MicrobesOnline Operon Predictions for Burkholderia phymatum STM815

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 7084862 7084863 Bphy_0001 Bphy_0002 dnaA   FALSE 0.369 257.000 0.328 1.000 Y NA
 7084863 7084864 Bphy_0002 Bphy_0003   gyrB TRUE 0.840 114.000 0.114 1.000 Y NA
 7084865 7084866 Bphy_0004 Bphy_0005     TRUE 0.843 3.000 0.000 NA   NA
 7084867 7084868 Bphy_0006 Bphy_0007     TRUE 0.950 82.000 0.407 1.000 Y NA
 7084868 7084869 Bphy_0007 Bphy_0008     TRUE 0.999 -3.000 0.859 0.000 Y NA
 7084870 7084871 Bphy_0009 Bphy_0010     FALSE 0.469 80.000 0.014 NA   NA
 7084872 7084873 Bphy_0011 Bphy_0012     FALSE 0.003 437.000 0.000 NA   NA
 7084873 7084874 Bphy_0012 Bphy_0013     TRUE 0.883 15.000 0.053 NA   NA
 7084874 7084875 Bphy_0013 Bphy_0014     FALSE 0.006 327.000 0.000 1.000 N NA
 7084875 7084876 Bphy_0014 Bphy_0015     TRUE 0.725 15.000 0.000 1.000   NA
 7084876 7084877 Bphy_0015 Bphy_0016     TRUE 0.562 34.000 0.000 1.000   NA
 7084877 7084878 Bphy_0016 Bphy_0017     FALSE 0.081 161.000 0.000 NA   NA
 7084878 7084879 Bphy_0017 Bphy_0018     TRUE 0.582 119.000 0.143 NA   NA
 7084879 7084880 Bphy_0018 Bphy_0019     TRUE 0.998 -3.000 0.619 NA Y NA
 7084880 7084881 Bphy_0019 Bphy_0020     FALSE 0.065 172.000 0.000 NA   NA
 7084881 7084882 Bphy_0020 Bphy_0021     FALSE 0.008 303.000 0.000 NA   NA
 7084882 7084883 Bphy_0021 Bphy_0022     FALSE 0.004 391.000 0.000 NA   NA
 7084883 7084884 Bphy_0022 Bphy_0023     TRUE 0.962 39.000 1.000 NA   NA
 7084884 7084885 Bphy_0023 Bphy_0024     FALSE 0.516 34.000 0.000 NA   NA
 7084885 7084886 Bphy_0024 Bphy_0025     FALSE 0.007 317.000 0.000 NA   NA
 7084886 7084887 Bphy_0025 Bphy_0026     TRUE 0.631 20.000 0.000 NA   NA
 7084889 7084890 Bphy_0027 Bphy_0028     TRUE 0.907 52.000 0.486 NA   NA
 7084892 7084893 Bphy_0030 Bphy_0031     FALSE 0.004 332.000 0.000 NA N NA
 7084894 7084895 Bphy_0032 Bphy_0033     FALSE 0.090 238.000 0.087 1.000   NA
 7084895 7084896 Bphy_0033 Bphy_0034     TRUE 0.612 55.000 0.022 1.000   NA
 7084897 7084898 Bphy_0035 Bphy_0036 def fmt TRUE 0.978 26.000 0.105 0.013 Y NA
 7084898 7084899 Bphy_0036 Bphy_0037 fmt   FALSE 0.364 100.000 0.012 1.000 N NA
 7084899 7084900 Bphy_0037 Bphy_0038     FALSE 0.494 104.000 0.062 1.000 N NA
 7084900 7084901 Bphy_0038 Bphy_0039     FALSE 0.040 283.000 0.075 1.000 N NA
 7084901 7084902 Bphy_0039 Bphy_0040     TRUE 0.980 -3.000 0.094 NA   NA
 7084902 7084903 Bphy_0040 Bphy_0041     TRUE 0.993 2.000 0.810 NA   NA
 7084903 7084904 Bphy_0041 Bphy_0042     TRUE 0.992 1.000 0.605 1.000   NA
 7084904 7084905 Bphy_0042 Bphy_R0021     FALSE 0.264 87.000 0.000 NA   NA
 7084905 7084906 Bphy_R0021 Bphy_0043     FALSE 0.004 378.000 0.000 NA   NA
 7084906 7084907 Bphy_0043 Bphy_0044     TRUE 0.832 70.000 0.270 1.000   NA
 7084907 7084908 Bphy_0044 Bphy_0045     TRUE 0.960 7.000 0.139 1.000 N NA
 7084908 7084909 Bphy_0045 Bphy_0046     FALSE 0.043 188.000 0.000 1.000 N NA
 7084909 7084910 Bphy_0046 Bphy_0047     TRUE 0.993 -3.000 0.417 1.000   NA
 7084911 7084912 Bphy_0048 Bphy_0049     TRUE 0.922 11.000 0.073 1.000 N NA
 7084912 7084913 Bphy_0049 Bphy_0050     TRUE 0.819 122.000 0.108 1.000 Y NA
 7084913 7084914 Bphy_0050 Bphy_0051     TRUE 0.999 -3.000 0.550 0.001 Y NA
 7084914 7084915 Bphy_0051 Bphy_0052     TRUE 0.816 119.000 0.689 1.000 N NA
 7084916 7084917 Bphy_0053 Bphy_0054 gatC gatA TRUE 0.916 154.000 0.643 0.001 Y NA
 7084917 7084918 Bphy_0054 Bphy_0055 gatA gatB TRUE 0.998 2.000 0.492 0.001 Y NA
 7084918 7084919 Bphy_0055 Bphy_0056 gatB   FALSE 0.265 135.000 0.016 NA   NA
 7084919 7084920 Bphy_0056 Bphy_0057     TRUE 0.663 43.000 0.024 NA   NA
 7084921 7084922 Bphy_0058 Bphy_0059     TRUE 0.962 0.000 0.054 NA   NA
 7084922 7084923 Bphy_0059 Bphy_0060     TRUE 0.915 14.000 0.087 NA   NA
 7084923 7084924 Bphy_0060 Bphy_0061   metX TRUE 0.994 -3.000 0.509 NA   NA
 7084924 7084925 Bphy_0061 Bphy_0062 metX slmA FALSE 0.031 244.000 0.006 1.000 N NA
 7084925 7084926 Bphy_0062 Bphy_0063 slmA   TRUE 0.856 37.000 0.122 1.000   NA
 7084926 7084927 Bphy_0063 Bphy_0064     FALSE 0.144 200.000 0.069 1.000   NA
 7084930 7084931 Bphy_0067 Bphy_0068     TRUE 0.999 -3.000 0.682 1.000 Y NA
 7084932 7084933 Bphy_0069 Bphy_0070 hslU   TRUE 0.996 10.000 0.752 1.000 Y NA
 7084933 7084934 Bphy_0070 Bphy_0071     FALSE 0.008 374.000 0.011 1.000 N NA
 7084934 7084935 Bphy_0071 Bphy_0072     FALSE 0.006 615.000 0.045 NA   NA
 7084935 7084936 Bphy_0072 Bphy_0073     FALSE 0.286 166.000 0.094 NA   NA
 7084936 7084937 Bphy_0073 Bphy_0074   xerC TRUE 0.682 86.000 0.110 1.000   NA
 7084937 7084938 Bphy_0074 Bphy_0075 xerC   TRUE 0.985 11.000 0.714 NA   NA
 7084938 7084939 Bphy_0075 Bphy_0076   dapF TRUE 0.728 87.000 0.175 NA   NA
 7084939 7084940 Bphy_0076 Bphy_0077 dapF   FALSE 0.526 55.000 0.010 1.000 N NA
 7084946 7084947 Bphy_0083 Bphy_0084     FALSE 0.012 270.000 0.000 NA   NA
 7084947 7084948 Bphy_0084 Bphy_0085     TRUE 0.861 -34.000 0.000 NA   NA
 7084949 7084950 Bphy_0086 Bphy_0087     FALSE 0.392 126.000 0.053 NA   NA
 7084950 7084951 Bphy_0087 Bphy_0088     FALSE 0.008 303.000 0.000 NA   NA
 7084952 7084953 Bphy_0089 Bphy_0090     TRUE 0.980 -27.000 0.188 NA   NA
 7084953 7084954 Bphy_0090 Bphy_0091     TRUE 0.984 -9.000 0.184 NA   NA
 7084954 7084955 Bphy_0091 Bphy_0092     TRUE 0.988 6.000 0.645 NA   NA
 7084955 7084956 Bphy_0092 Bphy_0093     FALSE 0.521 134.000 0.133 1.000   NA
 7084956 7084957 Bphy_0093 Bphy_0094     TRUE 0.989 13.000 0.175 0.075 Y NA
 7084957 7084958 Bphy_0094 Bphy_0095     TRUE 0.995 12.000 0.512 0.075 Y NA
 7084958 7084959 Bphy_0095 Bphy_0096     FALSE 0.003 385.000 0.000 1.000 N NA
 7084959 7084960 Bphy_0096 Bphy_0097     FALSE 0.380 138.000 0.075 1.000 N NA
 7084960 7084961 Bphy_0097 Bphy_0098     TRUE 0.961 62.000 0.238 0.031 Y NA
 7084961 7084962 Bphy_0098 Bphy_0099     FALSE 0.002 547.000 0.000 1.000 N NA
 7084962 7084963 Bphy_0099 Bphy_0100     FALSE 0.002 521.000 0.000 1.000 N NA
 7084965 7084966 Bphy_0102 Bphy_0103     TRUE 0.973 29.000 1.000 NA   NA
 7084967 7084968 Bphy_0104 Bphy_0105     FALSE 0.021 231.000 0.000 NA   NA
 7084968 7084969 Bphy_0105 Bphy_0106     FALSE 0.009 293.000 0.000 NA   NA
 7084969 7084970 Bphy_0106 Bphy_0107     FALSE 0.078 203.000 0.012 1.000   NA
 7084970 7084971 Bphy_0107 Bphy_0108     TRUE 0.728 12.000 0.000 NA   NA
 7084971 7084972 Bphy_0108 Bphy_0109     TRUE 0.859 -58.000 0.000 NA   NA
 7084973 7084974 Bphy_0110 Bphy_0111     FALSE 0.371 137.000 0.069 1.000 N NA
 7084975 7084976 Bphy_0112 Bphy_0113     FALSE 0.308 164.000 0.105 NA   NA
 7084978 7084979 Bphy_0115 Bphy_0116     FALSE 0.006 359.000 0.000 1.000   NA
 7084979 7084980 Bphy_0116 Bphy_0117     FALSE 0.019 248.000 0.000 1.000   NA
 7084981 7084982 Bphy_0118 Bphy_0119     TRUE 0.798 104.000 0.395 1.000   NA
 7084982 7084983 Bphy_0119 Bphy_0120     TRUE 0.972 -3.000 0.044 1.000   NA
 7084986 7084987 Bphy_0123 Bphy_0124     FALSE 0.153 226.000 0.187 1.000 N NA
 7084987 7084988 Bphy_0124 Bphy_0125     TRUE 0.969 21.000 0.613 NA   NA
 7084988 7084989 Bphy_0125 Bphy_0126     TRUE 0.972 -3.000 0.054 NA   NA
 7084989 7084990 Bphy_0126 Bphy_R0022     FALSE 0.362 56.000 0.000 NA   NA
 7084990 7084991 Bphy_R0022 Bphy_0127     FALSE 0.071 169.000 0.000 NA   NA
 7084991 7084992 Bphy_0127 Bphy_0128     TRUE 0.995 -3.000 0.600 NA   NA
 7084992 7084993 Bphy_0128 Bphy_0129     FALSE 0.015 251.000 0.000 NA   NA
 7084993 7084994 Bphy_0129 Bphy_0130     TRUE 0.993 10.000 0.361 NA Y NA
 7084994 7084995 Bphy_0130 Bphy_0131     TRUE 0.988 20.000 0.454 NA Y NA
 7084995 7084996 Bphy_0131 Bphy_0132     TRUE 0.994 -15.000 0.125 NA Y NA
 7084996 7084997 Bphy_0132 Bphy_0133     TRUE 0.895 87.000 0.125 1.000 Y NA
 7084997 7084998 Bphy_0133 Bphy_0134     TRUE 0.997 -3.000 0.083 0.016 Y NA
 7084998 7084999 Bphy_0134 Bphy_0135     TRUE 0.729 124.000 0.000 0.016 Y NA
 7084999 7085000 Bphy_0135 Bphy_0136     FALSE 0.223 100.000 0.000 NA   NA
 7085000 7085001 Bphy_0136 Bphy_0137     FALSE 0.006 342.000 0.000 NA   NA
 7085001 7085002 Bphy_0137 Bphy_0138     FALSE 0.249 175.000 0.105 1.000 N NA
 7085004 7085005 Bphy_0140 Bphy_0141     TRUE 0.617 45.000 0.028 NA N NA
 7085006 7085007 Bphy_0142 Bphy_0143     FALSE 0.445 42.000 0.000 NA   NA
 7085009 7085010 Bphy_0145 Bphy_0146     FALSE 0.365 147.000 0.087 NA   NA
 7085010 7085011 Bphy_0146 Bphy_0147     TRUE 0.704 104.000 0.214 NA   NA
 7085011 7085012 Bphy_0147 Bphy_0148     FALSE 0.545 142.000 0.214 NA   NA
 7085012 7085013 Bphy_0148 Bphy_0149     TRUE 0.961 19.000 0.026 1.000 Y NA
 7085013 7085014 Bphy_0149 Bphy_0150     TRUE 0.983 -3.000 0.128 1.000 N NA
 7085014 7085015 Bphy_0150 Bphy_0151     FALSE 0.016 398.000 0.088 1.000 N NA
 7085015 7085016 Bphy_0151 Bphy_0152     FALSE 0.040 277.000 0.056 1.000   NA
 7085017 7085018 Bphy_0153 Bphy_0154     FALSE 0.002 530.000 0.000 NA   NA
 7085018 7085019 Bphy_0154 Bphy_0155     TRUE 0.568 166.000 0.560 NA N NA
 7085019 7085020 Bphy_0155 Bphy_0156     FALSE 0.273 128.000 0.023 NA N NA
 7085025 7085026 Bphy_0161 Bphy_0162     TRUE 0.970 -3.000 0.035 1.000   NA
 7085026 7085027 Bphy_0162 Bphy_0163     TRUE 0.965 -3.000 0.032 NA   NA
 7085027 7085028 Bphy_0163 Bphy_0164     TRUE 0.973 -3.000 0.055 NA   NA
 7085028 7085029 Bphy_0164 Bphy_0165     TRUE 0.901 22.000 0.119 NA   NA
 7085029 7085030 Bphy_0165 Bphy_0166     TRUE 0.863 117.000 0.176 1.000 Y NA
 7085034 7085035 Bphy_0170 Bphy_0171   bioD TRUE 0.955 37.000 0.025 0.001 Y NA
 7085035 7085036 Bphy_0171 Bphy_0172 bioD   TRUE 0.997 -3.000 0.121 0.001 Y NA
 7085036 7085037 Bphy_0172 Bphy_0173     TRUE 0.995 0.000 0.054 0.001 Y NA
 7085037 7085038 Bphy_0173 Bphy_0174     FALSE 0.002 574.000 0.000 1.000 N NA
 7085038 7085039 Bphy_0174 Bphy_0175     FALSE 0.008 563.000 0.075 NA   NA
 7085039 7085040 Bphy_0175 Bphy_0176     TRUE 0.826 19.000 0.027 NA   NA
 7085040 7085041 Bphy_0176 Bphy_0177     TRUE 0.954 37.000 0.107 1.000 Y NA
 7085041 7085042 Bphy_0177 Bphy_0178     TRUE 0.922 49.000 0.070 1.000 Y NA
 7085042 7085043 Bphy_0178 Bphy_0179     TRUE 0.974 -7.000 0.087 1.000 N NA
 7085043 7085044 Bphy_0179 Bphy_0180   aceK TRUE 0.778 61.000 0.158 1.000 N NA
 7085044 7085045 Bphy_0180 Bphy_0181 aceK   FALSE 0.053 224.000 0.022 1.000 N NA
 7085047 7085048 Bphy_0183 Bphy_0184     FALSE 0.026 214.000 0.000 1.000 N NA
 7085048 7085049 Bphy_0184 Bphy_0185     TRUE 0.970 4.000 0.135 1.000   NA
 7085049 7085050 Bphy_0185 Bphy_0186     TRUE 0.966 19.000 0.434 1.000   NA
 7085050 7085051 Bphy_0186 Bphy_0187     TRUE 0.632 154.000 0.573 NA N NA
 7085051 7085052 Bphy_0187 Bphy_0188   argS FALSE 0.478 101.000 0.062 NA N NA
 7085054 7085055 Bphy_0190 Bphy_0191     TRUE 0.929 62.000 0.041 0.000 Y NA
 7085055 7085056 Bphy_0191 Bphy_0192     FALSE 0.060 316.000 0.216 NA   NA
 7085056 7085057 Bphy_0192 Bphy_0193     FALSE 0.495 118.000 0.081 NA   NA
 7085057 7085058 Bphy_0193 Bphy_0194     FALSE 0.256 217.000 0.348 NA   NA
 7085058 7085059 Bphy_0194 Bphy_0195     TRUE 0.678 126.000 0.304 NA   NA
 7085060 7085061 Bphy_0196 Bphy_0197     FALSE 0.071 200.000 0.022 NA N NA
 7085061 7085062 Bphy_0197 Bphy_0198     TRUE 0.656 82.000 0.111 NA N NA
 7085062 7085063 Bphy_0198 Bphy_0199     FALSE 0.471 177.000 0.413 NA   NA
 7085063 7085064 Bphy_0199 Bphy_0200     FALSE 0.002 560.000 0.000 NA   NA
 7085064 7085065 Bphy_0200 Bphy_0201     FALSE 0.188 125.000 0.000 1.000   NA
 7085066 7085067 Bphy_0202 Bphy_0203     TRUE 0.659 40.000 0.015 NA   NA
 7085067 7085068 Bphy_0203 Bphy_0204     TRUE 0.985 -3.000 0.147 1.000 N NA
 7085069 7085070 Bphy_0205 Bphy_0206     TRUE 0.999 -3.000 0.922 NA Y NA
 7085070 7085071 Bphy_0206 Bphy_0207     TRUE 0.907 142.000 0.750 NA Y NA
 7085071 7085072 Bphy_0207 Bphy_0208     TRUE 0.944 19.000 0.239 NA   NA
 7085072 7085073 Bphy_0208 Bphy_0209     TRUE 0.859 31.000 0.103 NA   NA
 7085073 7085074 Bphy_0209 Bphy_0210     TRUE 0.593 146.000 0.320 NA   NA
 7085074 7085075 Bphy_0210 Bphy_0211     TRUE 0.921 23.000 0.179 NA   NA
 7085075 7085076 Bphy_0211 Bphy_0212     FALSE 0.018 379.000 0.079 NA   NA
 7085076 7085077 Bphy_0212 Bphy_0213     FALSE 0.486 99.000 0.047 NA   NA
 7085079 7085080 Bphy_0215 Bphy_0216   lipB FALSE 0.534 73.000 0.028 NA   NA
 7085080 7085081 Bphy_0216 Bphy_0217 lipB   TRUE 0.993 14.000 0.319 0.001 Y NA
 7085081 7085082 Bphy_0217 Bphy_0218     FALSE 0.018 233.000 0.000 1.000 N NA
 7085084 7085085 Bphy_0220 Bphy_0221 ugpQ   FALSE 0.537 91.000 0.059 1.000 N NA
 7085085 7085086 Bphy_0221 Bphy_0222     TRUE 0.800 109.000 0.301 0.084   NA
 7085086 7085087 Bphy_0222 Bphy_0223     TRUE 0.997 -3.000 0.774 0.084   NA
 7085087 7085088 Bphy_0223 Bphy_0224     TRUE 0.989 21.000 0.461 1.000 Y NA
 7085088 7085089 Bphy_0224 Bphy_0225     FALSE 0.003 410.000 0.000 1.000 N NA
 7085089 7085090 Bphy_0225 Bphy_0226     TRUE 0.966 4.000 0.130 1.000 N NA
 7085090 7085091 Bphy_0226 Bphy_0227     TRUE 0.974 30.000 0.130 0.100 Y NA
 7085095 7085096 Bphy_0231 Bphy_0232     TRUE 0.994 -22.000 0.600 0.072   NA
 7085096 7085097 Bphy_0232 Bphy_0233     TRUE 0.884 -10.000 0.000 NA   NA
 7085097 7085098 Bphy_0233 Bphy_0234     TRUE 0.796 7.000 0.000 NA   NA
 7085100 7085101 Bphy_0236 Bphy_0237     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7085102 7085103 Bphy_0238 Bphy_0239     TRUE 0.892 -7.000 0.000 NA   NA
 7085103 7085104 Bphy_0239 Bphy_0240     TRUE 0.924 3.000 0.000 0.100   NA
 7085104 7085105 Bphy_0240 Bphy_0241     FALSE 0.014 273.000 0.000 1.000   NA
 7085106 7085107 Bphy_0242 Bphy_0243     FALSE 0.003 406.000 0.000 NA   NA
 7085109 7085110 Bphy_0244 Bphy_0245     TRUE 0.971 8.000 0.222 NA   NA
 7085110 7085111 Bphy_0245 Bphy_0246     TRUE 0.996 -7.000 1.000 NA   NA
 7085112 7085113 Bphy_0247 Bphy_0248     FALSE 0.002 549.000 0.000 NA   NA
 7085114 7085115 Bphy_0249 Bphy_0250     FALSE 0.138 135.000 0.000 NA   NA
 7085115 7085116 Bphy_0250 Bphy_0251     FALSE 0.003 425.000 0.000 NA   NA
 7085119 7085120 Bphy_0254 Bphy_0255     FALSE 0.220 101.000 0.000 NA   NA
 7085121 7085122 Bphy_0256 Bphy_0257     TRUE 0.911 27.000 0.189 1.000 N NA
 7085122 7085123 Bphy_0257 Bphy_0258     FALSE 0.017 254.000 0.000 1.000   NA
 7085123 7085124 Bphy_0258 Bphy_0259     FALSE 0.226 190.000 0.120 1.000   NA
 7085124 7085125 Bphy_0259 Bphy_0260     FALSE 0.031 281.000 0.048 1.000 N NA
 7085125 7085126 Bphy_0260 Bphy_0261     TRUE 0.967 62.000 0.261 0.002 Y NA
 7085126 7085127 Bphy_0261 Bphy_0262     TRUE 0.567 220.000 0.205 0.001 Y NA
 7085128 7085129 Bphy_0263 Bphy_0264     FALSE 0.365 143.000 0.082 1.000 N NA
 7085132 7085133 Bphy_0267 Bphy_0268     TRUE 0.961 12.000 0.269 NA N NA
 7085133 7085134 Bphy_0268 Bphy_0269     FALSE 0.269 194.000 0.221 1.000 N NA
 7085134 7085135 Bphy_0269 Bphy_0270   gpsA TRUE 0.883 22.000 0.097 1.000 N NA
 7085135 7085136 Bphy_0270 Bphy_0271 gpsA   FALSE 0.386 154.000 0.127 NA   NA
 7085137 7085138 Bphy_0272 Bphy_0273     TRUE 0.868 18.000 0.045 1.000   NA
 7085139 7085140 Bphy_0274 Bphy_0275     FALSE 0.027 271.000 0.018 NA   NA
 7085140 7085141 Bphy_0275 Bphy_0276     TRUE 0.734 57.000 0.095 NA   NA
 7085141 7085142 Bphy_0276 Bphy_0277     TRUE 0.987 46.000 0.741 0.003 Y NA
 7085142 7085143 Bphy_0277 Bphy_0278     FALSE 0.515 98.000 0.057 NA   NA
 7085143 7085144 Bphy_0278 Bphy_0279     TRUE 0.659 53.000 0.046 NA   NA
 7085144 7085145 Bphy_0279 Bphy_0280     TRUE 0.840 40.000 0.129 NA   NA
 7085145 7085146 Bphy_0280 Bphy_0281     FALSE 0.393 158.000 0.152 NA   NA
 7085148 7085149 Bphy_0283 Bphy_0284     TRUE 0.920 61.000 0.722 NA   NA
 7085149 7085150 Bphy_0284 Bphy_0285     TRUE 0.868 52.000 0.255 1.000   NA
 7085150 7085151 Bphy_0285 Bphy_0286     TRUE 0.994 6.000 0.321 1.000 Y NA
 7085151 7085152 Bphy_0286 Bphy_0287     TRUE 0.919 5.000 0.017 1.000   NA
 7085154 7085155 Bphy_0289 Bphy_0290     FALSE 0.012 246.000 0.000 NA N NA
 7085157 7085158 Bphy_0292 Bphy_0293     TRUE 0.616 80.000 0.073 1.000 N NA
 7085158 7085159 Bphy_0293 Bphy_0294     TRUE 0.970 -7.000 0.073 1.000 N NA
 7085159 7085160 Bphy_0294 Bphy_0295     TRUE 0.918 14.000 0.100 1.000 N NA
 7085160 7085161 Bphy_0295 Bphy_0296     TRUE 0.935 109.000 0.258 0.001 Y NA
 7085162 7085163 Bphy_0297 Bphy_0298     TRUE 0.728 12.000 0.000 NA   NA
 7085163 7085164 Bphy_0298 Bphy_0299     TRUE 0.979 27.000 0.158 0.074 Y NA
 7085164 7085165 Bphy_0299 Bphy_0300     TRUE 0.984 -10.000 0.188 NA   NA
 7085165 7085166 Bphy_0300 Bphy_0301     FALSE 0.007 314.000 0.000 NA   NA
 7085167 7085168 Bphy_0302 Bphy_0303     TRUE 0.821 46.000 0.143 NA   NA
 7085169 7085170 Bphy_0304 Bphy_0305     FALSE 0.019 520.000 0.000 1.000 Y NA
 7085171 7085172 Bphy_0306 Bphy_0307     TRUE 0.716 35.000 0.027 1.000 N NA
 7085174 7085175 Bphy_0309 Bphy_0310   coaD TRUE 0.731 118.000 0.367 1.000 N NA
 7085175 7085176 Bphy_0310 Bphy_0311 coaD   FALSE 0.368 147.000 0.088 NA   NA
 7085177 7085178 Bphy_0312 Bphy_0313     TRUE 0.641 40.000 0.014 1.000 N NA
 7085178 7085179 Bphy_0313 Bphy_0314     TRUE 0.942 121.000 0.496 0.013 Y NA
 7085179 7085180 Bphy_0314 Bphy_0315     FALSE 0.352 157.000 0.122 1.000 N NA
 7085180 7085181 Bphy_0315 Bphy_R0024     FALSE 0.399 48.000 0.000 NA   NA
 7085181 7085182 Bphy_R0024 Bphy_0316   ipk FALSE 0.382 52.000 0.000 NA   NA
 7085182 7085183 Bphy_0316 Bphy_0317 ipk lolB TRUE 0.899 27.000 0.157 1.000 N NA
 7085183 7085184 Bphy_0317 Bphy_0318 lolB   TRUE 0.978 0.000 0.139 1.000 N NA
 7085185 7085186 Bphy_0319 Bphy_0320     TRUE 0.987 8.000 0.021 0.002 Y NA
 7085187 7085188 Bphy_0321 Bphy_0322     TRUE 0.631 60.000 0.047 NA   NA
 7085188 7085189 Bphy_0322 Bphy_0323     TRUE 0.769 78.000 0.194 NA   NA
 7085189 7085190 Bphy_0323 Bphy_0324     FALSE 0.371 235.000 0.177 1.000 Y NA
 7085190 7085191 Bphy_0324 Bphy_0325     FALSE 0.140 250.000 0.309 NA N NA
 7085191 7085192 Bphy_0325 Bphy_0326     FALSE 0.524 174.000 0.574 NA N NA
 7085192 7085193 Bphy_0326 Bphy_0327     FALSE 0.096 228.000 0.075 1.000   NA
 7085193 7085194 Bphy_0327 Bphy_0328     TRUE 0.994 -3.000 0.543 NA   NA
 7085194 7085195 Bphy_0328 Bphy_0329     TRUE 0.944 33.000 0.459 NA   NA
 7085195 7085196 Bphy_0329 Bphy_0330     TRUE 0.995 -3.000 0.617 NA   NA
 7085196 7085197 Bphy_0330 Bphy_0331     TRUE 0.993 0.000 0.598 1.000   NA
 7085198 7085199 Bphy_0332 Bphy_0333     FALSE 0.305 125.000 0.022 1.000 N NA
 7085199 7085200 Bphy_0333 Bphy_0334     TRUE 0.758 26.000 0.022 1.000 N NA
 7085200 7085201 Bphy_0334 Bphy_0335     TRUE 0.786 55.000 0.124 1.000   NA
 7085201 7085202 Bphy_0335 Bphy_0336   purU TRUE 0.926 74.000 0.955 1.000   NA
 7085203 7085204 Bphy_0337 Bphy_0338     FALSE 0.015 251.000 0.000 NA   NA
 7085204 7085205 Bphy_0338 Bphy_0339     TRUE 0.752 23.000 0.007 NA   NA
 7085206 7085207 Bphy_0340 Bphy_0341     FALSE 0.267 126.000 0.011 1.000 N NA
 7085212 7085213 Bphy_0346 Bphy_0347     TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.012 Y NA
 7085213 7085214 Bphy_0347 Bphy_0348     TRUE 0.997 -13.000 1.000 0.003   NA
 7085214 7085215 Bphy_0348 Bphy_0349     TRUE 0.994 3.000 1.000 NA   NA
 7085215 7085216 Bphy_0349 Bphy_0350     TRUE 0.943 42.000 0.667 NA   NA
 7085216 7085217 Bphy_0350 Bphy_0351     TRUE 0.993 -3.000 0.000 0.012 Y NA
 7085217 7085218 Bphy_0351 Bphy_0352     FALSE 0.003 396.000 0.000 NA N NA
 7085219 7085220 Bphy_0353 Bphy_0354     FALSE 0.002 660.000 0.000 NA   NA
 7085220 7085221 Bphy_0354 Bphy_0355     TRUE 0.934 109.000 0.300 0.025 Y NA
 7085221 7085222 Bphy_0355 Bphy_0356     TRUE 0.987 55.000 1.000 0.025 Y NA
 7085222 7085223 Bphy_0356 Bphy_0357     FALSE 0.047 184.000 0.000 1.000 N NA
 7085223 7085224 Bphy_0357 Bphy_0358     TRUE 0.868 9.000 0.000 0.083 N NA
 7085224 7085225 Bphy_0358 Bphy_0359     FALSE 0.043 192.000 0.000 NA   NA
 7085225 7085226 Bphy_0359 Bphy_0360     FALSE 0.262 168.000 0.081 NA   NA
 7085228 7085229 Bphy_0362 Bphy_0363     TRUE 0.941 37.000 0.553 1.000 N NA
 7085231 7085232 Bphy_0365 Bphy_0366     TRUE 0.988 4.000 0.558 1.000 N NA
 7085232 7085233 Bphy_0366 Bphy_0367     TRUE 0.908 59.000 0.654 NA N NA
 7085234 7085235 Bphy_0368 Bphy_0369 queF   TRUE 0.965 -3.000 0.022 1.000   NA
 7085235 7085236 Bphy_0369 Bphy_0370     TRUE 0.894 10.000 0.019 1.000   NA
 7085237 7085238 Bphy_0371 Bphy_0372     TRUE 0.858 33.000 0.118 1.000 N NA
 7085238 7085239 Bphy_0372 Bphy_0373     TRUE 0.941 9.000 0.084 NA   NA
 7085239 7085240 Bphy_0373 Bphy_0374   ubiE TRUE 0.654 70.000 0.074 NA   NA
 7085240 7085241 Bphy_0374 Bphy_0375 ubiE   TRUE 0.766 37.000 0.044 1.000   NA
 7085241 7085242 Bphy_0375 Bphy_0376     TRUE 0.628 109.000 0.135 1.000   NA
 7085242 7085243 Bphy_0376 Bphy_0377   ubiB TRUE 0.970 16.000 0.432 1.000   NA
 7085243 7085244 Bphy_0377 Bphy_0378 ubiB   TRUE 0.842 23.000 0.044 1.000   NA
 7085244 7085245 Bphy_0378 Bphy_0379     FALSE 0.330 139.000 0.050 NA   NA
 7085245 7085246 Bphy_0379 Bphy_0380     TRUE 0.780 71.000 0.190 NA   NA
 7085246 7085247 Bphy_0380 Bphy_0381   aspS TRUE 0.608 73.000 0.057 NA   NA
 7085247 7085248 Bphy_0381 Bphy_0382 aspS   FALSE 0.210 171.000 0.050 1.000   NA
 7085248 7085249 Bphy_0382 Bphy_0383     TRUE 0.983 -3.000 0.105 1.000   NA
 7085249 7085250 Bphy_0383 Bphy_0384     FALSE 0.131 241.000 0.176 1.000   NA
 7085250 7085251 Bphy_0384 Bphy_0385     TRUE 0.886 95.000 0.767 1.000   NA
 7085251 7085252 Bphy_0385 Bphy_0386     TRUE 0.813 124.000 0.108 1.000 Y NA
 7085252 7085253 Bphy_0386 Bphy_0387     TRUE 0.994 12.000 0.588 1.000 Y NA
 7085253 7085254 Bphy_0387 Bphy_0388     TRUE 0.571 177.000 0.100 1.000 Y NA
 7085256 7085257 Bphy_0390 Bphy_0391     FALSE 0.145 184.000 0.041 NA   NA
 7085260 7085261 Bphy_0394 Bphy_0395     TRUE 0.982 12.000 0.642 NA   NA
 7085262 7085263 Bphy_0396 Bphy_0397     FALSE 0.412 156.000 0.168 1.000 N NA
 7085263 7085264 Bphy_0397 Bphy_0398   pdxA TRUE 0.974 15.000 0.561 1.000 N NA
 7085264 7085265 Bphy_0398 Bphy_0399 pdxA ksgA TRUE 0.928 21.000 0.197 1.000 N NA
 7085265 7085266 Bphy_0399 Bphy_0400 ksgA   FALSE 0.021 224.000 0.000 1.000 N NA
 7085266 7085267 Bphy_0400 Bphy_0401     FALSE 0.435 79.000 0.009 1.000 N NA
 7085268 7085269 Bphy_0402 Bphy_0403     TRUE 0.729 60.000 0.099 NA   NA
 7085269 7085270 Bphy_0403 Bphy_0404     TRUE 0.903 38.000 0.279 1.000 N NA
 7085270 7085271 Bphy_0404 Bphy_0405   glyS TRUE 0.943 11.000 0.123 1.000 N NA
 7085271 7085272 Bphy_0405 Bphy_0406 glyS glyQ TRUE 0.996 16.000 0.651 0.000 Y NA
 7085272 7085273 Bphy_0406 Bphy_0407 glyQ lnt FALSE 0.020 227.000 0.000 1.000 N NA
 7085273 7085274 Bphy_0407 Bphy_0408 lnt   TRUE 0.633 37.000 0.014 NA N NA
 7085274 7085275 Bphy_0408 Bphy_0409     TRUE 0.618 143.000 0.019 NA Y NA
 7085275 7085276 Bphy_0409 Bphy_0410     FALSE 0.447 86.000 0.014 NA   NA
 7085276 7085277 Bphy_0410 Bphy_0411     TRUE 0.947 31.000 0.457 NA   NA
 7085277 7085278 Bphy_0411 Bphy_0412     TRUE 0.904 33.000 0.220 1.000 N NA
 7085278 7085279 Bphy_0412 Bphy_0413     FALSE 0.044 215.000 0.005 NA N NA
 7085280 7085281 Bphy_0414 Bphy_0415     TRUE 0.960 21.000 0.429 NA   NA
 7085281 7085282 Bphy_0415 Bphy_0416     FALSE 0.048 252.000 0.065 NA N NA
 7085282 7085283 Bphy_0416 Bphy_0417     FALSE 0.002 467.000 0.000 1.000 N NA
 7085284 7085285 Bphy_0418 Bphy_0419   glpK FALSE 0.277 129.000 0.004 1.000   NA
 7085285 7085286 Bphy_0419 Bphy_0420 glpK glpD TRUE 0.650 169.000 0.032 0.000 Y NA
 7085288 7085289 Bphy_0422 Bphy_0423     FALSE 0.004 394.000 0.000 NA   NA
 7085290 7085291 Bphy_0424 Bphy_0425     TRUE 0.910 39.000 0.306 NA   NA
 7085292 7085293 Bphy_0426 Bphy_0427     FALSE 0.090 197.000 0.013 1.000   NA
 7085293 7085294 Bphy_0427 Bphy_0428     FALSE 0.149 174.000 0.019 1.000   NA
 7085294 7085295 Bphy_0428 Bphy_0429     TRUE 0.995 21.000 1.000 0.012 Y NA
 7085296 7085297 Bphy_0430 Bphy_0431     TRUE 0.990 -3.000 0.214 1.000   NA
 7085298 7085299 Bphy_0432 Bphy_0433     FALSE 0.008 300.000 0.000 NA   NA
 7085303 7085304 Bphy_R0025 Bphy_0437     FALSE 0.261 88.000 0.000 NA   NA
 7085304 7085305 Bphy_0437 Bphy_0438     FALSE 0.020 228.000 0.000 1.000 N NA
 7085305 7085306 Bphy_0438 Bphy_0439     TRUE 0.996 9.000 0.812 1.000 Y NA
 7085307 7085308 Bphy_0440 Bphy_0441 recA   TRUE 0.978 8.000 0.296 1.000   NA
 7085308 7085309 Bphy_0441 Bphy_0442     FALSE 0.129 171.000 0.010 NA   NA
 7085309 7085310 Bphy_0442 Bphy_0443   sucC TRUE 0.710 56.000 0.076 NA   NA
 7085310 7085311 Bphy_0443 Bphy_0444 sucC   TRUE 0.906 115.000 0.151 0.001 Y NA
 7085311 7085312 Bphy_0444 Bphy_0445     FALSE 0.431 161.000 0.220 1.000 N NA
 7085312 7085313 Bphy_0445 Bphy_0446     TRUE 0.623 151.000 0.462 1.000 N NA
 7085313 7085314 Bphy_0446 Bphy_0447     FALSE 0.001 1240.000 0.000 1.000 N NA
 7085314 7085315 Bphy_0447 Bphy_0448     FALSE 0.371 125.000 0.057 NA N NA
 7085318 7085319 Bphy_0451 Bphy_0452     TRUE 0.981 -7.000 0.131 NA   NA
 7085319 7085320 Bphy_0452 Bphy_0453     FALSE 0.323 151.000 0.075 NA   NA
 7085320 7085321 Bphy_0453 Bphy_0454     FALSE 0.229 177.000 0.088 NA   NA
 7085321 7085322 Bphy_0454 Bphy_0455     FALSE 0.242 188.000 0.138 NA   NA
 7085322 7085323 Bphy_0455 Bphy_0456     TRUE 0.799 72.000 0.223 NA   NA
 7085324 7085325 Bphy_0457 Bphy_0458     TRUE 0.993 -3.000 0.434 NA   NA
 7085325 7085326 Bphy_0458 Bphy_0459   pgk FALSE 0.052 218.000 0.009 NA   NA
 7085326 7085327 Bphy_0459 Bphy_0460 pgk   FALSE 0.052 486.000 0.032 0.003 Y NA
 7085327 7085328 Bphy_0460 Bphy_0461     FALSE 0.421 255.000 0.218 0.003 Y NA
 7085328 7085329 Bphy_0461 Bphy_0462     FALSE 0.366 131.000 0.055 1.000 N NA
 7085329 7085330 Bphy_0462 Bphy_0463     TRUE 0.955 25.000 0.038 1.000 Y NA
 7085330 7085331 Bphy_0463 Bphy_0464     TRUE 0.956 75.000 0.201 0.000 Y NA
 7085331 7085332 Bphy_0464 Bphy_0465     TRUE 0.815 13.000 0.014 NA N NA
 7085333 7085334 Bphy_0466 Bphy_0467     FALSE 0.255 205.000 0.255 NA   NA
 7085334 7085335 Bphy_0467 Bphy_0468     FALSE 0.099 198.000 0.032 NA   NA
 7085336 7085337 Bphy_0469 Bphy_0470     TRUE 0.997 5.000 0.724 1.000 Y NA
 7085337 7085338 Bphy_0470 Bphy_0471     TRUE 0.692 114.000 0.259 1.000 N NA
 7085338 7085339 Bphy_0471 Bphy_0472     FALSE 0.022 242.000 0.000 1.000   NA
 7085339 7085340 Bphy_0472 Bphy_0473     FALSE 0.004 397.000 0.000 NA   NA
 7085340 7085341 Bphy_0473 Bphy_0474     TRUE 0.959 34.000 0.700 NA   NA
 7085345 7085346 Bphy_0478 Bphy_0479     TRUE 0.981 18.000 1.000 1.000 N NA
 7085346 7085347 Bphy_0479 Bphy_0480     TRUE 0.991 11.000 1.000 0.083 N NA
 7085349 7085350 Bphy_0482 Bphy_0483     FALSE 0.036 194.000 0.000 1.000 N NA
 7085350 7085351 Bphy_0483 Bphy_0484     TRUE 0.948 12.000 0.136 1.000   NA
 7085352 7085353 Bphy_0485 Bphy_0486     TRUE 0.998 -7.000 0.379 0.098 Y NA
 7085353 7085354 Bphy_0486 Bphy_0487     TRUE 0.997 -3.000 0.233 1.000 Y NA
 7085354 7085355 Bphy_0487 Bphy_0488     TRUE 0.910 58.000 0.080 NA Y NA
 7085356 7085357 Bphy_0489 Bphy_0490     FALSE 0.541 90.000 0.059 1.000 N NA
 7085357 7085358 Bphy_0490 Bphy_0491     FALSE 0.453 225.000 0.148 0.083 Y NA
 7085358 7085359 Bphy_0491 Bphy_0492     TRUE 0.999 -3.000 0.918 0.083 Y NA
 7085359 7085360 Bphy_0492 Bphy_0493     TRUE 0.967 -3.000 0.027 1.000   NA
 7085360 7085361 Bphy_0493 Bphy_0494     TRUE 0.743 90.000 0.188 1.000   NA
 7085361 7085362 Bphy_0494 Bphy_0495     FALSE 0.125 249.000 0.000 1.000 Y NA
 7085363 7085364 Bphy_0496 Bphy_0497     FALSE 0.442 112.000 0.055 1.000 N NA
 7085364 7085365 Bphy_0497 Bphy_0498     TRUE 0.589 171.000 0.086 1.000 Y NA
 7085366 7085367 Bphy_0499 Bphy_0500     TRUE 0.845 89.000 0.542 NA N NA
 7085367 7085368 Bphy_0500 Bphy_0501     TRUE 0.918 64.000 0.125 NA Y NA
 7085368 7085369 Bphy_0501 Bphy_0502     TRUE 0.996 -13.000 0.111 0.007 Y NA
 7085369 7085370 Bphy_0502 Bphy_0503     TRUE 0.907 45.000 0.407 1.000 N NA
 7085370 7085371 Bphy_0503 Bphy_0504     TRUE 0.746 69.000 0.150 1.000 N NA
 7085371 7085372 Bphy_0504 Bphy_0505     TRUE 0.982 -3.000 0.120 1.000 N NA
 7085373 7085374 Bphy_0506 Bphy_0507     TRUE 0.992 11.000 0.347 1.000 Y NA
 7085374 7085375 Bphy_0507 Bphy_0508     TRUE 0.744 47.000 0.065 1.000   NA
 7085379 7085380 Bphy_0512 Bphy_0513     TRUE 0.830 83.000 0.353 NA   NA
 7085380 7085381 Bphy_0513 Bphy_0514     FALSE 0.148 176.000 0.036 1.000 N NA
 7085383 7085384 Bphy_0516 Bphy_0517     FALSE 0.344 114.000 0.016 NA   NA
 7085386 7085387 Bphy_0519 Bphy_0520     TRUE 0.963 -18.000 0.063 NA   NA
 7085388 7085389 Bphy_0521 Bphy_0522     TRUE 0.700 41.000 0.040 1.000 N NA
 7085389 7085390 Bphy_0522 Bphy_0523   xerD TRUE 0.994 -3.000 0.046 1.000 Y NA
 7085392 7085393 Bphy_0525 Bphy_0526     FALSE 0.262 158.000 0.061 NA   NA
 7085399 7085400 Bphy_0532 Bphy_0533     TRUE 0.976 -3.000 0.069 NA   NA
 7085401 7085402 Bphy_0534 Bphy_0535   adk FALSE 0.020 228.000 0.000 1.000 N NA
 7085402 7085403 Bphy_0535 Bphy_0536 adk   FALSE 0.043 262.000 0.056 1.000 N NA
 7085403 7085404 Bphy_0536 Bphy_0537     TRUE 0.634 132.000 0.265 NA   NA
 7085404 7085405 Bphy_0537 Bphy_0538     TRUE 0.985 -19.000 0.263 NA   NA
 7085406 7085407 Bphy_0539 Bphy_0540 xseA   FALSE 0.083 208.000 0.037 1.000 N NA
 7085408 7085409 Bphy_0541 Bphy_0542     FALSE 0.261 88.000 0.000 NA   NA
 7085413 7085414 Bphy_0546 Bphy_0547     FALSE 0.008 271.000 0.000 NA N NA
 7085414 7085415 Bphy_0547 Bphy_0548     FALSE 0.165 116.000 0.000 1.000 N NA
 7085420 7085421 Bphy_0553 Bphy_0554     FALSE 0.367 55.000 0.000 NA   NA
 7085422 7085423 Bphy_0555 Bphy_0556     TRUE 0.977 -3.000 0.067 1.000   NA
 7085423 7085424 Bphy_0556 Bphy_0557     TRUE 0.999 -3.000 0.833 0.083 Y NA
 7085424 7085425 Bphy_0557 Bphy_0558     TRUE 0.992 30.000 0.833 0.083 Y NA
 7085425 7085426 Bphy_0558 Bphy_0559     FALSE 0.012 259.000 0.000 1.000 N NA
 7085426 7085427 Bphy_0559 Bphy_0560     TRUE 0.784 29.000 0.042 1.000 N NA
 7085427 7085428 Bphy_0560 Bphy_0561     FALSE 0.064 217.000 0.028 1.000 N NA
 7085428 7085429 Bphy_0561 Bphy_0562     FALSE 0.025 268.000 0.010 NA   NA
 7085432 7085433 Bphy_0565 Bphy_0566     FALSE 0.002 559.000 0.000 NA   NA
 7085435 7085436 Bphy_0568 Bphy_0569 clpS   TRUE 0.995 -3.000 0.596 NA   NA
 7085437 7085438 Bphy_0570 Bphy_0571     FALSE 0.447 65.000 0.009 NA N NA
 7085438 7085439 Bphy_0571 Bphy_0572     FALSE 0.409 74.000 0.008 NA N NA
 7085439 7085440 Bphy_0572 Bphy_0573   lspA FALSE 0.212 150.000 0.024 1.000 N NA
 7085440 7085441 Bphy_0573 Bphy_0574 lspA ileS TRUE 0.966 0.000 0.071 1.000 N NA
 7085441 7085442 Bphy_0574 Bphy_0575 ileS   FALSE 0.324 188.000 0.254 1.000 N NA
 7085443 7085444 Bphy_0576 Bphy_0577     TRUE 0.978 -3.000 0.099 NA N NA
 7085444 7085445 Bphy_0577 Bphy_0578     TRUE 0.594 87.000 0.069 NA   NA
 7085445 7085446 Bphy_0578 Bphy_0579     FALSE 0.141 201.000 0.078 NA   NA
 7085446 7085447 Bphy_0579 Bphy_0580     FALSE 0.254 132.000 0.013 1.000 N NA
 7085447 7085448 Bphy_0580 Bphy_0581     TRUE 0.997 0.000 0.198 0.002 Y NA
 7085449 7085450 Bphy_0582 Bphy_0583   rpmG FALSE 0.036 245.000 0.019 1.000 N NA
 7085450 7085451 Bphy_0583 Bphy_0584 rpmG rpmB TRUE 0.994 11.000 0.332 0.008 Y NA
 7085451 7085452 Bphy_0584 Bphy_0585 rpmB radC FALSE 0.012 259.000 0.000 1.000 N NA
 7085453 7085454 Bphy_0586 Bphy_0587   ispH TRUE 0.990 3.000 0.626 1.000 N NA
 7085454 7085455 Bphy_0587 Bphy_0588 ispH   FALSE 0.002 539.000 0.000 1.000 N NA
 7085455 7085456 Bphy_0588 Bphy_0589     FALSE 0.169 228.000 0.000 1.000 Y NA
 7085456 7085457 Bphy_0589 Bphy_0590     TRUE 0.988 28.000 0.400 0.083 Y NA
 7085457 7085458 Bphy_0590 Bphy_0591     TRUE 0.969 23.000 0.091 1.000 Y NA
 7085458 7085459 Bphy_0591 Bphy_0592     TRUE 0.996 0.000 0.152 0.024 Y NA
 7085460 7085461 Bphy_0593 Bphy_0594   argD TRUE 0.982 -3.000 0.099 1.000   NA
 7085465 7085466 Bphy_0598 Bphy_0599     FALSE 0.364 166.000 0.160 NA   NA
 7085466 7085467 Bphy_0599 Bphy_0600     FALSE 0.007 313.000 0.000 NA   NA
 7085469 7085470 Bphy_R0026 Bphy_0602     FALSE 0.211 105.000 0.000 NA   NA
 7085471 7085472 Bphy_0603 Bphy_0604     FALSE 0.506 90.000 0.040 NA   NA
 7085472 7085473 Bphy_0604 Bphy_0605     TRUE 0.733 74.000 0.140 NA   NA
 7085474 7085475 Bphy_0606 Bphy_R0027 trmB   FALSE 0.034 204.000 0.000 NA   NA
 7085475 7085476 Bphy_R0027 Bphy_0607     FALSE 0.290 79.000 0.000 NA   NA
 7085476 7085477 Bphy_0607 Bphy_0608     FALSE 0.229 137.000 0.005 NA   NA
 7085477 7085478 Bphy_0608 Bphy_0609     FALSE 0.029 213.000 0.000 NA   NA
 7085482 7085483 Bphy_0613 Bphy_0614     FALSE 0.522 76.000 0.042 NA N NA
 7085485 7085486 Bphy_0616 Bphy_0617   nusB FALSE 0.365 124.000 0.042 1.000 N NA
 7085486 7085487 Bphy_0617 Bphy_0618 nusB ribH TRUE 0.992 -3.000 0.347 1.000 N NA
 7085487 7085488 Bphy_0618 Bphy_0619 ribH   TRUE 0.900 90.000 0.051 0.001 Y NA
 7085488 7085489 Bphy_0619 Bphy_0620     TRUE 0.749 115.000 0.021 1.000 Y NA
 7085489 7085490 Bphy_0620 Bphy_0621     TRUE 0.987 25.000 0.456 1.000 Y NA
 7085490 7085491 Bphy_0621 Bphy_0622     TRUE 0.917 40.000 0.017 1.000 Y NA
 7085491 7085492 Bphy_0622 Bphy_0623     FALSE 0.081 211.000 0.034 NA   NA
 7085494 7085495 Bphy_0625 Bphy_0626     TRUE 0.993 -22.000 0.117 1.000 Y NA
 7085495 7085496 Bphy_0626 Bphy_0627     TRUE 0.649 148.000 0.046 1.000 Y NA
 7085497 7085498 Bphy_0628 Bphy_0629     TRUE 0.825 152.000 0.224 0.082 Y NA
 7085498 7085499 Bphy_0629 Bphy_0630     TRUE 0.999 -10.000 0.816 0.082 Y NA
 7085499 7085500 Bphy_0630 Bphy_0631     TRUE 0.952 119.000 0.723 0.082 Y NA
 7085501 7085502 Bphy_0632 Bphy_0633     TRUE 0.957 16.000 0.281 NA   NA
 7085502 7085503 Bphy_0633 Bphy_0634     FALSE 0.175 178.000 0.053 NA   NA
 7085504 7085505 Bphy_0635 Bphy_0636   lolA TRUE 0.846 37.000 0.130 1.000 N NA
 7085507 7085508 Bphy_0638 Bphy_0639     FALSE 0.010 274.000 0.000 1.000 N NA
 7085510 7085511 Bphy_0641 Bphy_0642     TRUE 0.656 94.000 0.078 0.097 N NA
 7085511 7085512 Bphy_0642 Bphy_R0028     FALSE 0.098 152.000 0.000 NA   NA
 7085512 7085513 Bphy_R0028 Bphy_0643     FALSE 0.009 292.000 0.000 NA   NA
 7085513 7085514 Bphy_0643 Bphy_0644     FALSE 0.003 428.000 0.000 NA   NA
 7085514 7085515 Bphy_0644 Bphy_0645     TRUE 0.999 -3.000 0.600 0.030 Y NA
 7085515 7085516 Bphy_0645 Bphy_0646     TRUE 0.959 63.000 0.214 0.025 Y NA
 7085516 7085517 Bphy_0646 Bphy_0647     FALSE 0.102 231.000 0.111 1.000 N NA
 7085517 7085518 Bphy_0647 Bphy_0648     TRUE 0.940 50.000 0.833 1.000 N NA
 7085518 7085519 Bphy_0648 Bphy_0649     TRUE 0.993 2.000 0.600 0.082 N NA
 7085519 7085520 Bphy_0649 Bphy_0650     TRUE 0.960 -3.000 0.021 NA   NA
 7085520 7085521 Bphy_0650 Bphy_0651     TRUE 0.965 -3.000 0.032 NA   NA
 7085521 7085522 Bphy_0651 Bphy_0652     TRUE 0.958 -3.000 0.016 NA   NA
 7085522 7085523 Bphy_0652 Bphy_0653     FALSE 0.003 427.000 0.000 NA   NA
 7085523 7085524 Bphy_0653 Bphy_0654     FALSE 0.085 223.000 0.051 1.000   NA
 7085524 7085525 Bphy_0654 Bphy_0655     FALSE 0.089 202.000 0.021 1.000   NA
 7085525 7085526 Bphy_0655 Bphy_0656     TRUE 0.947 90.000 0.466 1.000 Y NA
 7085526 7085527 Bphy_0656 Bphy_0657     TRUE 0.992 16.000 0.618 NA Y NA
 7085527 7085528 Bphy_0657 Bphy_0658     FALSE 0.026 262.000 0.010 NA   NA
 7085528 7085529 Bphy_0658 Bphy_0659     FALSE 0.167 123.000 0.000 NA   NA
 7085532 7085533 Bphy_0662 Bphy_0663     FALSE 0.076 233.000 0.066 NA   NA
 7085533 7085534 Bphy_0663 Bphy_0664     FALSE 0.006 523.000 0.022 1.000   NA
 7085534 7085535 Bphy_0664 Bphy_R0029     FALSE 0.085 159.000 0.000 NA   NA
 7085535 7085536 Bphy_R0029 Bphy_0665     FALSE 0.355 58.000 0.000 NA   NA
 7085536 7085537 Bphy_0665 Bphy_0666     TRUE 0.988 -3.000 0.218 1.000 N NA
 7085537 7085538 Bphy_0666 Bphy_0667   rph TRUE 0.988 -7.000 0.262 1.000 N NA
 7085539 7085540 Bphy_0668 Bphy_0669   gmk TRUE 0.954 17.000 0.276 NA   NA
 7085540 7085541 Bphy_0669 Bphy_0670 gmk   TRUE 0.884 63.000 0.471 1.000 N NA
 7085541 7085542 Bphy_0670 Bphy_0671     TRUE 0.942 76.000 0.291 1.000 Y NA
 7085542 7085543 Bphy_0671 Bphy_0672     FALSE 0.426 86.000 0.009 NA   NA
 7085544 7085545 Bphy_R0030 Bphy_R0031     FALSE 0.249 92.000 0.000 NA   NA
 7085547 7085548 Bphy_0674 Bphy_0675     FALSE 0.002 524.000 0.000 NA   NA
 7085549 7085550 Bphy_0676 Bphy_0677     FALSE 0.103 320.000 0.357 0.071 N NA
 7085551 7085552 Bphy_0678 Bphy_0679     FALSE 0.008 303.000 0.000 NA   NA
 7085553 7085554 Bphy_0680 Bphy_0681     FALSE 0.003 411.000 0.000 NA   NA
 7085556 7085557 Bphy_0683 Bphy_0684     TRUE 0.995 -7.000 0.800 1.000 N NA
 7085558 7085559 Bphy_R0032 Bphy_0685     FALSE 0.283 82.000 0.000 NA   NA
 7085559 7085560 Bphy_0685 Bphy_0686   pepN FALSE 0.032 302.000 0.071 1.000 N NA
 7085563 7085564 Bphy_0689 Bphy_0690     TRUE 0.993 -16.000 0.636 NA   NA
 7085564 7085565 Bphy_0690 Bphy_0691     TRUE 0.969 -19.000 0.075 1.000   NA
 7085565 7085566 Bphy_0691 Bphy_0692     TRUE 0.986 -3.000 0.052 0.002   NA
 7085566 7085567 Bphy_0692 Bphy_0693     TRUE 0.990 0.000 0.422 NA   NA
 7085567 7085568 Bphy_0693 Bphy_0694     TRUE 0.996 -3.000 0.758 NA   NA
 7085568 7085569 Bphy_0694 Bphy_0695     TRUE 0.980 -3.000 0.094 NA   NA
 7085569 7085570 Bphy_0695 Bphy_0696     TRUE 0.989 -13.000 0.333 NA   NA
 7085570 7085571 Bphy_0696 Bphy_0697     TRUE 0.991 -7.000 0.413 NA   NA
 7085571 7085572 Bphy_0697 Bphy_0698     TRUE 0.951 -12.000 0.028 NA   NA
 7085572 7085573 Bphy_0698 Bphy_0699     TRUE 0.971 -3.000 0.049 NA   NA
 7085573 7085574 Bphy_0699 Bphy_0700     TRUE 0.979 -3.000 0.083 NA   NA
 7085574 7085575 Bphy_0700 Bphy_0701     TRUE 0.959 35.000 0.128 NA Y NA
 7085575 7085576 Bphy_0701 Bphy_0702     TRUE 0.995 -3.000 0.103 NA Y NA
 7085576 7085577 Bphy_0702 Bphy_0703     TRUE 0.997 0.000 0.486 1.000 Y NA
 7085577 7085578 Bphy_0703 Bphy_0704     TRUE 0.995 -3.000 0.025 0.022 Y NA
 7085578 7085579 Bphy_0704 Bphy_0705     TRUE 0.659 44.000 0.025 NA   NA
 7085579 7085580 Bphy_0705 Bphy_0706     TRUE 0.937 28.000 0.312 NA   NA
 7085583 7085584 Bphy_0709 Bphy_0710     TRUE 0.957 30.000 0.070 1.000 Y NA
 7085584 7085585 Bphy_0710 Bphy_0711     TRUE 0.592 105.000 0.133 NA N NA
 7085585 7085586 Bphy_0711 Bphy_0712     FALSE 0.453 94.000 0.041 NA N NA
 7085586 7085587 Bphy_0712 Bphy_0713     TRUE 0.995 0.000 0.064 0.001 Y NA
 7085587 7085588 Bphy_0713 Bphy_0714     FALSE 0.007 410.000 0.000 0.072 N NA
 7085588 7085589 Bphy_0714 Bphy_0715     TRUE 0.747 106.000 0.326 1.000 N NA
 7085590 7085591 Bphy_0716 Bphy_0717     FALSE 0.246 157.000 0.041 1.000   NA
 7085591 7085592 Bphy_0717 Bphy_0718     FALSE 0.036 277.000 0.054 NA   NA
 7085593 7085594 Bphy_0719 Bphy_0720     FALSE 0.215 159.000 0.038 NA   NA
 7085597 7085598 Bphy_0723 Bphy_0724     TRUE 0.966 -3.000 0.040 1.000 N NA
 7085598 7085599 Bphy_0724 Bphy_0725     FALSE 0.444 110.000 0.053 1.000 N NA
 7085600 7085601 Bphy_0726 Bphy_0727     TRUE 0.956 22.000 0.175 0.002   NA
 7085601 7085602 Bphy_0727 Bphy_0728     TRUE 0.973 15.000 0.466 1.000   NA
 7085602 7085603 Bphy_0728 Bphy_0729     TRUE 0.999 -3.000 0.870 0.009 Y NA
 7085604 7085605 Bphy_0730 Bphy_0731     TRUE 0.691 144.000 0.519 NA   NA
 7085608 7085609 Bphy_0734 Bphy_R0001     FALSE 0.030 211.000 0.000 NA   NA
 7085609 7085610 Bphy_R0001 Bphy_0735     FALSE 0.208 106.000 0.000 NA   NA
 7085610 7085611 Bphy_0735 Bphy_0736     TRUE 0.908 38.000 0.259 1.000   NA
 7085611 7085612 Bphy_0736 Bphy_0737     FALSE 0.116 207.000 0.071 1.000 N NA
 7085613 7085614 Bphy_0738 Bphy_0739     FALSE 0.363 117.000 0.025 NA   NA
 7085614 7085615 Bphy_0739 Bphy_0740     FALSE 0.087 213.000 0.044 NA   NA
 7085615 7085616 Bphy_0740 Bphy_0741     TRUE 0.910 73.000 0.121 1.000 Y NA
 7085616 7085617 Bphy_0741 Bphy_0742     TRUE 0.896 79.000 0.098 1.000 Y NA
 7085617 7085618 Bphy_0742 Bphy_0743     TRUE 0.991 9.000 0.198 1.000 Y NA
 7085618 7085619 Bphy_0743 Bphy_0744     TRUE 0.973 20.000 0.100 1.000 Y NA
 7085619 7085620 Bphy_0744 Bphy_0745   cmk TRUE 0.844 49.000 0.209 1.000 N NA
 7085620 7085621 Bphy_0745 Bphy_0746 cmk rpsA TRUE 0.702 114.000 0.281 1.000 N NA
 7085621 7085622 Bphy_0746 Bphy_0747 rpsA ihfB TRUE 0.942 23.000 0.292 1.000 N NA
 7085622 7085623 Bphy_0747 Bphy_0748 ihfB   FALSE 0.035 332.000 0.129 NA   NA
 7085623 7085624 Bphy_0748 Bphy_0749     TRUE 0.836 57.000 0.229 NA   NA
 7085624 7085625 Bphy_0749 Bphy_0750     TRUE 0.765 91.000 0.259 1.000 N NA
 7085625 7085626 Bphy_0750 Bphy_0751     TRUE 0.992 -7.000 0.043 1.000 Y NA
 7085626 7085627 Bphy_0751 Bphy_0752     TRUE 0.922 82.000 0.191 1.000 Y NA
 7085627 7085628 Bphy_0752 Bphy_0753     TRUE 0.618 77.000 0.056 1.000   NA
 7085628 7085629 Bphy_0753 Bphy_0754   cysM FALSE 0.018 305.000 0.006 1.000   NA
 7085631 7085632 Bphy_0756 Bphy_0757     TRUE 0.866 33.000 0.145 NA N NA
 7085634 7085635 Bphy_0759 Bphy_0760     TRUE 0.999 -10.000 0.914 1.000 Y NA
 7085635 7085636 Bphy_0760 Bphy_0761     TRUE 0.983 29.000 0.400 NA Y NA
 7085636 7085637 Bphy_0761 Bphy_0762     FALSE 0.012 244.000 0.000 NA N NA
 7085637 7085638 Bphy_0762 Bphy_0763     TRUE 0.946 28.000 0.000 0.021 Y NA
 7085638 7085639 Bphy_0763 Bphy_0764     FALSE 0.401 103.000 0.000 0.016 N NA
 7085641 7085642 Bphy_0766 Bphy_0767     FALSE 0.482 105.000 0.060 1.000 N NA
 7085644 7085645 Bphy_0769 Bphy_0770 rpsP rimM TRUE 0.951 97.000 0.342 0.008 Y NA
 7085645 7085646 Bphy_0770 Bphy_0771 rimM trmD TRUE 0.990 25.000 0.672 1.000 Y NA
 7085646 7085647 Bphy_0771 Bphy_0772 trmD rplS TRUE 0.885 145.000 0.567 1.000 Y NA
 7085647 7085648 Bphy_0772 Bphy_0773 rplS   FALSE 0.482 94.000 0.027 1.000   NA
 7085648 7085649 Bphy_0773 Bphy_0774     FALSE 0.471 164.000 0.254 1.000   NA
 7085650 7085651 Bphy_0775 Bphy_0776     TRUE 0.895 5.000 0.004 NA   NA
 7085651 7085652 Bphy_0776 Bphy_0777     TRUE 0.972 -3.000 0.046 1.000   NA
 7085654 7085655 Bphy_0779 Bphy_0780 mogA   TRUE 0.974 -19.000 0.117 NA   NA
 7085657 7085658 Bphy_0782 Bphy_0783     FALSE 0.221 140.000 0.012 1.000 N NA
 7085658 7085659 Bphy_0783 Bphy_0784     TRUE 0.894 25.000 0.125 NA   NA
 7085659 7085660 Bphy_0784 Bphy_0785     FALSE 0.203 108.000 0.000 NA   NA
 7085660 7085661 Bphy_0785 Bphy_0786     FALSE 0.002 607.000 0.000 NA   NA
 7085662 7085663 Bphy_0787 Bphy_0788   thyA FALSE 0.043 229.000 0.013 1.000 N NA
 7085664 7085665 Bphy_0789 Bphy_0790     FALSE 0.462 151.000 0.182 NA   NA
 7085666 7085667 Bphy_0791 Bphy_0792     FALSE 0.140 134.000 0.000 NA   NA
 7085667 7085668 Bphy_0792 Bphy_0793     TRUE 0.908 32.000 0.250 NA N NA
 7085668 7085669 Bphy_0793 Bphy_0794     FALSE 0.400 84.000 0.013 NA N NA
 7085670 7085671 Bphy_0795 Bphy_0796 fumC   FALSE 0.237 88.000 0.000 1.000 N NA
 7085671 7085672 Bphy_0796 Bphy_0797     FALSE 0.003 410.000 0.000 1.000 N NA
 7085672 7085673 Bphy_0797 Bphy_0798     FALSE 0.085 211.000 0.029 1.000   NA
 7085674 7085675 Bphy_0799 Bphy_0800     TRUE 0.838 66.000 0.286 NA   NA
 7085675 7085676 Bphy_0800 Bphy_0801     FALSE 0.174 120.000 0.000 NA   NA
 7085677 7085678 Bphy_0802 Bphy_0803     FALSE 0.067 230.000 0.048 NA   NA
 7085678 7085679 Bphy_0803 Bphy_0804     TRUE 0.990 -3.000 0.254 NA   NA
 7085679 7085680 Bphy_0804 Bphy_0805     TRUE 0.719 113.000 0.333 NA N NA
 7085680 7085681 Bphy_0805 Bphy_0806     TRUE 0.730 43.000 0.054 NA   NA
 7085681 7085682 Bphy_0806 Bphy_R0033     FALSE 0.105 149.000 0.000 NA   NA
 7085682 7085683 Bphy_R0033 Bphy_R0034     FALSE 0.332 64.000 0.000 NA   NA
 7085683 7085684 Bphy_R0034 Bphy_0807     FALSE 0.195 111.000 0.000 NA   NA
 7085685 7085686 Bphy_0808 Bphy_0809     FALSE 0.117 210.000 0.063 1.000   NA
 7085686 7085687 Bphy_0809 Bphy_0810     TRUE 0.956 11.000 0.170 NA   NA
 7085687 7085688 Bphy_0810 Bphy_0811     TRUE 0.848 55.000 0.283 NA N NA
 7085688 7085689 Bphy_0811 Bphy_0812     TRUE 0.973 -3.000 0.058 NA   NA
 7085690 7085691 Bphy_0813 Bphy_0814     TRUE 0.990 0.000 0.389 NA   NA
 7085691 7085692 Bphy_0814 Bphy_0815     TRUE 0.805 54.000 0.156 NA   NA
 7085692 7085693 Bphy_0815 Bphy_0816   mobA TRUE 0.927 82.000 0.089 0.002 Y NA
 7085693 7085694 Bphy_0816 Bphy_0817 mobA moaA TRUE 0.984 16.000 0.075 0.002 Y NA
 7085694 7085695 Bphy_0817 Bphy_0818 moaA   FALSE 0.130 187.000 0.042 1.000 N NA
 7085696 7085697 Bphy_0819 Bphy_0820     TRUE 0.990 -19.000 0.389 1.000   NA
 7085697 7085698 Bphy_0820 Bphy_0821     TRUE 0.988 -3.000 0.199 NA   NA
 7085698 7085699 Bphy_0821 Bphy_0822     TRUE 0.848 46.000 0.218 NA N NA
 7085700 7085701 Bphy_0823 Bphy_0824     TRUE 0.982 -3.000 0.107 NA   NA
 7085702 7085703 Bphy_0825 Bphy_0826     TRUE 0.812 114.000 0.599 NA   NA
 7085703 7085704 Bphy_0826 Bphy_0827     TRUE 0.679 137.000 0.418 1.000 N NA
 7085704 7085705 Bphy_0827 Bphy_0828     TRUE 0.998 0.000 0.380 0.003 Y NA
 7085705 7085706 Bphy_0828 Bphy_0829     TRUE 0.935 94.000 0.182 0.003 Y NA
 7085706 7085707 Bphy_0829 Bphy_0830   fabG TRUE 0.973 66.000 0.432 0.003 Y NA
 7085707 7085708 Bphy_0830 Bphy_0831 fabG acpP TRUE 0.883 148.000 0.321 0.003 Y NA
 7085708 7085709 Bphy_0831 Bphy_0832 acpP   FALSE 0.260 306.000 0.346 1.000 Y NA
 7085709 7085710 Bphy_0832 Bphy_0833     FALSE 0.385 113.000 0.028 NA   NA
 7085710 7085711 Bphy_0833 Bphy_0834     FALSE 0.385 133.000 0.062 NA   NA
 7085711 7085712 Bphy_0834 Bphy_0835     TRUE 0.880 85.000 0.705 NA N NA
 7085712 7085713 Bphy_0835 Bphy_0836     TRUE 0.997 5.000 0.856 NA Y NA
 7085713 7085714 Bphy_0836 Bphy_0837     TRUE 0.932 20.000 0.218 NA N NA
 7085714 7085715 Bphy_0837 Bphy_0838     TRUE 0.977 -3.000 0.072 NA   NA
 7085715 7085716 Bphy_0838 Bphy_0839     FALSE 0.146 165.000 0.010 NA   NA
 7085716 7085717 Bphy_0839 Bphy_0840     TRUE 0.926 21.000 0.187 1.000 N NA
 7085717 7085718 Bphy_0840 Bphy_0841     FALSE 0.369 152.000 0.117 1.000 N NA
 7085718 7085719 Bphy_0841 Bphy_0842   era TRUE 0.630 101.000 0.058 0.066   NA
 7085719 7085720 Bphy_0842 Bphy_0843 era recO TRUE 0.963 -13.000 0.049 1.000   NA
 7085720 7085721 Bphy_0843 Bphy_0844 recO   TRUE 0.986 -3.000 0.166 1.000 N NA
 7085721 7085722 Bphy_0844 Bphy_0845   acpS TRUE 0.943 24.000 0.326 1.000 N NA
 7085722 7085723 Bphy_0845 Bphy_0846 acpS   TRUE 0.665 68.000 0.081 1.000 N NA
 7085724 7085725 Bphy_0847 Bphy_0848     FALSE 0.468 124.000 0.080 NA   NA
 7085725 7085726 Bphy_0848 Bphy_0849     FALSE 0.008 303.000 0.000 NA   NA
 7085726 7085727 Bphy_0849 Bphy_0850     FALSE 0.026 329.000 0.074 NA   NA
 7085728 7085729 Bphy_0851 Bphy_0852 uvrC   FALSE 0.550 141.000 0.227 1.000 N NA
 7085731 7085732 Bphy_R0035 Bphy_R0036     FALSE 0.309 70.000 0.000 NA   NA
 7085732 7085733 Bphy_R0036 Bphy_R0037     FALSE 0.096 153.000 0.000 NA   NA
 7085733 7085734 Bphy_R0037 Bphy_0854     FALSE 0.312 69.000 0.000 NA   NA
 7085735 7085736 Bphy_0855 Bphy_0856     TRUE 0.813 53.000 0.167 NA   NA
 7085736 7085737 Bphy_0856 Bphy_0857     TRUE 0.932 18.000 0.167 NA   NA
 7085738 7085739 Bphy_0858 Bphy_0859     TRUE 0.950 53.000 0.079 0.001 Y NA
 7085741 7085742 Bphy_0861 Bphy_0862     FALSE 0.019 239.000 0.000 NA   NA
 7085742 7085743 Bphy_0862 Bphy_0863     TRUE 0.670 79.000 0.096 NA   NA
 7085744 7085745 Bphy_0864 Bphy_0865     TRUE 0.971 -3.000 0.049 NA   NA
 7085745 7085746 Bphy_0865 Bphy_0866     TRUE 0.982 -3.000 0.114 NA   NA
 7085746 7085747 Bphy_0866 Bphy_R0038     FALSE 0.012 270.000 0.000 NA   NA
 7085747 7085748 Bphy_R0038 Bphy_0867     FALSE 0.390 50.000 0.000 NA   NA
 7085748 7085749 Bphy_0867 Bphy_0868     TRUE 0.940 69.000 0.248 1.000 Y NA
 7085749 7085750 Bphy_0868 Bphy_0869     TRUE 0.956 -3.000 0.005 1.000   NA
 7085751 7085752 Bphy_0870 Bphy_0871     FALSE 0.498 156.000 0.233 1.000   NA
 7085752 7085753 Bphy_0871 Bphy_0872     FALSE 0.060 249.000 0.067 NA   NA
 7085753 7085754 Bphy_0872 Bphy_0873     FALSE 0.002 453.000 0.000 NA N NA
 7085754 7085755 Bphy_0873 Bphy_0874   carB TRUE 0.935 122.000 0.345 0.000 Y NA
 7085755 7085756 Bphy_0874 Bphy_0875 carB greA FALSE 0.491 153.000 0.241 1.000 N NA
 7085756 7085757 Bphy_0875 Bphy_0876 greA   TRUE 0.891 20.000 0.089 NA   NA
 7085759 7085760 Bphy_0878 Bphy_0879     FALSE 0.181 187.000 0.095 NA N NA
 7085760 7085761 Bphy_0879 Bphy_0880     FALSE 0.434 173.000 0.325 1.000 N NA
 7085761 7085762 Bphy_0880 Bphy_0881     TRUE 0.924 29.000 0.260 1.000 N NA
 7085762 7085763 Bphy_0881 Bphy_0882     FALSE 0.004 356.000 0.000 1.000 N NA
 7085763 7085764 Bphy_0882 Bphy_0883   pstC TRUE 0.711 150.000 0.020 0.001 Y NA
 7085764 7085765 Bphy_0883 Bphy_0884 pstC pstA TRUE 0.999 -3.000 0.537 0.001 Y NA
 7085765 7085766 Bphy_0884 Bphy_0885 pstA   TRUE 0.995 16.000 0.526 0.001 Y NA
 7085766 7085767 Bphy_0885 Bphy_0886     TRUE 0.975 35.000 0.317 NA Y NA
 7085767 7085768 Bphy_0886 Bphy_0887     TRUE 0.696 64.000 0.104 NA N NA
 7085768 7085769 Bphy_0887 Bphy_0888     TRUE 0.940 97.000 0.453 1.000 Y NA
 7085772 7085773 Bphy_0891 Bphy_0892     FALSE 0.225 177.000 0.085 NA   NA
 7085773 7085774 Bphy_0892 Bphy_R0039     FALSE 0.024 223.000 0.000 NA   NA
 7085774 7085775 Bphy_R0039 Bphy_0893     FALSE 0.198 110.000 0.000 NA   NA
 7085775 7085776 Bphy_0893 Bphy_0894     FALSE 0.006 343.000 0.000 NA   NA
 7085778 7085779 Bphy_0896 Bphy_0897     TRUE 0.969 -3.000 0.042 NA   NA
 7085779 7085780 Bphy_0897 Bphy_0898     FALSE 0.002 612.000 0.000 NA   NA
 7085780 7085781 Bphy_0898 Bphy_0899     FALSE 0.217 189.000 0.118 NA   NA
 7085781 7085782 Bphy_0899 Bphy_0900     TRUE 0.712 117.000 0.320 1.000 N NA
 7085783 7085784 Bphy_0901 Bphy_0902     FALSE 0.029 213.000 0.000 NA   NA
 7085784 7085785 Bphy_0902 Bphy_R0040     FALSE 0.133 137.000 0.000 NA   NA
 7085787 7085788 Bphy_0904 Bphy_0905     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7085789 7085790 Bphy_0906 Bphy_0907     FALSE 0.227 134.000 0.006 1.000 N NA
 7085790 7085791 Bphy_0907 Bphy_0908     FALSE 0.362 56.000 0.000 NA   NA
 7085792 7085793 Bphy_0909 Bphy_0910     TRUE 0.998 -10.000 0.659 NA Y NA
 7085793 7085794 Bphy_0910 Bphy_0911   rpsF FALSE 0.036 224.000 0.002 NA N NA
 7085794 7085795 Bphy_0911 Bphy_0912 rpsF   TRUE 0.727 66.000 0.122 1.000 N NA
 7085795 7085796 Bphy_0912 Bphy_0913   rpsR TRUE 0.969 3.000 0.128 1.000 N NA
 7085796 7085797 Bphy_0913 Bphy_0914 rpsR   TRUE 0.990 28.000 0.499 0.008 Y NA
 7085797 7085798 Bphy_0914 Bphy_0915     FALSE 0.220 172.000 0.074 1.000 N NA
 7085798 7085799 Bphy_0915 Bphy_0916     FALSE 0.320 149.000 0.085 NA N NA
 7085799 7085800 Bphy_0916 Bphy_0917     TRUE 0.997 0.000 0.396 NA Y NA
 7085801 7085802 Bphy_0918 Bphy_0919     TRUE 0.598 142.000 0.333 NA N NA
 7085802 7085803 Bphy_0919 Bphy_0920     FALSE 0.011 251.000 0.000 NA N NA
 7085803 7085804 Bphy_0920 Bphy_0921     FALSE 0.014 366.000 0.050 1.000 N NA
 7085804 7085805 Bphy_0921 Bphy_0922     FALSE 0.052 227.000 0.023 1.000 N NA
 7085805 7085806 Bphy_0922 Bphy_0923     TRUE 0.992 13.000 0.447 1.000 Y NA
 7085806 7085807 Bphy_0923 Bphy_0924     TRUE 0.989 -3.000 0.227 1.000 N NA
 7085807 7085808 Bphy_0924 Bphy_0925     TRUE 0.993 -3.000 0.473 NA N NA
 7085808 7085809 Bphy_0925 Bphy_0926     TRUE 0.987 19.000 0.351 NA Y NA
 7085809 7085810 Bphy_0926 Bphy_0927     FALSE 0.012 257.000 0.000 1.000 N NA
 7085810 7085811 Bphy_0927 Bphy_0928     TRUE 0.848 -25.000 0.000 1.000 N NA
 7085811 7085812 Bphy_0928 Bphy_0929     FALSE 0.014 395.000 0.060 NA   NA
 7085813 7085814 Bphy_0930 Bphy_0931     TRUE 0.921 59.000 0.102 1.000 Y NA
 7085814 7085815 Bphy_0931 Bphy_0932     TRUE 0.965 31.000 0.125 1.000 Y NA
 7085815 7085816 Bphy_0932 Bphy_0933     FALSE 0.022 273.000 0.011 1.000 N NA
 7085816 7085817 Bphy_0933 Bphy_0934     TRUE 0.943 64.000 0.095 0.002 Y NA
 7085817 7085818 Bphy_0934 Bphy_0935     TRUE 0.990 33.000 0.501 0.002 Y NA
 7085820 7085821 Bphy_0937 Bphy_0938     FALSE 0.019 276.000 0.011 NA N NA
 7085822 7085823 Bphy_0939 Bphy_0940     TRUE 0.754 132.000 0.571 NA   NA
 7085823 7085824 Bphy_0940 Bphy_0941     FALSE 0.028 226.000 0.000 1.000   NA
 7085824 7085825 Bphy_0941 Bphy_0942     TRUE 0.850 15.000 0.018 1.000   NA
 7085826 7085827 Bphy_0943 Bphy_0944     TRUE 0.988 -3.000 0.200 NA   NA
 7085828 7085829 Bphy_0945 Bphy_0946     TRUE 0.971 3.000 0.154 NA N NA
 7085829 7085830 Bphy_0946 Bphy_0947   rpmE2 FALSE 0.037 275.000 0.067 NA N NA
 7085830 7085831 Bphy_0947 Bphy_0948 rpmE2   FALSE 0.149 171.000 0.022 NA   NA
 7085831 7085832 Bphy_0948 Bphy_0949   rho FALSE 0.097 184.000 0.005 NA   NA
 7085832 7085833 Bphy_0949 Bphy_0950 rho   FALSE 0.046 289.000 0.087 1.000   NA
 7085834 7085835 Bphy_R0002 Bphy_0951 ffs   FALSE 0.057 179.000 0.000 NA   NA
 7085835 7085836 Bphy_0951 Bphy_0952     TRUE 0.853 78.000 0.411 NA   NA
 7085836 7085837 Bphy_0952 Bphy_0953   recR TRUE 0.757 134.000 0.604 NA   NA
 7085837 7085838 Bphy_0953 Bphy_0954 recR   FALSE 0.517 64.000 0.018 1.000 N NA
 7085838 7085839 Bphy_0954 Bphy_0955     TRUE 0.728 84.000 0.172 1.000 N NA
 7085839 7085840 Bphy_0955 Bphy_0956     TRUE 0.980 47.000 0.700 1.000 Y NA
 7085840 7085841 Bphy_0956 Bphy_0957     TRUE 0.998 2.000 0.875 1.000 Y NA
 7085843 7085844 Bphy_0959 Bphy_0960 surE   TRUE 0.993 -3.000 0.353 1.000   NA
 7085844 7085845 Bphy_0960 Bphy_0961     TRUE 0.911 6.000 0.028 1.000 N NA
 7085845 7085846 Bphy_0961 Bphy_0962     TRUE 0.907 17.000 0.101 1.000 N NA
 7085846 7085847 Bphy_0962 Bphy_0963     TRUE 0.950 7.000 0.101 1.000 N NA
 7085851 7085852 Bphy_0967 Bphy_0968     TRUE 0.987 -3.000 0.168 NA   NA
 7085852 7085853 Bphy_0968 Bphy_0969     FALSE 0.006 435.000 0.006 NA   NA
 7085853 7085854 Bphy_0969 Bphy_0970     TRUE 0.683 193.000 0.420 1.000 Y NA
 7085854 7085855 Bphy_0970 Bphy_0971     TRUE 0.783 174.000 0.491 1.000 Y NA
 7085855 7085856 Bphy_0971 Bphy_0972     FALSE 0.416 149.000 0.130 NA   NA
 7085856 7085857 Bphy_0972 Bphy_0973     FALSE 0.011 383.000 0.030 NA   NA
 7085857 7085858 Bphy_0973 Bphy_0974     TRUE 0.915 5.000 0.026 1.000 N NA
 7085858 7085859 Bphy_0974 Bphy_0975     FALSE 0.525 172.000 0.500 1.000 N NA
 7085859 7085860 Bphy_0975 Bphy_0976     TRUE 0.637 156.000 0.550 NA   NA
 7085860 7085861 Bphy_0976 Bphy_0977     TRUE 0.912 41.000 0.348 NA   NA
 7085863 7085864 Bphy_0979 Bphy_0980     FALSE 0.142 184.000 0.029 1.000   NA
 7085864 7085865 Bphy_0980 Bphy_0981     TRUE 0.865 68.000 0.371 1.000   NA
 7085865 7085866 Bphy_0981 Bphy_0982     TRUE 0.640 75.000 0.073 NA   NA
 7085868 7085869 Bphy_0984 Bphy_0985     FALSE 0.299 198.000 0.286 NA   NA
 7085870 7085871 Bphy_0986 Bphy_0987     TRUE 0.978 -3.000 0.081 NA   NA
 7085874 7085875 Bphy_0990 Bphy_0991     FALSE 0.545 174.000 0.068 1.000 Y NA
 7085875 7085876 Bphy_0991 Bphy_0992     TRUE 0.921 82.000 0.091 0.025 Y NA
 7085877 7085878 Bphy_0993 Bphy_0994 mscL   FALSE 0.080 189.000 0.005 1.000 N NA
 7085878 7085879 Bphy_0994 Bphy_0995     TRUE 0.960 67.000 0.441 1.000 Y NA
 7085879 7085880 Bphy_0995 Bphy_0996     TRUE 0.711 133.000 0.000 0.002 Y NA
 7085880 7085881 Bphy_0996 Bphy_0997     TRUE 0.797 5.000 0.000 1.000 N NA
 7085882 7085883 Bphy_0998 Bphy_0999 ispD ispF TRUE 0.956 70.000 0.419 1.000 Y NA
 7085884 7085885 Bphy_1000 Bphy_1001     TRUE 0.601 76.000 0.058 NA   NA
 7085885 7085886 Bphy_1001 Bphy_1002     FALSE 0.035 253.000 0.027 1.000 N NA
 7085886 7085887 Bphy_1002 Bphy_1003   ompR TRUE 0.963 44.000 0.241 1.000 Y NA
 7085888 7085889 Bphy_1004 Bphy_1005     FALSE 0.226 99.000 0.000 NA   NA
 7085892 7085893 Bphy_1007 Bphy_1008     FALSE 0.004 385.000 0.000 NA   NA
 7085893 7085894 Bphy_1008 Bphy_1009     TRUE 0.756 64.000 0.143 1.000 N NA
 7085895 7085896 Bphy_1010 Bphy_1011 tig clpP TRUE 0.715 183.000 0.351 1.000 Y NA
 7085896 7085897 Bphy_1011 Bphy_1012 clpP clpX TRUE 0.592 208.000 0.352 1.000 Y NA
 7085897 7085898 Bphy_1012 Bphy_1013 clpX   TRUE 0.692 184.000 0.201 0.095 Y NA
 7085898 7085899 Bphy_1013 Bphy_1014     FALSE 0.012 361.000 0.033 1.000 N NA
 7085899 7085900 Bphy_1014 Bphy_R0042     FALSE 0.312 69.000 0.000 NA   NA
 7085900 7085901 Bphy_R0042 Bphy_R0043     FALSE 0.445 42.000 0.000 NA   NA
 7085901 7085902 Bphy_R0043 Bphy_1015     FALSE 0.239 95.000 0.000 NA   NA
 7085903 7085904 Bphy_1016 Bphy_1017     FALSE 0.207 145.000 0.009 NA   NA
 7085906 7085907 Bphy_1019 Bphy_1020     FALSE 0.131 267.000 0.010 1.000 Y NA
 7085907 7085908 Bphy_1020 Bphy_1021     FALSE 0.529 112.000 0.022 0.005 N NA
 7085910 7085911 Bphy_1023 Bphy_1024     TRUE 0.878 11.000 0.037 NA N NA
 7085911 7085912 Bphy_1024 Bphy_1025     TRUE 0.970 2.000 0.133 NA N NA
 7085912 7085913 Bphy_1025 Bphy_1026     FALSE 0.019 237.000 0.000 NA   NA
 7085914 7085915 Bphy_1027 Bphy_1028     TRUE 0.608 178.000 0.139 1.000 Y NA
 7085915 7085916 Bphy_1028 Bphy_1029     TRUE 0.809 22.000 0.034 1.000 N NA
 7085916 7085917 Bphy_1029 Bphy_1030     FALSE 0.437 99.000 0.034 1.000 N NA
 7085923 7085924 Bphy_1036 Bphy_1037     TRUE 0.918 61.000 0.694 NA   NA
 7085924 7085925 Bphy_1037 Bphy_1038     TRUE 0.859 48.000 0.118 0.058   NA
 7085925 7085926 Bphy_1038 Bphy_1039     TRUE 0.764 86.000 0.125 0.088   NA
 7085927 7085928 Bphy_1040 Bphy_1041     FALSE 0.442 100.000 0.032 NA   NA
 7085929 7085930 Bphy_1042 Bphy_1043   tmk TRUE 0.984 0.000 0.209 NA   NA
 7085930 7085931 Bphy_1043 Bphy_1044 tmk   TRUE 0.720 96.000 0.211 1.000 N NA
 7085931 7085932 Bphy_1044 Bphy_1045     TRUE 0.926 54.000 0.110 NA Y NA
 7085932 7085933 Bphy_1045 Bphy_1046     TRUE 0.664 52.000 0.046 NA   NA
 7085933 7085934 Bphy_1046 Bphy_1047     TRUE 0.638 118.000 0.194 NA   NA
 7085934 7085935 Bphy_1047 Bphy_1048     FALSE 0.015 252.000 0.000 NA   NA
 7085935 7085936 Bphy_1048 Bphy_1049     TRUE 0.776 26.000 0.024 NA   NA
 7085936 7085937 Bphy_1049 Bphy_1050     FALSE 0.019 240.000 0.000 NA   NA
 7085938 7085939 Bphy_1051 Bphy_1052     FALSE 0.004 397.000 0.000 NA   NA
 7085939 7085940 Bphy_1052 Bphy_1053     FALSE 0.008 309.000 0.000 NA   NA
 7085941 7085942 Bphy_1054 Bphy_1055     FALSE 0.002 515.000 0.000 NA   NA
 7085944 7085945 Bphy_1057 Bphy_1058     TRUE 0.973 82.000 1.000 1.000 Y NA
 7085945 7085946 Bphy_1058 Bphy_1059     TRUE 0.940 38.000 0.560 1.000 N NA
 7085946 7085947 Bphy_1059 Bphy_1060     TRUE 0.994 -6.000 0.600 1.000 N NA
 7085947 7085948 Bphy_1060 Bphy_1061     TRUE 0.795 192.000 0.882 1.000 Y NA
 7085948 7085949 Bphy_1061 Bphy_1062     TRUE 0.894 66.000 0.556 NA   NA
 7085949 7085950 Bphy_1062 Bphy_1063     TRUE 0.994 -3.000 0.519 NA   NA
 7085950 7085951 Bphy_1063 Bphy_1064     TRUE 0.985 4.000 0.379 NA   NA
 7085951 7085952 Bphy_1064 Bphy_1065     TRUE 0.991 1.000 0.516 NA   NA
 7085952 7085953 Bphy_1065 Bphy_1066     TRUE 0.979 52.000 0.484 0.021 Y NA
 7085953 7085954 Bphy_1066 Bphy_1067     FALSE 0.008 326.000 0.000 1.000   NA
 7085954 7085955 Bphy_1067 Bphy_1068     TRUE 0.993 0.000 0.652 NA   NA
 7085956 7085957 Bphy_1069 Bphy_1070     TRUE 0.986 -3.000 0.143 1.000   NA
 7085957 7085958 Bphy_1070 Bphy_1071     TRUE 0.953 12.000 0.158 1.000   NA
 7085959 7085960 Bphy_1072 Bphy_1073     TRUE 0.962 20.000 0.400 1.000   NA
 7085960 7085961 Bphy_1073 Bphy_1074     TRUE 0.991 -3.000 0.267 1.000   NA
 7085963 7085964 Bphy_1076 Bphy_1077     FALSE 0.017 246.000 0.000 NA   NA
 7085965 7085966 Bphy_1078 Bphy_1079     TRUE 0.562 34.000 0.000 1.000   NA
 7085967 7085968 Bphy_1080 Bphy_1081     TRUE 0.741 37.000 0.030 1.000   NA
 7085968 7085969 Bphy_1081 Bphy_1082     FALSE 0.023 218.000 0.000 1.000 N NA
 7085969 7085970 Bphy_1082 Bphy_1083     FALSE 0.004 335.000 0.000 NA N NA
 7085970 7085971 Bphy_1083 Bphy_1084     FALSE 0.028 215.000 0.000 NA   NA
 7085972 7085973 Bphy_1085 Bphy_1086     FALSE 0.021 232.000 0.000 NA   NA
 7085973 7085974 Bphy_1086 Bphy_1087     FALSE 0.002 706.000 0.000 NA   NA
 7085975 7085976 Bphy_1088 Bphy_1089     FALSE 0.010 279.000 0.000 NA   NA
 7085976 7085977 Bphy_1089 Bphy_1090     TRUE 0.953 14.000 0.000 1.000 Y NA
 7085978 7085979 Bphy_1091 Bphy_1092     FALSE 0.004 368.000 0.000 NA   NA
 7085979 7085980 Bphy_1092 Bphy_1093     FALSE 0.229 98.000 0.000 NA   NA
 7085980 7085981 Bphy_1093 Bphy_1094     FALSE 0.174 120.000 0.000 NA   NA
 7085982 7085983 Bphy_1095 Bphy_1096     FALSE 0.086 198.000 0.020 NA   NA
 7085983 7085984 Bphy_1096 Bphy_1097     FALSE 0.143 133.000 0.000 NA   NA
 7085985 7085986 Bphy_1098 Bphy_1099     TRUE 0.978 10.000 0.025 1.000 Y NA
 7085986 7085987 Bphy_1099 Bphy_1100     FALSE 0.437 43.000 0.000 NA   NA
 7085987 7085988 Bphy_1100 Bphy_1101     FALSE 0.367 55.000 0.000 NA   NA
 7085990 7085991 Bphy_1103 Bphy_1104     TRUE 0.878 -13.000 0.000 NA   NA
 7085993 7085994 Bphy_1106 Bphy_1107     FALSE 0.223 100.000 0.000 NA   NA
 7085994 7085995 Bphy_1107 Bphy_1108     TRUE 0.758 63.000 0.133 NA   NA
 7085997 7085998 Bphy_1110 Bphy_1111     FALSE 0.172 121.000 0.000 NA   NA
 7085998 7085999 Bphy_1111 Bphy_1112     FALSE 0.045 190.000 0.000 NA   NA
 7086000 7086001 Bphy_1113 Bphy_1114     FALSE 0.012 243.000 0.000 NA N NA
 7086001 7086002 Bphy_1114 Bphy_1115     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086003 7086004 Bphy_1116 Bphy_1117     FALSE 0.008 305.000 0.000 NA   NA
 7086006 7086007 Bphy_1119 Bphy_1120     FALSE 0.057 180.000 0.000 NA   NA
 7086007 7086008 Bphy_1120 Bphy_1121     FALSE 0.005 349.000 0.000 NA   NA
 7086008 7086009 Bphy_1121 Bphy_1122     TRUE 0.998 -19.000 0.455 0.003 Y NA
 7086009 7086010 Bphy_1122 Bphy_1123     TRUE 0.999 -13.000 0.697 0.003 Y NA
 7086010 7086011 Bphy_1123 Bphy_1124     TRUE 0.998 8.000 0.727 0.003 Y NA
 7086011 7086012 Bphy_1124 Bphy_1125     TRUE 0.999 -3.000 0.818 0.003 Y NA
 7086012 7086013 Bphy_1125 Bphy_1126     TRUE 0.981 -3.000 0.100 NA   NA
 7086013 7086014 Bphy_1126 Bphy_1127     TRUE 0.967 -7.000 0.057 NA   NA
 7086014 7086015 Bphy_1127 Bphy_1128     TRUE 0.995 -3.000 0.671 NA   NA
 7086015 7086016 Bphy_1128 Bphy_1129     TRUE 0.981 14.000 0.029 0.003 Y NA
 7086018 7086019 Bphy_1131 Bphy_1132     TRUE 0.983 2.000 0.250 NA   NA
 7086020 7086021 Bphy_1133 Bphy_1134     TRUE 0.966 17.000 0.000 0.006 Y NA
 7086021 7086022 Bphy_1134 Bphy_1135     TRUE 0.997 -3.000 0.714 0.006   NA
 7086024 7086025 Bphy_1137 Bphy_1138     FALSE 0.484 170.000 0.000 0.064 Y NA
 7086025 7086026 Bphy_1138 Bphy_1139     FALSE 0.087 168.000 0.000 1.000   NA
 7086026 7086027 Bphy_1139 Bphy_1140     TRUE 0.706 36.000 0.000 0.070   NA
 7086027 7086028 Bphy_1140 Bphy_1141     TRUE 0.915 44.000 0.429 NA   NA
 7086030 7086031 Bphy_1143 Bphy_1144     TRUE 0.996 10.000 0.455 0.029 Y NA
 7086031 7086032 Bphy_1144 Bphy_1145     TRUE 0.993 -3.000 0.000 0.024 Y NA
 7086032 7086033 Bphy_1145 Bphy_1146     FALSE 0.030 212.000 0.000 NA   NA
 7086034 7086035 Bphy_1147 Bphy_1148     FALSE 0.017 245.000 0.000 NA   NA
 7086035 7086036 Bphy_1148 Bphy_1149     TRUE 0.995 0.000 0.875 1.000   NA
 7086036 7086037 Bphy_1149 Bphy_1150     TRUE 0.999 -3.000 0.727 NA Y NA
 7086037 7086038 Bphy_1150 Bphy_1151     FALSE 0.005 349.000 0.000 NA   NA
 7086038 7086039 Bphy_1151 Bphy_1152     FALSE 0.271 85.000 0.000 NA   NA
 7086039 7086040 Bphy_1152 Bphy_1153     TRUE 0.993 -43.000 0.667 1.000   NA
 7086040 7086041 Bphy_1153 Bphy_1154   glnQ TRUE 0.966 11.000 0.227 1.000   NA
 7086041 7086042 Bphy_1154 Bphy_1155 glnQ glnP TRUE 0.997 -3.000 0.244 1.000 Y NA
 7086042 7086043 Bphy_1155 Bphy_1156 glnP glnH TRUE 0.982 27.000 0.218 0.090 Y NA
 7086043 7086044 Bphy_1156 Bphy_1157 glnH   FALSE 0.007 384.000 0.000 0.090 N NA
 7086044 7086045 Bphy_1157 Bphy_1158     FALSE 0.003 427.000 0.000 1.000 N NA
 7086046 7086047 Bphy_1159 Bphy_1160     TRUE 0.972 11.000 0.333 1.000 N NA
 7086047 7086048 Bphy_1160 Bphy_1161     TRUE 0.793 30.000 0.050 1.000 N NA
 7086049 7086050 Bphy_1162 Bphy_1163     FALSE 0.534 98.000 0.064 NA   NA
 7086050 7086051 Bphy_1163 Bphy_1164     FALSE 0.037 200.000 0.000 NA   NA
 7086053 7086054 Bphy_1166 Bphy_1167     FALSE 0.087 168.000 0.000 1.000   NA
 7086054 7086055 Bphy_1167 Bphy_1168     TRUE 0.991 -28.000 0.515 NA   NA
 7086055 7086056 Bphy_1168 Bphy_1169     TRUE 0.993 -3.000 0.394 NA   NA
 7086056 7086057 Bphy_1169 Bphy_1170     FALSE 0.002 609.000 0.000 NA   NA
 7086057 7086058 Bphy_1170 Bphy_1171     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086058 7086059 Bphy_1171 Bphy_1172     TRUE 0.884 -10.000 0.000 NA   NA
 7086059 7086060 Bphy_1172 Bphy_1173     TRUE 0.776 9.000 0.000 NA   NA
 7086060 7086061 Bphy_1173 Bphy_1174     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086063 7086064 Bphy_1176 Bphy_1177     FALSE 0.002 535.000 0.000 NA   NA
 7086064 7086065 Bphy_1177 Bphy_1178     TRUE 0.952 22.000 0.347 NA   NA
 7086065 7086066 Bphy_1178 Bphy_1179     TRUE 0.995 -3.000 0.527 1.000   NA
 7086066 7086067 Bphy_1179 Bphy_1180     TRUE 0.853 53.000 0.257 1.000 N NA
 7086067 7086068 Bphy_1180 Bphy_1181     FALSE 0.275 84.000 0.000 NA   NA
 7086068 7086069 Bphy_1181 Bphy_1182     FALSE 0.035 202.000 0.000 NA   NA
 7086070 7086071 Bphy_1183 Bphy_1184     TRUE 0.995 -3.000 0.071 1.000 Y NA
 7086071 7086072 Bphy_1184 Bphy_1185     FALSE 0.023 227.000 0.000 NA   NA
 7086073 7086074 Bphy_1186 Bphy_1187     FALSE 0.144 141.000 0.000 1.000   NA
 7086076 7086077 Bphy_1189 Bphy_1190     TRUE 0.999 -3.000 0.897 1.000 Y NA
 7086077 7086078 Bphy_1190 Bphy_1191     TRUE 0.769 36.000 0.041 1.000   NA
 7086078 7086079 Bphy_1191 Bphy_1192     TRUE 0.556 29.000 0.000 NA   NA
 7086079 7086080 Bphy_1192 Bphy_1193     FALSE 0.026 219.000 0.000 NA   NA
 7086083 7086084 Bphy_1196 Bphy_1197     TRUE 0.712 13.000 0.000 NA   NA
 7086087 7086088 Bphy_R0003 Bphy_R0004     FALSE 0.125 140.000 0.000 NA   NA
 7086088 7086089 Bphy_R0004 Bphy_R0044     FALSE 0.005 348.000 0.000 NA   NA
 7086089 7086090 Bphy_R0044 Bphy_R0045     FALSE 0.406 47.000 0.000 NA   NA
 7086090 7086091 Bphy_R0045 Bphy_R0005     FALSE 0.316 68.000 0.000 NA   NA
 7086091 7086092 Bphy_R0005 Bphy_1200     FALSE 0.002 546.000 0.000 NA   NA
 7086093 7086094 Bphy_1201 Bphy_1202     FALSE 0.044 191.000 0.000 NA   NA
 7086094 7086095 Bphy_1202 Bphy_1203     FALSE 0.020 235.000 0.000 NA   NA
 7086095 7086096 Bphy_1203 Bphy_1204     FALSE 0.039 197.000 0.000 NA   NA
 7086096 7086097 Bphy_1204 Bphy_1205     FALSE 0.138 135.000 0.000 NA   NA
 7086097 7086098 Bphy_1205 Bphy_1206     TRUE 0.878 0.000 0.000 NA   NA
 7086098 7086099 Bphy_1206 Bphy_1207     FALSE 0.087 158.000 0.000 NA   NA
 7086100 7086101 Bphy_1208 Bphy_1209     FALSE 0.236 96.000 0.000 NA   NA
 7086102 7086103 Bphy_1210 Bphy_1211     FALSE 0.011 275.000 0.000 NA   NA
 7086103 7086104 Bphy_1211 Bphy_1212     FALSE 0.100 151.000 0.000 NA   NA
 7086104 7086105 Bphy_1212 Bphy_1213     TRUE 0.869 -19.000 0.000 NA   NA
 7086105 7086106 Bphy_1213 Bphy_1214     FALSE 0.156 137.000 0.000 1.000   NA
 7086106 7086107 Bphy_1214 Bphy_1215     TRUE 0.563 28.000 0.000 NA   NA
 7086108 7086109 Bphy_1216 Bphy_1217     FALSE 0.279 83.000 0.000 NA   NA
 7086111 7086112 Bphy_1219 Bphy_1220     FALSE 0.005 362.000 0.000 NA   NA
 7086113 7086114 Bphy_1221 Bphy_1222     FALSE 0.172 121.000 0.000 NA   NA
 7086116 7086117 Bphy_1224 Bphy_1225     FALSE 0.017 244.000 0.000 NA   NA
 7086118 7086119 Bphy_1226 Bphy_1227     FALSE 0.006 335.000 0.000 NA   NA
 7086119 7086120 Bphy_1227 Bphy_1228     TRUE 0.996 -3.000 0.761 NA   NA
 7086120 7086121 Bphy_1228 Bphy_1229     TRUE 0.745 142.000 0.683 NA   NA
 7086123 7086124 Bphy_1231 Bphy_1232     FALSE 0.005 348.000 0.000 1.000 N NA
 7086124 7086125 Bphy_1232 Bphy_1233     FALSE 0.013 253.000 0.000 1.000 N NA
 7086125 7086126 Bphy_1233 Bphy_1234     TRUE 0.838 75.000 0.355 1.000 N NA
 7086126 7086127 Bphy_1234 Bphy_1235     TRUE 0.660 123.000 0.258 1.000 N NA
 7086127 7086128 Bphy_1235 Bphy_1236     TRUE 0.999 -3.000 0.375 0.006 Y NA
 7086128 7086129 Bphy_1236 Bphy_1237     FALSE 0.045 340.000 0.000 NA Y NA
 7086131 7086132 Bphy_1239 Bphy_1240     FALSE 0.165 189.000 0.069 NA   NA
 7086132 7086133 Bphy_1240 Bphy_1241     FALSE 0.007 319.000 0.000 NA   NA
 7086135 7086136 Bphy_1243 Bphy_1244     FALSE 0.083 225.000 0.067 1.000 N NA
 7086136 7086137 Bphy_1244 Bphy_1245     TRUE 0.717 151.000 0.065 0.096 Y NA
 7086138 7086139 Bphy_1246 Bphy_1247     FALSE 0.431 170.000 0.261 NA   NA
 7086140 7086141 Bphy_1248 Bphy_1249     TRUE 0.880 50.000 0.312 NA   NA
 7086141 7086142 Bphy_1249 Bphy_1250     TRUE 0.807 78.000 0.260 NA   NA
 7086142 7086143 Bphy_1250 Bphy_1251     TRUE 0.972 -3.000 0.060 1.000 N NA
 7086143 7086144 Bphy_1251 Bphy_1252     TRUE 0.970 5.000 0.176 1.000 N NA
 7086144 7086145 Bphy_1252 Bphy_1253     TRUE 0.845 135.000 0.238 1.000 Y NA
 7086145 7086146 Bphy_1253 Bphy_1254     TRUE 0.943 38.000 0.571 NA   NA
 7086146 7086147 Bphy_1254 Bphy_1255     FALSE 0.478 131.000 0.105 NA   NA
 7086148 7086149 Bphy_1256 Bphy_1257     FALSE 0.153 169.000 0.020 NA   NA
 7086149 7086150 Bphy_1257 Bphy_1258     FALSE 0.332 138.000 0.040 1.000   NA
 7086150 7086151 Bphy_1258 Bphy_1259     FALSE 0.204 182.000 0.079 NA   NA
 7086151 7086152 Bphy_1259 Bphy_1260     FALSE 0.006 330.000 0.000 NA   NA
 7086152 7086153 Bphy_1260 Bphy_1261     TRUE 0.809 88.000 0.333 NA   NA
 7086153 7086154 Bphy_1261 Bphy_1262     TRUE 0.827 26.000 0.054 NA   NA
 7086154 7086155 Bphy_1262 Bphy_1263     TRUE 0.607 92.000 0.094 1.000 N NA
 7086157 7086158 Bphy_1265 Bphy_1266     TRUE 0.987 -3.000 0.200 NA N NA
 7086158 7086159 Bphy_1266 Bphy_1267     TRUE 0.990 3.000 0.667 NA N NA
 7086161 7086162 Bphy_1269 Bphy_1270     FALSE 0.002 545.000 0.000 NA   NA
 7086162 7086163 Bphy_1270 Bphy_1271     TRUE 0.861 89.000 0.565 NA   NA
 7086168 7086169 Bphy_1276 Bphy_1277     TRUE 0.999 0.000 0.938 0.079 Y NA
 7086169 7086170 Bphy_1277 Bphy_1278     TRUE 0.997 -3.000 0.200 1.000 Y NA
 7086170 7086171 Bphy_1278 Bphy_1279     TRUE 0.878 105.000 0.158 1.000 Y NA
 7086172 7086173 Bphy_1280 Bphy_1281     FALSE 0.344 117.000 0.020 NA   NA
 7086174 7086175 Bphy_1282 Bphy_1283     FALSE 0.542 94.000 0.050 1.000   NA
 7086175 7086176 Bphy_1283 Bphy_1284     FALSE 0.170 187.000 0.007 0.057   NA
 7086176 7086177 Bphy_1284 Bphy_1285     FALSE 0.163 168.000 0.014 1.000   NA
 7086177 7086178 Bphy_1285 Bphy_1286     FALSE 0.434 96.000 0.014 1.000   NA
 7086180 7086181 Bphy_1288 Bphy_1289     TRUE 0.740 63.000 0.103 1.000   NA
 7086181 7086182 Bphy_1289 Bphy_1290     TRUE 0.954 32.000 0.359 0.079   NA
 7086182 7086183 Bphy_1290 Bphy_1291     TRUE 0.842 104.000 0.590 1.000   NA
 7086186 7086187 Bphy_1294 Bphy_1295     FALSE 0.264 231.000 0.463 1.000   NA
 7086187 7086188 Bphy_1295 Bphy_1296     FALSE 0.007 324.000 0.000 NA   NA
 7086189 7086190 Bphy_1297 Bphy_1298     TRUE 0.999 -3.000 0.895 1.000 Y NA
 7086190 7086191 Bphy_1298 Bphy_1299     TRUE 0.855 89.000 0.522 NA   NA
 7086191 7086192 Bphy_1299 Bphy_1300     TRUE 0.985 -3.000 0.143 NA   NA
 7086192 7086193 Bphy_1300 Bphy_1301     FALSE 0.439 146.000 0.143 1.000 N NA
 7086193 7086194 Bphy_1301 Bphy_1302     TRUE 0.919 43.000 0.458 1.000 N NA
 7086194 7086195 Bphy_1302 Bphy_1303     FALSE 0.032 383.000 0.208 1.000 N NA
 7086195 7086196 Bphy_1303 Bphy_1304   ldcA FALSE 0.005 326.000 0.000 NA N NA
 7086196 7086197 Bphy_1304 Bphy_1305 ldcA   TRUE 0.919 14.000 0.115 NA N NA
 7086197 7086198 Bphy_1305 Bphy_1306     TRUE 0.972 -3.000 0.053 NA   NA
 7086199 7086200 Bphy_1307 Bphy_1308     FALSE 0.093 155.000 0.000 NA   NA
 7086200 7086201 Bphy_1308 Bphy_1309     FALSE 0.003 443.000 0.000 1.000   NA
 7086201 7086202 Bphy_1309 Bphy_1310     TRUE 0.979 17.000 0.748 1.000   NA
 7086202 7086203 Bphy_1310 Bphy_1311     TRUE 0.557 25.000 0.000 1.000 N NA
 7086204 7086205 Bphy_1312 Bphy_1313 guaA   FALSE 0.059 213.000 0.011 NA   NA
 7086205 7086206 Bphy_1313 Bphy_1314     TRUE 0.906 7.000 0.023 NA   NA
 7086208 7086209 Bphy_1316 Bphy_1317     TRUE 0.966 -3.000 0.033 NA   NA
 7086211 7086212 Bphy_1319 Bphy_1320     TRUE 0.866 91.000 0.091 NA Y NA
 7086212 7086213 Bphy_1320 Bphy_1321     FALSE 0.371 120.000 0.048 NA N NA
 7086215 7086216 Bphy_1323 Bphy_1324   rnhB TRUE 0.716 68.000 0.046 0.010 N NA
 7086216 7086217 Bphy_1324 Bphy_1325 rnhB lpxB TRUE 0.987 -3.000 0.186 1.000 N NA
 7086217 7086218 Bphy_1325 Bphy_1326 lpxB   TRUE 0.995 4.000 0.289 1.000 Y NA
 7086218 7086219 Bphy_1326 Bphy_1327   fabZ TRUE 0.654 169.000 0.850 1.000 N NA
 7086219 7086220 Bphy_1327 Bphy_1328 fabZ lpxD TRUE 0.634 170.000 0.796 1.000 N NA
 7086220 7086221 Bphy_1328 Bphy_1329 lpxD   TRUE 0.958 101.000 0.814 1.000 Y NA
 7086221 7086222 Bphy_1329 Bphy_1330     TRUE 0.972 42.000 0.354 1.000 Y NA
 7086222 7086223 Bphy_1330 Bphy_1331     TRUE 0.938 66.000 0.204 1.000 Y NA
 7086223 7086224 Bphy_1331 Bphy_1332     TRUE 0.985 8.000 0.568 1.000 N NA
 7086224 7086225 Bphy_1332 Bphy_1333     TRUE 0.986 23.000 0.372 1.000 Y NA
 7086225 7086226 Bphy_1333 Bphy_1334     TRUE 0.998 -6.000 0.400 1.000 Y NA
 7086226 7086227 Bphy_1334 Bphy_1335   frr TRUE 0.856 72.000 0.409 1.000 N NA
 7086227 7086228 Bphy_1335 Bphy_1336 frr pyrH FALSE 0.525 93.000 0.058 1.000 N NA
 7086228 7086229 Bphy_1336 Bphy_1337 pyrH tsf FALSE 0.051 244.000 0.047 1.000 N NA
 7086229 7086230 Bphy_1337 Bphy_1338 tsf rpsB TRUE 0.760 194.000 0.748 1.000 Y NA
 7086231 7086232 Bphy_1339 Bphy_1340     TRUE 0.970 26.000 0.817 1.000 N NA
 7086232 7086233 Bphy_1340 Bphy_1341     TRUE 0.972 7.000 0.237 1.000 N NA
 7086234 7086235 Bphy_1342 Bphy_1343     TRUE 0.960 -3.000 0.025 1.000 N NA
 7086237 7086238 Bphy_1345 Bphy_1346     FALSE 0.209 181.000 0.004 0.006   NA
 7086238 7086239 Bphy_1346 Bphy_1347     FALSE 0.131 167.000 0.016 NA N NA
 7086240 7086241 Bphy_1348 Bphy_1349   dapD TRUE 0.892 95.000 0.149 1.000 Y NA
 7086241 7086242 Bphy_1349 Bphy_1350 dapD   TRUE 0.962 0.000 0.061 1.000 N NA
 7086242 7086243 Bphy_1350 Bphy_1351     TRUE 0.774 93.000 0.292 1.000 N NA
 7086243 7086244 Bphy_1351 Bphy_1352     TRUE 0.917 16.000 0.115 1.000 N NA
 7086244 7086245 Bphy_1352 Bphy_1353   cls FALSE 0.018 316.000 0.028 1.000 N NA
 7086247 7086248 Bphy_1355 Bphy_1356     TRUE 0.748 57.000 0.094 1.000   NA
 7086249 7086250 Bphy_1357 Bphy_1358     FALSE 0.242 140.000 0.015 NA   NA
 7086250 7086251 Bphy_1358 Bphy_1359   alr FALSE 0.497 75.000 0.023 1.000 N NA
 7086252 7086253 Bphy_1360 Bphy_1361     TRUE 0.839 80.000 0.366 NA   NA
 7086254 7086255 Bphy_1362 Bphy_1363     TRUE 0.975 -3.000 0.064 NA   NA
 7086255 7086256 Bphy_1363 Bphy_1364     TRUE 0.975 -13.000 0.096 1.000   NA
 7086256 7086257 Bphy_1364 Bphy_1365     TRUE 0.989 -3.000 0.209 1.000   NA
 7086258 7086259 Bphy_1366 Bphy_1367     FALSE 0.002 445.000 0.000 1.000 N NA
 7086259 7086260 Bphy_1367 Bphy_1368     FALSE 0.004 361.000 0.000 1.000 N NA
 7086261 7086262 Bphy_1369 Bphy_1370     FALSE 0.172 238.000 0.300 1.000 N NA
 7086263 7086264 Bphy_1371 Bphy_1372     TRUE 0.730 74.000 0.123 1.000   NA
 7086265 7086266 Bphy_1373 Bphy_1374     TRUE 0.734 53.000 0.084 NA   NA
 7086268 7086269 Bphy_1376 Bphy_R0046     FALSE 0.062 175.000 0.000 NA   NA
 7086269 7086270 Bphy_R0046 Bphy_R0047     FALSE 0.294 77.000 0.000 NA   NA
 7086270 7086271 Bphy_R0047 Bphy_R0048     FALSE 0.320 67.000 0.000 NA   NA
 7086271 7086272 Bphy_R0048 Bphy_R0049     FALSE 0.294 77.000 0.000 NA   NA
 7086272 7086273 Bphy_R0049 Bphy_R0050     FALSE 0.114 145.000 0.000 NA   NA
 7086273 7086274 Bphy_R0050 Bphy_1377   gltX FALSE 0.118 143.000 0.000 NA   NA
 7086276 7086277 Bphy_1379 Bphy_1380     FALSE 0.297 163.000 0.094 NA   NA
 7086277 7086278 Bphy_1380 Bphy_1381     TRUE 0.993 -3.000 0.389 1.000   NA
 7086278 7086279 Bphy_1381 Bphy_1382     TRUE 0.993 2.000 0.519 0.078   NA
 7086279 7086280 Bphy_1382 Bphy_1383     TRUE 0.934 78.000 0.815 0.078   NA
 7086282 7086283 Bphy_1385 Bphy_R0051     FALSE 0.003 441.000 0.000 NA   NA
 7086283 7086284 Bphy_R0051 Bphy_1386     FALSE 0.033 205.000 0.000 NA   NA
 7086284 7086285 Bphy_1386 Bphy_1387     FALSE 0.006 473.000 0.023 1.000 N NA
 7086285 7086286 Bphy_1387 Bphy_1388     TRUE 0.797 46.000 0.123 1.000 N NA
 7086286 7086287 Bphy_1388 Bphy_1389     FALSE 0.241 159.000 0.059 1.000 N NA
 7086287 7086288 Bphy_1389 Bphy_1390   cysS TRUE 0.641 48.000 0.036 1.000 N NA
 7086289 7086290 Bphy_1391 Bphy_1392     TRUE 0.698 83.000 0.113 1.000   NA
 7086290 7086291 Bphy_1392 Bphy_1393     TRUE 0.920 147.000 0.577 0.002 Y NA
 7086291 7086292 Bphy_1393 Bphy_1394     TRUE 0.761 67.000 0.136 1.000   NA
 7086293 7086294 Bphy_1395 Bphy_1396     FALSE 0.119 248.000 0.208 1.000 N NA
 7086295 7086296 Bphy_1397 Bphy_1398     FALSE 0.145 132.000 0.000 NA   NA
 7086296 7086297 Bphy_1398 Bphy_1399     FALSE 0.277 122.000 0.003 NA   NA
 7086297 7086298 Bphy_1399 Bphy_1400     TRUE 0.952 -13.000 0.033 NA   NA
 7086301 7086302 Bphy_1403 Bphy_1404     TRUE 0.607 70.000 0.053 NA   NA
 7086302 7086303 Bphy_1404 Bphy_1405     FALSE 0.420 131.000 0.073 NA   NA
 7086305 7086306 Bphy_1407 Bphy_1408     FALSE 0.020 320.000 0.031 1.000   NA
 7086306 7086307 Bphy_1408 Bphy_1409     TRUE 0.943 4.000 0.042 1.000   NA
 7086307 7086308 Bphy_1409 Bphy_1410   hisZ FALSE 0.177 210.000 0.161 1.000 N NA
 7086308 7086309 Bphy_1410 Bphy_1411 hisZ   FALSE 0.066 268.000 0.117 NA   NA
 7086309 7086310 Bphy_1411 Bphy_1412     TRUE 0.903 44.000 0.348 NA   NA
 7086310 7086311 Bphy_1412 Bphy_1413     TRUE 0.996 11.000 0.947 NA Y NA
 7086311 7086312 Bphy_1413 Bphy_1414     TRUE 0.935 31.000 0.184 0.056   NA
 7086312 7086313 Bphy_1414 Bphy_1415   hfq TRUE 0.681 59.000 0.058 1.000   NA
 7086313 7086314 Bphy_1415 Bphy_1416 hfq engA FALSE 0.129 191.000 0.036 1.000   NA
 7086314 7086315 Bphy_1416 Bphy_1417 engA   FALSE 0.031 401.000 0.203 1.000   NA
 7086315 7086316 Bphy_1417 Bphy_1418     TRUE 0.909 54.000 0.492 1.000   NA
 7086316 7086317 Bphy_1418 Bphy_1419   hisS TRUE 0.795 87.000 0.259 1.000   NA
 7086317 7086318 Bphy_1419 Bphy_1420 hisS ispG TRUE 0.898 34.000 0.207 1.000 N NA
 7086318 7086319 Bphy_1420 Bphy_1421 ispG   TRUE 0.661 124.000 0.233 1.000   NA
 7086319 7086320 Bphy_1421 Bphy_1422     FALSE 0.077 210.000 0.020 1.000   NA
 7086320 7086321 Bphy_1422 Bphy_1423   ndk TRUE 0.653 109.000 0.156 1.000   NA
 7086323 7086324 Bphy_1425 Bphy_1426     TRUE 0.911 9.000 0.038 NA   NA
 7086324 7086325 Bphy_1426 Bphy_1427     TRUE 0.810 107.000 0.065 NA Y NA
 7086325 7086326 Bphy_1427 Bphy_1428     TRUE 0.838 43.000 0.147 NA   NA
 7086326 7086327 Bphy_1428 Bphy_1429     TRUE 0.980 0.000 0.148 NA   NA
 7086327 7086328 Bphy_1429 Bphy_1430     TRUE 0.961 10.000 0.158 1.000   NA
 7086328 7086329 Bphy_1430 Bphy_1431     TRUE 0.739 59.000 0.104 NA   NA
 7086329 7086330 Bphy_1431 Bphy_1432     TRUE 0.954 17.000 0.281 NA   NA
 7086330 7086331 Bphy_1432 Bphy_1433     FALSE 0.525 85.000 0.029 1.000   NA
 7086331 7086332 Bphy_1433 Bphy_1434     TRUE 0.684 68.000 0.076 1.000   NA
 7086333 7086334 Bphy_1435 Bphy_1436     TRUE 0.667 65.000 0.061 1.000   NA
 7086334 7086335 Bphy_1436 Bphy_1437     FALSE 0.335 122.000 0.022 NA   NA
 7086336 7086337 Bphy_1438 Bphy_1439 ftsB eno FALSE 0.548 143.000 0.241 1.000 N NA
 7086337 7086338 Bphy_1439 Bphy_1440 eno   FALSE 0.450 140.000 0.125 1.000 N NA
 7086338 7086339 Bphy_1440 Bphy_1441   pyrG TRUE 0.984 -3.000 0.138 1.000 N NA
 7086339 7086340 Bphy_1441 Bphy_1442 pyrG   FALSE 0.220 149.000 0.012 1.000   NA
 7086340 7086341 Bphy_1442 Bphy_1443     TRUE 0.595 52.000 0.012 1.000   NA
 7086341 7086342 Bphy_1443 Bphy_1444     FALSE 0.414 99.000 0.022 NA   NA
 7086342 7086343 Bphy_1444 Bphy_1445     TRUE 0.761 36.000 0.061 NA N NA
 7086343 7086344 Bphy_1445 Bphy_1446     TRUE 0.995 -7.000 0.620 0.089 N NA
 7086345 7086346 Bphy_1447 Bphy_1448     TRUE 0.950 -3.000 0.004 NA   NA
 7086346 7086347 Bphy_1448 Bphy_1449     FALSE 0.004 716.000 0.028 1.000 N NA
 7086347 7086348 Bphy_1449 Bphy_1450   lysS TRUE 0.908 108.000 0.162 0.029 Y NA
 7086348 7086349 Bphy_1450 Bphy_1451 lysS   FALSE 0.004 357.000 0.000 1.000 N NA
 7086350 7086351 Bphy_1452 Bphy_1453     TRUE 0.977 16.000 0.625 1.000   NA
 7086351 7086352 Bphy_1453 Bphy_1454   hscA TRUE 0.877 96.000 0.794 1.000 N NA
 7086352 7086353 Bphy_1454 Bphy_1455 hscA hscB TRUE 0.956 92.000 0.634 1.000 Y NA
 7086353 7086354 Bphy_1455 Bphy_1456 hscB   TRUE 0.791 118.000 0.500 1.000   NA
 7086354 7086355 Bphy_1456 Bphy_1457     TRUE 0.837 115.000 0.359 0.001   NA
 7086355 7086356 Bphy_1457 Bphy_1458     TRUE 0.884 60.000 0.448 1.000 N NA
 7086356 7086357 Bphy_1458 Bphy_1459     TRUE 0.751 70.000 0.160 1.000 N NA
 7086357 7086358 Bphy_1459 Bphy_1460     FALSE 0.385 112.000 0.032 1.000 N NA
 7086358 7086359 Bphy_1460 Bphy_1461     FALSE 0.370 114.000 0.024 NA   NA
 7086361 7086362 Bphy_1463 Bphy_1464     TRUE 0.979 57.000 0.923 NA Y NA
 7086366 7086367 Bphy_1468 Bphy_1469     FALSE 0.400 266.000 0.463 1.000 Y NA
 7086367 7086368 Bphy_1469 Bphy_1470   aceE TRUE 0.892 83.000 0.101 1.000 Y NA
 7086369 7086370 Bphy_1471 Bphy_1472     TRUE 0.999 -3.000 0.632 0.028 Y NA
 7086370 7086371 Bphy_1472 Bphy_1473     FALSE 0.005 353.000 0.000 NA   NA
 7086371 7086372 Bphy_1473 Bphy_1474     TRUE 0.907 90.000 1.000 NA   NA
 7086372 7086373 Bphy_1474 Bphy_1475     FALSE 0.005 352.000 0.000 NA   NA
 7086373 7086374 Bphy_1475 Bphy_1476     FALSE 0.034 426.000 0.318 1.000 N NA
 7086376 7086377 Bphy_R0052 Bphy_1478     FALSE 0.024 224.000 0.000 NA   NA
 7086378 7086379 Bphy_1479 Bphy_1480     TRUE 0.982 47.000 0.587 0.092 Y NA
 7086379 7086380 Bphy_1480 Bphy_1481     FALSE 0.270 150.000 0.053 1.000 N NA
 7086382 7086383 Bphy_1483 Bphy_1484     TRUE 0.852 13.000 0.011 1.000   NA
 7086383 7086384 Bphy_1484 Bphy_1485     FALSE 0.062 219.000 0.023 NA   NA
 7086384 7086385 Bphy_1485 Bphy_1486     FALSE 0.542 82.000 0.040 NA   NA
 7086388 7086389 Bphy_1489 Bphy_1490     TRUE 0.746 56.000 0.123 NA N NA
 7086389 7086390 Bphy_1490 Bphy_1491     FALSE 0.001 743.000 0.000 NA N NA
 7086391 7086392 Bphy_1492 Bphy_1493     TRUE 0.821 17.000 0.018 NA   NA
 7086392 7086393 Bphy_1493 Bphy_1494     TRUE 0.950 4.000 0.067 NA   NA
 7086393 7086394 Bphy_1494 Bphy_1495     FALSE 0.366 116.000 0.025 NA   NA
 7086394 7086395 Bphy_1495 Bphy_1496     TRUE 0.804 22.000 0.025 NA   NA
 7086395 7086396 Bphy_1496 Bphy_1497     FALSE 0.389 128.000 0.055 NA   NA
 7086396 7086397 Bphy_1497 Bphy_1498     FALSE 0.012 271.000 0.000 NA   NA
 7086398 7086399 Bphy_1499 Bphy_1500     FALSE 0.001 995.000 0.000 NA   NA
 7086399 7086400 Bphy_1500 Bphy_1501     TRUE 0.923 60.000 0.761 1.000 N NA
 7086400 7086401 Bphy_1501 Bphy_1502     TRUE 0.997 -3.000 0.870 0.078 N NA
 7086401 7086402 Bphy_1502 Bphy_1503     TRUE 0.991 6.000 0.660 0.078 N NA
 7086402 7086403 Bphy_1503 Bphy_1504     TRUE 0.999 -3.000 0.632 0.078 Y NA
 7086403 7086404 Bphy_1504 Bphy_1505     TRUE 0.686 137.000 0.382 1.000   NA
 7086404 7086405 Bphy_1505 Bphy_1506     FALSE 0.457 127.000 0.083 NA   NA
 7086406 7086407 Bphy_1507 Bphy_1508     TRUE 0.910 33.000 0.107 0.024   NA
 7086407 7086408 Bphy_1508 Bphy_1509     TRUE 0.637 43.000 0.022 1.000 N NA
 7086408 7086409 Bphy_1509 Bphy_1510     FALSE 0.387 97.000 0.011 NA   NA
 7086409 7086410 Bphy_1510 Bphy_1511     FALSE 0.501 93.000 0.042 NA   NA
 7086411 7086412 Bphy_1512 Bphy_1513     FALSE 0.018 251.000 0.000 1.000   NA
 7086416 7086417 Bphy_1517 Bphy_1518     FALSE 0.002 476.000 0.000 NA   NA
 7086417 7086418 Bphy_1518 Bphy_1519     FALSE 0.021 275.000 0.003 NA   NA
 7086418 7086419 Bphy_1519 Bphy_1520     FALSE 0.004 396.000 0.000 NA   NA
 7086419 7086420 Bphy_1520 Bphy_1521     FALSE 0.012 270.000 0.000 NA   NA
 7086420 7086421 Bphy_1521 Bphy_1522     FALSE 0.085 159.000 0.000 NA   NA
 7086423 7086424 Bphy_1524 Bphy_1525     TRUE 0.988 11.000 0.900 NA   NA
 7086425 7086426 Bphy_1526 Bphy_1527     FALSE 0.004 386.000 0.000 NA   NA
 7086426 7086427 Bphy_1527 Bphy_1528     FALSE 0.149 130.000 0.000 NA   NA
 7086427 7086428 Bphy_1528 Bphy_1529     FALSE 0.226 99.000 0.000 NA   NA
 7086428 7086429 Bphy_1529 Bphy_1530     TRUE 0.996 4.000 0.481 1.000 Y NA
 7086429 7086430 Bphy_1530 Bphy_1531     TRUE 0.992 22.000 0.594 0.088 Y NA
 7086430 7086431 Bphy_1531 Bphy_1532     FALSE 0.002 481.000 0.000 1.000 N NA
 7086431 7086432 Bphy_1532 Bphy_1533     TRUE 0.963 33.000 0.124 1.000 Y NA
 7086432 7086433 Bphy_1533 Bphy_1534     TRUE 0.899 58.000 0.053 1.000 Y NA
 7086433 7086434 Bphy_1534 Bphy_1535     TRUE 0.873 50.000 0.301 1.000 N NA
 7086434 7086435 Bphy_1535 Bphy_1536     TRUE 0.782 116.000 0.051 1.000 Y NA
 7086437 7086438 Bphy_1538 Bphy_1539     FALSE 0.459 46.000 0.000 1.000   NA
 7086438 7086439 Bphy_1539 Bphy_1540     FALSE 0.421 53.000 0.000 1.000   NA
 7086439 7086440 Bphy_1540 Bphy_1541     FALSE 0.123 135.000 0.000 1.000 N NA
 7086441 7086442 Bphy_1542 Bphy_1543     FALSE 0.309 70.000 0.000 NA   NA
 7086442 7086443 Bphy_1543 Bphy_1544     TRUE 0.941 9.000 0.084 NA   NA
 7086443 7086444 Bphy_1544 Bphy_1545     FALSE 0.013 263.000 0.000 NA   NA
 7086444 7086445 Bphy_1545 Bphy_1546     FALSE 0.298 75.000 0.000 NA   NA
 7086446 7086447 Bphy_1547 Bphy_1548     FALSE 0.159 104.000 0.000 NA N NA
 7086447 7086448 Bphy_1548 Bphy_1549     FALSE 0.488 26.000 0.000 NA N NA
 7086450 7086451 Bphy_R0053 Bphy_1551     FALSE 0.304 72.000 0.000 NA   NA
 7086451 7086452 Bphy_1551 Bphy_1552     TRUE 0.906 55.000 0.535 1.000 N NA
 7086452 7086453 Bphy_1552 Bphy_1553   pheT TRUE 0.664 112.000 0.208 1.000 N NA
 7086453 7086454 Bphy_1553 Bphy_1554 pheT   TRUE 0.943 132.000 0.574 0.000 Y NA
 7086454 7086455 Bphy_1554 Bphy_1555   rplT TRUE 0.782 150.000 0.202 1.000 Y NA
 7086455 7086456 Bphy_1555 Bphy_1556 rplT rpmI TRUE 0.994 30.000 0.928 0.007 Y NA
 7086456 7086457 Bphy_1556 Bphy_1557 rpmI   FALSE 0.485 257.000 0.652 1.000 Y NA
 7086457 7086458 Bphy_1557 Bphy_1558   thrS TRUE 0.887 105.000 0.186 1.000 Y NA
 7086458 7086459 Bphy_1558 Bphy_R0054 thrS   FALSE 0.011 278.000 0.000 NA   NA
 7086459 7086460 Bphy_R0054 Bphy_1559     FALSE 0.214 104.000 0.000 NA   NA
 7086460 7086461 Bphy_1559 Bphy_1560     TRUE 0.803 59.000 0.202 NA N NA
 7086461 7086462 Bphy_1560 Bphy_1561     TRUE 0.697 104.000 0.202 NA   NA
 7086462 7086463 Bphy_1561 Bphy_1562     FALSE 0.089 210.000 0.041 NA   NA
 7086463 7086464 Bphy_1562 Bphy_1563     TRUE 0.998 3.000 0.789 0.001 Y NA
 7086466 7086467 Bphy_1565 Bphy_1566     FALSE 0.253 216.000 0.300 1.000   NA
 7086469 7086470 Bphy_1568 Bphy_1569     TRUE 0.591 47.000 0.002 1.000   NA
 7086470 7086471 Bphy_1569 Bphy_1570     FALSE 0.166 153.000 0.008 1.000 N NA
 7086471 7086472 Bphy_1570 Bphy_1571     FALSE 0.342 158.000 0.051 0.085   NA
 7086473 7086474 Bphy_1572 Bphy_1573     TRUE 0.994 -3.000 0.556 NA   NA
 7086474 7086475 Bphy_1573 Bphy_1574     FALSE 0.397 140.000 0.085 NA   NA
 7086477 7086478 Bphy_1576 Bphy_1577     TRUE 0.991 3.000 0.657 NA   NA
 7086478 7086479 Bphy_1577 Bphy_1578     FALSE 0.373 112.000 0.023 NA   NA
 7086479 7086480 Bphy_1578 Bphy_1579     TRUE 0.963 40.000 1.000 1.000   NA
 7086481 7086482 Bphy_1580 Bphy_1581     FALSE 0.385 168.000 0.188 NA   NA
 7086483 7086484 Bphy_1582 Bphy_1583     TRUE 0.984 15.000 1.000 NA   NA
 7086484 7086485 Bphy_1583 Bphy_1584     TRUE 0.980 -10.000 0.136 NA   NA
 7086485 7086486 Bphy_1584 Bphy_1585     TRUE 0.923 18.000 0.136 NA   NA
 7086488 7086489 Bphy_1587 Bphy_1588   prpE FALSE 0.044 174.000 0.000 NA N NA
 7086490 7086491 Bphy_1589 Bphy_1590     TRUE 0.967 -3.000 0.043 1.000 N NA
 7086492 7086493 Bphy_1591 Bphy_1592 valS   FALSE 0.430 73.000 0.003 1.000 N NA
 7086494 7086495 Bphy_1593 Bphy_1594     FALSE 0.536 111.000 0.078 1.000   NA
 7086495 7086496 Bphy_1594 Bphy_1595     TRUE 0.995 0.000 0.440 0.000   NA
 7086496 7086497 Bphy_1595 Bphy_1596     TRUE 0.992 -7.000 0.448 1.000   NA
 7086498 7086499 Bphy_1597 Bphy_1598     FALSE 0.020 470.000 0.000 NA Y NA
 7086499 7086500 Bphy_1598 Bphy_1599     TRUE 0.972 18.000 0.289 0.006   NA
 7086500 7086501 Bphy_1599 Bphy_1600     TRUE 0.766 47.000 0.079 1.000   NA
 7086501 7086502 Bphy_1600 Bphy_1601     TRUE 0.958 -3.000 0.021 1.000 N NA
 7086502 7086503 Bphy_1601 Bphy_1602     TRUE 0.921 11.000 0.071 1.000 N NA
 7086503 7086504 Bphy_1602 Bphy_1603     TRUE 0.997 -3.000 0.199 1.000 Y NA
 7086505 7086506 Bphy_1604 Bphy_1605     TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.023 Y NA
 7086506 7086507 Bphy_1605 Bphy_1606     TRUE 0.994 -3.000 0.059 1.000 Y NA
 7086507 7086508 Bphy_1606 Bphy_1607     TRUE 0.995 -7.000 0.059 0.077 Y NA
 7086508 7086509 Bphy_1607 Bphy_1608     TRUE 0.919 4.000 0.020 NA   NA
 7086509 7086510 Bphy_1608 Bphy_1609     TRUE 0.796 30.000 0.046 NA   NA
 7086510 7086511 Bphy_1609 Bphy_1610     FALSE 0.277 73.000 0.000 1.000 N NA
 7086511 7086512 Bphy_1610 Bphy_1611     FALSE 0.067 202.000 0.007 NA   NA
 7086516 7086517 Bphy_1615 Bphy_1616     TRUE 0.798 48.000 0.125 NA   NA
 7086518 7086519 Bphy_1617 Bphy_1618     TRUE 0.947 17.000 0.205 1.000   NA
 7086521 7086522 Bphy_1620 Bphy_1621     TRUE 0.807 110.000 0.495 1.000   NA
 7086522 7086523 Bphy_1621 Bphy_1622     TRUE 0.872 71.000 0.492 1.000 N NA
 7086524 7086525 Bphy_1623 Bphy_1624     FALSE 0.005 330.000 0.000 1.000 N NA
 7086525 7086526 Bphy_1624 Bphy_1625     TRUE 0.610 50.000 0.027 1.000 N NA
 7086526 7086527 Bphy_1625 Bphy_1626     FALSE 0.461 109.000 0.058 1.000 N NA
 7086527 7086528 Bphy_1626 Bphy_1627     TRUE 0.992 16.000 0.587 1.000 Y NA
 7086528 7086529 Bphy_1627 Bphy_1628     TRUE 0.998 -3.000 0.935 0.000 N NA
 7086529 7086530 Bphy_1628 Bphy_1629     TRUE 0.729 96.000 0.097 0.002 N NA
 7086531 7086532 Bphy_1630 Bphy_1631     TRUE 0.855 28.000 0.083 NA   NA
 7086532 7086533 Bphy_1631 Bphy_1632     TRUE 0.834 85.000 0.389 NA   NA
 7086535 7086536 Bphy_1634 Bphy_1635     TRUE 0.969 44.000 0.955 0.002 N NA
 7086537 7086538 Bphy_1636 Bphy_1637     FALSE 0.043 247.000 0.030 NA   NA
 7086538 7086539 Bphy_1637 Bphy_1638     FALSE 0.010 279.000 0.000 NA   NA
 7086540 7086541 Bphy_1639 Bphy_1640     FALSE 0.454 41.000 0.000 NA   NA
 7086542 7086543 Bphy_R0055 Bphy_1641     FALSE 0.246 93.000 0.000 NA   NA
 7086545 7086546 Bphy_1643 Bphy_1644     FALSE 0.271 85.000 0.000 NA   NA
 7086548 7086549 Bphy_1646 Bphy_1647     TRUE 0.910 59.000 0.435 0.091 N NA
 7086549 7086550 Bphy_1647 Bphy_1648     TRUE 0.998 -3.000 0.321 1.000 Y NA
 7086550 7086551 Bphy_1648 Bphy_1649     TRUE 0.882 51.000 0.340 1.000 N NA
 7086552 7086553 Bphy_1650 Bphy_1651     FALSE 0.007 321.000 0.000 NA   NA
 7086554 7086555 Bphy_1652 Bphy_1653     TRUE 0.743 121.000 0.429 1.000 N NA
 7086557 7086558 Bphy_1655 Bphy_1656     FALSE 0.322 228.000 0.667 NA   NA
 7086559 7086560 Bphy_1657 Bphy_1658     TRUE 0.744 137.000 0.600 NA   NA
 7086561 7086562 Bphy_1659 Bphy_1660     TRUE 0.981 4.000 0.273 NA   NA
 7086563 7086564 Bphy_R0056 Bphy_1661     FALSE 0.058 178.000 0.000 NA   NA
 7086564 7086565 Bphy_1661 Bphy_1662   aat TRUE 0.871 17.000 0.058 1.000 N NA
 7086565 7086566 Bphy_1662 Bphy_1663 aat   TRUE 0.733 171.000 0.285 1.000 Y NA
 7086566 7086567 Bphy_1663 Bphy_1664     FALSE 0.417 111.000 0.044 1.000 N NA
 7086568 7086569 Bphy_1665 Bphy_1666     FALSE 0.355 138.000 0.050 1.000   NA
 7086569 7086570 Bphy_1666 Bphy_1667     TRUE 0.854 123.000 0.938 1.000   NA
 7086571 7086572 Bphy_1668 Bphy_1669     FALSE 0.004 397.000 0.000 NA   NA
 7086572 7086573 Bphy_1669 Bphy_1670     TRUE 0.805 6.000 0.000 NA   NA
 7086573 7086574 Bphy_1670 Bphy_1671     TRUE 0.805 6.000 0.000 NA   NA
 7086574 7086575 Bphy_1671 Bphy_1672     FALSE 0.002 507.000 0.000 1.000 N NA
 7086575 7086576 Bphy_1672 Bphy_1673     TRUE 0.995 4.000 0.167 0.020 Y NA
 7086576 7086577 Bphy_1673 Bphy_1674     TRUE 0.673 20.000 0.000 1.000   NA
 7086577 7086578 Bphy_1674 Bphy_1675     FALSE 0.118 151.000 0.000 1.000   NA
 7086579 7086580 Bphy_1676 Bphy_1677     FALSE 0.315 61.000 0.000 1.000 N NA
 7086580 7086581 Bphy_1677 Bphy_1678     FALSE 0.181 190.000 0.087 NA   NA
 7086581 7086582 Bphy_1678 Bphy_1679     FALSE 0.017 244.000 0.000 NA   NA
 7086582 7086583 Bphy_1679 Bphy_1680     TRUE 0.776 60.000 0.143 NA   NA
 7086583 7086584 Bphy_1680 Bphy_1681     TRUE 0.996 -12.000 0.143 0.020 Y NA
 7086584 7086585 Bphy_1681 Bphy_1682     FALSE 0.010 289.000 0.000 NA   NA
 7086585 7086586 Bphy_1682 Bphy_1683     FALSE 0.055 182.000 0.000 NA   NA
 7086586 7086587 Bphy_1683 Bphy_1684     FALSE 0.004 339.000 0.000 NA N NA
 7086588 7086589 Bphy_1685 Bphy_1686     FALSE 0.002 475.000 0.000 NA   NA
 7086592 7086593 Bphy_1689 Bphy_1690     TRUE 0.824 60.000 0.000 1.000 Y NA
 7086593 7086594 Bphy_1690 Bphy_1691     FALSE 0.233 205.000 0.000 1.000 Y NA
 7086594 7086595 Bphy_1691 Bphy_1692     TRUE 0.869 -19.000 0.000 NA   NA
 7086595 7086596 Bphy_1692 Bphy_1693     FALSE 0.009 292.000 0.000 NA   NA
 7086596 7086597 Bphy_1693 Bphy_1694     FALSE 0.284 116.000 0.005 1.000 N NA
 7086599 7086600 Bphy_1696 Bphy_1697     TRUE 0.625 134.000 0.147 0.010 N NA
 7086601 7086602 Bphy_R0057 Bphy_R0058     FALSE 0.067 171.000 0.000 NA   NA
 7086602 7086603 Bphy_R0058 Bphy_1698     FALSE 0.002 520.000 0.000 NA   NA
 7086603 7086604 Bphy_1698 Bphy_1699     FALSE 0.013 253.000 0.000 1.000 N NA
 7086604 7086605 Bphy_1699 Bphy_1700   fadE TRUE 0.620 96.000 0.112 1.000 N NA
 7086605 7086606 Bphy_1700 Bphy_1701 fadE fabG TRUE 0.796 131.000 0.113 1.000 Y NA
 7086606 7086607 Bphy_1701 Bphy_1702 fabG   TRUE 0.843 5.000 0.000 1.000   NA
 7086607 7086608 Bphy_1702 Bphy_1703     FALSE 0.147 140.000 0.000 1.000   NA
 7086608 7086609 Bphy_1703 Bphy_1704     TRUE 0.817 99.000 0.045 1.000 Y NA
 7086610 7086611 Bphy_1705 Bphy_1706     TRUE 0.970 20.000 0.600 NA   NA
 7086611 7086612 Bphy_1706 Bphy_1707     TRUE 0.805 92.000 0.400 NA N NA
 7086612 7086613 Bphy_1707 Bphy_1708     FALSE 0.011 251.000 0.000 NA N NA
 7086613 7086614 Bphy_1708 Bphy_1709     TRUE 0.994 11.000 0.500 NA Y NA
 7086614 7086615 Bphy_1709 Bphy_1710     FALSE 0.516 34.000 0.000 NA   NA
 7086618 7086619 Bphy_1713 Bphy_1714     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086622 7086623 Bphy_1717 Bphy_1718     FALSE 0.448 158.000 0.206 NA   NA
 7086623 7086624 Bphy_1718 Bphy_1719     TRUE 0.611 97.000 0.103 NA   NA
 7086624 7086625 Bphy_1719 Bphy_1720     TRUE 0.840 139.000 0.253 1.000 Y NA
 7086625 7086626 Bphy_1720 Bphy_1721   sucA TRUE 0.902 143.000 0.667 1.000 Y NA
 7086626 7086627 Bphy_1721 Bphy_1722 sucA   FALSE 0.004 376.000 0.000 1.000 N NA
 7086628 7086629 Bphy_1723 Bphy_1724     FALSE 0.493 33.000 0.000 1.000 N NA
 7086629 7086630 Bphy_1724 Bphy_1725     FALSE 0.261 81.000 0.000 1.000 N NA
 7086630 7086631 Bphy_1725 Bphy_1726     FALSE 0.518 39.000 0.000 1.000   NA
 7086632 7086633 Bphy_1727 Bphy_1728 truB rbfA TRUE 0.984 24.000 0.318 1.000 Y NA
 7086633 7086634 Bphy_1728 Bphy_1729 rbfA infB TRUE 0.932 113.000 0.530 1.000 Y NA
 7086634 7086635 Bphy_1729 Bphy_1730 infB nusA TRUE 0.784 97.000 0.342 1.000 N NA
 7086635 7086636 Bphy_1730 Bphy_1731 nusA   TRUE 0.996 -3.000 0.759 NA   NA
 7086636 7086637 Bphy_1731 Bphy_1732     FALSE 0.006 423.000 0.004 NA   NA
 7086637 7086638 Bphy_1732 Bphy_1733     TRUE 0.655 61.000 0.074 NA N NA
 7086638 7086639 Bphy_1733 Bphy_1734     FALSE 0.005 311.000 0.000 NA N NA
 7086639 7086640 Bphy_1734 Bphy_1735     TRUE 0.609 108.000 0.140 1.000 N NA
 7086641 7086642 Bphy_1736 Bphy_1737     FALSE 0.034 343.000 0.133 NA   NA
 7086646 7086647 Bphy_1741 Bphy_1742     FALSE 0.363 221.000 0.733 NA   NA
 7086652 7086653 Bphy_1747 Bphy_1748     TRUE 0.999 -3.000 0.688 0.001 Y NA
 7086653 7086654 Bphy_1748 Bphy_1749     TRUE 0.999 -3.000 0.542 0.001 Y NA
 7086656 7086657 Bphy_1751 Bphy_1752     TRUE 0.557 77.000 0.040 NA   NA
 7086659 7086660 Bphy_1754 Bphy_1755     FALSE 0.118 187.000 0.026 NA   NA
 7086660 7086661 Bphy_1755 Bphy_1756     TRUE 0.701 97.000 0.182 NA   NA
 7086661 7086662 Bphy_1756 Bphy_1757     TRUE 0.731 65.000 0.114 NA   NA
 7086663 7086664 Bphy_1758 Bphy_1759     FALSE 0.311 118.000 0.010 NA   NA
 7086666 7086667 Bphy_1761 Bphy_1762     FALSE 0.007 285.000 0.000 NA N NA
 7086667 7086668 Bphy_1762 Bphy_1763     FALSE 0.095 154.000 0.000 NA   NA
 7086668 7086669 Bphy_1763 Bphy_1764     FALSE 0.203 108.000 0.000 NA   NA
 7086670 7086671 Bphy_1765 Bphy_1766     FALSE 0.183 116.000 0.000 NA   NA
 7086671 7086672 Bphy_1766 Bphy_1767     FALSE 0.191 113.000 0.000 NA   NA
 7086673 7086674 Bphy_1768 Bphy_1769     FALSE 0.002 636.000 0.000 NA   NA
 7086676 7086677 Bphy_1771 Bphy_1772     TRUE 0.939 16.000 0.200 NA N NA
 7086677 7086678 Bphy_1772 Bphy_1773     TRUE 0.975 17.000 0.094 NA Y NA
 7086679 7086680 Bphy_1774 Bphy_1775     FALSE 0.316 124.000 0.019 NA   NA
 7086680 7086681 Bphy_1775 Bphy_1776     FALSE 0.164 162.000 0.029 NA N NA
 7086682 7086683 Bphy_1777 Bphy_1778     TRUE 0.976 68.000 1.000 NA Y NA
 7086684 7086685 Bphy_1779 Bphy_1780     FALSE 0.072 291.000 0.000 NA Y NA
 7086685 7086686 Bphy_1780 Bphy_1781     FALSE 0.275 84.000 0.000 NA   NA
 7086686 7086687 Bphy_1781 Bphy_1782     FALSE 0.002 679.000 0.000 NA   NA
 7086687 7086688 Bphy_1782 Bphy_1783     TRUE 0.990 -16.000 0.027 1.000 Y NA
 7086688 7086689 Bphy_1783 Bphy_1784   astD TRUE 0.949 10.000 0.126 1.000 N NA
 7086689 7086690 Bphy_1784 Bphy_1785 astD   TRUE 0.987 11.000 0.875 1.000 N NA
 7086690 7086691 Bphy_1785 Bphy_1786     TRUE 0.999 -3.000 0.778 0.000 Y NA
 7086691 7086692 Bphy_1786 Bphy_1787   argD TRUE 0.990 29.000 0.833 1.000 Y NA
 7086692 7086693 Bphy_1787 Bphy_1788 argD   TRUE 0.581 125.000 0.176 1.000 N NA
 7086693 7086694 Bphy_1788 Bphy_1789     TRUE 0.905 34.000 0.235 1.000 N NA
 7086694 7086695 Bphy_1789 Bphy_1790     TRUE 0.894 94.000 0.150 1.000 Y NA
 7086695 7086696 Bphy_1790 Bphy_1791     TRUE 0.980 29.000 0.150 0.010 Y NA
 7086698 7086699 Bphy_1793 Bphy_1794     FALSE 0.341 118.000 0.012 1.000   NA
 7086702 7086703 Bphy_1797 Bphy_1798   glgA TRUE 0.699 182.000 0.307 1.000 Y NA
 7086703 7086704 Bphy_1798 Bphy_1799 glgA   FALSE 0.009 278.000 0.000 1.000 N NA
 7086704 7086705 Bphy_1799 Bphy_1800     FALSE 0.009 399.000 0.029 NA   NA
 7086706 7086707 Bphy_1801 Bphy_1802     TRUE 0.875 -3.000 0.000 NA N NA
 7086709 7086710 Bphy_1804 Bphy_1805     FALSE 0.136 144.000 0.000 1.000   NA
 7086712 7086713 Bphy_1807 Bphy_1808     FALSE 0.005 367.000 0.000 NA   NA
 7086713 7086714 Bphy_1808 Bphy_1809     TRUE 0.775 55.000 0.133 1.000 N NA
 7086714 7086715 Bphy_1809 Bphy_1810     TRUE 0.989 -3.000 0.233 1.000 N NA
 7086715 7086716 Bphy_1810 Bphy_1811     FALSE 0.528 57.000 0.008 NA   NA
 7086716 7086717 Bphy_1811 Bphy_1812     TRUE 0.920 3.000 0.012 NA   NA
 7086717 7086718 Bphy_1812 Bphy_1813     FALSE 0.492 65.000 0.012 1.000 N NA
 7086718 7086719 Bphy_1813 Bphy_1814     TRUE 0.687 31.000 0.008 1.000 N NA
 7086719 7086720 Bphy_1814 Bphy_1815     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086721 7086722 Bphy_1816 Bphy_1817     FALSE 0.430 147.000 0.130 NA   NA
 7086723 7086724 Bphy_1818 Bphy_1819     TRUE 0.895 52.000 0.400 NA   NA
 7086724 7086725 Bphy_1819 Bphy_1820     TRUE 0.805 6.000 0.000 NA   NA
 7086725 7086726 Bphy_1820 Bphy_1821     FALSE 0.188 114.000 0.000 NA   NA
 7086727 7086728 Bphy_1822 Bphy_1823     TRUE 0.996 -3.000 0.812 NA   NA
 7086729 7086730 Bphy_1824 Bphy_1825     TRUE 0.965 19.000 0.429 1.000   NA
 7086736 7086737 Bphy_1831 Bphy_1832     TRUE 0.945 18.000 0.222 NA   NA
 7086737 7086738 Bphy_1832 Bphy_1833     TRUE 0.995 0.000 0.900 NA   NA
 7086738 7086739 Bphy_1833 Bphy_1834     TRUE 0.996 -3.000 0.700 1.000   NA
 7086739 7086740 Bphy_1834 Bphy_1835     TRUE 0.990 -7.000 0.333 NA   NA
 7086740 7086741 Bphy_1835 Bphy_1836     TRUE 0.900 95.000 1.000 NA   NA
 7086741 7086742 Bphy_1836 Bphy_1837     FALSE 0.399 48.000 0.000 NA   NA
 7086742 7086743 Bphy_1837 Bphy_1839     TRUE 0.884 -10.000 0.000 NA   NA
 7086744 7086745 Bphy_1840 Bphy_1841     TRUE 0.688 88.000 0.143 1.000 N NA
 7086745 7086746 Bphy_1841 Bphy_1842     FALSE 0.011 278.000 0.000 NA   NA
 7086747 7086748 Bphy_1843 Bphy_1844     FALSE 0.195 111.000 0.000 NA   NA
 7086748 7086749 Bphy_1844 Bphy_1845     TRUE 0.558 153.000 0.000 0.093 Y NA
 7086750 7086751 Bphy_1846 Bphy_1847     FALSE 0.257 89.000 0.000 NA   NA
 7086759 7086760 Bphy_R0059 Bphy_1855     FALSE 0.002 546.000 0.000 NA   NA
 7086760 7086761 Bphy_1855 Bphy_1856     FALSE 0.464 40.000 0.000 NA   NA
 7086761 7086762 Bphy_1856 Bphy_1857     TRUE 0.906 56.000 0.517 NA   NA
 7086763 7086764 Bphy_1858 Bphy_1859     TRUE 0.878 0.000 0.000 NA   NA
 7086764 7086765 Bphy_1859 Bphy_1860     FALSE 0.445 42.000 0.000 NA   NA
 7086765 7086766 Bphy_1860 Bphy_1861     FALSE 0.382 52.000 0.000 NA   NA
 7086766 7086767 Bphy_1861 Bphy_1862     FALSE 0.312 69.000 0.000 NA   NA
 7086767 7086768 Bphy_1862 Bphy_1863     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086768 7086769 Bphy_1863 Bphy_1864     TRUE 0.857 2.000 0.000 NA   NA
 7086770 7086771 Bphy_1865 Bphy_1866     TRUE 0.843 3.000 0.000 NA   NA
 7086771 7086772 Bphy_1866 Bphy_1867     FALSE 0.376 53.000 0.000 NA   NA
 7086773 7086774 Bphy_1868 Bphy_1869     TRUE 0.764 10.000 0.000 NA   NA
 7086774 7086775 Bphy_1869 Bphy_1870     TRUE 0.987 9.000 0.750 NA   NA
 7086775 7086776 Bphy_1870 Bphy_1871     TRUE 0.878 0.000 0.000 NA   NA
 7086776 7086777 Bphy_1871 Bphy_1872     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086777 7086778 Bphy_1872 Bphy_1873     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086778 7086779 Bphy_1873 Bphy_1874     TRUE 0.953 4.000 0.074 NA   NA
 7086779 7086780 Bphy_1874 Bphy_1875     TRUE 0.982 -3.000 0.111 NA   NA
 7086780 7086781 Bphy_1875 Bphy_1876     TRUE 0.675 119.000 0.250 NA   NA
 7086781 7086782 Bphy_1876 Bphy_1877     TRUE 0.990 4.000 0.667 NA   NA
 7086782 7086783 Bphy_1877 Bphy_1878     FALSE 0.339 62.000 0.000 NA   NA
 7086783 7086784 Bphy_1878 Bphy_1879     TRUE 0.977 3.000 0.182 NA   NA
 7086784 7086785 Bphy_1879 Bphy_1880     TRUE 0.764 10.000 0.000 NA   NA
 7086785 7086786 Bphy_1880 Bphy_1881     TRUE 0.995 -3.000 0.714 NA   NA
 7086786 7086787 Bphy_1881 Bphy_1882     TRUE 0.987 0.000 0.286 NA   NA
 7086787 7086788 Bphy_1882 Bphy_1883     TRUE 0.818 64.000 0.222 NA   NA
 7086788 7086789 Bphy_1883 Bphy_1884     FALSE 0.506 35.000 0.000 NA   NA
 7086789 7086790 Bphy_1884 Bphy_1885     TRUE 0.563 28.000 0.000 NA   NA
 7086790 7086791 Bphy_1885 Bphy_1886     TRUE 0.924 -3.000 0.000 1.000   NA
 7086791 7086792 Bphy_1886 Bphy_1887     FALSE 0.466 45.000 0.000 1.000   NA
 7086792 7086793 Bphy_1887 Bphy_1888     TRUE 0.990 0.000 0.350 1.000   NA
 7086793 7086794 Bphy_1888 Bphy_1889     TRUE 0.968 8.000 0.200 NA   NA
 7086794 7086795 Bphy_1889 Bphy_1890     FALSE 0.376 53.000 0.000 NA   NA
 7086795 7086796 Bphy_1890 Bphy_1891     FALSE 0.071 169.000 0.000 NA   NA
 7086796 7086797 Bphy_1891 Bphy_1892     TRUE 0.857 2.000 0.000 NA   NA
 7086797 7086798 Bphy_1892 Bphy_1893     FALSE 0.002 509.000 0.000 NA   NA
 7086798 7086799 Bphy_1893 Bphy_1894     FALSE 0.010 289.000 0.000 NA   NA
 7086799 7086800 Bphy_1894 Bphy_1895     TRUE 0.991 -3.000 0.286 NA   NA
 7086800 7086801 Bphy_1895 Bphy_1896     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086801 7086802 Bphy_1896 Bphy_1897     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086802 7086803 Bphy_1897 Bphy_1898     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086803 7086804 Bphy_1898 Bphy_1899     FALSE 0.386 51.000 0.000 NA   NA
 7086804 7086805 Bphy_1899 Bphy_1900     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086805 7086806 Bphy_1900 Bphy_1901     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086806 7086807 Bphy_1901 Bphy_1902     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086807 7086808 Bphy_1902 Bphy_1903     TRUE 0.878 0.000 0.000 NA   NA
 7086808 7086809 Bphy_1903 Bphy_1904     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086809 7086810 Bphy_1904 Bphy_1905     TRUE 0.873 -16.000 0.000 NA   NA
 7086810 7086811 Bphy_1905 Bphy_1906     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086811 7086812 Bphy_1906 Bphy_1907     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086812 7086813 Bphy_1907 Bphy_1908     TRUE 0.698 14.000 0.000 NA   NA
 7086813 7086814 Bphy_1908 Bphy_1909     FALSE 0.006 330.000 0.000 NA   NA
 7086814 7086815 Bphy_1909 Bphy_1910     FALSE 0.211 105.000 0.000 NA   NA
 7086816 7086817 Bphy_1911 Bphy_1912     FALSE 0.005 355.000 0.000 NA   NA
 7086817 7086818 Bphy_1912 Bphy_1913     FALSE 0.006 339.000 0.000 NA   NA
 7086818 7086819 Bphy_1913 Bphy_1914     TRUE 0.904 45.000 0.367 NA   NA
 7086819 7086820 Bphy_1914 Bphy_1915     FALSE 0.043 192.000 0.000 NA   NA
 7086820 7086821 Bphy_1915 Bphy_1916     TRUE 0.843 3.000 0.000 NA   NA
 7086821 7086822 Bphy_1916 Bphy_1917     TRUE 0.776 9.000 0.000 NA   NA
 7086822 7086823 Bphy_1917 Bphy_1918     FALSE 0.540 31.000 0.000 NA   NA
 7086823 7086824 Bphy_1918 Bphy_1919     TRUE 0.857 2.000 0.000 NA   NA
 7086824 7086825 Bphy_1919 Bphy_1920     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086825 7086826 Bphy_1920 Bphy_1921     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA   NA
 7086826 7086827 Bphy_1921 Bphy_1922     TRUE 0.728 12.000 0.000 NA   NA
 7086831 7086832 Bphy_1926 Bphy_1927     TRUE 0.878 0.000 0.000 NA   NA
 7086833 7086834 Bphy_1928 Bphy_1929     TRUE 0.865 1.000 0.000 NA   NA
 7086834 7086835 Bphy_1929 Bphy_1930     TRUE 0.643 19.000 0.000 NA   NA
 7086835 7086836 Bphy_1930 Bphy_1931     TRUE 0.988 -16.000 0.333 NA   NA
 7086836 7086837 Bphy_1931 Bphy_1932     FALSE 0.454 41.000 0.000 NA   NA
 7086837 7086838 Bphy_1932 Bphy_1933     FALSE 0.003 449.000 0.000 NA   NA
 7086838 7086839 Bphy_1933 Bphy_1934     TRUE 0.712 13.000 0.000 NA   NA
 7086839 7086840 Bphy_1934 Bphy_1935     FALSE 0.033 205.000 0.000 NA   NA
 7086840 7086841 Bphy_1935 Bphy_1936     FALSE 0.006 346.000 0.000 NA   NA
 7086841 7086842 Bphy_1936 Bphy_1937     TRUE 0.996 -3.000 0.916 NA   NA
 7086842 7086843 Bphy_1937 Bphy_1938     FALSE 0.239 168.000 0.067 NA   NA
 7086844 7086845 Bphy_1939 Bphy_1940     FALSE 0.049 303.000 0.133 NA   NA
 7086845 7086846 Bphy_1940 Bphy_1941     TRUE 0.710 58.000 0.079 NA   NA
 7086846 7086847 Bphy_1941 Bphy_1942     FALSE 0.112 174.000 0.009 1.000 N NA
 7086847 7086848 Bphy_1942 Bphy_1943     FALSE 0.337 99.000 0.004 1.000 N NA
 7086848 7086849 Bphy_1943 Bphy_1944     FALSE 0.034 238.000 0.015 NA N NA
 7086849 7086850 Bphy_1944 Bphy_1945     FALSE 0.046 248.000 0.053 NA N NA
 7086850 7086851 Bphy_1945 Bphy_1946     TRUE 0.927 39.000 0.246 0.009 N NA
 7086851 7086852 Bphy_1946 Bphy_1947     TRUE 0.988 17.000 0.200 0.085 Y NA
 7086854 7086855 Bphy_1949 Bphy_1950     FALSE 0.204 149.000 0.014 NA   NA
 7086855 7086856 Bphy_1950 Bphy_1951     TRUE 0.742 40.000 0.049 NA   NA
 7086856 7086857 Bphy_1951 Bphy_1952     FALSE 0.373 142.000 0.077 NA   NA
 7086858 7086859 Bphy_1953 Bphy_1954     TRUE 0.784 38.000 0.067 NA   NA
 7086859 7086860 Bphy_1954 Bphy_1955     TRUE 0.988 -3.000 0.233 NA N NA
 7086860 7086861 Bphy_1955 Bphy_1956     TRUE 0.922 63.000 0.775 NA   NA
 7086861 7086862 Bphy_1956 Bphy_1957     TRUE 0.826 88.000 0.386 NA   NA
 7086862 7086863 Bphy_1957 Bphy_1958     FALSE 0.004 348.000 0.000 NA N NA
 7086865 7086866 Bphy_1960 Bphy_1961     TRUE 0.979 23.000 1.000 1.000   NA
 7086867 7086868 Bphy_1962 Bphy_1963     FALSE 0.083 217.000 0.048 NA   NA
 7086869 7086870 Bphy_1964 Bphy_1965     FALSE 0.087 158.000 0.000 NA   NA
 7086870 7086871 Bphy_1965 Bphy_1966     FALSE 0.341 204.000 0.438 NA   NA
 7086871 7086872 Bphy_1966 Bphy_1967     FALSE 0.010 282.000 0.000 NA   NA
 7086873 7086874 Bphy_1968 Bphy_1969     TRUE 0.827 16.000 0.022 1.000 N NA
 7086875 7086876 Bphy_1970 Bphy_1971     TRUE 0.997 5.000 0.750 1.000 Y NA
 7086876 7086877 Bphy_1971 Bphy_1972     TRUE 0.859 -70.000 0.000 NA   NA
 7086877 7086878 Bphy_1972 Bphy_R0006     FALSE 0.003 435.000 0.000 NA   NA
 7086878 7086879 Bphy_R0006 Bphy_R0007     FALSE 0.125 140.000 0.000 NA   NA
 7086879 7086880 Bphy_R0007 Bphy_R0060     FALSE 0.005 348.000 0.000 NA   NA
 7086880 7086881 Bphy_R0060 Bphy_R0061     FALSE 0.406 47.000 0.000 NA   NA
 7086881 7086882 Bphy_R0061 Bphy_R0008     FALSE 0.316 68.000 0.000 NA   NA
 7086882 7086883 Bphy_R0008 Bphy_1973     FALSE 0.003 464.000 0.000 NA   NA
 7086884 7086885 Bphy_1974 Bphy_1975     FALSE 0.199 199.000 0.139 NA   NA
 7086885 7086886 Bphy_1975 Bphy_1976     TRUE 0.695 94.000 0.163 NA   NA
 7086886 7086887 Bphy_1976 Bphy_1977     FALSE 0.158 217.000 0.152 NA   NA
 7086888 7086889 Bphy_1978 Bphy_1979     TRUE 0.803 30.000 0.050 NA   NA
 7086890 7086891 Bphy_1980 Bphy_1981     TRUE 0.871 78.000 0.500 NA   NA
 7086893 7086894 Bphy_1983 Bphy_1984     TRUE 0.997 0.000 0.438 1.000 Y NA
 7086894 7086895 Bphy_1984 Bphy_1985     TRUE 0.994 -3.000 0.531 1.000 N NA
 7086895 7086896 Bphy_1985 Bphy_1986     TRUE 0.946 34.000 0.500 NA   NA
 7086896 7086897 Bphy_1986 Bphy_1987     TRUE 0.895 74.000 0.643 NA   NA
 7086897 7086898 Bphy_1987 Bphy_1988     FALSE 0.273 160.000 0.088 NA N NA
 7086899 7086900 Bphy_1989 Bphy_1990     TRUE 0.998 -3.000 0.224 0.055 Y NA
 7086900 7086901 Bphy_1990 Bphy_1991     TRUE 0.937 34.000 0.030 1.000 Y NA
 7086901 7086902 Bphy_1991 Bphy_1992     TRUE 0.989 11.000 0.087 0.003 Y NA
 7086902 7086903 Bphy_1992 Bphy_1993     TRUE 0.798 56.000 0.155 NA   NA
 7086903 7086904 Bphy_1993 Bphy_1994     FALSE 0.056 241.000 0.046 NA   NA
 7086904 7086905 Bphy_1994 Bphy_1995     TRUE 0.742 42.000 0.058 NA   NA
 7086905 7086906 Bphy_1995 Bphy_1996     TRUE 0.984 0.000 0.202 NA   NA
 7086906 7086907 Bphy_1996 Bphy_1997     TRUE 0.989 26.000 0.340 0.001 Y NA
 7086907 7086908 Bphy_1997 Bphy_1998     TRUE 0.986 23.000 0.175 0.001 Y NA
 7086908 7086909 Bphy_1998 Bphy_1999     TRUE 0.993 19.000 0.451 0.004 Y NA
 7086909 7086910 Bphy_1999 Bphy_2000     TRUE 0.993 20.000 0.484 0.002 Y NA
 7086910 7086911 Bphy_2000 Bphy_2001     TRUE 0.874 160.000 0.442 0.004 Y NA
 7086911 7086912 Bphy_2001 Bphy_2002     TRUE 0.995 15.000 0.500 0.004 Y NA
 7086912 7086913 Bphy_2002 Bphy_2003     TRUE 0.998 1.000 0.515 0.004 Y NA
 7086913 7086914 Bphy_2003 Bphy_2004     TRUE 0.956 96.000 0.395 0.004 Y NA
 7086914 7086915 Bphy_2004 Bphy_2005     TRUE 0.998 -3.000 0.343 0.004 Y NA
 7086915 7086916 Bphy_2005 Bphy_2006     TRUE 0.828 171.000 0.355 0.004 Y NA
 7086916 7086917 Bphy_2006 Bphy_2007     TRUE 0.996 10.000 0.483 0.004 Y NA
 7086917 7086918 Bphy_2007 Bphy_2008     TRUE 0.991 19.000 0.328 0.002 Y NA
 7086918 7086919 Bphy_2008 Bphy_2009     TRUE 0.978 63.000 0.507 0.002 Y NA
 7086919 7086920 Bphy_2009 Bphy_R0062     FALSE 0.081 161.000 0.000 NA   NA
 7086920 7086921 Bphy_R0062 Bphy_2010   secG FALSE 0.188 114.000 0.000 NA   NA
 7086921 7086922 Bphy_2010 Bphy_2011 secG tpiA TRUE 0.729 87.000 0.184 1.000 N NA
 7086922 7086923 Bphy_2011 Bphy_2012 tpiA   FALSE 0.325 156.000 0.099 1.000 N NA
 7086923 7086924 Bphy_2012 Bphy_2013     FALSE 0.321 129.000 0.034 1.000 N NA
 7086924 7086925 Bphy_2013 Bphy_2014     FALSE 0.239 315.000 0.335 1.000 Y NA
 7086925 7086926 Bphy_2014 Bphy_2015     FALSE 0.134 168.000 0.020 NA N NA
 7086928 7086929 Bphy_2017 Bphy_2018     FALSE 0.010 462.000 0.073 1.000 N NA
 7086929 7086930 Bphy_2018 Bphy_2019     TRUE 0.989 21.000 0.466 1.000 Y NA
 7086930 7086931 Bphy_2019 Bphy_2020     FALSE 0.367 125.000 0.046 1.000 N NA
 7086931 7086932 Bphy_2020 Bphy_2021   ilvH TRUE 0.905 100.000 0.092 0.001 Y NA
 7086932 7086933 Bphy_2021 Bphy_2022 ilvH   TRUE 0.945 112.000 0.371 0.001 Y NA
 7086934 7086935 Bphy_2023 Bphy_2024     TRUE 0.968 -3.000 0.039 NA   NA
 7086935 7086936 Bphy_2024 Bphy_2025     TRUE 0.884 17.000 0.064 NA   NA
 7086936 7086937 Bphy_2025 Bphy_2026     TRUE 0.863 58.000 0.310 NA   NA
 7086937 7086938 Bphy_2026 Bphy_2027     FALSE 0.006 489.000 0.021 NA   NA
 7086938 7086939 Bphy_2027 Bphy_2028     TRUE 0.911 35.000 0.255 NA   NA
 7086939 7086940 Bphy_2028 Bphy_2029     FALSE 0.446 230.000 0.256 1.000 Y NA
 7086940 7086941 Bphy_2029 Bphy_2030     FALSE 0.201 217.000 0.246 1.000 N NA
 7086941 7086942 Bphy_2030 Bphy_2031     TRUE 0.983 3.000 0.273 NA   NA
 7086942 7086943 Bphy_2031 Bphy_2032     TRUE 0.711 41.000 0.039 NA   NA
 7086943 7086944 Bphy_2032 Bphy_2033     FALSE 0.010 257.000 0.000 NA N NA
 7086945 7086946 Bphy_2034 Bphy_2035     TRUE 0.974 -3.000 0.061 NA   NA
 7086948 7086949 Bphy_2037 Bphy_2038     TRUE 0.995 0.000 0.929 1.000   NA
 7086949 7086950 Bphy_2038 Bphy_2039     TRUE 0.935 60.000 0.923 NA   NA
 7086950 7086951 Bphy_2039 Bphy_2040     TRUE 0.823 66.000 0.250 NA   NA
 7086951 7086952 Bphy_2040 Bphy_2041     TRUE 0.968 3.000 0.125 1.000 N NA
 7086952 7086953 Bphy_2041 Bphy_2042     TRUE 0.993 -3.000 0.417 NA   NA
 7086953 7086954 Bphy_2042 Bphy_2043     TRUE 0.887 88.000 0.727 NA   NA
 7086955 7086956 Bphy_2044 Bphy_2045     TRUE 0.605 23.000 0.000 NA   NA
 7086956 7086957 Bphy_2045 Bphy_2046     FALSE 0.002 736.000 0.000 NA   NA
 7086957 7086958 Bphy_2046 Bphy_2047     TRUE 0.980 -3.000 0.091 NA   NA
 7086958 7086959 Bphy_2047 Bphy_2048     TRUE 0.984 -3.000 0.127 NA   NA
 7086960 7086961 Bphy_2049 Bphy_2050     TRUE 0.789 45.000 0.102 NA   NA
 7086961 7086962 Bphy_2050 Bphy_2051     TRUE 0.980 -3.000 0.091 NA   NA
 7086962 7086963 Bphy_2051 Bphy_2052     FALSE 0.020 395.000 0.114 NA   NA
 7086963 7086964 Bphy_2052 Bphy_2053     FALSE 0.326 149.000 0.077 1.000 N NA
 7086964 7086965 Bphy_2053 Bphy_2054     TRUE 0.997 -3.000 0.200 1.000 Y NA
 7086965 7086966 Bphy_2054 Bphy_2055     FALSE 0.003 741.000 0.006 1.000 N NA
 7086966 7086967 Bphy_2055 Bphy_2056     TRUE 0.987 55.000 0.877 0.001 Y NA
 7086967 7086968 Bphy_2056 Bphy_2057     TRUE 0.948 58.000 0.091 0.001 Y NA
 7086968 7086969 Bphy_2057 Bphy_2058     TRUE 0.993 -3.000 0.192 0.001   NA
 7086969 7086970 Bphy_2058 Bphy_2059     TRUE 0.967 0.000 0.071 NA   NA
 7086970 7086971 Bphy_2059 Bphy_2060     FALSE 0.058 229.000 0.031 NA   NA
 7086971 7086972 Bphy_2060 Bphy_2061   mgsA TRUE 0.558 65.000 0.032 1.000 N NA
 7086972 7086973 Bphy_2061 Bphy_2062 mgsA   TRUE 0.568 72.000 0.046 1.000 N NA
 7086974 7086975 Bphy_2063 Bphy_2064 upp   FALSE 0.009 365.000 0.002 NA   NA
 7086975 7086976 Bphy_2064 Bphy_2065     FALSE 0.027 287.000 0.034 NA   NA
 7086976 7086977 Bphy_2065 Bphy_2066     FALSE 0.037 262.000 0.043 1.000 N NA
 7086977 7086978 Bphy_2066 Bphy_2067     TRUE 0.986 7.000 0.066 1.000 Y NA
 7086978 7086979 Bphy_2067 Bphy_2068     TRUE 0.944 3.000 0.044 NA   NA
 7086979 7086980 Bphy_2068 Bphy_2069     TRUE 0.839 68.000 0.307 NA   NA
 7086980 7086981 Bphy_2069 Bphy_2070     FALSE 0.271 161.000 0.074 NA   NA
 7086981 7086982 Bphy_2070 Bphy_2071     TRUE 0.977 10.000 0.417 NA N NA
 7086982 7086983 Bphy_2071 Bphy_2072     FALSE 0.294 77.000 0.000 NA   NA
 7086983 7086984 Bphy_2072 Bphy_2073     FALSE 0.035 202.000 0.000 NA   NA
 7086984 7086985 Bphy_2073 Bphy_2074     FALSE 0.155 127.000 0.000 NA   NA
 7086986 7086987 Bphy_2075 Bphy_2076     FALSE 0.119 248.000 0.000 NA Y NA
 7086987 7086988 Bphy_2076 Bphy_2077     FALSE 0.165 116.000 0.000 1.000 N NA
 7086991 7086992 Bphy_2080 Bphy_2081     TRUE 0.582 75.000 0.039 1.000   NA
 7086993 7086994 Bphy_2082 Bphy_2083     FALSE 0.002 460.000 0.000 1.000 N NA
 7086994 7086995 Bphy_2083 Bphy_2084     TRUE 0.767 83.000 0.218 1.000 N NA
 7086995 7086996 Bphy_2084 Bphy_2085     FALSE 0.015 251.000 0.000 NA   NA
 7086996 7086997 Bphy_2085 Bphy_2086     TRUE 0.901 69.000 0.647 NA   NA
 7086997 7086998 Bphy_2086 Bphy_2087   purT TRUE 0.754 44.000 0.070 NA   NA
 7086999 7087000 Bphy_2088 Bphy_2089     FALSE 0.489 112.000 0.068 NA   NA
 7087004 7087005 Bphy_2093 Bphy_2094     FALSE 0.068 221.000 0.050 NA N NA
 7087007 7087008 Bphy_2096 Bphy_2097     TRUE 0.909 10.000 0.048 1.000 N NA
 7087008 7087009 Bphy_2097 Bphy_2098     FALSE 0.506 75.000 0.021 NA   NA
 7087010 7087011 Bphy_2099 Bphy_2100     TRUE 0.961 111.000 0.688 0.011 Y NA
 7087012 7087013 Bphy_2101 Bphy_2102     TRUE 0.933 37.000 0.431 NA   NA
 7087013 7087014 Bphy_2102 Bphy_2103     FALSE 0.427 126.000 0.067 NA   NA
 7087014 7087015 Bphy_2103 Bphy_2104     FALSE 0.037 250.000 0.025 1.000 N NA
 7087015 7087016 Bphy_2104 Bphy_2105     FALSE 0.044 191.000 0.000 NA   NA
 7087017 7087018 Bphy_2106 Bphy_2107     FALSE 0.368 133.000 0.055 NA   NA
 7087018 7087019 Bphy_2107 Bphy_2108     TRUE 0.996 -3.000 0.750 NA   NA
 7087019 7087020 Bphy_2108 Bphy_2109     FALSE 0.023 379.000 0.115 NA   NA
 7087020 7087021 Bphy_2109 Bphy_2110     TRUE 0.967 -3.000 0.053 NA N NA
 7087021 7087022 Bphy_2110 Bphy_2111     TRUE 0.952 0.000 0.047 NA N NA
 7087024 7087025 Bphy_2113 Bphy_2114     FALSE 0.329 124.000 0.028 1.000 N NA
 7087026 7087027 Bphy_2115 Bphy_2116     FALSE 0.549 30.000 0.000 NA   NA
 7087027 7087028 Bphy_2116 Bphy_2117     TRUE 0.770 66.000 0.155 NA   NA
 7087028 7087029 Bphy_2117 Bphy_2118     TRUE 0.654 112.000 0.216 NA N NA
 7087029 7087030 Bphy_2118 Bphy_2119     FALSE 0.242 170.000 0.075 NA   NA
 7087030 7087031 Bphy_2119 Bphy_2120     FALSE 0.003 540.000 0.000 1.000   NA
 7087031 7087032 Bphy_2120 Bphy_2121     FALSE 0.516 166.000 0.394 1.000 N NA
 7087033 7087034 Bphy_2122 Bphy_2123     FALSE 0.060 186.000 0.000 1.000   NA
 7087034 7087035 Bphy_2123 Bphy_2124     TRUE 0.954 55.000 0.106 0.001 Y NA
 7087035 7087036 Bphy_2124 Bphy_2125     FALSE 0.027 310.000 0.007 0.088   NA
 7087036 7087037 Bphy_2125 Bphy_2126     FALSE 0.058 225.000 0.024 NA   NA
 7087040 7087041 Bphy_R0063 Bphy_2129     FALSE 0.214 104.000 0.000 NA   NA
 7087042 7087043 Bphy_2131 Bphy_2132     FALSE 0.011 370.000 0.000 0.064   NA
 7087043 7087044 Bphy_2132 Bphy_2133     FALSE 0.103 158.000 0.000 1.000   NA
 7087044 7087045 Bphy_2133 Bphy_2134     FALSE 0.002 1037.000 0.000 1.000   NA
 7087046 7087047 Bphy_2135 Bphy_2136     FALSE 0.292 78.000 0.000 NA   NA
 7087049 7087050 Bphy_2138 Bphy_2139     FALSE 0.003 438.000 0.000 NA   NA
 7087050 7087051 Bphy_2139 Bphy_2140     FALSE 0.010 281.000 0.000 NA   NA
 7087051 7087052 Bphy_2140 Bphy_2141     TRUE 0.993 0.000 0.024 0.064 Y NA
 7087052 7087053 Bphy_2141 Bphy_2142     FALSE 0.134 173.000 0.016 NA   NA
 7087053 7087054 Bphy_2142 Bphy_2143     FALSE 0.527 142.000 0.196 NA   NA
 7087054 7087055 Bphy_2143 Bphy_2144     FALSE 0.235 157.000 0.044 NA   NA
 7087056 7087057 Bphy_2145 Bphy_2146     FALSE 0.368 201.000 0.467 NA   NA
 7087057 7087058 Bphy_2146 Bphy_2147     FALSE 0.039 197.000 0.000 NA   NA
 7087058 7087059 Bphy_2147 Bphy_2148     FALSE 0.121 142.000 0.000 NA   NA
 7087059 7087060 Bphy_2148 Bphy_2149     FALSE 0.036 201.000 0.000 NA   NA
 7087060 7087061 Bphy_2149 Bphy_2150     TRUE 0.919