MicrobesOnline Operon Predictions for Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida A449

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3563825 3563826 ASA_0001 ASA_0002 dnaA dnaN TRUE 0.963 83.000 0.328 1.000 Y NA
 3563826 3563827 ASA_0002 ASA_0003 dnaN recF TRUE 0.997 3.000 0.318 1.000 Y NA
 3563827 3563828 ASA_0003 ASA_0004 recF gyrB TRUE 0.998 -3.000 0.249 0.006 Y NA
 3563829 3563830 ASA_0005 ASA_0006     FALSE 0.043 204.000 0.000 NA   NA
 3563830 3563831 ASA_0006 ASA_0007     TRUE 0.857 68.000 0.222 NA   NA
 3563832 3563833 ASA_0008 ASA_0009 ibpA ibpB TRUE 0.861 94.000 0.099 NA Y NA
 3563834 3563835 ASA_0010 ASA_0011     TRUE 0.821 -13.000 0.000 NA   NA
 3563835 3563836 ASA_0011 ASA_0012   avtA FALSE 0.277 113.000 0.000 1.000   NA
 3563840 3563841 ASA_0016 ASA_0017 kdpE kdpD TRUE 0.985 87.000 0.621 1.000 Y NA
 3563841 3563842 ASA_0017 ASA_0018 kdpD kdpC FALSE 0.205 127.000 0.020 1.000 N NA
 3563842 3563843 ASA_0018 ASA_0019 kdpC kdpB TRUE 0.996 61.000 0.877 0.001 Y NA
 3563843 3563844 ASA_0019 ASA_0020 kdpB kdpA TRUE 0.916 68.000 0.059 0.001 Y NA
 3563844 3563845 ASA_0020 ASA_0021 kdpA gor FALSE 0.005 314.000 0.000 1.000 N NA
 3563845 3563846 ASA_0021 ASA_0022 gor   FALSE 0.204 77.000 0.000 1.000 N NA
 3563846 3563847 ASA_0022 ASA_0023     FALSE 0.170 93.000 0.000 NA N NA
 3563847 3563848 ASA_0023 ASA_0024     TRUE 0.532 16.000 0.000 NA N NA
 3563848 3563849 ASA_0024 ASA_0025     TRUE 0.980 -52.000 0.362 1.000 N NA
 3563850 3563851 ASA_0026 ASA_0027 trnR trnH FALSE 0.441 51.000 0.000 NA   NA
 3563851 3563852 ASA_0027 ASA_0028 trnH trnL TRUE 0.660 21.000 0.000 NA   NA
 3563852 3563853 ASA_0028 ASA_0029 trnL trnP FALSE 0.372 78.000 0.000 NA   NA
 3563853 3563854 ASA_0029 ASA_0030 trnP   FALSE 0.053 194.000 0.000 NA   NA
 3563855 3563856 ASA_0031 ASA_0032   lypA TRUE 0.518 88.000 0.000 0.078   NA
 3563856 3563857 ASA_0032 ASA_0033 lypA trmH FALSE 0.258 50.000 0.000 1.000 N NA
 3563857 3563858 ASA_0033 ASA_0034 trmH spoT FALSE 0.260 157.000 0.095 1.000 N NA
 3563858 3563859 ASA_0034 ASA_0035 spoT rpoZ TRUE 0.898 135.000 0.291 1.000 Y NA
 3563859 3563860 ASA_0035 ASA_0036 rpoZ gmk FALSE 0.203 80.000 0.000 1.000 N NA
 3563860 3563861 ASA_0036 ASA_0037 gmk   FALSE 0.006 300.000 0.000 1.000 N NA
 3563862 3563863 ASA_0038 ASA_0039 kdtA   TRUE 0.763 71.000 0.000 1.000 Y NA
 3563866 3563867 ASA_0042 ASA_0043     TRUE 0.812 -15.000 0.000 NA   NA
 3563869 3563870 ASA_0045 ASA_0046 trpS uspA FALSE 0.025 192.000 0.000 1.000 N NA
 3563873 3563874 ASA_0049 ASA_0050 ftn   FALSE 0.054 202.000 0.004 1.000   NA
 3563874 3563875 ASA_0050 ASA_0051     FALSE 0.290 109.000 0.000 1.000   NA
 3563875 3563876 ASA_0051 ASA_0052     FALSE 0.308 102.000 0.000 NA   NA
 3563877 3563878 ASA_0053 ASA_0054     FALSE 0.436 52.000 0.000 NA   NA
 3563878 3563879 ASA_0054 ASA_0055     TRUE 0.641 22.000 0.000 NA   NA
 3563879 3563880 ASA_0055 ASA_0056     TRUE 0.805 -16.000 0.000 NA   NA
 3563880 3563881 ASA_0056 ASA_0057     TRUE 0.522 37.000 0.000 NA   NA
 3563882 3563883 ASA_0058 ASA_0059     TRUE 0.770 171.000 0.521 NA   NA
 3563883 3563884 ASA_0059 ASA_0060     FALSE 0.421 175.000 0.000 0.030 Y NA
 3563884 3563885 ASA_0060 ASA_0061     TRUE 0.999 15.000 1.000 1.000 Y NA
 3563887 3563888 ASA_0063 ASA_0064 bvgA bvgS FALSE 0.191 134.000 0.000 NA   NA
 3563888 3563889 ASA_0064 ASA_0065 bvgS   TRUE 0.739 -1740.000 0.000 NA   NA
 3563889 3563890 ASA_0065 ASA_0066     TRUE 0.930 129.000 0.286 0.088 Y NA
 3563892 3563893 ASA_0068 ASA_0069     TRUE 0.999 -6.000 0.744 0.023 Y NA
 3563893 3563894 ASA_0069 ASA_0070     TRUE 0.716 110.000 0.205 1.000 N NA
 3563895 3563896 ASA_0071 ASA_0072 purK purE TRUE 0.985 24.000 0.201 0.001 Y NA
 3563896 3563897 ASA_0072 ASA_0073 purE   FALSE 0.428 63.000 0.002 NA   NA
 3563897 3563898 ASA_0073 ASA_0074     TRUE 0.976 6.000 0.162 NA   NA
 3563899 3563900 ASA_0075 ASA_0076   btuB FALSE 0.008 267.000 0.000 1.000 N NA
 3563900 3563901 ASA_0076 ASA_0077 btuB murI FALSE 0.131 117.000 0.000 1.000 N NA
 3563903 3563904 ASA_0079 ASA_0080 rrsA trnE FALSE 0.052 195.000 0.000 NA   NA
 3563904 3563905 ASA_0080 ASA_0081 trnE rrlA FALSE 0.026 238.000 0.000 NA   NA
 3563905 3563906 ASA_0081 ASA_0082 rrlA rrfA FALSE 0.230 126.000 0.000 NA   NA
 3563906 3563907 ASA_0082 ASA_0083 rrfA trnD FALSE 0.328 96.000 0.000 NA   NA
 3563907 3563908 ASA_0083 ASA_0084 trnD   FALSE 0.160 143.000 0.000 NA   NA
 3563909 3563910 ASA_0085 ASA_0086 sufE sufS TRUE 0.954 14.000 0.164 NA   NA
 3563912 3563913 ASA_0088 ASA_0089     FALSE 0.364 85.000 0.000 NA   NA
 3563913 3563914 ASA_0089 ASA_0090   tdh FALSE 0.021 198.000 0.000 1.000 N NA
 3563914 3563915 ASA_0090 ASA_0091 tdh kbl TRUE 0.948 69.000 0.547 1.000 N NA
 3563915 3563916 ASA_0091 ASA_0092 kbl   FALSE 0.354 54.000 0.011 1.000 N NA
 3563917 3563918 ASA_0093 ASA_0094 hldD   TRUE 0.750 86.000 0.000 1.000 Y NA
 3563918 3563919 ASA_0094 ASA_0095   wavL TRUE 0.735 91.000 0.000 1.000 Y NA
 3563919 3563920 ASA_0095 ASA_0096 wavL waaL TRUE 0.971 7.000 0.000 NA Y NA
 3563920 3563921 ASA_0096 ASA_0097 waaL lbgA TRUE 0.980 -3.000 0.000 NA Y NA
 3563921 3563922 ASA_0097 ASA_0098 lbgA lbgB TRUE 0.980 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3563923 3563924 ASA_0099 ASA_0100     FALSE 0.095 168.000 0.000 NA   NA
 3563925 3563926 ASA_0101 ASA_0102 rph pyrE TRUE 0.642 70.000 0.108 1.000 N NA
 3563926 3563927 ASA_0102 ASA_0103 pyrE   FALSE 0.027 190.000 0.000 1.000 N NA
 3563927 3563928 ASA_0103 ASA_0104   cueR TRUE 0.951 1.000 0.067 1.000 N NA
 3563928 3563929 ASA_0104 ASA_0105 cueR   FALSE 0.204 79.000 0.000 1.000 N NA
 3563929 3563930 ASA_0105 ASA_0106     TRUE 0.563 31.000 0.000 NA   NA
 3563930 3563931 ASA_0106 ASA_0107     FALSE 0.095 197.000 0.036 NA   NA
 3563931 3563932 ASA_0107 ASA_0108     TRUE 0.731 85.000 0.125 NA   NA
 3563932 3563933 ASA_0108 ASA_0109   dsbA FALSE 0.014 378.000 0.019 NA   NA
 3563934 3563935 ASA_0110 ASA_0111 phnE phnC TRUE 0.999 0.000 0.696 1.000 Y NA
 3563935 3563936 ASA_0111 ASA_0112 phnC phnD TRUE 1.000 -3.000 0.690 0.001 Y NA
 3563936 3563937 ASA_0112 ASA_0113 phnD pncB FALSE 0.117 125.000 0.000 1.000 N NA
 3563937 3563938 ASA_0113 ASA_0114 pncB pncA FALSE 0.463 90.000 0.053 1.000 N NA
 3563939 3563940 ASA_0115 ASA_0116     TRUE 0.902 -3.000 0.000 NA   NA
 3563941 3563942 ASA_0117 ASA_0118   comM FALSE 0.085 137.000 0.000 1.000 N NA
 3563943 3563944 ASA_0119 ASA_0120 ilvG ilvM TRUE 0.999 -3.000 0.943 0.001   NA
 3563944 3563945 ASA_0120 ASA_0121 ilvM ilvE TRUE 0.969 13.000 0.205 1.000   NA
 3563945 3563946 ASA_0121 ASA_0122 ilvE ilvD TRUE 0.626 150.000 0.075 1.000 Y NA
 3563946 3563947 ASA_0122 ASA_0123 ilvD ilvA TRUE 0.884 78.000 0.106 1.000 Y NA
 3563947 3563948 ASA_0123 ASA_0124 ilvA ompAIV FALSE 0.005 316.000 0.000 1.000 N NA
 3563950 3563951 ASA_0126 ASA_0127     FALSE 0.373 77.000 0.000 NA   NA
 3563953 3563954 ASA_0129 ASA_0130 rpmE   FALSE 0.070 146.000 0.000 1.000 N NA
 3563954 3563955 ASA_0130 ASA_0131   maeB FALSE 0.032 180.000 0.000 1.000 N NA
 3563956 3563957 ASA_0132 ASA_0133   rstB TRUE 0.838 10.000 0.000 NA   NA
 3563957 3563958 ASA_0133 ASA_0134 rstB rstA TRUE 0.955 38.000 0.181 1.000 Y NA
 3563958 3563959 ASA_0134 ASA_0135 rstA trmA FALSE 0.085 137.000 0.000 1.000 N NA
 3563960 3563961 ASA_0136 ASA_0137     FALSE 0.343 91.000 0.000 NA   NA
 3563961 3563962 ASA_0137 ASA_0138     FALSE 0.315 100.000 0.000 NA   NA
 3563962 3563963 ASA_0138 ASA_0139     TRUE 0.821 -13.000 0.000 NA   NA
 3563963 3563964 ASA_0139 ASA_0140     TRUE 0.902 -3.000 0.000 NA   NA
 3563964 3563965 ASA_0140 ASA_0141     TRUE 0.675 -10.000 0.000 NA N NA
 3563965 3563966 ASA_0141 ASA_0142     TRUE 0.902 -3.000 0.000 NA   NA
 3563966 3563967 ASA_0142 ASA_0143     TRUE 0.784 13.000 0.000 NA   NA
 3563968 3563969 ASA_0144 ASA_0145 insB insA TRUE 0.769 -37.000 0.000 NA   NA
 3563969 3563970 ASA_0145 ASA_0146 insA   FALSE 0.009 365.000 0.000 NA   NA
 3563970 3563971 ASA_0146 ASA_0147     TRUE 0.902 -3.000 0.000 NA   NA
 3563971 3563972 ASA_0147 ASA_0148   neuB TRUE 0.858 -7.000 0.000 NA   NA
 3563972 3563973 ASA_0148 ASA_0149 neuB flmD TRUE 0.995 7.000 0.236 1.000 Y NA
 3563973 3563974 ASA_0149 ASA_0150 flmD neuA TRUE 0.996 -10.000 0.355 1.000 Y NA
 3563975 3563976 ASA_0151 ASA_0152 flmH   TRUE 0.992 -3.000 0.286 NA   NA
 3563976 3563977 ASA_0152 ASA_0153   fabG TRUE 0.996 0.000 0.429 1.000   NA
 3563977 3563978 ASA_0153 ASA_0154 fabG   TRUE 0.999 0.000 0.400 0.065 Y NA
 3563978 3563979 ASA_0154 ASA_0155     TRUE 0.901 0.000 0.020 1.000 N NA
 3563979 3563980 ASA_0155 ASA_0156     TRUE 0.934 -21.000 0.014 0.001   NA
 3563980 3563981 ASA_0156 ASA_0157     FALSE 0.087 172.000 0.000 NA   NA
 3563981 3563982 ASA_0157 ASA_0158     TRUE 0.522 37.000 0.000 NA   NA
 3563982 3563983 ASA_0158 ASA_0159     FALSE 0.055 193.000 0.000 NA   NA
 3563986 3563987 ASA_0162 ASA_0163     TRUE 0.902 -3.000 0.000 NA   NA
 3563987 3563988 ASA_0163 ASA_0164   malZ FALSE 0.034 222.000 0.000 1.000   NA
 3563988 3563989 ASA_0164 ASA_0165 malZ   TRUE 0.720 7.000 0.000 NA N NA
 3563989 3563990 ASA_0165 ASA_0166   hslJ FALSE 0.052 156.000 0.000 NA N NA
 3563990 3563991 ASA_0166 ASA_0167 hslJ   FALSE 0.169 213.000 0.000 NA Y NA
 3563991 3563992 ASA_0167 ASA_0168   ldhA FALSE 0.031 178.000 0.000 NA N NA
 3563992 3563993 ASA_0168 ASA_0169 ldhA creA FALSE 0.372 78.000 0.000 NA   NA
 3563993 3563994 ASA_0169 ASA_0170 creA   FALSE 0.083 174.000 0.000 NA   NA
 3563994 3563995 ASA_0170 ASA_0171     FALSE 0.441 51.000 0.000 NA   NA
 3563996 3563997 ASA_0172 ASA_0173 glnA spuC FALSE 0.468 143.000 0.167 1.000 N NA
 3563997 3563998 ASA_0173 ASA_0174 spuC potF1 FALSE 0.243 55.000 0.000 1.000 N NA
 3563998 3563999 ASA_0174 ASA_0175 potF1 potF2 TRUE 0.748 116.000 0.000 0.021 Y NA
 3563999 3564000 ASA_0175 ASA_0176 potF2 potG TRUE 0.960 77.000 0.300 1.000 Y NA
 3564000 3564001 ASA_0176 ASA_0177 potG potH TRUE 0.980 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3564001 3564002 ASA_0177 ASA_0178 potH potI TRUE 0.986 -3.000 0.000 0.058 Y NA
 3564002 3564003 ASA_0178 ASA_0179 potI   TRUE 0.511 40.000 0.000 1.000   NA
 3564003 3564004 ASA_0179 ASA_0180   trnP FALSE 0.123 155.000 0.000 NA   NA
 3564005 3564006 ASA_0181 ASA_0182     FALSE 0.235 125.000 0.000 NA   NA
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 3564010 3564011 ASA_0186 ASA_0187     TRUE 0.592 42.000 0.019 NA   NA
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