MicrobesOnline Operon Predictions for Aeromonas hydrophila hydro. ATCC 7966

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2031812 2031813 AHA_0001 AHA_0002 dnaA-1 dnaN TRUE 0.948 84.000 0.328 1.000 Y NA
 2031813 2031814 AHA_0002 AHA_0003 dnaN recF TRUE 0.996 3.000 0.318 1.000 Y NA
 2031814 2031815 AHA_0003 AHA_0004 recF gyrB TRUE 0.998 -3.000 0.249 0.006 Y NA
 2031816 2031817 AHA_0005 AHA_0006     TRUE 0.801 67.000 0.222 NA   NA
 2031818 2031819 AHA_0007 AHA_0008     TRUE 0.841 93.000 0.099 NA Y NA
 2031824 2031825 AHA_0013 AHA_0014     TRUE 0.988 31.000 0.621 1.000 Y NA
 2031825 2031826 AHA_0014 AHA_0015   kdpC FALSE 0.205 104.000 0.020 1.000 N NA
 2031826 2031827 AHA_0015 AHA_0016 kdpC kdpB TRUE 0.996 61.000 0.877 0.001 Y NA
 2031827 2031828 AHA_0016 AHA_0017 kdpB kdpA TRUE 0.950 56.000 0.059 0.001 Y NA
 2031828 2031829 AHA_0017 AHA_0018 kdpA   TRUE 0.714 11.000 0.000 NA   NA
 2031829 2031830 AHA_0018 AHA_0019   gor FALSE 0.025 239.000 0.000 NA   NA
 2031830 2031831 AHA_0019 AHA_0020 gor   FALSE 0.067 77.000 0.000 1.000 N NA
 2031831 2031832 AHA_0020 AHA_0021     FALSE 0.069 93.000 0.000 NA N NA
 2031832 2031833 AHA_0021 AHA_0022     FALSE 0.293 16.000 0.000 NA N NA
 2031833 2031834 AHA_0022 AHA_0023     TRUE 0.921 33.000 0.362 1.000 N NA
 1379772 1379773 AHA_0024 AHA_0025     FALSE 0.257 51.000 0.000 NA   NA
 1379773 1379774 AHA_0025 AHA_0026     TRUE 0.524 21.000 0.000 NA   NA
 1379774 1379775 AHA_0026 AHA_0027     FALSE 0.239 74.000 0.000 NA   NA
 1379775 2031835 AHA_0027 AHA_0028     FALSE 0.019 294.000 0.000 NA   NA
 2031836 2031837 AHA_0029 AHA_0030 pyk-1   TRUE 0.871 68.000 0.133 1.000 Y NA
 2031838 2031839 AHA_0031 AHA_0032     TRUE 0.977 -3.000 0.211 1.000 N NA
 2031839 2031840 AHA_0032 AHA_0033     TRUE 0.994 -16.000 0.316 1.000 Y NA
 2031840 2031841 AHA_0033 AHA_0034     FALSE 0.254 52.000 0.000 NA   NA
 2031842 2031843 AHA_0035 AHA_0036     TRUE 0.587 94.000 0.000 0.085   NA
 2031843 2031844 AHA_0036 AHA_0037     TRUE 0.808 -3.000 0.000 1.000   NA
 2031844 2031845 AHA_0037 AHA_0038     TRUE 0.818 0.000 0.000 1.000   NA
 2031845 2031846 AHA_0038 AHA_0039     FALSE 0.130 195.000 0.095 1.000 N NA
 2031846 2031847 AHA_0039 AHA_0040   rpoZ TRUE 0.848 138.000 0.291 1.000 Y NA
 2031847 2031848 AHA_0040 AHA_0041 rpoZ   FALSE 0.066 80.000 0.000 1.000 N NA
 2031848 2031849 AHA_0041 AHA_0042     FALSE 0.080 44.000 0.000 1.000 N NA
 2031850 2031851 AHA_0043 AHA_0044 kdkA   TRUE 0.474 128.000 0.000 1.000 Y NA
 2031854 2031855 AHA_0047 AHA_0048     TRUE 0.740 -15.000 0.000 NA   NA
 2031857 2031858 AHA_0049 AHA_0051 trpS-1   FALSE 0.009 192.000 0.000 1.000 N NA
 2031861 2031862 AHA_0054 AHA_0055     FALSE 0.349 158.000 0.004 0.037   NA
 2031865 2031866 AHA_0058 AHA_0059     TRUE 0.700 -57.000 0.000 NA   NA
 2031866 2031867 AHA_0059 AHA_0060     TRUE 0.807 3.000 0.000 NA   NA
 2031867 2031868 AHA_0060 AHA_0061     FALSE 0.254 52.000 0.000 NA   NA
 2031868 2031869 AHA_0061 AHA_0062   matB TRUE 0.898 60.000 0.385 NA   NA
 2031870 2031871 AHA_0063 AHA_0064 evgA   TRUE 0.989 3.000 0.000 0.026 Y NA
 2031873 2031874 AHA_0066 AHA_0067     TRUE 0.982 130.000 0.744 0.033 Y NA
 2031874 2031875 AHA_0067 AHA_0068     TRUE 0.581 122.000 0.205 1.000 N NA
 2031876 2031877 AHA_0069 AHA_0070 purK purE-1 TRUE 0.998 -3.000 0.201 0.001 Y NA
 2031877 2031878 AHA_0070 AHA_0071 purE-1   FALSE 0.300 63.000 0.002 NA   NA
 2031878 2031879 AHA_0071 AHA_0072     TRUE 0.969 5.000 0.162 NA   NA
 2031880 2031881 AHA_0073 AHA_0074     FALSE 0.005 265.000 0.000 1.000 N NA
 2031881 2031882 AHA_0074 AHA_0075   murI FALSE 0.038 118.000 0.000 1.000 N NA
 1379825 1379826 AHA_0077 AHA_0078 rrsA   FALSE 0.029 221.000 0.000 NA   NA
 1379826 1379827 AHA_0078 AHA_0079   rrlA FALSE 0.025 240.000 0.000 NA   NA
 1379827 1379828 AHA_0079 AHA_0080 rrlA rrfA FALSE 0.162 112.000 0.000 NA   NA
 1379828 1379829 AHA_0080 AHA_0081 rrfA   FALSE 0.207 98.000 0.000 NA   NA
 1379829 2031884 AHA_0081 AHA_0082   codA FALSE 0.016 398.000 0.000 NA   NA
 2031884 2031885 AHA_0082 AHA_0083 codA crcB FALSE 0.084 49.000 0.000 NA N NA
 2031885 2031886 AHA_0083 AHA_0084 crcB   FALSE 0.071 66.000 0.000 NA N NA
 2031886 2031887 AHA_0084 AHA_0085     TRUE 0.960 9.000 0.145 1.000   NA
 2031887 2031888 AHA_0085 AHA_0086   ubiB TRUE 0.993 0.000 0.432 1.000   NA
 2031888 2031889 AHA_0086 AHA_0087 ubiB tatA FALSE 0.420 41.000 0.010 1.000   NA
 2031889 2031890 AHA_0087 AHA_0088 tatA tatB TRUE 0.993 4.000 0.043 0.009 Y NA
 2031890 2031891 AHA_0088 AHA_0089 tatB tatC TRUE 0.996 -3.000 0.333 NA Y NA
 2031891 2031892 AHA_0089 AHA_0090 tatC   TRUE 0.483 112.000 0.121 NA N NA
 2031892 2031893 AHA_0090 AHA_0091   hemB TRUE 0.854 4.000 0.031 NA N NA
 2031893 2031894 AHA_0091 AHA_0092 hemB prlC FALSE 0.007 223.000 0.000 1.000 N NA
 2031894 2031895 AHA_0092 AHA_0093 prlC   FALSE 0.008 205.000 0.000 1.000 N NA
 2031895 2031896 AHA_0093 AHA_0094     FALSE 0.217 95.000 0.000 NA   NA
 2031897 2031898 AHA_0095 AHA_0096     FALSE 0.037 197.000 0.000 NA   NA
 2031898 2031899 AHA_0096 AHA_0097     TRUE 0.976 15.000 0.406 1.000 N NA
 2031900 2031901 AHA_0098 AHA_0099 trx rho FALSE 0.104 208.000 0.087 1.000 N NA
 2031901 2031902 AHA_0099 AHA_0100 rho   FALSE 0.018 314.000 0.000 NA   NA
 2031902 2031903 AHA_0100 AHA_0101     TRUE 0.496 31.000 0.006 NA   NA
 2031903 2031904 AHA_0101 AHA_0102     FALSE 0.337 169.000 0.009 NA Y NA
 2031907 2031908 AHA_0105 AHA_0106     TRUE 0.992 -3.000 0.405 1.000   NA
 2031910 2031911 AHA_0107 AHA_0109     FALSE 0.468 4.000 0.000 1.000 N NA
 2031911 2031912 AHA_0109 AHA_0110     TRUE 0.999 11.000 0.967 0.024 Y NA
 2031912 2031913 AHA_0110 AHA_0111     TRUE 0.998 -3.000 0.574 1.000 Y NA
 2031913 2031914 AHA_0111 AHA_0112     TRUE 0.999 -3.000 0.574 0.068 Y NA
 2031914 2031915 AHA_0112 AHA_0113     TRUE 0.765 65.000 0.033 1.000 Y NA
 2031917 2031918 AHA_0115 AHA_0116     TRUE 0.996 3.000 0.309 1.000 Y NA
 2031921 2031922 AHA_0119 AHA_0120 norV norW TRUE 0.996 -3.000 0.375 0.061   NA
 2031922 2031923 AHA_0120 AHA_0121 norW   FALSE 0.254 52.000 0.000 NA   NA
 2031923 2031924 AHA_0121 AHA_0122     FALSE 0.038 122.000 0.000 NA N NA
 2031924 2031925 AHA_0122 AHA_0123     FALSE 0.005 288.000 0.000 1.000 N NA
 2031926 2031927 AHA_0124 AHA_0125     FALSE 0.157 114.000 0.000 NA   NA
 2031929 2031930 AHA_0127 AHA_0128 glyS glyQ TRUE 0.999 10.000 0.651 0.001 Y NA
 2031934 2031935 AHA_0132 AHA_0133     FALSE 0.208 22.000 0.000 NA N NA
 2031937 2031938 AHA_0135 AHA_0136     TRUE 0.953 5.000 0.143 1.000 N NA
 2031938 2031939 AHA_0136 AHA_0137     TRUE 0.987 82.000 0.909 1.000 Y NA
 2031939 2031940 AHA_0137 AHA_0138   fadA FALSE 0.004 313.000 0.000 1.000 N NA
 2031940 2031941 AHA_0138 AHA_0139 fadA fadB TRUE 0.993 22.000 0.607 1.000 Y NA
 2031941 2031942 AHA_0139 AHA_0140 fadB   FALSE 0.197 203.000 0.000 1.000 Y NA
 2031943 2031944 AHA_0141 AHA_0142 pepQ   TRUE 0.970 0.000 0.127 1.000   NA
 2031944 2031945 AHA_0142 AHA_0143   trkH TRUE 0.846 37.000 0.202 1.000   NA
 2031945 2031946 AHA_0143 AHA_0144 trkH   TRUE 0.984 -61.000 0.455 1.000 N NA
 2031946 1379893 AHA_0144 AHA_0145   rrsB FALSE 0.015 446.000 0.000 NA   NA
 1379893 1379894 AHA_0145 AHA_0146 rrsB   FALSE 0.038 195.000 0.000 NA   NA
 1379894 1379895 AHA_0146 AHA_0147   rrlB FALSE 0.026 237.000 0.000 NA   NA
 1379895 1379896 AHA_0147 AHA_0148 rrlB rrfB FALSE 0.169 110.000 0.000 NA   NA
 2031947 2031948 AHA_0149 AHA_0150     FALSE 0.238 73.000 0.000 NA   NA
 2031954 2031955 AHA_0156 AHA_0157     FALSE 0.038 187.000 0.011 NA N NA
 2031955 2031956 AHA_0157 AHA_0158     FALSE 0.433 70.000 0.060 1.000 N NA
 2031956 2031957 AHA_0158 AHA_0159   coaBC TRUE 0.786 41.000 0.201 1.000 N NA
 2031958 2031959 AHA_0160 AHA_0161 radC rpmB FALSE 0.059 137.000 0.002 1.000 N NA
 2031959 2031960 AHA_0161 AHA_0162 rpmB rpmG TRUE 0.997 12.000 0.332 0.016 Y NA
 2031960 2031961 AHA_0162 AHA_0163 rpmG   FALSE 0.220 94.000 0.000 NA   NA
 2031961 2031962 AHA_0163 AHA_0164   mutM FALSE 0.395 30.000 0.000 NA   NA
 2031962 2031963 AHA_0164 AHA_0165 mutM   FALSE 0.048 179.000 0.000 NA   NA
 2031967 2031968 AHA_0169 AHA_0170 rfaF waaA TRUE 0.981 2.000 0.040 1.000 Y NA
 2031969 2031970 AHA_0171 AHA_0172     TRUE 0.961 61.000 0.377 0.011   NA
 2031970 2031971 AHA_0172 AHA_0173     TRUE 0.997 -3.000 0.130 0.008 Y NA
 2031972 2031973 AHA_0174 AHA_0175     FALSE 0.130 30.000 0.000 1.000 N NA
 2031973 2031974 AHA_0175 AHA_0176     FALSE 0.274 45.000 0.000 NA   NA
 2031974 2031975 AHA_0176 AHA_0177     FALSE 0.108 133.000 0.000 NA   NA
 2031976 2031977 AHA_0178 AHA_0179   fliL-1 FALSE 0.239 58.000 0.000 NA   NA
 2031978 2031979 AHA_0180 AHA_0181   ubiA TRUE 0.995 -3.000 0.248 NA Y NA
 2031981 2031982 AHA_0183 AHA_0184 lexA   FALSE 0.015 440.000 0.000 NA   NA
 2031984 2031985 AHA_0186 AHA_0187     TRUE 0.838 -10.000 0.009 1.000   NA
 2031986 2031987 AHA_0188 AHA_0189   cpxA FALSE 0.443 33.000 0.028 1.000 N NA
 2031987 2031988 AHA_0189 AHA_0190 cpxA cpxR TRUE 0.999 -3.000 0.791 1.000 Y NA
 2031989 2031990 AHA_0191 AHA_0192 fieF cysE TRUE 0.754 9.000 0.014 1.000 N NA
 2031990 2031991 AHA_0192 AHA_0193 cysE   TRUE 0.697 22.000 0.024 NA   NA
 2031991 2031992 AHA_0193 AHA_0194     FALSE 0.455 46.000 0.023 NA   NA
 1379946 1379947 AHA_0198 AHA_0199 rrsC   FALSE 0.229 67.000 0.000 NA   NA
 1379947 1379948 AHA_0199 AHA_0200     TRUE 0.714 11.000 0.000 NA   NA
 1379948 1379949 AHA_0200 AHA_0201   rrlC FALSE 0.025 241.000 0.000 NA   NA
 1379949 3561976 AHA_0201 AHA_0201a rrlC   FALSE 0.172 109.000 0.000 NA   NA
 3561976 1379950 AHA_0201a AHA_0202     FALSE 0.204 99.000 0.000 NA   NA
 1379950 1379951 AHA_0202 AHA_0203   rrfC TRUE 0.504 22.000 0.000 NA   NA
 1379951 2031996 AHA_0203 AHA_0204 rrfC   FALSE 0.071 152.000 0.000 NA   NA
 2031996 2031997 AHA_0204 AHA_0205     FALSE 0.087 322.000 0.136 1.000 N NA
 2031997 2031998 AHA_0205 AHA_0206     TRUE 0.999 -3.000 0.682 NA Y NA
 2031998 2031999 AHA_0206 AHA_0207     TRUE 0.850 103.000 0.412 NA N NA
 2031999 2032000 AHA_0207 AHA_0208     FALSE 0.398 29.000 0.000 1.000   NA
 2032000 2032001 AHA_0208 AHA_0209     FALSE 0.055 167.000 0.000 1.000   NA
 2032001 2032002 AHA_0209 AHA_0210     FALSE 0.032 212.000 0.000 NA   NA
 2032005 2032006 AHA_0213 AHA_0214     TRUE 0.931 50.000 0.500 1.000   NA
 2032008 2032009 AHA_0216 AHA_0217     TRUE 0.998 3.000 0.720 0.068   NA
 2032009 2032010 AHA_0217 AHA_0218     TRUE 0.756 83.000 0.184 1.000   NA
 2032010 2032011 AHA_0218 AHA_0219     TRUE 0.934 84.000 0.586 1.000   NA
 2032013 2032014 AHA_0221 AHA_0222     TRUE 0.965 -3.000 0.000 0.044   NA
 2032014 2032015 AHA_0222 AHA_0223     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032017 2032018 AHA_0225 AHA_0226     FALSE 0.014 492.000 0.000 NA   NA
 2032020 2032021 AHA_0228 AHA_0229     FALSE 0.235 81.000 0.000 NA   NA
 2032021 2032022 AHA_0229 AHA_0230     FALSE 0.207 98.000 0.000 NA   NA
 2032024 2032025 AHA_0232 AHA_0233     FALSE 0.452 25.000 0.000 NA   NA
 2032026 2032027 AHA_0234 AHA_0235     FALSE 0.240 76.000 0.000 NA   NA
 2032028 2032029 AHA_0236 AHA_0237     FALSE 0.035 201.000 0.000 NA   NA
 2032031 2032032 AHA_0239 AHA_0240     TRUE 0.990 -16.000 0.545 1.000 N NA
 2032032 2032033 AHA_0240 AHA_0241   rarD-1 FALSE 0.401 68.000 0.023 NA   NA
 2032033 2032034 AHA_0241 AHA_0242 rarD-1   FALSE 0.122 126.000 0.000 NA   NA
 2032034 2032035 AHA_0242 AHA_0243     TRUE 0.759 9.000 0.000 NA   NA
 2032035 2032036 AHA_0243 AHA_0244     FALSE 0.021 262.000 0.011 1.000 N NA
 2032037 2032038 AHA_0245 AHA_0246   mmsA-1 TRUE 0.798 99.000 0.298 1.000 N NA
 2032038 2032039 AHA_0246 AHA_0247 mmsA-1   FALSE 0.340 85.000 0.038 1.000 N NA
 2032039 2032040 AHA_0247 AHA_0248   ald TRUE 0.500 -3.000 0.000 1.000 N NA
 2032040 2032041 AHA_0248 AHA_0249 ald   FALSE 0.041 120.000 0.000 NA N NA
 2032041 2032042 AHA_0249 AHA_0250     FALSE 0.005 300.000 0.000 NA N NA
 2032044 2032045 AHA_0252 AHA_0253     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032046 2032047 AHA_0254 AHA_0255   trkA TRUE 0.948 97.000 0.126 0.006 Y NA
 2032047 2032048 AHA_0255 AHA_0256 trkA sun FALSE 0.288 148.000 0.122 1.000 N NA
 2032048 2032049 AHA_0256 AHA_0257 sun fmt TRUE 0.946 57.000 0.305 1.000 Y NA
 2032049 2032050 AHA_0257 AHA_0258 fmt def-1 TRUE 0.987 13.000 0.058 0.023 Y NA
 2032051 2032052 AHA_0259 AHA_0260   dprA TRUE 0.919 2.000 0.033 1.000   NA
 2032052 2032053 AHA_0260 AHA_0261 dprA   TRUE 0.959 -7.000 0.124 NA   NA
 2032053 2032054 AHA_0261 AHA_0262     TRUE 0.881 56.000 0.331 NA   NA
 2032054 2032055 AHA_0262 AHA_0263   purE-2 FALSE 0.173 75.000 0.005 1.000 N NA
 2032055 2032056 AHA_0263 AHA_0264 purE-2   FALSE 0.078 135.000 0.006 NA N NA
 2032056 2032057 AHA_0264 AHA_0265   hemF FALSE 0.409 95.000 0.058 NA N NA
 2032057 2032058 AHA_0265 AHA_0266 hemF aroE FALSE 0.456 104.000 0.093 1.000 N NA
 2032058 2032059 AHA_0266 AHA_0267 aroE   TRUE 0.952 -3.000 0.078 NA   NA
 2032061 2032062 AHA_0269 AHA_0270     FALSE 0.013 630.000 0.000 NA   NA
 2032062 2032063 AHA_0270 AHA_0271     TRUE 0.993 12.000 0.679 NA   NA
 2032063 2032064 AHA_0271 AHA_0272   hemN TRUE 0.917 28.000 0.244 NA   NA
 2032065 2032066 AHA_0273 AHA_0274 add-1 ntrC FALSE 0.066 142.000 0.007 1.000 N NA
 2032066 2032067 AHA_0274 AHA_0275 ntrC glnL TRUE 0.997 10.000 0.587 1.000 Y NA
 2032067 2032068 AHA_0275 AHA_0276 glnL   FALSE 0.349 81.000 0.009 NA   NA
 2032068 2032069 AHA_0276 AHA_0277   glnA FALSE 0.222 93.000 0.000 NA   NA
 2032070 2032071 AHA_0278 AHA_0279 typA   FALSE 0.076 174.000 0.006 1.000   NA
 2032071 2032072 AHA_0279 AHA_0281   dtd TRUE 0.559 81.000 0.069 1.000   NA
 2032075 2032076 AHA_0283 AHA_0284   recG FALSE 0.126 143.000 0.004 NA   NA
 2032076 2032077 AHA_0284 AHA_0285 recG pssA FALSE 0.012 177.000 0.000 1.000 N NA
 2032077 2032078 AHA_0285 AHA_0286 pssA   FALSE 0.029 129.000 0.000 1.000 N NA
 2032079 2032080 AHA_0287 AHA_0288 aroK-1 edd TRUE 0.984 -3.000 0.066 1.000 Y NA
 2032080 2032081 AHA_0288 AHA_0289 edd eda TRUE 0.992 21.000 0.523 1.000 Y NA
 2032084 2032085 AHA_0292 AHA_0293 yibP gpmI TRUE 0.951 10.000 0.170 1.000 N NA
 2032086 2032087 AHA_0294 AHA_0295   secB TRUE 0.694 48.000 0.158 NA N NA
 2032087 2032088 AHA_0295 AHA_0296 secB   TRUE 0.974 3.000 0.206 1.000 N NA
 2032089 2032090 AHA_0297 AHA_0298 gntY   TRUE 0.549 81.000 0.066 1.000   NA
 2032091 2032092 AHA_0299 AHA_0300 bioH   FALSE 0.229 72.000 0.000 1.000   NA
 2032092 2032093 AHA_0300 AHA_0301     TRUE 0.814 2.000 0.000 NA   NA
 2032093 2032094 AHA_0301 AHA_0302     FALSE 0.214 96.000 0.000 NA   NA
 2032095 2032096 AHA_0303 AHA_0304   greB TRUE 0.868 72.000 0.123 1.000 Y NA
 2032097 2032098 AHA_0305 AHA_0306   envZ TRUE 0.998 6.000 0.584 1.000 Y NA
 2032100 2032101 AHA_0308 AHA_0309 rpsJ rplC TRUE 0.993 23.000 0.307 0.020 Y NA
 2032101 2032102 AHA_0309 AHA_0310 rplC rplD TRUE 0.997 18.000 0.486 0.016 Y NA
 2032102 2032103 AHA_0310 AHA_0311 rplD rplW TRUE 0.999 -3.000 0.513 0.016 Y NA
 2032103 2032104 AHA_0311 AHA_0312 rplW rplB TRUE 0.999 16.000 0.849 0.019 Y NA
 2032104 2032105 AHA_0312 AHA_0313 rplB rpsS TRUE 0.998 23.000 0.820 0.020 Y NA
 2032105 2032106 AHA_0313 AHA_0314 rpsS rplV TRUE 0.999 11.000 0.769 0.020 Y NA
 2032106 2032107 AHA_0314 AHA_0315 rplV rpsC TRUE 0.999 4.000 0.719 0.020 Y NA
 2032107 2032108 AHA_0315 AHA_0316 rpsC rplP TRUE 0.999 14.000 0.828 0.020 Y NA
 2032108 2032109 AHA_0316 AHA_0317 rplP rpmC TRUE 0.993 -3.000 0.029 0.016 Y NA
 2032109 2032110 AHA_0317 AHA_0318 rpmC rpsQ TRUE 0.993 0.000 0.029 0.016 Y NA
 2032110 2032111 AHA_0318 AHA_0319 rpsQ rplN TRUE 0.977 148.000 0.791 0.020 Y NA
 2032111 2032112 AHA_0319 AHA_0320 rplN rplX TRUE 0.999 12.000 0.810 0.020 Y NA
 2032112 2032113 AHA_0320 AHA_0321 rplX   TRUE 0.999 14.000 0.758 0.016 Y NA
 2032113 2032114 AHA_0321 AHA_0322     TRUE 0.999 11.000 0.496 0.016 Y NA
 2032114 2032115 AHA_0322 AHA_0323   rpsH TRUE 0.996 22.000 0.473 0.016 Y NA
 2032115 2032116 AHA_0323 AHA_0324 rpsH   TRUE 0.999 14.000 0.808 0.016 Y NA
 2032116 2032117 AHA_0324 AHA_0325   rplR TRUE 0.999 10.000 0.815 0.016 Y NA
 2032117 2032118 AHA_0325 AHA_0326 rplR rpsE TRUE 0.999 15.000 0.814 0.020 Y NA
 2032118 2032119 AHA_0326 AHA_0327 rpsE rpmD TRUE 0.999 7.000 0.789 0.020 Y NA
 2032119 2032120 AHA_0327 AHA_0328 rpmD rplO TRUE 1.000 3.000 0.653 0.002 Y NA
 2032120 2032121 AHA_0328 AHA_0329 rplO secY TRUE 0.994 9.000 0.730 1.000 N NA
 2032121 2032122 AHA_0329 AHA_0330 secY rpsM FALSE 0.019 281.000 0.011 1.000 N NA
 2032122 2032123 AHA_0330 AHA_0331 rpsM rpsK TRUE 0.999 15.000 0.810 0.016 Y NA
 2032123 2032124 AHA_0331 AHA_0332 rpsK rpsD TRUE 0.992 40.000 0.509 0.020 Y NA
 2032124 2032125 AHA_0332 AHA_0333 rpsD rpoA TRUE 0.964 26.000 0.549 1.000 N NA
 2032125 2032126 AHA_0333 AHA_0334 rpoA rplQ TRUE 0.966 44.000 0.873 1.000 N NA
 2032126 1380083 AHA_0334 AHA_0335 rplQ rrsD FALSE 0.013 856.000 0.000 NA   NA
 1380083 1380084 AHA_0335 AHA_0336 rrsD   FALSE 0.038 195.000 0.000 NA   NA
 1380084 1380085 AHA_0336 AHA_0337   rrlD FALSE 0.026 237.000 0.000 NA   NA
 1380085 1380086 AHA_0337 AHA_0338 rrlD rrfD FALSE 0.240 76.000 0.000 NA   NA
 1380086 1380087 AHA_0338 AHA_0339 rrfD   FALSE 0.217 95.000 0.000 NA   NA
 2032127 2032128 AHA_0340 AHA_0341     FALSE 0.020 289.000 0.000 NA   NA
 2032128 2032129 AHA_0341 AHA_0342   kefB TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032129 2032130 AHA_0342 AHA_0343 kefB   TRUE 0.650 71.000 0.111 1.000   NA
 2032130 2032131 AHA_0343 AHA_0344     TRUE 0.808 -3.000 0.000 1.000   NA
 2032132 2032133 AHA_0345 AHA_0346     FALSE 0.227 88.000 0.000 NA   NA
 2032133 2032134 AHA_0346 AHA_0347     FALSE 0.259 50.000 0.000 NA   NA
 2032134 2032135 AHA_0347 AHA_0348     FALSE 0.065 159.000 0.000 NA   NA
 2032135 2032136 AHA_0348 AHA_0349     FALSE 0.021 272.000 0.000 NA   NA
 2032136 2032137 AHA_0349 AHA_0350     FALSE 0.379 103.000 0.033 NA   NA
 2032138 2032139 AHA_0351 AHA_0352     TRUE 0.504 22.000 0.000 NA   NA
 2032141 2032142 AHA_0354 AHA_0355     TRUE 0.996 0.000 0.650 1.000   NA
 2032143 2032144 AHA_0356 AHA_0357     FALSE 0.235 57.000 0.000 1.000   NA
 2032146 2032147 AHA_0359 AHA_0360     TRUE 0.511 103.000 0.076 NA   NA
 2032149 2032150 AHA_0362 AHA_0363     TRUE 0.636 15.000 0.000 NA   NA
 2032150 2032151 AHA_0363 AHA_0364     FALSE 0.262 49.000 0.000 NA   NA
 2032151 2032152 AHA_0364 AHA_0365     FALSE 0.006 232.000 0.000 1.000 N NA
 2032154 2032155 AHA_0367 AHA_0368     TRUE 0.992 9.000 0.508 NA   NA
 2032156 2032157 AHA_0369 AHA_0370     FALSE 0.439 111.000 0.063 NA   NA
 2032158 2032159 AHA_0371 AHA_0372   ftsE TRUE 0.569 91.000 0.117 1.000 N NA
 2032159 2032160 AHA_0372 AHA_0373 ftsE   TRUE 0.990 0.000 0.121 NA Y NA
 2032160 2032161 AHA_0373 AHA_0374   rpoH FALSE 0.032 456.000 0.051 NA N NA
 2032161 2032162 AHA_0374 AHA_0375 rpoH   FALSE 0.457 127.000 0.005 0.019 N NA
 2032162 2032163 AHA_0375 AHA_0376   hutC FALSE 0.334 12.000 0.000 1.000 N NA
 2032163 2032164 AHA_0376 AHA_0377 hutC hutI TRUE 0.510 87.000 0.090 1.000 N NA
 2032164 2032165 AHA_0377 AHA_0378 hutI hutG TRUE 0.959 -7.000 0.171 1.000 N NA
 2032165 2032166 AHA_0378 AHA_0379 hutG hutU TRUE 0.963 55.000 0.114 0.001 Y NA
 2032166 2032167 AHA_0379 AHA_0380 hutU hutH TRUE 0.999 5.000 0.315 0.001 Y NA
 2032168 2032169 AHA_0381 AHA_0382     FALSE 0.017 162.000 0.000 NA N NA
 2032172 2032173 AHA_0385 AHA_0386     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032173 2032174 AHA_0386 AHA_0387     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2032174 2032175 AHA_0387 AHA_0388     TRUE 0.994 0.000 0.475 NA   NA
 2032175 2032176 AHA_0388 AHA_0389     FALSE 0.016 390.000 0.000 NA   NA
 2032176 2032177 AHA_0389 AHA_0390     TRUE 0.986 78.000 0.846 1.000 Y NA
 2032177 2032178 AHA_0390 AHA_0391     TRUE 0.865 96.000 0.338 1.000   NA
 2032178 2032179 AHA_0391 AHA_0392     TRUE 0.928 33.000 0.328 1.000   NA
 2032179 2032180 AHA_0392 AHA_0393     TRUE 0.984 54.000 0.740 1.000 Y NA
 2032180 2032181 AHA_0393 AHA_0394     FALSE 0.048 178.000 0.000 NA   NA
 2032181 2032182 AHA_0394 AHA_0395     FALSE 0.239 74.000 0.000 NA   NA
 2032182 2032183 AHA_0395 AHA_0396     FALSE 0.014 500.000 0.000 NA   NA
 2032183 2032184 AHA_0396 AHA_0397   mshD TRUE 0.744 -13.000 0.000 NA   NA
 2032184 2032185 AHA_0397 AHA_0398 mshD   TRUE 0.998 0.000 0.871 NA   NA
 2032185 2032186 AHA_0398 AHA_0399     FALSE 0.014 463.000 0.000 NA   NA
 2032186 2032187 AHA_0399 AHA_0400   mreB FALSE 0.058 205.000 0.009 NA   NA
 2032187 2032188 AHA_0400 AHA_0401 mreB mreC TRUE 0.952 43.000 0.689 1.000 N NA
 2032188 2032189 AHA_0401 AHA_0402 mreC mreD TRUE 0.999 0.000 0.550 0.002 Y NA
 2032189 2032190 AHA_0402 AHA_0403 mreD maf-1 TRUE 0.758 52.000 0.206 NA N NA
 2032190 2032191 AHA_0403 AHA_0404 maf-1   TRUE 0.519 187.000 0.417 NA N NA
 2032191 2032192 AHA_0404 AHA_0405     TRUE 0.924 31.000 0.296 NA   NA
 2032192 2032193 AHA_0405 AHA_0406     FALSE 0.340 35.000 0.000 NA   NA
 2032193 2032194 AHA_0406 AHA_0407     FALSE 0.408 29.000 0.000 NA   NA
 2032194 2032195 AHA_0407 AHA_0408   tldD TRUE 0.526 160.000 0.259 NA   NA
 2032195 2032196 AHA_0408 AHA_0409 tldD   FALSE 0.365 33.000 0.000 NA   NA
 2032197 2032198 AHA_0410 AHA_0411     TRUE 0.832 50.000 0.231 NA   NA
 2032198 2032199 AHA_0411 AHA_0412     TRUE 0.753 102.000 0.261 1.000 N NA
 2032199 2032200 AHA_0412 AHA_0413     TRUE 0.927 100.000 0.609 1.000   NA
 2032200 2032201 AHA_0413 AHA_0414     FALSE 0.022 264.000 0.000 NA   NA
 2032201 2032202 AHA_0414 AHA_0415     FALSE 0.169 110.000 0.000 NA   NA
 2032202 2032203 AHA_0415 AHA_0416     FALSE 0.031 132.000 0.000 NA N NA
 2032205 2032206 AHA_0417 AHA_0419     TRUE 0.980 -61.000 0.000 0.025 Y NA
 2032206 2032207 AHA_0419 AHA_0420     TRUE 0.968 1.000 0.000 1.000 Y NA
 2032207 2032208 AHA_0420 AHA_0421     TRUE 0.771 7.000 0.000 NA   NA
 2032208 2032209 AHA_0421 AHA_0422     TRUE 0.740 10.000 0.000 NA   NA
 2032213 2032214 AHA_0426 AHA_0427     FALSE 0.174 108.000 0.000 NA   NA
 2032215 2032216 AHA_0428 AHA_0429     FALSE 0.042 118.000 0.000 NA N NA
 2032217 2032218 AHA_0430 AHA_0431     FALSE 0.014 472.000 0.000 NA   NA
 2032219 2032220 AHA_0432 AHA_0433 metH   FALSE 0.011 180.000 0.000 1.000 N NA
 2032220 2032221 AHA_0433 AHA_0434   brnQ-1 FALSE 0.004 389.000 0.000 1.000 N NA
 2032222 2032223 AHA_0435 AHA_0436     TRUE 0.990 44.000 0.923 1.000 Y NA
 2032224 2032225 AHA_0437 AHA_0438     FALSE 0.019 295.000 0.000 NA   NA
 2032225 2032226 AHA_0438 AHA_0439     FALSE 0.013 503.000 0.000 1.000   NA
 2032226 2032227 AHA_0439 AHA_0440     TRUE 0.992 -3.000 0.003 0.004 Y NA
 2032227 2032228 AHA_0440 AHA_0441   thiF TRUE 0.757 63.000 0.028 1.000 Y NA
 2032228 2032229 AHA_0441 AHA_0442 thiF thiS TRUE 0.945 -30.000 0.000 1.000 Y NA
 2032229 2032230 AHA_0442 AHA_0443 thiS thiG TRUE 0.973 2.000 0.005 1.000 Y NA
 2032230 2032231 AHA_0443 AHA_0444 thiG thiH TRUE 0.987 36.000 0.277 0.004 Y NA
 2032231 2032232 AHA_0444 AHA_0445 thiH   FALSE 0.013 1111.000 0.000 NA   NA
 2032235 2032236 AHA_0448 AHA_0449     FALSE 0.159 113.000 0.000 NA   NA
 2032237 2032238 AHA_0450 AHA_0451     FALSE 0.003 459.000 0.000 1.000 N NA
 2032240 2032241 AHA_0453 AHA_0455     TRUE 0.808 -3.000 0.000 1.000   NA
 2032244 2032245 AHA_0456 AHA_0458     FALSE 0.122 126.000 0.000 NA   NA
 2032245 2032246 AHA_0458 AHA_0459     TRUE 0.663 13.000 0.000 NA   NA
 2032246 2032247 AHA_0459 AHA_0460     FALSE 0.049 177.000 0.000 NA   NA
 2032247 2032248 AHA_0460 AHA_0461     TRUE 0.889 51.000 0.333 NA   NA
 2032248 2032249 AHA_0461 AHA_0462     FALSE 0.028 227.000 0.000 NA   NA
 2032249 2032250 AHA_0462 AHA_0463     FALSE 0.146 118.000 0.000 NA   NA
 2032251 2032252 AHA_0464 AHA_0465 glpX   FALSE 0.066 158.000 0.000 NA   NA
 2032253 2032254 AHA_0466 AHA_0467     TRUE 0.998 11.000 0.765 1.000 Y NA
 2032254 2032255 AHA_0467 AHA_0468   hemD TRUE 0.998 -3.000 0.600 1.000 Y NA
 2032255 2032256 AHA_0468 AHA_0469 hemD hemC TRUE 0.998 -3.000 0.205 0.002 Y NA
 2032258 2032259 AHA_0471 AHA_0472     TRUE 0.917 -3.000 0.030 NA   NA
 2032260 2032261 AHA_0473 AHA_0474 lysA dapF TRUE 0.953 66.000 0.104 0.002 Y NA
 2032261 2032262 AHA_0474 AHA_0475 dapF   TRUE 0.655 111.000 0.175 NA   NA
 2032262 2032263 AHA_0475 AHA_0476   xerC TRUE 0.996 -7.000 0.714 NA   NA
 2032263 2032264 AHA_0476 AHA_0477 xerC   TRUE 0.916 41.000 0.367 1.000   NA
 2032265 2032266 AHA_0478 AHA_0479     FALSE 0.365 33.000 0.000 NA   NA
 2032268 2032269 AHA_0481 AHA_0482     FALSE 0.016 362.000 0.000 1.000   NA
 2032269 2032270 AHA_0482 AHA_0483     FALSE 0.177 105.000 0.000 1.000   NA
 2032271 2032272 AHA_0484 AHA_0485     TRUE 0.998 -7.000 0.752 1.000 Y NA
 2032272 2032273 AHA_0485 AHA_0486     TRUE 0.911 107.000 0.671 1.000 N NA
 2032274 2032275 AHA_0487 AHA_0488     FALSE 0.228 61.000 0.000 1.000   NA
 2032280 2032281 AHA_0493 AHA_0494     FALSE 0.024 246.000 0.000 1.000   NA
 2032281 2032282 AHA_0494 AHA_0495     FALSE 0.065 70.000 0.000 1.000 N NA
 2032283 2032284 AHA_0496 AHA_0497     FALSE 0.419 28.000 0.000 NA   NA
 2032285 2032286 AHA_0498 AHA_0499     TRUE 0.636 15.000 0.000 NA   NA
 2032286 2032287 AHA_0499 AHA_0500     FALSE 0.242 57.000 0.000 NA   NA
 2032292 2032293 AHA_0505 AHA_0506     FALSE 0.090 40.000 0.000 1.000 N NA
 2032293 2032294 AHA_0506 AHA_0507     FALSE 0.067 157.000 0.000 NA   NA
 2032295 2032296 AHA_0508 AHA_0509     FALSE 0.331 36.000 0.000 NA   NA
 2032296 2032297 AHA_0509 AHA_0510     FALSE 0.375 32.000 0.000 NA   NA
 2032298 2032299 AHA_0511 AHA_0512     TRUE 0.995 -3.000 0.587 1.000   NA
 2032299 2032300 AHA_0512 AHA_0513     FALSE 0.237 80.000 0.000 NA   NA
 2032301 2032302 AHA_0514 AHA_0515     TRUE 0.494 22.000 0.000 1.000   NA
 2032303 2032304 AHA_0516 AHA_0517     FALSE 0.057 167.000 0.000 NA   NA
 2032304 2032305 AHA_0517 AHA_0518     FALSE 0.014 504.000 0.000 NA   NA
 2032306 2032307 AHA_0519 AHA_0520     FALSE 0.234 82.000 0.000 NA   NA
 2032307 2032308 AHA_0520 AHA_0521     FALSE 0.230 68.000 0.000 NA   NA
 2032308 2032309 AHA_0521 AHA_0522     TRUE 0.998 11.000 1.000 1.000 Y NA
 2032309 2032310 AHA_0522 AHA_0523     TRUE 0.776 5.000 0.000 1.000   NA
 2032310 2032311 AHA_0523 AHA_0524     TRUE 0.998 12.000 0.750 0.001   NA
 2032312 2032313 AHA_0525 AHA_0526     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032313 2032314 AHA_0526 AHA_0527   menE FALSE 0.004 302.000 0.000 1.000 N NA
 2032314 2032315 AHA_0527 AHA_0528 menE menC TRUE 0.992 11.000 0.283 0.002 N NA
 2032315 2032316 AHA_0528 AHA_0529 menC menB TRUE 0.998 0.000 0.171 0.002 Y NA
 2032316 2032317 AHA_0529 AHA_0530 menB   TRUE 0.984 -7.000 0.280 NA   NA
 2032317 2032318 AHA_0530 AHA_0531   menD TRUE 0.987 -10.000 0.355 NA   NA
 2032318 2032319 AHA_0531 AHA_0532 menD menF TRUE 0.962 35.000 0.281 1.000 Y NA
 2032320 2032321 AHA_0533 AHA_0534 menA   FALSE 0.251 53.000 0.000 NA   NA
 2032324 2032325 AHA_0537 AHA_0538     FALSE 0.238 73.000 0.000 NA   NA
 2032327 2032328 AHA_0540 AHA_0541     FALSE 0.222 93.000 0.000 NA   NA
 2032328 2032329 AHA_0541 AHA_0542     TRUE 0.941 49.000 0.562 NA   NA
 2032329 2032330 AHA_0542 AHA_0543     FALSE 0.133 122.000 0.000 NA   NA
 2032331 2032332 AHA_0544 AHA_0545     TRUE 0.853 10.000 0.019 NA   NA
 2032333 2032334 AHA_0546 AHA_0547     FALSE 0.229 64.000 0.000 NA   NA
 2032334 2032335 AHA_0547 AHA_0548     TRUE 0.808 -3.000 0.000 1.000   NA
 2032335 2032336 AHA_0548 AHA_0549   mtlR FALSE 0.450 9.000 0.000 NA N NA
 2032336 2032337 AHA_0549 AHA_0550 mtlR   TRUE 0.693 109.000 0.230 NA N NA
 2032337 2032338 AHA_0550 AHA_0551     TRUE 0.991 -85.000 0.292 1.000 Y NA
 2032338 2032339 AHA_0551 AHA_0552     FALSE 0.015 455.000 0.000 NA   NA
 2032339 2032340 AHA_0552 AHA_0553     TRUE 0.986 22.000 0.714 NA   NA
 2032340 2032341 AHA_0553 AHA_0554   rnb FALSE 0.235 57.000 0.000 1.000   NA
 2032341 2032342 AHA_0554 AHA_0555 rnb   TRUE 0.627 101.000 0.000 1.000 Y NA
 2032342 2032343 AHA_0555 AHA_0556     FALSE 0.005 268.000 0.000 1.000 N NA
 2032344 2032345 AHA_0557 AHA_0558 ahyR   FALSE 0.030 213.000 0.000 1.000   NA
 2032345 2032346 AHA_0558 AHA_0559     FALSE 0.149 115.000 0.000 1.000   NA
 2032347 2032348 AHA_0560 AHA_0561     FALSE 0.093 138.000 0.000 1.000   NA
 2032348 2032349 AHA_0561 AHA_0562     FALSE 0.137 121.000 0.000 NA   NA
 2032349 2032350 AHA_0562 AHA_0563     FALSE 0.251 53.000 0.000 NA   NA
 2032350 2032351 AHA_0563 AHA_0564     FALSE 0.110 34.000 0.000 1.000 N NA
 2032351 2032352 AHA_0564 AHA_0565   pckA FALSE 0.012 176.000 0.000 1.000 N NA
 2032352 2032353 AHA_0565 AHA_0566 pckA hslO FALSE 0.144 150.000 0.048 1.000 N NA
 2032353 2032354 AHA_0566 AHA_0567 hslO   TRUE 0.548 106.000 0.140 1.000 N NA
 2032355 2032356 AHA_0568 AHA_0569 gspC gspD TRUE 0.997 22.000 0.575 0.005 Y NA
 2032356 2032357 AHA_0569 AHA_0570 gspD gspE TRUE 1.000 0.000 0.776 0.005 Y NA
 2032357 2032358 AHA_0570 AHA_0571 gspE gspF TRUE 0.999 2.000 0.653 0.005 Y NA
 2032358 2032359 AHA_0571 AHA_0572 gspF gspG TRUE 0.985 116.000 0.599 0.005 Y NA
 2032359 2032360 AHA_0572 AHA_0573 gspG gspH TRUE 0.863 164.000 0.425 0.005   NA
 2032360 2032361 AHA_0573 AHA_0574 gspH gspI TRUE 0.999 -3.000 0.605 0.005   NA
 2032361 2032362 AHA_0574 AHA_0575 gspI gspJ TRUE 0.977 69.000 0.569 0.005   NA
 2032362 2032363 AHA_0575 AHA_0576 gspJ gspK TRUE 0.964 90.000 0.461 1.000 Y NA
 2032363 2032364 AHA_0576 AHA_0577 gspK gspL TRUE 0.974 120.000 0.537 0.083 Y NA
 2032364 2032365 AHA_0577 AHA_0578 gspL gspM TRUE 0.999 -3.000 0.811 1.000 Y NA
 2032365 2032366 AHA_0578 AHA_0579 gspM gspN TRUE 0.944 62.000 0.649 1.000   NA
 2032370 2032371 AHA_0583 AHA_0584   cysQ-1 TRUE 0.925 38.000 0.373 1.000   NA
 2032371 2032372 AHA_0584 AHA_0585 cysQ-1   FALSE 0.004 412.000 0.000 NA N NA
 2032373 2032374 AHA_0586 AHA_0587     FALSE 0.223 85.000 0.000 1.000   NA
 2032374 2032375 AHA_0587 AHA_0588   metJ TRUE 0.899 36.000 0.000 0.067 Y NA
 2032376 2032377 AHA_0589 AHA_0590 metB   TRUE 0.997 0.000 0.428 1.000 Y NA
 2032378 2032379 AHA_0591 AHA_0592 ppc argE FALSE 0.066 216.000 0.053 1.000 N NA
 2032380 2032381 AHA_0593 AHA_0594 argC argB TRUE 0.983 24.000 0.097 0.002 Y NA
 2032381 2032382 AHA_0594 AHA_0595 argB argF-1 TRUE 0.984 -79.000 0.171 1.000 Y NA
 2032382 2032383 AHA_0595 AHA_0596 argF-1 argG TRUE 0.768 55.000 0.025 1.000 Y NA
 2032383 2032384 AHA_0596 AHA_0597 argG argH TRUE 0.614 210.000 0.278 1.000 Y NA
 2032385 2032386 AHA_0598 AHA_0599     FALSE 0.013 898.000 0.000 NA   NA
 2032386 2032387 AHA_0599 AHA_0600     FALSE 0.035 201.000 0.000 NA   NA
 2032387 2032388 AHA_0600 AHA_0601     FALSE 0.262 49.000 0.000 NA   NA
 2032388 2032389 AHA_0601 AHA_0602     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032389 2032390 AHA_0602 AHA_0603     FALSE 0.235 81.000 0.000 NA   NA
 2032391 2032392 AHA_0604 AHA_0605     TRUE 0.479 57.000 0.038 NA   NA
 2032392 2032393 AHA_0605 AHA_0606   cysT FALSE 0.069 253.000 0.041 NA   NA
 2032393 2032394 AHA_0606 AHA_0607 cysT cysW TRUE 0.999 -3.000 0.935 0.001 N NA
 2032394 2032395 AHA_0607 AHA_0608 cysW cysA TRUE 0.991 23.000 0.587 1.000 Y NA
 2032395 2032396 AHA_0608 AHA_0609 cysA   FALSE 0.105 177.000 0.053 1.000 N NA
 2032397 2032398 AHA_0610 AHA_0611     FALSE 0.016 354.000 0.000 1.000   NA
 2032399 2032400 AHA_0612 AHA_0613     TRUE 0.683 77.000 0.000 1.000 Y NA
 2032402 2032403 AHA_0615 AHA_0616     TRUE 0.524 21.000 0.000 NA   NA
 2032405 2032406 AHA_0618 AHA_0619     FALSE 0.076 149.000 0.000 NA   NA
 2032406 2032407 AHA_0619 AHA_0620     FALSE 0.014 461.000 0.000 NA   NA
 2032407 2032408 AHA_0620 AHA_0621     TRUE 0.974 38.000 0.810 NA   NA
 2032408 2032409 AHA_0621 AHA_0622     FALSE 0.039 193.000 0.000 NA   NA
 2032410 2032411 AHA_0623 AHA_0624     FALSE 0.065 61.000 0.000 1.000 N NA
 2032411 2032412 AHA_0624 AHA_0625     FALSE 0.054 170.000 0.000 NA   NA
 2032419 2032420 AHA_0632 AHA_0633     FALSE 0.214 96.000 0.000 NA   NA
 2032421 2032422 AHA_0634 AHA_0635     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032422 2032423 AHA_0635 AHA_0636     FALSE 0.015 410.000 0.000 NA   NA
 2032423 2032424 AHA_0636 AHA_0637     FALSE 0.025 242.000 0.000 NA   NA
 2032424 2032425 AHA_0637 AHA_0638     FALSE 0.060 164.000 0.000 NA   NA
 2032425 2032426 AHA_0638 AHA_0639     FALSE 0.229 64.000 0.000 NA   NA
 2032427 2032428 AHA_0640 AHA_0641     TRUE 0.706 120.000 0.290 NA N NA
 2032428 2032429 AHA_0641 AHA_0642     TRUE 0.993 10.000 0.295 1.000 Y NA
 2032429 2032430 AHA_0642 AHA_0643     FALSE 0.032 211.000 0.000 NA   NA
 2032430 2032431 AHA_0643 AHA_0644     FALSE 0.231 63.000 0.000 NA   NA
 2032431 2032432 AHA_0644 AHA_0645     FALSE 0.065 62.000 0.000 1.000 N NA
 2032432 2032433 AHA_0645 AHA_0646     FALSE 0.011 183.000 0.000 1.000 N NA
 2032434 2032435 AHA_0647 AHA_0648     FALSE 0.343 34.000 0.000 1.000   NA
 2032436 2032437 AHA_0649 AHA_0650     FALSE 0.008 208.000 0.000 1.000 N NA
 2032437 2032438 AHA_0650 AHA_0651   fbpB TRUE 0.985 41.000 0.374 0.065 Y NA
 2032438 2032439 AHA_0651 AHA_0652 fbpB   TRUE 0.918 70.000 0.303 0.065 N NA
 2032439 2032440 AHA_0652 AHA_0653     FALSE 0.358 104.000 0.056 NA N NA
 2032442 2032443 AHA_0655 AHA_0656     TRUE 0.894 26.000 0.032 1.000 Y NA
 2032443 2032444 AHA_0656 AHA_0657     TRUE 0.990 4.000 0.026 0.065 Y NA
 2032444 2032445 AHA_0657 AHA_0658     TRUE 0.999 3.000 0.714 0.017 Y NA
 2032445 2032446 AHA_0658 AHA_0659   mdh FALSE 0.007 222.000 0.000 1.000 N NA
 2032446 2032447 AHA_0659 AHA_0660 mdh   FALSE 0.121 125.000 0.000 1.000   NA
 2032450 2032451 AHA_0663 AHA_0664     TRUE 0.914 41.000 0.349 NA   NA
 2032452 2032453 AHA_0665 AHA_0666 ffh rpsP TRUE 0.481 185.000 0.361 1.000 N NA
 2032453 2032454 AHA_0666 AHA_0667 rpsP rimM TRUE 0.993 25.000 0.342 0.015 Y NA
 2032454 2032455 AHA_0667 AHA_0668 rimM trmD TRUE 0.988 35.000 0.672 1.000 Y NA
 2032455 2032456 AHA_0668 AHA_0669 trmD rplS TRUE 0.985 33.000 0.567 1.000 Y NA
 2032457 2032458 AHA_0670 AHA_0671   mutH FALSE 0.373 83.000 0.017 1.000   NA
 2032459 2032460 AHA_0672 AHA_0673   ptsI-1 TRUE 0.534 15.000 0.005 1.000 N NA
 2032460 2032461 AHA_0673 AHA_0674 ptsI-1 lgt FALSE 0.064 68.000 0.000 1.000 N NA
 2032461 2032462 AHA_0674 AHA_0675 lgt thyA TRUE 0.968 0.000 0.164 1.000 N NA
 2032462 2032463 AHA_0675 AHA_0676 thyA nhaA FALSE 0.021 227.000 0.007 1.000 N NA
 2032463 2032464 AHA_0676 AHA_0677 nhaA nhaR FALSE 0.193 391.000 0.292 1.000 N NA
 2032464 2032465 AHA_0677 AHA_0678 nhaR   TRUE 0.984 26.000 0.210 0.067 Y NA
 2032467 2032468 AHA_0680 AHA_0681 mviN ribF TRUE 0.470 142.000 0.169 1.000   NA
 2032468 2032469 AHA_0681 AHA_0682 ribF ileS TRUE 0.983 0.000 0.254 1.000 N NA
 2032469 2032470 AHA_0682 AHA_0683 ileS lspA TRUE 0.964 0.000 0.147 1.000 N NA
 2032470 2032471 AHA_0683 AHA_0684 lspA fkpB TRUE 0.991 -3.000 0.417 1.000 N NA
 2032471 2032472 AHA_0684 AHA_0685 fkpB ispH TRUE 0.995 0.000 0.626 1.000 N NA
 2032472 2032473 AHA_0685 AHA_0686 ispH   FALSE 0.005 262.000 0.000 1.000 N NA
 2032473 2032474 AHA_0686 AHA_0687   pilV TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032474 2032475 AHA_0687 AHA_0688 pilV   TRUE 0.941 -3.000 0.056 NA   NA
 2032475 2032476 AHA_0688 AHA_0689     TRUE 0.896 11.000 0.051 NA   NA
 2032476 2032477 AHA_0689 AHA_0690     TRUE 0.993 12.000 0.346 NA Y NA
 2032477 2032478 AHA_0690 AHA_0691     TRUE 0.995 9.000 0.346 NA Y NA
 2032480 2032481 AHA_0693 AHA_0694     TRUE 0.761 -9.000 0.000 NA   NA
 2032481 2032482 AHA_0694 AHA_0695     TRUE 0.814 2.000 0.000 NA   NA
 2032482 2032483 AHA_0695 AHA_0696     TRUE 0.994 13.000 0.833 NA   NA
 2032483 2032484 AHA_0696 AHA_0697     FALSE 0.239 74.000 0.000 NA   NA
 2032484 2032485 AHA_0697 AHA_0698   glnB TRUE 0.732 10.000 0.000 1.000   NA
 2032485 2032486 AHA_0698 AHA_0699 glnB   TRUE 0.831 11.000 0.016 NA   NA
 2032486 2032487 AHA_0699 AHA_0700   luxS TRUE 0.790 19.000 0.039 NA   NA
 2032489 2032490 AHA_0702 AHA_0703 rnr   TRUE 0.988 -3.000 0.147 0.019 N NA
 2032490 2032491 AHA_0703 AHA_0704     FALSE 0.393 11.000 0.000 NA N NA
 2032491 2032492 AHA_0704 AHA_0705     FALSE 0.239 58.000 0.000 NA   NA
 2032492 2032493 AHA_0705 AHA_0706     FALSE 0.028 228.000 0.000 NA   NA
 2032493 2032494 AHA_0706 AHA_0707     FALSE 0.146 118.000 0.000 NA   NA
 2032495 2032496 AHA_0708 AHA_0709   mntH FALSE 0.174 108.000 0.000 NA   NA
 2032497 2032498 AHA_0710 AHA_0711 rpsF rpsR TRUE 0.990 31.000 0.319 0.015 Y NA
 2032498 2032499 AHA_0711 AHA_0712 rpsR rplI TRUE 0.989 53.000 0.499 0.015 Y NA
 2032499 2032500 AHA_0712 AHA_0713 rplI   FALSE 0.052 102.000 0.000 1.000 N NA
 2032504 2032505 AHA_0717 AHA_0718     TRUE 0.938 -3.000 0.051 NA   NA
 2032505 2032506 AHA_0718 AHA_0719     TRUE 0.742 20.000 0.027 NA   NA
 2032506 2032507 AHA_0719 AHA_0720   gshA FALSE 0.394 61.000 0.048 1.000 N NA
 2032507 2032508 AHA_0720 AHA_0721 gshA   FALSE 0.023 255.000 0.000 NA   NA
 2032512 2032513 AHA_0725 AHA_0726     TRUE 0.590 188.000 0.443 NA   NA
 2032515 2032516 AHA_0728 AHA_0729     FALSE 0.144 117.000 0.000 1.000   NA
 2032516 2032517 AHA_0729 AHA_0730   prfC FALSE 0.005 258.000 0.000 1.000 N NA
 2032517 2032518 AHA_0730 AHA_0731 prfC   FALSE 0.055 169.000 0.000 NA   NA
 2032521 2032522 AHA_0734 AHA_0735   xenB FALSE 0.032 206.000 0.000 1.000   NA
 2032525 2032526 AHA_0738 AHA_0739     TRUE 0.634 127.000 0.263 1.000 N NA
 2032526 2032527 AHA_0739 AHA_0740     FALSE 0.012 1708.000 0.000 1.000   NA
 2032527 2032528 AHA_0740 AHA_0741     FALSE 0.060 164.000 0.000 NA   NA
 2032529 2032530 AHA_0742 AHA_0743     TRUE 0.615 103.000 0.000 1.000 Y NA
 2032534 2032535 AHA_0747 AHA_0748     FALSE 0.082 146.000 0.000 NA   NA
 2032536 2032537 AHA_0749 AHA_0750     FALSE 0.231 69.000 0.000 NA   NA
 2032537 2032538 AHA_0750 AHA_0751     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032538 1380500 AHA_0751 AHA_0752   rrsE FALSE 0.014 495.000 0.000 NA   NA
 1380500 1380501 AHA_0752 AHA_0753 rrsE   FALSE 0.037 198.000 0.000 NA   NA
 1380501 1380502 AHA_0753 AHA_0754   rrlE FALSE 0.025 239.000 0.000 NA   NA
 1380502 1380503 AHA_0754 AHA_0755 rrlE rrfE FALSE 0.154 115.000 0.000 NA   NA
 1380503 1380504 AHA_0755 AHA_0756 rrfE   FALSE 0.214 96.000 0.000 NA   NA
 1380504 2032539 AHA_0756 AHA_0757     TRUE 0.482 23.000 0.000 NA   NA
 2032540 2032541 AHA_0758 AHA_0759     TRUE 0.921 57.000 0.216 1.000 Y NA
 2032542 2032543 AHA_0760 AHA_0761     TRUE 0.991 3.000 0.439 1.000 N NA
 2032544 2032545 AHA_0762 AHA_0763     TRUE 0.980 -3.000 0.037 1.000 Y NA
 2032545 2032546 AHA_0763 AHA_0764     TRUE 0.980 -3.000 0.034 1.000 Y NA
 2032546 2032547 AHA_0764 AHA_0765     TRUE 0.995 75.000 0.841 0.016 Y NA
 2032547 2032548 AHA_0765 AHA_0766     TRUE 0.968 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 2032549 2032550 AHA_0767 AHA_0768     FALSE 0.009 204.000 0.000 NA N NA
 2032550 2032551 AHA_0768 AHA_0769     FALSE 0.050 176.000 0.000 NA   NA
 2032551 2032552 AHA_0769 AHA_0770     TRUE 0.632 56.000 0.000 0.069   NA
 2032553 2032554 AHA_0771 AHA_0772     FALSE 0.229 72.000 0.000 1.000   NA
 2032554 2032555 AHA_0772 AHA_0773     FALSE 0.044 181.000 0.000 1.000   NA
 2032556 2032557 AHA_0774 AHA_0775     FALSE 0.070 153.000 0.000 NA   NA
 2032557 2032558 AHA_0775 AHA_0776     FALSE 0.006 270.000 0.000 NA N NA
 2032558 2032559 AHA_0776 AHA_0777     FALSE 0.008 201.000 0.000 1.000 N NA
 2032559 2032560 AHA_0777 AHA_0778   hemE TRUE 0.685 20.000 0.040 1.000 N NA
 2032560 2032561 AHA_0778 AHA_0779 hemE   FALSE 0.012 181.000 0.000 NA N NA
 2032561 2032562 AHA_0779 AHA_0780   epd TRUE 0.708 50.000 0.000 NA Y NA
 2032562 2032563 AHA_0780 AHA_0781 epd pgk TRUE 0.936 63.000 0.070 0.006 Y NA
 2032563 2032564 AHA_0781 AHA_0782 pgk fbaA TRUE 0.886 117.000 0.056 0.006 Y NA
 2032564 2032565 AHA_0782 AHA_0783 fbaA   FALSE 0.007 221.000 0.000 1.000 N NA
 2032566 2032567 AHA_0784 AHA_0785   dsbD FALSE 0.125 125.000 0.000 NA   NA
 2032567 2032568 AHA_0785 AHA_0786 dsbD cutA TRUE 0.941 -3.000 0.092 1.000 N NA
 2032573 2032574 AHA_0791 AHA_0792     TRUE 0.544 20.000 0.000 NA   NA
 2032576 2032577 AHA_0794 AHA_0795   rseA TRUE 0.980 23.000 0.705 NA N NA
 2032577 2032578 AHA_0795 AHA_0796 rseA rseB TRUE 0.998 -64.000 0.856 NA Y NA
 2032578 2032579 AHA_0796 AHA_0797 rseB rseC TRUE 0.974 94.000 0.609 NA Y NA
 2032579 2032580 AHA_0797 AHA_0798 rseC lepA FALSE 0.242 121.000 0.045 1.000 N NA
 2032580 2032581 AHA_0798 AHA_0799 lepA lepB TRUE 0.976 4.000 0.187 1.000   NA
 2032581 2032582 AHA_0799 AHA_0800 lepB rnc TRUE 0.966 1.000 0.117 1.000   NA
 2032582 2032583 AHA_0800 AHA_0801 rnc era TRUE 0.989 -3.000 0.127 0.049   NA
 2032583 2032584 AHA_0801 AHA_0802 era recO TRUE 0.964 1.000 0.109 1.000   NA
 2032584 2032585 AHA_0802 AHA_0803 recO pdxJ FALSE 0.298 163.000 0.166 1.000 N NA
 2032586 2032587 AHA_0804 AHA_0805     TRUE 0.624 103.000 0.130 1.000   NA
 2032587 2032588 AHA_0805 AHA_0806   nagA-1 TRUE 0.980 -9.000 0.075 1.000 Y NA
 2032588 2032589 AHA_0806 AHA_0807 nagA-1   TRUE 0.988 1.000 0.104 1.000 Y NA
 2032589 2032590 AHA_0807 AHA_0808     TRUE 0.999 -16.000 0.692 0.011 Y NA
 2032590 2032591 AHA_0808 AHA_0809     TRUE 0.999 -10.000 0.619 0.011 Y NA
 2032591 2032592 AHA_0809 AHA_0810     TRUE 0.999 16.000 0.905 0.011 Y NA
 2032592 2032593 AHA_0810 AHA_0811     TRUE 0.985 0.000 0.286 1.000 N NA
 2032593 2032594 AHA_0811 AHA_0812     TRUE 0.957 13.000 0.240 1.000 N NA
 2032596 2032597 AHA_0814 AHA_0815     TRUE 0.794 4.000 0.000 NA   NA
 2032597 2032598 AHA_0815 AHA_0816     FALSE 0.238 73.000 0.000 NA   NA
 2032599 2032600 AHA_0817 AHA_0818 rumA-1   FALSE 0.014 267.000 0.004 1.000 N NA
 2032600 2032601 AHA_0818 AHA_0819     FALSE 0.298 85.000 0.003 1.000   NA
 2032601 2032602 AHA_0819 AHA_0820   pyrG FALSE 0.181 142.000 0.025 1.000   NA
 2032602 2032603 AHA_0820 AHA_0821 pyrG eno FALSE 0.447 90.000 0.068 1.000 N NA
 2032603 2032604 AHA_0821 AHA_0822 eno   FALSE 0.364 179.000 0.241 1.000 N NA
 2032604 2032605 AHA_0822 AHA_0823   ispD TRUE 0.963 -7.000 0.185 1.000 N NA
 2032605 2032606 AHA_0823 AHA_0824 ispD ispF TRUE 0.997 -3.000 0.419 1.000 Y NA
 2032606 2032607 AHA_0824 AHA_0825 ispF truD TRUE 0.978 0.000 0.173 1.000   NA
 2032607 2032608 AHA_0825 AHA_0826 truD surE TRUE 0.975 -19.000 0.235 1.000   NA
 2032608 2032609 AHA_0826 AHA_0827 surE pcm TRUE 0.989 5.000 0.353 1.000   NA
 2032609 2032610 AHA_0827 AHA_0828 pcm   TRUE 0.938 3.000 0.055 NA   NA
 2032610 2032611 AHA_0828 AHA_0829   nlpD TRUE 0.696 -61.000 0.000 NA   NA
 2032611 2032612 AHA_0829 AHA_0830 nlpD rpoS FALSE 0.257 48.000 0.014 1.000 N NA
 2032614 2032615 AHA_0832 AHA_0833 rpsU   TRUE 0.980 15.000 0.173 0.022   NA
 2032615 2032616 AHA_0833 AHA_0834   dnaG TRUE 0.683 89.000 0.137 1.000   NA
 2032616 2032617 AHA_0834 AHA_0835 dnaG   FALSE 0.315 223.000 0.299 1.000 N NA
 2032617 1380584 AHA_0835 AHA_0836     FALSE 0.037 196.000 0.000 NA   NA
 2032618 2032619 AHA_0837 AHA_0838     FALSE 0.005 276.000 0.000 1.000 N NA
 2032619 2032620 AHA_0838 AHA_0839     TRUE 0.939 -19.000 0.000 0.057   NA
 2032620 2032621 AHA_0839 AHA_0840   purD FALSE 0.021 265.000 0.000 1.000   NA
 2032621 2032622 AHA_0840 AHA_0841 purD purH TRUE 0.890 111.000 0.238 1.000 Y NA
 2032623 2032624 AHA_0842 AHA_0843 zntR   FALSE 0.412 -10.000 0.000 1.000 N NA
 2032624 2032625 AHA_0843 AHA_0844     TRUE 0.729 -19.000 0.000 NA   NA
 2032626 2032627 AHA_0845 AHA_0846   rdgB TRUE 0.534 135.000 0.218 1.000 N NA
 2032628 2032629 AHA_0847 AHA_0848     FALSE 0.166 109.000 0.000 1.000   NA
 2032630 2032631 AHA_0849 AHA_0850     TRUE 0.988 0.000 0.000 0.069 Y NA
 2032635 2032636 AHA_0854 AHA_0855     FALSE 0.034 201.000 0.000 1.000   NA
 2032636 2032637 AHA_0855 AHA_0856   aspA FALSE 0.113 128.000 0.000 1.000   NA
 2032640 2032641 AHA_0859 AHA_0860 groS groL TRUE 0.994 42.000 0.631 0.007 Y NA
 2032641 2032642 AHA_0860 AHA_0861 groL   FALSE 0.093 138.000 0.000 1.000   NA
 2032642 2032643 AHA_0861 AHA_0862     TRUE 0.941 24.000 0.286 1.000   NA
 2032644 2032645 AHA_0863 AHA_0864     TRUE 0.753 110.000 0.294 1.000 N NA
 1380613 1380614 AHA_0865 AHA_0866 rrsF   FALSE 0.037 198.000 0.000 NA   NA
 1380614 1380615 AHA_0866 AHA_0867   rrlF FALSE 0.025 239.000 0.000 NA   NA
 1380615 1380616 AHA_0867 AHA_0868 rrlF rrfF FALSE 0.169 110.000 0.000 NA   NA
 1380616 2032646 AHA_0868 AHA_0869 rrfF   FALSE 0.020 280.000 0.000 NA   NA
 2032646 2032647 AHA_0869 AHA_0870     FALSE 0.033 208.000 0.000 NA   NA
 2032647 2032648 AHA_0870 AHA_0871     TRUE 0.921 11.000 0.081 NA   NA
 2032648 2032649 AHA_0871 AHA_0872     FALSE 0.032 209.000 0.000 NA   NA
 2032650 2032651 AHA_0873 AHA_0874   thiQ FALSE 0.237 60.000 0.000 NA   NA
 2032651 2032652 AHA_0874 AHA_0875 thiQ thiP TRUE 0.964 66.000 0.522 0.016 N NA
 2032652 2032653 AHA_0875 AHA_0876 thiP thiB TRUE 0.998 -3.000 0.697 0.079 N NA
 2032655 2032656 AHA_0878 AHA_0879   leuD FALSE 0.149 117.000 0.000 NA   NA
 2032656 2032657 AHA_0879 AHA_0880 leuD leuC TRUE 0.998 13.000 0.309 0.001 Y NA
 2032657 2032658 AHA_0880 AHA_0881 leuC leuB TRUE 0.989 33.000 0.275 0.002 Y NA
 2032658 2032659 AHA_0881 AHA_0882 leuB leuA-1 TRUE 0.997 3.000 0.126 0.002 Y NA
 2032660 2032661 AHA_0883 AHA_0884     FALSE 0.362 126.000 0.068 1.000   NA
 2032661 2032662 AHA_0884 AHA_0885     TRUE 0.991 0.000 0.336 NA   NA
 2032662 2032663 AHA_0885 AHA_0886     FALSE 0.323 37.000 0.000 NA   NA
 2032663 2032664 AHA_0886 AHA_0887   ilvB-1 FALSE 0.016 390.000 0.000 NA   NA
 2032664 2032665 AHA_0887 AHA_0888 ilvB-1   TRUE 0.720 -27.000 0.000 NA   NA
 2032665 2032666 AHA_0888 AHA_0889   ilvN TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032667 2032668 AHA_0890 AHA_0891   ackA-1 TRUE 0.480 70.000 0.043 1.000   NA
 2032670 2032671 AHA_0893 AHA_0894     FALSE 0.015 415.000 0.000 NA   NA
 2032671 2032672 AHA_0894 AHA_0895     TRUE 0.802 22.000 0.102 1.000 N NA
 2032673 2032674 AHA_0896 AHA_0897 dapA-1   TRUE 0.994 -7.000 0.267 NA Y NA
 2032674 2032675 AHA_0897 AHA_0898   purC FALSE 0.337 54.000 0.031 NA N NA
 2032677 2032678 AHA_0900 AHA_0901     FALSE 0.119 127.000 0.000 NA   NA
 2032678 2032679 AHA_0901 AHA_0902     FALSE 0.238 73.000 0.000 NA   NA
 2032679 2032680 AHA_0902 AHA_0903     FALSE 0.204 99.000 0.000 NA   NA
 2032682 2032683 AHA_0905 AHA_0906     FALSE 0.136 29.000 0.000 1.000 N NA
 2032683 2032684 AHA_0906 AHA_0907     FALSE 0.017 323.000 0.000 NA   NA
 2032684 2032685 AHA_0907 AHA_0908     FALSE 0.074 150.000 0.000 NA   NA
 2032685 2032686 AHA_0908 AHA_0909     TRUE 0.987 5.000 0.000 0.024 Y NA
 2032686 2032687 AHA_0909 AHA_0910     TRUE 0.753 39.000 0.000 1.000 Y NA
 2032688 2032689 AHA_0911 AHA_0912   rfaH TRUE 0.814 2.000 0.000 NA   NA
 2032689 2032690 AHA_0912 AHA_0913 rfaH metQ FALSE 0.078 46.000 0.000 1.000 N NA
 2032690 2032691 AHA_0913 AHA_0914 metQ metI TRUE 0.921 26.000 0.071 1.000 Y NA
 2032691 2032692 AHA_0914 AHA_0915 metI metN TRUE 0.997 -19.000 0.584 1.000 Y NA
 2032694 2032695 AHA_0917 AHA_0918     FALSE 0.185 84.000 0.007 1.000 N NA
 2032696 2032697 AHA_0919 AHA_0920     TRUE 0.953 9.000 0.118 NA   NA
 2032697 2032698 AHA_0920 AHA_0921     TRUE 0.951 -9.000 0.109 NA   NA
 2032698 2032699 AHA_0921 AHA_0922   mutL FALSE 0.093 230.000 0.092 1.000 N NA
 2032699 2032700 AHA_0922 AHA_0923 mutL miaA TRUE 0.698 93.000 0.188 1.000 N NA
 2032700 2032701 AHA_0923 AHA_0924 miaA hfq TRUE 0.927 71.000 0.531 1.000   NA
 2032701 2032702 AHA_0924 AHA_0925 hfq   TRUE 0.691 64.000 0.141 1.000   NA
 2032702 2032703 AHA_0925 AHA_0926   hflK TRUE 0.745 92.000 0.184 1.000   NA
 2032703 2032704 AHA_0926 AHA_0927 hflK hflC TRUE 1.000 4.000 0.947 0.010 Y NA
 2032704 2032705 AHA_0927 AHA_0928 hflC   TRUE 0.829 112.000 0.348 NA   NA
 2032707 2032708 AHA_0930 AHA_0931 rplU rpmA TRUE 0.998 18.000 0.667 0.015 Y NA
 2032708 2032709 AHA_0931 AHA_0932 rpmA   TRUE 0.489 191.000 0.335 1.000   NA
 2032709 2032710 AHA_0932 AHA_0933     FALSE 0.015 395.000 0.000 1.000   NA
 2032710 1380682 AHA_0933 AHA_0934     FALSE 0.052 172.000 0.000 NA   NA
 2032711 2032712 AHA_0935 AHA_0936     FALSE 0.240 77.000 0.000 NA   NA
 2032712 2032713 AHA_0936 AHA_0937     FALSE 0.108 133.000 0.000 NA   NA
 2032714 2032715 AHA_0938 AHA_0939     FALSE 0.007 236.000 0.000 NA N NA
 2032716 2032717 AHA_0940 AHA_0941     TRUE 0.983 7.000 0.267 NA   NA
 2032717 2032718 AHA_0941 AHA_0942   ksgA TRUE 0.919 5.000 0.078 NA N NA
 2032718 2032719 AHA_0942 AHA_0943 ksgA pdxA TRUE 0.974 2.000 0.197 1.000 N NA
 2032719 2032720 AHA_0943 AHA_0944 pdxA surA TRUE 0.994 0.000 0.561 1.000 N NA
 2032720 2032721 AHA_0944 AHA_0945 surA   TRUE 0.822 31.000 0.182 1.000 N NA
 2032722 2032723 AHA_0946 AHA_0947     TRUE 0.996 -3.000 0.642 NA   NA
 2032723 2032724 AHA_0947 AHA_0948   djlA TRUE 0.810 20.000 0.091 1.000 N NA
 2032725 2032726 AHA_0949 AHA_0950     FALSE 0.012 764.000 0.000 1.000   NA
 2032727 2032728 AHA_0951 AHA_0952     TRUE 0.816 61.000 0.233 NA   NA
 2032729 2032730 AHA_0953 AHA_0954 mtnN-1   FALSE 0.012 172.000 0.000 1.000 N NA
 2032730 2032731 AHA_0954 AHA_0955     FALSE 0.042 185.000 0.000 1.000   NA
 2032731 2032732 AHA_0955 AHA_0956     FALSE 0.254 52.000 0.000 NA   NA
 2032732 2032733 AHA_0956 AHA_0957     FALSE 0.037 198.000 0.000 NA   NA
 2032734 2032735 AHA_0958 AHA_0959 xapA   TRUE 0.908 26.000 0.048 1.000 Y NA
 2032735 2032736 AHA_0959 AHA_0960   deoC-1 TRUE 0.672 63.000 0.000 1.000 Y NA
 2032736 2032737 AHA_0960 AHA_0961 deoC-1   FALSE 0.242 57.000 0.000 NA   NA
 2032740 2032741 AHA_0964 AHA_0965 hutD   TRUE 0.923 15.000 0.000 1.000 Y NA
 2032741 2032742 AHA_0965 AHA_0966     TRUE 0.999 0.000 0.852 1.000 Y NA
 2032743 2032744 AHA_0967 AHA_0968     TRUE 0.997 -3.000 0.355 NA Y NA
 2032745 2032746 AHA_0969 AHA_0970     FALSE 0.303 40.000 0.000 NA   NA
 2032746 2032747 AHA_0970 AHA_0971     FALSE 0.235 61.000 0.000 NA   NA
 2032748 2032749 AHA_0972 AHA_0973 hgpB hcaT FALSE 0.093 289.000 0.000 0.078   NA
 2032750 2032751 AHA_0974 AHA_0975     TRUE 0.767 8.000 0.000 NA   NA
 2032752 2032753 AHA_0976 AHA_0977     FALSE 0.004 373.000 0.000 1.000 N NA
 2032753 2032754 AHA_0977 AHA_0978     FALSE 0.238 73.000 0.000 NA   NA
 2032754 2032755 AHA_0978 AHA_0979     TRUE 0.684 -93.000 0.000 NA   NA
 2032756 2032757 AHA_0980 AHA_0981   crp FALSE 0.118 126.000 0.000 1.000   NA
 2032758 2032759 AHA_0982 AHA_0983     FALSE 0.259 50.000 0.000 NA   NA
 2032760 2032761 AHA_0984 AHA_0985     TRUE 0.615 16.000 0.000 NA   NA
 2032761 2032762 AHA_0985 AHA_0986     FALSE 0.048 176.000 0.000 1.000   NA
 2032762 2032763 AHA_0986 AHA_0987     TRUE 0.996 -3.000 0.613 NA   NA
 2032763 2032764 AHA_0987 AHA_0988     TRUE 0.985 0.000 0.227 NA   NA
 2032764 2032765 AHA_0988 AHA_0989     FALSE 0.437 70.000 0.061 1.000 N NA
 2032765 2032766 AHA_0989 AHA_0990     TRUE 0.997 -7.000 0.447 1.000 Y NA
 2032766 2032767 AHA_0990 AHA_0991     TRUE 0.994 -3.000 0.220 NA Y NA
 2032767 2032768 AHA_0991 AHA_0992     TRUE 0.996 7.000 0.378 NA Y NA
 2032772 2032773 AHA_0995 AHA_0997     TRUE 0.714 -31.000 0.000 NA   NA
 2032773 2032774 AHA_0997 AHA_0998     FALSE 0.045 182.000 0.000 NA   NA
 2032775 2032776 AHA_0999 AHA_1000   slyD TRUE 0.699 147.000 0.370 NA   NA
 2032777 2032778 AHA_1001 AHA_1002     TRUE 0.636 15.000 0.000 NA   NA
 2032779 2032780 AHA_1003 AHA_1004 fkpA   FALSE 0.017 152.000 0.000 1.000 N NA
 2032781 2032782 AHA_1005 AHA_1006     FALSE 0.157 114.000 0.000 NA   NA
 2032782 2032783 AHA_1006 AHA_1007     FALSE 0.119 127.000 0.000 NA   NA
 2032783 2032784 AHA_1007 AHA_1008     FALSE 0.228 87.000 0.000 NA   NA
 2032784 2032785 AHA_1008 AHA_1009     FALSE 0.007 233.000 0.000 NA N NA
 2032785 2032786 AHA_1009 AHA_1010     FALSE 0.048 179.000 0.000 NA   NA
 2032787 2032788 AHA_1011 AHA_1012   dnaB FALSE 0.072 151.000 0.000 NA   NA
 2032788 2032789 AHA_1012 AHA_1013 dnaB   FALSE 0.229 67.000 0.000 NA   NA
 2032789 2032790 AHA_1013 AHA_1014     FALSE 0.229 67.000 0.000 NA   NA
 2032790 2032791 AHA_1014 AHA_1015   alr-1 FALSE 0.072 151.000 0.000 NA   NA
 2032792 2032793 AHA_1016 AHA_1017   yegQ TRUE 0.958 2.000 0.093 1.000   NA
 2032793 2032794 AHA_1017 AHA_1018 yegQ   FALSE 0.007 233.000 0.000 NA N NA
 2032795 2032796 AHA_1019 AHA_1020     FALSE 0.395 30.000 0.000 NA   NA
 2032796 2032797 AHA_1020 AHA_1021     FALSE 0.230 80.000 0.000 1.000   NA
 2032797 2032798 AHA_1021 AHA_1022     TRUE 0.544 20.000 0.000 NA   NA
 1380773 1380774 AHA_1026 AHA_1027     FALSE 0.375 32.000 0.000 NA   NA
 1380774 1380775 AHA_1027 AHA_1028     FALSE 0.375 32.000 0.000 NA   NA
 2032802 2032803 AHA_1030 AHA_1031 cheB-1   TRUE 0.989 11.000 0.211 1.000 Y NA
 2032803 2032804 AHA_1031 AHA_1032   cheR-1 TRUE 0.992 11.000 0.289 1.000 Y NA
 2032804 2032805 AHA_1032 AHA_1033 cheR-1   TRUE 0.686 57.000 0.000 1.000 Y NA
 2032805 2032806 AHA_1033 AHA_1034   cheW-1 TRUE 0.990 71.000 0.600 0.019 Y NA
 2032806 2032807 AHA_1034 AHA_1035 cheW-1   TRUE 0.998 13.000 0.600 0.019 Y NA
 2032807 2032808 AHA_1035 AHA_1036   cheA-1 TRUE 0.990 16.000 0.136 0.019 Y NA
 2032808 2032809 AHA_1036 AHA_1037 cheA-1 rsbV TRUE 0.836 27.000 0.000 1.000 Y NA
 2032809 2032810 AHA_1037 AHA_1038 rsbV   TRUE 0.967 15.000 0.000 0.098 Y NA
 2032810 2032811 AHA_1038 AHA_1039     TRUE 0.971 10.000 0.041 1.000 Y NA
 2032811 2032812 AHA_1039 AHA_1040     FALSE 0.004 304.000 0.000 1.000 N NA
 2032813 2032814 AHA_1041 AHA_1042     TRUE 0.841 36.000 0.229 1.000 N NA
 2032814 2032815 AHA_1042 AHA_1043     FALSE 0.051 103.000 0.000 1.000 N NA
 2032815 2032816 AHA_1043 AHA_1044     FALSE 0.219 89.000 0.000 1.000   NA
 2032817 2032818 AHA_1045 AHA_1046     TRUE 0.984 -3.000 0.058 1.000 Y NA
 2032820 2032821 AHA_1048 AHA_1049     FALSE 0.315 38.000 0.000 NA   NA
 2032821 2032822 AHA_1049 AHA_1050     FALSE 0.427 154.000 0.182 NA   NA
 2032822 2032823 AHA_1050 AHA_1051     FALSE 0.108 133.000 0.000 NA   NA
 2032823 2032824 AHA_1051 AHA_1052     FALSE 0.013 588.000 0.000 NA   NA
 2032824 2032825 AHA_1052 AHA_1053     FALSE 0.139 119.000 0.000 1.000   NA
 2032825 2032826 AHA_1053 AHA_1054     FALSE 0.013 507.000 0.000 1.000   NA
 2032826 2032827 AHA_1054 AHA_1055     FALSE 0.042 118.000 0.000 NA N NA
 2032827 2032828 AHA_1055 AHA_1056     TRUE 0.658 95.000 0.000 NA Y NA
 2032828 2032829 AHA_1056 AHA_1057     TRUE 0.993 -3.000 0.186 1.000 Y NA
 2032829 2032830 AHA_1057 AHA_1058     TRUE 0.881 36.000 0.071 1.000 Y NA
 2032830 2032831 AHA_1058 AHA_1059     TRUE 0.995 -3.000 0.265 1.000 Y NA
 2032831 2032832 AHA_1059 AHA_1060     TRUE 0.945 -7.000 0.088 NA   NA
 2032832 2032833 AHA_1060 AHA_1061     TRUE 0.991 -3.000 0.355 NA   NA
 2032836 2032837 AHA_1064 AHA_1065     FALSE 0.041 188.000 0.000 NA   NA
 2032837 2032838 AHA_1065 AHA_1066     FALSE 0.018 312.000 0.000 NA   NA
 2032838 2032839 AHA_1066 AHA_1067     FALSE 0.014 520.000 0.000 NA   NA
 2032839 2032840 AHA_1067 AHA_1068     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032843 2032844 AHA_1071 AHA_1072     FALSE 0.015 434.000 0.000 NA   NA
 2032844 2032845 AHA_1072 AHA_1073     FALSE 0.380 -19.000 0.000 1.000 N NA
 2032846 2032847 AHA_1074 AHA_1075     TRUE 0.997 -3.000 0.750 NA   NA
 2032847 2032848 AHA_1075 AHA_1076     TRUE 0.994 -97.000 0.750 NA   NA
 2032849 2032850 AHA_1077 AHA_1078     FALSE 0.012 1413.000 0.000 NA   NA
 2032850 2032851 AHA_1078 AHA_1079     FALSE 0.089 142.000 0.000 NA   NA
 2032851 2032852 AHA_1079 AHA_1080     FALSE 0.013 747.000 0.000 NA   NA
 2032852 2032853 AHA_1080 AHA_1081     TRUE 0.544 20.000 0.000 NA   NA
 2032853 2032854 AHA_1081 AHA_1082     FALSE 0.231 84.000 0.000 NA   NA
 2032854 2032855 AHA_1082 AHA_1083     TRUE 0.973 13.000 0.286 NA   NA
 2032857 2032858 AHA_1085 AHA_1086     FALSE 0.097 138.000 0.000 NA   NA
 2032858 2032859 AHA_1086 AHA_1087     FALSE 0.211 95.000 0.000 1.000   NA
 2032859 1380835 AHA_1087 AHA_1088     FALSE 0.026 236.000 0.000 NA   NA
 1380835 2032860 AHA_1088 AHA_1089     FALSE 0.257 51.000 0.000 NA   NA
 2032861 2032862 AHA_1090 AHA_1091     TRUE 0.963 16.000 0.260 NA   NA
 2032863 2032864 AHA_1092 AHA_1093 pheA   FALSE 0.133 122.000 0.000 NA   NA
 2032865 2032866 AHA_1094 AHA_1095     FALSE 0.438 26.000 0.000 NA   NA
 2032866 2032867 AHA_1095 AHA_1096     FALSE 0.271 46.000 0.000 NA   NA
 2032867 2032868 AHA_1096 AHA_1097     FALSE 0.214 96.000 0.000 NA   NA
 2032868 2032869 AHA_1097 AHA_1098     FALSE 0.044 185.000 0.000 NA   NA
 2032869 2032870 AHA_1098 AHA_1099     FALSE 0.051 173.000 0.000 NA   NA
 2032870 2032871 AHA_1099 AHA_1100     FALSE 0.229 64.000 0.000 NA   NA
 2032871 2032872 AHA_1100 AHA_1101   phrB TRUE 0.500 -3.000 0.000 1.000 N NA
 2032872 2032873 AHA_1101 AHA_1102 phrB   TRUE 0.936 2.000 0.048 NA   NA
 2032873 2032874 AHA_1102 AHA_1103     TRUE 0.995 -3.000 0.533 NA   NA
 2032874 2032875 AHA_1103 AHA_1104     TRUE 0.994 -3.000 0.217 0.033   NA
 2032875 2032876 AHA_1104 AHA_1105     TRUE 0.997 -3.000 0.722 NA   NA
 2032876 2032877 AHA_1105 AHA_1106     TRUE 0.990 0.000 0.311 NA   NA
 2032877 2032878 AHA_1106 AHA_1107     FALSE 0.014 479.000 0.000 NA   NA
 2032878 2032879 AHA_1107 AHA_1108     TRUE 0.599 17.000 0.000 NA   NA
 2032879 2032880 AHA_1108 AHA_1109     TRUE 0.993 0.000 0.395 NA   NA
 2032880 2032881 AHA_1109 AHA_1110     FALSE 0.125 125.000 0.000 NA   NA
 2032881 2032882 AHA_1110 AHA_1111     FALSE 0.004 328.000 0.000 1.000 N NA
 2032882 2032883 AHA_1111 AHA_1112     TRUE 0.991 115.000 0.885 0.017 Y NA
 2032883 2032884 AHA_1112 AHA_1113   galE-1 FALSE 0.064 86.000 0.000 1.000 N NA
 2032886 1380863 AHA_1115 AHA_1116     FALSE 0.240 77.000 0.000 NA   NA
 1380863 2032887 AHA_1116 AHA_1117     FALSE 0.014 538.000 0.000 NA   NA
 2032887 2032888 AHA_1117 AHA_1118     FALSE 0.027 231.000 0.000 NA   NA
 2032888 2032889 AHA_1118 AHA_1119     FALSE 0.014 479.000 0.000 NA   NA
 2032889 2032890 AHA_1119 AHA_1120     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032890 2032891 AHA_1120 AHA_1121     TRUE 0.982 0.000 0.200 NA   NA
 2032891 2032892 AHA_1121 AHA_1122     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2032892 2032893 AHA_1122 AHA_1123     FALSE 0.050 175.000 0.000 NA   NA
 2032895 2032896 AHA_1125 AHA_1126 budA alsS TRUE 0.926 28.000 0.323 1.000 N NA
 2032897 2032898 AHA_1127 AHA_1128   panE TRUE 0.818 34.000 0.155 NA   NA
 2032900 2032901 AHA_1130 AHA_1131     FALSE 0.065 157.000 0.000 1.000   NA
 2032901 2032902 AHA_1131 AHA_1132     FALSE 0.013 531.000 0.000 1.000   NA
 2032902 2032903 AHA_1132 AHA_1133     TRUE 0.950 16.000 0.244 NA N NA
 2032903 2032904 AHA_1133 AHA_1134     TRUE 0.907 25.000 0.248 NA N NA
 2032905 2032906 AHA_1135 AHA_1136   nqrA FALSE 0.004 442.000 0.000 NA N NA
 2032906 2032907 AHA_1136 AHA_1137 nqrA nqrB TRUE 1.000 4.000 0.854 0.002 Y NA
 2032907 2032908 AHA_1137 AHA_1138 nqrB nqrC TRUE 0.999 -10.000 0.603 0.002 Y NA
 2032908 2032909 AHA_1138 AHA_1139 nqrC nqrD TRUE 0.998 -7.000 0.312 0.002 Y NA
 2032909 2032910 AHA_1139 AHA_1140 nqrD nqrE-1 TRUE 0.993 4.000 0.010 0.002 Y NA
 2032910 2032911 AHA_1140 AHA_1141 nqrE-1 nqrF TRUE 0.983 18.000 0.029 0.002 Y NA
 2032911 2032912 AHA_1141 AHA_1142 nqrF   TRUE 0.992 4.000 0.519 1.000 N NA
 2032912 2032913 AHA_1142 AHA_1143     TRUE 0.988 12.000 0.481 NA   NA
 2032915 2032916 AHA_1145 AHA_1146 dinB   FALSE 0.064 69.000 0.000 1.000 N NA
 2032916 2032917 AHA_1146 AHA_1147   gcvA FALSE 0.005 284.000 0.000 1.000 N NA
 2032917 2032918 AHA_1147 AHA_1148 gcvA   TRUE 0.772 -7.000 0.000 NA   NA
 2032918 2032919 AHA_1148 AHA_1149     FALSE 0.365 33.000 0.000 NA   NA
 2032919 2032920 AHA_1149 AHA_1150     TRUE 0.963 -7.000 0.144 NA   NA
 2032921 2032922 AHA_1151 AHA_1152     FALSE 0.137 121.000 0.000 NA   NA
 2032922 2032923 AHA_1152 AHA_1153   xni FALSE 0.020 147.000 0.000 1.000 N NA
 2032923 2032924 AHA_1153 AHA_1154 xni   TRUE 0.870 29.000 0.178 NA   NA
 2032924 2032925 AHA_1154 AHA_1155     FALSE 0.268 151.000 0.082 NA   NA
 2032925 2032926 AHA_1155 AHA_1156     TRUE 0.907 91.000 0.450 1.000   NA
 2032926 2032927 AHA_1156 AHA_1157     FALSE 0.397 135.000 0.104 1.000   NA
 2032929 2032930 AHA_1159 AHA_1160     FALSE 0.016 389.000 0.000 NA   NA
 2032930 2032931 AHA_1160 AHA_1161     FALSE 0.407 58.000 0.022 NA   NA
 2032931 2032932 AHA_1161 AHA_1162     TRUE 0.900 70.000 0.402 NA   NA
 2032933 2032934 AHA_1163 AHA_1164     TRUE 0.994 -3.000 0.518 NA   NA
 2032934 2032935 AHA_1164 AHA_1165     TRUE 0.747 77.000 0.209 1.000 N NA
 2032935 2032936 AHA_1165 AHA_1166     FALSE 0.004 412.000 0.000 1.000 N NA
 2032936 2032937 AHA_1166 AHA_1167     FALSE 0.233 77.000 0.000 1.000   NA
 2032937 2032938 AHA_1167 AHA_1168   ptsG FALSE 0.014 432.000 0.000 1.000   NA
 2032939 2032940 AHA_1169 AHA_1170   dapD FALSE 0.262 129.000 0.035 NA   NA
 2032940 2032941 AHA_1170 AHA_1171 dapD glnD FALSE 0.187 167.000 0.097 1.000 N NA
 2032941 2032942 AHA_1171 AHA_1172 glnD map TRUE 0.751 98.000 0.243 1.000 N NA
 2032943 2032944 AHA_1173 AHA_1174 rpsB tsf TRUE 0.976 105.000 0.748 1.000 Y NA
 2032944 2032945 AHA_1174 AHA_1175 tsf pyrH FALSE 0.066 72.000 0.000 1.000 N NA
 2032945 2032946 AHA_1175 AHA_1176 pyrH frr FALSE 0.060 95.000 0.000 1.000 N NA
 2032946 2032947 AHA_1176 AHA_1177 frr uppS TRUE 0.881 73.000 0.409 1.000 N NA
 2032947 2032948 AHA_1177 AHA_1178 uppS cdsA TRUE 0.983 27.000 0.400 1.000 Y NA
 2032948 2032949 AHA_1178 AHA_1179 cdsA dxr TRUE 0.955 64.000 0.372 1.000 Y NA
 2032949 2032950 AHA_1179 AHA_1180 dxr ecfE TRUE 0.916 83.000 0.568 1.000 N NA
 2032950 2032951 AHA_1180 AHA_1181 ecfE   TRUE 0.946 35.000 0.204 1.000 Y NA
 2032951 2032952 AHA_1181 AHA_1182     TRUE 0.848 149.000 0.354 1.000 Y NA
 2032952 2032953 AHA_1182 AHA_1183   lpxD TRUE 0.999 4.000 0.814 1.000 Y NA
 2032953 2032954 AHA_1183 AHA_1184 lpxD fabZ TRUE 0.981 25.000 0.796 1.000 N NA
 2032954 2032955 AHA_1184 AHA_1185 fabZ lpxA TRUE 0.996 6.000 0.850 1.000 N NA
 2032955 2032956 AHA_1185 AHA_1186 lpxA lpxB TRUE 0.994 -7.000 0.289 1.000 Y NA
 2032956 2032957 AHA_1186 AHA_1187 lpxB rnhB TRUE 0.831 31.000 0.186 1.000 N NA
 2032957 2032958 AHA_1187 AHA_1188 rnhB dnaE TRUE 0.893 39.000 0.104 1.000 Y NA
 2032958 2032959 AHA_1188 AHA_1189 dnaE accA TRUE 0.929 -19.000 0.122 1.000 N NA
 2032959 2032960 AHA_1189 AHA_1190 accA   FALSE 0.004 405.000 0.000 1.000 N NA
 2032960 2032961 AHA_1190 AHA_1191   cadB FALSE 0.003 766.000 0.000 1.000 N NA
 2032961 2032962 AHA_1191 AHA_1192 cadB   TRUE 0.683 77.000 0.000 1.000 Y NA
 2032962 2032963 AHA_1192 AHA_1193   pdxY-1 FALSE 0.067 73.000 0.000 1.000 N NA
 2032964 2032965 AHA_1194 AHA_1195     FALSE 0.047 107.000 0.000 1.000 N NA
 2032969 2032970 AHA_1199 AHA_1200     TRUE 0.693 -54.000 0.000 1.000   NA
 2032971 2032972 AHA_1201 AHA_1202     FALSE 0.024 137.000 0.000 1.000 N NA
 2032973 2032974 AHA_1203 AHA_1204     FALSE 0.224 84.000 0.000 1.000   NA
 2032974 2032975 AHA_1204 AHA_1205     FALSE 0.016 365.000 0.000 NA   NA
 2032975 2032976 AHA_1205 AHA_1206     FALSE 0.162 112.000 0.000 NA   NA
 2032980 2032981 AHA_1210 AHA_1211     FALSE 0.133 122.000 0.000 NA   NA
 2032981 2032982 AHA_1211 AHA_1212     TRUE 0.930 123.000 0.846 NA   NA
 2032982 2032983 AHA_1212 AHA_1213     TRUE 0.843 88.000 0.000 0.063 Y NA
 2032985 2032986 AHA_1215 AHA_1216     FALSE 0.032 208.000 0.000 1.000   NA
 2032986 2032987 AHA_1216 AHA_1217     TRUE 0.938 0.000 0.048 1.000   NA
 2032987 2032988 AHA_1217 AHA_1218     TRUE 0.975 -3.000 0.167 NA   NA
 2032988 2032989 AHA_1218 AHA_1219     FALSE 0.242 57.000 0.000 NA   NA
 2032989 2032990 AHA_1219 AHA_1220     FALSE 0.018 314.000 0.000 NA   NA
 2032991 2032992 AHA_1221 AHA_1222     FALSE 0.021 265.000 0.000 1.000   NA
 2032992 2032993 AHA_1222 AHA_1223     TRUE 0.677 151.000 0.372 NA   NA
 2032993 2032994 AHA_1223 AHA_1224     FALSE 0.222 93.000 0.000 NA   NA
 2032995 2032996 AHA_1225 AHA_1226   cysZ FALSE 0.087 143.000 0.000 NA   NA
 2032997 2032998 AHA_1227 AHA_1228 smc zipA TRUE 0.990 16.000 0.115 0.010 Y NA
 2032998 2032999 AHA_1228 AHA_1229 zipA ligA TRUE 0.510 100.000 0.106 1.000 N NA
 2033001 2033002 AHA_1231 AHA_1232 nrdD nrdG TRUE 0.779 130.000 0.464 1.000 N NA
 2033002 2033003 AHA_1232 AHA_1233 nrdG   FALSE 0.307 38.000 0.000 1.000   NA
 2033003 2033004 AHA_1233 AHA_1234     FALSE 0.081 145.000 0.000 1.000   NA
 2033007 2033008 AHA_1236 AHA_1238     FALSE 0.089 142.000 0.000 NA   NA
 2033008 2033009 AHA_1238 AHA_1239     TRUE 0.995 11.000 0.818 NA   NA
 2033009 2033010 AHA_1239 AHA_1240     TRUE 0.987 15.000 0.621 1.000 N NA
 2033011 2033012 AHA_1241 AHA_1242     FALSE 0.014 546.000 0.000 NA   NA
 2033012 2033013 AHA_1242 AHA_1243     TRUE 0.938 12.000 0.000 1.000 Y NA
 2033013 2033014 AHA_1243 AHA_1244     FALSE 0.242 18.000 0.000 1.000 N NA
 2033014 2033015 AHA_1244 AHA_1245     TRUE 0.998 4.000 0.714 1.000 Y NA
 2033019 2033020 AHA_1249 AHA_1250     FALSE 0.063 87.000 0.000 1.000 N NA
 2033020 2033021 AHA_1250 AHA_1251     TRUE 0.516 0.000 0.000 1.000 N NA
 2033021 2033022 AHA_1251 AHA_1252     FALSE 0.101 40.000 0.000 NA N NA
 2033022 2033023 AHA_1252 AHA_1253   phoB FALSE 0.057 103.000 0.000 NA N NA
 2033023 2033024 AHA_1253 AHA_1254 phoB phoR TRUE 0.999 9.000 0.453 0.030 Y NA
 2033024 2033025 AHA_1254 AHA_1255 phoR   FALSE 0.099 377.000 0.168 1.000 N NA
 2033025 2033026 AHA_1255 AHA_1256     FALSE 0.058 164.000 0.000 1.000   NA
 2033026 2033027 AHA_1256 AHA_1257     TRUE 0.739 -12.000 0.000 1.000   NA
 2033027 2033028 AHA_1257 AHA_1258     FALSE 0.163 110.000 0.000 1.000   NA
 2033028 2033029 AHA_1258 AHA_1259     FALSE 0.381 43.000 0.033 1.000 N NA
 2033029 2033030 AHA_1259 AHA_1260     TRUE 0.759 9.000 0.000 NA   NA
 2033030 2033031 AHA_1260 AHA_1261   fklB FALSE 0.043 186.000 0.000 NA   NA
 2033031 2033032 AHA_1261 AHA_1262 fklB   FALSE 0.028 130.000 0.000 1.000 N NA
 2033032 2033033 AHA_1262 AHA_1263     TRUE 0.954 74.000 0.344 1.000 Y NA
 2033033 2033034 AHA_1263 AHA_1264     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033038 2033039 AHA_1268 AHA_1269     FALSE 0.032 125.000 0.000 1.000 N NA
 2033042 2033043 AHA_1272 AHA_1273   yicE TRUE 0.539 100.000 0.000 0.033 N NA
 2033045 2033046 AHA_1275 AHA_1276     FALSE 0.072 151.000 0.000 NA   NA
 2033047 2033048 AHA_1277 AHA_1278     FALSE 0.064 69.000 0.000 1.000 N NA
 2033049 2033050 AHA_1279 AHA_1280     FALSE 0.451 212.000 0.000 0.006 Y NA
 2033050 2033051 AHA_1280 AHA_1281     FALSE 0.277 432.000 0.000 0.006 Y NA
 2033051 2033052 AHA_1281 AHA_1282     FALSE 0.018 309.000 0.000 NA   NA
 2033053 2033054 AHA_1283 AHA_1284     FALSE 0.033 205.000 0.000 1.000   NA
 2033055 2033056 AHA_1285 AHA_1286     FALSE 0.343 34.000 0.000 1.000   NA
 2033057 2033058 AHA_1287 AHA_1288     TRUE 0.547 0.000 0.000 NA N NA
 2033058 2033059 AHA_1288 AHA_1289     FALSE 0.220 94.000 0.000 NA   NA
 2033059 2033060 AHA_1289 AHA_1290     FALSE 0.097 138.000 0.000 NA   NA
 2033061 2033062 AHA_1291 AHA_1292     TRUE 0.564 19.000 0.000 NA   NA
 2033065 2033066 AHA_1295 AHA_1296     TRUE 0.987 -3.000 0.273 NA   NA
 2033066 2033067 AHA_1296 AHA_1298     TRUE 0.564 19.000 0.000 NA   NA
 2033068 2033069 AHA_1297 AHA_1299     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033070 2033071 AHA_1300 AHA_1301   ruvC FALSE 0.021 265.000 0.000 1.000   NA
 2033071 2033072 AHA_1301 AHA_1302 ruvC   FALSE 0.004 323.000 0.000 1.000 N NA
 2033073 2033074 AHA_1303 AHA_1304     FALSE 0.048 179.000 0.000 NA   NA
 2033074 2033075 AHA_1304 AHA_1305     FALSE 0.006 231.000 0.000 1.000 N NA
 2033078 2033079 AHA_1308 AHA_1309     FALSE 0.375 96.000 0.022 NA   NA
 2033082 2033083 AHA_1312 AHA_1313     TRUE 0.793 -3.000 0.011 1.000 N NA
 2033084 2033085 AHA_1314 AHA_1315     FALSE 0.076 149.000 0.000 NA   NA
 2033085 2033086 AHA_1315 AHA_1316     FALSE 0.020 272.000 0.000 1.000   NA
 2033087 2033088 AHA_1317 AHA_1318     FALSE 0.419 28.000 0.000 NA   NA
 2033089 2033090 AHA_1320 AHA_1321     TRUE 0.923 16.000 0.182 1.000 N NA
 2033091 2033092 AHA_1322 AHA_1323     TRUE 0.999 -3.000 0.826 1.000 Y NA
 2033093 2033094 AHA_1324 AHA_1325     TRUE 0.999 19.000 1.000 0.078 Y NA
 2033094 2033095 AHA_1325 AHA_1326     TRUE 0.989 20.000 0.750 NA   NA
 2033095 2033096 AHA_1326 AHA_1327     TRUE 0.984 12.000 0.375 NA   NA
 2033096 2033097 AHA_1327 AHA_1328     TRUE 0.997 -3.000 0.375 NA Y NA
 2033097 2033098 AHA_1328 AHA_1329     TRUE 0.960 13.000 0.250 NA N NA
 2033098 2033099 AHA_1329 AHA_1330     TRUE 0.985 75.000 0.815 0.003 N NA
 2033099 2033100 AHA_1330 AHA_1331     FALSE 0.328 1031.000 0.222 1.000 Y NA
 2033100 2033101 AHA_1331 AHA_1332     TRUE 0.994 16.000 0.500 NA Y NA
 2033101 2033102 AHA_1332 AHA_1333   eutE TRUE 0.946 27.000 0.140 NA Y NA
 2033102 2033103 AHA_1333 AHA_1334 eutE   TRUE 0.704 75.000 0.140 NA   NA
 2033103 2033104 AHA_1334 AHA_1335     TRUE 0.995 15.000 1.000 NA   NA
 2033104 2033105 AHA_1335 AHA_1336     TRUE 0.972 17.000 0.333 NA   NA
 2033105 2033106 AHA_1336 AHA_1337     FALSE 0.013 685.000 0.000 NA   NA
 2033106 2033107 AHA_1337 AHA_1338     TRUE 0.992 -36.000 0.625 NA   NA
 2033107 2033108 AHA_1338 AHA_1339     TRUE 0.978 22.000 0.308 0.095   NA
 2033108 2033109 AHA_1339 AHA_1340     FALSE 0.083 382.000 0.000 0.063   NA
 2033110 2033111 AHA_1341 AHA_1342 fdhD-1   TRUE 0.997 -13.000 0.214 0.002 Y NA
 1381090 2033112 AHA_1343 AHA_1344     FALSE 0.229 86.000 0.000 NA   NA
 2033113 2033114 AHA_1345 AHA_1346     TRUE 0.695 49.000 0.164 1.000 N NA
 2033114 2033115 AHA_1346 AHA_1347     FALSE 0.014 171.000 0.000 NA N NA
 2033115 2033116 AHA_1347 AHA_1348     FALSE 0.293 16.000 0.000 NA N NA
 2033117 2033118 AHA_1349 AHA_1350 pyk-2 hexR FALSE 0.137 164.000 0.059 1.000 N NA
 2033120 2033121 AHA_1352 AHA_1353     TRUE 0.856 24.000 0.000 1.000 Y NA
 2033121 2033122 AHA_1353 AHA_1354     FALSE 0.048 106.000 0.000 1.000 N NA
 2033122 2033123 AHA_1354 AHA_1355   rtxD TRUE 0.995 3.000 0.255 0.008   NA
 2033123 2033124 AHA_1355 AHA_1356 rtxD rtxB TRUE 0.996 -3.000 0.277 0.008   NA
 2033125 2033126 AHA_1357 AHA_1358   rtxC TRUE 0.981 33.000 0.846 NA   NA
 2033126 2033127 AHA_1358 AHA_1359 rtxC   FALSE 0.242 18.000 0.000 1.000 N NA
 2033127 2033128 AHA_1359 AHA_1360     FALSE 0.016 355.000 0.000 1.000   NA
 2033130 2033131 AHA_1362 AHA_1363     FALSE 0.028 229.000 0.000 NA   NA
 2033131 2033132 AHA_1363 AHA_1364   fliE FALSE 0.035 202.000 0.000 NA   NA
 2033132 2033133 AHA_1364 AHA_1365 fliE fliF TRUE 0.995 88.000 0.910 0.005 Y NA
 2033133 2033134 AHA_1365 AHA_1366 fliF fliG TRUE 0.997 -7.000 0.189 0.005 Y NA
 2033134 2033135 AHA_1366 AHA_1367 fliG fliH TRUE 0.982 65.000 0.320 0.004 Y NA
 2033135 2033136 AHA_1367 AHA_1368 fliH fliI TRUE 0.977 73.000 0.248 0.004 Y NA
 2033136 2033137 AHA_1368 AHA_1369 fliI fliJ TRUE 0.950 27.000 0.127 0.007   NA
 2033137 2033138 AHA_1369 AHA_1370 fliJ   FALSE 0.194 230.000 0.000 0.005   NA
 2033138 2033139 AHA_1370 AHA_1371   fliL-2 FALSE 0.232 58.000 0.000 1.000   NA
 2033139 2033140 AHA_1371 AHA_1372 fliL-2 fliM TRUE 0.998 10.000 0.241 0.001 Y NA
 2033140 2033141 AHA_1372 AHA_1373 fliM fliN TRUE 0.996 52.000 0.741 0.001 Y NA
 2033141 2033142 AHA_1373 AHA_1374 fliN fliO TRUE 0.997 -3.000 0.443 1.000 Y NA
 2033142 2033143 AHA_1374 AHA_1375 fliO fliP TRUE 0.984 -13.000 0.122 1.000 Y NA
 2033143 2033144 AHA_1375 AHA_1376 fliP fliQ TRUE 0.997 28.000 0.702 0.010 Y NA
 2033144 2033145 AHA_1376 AHA_1377 fliQ fliR TRUE 0.994 68.000 0.719 0.002 Y NA
 2033145 2033146 AHA_1377 AHA_1378 fliR flhB TRUE 0.826 135.000 0.240 1.000 Y NA
 2033146 2033147 AHA_1378 AHA_1379 flhB flhA TRUE 0.955 108.000 0.205 0.010 Y NA
 2033147 2033148 AHA_1379 AHA_1380 flhA flhF TRUE 0.989 17.000 0.178 0.078 Y NA
 2033148 2033149 AHA_1380 AHA_1381 flhF   TRUE 0.991 8.000 0.241 0.016 N NA
 2033149 2033150 AHA_1381 AHA_1382   fliA TRUE 0.990 -7.000 0.482 1.000 N NA
 2033150 2033151 AHA_1382 AHA_1383 fliA cheY TRUE 0.736 112.000 0.145 0.095 N NA
 2033151 2033152 AHA_1383 AHA_1384 cheY cheZ TRUE 0.990 13.000 0.284 1.000 Y NA
 2033152 2033153 AHA_1384 AHA_1385 cheZ cheA-2 TRUE 0.993 12.000 0.341 1.000 Y NA
 2033153 2033154 AHA_1385 AHA_1386 cheA-2 cheB-2 TRUE 0.989 33.000 0.327 0.019 Y NA
 2033154 2033155 AHA_1386 AHA_1387 cheB-2 motA TRUE 0.987 9.000 0.153 1.000 Y NA
 2033155 2033156 AHA_1387 AHA_1388 motA   TRUE 0.994 3.000 0.248 1.000 Y NA
 2033156 2033157 AHA_1388 AHA_1389     TRUE 0.968 5.000 0.199 1.000 N NA
 2033157 2033158 AHA_1389 AHA_1390     TRUE 0.993 -3.000 0.454 1.000   NA
 2033158 2033159 AHA_1390 AHA_1391   cheW-2 TRUE 0.987 70.000 0.886 0.018   NA
 2033159 2033160 AHA_1391 AHA_1392 cheW-2   TRUE 0.989 19.000 0.743 NA   NA
 2033160 2033161 AHA_1392 AHA_1393   ccmA FALSE 0.137 155.000 0.021 NA   NA
 2033161 2033162 AHA_1393 AHA_1394 ccmA ccmB TRUE 0.995 6.000 0.074 0.004 Y NA
 2033162 2033163 AHA_1394 AHA_1395 ccmB ccmC TRUE 0.782 164.000 0.054 0.001 Y NA
 2033163 2033164 AHA_1395 AHA_1396 ccmC   TRUE 0.992 3.000 0.501 1.000 N NA
 2033164 2033165 AHA_1396 AHA_1397   ccmE TRUE 0.988 -3.000 0.344 1.000 N NA
 2033165 2033166 AHA_1397 AHA_1398 ccmE ccmF-1 TRUE 0.972 83.000 0.211 0.004 Y NA
 2033166 2033167 AHA_1398 AHA_1399 ccmF-1 dsbE TRUE 1.000 -3.000 0.804 0.004 Y NA
 2033167 2033168 AHA_1399 AHA_1400 dsbE   TRUE 0.996 12.000 0.578 NA Y NA
 2033168 2033169 AHA_1400 AHA_1401     TRUE 0.999 -3.000 0.727 NA Y NA
 2033169 2033170 AHA_1401 AHA_1402   vacJ TRUE 0.719 105.000 0.239 NA N NA
 2033174 2033175 AHA_1406 AHA_1407     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033175 2033176 AHA_1407 AHA_1408   pdxH FALSE 0.052 172.000 0.000 NA   NA
 2033176 2033177 AHA_1408 AHA_1409 pdxH   FALSE 0.130 30.000 0.000 1.000 N NA
 2033177 2033178 AHA_1409 AHA_1410     TRUE 0.516 0.000 0.000 1.000 N NA
 2033178 2033179 AHA_1410 AHA_1411     TRUE 0.814 33.000 0.000 0.013   NA
 2033180 2033181 AHA_1412 AHA_1413   purB FALSE 0.079 166.000 0.002 NA   NA
 2033181 2033182 AHA_1413 AHA_1414 purB   FALSE 0.413 128.000 0.093 NA   NA
 2033182 2033183 AHA_1414 AHA_1415   trmU FALSE 0.241 213.000 0.180 NA   NA
 2033183 2033184 AHA_1415 AHA_1416 trmU   FALSE 0.100 319.000 0.158 1.000 N NA
 2033184 2033185 AHA_1416 AHA_1417     TRUE 0.671 96.000 0.182 1.000 N NA
 2033185 2033186 AHA_1417 AHA_1418     FALSE 0.063 67.000 0.000 1.000 N NA
 2033186 2033187 AHA_1418 AHA_1419     TRUE 1.000 1.000 0.679 0.007 Y NA
 2033187 2033188 AHA_1419 AHA_1420     FALSE 0.117 299.000 0.000 1.000 Y NA
 2033188 2033189 AHA_1420 AHA_1421     FALSE 0.211 414.000 0.000 0.077 Y NA
 2033189 2033190 AHA_1421 AHA_1422     FALSE 0.012 1757.000 0.000 1.000   NA
 2033190 2033191 AHA_1422 AHA_1423     FALSE 0.249 54.000 0.000 NA   NA
 2033191 2033192 AHA_1423 AHA_1424     FALSE 0.214 96.000 0.000 NA   NA
 2033195 2033196 AHA_1427 AHA_1428 malX   TRUE 0.913 74.000 0.531 1.000 N NA
 2033197 2033198 AHA_1429 AHA_1430     FALSE 0.064 160.000 0.000 NA   NA
 2033198 2033199 AHA_1430 AHA_1431     FALSE 0.085 144.000 0.000 NA   NA
 2033201 2033202 AHA_1433 AHA_1434   manA FALSE 0.266 48.000 0.000 NA   NA
 2033203 2033204 AHA_1435 AHA_1436   icd FALSE 0.008 203.000 0.000 1.000 N NA
 2033205 2033206 AHA_1437 AHA_1438   dsdA FALSE 0.017 335.000 0.000 NA   NA
 2033207 2033208 AHA_1439 AHA_1440 dsdC   FALSE 0.276 43.000 0.000 1.000   NA
 2033208 2033209 AHA_1440 AHA_1441     TRUE 0.978 -16.000 0.250 NA   NA
 1381189 2033210 AHA_1442 AHA_1443 ssrA smpB FALSE 0.140 120.000 0.000 NA   NA
 2033211 2033212 AHA_1444 AHA_1445     TRUE 0.959 -7.000 0.124 NA   NA
 2033213 2033214 AHA_1446 AHA_1447     FALSE 0.032 125.000 0.000 1.000 N NA
 2033214 2033215 AHA_1447 AHA_1448     FALSE 0.137 121.000 0.000 NA   NA
 2033215 2033216 AHA_1448 AHA_1449     TRUE 0.814 2.000 0.000 NA   NA
 2033217 2033218 AHA_1450 AHA_1451     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033218 2033219 AHA_1451 AHA_1452     TRUE 0.740 10.000 0.000 NA   NA
 2033219 2033220 AHA_1452 AHA_1453     TRUE 0.979 20.000 0.225 NA Y NA
 2033220 2033221 AHA_1453 AHA_1454     TRUE 0.907 12.000 0.075 NA   NA
 2033221 2033222 AHA_1454 AHA_1455     TRUE 0.949 4.000 0.083 NA   NA
 2033222 2033223 AHA_1455 AHA_1456     TRUE 0.992 0.000 0.167 1.000 Y NA
 2033223 2033224 AHA_1456 AHA_1457     TRUE 0.997 -3.000 0.429 1.000 Y NA
 2033224 2033225 AHA_1457 AHA_1458     TRUE 0.998 4.000 0.240 0.010 Y NA
 2033225 2033226 AHA_1458 AHA_1459     TRUE 0.994 20.000 0.607 1.000 Y NA
 2033226 2033227 AHA_1459 AHA_1460     TRUE 0.949 -3.000 0.071 NA   NA
 2033227 2033228 AHA_1460 AHA_1461     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 2033228 2033229 AHA_1461 AHA_1462     TRUE 0.818 1.000 0.000 NA   NA
 2033233 2033234 AHA_1466 AHA_1467     FALSE 0.340 35.000 0.000 NA   NA
 2033235 2033236 AHA_1468 AHA_1469     FALSE 0.408 29.000 0.000 NA   NA
 2033236 2033237 AHA_1469 AHA_1470     FALSE 0.093 140.000 0.000 NA   NA
 2033238 2033239 AHA_1471 AHA_1472     FALSE 0.024 250.000 0.000 NA   NA
 2033240 2033241 AHA_1473 AHA_1474     FALSE 0.332 35.000 0.000 1.000   NA
 2033241 2033242 AHA_1474 AHA_1475   cvrA FALSE 0.276 43.000 0.000 1.000   NA
 2033242 2033243 AHA_1475 AHA_1476 cvrA   FALSE 0.025 243.000 0.000 NA   NA
 2033243 2033244 AHA_1476 AHA_1477     TRUE 0.911 -3.000 0.026 NA   NA
 2033244 2033245 AHA_1477 AHA_1478   dapE TRUE 0.989 -3.000 0.163 0.031 N NA
 2033245 2033246 AHA_1478 AHA_1479 dapE   TRUE 0.933 23.000 0.292 1.000 N NA
 2033246 2033247 AHA_1479 AHA_1480     FALSE 0.325 -204.000 0.000 1.000 N NA
 2033247 2033248 AHA_1480 AHA_1481     FALSE 0.018 317.000 0.000 NA   NA
 2033249 2033250 AHA_1482 AHA_1483     TRUE 0.542 85.000 0.100 1.000 N NA
 2033251 2033252 AHA_1484 AHA_1485   dcuB FALSE 0.101 136.000 0.000 NA   NA
 2033252 2033253 AHA_1485 AHA_1486 dcuB asnS FALSE 0.016 377.000 0.000 1.000   NA
 2033253 2033254 AHA_1486 AHA_1487 asnS   FALSE 0.028 541.000 0.021 1.000   NA
 2033254 2033255 AHA_1487 AHA_1488   bioA FALSE 0.097 136.000 0.000 1.000   NA
 2033256 2033257 AHA_1489 AHA_1490 bioB bioF TRUE 0.998 -3.000 0.168 0.002 Y NA
 2033257 2033258 AHA_1490 AHA_1491 bioF bioC TRUE 0.987 -10.000 0.133 0.002 N NA
 2033258 2033259 AHA_1491 AHA_1492 bioC bioD TRUE 0.692 83.000 0.000 0.002 N NA
 2033259 2033260 AHA_1492 AHA_1493 bioD htpX FALSE 0.041 113.000 0.000 1.000 N NA
 2033261 2033262 AHA_1494 AHA_1495     FALSE 0.028 223.000 0.000 1.000   NA
 2033263 2033264 AHA_1496 AHA_1497   nifJ-1 TRUE 0.993 -3.000 0.219 0.017 N NA
 2033265 2033266 AHA_1498 AHA_1499     FALSE 0.020 287.000 0.000 NA   NA
 2033266 2033267 AHA_1499 AHA_1500     TRUE 0.688 12.000 0.000 NA   NA
 2033267 2033268 AHA_1500 AHA_1501     FALSE 0.020 147.000 0.000 1.000 N NA
 2033268 2033269 AHA_1501 AHA_1502     FALSE 0.235 71.000 0.000 NA   NA
 2033269 2033270 AHA_1502 AHA_1503     TRUE 0.754 -10.000 0.000 NA   NA
 2033271 2033272 AHA_1504 AHA_1505 cysM   FALSE 0.058 166.000 0.000 NA   NA
 2033273 2033274 AHA_1506 AHA_1507     TRUE 0.986 18.000 0.600 NA   NA
 2033274 2033275 AHA_1507 AHA_1508     TRUE 0.729 -19.000 0.000 NA   NA
 2033275 2033276 AHA_1508 AHA_1509     TRUE 0.942 11.000 0.167 1.000 N NA
 2033282 2033283 AHA_1515 AHA_1516     TRUE 0.997 4.000 0.923 NA   NA
 2033283 2033284 AHA_1516 AHA_1517     TRUE 0.939 4.000 0.064 NA   NA
 2033284 2033285 AHA_1517 AHA_1518     FALSE 0.107 125.000 0.009 NA N NA
 2033285 2033286 AHA_1518 AHA_1519     TRUE 0.980 -57.000 0.315 NA   NA
 2033286 2033287 AHA_1519 AHA_1520     FALSE 0.054 394.000 0.055 NA   NA
 2033288 2033289 AHA_1521 AHA_1522 aspS   FALSE 0.442 96.000 0.039 NA   NA
 2033289 2033290 AHA_1522 AHA_1523     FALSE 0.020 283.000 0.000 NA   NA
 2033291 2033292 AHA_1524 AHA_1525 nagC nagA-2 TRUE 0.960 -58.000 0.029 1.000 Y NA
 2033292 2033293 AHA_1525 AHA_1526 nagA-2 nagB TRUE 0.999 10.000 0.557 0.001 Y NA
 2033294 2033295 AHA_1527 AHA_1528 nagE   TRUE 0.633 123.000 0.038 1.000 Y NA
 2033295 2033296 AHA_1528 AHA_1529   glnS FALSE 0.004 350.000 0.000 1.000 N NA
 2033299 2033300 AHA_1532 AHA_1533     TRUE 0.940 40.000 0.473 1.000   NA
 2033300 2033301 AHA_1533 AHA_1534     TRUE 0.952 21.000 0.282 NA   NA
 2033301 2033302 AHA_1534 AHA_1535     TRUE 0.761 56.000 0.179 NA   NA
 2033303 2033304 AHA_1536 AHA_1537   pgm TRUE 0.651 58.000 0.151 1.000 N NA
 2033309 2033310 AHA_1542 AHA_1543 mltB-1   FALSE 0.066 96.000 0.000 NA N NA
 2033310 2033311 AHA_1543 AHA_1544     TRUE 0.978 15.000 0.359 1.000   NA
 2033311 2033312 AHA_1544 AHA_1545     TRUE 0.978 24.000 0.602 1.000   NA
 2033312 2033313 AHA_1545 AHA_1546     TRUE 0.998 0.000 0.627 0.060   NA
 2033313 2033314 AHA_1546 AHA_1547     TRUE 0.878 -90.000 0.049 1.000   NA
 2033314 2033315 AHA_1547 AHA_1548   pcaC TRUE 0.913 0.000 0.025 1.000   NA
 2033315 2033316 AHA_1548 AHA_1549 pcaC   TRUE 0.688 12.000 0.000 NA   NA
 2033318 2033319 AHA_1551 AHA_1552     FALSE 0.234 82.000 0.000 NA   NA
 2033320 2033321 AHA_1553 AHA_1554     TRUE 0.935 80.000 0.575 NA   NA
 1381302 1381303 AHA_1555 AHA_1556     FALSE 0.254 52.000 0.000 NA   NA
 2033324 2033325 AHA_1559 AHA_1560   slt FALSE 0.064 85.000 0.000 1.000 N NA
 2033325 2033326 AHA_1560 AHA_1561 slt   FALSE 0.011 180.000 0.000 1.000 N NA
 2033326 2033327 AHA_1561 AHA_1562     FALSE 0.005 259.000 0.000 1.000 N NA
 2033327 2033328 AHA_1562 AHA_1563     FALSE 0.093 43.000 0.000 NA N NA
 2033331 2033332 AHA_1566 AHA_1567     TRUE 0.814 71.000 0.233 1.000   NA
 2033335 2033336 AHA_1570 AHA_1571 dnaQ   TRUE 0.961 -3.000 0.098 NA   NA
 2033337 2033338 AHA_1572 AHA_1573     FALSE 0.014 167.000 0.000 1.000 N NA
 2033339 2033340 AHA_1574 AHA_1575 gmhA-1   TRUE 0.587 140.000 0.229 1.000   NA
 2033340 2033341 AHA_1575 AHA_1576     FALSE 0.017 322.000 0.000 NA   NA
 2033343 2033344 AHA_1578 AHA_1579     FALSE 0.089 142.000 0.000 NA   NA
 2033345 2033346 AHA_1580 AHA_1581     FALSE 0.177 105.000 0.000 1.000   NA
 2033346 2033347 AHA_1581 AHA_1582   narQ TRUE 0.998 0.000 0.254 0.018 Y NA
 2033348 2033349 AHA_1583 AHA_1584 moaA napF FALSE 0.023 250.000 0.000 1.000   NA
 2033349 2033350 AHA_1584 AHA_1585 napF napD FALSE 0.395 30.000 0.000 NA   NA
 2033350 2033351 AHA_1585 AHA_1586 napD napA FALSE 0.021 149.000 0.000 NA N NA
 2033351 2033352 AHA_1586 AHA_1587 napA   TRUE 0.897 17.000 0.000 0.053   NA
 2033352 2033353 AHA_1587 AHA_1588     TRUE 0.999 -3.000 0.795 0.016   NA
 2033353 2033354 AHA_1588 AHA_1589   napB TRUE 0.996 0.000 0.316 NA Y NA
 2033354 2033355 AHA_1589 AHA_1590 napB   TRUE 0.990 12.000 0.245 NA Y NA
 2033355 2033356 AHA_1590 AHA_1591   moaB FALSE 0.005 263.000 0.000 1.000 N NA
 2033356 2033357 AHA_1591 AHA_1592 moaB moaC TRUE 0.995 10.000 0.109 0.003 Y NA
 2033357 2033358 AHA_1592 AHA_1593 moaC moaD TRUE 0.998 -3.000 0.175 0.003 Y NA
 2033358 2033359 AHA_1593 AHA_1594 moaD moaE TRUE 0.999 3.000 0.501 0.003 Y NA
 2033359 2033360 AHA_1594 AHA_1595 moaE modA FALSE 0.236 103.000 0.026 1.000 N NA
 2033360 2033361 AHA_1595 AHA_1596 modA modB TRUE 0.942 224.000 0.660 0.001 Y NA
 2033361 2033362 AHA_1596 AHA_1597 modB modC TRUE 0.999 -3.000 0.308 0.001 Y NA
 2033362 2033363 AHA_1597 AHA_1598 modC   FALSE 0.226 83.000 0.000 1.000   NA
 2033364 2033365 AHA_1599 AHA_1600 moeB   TRUE 0.999 -3.000 0.323 0.003 Y NA
 2033366 2033367 AHA_1601 AHA_1602 folE   FALSE 0.004 412.000 0.000 1.000 N NA
 2033368 2033369 AHA_1603 AHA_1604   fhs TRUE 0.794 4.000 0.000 NA   NA
 2033372 2033373 AHA_1607 AHA_1608     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2033373 2033374 AHA_1608 AHA_1609     FALSE 0.042 187.000 0.000 NA   NA
 2033374 2033375 AHA_1609 AHA_1610     FALSE 0.307 38.000 0.000 1.000   NA
 2033376 2033377 AHA_1611 AHA_1612   pepT FALSE 0.084 143.000 0.000 1.000   NA
 2033378 2033379 AHA_1613 AHA_1614 speA   FALSE 0.020 283.000 0.000 NA   NA
 2033380 2033381 AHA_1615 AHA_1616     FALSE 0.051 171.000 0.000 1.000   NA
 2033381 2033382 AHA_1616 AHA_1617     FALSE 0.101 40.000 0.000 NA N NA
 2033383 2033384 AHA_1618 AHA_1619     TRUE 0.907 23.000 0.186 NA   NA
 2033384 2033385 AHA_1619 AHA_1620     TRUE 0.765 59.000 0.186 NA   NA
 2033385 2033386 AHA_1620 AHA_1621     FALSE 0.084 145.000 0.000 NA   NA
 2033388 2033389 AHA_1623 AHA_1624     FALSE 0.069 154.000 0.000 NA   NA
 2033390 2033391 AHA_1625 AHA_1626     FALSE 0.010 198.000 0.000 NA N NA
 2033392 2033393 AHA_1627 AHA_1628     TRUE 0.754 -10.000 0.000 NA   NA
 2033394 2033395 AHA_1629 AHA_1630     TRUE 0.777 -7.000 0.016 NA N NA
 2033397 2033398 AHA_1632 AHA_1633     FALSE 0.162 112.000 0.000 NA   NA
 2033398 2033399 AHA_1633 AHA_1634     FALSE 0.296 41.000 0.000 NA   NA
 2033399 2033400 AHA_1634 AHA_1635     FALSE 0.234 82.000 0.000 NA   NA
 2033400 2033401 AHA_1635 AHA_1636     TRUE 0.524 21.000 0.000 NA   NA
 2033402 2033403 AHA_1637 AHA_1638     FALSE 0.101 136.000 0.000 NA   NA
 2033405 2033406 AHA_1640 AHA_1641   cydB-1 TRUE 0.989 0.000 0.000 0.053 Y NA
 2033406 2033407 AHA_1641 AHA_1642 cydB-1   FALSE 0.419 28.000 0.000 NA   NA
 2033408 2033409 AHA_1643 AHA_1644     FALSE 0.016 375.000 0.000 1.000   NA
 2033409 2033410 AHA_1644 AHA_1645     FALSE 0.258 48.000 0.000 1.000   NA
 2033410 2033411 AHA_1645 AHA_1646     FALSE 0.048 178.000 0.000 NA   NA
 2033413 2033414 AHA_1648 AHA_1649 glpK glpF FALSE 0.070 55.000 0.000 1.000 N NA
 2033415 2033416 AHA_1650 AHA_1651 glpT glpR TRUE 0.691 102.000 0.016 1.000 Y NA
 2033416 2033417 AHA_1651 AHA_1652 glpR   FALSE 0.067 322.000 0.104 1.000 N NA
 2033417 2033418 AHA_1652 AHA_1653     TRUE 0.615 103.000 0.000 1.000 Y NA
 2033418 2033419 AHA_1653 AHA_1654     FALSE 0.004 319.000 0.000 1.000 N NA
 2033419 2033420 AHA_1654 AHA_1655   tyrA TRUE 0.674 119.000 0.045 1.000 Y NA
 2033421 2033422 AHA_1656 AHA_1657     TRUE 0.987 0.000 0.259 NA   NA
 2033422 2033423 AHA_1657 AHA_1658     FALSE 0.074 150.000 0.000 NA   NA
 2033423 2033424 AHA_1658 AHA_1659     FALSE 0.128 124.000 0.000 NA   NA
 2033424 2033425 AHA_1659 AHA_1660     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 2033425 2033426 AHA_1660 AHA_1661     FALSE 0.237 60.000 0.000 NA   NA
 2033426 2033427 AHA_1661 AHA_1662     TRUE 0.730 33.000 0.000 0.031 N NA
 2033427 2033428 AHA_1662 AHA_1663     TRUE 0.995 0.000 0.600 1.000 N NA
 2033428 2033429 AHA_1663 AHA_1664     FALSE 0.018 307.000 0.000 1.000   NA
 2033429 2033430 AHA_1664 AHA_1665     TRUE 0.533 44.000 0.040 NA   NA
 2033431 2033432 AHA_1666 AHA_1667     FALSE 0.016 396.000 0.000 NA   NA
 2033432 2033433 AHA_1667 AHA_1668     TRUE 0.683 76.000 0.000 1.000 Y NA
 2033433 2033434 AHA_1668 AHA_1669     TRUE 0.999 13.000 0.814 0.059 Y NA
 2033434 2033435 AHA_1669 AHA_1670     TRUE 0.849 70.000 0.000 0.059 Y NA
 2033438 2033439 AHA_1673 AHA_1674 mipA   FALSE 0.331 36.000 0.000 NA   NA
 2033439 2033440 AHA_1674 AHA_1675     TRUE 0.946 16.000 0.190 NA   NA
 2033443 2033444 AHA_1678 AHA_1679 arsC-1   TRUE 0.969 -3.000 0.127 NA   NA
 2033444 2033445 AHA_1679 AHA_1680     FALSE 0.020 291.000 0.000 NA   NA
 2033449 2033450 AHA_1684 AHA_1685     TRUE 0.870 66.000 0.133 1.000 Y NA
 2033450 2033451 AHA_1685 AHA_1686     TRUE 0.603 205.000 0.107 0.073 Y NA
 2033451 2033452 AHA_1686 AHA_1687     TRUE 1.000 4.000 0.903 0.015 Y NA
 2033453 2033454 AHA_1688 AHA_1689   pflA TRUE 0.477 87.000 0.043 NA   NA
 2033454 2033455 AHA_1689 AHA_1690 pflA   FALSE 0.063 66.000 0.000 1.000 N NA
 2033456 2033457 AHA_1691 AHA_1692     FALSE 0.220 88.000 0.000 1.000   NA
 2033457 2033458 AHA_1692 AHA_1693   pbpC TRUE 0.994 11.000 0.711 1.000   NA
 2033461 2033462 AHA_1696 AHA_1697     TRUE 0.707 -42.000 0.000 NA   NA
 2033463 2033464 AHA_1698 AHA_1699     FALSE 0.306 579.000 0.000 0.001 Y NA
 2033464 2033465 AHA_1699 AHA_1700     TRUE 0.830 39.000 0.032 NA Y NA
 2033465 2033466 AHA_1700 AHA_1701   fliD TRUE 0.939 27.000 0.117 NA Y NA
 2033466 2033467 AHA_1701 AHA_1702 fliD fliS TRUE 0.992 26.000 0.250 0.002 Y NA
 2033467 2033468 AHA_1702 AHA_1703 fliS   FALSE 0.016 382.000 0.000 NA   NA
 2033469 2033470 AHA_1704 AHA_1705     TRUE 0.952 -7.000 0.148 1.000 N NA
 2033470 2033471 AHA_1705 AHA_1706   mtnN-2 TRUE 0.589 78.000 0.117 1.000 N NA
 2033471 2033472 AHA_1706 AHA_1707 mtnN-2   FALSE 0.046 108.000 0.000 1.000 N NA
 2033472 2033473 AHA_1707 AHA_1708     FALSE 0.062 90.000 0.000 1.000 N NA
 2033476 2033477 AHA_1711 AHA_1712     FALSE 0.039 193.000 0.000 NA   NA
 2033477 2033478 AHA_1712 AHA_1713     FALSE 0.006 251.000 0.000 1.000 N NA
 2033480 2033481 AHA_1715 AHA_1716   ubiH FALSE 0.277 184.000 0.156 NA   NA
 2033481 2033482 AHA_1716 AHA_1717 ubiH   TRUE 0.990 96.000 0.474 0.001 Y NA
 2033482 2033483 AHA_1717 AHA_1718   gcvT FALSE 0.009 479.000 0.004 1.000 N NA
 2033483 2033484 AHA_1718 AHA_1719 gcvT gcvH TRUE 0.980 106.000 0.317 0.001 Y NA
 2033484 2033485 AHA_1719 AHA_1720 gcvH gcvP TRUE 0.512 253.000 0.249 1.000 Y NA
 2033487 2033488 AHA_1722 AHA_1723     TRUE 0.862 72.000 0.000 0.045 Y NA
 2033488 2033489 AHA_1723 AHA_1724     TRUE 0.788 4.000 0.000 1.000   NA
 2033489 2033490 AHA_1724 AHA_1725     TRUE 0.969 69.000 1.000 1.000   NA
 2033490 2033491 AHA_1725 AHA_1726   arsB TRUE 0.636 99.000 0.000 1.000 Y NA
 2033491 2033492 AHA_1726 AHA_1727 arsB arsC-2 TRUE 0.968 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 2033492 2033493 AHA_1727 AHA_1728 arsC-2   FALSE 0.089 141.000 0.000 1.000   NA
 2033496 2033497 AHA_1731 AHA_1732     TRUE 0.970 94.000 0.551 1.000 Y NA
 2033497 2033498 AHA_1732 AHA_1733     FALSE 0.013 661.000 0.000 1.000   NA
 2033499 2033500 AHA_1734 AHA_1735 queA tgt TRUE 0.988 71.000 0.360 0.001 Y NA
 2033500 2033501 AHA_1735 AHA_1736 tgt yajC TRUE 0.859 51.000 0.325 NA N NA
 2033501 2033502 AHA_1736 AHA_1737 yajC secD-1 TRUE 0.927 19.000 0.021 NA Y NA
 2033502 2033503 AHA_1737 AHA_1738 secD-1 secF-1 TRUE 0.995 10.000 0.090 0.001 Y NA
 2033503 2033504 AHA_1738 AHA_1739 secF-1   FALSE 0.204 100.000 0.015 NA N NA
 2033504 2033505 AHA_1739 AHA_1740     FALSE 0.148 145.000 0.013 NA   NA
 2033506 2033507 AHA_1741 AHA_1742     TRUE 0.999 13.000 0.948 0.005 Y NA
 2033510 2033511 AHA_1745 AHA_1746   iscR TRUE 0.585 94.000 0.126 1.000 N NA
 2033511 2033512 AHA_1746 AHA_1747 iscR iscS TRUE 0.886 58.000 0.424 1.000 N NA
 2033512 2033513 AHA_1747 AHA_1748 iscS iscU TRUE 0.916 42.000 0.448 1.000 N NA
 2033513 2033514 AHA_1748 AHA_1749 iscU iscA TRUE 0.994 16.000 0.359 0.001   NA
 2033514 2033515 AHA_1749 AHA_1750 iscA hscB TRUE 0.853 123.000 0.500 1.000   NA
 2033515 2033516 AHA_1750 AHA_1751 hscB hscA TRUE 0.990 29.000 0.634 1.000 Y NA
 2033516 2033517 AHA_1751 AHA_1752 hscA fdx TRUE 0.996 2.000 0.794 1.000 N NA
 2033517 2033518 AHA_1752 AHA_1753 fdx pepB FALSE 0.057 158.000 0.010 1.000 N NA
 2033518 2033519 AHA_1753 AHA_1754 pepB   TRUE 0.926 104.000 0.051 0.001 Y NA
 2033519 2033520 AHA_1754 AHA_1755     FALSE 0.022 270.000 0.017 1.000 N NA
 2033520 2033521 AHA_1755 AHA_1756     FALSE 0.322 169.000 0.156 1.000   NA
 2033521 2033522 AHA_1756 AHA_1757   pilF TRUE 0.888 13.000 0.067 1.000   NA
 2033522 2033523 AHA_1757 AHA_1758 pilF   TRUE 0.961 -10.000 0.153 1.000   NA
 2033523 2033524 AHA_1758 AHA_1759   ispG TRUE 0.973 11.000 0.233 1.000   NA
 2033524 2033525 AHA_1759 AHA_1760 ispG hisS TRUE 0.490 139.000 0.207 1.000 N NA
 2033525 2033526 AHA_1760 AHA_1761 hisS   TRUE 0.984 4.000 0.259 1.000   NA
 2033526 2033527 AHA_1761 AHA_1762     TRUE 0.978 20.000 0.492 1.000   NA
 2033527 2033528 AHA_1762 AHA_1763     TRUE 0.785 75.000 0.203 1.000   NA
 2033528 2033529 AHA_1763 AHA_1764     FALSE 0.280 105.000 0.009 NA   NA
 2033532 2033533 AHA_1767 AHA_1768     TRUE 0.921 16.000 0.000 0.016   NA
 2033533 2033534 AHA_1768 AHA_1769     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033534 2033535 AHA_1769 AHA_1770     FALSE 0.040 190.000 0.000 NA   NA
 2033535 2033536 AHA_1770 AHA_1771     TRUE 0.990 62.000 0.437 0.001 Y NA
 2033536 2033537 AHA_1771 AHA_1772     TRUE 0.995 79.000 0.713 0.001 Y NA
 2033537 2033538 AHA_1772 AHA_1773     TRUE 0.998 -3.000 0.211 0.005 Y NA
 2033538 2033539 AHA_1773 AHA_1774     TRUE 0.999 0.000 0.269 0.003 Y NA
 2033539 2033540 AHA_1774 AHA_1775     TRUE 0.998 11.000 0.428 0.005 Y NA
 2033540 2033541 AHA_1775 AHA_1776     TRUE 0.970 129.000 0.423 0.005 Y NA
 2033541 2033542 AHA_1776 AHA_1777     TRUE 0.999 -3.000 0.664 0.005 Y NA
 2033542 2033543 AHA_1777 AHA_1778   nuoF TRUE 0.966 80.000 0.180 0.005 Y NA
 2033543 2033544 AHA_1778 AHA_1779 nuoF   TRUE 0.998 -3.000 0.186 0.005 Y NA
 2033544 2033545 AHA_1779 AHA_1780     TRUE 0.986 62.000 0.407 0.005 Y NA
 2033545 2033546 AHA_1780 AHA_1781     TRUE 1.000 3.000 0.691 0.003 Y NA
 2033546 2033547 AHA_1781 AHA_1782     TRUE 0.993 30.000 0.377 0.003 Y NA
 2033547 2033548 AHA_1782 AHA_1783     FALSE 0.005 259.000 0.000 1.000 N NA
 2033548 2033549 AHA_1783 AHA_1784     TRUE 0.958 -22.000 0.010 1.000 Y NA
 2033549 1381532 AHA_1784 AHA_1785     FALSE 0.015 453.000 0.000 NA   NA
 1381532 2033550 AHA_1785 AHA_1786     FALSE 0.082 146.000 0.000 NA   NA
 2033550 2033551 AHA_1786 AHA_1787     TRUE 0.963 21.000 0.338 NA   NA
 2033551 2033552 AHA_1787 AHA_1788     TRUE 0.986 -3.000 0.257 NA   NA
 2033552 2033553 AHA_1788 AHA_1789   mepA FALSE 0.239 58.000 0.000 NA   NA
 2033554 2033555 AHA_1790 AHA_1791     FALSE 0.032 211.000 0.000 NA   NA
 2033557 2033558 AHA_1793 AHA_1794     FALSE 0.227 82.000 0.000 1.000   NA
 2033558 2033559 AHA_1794 AHA_1795     FALSE 0.062 91.000 0.000 1.000 N NA
 2033560 2033561 AHA_1796 AHA_1797     TRUE 0.997 3.000 0.902 1.000   NA
 2033561 2033562 AHA_1797 AHA_1798     TRUE 0.534 55.000 0.000 0.092 N NA
 2033562 2033563 AHA_1798 AHA_1799     FALSE 0.239 74.000 0.000 NA   NA
 2033564 2033565 AHA_1800 AHA_1801     FALSE 0.063 89.000 0.000 1.000 N NA
 2033565 2033566 AHA_1801 AHA_1802     FALSE 0.041 189.000 0.000 NA   NA
 2033566 2033567 AHA_1802 AHA_1803     TRUE 0.807 3.000 0.000 NA   NA
 2033569 2033570 AHA_1805 AHA_1806   cysB TRUE 0.853 74.000 0.000 0.061 Y NA
 2033572 2033573 AHA_1808 AHA_1809 cmk rpsA TRUE 0.795 94.000 0.281 1.000 N NA
 2033573 2033574 AHA_1809 AHA_1810 rpsA ihfB TRUE 0.801 96.000 0.292 1.000 N NA
 2033574 2033575 AHA_1810 AHA_1811 ihfB   TRUE 0.468 157.000 0.208 NA   NA
 2033575 2033576 AHA_1811 AHA_1812     TRUE 0.993 10.000 0.576 NA   NA
 2033576 2033577 AHA_1812 AHA_1813   pyrF TRUE 0.545 102.000 0.125 1.000 N NA
 2033579 2033580 AHA_1815 AHA_1816   exsB TRUE 0.482 23.000 0.000 NA   NA
 2033580 2033581 AHA_1816 AHA_1817 exsB   TRUE 0.953 20.000 0.270 1.000   NA
 2033581 2033582 AHA_1817 AHA_1818     TRUE 0.814 2.000 0.000 NA   NA
 2033582 2033583 AHA_1818 AHA_1819     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033585 2033586 AHA_1821 AHA_1822   tdk FALSE 0.063 87.000 0.000 1.000 N NA
 2033588 1381572 AHA_1824 AHA_1825     FALSE 0.080 147.000 0.000 NA   NA
 1381572 2033589 AHA_1825 AHA_1826     FALSE 0.013 1214.000 0.000 NA   NA
 2033589 2033590 AHA_1826 AHA_1827     FALSE 0.021 278.000 0.000 NA   NA
 2033590 2033591 AHA_1827 AHA_1828     TRUE 0.814 2.000 0.000 NA   NA
 2033591 2033592 AHA_1828 AHA_1829     TRUE 0.740 10.000 0.000 NA   NA
 2033592 2033593 AHA_1829 AHA_1830     FALSE 0.154 115.000 0.000 NA   NA
 2033593 2033594 AHA_1830 AHA_1831     FALSE 0.137 121.000 0.000 NA   NA
 2033594 2033595 AHA_1831 AHA_1832     FALSE 0.013 673.000 0.000 NA   NA
 2033595 2033596 AHA_1832 AHA_1833     TRUE 0.970 45.000 0.821 NA   NA
 2033596 2033597 AHA_1833 AHA_1834     TRUE 0.995 7.000 0.627 NA   NA
 2033597 2033598 AHA_1834 AHA_1835     TRUE 0.994 4.000 0.552 NA   NA
 2033598 2033599 AHA_1835 AHA_1836     TRUE 0.996 -36.000 0.863 NA   NA
 2033599 2033600 AHA_1836 AHA_1837     TRUE 0.928 57.000 0.510 NA   NA
 2033600 2033601 AHA_1837 AHA_1838     TRUE 0.998 0.000 0.862 NA   NA
 2033601 2033602 AHA_1838 AHA_1839     TRUE 0.997 3.000 0.765 NA   NA
 2033602 2033603 AHA_1839 AHA_1840     TRUE 0.946 92.000 0.673 NA   NA
 2033603 2033604 AHA_1840 AHA_1841     TRUE 0.975 21.000 0.471 NA   NA
 2033604 2033605 AHA_1841 AHA_1842     TRUE 0.979 3.000 0.059 0.016 N NA
 2033605 2033606 AHA_1842 AHA_1843     TRUE 0.965 0.000 0.105 NA   NA
 2033606 2033607 AHA_1843 AHA_1844     TRUE 0.995 9.000 0.711 NA   NA
 2033607 2033608 AHA_1844 AHA_1845     TRUE 0.967 42.000 0.750 NA   NA
 2033608 2033609 AHA_1845 AHA_1846     TRUE 0.886 47.000 0.312 NA   NA
 2033609 2033610 AHA_1846 AHA_1847     FALSE 0.023 258.000 0.000 NA   NA
 2033610 2033611 AHA_1847 AHA_1848     TRUE 0.714 11.000 0.000 NA   NA
 2033611 2033612 AHA_1848 AHA_1849     FALSE 0.340 35.000 0.000 NA   NA
 2033612 2033613 AHA_1849 AHA_1850     TRUE 0.807 3.000 0.000 NA   NA
 1381598 1381599 AHA_1851 AHA_1852     FALSE 0.259 50.000 0.000 NA   NA
 1381599 1381600 AHA_1852 AHA_1853     FALSE 0.323 37.000 0.000 NA   NA
 2033616 2033617 AHA_1856 AHA_1857 clpS clpA TRUE 0.938 60.000 0.596 NA   NA
 2033618 2033619 AHA_1858 AHA_1859 infA   TRUE 0.522 49.000 0.078 1.000 N NA
 2033619 2033620 AHA_1859 AHA_1860   aat TRUE 0.995 -3.000 0.285 1.000 Y NA
 2033622 2033623 AHA_1862 AHA_1863   trxB FALSE 0.067 58.000 0.000 1.000 N NA
 2033624 2033625 AHA_1864 AHA_1865 lrp   FALSE 0.409 202.000 0.345 1.000 N NA
 2033625 2033626 AHA_1865 AHA_1866   lolA TRUE 0.832 78.000 0.305 1.000 N NA
 2033626 2033627 AHA_1866 AHA_1867 lolA   TRUE 0.493 124.000 0.167 1.000 N NA
 2033627 2033628 AHA_1867 AHA_1868   serS FALSE 0.134 340.000 0.078 0.099 N NA
 2033628 2033629 AHA_1868 AHA_1869 serS cvpA FALSE 0.041 187.000 0.000 1.000   NA
 2033629 2033630 AHA_1869 AHA_1870 cvpA purF TRUE 0.943 22.000 0.262 1.000   NA
 2033630 2033631 AHA_1870 AHA_1871 purF   FALSE 0.234 186.000 0.000 1.000 Y NA
 2033632 2033633 AHA_1872 AHA_1873 sapF sapD TRUE 0.992 56.000 0.684 0.020 Y NA
 2033633 2033634 AHA_1873 AHA_1874 sapD sapC TRUE 0.999 0.000 0.667 1.000 Y NA
 2033634 2033635 AHA_1874 AHA_1875 sapC sapB TRUE 0.945 36.000 0.062 0.058 Y NA
 2033635 2033636 AHA_1875 AHA_1876 sapB sapA TRUE 0.974 3.000 0.057 0.058 N NA
 2033636 2033637 AHA_1876 AHA_1877 sapA   TRUE 0.785 121.000 0.402 1.000 N NA
 2033638 2033639 AHA_1878 AHA_1879   pspB TRUE 0.910 4.000 0.033 NA   NA
 2033639 2033640 AHA_1879 AHA_1880 pspB   TRUE 0.985 29.000 0.913 NA   NA
 2033640 2033641 AHA_1880 AHA_1881     TRUE 0.697 108.000 0.190 NA   NA
 2033641 2033642 AHA_1881 AHA_1882     TRUE 0.959 67.000 0.791 NA   NA
 2033642 2033643 AHA_1882 AHA_1883   phhA FALSE 0.052 172.000 0.000 NA   NA
 2033643 2033644 AHA_1883 AHA_1884 phhA   TRUE 0.745 55.000 0.203 1.000 N NA
 2033644 2033645 AHA_1884 AHA_1885     TRUE 0.930 20.000 0.000 0.001   NA
 2033645 2033646 AHA_1885 AHA_1886   tyrR FALSE 0.100 135.000 0.000 1.000   NA
 2033646 2033647 AHA_1886 AHA_1887 tyrR   FALSE 0.048 178.000 0.000 NA   NA
 2033647 2033648 AHA_1887 AHA_1888     TRUE 0.994 -3.000 0.475 NA   NA
 2033648 2033649 AHA_1888 AHA_1889     TRUE 0.992 3.000 0.475 1.000 N NA
 2033651 2033652 AHA_1891 AHA_1892     TRUE 0.730 111.000 0.224 NA   NA
 2033652 2033653 AHA_1892 AHA_1893     FALSE 0.207 98.000 0.000 NA   NA
 2033654 2033655 AHA_1894 AHA_1895 cdd   FALSE 0.011 188.000 0.000 NA N NA
 2033655 2033656 AHA_1895 AHA_1896     TRUE 0.954 -3.000 0.082 NA   NA
 2033658 2033659 AHA_1898 AHA_1899     FALSE 0.221 122.000 0.011 NA   NA
 2033659 2033660 AHA_1899 AHA_1900   araA FALSE 0.361 -33.000 0.000 1.000 N NA
 2033660 2033661 AHA_1900 AHA_1901 araA   TRUE 0.972 14.000 0.103 1.000 Y NA
 2033661 2033662 AHA_1901 AHA_1902   araB TRUE 0.944 -3.000 0.096 1.000 N NA
 2033663 2033664 AHA_1903 AHA_1904     TRUE 0.996 73.000 0.917 0.002 Y NA
 2033664 2033665 AHA_1904 AHA_1905     TRUE 0.991 49.000 0.451 0.002 Y NA
 2033665 2033666 AHA_1905 AHA_1906   araC FALSE 0.434 145.000 0.196 1.000 N NA
 2033667 2033668 AHA_1907 AHA_1908     TRUE 0.771 7.000 0.000 NA   NA
 2033670 2033671 AHA_1910 AHA_1911 rpmJ rpmE-1 TRUE 0.987 -3.000 0.083 0.013   NA
 2033673 2033674 AHA_1913 AHA_1914     FALSE 0.452 25.000 0.000 NA   NA
 2033674 2033675 AHA_1914 AHA_1915     FALSE 0.092 141.000 0.000 NA   NA
 2033675 2033676 AHA_1915 AHA_1916     FALSE 0.115 127.000 0.000 1.000   NA
 2033676 2033677 AHA_1916 AHA_1917   dcuC FALSE 0.028 131.000 0.000 1.000 N NA
 2033681 2033682 AHA_1921 AHA_1922   gltA FALSE 0.013 534.000 0.000 1.000   NA
 2033683 2033684 AHA_1923 AHA_1924 sdhC   TRUE 0.999 -6.000 0.453 0.001 Y NA
 2033684 2033685 AHA_1924 AHA_1925   sdhA TRUE 1.000 2.000 0.705 0.002 Y NA
 2033685 2033686 AHA_1925 AHA_1926 sdhA   TRUE 0.998 17.000 0.604 0.002 Y NA
 2033686 2033687 AHA_1926 AHA_1927   sucA TRUE 0.824 57.000 0.067 1.000 Y NA
 2033687 2033688 AHA_1927 AHA_1928 sucA sucB TRUE 0.977 93.000 0.667 1.000 Y NA
 2033688 2033689 AHA_1928 AHA_1929 sucB   FALSE 0.402 224.000 0.136 1.000 Y NA
 2033689 2033690 AHA_1929 AHA_1930     TRUE 1.000 0.000 0.806 0.001 Y NA
 2033690 2033691 AHA_1930 AHA_1931     FALSE 0.013 933.000 0.000 NA   NA
 2033691 2033692 AHA_1931 AHA_1932     FALSE 0.047 180.000 0.000 NA   NA
 2033693 2033694 AHA_1933 AHA_1934     FALSE 0.228 19.000 0.000 1.000 N NA
 2033694 2033695 AHA_1934 AHA_1935     TRUE 0.998 -3.000 0.762 0.058 N NA
 2033695 2033696 AHA_1935 AHA_1936     FALSE 0.080 273.000 0.000 0.058 N NA
 2033696 2033697 AHA_1936 AHA_1937     FALSE 0.035 121.000 0.000 1.000 N NA
 2033698 2033699 AHA_1938 AHA_1939 phnW   TRUE 0.995 -3.000 0.086 0.015 Y NA
 2033699 2033700 AHA_1939 AHA_1940   phnX TRUE 0.911 -7.000 0.042 1.000   NA
 2033701 2033702 AHA_1941 AHA_1942 pflB   TRUE 0.985 7.000 0.345 1.000 N NA
 2033702 2033703 AHA_1942 AHA_1943     FALSE 0.016 381.000 0.000 NA   NA
 2033703 2033704 AHA_1943 AHA_1944     FALSE 0.117 128.000 0.000 NA   NA
 2033705 2033706 AHA_1945 AHA_1946 asd-1   FALSE 0.003 603.000 0.000 1.000 N NA
 2033707 2033708 AHA_1947 AHA_1948     FALSE 0.467 93.000 0.043 1.000   NA
 2033708 2033709 AHA_1948 AHA_1949     FALSE 0.014 461.000 0.000 1.000   NA
 2033712 2033713 AHA_1952 AHA_1953     FALSE 0.122 254.000 0.105 1.000   NA
 2033713 2033714 AHA_1953 AHA_1954     FALSE 0.309 39.000 0.000 NA   NA
 2033721 2033722 AHA_1961 AHA_1962     FALSE 0.068 152.000 0.000 1.000   NA
 2033726 2033727 AHA_1966 AHA_1967     TRUE 0.918 44.000 0.182 1.000 Y NA
 2033727 2033728 AHA_1967 AHA_1968     TRUE 0.999 -64.000 0.818 0.058 Y NA
 2033728 2033729 AHA_1968 AHA_1969     TRUE 0.848 68.000 0.000 0.058 Y NA
 2033729 2033730 AHA_1969 AHA_1970     TRUE 0.949 58.000 0.429 0.058 N NA
 2033732 2033733 AHA_1972 AHA_1973   corA FALSE 0.137 121.000 0.000 NA   NA
 2033733 2033734 AHA_1973 AHA_1974 corA   FALSE 0.015 413.000 0.000 NA   NA
 2033734 2033735 AHA_1974 AHA_1975     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2033736 2033737 AHA_1976 AHA_1977     TRUE 0.843 101.000 0.000 0.019 Y NA
 2033737 2033738 AHA_1977 AHA_1978   serC FALSE 0.007 224.000 0.000 1.000 N NA
 2033738 2033739 AHA_1978 AHA_1979 serC aroA TRUE 0.761 88.000 0.033 1.000 Y NA
 2033739 2033740 AHA_1979 AHA_1980 aroA   FALSE 0.179 214.000 0.000 1.000 Y NA
 2033743 2033744 AHA_1983 AHA_1984 xseA   FALSE 0.174 108.000 0.000 NA   NA
 2033744 2033745 AHA_1984 AHA_1985     FALSE 0.095 139.000 0.000 NA   NA
 2033745 2033746 AHA_1985 AHA_1986     TRUE 0.993 0.000 0.044 0.072 Y NA
 2033746 2033747 AHA_1986 AHA_1987   tonB-1 TRUE 0.959 3.000 0.000 0.015 N NA
 2033747 2033748 AHA_1987 AHA_1988 tonB-1   FALSE 0.006 252.000 0.000 1.000 N NA
 2033749 2033750 AHA_1989 AHA_1990 guaB   TRUE 0.974 84.000 0.190 0.001 Y NA
 2033750 2033751 AHA_1990 AHA_1991     FALSE 0.028 229.000 0.000 NA   NA
 2033751 2033752 AHA_1991 AHA_1992     FALSE 0.013 723.000 0.000 NA   NA
 2033753 2033754 AHA_1993 AHA_1994     FALSE 0.287 52.000 0.022 1.000 N NA
 2033755 2033756 AHA_1995 AHA_1996   tpm FALSE 0.029 216.000 0.000 1.000   NA
 2033758 2033759 AHA_1998 AHA_1999 sixA   FALSE 0.125 125.000 0.000 NA   NA
 2033759 2033760 AHA_1999 AHA_2000     FALSE 0.035 201.000 0.000 NA   NA
 2033763 2033764 AHA_2003 AHA_2004 mfd   TRUE 0.893 10.000 0.039 NA   NA
 2033765 2033766 AHA_2005 AHA_2006 lolC lolD TRUE 0.984 -7.000 0.175 0.072 N NA
 2033766 2033767 AHA_2006 AHA_2007 lolD lolE TRUE 0.998 0.000 0.620 0.072 N NA
 2033768 2033769 AHA_2008 AHA_2009     FALSE 0.239 74.000 0.000 NA   NA
 2033770 2033771 AHA_2010 AHA_2011 tig clpP TRUE 0.934 108.000 0.351 1.000 Y NA
 2033771 2033772 AHA_2011 AHA_2012 clpP clpX TRUE 0.855 147.000 0.352 1.000 Y NA
 2033772 2033773 AHA_2012 AHA_2013 clpX lon TRUE 0.872 142.000 0.201 0.099 Y NA
 2033773 2033774 AHA_2013 AHA_2014 lon   FALSE 0.006 241.000 0.000 1.000 N NA
 2033774 2033775 AHA_2014 AHA_2015   ppiD FALSE 0.063 155.000 0.011 1.000 N NA
 2033776 1381764 AHA_2016 AHA_2017     FALSE 0.043 186.000 0.000 NA   NA
 1381764 2033777 AHA_2017 AHA_2018     FALSE 0.087 143.000 0.000 NA   NA
 2033777 2033778 AHA_2018 AHA_2019     FALSE 0.204 99.000 0.000 NA   NA
 2033778 2033779 AHA_2019 AHA_2020     FALSE 0.013 647.000 0.000 NA   NA
 2033779 2033780 AHA_2020 AHA_2021     FALSE 0.045 182.000 0.000 NA   NA
 2033780 2033781 AHA_2021 AHA_2022     FALSE 0.013 782.000 0.000 NA   NA
 2033781 2033782 AHA_2022 AHA_2023     FALSE 0.003 566.000 0.000 1.000 N NA
 2033782 2033783 AHA_2023 AHA_2024     FALSE 0.013 933.000 0.000 NA   NA
 2033783 2033784 AHA_2024 AHA_2025     FALSE 0.028 228.000 0.000 NA   NA
 2033785 2033786 AHA_2026 AHA_2027     FALSE 0.013 662.000 0.000 NA   NA
 2033786 2033787 AHA_2027 AHA_2028     TRUE 0.723 -22.000 0.000 NA   NA
 2033788 2033789 AHA_2029 AHA_2030     FALSE 0.016 395.000 0.000 NA   NA
 2033789 2033790 AHA_2030 AHA_2031     FALSE 0.095 139.000 0.000 NA   NA
 2033791 2033792 AHA_2032 AHA_2033     TRUE 0.989 -21.000 0.462 NA   NA
 2033794 2033795 AHA_2035 AHA_2036     TRUE 0.747 -10.000 0.000 1.000   NA
 2033795 2033796 AHA_2036 AHA_2037     TRUE 0.736 -16.000 0.000 NA   NA
 2033796 2033797 AHA_2037 AHA_2038     FALSE 0.271 46.000 0.000 NA   NA
 2033797 2033798 AHA_2038 AHA_2039     TRUE 0.771 7.000 0.000 NA   NA
 2033798 2033799 AHA_2039 AHA_2040     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033799 2033800 AHA_2040 AHA_2041     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033800 2033801 AHA_2041 AHA_2042     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033802 2033803 AHA_2043 AHA_2044   umuC FALSE 0.180 106.000 0.000 NA   NA
 2033803 2033804 AHA_2044 AHA_2045 umuC umuD FALSE 0.468 4.000 0.000 1.000 N NA
 2033805 2033806 AHA_2046 AHA_2047     FALSE 0.226 83.000 0.000 1.000   NA
 2033806 2033807 AHA_2047 AHA_2048     FALSE 0.231 84.000 0.000 NA   NA
 2033807 2033808 AHA_2048 AHA_2049     TRUE 0.524 21.000 0.000 NA   NA
 2033808 2033809 AHA_2049 AHA_2050     FALSE 0.018 321.000 0.000 NA   NA
 2033809 2033810 AHA_2050 AHA_2052     TRUE 0.680 -174.000 0.000 NA   NA
 2033812 2033813 AHA_2053 AHA_2054     FALSE 0.303 40.000 0.000 NA   NA
 2033813 2033814 AHA_2054 AHA_2055     FALSE 0.230 68.000 0.000 NA   NA
 2033815 2033816 AHA_2056 AHA_2057     TRUE 0.997 -3.000 0.733 NA   NA
 2033816 2033817 AHA_2057 AHA_2058     FALSE 0.169 110.000 0.000 NA   NA
 2033817 2033818 AHA_2058 AHA_2059     TRUE 0.994 3.000 0.588 NA N NA
 2033819 2033820 AHA_2060 AHA_2061     FALSE 0.015 413.000 0.000 1.000   NA
 2033821 2033822 AHA_2062 AHA_2063     TRUE 0.744 -13.000 0.000 NA   NA
 2033822 2033823 AHA_2063 AHA_2064     FALSE 0.224 92.000 0.000 NA   NA
 2033823 2033824 AHA_2064 AHA_2065     FALSE 0.024 250.000 0.000 NA   NA
 2033824 2033825 AHA_2065 AHA_2066     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2033825 2033826 AHA_2066 AHA_2067     FALSE 0.230 85.000 0.000 NA   NA
 2033827 2033828 AHA_2068 AHA_2069     TRUE 0.564 19.000 0.000 NA   NA
 2033829 2033830 AHA_2070 AHA_2071     FALSE 0.013 686.000 0.000 NA   NA
 2033830 2033831 AHA_2071 AHA_2072     FALSE 0.255 49.000 0.000 1.000   NA
 2033831 2033832 AHA_2072 AHA_2073     FALSE 0.095 38.000 0.000 1.000 N NA
 2033832 2033833 AHA_2073 AHA_2074     FALSE 0.334 12.000 0.000 1.000 N NA
 2033833 2033834 AHA_2074 AHA_2075     TRUE 0.945 -3.000 0.000 0.061 N NA
 2033834 2033835 AHA_2075 AHA_2076     TRUE 0.941 110.000 0.205 0.061 Y NA
 2033835 2033836 AHA_2076 AHA_2077     TRUE 0.989 10.000 0.189 1.000 Y NA
 2033836 2033837 AHA_2077 AHA_2078     TRUE 0.996 -3.000 0.316 1.000 Y NA
 2033838 2033839 AHA_2079 AHA_2080 mmsA-2   TRUE 0.814 0.000 0.013 1.000 N NA
 2033839 2033840 AHA_2080 AHA_2081     FALSE 0.408 141.000 0.000 1.000 Y NA
 2033840 2033841 AHA_2081 AHA_2082     TRUE 0.900 60.000 0.000 0.002 Y NA
 2033841 2033842 AHA_2082 AHA_2083   mmsB TRUE 0.991 28.000 0.687 1.000 Y NA
 2033842 2033843 AHA_2083 AHA_2084 mmsB   TRUE 0.774 72.000 0.034 1.000 Y NA
 2033843 2033844 AHA_2084 AHA_2085     FALSE 0.004 390.000 0.000 1.000 N NA
 2033844 2033845 AHA_2085 AHA_2086     TRUE 0.602 91.000 0.000 0.073   NA
 2033847 2033848 AHA_2088 AHA_2089     TRUE 0.940 -69.000 0.000 NA Y NA
 2033851 2033852 AHA_2092 AHA_2093     FALSE 0.188 102.000 0.000 1.000   NA
 2033855 2033856 AHA_2096 AHA_2097     FALSE 0.014 165.000 0.000 1.000 N NA
 2033856 2033857 AHA_2097 AHA_2098     FALSE 0.343 34.000 0.000 1.000   NA
 2033859 2033860 AHA_2100 AHA_2101   msbB FALSE 0.075 268.000 0.000 0.073 N NA
 2033860 2033861 AHA_2101 AHA_2102 msbB   TRUE 0.700 169.000 0.026 0.002 Y NA
 2033861 2033862 AHA_2102 AHA_2103     FALSE 0.022 142.000 0.000 1.000 N NA
 2033863 2033864 AHA_2104 AHA_2105     TRUE 0.714 -24.000 0.000 1.000   NA
 2033864 2033865 AHA_2105 AHA_2106     FALSE 0.239 74.000 0.000 NA   NA
 1381855 1381856 AHA_2108 AHA_2109     FALSE 0.315 38.000 0.000 NA   NA
 1381856 1381858 AHA_2109 AHA_2110     TRUE 0.776 6.000 0.000 NA   NA
 1381858 1381859 AHA_2110 AHA_2111     FALSE 0.309 39.000 0.000 NA   NA
 1381859 1381860 AHA_2111 AHA_2112     TRUE 0.583 18.000 0.000 NA   NA
 1381860 1381861 AHA_2112 AHA_2113     TRUE 0.663 13.000 0.000 NA   NA
 1381861 2033867 AHA_2113 AHA_2114     FALSE 0.063 161.000 0.000 NA   NA
 2033867 2033868 AHA_2114 AHA_2115     FALSE 0.131 147.000 0.009 NA   NA
 2033870 2033871 AHA_2117 AHA_2118     FALSE 0.095 139.000 0.000 NA   NA
 2033871 2033872 AHA_2118 AHA_2119   purT FALSE 0.115 127.000 0.000 1.000   NA
 2033872 2033873 AHA_2119 AHA_2120 purT   FALSE 0.222 86.000 0.000 1.000   NA
 2033875 2033876 AHA_2122 AHA_2123     FALSE 0.057 167.000 0.000 NA   NA
 2033876 2033877 AHA_2123 AHA_2124     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033877 2033878 AHA_2124 AHA_2125     FALSE 0.238 73.000 0.000 NA   NA
 2033879 2033880 AHA_2126 AHA_2127     TRUE 0.688 -84.000 0.000 NA   NA
 2033880 2033881 AHA_2127 AHA_2128     TRUE 0.818 1.000 0.000 NA   NA
 2033882 2033883 AHA_2129 AHA_2130   mtgA FALSE 0.133 122.000 0.000 NA   NA
 2033883 2033884 AHA_2130 AHA_2131 mtgA   FALSE 0.249 54.000 0.000 NA   NA
 2033884 2033885 AHA_2131 AHA_2132   minE FALSE 0.033 208.000 0.000 NA   NA
 2033885 2033886 AHA_2132 AHA_2133 minE minD TRUE 0.998 3.000 0.618 NA Y NA
 2033886 2033887 AHA_2133 AHA_2134 minD minC TRUE 0.992 19.000 0.466 1.000 Y NA
 2033888 2033889 AHA_2135 AHA_2136     TRUE 0.991 -3.000 0.363 NA   NA
 2033890 2033891 AHA_2137 AHA_2138 sdaA-1 sdaA-2 FALSE 0.407 278.000 0.000 0.001 Y NA
 2033891 2033892 AHA_2138 AHA_2139 sdaA-2   FALSE 0.034 204.000 0.000 NA   NA
 2033896 2033897 AHA_2142 AHA_2144     FALSE 0.032 130.000 0.000 NA N NA
 2033897 2033898 AHA_2144 AHA_2145     FALSE 0.313 254.000 0.000 0.057 Y NA
 2033898 2033899 AHA_2145 AHA_2146     FALSE 0.015 411.000 0.000 NA   NA
 2033899 2033900 AHA_2146 AHA_2147     TRUE 0.997 -7.000 0.946 NA   NA
 2033900 2033901 AHA_2147 AHA_2148     FALSE 0.352 34.000 0.000 NA   NA
 2033901 2033902 AHA_2148 AHA_2149     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033902 2033903 AHA_2149 AHA_2150     TRUE 0.818 0.000 0.000 1.000   NA
 2033903 2033904 AHA_2150 AHA_2151     FALSE 0.013 563.000 0.000 NA   NA
 2033904 2033905 AHA_2151 AHA_2152     TRUE 0.729 -19.000 0.000 NA   NA
 2033906 2033907 AHA_2153 AHA_2154 fadI fadJ TRUE 0.997 0.000 0.430 1.000 Y NA
 2033907 2033908 AHA_2154 AHA_2155 fadJ   FALSE 0.019 296.000 0.000 NA   NA
 2033908 2033909 AHA_2155 AHA_2156     FALSE 0.200 100.000 0.000 NA   NA
 2033909 2033910 AHA_2156 AHA_2157     TRUE 0.679 12.000 0.000 1.000   NA
 2033912 2033913 AHA_2159 AHA_2160     FALSE 0.254 52.000 0.000 NA   NA
 2033913 2033914 AHA_2160 AHA_2161     FALSE 0.003 429.000 0.000 1.000 N NA
 2033914 2033915 AHA_2161 AHA_2162     TRUE 0.859 128.000 0.265 1.000 Y NA
 2033915 2033916 AHA_2162 AHA_2163     TRUE 0.820 124.000 0.188 1.000 Y NA
 2033916 2033917 AHA_2163 AHA_2164   hydA FALSE 0.265 119.000 0.050 1.000 N NA
 2033917 2033918 AHA_2164 AHA_2165 hydA arcC-1 FALSE 0.287 96.000 0.031 1.000 N NA
 2033918 2033919 AHA_2165 AHA_2166 arcC-1   FALSE 0.244 183.000 0.000 NA Y NA
 2033920 2033921 AHA_2167 AHA_2168     TRUE 0.950 20.000 0.119 0.097   NA
 2033922 2033923 AHA_2169 AHA_2170     FALSE 0.015 421.000 0.000 NA   NA
 2033923 2033924 AHA_2170 AHA_2171     TRUE 0.942 31.000 0.443 1.000 N NA
 2033924 2033925 AHA_2171 AHA_2172     FALSE 0.448 81.000 0.066 1.000 N NA
 2033925 2033926 AHA_2172 AHA_2173     TRUE 1.000 0.000 0.800 0.030 Y NA
 2033926 2033927 AHA_2173 AHA_2174     FALSE 0.058 96.000 0.000 1.000 N NA
 2033927 2033928 AHA_2174 AHA_2175     TRUE 0.849 25.000 0.000 1.000 Y NA
 2033928 2033929 AHA_2175 AHA_2176     FALSE 0.019 282.000 0.000 1.000   NA
 2033929 2033930 AHA_2176 AHA_2177     FALSE 0.016 330.000 0.000 1.000   NA
 2033930 2033931 AHA_2177 AHA_2178     TRUE 0.999 -7.000 0.500 0.001 Y NA
 2033931 2033932 AHA_2178 AHA_2179     TRUE 0.999 -3.000 0.667 0.051 Y NA
 2033932 2033933 AHA_2179 AHA_2180     FALSE 0.013 533.000 0.000 1.000   NA
 2033937 2033938 AHA_2184 AHA_2185     FALSE 0.245 56.000 0.000 NA   NA
 2033939 2033940 AHA_2186 AHA_2187   hisF TRUE 0.999 -7.000 0.430 0.002 Y NA
 2033940 2033941 AHA_2187 AHA_2188 hisF   FALSE 0.011 181.000 0.000 1.000 N NA
 2033941 2033942 AHA_2188 AHA_2189     TRUE 0.990 -3.000 0.000 0.015 Y NA
 2033942 2033943 AHA_2189 AHA_2190     TRUE 0.986 -7.000 0.000 0.028 Y NA
 2033943 2033944 AHA_2190 AHA_2191   hisA FALSE 0.014 166.000 0.000 1.000 N NA
 2033944 2033945 AHA_2191 AHA_2192 hisA hisH TRUE 0.998 6.000 0.210 0.002 Y NA
 2033945 2033946 AHA_2192 AHA_2193 hisH   TRUE 0.997 0.000 0.128 0.002 Y NA
 2033946 2033947 AHA_2193 AHA_2194   hisC TRUE 0.997 16.000 0.341 0.002 Y NA
 2033947 2033948 AHA_2194 AHA_2195 hisC hisD TRUE 0.999 -3.000 0.294 0.002 Y NA
 2033948 2033949 AHA_2195 AHA_2196 hisD hisG TRUE 0.995 13.000 0.171 0.002 Y NA
 2033949 2033950 AHA_2196 AHA_2197 hisG   FALSE 0.114 129.000 0.000 NA   NA
 2033951 2033952 AHA_2198 AHA_2199     FALSE 0.230 68.000 0.000 NA   NA
 2033952 2033953 AHA_2199 AHA_2200     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033953 2033954 AHA_2200 AHA_2201     FALSE 0.395 30.000 0.000 NA   NA
 2033954 2033955 AHA_2201 AHA_2202     FALSE 0.258 95.000 0.024 1.000 N NA
 2033955 2033956 AHA_2202 AHA_2203     TRUE 0.787 18.000 0.066 1.000 N NA
 2033956 2033957 AHA_2203 AHA_2204     TRUE 0.529 199.000 0.184 1.000 Y NA
 2033957 2033958 AHA_2204 AHA_2205   rnd TRUE 0.575 70.000 0.115 1.000 N NA
 2033959 2033960 AHA_2206 AHA_2207     FALSE 0.211 95.000 0.000 1.000   NA
 2033960 2033961 AHA_2207 AHA_2208     FALSE 0.200 98.000 0.000 1.000   NA
 2033962 2033963 AHA_2209 AHA_2210   apt TRUE 0.669 30.000 0.043 NA   NA
 2033963 2033964 AHA_2210 AHA_2211 apt dnaX FALSE 0.138 183.000 0.088 1.000 N NA
 2033964 2033965 AHA_2211 AHA_2212 dnaX   TRUE 0.844 116.000 0.411 NA   NA
 2033967 2033968 AHA_2214 AHA_2215     FALSE 0.014 544.000 0.000 NA   NA
 2033968 2033969 AHA_2215 AHA_2216     TRUE 0.671 85.000 0.000 1.000 Y NA
 2033969 2033970 AHA_2216 AHA_2217   hrpA FALSE 0.007 218.000 0.000 1.000 N NA
 2033970 2033971 AHA_2217 AHA_2218 hrpA   FALSE 0.222 67.000 0.000 1.000   NA
 2033971 2033972 AHA_2218 AHA_2219     FALSE 0.429 26.000 0.000 1.000   NA
 2033972 2033973 AHA_2219 AHA_2220     FALSE 0.009 194.000 0.000 1.000 N NA
 2033973 2033974 AHA_2220 AHA_2222     TRUE 0.989 -3.000 0.000 0.021 Y NA
 2033975 2033976 AHA_2221 AHA_2223     FALSE 0.419 28.000 0.000 NA   NA
 2033976 2033977 AHA_2223 AHA_2224   selD TRUE 0.983 -3.000 0.214 NA   NA
 2033977 2033978 AHA_2224 AHA_2225 selD   FALSE 0.004 386.000 0.000 1.000 N NA
 2033987 2033988 AHA_2234 AHA_2235   udk TRUE 0.643 110.000 0.073 0.097 N NA
 2033988 2033989 AHA_2235 AHA_2236 udk dcd TRUE 0.844 64.000 0.098 1.000 Y NA
 2033993 2033994 AHA_2240 AHA_2241     TRUE 0.992 0.000 0.389 1.000   NA
 2033996 2033997 AHA_2243 AHA_2244     TRUE 0.487 3.000 0.000 1.000 N NA
 2033997 2033998 AHA_2244 AHA_2245     FALSE 0.233 70.000 0.000 NA   NA
 2033998 2033999 AHA_2245 AHA_2246     FALSE 0.024 249.000 0.000 NA   NA
 2033999 2034000 AHA_2246 AHA_2247   rpmF TRUE 0.983 20.000 0.599 NA   NA
 2034000 2034001 AHA_2247 AHA_2248 rpmF plsX TRUE 0.986 10.000 0.418 1.000 N NA
 2034001 2034002 AHA_2248 AHA_2249 plsX fabH TRUE 0.999 8.000 0.380 0.004 Y NA
 2034002 2034003 AHA_2249 AHA_2250 fabH fabD TRUE 0.967 70.000 0.182 0.004 Y NA
 2034003 2034004 AHA_2250 AHA_2251 fabD fabG TRUE 0.998 14.000 0.432 0.004 Y NA
 2034004 2034005 AHA_2251 AHA_2252 fabG acpP TRUE 0.929 158.000 0.321 0.004 Y NA
 2034005 2034006 AHA_2252 AHA_2253 acpP   TRUE 0.952 83.000 0.346 1.000 Y NA
 2034006 2034007 AHA_2253 AHA_2254     TRUE 0.905 20.000 0.187 1.000 N NA
 2034007 2034008 AHA_2254 AHA_2255     TRUE 0.786 80.000 0.204 NA   NA
 2034008 2034009 AHA_2255 AHA_2256   tmk TRUE 0.983 0.000 0.209 NA   NA
 2034009 2034010 AHA_2256 AHA_2257 tmk holB TRUE 0.985 -15.000 0.211 0.097 N NA
 2034010 2034011 AHA_2257 AHA_2258 holB   TRUE 0.952 22.000 0.110 NA Y NA
 2034011 2034012 AHA_2258 AHA_2259     FALSE 0.118 300.000 0.000 NA Y NA
 2034015 2034016 AHA_2262 AHA_2263     TRUE 0.987 -52.000 0.420 NA   NA
 2034016 1382012 AHA_2263 AHA_2264     FALSE 0.235 61.000 0.000 NA   NA
 2034017 2034018 AHA_2265 AHA_2266 prpB   TRUE 0.986 12.000 0.502 1.000 N NA
 2034018 2034019 AHA_2266 AHA_2267   prpD TRUE 0.618 130.000 0.216 1.000   NA
 2034021 2034022 AHA_2269 AHA_2270     FALSE 0.020 281.000 0.000 NA   NA
 2034023 2034024 AHA_2271 AHA_2272     TRUE 0.748 43.000 0.140 1.000   NA
 2034024 2034025 AHA_2272 AHA_2273     TRUE 0.938 2.000 0.053 1.000   NA
 2034025 2034026 AHA_2273 AHA_2274     TRUE 0.737 89.000 0.174 NA   NA
 2034029 2034030 AHA_2277 AHA_2278     FALSE 0.020 279.000 0.000 NA   NA
 2034030 2034031 AHA_2278 AHA_2279     FALSE 0.007 212.000 0.000 1.000 N NA
 2034031 2034032 AHA_2279 AHA_2280   fabA TRUE 0.816 82.000 0.290 1.000 N NA