MicrobesOnline Operon Predictions for Roseobacter denitrificans OCh 114

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2023772 2023773 RD1_0003 RD1_0004     TRUE 0.734 77.000 0.438 NA   NA
 2023773 2023774 RD1_0004 RD1_0005   vanB TRUE 0.973 -3.000 0.565 NA   NA
 2023774 2023775 RD1_0005 RD1_0006 vanB   TRUE 0.951 12.000 0.543 NA   NA
 2023778 2023779 RD1_0009 RD1_0010 soxG soxA TRUE 0.984 -7.000 0.929 0.005   NA
 2023779 2023780 RD1_0010 RD1_0011 soxA soxD TRUE 0.988 -3.000 0.467 0.003   NA
 2023780 2023781 RD1_0011 RD1_0012 soxD soxB TRUE 0.994 13.000 0.875 0.003 Y NA
 2023782 2023783 RD1_0013 RD1_0014 opuAC opuAA TRUE 0.920 82.000 0.750 1.000 Y NA
 2023783 2023784 RD1_0014 RD1_0015 opuAA opuAB TRUE 0.978 0.000 0.350 1.000 N NA
 2023785 2023786 RD1_0016 RD1_0017 rluA   TRUE 0.718 31.000 0.109 1.000 N NA
 2023786 2023787 RD1_0017 RD1_0018     TRUE 0.876 30.000 0.117 1.000 Y NA
 2023787 2023788 RD1_0018 RD1_0019     TRUE 0.967 -3.000 0.117 1.000 Y NA
 2023788 2023789 RD1_0019 RD1_0020     TRUE 0.913 2.000 0.095 NA   NA
 2023789 2023790 RD1_0020 RD1_0021     TRUE 0.676 -31.000 0.143 NA   NA
 2023790 2023791 RD1_0021 RD1_0022     TRUE 0.959 -3.000 0.290 1.000 N NA
 2023793 2023794 RD1_0024 RD1_0025     FALSE 0.356 49.000 0.025 NA N NA
 2023795 2023796 RD1_0026 RD1_0027   rsbW TRUE 0.983 12.000 0.621 1.000 Y NA
 2023796 2023797 RD1_0027 RD1_0028 rsbW ggtA FALSE 0.036 263.000 0.103 1.000 N NA
 2023799 2023800 RD1_0030 RD1_0031     FALSE 0.422 71.000 0.090 NA   NA
 2023801 2023802 RD1_0032 RD1_0033 lolA ftsK FALSE 0.122 138.000 0.043 1.000 N NA
 2023802 2023803 RD1_0033 RD1_0034 ftsK   TRUE 0.932 6.000 0.157 1.000 N NA
 2023803 2023804 RD1_0034 RD1_0035     FALSE 0.371 109.000 0.110 1.000 N NA
 2023806 2023807 RD1_0037 RD1_0038   lonD TRUE 0.911 -3.000 0.148 NA   NA
 2023807 2023808 RD1_0038 RD1_0039 lonD trx TRUE 0.814 28.000 0.222 1.000   NA
 2023808 2023809 RD1_0039 RD1_0041 trx xth TRUE 0.623 55.000 0.117 1.000 N NA
 2023809 2023810 RD1_0041 RD1_0042 xth mtrA FALSE 0.070 261.000 0.070 0.051 N NA
 2023811 2023812 RD1_0043 RD1_0044 ribA   TRUE 0.894 -3.000 0.116 NA   NA
 2023813 2023814 RD1_0046 RD1_0047     FALSE 0.127 99.000 0.013 NA   NA
 2023815 2023816 RD1_0048 RD1_0049   leuS FALSE 0.165 114.000 0.051 NA   NA
 2023816 2023817 RD1_0049 RD1_0050 leuS   TRUE 0.663 -13.000 0.090 NA   NA
 2023817 2023818 RD1_0050 RD1_0052     TRUE 0.879 -3.000 0.097 NA   NA
 2023818 2023819 RD1_0052 RD1_0053     TRUE 0.581 19.000 0.015 1.000 N NA
 2023820 2023821 RD1_0054 RD1_0055     TRUE 0.802 -3.000 0.045 NA   NA
 2023821 2023822 RD1_0055 RD1_0056     FALSE 0.295 104.000 0.091 NA   NA
 2023822 2023823 RD1_0056 RD1_0057     FALSE 0.425 65.000 0.043 1.000 N NA
 2023823 2023824 RD1_0057 RD1_0058     TRUE 0.900 13.000 0.213 1.000 N NA
 2023824 2023825 RD1_0058 RD1_0059   mtgA FALSE 0.510 56.000 0.075 1.000   NA
 2023825 2023826 RD1_0059 RD1_0060 mtgA gltB FALSE 0.206 110.000 0.041 1.000   NA
 2023826 2023827 RD1_0060 RD1_0061 gltB   TRUE 0.815 -3.000 0.030 1.000   NA
 2023827 2023828 RD1_0061 RD1_0062     TRUE 0.983 -3.000 0.250 0.001   NA
 2023828 2023829 RD1_0062 RD1_0063   gltD FALSE 0.161 131.000 0.070 1.000   NA
 2023832 2023833 RD1_0067 RD1_0068     FALSE 0.001 412.000 0.000 NA   NA
 2023833 2023834 RD1_0068 RD1_0069     FALSE 0.090 55.000 0.000 NA   NA
 2023836 2023837 RD1_0071 RD1_0072     TRUE 0.987 4.000 0.286 0.001   NA
 2023837 2023838 RD1_0072 RD1_0073     TRUE 0.987 11.000 0.806 NA Y NA
 2023838 2023839 RD1_0073 RD1_0074   dld FALSE 0.280 126.000 0.021 NA Y NA
 2023840 2023841 RD1_0075 RD1_0076     TRUE 0.672 -42.000 0.160 NA   NA
 2023841 2023842 RD1_0076 RD1_0077   pqiB TRUE 0.954 -7.000 0.819 NA   NA
 2023842 2023843 RD1_0077 RD1_0078 pqiB   TRUE 0.949 1.000 0.185 NA   NA
 2023846 2023847 RD1_0081 RD1_0082     FALSE 0.255 13.000 0.000 NA   NA
 2023849 2023850 RD1_0084 RD1_0085     TRUE 0.940 2.000 0.102 1.000 N NA
 2023850 2023851 RD1_0085 RD1_0086     TRUE 0.942 -3.000 0.254 NA   NA
 2023854 2023855 RD1_0089 RD1_0090   dapE TRUE 0.839 38.000 0.097 1.000 Y NA
 2023856 2023857 RD1_0091 RD1_0093 panC panB TRUE 0.995 -3.000 0.395 0.001 Y NA
 2023858 2023859 RD1_0094 RD1_0095     FALSE 0.017 135.000 0.000 NA   NA
 2023861 2023862 RD1_0097 RD1_0098   linX TRUE 0.885 16.000 0.105 0.084   NA
 2023862 2023863 RD1_0098 RD1_0099 linX   TRUE 0.853 -3.000 0.039 1.000 N NA
 2023863 2023864 RD1_0099 RD1_0100     TRUE 0.814 2.000 0.018 NA N NA
 2023865 2023866 RD1_0101 RD1_0102 dxs pufC FALSE 0.066 222.000 0.139 1.000   NA
 2023866 2023867 RD1_0102 RD1_0103 pufC pufM TRUE 0.993 3.000 0.526 0.003   NA
 2023867 2023868 RD1_0103 RD1_0104 pufM pufL TRUE 0.996 2.000 0.895 0.003   NA
 2023870 2023871 RD1_0106 RD1_0107 pufA pufB TRUE 0.988 13.000 0.946 0.003   NA
 2023871 2023872 RD1_0107 RD1_0108 pufB pufQ FALSE 0.183 182.000 0.324 1.000   NA
 2023872 2023873 RD1_0108 RD1_0109 pufQ bchZ TRUE 0.946 18.000 0.231 0.003   NA
 2023873 2023874 RD1_0109 RD1_0110 bchZ bchY TRUE 0.904 89.000 0.632 0.003   NA
 2023874 2023875 RD1_0110 RD1_0111 bchY bchX FALSE 0.408 199.000 0.491 0.003   NA
 2023875 2023876 RD1_0111 RD1_0112 bchX bchC TRUE 0.994 -3.000 0.882 0.003 N NA
 2023876 2023877 RD1_0112 RD1_0113 bchC crtF FALSE 0.565 128.000 0.627 1.000   NA
 2023877 2023878 RD1_0113 RD1_0114 crtF crtE TRUE 0.942 14.000 0.500 1.000   NA
 2023879 2023880 RD1_0115 RD1_0116 crtD crtC TRUE 0.934 -150.000 0.434 0.001   NA
 2023880 2023881 RD1_0116 RD1_0117 crtC   FALSE 0.101 134.000 0.033 1.000   NA
 2023882 2023883 RD1_0118 RD1_0119 crtK crtB TRUE 0.662 24.000 0.050 1.000 N NA
 2023883 2023884 RD1_0119 RD1_0120 crtB ctrI TRUE 0.963 -3.000 0.332 1.000 N NA
 2023885 2023886 RD1_0121 RD1_0122 crtA bchI TRUE 0.902 -3.000 0.131 NA   NA
 2023886 2023887 RD1_0122 RD1_0123 bchI bchD TRUE 0.995 -3.000 0.465 0.002 Y NA
 2023887 2023888 RD1_0123 RD1_0124 bchD bchO TRUE 0.985 1.000 0.152 0.002 N NA
 2023889 2023890 RD1_0125 RD1_0126   cycA FALSE 0.005 204.000 0.000 NA   NA
 2023890 2023891 RD1_0126 RD1_0127 cycA hemA TRUE 0.747 74.000 0.348 1.000 N NA
 2023891 2023892 RD1_0127 RD1_0128 hemA puhE TRUE 0.818 -10.000 0.211 NA   NA
 2023892 2023893 RD1_0128 RD1_0129 puhE acsF TRUE 0.972 2.000 0.375 NA   NA
 2023893 2023894 RD1_0129 RD1_0130 acsF   TRUE 0.702 75.000 0.361 NA   NA
 2023894 2023895 RD1_0130 RD1_0131   puhC TRUE 0.904 21.000 0.481 NA   NA
 2023895 2023896 RD1_0131 RD1_0132 puhC puhB TRUE 0.969 6.000 0.515 NA   NA
 2023896 2023897 RD1_0132 RD1_0133 puhB puhA TRUE 0.836 88.000 0.912 NA   NA
 2023897 2023898 RD1_0133 RD1_0134 puhA lhaA TRUE 0.876 23.000 0.382 NA   NA
 2023898 2023899 RD1_0134 RD1_0135 lhaA bchM TRUE 0.890 -3.000 0.111 NA   NA
 2023899 2023900 RD1_0135 RD1_0136 bchM bchL TRUE 0.989 0.000 0.274 0.005 N NA
 2023900 2023901 RD1_0136 RD1_0137 bchL bchH TRUE 0.901 53.000 0.344 0.005   NA
 2023901 2023902 RD1_0137 RD1_0138 bchH bchB TRUE 0.944 -10.000 0.278 0.005   NA
 2023902 2023903 RD1_0138 RD1_0139 bchB bchN TRUE 0.996 -3.000 0.591 0.001 Y NA
 2023903 2023904 RD1_0139 RD1_0140 bchN bchF TRUE 0.985 -3.000 0.311 0.001   NA
 2023905 2023906 RD1_0142 RD1_0143 ppa ppsR TRUE 0.954 -3.000 0.286 1.000   NA
 2023906 2023907 RD1_0143 RD1_0144 ppsR bchG TRUE 0.654 55.000 0.160 1.000   NA
 2023907 2023908 RD1_0144 RD1_0145 bchG   TRUE 0.984 0.000 0.640 NA   NA
 2023908 2023909 RD1_0145 RD1_0146   bchP TRUE 0.953 5.000 0.314 NA   NA
 2023909 2023910 RD1_0146 RD1_0147 bchP idi TRUE 0.872 -3.000 0.050 1.000 N NA
 2023910 2023911 RD1_0147 RD1_0148 idi   FALSE 0.001 463.000 0.000 NA   NA
 2023911 2023912 RD1_0148 RD1_0149   flhA TRUE 0.950 3.000 0.209 NA   NA
 2023912 2023913 RD1_0149 RD1_0150 flhA fliR TRUE 0.986 -3.000 0.395 1.000 Y NA
 2023913 2023914 RD1_0150 RD1_0151 fliR flhB TRUE 0.994 -3.000 0.952 1.000 Y NA
 2023914 2023915 RD1_0151 RD1_0153 flhB   TRUE 0.954 -3.000 0.333 NA   NA
 2023916 2023917 RD1_0154 RD1_0155     FALSE 0.015 405.000 0.000 0.051   NA
 2023917 2023918 RD1_0155 RD1_0156     FALSE 0.107 97.000 0.000 1.000   NA
 2023919 2023920 RD1_0157 RD1_0158     TRUE 0.914 36.000 0.346 0.051   NA
 2023921 2023922 RD1_0159 RD1_0160 flaF   TRUE 0.723 71.000 0.105 NA Y NA
 2023922 2023923 RD1_0160 RD1_0161     FALSE 0.011 209.000 0.000 1.000   NA
 2023923 2023924 RD1_0161 RD1_0162   cheL TRUE 0.836 -7.000 0.200 NA   NA
 2023925 2023926 RD1_0163 RD1_0164   flgD TRUE 0.718 10.000 0.038 NA   NA
 2023927 2023928 RD1_0165 RD1_0167   potI TRUE 0.987 0.000 0.259 1.000 Y NA
 2023928 2023929 RD1_0167 RD1_0168 potI potH TRUE 0.995 -3.000 0.758 0.081 Y NA
 2023929 2023930 RD1_0168 RD1_0169 potH potG TRUE 0.948 38.000 0.545 1.000 Y NA
 2023930 2023931 RD1_0169 RD1_0170 potG potF TRUE 0.898 80.000 0.541 1.000 Y NA
 2023932 2023933 RD1_0171 RD1_0172     TRUE 0.719 78.000 0.326 1.000 N NA
 2023933 2023934 RD1_0172 RD1_0173     FALSE 0.011 238.000 0.000 1.000 N NA
 2023934 2023935 RD1_0173 RD1_0175     TRUE 0.747 120.000 0.541 NA Y NA
 2023935 2023936 RD1_0175 RD1_0178     TRUE 0.614 73.000 0.231 NA   NA
 2023936 2023937 RD1_0178 RD1_0179     TRUE 0.875 4.000 0.072 NA   NA
 2023937 2023938 RD1_0179 RD1_0180     FALSE 0.203 340.000 0.386 0.081 Y NA
 2023941 2023942 RD1_0183 RD1_0184 rnr   TRUE 0.673 6.000 0.015 NA   NA
 2023942 2023943 RD1_0184 RD1_0185   dapE TRUE 0.735 -3.000 0.025 NA   NA
 2023943 2023944 RD1_0185 RD1_0186 dapE   FALSE 0.217 68.000 0.020 NA   NA
 2023944 2023945 RD1_0186 RD1_0187     TRUE 0.805 10.000 0.074 NA   NA
 2023949 2023950 RD1_0191 RD1_0192     TRUE 0.791 0.000 0.002 1.000   NA
 2023950 2023951 RD1_0192 RD1_0193     FALSE 0.103 111.000 0.018 NA   NA
 2023954 2023955 RD1_0196 RD1_0197 serC serA TRUE 0.853 43.000 0.140 1.000 Y NA
 2023956 2023957 RD1_0198 RD1_0199 tdh kbl TRUE 0.971 9.000 0.547 1.000 N NA
 2023957 2023958 RD1_0199 RD1_0200 kbl   FALSE 0.433 95.000 0.095 1.000 N NA
 2023960 2023961 RD1_0202 RD1_0203 ubiB ubiE TRUE 0.939 1.000 0.115 1.000   NA
 2023962 2023963 RD1_0204 RD1_0205 mutM   FALSE 0.413 65.000 0.040 1.000 N NA
 2023963 2023964 RD1_0205 RD1_0206     FALSE 0.232 29.000 0.000 NA N NA
 2023964 2023965 RD1_0206 RD1_0207   rpsT FALSE 0.014 172.000 0.000 NA N NA
 2023965 2023966 RD1_0207 RD1_0208 rpsT dnaA FALSE 0.003 508.000 0.000 1.000 N NA
 2023966 2023967 RD1_0208 RD1_0209 dnaA dnaN FALSE 0.554 142.000 0.328 1.000 Y NA
 2023967 2023968 RD1_0209 RD1_0210 dnaN recF TRUE 0.886 58.000 0.318 1.000 Y NA
 2023968 2023969 RD1_0210 RD1_0211 recF   TRUE 0.790 -3.000 0.011 1.000 N NA
 2023969 2023970 RD1_0211 RD1_0212   gyrB FALSE 0.263 79.000 0.010 1.000 N NA
 2023971 2023972 RD1_0213 RD1_0214   ccdA FALSE 0.255 115.000 0.085 1.000   NA
 2023973 2023974 RD1_0215 RD1_0216     TRUE 0.988 2.000 0.748 1.000   NA
 2023975 2023976 RD1_0217 RD1_0218 idhA fba TRUE 0.978 4.000 0.500 1.000   NA
 2023976 2023977 RD1_0218 RD1_0219 fba   TRUE 0.986 -3.000 0.393 1.000 Y NA
 2023977 2023978 RD1_0219 RD1_0220     TRUE 0.985 5.000 0.357 1.000 Y NA
 2023978 2023979 RD1_0220 RD1_0221   iolD TRUE 0.920 24.000 0.500 1.000 N NA
 2023980 2023981 RD1_0222 RD1_0223     TRUE 0.880 19.000 0.294 1.000   NA
 2023981 2023982 RD1_0223 RD1_0224     TRUE 0.897 14.000 0.265 1.000   NA
 2023982 2023983 RD1_0224 RD1_0225     FALSE 0.147 133.000 0.091 NA   NA
 2023983 2023984 RD1_0225 RD1_0226   leuD FALSE 0.004 219.000 0.000 NA   NA
 2023984 2023985 RD1_0226 RD1_0227 leuD   FALSE 0.407 45.000 0.045 NA   NA
 2023985 2023986 RD1_0227 RD1_0228   leuB FALSE 0.539 73.000 0.159 NA   NA
 2023986 2023987 RD1_0228 RD1_0229 leuB   TRUE 0.718 112.000 0.345 NA Y NA
 2023989 1595721 RD1_0232 RD1_0233     FALSE 0.034 110.000 0.000 NA   NA
 1595721 2023990 RD1_0233 RD1_0234     FALSE 0.055 89.000 0.000 NA   NA
 2023990 2023991 RD1_0234 RD1_0235     TRUE 0.799 -3.000 0.044 NA   NA
 2023992 2023993 RD1_0236 RD1_0237     TRUE 0.632 8.000 0.014 NA   NA
 2023994 2023995 RD1_0238 RD1_0239     TRUE 0.896 21.000 0.344 1.000 N NA
 2023995 2023996 RD1_0239 RD1_0240     TRUE 0.921 64.000 0.656 NA Y NA
 2023996 2023997 RD1_0240 RD1_0241     TRUE 0.921 -19.000 0.688 NA N NA
 2023997 2023998 RD1_0241 RD1_0242     TRUE 0.951 0.000 0.192 NA   NA
 2023998 2023999 RD1_0242 RD1_0243     TRUE 0.828 5.000 0.054 NA   NA
 2023999 2024000 RD1_0243 RD1_0244     TRUE 0.958 -3.000 0.071 1.000 Y NA
 2024000 2024001 RD1_0244 RD1_0245     TRUE 0.802 13.000 0.087 1.000   NA
 2024001 2024002 RD1_0245 RD1_0246   iorA FALSE 0.011 210.000 0.000 1.000   NA
 2024002 2024003 RD1_0246 RD1_0247 iorA iorB TRUE 0.990 4.000 0.100 0.001 Y NA
 2024003 2024004 RD1_0247 RD1_0248 iorB araC FALSE 0.014 216.000 0.000 1.000 N NA
 2024004 2024005 RD1_0248 RD1_0249 araC   FALSE 0.464 127.000 0.000 0.008 Y NA
 2024005 2024006 RD1_0249 RD1_0250     FALSE 0.498 157.000 0.800 1.000 N NA
 2024008 2024009 RD1_0253 RD1_0254 flgB flgC TRUE 0.982 14.000 0.804 NA Y NA
 2024009 2024010 RD1_0254 RD1_0255 flgC fliE TRUE 0.912 54.000 0.095 0.002 Y NA
 2024010 2024011 RD1_0255 RD1_0256 fliE fliQ TRUE 0.990 2.000 0.404 1.000 Y NA
 2024011 2024012 RD1_0256 RD1_0257 fliQ flgF TRUE 0.995 3.000 0.905 1.000 Y NA
 2024012 2024013 RD1_0257 RD1_0258 flgF flgG TRUE 0.991 30.000 1.000 0.001 Y NA
 2024013 2024014 RD1_0258 RD1_0259 flgG flgA TRUE 0.985 -3.000 1.000 NA   NA
 2024014 2024015 RD1_0259 RD1_0260 flgA flgH TRUE 0.974 10.000 0.810 NA   NA
 2024015 2024016 RD1_0260 RD1_0261 flgH   TRUE 0.977 10.000 0.333 0.006   NA
 2024016 2024017 RD1_0261 RD1_0262     FALSE 0.081 62.000 0.000 NA   NA
 2024017 2024018 RD1_0262 RD1_0263     FALSE 0.042 103.000 0.000 NA   NA
 2024018 2024019 RD1_0263 RD1_0264     TRUE 0.860 29.000 0.115 0.050   NA
 2024020 2024021 RD1_0265 RD1_0266 fliP fliN TRUE 0.981 -3.000 0.704 1.000   NA
 2024021 2024022 RD1_0266 RD1_0267 fliN   TRUE 0.932 -7.000 0.556 NA   NA
 2024022 2024023 RD1_0267 RD1_0268   fliF TRUE 0.988 0.000 0.800 NA   NA
 2024024 2024025 RD1_0270 RD1_0271 fliL   TRUE 0.870 11.000 0.152 NA   NA
 2024025 2024026 RD1_0271 RD1_0272     TRUE 0.964 12.000 0.722 NA   NA
 2024026 2024027 RD1_0272 RD1_0273   motA TRUE 0.665 67.000 0.279 NA   NA
 2024027 2024028 RD1_0273 RD1_0274 motA   TRUE 0.956 -3.000 0.349 NA   NA
 2024028 2024029 RD1_0274 RD1_0275     FALSE 0.001 395.000 0.000 NA   NA
 2024029 2024030 RD1_0275 RD1_0276     FALSE 0.061 81.000 0.000 NA   NA
 2024031 2024032 RD1_0277 RD1_0278     TRUE 0.990 -3.000 0.625 1.000 Y NA
 2024032 2024033 RD1_0278 RD1_0279   potB TRUE 0.994 -3.000 0.625 0.080 Y NA
 2024033 2024034 RD1_0279 RD1_0280 potB potD TRUE 0.960 78.000 0.833 0.080 Y NA
 2024034 2024035 RD1_0280 RD1_0281 potD   TRUE 0.861 45.000 0.500 1.000   NA
 2024035 2024036 RD1_0281 RD1_0282     TRUE 0.941 -3.000 0.250 NA   NA
 2024036 2024037 RD1_0282 RD1_0283     TRUE 0.983 0.000 0.588 NA   NA
 2024037 2024038 RD1_0283 RD1_0284     TRUE 0.938 -3.000 0.235 NA   NA
 2024038 2024039 RD1_0284 RD1_0285     FALSE 0.456 69.000 0.088 NA N NA
 2024041 2024042 RD1_0287 RD1_0288     TRUE 0.989 -3.000 0.276 0.083 Y NA
 2024043 2024044 RD1_0289 RD1_0290   pmbA FALSE 0.515 31.000 0.054 NA   NA
 2024044 2024045 RD1_0290 RD1_0291 pmbA   TRUE 0.783 -13.000 0.182 NA   NA
 2024045 2024046 RD1_0291 RD1_0292     TRUE 0.959 10.000 0.515 NA   NA
 2024046 2024047 RD1_0292 RD1_0293     TRUE 0.919 7.000 0.198 NA   NA
 2024047 2024048 RD1_0293 RD1_0294   lpxK TRUE 0.849 -13.000 0.046 1.000 Y NA
 2024049 2024050 RD1_0295 RD1_0296 bdbD   TRUE 0.870 14.000 0.233 NA   NA
 2024052 2024053 RD1_0298 RD1_0300 ccrM rnhB TRUE 0.605 93.000 0.048 1.000 Y NA
 2024053 2024054 RD1_0300 RD1_0301 rnhB   FALSE 0.010 232.000 0.010 NA   NA
 2024055 2024056 RD1_0302 RD1_0303     TRUE 0.743 -28.000 0.205 NA   NA
 2024056 2024057 RD1_0303 RD1_0304   bphF FALSE 0.247 79.000 0.016 1.000   NA
 2024060 2024061 RD1_0307 RD1_0308   glpQ TRUE 0.954 -3.000 0.333 NA   NA
 2024061 2024062 RD1_0308 RD1_0309 glpQ   FALSE 0.167 196.000 0.400 NA   NA
 2024062 2024063 RD1_0309 RD1_0310     TRUE 0.664 37.000 0.143 NA   NA
 2024063 2024064 RD1_0310 RD1_0311     TRUE 0.903 5.000 0.124 NA   NA
 2024064 2024065 RD1_0311 RD1_0312   cynT FALSE 0.243 82.000 0.037 NA   NA
 2024066 2024067 RD1_0313 RD1_0314   pepA TRUE 0.573 64.000 0.159 NA   NA
 2024067 2024068 RD1_0314 RD1_0315 pepA   TRUE 0.962 -3.000 0.408 NA   NA
 2024069 2024070 RD1_0316 RD1_0317     FALSE 0.300 70.000 0.043 NA   NA
 2024070 2024071 RD1_0317 RD1_0318     FALSE 0.307 84.000 0.028 1.000 N NA
 2024072 2024073 RD1_0319 RD1_0320   fghA TRUE 0.633 70.000 0.200 1.000   NA
 2024073 2024074 RD1_0320 RD1_0321 fghA   TRUE 0.754 -3.000 0.029 NA   NA
 2024074 2024075 RD1_0321 RD1_0322     FALSE 0.401 21.000 0.015 NA   NA
 2024075 2024076 RD1_0322 RD1_0323     TRUE 0.895 -3.000 0.091 1.000   NA
 2024076 2024077 RD1_0323 RD1_0324     TRUE 0.969 -3.000 0.429 1.000   NA
 2024080 2024081 RD1_0327 RD1_0328 folC accD TRUE 0.968 -3.000 0.383 1.000 N NA
 2024081 2024082 RD1_0328 RD1_0329 accD   FALSE 0.250 59.000 0.020 NA   NA
 2024082 2024083 RD1_0329 RD1_0330     FALSE 0.332 10.000 0.000 NA   NA
 2024083 2024084 RD1_0330 RD1_0331     FALSE 0.332 10.000 0.000 NA   NA
 2024086 2024087 RD1_0333 RD1_0334 ctpA   TRUE 0.961 7.000 0.408 NA N NA
 2024087 2024088 RD1_0334 RD1_0335   gpmI TRUE 0.783 -15.000 0.170 NA N NA
 2024088 2024089 RD1_0335 RD1_0336 gpmI dnaE FALSE 0.547 75.000 0.003 0.045 N NA
 2024090 2024091 RD1_0338 RD1_0339     FALSE 0.001 910.000 0.000 NA   NA
 2024091 2024092 RD1_0339 RD1_0340     TRUE 0.857 -40.000 0.500 NA   NA
 2024092 2024093 RD1_0340 RD1_0341     FALSE 0.519 0.000 0.000 NA   NA
 2024093 2024094 RD1_0341 RD1_0342     FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2024094 2024095 RD1_0342 RD1_0343     FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2024095 2024096 RD1_0343 RD1_0344     FALSE 0.002 333.000 0.000 NA   NA
 2024096 2024097 RD1_0344 RD1_0345     TRUE 0.742 24.000 0.143 NA   NA
 2024097 2024098 RD1_0345 RD1_0346     FALSE 0.006 185.000 0.000 NA   NA
 2024098 2024099 RD1_0346 RD1_0348     FALSE 0.397 6.000 0.000 NA   NA
 2024099 2024100 RD1_0348 RD1_0349   polA FALSE 0.001 834.000 0.000 NA   NA
 2024101 2024102 RD1_0350 RD1_0352     FALSE 0.340 76.000 0.062 NA   NA
 2024103 2024104 RD1_0353 RD1_0354 moxR   TRUE 0.978 -3.000 0.697 NA   NA
 2024104 2024105 RD1_0354 RD1_0355     TRUE 0.982 -3.000 0.816 NA   NA
 2024105 2024106 RD1_0355 RD1_0356     TRUE 0.983 -3.000 0.876 NA   NA
 2024106 2024107 RD1_0356 RD1_0357     FALSE 0.047 157.000 0.031 NA   NA
 2024108 2024109 RD1_0358 RD1_0359   recQ FALSE 0.466 35.000 0.048 NA   NA
 2024109 2024110 RD1_0359 RD1_0360 recQ   FALSE 0.204 108.000 0.054 NA   NA
 2024111 2024112 RD1_0361 RD1_0362   mepA TRUE 0.858 -3.000 0.079 NA   NA
 2024112 2024113 RD1_0362 RD1_0364 mepA   TRUE 0.718 -27.000 0.175 NA   NA
 2024113 2024114 RD1_0364 RD1_0365     FALSE 0.458 70.000 0.105 NA   NA
 2024114 2024115 RD1_0365 RD1_0366     FALSE 0.004 334.000 0.005 NA   NA
 2024115 2024116 RD1_0366 RD1_0367     FALSE 0.216 74.000 0.005 1.000   NA
 2024116 2024117 RD1_0367 RD1_0368   kdsD TRUE 0.908 -3.000 0.108 1.000   NA
 2024117 2024118 RD1_0368 RD1_0369 kdsD   TRUE 0.893 6.000 0.122 NA   NA
 2024118 2024119 RD1_0369 RD1_0370     TRUE 0.852 4.000 0.055 NA   NA
 2024119 2024120 RD1_0370 RD1_0371     TRUE 0.981 1.000 0.543 NA   NA
 2024120 2024121 RD1_0371 RD1_0372     FALSE 0.007 247.000 0.005 NA   NA
 2024121 2024122 RD1_0372 RD1_0373   ptsN TRUE 0.817 41.000 0.353 NA N NA
 2024123 2024124 RD1_0374 RD1_0375 gtaB kdsB FALSE 0.087 214.000 0.016 1.000 Y NA
 2024124 2024125 RD1_0375 RD1_0376 kdsB cysQ TRUE 0.914 0.000 0.052 1.000 N NA
 2024125 2024126 RD1_0376 RD1_0377 cysQ alkB FALSE 0.003 336.000 0.000 NA N NA
 2024127 2024128 RD1_0378 RD1_0379 dnaK dnaJ TRUE 0.918 79.000 0.236 0.003 Y NA
 2024129 2024130 RD1_0380 RD1_0382   secA FALSE 0.129 34.000 0.000 NA   NA
 2024131 2024132 RD1_0383 RD1_0384   argJ TRUE 0.876 7.000 0.070 1.000 N NA
 2024132 2024133 RD1_0384 RD1_0385 argJ mutT TRUE 0.651 19.000 0.046 1.000   NA
 2024134 2024135 RD1_0386 RD1_0387 infB   TRUE 0.903 10.000 0.171 NA N NA
 2024135 2024136 RD1_0387 RD1_0388   nusA TRUE 0.937 23.000 0.323 NA Y NA
 2024136 2024137 RD1_0388 RD1_0389 nusA   TRUE 0.987 0.000 0.759 NA   NA
 2024137 2024138 RD1_0389 RD1_0390     FALSE 0.028 144.000 0.002 NA   NA
 2024138 2024139 RD1_0390 RD1_0391   pip TRUE 0.914 -3.000 0.119 1.000   NA
 2024141 2024142 RD1_0393 RD1_0395     TRUE 0.913 1.000 0.067 1.000   NA
 2024142 2024143 RD1_0395 RD1_0396   grxC TRUE 0.943 0.000 0.121 1.000   NA
 2024143 2024144 RD1_0396 RD1_0398 grxC comF FALSE 0.547 40.000 0.061 1.000   NA
 2024145 2024146 RD1_0400 RD1_0401   hemH FALSE 0.339 86.000 0.052 1.000   NA
 2024149 2024150 RD1_0404 RD1_0405   ccaA FALSE 0.440 126.000 0.409 NA   NA
 2024150 2024151 RD1_0405 RD1_0406 ccaA   FALSE 0.435 20.000 0.018 NA   NA
 2024151 2024152 RD1_0406 RD1_0407     FALSE 0.449 39.000 0.038 NA N NA
 2024152 2024153 RD1_0407 RD1_0408     TRUE 0.996 -3.000 0.704 0.007 Y NA
 2024153 2024154 RD1_0408 RD1_0409     FALSE 0.063 171.000 0.034 1.000 N NA
 2024154 2024155 RD1_0409 RD1_0410     TRUE 0.779 -21.000 0.163 1.000 N NA
 2024155 2024156 RD1_0410 RD1_0411   hslO TRUE 0.712 -7.000 0.046 1.000 N NA
 2024160 2024161 RD1_0415 RD1_0416   ilvA TRUE 0.745 9.000 0.011 1.000 N NA
 2024165 2024166 RD1_0420 RD1_0421 rbsK tme TRUE 0.968 0.000 0.231 1.000 N NA
 2024168 2024169 RD1_0424 RD1_0425 grpE hrcA TRUE 0.895 10.000 0.120 1.000 N NA
 2024170 2024171 RD1_0426 RD1_0427 rph   TRUE 0.838 -3.000 0.030 1.000 N NA
 2024171 2024172 RD1_0427 RD1_0428   hemN TRUE 0.879 -7.000 0.218 1.000 N NA
 2024173 2024174 RD1_0429 RD1_0430 parB parA TRUE 0.980 10.000 0.827 1.000 N NA
 2024174 2024175 RD1_0430 RD1_0431 parA gidB TRUE 0.914 -7.000 0.339 1.000 N NA
 2024175 2024176 RD1_0431 RD1_0432 gidB gidA TRUE 0.954 12.000 0.466 1.000 N NA
 2024176 2024177 RD1_0432 RD1_0433 gidA trmE TRUE 0.954 5.000 0.266 1.000   NA
 2024177 2024178 RD1_0433 RD1_0434 trmE rho TRUE 0.580 30.000 0.050 1.000   NA
 2024178 2024179 RD1_0434 RD1_0435 rho   FALSE 0.043 156.000 0.025 NA   NA
 2024180 2024181 RD1_0436 RD1_0437   maf FALSE 0.064 79.000 0.000 NA   NA
 2024181 2024182 RD1_0437 RD1_0438 maf aroE TRUE 0.939 -3.000 0.169 1.000 N NA
 2024182 2024183 RD1_0438 RD1_0439 aroE coaE TRUE 0.897 -3.000 0.078 1.000 N NA
 2024183 2024184 RD1_0439 RD1_0440 coaE dnaQ TRUE 0.792 -7.000 0.092 1.000 N NA
 2024185 2024186 RD1_0441 RD1_0443 secB fxsA FALSE 0.559 54.000 0.122 NA   NA
 2024187 2024188 RD1_0444 RD1_0446     FALSE 0.058 139.000 0.025 NA   NA
 2024189 2024190 RD1_0447 RD1_0448   hslU FALSE 0.431 39.000 0.015 1.000 N NA
 2024190 2024191 RD1_0448 RD1_0449 hslU   FALSE 0.159 92.000 0.018 NA   NA
 2024191 2024192 RD1_0449 RD1_0450   hslV FALSE 0.305 -48.000 0.020 NA   NA
 2024192 2024193 RD1_0450 RD1_0451 hslV trxA FALSE 0.118 113.000 0.009 1.000   NA
 2024193 2024194 RD1_0451 RD1_0452 trxA   TRUE 0.733 38.000 0.173 1.000   NA
 2024194 2024195 RD1_0452 RD1_0453     TRUE 0.992 -3.000 0.863 NA Y NA
 2024195 2024196 RD1_0453 RD1_0454     TRUE 0.847 -7.000 0.196 NA N NA
 2024196 2024197 RD1_0454 RD1_0455     TRUE 0.919 -15.000 0.642 NA   NA
 2024197 2024198 RD1_0455 RD1_0456     TRUE 0.807 -3.000 0.047 NA   NA
 2024198 2024199 RD1_0456 RD1_0457     FALSE 0.182 51.000 0.003 NA   NA
 2024199 1595932 RD1_0457 RD1_0459   regB FALSE 0.007 178.000 0.000 NA   NA
 2024200 2024201 RD1_0460 RD1_0461 senC regA TRUE 0.607 97.000 0.286 1.000   NA
 2024202 2024203 RD1_0463 RD1_0464   rfaI TRUE 0.817 -3.000 0.031 1.000   NA
 2024204 2024205 RD1_0465 RD1_0466 ahcY   FALSE 0.018 175.000 0.005 NA   NA
 2024206 2024207 RD1_0467 RD1_0468     TRUE 0.932 0.000 0.122 NA   NA
 2024207 2024208 RD1_0468 RD1_0469   gpsA TRUE 0.977 2.000 0.456 NA   NA
 2024208 2024209 RD1_0469 RD1_0470 gpsA gcp TRUE 0.890 -3.000 0.070 1.000 N NA
 2024210 2024211 RD1_0471 RD1_0472 hemD   TRUE 0.681 61.000 0.263 NA   NA
 2024211 2024212 RD1_0472 RD1_0473     TRUE 0.935 12.000 0.408 NA   NA
 2024214 2024215 RD1_0475 RD1_0476     TRUE 0.783 37.000 0.041 1.000 Y NA
 2024218 2024219 RD1_0479 RD1_0481     FALSE 0.002 272.000 0.000 NA   NA
 2024219 2024220 RD1_0481 RD1_0482     FALSE 0.559 36.000 0.083 NA   NA
 2024220 2024221 RD1_0482 RD1_0483     FALSE 0.004 217.000 0.000 NA   NA
 2024221 2024222 RD1_0483 RD1_0484   iolB TRUE 0.608 16.000 0.032 NA N NA
 2024222 2024223 RD1_0484 RD1_0486 iolB   TRUE 0.781 -3.000 0.019 1.000   NA
 2024223 2024224 RD1_0486 RD1_0487     TRUE 0.980 2.000 0.467 1.000   NA
 2024224 2024225 RD1_0487 RD1_0488     TRUE 0.884 63.000 0.400 NA Y NA
 2024226 2024227 RD1_0490 RD1_0491     FALSE 0.003 243.000 0.000 NA   NA
 2024228 2024229 RD1_0492 RD1_0493     FALSE 0.182 124.000 0.091 NA   NA
 2024229 2024230 RD1_0493 RD1_0494     FALSE 0.008 174.000 0.000 NA   NA
 2024230 2024231 RD1_0494 RD1_0495     TRUE 0.838 8.000 0.083 NA   NA
 2024236 2024237 RD1_0500 RD1_0501     TRUE 0.912 -48.000 0.875 NA   NA
 2024238 2024239 RD1_0502 RD1_0503     TRUE 0.979 0.000 0.476 NA   NA
 2024239 2024240 RD1_0503 RD1_0504     TRUE 0.965 -3.000 0.175 0.081   NA
 2024240 2024241 RD1_0504 RD1_0505   mmgC TRUE 0.989 -3.000 0.545 1.000 Y NA
 2024242 2024243 RD1_0506 RD1_0507     TRUE 0.961 -3.000 0.095 0.050 N NA
 2024244 2024245 RD1_0508 RD1_0509     TRUE 0.830 13.000 0.143 NA   NA
 2024245 2024246 RD1_0509 RD1_0510   pct TRUE 0.995 -3.000 0.750 0.081 Y NA
 2024248 2024249 RD1_0512 RD1_0513 betA   FALSE 0.044 179.000 0.053 NA   NA
 2024249 2024250 RD1_0513 RD1_0514   gutB TRUE 0.641 16.000 0.053 NA   NA
 2024252 2024253 RD1_0516 RD1_0517     FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2024253 2024254 RD1_0517 RD1_0518     TRUE 0.994 4.000 0.421 0.078 Y NA
 2024254 2024255 RD1_0518 RD1_0519     TRUE 0.996 0.000 0.588 0.078 Y NA
 2024255 2024256 RD1_0519 RD1_0521     TRUE 0.945 56.000 0.412 0.078 Y NA
 2024256 2024257 RD1_0521 RD1_0522     FALSE 0.175 157.000 0.167 1.000   NA
 2024257 2024258 RD1_0522 RD1_0524     TRUE 0.796 19.000 0.167 NA   NA
 2024258 2024259 RD1_0524 RD1_0525     TRUE 0.969 -3.000 0.500 NA   NA
 2024259 2024260 RD1_0525 RD1_0526     TRUE 0.983 0.000 0.600 NA   NA
 2024260 2024261 RD1_0526 RD1_0527     FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2024261 2024262 RD1_0527 RD1_0528     TRUE 0.901 -3.000 0.128 NA   NA
 2024262 2024263 RD1_0528 RD1_0529   moxR TRUE 0.961 11.000 0.609 NA   NA
 2024263 2024264 RD1_0529 RD1_0530 moxR napD TRUE 0.929 -3.000 0.200 NA   NA
 2024264 2024265 RD1_0530 RD1_0531 napD   FALSE 0.434 89.000 0.130 NA   NA
 2024265 2024266 RD1_0531 RD1_0532   coxG FALSE 0.022 163.000 0.000 1.000   NA
 2024266 2024267 RD1_0532 RD1_0533 coxG   TRUE 0.788 95.000 0.667 1.000   NA
 2024267 2024268 RD1_0533 RD1_0534     FALSE 0.548 61.000 0.133 NA   NA
 2024268 2024269 RD1_0534 RD1_0535     TRUE 0.685 35.000 0.133 NA N NA
 2024269 2024270 RD1_0535 RD1_0536   chrR TRUE 0.843 -3.000 0.053 NA N NA
 2024271 2024272 RD1_0537 RD1_0538     FALSE 0.153 69.000 0.000 1.000   NA
 2024274 2024275 RD1_0540 RD1_0541     TRUE 0.943 52.000 0.750 NA Y NA
 2024275 2024276 RD1_0541 RD1_0542     TRUE 0.997 0.000 0.826 0.078 Y NA
 2024276 2024277 RD1_0542 RD1_0543     TRUE 0.981 -7.000 0.783 1.000 Y NA
 2024277 2024278 RD1_0543 RD1_0544     TRUE 0.996 -3.000 0.783 0.034 Y NA
 2024280 2024281 RD1_0546 RD1_0547 fadD   TRUE 0.970 6.000 0.467 1.000   NA
 2024282 2024283 RD1_0548 RD1_0549 dxs ispA TRUE 0.973 10.000 0.265 1.000 Y NA
 2024283 2024284 RD1_0549 RD1_0550 ispA xseB TRUE 0.903 4.000 0.062 1.000 N NA
 2024284 2024285 RD1_0550 RD1_0551 xseB petR FALSE 0.253 76.000 0.005 1.000 N NA
 2024285 2024286 RD1_0551 RD1_0552 petR marR TRUE 0.992 -3.000 0.392 0.070 Y NA
 2024287 2024288 RD1_0553 RD1_0554 ilvE   FALSE 0.367 -40.000 0.029 NA   NA
 2024289 2024290 RD1_0555 RD1_0556   aroC FALSE 0.143 67.000 0.003 NA   NA
 2024291 2024292 RD1_0557 RD1_0558   thiP TRUE 0.956 -24.000 0.697 0.078 N NA
 2024293 2024294 RD1_0559 RD1_0560   ribH FALSE 0.003 248.000 0.000 NA   NA
 2024295 2024296 RD1_0561 RD1_0562     TRUE 0.725 43.000 0.163 1.000 N NA
 2024296 2024297 RD1_0562 RD1_0563   petA FALSE 0.044 207.000 0.047 1.000 N NA
 2024297 2024298 RD1_0563 RD1_0564 petA petB TRUE 0.970 13.000 0.069 0.001 Y NA
 2024298 2024299 RD1_0564 RD1_0565 petB petC TRUE 0.991 15.000 0.630 0.001 Y NA
 2024299 2024300 RD1_0565 RD1_0566 petC   FALSE 0.002 980.000 0.000 1.000 N NA
 2024302 2024303 RD1_0568 RD1_0569     TRUE 0.630 5.000 0.000 1.000   NA
 2024303 2024304 RD1_0569 RD1_0570     FALSE 0.056 87.000 0.000 NA   NA
 2024304 2024305 RD1_0570 RD1_0571     FALSE 0.072 69.000 0.000 NA   NA
 2024305 2024306 RD1_0571 RD1_0572     FALSE 0.364 8.000 0.000 NA   NA
 2024306 2024307 RD1_0572 RD1_0573     FALSE 0.090 55.000 0.000 NA   NA
 2024307 2024308 RD1_0573 RD1_0575     TRUE 0.716 0.000 0.000 1.000   NA
 2024308 2024309 RD1_0575 RD1_0576     FALSE 0.001 600.000 0.000 NA   NA
 2024310 2024311 RD1_0577 RD1_0578 flgI flgL TRUE 0.997 -3.000 0.950 0.004 Y NA
 2024311 2024312 RD1_0578 RD1_0580 flgL flgK TRUE 0.998 4.000 0.864 0.004 Y NA
 2024312 2024313 RD1_0580 RD1_0581 flgK flgE TRUE 0.984 45.000 0.955 0.004 Y NA
 2024313 2024314 RD1_0581 RD1_0583 flgE motB TRUE 0.913 101.000 0.905 1.000 Y NA
 2024314 2024315 RD1_0583 RD1_0584 motB   FALSE 0.017 181.000 0.008 NA   NA
 2024316 2024317 RD1_0585 RD1_0586 pncA pncB TRUE 0.729 -7.000 0.053 1.000 N NA
 2024317 2024318 RD1_0586 RD1_0587 pncB   FALSE 0.078 64.000 0.000 NA   NA
 2024318 2024319 RD1_0587 RD1_0589     FALSE 0.059 83.000 0.000 NA   NA
 2024319 2024320 RD1_0589 RD1_0590     FALSE 0.007 183.000 0.000 NA   NA
 2024320 2024321 RD1_0590 RD1_0591     FALSE 0.001 432.000 0.000 NA   NA
 2024322 2024323 RD1_0592 RD1_0593     TRUE 0.996 2.000 0.600 0.054 Y NA
 2024323 2024324 RD1_0593 RD1_0594     TRUE 0.996 -3.000 0.600 0.007 Y NA
 2024324 2024325 RD1_0594 RD1_0595     TRUE 0.851 66.000 0.667 1.000   NA
 2024325 2024326 RD1_0595 RD1_0596   msrA FALSE 0.092 130.000 0.020 1.000   NA
 2024326 2024327 RD1_0596 RD1_0597 msrA msrB TRUE 0.995 -3.000 0.404 0.001 Y NA
 2024328 2024329 RD1_0599 RD1_0600 gpo   TRUE 0.808 4.000 0.017 1.000   NA
 2024332 2024333 RD1_0603 RD1_0604 hup amn FALSE 0.222 138.000 0.132 1.000 N NA
 2024333 2024334 RD1_0604 RD1_0605 amn ade TRUE 0.958 -3.000 0.074 1.000 Y NA
 2024335 2024336 RD1_0606 RD1_0607     FALSE 0.001 377.000 0.000 NA   NA
 2024338 2024339 RD1_0609 RD1_0610     TRUE 0.668 -10.000 0.067 NA N NA
 2024339 2024340 RD1_0610 RD1_0611   acdA TRUE 0.673 106.000 0.200 NA Y NA
 2024340 2024341 RD1_0611 RD1_0612 acdA   TRUE 0.684 63.000 0.200 1.000 N NA
 2024341 2024342 RD1_0612 RD1_0613   caiD TRUE 0.957 -13.000 0.448 0.032 N NA
 2024342 2024343 RD1_0613 RD1_0614 caiD   TRUE 0.698 40.000 0.004 0.032 N NA
 2024344 2024345 RD1_0615 RD1_0616   leuC FALSE 0.002 262.000 0.000 NA   NA
 2024345 2024346 RD1_0616 RD1_0617 leuC   FALSE 0.106 45.000 0.000 NA   NA
 2024347 2024348 RD1_0618 RD1_0619     FALSE 0.209 72.000 0.020 NA   NA
 2024348 2024349 RD1_0619 RD1_0620     FALSE 0.021 157.000 0.002 NA   NA
 2024349 2024350 RD1_0620 RD1_0621     TRUE 0.881 16.000 0.307 NA   NA
 2024351 2024352 RD1_0622 RD1_0623     FALSE 0.268 100.000 0.067 NA   NA
 2024352 2024353 RD1_0623 RD1_0624     TRUE 0.830 13.000 0.143 NA   NA
 2024354 2024355 RD1_0625 RD1_0626 glcD glcE TRUE 0.954 52.000 0.266 0.001 Y NA
 2024355 2024356 RD1_0626 RD1_0627 glcE glcF TRUE 0.995 0.000 0.227 0.001 Y NA
 2024356 2024357 RD1_0627 RD1_0628 glcF   FALSE 0.462 91.000 0.100 1.000 N NA
 2024357 2024358 RD1_0628 RD1_0629   ibpA FALSE 0.043 212.000 0.075 NA N NA
 2024359 2024360 RD1_0630 RD1_0631     FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2024366 2024367 RD1_0637 RD1_0638 pnp   FALSE 0.004 455.000 0.000 1.000 N NA
 2024367 2024368 RD1_0638 RD1_0639     TRUE 0.973 11.000 0.704 1.000 N NA
 2024368 2024369 RD1_0639 RD1_0641     FALSE 0.007 275.000 0.000 1.000 N NA
 2024369 2024370 RD1_0641 RD1_0642   rpsO FALSE 0.024 175.000 0.000 1.000 N NA
 2024370 2024371 RD1_0642 RD1_0643 rpsO   FALSE 0.009 171.000 0.000 NA   NA
 2024371 2024372 RD1_0643 RD1_0645     FALSE 0.001 722.000 0.000 NA   NA
 2024372 2024373 RD1_0645 RD1_0646     FALSE 0.014 145.000 0.000 NA   NA
 2024373 2024374 RD1_0646 RD1_0647   truB FALSE 0.038 131.000 0.003 NA   NA
 2024374 2024375 RD1_0647 RD1_0648 truB   FALSE 0.154 106.000 0.030 NA   NA
 2024375 2024376 RD1_0648 RD1_0649   rbfA TRUE 0.732 -3.000 0.024 NA   NA
 2024377 2024378 RD1_0650 RD1_0651 dapB   FALSE 0.135 91.000 0.011 NA   NA
 2024380 2024381 RD1_0653 RD1_0654     FALSE 0.395 66.000 0.071 NA   NA
 2024381 2024382 RD1_0654 RD1_0655   purH TRUE 0.638 20.000 0.068 NA   NA
 2024382 2024383 RD1_0655 RD1_0656 purH lspA TRUE 0.671 15.000 0.027 1.000 N NA
 2024383 2024384 RD1_0656 RD1_0657 lspA   TRUE 0.809 67.000 0.588 NA   NA
 2024384 2024385 RD1_0657 RD1_0658   pqqE FALSE 0.311 118.000 0.173 NA   NA
 2024385 2024386 RD1_0658 RD1_0659 pqqE   TRUE 0.994 0.000 0.598 0.004   NA
 2024387 2024388 RD1_0660 RD1_0661 ald deoC TRUE 0.850 28.000 0.277 1.000 N NA
 2024389 2024390 RD1_0662 RD1_0663 mutL   TRUE 0.761 -3.000 0.031 NA   NA
 2024390 2024391 RD1_0663 RD1_0664     FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2024392 2024393 RD1_0665 RD1_0666 uxuA   TRUE 0.906 -3.000 0.105 1.000   NA
 2024393 2024394 RD1_0666 RD1_0667     TRUE 0.980 2.000 0.190 0.049   NA
 2024394 2024395 RD1_0667 RD1_0668     TRUE 0.976 -3.000 0.238 0.049   NA
 2024395 2024396 RD1_0668 RD1_0669   kdgK TRUE 0.945 -3.000 0.222 1.000   NA
 2024396 2024397 RD1_0669 RD1_0671 kdgK   TRUE 0.896 -3.000 0.120 NA   NA
 2024397 2024398 RD1_0671 RD1_0672   garR TRUE 0.943 1.000 0.160 NA   NA
 2024398 2024399 RD1_0672 RD1_0673 garR   TRUE 0.828 13.000 0.120 NA N NA
 2024399 2024400 RD1_0673 RD1_0674     TRUE 0.642 -13.000 0.080 NA   NA
 2024400 2024401 RD1_0674 RD1_0675   garD TRUE 0.973 -3.000 0.500 1.000   NA
 2024401 2024402 RD1_0675 RD1_0676 garD   TRUE 0.934 12.000 0.364 NA N NA
 2024402 2024403 RD1_0676 RD1_0677     TRUE 0.826 16.000 0.182 NA   NA
 2024403 2024404 RD1_0677 RD1_0678     TRUE 0.989 0.000 0.857 NA   NA
 2024404 2024405 RD1_0678 RD1_0679     FALSE 0.025 244.000 0.059 NA N NA
 2024405 2024406 RD1_0679 RD1_0680     FALSE 0.503 72.000 0.088 1.000 N NA
 2024407 2024408 RD1_0681 RD1_0682     FALSE 0.068 74.000 0.000 NA   NA
 2024409 2024410 RD1_0683 RD1_0684   glxR TRUE 0.972 -3.000 0.136 0.008 N NA
 2024411 2024412 RD1_0685 RD1_0686     TRUE 0.951 -3.000 0.086 0.079 N NA
 2024412 2024413 RD1_0686 RD1_0688     TRUE 0.836 34.000 0.086 0.032 N NA
 2024413 2024414 RD1_0688 RD1_0689     TRUE 0.994 1.000 0.750 0.079 N NA
 2024414 2024415 RD1_0689 RD1_0690     TRUE 0.961 2.000 0.062 0.079 N NA
 2024416 2024417 RD1_0691 RD1_0692 chrR rpoE TRUE 0.982 8.000 0.898 NA N NA
 2024418 2024419 RD1_0693 RD1_0694     TRUE 0.979 -3.000 0.722 NA   NA
 2024419 2024420 RD1_0694 RD1_0695     TRUE 0.882 0.000 0.058 NA   NA
 2024420 2024421 RD1_0695 RD1_0696     TRUE 0.934 10.000 0.323 NA   NA
 2024421 2024422 RD1_0696 RD1_0697     TRUE 0.960 0.000 0.240 NA   NA
 2024423 2024424 RD1_0698 RD1_0699   gst TRUE 0.932 -3.000 0.146 1.000 N NA
 2024424 2024425 RD1_0699 RD1_0700 gst   TRUE 0.894 11.000 0.139 1.000 N NA
 2024426 2024427 RD1_0701 RD1_0702     FALSE 0.054 91.000 0.000 NA   NA
 2024427 2024428 RD1_0702 RD1_0703     TRUE 0.879 38.000 0.474 1.000 N NA
 2024428 2024429 RD1_0703 RD1_0704     TRUE 0.828 102.000 0.421 1.000 Y NA
 2024431 2024432 RD1_0706 RD1_0708     TRUE 0.886 91.000 0.651 NA Y NA
 2024432 2024433 RD1_0708 RD1_0709     TRUE 0.639 133.000 0.464 NA Y NA
 2024433 2024434 RD1_0709 RD1_0710   paaK FALSE 0.342 163.000 0.479 1.000 N NA
 2024434 2024435 RD1_0710 RD1_0711 paaK   FALSE 0.073 131.000 0.027 NA   NA
 2024436 2024437 RD1_0715 RD1_0716     FALSE 0.460 -64.000 0.062 NA   NA
 2024439 2024440 RD1_0719 RD1_0720 dinB pyrF FALSE 0.005 343.000 0.000 1.000 N NA
 2024443 2024444 RD1_0723 RD1_0725     FALSE 0.075 129.000 0.008 1.000   NA
 2024444 2024445 RD1_0725 RD1_0726     TRUE 0.962 29.000 0.790 0.073   NA
 2024445 1596181 RD1_0726 RD1_0727   rrsA FALSE 0.001 830.000 0.000 NA   NA
 1596181 1596182 RD1_0727 RD1_0728 rrsA   FALSE 0.002 266.000 0.000 NA   NA
 1596182 1596183 RD1_0728 RD1_0729     FALSE 0.192 19.000 0.000 NA   NA
 1596183 1596184 RD1_0729 RD1_0730   rrlA FALSE 0.001 449.000 0.000 NA   NA
 1596184 1596185 RD1_0730 RD1_0731 rrlA rrfA FALSE 0.064 79.000 0.000 NA   NA
 1596185 2024446 RD1_0731 RD1_0732 rrfA   FALSE 0.205 17.000 0.000 NA   NA
 2024449 2024450 RD1_0735 RD1_0736     FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2024450 2024451 RD1_0736 RD1_0737   ubiG FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2024451 2024452 RD1_0737 RD1_0738 ubiG   FALSE 0.254 -37.000 0.006 NA   NA
 2024452 2024453 RD1_0738 RD1_0740     FALSE 0.001 495.000 0.000 NA   NA
 2024453 2024454 RD1_0740 RD1_0741     TRUE 0.993 -3.000 1.000 NA Y NA
 2024454 2024455 RD1_0741 RD1_0742     TRUE 0.906 61.000 0.500 NA Y NA
 2024455 2024456 RD1_0742 RD1_0743     TRUE 0.753 67.000 0.333 1.000 N NA
 2024456 2024457 RD1_0743 RD1_0744   dapA FALSE 0.463 -7.000 0.000 1.000 N NA
 2024458 2024459 RD1_0745 RD1_0746 yihV thiD FALSE 0.001 907.000 0.000 NA N NA
 2024459 2024460 RD1_0746 RD1_0747 thiD thiO TRUE 0.921 -3.000 0.117 1.000 N NA
 2024460 2024461 RD1_0747 RD1_0748 thiO thiS TRUE 0.866 -22.000 0.351 1.000 N NA
 2024461 2024462 RD1_0748 RD1_0749 thiS thiG TRUE 0.975 2.000 0.095 1.000 Y NA
 2024462 2024463 RD1_0749 RD1_0750 thiG thiE TRUE 0.986 -3.000 0.118 0.006 Y NA
 2024463 2024464 RD1_0750 RD1_0751 thiE thiF TRUE 0.964 -3.000 0.098 1.000 Y NA
 2024464 2024465 RD1_0751 RD1_0752 thiF   TRUE 0.811 11.000 0.074 NA N NA
 2024465 2024466 RD1_0752 RD1_0753   tenA TRUE 0.933 -3.000 0.189 NA N NA
 2024466 2024467 RD1_0753 RD1_0754 tenA   TRUE 0.891 9.000 0.100 1.000 N NA
 2024467 2024468 RD1_0754 RD1_0755   tenA TRUE 0.843 -3.000 0.033 1.000 N NA
 2024468 2024469 RD1_0755 RD1_0756 tenA   TRUE 0.861 -3.000 0.043 1.000 N NA
 2024470 2024471 RD1_0757 RD1_0758 arcD arcA FALSE 0.008 240.000 0.000 1.000   NA
 2024472 1596213 RD1_0759 RD1_0760   acr FALSE 0.055 89.000 0.000 NA   NA
 2024473 2024474 RD1_0763 RD1_0764     FALSE 0.001 391.000 0.000 NA   NA
 2024474 2024475 RD1_0764 RD1_0765     FALSE 0.060 82.000 0.000 NA   NA
 2024475 2024476 RD1_0765 RD1_0766     TRUE 0.967 0.000 0.250 1.000   NA
 2024476 2024477 RD1_0766 RD1_0767     FALSE 0.001 532.000 0.000 NA   NA
 2024477 2024478 RD1_0767 RD1_0768     FALSE 0.001 562.000 0.000 NA   NA
 2024478 2024479 RD1_0768 RD1_0769     FALSE 0.162 25.000 0.000 NA   NA
 2024479 2024480 RD1_0769 RD1_0770     TRUE 0.964 -3.000 0.435 NA   NA
 2024480 2024481 RD1_0770 RD1_0771     TRUE 0.923 16.000 0.426 1.000   NA
 2024481 2024482 RD1_0771 RD1_0772   groL FALSE 0.011 239.000 0.000 1.000 N NA
 2024482 2024483 RD1_0772 RD1_0773 groL groES TRUE 0.957 31.000 0.209 0.007 Y NA
 2024483 2024484 RD1_0773 RD1_0774 groES degP FALSE 0.032 278.000 0.000 1.000 Y NA
 2024484 2024485 RD1_0774 RD1_0775 degP htpX FALSE 0.039 474.000 0.000 0.026 Y NA
 2024485 2024486 RD1_0775 RD1_0776 htpX   FALSE 0.002 307.000 0.000 NA   NA
 2024486 2024487 RD1_0776 RD1_0777     FALSE 0.106 45.000 0.000 NA   NA
 2024487 2024488 RD1_0777 RD1_0778     FALSE 0.066 77.000 0.000 NA   NA
 2024488 2024489 RD1_0778 RD1_0779     FALSE 0.001 834.000 0.000 NA   NA
 2024490 2024491 RD1_0782 RD1_0783     FALSE 0.001 627.000 0.000 NA   NA
 2024491 2024492 RD1_0783 RD1_0784     FALSE 0.269 93.000 0.054 NA   NA
 2024492 2024493 RD1_0784 RD1_0785     TRUE 0.679 12.000 0.041 NA   NA
 2024493 2024494 RD1_0785 RD1_0786     TRUE 0.871 31.000 0.471 NA   NA
 2024494 2024495 RD1_0786 RD1_0787     TRUE 0.957 2.000 0.235 NA   NA
 2024495 2024496 RD1_0787 RD1_0788     TRUE 0.899 5.000 0.118 NA   NA
 2024496 2024497 RD1_0788 RD1_0789     FALSE 0.509 93.000 0.200 NA   NA
 2024497 2024498 RD1_0789 RD1_0790     TRUE 0.861 -3.000 0.067 NA N NA
 1596241 2024499 RD1_0791 RD1_0792     FALSE 0.121 37.000 0.000 NA   NA
 2024499 2024500 RD1_0792 RD1_0793   cydA FALSE 0.070 72.000 0.000 NA   NA
 2024500 2024501 RD1_0793 RD1_0794 cydA cydB TRUE 0.939 13.000 0.027 0.073 Y NA
 2024502 2024503 RD1_0795 RD1_0796     FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2024503 2024504 RD1_0796 RD1_0797     FALSE 0.213 -7.000 0.000 NA   NA
 2024505 2024506 RD1_0798 RD1_0799     TRUE 0.955 -3.000 0.344 NA   NA
 2024506 2024507 RD1_0799 RD1_0800     TRUE 0.964 -3.000 0.365 1.000   NA
 2024507 2024508 RD1_0800 RD1_0801     TRUE 0.926 -10.000 0.623 NA   NA
 2024508 2024509 RD1_0801 RD1_0802   nifS TRUE 0.790 5.000 0.038 NA   NA
 2024509 2024510 RD1_0802 RD1_0803 nifS   FALSE 0.157 67.000 0.000 1.000   NA
 2024510 2024511 RD1_0803 RD1_0804   rpoD FALSE 0.029 148.000 0.000 1.000   NA
 2024511 2024512 RD1_0804 RD1_0805 rpoD   TRUE 0.883 0.000 0.038 1.000   NA
 2024512 2024513 RD1_0805 RD1_0806     FALSE 0.027 227.000 0.038 1.000   NA
 2024513 2024514 RD1_0806 RD1_0807     TRUE 0.584 -46.000 0.105 NA   NA
 2024514 2024515 RD1_0807 RD1_0808     FALSE 0.001 665.000 0.000 NA   NA
 2024517 2024518 RD1_0810 RD1_0811     FALSE 0.013 147.000 0.000 NA   NA
 2024519 2024520 RD1_0813 RD1_0814 dapF   TRUE 0.917 -3.000 0.109 1.000 N NA
 2024520 2024521 RD1_0814 RD1_0815     FALSE 0.015 223.000 0.004 1.000   NA
 2024521 2024522 RD1_0815 RD1_0816     FALSE 0.255 86.000 0.025 1.000   NA
 2024523 2024524 RD1_0817 RD1_0818     FALSE 0.020 171.000 0.000 1.000   NA
 2024524 2024525 RD1_0818 RD1_0819     TRUE 0.761 13.000 0.047 1.000 N NA
 2024527 2024528 RD1_0821 RD1_0823 pta   FALSE 0.464 46.000 0.065 NA   NA
 2024528 2024529 RD1_0823 RD1_0824     TRUE 0.631 20.000 0.065 NA   NA
 2024529 2024530 RD1_0824 RD1_0826   xsc FALSE 0.191 117.000 0.077 NA   NA
 2024530 2024531 RD1_0826 RD1_0828 xsc tauD TRUE 0.894 25.000 0.121 1.000 Y NA
 2024531 2024532 RD1_0828 RD1_0829 tauD tauX TRUE 0.938 28.000 0.259 0.001   NA
 2024532 2024533 RD1_0829 RD1_0830 tauX   TRUE 0.709 25.000 0.094 1.000   NA
 2024533 2024534 RD1_0830 RD1_0831   tauM TRUE 0.733 25.000 0.094 1.000 N NA
 2024534 2024535 RD1_0831 RD1_0832 tauM tauL TRUE 0.996 0.000 1.000 NA Y NA
 2024535 2024536 RD1_0832 RD1_0833 tauL tauK TRUE 0.933 64.000 0.769 NA Y NA
 2024537 2024538 RD1_0834 RD1_0836     FALSE 0.383 59.000 0.034 1.000   NA
 2024538 2024539 RD1_0836 RD1_0837     FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2024541 2024542 RD1_0839 RD1_0840 gabT cpnE FALSE 0.239 55.000 0.000 1.000 N NA
 2024542 2024543 RD1_0840 RD1_0841 cpnE buk TRUE 0.911 6.000 0.000 1.000 Y NA
 2024543 2024544 RD1_0841 RD1_0842 buk ptb TRUE 0.959 -3.000 0.077 1.000 Y NA
 2024548 2024549 RD1_0846 RD1_0847     TRUE 0.991 0.000 0.500 NA Y NA
 2024549 2024550 RD1_0847 RD1_0848     TRUE 0.908 60.000 0.500 NA Y NA
 2024552 2024553 RD1_0850 RD1_0851     FALSE 0.051 94.000 0.000 NA   NA
 2024555 2024556 RD1_0854 RD1_0855     TRUE 0.894 93.000 0.714 NA Y NA
 2024556 2024557 RD1_0855 RD1_0856     TRUE 0.993 8.000 0.600 0.075 Y NA
 2024557 2024558 RD1_0856 RD1_0858     TRUE 0.990 -3.000 0.600 1.000 Y NA
 2024558 2024559 RD1_0858 RD1_0859     TRUE 0.996 4.000 0.667 0.033 Y NA
 2024559 2024560 RD1_0859 RD1_0861   hyuE TRUE 0.972 7.000 0.194 1.000 Y NA
 2024562 2024563 RD1_0864 RD1_0865     TRUE 0.916 85.000 0.833 NA Y NA
 2024563 2024564 RD1_0865 RD1_0866     TRUE 0.994 -3.000 0.909 1.000 Y NA
 2024564 2024565 RD1_0866 RD1_0867   rbsC TRUE 0.996 7.000 1.000 0.075 Y NA
 2024565 2024566 RD1_0867 RD1_0868 rbsC gnl TRUE 0.945 14.000 0.182 1.000 Y NA
 2024568 2024569 RD1_0870 RD1_0871   moxR FALSE 0.558 88.000 0.231 NA   NA
 2024569 2024570 RD1_0871 RD1_0873 moxR   TRUE 0.950 -3.000 0.308 NA   NA
 2024570 2024571 RD1_0873 RD1_0874     TRUE 0.985 -3.000 1.000 NA   NA
 2024571 2024572 RD1_0874 RD1_0875     TRUE 0.843 -7.000 0.211 NA   NA
 2024572 2024573 RD1_0875 RD1_0876     TRUE 0.943 -3.000 0.263 NA   NA
 2024573 2024574 RD1_0876 RD1_0877     FALSE 0.061 81.000 0.000 NA   NA
 2024574 2024575 RD1_0877 RD1_0878     FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2024575 2024576 RD1_0878 RD1_0879     FALSE 0.009 171.000 0.000 NA   NA
 2024576 2024577 RD1_0879 RD1_0880     TRUE 0.960 12.000 0.667 NA   NA
 2024577 2024578 RD1_0880 RD1_0881     TRUE 0.696 69.000 0.333 NA   NA
 2024578 2024579 RD1_0881 RD1_0882     TRUE 0.647 34.000 0.120 NA   NA
 2024579 2024580 RD1_0882 RD1_0883     TRUE 0.974 -3.000 0.600 NA   NA
 2024584 2024585 RD1_0887 RD1_0888 flhA   TRUE 0.942 9.000 0.286 1.000   NA
 2024585 2024586 RD1_0888 RD1_0889     TRUE 0.869 36.000 0.455 1.000   NA
 2024586 2024587 RD1_0889 RD1_0890   moxF TRUE 0.630 126.000 0.385 0.072 N NA
 2024587 2024588 RD1_0890 RD1_0891 moxF cycB TRUE 0.810 109.000 0.571 0.072 N NA
 2024588 2024589 RD1_0891 RD1_0892 cycB   TRUE 0.897 -16.000 0.419 1.000 N NA
 2024589 2024590 RD1_0892 RD1_0893     TRUE 0.968 -3.000 0.488 NA   NA
 2024591 2024592 RD1_0894 RD1_0895     TRUE 0.935 -3.000 0.222 NA   NA
 2024592 2024593 RD1_0895 RD1_0896     TRUE 0.917 -16.000 0.667 NA   NA
 2024593 2024594 RD1_0896 RD1_0897     TRUE 0.960 0.000 0.238 NA   NA
 2024595 2024596 RD1_0898 RD1_0899     TRUE 0.961 13.000 0.793 NA   NA
 2024596 2024597 RD1_0899 RD1_0900     TRUE 0.785 32.000 0.259 NA   NA
 2024597 2024598 RD1_0900 RD1_0901     TRUE 0.928 18.000 0.571 NA   NA
 2024598 2024599 RD1_0901 RD1_0902     TRUE 0.694 -10.000 0.093 NA   NA
 2024599 2024600 RD1_0902 RD1_0903   ssuC TRUE 0.960 -16.000 0.628 NA Y NA
 2024600 2024601 RD1_0903 RD1_0904 ssuC   TRUE 0.992 -3.000 0.756 1.000 Y NA
 2024602 2024603 RD1_0905 RD1_0906     TRUE 0.982 3.000 0.620 NA   NA
 2024603 2024604 RD1_0906 RD1_0907     TRUE 0.980 5.000 0.713 NA   NA
 2024605 2024606 RD1_0908 RD1_0909     FALSE 0.544 119.000 0.500 NA   NA
 2024607 2024608 RD1_0910 RD1_0911     FALSE 0.132 98.000 0.014 NA   NA
 2024608 2024609 RD1_0911 RD1_0912     FALSE 0.385 29.000 0.021 NA   NA
 2024609 2024610 RD1_0912 RD1_0913     TRUE 0.864 -3.000 0.085 NA   NA
 2024610 2024611 RD1_0913 RD1_0914     TRUE 0.688 -3.000 0.015 NA   NA
 2024613 2024614 RD1_0916 RD1_0917     FALSE 0.006 196.000 0.000 NA   NA
 2024616 2024617 RD1_0919 RD1_0920     TRUE 0.982 0.000 0.011 0.007 Y NA
 2024617 2024618 RD1_0920 RD1_0921   troB TRUE 0.987 -3.000 0.432 1.000 Y NA
 2024618 2024619 RD1_0921 RD1_0922 troB   TRUE 0.994 -3.000 0.898 1.000 Y NA
 2024620 2024621 RD1_0923 RD1_0924   amt-2 FALSE 0.003 249.000 0.000 NA   NA
 2024621 2024622 RD1_0924 RD1_0925 amt-2 gntR FALSE 0.451 110.000 0.182 1.000 N NA
 2024623 2024624 RD1_0926 RD1_0927   gabD FALSE 0.037 108.000 0.000 NA   NA
 2024625 2024626 RD1_0928 RD1_0929   cln FALSE 0.271 126.000 0.143 1.000   NA
 2024626 2024627 RD1_0929 RD1_0930 cln   FALSE 0.138 150.000 0.125 NA   NA
 2024627 2024628 RD1_0930 RD1_0931     TRUE 0.943 11.000 0.411 NA   NA
 2024630 2024631 RD1_0933 RD1_0934 smpB mst FALSE 0.241 86.000 0.010 1.000 N NA
 2024631 2024632 RD1_0934 RD1_0935 mst tyrB TRUE 0.983 0.000 0.481 1.000 N NA
 2024633 2024634 RD1_0936 RD1_0937   glnB TRUE 0.810 28.000 0.191 1.000 N NA
 2024636 2024637 RD1_0939 RD1_0940     TRUE 0.941 15.000 0.553 NA N NA
 2024638 2024639 RD1_0941 RD1_0942     TRUE 0.980 -3.000 0.696 NA N NA
 2024639 2024640 RD1_0942 RD1_0943     TRUE 0.729 50.000 0.280 NA   NA
 2024640 2024641 RD1_0943 RD1_0944   pcd TRUE 0.866 -3.000 0.087 NA   NA
 2024641 2024642 RD1_0944 RD1_0945 pcd   TRUE 0.748 7.000 0.024 NA N NA
 2024644 2024645 RD1_0947 RD1_0948     TRUE 0.824 -3.000 0.035 1.000   NA
 2024646 2024647 RD1_0949 RD1_0950 map sfsA FALSE 0.469 54.000 0.080 NA   NA
 2024648 2024649 RD1_0951 RD1_0952     TRUE 0.881 -3.000 0.075 1.000   NA
 2024649 2024650 RD1_0952 RD1_0953     TRUE 0.821 -7.000 0.176 NA   NA
 2024650 2024651 RD1_0953 RD1_0954     TRUE 0.927 -3.000 0.194 NA   NA
 2024658 2024659 RD1_0961 RD1_0962     TRUE 0.818 3.000 0.032 NA   NA
 2024659 2024660 RD1_0962 RD1_0963   nth TRUE 0.792 -3.000 0.030 NA N NA
 2024661 2024662 RD1_0965 RD1_0966 ada   FALSE 0.447 15.000 0.011 NA   NA
 2024662 2024663 RD1_0966 RD1_0967     FALSE 0.315 -16.000 0.007 NA   NA
 2024663 2024664 RD1_0967 RD1_0968     FALSE 0.131 103.000 0.018 NA   NA
 2024669 2024670 RD1_0973 RD1_0974 dmsC   TRUE 0.984 0.000 0.548 1.000   NA
 2024670 2024671 RD1_0974 RD1_0975   phsA TRUE 0.826 86.000 0.306 1.000 Y NA
 2024673 2024674 RD1_0977 RD1_0978 xsc   TRUE 0.780 94.000 0.231 1.000 Y NA
 2024675 2024676 RD1_0979 RD1_0980 ppk2   FALSE 0.531 24.000 0.043 NA   NA
 2024678 2024679 RD1_0982 RD1_0983 tauA tauB TRUE 0.628 113.000 0.209 NA Y NA
 2024679 2024680 RD1_0983 RD1_0984 tauB tauC TRUE 0.992 -3.000 0.728 1.000 Y NA
 2024680 2024681 RD1_0984 RD1_0985 tauC   FALSE 0.376 -18.000 0.019 NA   NA
 2024681 2024682 RD1_0985 RD1_0986     TRUE 0.910 51.000 1.000 NA   NA
 2024682 2024683 RD1_0986 RD1_0987     FALSE 0.520 -22.000 0.057 NA   NA
 2024687 2024688 RD1_0992 RD1_0993     TRUE 0.684 75.000 0.250 1.000 N NA
 1596433 2024689 RD1_0994 RD1_0995     FALSE 0.071 70.000 0.000 NA   NA
 2024690 2024691 RD1_0996 RD1_0997     FALSE 0.421 56.000 0.065 NA   NA
 2024692 2024693 RD1_0998 RD1_0999 accA   FALSE 0.323 59.000 0.008 1.000 N NA
 2024696 2024697 RD1_1002 RD1_1003     TRUE 0.803 39.000 0.344 NA   NA
 2024697 2024698 RD1_1003 RD1_1004   dat TRUE 0.974 -3.000 0.233 0.076 N NA
 2024698 2024699 RD1_1004 RD1_1005 dat nodN TRUE 0.670 66.000 0.067 0.076 N NA
 2024703 2024704 RD1_1009 RD1_1010 rpmI rplT TRUE 0.994 13.000 0.928 0.013 Y NA
 2024704 2024705 RD1_1010 RD1_1011 rplT   FALSE 0.001 425.000 0.000 NA   NA
 2024705 2024706 RD1_1011 RD1_1012   pheS FALSE 0.011 192.000 0.002 NA   NA
 2024706 2024707 RD1_1012 RD1_1013 pheS pheT FALSE 0.291 455.000 0.574 0.001 Y NA
 2024707 2024708 RD1_1013 RD1_1014 pheT   FALSE 0.216 57.000 0.013 NA   NA
 2024708 2024709 RD1_1014 RD1_1015   mscL FALSE 0.022 170.000 0.008 NA   NA
 2024710 2024711 RD1_1016 RD1_1017     FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2024712 2024713 RD1_1018 RD1_1019     TRUE 0.770 13.000 0.091 NA   NA
 2024713 2024714 RD1_1019 RD1_1020     TRUE 0.950 0.000 0.182 NA   NA
 2024714 2024715 RD1_1020 RD1_1021     TRUE 0.890 31.000 0.556 NA   NA
 2024715 2024716 RD1_1021 RD1_1023     FALSE 0.056 87.000 0.000 NA   NA
 2024716 2024717 RD1_1023 RD1_1024     FALSE 0.308 11.000 0.000 NA   NA
 2024717 2024718 RD1_1024 RD1_1025     TRUE 0.962 10.000 0.560 NA   NA
 2024718 2024719 RD1_1025 RD1_1026     TRUE 0.987 0.000 0.710 NA N NA
 2024719 2024720 RD1_1026 RD1_1027     TRUE 0.927 -3.000 0.194 NA   NA
 2024721 2024722 RD1_1028 RD1_1029     TRUE 0.985 -3.000 1.000 NA   NA
 2024723 2024724 RD1_1030 RD1_1031     FALSE 0.229 132.000 0.167 NA   NA
 2024724 2024725 RD1_1031 RD1_1032     TRUE 0.604 59.000 0.167 NA   NA
 2024727 2024728 RD1_1034 RD1_1035     TRUE 0.716 0.000 0.000 1.000   NA
 2024730 2024731 RD1_1037 RD1_1038     FALSE 0.183 87.000 0.022 NA   NA
 2024731 2024732 RD1_1038 RD1_1040     TRUE 0.637 64.000 0.179 1.000   NA
 2024732 2024733 RD1_1040 RD1_1041   qor TRUE 0.910 35.000 0.031 0.002 Y NA
 2024735 2024736 RD1_1043 RD1_1044     FALSE 0.050 136.000 0.016 NA   NA
 2024737 2024738 RD1_1045 RD1_1046 recR   TRUE 0.840 57.000 0.604 NA   NA
 2024738 2024739 RD1_1046 RD1_1047   dnaX TRUE 0.752 66.000 0.411 NA   NA
 2024739 2024740 RD1_1047 RD1_1048 dnaX idnD FALSE 0.019 190.000 0.000 1.000 N NA
 2024740 2024741 RD1_1048 RD1_1049 idnD   TRUE 0.922 13.000 0.300 1.000 N NA
 2024741 2024742 RD1_1049 RD1_1051     TRUE 0.990 3.000 0.500 NA Y NA
 2024742 2024743 RD1_1051 RD1_1052     TRUE 0.931 69.000 0.818 NA Y NA
 2024743 2024744 RD1_1052 RD1_1053     TRUE 0.949 17.000 0.636 1.000 N NA
 2024744 2024745 RD1_1053 RD1_1054     FALSE 0.049 190.000 0.043 1.000 N NA
 2024745 2024746 RD1_1054 RD1_1055   phnE TRUE 0.998 0.000 0.915 0.001 Y NA
 2024746 2024747 RD1_1055 RD1_1056 phnE phnC TRUE 0.996 -3.000 0.667 0.003 Y NA
 2024747 2024748 RD1_1056 RD1_1057 phnC phnD TRUE 0.967 68.000 0.667 0.003 Y NA
 2024749 2024750 RD1_1058 RD1_1059     FALSE 0.008 175.000 0.000 NA   NA
 2024750 2024751 RD1_1059 RD1_1060     TRUE 0.996 4.000 0.800 0.073 Y NA
 2024751 2024752 RD1_1060 RD1_1061   fbpC TRUE 0.957 -3.000 0.105 0.073 N NA
 2024752 2024753 RD1_1061 RD1_1062 fbpC   TRUE 0.903 1.000 0.067 NA N NA
 2024754 2024755 RD1_1064 RD1_1065   murA TRUE 0.655 5.000 0.009 NA   NA
 2024755 2024756 RD1_1065 RD1_1066 murA   TRUE 0.937 0.000 0.138 NA   NA
 2024756 2024757 RD1_1066 RD1_1068   hisD FALSE 0.545 46.000 0.096 NA   NA
 2024757 2024758 RD1_1068 RD1_1069 hisD   FALSE 0.542 70.000 0.157 NA   NA
 2024758 2024759 RD1_1069 RD1_1071   arsC TRUE 0.987 1.000 0.768 NA   NA
 2024761 2024762 RD1_1073 RD1_1074     FALSE 0.284 46.000 0.019 NA   NA
 2024762 2024763 RD1_1074 RD1_1075     TRUE 0.881 -10.000 0.364 NA   NA
 2024764 2024765 RD1_1076 RD1_1077     FALSE 0.466 75.000 0.115 NA   NA
 2024767 2024768 RD1_1079 RD1_1080     TRUE 0.988 0.000 0.303 0.005   NA
 2024769 2024770 RD1_1081 RD1_1082 lepA   FALSE 0.038 107.000 0.000 NA   NA
 2024770 2024771 RD1_1082 RD1_1083     FALSE 0.002 334.000 0.000 NA   NA
 2024771 2024772 RD1_1083 RD1_1084     FALSE 0.334 61.000 0.043 NA   NA
 2024773 2024774 RD1_1085 RD1_1087     FALSE 0.004 227.000 0.000 NA   NA
 2024774 2024775 RD1_1087 RD1_1088     TRUE 0.971 -3.000 0.538 NA   NA
 2024775 2024776 RD1_1088 RD1_1089     FALSE 0.172 23.000 0.000 NA   NA
 2024776 2024777 RD1_1089 RD1_1090     FALSE 0.132 -25.000 0.000 NA   NA
 2024777 2024778 RD1_1090 RD1_1092     TRUE 0.959 -3.000 0.328 1.000   NA
 2024778 2024779 RD1_1092 RD1_1093     TRUE 0.957 -3.000 0.276 1.000 N NA
 2024779 2024780 RD1_1093 RD1_1094     TRUE 0.994 -3.000 0.477 0.014 Y NA
 2024780 2024781 RD1_1094 RD1_1095     TRUE 0.975 -3.000 0.614 NA   NA
 2024782 2024783 RD1_1096 RD1_1097     FALSE 0.005 200.000 0.000 NA   NA
 2024784 2024785 RD1_1098 RD1_1099     FALSE 0.002 267.000 0.000 NA   NA
 2024785 2024786 RD1_1099 RD1_1100     TRUE 0.992 -3.000 0.929 0.073   NA
 2024786 2024787 RD1_1100 RD1_1101     TRUE 0.996 -3.000 0.821 0.073 Y NA
 2024787 2024788 RD1_1101 RD1_1102     TRUE 0.955 -7.000 0.741 1.000   NA
 2024790 2024791 RD1_1105 RD1_1106 rpe   FALSE 0.066 139.000 0.003 1.000 N NA
 2024791 2024792 RD1_1106 RD1_1107     FALSE 0.232 93.000 0.023 1.000   NA
 2024792 2024793 RD1_1107 RD1_1108   idnD FALSE 0.301 68.000 0.023 1.000   NA
 2024794 2024795 RD1_1109 RD1_1110 idnO   TRUE 0.573 49.000 0.118 NA   NA
 2024796 2024797 RD1_1111 RD1_1112     TRUE 0.868 2.000 0.051 NA   NA
 2024797 2024798 RD1_1112 RD1_1113     TRUE 0.883 34.000 0.567 NA   NA
 2024798 2024799 RD1_1113 RD1_1114     FALSE 0.373 94.000 0.079 1.000   NA
 2024799 2024800 RD1_1114 RD1_1115     TRUE 0.987 4.000 0.916 NA   NA
 2024800 2024801 RD1_1115 RD1_1116   adk-2 FALSE 0.412 57.000 0.063 NA   NA
 2024801 2024802 RD1_1116 RD1_1117 adk-2 acsA TRUE 0.943 5.000 0.179 1.000 N NA
 2024803 2024804 RD1_1118 RD1_1119   rarD FALSE 0.004 219.000 0.000 NA   NA
 2024806 2024807 RD1_1121 RD1_1122     FALSE 0.099 -172.000 0.000 NA   NA
 2024808 2024809 RD1_1123 RD1_1124     TRUE 0.996 -3.000 0.700 0.050 Y NA
 2024809 2024810 RD1_1124 RD1_1125   aggA TRUE 0.979 -3.000 0.600 1.000 N NA
 2024811 2024812 RD1_1126 RD1_1127     FALSE 0.188 105.000 0.043 NA   NA
 2024812 2024813 RD1_1127 RD1_1128     FALSE 0.100 108.000 0.013 NA   NA
 2024814 2024815 RD1_1129 RD1_1130 cysE   FALSE 0.490 3.000 0.000 NA   NA
 2024815 2024816 RD1_1130 RD1_1131     FALSE 0.243 81.000 0.036 NA   NA
 2024816 2024817 RD1_1131 RD1_1132     TRUE 0.900 5.000 0.119 NA   NA
 2024817 2024818 RD1_1132 RD1_1133   gst TRUE 0.961 -3.000 0.400 NA   NA
 2024821 2024822 RD1_1136 RD1_1137     FALSE 0.255 13.000 0.000 NA   NA
 2024823 2024824 RD1_1138 RD1_1140     FALSE 0.001 367.000 0.000 NA   NA
 2024825 2024826 RD1_1142 RD1_1143     FALSE 0.001 778.000 0.000 NA   NA
 2024826 2024827 RD1_1143 RD1_1144     TRUE 0.915 36.000 0.346 0.045   NA
 1596576 2024829 RD1_1148 RD1_1149     FALSE 0.074 67.000 0.000 NA   NA
 2024829 2024830 RD1_1149 RD1_1150   pqqE FALSE 0.210 64.000 0.015 NA   NA
 2024830 2024831 RD1_1150 RD1_1151 pqqE pqqD TRUE 0.986 -3.000 0.361 0.002   NA
 2024831 2024832 RD1_1151 RD1_1152 pqqD pqqC TRUE 0.991 2.000 0.404 0.002   NA
 2024832 2024833 RD1_1152 RD1_1153 pqqC pqqB TRUE 0.996 2.000 0.825 0.002   NA
 2024833 2024834 RD1_1153 RD1_1154 pqqB pqqA TRUE 0.880 25.000 0.073 0.002   NA
 2024834 2024835 RD1_1154 RD1_1155 pqqA prrA FALSE 0.532 98.000 0.200 1.000   NA
 2024835 2024836 RD1_1155 RD1_1156 prrA resE TRUE 0.986 5.000 0.393 1.000 Y NA
 2024838 2024839 RD1_1158 RD1_1159     TRUE 0.980 -3.000 0.635 1.000 N NA
 2024839 2024840 RD1_1159 RD1_1160   mclA FALSE 0.005 320.000 0.000 1.000 N NA
 2024841 2024842 RD1_1161 RD1_1162   mtkA TRUE 0.689 34.000 0.011 0.075 N NA
 2024842 2024843 RD1_1162 RD1_1163 mtkA mtkB TRUE 0.989 -3.000 0.140 0.001 Y NA
 2024843 2024844 RD1_1163 RD1_1164 mtkB gyaR TRUE 0.980 0.000 0.029 0.075 Y NA
 2024844 2024845 RD1_1164 RD1_1165 gyaR glyA TRUE 0.618 39.000 0.075 1.000 N NA
 2024845 2024846 RD1_1165 RD1_1166 glyA   FALSE 0.003 453.000 0.000 1.000   NA
 2024846 2024847 RD1_1166 RD1_1167     FALSE 0.002 298.000 0.000 NA   NA
 2024848 2024849 RD1_1168 RD1_1169 mcpA   FALSE 0.011 236.000 0.000 1.000 N NA
 2024851 2024852 RD1_1171 RD1_1172     FALSE 0.001 1916.000 0.000 NA   NA
 2024852 2024853 RD1_1172 RD1_1173     TRUE 0.941 -3.000 0.250 NA   NA
 2024853 2024854 RD1_1173 RD1_1174     TRUE 0.844 81.000 0.875 NA   NA
 2024854 2024855 RD1_1174 RD1_1175     TRUE 0.959 -3.000 0.375 NA   NA
 2024856 2024857 RD1_1176 RD1_1177 aspS   TRUE 0.721 38.000 0.007 1.000 Y NA
 2024859 2024860 RD1_1179 RD1_1180     TRUE 0.777 23.000 0.172 NA   NA
 2024861 2024862 RD1_1181 RD1_1182     TRUE 0.895 -3.000 0.075 1.000 N NA
 2024862 2024863 RD1_1182 RD1_1183     TRUE 0.577 15.000 0.022 NA N NA
 2024863 2024864 RD1_1183 RD1_1185   trpS FALSE 0.067 125.000 0.005 NA N NA
 2024866 2024867 RD1_1187 RD1_1188 mviN glnD TRUE 0.886 -3.000 0.081 1.000   NA
 2024867 2024868 RD1_1188 RD1_1189 glnD   FALSE 0.533 -19.000 0.043 NA N NA
 2024869 2024870 RD1_1190 RD1_1191     TRUE 0.931 -3.000 0.165 1.000   NA
 2024870 2024871 RD1_1191 RD1_1192   gshB FALSE 0.076 176.000 0.064 1.000 N NA
 2024872 2024873 RD1_1193 RD1_1194     TRUE 0.611 80.000 0.029 1.000 Y NA
 2024873 2024874 RD1_1194 RD1_1195     TRUE 0.631 60.000 0.134 1.000 N NA
 2024874 2024875 RD1_1195 RD1_1196   cobP TRUE 0.889 -3.000 0.069 1.000 N NA
 2024876 2024877 RD1_1197 RD1_1198 rpoH-1   TRUE 0.912 0.000 0.090 NA   NA
 2024877 2024878 RD1_1198 RD1_1200   coaBC FALSE 0.188 70.000 0.014 NA   NA
 2024878 2024879 RD1_1200 RD1_1201 coaBC dut TRUE 0.932 9.000 0.201 1.000 N NA
 2024879 2024880 RD1_1201 RD1_1202 dut moeB TRUE 0.884 0.000 0.027 1.000 N NA
 2024880 2024881 RD1_1202 RD1_1203 moeB dcp TRUE 0.660 61.000 0.163 1.000 N NA
 2024882 2024883 RD1_1204 RD1_1205   rodA TRUE 0.631 21.000 0.033 1.000 N NA
 2024883 2024884 RD1_1205 RD1_1206 rodA pbpA TRUE 0.909 -3.000 0.094 1.000 N NA
 2024884 2024885 RD1_1206 RD1_1207 pbpA mreD TRUE 0.831 32.000 0.351 NA   NA
 2024885 2024886 RD1_1207 RD1_1208 mreD mreC TRUE 0.770 -3.000 0.034 NA   NA
 2024886 2024887 RD1_1208 RD1_1209 mreC mreB TRUE 0.852 75.000 0.689 1.000 N NA
 2024887 2024888 RD1_1209 RD1_1210 mreB   FALSE 0.055 132.000 0.000 1.000 N NA
 2024888 2024889 RD1_1210 RD1_1211   leuA FALSE 0.245 133.000 0.003 1.000 Y NA
 2024890 2024891 RD1_1212 RD1_1213 csgA   TRUE 0.890 -3.000 0.085 1.000   NA
 2024893 2024894 RD1_1215 RD1_1216 nadE   FALSE 0.151 106.000 0.011 1.000   NA
 2024895 2024896 RD1_1217 RD1_1218     FALSE 0.185 20.000 0.000 NA   NA
 2024897 2024898 RD1_1219 RD1_1220 gltX   FALSE 0.277 76.000 0.011 1.000 N NA
 2024900 2024901 RD1_1222 RD1_1223 gcvT gcvH TRUE 0.972 18.000 0.202 0.005 Y NA
 2024901 2024902 RD1_1223 RD1_1225 gcvH gcvP TRUE 0.826 52.000 0.130 1.000 Y NA
 2024903 2024904 RD1_1226 RD1_1227     TRUE 0.989 -3.000 0.626 NA Y NA
 2024906 2024907 RD1_1229 RD1_1230 cspA   FALSE 0.001 380.000 0.000 NA   NA
 2024909 2024910 RD1_1232 RD1_1233 cspA   FALSE 0.023 122.000 0.000 NA   NA
 2024910 2024911 RD1_1233 RD1_1234     FALSE 0.004 228.000 0.000 NA   NA
 2024912 2024913 RD1_1235 RD1_1236     TRUE 0.879 11.000 0.167 NA   NA
 2024915 2024916 RD1_1238 RD1_1239     FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2024916 2024917 RD1_1239 RD1_1240     FALSE 0.009 168.000 0.000 NA   NA
 2024917 2024918 RD1_1240 RD1_1242     TRUE 0.780 2.000 0.019 NA   NA
 2024918 2024919 RD1_1242 RD1_1243   nadD FALSE 0.335 37.000 0.003 1.000   NA
 2024919 2024920 RD1_1243 RD1_1244 nadD dacB FALSE 0.278 83.000 0.018 1.000 N NA
 2024922 2024923 RD1_1246 RD1_1247 lysS   FALSE 0.346 61.000 0.046 NA   NA
 2024926 2024927 RD1_1250 RD1_1251     TRUE 0.627 91.000 0.333 NA   NA
 2024927 2024928 RD1_1251 RD1_1252     FALSE 0.130 98.000 0.014 NA   NA
 2024928 2024929 RD1_1252 RD1_1253     FALSE 0.267 43.000 0.014 NA   NA
 2024929 2024930 RD1_1253 RD1_1254   uvrB FALSE 0.001 657.000 0.000 NA   NA
 2024934 2024935 RD1_1259 RD1_1260     FALSE 0.291 105.000 0.091 NA   NA
 2024937 2024938 RD1_1262 RD1_1263 cycM   FALSE 0.133 184.000 0.188 1.000 N NA
 2024938 2024939 RD1_1263 RD1_1264     TRUE 0.990 5.000 0.711 0.072   NA
 2024939 2024940 RD1_1264 RD1_1265     TRUE 0.993 4.000 0.882 0.072   NA
 2024940 2024941 RD1_1265 RD1_1266     TRUE 0.982 -3.000 0.744 1.000   NA
 2024945 2024946 RD1_1270 RD1_1271 ccoN ccoO TRUE 0.983 15.000 0.714 0.003 N NA
 2024946 2024947 RD1_1271 RD1_1272 ccoO ccoQ TRUE 0.960 13.000 0.229 0.003   NA
 2024947 2024948 RD1_1272 RD1_1273 ccoQ ccoP TRUE 0.980 -3.000 0.232 0.003   NA
 2024948 2024949 RD1_1273 RD1_1274 ccoP rdxB TRUE 0.829 108.000 0.203 0.020 Y NA
 2024949 2024950 RD1_1274 RD1_1275 rdxB rdxH TRUE 0.973 -3.000 0.506 NA N NA
 2024950 2024951 RD1_1275 RD1_1276 rdxH rdxI TRUE 0.973 -3.000 0.206 NA Y NA
 2024951 2024952 RD1_1276 RD1_1277 rdxI rdxS TRUE 0.991 -3.000 0.713 NA Y NA
 2024954 2024955 RD1_1279 RD1_1280 clpS rsmC FALSE 0.449 50.000 0.066 NA   NA
 2024955 2024956 RD1_1280 RD1_1281 rsmC   TRUE 0.756 25.000 0.109 1.000 N NA
 2024956 2024957 RD1_1281 RD1_1282   hemF FALSE 0.353 75.000 0.031 1.000 N NA
 2024959 1596709 RD1_1284 RD1_1285 hemE   FALSE 0.091 54.000 0.000 NA   NA
 1596709 2024960 RD1_1285 RD1_1286   dctP FALSE 0.011 156.000 0.000 NA   NA
 2024960 2024961 RD1_1286 RD1_1287 dctP   FALSE 0.086 58.000 0.000 NA   NA
 2024961 2024962 RD1_1287 RD1_1288   dctM TRUE 0.974 8.000 0.714 NA   NA
 2024962 2024963 RD1_1288 RD1_1289 dctM   FALSE 0.002 347.000 0.000 NA   NA
 2024964 2024965 RD1_1290 RD1_1291     FALSE 0.065 78.000 0.000 NA   NA
 2024965 2024966 RD1_1291 RD1_1292     FALSE 0.003 532.000 0.000 1.000 N NA
 2024966 2024967 RD1_1292 RD1_1293     TRUE 0.835 -3.000 0.029 1.000 N NA
 2024969 2024970 RD1_1295 RD1_1296     FALSE 0.127 -31.000 0.000 NA   NA
 2024970 2024971 RD1_1296 RD1_1297     FALSE 0.008 174.000 0.000 NA   NA
 2024973 2024974 RD1_1299 RD1_1300     FALSE 0.003 249.000 0.000 NA   NA
 2024974 2024975 RD1_1300 RD1_1301     TRUE 0.881 68.000 1.000 NA   NA
 2024977 2024978 RD1_1303 RD1_1304 nas rpmE FALSE 0.007 247.000 0.000 1.000   NA
 2024978 2024979 RD1_1304 RD1_1305 rpmE rplS TRUE 0.957 12.000 0.027 0.013 Y NA
 2024979 2024980 RD1_1305 RD1_1306 rplS   FALSE 0.002 271.000 0.000 NA   NA
 2024980 2024981 RD1_1306 RD1_1307   trmD FALSE 0.004 221.000 0.000 NA   NA
 2024981 2024982 RD1_1307 RD1_1308 trmD rimM TRUE 0.928 68.000 0.672 1.000 Y NA
 2024982 2024983 RD1_1308 RD1_1310 rimM   TRUE 0.599 -3.000 0.003 NA   NA
 2024983 2024984 RD1_1310 RD1_1311   rpsP FALSE 0.099 49.000 0.000 NA   NA
 2024984 2024985 RD1_1311 RD1_1312 rpsP   FALSE 0.555 41.000 0.050 1.000 N NA
 2024985 2024986 RD1_1312 RD1_1313     FALSE 0.419 94.000 0.112 NA N NA
 2024986 2024987 RD1_1313 RD1_1314     TRUE 0.898 -3.000 0.000 NA Y NA
 2024987 2024988 RD1_1314 RD1_1315     FALSE 0.471 24.000 0.002 1.000 N NA
 2024988 2024989 RD1_1315 RD1_1316     FALSE 0.005 214.000 0.000 NA   NA
 2024990 2024991 RD1_1317 RD1_1318     TRUE 0.969 -3.000 0.500 NA   NA
 2024993 2024994 RD1_1321 RD1_1322 atpI atpB TRUE 0.968 2.000 0.046 0.003   NA
 2024994 2024995 RD1_1322 RD1_1323 atpB atpE TRUE 0.940 56.000 0.628 0.003   NA
 2024995 2024996 RD1_1323 RD1_1324 atpE atpX TRUE 0.831 83.000 0.278 0.003   NA
 2024996 2024997 RD1_1324 RD1_1325 atpX atpF TRUE 0.997 6.000 0.863 0.003 Y NA
 2024999 2025000 RD1_1327 RD1_1328 smc   FALSE 0.243 33.000 0.003 NA   NA
 2025001 2025002 RD1_1329 RD1_1330   cobD TRUE 0.824 19.000 0.144 1.000 N NA
 2025002 2025003 RD1_1330 RD1_1331 cobD cobC TRUE 0.985 -3.000 0.344 0.009 N NA
 2025008 2025009 RD1_1337 RD1_1338 def def TRUE 0.995 -3.000 0.429 0.001 Y NA
 2025009 2025010 RD1_1338 RD1_1339 def fmt TRUE 0.927 19.000 0.023 0.020 Y NA
 2025010 2025011 RD1_1339 RD1_1340 fmt   TRUE 0.765 0.000 0.014 NA   NA
 2025012 2025013 RD1_1341 RD1_1342 acrD   TRUE 0.987 4.000 0.853 NA N NA
 2025013 2025014 RD1_1342 RD1_1343     FALSE 0.323 102.000 0.059 1.000 N NA
 2025014 2025015 RD1_1343 RD1_1344     TRUE 0.967 7.000 0.429 1.000 N NA
 2025015 2025016 RD1_1344 RD1_1345     TRUE 0.983 -3.000 0.714 1.000 N NA
 2025018 2025019 RD1_1347 RD1_1348     FALSE 0.110 156.000 0.065 1.000 N NA
 2025019 2025020 RD1_1348 RD1_1349     FALSE 0.406 50.000 0.050 NA   NA
 2025020 2025021 RD1_1349 RD1_1350     FALSE 0.414 29.000 0.027 NA   NA
 2025021 2025022 RD1_1350 RD1_1351   rnhA TRUE 0.780 3.000 0.022 NA   NA
 2025022 2025023 RD1_1351 RD1_1352 rnhA   TRUE 0.607 -7.000 0.025 1.000   NA
 2025023 2025024 RD1_1352 RD1_1353     TRUE 0.907 -3.000 0.140 NA   NA
 2025024 2025025 RD1_1353 RD1_1354     TRUE 0.600 35.000 0.097 NA   NA
 2025025 2025026 RD1_1354 RD1_1355   ispH FALSE 0.491 -22.000 0.029 1.000   NA
 2025026 2025027 RD1_1355 RD1_1356 ispH   FALSE 0.308 102.000 0.091 NA   NA
 2025028 2025029 RD1_1357 RD1_1358 folK rpoZ FALSE 0.400 77.000 0.049 1.000 N NA
 2025029 2025030 RD1_1358 RD1_1359 rpoZ spoT TRUE 0.912 38.000 0.291 1.000 Y NA
 2025030 2025031 RD1_1359 RD1_1360 spoT   FALSE 0.356 87.000 0.086 NA   NA
 2025031 2025032 RD1_1360 RD1_1362   pdxJ FALSE 0.501 31.000 0.050 NA   NA
 2025032 2025033 RD1_1362 RD1_1363 pdxJ rhtC TRUE 0.772 -3.000 0.006 1.000 N NA
 2025033 2025034 RD1_1363 RD1_1364 rhtC acpS TRUE 0.769 -3.000 0.005 1.000 N NA
 2025034 2025035 RD1_1364 RD1_1365 acpS lepB TRUE 0.591 42.000 0.070 1.000 N NA
 2025035 2025036 RD1_1365 RD1_1366 lepB rnc TRUE 0.882 -3.000 0.062 1.000 N NA
 2025036 2025037 RD1_1366 RD1_1367 rnc era TRUE 0.959 -3.000 0.098 0.038   NA
 2025037 2025038 RD1_1367 RD1_1368 era   TRUE 0.668 46.000 0.182 NA   NA
 2025038 2025039 RD1_1368 RD1_1369   recO TRUE 0.792 0.000 0.020 NA   NA
 2025040 2025041 RD1_1370 RD1_1371     TRUE 0.914 -3.000 0.154 NA   NA
 2025041 2025042 RD1_1371 RD1_1372   ibd2 FALSE 0.055 171.000 0.036 1.000   NA
 2025042 2025043 RD1_1372 RD1_1373 ibd2   FALSE 0.007 253.000 0.000 1.000   NA
 2025044 2025045 RD1_1374 RD1_1375     TRUE 0.794 92.000 0.750 NA   NA
 2025047 2025048 RD1_1377 RD1_1378 chvI chvG TRUE 0.961 44.000 0.829 1.000 Y NA
 2025048 2025049 RD1_1378 RD1_1379 chvG hprK TRUE 0.919 34.000 0.304 0.008   NA
 2025049 2025050 RD1_1379 RD1_1380 hprK   TRUE 0.832 -7.000 0.194 NA   NA
 2025050 2025051 RD1_1380 RD1_1382     TRUE 0.935 4.000 0.171 NA   NA
 2025051 2025052 RD1_1382 RD1_1383   ptsH TRUE 0.986 17.000 0.420 0.002 Y NA
 2025052 2025053 RD1_1383 RD1_1384 ptsH   TRUE 0.762 41.000 0.228 1.000   NA
 2025056 2025057 RD1_1387 RD1_1388 etfA etfB TRUE 0.996 0.000 0.452 0.020 Y NA
 2025057 2025058 RD1_1388 RD1_1389 etfB   FALSE 0.042 180.000 0.030 1.000   NA
 2025058 2025059 RD1_1389 RD1_1390     TRUE 0.904 7.000 0.156 NA   NA
 2025059 2025060 RD1_1390 RD1_1391     TRUE 0.769 32.000 0.231 NA   NA
 2025060 2025061 RD1_1391 RD1_1392     FALSE 0.243 57.000 0.018 NA   NA
 2025064 2025065 RD1_1395 RD1_1396   tufA FALSE 0.093 113.000 0.016 NA   NA
 2025067 2025068 RD1_1398 RD1_1399 rpsJ rplC TRUE 0.973 21.000 0.307 0.017 Y NA
 2025068 2025069 RD1_1399 RD1_1400 rplC rplD TRUE 0.994 -3.000 0.486 0.013 Y NA
 2025069 2025070 RD1_1400 RD1_1401 rplD rplW TRUE 0.989 -3.000 0.513 1.000 Y NA
 2025070 2025071 RD1_1401 RD1_1402 rplW   FALSE 0.007 270.000 0.000 1.000 N NA
 2025071 2025072 RD1_1402 RD1_1403     FALSE 0.014 187.000 0.000 1.000   NA
 2025074 2025075 RD1_1405 RD1_1406 rplB rpsS TRUE 0.997 4.000 0.820 0.017 Y NA
 2025075 2025076 RD1_1406 RD1_1407 rpsS rplV TRUE 0.985 -3.000 0.119 0.017 Y NA
 2025076 2025077 RD1_1407 RD1_1408 rplV rpsC TRUE 0.990 0.000 0.109 0.017 Y NA
 2025077 2025078 RD1_1408 RD1_1409 rpsC rplP TRUE 0.992 14.000 0.828 0.017 Y NA
 2025078 2025079 RD1_1409 RD1_1410 rplP   FALSE 0.002 325.000 0.000 NA   NA
 2025080 2025081 RD1_1411 RD1_1412     FALSE 0.012 152.000 0.000 NA   NA
 2025083 2025084 RD1_1415 RD1_1416 arcB arcA TRUE 0.967 9.000 0.174 1.000 Y NA
 2025084 2025085 RD1_1416 RD1_1417 arcA   FALSE 0.082 191.000 0.000 1.000 Y NA
 2025086 2025087 RD1_1418 RD1_1419   rpsQ TRUE 0.994 12.000 0.828 0.013 Y NA
 2025087 2025088 RD1_1419 RD1_1420 rpsQ rplN TRUE 0.967 70.000 0.791 0.017 Y NA
 2025088 2025089 RD1_1420 RD1_1421 rplN rplX TRUE 0.997 3.000 0.810 0.017 Y NA
 2025089 2025090 RD1_1421 RD1_1422 rplX rplE TRUE 0.990 -7.000 0.758 0.013 Y NA
 2025090 2025091 RD1_1422 RD1_1423 rplE rpsN TRUE 0.974 21.000 0.309 0.013 Y NA
 2025091 2025092 RD1_1423 RD1_1424 rpsN rpsH TRUE 0.983 13.000 0.295 0.013 Y NA
 2025092 2025093 RD1_1424 RD1_1425 rpsH rplF TRUE 0.995 11.000 0.808 0.013 Y NA
 2025093 2025094 RD1_1425 RD1_1426 rplF rplR TRUE 0.994 12.000 0.815 0.013 Y NA
 2025094 2025095 RD1_1426 RD1_1428 rplR rpsE TRUE 0.941 107.000 0.814 0.017 Y NA
 2025095 2025096 RD1_1428 RD1_1429 rpsE rpmD TRUE 0.993 13.000 0.789 0.017 Y NA
 2025096 2025097 RD1_1429 RD1_1430 rpmD   FALSE 0.032 137.000 0.002 NA   NA
 2025097 2025098 RD1_1430 RD1_1431   rplO FALSE 0.001 1153.000 0.000 NA   NA
 2025098 2025099 RD1_1431 RD1_1432 rplO secY TRUE 0.682 120.000 0.730 1.000 N NA
 2025099 2025100 RD1_1432 RD1_1433 secY adk TRUE 0.829 -3.000 0.026 1.000 N NA
 2025102 2025103 RD1_1435 RD1_1436 rpsM rpsK TRUE 0.991 16.000 0.810 0.013 Y NA
 2025103 2025104 RD1_1436 RD1_1437 rpsK rpoA TRUE 0.610 103.000 0.308 1.000 N NA
 2025104 2025105 RD1_1437 RD1_1438 rpoA rplQ TRUE 0.664 130.000 0.873 1.000 N NA
 2025105 2025106 RD1_1438 RD1_1439 rplQ   FALSE 0.018 223.000 0.002 1.000 N NA
 2025106 2025107 RD1_1439 RD1_1440   crcB FALSE 0.259 67.000 0.019 NA N NA
 2025107 2025108 RD1_1440 RD1_1441 crcB rluC TRUE 0.851 -3.000 0.059 NA N NA
 2025108 2025109 RD1_1441 RD1_1442 rluC   TRUE 0.978 0.000 0.389 1.000   NA
 2025109 2025110 RD1_1442 RD1_1443     TRUE 0.954 4.000 0.269 NA   NA
 2025110 2025111 RD1_1443 RD1_1444   bztA FALSE 0.038 199.000 0.048 NA N NA
 2025111 2025112 RD1_1444 RD1_1445 bztA bztB TRUE 0.649 134.000 0.202 0.071 Y NA
 2025112 2025113 RD1_1445 RD1_1446 bztB   TRUE 0.997 4.000 0.815 0.008 Y NA
 2025114 2025115 RD1_1447 RD1_1448     FALSE 0.004 217.000 0.000 NA   NA
 2025115 2025116 RD1_1448 RD1_1449     TRUE 0.938 4.000 0.183 NA   NA
 2025116 2025117 RD1_1449 RD1_1450     TRUE 0.826 -3.000 0.057 NA   NA
 2025117 2025118 RD1_1450 RD1_1452   argB FALSE 0.153 91.000 0.005 NA N NA
 2025118 2025119 RD1_1452 RD1_1453 argB   FALSE 0.565 30.000 0.046 1.000   NA
 2025119 2025120 RD1_1453 RD1_1454     TRUE 0.861 0.000 0.025 1.000   NA
 2025120 2025121 RD1_1454 RD1_1455   oxaA TRUE 0.812 -3.000 0.030 1.000   NA
 2025121 2025122 RD1_1455 RD1_1456 oxaA   FALSE 0.050 172.000 0.021 1.000 N NA
 2025122 2025123 RD1_1456 RD1_1457     FALSE 0.158 120.000 0.049 NA N NA
 2025123 2025124 RD1_1457 RD1_1458     FALSE 0.521 12.000 0.011 NA   NA
 2025124 2025125 RD1_1458 RD1_1459   rnpA TRUE 0.971 -3.000 0.540 NA   NA
 2025125 2025126 RD1_1459 RD1_1462 rnpA rpmH TRUE 0.941 25.000 0.787 1.000   NA
 2025127 2025128 RD1_1463 RD1_1464 merA merA TRUE 0.921 -58.000 0.320 0.001   NA
 2025128 2025129 RD1_1464 RD1_1465 merA regM TRUE 0.929 12.000 0.287 1.000 N NA
 2025129 1596880 RD1_1465 RD1_1466 regM   FALSE 0.024 121.000 0.000 NA   NA
 1596880 2025130 RD1_1466 RD1_1467     FALSE 0.014 144.000 0.000 NA   NA
 2025130 2025131 RD1_1467 RD1_1468     FALSE 0.001 1516.000 0.000 NA   NA
 2025133 2025134 RD1_1470 RD1_1471     FALSE 0.003 240.000 0.000 NA   NA
 2025134 2025135 RD1_1471 RD1_1472   gatM FALSE 0.004 235.000 0.000 NA   NA
 2025136 2025137 RD1_1474 RD1_1475   mcd TRUE 0.692 3.000 0.000 1.000   NA
 2025137 2025138 RD1_1475 RD1_1476 mcd   TRUE 0.854 -3.000 0.050 1.000   NA
 2025138 2025139 RD1_1476 RD1_1477     TRUE 0.995 0.000 0.900 NA Y NA
 2025139 2025140 RD1_1477 RD1_1478     TRUE 0.952 23.000 0.436 NA Y NA
 2025142 2025143 RD1_1480 RD1_1481   mtlK FALSE 0.002 309.000 0.000 NA   NA
 2025143 2025144 RD1_1481 RD1_1482 mtlK   FALSE 0.177 -12.000 0.000 NA   NA
 2025144 2025145 RD1_1482 RD1_1483     FALSE 0.129 34.000 0.000 NA   NA
 2025145 2025146 RD1_1483 RD1_1484     TRUE 0.983 13.000 0.373 0.070 Y NA
 2025146 2025147 RD1_1484 RD1_1485     TRUE 0.994 11.000 0.918 0.070 Y NA
 2025147 2025148 RD1_1485 RD1_1486     TRUE 0.781 120.000 0.306 0.070 Y NA
 2025148 2025149 RD1_1486 RD1_1487     FALSE 0.530 115.000 0.333 1.000 N NA
 2025149 2025150 RD1_1487 RD1_1488     FALSE 0.003 458.000 0.000 1.000 N NA
 2025150 2025151 RD1_1488 RD1_1489     TRUE 0.607 77.000 0.167 1.000 N NA
 2025152 2025153 RD1_1490 RD1_1491     TRUE 0.893 22.000 0.100 1.000 Y NA
 2025153 2025154 RD1_1491 RD1_1492     FALSE 0.046 100.000 0.000 NA   NA
 2025154 2025155 RD1_1492 RD1_1493     FALSE 0.109 43.000 0.000 NA   NA
 2025156 2025157 RD1_1494 RD1_1495 fmdA   FALSE 0.410 104.000 0.111 1.000 N NA
 2025157 2025158 RD1_1495 RD1_1496     TRUE 0.951 -3.000 0.258 1.000   NA
 2025158 2025159 RD1_1496 RD1_1497     TRUE 0.828 10.000 0.065 1.000   NA
 2025159 2025160 RD1_1497 RD1_1498     TRUE 0.979 -3.000 0.600 1.000 N NA
 2025161 2025162 RD1_1499 RD1_1500     TRUE 0.923 -3.000 0.120 1.000 N NA
 2025162 2025163 RD1_1500 RD1_1501     FALSE 0.560 44.000 0.060 1.000 N NA
 2025163 2025164 RD1_1501 RD1_1502     TRUE 0.963 31.000 0.667 1.000 Y NA
 2025164 2025165 RD1_1502 RD1_1503     TRUE 0.928 45.000 0.444 1.000 Y NA
 2025165 2025166 RD1_1503 RD1_1504     TRUE 0.994 2.000 0.667 1.000 Y NA
 2025166 2025167 RD1_1504 RD1_1505     TRUE 0.975 -3.000 0.057 0.070 Y NA
 2025168 2025169 RD1_1506 RD1_1507     TRUE 0.837 34.000 0.333 1.000   NA
 2025169 2025170 RD1_1507 RD1_1508   soxS TRUE 0.889 28.000 0.500 NA   NA
 2025171 2025172 RD1_1509 RD1_1510 ccdA soxW TRUE 0.910 16.000 0.417 NA   NA
 2025172 2025173 RD1_1510 RD1_1511 soxW soxX TRUE 0.607 120.000 0.667 NA   NA
 2025173 2025174 RD1_1511 RD1_1512 soxX soxY TRUE 0.882 49.000 0.741 NA   NA
 2025174 2025175 RD1_1512 RD1_1513 soxY soxZ TRUE 0.928 21.000 0.656 NA   NA
 2025175 2025176 RD1_1513 RD1_1514 soxZ soxA TRUE 0.934 26.000 0.812 NA   NA
 2025176 2025177 RD1_1514 RD1_1515 soxA soxB TRUE 0.797 98.000 0.735 1.000   NA
 2025177 2025178 RD1_1515 RD1_1516 soxB soxC TRUE 0.901 30.000 0.518 1.000   NA
 2025178 2025179 RD1_1516 RD1_1517 soxC soxD TRUE 0.897 -16.000 0.214 0.068   NA
 2025179 2025180 RD1_1517 RD1_1518 soxD soxE TRUE 0.992 5.000 0.316 0.014 Y NA
 2025180 2025181 RD1_1518 RD1_1519 soxE soxF TRUE 0.958 29.000 0.632 NA Y NA
 2025181 2025182 RD1_1519 RD1_1520 soxF   TRUE 0.677 81.000 0.357 NA   NA
 2025182 2025183 RD1_1520 RD1_1521     FALSE 0.285 110.000 0.107 NA   NA
 2025184 2025185 RD1_1522 RD1_1523     TRUE 0.972 3.000 0.346 1.000   NA
 2025185 2025186 RD1_1523 RD1_1524     FALSE 0.084 60.000 0.000 NA   NA
 2025187 2025188 RD1_1525 RD1_1526     TRUE 0.921 43.000 1.000 NA   NA
 2025188 2025189 RD1_1526 RD1_1527   nadC FALSE 0.154 65.000 0.004 NA   NA
 2025189 2025190 RD1_1527 RD1_1528 nadC   FALSE 0.490 24.000 0.005 1.000 N NA
 2025192 2025193 RD1_1531 RD1_1532 marR   FALSE 0.286 143.000 0.222 1.000 N NA
 2025193 2025194 RD1_1532 RD1_1533   mop TRUE 0.997 1.000 0.667 0.068 Y NA
 2025194 2025195 RD1_1533 RD1_1534 mop   TRUE 0.896 -7.000 0.355 NA   NA
 2025195 2025196 RD1_1534 RD1_1535     TRUE 0.936 5.000 0.214 NA   NA
 2025196 2025197 RD1_1535 RD1_1536     TRUE 0.774 -13.000 0.171 NA   NA
 2025197 2025198 RD1_1536 RD1_1537     TRUE 0.978 -3.000 0.680 NA   NA
 2025198 2025199 RD1_1537 RD1_1539     FALSE 0.001 460.000 0.000 NA   NA
 2025199 2025200 RD1_1539 RD1_1541     TRUE 0.888 74.000 0.500 NA Y NA
 2025200 2025201 RD1_1541 RD1_1542     TRUE 0.994 4.000 0.875 NA Y NA
 2025203 2025204 RD1_1545 RD1_1546   nosR FALSE 0.012 150.000 0.000 NA   NA
 2025204 2025205 RD1_1546 RD1_1547 nosR nosZ TRUE 0.736 19.000 0.070 1.000 N NA
 2025205 2025206 RD1_1547 RD1_1548 nosZ nosD TRUE 0.980 4.000 0.146 0.003 N NA
 2025206 2025207 RD1_1548 RD1_1549 nosD nosF TRUE 0.962 -10.000 0.963 1.000 N NA
 2025207 2025208 RD1_1549 RD1_1550 nosF nosY TRUE 0.969 -3.000 0.500 NA   NA
 2025208 2025209 RD1_1550 RD1_1551 nosY nosL TRUE 0.971 -3.000 0.519 NA   NA
 2025209 2025210 RD1_1551 RD1_1552 nosL nosX TRUE 0.867 -3.000 0.071 NA N NA
 2025212 2025213 RD1_1554 RD1_1556 hbaR   FALSE 0.375 -37.000 0.029 NA   NA
 2025214 2025215 RD1_1557 RD1_1558 norF norE TRUE 0.963 -3.000 0.071 0.002   NA
 2025215 2025216 RD1_1558 RD1_1559 norE norD TRUE 0.978 -3.000 0.164 0.002 N NA
 2025216 2025217 RD1_1559 RD1_1560 norD norQ TRUE 0.993 4.000 0.590 0.002   NA
 2025217 2025218 RD1_1560 RD1_1561 norQ norB TRUE 0.990 -3.000 0.529 0.002   NA
 2025218 2025219 RD1_1561 RD1_1562 norB norC TRUE 0.991 10.000 0.794 0.002   NA
 2025219 2025220 RD1_1562 RD1_1563 norC cycA TRUE 0.579 84.000 0.032 0.014   NA
 2025220 2025221 RD1_1563 RD1_1564 cycA nosR TRUE 0.885 24.000 0.333 1.000 N NA
 2025222 2025223 RD1_1565 RD1_1566 nirS nirE FALSE 0.444 112.000 0.214 1.000   NA
 2025223 2025224 RD1_1566 RD1_1567 nirE nirC TRUE 0.825 -7.000 0.143 1.000   NA
 2025224 2025225 RD1_1567 RD1_1568 nirC nirF TRUE 0.991 0.000 0.372 0.002   NA
 2025225 2025226 RD1_1568 RD1_1569 nirF nirD TRUE 0.862 11.000 0.140 NA   NA
 2025226 2025227 RD1_1569 RD1_1570 nirD nirG TRUE 0.935 -10.000 0.276 NA Y NA
 2025227 2025228 RD1_1570 RD1_1571 nirG nirH TRUE 0.980 -3.000 0.310 NA Y NA
 2025228 2025229 RD1_1571 RD1_1572 nirH nirJ TRUE 0.971 0.000 0.348 NA   NA
 2025229 2025230 RD1_1572 RD1_1573 nirJ nirN TRUE 0.889 -25.000 0.500 1.000   NA
 2025230 2025231 RD1_1573 RD1_1574 nirN cbiX FALSE 0.547 -43.000 0.062 1.000   NA
 2025231 2025232 RD1_1574 RD1_1575 cbiX   TRUE 0.936 -3.000 0.182 1.000   NA
 2025232 2025233 RD1_1575 RD1_1576   hemA TRUE 0.631 66.000 0.182 1.000   NA
 2025233 2025234 RD1_1576 RD1_1577 hemA   FALSE 0.002 275.000 0.000 NA   NA
 2025234 2025235 RD1_1577 RD1_1579     FALSE 0.005 206.000 0.000 NA   NA
 2025239 2025240 RD1_1583 RD1_1584     TRUE 0.628 115.000 0.632 NA   NA
 2025240 2025241 RD1_1584 RD1_1585     FALSE 0.001 597.000 0.000 NA   NA
 2025242 2025243 RD1_1586 RD1_1587   mexF FALSE 0.105 145.000 0.040 1.000 N NA
 2025243 2025244 RD1_1587 RD1_1588 mexF   TRUE 0.913 -46.000 0.720 1.000 N NA
 2025244 2025245 RD1_1588 RD1_1589     FALSE 0.276 86.000 0.050 NA   NA
 2025245 2025246 RD1_1589 RD1_1590   tlpA FALSE 0.050 96.000 0.000 NA   NA
 2025247 2025248 RD1_1591 RD1_1592 argH   FALSE 0.288 -18.000 0.005 NA   NA
 2025248 2025249 RD1_1592 RD1_1593     TRUE 0.959 6.000 0.400 NA   NA
 2025249 2025250 RD1_1593 RD1_1594     TRUE 0.909 2.000 0.091 NA   NA
 2025250 2025251 RD1_1594 RD1_1595   lysA FALSE 0.220 91.000 0.017 1.000   NA
 2025251 2025252 RD1_1595 RD1_1596 lysA   FALSE 0.470 43.000 0.062 NA   NA
 2025253 2025254 RD1_1597 RD1_1598     FALSE 0.031 113.000 0.000 NA   NA
 2025255 2025256 RD1_1599 RD1_1600 ftsE   TRUE 0.978 0.000 0.139 NA Y NA
 2025256 2025257 RD1_1600 RD1_1601     TRUE 0.966 0.000 0.267 NA N NA
 2025257 2025258 RD1_1601 RD1_1602     TRUE 0.770 -16.000 0.153 1.000   NA
 2025261 2025262 RD1_1605 RD1_1606     TRUE 0.635 -19.000 0.095 NA   NA
 2025262 2025263 RD1_1606 RD1_1607     TRUE 0.930 11.000 0.333 NA   NA
 2025263 2025264 RD1_1607 RD1_1608   sucB FALSE 0.001 570.000 0.000 NA   NA
 2025264 2025265 RD1_1608 RD1_1609 sucB sucA TRUE 0.993 4.000 0.667 1.000 Y NA
 2025265 2025266 RD1_1609 RD1_1610 sucA   TRUE 0.733 -3.000 0.006 1.000   NA
 2025266 2025267 RD1_1610 RD1_1611   sucD FALSE 0.025 203.000 0.016 1.000   NA
 2025267 2025268 RD1_1611 RD1_1612 sucD   FALSE 0.465 16.000 0.016 NA   NA
 2025268 2025269 RD1_1612 RD1_1613     TRUE 0.985 -3.000 1.000 NA   NA
 2025269 2025270 RD1_1613 RD1_1614     FALSE 0.019 129.000 0.000 NA   NA
 2025270 2025271 RD1_1614 RD1_1615   sucC FALSE 0.461 4.000 0.000 NA   NA
 2025276 2025277 RD1_1620 RD1_1621 citE   TRUE 0.939 5.000 0.223 NA   NA
 2025277 2025278 RD1_1621 RD1_1622     TRUE 0.852 17.000 0.243 NA   NA
 2025278 2025279 RD1_1622 RD1_1623     TRUE 0.971 0.000 0.347 NA   NA
 2025279 2025280 RD1_1623 RD1_1624     FALSE 0.331 72.000 0.053 NA   NA
 2025280 2025281 RD1_1624 RD1_1625     TRUE 0.814 56.000 0.500 NA   NA
 2025281 2025282 RD1_1625 RD1_1626   sdhC FALSE 0.050 155.000 0.032 NA   NA
 2025282 2025283 RD1_1626 RD1_1627 sdhC sdhD TRUE 0.989 11.000 0.291 0.001 Y NA
 2025283 2025284 RD1_1627 RD1_1628 sdhD sdhA TRUE 0.979 53.000 0.705 0.001 Y NA
 2025284 2025285 RD1_1628 RD1_1629 sdhA   FALSE 0.329 -40.000 0.022 NA   NA
 2025285 2025286 RD1_1629 RD1_1630   sdhB FALSE 0.392 26.000 0.019 NA   NA
 2025286 2025287 RD1_1630 RD1_1631 sdhB   TRUE 0.605 10.000 0.004 NA N NA
 2025287 2025288 RD1_1631 RD1_1632     TRUE 0.813 0.000 0.025 NA   NA
 2025288 2025289 RD1_1632 RD1_1633     FALSE 0.479 58.000 0.091 NA   NA
 2025290 2025291 RD1_1634 RD1_1635 deoD mutB FALSE 0.389 64.000 0.031 1.000 N NA
 2025292 2025293 RD1_1636 RD1_1637   ccrA FALSE 0.338 136.000 0.298 1.000   NA
 2025293 2025294 RD1_1637 RD1_1638 ccrA rhlR FALSE 0.004 369.000 0.000 1.000 N NA
 2025294 2025295 RD1_1638 RD1_1639 rhlR tral FALSE 0.416 116.000 0.200 1.000 N NA
 2025295 2025296 RD1_1639 RD1_1640 tral   FALSE 0.092 188.000 0.135 1.000   NA
 2025297 2025298 RD1_1641 RD1_1642     TRUE 0.982 3.000 0.632 NA   NA
 2025298 2025299 RD1_1642 RD1_1643     FALSE 0.348 72.000 0.039 1.000   NA
 2025299 2025300 RD1_1643 RD1_1644     TRUE 0.993 0.000 0.720 0.069   NA
 2025300 2025301 RD1_1644 RD1_1645     TRUE 0.939 5.000 0.184 1.000   NA
 2025301 2025302 RD1_1645 RD1_1647     TRUE 0.909 -21.000 0.586 1.000   NA
 2025302 2025303 RD1_1647 RD1_1648     FALSE 0.101 137.000 0.038 1.000   NA
 2025303 2025304 RD1_1648 RD1_1649     TRUE 0.980 -3.000 0.209 0.002   NA
 2025304 2025305 RD1_1649 RD1_1650     TRUE 0.774 47.000 0.061 1.000 Y NA
 2025305 2025306 RD1_1650 RD1_1652     FALSE 0.065 230.000 0.151 1.000   NA
 2025308 2025309 RD1_1654 RD1_1655 ilvE   FALSE 0.391 72.000 0.077 NA   NA
 2025311 2025312 RD1_1657 RD1_1658     FALSE 0.069 73.000 0.000 NA   NA
 2025312 2025313 RD1_1658 RD1_1659     FALSE 0.080 63.000 0.000 NA   NA
 2025315 2025316 RD1_1661 RD1_1662 kdsA   TRUE 0.834 2.000 0.036 NA   NA
 2025317 2025318 RD1_1663 RD1_1664     FALSE 0.009 480.000 0.085 NA   NA
 2025318 2025319 RD1_1664 RD1_1665     FALSE 0.061 173.000 0.071 NA   NA
 2025319 2025320 RD1_1665 RD1_1666     TRUE 0.961 0.000 0.250 NA   NA
 2025320 2025321 RD1_1666 RD1_1667     FALSE 0.120 -39.000 0.000 NA   NA
 2025322 2025323 RD1_1668 RD1_1669 opgH opgG TRUE 0.928 -3.000 0.169 NA N NA
 2025323 2025324 RD1_1669 RD1_1670 opgG opgC TRUE 0.987 0.000 0.769 NA   NA
 2025324 2025325 RD1_1670 RD1_1671 opgC   FALSE 0.099 49.000 0.000 NA   NA
 2025325 2025326 RD1_1671 RD1_1673     FALSE 0.014 186.000 0.000 1.000   NA
 2025326 2025327 RD1_1673 RD1_1674   alsS TRUE 0.930 -16.000 0.647 1.000 N NA
 2025327 2025328 RD1_1674 RD1_1675 alsS   FALSE 0.164 121.000 0.071 NA   NA
 2025329 2025330 RD1_1676 RD1_1677 argD argF TRUE 0.702 60.000 0.038 1.000 Y NA
 2025332 2025333 RD1_1679 RD1_1680   rpmB FALSE 0.272 74.000 0.008 1.000 N NA
 2025333 2025334 RD1_1680 RD1_1681 rpmB   FALSE 0.190 60.000 0.008 NA   NA
 2025334 2025335 RD1_1681 RD1_1682     TRUE 0.690 46.000 0.205 NA   NA
 2025337 2025338 RD1_1684 RD1_1685   infA TRUE 0.639 77.000 0.228 1.000   NA
 2025338 2025339 RD1_1685 RD1_1686 infA maf TRUE 0.949 4.000 0.207 NA N NA
 2025339 2025340 RD1_1686 RD1_1687 maf   TRUE 0.913 -3.000 0.133 NA N NA
 2025340 2025341 RD1_1687 RD1_1688     TRUE 0.928 -3.000 0.154 1.000   NA
 2025342 2025343 RD1_1689 RD1_1690     FALSE 0.317 -90.000 0.027 NA   NA
 2025343 2025344 RD1_1690 RD1_1691   rrf FALSE 0.419 25.000 0.022 NA   NA
 2025345 2025346 RD1_1692 RD1_1693     FALSE 0.054 90.000 0.000 NA   NA
 2025346 2025347 RD1_1693 RD1_1694   nnrS FALSE 0.510 25.000 0.041 NA   NA
 2025347 2025348 RD1_1694 RD1_1695 nnrS nnrU TRUE 0.870 -3.000 0.090 NA   NA
 2025348 2025349 RD1_1695 RD1_1696 nnrU hemN FALSE 0.004 223.000 0.000 NA   NA
 2025349 2025350 RD1_1696 RD1_1697 hemN bchE FALSE 0.041 258.000 0.000 0.012 N NA
 2025350 2025351 RD1_1697 RD1_1698 bchE   FALSE 0.051 237.000 0.000 1.000 Y NA
 2025352 2025353 RD1_1699 RD1_1700     FALSE 0.030 163.000 0.000 1.000 N NA
 2025354 2025355 RD1_1701 RD1_1702 soxB soxD TRUE 0.992 12.000 0.533 0.003 Y NA
 2025355 2025356 RD1_1702 RD1_1704 soxD soxA TRUE 0.994 -3.000 0.867 0.003   NA
 2025356 2025357 RD1_1704 RD1_1705 soxA soxG TRUE 0.972 14.000 0.444 0.004   NA
 2025358 2025359 RD1_1707 RD1_1708     TRUE 0.673 78.000 0.333 NA   NA
 2025360 2025361 RD1_1709 RD1_1710     FALSE 0.004 235.000 0.000 NA   NA
 2025361 2025362 RD1_1710 RD1_1711     FALSE 0.192 19.000 0.000 NA   NA
 2025363 2025364 RD1_1712 RD1_1713     FALSE 0.519 0.000 0.000 NA   NA
 2025364 2025365 RD1_1713 RD1_1714     FALSE 0.012 181.000 0.000 NA N NA
 2025365 2025366 RD1_1714 RD1_1715     FALSE 0.035 109.000 0.000 NA   NA
 2025366 2025367 RD1_1715 RD1_1716     TRUE 0.954 -3.000 0.333 NA   NA
 2025367 2025368 RD1_1716 RD1_1717     TRUE 0.799 63.000 0.167 NA Y NA
 2025368 2025369 RD1_1717 RD1_1718     FALSE 0.132 33.000 0.000 NA   NA
 2025370 2025371 RD1_1719 RD1_1720 hutC prsD FALSE 0.006 264.000 0.000 1.000   NA
 2025371 2025372 RD1_1720 RD1_1721 prsD   TRUE 0.966 -3.000 0.111 0.007   NA
 2025372 2025373 RD1_1721 RD1_1722     FALSE 0.007 178.000 0.000 NA   NA
 2025373 2025374 RD1_1722 RD1_1723     FALSE 0.101 -106.000 0.000 NA   NA
 2025374 2025375 RD1_1723 RD1_1724     TRUE 0.958 13.000 0.714 NA   NA
 2025376 2025377 RD1_1725 RD1_1726 nagA   TRUE 0.967 -3.000 0.369 1.000 N NA
 2025377 2025378 RD1_1726 RD1_1727     TRUE 0.979 -3.000 0.577 1.000 N NA
 2025378 2025379 RD1_1727 RD1_1728     TRUE 0.983 -3.000 0.704 1.000 N NA
 2025380 2025381 RD1_1729 RD1_1730     TRUE 0.930 80.000 0.456 0.069 Y NA
 2025381 2025382 RD1_1730 RD1_1731     TRUE 0.989 14.000 0.708 0.069 Y NA
 2025382 2025383 RD1_1731 RD1_1732     TRUE 0.968 -3.000 0.415 1.000   NA
 2025383 2025384 RD1_1732 RD1_1733     TRUE 0.971 -3.000 0.463 1.000   NA
 2025385 2025386 RD1_1734 RD1_1735     TRUE 0.904 -18.000 0.600 NA   NA
 2025388 2025389 RD1_1737 RD1_1738   bceA TRUE 0.990 -3.000 0.605 1.000 Y NA
 2025389 2025390 RD1_1738 RD1_1739 bceA   TRUE 0.904 14.000 0.336 NA   NA
 2025391 2025392 RD1_1741 RD1_1742 pcm   FALSE 0.523 82.000 0.121 1.000 N NA
 2025392 2025393 RD1_1742 RD1_1743     TRUE 0.857 73.000 0.852 NA   NA
 2025393 2025394 RD1_1743 RD1_1744     FALSE 0.126 137.000 0.083 NA   NA
 2025401 2025402 RD1_1751 RD1_1752     FALSE 0.378 55.000 0.049 NA   NA
 2025404 2025405 RD1_1754 RD1_1756 valS   FALSE 0.278 76.000 0.041 NA   NA
 2025405 2025406 RD1_1756 RD1_1757     TRUE 0.833 -3.000 0.061 NA   NA
 2025407 2025408 RD1_1758 RD1_1759     TRUE 0.855 -22.000 0.350 1.000   NA
 2025409 2025410 RD1_1761 RD1_1762   metF FALSE 0.470 61.000 0.051 1.000 N NA
 2025412 2025413 RD1_1764 RD1_1765     FALSE 0.034 162.000 0.021 NA   NA
 2025413 2025414 RD1_1765 RD1_1766     TRUE 0.772 -3.000 0.035 NA   NA
 2025414 2025415 RD1_1766 RD1_1767   cycH TRUE 0.846 -3.000 0.035 1.000 N NA
 2025418 2025419 RD1_1770 RD1_1771     FALSE 0.421 5.000 0.000 NA   NA
 2025419 2025420 RD1_1771 RD1_1772   sodB FALSE 0.082 111.000 0.009 NA   NA
 2025422 2025423 RD1_1774 RD1_1775     TRUE 0.694 73.000 0.290 1.000   NA
 2025423 2025424 RD1_1775 RD1_1776     FALSE 0.157 67.000 0.000 1.000   NA
 2025425 2025426 RD1_1777 RD1_1778     FALSE 0.350 77.000 0.067 NA   NA
 2025426 2025427 RD1_1778 RD1_1779     TRUE 0.984 -3.000 0.875 NA N NA
 2025428 2025429 RD1_1780 RD1_1781     TRUE 0.583 72.000 0.154 1.000   NA
 2025429 2025430 RD1_1781 RD1_1783     TRUE 0.701 53.000 0.203 1.000   NA
 2025432 2025433 RD1_1785 RD1_1786     FALSE 0.425 71.000 0.091 NA   NA
 2025433 2025434 RD1_1786 RD1_1787   gill FALSE 0.044 156.000 0.026 NA   NA
 2025434 2025435 RD1_1787 RD1_1788 gill soxB FALSE 0.051 318.000 0.066 1.000 Y NA
 2025435 2025436 RD1_1788 RD1_1789 soxB soxD TRUE 0.985 41.000 0.882 0.003 Y NA
 2025436 2025437 RD1_1789 RD1_1790 soxD soxA TRUE 0.994 -3.000 0.944 0.003   NA
 2025437 2025438 RD1_1790 RD1_1791 soxA soxG TRUE 0.985 -7.000 0.944 0.004   NA
 2025438 2025439 RD1_1791 RD1_1792 soxG   TRUE 0.865 33.000 0.471 NA   NA
 2025439 2025440 RD1_1792 RD1_1793   dnaG FALSE 0.141 85.000 0.010 NA   NA
 2025440 2025441 RD1_1793 RD1_1794 dnaG rpoD FALSE 0.445 123.000 0.299 1.000 N NA
 2025441 2025442 RD1_1794 RD1_1795 rpoD   FALSE 0.002 724.000 0.015 NA   NA
 2025442 2025443 RD1_1795 RD1_1796     FALSE 0.266 75.000 0.036 NA   NA
 2025443 2025444 RD1_1796 RD1_1797     FALSE 0.244 34.000 0.004 NA   NA
 2025444 2025445 RD1_1797 RD1_1798     FALSE 0.053 135.000 0.017 NA   NA
 2025445 2025446 RD1_1798 RD1_1799   ribD TRUE 0.950 -3.000 0.277 NA N NA
 2025446 2025447 RD1_1799 RD1_1800 ribD ribE TRUE 0.617 144.000 0.456 1.000 Y NA
 2025447 2025448 RD1_1800 RD1_1801 ribE ribB TRUE 0.590 71.000 0.006 1.000 Y NA
 2025448 2025449 RD1_1801 RD1_1803 ribB ribH TRUE 0.983 4.000 0.022 0.002 Y NA
 2025449 2025450 RD1_1803 RD1_1804 ribH nusB TRUE 0.834 42.000 0.347 1.000 N NA
 2025450 2025451 RD1_1804 RD1_1805 nusB   TRUE 0.729 4.000 0.015 NA   NA
 2025451 2025452 RD1_1805 RD1_1806     FALSE 0.142 125.000 0.065 NA   NA
 2025452 2025453 RD1_1806 RD1_1807     FALSE 0.002 292.000 0.000 NA   NA
 2025455 1597207 RD1_1809 RD1_1810     FALSE 0.107 44.000 0.000 NA   NA
 1597207 2025456 RD1_1810 RD1_1811     FALSE 0.049 97.000 0.000 NA   NA
 2025458 2025459 RD1_1813 RD1_1814 rluD rpoH FALSE 0.055 184.000 0.046 1.000 N NA
 2025462 2025463 RD1_1817 RD1_1818 dnlI   TRUE 0.981 -3.000 0.751 NA N NA
 2025463 2025464 RD1_1818 RD1_1819   pldB FALSE 0.487 39.000 0.047 NA N NA
 2025464 2025465 RD1_1819 RD1_1820 pldB   TRUE 0.654 69.000 0.033 1.000 Y NA
 2025466 2025467 RD1_1821 RD1_1822     TRUE 0.582 25.000 0.040 1.000   NA
 2025467 2025468 RD1_1822 RD1_1823   hslR TRUE 0.978 1.000 0.116 1.000 Y NA
 2025468 2025469 RD1_1823 RD1_1824 hslR fdxA FALSE 0.491 54.000 0.050 1.000 N NA
 2025469 2025470 RD1_1824 RD1_1825 fdxA   FALSE 0.007 274.000 0.000 1.000 N NA
 2025473 2025474 RD1_1828 RD1_1829 kefC   TRUE 0.815 23.000 0.159 1.000 N NA
 2025477 2025478 RD1_1831 RD1_1833     FALSE 0.001 1803.000 0.000 NA   NA
 2025482 2025483 RD1_1838 RD1_1839     TRUE 0.940 35.000 0.444 1.000 Y NA
 2025485 2025486 RD1_1841 RD1_1842     TRUE 0.980 -3.000 0.667 1.000   NA
 2025486 2025487 RD1_1842 RD1_1843     FALSE 0.023 122.000 0.000 NA   NA
 1597242 2025489 RD1_1846 RD1_1848     FALSE 0.078 64.000 0.000 NA   NA
 2025489 2025490 RD1_1848 RD1_1849     TRUE 0.816 -15.000 0.250 NA   NA
 2025491 2025492 RD1_1850 RD1_1851     FALSE 0.001 904.000 0.000 NA   NA
 2025492 2025493 RD1_1851 RD1_1852     TRUE 0.916 36.000 0.346 0.042   NA
 2025496 2025497 RD1_1856 RD1_1857     FALSE 0.413 33.000 0.032 NA   NA
 2025497 2025498 RD1_1857 RD1_1858     TRUE 0.901 -3.000 0.127 NA   NA
 2025498 2025499 RD1_1858 RD1_1859     TRUE 0.811 20.000 0.200 NA   NA
 2025501 2025502 RD1_1861 RD1_1862     TRUE 0.944 -3.000 0.032 1.000 Y NA
 2025502 2025503 RD1_1862 RD1_1863   nikC TRUE 0.950 -7.000 0.093 0.068 Y NA
 2025503 2025504 RD1_1863 RD1_1864 nikC   TRUE 0.955 -3.000 0.125 0.099   NA
 2025505 2025506 RD1_1865 RD1_1866     TRUE 0.971 -3.000 0.538 NA   NA
 2025506 2025507 RD1_1866 RD1_1867     TRUE 0.785 51.000 0.385 NA   NA
 2025508 2025509 RD1_1868 RD1_1869   mucS FALSE 0.006 301.000 0.000 1.000 N NA
 2025510 2025511 RD1_1870 RD1_1871     TRUE 0.980 3.000 0.556 NA   NA
 2025511 2025512 RD1_1871 RD1_1872   gloA TRUE 0.798 -6.000 0.128 NA   NA
 2025513 2025514 RD1_1873 RD1_1874   thyA FALSE 0.017 133.000 0.000 NA   NA
 2025514 2025515 RD1_1874 RD1_1875 thyA folA TRUE 0.967 4.000 0.295 1.000 N NA
 2025518 2025519 RD1_1878 RD1_1879     TRUE 0.833 -3.000 0.061 NA   NA
 2025519 2025520 RD1_1879 RD1_1880     TRUE 0.965 -3.000 0.450 NA   NA
 2025520 2025521 RD1_1880 RD1_1881     FALSE 0.253 82.000 0.040 NA   NA
 2025524 2025525 RD1_1884 RD1_1885     FALSE 0.020 255.000 0.065 NA   NA
 2025525 2025526 RD1_1885 RD1_1886     FALSE 0.012 153.000 0.000 NA   NA
 2025528 2025529 RD1_1888 RD1_1889 phaC   FALSE 0.238 141.000 0.222 NA   NA
 2025529 2025530 RD1_1889 RD1_1890     FALSE 0.429 46.000 0.052 NA   NA
 2025531 2025532 RD1_1891 RD1_1892     TRUE 0.976 19.000 0.706 1.000 Y NA
 2025532 2025533 RD1_1892 RD1_1893     TRUE 0.878 -15.000 0.329 1.000 N NA
 2025533 2025534 RD1_1893 RD1_1894     TRUE 0.965 4.000 0.278 1.000 N NA
 2025534 2025535 RD1_1894 RD1_1896   hisM TRUE 0.874 88.000 0.481 1.000 Y NA
 2025535 2025536 RD1_1896 RD1_1897 hisM   TRUE 0.976 57.000 1.000 0.067 Y NA
 2025536 2025537 RD1_1897 RD1_1898     TRUE 0.918 108.000 0.724 0.082 Y NA
 2025537 2025538 RD1_1898 RD1_1899     TRUE 0.971 28.000 0.774 1.000 Y NA
 2025538 2025539 RD1_1899 RD1_1900     FALSE 0.472 112.000 0.275 NA N NA
 2025539 2025540 RD1_1900 RD1_1901     TRUE 0.948 -3.000 0.294 NA   NA
 2025540 2025541 RD1_1901 RD1_1902     TRUE 0.865 39.000 0.536 NA   NA
 2025543 2025544 RD1_1904 RD1_1905     FALSE 0.046 129.000 0.007 NA   NA
 2025544 2025545 RD1_1905 RD1_1906   pyrG FALSE 0.005 205.000 0.000 NA   NA
 2025545 2025546 RD1_1906 RD1_1907 pyrG secG FALSE 0.086 178.000 0.083 1.000 N NA
 2025547 2025548 RD1_1908 RD1_1909 nthA nthB TRUE 0.994 -3.000 0.761 0.001   NA
 2025548 2025549 RD1_1909 RD1_1910 nthB   TRUE 0.970 -30.000 0.761 0.001   NA
 2025551 2025552 RD1_1912 RD1_1913 purA   TRUE 0.637 12.000 0.030 NA   NA
 2025555 2025556 RD1_1916 RD1_1917   sdaA TRUE 0.657 56.000 0.167 1.000   NA
 2025557 2025558 RD1_1918 RD1_1919 rpiA gor FALSE 0.226 96.000 0.014 1.000 N NA
 2025558 2025559 RD1_1919 RD1_1920 gor   FALSE 0.359 74.000 0.032 1.000 N NA
 2025559 2025560 RD1_1920 RD1_1921   hflC TRUE 0.998 0.000 0.947 0.006 Y NA
 2025560 2025561 RD1_1921 RD1_1922 hflC   TRUE 0.956 -3.000 0.348 NA   NA
 2025561 2025562 RD1_1922 RD1_1923   degP FALSE 0.159 149.000 0.150 NA   NA
 2025564 2025565 RD1_1925 RD1_1926 fdx   TRUE 0.984 0.000 0.647 NA   NA
 2025569 2025570 RD1_1931 RD1_1932   ftsY FALSE 0.225 15.000 0.000 NA   NA
 2025570 2025571 RD1_1932 RD1_1933 ftsY   FALSE 0.490 71.000 0.013 0.098   NA
 2025571 2025572 RD1_1933 RD1_1934   ispZ TRUE 0.849 10.000 0.082 1.000   NA
 2025573 2025574 RD1_1935 RD1_1937   gst FALSE 0.143 140.000 0.103 NA   NA
 2025574 2025575 RD1_1937 RD1_1938 gst   FALSE 0.154 -16.000 0.000 NA   NA
 2025578 2025579 RD1_1941 RD1_1942   trkH-1 FALSE 0.129 116.000 0.020 1.000   NA
 2025579 2025580 RD1_1942 RD1_1943 trkH-1 ilvB TRUE 0.975 2.000 0.333 1.000 N NA
 2025582 2025583 RD1_1945 RD1_1946 glyQ   TRUE 0.790 -3.000 0.041 NA   NA
 2025583 2025584 RD1_1946 RD1_1947   glyS TRUE 0.821 0.000 0.028 NA   NA
 2025584 2025585 RD1_1947 RD1_1948 glyS ppdK FALSE 0.488 93.000 0.030 0.097 N NA
 2025585 2025586 RD1_1948 RD1_1949 ppdK   FALSE 0.433 154.000 0.630 1.000   NA
 2025586 2025587 RD1_1949 RD1_1950   folB TRUE 0.811 94.000 0.750 1.000   NA
 2025587 2025588 RD1_1950 RD1_1951 folB folP FALSE 0.126 192.000 0.036 1.000 Y NA
 2025588 2025589 RD1_1951 RD1_1952 folP glmM TRUE 0.893 -7.000 0.260 1.000 N NA
 2025590 2025591 RD1_1953 RD1_1954   ilvC FALSE 0.227 75.000 0.007 1.000   NA
 2025592 2025593 RD1_1955 RD1_1956     TRUE 0.997 -3.000 0.964 0.017 Y NA
 2025593 2025594 RD1_1956 RD1_1957     FALSE 0.421 99.000 0.098 1.000 N NA
 2025595 2025596 RD1_1958 RD1_1959     FALSE 0.494 62.000 0.104 NA   NA
 2025596 2025597 RD1_1959 RD1_1960     FALSE 0.236 81.000 0.033 NA   NA
 2025599 2025600 RD1_1962 RD1_1963   carA FALSE 0.390 106.000 0.021 0.097 N NA
 2025601 2025602 RD1_1964 RD1_1965     FALSE 0.002 269.000 0.000 NA   NA
 2025603 2025604 RD1_1966 RD1_1967   ctaD FALSE 0.009 298.000 0.036 NA   NA
 2025605 2025606 RD1_1968 RD1_1969     FALSE 0.263 -25.000 0.000 1.000   NA
 1597363 1597364 RD1_1971 RD1_1972     FALSE 0.003 244.000 0.000 NA   NA
 1597364 2025608 RD1_1972 RD1_1973     FALSE 0.017 133.000 0.000 NA   NA
 2025608 2025609 RD1_1973 RD1_1974   lcfA FALSE 0.238 115.000 0.060 1.000 N NA
 2025610 2025611 RD1_1975 RD1_1976     FALSE 0.145 144.000 0.087 1.000   NA
 2025611 2025612 RD1_1976 RD1_1977     TRUE 0.987 -3.000 1.000 1.000   NA
 2025612 2025613 RD1_1977 RD1_1978     TRUE 0.992 -3.000 0.409 0.067 Y NA
 2025613 2025614 RD1_1978 RD1_1979     TRUE 0.973 14.000 0.227 0.067 Y NA
 2025614 2025615 RD1_1979 RD1_1980     FALSE 0.529 118.000 0.400 1.000   NA
 2025615 2025616 RD1_1980 RD1_1981   ttuD TRUE 0.682 54.000 0.188 1.000   NA
 2025616 2025617 RD1_1981 RD1_1982 ttuD   FALSE 0.183 100.000 0.004 1.000 N NA
 2025617 2025618 RD1_1982 RD1_1984     FALSE 0.209 44.000 0.004 NA   NA
 2025618 2025619 RD1_1984 RD1_1985     TRUE 0.908 -3.000 0.140 NA   NA
 2025619 2025620 RD1_1985 RD1_1986     FALSE 0.297 88.000 0.061 NA   NA
 2025620 2025621 RD1_1986 RD1_1987     TRUE 0.744 28.000 0.167 NA   NA
 2025621 2025622 RD1_1987 RD1_1989   telA TRUE 0.925 7.000 0.214 NA   NA
 2025622 2025623 RD1_1989 RD1_1990 telA   TRUE 0.732 34.000 0.198 NA   NA
 2025623 2025624 RD1_1990 RD1_1991     TRUE 0.889 3.000 0.074 NA   NA
 2025624 2025625 RD1_1991 RD1_1992     FALSE 0.047 142.000 0.017 NA   NA
 2025629 2025630 RD1_1996 RD1_1997     FALSE 0.132 33.000 0.000 NA   NA
 2025630 2025631 RD1_1997 RD1_1998     FALSE 0.003 515.000 0.000 1.000 N NA
 2025631 2025632 RD1_1998 RD1_1999     TRUE 0.741 -39.000 0.226 NA   NA
 2025632 2025633 RD1_1999 RD1_2000   gatA FALSE 0.339 43.000 0.027 NA   NA
 2025633 2025634 RD1_2000 RD1_2001 gatA gatC TRUE 0.998 0.000 0.643 0.001 Y NA
 2025634 2025635 RD1_2001 RD1_2002 gatC   FALSE 0.002 316.000 0.000 NA   NA
 2025635 2025636 RD1_2002 RD1_2003     FALSE 0.100 176.000 0.149 NA   NA
 2025637 2025638 RD1_2004 RD1_2005   phrR FALSE 0.015 481.000 0.000 1.000 Y NA
 2025638 2025639 RD1_2005 RD1_2006 phrR   TRUE 0.750 62.000 0.294 1.000 N NA
 2025639 2025640 RD1_2006 RD1_2007   atzB TRUE 0.931 -3.000 0.143 1.000 N NA
 2025642 2025643 RD1_2009 RD1_2010 mgtE   TRUE 0.828 -3.000 0.026 1.000 N NA
 2025643 2025644 RD1_2010 RD1_2012     FALSE 0.094 163.000 0.077 1.000   NA
 2025644 2025645 RD1_2012 RD1_2013     TRUE 0.810 -3.000 0.029 1.000   NA
 2025645 2025646 RD1_2013 RD1_2014   trkA TRUE 0.797 52.000 0.355 1.000   NA
 2025647 2025648 RD1_2015 RD1_2016     FALSE 0.071 70.000 0.000 NA   NA
 2025648 2025649 RD1_2016 RD1_2017     FALSE 0.283 12.000 0.000 NA   NA
 2025652 2025653 RD1_2020 RD1_2021   betI FALSE 0.346 75.000 0.041 1.000   NA
 2025653 2025654 RD1_2021 RD1_2022 betI betC-1 TRUE 0.929 -3.000 0.138 1.000 N NA
 2025654 2025655 RD1_2022 RD1_2023 betC-1 betB TRUE 0.625 40.000 0.081 1.000 N NA
 2025655 2025656 RD1_2023 RD1_2024 betB betA FALSE 0.165 256.000 0.634 1.000 N NA
 2025656 2025657 RD1_2024 RD1_2025 betA   FALSE 0.445 60.000 0.042 1.000 N NA
 2025658 2025659 RD1_2026 RD1_2027     TRUE 0.708 85.000 0.377 1.000   NA
 2025660 2025661 RD1_2028 RD1_2029 pccB   FALSE 0.174 109.000 0.044 NA   NA
 2025661 2025662 RD1_2029 RD1_2030     FALSE 0.515 80.000 0.161 NA   NA
 2025662 2025663 RD1_2030 RD1_2031     FALSE 0.002 314.000 0.000 NA   NA
 2025663 2025664 RD1_2031 RD1_2032   pccA FALSE 0.027 117.000 0.000 NA   NA
 2025666 2025667 RD1_2034 RD1_2035   mutA FALSE 0.506 -37.000 0.063 NA   NA
 2025667 2025668 RD1_2035 RD1_2036 mutA   TRUE 0.714 -3.000 0.021 NA   NA
 2025668 2025669 RD1_2036 RD1_2037     TRUE 0.892 -3.000 0.113 NA   NA
 2025669 2025670 RD1_2037 RD1_2039   djlA FALSE 0.555 52.000 0.073 1.000 N NA
 2025670 2025671 RD1_2039 RD1_2040 djlA   FALSE 0.122 102.000 0.015 NA   NA
 2025672 2025673 RD1_2041 RD1_2042   ppk TRUE 0.659 107.000 0.149 1.000 Y NA
 2025673 2025674 RD1_2042 RD1_2043 ppk   TRUE 0.807 -10.000 0.134 1.000 N NA
 2025674 2025675 RD1_2043 RD1_2044     TRUE 0.971 2.000 0.362 NA   NA
 2025676 2025677 RD1_2045 RD1_2046 proS   FALSE 0.144 88.000 0.012 NA   NA
 2025677 2025678 RD1_2046 RD1_2047     FALSE 0.281 53.000 0.023 NA   NA
 2025678 2025679 RD1_2047 RD1_2048   lolD TRUE 0.949 -7.000 0.620 1.000 N NA
 2025679 2025680 RD1_2048 RD1_2049 lolD   FALSE 0.379 47.000 0.011 1.000 N NA
 2025684 2025685 RD1_2053 RD1_2054     FALSE 0.236 14.000 0.000 NA   NA
 2025685 2025686 RD1_2054 RD1_2055     FALSE 0.001 360.000 0.000 NA   NA
 2025687 2025688 RD1_2056 RD1_2057   parE FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2025688 2025689 RD1_2057 RD1_2058 parE   FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2025689 2025690 RD1_2058 RD1_2059     FALSE 0.007 176.000 0.000 NA   NA
 2025692 2025693 RD1_2061 RD1_2062     FALSE 0.431 114.000 0.222 1.000   NA
 2025693 2025694 RD1_2062 RD1_2063     TRUE 0.801 17.000 0.122 1.000   NA
 2025694 2025695 RD1_2063 RD1_2064     FALSE 0.311 84.000 0.041 1.000   NA
 2025696 2025697 RD1_2065 RD1_2066     FALSE 0.006 190.000 0.000 NA   NA
 2025697 2025698 RD1_2066 RD1_2067     FALSE 0.119 38.000 0.000 NA   NA
 2025698 2025699 RD1_2067 RD1_2068     TRUE 0.942 -3.000 0.256 NA   NA
 2025699 2025700 RD1_2068 RD1_2069     TRUE 0.624 -24.000 0.100 NA   NA
 2025702 2025703 RD1_2071 RD1_2072     TRUE 0.865 -3.000 0.085 NA   NA
 2025703 2025704 RD1_2072 RD1_2073     TRUE 0.914 0.000 0.091 NA   NA
 2025704 2025705 RD1_2073 RD1_2074   ileS FALSE 0.012 206.000 0.005 NA   NA
 2025705 2025706 RD1_2074 RD1_2075 ileS ogt FALSE 0.267 72.000 0.005 1.000 N NA
 2025706 2025707 RD1_2075 RD1_2076 ogt   FALSE 0.053 92.000 0.000 NA   NA
 2025708 2025709 RD1_2077 RD1_2078 pcs xerC FALSE 0.335 74.000 0.025 1.000 N NA
 2025709 2025710 RD1_2078 RD1_2079 xerC   TRUE 0.874 -3.000 0.093 NA   NA
 2025710 2025711 RD1_2079 RD1_2080   tal FALSE 0.197 145.000 0.183 NA   NA
 2025712 2025713 RD1_2081 RD1_2082 priA   FALSE 0.129 92.000 0.009 NA   NA
 2025713 2025714 RD1_2082 RD1_2083     FALSE 0.412 30.000 0.028 NA   NA
 2025714 2025715 RD1_2083 RD1_2084   prmA TRUE 0.830 0.000 0.003 1.000 N NA
 2025715 2025716 RD1_2084 RD1_2085 prmA   FALSE 0.199 97.000 0.034 NA   NA
 2025718 2025719 RD1_2088 RD1_2089 ruvC ruvA TRUE 0.994 -3.000 0.451 0.007 Y NA
 2025719 2025720 RD1_2089 RD1_2090 ruvA ruvB TRUE 0.986 25.000 0.549 0.001 Y NA
 2025720 2025721 RD1_2090 RD1_2091 ruvB   FALSE 0.265 43.000 0.013 NA   NA
 2025721 2025722 RD1_2091 RD1_2092     TRUE 0.813 -3.000 0.049 NA   NA
 2025722 2025723 RD1_2092 RD1_2093   tolQ TRUE 0.752 99.000 0.593 1.000   NA
 2025723 2025724 RD1_2093 RD1_2095 tolQ   TRUE 0.989 4.000 0.220 0.080 Y NA
 2025724 2025725 RD1_2095 RD1_2096     TRUE 0.741 63.000 0.366 NA   NA
 2025725 2025726 RD1_2096 RD1_2097   tolB TRUE 0.847 -3.000 0.070 NA   NA
 2025726 2025727 RD1_2097 RD1_2098 tolB pal TRUE 0.794 90.000 0.592 1.000 N NA
 2025727 2025728 RD1_2098 RD1_2099 pal   TRUE 0.942 5.000 0.199 1.000   NA
 2025728 2025729 RD1_2099 RD1_2100     TRUE 0.877 7.000 0.085 1.000   NA
 2025729 2025730 RD1_2100 RD1_2101   ftsH TRUE 0.707 81.000 0.145 0.095 N NA
 2025730 2025731 RD1_2101 RD1_2103 ftsH   FALSE 0.004 505.000 0.008 1.000   NA
 2025731 2025732 RD1_2103 RD1_2104     FALSE 0.001 465.000 0.000 NA   NA
 2025732 2025733 RD1_2104 RD1_2105   folD TRUE 0.589 15.000 0.036 NA   NA
 2025734 2025735 RD1_2106 RD1_2107     TRUE 0.780 10.000 0.061 NA   NA
 2025735 2025736 RD1_2107 RD1_2108     TRUE 0.862 40.000 0.460 1.000   NA
 2025736 2025737 RD1_2108 RD1_2109     FALSE 0.437 57.000 0.048 1.000   NA
 2025739 2025740 RD1_2111 RD1_2112     TRUE 0.837 31.000 0.077 0.010   NA
 2025740 2025741 RD1_2112 RD1_2113     TRUE 0.859 -3.000 0.054 1.000   NA
 2025741 2025742 RD1_2113 RD1_2115     TRUE 0.981 -72.000 0.838 0.007 Y NA
 2025742 2025743 RD1_2115 RD1_2116     TRUE 0.974 31.000 0.968 1.000 Y NA
 2025743 2025744 RD1_2116 RD1_2117     TRUE 0.979 20.000 0.833 1.000 Y NA
 2025744 2025745 RD1_2117 RD1_2119     FALSE 0.002 287.000 0.000 NA   NA
 2025745 2025746 RD1_2119 RD1_2120     TRUE 0.815 5.000 0.048 NA   NA
 2025748 2025749 RD1_2122 RD1_2124     FALSE 0.072 164.000 0.074 NA   NA
 2025753 2025754 RD1_2128 RD1_2129 dxnH   TRUE 0.832 13.000 0.095 1.000 N NA
 2025754 2025755 RD1_2129 RD1_2130   dxnG TRUE 0.806 11.000 0.048 1.000 N NA
 2025755 2025756 RD1_2130 RD1_2131 dxnG topA FALSE 0.047 156.000 0.002 1.000 N NA
 2025756 2025757 RD1_2131 RD1_2132 topA dprA FALSE 0.146 261.000 0.238 1.000 Y NA
 2025757 2025758 RD1_2132 RD1_2133 dprA tldD FALSE 0.110 98.000 0.007 NA   NA
 2025759 2025760 RD1_2134 RD1_2135   ctaC FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2025760 2025761 RD1_2135 RD1_2136 ctaC ctaB TRUE 0.718 62.000 0.064 0.046 N NA
 2025761 2025762 RD1_2136 RD1_2137 ctaB   TRUE 0.857 4.000 0.059 NA   NA
 2025762 2025763 RD1_2137 RD1_2138   ctaG TRUE 0.906 0.000 0.083 NA   NA
 2025763 2025764 RD1_2138 RD1_2139 ctaG ctaE TRUE 0.965 26.000 0.536 0.003 N NA
 2025764 2025765 RD1_2139 RD1_2140 ctaE surF FALSE 0.439 72.000 0.096 NA   NA
 2025765 2025766 RD1_2140 RD1_2141 surF thrC TRUE 0.778 6.000 0.040 NA   NA
 2025766 2025767 RD1_2141 RD1_2142 thrC mpp TRUE 0.939 3.000 0.129 1.000   NA
 2025767 2025768 RD1_2142 RD1_2143 mpp   TRUE 0.980 -3.000 0.674 1.000   NA
 2025768 2025769 RD1_2143 RD1_2144     FALSE 0.137 120.000 0.049 NA   NA
 2025769 2025770 RD1_2144 RD1_2145     FALSE 0.483 45.000 0.070 NA   NA
 2025770 2025771 RD1_2145 RD1_2147     FALSE 0.339 84.000 0.074 NA   NA
 2025772 2025773 RD1_2148 RD1_2149 apt   TRUE 0.587 15.000 0.006 1.000 N NA
 2025773 2025774 RD1_2149 RD1_2150     FALSE 0.569 18.000 0.010 1.000 N NA
 2025777 2025778 RD1_2153 RD1_2154     TRUE 0.730 43.000 0.237 NA   NA
 2025778 2025779 RD1_2154 RD1_2155     FALSE 0.011 156.000 0.000 NA   NA
 2025779 2025780 RD1_2155 RD1_2156     FALSE 0.223 72.000 0.023 NA   NA
 2025780 2025781 RD1_2156 RD1_2157     FALSE 0.006 258.000 0.003 NA   NA
 2025781 2025782 RD1_2157 RD1_2158   ptsP FALSE 0.571 46.000 0.069 1.000 N NA
 2025782 2025783 RD1_2158 RD1_2159 ptsP   FALSE 0.500 25.000 0.020 1.000   NA
 2025784 2025785 RD1_2160 RD1_2161   mcp FALSE 0.005 208.000 0.000 NA   NA
 2025785 2025786 RD1_2161 RD1_2162 mcp   FALSE 0.013 227.000 0.000 1.000 N NA
 2025786 2025787 RD1_2162 RD1_2163     TRUE 0.973 -10.000 0.731 0.029   NA
 2025787 2025788 RD1_2163 RD1_2164     TRUE 0.984 -3.000 0.823 1.000   NA
 2025788 2025789 RD1_2164 RD1_2165     TRUE 0.986 4.000 0.121 0.066 Y NA
 2025789 2025790 RD1_2165 RD1_2166     TRUE 0.886 27.000 0.150 NA Y NA
 2025790 2025791 RD1_2166 RD1_2167     FALSE 0.397 6.000 0.000 NA   NA
 2025791 2025792 RD1_2167 RD1_2168     FALSE 0.024 121.000 0.000 NA   NA
 2025792 2025793 RD1_2168 RD1_2169     FALSE 0.058 84.000 0.000 NA   NA
 2025795 2025796 RD1_2171 RD1_2172 gbd   TRUE 0.996 5.000 0.706 0.042 Y NA
 2025796 2025797 RD1_2172 RD1_2173   ipuC TRUE 0.973 4.000 0.361 1.000 N NA
 2025797 2025798 RD1_2173 RD1_2174 ipuC   TRUE 0.744 63.000 0.289 1.000 N NA
 2025798 2025799 RD1_2174 RD1_2175     TRUE 0.957 49.000 0.938 NA Y NA
 2025799 2025800 RD1_2175 RD1_2176     TRUE 0.958 -54.000 0.865 NA Y NA
 2025800 2025801 RD1_2176 RD1_2177     TRUE 0.917 0.000 0.081 NA N NA
 2025803 2025804 RD1_2179 RD1_2180 ggtA cobQ FALSE 0.113 117.000 0.003 1.000 N NA
 2025804 2025805 RD1_2180 RD1_2181 cobQ cobO TRUE 0.973 11.000 0.078 0.009 Y NA
 2025806 2025807 RD1_2182 RD1_2183     TRUE 0.992 8.000 0.481 0.066 Y NA
 2025807 2025808 RD1_2183 RD1_2184     TRUE 0.972 -13.000 0.696 1.000 Y NA
 2025808 2025809 RD1_2184 RD1_2185   dctP FALSE 0.105 109.000 0.000 1.000 N NA
 2025809 2025810 RD1_2185 RD1_2186 dctP   TRUE 0.962 35.000 0.818 NA Y NA
 2025810 2025811 RD1_2186 RD1_2187     TRUE 0.991 -3.000 0.769 NA Y NA
 2025811 2025812 RD1_2187 RD1_2188     TRUE 0.986 5.000 0.385 1.000 Y NA
 2025813 2025814 RD1_2189 RD1_2190     FALSE 0.190 161.000 0.049 0.063 N NA
 2025814 2025815 RD1_2190 RD1_2191     TRUE 0.962 16.000 0.972 NA   NA
 2025815 2025816 RD1_2191 RD1_2192   glo TRUE 0.775 18.000 0.137 NA   NA
 2025816 2025817 RD1_2192 RD1_2193 glo   FALSE 0.320 108.000 0.118 NA   NA
 2025817 2025818 RD1_2193 RD1_2194   oxyR FALSE 0.005 206.000 0.000 NA   NA
 2025820 2025821 RD1_2196 RD1_2198   panE TRUE 0.697 13.000 0.034 1.000   NA
 2025821 2025822 RD1_2198 RD1_2199 panE   FALSE 0.530 116.000 0.345 1.000 N NA
 2025822 2025823 RD1_2199 RD1_2200     TRUE 0.675 38.000 0.154 NA   NA
 2025823 2025824 RD1_2200 RD1_2201     TRUE 0.962 13.000 0.800 NA   NA
 2025824 2025825 RD1_2201 RD1_2202     TRUE 0.821 84.000 0.800 NA   NA
 2025827 1597585 RD1_2204 RD1_2206 icd   FALSE 0.012 149.000 0.000 NA   NA
 1597585 2025828 RD1_2206 RD1_2207     FALSE 0.461 4.000 0.000 NA   NA
 2025829 2025830 RD1_2208 RD1_2209     FALSE 0.223 120.000 0.067 1.000 N NA
 2025831 2025832 RD1_2210 RD1_2211     TRUE 0.751 -10.000 0.016 0.095   NA
 2025832 2025833 RD1_2211 RD1_2212   rbcS TRUE 0.989 0.000 0.797 1.000   NA
 2025833 2025834 RD1_2212 RD1_2213 rbcS   TRUE 0.833 111.000 0.676 NA Y NA
 2025835 2025836 RD1_2214 RD1_2215 frcR   FALSE 0.002 276.000 0.000 NA   NA
 2025841 2025842 RD1_2220 RD1_2221     FALSE 0.012 153.000 0.000 NA   NA
 2025842 2025843 RD1_2221 RD1_2222     TRUE 0.996 0.000 0.388 0.001 Y NA
 2025843 2025844 RD1_2222 RD1_2223     TRUE 0.989 0.000 0.333 1.000 Y NA
 2025844 2025845 RD1_2223 RD1_2224     TRUE 0.995 0.000 0.452 0.065 Y NA
 2025845 2025846 RD1_2224 RD1_2225     TRUE 0.886 51.000 0.097 0.065 Y NA
 2025846 2025847 RD1_2225 RD1_2226     TRUE 0.864 88.000 0.200 0.065 Y NA
 1597606 2025848 RD1_2227 RD1_2228     FALSE 0.022 124.000 0.000 NA   NA
 2025848 2025849 RD1_2228 RD1_2229     TRUE 0.809 26.000 0.250 NA   NA
 2025849 2025850 RD1_2229 RD1_2231     FALSE 0.003 249.000 0.000 NA   NA
 2025850 2025851 RD1_2231 RD1_2232     TRUE 0.860 53.000 0.571 1.000   NA
 2025851 2025852 RD1_2232 RD1_2233     FALSE 0.555 55.000 0.000 0.041   NA
 2025852 2025853 RD1_2233 RD1_2234     TRUE 0.981 -3.000 0.083 0.041 Y NA
 2025853 2025854 RD1_2234 RD1_2235     TRUE 0.959 16.000 0.049 0.001 Y NA
 2025858 2025859 RD1_2239 RD1_2240     FALSE 0.032 183.000 0.017 1.000   NA
 2025859 2025860 RD1_2240 RD1_2241     TRUE 0.982 -3.000 0.680 1.000 N NA
 2025860 2025861 RD1_2241 RD1_2242     TRUE 0.936 -10.000 0.627 1.000   NA
 2025861 2025862 RD1_2242 RD1_2243   acdA FALSE 0.230 80.000 0.013 1.000   NA
 2025862 2025863 RD1_2243 RD1_2244 acdA cheB FALSE 0.087 134.000 0.013 1.000 N NA
 2025863 2025864 RD1_2244 RD1_2245 cheB cheD TRUE 0.968 -3.000 0.121 1.000 Y NA
 2025865 1597625 RD1_2246 RD1_2247     FALSE 0.117 39.000 0.000 NA   NA
 1597625 1597626 RD1_2247 RD1_2248     FALSE 0.001 596.000 0.000 NA   NA
 1597626 2025866 RD1_2248 RD1_2249     FALSE 0.074 67.000 0.000 NA   NA
 2025868 2025869 RD1_2252 RD1_2253     TRUE 0.992 -3.000 0.230 0.002 Y NA
 2025869 2025870 RD1_2253 RD1_2254   rnd FALSE 0.358 89.000 0.049 1.000 N NA
 2025873 2025874 RD1_2257 RD1_2258   mtbC TRUE 0.830 42.000 0.436 NA   NA
 2025874 2025875 RD1_2258 RD1_2260 mtbC   FALSE 0.260 178.000 0.103 0.001   NA
 2025875 2025876 RD1_2260 RD1_2261     FALSE 0.136 173.000 0.205 NA   NA
 2025877 2025878 RD1_2262 RD1_2263 purC   TRUE 0.975 13.000 0.460 1.000 Y NA
 2025878 2025879 RD1_2263 RD1_2264     TRUE 0.998 0.000 0.656 0.001 Y NA
 2025879 2025880 RD1_2264 RD1_2265   dctB FALSE 0.320 95.000 0.043 1.000 N NA
 2025880 2025881 RD1_2265 RD1_2266 dctB dctD TRUE 0.997 4.000 0.964 0.094 Y NA
 2025881 2025882 RD1_2266 RD1_2267 dctD rne FALSE 0.003 469.000 0.000 1.000 N NA
 2025884 2025885 RD1_2269 RD1_2270 ccdA fda FALSE 0.084 134.000 0.010 1.000 N NA
 2025886 2025887 RD1_2271 RD1_2272     TRUE 0.964 -3.000 0.425 NA   NA
 2025887 2025888 RD1_2272 RD1_2273   fumC TRUE 0.767 -3.000 0.033 NA   NA
 2025889 2025890 RD1_2274 RD1_2275     FALSE 0.410 -3.000 0.000 NA   NA
 2025891 2025892 RD1_2277 RD1_2278     FALSE 0.475 92.000 0.165 NA   NA
 2025892 2025893 RD1_2278 RD1_2279     FALSE 0.089 124.000 0.029 NA   NA
 2025893 1597656 RD1_2279 RD1_2280     FALSE 0.042 103.000 0.000 NA   NA
 1597656 2025894 RD1_2280 RD1_2281     FALSE 0.011 156.000 0.000 NA   NA
 2025894 2025895 RD1_2281 RD1_2282     FALSE 0.083 61.000 0.000 NA   NA
 2025895 2025896 RD1_2282 RD1_2283     FALSE 0.077 65.000 0.000 NA   NA
 2025897 2025898 RD1_2284 RD1_2286     TRUE 0.955 4.000 0.280 NA   NA
 2025898 2025899 RD1_2286 RD1_2287     TRUE 0.923 -3.000 0.180 NA   NA
 2025899 2025900 RD1_2287 RD1_2288     TRUE 0.946 2.000 0.180 NA   NA
 2025900 2025901 RD1_2288 RD1_2290     TRUE 0.765 81.000 0.441 1.000 N NA
 2025903 2025904 RD1_2292 RD1_2293     FALSE 0.200 123.000 0.061 1.000 N NA
 2025904 2025905 RD1_2293 RD1_2295   phrB FALSE 0.363 68.000 0.029 1.000 N NA
 2025905 2025906 RD1_2295 RD1_2296 phrB cfa FALSE 0.361 80.000 0.041 1.000 N NA
 2025906 2025907 RD1_2296 RD1_2297 cfa trgA FALSE 0.453 126.000 0.435 NA   NA
 2025907 2025908 RD1_2297 RD1_2298 trgA trgB TRUE 0.775 17.000 0.132 NA   NA
 2025908 2025909 RD1_2298 RD1_2299 trgB cysB FALSE 0.328 112.000 0.114 1.000   NA
 2025909 2025910 RD1_2299 RD1_2300 cysB   TRUE 0.920 -3.000 0.114 1.000 N NA
 2025910 1597674 RD1_2300 RD1_2301     FALSE 0.080 63.000 0.000 NA   NA
 2025911 2025912 RD1_2302 RD1_2303     TRUE 0.619 -3.000 0.000 1.000   NA
 2025913 2025914 RD1_2304 RD1_2305 hmrR   FALSE 0.035 109.000 0.000 NA   NA
 2025914 2025915 RD1_2305 RD1_2306     TRUE 0.985 -3.000 1.000 NA   NA
 2025915 2025916 RD1_2306 RD1_2307     TRUE 0.771 39.000 0.286 NA   NA
 2025917 2025918 RD1_2308 RD1_2309     TRUE 0.958 12.000 0.545 1.000   NA
 2025919 2025920 RD1_2310 RD1_2311 ssuD   TRUE 0.910 0.000 0.061 1.000   NA
 2025920 2025921 RD1_2311 RD1_2312   ntaB TRUE 0.793 30.000 0.045 0.041   NA
 2025921 2025922 RD1_2312 RD1_2313 ntaB   TRUE 0.781 61.000 0.444 NA   NA
 2025922 2025923 RD1_2313 RD1_2314   dctM TRUE 0.995 1.000 0.867 NA Y NA
 2025923 2025924 RD1_2314 RD1_2315 dctM   TRUE 0.971 26.000 0.733 1.000 Y NA
 2025926 2025927 RD1_2318 RD1_2320 bglA   TRUE 0.957 14.000 0.632 1.000 N NA
 2025928 2025929 RD1_2321 RD1_2322   aglE FALSE 0.012 153.000 0.000 NA   NA
 2025929 2025930 RD1_2322 RD1_2323 aglE aglF TRUE 0.954 76.000 0.670 0.065 Y NA
 2025930 1597696 RD1_2323 RD1_2324 aglF aglG FALSE 0.461 4.000 0.000 NA   NA
 1597696 2025931 RD1_2324 RD1_2326 aglG aglA FALSE 0.225 15.000 0.000 NA   NA
 2025931 2025932 RD1_2326 RD1_2327 aglA aglK TRUE 0.969 27.000 0.697 1.000 Y NA
 2025932 2025933 RD1_2327 RD1_2328 aglK   FALSE 0.058 153.000 0.038 NA   NA
 2025933 2025934 RD1_2328 RD1_2329     FALSE 0.025 159.000 0.007 NA   NA
 2025934 2025935 RD1_2329 RD1_2330     TRUE 0.933 -3.000 0.212 NA   NA
 2025936 2025937 RD1_2331 RD1_2332 ntaB acsA FALSE 0.029 196.000 0.021 1.000   NA
 2025938 2025939 RD1_2333 RD1_2334     TRUE 0.940 71.000 0.955 NA Y NA
 2025939 2025940 RD1_2334 RD1_2335     TRUE 0.996 0.000 0.955 NA Y NA
 2025944 2025945 RD1_2339 RD1_2340     FALSE 0.129 34.000 0.000 NA   NA
 2025946 2025947 RD1_2341 RD1_2342     TRUE 0.918 -3.000 0.111 1.000 N NA
 2025947 2025948 RD1_2342 RD1_2343     TRUE 0.992 1.000 0.467 1.000 Y NA
 2025948 2025949 RD1_2343 RD1_2344     TRUE 0.986 7.000 0.538 NA Y NA
 2025949 2025950 RD1_2344 RD1_2345     FALSE 0.356 54.000 0.042 NA   NA
 2025950 2025951 RD1_2345 RD1_2346     TRUE 0.892 0.000 0.067 NA   NA
 2025951 2025952 RD1_2346 RD1_2347     TRUE 0.798 0.000 0.003 1.000   NA
 2025952 2025953 RD1_2347 RD1_2348     FALSE 0.004 222.000 0.000 NA   NA
 2025954 2025955 RD1_2349 RD1_2350     FALSE 0.142 30.000 0.000 NA   NA
 2025955 2025956 RD1_2350 RD1_2351     FALSE 0.064 79.000 0.000 NA   NA
 2025959 2025960 RD1_2354 RD1_2355 grxC   FALSE 0.317 52.000 0.030 NA   NA
 2025961 2025962 RD1_2356 RD1_2357     FALSE 0.002 282.000 0.000 NA   NA
 2025963 2025964 RD1_2358 RD1_2359     FALSE 0.086 115.000 0.000 1.000 N NA
 2025964 2025965 RD1_2359 RD1_2360   van FALSE 0.011 237.000 0.000 1.000 N NA
 2025965 2025966 RD1_2360 RD1_2362 van cdd FALSE 0.018 196.000 0.000 1.000 N NA
 2025966 2025967 RD1_2362 RD1_2363 cdd   TRUE 0.779 6.000 0.022 1.000   NA
 2025967 2025968 RD1_2363 RD1_2364     TRUE 0.940 5.000 0.188 1.000   NA
 2025968 2025969 RD1_2364 RD1_2367   potC TRUE 0.995 -3.000 0.688 0.065 Y NA
 2025969 2025970 RD1_2367 RD1_2368 potC potH TRUE 0.996 -3.000 0.917 0.065 Y NA
 2025970 2025971 RD1_2368 RD1_2369 potH   TRUE 0.943 72.000 0.500 0.065 Y NA
 2025971 2025972 RD1_2369 RD1_2370     FALSE 0.182 148.000 0.121 1.000 N NA
 2025974 2025975 RD1_2373 RD1_2376 apt   FALSE 0.001 928.000 0.000 NA   NA
 2025975 2025976 RD1_2376 RD1_2377   petF TRUE 0.961 -3.000 0.400 NA   NA
 2025976 2025977 RD1_2377 RD1_2378 petF sbp FALSE 0.459 60.000 0.060 1.000   NA
 2025977 2025978 RD1_2378 RD1_2379 sbp   TRUE 0.760 13.000 0.060 1.000   NA
 2025978 2025979 RD1_2379 RD1_2380     FALSE 0.004 276.000 0.000 NA N NA
 2025979 2025980 RD1_2380 RD1_2381   rbsC TRUE 0.936 26.000 0.355 NA Y NA
 2025980 2025981 RD1_2381 RD1_2382 rbsC   TRUE 0.997 -3.000 0.952 0.002 Y NA
 2025982 2025983 RD1_2383 RD1_2384     TRUE 0.905 -3.000 0.104 1.000   NA
 2025983 2025984 RD1_2384 RD1_2385     TRUE 0.817 4.000 0.009 1.000 N NA
 2025985 2025986 RD1_2386 RD1_2387   phnM FALSE 0.283 12.000 0.000 NA   NA
 2025986 2025987 RD1_2387 RD1_2388 phnM phnN FALSE 0.025 284.000 0.000 NA Y NA
 2025987 2025988 RD1_2388 RD1_2389 phnN phnL TRUE 0.964 -3.000 0.128 NA Y NA
 2025988 2025989 RD1_2389 RD1_2390 phnL phnK TRUE 0.997 4.000 0.859 0.028 Y NA
 2025989 2025990 RD1_2390 RD1_2391 phnK   TRUE 0.993 -3.000 0.883 1.000 Y NA
 2025990 2025991 RD1_2391 RD1_2392   phnI TRUE 0.993 -3.000 0.880 1.000 Y NA
 2025991 2025992 RD1_2392 RD1_2393 phnI phnH TRUE 0.998 2.000 0.960 0.003 Y NA