_0084 ABO_0085     FALSE 0.328 129.000 0.021 1.000 N NA
 2079755 2079756 ABO_0085 ABO_0086     TRUE 0.956 60.000 0.886 NA   NA
 2079756 2079757 ABO_0086 ABO_0087   aldH TRUE 0.727 150.000 0.308 NA   NA
 2079760 2079761 ABO_0090 ABO_0091     FALSE 0.247 -10.000 0.000 NA   NA
 2079761 2079762 ABO_0091 ABO_0092     FALSE 0.102 92.000 0.000 NA   NA
 2079762 2079763 ABO_0092 ABO_0093     FALSE 0.484 16.000 0.000 NA   NA
 2079764 2079765 ABO_0094 ABO_0095   gloA FALSE 0.087 109.000 0.000 NA   NA
 2079765 2079766 ABO_0095 ABO_0096 gloA   FALSE 0.024 227.000 0.000 NA N NA
 2079766 2079767 ABO_0096 ABO_0097     TRUE 0.790 76.000 0.030 NA Y NA
 2079767 2079768 ABO_0097 ABO_0098     FALSE 0.198 217.000 0.000 NA Y NA
 2079768 2079769 ABO_0098 ABO_0099   cybB FALSE 0.028 236.000 0.000 1.000 N NA
 2079769 2079770 ABO_0099 ABO_0100 cybB lpxL3 TRUE 0.758 64.000 0.021 0.065 N NA
 2079770 2079771 ABO_0100 ABO_0101 lpxL3   TRUE 0.664 -7.000 0.021 NA   NA
 2079771 2079772 ABO_0101 ABO_0102   cheW TRUE 0.884 -3.000 0.071 NA   NA
 2079772 2079773 ABO_0102 ABO_0103 cheW cheB TRUE 0.955 73.000 0.517 0.003   NA
 2079773 2079774 ABO_0103 ABO_0104 cheB chpA TRUE 0.991 -3.000 0.217 0.003 Y NA
 2079774 2079775 ABO_0104 ABO_0105 chpA cheR TRUE 0.862 142.000 0.217 1.000 Y NA
 2079775 2079776 ABO_0105 ABO_0106 cheR   TRUE 0.981 32.000 0.241 1.000 Y NA
 2079776 2079777 ABO_0106 ABO_0107   pilI TRUE 0.991 59.000 0.795 0.003 Y NA
 2079777 2079778 ABO_0107 ABO_0108 pilI pilH TRUE 0.989 12.000 0.266 1.000 Y NA
 2079778 2079779 ABO_0108 ABO_0109 pilH pilG TRUE 0.991 33.000 0.296 0.021 Y NA
 2079780 2079781 ABO_0110 ABO_0111 gshB tonB TRUE 0.575 119.000 0.089 1.000 N NA
 2079781 2079782 ABO_0111 ABO_0112 tonB algH FALSE 0.397 166.000 0.064 NA N NA
 2079782 2079783 ABO_0112 ABO_0113 algH   TRUE 0.822 80.000 0.263 NA N NA
 2079786 2079787 ABO_0116 ABO_0117   adhC TRUE 0.766 79.000 0.167 1.000   NA
 2079788 2079789 ABO_0118 ABO_0119   dhlA FALSE 0.002 628.000 0.000 1.000   NA
 2079789 2079790 ABO_0119 ABO_0120 dhlA amiC FALSE 0.432 38.000 0.000 1.000   NA
 2079793 2079794 ABO_0123 ABO_0124   fimC FALSE 0.472 -3.000 0.000 1.000   NA
 2079794 2079795 ABO_0124 ABO_0125 fimC fimD TRUE 0.745 -24.000 0.000 1.000 Y NA
 2079795 2079796 ABO_0125 ABO_0126 fimD fimA FALSE 0.274 56.000 0.000 1.000   NA
 2079796 2079797 ABO_0126 ABO_0127 fimA trkH FALSE 0.004 409.000 0.000 1.000   NA
 2079797 2079798 ABO_0127 ABO_0128 trkH trkA TRUE 0.878 112.000 0.065 0.008 Y NA
 2079798 2079799 ABO_0128 ABO_0129 trkA rsmB TRUE 0.923 -3.000 0.122 1.000 N NA
 2079799 2079800 ABO_0129 ABO_0130 rsmB fmt TRUE 0.953 -43.000 0.305 1.000 Y NA
 2079800 2079801 ABO_0130 ABO_0131 fmt def-1 TRUE 0.768 191.000 0.105 0.034 Y NA
 2079802 2079803 ABO_0132 ABO_0133   dprA TRUE 0.550 74.000 0.033 1.000   NA
 2079803 2079804 ABO_0133 ABO_0134 dprA   FALSE 0.258 87.000 0.004 NA N NA
 2079804 2079805 ABO_0134 ABO_0135     TRUE 0.885 30.000 0.066 NA N NA
 2079805 2079806 ABO_0135 ABO_0136   aroE TRUE 0.912 -3.000 0.093 1.000 N NA
 2079806 2079807 ABO_0136 ABO_0137 aroE   TRUE 0.662 25.000 0.004 NA   NA
 2079807 2079808 ABO_0137 ABO_0138     TRUE 0.748 64.000 0.083 NA   NA
 2079810 2079811 ABO_0140 ABO_0141 prlC   TRUE 0.773 75.000 0.173 NA   NA
 2079811 2079812 ABO_0141 ABO_0142     FALSE 0.011 272.000 0.000 NA   NA
 2079816 2079817 ABO_0146 ABO_0147   cobS FALSE 0.053 196.000 0.000 1.000 N NA
 2079817 2079818 ABO_0147 ABO_0148 cobS ech1 FALSE 0.017 271.000 0.000 1.000 N NA
 2079819 2079820 ABO_0149 ABO_0150     FALSE 0.190 -30.000 0.000 NA   NA
 2079820 2079821 ABO_0150 ABO_0151     FALSE 0.233 -13.000 0.000 NA   NA
 2079821 2079822 ABO_0151 ABO_0152     FALSE 0.321 42.000 0.000 NA   NA
 2079822 2079823 ABO_0152 ABO_0153   cspE FALSE 0.072 149.000 0.000 NA   NA
 2079823 2079824 ABO_0153 ABO_0154 cspE   FALSE 0.003 556.000 0.000 1.000   NA
 2079824 2079825 ABO_0154 ABO_0155   znuA FALSE 0.011 303.000 0.000 1.000   NA
 2079826 2079827 ABO_0156 ABO_0157 znuC znuB TRUE 0.974 -73.000 0.755 1.000 Y NA
 2079827 2079828 ABO_0157 ABO_0158 znuB   FALSE 0.118 192.000 0.006 1.000 N NA
 2079829 2079830 ABO_0159 ABO_0160     FALSE 0.072 149.000 0.000 NA   NA
 2079830 2079831 ABO_0160 ABO_0161     FALSE 0.075 145.000 0.000 NA   NA
 2079831 2079832 ABO_0161 ABO_0162   rubB FALSE 0.476 102.000 0.042 1.000   NA
 2079832 2079833 ABO_0162 ABO_0163 rubB rubA TRUE 0.906 50.000 0.083 0.080   NA
 2079834 2079835 ABO_0164 ABO_0165 pabA ubiA TRUE 0.918 83.000 0.248 1.000 Y NA
 2079835 2079836 ABO_0165 ABO_0166 ubiA phoB FALSE 0.062 326.000 0.043 1.000 N NA
 2079836 2079837 ABO_0166 ABO_0167 phoB phoR TRUE 0.962 90.000 0.453 0.080 Y NA
 2079838 2079839 ABO_0168 ABO_0169 recG oxyR TRUE 0.806 121.000 0.117 1.000 Y NA
 2079840 2079841 ABO_0170 ABO_0171   purE FALSE 0.007 377.000 0.000 1.000 N NA
 2079841 2079842 ABO_0171 ABO_0172 purE purK TRUE 0.983 45.000 0.136 0.001 Y NA
 2079842 2079843 ABO_0172 ABO_0173 purK   FALSE 0.404 77.000 0.013 1.000   NA
 2079844 2079845 ABO_0174 ABO_0175     FALSE 0.167 180.000 0.016 NA   NA
 2079845 2079846 ABO_0175 ABO_0176     FALSE 0.162 320.000 0.215 NA N NA
 2079846 2079847 ABO_0176 ABO_0177   rpoZ TRUE 0.583 252.000 0.291 1.000 Y NA
 2079847 2079848 ABO_0177 ABO_0178 rpoZ gmk-2 TRUE 0.799 151.000 0.471 1.000 N NA
 2079849 2079850 ABO_0179 ABO_0180   ilvD-1 TRUE 0.896 19.000 0.049 1.000   NA
 2079850 2079851 ABO_0180 ABO_0181 ilvD-1   FALSE 0.055 183.000 0.000 1.000   NA
 2079851 2079852 ABO_0181 ABO_0182     TRUE 0.948 30.000 0.222 NA   NA
 2079852 2079853 ABO_0182 ABO_0183     TRUE 0.960 19.000 0.222 NA   NA
 2079853 2079854 ABO_0183 ABO_0184   fadB TRUE 0.970 48.000 0.286 NA Y NA
 2079854 2079855 ABO_0184 ABO_0185 fadB fadE-1 TRUE 0.980 39.000 0.286 1.000 Y NA
 2079855 2079856 ABO_0185 ABO_0186 fadE-1 fadE-2 TRUE 0.996 9.000 0.400 0.010 Y NA
 2079856 2079857 ABO_0186 ABO_0187 fadE-2   TRUE 0.967 -19.000 0.500 0.027 N NA
 2079858 2079859 ABO_0188 ABO_0189     FALSE 0.330 41.000 0.000 NA   NA
 2079859 2079860 ABO_0189 ABO_0190     FALSE 0.472 -3.000 0.000 1.000   NA
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 2081740<