MicrobesOnline Operon Predictions for Yersinia pestis Pestoides F

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3575235 3575236 YPDSF_0001 YPDSF_0002 dnaA   TRUE 0.994 5.000 0.328 1.000 Y NA
 3575236 3575237 YPDSF_0002 YPDSF_0003   recF TRUE 0.986 -25.000 0.318 1.000 Y NA
 3575237 3575238 YPDSF_0003 YPDSF_0004 recF gyrB TRUE 0.985 26.000 0.249 0.004 Y NA
 3575238 3575239 YPDSF_0004 YPDSF_0005 gyrB   FALSE 0.065 216.000 0.003 1.000   NA
 3575240 3575241 YPDSF_0006 YPDSF_0007     FALSE 0.001 776.000 0.000 1.000 N NA
 3575241 3575242 YPDSF_0007 YPDSF_0008     TRUE 0.995 -6.000 0.316 1.000 Y NA
 3575243 3575244 YPDSF_0009 YPDSF_0010     TRUE 0.860 -10.000 0.054 NA   NA
 3575246 3575247 YPDSF_0012 YPDSF_0013     FALSE 0.311 281.000 0.099 NA Y NA
 3575247 3575248 YPDSF_0013 YPDSF_0014     FALSE 0.036 373.000 0.069 NA   NA
 3575249 3575250 YPDSF_0015 YPDSF_0016 avtA malS FALSE 0.003 1208.000 0.085 1.000 N NA
 3575250 3575251 YPDSF_0016 YPDSF_0017 malS   FALSE 0.007 289.000 0.000 1.000 N NA
 3575253 3575254 YPDSF_0019 YPDSF_0020     FALSE 0.026 358.000 0.000 1.000   NA
 3575254 3575255 YPDSF_0020 YPDSF_0021     TRUE 0.896 -3.000 0.028 1.000   NA
 3575256 3575257 YPDSF_0022 YPDSF_0023 glyQ glyS TRUE 0.999 10.000 0.651 0.001 Y NA
 3575257 3575258 YPDSF_0023 YPDSF_0024 glyS   FALSE 0.007 473.000 0.003 NA   NA
 3575258 3575259 YPDSF_0024 YPDSF_0025     FALSE 0.007 650.000 0.000 NA   NA
 3575259 3575260 YPDSF_0025 YPDSF_0026     TRUE 0.890 137.000 0.292 1.000 Y NA
 3575260 3575261 YPDSF_0026 YPDSF_0027   mtlR FALSE 0.355 207.000 0.230 NA N NA
 3575261 3575262 YPDSF_0027 YPDSF_0028 mtlR   FALSE 0.106 249.000 0.067 NA   NA
 3575263 3575264 YPDSF_0029 YPDSF_0030     FALSE 0.008 633.000 0.000 NA   NA
 3575264 3575265 YPDSF_0030 YPDSF_0031     FALSE 0.156 190.000 0.000 NA   NA
 3575265 3575266 YPDSF_0031 YPDSF_0032     FALSE 0.004 344.000 0.000 1.000 N NA
 3575266 3575267 YPDSF_0032 YPDSF_0033     FALSE 0.001 436.000 0.029 1.000 N NA
 3575268 3575269 YPDSF_0034 YPDSF_0035     TRUE 0.899 49.000 0.125 0.002   NA
 3575269 3575270 YPDSF_0035 YPDSF_0036     TRUE 0.997 13.000 0.833 0.001   NA
 3575270 3575271 YPDSF_0036 YPDSF_0037     TRUE 1.000 -3.000 0.944 0.001 Y NA
 3575271 3575272 YPDSF_0037 YPDSF_0038     TRUE 0.966 0.000 0.182 NA N NA
 3575272 3575273 YPDSF_0038 YPDSF_0039     FALSE 0.125 184.000 0.083 NA N NA
 3575273 3575274 YPDSF_0039 YPDSF_0040     TRUE 0.998 -3.000 0.569 0.001 N NA
 3575277 3575278 YPDSF_0043 YPDSF_0044     FALSE 0.035 323.000 0.000 NA   NA
 3575278 3575279 YPDSF_0044 YPDSF_0045     FALSE 0.348 79.000 0.000 NA   NA
 3575279 3575280 YPDSF_0045 YPDSF_0046     FALSE 0.015 446.000 0.000 NA   NA
 3575280 3575281 YPDSF_0046 YPDSF_0047     FALSE 0.002 473.000 0.000 1.000 N NA
 3575281 3575282 YPDSF_0047 YPDSF_0048     FALSE 0.001 762.000 0.000 1.000 N NA
 3575282 3575283 YPDSF_0048 YPDSF_0049     TRUE 0.835 35.000 0.190 1.000   NA
 3575283 3575284 YPDSF_0049 YPDSF_0050   glpE TRUE 0.959 18.000 0.405 1.000   NA
 3575284 3575285 YPDSF_0050 YPDSF_0051 glpE   FALSE 0.003 375.000 0.000 1.000 N NA
 3575286 3575287 YPDSF_0052 YPDSF_0053   malQ TRUE 0.985 13.000 0.137 0.022 Y NA
 3575288 3575289 YPDSF_0054 YPDSF_0055     TRUE 0.506 60.000 0.066 1.000   NA
 3575290 3575291 YPDSF_0056 YPDSF_0057     FALSE 0.127 170.000 0.010 NA   NA
 3575292 3575293 YPDSF_0058 YPDSF_0059   feoB TRUE 0.942 36.000 0.455 NA   NA
 3575293 3575294 YPDSF_0059 YPDSF_0060 feoB feoA TRUE 0.867 92.000 0.177 1.000 Y NA
 3575294 3575295 YPDSF_0060 YPDSF_0061 feoA   FALSE 0.002 524.000 0.000 1.000 N NA
 3575296 3575297 YPDSF_0062 YPDSF_0063 greB ompR TRUE 0.810 136.000 0.067 0.083 Y NA
 3575297 3575298 YPDSF_0063 YPDSF_0064 ompR envZ TRUE 0.998 -3.000 0.584 1.000 Y NA
 3575299 3575300 YPDSF_0065 YPDSF_0066   hslO FALSE 0.035 197.000 0.048 1.000 N NA
 3575300 3575301 YPDSF_0066 YPDSF_0067 hslO   FALSE 0.310 163.000 0.140 1.000 N NA
 3575301 3575302 YPDSF_0067 YPDSF_0068     TRUE 0.606 29.000 0.056 1.000   NA
 3575302 3575303 YPDSF_0068 YPDSF_0069     FALSE 0.463 144.000 0.122 1.000   NA
 3575306 3575307 YPDSF_0072 YPDSF_0073     TRUE 0.998 0.000 0.870 NA   NA
 3575307 3575308 YPDSF_0073 YPDSF_0074     TRUE 0.885 -52.000 0.174 NA   NA
 3575308 3575309 YPDSF_0074 YPDSF_0075     TRUE 0.899 -34.000 0.167 NA   NA
 3575311 3575312 YPDSF_0077 YPDSF_0078   aroK FALSE 0.150 349.000 0.319 1.000 N NA
 3575312 3575313 YPDSF_0078 YPDSF_0079 aroK aroB TRUE 0.923 57.000 0.208 1.000 Y NA
 3575313 3575314 YPDSF_0079 YPDSF_0080 aroB   FALSE 0.050 254.000 0.022 NA   NA
 3575314 3575315 YPDSF_0080 YPDSF_0081     TRUE 0.767 84.000 0.234 NA   NA
 3575315 3575316 YPDSF_0081 YPDSF_0082     FALSE 0.012 303.000 0.053 1.000 N NA
 3575316 3575317 YPDSF_0082 YPDSF_0083     TRUE 0.879 -7.000 0.050 1.000   NA
 3575317 3575318 YPDSF_0083 YPDSF_0084     TRUE 0.956 2.000 0.118 1.000   NA
 3575319 3575320 YPDSF_0085 YPDSF_0086 cysG   FALSE 0.182 88.000 0.065 1.000 N NA
 3575320 3575321 YPDSF_0086 YPDSF_0087   nirD TRUE 0.833 179.000 0.283 1.000 Y NA
 3575321 3575322 YPDSF_0087 YPDSF_0088 nirD   TRUE 0.999 -3.000 0.829 0.001 N NA
 3575326 3575327 YPDSF_0092 YPDSF_0093     FALSE 0.074 249.000 0.000 NA   NA
 3575327 3575328 YPDSF_0093 YPDSF_0094     TRUE 0.820 -12.000 0.000 NA   NA
 3575329 3575330 YPDSF_0095 YPDSF_0096     FALSE 0.034 326.000 0.000 1.000   NA
 3575330 3575331 YPDSF_0096 YPDSF_0097     FALSE 0.048 243.000 0.007 1.000   NA
 3575331 3575332 YPDSF_0097 YPDSF_0098   argD TRUE 0.728 133.000 0.088 1.000 Y NA
 3575333 3575334 YPDSF_0099 YPDSF_0100     TRUE 0.548 86.000 0.111 NA   NA
 3575335 3575336 YPDSF_0101 YPDSF_0102     FALSE 0.366 72.000 0.000 NA   NA
 3575337 3575338 YPDSF_0103 YPDSF_0104     TRUE 0.729 149.000 0.303 NA   NA
 3575338 3575339 YPDSF_0104 YPDSF_0105     TRUE 0.985 -3.000 0.222 NA   NA
 3575340 3575341 YPDSF_0106 YPDSF_0107   tauA FALSE 0.021 203.000 0.000 1.000 N NA
 3575341 3575342 YPDSF_0107 YPDSF_0108 tauA tauB TRUE 0.954 9.000 0.023 1.000 Y NA
 3575342 3575343 YPDSF_0108 YPDSF_0109 tauB   TRUE 0.999 -3.000 0.728 1.000 Y NA
 3575343 3575344 YPDSF_0109 YPDSF_0110   tauD TRUE 0.972 -3.000 0.214 1.000 N NA
 3575345 3575346 YPDSF_0111 YPDSF_0112     TRUE 0.615 -88.000 0.000 NA   NA
 3575346 3575347 YPDSF_0112 YPDSF_0113     FALSE 0.318 93.000 0.000 NA   NA
 3575347 3575348 YPDSF_0113 YPDSF_0114     FALSE 0.191 135.000 0.020 NA   NA
 3575349 3575350 YPDSF_0115 YPDSF_0116     TRUE 0.997 4.000 0.927 1.000   NA
 3575350 3575351 YPDSF_0116 YPDSF_0117     TRUE 0.963 16.000 0.400 1.000   NA
 3575351 3575352 YPDSF_0117 YPDSF_0118     FALSE 0.381 95.000 0.060 1.000   NA
 3575354 3575355 YPDSF_0120 YPDSF_0121     FALSE 0.405 254.000 0.310 NA   NA
 3575355 3575356 YPDSF_0121 YPDSF_0122     TRUE 0.984 0.000 0.220 NA   NA
 3575356 3575357 YPDSF_0122 YPDSF_0123     TRUE 0.999 0.000 0.790 NA Y NA
 3575357 3575358 YPDSF_0123 YPDSF_0124     TRUE 0.994 20.000 0.804 NA Y NA
 3575358 3575359 YPDSF_0124 YPDSF_0125   rpsL FALSE 0.110 138.000 0.058 NA N NA
 3575359 3575360 YPDSF_0125 YPDSF_0126 rpsL   TRUE 0.987 97.000 0.620 0.003 Y NA
 3575360 3575361 YPDSF_0126 YPDSF_0127     TRUE 0.966 94.000 0.579 1.000 Y NA
 3575361 3575362 YPDSF_0127 YPDSF_0128     TRUE 0.898 73.000 0.005 0.001 Y NA
 3575362 3575363 YPDSF_0128 YPDSF_0129     FALSE 0.021 203.000 0.000 1.000 N NA
 3575363 3575364 YPDSF_0129 YPDSF_0130     FALSE 0.030 176.000 0.000 NA N NA
 3575364 3575365 YPDSF_0130 YPDSF_0131     TRUE 0.700 79.000 0.013 NA Y NA
 3575365 3575366 YPDSF_0131 YPDSF_0132     FALSE 0.002 414.000 0.000 1.000 N NA
 3575366 3575367 YPDSF_0132 YPDSF_0133   rplC TRUE 0.983 33.000 0.307 0.019 Y NA
 3575367 3575368 YPDSF_0133 YPDSF_0134 rplC rplD TRUE 0.995 17.000 0.486 0.015 Y NA
 3575368 3575369 YPDSF_0134 YPDSF_0135 rplD rplW TRUE 0.999 -3.000 0.513 0.015 Y NA
 3575369 3575370 YPDSF_0135 YPDSF_0136 rplW rplB TRUE 0.998 17.000 0.849 0.019 Y NA
 3575370 3575371 YPDSF_0136 YPDSF_0137 rplB rpsS TRUE 0.998 15.000 0.820 0.019 Y NA
 3575371 3575372 YPDSF_0137 YPDSF_0138 rpsS rplV TRUE 0.998 15.000 0.769 0.019 Y NA
 3575372 3575373 YPDSF_0138 YPDSF_0139 rplV rpsC TRUE 0.997 18.000 0.719 0.019 Y NA
 3575373 3575374 YPDSF_0139 YPDSF_0140 rpsC rplP TRUE 0.998 13.000 0.828 0.019 Y NA
 3575374 3575375 YPDSF_0140 YPDSF_0141 rplP   TRUE 1.000 0.000 0.802 0.015 Y NA
 3575375 3575376 YPDSF_0141 YPDSF_0142   rpsQ TRUE 1.000 0.000 0.828 0.015 Y NA
 3575376 3575377 YPDSF_0142 YPDSF_0143 rpsQ rplN TRUE 0.978 181.000 0.791 0.019 Y NA
 3575377 3575378 YPDSF_0143 YPDSF_0144 rplN rplX TRUE 0.999 11.000 0.810 0.019 Y NA
 3575378 3575379 YPDSF_0144 YPDSF_0145 rplX rplE TRUE 0.998 15.000 0.758 0.015 Y NA
 3575379 3575380 YPDSF_0145 YPDSF_0146 rplE rpsN TRUE 0.996 14.000 0.496 0.015 Y NA
 3575380 3575381 YPDSF_0146 YPDSF_0147 rpsN rpsH TRUE 0.990 34.000 0.473 0.015 Y NA
 3575381 3575382 YPDSF_0147 YPDSF_0148 rpsH rplF TRUE 0.998 15.000 0.808 0.015 Y NA
 3575382 3575383 YPDSF_0148 YPDSF_0149 rplF rplR TRUE 0.999 10.000 0.815 0.015 Y NA
 3575383 3575384 YPDSF_0149 YPDSF_0150 rplR rpsE TRUE 0.998 15.000 0.814 0.019 Y NA
 3575384 3575385 YPDSF_0150 YPDSF_0151 rpsE rplO TRUE 0.832 186.000 0.148 0.019 Y NA
 3575385 3575386 YPDSF_0151 YPDSF_0152 rplO secY TRUE 0.991 8.000 0.730 1.000 N NA
 3575386 3575387 YPDSF_0152 YPDSF_0153 secY rpsM FALSE 0.002 298.000 0.011 1.000 N NA
 3575387 3575388 YPDSF_0153 YPDSF_0154 rpsM   TRUE 0.998 17.000 0.810 0.015 Y NA
 3575388 3575389 YPDSF_0154 YPDSF_0155   rpsD TRUE 0.992 31.000 0.509 0.019 Y NA
 3575389 3575390 YPDSF_0155 YPDSF_0156 rpsD   TRUE 0.947 26.000 0.549 1.000 N NA
 3575390 3575391 YPDSF_0156 YPDSF_0157   rplQ TRUE 0.971 41.000 0.873 1.000 N NA
 3575391 3575392 YPDSF_0157 YPDSF_0158 rplQ zntR FALSE 0.001 447.000 0.005 1.000 N NA
 3575392 3575393 YPDSF_0158 YPDSF_0159 zntR   TRUE 0.739 88.000 0.219 NA   NA
 3575394 3575395 YPDSF_0160 YPDSF_0161 mscL trkA FALSE 0.014 139.000 0.007 1.000 N NA
 3575395 3575396 YPDSF_0161 YPDSF_0162 trkA   FALSE 0.032 56.000 0.007 1.000 N NA
 3575396 3575397 YPDSF_0162 YPDSF_0163   fmt TRUE 0.921 94.000 0.305 1.000 Y NA
 3575397 3575398 YPDSF_0163 YPDSF_0164 fmt def TRUE 0.949 25.000 0.058 0.022 Y NA
 3575399 3575400 YPDSF_0165 YPDSF_0166     TRUE 0.875 -28.000 0.124 NA   NA
 3575400 3575401 YPDSF_0166 YPDSF_0167     TRUE 0.941 20.000 0.331 NA   NA
 3575401 3575402 YPDSF_0167 YPDSF_0168     TRUE 0.935 2.000 0.137 NA N NA
 3575402 3575403 YPDSF_0168 YPDSF_0169   aroE TRUE 0.778 9.000 0.087 NA N NA
 3575405 3575406 YPDSF_R0001 YPDSF_R0002     FALSE 0.322 91.000 0.000 NA   NA
 3575406 3575407 YPDSF_R0002 YPDSF_R0003     FALSE 0.445 52.000 0.000 NA   NA
 3575407 3575408 YPDSF_R0003 YPDSF_R0004     FALSE 0.109 219.000 0.000 NA   NA
 3575408 3575409 YPDSF_R0004 YPDSF_R0005     FALSE 0.293 105.000 0.000 NA   NA
 3575409 3575410 YPDSF_R0005 YPDSF_R0006     TRUE 0.817 9.000 0.000 NA   NA
 3575410 3575411 YPDSF_R0006 YPDSF_R0005b     TRUE 0.523 33.000 0.000 NA   NA
 3575411 3575412 YPDSF_R0005b YPDSF_0171     FALSE 0.006 732.000 0.000 NA   NA
 3575414 3575415 YPDSF_0173 YPDSF_0174     TRUE 0.893 47.000 0.118 1.000 Y NA
 3575415 3575416 YPDSF_0174 YPDSF_0175   aceK FALSE 0.257 256.000 0.273 1.000 N NA
 3575419 3575420 YPDSF_0178 YPDSF_0179     TRUE 0.690 -34.000 0.000 NA   NA
 3575420 3575421 YPDSF_0179 YPDSF_0180     FALSE 0.372 70.000 0.000 NA   NA
 3575421 3575422 YPDSF_0180 YPDSF_0181     FALSE 0.002 481.000 0.000 NA N NA
 3575423 3575424 YPDSF_0182 YPDSF_0183 pgi   FALSE 0.178 135.000 0.015 1.000   NA
 3575425 3575426 YPDSF_0184 YPDSF_0185 malG malF TRUE 0.998 14.000 0.814 0.074 Y NA
 3575426 3575427 YPDSF_0185 YPDSF_0186 malF malE TRUE 0.543 187.000 0.060 1.000 Y NA
 3575428 3575429 YPDSF_0187 YPDSF_0188     TRUE 0.871 4.000 0.000 NA   NA
 3575429 3575430 YPDSF_0188 YPDSF_0189   lamB TRUE 0.857 71.000 0.000 0.094 Y NA
 3575430 3575431 YPDSF_0189 YPDSF_0190 lamB   FALSE 0.083 241.000 0.000 1.000   NA
 3575431 3575432 YPDSF_0190 YPDSF_0191     FALSE 0.031 339.000 0.000 NA   NA
 3575434 3575435 YPDSF_0193 YPDSF_0194     TRUE 0.964 68.000 0.821 NA   NA
 3575435 3575436 YPDSF_0194 YPDSF_0195     TRUE 0.993 7.000 0.627 NA   NA
 3575436 3575437 YPDSF_0195 YPDSF_0196     TRUE 0.996 0.000 0.552 NA   NA
 3575438 3575439 YPDSF_0197 YPDSF_0198     TRUE 0.756 54.000 0.167 NA   NA
 3575440 3575441 YPDSF_0199 YPDSF_0200     TRUE 0.991 -36.000 0.863 NA   NA
 3575441 3575442 YPDSF_0200 YPDSF_0201     TRUE 0.875 126.000 0.510 NA   NA
 3575442 3575443 YPDSF_0201 YPDSF_0202     TRUE 0.998 0.000 0.862 NA   NA
 3575443 3575444 YPDSF_0202 YPDSF_0203     TRUE 0.997 3.000 0.765 NA   NA
 3575444 3575445 YPDSF_0203 YPDSF_0204     TRUE 0.997 0.000 0.673 NA   NA
 3575445 3575446 YPDSF_0204 YPDSF_0205     TRUE 0.982 11.000 0.471 NA   NA
 3575446 3575447 YPDSF_0205 YPDSF_0206     TRUE 0.911 -3.000 0.039 1.000   NA
 3575447 3575448 YPDSF_0206 YPDSF_0207     TRUE 0.928 -3.000 0.053 NA   NA
 3575448 3575449 YPDSF_0207 YPDSF_0208     TRUE 0.995 6.000 0.711 NA   NA
 3575449 3575450 YPDSF_0208 YPDSF_0209     TRUE 0.977 32.000 0.750 NA   NA
 3575450 3575451 YPDSF_0209 YPDSF_0210     TRUE 0.775 125.000 0.312 NA   NA
 3575451 3575452 YPDSF_0210 YPDSF_0211     TRUE 0.611 -93.000 0.000 NA   NA
 3575452 3575453 YPDSF_0211 YPDSF_0212     TRUE 0.596 22.000 0.000 NA   NA
 3575453 3575454 YPDSF_0212 YPDSF_0213     TRUE 0.850 6.000 0.000 NA   NA
 3575454 3575455 YPDSF_0213 YPDSF_0214     TRUE 0.955 -7.000 0.143 NA   NA
 3575455 3575456 YPDSF_0214 YPDSF_0215     TRUE 0.549 28.000 0.000 NA   NA
 3575457 3575458 YPDSF_0216 YPDSF_0217     FALSE 0.355 76.000 0.000 NA   NA
 3575458 3575459 YPDSF_0217 YPDSF_0218     TRUE 0.621 82.000 0.133 NA   NA
 3575460 3575461 YPDSF_0219 YPDSF_0220     TRUE 0.870 22.000 0.182 NA   NA
 3575461 3575462 YPDSF_0220 YPDSF_0221     TRUE 0.883 3.000 0.000 NA   NA
 3575462 3575463 YPDSF_0221 YPDSF_0222     FALSE 0.477 45.000 0.000 NA   NA
 3575463 3575464 YPDSF_0222 YPDSF_0223     TRUE 0.817 9.000 0.000 NA   NA
 3575465 3575466 YPDSF_0224 YPDSF_0225     TRUE 0.994 -3.000 0.455 NA   NA
 3575468 3575469 YPDSF_0227 YPDSF_0228     TRUE 0.968 6.000 0.000 1.000 Y NA
 3575469 3575470 YPDSF_0228 YPDSF_0229     FALSE 0.037 157.000 0.000 1.000 N NA
 3575471 3575472 YPDSF_0230 YPDSF_0231     TRUE 0.902 15.000 0.169 1.000   NA
 3575472 3575473 YPDSF_0231 YPDSF_0232     TRUE 0.920 19.000 0.341 1.000 N NA
 3575473 3575474 YPDSF_0232 YPDSF_0233     TRUE 0.943 9.000 0.226 1.000 N NA
 3575474 3575475 YPDSF_0233 YPDSF_0234   ssuB TRUE 0.998 -3.000 0.472 1.000 Y NA
 3575477 3575478 YPDSF_0236 YPDSF_0237     FALSE 0.028 349.000 0.000 1.000   NA
 3575479 3575480 YPDSF_0238 YPDSF_0239     FALSE 0.228 152.000 0.000 NA   NA
 3575481 3575482 YPDSF_0240 YPDSF_0241     TRUE 0.931 204.000 0.714 NA Y NA
 3575482 3575483 YPDSF_0241 YPDSF_0242     TRUE 0.999 -7.000 0.667 0.014 Y NA
 3575483 3575484 YPDSF_0242 YPDSF_0243     TRUE 1.000 2.000 0.900 0.014 Y NA
 3575484 3575485 YPDSF_0243 YPDSF_0244     TRUE 0.816 19.000 0.184 1.000 N NA
 3575485 3575486 YPDSF_0244 YPDSF_0245     TRUE 0.976 -3.000 0.102 0.022 N NA
 3575491 3575492 YPDSF_0250 YPDSF_0251     FALSE 0.422 260.000 0.000 0.081 Y NA
 3575495 3575496 YPDSF_0254 YPDSF_0255     FALSE 0.389 65.000 0.000 1.000   NA
 3575496 3575497 YPDSF_0255 YPDSF_0256     FALSE 0.333 178.000 0.105 1.000   NA
 3575497 3575498 YPDSF_0256 YPDSF_0257     FALSE 0.399 154.000 0.105 1.000   NA
 3575498 3575499 YPDSF_0257 YPDSF_0258     FALSE 0.323 90.000 0.000 1.000   NA
 3575499 3575500 YPDSF_0258 YPDSF_0259     FALSE 0.386 66.000 0.000 NA   NA
 3575501 3575502 YPDSF_0260 YPDSF_0261 fis   TRUE 0.736 25.000 0.161 1.000 N NA
 3575502 3575503 YPDSF_0261 YPDSF_0262   prmA FALSE 0.047 566.000 0.042 1.000 Y NA
 3575503 3575504 YPDSF_0262 YPDSF_0263 prmA panF FALSE 0.114 43.000 0.041 1.000 N NA
 3575504 3575505 YPDSF_0263 YPDSF_0264 panF   TRUE 0.994 -10.000 0.682 NA   NA
 3575505 3575506 YPDSF_0264 YPDSF_0265     FALSE 0.010 1358.000 0.103 NA   NA
 3575506 3575507 YPDSF_0265 YPDSF_0266     TRUE 0.995 12.000 0.275 0.001 Y NA
 3575507 3575508 YPDSF_0266 YPDSF_0267     TRUE 0.638 113.000 0.254 1.000 N NA
 3575508 3575509 YPDSF_0267 YPDSF_0268     FALSE 0.037 263.000 0.006 1.000   NA
 3575509 3575510 YPDSF_0268 YPDSF_0269     TRUE 0.999 0.000 0.790 0.046   NA
 3575510 3575511 YPDSF_0269 YPDSF_0270     FALSE 0.132 223.000 0.059 1.000   NA
 3575512 3575513 YPDSF_0271 YPDSF_0272     FALSE 0.004 337.000 0.000 1.000 N NA
 3575513 3575514 YPDSF_0272 YPDSF_0273     TRUE 0.768 204.000 0.689 1.000 N NA
 3575514 3575515 YPDSF_0273 YPDSF_0274     TRUE 0.999 -3.000 0.550 0.002 Y NA
 3575515 3575516 YPDSF_0274 YPDSF_0275     TRUE 0.937 8.000 0.206 NA N NA
 3575516 3575517 YPDSF_0275 YPDSF_0276     TRUE 0.979 -10.000 0.417 NA N NA
 3575517 3575518 YPDSF_0276 YPDSF_0277     TRUE 0.800 94.000 0.296 NA   NA
 3575518 3575519 YPDSF_0277 YPDSF_0278     TRUE 0.992 -3.000 0.358 NA   NA
 3575519 3575520 YPDSF_0278 YPDSF_0279     TRUE 0.956 12.000 0.259 NA   NA
 3575521 3575522 YPDSF_0280 YPDSF_0281     TRUE 0.946 25.000 0.000 0.014 Y NA
 3575522 3575523 YPDSF_0281 YPDSF_0282     TRUE 0.969 84.000 1.000 NA   NA
 3575523 3575524 YPDSF_0282 YPDSF_0283     TRUE 0.983 -12.000 0.400 NA   NA
 3575524 3575525 YPDSF_0283 YPDSF_0284     TRUE 0.731 13.000 0.000 NA   NA
 3575525 3575526 YPDSF_0284 YPDSF_0285     FALSE 0.257 134.000 0.000 NA   NA
 3575526 3575527 YPDSF_0285 YPDSF_0286     TRUE 0.930 57.000 0.500 NA   NA
 3575527 3575528 YPDSF_0286 YPDSF_0287     FALSE 0.490 41.000 0.000 NA   NA
 3575530 3575531 YPDSF_0289 YPDSF_0290     FALSE 0.436 261.000 0.000 0.062 Y NA
 3575532 3575533 YPDSF_0291 YPDSF_0292     TRUE 0.944 8.000 0.150 NA   NA
 3575533 3575534 YPDSF_0292 YPDSF_0293     TRUE 0.998 2.000 1.000 NA   NA
 3575534 3575535 YPDSF_0293 YPDSF_0294     FALSE 0.060 267.000 0.000 NA   NA
 3575535 3575536 YPDSF_0294 YPDSF_0295     TRUE 0.998 -3.000 0.667 0.054   NA
 3575536 3575537 YPDSF_0295 YPDSF_0296     FALSE 0.147 195.000 0.000 1.000   NA
 3575537 3575538 YPDSF_0296 YPDSF_0297     TRUE 0.984 5.000 0.329 NA   NA
 3575540 3575541 YPDSF_0299 YPDSF_0300     FALSE 0.029 285.000 0.005 NA   NA
 3575541 3575542 YPDSF_0300 YPDSF_0301     FALSE 0.125 208.000 0.000 NA   NA
 3575543 3575544 YPDSF_0302 YPDSF_0303     FALSE 0.004 353.000 0.000 1.000 N NA
 3575544 3575545 YPDSF_0303 YPDSF_0304     TRUE 0.970 95.000 0.650 1.000 Y NA
 3575545 3575546 YPDSF_0304 YPDSF_0305   treR FALSE 0.003 411.000 0.000 1.000 N NA
 3575546 3575547 YPDSF_0305 YPDSF_0306 treR   FALSE 0.089 234.000 0.000 NA   NA
 3575547 3575548 YPDSF_0306 YPDSF_0307     FALSE 0.043 299.000 0.000 NA   NA
 3575548 3575549 YPDSF_0307 YPDSF_0308     FALSE 0.196 138.000 0.084 NA N NA
 3575549 3575550 YPDSF_0308 YPDSF_0309   pyrB TRUE 0.995 9.000 0.197 0.001 Y NA
 3575550 3575551 YPDSF_0309 YPDSF_0310 pyrB   FALSE 0.004 338.000 0.000 1.000 N NA
 3575551 3575552 YPDSF_0310 YPDSF_0311     TRUE 0.980 -3.000 0.182 NA   NA
 3575552 3575553 YPDSF_0311 YPDSF_0312     FALSE 0.165 306.000 0.186 NA   NA
 3575553 3575554 YPDSF_0312 YPDSF_0313     TRUE 0.933 118.000 0.728 NA   NA
 3575554 3575555 YPDSF_0313 YPDSF_0314     TRUE 0.771 7.000 0.016 NA   NA
 3575555 3575556 YPDSF_0314 YPDSF_0315     TRUE 0.984 24.000 0.820 NA   NA
 3575556 3575557 YPDSF_0315 YPDSF_0316     TRUE 0.720 62.000 0.163 1.000   NA
 3575557 3575558 YPDSF_0316 YPDSF_0317     TRUE 0.991 7.000 0.543 NA   NA
 3575558 3575559 YPDSF_0317 YPDSF_0318     TRUE 0.983 -16.000 0.459 NA   NA
 3575559 3575560 YPDSF_0318 YPDSF_0319     TRUE 0.996 -3.000 0.617 NA   NA
 3575560 3575561 YPDSF_0319 YPDSF_0320     TRUE 0.907 109.000 0.598 1.000   NA
 3575561 3575562 YPDSF_0320 YPDSF_0321     TRUE 0.837 24.000 0.226 1.000 N NA
 3575563 3575564 YPDSF_0322 YPDSF_0323     TRUE 0.869 218.000 0.530 NA Y NA
 3575564 3575565 YPDSF_0323 YPDSF_0324     TRUE 0.993 5.000 0.562 NA   NA
 3575565 3575566 YPDSF_0324 YPDSF_0325     TRUE 0.929 13.000 0.188 NA   NA
 3575566 3575567 YPDSF_0325 YPDSF_0326     TRUE 0.904 36.000 0.308 NA   NA
 3575567 3575568 YPDSF_0326 YPDSF_0327     TRUE 0.838 138.000 0.453 NA   NA
 3575568 3575569 YPDSF_0327 YPDSF_0328     TRUE 0.565 154.000 0.258 NA N NA
 3575572 3575573 YPDSF_0331 YPDSF_0332     FALSE 0.180 271.000 0.154 NA   NA
 3575574 3575575 YPDSF_0333 YPDSF_0334   rplM FALSE 0.021 313.000 0.003 NA   NA
 3575575 3575576 YPDSF_0334 YPDSF_0335 rplM rpsI TRUE 0.997 15.000 0.601 0.015 Y NA
 3575576 3575577 YPDSF_0335 YPDSF_0336 rpsI sspA FALSE 0.001 374.000 0.014 NA N NA
 3575577 3575578 YPDSF_0336 YPDSF_0337 sspA   TRUE 0.996 6.000 0.831 NA   NA
 3575579 3575580 YPDSF_0338 YPDSF_0339   gltD FALSE 0.015 441.000 0.000 NA   NA
 3575580 3575581 YPDSF_0339 YPDSF_0340 gltD gltB TRUE 0.990 10.000 0.096 0.001 Y NA
 3575582 3575583 YPDSF_0341 YPDSF_0342     FALSE 0.139 264.000 0.113 1.000   NA
 3575583 3575584 YPDSF_0342 YPDSF_0343     FALSE 0.081 242.000 0.000 NA   NA
 3575584 3575585 YPDSF_0343 YPDSF_0344     TRUE 0.776 -18.000 0.000 NA   NA
 3575585 3575586 YPDSF_0344 YPDSF_0345   mtgA TRUE 0.915 -3.000 0.000 NA   NA
 3575587 3575588 YPDSF_0346 YPDSF_0347     TRUE 0.988 11.000 0.613 NA   NA
 3575588 3575589 YPDSF_0347 YPDSF_0348     FALSE 0.141 271.000 0.187 1.000 N NA
 3575589 3575590 YPDSF_0348 YPDSF_0349     TRUE 0.681 84.000 0.172 NA   NA
 3575591 3575592 YPDSF_0350 YPDSF_R0007   rnpB TRUE 0.616 20.000 0.000 NA   NA
 3575595 3575596 YPDSF_0353 YPDSF_0354     FALSE 0.332 86.000 0.000 NA   NA
 3575596 3575597 YPDSF_0354 YPDSF_0355     FALSE 0.141 304.000 0.161 NA   NA
 3575597 3575598 YPDSF_0355 YPDSF_0356     TRUE 0.980 -3.000 0.185 NA   NA
 3575598 3575599 YPDSF_0356 YPDSF_0357     TRUE 0.972 3.000 0.185 NA   NA
 3575599 3575600 YPDSF_0357 YPDSF_0358     TRUE 0.860 5.000 0.000 NA   NA
 3575600 3575601 YPDSF_0358 YPDSF_0359     TRUE 0.871 4.000 0.000 NA   NA
 3575601 3575602 YPDSF_0359 YPDSF_0360     TRUE 0.775 226.000 0.684 NA   NA
 3575602 3575603 YPDSF_0360 YPDSF_0361     TRUE 0.965 -3.000 0.118 NA   NA
 3575603 3575604 YPDSF_0361 YPDSF_0362     FALSE 0.053 278.000 0.000 NA   NA
 3575604 3575605 YPDSF_0362 YPDSF_0363     FALSE 0.138 201.000 0.000 NA   NA
 3575605 3575606 YPDSF_0363 YPDSF_0364     FALSE 0.062 263.000 0.000 NA   NA
 3575606 3575607 YPDSF_0364 YPDSF_0365     TRUE 0.731 13.000 0.000 NA   NA
 3575608 3575609 YPDSF_0366 YPDSF_0367     TRUE 0.571 199.000 0.095 1.000 Y NA
 3575609 3575610 YPDSF_0367 YPDSF_0368     TRUE 0.971 11.000 0.126 1.000 Y NA
 3575610 3575611 YPDSF_0368 YPDSF_0369     FALSE 0.463 153.000 0.126 NA   NA
 3575612 3575613 YPDSF_0370 YPDSF_0371     FALSE 0.021 201.000 0.000 1.000 N NA
 3575613 3575614 YPDSF_0371 YPDSF_0372     FALSE 0.013 472.000 0.000 1.000   NA
 3575614 3575615 YPDSF_0372 YPDSF_0373     FALSE 0.167 218.000 0.072 NA   NA
 3575615 3575616 YPDSF_0373 YPDSF_0374     FALSE 0.085 239.000 0.000 NA   NA
 3575618 3575619 YPDSF_0376 YPDSF_0377     FALSE 0.118 213.000 0.000 1.000   NA
 3575619 3575620 YPDSF_0377 YPDSF_0378     FALSE 0.020 391.000 0.000 1.000   NA
 3575620 3575621 YPDSF_0378 YPDSF_0379     TRUE 0.945 32.000 0.452 1.000   NA
 3575621 3575622 YPDSF_0379 YPDSF_0380     TRUE 0.998 0.000 0.789 NA   NA
 3575622 3575623 YPDSF_0380 YPDSF_0381     TRUE 0.539 30.000 0.000 NA   NA
 3575623 3575624 YPDSF_0381 YPDSF_0382     TRUE 0.940 102.000 0.750 NA   NA
 3575624 3575625 YPDSF_0382 YPDSF_0383     TRUE 0.868 -61.000 0.164 NA   NA
 3575625 3575626 YPDSF_0383 YPDSF_0384     TRUE 0.847 33.000 0.200 NA   NA
 3575627 3575628 YPDSF_0385 YPDSF_0386     TRUE 0.830 45.000 0.000 NA Y NA
 3575628 3575629 YPDSF_0386 YPDSF_0387     FALSE 0.047 292.000 0.000 NA   NA
 3575629 3575630 YPDSF_0387 YPDSF_0388     FALSE 0.433 55.000 0.000 NA   NA
 3575630 3575631 YPDSF_0388 YPDSF_0389     FALSE 0.010 545.000 0.000 NA   NA
 3575631 3575632 YPDSF_0389 YPDSF_0390     FALSE 0.394 64.000 0.000 NA   NA
 3575633 3575634 YPDSF_0391 YPDSF_0392     FALSE 0.410 60.000 0.000 1.000   NA
 3575634 3575635 YPDSF_0392 YPDSF_0393     FALSE 0.214 102.000 0.016 NA   NA
 3575636 3575637 YPDSF_0394 YPDSF_0395     TRUE 0.715 83.000 0.030 1.000 Y NA
 3575637 3575638 YPDSF_0395 YPDSF_0396     FALSE 0.192 109.000 0.073 1.000 N NA
 3575638 3575639 YPDSF_0396 YPDSF_0397     FALSE 0.308 77.000 0.089 1.000 N NA
 3575639 3575640 YPDSF_0397 YPDSF_0398     TRUE 0.992 54.000 0.733 0.072 Y NA
 3575640 3575641 YPDSF_0398 YPDSF_0399     TRUE 0.994 0.000 0.105 0.072 Y NA
 3575641 3575642 YPDSF_0399 YPDSF_0400     TRUE 0.992 -3.000 0.375 NA   NA
 3575642 3575643 YPDSF_0400 YPDSF_0401     TRUE 0.906 51.000 0.375 NA   NA
 3575644 3575645 YPDSF_0402 YPDSF_0403     TRUE 0.996 5.000 0.750 NA   NA
 3575645 3575646 YPDSF_0403 YPDSF_0404     TRUE 0.995 -16.000 0.889 NA   NA
 3575646 3575647 YPDSF_0404 YPDSF_0405     TRUE 0.993 10.000 0.778 NA   NA
 3575647 3575648 YPDSF_0405 YPDSF_0406     TRUE 0.915 -3.000 0.000 NA   NA
 3575649 3575650 YPDSF_0407 YPDSF_0408     TRUE 0.864 -7.000 0.000 NA   NA
 3575650 3575651 YPDSF_0408 YPDSF_0409     TRUE 0.587 -141.000 0.000 NA   NA
 3575651 3575652 YPDSF_0409 YPDSF_0410     TRUE 0.871 4.000 0.000 NA   NA
 3575652 3575653 YPDSF_0410 YPDSF_0411     FALSE 0.257 134.000 0.000 NA   NA
 3575653 3575654 YPDSF_0411 YPDSF_0412     TRUE 0.669 16.000 0.000 NA   NA
 3575654 3575655 YPDSF_0412 YPDSF_0413     FALSE 0.218 285.000 0.000 NA Y NA
 3575656 3575657 YPDSF_0414 YPDSF_0415     FALSE 0.065 260.000 0.000 NA   NA
 3575659 3575660 YPDSF_0417 YPDSF_0418     TRUE 0.983 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3575661 3575662 YPDSF_0419 YPDSF_0420     TRUE 0.902 -66.000 0.000 0.002   NA
 3575664 3575665 YPDSF_0422 YPDSF_0423     TRUE 0.817 9.000 0.000 NA   NA
 3575665 3575666 YPDSF_0423 YPDSF_0424     TRUE 0.554 27.000 0.000 NA   NA
 3575666 3575667 YPDSF_0424 YPDSF_0425     TRUE 0.652 17.000 0.000 NA   NA
 3575667 3575668 YPDSF_0425 YPDSF_0426     TRUE 0.749 -22.000 0.000 NA   NA
 3575669 3575670 YPDSF_R0008 YPDSF_0427     FALSE 0.146 196.000 0.000 NA   NA
 3575670 3575671 YPDSF_0427 YPDSF_0428   dnaG TRUE 0.605 158.000 0.299 1.000 N NA
 3575671 3575672 YPDSF_0428 YPDSF_0429 dnaG rpsU FALSE 0.140 136.000 0.067 1.000 N NA
 3575675 3575676 YPDSF_0432 YPDSF_0433 folB   FALSE 0.082 274.000 0.128 1.000 N NA
 3575677 3575678 YPDSF_0434 YPDSF_0435 cca   FALSE 0.223 160.000 0.106 NA N NA
 3575679 3575680 YPDSF_0436 YPDSF_0437     FALSE 0.222 171.000 0.053 1.000   NA
 3575680 3575681 YPDSF_0437 YPDSF_0438     FALSE 0.194 135.000 0.083 1.000 N NA
 3575681 3575682 YPDSF_0438 YPDSF_0439     FALSE 0.043 37.000 0.012 1.000 N NA
 3575684 3575685 YPDSF_0441 YPDSF_0442 ribB   FALSE 0.017 442.000 0.048 1.000   NA
 3575686 3575687 YPDSF_0443 YPDSF_0444     TRUE 0.990 10.000 0.632 NA   NA
 3575687 3575688 YPDSF_0444 YPDSF_0445   tolC FALSE 0.424 301.000 0.480 NA   NA
 3575689 3575690 YPDSF_0446 YPDSF_0447 nudF   TRUE 0.942 34.000 0.443 NA   NA
 3575690 3575691 YPDSF_0447 YPDSF_0448     TRUE 0.985 9.000 0.433 NA   NA
 3575691 3575692 YPDSF_0448 YPDSF_0449     TRUE 0.994 0.000 0.427 NA   NA
 3575692 3575693 YPDSF_0449 YPDSF_0450     TRUE 0.706 102.000 0.217 NA   NA
 3575693 3575694 YPDSF_0450 YPDSF_0451     FALSE 0.227 4.000 0.022 1.000 N NA
 3575695 3575696 YPDSF_0452 YPDSF_0453     FALSE 0.362 73.000 0.000 NA   NA
 3575697 3575698 YPDSF_0454 YPDSF_0455     FALSE 0.008 289.000 0.043 1.000 N NA
 3575700 3575701 YPDSF_0457 YPDSF_0458     FALSE 0.030 308.000 0.025 1.000   NA
 3575701 3575702 YPDSF_0458 YPDSF_0459     TRUE 0.705 -15.000 0.012 NA   NA
 3575707 3575708 YPDSF_0464 YPDSF_0465     TRUE 0.493 193.000 0.212 NA   NA
 3575709 3575710 YPDSF_0466 YPDSF_0467     TRUE 0.999 10.000 0.810 0.090 Y NA
 3575711 3575712 YPDSF_0468 YPDSF_0469     TRUE 0.947 39.000 0.500 NA   NA
 3575712 3575713 YPDSF_0469 YPDSF_0470     TRUE 0.949 -16.000 0.200 NA   NA
 3575713 3575714 YPDSF_0470 YPDSF_0471     TRUE 0.997 -3.000 0.667 NA   NA
 3575714 3575715 YPDSF_0471 YPDSF_0472     TRUE 0.988 -16.000 0.273 1.000 Y NA
 3575715 3575716 YPDSF_0472 YPDSF_0473     TRUE 1.000 -3.000 0.909 0.015 Y NA
 3575716 3575717 YPDSF_0473 YPDSF_0474     TRUE 0.999 -3.000 0.800 1.000 Y NA
 3575717 3575718 YPDSF_0474 YPDSF_0475     TRUE 0.996 12.000 0.727 NA Y NA
 3575718 3575719 YPDSF_0475 YPDSF_0476     FALSE 0.172 298.000 0.182 NA   NA
 3575719 3575720 YPDSF_0476 YPDSF_0477     TRUE 0.900 15.000 0.000 0.015   NA
 3575720 3575721 YPDSF_0477 YPDSF_0478     TRUE 0.998 -3.000 0.889 NA   NA
 3575721 3575722 YPDSF_0478 YPDSF_0479     TRUE 0.828 52.000 0.222 NA   NA
 3575723 3575724 YPDSF_0480 YPDSF_0481     FALSE 0.004 353.000 0.000 1.000 N NA
 3575724 3575725 YPDSF_0481 YPDSF_0482     TRUE 0.904 18.000 0.000 1.000 Y NA
 3575725 3575726 YPDSF_0482 YPDSF_0483     TRUE 0.570 25.000 0.000 NA   NA
 3575726 3575727 YPDSF_0483 YPDSF_0484     TRUE 0.707 -30.000 0.000 NA   NA
 3575732 3575733 YPDSF_0489 YPDSF_0490 flhA flhB TRUE 0.996 -13.000 0.333 0.015 Y NA
 3575733 3575734 YPDSF_0490 YPDSF_0491 flhB   TRUE 0.999 0.000 1.000 1.000 Y NA
 3575734 3575735 YPDSF_0491 YPDSF_0492     TRUE 0.997 7.000 0.281 0.004 Y NA
 3575735 3575736 YPDSF_0492 YPDSF_0493   fliP TRUE 0.997 2.000 0.263 0.015 Y NA
 3575736 3575737 YPDSF_0493 YPDSF_0494 fliP   TRUE 0.997 -3.000 0.368 1.000 Y NA
 3575737 3575738 YPDSF_0494 YPDSF_0495     TRUE 0.946 -7.000 0.123 NA   NA
 3575739 3575740 YPDSF_0496 YPDSF_0497     TRUE 0.967 17.000 0.576 1.000 N NA
 3575740 3575741 YPDSF_0497 YPDSF_0498   fliF TRUE 0.999 10.000 1.000 0.011 Y NA
 3575741 3575742 YPDSF_0498 YPDSF_0499 fliF fliG TRUE 0.999 -28.000 0.970 0.011 Y NA
 3575742 3575743 YPDSF_0499 YPDSF_0500 fliG fliH TRUE 0.999 5.000 0.789 0.006 Y NA
 3575743 3575744 YPDSF_0500 YPDSF_0501 fliH fliI TRUE 0.999 -7.000 0.816 1.000 Y NA
 3575744 3575745 YPDSF_0501 YPDSF_0502 fliI   TRUE 0.857 4.000 0.035 1.000   NA
 3575746 3575747 YPDSF_0503 YPDSF_0504     TRUE 0.997 7.000 0.585 0.004   NA
 3575747 3575748 YPDSF_0504 YPDSF_0505   flgA FALSE 0.205 229.000 0.113 NA   NA
 3575749 3575750 YPDSF_0506 YPDSF_0507 flgB flgC TRUE 1.000 3.000 0.972 0.006 Y NA
 3575750 3575751 YPDSF_0507 YPDSF_0508 flgC flgD TRUE 0.999 3.000 0.914 NA Y NA
 3575751 3575752 YPDSF_0508 YPDSF_0509 flgD flgE TRUE 0.991 55.000 0.970 NA Y NA
 3575752 3575753 YPDSF_0509 YPDSF_0510 flgE flgF TRUE 1.000 0.000 1.000 0.008 Y NA
 3575753 3575754 YPDSF_0510 YPDSF_0511 flgF flgG TRUE 0.996 68.000 0.971 0.002 Y NA
 3575754 3575755 YPDSF_0511 YPDSF_0512 flgG flgH TRUE 0.997 35.000 0.941 0.011 Y NA
 3575755 3575756 YPDSF_0512 YPDSF_0513 flgH flgI TRUE 0.999 14.000 0.912 0.014 Y NA
 3575756 3575757 YPDSF_0513 YPDSF_0514 flgI flgJ TRUE 0.984 10.000 0.457 NA   NA
 3575757 3575758 YPDSF_0514 YPDSF_0515 flgJ flgK TRUE 0.864 113.000 0.457 NA   NA
 3575758 3575759 YPDSF_0515 YPDSF_0516 flgK flgL TRUE 0.987 29.000 0.576 0.002   NA
 3575759 3575760 YPDSF_0516 YPDSF_0517 flgL   TRUE 0.989 12.000 0.667 NA   NA
 3575761 3575762 YPDSF_0518 YPDSF_0519     TRUE 0.991 -19.000 0.714 NA   NA
 3575763 3575764 YPDSF_0520 YPDSF_0521     FALSE 0.138 559.000 0.000 0.002 Y NA
 3575764 3575765 YPDSF_0521 YPDSF_0522     FALSE 0.001 661.000 0.000 1.000 N NA
 3575765 3575766 YPDSF_0522 YPDSF_0523     FALSE 0.011 248.000 0.000 1.000 N NA
 3575767 3575768 YPDSF_0524 YPDSF_0525     FALSE 0.356 72.000 0.100 1.000 N NA
 3575768 3575769 YPDSF_0525 YPDSF_0526     TRUE 0.998 -3.000 0.417 1.000 Y NA
 3575769 3575770 YPDSF_0526 YPDSF_0527     TRUE 0.987 -3.000 0.250 1.000   NA
 3575770 3575771 YPDSF_0527 YPDSF_0528     TRUE 0.989 -16.000 0.609 1.000   NA
 3575771 3575772 YPDSF_0528 YPDSF_0529     TRUE 0.745 93.000 0.000 0.001   NA
 3575774 3575775 YPDSF_0531 YPDSF_0532     FALSE 0.022 377.000 0.000 1.000   NA
 3575778 3575779 YPDSF_0535 YPDSF_0536     FALSE 0.015 451.000 0.000 NA   NA
 3575779 3575780 YPDSF_0536 YPDSF_0537     FALSE 0.377 68.000 0.000 NA   NA
 3575780 3575781 YPDSF_0537 YPDSF_0538     FALSE 0.004 1945.000 0.000 NA   NA
 3575781 3575782 YPDSF_0538 YPDSF_0539     FALSE 0.461 49.000 0.000 NA   NA
 3575782 3575783 YPDSF_0539 YPDSF_0540     TRUE 0.749 12.000 0.000 NA   NA
 3575783 3575784 YPDSF_0540 YPDSF_0541     TRUE 0.998 -3.000 0.750 NA   NA
 3575784 3575785 YPDSF_0541 YPDSF_0542     TRUE 0.915 0.000 0.000 NA   NA
 3575787 3575788 YPDSF_0544 YPDSF_0545     FALSE 0.031 418.000 0.083 NA   NA
 3575788 3575789 YPDSF_0545 YPDSF_0546     TRUE 0.968 -3.000 0.125 NA   NA
 3575789 3575790 YPDSF_0546 YPDSF_0547     TRUE 0.963 16.000 0.400 NA   NA
 3575790 3575791 YPDSF_0547 YPDSF_0548     TRUE 0.808 -13.000 0.000 NA   NA
 3575791 3575792 YPDSF_0548 YPDSF_0549     FALSE 0.309 96.000 0.000 NA   NA
 3575792 3575793 YPDSF_0549 YPDSF_0550     TRUE 0.905 54.000 0.000 0.031 Y NA
 3575793 3575794 YPDSF_0550 YPDSF_0551     FALSE 0.008 608.000 0.000 NA   NA
 3575794 3575795 YPDSF_0551 YPDSF_0552     FALSE 0.337 84.000 0.000 NA   NA
 3575797 3575798 YPDSF_0553 YPDSF_0554     TRUE 0.585 -145.000 0.000 NA   NA
 3575798 3575799 YPDSF_0554 YPDSF_0555     FALSE 0.001 556.000 0.000 NA N NA
 3575799 3575800 YPDSF_0555 YPDSF_0556     TRUE 0.980 46.000 0.545 NA Y NA
 3575800 3575801 YPDSF_0556 YPDSF_0557     TRUE 0.995 33.000 0.727 0.013 Y NA
 3575802 3575803 YPDSF_0558 YPDSF_0559     TRUE 0.985 -7.000 0.128 1.000 Y NA
 3575803 3575804 YPDSF_0559 YPDSF_0560   mltC FALSE 0.006 299.000 0.000 NA N NA
 3575804 3575805 YPDSF_0560 YPDSF_0561 mltC   FALSE 0.264 171.000 0.128 NA N NA
 3575805 3575806 YPDSF_0561 YPDSF_0562     FALSE 0.296 178.000 0.150 1.000 N NA
 3575807 3575808 YPDSF_0563 YPDSF_0564 trmB   TRUE 0.956 0.000 0.092 NA   NA
 3575808 3575809 YPDSF_0564 YPDSF_0565     TRUE 0.527 111.000 0.123 NA   NA
 3575809 3575810 YPDSF_0565 YPDSF_0566     FALSE 0.350 112.000 0.059 NA   NA
 3575810 3575811 YPDSF_0566 YPDSF_0567     TRUE 0.661 -42.000 0.000 NA   NA
 3575811 3575812 YPDSF_0567 YPDSF_0568     FALSE 0.012 496.000 0.000 NA   NA
 3575813 3575814 YPDSF_0569 YPDSF_0570     TRUE 0.918 -19.000 0.218 1.000 N NA
 3575814 3575815 YPDSF_0570 YPDSF_0571     FALSE 0.216 100.000 0.016 NA   NA
 3575815 3575816 YPDSF_0571 YPDSF_0572     TRUE 0.950 -3.000 0.081 NA   NA
 3575816 3575817 YPDSF_0572 YPDSF_0573     FALSE 0.116 288.000 0.117 NA   NA
 3575817 3575818 YPDSF_0573 YPDSF_0574     TRUE 0.498 133.000 0.125 NA   NA
 3575820 3575821 YPDSF_0576 YPDSF_0577     TRUE 0.933 4.000 0.095 1.000   NA
 3575821 3575822 YPDSF_0577 YPDSF_0578     FALSE 0.106 180.000 0.004 1.000   NA
 3575822 3575823 YPDSF_0578 YPDSF_0579     TRUE 0.980 0.000 0.263 NA N NA
 3575823 3575824 YPDSF_0579 YPDSF_0580     FALSE 0.337 116.000 0.120 NA N NA
 3575824 3575825 YPDSF_0580 YPDSF_0581     TRUE 0.844 26.000 0.173 NA   NA
 3575827 3575828 YPDSF_0583 YPDSF_0584     TRUE 0.701 98.000 0.210 1.000   NA
 3575828 3575829 YPDSF_0584 YPDSF_0585     FALSE 0.202 148.000 0.030 1.000   NA
 3575830 3575831 YPDSF_0586 YPDSF_0587     FALSE 0.012 160.000 0.006 1.000 N NA
 3575833 3575834 YPDSF_0589 YPDSF_0590     FALSE 0.006 308.000 0.000 1.000 N NA
 3575834 3575835 YPDSF_0590 YPDSF_0591     FALSE 0.004 341.000 0.000 1.000 N NA
 3575835 3575836 YPDSF_0591 YPDSF_0592   pgk TRUE 0.884 103.000 0.070 0.006 Y NA
 3575836 3575837 YPDSF_0592 YPDSF_0593 pgk   TRUE 0.865 120.000 0.056 0.006 Y NA
 3575837 3575838 YPDSF_0593 YPDSF_0594     FALSE 0.002 438.000 0.038 NA N NA
 3575838 3575839 YPDSF_0594 YPDSF_0595     FALSE 0.070 263.000 0.049 NA   NA
 3575839 3575840 YPDSF_0595 YPDSF_0596     FALSE 0.293 169.000 0.075 NA   NA
 3575842 3575843 YPDSF_0598 YPDSF_0599     FALSE 0.002 307.000 0.029 1.000 N NA
 3575843 3575844 YPDSF_0599 YPDSF_0600     FALSE 0.003 389.000 0.000 1.000 N NA
 3575845 3575846 YPDSF_0601 YPDSF_R0011     FALSE 0.269 127.000 0.000 NA   NA
 3575846 3575847 YPDSF_R0011 YPDSF_0602     FALSE 0.428 56.000 0.000 NA   NA
 3575848 3575849 YPDSF_0603 YPDSF_0604     FALSE 0.442 88.000 0.073 NA   NA
 3575849 3575850 YPDSF_0604 YPDSF_0605     FALSE 0.092 86.000 0.047 1.000 N NA
 3575850 3575851 YPDSF_0605 YPDSF_0606     TRUE 0.991 50.000 0.474 0.001 Y NA
 3575851 3575852 YPDSF_0606 YPDSF_0607   gcvT FALSE 0.000 721.000 0.004 1.000 N NA
 3575852 3575853 YPDSF_0607 YPDSF_0608 gcvT   TRUE 0.979 69.000 0.317 0.001 Y NA
 3575853 3575854 YPDSF_0608 YPDSF_0609     TRUE 0.734 212.000 0.249 1.000 Y NA
 3575854 3575855 YPDSF_0609 YPDSF_0610     FALSE 0.022 378.000 0.000 NA   NA
 3575855 3575856 YPDSF_0610 YPDSF_0611     FALSE 0.024 371.000 0.000 NA   NA
 3575856 3575857 YPDSF_0611 YPDSF_0612     FALSE 0.010 552.000 0.000 NA   NA
 3575857 3575858 YPDSF_0612 YPDSF_0613     TRUE 0.523 33.000 0.000 NA   NA
 3575858 3575859 YPDSF_0613 YPDSF_0614     FALSE 0.295 104.000 0.000 NA   NA
 3575859 3575860 YPDSF_0614 YPDSF_0615     FALSE 0.136 202.000 0.000 NA   NA
 3575860 3575861 YPDSF_0615 YPDSF_0616     FALSE 0.066 258.000 0.000 NA   NA
 3575863 3575864 YPDSF_0618 YPDSF_0619     TRUE 0.820 -19.000 0.061 NA   NA
 3575864 3575865 YPDSF_0619 YPDSF_0620     TRUE 0.927 0.000 0.051 NA   NA
 3575865 3575866 YPDSF_0620 YPDSF_0621     TRUE 0.993 25.000 0.776 1.000 Y NA
 3575866 3575867 YPDSF_0621 YPDSF_0622     TRUE 0.714 100.000 0.311 NA N NA
 3575869 3575870 YPDSF_0624 YPDSF_0625 xerD   FALSE 0.426 31.000 0.079 1.000 N NA
 3575870 3575871 YPDSF_0625 YPDSF_0626     TRUE 0.781 7.000 0.082 1.000 N NA
 3575871 3575872 YPDSF_0626 YPDSF_0627   prfB FALSE 0.001 345.000 0.028 1.000 N NA
 3575872 3575873 YPDSF_0627 YPDSF_0628 prfB lysS TRUE 0.990 10.000 0.162 0.049 Y NA
 3575873 3575874 YPDSF_0628 YPDSF_R0012 lysS   FALSE 0.149 194.000 0.000 NA   NA
 3575874 3575875 YPDSF_R0012 YPDSF_0629     FALSE 0.202 166.000 0.000 NA   NA
 3575876 3575877 YPDSF_0630 YPDSF_0631     FALSE 0.298 101.000 0.000 NA   NA
 3575878 3575879 YPDSF_0632 YPDSF_0633     FALSE 0.205 164.000 0.000 NA   NA
 3575879 3575880 YPDSF_0633 YPDSF_0634     TRUE 0.998 0.000 0.857 NA   NA
 3575883 3575884 YPDSF_0637 YPDSF_0638     FALSE 0.171 182.000 0.000 NA   NA
 3575884 3575885 YPDSF_0638 YPDSF_0639     TRUE 0.850 6.000 0.000 NA   NA
 3575885 3575886 YPDSF_0639 YPDSF_0640     TRUE 0.731 13.000 0.000 NA   NA
 3575887 3575888 YPDSF_0641 YPDSF_0642     FALSE 0.011 507.000 0.000 1.000   NA
 3575888 3575889 YPDSF_0642 YPDSF_0643     TRUE 0.976 -3.000 0.160 NA   NA
 3575889 3575890 YPDSF_0643 YPDSF_0644     FALSE 0.005 1281.000 0.000 NA   NA
 3575890 3575891 YPDSF_0644 YPDSF_0645     TRUE 0.972 -30.000 0.429 NA   NA
 3575891 3575892 YPDSF_0645 YPDSF_0646     FALSE 0.008 605.000 0.000 NA   NA
 3575892 3575893 YPDSF_0646 YPDSF_0647     FALSE 0.112 217.000 0.000 NA   NA
 3575894 3575895 YPDSF_0648 YPDSF_0649     TRUE 0.940 0.000 0.065 NA   NA
 3575895 3575896 YPDSF_0649 YPDSF_0650     FALSE 0.017 424.000 0.000 NA   NA
 3575896 3575897 YPDSF_0650 YPDSF_0651     FALSE 0.023 376.000 0.000 NA   NA
 3575897 3575898 YPDSF_0651 YPDSF_0652     FALSE 0.006 779.000 0.000 NA   NA
 3575898 3575899 YPDSF_0652 YPDSF_0653     FALSE 0.382 435.000 0.217 0.013 Y NA
 3575899 3575900 YPDSF_0653 YPDSF_0654     TRUE 0.953 72.000 0.200 0.013 Y NA
 3575900 3575901 YPDSF_0654 YPDSF_0655     FALSE 0.053 539.000 0.000 1.000 Y NA
 3575902 3575903 YPDSF_0656 YPDSF_0657     FALSE 0.212 160.000 0.000 NA   NA
 3575903 3575904 YPDSF_0657 YPDSF_0658     TRUE 0.722 -27.000 0.000 NA   NA
 3575904 3575905 YPDSF_0658 YPDSF_0659     TRUE 0.999 12.000 0.885 0.069 Y NA
 3575905 3575906 YPDSF_0659 YPDSF_0660     TRUE 0.994 5.000 0.308 1.000 Y NA
 3575906 3575907 YPDSF_0660 YPDSF_0661     FALSE 0.449 51.000 0.000 NA   NA
 3575907 3575908 YPDSF_0661 YPDSF_0662     TRUE 0.749 12.000 0.000 NA   NA
 3575908 3575909 YPDSF_0662 YPDSF_0663     FALSE 0.287 112.000 0.000 NA   NA
 3575912 3575913 YPDSF_0666 YPDSF_0667     TRUE 0.898 151.000 0.341 1.000 Y NA
 3575915 3575916 YPDSF_0669 YPDSF_0670   gatY TRUE 0.829 24.000 0.148 NA   NA
 3575916 3575917 YPDSF_0670 YPDSF_0671 gatY   TRUE 0.749 111.000 0.261 NA   NA
 3575917 3575918 YPDSF_0671 YPDSF_0672     TRUE 0.931 123.000 0.727 NA   NA
 3575918 3575919 YPDSF_0672 YPDSF_0673     TRUE 0.975 21.000 0.615 1.000   NA
 3575919 3575920 YPDSF_0673 YPDSF_0674     FALSE 0.242 244.000 0.000 0.025   NA
 3575920 3575921 YPDSF_0674 YPDSF_0675     TRUE 0.970 16.000 0.462 1.000   NA
 3575921 3575922 YPDSF_0675 YPDSF_0676     FALSE 0.023 196.000 0.000 1.000 N NA
 3575922 3575923 YPDSF_0676 YPDSF_0677     TRUE 0.985 3.000 0.104 1.000 Y NA
 3575923 3575924 YPDSF_0677 YPDSF_0678     TRUE 0.993 86.000 0.833 0.009 Y NA
 3575924 3575925 YPDSF_0678 YPDSF_0679     TRUE 0.999 -10.000 0.917 0.009 Y NA
 3575925 3575926 YPDSF_0679 YPDSF_0680     TRUE 0.996 47.000 0.909 0.009 Y NA
 3575926 3575927 YPDSF_0680 YPDSF_0681     TRUE 0.772 18.000 0.150 1.000 N NA
 3575927 3575928 YPDSF_0681 YPDSF_0682     TRUE 0.978 -3.000 0.240 1.000 N NA
 3575928 3575929 YPDSF_0682 YPDSF_0683     TRUE 0.967 50.000 0.400 1.000 Y NA
 3575932 3575933 YPDSF_0686 YPDSF_0687     TRUE 0.983 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3575934 3575935 YPDSF_0688 YPDSF_0689     TRUE 0.900 70.000 0.444 1.000   NA
 3575935 3575936 YPDSF_0689 YPDSF_0690     TRUE 0.670 168.000 0.286 1.000   NA
 3575936 3575937 YPDSF_0690 YPDSF_0691     FALSE 0.008 603.000 0.000 NA   NA
 3575938 3575939 YPDSF_0692 YPDSF_0693     FALSE 0.005 1197.000 0.000 NA   NA
 3575939 3575940 YPDSF_0693 YPDSF_0694     TRUE 0.939 81.000 0.667 NA   NA
 3575940 3575941 YPDSF_0694 YPDSF_0695     TRUE 0.574 147.000 0.012 1.000 Y NA
 3575941 3575942 YPDSF_0695 YPDSF_0696     TRUE 0.944 172.000 0.653 1.000 Y NA
 3575942 3575943 YPDSF_0696 YPDSF_0697     TRUE 0.996 20.000 0.599 0.003 Y NA
 3575943 3575944 YPDSF_0697 YPDSF_0698     TRUE 0.977 -43.000 0.087 0.003 Y NA
 3575944 3575945 YPDSF_0698 YPDSF_0699     TRUE 0.842 83.000 0.132 0.003   NA
 3575945 3575946 YPDSF_0699 YPDSF_0700     FALSE 0.008 598.000 0.000 1.000   NA
 3575946 3575947 YPDSF_0700 YPDSF_0701     TRUE 0.997 -16.000 0.537 0.083 Y NA
 3575947 3575948 YPDSF_0701 YPDSF_0702     TRUE 0.915 -3.000 0.000 NA   NA
 3575948 3575949 YPDSF_0702 YPDSF_0703     TRUE 0.560 26.000 0.000 NA   NA
 3575954 3575955 YPDSF_0708 YPDSF_0709     TRUE 0.570 25.000 0.000 NA   NA
 3575955 3575956 YPDSF_0709 YPDSF_0710     FALSE 0.377 68.000 0.000 NA   NA
 3575956 3575957 YPDSF_0710 YPDSF_0711     TRUE 0.999 -3.000 0.525 0.006 Y NA
 3575957 3575958 YPDSF_0711 YPDSF_0712     TRUE 0.999 0.000 0.857 1.000 Y NA
 3575958 3575959 YPDSF_0712 YPDSF_0713     TRUE 0.999 -3.000 0.894 1.000 Y NA
 3575961 3575962 YPDSF_0715 YPDSF_0716     FALSE 0.005 1329.000 0.000 NA   NA
 3575963 3575964 YPDSF_0717 YPDSF_0718     TRUE 0.685 205.000 0.186 1.000 Y NA
 3575964 3575965 YPDSF_0718 YPDSF_0719   rpmI TRUE 0.970 97.000 0.652 1.000 Y NA
 3575965 3575966 YPDSF_0719 YPDSF_0720 rpmI rplT TRUE 0.997 38.000 0.928 0.014 Y NA
 3575966 3575967 YPDSF_0720 YPDSF_0721 rplT pheS FALSE 0.157 499.000 0.202 1.000 Y NA
 3575967 3575968 YPDSF_0721 YPDSF_0722 pheS pheT TRUE 0.998 14.000 0.574 0.001 Y NA
 3575968 3575969 YPDSF_0722 YPDSF_0723 pheT ihfA TRUE 0.951 5.000 0.208 1.000 N NA
 3575969 3575970 YPDSF_0723 YPDSF_0724 ihfA   FALSE 0.024 373.000 0.000 NA   NA
 3575970 3575971 YPDSF_0724 YPDSF_0725     FALSE 0.125 212.000 0.044 NA   NA
 3575971 3575972 YPDSF_0725 YPDSF_0726     FALSE 0.301 70.000 0.084 1.000 N NA
 3575972 3575973 YPDSF_0726 YPDSF_0727     FALSE 0.098 25.000 0.036 1.000 N NA
 3575973 3575974 YPDSF_0727 YPDSF_0728     FALSE 0.043 350.000 0.129 1.000 N NA
 3575974 3575975 YPDSF_0728 YPDSF_0729     TRUE 0.993 -13.000 0.378 NA Y NA
 3575975 3575976 YPDSF_0729 YPDSF_0730     TRUE 0.995 -3.000 0.220 NA Y NA
 3575976 3575977 YPDSF_0730 YPDSF_0731     TRUE 0.998 -3.000 0.447 1.000 Y NA
 3575977 3575978 YPDSF_0731 YPDSF_0732   arnT TRUE 0.812 -3.000 0.061 1.000 N NA
 3575978 3575979 YPDSF_0732 YPDSF_0733 arnT   TRUE 0.985 -3.000 0.227 1.000   NA
 3575979 3575980 YPDSF_0733 YPDSF_0734     TRUE 0.996 -3.000 0.613 NA   NA
 3575980 3575981 YPDSF_0734 YPDSF_0735     FALSE 0.174 280.000 0.161 NA   NA
 3575981 3575982 YPDSF_0735 YPDSF_0736   lplA FALSE 0.238 125.000 0.091 NA N NA
 3575982 3575983 YPDSF_0736 YPDSF_0737 lplA   FALSE 0.315 52.000 0.006 NA   NA
 3575984 3575985 YPDSF_0738 YPDSF_0739     TRUE 0.522 157.000 0.165 1.000   NA
 3575988 3575989 YPDSF_0742 YPDSF_0743     FALSE 0.372 122.000 0.129 NA N NA
 3575989 3575990 YPDSF_0743 YPDSF_0744   sufA FALSE 0.008 616.000 0.000 NA   NA
 3575990 3575991 YPDSF_0744 YPDSF_0745 sufA   TRUE 0.691 15.000 0.041 NA   NA
 3575991 3575992 YPDSF_0745 YPDSF_0746   sufC TRUE 0.895 186.000 0.466 1.000 Y NA
 3575992 3575993 YPDSF_0746 YPDSF_0747 sufC   TRUE 0.992 -25.000 0.482 1.000 Y NA
 3575993 3575994 YPDSF_0747 YPDSF_0748     TRUE 0.968 -3.000 0.193 1.000 N NA
 3575994 3575995 YPDSF_0748 YPDSF_0749     TRUE 0.689 89.000 0.183 NA   NA
 3575995 3575996 YPDSF_0749 YPDSF_0750     FALSE 0.119 271.000 0.103 NA   NA
 3575997 3575998 YPDSF_0751 YPDSF_0752     TRUE 0.983 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3575998 3575999 YPDSF_0752 YPDSF_0753     FALSE 0.082 582.000 0.000 0.091 Y NA
 3575999 10163952 YPDSF_0753 YPDSF_5000   lpp FALSE 0.024 191.000 0.000 1.000 N NA
 10163952 3576000 YPDSF_5000 YPDSF_0754 lpp   FALSE 0.005 321.000 0.000 1.000 N NA
 3576000 3576001 YPDSF_0754 YPDSF_R0013     FALSE 0.009 576.000 0.000 NA   NA
 3576001 3576002 YPDSF_R0013 YPDSF_R0014     FALSE 0.412 60.000 0.000 NA   NA
 3576002 3576003 YPDSF_R0014 YPDSF_0755     FALSE 0.080 243.000 0.000 NA   NA
 3576005 3576006 YPDSF_0757 YPDSF_0758     FALSE 0.002 480.000 0.000 1.000 N NA
 3576008 3576009 YPDSF_0760 YPDSF_0761     FALSE 0.001 527.000 0.000 1.000 N NA
 3576009 3576010 YPDSF_0761 YPDSF_0762     FALSE 0.001 378.000 0.015 NA N NA
 3576012 3576013 YPDSF_0764 YPDSF_0765     FALSE 0.469 79.000 0.136 1.000 N NA
 3576015 3576016 YPDSF_0767 YPDSF_0768     TRUE 0.783 88.000 0.362 1.000 N NA
 3576016 3576017 YPDSF_0768 YPDSF_0769     FALSE 0.252 223.000 0.128 1.000   NA
 3576018 3576019 YPDSF_0770 YPDSF_0771     FALSE 0.272 132.000 0.045 NA   NA
 3576019 3576020 YPDSF_0771 YPDSF_0772     FALSE 0.006 798.000 0.000 1.000   NA
 3576022 3576023 YPDSF_0774 YPDSF_0775 anmK   FALSE 0.403 55.000 0.034 NA   NA
 3576023 3576024 YPDSF_0775 YPDSF_0776     TRUE 0.563 22.000 0.034 NA   NA
 3576024 3576025 YPDSF_0776 YPDSF_0777     FALSE 0.057 182.000 0.054 1.000 N NA
 3576025 3576026 YPDSF_0777 YPDSF_0778     FALSE 0.038 155.000 0.041 1.000 N NA
 3576027 3576028 YPDSF_0779 YPDSF_0780     FALSE 0.106 245.000 0.062 NA   NA
 3576028 3576029 YPDSF_0780 YPDSF_0781     FALSE 0.077 246.000 0.000 NA   NA
 3576029 3576030 YPDSF_0781 YPDSF_0782   tppB FALSE 0.068 255.000 0.000 NA   NA
 3576030 3576031 YPDSF_0782 YPDSF_0783 tppB   FALSE 0.007 643.000 0.000 NA   NA
 3576031 3576032 YPDSF_0783 YPDSF_0784     FALSE 0.020 390.000 0.000 NA   NA
 3576032 3576033 YPDSF_0784 YPDSF_0785     TRUE 0.999 0.000 0.684 0.024 Y NA
 3576033 3576034 YPDSF_0785 YPDSF_0786     TRUE 0.999 0.000 0.667 1.000 Y NA
 3576034 3576035 YPDSF_0786 YPDSF_0787     TRUE 0.994 -13.000 0.284 0.069 Y NA
 3576035 3576036 YPDSF_0787 YPDSF_0788     TRUE 0.990 -3.000 0.264 0.069 N NA
 3576039 3576040 YPDSF_0791 YPDSF_0792   pspB TRUE 0.906 162.000 0.739 NA   NA
 3576040 3576041 YPDSF_0792 YPDSF_0793 pspB   TRUE 0.998 0.000 0.913 NA   NA
 3576041 3576042 YPDSF_0793 YPDSF_0794     TRUE 0.666 85.000 0.167 NA   NA
 3576042 3576043 YPDSF_0794 YPDSF_0795     TRUE 0.795 -19.000 0.052 NA   NA
 3576043 3576044 YPDSF_0795 YPDSF_0796     TRUE 0.998 -3.000 0.791 NA   NA
 3576045 3576046 YPDSF_0797 YPDSF_0798     TRUE 0.901 62.000 0.412 NA   NA
 3576048 3576049 YPDSF_0800 YPDSF_0801     TRUE 0.617 149.000 0.000 1.000 Y NA
 3576049 3576050 YPDSF_0801 YPDSF_0802     TRUE 0.983 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3576050 3576051 YPDSF_0802 YPDSF_0803   tpx FALSE 0.009 262.000 0.000 1.000 N NA
 3576054 3576055 YPDSF_0806 YPDSF_0807   zntB FALSE 0.006 213.000 0.019 1.000 N NA
 3576055 3576056 YPDSF_0807 YPDSF_0808 zntB   FALSE 0.285 115.000 0.000 NA   NA
 3576057 3576058 YPDSF_0809 YPDSF_0810     FALSE 0.005 312.000 0.000 1.000 N NA
 3576058 3576059 YPDSF_0810 YPDSF_0811     FALSE 0.008 271.000 0.000 NA N NA
 3576059 3576060 YPDSF_0811 YPDSF_0812     FALSE 0.008 275.000 0.000 NA N NA
 3576064 3576065 YPDSF_0816 YPDSF_0817     FALSE 0.025 70.000 0.024 NA N NA
 3576066 3576067 YPDSF_0818 YPDSF_0819     TRUE 0.933 -3.000 0.057 NA   NA
 3576067 3576068 YPDSF_0819 YPDSF_0820     TRUE 0.993 10.000 0.726 NA   NA
 3576072 3576073 YPDSF_0824 YPDSF_0825     FALSE 0.001 665.000 0.000 1.000 N NA
 3576074 3576075 YPDSF_0826 YPDSF_0827     FALSE 0.032 334.000 0.000 NA   NA
 3576076 3576077 YPDSF_0828 YPDSF_0829     TRUE 0.976 26.000 0.676 NA   NA
 3576077 3576078 YPDSF_0829 YPDSF_0830     FALSE 0.009 565.000 0.000 NA   NA
 3576079 3576080 YPDSF_0831 YPDSF_0832     TRUE 0.883 3.000 0.000 NA   NA
 3576082 3576083 YPDSF_0834 YPDSF_0835     TRUE 0.719 94.000 0.300 1.000 N NA
 3576083 3576084 YPDSF_0835 YPDSF_0836     TRUE 0.945 28.000 0.181 1.000 Y NA
 3576086 3576087 YPDSF_0838 YPDSF_0839     FALSE 0.171 270.000 0.143 NA   NA
 3576088 3576089 YPDSF_0840 YPDSF_0841 pntA pntB TRUE 0.994 73.000 0.745 0.001 Y NA
 3576090 3576091 YPDSF_0842 YPDSF_0843     TRUE 0.958 135.000 0.619 1.000 Y NA
 3576091 3576092 YPDSF_0843 YPDSF_0844     FALSE 0.053 73.000 0.038 1.000 N NA
 3576093 3576094 YPDSF_0845 YPDSF_0846     FALSE 0.010 546.000 0.000 NA   NA
 3576094 3576095 YPDSF_0846 YPDSF_0847     FALSE 0.235 131.000 0.033 NA   NA
 3576096 3576097 YPDSF_0848 YPDSF_0849     TRUE 0.998 2.000 0.649 0.002   NA
 3576099 3576100 YPDSF_0851 YPDSF_0852     TRUE 0.691 15.000 0.000 NA   NA
 3576100 3576101 YPDSF_0852 YPDSF_0853     TRUE 0.915 -3.000 0.000 NA   NA
 3576101 3576102 YPDSF_0853 YPDSF_0854     TRUE 0.938 5.000 0.111 NA   NA
 3576104 3576105 YPDSF_0856 YPDSF_0857     TRUE 0.995 10.000 0.520 1.000 Y NA
 3576105 3576106 YPDSF_0857 YPDSF_0858     TRUE 0.998 4.000 0.520 0.068 Y NA
 3576107 3576108 YPDSF_0859 YPDSF_0860     FALSE 0.240 144.000 0.000 NA   NA
 3576108 3576109 YPDSF_0860 YPDSF_0861     FALSE 0.362 73.000 0.000 NA   NA
 3576109 3576110 YPDSF_0861 YPDSF_0862     FALSE 0.005 856.000 0.000 NA   NA
 3576110 3576111 YPDSF_0862 YPDSF_0863     FALSE 0.272 146.000 0.053 NA   NA
 3576112 3576113 YPDSF_0864 YPDSF_0865     TRUE 0.535 224.000 0.455 NA N NA
 3576113 3576114 YPDSF_0865 YPDSF_0866     TRUE 0.829 214.000 0.408 NA Y NA
 3576115 3576116 YPDSF_0867 YPDSF_0868     FALSE 0.020 346.000 0.018 1.000   NA
 3576118 3576119 YPDSF_0870 YPDSF_0871     TRUE 0.782 240.000 0.778 NA   NA
 3576120 3576121 YPDSF_0872 YPDSF_0873     FALSE 0.128 206.000 0.000 NA   NA
 3576121 3576122 YPDSF_0873 YPDSF_0874     FALSE 0.148 194.000 0.000 1.000   NA
 3576122 3576123 YPDSF_0874 YPDSF_0875     TRUE 0.740 128.000 0.276 1.000   NA
 3576123 3576124 YPDSF_0875 YPDSF_0876     FALSE 0.106 221.000 0.000 NA   NA
 3576124 3576125 YPDSF_0876 YPDSF_0877     TRUE 0.850 6.000 0.000 NA   NA
 3576125 3576126 YPDSF_0877 YPDSF_0878   araG TRUE 0.639 18.000 0.000 NA   NA
 3576126 3576127 YPDSF_0878 YPDSF_0879 araG   TRUE 0.992 98.000 0.917 0.013 Y NA
 3576128 3576129 YPDSF_0880 YPDSF_0881     FALSE 0.089 84.000 0.046 1.000 N NA
 3576130 3576131 YPDSF_0882 YPDSF_0883     TRUE 0.993 2.000 0.255 0.011   NA
 3576131 3576132 YPDSF_0883 YPDSF_0884     TRUE 0.925 -24.000 0.000 0.011   NA
 3576132 3576133 YPDSF_0884 YPDSF_0885     TRUE 0.846 25.000 0.170 1.000   NA
 3576133 3576134 YPDSF_0885 YPDSF_0886     TRUE 0.643 -52.000 0.000 1.000   NA
 3576135 3576136 YPDSF_0887 YPDSF_0888     FALSE 0.293 105.000 0.000 NA   NA
 3576136 3576137 YPDSF_0888 YPDSF_0889     TRUE 0.562 128.000 0.148 NA   NA
 3576137 3576138 YPDSF_0889 YPDSF_0890     TRUE 0.999 0.000 0.564 0.043 Y NA
 3576138 3576139 YPDSF_0890 YPDSF_0891     TRUE 0.999 -7.000 0.537 0.012 Y NA
 3576141 3576142 YPDSF_0893 YPDSF_0894 rnfD   TRUE 0.999 10.000 0.924 0.043 Y NA
 3576142 3576143 YPDSF_0894 YPDSF_0895     TRUE 1.000 -3.000 0.908 0.043 Y NA
 3576143 3576144 YPDSF_0895 YPDSF_0896     TRUE 0.922 -3.000 0.109 1.000 N NA
 3576145 3576146 YPDSF_0897 YPDSF_0898     TRUE 0.895 38.000 0.103 1.000 Y NA
 3576147 3576148 YPDSF_0899 YPDSF_0900     FALSE 0.004 350.000 0.000 1.000 N NA
 3576148 3576149 YPDSF_0900 YPDSF_0901     TRUE 0.886 -31.000 0.143 NA   NA
 3576154 3576155 YPDSF_0906 YPDSF_0907     TRUE 0.666 0.000 0.045 1.000 N NA
 3576157 3576158 YPDSF_0909 YPDSF_0910     TRUE 0.992 7.000 0.576 1.000   NA
 3576158 3576159 YPDSF_0910 YPDSF_0911     FALSE 0.451 169.000 0.143 1.000   NA
 3576161 3576162 YPDSF_0913 YPDSF_0914     FALSE 0.026 364.000 0.000 NA   NA
 3576162 3576163 YPDSF_0914 YPDSF_0915   cysB FALSE 0.032 336.000 0.000 NA   NA
 3576163 3576164 YPDSF_0915 YPDSF_0916 cysB   FALSE 0.002 420.000 0.000 1.000 N NA
 3576164 3576165 YPDSF_0916 YPDSF_0917     FALSE 0.354 230.000 0.000 1.000 Y NA
 3576168 3576169 YPDSF_0920 YPDSF_0921     FALSE 0.333 -37.000 0.050 1.000 N NA
 3576170 3576171 YPDSF_0922 YPDSF_0923     FALSE 0.172 347.000 0.075 NA Y NA
 3576171 3576172 YPDSF_0923 YPDSF_0924     TRUE 0.937 17.000 0.281 NA   NA
 3576173 3576174 YPDSF_0925 YPDSF_0926     TRUE 1.000 0.000 0.703 0.001 Y NA
 3576174 3576175 YPDSF_0926 YPDSF_0927   trpD TRUE 0.943 15.000 0.083 1.000 Y NA
 3576175 3576176 YPDSF_0927 YPDSF_0928 trpD   TRUE 0.994 4.000 0.293 1.000 Y NA
 3576176 3576177 YPDSF_0928 YPDSF_0929     TRUE 0.939 157.000 0.221 0.001 Y NA
 3576177 3576178 YPDSF_0929 YPDSF_0930   trpA TRUE 1.000 0.000 0.947 0.001 Y NA
 3576178 3576179 YPDSF_0930 YPDSF_0931 trpA   TRUE 0.712 14.000 0.000 NA   NA
 3576179 3576180 YPDSF_0931 YPDSF_0932     FALSE 0.175 180.000 0.000 NA   NA
 3576181 3576182 YPDSF_0933 YPDSF_0934     FALSE 0.306 97.000 0.000 NA   NA
 3576184 3576185 YPDSF_0936 YPDSF_0937     TRUE 0.528 32.000 0.000 NA   NA
 3576186 3576187 YPDSF_0938 YPDSF_0939     TRUE 0.540 80.000 0.167 NA N NA
 3576187 3576188 YPDSF_0939 YPDSF_0940     FALSE 0.042 148.000 0.000 NA N NA
 3576190 3576191 YPDSF_0942 YPDSF_0943     FALSE 0.102 223.000 0.000 NA   NA
 3576192 3576193 YPDSF_0944 YPDSF_0945     FALSE 0.282 118.000 0.000 NA   NA
 3576193 3576194 YPDSF_0945 YPDSF_0946     TRUE 0.730 -25.000 0.000 NA   NA
 3576195 3576196 YPDSF_0947 YPDSF_0948 cls   TRUE 0.683 135.000 0.231 NA   NA
 3576197 3576198 YPDSF_0949 YPDSF_0950     FALSE 0.009 561.000 0.000 NA   NA
 3576198 3576199 YPDSF_0950 YPDSF_0951   oppD TRUE 0.999 -3.000 0.420 0.002 Y NA
 3576199 3576200 YPDSF_0951 YPDSF_0952 oppD   TRUE 0.994 12.000 0.554 1.000 Y NA
 3576200 3576201 YPDSF_0952 YPDSF_0953   oppB TRUE 0.997 19.000 0.870 0.067 Y NA
 3576201 3576202 YPDSF_0953 YPDSF_0954 oppB   TRUE 0.918 87.000 0.151 0.067 Y NA
 3576202 3576203 YPDSF_0954 YPDSF_0955     FALSE 0.001 837.000 0.000 NA N NA
 3576207 3576208 YPDSF_0959 YPDSF_0960     FALSE 0.002 517.000 0.000 1.000 N NA
 3576208 3576209 YPDSF_0960 YPDSF_0961     FALSE 0.006 307.000 0.000 1.000 N NA
 3576210 3576211 YPDSF_0962 YPDSF_0963   purU TRUE 0.719 84.000 0.200 NA   NA
 3576211 3576212 YPDSF_0963 YPDSF_R0015 purU   FALSE 0.233 149.000 0.000 NA   NA
 3576212 3576213 YPDSF_R0015 YPDSF_0964     FALSE 0.019 404.000 0.000 NA   NA
 3576215 3576216 YPDSF_0966 YPDSF_0967     FALSE 0.128 98.000 0.056 1.000 N NA
 3576217 3576218 YPDSF_0968 YPDSF_0969     TRUE 0.967 -3.000 0.123 NA   NA
 3576218 3576219 YPDSF_0969 YPDSF_0970     FALSE 0.070 75.000 0.041 1.000 N NA
 3576219 3576220 YPDSF_0970 YPDSF_0971     FALSE 0.005 225.000 0.033 1.000 N NA
 3576221 3576222 YPDSF_0972 YPDSF_0973   ansA FALSE 0.313 117.000 0.113 1.000 N NA
 3576222 3576223 YPDSF_0973 YPDSF_0974 ansA   FALSE 0.211 15.000 0.040 1.000 N NA
 3576224 3576225 YPDSF_0975 YPDSF_0976     TRUE 0.929 -31.000 0.216 NA   NA
 3576226 3576227 YPDSF_0977 YPDSF_0978     FALSE 0.320 314.000 0.154 1.000 Y NA
 3576229 3576230 YPDSF_0980 YPDSF_0981     TRUE 0.905 150.000 0.683 NA   NA
 3576230 3576231 YPDSF_0981 YPDSF_0982     FALSE 0.194 108.000 0.007 NA   NA
 3576233 3576234 YPDSF_0984 YPDSF_0985     FALSE 0.061 265.000 0.000 NA   NA
 3576238 3576239 YPDSF_0989 YPDSF_0990 nhaB   TRUE 0.737 221.000 0.723 1.000 N NA
 3576241 3576242 YPDSF_0992 YPDSF_0993     TRUE 0.563 17.000 0.019 NA   NA
 3576242 3576243 YPDSF_0993 YPDSF_0994     TRUE 0.822 4.000 0.019 NA   NA
 3576243 3576244 YPDSF_0994 YPDSF_0995     FALSE 0.362 73.000 0.000 NA   NA
 3576245 3576246 YPDSF_0996 YPDSF_0997     TRUE 0.915 -3.000 0.000 NA   NA
 3576246 3576247 YPDSF_0997 YPDSF_0998     TRUE 0.769 11.000 0.000 NA   NA
 3576247 3576248 YPDSF_0998 YPDSF_0999     TRUE 0.652 17.000 0.000 NA   NA
 3576248 3576249 YPDSF_0999 YPDSF_1000     TRUE 0.975 -15.000 0.333 NA   NA
 3576249 3576250 YPDSF_1000 YPDSF_1001     FALSE 0.009 572.000 0.000 NA   NA
 3576250 3576251 YPDSF_1001 YPDSF_1002     FALSE 0.018 414.000 0.000 NA   NA
 3576251 3576252 YPDSF_1002 YPDSF_1003     FALSE 0.301 99.000 0.000 NA   NA
 3576254 3576255 YPDSF_1005 YPDSF_1006     FALSE 0.006 713.000 0.000 NA   NA
 3576255 3576256 YPDSF_1006 YPDSF_1007     TRUE 0.996 3.000 0.714 NA   NA
 3576256 3576257 YPDSF_1007 YPDSF_1008     FALSE 0.279 120.000 0.000 NA   NA
 3576257 3576258 YPDSF_1008 YPDSF_1009     FALSE 0.486 252.000 0.000 0.029 Y NA
 3576258 3576259 YPDSF_1009 YPDSF_1010     FALSE 0.040 306.000 0.000 NA   NA
 3576259 3576260 YPDSF_1010 YPDSF_1011     TRUE 0.952 3.000 0.120 NA   NA
 3576260 3576261 YPDSF_1011 YPDSF_1012     FALSE 0.039 309.000 0.000 NA   NA
 3576261 3576262 YPDSF_1012 YPDSF_1013     TRUE 0.869 13.000 0.111 NA   NA
 3576262 3576263 YPDSF_1013 YPDSF_1014     TRUE 0.890 66.000 0.400 NA   NA
 3576263 3576264 YPDSF_1014 YPDSF_1015     TRUE 0.989 -3.000 0.294 NA   NA
 3576264 3576265 YPDSF_1015 YPDSF_1016     TRUE 0.982 2.000 0.235 NA   NA
 3576265 3576266 YPDSF_1016 YPDSF_1017     FALSE 0.423 57.000 0.000 NA   NA
 3576266 3576267 YPDSF_1017 YPDSF_1018     TRUE 0.915 -3.000 0.000 NA   NA
 3576267 3576268 YPDSF_1018 YPDSF_1019     TRUE 0.985 0.000 0.222 NA   NA
 3576268 3576269 YPDSF_1019 YPDSF_1020     TRUE 0.994 14.000 1.000 NA   NA
 3576269 3576270 YPDSF_1020 YPDSF_1021     TRUE 0.960 122.000 1.000 NA   NA
 3576270 3576271 YPDSF_1021 YPDSF_1022     TRUE 0.901 1.000 0.000 NA   NA
 3576271 3576272 YPDSF_1022 YPDSF_1023     TRUE 0.627 19.000 0.000 NA   NA
 3576272 3576273 YPDSF_1023 YPDSF_1024     TRUE 0.915 0.000 0.000 NA   NA
 3576273 3576274 YPDSF_1024 YPDSF_1025     TRUE 0.796 10.000 0.000 NA   NA
 3576274 3576275 YPDSF_1025 YPDSF_1026     TRUE 0.971 31.000 0.667 NA   NA
 3576275 3576276 YPDSF_1026 YPDSF_1027     FALSE 0.014 457.000 0.000 1.000   NA
 3576276 3576277 YPDSF_1027 YPDSF_1028     FALSE 0.010 546.000 0.000 1.000   NA
 3576277 3576278 YPDSF_1028 YPDSF_1029     TRUE 0.793 -15.000 0.000 1.000   NA
 3576278 3576279 YPDSF_1029 YPDSF_1030     FALSE 0.006 746.000 0.000 NA   NA
 3576279 3576280 YPDSF_1030 YPDSF_1031     FALSE 0.014 460.000 0.000 NA   NA
 3576280 3576281 YPDSF_1031 YPDSF_1032     FALSE 0.057 271.000 0.000 NA   NA
 3576281 3576282 YPDSF_1032 YPDSF_1033     TRUE 0.901 1.000 0.000 NA   NA
 3576282 3576283 YPDSF_1033 YPDSF_1034     FALSE 0.359 74.000 0.000 NA   NA
 3576285 3576286 YPDSF_1036 YPDSF_1037     TRUE 0.983 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3576288 3576289 YPDSF_1039 YPDSF_1040     FALSE 0.449 103.000 0.088 NA   NA
 3576289 3576290 YPDSF_1040 YPDSF_1041     FALSE 0.103 71.000 0.046 NA N NA
 3576290 3576291 YPDSF_1041 YPDSF_1042     TRUE 0.788 141.000 0.363 NA   NA
 3576292 3576293 YPDSF_1043 YPDSF_1044 minC   TRUE 0.983 25.000 0.466 1.000 Y NA
 3576293 3576294 YPDSF_1044 YPDSF_1045   minE TRUE 0.998 4.000 0.618 NA Y NA
 3576295 3576296 YPDSF_1046 YPDSF_1047     FALSE 0.313 121.000 0.115 1.000 N NA
 3576296 3576297 YPDSF_1047 YPDSF_1048     FALSE 0.008 610.000 0.000 NA   NA
 3576297 3576298 YPDSF_1048 YPDSF_1049     TRUE 0.588 23.000 0.000 NA   NA
 3576298 3576299 YPDSF_1049 YPDSF_1050     FALSE 0.251 137.000 0.000 NA   NA
 3576299 3576300 YPDSF_1050 YPDSF_1051     FALSE 0.286 72.000 0.082 1.000 N NA
 3576302 3576303 YPDSF_1053 YPDSF_1054     TRUE 0.999 -13.000 0.869 0.080 Y NA
 3576303 3576304 YPDSF_1054 YPDSF_1055     FALSE 0.001 715.000 0.000 1.000 N NA
 3576304 3576305 YPDSF_1055 YPDSF_1056     FALSE 0.307 242.000 0.034 1.000 Y NA
 3576306 3576307 YPDSF_1057 YPDSF_1058     FALSE 0.005 330.000 0.000 1.000 N NA
 3576308 3576309 YPDSF_1059 YPDSF_1060     FALSE 0.260 267.000 0.299 1.000 N NA
 3576309 3576310 YPDSF_1060 YPDSF_1061   znuA TRUE 0.709 21.000 0.131 1.000 N NA
 3576311 3576312 YPDSF_1062 YPDSF_1063 znuC znuB TRUE 0.999 -3.000 0.755 1.000 Y NA
 3576313 3576314 YPDSF_1064 YPDSF_1065 ruvB ruvA TRUE 0.976 162.000 0.549 0.002 Y NA
 3576314 3576315 YPDSF_1065 YPDSF_1066 ruvA ruvC TRUE 0.922 217.000 0.451 0.011 Y NA
 3576315 3576316 YPDSF_1066 YPDSF_1067 ruvC   TRUE 0.526 209.000 0.277 NA   NA
 3576316 3576317 YPDSF_1067 YPDSF_1068   ntpA FALSE 0.392 58.000 0.035 NA   NA
 3576317 3576318 YPDSF_1068 YPDSF_1069 ntpA aspS TRUE 0.727 0.000 0.050 1.000 N NA
 3576319 3576320 YPDSF_1070 YPDSF_1071     FALSE 0.382 180.000 0.126 NA   NA
 3576320 3576321 YPDSF_1071 YPDSF_1072     FALSE 0.263 191.000 0.089 NA   NA
 3576321 3576322 YPDSF_1072 YPDSF_1073     TRUE 0.990 -3.000 0.315 NA   NA
 3576323 3576324 YPDSF_1074 YPDSF_1075     FALSE 0.115 232.000 0.057 NA   NA
 3576325 3576326 YPDSF_1076 YPDSF_1077   argS FALSE 0.019 402.000 0.000 NA   NA
 3576327 3576328 YPDSF_1078 YPDSF_1079     TRUE 0.980 150.000 1.000 NA Y NA
 3576328 3576329 YPDSF_1079 YPDSF_1080     FALSE 0.014 456.000 0.000 NA   NA
 3576329 3576330 YPDSF_1080 YPDSF_1081     FALSE 0.043 267.000 0.022 1.000   NA
 3576330 3576331 YPDSF_1081 YPDSF_1082     TRUE 0.826 8.000 0.000 1.000   NA
 3576332 3576333 YPDSF_1083 YPDSF_1084     FALSE 0.091 395.000 0.196 NA   NA
 3576334 3576335 YPDSF_1085 YPDSF_1086     TRUE 0.934 37.000 0.417 1.000   NA
 3576337 3576338 YPDSF_1087 YPDSF_1088     TRUE 0.950 14.000 0.375 NA N NA
 3576341 3576342 YPDSF_1091 YPDSF_1092     TRUE 0.999 -3.000 0.400 0.066 Y NA
 3576342 3576343 YPDSF_1092 YPDSF_1093     TRUE 0.999 -3.000 0.440 0.066 Y NA
 3576343 3576344 YPDSF_1093 YPDSF_1094     TRUE 0.981 20.000 0.480 0.066   NA
 3576344 3576345 YPDSF_1094 YPDSF_1095     FALSE 0.042 301.000 0.000 1.000   NA
 3576345 3576346 YPDSF_1095 YPDSF_R0017     FALSE 0.243 142.000 0.000 NA   NA
 3576346 3576347 YPDSF_R0017 YPDSF_1096     FALSE 0.005 836.000 0.000 NA   NA
 3576348 3576349 YPDSF_1097 YPDSF_1098     FALSE 0.469 96.000 0.089 1.000   NA
 3576349 3576350 YPDSF_1098 YPDSF_1099     TRUE 0.981 -3.000 0.195 NA   NA
 3576350 3576351 YPDSF_1099 YPDSF_1100     TRUE 0.609 64.000 0.109 NA   NA
 3576351 3576352 YPDSF_1100 YPDSF_1101   prfA TRUE 0.998 0.000 0.229 0.046 Y NA
 3576352 3576353 YPDSF_1101 YPDSF_1102 prfA hemA TRUE 0.872 33.000 0.171 0.046 N NA
 3576354 3576355 YPDSF_1103 YPDSF_1104 lolB   TRUE 0.945 2.000 0.157 1.000 N NA
 3576359 3576360 YPDSF_1108 YPDSF_1109     TRUE 0.788 164.000 0.184 1.000 Y NA
 3576360 3576361 YPDSF_1109 YPDSF_1110     FALSE 0.118 213.000 0.000 1.000   NA
 3576361 3576362 YPDSF_1110 YPDSF_1111     TRUE 0.936 18.000 0.286 1.000   NA
 3576363 3576364 YPDSF_1112 YPDSF_1113     FALSE 0.217 8.000 0.034 NA N NA
 3576364 3576365 YPDSF_1113 YPDSF_1114     TRUE 0.968 -3.000 0.125 NA   NA
 3576367 3576368 YPDSF_1116 YPDSF_1117     TRUE 0.876 15.000 0.133 NA   NA
 3576368 3576369 YPDSF_1117 YPDSF_1118     FALSE 0.154 191.000 0.000 NA   NA
 3576370 3576371 YPDSF_1119 YPDSF_1120     TRUE 0.668 27.000 0.000 0.073 N NA
 3576371 3576372 YPDSF_1120 YPDSF_1121     TRUE 0.983 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3576372 3576373 YPDSF_1121 YPDSF_1122     FALSE 0.121 39.000 0.000 1.000 N NA
 3576373 3576374 YPDSF_1122 YPDSF_1123     TRUE 0.999 12.000 0.793 0.012 Y NA
 3576374 3576375 YPDSF_1123 YPDSF_1124     FALSE 0.053 277.000 0.000 1.000   NA
 3576375 3576376 YPDSF_1124 YPDSF_1125     TRUE 0.736 55.000 0.154 1.000   NA
 3576376 3576377 YPDSF_1125 YPDSF_1126     FALSE 0.118 213.000 0.000 NA   NA
 3576377 3576378 YPDSF_1126 YPDSF_1127     FALSE 0.006 791.000 0.000 NA   NA
 3576378 3576379 YPDSF_1127 YPDSF_1128     TRUE 0.850 6.000 0.000 NA   NA
 3576379 3576380 YPDSF_1128 YPDSF_1129     TRUE 0.808 -13.000 0.000 NA   NA
 3576380 3576381 YPDSF_1129 YPDSF_1130     FALSE 0.030 341.000 0.000 NA   NA
 3576381 3576382 YPDSF_1130 YPDSF_1131     TRUE 0.598 105.000 0.000 0.049   NA
 3576383 3576384 YPDSF_1132 YPDSF_1133     FALSE 0.075 247.000 0.000 1.000   NA
 3576387 3576388 YPDSF_1136 YPDSF_1137     FALSE 0.195 170.000 0.000 NA   NA
 3576389 3576390 YPDSF_1138 YPDSF_1139     TRUE 0.977 -3.000 0.167 NA   NA
 3576390 3576391 YPDSF_1139 YPDSF_1140     TRUE 0.915 -3.000 0.000 NA   NA
 3576391 3576392 YPDSF_1140 YPDSF_1141     TRUE 0.915 0.000 0.000 1.000   NA
 3576392 3576393 YPDSF_1141 YPDSF_1142     FALSE 0.057 185.000 0.054 NA N NA
 3576393 3576394 YPDSF_1142 YPDSF_1143     TRUE 0.996 -3.000 0.550 NA   NA
 3576394 3576395 YPDSF_1143 YPDSF_1144     TRUE 0.952 -7.000 0.133 1.000   NA
 3576395 3576396 YPDSF_1144 YPDSF_1145     TRUE 0.926 14.000 0.200 NA   NA
 3576396 3576397 YPDSF_1145 YPDSF_1146     TRUE 0.775 -31.000 0.067 NA   NA
 3576399 3576400 YPDSF_1148 YPDSF_1149     TRUE 0.941 0.000 0.067 NA   NA
 3576401 3576402 YPDSF_1150 YPDSF_1151     FALSE 0.007 204.000 0.010 1.000 N NA
 3576402 3576403 YPDSF_1151 YPDSF_1152     FALSE 0.061 91.000 0.000 1.000 N NA
 3576403 3576404 YPDSF_1152 YPDSF_1153     TRUE 0.983 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3576404 3576405 YPDSF_1153 YPDSF_1154     FALSE 0.218 16.000 0.000 1.000 N NA
 3576406 3576407 YPDSF_1155 YPDSF_1156     FALSE 0.002 463.000 0.000 1.000 N NA
 3576407 3576408 YPDSF_1156 YPDSF_1157     FALSE 0.001 736.000 0.000 1.000 N NA
 3576408 3576409 YPDSF_1157 YPDSF_1158     TRUE 0.813 61.000 0.063 1.000 Y NA
 3576409 3576410 YPDSF_1158 YPDSF_1159     TRUE 0.887 24.000 0.306 1.000 N NA
 3576410 3576411 YPDSF_1159 YPDSF_1160     TRUE 0.735 -3.000 0.051 1.000 N NA
 3576411 3576412 YPDSF_1160 YPDSF_1161     TRUE 0.976 30.000 0.400 1.000 Y NA
 3576412 3576413 YPDSF_1161 YPDSF_1162     FALSE 0.118 541.000 0.000 0.016 Y NA
 3576414 3576415 YPDSF_1163 YPDSF_1164     FALSE 0.011 685.000 0.000 0.079 N NA
 3576416 3576417 YPDSF_1165 YPDSF_1166     TRUE 0.503 60.000 0.065 NA   NA
 3576417 3576418 YPDSF_1166 YPDSF_1167     FALSE 0.016 433.000 0.000 NA   NA
 3576418 3576419 YPDSF_1167 YPDSF_1168     FALSE 0.011 522.000 0.000 NA   NA
 3576419 3576420 YPDSF_1168 YPDSF_1169     TRUE 0.975 -3.000 0.154 NA   NA
 3576420 3576421 YPDSF_1169 YPDSF_1170     TRUE 0.589 -49.000 0.087 1.000 N NA
 3576421 3576422 YPDSF_1170 YPDSF_1171     TRUE 0.989 13.000 0.696 1.000   NA
 3576422 3576423 YPDSF_1171 YPDSF_1172     FALSE 0.007 669.000 0.000 1.000   NA
 3576423 3576424 YPDSF_1172 YPDSF_1173     FALSE 0.151 141.000 0.071 1.000 N NA
 3576424 3576425 YPDSF_1173 YPDSF_1174     FALSE 0.112 173.000 0.071 1.000 N NA
 3576425 3576426 YPDSF_1174 YPDSF_1175     TRUE 0.988 -3.000 0.176 0.012 N NA
 3576426 3576427 YPDSF_1175 YPDSF_1176     TRUE 0.554 -43.000 0.078 1.000 N NA
 3576427 3576428 YPDSF_1176 YPDSF_1177     TRUE 0.943 4.000 0.175 NA N NA
 3576428 3576429 YPDSF_1177 YPDSF_1178     TRUE 0.994 -10.000 0.878 NA N NA
 3576429 3576430 YPDSF_1178 YPDSF_1179     TRUE 0.995 3.000 0.625 NA   NA
 3576430 3576431 YPDSF_1179 YPDSF_1180     FALSE 0.394 285.000 0.386 NA   NA
 3576431 3576432 YPDSF_1180 YPDSF_1181     FALSE 0.131 204.000 0.000 NA   NA
 3576432 3576433 YPDSF_1181 YPDSF_1182     TRUE 0.817 9.000 0.000 NA   NA
 3576433 3576434 YPDSF_1182 YPDSF_1183     FALSE 0.009 581.000 0.000 NA   NA
 3576434 3576435 YPDSF_1183 YPDSF_1184     FALSE 0.017 111.000 0.028 1.000 N NA
 3576435 3576436 YPDSF_1184 YPDSF_1185     FALSE 0.014 452.000 0.000 NA   NA
 3576437 3576438 YPDSF_1186 YPDSF_1187     FALSE 0.001 722.000 0.000 1.000 N NA
 3576442 3576443 YPDSF_1191 YPDSF_1192     TRUE 0.897 66.000 0.417 1.000   NA
 3576443 3576444 YPDSF_1192 YPDSF_1193     FALSE 0.108 220.000 0.000 NA   NA
 3576444 3576445 YPDSF_1193 YPDSF_1194     TRUE 0.570 25.000 0.000 NA   NA
 3576447 3576448 YPDSF_1196 YPDSF_1197     TRUE 0.913 65.000 0.600 1.000 N NA
 3576448 3576449 YPDSF_1197 YPDSF_1198     TRUE 0.928 23.000 0.417 1.000 N NA
 3576449 3576450 YPDSF_1198 YPDSF_1199     FALSE 0.001 826.000 0.000 1.000 N NA
 3576450 3576451 YPDSF_1199 YPDSF_1200     TRUE 0.974 -25.000 0.037 0.010 Y NA
 3576451 3576452 YPDSF_1200 YPDSF_1201     FALSE 0.003 381.000 0.000 1.000 N NA
 3576452 3576453 YPDSF_1201 YPDSF_1202     TRUE 0.849 93.000 0.154 1.000 Y NA
 3576453 3576454 YPDSF_1202 YPDSF_1203     TRUE 0.976 49.000 0.500 1.000 Y NA
 3576454 3576455 YPDSF_1203 YPDSF_1204     TRUE 0.983 16.000 0.667 NA   NA
 3576455 3576456 YPDSF_1204 YPDSF_1205     TRUE 0.991 -3.000 0.333 NA   NA
 3576456 3576457 YPDSF_1205 YPDSF_1206     FALSE 0.084 62.000 0.000 1.000 N NA
 3576457 3576458 YPDSF_1206 YPDSF_1207     TRUE 0.580 24.000 0.000 NA   NA
 3576458 3576459 YPDSF_1207 YPDSF_R0018     FALSE 0.041 303.000 0.000 NA   NA
 3576459 3576460 YPDSF_R0018 YPDSF_1208     FALSE 0.209 162.000 0.000 NA   NA
 3576461 3576462 YPDSF_1209 YPDSF_1210     TRUE 0.750 28.000 0.176 NA N NA
 3576462 3576463 YPDSF_1210 YPDSF_1211     TRUE 0.698 -115.000 0.130 NA N NA
 3576463 3576464 YPDSF_1211 YPDSF_1212     TRUE 0.999 -13.000 0.913 0.006 Y NA
 3576465 3576466 YPDSF_1213 YPDSF_1214     TRUE 0.544 191.000 0.333 1.000 N NA
 3576466 3576467 YPDSF_1214 YPDSF_1215     TRUE 0.950 88.000 0.158 0.001 Y NA
 3576467 3576468 YPDSF_1215 YPDSF_1216     TRUE 0.998 -3.000 0.333 0.024 Y NA
 3576468 3576469 YPDSF_1216 YPDSF_1217     TRUE 0.991 12.000 0.406 1.000 Y NA
 3576469 3576470 YPDSF_1217 YPDSF_1218     TRUE 0.982 4.000 0.094 1.000 Y NA
 3576470 3576471 YPDSF_1218 YPDSF_1219     FALSE 0.334 131.000 0.125 1.000 N NA
 3576471 3576472 YPDSF_1219 YPDSF_1220     FALSE 0.005 1246.000 0.000 NA   NA
 3576472 3576473 YPDSF_1220 YPDSF_1221     FALSE 0.247 140.000 0.000 NA   NA
 3576473 3576474 YPDSF_1221 YPDSF_1222     TRUE 0.627 19.000 0.000 NA   NA
 3576474 3576475 YPDSF_1222 YPDSF_1223     TRUE 0.990 6.000 0.500 NA   NA
 3576475 3576476 YPDSF_1223 YPDSF_1224     TRUE 0.731 -10.000 0.002 1.000   NA
 3576476 3576477 YPDSF_1224 YPDSF_1225     FALSE 0.080 243.000 0.000 NA   NA
 3576478 3576479 YPDSF_1226 YPDSF_1227     TRUE 0.983 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3576480 3576481 YPDSF_1228 YPDSF_1229     TRUE 0.669 16.000 0.000 NA   NA
 3576482 3576483 YPDSF_1230 YPDSF_1231     TRUE 0.596 -114.000 0.000 1.000   NA
 3576483 3576484 YPDSF_1231 YPDSF_1232     TRUE 0.876 25.000 0.000 1.000 Y NA
 3576484 3576485 YPDSF_1232 YPDSF_1233     TRUE 0.986 -7.000 0.000 0.065 Y NA
 3576485 3576486 YPDSF_1233 YPDSF_1234     TRUE 0.873 67.000 0.000 0.065 Y NA
 3576486 3576487 YPDSF_1234 YPDSF_1235     TRUE 0.538 30.000 0.000 1.000   NA
 3576487 3576488 YPDSF_1235 YPDSF_1236     FALSE 0.007 668.000 0.000 1.000   NA
 3576490 3576491 YPDSF_1238 YPDSF_1239     FALSE 0.438 54.000 0.000 NA   NA
 3576492 3576493 YPDSF_1240 YPDSF_1241     TRUE 0.749 12.000 0.000 NA   NA
 3576494 3576495 YPDSF_1242 YPDSF_1243     TRUE 0.976 0.000 0.000 0.028   NA
 3576495 3576496 YPDSF_1243 YPDSF_1244     FALSE 0.466 48.000 0.000 1.000   NA
 3576496 3576497 YPDSF_1244 YPDSF_1245     FALSE 0.386 66.000 0.000 NA   NA
 3576497 3576498 YPDSF_1245 YPDSF_1246     TRUE 0.943 -19.000 0.200 NA   NA
 3576499 3576500 YPDSF_1247 YPDSF_1248     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 3576500 3576501 YPDSF_1248 YPDSF_1249     TRUE 0.652 17.000 0.000 NA   NA
 3576501 3576502 YPDSF_1249 YPDSF_1250     FALSE 0.016 435.000 0.000 NA   NA
 3576502 3576503 YPDSF_1250 YPDSF_1251     TRUE 0.915 -3.000 0.000 NA   NA
 3576503 3576504 YPDSF_1251 YPDSF_1252     FALSE 0.017 424.000 0.000 NA   NA
 3576504 3576505 YPDSF_1252 YPDSF_1253     FALSE 0.288 111.000 0.000 NA   NA
 3576505 3576506 YPDSF_1253 YPDSF_1254     TRUE 0.952 72.000 0.521 0.086   NA
 3576506 3576507 YPDSF_1254 YPDSF_1255     FALSE 0.108 220.000 0.000 NA   NA
 3576508 3576509 YPDSF_1256 YPDSF_1257     FALSE 0.006 760.000 0.000 NA   NA
 3576511 3576512 YPDSF_R0019 YPDSF_R0020     TRUE 0.769 11.000 0.000 NA   NA
 3576512 3576513 YPDSF_R0020 YPDSF_R0021     FALSE 0.441 53.000 0.000 NA   NA
 3576513 3576514 YPDSF_R0021 YPDSF_1259     FALSE 0.239 145.000 0.000 NA   NA
 3576514 3576515 YPDSF_1259 YPDSF_1260   uvrC TRUE 0.727 59.000 0.227 1.000 N NA
 3576515 3576516 YPDSF_1260 YPDSF_1261 uvrC   TRUE 0.892 -28.000 0.086 0.025 N NA
 3576517 3576518 YPDSF_1262 YPDSF_1263     FALSE 0.411 125.000 0.085 NA   NA
 3576519 3576520 YPDSF_1264 YPDSF_1265     FALSE 0.030 340.000 0.000 NA   NA
 3576520 3576521 YPDSF_1265 YPDSF_R0022     FALSE 0.007 687.000 0.000 NA   NA
 3576525 3576526 YPDSF_1269 YPDSF_1270     TRUE 0.991 11.000 0.378 NA Y NA
 3576526 3576527 YPDSF_1270 YPDSF_1271     TRUE 0.973 30.000 0.356 NA Y NA
 3576527 3576528 YPDSF_1271 YPDSF_1272     FALSE 0.005 333.000 0.000 1.000 N NA
 3576528 3576529 YPDSF_1272 YPDSF_1273     TRUE 0.539 30.000 0.000 NA   NA
 3576530 3576531 YPDSF_1274 YPDSF_1275 putA   FALSE 0.013 464.000 0.000 NA   NA
 3576531 3576532 YPDSF_1275 YPDSF_1276     TRUE 0.937 0.000 0.061 NA   NA
 3576533 3576534 YPDSF_1277 YPDSF_1278     TRUE 0.989 3.000 0.150 1.000 Y NA
 3576534 3576535 YPDSF_1278 YPDSF_1279     TRUE 0.915 0.000 0.000 NA   NA
 3576535 3576536 YPDSF_1279 YPDSF_1280     TRUE 0.599 -112.000 0.000 NA   NA
 3576536 3576537 YPDSF_1280 YPDSF_1281     FALSE 0.292 106.000 0.000 NA   NA
 3576537 3576538 YPDSF_1281 YPDSF_1282     FALSE 0.066 289.000 0.062 1.000   NA
 3576538 3576539 YPDSF_1282 YPDSF_1283   fliA FALSE 0.216 222.000 0.108 1.000   NA
 3576539 3576540 YPDSF_1283 YPDSF_1284 fliA   FALSE 0.004 347.000 0.000 1.000 N NA
 3576541 3576542 YPDSF_1285 YPDSF_1286 fliD fliS TRUE 0.995 11.000 0.284 0.003 Y NA
 3576542 3576543 YPDSF_1286 YPDSF_1287 fliS   TRUE 0.970 11.000 0.324 1.000   NA
 3576543 3576544 YPDSF_1287 YPDSF_1288     FALSE 0.042 301.000 0.000 1.000   NA
 3576544 3576545 YPDSF_1288 YPDSF_1289     FALSE 0.004 354.000 0.000 1.000 N NA
 3576545 3576546 YPDSF_1289 YPDSF_1290     FALSE 0.011 161.000 0.006 1.000 N NA
 3576547 3576548 YPDSF_1291 YPDSF_1292     TRUE 0.675 11.000 0.013 NA   NA
 3576548 3576549 YPDSF_1292 YPDSF_1293   fliE FALSE 0.017 420.000 0.000 NA   NA
 3576550 3576551 YPDSF_1294 YPDSF_1295 fliF fliG TRUE 0.998 -3.000 0.220 0.010 Y NA
 3576551 3576552 YPDSF_1295 YPDSF_1296 fliG fliH TRUE 0.874 75.000 0.007 0.006 Y NA
 3576552 3576553 YPDSF_1296 YPDSF_1297 fliH fliI TRUE 0.974 -103.000 0.115 0.006 Y NA
 3576553 3576554 YPDSF_1297 YPDSF_1298 fliI fliJ TRUE 0.879 100.000 0.073 0.012 Y NA
 3576554 3576555 YPDSF_1298 YPDSF_1299 fliJ   TRUE 0.998 -3.000 0.317 0.010 Y NA
 3576555 3576556 YPDSF_1299 YPDSF_1300   fliL TRUE 0.682 174.000 0.119 1.000 Y NA
 3576556 3576557 YPDSF_1300 YPDSF_1301 fliL fliM TRUE 1.000 6.000 0.957 0.002 Y NA
 3576557 3576558 YPDSF_1301 YPDSF_1302 fliM fliN TRUE 0.997 -3.000 0.137 0.002 Y NA
 3576558 3576559 YPDSF_1302 YPDSF_1303 fliN   TRUE 0.998 0.000 0.443 1.000 Y NA
 3576559 3576560 YPDSF_1303 YPDSF_1304   fliP TRUE 0.994 -3.000 0.203 1.000 Y NA
 3576560 3576561 YPDSF_1304 YPDSF_1305 fliP fliQ TRUE 0.990 106.000 0.827 0.014 Y NA
 3576561 3576562 YPDSF_1305 YPDSF_1306 fliQ fliR TRUE 0.968 -69.000 0.069 0.004 Y NA
 3576562 3576563 YPDSF_1306 YPDSF_1307 fliR   FALSE 0.016 434.000 0.000 1.000   NA
 3576564 3576565 YPDSF_1308 YPDSF_1309     TRUE 0.820 49.000 0.000 NA Y NA
 3576565 3576566 YPDSF_1309 YPDSF_1310     TRUE 0.998 3.000 0.286 0.012 Y NA
 3576566 3576567 YPDSF_1310 YPDSF_1311     TRUE 0.770 66.000 0.000 NA Y NA
 3576567 3576568 YPDSF_1311 YPDSF_1312     TRUE 0.993 43.000 1.000 NA Y NA
 3576568 3576569 YPDSF_1312 YPDSF_1313     FALSE 0.262 130.000 0.000 1.000   NA
 3576571 3576572 YPDSF_1315 YPDSF_1316 flgL flgK TRUE 0.931 106.000 0.142 0.002 Y NA
 3576572 3576573 YPDSF_1316 YPDSF_1317 flgK flgJ TRUE 0.906 299.000 0.705 0.003 Y NA
 3576573 3576574 YPDSF_1317 YPDSF_1318 flgJ flgI TRUE 0.994 0.000 0.048 0.012 Y NA
 3576574 3576575 YPDSF_1318 YPDSF_1319 flgI flgH TRUE 0.976 15.000 0.085 0.012 Y NA
 3576575 3576576 YPDSF_1319 YPDSF_1320 flgH   TRUE 0.874 144.000 0.268 1.000 Y NA
 3576576 3576577 YPDSF_1320 YPDSF_1321   flgF TRUE 0.997 -19.000 0.420 0.001 Y NA
 3576577 3576578 YPDSF_1321 YPDSF_1322 flgF flgE TRUE 0.969 22.000 0.095 0.007 Y NA
 3576578 3576579 YPDSF_1322 YPDSF_1323 flgE flgD FALSE 0.456 202.000 0.000 NA Y NA
 3576579 3576580 YPDSF_1323 YPDSF_1324 flgD flgC TRUE 0.970 15.000 0.186 NA Y NA
 3576580 3576581 YPDSF_1324 YPDSF_1325 flgC flgB TRUE 0.999 6.000 0.824 0.006 Y NA
 3576582 3576583 YPDSF_1326 YPDSF_1327 flgA   TRUE 0.893 151.000 0.330 NA Y NA
 3576583 3576584 YPDSF_1327 YPDSF_1328     TRUE 0.992 19.000 0.361 0.004 Y NA
 3576585 3576586 YPDSF_1329 YPDSF_1330     FALSE 0.324 90.000 0.000 NA   NA
 3576586 3576587 YPDSF_1330 YPDSF_1331     TRUE 0.832 -10.000 0.000 1.000   NA
 3576587 3576588 YPDSF_1331 YPDSF_1332     FALSE 0.007 664.000 0.000 1.000   NA
 3576588 3576589 YPDSF_1332 YPDSF_1333   flhA TRUE 0.983 0.000 0.053 0.004   NA
 3576589 3576590 YPDSF_1333 YPDSF_1334 flhA flhB TRUE 0.998 0.000 0.287 0.014 Y NA
 3576591 3576592 YPDSF_1335 YPDSF_1336     TRUE 0.997 -6.000 0.800 NA   NA
 3576592 3576593 YPDSF_1336 YPDSF_R0023     FALSE 0.102 223.000 0.000 NA   NA
 3576594 3576595 YPDSF_R0024 YPDSF_1337     FALSE 0.210 161.000 0.000 NA   NA
 3576595 3576596 YPDSF_1337 YPDSF_1338     TRUE 0.936 97.000 0.704 NA   NA
 3576596 3576597 YPDSF_1338 YPDSF_1339     TRUE 0.995 3.000 0.613 1.000   NA
 3576597 3576598 YPDSF_1339 YPDSF_1340     FALSE 0.015 406.000 0.029 1.000   NA
 3576600 3576601 YPDSF_1342 YPDSF_1343     FALSE 0.023 722.000 0.000 0.024   NA
 3576601 3576602 YPDSF_1343 YPDSF_1344     FALSE 0.033 329.000 0.000 NA   NA
 3576602 3576603 YPDSF_1344 YPDSF_1345     FALSE 0.345 92.000 0.048 NA   NA
 3576603 3576604 YPDSF_1345 YPDSF_1346     TRUE 0.543 40.000 0.053 NA   NA
 3576604 3576605 YPDSF_1346 YPDSF_1347     FALSE 0.225 94.000 0.014 NA   NA
 3576608 3576609 YPDSF_1350 YPDSF_1351     TRUE 0.964 -3.000 0.116 1.000   NA
 3576609 3576610 YPDSF_1351 YPDSF_1352     FALSE 0.081 708.000 0.409 1.000   NA
 3576611 3576612 YPDSF_1353 YPDSF_1354     TRUE 0.970 21.000 0.226 0.001   NA
 3576612 3576613 YPDSF_1354 YPDSF_1355     FALSE 0.077 68.000 0.000 1.000 N NA
 3576613 3576614 YPDSF_1355 YPDSF_1356     TRUE 0.946 26.000 0.175 1.000 Y NA
 3576614 3576615 YPDSF_1356 YPDSF_1357     TRUE 0.970 11.000 0.439 1.000 N NA
 3576615 3576616 YPDSF_1357 YPDSF_1358     TRUE 0.973 -6.000 0.282 1.000 N NA
 3576616 3576617 YPDSF_1358 YPDSF_1359     TRUE 0.929 25.000 0.330 1.000   NA
 3576617 3576618 YPDSF_1359 YPDSF_1360     TRUE 0.825 119.000 0.378 1.000   NA
 3576618 3576619 YPDSF_1360 YPDSF_1361     TRUE 0.996 -3.000 0.510 0.048 N NA
 3576619 3576620 YPDSF_1361 YPDSF_1362     TRUE 1.000 -3.000 0.618 0.001 Y NA
 3576622 3576623 YPDSF_1364 YPDSF_1365     TRUE 0.655 -45.000 0.000 NA   NA
 3576624 3576625 YPDSF_1366 YPDSF_1367     TRUE 0.888 92.000 0.064 0.009 Y NA
 3576625 3576626 YPDSF_1367 YPDSF_1368     TRUE 0.998 16.000 0.939 0.009 Y NA
 3576626 3576627 YPDSF_1368 YPDSF_1369     TRUE 0.860 200.000 0.755 NA   NA
 3576627 3576628 YPDSF_1369 YPDSF_1370     FALSE 0.016 429.000 0.000 NA   NA
 3576629 3576630 YPDSF_1371 YPDSF_1372     FALSE 0.320 92.000 0.000 NA   NA
 3576631 3576632 YPDSF_1373 YPDSF_1374     FALSE 0.104 222.000 0.000 NA   NA
 3576637 3576638 YPDSF_1379 YPDSF_1380     TRUE 0.578 237.000 0.429 NA   NA
 3576638 3576639 YPDSF_1380 YPDSF_1381     TRUE 0.931 43.000 0.429 NA   NA
 3576639 3576640 YPDSF_1381 YPDSF_1382     FALSE 0.159 263.000 0.125 NA   NA
 3576647 3576648 YPDSF_1389 YPDSF_1390     FALSE 0.086 237.000 0.000 NA   NA
 3576648 3576649 YPDSF_1390 YPDSF_1391     FALSE 0.020 390.000 0.000 NA   NA
 3576649 3576650 YPDSF_1391 YPDSF_R0025     FALSE 0.179 178.000 0.000 NA   NA
 3576652 3576653 YPDSF_1393 YPDSF_1394 lacY   FALSE 0.349 78.000 0.000 1.000   NA
 3576654 3576655 YPDSF_1395 YPDSF_1396     TRUE 0.833 -10.000 0.000 NA   NA
 3576656 3576657 YPDSF_1397 YPDSF_1398     TRUE 0.982 124.000 0.947 NA Y NA
 3576657 3576658 YPDSF_1398 YPDSF_1399     TRUE 0.995 20.000 0.905 NA Y NA
 3576658 3576659 YPDSF_1399 YPDSF_1400     FALSE 0.010 258.000 0.000 1.000 N NA
 3576659 3576660 YPDSF_1400 YPDSF_R0026     FALSE 0.015 446.000 0.000 NA   NA
 3576661 3576662 YPDSF_1401 YPDSF_1402     FALSE 0.324 90.000 0.000 NA   NA
 3576663 3576664 YPDSF_1403 YPDSF_1404     TRUE 0.636 36.000 0.136 1.000 N NA
 3576667 3576668 YPDSF_1407 YPDSF_1408 lldD   FALSE 0.006 297.000 0.000 1.000 N NA
 3576668 3576669 YPDSF_1408 YPDSF_1409     TRUE 0.932 32.000 0.290 0.023 N NA
 3576669 3576670 YPDSF_1409 YPDSF_1410     TRUE 0.980 48.000 0.333 0.048 Y NA
 3576673 3576674 YPDSF_1413 YPDSF_1414     FALSE 0.007 669.000 0.000 NA   NA
 3576675 3576676 YPDSF_1415 YPDSF_1416     FALSE 0.024 371.000 0.000 NA   NA
 3576676 3576677 YPDSF_1416 YPDSF_1417     FALSE 0.016 434.000 0.000 NA   NA
 11426269 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 35.000 0.000 NA   NA
 11568632 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 35.000 0.000 NA   NA
 11711024 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 35.000 0.000 NA   NA
 11426270 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 63.000 0.000 NA   NA
 11568633 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 63.000 0.000 NA   NA
 11711025 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 63.000 0.000 NA   NA
 11426271 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 95.000 0.000 NA   NA
 11568634 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 95.000 0.000 NA   NA
 11711026 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 95.000 0.000 NA   NA
 11426272 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 123.000 0.000 NA   NA
 11568635 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 123.000 0.000 NA   NA
 11711027 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 123.000 0.000 NA   NA
 11426273 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 155.000 0.000 NA   NA
 11568636 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 155.000 0.000 NA   NA
 11711028 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 155.000 0.000 NA   NA
 11426274 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 183.000 0.000 NA   NA
 11568637 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 183.000 0.000 NA   NA
 11711029 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 183.000 0.000 NA   NA
 11426275 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 215.000 0.000 NA   NA
 11568638 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 215.000 0.000 NA   NA
 11711030 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 215.000 0.000 NA   NA
 11426276 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 243.000 0.000 NA   NA
 11568639 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 243.000 0.000 NA   NA
 11711031 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 243.000 0.000 NA   NA
 11426277 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 276.000 0.000 NA   NA
 11568640 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 276.000 0.000 NA   NA
 11711032 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 276.000 0.000 NA   NA
 11426278 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 304.000 0.000 NA   NA
 11568641 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 304.000 0.000 NA   NA
 11711033 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 304.000 0.000 NA   NA
 11426279 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 336.000 0.000 NA   NA
 11568642 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 336.000 0.000 NA   NA
 11711034 3576678   YPDSF_1418   sbcB FALSE NA 336.000 0.000 NA   NA
 3576679 3576680 YPDSF_1419 YPDSF_1420     FALSE 0.002 459.000 0.000 1.000 N NA
 3576681 3576682 YPDSF_1421 YPDSF_1422     TRUE 0.796 10.000 0.000 NA   NA
 3576682 3576683 YPDSF_1422 YPDSF_1423     TRUE 0.604 -105.000 0.000 NA   NA
 3576683 3576684 YPDSF_1423 YPDSF_1424     TRUE 0.999 -3.000 0.952 0.012   NA
 3576684 3576685 YPDSF_1424 YPDSF_1425     FALSE 0.078 245.000 0.000 NA   NA
 3576687 3576688 YPDSF_1427 YPDSF_1428 hisG hisD TRUE 0.996 4.000 0.171 0.003 Y NA
 3576688 3576689 YPDSF_1428 YPDSF_1429 hisD   TRUE 0.998 3.000 0.294 0.003 Y NA
 3576689 3576690 YPDSF_1429 YPDSF_1430     TRUE 0.999 -3.000 0.341 0.003 Y NA
 3576690 3576691 YPDSF_1430 YPDSF_1431   hisH TRUE 0.997 0.000 0.128 0.003 Y NA
 3576691 3576692 YPDSF_1431 YPDSF_1432 hisH   TRUE 0.996 6.000 0.210 0.003 Y NA
 3576692 3576693 YPDSF_1432 YPDSF_1433     TRUE 0.997 -18.000 0.433 0.003 Y NA
 3576693 3576694 YPDSF_1433 YPDSF_1434     TRUE 0.999 -6.000 0.430 0.003 Y NA
 3576695 3576696 YPDSF_1435 YPDSF_1436     FALSE 0.003 386.000 0.000 1.000 N NA
 3576696 3576697 YPDSF_1436 YPDSF_1437     TRUE 0.937 84.000 0.111 0.001 Y NA
 3576698 3576699 YPDSF_1438 YPDSF_1439     TRUE 0.792 213.000 0.455 0.003 N NA
 3576699 3576700 YPDSF_1439 YPDSF_1440     TRUE 0.939 90.000 0.364 1.000 Y NA
 3576700 3576701 YPDSF_1440 YPDSF_1441     TRUE 0.998 -3.000 0.455 1.000 Y NA
 3576701 3576702 YPDSF_1441 YPDSF_1442     TRUE 0.999 -13.000 0.818 0.064 Y NA
 3576702 3576703 YPDSF_1442 YPDSF_1443     TRUE 0.998 -3.000 0.583 1.000 Y NA
 3576704 3576705 YPDSF_1444 YPDSF_1445     TRUE 0.603 -3.000 0.000 NA N NA
 3576705 3576706 YPDSF_1445 YPDSF_1446     TRUE 0.604 0.000 0.000 NA N NA
 3576706 3576707 YPDSF_1446 YPDSF_1447     TRUE 0.954 35.000 0.667 1.000 N NA
 3576707 3576708 YPDSF_1447 YPDSF_1448     FALSE 0.228 152.000 0.000 NA   NA
 3576710 3576711 YPDSF_1450 YPDSF_1451   dcd FALSE 0.065 187.000 0.057 NA N NA
 3576711 3576712 YPDSF_1451 YPDSF_1452 dcd   TRUE 0.773 105.000 0.098 1.000 Y NA
 3576712 3576713 YPDSF_1452 YPDSF_1453     FALSE 0.047 245.000 0.073 1.000 N NA
 3576715 3576716 YPDSF_1455 YPDSF_1456     FALSE 0.111 218.000 0.000 NA   NA
 3576717 3576718 YPDSF_1457 YPDSF_1458     TRUE 0.886 18.000 0.177 NA   NA
 3576718 3576719 YPDSF_1458 YPDSF_1459     FALSE 0.032 333.000 0.000 NA   NA
 3576719 3576720 YPDSF_1459 YPDSF_1460     FALSE 0.185 242.000 0.021 0.076   NA
 3576720 3576721 YPDSF_1460 YPDSF_1461     TRUE 0.991 -3.000 0.340 NA   NA
 3576721 3576722 YPDSF_1461 YPDSF_1462     FALSE 0.087 336.000 0.198 NA N NA
 3576722 3576723 YPDSF_1462 YPDSF_1463     FALSE 0.001 356.000 0.022 1.000 N NA
 3576723 3576724 YPDSF_1463 YPDSF_1464     FALSE 0.055 281.000 0.045 NA   NA
 3576726 3576727 YPDSF_1466 YPDSF_1467     TRUE 0.983 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3576728 3576729 YPDSF_1468 YPDSF_1469     TRUE 0.998 21.000 0.905 0.012 Y NA
 3576729 3576730 YPDSF_1469 YPDSF_1470     TRUE 0.679 230.000 0.250 NA Y NA
 3576730 3576731 YPDSF_1470 YPDSF_1471     FALSE 0.006 748.000 0.000 NA   NA
 3576731 3576732 YPDSF_1471 YPDSF_1472   folE TRUE 0.963 55.000 0.719 NA   NA
 3576732 3576733 YPDSF_1472 YPDSF_1473 folE   TRUE 0.693 142.000 0.250 NA   NA
 3576734 3576735 YPDSF_1474 YPDSF_1475     TRUE 0.515 274.000 0.636 1.000 N NA
 3576735 3576736 YPDSF_1475 YPDSF_1476     TRUE 0.922 21.000 0.273 1.000   NA
 3576736 3576737 YPDSF_1476 YPDSF_1477     FALSE 0.010 553.000 0.000 NA   NA
 3576737 3576738 YPDSF_1477 YPDSF_1478     TRUE 0.993 2.000 0.500 NA   NA
 3576738 3576739 YPDSF_1478 YPDSF_1479     TRUE 0.879 2.000 0.094 1.000 N NA
 3576739 3576740 YPDSF_1479 YPDSF_1480     TRUE 0.888 10.000 0.094 1.000   NA
 3576740 3576741 YPDSF_1480 YPDSF_1481     FALSE 0.010 535.000 0.000 1.000   NA
 3576741 3576742 YPDSF_1481 YPDSF_1482     TRUE 0.998 2.000 0.323 0.003 Y NA
 3576743 3576744 YPDSF_1483 YPDSF_1484     FALSE 0.095 228.000 0.000 NA   NA
 3576746 3576747 YPDSF_1486 YPDSF_1487     TRUE 0.570 25.000 0.000 NA   NA
 3576747 3576748 YPDSF_1487 YPDSF_1488     TRUE 0.915 0.000 0.000 NA   NA
 3576748 3576749 YPDSF_1488 YPDSF_1489     TRUE 0.990 -25.000 0.750 NA   NA
 3576749 3576750 YPDSF_1489 YPDSF_1490     TRUE 0.988 -36.000 0.750 NA   NA
 3576750 3576751 YPDSF_1490 YPDSF_1491     FALSE 0.106 221.000 0.000 NA   NA
 3576751 3576752 YPDSF_1491 YPDSF_1492     TRUE 0.989 0.000 0.286 NA   NA
 3576752 3576753 YPDSF_1492 YPDSF_1493     TRUE 0.634 18.000 0.040 NA   NA
 3576753 3576754 YPDSF_1493 YPDSF_1494     TRUE 0.711 44.000 0.120 NA   NA
 3576754 3576755 YPDSF_1494 YPDSF_1495     TRUE 0.996 -3.000 0.625 NA   NA
 3576756 3576757 YPDSF_1496 YPDSF_1497     FALSE 0.290 109.000 0.000 NA   NA
 3576757 3576758 YPDSF_1497 YPDSF_1498     FALSE 0.261 131.000 0.000 NA   NA
 3576759 3576760 YPDSF_1499 YPDSF_1500     TRUE 0.669 16.000 0.000 NA   NA
 3576760 3576761 YPDSF_1500 YPDSF_1501     FALSE 0.225 154.000 0.000 NA   NA
 3576761 3576762 YPDSF_1501 YPDSF_1502     TRUE 0.915 -3.000 0.000 NA   NA
 3576762 3576763 YPDSF_1502 YPDSF_1503     TRUE 0.866 85.000 0.400 NA   NA
 3576763 3576764 YPDSF_1503 YPDSF_1504     TRUE 0.955 3.000 0.125 NA   NA
 3576764 3576765 YPDSF_1504 YPDSF_1505     FALSE 0.038 388.000 0.083 NA   NA
 3576767 3576768 YPDSF_1507 YPDSF_1508     TRUE 0.915 0.000 0.000 NA   NA
 3576768 3576769 YPDSF_1508 YPDSF_1509     TRUE 0.998 -3.000 0.750 NA   NA
 3576769 3576770 YPDSF_1509 YPDSF_1510     TRUE 0.749 12.000 0.000 NA   NA
 3576770 3576771 YPDSF_1510 YPDSF_1511     FALSE 0.461 49.000 0.000 NA   NA
 3576771 3576772 YPDSF_1511 YPDSF_1512     FALSE 0.005 989.000 0.000 NA   NA
 3576772 3576773 YPDSF_1512 YPDSF_1513     FALSE 0.021 385.000 0.000 NA   NA
 3576773 3576774 YPDSF_1513 YPDSF_1514     TRUE 0.500 39.000 0.000 NA   NA
 3576774 3576775 YPDSF_1514 YPDSF_1515     TRUE 0.990 3.000 0.051 0.046 Y NA
 3576775 3576776 YPDSF_1515 YPDSF_1516     TRUE 0.984 -22.000 0.120 0.023 Y NA
 3576776 3576777 YPDSF_1516 YPDSF_1517     TRUE 0.984 -7.000 0.120 1.000 Y NA
 3576777 3576778 YPDSF_1517 YPDSF_1518     TRUE 0.983 16.000 0.333 1.000 Y NA
 3576778 3576779 YPDSF_1518 YPDSF_1519     TRUE 0.974 -7.000 0.056 1.000 Y NA
 3576779 3576780 YPDSF_1519 YPDSF_1520     TRUE 0.974 -10.000 0.083 NA Y NA
 3576780 3576781 YPDSF_1520 YPDSF_1521     FALSE 0.061 264.000 0.000 NA   NA
 3576782 3576783 YPDSF_1522 YPDSF_1523     FALSE 0.376 154.000 0.000 0.023 N NA
 3576784 3576785 YPDSF_1524 YPDSF_1525     FALSE 0.163 186.000 0.000 NA   NA
 3576785 3576786 YPDSF_1525 YPDSF_1526     FALSE 0.006 733.000 0.000 NA   NA
 3576786 3576787 YPDSF_1526 YPDSF_R0027     FALSE 0.017 420.000 0.000 NA   NA
 3576790 3576791 YPDSF_1529 YPDSF_1530     TRUE 0.583 61.000 0.094 NA   NA
 3576793 3576794 YPDSF_1532 YPDSF_1533   mgsA FALSE 0.212 179.000 0.055 NA   NA
 3576796 3576797 YPDSF_1535 YPDSF_1536     TRUE 0.699 30.000 0.090 NA   NA
 3576799 3576800 YPDSF_1538 YPDSF_1539     FALSE 0.004 358.000 0.000 1.000 N NA
 3576800 3576801 YPDSF_1539 YPDSF_1540     FALSE 0.024 191.000 0.000 1.000 N NA
 3576803 3576804 YPDSF_1542 YPDSF_1543     TRUE 0.914 -39.000 0.290 1.000 N NA
 3576804 3576805 YPDSF_1543 YPDSF_1544     FALSE 0.007 700.000 0.000 1.000   NA
 3576805 3576806 YPDSF_1544 YPDSF_1545     TRUE 0.711 14.000 0.000 1.000   NA
 3576806 3576807 YPDSF_1545 YPDSF_1546     TRUE 0.676 118.000 0.000 1.000 Y NA
 3576807 3576808 YPDSF_1546 YPDSF_1547     FALSE 0.218 16.000 0.000 1.000 N NA
 3576809 3576810 YPDSF_1548 YPDSF_1549   acpS FALSE 0.021 202.000 0.000 1.000 N NA
 3576810 3576811 YPDSF_1549 YPDSF_1550 acpS   TRUE 0.986 0.000 0.326 1.000 N NA
 3576811 3576812 YPDSF_1550 YPDSF_1551   recO FALSE 0.372 159.000 0.166 1.000 N NA
 3576812 3576813 YPDSF_1551 YPDSF_1552 recO era TRUE 0.903 10.000 0.109 1.000   NA
 3576813 3576814 YPDSF_1552 YPDSF_1553 era rnc TRUE 0.987 -3.000 0.127 0.046   NA
 3576814 3576815 YPDSF_1553 YPDSF_1554 rnc   FALSE 0.068 352.000 0.117 1.000   NA
 3576815 3576816 YPDSF_1554 YPDSF_1555     TRUE 0.948 10.000 0.187 1.000   NA
 3576818 3576819 YPDSF_1557 YPDSF_1558   rseB TRUE 0.999 -3.000 0.609 NA Y NA
 3576819 3576820 YPDSF_1558 YPDSF_1559 rseB   TRUE 0.999 0.000 0.856 NA Y NA
 3576820 3576821 YPDSF_1559 YPDSF_1560     TRUE 0.966 26.000 0.705 NA N NA
 3576825 3576826 YPDSF_1564 YPDSF_1565     TRUE 0.865 78.000 0.375 NA   NA
 3576826 3576827 YPDSF_1565 YPDSF_1566     FALSE 0.176 179.000 0.000 1.000   NA
 3576829 3576830 YPDSF_1568 YPDSF_1569     TRUE 0.972 10.000 0.300 NA   NA
 3576830 3576831 YPDSF_1569 YPDSF_1570     TRUE 0.998 -3.000 0.939 NA   NA
 3576831 3576832 YPDSF_1570 YPDSF_1571     TRUE 0.679 85.000 0.173 NA   NA
 3576832 3576833 YPDSF_1571 YPDSF_1572     TRUE 0.983 -3.000 0.211 NA   NA
 3576833 3576834 YPDSF_1572 YPDSF_1573     TRUE 0.933 105.000 0.379 NA Y NA
 3576834 3576835 YPDSF_1573 YPDSF_1574     FALSE 0.009 619.000 0.050 NA   NA
 3576835 3576836 YPDSF_1574 YPDSF_1575     FALSE 0.171 140.000 0.013 NA   NA
 3576836 3576837 YPDSF_1575 YPDSF_1576     FALSE 0.192 -9.000 0.008 1.000 N NA
 3576837 3576838 YPDSF_1576 YPDSF_1577     FALSE 0.197 130.000 0.019 NA   NA
 3576838 3576839 YPDSF_1577 YPDSF_1578     FALSE 0.151 354.000 0.231 NA   NA
 3576840 3576841 YPDSF_1579 YPDSF_1580     TRUE 0.993 1.000 0.172 0.001   NA
 3576841 3576842 YPDSF_1580 YPDSF_1581     TRUE 0.957 94.000 0.201 0.001 Y NA
 3576842 3576843 YPDSF_1581 YPDSF_1582     TRUE 0.990 164.000 0.877 0.001 Y NA
 3576843 3576844 YPDSF_1582 YPDSF_1583     TRUE 0.796 10.000 0.000 NA   NA
 3576844 3576845 YPDSF_1583 YPDSF_1584     TRUE 0.650 -49.000 0.000 NA   NA
 3576845 3576846 YPDSF_1584 YPDSF_1585     FALSE 0.212 160.000 0.000 NA   NA
 3576846 3576847 YPDSF_1585 YPDSF_1586     TRUE 0.577 95.000 0.129 1.000   NA
 3576848 3576849 YPDSF_1587 YPDSF_1588     FALSE 0.484 43.000 0.000 NA   NA
 3576849 3576850 YPDSF_1588 YPDSF_1589     FALSE 0.111 218.000 0.000 NA   NA
 3576850 3576851 YPDSF_1589 YPDSF_1590     TRUE 0.689 31.000 0.151 1.000 N NA
 3576853 3576854 YPDSF_1592 YPDSF_1593     TRUE 0.827 52.000 0.222 1.000   NA
 3576854 3576855 YPDSF_1593 YPDSF_1594     TRUE 0.953 49.000 0.727 1.000 N NA
 3576855 3576856 YPDSF_1594 YPDSF_1595     TRUE 0.986 167.000 0.833 0.006 Y NA
 3576856 3576857 YPDSF_1595 YPDSF_1596     TRUE 0.994 11.000 0.250 0.006 Y NA
 3576858 3576859 YPDSF_1597 YPDSF_1598     FALSE 0.326 89.000 0.000 NA   NA
 3576859 3576860 YPDSF_1598 YPDSF_1599   ccrB TRUE 0.985 16.000 0.233 0.099 Y NA
 3576863 3576864 YPDSF_1602 YPDSF_1603     FALSE 0.470 149.000 0.095 0.075 N NA
 3576864 3576865 YPDSF_1603 YPDSF_1604     FALSE 0.152 192.000 0.000 NA   NA
 3576865 3576866 YPDSF_1604 YPDSF_1605     TRUE 0.560 26.000 0.000 NA   NA
 3576866 3576867 YPDSF_1605 YPDSF_1606     TRUE 0.996 -3.000 0.095 0.002 Y NA
 3576867 3576868 YPDSF_1606 YPDSF_1607     TRUE 0.880 127.000 0.064 0.002 Y NA
 3576868 3576869 YPDSF_1607 YPDSF_1608   ureE TRUE 0.994 22.000 0.460 0.002 Y NA
 3576869 3576870 YPDSF_1608 YPDSF_1609 ureE ureC FALSE 0.186 296.000 0.067 0.001 N NA
 3576870 3576871 YPDSF_1609 YPDSF_1610 ureC ureB TRUE 0.969 90.000 0.267 0.001 Y NA
 3576871 3576872 YPDSF_1610 YPDSF_1611 ureB ureA TRUE 0.992 -40.000 0.267 0.001 Y NA
 3576872 3576873 YPDSF_1611 YPDSF_1612 ureA   FALSE 0.025 1199.000 0.000 1.000 Y NA
 3576873 3576874 YPDSF_1612 YPDSF_1613     TRUE 0.996 -7.000 0.500 0.022   NA
 3576874 3576875 YPDSF_1613 YPDSF_1614     TRUE 0.999 0.000 1.000 1.000   NA
 3576875 3576876 YPDSF_1614 YPDSF_1615     TRUE 1.000 -3.000 1.000 0.062 Y NA
 3576876 3576877 YPDSF_1615 YPDSF_1616     TRUE 0.999 -15.000 1.000 0.062 Y NA
 3576877 3576878 YPDSF_1616 YPDSF_1617     FALSE 0.001 835.000 0.000 1.000 N NA
 3576879 3576880 YPDSF_1618 YPDSF_1619     TRUE 0.504 165.000 0.167 NA   NA
 3576881 3576882 YPDSF_1620 YPDSF_1621     FALSE 0.013 478.000 0.000 NA   NA
 3576883 3576884 YPDSF_1622 YPDSF_1623 nrdI   TRUE 0.983 -18.000 0.216 NA Y NA
 3576884 3576885 YPDSF_1623 YPDSF_1624   nrdF TRUE 0.941 125.000 0.190 0.002 Y NA
 3576885 3576886 YPDSF_1624 YPDSF_1625 nrdF   FALSE 0.001 676.000 0.000 1.000 N NA
 3576886 3576887 YPDSF_1625 YPDSF_1626     TRUE 0.999 -7.000 0.630 0.099 Y NA
 3576887 3576888 YPDSF_1626 YPDSF_1627   proX TRUE 0.993 48.000 0.695 0.062 Y NA
 3576891 3576892 YPDSF_R0028 YPDSF_1630     FALSE 0.286 113.000 0.000 NA   NA
 3576895 3576896 YPDSF_1633 YPDSF_1634     TRUE 0.875 33.000 0.233 1.000   NA
 3576897 3576898 YPDSF_1635 YPDSF_1636   dkgB FALSE 0.005 881.000 0.000 NA   NA
 3576898 3576899 YPDSF_1636 YPDSF_R0029 dkgB   FALSE 0.021 387.000 0.000 NA   NA
 3576899 3576900 YPDSF_R0029 YPDSF_R0030     FALSE 0.278 121.000 0.000 NA   NA
 3576900 3576901 YPDSF_R0030 YPDSF_R0031     FALSE 0.293 105.000 0.000 NA   NA
 3576901 3576902 YPDSF_R0031 YPDSF_R0032     FALSE 0.071 253.000 0.000 NA   NA
 3576902 3576903 YPDSF_R0032 YPDSF_R0033     FALSE 0.257 134.000 0.000 NA   NA
 3576903 3576904 YPDSF_R0033 YPDSF_1637     FALSE 0.015 442.000 0.000 NA   NA
 3576905 3576906 YPDSF_1638 YPDSF_1639 metN   TRUE 0.997 -7.000 0.584 1.000 Y NA
 3576906 3576907 YPDSF_1639 YPDSF_1640   metQ TRUE 0.960 64.000 0.411 NA Y NA
 3576907 3576908 YPDSF_1640 YPDSF_1641 metQ rcsF TRUE 0.876 118.000 0.500 NA   NA
 3576908 3576909 YPDSF_1641 YPDSF_1642 rcsF   TRUE 0.986 -3.000 0.247 NA   NA
 3576909 3576910 YPDSF_1642 YPDSF_1643     FALSE 0.319 104.000 0.048 NA   NA
 3576911 3576912 YPDSF_1644 YPDSF_1645     FALSE 0.283 85.000 0.027 NA   NA
 3576912 3576913 YPDSF_1645 YPDSF_1646     TRUE 0.731 -21.000 0.034 1.000   NA
 3576914 3576915 YPDSF_1647 YPDSF_1648     TRUE 0.949 -13.000 0.179 NA   NA
 3576916 3576917 YPDSF_1649 YPDSF_1650   tilS FALSE 0.004 237.000 0.005 1.000 N NA
 3576917 3576918 YPDSF_1650 YPDSF_1651 tilS   FALSE 0.270 2.000 0.015 NA N NA
 3576918 3576919 YPDSF_1651 YPDSF_1652     FALSE 0.009 184.000 0.008 NA N NA
 3576919 3576920 YPDSF_1652 YPDSF_1653   dnaE TRUE 0.784 13.000 0.122 1.000 N NA
 3576920 3576921 YPDSF_1653 YPDSF_1654 dnaE rnhB TRUE 0.752 130.000 0.104 1.000 Y NA
 3576921 3576922 YPDSF_1654 YPDSF_1655 rnhB lpxB TRUE 0.967 -3.000 0.186 1.000 N NA
 3576922 3576923 YPDSF_1655 YPDSF_1656 lpxB   TRUE 0.994 4.000 0.289 1.000 Y NA
 3576923 3576924 YPDSF_1656 YPDSF_1657   fabZ TRUE 0.995 4.000 0.850 1.000 N NA
 3576924 3576925 YPDSF_1657 YPDSF_1658 fabZ lpxD TRUE 0.886 158.000 0.796 1.000 N NA
 3576925 3576926 YPDSF_1658 YPDSF_1659 lpxD   TRUE 0.999 4.000 0.814 1.000 Y NA
 3576926 3576927 YPDSF_1659 YPDSF_1660     TRUE 0.927 107.000 0.354 1.000 Y NA
 3576927 3576928 YPDSF_1660 YPDSF_1661     TRUE 0.942 37.000 0.204 1.000 Y NA
 3576928 3576929 YPDSF_1661 YPDSF_1662   cdsA FALSE 0.437 29.000 0.080 1.000 N NA
 3576929 3576930 YPDSF_1662 YPDSF_1663 cdsA   TRUE 0.993 10.000 0.400 1.000 Y NA
 3576930 3576931 YPDSF_1663 YPDSF_1664     FALSE 0.345 224.000 0.025 1.000 Y NA
 3576931 3576932 YPDSF_1664 YPDSF_1665   frr FALSE 0.006 214.000 0.032 1.000 N NA
 3576932 3576933 YPDSF_1665 YPDSF_1666 frr pyrH TRUE 0.855 136.000 0.626 1.000 N NA
 3576935 3576936 YPDSF_1668 YPDSF_1669 tsf rpsB TRUE 0.972 128.000 0.748 1.000 Y NA
 3576937 3576938 YPDSF_1670 YPDSF_1671     TRUE 0.743 60.000 0.243 1.000 N NA
 3576938 3576939 YPDSF_1671 YPDSF_1672   dapD FALSE 0.171 175.000 0.097 1.000 N NA
 3576939 3576940 YPDSF_1672 YPDSF_1673 dapD   FALSE 0.255 124.000 0.035 NA   NA
 3576941 3576942 YPDSF_1674 YPDSF_1675     TRUE 0.793 28.000 0.209 1.000 N NA
 3576942 3576943 YPDSF_1675 YPDSF_1676     TRUE 0.995 0.000 0.518 NA   NA
 3576943 3576944 YPDSF_1676 YPDSF_1677     FALSE 0.069 254.000 0.000 NA   NA
 3576944 3576945 YPDSF_1677 YPDSF_R0034     FALSE 0.238 146.000 0.000 NA   NA
 3576945 3576946 YPDSF_R0034 YPDSF_1678     FALSE 0.062 263.000 0.000 NA   NA
 3576947 3576948 YPDSF_1679 YPDSF_1680 queF   FALSE 0.337 153.000 0.079 NA   NA
 3576948 3576949 YPDSF_1680 YPDSF_1681   xni FALSE 0.234 260.000 0.178 NA   NA
 3576950 3576951 YPDSF_1682 YPDSF_1683     TRUE 0.956 -7.000 0.144 NA   NA
 3576951 3576952 YPDSF_1683 YPDSF_1684     FALSE 0.312 166.000 0.081 NA   NA
 3576953 3576954 YPDSF_1685 YPDSF_1686     TRUE 0.792 135.000 0.122 0.001   NA
 3576955 3576956 YPDSF_1687 YPDSF_1688   mltA FALSE 0.014 143.000 0.021 1.000 N NA
 3576957 3576958 YPDSF_R0035 YPDSF_R0036     FALSE 0.274 124.000 0.000 NA   NA
 3576958 3576959 YPDSF_R0036 YPDSF_R0037     FALSE 0.274 124.000 0.000 NA   NA
 3576961 3576962 YPDSF_1690 YPDSF_1691     FALSE 0.341 82.000 0.000 1.000   NA
 3576962 3576963 YPDSF_1691 YPDSF_1692     TRUE 0.983 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3576963 3576964 YPDSF_1692 YPDSF_1693     FALSE 0.121 39.000 0.000 1.000 N NA
 3576965 3576966 YPDSF_1694 YPDSF_1695 RecD RecB TRUE 1.000 -3.000 0.688 0.001 Y NA
 3576966 3576967 YPDSF_1695 YPDSF_1696 RecB   TRUE 0.901 -3.000 0.092 1.000 N NA
 3576967 3576968 YPDSF_1696 YPDSF_1697   recC FALSE 0.304 82.000 0.092 1.000 N NA
 3576968 3576969 YPDSF_1697 YPDSF_1698 recC   FALSE 0.178 135.000 0.076 NA N NA
 3576969 3576970 YPDSF_1698 YPDSF_1699     TRUE 0.958 33.000 0.538 NA   NA
 3576970 3576971 YPDSF_1699 YPDSF_1700     TRUE 0.992 -3.000 0.373 NA   NA
 3576971 3576972 YPDSF_1700 YPDSF_1701     TRUE 0.967 -9.000 0.000 NA Y NA
 3576972 3576973 YPDSF_1701 YPDSF_1702   thyA FALSE 0.013 236.000 0.000 NA N NA
 3576973 3576974 YPDSF_1702 YPDSF_1703 thyA   TRUE 0.917 7.000 0.164 1.000 N NA
 3576974 3576975 YPDSF_1703 YPDSF_1704     FALSE 0.003 251.000 0.003 1.000 N NA
 3576975 3576976 YPDSF_1704 YPDSF_1705     FALSE 0.106 13.000 0.012 1.000 N NA
 3576977 3576978 YPDSF_1706 YPDSF_1707     FALSE 0.001 389.000 0.015 1.000 N NA
 3576978 3576979 YPDSF_1707 YPDSF_1708     FALSE 0.007 707.000 0.000 NA   NA
 3576980 3576981 YPDSF_1709 YPDSF_1710     TRUE 0.968 -3.000 0.124 NA   NA
 3576981 3576982 YPDSF_1710 YPDSF_1711     FALSE 0.002 449.000 0.000 1.000 N NA
 3576986 3576987 YPDSF_1715 YPDSF_1716     FALSE 0.003 369.000 0.000 1.000 N NA
 3576988 3576989 YPDSF_1717 YPDSF_1718     TRUE 0.600 113.000 0.157 1.000   NA
 3576990 3576991 YPDSF_1719 YPDSF_1720     FALSE 0.205 164.000 0.000 NA   NA
 3576991 3576992 YPDSF_1720 YPDSF_1721     FALSE 0.484 43.000 0.000 NA   NA
 3576992 3576993 YPDSF_1721 YPDSF_1722     FALSE 0.467 48.000 0.000 NA   NA
 3576994 3576995 YPDSF_1723 YPDSF_1724     TRUE 0.715 47.000 0.192 1.000 N NA
 3576995 3576996 YPDSF_1724 YPDSF_1725     FALSE 0.032 336.000 0.000 1.000   NA
 3576996 3576997 YPDSF_1725 YPDSF_1726     TRUE 0.845 41.000 0.217 1.000   NA
 3576997 3576998 YPDSF_1726 YPDSF_1727     TRUE 0.999 -7.000 0.917 0.062 Y NA
 3576998 3576999 YPDSF_1727 YPDSF_1728     TRUE 0.981 14.000 0.131 0.062 Y NA
 3576999 3577000 YPDSF_1728 YPDSF_1729     TRUE 0.971 16.000 0.101 0.062 Y NA
 3577000 3577001 YPDSF_1729 YPDSF_1730     FALSE 0.133 298.000 0.000 0.062   NA
 3577001 3577002 YPDSF_1730 YPDSF_1731     FALSE 0.009 570.000 0.000 NA   NA
 3577002 3577003 YPDSF_1731 YPDSF_1732     FALSE 0.251 204.000 0.102 NA   NA
 3577004 3577005 YPDSF_1733 YPDSF_1734     FALSE 0.003 385.000 0.000 1.000 N NA
 3577005 3577006 YPDSF_1734 YPDSF_1735     FALSE 0.066 187.000 0.059 1.000 N NA
 3577008 3577009 YPDSF_1737 YPDSF_1738     TRUE 0.993 -3.000 0.167 1.000 Y NA
 3577009 3577010 YPDSF_1738 YPDSF_1739     TRUE 0.993 -3.000 0.167 1.000 Y NA
 3577010 3577011 YPDSF_1739 YPDSF_1740     TRUE 0.981 82.000 0.750 1.000 Y NA
 3577011 3577012 YPDSF_1740 YPDSF_1741     TRUE 0.966 153.000 0.750 1.000 Y NA
 3577012 3577013 YPDSF_1741 YPDSF_1742     FALSE 0.001 658.000 0.000 1.000 N NA
 3577013 3577014 YPDSF_1742 YPDSF_1743     FALSE 0.030 455.000 0.042 0.023 N NA
 3577014 3577015 YPDSF_1743 YPDSF_1744     TRUE 0.900 20.000 0.304 NA N NA
 3577015 3577016 YPDSF_1744 YPDSF_1745     TRUE 0.765 96.000 0.081 NA Y NA
 3577017 3577018 YPDSF_1746 YPDSF_1747     TRUE 0.991 -31.000 0.840 NA   NA
 3577018 3577019 YPDSF_1747 YPDSF_1748     FALSE 0.012 480.000 0.000 NA   NA
 3577019 3577020 YPDSF_1748 YPDSF_1749     TRUE 0.965 6.000 0.192 NA   NA
 3577020 3577021 YPDSF_1749 YPDSF_1750     TRUE 0.981 21.000 0.714 NA   NA
 3577021 3577022 YPDSF_1750 YPDSF_1751     TRUE 0.868 31.000 0.219 NA   NA
 3577022 3577023 YPDSF_1751 YPDSF_1752     TRUE 0.961 188.000 0.879 NA Y NA
 3577023 3577024 YPDSF_1752 YPDSF_1753     TRUE 0.874 206.000 0.848 NA   NA
 3577024 3577025 YPDSF_1753 YPDSF_1754     FALSE 0.125 208.000 0.000 NA   NA
 3577027 3577028 YPDSF_1756 YPDSF_1757     TRUE 0.712 14.000 0.000 NA   NA
 3577028 3577029 YPDSF_1757 YPDSF_1758     TRUE 0.983 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3577030 3577031 YPDSF_1759 YPDSF_1760     FALSE 0.020 393.000 0.000 NA   NA
 3577033 3577034 YPDSF_1762 YPDSF_1763     FALSE 0.299 100.000 0.000 NA   NA
 3577034 3577035 YPDSF_1763 YPDSF_1764     TRUE 0.871 -124.000 0.000 0.007   NA
 3577035 3577036 YPDSF_1764 YPDSF_1765     FALSE 0.004 357.000 0.000 1.000 N NA
 3577038 3577039 YPDSF_1767 YPDSF_1768     TRUE 0.991 10.000 0.333 1.000 Y NA
 3577039 3577040 YPDSF_1768 YPDSF_1769     TRUE 0.937 160.000 0.286 0.010 Y NA
 3577040 3577041 YPDSF_1769 YPDSF_1770     TRUE 0.988 0.000 0.087 1.000 Y NA
 3577041 3577042 YPDSF_1770 YPDSF_1771     TRUE 0.804 158.000 0.188 1.000 Y NA
 3577042 3577043 YPDSF_1771 YPDSF_1772     TRUE 0.959 184.000 0.429 0.001 Y NA
 3577043 3577044 YPDSF_1772 YPDSF_1773     FALSE 0.083 241.000 0.000 NA   NA
 3577044 3577045 YPDSF_1773 YPDSF_1774     FALSE 0.260 132.000 0.000 NA   NA
 3577045 3577046 YPDSF_1774 YPDSF_1775     FALSE 0.011 528.000 0.000 NA   NA
 3577046 3577047 YPDSF_1775 YPDSF_1776     FALSE 0.013 475.000 0.000 NA   NA
 3577048 3577049 YPDSF_1777 YPDSF_1778     TRUE 0.989 -3.000 0.400 NA N NA
 3577049 3577050 YPDSF_1778 YPDSF_1779     TRUE 0.958 13.000 0.400 NA N NA
 3577051 3577052 YPDSF_1780 YPDSF_1781     TRUE 0.965 163.000 0.447 0.003 Y NA
 3577052 3577053 YPDSF_1781 YPDSF_1782   motB TRUE 0.996 17.000 0.913 1.000 Y NA
 3577053 3577054 YPDSF_1782 YPDSF_1783 motB   TRUE 0.998 -3.000 0.429 1.000 Y NA
 3577054 3577055 YPDSF_1783 YPDSF_1784     TRUE 0.668 205.000 0.408 1.000   NA
 3577055 3577056 YPDSF_1784 YPDSF_1785     TRUE 0.911 98.000 0.250 0.001   NA
 3577056 3577057 YPDSF_1785 YPDSF_1786     FALSE 0.005 1188.000 0.000 1.000   NA
 3577057 3577058 YPDSF_1786 YPDSF_1787     FALSE 0.028 401.000 0.065 1.000   NA
 3577059 3577060 YPDSF_1788 YPDSF_1789     TRUE 0.993 -46.000 0.667 0.006   NA
 3577061 3577062 YPDSF_1790 YPDSF_1791     FALSE 0.229 215.000 0.105 NA   NA
 3577063 3577064 YPDSF_1792 YPDSF_1793 lacZ   FALSE 0.003 407.000 0.000 1.000 N NA
 3577064 3577065 YPDSF_1793 YPDSF_1794     FALSE 0.051 283.000 0.000 NA   NA
 3577065 3577066 YPDSF_1794 YPDSF_1795     FALSE 0.328 88.000 0.000 NA   NA
 3577066 3577067 YPDSF_1795 YPDSF_1796     FALSE 0.062 263.000 0.000 NA   NA
 3577067 3577068 YPDSF_1796 YPDSF_1797     FALSE 0.335 92.000 0.045 NA   NA
 3577068 3577069 YPDSF_1797 YPDSF_1798     FALSE 0.041 303.000 0.000 NA   NA
 3577072 3577073 YPDSF_1801 YPDSF_1802     TRUE 0.506 37.000 0.000 NA   NA
 3577074 3577075 YPDSF_1803 YPDSF_1804     FALSE 0.001 920.000 0.000 1.000 N NA
 3577075 3577076 YPDSF_1804 YPDSF_1805     TRUE 0.524 120.000 0.125 NA   NA
 3577076 3577077 YPDSF_1805 YPDSF_1806     FALSE 0.054 276.000 0.000 NA   NA
 3577079 3577080 YPDSF_1808 YPDSF_1809     TRUE 0.943 -7.000 0.182 1.000 N NA
 3577080 3577081 YPDSF_1809 YPDSF_1810   trmU FALSE 0.284 187.000 0.158 1.000 N NA
 3577081 3577082 YPDSF_1810 YPDSF_1811 trmU   TRUE 0.762 58.000 0.180 NA   NA
 3577082 3577083 YPDSF_1811 YPDSF_1812     TRUE 0.581 61.000 0.093 NA   NA
 3577083 3577084 YPDSF_1812 YPDSF_1813     FALSE 0.092 188.000 0.002 1.000   NA
 3577084 3577085 YPDSF_1813 YPDSF_1814     FALSE 0.121 211.000 0.000 1.000   NA
 3577085 3577086 YPDSF_1814 YPDSF_1815     TRUE 0.999 6.000 0.940 1.000 Y NA
 3577086 3577087 YPDSF_1815 YPDSF_1816     TRUE 0.941 30.000 0.408 NA   NA
 3577088 3577089 YPDSF_1817 YPDSF_1818     FALSE 0.001 330.000 0.019 1.000 N NA
 3577089 3577090 YPDSF_1818 YPDSF_1819     TRUE 0.692 49.000 0.119 NA   NA
 3577090 3577091 YPDSF_1819 YPDSF_1820     TRUE 0.704 -22.000 0.028 NA   NA
 3577091 3577092 YPDSF_1820 YPDSF_1821     TRUE 0.861 19.000 0.225 1.000 N NA
 3577092 3577093 YPDSF_1821 YPDSF_1822   lolD TRUE 0.976 0.000 0.125 0.077 N NA
 3577093 3577094 YPDSF_1822 YPDSF_1823 lolD   TRUE 0.972 -7.000 0.175 0.077 N NA
 3577096 3577097 YPDSF_1825 YPDSF_1826     FALSE 0.033 330.000 0.000 1.000   NA
 3577097 3577098 YPDSF_1826 YPDSF_1827     FALSE 0.309 96.000 0.000 NA   NA
 3577098 3577099 YPDSF_1827 YPDSF_1828     TRUE 0.827 8.000 0.000 NA   NA
 3577099 3577100 YPDSF_1828 YPDSF_1829     FALSE 0.069 254.000 0.000 NA   NA
 3577100 3577101 YPDSF_1829 YPDSF_1830     FALSE 0.192 171.000 0.000 NA   NA
 3577101 3577102 YPDSF_1830 YPDSF_1831     FALSE 0.030 375.000 0.057 NA   NA
 3577102 3577103 YPDSF_1831 YPDSF_1832     FALSE 0.421 128.000 0.091 NA   NA
 3577103 3577104 YPDSF_1832 YPDSF_1833     FALSE 0.209 83.000 0.069 1.000 N NA
 3577104 3577105 YPDSF_1833 YPDSF_1834     TRUE 0.968 -19.000 0.310 NA   NA
 3577105 3577106 YPDSF_1834 YPDSF_1835     TRUE 0.949 41.000 0.516 NA   NA
 3577106 3577107 YPDSF_1835 YPDSF_1836     TRUE 0.555 35.000 0.051 NA   NA
 3577107 3577108 YPDSF_1836 YPDSF_1837     FALSE 0.010 174.000 0.003 1.000 N NA
 3577108 3577109 YPDSF_1837 YPDSF_1838     FALSE 0.002 443.000 0.000 1.000 N NA
 3577109 3577110 YPDSF_1838 YPDSF_1839     FALSE 0.025 190.000 0.000 1.000 N NA
 3577110 3577111 YPDSF_1839 YPDSF_1840     FALSE 0.002 306.000 0.004 NA N NA
 3577111 3577112 YPDSF_1840 YPDSF_1841     TRUE 0.952 15.000 0.110 NA Y NA
 3577112 3577113 YPDSF_1841 YPDSF_1842   tdk TRUE 0.972 0.000 0.211 1.000 N NA
 3577113 3577114 YPDSF_1842 YPDSF_1843 tdk   TRUE 0.964 -10.000 0.209 NA   NA
 3577114 3577115 YPDSF_1843 YPDSF_1844     FALSE 0.244 269.000 0.204 NA   NA
 3577115 3577116 YPDSF_1844 YPDSF_1845     FALSE 0.002 416.000 0.000 1.000 N NA
 3577116 3577117 YPDSF_1845 YPDSF_1846     FALSE 0.022 200.000 0.000 1.000 N NA
 3577117 3577118 YPDSF_1846 YPDSF_1847   acpP TRUE 0.932 95.000 0.346 1.000 Y NA
 3577118 3577119 YPDSF_1847 YPDSF_1848 acpP fabG TRUE 0.953 154.000 0.321 0.003 Y NA
 3577119 3577120 YPDSF_1848 YPDSF_1849 fabG   TRUE 0.996 14.000 0.432 0.003 Y NA
 3577120 3577121 YPDSF_1849 YPDSF_1850     TRUE 0.975 38.000 0.182 0.003 Y NA
 3577121 3577122 YPDSF_1850 YPDSF_1851     TRUE 0.998 7.000 0.380 0.003 Y NA
 3577122 3577123 YPDSF_1851 YPDSF_1852   rpmF TRUE 0.908 34.000 0.418 1.000 N NA
 3577123 3577124 YPDSF_1852 YPDSF_1853 rpmF   TRUE 0.985 13.000 0.599 NA   NA
 3577128 3577129 YPDSF_1857 YPDSF_1858     FALSE 0.314 94.000 0.000 NA   NA
 3577130 3577131 YPDSF_1859 YPDSF_1860     FALSE 0.031 313.000 0.031 NA   NA
 3577131 3577132 YPDSF_1860 YPDSF_1861   bssS FALSE 0.011 506.000 0.000 NA   NA
 3577134 3577135 YPDSF_1863 YPDSF_1864 solA   FALSE 0.009 267.000 0.000 1.000 N NA
 3577136 3577137 YPDSF_1865 YPDSF_1866 tqsA   FALSE 0.206 149.000 0.033 NA   NA
 3577137 3577138 YPDSF_1866 YPDSF_1867     FALSE 0.481 44.000 0.000 NA   NA
 3577138 3577139 YPDSF_1867 YPDSF_1868     FALSE 0.160 187.000 0.000 NA   NA
 3577143 3577144 YPDSF_1872 YPDSF_1873     FALSE 0.126 487.000 0.000 0.051 Y NA
 3577145 3577146 YPDSF_1874 YPDSF_1875     TRUE 0.880 47.000 0.286 1.000   NA
 3577146 3577147 YPDSF_1875 YPDSF_1876     TRUE 0.991 11.000 0.714 1.000   NA
 3577148 3577149 YPDSF_1877 YPDSF_1878     TRUE 0.982 11.000 0.468 NA   NA
 3577149 3577150 YPDSF_1878 YPDSF_1879     TRUE 0.986 18.000 0.787 NA   NA
 3577150 3577151 YPDSF_1879 YPDSF_1880     TRUE 0.998 -3.000 0.895 NA   NA
 3577151 3577152 YPDSF_1880 YPDSF_1881     FALSE 0.271 409.000 0.528 NA   NA
 3577152 3577153 YPDSF_1881 YPDSF_1882     TRUE 0.997 -3.000 0.707 NA   NA
 11426280 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 360.000 0.000 NA   NA
 11568643 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 360.000 0.000 NA   NA
 11711035 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 360.000 0.000 NA   NA
 11426281 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 388.000 0.000 NA   NA
 11568644 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 388.000 0.000 NA   NA
 11711036 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 388.000 0.000 NA   NA
 11426282 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 420.000 0.000 NA   NA
 11568645 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 420.000 0.000 NA   NA
 11711037 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 420.000 0.000 NA   NA
 11426283 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 448.000 0.000 NA   NA
 11568646 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 448.000 0.000 NA   NA
 11711038 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 448.000 0.000 NA   NA
 11426284 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 480.000 0.000 NA   NA
 11568647 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 480.000 0.000 NA   NA
 11711039 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 480.000 0.000 NA   NA
 11426285 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 508.000 0.000 NA   NA
 11568648 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 508.000 0.000 NA   NA
 11711040 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 508.000 0.000 NA   NA
 11426286 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 540.000 0.000 NA   NA
 11568649 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 540.000 0.000 NA   NA
 11711041 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 540.000 0.000 NA   NA
 11426287 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 568.000 0.000 NA   NA
 11568650 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 568.000 0.000 NA   NA
 11711042 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 568.000 0.000 NA   NA
 11426288 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 600.000 0.000 NA   NA
 11568651 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 600.000 0.000 NA   NA
 11711043 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 600.000 0.000 NA   NA
 11426289 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 628.000 0.000 NA   NA
 11568652 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 628.000 0.000 NA   NA
 11711044 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 628.000 0.000 NA   NA
 11426290 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 660.000 0.000 NA   NA
 11568653 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 660.000 0.000 NA   NA
 11711045 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 660.000 0.000 NA   NA
 11426291 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 688.000 0.000 NA   NA
 11568654 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 688.000 0.000 NA   NA
 11711046 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 688.000 0.000 NA   NA
 11426292 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 722.000 0.000 NA   NA
 11568655 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 722.000 0.000 NA   NA
 11711047 3577153   YPDSF_1882     FALSE NA 722.000 0.000 NA   NA
 3577155 3577156 YPDSF_1884 YPDSF_1885     TRUE 0.500 39.000 0.000 NA   NA
 3577156 3577157 YPDSF_1885 YPDSF_1886     FALSE 0.283 117.000 0.000 NA   NA
 3577157 3577158 YPDSF_1886 YPDSF_1887     TRUE 0.554 27.000 0.000 NA   NA
 3577158 3577159 YPDSF_1887 YPDSF_1888     TRUE 0.623 147.000 0.000 NA Y NA
 3577159 3577160 YPDSF_1888 YPDSF_1889     TRUE 0.999 1.000 0.711 0.060 Y NA
 3577160 3577161 YPDSF_1889 YPDSF_1890     TRUE 0.986 109.000 0.733 0.060 Y NA
 3577162 3577163 YPDSF_1891 YPDSF_1892     FALSE 0.205 17.000 0.000 1.000 N NA
 3577163 3577164 YPDSF_1892 YPDSF_1893     TRUE 0.695 100.000 0.000 1.000 Y NA
 3577165 3577166 YPDSF_1894 YPDSF_1895     TRUE 0.749 12.000 0.000 NA   NA
 3577166 3577167 YPDSF_1895 YPDSF_1896     FALSE 0.056 273.000 0.000 NA   NA
 3577167 3577168 YPDSF_1896 YPDSF_1897     FALSE 0.008 601.000 0.000 NA   NA
 3577168 3577169 YPDSF_1897 YPDSF_1898     FALSE 0.134 203.000 0.000 NA   NA
 3577169 3577170 YPDSF_1898 YPDSF_1899     TRUE 0.796 10.000 0.000 NA   NA
 3577170 3577171 YPDSF_1899 YPDSF_1900     FALSE 0.007 664.000 0.000 NA   NA
 3577171 3577172 YPDSF_1900 YPDSF_1901     FALSE 0.078 245.000 0.000 NA   NA
 3577172 3577173 YPDSF_1901 YPDSF_1902     TRUE 0.894 2.000 0.000 NA   NA
 3577173 3577174 YPDSF_1902 YPDSF_1903     FALSE 0.446 204.000 0.000 1.000 Y NA
 3577174 3577175 YPDSF_1903 YPDSF_1904     FALSE 0.001 653.000 0.000 1.000 N NA
 3577175 3577176 YPDSF_1904 YPDSF_1905     FALSE 0.474 96.000 0.000 0.038 N NA
 3577176 3577177 YPDSF_1905 YPDSF_1906     FALSE 0.466 117.000 0.167 1.000 N NA
 3577177 3577178 YPDSF_1906 YPDSF_1907     FALSE 0.036 782.000 0.333 1.000 N NA
 3577179 3577180 YPDSF_1908 YPDSF_1909     FALSE 0.491 247.000 0.000 0.051 Y NA
 3577181 3577182 YPDSF_1910 YPDSF_1911     TRUE 0.915 -3.000 0.000 NA   NA
 3577182 3577183 YPDSF_1911 YPDSF_1912     TRUE 0.580 -190.000 0.000 NA   NA
 3577183 3577184 YPDSF_1912 YPDSF_1913     TRUE 0.494 40.000 0.000 NA   NA
 3577184 3577185 YPDSF_1913 YPDSF_1914     FALSE 0.241 175.000 0.125 1.000 N NA
 3577185 3577186 YPDSF_1914 YPDSF_1915     FALSE 0.008 583.000 0.000 NA   NA
 3577186 3577187 YPDSF_1915 YPDSF_1916     FALSE 0.243 142.000 0.000 NA   NA
 3577187 3577188 YPDSF_1916 YPDSF_1917     FALSE 0.086 238.000 0.000 NA   NA
 3577188 3577189 YPDSF_1917 YPDSF_1918   ompX FALSE 0.005 316.000 0.000 1.000 N NA
 3577190 3577191 YPDSF_1919 YPDSF_1920     TRUE 0.568 16.000 0.016 1.000   NA
 3577191 3577192 YPDSF_1920 YPDSF_1921     TRUE 0.838 23.000 0.000 0.044   NA
 3577192 3577193 YPDSF_1921 YPDSF_1922     FALSE 0.066 257.000 0.000 1.000   NA
 3577193 3577194 YPDSF_1922 YPDSF_1923     FALSE 0.036 320.000 0.000 1.000   NA
 3577194 3577195 YPDSF_1923 YPDSF_1924   glnH FALSE 0.009 570.000 0.000 1.000   NA
 3577195 3577196 YPDSF_1924 YPDSF_1925 glnH glnP TRUE 0.944 35.000 0.103 0.076 Y NA
 3577196 3577197 YPDSF_1925 YPDSF_1926 glnP glnQ TRUE 0.901 -90.000 0.051 1.000 Y NA
 3577202 3577203 YPDSF_1931 YPDSF_1932     FALSE 0.090 233.000 0.000 NA   NA
 3577203 3577204 YPDSF_1932 YPDSF_1933     FALSE 0.080 66.000 0.000 1.000 N NA
 3577204 3577205 YPDSF_1933 YPDSF_1934     TRUE 0.988 -12.000 0.283 0.001 N NA
 3577205 3577206 YPDSF_1934 YPDSF_1935     TRUE 0.998 0.000 0.171 0.001 Y NA
 3577206 3577207 YPDSF_1935 YPDSF_1936     TRUE 0.951 14.000 0.280 NA   NA
 3577207 3577208 YPDSF_1936 YPDSF_1937     TRUE 0.992 -3.000 0.355 NA   NA
 3577208 3577209 YPDSF_1937 YPDSF_1938     TRUE 0.708 228.000 0.281 1.000 Y NA
 3577209 3577210 YPDSF_1938 YPDSF_1939     FALSE 0.011 522.000 0.000 NA   NA
 3577210 3577211 YPDSF_1939 YPDSF_1940     FALSE 0.010 555.000 0.000 NA   NA
 3577212 3577213 YPDSF_1941 YPDSF_1942     FALSE 0.185 174.000 0.000 NA   NA
 3577214 3577215 YPDSF_1943 YPDSF_1944     TRUE 0.698 10.000 0.008 NA   NA
 3577215 3577216 YPDSF_1944 YPDSF_1945     TRUE 0.519 30.000 0.036 NA   NA
 3577216 3577217 YPDSF_1945 YPDSF_1946     FALSE 0.168 546.000 0.667 1.000 N NA
 3577217 3577218 YPDSF_1946 YPDSF_1947     FALSE 0.002 466.000 0.000 1.000 N NA
 3577219 3577220 YPDSF_1948 YPDSF_1949     FALSE 0.007 654.000 0.000 1.000   NA
 3577220 3577221 YPDSF_1949 YPDSF_1950     FALSE 0.432 49.000 0.095 1.000 N NA
 3577221 3577222 YPDSF_1950 YPDSF_1951     TRUE 0.813 78.000 0.095 NA Y NA
 3577223 3577224 YPDSF_1952 YPDSF_1953     FALSE 0.055 236.000 0.011 NA   NA
 3577224 3577225 YPDSF_1953 YPDSF_1954     TRUE 0.998 7.000 0.437 0.001 Y NA
 3577225 3577226 YPDSF_1954 YPDSF_1955     TRUE 0.996 40.000 0.713 0.001 Y NA
 3577226 3577227 YPDSF_1955 YPDSF_1956     TRUE 0.998 -3.000 0.211 0.004 Y NA
 3577227 3577228 YPDSF_1956 YPDSF_1957     TRUE 0.998 -3.000 0.269 0.002 Y NA
 3577228 3577229 YPDSF_1957 YPDSF_1958     TRUE 0.996 13.000 0.428 0.004 Y NA
 3577229 3577230 YPDSF_1958 YPDSF_1959     TRUE 0.995 15.000 0.423 0.004 Y NA
 3577230 3577231 YPDSF_1959 YPDSF_1960     TRUE 0.999 -3.000 0.664 0.004 Y NA
 3577231 3577232 YPDSF_1960 YPDSF_1961     TRUE 0.947 87.000 0.180 0.004 Y NA
 3577232 3577233 YPDSF_1961 YPDSF_1962     TRUE 0.998 -3.000 0.186 0.004 Y NA
 3577233 3577234 YPDSF_1962 YPDSF_1963     TRUE 0.999 3.000 0.407 0.004 Y NA
 3577234 3577235 YPDSF_1963 YPDSF_1964     TRUE 0.987 141.000 0.691 0.002 Y NA
 3577235 3577236 YPDSF_1964 YPDSF_1965     TRUE 0.975 102.000 0.377 0.002 Y NA
 3577236 3577237 YPDSF_1965 YPDSF_1966     FALSE 0.001 679.000 0.000 1.000 N NA
 3577238 3577239 YPDSF_1967 YPDSF_1968     FALSE 0.402 151.000 0.104 1.000   NA
 3577240 3577241 YPDSF_1969 YPDSF_1970     FALSE 0.243 232.000 0.136 1.000   NA
 3577241 3577242 YPDSF_1970 YPDSF_1971     TRUE 0.752 165.000 0.375 NA   NA
 3577242 3577243 YPDSF_1971 YPDSF_1972     FALSE 0.212 298.000 0.221 NA   NA
 3577244 3577245 YPDSF_1973 YPDSF_1974     TRUE 0.869 168.000 0.634 1.000   NA
 3577247 3577248 YPDSF_1976 YPDSF_1977     TRUE 0.868 169.000 0.130 0.006 Y NA
 3577248 3577249 YPDSF_1977 YPDSF_1978   ulaA TRUE 0.988 13.000 0.377 0.008   NA
 3577250 3577251 YPDSF_1979 YPDSF_1980     FALSE 0.104 222.000 0.000 NA   NA
 3577251 3577252 YPDSF_1980 YPDSF_1981     TRUE 0.699 -31.000 0.000 NA   NA
 3577252 3577253 YPDSF_1981 YPDSF_1982     FALSE 0.158 188.000 0.000 NA   NA
 3577255 3577256 YPDSF_1984 YPDSF_1985     TRUE 0.994 14.000 0.643 1.000 Y NA
 3577256 3577257 YPDSF_1985 YPDSF_1986     TRUE 1.000 -3.000 0.900 0.016 Y NA
 3577257 3577258 YPDSF_1986 YPDSF_1987     TRUE 0.989 103.000 0.833 0.060 Y NA
 3577258 3577259 YPDSF_1987 YPDSF_1988     FALSE 0.002 525.000 0.000 1.000 N NA
 3577259 3577260 YPDSF_1988 YPDSF_1989     FALSE 0.026 247.000 0.056 1.000 N NA
 3577260 3577261 YPDSF_1989 YPDSF_1990     TRUE 0.953 13.000 0.262 1.000   NA
 3577261 3577262 YPDSF_1990 YPDSF_1991     FALSE 0.091 312.000 0.116 1.000   NA
 3577262 3577263 YPDSF_1991 YPDSF_1992     TRUE 0.684 120.000 0.216 1.000   NA
 3577263 3577264 YPDSF_1992 YPDSF_1993     FALSE 0.390 249.000 0.383 1.000 N NA
 3577264 3577265 YPDSF_1993 YPDSF_1994     FALSE 0.066 231.000 0.020 NA   NA
 3577265 3577266 YPDSF_1994 YPDSF_1995   truA FALSE 0.209 157.000 0.038 NA   NA
 3577266 3577267 YPDSF_1995 YPDSF_1996 truA   TRUE 0.570 0.000 0.040 1.000 N NA
 3577267 3577268 YPDSF_1996 YPDSF_1997     TRUE 0.835 170.000 0.097 0.009 Y NA
 3577268 3577269 YPDSF_1997 YPDSF_1998     FALSE 0.402 -13.000 0.043 1.000 N NA
 3577270 3577271 YPDSF_1999 YPDSF_2000     FALSE 0.119 285.000 0.118 NA   NA
 3577276 3577277 YPDSF_2005 YPDSF_2006     TRUE 0.911 58.000 0.425 NA   NA
 3577277 3577278 YPDSF_2006 YPDSF_2007     TRUE 0.608 100.000 0.153 NA   NA
 3577278 3577279 YPDSF_2007 YPDSF_2008   mepA TRUE 0.962 4.000 0.160 1.000   NA
 3577279 3577280 YPDSF_2008 YPDSF_2009 mepA